AS 1 33

CO CL1Contig1 3705 33 55 U
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
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TTAGGCACGGCCATACATAATATAGAAATCACACTTGGAAAGGGTGGACAATTAGCTAGA
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CCTTCTGGAGAGGTCCGTTTGATATCCAAAAACTGCTCAACAACAGTCGGACAAGTGGGA
AATGTTGGGGTAAACCAGAAAAGTTTGGGTAGAGCCG*ATCGAAATGTTGGCTA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1BF30TF 741 0 0
G
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TATGGTAGAATCGTAACCATAGAATACGACCCTAATCGAAATGCAT****TTGTCTCATA
CACTATGGG*ATGGTGAGAAGAGATATATTTTACATCCCAGAGGGGCTATAATGGGAGAT
ACCATTGTTTCTGGTACAGAAGTTCCTATAAAAATGGGAAATGCCCTACCTTTGACCGAT
ATGCCCTTAGGCACGGCCATACATAATATAGAAATCACACTTGGAA*GGGTGGACAATTA
GCTAGAGCAGCGGGTGCTGTAGCGAAACTGATTGCAAAAGAGGGGAAATCGGCCACATTA
AAATTACCTTCTGGAGAGGTCCGTTTGATATCCAAAAACTGCTCAGCAACAGTCGGACAA
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CTTGGAAGAAGAACTAGAAAAAGGAAAAAATATAGTGAGACTTTGATTCTTCGTCGCCGT
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AACTGTGACACGTTCACTAA

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G
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TCCGTTTGATATCCAAAAACTGCTCAGCAACAGTCGGACAAGTGGGAAATGTTGGGGTAA
ACCAGAAAAGTTTGGGTAGAGCCGGATCGAAATGTTGGCTAGGTAAACGTCCTGTAGTAA
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AAAGGAAAAAATATAGTGAGACTTTGATTTTTCGTCGCCGTAGTAAATATGAGAGAAAAT
AGAATTTCTTTCTTCGTCTTAAAAAAAA*TAGGAGTTAATTAACTGTGACACGTTCACTA
AAAAAAAATCCTTTTGTAGCAA

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G
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ATATCCAAAAACTGTTCAGCAACAGTCGGACAAGTGGGAAATGTTGGGGTAAACCAGAAA
AGTTTGGGTAGAGCCGGATCGAAATGTTGGCTAGGTAAACGTCCTGTAGTAAGAGGAGTA
GTTATGAACCCTGTCGACCACCCCCATGGAGGTGGTGAAGGGAGGGCTCCAATTGGTAGA
AAAAAACCCGTAACCCCCTGGGGTTATCCTGCGCTTGGAAGAAGAACTAGAAAAAGGAAA
AAATATAGTGAGACTTTGATTTTTCGTCGCCGTAGTAAATAGGAGAGAAAATAGAATTTC
TTTCTTCGTCTTAAAAAAAA*TAGGAGTTAATTAACTGTGACACGTTCACTAAAAAAAAA
TCCTTTTGTAGC

QA 2 493 2 493
DS 

RD RR1AJ62TF 623 0 0
G
AGAGATATATTTTACATCCCAGAGGGGCTATAATTGGAGATACCATTGTTTCTGGTACAG
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ACCAGAAAAGTTTGGGTAGAGCCGGATCGAAATGTTGGCTAGGTAAACGTCCTGTAGTAA
GAGGAGTAGTTATGAACCCTGTCGACCACCCCCATGGAGGTGGTGAAGGGAGGGCTCCAA
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AAAGGAAAAAATATAGTGAGACTTTGATTCTTCGTCGCCGTAGTAAATATGAGAGAAAAT
AGAATTTCTTTCTTCGTCTTAAAAAAAA*TAGGAGTTAATTAACTGTGACACGTTCACTA
AAAAAAAATCCTTTTGTAGCAA

QA 2 623 2 623
DS 

RD RR1GO92TF 493 0 0
G
ATAGAAATCACACTTGGAAAGGGTGGACAATTAGCTAGAGCAGCGGGTGCTGTAGCGAAA
CTGATTGCAAAAGAGGGGAAATCGGCCACATTAAAATTACCTTCTGGAGAGGTCCGTTTG
ATATCCAAAAACTGCTCAGCAACAGTCGGACAAGTGGGAAATGTTGGGGTAAACCAGAAA
AGTTTGGGTAGAGCCGGATCGAAATGTTGGCTAGGTAAACGTCCTGTAGTAAGAGGAGTA
GTTATGAACCCTGTCGACCACCCCCATGGAGGTGGTGAAGGGAGGGCTCCAATTGGTAGA
AAAAAACCCGTAACCCCCTGGGGTTATCCTGCGCTTGGAAGAAGAACTAGAAAAAGGAAA
AAATATAGTGAGACTTTGATTCTTCGTCGCCGTAGTAAATAGGAGAGAAAATAGAATTTC
TTTCTTCGTCTTAAAAAAAA*TAGGAGTTAATTAACTGTGACACGTTCACTAAAAAAAAA
TCCTTTTGTAGC

QA 2 493 2 493
DS 

RD RR1BF30JQ 783 0 0
AGGGTGGACAATTAGCTAGAGCAGCGGGTGCTGTAGCGAAACTGATTGCAAAAGAGGGGA
AATCGGCCACATTAAAATTACCTTCTGGAGAGGTCCGTTTGATATCCAAAAACTGCTCAG
CAACAGTCGGACAAGTGGGAAATGTTGGGGTAAACCAGAAAAGTTTGGGTAGAGCCGGAT
CGAAATGTTGGCTAGGTAAACGTCCTGTAGTAAGAGGAGTAGTTATGAACCCTGTCGACC
ACCCCCATGGAGGTGGTGAAGGGAGGGCTCCAATTGGTAGAAAAAAACCCGTAACCCCCT
GGGGTTATCCTGCGCTTGGAAGAAGAACTAGAAAAAGGAAAAAATATAGTGAGACTTTGA
TTTTTCGTCGCCGTAGTAAATAGGAGAGAAAATAGAATTTCTTTCTTCGTCTTAAAAAAA
AATAGGAGTTAATTAACTGTGACACGTTCACTAAAAAAAA*TCCTTTTGTAGCAAAGCAT
TTATTAAGAAAAATAGAGAAGCTTAATACAAAGGCGGAAAAAGAAATCATAATAACTTGG
TCCCGGGCATCTACTATTATACCCACAATGATTGGCCATACTATCGCTATACATAATGGA
AGGGAACACTTACCCGTTTATATAATCGACCTTATGGTAGGACATAAATTGGGAGAATTT
TCACCTACTATAAATTTTCGAGGACACGCGAAAAATGATAATAGATCTCGTCGTTAATTA
AATGAATTCAAAAAAATGAATAATGAATATAAATTTTTTTTAGTGAGAGGTAAACCTTAT
GAT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1AY31TF 775 0 0
GGCGTCTTA
AAAAAAAATAGGAGTTAATTAACTGTGACACGTTCACTAAAAAAAAATCCTTTTGTAGCA
AAGCATTTATTAAGAAAAATAGAGAAGCTTAATACAAAGGCGGAAAAAGAAATCATAATA
ACTTGGTCCCGGGCATCTACTATTATACCCACAATGATTGGCCATACTATCGCTATACAT
AATGGAAGGGAACACTTACCCGTTTATATAATCGACCTTATGGTAGGACATAAATTGGGA
GAATTTTCACCTACTATAAATTTTCGAGGACACGCGAAAAATGATAATAGATCTCGTCGT
TAATTAAATGAATTCAAAAAAATGAATAATGAATATAAATTTTTTTTAGTGAGAGGTAAA
CCTTATGATAAAGAAGAAAAAGAAGAAATCATATACTTCCGTATATGCTTTAGGGCAATA
TATATCTATGTCTGCCCACAAAGCACGGAGAGTTATTGATCAGATCCGTGGACTTTCCTA
CGAAGAAGCACTTATGATATTAGAACTTATGCCGTATCGAGGATGTTATCCCATTTTTAA
ATTAGTTTATTCTGCAGCAGCAAATGCTAGTCACAATAAGGGTTTCAAAGAAACCAACTT
AGTCATTAGTAAAGCTGAAGTGAATCAAGGAAACACGGTGAAAAAATTAAAACCTCGGGC
ACGAGGACGGAGTTTCCCAATAAAAAGATTCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGA
TATATCCTTATATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTTAAA

QA 10 775 10 775
DS 

RD RR1AY31JQ 807 0 0
TATCGCTATACATAATGGAAGGGAACACTTACCCGTTTATATAATCGACCTTATGGTAGG
ACATAAATTGGGAGAATTTTCACCTACTATAAATTTTCGAGGACACGCGAAAAATGATAA
TAGATCTCGTCGTTAATTAAATGAATTCAAAAAAATGAATAATGAATATAAATTTTTTTT
AGTGAGAGGTAAACCTTATGATAAAGAAGAAAAAGAAGAAATCATATACTTCCGTATATG
CTTTAGGGCAATATATATTTATGTCTGCCCACAAAGCACGGAGAGTTATTGATCAGATCC
GTGGACTTTCCTACGAAGAAGCACTTATGATATTAGAACTTATGCCGTATCGAGGATGTT
ATCCCATTTTTAAATTAGTTTATTCTGCAGCAGCAAATGCTAGTCACAATAAGGGTTTCA
AAGAAACCAACTTAGTCATTAGTAAAGCTGAAGTGAATCAAGGAAACACGGTGAAAAAAT
TAAAACCTCGGGCACGAGGACGGAGTTTCCCAATAAAAAGATTCACTTGTCATATAACTA
TCGTATTGGAAGATATATCCTTATATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTTAAAA
AACCTGGATGCAGCAATGAAAACATAAATCTAACATGTTACGATACATATAGTAGTGGAG
GCCTATGGGACAAAAAATAAATCCACTTGGTTTCAGACTTGGTACAACCCAAAGTCATCA
TTCTATTTGGTTTGCACAACCAAAAAAAGTATTCTGAAGGTTTAGAAGAAGATAAAAAAA
TACGAGACTGTATTAAAAATTATGTCC

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1FD66TF 788 0 0
G
GTCTGCCCACAAAGCACGGAGAGTTATTGATCAGATCCGTGGACGTTCCTACGAAGAAGC
ACTTATGATATTAGAACTTATGCCGTATCGAGGATGTTATCCCATTTTTAAATTAGTTTA
TTCTGCAGCAGCAAATGCTAGTCACAATAAGGGTTTCAAAGAAACCAATTTAGTCATTAG
TAAAGCTGAAGTGAATCAAGGAAATACGGTGAAAAAATTAAAACCTCGGGCACGAGGACG
GAGTTTCCCAATAAAAAGATCCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGATATATCCTT
ATATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTTAAAAAACCTGGATGCAGCAATGAAAA
CATAAATCTAACATGTTACGATACATATAGTAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAATAAAT
CCACTTGGTTTCAGACTTGGTACAACCCAAAGTCATCATTCTATTTGGTTTGCACAACCA
AAAAA*GTATTCTGAAGGTTTAGAAGAAGATAAAAAA*TACGAGACTGTATTAAAAATTA
TGTCCAAAAAAATATAAGAATATCCTCTGGTATGGAGGGAATTGCACGTATCGAAATTCA
AAAAAGAATCGATCTCGTTCAGATCATAATCTATATGGGATTTCCTAAATTATTAATTGA
AGATAAACCCCGAAGAATCGAAGAATTACAGATGAATGTTCAAAA*GAACTTAATTGTGC
CAATAGAAA*CTCAACATTGCTATTACCCGA*TTTCCA*TCCGTATGGGCATCCTA*TAT
TCTTGCA

QA 2 788 2 788
DS 

RD RR1DH56TF 518 0 0
ATGAAGAATATTTAATGTATTTTAAAAAACCTGGATGCAGCAATGAAAACATAAATCTAA
CATGTTACGATACATATAGTAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAATAAATCCACTTGGTTT
CAGACTTGGTACAACCCAAAGTCATCATTCTATTTGGTTTGCACAACCAAAAAA*GTATT
CTGAAGGTTTAGAAGAAGATAAAAAAATACGAGACTGTATTAAAAATTATGTCCAAAAAA
ATATAAGAATATCCTCTGGTATGGAGGGAATTGCACGTATCGAAATTCAAAAAAGAATCG
ATCTCGTTCAGATCATAATCTATATGGGATTTCCTAAATTATTAATTGAAGATAAACCCC
GAAGAATCGAAGAATTACAGATGAATGTTCAAAAAGAACTTAATTGTGCCAATAGAAAAC
TCAACATTGCTATTACCCGAATTTCCAATCCGTATGGGCATCCTAATATA*TTGCAGAAT
TTATAGCTGGCCAATTAAAAAATCGTGTTTCTTTTCGA

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1G003TF 655 0 0
G
ATTAGTAAAGCTGAAGTGAATCAAGGAAATACGGTGAAAAAATTAAAACCTCGGGCACGA
GGGCGGAGTTTCCCAATAAAAAGATCCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGATATA
TCCTTATATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTTAAAAAACCTGGATGCAGCAAT
GAAAACATAAATCTAACATGTTACGATACATATAGTAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAA
TAAATCCACTTGGTTTCAGACTTGGTACAACCCAAAGTCATCATTCTATTTGGTTTGCAC
AACCAAAAAA***GTTCTGAAGGTTTAGAAGAAGATAAAAAAATACGAGACTGTATTAAA
AATTATGTCCAAAAAAATATAAGAATATCCTCTGGTATGGAGGGAATTGCACGTATCGAA
ATTCAAAAAAGAATCGATCTCGTTCAGATCATAATCTATATGGGATTTCCTAAATTATTA
ATTGAAGATAAACCCCGAAGAATCGAAGAATTACAGATGAATGTTCAAAAAGAACTTAAT
TGTGCCAATAGAAAACTCAACATTGCTATTACCCGAATTTCCAATCCGTATGGGCATCCT
AATATTCTTGCAGAATTTATAGCTGGCCAATTAAAAAATCGTGTTTCTTTTCGA

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR1G281TF 655 0 0
G
ATTAGTAAAGCTGAAGTGAATCAAGGAAATACGGTGAAAAAATTAAAACCTCGGGCACGA
GGGCGGAGTTTCCCAATAAAAAGATCCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGATATA
TCCTTATATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTTAAAAAACCTGGATGCAGCAAT
GAAAACATAAATCTAACATGTTACGATACATATAGTAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAA
TAAATCCACTTGGTTTCAGACTTGGTACAACCCAAAGTCATCATTCTATTTGGTTTGCAC
AACCAAAAAA***GTTCTGAAGGTTTAGAAGAAGATAAAAAAATACGAGACTGTATTAAA
AATTATGTCCAAAAAAATATAAGAATATCCTCTGGTATGGAGGGAATTGCACGTATCGAA
ATTCAAAAAAGAATCGATCTCGTTCAGATCATAATCTATATGGGATTTCCTAAATTATTA
ATTGAAGATAAACCCCGAAGAATCGAAGAATTACAGATGAATGTTCAAAAAGAACTTAAT
TGTGCCAATAGAAAACTCAACATTGCTATTACCCGAATTTCCAATCCGTATGGGCATCCT
AATATTCTTGCAGAATTTATAGCTGGCCA*TTAAAAAATCGTGTTTCTTTTCGA

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR1AI39TF 804 0 0
GCAGCAAATGCTAGTCACCATAAGGGTTTCAAAGAAACCAATTTAGTCATTAGTAAAGCT
GAAGTGAATCAAGGAAATACGGTGAGAAAATTAAAACCTCGGGCACGAGGACGGAGTTTC
CCAATAAAAAGATCCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGATATATCCTTATATCAA
CAATATGAAGAATATTTAATGTATTTTAAAAAACCTGGATGCAGCAATGAAAACATAAAT
CTAACATGTTACGATACATATAGCAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAATAAATCCACTTG
GTTTCAGACTTGGTACAACCCAAAGTCATCATTCTATTTGGTTTGCACAACCAAAAAA*G
TATTCTGAAGGTTTAGAAGAAGATAAAAAAATACGAGACTGTATTAAAAATTATGTCCAA
AAAAATATAAGAATATCCTCTGGTATGGAGGGAATTGCACGTATCGAAGTTCAAAAAAGA
ATCGATCTCGTTCAGATCATAATCTATATGGGATTTCCTAAATTATTAATTGAAGATAAA
CCCCGAAGAATCGAAGAATTACAGATGAATGTTCAAAAAGAACTTAATTGTGCCAATAGA
AAACTCAACATTGCTATTACCCGAATTTCCAATCCGTATGGGCATCCTAATATTCTTGCA
GAATTTATAGCTGGCCAATTAAAAAATCGTGTTTCTTTTCGAAAAGCAATGAAAAAA*GC
TATTGAATTAACTGAACAGGCGAATACAAAAGGAATTCAAGTACAAACTGCAG*ACGTAT
CGACGGAAAAGAAATTGCACGTGT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1H002TF 660 0 0
GGAAGATATATCCTTATATCAACAATATGAATAATATTTAATGTATTTTAAAAAACCTGG
ATGCAGCAATGAAAACATAAATCTAACATGTTACGATACATATAGTAGTGGAGGCCTATG
GGACAAAAAATAAACCCACTTGGTTTCAGACTTGGTACAACCCAAAGTCTTCATTCTATT
TGGTTTGCACAACCAAAAAA*GTATTCTGAAGGTTTAGAAGAAGATAAAAAAATACGAGA
CTGTATTAAAAATTATGTCCAAAAAAATATAAGAATATCCTCTGGTATGG***GAATTGC
ACGTATCGAAATTCAAAAAAGAATCGATCTCGTTCAGATCATAATCTATATGGGATTTCC
TAAATTATTAATTGAAGATAAACCCCGAAGAATCGAAGAATTACAGATGAATGTTCAAAA
AGAACTTAATTGTGCCAATAGAAAACTCAACATTGCTATTACCCGAATTTCCAATCCGTA
TGG*CATCCTAATATTCTTGCAGAATTTATAGCTGGCCAATTAAAAAATCGTGTTTCTTT
TCGAAAAGCAATGAAAAAA*GCTATTGAATTAACTGAACAGGCGAATACAAAAGGAATTC
AAGTACAAATTGCAGGACGTATCGACGGAAAAGAAATTGCACGTGTTGAATGGATCAGAG

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1EP47TF 707 0 0
G
ATTTTAAAAAACCCGGATGCAGCAATGAAAACATAAATCTAACATGTTACGATACATATA
GTAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAATAAATCCACTTGGTTTCAGACTTGGTACAACCCA
AAGTCATCATTCTATTTGGTTTGCACAACCAAAAAAAGTATTCTGAAGGTTTAGAAGAAG
ATAAAAAAATACGAGACTGTATTAAAAATTATGTCCAAAAAAATATAAGAATATCCTCTG
GTATGGAGGGAATTGCACGTATCGAAATTCAAAAAAGAATCGATCTCGTTCAGATCATAA
TCTATATGGGATTTCCTAAATTATTAATTGAAGATAAACCCCGAAGAATCGAAGAATTAC
AGATGAATGTTCAAAAAGAACTTAATTGTGCCAATAGAAAACTCAACATTGCTATTACCC
GAATTTCCAATCCGTATGGGCATCCTAATATTCTTGCAGAATTTATAGCTGGCCAATTAA
AAAATCGTGTTTCTTTTCGAAAGGCAATGAAAAAAAGCTATTGAATTAACTGAACAGGCG
AATACAAAAGGAATTCAAGTACAAATTGCAGGACGTATCGACGGAAAAGAAATTGCACGT
GTTGAATGGATCAGAGAAAGCAGAGTTCCTTTACAAACAATTGAAGCTAAAATTGATTAT
TGTTCCTATACAGTTCGAACTATTTATGGGGTTTTAGGAATAAAAA

QA 2 707 2 707
DS 

RD RR1C269JQ 122 0 0
AAAAGAAATTGCACGTGTTGAATGGATCAGAGAAGGCAGAGTTCCCTTACAAACAATTGA
AGCTAAAATTGATTATTGTTCCTATACAGTTCGAACTATTTAGGGGGTTTTAGGAATAAA
AA

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR1G281JQ 841 0 0
AGATCCACTTGTCATATA*CTATCGTATTGGAAGATATATC*TTATATCAACAATATGAA
GAATATTTAATGTATTTTAAAAA*CCTGGATGCAGCAATGAAAACATAAATCTAACATGT
TACGATACATATAGTAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAATAAATCCACTTGGTTTCAGAC
TTGGTACAACCCAAAGTCATCATTCTATTTGGTTTGCACAACCAAAAAA***GTTCTGAA
GGTTTAGAAGAAGATAAAAAAATACGAGACTGTATTAAAAATTATGTCCAAAAAAATATA
AGAATATCCTCTGGTATGGAGGGAATTGCACGTATCGAAATTCAAAAAAGAATCGATCTC
GTTCAGATCATAATCTATATGGGATTTCCTAAATTATTAATTGAAGATAAACCCCGAAGA
ATCGAAGAATTACAGATGAATGTTCAAAAAGAACTTAATTGTGCCAATAGAAAACTCAAC
ATTGCTATTACCCGAATTTCCAATCCGTATGGGCATCCTAATATTCTTGCAGAATTTATA
GCTGGCCAATTAAAAAATCGTGTTTCTTTTCGAAAAGCAATGAAAAAA*GCTATTGAATT
AACTGAACAGGCAAATACAAAAGGAATTCAAGTACAAATTGCAGGACGTATCGACGGAAA
AGAAATTGCACGTGTTGAATGGATCAGAGAAGGCAGAGTTCCTTTACAAACAATTGAAGC
TAAAATTGATTATTGTTCCTATACAGTTCGAACTATTTATGGGGTTTTAGGAATAAAAAT
TTGGATATTCGTAGACGAAGAATAAAAAAACTTTATTTGTCTTTACATTTTATCCAATGA
T

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR1AI39JQ 813 0 0
TAATGTATTTTAAAAAACCTGGATGCAGCAATGAAAACATAAATCTAACATGTTACGATA
CATATAGCAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAATAAATCCACTTGGTTTCAGACTTGGTAC
AACCCAAAGTCATCATTCTATTTGGTTTGCACAACCAAAAAA*GTATTCTGAAGGTTTAG
AAGAAGATAAAAAAATACGAGACTGTATTAAAAATTATGTCCAAAAAAATATAAGAATAT
CCTCTGGTATGGAGGGAATTGCACGTATCGAAGTTCAAAAAAGAATCGATCTCGTTCAGA
TCATAATCTATATGGGATTTCCTAAATTATTAATTGAAGATAAACCCCGAAGAATCGAAG
AATTACAGATGAATGTTCAAAAAGAACTTAATTGTGCCAATAGAAAACTCAACATTGCTA
TTACCCGAATTTCCAATCCGTATGGGCATCCTAATATTCTTGCAGAATTTATAGCTGGCC
AATTAAAAAATCGTGTTTCTTTTCGAAAAGCAATGAAAAAA*GCTATTGAATTAACTGAA
CAGGCGAATACAAAAGGAATTCAAGTACAAACTGCAGGACGTATCGACGGAAAAGAAATT
GCACGTGTTGAATGGATCAGAGAAGGCAGAGTTCCTTTACAAACAATTGAAGCTAAAATT
GATTATTGTTCCTATACAGTTCGAACTATTTATGGGGTTTTAGGAATAAAAATTTGGATA
TTCGTAGACGAAGAATAAAAAAACTTTATTTGTCTTTACATTTTATCCAATGATAAAAAA
CGAAAACTATATAGTATAACACTATAAAGAAAT

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1EP47JQ 724 0 0
GGGACAAAAAATAAATCCACTTGGTTTCAGACTTGGTACAACCCAAAGTCATCATTCTAT
TTGGTTTGCACAACCAAAAAAAGTATTCTGAAGGTTTAGAAGAAGATAAAAAAATACGAG
ACTGTATTAAAAATTATGTCCAAAAAAATATAAGAATATCCTCTGGTATGGAGGGAATTG
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CTAAATTATTAATTGAAGATAAACCCCGAAGAATCGAAGAATTACAGATGAATGTTCAAA
AAGAACTTAATTGTGCCAATAGAAAACTCAACATTGCTATTACCCGAATTTCCAATCCGT
ATGGGCATCCTAATATTCTTGCAGAATTTATAGCTGGCCAATTAAAAAATCGTGTTTCTT
TTCGAAAGGCAATGAAAAAAAGCTATTGAATTAACTGAACAGGCGAATACAAAAGGAATT
CAAGTACAAATTGCAGGACGTATCGACGGAAAAGAAATTGCACGTGTTGAATGGATCAGA
GAAGGCAGAGTTCCTTTACAAACAATTGAAGCTAAAATTGATTATTGTTCCTATACAGTT
CGAACTATTTATGGGGTTTTAGGAATAAAAATTTGGATATTCGTAGACGAAGAATAAAAA
AACTTTATTTGTCTTTACATTTTATCCAATGATAAAAAACGAAAACTATATAGTATAACA
CTAT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1G003JQ 763 0 0
AACCTGGATGCAGCAATGAAAACATAAATCTAACATGTTACGATACATATAGTAGTGGAG
GCCTATGGGACAAAAAATAAATCCACTTGGTTTCAGACTTGGTACAACCCAAAGTCATCA
TTCTATTTGGTTTGCACAACCAAAAAA***GTTCTGAAGGTTTAGAAGAAGATAAAAAAA
TACGAGACTGTATTAAAAATTATGTCCAAAAAAATATAAGAATATCCTCTGGTATGGAGG
GAATTGCACGTATCGAAATTCAAAAAAGAATCGATCTCGTTCAGATCATAATCTATATGG
GATTTCCTAAATTATTAATTGAAGATAAACCCCGAAGAATCGAAGAATTACAGATGAATG
TTCAAAAAGAACTTAATTGTGCCAATAGAAAACTCAACATTGCTATTACCCGAATTTCCA
ATCCGTATGGGCATCCTAATATTCTTGCAGAATTTATAGCTGGCCAATTAAAAAATCGTG
TTTCTTTTCGAAAAGCAATGAAAAAA*GCTATTGAATTAACTGAACAGGCAAATACAAAA
GGAATTCAAGTACAAATTGCAGGACGTATCGACGGAAAAGAAATTGCACGTGTTGAATGG
ATCAGAGAAGGCAGAGTTCCTTTACAAACAATTGAAGCTAAAATTGATTATTGTTCCTAT
ACAGTTCGAACTATTTATGGGGTTTTAGGAATAAAAATTTGGATATTCGTAGACGAAGAA
TAAAAAAACTTTATTTGTCTTTACATTTTATCCAATGATAAAA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1C269TF 426 0 0
GCGAATACAAAAGGAATTCAAGTACAAATTGCAGGACGTATCGACGGAAAAGAAATTGCA
CGTGTTGAATGGATCAGAGAAGGCAGAGTTCCCTTACAAACAATTGAAGCTAAAATTGAT
TATTGTTCCTATACAGTTCGAACTATTTATGGGGTTTTAGGAATAAAAATTTGGATATTC
GTAGACGAAGAATAAAAAAACTTTATTTGTCTTTACATTTTATCCAATGATAAAAAACGA
AAACTATATAGTATAACACTATAAAGAAATAAAAAAAGAAATAAAAATAAAAACTTGTAG
TCTTCTTTTTTATGTTTAAGAAAAAAAATAAGCAATTCTATAAGGTTGAATAAACATTTC
CATCAAAACTCCTTTGATATAATTGCTAT*CTTAGTGTATGACTCGTTGGT*TAGGGTTA
GATTAC

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR1FD66JQ 760 0 0
CGAAGAATTACAGATGAATGTTCAAAAAGAACTTAATTGTGCCAATAGAAAACTCAACAT
TGCTATTACCCGAATTTCCAATCCGTATGGGCATCCTAATATTCTTGCAGAATTTATAGC
TGGCCAATTAAAAAATCGTGTTTCTTCTCGAAAAGCAATGAAAAAA*GCTATTGAATTAA
CTGAACAGGCGAATACAAAAGGAATTCAAGTACAAATTGCAGGACGTATCGACGGAAAAG
AAATTGCACGTGTTGAATGGATCAGAGAAGGCAGAGTTCCTTTACAAACAATTGAAGCTA
AAATTGATTATTGTTCCTATACAGTTCGAACTATTTATGGGGTTTTAGGAATAAAAATTT
GGATATTCGTAGACGAAGAATAAAAAAACTTTATTTGTCTTTACATTTTATCCAATGATA
AAAAACGAAAACTATATAGTATAACACTATAAAGAAATAAAAAAAGAAATAAAAATAAAA
ACTTGTAGTCTTCTTTTTTATGTTTAAGAAAAAAAATAAGCAATTCTATAAGGTTGAATA
AACATTTCCATCAAAACTCCTTTGATATAATTGCTATGCTTAGTGTGTGACTCGTTGGTC
TAGGGTTAGATTGCGATAAAAAAAAA*GAACTTACCTATAAGAGCAACTAATAACTACAG
CATTAATAAATAACCTAAGCAACTCATTGCTTCGCATTATCTGGATCCAAAAAATTAGTC
AAGATATGATAGGCTGATCATATCATTGGAGCAACTGAC
C

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1CX82JQ 566 0 0
G
GAACAGGCGAATACAAAAGGAATTCAAGTACAAATTGCAGGACGTATCGACGGAAAAGAA
ATTGCACGTGTTGAATGGATCAGAGAAGGCAGAGTTCCTTTACAAACAATTGAAGCTAAA
ATTGATTATTGTTCCTATACAGTTCGAACTATTTATGGGGTTTTAGGAATAAAAATTTGG
ATATTCGTAGACGAAGAATAAAAAAACTTTATTTGTCTTTACATTTTATCCAATGATAAA
AAACGAAAACTATATAGTATAACACTATAAAGAAATAAAAAAAGAAATAAAAATAAAAAC
TTGTAGTTTTCTTTTTTATGTTTAAGAAAAAAAATAAGCAATTCTATAAGGTTGAATAAA
CATTTCCATCAAAACTCCTTTGATATAATTGCTATGCTTAGTGTGTGACTCGTTGGTTTA
GGGTTAGATTACGATAAAAAAAAAAGAACTTACCTATAAGAGCAACTAATAACTACAGCA
TTAATAAATAACCTAAGCAACTCATTGCTTCGCATTATCTGGATCCAAAAAATTAGTCAA
GATATGATAGGCTGATCATATCATT

QA 2 566 2 566
DS 

RD RR1CX82TF 467 0 0
GAAGCTAAAATTGATTATTGTTCCTATACAGTTCGAACTATTTATGGGGTTTTAGGAATA
AAAATTTGGATATTCGTAGACGAAGAATAAAAAAACTTTATTTGTCTTTACATTTTATCC
AATGATAAAAAACGAAAACTATATAGTATAACACTATAAAGAAATAAAAAAAGAAATAAA
AATAAAAACTTGTAGTCTTCTTTTTTATGTTTAAGAAAAAAAATAAGCAATTCTATAAGG
TTGAATAAACATTTCCATCAAAACTCCTTTGATATAATTGCTATGCTTAGTGTGTGACTC
GTTGGTTTAGGGTTAGATTACGATAAAAAAAAAAGAACTTACCTATAAGAGCAACTAATA
ACTACAGCATTAATAAATAACCTAAGCAACTCATTGCTTCGCATTATCTGGATCCAAAAA
ATTAGTCAAGATATGATAGGCTGATCATATCATTGGAGCAACTGAC
C

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1H002JQ 460 0 0
AAATTGATTATTGTTCCTATACAGTTCGAACTATTTATGGGGTTTTAGGAATAAAAATTT
GGATATTCGTAGACGAAGAATAAAAAA*CTTTATTTGTCTTTACATTTTATCCAATGATA
AAAAACTAAAACTATATAGTATAGCACTATAAAGAAATAAAAAAAGAAATAAAAATAAAA
ACTTGTAGTCTTCTTTTTTATGTTTAAGAAAAAAAATAAGCAATTCTATAAGGTTGAATA
AACATTTCCATCAAAACTCCTTTGATATAATTGCTATGCTTAGTGTGTGACTCGTTGGTT
TAGGGTTAGATTACGATAAAAAAAAAAGAACTTACCTATAAGAGCAACTAATAACTACAG
CATTAATAAATAACCTAAGCAACTCATTGCTTCGCATTATCTGGATCCAAAAAATTAGTC
AAGATATGATAGGCTGATCATATCATTGGAGCAACTGAC
T

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1DD63TF 602 0 0
GG
GGGGTTTTAGGAATAAAAATTTGGATATTCGTAGACGAAGAATAAAAAAACTTTATTTGT
CTTTACATTTTATCCAATGATAAAAAACGAAAACTATATAGTATAACACTATAAAGAAAT
AAAAAAAGAAATAAAAATAAAAACTTGTAGTCTTCTTTTTTATGTTTAAGAAAAAAAATA
AGCAATTCTATAAGGTTGAATAAACATTTCCATCAAAACTCCTTTGATATAATTGCTATG
CTTAGTGTGTGACTCGTTGGTTTAGGGTTAGATTACGATAAAAAAAAAAGAACTTACCTA
TAAGAGCAACTAATAACTACAGCATTAATAAATAACCTAAGCAACTCATTGCTTCGCATT
ATCTGGATCCAAAAAATTAGTCAAGATATGATAGGCTGATCATATCATTGGAGCAACTGA
CTAAAAAAAAAAA**GAATAAAGAAAGATGATTATTAAGTTATGAAAGGTAATCAAAAAG
TATGCGGATAAATGGAAGGATGAAAGAAAGAGCGAAAAAATTGAATATTAATGATATATG
ATTCCAATTTGGAAAATCTATGAGGTCACTGTAAGAAAAGCAATGTAATAAAGCATCAAT

QA 3 602 3 602
DS 

RD RR1DD63JQ 548 0 0
AAAAAAAAAAAGAATAAAGAAAGATGATTATTAAGTTATGAAAGGTAATCAAAAAGTATG
CGGATAAATGGAAGGATGAAAGAAAGAGCGAAAAAATTGAATATTAATGATATATGATTC
CAATTTGGAAAATCTATGAGGTCACTGTAAGAAAAGCAATGTAATAAAGCATCAATACAG
ATTCATTCATAATAATTAGATAAATCTGTTCCGAAAACAAAAAATTAAGAGCCTTGAGCC
AATAAAAACTGAGAAAATTGCCTCAAAAAAAAAA*TGAAATTCAAAATTTCATGTAAAAG
CTCCATTGTAGAATTCAGGCCTAATGATTAATCAAGAAGCGATGGGAACGACGGAACCCA
TGAATATATAGGATTCTAGTGAACAAGAAATCTTAGTAATTCATTGGACAGGATGGCGGA
ATAAACCAGAAACTTTATTATCTATTCTGATTTCTGATTTTGATTCTGAGACCTCGGGGT
ATAAACAGCAAACTTAAATAGATATTGAAAGAGTAAATATTCTCCGGCGAAAAATTGGTT
TTTTTTTC

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DS 

RD RR1G411TF 690 0 0
ATAACTACAGCATTAATAAATAACCTAAGCAACTCATTGCTTCGCATTATCTGGATCCAA
AAAATTAGTCAAGATATGATAGGCTGATCATATCATTGGAGCAACTGACTAAAAAAAAAA
AAAGAATAAAGAAAGATGATTATTAAGTTATGAAAGGTAATCAAAAAGTATGCGGATAAA
TGGAAGGATGAAAGAAAGAGCGAAAAAATTGAATATTAATGATATATGATTCCAATTTGG
AAAATCTATGAGGTCACTGTAAGAAAAGCAATGTAATAAAGCATCAATACAGATTCATTC
ATAATAATTAGATAAATCTGTTCCGAAAACAAAAAATTAAGAGCCTTGAGCCAATAAAAA
CTGAGAAAATTGCCTCAAAAAAAAAAATGAAATTCAAAATTTCATGTAAAAGCTCCATTG
TAGAATTCAGGCCTAATGATTAATCAAGAAGCGATGGGAACGACGGAACCCATGAATATA
TAGGATTCTAGTGAACAAGAAATCTTAGTAATTCATTGGACAGGATGGCGGAATAAACCA
GAAACTTTATTATCTATTCTGATTTCTGATTTTGATTCTGAGACCTCGGGGTATAAACAG
CAAACTTAAATAGATATTGAAAGAGTAAATATTCGCCGGCGAAAAATTGGTTTTTTTTTC
AAATAAAAAA*GTAATAAAAGATGAAAAAA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1FC54TF 686 0 0
GAACTGACTAA
AAAAAAAAAAAGAATAAAGAAAGATGATTATTAAGTTATGAAAGGTAATCAAAAAGTATG
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DS 

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CGATGGGAACGACGGAACCCATGAATATATAGGATTCTAGTGAACAAGAAATCTTAGTAA
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ATTTAGAAAAAACCCATCAACTATAAC
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DS 

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TCACGTCCAGTTCTGCAGTAGAGATGGAATTTCTCATTTAGAAAAAACCCATCAACTATA
ACCC

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DS 



AS 1 28

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GATGTCGACGGAGGAAGAACCCAAGGTCGTGGAGTCAGGAGACGCCGAAGCCGACGCCAC
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CTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGAAACCGGC
TGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAAGGCCAAACC
AGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACAAC
GACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGC
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AGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCTAAGAAAGC
GGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAAGAGTGCGAA
GGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTTTAGCTTCTC
TTAGGGTTATAAGTCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGGGCTTGTTTTTTTACT
TCCAAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCTTTTATCTTG
TAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGCAAATATGTGCTT
ATGCAATGTGTTCAAGCAGATT


BQ
10 10 10 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 30 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 65 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 60 35 60 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 
90 90 90 90 90 75 90 90 60 90 90 90 90 90 90 90 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 75 97 
97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 70 95 55 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 55 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 25 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 30 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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A
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G
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TCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGCCTC
TTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGAAACCGGCTGC
TACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGTAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAAGGCCAAACCAGC
TGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACAACGAC
AACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGCTGC
TGTTTCGAAGAC

QA 2 673 2 673
DS 

RD RR1AV89TF 674 0 0
AGG
GGATCTCAAAACCAACAAAACAAACAAAAAAAAA**CTTTTTCAAATCCCTAAAAGAGAT
GTCGACGGAGGAAGAACCCAAGGTCGTGGAGTCAGGAGACGCCGAAGCCGACGCCACGGT
GACGACGACGACGGAGAAGAAACCTGCTAAAGCTAAAGCTAAGAAGACGAAGGAAGCTAA
GAAGAAGCCTGCTGCTGCTGCTGCACCGAGGAAGAGAACCACTTCGTCTCATCCTCCTTA
CGAAGAGATGATAAAGGATGCGATCGTGACGTTGAAGGAGAGGACCGGATCTAGCCAATA
CGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCTTCCTCCTACTTTCAGGAAGCT
TCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGCCTC
TTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGAAACCGGCTGC
TACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTTCTCCTGCTAAGAAGGCCAAACCAGC
TGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACAACGAC
AACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGCTGC
TGTTTCGAAGA

QA 4 674 4 674
DS 

RD RR1H702TF 693 0 0
GGATCTCAAAACCAACAAAACAAACAAAAAAAAA**CTTTTTCAAATCCCTAAAAGAGAT
GTCGACGGAGGAAGAACCCAAGGTCGTGGAGTCAGGAGACGCCGAAGCCGACGCCACGGT
GACGACGACGACGGAGAAGAAACCTGCTAAAGCTAAAGCTAAGAAGACGAAGGAAGCTAA
GAAGAAGCCTGCTGCTGCTGCTGCACCGAGGAAGAGAACCACTTCGTCTCATCCTCCTTA
CGAAGAGATGATAAAGGATGCGATCGTGACGTTGAAGGAGAGGACCGGATCTAGCCAATA
CGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCTTCCTCCTACTTTCAGGAAGCT
TCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGCCTC
TTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGAAACCGGCTGC
TACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAAGGCCAAACCAGC
TGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACAACGAC
AACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGCTGC
TGTTTCGAAGACGAA*GCGGTTGCTGCGAAGCC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1G436TF 655 0 0
G
CGCCGAAGCCGACGCCACGGTGACGACGACGACGGAGAAGAAACCTGCTAAAGCTAAAGC
TAAGAAGACGAAGGAAGCTAAGAAGAAGCCTGCTGCTGCTGCTACACCGAGGAAGAGAAC
CACTTCGTCTCATCCTCCTTACGAAGAGATGATAAAGGATGCGATCGTGACGTTGAAGGA
GAGGACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCT
TCCTCCTACTTTCAGGAAGCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAA
GCTCGTCAAAGTCAAAGCCTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGC
GGTTAAGAAGAAACCGGCTGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCC
TGCTAAGAAGTCCAAACCAGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAA
GCCTAAGGCAAAGACAACGACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCTGAAAGTTACTGCGAAGCC
TAAGACGAAGAGTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAACGCGGTTGCTGCGAAGCCTGA*GC
GAAAGAGAGACCTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAG*ACATCTCCAGGGAA

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR1H745TF 655 0 0
G
CGCCGAAGCCGACGCCACGGTGACGACGACGACGGAGAAGAAACCTGCTAAAGCTAAAGC
TAAGAAGACGAAGGAAGCTAAGAAGAAGCCTGCTGCTGCTGCTACACCGAGGAAGAGAAC
CACTTCGTCTCATCCTCCTTACGAAGAGATGATAAAGGATGCGATCGTGACGTTGAAGGA
GAGGACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCT
TCCTCCTACTTTCAGGAAGCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAA
GCTCGTCAAAGTCAAAGCCTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGC
GGTTAAGAAGAAACCGGCTGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCC
TGCTAAGAAGTCCAAACCAGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAA
GCCTAAGGCAAAGACAACGACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCTGAAAGTTACTGCGAAGCC
TAAGACGAAGAGTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTGAGGC
GAAGGAGAGACCTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAG*ACATCTCCAGGGAA

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR1C028TF 741 0 0
GGATCTCAAAACCAACAAAACAAACAAAAAAAAA**CTTTTTCAAATCCCTAAAAGAGAT
GTCGACGGAGGAAGAACCCAAGGTCGTGGAGTCAGGAGACGCCGAAGCCGACGCCACGGT
GACGACGACGACGGAGAAGAAACCTGCTAAAGCTAAAGCTAAGAAGACGAAAGAAGCTAA
GAAGAAGCCTGCTGCTGCTGCTGCACCGAGGAAGAGAACCACTTCGTCTCATCCTCCTTA
CGAAGAGATGATAAAGGATGCGATCGTGACGTTGAAGGAGAGGACCGGATCTAGCCAATA
CGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCTTCTTCCTACTTTCAGGAAGCT
TCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGCCTC
TTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGAAACCGGCTGC
TACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAAGGCCAAACCAGC
TGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACAACGAC
AACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGCTGC
TGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAA*GCGAA*GAGAGAC*TGCTAAAGC
TTCGAGGACTTCGAGTAGG
CA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1AD27TF 814 0 0
AGGGGATCTCAAAACCAACAAAACAAACAAAAAAAAA**CTTTTTCAAATCCCTAAAAGA
GATGTCGACGGAGGAAGAACCCAAGGTCGTGGAGTCAGGAGACGCCGAAGCCGACGCCAC
GGTGACGACGACGACGGAGAAGAAACCTGCTAAAGCTAAAGCTAAGAAGACGAAGGAAGC
TAAGAAGAAGCCTGCTGCTGCTGCTGCACCGAGGAAGAGAACCACTTCGTCTCATCCTCC
TTACGAAGAGATGATAAAGGATGCGATCGTGACGTTGAAGGAGAGGACCGGATCTAGCCA
ATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCTTCCTCCTACTTTCAGGAA
GCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGC
CTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGAAACCGGC
TGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTTCTCCTGCTAAGAAGGCCAAACC
AGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACAAC
GACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGC
TGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAAGCGAAGGAGAGACCTGCTAA
AGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAG*CTGCTCCTGCTAAGAAAGC
GGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGT

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1FN51TF 618 0 0
G
GGACCGGATCTGGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCTTC
CTCCTACTTTCAGGAAGCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGC
TCGTCAAAGTCAAAGCCTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGG
TTAAGAAGAAACCGGCTGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTG
CTAAGAAGGCCAAACCAGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGC
CTAAGGCAAAGACAACGACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTA
AGACGAAGAGTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGA
AGGAGAGACCTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTG
CTCCTGCTAAGAAAGCGGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTC
CGGCTAAGAGTGCGAAGGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGAT
GATGGTTTAGCTTCTCT

QA 2 618 2 618
DS 

RD RR1AP06JQ 954 0 0
GC
CCACGGTGACGACGACGACGGAGAAGAAAC*TGCTAAAGCTAAAGCTAAGAAGACGAAGG
AAGCTAAGAAGAAGCCTGCTGCTGCTGCTGCACCGAGGAAGAGAACCACTTCGTCTCATC
CTCTTTACGAAGAGGTGATAAAGGATGCGATCGTGACGTTGAAGGAGAGGACCGGATCTA
GCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCTTCCTCCTACTTTCA
GGAAGCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAAGTCA
AAGCCTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGAAAC
CGGCTGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAAGGCCA
AACCAGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGA
CAACGACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTG
TAGCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAGACCTG
CTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCTAAGA
AAGCGGCTGCTCCTGCGGCTAAAAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAAGAGTG
CGAAGGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTTTAGCT
TCTCTTAGGGTTATAAGTCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGGGCTTGTTTTTT
TACTTCCAAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCTTTTAT
CTTGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGC

QA 3 954 3 954
DS 

RD RR1DD02JQ 530 0 0
CCAGCTGCTAAAGGAATCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACA
ACGACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTA
GCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAGACCTGCT
AAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCTAAGAAA
GCGGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAAGAGTGCG
AAGGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTTTAGCTTC
TCTTAGGGTTATAAGCCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGGGCTTGTTTTTTTA
CTTCCAAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCTTTTATCT
TGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGC

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR1F234TF 644 0 0
G
CAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGAAACCGGCTGCTAC
GGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAAGGCCAAACCAGCTGC
TAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTACTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACAACGACAAC
TAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGCTGCTGT
TTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAGACCTGCTAAAGCTTC
GAGGACTTCTAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCTAAGAAAGCGGCTGC
TCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAAGAGTGCGAAGGTGAA
GTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGGCGAGGAAGAAGTGATGATGGTTTAGCTTCTCTTAGGG
TTATAAGTCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGG*CTTGTTTTTTTACTTCCAAA
GTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCTTTTATCTTGTAATTT
TTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGCA

QA 2 644 2 644
DS 

RD RR1F234JQ 455 0 0
GCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGCTGCTGTTTCGAAG
ACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAGACCTGCTAAAGCTTCGAGGACT
TCTAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCTAAGAAAGCGGCTGCTCCTGCG
GCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAAGAGTGCGAAGGTGAAGTCTCCG
GCGAAAAGGGCTTCGGCGAGGAAGAAGTGATGATGGTTTAGCTTCTCTTAGGGTTATAAG
TCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGG*CTTGTTTTTTTACTTCCAAAGTTTATG
TTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCTTTTATCTTGTAATTTTTGGTTT
GTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGC

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1H702JQ 701 0 0
TTTCAGGAAGCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAA
AGTCAAAGCCTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAA
GAAACCGGCTGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAA
GGCCAAACCAGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGC
AAAGACAACGACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAA
GAGTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAG
ACCTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAGAACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGC
TAAGAAAGCGGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAA
GAGTGCGAAGGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTT
TAGCTTCTCTTAGGGTTATAAGTCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGGGCTTGT
TTTTTTACTTCCAAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCT
TTTATCTTGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1BA92JQ 705 0 0
TCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGCCTC
TTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGAAACCGGCTGC
TACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAAGGCCAAACCAGC
TGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACAACGAC
AACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGCTGC
TGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAGACCTGCTAAAGC
TTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCTAAGAAAGCGGC
TGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAAGAGTGCGAAGGT
GAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTTTAGCTTCTCTTA
GGGTTATAAGTCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGGGCTTGTTTTTTTACTTCC
AAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCTTTTATCTTGTAA
TTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1EY62JQ 715 0 0
TCAGGAAGCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAAG
TCAAAGCCTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGA
AACCGGCTGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAAGG
CCAAACCAGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAA
AGACAGCGACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGA
GTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAGAC
CTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCTA
AGAAAGCGGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAAGA
GTGCGAAGGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTTTA
GCTTCTCTTAGGGTTATAAGTCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGGGCTTGTTT
TTTTACTTCCAAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCTTT
TATCTTGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1GT68JQ 717 0 0
TTTCAGGAAGCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAA
AGTCAAAGCCTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAA
GAAACCGGCTGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAA
GGCCAAACCAGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGC
AAAGACAACGACAACTAAGGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAA
GAGTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAG
ACCTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGC
TAAGAAAGCGGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAA
GAGTGCGAAGGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTT
TAGCTTCTCTTAGGGTTATAAGTCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGGGCTTGT
TTTTTTACTTCCAAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCT
TTTATCTTGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1FN51JQ 744 0 0
AGGAGAAGCAGAAGTCGCTTCCTCCTACTTTCAGGAAGCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGA
GACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGCCTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTT
CAGCGGCTAACCCGGCTGCGGTTAAGAAGAAACCGGCTGCTACGGTTACTAAACCGAAGG
GTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAAGGCCAAACCAGCTGCTAAAGGAACCAAGAAAC
CTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACAACGACAACTAAAGCTGCTGCGAAGC
CGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGG
TTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAGACCTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGA
CATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCTAAGAAAGCGGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAG
CTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAAGAGTGCGAAGGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGG
CTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTTTAGCTTCTCTTAGGGTTATAAGTCTTTTGTAT
AATTGAATCGTCTATGAAGGG**CTTGTTTTTTTACTTCCAAAGTTTATGTTTTGTTATA
TTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAACCCCTTTTATCTTGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATT
TTAATAGCTATATGTGATGGTTT
C

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1C028JQ 763 0 0
TCTAGCCAATACGCGATTCAGA*GTTCATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCTTCTTCCTACT
TTCAGGAAGCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAA
GTCAAAGCCTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAG
AAACCGGCTGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTGCTCCTGCTAAGAAG
GCCAAACCAGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCA
AAGACAACGACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAG
AGTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAGA
CCTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCT
AAGAAAGCGGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAAG
AGTGCGAAGGTGAAGCCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTTT
AGCTTCTCTTAGGGTTATAAGTCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGGGCTTGTT
TTTTTACTTCCAAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCTT
TTATCTTGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1AV89JQ 853 0 0
TCATCCTCCTTACGAAGAGATGATAAAGGATGCGATCGTGACGTTGAAGGAGAGGACCGG
ATCTAGCCACTACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCTTCCTCCTAC
TTTCAGGAAGCTTCTTCTCGTCAATCTCAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAA
AGTCAAAGCCTCTTTCAAGATTCCTTCTGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAA
GAAACCGGCTGCTACGGTTACTAAACCGAAGGGTAAAGCAGCTGCTTCTCCTGCTAAGAA
GGCCAAACCAGCTGCTAAAGGAACCAAGAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGC
AAAGACAACGACAACTAAAGCTGCTGCGAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAA
GAGTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAG
ACCTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGC
TAAGAAAGCGGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAA
GAGTGCGAAGGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTT
TAGCTTCTCTTAGGGTTATAAGTCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGGGCTTGT
TTTTTTACTTCCAAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCT
TTTATCTTGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGCAAA
TATGTGCTTATG
T

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR1AD27JQ 826 0 0
GGATGCGATCGTGACGTTGAAGGAGAGGACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTT
CATCGAGGAGAAGCAGAAGTCGCTTCCTCCTACTTTCAGGAAGCTTCTTCTCGTCAATCT
CAGGAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGCCTCTTTCAAGATTCCTTC
TGCTTCAGCGGCTAAACCGGCTGCGGTTAAGAAGAAACCGGCTGCTACGGTTACTAAACC
GAAGGGTAAAGCAGCTGCTTCTCCTGCTAAGAAGGCCAAACCAGCTGCTAAAGGAACCAA
GAAACCTGCTGCTTCTGCTGCTAAGCCTAAGGCAAAGACAACGACAACTAAAGCTGCTGC
GAAGCCGAAAGTTACTGCGAAGCCTAAGACGAAGAGTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAA
GGCGGTTGCTGCGAAGCCTAAGGCGAAGGAGAGACCTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAG
TAGGACATCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCTAAGAAAGCGGCTGCTCCTGCGGCTAA
GAAAGCTGCGGCGAGTAAGAAGGTTCCGGCTAAGAGTGCGAAGGTGAAGTCTCCGGCGAA
AAGGGCTTCGACGAGGAAGAAGTGATGATGGTTTAGCTTCTCTTAGGGTTATAAGTCTTT
TGTATAATTGAATCGTCTATGAAGGGGGCTTGTTTTTTTACTTCCAAAGTTTATGTTTTG
TTATATTTGTCTTTGGTTTCTTCTCGAAACCCTTTTATCTTGTAATTTTTGGTTTGTTTG
GAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGCAAATATGTGCTTATG
T

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR1C926JQ 152 0 0
TTTTTTTACTTCCAAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTTTTCTCGAAACCC
CTTTATCTTGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTGATGGTTTGCAA
ATATGGGCTTATGCAATGTGTTCAAGCAGATT

QA 1 152 1 152
DS 



AS 4 23

CO CL3Contig1 666 3 2 U
ATATAAGACAAAAGATCAAAGCATGTTACACAACCCACATTTTTAGAATTCTCAGTTCCT
TTGTCCAACTCTCATGAGCTAAGGGGGAAAGGGTTTTCTTGCGCACAACGTAGTCTTACA
AAAACAAGGGTTCTTTGAGAAATACAGTAAGCAGATAAAAGGGTTTTGGTTCTTGTCTTT
TTGCACGAAGAAGACAAACCAGAGCTTTCAGTTTTAGATACAGCGCGGGAAAAAGGTTTG
ACCAACATATCCACCGGTCATGGCCCTCCGGACATTGGTCTCAAATAGCTTCGGGTTATC
TCTTAAAACTTGTGCTGCATCATGGTTCAATGGATCTTCAGAATTGGGTTCCGTGAAAAG
ATGGAAGAGTCCATAGATAACAGTGTTGATGTTGAGAACTGGTTTCCAGTCTTCACGCAA
GATGTTGAGGCAAGCGTTTCCTTCCAAATCGATATTGGGATGATAAACCTTGGTTTTGCA
TTTAACTTTAGGAGCTTCATGTGGATACACAGGAGACACTTGGAACGTGAAAACAAATGT
ACCATTATGGTAGTAACCATCATCAGGTTTAATGGAGACTTCAAAGTTCATCAAATCATC
TTTGCCATTAGGAAACGTTATCGTACACGAGCTTGGAAGGTTCAACTCTGATATATCTTT
GTGAAG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW48JQ U 1
AF RR1CW48TF C 1
AF RR1H481JQ U 1
BS 1 576 RR1CW48JQ
BS 577 666 RR1H481JQ

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CC

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ACCATTATGGTAGTAACCATCATCAGGTTTAATGGAGACTTCAAAGTTCATCAAATCATC
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GTGAAG

QA 1 666 1 666
DS 



CO CL3Contig2 952 10 5 U
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CGACCCTTAGATTCAGTCGTAATATCTCTTCCGATCATCTGTGTGTTCTTATCGAATTGA
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CCGATGATGGTTACTACCATAATGGTAAGTTTGCTTTCACCTTCCAAGTCTCTCCTGTGT
ATCCTCATGAAGCTCCTAAAGTTAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAATATCGATT
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ACACTGTTATCTATGGTCTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCCTTGA
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TTCAGTTTATAAGTGTGTGGTAATTAATGAACAACTGAAAACTCTCAAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1F563TF U 29
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AF RR1DC58TF U 1
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AA

QA 9 550 9 550
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G
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ACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACTGTTATCTATGGTCTCTTCCATCTT

QA 2 534 2 534
DS 

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ATCCTCATGAAGCTCCTAAAGTTAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAATATCGATT
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ACACTGTTATCTATGGTCTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCCTTGA
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GAGCTATGACCGGTGGATATGTTGGTCAAACCTTTTTCCCGCGCTGTATCTAATAAAAA

QA 1 719 1 719
DS 

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GG
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CAATGATTGGACTGTTTAAGGTAAAGGAGAAGCAAAGGGAACAAGCTCAGAACGCTAGCA
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AACCCAACTCTGAAGATCCCTTGAACCATGAAGCTGCACAGGTTTTAAGGGATAACCCAA
AGCTCTTTGAGACCAATGTGCGGAGAGCTAT

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DS 

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GG
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ATCTGTGTGTTCTTATCGAATTGATAAACTTCTGTTGTGTGAGTTAGTTACTTGAAGAAG
CAATGATTGGACTGTTTAAGGTAAAGGAGAAGCAAAGGGAACAAGCTCAGAACGCTAGCA
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CAGAGTTGAATCTTCCGAGCTCTTGCACGATATCATTTCCCAATGGCAAAGATGATTTGA
TGAACTTTGAAGTCTCCATTAAACCCGATGATGGTTACTACCATAATGGTAAGTTTGCTT
TCACCTTCCAAGTCTCTCCTGTGTATCCTCATGAAGCTCCTAAAGTTAAATGCAAAACCA
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ACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACTGTTATCTATGGTCTCTTCCATCTTTTCACGG
AACCCAACTCTGAAGATCCCTTGAACCATGAAGCTGCACAGGTTTTAAGGGATAACCCAA
AGCTCTTTGAGACCAATGTGCGGAGAGCTATGACCGGTGGATATGTTGGTCAAACCTTTT
TCCCGCGCTGTATCTAATAAAAAAGCTCTGGTTGGTCTTCTTCGAGCATAAAGCTAAGAA
CCTAAACCCACTTTATCCTC

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR1DC58JQ 738 0 0
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ACAAGCTCAGAACGCTAGCAGAGGAGGAGCTTCTGTCAAGAAGCAATCTGCCGGTGAACT
TCGTCTCTACAAAGATATATCAGAGTTGAATCTTCCGAGCTCTTGCACGATATCATTTCC
CAATGGCAAAGATGATTTGATGAACTTTGAAGTCTCCATTAAACCCGATGATGGTTACTA
CCATAATGGTAAGTTTGCTTTCACCTTCCAAGTCTCTCCTGTGTATCCTCATGAAGCTCC
TAAAGTTAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAATATCGATTTGGAAGGAAACGTTTG
CCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACTGTTATCTATGG
TCTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCCTTGAACCATGAAGCTGCACA
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ATATGTTGGTCAAACCTTTTTCCCGCGCTGTATCTAATAAAAAAGCTCTGGTTGGTCTTC
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AGGACCCTTGTTTGTTTGCTTGCCTTTGAAAAATTACGTTCTCTCTTTCCCTTAGAGACT
GAAAGGAAATGATAACTC

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GATCC
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TGGTTTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCCTTGAACCATGAAGCTGC
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TGTGTGGTAATTAATGAACAACTGAAAACTCTCAAGATC

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CTTTGAAAAATTACGTTCTCCCTTTCCCTTAGAGACTGAAAGGAAATGATAACTCAAAAA
TGTGGATTTGGTTTGTTCGGTTTCAGTTTATAAGTGTGTGGTAATTAATG

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ATAAACTTATTA
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ACGCTAGCAGAGGAGGAGCTTCTGTCAAGAAGCAATCTGCCGGTGAACTTCGTCTCCACA
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GCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAATAT*GATTTGGAAGGAAACGTTTGCCTCAACATCT
TGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACTGTTATCTATGGTCTCTTCCATC
TTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCCTTGAACCATGAAGCTGCACAGGTTTTAAGGG
ATAACCCAAAGCTCTTTGAGACCAATGTGCGGAGAGCTATGACCGGTGGATATGTTGGTC
AAACCTTTTTCCCGCGCTGTATTTAATAAAAAAGCTCTGGTTGGTCTTCTTCGAGCATAA
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TTGTTTGCTTGCCTTTGAAAAATTACGTTCTCCCTTTCCCTTAGAGACTGAAAGGAAATG
ATAACTCAAAAATGTGGATTTGGTTTGTTCGGTTTC

QA 13 768 13 768
DS 

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TTATCGAATTGATAAACTTCTGTTGTGTGAGTTAGTTACTTGAAGAAGCAATGATTGGAC
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CTGTCAAGAAGCAATCTGCCGGTGAACTTCGTCTCCACAAAGATATATCAGAGTTGAATC
TTCCGAGCTCTTGCACGATATCATTTCCCAATGGCAAAGATGATTTGATGAACTTTGAAG
TCTCCATTAAACCCGATGATGGTTACTACCATAATGGTAAGTTTGCTTTCACCTTCCAAG
TCTCTCCTGTGTATCCTCATGAAGCTCCTAAAGTTAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATC
CCAATATCGATTTGGAAGGAAACGTTTGCCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTG
TTCTCAACATTAACACTGTTATCTATGGTTTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTG
AAGATCCCTTGAACCATGAAGCTGCACAGGTTTTAAGGGATAACCCAAAGCTCTTTGAGA
CCAATGTGCGGAGAGCTATGACCGGTGGATATGTTGGTCAAACCTTTTTCCCGCGCTGTA
TCTAATAAAAAAGCTCTGGTTGGTCTTCTTCGAGCATAAAGCTAAGAACCTAAACCCACT
TTATCCTCCAATGTAATTCCTGTCTCAAAGGACCCTTGTTTGTTTGCTTGCCTTTGAAAA
ATTACGTTCTCCCTTTCCCTTAGAGACTGAAAGGAAATGATAACTCAAAAATGTGGATTT
GGTTTGTTCGGTTTCAGTTTATAAGTGTGTGGTAATTAATGAACAACTGAAAACTCTCAA
GATC

QA 1 844 1 844
DS 



CO CL3Contig3 962 8 8 U
CAAAATAAAACTGAATTTCGAGGAGAACCATAAATAAAAGACAAAGATCAAGCATGTTAC
ACAATCCACATTTTTAAGTTCTCAGTTCCTTTTCAGTCTCCTTTGTCGAACTCACACGAG
CTAAGGGAAAGCAAAACGTAGTCTTGCAATAAACAAGGGTTTCTTTGAGAAATACAATGG
CAGATAAAAGGGTTTTGATTCTTCTCTTTTTTGTTTTGCTTGAAGAAGAAGACGAACCAG
AGCTTTTGTTAGATACAGCGCGGGAAAAAGGTCTGACCAACATACCCACCAGTCATGGCC
CTACGGACATTGGTCTCAAACAGCTTAGGGTTATCTCTTAAAACTTGTGCTGCATCATGG
TTCAATGGATCTTCAGAGTTGGGTTCAGTGAAAAGATGGAAGAGTCCATAGATAACAGTG
TTGATGTTAAGAACAGGTTTCCAGTCTTCACGCAAGATGTTGAGGCAAACGTTTCCTTCC
AAATCGATATTGGGATGATAAACCTTGGTTTTGCATTTAACTTTAGGAGCTTCATGTGGA
TACACAGGAGACACTTGGAACGTGAAAACAAATGTACCATTATGGTAATAACCATCATCA
GGTTTAATGGAGACTTCAAAGTTCATCAAATCATCTTTGCCATTAGGAAACGTTATCGTA
CATGAGCTTGGAAGGTTCAACTCTGATATATCTTTGTGAAGACGAAGTTCACCAGCAGAT
TGCTTCTTAACAGAAGCTCCACCTCCTCTGCTAGCGTTCTGAGCTTGTTCTCTTTGCTTT
TCCTTTACTTTAAACAACCCAATCATTGCTCCTACTTCTGTCCTCTCTTATAAGAAAACT
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AATCAAAGCTCGCCGATTCTTGTCCCCGGAAGCTAAACGACGAAGTAATGACACACAATC
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 15 15 15 35 35 35 35 35 
20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 

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CTTTT
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TCTTAAAACTTGTGCTGCATCATGGTTCAATGGATCTTCAGAGTTGGGTTCAGTGAAAAG
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GCATCATGGTTCAATGGATCTTCAGAGTTGGGTTCAGTGAAAAGATGGAAGAGTCCATAG
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TCATGTGGATACACAGGAGACACTTGGAACGTGAAAACAAATGTACCATTATGGTAATAA
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CTTTGCTTTTCCTTTACTTTAAACAACCCAATCATTGCTCCTACTTCTGTCCTCTCTT

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DS 

RD RR1EC53JQ 822 0 0
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TTGCTTGAAGAAAAAGACGAACCAAAGCTTTTGTTAGATACAGCGCGGGAAAAAGGTCTG
ACCAACATACCCACCAGTCATGGCCCTACGGACATTGGTCTCAAACAGCTTAGGGTTATC
TCTTAAAACTTGTGCTGCATCATGGTTCAATGGATCTTCAGAGTTGGGTTCAGTGAAAAG
ATGGAAGAGTCCATAGATAACAGTGTTGATGCTAAGAACAGGTTTCCAGTCTTCACGCAA
GATGTTGAGGCAAACGTTTCCTTCCAAATCGATATTGGGATGATGAACCTTGGTTTTGCA
TTTAACTTTAGGAGCTTCATGTGGATACACAGGAGACACTTGGAACGTGAAAACAAATGT
ACCATTATGGTAATAACCATCATCAGGTTTAATGGAGACTTCAAAGTTCATCAAATCATC
TTTGCCATTAGGAAACGTTATCGTACATGAGCTTGGAAGGTTCAACTCTGATATATCTTT
GTGAAGACGAAGTTCACCAGCAGATTGCTTCTTAACAGAAGCTCCACCTCCTCTGCTAGC
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TTCTGTCCTCTCTTATAG**AAACTCACACGACAGAAGATGG

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DS 

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TACATGAGCTTGGAAGGTTCAACTCTGATAT*TCTTTGTGAAGACGAAGTTCACCAGCAG
ATTGCTTCTTAACAGAAGCTCCACCTCCTCTGCTAGCGTTCTGAGCTTGTTCTCTTTGCT
TTTCCTTTACTTTAAACAACCCAATCATTGCTCCTACTTCTGTCCTCTCTTATAAGAAAA
CTAACACGACAGAAGATGGTAATTTCGTTGCAGAACACGAGATCGGAACAGATTAACGA*
TGAATCAAAGCTCGCCGATTCTTGTCCCCGGAAGCTAAACGA*GAAGTAATGACACACAA
TC
CC

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DS 

RD RR1E760TF 659 0 0
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CTGCATCATGGTTCAATGGATCTTCAGAGTTGGGTTCAGTGAAAAGATGGAAGAGTCCAT
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CTTCATGTGGATACACAGGAGACACTTGGAACGTGAAAACAAATGTACCATTATGGTAAT
AACCATCATCAGGTTTAATGGAGACTTCAAAGTTCATCAAATCATCTTTGCCATTAGGAA
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CACCAGCAGATTGCTTCTTAACAAAAGCTCCACCTCCTCTGCTAGCGTTCTGAGCTTGTT
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ATAAGAAAACTCACACGACAGAAGATGGTAATTTCGTTGCAGAACACGAGATCGGAACAG
ATTAACGACTGAATCAAGGCTCGCCGATTCTTGTCCCCGGAAGCTAAACGACGAAGT
CC

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DS 

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TCTTCAGAGTTGGGTTCAGTGAAAAGATGGAAGAGTCCATAGATAACAGTGTTGATGCTA
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TTGGGATGATGAACCTTGGTTTTGCATTTAACTTTAGGAGCTTCATGTGGATACACAGGA
GACACTTGGAACGTGAAAACAAATGTACCATTATGGTAATAACCATCATCAGGTTTAATG
GAGACTTCAAAGTTCATCAAATCATCTTTGCCATTAGGAAACGTTATCGTACATGAGCTT
GGAAGGTTCAACTCTGATATATCTTTGTGAAGACGAAGTTCACCAGCAGATTGCTTCTTA
ACAGAAGCTCCACCTCCTCTGCTAGCGTTCTGAGCTTGTTCTCTTTGCTTTTCCTTTACT
TTAAACAACCCAATCATTGCTCCTACTTCTGTCCTCTCTTATAAGAAAACTCACACGACA
GAAGATGGTAATTTCGTTGCAGAACACGAGATCGGAACAGATTAACGACTGAATCAAAGC
TCGCCGATTCTTGTCCCCGGAAGCTAAACGACGAAGTAATGACACACAATC
CC

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DS 

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AG
AACGTAGTCTTGCAATAAACAAGGGTTC**TTGAGAAATACAATGGCAGATAAAAGGGTT
TTGATTCTTCTCTTTTTTGTTTTGCTTGAAGAAGAAGACGAACCAGAGCTTTTGTTAGAT
ACAGCGCGGGAAAAAGGTCTGACCAACATACCCACCAGTCATGGCCCTACGGACATTGGT
CTCAAACAGCTTAGGGTTATCTCTTAAAACTTGTGCTGCATCATGGTTCAATGGATCTTC
AGAGTTGGGTTCAGTGAAAAGATGGAAGAGTCCATAGATAACAGTGTTGATGTTAAGAAC
AGGTTTCCAGTCTTCACGCAAGATGTTGAGGCAAACGTTTCCTTCCAAATCGATATTGGG
ATGATAAACCTTGGTTTTGCATTTAACTTTAGGAGCTTCATGTGGATACACAGGAGACAC
TTGGAACGTGAAAACAAATGTACCATTATGGTAATAACCATCATCAGGTTTAATGGAGAC
TTCAAAGTTCATCAAATCATCTTTGCCATTAGGAAACGTTATCGTACATGAGCTTGGAAG
GTTCAACTCTGATATATCTTTGTGAAGACGAAGTTCACCAGCAGATTGCTTCTTAACAGA
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CAACCCAATCATTGCTCCTACTTCTGTCCTCTCTTATAAGAAAACTCGCACGACAGAAGA
TGGTAATTTCGTTGCAGAACACGAGATCGGAACAGATTAACGACTGAATCAAAGCTCGCC
GATTCTTGTCCCCGGAAGCTAAACGACGAAGTAATGACACACAATCCC

QA 3 830 3 830
DS 



CO CL3Contig4 829 2 4 U
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CAGAGGGAGAATCGTCGGCGATCTTGAGCTCTCTAAAAAAGCAATGATTGGGTTGTTTAA
AGTAAAGGAGAAGCAAAGAGAACAAGCTCAGAATGCTAGCAGAGGCGGAGGAGCTTCTGT
CAAGAAGCAATCTGCTGGTGAACTTCGTCTTCACAAAGATATATCAGAGTTGAATCTTCC
AAGCTCGTGTACGATATCATTTCCTAATGGCAAAGATGATTTGATGAACTTTGAAGTCTC
CATTAAACCTGATGATGGTTACTACCACAATGGTACATTTGTTTTCACGTTCCAAGTGTC
TCCTGTGTATCCTCACGAAGCTCCTAAAGTTAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAA
TATCGATTTGGAAGGAAACGTCTGCCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCT
TAACATCAACACTGTTATCTATGGACTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGA
TCCTTTGAACCATGACTCAGCACAAGTTTTAAGGGATAACCCAAAGCTGTTTGAGACCAA
TGTCCGTAGAGCCATGACTGGTGGCTATGTTGGTCAGACCTTTTTCCCGCGCTGCATCTA
ACAAAAGCTCTGGTTCCTTCTTCTTAAAGCAAAAAGATAAGAACTGGAACTACCCCACCC
TTTATCCGCCCTTGTATCTCTTATTCTCAGAGGACACACTTGCTTGTTTGTTTGCTTCTG
TAATATCACATTCTGCTTAAGCTCTGAGAGTTCGACAAAGGAATTGTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ09TF U 1
AF RR1FJ09JQ C 1
BS 1 694 RR1FJ09TF
BS 695 695 RR1FJ09JQ
BS 696 750 RR1FJ09TF
BS 751 829 RR1FJ09JQ

RD RR1FJ09TF 750 0 0
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QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1FJ09JQ 829 0 0
TCAAATTCAACATTCTCTCTCGTGTTTAGCTTCCGAGAACGAGAATCCGGTGGGAGAGAT
CAGAGGGAGAATCGTCGGCGATCTTGAGCTCTCTAAAAAAGCAATGATTGGGTTGTTTAA
AGTAAAGGAGAAGCAAAGAGAACAAGCTCAGAATGCTAGCAGAGGCGGAGGAGCTTCTGT
CAAGAAGCAATCTGCTGGTGAACTTCGTCTTCACAAAGATATATCAGAGTTGAATCTTCC
AAGCTCGTGTACGATATCATTTCCTAATGGCAAAGATGATTTGATGAACTTTGAAGTCTC
CATTAAACCTGATGATGGTTACTACCACAATGGTACATTTGTTTTCACGTTCCAAGTGTC
TCCTGTGTATCCTCACGAAGCTCCTAAAGTTAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAA
TATCGATTTGGAAGGAAACGTCTGCCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCT
TAACATCAACACTGTTATCTATGGACTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGA
TCCTTTGAACCATGACTCAGCACAAGTTTTAAGGGATAACCCAAAGCTGTTTGAGACCAA
TGTCCGTAGAGCCATGACTGGTGGCTATGTTGGTCAGACCTTTTTCCCGCGCTGCATCTA
ACAAAAGCTCTGGTTCCTTCTTCTTAAAGCAAAAAGATAAGAACTGGAACTACCCCACCC
TTTATCCGCCCTTGTATCTCTTATTCTCAGAGGACACACTTGCTTGTTTGTTTGCTTCTG
TAATATCACATTCTGCTTAAGCTCTGAGAGTTCGACAAAGGAATTGTAT

QA 1 829 1 829
DS 



AS 2 24

CO CL4Contig1 1329 18 16 U
CTTTTCTTTGCTGATTCCTCTCAATGAAATTTGCCATGTTGCACTAAGTTACTTACGGAT
GTATGCATGCAGTCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGA
AAAGGTATAAATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCG
GGTTTTAAATTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAA
ATCATCCCAAGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAG
ATGAGAAATTCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAA
AAAAA*GAAAATGGTAGAGAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCGTAATATCTAAC
AAGTCGAGTCTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAAC
CAGTCCATGACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAA
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ATCGATCTGTCTTAAAGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAGCAATCGCGCTTAAAGTATA
AATGAAAGGAGTAAAACAAAGTGTCGCTTCGGGAAACATGGGTATTGAAAATCTTAAAAA
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TAATATTTGTAAATCGGTGGTTCCTGTTTGGAAAAGAATCAACAGAATAGCTAATAGCAT
AAAAAGAGATCCAAGTAAAGTATAAAGGAAAAACTGATATGCTGCCTTGATCTTTCTTTG
TCTCGAACCCCATACTCCTATAATAATGAACATAGGGATTAGCACGCTTTCGAAAAAAAC
ATAGAATAGTAGAAGATCCAGCATACAGAACACGGCGATCATTAGAAATTCACAAATTAA
AAATGCTATAATATACTCTTTCCCATAACTTCTCATACCAGACCAACCCACTAAAATGCA
AATAGGGATCAGAAATGTGGTCAATATCACGAAGAATAAAGAGATACCGTCTATACCCAA
ATAAAAATTGATGTTTTCATAAGGAAGCCATCGAAGGCTTTCCACAAATTGAAATTTGGC
CGTAGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 65 65 65 70 70 70 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
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70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AK62JQ U 10
AF RR1AK62TF C 10
AF RR1DZ16JQ U 10
AF RR1EK63JQ U 10
AF RR1EV53JQ U 13
AF RR1DZ16TF C 10
AF RR1E469JQ U 10
AF RR1AX85JQ U 1
AF RR1EV53TF C 14
AF RR1C432JQ U 10
AF RR1FI91JQ U 10
AF RR1B472JQ U 6
AF RR1B986JQ U 10
AF RR1FI91TF C 149
AF RR1EK63TF C 241
AF RR1E469TF C 297
AF RR1AX85TF C 841
AF RR1B986TF C 522
BS 1 261 RR1AX85JQ
BS 262 262 RR1B472JQ
BS 263 288 RR1AX85JQ
BS 289 289 RR1B472JQ
BS 290 314 RR1AX85JQ
BS 315 315 RR1B472JQ
BS 316 443 RR1AX85JQ
BS 444 444 RR1B472JQ
BS 445 679 RR1AX85JQ
BS 680 808 RR1B472JQ
BS 809 902 RR1FI91TF
BS 903 926 RR1EK63TF
BS 927 1035 RR1E469TF
BS 1036 1104 RR1B986TF
BS 1105 1105 RR1AX85TF
BS 1106 1329 RR1B986TF

RD RR1AK62JQ 450 0 0
GCTGATTCCTCTCAATGAAATTTGCCATGTTGCACTAAGTTACTTACGGATGTATGCATG
CAGTCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGAAAAGGTATA
AATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAA
TTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCA
AGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAGAAAT
TCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAAAAGAA
AATGGTAGAGAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCGTAATATCTAACAAGTCGAGT
CTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACAC
C

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR1AK62TF 450 0 0
GCTGATTCCTCTCAATGAAATTTGCCATGTTGCACTAAGTTACTTACGGATGTATGCATG
CAGTCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGAAAAGGTATA
AATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAA
TTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCA
AGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAGAAAT
TCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAAAAGAA
AATGGTAGAGAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCGTAATATCTAACAAGTCGAGT
CTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACAC
C

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR1DZ16JQ 547 0 0
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AATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAAAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAA
TTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCA
AGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAAAAAT
TCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAAA*GAA
AATGGTAGAAAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCGTAATATCTAACAAGTCGAGT
CTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAACCAGTCCATG
ACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAAT
AGTCACC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1EK63JQ 547 0 0
GCTGATTCCTCTCAATGAAATTTGCCATGTTGCACTAAGTTACTTACGGATGTATGCATG
CAGTCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGAAAAGGTATA
AATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAAAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAA
TTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCA
AGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAAAAAT
TCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAAA*GAA
AATGGTAAAGAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCATAATATCTAACAAGTCGAGT
CTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAAAAAAAGGGCTGAAGAAACCAG*CCATG
ACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAAT
AGTCACC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1EV53JQ 559 0 0
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TCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGAAAAGGTATAAAT
ATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAATTT
CCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCAAGC
GCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAGAAATTCC
CCAATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAAA*GAAAAT
GGTAGAAAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCATAATATCTAACAAGTCGAGTCTT
ATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAACCAGTCCATGACT
TAACATCAGTAGAATACTATCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAATAGT
CACCAGATTCATATGGGCT

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1DZ16TF 640 0 0
GCTGATTCCTCTCAATGAAATTTGCCATGTTGCACTAAGTTACTTACGGATGTATGCATG
CAGTCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGAAAAGGTATA
AATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAA
TTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCA
AGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAGAAAT
TCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAAA*GAA
AATGGTAGAGAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCGTAATATCTAACAAGTCGAGT
CTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAACCAGTCCATG
ACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAAT
AGTCACCAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGTAAGCAATGATCTTCTTTAGATCGATCTG
TCTTAAAGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAGCAATCGC
C

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1E469JQ 593 0 0
GCTGATTCCTCTCAATGAAATTTGCCATGTTGCACTAAGTTACTTACGGATGTATGCATG
CAATCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGAAAAGGTATA
AATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAAAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAA
TTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCA
AGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAGGCTCCTACTAAAATGAAAAAT
TCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAAA*AAA
AATGGTAAAAAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCGTAATATCTAACAAGTCGAGT
CTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAAAAAAAGGGCTGAAAAAACCAGTCCATG
ACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAAT
AGTCACCAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGTAAGCAATGATCTTCTTTAGAT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1AX85JQ 679 0 0
CTTTTCTTTGCTGATTCCTCTCAATGAAATTTGCCATGTTGCACTAAGTTACTTACGGAT
GTATGCATGCAGTCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGA
AAAGGTATAAATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCG
GGTTTTAAATTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAA
ATCATCCCAAGCGCTGCTAAT*TGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAACTCCTACTAAG
ATGAGAAATTCCCCAATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAA
AAAAA*GAAAATGGTAGAGAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCGTAATATCTAAC
AAGTCGAGTCTTATGTCGGTCATGTAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAAC
CAGTCCATGACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAA
CATACCAATAGTCACCAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGTAAGCAATGATCTTCTTTAG
ATCGATCTGTCTTAAAGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAGCAATCGCGCTTAAAGTATA
AATGAAAGGAGTAAAACAA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1EV53TF 707 0 0
GA
TCCTCTCAATGAAATTTGCCATGT*GCACTAAGTTACTTACGGATGTATGCATGCAGTCC
AGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGAAAAGGTATAAATATG
AAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAATTTCCA
GAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCAAGCGCT
GCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAGAAATTCCCCA
ATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAAA*GAAAATGGT
AGAAAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCATAATATCTAACAAGTCGAGTCTTATG
TCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAACCAGTCCATGACTTAA
CATCAGTAGAATACTATCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAATAGTCAC
CAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGTAAGCAATGATCTTCTTTAGATCGATCTGTCTTAA
AGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAGCAATCGCGCTTAAAGTATAAATGAAAGGAGTAAA
ACAAAGTGTCGCTTCGGGAAACATGGGTATTGAAAATCTTAAAAA

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR1C432JQ 753 0 0
GCTGATTCCTCTCAATGAAATTTGCCATGTTGCACTAAGTTACTTACGGATGTATGCATG
CAGTCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGAAAAGGTATA
AATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAA
TTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCA
AGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAGAAAT
TCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAA**GAA
AATGGTAGAAAAATTCGGCATAGTGCTCACTAAACCTCCATAATATCTAACAAGTAGAGT
CCTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAACCAGTCCATG
ACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAAT
AGTCACCAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGTAAGCAATGATCTTCTTTAGATCGATCTG
TCTTAAAGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAGCAATCGCGCTTAAAGTATAAATGAAAGG
AGTAAAACAAAGTGTCGCTTCGGGAAACATGGGTATTGAAAATCTTAAAAACCCGTAGGT
TCCAAATTTTAAAAGAATTCCTGCCAAGATGAC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1FI91JQ 748 0 0
GCTGATTCCTCTCAATGAAATTTGCTATGTTGCACTAAGTTACTTACGGATGTATGCATG
CAGTCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAGCAAGAAAAGGTATA
AATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAAAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAA
TTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCA
AGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAGAAAT
TCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAA**GAA
AATGGTAGAAAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCATAATATCTAACAAGTCGAGT
CTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAACCAGTCCATG
ACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAAT
AGTCACCAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGTAAGCAATGATCTTCTTTAAATCGATCTG
TCTTAAAGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAGCAATCGCGCTTAAAGTATAAATGAAAGG
AGTAAAACAAAGTGTCGCTTCGGGAAACATGGGTATTGAAAATCTTAAAAACCCGTAGGT
TCCAAATTTTAAAAGAATTCCTGCCAAG

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1B472JQ 803 0 0
CTTT
GCTGATTCCTCTAAATGAAATTTGCCATGTTGCACTAAGTTCCTTACGGATGTATGCATG
CAGTCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGAAAAGGTATA
AATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAA
TTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCA
AGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAGGCTCCTACTAAGATGAGAAAT
TCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAA**GAA
AATGGTAGAGAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCGTAATATCTAACAAGTCGAGT
CTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAACCAGTCCATG
ACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAAT
AGTCACCAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGTAAGCAATGATCTTCTTTAGATCGATCTG
TCTTAAAGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAGCAATCGCGCTTAAAGTATAAATGAAAGG
AGTAAAACAAAGTGTCGCTTCGGGAAACATGGGTATTGAAAATCTTAAAAACCCGTAGGT
TCCAAATTTTAAAAGAATTCCTGCCAAGATGACGGATCCTGCCGTAGGTGCCTCTACATG
AGCTTCGGGTAACCAAATA

QA 5 803 5 803
DS 

RD RR1B986JQ 799 0 0
GCTGATTCCTCTCAATGAAATTTGCCATGTTGCACTAAGTTACTTACGGATGTATGCATG
CAGCCCAGGAACACTTTGGGGTAAACACCCATCCAAACGACTCCAACAAGAAAAGGTATA
AATATGAAAACTTCTCTGCCATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAA
TTTCCAGAAACCACACGATTATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCACCTAAAATCATCCCA
AGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAGAAAT
TCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAAA*GAA
AATGGTAGAGAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCGTAATATCTAACAAGTCGAGT
CTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAACCAGTCCATG
ACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAAT
AGTCACCAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGTAAGAAATGATCTTCTTTAGATCGATCTG
TCTTAAAGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAGCAATCGCGCTTAAAGTATAAATGAAAGG
AGTAAAACAAAGTGTCGCTTCGGGAAACATGGGTATTGAAAATCTTAAAAACCCGTAGGT
TCCAAATTTTAAAAGAATTCCTGCCAAGATGACGGATCCTGCCGTAG*TGCCTCTACATG
AGCTTCGGGTAACCAAATA

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1FI91TF 756 0 0
CATTTAAATCGGAGAATTTATGGAGGAAATCGGGTTTTAAATTTCCAGAAACCACACGAT
TATATAGCCAAAGGGAATAGGCCGCAC*TAAAATCATCCCAAGCGCTGCTAATGTGGCTA
CTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTCCTACTAAGATGAGAAATTCCCCGATAAAGCTGCTAG
TACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAAAAAA**GAAAATGGTAGAAAAATTCGGC
ATGGTGCTCACTAAACCTCCATAATATCTAACAAGTCGAGTCTTATGTCGGTCATATAGA
ACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAACCAGTCCATGACTTAACATCAGTAGAATA
CTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAATAGTCACCAGATTCATATGG
GCTACTGAGGAGTAAGCAATGATCTTCTTTAAATCGATCTGTCTTAAAGTGGTCAAGGAA
GTATATATTATAGCAATCGCGCTTAAAGTATAAATGAAAGGAGTAAAACAAAGTGTCGCT
TCGGGAAACATGGGTATTGAAAATCTTAAAAACCCGTAGGTTCCAAATTTTAAAAGAATT
CCTGCCAAGATGACGGATCCTGCCGTAGGTGCCTCTACATGAGCTTCGGGTAACCAAATA
TGAACTGGTACCATAGGCACTTTGACGGCGAAAGAGGCGAAAAAAGCAATCCATAGAAAG
ATTTGGCGCCGCTCACTAAATTCTGTGGTTAATA
CC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1EK63TF 687 0 0
ATCATCCCAAGCGCTGCTAATGTGGCTACTAAGCTATTTCTTTGGAAAGCTC*TACTAAG
ATGAGAAATTCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGTAAAA
AAAAA*GAAAATGGTAGAGAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCATAATATCTAAC
AAGTCGAGTCTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAGAAAC
CAG*CCATGACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGACTAAA
CATACCAATAGTCACCAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGTAAGCAATGATCTTCTTTAG
ATCGATCTGTCTTAAAGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAGCAATCGCGCTTAAAGTATA
AATGAAAGGAGTAAAACAAAGTGTCGCTTCGGGAAACATGGGTATTGAAAATCTTAAAAA
CCCGTAGGTTCCAAATTTTAAAAGAATTCCTGCCAAGATGACGGATCCTGCCGTAGGTGC
CTCTACATGAGCTTCGGGTAACCAAATATGAACTGGTACCATAGGCACTTTGACGGCGAA
AGAGGCGAAAAAAGCAATCCATAGAAAGATTTGGCGCCGCTCACTAAATTCTGTGGTTAA
TAATATTTGTAAATCGGTGGTTCCTG
C

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1E469TF 740 0 0
TAAGATGAGAAATTCCCCGATAAAGCTGCTAGTACCAGGTAAACTCATATTGGCCAAAGT
AAAAAAAA**GAAAATGGTAGAGAAATTCGGCATGGTGCTCACTAAACCTCCGTAATATC
TAACAAGTCGAGTCTTATGTCGGTCATATAGAACACCAACACATAGAAAAAGGGCTGAAG
AAACCAGTCCATGACTTAACATCAGTAGAATACTACCTCCAATTCCCTGTATGTTCAGAC
TAAACATACCAATAGTCACCAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGTAAGCAATGATCTTCT
TTAGATCGATCTGTCTTAAAGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAGCAATCGCGCTTAAAG
TATAAATGAAAGGAGTAAAACAAAGTGTCGCTTCGGGAAACATGGGTATTGAAAATCTTA
AAAACCCGTAGGTTCCAAATTTTAAAAGAATTCCTGCCAAGATGACGGATCCTGCCGTAG
GTGCCTCTACATGAGCTTCGGGTAACCAAATATGAACTGGTACCATAGGCACTTTGACGG
CGAAAGAGGCGAAAAAAGCAATCCATAGAAAGATTTGGCGCCGCTCACTAAATTCTGTGG
TTAATAATATTTGTAAATCGGTGGTTCCTGTTTGGAAAAGAATCAACAGAATAGCTAATA
GCATAAAAAGAGATCCAAGTAAAGTATAAAGGAAAAACTGATATGCTGCCTTGATCTTTC
TTTGTCTCGAACCCCATAC
C

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1AX85TF 415 0 0
AGAGGCGAAAAAAGCAATCCATAGAAAGATTTGGCGCCGCTCACTAAATTCTGTGGTTAA
TAATATTTGTAAATCGGTGGTTCCTGTTTGGAAAAGAATCAACAGAATAGCTAATAGCAT
AAAAAGAGATCCAAGTAAAGTATAAAGGAAAAACTGATATGCTGCCTTGATCTTTCTTTG
TCTCGAACCCCATACTCCTATAATAATGAACATAGGGATTAGCACGCTTTCGAAAAAAAC
ATAGAATAGTAGAAGATCCAGCATACAGAACACGGCGATCATTAGAAATTCACAAATTAA
AAATGCTATAATATACTCTTTCCCATAACTTCTCATACCAGACCAACCCACTAAAATGCA
AATAGGGATCAGAAATGTGGTCAATATCACGAAGAATAAAGAGATACCGTCTAT
C

QA 1 414 1 414
DS 

RD RR1B986TF 808 0 0
CCTGTATGTTCAGACTAAACATACCAATAGTCACCAGATTCATATGGGCTACTGAGGAGT
AAGAAATGATCTTCTTTAGATCGATCTGTCTTAAAGTGGTCAAGGAAGTATATATTATAG
CAATCGCGCTTAAAGTATAAATGAAAGGAGTAAAACAAAGTGTCGCTTCGGGAAACATGG
GTATTGAAAATCTTAAAAACCCGTAGGTTCCAAATTTTAAAAGAATTCCTGCCAAGATGA
CGGATCCTGCCGTAGGTGCCTCTACATGAGCTTCGGGTAACCAAATATGAACTGGTACCA
TAGGCACTTTGACGGCGAAAGAGGCGAAAAAAGCAATCCATAGAAAGATTTGGCGCCGCT
CACTAAATTCTGTGGTTAATAATATTTGTAAATCGGTGGTTCCTGTTTGGAAAAGAATCA
ACAGAATAGCTAATAGCATAAAAAGAGATCCAAGTAAAGTATAAAGGAAAAACTGATATG
CTGCCTTGATCTTTCTTTGTCTCGAACCCCATACTCCTATAATAATGAACATAGGGATTA
GCACGCTTTCGAAAAAAACATAGAATAGTAGAAGATCCAGCATGCAGAACACGGCGATCA
TTAGAAATTCACAAATTAAAAATGCTATAATATACTCTTTCCCATAACTTCTCATACCAG
ACCAACCCACTAAAATGCAAATAGGGATCAGAAATGTGGTCAATATCACGAAGAATAAAG
AGATACCGTCTATACCCAAATAAAAATTGATGTTTTCATAAGGAAGCCATCGAAGGCTTT
CCACAAATTGAAATTTGGCCGTAGAAGC

QA 1 808 1 808
DS 



CO CL4Contig2 1108 6 17 U
GTAGAAAGAATATAAATAAAGGCGCATACACGGGAAGGGGGCACCACTACTTCCAGGGGG
AGACTAGCCTCATTACTTCTTAGTGGGCGAGAGGCGCGCCTAACCCACCTACCCACTCAT
AAATCACGGTGTTCAGCTGACTTGAACTGATAGACCCCTATTGTATTGGAATTTAGCGCC
CATCTTTTGACTGTTGTCAACGAATCTCTTCAATGTTCGATTCTACTCTATGTTAGAACA
TTTCTGTGAATGCTATTTTAATCTAAGTGGTCTTATTCTGTGTCCTGTGCTAGGAAGCAT
TATTCTTCTTTTCATTCCAAATTCAAGAATACGACTGATACGATTAATTGGTTTGTGTGC
CTCTCTTATTACTTTTTTGTATTCTCTTGTTCTTTGGATACAATTCGACTCTTCTACGGC
CAAATTTCAATTTGTGGAAAGCCTTCGATGGCTTCCTTATGAAAACATCAATTTTTATTT
GGGTATAGACGGTATCTCTTTATTCTTCGTGATATTGACCACATTTCTGATCCCTATTTG
CATTTTAGTGGGTTGGTCTGGTATGAGAAGTTATGGGAAAGAGTATATTATAGCATTTTT
AATTTGTGAATTTCTAATGATCGCCGTGTTCTGCATGCTGGATCTTCTACTATTCTATGT
TTTTTTCGAAAGCGTGCTAATCCCTATGTTGTGCGGAGCGGAGTATCTTATATTCGCTGG
GAGAAAGCTTTTCCTCTGCAGGGGCCTTGTGCAGTAAACCCCCTACGGGCGGTCGTCCGT
CGTCGTAAAGTAGTCCCCGCGAAGCTTTCGGGAAGAGGGGTAGTCTTGTGTGTAAGCATA
GCATTTCTGGTCGAACCCGCCCAATCCAACTAAGAAGAACCGAACCTGACAAACACATCT
TTTTCCTTTTGGGAGGGTACTCCGAGTAGTGGGTACCTCGTAGGACCTCGACCCGCCTAC
TCGGGTCTTGTATGGATATGCAGGAAGGGGTGCTCCTAGGTGTGTGTAGGGGTTGTGTTT
GTTCGCGAGAATGGATTCCTCGTCAAGTCTGTTTGGGGGGTGTGGACACACTTGCGCGAA
TTCAGGTAACGGCTACAAGGGAGAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D779TF U 7
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G
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CTTTTCATTTCAAATTCAAGAATACGACTGATACGATTAATTGGTTTGTGTGCCTCTCTT
ATTACTTTTTTGTATTCTCTTGTTCTTTGGATACAATTCGACTCTTCTACGGCCAAATTT
CAATTTGTGGAAAGCCTTCGATGGCTTCCTTATGAAAACATCAATTTTTATTTGGGTATA
GACGGTATCTCTTTATTCTTCGTGATAGTGACCACATTTCTGATCCCTATTTGCATTTTA
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GAATTTCTAATGATCGCCGTGTTCTGCAT

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DS 

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AAATCACGGTGTTCAGCTGACTTGAACTGATAGACCCCTATTGTATTGGAATTTAGCGCC
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TATTCTTCTTTTCATTCCAAATTCAAGAATACGACTGATACGATTAATTGGTTTGTGTGC
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AATTTGTGAATTTCTAATGATCGCCGTGTTCTGCATGCTAGATCTTCTACTATTCTATGT
TTTTT*CGAAAGCGTGCTAATCCCTATGTTGTGCGGAGCGGAGTATCTTATATTCGCTGG
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G
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TAGTGGGTACCTC

QA 2 614 2 614
DS 

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CAAGAATACGACTGATACGATTAATTGGTTTGTGTGCCTCTCTTATTACTTTTTTGTATT
CTCTTGTTCTTTGGATACAATTCGACTCTTCTACGGCCAAATTTCAATTTGTGGAAAGCC
TTCGATGGCTTCCTTATGAAAACATCAATTTTTATTTGGGTATAGACGGTATCTCTTTAT
TCTTCGTGATATTGACCACATTTCTGATCCCTATTTTCATTTTAGTGGGTTGGTCTGGTA
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CTATGTTGTGCGGAGCGGAGTATCTTATATTCGCTGGGAGAAAGCTTTTCCTCTGCAGGG
GCCTTGTGCAGTAAACCCCCTACGGGCGGTCGTCCGTCGTCGTAAAGTAGTCCCCGCGAA
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ATCCAACTAAGAAGAACCGAACCTGACAAACACATCTTTTTCCTTTTGGGAGGGTACTCC
GAGTAGTGGGTACCTCGTAG*ACCTCGACCCGCCTACTCGGGTCTTGTATGG

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DS 

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TCTTGTTCTTTGGATACAATTCGACTCTTCTACGGCCAAATTTCAATTTGTGGAAAGCCT
TCGATGGCTTCCTTATGAAAACATCAATTTTTATTTGGGTATAGACGGTATCTCTTTATT
CTTCGTGATATTGACCACATTTCTGATCCCTATTTGCATTTTAGTGGGTTGGTCTGGTAT
GAGAAGTTATGGGAAAGAGTATATTATAGCATTTTTAATTTGTGAATTTCTAATGATCGC
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TATGTTGTGCGGAGCGGAGTATCTTATATTCGCTGGGAGAAAGCTTTTCCTCTGCAGGGG
CCTTGTGCAGTAAACCCCCTACGGGCGGTCGTCCGTCGTCGTAAAGTAGTCCCCGCGAAG
CTTTCGGGAAGAGGGGTAGTCTTGTGTGTAAGCATAGCATTTCTGGTCGAACCCGCCCAA
TCCAACTAAGAAGAACCGAACCTGACAAACACATCTTTTTCCTTTTGGGAGGGTACTCCG
AGTAGTGGGTACCTCGTAGGACCTCGACCCGCCTACTCGGGTCTTGTATGGATATGCAGG
AAGGGGTGCTCCTAGGTGTGTGTAGGGGTTGTGTTTGTTCGCGAGAATGGATTCCTCGTC
AAGTCTGTTTGGGGGGTGTGGACACACTTGCGCGAATTCAGGTAACGGCTACAAGGGAGA
AATC

QA 1 784 1 784
DS 

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AGAAGTTATGGGAAAGAGTATATTATAGCATTTTTAATTTGTGAATTTCTAATGATCGCC
GTGTTCTGCATGCTGGATCTTCTACTATTCTATGTTTTTTTCGAAAGCGTGCTAATCCCT
ATGTTGTGCGGAGCGGAGTATTTTATATTCGCTGGGAGAAAGCTTTTCCTCTGCAGGGGC
CTTGTGCAGTAAACCCCCTACGGGCGGTCGTCCGTCGTCGTAAAGTAGTCCCCGCGAAGC
TTTCGGGAAGAGGGGTAGTCTTGTGTGTAAGCATAGCATTTCTGGTCGAACCCGCCCAAT
CCAACTAAGAAGAACCGAACCTGACAAACACATCTTTTTCCTTTTGGGAGGGTACTCCGA
GTAGTGGGTACCTCGTAGGACCTCGACCCGCCTACTCGGGTCTTGTATGGATATGCAGGA
AGGGGTGCTCCTAGGTGTGTGTAGGGGTTGTGTTTGTTCGCGAGAATGGATTCCTCGTCA
AGTCTGTTTGGGGGGTGTGGACACACTTGCGCGAATTCAGGTAACGGCTACAAGGG

QA 1 596 1 596
DS 



AS 2 23

CO CL5Contig1 997 8 5 U
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CGGATCGAGATGTATGGATCCACGGATCTATGTGTCTATATAGATCCTGTTCATGGATTA
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TATGGCATCGCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTTAATTTGAAAGCCAT
ATTTCGACCCGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATGGCAAGTGCTTTTCC
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AATGTGATATCTCACACCGGGTAAATCCTTAACCCTTCCCCCTCTTACTAAGACTACAGA
ATGTTCTTGTAAATTATGGCCAATACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCCGAGGT
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ATTTCGGATTGGCTGTCTTGTATTTCTAATAAGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED85JQ U 61
AF RR1DU47JQ U 47
AF RR1EK44JQ U 10
AF RR1AA21JQ U 1
AF RR1B930JQ U 47
AF RR1B930TF C 49
AF RR1C352JQ U 47
AF RR1C352TF C 245
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BS 752 856 RR1C352JQ
BS 857 997 RR1C352TF

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TATGGCATCGCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAACTCGGAACTTAATTTGAAAGCCAT
ATTTCGACCCGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATGGCAAGTGCTTTTCC
TTGCGTGGATCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCTACACGTCTTGCTTT
TACT
C

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DS 

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TCTTCCTTTTTGCGTATGGCATCGCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTT
AATTTGAAAGCCATATTTCGACCCGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATG
GCAAGTGCTTTTCCTTGCGTGGATCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCT
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GATAGTGGATTTGTTTCTGTCTTTTGTTGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGA
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AGCGTGAAAAGGGGTTCAAGAATCTGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTT
GGCTTTTTGACCCCATATTTAGAACGCCCTTGTTG

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DS 

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GCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTTAATTTGAAAGCCATATTTCGACC
CGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATGGCAAGTGCTTTTCCTTGCGTGGA
TCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCTACACGTCTTGCTTTTACTGCTAT
ATCGGGAGTTACTCCACGTATTGCTTGACGTAAAACAGATAGTGGATTTGTTTCTGTCTT
TTGTTGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGATAAGCCAATGATTTTTTTCCGTG
TTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGATTACGATAAATTGGATCGGATTT
TGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAA*GGGGTTCAAGAAT
CTGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCCCATATT
GTAGGGT

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DS 

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CGGATCGAGATGTATGGATCCACGGATCTATGTGTCTATATAGATCCTGTTCATGGATTA
ACGAAAATGTGCAAACGCTCTATTTGCCTCTGCCATTCTATGAGTCTCTTCCTTTTTGCG
TATGGCATCGCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTTAATTTGAAAGCCAT
ATTTCGACCCGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATGGCAAGTGCTTTTCC
TTGCGTGGATCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCTACACGTCTTGCTTT
TACTGCTATATCGGGAGTTACTCCACGTATTGCTTGACGTAAAACAGATAGTGGATTTGT
TTCTGTCTTTTGTTGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGATAAGCCAATGATTT
TTTTCCGTGTTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGATTACGATAAATTGG
ATCGGATTTTGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAA*GGGG
TTCAAGGATCTGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCCC
ATATTTAGAACGCCCTTGTTGACGATCCTTTACTCCGACAGCATCTAGGGTTCCTCGAAC
AATGTGATATCTCACACCGGGTAAATCCTTA

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DS 

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CTGTTCATGGATTAACGAAAATGTGCAAACGCTCTATTTGCCTCTGCCATTCTATGAGTC
TCTTCCTTTTTGCGTATGGCATCCCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTT
AATTTGAAAGCCATATTTCGACCCGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATG
GCAAGTGATTTTCCTTGCGTGGATCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCT
ACACGTCTTGCTTTTACTGCTATATCGGGAGTTACTCCACGTATTGCTTGACGTAAAACA
GATAGTGGATTTGTTTCTGTCTTTTGTTGAACCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGA
TAAGCCAATGATTTTTTTCCGTGTTTCAAAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGA
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GGCTTTTTGACCCCATATTTAGAACGCCCTTGTTGACGATCCTTTACCCCGACAGCATCT
AGGGTTCCTCGAACAATGTGATATCTCACACCGGGTAAATCC
C

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DS 

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GTTCATGGATTAACGAAAATGTGCAAACGCTCTATTTGCCTCTGCCATTCTATGAGTCTC
TTCCTTTTTGCGTATGGCATCGCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTTAA
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CTTTTTGACCCCATATTTAGAACGCCCTTGTTGACGATCCTTTACCCCGACAGCATCTAG
GGTTCCTCGAACAATGTGATATCTCACACCGGGTAAATCC
C

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1C352JQ 816 0 0
CTATTGATTCTTTTCGGATCGAGATGTATGGATCCACGGATCTATGTGTCTATATAGATC
CTGTTCATGGATTAACGAAAATGTGCAAACGCTCTATTTGCCTCTGCCATTCTATGAGTC
TCTTCCTTTTTGCGTATGGCATCGCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTT
AATTTGAAAGCCATATTTCGACCCGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATG
GCAAGTGCTTTTCCTTGCGTGGATCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCT
ACACGTCTTGCTTTTACTGCTATATCGGGAGTTACTCCACGTATTGCTTGACGTAAAACA
GATAGTGGATTTGTTTCTGTCTTTTGTTGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGA
TAAGCCAATGATTTTTTTCCGTGTTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGA
TTACGATAAATTGGATCGGATTTTGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATG
AGCGTGAAA*GGGGTTCAAGAATCTGTTTCCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTT
GGCTTTTTGACCCCATATTTAGAACGACCTTGTTGACGATCCTTTACTCCGACAGCATCT
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TCAAATCCCGAGGTTAATCGTACTCTGGCA
CTTTAC

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DS 

RD RR1C352TF 753 0 0
TCGA
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ATC*TATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCTACACGTCTTGCTTTTACTGCTA
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TTTGTTGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGATAAGCCAATGATTTTTTTCCGT
GTTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGATTACGATAAATTGGATCGGATT
TTGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAA*GGGGTTCAAGAA
TCTGTTTCCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCCCATATTTAG
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TACATGTTCCTCGTCGCTGAGGGCATCCCCGAAGCGCTGGGGATTTCGTGACATTTCGGA
TTGGCTGTCTTGTATTTCTAATAAGTTGC

QA 5 753 5 753
DS 



CO CL5Contig2 1738 15 9 U
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AGGCAAAGATTTCACTCCGCGAAAAAGATGATTCATTCGGATCAACATGAAAGCCCAACT
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TACATTTTGTCTCTGTGGACCGAGAAGAAAGGACTCACTGCGCCAAGATCACTAACTAAT
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CTAGATATCCCTTCAACACAACACAACATAGGTCGTCGAAAGGATCTCGGAGACCCGCCA
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AACATTCTGTAGTCTTAGTAAGAGGGGGAAGGGTTAAGGATTTACCCGGTGTGAGATATC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 30 20 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX85TF U 1
AF RR1DU48JQ C 443
AF RR1DU48TF U 443
AF RR1CA68JQ C 443
AF RR1CA68TF U 443
AF RR1GS21TF U 331
AF RR1GX85JQ C 203
AF RR1H376JQ C 393
AF RR1H376TF U 340
AF RR1GS21JQ C 331
AF RR1H823TF U 624
AF RR1EW89TF U 443
AF RR1A184TF U 656
AF RR1AA21TF U 773
AF RR1A184JQ C 995
BS 1 712 RR1GX85TF
BS 713 728 RR1H376TF
BS 729 729 RR1H823TF
BS 730 865 RR1H376TF
BS 866 1267 RR1A184TF
BS 1268 1640 RR1AA21TF
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BS 1642 1648 RR1AA21TF
BS 1649 1738 RR1A184JQ

RD RR1GX85TF 712 0 0
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AGGCAAAGATTTCACTCCGCGAAAAAGATGATTCATTCGGATCAACATGAAAGCCCAACT
ACATTGCATTGCCAGAATTCATGTTATATATTGAAAAGAGGTTGACCTCCTTGCTTCTAT
GGTACAATCCTCTTCCCGCTGAGCCTCCTTTCTTCCGTGATTAACTGTTGGCACCAGTCC
TACATTTTGTCTCTGTGGACCGAGAAGAAAGGACTCACTGCGCCAAGATCACTAACTAAT
ACTAATCTAATAGAATAGAAAATCCTAATATAATAGAAAAGAACTGTCTTTTCTGTATAC
TTATGTATACTTTCCCCGGTTCCGTTGCTACTGCGGGCTTTACGCAATCGATCGGATCAT
CTAGATATCCCTTCAACACAACACAACATAGGTCGTCGAAAGGATCTCGGAGACCCGCCA
AAGCACGAAAGCCAGGATCTTTCAGAAAATGAATTCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCA
TGGATAAGCTCACACTAACCCGTCAATTTGGGATCCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGAT
ATTGGTAAGGAATTGGAATGTAATAATATCGATTCATAATGGATTCATATCGATACAGAA
GAAAAGGTTCTCTATCGATTCAACAAGTGCTGTACTTATGGGAAAGCGATAG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1DU48JQ 272 0 0
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CA*AAAATGAATTCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCG
TCAATTTGGGATCCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTA
ATAATATCGATTCATAATGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCA
ACAAGTGCTGTACTTATGGGAAAGCGATAGAG

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR1DU48TF 272 0 0
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CA*AAAATGAATTCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCG
TCAATTTGGGATCCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTA
ATAATATCGATTCATAATGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCA
ACAAGTGCTGTACTTATGGGAAAGCGATAGAG

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR1CA68JQ 272 0 0
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CAGAAAATGAATTCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCG
TCAATTTGGGATCCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTA
ATAATATCGATTCATAATGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCA
ACAAGTGCTGTACTTATGGGAAAGCGATAGAG

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR1CA68TF 272 0 0
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CAGAAAATGAATTCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCG
TCAATTTGGGATCCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTA
ATAATATCGATTCATAATGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCA
ACAAGTGCTGTACTTATGGGAAAGCGATAGAG

QA 1 272 1 272
DS 

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AGAAAAGAACTGTCTTTTCTGTATACTTATGTATACTTTCCCCGGTTCCGTTGCTACTGC
GGGCTTTACGCAATCGATCGGATCATCTAGATATCCCTTCAACACAACACAACATAGGTC
GTCGAAAGGATCTCGGAGACCCGCCAAAGCACGAAAGCCAGGATCTTTCAGAAAATGAAT
TCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCGTCAATTTGGGAT
CCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTAATAATATCGATT
CATAATGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCAACAAGTGCTGTA
CTTATGGGAAAGCGATAGAGAAAGAGAAAAAAAAAACGAAGATTTCACATAGTGATTTTT
TTTTTGATCAAAAA

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DS 

RD RR1GX85JQ 663 0 0
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AGAAGAAAGGACTCACTGCGCCAAGATCACTAACTAATACTAATCTAATAGAATAGAAAA
TCCTAATATAATAGAAAAGAACTGTCTTTTCTGTATACTTATGTATACTTTCCCCGGTTC
CGTTGCTACTGCGGGCTTTACGCAATCGATCGGATCATCTAGATATCCCTTCAACACAAC
ACAACATAGGTCGTCGAAAGGATTTCGGAGACCCGCCAAAGCACGAAAGCCAGGATCTTT
CAGAAAATGAATTCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCG
TCAATTTGGGATCCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTA
ATAATATCGATTCATAATGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCA
ACAAGTGCTGTACTTATGGGAAAGCGATAGAGAAAGAGAAAAAAAAAACGAAGATTTCAC
ATAGTGATTTTTTTTT*GATCAAAAAAAAATATGATTGAATTTATTTCGTACCCTTCGCT
CAATGAGAACATGGGTCAGATTCTATAGGATCAAACCTATGGGACTTAAGAATGATGGAA
GGG

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DS 

RD RR1H376JQ 473 0 0
GCGA
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CGAAAGGATCTCGGAGACCCGCCAAAGCACGAAAGCCAGGATCTTTCAGAAAATGAATTC
CTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCGTCAATTTGGGATCC
AATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTAATAATATCGATTCA
TAATGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTTTCTATCGATTCAACAAGTGCTGTACT
TATGGGAAAGCGATAGAGAAAGAGAAAAAAAA**CGAAGATTTCACATAGTGATTTTTTT
TT*GATCAAAAAAAAATATGATTGAATTTATTTCGTACCCTTCGCTCAATGAGAACATGG
GTCAGATTCTATAGGATCAAACCTATGGGACTTAAGAATGATGGAAGGG

QA 5 473 5 473
DS 

RD RR1H376TF 526 0 0
G
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TACGCAATCGATCGGATCATCTAGATATCCCTTCAACACAACACAACATAGGTCGTCGAA
AGGATCTCGGAGACCCGCCAAAGCACGAAAGCCAGGATCTTTCAGAAAATGAATTCCTAT
TCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCGTCAATTTGGGATCCAATT
CGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTAATAATATCGATTCATAAT
GGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCAACAAGTGCTGTACTTATG
GGAAAGCGATAGAGAAAGAGAAAAAAAA**CGAAGATTTCACATAGTGATTTTTTTTT*G
ATCAAAAAAAAATATGATTGAATTTATTTCGTACCCTTCGCTCAATGAGAACATGGGTCA
GATTCTATAGGATCAAACCTATGGGACTTAAGAATGATGGAAGGG

QA 2 526 2 526
DS 

RD RR1GS21JQ 535 0 0
AGGG
AGAAAAGAACTGTCTTTTCTGTATACTTATGTATACTTTCCCCGGTTCCGTTGCTACTGC
GGGCTTTACGCAATCGATCGGATCATCTAGATATCCCTTCAACACAACACAACATAGGTC
GTCGAAAGGATCTCGGAGACCCGCCAAAGCACGAAAGCCAGGATCTTTCAGAAAATGAAT
TCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCGTCAATTTGGGAT
CCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTAATAATATCGATT
CATAATGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCAACAAGTGCTGTA
CTTATGGGAAAGCGATAGAGAAAGAGAAAAAAAAAACGAAGATTTCACATAGTGATTTTT
TTTTTGATCAAAAAAAAATATGATTGAATTTATTTCGTACCCTTCGCTCAATGAGAACAT
GGGTCAGATTCTATAGGATCAAACCTATGGGACTTAAGAATGATGGAAGGG

QA 5 535 5 535
DS 

RD RR1H823TF 242 0 0
G
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AAGTGCTGTACTTATGGGAAAGCGATAGAGAAAGAGAAAAAAAAA*CGAAGATTTCACAT
AGTGATTTTTTTTTTGATCAAAAAAAA*TATGATTGAATTTATTTCGTACCCTTCGCTCA
ATGAGAACATGGGTCAGATTCTATAGGATCAAACCTATGGGACTTAAGAATGATGGAAGG
G

QA 2 242 2 242
DS 

RD RR1EW89TF 423 0 0
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CAGAAAATGAATTCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCG
TCAATTTGGGATCCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTA
ATAATATCGATTCATAATGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCA
ACAAGTGCTGTACTTATGGGAAAGCGATAGAGAAAGAGAAAAAAAA**CGAAGATTTCAC
ATAGTGATTTTTTTTT*GATCAAAAAAAAATATGATTGAATTTATTTCGTACCCTTCGCT
CAATGAGAACATGGGTCAGATTCTATAGGATCAAACCTATGGGACTTAAGAATGATGGAA
GGG

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR1A184TF 612 0 0
G
AGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCAACAAGTGCTGTACTTATGGGAAAGCGATAGAGAA
AGAGAAAAAAAAA*CGAAGATTTCACATAGTGATTTTTTTTT*GATCAAAAAAA**TATG
ATTGAATTTATTTCGTACCCTTCGCTCAATGAGAACATGGGTCAGATTCTATAGGATCAA
ACCTATGGGACTTAAGAATGATGGAAGGGAATAAAATAAAAAAAGAAATCAAATAAAGAA
AAGAGAGGGAAAATAAAGAAATAATAAGTAAATAAAAATGAAGTAGAAGAACCCAGATTC
CAAATGAACAAATTCAAACTTGAAAAAGTCTCTTTCTGATTCTCGAAGAATGAGGGGCAA
AGAGATTGATCGAGAAAGATCTCTTGTTCTTATTATAAGATCGTGTGATTGGACCCGCAG
ATGTTTGGTAAAAAGAATAATCTTATCCTTTGAGAATAATCAAAAATAGAAAGTGTTCGA
TTGGAACATGAAAACGTGACCGAGTTTATCCTAGTTACTCTTCGGGACGGAGTGGAAGAA
GGGAGGAGATTCGCGAACGAGGAAAGGGACCCAATGACTTCGAAAGAATTGAACGAGGAG
CCGTATGAGGT

QA 2 612 2 612
DS 

RD RR1AA21TF 876 0 0
G
ATGATTGAATTTATTTCGTACCCTTCGCTCAATGAGAACATGGGTCAGATTCTATAGGAT
CAAACCTATGGGACTTAAGAATGATGGAAGGGAATAAAATAAAAAAAGAAATCAAGTAAA
TAAAAGAGAGGGAAAATAAAGAAATAATAAGTAAATAAAAATGAAGTAGAAGAACCCAGA
TTCCAAATGAACAAATTCAAACTTGAAAAAGTCTCTTTCTGATTCTCGAAGAATGAGGGG
CAAAGAGATTGATCGAGAAAGATCTCTTGTTCTTATTATAAGATCGTGTGATTGGACCCG
CAGATGTTTGGTAAAAAGAATAATCTTATCCTTTGAGAATAATCAAAAATAGAAAGTGTT
CAATTGGAACATGAAAACGTGACCGAGTTTATCCTAGTTACTCTTCGGGACGGAGTGGAA
GAAGGGAGGAGATTCGCGAACGAGGAAAGGGACCCAATGACTTCGAAAGAATTGAACGAG
GAGCCGTATGAGGTGAAAATCTCATGTCCGGTTCTGTAGAGTGGCAGTAAGGGTGACTTA
TCTGTCAACTTTTCCACTATCACCCCCAAAAAACCAAACTCTGCCTTACGTAAAGTTGCC
AGAGTACGATTAACCTCGGGATTTGAAATCACTGCTTATATACCTGGTATTGGCCATAAT
TTACAAGAACATTCTGTAGTCTTAGTAAGAGGGGGAAGGGTTAAGGATTTACCCGGTGTG
AGATATCACATTGTTCGAGGAACCCTAGATGCTGTCGGAGTAAAGGATCGTCAACAAGGG
CGTTCTAAATATGGGGTCAAAAAGCCAAAATAAAAGATTTGAGCCCTTATAAAAAGAAAA
CAGATCCTTGAACCCCTTTCACGCTCATGTCACGT

QA 2 876 2 876
DS 

RD RR1A184JQ 744 0 0
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ATCAAAAATAGAAAGTGTTCGATTGGAACATGAAAACGTGACCGAGTTTATCCTAGTTAC
TCTTCGGGACGGAGTGGAAGAAGGGAGGAGATTCGCGAACGAGGAAAGGGACCCAATGAC
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TGGCAGTAAGGGTGACTTATCTGTCAACTTTTCCACTATCACCCCCAAAAAACCAAACTC
TGCCTTACGTAAAGTTGCCAGAGTACGATTAACCTCGGGATTTGAAATCACTGCTTATAT
ACCTGGTATTGGCCATAATTTACAAGAACATTCTGTAGTCTTAGTAAGAGGGGGAAGGGT
TAAGGATTTACCCGGTGTGAGATATCACATTGTTCGAGGAACCCTAGATGCTGTCGGAGT
AAAGGATCGTCAACAAGGGCGTTCTAAATATGGGGTCAAAAAGCCAAAATAAAAGATTTG
AGCCCTTATAAAAAGAAAACAGATTCTTGAACCCCTTTCACGCTCACGTCACGTCGAGGT
ACTGCAGAAGAAAAAACTGCAAAATCCGATCCAATTTATCGTAATCGATTAGTTAACATG
TTGGTTAACCGTATTTGAAACACG

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 25

CO CL6Contig1 756 25 12 U
GGAAAACACAAACCATTAAACTCAAACACCCAATTAAACAAACTTCTGACACAAGAAAAA
A*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAAT
GTTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTAC
ATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTC
AGGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATC
AATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCA
GTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCA
GAACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATCTCATGGG
AGTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCGACTTCCTACATCACA
ATACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGAAGACGCATTCTTTTT
TT*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTCTATAA
AATCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCTTGTATCTGTTTG
CTTTATGAATAAGTATTGCTCTCCATGACATTATTT


BQ
30 60 0 70 75 75 75 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 60 60 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
90 97 97 97 97 95 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 60 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 70 70 50 50 50 50 45 45 40 40 40 30 30 10 10 

AF RR1AT64JQ C 291
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AF RR1DM69TF U 2
AF RR1FR91TF U 1
AF RR1AQ44TF U 6
AF RR1E492TF U 2
AF RR1D727TF U 6
AF RR1C664TF U 106
AF RR1BI22JQ C 1
AF RR1BG78JQ C 46
AF RR1BG78TF U 46
AF RR1FP19JQ C 44
AF RR1FP19TF U 44
AF RR1BI22TF U 1
AF RR1AF05JQ C 2
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AF RR1EW56JQ C 2
AF RR1AF05TF U 2
AF RR1AT64TF U 3
AF RR1EC50TF U 3
AF RR1FK70TF U 3
AF RR1EW56TF U 19
AF RR1FR91JQ C 48
AF RR1DM69JQ C 202
AF RR1FK70JQ C 246
BS 1 464 RR1EE77TF
BS 465 465 RR1FR91TF
BS 466 524 RR1EE77TF
BS 525 635 RR1FR91TF
BS 636 669 RR1AQ44TF
BS 670 670 RR1BG78TF
BS 671 694 RR1AQ44TF
BS 695 741 RR1BG78TF
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BS 755 756 RR1FK70JQ

RD RR1AT64JQ 170 0 0
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AACTCCTCCAGTTAGTAGCTGCAACGGGGGTTTTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATC
AAACACTTCAGAACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGAT

QA 1 170 1 170
DS 

RD RR1EE77TF 524 0 0
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A*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAAT
GTTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTAC
ATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTC
AGGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATC
AATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCA
GTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCA
GAACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCGTCATCATCTCATGGG
AGTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGC

QA 1 524 1 524
DS 

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*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATG
TTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTACA
TCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCGGTCAGTTGGCTCATGTTGTCA
GGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATCA
ATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCAG
TTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCAG
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GTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCGACTTCCTACATCACAA
TACTGACTTCTTAAAATCCAT

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1FR91TF 635 0 0
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A*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAAT
GTTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTAC
ATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTC
AGGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATC
AATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCA
GTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCA
GAACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATCTCATGGG
AGTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCGACTTCCTACATCACA
ATACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGAAGACGCATTCTTTTT
TT*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1AQ44TF 689 0 0
GG
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AACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATGTTTCTG
CTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTACATCACTG
GAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTCAGGTCTT
CTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATCAATTTTA
ATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCAGTTAGTA
GCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCAGAACATG
GAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATCTCATGGGAGTACTA
TCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCGACTTCCTACATCACAATACTGA
CTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGAAGACGCATTCTTTTTTT*ATTT
CTTCTGAATCTCAGTGTAATGTAGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTCTATAAAATCCCT
ACCTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGC

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR1E492TF 692 0 0
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*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATG
TTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTACA
TCACTGGAACCTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTCA
GGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATCA
ATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCAG
TTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCAG
AACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATCTCATGGGA
GTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCGACTTCCTACATCACAA
TACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGAAGACGCATTCTTTTTT
T*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTCTATAAA
ATCCCTACTTCCCGGGTGATATCGGTTTGTAG

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DS 

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GG
ACAAACCATTAAACTCAAACACCCAATTAAACAAACTTCTGACACAAGAAAAAA*CATGA
AACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATGTTTCTG
CTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTACATCACTG
GAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTCAGGTCTT
CTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATCAATTTTA
ATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCAGTTAGTA
GCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCAGAACATG
GAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATCTCATGGGAGTACTA
TCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCGACTTCCTACATCACAATACTGA
CTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGAAGACGCATTCTTTTTTT*ATTT
CTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTCTATAAA*TCCCT
ACTTCC*GGGTGATATCGGTTTGTAGC

QA 3 689 3 689
DS 

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CCATGTCTCGGCTACATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAG
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CCTCACCTTGGGATCAATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAAT
GTTCAAACTCCTCCAGTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGA
TCATCAAACACTTCAGAACATGGAAATGGATCAAGACCAGATCCAGGACATAGATCATCA
TCATCATCTCATGGGAGTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCG
ACTTCCTACATCACAATACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGA
AGACGCATTCTTTTTTT*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTA
TTTTGTGCTCTATAAA*TCCCTACTT

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DS 

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A*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAAT
GTTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTAC
ATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTC
AGGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATC
AATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCA
GTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCA
GAACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATCTCATGGG
AGTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCGACTTCCTACATCACA
ATACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGAAGACGCATTCTTTTT
TT*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTCTATAA
AATCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCTTGTATCTGTTTG
CTTTATGAATAAGTATTGCTCTC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1BG78JQ 698 0 0
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GCGGTGATGTCCAATGTTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCG
CCATGTCTCGGCTACATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAG
TTGGCTCATGTTGTCAGGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCC
CCTCACCTTGGGATCAATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAAT
GTTCAAACTCCTCCAGTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGA
TCATCAAACACTTCAGAACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCA
TCATCATCTCATGGGAGTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCG
ACTTCCTACATCACAATACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGA
AGACGCATTCTTTTTTT*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTA
TTTTGTGCTCTATAAAATCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTG
TCTTGTATCTGTTTGCTTTATGAATAAGTATTGCTC
GC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1BG78TF 698 0 0
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CCATGTCTCGGCTACATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAG
TTGGCTCATGTTGTCAGGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCC
CCTCACCTTGGGATCAATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAAT
GTTCAAACTCCTCCAGTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGA
TCATCAAACACTTCAGAACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCA
TCATCATCTCATGGGAGTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCG
ACTTCCTACATCACAATACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGA
AGACGCATTCTTTTTTT*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTA
TTTTGTGCTCTATAAAATCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTG
TCTTGTATCTGTTTGCTTTATGAATAAGTATTGCTC
GC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1FP19JQ 700 0 0
AG
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GCGGTGATGTCCAATGTTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCG
CCATGTCTCGGCTACATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAG
TTGGCTCATGTTGTCAGGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCC
CCTCACCTTGGGATCAATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAAT
GTTCAAACTCCTCCAGTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGA
TCATCAAACACTTCAGAACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCA
TCATCATCTCATGGGAGTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCG
ACTTCCTACATCACAATACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGA
AGACGCATTCTTTTTTT*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTA
TTTTGTGCTCTATAAAATCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTG
TCTTGTATCTGTTTGCTTTATGAATAAGTATTGCTC
CC

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1FP19TF 700 0 0
AG
GGGACACAAGAAAAAA*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTG
GCGGTGATGTCCAATGTTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCG
CCATGTCTCGGCTACATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAG
TTGGCTCATGTTGTCAGGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCC
CCTCACCTTGGGATCAATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAAT
GTTCAAACTCCTCCAGTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGA
TCATCAAACACTTCAGAACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCA
TCATCATCTCATGGGAGTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCG
ACTTCCTACATCACAATACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGA
AGACGCATTCTTTTTTT*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTA
TTTTGTGCTCTATAAAATCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTG
TCTTGTATCTGTTTGCTTTATGAATAAGTATTGCTC
CC

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1BI22TF 743 0 0
GGAAAACACAAACCATTAAACTCAAACACCCAATTAAACAAACTTCTGACACAAGAAAAA
A*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAAT
GTTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTAC
ATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTC
AGGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATC
AATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCA
GTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCA
GAACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATCTCATGGG
AGTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCGACTTCCTACATCACA
ATACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGAAGACGCATTCTTTTT
TT*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTCTATAA
AATCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCTTGTATCTGTTTG
CTTTATGAATAAGTATTGCTCTC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1AF05JQ 751 0 0
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*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTCACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATG
TTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTACA
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GGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATCA
ATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCAG
TTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCAG
AACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATCTCATGGGA
GTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCGACTTCCTACATCACAA
TACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGAAGACGCATTCTTTTTT
**ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTCTATAAA
ATCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCCTGTATCTGTTTGC
TTTATGAATAAGTATTGCTCTCCATGACATT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1DQ30TF 742 0 0
GGAAACACAAACCATTAAACTCAAACACCCAATTAAACAAACTTCTGACACAAGAAAAAA
*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATG
TTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTACA
TCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTCA
GGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATCA
ATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCAG
TTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCAG
AACATGGAAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATCTCATGGGA
GTACTATCAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTCTGCGACTTCCTACATCACAA
TACTGACTTCTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGAAGACGCATTCTTTTTT
T*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTCTATAAA
ATCCCTACTTCC*GGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCTTGTATCTGTTTGC
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CC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1EW56JQ 748 0 0
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ACATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATG
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TTTATGAATAAGTATTGCTCTCCATGAC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1AF05TF 751 0 0
GAAAACACAAACCATTAAACTCAAACACCCAATTAAACAAACTTCTGACACAAGAAAAAA
*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTCACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATG
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ATCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCCTGTATCTGTTTGC
TTTATGAATAAGTATTGCTCTCCATGACATT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1AT64TF 752 0 0
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CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATGT
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TTATGAATAAGTATTGCTCTCCATGACATTAT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1EC50TF 741 0 0
GAAACACAAACCATTAAACTCAAACACCCAATTAAACAAACTTCTGACACAAGAAAAAA*
CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATGT
TTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTACAT
CACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTCAG
GTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATCAA
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TCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCTTGTATCTGTTTGCT
TTATGAATAAGTATTGCTCTC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1FK70TF 754 0 0
GG
AACACAAACCATTAAACTCAAACACCCAATTAAACAAACTTCTGACACAAGAAAAAA*CA
TGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATGTTT
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CCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCTTGTATCTGTTTGCTTT
ATGAATAAGTATTGCTCTCCATGACATTAT
TT

QA 3 752 3 752
DS 

RD RR1EW56TF 729 0 0
AACTCAAACACCCAATTAAACAAACTTCTGA*ACAAGAAAAAA*CATGAAACCTGGAATG
TATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGTCCAATGTTTCTGCTCAATCGAGC
TGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCGGCTACATCACTGGAAACTCTTCT
TCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATGTTGTCAGGTCTTCTGGTGAGTGT
TTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATCAATTTTAATCAAACACAG
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GGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCAGAACATGGGAATGGATCA
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GATATCGGTTTGTAGCTACAA*TAGTGTCTTGTATCTGTTTGCTTTATGAATAAGTATTG
CTCTCCATG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1FR91JQ 709 0 0
ACACAAGA
AAAAAA*CATGAAACCTGGAATGTATTTACTGTTGCTTACAGTTTCAGTGGCGGTGATGT
CCAATGTTTCTGCTCAATCGAGCTGCACAGATGTTCTAATGAGTATGGCGCCATGTCTCG
GCTACATCACTGGAAACTCTTCTTCTCCTTCTCAACAATGCTGCAGTCAGTTGGCTCATG
TTGTCAGGTCTTCTGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTG
GGATCAATTTTAATCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTC
CTCCAGTTAGTAGCTGCAACGGTGGTTCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACA
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TTTTTTT*ATTTCTTCTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTC
TATAAAATCCCTACTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCTTGTATCT
GTTTGCTTTATGAATAAGTATTGCTCTCCATGACATTAT
TT

QA 9 707 9 707
DS 

RD RR1DM69JQ 543 0 0
CCTTCTCAACAATGCTGCGGTCAGTTGGCTCATGTTGTCAGGTCTTCTGGTGAGTGTTTG
TGTGAACTTCTCAAAGGTGGAGCCCCTCACCTTGGGATCAATTTTAATCAAACACAGGCT
TTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCAGTTAGTAGCTGCAACGGTGGT
TCTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCAGAACATGGAAATGGATCAAAA
CCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATCTCATGGGAGTACTATCAAGTTCTCATTC
CCTCTTCTTGCTATCCTTTTTGCGACTTCCTACATCACAATACTGACTTCTTAAAATCCA
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TGTAATGTGGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTCTATAAAATCCCTACTTCCGGGGTGAT
ATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCTTGTATCTGTTTGCTTTATGAATAAGTATTGCTC
TC
G

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1FK70JQ 511 0 0
TTT
TGGTGAGTGTTTGTGTGAACTTTTCAAAGGTGGAGCCCCTCCCCTTGGGATCAATTTTAA
TCAAACACAGGCTTTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTCAAACTCCTCCAGTTAGTAG
CTGCAACGGTGGTTTTTCGGTTAATTCGCCTATAGGATCATCAAACACTTCAGAACATGG
AAATGGATCAAAACCAGATCCAGGACATAGATCATCATCATCATTTCATGGGAGTACTAT
CAAGTTCTCATTCCCTCTTCTTGCTATCCTTTTTGCGACTTCCTACATCACAATACTGAC
TTTTTAAAATCCATAAAGATTATTATGCTCTCTTTGAAGACGCATTCTTTTTTT*ATTTT
TTTTGAATCTCAGTGTAATGTGGTGTTGTATGATGTATTTTGTGCTCTATAAAATCCCTA
CTTCCGGGGTGATATCGGTTTGTAGCTACAAATAGTGTCTTGTATCTGTTTGCTTTATGA
ATAAGTATTGCTCTCCATGACATTATTT

QA 4 511 4 511
DS 



AS 4 21

CO CL7Contig1 995 5 11 U
GGACTCTCACCCAGTCACACAAAAAAAAAAAAACATAAAATCAACAAAAAAGAAGAAACG
TTCAAATGGCTGCTTCAACCATGGCTCTGTCCTCCCCTGCCTTCGCCGGAAAGGCCGTGA
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TCAAACCCACCGGTCCATCAGGCTCCCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGG
GTCCATTCTCCGGCGAGCCCCCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGGT
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GGTTGGCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCTTTGTTCAGGCTATTGTCACCGGAAAGGGAC
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CTACCAACTTCGTCCCCGGAAAGTAAGCAGCTTATTGTAATGTGAGTGAGAGCCAGAGAA
AGAGTTTGTTTGTGATCTTTCCTATGTAAAATTGTGCAATTTCCTTTGTCGTATCTTTGT
ATGATTCATCAGAAATCGAACCTCTTTTTCTCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1BV81TF U 7
AF RR1BH65TF U 1
AF RR1AO45TF U 8
AF RR1BH65JQ C 151
AF RR1F418JQ C 415
BS 1 73 RR1BH65TF
BS 74 74 RR1AO45TF
BS 75 148 RR1BH65TF
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BS 808 861 RR1AO45TF
BS 862 995 RR1BH65JQ

RD RR1BV81TF 705 0 0
GGACTCTCACCCAGTCAC
AAAAAAAAACATAAAATCAACAAAAAATAAGAAACGTTCAAATGGCTGCTTCAACCATGG
CTCTGTCCTCCCCTGCCTTCGCCGGAAAGGCCGTGAAGCTCTCACCAGGAGCCTCCGAAG
TCTTTGGAACCGGCCGTGTCACCATGCGCAAAACCGTCAAACCCACCGGTCCATCAGGCT
CCCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGGGTCCATTCTCCGGCGAGCCCCCGA
GCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGATGGGACACCGCCGGTCTATCAGCCG
ACCCCGAGACCTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGATGGGCCATGC
TCTGAGCCCTAGGCTGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGGCTCGTAACGGAGTCAAGTTCGGAG
AAGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCGAAGGAGGACTCGACTACTTGG
GCAACCCGAGCCTTGTCCACGCTCAGAGCATCTTAGCCATTTGGGCTACTCAGGTGATCC
TCATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTTGCCGGAGAGGGACCGTTGGGAGAGGCAGAGG
ACTTGCTTTACCCAGGAG*CAGCTTCGACCCATTGGGCCTCGCTACGGACCCAGAGGCTT
TCGCCGAGTTGAAG
TGAAGAGATCAAG

QA 19 692 19 692
DS 

RD RR1BH65TF 807 0 0
GGACTCTCACCCAGTCACACAAAAAAAAAAAAACATAAAATCAACAAAAAAGAAGAAACG
TTCAAATGGCTGCCTCAACCATGGCTCTGTCCTCCCCTGCCTTCGCCGGAAAGGCCGTGA
AGCTCTCACCAGGAGCCTCCGAAGTCTTCGGAACCGGCCGTGTCACCATGCGCAAA*CCG
TCAAACCCACCGGTCCATCAGGCTCCCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGG
GTCCATTCTCCGGCGAGCCCCCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGGT
GGGACACCGCCGGTCTATCAGCCGACCCCGAGACCTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAG
TTATCCACTGCAGGTGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGG
CTCGTAACGGAGTCAAGTTCGGAGAAGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCA
GTGAAGGAGGACTCGACTACTTGGGCAACCCCAGCCTTGTCCACGCTCAGAGCATCTTAG
CCATTTGGGCCACTCAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTCGCCGGAG
AGGGACCGTTGGGAGAAGCGGAGGACTTGCTTTACCCAGGAGGCAGCTTCGACCCGTTGG
GCCTCGCTACCGACCCAGAGGCTTTCGCCGAGTTGAAAGTGAAGGAGATCAAGAACGGAA
GGTTGGCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCTTTGTTCAGGCTATTGTCACCGGAAAGGGAC
CATTGGAGAATCTCGCCGACCATTTGG

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1AO45TF 854 0 0
GGACTCTCACCCAGTCAC
AAAAAAAACATAAAATCAACAAAAAAGAAGAAACGTTCAAATGGCTGCTTCAACCATGGC
TCTGTCCTCCCCTGCCTTCGCCGGAAAGGCCGTGAAGCTCTCACCAGGAGCCTCCGAAGT
CTTTGGAACCGGCCGTGTCACCATGCGCAAAACCGTCAAACCCACCGGTCCATCAGGCTC
CCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGGGTCCATTCTCCGGCGAGCCCCCGAG
CTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGATGGGACACCGCCGGTCTATCAGCCGA
CCCCGAGACCTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGATGGGCCATGCT
CGGAGCCCTAGGCTGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGGCTCGTAACGGAGTCAAGTTCGGAGA
AGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCGAAGGAGGACTCGACTACTTGGG
CAACCCGAGCCTTGTCCACGCTCAGAGCATCTTAGCCATTTGGGCTACTCAGGTGATCCT
CATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTTGCCGGAGAGGGACCGTTGGGAGAGGCAGAGGA
CTTGCTTTACCCAGGAGGCAGCTTCGACCCATTGGGCCTCGCTACGGACCCAGAGGCTTT
CGCCGAGTTGAAAGTGAAGGAGATCAAGAACGGAAAGTTGGCTATGTTCTCTATGTTTGG
ATTCTTTGTTCAG*CTATTGTCACCGGAAAGGGACCGTTGGAGAATCTTGCCGACCATTT
GGCTGACCCAGTCAACAACAACGCATGGGCCTTCGCTACCAACTTCGTCCCCGGAA

QA 19 854 19 854
DS 

RD RR1BH65JQ 845 0 0
GAACCGGCCGTGTCACCATGCGCAAA*CCGTCAAACCCACCGGTCCATCAGGCTCCCCAT
GGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGGGTCCATTCTCCGGCGAGCCCCCGAGCTACC
TTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGGTGGGACACCGCCGGTCTATCAGCCGACCCCG
AGACCTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGGTGGGCCATGCTCGGAG
CCCTAGGCTGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGGCTCGTAACGGAGTCAAGTTCGGAGAAGCCG
TTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGTGAAGGAGGACTCGACTACTTGGGCAACC
CCAGCCTTGTCCACGCTCAGAGCATTTTAGCCATTTGGGCCACTCAGGTGATCCTCATGG
GAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTCGCCGGAGAGGGACCGTTGGGAGAAGCGGAGGACTTGC
TTTACCCAGGAGGCAGCTTCGACCCGTTGGGCCTCGCTACCGACCCAGAGGCTTTCGCCG
AGTTGAAGGTGAAGGAGATCAAGAACGGAAGGTTGGCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCT
TTGTTCAGGCTATTGTCACCGGAAAGGGACCATTGGAGAATCTCGCCGACCATTTGGCTG
ACCCAGTCAACAACAACGCATGGGCCTTCGCTACCAACTTCGTCCCCGGAAAGTAAGCAG
CTTATTGTAATGTGAGTGAGAGCCAGAGAAAGAGTTTGTTTGTGATCTTTCCTATGTAAA
ATTGTGCAATTTCCTTTGTCGTATCTTTGTATGATTCATCAGAAATCGAACCTCTTTTTC
TCAAG

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR1F418JQ 578 0 0
TCTTGGCTCGTAACGGAGTCAAGTTCGGAGAAGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGA
TCTTCAGCGAAGGAGGACTCGACTACTTGGGCAACCCCAGCCTTGTCCACGCTCAGAGCA
TCTTAGCCATTTGGGCCACTCAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTCG
CCGGAGAGGGACCGTTGGGAGAAGCGGAGGACTTGCTTTACCCAGGAGGCAGCTTCGACC
CGTTGGGCCTCGCTACCGACCCAGAGGCTTTCGCCGAGTTGAAGGTGAAGGAGATCAAGA
ACGGAAGGTTGGCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCTTTGTTCAGGCTATTGTCACCGGAA
AGGGACCATTGGAGAATCTCGCCGACCATTTGGCTGACCCAGTCAACAACAACGCATGGG
CCTTCGCTACCAACTTCGTCCCCGGAAAGTAAGCAGCTTATTGTAATGTGAGTGAGAGCC
AGAGAAAGAGTTTGTTTGTGATCTTTCCTATGTAAAATTGTGCAATTTCCTTTGTCGTAT
CTTTGTATGATTCATCAGAAATCGAACCTCTTTTTC
CC

QA 1 576 1 576
DS 



CO CL7Contig2 777 2 6 U
GAGAAAAAGAGGTTCGATTTCTGATGAATCATACAAAGATACGACAAAGGAAATTGCACA
ATTTTACATAGGAAAGATCACAAACAAACTCTTTCTCTGACTCTCACTCACATTACAATA
AGATTCAACTCGCTCACTTTCCGGGGACGAAGTTGGTAGCGAAGGCCCATGCGTTGTTGT
TGACTGGGTCAGCCAAATGGTCGGCAAGATTCTCCAACGGTCCCTTTCCGGTGACAATAG
CCTGAACAAAGAATCCAAACATAGAGAACATAGCCAACCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCA
CCTTCAACTCGGCGAAAGCCTCTGGGTCCGTAGCGAGGCCCAATGGGTCGAAGCTGCCTC
CTGGGTAAAGCAAGTCCTCTGCCTCTCCCAACGGTCCCTCTCCGGCAACTCTGTAACCCT
CAACAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTAGCCCAAATGGCTAAAATGCTCTGAGCGTGGA
CAAGGCTCGGGTTGCCCAAGTAGTCGAGTCCTCCTTCGCTGAAAATCTGTGAACCGGCCT
TGAACCAAACGGCTTCTCCGAACTTGACTCCGTTACGAGCCAAGAGCTCAGGGAAAACAC
AGCCTAGGGCTCAGAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTGG
CGAAGGTCTCGGGGTCGGCTGATAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTAGTCTCCGGGGAACT
CTCCGGTAAGGTAGCTCGGGGGCTCGCCGGAGAATGGACCCAAGTACTTAACCCTGT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV81JQ U 1
AF RR1AO45JQ U 1
BS 1 215 RR1BV81JQ
BS 216 216 RR1AO45JQ
BS 217 523 RR1BV81JQ
BS 524 524 RR1AO45JQ
BS 525 724 RR1BV81JQ
BS 725 777 RR1AO45JQ

RD RR1BV81JQ 724 0 0
GAGAAAAAGAGGTTCGATTTCTGATGAATCATACAAAGATACGACAAAGGAAATTGCACA
ATTTTACATAGGAAAGATCACAAACAAACTCTTTCTCTGACTCTCACTCACATTACAATA
AGATTCAACTCGCTCACTTTCCGGGGACGAAGTTGGTAGCGAAGGCCCATGCGTTGTTGT
TGACTGGGTCAGCCAAATGGTCGGCAAGATTCTCCGACGGTCCCTTTCCGGTGACAATAG
CCTGAACAAAGAATCCAAACATAGAGAACATAGCCAACCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCA
CCTTCAACTCGGCGAAAGCCTCTGGGTCCGTAGCGAGGCCCAATGGGTCGAAGCTGCCTC
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CAACAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTAGCCCAAATGGCTAAAATGCTCTGAGCGTGGA
CAAGGCTCGGGTTGCCCAAGTAGTCGAGTCCTCCTTCGCTGAAGATCTGTGAACCGGCCT
TGAACCAAACGGCTTCTCCGAACTTGACTCCGTTACGAGCCAAGAGCTCAGGGAAAACAC
AGCCTAGGGCTCAGAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTGG
CGAAGGTCTCGGGGTCGGCTGATAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTAGTCTCCGGGGAACT
CTCC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1AO45JQ 777 0 0
GAA
AAAAAGAGGTTCGATTTCTGATGAATCATACAAAGATACGACAAAGGAAATTGCACAATT
TTACATAGGAAAGATCACAAACAAACTCTTTCTCTGGCTCTCACTCACATTACAATAAGA
TTCAACTCGTTCACTTTCCGGGGACGAAGTTGGTAGCGAAGGCCCATGCGTTGTTGTTGA
CTGGGTCAGCCAAATGGTCGGCAAGATTCTCCAACGGTCCCTTTCCGGTGACAATAGCCT
GAACAAAGAATCCAAACATAGAGAACATAGCCAACCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCACCT
TCAACTCGGCGAAAGCCTCTGGGTCCGTAGCGAGGCCCAATGGGTCGAAGCTGCCTCCTG
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CAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTAGCCCAAATGGCTAAAATGCTCTGAGCGTGGACAA
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CTAGGGCTCCGAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTGGCGA
AGGTCTCGGGGTCGGCTGATAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTAGTCTCCGGGGAACTCTC
CGGTAAGGTAGCTCGGGGGCTCGCCGGAGAATGGACCCAAGTACTTAACCCTGT

QA 4 777 4 777
DS 



CO CL7Contig3 995 7 17 U
GAGAGAAAAAAAGAGTTATTTGATTAACGGTAAATCATACAAAAGGCTTGCAAGTTTGAC
ATCTAGACAACCTCTCTTTCTCTTACACTCAGGAAACAAAGACTGAAGCAAATAACAGAT
AGAACTTCGCTCACTTTCCAGGAACGAAGTTGGTGGCAAAGGCCCATGCGTTGTTGTTGA
CTGGATCGGCCAAATGGTCAGCAAGGTTCTCCAAGGGTCCCTTACCAGTGACAATGGCTT
GAACGAAAAATCCAAACATAGAGAACATAGCCAATCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCACCT
TCAACTCAGCGAAGGCCTCTGGGTCTGTAGCTAGGCCCAATGGGTCGAAGCTACCTCCTG
GGTAAAGCAAGTCCTCAGCCTCTCCCAGCGGCCCATCTCCTGCAACTCTGTAACCTTCAA
CGGCTCCCATCAAGATCACTTGAGTAGCCCATATCGCCAAAATGCTCTGAGCGTGAACCA
AGCTTGGGTTTCCCAAGTAATCAAGTCCTCCTTCGCTGAAGATCTGTGAACCGGCCTTGA
ACCAAACCGCCTCTCCGAACTTGACTCCGTTCCTGGCCAACAACTCCGGGAAGACGCAGC
CTAGGGCTCCGAGCATGGCCCACCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTTGCAA
ACGTCTCGGGATCGGCGGAGAGACCAGCAGTGTCCCATCCATAGTCACCTGGGAACTCTC
CGGTAAGGTAGCTTGGTGGCTCGCCAGAGAATGGACCCAAGTACTTGACTCTTTCGGACC
CGTACCATGGGCTGCCTGATGGGCCCTTTGGCTTGGCTACGGTCTTCCTCATTGTCACAC
GGCCGCTTCCGAGGACTTCTGACGCCGCCGGAGAAATCTTGACGGCCTTTCCGGCGAAAG
CAGGGGATGAGAGAGCCATTGTTGAGGCGGCCATTGCGGTTTGCGTAAAAGTAAAAACGT
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BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1D225JQ U 226
AF RR1E828JQ U 2
AF RR1FC26JQ U 7
AF RR1CV64JQ U 1
AF RR1BK95TF C 278
AF RR1FC26TF C 301
AF RR1CV64TF C 674
BS 1 247 RR1CV64JQ
BS 248 248 RR1E828JQ
BS 249 369 RR1CV64JQ
BS 370 370 RR1D225JQ
BS 371 472 RR1CV64JQ
BS 473 473 RR1E828JQ
BS 474 480 RR1CV64JQ
BS 481 481 RR1E828JQ
BS 482 499 RR1CV64JQ
BS 500 500 RR1E828JQ
BS 501 520 RR1CV64JQ
BS 521 521 RR1BK95TF
BS 522 592 RR1CV64JQ
BS 593 700 RR1BK95TF
BS 701 839 RR1FC26TF
BS 840 840 RR1CV64TF
BS 841 995 RR1FC26TF

RD RR1D225JQ 202 0 0
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TGATCTCCTTCACCTTCAACTCAGCGAAGGCCTCTGGGTCTGTAGCTAGGCCCAATGGGT
CGAAACTACCTCCTGGGTAAAGCAAGTCCTCAGCCTCTCCCAGCGGCCCATCTCCTGCAA
CTCTGTAACCTTCAACGGCTCC

QA 1 202 1 202
DS 

RD RR1E828JQ 516 0 0
AAAAA
AAAAAAGAGTTATTTGATTAACGGTAAATCATACAAAAGGCTTGCAAGTTTGACATCTAA
ACAACCTCTCTTTCTCTTACACTCAGGAAACAAAGACTGAAGCAAATAACAAATAGAACT
TCGCTCACTTTCCAGGAACGAAGTTGGTGGCAAAGGCCCATGCGTTGTTGTTGACTGGAT
CGGCCAAATGGTCAGCAAGGTTCTCCAAGGGTCCCTTACCAGTGACAATGGCTTGAACGA
AAAATCCAAACATAGAGAACATAGCCAATCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCACCTTCAACT
CAGCGAAGGCCTCTGGGTCTGTAGCTAGGCCCAATGGGTCGAAGCTACCTCCTGGGTAAA
GCAAGTCCTCAGCCTCTCCCAGCGGCCCATCTCCTGCAACTCTGTAACCTTCAACGGCTC
CCATCAAGATCACTTGAGTAGCCCATATCGCCAAAATGCTCTGAGCGTGAACCAAGCTTG
GGTTTCCCAAGTAATCAAGTCCTCCTTCGCT

QA 6 516 6 516
DS 

RD RR1FC26JQ 511 0 0
AAAAAAGAGTTATTTGATTAACGGTAAATCATACAAAAGGCTTGCAAGTTTGACATCTAG
ACAACCTCTCTTTCTCTTACACTCAGGAAACAAAGACTGAAGCAAATAACAGATAGAACT
TCCCTCACTTTCCAGGAACGAAGTTGGTGGCAAAGGCCCATGCGTTGTTGTTGACTGGAT
CGGCCAAATGGTCAGCAAGGTTCTCCAAGGGTCCCTTACCAGTGACAATGGCTTGAACGA
AAAATCCAAACATAAAGAACATAGCCAATCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCACCTTCAACT
CACCGAAGGCCTCTGGGTCTGTAGCTAGGCCCAATGGGTCGAAGCTACCTCCTGGGTAAA
GCAAGTCCTCAGCCTCTCCCAGCGGCCCATCTCCTGCAACTCTGTAACCTTCAACGGCTC
CCATCAAGATCACTTGAGTAGCCCATATCGCCAAAATGCTCTGAGCGTGAACCAAGCTTG
GGTTTCCCAAGTAATCAAGTCCTCCTTCGCT

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1CV64JQ 592 0 0
GAGAGAAAAAAAGAGTTATTTGATTAACGGTAAATCATACAAAAGGCTTGCAAGTTTGAC
ATCTAGACAACCTCTCTTTCTCTTACACTCAGGAAACAAAGACTGAAGCAAATAACAGAT
AGAACTTCGCTCACTTTCCAGGAACGAAGTTGGTGGCAAAGGCCCATGCGTTGTTGTTGA
CTGGATCGGCCAAATGGTCAGCAAGGTTCTCCAAGGGTCCCTTACCAGTGACAATGGCTT
GAACGAAGAATCCAAACATAGAGAACATAGCCAATCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCACCT
TCAACTCAGCGAAGGCCTCTGGGTCTGTAGCTAGGCCCAATGGGTCGAAGCTACCTCCTG
GGTAAAGCAGGTCCTCAGCCTCTCCCAGCGGCCCATCTCCTGCAACTCTGTAACCTTCAA
CGGCTCCCATCAAGATCACTTGAGTAGCCCATATCGCCAAAATGCTCTGAGCATGAACCA
*GCTTGGGTTTCCCAAGTAGTCAAGTCCTCCTTCGCTGAAAATCTGTGAACCGGCCTTGA
ACCAAACCGCCTCTCCGAACTTGACTCCGTTCCTGGCCAACAACTCCGGGAA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1BK95TF 424 0 0
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CAATGGGTCGAAGCTACCTCCTGGGTAAAGCAAGTCCTCAGCCTCTCCCAGCGGCCCATC
TCCTGCAACTCTGTAACCTTCAACGGCTCCCATCAAGATCACTTGAGTAGCCCATATCGC
CAAAATGCTTTGAGCGTGAACCAAGCTTGGGTTTCCCAAGTAATCAAGTCCTCCTTCGCT
GAAGATCTGTGAACCGGCCTTGAACCAAACCGCCTCTCCGAACTTGACTCCGTTCCTGGC
CAACAACTCCGGGAAGACGCAGCCTAGGGCTCCGAGCATGGCCCACCTGCAGTGGATAAC
TTCTAGCTCACGGTTCCTTGCAAACGTCTCGGGATCGGCGGAGAGACCAGCAGTGTCCCA
TCC
C

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR1FC26TF 695 0 0
TCAACTCAGCGAAGGCCTCTGGGTCTGTAGCTAGGCCCAATGGGTCGAAGCTACCTCCTG
GGTAAAGCAAGTCCTCAGCCTCTCCCAGCGGCCCATCTCCTGCAACTCTGTAACCTTCAA
CGGCTCCCATCAAGATCACTTGAGTAGCCCATATCGCCAAAATGCTCTGAGCGTGAACCA
AGCTTGGGTTTCCCAAGTAATCAAGTCCTCCTTCGCTGAAGATCTGTGAACCGGCCTTGA
ACCAAACCGCCTCTCCGAACTTGACTCCGTTCCTGGCCAACAACTCCGGGAAGACGCAGC
CTAGGGCTCCGAGCATGGCCCACCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTTG*AA
ACGTCTCGGGATCGGCGGGGAGACCAGCAGTGTCCCATCCATAGTCACCTGGGAACTCTC
CGGTAAGGTAGCTTGGTGGCTCGCCAGAGAATGGACCCAAGTACTTGACTCTTTCGGACC
CGTACCATGGGCTGCCTGATGGGCCCTTTGGCTTGGCTACGGTCTTCCTCATTGTCACAT
GGCCGCTTCCGAGGACTTCTGACGCCGCCGGAGAAATCTTGACGGCCTTTCCGGCGAAAG
CAGGGGATGAGAGAGCCATTGTTGAGGCGGCCATTGCGGTTTGCGTAAAAGTAAAAACGT
TTATTAGTTGCTGTTGTGAGCCAAGAAATGGGTCC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1CV64TF 322 0 0
GGCG
GAGAGACCAGCAGTGTCCCATCCATAGTCACCTGGGAACTCTCCGGTAAGGTAGCTTGGT
GGCTCGCCAGAGAATGGACCCAAGTACTTGACTCTTTCGGACCCGTACCATGGGCTGCCT
GATGGGCCCTTTGGCTTGGCTACGGTCTTCCTCATTGTCACACGGCCGCTTCCGAGGACT
TCTGACGCCGCCGGAGAAATCTTGACGGCCTTTCCGGCGAAAGCAGGGGATGAGAGAGCC
ATTGTTGAGGCGGCCATTGCGGTTTGCGTAAAAGTAAAAACGTTTATTAGTTGCTGTTGT
GAGCCAAGAAATGGGTCC

QA 5 322 5 322
DS 



CO CL7Contig4 986 7 20 U
GGACCCATCTCTTGGCTCACAAACAACAACAAATAAACGTTTTACTTTTTGCTCAGCACT
CAAACCGCAATGGCCGCCTCAACAATGGCTCTCTCCTCCCCTGCCTTCGCCGGAAAGGCC
GTTAAGCTTTCCCCAGCAGCATCAGAAGTCCTTGGAAGCGGCCGTGTGACAATGAGGAAG
ACCGTAGCCAAACCAAAGGGCCCATCAGGCAGCCCATGGTACGGATCCGAGAGAGTCAAG
TACTTGGGTCCATTCTCCGGCGAGCCACCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGAC
TACGGATGGGACACCGCCGGTCTCTCAGCCGATCCCGAGACGTTCGCAAGGAACCGTGAG
CTAGAAGTTATCCACTGCAGATGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGCGTCTTCCCGGAG
CTGTTGGCCAGGAACGGTGTCAAGTTCGGAGAAGCGGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCGCAG
ATCTTCAGCGAAGGAGGACTTGATTACTTGGGAAACCCTAGCTTGGTTCATGCTCAGAGC
ATCTTGGCTATTTGGGCTACTCAAGTGATCTTGATGGGAGCCGTTGAAGGTTACAGAGTC
GCAGGTGATGGGCCGTTGGGAGAGGCCGAGGACTTGCTTTACCCAGGTGGTAGCTTGGAC
CCGTTGGGTTTGGCTACTGACCCAGAGGCCTTTGCGGAGTTGAAGGTGAAGGAGATCAAG
AACGGAAGATTGGCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCTTTGTTCAAGCTATTGTCACTGGT
AAGGGACCTTTGGAGAATCTTGCTGACCATTTGGCTGATCCAGTCAACAACAATGCATGG
GCTTTTGCTACCAACTTTGTTCCCGGAAAGTGAGCAAAGTTTTTATCTGTAATTTGCTTC
AGTATTTGCTTTGTGTTAAGGGGAGAAAGAGATGTTGTTTAGATGTAAAATTTGCAAGTA
TTTGTATGATTTACCATTTAATCAAA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1DD06TF U 1
AF RR1GJ79TF U 1
AF RR1GA09TF U 1
AF RR1EY43TF U 1
AF RR1EY43JQ C 193
AF RR1GA09JQ C 493
AF RR1GJ79JQ C 739
BS 1 55 RR1DD06TF
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BS 57 160 RR1DD06TF
BS 161 161 RR1EY43TF
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BS 264 282 RR1DD06TF
BS 283 283 RR1EY43TF
BS 284 504 RR1DD06TF
BS 505 587 RR1EY43TF
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BS 589 689 RR1EY43TF
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BS 727 983 RR1EY43JQ
BS 984 986 RR1GJ79JQ

RD RR1DD06TF 504 0 0
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QA 1 504 1 504
DS 

RD RR1GJ79TF 600 0 0
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CAAACCGCAATGGCCGCCTCAACAATGGCTCTCTCCTCCCCTGCCTTCGCCGGAAAGGCC
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ACCGTAGCCAAACCAAAGGGCCCATCAGGCAGCCCATGGTACGGATCCGAGAGAGTCAAG
TACTTGGGTCCATTCTCCGGCGAGCCACCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGAC
TACGGATGGGACACCGCCGGTCTCTCAGCCGATCCCGAGACGTTCGCAAGGAACCGTGAG
CTAGAAGTTATCCACTGCAGATGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGCGTCTTCCCGGAG
CTGTTGGCCAGGAACGGTGTCAAGTTCGGAGAAGCGGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCGCAG
ATCTTCAGCGAAGGAGGACTTGATTACTTGGGAAACCCTAGCTTGGTTCATGCTCAGAGC
ATCTTGGCTATTTGGGCTACTCAAGTGATCTTGATGGGAGCCGTTGAAGGTTACAGAGTC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1GA09TF 621 0 0
GGACCCATCTCTTGGCTCACAAACAACAACAAATAAACGTTTTACTTTTTGCTCAGCACT
CAAACCGCAATGGCCGCCTCAACAATGGCTCTCTCCTCCCCTGCCTTCGCCGGAAAGGCC
GTTAAGCTTTCCCCAGCAGCATCAGAAGTCCC**GAAGCGGCCGTGTGACAATGAGGAAG
ACCGTAGCCAAACCAAAGGGCCCATCAGTCAGCCCATGGTACGGATCCGAGAGAGTCAAG
TACTTGGGTCCATTCTCCGGCGAGCCACCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGAC
TACGGATGGGACACCGCCGGTCTCTCAGCCGATCCCGAGACGTTCGCAAGGAACCGTGAG
CTAGAAGTTATCCACTGCAGATGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGCGTCTTCCCGGAG
CTGTTGGCCAGGAACGGTGTCAAGTTCGGAGAAGCGGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCGCAG
ATCTTCAGCGAAGGAGGACTTGATTACTTGGGAAACCCTAGCTTGGTTCATGCTCAGAGC
ATCTTGGCTATTTGGGCTACTCAAGTGATCTTGATGGGAGCCGTTGAAGGTTACAGAGTC
GCAG*TGATGGGCCGTTGGGA

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1EY43TF 733 0 0
GGACCCATCTCTTGGCTCACAAACAACAACAAATAAACGTTTTACTTTTTGCTCAGCACT
CAAACCGCAATGGCCGCCTCAACAATGGCTCTCTCCTCCCCTGTCTTCGCCGGAAAGGCC
GTTAAGCTTTCCCCAGCAGCATCAGAAGTCCTTGGAAGCGGCCGTGTGACAATGAGGAAG
ACCGTAGCCAAACCAAAGGGCCCATCAGGCAGCCCATGGTACGTATCCGAGAGAGTCAAG
TACTTGGGTCCATTCTCCGGCGAGCCACCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGAC
TACGGATGGGACACCGCCGGTCTCTCAGCCGATCCCGAGACGTTCGCAAGGAACCGTGAG
CTAGAAGTTATCCACTGCAGATGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGCGTCTTCCCGGAG
CTGTTGGCCAGGAACGGTGTCAAGTTCGGAGAAGCGGTTTGGTTCAAGGCCTGTTCGCAG
ATCTTCAGCGAAGGAGGACTTGATTACTTGGGAAACCCTAGCTTGGTTCATGCTCAGAGC
ATCTTGGCTATTTGGGCTACTCAAGTGATCTTGATGGGAGCCGTTGATGGTTACAGAGTC
GCAGGTGATGGGCCGTTGGGAGAGGCCGAGGACTTGCTTTACCCAGGTGGTAGCTTGGAC
CCGTTGGGTTTGGCTACTGACCCAGAGGC*TTTGCGGAGTTGAAG*TGAAG*AGATCAAG
AACGGA
GATGGCT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1EY43JQ 792 0 0
CCAAAGGGCCCATCAGGCAGCCCATGGTACGTATCCGAGAGAGTCAAGTACTTGGGTCCA
TTCTCCGGCGAGCCACCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGATGGGAC
ACCGCCGGTCTCTCAGCCGATCCCGAGACGTTCGCAAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATC
CACTGCAGATGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGCGTCTTCCCGGAGCTGTTGGCCAGG
AACGGTGTCAAGTTCGGAGAAGCGGTTTGGTTCAAGGCCTGTTCGCAGATCTTCAGCGAA
GGAGGACTTGATTACTTGGGAAACCCTAGCTTGGTTCATGCTCAGAGCATCTTGGCTATT
TGGGCTACTCAAGTGATCTTGATGGGAGCCGTTGATGGTTACAGAGTCGCAGGTGATGGG
CCGTTGGGAGAGGCCGAGGACTTGCTTTACCCAGGTGGTAGCTTGGACCCGTTGGGTTTG
GCTACTGACCCAGAGGCCTTTGCGGAGTTGAAGGTGAAGGAGATCAAGAACGGAAGATTG
GCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCTTTGTTCAAGCTATTGTCACTGGTAAGGGACCTTTG
GAGAATCTTGCTGACCATTTGGCTGATCCAGTCAACAACAATGCATGGGCTTTTGCTACC
AACTTTGTTCCCGGAAAGTGAGCAAAGTTTTTATCTGTAATTTGCTTCAGTATTTGCTTT
GTGTTAAGGGGAGAAAGAGATGTTGTTTAGATGTAAAATTTGCAAGTATTTGTATGATTT
ACCATTTAATC
G

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1GA09JQ 491 0 0
GGAGGACTTGATTACTTGGGAAACCCTAGCTTGGTTCATGCTCAGAGCATCTTGGCTATT
TGGGCTACTCAAGTGATCTTGATGGGAGCCGTTGAAGGTTACAGAGTCGCAGGTGATGGG
CCGTTGGGAGAGGCCGAGGACTTGCTTTACCCAGGTGGTAGCTTTGACCCGTTGGGTTTG
GCTACTGACCCAGAGGCCTTTGCGGAGTTGAAGGTGAAGGAGATCAAGAACGGAAGATTG
GCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCTTTGTTCAAGCTATTGTCACTGGTAAGGGACCTTTG
GAGAATCTTGCTGACCATTTGGCTGATCCAGTCAACAACAATGCATGGGCTTTTGCTACC
AACTTTGTTCCCGGAAAGTGAGCAAAGTTTTTATCTGTAATTTGCTTCAGTATTTGCTTT
GTGTTAAGGGGAGAAAGAGATGTTGTTTAGATGTAAAATTTGCAAGTATTTGTATGATTT
ACCATTTAATC

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1GJ79JQ 248 0 0
TTTTT
TATGTTTGGATTTTTTGTTCAAGCTATTGTCACTGGTAAGGGACCTTTGGAGAATTTTGC
TGACCATTTGGCTGATCCAGTCAACAACAATGCATGGGCTTTTGCTACCAACTTTGTTCC
CGGAAAGTGAGCAAAGTTTTTATTTGTAATTTGCTTCAGTATTTGCTTTGTGTTAAGGGG
AGAAAGAGATGTTGTTTAGATGTAAAATTTGCAAGTATTTGTATGATTTACCATTTAATC
AAA

QA 6 248 6 248
DS 



AS 2 25

CO CL8Contig1 1281 22 34 U
GGAAAACTGGAACTTAAAACAGACAAAGATGTTGAATGTACTAAGAAATGGTAACCCCGC
CCTTGTCGTTTTTATTTGCTTTGTGCTGATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTC
TGTGTACAACCCACACAACACCCTGATGAAGAAGCAGTTCGGAGAATGGCTTCAATACCA
CGGAAAATCATATGGAGAAAAGGATGAGTGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAA
TCTCCAGTGGATTGACTATGTCAACTCCCTCCACTTGTCCTTTAACTTAGCGGAAAACAG
ATTTGCTGACATGACCAACTCTGAATTTAAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTC
CTTGAGGTTAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGC
TGTGGACTGGAGGAAAGAAGGTGCTGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGG
CTGCTGGGCTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAA
TTTAGTAACTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGG
G*TGTAGCGGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCG
TCGCCTTGGACGACTACCCGTACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAAT
CCAAAAATAAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAACGAGGAGAGCT
TACAAGTCGCTGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTGGAATCGACGCTGATGGGTTTATCT
TTCAGTTCTACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTG
TGACTGTTGTTGGATATGGAGAAGAAGACGGTGAAAAGTACTGGATCGTGAAGAATACAT
GGGGAACTAGTTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGATGGAACGTGGTTATCGTAAAGACA
GGGGTAAATGTGGTATTACTATGCTGGCGAGCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGAAACAC
CAGAAGATTAAGAGAGCTATTTCTTTTTCCTTAACAGAGAATTAATATGAAAATTCTCTC
TGCATGACAA*TCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAATTACGATTGTGAAATAAAGTACTAG
AGATAATTGAGAACCAGGGTGTTGTTTACAGGATTCCAAAGATAAAATGCGGTTATAAAT
AGAAACATGTGTCTAGTCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 0 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 10 10 10 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 80 80 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 97 85 97 97 97 
97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 25 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
90 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 75 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 25 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 5 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 85 97 97 95 95 95 95 90 90 85 85 70 85 85 
85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 40 75 75 75 60 40 75 75 75 75 40 75 
75 40 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 40 75 75 75 75 75 40 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 55 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 20 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 
70 35 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GV40TF U 315
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AF RR1DB06TF U 9
AF RR1AQ45TF U 29
AF RR1BS56TF U 483
AF RR1AA52TF U 1
AF RR1BX34TF U 9
AF RR1A832TF U 29
AF RR1A916TF U 9
AF RR1AJ41TF U 9
AF RR1A916JQ C 856
AF RR1FQ74TF U 750
AF RR1GV40JQ C 640
AF RR1CY15TF U 545
AF RR1CY15JQ C 536
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AF RR1BX34JQ C 491
AF RR1A832JQ C 365
AF RR1AQ45JQ C 457
BS 1 8 RR1AA52TF
BS 9 10 RR1CS18TF
BS 11 50 RR1AA52TF
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BS 57 59 RR1A916TF
BS 60 72 RR1AA52TF
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BS 195 195 RR1A916TF
BS 196 258 RR1AA52TF
BS 259 259 RR1A916TF
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BS 286 286 RR1A916TF
BS 287 324 RR1AA52TF
BS 325 325 RR1A916TF
BS 326 354 RR1AA52TF
BS 355 355 RR1A916TF
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BS 412 412 RR1A916TF
BS 413 573 RR1AA52TF
BS 574 574 RR1A916TF
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BS 631 631 RR1CS18TF
BS 632 658 RR1AA52TF
BS 659 659 RR1A916TF
BS 660 679 RR1AA52TF
BS 680 680 RR1A916TF
BS 681 769 RR1AA52TF
BS 770 893 RR1A916TF
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BS 1156 1253 RR1FQ74TF
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RD RR1GV40TF 341 0 0
G
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CGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGCTGTGGACTGGAGGAA
AGAAGGTGCTGTGACTCCTATTA*AGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGGCTTTCGC
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AGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGG**TGTATCGGTGG*T
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TGGA

QA 2 337 2 337
DS 

RD RR1CS18TF 708 0 0
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TTTTGATTTGCTTTGTGCTGATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTCTGTGTACA
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CATATGTAGAAAAGGATGAGTGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAATCTCCAGT
GGATTGACTACGTCAACTCCCTCCACTTGTCCTTTAATTTAGCGGAAAACAGATTTGCTG
ACATGACCAACTCTGAGTTTAAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACCTCTTCCTTGAGGT
TAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTTAACCATCAGGCAATGTACCGGCCGCTGTGGACT
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CTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGTGAATTTAGTAA
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GGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTTGTCGCCTTG
GACGACTACCCATACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCTACCAAGAA

QA 1 708 1 708
DS 

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ACCCACACAACACCCTGATGAAGAAGCAGTTCGGAGAATGGCTTCAATACCACGGAAAAT
CATATGGAGAAAAGGATGAGTGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAATCTCCAGT
GGATTGACTATGTCAACTCCCTCCACTTGTCCTTTAACTTAGCGGAAAACAGATTTGCTG
ACATGACCAACTCTGAATTTAAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTCCTTGAGGT
TAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGCTGTGGACT
GGAGGAAAGAAGGTGCTGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGG
CTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAA
CTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGC
GGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTG
GACGACTACCCGTACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGAC
AAGAAAAT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1AQ45TF 686 0 0
ATGTTGAATGTACTAAGAAATGGTAACCCCGCCCTTGTCGTTTTTATTTGCTTTGTGCTG
ATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTCTGTGTACAACCCACACAACACCCTGATG
AAGAAGCAGTTCGGAGAATGGCTTCAATACCACGGAAAATCATATGGAGAAAAGGATGAG
TGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAATCTCCAGTGGATTGACTATGTCAACTCC
CTCCACTTGTCCTTTAACTTAGCGGAAAACAGATTTGCTGACATGACCAACTCTGAATTT
AAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTCCTTGAGGTTAAACAGCGACTATGTGCGG
GCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGCTGTGGACTGGAGGAAAGAAGGTGCTGTG
ACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGGCTTTCGCCACAGTTTCAGCT
ATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAACTCTCTCAGAACAACAACTC
ATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGCGGTGGATTAATGGAAACAGC
CTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTGGACGACTACCCGTACACAGC
CACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1BS56TF 216 0 0
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TAGTAACTCTCTCAGAACAACAACTCATAGACTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*
TGTAGCGGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTTGTC
GCCTTGGACGACTACCCATACACAGCCACAGATGGT

QA 1 216 1 216
DS 

RD RR1AA52TF 769 0 0
GGAAAACTCCAACTTAAAACAGACAAAGATGTTGAATGTACTAAGAAATGCTAACCTGAC
CCTTGTCGTTTTGATTTGCTTTGTGCTGATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTC
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CGGAAAATCATATGTAGAAAAGGATGAGTGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAA
TCTCCAGTGGATTGACTACGTCAACTCCCTCCACTTGTCCTTTAATTTAGCGGAAAACAG
ATTTGCTGACATGACCAACTCTGAGTTTAAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACCTCTTC
CTTGAGGTTAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTACCGGCCGC
TGTGGACTGGAGGAAAGAAGGTGCTGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGG
CTGCTGGGCTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAA
TTTAGTAACTCTCTCAGAACAACAACTCATAGACTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGG
G*TGTAGCGGTGGATTAATGGAAACAGCCT*TGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTTG
TCGCCTTGGACGACTACCCATACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAAT
CCAAAAATAAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAA

QA 1 769 1 769
DS 

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TTTTGATTTGCTTTGTGCTGATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTCTGTGTACA
ACCCACACAACACCCTGATGAAGAAGCAGTTCGGAGAATGGCTTCAATACCACGGAAAAT
CATATGTAGAAAAGGATGAGTGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAATCTCCAGT
GGATTGAATACGTCAACTCCCTCCACTTGTCCTTTAATTTAGCGGAAAACAGATTTGTTG
ACATGACCAACTCTGAGTTTAAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACCTCTTCCTTGAGGT
TAAACAGTGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTACCGGCCGCTGTGGACT
GGAGGAAAGAAGGTGCTGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGG
CTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAA
CTCTCTCAGAACAACAACTCATAGACTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGC
GGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTTGTCGCCTTG
GACGACTACCCATACACAGCCACAGATGGTACCG*CTGCGACCAAGAAAA*TCCAAAA*T
AAGATCGTTACA
T

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1A832TF 733 0 0
ATGTTGAATGTACTAAGAAATGGTAACCCCGCCCTTGTCGTTTTTATTTGCTTTGTGCTG
ATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTCTGTGTACAACCCACACAACACCCTGATG
AAGAAGCAGTTCGGAGAATGGCTTCAATACCACGGAAAATCATATGGAGAAAAGGATGAG
TGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAATCTCCAGTGGATTGACTATGTCAACTCC
CTCCACTTGTCCTTTAACTTAGCGGAAAACAGATTTGCTGACATGACCAACTCTGAATTT
AAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTCCTTGAGGTTAAACAGCGACTATGTGCGG
GCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGCTGTGGACTGGAGGAAAGAAGGTGCTGTG
ACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGGCTTTCGCCACAGTTTCAGCT
ATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAACTCTCTCAGAACAACAACTC
ATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGCGGTGGATTAATGGAAACAGC
CTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTGGACGACTACCCGTACACAGC
CACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAATAAGATCGTTACAATTACAGG
ATACCAAAAGGTA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1A916TF 885 0 0
GGAACTTAAAACAGAGAAAGATGTTGAATGTACTAAGAAATGGTAACCCCGCCCTTGTCG
TTTTTATTTGCTTTGTGCTGATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTCTGTGTACA
ACCCACACAACACCCTGATGAAGAAGCAGTTCGGAGAATGGCTTCAATACCACGGAAAAT
CATATGGAGAAAAGGATGAGTGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAATCTCCAGT
GGATTGACTATGTCAACTCCCTCCACTTGTCCTTTAACTTAGCGGAAAACAGATTTGCTG
ACATGACCAACTCTGAATTTAAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTCCTTGAGGT
TAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGCTGTGGACT
GGAGGAAAGAAGGTGCTGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGG
CTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAA
CTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGC
GGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTG
GACGGCTACCCGTACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAAT
AAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAACGAGGAGAGCTTACAAGTC
GCTGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTGGAATCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCAGTTC
TACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTCTCAAC

QA 1 885 1 885
DS 

RD RR1AJ41TF 869 0 0
GGAACTTAAAACAGAGAAAGATGTTGAATGTACTAAGAAATGGTAACCCCGCCCTTGTCG
TTTTTATTTGCTTTGTGCTGATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTCTGTGTACA
ACCCACACAACACCCTGATGAAGAAGCAGTTCGGAGAATGGCTTCAATACCACGGAAAAT
CATATGGAGAAAAGGATGAGTGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAATCTCCAGT
GGATTGACTATGTCAACTCCCTCCACTTGTCCTTTAACTTAGCGGAAAACAGATTTGCTG
TCATGACCAACTCTGAATTTAAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTCCTTGAGGT
TAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGCTGTGGACT
GGAGGAAAGAAGGTGCTGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGG
CTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAA
CTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGC
GGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTG
GACGACTACCCGTACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAAT
AAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAACGAGGAGAGCTTACAAGTC
GCTGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTGGAATCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCAGTTC
TACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTG

QA 1 869 1 869
DS 

RD RR1A916JQ 289 0 0
CTGGTATTTTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTTTCAACCATGCTGTGACTGTTGTTGGAT
ATGGAGAAGAAGACGGTGAAAAGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGGAACTAGTTGGG
GTGAAGAAGGCTACATACGGATGGAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGGTAAATGTGGTA
TTACTATGCTGGCGAGCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGAAACCCCAGAAGATTAAGAGA
GCTATTTCTTTTTCCTTAACAGAGAATTAATATGAAAATTCTTTCTGCA

QA 1 289 1 289
DS 

RD RR1FQ74TF 506 0 0
G
ACCAAAAGGTAGCACCGAACGAG*AGAGCTTACAAGTCGCTGCTGCTCAACAACCAGTGT
CAGTTGGAATCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCAGTTCTACTCTTCTGGTATTTTCACAG
GTTACTGTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGACTGTTGTTGGATATGGAGAAGAAGACG
GTGAAAAGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGGAACTAGTTGGGGTGAAGAAGGCTACA
TACGGATGGAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGGTAAATGTGGTATTACTATGCTGGCGA
GCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGAAACACCAGAAGATTAAGAGAGCTATTTCTTTTTCC
TTAACAGAGAATTAATATGAAAATTCTCTCTGCATGACAA*TCTACAATAGCGCAGCTAA
AATAATTACGATTGTGAAATAAAGTACTAGAGATAATTGAGAACCAGGGTGTTGTTTACA
GGATTCCAAAGATAAAATGCGGT
AT

QA 2 504 2 504
DS 

RD RR1GV40JQ 617 0 0
TCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTGGACGACTACCCGTACACAGCCACAGATGGTA
CCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAATAAGATCTTTACAATTACAGGATACCAAAAGG
TAGCACCGAACGAGGAGAGCTTACAAGTCGCTGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTGGAA
TCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCAGTTCTACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTGTG
GGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGACTGTTGTTGGATATGGAGAAGAAGACGGTGAAAAGT
ACTGGATCGTGAAGAATACATGGGGAACTAGTTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGATGT
AACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGGTAAATGTGGTATTACTATGCTGGCGAGCTATCCCT
TGCAGTGAATCCACGAAACACCAGAAGATTAAGAGAGCTATTTCTTTTTCCTTAACAGAG
AATTAATATGAAAATTCTCTCTGCATGACAA*TCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAATTAC
GATTGTGAAATAAAGTACTAGAGATAATTGAGAACCAGGGTGTTGTTTACAGGATTCCAA
AGATAAAATGCGGT
TAT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1CY15TF 676 0 0
GTAACTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TG
TAGCGGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGC
CTTGGACGACTACCCATACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAA
AAATAAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAACGAGGAGAGCTTACA
AGTCGCTGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTGGAATCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCA
GTTCTACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGAC
TGTTGTTGGATATGGAGAAGAAGACGGTGAAAAGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGG
AACTAGTTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGATGGAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGG
TAAATGTGGTATTACTATGCTGGCGAGCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGAAACACCAGA
AGATTAAGAGAGCTATTTCTTTTTCCTTAACAGAGAATTAATATGAAAATTCTCTCTGCA
TGACAA*TCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAATTACGATTGTGAAATAAAGTACTAGAGAT
AATTGAGAA
AAAAAAA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1CY15JQ 677 0 0
GGGAATTTAGTAACTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAAC
AAAGGG*TGTAGCGGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGG
ACTCGTCGCCTTGGACGACTACCCATACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGA
AAAATCCAAAAATAAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAACGAGGA
GAGCTTACAAGTCGCTGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTGGAATCGACGCTGATGGGTT
TATCTTTCAGTTCTACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTCTCAACCA
TGCTGTGACTGTTGTTGGATATGGAGAAGAAGACGGTGAAAAGTACTGGATCGTGAAGAA
TACATGGGGAACTAGTTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGATGGAACGTGGTTATCGTAA
AGACAGGGGTAAATGTGGTATTACTATGCTGGCGAGCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGA
AACACCAGAAGATTAAGAGAGCTATTTCTTTTTCCTTAACAGAGAATTAATATGAAAATT
CTCTCTGCATGACAAATCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAATTACGATTGTGAAATAAAGT
ACTAGAGATAATTGAGA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1DB06JQ 755 0 0
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AATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAACTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTG
TGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGCGGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAAT
ACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTGGACGACTACCCGTACACAGCCACAGATG
GTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAATAAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAA
AGGTAGCACCGAACGAGGAGAGCTTACAAGTCGCTGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTG
GAATCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCAGTTCTACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACT
GTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGACTGTTGTTGGATATGGAGAAGAAGACGGTGAAA
AGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGGAACTAGTTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGA
TGGAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGGTAAATGTGGTATTACTATGCTGGCGAGCTATC
CCTTGCAGTGAATCCACGAAACACCAGAAGATTAAGAGAGCTATTTCTTTTTCCTTAACA
GAGAATTAATATGAAAATTCTCTCTGCATGACAA*TCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAAT
TACGATTGTGAAATAGAGTACTAGAGATAATTGAG

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1AJ41JQ 753 0 0
GAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGGCTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAA
TCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAACTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTG
ATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGCGGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATAC
CTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTGGACGACTACCCGTACACAGCCACAGATGGT
ACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAATAAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAG
GTAGCACCGAACGAGGAGAGCTTACAAGTCGCTGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTGGA
ATCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCAGTTCTACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTGT
GGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGACTGTTGTTGGATATGGAGAAGAAGACGGTGAAAAG
TACTGGATCGTGAAGAATACATGGGGAACTAGTTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGATG
GAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGGTAAATGTGGTATTACTATGCTGGCGAGCTATCCC
TTGCAGTGAATCCACGAAACACCAGAAGATTAAGAGAGCTATTTCTTTTTCCTTAACAGA
GAATTAATATGAAAATTCTCTCTGCATGACAA*TCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAATTA
CGATTGTGAAATAAAGTACTAGAGATAATTGAG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1AA52JQ 847 0 0
AGGTTAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTACCGGCCGCTGTG
GACTGGAGGAAAGAAGGTGCTGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGC
TGGGCTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTA
GTAACTCTCTCAGAACAACAACTCATAGACTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TG
TAGCGGTGGATTAATGGAAACAGCCT*TGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTTGTCGC
CTTGGACGACTACCCATACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAA
AAATAAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAATGAGGCGAGCCTAGA
AGTCGCTGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTGGAATCGATGCTGACGGGTTTATCTTTCA
GTTCTACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGAC
TGTTGTTGGATATGGAGAAGAAGACGGTCAAAAGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGG
AACTGGTTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGATGGAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGG
TAAATGTGGTATTACTATGCTGGCAAGCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGAAACTCCAGA
AGATTAAGAGAGCCTTTTCTTTTTCGTTAACAGA*AATTAATATGAAAATTCTCTCTGTA
TGACAA*TCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAATTACGATTGTGAAATAAATTACTAGAGAT
AATTGAG

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1BS56JQ 770 0 0
TGCTGTGACTC*TATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGGCTTTCGCCACAGT
TTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAACTCTCTCAGAACA
ACAACTCATAGACTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGCGGTGGATTAATGG
AAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTTGTCGCCTTGGACGACTACCCAT
ACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAATAAGATCGTTACAA
TTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAATGAGGCGAGCCTAGAAGTCGCTGCTGCTCAAC
AACCAGTGTCAGTTGGAATCGATGCTGACGGGTTTATCTTTCAGTTCTACTCTTCTGGTA
TTTTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGACTGTTGTTGGATATGGAG
AAGAAGACGGTCAAAAGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGGAACTGGTTGGGGTGAAG
AAGGCTACATACGGATGGAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGGTAAATGTGGTATTACTA
TGCTGGCAAGCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGAAACTCCAGAAGATTAAGAGAGCCTTT
TCTTTTTCGTTAACAGA*AATTAATATGAAAATTCTCTCTGTATGACAA*TCTGCAATAG
CGCAGCTAAAATAATTACGATTGTGAAATAAATTACTAGAGATAATTGAG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1BX34JQ 721 0 0
TTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAACT
CTCTCAGAACAACAACTCATAGACTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGCGG
TGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTTGTCGCCTTGGA
CGACTACCCATACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAATAA
GATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAATGAGGCGAGCCTAGAAGTCGC
TGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTGGAATCGATGCTGACGGGTTTATCTTTCAGTTCTA
CTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGACTGTTGT
TGGATATGGAGAAGAAGACGGTCAAAAGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGGAACTGG
TTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGATGGAACGTGGTTATCGTAAAGA**GGGGTAAATG
TGGTATTACTATGCTGGCAAGCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGAAACTCCAGAAGATTA
AGAGAGCCTTTTCTTTTTCGTTAACAGA*AATTAATATGAAAATTCTCTCTGTATGACAA
*TCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAATTACGATTGTGAAATAAATTACTAGAGATAATTGA
G

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1A832JQ 917 0 0
AGGTTAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGCTGTG
GACTGGAGGAAAGAAGGTGCTGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGC
TGGGCTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTA
GTAACTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TG
TAGCGGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGC
CTTGGACGACTACCCGTACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAA
AAATAAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAACGAGGAGAGCTTACA
AGTCGCTGCTGCTCAACAGCCAGTGTCAGTTGGAATCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCA
GTTCTACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGAC
TGTTGTTGGATATGGAGAAGAAGACGGTGAAAAGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGG
AACTAGTTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGATGGAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGG
TAAATGTGGTATTACTATGCTGGCGAGCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGAAACACCAGA
AGATTAAGAGAGCTATTTCTTTTTCCTTAACAGAGAATTAATATGAAAATTCTCTCTGCA
TGACAA*TCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAATTACGATTGTGAAATAAAGTACTAGAGAT
AATTGAGAACCAGGGTGTTGTTTACAGGATTCCAAAGATAAAATGCGGTTATAAATAGAA
ACATGTGTCTAGTCTAG

QA 1 917 1 917
DS 

RD RR1AQ45JQ 825 0 0
TAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGGCTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGG
AATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAACTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTG
TGATACCGGCAGTTACAACAAAGGG*TGTAGCGGTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAAT
ACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTGGACGACTACCCGTACACAGCCACAGATG
GTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAATAAGATCGTTACAATTACAGGATACCAAA
AGGTAGCACCGAACGAGGAGAGCTTACAAGTCGCTGCTGCTCAACAGCCAGTGTCAGTTG
GAATCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCAGTTCTACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACT
GTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGACTGTTGTTGGATATGGAGAAGAAGACGGTGAAA
AGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGGAACTAGTTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGA
TGGAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGGTAAATGTGGTATTACTATGCTGGCGAGCTATC
CCTTGCAGTGAATCCACGAAACACCAGAAGATTAAGAGAGCTATTTCTTTTTCCTTAACA
GAGAATTAATATGAAAATTCTCTCTGCATGACAA*TCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAAT
TACGATTGTGAAATAAAGTACTAGAGATAATTGAGAACCAGGGTGTTGTTTACAGGATTC
CAAAGATAAAATGCGGTTATAAATAGAAACATGTGTCTAGTCTAG

QA 1 825 1 825
DS 



CO CL8Contig2 778 3 6 U
GTAATACTGTAAACAGCATCCTGGTTCTCAATTATCTCTAGTAATTTATTTCACAATCGT
AATTATTTTAGCTGCGCTATTGCAGATTGTCATACAGAGAGAATTTTCATATTAATTTCT
GTTAACGAAAAAAAAAAGGCTCTCTTAATCTTCTGGAGTTTCGTGGATTCACTGCAAGGG
ATAGCTTGCCAGCATAGTAATACCACATTTACCCCTGTCTTTACGATAACCACGTTCCAT
CCGTATGTAGCCTTCTTCACCCCAACCAGTTCCCCATGTATTCTTCACGATCCAGTACTT
TTGACCGTCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGTCACAGCATGGTTGAAACTTGACCCACA
GTAACCTGTGAAAATACCAGAAGAGTAGAACTGAAAGATAAACCCGTCAGCATCGATTCC
AACTGACACTGGTTGTTGAGCAGCAGCGACTTCTAGGCTCGCCTCATTCGGTGCTACCTT
TTGGTATCCTGTAATTGTAACGATCTTATTTTTGGATTTTTCTTGGTCGCAGCCGGTACC
ATCTGTGGCTGTGTATGGGTAGTCGTCCAAGGCGACAAGTCCACCATTAGCTATGAGGTA
TTCATAGGCTGTTCCCATTAATCCACCGCTACACCCTTTGTTGTAACTGCCGGTATCACA
GTCTATGAGTTGTTGTTCTGAGAGAGTTACTAAATTCCCTGTGTTTATCTTGTTGATTCC
TTCAATAGCTGAAACTGTGGCGAAAGCCCAGCAGCCTCCGCATTTTCCTTGATCTCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1FQ92JQ U 1
AF RR1FQ92TF C 510
AF RR1CS18JQ U 3
BS 1 190 RR1FQ92JQ
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RD RR1FQ92JQ 776 0 0
GTAATACTGTAAACAGCATCCTGGTTCTCAATTATCTCTAGTAATTTATTTCACAATCGT
AATTATTTTAGCTGCGCTATTGCAGATTGTCATACAGAGAGAATTTTCATATTAATTTCT
GTTAACGAAAAAAAAAAGGCTCTCTTAATCTTCTGGAGTTTCGTGGATTCACTGCAAGGG
ATAGCTTGCCTGCATAGTAATACCACATTTACCCCTGTCTTTACGATAACCACGTTCCAT
CCGTATGTAGCCTTCTTCACCCCAACCAGTTCCTCATGTATTCTTCACGATCCAGTACTT
TTGACCGTCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGTCACAGCATGGTTGAAACTTGACCCACA
GTAACCTGTGAAAATACCAGAAGAGTAGAACTGAAAGATAAACCCGTCAGCATCGATTCC
AACTGACACTGGTTGTTGAGCAGCAGCGACTTCTAGGCTCGCCTCATTCGGTGCTACCTT
TTGGTATCCTGTAATTGTAACGATCTTATTTTTGGATTTTTCTTGGTCGCAGCCGGTACC
ATCTGTGGCTGTGTATGGGTAGTCGTCCAAGGCGACAAGTCCACCATTAGCTATGAGGTA
TTCATAGGCTGTTCCCATTAATCCACCGCTACACCCTTTGTTGTAACTGCCGGTATCACA
GTCTATGAGTTGTTGTTCTGAGAGAGTTACTAAATTCCCTGTGTTTATCTTGTTGATTCC
TTCAATAGCTGAAACTGTGGCGAAAGCCCAGCAGCCTCCGCATTTTCCTTGATCTC

QA 1 776 1 776
DS 

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TTTTTGGA
TTTTCTTGGTCGCAGCCGGTACCATCTGTGGCTGTGTATGGGTAGTCGTCCAAGGCGACA
AGTCCACCATTAGCTATGAGGTATTCATAGGCTGTTCCCATTAATCCACCGCTACACC*T
TTGTTGTAACTGCCGGTATCACAGTCTATGAGTTGTTGTTCTGAGAGAGTTACTAAATTC
CCTGTGTTTATCTTGTTGATTCCTTCAATAGCTGAAACTGTGGCGAAAGCCCAGCAGCCT
CCGCATTT

QA 9 256 9 256
DS 

RD RR1CS18JQ 776 0 0
AATA
CTGTAAACAGCATCCTGGTTCTCAATTATCTCTAGTAATTTATTTCACAATCGTAATTAT
TTTAGCTGCGCTATTGCAGATTGTCATACAGAGAGAATTTTCATATTAATTTCTGTTAAC
GAAAAAGAAAAGGCTCTCTTAATCTTCTGGAGTTTCGTGGATTCACTGCAAGGGATAGCT
TGCCAGCATAGTAATACCACATTTACCCCTGTCTTTACGATAACCACGTTCCATCCGTAT
GTAGCCTTCTTCACCCCAACCAGTTCCCCATGTATTCTTCACGATCCAGTACTTTTGACC
GTCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGTCACAGCATGGTTGAAACTTGACCCACAGTAACC
TGTGAAAATACCAGAAGAGTAGAACTGAAAGATAAACCCGTCAGCATCGATTCCAACTGA
CACTGGTTGTTGAGCAGCAGCGACTTCTAGGCTCGCCTCATTCGGTGCTACCTTTTGGTA
TCCTGTAATTGTAACGATCTTATTTTTGGATTTTTCTTGGTAGCAGCCGGTACCATCTGT
GGCTGTGTATGGGTAGTCGTCCAAGGCGACAAGTCCACCATTAGCTATGAGGTATTCATA
GGCTGTTTCCATTAATCCACCGCTACACCCTTTGTTGTAACTGCCGGTATCACAGTCTAT
GAGTTGTTGTTCTGAGAGAGTTACTAAATTCACTGTGTTTATCTTGTTGATTCCTTCAAT
AGCTGAAACTGTGGCGAAAGCCCAGCAGCCTCCGCATTTTCCTTGATCTCTA

QA 5 776 5 776
DS 



AS 1 23

CO CL9Contig1 1833 23 25 U
GGATAAGCTCTCTCTCCCCTCTCACTAAATATATCTCTTAACTCTATTCTTCTTGTTCTT
CTTCACGAGATTAAGGATGAATGAATTTGGAGCTAAGTACGAGTGTTTGTTCTTTGATAT
GGACGATACTCTATACCCTTTGAGCATTGGAATCAACTTAGCATGTCGAAACAACATCCA
AGAGTTCATGCTTAATCAACTAGGTATCGAAGAGAGTGAAGTTCCGAAGATGTGTCTTGA
TCTTTACAAAGAATATGGAACCACCATGGCTGGTCTCAAGCTCATGGGTTATGAGTTCGA
CAACGATGAGTTCCATGAATATGTCCATGGAAGACTTCCTTACGAGAAACTTAAACCTGA
CCCCATCCTCCGTAACCTTCTTATCTCTATGCCTCACCGTAAGATCATCTTTACTAATGC
AGACAAAGCTCACGCGACACGAACTCTTAGCCGTTTGGGTTTAGAGGACTGCTTCGAAGG
AATCATTTGCTTCGAAACACTAAACCCTTCTTCTAACACTAACACTCAGATCCTCTGCAA
ACCCTCTGTCCAAGCCTTTGAAGCAGCCATTCGCATAGTAGGCATCGTTGATCCACGCAA
AACGATGTTCTTCGATGACAGTGTTCGTAACATCGCTAGTGCTAAAGCAGCAGGGCTCAA
AACCGTGTTCGTGGGTGACTCGGTGCTAGTTCCATGTGCAGACTATGCACTAAGCAGCAT
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GCCAATTGTTCAGCAAGTGGCGGTTGAAACCATGGTTCAAGCTTAAAAGACAGATACTAC
TTTAAATAAGAATCTTACATGTGATTAAGAGGAACCTTTCATTGTACTTTCAAACTCATA
TGTAATCATAAATAAATAAAAAACATAAGACCATAATAACTTGAAGGGAACTCTCATAAT
AGCAAAAACAAAGATACAACATTGAAGGCTTCAAGCTTCAAGTGGGAGCTCTCCACAGGC
ATAGATTCTGCAACCTTTCTTAGGAACATTGAAGGCGCGTGTCTCCTGAGATTCAAGTGT
CCTCACAAGCTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCA
TGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTGGC
CATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTGGC
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GAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCAGT
ACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATCAC
AATCCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTT
AGCCTGAGGTGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCTGT
TCTTTGTTTATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTTTTGCTTAAGAGGGAAACTTGC
TGCATAGTGCAGTCTCGAAGACAATGCAGAGCCAGAGGAACGAGCTCCGACACAAACTGG
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CATCTGCATTGAAGACAAAGACGCCATTGATTTGTGACGAAGAGGATGACTTTTAGTTTT
GCTTTGACAACAGTCTCTAGTTTCAGATCCCCT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 60 45 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
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97 97 97 97 97 95 95 65 95 95 95 95 95 90 90 90 90 90 90 90 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 10 10 10 

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ACCCTCTGTCCAAGCCTTTGAAGCAGCCATTCGCATAGTAGGCATCGTTGATCCACGCAA
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A*CCGTGTTCGTGGGTGACTCGGTGCTAGTTCCATGTGCAGACTATGCACTAAGCAGCAT
TCACAACCTTAA*GAAGCTATACCTGATCTA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1BA32TF 800 0 0
GG
AAGCTCTCTCTCCCCTCTCACTAAATATATCTCTTAACTCTATTCTTCTTGTTCTTCTTC
ACGAGATTAAGGATGAATGAATTTGGAGCTAAGTACGAGTGTTTGTTCTTTGATATGGAC
GATACTCTATACCCTTTGAGCATTGGAATCAACTTAGCATGTCGAAACAACATCCAAGAG
TTCATGCTTAATCAACTAGGTATCGAAGAGAGTGAAGTTCCGAAGATGTGTCTTGATCTT
TACAAAGAATATGGAACCACCATGGCTGGTCTCAAGCTCATGGGTTATGAGTTCGACAAC
GATGAGTTCCATGAATATGTCCATGGAAGACTTCCTTACGAGAAACTTAAACCTGACCCC
ATCCTCCGTAACCTTCTTATCTCTATGCCTCACCGTAAGATCATCTTTACTAATGCAGAC
AAAGCTCACGCGACACGAACTCTTAGCCGTTTGGGTTTAGAGGACTGCTTCGAAGGAATC
ATTTGCTTCGAAACACTAAACCCTTCTTCTAACACTAACACTCAGATCCTCTGCAAACCC
TCTGTCCAAGCCTTTGAAGCAGCCATTCGCATAGTAGGCATCGTTGATCCACGCAAAACG
ATGTTCTTCGATGACAGTGTTCGTAACATCGCTAGTGCTAAAGCAGCAGG*CTCAAAACC
GTGTTCGTGGGTGACTCGGTGCTAGTTCCAGGTGCAGACTATGCACTAAGCAGCATTCAC
AACCTTAA*GAAGCTATACCTGATCTATGGGAAGACAACAAAGATGAGAAG*TGGAGCCA
ATTGTTCAGCAAGTGGCG

QA 3 800 3 800
DS 

RD RR1E682TF 776 0 0
G
ACGAGATTAAGGATGAATGAATTTGGAGCTAAGTACGAGTGTTTGTTCTTTGATATGGAC
GATACTCTATACCCTTTGAGCATTGGAATCAACTTAGCATGTCGAAACAACATCCAAGAG
TTCATGCTTAATCAACTAGGTATCGAAGAGAGTGAAGTTCCGAAGATGTGTCTTGATCTT
TACAAAGAATATGGAACCACCATGGCTGGTCTCAAGCTCATGGGTTATGAGTTCGACAAC
GATGAGTTCCATGAATATGTCCATGGAAGACTTCCTTACGAGAAACTTAAACCTGACCCC
ATCCTCCGTAACCTTCTTATCTCTATGCCTCACCGTAAGATCATCTTTACTAATGCAGAC
GAAGCTCACGCGACACGAACTCTTAGCCGTTTGGGTTTAGAGGACTGCTTCGAAGGAATC
ATTTGCTTCGAAACACTAAACCCTTCTTCTAACACTAACACTCAGATCCTCTGCAAACCC
TCTGTCCAAGCCTTTGAAGCAGCCATTCGCATAGTAGGCATCGTTGATCCACGCAAAACG
ATGTTCTTCGATGACAGTGTTCGTAACATCGCTAGTGCTAAAGCAGCAGGGCTCAAAACC
GTGTTCGTGGGTGACTCGGTGCTAGTTCCAGGTGCAGACTATGCACTAAGCAGCATTCAC
AACCTTAAAGAAGCTATACCTGATCTATGGGAAGACA*CAAAGATGAGAAG*TGGAGCCA
*TTGTTCAGCAAGTGGCGGTTGAA*CCATGGTTCA*GCTTA*AAGACAGATACTA

QA 2 776 2 776
DS 

RD RR1EV03JQ 763 0 0
AGAGTTCATGCTTAATCAACTAGGTATCGAAGAGAGTGAAGTTCCGAAGATGTGTCTTGA
TCTTTACAAAGAATATGGAACCACCATGGCTGGTCTCAAGCTCATGGGTTATGAGTTCGA
CAACGATGAGTTCCATGAATATGTCCATGGAAGACTTCCTTACGAGAAACTTAAACCTGA
CCCCATCCTCCGTAACCTTCTTATCTCTATGCCTCACCGTAAGATCATCTTTACTAATGC
AGACAAAGCTCACGCGACACGAACTCTTAGCCGTTTGGGTTTAGAGGACTGCTTCGAAGG
AATCATTTGCTTCGAAACACTAAACCCTTCTTCTAACACTAACACTCAGATCCTCTGCAA
ACCCTCTGTCCAAGCCTTTGAAGCAGCCATTCGCATAGTAGGCATCGTTGATCCACGCAA
AACGATGTTCTTCGATGACAGTGTTCGTAACATCGCTAGTGCTAAAGCAGCAGGGCTCAA
AACCGTGTTCGTGGGTGACTCGGTGCTAGTTCCATGTGCAGACTATGCACTAAGCAGCAT
TCACAACCTTAAGGAAGCTATACCTGATCTATGGGAAGACAACAAAGATGAGAAGGTGGA
GCCAATTGTTCAGCAAGTGGCGGTTGAAACCATGGTTCAAGCTTAGAAGACAGATACTAC
TTTAAATAAGAATCTTACATGTGATTAAGAGGAACCTTTCATTGTACTTTCAAACTCATA
TGTAATCATAAATAAATAAAAAACATAAGACCATAATAACT
CG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1DB39JQ 511 0 0
GG
GATTAAAAGGAACCTTTCATCGTACTTTCAAACTCATATGTAATCATAAATAAATAAAAA
ACATAAAACCATAATAACTTGAAGGGAACTCTCATAATAGCAAAAACAAAGATACAACAT
TGGAGGCTTCAAGCTTCAAGTGGGAGCTCTCCACAGGCATAAATTCTGCAACCTTTCTTA
GGAACATTGAAGGCGCGTGTCTCCTGAAATTCAAGTGTCCTCACAAGCTTCATACCTTCA
AGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAATG
AAAAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATGCTCAAAATTCCAGGTCCA
GTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCCAATTTGGCACCGTAAATACTAATACCTCCA
GTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGG
AAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTT

QA 3 511 3 511
DS 

RD RR1DS34JQ 677 0 0
ACTTTAAATAAGAATCTTACATGTGATTAAGAGGAACCTTTCATTGTACTTTCAAACTCA
TATGTAATCATAAATAAATAAAAAACATAAGACCATAATAACTTGAAGGGAACTCTCATA
ATAGCAAAAACAAAGATACAACATTGAAGGCTTCAAGCTTCAAGTGGGAGCTCTCCACAG
GCATAGATTCTGCAACCTTTCTTAGGAACATTGAAGGCGCGTGTCTCCTGAGATTCAAGC
GTCCTCACAAGCTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAAC
CATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTG
GCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTG
GCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATC
ATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCA
GTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATC
ACAATCCTTC*AGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACT
TTAGCCTGAGGTGGTTC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1FD34JQ 659 0 0
G
GAATCTTACATGTGATTAAGAGGAACCTTTCATTGTACTTTCAAACTCATATGTAATCAT
AAATAAATAAAAAACATAAGACCATAATAACTTGAAGGGAACTCTCATAATAGCAAAAAC
AAAGATACAACATTGAAGGCTTCAAGCTTCGAGTGGGAGCTCTCCACAGGCATAGATTCT
GCAACCTTTCTTAGGAACATTGAAGGCGCGTGTCCCCTGAGATTCAAGTGTCCTCACAAG
CTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCATGAAGTTTG
GACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATGCTCAA
GATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCGTAGAT
ACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTTT
GATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGAC
GCGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATCACAATCCTTCC
AGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGA

QA 2 659 2 659
DS 

RD RR1FY44JQ 675 0 0
AG
GAATCTTACATGTGGTTAAGAGGAACCTTTCATTGTACTTTCAAACTCATATGTAATCAT
AAATAAATAAAAAACATAAGACCATAATAACTTGAAGGGAACTCTCATAATAGCAAAAAC
AAAGATACAACATTGAAGGCTTCAAGCTTCAAGTGGGAGCTCTCCACAGGCATAGATTCT
GCAACCTTTCTTAGGAACATTGAAGGCGCGTGTCTCCTGAGATTCAAGTGTCCTCACAAG
CTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTAGTTATCTAACCATGAAGTTTG
GACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATGCTCAA
GATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCGTAAAT
ACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTTT
GATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGAC
ACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATCACAATCCTTCC
AGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAGG
TGGTTCCAGCACT

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR1FH45JQ 780 0 0
CG
AGCTTAAAAGACAGATACTACTTTAAATAAGGATCTTACATGTGATTAAGAGGAACCTTT
CATTGTACTTTCAAACTCATATGTAATCATAAATAAATAAAAAACATAAGACCATAATAA
CTTGAAGGGAACTCTCATAATAGCAAAAACAAAGATACAACATTGAAGGCTTCAAGCTTC
AAGTGGGAGCTCTCCACAGGCATAGATTCTGCAACCTTTCTTAGGAACATTGAAGGCGCG
TGTCTCCTGAGATTCAAGTGTCCTCACAAGCTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACAC
AACATGCTTGTTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATT
AGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAA
GTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGT
GAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTA
TCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGAC
ATCACCAAACAGACCCATCACAATCCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAA
GTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAGGTGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGC
CATTGATTTGACACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAAT

QA 3 780 3 780
DS 

RD RR1BL66JQ 736 0 0
GTGATTAAGAGGAACCTTTCATTGTACTTTCAAACTCATATGTAATCATAAATAAATAAA
AAACATAAGACCATAATAACTTGAAGGGAACTCTCATAATAGCAAAAACAAAGATACAAC
ATTGAAGGCTTCAAGCTTCAAGTGGGAGCTCTCCACAGGCATAGATTCTGCAACCTTTCT
TAGGAACATTGAAGGCGCGTGTCTCCTGAGATTCAAGTGTCCTCACAAGCTTCATACCTT
CAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAA
TGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATGCTCAAGATTCCAGGTC
CAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTC
CAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGAT
GGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTT
CAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATCACAATCCTTCCAGCGACTTCAC
CACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAGGTGGTTCCAGCA
CTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCG
CATACGCTCCGGCGAA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1CK25JQ 766 0 0
AGCTTAAAAGACAGATACTACTTTAAATAAGAATCTTACATGTGATTAAGAGGAACCTTT
CATTGTACTTTCAAACTCATATGTAATCATAAATAAATAAAAAACATAAGACCATAATAA
CTTGAAGGGAACTCTCATAATAGCAAAAACAAAGATACAACATTGAAGGCTTCAAGCTTC
AAGTGGGAGCTCTCCACAGGCATAGATTCTGCAGCCTTTCTTAGGAACATTGAAGGCGCG
TGTCTCCTGAGATTCAAGTGTCCTCACAAGCTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACAC
AACATGCTTGTTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATT
AGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAA
GTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGT
GAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTA
TCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGAC
ATCACCAAACAGACCCATCACAATCCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAA
GTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAGGAGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGC
CATTGATTCGACACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCGCATAC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1BB89JQ 819 0 0
CA
AGCTTAAAAGACAGATACTACTTTAAATAAGAATCTTACATGTGATTAAGAGGAACCTTT
CATTGTACTTTCAAACTCATATGTAATCATAAATAAATAAAAAACATAAGACCATAATAA
CTTGAAGGGAACTCTCATAATAGCAAAAACAAAGATACAACATTGAAGGCTTCAAGCTTC
AAGTGGGAGCTCTCCACAGGCATAGATTCTGCAACCTTTCTTAGGAACATTGAAGGCGCG
TGTCTCCTGAGATTCAAGTGTCCTCACAAGCTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACAC
AACATGCTTGTTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATT
AGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATGATCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAA
GTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGT
GAAGTCACCTCCTTGGATCATGGAATCTTTGATGATAAGATGGAAGGAAGAACCCTTGTA
TCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGAC
ATCACCAAACAGACCCATCACAATCCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAA
GTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAGGTGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGC
CATTGATTTGACACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTT
TTGCTTAAGAGGGAAACTTGCTGCATAGTGCAGTCTC

QA 3 819 3 819
DS 

RD RR1B425JQ 824 0 0
AAAAGACAGATACTACTTTAAATAAGAATCTTACATGTGATTAAGAGGAACCTTTCATTG
TACTTTCAAACTCATATGTAATCATAAATAAATAAAAAACATAAGACCATAATAACTTGA
AGGGAACTCTCATAATAGCAAAAACAAAGATACAACATTGAAGGCTTCAAGCTTCAAGTG
GGAGCTCTCCACAGGCATAGATTCTGCAACCTTTCTTAGGAACATTGAAGGCGCGTGTCT
CCTGAGATTCAAGTGTCCTCACAAGCTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACACAACAT
GCTTGCTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGT
TAGGACCAGCGTTGGCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTT
CGTCTTCGAATTTGGCACCGTAAATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGT
CACCTCCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCAT
ACTTCTTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCAC
CAAACAGACCCATCACAATCCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAA
CCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAGGTGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTG
ATTTGACACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTTTTGCT
TAAGAGGGAAACTTGCTGCATAGTGCAGTCTCGAAGACAATGCA

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1CC86TF 623 0 0
GGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTCGGACATGCTCA
AGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCGTAGA
TACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTT
TGATGATACGATGGAGGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGA
CACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATCACAATCCTTC
CAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTGAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAG
GTGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCTGTTCTTTGTC
TATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTTTTGCTTAAGAGGGAAACTTGCAGCATAGT
GCAGTCTCGAAGACAATGCAGAGCCAGAGGAACGAGCTCCGACACAAACTGGTTGAGATG
TTCGGTTTGCTGAAACTAACTGCGACTTAACAACAATCTGAGAAGTGTGAACCATCTGCA
TTGAAGACAAAGACGCCATTGAT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1CK25TF 761 0 0
GATTCAAGTGTC*TCACAAGCTTCATAC*TTCAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTG
TTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGA
CCAGCGTTGGCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCT
TCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCT
CCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTC
TTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAAC
AGACCCATCACAATCCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTG
TGTGTCACTTTAGCCTGAGGAGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTCG
ACACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTTTTGCTTAAGA
GGGAAACTTGCTGCATAGTGCAGTCTCGAAGACAATGCAGAGCCAGAGGAACGAGCTCCG
ACACAAACTGGTTGAGATGTTCGGTTTGCTGAAACTAACTGCGACTTAACAACAATCTGA
GAAGTGTGAACCATCTGCATTGAAGACAA*GACGCCATTGATTTGTGACGAAGAGGATGA
CTTTTAGTTTTGCTTTGACAACAGTCTCTAGTTTCAGATCC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1DS34TF 722 0 0
TGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCATGAAGTT*GGACAGTGCAAATGAAGAAC
TGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGC
TTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCA
TTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAA
GAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTT
TTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATCACAATCCTTC*AGCGACTTCACCACCAATC
TCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAGGTGGTTCCAGCACTTCTTCT
TCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCGCATACGCT
CCGGCGAATTTTTGCTTAAGAGGGAAACTTGCTGCATAGTGCAGTCTCGAAGACAATGCA
GAGCCAGAGGAACGAGCTCCGACACAAACTGGTTGAGATGTTCGGTTTGCTGAAACT***
*GCGACTTAACAACAATCTGAGAAGTGTGAACCATCTGCATTGAAGACAAAGACGCCATT
GATTTGTGACGAAGAGGATGACTTTTAGTTTTGCTTTGACAACAGTCTCTAGTTTCAGAT
CC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1FH45TF 766 0 0
GATTCAAGTGTCCTCACAAGCTTCATAC*TTCAAGGACT*GTCCAAACACAACATGCTTG
TTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGA
CCAGCGTTGGCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCT
TCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCT
CCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTC
TTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAAC
AGACCCATCACAATCCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTG
TGTGTCACTTTAGCCTGAGGTGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTG
ACACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTTTTGTTTAAGA
GGGAAACTTGCTGCATAGTGCAGTCTCGAAGACAATGCAGAGCCAGAGGAACGAGCTCCG
ACACAAACTGGTTGAGATGTTCGGTTTGCTGAAACTAACTGCGACTTAACAACAATCTGA
GAAGTGTGAACCATCTGCATTGAAGACAAAGACGCCATTGATTTGTGACGAAGAGGATGA
CTTTTAGTTTTGCTTTGACAACGGTCTCTAGTTTCAGAT
AAGAGCC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1BT50TF 751 0 0
ACAAGCTTCATACCTTCAAGGACT*GTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCATGAA
GTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATG
CTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCG
TAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAA
TCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCAGTACAC
AAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATCACAATC
CTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCC
TGAGGTGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCTGTTCTT
TGTTTATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTTTTGCTTAAGAGGGAAACTTGCTGCA
TAGTGCAGTCTCGAAGACAATGCAGAGCCAGAGGAACGAGCTCCGACACAAACTGGTTGA
GATGTTCGGTTTGCTGAAACTAACTGCGACTTAACAACAATCTGAGAAGTGTGAACCATC
TGCATTGAAGACAAAGACGCCATTGATTTGTGACGAAGAGGATGACTTTTAGTTTTGCTT
TGACAACAGTCTCTAGTTTCAGAT
AAGAGCC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1B425TF 740 0 0
ATACTTTCAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGCTATCTAACCATGAAGTTTGGACA
GTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATGCTCAAGATT
CCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCGTAGATACTA
ATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTTTGATG
ATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGACACGG
AAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATCACAATCCTTCCAGCG
ACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAGGTGGT
TCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCTGTTCTTTGTTTATTG
ATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTTTTGCTTAAGAGGGAAACTTGCTGCATAGTGCAGT
CTCGAAGACAATGCAGAACCAGAGGAACGAGCTCCGACACAAACTGGTTGAGATGTTCGG
TTTGCTGAAACTAACTGCGACTTAACAACAATCTGAGAAGTGTGAACCATCTGCATTGAA
GACAAAGACGCCATTGATTTGTGACGAAGAGGATGACTTTTAGTTTTGCTTTGACAACAG
TCTCTAGTTTCAGATCCCCT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1BL66TF 700 0 0
TATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGAC
CAGCGTTGGCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTT
CGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTC
CTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCT
TCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACA
GACCCATCACAATCCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGT
GTGTCACTTTAGCCTGAGGTGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGA
CACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTTTTGCTTAAGAG
GGAAACTTGCTGCATAGTGCAGTCTCGAAGACAATGCAGAGCCAGAGGAACGAGCTCCGA
CACAAACTGGTTGAGATGTTCGGTTTGCTGAAACTAACTGCGACTTAACAACAATCTGAG
AAGTGTGAACCATCTGCATTGAAGACAAAGACGCCATTGATTTGTGACGAAGAGGATGAC
TTTTAGTTTTGCTTTGACAACAGTCTCTAGTTTCAGATCC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1FY44TF 579 0 0
GAATTTGGCAC*GTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCC
TTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTT
CTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAG
ACCCATCACAATCCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTG
TGTCACTTTAGCCTGAGGTGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGAC
ACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTTTTGCTTAAGAGG
GAAACTTGCTGCATAGTGCAGTCTCGAAGACAATGCAGAGCCAGAGGAACGAGCTCCGAC
ACAAACTGGTTGAGATGTTCGGTTTGCTGAAACTAACTGCGACTTAACAACAATCTGAGA
AGTGTGAACCATCTGCATTGAAGACAAAGACGCCATTGATTTGTGACGAAGAGGATGACT
TTTAGTTTTGCTTTGACAACAGTCTCTAGTTTCAGATCC

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1DB39TF 692 0 0
CATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTG
GCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTG
GCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATC
ATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCA
GTACACAAGACACGGAAGTTTTCAACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATC
ACAATCCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTATGTGTCACT
TTAGCCTGAGGTGGTTCCAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCT
GTTCTTTGTTTATTGATGGTCGCATACGCTCCGGCGAATTTTTGCTTAAGAGGGAAACTT
GCTGCATAGTGCAGTCTCGAAGACAATGCAGAGCCAGAGGAACGAGCTCCGACACAAACT
GGTTGAGATGTTCGGTTTGCTGAAACTAACTGCGACTTAACAACAATCTGAGAAGTGTGA
ACCATCTGCATTGAAGACAAAGACGCCATTGATTTGTGACGAAGAGGATGACTTTTAGTT
TTGCTTTGACAACAGTCTCTAGTTTCAGATCC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1BB89TF 729 0 0
AAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAAT
GAAGAACTGGCTTCCATTAGTGTTAGGACCAGCGTTGGCCATGATCAAGATTCCAGGTCC
AGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCGTCTTCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTCC
AGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGGAATCTTTGATGATAAGATG
GAAGGAAGAACCCTTGTATCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTTTC
AACGGTTTTAGGGACGACATCACCAAACAGACCCATCACAATCCTTCCAGCGACTTCACC
ACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAGGTGGTTCCAGCAC
TTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCTGTTCTTTGTTTATTGATGGTCGC
ATACGCTCCGGCGAATTTTTGCTTAAGAGGGAAACTTGCTGCATAGTGCAGTCTCGAAGA
CAATGCAGAGCCAGAGGAACGAGCTCCGACACAAACGGGTTGAGATGTTCGGTTTGCTGA
AACTAACTGCGACTTAACAACAATCTGAGAAGTGTGAACCATCTGCATTGAAGACAAAGA
CGCCATTGATTTGTGACGAAGAGGATGACTTTTAGTTTTGCTTTGACAACAGTCTCTAGT
TTCAGATCC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 24

CO CL10Contig1 4286 24 46 U
GAAGTATAAGTTCCTTGTGTCAGAATTGAGAAATTCTATGACTCGAATCTTTAGTATTAT
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BS 3117 3155 RR1FG57TF
BS 3156 3273 RR1H349TF
BS 3274 3275 RR1GK69TF
BS 3276 3398 RR1H349TF
BS 3399 3399 RR1GK69TF
BS 3400 3665 RR1H349TF
BS 3666 3730 RR1GK69TF
BS 3731 3731 RR1DS70TF
BS 3732 3761 RR1GK69TF
BS 3762 3762 RR1DS70TF
BS 3763 3821 RR1GK69TF
BS 3822 4183 RR1DS70TF
BS 4184 4286 RR1DS70JQ

RD RR1EN08TF 678 0 0
GAAGTATAAGTTCCTTGTGTCAGAATTGAGAAATTCTATGACTCGAATCTTTAGTATTAT
CTTATTTATTACCTGTGTCTACTATTTAGGCAGAATACCATCACCCATTTTTACTAAGAA
ACTAAAAGGAACCTCAGAAACGGGTGGGACTAAACAGGACCAAGAGGTATCCACCAAAGA
AGCTCCTTTTCCTTCTCTTTTTTCGGAAGAAAGGGAGGATCTGGACAAAATCGATGAAAT
GGAAGAAATCGGAGTGAATGGAAAAGACAAAATTAATAAGGATGATGAATTCCACGTTCG
AACATACTATAACTATAAAACAGTTTCTGAAAATCGAGATGGAAATAAAGAAAATTCGAA
TTTAGAATTTTTCAAAATAAAAAAAAAAAGAGGATCATTTTTTATGGTTTGAAAAACCTT
TTGTAACTCTAGTTTTCGATTATAAAAGATGGAATAGACCAAATCGATATATAAAAAATG
ATAAAATTGAAAATACTGTAAGAAATGAAATGTCACAATATTTTTTTTATACATGCCAAA
GTGATGGAAAAGAACGAATATCTTTTACATATCCCCCCAACCTTTCAACGTTTTTTGAAA
TGATACAAAAAAA*GATCCCTTCATTTACAACAGAAAAAACACCCTCGGATCAAGTTTAT
ACTTGTTGGAGTTTGGTC

QA 1 678 1 678
DS 

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GGAAAAAAGGGAGGATCTGGACAAAATCGATGAAATGGAAGAAATCGGAGTGAATGGAAA
AGACAAAATTAATAAGGATGATGAATTCCACGTTCGAACATACTATAACTATAAAACAGT
TTCTGAAAATCGAGATGGAAATAAAGAAAATTCGAATTTAGAATTTTTCAAAATAAAAAA
AAAA*GAGGATCATTTTTTATGGTTTGAAAAACCTTTTGTAACTCTAGTTTTCGATTATA
AAAGATGGAATAGACCAAATCGATATATAAAAAATGATAAAATTGAAAATACTGTAAGAA
ATGAAATGTCACAATATTTTTTTTATACATGCCAAAGTGATGGAAAAAAACGGATATCTT
TTACATATCCCCCCAACCTTTCAACGTTTTTTGAAATGATACAAAAAAA*GATCCCTTCA
TTTACAACAAAAAAAACACCCTCGGATCAAGTTTATACTTGTTGGAGTTTGGTCAATGAA
AAAAAAAAGGAAAATTTAAAAAACGAATTTTTAAATAAAATTGAAGCTTTAAATAAAAAA
TGGTCTGTTGAAAATATACTGGAAAAAGCGACTCGATTTTGTCATAACGAAACTCAAAA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1BF43TF 848 0 0
TGTAACTCTAGTTTTCGATTATAAAAGATGGAATAGACCAAATCGATATATAAAAA*TGA
TAAAATTGAAAATACTGTAAGAAATGAAATGTCACAATATTTTTTT*ATACATGCCAAAG
TGATGGAAAAGAACGGATATCTTTTACATATCCCCCCAACCTTTCAACGTTTTTTGAAAT
GATACAAAAAAAAGATCCCTTCATTTACAACAGAAAAAACACCCTCGGATCAAGTTTATA
CTTGTTGGAGTTTGGTCAATGAAGAAAAAAAGGAAAATTTAAAAAACGAATTTTTAAATA
GAATTGAAGCTTTAGATAAGAAATGGTCTGTTGAAAATATACTGGAAAAAGCGACTCGAT
TTTGTCATAACGAAACTCAAAAAGAATATTTACCTAAAATTTATGACCCATTTTTACATG
GGATCTCGCGCGGAAGAATCAAAAAATTATCTCCGTTCCAAATCATAACCAAAACCTATA
AAAAAAAGAATATAAGAGGATCTTGGATAAACAAAATTCATGGTATACTTCTGAAGATTA
ATTCTCAAAAATTTGAACAAACAATAGAAAAATTTAAAAGAAAATCTT*ATCAATAGAGA
AAAAACTTTCTTTTTTTTCAGAACCCCAAGAAGAAAAAATTCAGTCGGAAGAAGAAATAA
AAATTTTCAAAATTTTATTTGATATCGTTATAATTTATAATAATGATCAAACTCTTATAA
AAAATTTTATTGATTTCCATGAAATCAATAAACAAGTTCCTAAATGGTCATACAAATTAA
CAAGTGAATTGGAAGCGGTGGAAGGCGAAACTGAAGAAAATATACCAACCGAGCCTGGAA
TTCGTTC
C

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1EN08JQ 631 0 0
TCTGAAGATTAATTCTCAAAAATTTGAACAAACAATAGAAAAATTTAAAAGAAAATCTTT
ATCAATAGAGAAAAAACTTTCTTTTTTTTCAGAACCCCAAGAAGAAAAAATTCAGTCAGA
AGAAGAAATAAAAATTTTCAAAATTTTATTTGATATCGTTATAATTTATAATAATGATCA
AACTTTTATAAAAAATTTTATTGATTTCCATGAAATCAATAAACAAGTTCCTCAATGGTC
ATACAAATTAACAAGTGAATTGGAAGCGGTGGAAGGCGAAACTGAAGAAAATATACCAAC
CGAGCCTGGAATTCGTTCAAGAAAAGCAAAACTTGTAGTGGTTTTTACTGATTTAAAAGA
ACCGCATAACGAGATTTATACTAATCTCAAAGATAATCAAAATTCTGATCAACCAGATGA
AATGACTTTGATTCGTTATTCAGGACAATTTGATTTTTGTCGAGACATAATTAAAGGATC
CATGCGTTCCCAAAGGCGTAAAACTGTTATTTGGGAATTTTTGCAAGCCAAAGCACATTC
GCCCCTTTTTTT*GATAGAATAGATAAATTTTTTTTTTTT*CGTTTGATATATGGGGGCT
AAAAAAAAA**TTCTTAGAAATTTCATGTGG

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1B476TF 153 0 0
TATTTTAATAACTCAATCTATTCTTAGAAAATATATTATATTACCTTTATTGATAATAAT
TAAAAATAGCATTCGTATCATATTATTTCA*CTTCCCGAGTGGGAAGAGGATTTCAAGGA
TTGGAAACGTGAAATGCATGTTAAATGTACTTA

QA 1 153 1 153
DS 

RD RR1ES68TF 648 0 0
G
ATACTAATCTCAAAGATAATCAAAATTCTGATCAACCAGATGAAATGACTTTGATTCGTT
ATTCAGAACAATCTGATTTTCGTCGAGACATAATTAAAGGATCCATGCGTTCCCAAAGGC
GTAAAACTGTTATTTGGGAATTTTTGCAAGCCAAAGCACATTCGCCCCTTTTTTTTGATA
GAATAGATAAATTTTTTTTTTTTTCGTTTGATATATGGGGGCTAAAAAAAAAA*TTCTTA
GAAATTTCATGTGGAAAAAAAAAATTATTATTTATAAAAACGAAGAAGAACAATCAAAAA
AAGACGAACAAAGACGCCTAGAAATTGCGGAAACTTGGGATAGCTTCCTATTTGCTCAAA
TAATAAGAGGTTTTATTTTAATAACTCAATCTATTCTTAGAAAATATATTATATTACCTT
TATTGATAATAATTAAAAATAGCATTCGTATCATATTATTTCAACTTCCCGAGTGGGAAG
AGGATTTCAAGGATTGGAAACGTGAAATGCATGTTAAATGTACTTATAATGGGGTTCAAC
TATCCGAAACAGAATTTCCACGAAACTGGTTAACGGATGGTATTCAGATAAAAATCATAT
TTCCGTTTTATCTTAAACCTTGGCATAAATATAAATTTCAATCATCT

QA 2 648 2 648
DS 

RD RR1D010TF 623 0 0
G
CATGTGGAAAAAAAAAATTATTATTTATAAAAACGAAGAAGAACAATCAAAAAAAGACGA
ACAAAGACGCCTAGAAATTGCGGAAACTTGGGATAGCTTCCTATTTGCTCAAATAATAAG
AGGTTTTATTTTAATAACTCAATCTATTCTTAGAAAATATATTATATTACCTTTATTGAT
AATAATTAAAAATAGCATTCGTATCATATTATTTCAACTTCCCGAGTGGGAAGAGGATTT
CAAGGATTGGAAACGTGAAATGCATGTTAAATGTACTTATAATGGGGTTCAACTATCCGA
AACAGAATTTCCACGAAACTGGTTAACGGATGGTATTCAGATAAAAATCATATTTCCGTT
TTATCTTAAACCTTGGCATAAATATAAATTTCAATCATCTCAGAAGGCTCGACTAAAAAA
AACAAAAGGAGAAAAAATTTATTTTCGTTTTTTAACAGTTTGGGGGCTGGAAACTGACCT
ACCTTTTGGTTCTACCAAACCAAAACCTTCTTTTTTTAAACCTATTTTTAAAGAATTAAA
AAAAAGAATCAAAAAATCCAAAACGAAGTCTTTTCCGGTTTTAAGGATTTTCAAAGAAAG
AGCAACAATTTTCCTAAAAGTC

QA 2 623 2 623
DS 

RD RR1DB93JQ 666 0 0
CGTTTGATATATGGGGGCTAAAAAAAAAAATTCTTAAAAATTTCATGTGGAAAAAAAAAA
TTATTATTTATAAAAACGAAGAAAAACAATCAAAAAAAGACGAACAAAGACGCCTAGAAA
TTGCGGAAACTAGGGATAGCTTCCTATTTGCTCAAATAATAAGAGGTTTTATTTTAATAA
CTCAATCTATTCTTAAAAAATATATTATATTACCTTTATTGATAATAATTAAAAATAGCA
TTCGTATCATATTATTTCAACTTCCCGAGTGGGAAGAGGATTTCAAGGATTGGAAACGTG
AAATGCATGTTAAATGTACTTATAATGGGGTTCAACTATCCGAAACAAAATTTCCACGAA
ACTGGTTAACGGATGGTATTCAAATAAAAATCATATTTCCGTTTTATCTTAAACCTTGGC
ATAAATATAAATTTCAATCATCTCAGAAGGCTCGACTAAAAAAAACAAAAGGAGAAAAAA
TTTATTTTCGTTTTTTAACAGTTTGGGGGCTGGAAACTGACCTACCTTTTGGTTCTACCA
AACCAAAACCTTCTTTTTTTAAACCTATTTTTAAAGAATTAAAAAAAAGAATCAAAAAAT
CCAAAACGAAGTCTTTTCCGGTTTTAAGGATTTTCAAAGAAAGAGCAACAATTTTCCTAA
AAGTCG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1B476JQ 796 0 0
TCCATGCGTTCCCAAAGGCGTAAAACTGTTATTTGGGAATTTTTGCAAGCCAAAGCACAT
TCGCCCCTTTTTTT*GATAGAATAGATAAATTTTTTTTTTTT*CGTTTGATATATGGGGG
CTAAAAAAAAAAATTCTTAGAAATTTCATGTGGAAAAAAAAA*TTATTATTTATAAAAAC
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AGCTTCCTATTTGCTCAAATAATAAGAGGTTTTATTTTAATAACTCAATCTATTCTTAGA
AAATATATTATATTACCTTTATTGATAATAATTAAAAATAGCATTCGTATCATATTATTT
CAACTTCCCGAGTGGGAAGAGGATTTCAAGGATTGGAAACGTGAAATGCATGTTAAATGT
ACTTATAATGGGGTTCAACTATCCGAAACAGAATTTCCACGAAACTGGTTAACGGATGGT
ATTCAGATAAAAATCATATTTCCGTTTTATCTTAAACCTTGGCATAAATATAAATTTCAA
TCATCTCAGAAGGCTCGACTAAAAAAAACAAAAGGAGAAAAAATTTATTTTCGTTTTTTA
ACAGTTTGGGGGCTGGAAACTGACCTACCTTTTGGTTCTACCAAACCAAAACCTTCTTTT
TTTAAACCTATTTTTAAAGAATTAAAAAAA*GAATCAAAAAATCCAAAACGAAGTCTTTT
CCGGTTTTAAGGATTTTCAAAGAAAGAGCAACAATTTTCCTAAAAGTCGAAAAAGAAATT
AAAAACTGGATTATAA

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1D010JQ 651 0 0
G
CATGTGGAAAAAAAAAATTATTATTTATAAAAACGAAGAAGAACAATCAAAAAAAGACGA
ACAAAGACGCCTAGAAATTGCGGAAACTTGGGATAGCTTCCTATTTGCTCAAATAATAAG
AGGTTTTATTTTAATAACTCAATCTATTCTTAGAAAATATATTATATTACCTTTATTGAT
AATAATTAAAAATAGCATTCGTATCATATTATTTCAACTTCCCGAGTGGGAAGAGGATTT
CAAGGATTGGAAACGTGAAATGCATGTTAAATGTACTTATAATGGGGTTCAACTATCCGA
AACAGAATTTCCACGAAACTGGTTAACGGATGGTATTCAGATAAAAATCATATTTCCGTT
TTATCTTAAACCTTGGCATAAATATAAATTTCAATCATCTCAGAAGGCTCGACTAAAAAA
AACAAAAGGAGAAAAAATTTATTTTCGTTTTTTAACAGTTTGGGGGCTGGAAACTGACCT
ACCTTTTGGTTCTACCAAACCAAAACCTTCTTTTTTTAAACCTATTTTTAAAGAATTAAA
AAAAAGAATCAAAAAATCCAAAACGAAGTCTTTTCCGGTTTTAAGGATTTTCAAAGAAAG
AGCAACAATTTTCCTAAAAGTCGAAAAAGAAATTAAAAACTGGATTATAA

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR1E301TF 578 0 0
G
GAAATTGCGGAAACTTGGGATAGCTTCCTATTTGCTCAAATAATAAGAGGTTTTATTTTA
ATAACTCAATCTATTCTTAGAAAATATATTATATTACCTTTATTGATAATAATTAAAAAT
AGCATTCGTATCATATTATTTCAACTTCCCGAGTGGGAAGAGGATTTCAAGGATTGGAAA
CGTGAAATGCATGTTAAATGTACTTATAATGGGGTTCAACTATCCGAAACAGAATTTCCA
CGAAACTGGTTAACGGATGGTATTCAGATAAAAATCATATTTCCGTTTTACCTTAAACCT
TGGCATAAATATAAATTTCAATCATCTCAGAAGGCTCGACTAAAAAAA*CAAAAGGAGAA
AAAATTTATTTTCGTTTTTTAACAGTTTGGGGGCTGGAAACTGACCTACCTTTTGGTTCT
ACCAAACCAAAACCTTCTTTTTTTAAACCTATTTTTAAAGAATTAAAAAAAAGAATCAAA
AAACCCAAAACGAAGTCTTTTCCGGTTTTAAGGATTTTCAAAGAAAGAGCAACAATTTTC
CTAAAAGTCGAAAAAGAAATTAAAAACTGGATTATAA

QA 2 578 2 578
DS 

RD RR1DB93TF 540 0 0
TATTTTAATAACTCAATCTATTCTTAGAAAATATATTATATTACCTTTATTGATAATAAT
TAAAAATAGCATTCGTATCATATTATTTCAACTTCCCGAGTGGGAAGAGGATTTCAAGGA
TTGGAAACGTGAAATGCATGTTAAATGTACTTATAATGGGGTTCAACTATCCGAAACAGA
ATTTCCACGAAACTGGTTAACGGATGGTATTCAGATAAAAATCATATTTCCGTTTTATCT
TAAACCTTGGCATAAATATAAATTTCAATCATCTCAGAAGGCTCGACTAAAAAAAACAAA
AGGAGAAAAAATTTATTTTCGTTTTTTAACAGTTTGGGGGCTGGAAACTGACCTACCTTT
TGGTTCTACCAAACCAAAACCTTCTTTTTTTAAACCTATTTTTAAAGAATTAAAAAAAAG
AATCAAAAAATCCAAAACGAAGTCTTTTCCGGTTTTAAGGATTTTCAAAGAAAGAGCAAC
AATTTTCCTAAAAGTCGAAAAAGAAATTAAAAACTGGATTATAAAAAACTTGCTTTTT
CT

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1E301JQ 183 0 0
AACTGACCTACCTTTTGGTTCTACCAAACCAAAACCTTCTTTTTTTAAACCTATTTTTAA
AGAATTAAAAAAAAGAATCAAAAAACCCAAAACGAAGTTTTTTCCGGTTTTAAGGATTTT
CAAAGAAAGAGCAACAATTTTCCTAAAAGTCGAAAAAGAAATTAAAAACTGGATTATAAA
AAA

QA 1 183 1 183
DS 

RD RR1ES68JQ 578 0 0
AAAAAAAACAAAAGGAGAAAAAATTTATTTTCGTTTTTTAACAGTTTGGGGGCTGGAAAC
TGACCTACCTTTTGGTTTTACCAAACCAAAACCTTTTTTTTTTAAACCTATTTTTAAAGA
ATTAAAAAAAAGAATCAAAAAATCCAAAACGAAGTTTTTTCCGGTTTTAAGGATTTTCAA
AGAAAGAGCAACAATTTTCCTAAAAGTTGAAAAAGAAATTAAAAACTGGATTATAAAAAA
CTTGCTTTTTTTAAAAGAAAAAAAAAAA***ACCTTTCAAAACAAAATAGAATTTCATTA
GTTGGCCCGAGAGCAATATATGAATTAAATGAAACTAAAAAAGATTTAATAATGAGTAAT
CAGATGATCCATGAACTATCTGTTCAAAAAAAATCCACGGAGTGGCCAAATTCTTCACTC
AGCGAAAACAAAATAAAAAATGTGATTGATAAAATAAAGACAATCAGAAATCAAACAAAA
AAAATTTCAAAAGAAAAAGAAAAACTAACTAATAGTTGTAACAAACTGGGTTATGACTCT
AAAATAATTGAGTCATCAAAAAAAAGTTGGCAGACATT

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1E787JQ 663 0 0
TTTTTTTAAACCTATTTTTAAAGAATTAAAAAAAAGAATCAAAAAATCCAAAACGAAGTC
TTTTCCGGTTTTAAGGATTTTCAAAGAAAGAGCAACAATTTTCCTAAAAGTCGAAAAAGA
AATTAAAAACTGGATTATAAAAAACTTGCTTTTTTTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAACCTT
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AAAAAAGATTTAATAATGAGTAATCAGATGATTCATGAACTATCTGTTCAAAAAAAATCC
ACGGAGTGGCCAAATTCTTCACTCAGCGAAAACAAAATAAAAAATGTGATTGATAAAATA
AAGACAATCAGAAATCAAACAAAAAAAATTTCAAAAGAAAAAGAAAAACTAACTAATAGT
TGTAACAAACTGGGTTATGACTCTAAAATAATTGAGTCATCAAAAAAAAGTTGGCAGACA
TTAAAAAAAAAAAA*TACTCGATTAATTCGTAAATCTGTTTTTTTTATAAAATTTTGCGT
TGAACAACTGTCTATAACTATTTTTCTAGGTATCGTTAATATTCCAAGAATTACTACACA
ACTTTTTGTTGATTCAACAAAAAAAATTCTTGATCGATATATTTACAAGAATGAGGAAAA
TGG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1E787TF 619 0 0
TTTTTTTAAACCTATTTTTAAAGAATTAAAAAAAAGAATCAAAAAATCCAAAACGAAGTC
TTTTCCGGTTTTAAGGATTTTCAAAGAAAGAGCAACAATTTTCCTAAAAGTCGAAAAAGA
AATTAAAAACTGGATTATAAAAAACTTGCTTTTTCTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAACCTT
TCAAAACAAAATAGAATTTCATTAGTTGGCCCTAGAGCAATATATGAATTAAATGAAACT
AAAAAAGATTTAATAATGAGTAATCAGATGATTCATGAACTATCTGTTCAAAAAAAATCC
ACGGAGTGGCCAAATTCTTCACTCAGCGAAAACAAAATAAAAAATGTGATTGATAAAATA
AAGACAATCAGAAATCAAACAAAAAAAATTTCAAAAGAAAAAGAAAAACTAACTAATAGT
TGTAACAAACTGGGTTATGACTCTAAAATAATTGAGTCATCAAAAAAAAGTTGGCAGACA
TTAAAAAAAAAAAA*TACTCGATTAATTCGTAAATCTGTTTTTTTTATAAAATTTTGCGT
TGAACAACTGTCTATAACTATTTTTCTAGGTATCGTTAATATTCCAAGAATTACTACACA
ACTTTTTGTTGATTCAACA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1FG57TF 759 0 0
G
TCACTCAGCGAAAACAAAATAAAAAATGTGATTGATAAAATAAAGACAATCAGAAATCAA
ACAAAAAAAATTTCAAAAGAAAAAGAAAAACTAACTAATAGTTGTAACAAACTGGGTTAT
GACTCTAAAATAATTGAGTCATCAAAAAAAAGTTGGCAGACATTAAAAAAAAAAAAATAC
TCGATTAATTCGTAAATCTGTTTTTTTTATAAAATTTTGCGTTGAACAACTGTCTATAAC
TATTTTTCTAGGTATCGTTAATATTCCAAGAATTACTACACAACTTTTTGTTGATTCAAC
AAAAAAAATTCTTGATCGATATATTTACAAGAATGAGGAAAATGGAGAAAAAAAAAAAAT
ACCATTTATTTTATTTCGACTATAAAAAATTTCATATCAAAAAAAAATTTTTTTAGTTAT
GACTTATACTCTTTATCACAAGCATATGTATTTTACAAATTATCACAAATTCAAGTTAGT
AACTTTTCTAAATTAAAGTCTTTTTTTGAATATAACATATACATAACATCCTTTTTTGTT
AAGAATCAAATAAAGGATTTTTTCAAGAACAAGGAATCTTTCATTATGAATGGAAAGATA
AAACCTTTTTAAATTCCGAAATAAATCAATGGAAAA*CTGGTTACGAAGTCATTCTCAAT
ATAATTTACCTCAGATTGCATGGGCTAGATTAGTAACCCAAAAATGGAAAAT**AAATAA
ACCAAGACTCTCTCGTTCTAAATCCAAGTTTAA
CAAGT

QA 2 754 2 754
DS 

RD RR1FG57JQ 679 0 0
AACTAATAGTTGTAACAAACTGGGTTATGACTCTAAAATAATTGAGTCATCAAAAAAAAG
TTGGCAGACATTAAAAAAAAAAAAATACTCGATTAATTCGTAAATCTGTTTTTTTTATAA
AATTTTGCGTTGAACAACTGTCTATAACTATTTTTCTAGGTATCGTTAATATTCCAAGAA
TTACTACACAACTTTTTGTTGATTCAACAAAAAAAATTCTTGATCGATATATTTACAAGA
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CATATCAAAAAAAAATTTTTTTAGTTATGACTTATACTCTTTATCACAAGCATATGTATT
TTACAAATTATCACAAATTCAAGTTAGTAACTTTTCTAAATTAAAGTCTTTTTTTGAATA
TAACATATACATAACATCCTTTTTTGTTAAGAATCAAATAAAGGATTTTTTCAAGAACAA
GGAATCTTTCATTATGAATGGAAAGATAAAACCTTTTTAAATTCCGAAATAAATCAATGG
AAAAACTGGTTACGAAGTCATTCTCAATATAATTTACCTCAGATTGCATGGGCTAGATTA
GTAACCCAAAAATGGAAAAATAAAATAAACCAAGACTCTCTCGTTCTAAATCCAAGTTTA
AACAAAGTGGATTCATACG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1H349TF 693 0 0
G
AGGAATCTTTCATTATGAATGGAAAGATAAAACCTTTTTAAATTCCGAAATAAATCAATG
GAAAAACTGGTTACGAAGTCATTCTCAATATAATTTACCTCAGATTGCATGGGCTAGATT
AGTAACCCAAAAATGGAAAAATAAAATAAACCAAGACTCTCTCGTTCTAAATCCAAGTTT
AAACAAAGTGGATTCATACGAAAAAAAAATTTTTGATAATTACAAAAAACAAAATTTTTG
TGAGGCTAACTCATTTTTCAATCCAAAACATAAACAGAATTTCAAAAAGGCTTCTATATA
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CCTAGAAAATTTGTTAGTCTCTTGTTTTCTAGAAAAATATAATATTCGGAGTATAGGGGA
AATTCTACATAGAAAATATTTGGATTCGAGAATTCTCAACTTTTGGTTTAGAAAAAAAGT
AAATATTGAGCCTGATACTAAGAGTAAAAAAAA*TATATTAAGACTAAAGTTCAGAATTA
TCAAAGAATTGATAAAATAACTAAGACGAGTCTTGCCAATCAAAAAATAAACTTTTTTGA
TTGGATGGGAATGAATGAAGAAATACTAAATCATCGTATAACAAATTTTGACTTTTTTT*
CTTTCCAGAATTTTTCTTATTTTCTAGTACAT

QA 2 693 2 693
DS 

RD RR1GK69TF 708 0 0
G
AACCAAGACTCTCTCGTTCTAAATCCAAGTTTAAACAAAGTGGATTCATACGAAAAAAAA
ATTTTTGATAATTACAAAAAACAAAATTTTTGTGAGGCTAACTCATTTTTCAATCCAAAA
CATAAACAGAATTTCAAAAAGGCTTCTATATATAATCTTTTTTGCTACAAATCTATTCAT
TCTACAGAAAAATTTTTTGATATGTCTACAGGCCTAGAAAATTTGTTAGTCTCTTGTTTT
CTAGAAAAATATAATATTCGGAGTATAGGGGAAATTCGACATAGAAAATATTTGGATTCG
AGAATTCTCAACTTTTGGTTTAGAAAAAAAGTAAATATTGAGCCTGATACTAAGAGTAAA
AAAAAATATATTAAGACTAAAGTTCGGAATTATCAAAGAATTGATAAAATAACTAAGACG
AGTCTTGCCAATCAAAAAATAAACTTTTTTGATTGGATGGGAATGAATGAAGAAATACTA
AATCATCGTATAACAAATTTTGACTTTTTTTTCTTTCCAGAATTTTTCTTATTTTCTAGT
ACATATAAAATGAAACCGTGGGTCATACCAATTAAATTACTTCTTTTCAATTTTAATGAA
ACAAAAAATTTGAATAAACAGATCACCCTAAAGAAAAAAG*TTTTATATCATCAAACGAA
AACAAATTCCTTCGGTTGTTTAATCTAAATAAAGAAGAAA
CGAATCG

QA 2 701 2 701
DS 

RD RR1H349JQ 530 0 0
CAAAGAATTGATAAAATAACTAAGACGAGTCTTGCCAATCAAAAAATAAACTTTTTTGAT
TGGATGGGAATGAATGAAGAAATACTAAATCATCGTATAACAAATTTTGACTTTTTTT*C
TTTCCAGAATTTTTCTTATTTTCTAGTACATATAAAATGAAACCGTGGGTCATACCAATT
AAATTACTTCTTTTCAATTTTAATGAAACAAAAAATGTGAATAAACAGATCCCCCTAAAG
AAAAAAGGTTTTATATCATCAAACGAAAACAAATTCCTTCGGTTGTTTAATCTAAATAAA
GAAGAAAACGAATCGGCAGGTCAAGAAGAGTTTGAATCAGATAAAGAAACAAAAATAAAT
ATTGAATCAGCTCTATCAAAGCAAGAAAAAAATATTGAAGAAAATTATACAGAATCGAAG
ATAAAAAAAAGTCAAAATAAAAAA*CAACCAAAAAGCAATACCGACGAGGAACTTGACTT
ATTTCTCAAAAGGTATTCGCGTTTTCAATTTCGATGGAATTGTTTTAATC

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR1DS70TF 729 0 0
G
ATTGAGCCTGATACTAAGAGTAAAAAAAA*TATATTAAGACTAAAGTTCAGAAT*ATCAA
AGAATTGATAAAATAACTAAGACGAGTCTTGCCAATCAAAAAATAAACTTTTTTGATTGG
ATGGGAATGAATGAAGAAATACTAAATCATCGTATAACAAATTTTGACTTTTTTTTCTTT
CCAGAATTTTTCTTATTTTCTAGTACATATAAAATGAAACCGTGGGTCATACCAATTAAA
TTACTTCTTTTCAATTTTAATGAAACAAAAAATGTGAATAAACAGATCACCCTAAAGAAA
AAAGGTTTTATATCATCAAACGAAAACAAATTCCTTCGGTTGTTTAATCTAAATAAAGAA
GAAAACGAATCGGCAGGTCGAGAAGAGTTTGAATCAGATAAAGAAACAAAAATAAATATG
GAATCAGCTCTATCAAAGCAAGAAAAAAATATTGAAGAAAATTATACAGAATCGAAGATA
AAAAAAAGTCAAAATAAAAAA*CAACCAAAAAGCAATACCGACGAGGAACTTGACTTATT
TCTCAAAAGGTATTCGCGTTTTCAATTTCGATGGAATTGTTTTAATCAAAAAATTATCAA
TAATATAAGAGTATACTGTCTCTTGATTAGACTAAAAAATCCAAACGAGATAACGATATC
TTGTATTGAAAGAGGAGAGATGAGCCTAGATATTCTAATGATTGAGAAGAATTGCACTTT
TTCAAA
TT

QA 2 727 2 727
DS 

RD RR1DS70JQ 643 0 0
TTTTTCTTATTTTCTAGTACATATAAAATGAAACCGTGGGTCATACCAATTAAATTACTT
CTTTTCAATTTTAATGAAACAAAAAATGTGAATAAACAGATCACCCTAAAGAAAAAAGGT
TTTATATCATCAAACGAAAACAAATTCCTTCGGTTGTTTAATCTAAATAAAGAAGAAAAC
GAATCGGCAGGTCGAGAAGAGTTTGAATCAGATAAAGAAACAAAAATAAATATGGAATCA
GCTCTATCAAAGCAAGAAAAAAATATTGAAGAAAATTATACAGAATCGAAGATAAAAAAA
AGTCAAAATAAAAAA*CAACCAAAAAGCAATACCGACGAGGAACTTGACTTATTTCTCAA
AAGGTATTCGCGTTTTCAATTTCGATGGAATTGTTTTAATCAAAAAATTATCAATAATAT
AAGAGTATACTGTCTCTTGATTAGACTAAAAAATCCAAACGAGATAACGATATCTTGTAT
TGAAAGAGGAGAGATGAGCCTAGATATTCTAATGATTGAGAAGAATTGCACTTTTTCAAA
ATTAATGAAAAAAGGAATATTGATTGTTGAACCTGTTCGTTTGTCTGTAAAAAACGATGG
ACAACTTATTATATATAGAACCATCGGGATTTCATAGGTTCAT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1GK69JQ 643 0 0
TTTTTCTTATTTTCTAGTACATATAAAATGAAACCGTGGGTCATACCAATTAAATTACTT
CTTTTCAATTTTAATGAAACAAAAAATTTGAATAAACAGATCACCCTAAAGAAAAAAGGT
TTTATATCATCAAACGAAAACAAATTCCTTCGGTTGTTTAATCTAAATAAAGAAGAAAAC
GAATCGGCAGGTCAAGAAGGGTTTGAATCAGATAAAGAAACAAAAATAAATATGGAATCA
GCTCTATCAAAGCAAGAAAAAAATATTGAAGAAAATTATACAGAATCGAAGATAAAAAAA
AGTCAAAATAAAAAAACAACCAAAAAGCAATACCGACGAGGAACTTGACTTATTTCTCAA
AAGGTATTCGCGTTTTCAATTTCGATGGAATTGTTTTAATCAAAAAATTATCAATAATAT
AAGAGTATACTGTCTCTTGATTAGACTAAAAAATCCAAACGAGATAACGATATCTTGTAT
TGAAAGAGGAGAGATGAGCCTAGATATTCTAATGATTGAGAAGAATTGCACTTTTTCAAA
ATTAATGAAAAAAGGAATATTGATTGTTGAACCTGTTCGTTTGTCTGTAAAAAACGATGG
ACAACTTATTATATATAGAACCATCGGGATTTCATCGGTTCAT

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 22

CO CL11Contig1 649 22 7 U
GGGGAAGCAAAATAAAGAATGGGTGTACTTGAAAACCTCTGGGACGACGTCGTGGCTGGT
CCTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGC
CTGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCG
ACTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCAT
CCAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCAT
CCTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGT
TGAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTA
AGTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGT
ATTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTT
TAACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACA
AGCATATTTGACATGAAATATAATACAAAGCATCTTTTTTATCGTGTTT


BQ
10 65 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 65 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 95 95 95 95 80 95 95 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 97 97 97 95 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 97 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 75 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 75 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 85 85 85 85 85 70 65 65 55 55 55 55 55 55 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 45 45 40 40 40 40 30 30 30 10 10 

AF RR1CD34TF U 2
AF RR1BD26JQ C 2
AF RR1BD26TF U 2
AF RR1BS32TF U 16
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AF RR1BS32JQ C 437
AF RR1DO82TF U 1
AF RR1AK15JQ C 84
AF RR1AK15TF U 84
AF RR1F203JQ C 80
AF RR1BF23TF U 2
AF RR1GY61TF U 2
AF RR1F203TF U 1
AF RR1BK55TF U 2
AF RR1BS86TF U 2
AF RR1BK55JQ C 424
AF RR1FU10JQ C 2
AF RR1FU10TF U 2
AF RR1G134JQ C 104
AF RR1BS86JQ C 93
AF RR1G134TF U 2
AF RR1BP56TF U 3
BS 1 556 RR1DO82TF
BS 557 557 RR1AK15TF
BS 558 622 RR1DO82TF
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BS 639 644 RR1BS86TF
BS 645 647 RR1FU10TF
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CTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCC
TGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGTATCAGCCTCTCTACCAGCGAGTCCGA
CTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATC
CAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATC
CTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTT
GAAGCTTGCCGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAA
GTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTA
T

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DS 

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GGGAAGCAAAATAAAGAATGGGTGTACTTGAAAACCTCTGGGACGACGTCGTGGCTGGTC
CTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCC
TGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGA
CTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATC
CAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATC
CTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTT
GAAGCTTTCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGT*AAGATCTCATAAAATTAA
GTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTA
TTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGC
G

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1BD26TF 510 0 0
GGGAAGCAAAATAAAGAATGGGTGTACTTGAAAACCTCTGGGACGACGTCGTGGCTGGTC
CTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCC
TGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGA
CTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATC
CAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATC
CTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTT
GAAGCTTTCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGT*AAGATCTCATAAAATTAA
GTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTA
TTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGC
G

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1BS32TF 531 0 0
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CGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCCTGAACAATACCAAA
GAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGACTACCCCGGCCACA
CCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATCCAGCAAGTAATGTG
ACCACAAGGGAGATTGGTCCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATCCTAATTCTCCCACG
GTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAGCGAGGAGCAAGCACCGTTGAAGCTTGCTGTTA
TCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAAGTGGCTACACTACT
ATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTATTTAAATAATTTGT
TAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTTAACAT

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1BP56JQ 492 0 0
TACCGGTTTGACTAGCCTGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTC
TCTACCAGTGAGTCCGACTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTG
GAGAAGTGTATTTCATCCAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTT
TGATAAACCTTCTCATCCTAATTCTCCCACTGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAAC
GAGGAGCAAGCACCGTTGAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCA
AGATCTCATAAAATTAAGTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGT
TGGCCGTTTGATTGGTATTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTT
GTTGGCTCTCACTTTTTAACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAAC
GCTTTAATAATT

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1BS32JQ 142 0 0
TTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTATTTAAATAATTTGTT
AAAAGATTTTGGGCTTTTTTT*CCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTTAACATAAAAAA*CAG
AACCCAATATGTCAAGCCAATC

QA 1 142 1 142
DS 

RD RR1DO82TF 625 0 0
GGGGAAGCAAAATAAAGAATGGGTGTACTTGAAAACCTCTGGGACGACGTCGTGGCTGGT
CCTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGC
CTGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCG
ACTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCAT
CCAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCAT
CCTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGT
TGAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTA
AGTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGT
ATTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTT
TAACATAAAAAA*CAGGACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACA
AGCATATTTGACATGAAATATA
TAC

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DS 

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G
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ATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGACTACCCCGGCCACACCAGGATCT
GGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATCCAGCAAGTAATGTGACCACAAGG
GAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATCCTAATTCTCCCACGGTTTATGAC
TGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTTGAAGCTTGCTGTTATCAACGGAT
CGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAAGTGGCTACACTACTATTTCAAGA
TGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTATTTAAATAATTTGTTAAAAGATT
TTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTTAACACAAAAAA*CAGAACACAAT
ATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAAGCATATTTGACATG

QA 2 532 2 532
DS 

RD RR1AK15TF 532 0 0
G
GGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCCTGAACAATACCAAAGAAGGAACA
ATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGACTACCCCGGCCACACCAGGATCT
GGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATCCAGCAAGTAATGTGACCACAAGG
GAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATCCTAATTCTCCCACGGTTTATGAC
TGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTTGAAGCTTGCTGTTATCAACGGAT
CGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAAGTGGCTACACTACTATTTCAAGA
TGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTATTTAAATAATTTGTTAAAAGATT
TTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTTAACACAAAAAA*CAGAACACAAT
ATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAAGCATATTTGACATG

QA 2 532 2 532
DS 

RD RR1F203JQ 533 0 0
GCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCCTGAACAATACCAAAGAAG
GAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGACTACCCCGGCCACACCAG
GATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATCCAGCAAGTAATGTGACCA
CAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTTTCATCCTAATTCTCCCACGGTTT
ATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTTGAAGCTTGCTGTTATCAA
CGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAAGTGGCTACACTACTATTT
CAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTATTTAAATAATTTGTTAAA
AGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTTAACATAAAAAA*CAGAAC
ACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAAGCATATTTGAC

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DS 

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CTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACGTCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCC
TGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGA
CTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATC
CAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATC
CTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTT
GAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAA
GTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCATCTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTA
TTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTT
AACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAA
GCATATTTGACA

QA 1 612 1 612
DS 

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CTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCC
TGAACAATACCAAAGAATGAACAATGGTGGGCGGATCGGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGA
CTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATC
CAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATC
CTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCAAAACGAGGAGCAAGCACCGTT
GAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAA
GTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTA
TTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTT
AACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAA
GCATATTTGAC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1F203TF 612 0 0
GT
GGAAGCAAAATAAAGAATGGGTGTACTTGAAAACCTCTGGGACGACGTCGTGGCTGGTCC
TCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCCT
GAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGAC
TACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATCC
AGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATCC
TAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTTG
AAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAAG
TGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTAT
TTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTTA
ACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAAG
CATATTTGAC

QA 3 612 3 612
DS 

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CTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCC
TGAACAATACCAAAGAAGGAA**ATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGA
CTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAATGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATC
CAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATC
CTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTT
GAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAA
GTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTG
TTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTTTGCCTTTGTCGGCTCTCACTTTTT
AACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAA
GCATATTTGACATGAAATATAATACAAAGCATCTTTT

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DS 

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GGGAAGCAAAATAAAGAATGGGTGTACTTGAAAACCTCTGGGACGACGTCGTGGCTGGTC
CTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCC
TGAACAACACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGA
CTACCCCGGCCACAACAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATC
CAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATC
CTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTT
GAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAA
GTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTA
TTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTT
AACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAA
GCATATTTGACATGAAATATAATACAAAGCATCTTTTTTATCG
C

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1BK55JQ 217 0 0
GGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTGTT
TAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTTTGCCTTTGTCGGCTCTCACTTTTTAA
CATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAAGC
ATATTTGACATGAAATATAATACAAAGCATTTTTTTT

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DS 

RD RR1FU10JQ 606 0 0
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CTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCC
TGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGA
CTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATC
CAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTTTCATC
CTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTT
GAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAA
GTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTA
TTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTT
AACATAAAAAAACAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAA
GCATAT

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1FU10TF 648 0 0
GGGAAGCAAAATAAAGAATGGGTGTGCTTGAAAACCTCTGGGACGACGTTGTGGCTGGTC
CTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCC
TGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGA
CTACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATC
CAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATC
CTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTT
GAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAA
GTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTA
TTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTT
AACATAAAAAAACAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAA
GCATATTTGACATGAAATATGATACAAAGCATCTTTTTTATCGTGT
CT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1G134JQ 546 0 0
CTACCGGTTTGACTAGCCTGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCT
CTCTACCAGTGAGTCCGACTACCCCGGCCACACCAGGATCTTGCCGGAAAGTGGATGTGT
GGAGAAGTGTATTTCATCCAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCT
TTGATAAACCTTCTCATCCTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAA
CGAGGAGCAAGCACCGTTGAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTC
AAGATCTCATAAAATTAAGTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAG
TTGGCCGTTTGATTGGTATTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTT
TGTTGGCTCTCACTTTTTAACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAA
CGTTTTAATAATTTACAAGCATATTTGACATGAAATATAATACAAAGCATCTTTTTTATC
GTGT
TC

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1BS86JQ 553 0 0
CAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCCTGAACAACACCAAAGAAGGAACAATGGTGGG
CGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGACTACCCCGGCCACAACAGGATCTGGCCGGAA
AGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATCCAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGG
TGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATCCTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTA
TAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTTGAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAAT
TAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAAGTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAAT
AATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTATTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTT
TTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTTAACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAG
CCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAAGCATATTTGACATGAAATATAATACAAAGCA
TCTTTTTTATCG
C

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1G134TF 648 0 0
GGGAAGCAAAATAAAGAATGGGTGTATATGAAAACCTCTGGGACGACGTCGTGGCTGGTC
CTCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCC
TGAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGA
CTACCCCGGCCACACCAGGATCTTGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATC
CAGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATC
CTAATTCTCCCACGGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTT
GAAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAA
GTGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTA
TTTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTT
AACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGTTTTAATAATTTACAA
GCATATTTGACATGAAATATAATACAAAGCATCTTTTTTATCGTGT
TC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1BP56TF 647 0 0
GGAAGCAAAATAAAGAATGGGTGTACTTGAAAACCTCTGGGACGACGTCGTGGCTGGTCC
TCAACCTGAAGCCCGTGGCCGTGGACATCTCAGGCGAATCTCTACCGGTTTGACTAGCCT
GAACAATACCAAAGAAGGAACAATGGTGGGCGGATCAGCCTCTCTACCAGTGAGTCCGAC
TACCCCGGCCACACCAGGATCTGGCCGGAAAGTGGATGTGTGGAGAAGTGTATTTCATCC
AGCAAGTAATGTGACCACAAGGGAGATTGGTGCTAATGTCTTTGATAAACCTTCTCATCC
TAATTCTCCCACTGTTTATGACTGGATGTATAGCAGCGAAACGAGGAGCAAGCACCGTTG
AAGCTTGCTGTTATCAACGGATCGTCAAATTAAAATAAGTCAAGATCTCATAAAATTAAG
TGGCTACACTACTATTTCAAGATGATTAATAATCAGTTGAGTTGGCCGTTTGATTGGTAT
TTAAATAATTTGTTAAAAGATTTTGAGCTTTTTTT*GCCTTTGTTGGCTCTCACTTTTTA
ACATAAAAAA*CAGAACACAATATGTCAAGCCAATCAATAACGCTTTAATAATTTACAAG
CATATTTGACATGAAATATAATACAAAGCATCTTTTTTATCGTGTTT

QA 1 647 1 647
DS 



AS 2 23

CO CL12Contig1 814 9 14 U
TTTTGTTTCATGCTTTATCATACATTACAAAATTCATTCATGCTTCAACATACATTTATA
TTAATTTATAAAAATCATTCATGTTTCATCATACATTAGTTACATTAGTCTTAATTCGCA
TTATGTAAAAAAGCCTGCAGTTTATAGCACTCAATGGCAACACCTGTAACCGATAATGTT
GATAATCAAACACACACAAAAATCTTCAATTTATATTGTTTCCAAACTCAAGAAGTTTAA
AACGCGATAGATAGATAGTACAAAAACACAACCACGCACATATTTTAATTAGGTGCATGT
TTCACGGGAAATGCCGAGCCTGGAATTGGGTACGTCGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTG
CTGCATACTAGCGATAACGTTAAGGACAGAGTTTACGTTGTTCGGAGCTGCGGCCATGGC
GAGGCAACTGGTGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGAGAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCAC
GTTCATTCCCGCAAACATAAACGTGACAGGTGGGAAGACAACAGAGCCGGAGTAGCAAGT
GTCAAAACCTCCGAGTGATGTTGCGTTTGCGTTCTTGACGCGTCGTCTGAACTCATCTCT
TACGGCAAGGTA*GCTGGTTCAACTAGCCTCGTGAAGACCGTTCCAGAGTCAAAGATGGT
GCCAGCTCCTGTGGCCGGATCAAAGGCGAGTGCACTTGTAGGAATATCCACAATCTTATT
CCCGACACGGATGCCAACCAAGTTAACATAGTAAAGCGATGATCTCCTAGGGTTCTTCAA
CAATGGAGTTGTCTTGATCCTAAGTGGTTGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GH15JQ U 184
AF RR1GH15TF C 184
AF RR1EF28JQ U 9
AF RR1ES89TF C 1
AF RR1EF28TF C 9
AF RR1ES89JQ U 9
AF RR1EL36JQ U 186
AF RR1DN24JQ U 146
AF RR1G130JQ U 161
BS 1 8 RR1ES89TF
BS 9 244 RR1EF28JQ
BS 245 245 RR1DN24JQ
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BS 456 456 RR1DN24JQ
BS 457 458 RR1EF28JQ
BS 459 459 RR1ES89JQ
BS 460 656 RR1EF28JQ
BS 657 703 RR1ES89JQ
BS 704 777 RR1DN24JQ
BS 778 778 RR1G130JQ
BS 779 814 RR1DN24JQ

RD RR1GH15JQ 332 0 0
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ACGGGAAATGCCGAGCCTGGAATTGGGTACGTCGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTGCTG
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GCAACTGGTGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGAAAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTT
CATTCCCGCAAACATAAACGTGACAGGTGGGA

QA 1 332 1 332
DS 

RD RR1GH15TF 375 0 0
AATCAAACACACGCAAAAATCTTCAATTTATATTGTTTCCAAACTCAAGAAGTTTAAAAC
GCGATAGATAGATAGTACAAAAACACAACCACGCACATATTTTAATTAGGTGCATGTTTC
ACGGGAAATGCCGAGCCTGGAATTGGGTACGTCGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTGCTG
CATACTAGCGATAACGTTAAGGACAGAGTTTACGTTGTTCGGAGCTGCGGCCATGGCGAG
GCAACTGGTGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGAGAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTT
CATTCCCGCAAACATAAACGTGACAGGTGGGAAGACAACAGAGCCGGAGTAGCAAGTGTC
AAAACCTCCGAGTGC

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR1EF28JQ 648 0 0
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TAAAAATCATTCATGTTTCATCATACATTAGTTACATTAGTCTTAATTCGCATTATGTAA
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AACACACACAAAAATCTTCAATTTATATTGTTTCCAAACTCAAGAAGTTTAAAACGAGAT
AGATAGATAGTACAAAAACACAACCACGCACATATTTTAATTAGGTGCATGTTTCACGGG
AAATGCCGAGCCTGGAATTGAGTACGTCGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTGCTGCATAC
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TGGTGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGAAAAAATTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTTCATTC
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CTCCGAGTGATGTTGCGTTTGCGTTCTTGACGCGTCGTCTGAACTCATCTCTTACGGCAA
GGTA*GCTGGTTCAACTAGCCTCGTGAAGACCGTTCCAGAGTCAAAGA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1ES89TF 704 0 0
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TTAATTTATAAAAATCATTCATGTTTCATCATACATTAGTTACATTAGTCTTAATTCGCA
TTATGTAGAAGAGCCTGCAGTTTATAGCACTCAATGGCAACACCTGTAACCGATAATGTT
GATAATCAAACACACACAAAAATCTTCAATTTATATTGTTTCCAAACTCAAGAAGTTTAA
AACGAGATAGATAGATAGTACAAAAACACAACCACGCACATATTTTAATTAGGTGCATGT
TTCACGGGAAATGCCGAGCCTGGAATTGAGTACGTCGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTG
CTGCATACTAGCGATAACGTTAAGGACAGAGTTTACGTTGTTCGGAGCTGCGGCCATGGC
GAGGCAACTGGTGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGAGAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCAC
GTTCATTCCCGCAAACATAAACGTGACAGGTGGGAAGACAACAGAGCCGGAGTAGCAAGT
GTCAAAACCTCCGAGTGATGTTGCGTTTGCGTTCTTGACGCGTCGTCTGAACTCATCTCT
TACGGCAAGGTA*GCTGGTTCAACTAGCCTCGTGAAGACCGTTCCAGAGTCAAAGATGGT
GCCAGCTCCTGTGGCCGGATCAAAGGCGAGTGCACTTGTAGGA
C

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1EF28TF 696 0 0
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TAAAAATCATTCATGTTTCATCATACATTAGTTACATTAGTCTTAATTCGCATTATGTAG
AAGAGCCTGCAGTTTATAGCACTCAATGGCAACACCTGTAACCGATAATGTTGATAATCA
AACACACACAAAAATCTTCAATTTATATTGTTTCCAAACTCAAGAAGTTTAAAACGAGAT
AGATAGATAGTACAAAAACACAACCACGCACATATTTTAATTAGGTGCATGTTTCACGGG
AAATGCCGAGCCTGGAATTGAGTACGTCGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTGCTGCATAC
TAGCGATAACGTTAAGGACAGAGTTTACGTTGTTCGGAGCTGCGGCCATGGCGAGGCAAC
TGGTGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGAGAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTTCATTC
CCGCAAACATAAACGTGACAGGTGGGAAGACAACAGAGCCGGAGTAGCAAGTGTCAAAAC
CTCCGAGTGATGTTGCGTTTGCGTTCTTGACGCGTCGTCTGAACTCATCTCTTACGGCAA
GGTA*GCTGGTTCAACTAGCCTCGTGAAGACCGTTCCAGAGTCAAAGATGGTGCCAGCTC
CTGTGGCCGGATCAAAGGCGAGTGCACTTGTAGGA
C

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1ES89JQ 696 0 0
CATGCTTTATCATACATTACAAAATTCATTCATGCTTCAACATACATTTATATTAATTTA
TAAAAATCATTCATGTTTCATCATACATTAGTTACATTAGTCTTAATTCGCATTATGTAA
AAAAGCCTGCAGTTTATAGCACTCAATGGCAACACCTGTAACCGATAATGTTGATAATCA
AACACACACAAAAATCTTCAATTTATATTGTTTCCAAACTCAAGAAGTTTAAAACGAGAT
AGATAGATAGTACAAAAACACAACCACGCACATATTTTAATTAGGTGCATGTTTCACGGG
AAATGCCGAGCCTGGAATTGAGTACGTCGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTGCTGCATAC
TAGCGATAACGTTAAGGACAGAGTTTACGTTGTTCGGAGCTGCGGCCATGGCGAGGCAAC
TGGTGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGAAAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTTCATTC
CCGCAAACATAAACGTGACAGGTGGGAAGACAACAGAGCCGGAGTAGCAAGTGTCAAAAC
CTCCGAGTGATGTTGCGTTTGCGTTCTTGACGCGTCGTCTGAACTCATCTCTTACGGCAA
GGTA*GCTGGTTCAACTAGCCTCGTGAAGACCGTTCCAGAGTCAAAGATGGTGCCAGCTC
CTGTGGCCGGATCAAAGGCGAGTGCACTTGTAGGA
C

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1EL36JQ 588 0 0
A
CAAACACACACAAAAATCTTCAATTTATATTGTTTCCAAACTCAAGAAGTTTAAAACGCG
ATAGATAGATAGTACAAAAACACAACCACGCACATATTTTAATTAGGTGCATGTTTCACG
GGAAATGCCGAGCCTGGAATTGGGTACGTCGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTGCTGCAT
ACTAGCGATAACGTTAAGGACAGAGTTTACGTTGTTCGGAGCTGCGGCCATGGCGAGGCA
ACTGGTGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGAGAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTTCAT
TCCCGCAAACATAAACGTGACAGGTGGGAAGACAACAGAGCCGGAGTAGCAAGTGTCAAA
ACCTCCGAGTGATGTTGCGTTTGCGTTCTTGACGCGTCGTCTGAACTCATCTCTTACGGC
AAGGTAAGCTGGTTCAACTAGCCTCGTGAAGACCGTTCCAGAGTCAAAGATGGTGCCAGC
TCCTGTGGCCGGATCAAAGGCGAGTGCACTTGTAGGAATATCCACAATCTTATTCCCGAC
ACGGATGCCAACCAAGTTAACATAGCAAAGCGATGATCTCCTAGGGT

QA 2 588 2 588
DS 

RD RR1DN24JQ 669 0 0
AGCACTCAATGGCAACACCTGTAACCGATAATGTTGATAATCAAACACACACAAAAATCT
TCAATTTATATTGTTTCCAAACTCAAGAAGTTTAAAACGCGATAGATAGATAGTACAAAA
ACACAACCACGCACATATTTTAATTAGGTGCATGTTTCACGGGAAATGCCGAGCCTGGAA
TTGGGTACGTCGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTGCTGCATACTAGCGATAACGTTAAGG
ACAGAGTTTACGTTGTTCGGAGCTGCGGCCATGGCGAGGCAACTGGTGTTGCCGGAGGAG
CTGTGGATGAGAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTTCATTCCCGCAAACATAAACGTG
ACAGGTGGGAAGACAACAGAGCCGGAGTAGCAAGTGTCAAAACCTCCGAGTGATGTTGCG
TTTGTGTTCTTGACGCGTCGTCTGAACTCATCTCTTACGGCAAGGTAAGCTGGTTCAACT
AGCCTCGTGAAGACCGTTCCAGAGTCAAAGATGGTGCCAGCTCCTGTGGCCGGATCAAAG
GCGAGTGCACTTGTAGGAATATCCACAATCTTATTCCCGACACGGATGCCAACCAAGTTA
ACATAGTAAAGCGATGATCTCCTAGGGTTCTTTAACAATGGAGTTGTCTTGATCCTAAGT
GGTTGAAAC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1G130JQ 654 0 0
CACCTGTAACCGATAATGTTGATAATCAAACACACACAAAAATCTTCAATTTATATTGTT
TCCAAACTCAAGAAGTTTAAAACGCGATAGATAGATAGTACAAAAACACAACCACGCACA
TATTTTAATTAGGTGCATGTTTCACGGGAAATGCCGAGCCTGGAATTGGGTACGTCGATG
AGGACACGGTGGTTCTGCTGCTGCATACTAGCGATAACGTTAAGGACAGAGTTTACGCCG
TTCGGAGCTGCGGCCATGGCGAGGCAACTGGTGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGAGAAGA
TTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTTCATTCCCGCAAACATAAACGTGACAGGTGGGAAGACA
ACAGAGCCGGAGTAGCAAGTGTCAAAACCTCCGAGTGATGTTGCGTTTGCGTTCTTGACG
CGTCGTCTGAACTCATCTCTTACGGCAAGGTAAGCTGGTTCAACTAGCCTCGTGAAGACC
GTTCCAGAGTCAAAGATGGTGCCAGCTCCTGTGGCCGGATCAAAGGCGAGTGCACTTGTA
GGAATATCCACAATCTTATTCCCGACACGAATCCCGACCAAGTTAACATAATAAAGAGAG
GACCTCCTAGGGTTCTTCAACAATGGAGTTGTCTTGATCCTAAGTGGTTGAAAC

QA 1 654 1 654
DS 



CO CL12Contig2 1466 14 22 U
GGAAACACTAAAACCCACAAAGACCAAATTAATCAAGATCTAACAAAATGAGAATCCAAC
TCCTCTTTTTATTTATCTCTCTCTTACTCTTGAACTCTGAATCACTAAACTGCAATGGAA
ATAACCCACGAGGCCATCCCTCAGATCTAAGAGTGTTCCACATTGATAGTCCTTGCTCTC
CATACAAACAACCAAAAACTGTCTCATGGGAAAGCACACTTATTAAAGACAATGCTCGTC
TCCAGTACCTGTCAAGCCTCGCCGTTGGTAAGAAACCTTGGGTCCCAATCGCCTCGGGAC
GTTCCATCGTTCAGAGCCCGACTTACATCGTGAGGGCTAACATTGGGACACCGGCTCAGC
CCATGCTCGTGGCTCTTGACACTAGCAATGACGTTACTTGGGTTCCTTGTTCTGGTTGCC
TTGGCTGTGCTTCCTCGGTTCTCTTTGACCCTTCCAAGTCTAGCTCTTCTCGCACTGTTC
AATGCGAAGCTCCTCAGTGTAAACAGGCTCCAAATCCAACGTGCACCGTGAGCAAATCAT
GTGGTTTCAATATGACTTACGGTGGATCAACCATCACAGCATCTCTGACACAAGACACAC
TAACATTAACCGATGACGCCATCCCAAACTACACTTTTGGGTGCATCAACAAAGCCACCG
GAACATCGTTGCCAGCACAAGGACTCATGGGTTTAGGTCGTGG*TCCATT*GTCTTTAAT
CTCACAGACGCAAAACCTTTATAAGTCCACATTCTCGTATTGCTTGCCTAATAGTAAATC
CAGCAGTTTCTCGGGAACGTTAAGATTAGGCCCTAAGTTTCAACCAGTTAGGATCAAGAC
CACTCCATTGTTAAAGAACCCAAGGAGATCATCGCTTTACTATGTTAACATGGTTGGGAT
TCGTGTTGGGAATAAAATTGTGGATATTCCACCAAGTGCACTCGCCTTTAATCCGGCAAC
AGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCCGGAACGGTCTACACGAGGCTAGTGGAACCAGCTTA
CGTTGCCGTGAGAAATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAGAACGCAAATGTAACAGCACTCGG
AGGCTTCGACACTTGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTCCCATCGGTCACGTTTATGTTCGC
GGGAATGAACGTGACTTTGCCTCCGGACAATCTTCTCATCCACAGCTCCTCAGGTAGCAC
AAGCTGTCTCGCCATGGCCGCAGCTCCGAATAACGTAAACTCCGTCCTCAATGTCATTGC
TAGCATGCAGCAACAGAACCACCGTGTTCTCATCGACCTTCCCAATTCCAGGCTCGGCAT
TTCACGTGAAACATGCACCTAATTTATTCCGTGCGCGAGTGTGTTTTGTTTTTGGGTTGA
TTTCGTGTTATCTTTTTTTATCGTGTTTTAGACTTCTTGAATTTGGAAACAATATAAATT
AAAGATATTTCGTATTATCTTCTCCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 50 65 65 0 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 25 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW65TF U 1
AF RR1H118TF U 1
AF RR1B641TF U 452
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AF RR1DZ64TF U 660
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AF RR1B641JQ C 536
AF RR1AT07JQ C 589
AF RR1D542JQ C 829
AF RR1FW65JQ C 794
AF RR1E954JQ C 1130
AF RR1H118JQ C 945
AF RR1DZ64JQ C 1006
BS 1 96 RR1FW65TF
BS 97 98 RR1H118TF
BS 99 248 RR1FW65TF
BS 249 249 RR1H118TF
BS 250 527 RR1FW65TF
BS 528 528 RR1H118TF
BS 529 551 RR1FW65TF
BS 552 681 RR1H118TF
BS 682 682 RR1AT07TF
BS 683 692 RR1H118TF
BS 693 1189 RR1AT07TF
BS 1190 1193 RR1E954TF
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BS 1195 1229 RR1E954TF
BS 1230 1232 RR1D542TF
BS 1233 1250 RR1E954TF
BS 1251 1251 RR1D542TF
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BS 1427 1455 RR1B641JQ
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BS 1457 1466 RR1DZ64JQ

RD RR1FW65TF 551 0 0
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TCCTCTTTTTATTTATCTCTCTCTTACTCTTGAACT**GAATCACTAAACTGCAATGGAA
ATAACCCACGAGGCCATCCCTCAGATCTAAGAGTGTTCCACATTGATAGTCCTTGCTCTC
CATACAAACAACCAAAAACTGTCTCATGGGAAAGCACACTTATTAAAGACAATGCTCGTC
TCCAGTACTTGTCAAGCCTCGCCGTTGGTAAGAAACCTTGGGTCCCAATCGCCTCGGGAC
GTTCCATCGTTCAGAGCCCGACTTACATCGTGAGGGCTAACATTGGGACACCGGCTCAGC
CCATGCTCGTGGCTCTTGACACTAGCAATGACGTTACTTGGGTTCCTTGTTCTGGTTGCC
TTGGCTGTGCTTCCTCGGTTCTCTTTGACCCTTCCAAGTCTAGCTCTTCTCGCACTGTTC
AATGCGAAGCTCCTCAGTGTAAACAGGCTCCAAATCCAACGTGCACCATGAGCAAATCAT
GTGGTTTCAAT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1H118TF 692 0 0
GGAAACACTAAAACCCACAAAGACCAAATTAATCAAGATCTAACAAAATGAGAATCCAAC
TCCTCTTTTTATTTATCTCTCTCTTACTCTTGAACTCTGAATCACTAAACTGCAATGGAA
ATAACCCACGAGGCCATCCCTCAGATCTAAGAGTGTTCCACATTGATAGTCCTTGCTCTC
CATACAAACAACCAAAAACTGTCTCATGGGAAAGCACACTTATTAAAGACAATGCTCGTC
TCCAGTACCTGTCAAGCCTCGCCGTTGGTAAGAAACCTTGGGTTCCAATCGCCTCGGGAC
GTTCCATCGTTCAGAGCCCGACTTACATCGTGAGGGCTAACATTGGGACACCGGCTCAGC
CCATGCTCGTGGCTCTTGACACTAGCAATGACGTTACTTGGGTTCCTTGTTCTGGTTGCC
TTGGCTGTGCTTCCTCGGTTCTCTTTGACCCTTCCAAGTCTAGCTCTTCTCGCACTGTTC
AATGCGAAGCTCCTCAGTGTAAACAGGCTCCAAATCCAACGTGCACCGTGAGCAAATCAT
GTGGTTTCAATATGACTTACGGTGGATCAACCATCACAGCATCTCTGACACAAGACACAC
TAACATTAACCGATGACGCCATCCCAAACTACACTTTTGGGTGCATCAACAAAGCCACCG
GAACATCGTTGCCAGCACAAG*ACTCATGGGT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1B641TF 594 0 0
TTCCAAGTCTAGCTCTTCTCGCACTGTTCAATGCGAAGCTCCTCAGTGTAAACAGGCTCC
AAATCCAACGTGCACCGTGAGCAAATCATGTGGTTTCAATATGACTTACGGTGGATCAAC
CATCACAGCATCTCTGACACAAGACACACTAACATTAACCGATGACGCCATCCCAAACTA
CACTTTTGGGTGCATCAACAAAGCCACCGGAACATCGTTGCCAGCACAAGGACTCAGGGG
TTTAGGTCGTGGGTCCATTTGTCTTTAATCTCACAGACGCAAAACCTTTATAAGTCCACA
TTCTCGTATTGCTTGCCTAATAGTAAATCCAGCAGTTTCTCGGGAACGTTAAGATTAGGC
CCTAAGTTTCAACCAGTTAGGATCAAGACCACTCCATTGTTAAAGAACCCAAGGAGATCA
TCGCTTTACTATGTTAACATGGTCGGGATTCGTGTTGGGAATAAAATTGTGGATATTCCA
CCAAGTGCACTCGCCTTTAATCCGGCAACAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCCGGAACG
GTCTACACGAGGCTAGTGGAACCAGCTTACGTTGCCGTGAGAAATGAGTTCAGG

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1AT07TF 853 0 0
G
TAACATTGGGACACCGGCTCAGCCCATGCTCGTGGCTCTTGACACTAGCAATGACGTTAC
TTGGGTTCCTTGTTCTGGTTGCCTTGGCTGTGCTTCCTCGGTTCTCTTTGACCCTTCCAA
GTCTAGCTCTTCTCGCACTGTTCAATGCGAAGCTCCTCAGTGTAAACAGGCTCCAAATCC
AACGTGCACCGTGAGCAAATCATGTGGTTTCAATATGACTTACGGTGGATCAACCATCAC
AGCATCCCTGACACAAGACACACTAACATTAACCGATGACGCCATCCCAAACTACACTTT
TGGGTGCATCAACAAAGCCACCGGAACATCGTTGCCAGCACAAGGACTCATGGGTTTAGG
TCGTGG*TCCATT*GTCTTTAATCTCACAGACGCAAAACCTTTATAAGTCCACATTCTCG
TATTGCTTGCCTAATAGTAAATCCAGCAGTTTCTCGGGAACGTTAAGATTAGGCCCTAAG
TTTCAACCAGTTAGGATCAAGACCACTCCATTGTTAAAGAACCCAAGGAGATCATCGCTT
TACTATGTTAACATGGTTGGGATTCGTGTTGGGAATAAAATTGTGGATATTCCACCAAGT
GCACTCGCCTTTAATCCGGCAACAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCCGGAACGGTCTAC
ACGAGGCTAGTGGAACCAGCTTACGTTGCCGTGAGAAATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAG
AACGCAAATGTAACAGCACTCGGAGGCTTCGACACTTGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTC
CCATCGGTCACGTTTATGTTCGCGGGAATGAACGTGACTTTGCCTCCGGACAATCTTCTC
ATCCACAGCTCC

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DS 

RD RR1DZ64TF 530 0 0
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TCTCACAGACGCAGAACCTTTATAAGTCCACATTCTCGTATTGCTTGCCTAATAGTAAAT
CCAGCAGTTTCTCGGGAACGTTAAGATTAGGCCCTAAGTTTCAACCAGTTAGGATCAAGA
CCACTCCATTGTTAAAGAACCCAAGGAGATCATCGCTTTACTATGTTAACATGGTTGGGA
TTCGTGTTGGGAATAAAATTGTGGATATTCCACCAAGTGCACTCGCCTTTAATCCGGCAA
CAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCCGGAACGGTCTACACGAGGCTAGTGGAACCAGCTT
ACGTTGCCGTGAGAAATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAGAACGCAAATGTAACAGCACTCG
GAGGCTTCGACACTTGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTCCCATCGGTCACGTTTATGTTCG
CGGGAATGAACGTGACTTTGTCTCCGGACAATCTTCTCATCCACAGCTCC

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR1E954TF 792 0 0
G
GTTCAATGCGAAGCTCCTCAATGTAAACAGGCTCCAAATCCAACGTGCACCATGAGCAAA
TCATGTGGTTTCAATATGACTTACGGTGGATCAACCATCACAGCATCTCTGACACAAGAC
ACACTAACATTAACCGATGACGCCATCCCAAACTACACTTTTGGGTGCATCAACAAAGCC
ACCGGAACATCGTTGCCAGCACAAGGACTCATGGGTTTAGGTCGTGG*TCCATT*GTCTT
TAATCTCACAGACGCAAAACCTTTATAAGTCCACATTCTCGTATTGCTTGCCTAATAGTA
AATCCAGCAGTTTCTCGGGAACGTTAAGATTAGGCCCTAAGTTTCAACCAGTTAGGATCA
AGACCACTCCATTGTTAAAGAACCCAAGGAGATCATCGCTTTACTATGTTAACATGGTTG
GGATTCGTGTTGGGAATAAAATTGTGGATATTCCACCAAGTGCACTCGCCTTTAATCCGG
CAACAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCCGGAACGGTCTACACGAGGCTAGTGGAACCAG
CTTACGTTGCCGTGAGAAATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAGAACGCAAATGCAACAGCAC
TCGGAGGCTTCGACACTTGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTCCCATCGGTCACGTTTATGT
TCGCGGGAATAAACGTGACTTTGCCTCCGGACAATCTTCTCATCCACAGCTCCTCAG*TA
GCACAAGCTGTCTCGCCATGGCCGCAGCTCCGA**TACGTAAACTCCGTCCTCA*TGTCA
TTGCTAGCATG

QA 2 792 2 792
DS 

RD RR1D542TF 598 0 0
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CATGGTTGGGATTCGTGTTGGGAATAAAATTGTGGATATTCCACCAAGTGCACTCGCCTT
TAATCCGGCAACAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCCGGAACGGTCTACACGAGGCTAGT
GGAACCAGCTTACGTTGCCGTGAGAAATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAGAACGCAAATGT
AACAGCACTCGGAGGCTTCGACACTTGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTCCCATCGGTCAC
GTTTATGTTCGCGGGAATGAACGTGACTTTGCCTCCGGGCAATCTTCTCATCCACAGCTC
CTCAGGTAGCACAAGCTGTCTCGCCATGGCCGCAGCTCCGAATAACGTAAACTCCGTCCT
CAATGTCATTGCTAGCATGCAGCAACAGAACCACCGTGTTCTCATCGACCTTCCCAATTC
CAGGCTCGGCATTTCACGTGAAACATGCACCTAATTTATTCCGTGCGCGAGTGTGTTTTG
TTTTTGGGTTGATTTCGTGTTATCTTTTTTTATCGTGTTTTAGACTTCTTGAATTTGG

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1B641JQ 921 0 0
ATCATGTGGTTTCAATATGACTTACGGTGGATCAACCATCACAGCATCTCTGACACAAGA
CACACTAACATTAACCGATGACGCCATCCCAAACTACACTTTTGGGTGCATCAACAAAGC
CACCGGAACATCGTTGCCAGCACAAGGACTCAGGGGTTTAGGTCGTGG*TCCATT*GTCT
TTAATCTCACAGACGCAAAACCTTTATAAGTCCACATTCTCGTATTGCTTGCCTAATAGT
AAATCCAGCAGTTTCTCGGGAACGTTAAGATTAGGCCCTAAGTTTCAACCAGTTAGGATC
AAGACCACTCCATTGTTAAAGAACCCAAGGAGATCATCGCTTTACTATGTTAACATGGTC
GGGATTCGTGTTGGGAATAAAATTGTGGATATTCCACCAAGTGCACTCGCCTTTAATCCG
GCAACAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCCGGAACGGTCTACACGAGGCTAGTGGAACCA
GCTTACGTTGCCGTGAGAAATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAGAACGCAAATGTAACAGCA
CTCGGAGGCTTCGACACTTGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTCCCATCGGTCACGTTTATG
TTCGCGGGAATGAACGTGACTTTGCCTCCGGACAATCTTCTCATCCACAGCTCCTCAGGT
AGCACAAGCTGTCTCGCCATGGCCGCAGCTCCGAATAACGTAAACTCCGTCCTCAATGTC
ATTGCTAGCATGCAGCAACAGAACCACCGTGTTCTCATCGACCTTCCCAATTCCAGGCTC
GGCATTTCACGTGAAACATGCACCTAATTTATTCCGTGCGCGAGTGTGTTTTGTTTTTGG
GTTGGTTTCGTGTTCT*TTTTTT*ATCGTGTTTTAGACTTCTTGAATTTGGAAACAATAT
AAATTAAAGATATTTCGTAT
C

QA 1 920 1 920
DS 

RD RR1AT07JQ 868 0 0
CACAAGACACACTAACATTAACCGATGACGCCATCCCAAACTACACTTTTGGGTGCATCA
ACAAAGCCACCGGAACATCGTTGCCAGCACAAGGACTCATGGGTTTAGGTCGTGG*TCCA
TT*GTCTTTAATCTCACAGACGCAAAACCTTTATAAGTCCACATTCTCGTATTGCTTGCC
TAATAGTAAATCCAGCAGTTTCTCGGGAACGTTAAGATTAGGCCCTAAGTTTCAACCAGT
TAGGATCAAGACCACTCCATTGTTAAAGAACCCAAGGAGATCATCGCTTTACTATGTTAA
CATGGTTGGGATTCGTGTTGGGAATAAAATTGTGGATATTCCACCAAGTGCACTCGCCTT
TAATCCGGCAACAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCCGGAACGGTCTACACGAGGCTAGT
GGAACCAGCTTACGTTGCCGTGAGAAATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAGAACGCAAATGT
AACAGCACTCGGAGGCTTCGACACTTGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTCCCATCGGTCAC
GTTTATGTTCGCGGGAATGAACGTGACTTTGCCTCCGGACAATCTTTTCATCCACAGCTC
CTCAGGTAGCACAAGCTGTCTCGCCATGGCCGCAGCTCCGAATAACGTAAACTCCGTCCT
CAATGTCATTGCTAGCATGCAGCAACAGAACCACCGTGTTCTCATCGACCTTCCCAATTC
CAGGCTCGGCATTTCACGTGAAACATGCACCTAATTTATTCCGTGCGCGAGTGTGTTTTG
TTTTTGGGTTGATTTCGTGTTATCTTTTTT*ATCGTGTTTTAGACTTCTTGAATTTGGAA
ACAATATAAATTAAAGATATTTCGTATT

QA 1 868 1 868
DS 

RD RR1D542JQ 628 0 0
TAGGATCAAGACCACTCCATTGTTAAAGAACCCAAGGAGATCATCGCTTTACTATGTTAA
CATGGTTGGGATTCGTGTTGGGAATAAAATTGTGGATATTCCACCAAGTGCACTCGCCTT
TAATCCGGCAACAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCCGGAACGGTCTACACGAGGCTAGT
GGAACCAGCTTACGTTGCCGTGAGAAATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAGAACGCAAATGT
AACAGCACTCGGAGGCTTCGACACTTGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTCCCATCGGTCAC
GTTTATGTTCGCGGGAATGAACGTGACTTTGCCTCCGGGCAATCTTTTCATCCACAGCTC
CTCAGGTAGCACAAGCTGTCTCGCCATGGCCGCAGCTCCGAATAACGTAAACTCCGTCCT
CAATGTCATTGCTAGCATGCAGCAACAGAACCACCGTGTTCTCATCGACCTTCCCAATTC
CAGGCTCGGCATTTCACGTGAAACATGCACCTAATTTATTCCGTGCGCGAGTGTGTTTTG
TTTTTGGGTTGATTTCGTGTTATCTTTTTTTATCGTGTTTTAGACTTCTTGAATTTGGAA
ACAATATAAATTAAAGATATTTCGTATT

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DS 

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AAGAACCCAAGGAGATCATCGCTTTACTATGTTAACATGGTTGGGATTCGTGTTGGGAAT
AAAATTGTGGATATTCCACCAAGTGCACTCGCCTTTAATCCGGCAACAGGAGCTGGCACC
ATCTTTGACTCCGGAACGGTCTACACGAGGCTAGTGGAACCAGCTTACGTTGCCGTGAGA
AATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAGAACGCAAATGCAACAGCACTCGGAGGCTTCGACACT
TGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTCCCATCGGTCACGTTTATGTTCGCGGGAATGAACGTG
ACTTTGCCTCCGGACAATCTTTTCATCCACAGCTCCTCAGGTAGCACAAGCTGTCTCGCC
ATGGCCGCAGCTCCGAATAACGTAAACTCCGTCCTCAATGTCATTGCTAGCATGCAGCAA
CAGAACCACCGTGTTTTCATCGACCTTCCCAATTCCAGGCTCGGCATTTCACGTGAAACA
TGCACCTAATTTATTCCGTGCGCGAGTGTGTTTTGTTTTTGGGTTGATTTCGTGTTATCT
TTTT**ATCGTGTTTTAGACTTCTTGAATTTGGAAACAATATAAATTAAAGATATTTCGT
ATT
AC

QA 1 663 1 663
DS 

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TTTATGTTCGCGGGAATAAACGTGACTTTGCCTCCGGACAATTTTTTCATCCACAGCTCC
TCAGGTAGCACAAGCTGTCTCGCCATGGCCGCAGCTCCGAATAACGTAAACTCCGTCCTC
AATGTCATTGCTAGCATGCAGCAACAGAACCCCCGTGTTTTCATCGACCTTCCCAATTCC
AGGCTGGGCATTTCACGTGAAACATGCACCTAATTTATTCCGTGCGGGAGTGTGTTTTGT
TTTTGGGTTGATTTCGTGTTATCTTTTT**ATCGTGTTTTAGACTTCTTGAATTTGGAAA
CAATATAAATTAAAGATATTTCGTAT

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR1H118JQ 516 0 0
CCTTTAATCCGGCAACAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCCGGAACGGTCTACACGAGGC
TAGTGGAACCAGCTTACGTTGTCGTGAGAAATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAGAACGCAA
ATGTAACAGCACTCGGAGGCTTCGACACTTGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTCCCATCGG
TCACGTTTATGTTCGCGGGAATGAACGTGACTTTGCCTCCGGACAATCTTTTCATCCACA
GCTCCTCAGGTAGCACAAGCTGTCTCGCCATGGTCGCAGCTCCGAATAACGTAAACTCCG
TCCTCAATGTCATTGCTAGCATGCAGCAACAGAACCACCGTGTTTTCATCGACCTTCCCA
ATTCCAGGCTCGGCATTTCACGTGAAACATGCACCTAATTTATTCCGTGCGCGAGTGTGT
TTTGTTTTTGGGTTGATTTCGTGTTATCTTTTTTTATCGTGTTTTAGACTTCTTGAATTT
GGAAACAATATAAATTAAAGATATTTCGTATT
ATTT

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1DZ64JQ 461 0 0
AGTGGAACCAGCTTACGTTGCCGTGAGAAATGAGTTCAGGCGACGGGTCAAGAACGCAAA
TGTAACAGCACTCGGAGGCTTCGACACTTGCTACTCCGGCTCCGTCGTGTTCCCATCGGT
CACGTTTATGTTCGCGGGAATGAACGTGACTTTGTCTCCGGACAATCTTTTCATCCACAG
CTCCTCAGGTAGCACAAGCTGTCTCGCCATGGCCGCAGCTCCGAATAACGTAAACTCCGT
CCTCAATGTCATTGCTAGCATGCAGCAACAGAACCACCGTGTTCTCATCGACCTTCCCAA
TTCCAGGCTCGGCATTTCACGTGAAACATGCACCTAATTTATTCCGTGCGCGAGTGTGTT
TTGTTTTTGGGTTGATTTCGTGTTATCTTTTTTTATCGTGTTTTAGACTTCTTGAATTTG
GAAACAATATAAATTAAAGATATTTCGTATTATCTTCTCCG

QA 1 461 1 461
DS 



AS 3 20

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GGAAGAGCCTTACACGCGAGATTAGTTTTCATTATCTTCTGTTTTCGAGATCGGAGCACT
AATTTGAATTCAGAGAAAGCGAAAGCGACAGAGAGAAGATGGCTCGTACCAAGCAAACCG
CTCGTAAGTCTACCGGAGGAAAGGCCCCTAGGAAGCAGCTTGCTACTAAGGCTGCACGTA
AGTCTGCACCAACCACTGGTGGAGTGAAGAAGCCACATCGTTACAGACCTGGAACTGTTG
CTCTTCGTGAAATCCGTAAGTACCAGAAGAGTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTCCCTT
TCCAGAGGCTTGTTCGTGAGATTGCCCAGGATTTTAAGACTGATCTGCGTTTCCAGAGCC
ATGCGGTGCTAGCACTCCAGGAGGCAGCAGAAGCATACCTTGTTGGACTCTTTGAGGACA
CTAACCTGTGCGCCATTCATGCCAAGCGTGTCACCATCATGCCCAAAGACATCCAACTCG
CTCGCAGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTAAGTCTTGTTGTTCGTTTGGGTCGTATTATGTG
AATGTTGGGGTTTGCTGTTTCTCTAAATAGACGTAGCTGGATTTTAGATAATATGGTCTT
TTAAGAAGGCTTTTGGTATTAGTAGAATCTCTAAAACAATGATGGTTTGTTGGGTTTTCT
TATTTTC*GTTTTATGATTTGCTTTTGTGTATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTAAACCTTT
CGTTGTTTGAATTCTAAAACAATTAGTATGTTGAAGTTGACCTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY67TF U 30
AF RR1AK38TF U 1
AF RR1C895JQ C 42
AF RR1C895TF U 17
BS 1 310 RR1AK38TF
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RD RR1CY67TF 683 0 0
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TCTAAA*CAATGATGGTTTGTTGGGTTT*CTTATTTTC*GTTTTATGATTTGCTTTTGTG
TATTTGCAGCTACGTGTTT
GTAA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1AK38TF 768 0 0
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AGTCTGCACCAACCACTGGTGGAGTGAAGAAGCCACATCGTTACAGACCTGGAACTGTTG
CTCTTCGTGAAATCCGTAAGTACCAGAAGAGTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTCCCTT
TCCAGAGGCTAGTTCGTGAGACTGCCCAGGATTTTAAGACTGATCTGCGTTTCCAGAGCC
ATGCGGTGCTAGCACTCCAGGAGGCAGCAGAAGCATACCTTGTTGGACTCTTTGAGGACA
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CTCGCAGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTAAGTCTTGTTGTTCGTTTGGGTCGTATTATGTG
AATGTTGGGGTTTGCTGTTTCTCTAAATAGACGTAGCTGGATTTTAGATAATATGGTCTT
TTAAGAAGGCTTTTGGTATTAGTAGAATCTCTAAAACAATGATGGTTTGTTGGGTTTTCT
TATTTTCAGTTTTATGATTTGCTTTTGTGTATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTAAACCTTT
CGTTGTTTGAATTCTAAA*CAATTAGTATGTTGAAGTTGACCTCTTTT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1C895JQ 712 0 0
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GCTCGTACCAAGCAAACCGCTCGTAAGTCTACCGGAGGAAAGGCCCCTAGGAAGCAGCTT
GCTACTAAGGCTGCACGTAAGTCTGCACCAACCACTGGTGGAGTGAAGAAGCCACATCGT
TACAGACCTGGAACTGTTGCTCTTCGTGAAATCCGTAAGTACCAGAAGAGTACTGAGTTG
CTCATCAGGAAGCTCCCTTTCCAGAGGCTTGTTCGTGAGATTGCCCAGGATTTTAAGACT
GATTTGCGTTTCCAGAGCCATGCGGTGCTAGCACTCCAGGAGGCAGCAGAAGCATACCTT
GTTGGACTCTTTGAGGACACTAACCTGTGCGCCATTCATGCCAAGCGTGTCACCATCATG
CCCAAAGACATCCAACTCGCTCGCAGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTAAGTCTTGTTGTTC
GTTTGGGTCGTATTATGTGAATGTTGGGGTTTGCTGTTTCTCTAAATAGACGTAGCTGGA
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ATGGTTTGTTGGGTTTTCTTATTTTCGGTTTTATGATTTGCTTTTGTGTATTTGCAGCTA
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QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1C895TF 712 0 0
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AAGCGAAAGCGACAGAGAGAAGATGGCTCGTACCAAGCAAACCGCTCGTAAGTCTACCGG
AGGAAAGGCCCCTAGGAAGCAGCTTGCTACTAAGGCTGCACGTAAGTCTGCACCAACCAC
TGGTGGAGTGAAGAAGCCACATCGTTACAGACCTGGAACTGTTGCTCTTCGTGAAATCCG
TAAGTACCAGAAGAGTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTCCCTTTCCAGAGGCTTGTTCG
TGAGATTGCCCAGGATTTTAAGACTGATCTGCGTTTCCAGAGCCATGCGGTGCTAGCACT
CCAGGAGGCAGCAGAAGCATACCTTGTTGGACTCTTTGAGGACACTAACCTGTGCGCCAT
TCATGCCAAGCGTGTCACCATCATGCCCAAAGACATCCAACTCGCTCGCAGGATCAGAGG
AGAGCGTGCTTAAGTCTTGTTGTTCGTTTGGGTCGTATTATGTGAATGTTGGGGTTTGCT
GTTTCTCTAAATAGACGTAGCTGGATTTTAGATAATATGGTCTTTTAAGAAGGCTTTTGG
TATTAGTAGAATCTCTAAAACAATGATGGTTTGTTGGGTTTTCTTATTTTC*GTTTTATG
ATTTGCTTTTGTGTATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTAAACCTTTCGTTGTTT

QA 1 712 1 712
DS 



CO CL13Contig2 787 4 18 U
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AGAAAGCGAAAGCGACAGAGAGAAGATGGCTCGTACCAAGCAAACCGCTCGTAAGTCTAC
CGGAGGAAAGGCCCCTAGGAAGCAGCTTGCTACTAAGGCGGCACGTAAGTCTGCACCAAC
CACCGGTGGAGTCAAGAAGCCACATCGTTACAGACCTGGAACTGTTGCTCTTCGTGAAAT
CCGTAAGTACCAGAAGAGTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTTCCATTCCAGAGGCTTGT
TCGTGAGATTGCTCAGGATTTCAAGACTGACCTGCGTTTCCAGAGCCATGCTGTGCTAGC
ACTCCAGGAGGCAGCAGAAGCGTACCTTGTGGGACTCTTCGAGGACACCAACCTTTGCGC
CATTCATGCCAAGCGTGTCACCATCATGCCCAAAGACATCCAACTCGCTCGCAGGATCAG
AGGAGAGCGTGCTTAAGTCTTGTTGTTGGGTTTGGGTCTCGTATTATGTGAATGTTGGGG
TTTGTTGCTTCTCTAAATAGACGTAGCTGGATTTTTAGATAATATGGTCTTTCAAGAAGG
CTTTTGGTATTAGCAGACTCTCTAAAACAATGATGGTTTGTTGGTTTTTTTTCTTATTTT
CGGTTTTATGATTTGCTTTTGTGTACTTGCATCTACGTGTTTTGTTAAACCTTTCGTTGT
TTGAATTCTAAAACAATTAGTATGTTGAAGTTGACCGTCTCTTTTCATATTTATCGTTCC
TTTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1HA18JQ C 398
AF RR1F272TF U 1
AF RR1AK02JQ C 14
AF RR1AK02TF U 14
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BS 52 52 RR1AK02TF
BS 53 113 RR1F272TF
BS 114 114 RR1AK02TF
BS 115 158 RR1F272TF
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BS 160 194 RR1F272TF
BS 195 195 RR1AK02TF
BS 196 207 RR1F272TF
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BS 563 563 RR1AK02TF
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CAACTCGCTCGCAGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTAAGTCTTGTTGTTGGGTTTGGGTCTC
GTATTATGTGAATGTTGGGGTTTGTTGCTTCTCTAAATAGACGTAGCTGGATTTTTAGAT
AATATGGTCTTTCAAGAAGGCTTTTGGTATTAGCAGACTCTCTAAAACAATGATGGTTTG
TTGGTTTTTTTTCTTAT

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DS 

RD RR1F272TF 751 0 0
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CGGAGGAAAGGCCCCTAGGAAGCAGCTTGCTACTAAGGTGGCACGTAAGTCTGCACCAAC
CACCGGTGGAGTCATGAAGCCACATCGCTACAGACCTGGAACTGTTGCTCTTCGTGAAAT
CCGTAAGTACCAGAAGAGTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTTCCATTCCAGAGGCTTGT
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ACTCCAGGAGGCAGCAGAAGCGTACCTTGTGGGACTCTTCGAGGACACCAACCTTTGCGC
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AGGAGAGCGTGCTTAAGTCTTGTTGTTGGGTTTGGGTCTCGTATTATGTGAATGTTGGGG
TTTGTTGCTTCTCTAAATAGACATAGCTGGATTTTTAGATGATATGGTCTTTCAAGAAAG
CTTTTGGTATTAGCAGACTCTCTAAAACAATGATGGTTTGTTGGTTTTTTTTCTTATTTT
CGGTTTTATGATTTGCTTTTGTGTACTTGCATCTACGTGTTTTGTTAAACCTTTCGTTGT
TTGAATTCTAAAACAATTAGTATGTTGAAGT

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DS 

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GG
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AATAGACGTAGCTGGATTTTTAGATAATATGGTCTTTCAAGAAGGCTTTTGGTATTAGCA
GACTCTCTAAAACAATGATGGTTTGTTGGTTTTTTT*CTTATTTTCGGTTTTATGATTTG
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QA 3 774 3 774
DS 

RD RR1AK02TF 774 0 0
GG
ATTATCTTCTGTTTTCGAAATCGGAGCACTAATTCGGATTCTCAGAGAAAGCGAAAGCGA
CAGAGAGAAGATGGCTCGTACCAAGCAAACCGCTCGTAAGTCTACCGGAGGAAAGGCCCC
TAGGAAGCAGCTTGCTACTAAGGCGGCACGTAAGTCTGCACCAACCACCGGTGGAGTCAA
GAAGCCACATCGTTACAGACCTGGAACTGTTGCTCTTCGTGAAATCCGTAAGTACCAGAA
GAGTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTTCCATTCCAGAGGCTTGTTCGTGAGATTGCTCA
GGATTTCAAGACTGACCTGCGTTTCCAGAGCCATGCTGTGCTAGCACTCCAGGAGGCAGC
AGAAGCGTACCTTGTGGGACTCTTCGAGGACACCAACCTTTGCGCCATTCATGCCAAGCG
TGTCACCATCATGCCCAAAGACATCCAACTCGCTCGCAGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTA
AGTCTTGTTGTTGGGTTTGGGTCTCGTATTATGTGAATGTTGGGGTTTGTTGCTTCTCTA
AATAGACGTAGCTGGATTTTTAGATAATATGGTCTTTCAAGAAGGCTTTTGGTATTAGCA
GACTCTCTAAAACAATGATGGTTTGTTGGTTTTTTTTCTTATTTTCGGTTTTATGATTTG
CTTTTGTGTACTTGCATCTACGTGTTTTGTTAAACCTTTCGTTGTTTGAATTCTAAAACA
ATTAGTATGTTGAAGTTGACCGTCTCTTTTCATATTTATCGTTCCTTTGGTC

QA 3 774 3 774
DS 



CO CL13Contig3 767 12 8 U
ATGAATAGAGTCGGGCAACTTCAACATACTAATTGTATTAGAATTCAAACAACGAAAGGT
TTAACAAAACACGTAGATGCAAGTACACAAAAGCAAATCATAAAACCGAAAATAAGAAAA
AAAA**CAAGCAAACCAACAAACCATCATTGTTTTAGAGAGTCTACTAATACCAAAAAAG
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CATAATACGAGACCCAAACCCAACAACAAGACTTAAGCACGCTCTCCTCTGATCCTGCGA
GCGAGTTGGATGTCTTTGGGCATGATGGTGACACGCTTGGCATGAATGGCGCAAAGGTTG
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AATGGAAGCTTCCTGATGAGCAACTCAGTACTCTTCTGGTACTTACGGATTTCACGAAGA
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TTACGTGCCGCCTTAGTAGCAAGCTGCTTCCTAGGGGCCTTTCCTCCGGTAGACTTACGA
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ATTAGTGCTCCGATTTCGAAAACAGAAGATAATGAAAAGTCCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 35 35 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 
60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 40 40 40 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GQ03JQ U 1
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AF RR1DU89TF C 99
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AF RR1EO32JQ U 18
AF RR1AN42TF C 18
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TTAACAAAACACGTAGATGCAAGTACACAAAAGCAAATCATAAAACCGAAAATAAGAAAA
AAAA**CAAGCAAACCAACAAACCATCATTGTTTTAGAGAGTCTACTAATACCAAAAAAG
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GTGTCCTCGAAGAGTCCCACAAGGTACGCTTCTGCTGCCTCCTGGAGTGCTAGCACAGCA
TGGCTCTGGAAACGCAGGTCAGTCTTGAAATCCTGAGCAATCTCACGAACAAGCCTCTGG
AATGGAAGCTTCCTGATGAGCAACTCAGTACTCTTCTGGTACTTACGGATTTCACGAAGA
GCAACAGTTCCAGGTCTGTAACGATGTGGCTTCTTGACTCCACCGGTGGTTGGTGCAGAC
TTACGTGACGCCTTAGTAGCAAGCTGCTTCCTAGGGGCCTTTCCTCCGGTAGACTTAAGA
GCGGTTTGCTTGGTACGAGCCATCTTCTCTCTGTCGCTTTCGCTTTCTCTGAGAATTCGA
ATT

QA 1 723 1 723
DS 

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ATGCAAGTACACAAAAGCAAATCATAAAACCGAAAATAAGAAAAAAAA**CAAGCAAACC
AACAAACCATCATTGTTTTAGAGAGTCTACTAATACCAAAAAAGACCATATTATCTAAAA
ATCCAGCTACTTCTATTTAGAGAAGCAACAAACCCCAACATTCACATAATACGAGACCCA
AACCCAACAACAAGACTTAAGCACGCTCTCCTCTGATCCTGCGAGCGAGTTGGATGTCTT
TGGGCATGATGGTGACACGCTTGGCATGAATGGCGCAAAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGTC
CCACAAGGTACGCTTCTGCTGCCTCCTGGAGTGCTAGCACAGCATGACTCTGGAAACGCA
GGTCAGTCTTGAAATCCTGAGCAATCTCACGAACAAGCCTCTGGAATGGAAGCTTCCTGA
TGAGCAACTCAGTACTCTTCTGGTACTTACGGATTTCACGAAGAGCAACAGTTCCAGGTC
TGTAACGATGTGGCTTCTTGACTCCACCGGTGGTTGGTGCAGACTTACGTGCCGCCTTAG
TAGTAGGCTGCTTCCTAGGGGGCC**CCTCCGGTAGACTTACGAGCGGTTTGCTTGGTAC
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QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1AN42JQ 745 0 0
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GGGCATGATGGTGACACGCTTGGCATGAATGGCGCAAAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGTCC
CACAAGGTACGCTTCTGCTGCCTCCTGGAGTGCTAGCACAGCATGGCTCTGGAAACGCAG
GTCAGTCTTGAAATCCTGAGCAATCTCACGAACAAGCCTCTGGAATGGAAGCTTCCTGAT
GAGCAACTCAGTACTCTTCTGGTACTTACGGATTTCACGAAGAGCAACAGTTCCAGGTCT
GTAACGATGTGGCTTCTTGACTCCACCGGTGGTTGGTGCAGACTTACGTGCCGCCTTAGT
AGCAAGCTGCTTCCTAGGGGCCTTTTCTCCGGTAGACTTACGAGCGGTTTGCTTGGTACG
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GAAAACAGAAGATAATGAAAAGTCC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1DU89JQ 664 0 0
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GAGTCTACTAATACCAAAAAAGACCATATTATCTAAAAATCCAGCTACTTCTATTTAGAG
AAGCAACAAACCCCAACATTCACATAATACGAGACCCGAACCCAACAACAAGACTTAAGC
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GGCATGAATGGCGCAAAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGTCCCACAAGGTACGCTTCTGCTGC
CTCCTGGAGTGCTAGCACAGCATGGCTCTGGAAACGCAGGTCAGTCTTGAAATCCTGAGC
AATCTCACGAACAAGCCTCTGGAATGGAAGCTTCCTGATGAGCAACTCAGTACTCTTCTG
GTACTTACGGATTTCACGAAGAGCAACAGTTCCAGGTCTGTAACGATGTGGCTTCTTGAC
TCCACCGGTGGTCGGTGCAGACTTACGTGCCGCCTTAGTAGCAAGCTGCTTCCTAGGGGC
CTTTCCTCCGGTAGACTTACGAGCGGTTTGCTTGGTACGAGCCATCTTCTCTCTGTCGCT
TTCGCTTTCTCTGAGAATTCGAATTAGTGCTCCGATTTCGAAAACAGAAGATAATGAAAA
GTCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1DU89TF 664 0 0
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GAGTCTACTAATACCAAAAAAGACCATATTATCTAAAAATCCAGCTACTTCTATTTAGAG
AAGCAACAAACCCCAACATTCACATAATACGAGACCCGAACCCAACAACAAGACTTAAGC
ACGCTCTCCTCTGATCCTGCGAGCGAGTTGGATGTCTTTGGGCATGATGGTGACACGCTT
GGCATGAATGGCGCAAAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGTCCCACAAGGTACGCTTCTGCTGC
CTCCTGGAGTGCTAGCACAGCATGGCTCTGGAAACGCAGGTCAGTCTTGAAATCCTGAGC
AATCTCACGAACAAGCCTCTGGAATGGAAGCTTCCTGATGAGCAACTCAGTACTCTTCTG
GTACTTACGGATTTCACGAAGAGCAACAGTTCCAGGTCTGTAACGATGTGGCTTCTTGAC
TCCACCGGTGGTCGGTGCAGACTTACGTGCCGCCTTAGTAGCAAGCTGCTTCCTAGGGGC
CTTTCCTCCGGTAGACTTACGAGCGGTTTGCTTGGTACGAGCCATCTTCTCTCTGTCGCT
TTCGCTTTCTCTGAGAATTCGAATTAGTGCTCCGATTTCGAAAACAGAAGATAATGAAAA
GTCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1H646JQ 735 0 0
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AGTACACAAAAGCAAATCATAAAACCGAAAATAAGAAAAAAAA**CAAGCAAACCAACAA
ACCATCATTGTTTTAGAGAGTCTACTAATACCAAAAAAGACCATATTATCTAAAAATCCA
GCTACTTCTATTTAGAGAAGCAACAAACCCCAACATTCACATAATACGAGACCCAAACCC
AACAACAAGACTTAAGCACGCTCTCCTCTGATCCTGCGAGCGAGTTGGATGTCTTTGGGC
ATGATGGTGACACGCTTGGCATGAATGGCGCAAAGGTTGGTGTCCTCGAAAAGTCCCACA
AGGTACGCTTCCGCTGCCTCCTGGAGTGCTAGCACAGCATGGCTCTGGAAACGCAGGTCA
GTCTTGAAATCCTGAGCAATCTCACGAACAAGCCTCTGGAATGGAAGCTTCCTGATGAGC
AACTCAGTACTCTTCTGGTACTTACGGATTTCACGAAAAGCAACAGTTCCAGGTCTGTAA
CGATGTGGCTTCTTGACTCCACCGGTGGTTGGTGCAAACTTACGTGCCGCCTTAGTAGCA
AGCTGCTTCCTAGGGGCCTTTCCTCCGGTAGACTTACGAGCGGTTTGCTTGGTACGAGCC
ATCTTCTCTCTGTCGCTTTCGCTTTCTCTGAGAATTCGAATTAGTGCTCCGATTTCGAAA
ACAGAAGATAATGAA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1EO32TF 743 0 0
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AAACCATCATTGTTTTAGAGAGTCTACTAATACCAAAAAAGACCATATTATCTAAAAATC
CAGCTACGTCTATTTAGAGAAGCAACAAACCCCAACATTCACATAATACGAGACCCAAAC
CCAACAACAAGACTTAAGCACGCTCTCCTCTGATCCTGCGAGCGAGTTGGATGTCTTTGG
GCATGATGGTGACACGCTTGGCATGAATGGCGCAAAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGTCCCA
CAAGGTACGCTTCTGCTGCCTCCTGGAGTGCTAGCACAGCATGGCTCTGGAAACGCAGGT
CAGTCTTGAAATCCTGAGCAATCTCACGAACAAGCCTCTGGAATGGAAGCTTCCTGATGA
GCAACTCAGTACTCTTCTGGTACTTACGGATTTCACGAAGAGCAACAGTTCCAGGTCTGT
AACGATGTGGCTTCTTGACTCCACCGGTGGTTGGTGCAGACTTACGTGCCGCCTTAGTAG
CAAGCTGCTTCCTAGGGGCCTTTTCTCCGGTAGACTTACGAGCGGTTTGCTTGGTACGAG
CCATCTTCTCTCTGTCGCTTTCGCTTTCTCTGAGAATTCGAATTAGTGCTCCGATTTCGA
AAACAGAAGATAATGAAAAGTCC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1EO32JQ 745 0 0
ACTTCAACATACTAATTGTATTAGAATTCAAACAACGAAAGGTTTAACAAAACACGTAGA
TGCAAGTACACAAAAGCAAATCATAAAACCGAAAATAAGAAAAAAAAA*CAAGCAAACCA
ACAAACCATCATTGTTTTAGAGAGTCTACTAATACCAAAAAAGACCATATTATCTAAAAA
TCCAGCTACGTCTATTTAGAGAAGCAACAAACCCCAACATTCACATAATACGAGACCCAA
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GGGCATGATGGTGACACGCTTGGCATGAATGGCGCAAAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGTCC
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GTAACGATGTGGCTTCTTGACTCCACCGGTGGTTGGTGCAGACTTACGTGCCGCCTTAGT
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ACCCAACAACAAGACTTAAGCACGCTCTCCTCTGATCCTGCGAGCGAGTTGGATGTCTTT
GGGCATGATGGTGACACGCTTGGCATGAATGGCGCAAAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGTCC
CACAAGGTACGCTTCTGCTGCCTCCTGGAGTGCTAGCACAGCATGGCTCTGGAAACGCAG
GTCAGTCTTGAAATCCTGAGCAATCTCACGAACAAGCCTCTGGAATGGAAGCTTCCTGAT
GAGCAACTCAGTACTCTTCTGGTACTTACGGATTTCACGAAGAGCAACAGTTCCAGGTCT
GTAACGATGTGGCTTCTTGACTCCACCGGTGGTTGGTGCAGACTTACGTGCCGCCTTAGT
AGCAAGCTGCTTCCTAGGGGCCTTTTCTCCGGTAGACTTACGAGCGGTTTGCTTGGTACG
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GAAAACAGAAGATAATGAAAAGTCC

QA 1 745 1 745
DS 

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AAAAAAACAAGCAAACCAACAAACCATCATTGTTTTAGAGAGTCTACTAATACCAAAAAA
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AGCGAGTTGGATGTCTTTGGGCATGATGGTGACACGCTTGGCATGAATGGCGCAAAGGTT
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GCCTTTCCTCCGGTAGACTTAAGAGCGGTTTGCTTGGTACGAGCCATCTTCTCTCTGTCG
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AAGTAATCTCC

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CGAGCCATCTTCTCTCTGTCGCTTTCGCTTTCTCTGAGAATTCGAATTAGTGCTCCGATT
TCGAAAACAGAAGATAATGAAAAGTAATCTCC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 2 21

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AAGATGGGGATGTATCACAACAAAAAGAGGATTTAGAAGAAGAAGAAAGTAATAAAAAGA
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AAGAGAAGAAAACGAAAGAAGATTCCAAGGGTAAGGAAGAAAAGAAGAAAACAGGAAGAG
AAGGATGAGCCTGAGGAAAAAATTGAAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BE26TF U 1
AF RR1BE26JQ C 298
BS 1 754 RR1BE26TF
BS 755 1168 RR1BE26JQ

RD RR1BE26TF 754 0 0
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TGAAGAAAGAGAAACTTCATATAACAATGAAGAC

QA 1 754 1 754
DS 

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QA 1 871 1 871
DS 



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TTAGAAGAAGAAGAAAGTAATAAAAAGAAGAAGAAAGATAAGGATGAATCAGGTGCAGAC
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AAGAAGAAGAGTAAAGATAAGGCGAAGACGAAGGAGACTGATGAGGATGAAGGAGAAAAG
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TCTTTCATATCATCCATGTTGTAACGGTTACGATTGTGTTTATAAATACTTGCAAGTTCG
AACT


BQ
10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 15 
15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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GG
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DS 

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GG
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DS 

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DS 

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DS 

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AGAAAAGAAGCAAAAAAAAGAAGAAGGAGAAAGGTGAAAAAGATAACAAAGAAGTTGAAG
AAGTGTTGTTTAGAGATATTACATTTGAAGAACCAGGAGCTGAAGGAGAGGAAGGCAAGT
CCAAGGACAAGAAAACTAAGAATGGAAAAGACACCGAGGGAGAAAATGGTAGTGAAGAAG
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DS 

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AAGAACAAGAAAAAAGACCCAAAGGAAAAGAAAAAAA

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DS 

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G
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GGAAAGAAGAAAGATAAAGAGAAGAAACTGAAAGAAGAATCAAAGAAGGTGAAGAAAGGA
GAGAAGGATGAGCATGGAGAAGAAGAAGGGGAGAAGAAAGAAGATCATAAGGAGGGAAAG
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TCATAAGGAGGGAAAGAAGAAGAGTAAAGATAAGGCGAAGACGAAGGAGACTGATGAGGA
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GAAAAATATAAACTGGCGTAACAATATCCACAGAGAAGCTCTATAATGTTGAACTGGACT
TAAAT
C

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DS 

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DS 



AS 1 21

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 25 55 55 55 
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55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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GATCAT

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DS 

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GATGAATCGATTTTATAGCTCCGATATTGTTATTCATGATATTTCTTTCATTCGATATCA
TCGAAATCTAATTCATCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTTTCATCTCTATGGGAT

QA 1 779 1 779
DS 

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GATATCATCGAAATCTAATTCATCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTCTCATCTCTA
TGGGATTAAATCCCGAGATATTCC

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DS 

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CCTTACAAAATTTTTTAAATTTCAATTTGAAATTTCGTACTTGTTTTCTCTATTTGATTT
CTATTGTTTATTTAAGGTTCTTTAGAAACTCTTTTTGTAAACAATCGAAGTAGAAAAGGT
TTTTTATGATATTTCATCAGATGATTGTACAAGGAAAGTAATAGGTTGTAGAAAAGAAAG
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CGGTGTGGATAAAAGATCTTCCTATGTTATACTATTAAATTCTTGACGATGAATCGATTT
TATAGCTCCGATATTGTTATTCATGATATTTCTTTCATTCGATATCATCGAAATCTAATT
CATCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTTTCATCTCTATGGGATTAAATCCCGAGATA
TTC
T

QA 1 483 1 483
DS 

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ATTTAAAAAATAAAGATCAATTTAGTCTTCCCTAATGAATATGCTCTTTTTAAAAAGTTG
ATGTCGAAGAAAAACTCGTAAGAAAATTTAAAGAGTTAATTTTTTGGAATATTGTAGTTT
TTTTT*ATCGGGACTCGTCTTTATCACATTTCCTTTGTTTTACAAAAAGATCATAGACCC
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GTGAAAAAGAATCATAAATAAATAGTTTTTTATTGGATCAGGAACCTCATTATGTATTCG
GTGTGGATAAAAGATCTTCCTATGTTATACTATTAAATTCTTGACGATGAATCGATTTTA
TAGCTCCGATATTGTTATTCATGGTATTTCTTTCATTCGATATCATCGAAATCTAATTCA
TCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTCTCATCTCTATGGGATTAAATCCCGAGATATT
CC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1FP46TF 662 0 0
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ATTTAAAAAATAAAGATCAATTTAGTCTTCCCTAATGAATATGCTCTTTTTAAAAAGTTG
ATGTCGAAGAAAAACTCGTAAGAAAATTTAAAGAGTTAATTTTTTGGAATATTGTAGTTT
TTTTT*ATCGGGACTCGTCTTTATCACATTTCCTTTGTTTTACAAAAAGATCATAGACCC
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ATTGTTTATTTAAGGTTCTTTAGAAACTCTTTTTGTAAACAATCGAAGTAGAAAAGGTTT
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GTGAAAAAGAATCATAAATAAATAGTTTTTTATTGGATCAGGAACCTCATTATGTATTCG
GTGTGGATAAAAGATCTTCCTATGTTATACTATTAAATTCTTGACGATGAATCGATTTTA
TAGCTCCGATATTGTTATTCATGGTATTTCTTTCATTCGATATCATCGAAATCTAATTCA
TCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTCTCATCTCTATGGGATTAAATCCCGAGATATT
CC

QA 1 662 1 662
DS 

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CAGGAATCTCATTATGTATTCGGTGTGGATAAAAGATCTTCCTATGTTATACTATTAAAT
TCTTGACGATGAATCGATTTTATAGCTCCGATATTGTTATTCATGATATTTCTTTCATTC
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TGGGATTAAATCCCGAGATATTCC

QA 1 684 1 684
DS 

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CAGGAATCTCATT**GTATTCGGTGTGGATAAAAGATCTTCCTATGTTATACTATTAAAT
TCTTGACGATGAATCGATTTTATAGCTCCGATATTGTTATTCATGATATTTCTTTCATTC
GATATCATCGAAATCTAATTCATCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTCTCATCTCTA
TGGGATTAAATCCCGAGATATTC
T

QA 1 683 1 683
DS 

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ATTTTTTGGAATATTGTAGTTTTTTTT*ATCGGGACTCGTCTTTATCACATTTCCTTTGT
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TTGTTTTCTCTATTTGATTTCTATTGTTTATTTAAGGTTCTTTAGAAACTCTTTTTGTAA
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ATAGGTTGTAGAAAAGAAAGCGGTGAAAAAGAATCATAAATAAATAGTTTTTTATTGGAT
CAGGAATCTCATTATGTATTCGGTGTGGATAAAAGATCTTCCTATGTTATACTATTAAAT
TCTTGACGATGAATCGATTTTATAGCTCCGATATTGTTATTCATGATATTTCTTTCATTC
GATATCATCGAAATCTAATTCATCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTCTCATCTCTA
TGGGATTAAATCCCG

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DS 

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CTGTTTTCTCTATTTGATTTCTATTGTTTATTTAAGGTTCTTTAGAAACTCTTTTTGTAA
ACAATCGAAGTAGAAAAGGTTTTTTATGATATTTCATCAGATGATTGTACAAGGAAAGTA
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CAGGAATCTCATTATGTATTCGGTGTGGATAAAAGATCTTCCTATGTTATACTATTAAAT
TCTTGACGATGAATCGATTTTATAGCTCCGATATTGTTATTCATGATATTTCTTTCATTC
GATATCATCGAAATCTAATTCATCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTCTCATCTCTA
TGGGATTAAATCCCGAGATATTCCAAA

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DS 

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G
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AAATCCCGAGATATTCC

QA 2 138 2 138
DS 

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GATTAAATCCCGAGATATTCC

QA 1 141 1 141
DS 

RD RR1CZ88TF 207 0 0
GAC
CAGGAATCTCATTATGTATTCGGTGTGGATAAAAGACCTTCCTATGTTATACTATTAAAT
TCTTGACGATGAATCGATTTTATAGCTCCGATATTGTTATTCATGATATTTCTTTCATTC
GATATCATCGAAATCTAATTCATCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTCTCATCTCTA
TGGGATTAAATCCCGAGATATTCC

QA 4 207 4 207
DS 

RD RR1EU83TF 141 0 0
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GATTAAATCCCGAGATATTCC

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DS 

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AGGAAAGTAATAGGTTGTAGAAAAGAAAGCGGTGAAAAAGAATCATAAATAAATAGTTTT
TTATTGGATCAGGAATCTCATTATGTATTCGGTGTGGATAAAAGATCTTCCTATGTTATA
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CTTTCATTCGATATCATCGAAATCTAATTCATCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTC
TCATCTCTATGGGATTAAATCCCGAGATATTCC

QA 1 333 1 333
DS 

RD RR1DF87TF 210 0 0
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DS 

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GGACTCGTCTTTATCACATTTCCTTTGTTTTACAAAAAGATCATAGACCCTTACAAAATT
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TAAGGTTCTTTAGAAACTCTTTTTGTAAACAATCGAAGTAGAAAAGGTTTTTTATGATAT
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GCACTCTTTATTCTCGTTCCTACTGCTTTTTTGCTTATAATTTACGTAAAAACGGTTAGT
CAAAATAATTAATTTGAATACAATTTGACTATCAATG

QA 1 757 1 757
DS 

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AAGTCAATATTCTTGCATTTATTGCTACTGCACTCTTCATTCTCGTTCCTACTGCTTTTT
TGCTTATAATTTACGTAAAAACGGTTAGTCAAAATAATTAATTTGAATACAATTTGACTA
TCAATG

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR1F442TF 306 0 0
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AAGTCAATATTCTTGCATTTATTGCTACTGCACTCTTCATTCTCGTTCCTACTGCTTTTT
TGCTTATAATTTACGTAAAAACGGTTAGTCAAAATAATTAATTTGAATACAATTTGACTA
TCAATG

QA 1 306 1 306
DS 

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AGGAATCTCATTATGTATTCGGTGTGGATAAAAGATCTTCCTATGTTATACTATTAAATT
TTTGACGATGAATCGATTTTATAGCTCCGATATTGTTATTCATGATATTTCTTTCATTCG
ATATCATCGAAATCTAATTCATCTGAGTGAGTTTACAAGCGAAAGATTTCTCATCTCTAT
GGGATTAAATCCCGAGATATTCCAAAGAAAAAAAAA*TAAATAATAAACTATTTAATTAT
GGAAGTCAATATTCTTGCATTTATTGCTACTGCACTCTTCATTCTCGTTCCTACTGCTTT
TTTGCTTATAATTTACGTAAAAACGGTTAGTCAAAATAATTAATTTGAATACAATTTGAC
TATCAAT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1A626TF 302 0 0
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TATAATTTACGTAAAAACGGTTAGTCAAAATAATTAATTTGAATACAATTTGACTATCAA
TG

QA 1 302 1 302
DS 



AS 1 22

CO CL16Contig1 2871 22 20 U
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TATAGACATAGAAATATAATTGCTCTATGAATATTATTTCAAAATCATATGAATATGATC
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GACTGCGAATTCAATACTCAGTAAATTTTATCTTAGTCTTACTGCTTACTGTATGAACAT
TTAATAATAGAAATAAATGACTTTTGATAATACAAAATAATTAATTTTTTTGTTATCTCC
GCATTCCGTTTACGTTCTGATAAATTTTGATTTAATTTATGGAGCCTCAGAACCCCATTA
TTCATGATTGACCAAATCATTAAGATAAAGAATATCCAAATACCAAACCCGCACTCGATA
TAATCTTTTAGAAGCATAATCACTTCTTGGGAAGATTAAAGAAAGAACTTGGTCTTCCCC
CGTAAGGAATTCTTCTAATAAACCCGAGCCCAACCTTTTTAAAAAAGCGCGTACAGTACT
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AAATTCGCTCAAAAAAGACGCCATAAGATGTCGATCGTAAATGAGAAGACTGCTTGCGTA
GAAAAAAAAAAGATGGATTCGTATTCATATACATAAGAATTATATAAGAACAATAAAAAT
CTTGGATTCAAAATTGATTTTTTTTTACTATCAAAATTCTTCCAATTGCAATACTCGTAT
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TTTACATTTTTTCCTTCGATAGAGGATCCCAACCTTAGGGAAAATGGAATTTCTACAATC
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TTCAAATCCTTAGTGGGAATAATCAAACGATTCTGTTCGTACATTCGTAAAATTAAGCGT
TTCACAATTAGTGAACTATATTTTTTGTCATAATCCGCATTTTCCAAGAAAATAAGGCGA
TTTCTATTTAATCTATTTAAACCGTGATCATAAGCAAATACATAAATATACTCCCGAAAA
AAAAGTGGATATAGAAAACTCTGTTGCCGAGCCCCATCGAACTCTAAATATCCTTGAAAT
TTCTCCATTTGGATTGAAATTCGATTTGAACTAAAAGTAAAGTCTTTATTTTCTTGAGTT
CTGAAATGACACATAGTGCGATACAGTCAAAATAAGGTATTAGATTACGAAAGCAATAAA
TACCTCATAAACAGGTAGACTGCTAACCGGATTCTCTATCTTTAATAGGTTTCTGTTCGT
TATATTATAGAATAACAAAACAAGATGATTAGAAATCCTTTATTTTTTGAACCTAATCGC
TCTTTTGATTTTGGAAATATATATATATATTTTTTTTATCAATATACTGCTTCTTTTACA
CATCCATCTCCAACCTAACCCAAACGAACTAGGGAAAAAATAATTAGGACTCACGAAAAA
ATTGATAATAACACGCAAGAAAAAAATTCCTTCCTATACCCGTATAAGGTACTAATCTAT
TTTTAACATTTAATTAGATCGGGTAATTTTTCAAATTACGAATGGAAGCTCGTTTCTTTT
TTTTCTTAGAATAAGGAAAACTGGTTTTTTATCCATCCATTTATATTTATTCACTCGACC
CAAATTGGAATTCTTCTTTTTTTTTTTTTCGACAAGGTTGTACCGATCAGAAAAGCAAAA
AAAAAA*TGGTATCTGAATTCTCCCTTGATACGACATGCTATTTTTTCCGTTCATTCCTT
TCAGGATCAGTCGTGGTCTTACAAACTCTACCGCAGATCTGGACGAATCCTTTTCTTCAT
ACAAATGTGTAAAAGATGCTAGTCGCACTTAAAAGCCGAGTACTCTACCGTTGAGTTAGC
AACCCCCCCCCC**AAAAAAAAAGAAAGTACAGCAAATATGTAGATACAACCAGAATAAA
GAAAAATCCAGTCATGTGTGCGTCAGGGATAAATAGATCTATTTCTCTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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CGTTTACGTTCTGATAAATTTTGATTTAATTTATGGAGCCTCAGAACCCCATTATTCATG
ATTGACCAAATCATTAAGATAA

QA 1 502 1 502
DS 

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TATAGACATAGAAATATAATTGCTCTATGAATATTATTTCAAAATCATATGAATATGATC
CATAGTGGGTTGCCCGGGACTCGAACCCGGAACTAGTCGGATGGAGTAGATAATTTCCTT
GTTAAAATGAAAAAAAAAAGGTAAAAAACCCCTCCCCAAACCGTGCTTGCATTTTTCATT
GCACACAGCTTTCTCTATGTATGCATAGAAAACCAAGTTTCTTTGTTTCCTTATAAATAG
GACTGCGAATTCAATACTCAGTAAATTTTATCTTAGTCTTACTGCTTACTGTATGAACAT
TTAATAATAGAAATAAATGACTTTTGATAATACAAAATAATTAATTTTTTTGTTATCTCC
GCATTCCGTTTACGTTCTGATAAATTTTGATTTAATTTATGGAGCCTCAGAACCCCATTA
TTCATGATTGACCAAATCATTAAGATAAAGAATATCCAAATACCAAACCCGCACTCGATA
TAATCTTTTAGAAGCAT
C

QA 1 557 1 557
DS 

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CCATTATTCATGATTGACCAAATCATTAAGATAAAGAATATCCAAATACCAAACCCGCAC
TCGATATAATCTTTTAGAAGCATAATCACTTCTTGGGAAGATTAAAGAAAGAACTTGGTC
TTCCCCCGTAAGGAATTCTTCTAATAAACCCGAGCCCAACCTTTTTAAAAAAGCGCGTAC
AGTACTTTTGTGTTTACGAGCCAAAGTTTTAACACAACAAAGACGAAGTATATATTTTAT
TCGATACAAATTCTTTTTGTTTGAAGATCCGCTGTAATAATGTGAAATATTTCTGGATAT
ACGCACAAATCGGTTGAGAATATCAGAATCTGATGAATCCGTCCAGGTCGCTTTACTAAT
GGGATGCCCTAATACATTACAAAATTTATCTTTAGCCAACGACCCAATAATAGAAAAAAT
TGGAATGTTGCTATCCAATTTTATTCTAACATTATCTATTAGAAATGAGTTTTCTAGCAT
TTGACTACGTACCACTAAAGGATTTAGTCGCAAACTTGAGAGATAACCCAGAAATTCTAA
ATTATCTTTAGATAATTGATTTATATTAACCTTTTGCGATTGAAACCATACGGAAAAATA
ACATTGCCATAAATTAACAAAATAAAATTTTCCATTTATTCATCAGAAGTGGCGTATCCT
TTGTTGCC**AATGTATTTTCCATGATATC

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DS 

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TCAGAATCTGATGAATCCGTCCAGGTCGCTTTACTAATGGGATGCCCTAATACATTACAA
AATTTATCTTTAGCCAACGACCCAATAATAGAAAAAATTGGAATGTTGCTATCCAATTTT
ATTCTAACATTATCTATTAGAAATGAGTTTTCTAGCATTTGAATACGTACCACTAAAGGA
TTTAGTCGCAAACTTGAGAGATAACCCAGAAATTCTAAATTATCTTTAGATAATTGATTT
ATATTAACCTTTTGCGATTGAAACCATACGGAAAAATAACATTGCCATAAATTAACAAAA
TAAAATTT*CCATTTATTCATCAGAAGTGGCGTATCCTTTGTTGCCAGAATGTATTTTCC
ATGATATCTAACATAATGTAGGAAAGGATCCTTGAACAACCCTAAAAGCGCCGGAAATTT
ATTAACAAA

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR1BX46TF 489 0 0
GAAGATCCGCTGTAATAATGTGAAATATTTCTGGATATACGCACAAATCGGTTGAGAATA
TCAGAATCTGATGAATCCGTCCAGGTCGCTTTACTAATGGGATGCCCTAATACATTACAA
AATTTATCTTTAGCCAACGACCCAATAATAGAAAAAATTGGAATGTTGCTATCCAATTTT
ATTCTAACATTATCTATTAGAAATGAGTTTTCTAGCATTTGAATACGTACCACTAAAGGA
TTTAGTCGCAAACTTGAGAGATAACCCAGAAATTCTAAATTATCTTTAGATAATTGATTT
ATATTAACCTTTTGCGATTGAAACCATACGGAAAAATAACATTGCCATAAATTAACAAAA
TAAAATTT*CCATTTATTCATCAGAAGTGGCGTATCCTTTGTTGCCAGAATGTATTTTCC
ATGATATCTAACATAATGTAGGAAAGGATCCTTGAACAACCCTAAAAGCGCCGGAAATTT
ATTAACAAA

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR1EY35TF 759 0 0
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ATTCGATACAAATTCTTTTTGTT*GAAGATCCGCTGTAATAATGTGAAATATTTCTGGAT
ATACGCACAAATCGGTTGAGAATATCAGAATCTGATGAATCCGTCCAGGTCGCTTTACTA
ATGGGATGCCCTAATACATTACAAAATTTATCTTTAGCCAACGACCCAATAATAGAAAAA
ATTGGAATGTTGCTATCCAATTTTATTCTAACATTATCTATTAGAAATGAGTTTTCTAGC
ATTTGACTACGTACCACTAAAGGATTTAGTCGCAAACTTGAGAGATAACCCAGAAATTCT
AAATTATCTTTAGATAATTGATTTATATTAACCTTTTGCGATTGAAACCATACGGAAAAA
TAACATTGCCATAAATTAACAAAATAAAATTT*CCATTTATTCATCAGAAGTGGCGTATC
CTTTGTTGCC**AATGTATTTTCCATGATATCTAACATAATGTAGGAAAGGATCCTTGAA
CAACCCTAAAAGCGCCGGAAATTTATTAACAAAGACTTTTAAAAAATGTTGTATTTTTCC
ATAGAATAAAATTCGCTCAAAAAAGACGTCATAAGATGTCGATCGTAAATGAGAAGACTG
CTTGCGTAGAAAAAAAA**GATGGATTCGTATTCATATACATAAGAATTATATAAGAACA
ATAAAAATCTTGGATTCAAAATTGATTTTTTTTT
TACTC

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DS 

RD RR1E174JQ 682 0 0
GAAGATCCGCTGTAATAATGTGAAATATTTCTGGATATACGCACAAATCGGTTGAGAATA
TCAGAATCTGATGAATCCGTCCAGGTCGCTTTACTAATGGGATGCCCTAATACATTACAA
AATTTATCTTTAGCCAACGACCCAATAATAGAAAAAATTGGAATGTTGCTATCCAATTTT
ATTCTAACATTATCTATTAGAAATGAGTTTTCTAGCATTTGACTACGTACCACTAAAGGA
TTTAGTCGCAAACTTGAGAGATAACCCAGAAATTCTAAATTATCTTTAGATAATTGATTT
ATATTAACCTTTTGCGATTGAAACCATACGGAAAAATAACATTGCCATAAATTAACAAAA
TAAAATTT*CCATTTATTCATCAGAAGTGGCGTATCCTTTGTTGCCAGAATGTATTTTCC
ATGATATCTAACATAATGTAGGAAAGGATCCTTGAACAACCCTAAAAGCGCCGGAAATTT
ATTAACAAAGACTTTTAAAAAATGTTGTATTTTTCCATAGAATAAAATTCGCTCAAAAAA
GACGCCATAAGATGTCGATCGTAAATGAGAAGACTGCTTGCGTAGAAAAAAAAAAGATGG
ATTCGTATTCATATACATAAGAATTATATAAGAACAATAAAAATCTTGGATTCAAAATTG
ATTTTTTTTT
ACTATCAAAATT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1E174TF 765 0 0
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ATGCCCTAATACATTACAAAATT*ATCTTTAGCCAACGACCCAATAATAGAAAAAATTGG
AATGTTGCTATCCAATTTTATTCTAACATTATCTATTAGAAATGAGTTTTCTAGCATTTG
ACTACGTACCACTAAAGGATTTAGTCGCAAACTTGAGAGATAACCCAGAAATTCTAAATT
ATCTTTAGATAATTGATTTATATTAACCTTTTGCGATTGAAACCATACGGAAAAATAACA
TTGCCATAAATTAACAAAATAAAATTT*CCATTTATTCATCAGAAGTGGCGTATCCTTTG
TTGCCAGAATGTATTTTCCATGATATCTAACATAATGTAGGAAAGGATCCTTGAACAACC
CTAAAAGCGCCGGAAATTTATTAACAAAGACTTTTAAAAAATGTTGTATTTTTCCATAGA
ATAAAATTCGCTCAAAAAAGACGCCATAAGATGTCGATCGTAAATGAGAAGACTGCTTGC
GTAGAAAAAAAAAAGATGGATTCGTATTCATATACATAAGAATTATATAAGAACAATAAA
AATCTTGGATTCAAAATTGATTTTTTTTTACTATCAAAATTCTTCCAATTGCAATACTCG
TATAGACAGAACCGAAAAAAATGCAAAGAAGAGGCATCTTTTACCCGGTAACGTAGGGTT
TGAACCAAGATTTCTAGATGGATGGGGTAAGGTATTAGTACATC
C

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1EG33JQ 664 0 0
CCATAGAATAAAATTCGCTCAAAAAAGACGTCATAAGATGTCGATCGTAAATGAGAAGAC
TGCTTGCGTAGAAAAAAAA**GATGGATTCGTATTCATATACATAAGAATTATATAAGAA
CAATAAAAATCTTGGATTCAAAATTGATTTTTTTTTACTATCAAAATTCTTCCAATTGCA
ATACTCGTATAGACAGAACCGAAAAAAATGCAAAGAAGAGGCATCTTTTACCCGGTAACG
TAGGGTTTGAACCAAGATTTCTAGATGGATGGGGTAAGGTATTAGTACATCTAATACATA
ATTAAAATGTGAGAATTTGTCTTCTAAAAAGGGAAATATTGAATGAATTGATTGTAAATT
GTAAGATTTTTTTACATTTTTTCCTTCGATAGAGGATCCCAACCTTAGGGAAAATGGAAT
TTCTACAATCACTACAAATAAAACAGATATCATTTGATAATAGAAATTATTGGTATGCCC
CAGATTTTTGTTCAAATCCTTAGTGGGAATAATCAAACGATTCTGTTCGTACATTCGTAA
AATTAAGCGTTTCACAATTAGTGAACTATATTTTTTGTCATAATCCGCATTTTCCAAGAA
AATAAGGCGATTTCTATTTAATCTATTTAAACCGTGATCATAAGCAAATACATAAATATA
CTCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1GF86JQ 496 0 0
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GAACTATATTTTTTGTCATAATCCGCATTTTCCAAGAAAATAAGGCGATTTCTATTTAAT
CTATTTAAACCGTGATCATAAGCAAATACATAAATATACTCCCGAAAAAAAAGTGGATAT
AGAAAACTCTGTTGCCGGGCCCCATCGAACTCTAAATATCCTTGAAATTTCTCCATTTGG
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AGGTAGACTGCTAACC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1GF86TF 496 0 0
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GTGGGAATAATCAAACGATTCTGTTCGTACATTCGTAAAATTAAGCGTTTCACAATTAGT
GAACTATATTTTTTGTCATAATCCGCATTTTCCAAGAAAATAAGGCGATTTCTATTTAAT
CTATTTAAACCGTGATCATAAGCAAATACATAAATATACTCCCGAAAAAAAAGTGGATAT
AGAAAACTCTGTTGCCGGGCCCCATCGAACTCTAAATATCCTTGAAATTTCTCCATTTGG
ATTGAAATTCGATTTGAACTAAAAGTAAAGTCTTTATTTTCTTGAGTTCTGAAATGACAC
ATAGTGCGATACAGTCAAAATAAGGTATTAGATTACGAAAGCAATAAATACCTCATAAAC
AGGTAGACTGCTAACC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1EP94JQ 684 0 0
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ACAGATATCATTTGATAATAGAAATTATTGGTATGCCCCAGATTTTTGTTCAAATCCTTA
GTGGGAATAATCAAACGATTCTGTTCGTACATTCGTAAAATTAAGCGTTTCACAATTAGT
GAACTATATTTTTTGTCATAATCCGCATTTTCCAAGAAAATAAGGCGATTTCTATTTAAT
CTATTTAAACCGTGATCATAAGCAAATACATAAATATACTCCCGAAAAAAAAGTGGATAT
AGAAAACTCTGTTGCCGAGCCCCATCGAACTCTAAATATCCTTGAAATTTCTCCATTTGG
ATTGAAATTCGATTTGAACTAAAAGTAAAGTCTTTATTTTCTTGAGTTCTGAAATGACGC
ATAGTGCGATACAGTCAAAATAAGGTATTAGATTACGAAAGCAATAAATACCTCATAAAC
AGGTAGACTGCTAACCGGATTCTCTATCTTTAATAGGTTTCTGTTCGTTATATTATAGAA
TAACAAAACAAGATGATTAGAAATCCTTTATTTTTTGAACCTAATCGCTCTTTTGATTTT
GGAAATATATATATATATTTTTTTTATCAATATACTGCTTCTTTTACACATCCATCTCCA
ACCTAACCCAAACGAACTAGGGAA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1EG33TF 709 0 0
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CGTACATTCGTAAAATTAAGCGTTTCACAATTAGTGAACTATATTTTTTGTCATAATCCG
CATTTTCCAAGAAAATAAGGCGATTTCTATTTAATCTATTTAAACCGTGATCATAAGCAA
ATACATAAATATACTCCCGAAAAAAAAGTGGATATAGAAAACTCTGTTGCCGAGCCCCAT
CGAACTCTAAATATCCTTGAAATTTCTCCATTTGGATTGAAATTCGATTTGAACTAAAAG
TAAAGTCTTTATTTTCTTGAGTTCTGAAATGACACATAGTGCGATACAGTCAAAATAAGG
TATTAGATTACGAAAGCAATAAATACCTCATAAACAGGTAGACTGCTAACCGGATTCTCT
ATCTTTAATAGGTTTCTGTTCGTTATATTATAGAATAACAAAACAAGATGATTAGAAATC
CTTTATTTTTTGAACCTAATCGCTCTTTTGATTTTGGAAATATATATATATATTTTTTTT
ATCAATATACTGCTTCTTTTACACATCCATCTCCAACCTAACCCAAACGAACTAGGGAAA
AAATAATTAGGACTCACGAAAAAATTGATAATAACACGCAAGAAAAAAA

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DS 

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ACAGATATCATTTGATAATAGAAATTATTGGTATGCCCCAGATTTTTGTTCAAATCCTTA
GTGGGAATAATCAAACGATTCTGTTCGTACATTCGTAAAATTAAGCGTTTCACAATTAGT
GAACTATATTTTTTGTCATAATCCGCATTTTCCAAGAAAATAAGGCGATTTCTATTTAAT
CTATTTAAACCGTGATCATAAGCAAATACATAAATATACTCCCGAAAAAAAAGTGGATAT
AGAAAACTCTGTTGCCGAGCCCCATCGAACTCTAAATATCCTTGAAATTTCTCCATTTGG
ATTGAAATTCGATTTGAACTAAAAGTAAAGTCTTTATTTTCTTGAGTTCTGAAATGACAC
ATAGTGCGATACAGTCAAAATAAGGTATTAGATTACGAAAGCAATAAATACCTCATAAAC
AGGTAGACTGCTAACCGGATTCTCTATCTTTAATAGGTTTCTGTTCGTTATATTATAGAA
TAACAAAACAAGATGATTAGAAATCCTTTATTTTTTGAACCTAATCGCTCTTTTGATTTT
GGAAATATATATATATATTTTTTTTATCAATATACTGCTTCTTTTACACATCCATCTCCA
ACCTAACCCAAACGAACTAGGGAAAAAATAATTAGGACTCACGAAAAAATTGATAATAAC
ACGCAAGAAAAAAATTCCTTCCTATACCCGTATA**GTACTAATCTATTTTTAAC

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DS 

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DS 

RD RR1B468JQ 217 0 0
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TACGACATGCTATTTTTTCCGTTCATTCCTTTCAGGATCAGTCGTGGTCTTACAAACTCT
ACCGCAAATCTGGACGAATCCTTTTCTTCATACAAATGTGTAAAAGATGCTAGTCGCACT
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DS 

RD RR1E611TF 217 0 0
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TACGACATGCTATTTTTTCCGTTCATTCCTTTCAGGATCAGTCGTGGTCTTACAAACTCT
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TAAAAGCCGAGTACTCTACCGTTGAGTTAGCAACCCC

QA 1 217 1 217
DS 

RD RR1BV10JQ 299 0 0
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TGGTATCTGAATTCTCCCTTGATACGACATGCTATTTTTTCCGTTCATTCCTTTCAGGAT
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TGTAAAAAATGCTAGTCGCACTTAAAAGCCGAGTACTCTACCGTTGAGTTAGCAACCCC

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DS 

RD RR1BV10TF 299 0 0
AGAATAAGGAAAACTGGTTTTTTATCCATCCATTTATATTTATTCACTCGACCCAAATTG
GAATTCTTCTTTTTTTTTTTTTCGACAAGGTTGTACCGATCAGAAAAGCAAAAAAAAAA*
TGGTATCTGAATTCTCCCTTGATACGACATGCTATTTTTTCCGTTCATTCCTTTCAGGAT
CAGTCGTGGTCTTACAAACTCTACCGCAGATCTGGACGAATCCTTTTCTTAATACAAATG
TGTAAAAGATGCTAGTCGCACTTAAAAGCCGAGTACTCTACCGTTGAGTTAGCAACCCC

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR1DK08TF 662 0 0
GAA
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CTTTTACACATCCATCTCCAACCTAACCCAAACGAACTAGGGAAAAAATAATTAGGACTC
ACGAAAAAATTGATAATAACACGCAAGAAAAAAATTCCTTCCTATACCCGTATTAGGTAC
TAATCTATTTTTAACATTTAATTAGATCGGGTAATTTTTCAAATTACGAATGGAAGCTCG
TTTCTTTTTTTTCTTAGAATAAGGAAAACTGGTTTTTTATCCATCCATTTATATTTATTC
ACTCGACCCAAATTGGAATTCTTCTTTTTTTTTTT**CGACAAGGTTGTACCGATCAGAA
AAGCAAAAAAAAAA*TGGTATCTGAATTCTCCCTTGATACGACATGCTATTTTTTCCGTT
CATTCCTTTCAGGATCAGTCGTGGTCTTACAAACTCTACCGCAGATCTGGACGAATCCTT
TTCTTCATACAAATGTGTAAAAGATGCTAGTCGCACTTAAAAGCCGAGTACTCTACCGTT
GAGTTAGCAACCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAGAAAGTACAGCAAATATGTAGATACAACC
AGAATAAAGAAAAATCCAGTCATGTGTGCGTCAGGGATAAATAGATCTATTTCTCTATC

QA 4 662 4 662
DS 

RD RR1DY39JQ 322 0 0
CGACAAGGTTGTACCGATCAGAAAAGCAAAAAAAAAAATGGTATCTGAATTCTCCCTTGA
TACGACATGCTATTTTTTCCGTTCATTCCTTTCAGGATCAGTCGTGGTCTTACAAACTCT
ACCGCAGATCTGGACGAATCCTTTTCTTCATACAAATGTGTAAAAGATGCTAGTCGCACT
TAAAAGCCGAGTACTCTACCGTTGAGTTAGCAACCCCCCCCCC**AAAAAAAAAGAAAGT
ACAGCAAATATGTAGATACAACCAGAATAAAGAAAAATCCAGTCATGTGTGCGTCAGGGA
TAAATAGATCTATTTCTCTATC

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DS 

RD RR1DY39TF 288 0 0
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GGATCAGTCGTGGTCTTACAAACTCTACCGCAGATCTGGACGAATCCTTTTCTTCATACA
AATGTGTAAAAGATGCTAGTCGCACTTAAAAGCCGAGTACTCTACCGTTGAGTTAGCAAC
CCCCCCCCC**AAAAAAAAAGAAAGTACAGCAAATATGTAGATACAACCAGAATAAAGAA
AAATCCAGTCATGTGTGCGTCAGGGATAAATAGATCTATTTCTCTATC

QA 1 288 1 288
DS 



AS 1 21

CO CL17Contig1 817 21 8 U
GGGATATCACAAATACATTTTACTCTTAAATCCCCCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAA
TCATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGT
TCTCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACA
GAACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCC
GACCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATC
ATCCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTT
ACGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCAT
TCGATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAG
GAATGGATGGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTT
ATGCTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTA
ATGAACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTT
CTCCAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATTACTTTTAAGACTGTCAATGTCAAGTT
CTATGATATTTGTTAAATCAAATGTTAGACCAAATCATCATTGTTTTCAACTGCTTCTTT
ATATCAACTCAAACCAAAAAAGTCAATTTTAGTTTTC


BQ
10 40 45 15 15 75 75 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 85 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 60 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 50 80 80 80 80 80 80 50 70 35 70 70 70 70 65 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C665TF U 37
AF RR1G017TF U 2
AF RR1DG08TF U 8
AF RR1DG08JQ C 24
AF RR1F176JQ C 8
AF RR1F176TF U 8
AF RR1A580TF U 2
AF RR1AB85TF U 4
AF RR1G578JQ C 4
AF RR1AR26JQ C 2
AF RR1AR26TF U 2
AF RR1G578TF U 4
AF RR1C034TF U 1
AF RR1DD59JQ C 219
AF RR1F930JQ C 55
AF RR1DD59TF U 3
AF RR1F930TF U 4
AF RR1GJ52TF U 4
AF RR1BC06TF U 2
AF RR1AM22TF U -2
AF RR1G017JQ C 35
BS 1 34 RR1C034TF
BS 35 35 RR1DG08TF
BS 36 364 RR1C034TF
BS 365 365 RR1DG08TF
BS 366 608 RR1C034TF
BS 609 609 RR1DG08TF
BS 610 751 RR1C034TF
BS 752 817 RR1G017JQ

RD RR1C665TF 442 0 0
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CTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCTCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAA
GAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGG
ATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGACCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTT
TCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTAC
AGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGG
ATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCGATGTGTATGAAGACGGGATTCAACGGAATGAAT
GATACAGATTGTGACACGTGGG

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DS 

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CATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTT
CTTGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAG
AACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCG
ACCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCA
TCCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTA
CGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATT
CGATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGTCACGTGGGAGG
AATGGAT

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1DG08TF 606 0 0
G
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TTCTGTCTTGT*CAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCTCGGGT
CAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAACTGGA
GTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGACCAGAT
TCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGAT
GTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACGATATT
GTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCGATGTG
TATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGGAATGGAT
GGGG*TGGG*AAGGTGCAG*AACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTATGCTTGA
AGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATGAACGA
TGTAG

QA 2 606 2 606
DS 

RD RR1DG08JQ 641 0 0
TCTTAAATCCCCCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAATCATAATATTCTGTCTTGT*CAA
AACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCTCGGGTCAATCCGTATCAAAA
AATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAACTGGAGTCGTTTGTTCTTCA
TCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGACCAGATTCATCTGAATACGAG
GTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGATGTTTGTAGGGGAAGC
AACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACGATATTGTGTTGAAGCAAATA
AAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCGATGTGTATGAAGACGG*ATT
CAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGGAATGGATGGGG*TGGG*AAGGT
GCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTATGCTTGAAGAAGAAGAAAATGA
TTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATGAACGATGTAGATAGGTCTCG
TGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTCTCC

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DS 

RD RR1F176JQ 657 0 0
G
ACAAATACATTTTACTCTTAAATCCCCCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAATCATAATA
TTCTGTCTTGT*CAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCTCGGGT
CAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAACTGGA
GTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGACCAGAT
TCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGAT
GTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACGATATT
GTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCGATGTG
TATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGGAATGGAT
GGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTATGCTTGA
AGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATGAACGA
TGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTCTCC

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR1F176TF 657 0 0
G
ACAAATACATTTTACTCTTAAATCCCCCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAATCATAATA
TTCTGTCTTGT*CAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCTCGGGT
CAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAACTGGA
GTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGACCAGAT
TCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGAT
GTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACGATATT
GTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCGATGTG
TATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGGAATGGAT
GGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTATGCTTGA
AGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATGAACGA
TGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTCTCC

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR1A580TF 705 0 0
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CATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTT
CTCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAG
AACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCG
ACCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCA
TCCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTA
CGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGTAACGGAGGAATATGAGCCATT
CGATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGG
AATGGATGGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTA
TGCTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAA
TGAACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTC
TCCAATCATGTGA*TCAATCAATAATTACCATTACTTTTA*GACT

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DS 

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TAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCT
CGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAA
CTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGAC
CAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATC
CTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACG
ATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCG
ATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGGAA
TGGATGGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTATG
CTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATG
AACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTCTC
CAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCA

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DS 

RD RR1G578JQ 697 0 0
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TAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCT
CGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAA
CTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGAC
CAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATC
CTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACG
ATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCG
ATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGGAA
TGGATGGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTATG
CTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATG
AACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTCTC
CAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATTACTTTT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1AR26JQ 708 0 0
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CATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTT
CTCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAG
AACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCG
ACCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCA
TCCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTA
CGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATT
CGATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGG
AATGGATGGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTA
TGCTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAA
TGAACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTC
TCCAATCACGTGAATCAATCAATAATTACCACTACTTTTAAGACTG
CC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1AR26TF 708 0 0
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CATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTT
CTCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAG
AACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCG
ACCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCA
TCCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTA
CGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATT
CGATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGG
AATGGATGGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTA
TGCTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAA
TGAACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTC
TCCAATCACGTGAATCAATCAATAATTACCACTACTTTTAAGACTG
CC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1G578TF 697 0 0
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TAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCT
CGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAA
CTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGAC
CAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATC
CTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACG
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ATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGGAA
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CTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATG
AACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTCTC
CAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATTACTTTT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1C034TF 751 0 0
GGGATATCACAAATACATTTTACTCTTAAATCCCTCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAA
TCATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGT
TCTCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACA
GAACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCC
GACCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATC
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ACGACATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCAT
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ATGCTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTA
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CTCCAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATTACTTTTAAGACTGTCAATGTCAAGTT
CTATGATATTTGTTAAATCAAATGTTAGACC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1DD59JQ 533 0 0
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AGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAG
TTTCAAACAATCAACGAAGCTTACGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAT
GGAACGGAGGAATATGAGCCATTCGATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGA
TACAGATTGTGACACGTGGGAGGAATGGATGGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAGAGAA
TACTCTTCTCACGTCAACCCTTATGCTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAA
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AACATGTAAATAAAAGTAGTTTCTCCAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATTACTT
T*AAGACTGTCAATGTCAAGTTCTATGATATTTGTTAAATCAAATGTTAGACC

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1F930JQ 697 0 0
TGTAAATCATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAA
ACGTGTTCTCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGC
TAAACAGAACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTA
AGATCCGACCAGATT*ATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAA
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AGCCATTCGATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACG
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TAGTTTCTCCAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATTACTTTTAAGACTGTCAATGT
CAAGTTCTATGATATTTTTTAAATCAAATGTTAGACC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1DD59TF 749 0 0
GATATCACAAATACATTTTACTCTTAAATCCCCTAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAATC
ATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTC
TCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGA
ACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGA
CCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCAT
CCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTAC
GATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTC
GATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGGA
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GCTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAAT
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CCAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATTACTTT*AAGACTGTCAATGTCAAGTTCT
ATGATATTTGTTAAATCAAATGTTAGACC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1F930TF 756 0 0
GGATCACAAATACATTTTACTCTTAAATCCCCCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAATCA
TAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCT
CGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAA
CTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGAC
CAGATT*ATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATC
CTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACG
ATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCG
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CTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATG
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CAATCATGTGAATCAATCA*TAATTACCATTACTTTTA*GACTGTCA*TGTCA*GTTCTA
TGATATTT*TTAAATCAAATGT
AGACCAAAAAAAAA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1GJ52TF 745 0 0
GGATCACAAATACATTTTACTCTTAAATCCCCCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAATCA
TAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCT
CGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAA
CTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGAC
CAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATC
CTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACG
ATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCG
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CTTGAAGAAGAAGAAA*TGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATG
AACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTCTC
CAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATTACTTTTA*GACTGTCAATGTCAAGTTCTA
TGATATTTGTTAAATCAAATGTTAG

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1BC06TF 761 0 0
GGATATCACAAATACATTTTACTCTTAAATCCCCCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAAT
CATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTT
CTCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAG
AACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCG
ACCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCG
TCCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTA
CGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATT
CGATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGG
AATGGATGGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTA
TGCTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAA
TGAACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTC
TCCAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATTACTTTTAAGACTGTCAATGTCAAGTTC
TATGATATTTGTTAAATCAAATGT
TAGACCAAATCATCATT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1AM22TF 739 0 0
GGACTT
ATATCACAAATACATTTTACTCTTAAATCCCCCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAATCA
TAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCT
CGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAA
CTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGAC
CAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATC
CTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACG
ATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCG
ATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGGAA
TGGATGGGGGTGGGGAAGGTGCAGGAACAAGAGAATACTCTTCTCACGTCAACCCTTATG
CTTGAAGAAGAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATG
AACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTCTC
CAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATTACTTTTAAGACTGTCAATGTCAAGTTCTA
TGATATTTGTTAA

QA 7 739 7 739
DS 

RD RR1G017JQ 783 0 0
CCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAATCATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGAT
TGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTTCTTGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAG
AAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAGAACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAAT
GGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGACCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGC
TTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCT
ACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGAT
GGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCGATGTGTATGAAGACGG*ATTCAACGGAATGA
ATGATACAGATTGTGTCACGTGGGAGGAATGGATGGGG*TGGG*AAGGTGCAGGAACAAG
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TTGGAACATGTAAATAAAAGTAGTTTCTCCAATCATGTGAATCAATCAATAATTACCATT
ACTTTTAAGACTGTCAATGTCAAGTTCTATGATATTTGTTAAATCAAATGTTAGACCAAA
TCATCATTGTTTTCAACTGCTTCTTTATATCAACTCAAACCAAAAAAGTCAATTTTAGTT
TTC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 22

CO CL18Contig1 1119 22 15 U
TGTCTGTTGTGGACATGTACATAAAACATTTTGTCATAAAATTTTGAAGCTATTAGTTTT
ATCAAAAAAAAATTTTTGAAGCTATTAGCCGATTATCGATATTGTTCCCCACCGATCTAA
CCTCTTTTGTATTTTTTTTTTTTTTTT****GTATTTTATCTTCCTTACGACTTACTTAT
TTATTTTTCCCTGGACATATATAATAATTAACGTTATGTAATTTCAATAACATTCAGGAC
TTTGGTACTTAGAGCGATCAGTGCAATAGTCATAGTTCATGTACTTATTTCTGAAATGCT
CATAGATTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCTTTGATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGT
TGGAAGATCCACAAGTGGCAACGTTATCACTCCGACCATCTACGTAGCAGCCTGAGAGGC
CGGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGAC
CGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGAGACTGGCTTCTACTTTCATCGGCTTTG
ATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTTATTGGGACGTTGTCAACGTAAA
ACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAA
ACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTGTA
ACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAAGAACTCGAAGTCAATCTCATCGTGATTAC
TTCCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGACGACGCCACCAGAATTTCCTCCGGGCACTT
TGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTCTTGGATTCGAACCCGGCACCTG
AAGACTGATCCATGTAGAGATCAACTTCTTTGCCAGAGTGAAGTGTGGAAATATGACCTT
GACCCCATTTAACAACATAGTTCTGACCGAAAGTAACATATTTCTCGACTCCTCTCCCTC
CGATAAACCTAGCATCAACCATTGTTATACATAATGCTACTGCAAAAACACCAAAGATTT
TCGTATGTATCATCTTGGTTTGATTTTTCTCTGAGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 5 40 40 55 55 55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 55 80 85 85 
85 50 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 90 30 90 90 90 70 95 95 95 95 70 95 95 97 
45 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 85 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 95 95 95 95 80 95 95 95 95 90 90 90 90 90 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 65 80 45 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 35 30 

AF RR1DC26JQ U 33
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RD RR1DC26JQ 136 0 0
GTCATAAAATTTTGAAGCTATTAGTTTTATCAAAAAAAAATTTTTGAAGCTATTAGCCGA
TTATCGATATTGTTCCCCACCGATCTAACCTCTTTTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTG
TATTTTATCTTCCTTA

QA 1 136 1 136
DS 

RD RR1F209JQ 501 0 0
TGTCTGTTGTGGACATGTACATAAAACATTTTGTCATAAAATTTTGAAGCTATTAGTTTT
ATCAAAAAAAAATTTTTGAAGCTATTAGCCGATTATCGATATTGTTCCCCACCGATCTAA
CCTCTTTTGTATTTTTTTTTTTTT*******GTATTTTATCTTCCTTACGACTTACTTAT
TTATTTTTCCCTGGACATATATAATAATTAACGTTATGTAATTTCAATAACATTCAGGAC
TTTGGTACTTAAAGCGATCAGTGCAATAGTCATAGTTCATGTACTTATTTCTGAAATGCT
CATAAATTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCTTTGATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGT
TGGAAAATCCACAAGTGGCAACGTTATCACTCCGACCATCTACGTAGCAGCCTGAGAGGC
CGGAAAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGAC
CGCCATCAGTCGCCCAAGAGT

QA 1 501 1 501
DS 

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CTGT
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AAAAAATTTTTGAAGCTATTAGCCGATTATCGATATTGTTCCCCACCGATCTAACCTCTT
TTGTATTTTTTTTTTTTTTTT****GTATTTTATCTTCCTTACGACTTACATATTTATTT
TTCCCTGGACATATATAATAATTAACGTTATGTAATTTCAATAACATTCAGGACTTTGGT
ACTTAAAGCGATCAGTGCAATAGTCATAGTTCATGTACTTATTTCTGAAATGCTCATAAA
TTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCTTTGATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAA
ATCCACAAGTGGCAACGTTATCACTCCGGCCATCTACGTAGCAGCCTGAAAGGCCGGAAA
AGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCAT
CAGTCGCCCAAGAGTCACCGTT

QA 5 506 5 506
DS 

RD RR1FD62JQ 493 0 0
CTG
TTGTGGACATGTACATAAAACATTTTGTCATAAAATTTTGAAGCTATTAGTTTTATCAAA
AAAAAATTTTTGAAGCTATTAGCCGATTATCGATATTGTTCCCCACCGATCTAACCTCTT
TTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTT*GTATTTTATCTTCCTTACGACTTACTTATTTATTT
TTCCCTGGACATATATAATAATTAACGTTATGTAATTTCAATAACATTCAGGACTTTGGT
ACTTAAAGCGATCAGTGCAATAGTCATAGTTCATGTACTTATTTCTGAAATGCTCATAAA
TTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCTTTGATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAA
ATCCACAAGTGGCAACGTTATCACTCCGACCATCTACGTAGCAGCCTGAAAGGCCGGAAA
AGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCAT
CAGTCCCCCA

QA 4 493 4 493
DS 

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AC
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TTATGTAATTTCAATAACATTCAGGACTTTGGTACTTAGAGCGATCAGTGCAATAGTCAT
AGTTCATGTACTTATTTCTGAAATGCTCATAGATTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCTTT
GATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAGATCCACAAGTGGCAACGTTATCACTCC
GACCATCTACGTAGCAGCCTGAGAGGCCGGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAG
AAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCATC
C

QA 3 336 3 336
DS 

RD RR1FB20TF 337 0 0
AC
ATTTTATCTTCCTTACGACTTACTTATTTATTTTTCCCTGGACATATATAATAATTAACG
TTATGTAATTTCAATAACATTCAGGACTTTGGTACTTAGAGCGATCAGTGCAATAGTCAT
AGTTCATGTACTTATTTCTGAAATGCTCATAGATTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCTTT
GATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAGATCCACAAGTGGCAACGTTATCACTCC
GACCATCTACGTAGCAGCCTGAGAGGCCGGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAG
AAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCATC
C

QA 3 336 3 336
DS 

RD RR1EZ39JQ 717 0 0
GTCTG
TTGTGGATATGTACATAAAACATTTTGTCATAAAATTTTGAAGCTATTAGTTTTATCAAA
AAAAAATTTTTGAAGCTATTAGCCGATTATCGATATTGTTCCCCACCGATCTAACCTCTT
TTGTATTTTTTTTTTTTTTT*****GTATTTTATCTTCCTTACGACTTACTTATTTATTT
TTCCCTGGACATATATAATAATTAACGTTATGTAATTTCAATAACATTCAGGACTTTGGT
ACTTAGAGCGATCAGTGCAATAGTCATAGTTCATGTACTTATTTCTGAAATGCTCATAGA
TTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCTTTGATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAG
ATCCACAAGTGGCAACGTTATCACTCCGACCATCTACGTAGCAGCCTGAGAGGCCGGAAA
AGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCAT
CAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGAGACTGGCTTCTACTTTCATCGGCTTTGATGGAT
AGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTTATTGGGACGTTGTCAACGTAAAACACAA
TTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACCAAA
GCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTG

QA 6 717 6 717
DS 

RD RR1D518JQ 725 0 0
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TAATTTCAATAACATTCAGGACTTTGGTACTTAGAGCGATCAGTGCAATAGTCATAGTTC
ATGTACTTATTTCTGAAATGCTCATAGATTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCTTTGATAT
TTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAGATCCACAAGTGACAACGTTATCACTCCGACCA
TCTACGTAGCAGCCTGAGAGGCCGGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAAT
GCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGAAACTG
GCTTCTACTTTCATCGGCTTTGATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTT
ATTGGGACGTTGTCAACGTAAAACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTG
TGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCA
TTCGCAAAGATATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAAGAACTCG
A*GTCAATCTCATCGTGATTACTTCCCAACGAAGTCGAATAAAAAGCGGTGACGACGCCA
CCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTC
TTGGA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1EP30JQ 727 0 0
ATCTTCCTTACGACTTACTTATTTATTTTTCCCTGGACATATATAATAATTAACGTTATG
TAATTTCAATAACATTCAGGACTTTGGTACTTAGAGCGATCAGTGCAATAGTCATAGTTC
ATGTACTTATTTCTGAAATGCTCATAGATTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCTTTGATAT
TTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAGATCCACAAGTGGCAACGTTATCACTCCGACCA
TCTACGTAGCAGCCTGAGAGGCCGGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAAT
GCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGAAACTG
GCTTCTACTTTCATCGGCTTTGATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTT
ATTGGGACGTTGTCAACGTAAAACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTG
TGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCA
TTCGCAAAGATATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAAGAACTCG
AAGTCAATCTCATCGTGATTACTTCCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGACGACGCCA
CCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTC
TTGGATT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1A583JQ 732 0 0
GTATTTTATCTTCCTTACGACTTACTTATTTATTTTTCCCTGGACATATATAATAATTAA
CGGTATGTAATTTCAATAACATTCAGGACTTTGGTACTTAGAGCGATCAGTGCAATAGTC
ATAGTTCATGTACTTATTTCTGAAATGCTCATAGATTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCT
TTGATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAGATCCACAAGTGGCAACGTTATCACT
CCGACCATCTACGTAGCAGCCTGAGAGGCCGGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGG
AGAAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCA
GAGACTGGCTTCTACTTTCATCGGCTTTGATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTA
CACTCTTATTGGGACGTTGTCAACGTAAAACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCC
ATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCC
TTCTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAA
GAACTCGAAGTCAATCTCATCGTGATTACTTCCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGAC
GACGCCACCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTA
AATGTTCTTGGA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1DC26TF 655 0 0
CTTAG
CTTTGATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAGATCCACAAGTGGCAACGTTATCA
CTCCGACCATCTACGTAGCAGCGTGAGAGGCCGGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGAAAAAA
GGAGAAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTC
CAGAGACTGGCTTCTACTTTCATCGGCTTTGATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTG
TACACTCTTATTGGGACGTTGTCAACGTAAAACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATC
CCATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTT
CCTTCTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCT
AAGAACTCGAAGTCAATCTCATCGTGATTACTTCCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTG
ACGACGCCACCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCG
TAAATGTTCTTGGATTCGAACCCGGCACCTGAAGACTGATCCATGTAGAGATCGACTTCT
TTGCCAGAGTGAAGTGTGGAAATATGACCTTGACCCCATTTAACAACAT
C

QA 6 654 6 654
DS 

RD RR1EF96JQ 777 0 0
CCTGGACATATATAATAATTAACGTTATGTAATTTCAATAACATTCAGGACTTTGGTACT
TAGAGCGATCAGTGCAATAGTCATAGTTCATGTACTTATTTCTGAAATGCTCATAGATTT
TCTGTTCGTATCCCCTTAGCCTTTGATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAGATC
CACAAGTGGCAACGTTATCACTCCGACCATCTACGTAGCAGCCTGAGAGGCCGGAAAAGT
CTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAATGCATAGTTAATCTTGG*CCGACCGCCATCAG
TCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAAAAACTGGCTTCTACTTTCATCGGCTTTGATGGATAGT
TAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTTATTGGGACGTTGTCAACGTAAAACACAATTT
GGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCA
AGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTGTAACGTTATTG
GTTTTCCATCGTTGTTGCCTAAGAACTCGAAGTCAATCTCATCGTGATTACTTCCCAACG
AAGTCAAATAAAAAGCGGTGACGACGCCACCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCA
TTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTCTTGGATTCGAACCCGGCACCTGAAGACTGAT
CCATGTAGAGATCAACTTCTTTGCCAGAGTGAAGTGTGGAAATATGACCTTGACCCC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1A473JQ 912 0 0
GTATTTTATCTTCCTTACGACTTACTTATTTATTTTTCCCTGGACATATATAATAATTAA
CGTTATGTAATTTCAATAACATTCAGGACTTTGGTACTTAGAGCGATCAGTGCAATAGTC
ATAGTTCATGTACTTATTTCTGAAATGCTCATAGATTTTCTGTTCGTATCCCCTTAGCCT
TTGATATTTGCCTCCATTCCACCAATAGTTGGAAGATCCACAAGTGGCAACGTTATCACT
CCGACCATCTACGTAGCAGCCTGAGAGGCCGGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGG
GGAAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCA
GAGACTGGCTTCTACTTTCATCGGCTTTGATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTA
CACTCTTATTGGGACGTTGTCAACGTAAAACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCC
ATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCC
TTCTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAA
GAACTCGAAGTCAATCTCATCGTGATTACTTCCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGAC
GACGCCACCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTA
AATGTTCTTGGATTCGAACCCGGCACCTGAAGACTGATCCATGTAGAGATCAACTTCTTT
GCCAGAGTGAAGTGTGGAAATATGACCTTGACCCCATTTAACAACATAGTTCTGACCGAA
AGTAACATATTTCTCGACTCCTCTCCCTCCGATAAACCTAGCATCAACCATTGTTATACA
TAATGCTACTGC

QA 1 912 1 912
DS 

RD RR1EZ39TF 786 0 0
GATATTTGCCTCCAT*CCACCAATAGT*GGAAGATCCACAAGTG*CAACGTTATCACTCC
GACCATCTACGTAGCAGC*TGAGAGGC*GGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAG
AAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGA
GACTGGCTTCTACTTTCATCGGCTTTGATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACA
CTCTTATTGGGACGTTGTCAACGTAAAACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCAT
AAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTT
CTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAAGA
ACTCGAAGTCAATCTCATCGTGATTACTTCCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGACGA
CGCCACCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAA
TGTTCTTGGATTCGAACCCGGCACCTGAAGACTGATCCATGTAGAAATCAACTTCTTTGC
CAGAGTGAAGTGTGGAAATATGACCTTGACCCCATTTAACAACATAGTTCTGACCGAAAG
TAACATATTTCTCGACTCCTCTCCCTCCGATAAACCTAGCATCAACCATTGTTATACATA
ATGCTACTGCAAAAACACCAAAGATTTTCGTATGTATCATCTTGGTTTGATTTTTCTCTG
AGGTCC

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1A583TF 703 0 0
GAGGCCGGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAATGCATAGTTAATCTTGGT
CCGACCGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGAGACTGGCTTCTACTTTCATCGG
CTTTGATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTTATTGGGACGTTGTCAAC
GTAAAACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGG
GTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCGCAAAGATATTTGT
CTGTAACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAAGAACTCGAAGTCAATCTCATCGTG
ATTACTTCCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGACGACGCCACCAGAATTTCCTCCGGG
CACTTTGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTCTTGGATTCGAACCCGGC
ACCTGAAGACTGATCCATGTAGAGATCAACTTCTTTGCCAGAGTGAAGTGTGGAAATATG
ACCTTGACCCCATTTAACAACATAGTTCTGACCGAAAGTAACATATTTCTCGACTCCTCT
CCCTCCGATAAACCTAGCATCAACCATTGTTATACATAATGCTACTGCAAAAACACCAAA
GATTTTCGTATGTATCATCTTGGTTTGATTTTTCTCTGAGGTC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1FD62TF 776 0 0
TCCACCAATAGT*GGAAGATCCACAAGTGGCAACGTTATCACTCCGACCATCTACGTAGC
AGC*TGAGAGGCCGGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAATGCATAGTTAA
TCTTGGTCCGACCGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGAGACTGGCTTCTACTT
TCATCGGCTTTGATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTTATTGGGACGT
TGTCGACGTAAAACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTGTGGTAATGTT
TGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCGCAAAGA
TATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAAGAACTCGAAGTCAATCT
CATCGTGATTACTTCCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGACGACGCCACCAGAATTTC
CTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTCTTGGATTCGA
ACCCGGCACCTGAAGACTGATCCATGTAGAGATCAACTTCTTTGCCAGAGTGAAGTGTGG
AAATATGACCTTGACCCCATTTAACAACATAGTTCTGACCGAAAGTAACATATTTCTCGA
CTCCTCTCCCTCCGATAAACCTAGCATCAACCATTGTTATACATAATGCTACTGCAAAAA
CACCAAAGATTTTCGTATGTATCATCTTGGTTTGATTTTTCTCTGAGGT
ACTATCC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1EP30TF 768 0 0
AACAATAGTGA
GAAGATCCACAAGTGGCAACGTTATCACTCCGACCATCTACGTAGCAGC*TGAGAGGCCG
GAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAATGCATAGTTA*TCTTGGTCCGACCG
CCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGAGACTGGCTTCTACTTTCATCGGCTTTGAT
GGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTTATTGGGACGTTGTCAACGTAAAAC
ACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAAAC
CAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTGTAAC
GTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAAGAACTCGAAGTCAATCTCATCGTGATTACTT
CCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGACGACGCCACCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTG
ATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTCTTGGATTCGAACCCGGCACCTGAA
GACTGATCCATGTAGAGATCAACTTCTTTGCCAGAGTGAAGTGTGGAAATATGACCTTGA
CCCCATTTAACAACATAGTTCTGACCGAAAGTAACATATTTCTCGACTCCTCTCCCTCCG
ATAAACCTAGCATCAACCATTGTTATACATAATGCTACTGCAAAAACACCAAAGATTTTC
GTATGTATCATCTTGGTTTGATTTTTCTCTGAGGTCC

QA 12 768 12 768
DS 

RD RR1D181TF 717 0 0
CGTAGCAGC*TGAGAGGC*GGAGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGAGAAAATGCAT
AGTTAATCTTGGTCCGACCGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGAGACTGGCTT
CTACTTTCATCGGCTTTGATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTTATTG
GGACGTTGTCAACGTAAAACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCTCATAAGTGTGGT
AATGTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCG
CAAAGATATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGTCTAAGAACTCGAAGT
CAATCTCATCGTGATTACTTCCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGACGACGCCACCAG
AATTTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTCTTGG
ATTCGAACCCGGCACCTGAAGACTGATCCATGTAGAGATCAACTTCTTTGCCAGAGTGAA
GTGTGGAAATATGACCTTGACCCCATTTAACAACATAGTTCTGACCGAAAGTAACATATT
TCTCGACTCCTCTCCCTCCGATAAACCTAGCATCAACCATTGTTATACATAATGCTACTG
CAAAAACACCAAAGATTTTCGTATGTATCATCTTGGTTTGATTTTTCTCTGAGGTCC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1A473TF 696 0 0
AGAAGTCTTGGAAATGGGCGATGAAAGGGGAAAATGCATAGTTAATCTTGGTCCGACCGC
CATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGAGACTGGCTTCTACTTTCATCGGCTTTGATG
GATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTTATTGGGACGTTGTCAACGTAAAACA
CAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACC
AAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTGTAACG
TTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAAGAACTCGAAGTCAATCTCATCGTGATTACTTC
CCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGACGACGCCACCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTGA
TTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTCTTGGATTCGAACCCGGCACCTGAAG
ACTGATCCATGTAGAGATCAACTTCTTTGCCAGAGTGAAGTGTGGAAATATGACCTTGAC
CCCATTTAACAACATAGTTCTGACCGAAAGTAACATATTTCTCGACTCCTCTCCCTCCGA
TAAACCTAGCATCAACCATTGTTATACATAATGCTACTGCAAAAACACCAAAGATTTTCG
TATGTATCATCTTGGTTTGATTTTTCTCTGAGGTCC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1EF96TF 503 0 0
AGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAA
CCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTT
TCCATCGTTGTTGCCTAAGAACTTGAAGTCAATCTCATCGTGATTACTTCCCAACGAAGT
CAAATAAAAAGCGGTGACGACGCCACCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTG
AAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTCTTGGATTCGAACCCGGCACCTGAAGACTGATCCAT
GTAGAGATCAACTTCTTTGCCAGAGTGAAGTGTGGAAATATGACCTTGACCCCATTTAGC
AACATAGTTCTGACCGAAAGTAACATATTTCTCGACTCCTCTCCCTCCGATAAACCTAGC
ATCAACCATTGTTATACATAATGCTACTGCAAAAACACCAAAGATTTTCGTATGTATCAT
CTTGGTTTGATTTTTCTCT
CTCC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1D518TF 560 0 0
CTCGTTCTTGTACACTCTTATTGGGACGTTGTCAACGTAAAACACAATTTGGTAAGGGTT
CCAAAGAATCCCATAAGTGTGGTAATGTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTG
TTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCGCAAAGATATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTTTCCATC
GTTGTTGCCTAAGAACTCGA*GTCAATCTCATCGTGATTACTTCCCAACGAAGTCGAATA
AAAAGCGGTGACGACGCCACCAGAATTTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTGAAAGAG
ACCTGATCCGTAAATGTTCTTGGATTCGAACCCGGCACCTGAAGACTGATCCATGTAGAG
ATCAACTTCTTTGCCAGAGTGAAGTGTGGAAATATGACCTTGACCCCATTTAACAACATA
GTTCTGACCGAAAGTAACATATTTCTCGACTCCTCTCCCTCCGATAAACCTAGCATCAAC
CATTGTTATACATAATGCTACTGCAAAAACACCAAAGATTTTCGTATGTATCATCTTGGT
TTGATTTTTCTCTGAGGTCC

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1F209TF 657 0 0
TAATCTTGGTCCGACCGCCATCAGTCGCCCAAGAGTCACCGTTCCAGAGACTGGCTTCTA
CTTTCATCGGCTTTGATGGATAGTTAACACCTTTCTCGTTCTTGTACACTCTTATTGGGA
CGTTGTCAACGTAAAACACAATTTGGTAAGGGTTCCAAAGAATCCCATAAGTGTGGTAAT
GTTTGATGGGGTTAAACCAAAGCAAGAACCTCTGTTCTCTGTTTCCTTCTCCATTCGCAA
AGATATTTGTCTGTAACGTTATTGGTTTTCCATCGTTGTTGCCTAAGAACTCGAAGTCAA
TCTCATCGTGATTACTTCCCAACGAAGTCAAATAAAAAGCGGTGACGACGCCACCAGAAT
TTCCTCCGGGCACTTTGATTCTCATTTGAAAGAGACCTGATCCGTAAATGTTCTTGGATT
CGAACCCGGCACCTGAAGACTGATCCATGTAGAGATCAACTTCTTTGCCAGAGTGAAGTG
TGGAAATATGACCTTGACCCCATTTAACAACATAGTTCTAACCGAAAGTAACATATTTCT
CGACTCCTCTCCCTCCGATAAACCTAGCATCAACCATTGTTATACATAATGCTACTGCAA
AAACACCAAAGATTTTCGTATGTATCATCTTGGTTTGATTTTTCTCTGAGGT
ACTCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 22

CO CL19Contig1 504 22 7 U
GGGCGCAAATATATTAAACACTGTAAAACTCAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAG
TAGACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTC
CCGCTCCAAACAAAGCGGCAGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTAC
AGCCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGC
TGAAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACA
TTAGCTCTCCCAACTCTCGTAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTT
AAAACTCTTAAGAGTTCTTACCAGAAAAAAAAAA*TTACGAGTAAGGAAGATGAATAACA
TTATATCAAGCTGTTTTATGAAATAAATAACCGTTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAA
ATAAAGTTTACTTTCTCATATTAC


BQ
60 60 60 30 80 80 90 90 90 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 60 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 95 97 97 97 80 97 97 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 50 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 80 45 45 45 10 10 

AF RR1CI70JQ C 18
AF RR1CI70TF U 18
AF RR1BI31JQ C 1
AF RR1H826TF U 325
AF RR1FH58JQ C 1
AF RR1FH58TF U 1
AF RR1GK05JQ C 1
AF RR1AH29TF U 378
AF RR1GK05TF U 1
AF RR1CR25TF U 1
AF RR1FA33JQ C 1
AF RR1FA33TF U 1
AF RR1BI31TF U 1
AF RR1GC08TF U 1
AF RR1GC83JQ C 3
AF RR1GC83TF U 3
AF RR1A694JQ C 4
AF RR1EX48JQ C 5
AF RR1EX48TF U 5
AF RR1A694TF U 4
AF RR1FB90JQ C 9
AF RR1FB90TF U 9
BS 1 36 RR1FH58TF
BS 37 37 RR1GK05TF
BS 38 325 RR1FH58TF
BS 326 497 RR1H826TF
BS 498 499 RR1FH58TF
BS 500 502 RR1GC08TF
BS 503 504 RR1FB90JQ

RD RR1CI70JQ 459 0 0
GG
ACTGTAAAACTCAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAGTAGACATGAAGATCATGGT
CTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTCCCGCTCCAAACAAAGCGGC
AGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTACAGCCTTGCCTGCCCGCGAT
TACTGGAGGAGGACGACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGCTGAAGGAGCAACAATCATG
CTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACATTAGCTCTCCCAACTCTCG
TAAAGTCCTAACCGCCTGTTGCATTCCTTACCCAAGTTGTTAAAACTCTTAAGAGTTCTT
ACCAGAAAAAAAAAA*TTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTATATCAAGCTGTTTTAT
GAAATAAATAACCGTTAGTATGTAATGGTTTATATGG

QA 3 459 3 459
DS 

RD RR1CI70TF 461 0 0
GG
ACTGTAAAACTCAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAGTAGACATGAAGATCATGGT
CTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTCCCGCTCCAAACAAAGCGGC
AGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTACAGCCTTGCCTGCCCGCGAT
TACTGGAGGAGGACGACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGCTGAAGGAGCAACAATCATG
CTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACATTAGCTCTCCCAACTCTCG
TAAAGTCCTAACCGCCTGTTGCATTCCTTACCCAAGTTGTTAAAACTCTTAAGAGTTCTT
ACCAGAAAAAAAAAA*TTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTATATCAAGCTGTTTTAT
GAAATAAATAACCGTTAGTATGTAATGGTTTATATGGTT

QA 3 461 3 461
DS 

RD RR1BI31JQ 499 0 0
GGGCGCAAATATATTAAACACTGTAAAACTCAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAG
TAGACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTC
CCGCTCCAAACAAAGCGGCAGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTAC
AGCCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGCTGTGCAAAGC
TGAAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACA
TTAGCTCTCCCAACTCTCGTAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTT
AAAACTCTTAAGAGTTCTTACCAGAAAAAAAAAA*TTACGAGTAAGGAAGATGAATAACA
TTATATCAAGCTGTTTTATGAAATAAATAACCGTTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAA
ATAAAGTTTACTTTCTCAT

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1H826TF 173 0 0
G
CCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTTAAAACTCTTAAGAGTTCTTACCAGA
AAAAAAAAA*TTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTATATCAAGCTGTTTTATGAAATA
AATAACCGTTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAAATAAAGTTTACTTTCTC

QA 2 173 2 173
DS 

RD RR1FH58JQ 499 0 0
GGGCGCAAATATATTAAACACTGTAAAACTCAAACATCTTAACATATACAAATAATTTAG
TAGACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTC
CCGCTCCAAACAAAGCGGCAGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTAC
AGCCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGC
TGAAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACA
TTAGCTCTCCCAACTCTCGTAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTT
AAAACTCTTAAGAGTTCTTACCAGAAAAAAAAA**TTACGAGTAAGGAAGATGAATAACA
TTATATCAAGCTGTTTTATGAAATAAATAACCGTTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAA
ATAAAGTTTACTTTCTCAT

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1FH58TF 499 0 0
GGGCGCAAATATATTAAACACTGTAAAACTCAAACATCTTAACATATACAAATAATTTAG
TAGACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTC
CCGCTCCAAACAAAGCGGCAGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTAC
AGCCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGC
TGAAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACA
TTAGCTCTCCCAACTCTCGTAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTT
AAAACTCTTAAGAGTTCTTACCAGAAAAAAAAA**TTACGAGTAAGGAAGATGAATAACA
TTATATCAAGCTGTTTTATGAAATAAATAACCGTTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAA
ATAAAGTTTACTTTCTCAT

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1GK05JQ 498 0 0
GGGCGCAAATATATTAAACACTGTAAAACTCAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAG
TAGACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTC
CCGCTCCAAACAAAGCGGCAGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTAC
AGCCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGC
TGAAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACA
TTAGCTCTCCCAACTCTCGTAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTT
AAAACTCTTAAGAGTTCTTACCAGAAAAAAAAAAATTACGAGTAAGGAAGATGAATAACA
TTATATCAAGCTGTTTTATGAAATAAATAACCGTTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAA
ATAAAGTTTACTTTCTC
T

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1AH29TF 120 0 0
GTACCAG
AAAAAAAAAAATTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTATATCAAGCTGTTTTATGAAAT
AAATAACCGTTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAAATAAAGTTTACTTTCTC

QA 8 120 8 120
DS 

RD RR1GK05TF 498 0 0
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T

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G
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G

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TTTACTTTCTCA
G

QA 3 494 3 494
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RD RR1A694TF 499 0 0
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CTTTCTCATATT
AC

QA 3 494 3 494
DS 



AS 1 19

CO CL20Contig1 2106 19 19 U
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ATCGTTGGGCTTCGATTACCAAGGAATAGAGACTTTACAAATAAAGCCCGAAGATTGGCA
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TGAACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 50 50 50 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 40 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 50 50 50 35 

AF RR1AV33TF U 393
AF RR1C613JQ C 1
AF RR1C613TF U 1
AF RR1D546TF U 228
AF RR1GJ41TF U 228
AF RR1G012TF U 717
AF RR1GJ41JQ C 1133
AF RR1F144TF U 960
AF RR1FX94TF U 1131
AF RR1FX94JQ C 1417
AF RR1DO21TF U 1918
AF RR1F144JQ C 1441
AF RR1EU90JQ C 1527
AF RR1DO21JQ C 1918
AF RR1D549JQ C 1677
AF RR1D549TF U 1677
AF RR1FD67JQ C 1636
AF RR1EU90TF U 1527
AF RR1FD67TF U 1636
BS 1 392 RR1C613TF
BS 393 537 RR1AV33TF
BS 538 622 RR1C613TF
BS 623 822 RR1D546TF
BS 823 826 RR1GJ41TF
BS 827 827 RR1G012TF
BS 828 876 RR1GJ41TF
BS 877 1015 RR1G012TF
BS 1016 1016 RR1F144TF
BS 1017 1088 RR1G012TF
BS 1089 1639 RR1F144TF
BS 1640 1855 RR1FX94TF
BS 1856 1857 RR1D549TF
BS 1858 1858 RR1FX94TF
BS 1859 1859 RR1D549TF
BS 1860 1878 RR1FX94TF
BS 1879 1918 RR1D549TF
BS 1919 2105 RR1DO21TF
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RD RR1AV33TF 145 0 0
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TTTGATGTTGAAACCGTTTTTCTGTATCCGTGGGCAATGAGTTTCGATGTACTAGGGGTA
TCCGCTTTTATAGAAGCTTTCATTT

QA 1 145 1 145
DS 

RD RR1C613JQ 624 0 0
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ATTACAATCAATAAATCTTAAAAGGGGACGTCTACCACAGCAACCAAACAAAAATAAATA
ATTCGATTAACCTTAATTTTGGTTTGGTTTTGAAGCAAGAGTTATATATCCCTTGCCCAA
TCCACTCCGATTGGAAGTGACTAAGCGGGTATTTTTTCCACATTCATAGGAGTTCGTCTA
TGTTTCTGCTTTACGAATATGATATTTTCTGGGCATTTTTAATAATATCAAGTGCTATTC
CTGTTTTGGCATTTCTAATTTCCGGGGTTTTATCTCCAATTACGAAGGGGCCGGAGAAAC
TTTCTAGTTATGAATCAGGTATAGAACCGATCGGGGATGCTTGGTTACAATTTAGAATCC
GTTATTATATGTTTGCTCTAGTTTTTGTTGTTTTTGATGTTGAAACCGTTTTTCTGTATC
CGTGGGCAATGAGTTTCGATGTACTAGGGGTATCCGCTTTTATAGAAGCTTTCATTTTCG
TGCTTATCCTAATTCTTGGTTTAGTTTATGCATGGCGAAAAGGAGCGTTGGAATGGTCTT
AGTTCGTTTCCTGAATACTTGTAC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1C613TF 622 0 0
GGAGAAACTATTAGTAATAGAAACATGGAAATATTAAGTAATAAGTGTACTGAAAATAAG
ATTACAATCAATAAATCTTAAAAGGGGACGTCTACCACAGCAACCAAACAAAAATAAATA
ATTCGATTAACCTTAATTTTGGTTTGGTTTTGAAGCAAGAGTTATATATCCCTTGCCCAA
TCCACTCCGATTGGAAGTGACTAAGCGGGTATTTTTTCCACATTCATAGGAGTTCGTCTA
TGTTTCTGCTTTACGAATATGATATTTTCTGGGCATTTTTAATAATATCAAGTGCTATTC
CTGTTTTGGCATTTCTAATTTCCGGGGTTTTATCTCCAATTACGAAGGGGCCGGAGAAAC
TTTCTAGTTATGAATCAGGTATAGAACCGATCGGGGATGCTTGGTTACAATTTAGAATCC
GTTATTATATGTTTGCTCTAGTTTTTGTTGTTTTTGATGTTGAAACCGTTTTTCTGTATC
CGTGGGCAATGAGTTTCGATGTACTAGGGGTATCCGCTTTTATAGAAGCTTTCATTTTCG
TGCTTATCCTAATTCTTGGTTTAGTTTATGCATGGCGAAAAGGAGCGTTGGAATGGTCTT
AGTTCGTTTCCTGAATACTTGT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1D546TF 595 0 0
G
GGAGTTCGTCTATGTTTCTGCTTTACGAATATGATATTTTCTGGGCATTTTTAATAATAT
CAAGTGCTATTCCTGTTTTGGCATTTCTAATTTCCGGGGTTTTATCTCCAATTACGAAGG
GGCCGGAGAAACTTTCTAGTTATGAATCAGGTATAGAACCGATCGGGGATGCTTGGTTAC
AATTTAGAATCCGTTATTATATGTTTGCTCTAGTTTTTGTTGTTTTTGATGTTGAAACCG
TTTTTCTGTATCCGTGGGCAATGAGTTTCGATGTACTAGGGGTATCCGCTTTTATAGAAG
CTTTCATTTTCGTGCTTATCCTAATTCTTGGTTTAGTTTATGCATGGCGAAATGGAGCGT
TGGAATGGTCTTAGTTCGTTTCCTGAATACTTGTACAATAACAATAAAAAAAAAAAAGTA
AAAAAAACCATTGAAACAATTATGAATTCCATTAAGTTTCCCGTACTTGATCAAACAACA
AAAAACTCAGTTATTTCAACTACGTTAAATGATCTTTCAAATTGGTCAAGACTTTCCAGC
CTATGGCCGCTTCTTTATGGTACCAGTTGTTGTTTTATTGAATTTGCCTCATTA

QA 2 595 2 595
DS 

RD RR1GJ41TF 649 0 0
G
GGAGTTCGTCTATGTTTCTGCTTTACGAATATGATATTTTCTGGGCATTTTTAATAATAT
CAAGTGCTATTCCTGTTTTGGCATTTCTAATTTCCGGGGTTTTATCTCCAATTACGAAGG
GGCCGGAGAAACTTTCTAGTTATGAATCAGGTATAGAACCGATCGGGGATGCTTGGTTAC
AATTTAGAATCCGTTATTATATGTTTGCTCTAGTTTTTGTTGTTTTTGATGTTGAAACCG
TTTTTCTGTATCCGTGGGCAATGAGTTTCGATGTACTAGGGGTATCCGCTTTTATAGAAG
CTTTCATTTTCGTGCTTATCCTAATTCTTGGTTTAGTTTATGCATGGCGAAAAGGAGCGT
TGGAATGGTCTTAGTTCGTTTCCTGAATACTTGTACAATAACAATAAAAAAAAAAAAGTA
AAAAAAACCATTGAAACAATTATGAATTCCATTAAGTTTCCCGTACTTGATCGAACAACA
AAAAACTCAGTTATTTCAACTACGTTAAATGATCTTTCAAATTGGTCAAGACTTTCCAGC
CTATGGCCGCTTCTTTATGGTACCAGTTGTTGTTTTATTGAATTTGCCTCATTAATAG*C
TCCCGATTTGACTTTGATCGTTATGGGCTAGTACCAAGATCAAGTCCT

QA 2 649 2 649
DS 

RD RR1G012TF 372 0 0
G
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CTTCTTTATGGTACCAGTTGTTGTTTTATTGAATTTGCCTCATTAATAGGCTCCCGATTT
GACTTTGATCGTTATGGTCTAGTACCAAGATCAAGTCCTAGACAGGCGGACCTTATTTTA
ACAGCAGGTACAGTAACAATGAAAATGGCTCCTTCTTTAGTGAGATTATATGAACAAATG
CCTGAACCAAAGTATGTTATTGCTATGGGAGCGTGTACAATTACAGGGGGGATGTTCATT
ACCGATTCTTATAGTACTGTTCGAGGGGTTGATAAGCTAATTCCTGTAGATGTCTATTTG
CCGGGTTGTCC

QA 2 372 2 372
DS 

RD RR1GJ41JQ 229 0 0
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TTACTACCAATCACAAGTTTTTTGTTGTACGCAGTACGCAGACTGGAAATTATGATCAAG
AATTACTCTATCCACCATCATCTACTTCAGAGATCTCTACTGAAACATTTTTTAAATACA
AAAGCCCAGTATCTTCCCACGAATTAGTGAATTAGGGAGGATTTGAGAG

QA 1 229 1 229
DS 

RD RR1F144TF 680 0 0
G
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GATTCTTATAGTACTGTTCGAGGGGTTGATAAGCTAATTCCTGTAGATGTCTATTTGCCG
GGTTGTCCACCTAAACCAGAGGCTGTTATAGACGCTATAACAAAGCTTCGTAAGAAAATA
GCTAGAGAAATCTATAAGGATCGAATTAGACCTCAACGGGGTAATCGGTGTTTTACTACC
AATCACAAGTTTTTTGTTGTACGCAGTACGCAGACTGGAAATTATGATCAAGAATTACTC
TATCCACCATCATCTACTTCAGAGATCTCTACTGAAACATTTTTTAAATACAAAAGCCCA
GTATCTTCCCACGAATTAGTGAATTAGGGAGGATTTGAGAGAATAAGAAAAAAATCTTCA
TAAATTAGAACTCATGGTAAATGTGAAAGACTTAAATTTATATAAAAAAGGTGTGGGGGA
AATAAAAAAGATGCAGGGCACTTTGTCCGTTTGGCTAGCCAAACGGGGGCTGGTTCATAG
ATCGTTGGGCTTCGATTACCAAGGAATAGAGACTTTACAAATAAAGCCCGAAGATTGGCA
TTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATATGGTTACAATTATTTACGTTCCCAATGTGCCTA
TGATGTGGCACCAGGTGGC

QA 2 680 2 680
DS 

RD RR1FX94TF 748 0 0
GA
AGAAAATAGCTAGAGAAATCTATAAGGATCGAATTAGACCTCAACGGGGTAATCGGTGTT
TTACTACCAATCACAAGTTTTTTGTTGTACGCAGTACGCAGACTGGAAATTATGATCAAG
AATTACTCTATCCACCATCATCTACTTCAGAGATCTCTACTGAAACATTTTTTAAATACA
AAAGCCCAGTATCTTCCCACGAATTAGTGAATTAGGGAGGATTTGAGAGAATAAGAAAAA
AATCTTCATAAATTAGAACTCATGGTAAATGTGAAAGACTTAAATTTATATAAAAAAGGT
GTGGGGGAAATAAAAAAGATGCAGGGCACTTTGTCCGTTTGGCTAGCCAAACGGGGGCTG
GTTCATAGATCGTTGGGCTTCGATTACCAAGGAATAGAGACTTTACAAATAAAGCCCGAA
GATTGGCATTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATATGGTTACAATTATTTACGTTCCCAA
TGTGCCTATGATGTGGCACCAGGTGGCCTCTTAGCCAGTGTGTATCATCTTACGAGAATA
GAATATGGTGTCAATCAAGCGGAAGAAGTTTGCATAAAAGTATTTACTCACAGGAGTAAT
CCCAGAATTCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAGTACGGATTTTCAAGAACGGGAATCT
TATGATATGTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGATGAAACGGATCTTAATGCCC
GAAGTTGGGATAGGGTGGCCTTTACG

QA 3 748 3 748
DS 

RD RR1FX94JQ 690 0 0
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AGCCAAACGGGGGCTGGTTCATAGATCGTTGGGCTTCGATTACCAAGGAATAGAGACTTT
ACAAATAAAGCCCGAAGATTGGCATTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATATGGTTACAA
TTATTTACGTTCCCAATGTGCCTATGATGTGGCACCAGGTGGCCTCTTAGCCAGTGTGTA
TCATCTTACGAGAATAGAATATGGTGTCAATCAAGCGGAAGAAGTTTGCATAAAAGTATT
TACTCACAGGAGTAATCCCAGAATTCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAGTACGGATTT
TCAAGAACGGGAATCTTATGATATGTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGATGAA
ACGGATCTTAATGCCCGAAAGTTGGATAGGGTGGCCTTTACGTAAGGATTATATTGCCCC
CAATTTTTATGAAATACAAGATGCTTATTGAATGATAAAAAATGAGTCTTAGTTTCTACA
ATTACGGACCTTCGCGGAATATTTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGAAG
AATAAAGGTCTTATTCATATTATTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTTTT
TTCCCAAAAGCCGATCCAATAGGATGAACT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1DO21TF 189 0 0
G
GCTTATTGAATGATAAAAAATGAGTCTTAGTTTCTACAACTACGGACCTTCGCGGAATAT
TTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATTA
TTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAG
GATGAAC
C

QA 2 188 2 188
DS 

RD RR1F144JQ 666 0 0
AATAAAAAAGATGCAGGGCACTTTGTCCGTTTGGCTAGCCAAACGGGGGCTGGTTCATAG
ATCGTTGGGCTTCGATTACCAAGGAATAGAGACTTTACAAATAAAGCCCGAAGATTGGCA
TTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATATGGTTACAATTATTTACGTTCCCAATGTGCCTA
TGATGTGGCACCAGGTGGCCTCTTAACCAGTGTGTATCATCTTACGAGAATAGAATATGG
TGTCAATCAAGCGGA*GAAGTTTGCATAAAAGTATTTACTCACAGGAGTAATCCCAGAAT
TCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAGTACGGATTTTCAAGAACGGGAATCTTATGATAT
GTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGACGAAACGGATCTTAATGCCCGAAGGTTG
GATAGGGTGGCCTTTACGTAAGGATTATATTGCCCCCAATTTTTATGAAATACAAGATGC
TTATTGAATGATAAAAAATGAGTCTTAGTTTCTACAACTACGGACCTTCGCGGAATATTT
TTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATTATT
ATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAGGA
TGAAC
C

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1EU90JQ 580 0 0
G
AGAGACTTTACAAATAAAGCCCGAAGATTGGCATTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATA
TGGTTACAATTATTTACGTTCCCAATGTGCCTATGATGTGGCACCGGGTGGCCTTTTAGC
CAGTGTGTATCATCTTACGAGAATAGAATATGGTGTCAATCAAGCGGAAGAAGTTTGCAT
AAAAGTATTTACTCACAGGAGTAATCCCAGAATTCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAG
TACGGATTTTCAAGAACGGGAATCTTATGATATGTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCC
TCGGATGAAACGGATCTTAATGCCCGAAAGTTGGATAGGGTGGCCTTTACGTAAGGATTA
TATTGCCCCCAATTTTTATGAAATACAAGATGCTTATTGAATGATAAAAAATGAGTTTTA
GTTTCTACAACTACGGACCTTCGCGGAATATTTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAAC
AAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATTATTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAA
GATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAGGATGAACT

QA 2 580 2 580
DS 

RD RR1DO21JQ 189 0 0
G
GCTTATTGAATGATAAAAAATGAGTTTTAGTTTTTACAACTACGGACCTTCGCGGAATAT
TTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAAGGTTTTATTCATATTA
TTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAG
GATGAAC
C

QA 2 188 2 188
DS 

RD RR1D549JQ 426 0 0
G
TGGTGTCAATCAAGCGGAAGAAGTTTGCATAAAAGTATTTACTCACAGGAGTAATCCCAG
AATTCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAGTACGGATTTTCAAGAACGGGAATCTTATGA
TATGTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGATGAAACGGATCTTAATGCCCGAAAG
TTGGATAGGGTGGCCTTTACGTAAGGATTATATTGCCCCCAATTTTTATGAAATACAAGA
TGCTTATTGAATGATAAAAAATGAGTCTTAGTTTCTACAACTACGGACCTTCGCGGAATA
TTTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATT
ATTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATA
GGATG

QA 2 426 2 426
DS 

RD RR1D549TF 426 0 0
G
TGGTGTCAATCAAGCGGAAGAAGTTTGCATAAAAGTATTTACTCACAGGAGTAATCCCAG
AATTCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAGTACGGATTTTCAAGAACGGGAATCTTATGA
TATGTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGATGAAACGGATCTTAATGCCCGAAAG
TTGGATAGGGTGGCCTTTACGTAAGGATTATATTGCCCCCAATTTTTATGAAATACAAGA
TGCTTATTGAATGATAAAAAATGAGTCTTAGTTTCTACAACTACGGACCTTCGCGGAATA
TTTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATT
ATTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATA
GGATG

QA 2 426 2 426
DS 

RD RR1FD67JQ 471 0 0
G
GGCCTCTTAGCCAGTGTGTATCATCTTACGAGAATAGAATATGGTGTCAATCAAGCGGAA
GAAGTTTGCATAAAAGTATTTACTCACAGGAGTAATCCCAGAATTCCATCTGTTTTCTGG
GTTTGGAAAAGTACGGATTTTCAAGAACGGGAATCTTATGATATGTTAGGAATCACTTAT
GATAGCCATCCTCGGATGAAACGGATCTTAATGCCCGAAAGTTGGATAGGGTGGCCTTTA
CGTAAGGATTATATTGCCCCCAATTTTTATGAAATACAAGATGCTTATTGAATGATAAAA
AATGAGTTTTAGTTTCTACAACTACGGACCTTCGCGGAATATTTTTAATTCGATTCGTTT
TTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATTATTATAGATAGCTTAATCT
CCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAGGATGAACT

QA 2 471 2 471
DS 

RD RR1EU90TF 580 0 0
G
AGAGACTTTACAAATAAAGCCCGAAGATTGGCATTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATA
TGGTTACAATTATTTACGTTCCCAATGTGCCTATGATGTGGCACCGGGTGGCCTCTTAGC
CAGTGTGTATCATCTTACGAGAATAGAATATGGTGTCAATCAAGCGGAAGAAGTTTGCAT
AAAAGTATTTACTCACAGGAGTAATCCCAGAATTCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAG
TACGGATTTTCAAGAACGGGAATCTTATGATATGTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCC
TCGGATGAAACGGATCTTAATGCCCGAAAGTTGGATAGGGTGGCCTTTACGTAAGGATTA
TATTGCCCCCAATTTTTATGAAATACAAGATGCTTATTGAATGATAAAAAATGAGTCTTA
GTTTCTACAACTACGGACCTTCGCGGAATATTTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAAC
AAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATTATTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAA
GATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAGGATGAACT

QA 2 580 2 580
DS 

RD RR1FD67TF 471 0 0
G
GGCCTCTTAGCCAGTGTGTATCATCTTACGAGAATAGAATATGGTGTCAATCAAGCGGAA
GAAGTTTGCATAAAAGTATTTACTCACAGGAGTAATCCCAGAATTCCATCTGTTTTCTGG
GTTTGGAAAAGTACGGATTTTCAAGAACGGGAATCTTATGATATGTTAGGAATCACTTAT
GATAGCCATCCTCGGATGAAACGGATCTTAATGCCCGAAAGTTGGATAGGGTGGCCTTTA
CGTAAGGATTATATTGCCCCCAATTTTTATGAAATACAAGATGCTTATTGAATGATAAAA
AATGAGTCTTAGTTTCTACAACTACGGACCTTCGCGGAATATTTTTAATTCGATTCGTTT
TTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATTATTATAGATAGCTTAATCT
CCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAGGATGAACT

QA 2 471 2 471
DS 



AS 3 21

CO CL21Contig1 532 3 5 U
GGACCAAAAACACACAACCAAAAAAACAGATAATAACATGAGATCTCTCTTCTTACTAGC
CTTGTTCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGGAGCAGCCGTGACTTGCAATAACGTGGT
TAGTGATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTGATGCAAGGAGGAAAAGTCCCACCAGCTAA
CTGCTGCAGCGGTGTCAGAACGCTCAACAGTCAGGCTCAAACCTCTGTGGACCGTCGGAG
CGTGTGCCGTTGCATCAAAAATGCGATTGGAGGAGCCTCTTACTCTTCTAGCAACCTCAA
CAATGCTCTGTCTTTGCCTGCTAAGTGTGGTGTTAATCTCCCTTTCAGGATCAGCCCTTC
CACCAACTGCGACAGTATCAATTGAGATAAGCAGAAGATCCTAAAGGAAGCTACTACTAC
TACTATTAATACAAGAAGTTAAAACATATGGCTTGGTAGTAACTATGTTGATCAGTTGAT
GTATCTTCACGTCTATTTTCTTCAAAGTTCTAATAAAAATTATCAACATGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1EA86TF U 1
AF RR1D602TF U 10
AF RR1D602JQ C 50
BS 1 92 RR1EA86TF
BS 93 93 RR1D602TF
BS 94 519 RR1EA86TF
BS 520 530 RR1D602TF
BS 531 532 RR1D602JQ

RD RR1EA86TF 519 0 0
GGACCAAAAACACACAACCAAAAAAACAGATAATAACATGAGATCTCTCTTCTTACTAGC
CTTGTTCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGACTTGCAATAACGTGGT
TAGTGATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTGATGCAAGGAGGAAAAGTCCCACCAGCTAA
CTGCTGCAGCGGTGTCAGAACGCTCAACAGTCAGGCTCAAACCTCTGTGGACCGTCGGAG
CGTGTGCCGTTGCATCAAAAATGCGATTGGAGGAGCCTCTTACTCTTCTAGCAACCTCAA
CAATGCTCTGTCTTTGCCTGCTAAGTGTGGTGTTAATCTCCCTTTCAGGATCAGCCCTTC
CACCAACTGCGACAGTATCAATTGAGATAAGCAGAAGATCCTAAAGGAAGCTACTACTAC
TACTATTAATACAAGAAGTTAAAACATATGGCTTGGTAGTAACTATGTTGATCAGTTGAT
GTATCTTCACGTCTATTTTCTTCAAAGTTCTAATAAAAA

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1D602TF 523 0 0
GGACACAACCA
AAAAAACAGATAATAACATGAGATCTCTCTTCTTACTAGCCTTGTTCCTAGTTCTTGCTT
TTCACCATGGTGGAGCAGCCGTGACTTGCAATAACGTGGTTAGTGATCTCTACCCTTGCC
TCTCCTACGTGATGCAAGGAGGAAAAGTCCCACCAGCTAACTGCTGCAGCGGTGTCAGAA
CGCTCAACAGTCAGGCTCAAACCTCTGTGGACCGTCGGAGCGTGTGCCGTTGCATCAAAA
ATGCGATTGGAGGAGCCTCTTACTCTTCTAGCAACCTCAACAATGCTCTGTCTTTGCCTG
CTAAGTGTGGTGTTAATCTCCCTTTCAGGATCAGCCCTTCCACCAACTGCGACAGTATCA
ATTGAGATAAGCAGAAGATCCTAAAGGAAGCTACTACTACTACTATTAATACAAGAAGTT
AAAACATATGGCTTGGTAGTAACTATGTTGATCAGTTGATGTATCTTCACGTCTATTTTC
TTCAAAGTTCTAATAAAAATTATCAACATG
AG

QA 12 521 12 521
DS 

RD RR1D602JQ 483 0 0
TTCTTACTAGCCTTGTTCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGGAGCAGCCGTGACTTGC
AATAACGTGGTTAGTGATCTCTACCCTTGCCTTTCCTACGTGATGCAAGGAGGAAAAGTC
CCCCCAGCTAACTGCTGCAGCGGTGTCAGAACGCTCAACAGTCAGGCTCAAACCTCTGTG
GACCGTCGGAGCGTGTGCCGTTGCATCAAAAATGCGATTGGAGGAGCCTTTTACTTTTCT
AGCAACCTCAACAATGCTCTGTCTTTGCCTGCTAAGTGTGGTGTTAATCTCCCTTTCAGG
ATCAGCCCTTCCACCAACTGCGACAGTATCAATTGAGATAAGCAGAAGATCCTAAAGGAA
GCTACTACTACTACTATTAATACAAGAAGTTAAAACATATGGCTTGGTAGTAACTATGTT
GATCAGTTGATGTATCTTCACGTCTATTTTCTTCAAAGTTTTAATAAAAATTATCAACAT
GAG

QA 1 483 1 483
DS 



CO CL21Contig2 603 16 3 U
GGGCGGGGGACCAACAACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTA
GCCTTGTTCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTG
GTTGGAGATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAAC
TGCTGCAACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGC
GTCTGCCGTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAAC
AATGCTCAGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCC
ACCAATTGCGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAA
GAACTAAATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAAT
TTGTGATGTA*TCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCAT
TTTCTATGATATGAGACCAAACTAATTATCAACAATTCTCGACGTTCCCTCGGTTAAAAA
AAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 55 55 65 65 65 65 65 65 45 75 75 75 75 75 75 75 75 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 
80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 50 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 70 50 45 45 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1FD49TF U 1
AF RR1FD49JQ C 8
AF RR1DG62JQ C 8
AF RR1DG62TF U 8
AF RR1ET12JQ C 279
AF RR1EH91TF U 14
AF RR1EH91JQ C 14
AF RR1H961JQ C 8
AF RR1H961TF U 8
AF RR1E407JQ C 4
AF RR1E407TF U 4
AF RR1GB75JQ C 8
AF RR1GB75TF U 8
AF RR1GJ54JQ C 25
AF RR1GJ54TF U 25
AF RR1ET12TF U 8
BS 1 110 RR1FD49TF
BS 111 544 RR1DG62TF
BS 545 603 RR1ET12TF

RD RR1FD49TF 110 0 0
GGGCGGGGGACCAACAACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTA
GCCTTGTTCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTG

QA 1 110 1 110
DS 

RD RR1FD49JQ 273 0 0
GGACCAACAACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGT
TCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAG
ATCTCTACCCTTGCCCCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCA
ACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGCCAGGGCGTCTGCC
GTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTTTCTT

QA 1 273 1 273
DS 

RD RR1DG62JQ 538 0 0
GGACCAACAACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGT
TCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAG
ATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCA
ACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCC
GTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTC
AGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATT
GCGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAA
ATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGAT
GTA*TCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTC
C

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1DG62TF 538 0 0
GGACCAACAACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGT
TCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAG
ATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCA
ACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCC
GTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTC
AGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATT
GCGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAA
ATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGAT
GTA*TCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTC
C

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1ET12JQ 317 0 0
TTTTTT
TTCTAACAACCTCAACAATGCTCAGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTA
CAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGCGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCT
ACTACTATTACTACAAGAACTAAATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGC
TACTAGCTACGTTAATTTGTGATGTA*TCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATA
AATTATCAACATGCATTTTCTATGATATGAGACCAAACTAATTATCAACAATTCTCGACG
TTCCCTCGGTT

QA 7 317 7 317
DS 

RD RR1EH91TF 535 0 0
GG
AACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGTTCCTAGTT
CTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAGATCTCTAC
CCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCAACGGTATC
AGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCCGTTGCATC
AAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTCAGTCTCTG
CCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGCGACAGT
ATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACT**TACTACAAGAACTAAATAAGAAG
TCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGTA*TCGT
CACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCTATG

QA 3 535 3 535
DS 

RD RR1EH91JQ 534 0 0
GG
AACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGTTCCTAGTT
CTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAGATCTCTAC
CCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCAACGGTATC
AGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCCGTTGCATC
AAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTCAGTCTCTG
CCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGCGACAGT
ATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACT**TACTACAAGAACTAAATAAGAAG
TCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGTA*TCGT
CACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCTA
G

QA 3 533 3 533
DS 

RD RR1H961JQ 542 0 0
GGACCAACAACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGT
TCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCATCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAG
ATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCA
ACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCC
GTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTC
AGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATT
GCGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAA
ATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGAT
GTAATCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATCATCAACATGCATTTTCTAT
G
C

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1H961TF 542 0 0
GGACCAACAACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGT
TCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCATCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAG
ATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCA
ACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCC
GTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTC
AGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATT
GCGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAA
ATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGAT
GTAATCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATCATCAACATGCATTTTCTAT
G
C

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1E407JQ 542 0 0
GGAAAC
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CTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAATCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAGAT
CTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCAAC
GGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCCGT
TGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTCAG
TCTCTGCCTGCTAGATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGC
GACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAAAT
AAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGT
A*TCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCT

QA 7 542 7 542
DS 

RD RR1E407TF 542 0 0
GGAAAC
ACCAACAACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGTTC
CTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAATCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAGAT
CTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCAAC
GGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCCGT
TGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTCAG
TCTCTGCCTGCTAGATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGC
GACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAAAT
AAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGT
A*TCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCT

QA 7 542 7 542
DS 

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ATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCA
ACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCC
GTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTC
AGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATT
ACGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAA
ATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGAT
GTA*TCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCT

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1GB75TF 538 0 0
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ATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCA
ACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCC
GTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTC
AGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATT
ACGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAA
ATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGAT
GTA*TCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCT

QA 1 538 1 538
DS 

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TCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAATTGCGGCAACGGTATCAGAACGCTC
AACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCCGTTGCATCAAGAATGCT
ATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTCAGTCTCTGCCTGCTAAA
TGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGCGACAGTATCAACTGA
GAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAAATAAGAAGTCATTAATA
AATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGTA*TCGTCACTCCTAT
GTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCTATGATATGAGACCAAACTA
ATTATCAACAATTCTCGACG
GT

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1GJ54TF 562 0 0
TAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGTTCCTAGTTCTTGCTTTT
CACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAGATCTCTACCCTTGCCTC
TCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAATTGCGGCAACGGTATCAGAACGCTC
AACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCCGTTGCATCAAGAATGCT
ATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTCAGTCTCTGCCTGCTAAA
TGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGCGACAGTATCAACTGA
GAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAAATAAGAAGTCATTAATA
AATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGTA*TCGTCACTCCTAT
GTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCTATGATATGAGACCAAACTA
ATTATCAACAATTCTCGACG
GT

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1ET12TF 596 0 0
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TCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAG
ATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCA
ACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCC
GTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTC
AGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATT
GCGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAA
ATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGAT
GTA*TCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCTAT
GATATGAGACCAAACTAATTATCAACAATTCTCGACGTTCCCTCGGTTAAAAAAAA

QA 1 596 1 596
DS 



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GCGTGTGCCGTTGCATCAAAAATGCTATTGGAGGAGCCTCTTACTCTTCAAGCAGTCTCA
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CCACCAACTGCGACAGTATCAATTGAGATAAGCAGAAGATCCTAAAGGAAGCTACTACTA
TTACTACAAGAACTTAAAACATATGGCTTGGTAGTAACTATGCTGATCAGTTGATGTATC
TTCACGTCTATTTTCTTCAAAGTTCTAATAAAAATTATCAACATGCTATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H146TF U 1
AF RR1H146JQ C 61
BS 1 525 RR1H146TF
BS 526 532 RR1H146JQ

RD RR1H146TF 532 0 0
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CCTTGTTCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGACTTGCAACAACGTGG
TTAGTGATCTTTACCCTTGCCTCTCCTACGTGATGCAAGGCGGAAAAGTCCCACCAGCTA
ACTGCTGCAGCGGTGTCAGAACGCTCAACAGTCAGGCTCAAACCTCTGTGGACCGTCGGA
GCGTGTGCCGTTGCATCAAAAATGCTATTGGAGGAGCCTCTTACTCTTCAAGCAGTCTCA
ACAATGCTCTGTCTTTGCCTTCCAAGTGTGGTGTTAATCTCCCTTTCAGGATCAGCCCTT
CCACCAACTGCGACAGTATCAATTGAGATAAGCAGAAGATCCTAAAGGAAGCTACTACTA
TTACTACAAGAACTTAAAACATATGGCTTGGTAGTAACTATGCTGATCAGTTGATGTATC
TTCACGTCTATTTTCTTCAAAGTTCTAATAAAAATTATCAACATG
CTATGAT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1H146JQ 472 0 0
CCTTGTTCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGACTTGCAACAACGTGG
TTAGTGATCTTTACCCTTGCCTCTCCTACGTGATGCAAGGCGGAAAAGTCCCCCCAGCTA
ACTGCTGCAGCGGTGTCAGAACGCTCAACAGTCAGGCTCAAACCTTTGTGGACCGTCGGA
GCGTGTGCCGTTGCATCAAAAATGCTATTGGAGGAGCCTTTTACTTTTCAAGCAGTTTCA
ACAATGCTCTGTCTTTGCCTTCCAAGTGTGGTGTTAATCTCCCTTTCAGGATCAGCCCTT
CCACCAACTGCGACAGTATCAATTGAGATAAGCAGAAGATCCTAAAGGAAGCTACTACTA
TTACTACAAGAACTTAAAACATATGGCTTGGTAGTAACTATGCTGATCAGTTGATGTATC
TTCACGTCTATTTTCTTCAAAGTTTTAATAAAAATTATCAACATGCTATGAT

QA 1 472 1 472
DS 



AS 2 21

CO CL22Contig1 584 19 12 U
CTTCTCCATTCTTGCCCCCAAATTATCTCTCTACCGAGTCATGAATGCAGACCAAAACTT
GGGTGCTCTCCACCGTGAGTCTTTGAAGGCAGTGAAACTTATTGAAAAGAAAGCTAAACA
AATTGTGCAAGAATGCAATGGTCAGGTCGCGGTCATTTGCTACCCTCACGAAACTCTTCC
TCCTGTTTTTCAAGGAGATCCAAGCCTAAGGGCTGTGGTGGAAAGATTCGAAGCAGATGC
TAACCTTGGTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCAGG
TCTGACTCATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAAT
TGCTAATAACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAA
TGTATCCATCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCT
TATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCT
TAATGTTTATATATTTATTTAACTCTATTAAATGTTCGATCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 55 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 
95 60 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 60 90 50 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 50 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 85 85 80 80 80 80 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 15 15 15 15 15 10 

AF RR1GA65TF U 9
AF RR1D183TF U 9
AF RR1C815JQ C 82
AF RR1F569JQ C 9
AF RR1F569TF U 9
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AF RR1EJ80TF U 5
AF RR1C815TF U 9
AF RR1BA44TF U 1
AF RR1DI83JQ C 9
AF RR1FW04TF U 9
AF RR1DI83TF U 9
AF RR1GP33JQ C 9
BS 1 6 RR1AT70JQ
BS 7 8 RR1EJ80TF
BS 9 228 RR1D183TF
BS 229 297 RR1F569TF
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RD RR1GA65TF 118 0 0
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TCCACCGTGAGTCTTTGAAGGCCGTGAAACTTATTGAAAAGAAAGCTAAACAAATTGT

QA 1 118 1 118
DS 

RD RR1D183TF 220 0 0
TTCTTGCCCCCAAATTATCTCTCTACCGAGTCATGAATGCAGACCAAAACTTGGGTGCTC
TCCACCGTGAGTCTTTGAAGGCAGTGAAACTTATTGAAAAGAAAGCTAAACAAATTGTGC
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TTCAAGGAGATCCAAGCCTAAGGGCTGTGGTGGAAAGATT

QA 1 220 1 220
DS 

RD RR1C815JQ 253 0 0
TTTGAAGGCAGTGAAACTTATTGAAAAGAAAGCTAAACAAATTGTGCAAGAATGCAATGG
TCAGGTCGCGGTCATTTGCTACCCCCACGAAACTTTTCCTCCTGTTTTTCAAGGAGATCC
AAGCCTAAGGGCTGGGGGGGAAAGATTCGAAGCAGATGCTAACCTTGGTAACAACGTTGA
GGCTTTTAATCAGGCATTGGAAGTAATTGATTTGGCAGGTTTGACTCATAGTCAGCTGAG
AGCTCTCATCGTC

QA 1 253 1 253
DS 

RD RR1F569JQ 527 0 0
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TCCACCGTGAGTCTTTGAAGGCAGTGAAACTTATTGAAAAGAAAGCTAAACAAATTGTGC
AAGAATGCAATGGTCAGGTCGCGGTCATTTGCTACCCTCACGAAACTCTTCCTCCTGTTT
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GTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCGGGTCTGACTC
ATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATA
ACCTTGATTATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
CTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTC
C

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1F569TF 527 0 0
TTCTTGCCCCCAAATTATCTCTCTACCGAGTCATGAATGCAGACCAAAACTTGGGTGCTC
TCCACCGTGAGTCTTTGAAGGCAGTGAAACTTATTGAAAAGAAAGCTAAACAAATTGTGC
AAGAATGCAATGGTCAGGTCGCGGTCATTTGCTACCCTCACGAAACTCTTCCTCCTGTTT
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GTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCGGGTCTGACTC
ATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATA
ACCTTGATTATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
CTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTC
C

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1FC37TF 526 0 0
TTCTTGCCCCCAAATCATCTCTCTACCGAGTCATGAATGCAGACCAAAACTTGGGTGCTC
TCCACCGTGAGTCTTTGAAGGCAGTGAAACTTATTGAAAAGAAAGCTAAACAAATTGTGC
AAGAATGCAATGGTCAGGTCGCGGTCATTTGCTACCCTCACGAAACTCTTCCTCCTGTTT
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GTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCAGGTCTGACTC
ATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATA
ACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
CTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTA
AAAA

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1GP33TF 520 0 0
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AAGAATGCAATGGTCAGGTCGCGGTCATTTGCTGCCCTCACGAAACTCTTCCTCCTGTTT
TTCAAGGAGATCCAAGCCTAAGGGCTGTGGTGGAAAGATTCGAAGCAGATACTAACCTTG
GTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCAGGTCTGACTC
ATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATA
ACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
CTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTG

QA 1 520 1 520
DS 

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GGGTGCTCTCCACCGTGAGTCTTTGAAGGCAGTGAAACTTATTTAAAAGAAAGCTAAACA
AATTGTGCAAGAATGCAATGGTTAGGTCGCGGTCATTTGCTACCCTCACGAAACTCTTCC
TCCTGTTTTTCAAGGAGATCCAAGCCTAAGGGCTGTGGTGGAAAGATTCGAAGCAGATGC
TAACCTTGGTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCAGG
TCTGACTCATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAAT
TGCTAATAACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAA
TGTATCCATCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCT
TATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCT
TAATGTTTATATATTTATTTAACTCTATTAAATGTTCGATCTAC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1FX44JQ 537 0 0
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TTCAAGGAGATCCAAGCCTAAGGGCTGTGGTGGAAAGATTCGAAGCAGATGCTAACCTTG
GTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCAGGTTTGACTC
ATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATA
ACCTTGATAACAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTTTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
CTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTAATG

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1FX44TF 537 0 0
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TTCAAGGAGATCCAAGCCTAAGGGCTGTGGTGGAAAGATTCGAAGCAGATGCTAACCTTG
GTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCAGGTCTGACTC
ATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATA
ACCTTGATAACAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTTTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
CTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTAATG

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1GA65JQ 537 0 0
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TTCAAGGAGATCCAAGCCTAAGGGCTGTGGTGGAAAGATTCGAAGCAGATGCTAACCTTG
GTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCAGGTTTGACTC
ATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATA
ACCTTGATAACAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTTTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
CTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTAATG

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1EJ80JQ 541 0 0
GG
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TTTTCAAGGAGATCCAAGCCTAAGGGCTGTGGTGGAAAGATTCGAAGCAGATGCTAACCT
TGGTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCAGGTCTGAC
TCATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAA
TAACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATC
CATCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGT
GACTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTAATG

QA 3 541 3 541
DS 

RD RR1EJ80TF 541 0 0
GG
CATTCTTGCCCCCAAATTATCTCTCTACCGAGTCATGAATGCAGACCAAAACTTGGGTGC
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GCAAGAATGCAATGGTCAGGTCGCGGTCATTTGCTACCCTCACGAAACTCTTCCTCCTGT
TTTTCAAGGAGATCCAAGCCTAAGGGCTGTGGTGGAAAGATTCGAAGCAGATGCTAACCT
TGGTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCAGGTCTGAC
TCATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAA
TAACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATC
CATCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGT
GACTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTAATG

QA 3 541 3 541
DS 

RD RR1C815TF 558 0 0
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GTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGTAATTGATTTGGCAGGTCTGACTC
ATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATA
ACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
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ATATATTTATTTAACTCT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1BA44TF 564 0 0
CTTCTC
CATTCTTGCCCCCAAATTATCTCTCTACCGAGTCATGAATGCAGACCAAAACTTGGGTGC
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TTTTCAAGGAGATCCAAGCCTAAGGGCTGTGGTGGAAAGATTCGAAGCAGATGCTAACCT
TGGTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGAAGCAATTGATTTGGCAGGTCTGAC
TCATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAA
TAACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATC
CATCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGGTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGT
GACTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTAATGT
TTATATATTTATTTAACT

QA 7 564 7 564
DS 

RD RR1DI83JQ 570 0 0
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ATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATA
ACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
CTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTAATGTTT
ATATATTTATTTAACTCTATTAAATGTTCG

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1FW04TF 556 0 0
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ACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATAT**TTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
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ATATATTTATTTAACT

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1DI83TF 566 0 0
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TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
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QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1GP33JQ 576 0 0
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ATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAATGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATA
ACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTTTATATATTTAAGGAATAATGTATCCA
TCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGA
CTGTTGTTTGTAGCTTTAATGTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATCTTAATGTTT
ATATATTTATTTAACTCTATTAAATGTTCGATCTA
C

QA 1 575 1 575
DS 



CO CL22Contig2 666 2 3 U
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AAAAAAATATTTAGGGTTCTAACCCCTTTTTTCATGTGTCAGCCTAAGGGCTGTGGTGGA
AAGATTCGAAGCAGATGCTAACCTTGGTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGA
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TGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATAACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTT
TATATATTTAAGGAATAATGTATCCATCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGT
TGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGT
TGTTTGTAACTCTAATCTTAATGTTTATATATTTATTTAACTCTATTAAATGTTCGATCT
ACAATT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 

AF RR1C209TF U 1
AF RR1D815TF U 1
BS 1 608 RR1C209TF
BS 609 609 RR1D815TF
BS 610 666 RR1C209TF

RD RR1C209TF 666 0 0
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AAAAAAATATTTAGGGTTCTAACCCCTTTTTTCATGTGTCAGCCTAAGGGCTGTGGTGGA
AAGATTCGAAGCAGATGCTAACCTTGGTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGA
AGCAATTGATTTGGCAGGTCTGACTCATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAA
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TATATATTTAAGGAATAATGTATCCATCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGT
TGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGT
TGTTTGTAGCTCTAATCTTAATGTTTATATATTTATTTAACTCTATTAAATGTTCGATCT
ACAATT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1D815TF 661 0 0
TTCTTGCCCCCAAATTATCTCTCTACCGAGTTATGAATGCAGACCAAAACTTGGGTGCTC
TCCACCGTGAGTCTTTGAAGGCAGTGAAACTTATTGAAAAGAAAGCTAAACAAATTGTGC
AAGAATGCAATGGTCAGGTCGCGGTCATTTGCTACCCTCACGAAACTCTTCCTCCTGTTT
TTCAAGGAGATCCAAGGTATAGATCAGATTCAGTCCTGTATTTGTAGGTTCTAATTTGAG
AAAAAAATATTTAGGGTTCTAACCCCTTTTTTCATTTGTCAGCCTAAGGGCTGTGGTGGA
AAGATTCGAAGCAGATGCTAACCTTGGTAACAACGTTGAGGCTCTTAATCAGGCATTGGA
AGCAATTGATTTGGCAGGTCTGACTCATAGTCAGCTGAGAGCTCTCATCGTCCGTCTGAA
TGGACTCCGTAACAGAATTGCTAATAACCTTGATAATAATCAAGCTTGAGGTTTGTAGTT
TATATATTTAAGGAATAATGTATCCATCTTGTTTGATAGCAAGATGAGTGTCGTGACTGT
TGTTTGTAGCTCTAATCTTATCGTGACTGTTGTTTGTAGCTCTAATGTTATCGTGACTGT
TGTTTGTAACTCTAATCTTAATGTTTATATATTTATTTAACTCTATTAAATGTTCGATCT
A

QA 1 661 1 661
DS 



AS 3 17

CO CL23Contig1 837 2 3 U
GATGAACCTTATGTTTTTGTTATTATTTCTCGTGACTCATTATCATTGTGTTACCAAAAT
TAATGTAAACACAAAACAAAGACAAAAAATAATCTCACTGTTTGATATCTCCAAAAGCTT
ATTTTGAAGCAAACAACAATTGTAAAATGCAATGACAATTTTTTTCCAAAAAGTGTCTTG
TATTAAATTGTTTCCCAGGAGGAGGGTCATATTTATTTGTCAACTGATTCTGTAGCAGCA
AATCAGAAAGCATGTTTCTTAAGGGGAAATTATCAGAGGTTGGTGAAGTCAACAGGTTCA
CGGAGGAGCCTCTCCATCTGCTGTGCCCTTGTCCTGATAGACATGTCCAACACCTTTTGT
TGAAACTCTACTATTAGCCCTCCATATATACTCGGATCAATCTTTTGTTCCACAGTAACT
TTCTTCCCTTCTCCAATTATCTCCTGAAGCGTCTCCTTAAGCTCTTTCTCCTCAGCAGGT
GGTAGCGGCATGACTGTGGTAACCAAAACCTTGACGTCTCCCCTATGTGCCGTCGTCAGC
TGCATGAATTTTTTCACAATCACGTCTAAGTTCTTCAGCTTCCCATTCTCAGCTAACAAA
GAGAGGAAGTTCTTGGTGGGTTCAGCAAACTTTGCTTTGTCACAAACATCGACAATAGCA
GCGAGTCTCGTCTCTCTAGGAACAGAGGGATCCTTAGTAAACTGTGAAAAAGTAGGGCTT
GTCTTCATAGCCTCAACCAGCTCAGAAAGATCGGACTCAATCTTTTCCAAGGAGTTCATT
TTCACAGCTGCAATGTACAGCCACGATGCAAAGTTGCAAGATTCACCAACCAAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B968JQ U 1
AF RR1ET44JQ U 80
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BS 98 98 RR1ET44JQ
BS 99 837 RR1B968JQ

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ATTTTGAAGCAAACAACAATTGTAAAATGCAATGACAATTTTTTTCCAAAAAGTGTCTTG
TATTAAATTGTTTCCCAGGAGGAGGGTCATATTTATTTGTCAACTGATTCTGTAGCAGCA
AATCAGAAAGCATGTTTCTTAAGGGGAAATTATCAGAGGTTGGTGAAGTCAACAGGTTCA
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QA 1 837 1 837
DS 

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C
GACAAAAAATAATCTCACTGTTTGATATCTCCAAAAGCTTATTTTGAAGCAAACAACAAT
TGTAAAATGCAATGACAATTTTTTTCCAAAAAGTGTCTTGTATTAAATTGTTTCCCAGGA
GGAGGGTCATATTTATTTGTCAACTGATTCTGTAGCAGCAAATCAGAAAGCATGTTTCTT
AAGGGGAAATTATCAGAGGTTGGTGAAGTCAACAGGTTCACGGAGGAGCCTCTCCATCTG
CTGTGCCCTTGTCCTGATAGACATGTCCAACACCTTTTGTTGAAACTCTACTATTAGCCC
TCCATATATACTCGGATCAATCTTTTGTTCCACAGTAACTTTCTTCCCTTCTCCAATTAT
CTCCTGAAGCGTCTCCTTAAGCTCTTTCTCCTCAGCAGGTGGTAGCGGCATGACTGTGGT
AACCAAAACCTTGACGTCTCCCCTATGTGCCGTCGTCAGCTGCATGAATTTTTTCACAAT
CACGTCTAAGTTCTTCAGCTTCCCATTCTCAGCTAACAAAGAGAGGAAGTTCTTGGTGGG
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CTCAGAAAGATCGGACTCAATCTTTTCCATGGAGTTCATTTTCACAGCTGCAATGTACAG
CCACGATGCAAAGTTGCCAGATTC

QA 2 745 2 745
DS 



CO CL23Contig2 950 10 14 U
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AAATGGCTATGGCTGGTCGTATCAGATCCGGGATCTCCTTCTTCAAGACCATCGCCGTCT
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GAGATTATGCAACAGCTTCAGCTCAGAAAACTGGCAATGTTAAGGTGCCAGTGGCTTTAG
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TGGAAAAGATTGAGTCGGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGAAGACCAGCCCTACTT
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ATTACATTGTCGTTTTTTTTGAAATTTGTCATTGCATTTTGTTTCCAATT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 35 35 35 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

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T
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TGGAAAAGATTGAGTCGGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGAAGACCAGCCCTACTT
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GGAGAAGGAACTTAAGGAGACACT

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DS 

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GG
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TTCAAGACCATCGCCGTCTCAGATTCCGTCTCCTCTGTGAGATCTTATCCCAGTGGACGT
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GCCACTT*CCCCCTGCTGAGGAG

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GG
GCTAGGGTTCCAATCAGATATCTGCAACAAGAACAAAAAAATGGCTATGGCTGGTCGTAT
CAGATCCGGGATCTCCTTCTTCAAGACCATCGCCGTCTCAGATTCCGTCTCCTCTGTGAG
ATCTTATCCCAGTGGACGTCCTCTTATCCCTGCGTTGAGAGATTATGCAACAGCTTCAGC
TCAGAAAACTGGCAATGTTAAGGTGCCAGTGGCTTTAGTTGGTGAATCTGGCAACTTTGC
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TTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGAAGACCAGCCCTACTTTCTCACAGTTTACTAAGGATCC
CTCTGTTCCTAGAGAGACAAGACTTGCTGCTATTGTCGATGTTTGTGACAAAGCAAAGTT
TGCAGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACCT
AGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACAACAGCACATAGGGG*AGATGTCAAAG
TCTTGGTTACCACTGTCATGCCACTT*CCCCCTGCTGAGGAGAAAGAACTTAAAGAGACA
CTT

QA 3 605 3 605
DS 

RD RR1DO47TF 765 0 0
GGATCGGCTTTTAATCATTTTGCTAGGGTTCCAATCAGATATCTGCAACAAGAACAAAAA
AATGGCTATGGCTGGTCGTATCAGATCCGGGATCTCCTTCTTCAAGACCATCGCCGTCTC
AGATTCCGTCTCCTCTGTGAGATCTTATCCCAGTGGACGTCCTCTTATCCCTGCGTTGAG
AGATTATGCAACAGCTTCAGCTCAGAAAACTGGCAATGTTAAGGTGCCAGTGGCTTTAGT
TGGTGAATCTGGCAACTTTGCTTCATGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAGATGAATTCTTT
GGAAAAGATTGAGTCGGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGAAGACCAGCCCTACTTT
CTCACAGTTTACTAAGGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACAAGACTTGCTGCTATTGTCGA
TGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCAGAACCCACTAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGA
GAATGGGAAGCTGAAGAACCTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACAACAGC
ATATAGGGG*AGATGTCAAAGTCTTGGTTACCACTGTCATGCCACTT*CCCCCTGCTGAG
GAGAAGGAACTTAAGGAGACACTTCAGGAGATCATTGGAGAAGGGAAGAAAGTAACTGTG
GAACAGAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTCCAACAAAAG*TG
TTGGACATGTCAATCAG*ACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGGCTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1EQ62TF 745 0 0
T
TTTTGCTAGGGTTCCAATCAGATATCTGCAACAAGAACAAAAAAATGGCTATGGCTGGTC
GTATCAGATCCGGGATCTCCTTCTTCAAGACCATCGCCGTCTCAGATTCCGTCTCCTCTG
TGAGATCTTATCCCAGTGGACGTCCTCTTATCCCTGCGTTGAGAGATTATGCAACAGCTT
CAGCTCAGAAAACTGGCAATGTTAAGGTGCCAGTGGCTTTAGTTAGTGAATCTGGCAACT
TTGCTTCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAGATGAATTCTTTGGAAAAGATTGAGTCGG
ATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGAAGACCAGCCCTACTTTCTCACAGTTTACTAAGG
ATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACAAGACTTGCTGCTATTGTCGATGTTTGTGACAAAGCAA
AGTTTGCAGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGA
ACCTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACAACAGCACATAGGGG*AGATGTC
AAAGTCTTGGTTACCACTGTCATGCCACTT*CCCCCTGCTGAGGAGAAGGAACTTAAGGA
GACACTTCAGGAGATCATTGGAGAAGGGAAGAAAGTAACTGTGGAACAGAAGATTGATCC
GAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGATTTCCAACAAAAG*TGTTGGACATGTCAATCAG
*ACAAGCGCACAGCAGATGGAGAG

QA 2 745 2 745
DS 

RD RR1EQ62JQ 698 0 0
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TGTGAAGATGAATTCTTTGGAAAAGATTGAGTCGGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGAT
GAAGACCAGCCCTACTTTCTCACAGTTTACTAAGGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACAAG
ACTTGCTGCTATTGTCGATGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCAGAACCCACCAAGAACTT
CCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACCTAGACGTGATTGTGAAAAAATT
CATGCAGCTGACAACAGCACATAGGGG*AGATGTCAAAGTCTTGGTTACCACTGTCATGC
CACTT*CCCCCTGCTGAGGAGAAGGAACTTAAGGAGACACTTCAGGAGATCATTGGAGAA
GGGAAGAAAGTAACTGTGGAACAGAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTA
GATTTCCAACAAAAGGTGTTGGACATGTCAATCAGGACAAGCGCACAGCAGATGGAGAGG
CTCCTCCGTGAACCTGTTGACCTCAGCAACCTTTGAAAATCTTTGAGAGTTTTCCCTTAA
GAAACATGTTTGTGATGCTGCAAAGCAAACCCAGTTGACAAAAATAAAACATTATGACCC
TCTCCACCTGGGAAACAATTACATTGTCGTTTTTTTTG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1DO47JQ 723 0 0
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AAGATGAATTCTTTGGAAAAGATTGAGTCGGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGAAG
ACCAGCCCTACTTTCTCACAGTTTACTAAGGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACAAGACTT
GCTGCTATTGTCGATGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCAGAACCCACTAAGAACTTCCTC
TCTTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACCTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATG
CAGCTGACAACAGCATATAGGGG*AGATGTCAAAGTCTTGGTTACCACTGTCATGCCACT
T*CCCCCTGCTGAGGAGAAGGAACTTAAGGAGACACTTCAGGAGATCATTGGAGAAGGGA
AGAAAGTAACTGTGGAACAGAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGT
TCCAACAAAAGGTGTTGGACATGTCAATCAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGGCTCC
TCCGTGAACCTGTTGACCTCAGCAACCTCTGAAAATCTTTGAGAGTTTTCCCTTAAGAAA
CATGTTTGTGATGCTGCAAAGCAAACCCAGTTGACAAAAATAAAACATTATGACCCTCTC
CACCTGGGAAACAATTACATTGTCGTTTTTTTTGAAATTTGTCATTGCATTTTGTTTCCA
ATT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1EA31JQ 643 0 0
TTTG
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GTTTACTAAGGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACAAGACTTGCTGCTATTGTCGATGTTTG
TGACAAAGCAAAGTTTGCAGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGG
GAAGCTGAAGAACCTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACAACAGCACATAG
GGG*AGATGTCAAAGTCTTGGTTACCACTGTCATGCCACTC*CCCCCTGCTGAGGAGAAG
GAACTTAAGGAGACACTTCAGGAGATCATTGGAGAAGGGAAGAAAGTAACTGTGGAACAG
AAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTCCAACAAAAGGTGTTGGAC
ATGTCAATCAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGAACCTGTTGACCTC
AGCAACCTCTGAAAATCTTTGAGAGTTTTCCCTTAAGAAACATGTTTGTGATGCTGCAAA
GCAAACCCAGTTGACAAAAATAAAACATTATGACCCTCTCCACCTGGGAAACAATTACAT
TGTCGTTTTTTTTGAAATTTGTCATTGCATTTTGTTTCC

QA 5 643 5 643
DS 

RD RR1GS96JQ 503 0 0
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GACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACAACAGCACATAGGGG*AGATGTCAAAGT
CTTGGTTACCACTGTCATGCCACTT*CCCCCTGCTGAGGAGAAGGAACTTAAGGAGACAC
TTCAGGAGATCATTGGAGAAGGGA*GAAAGTAACTGTGGAACAGAAGATTGATCCGAGTA
TATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTCCAACAAAAGGTGTTGGACATGTCAATCAGGACAA
GAGCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGAACCTGTTGACCTCAGCAACCTCTGAAAAT
CTTTGAGAGTTTTCCCTTAAGAAACATGTTTGTGATGCTGCAAAGCAAACCCAGTTGACA
AAAATAAAACATTATGACCCTCTCCACCTGGGAAACAATTACATTGTCGTTTTTTTTGAA
ATTTGTCATTGCATTTTGTTTCC

QA 1 503 1 503
DS 



CO CL23Contig3 955 5 35 U
GGAGGGTTCCAATCAGATTATCTGCAACGAAACAAAATGGCATTGGCTGGTCGTATCAGA
TCCGGGATCTCCTTCTTCAGGACCATCTCCGTCTCAGATGCTAGATCTTCGCTTATCCCT
TCGCTGAGAGATTATGCAACAGCTTCTGCTCAGAAAACCGGCAACGTTAAGGTGCCTGTG
GCTTTGGTTGGTGAATCTGGCAACTTTGCATCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAAATG
AACTCCTTGGAAAAGATTGAGTCCGATCTCTCTGAGCTGGTTGAGGCTATGAAGACAAGC
CCTACGTTTTCACAGTTCACTAAGGATCCCTCTGTTCCGAGAGAGACAAGATTGGCTGCT
ATCGTTGATGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCTGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTG
TTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTG
ACGACGGCACATAGGGGAGACGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCACCT
GCTGAGGAGAAAGAGCTTAAGGAGACACTACAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGACAGTT
ACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAA
AAGGTGTTGGACATGTCTATCAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGACTCCTCCGTGAA
CCTGTTGACTTCACCAACCTCTGAAGATTTCCCCTAAGAAACATGCTTTCTGATTTGCTA
CAAAACCAGTTGACGAATAAAATATGACCCTCCTCCTGGGGAAACAATCAATACAAGACA
CAAATTTCATTGCATTTTACAATTGTTGTTTTGCTTCAAAATAAGCTTTTGGAGATATCA
ATCAATGAGATTATTTTTTGTCTTTGTTTTGTGTTTACATTAATTTTGGTAACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 10 20 35 35 10 35 10 35 35 35 35 35 35 
35 35 10 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET44TF U 1
AF RR1B968TF U 14
AF RR1EW59TF U 27
AF RR1EW59JQ C 198
AF RR1D043JQ C 201
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RD RR1ET44TF 704 0 0
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TTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTG
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GCTGAGGAGAAAGAGCTTAAGGAGACGCTTCAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGTT
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AAGGTGTTGGACATGTCTATCAG*ACAAGGGCACAGCAGATGGA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1B968TF 666 0 0
GG
GATTATCTGCAACGAAACAAAATGGCATTGGCTGGTCGTATCAGATCCGGGATCTCCTTC
TTCAGGACCATCTCCGTCTCAGATGCTAGATCTTCGCTTGTCCCTTCGCTGAGAGATTAT
GCAACAGCTTCTGCTCAGAAAACCGGCAACGTTAAGGTGCCTGTGGCTTTGGTTGGTGAA
TCTTGCAACTTTGCATCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAAATGAACTCCTTGGAAAAG
ATTGAGTCCGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCTATGAAGACAAGCCCTACTTTTTCACAG
TTTACTAAGGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACGAGACTCGCTGCTATTGTCGATGTTTGT
GACAAAGCAAAGTTTGCTGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGGG
AAGCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACGACGGCACATAGG
GGAGACGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCACCTGCTGAGGAGAAAGAG
CTTAAGGAGACGCTTCAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGTTACTGTGGAACAAAAG
ATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAAAAGGTGTTGGACATG
TCTA

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR1EW59TF 720 0 0
GG
GAAACAAAATGGCTTTGGCTGGTCGTATCAGATCCGGGATCTCCTTCTTCAGGACCATCT
CCGTCTCAGATGCTAGATCTTCGCTTATCCCTTCGCTGAGAGATTATGCAACAGCTTCTG
CTCAGAAAACCGGCAACGTTAAGGTGCCTGTGGCTTTGGTTGGTGAATCTGGCAACTTTG
CATCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAAATGAACTCCTTGGAAAAGATTGAGTCCGATC
TCTCTGAGCTGGTTGAGGCTATGAAGACAAGCCCTACGTTTTCACAGTTCACTAAGGATC
CCTCTGTTCCGAGAGAGACAAGATTGGCTGCTATCGTTGATGTTTGTGACAAAGCAAAGT
TTGCTGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACT
TAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACGACGGCACATAGGGGAGACGTCAAGG
TTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCACCTGCTGAGGAGAAAGAGCTTAAGGAGACAC
TACAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGACAGTTACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTA
TATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAAAACGTGTTGGACATGTCTATCAG*ACAA
GAGCACAGCAGATGGAGAGACTCCTCCGTGAACCTGTTGACTTCACCAACCTCTGAA
G

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR1EW59JQ 758 0 0
TGGCAACTTTGCATCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAAATGAACTCCTTGGAAAAGAT
TGAGTCCGATCTCTCTGAGCTGGTTGAGGCTATGAAGACAAGCCCTACGTTTTCACAGTT
CACTAAGGATCCCTCTGTTCCGAGAGAGACAAGATTGGCTGCTATCGTTGATGTTTGTGA
CAAAGCAAAGTTTGCTGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGGGAA
GCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACGACGGCACATAGGGG
AGACGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCACCTGCTGAGGAGAAAGAGCT
TAAGGAGACACTACAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGACAGTTACTGTGGAACAAAAGAT
TGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAAAAGGTGTTGGACATGTC
TATCAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGACTCCTCCGTGAACCTGTTGACTTCACCAA
CCTCTGAAGATTTCCCCTAAGAAACATGCTTTCTGATTTGCTACAAAACCAGTTGCCGAA
TAAAATATGACCCTCCTCCTGGGGAAACAATCAATACAAGACACAAATTTCATTGCATTT
TACAATTGTTGTTTTGCTTCAAAATAAGCTTTTGGAGATATCAATCAATGAGATTATTTT
TTGTCTTTGTTTTGTGTTTACATTAATTTTGGTAACAT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1D043JQ 703 0 0
CAACTTTGCATCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAAATGAACTCCTTGGAAAAGATTGA
GTCCGATCTCTCTGAGCTGGTTGAGGCTATGAAGACAAGCCCTACGTTTTCACAGTTCAC
TAAGGATCCCTCTATTCCGAGAGAGACAGGATTGGCTGCTATCGTTGATGTTTGTGACAA
AGCAAAGTTTGCTGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCT
GAAGAACTTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACGACGGCACATAGGGGAGA
CGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCACCTGCTGAGGAGAAAGAGCTTAA
GGAGACACTACAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGACAGTTACTGTGGAACAAAAGATTGA
TCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAAAAGGTGTTGGACATGTCTAT
CAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGACTCCTCCGTGAACCTGTTGACTTCACCAACCT
CTGAAGATTTCCCCTAAGAAACATGCTTTCTGATTTGCTACAAAACCAGTTGACGAATAA
AATATGACCCTCCTCCTGGGGAAACAATCAATACAAGACACAAATTTCATTGCATTTTAC
AATTGTTGTTTTGCTTCAAAATAAGCTTTTGGAGATATCAATC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 19

CO CL24Contig1 1234 19 22 U
GGAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGA
AAGGCGTAACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTT
AAGATGCGGACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTTCACTGTTCCCTGGG
ATTGGCTTTGGGCTTTTCCTGCGCAGCTTAGGTGGAAGGCGAAGAAGGCCTCCTTCCGGG
GGGGCCCGAGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCTAGAATTCTAACCTTGTGTCA
GTACCTACGGGCCAAGGGACAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGGGCGTAGGCCTCCCA
AAAGGTAACGGAGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGAGATTGGCCCTCGAGTGC
AAAGGCAGAAGGGAGCTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGCCT
TAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGG
GATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCTCGATGT
CGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAA
GCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGC
GTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGG
TGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGC
TGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCC
AGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGT
GACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGA
TAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGA
CTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCA
TAGTTCAACTCTTTGACAACACGTTTCTCTTTATTTTGTAAGCCAAAATCGATCTTCTCT
ATTGTGAAATATAATAGATCCTCGTTTCTCTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 45 80 80 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 60 90 90 90 90 90 90 90 60 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 60 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 70 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 80 95 95 95 95 
95 95 95 97 85 97 97 97 97 65 97 97 97 97 97 97 95 90 90 90 60 90 90 90 90 90 90 90 75 45 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 65 90 90 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 40 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 55 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 50 50 50 50 80 45 40 60 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DT26TF U 1
AF RR1G061TF U 209
AF RR1GV65TF U 328
AF RR1E749TF U 489
AF RR1BF77TF U 463
AF RR1G061JQ C 349
AF RR1GN55TF U 407
AF RR1BF77JQ C 463
AF RR1F748JQ C 608
AF RR1GD27JQ C 605
AF RR1GD27TF U 605
AF RR1F748TF U 508
AF RR1AB86JQ C 475
AF RR1DT26JQ C 608
AF RR1GV65JQ C 606
AF RR1AB86TF U 475
AF RR1GN55JQ C 844
AF RR1AX82JQ C 813
AF RR1AX82TF U 813
BS 1 217 RR1DT26TF
BS 218 218 RR1G061TF
BS 219 753 RR1DT26TF
BS 754 856 RR1G061TF
BS 857 860 RR1GV65TF
BS 861 861 RR1GN55TF
BS 862 868 RR1GV65TF
BS 869 870 RR1GN55TF
BS 871 884 RR1GV65TF
BS 885 940 RR1GN55TF
BS 941 941 RR1GD27TF
BS 942 1017 RR1GN55TF
BS 1018 1018 RR1GD27TF
BS 1019 1059 RR1GN55TF
BS 1060 1060 RR1GD27TF
BS 1061 1120 RR1GN55TF
BS 1121 1121 RR1GD27TF
BS 1122 1146 RR1GN55TF
BS 1147 1147 RR1GD27TF
BS 1148 1161 RR1GN55TF
BS 1162 1163 RR1GD27TF
BS 1164 1234 RR1AX82TF

RD RR1DT26TF 753 0 0
GGAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGA
AAGGCGTAACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTT
AAGATGCGGACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTTCACTGTTCCCTGGG
ATTGGCTTTGGGCTTTTCCTGCGCAGCTTAGGTGGAATGCGAAGAAGGCCTCCTTCCGGG
GGGGCCCGAGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCTAGAATTCTAACCTTGTGTCA
GTACCTACGGGCCAAGGGACAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGGGCGTAGGCCTCCCA
AAAGGTAACGGAGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGAGATTGGCCCTCGAGTGC
AAAGGCAGAAGGGAGCTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGCCT
TAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGG
GATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCTCGATGT
CGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAA
GCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGC
GTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1G061TF 648 0 0
G
AGGTGGAAGGCGAAGAAGGCCTCCTTCCGGGGGGGCCCGAGCCATCAGTGAGATACCACT
CTGGAAGAGCTAGAATTCTAACCTTGTGTCAGTACCTACGGGCCAAGGGACAGTCTCAGG
TAGACAGTTTCTATGGGGCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGGAGGCGTGCAAAGGTTTCC
TCGGGCCGGACGGAGATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCAGAAGGGAGCTTGACTGCAAGAC
CCACCCGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGG
CCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTC
ACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTAT
GTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGCTCAGAACGTCG
TGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAG
TACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACG
CTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTA

QA 2 648 2 648
DS 

RD RR1GV65TF 558 0 0
GGTAGACAGTTTCTATGGGGCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGGAGGCGTGCAAAGGTTT
CCTCGGGCCGGACGGAGATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCAGAAGGGAGCTTGACTGCAAG
ACCCACCCGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAG
GGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGC
TCACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGT
ATGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGT
CGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCT
AGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACG*TAAA
CGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATA*CTGCTGAA*GCATCTAAGTAGTAA*CCCACC
C**AGATGAGTGCTCTC
T

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1E749TF 369 0 0
G
GACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGATAACAGG
CTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTC
GCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGT
GAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGGGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCA
TTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGT
TATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT
CTAAGTAG

QA 2 369 2 369
DS 

RD RR1BF77TF 654 0 0
GGA
GACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAACGGAT
AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGT
TTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGC
TGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCC
ATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGA
AGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGC
GGAGCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCC
TATTCCGACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCC
CTGCGGGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGC
CGTTTATCATTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCC
TAACAGACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGA

QA 4 654 4 654
DS 

RD RR1G061JQ 815 0 0
GTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGGAGGCGTGCAAAGGTT*CCTCGGGCCGGACGGAGATTG
GCCCTCGAGTGCAAAGGCAGAAGGGAGCTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAGCAGGGAC
GAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAACGGATAAA
AGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGTTTG
GCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGCTGT
TCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGCTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATA
TCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGG
ACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGA
GCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTAT
TCCGACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTG
CGGGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGT
TTATCGTTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAA
CAGACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGC
CATCTATTTTCATAGTTCGACTCTTTGACAACACG

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1GN55TF 755 0 0
G
GGCCCTCGAGTGCAAAGGCAGAAGGGAGCTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAGCAGGGA
CGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAACGGATAA
AAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGTTT
GGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGCTG
TTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCAT
ATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAG
GACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGG
AGCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTA
TTCCGACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTC*GCCCCT
GCGGGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCG
TTTATCATTATGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAG*CATCCTA
ACAGACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAG*CACTCG
CCATCTATTTTCATAGTTC*ACTCTTTGACAACA

QA 2 755 2 755
DS 

RD RR1BF77JQ 701 0 0
GGA
GACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAACGGAT
AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGT
TTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGC
TGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCC
ATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGA
AGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGC
GGAGCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCC
TATTCCGACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCC
CTGCGGGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGC
CGTTTATCATTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCC
TAACAGACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACT
CGCCATCTATTTTCATAGTTCAACTCTTTGACAACACG

QA 4 701 4 701
DS 

RD RR1F748JQ 555 0 0
TCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTAC
GTTAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAG
CATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACTTCTGGTGTACCA
GTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGC
ATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCTAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCCT
CCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTTTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAGAA
GTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTGT
CAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAAC
CTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTCA
ACTCTTTGACAACAC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1GD27JQ 559 0 0
TCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGG
TACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATTCGGTGTGGGCGTTA
GAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTTTGGTGTA
CCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAA
AGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAG
CCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACA
GAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGG
TGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTG
AACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGT
TCAACTCTTTGACAACACG

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1GD27TF 559 0 0
TCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGG
TACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATTCGGTGTGGGCGTTA
GAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTA
CCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAA
AGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAG
CCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACA
GAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGG
TGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTG
AACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGT
TCAACTCTTTGACAACACG

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DS 

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TCACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGT
ATGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTTAGCTGGGTTCAGAACGT
CGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCT
AGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAA
CGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACC
CCTAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACA
GCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAA
GGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATG
TATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGA
TCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTCAACTCTTTGACAAC

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TCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCT
CGATGTCGGCCCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCC
ATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGT
GTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCAC
CTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGAT
AACTGCTGAAAGCATTTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGAC
TTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTTTCCGCCCCTGCGGGGA
TGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCA
TTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACC
GGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTA
TTTTCATAGTTCAACTCTTTGACAACACG

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DS 

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GTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAG
CATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCA
GTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGGTAACTGCTGAAAGC
ATTTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCCT
CCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTTTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAGAA
GTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTGT
CAAGTGGAAGTGCAGTGATGAATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAAC
CTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTCA
ACTCTTTGACAACACG

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DS 

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ACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAG
AGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTAC
CAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAA
GCATTTAAGTAGTAAACCCACCCCAAGATGAGTGCTTTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGC
CTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTTTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAG
AAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGT
GTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGA
ACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTT
CAACTCTTTGACAACAC

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DS 

RD RR1AB86TF 689 0 0
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TCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCT
CGATGTCGGCCCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCC
ATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGT
GTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCAC
CTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGAT
AACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGAC
TTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGA
TGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCA
TTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACC
GGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTA
TTTTCATAGTTCAACTCTTTGACAACACG

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DS 

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GTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTT
GAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAG
TTCAACTCTTTGACAACACG

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DS 

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GGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACGGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCA
CGGCGAGACGAACCGTTTATCATTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGC
AGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAAT
TCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTCAACTCTTTGCGTCCTTGTTTCTCTTT
ATTTTGTAAGCCAAAATCGATCTTCTCTATTGTGAAATATAATAGATCCTCGTTTCTCTA
CT

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DS 

RD RR1AX82TF 422 0 0
GGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAG
ATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAAACAGCAAC
GGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACGGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCA
CGGCGAGACGAACCGTTTATCATTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGC
AGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAAT
TCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTCAACTCTTTGCGTCCTTGTTTCTCTTT
ATTTTGTAAGCCAAAATCGATCTTCTCTATTGTGAAATATAATAGATCCTCGTTTCTCTA
CT

QA 1 422 1 422
DS 



AS 1 19

CO CL25Contig1 863 19 13 U
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGCGTCTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAA
GAAATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTC
CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
TCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGG
CGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGT
TGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCT
TAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCC
GCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGT
CTGTTGAATCAGATGTCAAATAATGTTGGCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTCTCTTGCT
GGAGTTGTGCCTTTGTAAACGTGTTTGTTACTTTTGGTTTAAATCTGCATTCGATCGTTT
TAGATCATTGTTTTGCTTTTGCC


BQ
40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 35 70 70 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 50 50 75 75 75 75 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 60 90 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 90 90 90 90 90 90 90 75 75 90 75 90 90 90 
90 90 90 90 90 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 65 95 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 90 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 50 60 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FM02TF U 5
AF RR1DX05TF U 1
AF RR1G389TF U 19
AF RR1FT24TF U 5
AF RR1GV08TF U 1
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AF RR1FV02TF U 1
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BS 1 477 RR1DX05TF
BS 478 478 RR1E175TF
BS 479 546 RR1DX05TF
BS 547 622 RR1E175TF
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RD RR1FM02TF 282 0 0
GG
AATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTACTCCTCACACCTTCCTCTCCTTCTCATC
CCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGGCGGCGT
CTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGCTTCCTTCTCCGCCTCGAAGAAGAAATC
GCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTCCGATGT
CGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCG

QA 3 282 3 282
DS 

RD RR1DX05TF 548 0 0
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CTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGCGTCTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAA
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TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
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CGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGT
TGGGAG
GG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1G389TF 601 0 0
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CCTCCTCGTCTCTCCTTCATCTACTCTCCGCTCCTCTTTCGGCGGCGTCTCTCTCATCAA
CCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCTGCTACGAAGAAGAAATCGCTGACTGTCGT
CTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGTTGTGCTCAAGGGTAACTCCGATGTCGAAGGAGTTGT
TACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGTTCGTATCACCGGTCTCAC
TCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGTTGCATCTC
AACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCG
TCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACT
TGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAGAGCCTTTGTGGT
TCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCTTAGCCTGACCACTGGAAA
T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1FT24TF 615 0 0
GG
AATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTTCTCATC
CCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGGCGGCGT
CTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGCTTCCTTCTCCGCCTCGAAGAAGAAATC
GCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTCCGATGT
CGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAATGTTCGTAT
CACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAA
TGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCA
AGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGC
AGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAG
AGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCTTAGCGT
GACCACTGGAAA
C

QA 3 614 3 614
DS 

RD RR1GV08TF 619 0 0
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGCGTCTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAA
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CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTTACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
TCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGGCCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGG
CGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGT
TGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAAGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCT
TAGCCTGACCACTGGAAAT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1E175TF 766 0 0
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
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CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
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TGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCT
TAGCCTGACCACTGGAAATGCA*GCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCC
GCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGT
CTGTTGAATCAGATGTCAA*TAATGTTGGCTGAGAATAATCTTTTG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1EA42TF 777 0 0
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGCGTCTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAA
GAAATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTC
CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
TCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGG
CGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGT
TGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCT
TAGCCTGACCACTGGAAATGCACGCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCC
GCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGT
CTGTTGAATCAGATGTCAAATAATGTTGGCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTCTCTT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1EV43TF 742 0 0
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGCGTCTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAA
GAAATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTC
CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAAC
TCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGG
CGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGT
TGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCT
TAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCC
GCTCCAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGT
CTGTTGAATCAGATGTCAAATA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1EJ10TF 804 0 0
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGTGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGCGTCTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAA
GAAATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTC
CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
TCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGG
CGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGT
TGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCT
TAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCC
GCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGT
CTGTTGAATCAGATGTCAAATAATGTTGGCTGAGAA*AATCTTTTGATGTTTCTCTTGCT
GGAGTTGTGCCTTTGTAAACGTGT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1FV02TF 789 0 0
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGCGTCTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAA
GAAATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTC
CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCCCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
TCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGG
CGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGT
TGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGACGGGCATGAGCT
TAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCC
GCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTA*CGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGT
CTGTTGAATCAGATGTCAAATAATGTTGGCTGAGAT**ATCTTTTGATGTTTCTCTTGCT
GGAGTTGTG

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1BV22TF 713 0 0
G
CATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGGCGGCGTCTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAAT
CTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAAGAAATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAG
CTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTCCGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACG
ACTCAGGTCCGACAAAAG**AGTGTTCGTATCACCGGTCTCACTTCAGGGCCTCATGGCT
TTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCA
ACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGG
GAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTC
CTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATG
ACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCTTAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGG
CATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTG
TCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGTCTGTTGAATCAGATGTCAAATAATGTTGGCTGAGA
ATAATCTTTTGATGTTTCTCTTGCTGGAGTTGTGCCTTTGTAAACGTGTTTG

QA 2 713 2 713
DS 

RD RR1G389JQ 776 0 0
TCCGCG
CTCCTCCTCGTCTCTC*TTCATCTACTCTCCGCTCCTCTTTCGGCGGCGTCTCTCTCATC
AACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCTGCTACGAAGAAGAAATCGCTGACTGTC
GTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGTTGTGCTCAAGGGTAACTCCGATGTCGAAGGAGTT
GTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGTTCGTATCACCGGTCTC
ACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGTTGCATC
TCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATC
CGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACA
CTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAGAGCCTTTGTG
GTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCTTAGCCTGACCACTGGA
AATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGGGC
TAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGTCTGTTGAATCAGATGT
CAAATAATGTTGGCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTCTCTTGCTGGAGTTGTGCCTTTGT
AAACGTGTTTGTTACTTTTGGTTTAAATCTGCATTCGATCGTTTTAGATC

QA 7 776 7 776
DS 

RD RR1EJ10JQ 669 0 0
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CTCCGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAG
TGTTCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGA
TACAACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGG
AGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGA
TGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGT
TGTTGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGA
GCTTAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGAC
GCCGCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCT
TGTCTGTTGAATCAGATGTCAAATAATGTTGGCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTCTCTT
GCTGGAGTTGTGCCTTTGTAAACGTGTTTGTTACTTTTGGTTTAAATCTGCATTCGATCG
TTTTAGA
CC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1EV43JQ 669 0 0
GAAGAAATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAA
CTCCGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAG
TGTTCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGA
TACAACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGG
AACTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGA
TGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGT
TGTTGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGA
GCTTAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGAC
GCCGCTCCAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCT
TGTCTGTTGAATCAGATGTCAAATAATGTTGGCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTCTCTT
GCTGGAGTTGTGCCTTTGTAAACGTGTTTGTTACTTTTGGTTTAAATCTGCATTCGATCG
TTTTAGA
CC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1FV02JQ 760 0 0
TCTCTCTTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGGCGGCGTCTCTCTCATCAACCTCCGCC
GTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAAGAAATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCG
CGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTCCGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGA
CTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGTTCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGC
CTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGTTGCATCCCAACAGGGC
CACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGG
GTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACA
ATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGC
TTAAGGATGACCTCGGAAAGGACGGGCATGAGCTTAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCG
GGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGT
ACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGTCTGTTGAATCAGATGTCAAATAATGT
TGGCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTCTCTTGCTGGAGTTGTGCCTTTGTAAACGTGTTT
GTTACTTTTGGTTTAAATCTGCATTCGATCGTTTTAGATC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1GV08JQ 655 0 0
AAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTCCGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACT
CAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGTTCGTATCACCGGTCTTACTCCAGGGCCT
CATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCA
CATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGT
GGCCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAAT
CAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTT
AAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCTTAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGG
AGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTAC
TTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGTCTGTTGAATCAGATGTCAAATAATGTTG
GCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTCTCTTGCTGGAGTTGTGCCTTTGTAAACGTGTTTGT
TACTTTTGGTTTAAATCTGCATTCGATCGTTTTAGATCATTGTTTTGCTTTTGCC

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1E175JQ 640 0 0
GTGCTCAAGGGTAACTCCGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGT
CCGACAAAAGTGAGTGTTCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTC
CATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAAC
AACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATT
ATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACT
GGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGA
AAGGGCGGGCATGAGCTTAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGGT
GTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGT
GTTGTTCTTGTTCTTGTCTGTTGAATCAGATGTCAAATAATGTTGGCTGAGAATAATCTT
TTGATGTTTCTCTTGCTGGAGTTGTGCCTTTGTAAACGTGTTTGTTACTTTTGGTTTAAA
TCTGCATTCGATCGTTTTAGATCATTGTTTTGCTTTTGCC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1DX05JQ 524 0 0
GGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGTTGCATCTCAACA
GGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCAT
GCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGACGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTG
GACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAGGGCCTTTGTGGTTCAC
GAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCTTAGCCTGACCACTGGAAATGCA
GGCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTA
ACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGTCTGTTGAATCAGATGTCAAATA
ATGTTGGCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTCTCTTGCTGGAGTTGTGCCTTTGTAAACGT
GTTTGTTACTTTTGGTTTAAATCTGCATTCGATCGTTTTAGATC

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1BV22JQ 541 0 0
TCACCGGTCTCACTTCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAA
ATGGTTGCATTTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTC
AAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGG
CAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTTTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGGA
GAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCTTAGCC
TGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCT
AAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTTTACTGTGTTGTTCTTGTTCTTGTCTGTT
GAATCAGATGTCAAATAATGTTGGCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTTTCTTGCTGGAGT
TGTGCCTTTGTAAACGTGTTTGTTACTTTTGGTTTAAATCTGCATTCGATCGTTTTAGAT
C

QA 1 541 1 541
DS 



AS 2 17

CO CL26Contig1 1257 7 15 U
AATTAAAGTAAGCTGATATTAAGGTCGTCAACAACAACAACCAAAAATAAATAAATAAGA
AACTGATGTTTCTTACAAAAGTTGCAAGCAAATGCTGAGAACAGCAGAGGAAAAGGGTCT
ATAATAACACAATGGCTTTAAACCCAAAAAAAGTAGCAAAACTATAAGGATTAGTTTCGT
ACAGATATACTGAGTTTTTTTTTTCTGGCGCATTGAACAGACAACAAAACTCCTAGGAGT
GAAATCAGTAGAGCTTCTTGATATTATAGTAAACGATGGGAGCATCATCAAAAGGAGGAG
TCTCAACTCAAGGAGATTACTGGGAACCGAGCCAAGATGTGTTAGGCTTGGAAGATGCTT
CGGTAGAACCGTCTATCTGGTACGGTGCCTTTGATGAAATCCTATCCTTTCTCTTCTCAA
GGAATCGATGAAGTGAAGCTCTTCTAGCAATTGGGAGTTCGTTACCACCGCAAGCTAAAG
AGGACTTGTTGGCTTGGATTGGCTCTGGTGCAGCGGTTTTCACAGGAATAGGAACTGGAT
TTGGGGTAGTGGAAGCAATCTCTTTATGATTCTTGGCTATGTTTTGAGTATAAGCAATCT
GGTTACTGTTCAGCTCAGATGTGAAGCTTTTAGCAATTCCTTTGTGAGCCAAGTCAATGA
CTTGCTTGGCTTTCTCAGCAGGAAAATCATCAAACACCATAACTTGACCGCTGTAGAATA
TGGTCAAGGGAGCAGATAGAGGCTCCACCTTCACAGATTTAGTATCCATGATCTTATCGA
CTTCTTCCTTGGCTCCACCAGGGGAAGAGGAAGAAGAAAAGCTTGATTGCCGAGGAATCA
TATCACTCTTCGGTTTAACGTCTTGAGCAGTCGTAGAAGGGAAGAGATTCATCATCGTGG
GCTCACGTGACACACCAAAAGCTCCATTGAGGTCGGGGTTGCATGTCAACCCTAAGCTGA
GATCTCCGAAGCTACCCTTCTCCTTGAGATAACGACTCAATCGACTACATGTCTGCGAGA
AGCTCGGCTTCTTCTCAAGCACCTTCTTCCTCTCACCGGACAATTCCCAACACTCGGCAG
AACTCGCCACCCTTCTAAATCAATCGATTCGCTAAACCCAAAAACCTCACTGAAAGGACA
AGAAAGAATCTCTATGTTTCCTGCTTGCTTTCTTCAATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT
CTTCTTATGCTGGTGTGAGGAGGAAGAAACGTGAACGTCTTTTTAATACTTTCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA07JQ U 1
AF RR1GR17JQ U 5
AF RR1B528JQ U 12
AF RR1BA48JQ U 21
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RD RR1FA07JQ 699 0 0
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AACTGATGTTTCTTACAAAAGTTGCAAGCAAATACTGAGAACAGCAGAGGAAAAGGGTCT
ATAATAACACAATGGCTTTAAACCCAAAAAAAGTAGCAAAACTATAAGGATTAGTTTCGT
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GGTTACTGTTCAGCTCAGATGTGAAGCTTTTAGCAATTCCTTTGTGAGCCAAGTCAATGA
CTTGCTTGGCTTTCTCAGCAGGAAAATCATCAAACACCA

QA 1 699 1 699
DS 

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AAAGTAA
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CTTACAAAAGTTGCAAGCAAATGCTGAGAACAGCAGAGGAAAAGGGTCTATAATAACACA
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GCTTGGATTGGCTCTGGTGCAGCGGTTTTCACAGGAATAGGAACTGGATTTGGGGTAGTG
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DS 

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CTTACAAAAGTTGCAAGCAAATGCTGAGAACAGCAGAGGAAAAGGGTCTATAATAACACA
ATGGCTTTAAACCCAAAAAAAGTAGCAAAACTATAAGGATTAGTTTCGTACAGATATACT
GAGTTTTTTTTTTCTGGCGCATTGAACAGACAACAAAACTCCTAGGAGTGAAATCAGTAG
AGCTTCTTGATATTATAGTAAACGATGGGAGCATCATCAAAAGGAGGAGTCTCAACTCAA
GGAGATTACTGGGAACCGAGCCAAGATGTGTTAGGCTTGGATGATGCTTCGGTAGAACCG
TCTATCTGGTACGGTGCCTTTGATGAAATCCTATCCTTTCTCTTCTCAAGGAATCGATGA
AGTGAAGCTCTTCTAGCAATTGGGAGTTCGTTACCACCGCAAGCTAAAGAGGACTTGTTG
GCTTGGATTGGCTCTGGTGCAGCGGTTTTCACAGGAACAGGAACTGGATTTGGGGTAGTG
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DS 

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TTTTCTGGCGCATTGAACAGACAACAAAACTCCTAGGAGTGAAATCAGTAGAGCTTCTTG
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TCTTTATGATTCTTGGCTATGTTTTGAGTATAAGCAATCTGGTTACTGTTCAGCTCAGAT
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GGCTCCACCTTCACAGATTTAGTATCTATGATCTTATCGACTTCTTCCTTGGCTC

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DS 

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GGCTTGGATTGGCTCTGGTGCAGCGGTTTTCACAGGAACAGGAACTGGATTTGGGGTAGT
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GGCTCCACCAGGGGAAGAGGAAGAAGAAAAGCTTGATTGCCGAGGAATCATATCACTCTT
CGGTTTAACGTCTTGAGCAGTCGTAGAAGGGAAGAGATTCATCATCGTGGGCTCACGTGA
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CTTCTCAA

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CTTTCTTTC

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DS 

RD RR1BA48TF 718 0 0
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TGCTTGCTTTCTTCAATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT
CTTCTTATGCTCC

QA 1 705 1 705
DS 



CO CL26Contig2 1197 10 5 U
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CTTGTCCTTTCAGTGAGGTTTTTGGTTTTAAGAATCGATTGATCGATTGATTGATTGAGA
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GAACTGAACAGTAGCCAGATTGCTTATACTCAAAACATTGCCAATAATCATAAAGAGATT
GCTTCCACTACCCCAAATCCAGTTTCTATTCATGTGAAAACGGCTGCACCAGAGCCAATC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB49TF U 1
AF RR1FQ17TF U 37
AF RR1DQ19TF U 37
AF RR1GB32TF U 402
AF RR1BV11TF U 37
AF RR1DQ19JQ C 360
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AF RR1BV11JQ C 433
AF RR1CN30JQ C 540
AF RR1HB49JQ C 635
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CTTGTCCTTTCAGTGAGGTTTTTGGTTTTAAGAATCGATTGATCGATTGATTGATTGAGA
AGGATGACGAGTTCTGCCGAGTGTTGGGAATCCTCCGGTGAGAGGAAGAGGGTGCTTGAG
AAGAAGCCGAGCTTCTCGCAGACATGTAGTCGATTGAGTCGTTATCTCAAGGAGAAGGGT
AGCTTCGGAGATCTCAGCTTAGGGTTGACATGCAACCCCGACCTCCATGGAGGTTTTGGT
GTGTCACGTGAGCCCACGATGATGAATCTCTTCCCTTCTTCGGCTGCTCAAGACGTTAAA
CCGAAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCAAGCTTTTCTTCTTCCTCGTCCTCTGGTGGA
GTCAAAG*AAGAA*GTCGATAAGATCATGG*ATACTAAATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAA
TCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGTGTTTGATGATTTTCCTGCT
GAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAAGAAAGTGCTAAAAGCTTCACATCT
GAACTGAACAGTAGCCAGATTGCTTATACTCAAAACATTGCCAATAATCATAAAGAGATT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1FQ17TF 662 0 0
GG
AAGCAGGAAACATAGATTCTCTCTTGTCCTTTCAGTGAGGTTTTTGGTTTTAAGAATCGA
TTGATCGGTTGATTGATTGAGAAGGATGACGAGTTCTGCCGAGTGTTGGGAATCCTCCGG
TGAGAGGAAGAGGGTGCTTGAGAAGAAGCCGAGCTTCTCGCAGACATGTAGTCGATTGAG
TCGTTATCTCAAGGAGAAGGGTAGCTTCGGAGATCTCAGCTTAGGGTTGACATGCAACCC
CGACCTCCATGGAGGTTTTGGTGTGTCACGTGAGCCCACGATGATGAATCTCTTCCCTTC
TTCGGCTGCTCAAGACGTTAAACCGAAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCAAGCTTTTC
TTCTTCCTCGTCCTCTGGTGGAGTCAAAG*AAGAA*GTCGATAAGATCATGG*ATACTAA
ATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTAT
GGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAAGA
AAGTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGATTGCTTATACTCAAAACAT
TGCCAATAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGTTTCTATTCATGTGAA

QA 3 662 3 662
DS 

RD RR1DQ19TF 662 0 0
GG
AAGCAGGAAACATAGATTCTCTCTTGTCCTTTCAGTGAGGTTTTTGGTTTTAAGAATCGA
TTGATCGATTGATTGATTGAGAAGGATGACGAGTTCTGCCGAGTGTTGGGAATCCTCCGG
TGAGAGGAAGAGGGTGCTTGAGAAGAAGCCGAGCTTCTCGCAGACATGTAGTCGATTGAG
TCGTTATCTCAAGGAGAAGGGTAGCTTCGGAGATCTCAGCTTAGGGTTGACATGCAACCC
CGACCTCCATGGAGGTTTTGGTGTGTCACGTGAGCCCACGATGATGAATCTCTTCCCTTC
TTCGGCTGCTCAAGACGTTAAACCGAAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCAAGCTTTTC
TTCTTCCTCGTCCTCTGGTGGAGTCAAAG*AAGAA*GTCGATAAGATCATGG*ATACTAA
ATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTAT
GGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAAGA
AAGTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGATTGCTTATACTCAAAACAT
TGCCAATAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGTTTCTATTCATGTGAA

QA 3 662 3 662
DS 

RD RR1GB32TF 293 0 0
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TGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGT
GTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAAGAAAG
TGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGATTGCTTATACTCAAAACATTGC
CAATAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGTTTCTATTCATG

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR1BV11TF 709 0 0
GG
AAGCAGGAAACATAGATTCTCTCTTGTCCTTTCAGTGAGGTTTTTGGTTTTAAGAATCGA
TTGATCGATTGATTGATTGAGAAGGATGACGAGTTCTGCCGAGTGTTGGGAATCCTCCGG
TGAGAGGAAGAGGGTGCTTGAGAAGAAGCCGAGCTTCTCGCAGACATGTAGTCGATTGAG
TCGTTATCTCAAGGAGAAGGGTAGCTTCGGAGATCTCAGCTTAGGGTTGACATGCAACCC
CGACCTCCATGGAGGTTTTGGTGTGTCACGTGAGCCCACGATGATGAATCTCTTCCCTTC
TTCGGCTGCTCAAGACGTTAAACCGAAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCAAGCTTTTC
TTCTTCCTCGTCCTCTGGTGGAGTCAAAG*AAGAA*GTCGATAAGATCATGG*ATACTAA
ATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTAT
GGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAAGA
AAGTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGATTGCTTATACTCAAAACAT
TGCCAATAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGTTTCTATTCATGTGAA
AACGGCTGCACCAGAGCCAATCCAAGCCAACAAGTCCTCTTTAGCTT

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR1DQ19JQ 654 0 0
ACCGAAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCAAGCTTTTCTTCTTCCTCGTCCTCTGGTGG
AGTCAAAG*AAGAA*GTCGATAAGATCATGG*ATACTAAATCTGTGAAGGTGGAGTCTCA
ATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGTGTTTGATGATTTTCCTGC
TGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAAGAAAGTGCTAAAAGCTTCACATC
TGAACTGAACAGTAGCCAGATTGCTTATACTCAAAACATTGCCAATAATCATAAAGAGAT
TGCTTCCACTACCCCAAATCCAGTTTCTATTCATGTGAAAACGGCTGCACCAGAGCCAAT
CCAAGCCAACAAGTCCTCTTTAGCTTGCGGTAACGAACTCCCAATTGCTAGAAGAGCTTC
ACTTCATCGATTCCTTGAGAAGAGAAAGGATAGGATTTCATCAAAGGCACCGTACCAGAT
AGACGGTTCTACTGAAGCATCTTCCAAGCCTAACACATCTTGGCTCGGTTCCCAGTAATC
TCCTTGAGTTGAGACTCCTCCTTTTGACGATGCTCCCATCGTTTACTATAATTAATATCA
AGAAGCTCTACTGATTCCACTCCTAGGAGTTTTGTTGTCTGTTCAATGCGCCAG

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1AC33JQ 841 0 0
CGGCTGCTCAAGACGTTAAACCGAAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCAAGCTTTTCTT
CTTCCTCGTCCTCTGGTGGAGTCAAAG*AAGAA*GTCGATAAGATCATGG*ATACTAAAT
CTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGG
TGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAAGAAA
GTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGATTGCTTATACTCAAAACATTG
CCAATAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGTTTCTATTCATGTGAAAA
CGGCTGCACCAGAGCCAATCCAAGCCAACAAGTCCTCTTTAGCTTGCGGTAACGAACTCC
CAATTGCTAGAAGAGCTTCACTTCATCGATTCCTTGAGAAGAGAAAGGATAGGATTTCAT
CAAAGGCACCGTACCAGATAGACGGTTCTACCGAAGCATCTTCCAAGCCTAACACATCTT
GGCTCGGTTCCCAGTAATCTCCTTGAGTTGAGACTCCTCCTTTTGACGATGCTCCCATCG
TTTACTATAATTAATATCAAGAAGCTCTACTGATTCCACTCCTAGGAGTTTTGTTGTCTG
TTCAATGCGCCAGAAAAAAAAACTCAGTATATCTGTACGAAACTAATCCTTATAGTTTTG
CTACTTTTTTTGGGTATAAAGCCATTGATTGTGTTATTATAGACCTTTTCATCTTCTGTT
CTCAGCATTTGCTTGCAACTTTTGTAAGAAACATCAGTTTCTTATTTATTTATTTTTGGT
T

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR1BV11JQ 758 0 0
AAGTCGATAAGATCATGG*ATACTAAATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCCATTG
ACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAG
CAAGTCATTGACTTGGCTCACAAAGAAAGTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGT
AGCCAGATTGCTTATACTCAAAACATTGCCAATAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACC
CCAAATCCAGTTTCTATTCATGTGAAAACGGCTGCACCAGAGCCAATCCAAGCCAACAAG
TCCTCTTTAGCTTGCGGTAACGAACTCCCAATTGCTAGAAGAGCTTCACTTCATCGATTC
CTTGAGAAGAGAAAGGATAGGATTTCATCAAAGGCACCGTACCAGATAGACGGTTCTACC
GAAGCATCTTCCAAGCCTAACACATCTTGGCTCGGTTCCCAGTAATCTCCTTGAGTTGAG
ACTCCTCCTTTTGACGATGCTCCCATCGTTTACTATAATTAATATCAAGAAGCTCTACTG
ATTCCACTCCTAGGAGTTTTGTTGTCTGTTCAATGCGCCAGAAAAAAAAACTCAGTATAT
CTGTACGAAACTAATCCTTATAGTTTTGATACTTTTTTTGGGTATAAAGCCATTGATTGT
GTTATTATAGACCTTTTCATCTTCTGTTCTCAGCATTTGCTTGCAACTTTTGTAAGAAAC
ATCAGTTTCTTATTTATTTATTTTTGGTTGTTGTTGT
C

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1CN30JQ 658 0 0
TGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAAGAAAGTGCTAAAAGCTTCACATC
TGAACTGAACAGTAGCCAGATTGCTTATACTCAAAACATTGCCAATAATCATAAAGAGAT
TGCTTCCACTACCCCAAATCCAGTTTCTATTCATGTGAAAACGGCTGCACCAGAGCCAAT
CCAAGCCAACAAGTCCTCTTTAGCTTGCGGTAACGAACTCCCAATTGCTAGAAGAGCTTC
ACTTCATCGATTCCTTGAGAAGAGAAAGGATAGGATTTCATCAAAGGCACCGTACCAGAT
AGACGGTTCTACCGAAGCATCTTCCAAGCCTAACACATCTTGGCTCGGTTCCCAGTAATC
TCCTTGAGTTGAGACTCCTCCTTTTGACGATGCTCCCATCGTTTACTATAATTAATATCA
AGAAGCTCTACTGATTCCACTCCTAGGAGTTTTGTTGTCTGTTCAATGCGCCAGAAAAAA
AA*CTCAGTATATCTGTACGAAACTAATCCTTATAGTTTTGCTACTTTTTTTGGGTATAA
AGCCATTGATTGTGTTATTATAGACCTTTTCATCTTCTGTTCTCAGCATTTGCTTGCAAC
TTTTGTAAGAAACATCAGTTTCTTATTTATTTATTTTTGGTTGTTGTTGTTGTTGACG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1HB49JQ 563 0 0
ACATTGCCAATAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGTTTCTATTCATG
TGAAAACGGCTGCACCAGAGCCAATCCAAGCCAACAAGTCCTCTTTAGCTTGCGGTAACG
AACTCCCAATTGCTAGAAGAGCCTCACTTCATCGATTCCTTGAGAAGAGAAAGGATAGGA
TTTCATCAAAGGCACCGTACCAGATAGACGGTTCTACCGAAGCATCTTCCAAGCCTAACA
CATCTTGGCTCGGTTCCCAGTAATCTCCTTGAGTTGAGACTCCTCCTTTTGACGATGCTC
CCATCGTTTACTATAATTAATATCAAGAATCTTTACTGATTCCACTCCTAGGAGTTTTGT
TGTCTGTTCAATGCGCCAGAAAAAAAAACTCAGTATATCTGTACGAAACTAATCCTTATA
GTTTTGTTACTTTTTTTGGGTATAAAGCCATTGATTGTGTTATTATAGACCTTTTCATCT
TCTGTTCTCAGCATTTGCTTGCAACTTTTGTAAGAAACATCAGTTTCTTATTTATTTATT
TTTGGTTGTTGTTGTTG
TTGACG

QA 1 557 1 557
DS 



AS 3 20

CO CL27Contig1 761 6 4 U
GGGACGAACAAAAGCTCACAAAGAAGAGAAAACACAAAGAGAGAGAGAAGAAACAATCTA
GCCGGGGAAAAAGAGAAGAAAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGT
GCGATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCT
GGGCCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAG
ACTTTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAGAAGTACA
TGGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCA
CTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAG
GTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAG
TTTACACTCTTTCAAAAACGTGCTTCAAACCAAAATTTGAACTTTAAGGTTCTTCTTTTA
CTACATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAAAC
AAAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTG
TTTTGGAGTCTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTCTTGTT
TTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTGGTACAAAAA


BQ
10 15 15 15 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FV57TF U 5
AF RR1AA86TF U 1
AF RR1FW62TF U 2
AF RR1FW62JQ C 158
AF RR1EW88TF U 55
AF RR1EW88JQ C 55
BS 1 659 RR1AA86TF
BS 660 660 RR1FW62TF
BS 661 748 RR1AA86TF
BS 749 761 RR1FW62TF

RD RR1FV57TF 651 0 0
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GGGAAAAAGAGAAGAAAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGCGA
TGTGGGAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGGGC
CCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAGACTT
TGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAGAAGTACATGGT
TATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACTAT
CAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAGGTCA
GAGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTTA
CACTCTTTCAAAAACGTGCTTCAAACCAAAATTTGAACTTTAAGGTTCTTCTTTTACTAC
ATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAAACAAAA
ACCTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1AA86TF 748 0 0
GGGACGAACAAAAGCTCACAAAGAAGAGAAAACACAAAGAGAGAGAGAAGAAACAATCTA
GCCGGGGAAAAAGAGAAGAAAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGT
GCGATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCT
GGGCCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAG
ACTTTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAGAAGTACA
TGGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCA
CTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAG
GTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAG
TTTACACTCTTTCAAAAACGTGCTTCAAACCAAAATTTGAACTTTAAGGTTCTTCTTTTA
CTACATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAAAC
AAAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTT*
TTTTGGAGTCTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTCTTGTT
TTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTG

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1FW62TF 760 0 0
GGACGAACAAAAGCTCACAAAGAAGAGAAAACACAAAGAGAGAGAGAAGAAACAATCTAG
CCGGGGAAAAAGAGAAGAAAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTG
CGATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTG
GGCCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAGA
CTTTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAGAAGTACAT
GGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCAC
TATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCGATGACTGGAGG
TCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGT
TTACACTCTTTCAAAAACGTGCTTCAAACCAAAATTTGAACTTTAAGGTTCTTCTTTTAC
TACATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAAACA
AAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTGT
TTTGGAGTCTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTCTTGTTT
TCGATTTTAATAATAA*GTAACTCCTGTTTGGTACAAAAA

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1FW62JQ 599 0 0
CT
TCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGGGCCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTG
AGATAGATGGAATCAGGAAAGACTTTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTCT
TCCTTGGCGGAGAGAAGTACATGGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCA
AAAAGGGACCTGGTGGAGTCACTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCT
ACGATGAACCGATGACTGGAGGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACC
TTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTTACACTCTTTCAAAAACGTGCTTCAAACCAAAATTTG
AACTTTAAGGTTCTTCTTTTACTACATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGAT
TTGTGGTCGTGCATCAAAAACAAAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAAC
AAATCACCCTTTGTGTTTTTGTTTTGGAGTCTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATT
TCTTAATGTATCTCTCTTGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTGGT
AC

QA 3 597 3 597
DS 

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G
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GAAAGACTTTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAGAA
GTACATGGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGG
AGTCACTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACAATGAACCAATGAC
TGGAGGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCCGATCT
CTAAGTTTACACTCTTTCAAAAACGTGCTTCAAACCAAAATTTGAACTTTAAGGTTCTTC
TTTTACTACATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCA
AAAACAAAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGT
TTTTGTTTTGGAGTCTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTTTATTTCTTAATGTATCTCTC
TTGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTGG
AAA

QA 2 699 2 699
DS 

RD RR1EW88JQ 699 0 0
G
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CCTGTGCGATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGACAG
TGTCTGGGCCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAG
GAAAGACTTTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAGAA
GTACATGGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGG
AGTCACTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACAATGAACCAATGAC
TGGAGGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCCGATCT
CTAAGTTTACACTCTTTCAAAAACGTGCTTCAAACCAAAATTTGAACTTTAAGGTTCTTC
TTTTACTACATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCA
AAAACAAAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGT
TTTTGTTTTGGAGTCTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTTTATTTCTTAATGTATCTCTC
TTGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTGG

QA 2 699 2 699
DS 



CO CL27Contig2 652 2 2 U
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ATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGGG
CCCAAAGCTCGAACTCCCCTCAGTTGAAGACTACAGAGATAGATGGAATCAGGAAAGACT
TTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTATTCCTTGGTGGAGAAAAGTACATGG
TTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCAAAAAGGGACCTGGGGGAGTCACTA
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AATGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTT
CACACTTTTCAAAAAGTGCTTAAAACCAAAATTTCAACTTTAAGGTTCTTCTTTTACTAC
ATAAAACACCTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAA
CCTAAATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AL10JQ C 1
AF RR1AL10TF U 1
BS 1 1 RR1AL10JQ
BS 2 652 RR1AL10TF

RD RR1AL10JQ 652 0 0
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AGAGAAGACGAAAAGAGAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGCG
ATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGGG
CCCAAAGCTCGAACTCCCCTCAGTTGAAGACTACAGAGATAGATGGAATCAGGAAAGACT
TTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTATTCCTTGGTGGAGAAAAGTACATGG
TTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCAAAAAGGGACCTGGGGGAGTCACTA
TCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAGGTC
AATGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTT
CACACTTTTCAAAAAGTGCTTAAAACCAAAATTTCAACTTTAAGGTTCTTCTTTTACTAC
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QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1AL10TF 652 0 0
G
GGAACAAAAGCTCACAAAGAAGAGAAAACACAAAGAGAGAGAGAAGAAACAATCCAGCCA
GAGAAGACGAAAAGAGAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGCGA
TGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGGGC
CCAAAGCTCGAACTCCCCTCAGTTGAAGACTACAGAGATAGATGGAATCAGGAAAGACTT
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TATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCAAAAAGGGACCTGGGGGAGTCACTAT
CAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAGGTCA
ATGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTTC
ACACTTTTCAAAAAGTGCTTAAAACCAAAATTTCAACTTTAAGGTTCTTCTTTTACTACA
TAAAACACCTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAAC
CTAAATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTT

QA 2 652 2 652
DS 



CO CL27Contig3 764 12 10 U
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ATGGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTC
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GGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAA
GTTTACACACTTTCAAAAAGTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGTTCTTTACT
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TGGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTGGTATACG


BQ
25 25 30 25 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 
30 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 45 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 40 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 40 55 55 55 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 30 10 10 10 10 10 

AF RR1GD65TF U 1
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AF RR1GD65JQ C 53
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AF RR1DN02TF U 1
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AF RR1DA75TF U 1
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BS 1 4 RR1DN02TF
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RD RR1GD65TF 680 0 0
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TGGAGTCTCTCTATTGTTCT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1DA75JQ 759 0 0
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GACTTTGAGGAACCTGGACATCTTGCCCCAACCGGGCTCTTCCTTGGCGGCGAAAAGTAC
ATGGCTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTC
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GTTTACACACTTTCAAAAAGTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGTTCTTTACT
ACATGAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAACCAAAA
ACCTAAATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTGTTT
TGGAGTCTCTCTATTGTTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTC
TGGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTGG
G

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1BM10TF 711 0 0
GG
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CCATCTCCTGTGCGATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGA
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CGAAAAGTACATGGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACC
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AATGACTGGAGGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTC
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GTTCTTTACTACATAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCAT
CAAAACAAAAACCTAAATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTGGT
GTTTTTGTTTTGGAGTCTCTCTATTGTTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAA
TGTA*CTCTCTGGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTG
AT

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR1GD65JQ 707 0 0
AACAATCCAGCCGGAGAAGACGAAAAGAGAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACC
ATCTCCTGTGCGATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACG
GCAGTGTCTGGGCCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAA
TCAGGAAAGACTTTGAGGAACCTGGACATCTTGCCCCAACCGGGCTCTTCCTTGGCGGCG
AAAAGTACATGGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTG
GTGGAGTCACTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATTTACGATGAACCAA
TGACTGGAGGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTG
ATCTCTAAGTTTACACACTTTCAAAAAGTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGT
TCTTTACTACATAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCA
AAACAAAAACCTAAATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGT
TTTTGTTTTGGAGTCTCTCTATTGTTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATG
TATCTCTCTGGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTG
AC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1CP65TF 727 0 0
GGAACAAAAGCTCACAAAGAAGAGAAAACACAAAGAGAGAGAGAGAAGAAACAATCCAGC
CGGAGAAGGCGAAAAGAGAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGC
GATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTATCCGG
*CCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAGAC
TTTGAGGAACCTGGACATCTTGCCCCAACCGGGCTCTTCCTTGGCGGCGAAAAGTACATG
GTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACT
ATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAGGT
CAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTT
TACACACTTTCAAAAAGTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGTTCTTTACTACA
TAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAACC
TAAATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTGTTTTGG
AGTCTCTCTATTGTTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTA*TGTATCTCTCTGG
TTT
CGAT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1DN02TF 730 0 0
GGACGAACAAAAGCTCACAAAGAAGAGAAAACACAAAGAGAGAGAGAGAAGAAACAATCC
AGCCGGAGAAGACGAAAAGAGAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTG
TGCGATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTC
TGGGCCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAA
GACTTTGAGGAACCTGGACATCTTGCCCCAACCGGGCTCTTCCTTGGCGGCGAAAAGTAC
ATGGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTC
ACTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGA
GGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAA
GTTTACACACTTTCAAAAAGTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGTTCTTTACT
ACATAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAA
ACCTAAATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTGTTT
TGGAGTCTCTCTATTGTTCTCTATTGTTTTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTC
TGGTTTTCGA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1D067TF 736 0 0
CGAGTCC
ACGAACAAAAGCTCACAAAGAAGAGAAAACACAAAGAGAGAGAGAGAAGAAACAATCCAG
CCTGAGAAGACGAAAAGAGAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTG
CGATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTG
GGCCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAGA
CTTTGTGGAACCTGGACATCTTGCTCCAACCGGGCTCTTCCTTGGCGGCGAAAAGTACAT
GGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCAC
TATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAGG
TCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGT
TTACACACTTTCAAAAAGTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGTTCTTTACTAC
ATAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAAC
CTAAATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTGTTTTG
GAGTCTCTCTATTGTTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTCTG
GTTT
CGATT

QA 8 731 8 731
DS 

RD RR1DA75TF 759 0 0
GGT
CGAACAAAAGCTCACAAAGAAGAGAAAACACAAAGAGAGAGAGAGAAGAAACAATCCAGC
CGGAGAAGACGAAAAGAGAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGC
GATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGG
GCCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAGAC
TTTGAGGAACCTGGACATCTTGCCCCAACCGGGCTCTTCCTTGGCGGCGAAAAGTACATG
GCTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACT
ATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAGGT
CAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTT
TACACACTTTCAAAAAGTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGTTCTTTACTACA
TGAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAACCAAAAACC
TAAATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTGTTTTGG
AGTCTCTCTATTGTTCTCTATTGTTCTTCTTGTGT*GTATTTCTTAATGTATCTCTCTGG
TTT*CGATTT*AATAATAAAGTAACTCCTGTTTGG
G

QA 4 758 4 758
DS 

RD RR1CP65JQ 760 0 0
GG
ACAAAAGCTCACAAAGAAGAGAAAACACAAAGAGAGAGAGAGAAGAAACAATCCAGCCGG
AGAAGGCGAAAAGAGAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGCGAT
GTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTATCCGG*CC
CAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAGACTTT
GAGGAACCTGGACATCTTGCCCCAACCGGGCTCTTCCTTGGCGGCGAAAAGTACATGGTT
ATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACTATC
AAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATTTACGATGAACCAATGACTGGAGGTCAG
TGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTTAC
ACACTTTCAAAAAGTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGTTCTTTACTACATAA
ACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAACCTAA
ATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTGTTTTGGAGT
CTCTCTATTGTTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTCTGGTTT
TCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTGGTATACG

QA 3 760 3 760
DS 

RD RR1C149JQ 403 0 0
AGTCACTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATTTACGATGAACCAATGAC
TGGAGGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCT
CTAAGTTTACACACTTTCAAAAACTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGTTCTT
TACTACATAAACCCTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAAC
AAAAACCTAAATTATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTT
GTTTTGGAGTCTCTCTATTGTTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGTATC
TCTCTGGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTGGT

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR1C149TF 511 0 0
GGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACCGGGCTCTTCCTTGGCGGCGAAAAGTACATGGTTAT
CCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACTATCAA
GAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAGGTCAGTG
CAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTTACAC
ACTTTCAAAAAGTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGTTCTTTACTACATAAAC
ACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAACCTAAAT
TATACTCTTGAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTGTTTTGGAGTCT
CTCTATTGTTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTCTGGTTTTC
GATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTGGT

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1DN02JQ 622 0 0
CCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGGGCCCAAAGCTCGAA
CTTCCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAGACTTTGAGGAACCTGG
ACATCTTGCCCCAACCGGGCTCTTCCTTGGCGGCGAAAAGTACATGGTTATCCAAGGTGA
AGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACTATCAAGAAGACCAA
CCAAGCCTTTGTCTTTGGCATTTACGATGAACCAATGACTGGAGGTCAGTGCAACTTGGT
GGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTTACACACTTTCAAA
AAGTGCTTCAAACCAAAATTTCAACTTAAGGTTGTTCTTTACTACATAAACACTCTTCTG
CCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAACCTAAATTATACTCTT
GAAAATGATCTTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTGTTTTGGAGTCTCTCTATTGT
TCTCTATTGTTTTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTCTGGTTTTCGATTTTAAT
AATAAAGTAACTCCTGTTTGGT

QA 1 622 1 622
DS 



AS 2 20

CO CL28Contig1 824 17 11 U
TTTAAGGTGAAAGAAGGATAAGCATTGAGTTATTACCGAGAAATGATGTCAAGAGGCAAG
AACTGAGATCTTACTAAACCAGACCAAGACCAAGCCCAATGATGGAAGACAAGAAGCTTA
GACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGAATTATACATGACAAAAAAAG
AAAACATTATATCTGTCCATGTTGTTTACGCAGCCATGGTGACAGCTTCTGCTGCTGCGG
CAGGGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACCGAGACT
TCCTACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTATAGCAG
AATAAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCATCTGTCT
TCTTCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTTCGGACT
TTTTAGACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCTTGGCAGCTGAAT
CAGCTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTATTCTTCT
CTACCCACATATTCCCGGAGGAGAAGGCGACACATTGAGAAACGCTCTGAGAGAAGCTAA
GGGAGGAGCATACACCACGACGAGTGGACAAGGAAGAAGAAGCTCCGTTAAGAGAAAGGG
ATTTGAATTTGGGATTGAGTGTCGCACAGGAAGAAAGACACTGGACTAATGTCGCCATGG
ATCCTCTTCTACTACCGAACAACACCAGTTCTCTCCTCTTGTCC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 50 50 50 50 50 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
25 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 55 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 35 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 35 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 55 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 45 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 30 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 65 65 65 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT44TF C 55
AF RR1A786JQ U 101
AF RR1A786TF C 101
AF RR1EP15JQ U 92
AF RR1AT44JQ U 55
AF RR1GG95JQ U 55
AF RR1H325JQ U 55
AF RR1AG91JQ U 4
AF RR1EC60JQ U 4
AF RR1D373JQ U 54
AF RR1AG91TF C 1
AF RR1EC60TF C 251
AF RR1GG95TF C 122
AF RR1H325TF C 251
AF RR1D373TF C 60
AF RR1CB44TF C 190
AF RR1C169JQ U 293
BS 1 3 RR1AG91TF
BS 4 54 RR1AG91JQ
BS 55 100 RR1AT44JQ
BS 101 300 RR1A786JQ
BS 301 580 RR1AT44JQ
BS 581 581 RR1GG95JQ
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BS 817 824 RR1CB44TF

RD RR1AT44TF 122 0 0
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AGCTTAGACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGAATTATACACGACAA
AA

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR1A786JQ 201 0 0
GATGGAAGACAAGAAGCTTAGACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGA
ATTATACATGACAAAAAAAGAAAACATTATATCTGTCCATGTTGTTTACGCAGCCATGGT
GACAGCTTCTGCTGCTGCGGCAGGGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTT
CCTCCTAGCCAACCGAGACT
C

QA 1 200 1 200
DS 

RD RR1A786TF 201 0 0
GATGGAAGACAAGAAGCTTAGACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGA
ATTATACATGACAAAAAAAGAAAACATTATATCTGTCCATGTTGTTTACGCAGCCATGGT
GACAGCTTCTGCTGCTGCGGCAGGGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTT
CCTCCTAGCCAACCGAGACT
C

QA 1 200 1 200
DS 

RD RR1EP15JQ 448 0 0
AAGCCCAATGATGGAAGACAAGAAGCTTAAACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAA
AGCGATTGAATTATACATGACAAAAAAAGAAAACATTATATCTGTCCATGTTGTTTACGC
AGCCATGGTGACAGCTTCTGCTGCTGCGGCAGGGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAAC
GGCCTTTTTCCTCCTAGCAAACCGAGACTTCCTACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGC
TCTAACCTTGACTGCTTTGTCTATAGCAGAATAAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGT
TACAATCTCGTCAGGTACCGCATCTGTCTTCTTCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAAC
CTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTTCCGACTTTTTAAACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTCTC
AGCTTGGCGAGCTCTCTTGGCAGCTGAA

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR1AT44JQ 571 0 0
GGCAAGAACTGAGATCTTACTAAACCAGACCAAGACCAAGCCCAATGATGGAAGACAAGA
AGCTTAGACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGAATTATACACGACAA
AAAAAGAAAACATTATATCTGTCCATGTTGTTTACGCAGCCATGGTGACAGCTTCTGCTG
ATGCGGCAGGGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACC
GAGACTTCCTACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTA
TAGCAGAATAAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCAT
CTGTCTTCTTCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTT
CGGACTTTTTAGACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCTTGGCAG
CTGAATCAGCTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGGCTTGCTGGCTTAT
TCTTCTCTACCCACATATTCCCGGAGGAGAA

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1GG95JQ 571 0 0
GGCAAGAACTGAGATCTTACTAAACCAGACCAAGACCAAGCCCAATGATGGAAGACAAGA
AGCTTAGACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGAATTATACATGACAA
AAAAAGAAAACATTATATCTGTCCATGTTGTTTACGCAGCCATGGTGACAACTTCTGCTG
CTGCGGCAGGGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACC
GAGACTTCCTACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTA
TAGCAGAATAAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCAT
CTGTCTTCTTCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTT
CGGACTTTTTAGACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCTTGGCAG
CTGAATCAGCTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTAT
TCTTCTCTACCCACATATTCCCGGAGGAGAA

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1H325JQ 568 0 0
GGCAAGAACTGAGATCTTACTAAACCAGACCAAGACCAAGCCCAATGATGGAAGACAAGA
AGCTTAGACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGAATTATACATGACAA
AAAAAGAAAACATTATATCTGTCCATGTTGTTTACGCAGCCATGGTGACAACTTCTGCTG
CTGCGGCAGGGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACC
GAGACTTCCTACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTA
TAGCAGAATAAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCAT
CTGTCTTCTTCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTT
CGGACTTTTTAGACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCTTGGCAG
CTGAATCAGCTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTAT
TCTTCTCTACCCACATATTCCCGGAGGA

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1AG91JQ 624 0 0
AAGGTGAAAGAAGGATAAGCATTGAGTTATTACCGAGAAATGATGTCAAGAGGCAAGAAC
TGAGATCTTACTAAACCAGACCAAGACCAAGCCCAATGATGGAAGACAAGAAGCTTAAAC
ACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGAATTATACATGACAAAAAAAGAAA
ACATTATATCTGTCCATGCTGTTTACGCAGCCATGGTGACAGCTTCTGCTGCTGCGGCAG
GGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACCGAGACTTCC
TACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTATAGCAAAAT
AAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCATCTGTCTTCT
TCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTTCGGACTTTT
TAAACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCGTGGCAGCTGAATCAG
CTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTATTCTTCTCTA
CCCACATATTCCCGGAGGAGAAGG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1EC60JQ 614 0 0
AAGGTGAAAGAAGGATAAGCATTGAGTTATTACCGAGAAATGATGTCAAGAGGCAAGAAC
TGAAATCTTACTAAACCAAACCAAGACCAAGCCCAATGATGGAAGACAAGAAGCTTAAAC
ACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGAATTATACATGACAAAAAAAAAAA
ACATTATATCTGTCCATGCTGTTTACGCAGCCATGGTGACAGCTTCTGCTGCTGCGGCAG
GGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACCGAGACTTCC
TACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTATAGCAAAAT
AAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCATCTGTCTTCT
TCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTTCGGACTTTT
TAAACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCGTGGCAGCTGAATCAG
CTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTATTCTTCTCTA
CCCACATATTCCCG

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1D373JQ 633 0 0
G
GGCAAGAACTGAGATCTTACTAAACCAGACCAAGACCAAGCCCAATGATGGAAGACAAGA
AGCTTAAACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGAATTATACATGACAA
AAAAAGAAAACATTATATCTGTCCATGTTGTTTACGCAGCCATGGTGACAGCTTCTGCTG
CTGCGGCAGGGACATACCAACCGTGGTAGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACC
GAGACTTCCTACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTA
TAGCAGAATAAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCAT
CTGTCTTCTTCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTT
CGGACTTTTTAGACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCTTGGCAG
CTGAATCAGCTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTAT
TCTTCTCTACCCAAATATTCCCGGAGGAGAAGGCGACACATTGAGAAACGCTCTGAGAGA
AGCTAAGGGAGGAGCATACACCACGACGAGTG

QA 2 633 2 633
DS 

RD RR1AG91TF 818 0 0
TTTAAGGTGAAAGAAGGATAAGCATTGAGTTATTACCGAGAAATGATGTCAAGAGGCAAG
AACTGAGATCTTACTAAACCAGACCAAGACCAAGCCCAATGATGGAAGACAAGAAGCTTA
GACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGAATTATACATGACAAAAAAAG
AAAACATTATATCTGTCCATGCTGTTTACGCAGCCATGGTGACAGCTTCTGCTGCTGCGG
CAGGGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACCGAGACT
TCCTACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTATAGCAG
AATAAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCATCTGTCT
TCTTCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTTCGGACT
TTTTAGACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCGTGGCAGCTGAAT
CAGCTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTATTCTTCT
CTACCCACATATTCCCGGAGGAGAAGGCGACACATTGAGAAACGCTCTGAGAGAAGCTAA
GGGAGGAGCATACACCACGACGAGTGGACAAGGAAGAAGAAGCTCCGTTAAGAGAAAGGG
ATTTGAATTTGGGATTGAGTGTCGCACAGGAAGAAAGACACTGGACTAATGTCGCCATGG
ATCCTCTTCTACTACCGAACAACACCAGTTCTCTGC
CC

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1EC60TF 568 0 0
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ACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTATAGCAGAATAAGCCTC
TCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCATCTGTCTTCTTCTTGAG
CCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTTCGGACTTTTTAGACTT
GTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCGTGGCAGCTGAATCAGCTTTCTT
CGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTATTCTTCTCTACCCACAT
ATTCCCGGAGGAGAAGGCGACACATTGAGAAACGCTCTGAGAGAAGCTAAGGGAGGAGCA
TACACCACGACGAGTGGACAAGGAAGAAGAAGCTCCGTTAAGAGAAAGGGATTTGAATTT
GGGATTGAGTGTCGCACAGGAAGAAAGACACTGGACTAATGTCGCCATGGATCCTCTTCT
ACTACCGAACAACACCAGTTCTCTGC
CC

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1GG95TF 684 0 0
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AAACATTATATCTGTCCATGTTGTTTACGCAGCCATGGTGACAACTTCTGCTGCTGCGGC
AGGGACATACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACCGAGACTT
CCTACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTATAGCAGA
ATAAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCATCTGTCTT
CTTCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTTCGGACTT
TTTAGACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCTTGGCAGCTGAATC
AGCTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTATTCTTCTC
TACCCACATATTCCCGGAGGAGAAGGCGACACATTGAGAAACGCTCTGAGAGAAGCTAAG
GGAGGAGCATACACCACGACGAGTGGACAAGGAAGAAGAAACTCCGTTAAGAGAAAAGGA
TTTGAATTTGGGATTGAGTGTCGCACAGGAAGAAAGACACTGGACTAATGTCGCCATGGA
TCCTCTTCTACTACCGAACAAC
CC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1H325TF 555 0 0
CCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACCGAGACTTCCTACGTGC
ACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTATAGCAGAATAAGCCTC
TCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCATCTGTCTTCTTCTTGAG
CCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTTCGGACTTTTTAGACTT
GTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCTTGGCAGCTGAATCAGCTTTCTT
CGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTATTCTTCTCTACCCACAT
ATTCCCGGAGGAGAAGGCGACACATTGAGAAACGCTCTGAGAGAAGCTAAGGGAGGAGCA
TACACCACGACGAGTGGACAAGGAAGAAGAAACTCCGTTAAGAGAAAAGGATTTGAATTT
GGGATTGAGTGTCGCACAGGAAGAAAGACACTGGACTAATGTCGCCATGGATCCTCTTCT
ACTACCGAACAAC
CC

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1D373TF 757 0 0
GAACTGAGATCTTACTAAACCAGACCAAGACCAAGCCCAATGATGGAAGACAAGAAGCTT
AGACACAACAGTACACAAGAAGAGAGTCTGAAAGCGATTGAATTATACATGACAAAAAAA
GAAAACATTATATCTGTCCATGTTGTTTACGCAGCCATGGTGACAGCTTCTGCTGCTGCG
GCAGGGACATACCAACCGTGGTAGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACCGAGAC
TTCCTACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTATAGCA
GAATAAGCCTCTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCATCTGTC
TTCTTCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTTCGGAC
TTTTTAGACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCTTGGCAGCTGAA
TCAGCTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTATTCTTC
TCTACCCAAATATTCCCGGAGGAGAAGGCGACACATTGAGAAACGCTCTGAGAGAAGCTA
AGGGAGGAGCATACACCACGACGAGTGGACAAGGAAGAAGAAGCTCCGTTAAGAGAAAGG
GATTTGAATTTGGGATTGAGTGTCGCACAGGAAGAAAGACACTGGACTAATGTCGCCGTG
GATCCTCTTCTACTACCGAACAACACCAGTTCTCTCC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1CB44TF 635 0 0
TATCTGTCCATGTTGTTTACGCAGCCATGGTAACAGCTTCTGCTGCTGCGGCAGGGACAT
ACCAACCGTGGTGGATCTCAACGGCCTTTTTCCTCCTAGCCAACCGAGACTTCCTACGTG
CACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCTCTAACCTTGACTGCTTTGTCTATAGCAGAATAAGCCT
CTCCTATAAGTTTCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGCATCTGTCTTCTTCTTGA
GCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGCTTCGGACTTTTTAGACT
TGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCTTGGCAGCTGAATCAGCTTTCT
TCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTTATTCTTCTCTACCCACA
TATTCCCGGAGGAGAAGGCGACACATTGAGAAACGCTCTGAGAGAAGCTAAGGGAGGAGC
ATACACCACGACGAGTGGACAAGGAAGAAGAAGCTCCGTTAAGAGAAAGGGATTTGAATT
TGGGATTGAGTGTCGCACAGGAAGAAAGACACTGGACTAATGTCGCCATGGATCCTCTTC
TACTACCGAACAACACCAGTTCTCTGCTCTTGTCC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1C169JQ 524 0 0
CCGAGACTTCCTACGTGCACCAGTGTTCTTGTGTAGCGCCCTAACCTTGACTGCTTTGTC
TATAGCAGAATAAGCCTCTCCTATAAGTTCCTCCACGGTTACAATCTCGTCAGGTACCGC
ATCTGTCTTCTTCTTGAGCCCATCAAGTGCTTCCAAAACCTTCTTCATCCGTGTGCGGGC
TTCGGACTTTTTAGACTTGTTGTAAACGCGCCTCTTTTCAGCTTGGCGAGCTCTCTTGGC
AGCTGAATCAGCTTTCTTCGTGGGAGCAGCCTCGCACACAATCGATTGCCTTGCTGGCTT
ATTCTTCTCTACCCACATATTCCCGGAGGAGAAGGCGACACATTGAGAAACGCTCTGAGA
GAAGCTAAGGGAGGAGCATACACCACGACGAGTGGACAAGGAAGAAGAAGCTCCGTTAAG
AGAAAGGGATTTGAATTTGGGATTGAGTGTCGCACAGGAAGAAAGACACTGGACTAATGT
CGCCATGGATCCTCTTCTACTACCGAACAACACCAGTTCTCTCC

QA 1 524 1 524
DS 



CO CL28Contig2 746 3 28 U
AGGGGACGAGAGGAGAGAACTGGTGTTGGTTCGGTAGTAGAAGAGGATCCATGGCGACAT
TAGTCCAGTGTCTTTCTTCCTGTGCGACACTCAATCCCAAATTCAAATCCCTTTCTCTTA
ACGGAGTTTTATCTCCAACTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGTCTGCTCCTCCTCCT
CCCTTAGCTTCGCGCAGAGCGTTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGAATATGTGGG
TAGAGAAGAAGAAGCTAGCAAGGCAATCCATTGTGTGCGAGGCTGCTCCCACGAAGAAAG
CTGATTCAGCTGCCAAGAGAGCTCGCCAAGCTGAGAAGAGGCGCGTTTACAACAAGTCTA
AAAAATCCGAAGCCCGCACACGGATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTTGATGGGCTCAAGA
AGAAGGCAGATGCGGTACCTGACGAGATTGTAACCGTGGAGAAACTTATAGGAGAGGCTT
ACTCTGCTATAGACAAAGCAGTCAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCACGTA
GGAAGTCTCGGTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCTGTTGAGATCCACCACGGTTGGTATGTCC
CTGCCGCAGCAGCAGAAGCTGTCACCATGGCTGCGTAAACAACATGGACAGATATAATGT
TTTCTTTTTTTTGTAATGTATAATTCAATCGCTTTCAGACTCTCTTCTTGTGTACTGTTG
TGTCTAAGCTTCTTGTCTTCCATCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK49TF U 12
AF RR1EP15TF U 1
AF RR1GK49JQ C 12
BS 1 12 RR1EP15TF
BS 13 13 RR1GK49TF
BS 14 76 RR1EP15TF
BS 77 77 RR1GK49TF
BS 78 236 RR1EP15TF
BS 237 237 RR1GK49TF
BS 238 250 RR1EP15TF
BS 251 251 RR1GK49TF
BS 252 255 RR1EP15TF
BS 256 256 RR1GK49TF
BS 257 268 RR1EP15TF
BS 269 269 RR1GK49TF
BS 270 364 RR1EP15TF
BS 365 365 RR1GK49TF
BS 366 425 RR1EP15TF
BS 426 426 RR1GK49TF
BS 427 481 RR1EP15TF
BS 482 482 RR1GK49TF
BS 483 553 RR1EP15TF
BS 554 554 RR1GK49TF
BS 555 571 RR1EP15TF
BS 572 572 RR1GK49TF
BS 573 669 RR1EP15TF
BS 670 671 RR1GK49JQ
BS 672 674 RR1EP15TF
BS 675 675 RR1GK49JQ
BS 676 740 RR1EP15TF
BS 741 746 RR1GK49JQ

RD RR1GK49TF 632 0 0
GGAGAGAACTGGTGTTGGTTCGGTAGTAGAAGAGGATCCATGGCGACATTAGTCCAGTGT
CTTTCTTCCTGTGCGACACTCAATCCCAAATTCAAATCCCTTTCTCTTAACGGAGTTTTA
TCTCCAACTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGTCTGCTCCTCCTCCTCCCTTAGCTTC
GCGCAGAGCGTTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGAATATGTGGGTAGAGAAGAAG
AAGCTAGCAAGGCAATCCATTGTGTGCGAGGCTGCTCCCACGAAGAAAGCTGATTCAGCT
GCCAAGAGAGCTCGCCAAGCTGAGAAGAGGCGCGTTTACAACAAGTCTAAAAAATCCGAA
GCCCGCACACGGATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGGCAGAT
GCGGTACCTGACGAGATTGTAACCGTGGAGAAACTTATAGGAGAGGCTTACTCTGCTATA
GACAAAGCAGTCAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCACGTAGGAAGTCTCGG
TTGGCTAGGAGGAAAAAGGCTGTTGAGATCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCCGCAGCA
GCAGAAGCTGTCACCATGGCTGCGTAAACAAC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1EP15TF 748 0 0
AGGGGACGAGAGCAGAGAACTGGTGTTGGTTCGGTAGTAGAAGAGGATCCATGGCGACAT
TAGTCCAGTGTCTTTCATCCTGTGCGACACTCAATCCCAAATTCAAATCCCTTTCTCTTA
ACGGAGTTTTATCTCCAACTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGTCTGCTCCTCCTCCT
CCCTTAGCTTCGCGCAGAGCGTTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGAATATGCGGG
TAGAGAAGAATAAGCCAGCAAGGCAATCGATTGTGTGCGAGGCTGCTCCCACGAAGAAAG
CTGATTCAGCTGCCAAGAGAGCTCGCCAAGCTGAGAAGAGGCGCGTTTACAACAAGTCTA
AAAAGTCCGAAGCCCGCACACGGATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTTGATGGGCTCAAGA
AGAAGACAGATGCGGTACCTGACGAGATTGTAACCGTGGAGAAACTTATAGGAGAGGCTT
ATTCTGCTATAGACAAAGCAGTCAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCACGTA
GGAAGTCTCGGTTTGCTAGGAGGAAAAAGGCCGTTGAGATCCACCACGGTTGGTATGTCC
CTGCCGCAGCAGCAGAAGCTGTCACCATGGCTGCGTAAACAACATGGACAGATATAATGT
TTTCTTTTT**TGTCATGTATAATTCAATCGCTTTCAGACTCTCTTCTTGTGTACTGTTG
TGTCTAAGCTTCTTGTCTTC
ATCATTGG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1GK49JQ 735 0 0
GGAGAGAACTGGTGTTGGTTCGGTAGTAGAAGAGGATCCATGGCGACATTAGTCCAGTGT
CTTTCTTCCTGTGCGACACTCAATCCCAAATTCAAATCCCTTTCTCTTAACGGAGTTTTA
TCTCCAACTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGTCTGCTCCTCCTCCTCCCTTAGCTTC
GCGCAGAGCGTTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGAATATGTGGGTAGAGAAGAAG
AAGCTAGCAAGGCAATCCATTGTGTGCGAGGCTGCTCCCACGAAGAAAGCTGATTCAGCT
GCCAAGAGAGCTCGCCAAGCTGAGAAGAGGCGCGTTTACAACAAGTCTAAAAAATCCGAA
GCCCGCACACGGATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGGCAGAT
GCGGTACCTGACGAGATTGTAACCGTGGAGAAACTTATAGGAGAGGCTTACTCTGCTATA
GACAAAGCAGTCAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCACGTAGGAAGTCTCGG
TTGGCTAGGAGGAAAAAGGCTGTTGAGATCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCCGCAGCA
GCAGAAGCTGTCACCATGGCTGCGTAAACAACATGGACAGATATAATGTTTTCTTTTTTT
TGTAATGTATAATTCAATCGCTTTCAGACTCTCTTCTTGTGTACTGTTGTGTCTAAGCTT
CTTGTCTTCCATCAG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 20

CO CL29Contig1 701 20 14 U
CTATAAGACCCGACCCCAAGACAAAGCAAGGATGGATCAAAAACAAATCCAAAATCAAAC
AGAGAGAGAGAGAAAGAAAGAACAGAGAAAAATGGCCGCACCAGCAGAATTGATCCCAGC
AGGAGAAGTGATCGCTTGCCACACCGTCGATGACTGGAACAACAAGTTCAAGGCCGCCAA
AGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGACTTCACAGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTT
CATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAGAAGCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGT
CGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGATTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACCTT
TGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCGACAAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAAT
CGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCACTCTCAAGTT*GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTT
CTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTG
CGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCATCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGC
CTCTACATGCCTTGGG*TATGTGAATAAATGTTTGCAGACTTTATAACTCG****CAGCT
ATGCTAAATTTTCATGTTATTAACTCTTGAGGTTATTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 10 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 20 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 70 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 97 97 97 97 75 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 75 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
75 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 90 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 40 40 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FF95TF U 153
AF RR1CU28TF U 152
AF RR1EV95JQ C 34
AF RR1FC52JQ C 34
AF RR1FF95JQ C 34
AF RR1EV95TF U 34
AF RR1FC52TF U 34
AF RR1AH06JQ C 34
AF RR1AH06TF U 34
AF RR1D772TF U 142
AF RR1D460TF U 445
AF RR1D460JQ C 254
AF RR1BU06TF U 1
AF RR1A945JQ C 30
AF RR1A945TF U 30
AF RR1B505TF U 328
AF RR1CN55JQ C 30
AF RR1CN55TF U 30
AF RR1E277TF U 73
AF RR1E277JQ C 288
BS 1 29 RR1BU06TF
BS 30 31 RR1A945TF
BS 32 33 RR1BU06TF
BS 34 35 RR1EV95TF
BS 36 437 RR1BU06TF
BS 438 438 RR1EV95TF
BS 439 455 RR1BU06TF
BS 456 456 RR1EV95TF
BS 457 462 RR1BU06TF
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BS 685 686 RR1CN55TF
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AGCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGC

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ACAGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAG
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AAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCACTCTCAAGT
T*GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTAT

QA 1 357 1 357
DS 

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AGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATTTTCGTCGAGTTGGCTAAGAA
GCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGA
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GGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCACTCTCAAGTT*
GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTG
GTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTT

QA 1 511 1 511
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GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTG
GTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTT

QA 1 511 1 511
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GCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGA
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GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTG
GTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTT

QA 1 511 1 511
DS 

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AGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAGAA
GCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGA
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GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTG
GTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTT

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1FC52TF 511 0 0
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AGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAGAA
GCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGA
TTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACCTTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCGACAA
GGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCACTCTCAAGTT*
GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTG
GTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTT

QA 1 511 1 511
DS 

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GGCCGCACCAGCAGAATTGATCCCAGCAGGAGAAGTGATCGCTTGCCACACCGTCGATGA
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AGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATTTTCGTCGAGTTGGCTAAGAA
GCCCCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGA
TTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACCTTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCGACAA
GGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCACTCTCAAGTT*
GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTG
GTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCATCTT
TCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACACGCCTTGGG*TGTGTGAATAAATGTT
TGCAGACTTTATAACT

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1AH06TF 616 0 0
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AGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAGAA
GCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGA
TTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACCTTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCGACAA
GGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCACTCTCAAGTT*
GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTG
GTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCATCTT
TCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACACGCCTTGGG*TGTGTGAATAAATGTT
TGCAGACTTTATAACT

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DS 

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G
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TTGGCTAAGAAGCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCT
GTTGCTAAGGATTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACCTTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAG
AAGGTCGACAAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCA
CTCTCAAGTT*GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAG
TAGTATGTTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGA
GTCATCATCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTTGGG*TGTGT
GAATAAATGTTTGCAGACTT

QA 2 501 2 501
DS 

RD RR1D460TF 175 0 0
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GTATGTTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACATGAGT
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QA 1 175 1 175
DS 

RD RR1D460JQ 380 0 0
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*GAGAAGCACTCTCAAGTT*GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTA
TTTGCCTAGTAGTATGTTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACT
TTCACTTGAGTCATCATCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTT
GGG*TATGTGAATAAATGTT

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR1BU06TF 675 0 0
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AGGAGAAGTGATCGCTTGCCACACCGTCGATGACTGGAACAACAAGTTCAAGGCCGCCAA
AGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGACTTCACAGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTT
CATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAGAAGCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGT
CGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGATTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACCTT
TGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCGACAAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAAT
CGTAGCCAAGCTT*GAGGAGCACTCTCAAGTT*GCCTCGGCTC*GATTTGGTTTATCGTT
CTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTG
CGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCATCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGC
CTCTACATGCCTTGGG*TATGTGAATAAATGTTTGCAGACTTTATAACTCG****CAGCT
ATGCTAAATTTTCAT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1A945JQ 656 0 0
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ACAAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCACTCTCAA
GTT*GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATG
TTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCA
TCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTTGGG*TGTGTGAATAAA
TGTTTGCAGACTTTATAACTCGGATGCAGCTATGCTAAATTTTCATGTTATTAAC
G

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DS 

RD RR1A945TF 655 0 0
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GTT*GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATG
TTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCA
TCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTTGGG*TGTGTGAATAAA
TGTTTGCAGACTTTATAACTCGGATGCAGCTATGCTAAATTTTCATGTTATTAAC

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CGACAAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTTTGAGAAGCACTCTC
AAGTTTGCTTCGGCTTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTA
TGTTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCAT
CATCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTTGGGGTGTGTGAATA
AATGTTTGCAGACTTTATAACTCGGATGCAGCTATGCTAAATTTTCATGTTATTA

QA 1 355 1 355
DS 

RD RR1CN55JQ 659 0 0
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TCACAGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATTTTCGTCGAGTTGGCTA
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ACAAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCACTCTCAA
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TTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCA
TCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTTGGG*TATGTGAATAAA
TGTTTGCAGACTTTATAACTCG****CAGCTATGCTAAATTTTCATGTTATTAACTC
CG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1CN55TF 659 0 0
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ATGACTGGAACAACAAGTTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGACT
TCACAGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTA
AGAAGCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTA
AGGATTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACCTTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCG
ACAAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCACTCTCAA
GTT*GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATG
TTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCA
TCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTTGGG*TATGTGAATAAA
TGTTTGCAGACTTTATAACTCG****CAGCTATGCTAAATTTTCATGTTATTAACTC
CG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1E277TF 629 0 0
G
AAGAAAGAACAGAGAAAAATGGCCGCACCAGCAGAATTGATCCCAGCAGGAGAAGTGATC
GCTTGCCACACCGTCGATGACTGGAACAACAAGTTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAA
CTGATTGTGATAGACTTCACAGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATC
TTCGTCGAGTTGGCTAAGAAGCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAA
TTGAATTCTGTTGCTAAGGATTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACCTTTGTCTACATGAAG
GGTGAAGAGAAGGTCGACAAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTT
*GAGAAGCACTCTCAAGTT*GCTTCGGCTT*GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTA
TTTGCCTAGTAGTATGTTTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACT
TTCACTTGAGTCATCATCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTT
GGG*TATGTGAATAAATGTTTGCAGACTTTATAACTCG****CAGCTATGCTAAATTTTC
ATGTTATTAACTCTTGAGGTTATTGTGT

QA 2 629 2 629
DS 

RD RR1E277JQ 414 0 0
TTTTTTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGATTTCGAAGTTGAGG
CCATGCCGACCTTTGTTTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCGACAAGGTGGTCGGTGCTG
CGAAAGATGAAATTGTAGCCAAGCTT*GAGAAGCACTCTCAAGTT*GCTTCGGCTT*GAT
TTGGTTTATCGTTTTTTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTGGTGTTTTTTAATAA
AAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCATCTTTCCCTTTGTGTTGG
TTTGGTGGGGTGCCTCTACATGCCTTGGG*TATGTGAATAAATGTTTGCAGACTTTATAA
CTCG****CAGCTATGCTAAATTTTCATGTTATTAACTCTTGAGGTTATTGTGT

QA 1 414 1 414
DS 



AS 3 14

CO CL30Contig1 906 3 4 U
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CGAGTGTTTGCTTACTAGTATCATGGGATCCATTGCTGATGCTGCAAACAAGGAGGTGAA
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TCAGGAGGTGAAGGCAGTCTTTTCTCCTGAAGCTGACAAGGTTGAAGCCTAGGCAGCAGC
AGCCTAAAAAGATACCTGATGCATTGATCAGGTAGCTTGGCGGTTGCATCTTTACAATGA
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TCATTATTATACACCTTTACCTATTGTATAATTTTTTGTATTTGATGAAATTTTGTGATT
GGTACT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

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G
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GATTAAAGAAGGGAAGATTGTACCTTCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTCCAGAAAGCAAT
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DS 

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CATATTTGATAAATGTTACTATCATTATTATACACCTTTACCTATTGTATAATTTTTTGT
ATTTGATGAAATTTTGTGATTGGTACT

QA 1 807 1 807
DS 



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AATCAAATCTCTTCGTGTTCCCCTCTTTCCTTCTTCAGGTGTAATATTTGAACCAAATTG
CTTAC**CTACCATGGGATCCACTGTTGATGCAGCAAACAAGGGTGTTAATGGAACCGCA
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CAGTGTGCCTATATCGTTGAACATTATGGCTACACACATCTGAGTGCTGGAGACCTTCTT
AGAGCTGAAATTAAATCTGGCAATGAAAATGGAACTATGATCCAGAATATGATTAAAGAA
GGGAAGATTGTACCATCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTTCAGAAAGCAATTCAGGAAAAC
GGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCGTAATGAGGAGAACCGAGCAGCCTTT
GAAAAAGTTACTGAGATTGAACCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTGATTGTCCTGAGGAAGAG
ATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACAATATCGAGACTATA
AGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTTGCCTGTTATTCAGTACTACGAAGCT
AA*GGGGAAAGTTAGGAAGATTCATGCCGCGAAGCCCATTGAAGATGTGTTTCAGGAAGT
GAAGGCAGTCTTTACACCTGAAGCTGAGAAGGTTGAAGCCTAGGCTGCAGCATCGTAAAG
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CTGGGAAGTCTTTGCTTGGCCTTACTTTTTTTTTCTATATAACTATATGATATGATTACT
GTTATTATTATACAGATTGTTACCTATTGATATCATTTTTGATTTTGTACTTGATGGGAT
TTGTGATTGGCTTTTCTGTAATTTCATAAAACAAATTCATTGGATTTTTCTAATATATAC
TAAGATTAATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 0 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1G937TF U 52
AF RR1A331TF U 46
AF RR1A331JQ C 284
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BS 1 100 RR1CR01TF
BS 101 102 RR1G704TF
BS 103 113 RR1CR01TF
BS 114 114 RR1G704TF
BS 115 125 RR1CR01TF
BS 126 127 RR1G704TF
BS 128 439 RR1CR01TF
BS 440 440 RR1G704TF
BS 441 633 RR1CR01TF
BS 634 715 RR1G704TF
BS 716 716 RR1A331JQ
BS 717 724 RR1G704TF
BS 725 725 RR1A331TF
BS 726 751 RR1G704TF
BS 752 763 RR1A331TF
BS 764 764 RR1A331JQ
BS 765 813 RR1A331TF
BS 814 849 RR1A331JQ
BS 850 850 RR1G704JQ
BS 851 851 RR1A331JQ
BS 852 852 RR1G704JQ
BS 853 1009 RR1A331JQ
BS 1010 1017 RR1G704JQ
BS 1018 1032 RR1C356JQ

RD RR1CR01TF 633 0 0
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AATCAAATCTCTTCGTGTTCCCCTCTTTCCTTCTTCAGGT**AATATTTGAACAAAATTG
CTTACTACTACCATGGGATCCACTGTTGATGCAGCAAACAAGGGTGTTAATGGAACCGCA
ACTGCCAAGAAACCCACTGTTATATTTGTCCTTGGTGGCCCAGGAAGTGGGAAAGGTACA
CAGTGTGCCTATATCGTTGAACATTATGGCTACACACATCTGAGTGCTGGAGACCTTCTT
AGAGCTGAAATTAAATCTGGCAATGAAAATGGAACTATGATCCAGAATATGATTAAAGAA
GGGAAGATTGTACCATCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTTCAGAAAGCAATTCAGGAAAAC
GGGAATGACAAGTTCCTCACTGATGGTTTCCCTCGTAATGAGGAGAACCGAGCAGCCTTT
GAAAAAGTTACTGAGATTGAACCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTGATTGTCCTGAGGAAGAG
ATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACAATATCGAGACTATA
AGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1G704TF 714 0 0
GG
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TTTGAACCAAATTGCTTAC**CTACCATGGGATCCACTGTTGATGCAGCAAACAAGGGTG
TTAATGGAACCGCAACTGCCAAGAAACCCACTGTTATATTTGTCCTTGGTGGCCCAGGAA
GTGGGAAAGGTACACAGTGTGCCTATATCGTTGAACATTATGGCTACACACATCTGAGTG
CTGGAGACCTTCTTAGAGCTGAAATTAAATCTGGCAATGAAAATGGAACTATGATCCAGA
ATATGATTAAAGAAGGGAAGATTGTACCATCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTTCAGAAAG
CAATTCAGGAAAACGGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCGTAATGAGGAGA
ACCGAGCAGCCTTTGAAAAAGTTACTGAGATTGAACCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTGATT
GTCCTGAGGAAGAGATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACA
ATATCGAGACTATAAGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTTGCCTGTTATTC
AGTACTACGAAGCTAA*GGGGAAAGTTAGGAAGATTCATGCCGCGAAGCCCATTGAAGAT
GTGTTTCAG*AAGTGAAG*CAGTCTTTACACCTGAAGCTGAGAAG
TTGAAGC

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DS 

RD RR1G937TF 695 0 0
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ACCAAATTGCTTAC**CTACCATGGGATCCACTGTTGATGCAGCAAACAAGGGTGTTAAT
GGAACCGCAACTGCCAAGAAACCCACTGTTATATTTGTCCTTGGTGGCCCAGGAAGTGGG
AAAGGTACACAGTGTGCCTATATCGTTGAACATTATGGCTACACACATCTGAGTGCTGGA
GACCTTCTTAGAGCTGAAATTAAATCTGGCAATGAAAATGGAACTATGATCCAGAATATG
ATTAAAGAAGGGAAGTTTGTACCATCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTTCAGAAAGCAATT
CAGGAAAACGGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCGTAATGAGGAGAACCGA
GCAGCCTTTGAAAAAGTTACTGAGATTGAACCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTGATTGTCCT
GAGGAAGAGATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACAATATC
GAGACTATAAGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTTGCCTGTTATTCAGTAC
TACGAAGCTAAAGGGGAAAGTTAGGAAGATTCATGCCGCGAAGCCCATTGAAGATGTGTT
TCAG*AAGTGAAG*CAGTCTTTACACCTGAAGCTG

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1A331TF 775 0 0
G
ACTTTTCAGCGTTGAATCAAATCTCTTCGTGTTCCCCTCTTTCCTTCTTCAGGTGTAATA
TTTGAACCAAATTGCTTAC**CTACCATGGGATCCACTGTTGATGCAGCAAACAAGGGTG
TTAATGGAACCGCAACTGCCAAGAAACCCACTGTTATATTTGTCCTTGGTGGCCCAGGAA
GTGGGAAAGGTACACAGTGTGCCTATATCGTTGAACATTATGGCTACACACATCTGAGTG
CTGGAGACCTTCTTAGAGCTGAAATTAAATCTGGCAATGAAAATGGAACTATGATCCAGA
ATATGATTAAAGAAGGGAAGATTGTACCATCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTTCAGAAAG
CAATTCAGGAAAACGGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCGTAATGAGGAGA
ACCGAGCAGCCTTTGAAAAAGTTACTGAGATTGAACCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTGATT
GTCCTGAGGAAGAGATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACA
ATATCGAGACTATAAGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTTGCCTGTTATTC
AGTACTACGAAGCTAA*GGGGAAAGTTAGGAAGATTCATGCCGCGAAGCCCATTGAAGAT
GTGTTTCAG*AAGTGAAGGCAGTCTTTACACCTGAAGCTGAGAAGGTTGAAGCCTAG*CT
GCAGCATCGTAAAGACATATATATGGATAAATTGATCAGATTTGCAG
TAGCTTG

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DS 

RD RR1A331JQ 731 0 0
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AAGCAATTCAGGAAAACGGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCGTAATGAGG
AGAACCGAGCAGCCTTTGAAAAAGTTACTGAGATTGAACCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTG
ATTGTCCTGAGGAAGAGATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATG
ACAATATCGAGACTATAAGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTTGCCTGTTA
TTCAGTACTACGAAGCTAA*GGGGAAAGTTAGGAAGATTCATGCCGCGAAGCCCATTGAA
GATGTGTTTCAGGAAGTGAAGGCAGTCTTTACACCTGAAGCTGAGAAGGTTGAAGCCTAG
GCTGCAGCATCGTAAAGACATATATATGGATAAATTGATCAGATTTGCAGGTAGCTGGGT
GGGTGGCATCTTCTTTACTGGGAAGTTTCTGCTTGGCCTTACTTTTTTTTTCTATATAAC
TATATGATATGATTACTGTTATTATTATACAGATTGTTACCTATTGATATCATTTTTGAT
TTTGTACTTGATGGGATTTGTGATTGGCTTTTCTGTAATTTCATAAAACAAATTCATTGG
ATTTTT
CTAAC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1G704JQ 740 0 0
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GATTAAAGAAGGGAAGATTGTACCATCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTTCAGAAAGCAAT
TCAGGAAAACGGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCGTAATGAGGAGAACCG
AGCAGCCTTTGAAAAAGTTACTGAGATTGAACCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTGATTGTCC
TGAGGAAGAGATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACAATAT
CGAGACTATAAGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTTGCCTGTTATTCAGTA
CTACGAAGCTAA*GGGGAAAGTTAGGAAGATTCATGCCGCGAAGCCCATTGAAGATGTGT
TTCAGGAAGTGAAGGCAGTCTTTACACCTGAAGCTGAGAAGGTTGAAGCCTAGGCTGCAG
CATCGTAAAGACATATATATGGATAAATTGATCAGATTTGCAGGTAGCTGGGTGGGTGGC
ATCTTCTTTACTGGGAAGTCTTTGCTTGGCCTTACTTTTTTTTTCTATATAACTATATGA
TATGATTACTGTTATTATTATACAGATTGTTACCTATTGATATCATTTTTGATTTTGTAC
TTGATGGGATTTGTGATTGGCTTTTCTGTAATTTCATAAAACAAATTCATTGGATTTTTC
TAATATA
CTAAGATTAATGG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1G937JQ 713 0 0
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TGAGGTTACAATCAAGCTTCTTCAGAAAGCAATTCAGGAAAACGGGAATGACAAGTTCCT
CATTGATGGTTTCCCTCGTAATGAGGAGAACCGAGCAGCCTTTGAAAAAGTTACTGAGAT
TGAACCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTGATTGTCCTGAGGAAGAGATGGAGAGGCGCCTGTT
GGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACAATATCGAGACTATAAGGAAGCGTTTCAAGGT
GTTTCTTGAATCTAGCTTGCCTGTTATTCAGTACTACGAAGCTAA*GGGGAAAGTTAGGA
AGATTCATGCCGCGAAGCCCATTGAAGATGTGTTTCAGGAAGTGAAGGCAGTCTTTACAC
CTGAAGCTGAGAAGGTTGAAGCCTAGGCTGCAGCATCGTAAAGACATATATATGGATAAA
TTGATCAGATTTGCAGGTAGCTGGGTGGGTGGCATTTTCTTTACTGGGAAGTTTTTGCTT
GGCCTTACTTTTTTTTTCTATATAACTATATGATATGATTACTGTTATTATTATACAGAT
TGTTACCTATTGATATCATTTTTGATTTTGTACTTGATGGGATTTGTGATTGGCTTTTCT
GTAATTTCATAAAACAAATTCATTGGATTTTTTTAATATA
CTAAGATTAATGG

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1C356JQ 734 0 0
TTAGAGCTGAAATTAAATCTGGCAATGAAAATGGAACTATGATCCAGAATATGATTAAAG
AAGGGAAGATTGTACCATCTGAGGTTACAATCA*GCTTCTTCAGAAAGCAATTCAGGAAA
ACGGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCGTAATGAGGAGAACCGAGCAGCCT
TTGAAAAAGTTACTGAGATTGAACCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTGATTGTCCTGAGGAAG
AGATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACAATATCGAGACTA
TAAGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTTGCCTGTTATTCAGTACTACGAAG
CTAA*GGGGACAGTTAGGAAGATTCATGCTGCGAAGCCCATTGAAGATGAGTTTCAGGAA
GTGAAGGCAGTCTTTACACCTGAAGCTGAGAAGGTTGAAGCCTAGGCTGCAGCATCGTAA
AGACATATATATGGATAAATTGATCAGATTTGCAGGTAGCTGGGTGGGTGGCATCTTCTT
TACTGGGAAGTCTTTGCTTGGCCTTACTTTTTTTT*CTATATAACTATATGATATGATTA
CTGTTATTATTATACAGATTGTTACCTATTGATATCATTTTTGATTTTGTACTTGATGGG
ATTTGTGATTGGCTTTTCTGTAATTTCATAAAACAAATTCATTGGATTTTTCTAATATAT
ACTAAGATTAATGG

QA 1 734 1 734
DS 



CO CL30Contig3 985 3 19 U
AGGATGTGTGTTTGTATGCTTCTGAATATATAGCTTTGCTCTCCTTCCTCGTTTCTCACT
TTTCAGCGTTGAATCAAATCTCATCGCCTGTCCAAAAAAAAAAACACAGGTGTAATATTT
GAACCAAATTGCTTACCTACCATGGGATCCACTGTTGATGCAGCAGCAAACAAGGGTGTT
AATGGAACCGCAACTGCCAAGAAACCCACTGTTATATTTGTCCTTGGTGGCCCAGGAAGT
GGGAAAGGTACACAGTGTGCCTATATCGTTGAACATTATGGCTACACACATCTGAGTGCT
GGAGACCTTCTTAGAGCTGAAATTAAATCTGGCAATGAAAATGGAACTATGATCCAGAAT
ATGATTAAAGAAGGGAAGATTGTACCATCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTTCAGAAAGCA
ATTCAGGAAAACGGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCGCAATGAGGAAAAC
CGAGCTGCCTTTGAGAAAGTTACTGAGATTGAACCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTGATTGT
CCTGAGGAAGAGATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACAAT
ATCGAGACTATAAGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTTGCCTGTTATTCAG
TACTACGAAGCTAAGGGGAAAGTTAGGAAGATTCATGCCGCAAAGCCCATTGAAGATGTG
TTTCACGAGGTGAAGGCAGTCTTTACTCCTGAAGCTGAGAAGGTTGAAGCCTAGGCTGAA
GACATATACGGATAAATTGATCAGATTTGCAGGTAGCTGGGTGGGTGGCATCTTCTTTAC
TGGGAAGTTTCTGCTTGGCCTTACCTTTTTTTCTATATAACTATATATGATATGATTACT
GTTATTATTATACAGATTGTTACCTATTGATATCATTTTTGATTTTGTACTTGATGGGAT
TTGTGATTGGCTTTTCTGTAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 15 0 15 0 0 15 0 15 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB08TF U 1
AF RR1FI81TF U 81
AF RR1AC22JQ C 228
BS 1 82 RR1HB08TF
BS 83 83 RR1FI81TF
BS 84 86 RR1HB08TF
BS 87 88 RR1FI81TF
BS 89 89 RR1HB08TF
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BS 241 642 RR1HB08TF
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BS 805 985 RR1AC22JQ

RD RR1HB08TF 642 0 0
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TTTCAGCGTTGAATCAAATCTCTTCGTGTTTCCCTCTTTCCTTCTTCAGGTGTAATATTT
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AATGGAACCGCAACTGCCAAGAAACCCACTGTTATATTTGTCCTTGGTGGCCCAGGAAGC
GGGAAAGGTACACAGTGTGCCTATATCGTTGAACATTATGGCTACACACATCTGAGTGCT
GGAGACCTTCTTAGAGCTGAAATTAAATCTGGCAATGAAAATGGAACTATGATCCAGAAT
ATGATTAAAGAAGGGAAGATTGTACCATCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTTCAGAAAGCA
ATTCAGGAAAACGGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCGCAATGAGGAAAAC
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CCTGAGGAAGAGATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACAAT
ATCGAGACTATAAGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1FI81TF 728 0 0
GG
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ATATCGTTGAACATTATGGCTACACACATCTGAGTGCTGGAGACCTTCTTAGAGCTGAAA
TTAAATCTGGCAATGAAAATGGAACTATGATCCAGAATATGATTAAAGAAGGGAAGATTG
TACCATCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTTCAGAAAGCAATTCAGGAAAACGGGAATGACA
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GCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGACAATATCGAGACTATAAGGAAGCGTT
TCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTTGCCTGTTATTCAGTACTACGAAGCTAAGGGGAAAG
TTAGGAAGATTCATGCCGCAAAGCCCATTGAAGATGTGTTTCACGAGGTGAAGGCAGTCT
TTACTCCTGAAGCTGAGAAG*TTGAAGCCTAG*CTGAAGACATATACG*ATAAATTGATC
AG
TAGC

QA 3 724 3 724
DS 

RD RR1AC22JQ 758 0 0
TGGCCCAGGAAGTGGGAAAGGTACACAGTGTGCCTATATCGTTGAACATTATGGCTACAC
ACATCTGAGTGCTGGAGACCTTCTTAGAGCTGAAATTAAATCTGGCAATGAAAATGGAAC
TATGATCCAGAATATGATTAAAGAAGGGAAGATTGTACCATCTGAGGTTACAATCAAGCT
TCTTCAGAAAGCAATTCAGGAAAACGGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCG
CAATGAGGAAAACCGAGCTGCCTTTGAGAAAGTTACTGAGATTGAACCCAAGTTTGTCTT
GTTCTTTGATTGTCCTGAGGAAGAGATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAG
AGAGGATGACAATATCGAGACTATAAGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTT
GCCTGTTATTCAGTACTACGAAGCTAAGGGGAAAGTTAGGAAGATTCATGCCGCAAAGCC
CATTGAAGATGTGTTTCAGGAGGTGAAGGCAGTCTTTACTCCTGAAGCTGAGAAGGTTGA
AGCCTAGGCTGAAGACATATACGGATAAATTGATCAGATTTGCAGGTAGCTGGGTGGGTG
GCATCTTCTTTACTGGGAAGTTTCTGCTTGGCCTTACCTTTTTTTCTATATAACTATATA
TGATATGATTACTGTTATTATTATACAGATTGTTACCTATTGATATCATTTTTGATTTTG
TACTTGATGGGATTTGTGATTGGCTTTTCTGTAATTCC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 2 18

CO CL31Contig1 1260 11 12 U
GGAATCTCTTCGAACGGTTCTTAATTTTCTCGACGAGATCTCTCTCTCTCTCTCT**CCA
CCTTCCACCACCGTGCGGAGAGGGATGTCGAAAGCTCGTGTTTACACCGACGTCAACGTG
ATCCGACCCAAGGAGTATTGGGATTACGAATCTCTCAACGTTCAGTGGGGGGAGCAAGAT
GATTACGAGGTTGTCAGGAAGGTGGGGAGAGGCAAATACAGTGAGGTGTTTGAGGGCATT
AACGTGAACAATAACGAGAAGTGCGTTATCAAGATTCTCAAGCCTGTCAAGAAGAAGAAG
ATTAGAAGAGAGATTAAGATACTTCAGAATCTGTGTGGAGGGCCAAATATTGTCAAGCTG
TTTGATGTTGTGAGAGACCAACACTCAAAAACCCCAAGCTTGATATTTGAGTATGTTAAC
AGCACTGACTTCAAGGTTCTGTATCCGACTTTGACTGATTATGACATCCGTTACTACATC
TATGAGCTCTTGAAGGCGTTGGACTACTGCCACTCGCAAGGTATAATGCACAGAGATGTC
AAGCCACACAATGTCATGATTGACCATGAGCTCCGCAAACTTCGCTTAATTGATTGGGGT
CTCGCTGAGTTTTATCATCCTGGAAAAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCGAGGTACTTC
AAGGGACCGGAACTTCTAGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGGACATGTGGAGC
CTCGGTTGCATGTTTGCTGGGATGATATTCCGCAAGGAACCTTTCTTTTATGGCCATGAC
AACCAAGATCAGCTCGTCAAAATTGCAAAGGTCCTTGGAACCGATGAATTGAATGCATAT
CTGAATAAGTATCAGTTAGAACTTGATGCCCAACTAGAGGCACTTGTTGGGAGACATAGC
AGGAAGCCTTGGTCCAAGTTCATCAATGCTGACAATCGCCATTTGGTCTCACCTGAGGCG
ATTGATTACCTCGACAAGCTACTGCGGTATGATCATCAAGACAGGTTAACTGCAAAAGAA
GCAATGGCTCACCCTTATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCAGAACGAGAACT
CAGTAGAGATGTTCTCTGCGTATGTCAAAGTGACGTGATGTTTTATGGTTATTGTTTTCT
TTAAAGAAGTGATGTCACTGCCTAATCCTAAAAGTTTATCAGATATTCTCGAGACTGCTT
TCATGTATTTTCAAACTGGTAGAACTATATTGGGTTTAAAACCTCTATCAAGTCGAATTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 

AF RR1EZ48TF U 4
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AF RR1BO24TF U 12
AF RR1A104TF U 198
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AF RR1EZ48JQ C 652
AF RR1BZ47TF U 496
AF RR1BO24JQ C 530
AF RR1BT45JQ C 542
AF RR1BT45TF U 542
BS 1 626 RR1FP28TF
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BS 628 660 RR1FP28TF
BS 661 754 RR1BO24TF
BS 755 784 RR1A104TF
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BS 786 898 RR1A104TF
BS 899 1218 RR1BZ47TF
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BS 1255 1260 RR1BZ47JQ

RD RR1EZ48TF 543 0 0
GG
CTCTTCGAACGGTTCTTAATTTTCTCGACGAGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCACCTTC
CACCACCGTGCGGAGAGGGATGTCGAAAGCTCGTGTTTACACCGACGTCAACGTGATCCG
ACCCAAGGAGTATTGGGATTACGAATCTCTCAACGTTCAGTGGGGGGAGCAAGATGATTA
CGAGGTTGTCAGGAAGGTGGGGAGAGGCAAATACAGTGAGGTGTTTGAGGGCATTAACGT
GAACAATAACGAGAAGTGCGTTATCAAGATTCTCAAGCCTGTCAAGAAGAAGAAGATTAG
AAGAGAGATTAAGATACTTCAGAATCTGTGTGGAGGGCCAAATATTGTCAAGCTGTTTGA
TGTTGTGAGAGACCAACACTCAAAAACCCCAAGCTTGATATTTGAGTATGTTAACAGCAC
TGACTTCAAGGTTCTGTATCCGACTTTGACTGATTATGACATCCGTTACTACATCTATGA
GCTCTTGAAGGCGTTGGACTACTGCCACTCGCAAGGTATAATGCACAGAGATGTCAAGCC
A

QA 3 543 3 543
DS 

RD RR1FP28TF 660 0 0
GGAATCTCTTCGAACGGTTCTTAATTTTCTCGACGAGATCTCTCTCTCTCTCTCT**CCA
CCTTCCACCACCGTGCGGAGAGGGATGTCGAAAGCTCGTGTTTACACCGACGTCAACGTG
ATCCGACCCAAGGAGTATTGGGATTACGAATCTCTCAACGTTCAGTGGGGGGAGCAAGAT
GATTACGAGGTTGTCAGGAAGGTGGGGAGAGGCAAATACAGTGAGGTGTTTGAGGGCATT
AACGTGAACAATAACGAGAAGTGCGTTATCAAGATTCTCAAGCCTGTCAAGAAGAAGAAG
ATTAGAAGAGAGATTAAGATACTTCAGAATCTGTGTGGAGGGCCAAATATTGTCAAGCTG
TTTGATGTTGTGAGAGACCAACACTCAAAAACCCCAAGCTTGATATTTGAGTATGTTAAC
AGCACTGACTTCAAGGTTCTGTATCCGACTTTGACTGATTATGACATCCGTTACTACATC
TATGAGCTCTTGAAGGCGTTGGACTACTGCCACTCGCAAGGTATAATGCACAGAGATGTC
AAGCCACACAATGTCATGATTGACCATGAGCTCCGCAAACTTCGCTTAATTGATTGGGGT
CTCGCTGAGTTTTATCATCCTGGAAA*GAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCGAGGTACTTC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1BO24TF 743 0 0
GG
ACGGTTCTTAATTTTCTCGACGAGATCTCTCTCTCTCTCTC****CACCTTCCACCACCG
TGCGGAGAGGGATGTCGAAAGCTCGTGTTTACACCGACGTCAACGTGATCCGACCCAAGG
AGTATTGGGATTACGAATCTCTCAACGTTCAGTGTGGG*AGCAAGATGATTACGAGGTTG
TCAGGAAGGTGGGGAGAGGCAAATACAGTGAGGTGTTTGAGGGCATTAACGTGAACAATA
ACGAGAAGTGCGTTATCAAGATTCTCAAGCCTGTCAAGAAGAAGAAGATTAGAAGAGAGA
TTAAGATACTTCAGAATCTGTGTGGAGGGCCAAATATTGTCAAGCTGTTTGATGTTGTGA
GAGACCAACACTCAAAAACCCCAAGCTTGATATTTGAGTATGTTAACAGCACTGACTTCA
AGGTTCTGTATCCGACTTTGACTGATTATGACATCCGTTACTACATCTATGAGCTCTTGA
AGGCGTTGGACTACTGCCACTCGCAAGGTATAATGCACAGAGATGTCAAGCCACACAATG
TCATGATTGACCATGAGCTCCGCAAACTTCGCTTAATTGATTGGGGTCTCGCTGAGTTTT
ATCATCCTGGAAAAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCGAGGTACTTCAAGGGACCGGAAC
TTCTAGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGGACATGTGGAGCCTCGGTTGCATGT
TTGCTGGGATGATATTCCGCA

QA 3 743 3 743
DS 

RD RR1A104TF 701 0 0
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GAAGTGCGTTATCAAGATTCTCAAGCCTGTCAAGAAGAAGAAGATTAGAAGAGAGATTAA
GATACTTCAGAATCTGTGTGGAGGGCCAAATATTGTCAAGCTGTTTGATGTTGTGAGAGA
CCAACACTCAAAAACCCCAAGCTTGATATTTGAGTATGTTAACAGCACTGACTTCAAGGT
TCTGTATCCGACTTTGACTGATTATGACATCCGTTACTACATCTATGAGCTCTTGAAGGC
GTTGGACTACTGCCACTCGCAAGGTATAATGCACAGAGATGTCAAGCCACACAATGTCAT
GATTGACCATGAGCTCCGCAAACTTCGCTTAATTGATTGGGGTCTCGCTGAGTTTTATCA
TCCTGGAAAAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCGAGGTACTTCAAGGGACCGGAACTTCT
AGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGGACATGTGGAGCCTCGGTTGCATGTTTGC
TGGGATGATATTCCGCAAGGAACCTTTCTTTTATGGCCATGACAACCGAGATCAGCTCGT
CAAAATTGCAAAGGTCCTTGGAACCGATGAATTGAATGCATATCTGAATAAGTATCAGTT
AGAACTTGATGCCCAACTAGAGGCACTTGTTGGGAGACATA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1FP28JQ 878 0 0
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GTTGTGAGAGACCAACACTCAAAAACCCCAAGCTTGATATTTGAGTATGTTAACAGCACT
GACTTCAAGGTTCTGTATCCGACTTTGACTGATTATGACATCCGTTACTACATCTATGAG
CTCTTGAAGGCGTTGGACTACTGCCACTCGCAAGGTATAATGCACAGAGATGTCAAGCCA
CACAATGTCATGATTGACCATGAGCTCCGCAAACTTCGCTTAATTGATTGGGGTCTCGCT
GAGTTTTATCATCCTGGAAAAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCGAGGTACTTCAAGGGA
CCGGAACTTTTAGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGGACATGTGGAGCCTCGGT
TGCATGTTTGCTGGGATGATATTCCGCAAGGAACCTTTCTTTTATGGCCATGACAACCAA
GATCAGCTCGTCAAAATTGCAAAGGTCCTTGGAACCGATGAATTGAATGCATATCTGAAT
AAGTATCAGTTAGAACTTGATGCCCAACTAGAGGTACTTGTTGGGAGACATAGCAGGAAG
CCTTGGTCCAAGTTCATCAATGCTGACAATCGCCATTTGGTCTCACCTGAGGCGATTGAT
TACCTCGACAAGCTACTGCGGTATGATCATCAAGACAGGTTAACTGCAAAAGAAGCAATG
GCTCACCCTTATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCAGAACGAGAACTCAGTAG
AGATGTTCTCTGCGTATGTCAAAGTGACGTGATGTTTTATGGTTATTGTTTTCTTTAAAG
AAGTGATGTCACTGCCTAATCCTAAAAGTTTATCAGAT

QA 1 878 1 878
DS 

RD RR1BZ47JQ 765 0 0
GCGTTGGACTACTGCCACTCGCAAGGTATAATGCACAGAGATGTCAAGCCACACAATGTC
ATGATTGACCATGAGCTCCGCAAACTTCGCTTAATTGATTGGGGTCTCGCTGAGTTTTAT
CATCCTGGAAAAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCGAGGTACTTCAAGGGACCGGAACTT
CTAGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGGACATGTGGAGCCTCGGTTGCATGTTT
GCTGGGATGATATTCCGCAAGGAACCTTTCTTTTATGGCCATGACAACCAAGATCAGCTC
GTCAAAATTGCAAAGGTCCTTGGAACCGATGAATTGAATGCATATCTGAATAAGTATCAG
TTAGAACTTGATGCCCAACTAGAGGCACTTGTTGGGAGACATAGCAGGAAGCCTTGGTCC
AAGTTCATCAATGCTGACAATCGCCATTTGGTCTCACCTGAGGCGATTGATTACCTCGAC
AAGCTACTGCGGTATGATCATCAAGACAGGTTAACTGCAAAAGAAGCAATGGCTCACCCT
TATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCAGAACGAGAACTCAGTAGAGATGTTCT
CTGCGTATGTCAAAGTGACGTGATGTTTTATGGTTATTGTTTTCTTTAAAGAAGTGATGT
CACTGCCTAATCCTAAAAGTTTATCAGATATTCTCGAGACTGCTTTCATGTATTTTCAAA
CTGATAGAACTATATTGGGTTTAAAACCTCTATCAAGTCGAATTT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1EZ48JQ 609 0 0
AGGTACTTCAAGGGACCGGAACTTCTAGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGGAC
ATGTGGAGCCTCGGTTGCATGTTTGCTGGGATGATATTCCGCAAGGAACCTTTCTTTTAT
GGCCATGACAACCAAGATCAGCTCGTCAAAATTGCAAAGGTCCTTGGAACCGATGAATTG
AATGCATATCTGAATAAGTATCAGTTAGAACTTGATGCCCAACTAGAGGCACTTGTTGGG
AGACATAGCAGGAAGCCTTGGTCCAAGTTCATCAATGCTGACAATCGCCATTTGGTCTCA
CCTGAGGCGATTGATTACCTCGACAAGCTACTGCGGTATGATCATCAAGACAGGTTAACT
GCAAAAGAAGCAATGGCTCACCCTTATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCAGA
ACGAGAACTCAGTAGAGATGTTCTCTGCGTATGTCAAAGTGACGTGATGTTTTATGGTTA
TTGTTTTCTTTAAAGAAGTGATGTCACTGCCTAATCCTAAAAGTTTATCAGATATTCTCG
AGACTGCTTTCATGTATTTTCAAACTGGTAGAACTATATTGGGTTTAAAACCTCTATCAA
GTCGAATTT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1BZ47TF 729 0 0
GCGTTGGACTACTGCCACTCGCAAGGTATAATGCACAGAGATGTCAAGCCACACAATGTC
ATGATTGACCATGAGCTCCGCAAACTTCGCTTAATTGATTGGGGTCTCGCTGAGTTTTAT
CATCCTGGAAAAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCGAGGTACTTCAAGGGACCGGAACTT
CTAGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGGACATGTGGAGCCTCGGTTGCATGTTT
GCTGGGATGATATTCCGCAAGGAACCTTTCTTTTATGGCCATGACAACCAAGATCAGCTC
GTCAAAATTGCAAAGGTCCTTGGAACCGATGAATTGAATGCATATCTGAATAAGTATCAG
TTAGAACTTGATGCCCAACTAGAGGCACTTGTTGGGAGACATAGCAGGAAGCCTTGGTCC
AAGTTCATCAATGCTGACAATCGCCATTTGGTCTCACCTGAGGCGATTGATTACCTCGAC
AAGCTACTGCGGTATGATCATCAAGACAGGTTAACTGCAAAAGAAGCAATGGCTCACCCT
TATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCAGAACGAGAACTCAGTAGAGATGTTCT
CTGCGTATGTCAAAGTGACGTGATGTTTTATGGTTATTGTTTTCTTTAAAGAAGTGATGT
CACTGCCTAATCCTAAAAGTTTATCAGATATTCTCGAGACTGCTTTCATGTATTTTCAAA
CTGATAGAA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1BO24JQ 731 0 0
ACAGAGATGTCAAGCCACACAATGTCATGATTGACCATGAGCTCCGCAAACTTCGCTTAA
TTGATTGGGGTCTCGCTGAGTTTTATCATCCTGGAAAAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCT
CGAGGTACTTCAAGGGACCGGAACTTCTAGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGG
ACATGTGGAGCCTCGGTTGCATGTTTGCTGGGATGATATTCCGCAAGGAACCTTTCTTTT
ATGGCCATGACAACCAAGATCAGCTCGTCAAAATTGCAAAGGTCCTTGGAACCGATGAAT
TGAATGCATATCTGAATAAGTATCAGTTAGAACTTGATGCCCAACTAGAGGCACTTGTTG
GGAGACATAGCAGGAAGCCTTGGTCCAAGTTCATCAATGCTGACAATCTCCATTTGGTCT
CACCTGAGGCGATTGATTACCTCGACAAGCTACTGCGGTATGATCATCAAGACAGGTTAA
CTGCAAAAGAAGCAATGGCTCACCCTTATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCA
GAACGAGAACTCAGTAGAGATGTTCTCTGCGTATGTCAAAGTGACGTGATGTTTTATGGG
TATTGTTTTCTTTAAAGAAGTGATGTCACTGCCTAATCCTAAAAGTTTATCAGATATTCT
CGAGACTGCTTTCATGTATTTTCAAACTGGTAGAACTATATTGGGTTTAAAACCTCTATC
AAGTCGAATTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1BT45JQ 719 0 0
G
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CGCTGAGTTTTATCATCCTGGAAAAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCGAGGTACTTCAA
GGGACCGGAACTTCTAGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGGACATGTGGAGCCT
CGGTTGCATGTTTGCTGAGATGATATTCCGCAAGGAACCTTTCTTTTATGGCCATGACAA
CCAAGATCAGCTCGTCAAAATTGCAAAGGTCCTTGGAACCGATGAATTGAATGCATATCT
GAATAAGTATCAGTTAGAGCTTGATGCCCAACTAGAGGCACTTGTTGGGAGACATAGCAG
GAAGCCTTGGTCCAAGTTCATCAATGCTGACAATCGCCATTTGGTCTCACCTGAGGCGAT
TGATTACCTCGACAAGCTACTGCGGTATGATCATCAAGACAGGTTAACTGCAAAAGAAGC
AATGGCTCACCCTTATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCAGAACGAGAACTCA
GTAGAGATGTTCTCTGCGTATGTCAAAGTGACGTGATGTTTTATGGTTATTGTTTTCTTT
AAAGAAGTGATGTCACTGCCTAATCCTAAAAGTTTATCAGATATTCTCGAGACTGCTTTC
ATGTATTTTCAAACTGGTAGAACTATATTGGGTTTAAAACCTCTATCAAGTCGAATTT

QA 2 719 2 719
DS 

RD RR1BT45TF 713 0 0
G
GCCACACAATGTCATGATTGACCATGAGCTCCGCAAACTTCGCTTAATTGATTGGGGTCT
CGCTGAGTTTTATCATCCTGGAAAAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCGAGGTACTTCAA
GGGACCGGAACTTCTAGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGGACATGTGGAGCCT
CGGTTGCATGTTTGCTGAGATGATATTCCGCAAGGAACCTTTCTTTTATGGCCATGACAA
CCAAGATCAGCTCGTCAAAATTGCAAAGGTCCTTGGAACCGATGAATTGAATGCATATCT
GAATAAGTATCAGTTAGAGCTTGATGCCCAACTAGAGGCACTTGTTGGGAGACATAGCAG
GAAGCCTTGGTCCAAGTTCATCAATGCTGACAATCGCCATTTGGTCTCACCTGAGGCGAT
TGATTACCTCGACAAGCTACTGCGGTATGATCATCAAGACAGGTTAACTGCAAAAGAAGC
AATGGCTCACCCTTATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCAGAACGAGAACTCA
GTAGAGATGTTCTCTGCGTATGTCAAAGTGACGTGATGTTTTATGGTTATTGTTTTCTTT
AAAGAAGTGATGTCACTGCCTAATCCTAAAAGTTTATCAGATATTCTCGAGACTGCTTTC
ATGTATTTTCAAACTGGTAGAACTATATTGGGTTTAAAACCTCTATCAAGTC

QA 2 713 2 713
DS 



CO CL31Contig2 1456 7 13 U
AGGGTCAAAAAAATATATGACCACGAGTTGGCAGGACAGTTGACCGGGGAACCCAGCTCT
ACCCGTGGTAGACTAGTAGTTCTACAAACTTGTTTTTTTTTCTTTGAGATATCAAAGATT
AAACAATAGAAGTTCTACAAATGTTTGGAAACAGATGAAAATACTCGGATAGAATTTTAA
GTTAAACATTAACACCACTTCTTAAAAGAAAACAACTTTTCGGAGGACAATCCAACCAGT
TTCAGATACTTAGAGACGCCTCTATTAAGTTCTCATTCTGCTGCTCTCGGCTGCCTTGAC
TTGCGCGAAATAAGGATGAGCCATTGCTTCTTTTGCAGTTAATCTGTCTTGATGATCATA
CCGAAGTAGCTTGTCCAGGAAATCAATCGCCTCAGGTGAGACCAAATGCCTATTGTCAGC
ATTGATGAATTTAGACCAAGGCTTCCTGCTATGTCTCCCAACAAGTGCCTCTAATTGAGC
ATCAAGTTCTAACTGATACTTATTCAGATATGCATTCAATTCATCGGTTCCAAGAACCTT
GGCAATTTTGACAAGCTGATCCTGGTTGTCATGGCCATAGAAAAAAGGTTCCTTGCGGAA
TATCATCCCAGCAAACATGCAACCAAGGCTCCACATGTCCAAGGAATAGTCATAGTCCTG
TAAATCCACTAATAGTTCGGGTCCCTTGAAGTATCTTGAGGCCACACGGACGTTATACTC
TTTTCCAGGATGATAAAACTCAGCAAGACCCCAATCTATCAAGCGAAGTTTACGCAGCTC
GTGGTCGATCATGACATTGTGTGGCTTGACATCTCTGTGCATTATACCTTGCGAGTGGCA
GTAGTCCAAAGCCTTCAAGAGCTCGTAGATGTAGTAACGGATGTCATAATCAGTCAAAGT
AGGATACAGAACCTTAAAGTCTGTGCTGTTAACATACTCAAAAATCAAGCTTGGGGTTTT
TGAGTGTTGGTCTCTGACAACATCAAGCAGCTTCACAATATTTGGGCCTCCACAGAGATT
CTGAAGTATCTTAATCTCTCTTCTAATCTTCTTCTTCTTGACTGGCTTAAGAATCTTGAT
AACGCACTTCTCGTTGCTGTTCATGTTAACCCCCTCGAAAACCTCACTGTATTTGCCTCT
CCCCACTTTCCTAACTACCTCGTAATCATCTTGCTCCCCCCACTCAACGTTGAGAGACTC
GTAATCCCAATACTCTTTGGGACGGATCACGTTCACGTCGGTGTAGACACGAGCTTTCGA
CATCACGGTGGTGGGAAGAGAGATCTCGTCGTGTTGGTATGGATCGAGATGAGGATCGAA
GCTGCTTCCGTTGGTGATGAGGGTCGACGGTGAGGTAGGAGAAAGCGCCGACGCCGCACG
CGAAGAGATGGAGATGGCGTACAATAAGAGGAAGCGTAGAAGAAGGAGAGGAGATGGCAA
GGGAAAGTAGGAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ82JQ U 1
AF RR1FS06JQ U 106
AF RR1CS71JQ U 78
AF RR1G562JQ U 152
AF RR1G562TF C 544
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AF RR1GJ82TF C 698
BS 1 100 RR1GJ82JQ
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BS 1211 1212 RR1GJ82TF
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BS 1362 1456 RR1GJ82TF

RD RR1GJ82JQ 676 0 0
AGGGTCAAAAAAATATATGACCACGAGTTGGCAGGACAGTTGACCGGGGAACCCAGCTCT
ACCCGTGGTAGACTAGTAGTTCTACAAACTTGTTTTTTTT*CTTTGAGATATCAAAGATT
AAACAATAGAAGTTCTACAAATGTTTGGAAACAGATGAAAATACTCGGATAGAATTTTAA
GTTAAACATTAACACCACTTCTTAAAAGAAAACAACTTTTCGGAGGACAATCCAACCAGT
TTCAGATACTTAGAGACGCCTCTATTAAGTTCTCATTCTGCTGCTCTCGGCTGCCTTGAC
TTGCGCGAAATAAGGATGAGCCATTGCTTCTTTTGCAGTTAATCTGTCTTGATGATCATA
CCGAAGTAGCTTGTCCAGGAAATCAATCGCCTCAGGTGAGACCAAATGCCTATTGTCAGC
ATTGATGAATTTAGACCAAGGTTTCCTGCTATGTCTCCCAACAAGTGCCTCTAATTGAGC
ATCAAGTTCTAACTGATACTTATTCAGATATGCATTCAATTCATCGGTTCCAAGAACCTT
GGCAATTTTGACAAGCTGATCCTGGTTGTCATGGCCATAGAAAAAAGGTTCCTTGCGGAA
TATCATCCCAGCAAACATGCAACCAAGGCTCCACATGTCCAAGGAATAGTCATAGTCCTG
TAAATCCACTAATAGT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1FS06JQ 636 0 0
GAGATATCAAAGATTAAACAATAAAAGTTCTACAAATGTTTGGAAACAGATGAAAATACT
CGGATAGAATTTTAAGTTAAACATTAACACCACTTCTTAAAAGAAAACAACTTTTCGGAG
GACAATCCAACCAGTTTCAGATACTTAGAGACGCCTCTATTAAGTTCTCATTCTGCTGCT
CTCGGCTGCCTTGACTTGCGCGAAATAAGGATGAGCCATTGCTTCTTTTGCAGTTAATCT
GTCTTGATGATCATACCGAAGTAGCTTGTCCAGGAAATCAATCGCCTCAGGTGAGACCAA
ATGCCTATTGTCAGCATTGATGAATTTAGACCAAGGCTTCCTGCTATGTCTCCCAACAAG
TGCCTCTAATTGAGCATCAAGTTCTAACTGATACTTATTCAGATATGCATTCAATTCATC
GGTTCCAAGAACCTTGGCAATTTTGACAAGCTGATCCTGGTTGTCATGGCCATAGAAAAA
AGGTTCCTTGCGGAATATCATCCCAGCAAACATGCAACCAAGGCTCCACATGTCCAAGGA
ATAGTCATAGTCCTGTAAATCCACTAATAGTTCGGGTCCCTTGAAGCATCTTGAGGCCAC
ACGGACGTTATACTCTTTTCCAGGATGATAAAACTC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1CS71JQ 762 0 0
AGTTCTACAAACTTGTTTTTTTTTCTTTGAGATATCAAAGATTAAACAATAGAAGTTCTA
CAAATGTTTGGAAACAGATGAAAATACTCGGATAGAATTTTAAGTTAAACATTAACACCA
CTTCTTAAAAGAAAACAACTTTTCGGAGGACAATCCAACCAGTTTCAGATACTTAGAGAC
GCCTCTATTAAGTTCTCATTCTGCTGCTCTCGGCTGCCTTGACTTGCGCGAAATAAGGAT
GAGCCATTGCTTCTTTTGCAGTTAATCTGTCTTGATGATCATACCGAAGTAGCTTGTCCA
GGAAATCAATCGCCTCAGGTGAGACCAAATGCCTATTGTCAGCATTGATGAATTTAGACC
AAGGCTTCCTGCTATGTCTCCCAACAAGTGCCTCTAATTGAGCATCAAGTTCTAACTGAT
ACTTATTCAGATATGCATTCAATTCATCGGTTCCAAGAACCTTGGCAATTTTGACAAGCT
GATCCTGGTTGTCATGGCCATAGAAAAAAGGTTCCTTGCGGAATATCATCCCAGCAAACA
TGCAACCAAGGCTCCACATGTCCAAGGAATAGTCATAGTCCTGTAAATCCACTAATAGTT
CGGGTCCCTTGAAGTATCTTGAGGCCACACGGACGTTATACTCTTTTCCAGGATGATAAA
ACTCAGCAAGACCCCAATCTATCAAGCGAAGTTTACGCAGCTCGTGGTCGATCATGACAT
TGTGTGGCTTGACATCTCTGTGCATTATACCTTGCGAGTGGC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1G562JQ 787 0 0
CAGATGAAAATACTCGGATAGAATTTTAAGTTAAACATTAACACCACTTCTTAAAAGAAA
ACAACTTTTCGGAGGACAATCCAACCAGTTTCAGATACTTAGAGACGCCTCTATTAAGTT
CTCATTCTGCTGCTCTCGGCTGCCTTGACTTGCGCGAAATAAGGATGAGCCATTGCTTCT
TTTGCAGTTAATCTGTCTTGATGATCATACCGAAGTAGCTTGTCCAGGAAATC****GCC
TCAGGTGAGACCAAATGCCTATTGTCAGCATTGATGAATTTAGACCAAGGCTTCCTGCTA
TGTCTCCCAACAAGTGCCTCTAATTGAGCATCAAGTTCTAACTGATACTTATTCAGATAT
GCATTCAATTCATCGGTTCCAAGAACCTTGGCAATTTTGACAAGCTGATCCTGGTTGTCA
TGGCCATAAAAAAAAGGTTCCTTGCGGAATATCATCCCAGCAAACATGCAACCAAGGCTC
CACATGTCCAAGGAATAGTCATAGTCCTGTAAATCCACTAATAGTTCGGGTCCCTTGAAG
TATCTTGAGGCCACACGGACGTTATACTCTTTTCCAGGATGATAAAACTCAGCAAGACCC
CAATCTATCAAGCGAAGTTTACGCAGCTCGTGGTCGATCATGACATTGTGTGGCTTGACA
TCTCTGTGCATTATACCTTGCGAGTGGCAGTAGTCCAAAGCCTTCAAGAGCTCGTAGATG
TAGTAACGGATGTCATAATCAGTCAAAGTAGGATACAGAACCTTAAAGTCTGTGCTGTTA
ACATACT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1G562TF 818 0 0
CAA
TTTGACAAGCTGATCCTGGT*GTCATG*CCATAGAAAAAAGGT*CCTTGCGGA*TATCAT
CCCAGCAAACATGCAACCAAGGCTCCACATGTCCAAGGAATAGTCATAGTCCTGTAAATC
CACTAATAGTTCGGGTCCCTTGAAGTATCTTGAGGCCACACGGACGTTATACTCTTTTCC
AGGATGATAAAACTCAGCAAGACCCCAATCTATCAAGCGAAGTTTACGCAGCTCGTGGTC
GATCATGACATTGTGTGGCTTGACATCTCTGTGCATTATACCTTGCGAGTGGCAGTAGTC
CAAAGCCTTCAAGAGCTCGTAGATGTAGTAACGGATGTCATAATCAGTCAAAGTAGGATA
CAGAACCTTAAAGTCTGTGCTGTTAACATACTCAAAAATCAAGCTTGGGGTTTTTGAGTG
TTGGTCTCTGGCAACATCAAGCAGCTTCACAATATTTGGGCCTCCACAGAGATTCTGAAG
TATCTTAATCTCTCTTCTAATCTTCTTCTTCTTGACTGGCTTAAGAATCTTGATAACGCA
CTTCTCGTTGCTGTTCATGTTAACCCCCTCGAAAACCTCACTGTATTTGCCTCTCCCCAC
TTTCCTAACTACCTCGTAATCATCTTGCTCCCCCCACTCAACGTTGAGAGACTCGTAATC
CCAA**CTCTTTGGGACGGATCACGTTCACGTCGGTGTAGACACGAGCTTTCGACATCAC
GGTGGTGGGAAGAGAGATCTCGTCGTGTTGGTATGGATCGAGATGAGGATCGAAGCTGCT
TCCGTTGGTGATGAGGGTCGACGGTGAGGTAGGAG

QA 4 818 4 818
DS 

RD RR1CS71TF 714 0 0
ACGGACGTTATACTCTTT*CCAGGATGATAAAACTCAGCAAGACCCCAATCTATCAAGCG
AAGTTTACGCAGCTCGTGGTCGATCATGACATTGTGTGGCTTGACATCTCTGTGCATTAT
ACCTTGCGAGTGGCAGTAGTCCAAAGCCTTCAAGAGCTCGTAGATGTAGTAACGGATGTC
ATAATCAGTCAAAGTAGGATACAGAACCTTAAAGTCTGTGCTGTTAACATACTCAAAAAT
CAAGCTTGGGGTTTTTGAGTGTTGGTCTCTGACAACATCAAGCAGCTTCACAATATTTGG
GCCTCCACAGAGATTCTGAAGTATCTTAATCTCTCTTCTAATCTTCTTCTTCTTGACTGG
CTTAAGAATCTTGATAACGCACTTCTCGTTGCTGTTCATGTTAACCCCCTCGAAAACCTC
ACTGTATTTGCCTCTCCCCACTTTCCTAACTACCTCGTAATCATCTTGCTCCCCCCACTC
AACGTTGAGAGACTCGTAATCCCAATACTCTTTGGGACGGATCACGTTCACGTCGGTGTA
GACACGAGCTTTCGACATCACGGTGGTGGGAAGAGAGATCTCGTCGTGTTGGTATGGATC
GAGATGAGGATCGAAGCTGCTTCCGTTGGTGATGAGGGTCGACGGTGAGGTAGGAGAAAG
CGCCGACGCCGCACGCGAAGAGATGGAGATGGCGTACAATAAGAGGAAGCGT
CC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1GJ82TF 759 0 0
GAGGCCACACGGACGTTATACTCTTTTCCAGGATGATAAAACTCAGCAAGACCCCAATCT
ATCAAGCGAAGTTTACGCAGCTCGTGGTCGATCATGACATTGTGTGGCTTGACATCTCTG
TGCATTATACCTTGCGAGTGGCAGTAGTCCAAAGCCTTCAAGAGCTCGTAGATGTAGTAA
CGGATGTCATAATCAGTCAAAGTAGGATACAGAACCTTAAAGTCTGTGCTGTTAACATAC
TCAAAAATCAAGCTTGGGGTTTTTGAGTGTTGGTCTCTGACAACATCAAGCAGCTTCACA
ATATTTGGGCCTCCACAGAGATTCTGAAGTATCTTAATCTCTCTTCTAATCTTCTTCTTC
TTGACTGGCTTAAGAATCTTGATAACGCACTTCTCGTTGCTGTTCATGTTAACCCCCTCG
AAAACCTCACTGTATTTGCCTCTCCCCACTTTCCTAACTACCTCGTAATCATCT*GCTCC
CCCCACTCAACGTTGAGAGACTCGTAATCCCAATACTCTTTGGGACGGATCACGTTCACG
TCGGTGTAGACACGAGCTTTCGACATCACGGTGGTGGGAAGAGAGATCCCGTCGTGTTGG
TATGGATCGAGATGAGGATCGAAGCTGCTTCCGTTGGTGATGAGGGTCGACGGTGAGGTA
GGAGAAAGCGCCGACGCCGCACGCGAAGAGATGGAGATGGCGTACAATAAGAGGAAGCGT
AGAAGAAGGAGAGGAGATGGCAAGGGAAAGTAGGAGTCC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 20

CO CL32Contig1 742 20 5 U
GGAGCAGAGGAAACAATCTCATCGAGACAGTGAACAAACCCTAAGTTCTTCAAGATGGGG
CGTATGCATTCCAGAGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCT
CCGACATGGCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAG
AAGGGCTTGACACCATCTCAGATTGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAG
GTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCT
GAGATTCCTGAGGATCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTG
GAGAGGAACAGGAAGGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATC
CACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGA
GTCTACTACTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCT
TTTTT*GATGTCTTATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCA
AGTTACAATGATGTTTTTGATGATTTCAAGGAACCAACAATGTGTTTAATCTTTTGTCAG
AATTGCTTATGCTTGCGTGTCTTTTCACTATTATCGTTCAAAGTATTACCCGTTATTGAA
ATCATGGCATTAACAAAAAAAA


BQ
10 30 30 50 0 50 60 60 70 70 70 70 70 70 75 75 60 75 75 75 75 75 75 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 65 97 97 65 97 97 97 75 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 75 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 80 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 85 85 80 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D141TF U 13
AF RR1BY67JQ C 90
AF RR1ET56JQ C 88
AF RR1AS65JQ C 2
AF RR1AS65TF U 421
AF RR1FP07TF U 1
AF RR1AS07TF U 5
AF RR1AS07JQ C 5
AF RR1CJ28JQ C 7
AF RR1CJ28TF U 7
AF RR1BY67TF U 4
AF RR1ET56TF U 4
AF RR1BV59JQ C 24
AF RR1D141JQ C 46
AF RR1BV59TF U 24
AF RR1EE43JQ C 4
AF RR1EE43TF U 4
AF RR1CX25TF U 1
AF RR1BM84TF U 1
AF RR1BM84JQ C 46
BS 1 182 RR1BM84TF
BS 183 183 RR1FP07TF
BS 184 185 RR1BM84TF
BS 186 186 RR1FP07TF
BS 187 742 RR1BM84TF

RD RR1D141TF 569 0 0
GG
AATCTCATCGAGACAGTGAACAAACCCTAAGTTCTTCAAGATGGGGCGTATGCATTCCAG
AGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTCCGACATGGCTCAA
GACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGCTTGACACC
ATCTCAGATTGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCATGGTATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTAC
CGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAGATTCCTGAGGA
TCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGGAACAGGAA
GGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGTCTTGCTCG
TTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAGTCTACTACTGCTT
CTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTTTT*GATGTCTT
ATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCT

QA 3 569 3 569
DS 

RD RR1BY67JQ 542 0 0
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TGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGCTTGACACCATCTCAGATTGGTGT
GATTTTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTT
GCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAGATTCCTGAGGATCTGTACCACTTGAT
CAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGGAACAGGAAGGACAAAGACTCCAA
GTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGAC
CAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAGTCTACTACTGCTTCTACTCTTGTGGCTT
AGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTTTT*GATGTCTTATCTATGAACCTAGT
TTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAAGTTACAATGATGTTTTTGATGATTTCAA
GG

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1ET56JQ 544 0 0
TCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTCCGACATGGCTCAAGACCACGGCCGTC
GATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGCTTGACACCATCTCAGATTGGT
GTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATC
TTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAGATTCCTGAGGATCTGTACCACTTG
ATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGGAACAGGAAGGACAAAGACTCC
AAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAG
ACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAGTCTACTACTGCTTCTACTCTTGTGGC
TTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTTTT*GATGTCTTATCTATGAACCTA
GTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAAGTTACAATGATGTTTTTGATGATTTC
A
GGG

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1AS65JQ 615 0 0
GAGCAGAGGAAACAATCTCATCGAGACAGTGAACAAACCCTAAGTTCTTCAAGATGGGGC
GTATGCACTCCAGAGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTC
CGACATGGCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGA
AAGGTTTGACACCATCTCAGATTGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGG
TGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTG
AGATTCCTGAGGATCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGG
AGAGGAACAGGAAGGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCC
ACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGTTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAG
TCTACTACTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTT
TTTT*GATGTCTTATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAA
GTTACAATGATGTTT

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1AS65TF 196 0 0
ACCGTCT
TTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGTTTCCTCCCAGTCTGGAAGTACGAGTCTACT
ACTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTTTT*G
ATGTCTTATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAAGTTACA
ATGATGTTT

QA 8 196 8 196
DS 

RD RR1FP07TF 631 0 0
G
GAGCAGAGGAAACAACCTCATCGAGACAGTGAACAAACCCTAAGTTCTTCAAGATGGGGC
GTATGCATTCCAGAGGAAATGGTATCTCCGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTC
CGACATGGCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGGGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGA
AGGGCTTGACACCATCTCAGATTGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGG
TGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTG
AGATTCCTGAGGATCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGG
AGAGGAACAGGAAGGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCC
ACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAG
TCTACTACTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTT
TTTT*GATGTCTTATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAA
GTTACAATGATGTTTTTGATGATTTCAAGG

QA 2 631 2 631
DS 

RD RR1AS07TF 627 0 0
GG
GAGGAAACAATCTCATCGAGACAGTGAACAAACCCTAAGTTCTTCAAGATGGGGCGTATG
CATTCCAGAGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTCCGACA
TGGCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGC
TTGACACCATCTCAGATTGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAG
AGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAGATT
CCTGAGGATCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGG
AACAGGAAGGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGT
CTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAGTCTAC
TACTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTTTT*
GATGTCTTATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAAGTTAC
AATGATGTTTTTGATGATTTCAAGG

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR1AS07JQ 627 0 0
GG
GAGGAAACAATCTCATCGAGACAGTGAACAAACCCTAAGTTCTTCAAGATGGGGCGTATG
CATTCCAGAGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTCCGACA
TGGCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGC
TTGACACCATCTCAGATTGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAG
AGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAGATT
CCTGAGGATCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGG
AACAGGAAGGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGT
CTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAGTCTAC
TACTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTTTT*
GATGTCTTATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAAGTTAC
AATGATGTTTTTGATGATTTCAAGG

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR1CJ28JQ 625 0 0
GG
GGAAACAATCTCATCGAGACAGTGAACAAACCCTAAGTTCTTCAAGATGGGGCGTATGCA
TTCCAGAGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTCCGACATG
GCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGCTT
GTCACCATCTCAGATTGGTGTGATTTTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGAG
TGTTACCGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAGATTCC
TGAGGATCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGGAA
CAGGAAGGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGTCT
TGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAGTCTACTA
CTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTTTT*GA
TGTTTTATCTATGAACCTAGTTTTTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAAGTTACAA
TGATGTTTTTGATGATTTCAAGG

QA 3 625 3 625
DS 

RD RR1CJ28TF 624 0 0
GG
GGAAACAATCTCATCGAGACAGTGAACAAACCCTAAGTTCTTCAAGATGGGGCGTATGCA
TTCCAGAGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTCCGACATG
GCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGCTT
GTCACCATCTCAGATTGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGAG
TGTTACCGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAGATTCC
TGAGGATCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGGAA
CAGGAAGGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGTCT
TGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAGTCTACTA
CTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTTTTTGA
TGTCTTATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAAGTTACAA
TGATGTTTTTGATGATTTCAAG

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR1BY67TF 628 0 0
GGAGAGGAAACAATCTCATCGAGACAGTGAACAAACCCTAAGTTCTTCAAGATGGGGCGT
ATGCATTCCAGAGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTCCG
ACATGGCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAG
GGCTTGACACCATCTCAGATTGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTG
AAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAG
ATTCCTGAGGATCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAG
AGGAACAGGAAGGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCAC
CGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAGTC
TACTACTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTT
TT*GATGTCTTATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAAGT
TACAATGATGTTTTTGATGATTTCAAGG

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1ET56TF 628 0 0
GGAGAGGAAACAATCTCATCGAGACAGTGAACAAACCCTAAGTTCTTCAAGATGGGGCGT
ATGCATTCCAGAGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTCCG
ACATGGCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAG
GGCTTGACACCATCTCAGATTGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTG
AAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAG
ATTCCTGAGGATCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAG
AGGAACAGGAAGGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCAC
CGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAGTC
TACTACTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTT
TT*GATGTCTTATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAAGT
TACAATGATGTTTTTGATGATTTCA
GGG

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1BV59JQ 663 0 0
GAGACAGTGAACAAACCCCAAGTTCTTCAAGATGGGGCGTATGCATTCCAGAGGAAAGGG
TATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTCCGACATGGCTCAAGACCACGGC
CGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGCTTGACACCATCTCAGAT
TGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAA
GATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAGATTCCTGAGGATCTGTACCA
CTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGGAACAGGAAGGACAAAGA
CTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAA
GAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*AGTCTGGAAGTACGAGTCTACTACTGCTTCTACTCTTG
TGGCTTAGATCAGCTCTTCAAGAACACTACTGTTTCTTTTTT*GATGTCTTATCTATGAA
CCTAGTTTCTATGTTTCTCAGTACTTTTGTTTTGTCAAGTTACAATGATGTTTTTGATGA
TTTCAAGGAACCAACAATGTGTTTAATCTTTTGTCAGAATTGCTTATGCTTGCGTGTCTT
T
AC

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1D141JQ 637 0 0
TTCTTCAAGATGGGGCGTATGCATTCCAGAGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCG
TACAAGCGCTCGCCTCCGACATGGCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATC
TGCAAGTTTGCGAAGAAGGGCTTGACACCATCTCAGATTGGTGTGATTCTTCGTGACTCT
CATGGTATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGCGTATTCTCAAAGCT
CACGGTCTTGCTCCTGAGATTCCTGAGGATCTGTACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCT
ATCCGCAAGCACTTGGAGAGGAACAGGAAGGACAAAGACTCCAAGTTTAGGTTGATTCTT
GTCGAGAGCAGGATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCC*
AGTCTGGAAGTACGAGTCTACTACTGCTTCTACTCTTGTGGCTTAGATCAGCTCTTCAAG
AACACTACTGTTTCTTTTTT*GATGTCTTATCTATGAACCTAGTTTCTATGTTTCTCAGT
ACTTTTGTTTTGTCAAGTTACAATGATGTTTTTGATGATTTCAAGGAACCAACAATGTGT
TTAATCTTTTGTCAGAATTGCTTATGCTTGCGTGTC
C

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1BV59TF 663 0 0
GAGACAGTGAACAAACCCCAAGTTCTTCAAGATGGGGCGTATGCATTCCAGAGGAAAGGG
TATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCTCCGACATGGCTCAAGACCACGGC
CGTCGATGTTGATGAGTCGATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGCTTGACACCATCTCAGAT
TGGTGTGATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAA
GATCTTGCGTATTCTCAAAGCTCACGGTCTTGCTCCTGAGATTCCTGAGGATCTGTACCA
CTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGGAACAGGAAGGACAAAGA
CTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAA
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QA 1 661 1 661
DS 

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QA 1 677 1 677
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RD RR1EE43TF 677 0 0
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QA 1 677 1 677
DS 

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G
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QA 2 716 2 716
DS 

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CGTATGCATTCCAGAGGAAAGGGTATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGCTCGCCT
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QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1BM84JQ 686 0 0
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TACAAGCGCTCGCCTCCGACATGGCTCAAGACCACGGCCGTCGATGTTGATGAGTCGATC
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QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 18

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BQ
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

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AF RR1CP88TF C 1800
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BS 780 927 RR1GO49JQ
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BS 1666 2107 RR1BH79JQ
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RD RR1C754JQ 553 0 0
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TTCCAAAAAAGATCAATACCCCGAAAACTACACTTAGATTTATTAGATTTGTTGCTAAAA
TATCGGTATTAAACCCGAAACTCCCGGGGGATGGCCAGTGACCCAAGTAAACGAAAGAAT
CGGTTAAATTTTTCATAAAATCTCCTCTTCTAGCTAAACTATAAAAAAAAGAACTCTGTC
CTTTTTTTTTTTTTTTTATTCTTTATTTTTTTCAATAAAAAGAAAATTTCGTTTAATAAT
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AAGCTAGAATTTG

QA 1 553 1 553
DS 

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TTTTTTT
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TTTTAAAAAACTTAAACCTCCTTTTTGCGCAACACTCCTTAAAAAAAA*GTTTCCATTAA
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TTAGTCCTTCCCAAGGGTTGTTGTCTCAATGAATAATTGTAGGAGTTAAATCTTGATAGA
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QA 8 721 8 721
DS 

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TTAGTCCTTCCCAAGGGTTGTTGTCTCAATGAATAATTGTAGGAGTTAAATCTTGATAGA
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AAGGATTCGCAAATAAAAGCGCTAATGCTACAACCAGGCCATAAATTGTTAAAGCTTCCA
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CGATACCTTCGACAGCTTGACCCGCAGCTGTACCTTGAC**ACCCCAGGTCCAATAGAAG
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TAAGTTCCTCACACCAAAATAAAGAAATAGTTAATGAT

QA 1 698 1 698
DS 

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TTTA
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AAAA*GTTTCCATTAAACTAAAAAGAATAAGGGGAAGGAAGAAAGCGAATCGATGTGTTA
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GTTAAATCTTGATAGAATAAAAAAAA**ACTACGAAAAAAA***TTCATAATTTTCTTAT
TTCTAGGATTAAACAAAAGGATTCGCAAATAAAAGCGCTAATGCTACAACCAGGCCATAA
ATTGTTAAAGCTTCCATAAAAGCCAAACTAAGCAATAAAGTACCTCGTATTTTTCCTTCT
GCCTCGGGTTGTCTCGCGATACCTTCGACAGCTTGACCCGCAGCTGTACCTTGAC**ACC
CCAGGTCCAATAGAAGCAAGCCCAACAGCCAACCCAGCAGCAATAACCGAAGCAGCAGAA
ACCAGTGGATTCATGATAAGTTCCTCACACCAAAATAAAGAAATAGTTAATGA

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DS 

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ATAATAATAATGAGACTTAATTAGAATTAAGCTAGAATTTGAGACCAAGTTTTATATAAA
TTTTAAAAAACTTAAACCTCCTTTTTGCGCAACACTCCTTAAAAAAAA*GTTTCCATTAA
ACTAAAAAGAATAAGGGGAAGGAAGAAAGCGAATCGATGTGTTAATTCCCCATCCTCAAA
TTAGTCCTTCCCAAGGGTTGTTGTCTCAATGAATAATTGTAGGAGTTAAATCTTGATAGA
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TAAAAGCCAAACTAAGCAATAAAGTACCTCGTATTTTTCCTTCTGCCTCGGGTTGTCTCG
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DS 

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ATAATAATAATGAGACTTAATTAGAATTAAGCTAGAATTTGAGACCAAGTTTTATATAAA
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ACTAAAAAGAATAAGGGGAAGGAAGAAAGCGAATCGATGTGTTAATTCCCCATCCTCAAA
TTAGTCCTTCCCAAGGGTTGTTGTCTCAATGAATAATTGTAGGAGTTAAATCTTGATAGA
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AAGGATTCGCAAATAAAAGCGCTAATGCTACAACCAGGCCATAAATTGTTAAAGCTTCCA
TAAAAGCCAAACTAAGCAATAAAGTACCTCGTATTTTTCCTTCTGCCTCGGGTTGTCTCG
CGATACCTTCGACAGCTTGACCCGCAGCTGTACCTTGACCAACCCCAGGTCCAATAGAAG
CAAGCCCAACAGCCAACCCAACAGCAATAACCGAAGCAGCAGAAACCAGTGGATTCATGA
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QA 1 704 1 704
DS 

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AAACAGAATCAAAAACCTATTCTATTTACAAATTTATTTTCCAAAAATTTTGAATTTTCA
ATAATAATAATGAGACTTAATTAGAATTAAGCTAGAATTTGAGACCAAGTTTTATATAAA
TTTTAAAAAACTTAAACCTCCTTTTTGCGCAACACTCCTTAAAAAAA**GTTTCCATTAA
ACTAAAAAGAATAAGGGGAAGGAAGAAAGCGAATCGATGTGTTAATTCCCCATCCTCAAA
TTAGTCCTTCCCAAGGGTTGTTGTCTCAATGAATAATTGTAGGAGTTAAATCTTGATAGA
ATAAAAAAAA**ACTACGAAAAAAAAA*TTCATAATTTTCTTATTTCTAGGATTAAACAA
AAGGATTCGCAAATAAAAGCGCTAATGCTACAACCAGGCCATAAATTGTTAAAGCTTCCA
TAAAAGCCAAACTAAGCAATAAAGTACCTCGTATTTTTCCTTCTGCCTCGGGTTGTCTCG
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CAAGCCCAACAGCCAACCCAACAGCAATAACCGAAGCAGCAGAAACCAGTGGATTCATGA
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QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1EA32JQ 704 0 0
CG
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ACAGAATCAAAAACCTATTCTATTTACAAATTTATTTTCCAAAAATTTTGAATTTTCAAT
AATAATAATGAGACTTAATTAGAATTAAGCTAGAATTTGAGACCAAGTTTTATATAAATT
TTAAAAAACTTAAACCTCCTTTTTGCGCAACACTCCTTAAAAAAAA*GTTTCCATTAAAC
TAAAAAGAATAAGGGGAAGGAAGAAAGCGAATCGATGTGTTAATTCCCCATCCTCAAATT
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AAAAAAAA**ACTACGAAAAAAAAA*TTCATAATTTTCTTATTTCTAGGATTAAACAAAA
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AGCCCAACAGCCAACCCAGCAGCAATAACCGAAGCAGCAGAAACCAGTGGATTAATGATA
AGTTCCTCACACCAAAATAAAGAAATAGTTAATGATACAATC

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DS 

RD RR1EA32TF 697 0 0
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TAATGAGACTTAATTAGAATTAAGCTAGAATTTGAGACCAAGTTTTATATAAATTTTAAA
AAACTTAAACCTCCTTTTTGCGCAACACTCCTTAAAAAAAA*GTTTCCATTAAACTAAAA
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AAA**ACTACGAAAAAAAAA*TTCATAATTTTCTTATTTCTAGGATTAAACAAAAGGATT
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CAAACTAAGCAATAAAGTACCTCGTATTTTTCCTTCTGCCTCGGGTTGTCTCGCGATACC
TTCGACAGCTTGACCCGCAGCTGTACCTTGACCAACCCCAGGTCCAATAGAAGCAAGCCC
AACAGCCAACCCAGCAGCAATAACCGAAGCAGCAGAAACCAGTGGATTAATGATAAGTTC
CTCACACCAAAATAAAGAAATAGTTAATGATACAATC

QA 1 697 1 697
DS 

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TGTCTCAATGAATAATTGTAGGAGTTAAATCTTGATAGAATAAAAAAAA***CTACGAAA
AAAAAAATTCATAATTTTCTTATTTCTAGGATTAAACAAAAGGATTCGCAAATAAAAGCG
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CCGCAGCTGTACCTTGACCAACCCCAGGTCCAATAGAAGCAAGCCCAACAGCCAACCCAG
CAGCAATAACCGAAGCAGCAGAAACCAGTGGATTCATGATAAGTTCCTCACACCAAAATA
AAGAAATAGTTAATGATACAATCATCCAATGACTTAGGACTTAATTATAATTAAGTC
C

QA 1 537 1 537
DS 

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AAACAGAATCAAAAACCTATTCTATTTACAAATTTATTTTCCAAAAATTTTGAATTTTCA
ATAATAATAATGAGACTTAATTAGAATTAAGCTAGAATTTGAGACTAAGTTTTATATAAA
TTTTAAAAAACTTAAACCTCCTTTTTGCGCAACACTCCTTAAAAAAAAAGTTTCCATTAA
ACTAAAAAGAATAAGGGGAAGGAAGAAAGCGAATCGATGTGTTAATTCCCCATCCTCAAA
TTAGTCCTTCCCAAGGGTTGTTGTCTCAATGAATAATTGTAGGAGTTAAATCTTGATAGA
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AAGGATTCGCAAATAAAAGCGCTAATGCTACAACCAGGCCATAAATTGTTAAAGCTTCCA
TAAAAGCCAAACTAAGCAATAAAGTACCTCGTATTTTTCCTTCTGCCTCGGGTTGTCTCG
CGATACCTTCGACAGCTTGACCCGCAGCTGTACCTTGACCAACCCCAGGTCCAATAGAAG
CAAGCCCAACAGCCAACCCAGCAGCAATAACCGAAGCAGCAGAAACCAGTGGATTCATGA
TAAGTTCCTCACACCAAAATAAAGAAATAGTTAATGATACAATCATCCAATGACCTAGGA
CTTAATTATAATTAAGTCATCGCTAAGATTCATC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1E685TF 639 0 0
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AAATTGTTAAAGCTTCCATAAAAGCCAAACTAAGCAATAAAGTACCTCGTATTTTTCCTT
CTGCCTCGGGTTGTCTCGCGATACCTTCGACAGCTTGACCCGCAGCTGTACCTTGACCAA
CCCCAGGTCCAATAGAAGCAAGCCCAACAGCCAACCCAGCAGCAATAACCGAAGCAGCAG
AAACCAGTGGATTCATGATAAGTTCCTCACACCAAAATAAAGAAATAGTTAATGATACAA
TCATCCAATGACCTAGGACTTAATTATAATTAAGTCATCGCTAAGATTCATCCAGCCAAA
ATAACCAAAAACTTGATAAGAATTACTTTGATATTAGTTCCTATCCACGGGATTTTGAAA
AATGCATAATATATATATATATACGACTTTTTTATGTCGTTTCTTTTTTGTGAACCATTC
TTTTCTTTTAATTCTTCGTTCTTTTTTTGATCGTTTTTTTTAGCCAATTCACAGATAAAA
A*GTAAGAACTTATAATTGAATCGTTATCTAAATAGAAATTCACAAAAGTAGTGGGGCAG
ATTATATGGATCTTTAACTTATATACCTAGTCAATATC
C

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1AO77TF 794 0 0
CTCGTC
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ATTCGATAATTGGGCTAACCTAAATTTGAAAAAAAAAATAGTTAATGATGACCCTCCATA
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TGTGGAT
C

QA 7 793 7 793
DS 

RD RR1AO77JQ 792 0 0
CTTCGTTCT
TTTTTTGATCGTTTTTTTCAGCCAATTCACAGATAAAAAAGTAAGAACTTATAATTGAAT
CGTTATCTAAATAGAAATTCACAAAAGTAGTGGGGCAGATTATATGGATCTTTAACTTAT
ATACCTAGTCAATATCAAATATGACATATACAAGTGTTTCTTACATAACGTAAACCAACT
ATTCGATAATTGGGCTAACCTAAATTTGAAAAAAAAAATAGTTAATGATGACCCTCCATA
AATTCACCTATATAAGCCGCAGCTAAAGTGGCAAAAATGAGAGCTTGAATCCCGCTTGTA
AATAATCCAAGGAACATAACAGGTATAGGAACCACTAAAGGTACTAAAGAAACAAGAACA
ACAACTACTAATTCATCGGCTAATATATTTCCGAAAAGTCGAAAACTAAGTGATAGGGGT
TTTGTAAAATCTTCTAAGATGTTAATGGGTAAAAGAATTGGAGTTGGTTGAATGTATTTA
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AAAGCTAAAGCAACCGTCGTATTTATATCATTCGTTGGTGCTGCTAACTCCCCTTGAGGT
AACTGGATAATTTTCCACGGTAAAAGGGCTCCTGACCAGTTAGAAACAAAAATAAATAAA
AACAGGGTTCCAATAAAGGGAACCCAAGGACCGTATTCTTCTCCAATCTGGGTTTGACTC
ACATCTCGAATGAATTCAAGGACAAATTCAAAGAAGTTTTGGCCGCCAGTTGGAATGGTT
TGT

QA 10 792 10 792
DS 

RD RR1BH79JQ 844 0 0
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CACAGATAAAAA*GTAAGAACTTATAATTGAATCGTTATCTAAATAGAAATTCACAAAAG
TAGTGGGGCAGATTATATGGATCTTTAACTTATATACCTAGTCAATATCAAATATGACAT
ATACAAGTGTTTCTTACATAACGTAAACCAACTATTCGATAATTGGGCTAACCTAAATTT
GAAAAAAAAAATAGTTAATGATGACCCTCCATAGATTCACCTATATAAGCCGCAGCTAAA
GTGGCAAAAATGAGAGCTTGAATCCCGCTTGTAAATAATCCAAGGAACATAACAGGTATA
GGAACCACTAAAGGTACTAAAGAAACAAGAACAACAACT***AATTCATCGGCTAATATA
TTTCCGAAAAGTCGAAAACTAAGTGATAGGGGTTTTGTAAAATCTTCTAAGATGTTAATG
GGTAAAAGAATTGGAGTTGGTTGAATGTATTTACTGAAATACCCTAATCCTTTTTTGCTA
AGACCCGCATAAAAATATGCTACTGATGTGAGTAAAGCTAAAGCAACCGTCGTATTTATA
TCATTCGTTGGTGCTGCTAACTCCCCTTGAGGTAACTGGATAATTTTCCACGGTAAAAGG
GCTCCTGACCAGTTAGAAACAAAAATAAATAAAAACAGGGTTCCAATAAAGGGAACCCAA
GGACCGTATTCTTCTCCAATCTGGGTTTGACTCACATCTCGAATGAATTCAAGGACAAAT
TCAAAGAAGTTTTGGCCGCCAGTTGGAATGGTTTGTGGATTGCGAACCGCTAGAGCTGCG
GAAC

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR1BH79TF 759 0 0
GCTAAAGTGGCAAAAATGAGAGCTTGAATCCCGCTTGTAAATAATCCAAGGAACATAACA
GGTATAGGAACCACTAAAGGTACTAAAGAAACAAGAACAACAACT***AATTCATCGGCT
AATATATTTCCGAAAAGTCGAAAACTAAGTGATAGGGGTTTTGTAAAATCTTCTAAGATG
TTAATGGGTAAAAGAATTGGAGTTGGTTGAATGTATTTACTGAAATACCCTAATCCTTTT
TTGCTAAGACCCGCATAAAAATATGCTACTGATGTGAGTAAAGCTAAAGCAACCGTCGTA
TTTATATCATTCGTTGGTGCTGCTAACTCCCCTTGAGGTAACTGGATAATTTTCCACGGT
AAAAGGGCTCCTGACCAGTTAGAAACAAAAATAAATAAAAACAGGGTTCCAATAAAGGGA
ACCCAAGGACCGTATTCTTCTCCAATCTGGGTTTGACTCACATCTCGAATGAATTCAAGG
ACAAATTCAAAGAAGTTTTGGCCGCCAGTTGGAATGGTTTGTGGATTGCGAACCGCTAGA
GCTGCGGAACCTAATAAGATAGCAATTACAACCCAAGAAGTAATAAGGACTTGCGCATGG
ACTTGGAACCCCCCTATTTGCCAATAGAAATGTTGGCCTACTTCTACACCAGATATCTCA
TATAACCCTTCTTTTATTAGTGTATTGATGGAACATGATAAAACATTCATATTGCCCTCT
GACAGAAATAAGAACTTTAAATTATTTTGATTCAAGACC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1CP88JQ 517 0 0
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TATATCATTCGTTGGTGCTGCTAACTCCCCTTGAGGTAACTGGATAATTTTCCACGGTAA
AAGGGCTCCTGACCAGTTAGAAACAAAAATAAATAAAAACAGGGTTCCAATAAAGGGAAC
CCAAGGACCGTATTCTTCTCCAATCTGGGTTTGACTCACATCTCGAATGAATTCAAGGAC
AAATTCAAAGAAGTTTTGGCCGCCAGTTGGAATGGTTTGTGGATTGCGAACCGCTAGAGC
TGCGGAACCTAATAAGATAGCAATTACAACCCAAGAAGTAATAAGGACTTGCGCATGGAC
TTGGAACCCCCCTATTTGCCAATAGAAATGTTGGCCTACTTCTACACCAGATATCTCATA
TAACCCTTCTTTTATTAGTGTATTGATGGAACATGATAAAACATTCATATTGCCCTCTGA
CAGAAATAAGAACTTTAAATTATTTTGATTCAAGACC

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR1CP88TF 517 0 0
GCTAAGACCCGCATAAAAATATGCTACTGATGTGAGTAAAGCTAAAGCAACCGTCGTATT
TATATCATTCGTTGGTGCTGCTAACTCCCCTTGAGGTAACTGGATAATTTTCCACGGTAA
AAGGGCTCCTGACCAGTTAGAAACAAAAATAAATAAAAACAGGGTTCCAATAAAGGGAAC
CCAAGGACCGTATTCTTCTCCAATCTGGGTTTGACTCACATCTCGAATGAATTCAAGGAC
AAATTCAAAGAAGTTTTGGCCGCCAGTTGGAATGGTTTGTGGATTGCGAACCGCTAGAGC
TGCGGAACCTAATAAGATAGCAATTACAACCCAAGAAGTAATAAGGACTTGCGCATGGAC
TTGGAACCCCCCTATTTGCCAATAGAAATGTTGGCCTACTTCTACACCAGATATCTCATA
TAACCCTTCTTTTATTAGTGTATTGATGGAACATGATAAAACATTCATATTGCCCTCTGA
CAGAAATAAGAACTTTAAATTATTTTGATTCAAGACC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 2 18

CO CL34Contig1 902 16 6 U
GGAACCACACACTGCCTCTATTGTTCACTTTCAACATAAATCAAGAACATATCATTTCTT
TGTAAAACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTGATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTAT
GAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTGGAGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCT
CGCGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAAGGTTCCGGTTCT
GATCCACAACGGTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGC
TTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCCTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTT
TTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAA
AGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGC
TGAACTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACT
GATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGC
AGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTCTAA
GTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCT
CTGATGCTGAATTAAACCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTCTGATGATTCTGTGCTCTGCTT
TCGTTCTCGTTTAGCTTTGGTTTTTGTGTGTTTTCTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTCA
GTGTTTGTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAAGTAGTGCATTTTAAAATAAAGTTTGTTT
CC


BQ
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 50 50 50 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 
65 65 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 40 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 55 70 55 70 70 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 40 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 70 65 65 65 65 65 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 45 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 45 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 

AF RR1H147TF U 68
AF RR1BZ94TF U 7
AF RR1BD17TF U 1
AF RR1B925TF U 1
AF RR1F013TF U 1
AF RR1DI03TF U 68
AF RR1B812TF U 1
AF RR1FL89TF U 32
AF RR1B844JQ C 243
AF RR1B812JQ C 38
AF RR1CB50JQ C 601
AF RR1CB50TF U 601
AF RR1DI03JQ C 335
AF RR1H147JQ C 492
AF RR1BZ94JQ C 109
AF RR1BD17JQ C 67
BS 1 38 RR1B812TF
BS 39 39 RR1BZ94TF
BS 40 274 RR1B812TF
BS 275 275 RR1BZ94TF
BS 276 826 RR1B812TF
BS 827 902 RR1CB50TF

RD RR1H147TF 562 0 0
GG
AATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTGATTACTGGCCAATCATGTTCTGTATGAGGGCTAG
AGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTGGAGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCGCGAACAA
GAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAAGGTTCCGTTTCTGATCCACAA
CGGTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTTGGTCTGA
CAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCCTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGCTGA
TTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGAGGA
ACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGCTGAACTTGG
AGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTACATT
CTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCC
AAAACTGATTGCTTGGGCTA

QA 3 562 3 562
DS 

RD RR1BZ94TF 698 0 0
ACACACTGCCTCTATTGTTCACTTTCAACATAAATCAAGAACATATCATTTCTTTGTAAA
ACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTGATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTATGAGGGC
TAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGATGTGGAGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCGCGAA
CAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAAGGTTCCGGTTCTGATCCA
CAACGGTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCAGTACGTGGATGAGGCTTGGTC
TGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCCTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGC
TGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGA
GGAACAAGCAGCAGGGGTGAAG*AGTTTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGCTGAACT
TGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTAC
ATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAG
TCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTCTAAGTCTCT
CCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1BD17TF 711 0 0
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TGTAAAACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTGATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTAT
GAGGGCCAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTGGAGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCT
CGCGAACAAGAGCCCTTTGTTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAAGGTTCCGGTTCT
GATCCACAACGGTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGC
TTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCCTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTT
TTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAA
AGGTGAGGAACAAGCAGCGGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGC
TGAACTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACT
GATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGC
AGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAG*TGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTCTAA
GTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAGGAA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1B925TF 704 0 0
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TGTAAAACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTGATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTAT
GAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTGGAGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCT
CGCGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAAGGTTCCGGTTCT
GATCCACATCGGTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGC
TTGGTCTGACAATAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCCTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTT
TTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAA
AGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGC
TGAACTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACT
GATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAGCTTCAGCATCGAGGC
AGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTCTAA
GTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1F013TF 705 0 0
GGAACCACACACTGCCTCTATTGTTCACTTTCAACATAAATCAAGAACATATCATTTCTT
TGTAAAACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTGATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTAT
GAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTGGAGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCT
CGCGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAAGGTTCCGGTTCT
GATCCACAACGGTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCAATGTCGTCCAGTACGTGGACGAGGC
TTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTAATCCCTACGGGAAAACTCAGGCTAGGTT
TTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAA
AGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGC
TGAACTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACT
GATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGC
AGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTCTAA
GTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1DI03TF 636 0 0
GGAG
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TCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTGGAGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCGCGAACAAGA
GCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAAGGTTCCGGTTCTGATCCACAACG
GTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTTGGTCTGACA
AGAACCCATTCTTCCCTCCTGATCCCTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATT
TCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGAGGAAC
AAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGCTGAACTTGGAG
ACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTACATTCT
ACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAA
AACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTCTAAGTCTCTCCCTG
ACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAG

QA 5 636 5 636
DS 

RD RR1B812TF 826 0 0
GGAACCACACACTGCCTCTATTGTTCACTTTCAACATAGATCAAGAACATATCATTTCTT
TGTAAAACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTGATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTAT
GAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTGGAGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCT
CGCGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAAGGTTCCGGTTCT
GATCCACAACGGTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCGATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGC
TTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCCTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTT
TTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAA
AGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGC
TGAACTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACT
GATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGC
AGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTCTAA
GTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCT
CTGATGCTGAATTAAACCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTCTGATGATTCTGTGCTCTGCTT
TCGTTCTCGTTTAGCTTTGGTTTTTGTGTGTTTTCTAATAATACGT

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR1FL89TF 785 0 0
G
AACATAAATCAAGAACATATCATTTCTTTGTAAAACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTC
TTGATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTATGAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTG
TGGAGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCGCGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTA
ATCCGATTCATAAGAAGGTTCCGGTTCTGATCCACAACGGTAAACCAGTATGCGAGTCTC
TCAATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTG
ATCCCTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTG
ATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGT
TTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGCTGAACTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAG
ATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATG
AGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGA
GGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTCTAAGTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGT
ATGCCGCTGAGTTTAGGA*GAATAATCTCTGATGCTGAATTAAACCTTGTGTTGTGTCTT
CTGTTTCTGATGATTCTGTGCTCTGCTTTCGTTCTCGTTTAGCTTTGGTTTT
GTGTGTTTCTAA

QA 2 773 2 773
DS 

RD RR1B844JQ 650 0 0
TCCACAACGGTAAACCGGTATGCGAGTCCCTCAATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTT
GGTTTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTTTGATCCATACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTT
GGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAG
GTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGCTG
AGCTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTTCACTGA
TTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAG
AGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGCAGAAAGAGAGCGTGTTTAAGT
CTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTCT
GATACTGAATAAAACCTTGTGTTGTGTCTTTTGTTTCTGATGATGCTGTGCTCTGCTTTC
GTTCTCTTTTAGCTTTGGTTTTTGTGTGTTTCCTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTCAGT
GTTTGTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAAGTAGTGCATTTTAAAATAAA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1B812JQ 865 0 0
AG
ATCAAGAACATATCATTTCTTTGTAAAACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTGATTA
CTGGCCAAGCATGTTCTGTATGAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTGGAGTT
CGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCGCGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGAT
TCATAAGAAGGTTCCGGTTCTGATCCACAACGGTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCGATGT
TGTCCAGTACGTGGACGAGGCTTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCCTA
CGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCA
ATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGA
GGCAGTGAAGATTCTTGAAGCTGAACTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTT
TGGCTATGTAGACATTGCACTGATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTT
TGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTAT
GGAGAAAGAGAGCGTGTCTAAGTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGC
TGAGTTTAGGAAGAATAATCTCTGATGCTGAATTAAACCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTC
TGATGATTCTGTGCTCTGCTTTCGTTCTCGTTTAGCTTTGGTTTTTGTGTGTTTTCTAAT
AATACGTGAGGGCAAGCGTCAGTGTTTGTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAAGTAGTGC
ATTTTAAAATAAAGTTTGTTTCC

QA 3 865 3 865
DS 

RD RR1CB50JQ 302 0 0
G
GAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTTTAAG
TCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTC
TGATGCTGAATTAAACCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTCTGATGGTTCTGTGCTCTGCTTT
CGTTCTCGTTTAGCTTTGGTTTTTGTGTGTTTTCTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTCAG
TGTTTGTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAAGTAGTGCATTTTAAAATAAAGTTTGTTTC
C

QA 2 302 2 302
DS 

RD RR1CB50TF 302 0 0
G
GAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTCTAAG
TCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTC
TGATGCTGAATTAAACCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTCTGATGGTTCTGTGCTCTGCTTT
CGTTCTCGTTTAGCTTTGGTTTTTGTGTGTTTTCTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTCAG
TGTTTGTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAAGTAGTGCATTTTAAAATAAAGTTTGTTTC
C

QA 2 302 2 302
DS 

RD RR1DI03JQ 568 0 0
CCCTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGAT
GCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTT
ATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGCTGAACTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGAT
ACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAG
AAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGG
TGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTTTAAGTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTAC
GCCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTCTGATGCTGAATTAAACCTTGTGTTGTGTCTTCT
GTTTCTGATGATTCTGTGCTCTGCTTTCGTTCTCGTTTAGCTTTGGTTTTTGTGTGTTTT
CTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTCAGTGTTTGTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAAGT
AGTGCATTTTAAAATAAAGTTTGTTTCC

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1H147JQ 411 0 0
ACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTACATTCT
ACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAA
AACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTTTAAGTCTCTCCCTG
ACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTCTGATGCTGAA
TTAAACCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTCTGATGATTCTGTGCTCTGCTTTCGTTCTCGTT
TAGCTTTGGTTTTTGTGTGTTTTCTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTCAGTGTTTGTGTG
GTGGTTTGTATTGGATCCTAAGTAGTGCATTTTAAAATAAAGTTTGTTTCC

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR1BZ94JQ 794 0 0
CATGTTCTGTATGAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGATGTGGAGTTCGAGGCCAG
AGAAGAGGATCTCGCGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAA
GGTTCCGGTTCTGATCCACAACGGTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCAGTA
CGTGGATGAGGCTTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCCTACGGGAAAGC
TCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGAT
ATGGGGAAAGAAAGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAG*AGTTTATTGAGGCAGTGAA
GATTCTTGAAGCTGAACTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGT
AGACATTGCACTGATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTT
CAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGA
GAGCGTGTCTAAGTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAG
GAAGAATAATCTCTGATGCTGAATTAAACCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTCTGATGATTC
CGTGCTCTGCTTTCTTTCTCGTTTAGCTTTGGTTTTTGTGTGTTTTCTAATAATACGTGA
GGGCAAGCGTCAGTGTTTGTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAAGTAGTGCATTTTAAAA
TAAAGTTTGTTTCC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1BD17JQ 836 0 0
ACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTGATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTATGAGGGC
CAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTGGAGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCGCGAA
CAAGAGCCCTTTGTTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAAGGTTCCGGTTCTGATCCA
CAACGGTAAACCAGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTTGGTC
TGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCCTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGC
TGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGA
GGAACAAGCAGCGGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGCTGAACT
TGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTAC
ATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAG
TCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGGAGAAAGAGAGCGTGTCTAAGTCTCT
CCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTCTGATG
CTGAATTAAACCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTCTGATGATTCTGTGCTCTGCTTTCGTTC
TCGTTTAGCTTTGGTTTTTGTGTGTTTTCTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTCAGTGTTT
GTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAAGTAGTGCATTTTAAAATAAAGTTTGTTTCC

QA 1 836 1 836
DS 



CO CL34Contig2 810 2 5 U
GGGCACCTTTCTTAACCACACACTACCTCTATTGTTCACTTTGAACATAAATCAAGAACA
TATCATTTCTTTGTGAGCTTTAGTGATCTAAACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTG
ATTACTGGCCAAGCATGCTCTGTATGAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTTG
TGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCACGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATC
CGATTCATAAGAAGGTCCCGGTTCTGATCCACAACGGTAAACCGGTATGCGAGTCCCTCA
ATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATC
CATACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATG
CCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTA
TTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGCTGAGCCTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATA
CCTTTGGCTATGTAGACATTTCACTGATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGA
AGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGT
GTATGCAGAAAGAGAGCGTGTCTAAGTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACG
CCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTCTGATACTGATAAAACCTTGTGTTGTGTCTTTTGT
TTCTGATGATGCTGTGCTCCTGCTTTCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E570TF U 11
AF RR1B844TF U 1
BS 1 137 RR1B844TF
BS 138 138 RR1E570TF
BS 139 510 RR1B844TF
BS 511 511 RR1E570TF
BS 512 810 RR1B844TF

RD RR1E570TF 705 0 0
GGG
AACCACACACTGCCTCTATTGTTCACTTTGAACATAAATCAAGAACATATCATTTCTTTG
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AGAAGAGGATCTCACGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGATTCATAAGAA
GGTCCCGGTTCTGATCCACAACGGTAAACCGGTATGCGAGTCCCTCAATGTTGTCCAGTA
CGTGGACGAGGCTTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCATACGGGAAAGC
TCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGAT
ATGGGGAAAGAAAGGTGAGGA*CAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGTGAA
GATTCTTGAAGCTGAGCCTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGT
AGACATTTCACTGATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTT
CAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAG*TGTATGCAGAAAGA
GAGCGTGTCTAAGTCTCTCCCTGACCA
GAGAAAATGTGCGTA

QA 4 690 4 690
DS 

RD RR1B844TF 810 0 0
GGGCACCTTTCTTAACCACACACTACCTCTATTGTTCACTTTGAACATAAATCAAGAACA
TATCATTTCTTTGTGAGCTTTAGTGATCTAAACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTG
ATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTATGAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTTG
TGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCACGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATC
CGATTCATAAGAAGGTCCCGGTTCTGATCCACAACGGTAAACCGGTATGCGAGTCCCTCA
ATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATC
CATACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATG
CCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTA
TTGAGGCAGTGAAGATTCTTGAAGCTGAGCTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATA
CCTTTGGCTATGTAGACATTTCACTGATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGA
AGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGT
GTATGCAGAAAGAGAGCGTGTCTAAGTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACG
CCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTCTGATACTGATAAAACCTTGTGTTGTGTCTTTTGT
TTCTGATGATGCTGTGCTCCTGCTTTCGTT

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 18

CO CL35Contig1 546 18 12 U
GGATCCACAACAGACAAGCAAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAGCA
CGAGAAGAAATGGCAAAGATATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTCTTCTTGGTT
GTTTCCAATGGAATTTCGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTG
CCATCACCATGTACTGAAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTC
CATTGTGACGGGGTGTGTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAG
CCATGAAAATTTAATCAACCACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACT
TTGTTTGTAATTCACGTATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTC
AAGCCTATTTATACGTGTACTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGA
TTGTTTGTAACTTTGTATATCTTATCATTGATAAGTCTCAACTATCGAGAATCTGTTTAA
GGCTCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 50 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 70 85 85 85 85 55 70 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 55 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 60 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 65 65 50 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1GR83TF U 20
AF RR1GV38JQ C 117
AF RR1CQ75JQ C 20
AF RR1CQ75TF U 20
AF RR1GV38TF U 20
AF RR1DZ43TF U 20
AF RR1B379JQ C 1
AF RR1B379TF U 1
AF RR1F691TF U 1
AF RR1EH61TF U 20
AF RR1BB92TF U 20
AF RR1BZ90JQ C 20
AF RR1AD82TF U 350
AF RR1CH05TF U 350
AF RR1DZ43JQ C 20
AF RR1EB84TF U 20
AF RR1EB84JQ C 141
AF RR1BZ90TF U 20
BS 1 19 RR1B379TF
BS 20 115 RR1CQ75TF
BS 116 116 RR1B379TF
BS 117 403 RR1CQ75TF
BS 404 404 RR1B379TF
BS 405 447 RR1CQ75TF
BS 448 448 RR1B379TF
BS 449 475 RR1CQ75TF
BS 476 488 RR1B379TF
BS 489 489 RR1BB92TF
BS 490 496 RR1AD82TF
BS 497 546 RR1BZ90TF

RD RR1GR83TF 118 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAGCACGAGAAGAAATGGCAAAGA
TATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTCTTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATT
CC

QA 1 116 1 116
DS 

RD RR1GV38JQ 359 0 0
GGTTGTTTCCAATGGAATTTCGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGA
TGTGCCATCACCATGTACTGAAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGC
TCTCCATTGTGACGGGGTGTGTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGG
ACAGCCATGAAAATTTAATCAACCACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCGTCTCGCTTTAT
CACTTTGTTTGTAATTCACGTATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACT
GCTCAAGCCTATTTATACGTGTACTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCT

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR1CQ75JQ 456 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAGCACGAGAAGAAATGGCAAAGA
TATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTCTTCTCGGTTGTTTCCAATGGAATTTCGA
AGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTGAAA
CCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTG
AAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAAC
CACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACGTAT
CTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTA
CTCTTGTGGTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCT

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1CQ75TF 456 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAGCACGAGAAGAAATGGCAAAGA
TATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTCTTCTCGGTTGTTTCCAATGGAATTTCGA
AGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTGAAA
CCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTG
AAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAAC
CACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACGTAT
CTGTGCATAAATAATAGATGGGGGGAGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTA
CTCTTGTGGTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCT

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1GV38TF 456 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAGCACGAGAAGAAATGGCAAAGA
TATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTCTTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATTTCGA
AGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTGAAA
CCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTG
AAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAAC
CACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCGTCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACGTAT
CTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTA
CTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCT

QA 1 456 1 456
DS 

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AGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTGAAA
CCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTG
AAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAAC
CACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTCTGTAATTCACGTAT
CTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATAC

QA 1 415 1 415
DS 

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CGAGAAGAAATGGCAAAGATATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTTTTCTTGGTT
GTTTCCAATGGAATTTCGAAGAGCAACGCATGTCATACATTTTTAGGTGAATGCAATGTG
CCATCACCATGTACTGAAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTC
CATTGTGACGGGGTGTGTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAG
CCATGAAAATTTAATCAACCACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTTGCTTTATCACT
TTGTTTGTAATTCACGTATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTC
AAGCCTATTTATACGTGTACTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGA
TTGTTTGT

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1B379TF 488 0 0
GGATCCACAACAGACAAGCAAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAGCA
CGAGAAGAAATGGCAAAGATATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTCTTCTTGGTT
GTTTCCAATGGAATTTCGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCAATGTG
CCATCACCATGTACTGAAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTC
CATTGTGACGGGGTGTGTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAG
CCATGAAAATTTAATCAACCACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTTGCTTTATCACT
TTGTTTGTAATTCACGTATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTC
AAGCCTATTTATACGTGTACTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGA
TTGTTTGT

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1F691TF 488 0 0
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CGAGAAGAAATGGCAAAGATATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTCTTCTTGGTT
GTTTCCAATGGAATTTCGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTG
CCATCACCATGTACTGAAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTC
CATTGTGACGGGGTGTGTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAG
CCATGAAAATTTAATCAACCACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACT
TTGTTTGTAATTCACGTATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTC
AAGCCTATTTATACGTGTACTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGA
TTGTTTGT

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1EH61TF 467 0 0
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AGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTGAAA
CCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTG
AAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAAC
CACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACGTAT
CTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTA
CTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGATTGTTT

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR1BB92TF 470 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAGCACGAGAAGAAATGGCAAAGA
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AGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTGAAA
CCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTTTG
AAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAAC
CACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACGTAT
CTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTAATACGTGTA
CTCTTGCGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGATTGTTTGTA

QA 1 470 1 470
DS 

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TATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTCTTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATTTCGA
AGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTGAAA
CCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCGAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTG
AAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAAC
CACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACGTAT
CTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTA
CTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGATTGTTTGTAACTTTGTATA
TCTTATCATTGATAAGTCTCAACTATCGAGAATCTGTTT
AAGGC

QA 1 519 1 519
DS 

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TCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTACTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAAT
ACATCTGATGATTGTTTGTAACTTTGT

QA 1 147 1 147
DS 

RD RR1CH05TF 147 0 0
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TCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTACTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAAT
ACATCTGATGATTGTTTGTAACTTTGT

QA 1 147 1 147
DS 

RD RR1DZ43JQ 519 0 0
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CCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTG
AAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAAC
CACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTCTGTAATTCACGTAT
CTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTA
CTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGATTGTTTGTAACTTTGTATA
TCTTATCATTGATAAGTCTCAACTATCGAGAATCTGTTT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1EB84TF 526 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAGCACGAGAAGAAATGGCAAAGA
TATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTCTTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATTTCGA
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CCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTG
AAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACCGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAAC
CACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACGTAT
CTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTA
CTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGATTGTTTGTAACTTTGTATA
TCTTATCATTGATAAGTCTCAACTATCGAGAATCTGTTT
AAGGCTC

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1EB84JQ 359 0 0
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CAATTTTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTGA
AGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACCGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAACC
CCCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACGTATC
TGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTAC
TCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGATTGTTTGTAACTTTGTATA

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR1BZ90TF 527 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAGCACGAGAAGAAATGGCAAAGA
TATCCAACTTTGCCACAACCGTTTTAGTTGTCTTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATTTCGA
AGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTGAAA
CCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCGAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTG
AAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAAC
CACCGAGCAAAAATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACGTAT
CTGTGCATAAATAATAGATGGGGG*AGTTGTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGTGTA
CTCTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGATTGTTTGTAACTTTGTATA
TCTTATCATTGATAAGTCTCAACTATCGAGAATCTGTTTAAGGCTCC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 2 16

CO CL36Contig1 885 14 19 U
GGACGCACGCCACTGAGAGTTCATCGCAGAGAACACAGAGAGAACAGAGAAAATGCCGGC
GGCTAAGCAGAGGACCCCGAAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAA
ATACTCTCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGG
CGGCGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGC
TAAGTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCC
TACCAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATT
CAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGG
ACCATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAAC
CTCCACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGG
AAAGGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAG
AGGAGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTC
TGATCAAATCCATTGAAGCAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTCTC
TGTCACAAGGAATGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTG
TTTCCCTTCATGTTTCAACATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGGATCTTTAAA
AAATACACTATTTTCTCTGATTTATATATCAACGTTCTATCATGA


BQ
30 35 35 35 35 35 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 60 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 55 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 30 60 35 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 
35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 

AF RR1A020JQ C 2
AF RR1H315TF U 64
AF RR1H882TF U 64
AF RR1EJ75TF U 5
AF RR1B480TF U 549
AF RR1A655TF U 1
AF RR1D289TF U 1
AF RR1A246TF U 9
AF RR1A655JQ C 1
AF RR1A020TF U 1
AF RR1D289JQ C 135
AF RR1B480JQ C 80
AF RR1H315JQ C 108
AF RR1H882JQ C 319
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BS 88 88 RR1A655TF
BS 89 692 RR1A020TF
BS 693 693 RR1A655TF
BS 694 708 RR1A020TF
BS 709 710 RR1A655TF
BS 711 729 RR1A020TF
BS 730 730 RR1D289TF
BS 731 807 RR1A020TF
BS 808 808 RR1D289JQ
BS 809 822 RR1A020TF
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BS 824 842 RR1A020TF
BS 843 843 RR1D289JQ
BS 844 862 RR1A020TF
BS 863 863 RR1D289JQ
BS 864 871 RR1A020TF
BS 872 872 RR1D289JQ
BS 873 885 RR1A020TF

RD RR1A020JQ 658 0 0
GACGCACGCCACTGAGAGTTCATCGCAGAGAACACAGAGAGAACAGAGAAAATGCCGGCG
GCTAAGCAGAGGACCCCGAAAGTAAGTCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAAA
TACTCTCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGGC
GGCGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGCT
AAGTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCCT
ACCAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTC
AAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGA
CCATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACC
TCCACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGGA
AAGGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAGA
GGAGAAGAAAGAGTTCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1H315TF 564 0 0
TAAGCAGAGGACCCCGAAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAAATA
CTCTCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGGCGG
CGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGCTAA
GTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCCTAC
CAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTCAA
GGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACC
ATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACCTC
CACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGGAAA
GGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAGAGG
AGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1H882TF 647 0 0
TAAGCAGAGGACCCCGAAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAAATA
CTCTCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGGCGG
CGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGCTAA
GTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCCTAC
CAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTCAA
GGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACC
ATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACCTC
CACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGGAAA
GGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAGAGG
AGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCTGA
TCAAATCCATTGAAGTAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1EJ75TF 771 0 0
GG
ACGCCACTGAGAGTTCATCGCAGAGAACACAGAGAGAACAGAGAAAATGCCGGCGGCTAA
GCAGAGGACCCCGAAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAAATACTC
TCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGGCGGCGT
TTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGCTAAGTT
TTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCTAACAGGCGCAAGCCTAAGCCTACCAA
GCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTCAAGGG
CAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACCATT
CAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACCTCCAC
GAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGGAAAGGT
TGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAGAGGAGA
AGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCTGATCA
AATCCATTGAAGCAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTCTCTGTCAC
AAGGA*TGAA*CCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCG

QA 3 771 3 771
DS 

RD RR1B480TF 182 0 0
CTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTTTGAAGCTGACAAAGAGGAGAAG
AAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCTGATCAAA
TCCATTGAAGCAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTCTCTGTCACAA
GG

QA 1 182 1 182
DS 

RD RR1A655TF 839 0 0
GGACGCACGCCACTGAGAGTTCATCGCAGAGAACACAGAGAGAACAGAGAAAATGCCGGC
GGCTAAGCAGAGGACCCCGAAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAA
ATACTCTCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGG
CGGCGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGC
TAAGTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCC
TACCAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATT
CAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGG
ACCATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAAC
CTCCACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGG
AAAGGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAG
AGGAGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTC
TGATCAAATCCATTGAAGCAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTCTC
TGTCACAAG*AATGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTG
TTTCCCTTCATGTTTCAACATCTGTTT*CCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGGATCTTTAA

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR1D289TF 793 0 0
GGACGCACGCCACTGAGAGTTCATCGCAGAGAACACAGAGAGAACAGAGAAAATGCCGGC
GGCTAAGCAGAGGACCCCGAAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAA
ATACTCTCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGG
CGGCGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGC
TAAGTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCC
TACCAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATT
CAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGG
ACCATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAAC
CTCCACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGG
AAAGGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAG
AGGAGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTC
TGATCAAATCCATTGAAGCAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTCTC
TGTCACAAGGA*TGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTT*G
TTTCCCTTCATGT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1A246TF 803 0 0
GCCACTGAGAGTTCATCGCAGAGAACACAGAGAGAACAGAGAAAATGCCGGCGGCTAAGC
AGAGGACCCCGAAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAAATACTCTC
GCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGGCGGCGTTT
TCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGCTAAGTTTT
ACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCCTACCAAGC
TTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTCAAGGGCA
AGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACCATTCA
AGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACCTCCACGA
AGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGGAAAGGTTA
CTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAGAGG*GAAG
AAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCTGATCAAA
TCCATTGAAGCAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTCTCTGTCACAA
G*AATGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTGTTTCCCTT
CATGTTTCAACATCTGTTT
CCCC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1A655JQ 837 0 0
GGACGCACGCCACTGAGAGTTCATCGCAGAGAACACAGAGAGAACAGAGAAAATGCCGGC
GGCTAAGCAGAGGACCCCGAAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAA
ATACTCTCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGG
CGGCGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGC
TAAGTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCC
TACCAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATT
CAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGG
ACCATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAAC
CTCCACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGG
AAAGGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAG
AGGAGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTC
TGATCAAATCCATTGAAGCAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTCTC
TGTCACAAGGAATGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTG
TTTCCCTTCATGTTTCAACATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGGATCTTT

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR1A020TF 885 0 0
GGACGCACGCCACTGAGAGTTCATCGCAGAGAACACAGAGAGAACAGAGAAAATGCCGGC
GGCTAAGCAGAGGACCCCGAAAGTAAGTCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAA
ATACTCTCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGG
CGGCGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGC
TAAGTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCC
TACCAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATT
CAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGG
ACCATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAAC
CTCCACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGG
AAAGGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAG
AGGAGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTC
TGATCAAATCCATTGAAGCAGTCCCAGAGCTCTAGACTTACCTCGGCG**AGGTTCTCTC
TGTCACAAG*AATGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTG
TTTCCCTTCATGTTTCAACATCTGTTT*CCCCTGAGAGTTTT*GTCCCTGGATCTTTAAA
AA*TACACTATTTTCTCTGATT*ATATATCA*CGTTCTATCATGA

QA 1 885 1 885
DS 

RD RR1D289JQ 747 0 0
AAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGGCGGCGTTTTCCCCC
GTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGCTAAGTTTTACCCGG
CGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCCTACCAAGCTTAAAG
CAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTCAAGGGCAAGAGAG
TTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACCATTCAAGATCA
ACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACCTCCACGAAGGTTG
ACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGGAAAGGTTGCTGAGA
AGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAGAGGAGAAGAAAGAG
ATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCTGATCAAATCCATT
GAAGCAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTCTCTGTCACAAGGAATG
AAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTGTTTCCCTTCATGTT
TCAACATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGGATCTTTAAAAAATACACTATT**
CTCTGATTTATATATCAACGTTCTATC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1B480JQ 803 0 0
AAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAAATACTCTCGCTCCCAAATG
TACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGGCGGTGTTTTCCCCCGTCAC
GACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGCTAAGTTTTACCCGGCGGAA
GACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCCTACCAAGCTTAAAGCAAGC
ATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTCAAGGGCAAGAGAGTTGTC
TTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACCATTCAAGATCAACGGT
GTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACCTCCACGAAGGTTGACATT
*CTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGGAAAGGTTGCTGAGAAGAAG
ACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAGAGGAGAAGAAAGAGATCCC
TCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCTGATCAAATCCATTGAAGC
AGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTCTCTGTCACAAGGAATGAAACC
ACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTGTTTCCCTTCATGTTTCAAC
ATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGGATCTTTAAAAAATACACTATTTTCTCTG
ATTTATATATCAACGTTCTATC
T

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1H315JQ 774 0 0
GGGGCGTCGGCAAATACTCTCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCA
AGGCCAAAAACGGCGGCGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGG
TTGAGAAGCCGGCTAAGTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGC
GCAAGCCTAAGCCTACCAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCC
TTGCTGGTAGATTCAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGC
TTTTGGTTACTGGACCATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCT
ACGTGATTGGAACCTCCACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATG
ACAAGTACTTCGGAAAGGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*
GAAGCTGACAAAGAGGAGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACC
GTAGACGCAGCTCTGATCAAATCCATTGAAGTAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGC
GCCAGGTTCTCTCTGTCACAAGGAATGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCA
TCTTATCGTTTTGTTTCCCTTCATGTTTCAACATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCC
CTGGATCTTTAAAAAATACACTATTTTCTCTGATTTATATATCAACGTTCTATC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1H882JQ 563 0 0
CATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTCAAGGGCAAGAGAGTTGT
CTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACCATTCAAGATCAACGG
TGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACCTCCACGAAGGTTGACAT
TTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGGAAAGGTTGCTGAGAAGAA
GACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTT*GAAGCTGACAAAGAGGAGAAGAAAGAGATCC
CTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCTGATCAAATCCATTGAAG
TAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTTTCTGTCACAAGGAATGAAAC
CACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTGTTTCCCTTCATGTTTCAA
CATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGGATCTTTAAAAAATACACTATTTTCTCT
GATTTATATATCAACGTTCTATC

QA 1 563 1 563
DS 



CO CL36Contig2 740 2 3 U
GGAGGGGTTGTTTGGTTTACTTCCGTCGTCACTGAGAGGTTGTTGTAACAGAGAGAATCA
AAACAAAGATGCCGGCGGCGAAGCAAAGGACCCCGAAAGTGAGCCGAAACCCTGATCTGA
TAAGGGGTGTTGGCAAATACTCTCGTTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGCTTGTGGGCAA
TCAAGGCCAAAAACGGCGGCGTTTTCCCCCGCCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAATCTT
CCGTTGAGAAGCCACCCAAGTTTTACCCCGCTGAAGACGTTAAGAAGCCTCTCGCCAACA
GACGCAAGCCTAATCCTACCAAGCTCAAGTCAAGCATTACTCCAGGAACCGTGTTGATCA
TTCTTGCCGGTAGATTCAAGGGCAAGAGAGTTGTATTCCTCAAGCAGCTCTCTTCTGGTT
CGCTTTTGGTGACTGGACCGTTCAAGATCAATGGTGTTCCACTGAGACGTGTTAACCAGT
CCTATGTGATTGGAACCTCCACAAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACGTTGAGAAGTTCG
ATGACAAGTACTTCGGAAAGGTTGCTGAGAAGAAGAGCAAGAAAGGAGAAGGCGAGTTCT
TTGAAGCTGACAAAGAGGTGAAGAAAGAGATCCCACAGGAGAAGAAAGAAGACCAGAAAA
CCGTGGATGCAGCACTTATCAAAGCCATTGAAGCAGTGCCAGAGCTCAAGACTTACCTCG
GCGCCAGGTTCTCATTGTCT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU41TF U 2
AF RR1B703TF U 1
BS 1 420 RR1B703TF
BS 421 421 RR1GU41TF
BS 422 740 RR1B703TF

RD RR1GU41TF 573 0 0
GG
GGGGTTGTTTGGTTTACTTCCGTCGTCACTGAGAGGTTGTTGTAACAGATAGAATCAAAA
CAAAGATGCCGGCGGCGAAGCAAAGGACCCCGAAAGTGAGCCGAAACCCTGATCTGATAA
GGGGTGTTGGCAAATACTCTCGTTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGCTTGTGGGCAATCA
AGGCCAAAAACGGCGGCGTTTTCCCCCGCCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAATCTTCCG
TTGAGAAGCCACCCAAGTTTTACCCCGCTGAAGACGTTAAGAAGCCTCTCGCCAACTGAC
GCAAGCCTAATCCTACCAAGCTCAAGTCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATTC
TTGCCGGTAGATTCAAGGGCAAGAGAGTTGTATTCCTCAAGCAGCTCTCTTCTGGTTCGC
TTTTGGTGACTGGACCGTTCAAGATCAATGGTGTTCCACTGAGACGTGTTAACCAGTCCT
ATGTGATTGGAACCTCCACAAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACGTTGAGAAGTTCGATG
ACAAGTACTTCGGAAAGGTTGCTGAGAAGAA

QA 3 573 3 573
DS 

RD RR1B703TF 740 0 0
GGAGGGGTTGTTTGGTTTACTTCCGTCGTCACTGAGAGGTTGTTGTAACAGAGAGAATCA
AAACAAAGATGCCGGCGGCGAAGCAAAGGACCCCGAAAGTGAGCCGAAACCCTGATCTGA
TAAGGGGTGTTGGCAAATACTCTCGTTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGCTTGTGGGCAA
TCAAGGCCAAAAACGGCGGCGTTTTCCCCCGCCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAATCTT
CCGTTGAGAAGCCACCCAAGTTTTACCCCGCTGAAGACGTTAAGAAGCCTCTCGCCAACA
GACGCAAGCCTAATCCTACCAAGCTCAAGTCAAGCATTACTCCAGGAACCGTGTTGATCA
TTCTTGCCGGTAGATTCAAGGGCAAGAGAGTTGTATTCCTCAAGCAGCTCTCTTCTGGTT
TGCTTTTGGTGACTGGACCGTTCAAGATCAATGGTGTTCCACTGAGACGTGTTAACCAGT
CCTATGTGATTGGAACCTCCACAAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACGTTGAGAAGTTCG
ATGACAAGTACTTCGGAAAGGTTGCTGAGAAGAAGAGCAAGAAAGGAGAAGGCGAGTTCT
TTGAAGCTGACAAAGAGGTGAAGAAAGAGATCCCACAGGAGAAGAAAGAAGACCAGAAAA
CCGTGGATGCAGCACTTATCAAAGCCATTGAAGCAGTGCCAGAGCTCAAGACTTACCTCG
GCGCCAGGTTCTCATTGTCT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 17

CO CL37Contig1 846 17 12 U
GGATTTTCAAAGCAGCAACAGAAAAAAATGGCTCAAGCAGTGACTTCGATGGCTGGTTTA
CGTGGTGCATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACAATGGCTCAAACCGTTTG
AACATCTCCAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAG
AACGAGTCAGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTA
GTCGGTGGTTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGT
CCTCCTCCACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGAC
TTTTCACTGAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCA
GCTAGGGCCAAAGAATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAA
GCGTGGCCTTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTT
AACACCGTTATCTCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGC
AAGCTCTTCCAAACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGAT
GCTGAGAAGTATTACTCAGAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGT
TAAGGAAGAAAGATCTGCTCTTTAATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTATT
GTCTTTCTCCTCCTCTTTCTGTCTGATCAAATCGGTTATATTTAATTTCAGTTTCAAGTT
TTCGCC


BQ
20 20 35 40 50 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 90 
90 60 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 55 90 90 90 90 90 90 90 90 90 85 70 85 85 85 85 70 85 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 75 90 90 90 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 55 80 80 80 80 80 80 80 
80 75 75 15 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 
55 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 55 40 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 25 

AF RR1GD39TF U 3
AF RR1DJ15TF U 1
AF RR1G584TF U -6
AF RR1AA83TF U 1
AF RR1CZ51TF U 69
AF RR1AY68TF U 1
AF RR1EN13TF U -3
AF RR1A144TF U -2
AF RR1E391TF U 7
AF RR1A144JQ C -1
AF RR1GD39JQ C 6
AF RR1F836TF U 378
AF RR1CZ51JQ C 141
AF RR1DJ15JQ C 205
AF RR1EN13JQ C 253
AF RR1CU76JQ C 479
AF RR1CU76TF U 570
BS 1 353 RR1AA83TF
BS 354 354 RR1AY68TF
BS 355 492 RR1AA83TF
BS 493 493 RR1AY68TF
BS 494 721 RR1AA83TF
BS 722 723 RR1AY68TF
BS 724 724 RR1F836TF
BS 725 791 RR1AY68TF
BS 792 810 RR1EN13TF
BS 811 815 RR1A144TF
BS 816 826 RR1F836TF
BS 827 846 RR1CU76TF

RD RR1GD39TF 559 0 0
T
TTTTCAAAGCAGCAACAGAAAAAAATGGCTCAAGCAGTGACTTCGATGGCTGGTTTACGT
GGTGCATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACAATGGCTCAAACCGTTTGAAC
ATCTCCAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTTTGATCAGGGCTCAGCAGAAC
GAGTCAGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGCCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTAGTC
GGTGGTTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCCT
CCTCCACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTTT
TCACTGAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGCT
AGGGCCAAAGGATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGCG
TGGCCTTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAAC
ACCGTTATCTCCGCCAAG

QA 2 559 2 559
DS 

RD RR1DJ15TF 633 0 0
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CGTGGTGCATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACAATGGCTCAAACCGTTTG
AACATCTCCAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAG
AACGAGTCAGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTA
GTCGGTGGTTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGT
CCTCCTCCACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGAC
TTTTCACTGAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCA
GCTAGGGCCAAAGAATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAA
GTGTGGCCTTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTT
AACACCGTTATCTCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGC
AAGCTCTTCCAAACCATCGACA*CCTGGACTAT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1G584TF 633 0 0
GGAACAATT
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TGGTGCATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACAATGGCTCAAACCGTTTGAA
CATCTCCAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAGAA
CGAGTCAGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTAGT
CGGTGGTTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCC
TCCTCCACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTT
TTCACTGAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGC
TAGGGCCAAAGAATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGC
GTGGCCTTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAA
CACCGTTATCTCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAA
GCTCTTCCAAACCATCGACAACCT

QA 10 633 10 633
DS 

RD RR1AA83TF 721 0 0
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CGTGGTGCATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACAATGGCTCAAACCGTTTG
AACATCTCCAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAG
AACGAGTCAGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTA
GTCGGTGGTTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGT
CCTCCTCCACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCGAGAGAC
TTTTCACTGAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCA
GCTAGGGCCAAAGAATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAA
GCGTGGCCTTACATCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTT
AACACCGTTATCTCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGC
AAGCTCTTCCAAACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGAT
GCTGAGAAGTATTACTCAGAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGT
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1CZ51TF 668 0 0
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CAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAGAACGAGTC
AGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTAGTCGGTGG
TTCGTTCGTTAAGTCCGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCCTCCTCC
ACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTTTTCACT
GAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGCTAGGGC
CAAAGAATCCGCTAAAGAGTTCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGCGTGGCC
TTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAACACCGT
TATCTCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAAGCTCTT
CCAAACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGCTGAGAA
GTAT*ACTCAGAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCA*GATTGGTTAA*GGAG
AAAGATCT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1AY68TF 791 0 0
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CGTGGTGCATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACGATGGCTCAAACCGTTTG
AACATCTCCAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAG
AACGAGTCAGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTA
GTCGGTGGTTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGT
CCTCCTCCACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGAC
TTTTCACTGAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGTCATTGTCACCAACAGAAGCTGCA
GCTAGGGCCAAAGAATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAA
GCGTGGCCTTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTT
AACACCGTTATCTCCGCCAAGCTTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGC
AAGCTCTTCCAAACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCGGCCCGGAT
GCTGAGAAGTATTACTCAGAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGT
TAAAGAAGAAAGATCTGCTCTTTAATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTATT
GTCTTTCTCCT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1EN13TF 815 0 0
GGATTT
ATTTTCAAAGCAGCAACAGAAAAAAATGGCTCAAGCAGTGACTTCGATGGCTGGTTTACG
TGGTGCATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACAATGGCTCAAACCGTTTGAA
CATCTCCAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAGAA
CGAGTCAGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTAGT
CGGTGGTTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCC
TCCTCCACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTT
TTCACTGAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGC
TAGGGCCAAAGAATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGC
GTGGCCTTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAA
CACCGTTATCTCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAA
GCTCTTCCAAACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGC
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A*GAAGAAAGATCTGCTCTTTAATGTATTGTTGTTGGTAT*ACTATCCAAGTACTATTGT
CTTTCTCCTCCTCTTTCTGTCTGATCAA
T

QA 7 814 7 814
DS 

RD RR1A144TF 818 0 0
GGATT
ATTTTCAAAGCAGCAACAGAAAAAAATGGCTCAAGCAGTGACTTCGATGGCTGGTTTACG
TGGTGCATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACAATGGCTCAAACCGTTTGAA
CATCTCCAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAGAA
CGAGTCAGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTAGT
CGGTGGTTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCC
TCCTCCACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTT
TTCACTGAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGC
TAGGGCCAAAGAATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGC
GTGGCCTTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAA
CACCGTTATCTCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAA
GCTCTTCCAAACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGC
TGAGAAGTATTACTCAGAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGTTA
AAGAAGAAAGATCTGCTCTTTAATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTATTGT
CTTTCTCCTCCTCTTTCTGTCTGATCAAATCGG

QA 6 818 6 818
DS 

RD RR1E391TF 783 0 0
GG
AAAGCAGCAACAGAAAAAAATGGCTCAAGCAGTGACTTCGATGGCTGGTTTACGTGGTGC
ATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACAATGGCTCAAACCGTTTGAACATCTC
CAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAGAACGAGTC
AGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTAGTCGGTGG
TTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCCTCCTCC
ACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTTTTCACT
GAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGCTAGGGC
CAAAGAATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGCGTGGCC
TTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAACACCGT
TATCTCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAAGCTCTT
CCAAACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGCTGAGAA
GTATTACTCAGAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGTTAA*GAAG
AAAGATCTGCTCTTTAATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTAT*GTCTTTCT
C

QA 3 783 3 783
DS 

RD RR1A144JQ 804 0 0
GGATTA
TTTCAAAGCAGCAACAGAAAAAAATGGCTCAAGCAGTGACTTCGATGGCTGGTTTACGTG
GTGCATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACAATGGCTCAAACCGTTTGAACA
TCTCCAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAGAACG
AGTCAGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTAGTCG
GTGGTTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCCTC
CTCCACCCCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTTTT
CACTGAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGCTA
GGGCCAAAGAATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGCGT
GGCCTTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAACA
CCGTTATCTCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAAGC
TCTTCCAAACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGCTG
AGAAGTATTACTCAGAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGTTAAG
GAAGAAAGATCTGCTCTTTAATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTATTGTCT
TTCTCCTCCTCTTTCTGT

QA 7 804 7 804
DS 

RD RR1GD39JQ 825 0 0
TTCAAAGCAGCAACAGAAAAAAATGGCTCAAGCAGTGACTTCGATGGCTGGTTTACGTGG
TGCATCTCAGGCTGTTCTTGAAGGAAGTTTCCAGAACAATGGCTCAAACCGTTTGAACAT
CTCCAGAGCCACGGTCCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTTTGATCAGGGCTCAGCAGAACGA
GTCAGTACCGGAAAGTAGTCGCCGGCCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTAGTCGG
TGGTTCGTTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCCTCC
TCCACCTCCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTTTTC
ACTGAAACTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGCTAG
GGCCAAAGGATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGCGTG
GCCTTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAACAC
CGTTATCTCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAAGCT
CTTCCAAACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGCTGA
GAAGTATTACTCAGAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGTTAAGG
AAGAAAGATCTGCTCTTTAATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTATTGTCTT
TCTCCTCCTCTTTCTGTCCGATCAAATCGGTTATATTTAATTTC
G

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1F836TF 449 0 0
G
GACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGCTAGGGCCAAAGAATCC
GCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGCGTGGCCTTACGTCCAG
AACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAACACCGTTATCTCCGCC
AAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAAGCTCTTCCAAACCACC
GACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGCTGAGAAGTATTACTCA
GAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGTTAAGGAAGAAAGATCTGC
TCTTTAATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTATTTTCTTTCTCCTCCTCTTT
CTGTCTGATCAAATCGGTTATATTTAAT

QA 2 449 2 449
DS 

RD RR1CZ51JQ 705 0 0
CCGGTCTCAGAGAACCGGGCTTGTGATCAGGGCTCAGCAGAACGAGTCAGTACCGGAAAG
TAGTCGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTAGTCGGTGGTTCGTTCGTTAA
GTCCGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCCTCCTCCACCTCCTTCCGG
TGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTTTTCACTGAAACTGAAAGA
CAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGCTAGGGCCAAAGAATCCGC
TAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGCGTGGCCTTACGTCCAGAA
CGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAACACCGTTATTTCCGCCAA
GCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAAGCTCTTCCAAACCATCGA
CAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGCTGAGAAGTATTACTCAGA
GACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGTTAAGGAAGAAAGATCTGCTC
TTTAATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTATTGTCTTTCTCCTCCTCTTTCT
GTCTGATCAAATCGGCTATATTTAATTTCAGTTTCAAGTTTTCGC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1DJ15JQ 642 0 0
CGCCGGTCTGTGATTGGGCTCGTTGCGGCTGGTTTAGTCGGTGGTTCGTTCGTTAAGTCT
GCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCCTCCTCCACCTCCTTCCGGTGGT
CTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTTTTCACTGAAACTGAAAGACAGA
TTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGCTAGGGCCAAAGAATCCGCTAAA
GAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGTGTGGCCTTACGTCCAGAACGAT
CTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAACACCGTTATTTCCGCCAAGCCT
AAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAAGCTCTTCCAAACCATCGACAAC
CTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGCTGAGAAGTATTACTCAGAGACT
GTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGTTAAGGAAGAAAGATCTGCTCTTTA
ATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTATTGTCTTTCTCCTCCTCTTTCTGTCT
GATCAAATCGGTTATATTTAACTTCAGTTTCAAGTTTTCGC
T

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1EN13JQ 594 0 0
TTCGTTAAGTCTGCGTTCGCCACCGAAGCTCTTGCTATCAAAGTTGGTCCTCCTCCACCT
CCTTCCGGTGGTCTACCTGGAACAGATAACTCAGACCAGGCAAGAGACTTTTCACTGAAA
CTGAAAGACAGATTTTACTTACAGCCATTGTCACCAACAGAAGCTGCAGCTAGGGCCAAA
GAATCCGCTAAAGAGATCATTAACGTTAAGTCTTTGATCGACAAAAAAGCGTGGCCTTAC
GTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCTTAACACCGTTATC
TCCGCCAAGCCTAAGGAAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAAGCTCTTCCAA
ACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGCTGAGAAGTAT
TACTCAGAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGTTAAGGAAGAAAG
ATCTGCTCTTTAATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTATTGTCTTTCTCCTC
CTCTTTCTGTCTGATCAAATCGGTTATATTTAATTTCAGTTTCAAGTTTTCGCC

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1CU76JQ 368 0 0
G
AGCGTGGCCTTACGTCCAGAACGATCTCCGTTTAAGAGCATCGTACCTCCGTTACGATCT
TAACACCGTTATTTCCGCCAAGCCTAAG*AAGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGG
CAAGCTCTTCCAAACCATCGACAACCTGGACTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGA
TGCTGAGAAGTATTACTCAGAGACTGTCTCGAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGG
TTAAGGAAGAAAGATCTGCTCTTTAATGTATTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTAT
TGTCTTTCTCCTCCTCTCTCTGTCTGATCAAATCGGTTATATTTAAATTCAGTTTCAAGT
TTTCGCC

QA 2 368 2 368
DS 

RD RR1CU76TF 277 0 0
AGAGAAACAGAGCCTCAAAGAACTCACCGGCAAGCTCTTCCAAACCATCGACAACCTGGA
CTATGCGGCGAGGTCAAAGAGCAGCCCGGATGCTGAGAAGTATTACTCAGAGACTGTCTC
GAGTTTGAACAATGTTCTTGCCAAGATTGGTTAAGGAAGAAAGATCTGCTCTTTAATGTA
TTGTTGTTGGTATTACTATCCAAGTACTATTGTCTTTCTCCTCCTCTCTCTGTCTGATCA
AATCGGTTATATTTAAATTCAGTTTCAAGTTTTCGCC

QA 1 277 1 277
DS 



AS 2 17

CO CL38Contig1 803 14 7 U
ACATAAGCACATTGAGTGGAGTAACATTAAGTAAATAAATACAGCCCATTATTTCTCGCC
TCTTCGTAGACAGTGTTACATTGATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAGTTATATCA
AGAAAAGGACAGATACAAGTGTGACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACAACTGAGCCCT
GATCGAACGCTTTCTGCAAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAG
ATATTGCCAAAGAAATGAGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAAT
GGCGCCACAATCGCCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGCG
AAGAAAAGTCGAGCAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCC
CAGGAGATAATGCCTGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTGG
ATACCTGTACCTCTTGCAAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGA
TTATGAACAGACATCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTC
TCCTCAGCCTTCGTAGATACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATACTCTTAGC
GGGTTGAAGCAAACAGCACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAGCAAGGC
CGTGGTTTAAGAGAGAGAAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGACGATCCGGGACGATGAG
ATACAGAGACTCGCCATGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 60 
60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 40 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 15 45 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 40 25 

AF RR1D532JQ U 41
AF RR1EA21JQ U 1
AF RR1FQ15JQ U 14
AF RR1FQ15TF C 228
AF RR1GF30JQ U 14
AF RR1EA21TF C 67
AF RR1B760JQ U 14
AF RR1AF43JQ U 18
AF RR1AF43TF C 18
AF RR1E471JQ U 18
AF RR1E471TF C 53
AF RR1GF30TF C 55
AF RR1B760TF C 105
AF RR1D532TF C 182
BS 1 23 RR1EA21JQ
BS 24 24 RR1FQ15JQ
BS 25 714 RR1EA21JQ
BS 715 738 RR1FQ15JQ
BS 739 801 RR1GF30JQ
BS 802 802 RR1B760JQ
BS 803 803 RR1E471TF

RD RR1D532JQ 193 0 0
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ACACGAGTACAGTTATATCAAGAAAAGGACAGATACAAGTGTGACACCAATGATGCCTAA
AGTGGCGACAACTGAGCCCTGATCGAACGCTTTCTGCAAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATG
CTGAAAAGCCAGA

QA 1 193 1 193
DS 

RD RR1EA21JQ 714 0 0
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TCTTCGTAGACAGTGTTACATTGATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAGTTATATCA
AGAAAAGGACAGATACAAGTGTGACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACAACTGAGCCCT
GATCGAACGCTTTCTGCAAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAG
ATATTGCCAAAGAAATGAGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAAT
GGCGCCACAATCGCCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGCG
AAGAAAAGTCGAGCAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCC
CAGGAGATAATGCCTGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTGG
ATACCTGTACCTCTTGCAAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGA
TTATGAACAGACATCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTC
TCCTCAGCCTTCGTAGATACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATACTCTTAGC
GGGTTGAAGCAAACAGCACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1FQ15JQ 725 0 0
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TGTTACATTGATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAGTTATATCAAGAAAAGGACAGA
TACAAGTGTGACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACAACTGAGCCCTGATCGAACGCTTT
CTGCAAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGA
AATGAGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATGGCGCCACAATCG
CCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAG
CAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATACCATATTCACCCTTTGCCCAGGAGATAATGC
CTGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTC
TTGCAAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGATTATGAACAGACA
TCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCCTTCG
TAGATACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCT***********TAGCGGGTTGAAGCAAA
CAGCACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAGCAAGGCCGTGGTTTAAGAG
AGAGA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1FQ15TF 511 0 0
GCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGAAATGAGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCT
CATAACTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTC
ACCAGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATACCATA
TTCACCCTTTGCCCAGGAGATAATGCCTGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAAC
AAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGCAAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGA
GATCCATTGTAGATTATGAACAGACATCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCT
CTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCCTTCGTAGATACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCT**
*********TAGCGGGTTGAAGCAAACAGCACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACC
TGACGAGCAAGGCCGTGGTTTAAGAGAGAGA

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1GF30JQ 788 0 0
GAGTGGAGTAACATTAAGTAAATAAATACAGCCCATTATTTCTCGCCTCTTCGTAGACAG
TGTTACATTGATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAGTTATATCAAGAAAAGGACAGA
TACAAGTGTGACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACAACTGAGCCCTGATCGAACGCTTT
CTGCAAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGA
AATGAGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATGGCGCCACAATCG
CCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAG
CAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCCCAGGAAATAATGC
CTGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTC
TTGCAAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGATTATGAACAGACA
TCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCCTTCG
TAGATACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATACTCTTAGCGGGTTGAAGCAAA
CAGCACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAGCAAGGCCGTGGTTTAAGAG
AGAGAAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGACGATCCGGGACGATGAGATACAGAGACTCG
CCATGTGT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1EA21TF 733 0 0
TAGACAGTGTTACATTGATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAGTTATATCAAGAAAA
GGACAGATACAAGTGTGACACCAATGATGC*TAAAGTGGCGACAACTGAGCCCTGATCGA
ACGCTTTCTGCAAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGATATTG
CCAAAGAAATGAGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATGGCGCC
ACAATCGCCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGCGAAGAAA
AGTCGAGCAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCCCAGGAG
ATAATGCCTGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTGGATACCT
GTACCTCTTGCAAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGATTATGA
ACAGACATCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCA
GCCTTCGTAGATACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATACTCTTAGCGGGTTG
AAGCAAACAGCACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAGCAAGGCCGTGGT
TTAAGAGAGAGAAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGACGATCCGGGACGATGAGATACAG
AGACTCGCCAT
CC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1B760JQ 789 0 0
GGGG
GGAGTAACATTAAGTAAATAAATACAGCCCATTATTTCTCGCCTCTTCGTAGACAGTGTT
ACATTGATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAGTTACATCAAGAAAAGGACAGATACA
AGTGTGACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACAACTGAGCCCTGATCGAACGCTTTCTGC
AAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGAAATG
AGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAA
GAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAG
AAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCCCAGGAGATAATGCCTGA
TGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAATAACAAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGC
AAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGATTATGAACAGACATCGG
AGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCCTTCGTAGA
TACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATACTCTTAGCGGGTTGAAGCAAACAGC
ACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAGCAAGGCCGTGGTTTAAGAGAGAG
AAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGACGATCCGGGACGATGAGATACAGTGACTCGCCAT
GTGTC

QA 5 789 5 789
DS 

RD RR1AF43JQ 793 0 0
GGAGTAACATTAAGTAAATAAATACAGCCCATTATTTCTCGCCTCTTCGTAGACAGTGTT
ACATTGATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAGTTATATCAAGAAAAGGACAGATACA
AGTGTGACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACAACTGAGCCCTGATCGAACGCTTT*TGC
AAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGAAATG
AGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAA
GAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAG
AAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCCCAGGAGATAATGCCTGA
TGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAA***CAAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGC
AAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGATTATGAACAGACATCGG
AGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCATTCGTAGA
TACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATACTCTTAGCGGGTTGAAGCAAACAGC
ACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAGCAAGGCCGTGGTTTAAGAGAGAG
AAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGACGATCCGGGACGATGAGATACAGAGACTCGCCAT
GTGT
AAAATTTCC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1AF43TF 793 0 0
GGAGTAACATTAAGTAAATAAATACAGCCCATTATTTCTCGCCTCTTCGTAGACAGTGTT
ACATTGATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAGTTATATCAAGAAAAGGACAGATACA
AGTGTGACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACAACTGAGCCCTGATCGAACGCTTT*TGC
AAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGAAATG
AGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAA
GAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAG
AAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCCCAGGAGATAATGCCTGA
TGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAA***CAAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGC
AAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGATTATGAACAGACATCGG
AGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCATTCGTAGA
TACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATACTCTTAGCGGGTTGAAGCAAACAGC
ACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAGCAAGGCCGTGGTTTAAGAGAGAG
AAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGACGATCCGGGACGATGAGATACAGAGACTCGCCAT
GTGT
AAAATTTCC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1E471JQ 785 0 0
GGAGTAACATTAAGTAAATAAATACAGCCCATTATTTCTCGCCTCTTCGTAGACAGTGTT
ACATTGATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAGTTATATCAAGAAAAGGACAGATACA
AGTGTGACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACAACTGAGCCCTGATCGAACGCTTTCTGC
AAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGAAATG
AGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAA
GAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAG
AAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCCCAGGAGATAATGCCTGA
TGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGC
AAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGATTATGAACAGACATCGG
AGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCCTTCGTAGA
TACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATACTC*TAGCGGGTTGAAGCAAACAGC
ACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAGCAAGGCCGTGGTTTAAGAGAGAG
AAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGACGATCCGGGACGATGAGATACAGAGACTCGCCAT
GTGTC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1E471TF 751 0 0
TTCTCGCCTCTTCGTAGACAGTGTTACATTGATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAG
TTATATCAAGAAAAGGACAGATACAAGTGTGACACCAATGATGCGTAAAGTGGCGACAAC
TGAGCCCTGATCGAACGCTTTCTGCAAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAG
AAAACAAGATATTGCCAAAGAAATGAGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAA
CTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAG
GAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCAC
CCTTTGCCCAGGAGATAATGCCTGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGG
ACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGCAAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCC
ATTGTAGATTATGAACAGACATCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTC
TCTGCTTCTCCTCAGCCTTCGTAGATACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATA
CTC*TAGCGGGTTGAAGCAAACAGCACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACG
AGCAAGGCCGTGGTTTAAGAGAGAGAAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGACGATCCGGG
ACGATGAGATACAGAGACTCGCCATGTGTCC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1GF30TF 749 0 0
TCTCG
CTCTTCGTAGACAGTGT*ACAT*GATTTACAGATGAGAGTCACACGAGTACAGT*ATATC
AAGAAAAGGACAGATACAAGTGTGACACCAATGATGC*TAAAGTGGCGACAACTGAGCCC
TGATCGAACGCTTTCTGCAAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAA
GATATTGCCAAAGAAATGAGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAA
TGGCGCCACAATCGCCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGC
GAAGAAAAGTCGAGCAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGC
CCAGGAAATAATGCCTGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTG
GATACCTGTACCTCTTGCAAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAG
ATTATGAACAGACATCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTT
CTCCTCAGCCTTCGTAGATACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATACTCTTAG
CGGGTTGAAGCAAACAGCACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAGCAAGG
CCGTGGTTTAAGAGAGAGAAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGACGATCCGGGACGATGA
GATACAGAGACTCGCCATGTGTCC

QA 6 749 6 749
DS 

RD RR1B760TF 699 0 0
GAGTACAGTTACATCAAGAAAAGGACAGATACAAGTGTGACACCAATGATGCCTAAAGTG
GCGACAACTGAGCCCTGATCGAACGCTTTCTGCAAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGA
AAAGCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGAAATGAGAGCCCCTT*CTTGCTTCCCTCTTAT
GCTCATAACTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAG
TTCACCAGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCC
ATATTCACCCTTTGCCCAGGAGATAATGCCTGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAAT
AACAAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGCAAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGT
GGAGATCCATTGTAGATTATGAACAGACATCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCC
TCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCCTTCGTAGATACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACC
TAACGATACTCTTAGCGGGTTGAAGCAAACAGCACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAG
ACCTGACGAGCAAGGCCGTGGTTTAAGAGAGAGAAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGAC
GATCCGGGACGATGAGATACAGTGACTCGCCATGTGTCC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1D532TF 622 0 0
ATCGAACGCTTTCTGCAAGCTGC*TGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGA
TATTGCCAAAGAAATGAGAGCCCCTTTCTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATG
GCGCCACAATCGCCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCAGGAAAAGCGA
AGAAAAGTCGAGCAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCCC
AGGAGATAATGCCTGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTGGA
TACCTGTACCTCTTGCAAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGAT
TATGAACAGACATCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCT
CCTCAGCCTTCGTAGATACAGTAGCGGCGGTTCGCTGACGACCTAACGATACTC*TAGCG
GGTTGAAGCAAACAGCACTCGTATGGTGAGTTAGAACGGAGAGACCTGACGAGCAAGGCC
GTGGTTTAAGAGAGAGAAACGGTTTGTGGTGGTGGAGAGAGACGATCCGGGACGATGAGA
TACAGAGACTCGCCATGTGTCC

QA 1 622 1 622
DS 



CO CL38Contig2 799 3 10 U
AGTGCTAAATATAAGCATCTCATACACAGCGGATAAACATACGCACATTGAGTTGAGTAA
CATTAAGTAAATAAGTACAGCCCCATTATTTCTCGCCTCTTCGTGGACAGACATTACATT
GATTTACAGATGACAGTCACACGAATATAGTTATATCAAGAAAAGGACAGATACAAGTGT
GACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACAACAGAGCCCTGATCGAACGCTATCTGCAAGCT
GCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGAAATGAGAGC
CCCTTCTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAAGAGTAA
TGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCTGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAGAAGCGC
CACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCCCAGGAGATAATGCCGGATGGTGC
GGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGCGAGCAT
CAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGATTATGAACAGACATCGGAGCAGC
ATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCCTTCGTAGAAGTTCG
CTGACGATCTAACGATACTCTTAGCGGATTGAAGCAAACAGCACTCGTATGGTGAGTTAC
AACGGAGAGACTTGACGAACAAGGTCGGGGTTTTAGAGAGAGAAACGGTTTGTGGTGGTG
GAGAGAGACGATCCGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F061JQ U 1
AF RR1H764JQ U 27
AF RR1F061TF C 236
BS 1 112 RR1F061JQ
BS 113 113 RR1H764JQ
BS 114 210 RR1F061JQ
BS 211 211 RR1H764JQ
BS 212 219 RR1F061JQ
BS 220 220 RR1H764JQ
BS 221 229 RR1F061JQ
BS 230 230 RR1H764JQ
BS 231 738 RR1F061JQ
BS 739 799 RR1F061TF

RD RR1F061JQ 740 0 0
AGTGCTAAATATAAGCATCTCATACACAGCGGATAAACATACGCACATTGAGTTGAGTAA
CATTAAGTAAATAAGTACAGCCCCATTATTTCTCGCCTCTTCGTGGACAGACGTTACATT
GATTTACAGATGACAGTCACACGAATATAGTTATATCAAGAAAAGGACAGATACAAGTGT
GACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACAACTGAGCCCTGGTCGAACGCTTTCTGCAAGCT
GCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGAAATGAGAGC
CCCTTCTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAAGAGTAA
TGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCTGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAGAAGCGC
CACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCCCAGGAGATAATGCCGGATGGTGC
GGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGCGAGCAT
CAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGATTATGAACAGACATCGGAGCAGC
ATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCCTTCGTAGAAGTTCG
CTGACGATCTAACGATACTCTTAGCGGATTGAAGCAAACAGCACTCGTATGGTGAGTTAC
AACGGAGAGACTTGACGA
AC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1H764JQ 710 0 0
CG
GCGGATAAACATACGCACATTGAGTTGAGTAACATTAAGTAAATAAGTACAGCCCCATTA
TTTCTCGCCTCTTCGTGGACAG*CATTACATTGATTTACAGATGATAGTCACACGAGTAT
AGTTATATCAAGAAAAGGACAGATACAAGTGTGACACCAATGATGCCTAAAGTGGCGACA
ACAGAGCCCTGATCGAACGCTAT**GCAAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCC
AGAAAACAAGATATTGCCAAAGAAATGAGAGCCCCTTCTTGCTTCCCTCTTATGCTCATA
ACTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAAGAGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCT
GGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAGAAGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCA
CCCTTTGCCCAGGAGATAATGCCGGATGGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAG
GACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGCGAGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATC
CATTGTAGATTATGAACAGACATCGGAGCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTT
CTCTGCTTCTCCTCAGCCTTCGTAGCAGTTCGCTGACGATCTAACAATACTCTTAGCGGG
TTGAAGCAAACAGCACTCGTACAGTGAGTTACAACGGAGAGACTTGAC

QA 3 710 3 710
DS 

RD RR1F061TF 564 0 0
AAGCTGCCTGCTCGTGAGAAATGCTGAAAAGCCAGAAAACAAGATATTGCCAAAGAAATG
AGAGCCCCTTCTTGCTTCCCTCTTATGCTCATAACTTGAAATGGCGCCACAATCGCCAAG
AGTAATGCAATGAATGGCAGCTCAAGTTCACCTGGAAAAGCGAAGAAAAGTCGAGCAAGA
AGCGCCACAAATGCTGTCCAGATGCCATATTCACCCTTTGCCCAGGAGATAATGCCGGAT
GGTGCGGTTAGAGCAAGTAACGGAACAACAAAGGACTTGTGGATACCTGTACCTCTTGCG
AGCATCAATGCAACGCAAGAGATTGTGGAGATCCATTGTAGATTATGAACAGACATCGGA
GCAGCATAACAGACCACACTCGATCCTCTCTTTCTCTGCTTCTCCTCAGCCTTCGTAGAA
GTTCGCTGACGATCTAACGATACTCTTAGCGGATTGAAGCAAACAGCACTCGTATGGTGA
GTTACAACGGAGAGACTTGACGAACAAGGTCGGGGTTTTAGAGAGAGAAACGGTTTGTGG
TGGTGGAGAGAGACGATCCGGGCC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 18

CO CL39Contig1 759 18 7 U
GATATATATAGATGACCAAAGCAATAGACAAACAAGGAAGTAAGAGAAAAGAGAAAAAGT
AGTAATGGCTTCCTCTATGCTCTCCTCCGCCGCTGTGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCAC
CATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAAC
CAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTG
GCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTATCTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGT
CGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATT
TGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGG
ACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATT
GAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATT
CGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCAC
CGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAG
TTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAAT
GTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGCATCGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 45 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 65 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 90 90 90 90 90 95 95 95 
95 95 95 95 95 65 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 85 55 45 40 25 10 10 10 

AF RR1CY42TF U 51
AF RR1DN44JQ C 409
AF RR1EZ17TF U 1
AF RR1D048JQ C 98
AF RR1EZ17JQ C 283
AF RR1C567JQ C 54
AF RR1GL37TF U 417
AF RR1G558TF U 36
AF RR1G558JQ C 36
AF RR1AL70JQ C 36
AF RR1AL70TF U 36
AF RR1C567TF U 36
AF RR1D048TF U 36
AF RR1DW61JQ C 64
AF RR1DL39TF U 32
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AF RR1CX70TF U 103
AF RR1DL39JQ C 392
BS 1 36 RR1EZ17TF
BS 37 37 RR1G558TF
BS 38 274 RR1EZ17TF
BS 275 275 RR1G558TF
BS 276 755 RR1EZ17TF
BS 756 756 RR1DN44TF
BS 757 759 RR1CX70TF

RD RR1CY42TF 294 0 0
GAGAAAAAGTAGTAATTGCTTCCTCTATGCTCTCCTCCGCCGCTGTGGTTACCTCCCCAG
CTCAAGCCACCACGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCTGCATTCCCAGTCA
CCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGGAAGAGTTAGCTGCA
TGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTATCTTATCTTCCTGACC
TTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGA

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR1DN44JQ 280 0 0
GATA
TATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCA*TGACTCTGCT
CAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATC
ATTGGATT*GACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCA
AGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTT*TAAAACACTCATATAATAATCTATGCTCATTTC
ACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTC

QA 5 280 5 280
DS 

RD RR1EZ17TF 761 0 0
GATATATATAGATGACCAAAGCAATAGACAAACAAGTAAGTAAGAGAAAAGAGAAAAAGT
AGTAATGGCTTCCTCTATGCTCTCCTCCGCCGCTGTGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCAC
CATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAAC
CAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTG
GCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTACCTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGT
CGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATT
TGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGG
ACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATT
GAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATT
CGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCAC
CGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAG
TTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAAT
GTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGCATC
AAAAAA

QA 1 755 1 755
DS 

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GCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGGA
AGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTATCT
TATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAAC
AAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACGGA
AGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGA
TGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAAC
GCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATC
GCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAATA
ATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGA
CATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGCATC

QA 1 658 1 658
DS 

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GATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACGGAAGCAC
ACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCAC
TGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTT
CATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTA
CAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAATAATCTA
TGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGACATTT
TCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGCATC

QA 1 473 1 473
DS 

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AAAAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTCTC*TCCGCCGCTGTGGTTACCTCCCCAGCTC
AAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCC
GCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGGAAGAGTTAGCTGCATGA
AGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGATGTTTGAGACTTTATCTTATCTTCCTGACCTTA
GTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTG
TTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCCACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACT
ATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTC
AAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCA
TTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAA
GCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAATAATCTATGCTCATTTCA
CTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATT
GTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC

QA 1 699 1 699
DS 

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G
TGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGT
ATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCATTGG
ATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTT
CACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAATAATCTATGCTCATTTCACTTC
CAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATTGTCA
AATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC

QA 2 336 2 336
DS 

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TGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCG
CTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGG
GAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTAT
CTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCA
ACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACG
GAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTT**TGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCG
GATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTA
ACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCA
TCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAA
TAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGA
GACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGCA
AAAAAAA

QA 1 718 1 718
DS 

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TGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCG
CTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGG
GAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTAT
CTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCA
ACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACG
GAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTT**TGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCG
GATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTA
ACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCA
TCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAA
TAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGA
GACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTG

QA 1 716 1 716
DS 

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TGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCG
CTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGG
GAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTAT
CTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCA
ACAATTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACG
GAATCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCG
GATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAATGCAAGAAGGAGTACCCTA
ACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCA
TCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAA
TAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGA
GACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1AL70TF 717 0 0
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TGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCG
CTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGG
GAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTAT
CTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCA
ACAATTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACG
GAATCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCG
GATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAATGCAAGAAGGAGTACCCTA
ACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCA
TCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAA
TAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGA
GACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1C567TF 717 0 0
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TGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCG
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GAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGATGTTTGAGACTTTAT
CTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCA
ACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCCACCGTGAGCACG
GAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCG
GATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTA
ACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCA
TCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAA
TAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGA
GACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC

QA 1 717 1 717
DS 

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TGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCG
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GAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTAT
CTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCA
ACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACG
GAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCG
GATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTA
ACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCA
TCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAA
TAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGA
GACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGCAT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1DW61JQ 689 0 0
AATGGCTTCCTCTATGCTCTCCTCCGCCGCTGTGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCAT
GGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAA
CACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGTC
ACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTATCTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGA
ATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGCGTTGAATTTGA
GTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACG
TTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAA
GGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGA
CAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGA
TGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTG
CCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTC
TGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1DL39TF 734 0 0
GGAAGT
AAGTAAGAGAAAAGAGAAAAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTCTCCTCCGCCGCTGTG
GTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCT
GCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGGA
AGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTATCT
TATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAAC
AAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACGGA
AGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGA
TGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAAT
GCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATC
GCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAATA
ATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGA
CATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGCA
TCGCAAAAAAAA

QA 7 722 7 722
DS 

RD RR1DN44TF 723 0 0
GGT
GAAGTAAGAGAAAAGAGAAAAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTCTCCTCCGCCGCTGT
GGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCCCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGC
TGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGG
AAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTATC
TTATCTTCCTGGCCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAA
CAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACGG
AAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGG
ATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAA
CGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCAT
CGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAAT
AATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAG
ACATTTTCTATCGGATTGTCAA*TGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGCATCG

QA 4 723 4 723
DS 

RD RR1CX70TF 657 0 0
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CCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGGAAGAGT
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TCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAACAAGTG
GATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGCCTACCGTGAGCACGGAAGCAC
ACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCAC
TGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCCTAACGCCTT
CATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGCCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTA
CAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATATAATAATCTA
TGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGACATTT
TCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGCATCGCTT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1DL39JQ 366 0 0
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CCTAATGCCTTCATTAGAATCATTGGATTGGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGT
TTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTTTAAAACACTCAT
ATAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGT
CTGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTG
CATCG
C

QA 1 365 1 365
DS 



AS 2 17

CO CL40Contig1 1031 8 5 U
GGGAAGGATCAAATTAGTAAACGTAAAATTCAAAAAAAACAAGAATAAACGTATTTGTAT
CGTAAGAATATAAAAAAGAACAATATGTCGTCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATC
CTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGTGATGCATCTAAA
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TCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGGAGAATGTGCCCAGAGGTGC
GGCAAGCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAA*TATGAATAAA
TATTTTATTTAATACCTAATATCTATTTCGTTTTCTGTTGTATGAATAACACTGGAGCTG
TCCTTAGAAAGGAATTTTGAAAGCATTAGCTTATAACATCTTTTTTTGTAAACTTTGTAA
GGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGATTATTGGTTAAACATCATTTGCTAAGTT
TTTAATCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCGCAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTTCTTCTT
CTTGTTATGTTTCTTGCAGGGATCGTCATGGCAGAGCAACAAGCAGGGACACGATCTTAG
GAGTTTTCATGGTTGTTCTTGCGGTGTTGGCCAATGCTATCGCTATTTACAGCGATGCTT
ATGCGTTGTTCAAGAGGAACGCACCTCGTGAGTGATGTGGAGGATGAGTAAATTGTGCCA
GTTTGGGGGTGTTCTTGGATGAAGAAGGAAAACAAAAGTGTTTGTTTTTATTCCATCTTC
TTTTTCTTATGCGAGGTTGAATAAGCGAGAGGACAGGACTTGTCTTCTCTTTGTGTGTTG
TACCGTTGTTGTTGAGTGTTGTTTTAGGGTGTATGTACTTCTCTGCTTGCTTGTGGTTTT
GTATCACCATGAGTGTAGAAACTTTGTATAAAGATCAAATGTAATGCAGAATACATACTT
TTTGTGTATCG


BQ
20 20 20 20 20 5 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP09TF U 6
AF RR1AZ86JQ C 113
AF RR1AO68TF U 1
AF RR1D648TF U 1
AF RR1AZ86TF U 6
AF RR1GP09JQ C 6
AF RR1GQ77TF U 1
AF RR1GQ77JQ C 417
BS 1 5 RR1AO68TF
BS 6 7 RR1AZ86TF
BS 8 514 RR1AO68TF
BS 515 548 RR1GQ77TF
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TTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAA

QA 1 217 1 217
DS 

RD RR1AZ86JQ 298 0 0
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CATTTAAAGCAAGTTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTT
GTTGTGTCTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGGGGAATGTGCCC
AGAGGTGGGGCAAGCCATTACAAGTTTTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAA*TA
TGAATAAATATTTTTTTTAATACCTAATATTTATTTCGTTTTTTGTTGTATGAATAAC

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR1AO68TF 514 0 0
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CGTAAGAATATAAAAAAGAACAATATGTCGTCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATC
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TCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGGAGAATGTGCCCAGAGGTGC
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TATTTTATTTAATACCTAATATCTATTTCGTTTTCTGTTGTATGAATAACACTGGAGCTG
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GGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGATT

QA 1 514 1 514
DS 

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CGTAAGAATATAAAAAAGAACAATATGTTGTCATCAAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATC
CTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGTGATGCATCTAAA
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TATTTTATTTAATACCTAATATCTATTTCGTTTTCTGTTGTATGAATAACACTGGAGCTG
TCCTTAGAAAGGAATGATGAAAGCATTAGCTTATAACATCTTTTTTTGTAAACTTTGTAA
GGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGA

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1AZ86TF 509 0 0
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TGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGTGATGCATCTAAAGCAAG
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AGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGGAGAATGTGCCCAGAGGTGCGGCAA
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TATTTAATACCTAATATCTATTTCGTTTTCTGTTGTATGAATAACACTGGAGCTGTCCTT
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ATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGATT

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1GP09JQ 506 0 0
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GAATATAAAAAAGAACAATATGTCGTCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCCTAAT
TGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGTGATGCATCTAAAGCAAG
TTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGTCTCCCA
AGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGGAGAATGTGCCCAGAGGTGCGGCAA
GCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAA*TATGAATAAATATTT
TATTTAATACCTAATATCTATTTCGTTTTCTGTTGTATGAATAACACTGGAGCTGTCCTC
AGAAAGGAATTTTGAAAGCATTAGCTTATAACATCTTTTTTTGTAAACTTTGTAAGGCAT
ATTTTTAATAATATTATTTTGTATGG

QA 1 506 1 506
DS 

RD RR1GQ77TF 548 0 0
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CGTAAGAATATAAAAAAGAACAATATGTCGTCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATC
CTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGTGATGCATCTAAA
GCAAGTTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGTC
TCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGGAGAATGTGCCCAGAGGTGC
GGCAAGCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAA*TATGAATAAA
TATTTTATTTAATACCTAATATCTATTTCGTTTTCTGTTGTATGAATAACACTGGAGCTG
TCCTTAGAAAGGAATTTTGAAAGCATTAGCTTATAACATCTTTTTTTGTAAACTTTGTAA
GGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGATTATTGGTTAAACATCATTTGCTAAGTT
TTTAATCC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1GQ77JQ 615 0 0
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GTAAGGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGATTATTGGTTAAACATCATTTGCTA
AGTTTTTAATCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCGCAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTTCT
TCTTCTTGTTATGTTTCTTGCAGGGATCGTCATGGCAGAGCAACAAGCAGGGACACGATC
TTAGGAGTTTTCATGGTTGTTCTTGCGGTGTTGGCCAATGCTATCGCTATTTACAGCGAT
GCTTATGCGTTGTTCAAGAGGAACGCACCTCGTGAGTGATGTGGAGGATGAGTAAATTGT
GCCAGTTTGGGGGTGTTCTTGGATGAAGAAGGAAAACAAAAGTGTTTGTTTTTATTCCAT
CTTCTTTTTCTTATGCGAGGTTGAATAAGCGAGAGGACAGGACTTGTCTTCTCTTTGTGT
GTTGTACCGTTGTTGTTGAGTGTTGTTTTAGGGTGTATGTACTTCTCTGCTTGCTTGTGG
TTTTGTATCACCATGAGTGTAGAAACTTTGTATAAAGATCAAATGTAATGCAGAATACAT
ACTTTTTGTGTATCG

QA 1 615 1 615
DS 



CO CL40Contig2 526 9 14 U
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CCTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAA
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TATTCTATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAAC*ACTGGAG
CTGTC*CTTAGAAAGGAATTTTGAAAGC*ATTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTT
GTAAGG*CATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGATTATTGGTG


BQ
25 25 25 25 25 10 10 35 35 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 35 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B186JQ C 1
AF RR1GI16JQ C 9
AF RR1GI16TF U 9
AF RR1H717TF U 6
AF RR1H245TF U 9
AF RR1B186TF U 1
AF RR1G946JQ C 1
AF RR1E074TF U 6
AF RR1AY55TF U 8
BS 1 7 RR1B186TF
BS 8 10 RR1H717TF
BS 11 22 RR1GI16TF
BS 23 23 RR1H717TF
BS 24 39 RR1GI16TF
BS 40 40 RR1H245TF
BS 41 78 RR1GI16TF
BS 79 79 RR1H717TF
BS 80 459 RR1GI16TF
BS 460 460 RR1H717TF
BS 461 516 RR1GI16TF
BS 517 518 RR1B186TF
BS 519 519 RR1E074TF
BS 520 526 RR1G946JQ

RD RR1B186JQ 519 0 0
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CTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTG
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CTGTC*CTTAGAAAGGAATTTTGAAAGC*ATTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTT
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C

QA 1 518 1 518
DS 

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GA
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AATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAAC*ACTGGAGCTGTC*CTTA
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ATTTTTAATAATATTATTTTGTATGG

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR1GI16TF 508 0 0
GA
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ATAAAAAGAAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCCTAATTGCT
TTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAAAGCAAGTTGC
AAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGTCTCCCAAGCT
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AATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAAC*ACTGGAGCTGTC*CTTA
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ATTTTTAATAATATTATTTTGTATGG

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR1H717TF 511 0 0
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AGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCCTAA
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AAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTGCAGCA
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TATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAAC*ACTGGAGCTGTC
*CTTAGAAAGGAATTTTGAAAGC*ATTAGCTTATAATATCATTTTTGTAAACTTTGTAAG
G*CATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGG

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1H245TF 508 0 0
GG
AAACTAGTAAACGTAAAATTCAAAAAAAA*CAAGAATAAACGTATTTGTATCGTAAGAAT
ATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCCTAATTGCT
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AAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGTCTCCCAAGCT
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TTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAATATTCTATTT
AATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAAC*ACTGGAGCTGTC*CTTA
GAAAGGAATTTTGAAAGC*ATTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTTGTAAGG*CAT
ATTTTTAATAATATTATTTTGTATGG

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR1B186TF 519 0 0
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TCGTAAGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCAT
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AGCAAGTTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGT
CTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAAAATGTGCCCAGAGGTG
CGGCAAGCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAA
TATTCTATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAAC*ACTGGAG
CTGTC*CTTAGAAAGGAATTTTGAAAGC*ATTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTT
GTAAGG*CATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGAT
C

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1G946JQ 526 0 0
GGGAATCATCAAACTAGTAAACGTAAAATTCAAAAAAAAACAAGAATAAACGTATTTGTA
TCGTAAGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCAT
CCTAATTGCTTTGTTCCCTCTACACA**TTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAA
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CTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTG
CGGCAAGCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAA
TATTCTATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAACTACTGGAG
CTGTCTCTTAGAAAGGAATTTTGAAAGCTATTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTT
GTAAGG*CATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGATTATTGGTG

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1E074TF 514 0 0
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AGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCCTAA
TTGCTTTGTTTCCTCTGCATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAAAGCAA
GTTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGTCTCCC
AAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTGCGGCA
AGCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAATACTC
TATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAAC*ACTGGAGCTGTC
*CTTAGAAAGGAATTTTGAAAGC*ATTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTTGTAAG
GGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGATT

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1AY55TF 512 0 0
GGA
AAACTAGTAAACGTAAAATTCGAAAAAAA*CAAGAATAAACGTATTTGTATCGTAAGAAT
ATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCCTAATTGCT
TTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAAAGCAAGTTGC
AAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGTCTCCCAAGCT
GGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTGCGGCAAGCCA
TTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAATATTCTATTT
AATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAAC*ACTGGAGCTGTC*CTTA
GAAAGGAATTTTGAAAGC*ATTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTTGTAAGG*CAT
ATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGATT

QA 4 512 4 512
DS 



AS 3 17

CO CL41Contig1 642 4 7 U
AACAAGTTGAAGATCTTTTGTTTATGATTTGTTTGGAATGATCTCAATTCTCAAATGATA
TATAAATGACTGAAAGATTGTCACAAAACAAAGTCTGAAAATTACAGTAAGCAACTTAAA
ATCTTCAAGGAAACACACTACAAGTAATCATCCCACAGTCCCACTCACTCCACGAGGGCC
AACAAGTCGCTCTCTTTACAAAAGCAATGCCTAGCACCGGTCCCCAAATCGACCTCATAT
GCGCTCACGTCAGAAAACAGAACCTTCTTTCCAGGTCCAACTTGTTGTCCAACCTCAGAA
CCAACAGAGACAACCTCTCCGGTTAGGTACCTCTCAAACTTAACAGCTGCTTTAGGCAGC
AACACTCCACCTGAGGTTGTCTGAACAAGCTCTTCAAGACGAACAAGAACCCTGTCTGCT
TGAGGAACAACCTTTGCCGGTTCCCATTTCGTAAAAACCGCTTTGACTCTGAAACAACCT
CTTCGGTTTCCGATGAGCTTATGGTTAGCTAGAGCAGGAGTGGTGGTTTTAACCGGAATA
GCAAAGAAGGGTTTCGGTAGAGAGACAAAAGTGGACGAAGAAGCCATTGCTTAGATAAGG
TCTTTTCTTTCTTTCTTTTTCCTATCTCTTTTGCAGAAGTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AD65JQ U 1
AF RR1A807JQ U 40
AF RR1AD65TF C 3
AF RR1A807TF C 40
BS 1 139 RR1AD65JQ
BS 140 140 RR1A807JQ
BS 141 142 RR1AD65JQ
BS 143 143 RR1A807JQ
BS 144 591 RR1AD65JQ
BS 592 608 RR1AD65TF
BS 609 642 RR1A807TF

RD RR1AD65JQ 591 0 0
AACAAGTTGAAGATCTTTTGTTTATGATTTGTTTGGAATGATCTCAATTCTCAAATGATA
TATAAATGACTGAAAGATTGTCACAAAACAAAGTCTGAAAATTACAGTAAGCAACTTAAA
ATCTTCAAGGAAACACACTGCAGGTAATCATCCCACAGTCCCACTCACTCCACGAGGGCC
AACAAGTCGCTCTCTTTACAAAAGCAATGCCTAGCACCGGTCCCCAAATCGACCTCATAT
GCGCTCACGTCAGAAAACAGAACCTTCTTTCCAGGTCCAACTTGTTGTCCAACCTCAGAA
CCAACAGAGACAACCTCTCCGGTTAGGTACCTCTCAAACTTAACAGCTGCTTTAGGCAGC
AACACTCCACCTGAGGTTGTCTGAACAAGCTCTTCAAGACGAACAAGAACCCTGTCTGCT
TGAGGAACAACCTTTGCCGGTTCCCATTTCGTAAAAACCGCTTTGACTCTGAAACAACCT
CTTCGGTTTCCGATGAGCTTATGGTTAGCTAGAGCAGGAGTGGTGGTTTTAACCGGAATA
GCAAAGAAGGGTTTCGGTAGAGAGACAAAAGTGGACGAAGAAGCCATTGCT

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1A807JQ 503 0 0
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AATTACAGTAAGCAACTTAAAATCTTCAAGGAAACACACTACAAGTAATCATCCCACAGT
CCCACTCACTCCACGAGGGCCAACAAGTCGCTCTCTTTACAAAAGCAATGCCTAGCACCG
GTCCCCAAATCGACCTCATATGCGCTCACGTCAGAAAACAGAACCTTCTTTCCAGGTCCA
ACTTGTTGTCCAACCTCAAAACCAACAGAAACAACCTCTCCGGTTAGGTACCTCTCAAAC
TTAACAGCTGCTTTAGGCAGCAACACTCCACCTGAGGTTGTCTGAACAAGCTCTTCAAGA
CGAACAAAAACCCTGTCTGCTTGAGGAACAACCTTTGCCGGTTCCCATTTCGTAAAAACC
GCTTTGACTCTGAAACAACCTCTTCGGTTTCCGATGAACTTATGGTTAGCTAGAGCAGGA
GTGGTGGTTTTAACCGGAATAGC

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR1AD65TF 608 0 0
CAAGTTGAAGATCTTTTGTTTATGATTTGTTTGGAATGATCTCAATTCTCAAATGATATA
TAAATGACTGAAAGATTGTCACAAAACAAAGTCTGAAAATTACAGTAAGCAACTTAAAAT
CTTCAAGGAAACACACTGCAAGTAATCATCCCACAGTCCCACTCACTCCACGAGGGCCAA
CAAGTCGCTCTCTTTACAAAAGCAATGCCTAGCACCGGTCCCCAAATCGACCTCATATGC
GCTCACGTCAGAGAACAGAACCTTCTTTCCAGGTCCAACTTGTTGTCCAACCTCAGAACC
AACAGAGACAACCTCTCCGGTTAGGTACCTCTCAAACTTAACAGCTGCTTTAGGCAGCAA
CACTCCACCTGAGGTTGTCTGAGCAAGCTCTTCAAGACGAACAAGAACCCTGTCTGCTTG
AGGAACAACCTTTGCCGGTTCCCATTTCGTAGAAACCGCTTTGACTCTGAGACAACCTCT
TCGGTTTCCGATGAGCTTATGGTTAGCTAGAGCAGGAGTGGTGGTTTTAACCGGAATAGC
AAAGAAGGGTTTCGGTAGAGAGACAAAAGTGGACGAAGAAGCCATTGCTTAGATAAGGTC
TTTTCT
CC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1A807TF 603 0 0
GATCTCAATTCTCAAATGATATATAAATGACTGAAAGATTGTCACAAAACAAAGTCTGAA
AATTACAGTAAGCAACTTAAAATCTTCAAGGAAACACACTACAAGTAATCATCCCACAGT
CCCACTCACTCCACGAGGGCCAACAAGTCGCTCTCTTTACAAAAGCAATGCCTAGCACCG
GTCCCCAAATCGACCTCATATGCGCTCACGTCAGAGAACAGAACCTTCTTTCCAGGTCCA
ACTTGTTGTCCAACCTCAGAACCAACAGAGACAACCTCTCCGGTTAGGTACCTCTCAAAC
TTAACAGCTGCTTTAGGCAGCAACACTCCACCTGAGGTTGTCTGAGCAAGCTCTTCAAGA
CGAACAAGAACCCTGTCTGCTTGAGGAACAACCTTTGCCGGTTCCCATTTCGTAGAAACC
GCTTTGACTCTGAGACAACCTCTTCGGTTTCCGATGAGCTTATGGTTAGCTAGAGCAGGA
GTGGTGGTTTTAACCGGAATAGCAAAGAAGGGTTTCGGTAGAGAGACAAAAGTGGACGAA
GAAGCCATTGCTTAGATAAGGTCTTTTCTTTCTTTCTTTTTCCTATCTCTTTTGCAGAAG
TCC

QA 1 603 1 603
DS 



CO CL41Contig2 626 3 2 U
GGCTAGCCAAAATCGCGCGACTAGGAGAAAAGCTGCTGCTGCTTGTGCTAAGAAAAAAAA
AAACCTTATCTCGCAATGGCTTCTTCCACTTTCGTCTCTCTACCAAAACCCTTCTTCGCT
TTTCCGGCTAAAACCAATGCTGCTTCTCTAGCTAATAACCTGAAGCTTCTCGGAAGTCGA
AGAGGCTGTCTGAGAGTTAAAGCGATCTCCACTAAATGGGAACCCTCAAAGGTTGTTCCT
CAAGCCGACAGGGTTCTTGTTCGTCTTGAAGAGCTTGCTCAGACAACCTCGGGTGGAGTG
TTGTTGCCCAAAGCAGCTGTTAAGTTTGAGAGGTATCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTT
GGTTCTGAGGTTGGACAACAAGTTGGGCCTGGAAAGAAGGTTCTGTTCTCTGACGTGAGT
GCATATGAGGTGGATTTGGGGACCGGTGCTAGGCATTGCTTTTGTAAAGAGAGCGACTTG
TTGGCCCTCGTGGAGTAAAGAGACCTTATCCGAGAAGATACACGTCTAATGCTTCTTCAA
GATTTTTAGTTGTTTCCTGTAATTCTCAGACAGCATATCTTGTTTTGTGACAGTTTTCTT
CAATTTAATATCATTTTGAAGACAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E695TF U 1
AF RR1AU54JQ C 203
AF RR1AU54TF U 203
BS 1 619 RR1E695TF
BS 620 626 RR1AU54JQ

RD RR1E695TF 619 0 0
GGCTAGCCAAAATCGCGCGACTAGGAGAAAAGCTGCTGCTGCTTGTGCTAAGAAAAAAAA
AAACCTTATCTCGCAATGGCTTCTTCCACTTTCGTCTCTCTACCAAAACCCTTCTTCGCT
TTTCCGGCTAAAACCAATGCTGCTTCTCTAGCTAATAACCTGAAGCTTCTCGGAAGTCGA
AGAGGCTGTCTGAGAGTTAAAGCGATCTCCACTAAATGGGAACCCTCAAAGGTTGTTCCT
CAAGCCGACAGGGTTCTTGTTCGTCTTGAAGAGCTTGCTCAGACAACCTCGGGTGGAGTG
TTGTTGCCCAAAGCAGCTGTTAAGTTTGAGAGGTATCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTT
GGTTCTGAGGTTGGACAACAAGTTGGGCCTGGAAAGAAGGTTCTGTTCTCTGACGTGAGT
GCATATGAGGTGGATTTGGGGACCGGTGCTAGGCATTGCTTTTGTAAAGAGAGCGACTTG
TTGGCCCTCGTGGAGTAAAGAGACCTTATCCGAGAAGATACACGTCTAATGCTTCTTCAA
GATTTTTAGTTGTTTCCTGTAATTCTCAGACAGCATATCTTGTTTTGTGACAGTTTTCTT
CAATTTAATATCATTTTGA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1AU54JQ 424 0 0
GGATCTCCACT
AAATGGGAACCCTCAAAGGTTGTTCCTCAAGCCGACAGGGTTCTTGTTCGTCTTGAAGAG
CTTGCTCAGACAACCTCGGGTGGAGTGTTGTTGCCCAAAGCAGCTGTTAAGTTTGAGAGG
TATCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTTGGTTTTGAGGTTGGACAACAAGTTGGGCCTGGA
AAGAAGGTTCTGTTTTCTGACGTGAGTGCATATGAGGTGGATTTGGGGACCGGTGCTAGG
CATTGCTTTTGTAAAGAGAGCGACTTGTTGGCCCTCGTGGAGTAAAGAGACCTTATCCGA
GAAGATACACGTCTAATGCTTCTTCAAGATTTTTAGTTGTTTCCTGTAATTCTCAGACAG
CATATCTTGTTTTGTGACAGTTTTCTTCAATTTAATATCATTTTGAAGACAAG

QA 12 424 12 424
DS 

RD RR1AU54TF 424 0 0
GGATCTCCACT
AAATGGGAACCCTCAAAGGTTGTTCCTCAAGCCGACAGGGTTCTTGTTCGTCTTGAAGAG
CTTGCTCAGACAACCTCGGGTGGAGTGTTGTTGCCCAAAGCAGCTGTTAAGTTTGAGAGG
TATCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTTGGTTCTGAGGTTGGACAACAAGTTGGGCCTGGA
AAGAAGGTTCTGTTCTCTGACGTGAGTGCATATGAGGTGGATTTGGGGACCGGTGCTAGG
CATTGCTTTTGTAAAGAGAGCGACTTGTTGGCCCTCGTGGAGTAAAGAGACCTTATCCGA
GAAGATACACGTCTAATGCTTCTTCAAGATTTTTAGTTGTTTCCTGTAATTCTCAGACAG
CATATCTTGTTTTGTGACAGTTTTCTTCAATTTAATATCATTTTGA
AGACAAG

QA 12 417 12 417
DS 



CO CL41Contig3 631 10 6 U
GGACTTCTGCAAAAGAGAGAGAGAGAAAAAGAAAAGAAAAGACCTTATCTAAGCAATGGC
TTCTTCGTCCACTTTTGTCTCTCTACCAAAACCCTTCTTTGCTATTCCGGTTAAAACCAC
CACTCCTGCTCTAGCTAACCATAAGCTTCTCGGATGCCGAAGAGGTTGTCTTAGAGTCAA
AGCTGTTTCTACGAAATGGGAACCGGCAAAGGTTGTTCCTCAAGCAGACAGGGTTCTTGT
TCGTCTTGAAGAGCTTGCTCAGACAACCTCAGGTGGAGTGTTGTTGCCTAAAGCAGCTGT
TAAGTTTGAGAGGTACCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTTGGTTCTGAGGTTGGACAACA
AGTTGGACCTGGAAAGAAGGTTCTGTTCTCTGACGTGAGCGCATATGAGGTCGATTTGGG
AACCGGTGCTAGGCATTGCTTTTGTAAAGAGAGCGAATTGTTGGCCCTCGTGGAGTGAAG
AGTTCTTGTTCGAAGAAACGAGGATACATCCAATGTTTTCTTGGGAAGATTTAAGTTTGT
TTTGCTGCAACTCTCCTGTCCTTGTTTTGTGACAAATCATTTATAACATTTGAGATCATT
TTAGACAATCAAAAATAAAAGGTCTTCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 35 35 40 40 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 45 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 40 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FM07TF U 15
AF RR1DY54TF U 5
AF RR1F565TF U 1
AF RR1F565JQ C 1
AF RR1CF74TF U 5
AF RR1DY54JQ C 5
AF RR1FM07JQ C 7
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AF RR1GD90TF U 43
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BS 7 212 RR1F565TF
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BS 214 405 RR1F565TF
BS 406 607 RR1CF74TF
BS 608 631 RR1BD16TF

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AATGGGAACCGGCAAAGGTTGTTCCTCAAGC

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TGAGAGG*ACCTAACCGGAGAGGT*GTCTCTGTTGGT
CTGA

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DS 

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GTCCACTTTTGTCTCTCTACCAAAACCCTTCTTTGCTATTCCGGTTAAAACCACCACTCC
TGCTCTAGCTAACCATAAGCTTCTCGGATGCCGAAGAGGTTGTCTTAGAGTCAAAGCTGT
TTCTACGAAATGGGAACCGGCAAAGGGTGTTCCTCAAGCAGACAGGGTTCTTGTTCGTCT
TGAAGAGCTTGCTCAGACAACCTCAGGTGGAGTGTTGTTGCCTAAAGCAGCTGTTAAGTT
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ACCTGGAAAGAAGGTTCTGTTCTCTGACGTGAGCGCATA

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DS 

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CACTCCTGCTCTAGCTAACCATAAGCTTCTCGGATGCCGAAGAGGTTGTCTTAGAGTCAA
AGCTGTTTCTACGAAATGGGAACCGGCAAAGGTTGTTCCTCAAGCAGACAGGGTTCTTGT
TCGTCTTGAAGAGCTTGTTCAGACAACCTCAGGTGGAGTGTTGTTGCCTAAAGCAGCTGT
TAAGTTTGAGAGGTACCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTTGGTTCTGAGGTTGGACAACA
AGTTGGACCTGGAAAGAAGGTTCTGTTTTCTGACGTGAGCGCATATGAGGTCGATTTGGG
AACCGGTGCTAGGCATTGCTTTTGTAAAGAGAGCGAATTGTTGGCCCTCGTGGAGTGAAG
AGTTCTTGTTCGAAGAAACGAGGATACATCCAATGTTTTCTTGGGAAGATTTAAGTTTGT
TTTGCTGCAACTCTCCTGTCCTTGTTTTGTGACAAATCATTTATAACATTTGAGATCATT
TTAGACAA
CC

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DS 

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GTCCACTTTTGTCTCTCTACCAAAACCCTTCTTTGCTATTCCGGTTAAAACCACCACTCC
TGCTCTAGCTAACCATAAGCTTCTC***TCTCGAAGAGGTTGTCTTAGAGTCAAAGCTGT
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TGAAGAGCTTGCTCAGACAACCTCAGGTGGAGTGTTGTTGCCTAAAGCAGCTGTTAAGTT
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ACCTGGAAAGAAGGTTCTGTTCTCTGACGTGAGCGCATATGAGGTCGATTTGGGAACCGG
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TGTTCGAAGAAACGAGGATACATCCAATGTTTTCTTGGGAAGATTTAAGTTTGTTTTGCT
GCAACTCTCCTGTCCTTGTTTTGTGACAAATCATTTATAACATTTGAGATCATTTTAGAC
A
TCAAAAT

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DS 

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GG
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GTCCACTTTTGTCTCTCTACCAAAACCCTTCTTTGCTATTCCGGTTAAAACCACCACTCC
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TGAAGAGCTTGCTCAGACAACCTCAGGTGGAGTGTTGTTGCCTAAAGCAGCTGTTAAGTT
TGAGAGGTACCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTTGGTTCTGAGGTTGGACAACAAGTTGG
ACCTGGAAAGAAGGTTCTGTTTTCTGACGTGAGCGCATATGAGGTCGATTTGGGAACCGG
TGCTAGGCATTGCTTTTGTAAAGAGAGCGAATTGTTGGCCCTCGTGGAGTGAAGAGCTCT
TGTTCGAAGAAACGAGGATACATCCAATGTTTTCTTGGGAAGATTTAAGTTTGTTTTGCT
GCAACTCTCCTGTCCTTGTTTTGTGACAAATCATTTATAACATTTGAGATCATTTTAGAC
AATC

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DS 

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CCACTTTTGTCTCTCTACCAAAACCCTTCTTTGCTATTCCGGTTAAAACCACCACTCCTG
CTCTAGCTAACCATAAGCTTCTCGGATGCCGAAGAGGTTGTCTTAGAGTCAAAGCTGTTT
TTACGAAATGGGAACCGGCAAAGGTTGTTCCTCAAGCAGACAGGGTTCTTGTTCGTCTTG
AAGAGCTTGCTCAGACAACCTCAGGTGGAGTGTTGTTGCCTAAAGCAGCTGTTAAGTTTG
AGAGGTACCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTTGGTTCTGAGGTTGGACAACAAGTTGGAC
CTGGAAAGAAGGTTCTGTTTTCTGACGTGAGCGCATATGAGGTCGATTTGGGAACCGGTG
CTAGGCATTGCTTTTGTAAAGAGAGCGAATTGTTGGCCCTCGTGGAGTGAAGAGTTCTTG
TTCGAAGAAACGAGGATACATCCAATGTTTTCTTGGGAAGATTTAAGTTTGTTTTGCTGC
AACTCTCCTGTCCTTGTTTTGTGACAAATCATTTATAACATTTGAGATCATTTTAGAC

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DS 

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CTAGCTAACCATAAGCTTCTCGGATGCCGAAGAGGTTGTCTTAGAGTCAAAGCTGTTTCT
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GAGCTTGCTCAGACAACCTCAGGTGGAGTGTTGTTGCCTAAAGCAGCTGTTAAGTTTGAG
AGGTACCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTTGGTTCTGAGGTTGGACAACAAGTTGGACCT
GGAAAGAAGGTTCTGTTTTCTGACGTGAGCGCATATGAGGTCGATTTGGGAACCGGTGCT
AGGCATTGCTTTTGTAAAGAGAGCGAATTGTTGGCCCTCGTGGAGTGAAGAGTTCTTGTT
CGAAGAAACGAGGATACATCCAATGTTTTCTTGGGAAGATTTAAGTTTGTTTTGCTGCAA
CTCTCCTGTCCTTGTTTTGTGACAAATCATTTATAACATTTGAGATCATTTTAGACAATC
AAAAATAAAAGGTCTTCAACC

QA 3 623 3 623
DS 

RD RR1BD16TF 623 0 0
GG
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ACTTTTGTCTCTCTACCAAAACCCTTCTTTGCTATTCCGGTTAAAACCACCACTCCTGCT
CTAGCTAACCATAAGCTTCTCGGATGCCGAAGAGGTTGTCTTAGAGTCAAAGCTGTTTCT
ACGAAATGGGAACCGGCAAAGGTTGTTCCTCAAGCAGACAGGGTTCTTGTTCGTCTTGAA
GAGCTTGCTCAGACAACCTCAGGTGGAGTGTTGTTGCCTAAAGCAGCTGTTAAGTTTGAG
AGGTACCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTTGGTTCTGAGGTTGGACAACAAGTTGGACCT
GGAAAGAAGGTTCTGTTCTCTGACGTGAGCGCATATGAGGTCGATTTGGGAACCGGTGCT
AGGCATTGCTTTTGTAAAGAGAGCGAATTGTTGGCCCTCGTGGAGTGAAGAGTTCTTGTT
CGAAGAAACGAGGATACATCCAATGTTTTCTTGGGAAGATTTAAGTTTGTTTTGCTGCAA
CTCTCCTGTCCTTGTTTTGTGACAAATCATTTATAACATTTGAGATCATTTTAGACAATC
AAAAATAAAAGGTCTTCAACC

QA 3 623 3 623
DS 

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TATTCCGGTTAAAACCACCACTCCTGCTCTAGCTAACCATAAGCTTCTCGGATGCCGAAG
AGGTTGTCTTAGAGTCAAAGCTGTTTCTACGAAATGGGAACCGGCAAAGGTTGTTCCTCA
AGCAGACAGGGTTCTTGTTCGTCTTGAAGAGCTTGCTCAGACAACCTCAGGTGGAGTGTT
GTTGCCTAAAGCAGCTGTTAAGTTTGAGAGGTACCTAACCGGAGAGGTTGTCTCTGTTGG
TTCTGAGGTTGGACAACAAGTTGGACCTGGAAAGAAGGTTCTGTTCTCTGACGTGAGCGC
ATATGAGGTCGATTTGGGAACCGGTGCTAGGCATTGCTTTTGTAAAGGGAGCGAATTGTT
GGCCCTCGTGGAGTGAAGAGTTCTTGTTCGAAGAAACGAGGATACATCCAATGTTTTCTT
GGGAAGATTTAAGTTTGTTTTGCTGCAACTCTCCTGTTCTTGTTTTGTGACAAATCATTT
ATAACATTTGAGATCATTTTAGACAATC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 2 16

CO CL42Contig1 682 10 10 U
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ATGAAAGCTGCTGGACTTTTGGTTCTGCTTGCCGTTTTAGCATCAGCTTATGCGAAGAAG
TCAGCTGATGTGACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAGACATGTGATGTC
CAGGCTCACAAAGGGGACAAGATCAAGGTCCACTATCGGGGAAAGTTAACAGATGGAACT
GTGTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTGGTCAA
GTCATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTG
AAAATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGG
GCGACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGA
AAAACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACATGT
TACGTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTT
TGCTAGTTGAGGACAATATAACTAATGTTATGGTTGCAGTTCAAAAATAACAAGGCGGAA
TCCCAGAGTAGGAGAACTTTCT


BQ
10 10 10 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 
60 45 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 35 30 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D503JQ C 56
AF RR1CA71JQ C 26
AF RR1D407JQ C 1
AF RR1D407TF U 1
AF RR1D503TF U 2
AF RR1CJ75JQ C 3
AF RR1CA71TF U 26
AF RR1CJ75TF U 3
AF RR1D230JQ C 3
AF RR1D230TF U 17
BS 1 3 RR1D407JQ
BS 4 531 RR1D407TF
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RD RR1D503JQ 429 0 0
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AGAAGTCAGCTGATGTGACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAGACATGTG
ATGTCCAGGCTCACAAAGGGGACAAGATCAAGGTCCACTATCGGGGAAAGTTAACAGATG
GAACTGTGTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTG
GTCAAGTCATTCCAGGATGGGACCAGGGTTTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAA
AGCTGAAAATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCG
GGGGGGGGACATTGATATTGGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCG
AAGGAAAAA

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR1CA71JQ 459 0 0
GG
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GGTGTTAAGTTCAAGCCTCAGACATGTGATGTCCAGGCTCACAAAGGGGACAAGATCAAG
GTCCACTATCGGGGAAAGTTAACAGATGGAACTGTGTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGT
GACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTGGTCAAGTCATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTA
CCTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAAATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGT
GATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGGGCGACATCGATATTCGACACCGAGCTA
GTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGAAAAA

QA 3 459 3 459
DS 

RD RR1D407JQ 642 0 0
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ATGAAAGCTGCTGGACTTTTGGTTCTGCTTGCCGTTTTAGCATCAGCTTATGCGAAGAAG
TCAGCTGATGTGACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAGACATGTGATGTC
CAGGCTCACAAAGGGGACAAGATCAAGGTCCACTATCGGGGAAAGTTAACAGATGGAACT
GTGTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTGGTCAA
GTCATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTG
AAAATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGG
GCGACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGA
AAAACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATAAAACATGT
TACGTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTT
TGCTAGTTGAGGACAATATAACTAATGTTATGGTTGCAGT
CG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1D407TF 642 0 0
AGG
CAGAGAGAAGTGAGTAAGATAGATAGATCGAAGACGATGAGGAGCTCTGCATCCGCCATG
AAAGCTGCTGGACTTTTGGTTCTGCTTGCCGTTTTAGCATCAGCTTATGCGAAGAAGTCA
GCTGATGTGACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAGACATGTGATGTCCAG
GCTCACAAAGGGGACAAGATCAAGGTCCACTATCGGGGAAAGTTAACAGATGGAACTGTG
TTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTGGTCAAGTC
ATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAA
ATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGGGCG
ACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGAAAA
ACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATAAAACATGTTAC
GTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTTTGC
TAGTTGAGGACAATATAACTAATGTTATGGTTGCAGT
CG

QA 4 640 4 640
DS 

RD RR1D503TF 640 0 0
GG
CAGAGAGAAGTGAGTAAGATAGATAGATCGAAGACGATGAGGAGCTCTGCATCCGCCATG
AAAGCTGCTGGACTTTTGGTTCTGCTTGCCGTTTTAGCATCAGCTTATGCGAAGAAGTCA
GCTGATGTGACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAGACATGTGATGTCCAG
GCTCACAAAGGGGACAAGATCAAGGTCCACTATCGGGGAAAGTTAACAGATGGAACTGTG
TTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTGGTCAAGTC
ATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAA
ATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGGGCG
ACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGAAAA
ACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCGTCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACATGTTAC
GTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTTTGC
TAGTTGAGGACAATATAACTAATGTTATGGTTGCAGTT

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DS 

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G
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GCTGATGTGACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAGACATGTGATGTCCAG
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TTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTGGTCAAGTC
ATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAA
ATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGGGCG
ACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGAAAA
ACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACATGTTAC
GTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTTTGC
TAGTTGAGGACAATATAACTAATGTTATGGTTGCAGTTC

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DS 

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GG
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CTTGCCGTTTTAGCATCAGCTTATGCGAAGAAGTCAGCTGATGTGACAGAGTTGCAGATT
GGTGTTAAGTTCAAGCCTCAGACATGTGATGTCCAGGCTCACAAAGGGGACAAGATCAAG
GTCCACTATCGGGGAAAGTTAACAGATGGAACTGTGTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGT
GACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTGGTCAAGTCATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTA
CCTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAAATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGT
GATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGGGCGACATCGATATTCGACACCGAGCTA
GTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGAAAAACAAGGAGCGAGCTTTGAATGCAT
CCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACATGTTACGTCGTCAGCATTTGAATCTCAAAC
ATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTTTGCTAGTTGAGGACAATATAACTAATG
TTATGGT
GCAGTTCAAAAA

QA 3 609 3 609
DS 

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G
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AAAGCTGCTGGACTTTTGGTTCTGCTTGCCGTTTTAGCATCAGCTTATGCGAAGAAGTCA
GCTGATGTGACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAGACATGTGATGTCCAG
GCTCACAAAGGGGACAAGATCAAGGTCCACTATCGGGGAAAGTTAACAGATGGAACTGTG
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ATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAA
ATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGGGCG
ACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGAAAA
ACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACATGTTAC
GTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTTTGC
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QA 2 640 2 640
DS 

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G
GAGAGAGAAGTGAGTAAGATAGATAGATCGAAGACGATGAGGAGCTCTGCATCCGCCATG
AAAGCTGCTGGACTTTTGGTTCTGCTTGCCGTTTTAGCATCAGCTTATGCGAAGAAGTCA
GCTGATGTGACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAGACATGTGATGTCCAG
GCTCACAAAGGGGACAAGATCAAGGTCCACTATCGGGGAAAGTTAACAGATGGAACTGTG
TTTGATTCAAGTTTTAAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTGGTCAAGTC
ATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAA
ATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGGGCG
ACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGAAAA
ACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACATGTTAC
GTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTTTGC
TAGTTGAGGACAATATAACTAATGTTATGGTTGCAGTTCAAAAATAACAAGGCGGAATCC
CAGAGTAGGAGAACTTTCT

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DS 

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TTTTGGTTCTGCTTGCCGTTTTAGCATCAGCTTATGCGAAGAAGTCAGCTGATGTGACAG
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ACAAGATCAAGGTCCACTATCGGGGAAAGTTAACAGATGGAACTGTGTTTGATTCAAGTT
TTAAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTGGTCAAGTCATTCCAGGATGGG
ACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAAATCCCTTCCAAGC
TTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGGGCGACATTGATATTCG
ACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGAAAAACAAAGAGCGAGC
TTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACATGTTACGTCGTCAGCATTT
GAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTTTGCTAGTTGAGGACAA
TATAACTAATGTTATGGTTGCAGTTCAAAA*TAACAAGGCGGAATCCCAGAGT

QA 1 653 1 653
DS 



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TTTTGAACTGCAACCATAACATTAGTTATTGTCCTCAACTAGCAAAAAGTAAACGACTCT
AGTCTCTAGCATGTTTGAGATTCAAATGCTGACGACATAACATGGTTTCATAAGGAAATT
AAGAAGAAGACGGTTGCATTCAAAGCTCGCTCTTTGCTTTTCCTTCGCTGGATGGTTTCC
CGTTCACAGCAACTAGCTCGGTGTCGAATATCAATGTCGCCCCACCGGGAATTTTTGGTG
GTGAGCCGTTATCACCATAACCAAGCTTGGAAGGGATTTTCAGCTTTCTCTTCTCACCTA
CACAAGCTCCAAGTAGGCCCTGGTCCCATCCTGGAATGACTTGACCACTTCCAAGCTCAA
ACTCAATAGGGTCACCTCTCTCAAAACTTGAATCAAACACAGTTCCATCTGTTAACTTTC
CCCGATAGTGGACCTTGATCTTGTCCCCTTTGTGAGCCTGGACATCACATGTCTGAGGCT
TGAACTTAACACCAATCTGCAACTCTGTCACATCAGCTGACTTCTTCGCATAAGCTGATG
CTAAAACGGCAAGCAGAACCAAAAGTCCAGCAGCTTTCATGGCGGATGCAGAGCTCCTCA
TCGTCTTCGATCTATCTATCTTACTCACTTCTCTCTCGATCTCTGTTTACACTTCTCCCA
ATCTCCTGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 10 35 35 20 5 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP66JQ U 6
AF RR1D519JQ U 208
AF RR1B575JQ U 122
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AF RR1BP66TF C 60
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CC
CCAGGTAAATTGATTATAAAAAGTTCTCCTACTCTGGGATTCCACCTTGTTATTTTTGAA
CTGCAACCATAACATTAGTTATTGTCCTCAACTAGCAAAAAGTAAACGACTCTAGTCTCT
AGCATGTTTGAAATTCAAATGCTGACAACATAACATGGTTTCATAAGGAAATTAAAAAGG
AAACGGTTGCATTCAAAGCTCGCTCTTTGCTTTTCCTTCGCTGGATGGTTTCCCGTTCAC
AGCAACTAGCTCGGTGTCAAATATCGATGTCCCCCCACCGGGAATTTTTGGTGGTGAGCC
GTTATCACCATAACCAAGCTTGGAAGGGATTTTCAGCTTTCTCTTCTCACCTACACAAGC
TCCAAGTAGGCCCTGGTCCCATCCTGGAATGACTTGACCACTTCCAAGCTCAAACTCAAT
AGGGTCACCTCTCTCAAAACTTGAACCAAACACAGTTCCATCTGTTAACTTTCCCCGATA
*TGGACCTTGATCTTGTCCCCTTTGTGAGCCTGGACATCACATGTCTGAGGCTTGAACTT
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GGCAAGC

QA 3 609 3 609
DS 

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TGGAAGGGATTTTCAGCTTTCTCTTCTCACCTACACAAGCTCCAAGTAGGCCCTGGTCCC
ATCCTGGAATGACTTGACCACTTCCAAGCTCAAACTCAATAGGGTCACCTCTCTCAAAAC
TTGAATCAAACACAGTTCCATCTGTTAACTTTCCCCGATAGTGGACCTTGATCTTGTCCC
CTTTGTGAGCCTGAACATCACATGTCTGAAGCTTGAACTTAACACCAATCTGCAACTCTG
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QA 1 419 1 419
DS 

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GGAGCCGTTATCACCATAACCAAGCTTGGAAGGGATTTTCAGCTTTCTCTTCTCACCTAC
ACAAGCTCCAAGTAGGCCCTG*TCCCATCCTGGAATGACTTGACCACTTCCAAGCTCAAA
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TAAAACGGCAAGCAAAACCAAAAGTCCAGCAGCTTTCATGGCGGATGCAGAGCTC

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR1D519TF 604 0 0
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TAACATGGTTTCATAAGGAAATTAAGAAGAAGACGGTTGCATTCAAAGCTCGCTCTTTGC
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CGCCCCACCGGGAATTTTTGGTGGTGAGCCGTTATCACCATAACCAAGCTTGGAAGGGAT
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CATGGCGGATGCAGAGCTCCTCATCGTCTTCGATCTATCTATCTTACTCACTTCTCTCTC
TCTC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1BP66TF 644 0 0
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GGTGAGCCGTTATCACCATAACCAAGCTTGGAAGGGATTTTCAGCTTTCTCTTCTCACCT
ACACAAGCTCCAAGTAGGCCCTGGTCCCATCCTGGAATGACTTGACCACTTCCAAGCTCA
AACTCAATAGGGTCACCTCTCTCAAAACTTGAACCAAACACAGTTCCATCTGTTAACTTT
CCCCGATA*TGGACCTTGATCTTGTCCCCTTTGTGAGCCTGGACATCACATGTCTGAGGC
TTGAACTTAACACCAATCTGCAACTCTGTCACATCAGCTGACTTCTTCGCATAAGCTGAT
GCTAAAACGGCAAGCAGAACCAAAAGTCCAGCAGCTTTCATGGCGGATGCAGAGCTCCTC
ATCGTCTTCGATCTATCTATCTTACTCACTTCTCTCTC
TCCCCA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1DM63JQ 731 0 0
CGACTAGCCAGGTAAATTGATTATAGAAAGTTCTCCTACTCTGGGATTCCACCTTGTTAT
TTTTGAACTGCAACCATAACATTAGTTATTGTCCTCAACTAGCAAAAAGTAAAAGACTCT
AGTCTCTAGCATGTTTGAGATTCAAATGCTGACGACATAACATGGTTTCATAAGGAAATT
AAGAAGAAGACGGTTGCATTCAAAGCTCGCTCTTTGCTTTTCCTTCGCTGGATGGTTTCC
CGTTCACAGCAACTAGCTCGGTGTCGAATATCAATGTCGCCCCACCGGGAATTTTTGGTG
GTGAGCCGTTATCACCATAACCAAGCTTGGAAGGGATTTTCAGCTTTCTCTTCTCACCTA
CACAAGCTCCAAGTAGGCCCTGGTCCCATCCTGGAATGACTTGACCACTTCCAAGCTCAA
ACTCAATAGGGTCACCTCTCTCAAAACTTGAATCAAACACAGTTCCATCTGTTAACTTTC
CCCGATAGTGGACCTTGATCTTGTCCCCTTTGTGAGCCTGGACATCACATGTCTGAGACT
TGAACTTAACACCAATCTGCAACTCTGTCACATCAGCTGACTTCTTCGCATAAGCTGATG
CTAAAACGGCAAGCAGAACCAAAAGTCCAGCAGCTTTCATGGCGGATGCAGAGCTCCTCA
TCGTCTTCGATCTATCTATCTTACTCACTTCTCTCTGGATCTCTGTTTACACTTCTCCCA
ATCTCCTGCAG

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DS 



AS 2 18

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TCGTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATC
ATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGGTTT
CTCCAGCAAGACCATAGAGCGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAACCCATCGCTGTACC
ATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGA
GCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTCTCTTGAG
GGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAAATGCACGGCCTTTTCAGGACGCT
TACGGACAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG
TGTTGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCA
CCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGAT
CACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTG
GAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTTAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAG
GAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTATT
TTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGAAAAAAATGTGAA
ACTTTTCCCCATGATTCACTGGTTGCGAACTTACTGAGAAAAAACAAATCTTGTGGTAAA
AAATCTTGTTGTGCC


BQ
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H979TF U 1
AF RR1A960TF U 1
AF RR1GK11TF U -3
AF RR1EK90TF U 1
AF RR1A960JQ C 164
AF RR1GK11JQ C 351
AF RR1H979JQ C 354
BS 1 530 RR1A960TF
BS 531 531 RR1H979TF
BS 532 681 RR1A960TF
BS 682 723 RR1EK90TF
BS 724 724 RR1A960JQ
BS 725 728 RR1EK90TF
BS 729 729 RR1A960JQ
BS 730 772 RR1EK90TF
BS 773 773 RR1A960JQ
BS 774 791 RR1EK90TF
BS 792 831 RR1A960JQ
BS 832 915 RR1H979JQ

RD RR1H979TF 659 0 0
GGAAGTCGTTTTGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCG
TCGTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAGCCCAGGTCATC
ATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCCCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGGTTT
CTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAACCCATCGCTGTACC
ATCCAATGTAACCATCGCGCTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGA
GCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTCTCTTGAG
GGTCAAAAAA*CCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAAATGCACGGCCTTTTCAGGACGCT
TACGGACAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG
TGTTGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCA
CCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGAT
CACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1A960TF 687 0 0
GGAAGTCGTTTTGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCG
TCGTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATC
ATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGGTTT
CTCCAGCAAGACCATAGAGCGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAACCCATCGCTGTACC
ATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGA
GCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTCTCTTGAG
GGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAAATGCACGGCCTTTTCAGGACGCT
TACGGACAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG
TGTTGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGAGTTTTCTCA
CCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGAT
CACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTG
GAGGCCGCCGGAGCCGTACAA
AGGGTA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1GK11TF 670 0 0
GGGGAT
AAGTCGTTTTGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCGTC
GTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATCAT
TTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGGTTTCT
CCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAACCCATCGCTGTACCAT
CCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGC
TCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTCTCTTGAGGG
TCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAAATGCACGGCCTTTTCAGGACGCTTA
CGGACAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGGTG
TTGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCACC
CGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGATCA
CGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTGGA
G
CCG

QA 7 667 7 667
DS 

RD RR1EK90TF 791 0 0
GA
AAGTCGTTTTGGGTAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCGTC
GTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATCAC
TTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGGTTTCT
CCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAACCCATCGCTGTACCAT
CCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGC
TCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTCTCTTGAGGG
TCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAAATGCACGGCCTTTTCAGGACGCTTA
CGGACAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGGTG
TTGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCACC
CGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGATCA
CGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTGGA
GGCCGCCG*AGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTTAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAGGA
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ACCCTTTCT

QA 3 791 3 791
DS 

RD RR1A960JQ 686 0 0
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CAACCCATCGCTGTACCATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTC
AAAGGTCCATTAGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAA
GATGCTGGTCTCTTGAGGGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAAATGCAC
GGCCTTTTCAGGACGCTTACGGACAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAG
AAGCTGATACTAGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTG
AATCTGGAGTTTTCTCACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTG
GAAGAGAACACGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCT
GCGACGGTGAGGAAGTGGAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTTAAGTATTCA
GATGAGATTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTT
CCTTGTTGTTGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTT
TATGAAAA
AAATGTGAAACTTTTCCC

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DS 

RD RR1GK11JQ 500 0 0
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TCAGGACGCTTACGGACAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGA
TACTAGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGG
GGTTTTCTCACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGA
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TTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTGTT
GTTGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGAAA
A
AAATGTGAAACTTTTCCCC

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1H979JQ 562 0 0
TCTTGAGGGTCAAAAAA*CCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAAATGCACGGCCTTTTCA
GGACGCTTACGGACAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATAC
TAGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGT
TTTCTCACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACA
CGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGA
GGAAGTGGAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTTAAGTATTCAGATGAGATTG
TGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTT
GTGTATTTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGAAAAAA
ATGTGAAACTTTTCCCCATGATTCACTGGTTGCGAACTTACTGAGAAAAAACAAATCTTG
TGGTAAAAAATCTTGTTGTGCC

QA 1 562 1 562
DS 



CO CL43Contig2 900 11 20 U
GGAAGTCGTTTCGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCCTCCTGGAGCAGAGCT
CCGTCGTCAATCCTAGCAAGCTATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTC
ATCATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGG
TTTCTCCAGCAAGACCATAATAGAGTGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGC
TGTACCATCCAATGTAACCATCGCGTTGGAAGGTCAGGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATT
AGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTT
ATTGAGGGTCAAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCACGGTCTTTTCAG
GACGCTAACGGATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAAGAAACTGATACT
AGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTT
TTCTCACCCGGTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAGGAGAACAC
GAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAG
GAAGTGGAGGCCTCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGT
GAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAATGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTG
TGTATTTTACCCTTTCTATGTTTGTATTTGTGCAAATCTTTTTTT*ATGAAAATGTGAAA
CTTTTCTCCATGATTCAATGGTTGCAAACTTACTGAGAAAAAAAAAGTAAACTTTGAGGC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 50 
65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 60 60 60 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD36TF U 1
AF RR1F941TF U 1
AF RR1H277TF U 1
AF RR1BW15TF U 1
AF RR1FD63TF U 1
AF RR1CD36JQ C 125
AF RR1H277JQ C 264
AF RR1BW15JQ C 131
AF RR1F941JQ C 175
AF RR1GM79TF U 288
AF RR1FD63JQ C 224
BS 1 416 RR1BW15TF
BS 417 417 RR1CD36TF
BS 418 695 RR1BW15TF
BS 696 696 RR1FD63TF
BS 697 721 RR1BW15TF
BS 722 734 RR1FD63TF
BS 735 735 RR1GM79TF
BS 736 749 RR1FD63TF
BS 750 752 RR1GM79TF
BS 753 765 RR1FD63TF
BS 766 766 RR1GM79TF
BS 767 775 RR1FD63TF
BS 776 778 RR1GM79TF
BS 779 787 RR1FD63TF
BS 788 788 RR1GM79TF
BS 789 797 RR1FD63TF
BS 798 832 RR1GM79TF
BS 833 833 RR1CD36JQ
BS 834 881 RR1GM79TF
BS 882 900 RR1BW15JQ

RD RR1CD36TF 666 0 0
GGAAGTCGTTTCGGATAAAACACTCT*TTCTCTCCATCCTCCTCCTCCTGGAGCAGAGCT
CCGTCGTCAATCCTAGCAAGCTATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTC
ATCATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGG
TTTCTCCAGCAAGACCATAATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGC
TGTACCATCCAATGTAACCATCGCGTTGGAAGGTCAGGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATT
AGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTT
ATTGAGGGTCAAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCACGGTCTTTTCAG
GACGCTAACGGATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAAGAAACTGATACT
AGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTT
TTCTCACCCGGTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAGGAGAACAC
GAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAG
GAAGTG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1F941TF 665 0 0
GGAAGTCGTTTCGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCCTCCTGGAGCAGAGCT
CCGTCGTCAATCCTAGCAAGCTATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTC
ATCATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGG
TTTCTCCAGCAAGACCATAATAGAGTGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGC
TGTACCATCCAATGTAACCATCGCGTTGGAAGGTCAGGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATT
AGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTT
ATTGAGGGTCAAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCACGGTCTTTTCAG
GACGCTAACGGATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAAGAAACTGATACT
AGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTT
TTCTCACCCGGTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAGGAGAACAC
GAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAG
GAAGT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1H277TF 665 0 0
GGAAGTCGTTTCGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCCTCCTGGAGCAGAGCT
CCGTCGTCAATCCTAGCAAGCTATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTC
ATCATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGG
TTTCTCCAGCAAGACCATAATAGAGTGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGC
TGTACCATCCAATGTAACCATCGCGTTGGAAGGTCAGGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATT
AGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTT
ATTGAGGGTCAAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCACGGTCTTTTCAG
GACGCTAACGGATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAAGAAACTGATACT
AGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTT
TTCTCACCCGGTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAGGAGAACAC
GAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAG
GA
GTG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1BW15TF 721 0 0
GGAAGTCGTTTCGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCCTCCTGGAGCAGAGCT
CCGTCGTCAATCCTAGCAAGCTATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTC
ATCATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGG
TTTCTCCAGCAAGACCATAATAGAGTGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGC
TGTACCATCCAATGTAACCATCGCGTTGGAAGGTCAGGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATT
AGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTT
ATTGAGGGTCAAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCACGGTCTTTCCAG
GACGCTAACGGATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAAGAAACTGATACT
AGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTT
TTCTCACCCGGTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAGGAGAACAC
GAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAG
GAAGTGGAGGCCTCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGG*AGTGAAGTATTCAGATGAGATTGT
G

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1FD63TF 804 0 0
GGAAGTCGTTTCGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCCTCCTGGAGCAGAGCT
CCGTCGTCAATCCTAGCAAGCTATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTC
ATCATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGG
TTTCTCCAGCAAGACCATAATAGAGTGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCATCCCATCGC
TGTACCATCCAATGTAACCATCGCGTTGGAAGGTCAGGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATT
AGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTT
ATTGAGGGTCAAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCACGGTCTTTTCAG
GACGCTAACGGATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAAGAAACTGATACT
AGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTT
TTCTCACCCGGTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAGGAGAACAC
GAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAG
GAAGTGGAGGCCTCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGT
GAGGAGGAAAGAAG*CAAAGCTGGAAAGA**GAATGATCATCTTT*GTTCCTTGTG**TG
TGTATTT*ACCCTTTCT
ATGTTGT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1CD36JQ 725 0 0
TTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGGTTTC
TCCAGCAAGACCATAATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTA
CCATCCAATGTAACCATCGCGTTGGAAGGTCAGGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGA
GAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTG
AGGGTCAAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCACGGTCTTTTCAGGACG
CTAACGGATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAAGAAACTGATACTAGTG
GGTGTTGGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCT
CACCCGGTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAGGAGAACACGAGG
ATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAG
TGGAGGCCTCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGG
AGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAATGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTA
TTTTACCCTTTCTATGTTTGTATTTGTGCAAATCTTTTTTT*ATGAAAATGTGAAACTTT
TCTCC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1H277JQ 586 0 0
CGTTGGAAGGTCAGGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGCTCGCTCTAACTTACC
CACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAGGGTCAAGAAAACCGTCG
AAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCACGGTCTTTTCAGGACGCTAACGGATAACATGGTGG
TGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAAGAAACTGATACTAGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGA
CCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCACCCGGTTAAGATGCAGA
TACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAGGAGAACACGAGGATCACGGTGAGTGGATACG
ACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTGGAGGCCTCCGGAGCCGT
ACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTG
GAAAGAAGAAATGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTT
GTATTTGTGCAAATCTTTTTTT*ATGAAAATGTGAAACTTTTCTCC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1BW15JQ 770 0 0
GGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCTCAACCAAGCCGTTTGCTCGAGTGGGTTTCTCCAGC
AAGACCATAATAGAGTGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACCATCC
AATGTAACCATCGCGTTGGAAGGTCAGGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGCTC
GCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAGGGTC
AAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCACGGTCTTTCCAGGACGCTAACG
GATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAAGAAACTGATACTAGTGGGTGTT
GGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCACCCG
GTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAGGAGAACACGAGGATCACG
GTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTGGAGG
CCTCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAGGAAA
GAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAATGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTATTTTAC
CCTTTCTATGTTTGTATTTGTGCAAATCTTTTTTT*ATGAAAATGTGAAACTTTTCTCCA
TGATTCAATGGTTGCAAACTTACTGAGAAAAAAAAAGTAAACTTTGAGGC

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1F941JQ 727 0 0
AGTGGGTTTCTCCAGCAAGACCATAATAGAGTGCAAGGAATCAAGGATAGGGAAGCAGCC
CATCGCTGTACCATCCAATGTAACCATCGCGTTGGAAGGTCAGGACTTGAAAGTCAAAGG
TCCATTAGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGC
TGGTTTATTGAGGGTCAAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCACGGTCT
TTTCAGGACGCTAACGGATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAAGAAACT
GATACTAGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCT
GGGGTTTTCTCACCCGGTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAGGA
GAACACGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGAC
GGTGAGGAAGTGGAGGCCTCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGA
GATTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAATGATCATCTTTTGTTCCTTG
TTGTTGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTTGTATTTGTGCAAATCTTTTTTT*ATGAAAAT
GTGAAACTTTTCTCCATGATTCAATGGTTGCAAACTTACTGAGAAAAAA
AAAAGTAAACTTTGAGAC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1GM79TF 594 0 0
G
CAAAGGTCCATTAGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGA
AGATGCTGGTTTATTGAGGGTCAAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAAATGCA
CGGTCTTTTCAGGACGCTAACGGATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTTGAGAA
GAAACTGATACTAGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCT
GAATCTGGGGTCTTCTCACCCGGTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGT
GGAGGAGAACACGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGC
TGCGACGGTGAGGAAGTGGAGGCCTCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTC
AGATGAGATTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAATGATCATCTTTTGT
TCCTTGTTGTTGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTTGTATTTGTGCAAATCTTTTTTT*AT
GAAA*TGTGAAACTTTTCTCCATGATTCAATGGTTGCAAACTTACTGAGAAAA

QA 2 594 2 594
DS 

RD RR1FD63JQ 629 0 0
GGGAAGCATCCCATCGCTGTACCATCCAATGTAACCATCGCGTTGGAAGGTCAGGACTTG
AAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGGGAAGTTGAGCTCATC
AAAGAAGATGGTGGTTTATTGAGGGTCAAGAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCCAACCAA
ATGCACGGTCTTTTCAGGACGCTAACGGATAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGATTT
GAGAAGAAACTGATACTAGTGGGTGTTGGTTACCGTGCGACCGTGGAAGGGAAAGAGCTG
GTTTTGAATTTGGGGTTTTTTCACCCGGTTAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTG
AAAGTGGAGGAGAACACGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAG
TTTGCTGGGACGGTGAGGAAGTGGAGGCCTCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAG
TATTCAGATGAGATTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAATGATCATTT
TTTGTTCCTTGTTGTTGTGTATTTTACCCTTTTTATGTTTGTATTTGTGCAAATTTTTTT
TTTATGAAAATGTGAAACTTTTTTCCATG

QA 1 629 1 629
DS 



AS 2 17

CO CL44Contig1 647 8 11 U
AGGGGAGAACAAAAGATCCAAAGAGAAAAATATCCAAAGAAAAGAAAGAGGAAGAAGATG
CCTTCAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCACCGAAGCTGTCGGTGGCAGTGGACATG
GGCAACCCTTTTCTTAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTC
ACTAAATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGC
ACTATTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCT
GGAGTTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGGGATTGGAAA
AACGCAATGTTGGCAGGAGCTGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGC
AAAGACAAGGTGGTGGTGGATGCTATTATGGGTGGCGCTCTTGCAACTGCGTCTCAGTTC
CTTAACAATCATTATTTCTACTGAGTTTTCAATCTTCTTGTCAGGACCAAGTTTGTTATA
TCCAAATTTGGTCCTTATGGTGTGGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGGAGTA
CTTTTGTATGAATTGCATTTTATTAATATGAACGTTCAAAAATGGTC


BQ
10 10 10 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 40 35 35 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM20TF U 1
AF RR1AB67JQ C 4
AF RR1DF89TF U 4
AF RR1DP70TF U 4
AF RR1FN75TF U 4
AF RR1FN75JQ C 4
AF RR1DP70JQ C 4
AF RR1AB67TF U 4
BS 1 40 RR1BM20TF
BS 41 41 RR1DF89TF
BS 42 104 RR1BM20TF
BS 105 105 RR1DF89TF
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RD RR1BM20TF 640 0 0
AGGGGAGAACAAAAGATCCAAAGAGAAAAATATCCAAAGAGAAGAAAGAGGAAGAAGATG
CCTTCAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCACCGAAGCTGTCAGTGGCAGTGGACATG
GGCAACCCTTTTCTTAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTC
ACTAAATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGC
ACTATTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCT
GGAGTTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGGGATTGGAAA
AACGCAATGTTGGCAGGAGCTGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGC
AAAGACAAGGTGGTGGTGGATGCTATTATGGGTGGCGCTCTTGCGACTGCGTCTCAGTTC
CTTAACAATCATTATTTCTACTGAGTTTTCAATCTTCTTGTCAGGACCAAGTTTGTTATA
TCCAAATTTGGTCCTTATGGTGTGGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATTGAGTA
CTTTTGTATGAATTGCATTTTATTAATATGAACGTTCA
TA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1AB67JQ 644 0 0
GGAGAACAAAAGATCCAAAGAGAAAAATATCCAAAGAAAAGAAAGAGGAAGAAGATGCCT
TCAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCACCGAAGCTGTCGGTGGCGGTGGACATGGGC
AACCCTTTTCTTAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACT
AAATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACT
ATTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGA
GTTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATTGAACGTATCCGTGGCACTAGGGATTGGAAAAAC
GCAATGTTGGCAGGAGCTGCGACAGGAGCGGTGATTTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAA
GACAAGGTGGTGGTGGATGCTATTATGGGTGGCGCTCTTGCAACTGCGTCTCAGTTCCTT
AACAATCATTATTTCTACTGAGTTTTCAATCTTCTTGTCAGGACCAAGTTTGTTATATCC
AAATTTGGTCCTTATGGTGTGGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGGAGTACTT
TTGTATGAATTGCATTTTATTAATATGAACGTTCAAAAATGGTC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1DF89TF 639 0 0
GGAT
AACAAAAGATCCAAAGAGAAAAATATCCAAAGAAAAGAAAGAGGAAGAAGATGCCTTCAA
GCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCACCGAAGCTGTCGGTGGCAGTGGACATGGGCAACC
CTTTTCTTAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACTAAAT
CTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACTATTG
AGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGAGTTT
ACGTTGGAACAGAGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGGGATTGGAAAAACGCAA
TGTTGGCAGGAGCTGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAAGACA
AGGTGGTGGTGGATGCTATTATGGGTGGCGCTCTTGCAACTGCGTCTCAGTTCCTTAACA
ATCATTATTTCTACTGAGTTTTCAATCTTCTTGTCAGGACCAAGTTTGTTATATCCAAAT
TTGGTCCTTATGGTGTGGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGGAGTACTTTTGT
ATGAATTGCATTTTATTAATATGAACGTTCAAA
AA

QA 5 637 5 637
DS 

RD RR1DP70TF 637 0 0
GGAGAACAAAAGATCCAAAGAGAAAAATATCCAAAGAAAAGAAAGAGGAAGAAGATGCCT
TCAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCACCGAAGCTGTCGGTGGCAGTGGACATGGGC
AACCCTTTTCTTAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACT
AAATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACT
ATTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGA
GTTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGGGATTGGAAAAAC
GCAATGTTGGCAGGAGCTGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAA
GACAAGGTGGTGGTGGATGCTATTATGGGTGGCGCTCTTGCAACTGCGTCTCAGTTCCTT
AACAATCATTATTTCTACTGAGTTTTCAATCTTCTTGTCAGGACCAAGTTTGTTATATCC
AAATTTGGTCCTTATGGTGTGGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGGAGTACTT
TTGTATGAATTGCATTTTATTAATATGAACGTCCAAA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1FN75TF 637 0 0
GGAGAACAAAAGATCCAAAGAGAAAAATATCCAAAGAAAAGAAAGAGGAAGAAGATGCCT
TCAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCACCGAAGCTGTCGGTGGCAGTGGACATGGGC
AACCCTTTTCTTAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACT
AAATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACT
ATTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGA
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AACAATCATTATTTCTACTGAGTTTTCAATCTTCTTGTCAGGACCAAGTTTGTTATATCC
AAATTTGGTCCTTATGGTGTGGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGGAGTACTT
TTGTATGAATTGCATTTTATTAATATGAACGTTCAAA

QA 1 637 1 637
DS 

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AAATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACT
ATTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGA
GTTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGGGATTGGAAAAAC
GCAATGTTGGCAGGAGCTGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAA
GACAAGGTGGTGGTGGATGCTATTATGGGTGGCGCTCTTGCAACTGCGTCTCAGTTCCTT
AACAATCATTATTTCTACTGAGTTTTCAATCTTCTTGTCAGGACCAAGTTTGTTATATCC
AAATTTGGTCCTTATGGTGTGGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGGAGTACTT
TTGTATGAATTGCATTTTATTAATATGAACGTTC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1DP70JQ 634 0 0
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TCAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCACCGAAGCTGTCGGTGGCAGTGGACATGGGC
AACCCTTTTCTTAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACT
AAATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACT
ATTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGA
GTTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGGGATTGGAAAAAC
GCAATGTTGGCAGGAGCTGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAA
GACAAGGTGGTGGTGGATGCTATTATGGGTGGCGCTCTTGCAACTGCGTCTCAGTTCCTT
AACAATCATTATTTCTACTGAGTTTTCAATCTTCTTGTCAGGACCAAGTTTGTTATATCC
AAATTTGGTCCTTATGGTGTGGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGGAGTACTT
TTGTATGAATTGCATTTTATTAATATGAACGT
CC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1AB67TF 644 0 0
GGAGAACAAAAGATCCAAAGAGAAAAATATCCAAAGAAAAGAAAGAGGAAGAAGATGCCT
TCAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCACCGAAGCTGTCGGTGGCGGTGGACATGGGC
AACCCTTTTCTTAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACT
AAATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACT
ATTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGA
GTTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATTGAACGTATCCGTGGCACTAGGGATTGGAAAAAC
GCAATGTTGGCAGGAGCTGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAA
GACAAGGTGGTGGTGGATGCTATTATGGGTGGCGCTCTTGCAACTGCGTCTCAGTTCCTT
AACAATCATTATTTCTACTGAGTTTTCAATCTTCTTGTCAGGACCAAGTTTGTTATATCC
AAATTTGGTCCTTATGGTGTGGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGGAGTACTT
TTGTATGAATTGCATTTTATTAATATGAACGTTCAAA
AATGGTC

QA 1 637 1 637
DS 



CO CL44Contig2 649 9 8 U
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TCTTTGTGTGTGTTTGAGATGTTTTTCTCTTTGGATCTTTTGTTCTGCC


BQ
10 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 40 30 

AF RR1CT62TF C 90
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AF RR1AF48JQ U 2
AF RR1FO34JQ U 2
AF RR1FO34TF C 3
AF RR1CT62JQ U 2
AF RR1BL25JQ U 2
AF RR1AF48TF C 2
AF RR1BL25TF C 2
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BS 647 649 RR1AF48JQ

RD RR1CT62TF 486 0 0
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QA 1 486 1 486
DS 

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TCTTTGTGTGTGTTTGAGATGTTTTTCTCTTTGGATCTTTTGTTCT
CCCCCCGGCG

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DS 

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QA 1 648 1 648
DS 

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QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1FO34TF 646 0 0
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GGCTTTGTAAGTGTCTTCCACAAGAGATTTAGTGACTCCAACAGCTCCGATCTTGAGGAA
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QA 6 646 6 646
DS 

RD RR1CT62JQ 647 0 0
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DS 

RD RR1BL25JQ 648 0 0
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GTCGATGGCTTTGTAAGTGTCTTCCACAAGAGATTTAGTGACTCCAACAGCTCCGATCTT
GAGGAAACCATCGACGGTGAGGTTGAGAAAAGGGTTGCCCATGTCCACTGCCACCGACAG
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QA 1 648 1 648
DS 

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ACCTTCTTTGCACATCTTCTTAAGCGCATGCTCAATAGTGCTCTTGGAAACACTCCCTTT
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GAGGAAACCATCGACGGTGAGGTTGAGAAAAGGGTTGCCCATGTCCACTGCCACCGACAG
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CTTTGTGTGTGTTTGAGATGTTTTTCTCTTTGGATCTTTTGTTCTGCC

QA 1 648 1 648
DS 

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GATACGTTCGATTCCATACTCTGTTCCAACGTAAACTCCAGCCACAGATCCCCAGTAAAC
ACCTTCTTTGCACATCTTCTTAAGCGCATGCTCAATAGTGCTCTTGGAAACACTCCCTTT
GTCGATGGCTTTGTAAGTGTCTTCCACAAGAGATTTAGTGACTCCAACAGCTCCGATCTT
GAGGAAACCATCGACGGTGAGGTTGAGAAAAGGGTTGCCCATGTCCACTGCCACCGACAG
CTTCGGTGAGCTAACAGTTCCAGAGAATGTGCTTGAAGGCATCTTCTTCCTCTTTCTTTT
CTTTGTGTGTGTTTGAGATGTTTTTCTCTTTGGATCTTTTGTTCTGCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 2 18

CO CL45Contig1 630 11 13 U
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TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTCGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCGCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT
TTGAGAAAAAAATTAAAGATCTTTATGATC


BQ
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 
60 60 60 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 30 45 20 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 30 30 20 20 20 

AF RR1DS65TF U -3
AF RR1CI62JQ C 1
AF RR1CI62TF U 1
AF RR1DS53TF U 1
AF RR1GY21TF U 1
AF RR1H082TF U 1
AF RR1GY21JQ C 170
AF RR1EO96JQ C 58
AF RR1DS53JQ C 274
AF RR1EO96TF U 11
AF RR1H082JQ C 304
BS 1 81 RR1CI62TF
BS 82 82 RR1DS53TF
BS 83 161 RR1CI62TF
BS 162 162 RR1DS53TF
BS 163 502 RR1CI62TF
BS 503 503 RR1DS53TF
BS 504 611 RR1CI62TF
BS 612 612 RR1DS53TF
BS 613 613 RR1CI62TF
BS 614 614 RR1H082TF
BS 615 618 RR1CI62TF
BS 619 625 RR1GY21TF
BS 626 630 RR1H082TF

RD RR1DS65TF 564 0 0
GGGGTT
CCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGATTT
GTTCAAGAGAGAAGGGGGTCGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGAAA
GAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATGGA
GATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGC
GCTCGGTGACTCCGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGATGG
CCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAATGT
GAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTA
CTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTTTC
TGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTGTT
TTTTGTCAGATCTTGTTT

QA 7 564 7 564
DS 

RD RR1CI62JQ 612 0 0
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TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCGCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCTTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT
TTGAGAAAAAAA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1CI62TF 618 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCGCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCTTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT
TTGAGAAAAAATT*AAAG

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1DS53TF 612 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTCGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCGCTCGGTGACTCCGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGGGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGCACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTGAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT
TTGAGAAAAAAA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1GY21TF 627 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGGCGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGTAAAGCCGGT
GCGCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT
TTGAGAAAAAATT*AAAGATCTTTA
CG

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1H082TF 630 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCGCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCGGAGTGATTACAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT
TTGAGAAAAAAATTAAAGATCTTTATGATC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1GY21JQ 458 0 0
ACAAGATCATGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTG
GTAAAGCCGGTGCGCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTG
TCACTTTTGATGGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGA
AGAAGCACAATGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTTT
ACGAGTTGAGGTACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACT
ACACTACTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGG
TCCTTCTATTGTTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTCTTGTTTCA
GACACTTTTGTTTGAGAAAAAAATTAAAGATCTTTA
CG

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1EO96JQ 570 0 0
GATTTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTCGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAG
GGAAAGAAGAAGGGAGTTTCCTTTTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATC
ATGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCC
GGTGCGCTCGGTGACTCCGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTTT
GATGGCCAGTTTTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCAC
AATGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTTTACGAGTTG
AGGTACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACT
GTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCCCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTTTA
TTGTTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTGAACTCTTGTTTCAGACACTTT
TGTTTGAGAAAAAAATTAAAGATCTTTATG

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1DS53JQ 332 0 0
AAGAACAAGATCACTGTCACTTTTGATGGCCAGTTTTCCAAGAGGTATTTCAAGTACTTG
ACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAATGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAAC
AAGGACCGTAACCTTTACGGGTTGAGGTACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAA
GAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCA
GCACAATTTATCTTGGTCCTTTTATTGTTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAAC
TTGAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGTTTGAG

QA 1 332 1 332
DS 

RD RR1EO96TF 617 0 0
GG
AGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGATTTGTTCAAGAGA
GAAGGGGGTCGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGAAAGAAGAAGGGA
GTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCC
CTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCGCTCGGTGAC
TCCGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGATGGCCAGTTCTCC
AAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAATGTGAGGGATTGG
CTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACATC
GCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTTTCTGTTGTTTTG
GTTTCTGCTCGTTGCTGCCCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTGTTTTTTGTCAGA
TCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTGAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGTTTGAGAAAAAAA
TTAAAGATCTTTATG

QA 3 617 3 617
DS 

RD RR1H082JQ 327 0 0
CAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAATGTG
AGGGATTGGCTCGGAGTGATTACAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTAC
TTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTTTCT
GTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTGTTT
TTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGTTTG
AGAAAAAAATTAAAGATCTTTATGATC

QA 1 327 1 327
DS 



CO CL45Contig2 635 7 14 U
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACTTCTGT
TTCGTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCCCATTACAATTTATCTTGGTAC
TTCTATTGTTTTTTTGACAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTTGTTTCAGACA
CTTGTTTGAGAAAAATTTAAAGATCTTTGTGATCC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1E574TF U 1
AF RR1E574JQ C 17
AF RR1FM67JQ C 1
AF RR1GM96TF U 1
AF RR1FM67TF U 1
AF RR1GM96JQ C 63
AF RR1AQ65TF U 99
BS 1 35 RR1E574TF
BS 36 36 RR1GM96TF
BS 37 198 RR1E574TF
BS 199 199 RR1GM96TF
BS 200 318 RR1E574TF
BS 319 319 RR1GM96TF
BS 320 334 RR1E574TF
BS 335 335 RR1GM96TF
BS 336 448 RR1E574TF
BS 449 449 RR1GM96TF
BS 450 599 RR1E574TF
BS 600 615 RR1GM96TF
BS 616 634 RR1FM67TF
BS 635 635 RR1AQ65TF

RD RR1E574TF 599 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTACTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGGAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGCATCTCAAGTACTTGATGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGAG*GGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACTTCTGT
TTCGTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCCCATTACAATTTATCTTGGTAC
TTCTATTGTTTTTTTGACAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTTGTTTCAGAC

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1E574JQ 583 0 0
AAAAGACGCCGCTCGTCTACTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGATTTGTTCAAGAGAGAAG
GGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGAAAGAAGAAGGGAGTCT
CCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCCCTCG
AGGAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCCCTCGGTGACTCTG
TCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGATGGCCAGTTCTCCAAGA
GGCATCTCAAGTACTTGATGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAATGTGAGGGATTGGCTCA
GAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACATCGCTG
AGAACGAGGGAG*GGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACTTCTGTTTCGTGTTTCTGTTGT
TTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCCCATTACAATTTATCTTGGTACTTCTATTGTTTTTTTG
ACAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTTGTTTCAGAC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1FM67JQ 615 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAATAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACTTCTGT
TTCGTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCCCATTACAATTTATCTTGGTAC
TTCTATTGTTTTTTTGACAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTTGTTTCAGACA
CTTGTTTGAGAAAAA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1GM96TF 615 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCATCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACTAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACTTCTGT
TTCGTGTTTCTGTTGTTTTGTTTTCTGCTCGTTGCTGCCCATTACAATTTATCTTGGTAC
TTCTATTGTTTTTTTGACAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTTGTTTCAGACA
CTTGTTTGAGAAAAA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1FM67TF 635 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAATAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACTTCTGT
TTCGTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCCCATTACAATTTATCTTGGTAC
TTCTATTGTTTTTTTGACAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTTGTTTCAGACA
CTTGTTTGAGAAAAATTTAAAGATCTTTGTGATC
C

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1GM96JQ 573 0 0
GTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGAAA
GAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATGGA
GATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGC
CCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGATGG
CCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACTAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAATGT
GAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTA
CTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACTTCTGTTT
CGTGTTTCTGTTGTTTTGTTTTCTGCTCGTTGCTGCCCATTACAATTTATCTTGGTACTT
CTATTGTTTTTTTGACAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTTGTTTCAGACACT
TGTTTGAGAAAAATTTAAAGATCTTTGTGATC
C

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1AQ65TF 537 0 0
AAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGAAAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAA
GCCCGTCAATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGAT
CAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAA
CAAGATCACTGTCACTTCTGATGGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAA
GAAGTACTTGAAGAAGCACAATGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGA
CCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGA
CTAGAAGAGTTATTACTTCTGTTTCGTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGC
CCATTACAATTTATCTTGGTACTTCTATTGTTTTTTTGACAGATCTTGTTTAGTTTGGTT
GAACTTAAACTTGTTTCAGACACTTGTTTGAGAAAAATTTAAAGATCTTTGTGATCC

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 18

CO CL46Contig1 826 18 17 U
GGACACGCCTCAATCATTCTGTTTTATTGACACACACAACAAAGCTGCCCCACTCCACCG
TTCTCACTCATTACTCTCTTGCTTTCTTTCTTTCAAATCTCAGATCTTCCGTAACAAAAA
AGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGC
TCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGT
CAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTT
CATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTA
CAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCA
TGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGT
CTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGA
CGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGATGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAG
AGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATC
CATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGT
ATGGTTTGTTTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAGAAAACATAGAATGTC
TCAGAAGAAAGTCTCAATAGATAAATTCATGTGACGTTACAATCAT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 60 60 60 60 70 70 70 70 75 75 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 30 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 30 97 97 97 97 70 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 25 95 95 95 95 95 95 95 95 95 35 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 50 95 80 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 50 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 55 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 75 75 50 50 50 35 50 50 50 20 50 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H231TF U 2
AF RR1DA80TF U 1
AF RR1CT53TF U 107
AF RR1F069TF U 100
AF RR1EA52TF U 54
AF RR1CT53JQ C 55
AF RR1DL59TF U 68
AF RR1EA52JQ C 133
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AF RR1BF44TF U 123
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AF RR1CD30TF U 244
BS 1 572 RR1DA80TF
BS 573 573 RR1EA52TF
BS 574 686 RR1DA80TF
BS 687 687 RR1CT53TF
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BS 690 706 RR1DA80TF
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BS 821 826 RR1CD30JQ

RD RR1H231TF 570 0 0
GGG
ACGCCTCAATCATTCTGTTTTATTGACACACACAACAAAGCTGCCCCACTCCACCGTTCT
CAATCATTACTCTCTTGCTTTCTCTCTTTCAAATCTCAGATCTTCCGTAACAAAAAAGCT
CATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTC
TGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGA
GGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATC
CCTGGTGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGG
CACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAG
GATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCTAATGTCTCA
CCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAA
CGTTTCGCTAACAACTTGGGG
GTTCCT

QA 4 564 4 564
DS 

RD RR1DA80TF 706 0 0
GGACACGCCTCAATCATTCTGTTTTATTGACACACACAACAAAGCTGCCCCACTCCACCG
TTCTCACTCATTACTCTCTTGCTTTCTTTCTTTCAAATCTCAGATCTTCCGTAACAAAAA
AGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGC
TCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGT
CAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTT
CATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTA
CAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCA
TGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGT
CTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGA
CGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAAAGGGATGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAG
AGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATC
CATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTC*AATATAATCGCCAGCTTGT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1CT53TF 583 0 0
TTCCGTAACAAAAAAGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCT
ATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGG
AACCCGTTTGTAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACT
TCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACA
ATGGAGTTAACCTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTG
GTTAGCGAAGACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTA
CGCTGCTCCAATGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAAC
GGCATTGCTTCAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGATGCAGCTTC
GCCAGGCTGTGCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAA*TGCTCAAT
CAGTATGTTTTATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAAT

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1F069TF 613 0 0
GG
AGATCTTCCGTAACAAAAAAGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGA
AAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGA
ACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCG
AAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGA
GAACAATGGAGTTAACCTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGA
TCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTC
AGTTACGCTGCTCCAATGCCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTT
TCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGGTGCA
GCTTCGCCAGGCTGTTCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGC
TCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAG
CTTGTGTTTCG

QA 3 613 3 613
DS 

RD RR1EA52TF 712 0 0
TGG
ACCGTTCTCAATCATTACTCTCTTGCTTTCTCTCTTTCAAATCTCAGATCTTCCGTAACA
AAAAAGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTACGATGTCGAAAGCTATTATTCTGG
TTGCTCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTG
TAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTA
CTTTCATCCCTGGTGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAA
CCTACTGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAG
ACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCTA
ATGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTT
CAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGATGCAGCTTCACCAGGCTGT
GCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTT
TATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCGATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCA
TTGTATGGTTTGTTTACTTCTGAA*TATTAAAA*TATATATATGATGAG

QA 4 712 4 712
DS 

RD RR1CT53JQ 709 0 0
GG
ACCGTTCTCACTCATTACTCTCTTGCTTTCTTTCTTTCAAATCTCAGATCTTCCGTAACA
AAAAAGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGG
TTGCTCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTG
TAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTA
CTTTCATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAA
CCTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAG
ACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCA
ATGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTT
CAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGATGCAGCTTCGCCAGGCTGT
GCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTT
TATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCA
TTGTATGGTTTGTTTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATG

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR1DL59TF 698 0 0
GG
ATTACTCTCTTGCTTTCTTTCTTTCAAATCTCAGATCTTCCGTAACAAAAAAGCTCATCC
TTGTAAAACTTCGCAAAATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTT
TTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGACG
TGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGG
AGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGGCACGA
GGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATCA
GTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCACCTGG
TCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTTT
CGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGATGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGATCATGA
AGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCCT
GCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTGT
TTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAG

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1EA52JQ 633 0 0
TAAAACTTCGCAAGATATTACGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTT
ACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGACGTGT
CTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGTGC
GGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACTGGCACGAGGC
GAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATCAGTT
CTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCTAATGTCTCACCTGGTCA
TGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTTTCGC
TAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGATGCAGCTTCACCAGGCTGTGCAGAGATCATGAAGC
AATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCCTGCG
ACATGTGGGATTTCGATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTGTTTA
CTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAG

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1DL59JQ 695 0 0
TTACTCTCTTGCTTTCTTTCTTTCAAATCTCAGATCTTCCGTAACAAAAAAGCTCATCCT
TGTAAAACTTCGCAAAATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTT
TTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGACGT
GTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGA
GCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGGCACGAG
GCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATCAG
TTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCACCTGGT
CATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTTTC
GCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGATGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGATCATGAA
GCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCCTG
CGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTGTT
TACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAG

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1DA80JQ 673 0 0
TCAAATCTCAGATCTTCCGTAACAAAAAAGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTG
CGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGG
CTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGG
CTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCA
AAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGAT
CATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTA
GTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCC
TCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA
*GGGATGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGAC
TAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTAT
AATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTGTTTACTTCTGAAATATTAAAAATA
TATACATGATGAG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1BF44JQ 652 0 0
GGGATT
CTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCT
TTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGAC
GTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTG
GAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGGCACG
AGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATC
AGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCACCTG
GTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTT
TCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGGTGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGATCATG
AAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCC
TGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTG
TTTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAGAAAACATAG

QA 7 652 7 652
DS 

RD RR1BF44TF 652 0 0
GGGATT
CTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCT
TTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGAC
GTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTG
GAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGGCACG
AGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATC
AGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCACCTG
GTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTT
TCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGGTGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGATCATG
AAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCC
TGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTG
TTTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAGAAAACATAG

QA 7 652 7 652
DS 

RD RR1C477TF 659 0 0
G
CATCCTTGTAAA*CTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTC
TGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGA
GGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATC
CCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGG
CACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAG
GATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTGGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCA
CCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAA
CGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGGTGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGAT
CATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATG
TTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGG
TTTGTTTACTTCTGAAATATTAAAA*TATATATATGATGAGAAA*CATAGAATGTCTC

QA 2 659 2 659
DS 

RD RR1C477JQ 649 0 0
T
AAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTTAC
CGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGACGTGTCT
ATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGAGCGG
TGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGGCACGAGGCGA
GAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATCAGTTCT
GTGATACCATGTTGGTTGGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCACCTGGTCATG
ACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTTTCGCTA
ACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGGTGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGATCATGAAGCAA
TATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCCTGCGAC
ATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTGTTTACT
TCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAGAAAACATAGAATGTCTC

QA 2 649 2 649
DS 

RD RR1F069JQ 559 0 0
AGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAA
ACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGA
ACAATGGAGTTAACCTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATC
TTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAG
TTACGCTGCTCCAATGCCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTC
AACGGCATTGCTTCAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGGTGCAGC
TTCGCCAGGCTGTTCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTC
AATCAGTATGTTTTATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCT
TGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTGTTTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATG
AGAAAACATAGAATGTCTC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1H231JQ 634 0 0
TTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGA
CGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCT
GGTGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGGCAC
GAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGAT
CAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCTAATGTCTCACCT
GGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGT
TTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGATGCAGCTTCACCAGGCTGTGCAGAGATCAT
GAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTC
CTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTT
GTTTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAGAAAACATAGAATGTCTCAGAAG
AAAGTCTCAATAGATAAATTCATGTGACGTTAC
T

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1CD30JQ 583 0 0
G
GGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATC
CCTGGTGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGG
CACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAG
GATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTTTCAGTTACGCTGCTCTAATGTCTCA
CCTGGT*ATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAA
CGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGATGCAGCTTCACCAGGCTGTGCAGAGAT
CATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATG
TTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATCGTATGG
TTTGTTTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAGAAAACATGGAATGTCTCAG
AAGAAAGTCTCAATAGATAAATTCATGTGACGTTACAATCAT

QA 2 583 2 583
DS 

RD RR1CD30TF 583 0 0
G
GGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATC
CCTGGTGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGG
CACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAG
GATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCTAATGTCTCA
CCTGGT*ATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAA
CGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA*GGGATGCAGCTTCACCAGGCTGTGCAGAGAT
CATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATG
TTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATCGTATGG
TTTGTTTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAGAAAACATGGAATGTCTCAG
AAGAAAGTCTCAATAGATAAATTCATGTGACGTTAC
AATCAT

QA 2 577 2 577
DS 



AS 1 18

CO CL47Contig1 743 18 25 U
GGAAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCGCCG
CTGTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGTCTT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCAAAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACG
GAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCC
TTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGTTGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACC
CCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATATAATAATATC
TTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTT*CTCTTTGGATTTCTGTTTATGA
GACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTATATTACT
TCTTCTTCTTGGTTTCAGATGGT


BQ
55 65 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 60 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 60 90 90 90 90 90 90 90 60 90 90 90 90 90 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 70 95 
95 95 95 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 0 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 65 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 10 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 10 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 75 97 97 85 97 97 97 97 97 97 97 85 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 70 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 85 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 10 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 85 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 95 95 95 95 95 95 55 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
90 90 90 90 90 90 90 90 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 50 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 60 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 75 75 70 55 45 40 40 0 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO50TF U 1
AF RR1BP40TF U 2
AF RR1BP40JQ C 58
AF RR1CR55TF U 1
AF RR1CL64TF U 1
AF RR1BB38JQ C 1
AF RR1GH44TF U -1
AF RR1GK82TF U 2
AF RR1BB38TF U 1
AF RR1B537JQ C 1
AF RR1B537TF U 1
AF RR1FO50JQ C 99
AF RR1AG22TF U 1
AF RR1FB21TF U 1
AF RR1AJ82TF U 2
AF RR1GH44JQ C 124
AF RR1FB21JQ C 52
AF RR1AJ82JQ C 19
BS 1 46 RR1AG22TF
BS 47 47 RR1BP40TF
BS 48 142 RR1AG22TF
BS 143 143 RR1CL64TF
BS 144 149 RR1AG22TF
BS 150 150 RR1BP40TF
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BS 188 188 RR1BP40TF
BS 189 412 RR1AG22TF
BS 413 413 RR1CL64TF
BS 414 424 RR1AG22TF
BS 425 425 RR1CL64TF
BS 426 438 RR1AG22TF
BS 439 439 RR1BP40TF
BS 440 448 RR1AG22TF
BS 449 449 RR1BP40TF
BS 450 581 RR1AG22TF
BS 582 582 RR1CL64TF
BS 583 637 RR1AG22TF
BS 638 638 RR1BP40TF
BS 639 717 RR1AG22TF
BS 718 718 RR1FB21TF
BS 719 724 RR1AG22TF
BS 725 734 RR1FB21TF
BS 735 743 RR1AJ82JQ

RD RR1FO50TF 630 0 0
GGAAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCGCCG
CTGTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTAAAGTCCT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCAGAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACG
GAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCC
TTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTCCCCTTGT
TCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACC
CCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAATATC
TTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1BP40TF 712 0 0
GAAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCGCCGC
TGTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGTCTTC
CGCTGCATTCCCAGTCACCCATAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACGG
AGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAGGAAGTTTGAGACCCT
TTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCG
CAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCA
CGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTCCCCTTGTT
CGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCG
CAATGCCTTTATCACAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTTT
CATC*CCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAATATCT
TCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTT*CTCTTTGGATTTCTGTTTATGAG
ACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAA*CATGTAATTTCTA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1BP40JQ 657 0 0
CCGCTGTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGT
CTTCCGCTGCATTCCCAGTCACCCATAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCA
ACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAGGAAGTTTGAGA
CCCTTTTTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTT
TCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTG
AGCACGGAAGCACACCCGGATATTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTCCCCT
TGTTCGGATGCACTGACTTTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGT
ACCGCAATGCCTTTATCACAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCA
GTTTCATC*CCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAAT
ATTTTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTTT*TCTTTGGATTTCTGTTTA
TGAGACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTTTGATTTATGAAACATGTAATTT
TTAT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1CR55TF 712 0 0
GGAAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCGCCG
CTGTTGTTACCTCACCGACTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGTCTT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCAGAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACG
GAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCC
TTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTCCCCTTGT
TCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACC
CCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAATATC
TTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTT**CTCTTTGGATTTCTGTTTATGA
GACTTTATATATCGGATTGTAAA*TGTCTGATTTATGAA*CATGTAATTTCT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1CL64TF 716 0 0
GGAAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCGCCG
CTGTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGTCCT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCAAAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACG
GAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCC
TTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGTTGCACTGACTCTGCTCAAGTGCTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACC
CCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATATAATAATATC
TTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTT*CTCTTTGGATTTCTGTTTATGA
GACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTATA
A

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1BB38JQ 714 0 0
GGAAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCGCCG
CTGTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGTTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGTCTT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCAAAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACG
GAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCC
TTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGTTGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACC
CCAATGCCTTTATCAGAATCGTCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATATAATAATATC
TTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTT*CTCTTTGGATTTCTGTTTATGA
GACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTAT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1GH44TF 709 0 0
GGGT
AAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCGCCGCT
GTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGTCTTCC
GCTGCATTCCCAGTCACCCAAAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACGGA
GGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTT
TCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGC
AACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCAC
GGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTC
GGTTGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCCC
AATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTTTC
ATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATATAATAATATCTT
CTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTT*CTCTTTGGATTTCTGTTTATGAGA
CTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATT*ATGAAACATGTAA

QA 5 709 5 709
DS 

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GG
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CTGCATTCCCAGTCACCCAAAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCCAGCAACGGAG
GAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTTT
CTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCA
ACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACG
GAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCG
GTTGTACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCCCA
ATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTTTCA
TCGCCTACAAGCCACCAATCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATATAATAATATCTTC
TCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTT*CTCTTTGGATTTCTGTTTATGAG

QA 3 660 3 660
DS 

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CCGCTGCATTCCCAGTCACCCAAAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACG
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TTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGTTGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACC
CCAATGCCTTTATCAGAATCGTCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATATAATAATATC
TTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTTTCTCTTTGGATTTCTGTTTATGA
GACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTAT

QA 1 714 1 714
DS 

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CCGCTGCATTCCCAGTCACCCAAAAGGCCAACAACGACATTATTTCCATCGCTAGCAACG
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TTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTTTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
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TCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATATAATAATATC
TTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTT*CTCTTTGGATTTCTGTTTATGA
GACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTA
C

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DS 

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GAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGCTTGAGACCC
TTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGTTGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACC
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TCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATATAATAATATC
TTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTTTCTCTTTGGATTTCTGTTTATGA
GACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTA

QA 1 713 1 713
DS 

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ATTACTTCCATCGCTAGCAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATT
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AAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAG
CACGGATTTGTGTACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGG
ACAATGTGGAAGCTCCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTC
CAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCCCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAAC
CGTCAAGTGCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAA
GTCGCGTCCATATAATAATATCTTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTT*
CTCTTTGGATTTCTGTTTATGAGACTTTATA

QA 1 571 1 571
DS 

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CTGTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGTCTT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCAGAAGGCCGACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACG
GAGGAAGTGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCC
TTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTCCCCTTGT
TCGGATGCACTGACTCTGTTCAAGTGTTTAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACC
CCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAATATC
TTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTTTCTCTTTGGATTTCTGTTTATGA
GACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTATATTGCT
TCTT
AAAA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1FB21TF 736 0 0
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CTGTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGTCTT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCAAAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACG
GAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCC
TTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGTTGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACC
CCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTT
TCGTCGCCTACAAGCCACCGAGCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATATAATAATATC
TTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTT**CTCTTTGGATTTCTGTTTATGA
GACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTATATTACT
TCTTCTTCTTGGTT
CC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1AJ82TF 740 0 0
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TGTTGTTACCTCGCCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGTCTTC
CGCTGCATTCCCAGTCACCCAGAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACGG
AGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCT
TTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCG
CAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCA
CGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTCCCCTTGTT
CGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCC
CAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTTT
CATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAATATCT
TCTCATTTCATTTTCAATAAGCCTGTTGCTTTTTTTTCTCTTTGGATTTCTGTTTATGAG
ACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTATATTGCTT
CTTCTTCTTGGTT
TCAGATG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1GH44JQ 614 0 0
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GAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTTT
CTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCA
ACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACG
GAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCG
GTTGCACTGACTTTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCCCA
ATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTTTCA
TCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATATAATAATATCTTC
TCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTT*CTCTTTGGATTTCTGTTTATGAGAC
TTTATATATCGGATTGTAAAATGTTTGATTTATGAAACATGTAATTTCTATATTACTTCT
TCTTCTTGGTT
TCG

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1FB21JQ 685 0 0
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TGAAGTCTTCCGCTGCATTCCCAGTCACCCAAAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCG
CTAGCAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGT
TTGAGACCCTTTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACT
ACCTTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGT
ACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGC
TTCCCTTGTTCGGTTGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAA
AGGAGTACCCCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGT
GCATCAGTTTCGTCGCCTACAAGCCACCGAGCTTCACTGATGCTTAAGTCACGTCCATAT
AATAATATCTTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTT**CTCTTTGGATTTC
TGTTTATGAGACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTC
TATATTACTTCTTCTTCTTGGTT
CC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1AJ82JQ 725 0 0
AAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCGCCGCTGTTGTTACCTCGCCGG
CTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGGTTGAAGTCTTCCGCTGCATTCCCAGTCA
CCCAGAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCA
TGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTTTCTTACCTTCCTGACC
TTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTTTCCGCAACAAGTGGATTCCTT
GTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGAT
ACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTCCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTG
CTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCCCAATGCCTTTATCAGAA
TCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCAC
CAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAATATCTTCTCATTTCATTTTCAA
TAAGCCTGTTGCTTTTTTT*CTCTTTGGATTTCTGTTTATGAGACTTTATATATCGGATT
GTAAAATGTTTGATTTATGAAACATGTAATTTCTATATTGCTTCTTCTTCTTGGTTTCAG
ATGGT

QA 1 725 1 725
DS 



AS 2 15

CO CL48Contig1 961 8 17 U
GGAAAGAACAATCGTAAAACAAACGCGTCGAGACCTTTCCCCCAAATTCAAATAAAAACC
CTAATTATCTCTAATTGGAATCTCCACCGATCAAATCTGAATCGATTTTCAACATGGGTA
ACACAGACAAGCTAATGAACCAGATATTCGACCTGAAATTCACGTCCAAGTCTCTCCAGA
GGCAGTCGAGGAAGTGCGAGAAGGAGGAGAAGGCAGAGAAGCTCAAGGTTAAGAAGGCGA
TCGAGAAGGGGAACATGGACGGAGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAA
GCGAGCAGATGAACTATCTTCGCCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAG
ACACTCAGGCCAAGATGGCGACCATCACCAAATCGATGACTAACATCGTCAAGTCCCTTG
AGTCTTCCCTT*GCCACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAG
AAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGAGTTCATGGAGAACGCAATGGCTGGTTCG
ACATCGTTGTCCACTCCAGAAGGCGACGTCAACAACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGAT
TACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTACCTCAGGCTGCTGGTCATTCGATCCCTACTGCG
ACAGAGGAGAAAGTTGATGAGGATGATTTGTCCAGGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGA
GGATGAACAATCTACCACTTAGGACAAGATCCTTATCGAAATGTTGCTACTACTATCTGC
GAACACTGACGCATTTGTGTATATTGCTCACTTTGAGACATGCTTTGCTTATTATTAACT
TTATATAAAAACCTTTGTGTGTGTTTTTTAGTTTGCACAATTTCAATTATTGTTATATGC
TTTCGTGTGAGTTTTCGTAACACAAAATTTATGTTTGAGGCTATTTTGGTTTCATACATC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW64TF U 246
AF RR1CG22TF U 1
AF RR1FH78TF U 9
AF RR1FV10TF U 9
AF RR1BW64JQ C 113
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AAGGGGAACATGGACGGAGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAAGCGAG
CAGATGAACTATCTTCGCCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACT
CAGGCCAAGATGGCGACCATCACCAAATCGATGACTAACATCGTCAAGTCCCTTGAGTCT
TCCCTTCGCCACAGGCAACCTACAGAA
AGATGTC

QA 1 207 1 207
DS 

RD RR1CG22TF 711 0 0
GGAAAGAACAATCGTAAAACAAACGCGTCGAGACCTTTCCCCCAAATTCAAACAAAAACC
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ACACAGACAAGCTAATGAACCAGATATTCGACCTGAAATTCACGTCCAAGTCTCTCCAGA
GGCAGTCGAGGAAGTGCGAGAAGGAGGAGAAGGCAGAGAAGCTCAAGGTTAAGAAGGCGA
TCGAGAAGGGGAACATGGACGGAGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAA
GCGAGCAGATGAACTATCTTCGCCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAG
ACACTCAGGCCAAGATGGCGACCATCACCAAATCGATGACTAACATCGTCAAGTCCCTTG
AGTCTTCCCTT*GCCACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAG
AAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGAGTTCATGGAGAACGCAATGGCTGGTACG
ACATCGTTGTCCACTCCAGAAGGCGACGTCAACAACCTGATGCAGTAGGTGGCAGATGAT
TACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTACCTCACGCTGCTGGTCATTCGATCCCTACTGCG
ACAGAG*AGAAAGTTGATGAGGATGATTTGTCCAGGAG*CTTGCAGAGCTC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1FH78TF 686 0 0
GG
ATCGTAAAACAAACGCGTCGAGAC*TTTCCCCCAAATTCAAATAAAAACCCTAATTATCT
CTAATTGGAATCTCCACCGATCAAATCTGAATCGATTTTCAACATGGGTAACACAGACAA
GCTAATGAACCAGATATTCGACCTGAAATTCACGTCCAAGTCTCTCCAGAGGCAGTCGAG
GAAGTGCGAGAAGGAGGAGAAGGCAGAGAAGCTCAAGGTTAAGAAGGCGATCGAGAAGGG
GAACATGGACGGAGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAAGCGAGCAGAT
GAACTATCTTCGCCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGC
CAAGATGGCGACCATCACCAAATCGATGACTAACATCGCCAAGTCCCTTGAGTCTTCCCT
T*GCCGCAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTG
TGAACATGGAGGTGCAAGCTGAGTTCATGGAGAACGCAATGGCTGGTTCGACATCGTTGT
CCACTCCAGAAGGCTACGTCAACAACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGATTACGGTCTTG
AAGTCTCTGTTGGACTACCTCA*GCTGCTGGTCATTCGATCCCTACTGCGACAGAGGAGA
AAGTTGATGAGGATGATTTGTCCA

QA 3 686 3 686
DS 

RD RR1FV10TF 710 0 0
GA
ATCGTAAAACAAACGCGTCGAGACCTTTCCCCCAAATTCAAATAAAAACCCTAATTATCT
CTAATTGGAATCTCCACCGATCAAATCTGAATCGATTTTCAACATGGGTAACACAGACAA
GCTAATGAACCAGATATTCGACCTGAAATTCACGTCCAAGTCTCTCCAGAGGCAGTCGAG
GAAGTGCGAGAAGGAGGAGAAGGCAGAGAAGCTCAAGGTTAAGAAGGCGATCGAGAAGGG
GAACATGGACGGAGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAAGCGAGCAGAT
GAACTATCTTCGCCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGC
CAAGATGGCGACCATCACCAAATCGATGACTAACATCGTCAAGTCCCTTGAGTCTTCCCT
T*GCCACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTG
TGAACATGGAGGTGCAAGCTGGGTTCATGGAGAACGCAATGGCTGGTTCGACATCGTTGT
CCACTCCAGAAGGCGACGTCAACAACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGATTACGGTCTTG
AAGTCTCTGTTGGACTACCTCAGGCTGCTGGTCATTCGATCCCTACTGCGACAGAGGAGA
AAGTTGATGAGGATGATTTGTCCAGGAG*CTTGCAGAGCTCAAGGCCA

QA 3 710 3 710
DS 

RD RR1BW64JQ 704 0 0
CATGGGTAACACAGACAAGCTAATGAACCAGATATTCGAC*TGAAATTCACGTCCAAGTC
TCTCCAGAGGCAGTCGAGGAAGTGCGAGAAGGAGGAGAAGGCAGAGAAGCTCAAGGTTAA
GAAGGCGATCGAGAAGGGGAACATGGACGGAGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCG
CAAGCGAAGCGAGCAGATGAACTATCTTCGCCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGC
TCGCTTAGACACTCAGGCCAAGATGGCGACCATCACCAAATCGATGACTAACATCGTCAA
GTCCCTTGAGTCTTCCCTT*GCCACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATT
CATTTGAGAAGTAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGAGTTCATGGAGAACGCAATGG
CTGGTTCGACATCGTTGTCCACTCCAGAAGGCGACGTCAACAACCTGATGCAGCAGGTGT
CAGATGATTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTACCTCAGGCTGCTGGTCATTCGATCC
CTACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATTTGTCCAGGAGGCTTGCAGAGCTCA
AGGCCAGAGGATGAACAATCTACCACTTAGGACAAGATCCTTATCGAAATGTTGCTACTA
CTATCTGCGAACACTGACGCATTTGTGTATATTGCTCACTTTGA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1FH78JQ 773 0 0
TCAAATCTGA*TCGATTTTCAACATGGGTAACACAGACAAGCTAATGAACCAGATATTCG
ACCTGAAATTCACGTCCAAGTCTCTCCAGAGGCAGTCGAGGAAGTGCGAGAAGGAGGAGA
AGGCAGAGAAGCTCAAGGTTAAGAAGGCGATCGAGAAGGGGAACATGGACGGAGCTCGGA
TTTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAAGCGAGCAGATGAACTATTTTCGCCTCGCTT
CTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCCAAGATGGCGACCATCACCA
AATCGATGACTAACATCGCCAAGTCCCTTGAGTCTTCCCTT*GCCGCAGGCAACCTACAG
AAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCT
GAGTTCATGGAGAACGCAATGGCTGGTTCGACATCGTTGTCCACTCCAGAAGGCTACGTC
AACAACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGATTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTACCT
CAGGCTGCTGGTCATTCGATCCCTACTGCGACAGAGGAGAAAGTTGATGAGGATGATTTG
TCCAGGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATGAACAATCTACCACTTAGGACAAGAT
CCTTATCGAAATGTTGCTACTACTATCTGCGAACACTGACGCATTTGTGTATATTGCTCA
CTTTGAGACATGCTTTGCTTATTATTAACTTTATATAAAAACCTTTGTGTGTG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1FV10JQ 750 0 0
AAGTCTCTCCAGAGGCAGTCGAGGAAGTGCGAGAAGGAGGAGAAGGCAGAGAAGCTCAAG
GTTAAGAAGGCGATCGAGAAGGGGAACATGGACGGAGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCG
ATCCGCAAGCGAAGCGAGCAGATGAACTATCTTCGCCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTC
GTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCCAAGATGGCGACCATCACCAAATCGATGACTAACATC
GTCAAGTCCCTTGAGTCTTCCCTT*GCCACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGAT
GGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGGGTTCATGGAGAACGC
AATGGCTGGTTCGACATCGTTGTCCACTCCAGAAGGCGACGTCAACAACCTGATGCAGCA
GGTGGCAGATGATTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTACCTCAGGCTGCTGGTCATTC
GATCCCTACTGCGACAGAGGAGAAAGTTGATGAGGATGATTTGTCCAGGAGGCTTGCAGA
GCTCAAGGCCAGAGGATGAACAATCTACCACTTAGGACAAGATCCTTATCGAAATGTTGC
TACTACTATCTGCGAACACTGACGCATTTGTGTATATTGCTCACTTTGAGACATGCTTTG
CTTATTATTAACTTTATATAAAAACCTTTGTGTGTGTTTTTTAGTTTGCACAATTTCAAT
TATTGTTATATGCTTTCGTGTGAGTTTTCG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1CG22JQ 688 0 0
ACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAAGCGAGCAGATGAACTATCTTCGCCTCGCTTCTC
GCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCCAAGATGGCGACCATCACCAAAT
CGATGACTAACATCGTCAAGTCCCTTGAGTCTTCCCTT*GCCACAGGCAACCTACAGAAG
ATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGAG
TTCATGGAGAACGCAATGGCTGGTACGACATCGTTGTCCACTCCAGAAGGCGACGTCAAC
AACCTGATGCAGTAGGTGGCAGATGATTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTACCTCAG
GCTGCTGGTCATTCGATCCCTACTGCGACAGAGGAGAAAGTTGATGAGGATGATTTGTCC
AGGAGGCTTGCAGAGCTCGAGGCCAGAGGATGAACAATCTACCACTTAGGACAAGATCCT
TATCGAAATGTTGCTACTACTATCTGCGAACACTGACGCATTTGTGTATATTGCTCACTT
TGAGACATGCTTTGCTTATTATTAACTTTATATAAAAACCTTTGTGTGTGTTTTTTAGTT
TGCACAATTTCAATTATTGTTATATGCTTTCGTGTGAGTTTTCGTAACACAAAATTTATG
TTTGAGGCTATTTTGGTTTCATACATCT

QA 1 688 1 688
DS 



CO CL48Contig2 855 7 10 U
GGAAACGCGTCGAGATCCTTTCCCCAAATTCAAATAAAAAACCCTAATCCTCTGTTTTGT
GAATCTGAATCGATTTTCAACATGGGTAACACAGACAAGCTGATGAATCAGATCTTCGAC
CTCAAGTTCACGTCCAAGTCTCTCCAGAGGCAGTCGAGGAAGTGCGAGAAGGAGGAGAAG
GCGGAGAAGCTCAAGGTGAAGAAGGCGATCGAGAAAGGGAACATGGACGGCGCTCGGATC
TACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGCCTCGCTTCT
CGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCGACCATCACCAAG
TCGATGACTAACATCGTCAAATCGCTGGAGTCTTCCCTTGCCACAGGCAACCTACAGAAG
ATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGAG
TTCATGGAGAATGCCATGGCTGGTTCAACATCATTGTCCACTCCAGAAGGCGACGTCAAC
AACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGACTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTTCCTCAG
GCTGCTGGCCATACCATCCCTACTGCTACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATCTGTCA
AGGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATGAACAATCTACCACTTAGGACAAGATCCT
TATCGAAATGTTGCTACTATTATCTGCGAACACTGACGCATTTGTGTATATTTCTCACTT
TGAGACATGCTGTCTACTAACTTTATATTAAAATATTTGTGTTTGTTTTACCACTTCAAT
GATATGAGTTTGTGC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GE78TF U 24
AF RR1F161TF U 1
AF RR1EH06TF U 1
AF RR1H852TF U 24
AF RR1F161JQ C 103
AF RR1GE78JQ C 291
AF RR1H852JQ C 308
BS 1 480 RR1EH06TF
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BS 678 681 RR1H852TF
BS 682 772 RR1F161JQ
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BS 816 855 RR1GE78JQ

RD RR1GE78TF 573 0 0
GG
AAATTCAAATAAAAAACCCTAATCCTCTGTTTTGTGAATCTGAATCGATTTTCAACATGG
GTAACACAGACAAGCTGATGAATCAGATCTTCGACCTCAAGTTCACGTCCAAGTCTCTCC
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CGATCGAGAAAGGGAACATGGACGGCGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGC
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TAGACACTCAGGCTAAGATGGCGACCATCACCAAGTCGATGACTAACATCGTCAAATCGC
TGGAGTCTTCCCTTGCCACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTG
AGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGAGTTCATGGAGAATGCCATGGCTGGTT
CAACATCATTGTCCACTCCAGAAGGCGACGTCAACAACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATG
ACTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTTCC

QA 3 573 3 573
DS 

RD RR1F161TF 596 0 0
GG
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ATCTGAATCGATTTTCAACATGGGTAACACAGACAAGCTGATGAATCAGATCTTCGACCT
CAAGTTCACGTCCAAGTCTCTCCAGAGGCAGTCGAGGAAGTGCGAGAAGGAGGAGAAGGC
GGAGAAGCTCAAGGTGAAGAAGGCGATCGAGAAAGGGAACATGGACGGCGCTCGGATCTA
CGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAAGCGAGCA*ATGAACTACCTCCGCCTCGCTTCTCG
CCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCGACCATCACCAAGTC
GATGACTAACATCGTCAAATCGCTGGAGTCTTCCCTTGCCACAGGCAACCTACAGAAGAT
GTCAGAGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGAGTT
CATGGAGAATGCCATGGCTGGTTCAACATCATTGTCCACTCCAGAAGGCGACGTCAACAA
CCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGACTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTTCC

QA 3 596 3 596
DS 

RD RR1EH06TF 677 0 0
GGAAACGCGTCGAGATCCTTTCCCCAAATTCAAATAAAAAACCCTAATCCTCTGTTTTGT
GAATCTGAATCGATTTTCAACATGGGTAACACAGACAAGCTGATGAATCAGATCTTCGAC
CTCAAGTTCACGTCCAAGTCTCTCCAGAGGCAGTCGAGGAAGTGCGAGAAGGAGGAGAAG
GCGGAGAAGCTCAAGGTGAAGAAGGCGATCGAGAAAGGGAACATGGACGGCGCTCGGATC
TACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGCCTCGCTTCT
CGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCGACCATCACCAAG
TCGATGACTAACATCGTCAAATCGCTGGAGTCTTCCCTTGCCACAGGCAACCTACAGAAG
ATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGAG
CTCATGGAGAATGCCATGGCTGGTTCAACATCATTGTCCACTCCAGAAGGCGACGTCAAC
AACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGACTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTTCCTCAG
GCTGCTGGCCATACCATCCCTACTGCTACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATCTGTCA
AGGAGGCTTGCAGAGCT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1H852TF 661 0 0
GG
AAATTCAAATAAAAAACCCTAATCCTCTGTTTTGTGAATCTGAATCGATTTTCAACATGG
GTAACACAGACAAGCTGATGAATCAGATCTTCGACCTCAAGTTCACGTCCAAGTCTCTCC
AGAGGCAGTCGAGGAAGTGCGAGAAGGAGGAGAAGGCGGAGAAGCTCAAGGTGAAGAAGG
CGATCGAGAAAGGGAACATGGACGGCGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGC
GAAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGCCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCT
TAGACACTCAGGCTAAGATGGCGACCATCACCAAGTCGATGACTAACATCGTCAAATCGC
TGGAGTCTTCCCTTGCCACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTG
AGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGAGTTCATGGAGAATGCCATGGCTGGTT
CAACATCATTGTCCACTCCAGAAGGCGACGTCAACAACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATG
ACTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACTTCCTCAGGCTGCTGGCCATACCATCCCTACTG
CTACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATCTGTCAAGGAGGCTTGCAGAGCTCAAG
CCA

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR1F161JQ 713 0 0
ATGAATCAGATCTTCGACCTCAAGTTCACGTCCAAGTCTCTCCAGAGGCAGTCGAGGAAG
TGCGAGAAGGAGGAGAAGGCGGAGAAGCTCAAGGTGAAGAAGGCGATCGAGAAAGGGAAC
ATGGACGGCGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGAAGCGAGCA*ATGAAC
TACCTCCGCCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAG
ATGGCGACCATCACCAAGTCGATGACTAACATCGTCAAATCGCTGGAGTCTTCCCTTGCC
ACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAAC
ATGGAGGTGCAAGCTGAGTTCATGGAGAATGCCATGGCTGGTTCAACATCATTGTCCACT
CCAGAAGGCGACGTCAACAACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGACTACGGTCTTGAAGTC
TCTGTTGGACTTCCTCAGGCTGCTGGCCATACCATCCCTACTGCTACAGAGGAGAAAGTC
GATGAGGATGATCTGTCAAGGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATGAACAATCTAC
CACTTAGGACAAGATCCTTATCGAAATGTTGCTACTATTATCTGCGAACACTGACGCATT
TGTGTATATTGCTCACTTTGAGACATGCTGTCTGCTAACTTTATATTAAAATA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1GE78JQ 565 0 0
CCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCGAC
CATCACCAAGTCGATGACTAACATCGTCAAATCGCTGGAGTCTTCCCTTGCCACAGGCAA
CCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGT
GCAAGCTGAGTTCATGGAGAATGCCATGGCTGGTTCAACATCATTGTCCACTCCAGAAGG
CGACGTCAACAACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGACTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGG
ACTTCCTCAGGCTGCTGGCCATACCATCCCTACTGCTACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGA
TGATCTGTCAAGGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATGAACAATCTACCACTTAGG
ACAAGATCCTTATCGAAATGTTGCTACTATTATCTGCGAACACTGACGCATTTGTGTATA
TTTCTCACTTTGAGACATGCTGTCTACTAACTTTATATTAAAATATTTGTGTTTGTTTTA
CCACTTCAATGATATGAGTTTGTGC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1H852JQ 548 0 0
ACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCGACCATCACCAAGTCGATGA
CTAACATCGTCAAATCGCTGGAGTCTTCCCTTGCCACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAG
AGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTGCAAGCTGAGTTCATGG
AGAATGCCATGGCTGGTTCAACATCATTGTCCACTCCAGAAGGGGACGTCAACAACCTGA
TGCAGCAGGTGGCAGATGACTACGGTCTTGAAGTTTCTGTTGGACTTCCTCAGGCTGCTG
GCCATACCATCCCTACTGCTACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATCTGTCAAGGAGGC
TTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATGAACAATCTACCACTTAGGACAAGATCCTTATCGAA
ATGTTGCTACTATTATCTGCGAACACTGACGCATTTGTGTATATTTCTCACTTTGAGACA
TGCTGTTTACTAACTTTATATTAAAATATTTGTGTTTGTTTTACCACTTCAATGATATGA
GTTTGTGC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 2 16

CO CL49Contig1 825 8 21 U
GGAAGCCTAGACATTTTATCTCGTCTCGCCGCAGGAGGAAGGAAGCTCTCTTCAGTAACA
TTCTGAGGTGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCAC
TGGCAGAACTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCT
GCGAGACAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCT
GTTGTGCACGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACT
CTTGAAGAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAA*GTTGGCACCAACCATTGGTATCTC
TGTTGACCATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCT
TAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGG
TGATTCTACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTAT
CGTACGTGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAA
TGCTTATGACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAA
GAGGGCTGCTGATGCTGAGAAAGAAGAGAAGAAGTGAGGGATACCTTCTTGTTTAGGTTT
TATCTTGTCGTCGTTTGAATCTCTGGATTTTTGTGTATCAGACCTTTTTTTTTTTTTTTG
CTTCGTCAGTTTTTATCAGTACTTGCTTTTCTGGATTATGGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 45 45 45 45 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A491TF U 1
AF RR1CA16TF U 8
AF RR1C762TF U 5
AF RR1DR63TF U 6
AF RR1G859TF U 6
AF RR1CR32TF U 7
AF RR1CR32JQ C 65
AF RR1G859JQ C 69
BS 1 70 RR1A491TF
BS 71 71 RR1C762TF
BS 72 212 RR1A491TF
BS 213 213 RR1C762TF
BS 214 260 RR1A491TF
BS 261 261 RR1C762TF
BS 262 277 RR1A491TF
BS 278 278 RR1C762TF
BS 279 382 RR1A491TF
BS 383 383 RR1C762TF
BS 384 448 RR1A491TF
BS 449 449 RR1C762TF
BS 450 643 RR1A491TF
BS 644 647 RR1C762TF
BS 648 648 RR1CR32TF
BS 649 684 RR1C762TF
BS 685 702 RR1CR32JQ
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BS 704 775 RR1CR32JQ
BS 776 778 RR1G859JQ
BS 779 825 RR1CR32JQ

RD RR1A491TF 643 0 0
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TTCTGAGGTGAAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCAC
TGGCAGAACTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCT
GCGAGACAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCTCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCT
GTTGTGCACGGTCAGACCCTAAAGTACAACATGAAGGCCAGGACTGGTAAAGGATTCACT
CTTGAAGAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAA*GTTGGCACCAACCATTGGTATCTC
TGTTGACCATCGTCGCAAGAACGGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCT
TAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTCATCCTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGG
TGATTCTACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTAT
CGTACGTGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAA
TGCTTATGACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGAGACAT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1CA16TF 636 0 0
G
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TGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTGGCAGAA
CTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCTAGACA
AAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTGCA
CGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCTTGAAGA
GCTTAAGGCTGCTG*AATCCCAAAAAA*GTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGTTGACC
ATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAACCT
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CTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTACGTG
AGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTTATG
ACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGAGACAT

QA 2 636 2 636
DS 

RD RR1C762TF 686 0 0
GG
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CAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTG
CACGGTCAGCCCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCTTGAA
GAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAA*GTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGTTGA
CCATCGTCGCAAGAACAGATCTTTTGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAAC
CTACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCGAGGCTGGTGATTC
TACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTAC*TGCCTATCGTACG
TGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTTA
TGACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGAGACATGCAG*TGCTAGAGCCAAGAGGGC
TGCTGATGCTGAGAAAGAG
AGAAG

QA 3 681 3 681
DS 

RD RR1DR63TF 677 0 0
G
CTAGACATTTTATCTCGTCTCGCCGCAGGAGGAACGAAGCTCTCTTCAGTAACATTCTGA
GGTGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTGGCAG
AACTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCGAGA
CAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTG
CACGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCTTGAA
GAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAA*GTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGTTGA
CCACCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAAC
CTACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTC
TACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTACG
TGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGCTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTA
TGACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGAGACATGCAG*TGCTAGAGCCAAGAGGGC
TGCTGATGCTGAGAAA

QA 2 677 2 677
DS 

RD RR1G859TF 685 0 0
G
CTAGACATTTTATCTCGTCTCGCCGCAGGAGGAAGGAAGCTCTCTTCAGTAACATTCTGA
GGTGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTGGCAG
AACTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCTAGA
CAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTG
CACGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCTTGAA
GAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAAAGTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGTTGA
CCATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAAC
CTACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTC
TACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTACG
TGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTTA
TGACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGAGACATGCAG*TGCTAGAGCCAAGAGGGC
TGCTGATGCTGAGAAAGAG
AGAAG

QA 2 680 2 680
DS 

RD RR1CR32TF 676 0 0
GG
AGACATTTTATCTCGTCTCGCCGCAGGAGGAAGGA*GCTCTCTTCAGTAACATTCTGAGG
TGAAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTGGCAGAA
CTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCGAGACA
AAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCTCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTGCA
CGGTCAGACCCTAAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCTTGAAGA
GCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAA*GTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGTTGACC
ATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAACCT
ACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTCTA
CTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTACGTG
AGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTTATG
ACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGGGCTG
CTGATGCTGAGAA
G

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR1CR32JQ 761 0 0
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AGAACTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCGA
GACAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCTCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTG
TGCACGGTCAGACCCTAAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCTTG
AAGAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAA*GTTGGCACCAACCATTGGTATTTCTGTT
GACCATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAA
ACCTACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGAT
TCTACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTA
CGTGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCT
TATGACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGG
GCTGCTGATGCTGAGAAAGAAGAGAAGAAGTGAGGGATTCCTTCTTGTTTAGGTTTTATC
TTGTCGTCGTTTGAATCTCTGGATTTTTGTGTATCAGACCTTTTTTTTTTT***TGCTTC
GTCAGTTTTTATCAGTACTTGCTTTTCTGGATTATGGAAAA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1G859JQ 746 0 0
TGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTGGCAGAA
CTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCTAGACA
AAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTGCA
CGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCTTGAAGA
GCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAAAGTTGGCACCAACCATTGGTATTTTTGTTGACC
ATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTTTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAACCT
ACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTCTA
CTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTACGTG
AGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTTATG
ACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGGGCTG
CTGATGCTGAGAAAGAAGAGAAGAAGTGAGGGATACCTTCTTGTTTAGGTTTTATCTTGT
CGTCGTTTGAATCTCTGGATTTTTGTGTATCAGACCTTTTTTTTTTTTTTTGCTTCGTCA
GTTTTTATCAGTACTTGCTTTTCTGG

QA 1 746 1 746
DS 



CO CL49Contig2 897 8 12 U
TTACTGATATCTTAATCTTACAATAAACTTGTGTGAAATGATCTTTTTCCATAAAATTCA
AAAGCAAGTAGCAGCAAAATCTTTCAAGGATAACAAAAACAGAGTCTGATACACAAAGAT
TAAGATCAAAACGATGAAGGGCAGATAAAGAGGAAGGATCTCCTCACTTCTTCTCCTCTT
TCTCAGCATCAGCAGCTCTCTTGGCTCTAGCACCTGCATGTCTCTTGTTAGTGCGCTCGA
GACGAATCTTGTCATAAGCCTTGAACGATTTCATCTCAGCGGTAAGCTTCACAAGCTCCG
TTGCAGGCTTCTCACGGACAATAGGCATGTAGTCACCCTGGACTTGAGTGGCATTGGCCA
ACTCTTCTGGAGTAGAATCACCAGCCTTGACCTTCCTGGCACGACGCGGGAAGATAACCA
ACTTAGCCTTGTAGGTTTTCAGCCTCTGGACATTGGATTGAAGACCCTCGAGAGATCTGT
TCTTGCGGCGATGGTCAACAGAAATACCGATGGTTGGTGCCAGCTTCTTGGGGATTCCAG
CAGCCTTGAGCTCTTCAAGAGTGAAGCCTTTACCGGTTCGGACCTTCATGTTGTACTTGA
GGGTCTGACCGTGAACAACAGGACGGAGAGGTCCAGAGGTGGGACGGGGG**AAGATCTT
CACAGCCTTCTTTTGCCTCGCAGCTCTTCTTCTGGTTTTCCTGGCAGGCTGGTTGAACCA
AGTCTTGACATAGTTCTGCCAGTGCTTCTTGAAGAGACCATTCGGGATGACATTGTTGTG
CTTCATTCCTTCACCTCAGAAGTTGCAGAGATGCTTCCTTCCTTTCTCCTGCGGCGAGAC
AAGAGAAATGTCTTCTACCTTTCTTTGCTGAAAATCTTATAAATACTAAAACCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DW15JQ U 44
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AF RR1CF41JQ U 1
AF RR1AV07JQ U 31
AF RR1DW15TF C 573
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AF RR1CF41TF C 478
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BS 654 654 RR1AV07JQ
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CTTGTTAGTGCGCTCGAGACGAATCTTGTCATAAGCCTTGAACGATTTCATCTCAGCGGT
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ACGCGGGAAGATAACCAACTTAGCCTTGTAGGTTTTCAGCCTCTGGACATTGGATTGA

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DS 

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G
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ACCTGCATGTCTCTTGTTAGTGCGCCCGAAACGAATCTTGTCATAAGCCTTGAACGATTT
CATCTCAGCGGTAAGCTTCACAAGCTCCGTTGCAGGCTTCTCACGGACAATAGGCATGTA
GTCACCCTGGACTTGAGTGGCATTGGCCAACTCTTCTGGAGTAAAATCACCAGCCTTGAC
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ATTGGATTGAAGACCCT

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DS 

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AAAGCAAGTAGCAGCAAAATCTTTCAAGGATAACAAAAACAGAGTCTGATACACAAAGAT
TAAGATCAAAACGATGAAGGGCAGATAAAGAGGAAGGATCTCCTCACTTCTTCTCCTCTT
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ACTTAGCCTTGTAGGTTTTCAGCCTCTGGACATTGGATTGAAGACTCTCGAGAGATCTGT
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AGTCTTGACATA

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DS 

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CACTTCTTCTCCTCTTTCTCAGCATCAGCAGCTCTCTTGGCTCTAGCACCTGCATGTCTC
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ACTAAAACCCTCC

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DS 

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CC

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DS 

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AACTTAGCCTTGTAGGTTTTCAGCCTCTGGACATTGGATTGAAGACCCTCGAGAGATCTG
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DS 

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GTGTGAAGTGATC
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CACTTCTTCTCCTCTTTCTCAGCATCAGCAGCTCTCTTGGCTCTAGCACCTGCATGTCTC
TTGTTAGTGCGCCCGAGACGAATCTTGTCATAAGCCTTGAACGATTTCATCTCAGCGGTA
AGCTTCACAAGCTCCGTTGCAGGCTTCTCACGGACAATAGGCATGTAGTCACCCTGGACT
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CGCGGGAAGATAACCAACTTAGCCTTGTAGGTTTTCAGCCTCTGGACATTGGATTGAAGA
CCCTCGAGAGATCTGTTCTTGCGGCGATGGTCAACAGAAATACCGATGGTTGGTGCCAGC
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TTCATGCTGTACTTGAGGGTCTGACCGTGAACAACAGGACGGAGAGGTCCAGAGGTGGGA
CGGGGG**AAGATCTTTACAGCCTTCTTTTGCCTCGCAGCTCTTCTTCTGGTTTTCCTGG
CAGGCTGGTTGAACCAAGTCTTGACATAGTTCTGCCAGTGCTTCTTGAAGTGACCATTCG
GGATGACATTGTTGTGCTTCATTCCTTCACCTCAGAAGTTGCAGAGATGCTTCCTTCCTT
TCTCCTGCGGCGAGACGAGAGAAATGTCTTC
C

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DS 

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TGAGGGTCTGACCGTGAACAACAGGACGGAGAGGTCCAGAGGTGGGACGGGGG**AGGAT
CTTCACAGCCTTCTTTTGCCTCGCAGCTCTTCTTCTGGTTTTCCTGGCAGGCTGGTTGAA
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GTGCTTCATTCCTTCACCTCAGAAGTTGCAGAGATGCTTCCTTCCTTTCTCCTGCGGCGA
GACGAGAGAAATGTCTTC
C

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DS 



AS 1 17

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AACAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCTAAC
TTCCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGA
GAGCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAG
TACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACA
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TTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAA
GGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTAC
ACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAA
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TCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGG
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ATATTCATTTTATTGTAGATCACATTAAATTTTATTGATTCGTTTGCATTGTATTAATTC
GTTAACGTAATACTTTTAAACCCC


BQ
50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 65 65 65 65 65 65 65 50 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
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85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 55 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 90 90 90 55 90 90 90 90 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 70 95 95 95 95 95 95 95 45 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
75 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 70 70 50 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
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55 55 55 55 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 20 10 10 

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AF RR1DK94TF U 1
AF RR1AP42TF U 1
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AF RR1AP42JQ C 128
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BS 1 116 RR1AP42TF
BS 117 117 RR1B356TF
BS 118 129 RR1AP42TF
BS 130 130 RR1B356TF
BS 131 761 RR1AP42TF
BS 762 765 RR1B356TF
BS 766 805 RR1AP42TF
BS 806 807 RR1B356TF
BS 808 809 RR1B368TF
BS 810 829 RR1B356TF
BS 830 830 RR1BH90JQ
BS 831 844 RR1B356TF
BS 845 1042 RR1BH90JQ
BS 1043 1044 RR1DN76JQ

RD RR1DN76TF 653 0 0
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AACAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCTAAC
TTCCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGA
GAGCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAG
TACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACA
GTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTT
TTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACGCACAAATGTCTACACACAAGGCAAA
GGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTAC
ACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAA
TTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTAC
TCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAA
CC

QA 1 651 1 651
DS 

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GGACAACTC
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CAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCTAACTT
CCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGAGA
GCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAGTA
CTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACAGT
CACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTTTT
GGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAAGG
AGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTACAC
CATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAATT
CAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTACTC
TAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGAC*ACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGGTC
TAA*GCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCT
CACCAAGAAG

QA 10 701 10 701
DS 

RD RR1CM27TF 754 0 0
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AACAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCTAAC
TTCCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGA
GAGCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAG
TACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCATGGAAACTCAGCCGGAACA
GTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTT
TTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAA
GGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTAC
ACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAA
TTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTAC
TCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGC*ACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGG
TCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTC**ACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCA
A*CGGCA*GTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAACA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1DK94TF 771 0 0
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AACAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCTAAC
TTCCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGA
GAGCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAG
TACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACA
GTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTT
TTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAA*TGTCTACACACAAGGCAAA
GGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTAC
ACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAA
TTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTAC
TCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGG
TCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCA
AACGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAA*CAAGCGACCACTGGCTCG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1AP42TF 805 0 0
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AACAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCCAAC
TTCCAAAGATACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGA
GAGCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAG
TACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACA
GTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTT
TTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAA
GGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTAC
ACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAA
TTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTAC
TCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGG
TCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCA
AACGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAACAAGCGACACTGGGCTCGTGGTTGTCC
CAGGAGCTCGACTCGACTGCTCAAG

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1CF13TF 834 0 0
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AACAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCTAAC
TTCCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGA
GAGCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAG
TACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACA
GTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCCGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTT
TTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAA
GGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTAC
ACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAA
TTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTAC
TCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGG
TCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTC*ACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCA
AACGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAC**AGCGAC*ACTGGCTCGTGGT*GTCC
*AG*AGCTCGACTCGACTGCTCAGAAA**GATGAGATGGGTGCAGAAAA
CTATA

QA 1 829 1 829
DS 

RD RR1DA58TF 793 0 0
GGACAAATCAAAACCCCAATAGGAAAAAAAGAAGAAACTCATAAATCTCTGAAAATGGCA
AACAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCTAAC
TTCCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGA
GAGCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAG
TACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACA
GTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTT
TTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAA
GGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTAC
ACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAA
TTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTAC
TCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGG
TCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTC*ACCAAGA*GCTTGTGTTTGGTCA
A*CGGCA*GTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAC**AGCGACCACTGGCTCGTGGTTGTCC
CAGGAGCTCGACT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1BH90TF 805 0 0
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AACAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCTAAC
TTCCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGA
GAGCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAG
TACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACA
GTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTT
TTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAA
GGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACCCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTAC
GCCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACTTTCGATGGAACTCCCATTAGAGAA
TTCAAGAACACTGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGA**ATGTAC
TCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGG
TCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCA
AACGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAACAAGCGACCGCTGGCTCGTGGTTGTCC
CAGGAGCTCGACTCGACTGCTCAAG

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1B356TF 856 0 0
GGACAAATCAAAACCCCAATAGGAAAAAAAGAAGAAACTCATAAATCTCTGAAAATGGCA
AACAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCTAAC
TTCCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGA
GAGCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAG
TACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACA
GTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTT
TTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAA
GGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTAC
ACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAA
TTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTAC
TCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGTCGGTTTGGTCAAAACCGATTGG
TCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCA
AACGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAACAAGCGACCACTGGCTCGTG*TTGTCC
CAG*AGCTCGACTCGACTGCTCAGAAA**GATGAGATGGGTGCAGAAAA*CTATATGATA
TACA
CTATGTACGATT

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR1B368TF 851 0 0
GGACAAATCAAAACCCCAATAGGAAAAAAAGAAGAAACTCATAAATCTCTGAAAATGGCA
AACAGTTACTTACTTCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCGTCATCTCCTCTGTTTCAGCTAAC
TTCCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGA
GAGCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAG
TACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACA
GTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTT
TTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAA
GGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTAC
ACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAA
TTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTAC
TCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGTCGGTTTGGTCAAAACCGATTGG
TCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCA
AACGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAACAAGCGACCACTGGCTCGTG*TTGTCC
CAGGAGCTCGACTCGACTGCTCAAGAAAGGATGAGATGGGTGCAGAAAA*CTATATGATA
TACA
CTATTTG

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR1AP42JQ 843 0 0
GAT
ACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGAGAGCTTCTCA
CTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAGTACTTGTTCG
GTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACAGTCACAACCC
TCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTTTTGGGAAACG
TAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAAGGAGACAAAG
AACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTACACCATTCTGT
GGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAATTCAAGAACA
TGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTACTCTAGTCTCT
GGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGGTCTAAAGCTC
CTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCAAACGGCAAGT
CGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAACAAGCGACCACTGGCTCGTGGTTGTCCCAGGAGCTCG
ACTCGACTGCTCAAGAAAGGATGAGATGGGTGCAGAAAAACTATATGATATACAACTATT
GTACGGATTCAAAGAGATTCCCTCAAGGTCTTCCAAAAGAGTGCTTAGCCGCATAGAGAG
TAAAGAGTTGAGAACAAAACAAAATTCTACTTTTTTATTGCTATAAAATTATATTCATTT

QA 4 843 4 843
DS 

RD RR1BH90JQ 920 0 0
CCAAAGAGACGTAGAGATCACATGGGGAGATGGACGTGGACAGATCACGAACAATGGAGA
GCTTCTCACTTTATCTCTAGACAAATCCTCTGGCTCTGGCTTTCAATCCAAGAACGAGTA
CTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCCCTGGAAACTCAGCCGGAACAGT
CACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGATTTCGAGTTTTT
GGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACACACAAGGCAAAGG
AGACAAAGAACAGCAGTTTAAACCCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTACGC
CATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACTTTCGATGGAACTCCCATTAGAGAATT
CAAGAACACTGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGA**ATGTACTC
TAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGGTC
TAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCAAA
CGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAACAAGCGACCGCTGGCTCGTGGTTGTCCCA
GGAGCTCGACTCGACTGCTCAAGAAAGGATGAGATGGGTGCAGAAAAACTATATGATATA
CAACTATTGTACGGATTCAAAGAGATTCCCTCAAGGTCTTCCAAAAGAGTGCTTAGCCGC
ATAGAGAGTAAAGAGTTGAGAGCAAAACAAAATTCTACTTTTTTATTGCTATAAAATTAT
ATTCATTTTATTGTAGATCACATTAAATTTTATTGATTCGTTTGCATTGTATTAATTCGT
TAACGTAATACTTTTAAACC

QA 1 920 1 920
DS 

RD RR1DK94JQ 656 0 0
CACACTACACACAA*TGTCTACACACAAGGCAAAGGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACT
CTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACACTTACACCATTCTGTGGAACCCACAACGAAT
CATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAATTCAAGAACATGGAATCTATTGGCAC
TCTGTTCCCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTACTCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTG
GGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGGTCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTA
CCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCAAACGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGT
CTCGAAACAAGCGACCACTGGCTCGTGGTTGTCCCAGGAGCTCGACTCGACTGCTCAAGA
AAGGATGAGATGGGTGCAGAAAAACTATATGATATACAACTATTGTACGGATTCAAAGAG
ATTCCCTCAAGGTCTTCCAAAAGAGTGCTTAGCCGCATAGAGAGTAAAGAGTTGAGAGCA
AAACAAAATTCTACTTTTTTATTGCTATAAAATTATATTCATTTTATTGTAGATCACATT
AAATTTTATTGATTCGTTTGCATTGTATTAATTCGTTAACGTAATACTTTTAAACC

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1CM27JQ 824 0 0
T
GCTTTCAATCCAAGAACGAGTACTTGTTCGGTAAA*TCGACATGCAAATGAAACTCGTCC
ATGGAAACTCAGCCGGAACAGTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGG
ACGAGATTGATTTCGAGTTTTTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAA
ATGTCTACACACAAGGCAAAGGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAA
CAGCTGATTTCCACACTTACACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCG
ATGGAACTCCCATTAGAGAATTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGA
ATCGACCAATGAGAATGTACTCTAGTTTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCG
GTTTGGTCAAAACCGATTGGTCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACC
AAGAAGCTTGTGTTTGGTCAAACGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAACAAGCGA
CCACTGGCTCGTGGTTGTCCCAGGAGCTCGACTCGGCTGCTCAAGAAAGGATGAGATGGG
TGCAGAAAAACTATATGATATACAACTATTGTACGGATTCAAAGAGATTCCCTCAAGGTC
TTCCAAAAGAGTGCTTAGCCGCATAGAGAGTAAAGAGTTGAGAGCAAAACAAAATTCTAC
TTTTTTATTGCTATAAAATTATATTCATTTTATTGTAGATCACATTAAATTTTATTGATT
CGTTTGCATTGTATTAATTCGTTAACGTAATACTTTTAAAC
TG

QA 2 822 2 822
DS 

RD RR1B356JQ 644 0 0
CACACAAATGTCTACACACAAGGCAAAGGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTC
GATCCAACAGCTGATTTCCACACTTACACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTC
ACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAATTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTC
CCCAAGAATCGACCAATGAGAATGTACTCTAGTTTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACT
AGAGTCGGTTTGGTCAAAACCGATTGGTCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGC
TTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCAAACGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAA
CAAGCGACCACTGGCTCGTGGTTGTCCCAGGAGCTCGACTCGACTGCTCAAGAAAGGATG
AGATGGGTGCAGAAAAACTATATGATATACAACTATTGTACGGATTCAAAGAGATTCCCT
CAAGGTCTTCCAAAAGAGTGCTTAGCCGCATAGAGAGTAAAGAGTTGAGAGCAAAACAAA
ATTCTACTTTTTTATTGCTATAAAATTATATTCATTTTATTGTAGATCCCATTAAATTTT
ATTGATTCGTTTGCATTGTATTAATTCGTTAACGTAATACTTTT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1B368JQ 434 0 0
AGTTTCTGGAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGTCGGTTTGGTCAAAACCGATTGGTCT
AAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCAAAC
GGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAACAAGCGACCACTGGCTCGTGGTTGTCCCAG
GAGCTCGACTCGACTGCTCAAGAAAGGATGAGATGGGTGCAGAAAAACTATATGATATAC
AACTATTGTACGGATTCAAAGAGATTCCCTCAAGGTCTTCCAAAAGAGTGCTTAGCCGCA
TAGAGAGTAAAGAGTTGAGAGCAAAACAAAATTCTACTTTTTTATTGCTATAAAATTATA
TTCATTTTATTGTAGATCCCATTAAATTTTATTGATTCGTTTGCATTGTATTAATTCGTT
AACGTAATACTTTT

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR1DN76JQ 433 0 0
GAACGCTGATGACTGGGCCACTAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGGCCTAAAGCTCC
TTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCAAACGGCAAGTC
GTCTTGCCCTGATGTCTCGAAACAAGCGACCACTGGCTCGTGGTTGTCCCAGGAGCTCGA
CTCGACTGCTCAAGAAAGGATGAGATGGGTGCAGAAAAACTATATGATATACAACTATTG
TACGGATTCAAAGAGATTCCCTCAAGGTCTTCCAAAAGAGTGCTTAGCCGCATAGAGAGT
AAAGAGTTGAGAGCAAAACAAAATTCTACTTTTTTATTGCTATAAAATTATATTCATTTT
ATTGTAGATCACATTAAATTTTATTGATTCGTTTGCATTGTATTAATTCGTTAACGTAAT
ACTTTTAAACCCC

QA 1 433 1 433
DS 



AS 2 18

CO CL51Contig1 725 3 9 U
GGATGTGTAACACTTTTGTTACAG**AGAGAGAGAGAGTCTAAAGAGAGAGAGAAAACCC
TAATTGCCGCCGCTTCTTCCGGCGCTCGACGCGGAGTCGTCGCCGGAGATCCCGTTCTTT
TCCCTTATTTTTTTCTTTTTTTCCTTTGCCTTTGACGACGCCTCTACCTCTCTTCGATAT
GCATATGGTCTCTGGTTCCATCGGTTCTTCAGATCTCAGATCTGGCCGCGTGTAGCTTGT
CTTAGGCGGTTCCCGAGTCTCTTGGAGTCATGGCGAGTTGAGTCAGGAAGATGGCTGTTT
GTTGGAGGTCGGCTTTTAGGGTTTGGATTTGGGTCGGAGCCTTTTTCCCTTGGCCGCTCC
GTTCTGTTCCGTTGTGGGCCGACGGTTTGCTGGTAGCTTTTCCCCGTGGTTTCATTGTTC
TTTTGCAGATTATTGGAAGAGCTCTGGTGGTCCTGTCACCCGCACCCGCGTTTTTTCATC
ATTCCGGGAGATTTGAAGCTTCTTATCTGTTGATGGAGTTTCAGTCTCGTTCCGGCGGCT
CTGTTAAGGACGTATGCTTTGGAATCATGCGATGGAGAAGTCCTTGGTGGTGGTTTAAGC
ACCTGTACGGTGGGGAGCCTATTCTGTTCTAAGATGCAATTGCCGGTCAAGGTACGGATT
CATCAAAATTGTTTCAATGGCTGTGCGTCCGCTGAATAAGTATGGGACACTGACTGCAAT
CTGAA


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1FW86TF U 1
AF RR1F854TF U 4
AF RR1BV27TF U 1
BS 1 199 RR1BV27TF
BS 200 200 RR1FW86TF
BS 201 311 RR1BV27TF
BS 312 312 RR1FW86TF
BS 313 374 RR1BV27TF
BS 375 375 RR1FW86TF
BS 376 582 RR1BV27TF
BS 583 583 RR1FW86TF
BS 584 725 RR1BV27TF

RD RR1FW86TF 654 0 0
GGAT
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TTATTTTTTTCTTTTTTTCCTTTGCCTTTGACGACGCCTCTACCTCTCTTCGATATGCAT
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DS 

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G
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TGCCGCCGCTTCTTCCGGCGCTCGACGCGGAGTCGTCGCCGGAGATCCCGTTCTTTTCCC
TTATTTTTTTCTTTTTTTCCTTTGCCTTTGACGACGCCTCTACCTCTCTTCGATATGCAT
ATGGTCTCTGGTTCCATCGGTTCTTCAGATCTCAGATCTGGCCGCGTGTAGCTTGTCTTA
GGCGGTTCCCGAGTCTCTTGGAGTCATGGCGAGTTGAGTCAGGAAGATGGCTGTTTGTTG
GAGGTCGGCTTTTAGGGTTTGGATTTGGGTCGGAGCCTTTTTCCCTTGGCCGCTCCGTTC
TGTTCCGTTGTGGGCCGACGGTTTGCTGGTAGCTTTTCCCCGTGGTTTCATTGTTCTTTT
GCAGATTATTGGAAGAGCTCTGGTGGTCCTGTCACCCGCACCCGCGTTTTTTCATCATTC
CGGGAGATTTGAAGCTTCTTATCTGTTGATGGAGTTTCAGTCTCGTTCCGGCGGCTCTGT
TAAGGACGTATGCTTTGGAATCATGCGATGGAGAAGTCCTTGGTGGTGGTTTAAGCACCT
G

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DS 

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TAATTGCCGCCGCTTCTTCCGGCGCTCGACGCGGAGTCGTCGCCGGAGATCCCGTTCTTT
TCCCTTATTTTTTTCTTTTTTTCCTTTGCCTTTGACGACGCCTCTACCTCTCTTCGATAT
GCATATGGTCTCTGGTTCCGTCGGTTCTTCAGATCTCAGATCTGGCCGCGTGTAGCTTGT
CTTAGGCGGTTCCCGAGTCTCTTGGAGTCATGGCGAGTTGAGTCAGGAAGATGGCTGTTT
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GTTCTGTTCCGTTGGGGGCCGACGGTTTGCTGGTAGCTTTTCCCCGTGGTTTCATTGTTC
TTTTGCAGATTATTGGAAGAGCTCTGGTGGTCCTGTCACCCGCACCCGCGTTTTTTCATC
ATTCCGGGAGATTTGAAGCTTCTTATCTGTTGATGGAGTTTCAGTCTCGTTCCGGCGGCT
CTGTTAAGGACGTATGCTTTGGAATCATGCGATGGAGAAGTCTTTGGTGGTGGTTTAAGC
ACCTGTACGGTGGGGAGCCTATTCTGTTCTAAGATGCAATTGCCGGTCAAGGTACGGATT
CATCAAAATTGTTTCAATGGCTGTGCGTCCGCTGAATAAGTATGGGACACTGACTGCAAT
CTGAA

QA 1 725 1 725
DS 



CO CL51Contig2 1117 15 17 U
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ATTGCCTCAGCAGAGGCTTTAACCACCTGTGATCT***GGGTGAAGATATAGTATCACTT
AAGCTCACTAACATGGAACCTAAATTACCTTATCAATTCACCCGATCACTTAAACCACCA
TGAAAACAAACTCATTTCACCACAAACGATGAAAATGAATCGTCTCTTAGACCACACTAC
TACAGGGACAAAACCAAACCTGAAACTAAGCTCTAAACAAGGAATTCTAATATGACAGAA
GCTGGAGATCACCACTAGATTGGAATTAGGGCCATGGACCTGACCAACTCAACACCGAGG
CGCATGTTCCTAGCTCAGGGCCGCTTCAGATTGCAGTCAGTGTCCCATACCTTATTCAGC
GGACGCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAATTGCATCTT
AGAACATAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCTCCATC
GCATGATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGAAACGAGACTGAAACTCCATCA
ACAGATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGCGCGGGTGACAGGA
CCACCAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGCTACCA
GCAAACCGTCGGCCCACAACGGAACAGAACGGAGCGGCCAAGGGAAAAAGGCTCCGACCC
AAATCCAAACCCTAAAAGCCGACCTCCAACAAACAGCCATCTTCCTGACTCAACTCGCCA
TGACTCCAAGAGACTCGGGAACCGCCTAAGACAAGCTACACGCGGCCAGATCTGAGATCT
GAAGAACCGATGGAACCAGAGACCATATGCATATCGAAGAGAGGTAGAGGCGTCGTCAAA
GGCAAAGGAAAAAAAGAAAAAAAGGGAAAAGAAGGGGATCTCCGGCGACGACTCCGCGTC
GAGCGCCGGAAGAAGTGGCGGCAATTAGGGTTTTCTCTCTCTCTCTCTAGACTCTCTCTC
TCTTTCTTTACGCTCTTTTTCTTTATCTGATTCTCCC


BQ
10 10 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 10 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 35 55 55 55 10 10 55 55 55 55 55 55 55 35 55 10 55 55 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 55 55 55 55 55 55 55 55 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 0 60 60 30 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 80 80 80 25 80 
80 80 50 20 80 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 40 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 20 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 20 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 75 75 75 75 
75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G311JQ U 1
AF RR1F355JQ U 3
AF RR1G516JQ U 1
AF RR1AZ65JQ U 3
AF RR1C973JQ U 3
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BS 251 252 RR1AZ65JQ
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BS 941 962 RR1G516TF
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RD RR1G311JQ 488 0 0
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ATTGCCTCAGCAGAGGCTTTAACCACCTGTGATCT***GGGTGAAGATATAGTATCACTT
AAGCTCACTAACATGGAACCTAAATTACCTTATCAATTCACCCGATCACTTAAACCACCA
TGAAAACAAACTCATTTCACCACAAACGATGAAAATGAATCGTCTCTTAGACCACACTAC
TACAGGGACA**ACCAAACCTGAAACTAAGCTCTAAACAAGGAATTCTAATATGACAGAA
GCTGGAGATCACCACTAGATTGGAATTAGGGCCATGGACCTGACCAACTCAACACCGAGG
CGCATGTTCCTAGCTCAGGGCCGCTTCAGATTGCAGTCAGTGTCCCATACCTTATTCAGC
GGACGCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAATTGCATCTT
AGAACAGA

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1F355JQ 717 0 0
AG
CTCAACATCAACTTTCTCATTAACCAAAAGATTTGATACGAGCAAATTGTAACCACATTG
CCTCAGCAGAGGCTTTAACCAACTGTGATCTAATGGGTGAAGATATAGTATCACTTAAGC
TCACTAACATGGAACCTAAATTACCTTATCAATTCACCCGATCACTTAAACCACCATGAA
AACAAACTCATTTCACCACAAACGATGAAAATGAATTGTCTCTTAGACCACACTACTACA
GGGACAAAACCAAACCTAAAACTAAGCTCTAAACAAGGAATTCTAATATGACCGAAGCTG
GAGATCACCACTAGATTGGAATTAGGGCCATGGACCTGACCAACTCAACACCGAGGCGCA
TGTTCCTAGCTCAGGGCCGCTTCAGATTGCAGTCAGTGTCCCATACCTTATTCAGCGGAC
GCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAATTGCATCTTAGAA
CATAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCTCCATCGCAT
GATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGAAACGAGACTGAAACTCCATCAACAG
ATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGCGCGGGTGACAGGACCAC
CAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGCTACC

QA 3 717 3 717
DS 

RD RR1G516JQ 727 0 0
CT
AACTCAACATCAACTTTCTCATTAACCAAAAGATTTGATACAAGCAAATTGTAACCACAT
TGCCTCAGCAGAGGCTTTAACCACCTGTGATCT***GGGTGAAGATATAGTATCACTTAA
GCTCACTAACATGGAACCTAAATTACCTTATCAATTCACCCGATCACTTAAACCACCATG
AAAACAAACTCATTTCACCACAAACGATGAAAATGAATCGTCTCTTAGACCACACTACTA
CAGGGACA**ACCAAACCTGAAACTAAGCTCTAAACAAGGAATTCTAATATGACAGAAGC
TGGAGATCACCACTAGATTGGAATTAGGGCCATGGACCTGACCAACTCAACACCGAGGCG
CATGTTCCTAGCTCAGGGCCGCTTCAGATTGCAGTCAGTGTCCCATACCTTATTCAGCGG
ACGCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAATTGCATCTTAA
AACAGAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCTCCATCGC
ATGATTCCAAAGCATATGTCCTTAACAGAGCCGCCGGAACGAGACTGAAACTCCATCAAC
AGATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGTGCGGGTGACAGGACC
ACCAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGCTACCAGC
AAACC

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR1AZ65JQ 756 0 0
AACTCAACATCAACTTTCTCATTAACCAAAAGATTTGATACAAGCAAATTGTAACCACAT
TGCCTCAGCAGAGGCTTTAACCAACTGTGATCTAATGGGTGAAGATATAGTATCACTTAA
GCTCACTAACATGGAACCTAAATTACCTTATCAATTCACCCGATCACTTAAACCACCATG
AAAACAAACTCATTTCACCACAAACGATGAAAATGAATTGTCTCTTAGACCACACTACTA
CAGGGACAAAACCAAACCTAAAACTAAGCTCTAAACAAGGAATTCTAATATGACCGAGGC
TGGAGATCACCACTAGATTGGAATTAGGGCCATGGACCTGACCAACTCAACACCGAGGCG
CATGTTCCTAGCTCAGGGCCGCTTCAGATTGCAGTCAGTGTCCCATACCTTATTCAGCGG
ACGCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAATTGCATCTTAG
AACGTAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCTCCATCGC
ATGATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGAAACGAGACTGAAACTCCATCAAC
AGATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGCGCGGGTGACAGGACC
ACCAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGCTACCAGC
AAACCGTCGGCCCACAACGGAACAGAACGGAGCGGC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1C973JQ 767 0 0
AACTCAACATCAACTTTCTCATTAACCAAAAGATTTGATACAAGCAAATTGTAACCACAT
TGCCTCAGCAGAGGCTTTAACCAACTGTGATCTAATGGGTGAAGATATAGTATCACTTAA
GCTCACTAACATGGAACCTAAATTACCTTATCAATTCACCCGATCACTTAAACCACCATG
AAAACAAACTCATTTCACCACAAACGATGAAAATGAATTGTCTCTTAGACCACACTACTA
CAGGGACAAAACCAAACCTAAAACTAAGCTCTAAACAAGGAATTCTAATATGACCGAAGC
TGGAGATCACCACTAGATTGGAATTAGGGCCATGGACCTGACCAACTCAACACCGAGGCG
CATGTTCCTAGCTCAGGGCCGCTTCAGATTGCAGTCAGTGTCCCATACCTTATTCAGCGG
ACGCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAATTGCATCTTAA
AACATAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCTCCATCGC
ATGATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGAAACGAGACTGAAACTCCATCAAC
AGATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGCGCGGGTGACAGGACC
ACCAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGCTACCAGC
AAACCGTCGGCCCACAACGGAACAGAACGGAGCGGCCAAGGGAAAAA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1BV27JQ 754 0 0
AG
CTCAACATCAACTTTCTCATTAACCAAAAGATTTGATACAAGCAAATTGTAACCACATTG
CCCCAGCAGAGGCTTTAACCACCTGTGATCT***GGGTGAAGATATAGTATCACTTAAGC
TCACTAACATGGAACCTAAATTACCTTATCAATCCACCCGATCACTTAAACCACCATGAA
AACAAACTCATTTCACCACAAACGATGAAAATGAATCGTCTCTTAGACCACACTACTACA
GGGACAAAACCAAACCTGAAACTAAGCTCTAAACAAGGAATTCTAATATGACAGAAGCTG
GAGATCACCACTAGATTGGAATTAGGGCCATGGACCTGACCAACTCAACACCGAGGCGCA
TGTTCCTAGCTCAGGGCCGCTTCAGATTGCAGTCAGTGTCCCATACCTTATTCAGCGGAC
GCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAATTGCATCTTAAAA
CAGAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAAGACTTCTCCATCGCAT
GATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGGAACGAGACTGAAACTCCATCAACAG
ATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGTGCGGGTGACAGGACCAC
CAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGCTACCAGCAA
ACCGTCGGCCCCCAACGGAACAGAACGGAGCG

QA 3 754 3 754
DS 

RD RR1F854JQ 751 0 0
AG
CTCAACATCAACTTTCTCATTAACCAAAAGATTTGATACAAGCAAATTGTAACCACATTG
CCTCAGCAGAGGCTTTAACCACCTGTGATCT***GGGTGAAGATATAGTATCACTTAAGC
TCACTAACATGGAACCTAAATTACCTTATCAATTCACCCGATCACTTAAACCACCATGAA
AACAAACTCATTTCACCACAAACGATGAAAATGAATCGTCTCTTAAACCACACTACTACA
GGGACAAAACCAAACCTGAAACTAAGCTCTAAACAAGGAATTCTAATATGACAGAAGCTG
GAGATCACCACTAGATTGGAATTAGGGCCATGGACCTGACCAACTCAACACCGAGGCGCA
TGTTCCTAGCTCAGGGCCGCTTCAAATTGCGGTCAGTGTCCCATACCTTATTCAGCGGAC
GCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAATTGCATCTTAAAA
CAGAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCTCCATCGCAT
GATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGGAACGAGACTGAAACTCCATCAACAG
ATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGTGCGGGTGACAGGACCAC
CAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGCTACCAGCAA
ACCGTCGGCCCACAACGGAACAGAACGGA

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR1BE07JQ 806 0 0
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TTTCACCACAAACGATGAAAATGAATTGTCTCTTAGACCACACTACTACAGGGACAAAAC
CAAACCTAAAACTAAGCTCTAAACAAGGAATTCTAATATGACCGAAGCTGGAGATCACCA
CTAGATTGGAATTAGGACCATGGACCTGACCAACTCAACACCGAGGCGCATGTTCCTAGC
TCAGGGCCGCTTCAGATTGCAATCAGTGTCCCATACCTTATTCAGCGGACGCACAGTCAT
TGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAATTGCATCTTAAAACATAATAGGC
TCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCTCCATCGCATGATTCCAAAG
CATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGAAACGAGACTGAAACTCCATCAACAGATAAGAAGCT
TCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAA*CGCGGGCGCGGGTGACAGGAC*ACCAGAGCTCTT
CCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGAGGAAAAGCTGCCAGCAAACCGTCGGCC
CACAACGGAACAGAACGGAGCGGCCAAGGGAAAAAGGCTCCGACCCAAATCCAAACCCTA
AAAGCCGACCTCCAACAAACAGCCATCTTCCTGACTCAACTCGCCATGACTCCAAGAGAC
TCGGGAACCGCCTAAGACAAGCTACACGCGGCCAGATCTGAGATCTGAAGAACCGATGGA
ACCAGAGACCATATGCATATCGAAGA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1G516TF 748 0 0
G
ATCGTCTCTTAGACCACACTACTACAGG*ACA**ACCAAACGTGAA*CTAAGCTCTAA*C
AAGGAAT*CTAATATGACAGAAGCTGGAGATCACCACTAGATTGGAATTAGGGCCATGGA
C*TGACCAACTCAACACCGAGGCGCATGTTCCTAGCTCAGGGCCGCTTCAGATTGCAGTC
AGTGTCCCATACCTTATTCAGCGGACGCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTA
CCTTGACCGGCAATTGCATCTTAGAACAGAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAAC
CACCACCAAGGACTTCTCCATCGCATGATTCCAAAGCATATGTCCTTAACAGAGCCGCCG
GAACGAGACTGAAACTCCATCAACAGATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAA
AACGCGGGTGCGGGTGACAGGACCACCAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATG
AAACCACGGGGAAAAGCTACCAGCAAACCGTCGGCCCACAACGGAACAGAACGGAGCGGC
CAAGGGAAAAAGGCTCCGACCCAAATCCAAACCCTAAAAGCCGACCTCCAACAAACAGCC
ATCTTCCTGACTCAACTCGCCATGACTCCAAGAGACTCGGGAACCGCCTAAGACAAGCTA
CACGCGGCCAGATCTGAGATCTGAAGAACCGATGGAACCAGAGACCATATGCATATCGAA
GAGAGGTAGAGGCGTCGTCAAAGG
TCC

QA 2 745 2 745
DS 

RD RR1G311TF 474 0 0
GGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCTCCATCGCATGATTCCA
AAGCATATGTCCTTAACAGAGCCGCCGGAACGAGACTGAAACTCCATCAACAGATAAGAA
GCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGTGCGGGTGACAGGACCACCAGAGCT
CTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGCTACCAGCAAACCGTCG
GCCCACAACGGAACAGAACGGAGCGGCCAAGGGAAAAAGGCTCCGACCCAAATCCAAACC
CTAAAAGCCGACCTCCAACAAACAGCCATCTTCCTGACTCAACTCGCCATGACTCCAAGA
GACTCGGGAACCGCCTAAGACAAGCTACACGCGGCCAGATCTGAGATCTGAAGAACCGAT
GGAACCAGAGACCATATGCATATCGAAGAGAGGTAGAGGCGTCGTCAAAGG
TCC

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1F355TF 581 0 0
TTAGAACATAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCTCCA
TCGCATGATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGAAACGAGACTGAAACTCCAT
CAACAGATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGCGCGGGTGACAG
GACCACCAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGCTAC
CAGCAAACCGTCGGCCCACAACGGAACAGAACGGAGCGGCCAAGGGAAAAAGGCTCCGAC
CCAAATCCAAACCCTAAAAGCCGACCTCCAACAAACAGCCATCTTCCTGACTCAACTCGC
CATGACTCCAAGAGACTCGGGAACCGCCTAAGACAAGCTACACGCGGCCAGATCTGAGAT
CTGAAGAACCGATGGAACCAGAGACCATATGCATATCGAAGAGAGGTAGAGGCGTCGTCA
AAGGCAAAGGAAAAAAAGAAAAAAAGGGAAAAGAAGGGGATCTCCGGCGACGACTCCGCG
TCGAGCGCCGGAAGAAGTGGCGGCAATTAGGGTTTTCTCTC

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1AZ65TF 822 0 0
CCGAGGCTGGAGATCACCACTAGATTGGAATTAGGGCCATGGAC*TGACCAACTCAACAC
CGAGGCGCATGTTCCTAGCTCAGGGCCGCTTCAGATTGCAGTCAGTGTCCCATACTTTAT
TCAGCGGACGCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAATTGC
ATCTTAGAACGTAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCT
CCATCGCATGATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGAAACGAGACTGAAACTC
CATCAACAGATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGCGCGGGTGA
CAGGACCACCAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGC
TACCAGCAAACCGTCGGCCCACAACGGAACAGAACGGAGCGGCCAAGGGAAAAAGGCTCC
GACCCAAATCCAAACCCTAAAAGCCGACCTCCAACAAACAGCCATCTTCCTGACTCAACT
CGCCATGACTCCAAGAGACTCGGGAACCGCCTAAGACAAGCTACACGCGGCCAGATCTGA
GATCTGAAGAACCGATGGAACCAGAGACCATATGCATATCGAAGAGAGGTAGAGGCGTCG
TCAAAGGCAAAGGAAAAAAAGAAAAAAAGGGAAAAGAAGGGGATCTCCGGCGACGACTCC
GCGTCGAGCGCCGGAAGAAGTGGCGGCAATTAGGGTTTTCTCTCTCTCTCTCTAGACTCT
CTCTCTCTTTCTTTACGCTCTTTTTCTTTATCTGATTCTCCC

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1DN38TF 616 0 0
TTAGAACATAATAGGCTCCCCACCATACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTCTCCA
TCGCATGATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGAAACGAGACTGAAACTCCAT
CAACAGATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGCGCGGGTGACAG
GACCACCAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAAAAGCTAC
CAGCAAACCGTCGGCCCACAACGGAACAGAACGGAGCGGCCAAGGGAAAAAGGCCCCGAC
CCAAATCCAAACCCTAAAAGCCGACCTCCAACAAACAGCCATCTTCCTGACTCAACTCGC
CATGACTCCAAGAGACTCGGGAACCGCCTAAGACAAGCTACACGCGGCCAGATCTGAGAT
CTGAAGAACCGATGGAACCAGAGACCATATGCATATCGAAGAGAGGTAGAGGCGTCGTCA
AAGGCAAAGGAAAAAAAGAAAAAAAGGGAAAAGAAGGGGATCTCCGGCGACGACTCCGCG
TCGAGCGCCGGAAGAAGTGGCGGCAATTAGGGTTTTCTCTCTCTCTCTCTAGACTCTCTC
TCTCT
TTCTTTACCCC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1BE07TF 684 0 0
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CATCTTAGAACATAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGACTTC
TCCATCGCATGATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGAAACGAGACTGAAACT
CCATCAACAGATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAA*CGCGGGCGCGGGTG
ACAGGAC*ACCAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGAGGAAAAG
CTGCCAGCAAACCGTCGGCCCACAACGGAACAGAACGGAGCGGCCAAGGGAAAAAGGCTC
CGACCCAAATCCAAACCCTAAAAGCCGACCTCCAACAAACAGCCATCTTCCTGACTCAAC
TCGCCATGACTCCAAGAGACTCGGGAACCGCCTAAGACAAGCTACACGCGGCCAGATCTG
AGATCTGAAGAACCGATGGAACCAGAGACCATATGCATATCGAAGAGAGGTAGAGGCGTC
GTCAAAGGCAAGGGAAAAAAAGAAAAAAAGGGAAAAGAAGGGGATCTCCGGCGACGACTC
CGCGTCGAGCGCCGGAAGAAGTGGCGGCAATTAGGGTTTTCTCTCTCTCTCTCTAGACTC
TCTCTCT
TTCTTTACGCTCCCCCT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1C973TF 766 0 0
ACACCGAGGCGCATGT*CCTAGCTCAGG*CCGCTTCAGATTGCAGTCAGTGTCCCATAC*
TTATTCAGCGGACGCACAGCCATTGAAACAATTTTGATGAATCCGTACCTTGACCGGCAA
TTGCATCTTAGAACATAATAGGCTCCCCACCGTACAGGTGCTTAAACCACCACCAAGGAC
TTCTCCATCGCATGATTCCAAAGCATACGTCCTTAACAGAGCCGCCGAAACGAGACTGAA
ACTCCATCAACAGATAAGAAGCTTCAAATCTCCCGGAATGATGAAAAAACGCGGGCGCGG
GTGACAGGACCACCAGAGCTCTTCCAATAATCTGCAAAAGAACAATGAAACCACGGGGAA
AAGCTACCAGCAAACCGTCGGCCCACAACGGAACAGAACGGAGCGGCCAAGGGAAAAAGG
CTCCGACCCAAATCCAAACCCTAAAAGCCGACCTCCAACAAACAGCCATCTTCCTGACTC
AACTCGCCATGACTCCAAGAGACTCGGGAACCGCCTAAGACAAGCTACACGCGGCCAGAT
CTGAGATCTGAAGAACCGATGGAACCAGAGACCATATGCATATCGAAGAGAGGTAGAGGC
GTCGTCAAAGGCAAAGGAAAAAAAGAAAAAAAGGGAAAAGAAGGGGATCTCCGGCGACGA
CTCCGCGTCGAGCGCCGGAAGAAGTGGCGGCAATTAGGGTTTTCTATCTCTCTCTCTAGA
CTCTCTCTCTCTTTCTTTACGCTCTTTTTCTTTATCTGATTCTCCC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 2 18

CO CL52Contig1 1077 10 12 U
GGGCCCCTCATATCGCGTCTCGTGCTTCGGATTCCACAAACCCTAATTCCAAACCCCCCC
CCCCCCCTCGGATCTGTAGCAAGAGTGTGATTAAGAAACGATGTCGTGTACTCGTGAAGA
GAATGTGTACTTAGCCAAGTTGGCCGAGCAAGCTGAACGTTACGAGGAGATGGTTGAGTT
CATGGAGAAAGTTGCCAAGACTGTTGACACCGAGGAGCTTACTGTCGAAGAGAGGAACCT
CTTGTCCGTTGCTTACAAGAACGTGATTGGTGCTAGGAGAGCTTCCTGGAGGATCATTTC
TTCCATTGAACAGAAGGAAGAAAGCAGAGGAAACGAGGATCACGTTTCGCTCATCAAGGA
CTACAGAGGGAAGATTGAAACCGAGCTTGGGAAGATCTGTGATGGGATACTGAACCTTTT
GGATTCTCACCTTGTTCCCGCTGCGTCCTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTACCTGAAGAT
GAAGGGAGATTACCATAGGTACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGAAGGATGC
TGCTGAGAGTACTCTCTTGGCTTACAAGTCAGCTCAGGATATTGCACTTGCTGATTTGCC
TCCTACTCATCCGATTAGATTGGGACTTGCTCTCAACTTCTCTGTCTTCTACTATGAGAT
TCTCAACTCACCTGATCGCGCTTGCAGTCTCGCCAAACAGGCTTTTGATGAAGCAATCTC
TGAGCTGGACACATTAGGAGAAGAATCATACAAAGACAGTACACTGATAATGCAACTTCT
CCGTGATAATCTGACCCTCTGGACTTCTGACCTCAATGATGAGGTGGGTGGTGATGAGAT
CAAGGAGGCGTCAAAAGACGAGCCTGAAGAAGGAAAACAAGCGTAGACGTTGAAGTGACC
TCAGTAAGGGAGCGAGCAGGACATTTCTAAGTATGTATGGTCTGGATTTGGCTTTAGTTT
CTGAAAACATTATGATTTGAGGTTTGTAGAAGCAGAGAGAAGGTCATGATTTGGTTTTCT
TCTTTGGAAACTCTGAACTCTGTTCTTTTTTTAATGGGGTTTTTAAGCTGTTGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1DA49TF U 20
AF RR1AL77TF U 1
AF RR1AK30TF U 22
AF RR1B547TF U 625
AF RR1B547JQ C 245
AF RR1FL04TF U 349
AF RR1AL77JQ C 287
AF RR1AK30JQ C 297
AF RR1AV51JQ C 746
AF RR1AV51TF U 746
BS 1 65 RR1AL77TF
BS 66 67 RR1DA49TF
BS 68 369 RR1AL77TF
BS 370 370 RR1DA49TF
BS 371 741 RR1AL77TF
BS 742 819 RR1AK30TF
BS 820 861 RR1FL04TF
BS 862 862 RR1AV51TF
BS 863 1002 RR1FL04TF
BS 1003 1003 RR1AV51TF
BS 1004 1044 RR1FL04TF
BS 1045 1077 RR1AV51TF

RD RR1DA49TF 588 0 0
GAGT
GCTTCGGATTCCACAAACCCTAATTCCAAACCCCCCCCCCCCCCTCGGATCTGTAGCAAG
AGTGTGATTAAGAAACGATGTGGTGTACTCGTGAAGAGAATGTGTACTTAGCCAAGTTGG
CCGAGCAAGCTGAACGTTACGAGGAGATGGTTGAGTTCATGGAGAAAGTTGCCAAGACTG
TTGACACCGAGGAGCTTACTGTCGAAGAGAGGAACCTCTTGTCCGTTGCTTACAAGAACG
TGATTGGTGCTAGGAGAGCTTCCTGGAGGATCATTTCTTCCATTGAACAGAAGGAAGAAA
GCAGAGGAAACGAGGATCACGTTTCGCTCATCAAGGACTACAGAGGGAAGATTGAAACCG
AGCTTGGGAAGATCTGTGATGGGATACTGAACCTTTTGGATTCTCACCTTGTTCCCGCTG
CGTCCTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTACCTGAAGATGAAGGGAGATTACCACAGGTACC
TTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGAAGGATGCTGCTGAGAGTACTCTCTTGGCTT
ACAAGTCAGCTCAGGATATTGCACTTGCTGATTTGCCTCCTACT

QA 5 588 5 588
DS 

RD RR1AL77TF 741 0 0
GGGCCCCTCATATCGCGTCTCGTGCTTCGGATTCCACAAACCCTAATTCCAAACCCCCCC
CCCCC**TCGGATCTGTAGCAAGAGTGTGATTAAGAAACGATGTCGTGTACTCGTGAAGA
GAATGTGTACTTAGCCAAGTTGGCCGAGCAAGCTGAACGTTACGAGGAGATGGTTGAGTT
CATGGAGAAAGTTGCCAAGACTGTTGACACCGAGGAGCTTACTGTCGAAGAGAGGAACCT
CTTGTCCGTTGCTTACAAGAACGTGATTGGTGCTAGGAGAGCTTCCTGGAGGATCATTTC
TTCCATTGAACAGAAGGAAGAAAGCAGAGGAAACGAGGATCACGTTTCGCTCATCAAGGA
CTACAGAGGAAAGATTGAAACCGAGCTTGGGAAGATCTGTGATGGGATACTGAACCTTTT
GGATTCTCACCTTGTTCCCGCTGCGTCCTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTACCTGAAGAT
GAAGGGAGATTACCATAGGTACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGAAGGATGC
TGCTGAGAGTACTCTCTTGGCTTACAAGTCAGCTCAGGATATTGCACTTGCTGATTTGCC
TCCTACTCATCCGATTAGATTGGGACTTGCTCTCAACTTCTCTGTCTTCTACTATGAGAT
TCTCAACTCACCTGATCGCGCTTGCAGTCTCGCCAAACAGGCTTTTGATGAAGCAATCTC
TGAGCTGGACACATTAGGAGA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1AK30TF 798 0 0
GG
GCTTCGGATTCCACAAACCCTAATTCCAAACCCCCCCCCCCCCCTCGGATCTGTAGCAAG
AGTGTGATTAAGAAACGATGTCGTGTACTCGTGAAGAGAATGTGTACTTAGCCAAGTTGG
CCGAGCAAGCTGAACGTTACGAGGAGATGGTTGAGTTCATGGAGAAAGTTGCCAAGACTG
TTGACACCGAGGAGCTTACTGTCGAAGAGAGGAACCTCTTGTCCGTTGCTTACAAGAACG
TGATTGGTGCTAGGAGAGCTTCCTGGAGGATCATTTCTTCCATTGAACAGAAGGAAGAAA
GCAGAGGAAACGAGGATCACGTTTCGCTCATCAAGGACTACAGGGGGAAGATTGAAACCG
AGCTTGGGAAGATCTGTGATGGGATACTGAACCTTTTGGATTCTCACCTTGTTCCCGCTG
CGTCCTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTACCTGAAGATGAAGGGAGATTACCATAGGTACC
TTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGGAGGATGCTGCTGAGAGTACTCTCTTGGCTT
ACAAGTCAGCTCAGGATATTGCACTTGCTGATTTGCCTCCTACTCATCCGATTAGATTGG
GACTTGCTCTCAACTTCTCTGTCTTCTACTATGAGATTCTCAACTCACCTGATCGCGCTT
GCAGTCTCGCCAAACAG*CTTTTGATGAAGCAATCTCTGAGCTGGACACATTAGGAGAAG
AATCATACAAAGACAGTACACTGATAATGCAACTTCTCCGTGATAATCTGACCCTCTGGA
CTTCTGACCTCAATGA

QA 3 798 3 798
DS 

RD RR1B547TF 184 0 0
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CAGTCTCGCCAAACAGGCTTTTGATGAAGCAATCTCTGAGCTGGACACATTAG*AGAAGA
ATCATACAAAGACAGTACACTGATAATGCAACTTCTCCGTGATAATCTGACCCTCTGGAC
TTCT

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR1B547JQ 815 0 0
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ATTGAACAGAAGGAAGAAAGCAGAGGAAACGAGGATCACGTTTCGCTCATCAAGGACTAC
AGAGGGAAGATTGAAACCGAGCTTGGGAAGATCTGTGATGGGATACTGAACCTTTTGGAT
TCTCACCTTGTTCCCGCTGCGTCCTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTACCTGAAGATGAAG
GGAGATTACCATAGGTACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGAAGGATGCTGCT
GAGAGTACTCTCTTGGCTTACAAGTCAGCTCAGGATATTGCACTTGCTGATTTGCCTCCT
ACTCATCCGATTAGATTGGGACTTGCTCTCAACTTCTCTGTCTTCTACTATGAGATTCTC
AACTCACCTGATCGCGCTTGCAGTCTCGCCAAACAGGCTTTTGATGAAGCAATCTCTGAG
CTGGACACATTAGGAGAAGAATCATACAAAGACAGTACACTGATAATGCAACTTCTCCGT
GATAATCTGACCCTCTGGACTTCTGACCTCAATGATGAGGTGGGTGGTGATGAGATCAAG
GAGGCGTCAAAAGACGAGCCTGAAGAAGGAAAACAAGCGTAGACGTTGAAGTGACCTCAG
TAAGGGAGCGAGCAGGACATTTCTAAGTATGTATGGTCTGGATTTGGCTTTAGTTTCTGA
AAACATTATGATTTGAGGTTTGTAGAAGCAGAGAGAAGGTCATGACTTGGTTTTCTTCTT
TGGAAACTCTGAACTCTGTTCTTTTTTTAATGGGG

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1FL04TF 696 0 0
GCTCATCAAGGACTACAGAGGGAAGATTGAAACCGAGCTTGGGAAGATCTGTGATGGGAT
ACTGAACCTTTTGGATTCTCACCTTGTTCCCGCTGCGTCCTTGGCTGAGTCCAAAGTGTT
TTACCTGAAGATGAAGGGAGATTACCATAGGTACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGA
GAGGAAGGATGCTGCTGAGAGTACTCTCTTGGCTTACAAGTCAGCTCAGGATATTACACT
TGCTGATTTGCCTCCTACTCATCCGATTAGATTGGGACTTGCTCTCAACTTCTCTGTCTT
CTACTATGAGATTCTCAACTCACCTGATCGCGCTTGCAGTCTCGCCAAACAGGCTTTTGA
TGAAGCAATCTCTGAGCTGGACACATTAGGAGAAGAATCATACAAAGACAGTACACTGAT
AATGCAACTTCTCCGTGATAATCTGACCCTCTGGACTTCTGACCTCAATGATGAGGTGGG
TGGTGATGAGATCAAGGAGGCGTCAAAAGACGA*CCTGAAGAAGGAAAACAAGCGTAGAC
GTTGAAGTGACCTCAGTAAGGGAGCGAGCAGGACATTTCTAAGTATGTATGGTCTGGATT
TGGCTTTAGTTTCTGAAAACATTATGATTTGAGGTTTGTAGAAGCAGAGAGAAG*TCATG
ATTTGGTTTTCTTCTTTGGAAACTCTGAACTCTGTT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1AL77JQ 791 0 0
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TCGCTCATCAAGGACTACAGAGGAAAGATTGAAACCGAGCTTGGGAAGATCTGTGATGGG
ATACTGAACCTTTTGGATTCTCACCTTGTTCCCGCTGCGTCCTTGGCTGAGTCCAAAGTG
TTTTACCTGAAGATGAAGGGAGATTACCATAGGTACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCT
GAGAGGAAGGATGCTGCTGAGAGTACTCTCTTGGCTTACAAGTCAGCTCAGGATATTGCA
CTTGCTGATTTGCCTCCTACTCATCCGATTAGATTGGGACTTGCTCTCAACTTCTCTGTC
TTCTACTATGAGATTCTCAACTCACCTGATCGCGCTTGCAGTCTCGCCAAACAGGCTTTT
GATGAAGCAATCTCTGAGCTGGACACATTAGGAGAAGAATCATACAAAGACAGTACACTG
ATAATGCAACTTCTCCGTGATAATCTGACCCTCTGGACTTCTGACCTCAATGATGAGGTG
GGTGGTGATGAGATCAAGGAGGCGTCAAAAGACGAGCCTGAAGAAGGAAAACAAGCGTAG
ACGTTGAAGTGACCTCAGTAAGGGAGCGAGCGGGACATTTCTAAGTATGTATGGTCTGGA
TTTGGCTTTAGTTTCTGAAAACATTATGATTTGAGGTTTGTAGAAGCAGAGAGAAGGTCA
TGATTTGGTTTTCTTCTTTGGAAACTCTGAACTCTGTTCTTTTTTTAATGGGGTTTTTAA
GCTGTTGAGCC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1AK30JQ 781 0 0
TTTCTTCCATTGAACAGAAGGAAGAAAGCAGAGGAAACGAGGATCACGTTTCGCTCATCA
AGGACTACAGGGGGAAGATTGAAACCGAGCTTGGGAAGATCTGTGATGGGATACTGAACC
TTTTGGATTCTCACCTTGTTCCCGCTGCGTCCTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTACCTGA
AGATGAAGGGAGATTACCATAGGTACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGGAGG
ATGCTGCTGAGAGTACTCTCTTGGCTTACAAGTCAGCTCAGGATATTGCACTTGCTGATT
TGCCTCCTACTCATCCGATTAGATTGGGACTTGCTCTCAACTTCTCTGTCTTCTACTATG
AGATTCTCAACTCACCTGATCGCGCTTGCAGTCTCGCCAAACAGGCTTTTGATGAAGCAA
TCTCTGAGCTGGACACATTAGGAGAAGAATCATACAAAGACAGTACACTGATAATGCAAC
TTCTCCGTGATAATCTGACCCTCTGGACTTCTGACCTCAATGATGAGGTGGGTGGTGATG
AGATCAAGGAGGCGTCAAAAGACGAGCCTGAAGAAGGAAAACAAGCGTAGACGTTGAAGT
GACCTCAGTAAGGGAGCGAGCAGGACATTTCTAAGTATGTATGGTCTGGATTTGGCTTTA
GTTTCTGAAAACATTATGATTTGAGGTTTGTAGAAGCAGAGAGAAGGTCATGATTTGGTT
TTCTTCTTTGGAAACTCTGAACTCTGTTCTTTTTTTAATGGGGTTTTTAAGCTGTTGAGC
C

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1AV51JQ 332 0 0
G
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CTGACCTCAATGATGAGGTGGGTGGTGATGAGATCAAGGAGGCGTCAAAAGACGAGCCTG
AAGAAGGAAAACAAGCGTAGACGTTGAAGTGACCTCAGTAAGGGAGCGAGCAGGACATTT
CTAAGTATGTATGGTCTGGATTTGGCTTTAGTTTCTGAAAACATTATGATTTGAGGTTTG
TAGAAGCAGAGAGAAGGTCATGATTTGGTTTTCTTCTTTGGAAACTCTGAACTCTGTTCT
TTTTTTAATGGGGTTTTTAAGCTGTTGAGCC

QA 2 332 2 332
DS 

RD RR1AV51TF 332 0 0
G
CATACAAAGACAGTACACTGATAATGCAACTTCTCCGTGATAATCTGACCCTCTGGACTT
CTGACCTCAATGATGAGGTGGGTGGTGATGAGATCAAGGAGGCGTCAAAAGACGAGCCTG
AAGAAGGAAAACAAGCGTAGACGTTGAAGTGACCTCAGTAAGGGAGCGAGCAGGACATTT
CTAAGTATGTATGGTCTGGATTTGGCTTTAGTTTCTGAAAACATTATGATTTGAGGTTTG
TAGAAGCAGAGAGAAGGTCATGATTTGGTTTTCTTCTTTGGAAACTCTGAACTCTGTTCT
TTTTTTAATGGGGTTTTTAAGCTGTTGAGCC

QA 2 332 2 332
DS 



CO CL52Contig2 1147 8 12 U
GGGCGTCTCAAGACTTCGAACTCGACAATCCCTAATTCCCAAAACTCCCCTCTCGGATCT
CCAACAAGAGTGTGATTACGAAACGATGTCGTCTACAAGGGAAGAGAACGTGTACTTAGC
CAAGTTAGCGGAGCAAGCCGAGCGTTACGAGGAGATGGTTGAGTTCATGGAGAAAGTCGC
CAAGACCGTTGACTCCGAGGAGCTCACCGTGGAAGAGAGGAACCTCCTGTCCGTCGCTTA
CAAGAACGTGATCGGCGCTAGGAGAGCTTCCTGGAGGATCATCTCTTCCATCGAGCAGAA
GGAAGAGAGCAGAGGGAACGAAGACCACGTGTCCATCATCAAGGACTACAGAGGGAAGAT
CGAGACCGAGCTCAGCAAGATCTGTGATGGGATTTTGAACCTTCTTGATTCGCACCTTGT
CCCCGCTGCGTCTTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTATCTTAAGATGAAGGGAGATTACCA
TAGGTACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGAAGGATGCTGCTGAGAACACTCT
CGTTGCTTACAAGTCTGCTCAGGATATTGCCCTTGCTGATTTACCTCCAACTCATCCGAT
TAGATTGGGACTGGCTCTTAACTTCTCTGTCTTCTACTATGAGATTCTCAACTCACCTGA
TCGTGCTTGCAATCTTGCCAAACAGGCTTTTGATGAAGCAATCTCTGAGCTGGACACATT
AGGAGAAGAATCATACAAGGACAGCACGCTCATAATGCAACTTCTCCGTGACAATCTGAC
CCTCTGGACTTCTGACATCAATGACGAGGCGGGTGGTGATGAGATCAAGGAGGCGTCAAA
GGACGAGCCTGAAGAAGGGAAACAAGCTTAAAACCTTGAAATGACCAAAGCGAGCGAGGG
CATTACTTATGGGATTTGGCTGTTGTAGTTTCTTAAAAACATATGATATGGGGTTTGTTG
TTTGTAGAAGCAGAGAGAAGATCATCATTTGATTTTCTCCTTTGCAAACTCTGAAACTCT
GTTTGGTCTTTCTTGTTTGGTTTTTTCTTCTAGTGTTTTTGAGTCTTTGGTTTTACTCCG
TTGCTTGTTATTATTTCGATTTCTTAGGAAGCGAAGAAACAAAACTTTCAATTATTGCTT
TGGATTC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 25 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1H036TF U 1
AF RR1F279TF U 21
AF RR1BU27TF U 3
AF RR1D992TF U 3
AF RR1H036JQ C 707
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AF RR1BU27JQ C 420
AF RR1D992JQ C 538
BS 1 489 RR1H036TF
BS 490 490 RR1BU27TF
BS 491 632 RR1H036TF
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BS 801 1147 RR1BU27JQ

RD RR1H036TF 632 0 0
GGGCGTCTCAAGACTTCGAACTCGACAATCCCTAATTCCCAAAACTCCCCTCTCGGATCT
CCAACAAGAGTGTGATTACGAAACGATGTCGTCTACAAGGGAAGAGAACGTGTACTTAGC
CAAGTTAGCGGAGCAAGCCGAGCGTTACGAGGAGATGGTTGAGTTCATGGAGAAAGTCGC
CAAGACCGTTGACTCCGAGGAGCTCACCGTGGAAGAGAGGAACCTCCTGTCCGTCGCTTA
CAAGAACGTGATCGGCGCTAGGAGAGCTTCCTGGAGGATCATCTCTTCCATCGAGCAGAA
GGAAGAGAGCAGAGGGAACGAAGACCACGTGTCCATCATCAAGGACTACAGAGGGAAGAT
CGAGACCGAGCTCAGCAAGATCTGTGATGGGATTTTGAACCTTCTTGATTCGCACCTTGT
CCCCGCTGCGTCTTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTATCTTAAGATGAAGGGAGATTACCA
TAGGTACCTCGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGAAGGATGCTGCTGAGAACACTCT
CGTTGCTTACAAGTCTGCTCAGGATATTGCCCTTGCTGATTTACCTCCAACTCATCCGAT
TAGATTGGGACTGGCTCTTAACTTCTCTGTCT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1F279TF 698 0 0
CTCGACAATCCCTAATTCCCAAAACTCCCCTCTCGGATCTCCAACAAGAGTGTGATTACG
AAACGATGTCGTCTACAAGGGAAGAGAACGTGTACTTAGCCAAGTTAGCGGAGCAAGCCG
AGCGTTACGAGGAGATGGTTGAGTTCATGGAGAAAGTCGCCAAGACCGTTGACTCCGAGG
AGCTCACCGTGGAAGAGAGGAACCTCCTGTCCGTCGCTTACAAGAACGTGATCGGCGCTA
GGAGAGCTTCCTGGAGGATCATCTCTTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGAGCAGAGGGAACG
AAGACCACGTGTCCATCATCAAGGACTACAGAGGGAAGATCGAGACCGAGCTCAGCAAGA
TCTGTGATGGGATTTTGAACCTTCTTGATTCGCACCTTGTCCCCGCTGCGTCTTTGGCTG
AGTCCAAAGTGCTTTATCTTAAGATGAAGGGAGATTACCATAGGTACCTTGCTGAGTTTA
AGACTGGTGCTGAGAGGAAGGATGCTGCTGAGAACGCTCTCGTTGCTTACAAGTCTGCTC
AGGATATTGCCCTTGCTGATTTACCTCCAACTCATCCGATTAGATTGGGACTGGCTCTTA
ACTTCTCTGTCTTCTACTATGAGATTCTCAACTCACCTGATCGTGCTTGCAATCTTGCCA
AACAGGCTTTTGATGAAGCAATCTCTGAGCTGGACACA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1BU27TF 775 0 0
GG
GTCTCAAGACTTCGAACTCGACAATCCCTAATTCCCAAAACTCCCCTCTCGGATCTCCAA
CAAGAGTGTGATTACGAAACGATGTCGTCTACAAGGGAAGAGAACGTGTACTTAGCCAAG
TTAGCGGAGCAGGCCGAGCGTTACGAGGAGATGGTTGAGTTCATGGAGAAAGTCGCCAAG
ACCGTTGACTCCGAGGAGCTCACCGTGGAAGAGAGGAACCTCCTGTCCGTCGCTTACAAG
AACGTGATCGGCGCTAGGAGAGCTTCCTGGAGGATCATCTCTTCCATCGAGCAGAAGGAA
GAGAGCAGAGGGAACGAAGACCACGTGTCCATCATCAAGGACTACAGAGGGAAGATCGAG
ACCGAGCTCAGCAAGATCTGTGATGGGATTTTGAACCTTCTTGATTCGCACCTTGTCCCC
GCTGCGTCTTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTATCTTAAGATGAAGGGAGATTACCATAGG
TACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGAAGGATGCTGCTGAGAACACTCTCGTT
GCTTACAAGTCTGCTCAGGATATTGCCCTTGCTGATTCACCTCCAACTCATCCGATTAGA
TTGGGACTGGCTCTTAACTTCTCTGTCTTCTACTATGAGATTCTCAACTCACCTGATCGT
GCTTGCAATCTTGCCAAACAGGCTTTTGATGAAGCAATCTCTGAGCTGGACACATTAG*A
GAA*AATCATACAAG*ACAGCACGCTCATAATGCAACTTCTCCGTGACAATCT

QA 3 775 3 775
DS 

RD RR1D992TF 798 0 0
GG
GTCTCAAGACTTCGAACTCGGCAATCCCTAATTCCCAAAACTCCCCTCTCGGATCTCCAA
CAAGAGTGTGATTACGAAACGATGTCGTCTACAAGGGAAGAGAACGTGTACTTAGCCAAG
TTAGCGGAGCAAGCCGAGCGTTACGAGGAGATGGTTGAGTTCATGGAGAAAGTCGCCAAG
ACCGTTGACTCCGAGGAGCTCACCGTGGAAGAGAGGAACCTCCTGTCCGTCGCTTACAAG
AACGTGATCGGCGCTAGGAGAGCTTCCTGGAGGATCATCTCTTCCATCGAGCAGAAGGAA
GAGAGCAGAGGGAACGAAGACCACGTGTCCATCATCAAGGACTACAGAGGGAAGATCGAG
ACCGAGCTCAGCAAGATCTGTGGTGGGATTTTGAACCTTCTTGATTCGCACCTTGTCCCC
GCTGCGTCTTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTATCTTAAGATGAAGGGAGATTACCATAGG
TACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGAAGGATGCTGCTGAGAACACTCTCGTT
GCTTACAAGTCTGCTCAGGATATTGCCCTTGCTGATTTACCTCCAACTCATCCGATTAGA
TTGGGACAGGCTCTTAACTTCTCTGTCTTCTACTATGAGATTCTCAACTCACCTGATCGT
GCTTGCAATCTTGCCAAACAGGCTTTTGATGAAGCAATCTCTGAGCTGGACACATTAGGA
GAG*AATCATACAAGGACAGCACGCTCATAATGCAACTTCTCCGTGACAATCTGACCCTC
TGGACTTCTGACATCA

QA 3 798 3 798
DS 

RD RR1H036JQ 427 0 0
GAGCTGGACACATTAGGAGAAGAATCATACAAGGACAGCACGCTCATAATGCAACTTCTC
CGTGACAATCTGACCCTCTGGACTTCTGACATCAATGACGAGGCGGGTGGTGATGAGATC
AAGGAGGCGTCAAAGGACGAGCCTGAAGAAGGGAAACAAGCTTAAAACCTTGAAATGACC
AAAGCGAGCGAGGGCATTACTTATGGGATTTGGCTGTTGTAGTTTCTTAAAAACATATGA
TATGGGGTTTGTTGTTTGTAGAAGCAGAGAGAAGATCATCATTTGATTTTCTCCTTTGCA
AACTCTGAAACTCTGTTTGGTCTTTCTTGTTTGGTTTTTTCTTCTAGTGTTTTTGAGTCT
TTGGTTTTACTCCGTTGCTTGTTATTATTTCGATTTCTTAGGAAGCGAAGAAACAAAACT
TTCAATT

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1F279JQ 676 0 0
CTTAAGATGAAGGGAGATTACCATAGGTACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGG
AAGGATGCTGCTGAGAACGCTCTCGTTGCTTACAAGTCTGCTCAGGATATTGCCCTTGCT
GATTTACCTCCAACTCATCCGATTAGATTGGGACTGGCTCTTAACTTCTCTGTCTTCTAC
TATGAGATTCTCAACTCACCTGATCGTGCTTGCAATCTTGCCAAACAGGCTTTTGATGAA
GCAATCTCTGAGCTGGACACATTAGGAGAAGAATCATACAAGGACAGCACGCTCATAATG
CAACTTCTCCGTGACAATCTGACCCTCTGGACTTCTGACATCAATGACGAGGCGGGTGGT
GATGAGATCAAGGAGGCGTCAAAGGACGAGCCTGAAGAAGGGAAACAAGCTTAAAACCTT
GAAATGACCAAAGCGAGCGAGGGCATTACTTATGGGATTTGGCTGTTGTAGTTTCTTAAA
AACATATGATATGGGGTTTGTTGTTTGTAGAAGCAGAGAGAAGATCATCATTTGATTTTC
TCCTTTGCAAACTCTGAAACTCTGTTTGGTCTTTCTTGTTTGGTTTTTTCTTCTAGTGTT
TTTGAGTCTTTGGTTTTACTCCGTTGCTTGTTATTATTTCGATTTCTTAGGAAGCGAAGA
AACAAAACTTTCAATT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1BU27JQ 728 0 0
TCCCCGCTGCGTCTTTGGCTGAGTCCAAAGTGTTTTATCTTAAGATGAAGGGAGATTACC
ATAGGTACCTTGCTGAGTTTAAGACTGGTGCTGAGAGGAAGGATGCTGCTGAGAACACTC
TCGTTGCTTACAAGTCTGCTCAGGATATTGCCCTTGCTGATTCACCTCCAACTCATCCGA
TTAGATTGGGACTGGCTCTTAACTTCTCTGTCTTCTACTATGAGATTCTCAACTCACCTG
ATCGTGCTTGCAATCTTGCCAAACAGGCTTTTGATGAAGCAATCTCTGAGCTGGACACAT
TAGGAGAAGAATCATACAAGGACAGCACGCTCATAATGCAACTTCTCCGTGACAATCTGA
CCCTCTGGACTTCTGACATCAATGACGAGGCGGGTGGTGATGAGATCAAGGAGGCGTCAA
AGGACGAGCCTGAAGAAGGGAAACAAGCTTAAAACCTTGAAATGACCAAAGCGAGCGAGG
GCATTACTTATGGGATTTGGCTGTTGTAGTTTCTTAAAAACATATGATATGGGGTTTGTT
GTTTGTAGAAGCAGAGAGAAGATCATCATTTGATTTTCTCCTTTGCAAACTCTGAAACTC
TGTTTGGTCTTTCTTGTTTGGTTTTTTCTTCTAGTGTTTTTGAGTCTTTGGTTTTACTCC
GTTGCTTGTTATTATTTCGATTTCTTAGGAAGCGAAGAAACAAAACTTTCAATTATTGCT
TTGGATTC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1D992JQ 609 0 0
TCTCGTTGCTTACAAGTCTGCTCAGGATATTGCCCTTGCTGATTTACCTCCAACTCATCC
GATTAGATTGGGACAGGCTCTTAACTTCTCTGTCTTCTACTATGAGATTCTCAACTCACC
TGATCGTGCTTGCAATCTTGCCAAACAGGCTTTTGATGAAGCAATCTCTGAGCTGGACAC
ATTAGGAGAAGAATCATACAAGGACAGCACGCTCATAATGCAACTTCTCCGTGACAATCT
GACCCTCTGGACTTCTGACATCAATGACGAGGCGGGTGGTGATGAGATCAAGGAGGTGTC
AAAGGACGAGCCTGAAGAAGGGAAACAAGCTTAAAACCTTGAAATGACCAAAGCGAGCGA
GGGCATTACTTATGGGATTTGGCTGTTGTAGTTTCTTAAAAACATATGATATGGGGTTTG
TTGTTTGTAGAAGCAGAGAGAAGATCATCATTTGATTTTCTCCTTTGCAAACTCTGAAAC
TCTGTTTGGTCTTTCTTGTTTGGTTTTTTCTTCTAGTGTTTTTGAGTCTTTGGTTTTACT
CCGTTGCTTGTTATTATTTCGATTTCTTAGGAAGCGAAGAAACAAAACTTTCAATTATTG
CTTTGGATT

QA 1 609 1 609
DS 



AS 3 15

CO CL53Contig1 935 3 10 U
AGGTAGAAAGCAAAATGTATAGCAAAACTGCATATAATATCCTCAAGTGTGAAACATTGA
TAGCAAGAGCATAAAGTTTCAGAGTATTTCATGAAACCGCTAAACAAAACCACAATCATA
ATAAAGTTTCTGCTTAGTTCATTCGCTGGGCAGCCTCCTTGGCAAGAACCCTCTCCTTAG
CTTTGGTCTTGGCTGGAGACTTGGATCCCATAATCCCTCCTCCCCACTTCTTCCTGTACT
CCTCGTACTTGTCGTTGAAGTTTGCCTTGATGGCTTCAAGGATTTTGCTGAACTCGAGCT
TGTCCTCATTCTCGACAGTGGTCAAGCACAAGCAAGCAGCAGTATTCTGATGAACAACCG
TTCCAAGGCGAGATTTGCCTTTGACAATGCAGTAAGGCACTTCCATCTTTCTGCAAAGAG
CAGGTAACCAGACGACCAGCTCGATGGGGTCAACATCGTGAGCAATGACAACAAGCTGTG
CCTTGTTCTGCTCGATGAGGTAAGTCACGTGGTTGAGACCGTACTTGACGACAATGGGCT
TCTTGGATTCAGAAGGCTTTCCCTCAGCCTCGGCTTGAGCCTTTTTCAAAAGACGATCCT
TCTTTGCGGCCTTGTCCTCTGGCCTGTACCTCATAAGAACCTTGAAAAGCTGGGTTGCAA
GGTTCTTGTCAAGAGTCTTGGTGAACTGGTTCAAAGCAGGAGGGACCTTGAGCCTCTGCT
TAAGGATACGCTTCTGCCTCTGGAGACGGATGGACTTGGGCCATTTGATGTAACGGGTCA
AGTCCTTCTTAGGAGGCAAAGCACCTCCGATACCGAATTGCTTTGGCCTTCTCTCAAACA
ATGGATTCGTCACCTTCTCCGTTTTCTTCTTGGCAACAGCTTTCACTCCCTTTTTGGATG
CCATTTTGCTAGAGAGGGACGGCGGGGAGCTGGCA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP92JQ U 5
AF RR1D243JQ U 1
AF RR1D243TF C 419
BS 1 312 RR1D243JQ
BS 313 313 RR1BP92JQ
BS 314 699 RR1D243JQ
BS 700 700 RR1D243TF
BS 701 724 RR1D243JQ
BS 725 725 RR1D243TF
BS 726 792 RR1D243JQ
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BS 794 811 RR1D243JQ
BS 812 935 RR1D243TF

RD RR1BP92JQ 691 0 0
G
GAAAGCAAAATGTATAGCAAAACTGCATATAATATCCTCAAGTGTGAAACATTGATAGCA
AGAGCATAAAGTTTCAGAGTATTTCATGAAACCGCTAAACAAAACCACAATCATAATAAA
GTTTCTGCTTAGTTCATTCGCTGGGCAGCCTCCTTGGCAAGAACCCTCTCCTTAGCTTTG
GTCTTGGCTTGAGACTTGGATCCCATAATCCCTCCTCCCCACTTCTTCCTGTACTCCTCG
TACTTGTCGTTGAAGTTTGCCTTGATGGCTTCAAGGATTTTGCTGAACTCGAGCTTGTCC
TCATTCTCGACAGTGGTCAAGCACAAGCAAGCAGCAGTCTTCTGATGAACAACCGTTCCA
AGGCGAGATTTGCCTTTGACAATGCAGTAAGGCACTTCCATCTTTCTGCAAAGAGCAGGT
AACCAGACGACCAGCTCGATGGGGTCAACATCGTGAGCAATGACAACAAGCTGTGCCTTG
TTCTGCTCGATGAGGTAAGTCACGTGGTTGAGACCGTACTTGACGACAATGGGCTTCTTG
GATTCAGAAGGCTTTCCCTCGGCCTCGGCTTGAGCCTTTTTCAAAAGACGATCCTTCTTT
GCGGCCTTGTCCTCTGGCCTGTACTTCATAAGAACCTTGAAAAGCTGGGTTGCAAGGTTC
TTGTCAAGAGTCTTGGTGAACTGGTTCAAA

QA 2 691 2 691
DS 

RD RR1D243JQ 814 0 0
AGGTAGAAAGCAAAATGTATAGCAAAACTGCATATAATATCCTCAAGTGTGAAACATTGA
TAGCAAGAGCATAAAGTTTCAGAGTATTTCATGAAACCGCTAAACAAAACCACAATCATA
ATAAAGTTTCTGCTTAGTTCATTCGCTGGGCAGCCTCCTTGGCAAGAACCCTCTCCTTAG
CTTTGGTCTTGGCTGGAGACTTGGATCCCATAATCCCTCCTCCCCACTTCTTCCTGTACT
CCTCGTACTTGTCGTTGAAGTTTGCCTTGATGGCTTCAAGGATTTTGCTGAACTCGAGCT
TGTCCTCATTCTTGACAGTGGTCAAGCACAAGCAAGCAGCAGTATTCTGATGAACAACCG
TTCCAAGGCGAGATTTGCCTTTGACAATGCAGTAAGGCACTTCCATCTTTCTGCAAAGAG
CAGGTAACCAGACGACCAGCTCGATGGGGTCAACATCGTGAGCAATGACAACAAGCTGTG
CCTTGTTCTGCTCGATGAGGTAAGTCACGTGGTTGAGACCGTACTTGACGACAATGGGCT
TCTTGGATTCAGAAGGCTTTCCCTCAGCCTCGGCTTGAGCCTTTTTCAAAAGACGATCCT
TCTTTGCGGCCTTGTCCTCTGGCCTGTACCTCATAAGAACCTTGAAAAGCTGGGTTGCAA
GGTTCTTGTCAAGAGTCTTGGTGAACTGGTTCAAAGCAG*AGGGACCTTGAGCCTCTGCT
TAAG*ATACGCTTCTGCCTCTGGAGACGGATGGACTTGGGCCATTTGATGTAACGGGTCA
AGTCCTTCTTAG*AGGCAAAGCACCTCCGAT
ACC

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR1D243TF 517 0 0
AGCAGGTAACCAGACGACCAGCTCGATGGGGTCAACATCGTGAGCAATGACAACAAGCTG
TGCCTTGTTCTGCTCGATGAGGTAAGTCACGTGGTTGAGACCGTACTTGACGACAATGGG
CTTCTTGGATTCAGAAGGCTTTCCCTCAGCCTCGGCTTGAGCCTTTTTCAAAAGACGATC
CTTCTTTGCGGCCTTGTCCTCTGGCCTGTACCTCATAAGAACCTTGAAAAGCTGGGTTGC
AAGGTTCTTGTCAAGAGTCTTGGTGAACTGGTTCAAAGCAGGAGGGACCTTGAGCCTCTG
CTTAAGGATACGCTTCTGCCTCTGGAGACGGATGGACTTGGGCCATTTGATGTAACGGGT
CAAGTCCTTCTTAGGAGGCAAAGCACCTCCGATACCGAATTGCTTTGGCCTTCTCTCAAA
CAATGGATTCGTCACCTTCTCCGTTTTCTTCTTGGCAACAGCTTTCACTCCCTTTTTGGA
TGCCATTTTGCTAGAGAGGGACGGCGGGGAGCTGGCA

QA 1 517 1 517
DS 



CO CL53Contig2 852 2 2 U
TTACCTCCAAAGAAGGACTTGACTCGTTACATCAAATGGCCCAAGTCAATCCGTCTCCAA
AGGCAGAAGCGTATCCTCAAGCAGAGGCTCAAGGTCCCTCCTGCTTTGAACCAGTTCACC
AAGACTCTCGACAAGAACCTTGCCACCCAGCTTTTCAAGGTTCTCATGAAGTACAGACCA
GAGGACAAGGCCGCTAAGAAGGATCGTCTTTTGAAAAAGGCCCAAGCCGAGGCTGAGGGA
AAGCCTTCTGAGTCCAAGAAGCCCATTGTCGTCAAGTATGGTCTCAACCACGTGACTTAC
CTCATCGAGCAGAACAAGGCTCAGCTTGTTGTCATTGCTCACGATGTTGACCCCATTGAG
CTCGTTGTCTGGTTACCTGCTCTTTGCAGAAAGATGGAAGTGCCTTACTGCATTGTCAAA
GGCAAATCTCGTCTCGGAACGGTGGTTCACCAGAAGACTGCTGCTTGCTTGTGCTTGACC
ACTGTGAAGAACGAGGACAAACTCGAGTTCAGCAAAATCCTTGAAGCCATCAAGGCAAAC
TTCAACGACAAGTACGAGGAGTACAGGAAGTGGGGGAGGAGGTATAATGGGATCCAAGTC
TCAAGCCAAGACCAAAGCTAAAGAGAGGGTTCTTGCCAAGGAGGCTGCCCAGAGGATGAA
CTAAGCAGAGCGTCTTCACAATGATGATGATTATGGTTTTGTTTAGCCTTTTCATGGAAT
GTTTCGAAATGTTTTGCTATTATTATCGATGTTGCTCACTTCAGGATATTATTATGCAGT
TTCTGTTAAGACTTTTTACTTATGAGATTATTTTCTTATTTACTGATGATCCTTGTTTTC
AAATTAAAACAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E066TF U 1
AF RR1E066JQ C 164
BS 1 634 RR1E066TF
BS 635 852 RR1E066JQ

RD RR1E066TF 634 0 0
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DS 

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TC
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AACCACGTGACTTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCTCAGCTTGTTGTCATTGCTCACGAT
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QA 3 689 3 689
DS 



CO CL53Contig3 985 10 26 U
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GCAGAGGCTCAAGGTCCCTCCTGCTTTGAACCAGTTCACCAAGACTCTTGACAAGAACCT
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CCCAGCTTGTCGTCATTGCACACGATGTTGACCCCATCGAGTTGGTCGTCTGGTTGCCTG
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TGAAGCTTAATCATCTTTCAGCCCT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 30 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1HA03TF U 2
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AF RR1AQ28TF U 2
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AF RR1CE82JQ C 326
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AF RR1GY01JQ C 371
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DS 

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QA 1 248 1 248
DS 

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GAGTACAGGAAG

QA 1 732 1 732
DS 

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TCTTTGCAGAAAGATGGAAGTGCCTTACTGCATTGTTAAAGGCAAATCTCGTCTTGGAAC
GGTCGTTCACCAGAAGACTGCTGCTTGCTCGTGTTTGACAACTGTCAAGAACGAGGACAA
GCTAGAGTTCAGCAAGATCCTTGAAGCCATCAAAGGCAAACTTCAACGACAAGTACGAGG
AGTACAGGAAGAAATGGGGAGGAGGCATCATGGGATCCAAATCTCAG
CCAAGAC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1CE82TF 657 0 0
AAAGGAGTGAAGTTAGCTGCCAAGAAGAAGACGG*GAAAGTAACGAACCCTCTGTTCGAG
AGGAGGCCTAAGCAATTCGGTATCGGAGGAGCTCTTCCTCCAAAGAAGGATCCGACTCGC
TACATCAAATGGCCCAAGTCAATCCGCCTCCAAAGGCAGAAGCGTATCCTTAAGCGGAGG
CTCAAGGTCCCTCCTGCTTTGAACCAGTTCACCGAGACTCTTGACAAGAACCTTGCCACC
CAGCTCTTCAAGGTTCTTATGAAGTACAGACCAGAGGACAAGGCCGCCAAGAAGGATCGT
CTTCTCAAAAAGGCTCAAGCCGAGGCTGAGGGTAAGCCTTCTGAATCCAAGAAGCCCATT
*GTCGTCAAGTACGGTCTCAACCACGTCACCTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCCCAGCT
TGTCGTCATTGCACACGATGTTGACCCCATCGAGTTGGTCGTCTGGTTGCCTGCTCTTTG
CAGAAAGATGGAAGTGCCTTACTGCATTGTTAAAGGCAAATCTCGTCTTGGAACGGTCGT
TCACCAGAAGACTGCTGCTTGCTTGTGTTTGACAACTGTCAAGAACGAGGACAAGCTAGA
GTTCAGCAAGATCCTTGAAGCCATCAA*GGCAGACTTCAACGACA*GTACGAGGAGT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1GY01TF 533 0 0
G
ATCCTTAAGCAGAGGCTCAAGGTCCCTCCTGCTTTGAACCAGTTCACCAAGACTCTTGAC
AAGAACCTTGCCACCCAGCTCTTCAAGGTTCTTATGAAGTACAGACCAGAGGACAGGGCC
GCCAAGAAGGATCGTCTTCTCAAAAAGGCTCAAGCCGAGGCTGAGGGTAAGCCTTCTGAA
TCCAAGAAGCCCATT*GTCGTCAAGTACGGTCTCAACCACGTCACTTACCTCATCGAGCA
GAACAAGGCCCAGCTTGTCGTCATTGCACACGATGTTGACCCCATCGAGTTGGTCGTCTG
GTTGCCTGCTCTTTGCAGAAAGATGGAAGTGCCTTACTGCATTGTTAAAGGCAAATCTCG
TCTTGGAACGGTCGTTCACCAGAAGACTGCTGCTTGCTTGTGTTTGACAACTGTCAAGAA
CGAGGACAAGCTAGAGTTCAGCAAGATCCTTGAAGCCATCAA*GGCAAACTTCAACGACA
AGTACGAGGAGTACAGGAAGAAATGGGGAGGAGGCATCATGGGATCCAAATC

QA 2 533 2 533
DS 

RD RR1AI35TF 812 0 0
G
ATCGGAGGAGCTCTTCCTCCAAAGAAGGATCTGACTCGCTACATCAAATGGCCCAAGTCA
ATCCGCCTCCAAAGGCAGAAGCGTATCCTTAAGCAGAGGCTCAAGGTCCCTCCTGCTTTG
AACCAGTTCACCAAGACTCTTGACAAGAACCTTGCCACCCAGCTCTTCAAGGTTCTTATG
AAGTACAGACCAGAGGACAAGGCCGCCAAGAAGGATCGTCTTCTCAAAAAGGCTCAAGCC
GAGGCTGAGGGTAAGCCTTCTGAATCCAAGAAGCCCATT*GTCGTCAAGTACGGTCTCAA
CCACGTCACTTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCCCAGCTTGTCGTCATTGCACACGATGT
TGACCCCATCGAGTTGGTCGTCTGGTTGCCTGCTCTTTGCAGAAAGATGGAAGTGCCTTA
CTGCATTGTTAAAGGCAAATCTCGTCTTGGAACGGTCGTTCACCAGAAGACTGCTGCTTG
CTTGTGTTTGACAACTGTCAAGAACGAGGACAAGCTAGAGTTCAGCAAGATCCTTGAAGC
CATCAA*GGCAAACTTCAACGACAAGTACGAGGAGTACAGGAAGAAATGGGGAGGAGGCA
TCATGGGATCCAAATCTCAGGCCAAGACAAAGGCCAAGGAAAGGGTTCTTGCAAAAGAGG
CTGCCCAAAGGATGAACTAAGAAGCATATCTTTTCTTATTGTCTGTCATTTGCTGAGATT
GTCGTAAAACTTGATAGACCTTCTTTTGTTTAGCTGTTGGCATTCTTGTTTTCTTTTTTA
ATGGATGTTTTGAGCACTTTCTTCCATCTTC

QA 2 812 2 812
DS 

RD RR1CE82JQ 660 0 0
ATGAAGTACAGACCAGAGGACAAGGCCGCCAAGAAGGATCGTCTTCTCAAAAAGGCTCAA
GCCGAGGCTGAGGGTAAGCCTTCTGAATCCAAGAAGCCCATT*GTCGTCAAGTACGGTCT
CAACCACGTCACCTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCCCAGCTTGTCGTCATTGCACACGA
TGTTGACCCCATCGAGTTGGTCGTCTGGTTGCCTGCTCTTTGCAGAAAGATGGAAGTGCC
TTACTGCATTGTTAAAGGCAAATTTCGTCTTGGAACGGTCGTTCACCAGAAGACTGCTGC
TTGCTTGTGTTTGACAACTGTCAAGAACGAGGACAAGCTAGAGTTCAGCAAGATCCTTGA
AGCCATCAA*GGCAGACTTCAACGACAAGTACGAGGAGTACAGGAAGAAATGGGGAGGAG
GCATCATGGGATCCAAATCTCAGGCCAAGACAAAGGCCAAGGAAAGGGTTCTTACAAAAG
AGGCTGCCCAAAGGATGAACTAAGAAGCATATCTTTTCTTATCGTCTGTCATTTGCTGAG
ATTGTCGTAAAACTTGATAGACCTTCTTTTGTTTAGCTGTTGGCATCCTTGTTTTCTTTT
TTAATGGATGTTTTGAGCACTTTCTTCCATCTTCTTGAAGCTTAATCATCTTTCAGCCCT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1AQ28JQ 616 0 0
TTCTCAAAAAGGCTCAAGCCGAGGCTGAGGGTAAGCCTTCTGAATCCAAGAAGCCCATT*
GTCGTCAAGTACGGTCTCAACCACGTCACTTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCCCAGCTT
GTCGTCATTGCACACGATGTTGACCCCATCGAGTTGGTCGTCTGGTTGCCTGCTCTTTGC
AGAAAGATGGAAGTGCCTTACTGCATTGTTAAAGGCAAATCTCGTCTTGGAACGGTCGTT
CACCAGAAGACTGCTGCTTGCTCGTGTTTGACAACTGTCAAGAACGAGGACAAGCTAGAG
TTCAGCAAGATCCTTGAAGCCATCAA*GGCAAACTTCAACGACAAGTACGAGGAGTACAG
GAAGAAATGGGGAGGAGGCATCATGGGATCCAAATCTCAGGCCAAGACAAAGGCCAAGGA
AAGGGTTCTTGCAAAAGAGGCTGCCCAAAGGATGAACTAAGAAGCATATCTTTTCTTATT
GTCTGTCATTTGCTGAGATTGTCGTAAAACTTGATAGACCTTCTTTTGTTTAGCTGTTGG
CATTCTTGTTTTCTTTTTTAATGGATGTTTTGAGCACTTTCTTCCATCTTCTTGAAGCTT
AATCGTCTTTCAGCCC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1GY01JQ 614 0 0
CTCAAAAAGGCTCAAGCCGAGGCTGAGGGTAAGCCTTCTGAATCCAAGAAGCCCATT*GT
CGTCAAGTACGGTCTCAACCACGTCACTTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCCCAGCTTGT
CGTCATTGCACACGATGTTGACCCCATCGAGTTGGTCGTCTGGTTGCCTGCTCTTTGCAG
AAAGATGGAAGTGCCTTACTGCATTGTTAAAGGCAAATCTCGTCTTGGAACGGTCGTTCA
CCAGAAGACTGCTGCTTGCTTGTGTTTGACAACTGTCAAGAACGAGGACAAGCTAGAGTT
CAGCAAGATCCTTGAAGCCATCAA*GGCAAACTTCAACGACAAGTACGAGGAGTACAGGA
AGAAATGGGGAGGAGGCATCATGGGATCCAAATCTCAGGCCAAGA*AAAGGCCAAGGAAA
GGGTTCTTGCAAAAGAGGCTGCCCAAAGGATGAACTAAGAAGCATATCTTTTCTTATTGT
CTGTCATTTGCTGAGATTGTCGTAAAACTTGATAGACCTTCTTTTGTTTAGCTGTTGGCA
TTCTTGTTTTCTTTTTTAATGGATGTTTTGAGCACTTTCTTCCATCTTCTTGAAGCTTAA
TCATCTTTCAGCCC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 2 16

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GGAAAGAAGAAGAAGACGAGAGTAGTAGCAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACCATTTCGA
TGGCGATGACAGTAGCAGCTTCGTCCTCTGTGGCAGTGATGATTCCACGTGTCCCAGCCG
TCTCCGCCCGCTTCTCCGCCGTTCCTTACCTTCCTCCACTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCC
GATCTTCTTTCGCTGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAAT
TGATGAAGACGAGAGCTTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTC
TTTACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTAT
GGAGGAGGAGCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCT
GTTCCTCTGCTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTC
TACAGATACCTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTG
AAGAGGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTT
TTCCTTCTTTCTGGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCTCTGTTTTCAACA
GTGTACCTTCTTCAGTGTGAAAATATTATCTTTGATC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C304TF U 1
AF RR1C304JQ C 1
BS 1 1 RR1C304JQ
BS 2 288 RR1C304TF
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RD RR1C304TF 288 0 0
G
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GGCGATGACAGTAGCAGCTTCGTCCTCTGTGGCAGTGATGATTCCACGTGTCCCAGCCGT
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ATCTTCTTTCGCTGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATT
GATGAAGACGAGAGCTTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGAC

QA 2 288 2 288
DS 

RD RR1C304JQ 697 0 0
GGAAAGAAGAAGAAGACGAGAGTAGTAGCAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACCATTTCGA
TGGCGATGACAGTAGCAGCTTCGTCCTCTGTGGCAGTGATGATTCCACGTGTCCCAGCCG
TCTCCGCCCGCTTCTCCGCCGTTCCTTACCTTCCTCCACTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCC
GATCTTCTTTCGCTGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAAT
TGATGAAGACGAGAGCTTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTC
TTTACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTAT
GGAGGAGGAGCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCT
GTTCCTCTGCTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTC
TACAGATACCTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTG
AAGAGGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTT
TTCCTTCTTTCTGGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCTCTGTTTTCAACA
GTGTACCTTCTTCAGTGTGAAAATATTATCTTTGATC

QA 1 697 1 697
DS 



CO CL54Contig2 726 14 11 U
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GATGACAGTAGCAGCTTCGTCCTCTGTGGCAGTGATGATTCCACGTGTCCCAGCCGTCTC
CGCCCGCTTCTCCGCCGTTCCTTACCTTCCTCCGCTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATC
TTCTTTCGCTGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGAT
GAAGACGAGAGCTTCTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTT
TACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGG
AGGAGGAGCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGT
TCCTCTGCTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTA
CAGATACCTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAA
GAAGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTC
TTTCTTTCTTTCT****GGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCTCTGTTTT
CAACAGTGTACCTTCTTCAGTGTGAAAATATTATCTTTGATCCATGGGCATCTTTGAAAC
CAATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 80 50 80 80 65 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
50 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 50 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 45 75 45 75 75 75 75 70 55 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 60 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1BG35JQ C 87
AF RR1G457TF U 1
AF RR1EL55TF U 5
AF RR1BG54TF U 114
AF RR1DM68JQ C 8
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AF RR1AO13TF U 6
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AF RR1FG22TF U 169
AF RR1CU37JQ C 132
BS 1 249 RR1G457TF
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RD RR1BG35JQ 367 0 0
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TTCCTCCGCTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCCAATCTTCTTTCGCTGTTCCCCTGAAGCTAG
TTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGATGAAGACGAGAGCTTCTTCATCAGACG
AGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTTTACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATG
GTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGGAGGAGGAGCCATTATAGGGGTTTGGT
TATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCTTCCTAAAGTTATGGAGC
TGGTTGG

QA 1 367 1 367
DS 

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GATGACAGTAGCAGCTTCGTCCTCTGTGGCAGTGATGATTCCACGTGTCCCAGCCGTCTC
CGCCCGCTTCTCCGCCGTTCCTTACCTTCCTCCGCTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATC
TTCTTTCGCTGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGAT
GAAGACGAGGGCTTCTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACGCCAACGAACTCTT
TACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGG
AGGAGGAGCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACCCTGT
TCCTCTGCTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTA
CAGATACCTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAA
GAAGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTC
TTTCTTTCTTTCT****GGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCTCTGTTTT
CA*CAGTGTACCTTCTTCAGTGTGA

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DS 

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GGA
GAAGAAGACGAGAGTAGTAGCAGAAGAAGAAGAAGAA***CCAGTTCGATGGCGATGACA
GTATCAGCTTCGTCCTCTGTGGCAGTGATGATTCCACGTGTCCCAGCCGTCTCCGCCCGC
TTCTCCGCCGTTCCTTACCTTCCTCCGCTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATCTTCTTTC
GCTGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGATGAAGACG
AGAGCTTCTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTTTACAGAC
TTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGGAGGAGGA
GCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTG
CTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTACAGATAC
CTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAG
ATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTCTTTCTTT
CTTTCT****GGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCTCTGTTTTCAACAGT
GTACCTTCTTCAGTGTGAAAATATTATCTTTGATC
C

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DS 

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G
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CCGATCTTCTTTCGCTGTTCCCCTGAATCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGA
ATTGATGAAGACGAGAGCTTCTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGA
ACTCTTTACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTAT
CTATGGAGGAGGAGCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAA
CTCTGTTCCTCTGCTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTT
TGTCTACAGATACCTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTC
CTTGAAGAAGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTT
TCTTTCTTTCTTTCTTTCT****GGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCTC
TGTTTTCAACAGTGTACCTTCTTCAGTGTGA

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DS 

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GG
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AGCAGCTTCGTCCTCTGTGGCAGTGATGATTCCACGTGTCCCAGCCGTCTCCGCCCGCTT
CTCCGCCGTTCCTTACCTTCCTCCGCTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATCTTCTTTCGC
TGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGATGAAGACGAG
AGCTT**TCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTTTACAGACTT
GAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGGAGGAGGAGC
CATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCT
TCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTACAGATACCT
TCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGAT
CGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTCTTTCTTTCT
TTCTTTCTGGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCT**GTTTTCAACAGTGT
ACCTTCTTCAGTGTG
T

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DS 

RD RR1DM68TF 678 0 0
GG
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AGCAGCTTCGTCCTCTGTGGCAGTGATGATTCCACGTGTCCCAGCCGTCTCCGCCCGCTT
CTCCGCCGTTCCTTACCTTCCTCCGCTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATCTTCTTTCGC
TGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGATGAAGACGAG
AGCTT**TCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTTTACAGACTT
GAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGGAGGAGGAGC
CATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCT
TCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTACAGATACCT
TCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGAT
CGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTCTTTCTTTCT
TTCTTTCTGGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCT**GTTTTCAACAGTGT
ACCTTCTTCAGTGTG
T

QA 3 677 3 677
DS 

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GG
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TTCTCCTCCGTTCCTTACCTTCCTCCGCTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATCTTCTTTC
GCTGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGATGAAGACG
AGAGCTTCTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTTTACAGAC
TTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGGAGGAGGA
GCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTG
CTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTACAGATAC
CTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAG
ATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTCTTTCTTT
CTTTCT****GGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCTCTGCTTTCAACAGT
GTACCTTCTTCAGGGTGAAAATATTATCTTTGA
CC

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DS 

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G
GACGAGAGTAGTAGCAGAAGAAGAAGAAGAAGAACCAGTTCGATGGCGATGACAGTAGCA
GCTTCGTCCTCTGTGGCAGTGATGATTCCACGTGTCCCAGCCGTCTCCGCCCGCTTCTCC
GCCGTTCCTTACCTTCCTCCGCTGCCTCCTCGCTCTTTTGACCGATCTTCTTTCGCTGTT
CCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGATGAAGACGAGAGCT
TCTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTTTACAGACTTGAAG
GAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGGAGGAGGAGCCATT
ATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCTTCCT
AAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTACAGATACCTTCTC
TTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGATCGCA
GGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT
****GGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCTCTGTTTTCAACAGTGTACCT
TCTTCAGTGTGA

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DS 

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GG
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TGATGATTCCACGTGTCCCAGCCGTCTCCGCCCGCTTCTCCGCCGTTCCTTACCTTCCTC
CGCTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATCTTCTTTCGCTGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAG
GGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGATGAAGACGAGAGCTTCTTCATCAGACGAGACCT
CAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTTTACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTG
AGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGGAGGAGGAGCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTT
CCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTG
GTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTACAGATACCTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGG
AGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTT
CATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTGGAGCTTTTCTGTAA
TGTGATTATTATACAATGTCTCTGTTTTC

QA 3 631 3 631
DS 

RD RR1AO13TF 697 0 0
GG
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GTAACAGCTTCGTCCTCTGTGGCAGTGATGATTCCACGTGTCCCAGCCGTCTCCGCCCGC
TTCTCCTCCGTTCCTTACCTTCCTCCGCTGCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATCTTCTTTC
GCTGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGATGAAGACG
AGAGCTTCTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTTTACAGAC
TTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGGAGGAGGA
GCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTG
CTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTACAGATAC
CTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAG
ATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTCTTTCTTT
CTTTCT****GGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCTCTGCTTTCAACAGT
GTACCTTCTTCAGGGTGAAAATATTATCTTTGA
CC

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DS 

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TGGG
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GAACTCTTTACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTT
ATCTATGGAGGAGGAGCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATC
AACTCTGTTCCTCTGCTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGG
TTTGTCTACAGATACCTTTTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGAT
TCCTTGAAGAAGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGC
TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT****GGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTC
TCTGTTTTCAACAGTGTACCTTCTTCAGTGTGAAAATATT

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DS 

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AGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGATGAAGACGAGAGCTTCTTCATCAGACGAGAC
CTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTTTACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCT
TGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGGAGGAGGAGCCATTATAGCTGTTTGGTTATC
TTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGT
TGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTACAGATACCTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAA
GGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCT
TTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT****GGAGCTTTTCTGT
AATGTGATTATTATACAATGTCTCTGTTTTCAACAGTGTACCTTCTTCAGTGTGAAAATA
TTATCTTTGATC
C

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1FG22TF 524 0 0
TGGG
GGCCGATCTTCTTTCGCTGTTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTT
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GAACTCTTTACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTT
ATCTATGGAGGAGGAGCCATTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATC
AACTCTGTTCCTCTGCTTCCTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGG
TTTGTCTACAGATACCTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGAT
TCCTTGAAGAAGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGC
TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT****GGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTC
TCTGTTTTCAACAGTGTACCTTCTTCAGTGTGAAAATATT

QA 5 524 5 524
DS 

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TTCCCCTGAAGCTAGTTTCAGGGAACGGTTTACAGAAGGTTGAATTGATGAAGACGAGAG
CTTCTTCATCAGACGAGACCTCAACGTCCATTGACACCAACGAACTCTTTACAGACTTGA
AGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAAACAACTGTGGTTATCTATGGAGGAGGAGCCA
TTATAGCTGTTTGGTTATCTTCCATTCTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCTTC
CTAAAGTTATGGAGCTTGTTGGTCTCGGGTACACAGGATGGTTTGTCTACAGATACCTTC
TCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGATCG
CAGGGACCGAATAGATTCTTTCATAAAAATAATAAACAAGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT
CT****GGAGCTTTTCTGTAATGTGATTATTATACAATGTCTCTGTTTTCAACAGTGTAC
CTTCTTCAGTGTGAAAATATTATCTTTGATCCATGGGCATCTTTGAAACCAATTT

QA 1 595 1 595
DS 



AS 2 17

CO CL55Contig1 832 15 9 U
GGAAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGG
AAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGG
AGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCG
TTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCC
TCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACG
AGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGA
AGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGA
TATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGC
TACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCG
TTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTA
AACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTAC*TTTTATCTTTCTCATTGTAGTTG
CAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTCTTCT
TCTTCTG***TGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGTTTATAAAAAATAAAACA
TTTGTTATGTGTATGCAATGGTGTTGTGATGTTATTCAGAAATCGAATTACG


BQ
50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 50 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 65 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 
85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
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40 40 40 40 40 40 35 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACG
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TA

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1F552TF 646 0 0
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AAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCTTGCCGG
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TTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCC
TCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACG
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AGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGA
TATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGGGTGTGC
TACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCG
TTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTA
AACCCTGAAGAAAATAGCTCTCC**TCTCTTTGTACTTT
ATCTTTC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1GQ61TF 661 0 0
GGAAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGG
AAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGG
AGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCG
TTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCC
TCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACG
AGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGA
AGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGA
TATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGC
TACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCG
TTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTA
AACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTTATCTTTCTCATTGTAGTTG
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1EL89TF 712 0 0
GGAAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGG
AAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGG
AGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCG
TTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCC
TCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACG
AGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGA
AGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGA
TATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGC
TACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCG
TTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTA
AACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTAC*TTTTATCTTTCTCATTGTAGTTG
CAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGA*CCTTCAAGTAAT
GTCTTTGCTAT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1BV31TF 737 0 0
GGAAATCGAAAAACTCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGG
AAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGG
AGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCG
TTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCC
TCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACG
AGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGA
AGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGA
TATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGC
TACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCG
TTCCTGGGAAAGATGCTGGAGACGAACCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTA
AACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTTATCTTTCTCATTGTAGTTG
CAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTCTTCT
TCTTCT
TCTCTGTGTGT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1BN21TF 758 0 0
GGA
AAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGGAA
GACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGGAG
CCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCGTT
GATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCCTC
GCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACGAG
ACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGAAG
AGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGATA
TTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCTAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTA
CAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCGTT
CCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTAAA
CCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTTATCTTTCTCATTGTAGTTGCA
GTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTCTTCTTC
TTCTTCTCTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAG

QA 4 758 4 758
DS 

RD RR1BE43TF 767 0 0
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AAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTACCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGG
AGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCG
TTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCC
TCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACG
AGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGA
AGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGA
TATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGC
TACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCG
TTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTA
AACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTAC*TTTTATCTTTCTCATTGTAGTTG
CAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTCTTCT
TCTTCTG***TGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGTTTAT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1B229TF 767 0 0
GGAAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGG
AAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGG
AGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCG
TTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCC
TCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTATGTACG
AGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGA
AGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGA
TATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCTGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGC
TACAAGGGAGTGTAAGCAAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCG
TTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTA
AACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTTATCTTTCTCATTGTAGTTG
CAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTCTTCT
TCTTCTG***TGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGTTTAT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1AO93TF 768 0 0
GGA
AAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGGAA
GACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGGAG
CCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGGTCGTGGCCGTT
GATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCCTC
GCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACGAG
ACGAACCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGT*GCCATGGTGAAG
AGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGAT*
*TGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTA
CAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCGTT
CCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTAAA
CCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTAC*TTTTATCTTTCTCATTGTAGTTGCA
GTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTCTTCTTC
TTCTG***TGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGTTTAT

QA 4 768 4 768
DS 

RD RR1B229JQ 791 0 0
GGAAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGG
AAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGG
AGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCG
TTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCC
TCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTATGTACG
AGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGA
AGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGA
TATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCTGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGC
TACAAGGGAGTGTAAGCAAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCG
TTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTA
AACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTTATCTTTCTCATTGTAGTTG
CAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTCTTCT
TCTTCTG***TGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGTTTATAAAAAATAAAACA
TTTGTTATGT
C

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1AO93JQ 833 0 0
GGA
AAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGGAA
GACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGGAG
CCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGGTCGTGGCCGTT
GATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCCTC
GCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACGAG
ACGAACCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGT*GCCATGGTGAAG
AGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGAT*
*TGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTA
CAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCGTT
CCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTAAA
CCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTAC*TTTTATCTTTCTCATTGTAGTTGCA
GTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTCTTCTTC
TTCTG***TGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGTTTATAAAAAATAAAACATT
TGTTATGTGTATGCAATGGTGTTGTGATGTTATTCAGAAATCGAATTACG

QA 4 833 4 833
DS 

RD RR1F002TF 330 0 0
GCTTAGTGAGGAGTGTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAAT
CCGCTCCTGTCATTATCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGA
CAAAATCTGGAGATCCTAAACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTAC*TTTTA
TCTTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATT
GTCTTTTGCTATTCTTCTTCTTCTG***TGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTG
TTTATAAAAAATAAAACATTTGTTATGTGT

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR1BV31JQ 714 0 0
CGCTGATCCCGGTCGTGCCGGAGC*GGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAG
GGAGAGATGTGATCGTGGCCGTTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGG
CTCTCGTTCATTTCTGCCGCCTCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTG
TTAAGAACGATGTTGTGTACGAGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGG
CCTTTCAAGTTGCCATGGTGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAG
TAATCTGCAAGGAAGCAGAGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCC
GGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCA
AATCCGCTCCTGTCATTATCGTTCCTGGGAAAGATGCTGGAGACGAACCGATTGTCAGTT
GGACAAAATCTGGAGATCCTAAACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTT
TTATCTTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTA
ATTGTCTTTTGCTATTCTTCTTCTTCTTCTCTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTT
TTGTTTATAAAAAATAAAACATTTGTTATGTGTATGCAATGGTGTTGTGATG
CC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1EL89JQ 692 0 0
GCTGATCCCGGTCGTGCCGGAGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGG
GAGAGATGTGATCGTGGCCGTTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGC
TCTCGTTCATTTCTGCCGCCTCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGT
TAAGAACGATGTTGTGTACGAGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGC
CTTTCAAGTTGCCATGGTGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGT
AATCTGCAAGGAAGCAGAGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCG
GGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAA
ATCCGCTCCTGTCATTATCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTG
GACAAAATCTGGAGATCCTAAACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTAC*TTT
TATCTTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGGACCTTCAAGTAA
TTGTCTTTTGCTATTCTTCTTCTTCTG***TGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTT
TGTTTATAAAAAATAAAACATTTGTTATGTGT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1BE43JQ 616 0 0
GCCGTTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGC
CGCCTCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTG
TACGAGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATG
GTGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCA
GAGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGT
GTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATT
ATCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGAT
CCTAAACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTAC*TTTTATCTTTCTCATTGTA
GTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTC
TTCTTCTTCTG***TGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGTTTATAAAAAATAA
AACATTTGTTATGTG
C

QA 1 615 1 615
DS 



CO CL55Contig2 631 2 3 U
GCCCCCCAAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATT
GGTGGAAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGT
GCCGGAGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATTGA
GGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAA
AGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGG
CCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTG
CAAATCCGCTCCTGTCATTATCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAG
TTGGACAAAATCTGGAGATCCTAATCCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACT
TTTATCTTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGT
AATTGTCTTTTGCTATTCTTCTTCTTCTGTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTT
GTTTATAAAAAATAAAACATTTGTTATGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ83TF U 1
AF RR1EZ83JQ C 1
BS 1 7 RR1EZ83JQ
BS 8 588 RR1EZ83TF
BS 589 631 RR1EZ83JQ

RD RR1EZ83TF 588 0 0
GCCCCCC
AAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGGAA
GACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGGAG
CCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATTGAGGCCTTT
CAAGTTGCCATGGTGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATC
TGCAAGGAAGCAGAGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGC
TTAGTGAGGAGTGTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCC
GCTCCTGTCATTATCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACA
AAATCTGGAGATCCTAATCCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACTTTTATCT
TTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTC
TTTTGCTATTCTTCTTCTTCTGTGTGTGTATGTGTTTTGTA

QA 8 588 8 588
DS 

RD RR1EZ83JQ 631 0 0
GCCCCCCAAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATT
GGTGGAAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGT
GCCGGAGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATTGA
GGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAA
AGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGG
CCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTG
CAAATCCGCTCCTGTCATTATCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAG
TTGGACAAAATCTGGAGATCCTAATCCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACT
TTTATCTTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGT
AATTGTCTTTTGCTATTCTTCTTCTTCTGTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTT
GTTTATAAAAAATAAAACATTTGTTATGTGC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 2 17

CO CL56Contig1 827 12 13 U
GGACAACCATCGGGTATCAAAGACGCAGGTTCTCTTCCTCTCTTCTAGCCATTCAAAATA
GTGAGAATGGGGTTGTTGAAAAAACACGAGAAACATTCAAAGCCGACGTTTAAGGGTATC
TTGACAGCCATTTTAGCTACCATAGCCGCAATGTTCCTCTTGTTGCTCGCCGGTTTATCC
CTCGCTGGCACAGCCGTGGCATTTATTGCCATTATGCCGCTATTTGTCGTATTCAGTCCG
GTTCTCGTACCAGCGGGTATTACCACTGGTTTGCTAGCTACGGGATTAGCCGCCTCGGGC
GGCTCCGGTTTGACGGCCCTCAGCATCATCTCGTGGCTCTACAAGAAATTAACGGTTAAG
GAGCTGTCAAAAA*TTTCGGGTTAAACGTTCGTCAGAGGTTCTCCAGGCGGCCGTTGGTC
GCACTGAATAAATGAAAAGAAGGTGGCATAGACAAATGATGATATGAAAAATTGATATAT
AGTTGTTATTATAATTTCACAAATTAAATCTAGTTAACCCGAACGACCTTTTGTGGTCAA
ACATAAAAAAATCTAGTTAACCCGACTTTTCTTAGTAGTAATTATTACGTGGCATTTTCA
AAATAATAATTCTTACTTGGGGATGGAACTAAAGTTTTCAAATAGCATCTTATTAGTGTA
TGTCGTGGTACACAATAATTATAAATGTATGCGTTTTCGTTATCTACAGCCATACTCTAC
TCTCTAACTATACAAGTGTTGTATATGGTTTAGACCAAAAGTATTGTATATGATATCTAA
TAGTATGTCATTTTGAAAACGAAATAATGTCATTGATTCATACCTTT


BQ
30 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN66TF U 1
AF RR1E707TF U 1
AF RR1H723TF U 1
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AF RR1F705JQ C 519
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AF RR1F705TF U 519
AF RR1DN30TF U 2
AF RR1A609TF U 2
AF RR1E944TF U 0
AF RR1E944JQ C 86
AF RR1DN30JQ C 231
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BS 589 626 RR1H723TF
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BS 707 726 RR1E944TF
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G

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G
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T
C

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T

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G
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T
C

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GTCGTG
TACA

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T

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DS 

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GGC
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CGCTGGCACAGCCGTGGCATTTATTGCCATTATGCCGCTATTTGTCGTATTCAGTCCGGT
TCTCGTACCAGCGGGTATTGC*ACTGGTTTGCTAGCTACGGGATTAGCCGCCTCGGGCGG
CTCCGGTTTGACGGCCCTCAGCATCATCTCGTGGCTCTACAAGAAATTAACGGTTAAGGA
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TCTA*CTATACAAGTGTTGTATA

QA 4 746 4 746
DS 

RD RR1E944JQ 710 0 0
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QA 1 702 1 702
DS 

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TTGTGGTCAAACATAAAAAAATCTAGTTAACCCGACTTTTCTTAGTAGTAATTATTACGT
GGCATTTTCAAAATAATAATTCTTACTTGGGGATGGAACTAAAGTTTTCAAATAGCATCT
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QA 1 597 1 597
DS 



CO CL56Contig2 748 5 5 U
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CTCGCTGGCACAGCCGTGGCATTTATTGCCATTATGCCGCTATTTGTCGTATTCAGTCCG
GTTCTCGTACCAGCGGGTATTACCACTGGTTTGCTAGCTACGGGTTTAGCCGCCTCGGGC
GGCTCCGGTTTGACGGCCCTCAGCATCATCTCGTGGCTCTACAAGTTCTCCTGGCGGCCG
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ACGACCTTTTGTGGTCAAAATAAAAAAATCTAGTTAACCCGACTTTTCTTAGTAGTAATT
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BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1H235JQ C 2
AF RR1H235TF U 2
AF RR1F702TF U 1
AF RR1B792JQ C 445
AF RR1B792TF U 445
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TGACGGCCATTTTAGCTACCATAGCCGCAATGTTCCTCTTGTTGCTCGCCGGTTTATCCC
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TATATAGTTGTTATTATAATTTCAC

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DS 

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TGAGAATGGGGTTGTTGAAAAAACACGAGAAACATTCAAAGCCGACGTTTAAGGGTATCT
TGACGGCCATTTTAGCTACCATAGCCGCAATGTTCCTCTTGTTGCTCGCCGGTTTATCCC
TCGCTGGCACAGCCGTGGCATTTATTGCCATTATGCCGCTATTTGTCGTATTCAGTCCGG
TTCTCGTACCAGCGGGTATTACCACTGGTTTGCTAGCTACGGGTTTAGCCGCCTCGGGCG
GCTCCGGTTTGACGGCCCTCAGCATCATCTCGTGGCTCTACAAGTTCTCCTGGCGGCCGT
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TATATAGTTGTTATTATAATTTCAC

QA 1 445 1 445
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TTGACGGCCATTTTAGCTACCATAGCCGCAATGTTCCTCTTGTTGCTCGCCGGTTTATCC
CTCGCTGGCACAGCCGTGGCATTTATTGCCATTATGCCGCTATTTGTCGTATTCAGTCCG
GTTCTCGTACCAGCGGGTATTACCACTGGTTTGCTAGCTACGGGTTTAGCCGCCTCGGGC
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CT

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AACTAAAGTTTTCAAATAGCATCTTATTAGTGTATGTCGTGGTACACAATAATTATAAAT
GTATGCGTTTTCGTTATCTACAGCCATACTCTACTCTCTAACTATACAAGTGTTGTATAT
GGTTTAGACCAAAAGTATTGTATATGATATCTAATAGTATG
CT

QA 20 300 20 300
DS 



AS 3 15

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1EL96JQ U 126
AF RR1AH61TF C 1
AF RR1EL96TF C 210
AF RR1AH61JQ U 5
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RD RR1EL96JQ 174 0 0
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QA 1 174 1 174
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RD RR1AH61TF 657 0 0
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GATCTTCAAATTTCAACTGCAATACGTCCAGCAACCTGGTCCAAATCCCGTTGTCCACTT
GAAGTGATTCTTCTTCCTCCTTTGGTGTCAATCTCAACAATGTTCATAGTCTCCAACTGC
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TATACCTTCCTTGCCATAGATGCAGCTCTGATGTAATACCAATCAGGATCATAGGGGGCA
AGCTCCTTCAACTTCCCGGTCTTCACAATGTCTGTCCATGATGGAAGCTCGATCTTGCCA
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RD RR1EL96TF 448 0 0
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GCTTTTGCAGAAATGTGGTGGGCGACTGCCGTTTCTCTTGCTGCCACCATAGATTCTACG
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GATGTAATACCAATCAGGATCATAGGGGGCAAGCTCCTTCAACTTCCCGGTCTTCACAAT
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GACAAAGTCATGTGGAGAGACGTCTTTCACTGTTTTACCCGTTGCCATTGCTTTAAAAAA
AAAAGCTAACAGAAATCAGCGATTTTCGTCTGGTGATTTTGCCTAACGCAGCTAAATCTT
CTCACGCTTACTCTCCCACAAAGGCTCC

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DS 

RD RR1AH61JQ 653 0 0
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GAATGTGACGGGCAATGCCACCGCTGCTTTTGCAGAAATGTGGTGGGCGACTGCCGTTTC
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CCTTCAACTTCCCGGTCTTCACAATGTCTGTCCATGATGGAAGCTCGATCTTGCCAGATC
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TACCCGTTGCCATTGCTTTAAAAAAAAAAGCTAACAGAAATCAGCGATTTTCGTCTGGTG
ATTTTGCCTAACGCAGCTAAATCTTCTCACGCTTACTCTCCCACAAAGGCTCC

QA 1 653 1 653
DS 



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TAAAAACAGGACATTGGTTTCAAAGTAGTAGAAAAACTAAAAAAACAAGATTGAGATCTT
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ATTCTTCTTCCTCCTTTGGTGTCAATCTCAACAATGTTCATAGTCTCCAACTGCTGGAGA
ATGTGACGTGCAACGCCACCGCTACTTTTGCAGAGATGTGGTGGGCGACTGCCGTTTCTC
TTGCTTCCACCGTAGATTCTACGGAAAGCACCAACGCCAAGACCTCCCCTCAGGTATACC
TTCCTTGCCATAGATGCAGCTCTGATGTAGTACCAATCAGGATCATAAGGGGCAAGCTCC
TTCAGCTTACCAGTCTTCACAATATCTGTCCATGGGGGAAGCTCGATCTTGCCAGATCGC
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CCTGTCGCCATGGCTATTGTTCAACAACAGGAGGGAGGGTTCAGCTGAATAAACTCTCTC
CGCCACTCTCTCGCAAGCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ12JQ U 1
AF RR1B826TF C 1
AF RR1B826JQ U 121
BS 1 2 RR1B826TF
BS 3 274 RR1GZ12JQ
BS 275 275 RR1B826JQ
BS 276 314 RR1GZ12JQ
BS 315 315 RR1B826JQ
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BS 373 373 RR1B826JQ
BS 374 470 RR1GZ12JQ
BS 471 619 RR1B826JQ

RD RR1GZ12JQ 470 0 0
GT
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AAAACAGGACATTGGTTTCAAAGTAGTAGAAAAACTAAAAAAACAAGATTGAGATCTTCA
AATTTCAGCTGCAATACGTCCAGCAACCTGGTCCAAATCCCGTTGACCACTGGAAGTGAT
TCTTCTTCCTCCTTTGGTGTCAATCTCAACAATGTTCATAGTCTCCAACTGCTGGAGAAT
GTGACGTGCAACGCCACCGCTACTTTTGCAGAAATGTGGTGGGCGACTGCCGTTTCTCTT
GCTTCCACCGTAAATTCTACGGAAAGCACCAACGCCAAGACCTCCCCTCAGGTATACCTT
CCTTGCCATAAATGCAGCTCTGATGTAGTACCAATCAGGATCATAAGGGGCAAGCTCCTT
CAGCTTACCAGTCTTCACAATATCTGTCCATGGGGGAAGCTCGATCTT

QA 3 470 3 470
DS 

RD RR1B826TF 619 0 0
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TAAAAACAGGACATTGGTTTCAAAGTAGTAGAAGAACTAAAAAA*CAAGATTGAGATCTT
CAAATTTCAGCTGCAATACGTCCAGCAACCTGGTCCAAATCCCGTTGACCACTGGAAGTG
ATTCTTCTTCCTCCTTTGGTGTCAATCTCAACAATGTTCATAGTCTCCAACTGCTGGAGA
ATGTGACGTGCAACGCCACCGCTACTTTTGCAGAGATGTGGTGGGCGACTGCCGTTTCTC
TTGCTTCCACCGTAGATTCTACGGAAAGCACCAACGCCAAGACCTCCCCTCAGGTATACC
TTCCTTGCCATAGATGCAGCTCTGATGTAGTACCAATCAGGATCATAAGGGGCAAGCTCC
TTCAGCTTACCAGTCTTCACAATATCTGTCCATGGGGGAAGCTCGATCTTGCCAGATCGC
TTGAGATGAGAAGCGTACGCCTTGACGAAGTCATGAGGAGAGACATCTTTCACTGTTTTA
CCTGTCGCCATGGCTATTGTTCAACAACAGGAGGGAGGGTTCAGCTGAATAAACTCTCTC
CGCCACTCTCTCGC
AAGCC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1B826JQ 499 0 0
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ATTCTTCTTCCTCCTTTGGTGTCAATCTCAACAATGTTCATAGTCTCCAACTGCTGGAGA
ATGTGACGTGCAACGCCACCGCTACTTTTGCAGAGATGTGGTGGGCGACTGCCGTTTCTC
TTGCTTCCACCGTAGATTCTACGGAAAGCACCAACGCCAAGACCTCCCCTCAGGTATACC
TTCCTTGCCATAGATGCAGCTCTGATGTAGTACCAATCAGGATCATAAGGGGCAAGCTCC
TTCAGCTTACCAGTCTTCACAATATCTGTCCATGGGGGAAGCTCGATCTTGCCAGATCGC
TTGAGATGAGAAGCGTACGCCTTGACGAAGTCATGAGGAGAGACATCTTTCACTGTTTTA
CCTGTCGCCATGGCTATTGTTCAACAACAGGAGGGAGGGTTCAGCTGAATAAACTCTCTC
CGCCACTCTCTCGCAAGCC

QA 1 499 1 499
DS 



CO CL57Contig3 681 8 8 U
AGAGAAAAAAACACAAAACTGAAAGAGGATGAGACTTAAATATCTGAAGACACAAACAGA
AAGATATATGAGTGCAAGTCTCAGCAATGATATTGGTAAAAGATTTAACACTAAAAACAA
CACATTGGTTTCAAAAGTAGTAGAAGAAAAAACTCAAAACACTATTTTGATTCTTCAAAC
TTCAACCGCAATACGTCCAGCGACTTGGTCCAAATCCCTTTGCCCACTGGAAGTGATTCT
TCTTCCTCCTTTGGTGTCAATCTCAACAATGTTCATAGTCTCCAACTGCTGAAGGATGTG
ACGGGCAATGCCACCGCTGCTTTTGCAGAAATGTGGTGGGCGACTTCCGTTTCTCTTGCT
TCCACCATAGATTCTACGGAAAGCACCAACTCCAAGACCTCCCCTCAGGTACACCTTCCT
TGCCATAGATGCAGCTCTGATGTAGTACCAATCAGGATCATATGGGGCAAGCTCCTTCAG
CTTACCAGTCTTCACAATGTCTGTCCATGAGGGAAGCTCGATCTTGCCAGAACGCTTGAG
ATGGGAAGCGTAAGCCTTCACGAAGTCGTGAGGAGAGACGTCTTTCACAGTCTTACCAGT
TGCCATGGCTAAAGGGAAGAGATCTTCGTCTAGAGGGGTTTTGCCGCTGAATCTCTCTCT
CAGACCGTAAAGACTA*GCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 15 15 45 45 45 5 15 15 15 15 45 45 15 45 45 45 45 20 

AF RR1GI11JQ U 10
AF RR1EH93JQ U 1
AF RR1GI11TF C 11
AF RR1EH93TF C 17
AF RR1BF14JQ U 7
AF RR1BF14TF C 7
AF RR1CE37JQ U 49
AF RR1CE37TF C 49
BS 1 305 RR1EH93JQ
BS 306 306 RR1GI11JQ
BS 307 351 RR1EH93JQ
BS 352 352 RR1GI11JQ
BS 353 667 RR1EH93JQ
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BS 669 680 RR1EH93JQ
BS 681 681 RR1CE37JQ

RD RR1GI11JQ 527 0 0
AG
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TACGTCCAGCGACTTGGTCCAAATCCCTTTGCCCACTGGAAGTGATTCTTCTTCCTCCTT
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TCACAATGTCTGTCCATGAGGGAAGCTCGATCTTGCCAGAACGCT

QA 3 527 3 527
DS 

RD RR1EH93JQ 680 0 0
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CACATTGGTTTCAAAAGTAGTAGAAGAAAAAACTCAAAACACTATTTTGATTCTTCAAAC
TTCAACCGCAATACGTCCAGCGACTTGGTCCAAATCCCTTTGCCCACTGGAAGTGATTCT
TCTTCCTCCTTTGGTGTCAATCTCAACAATGTTCATAGTCTCCAACTGCTGAAGGATGTG
ACGGGAAATGCCACCGCTGCTTTTGCAGAAATGTGGTGGGCGACTTCCGTTCCTCTTGCT
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TGCCATGGCTAAAGGGAAGAGATCTTCGTCTAGAGGGGTTTTGCCGCTGAATCTCTCTCT
CAGACCGCAAAGACTA*GCC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1GI11TF 670 0 0
G
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CAAAAGTAGTAGAAGAAAAAACTCAAAACACTATTTTGATTCTTCAAACTTCAACCGCAA
TACGTCCAGCGACTTGGTCCAAATCCCTTTGCCCACTGGAAGTGATTCTTCTTCCTCCTT
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GACTA*GCC

QA 2 670 2 670
DS 

RD RR1EH93TF 664 0 0
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GTAGTAGAAGAAAAAACTCAAAACACTATTTTGATTCTTCAAACTTCAACCGCAATACGT
CCAGCGACTTGGTCCAAATCCCTTTGCCCACTGGAAGTGATTCTTCTTCCTCCTTTGGTG
TCAATCTCAACAATGTTCATAGTCTCCAACTGCTGAAGGATGTGACGGGAAATGCCACCG
CTGCTTTTGCAGAAATGTGGTGGGCGACTTCCGTTCCTCTTGCTTCCACCATAGATTCTA
CGGAAAGCACCAACTCCAAGACCTCCCCTCAGGTACACCTTCCTTGCCATAGATGCAGCT
CTGATGTAGTACCAATCAGGATCATATGGGGCAAGCTCCTTCAGCTTACCAGTCTTCACA
ATGTCTGTCCATGAGGGAAGCTCGATCTTGCCAGAACGCTTGAGATGGGAAGCGTAAGCC
TTCACGAAGTCGTGAGGAGAGACGTCTTTCACAGTCTTACCAGTTGCCATGGCTAAAGGG
AAGAGATCTTCGTCTAGAGGGGTTTTGCCGCTGAATCTCTCTCTCAGACCGCAAAGACTA
*GCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1BF14JQ 674 0 0
CTTAA
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CAAAAGTAGTAGAAGAAAAAACTCAAAACACTATTTTGATTCTTCAAACTTCAACCGCAA
TACGTCCAGCGACTTGGTCCAAATCCCTTTGCCCACTGGAAGTGATTCTTCTTCCTCCTT
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CACCGCTGCTTTTGCAGAAATGTGGTGGGCGACTTCCGTTTCTCTTGCTTCCACCATAGA
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CAGCTCTGATGTAGTACCAATCAGGATCATATGGGGCAAGCTCCTTCAGCTTACCAGTCT
TCACAATGTCTGTCCATGAGGGAAGCTCGATCTTGCCAGAACGCTTGAGATGGGAAGCGT
AAGCCTTCACGAAGTCGTGAGGAGAGACGTCTTTCACGGTCTTACCAGTTGCCATGGCTA
AAGGGAAGAGATCTTCGTCTAGAGGGGTTTTGCCGCTGAATCTCTCTCTCAGACCGTAAA
GACTA*GCC

QA 6 674 6 674
DS 

RD RR1BF14TF 674 0 0
CTTAA
CACAAAACTGAAAGAGGATGAGACTTAAATATCTGAAGACACAAACAGAAAGATATATGA
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CAAAAGTAGTAGAAGAAAAAACTCAAAACACTATTTTGATTCTTCAAACTTCAACCGCAA
TACGTCCAGCGACTTGGTCCAAATCCCTTTGCCCACTGGAAGTGATTCTTCTTCCTCCTT
TGGTGTCAATCTCAACAATGCTCATAGTCTCCAACTGCTGAAGGATGTGACGGGCAATGC
CACCGCTGCTTTTGCAGAAATGTGGTGGGCGACTTCCGTTTCTCTTGCTTCCACCATAGA
TTCTACGGAAAGCACCAACTCCAAGACCTCCCCTCAGGTACACCTTCCTTGCCATAGATG
CAGCTCTGATGTAGTACCAATCAGGATCATATGGGGCAAGCTCCTTCAGCTTACCAGTCT
TCACAATGTCTGTCCATGAGGGAAGCTCGATCTTGCCAGAACGCTTGAGATGGGAAGCGT
AAGCCTTCACGAAGTCGTGAGGAGAGACGTCTTTCACGGTCTTACCAGTTGCCATGGCTA
AAGGGAAGAGATCTTCGTCTAGAGGGGTTTTGCCGCTGAATCTCTCTCTCAGACCGTAAA
GACTA*GCC

QA 6 674 6 674
DS 

RD RR1CE37JQ 633 0 0
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CACTAAAAACAACACATTGGCTTCAAAAGTAGTAGAAGAAAAAACTCAAAACACTATTTT
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GTTTCTCTTGCTTCCACCATAGATTCTACGGAAAGCACCGACTCCAAGACCTCCCCGCAG
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QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1CE37TF 633 0 0
GACACAAACAGCAAGATATATGAGTGCAAGTCTCAGCAATGATATTGGTAAAAGATTAAA
CACTAAAAACAACACATTGGCTTCAAAAGTAGTAGAAGAAAAAACTCAAAACACTATTTT
GATTCTTCAAACTTCAACCGCAATACGTCCAGCGACTTGGTCCAAATCCCTTTGCCCACT
GGAAGTGATTCTTCTTCCTCCTTTGGTGTCAATCTCAACAATGTTCATAGTCTCCAACTG
CTGAAGGATGTGACGGGCAATGCCACCGCTGCTTTTGCAGAAATGTGGTGGGCGACTTCC
GTTTCTCTTGCTTCCACCATAGATTCTACGGAAAGCACCGACTCCAAGACCTCCCCGCAG
GTACACCTTCCTTGCCATAGATGCAGCTCTGATGTAGTACCAATCTGGATCATATGGGGC
AAGCTCCTTCAGCTTACCAGTCTTCACAATGTCTGTCCATGAGGGAAGCTCGATCTTGCC
AGATCGCTTGAGATGAGAAGCGTAAGCCTTCACGAAGTCGTGAGGAGATACGTCTTTCAC
AGTCTTACCAGTTGCCATGGCTAAAGGGAAGAGATCTTCGTCTAGAGGT*TTTTGCCGCT
GAATCTCTCTCTCTCTCCGTCGTCACAACGCCC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 2 16

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TTTTTCTCTTCCTCTGTGTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAG
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TAAGAACCTTGCTAATCACACTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCT
CGAGTGGATTGCTTCAGTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAA
GACCAATATGCTCACATCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCAT
CTTTAGCCTTTTCAGAGGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACA
ACTCTTCTTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACT
CATCGTGGTGGCTCCGAATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATT
TATATGCTTAGGTATTGGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATT
CAAAAACGCATTCACTAAAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCG
TCGTCTTCCCCGTTTGGGCTATCATCTTTTAAGCAAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTT
TCTATGTACCCCCATTTGTTTTATGTAAAAGTGAGTTTGTATGATTCCTCCCCTAATAAC
TTTTCAACCAATGTTGTTTTAGTTTTACCCTCTTGACCTATTCACAAGTCAAGACTTTCA
AGAAATAAGAATGATCATGAGTTGTTTGTCCAGTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 10 40 40 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 
45 45 45 45 45 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 65 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 55 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 50 65 
65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 50 40 65 65 65 65 65 65 65 65 35 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 35 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F463TF U 17
AF RR1CQ63JQ C 352
AF RR1CQ63TF U 1
AF RR1BQ78TF U 8
AF RR1G575TF U 16
AF RR1D538TF U 18
AF RR1AL21TF U 19
AF RR1A471TF U 18
AF RR1EW14TF U 18
AF RR1BQ78JQ C 67
AF RR1A471JQ C 66
AF RR1F463JQ C 138
AF RR1FC43JQ C 119
AF RR1AL21JQ C 66
BS 1 17 RR1CQ63TF
BS 18 18 RR1F463TF
BS 19 344 RR1CQ63TF
BS 345 345 RR1BQ78TF
BS 346 635 RR1CQ63TF
BS 636 636 RR1BQ78TF
BS 637 689 RR1CQ63TF
BS 690 690 RR1BQ78TF
BS 691 697 RR1CQ63TF
BS 698 698 RR1BQ78TF
BS 699 719 RR1CQ63TF
BS 720 741 RR1BQ78TF
BS 742 838 RR1A471TF
BS 839 878 RR1A471JQ

RD RR1F463TF 550 0 0
G
GACAATCATCTCTCTCTACCCTCGAATTTTCAAAGTTGCTAAATTTTTCTCTTCCTCTGT
GTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCATGGAACCCTTC
AAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAACCTTGCTAATC
ACACCTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGATTGCTTCAG
TCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACAT
CACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAG
GAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAAC
ACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGCCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGA
ATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGTATTG
GAGGTTACT

QA 2 550 2 550
DS 

RD RR1CQ63JQ 306 0 0
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TGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGC
GGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGAATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGT
TGGCCTATTTATATGCTTAGGTATTGGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTC
TGGTGGATTCAAAAACGCATTCACTAAAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCA
TTGCTC

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR1CQ63TF 719 0 0
GGCAGTGACGAGTCTTTCACAATCATCTCTCTCTACCCTCGAATTTTCAAAGTTGCTAAC
TTTTTCTCTTCCTCTGTGTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAG
TGACCATGGAACCCTTCAAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGC
TAAGAACCTTGCTAATCACACTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCT
CGAGTGGATTGCTTCAGTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAA
GACCAATATGCTCACATCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAACCTTCCTTCTGTCAT
CTTTAGCCTTTTCAGAGGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACA
ACTCTTCTTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACT
CATCGTGGTGGCTCCGAATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATT
TATATGCTTAGGTATTGGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATT
CAAAAACGCATTCACTAAAGCTAATGGCATCTCCA*CACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCG
TCGTCTTCCCCGTTTGGGCTATCATCTTT*AAGCAAA*GATCATTTCACAACTCTCTGT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1BQ78TF 737 0 0
GG
GAGTCTTTCACAATCATCTCTCTCTACCCTCGAATTTTCAAAGTTGCTAACTTTTTCTCT
TCCTCTGTGTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCATGG
AACCCTTCAAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAACCT
TGCTAATCACGCTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGAT
TGCTTCAGTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATAT
GCTCACATCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCT
TTTCAGAGGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTT
CCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGT
GGCTCCGAATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTT
AGGTATTGGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGC
ATTCACTAAAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCGTCGTCTTCC
CCGTTTGGGCTATCATCTTTTAAGCAAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTTTCTATGTAC
CCCCATTTGTTT
ATG

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR1G575TF 754 0 0
GGC
ACAATCATCTCTCTCTACCCTCGAATTTTCAAAGTTGCTAACTTTTTCTCTTCCTCTGTG
TTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCATGGAACCCTTCA
AAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAACCTTGCTAATCA
CACTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGATTGCTTCAGT
CGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTTACATC
ACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAGG
AGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAACA
CTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGAA
TCTAATAGCCT*CACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGTATTGG
AGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACTAA
AGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCGTCGTCTTCCCCGTTTGGG
CTATCATCTTTTAAGCAAA*GATCATTTCA**ACTCTCTGTTTCTATGTACCCC*ATTTG
TTTTATGTAAA*GTGAGTTTGTATGAT
CCTC

QA 4 750 4 750
DS 

RD RR1D538TF 756 0 0
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GTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCATGGAACCCTTC
AAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAACCTTGCTAATC
ACACTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGATTGCTTCAG
TCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACAT
CACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAG
GAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAAC
ACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGA
ATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGGATTG
GAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACTA
AAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCGTCGTCTACCCCGTTTGG
GCTATCATCTTTTAAGCAAA*GATCATTTCACAACTCTCTGTATCTTTGTACCC**ATTT
GTTT*ATGTAAA*GTGAGTTTGTATGATTCCGCCCC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1AL21TF 750 0 0
GG
AATCATCTCTCTCTACCCTCGAATTTTCAAAGTTGCTAACTTTTTCTCTTCCTCTGTGTT
CTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCATGGAACCCTTCAAA
ACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAACCTTGCTAATCACA
CTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGATTGCTTCAGTCG
CAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAGGACCAATATGCTCACATCAC
TATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAGGAG
AAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTTTACAACTCTTCTTCCCTAAACACT
TCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGAATC
TAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGTATTGGAG
GTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACTAAAG
CTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGGGATCATTGCTCTCGTCGTCTTCCCCGTTTGGGCT
ATCATCTTTTAAGCAAAAGATCGTTTCACAACTCTCTGTTTCTATGTACCCCCATTTGTT
TTATGTAAAAGTGAGTTTGTATGATTCC

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR1A471TF 821 0 0
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GTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGTGTGACCATGGAACCCTTC
AAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAACCTTGCTAATC
ACACTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGATTGCTTCAG
TCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACAT
CACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAG
GAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAAC
ACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGA
ATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGTATTG
GAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACTA
AAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCGTCGTCTTCCCCGTTTGG
GCTATCATCTTTTAAGCAAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTTTCTATGTACCCCCATTT
GTTTTATGTAAAAGTGAGTTTGTATGATTCCTCCCCTAATAACTTTTCAACCAATGTTGT
TTTAGTTTTACCCTCTTGACCTATTCACAAGTCAAGACTTT

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1EW14TF 768 0 0
GACAATCATCCCTCTCTACCCTCGAATTTTCAAAGTTGCTAAATTTTTCTCTTCCTCTGT
GTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCATGGAACCCTTC
AAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAACCTTGCTAATC
ACACTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGATTGCTTCAG
TCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACGT
CACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAG
GAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAAC
ACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGA
ATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGTATTG
GAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACTA
AAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCGTCGTCTTCCCCGTTTGG
GCTATCATCTTTTAAGCAAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTTTCTATGTACCCCCATTT
GTTT*ATGTAAAAGTGAGTTTGTATGATTCCTCCCCTAATAACTTTTC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1BQ78JQ 723 0 0
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TGGAACCCTTCAAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAA
CCTTGCTAATCACGCTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTG
GATTGCTTCAGTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAA
TATGCTCACATCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAG
CCTTTTCAGAGGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTT
CTTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGT
GGTGGCTCCGAATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATG
CTTAGGTATTGGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAA
CGCATTCACTAAAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCGTCGTCT
TCCCCGTTTGGGCTATCATCTTTTAAGCAAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTTTCTATG
TACCCCCATTTGTTTTATGTAAAAGTGAGTTTGTATGATTCCTCCCCTAATAACTTTTCA
ACC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1A471JQ 813 0 0
CTCTTCCTCTGTGTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGTGTGACC
ATGGAACCCTTCAAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGA
ACCTTGCTAATCACACTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGT
GGATTGCTTCAGTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCA
ATATGCTCACATCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTA
GCCTTTTCAGAGGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCT
TCTTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCG
TGGTGGCTCCGAATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATAT
GCTTAGGTATTGGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAA
ACGCATTCACTAAAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCGTCGTC
TTCCCCGTTTGGGCTATCATCTTTTAAGCAAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTTTCTAT
GTACCCCCATTTGTTTTATGTAAAAGTGAGTTTGTATGATTCCTCCCCTAATAACTTTTC
AACCAATGTTGTTTTAGTTTTACCCTCTTGACCTATTCACAAGTCAAGACTTTCAAGAAA
TAAGAATGATCATGAGTTGTTTGTCCAGTGTGC

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1F463JQ 734 0 0
AAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAACCTTGCTAATC
ACACCTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGATTGCTTCAG
TCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACAT
CACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAG
GAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAAC
ACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGCCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGA
ATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGTATTG
GAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACTA
AAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCGTCGTCTTCCCCGTTTGG
GCTATCATCTTTTAAGCAAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTTTCTATGTACCCCCATTT
GTTTTATGTAAAAGTGAGTTTGTATGATTCCTCCCCTAATAACTTTTCAACCAATGTTGT
TTTAGTTTTACCCTCTTGACCTATTCACAAGTCAAGACTTTCAAGAAATAAGAATGATCA
TGAGTTGTTTGTCC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1FC43JQ 753 0 0
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GCTAAGAACCTTGCTAATCACACTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATC
CTCGAGTGGATTGCTTCAGTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGG
AAGACCAATATGCTCACATCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTC
ATCTTTAGCCTTTTCAGAGGAGAAGTTGGTAAATGGAT*GCGATTGTAGCTGTTGTTCTA
CAACTCTTCTTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTG
CTCATCGTGGTGGCTCCGAATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTA
TTTATATGCTTAGGTATTGGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGA
TTCAAAAACGCATTCACTAAAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCT
CGTCGTCTTCCCCGTTTGGGCTATCATCTTTTAAGCAAAAGATCATTTCACAACTCTCTG
TTTCTATGTACCCCCATTTGTTTTATGTAAAAGTAAGTTTGTATGATTCCTCCCCTAATA
ACTTTTCAACCAATGTTGTTTTAGTTTTACCCTCTTGACCTATTCACAAGTCAAGACTTT
CAAGAAATAAGAATGATCATGAGTTGTTTGTCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1AL21JQ 806 0 0
CTCTTCCTCTGTGTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACC
ATGGAACCCTTCAAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGA
ACCTTGCTAATCACACTTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGT
GGATTGCTTCAGTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAGGACCA
ATATGCTCACATCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTA
GCCTTTTCAGAGGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTTTACAACTCT
TCTTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCG
TGGTGGCTCCGAATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATAT
GCTTAGGTATTGGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAA
ACGCATTCACTAAAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGG*ATCATTGCTCTCGTCGTC
TTCCCCGTTTGGGCTATCATCTTTTAAGCAAAAGATCGTTTCACAACTCTCTGTTTCTAT
GTACCCCCATTTGTTTTATGTAAAAGTGAGTTTGTATGATTCCTCCCCTAATAACTTTTC
AACCAATGTTGTTTTAGTTTTACCCTCTTGACCTATTCACAAGTCAAGACTTTCAAGAAA
TAAGAATGATCATGAGTTGTTTGTCC

QA 1 806 1 806
DS 



CO CL58Contig2 783 2 5 U
AAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCATGGAACCCTTCAAAACATGCTT
GGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAACCTTGCTAATCACACTTTCATG
CTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGATTGCTTCAGTCGCAGCCATA
TACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACATCACTATTGATT
CCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAGGAGAAGTTGGT
AAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAACACTTCCGAGAA
TGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGAATCTAATAGCC
TACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGGATTGGAGGTTACTTG
CTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACTAAAGCTAATGGC
ATCTCCAACACCCTTGGGATCATTGCTCTCGTCGTCTACCCCGTTTGGGCTATCATCTTT
TAAGCAAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTATCTTTGTACCCCATTTGTTTTATGTAAAA
GTGAGTTTGTATGATTCCGCCCCTAATAACTTGTCAACCAATGTTTTGTTTTAGTTTTAC
CCGCTTGACCTATTCACAAGTCAAGACTTTCAAGAAATAAGAATGATCATGAGCTGTTTG
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1DY63TF U 22
AF RR1D538JQ C 1
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BS 180 180 RR1D538JQ
BS 181 390 RR1DY63TF
BS 391 783 RR1D538JQ

RD RR1DY63TF 369 0 0
GG
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TTCCATCCTCGAGTGGATTGCTTCAGTCGCAGCCAT*TACTTGTTGGTCTTGGACCGAAC
TAACTGGAAGACCAATATGCTCACATCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCC
TTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAGGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGT
TGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGC
GGTCCTA

QA 3 369 3 369
DS 

RD RR1D538JQ 783 0 0
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GGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACAGCTGCTAAGAACCTTGCTAATCACACTTTCATG
CTCACTGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGATTGCTTCAGTCGCAGCCATA
TACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACATCACTATTGATT
CCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAGGAGAAGTTGGT
AAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAACACTTCCGAGAA
TGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGAATCTAATAGCC
TACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGGATTGGAGGTTACTTG
CTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACTAAAGCTAATGGC
ATCTCCAACACCCTTGGGATCATTGCTCTCGTCGTCTACCCCGTTTGGGCTATCATCTTT
TAAGCAAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTATCTTTGTACCCCATTTGTTTTATGTAAAA
GTGAGTTTGTATGATTCCGCCCCTAATAACTTGTCAACCAATGTTTTGTTTTAGTTTTAC
CCGCTTGACCTATTCACAAGTCAAGACTTTCAAGAAATAAGAATGATCATGAGCTGTTTG
TCC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 2 17

CO CL59Contig1 1116 15 9 U
GGGAAGTCGCTTTATTTGCTTGTTCCCTAGATTCTGTTGCAGCACGAAATCGATCGGAAA
CAATGGCGGACGAACTCAAGCACGAAGAAACTCTCCCTAATTCGGATCCGGCGGTGGAAA
TCGTAGAGAGAGAATCGTTGATGGAGAAGATATCTGAGAAGATCCACCACAAAGGTGACT
CGTCGTCTTCATCAGATGACGAGAGCGAGAAGAAACCGTCGTCTCTGAAATCGAAGGTTT
ACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGGTGGCGGAAAACCGGCTG
ATATATTTATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCAG*GTGGTGTGCTCGGTGGCGCCACAGTA
GCTTGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCTTACTCTGCTGTGTCACGTTATG
ATCGTCGCTCTCGCTGTGCTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCATGTTCATTCACAAGTCT
ACACCAAAGATTCCTGAAGTACATATCCC*TGAGGAGCCTCTTCTTCAGCTTGCATCTGG
GCTCAGAATCGAAATCAACC*GTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGCATCTGGAAGGG
ATCTCAAGAAATTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTGGGTGGAT
GCTGTAGTTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTGGTTCTACTCTTCACTGTTCCTCTTG
TCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGTGAGAAAGCAATGGCTGAGTTGA
AGAAGCATTATGCTGTGTTAGACGCAAA*GGTATTGAGCAAAATCCCAAGGGGGCCATTA
AAGGACAAGAAGAAGGATTAGGAGTCGTTTTCGTGTTTTCTACTTTCTTTTTTTTGCATG
CATGTGCACAGTGTTCTGGTTTTTGAAATGTGGGATTGTGTTGTGAAATGGTAGTCTTAA
ATTTGTGTTAGCTCATCTTGTCGCTCTCGATTCTCGAATTTACTTGTAAACTCTGCTTCT
GCTTCACTTTTTTTTGTTTTTGTGGTTTTGGTGCGTGTTGTGGAATGAGAACAAAACTTG
TAGTTGACCTCTCACTATATATTTATGTATTTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 45 60 60 45 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
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40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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AF RR1DK26TF U 1
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AF RR1FL88TF U 1
AF RR1ES85TF U 20
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AF RR1B829TF U 609
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GGAGAA
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QA 7 272 7 272
DS 

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G
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GGATCCGGCGGTGGAAATCGTAGAGAGAGAATCGTTGATGGAGAAGATATCTGAGAAGAT
CCACCACAAAGGTGACTCGTCGTCTTCATCAGATGACGAGAGCGAGAAGAAACCGTCGTC
TCTGAAATCGAAGGTTTACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGG
TGGCGGAAAACCGGCTGATATATTTATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCAG*GTGGTGTGC
TCGGTGGCGCCACAGTAGCTTGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCTTACTC
TGCTGTGTCACGTTATGATCGTCGCTCTCGCTGTGCTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCA
TGTTCATTCACAAGTCTACACCAAAGATTCCTGAAGTACACATCCC*TGAGGAGCCTCTT
CTTCAGCTTGCATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACC*GTGGGTTTTCTTCTCTTCACGA
GATTGCATCT

QA 2 551 2 551
DS 

RD RR1FL88TF 730 0 0
GAGAAG
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AGAGAGAATCGTTGATGGAGAAGATATCTGAGAAGATCCACCACAAAGGTGACTCGTCGT
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TGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGGTGGCGGAAAACCGGCTGATATAT
TTATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCAG*GTGGTGTGCTCGGTGGCGCCACAGTAGCTTGG
GTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCTTACTCTGCTGTGTCACGTTATGATCGTC
GCTCTCGCTGTGCTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCATGTTCATTCACAAGTCTACACCA
AAGATTCCTGAAGTACATATCCC*TGAGGAGCCTCTTCTTCAGCTTGCATCTGGGCTCAG
AATCGAAATCAACC*GTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGCATCTGGAGGGGATCTCA
AGAAATTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTGGGTGGATGCTGTA
GTTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTGGT*CTACTCTTCACTGT
CCTCTGTCTACGACAGTA

QA 7 712 7 712
DS 

RD RR1ES85TF 713 0 0
TTT
TTCCCTAGATTCTGTTGCAGCACGAAATCGATCGGAAACAATGGCGGACGAACTCAAGCA
CGAAGAAACTCTCCCTAATTCGGATCCGGCGGTGGAAATCGTAGAGAGA*AATCGTTGAT
GGAGAAGATATCTGAGAAGATCCACCACAAAGGTGACTCGTCGTCTTCATCAGATGACGA
GAGCGAGAAGAAACCGTCGTCTCTGAAATCGAAGGTTTACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAG
GCCCGTTCATAAGGTTCTCGGTGGCGGAAAACCGGCTGATATATTTATGTGGAAGAACAA
GAAGATGTCAG*GTGGTGTGCTCGGTGGCGCCATAGTAGCTTGGGTGCTCTTTGAACTCA
TGGAGTATCATCTTCTTACTCTGCTGTGTCACGTTATGATCGTCGCTCTCGCTGTGCTGT
TTCTTTGGTCTAATGTCACCATGTTCATTCACAAGTCTACACCAAAGATTCCTGAAGTAC
ATATCCC*TGAGGAGCCTCTTCTTCAGCTTGCATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACC*G
TGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGTATCTGGAAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTCTGC
TCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTGGGTGGATGCTGTAGTTTCTTGACATTGGC
ATACATAGCTCTGGTTCTACTCTTCACTGTTCCTCTTGTCTACGACAAGT

QA 4 713 4 713
DS 

RD RR1BE04TF 737 0 0
GG
ACGAAATCGATCGGAAACAATGGCGGACGAACTCAAGCACGAAGAAACTCTCCCTAATTC
GGATCCGGCGGTGGAAATCGTAGAGAGAGAATCGTTGATGGAGAAGATATCTGAGAAGAT
CCACCACAAAGGTGACTCGTCGTCTTCATCAGATGACGAGAGCGAGAAGAAACCGTCGTC
TCTGAAATCGAAGGTTTACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGG
TGGCGGAAAACCGGCTGATATATTTATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCAG*GTGGTGTGC
TCGGTGGCGCCACAGTAGCTTGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCTTACTC
TGCTGTGTCACGTTATGATCGTCGCTCTCGCTGTGCTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCA
TGTTCATTCACAAGTCTACACCAAAGATTCCTGAAGTACATATCCC*TGAGGAGCCTCTT
CTTCAGCTTGCATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACC*GTGGGTTTTCTTCTCTTCACGA
GATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCT
ATCAATCTTGGGTGGATGCTGTAGTTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTGGTTCTACT
CTTCACTGTTCCTCTTGTCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGTGAGAA
AGCAATGGCTGAGTT

QA 3 737 3 737
DS 

RD RR1BC51TF 806 0 0
GGGAAGTCGCTTTATTTGCTTGTTCCCTAGATTCTGTTGCAGCACGAAATCGATCGGAAA
CAATGGCGGACGAACTCAAGCACGAAGAAACTCTCCCTAATTCGGATCCGGCGGTGGAAA
TCGTAGAGAGAGAATCGTTGATGGAGAAGATATCTGAGAAGATCCACCACAAAGGTGACT
CGTCGTCTTCATCAGATGACGAGAGCGAGAAGAAACCGTCGTCTCTGAAATCGAAGGTTT
ACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGGTGGCGGAAAACCGGCTG
ATATATTTATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCAG*GTGGTGTGCTCGGTGGCGCCACAGTA
GCTTGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCTTACTCTGCTGTGTCACGTTATG
ATCGTCGCTCTCGCTGTGCTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCATGTTCATTCACAAGTCT
ACACCAAAGATTCCTGAAGTACATATCCC*TGAGGAGCCTCTTCTTCAGCTTGCATCTGG
GCTCAGAATCGAAATCAACC*GTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGCATCTGGAAGGG
ATCTCAAGAAATTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTGGGTGGAT
GCTGTAGTTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTGGTTCTACTCTTCACTGTTCCTCTTG
TCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGTGAGAAAGCAATGGCTGAGTTGA
AGAAGCATTATGCTGTGTTAGACGCA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1GX92TF 770 0 0
TATTTGCTTGTTCCCTAGATTCTGTTGCAGCACGAAATCGATCGGAATCAATGGCGGACG
AACTCAAGCACGAAGAAACTCTCCCTAATTCGGATCCGGCGGTGGAAATCGTAGAGAGAG
AATCGTTGATGGAGAAGATATCTGAGAAGATCCACCACAAAGGTGACTCGTCGTCTTCAT
CAGATGACGAGGGCGAGAAGAAACCGTCGTCTCTGAAATCGAAGGTTTACCGTTTGTTCG
GCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGGTGGCGGAAAACCGGCTGATATATTTATGT
GGAAGAACAAGAAGATGTCAG*GTGGTGTGCTCGGTGGCGCCACAGTAGCTTGGGTGCTC
TTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCTTACTCTGCTGTGTCACGTTATGATCGTCGCTCTC
GCTGTGCTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCATGTTCATTCACAAGTCTACACCAAAGATT
CCTGAAGTACATATCCC*TGAGGAGCCTCTTCTTCAGCTTGCATCTGGGCTCAGAATCGA
AATCAACC*GTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAAT
TCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTGGGTGGATGCTGTAGTTTCT
TGACATTGGCATACATAGCTCTGGTTCTACTCTTCACTGTTCCTCTTGTCTACGACAAGT
ACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGTGAGAAAGCAATGGCTGAGTTGAA
A

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1B070TF 789 0 0
GG
GCAGCACGAAATCGATCGGAAACAATGGCGGACGAACTCAAGCACGAAGAAACTCTCCCT
AATTCGGATCCGGCGGTGGAAATCGTAGAGAGAGAATCGTTGATGGAGAAGATATCTGAG
AAGATCCACCACAAAGGTGACTCGTCGTCTTCATCAGATGACGAGAGCGAGAAGAAACCG
TCGTCTCTGAAATCGAAGGTTTACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTT
CTCGGTGGCGGAAAACCGGCTGATATATTTATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCAGAGTGG
TGTGCTCGGTGGTGCCACAGTAGCTTGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCT
TACTCTGCTGTGTCACGTTATGATCGTCGCTCTCGCTGTGCTGTTTCTTTGGTCTAATGT
CACCATGTTCATTCACAAGTCTACACCAAAGATTCCTGAAGTACATATCCCCTGAGGAGC
CTCTTCTTCAGCTTGCATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACCCGTGGGTTTTCTTCTCTT
CACGAGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGG
ATTCTATCAATCTTGGGTGGATGCTGTAGTTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTGGTT
CTACTCTTCACTGTTCCTCTTGTCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGT
GAGAAAGCAATGGCTGAGTTGAAGAAGCATTATGCTGTGTTAGACGCAAAAGGTATTGAG
CAAAATC

QA 3 789 3 789
DS 

RD RR1BI26TF 681 0 0
GG
GGTGACTCGTCGTCTTCATCAGATGACGAGAGCGAGAAGAAACCGTCGTCTCTGAAATCG
AAGGTTTACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGGTGGCGGAAAA
CCGGCTGATATATTTATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCAG*GTGGTGTGCTCGGTGGCGC
CACAGTAGCTTGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCTTACTCTGCTGTGTCA
CGTTATGATCGTCGCTCTCGCTGTGCTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCATGCTCATTCA
CAAGTCTACACCAAAGATTCCTGAAGTACATATCCC*TGAGGAGCCTCTTCTTCAGCTTG
CATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACC*GTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGCATCT
GGAAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTG
GGTGGATGCTGTAGTTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTGGTTCTACTCTTCACTGTT
CCTCTTGTCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGTGAGAAAGCAATGGCT
GAGTTGAAGAAGCATTATGCTGTGTTAGACGCAAA*GGTATTGAGCAAAATCCCAAGGGG
GCCATTAAAGGACAAGAAG

QA 3 681 3 681
DS 

RD RR1BI26JQ 942 0 0
GTGACTCGTCGTCTTCATCAGATGACGAGAGCGAGAAGAAACCGTCGTCTCTGAAATCGA
AGGTTTACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGGTGGCGGAAAAC
CGGCTGATATATTTATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCAG*GTGGTGTGCTCGGTGGCGCC
ACAGTAGCTTGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCTTACTCTGCTGTGTCAC
GTTATGATCGTCGCTCTCGCTGTGCTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCATGCTCATTCAC
AAGTCTACACCAAAGATTCCTGAAGTACATATCCC*TGAGGAGCCTCTTCTTCAGCTTGC
ATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACC*GTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGCATCTG
GAAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTGG
GTGGATGCTGTAGTTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTGGTTCTACTCTTCACTGTTC
CTCTTGTCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGTGAGAAAGCAATGGCTG
AGTTGAAGAAGCATTATGCTGTGTTAGACGCAAA*GGTATTGAGCAAAATCCCAAGGGGG
CCATTAAAGGACAAGAAGAAGGATTAGGAGTCGTTTTCGTGTTTTCTACTTTCTTTTTTT
TGCATGCATGTGCACAGTGTTCTGGTTTTTGAAATGTGGGATTGTGTTGTGAAATGGTAG
TCTTAAATTTGTGTTAGCTCATCTTGTCGCTCTCGATTCTCGAATTTACTTGTAAACTCT
GCTTCTGCTTCACTTTTTTTTGTTTTTGTGGTTTTGGTGCGTGTTGTGGAATGAGAACAA
AACTTGTAGTTGACCTCTCACTATATATTTATGTATTTTC
AG

QA 1 940 1 940
DS 

RD RR1DK26JQ 410 0 0
CACTGCTCCTCTTGTTTACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGTGAGAAAGC
AATGGCTGAGTTGAAGAAGCATTATGCTGTGTTAGACGCAAA*GGTATTGAGCAAAATCC
CAAGGGGGCCATTAAAGGACAAGAAGAAGGATTAGGAGTCGTTTTCGTGTTTTCTACTTT
CTTTTTTTTGCATGCATGTGCACAGTGTTCTGGTTTTTGAAATGTGGGATTGTGTTGTGA
AATGGTAGTCTTAAATTTGTGTTAGCTCATCTTGCCGCTCTCGATTCTCGAATTTACTTG
TAAACTCTGCTTCTGCTTCACTTTTTTTTGTTTTTGTGGTTTTGGTGCGTGTTGTGGAAT
GAGAACAAAACTTGTAGTTGCCCTCTCACTATATATTTATGTATTTTC
AC

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR1B829JQ 506 0 0
G
AATTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTGGGTGGATGCTGTAGTT
TCTTG****TGGCATACATAGCTCTGGTTCTACTCTTCACTGTTCCTCTTGTCTACGACA
AGTACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGTGAGAAAGCAATGGCTGAGTTGAAGAAGCATT
ATGCTGTGTTAGACGCAAA*GGTATTGAGCAAAATCCCAAGGGGGCCATTAAAGGACAAG
AAGAAGGATTAGGAGTCGTTTTCGTGTTTTCTACTTTCTTTTTTTTGCATGCATGTGCAC
AGTGTTCTGGTTTTTGAAATGTGGGATTGTGTTGTGAAATGGTAGTCTTAAATTTGTGTT
AGCCCATCTTGTCGCTCTCGATTCTCGAATTTACTTGTAAACTCTGCTTCTGCTTCACTT
TTTTTTGTTTTTGTGGTTTTGGTGCGTGTTGTGGAATGAGAACAAAACTTGTAGTTGACC
TCTCACTATATATTTATGTATTTTC

QA 2 506 2 506
DS 

RD RR1B829TF 506 0 0
G
AATTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTGGGTGGATGCTGTAGTT
TCTTG****TGGCATACATAGCTCTGGTTCTACTCTTCACTGTTCCTCTTGTCTACGACA
AGTACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGTGAGAAAGCAATGGCTGAGTTGAAGAAGCATT
ATGCTGTGTTAGACGCAAA*GGTATTGAGCAAAATCCCAAGGGGGCCATTAAAGGACAAG
AAGAAGGATTAGGAGTCGTTTTCGTGTTTTCTACTTTCTTTTTTTTGCATGCATGTGCAC
AGTGTTCTGGTTTTTGAAATGTGGGATTGTGTTGTGAAATGGTAGTCTTAAATTTGTGTT
AGCCCATCTTGTCGCTCTCGATTCTCGAATTTACTTGTAAACTCTGCTTCTGCTTCACTT
TTTTTTGTTTTTGTGGTTTTGGTGCGTGTTGTGGAATGAGAACAAAACTTGTAGTTGACC
TCTCACTATATATTTATGTATTTTC

QA 2 506 2 506
DS 

RD RR1DB14JQ 773 0 0
AAGAAGATGTCAG*GTGGTGTGCTCGGTGGCGCCACAGTAGCTTGGGTGCTCTTTGAACT
CATGGAGTATCATCTTCTTACTCTGCTGTGTCACGTTATGATCGTCGCTCTCGCTGTGCT
GTTTCTTTGGTCTAATGTCACCATGTTCATTCACAAGTCTACACCAAAGATTCCTGAAGT
ACACATCCC*TGAGGAGCCTCTTCTTCAGCTTGCATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACC
*GTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGCATCTAGAAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTCT
GCTCTGTTCGGGCTGTGGACTCTATCAATCTTGGGTGGATGCTGTAGTTTCTTGACATTG
GCATACATAGCTCTGGTTCTACTCTTCACTGTTCCTCTTGTCTACGACAAGTACGAAGAT
AAAGTAGACTCATATGGTGAGAAAGCAATGGCTGAGTTGAAGAAGCATTATGCTGTGTTA
GACGCAAA*GGTATTGAGCAAAATCCCAAGGGGGCCATTAAAGGACAAGAAGAAGGATTA
GGAGTCGTTTTCGTGTTTTCTACTTTCTTTTTTTTGCATGCATGTGCACAGTGTTCTGGT
TTTTGAAATGTGGGATTGTGTTGTGAAATGGTAGTCTTAAATTTGTGTTAGCTCATCTTG
TCGCTCTCGATTCTCGAATTTACTTGTAAACTCTGCTTCTGCTTCACTTTTTTTTGTTTT
TGTGGTTTTGGTGCGTGTTGTGGAATGAGAACAAAACTTGTAGTTGACCTCTC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1BC51JQ 813 0 0
TATTTATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCAG*GTGGTGTGCTCGGTGGCGCCACAGTAGCT
TGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCTTACTCTGCTGTGTCACGTTATGATC
GTCGCTCTCGCTGTGCTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCATGTTCATTCACAAGTCTACA
CCAAAGATTCCTGAAGTACATATCCC*TGAGGAGCCTCTTCTTCAGCTTGCATCTGGGCT
CAGAATCGAAATCAACC*GTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGCATCTGGAAGGGATC
TCAAGAAATTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTGGGTGGATGCT
GTAGTTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTGGTTCTACTCTTCACTGTTCCTCTTGTCT
ACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACTCATATGGTGAGAAAGCAATGGCTGAGTTGAAGA
AGCATTATGCTGTGTTAGACGCAAA*GGTATTGAGCAAAATCCCAAGGGGGCCATTAAAG
GACAAGAAGAAGGATTAGGAGTCGTTTTCGTGTTTTCTACTTTCTTTTTTT*GCATGCAT
GTGCACAGTGTTCTGGTTTTTGAAATGTGGGATTGTGTTGTGAAATGGTAGTCTTAAATT
TGTGTTAGCTCATCTTGTCGCTCTCGATTCTCGAATTTACTTGTAAACTCTGCTTCTGCT
TCACTTTTTTT*GTTTTTGTGGTTTTGGTGCGTGTTGTGGAATGAGAACAAAACTTGTAG
TTGACCTCTCACTATATATTTATGTATTTTCAC

QA 1 813 1 813
DS 



CO CL59Contig2 275 2 1 U
TTCACAACACAATCCCACATTTCAAAAACCAAAACACTGTGCACATGCATGCAAAAAAAA
AAAAGTAAAAAACACGAAAACGACTCCTAATCCTTCTTCTTGTCCTTTAATGGCCCCCTT
GGGATTTTGCTCAATACCTTTGCGTCTAACACAGCATAATGCTTCTTCAACTCAGCCATT
GCTTTCTCACCATATGAGTCTACTTTGTCTTCCTACTTGTCGTAAACAAAAGGAACAGTG
AAAAGTAAAACCAGAGCTATGTATGCCAATGTCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES85JQ U 98
AF RR1GX92JQ U 1
BS 1 275 RR1GX92JQ

RD RR1ES85JQ 137 0 0
TCTTGTCCTTTAATGGCCCCCTTGGGATTTTGCTCAATACCTTTGCGTCTAACACAGCAT
AATGCTTCTTCAACTCAGCCATTGCTTTCTCACCATATGAGTCTACTTTGTCTTCCTACT
TGTCGTAGACAAAAGGA

QA 1 137 1 137
DS 

RD RR1GX92JQ 275 0 0
TTCACAACACAATCCCACATTTCAAAAACCAAAACACTGTGCACATGCATGCAAAAAAAA
AAAAGTAAAAAACACGAAAACGACTCCTAATCCTTCTTCTTGTCCTTTAATGGCCCCCTT
GGGATTTTGCTCAATACCTTTGCGTCTAACACAGCATAATGCTTCTTCAACTCAGCCATT
GCTTTCTCACCATATGAGTCTACTTTGTCTTCCTACTTGTCGTAAACAAAAGGAACAGTG
AAAAGTAAAACCAGAGCTATGTATGCCAATGTCAA

QA 1 275 1 275
DS 



AS 3 16

CO CL60Contig1 772 10 17 U
TTTTTTTTTCCAAGGCAAATATAAGCAGAGTTAAACTAAAGAAAGTTTCTGACATAACCA
ATGAAAGCAGAAGAAAGATTCTAGTAACAATGATTAATAATTCATAAGACCAACATTGAA
CTCTATCCATTGTCTTGACCGGGAATATGGAGAAAAGGGAACAAAATCTCGTTCAGAAAC
GCAAAAAGAAAAAAACTGAAAATAAACGAAAGCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGC
TGCCAACTGGGTCTCCGGCTCTTTCTTGACAGACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTC
AATGTGGCATGGGTTGGACATGTAAGGGTTGATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCT
CCTCTGTTTCGCAGCCTGGTTGACTTGGATGTGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAG
ACCTTTCACCTCAGCATTGCTCTCAGCGTTCTTGAGCAAATCAAGAACAAACTGAGCAGA
TTTAGCAGGCCAACGTCCTTGACCATTGGAGTGCCTGTTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCC
AACACCTCTGCAGAAACGGGTGAAAGGAATAGCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAG
GTACCTCTTGGCCTTGAGCAATGGTAGCTTCCTGATAGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTT
CTTGAAGTGAACCCTAAGATCGGAACCTC*TAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCTG
GTTCTTGCGAGTACTTCACCATGGCTGCGGCTATCAAAAGAATCGGCTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 35 40 40 40 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 45 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 10 

AF RR1GZ95JQ U 92
AF RR1D115TF C 1
AF RR1GZ95TFB C 92
AF RR1DA92JQ U 86
AF RR1ET14JQ U 81
AF RR1ET14TF C 82
AF RR1GE64JQ U 81
AF RR1GE64TF C 136
AF RR1DA92TF C 83
AF RR1D115JQ U 24
BS 1 23 RR1D115TF
BS 24 80 RR1D115JQ
BS 81 85 RR1ET14JQ
BS 86 91 RR1DA92JQ
BS 92 96 RR1GZ95JQ
BS 97 97 RR1DA92JQ
BS 98 107 RR1GZ95JQ
BS 108 108 RR1DA92JQ
BS 109 175 RR1GZ95JQ
BS 176 176 RR1DA92JQ
BS 177 232 RR1GZ95JQ
BS 233 233 RR1DA92JQ
BS 234 282 RR1GZ95JQ
BS 283 764 RR1DA92JQ
BS 765 765 RR1ET14JQ
BS 766 771 RR1DA92JQ
BS 772 772 RR1D115TF

RD RR1GZ95JQ 191 0 0
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GAAAAGGGAACAAAATCTCGTTCAAAAACGCAAAAAGAAAAAAACTGAAAATAAACGAAA
GCTTAAGCACTTGATTTCTTCCACTTGGCTGCCAACTGGGTCTCCGGCTCTTTCTTGACA
GACTCTTCCTT

QA 1 191 1 191
DS 

RD RR1D115TF 772 0 0
TTTTTTTTTCCAAGGCAAATATAAGCAGAGTTAAACTAAAGAAAGTTTCTGACATAACCA
ATGAAAGCAGAAGAAAGATTCTAGTAACAATGATTAATAATTCATAAGACCAACATTGAA
CTCTATCCATTGTCTTGACCGGGAATATGGAGAAAAGGGAACAAAATCTCGTTCAGAAAC
GCAAAAAGAAAAAAACTGAAAATAAACGAAAGCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGC
TGCCAACTGGGTCTCCGGCTCTTTCTTGACAGACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTC
AATGTGGCATGGGTTGGACATGTAAGGGTTGATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCT
CCTCTGTTTCGCAGCCTGGTTGACTTGGATGTGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAG
ACCTTTCACCTCAGCATTGCTCTCAGCGTTCTTGAGCAAATCAAGAACAAACTGAGCAGA
TTTAGCAGGCCAACGTCCTTGACCATTGGAGTGCCTGTTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCC
AACACCTCTGCAGAAACGGGTGAAAGGAATAGCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAG
GTACCTCTTGGCCTTGAGCAATGGTAGCTTCCTGATAGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTT
CTTGAAGTGAACCCTAAGATCGGAACCTC*TAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCTG
GTTCTTGCGAGTACTTCACCATGGCTGCGGCTATCAAAAGAATCGGCTGCCC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1GZ95TFB 681 0 0
GATTAGTAATTCATAAGACCAACATTGAACTCTATCCATTGTCTTGACCGGGAATATGGA
GAAAAGGGAACAAAATCTCGTTCAGAAACGCAAAAAGAAAAAAACTGAAAATAAACGAAA
GCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGCTGCCAACTGGGTCTCCGGCTCTTTCTTGACA
GACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTTGGACATGTAAGGGTTG
ATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCTCCTCTGTTTCGCAGCCTGGTTGACTTGGATG
TGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAGACCTTTCACCTCAGCATTGCTCTCAGCGTTC
TTGAGCAAATCAAGAACAAACTGAGCAGATTTAGCAGGCCAACGTCCTTGACCATTGGAG
TGCCTGTTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAAACGGGTGAAAGGAATA
GCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAGGTACCTCTTGGCCTTGAGCAATGGTAACTTC
CTGATAGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTTCTTGAAGTGAACCCTAAGATCGGAACCTCCT
AGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCTGGTTCTTGCGAGTACTTCACCATGGCTGCGGC
TATCAAAAGAATCGGCTGCC
C

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1DA92JQ 686 0 0
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TATGGAGAAAAGGGAACAAAATCTCGTTCAGAAACGCAAAAAGAAAAAAACTGAAAATAA
ACGAAAGCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGCTGCCAACTGGGTCTCCGGCTCTTTC
TTGACAGACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTTGGACATGTAA
GGGTTGATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCTCCTCTGTTTCGCAGCCTGGTTGACT
TGGATGTGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAGACCTTTCACCTCAGCATTGCTCTCA
GCGTTCTTGAGCAAATCAAGAACAAACTGAGCAGATTTAGCAGGCCAACGTCCTTGACCA
TTGGAGTGCCTGTTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAAACGGGTGAAA
GGAATAGCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAGGTACCTCTTGGCCTTGAGCAATGGT
AGCTTCCTGATAGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTTCTTGAAGTGAACCCTAAGATCGGAA
CCTC*TAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCTGGTTCTTGCGAGTACTTCACCATGGC
TGCGGCTATCAAAAGAATCAGCTGCC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1ET14JQ 691 0 0
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GGGAATATGGAGAAAAGGGAACAAAATCTCGTTCAGAAACGCAAAAAGAAAAAAACTGAA
AATAAACGAAAGCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGCTGCCAACTGGGTCTCCGGCT
CTTTCTTGACAGACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTTGGACA
TGTAAGGGTTGATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCTCCTCTGTTTCGCAGCCTGGT
TGACTTGGATGTGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAGACCTTTCACCTCAGCATTGC
TCTCAGCGTTCTTGAGCAAATCAAGAACAAACTGAGCAGATTTAGCAGGCCAACGTCCTT
GACCATTGGAGTGCCTATTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAAACGGG
TGAAAGGAATAGCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAGGTACCTCTTGGCCTTGAGCA
ATGGTAGCTTCCTGATAGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTTCTTGAAGTGAACCCTAAGAT
CGGAACCTC*TAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCTGGTTCTTGCGAGTACTTCACC
ATGGCTGCGGCTATCAAAAGAATCGGCTGCC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1ET14TF 690 0 0
TAGTAACAATGATTAATAATTCATAAGACCAACATTGAACTCTATCCATTGTCTTGACCG
GGAATATGGAGAAAAGGGAACAAAATCTCGTTCAGAAACGCAAAAAGAAAAAAACTGAAA
ATAAACGAAAGCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGCTGCCAACTGGGTCTCCGGCTC
TTTCTTGACAGACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTTGGACAT
GTAAGGGTTGATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCTCCTCTGTTTCGCAGCCTGGTT
GACTTGGATGTGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAGACCTTTCACCTCAGCATTGCT
CTCAGCGTTCTTGAGCAAATCAAGAACAAACTGAGCAGATTTAGCAGGCCAACGTCCTTG
ACCATTGGAGTGCCTATTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAAACGGGT
GAAAGGAATAGCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAGGTACCTCTTGGCCTTGAGCAA
TGGTAGCTTCCTGATAGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTTCTTGAAGTGAACCCTAAGATC
GGAACCTC*TAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCTGGTTCTTGCGAGTACTTCACCA
TGGCTGCGGCTATCAAAAGAATCGGCTGCC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1GE64JQ 691 0 0
CTAGTAACAATGATTAATAATTCATAAGACCAACATTGAACTCTATCCATTGTCTTGACC
GGGAATATGGAGAAAAGAGAACAAAATCTCGTTCAGAAACGCAAAAAGAAAAAAACTGAA
AATAAACGAAAGCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGCTGCCAACTGGGTCTCCGGCT
CTTTCTTGACAGACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTTGGACA
TGTAAGGGTTGATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCTCCTCTGTTTCGCAGCCTGGT
TGACTTGGATGTGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAGACCTTTCACCTCAGCATTGC
TCTCAGCGTTCTTGAGCAAATCAAGAACAAACTGAGCAGATTTAGCAGGCCAACGTCCTT
GACCATTGGAGTGCCTGTTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAAACGGG
TGAAAGGAATAGCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAGGTACCTCTTGGCCTTGAGCA
ATGGTAGCTTCCTGATAGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTTCTTGAAGTGAACCCTAAGAT
CGGAACCTC*TAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCTGGTTCTTGCGAGTACTTCACC
ATGGCTGCGGCTATCAAAAGAATCGGCTGCC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1GE64TF 636 0 0
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CTGAAAATAAACGAAAGCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGCTGCCAACTGGGTCTC
CGGCTCTTTCTTGACAGACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTT
GGACATGTAAGGGTTGATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCTCCTCTGTTTCGCAGC
CTGGTTGACTTGGATGTGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAGACCTTTCACCTCAGC
ATTGCTCTCAGCGTTCTTGAGCAAATCAAGAACAAACTGAGCAGATTTAGCAGGCCAACG
TCCTTGACCATTGGAGTGCCTGTTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAA
ACGGGTGAAAGGAATAGCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAGGTACCTCTTGGCCTT
GAGCAATGGTAGCTTCCTGATAGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTTCTTGAAGTGAACCCT
AAGATCGGAACCTC*TAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCTGGTTCTTGCGAGTACT
TCACCATGGCTGCGGCTATCAAAAGAATCGGCTGCC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1DA92TF 689 0 0
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GAATATGGAGAAAAGGGAACAAAATCTCGTTCAGAAACGCAAAAAGAAAAAAACTGAAAA
TAAACGAAAGCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGCTGCCAACTGGGTCTCCGGCTCT
TTCTTGACAGACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTTGGACATG
TAAGGGTTGATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCTCCTCTGTTTCGCAGCCTGGTTG
ACTTGGATGTGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAGACCTTTCACCTCAGCATTGCTC
TCAGCGTTCTTGAGCAAATCAAGAACAAACTGAGCAGATTTAGCAGGCCAACGTCCTTGA
CCATTGGAGTGCCTGTTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAAACGGGTG
AAAGGAATAGCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAGGTACCTCTTGGCCTTGAGCAAT
GGTAGCTTCCTGATAGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTTCTTGAAGTGAACCCTAAGATCG
GAACCTC*TAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCTGGTTCTTGCGAGTACTTCACCAT
GGCTGCGGCTATCAAAAGAATCGGCTGCC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1D115JQ 732 0 0
AGCAGAGTTAAACTAAAGAAAGTTTCTGACATAACCAATGAAAGCAGAAGAAAGATTCTA
GTAACAATGATTAATAATTCATAAGACCAACATTGAACTCTATCCATTGTCTTGACCGGG
AATATGGAGAAAAGGGAACAAAATCTCGTTCAGAAACGCAAAAAGAAAAAAACTGAAAAT
AAACGAAAGCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGCTGCCAACTGGGTCTCCGGCTCTT
TCTTGACAGACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTTGGACATGT
AAGGGTTGATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCTCCTCTGTTTCGCAGCCTGGTTGA
CTTGGATGTGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAGACCTTTCACCTCAGCATTGCTCT
CAGCGTTCTTGAGCAAATCAAGAACAAACTGAGCAGATTTAGCAGGCCAACGTCCTTGAC
CATTGGAGTGCCTGTTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAAACGGGTGA
AAGGAATAGCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAGGTACCTCTTGGCCTTGAGCAATG
GTAGCTTCCTGATAGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTTCTTGAAGTGAACCCTAAGATCGG
AACCTC*TAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCTGGTTCTTGCGAGTACTTCACCATG
GCTGCGGCTATC

QA 1 732 1 732
DS 



CO CL60Contig2 583 2 1 U
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AGGCCAAGAGGTACCTTGAGGATGTGATAGCTCACAAGCAGGCTATTCCTTTCACCCGTT
TCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCTCAAGCTAAGAACAGGCACTCCAATGGTCAAGGAC
GTTGGCCTGCTAAATCTGCTCAGTTTGTTCTTGATTTGCTCAAGAACGCTGAGAGCAATG
CTGAGGTGAAAGGTCTGGATGTTGATGCGCTCTTCATTTCGCACATCCAAGTCAACCAGG
CTGCGAAACAGAGGAGAAGGACTTACCGTGCTCATGGAAGAATCAACCCTTACATGTCCA
ACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTCAAGAAAGAGCCGG
AGACCCAGTTGGCAGCTAAGTCGAAGAAATCAAGTGCTTAAGCTTGAGTTTATTTTCAGT
TTCTTTTTTTTTTTTTGCGTTTTTGAACGAGATTTTGTTCCCTTTTCTTCATATTCTCAA
GACAATGGACAGAGTTCAATGTTGGTCTTATGAATCATTAATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DJ38JQ C 1
AF RR1DJ38TF U 1
BS 1 583 RR1DJ38TF

RD RR1DJ38JQ 583 0 0
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TCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCTCAAGCTAAGAACAGGCACTCCAATGGTCAAGGAC
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CTGAGGTGAAAGGTCTGGATGTTGATGCGCTCTTCATTTCGCACATCCAAGTCAACCAGG
CTGCGAAACAGAGGAGAAGGACTTACCGTGCTCATGGAAGAATCAACCCTTACATGTCCA
ACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTCAAGAAAGAGCCGG
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TTCTTTTTTTTTTTTTGCGTTTTTGAACGAGATTTTGTTCCCTTTTCTTCATATTCTCAA
GACAATGGACAGAGTTCAATGTTGGTCTTATGAATCATTAATC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1DJ38TF 583 0 0
GGGTTCACTTCAAGAACACTCGTGAAACAGCGCACGCTATCAGGAAGCTACCATTGCTCA
AGGCCAAGAGGTACCTTGAGGATGTGATAGCTCACAAGCAGGCTATTCCTTTCACCCGTT
TCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCTCAAGCTAAGAACAGGCACTCCAATGGTCAAGGAC
GTTGGCCTGCTAAATCTGCTCAGTTTGTTCTTGATTTGCTCAAGAACGCTGAGAGCAATG
CTGAGGTGAAAGGTCTGGATGTTGATGCGCTCTTCATTTCGCACATCCAAGTCAACCAGG
CTGCGAAACAGAGGAGAAGGACTTACCGTGCTCATGGAAGAATCAACCCTTACATGTCCA
ACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTCAAGAAAGAGCCGG
AGACCCAGTTGGCAGCTAAGTCGAAGAAATCAAGTGCTTAAGCTTGAGTTTATTTTCAGT
TTCTTTTTTTTTTTTTGCGTTTTTGAACGAGATTTTGTTCCCTTTTCTTCATATTCTCAA
GACAATGGACAGAGTTCAATGTTGGTCTTATGAATCATTAATC

QA 1 583 1 583
DS 



CO CL60Contig3 724 4 32 U
GGAAGTCTCTCCACAACTTTACTCGAATCGCTTCTGCCGCCGATCTCTTCCGTTAGCCGC
AGCCATGGTGAAGTACTCACAAGAACCTGACAATCAGACCAAGTCTTGCAAGGCTAGAGG
ATCCGATCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACTCGGGAAACAGCGCACGCTATAAGGAAGCT
ACCATTGCTCAAGGCCAAGAGGTACCTTGAGGATGTGATAGCTCACAAGCAGGCTATTCC
TTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCTCAAGCTAAGAACAGGCACTCCAA
TGGTCAAGGACGTTGGCCTGCTAAATCTGCCCAGTTTGTTCTTGATTTGCTCAAGAACGC
TGAGAGCAATGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTCTTCATTTCGCACATCCA
AGTTAACCAGGCCGCAAAACAGAGGAGAAGGACTTACCGTGCTCATGGAAGAATCAACCC
TTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTCAA
GAAAGAGCCGGAGACCCAGTTGGCAGCCAAGTCGAAGAAATCAAGTGCTTAAGCTTTCTT
TGTTTTTT*AGTTTCTACTTTTTGTGTTCGTGAAAGAGATTTTGCTCCCTTTTCTCTCCC
ATCTTTGCAAGACAATGGATAGATTTTCGTGGATTATTATTGTTGGTGTTATGAAAATTA
AACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1DF05TF U 34
AF RR1EH62TF U 1
AF RR1DF05JQ C 130
AF RR1FH59TF U 480
BS 1 153 RR1EH62TF
BS 154 154 RR1DF05TF
BS 155 168 RR1EH62TF
BS 169 169 RR1DF05TF
BS 170 171 RR1EH62TF
BS 172 172 RR1DF05TF
BS 173 195 RR1EH62TF
BS 196 196 RR1DF05TF
BS 197 300 RR1EH62TF
BS 301 301 RR1DF05TF
BS 302 330 RR1EH62TF
BS 331 331 RR1DF05TF
BS 332 342 RR1EH62TF
BS 343 343 RR1DF05TF
BS 344 423 RR1EH62TF
BS 424 424 RR1DF05TF
BS 425 432 RR1EH62TF
BS 433 433 RR1DF05TF
BS 434 508 RR1EH62TF
BS 509 509 RR1DF05TF
BS 510 583 RR1EH62TF
BS 584 585 RR1DF05TF
BS 586 588 RR1EH62TF
BS 589 589 RR1DF05TF
BS 590 608 RR1EH62TF
BS 609 609 RR1DF05TF
BS 610 622 RR1EH62TF
BS 623 623 RR1DF05TF
BS 624 698 RR1EH62TF
BS 699 699 RR1FH59TF
BS 700 713 RR1EH62TF
BS 714 724 RR1FH59TF

RD RR1DF05TF 626 0 0
GG
GCCGCCGATCTCTTCCGTTAGCCGCAGCCATGGTGAAGTACTCACAAGAACCTGACAATC
AGACCAAGTCTTGCAAGGCTAGAGGATCCGATCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACTCGGG
AAACAGCGCACGCTATAAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCCAAGAGGTACCTTGAGGATG
TGATAGCTCACAAGCAGGCTATTCCTTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTG
CTCAAGCTAAGAACAGGCACTCCAATGGTCAAGGACGTTGGCCTGCTAAATCTGCCCAGT
TTGTTCTTGATTTGCTCAAGAACGCTGAGAGCAATGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTG
ATGCGCTCTTCATTTCGCACATCCAAGTTAACCAGGCCGCAAAACAGAGGAGAAGGACTT
ACCGTGCTCATGGAAGAATCAACCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTT
TGTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTCAAGAAAGAGCCGGAGACCCAGTTGGCAGCCAAGTCGA
AGAAATCAAGTGCTTAAGCTTTCTTTGTTTTTT*AGTTTCTACTTTTTGTGTTCGTGAAA
GAGATTTTGCTCCCTTTTCTCTCC

QA 3 626 3 626
DS 

RD RR1EH62TF 713 0 0
GGAAGTCTCTCCACAACTTTACTCGAATCGCTTCTGCCGCCGATCTCTTCCGTTAGCCGC
AGCCATGGTGAAGTACTCACAAGAACCTGACAATCAGACCAAGTCTTGCAAGGCTAGAGG
ATCCGATCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACTCGCGAAACAGCGCACGCCATCAGGAAGCT
ACCATTGCTCAAGGCAAAGAGGTACCTTGAGGATGTGATAGCTCACAAGCAGGCTATTCC
TTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCTCAAGCTAAGAACAGGCACTCCAA
CGGTCAAGGACGTTGGCCTGCTAAATCTGCTCAGTTTGTTCTCGATTTGCTCAAGAACGC
TGAGAGCAATGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTCTTCATTTCGCACATCCA
AGTCAACCAGGCTGCAAAACAGAGGAGAAGGACTTACCGTGCTCATGGAAGAATCAACCC
TTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGCTGATTTTGTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTCAA
GAAAGAGCCGGAGACCCAGTTGGCAGCCAAGTCGAAGAAATCATCTGCCTAAGCTTTCTT
TGTTTTTTTAGTTTCTACTTTTCGTGTTCGTGAAAGAGATTTTGCTCCCTTTTCTCTCCC
ATCTTTGCAAGACAATGGATAGATTTTCGTGGATTATTGTTGTTGGTGTTATG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1DF05JQ 563 0 0
TAGGGTTCACTTCAAGAACACTCGGGAAACAGCGCACGCTATAAGGAAGCTACCATTGCT
CAAGGCCAAGAGGTACCTTGAGGATGTGATAGCTCACAAGCAGGCTATTCCTTTCACCCG
TTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCTCAAGCTAAGAACAGGCACTCCAATGGTCAAGG
ACGTTGGCCTGCTAAATCTGCCCAGTTTGTTCTTGATTTGCTCAAGAACGCTGAGAGCAA
TGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTCTTCATTTCGCACATCCAAGTTAACCA
GGCCGCAAAACAGAGGAGAAGGACTTACCGTGCTCATGGAAGAATCAACCCTTACATGTC
CAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTCAAGAAAGAGCC
GGAGACCCAGTTGGCAGCCAAGTCGAAGAAATCAAGTGCTTAAGCTTTCTTTGTTTTTT*
AGTTTCTACTTTTTGTGTTCGTGAAAGAGATTTTGCTCCCTTTTCTCTCCCATCTTTGCA
AGACAATGGATAGATTTTCGTGG

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1FH59TF 245 0 0
G
TTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTCAA
GAAAGAGCCGGAGACCCAGTTGGCAGCCAAGTCGAAGAAATCAAGTGCTTAAGCTTTCTT
TGTTTTTT*AGTTTCTACTTTTTGTGTTCGTGAAAGAGATTTTGCTCCCTTTTCTCTCCC
ATCTTTGCAAGACAATGGATAGATTTTCGTGGATTATTATTGTTGGTGTTATGAAAATTA
AACT

QA 2 245 2 245
DS 



AS 2 17

CO CL61Contig1 802 14 14 U
GACGGGAGACAGGAAGAGTTTCGAGACAGGAGAGGAGAAACATAAAAGCTCCAGAGAGAG
ATTTTCCCCAGATTTCCAACTTTCAACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTACAACTCAAGCG
ACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTCGGACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAACTGACGCGGTG
GTGGAGTCGTCGTCGGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCGGAG
GAGCATCTTGCACGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACACAGCAAGGA
TCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCC
ATT*GATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTT
GGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTG
GTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGG
AAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCG
TTTTGAAGGCTCCCATTTTTATTCGTTATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTA
TTAT***CCATGGTTGGATTTTACTTTCTTCTCCTTTTTTTT*GTATTTTCCCTTATTAC
TGCACAATAATATGATGATGATGACAAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAAAGCTTT
TATGGTTAATTTTACTTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 30 30 30 35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 35 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 55 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 55 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 55 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 40 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1BM95TF U 21
AF RR1EI14JQ C 338
AF RR1GL73TF U 31
AF RR1E445TF U 41
AF RR1H439TF U 26
AF RR1GL73JQ C 190
AF RR1AA40TF U 1
AF RR1B533JQ C 21
AF RR1AX33JQ C 190
AF RR1E445JQ C 114
AF RR1AX33TF U 23
AF RR1AA40JQ C 146
AF RR1BM95JQ C 193
AF RR1B533TF U 327
BS 1 201 RR1AA40TF
BS 202 202 RR1BM95TF
BS 203 278 RR1AA40TF
BS 279 279 RR1BM95TF
BS 280 503 RR1AA40TF
BS 504 504 RR1BM95TF
BS 505 664 RR1AA40TF
BS 665 667 RR1AX33TF
BS 668 702 RR1AA40TF
BS 703 703 RR1AX33TF
BS 704 709 RR1AA40TF
BS 710 710 RR1AX33TF
BS 711 801 RR1AA40TF
BS 802 802 RR1AA40JQ

RD RR1BM95TF 563 0 0
GG
GAGACAGGAGAGGAGAAACATAAAAGCTCCAGAGAGAGATTTTCCCCAGATTTCCAACTT
TCAACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTACAACTCAAGCGACTGCTCGCATCGCGGCGAATC
TCGGACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAACTGACGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACA
AGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCGGAGGAGCATCTTGCACGAAAGGTGA
TAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACACAGCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGA
AGATCAATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGGGATGGACTTCTAC
GGGTGACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTG
CTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGT
TGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGA
ACTGATCATTACATCTTCGAC

QA 3 563 3 563
DS 

RD RR1EI14JQ 299 0 0
CCACCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGGGATGGACTTTTACGGGTGACCC*TTATG
CCAATGTTGGGGACTCCGCTTTTGGTTTCGATTTTGAGCAAGCTGCTAAGTTTTTTGCTC
AGGGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGT
TTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATT
TTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGGCTCCCATTTTTATTCGTTATTTTAGCA

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR1GL73TF 665 0 0
G
GAGGAGAAACATAAAAGCTCCAGAGAGAGATTTTCCCCAGATTTCCAACTTTCAACGTGA
CGATGGCGCTTCGTGCTACAACTCAAGCGACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTCGGACGTG
TAGGTCGGACTTTCTCAACTGACGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACAAGCGGGGCG
AGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCGGAGGAGCATCTTGCACGAAAGGTGATAATATACT
CACCAGCAAGAACAGCGACATAGCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCAATT
TCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCC
*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAGTCTT
TTGCCCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGTCCCAGAACACCGTTGTTGAAGG
CTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATCAT
TACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGGCTCCCATTTTTATTCGTTATTT
TAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTATTAT***CCATGGTTGGATTTTACTTTCTTC
TCCT

QA 2 665 2 665
DS 

RD RR1E445TF 662 0 0
CATAAAAGCTCCAGAGAGAGATTTTCCCCAGATTTCCAACTTTCAACGTGACGATGGCGC
TTCGTGCTACAACTCAAGCGACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTCGGACGTGTAGGTCGGA
CTTTCTCAACTGACGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTA
GTGTCTCCGGAATCCCGGAGGAGCATCTTGCACGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAA
GAACAGCGACACAGCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCA
CCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCC*TTATGCCA
ATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGC
GTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTT
ACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATCTTC
GACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGGCTCCCATTTTTATTCGTTATTTTAGCATCTG
GGAGCTTTTTCACTGAACTATTAT***CCATGGTTGGATTTTACTTTCTTCTCCTTTTTT
T
G

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1H439TF 678 0 0
GG
AGGAGAGGAGAAACATAAAAGCTCCAGAGAGAGATTTTCCCCAGATTTCCAACTTTCAAC
GTGACGATGGCGCTTCGTGCTACAACTCAAGCGACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTCGGA
CGTGTAGGTCGGACTTTCTCAACTGACGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACAAGCGG
GGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCGGAGGAGCATCTTGCACGAAAGGTGATAATA
TACTCACCAGCAAGAACAGCGACACAGCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATC
AATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGGGATGGACTTCTACGGGTG
ACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAG
TCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTGTTG
AAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGA
TCATTACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGGCTCCCATTTTTATTCGTT
ATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTATTAT***CCATGGTTGGATTTTACTTT
CTTCTCCTTTTTTT
GT

QA 3 676 3 676
DS 

RD RR1GL73JQ 585 0 0
TCGTCGGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCGGAGGAGCATCTT
GCACGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACATAGCAAGGATCTGGAAAA
CTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGG
GATGGACTTTTACGGGTGACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGAT
TTTGAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCCCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGT
CCCAGAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTTTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAG
CCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATTTTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGG
CTCCCATTTTTATTCGTTATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTATTAT***CC
ATGGTTGGATTTTACTTTTTTCTCCTTTTTTTTTGTATTTTCCCTTATTACTGCACAATA
ATATGATGATGATGACAAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAA

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1AA40TF 801 0 0
GACGGGAGACAGGAAGAGTTTCGAGACAGGAGAGGAGAAACATAAAAGCTCCAGAGAGAG
ATTTTCCCCAGATTTCCAACTTTCAACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTACAACTCAAGCG
ACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTCGGACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAACTGACGCGGTG
GTGGAGTCGTCGTCGGATTACGAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCGGAG
GAGCATCTTGCACGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCGAGAACAGCGACACAGCAAGGA
TCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCC
ATT*GATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTT
GGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTG
GTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTATTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGG
AAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCG
TTTTGAAGGCTCCCATTTTTATTCGTTATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTA
TTATTATCCATGGTTGGATTTTACTTTCTTCTCCTTTTTTTTTGTATTTCCCCTTATTAC
TGCACAATAATATGATGATGATGACAAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAAAGCTTT
TATGGTTAATTTTACTTGATC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1B533JQ 767 0 0
GG
GAGACAGGAAAGGAGAAACATAAAAGCTCCAGAGAGAGATTTTCCCCAGATTTCCAACTT
TCAACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTACAACTCAAGCGACTGCTCGCATCGCGGCGAATC
TCGGACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAACTGACGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACA
AGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCGGAGGAGCATCTTGCACGAAAGGTGA
TAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACACAGCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGA
AGATCAATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGGGATGGACTTCTAC
GGGTGACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTG
CTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGT
TGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGA
ACTGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGGCTCCCATTTTTAT
TCGTTATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTATTAT***CCATGGTTGGATTTT
ACTTTCTTCTCCTTTTTTTT*GTATTTTCCCTTATTACTGCACAATAATATGATGATGAT
GACAAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAAAGCTTTTATGGT
C

QA 3 766 3 766
DS 

RD RR1AX33JQ 598 0 0
TCGTCGGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTTTCCGGAATCCCGGAGGAGCATCTT
GCACGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACACAGCAAGGATCTGGAAAA
CTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGG
GATGGACTTTTACGGGTGACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGAT
TCTGAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGT
CCCAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAG
CCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGG
CTCCCATTTTTATTCGTTATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTATTAT***CC
ATGGTTGGATTTTACTTTCTTCTCCTTTTTTTT*GTATTTTCCCTTATTACTGCACAATA
ATATGATGATGATGACAAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAAAGCTTTTATGG
GC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1E445JQ 673 0 0
TCAAGCGACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTCGGACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAACTGA
CGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAAT
CCCGGAGGAGCATCTTGCACGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACACA
GCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGG
AGAATCCATT*GATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTC
CGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGA
TTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTT
CAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAGA
CACTTCGTTTTGAAGGCTCCCATTTTTATTCGTTATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCAC
TGAACTATTAT***CCATGGTTGGATTTTACTTTCTTCTCCTTTTTTTT*GTATTTTCCC
TTATTACTGCACAATAATTTGATGATGATGACAAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAA
AAGCTTTTATGGT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1AX33TF 759 0 0
GG
GACAGGAGAGGAGAAACATAAAAGCTCCAGAGAGAGATTTTCCCCAGATTTCCAACTTTC
AACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTACAACTCAAGCGACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTC
GGACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAACTGACGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACAAG
CGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCGGAGGAGCATCTTGCACGAAAGGTGATA
ATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACACAGCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAG
ATCAATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGGGATGGACTTCTACGG
GTGACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCT
AAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTG
TTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAAC
TGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGGCTCCCATTTTTATTC
GTTATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTATTAT***CCATGGTTGGATTTTAC
TTTCTTCTCCTTTTTTTT*GTATTTTCCCTTATTACTGCACAATAATATGATGATGATGA
CAAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAAAGCTTTT

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR1AA40JQ 657 0 0
GACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAACTGACGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACGAGC
GGGGCGAGATCGGTAGTGTTTCCGGAATCCCGGAGGAGCATCTTGCACGAAAGGTGATAA
TATACTCACCAGCGAGAACAGCGACACAGCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGA
TCAATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGGGATGGACTTTTACGGG
TGACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTA
AGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTAT
TGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACT
GATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGGCTCCCATTTTTATTCG
TTATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTATTATTATCCATGGTTGGATTTTACT
TTCTTCTCCTTTTTTTTTGTATTTCCCCTTATTACTGCACAATAATATGATGATGATGAC
AAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAAAGCTTTTATGGTTAATTTTACTTGATCC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1BM95JQ 610 0 0
TCGGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCGGAGGAGCATCTTGCA
CGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACACAGCAAGGATCTGGAAAACTT
GGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCC*TTAAGTGGGAGAATCCATT*GATGGGAT
GGACTTCTACGGGTGACCC*TTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCT
GAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGTCCC
AAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCT
CAACCAGAGAACTGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGGCTC
CCATTTTTATTCGTTATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTATTAT***CCATG
GTTGGATTTTACTTTCTTCTCCTTTTTTTT*GTATTTTCCCTTATTACTGCACAATAATA
TGATGATGATGACAAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAAAGCTTTTATGGTTAATTT
TACTTGATC
C

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1B533TF 463 0 0
AAT
TTTCGTCTCCACCCCTTAAGTGGGAGAATCCATTTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGAC
CCCTTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAGTC
TTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTGTTGAA
GGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATC
ATTACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTTTGAAGGCTCCCATTTTTATTCGTTAT
TTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGAACTATTAT***CCATGGTTGGATTTTACTTTCT
TCTCCTTTTTTTT*GTATTTTCCCTTATTACTGCACAATAATATGATGATGATGACAAAC
ACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAAAGCTTTTATGGT
CAA

QA 4 460 4 460
DS 



CO CL61Contig2 782 3 2 U
GGACAAATCTCGACGGGAGACAGGAGGAGTTTCGAGACAGGAGAGGAGAAACATAAAAGC
TCCAGAGAGAGATTTTCCCCAGATTTCCAACTTTCAACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTA
CAACTCAAGCGACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTCGGACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAA
CTGACGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCG
GAATCCCGGAGGAGCATCTTG**CGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGA
CACAGCGAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCCTTAAGT
GGGAGAATCCATTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGGTGACT
CCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGG
ATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACT
TCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAG
ACACTTCGTTTTGAAGACTCCCATTTTTATTCGTTATTTTATCATCTGGGAGCTTTTTCA
CTAAACTATTATCCATGGTTGGATTTTACTTTCTTCTCCTTTTTTTTGTATTTTCCCTTA
TTACTGCACAATAATATGATGATGATGACAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAAGCT
TT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B779JQ C 1
AF RR1B779TF U 1
AF RR1EI14TF U 10
BS 1 747 RR1B779TF
BS 748 782 RR1EI14TF

RD RR1B779JQ 735 0 0
GGACAAATCTCGACGGGAGACAGGAGGAGTTTCGAGACAGGAGAGGAGAAACATAAAAGC
TCCAGAGAGAGATTTTCCCCAGATTTCCAACTTTCAACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTA
CAACTCAAGCGACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTCGGACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAA
CTGACGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCG
GAATCCCGGAGGAGCATCTTG**CGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGA
CACAGCGAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCCTTAAGT
GGGAGAATCCATTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGGTGACT
CCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGG
ATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACT
TCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAG
ACACTTCGTTTTGAAGACTCCCATTTTTATTCGTTATTTTATCATCTGGGAGCTTTTTCA
CTAAACTATTATCCATGGTTGGATTTTACTTTCTTCTCCTTTTTTTTGTATTTTCCCTTA
TTACTGCACAATAAT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1B779TF 747 0 0
GGACAAATCTCGACGGGAGACAGGAGGAGTTTCGAGACAGGAGAGGAGAAACATAAAAGC
TCCAGAGAGAGATTTTCCCCAGATTTCCAACTTTCAACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTA
CAACTCAAGCGACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTCGGACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAA
CTGACGCGGTGGTGGAGTCGTCGTCGGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCG
GAATCCCGGAGGAGCATCTTG**CGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGA
CACAGCGAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCCTTAAGT
GGGAGAATCCATTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGGTGACT
CCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGG
ATTATGTGGTCAAGAGTCCCAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACT
TCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAG
ACACTTCGTTTTGAAGACTCCCATTTTTATTCGTTATTTTATCATCTGGGAGCTTTTTCA
CTAAACTATTATCCATGGTTGGATTTTACTTTCTTCTCCTTTTTTTTGTATTTTCCCTTA
TTACTGCACAATAATATGATGATGATG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1EI14TF 773 0 0
GG
GACGGGAGACAGGAGGAGTTTCGAGACAGGAGAGGAGAAACATAAAAGCTCCAGAGAGAG
ATTTTCCCCAGATTTCCAACTTTCAACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTACAGCTCAAGCG
ACTGCTCGCATCGCGGCGAATCTCGGACGTGTAGGTCGGACTTTCTCAACTGACGCGGTG
GTGGAGTCGTCGTCGGATTACAAGCGGGGCGAGATTGGTAGTGTCTCCGGAATCCCGGAG
GAGCATCTTGCACGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACACAGCAAGGA
TCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCCTTAAGTGGGAGAATCCA
TTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGT
TTCGATTCTGAGCAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTC
AAGAGTCCCAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCAGACAACTTCAAGTGGAAA
GGCAAGCCTCAACCAGAGAACTGATCATTACATCTTCGACCAAAAGGAGACACTTCGTTT
TGAAGGCTCCCATTTTTATTCGTTATTTTAGCATCTGGGAGCTTTTTCACTGGACTATTA
TCCATGGTTGGATTTTACTTTCTTCTCCTTTTTTT*GTATCTTCCCTTATTACTGCACAA
TAATATGATGATGATGACAACACACCTCCTTTGGTATTTCATCAAAGCTTT

QA 3 773 3 773
DS 



AS 2 16

CO CL62Contig1 890 11 16 U
GGACACATCAAAGCATCACACACACAAACACACACTTTCTCTTCTCTTCTTTGATCTTTC
CTCTCTTCTACACATTCAAATGGCCACTGCTGATGTTGAACAAGTGACTCCAGCCGCAGC
TGAGCACGTCGAGGTGACACCACCAAAGACAGTGGAGCCTGAGGAAACTGTTGTGGCTGA
CTCTGCTCCAGCACCGGTAACAGAAACTAAAGCTCCAGTGGAAGAAACAGAGGAAACCAA
GACAGAGACGGAGGAGATCAAGAAAGAGGAAGAAGCTCCCGTCGAAGTAACCACTAAAGA
CGTCCATGTGGAAGAAGCTCCAGCCGCTGTGGAGGAAGAGAGCAAGACAGAGGAAGTCGT
AGAGCCTAAGAAAGAGGAAGAAGTGGAAGAAACAAAGACAGAGGAAACTCCAGCGGTTGT
GGAGGAAGAGAGCAAAGCAGAGGAAGTTGTAGAGCCCAAGAAAGAGGAAGAAACTCCGGC
GGTTGTTGAGGAAGAGAGCAAAACAGAGGAAGTCGTAGAGCCCAAGAAAGAGGAAGAAGC
ACCGGTGGTTGTGGAAGAAGAGACCAAAGCAGAGGAAGAAGTGAAGAAGACAGAGGAAAC
TCCAGCTGTTGTGGAGGAAGAGAAGAAGCCAGAAGCAGAGGAGGAGGAGAAAACCACTGA
AGTAGCCGCCGTCGAAGCCGCCGCAGCTCCAGCAGAAGTTGCCGTGGAGAAGGCTGATGA
GTAAATCTGAAAGAAGAAGA**AAGTACACTATTTGCTACTTTTTTTTAAAAGTACGTTG
CGTCTTTGCTTTGTTGTTCTGAGTCTGTCACTATTGTCCCTTTTTGCATCACCCTCTCTT
TTTAAGTTTCTATCTTCCATATGTTTAATATAAATTAAAAATCATCTTTA


BQ
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 25 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 45 45 45 45 45 45 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G432TF U 1
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AF RR1CB34JQ C 85
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BS 654 712 RR1CB34TF
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DS 

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AGGAAGAGAGCAAAGCAGAGGAAGTTGTAGAGCCCAAGAAAGAGGAAGAAACTCCGGCGG
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DS 

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CGTCCATGTGGAAGAAGCTCCAGCCGCTGTGGAGGAAGAGAGCAAGACAGAGGAAGTCGT
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CGTCCATGTGGAAGAAGCTCCAGCCGCTGTGGAGGAAGAGAGCAAGACAGAGGAAGTCGC
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GC
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CTGCTCCAGCACCGGTAACAGAAACTAAAGCTCCAGTGGAAGAAACAGAGGAAACCAAGA
CAGAGACGGAGGAGATCAAGAAAGAGGAAGAAGCTCCCGTCGAAGTAACCACTAAAGACG
TCCATGTGGAAGAAGCTCCAGCCGCTGTGGAGGAAGAGAGCAAGACAGAGGAAGTCGTAG
AGCCTAAGAAAGAGGAAGAAGTGGAAGAAACAAAGACAGAGGAAACTCCAGCGGTTGTGG
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GACGTCCATGTGGAAGAAGCTCCAGCCGCTGTGGAGGAAGAGAGCAAGACAGAGGAAGTC
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TTTTTAAGTTTCTATCTTCCATATG

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TTT**AAAAGTACGTTGCGTCTTTGCTTTGTTGTTCTGAGTCTGTCACTATTGTCCCTTT
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ATCTTTA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1CV33JQ 724 0 0
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TTTA

QA 1 724 1 724
DS 



CO CL62Contig2 848 5 4 U
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GATGCAAAAAGGGACAATAGTGACAGACTCAGAACAACAAAGCAAAGACGCAACGTACTT
TTAAAAAAAAGTAGCAAATAGTGTACTTCTTCTTCTTCTTTCAGATTTACTCATCAGCCT
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CTTCCTCTTTCTTGGGCTCTACAGCTTCCTCTGCTTTGCTCTCTTCCTCCACAACCGCTG
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GAAGAGAGGAGAGATCAAAGAAGAGAAGAGAAAGTGTGTGTTTGTGTGTGTGATGCTTTG
ATGTGTCC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

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C

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CTTCCTCAACAACCGCCGGAGTTTCTTCCTCTTTCTTGGGCTCTACAGCTTCCTCTGCTT
TGCTCTCTTCCTCCACAACCGCTGGAGTTTCCTCTGTCTTTGTTTCTTCCACTTCTTCCT
CTTTCTTAGGCTCTACGACTTCCTCTGTCTTGCTCTCTTCCTCCACAGCGGCTGGAGCTT
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CTTTAGTTTCTGTTACCGGTGCTGGAGCAGAGTCAGCCACAACAGTTTCCTCAGGCTCCA
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TGTGTTTGTGTGTGTGATGCTTTGATGTGTCC

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DS 



AS 2 16

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TGATAATAAGTGATGATTTTAGCATCAGCTACTATGAGATCTCTCTTCCTAACAATATCT
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AGGAACCAAGAGATCACTTTCTTGATGCCTAACGACGAGGATATCTCTCAAGCAGACATG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 45 50 50 50 50 55 55 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 
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75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 7 708 7 708
DS 

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TAAGACACGACAACCAAAGCAGCGACCTCTTCTCCGCCATTTCCGACATGAGAAGAGAAT
CATACTACGGTTTTGTCACACTTCTTCACGTCCTCAACGACACAGGCTTCTTCAGGAACC
AAGAGATCACTTTCTTGATGCCTAACTACGAGGATATCTCTCAAGCAGACATGACTCAAG
AGAGTCTTGAGACGTTTATACTAAGACACACGATCCCTGCGTGGCTTATGATCAACCACA
TGCTTCGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATGTTCACAA
TTACAAAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTCTCCTAATA
TTTGTCAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTCGATGAAG
ACTCGTTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAATCACTTCGCCCA
GGCACTGAGGGTCTGAGGAGATGTTCTAATGTTCTTTTTTTTTCAAGAAATAAGAGTCGT
AGTGTGACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCTCTACCAGGAT

QA 5 768 5 768
DS 

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GG
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TGTTCTTCTTCCTTCTCACGATTCTTGCATCCACCGTGACCGAGCCACGTCCAACTCCCA
TACTAAGACGCGACAACCAAAGCAGCGACCTCTTCTCCGCCATTTCCGACATGAGAAGAG
AATCATACTACGGTTTTGTCACACTTCTTCACGTCCTCAACGACACAGGCTTCTTCAGGA
ACCAAGAGATCACTTTCTTGATGCCTAACGACGAGGATATCTCTCAAGCAGACATGACTC
GAGAGAGTCTTGAGACGTTTATACTAAGACACACGATCCCTGCGTGGCCTATGATCAACC
ACATGCTCCGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATGTTCA
CAATTACAAAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTCTCCTA
ATATTTGTCAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTCGATG
AAGACTCGTTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAATCACTTCGC
CGAGGCACTGAGGGTGTGAGGAGATGTTCTAATGTT*****TTTTTTAATAAATAAGAGT
TGTAGTGTGACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCTCTACCAGGAT

QA 3 709 3 709
DS 

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TTCTTCCTTCTCACGATTCTTGCATCCACCGTGACCGAGCCACGTCCAATTCCCATACTA
AGACACGACAACCAAAGCAGCGACCTCTTCTCCGCCATTTCCGACATGAGAAGAGAATCA
TACTACGGTTTTGTCACACTTCTTCACGTCCTCAACGACACAGGCTTCTTCAGGAACCAA
GAGACCACTTTCTTGATGCCTAACGACGAGGATATCTCTCAAGTAGACATGACTCAAGAG
AGTCTTGAGACGTTTATACTAAGACACACGATCCCTGCGTGGCTTATGATCAACCACATG
CTTCGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATGTTCACAATT
ACAAAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTCTCCTAATATT
TGTCAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTCGATGAAGAC
TCGTTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAATCACTTCGCCGAGG
CACTGAGGGTGTGAGGAGATGTTCTAATGTT****TTTTTTTAATAAATAAGAGTTGTAG
TGTGACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1CA55TF 702 0 0
GG
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TGTTCTTCTTCCTTCTCACGATTCTTGCATCCACCGTGACCGAGCCACGTCCAACTCCCA
TACTAAGACACGACAACCAAAGCAGCGACCTCTTCTCCGCCATTTCCGACATGAGAAGAG
AATCATACTACGGTTTTGTCACACTTCTTCACGTCCTCAACGACACAGGCTTCTTCAGGA
ACCAAGAGATCACTTTCTTGATGCCTAACGACGAGGATATCTCTCAAGCAGACATGACTC
AAGAGAGTCTTGAGACGTTTATACTAAGACACACGATCCCTGCGTGGCTTATGATCAACC
ACATGCTTCGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATGTTCA
CAATTACAAAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTCTCCTA
ATATTTGTCAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTCGATG
AAGACTCGTTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAATCACTTCGC
CGAGGCACTGAGGGTGTGAGGAGATGTTCTAATGTT*****TTTTTTTATAAATAAGAGT
TGTAGTGTGACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCTCTA

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR1AO10TF 803 0 0
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TGATAATAAGTGATGATTTTAGCATCAGCTACTATGAGATCTCTCTTCCTAACAATATCT
CCCTTGTTCTTCTTCCTTCTCACGATTCTTGCATCCACCGTGACCGAGCCACGTCCAACT
CCCATACTAAGACACGACAACCAAAGCAGCGACCTCTTCTCCGCCATTTCCGACATGAGA
AGAGAATCATACTACGGTTTTGTCACACTTCTTCACGTCCTCAACGACACAGGCTTCTTC
AGGAACCAAGAGATCACTTTCTTGATGCCTAACGACGAGGATATCTCTCAAGCAGACATG
ACTCAAGAGAGTCTTGAGACGTTTATACTAAGACACACGATCCCTGCGTGGCTTATGATC
AACCACATGCTTCGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATG
TTCACAATTACAAAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTCT
CCTAATATTTGTCAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTC
GATGAAGACTCGTTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAACCACT
TCGCCGAGGCACTGAGGGTGTGAGGAGATGTTCTAATGTTTTTTTTTTTTTAATAAATAA
GAGTTGTAGTGTGACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCTCTACCAGGATTTCGGATTA
AATGTTACTAGACTAATTAATGT

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DS 

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AGGG
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AAGTGATGATTTTAGCATCAGCTACTATGAGATCTCTCTTCCTAACAATATCTCCCTTGT
TCTTCTTCCTTCTCACGATTCTTGCATCCACCGTGACCGAGCCACGTCCAACTCCCATAT
TAAGACACGACAACCAAAGCAGCGACCTCTTTTCCGCCATTTCCGACATGAGAAGAGAAT
CATACTACGGTTTTGTCACACTTCTTCACGTCCTCAACGACACAGGCTTCTTCAGGAACC
AAGAGATCACTTTCTTGATGCCTAACTACGAGGATATCTCTCAAGCAGACATGACTCAAG
AGAGTCTTGAGACGTTTATACTAAGACACACGATCCCTGCGTGGCTTATGATCAACCACA
TGCTTCGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATGTTCACAA
TTACAAAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTCTCCTAATA
TTTGTCAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTCGATGAAG
ACTCGTTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAATCACTTCGCCCA
GGCACTGAGGGTCTGAGGAGATGTTCTAATGTTCTTTTTTTTTCAAGAAATAAGAGTCGT
AGTGTGACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCTCTACCAGGATTTCGGATTAAATGTTA
CTAGACTAATTAATG
C

QA 5 799 5 799
DS 

RD RR1BW48JQ 756 0 0
GG
AATAAGTGATGATTTTAGCATCAGCTACTATGAGATCTCTCTTCCTAACAATATCTCCCT
TGTTCTTCTTCCTTCTCACGATTCTTGCATCCACCGTGACCGAGCCACGTCCAATTCCCA
TACTAAGACACGACAACCAAAGCAGCGACCTCTTCTCCGCCATTTCCGACATGAGAAGAG
AATCATACTACGGTTTTGTCACACTTCTTCACGTCCTCAACGACACAGGCTTCTTCAGGA
ACCAAGAGATCACTTTCTTGATGCCTAACGACGAGGATATCTCTCAAGTAGACATGACTC
AAGAGAGTCTTGAGACGTTTATACTAAGACACACGATCCCTGCGTGGCTTATGATCAACC
ACATGCTTCGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATGTTCA
CAATTACAAAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTCTCCTA
ATATTTGTCAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTCGATG
AAGACTCGTTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAATCACTTCGC
CGAGGCACTGAGGGTGTGAGGAGATGTTCTAATGTT***TTTTTTTTAATAAATAAGAGT
TGTAGTGTGACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCTCTACCAGGATTTCGGATTAAATG
TTACTAGACTAATTAATGTAAAAGAGTTGCATGG

QA 3 756 3 756
DS 

RD RR1AO10JQ 671 0 0
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CACGACAACCAAAGCAGCGACCTCTTCTCCGCCATTTCCGACATGAGAAGAGAATCATAC
TACGGTTTTGTCACACTTCTTCACGTCCTCAACGACACAGGCTTCTTCAGGAACCAAGAG
ATCACTTTCTTGATGCCTAACGACGAGGATATCTCTCAAGCAGACATGACTCAAGAGAGT
CTTGAGACGTTTATACTAAGACACACGATCCCTGCGTGGCTTATGATCAACCACATGCTT
CGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATGTTCACAATTACA
AAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTCTCCTAATATTTGT
CAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTCGATGAAGACTCG
TTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAACCACTTCGCCGAGGCAC
TGAGGGTGTGAGGAGATGTTCTAATGTT*TTTTTTTTTTAATAAATAAGAGTTGTAGTGT
GACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCTCTACCAGGATTTCGGATTAAATGTTACTAGA
CTAATTAATGT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1DO20TF 753 0 0
GG
ATAAGTGATGATTTTAGCATCAGCTACTATGAGATCTCTCTTCCTAACAATATCTCCCTT
GTTCTTCTTCCTTCTCACGATTCTTGCATCCACCGTGACCGAGCCACGTCCAACTCCCAT
ACTAAGACACGACAACCAAAGCAGCGACCTCTTCTCCGCCATTTCCGACATGAGAAGAGA
ATCATACTACGGTTTTGTCACACTTCTTCACGTCCTCAACGACACAGGCTTCTTCAGGAA
CCAAGAGATCACTTTCTTGATGCCTAACGACGAGGATATCTCTCAAGCAGACATGACTCA
AGAGAGTCTTGAGACGTTTATACTAAGACACGCGATCCCTGCGTGGCTTATGATCAACCA
CATGCTTCGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATGTTCAC
AATTACAAAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTCTCCTAA
TATTTGTCAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTCGATGA
AGACTCGTTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAATCACTTCGCC
GAGGCACTGAGGGTGTGAGGAGATGTTCTAATGTT******TTTTTTATAAATAAGAGTT
GTAGTGTGACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCTCTACCAGGATTTCGGATTAAATGT
TACTAGACTAATTAATGTAAAAGAGTTGCAT

QA 3 753 3 753
DS 

RD RR1AK56TF 528 0 0
G
GGCTTCTTCAGGAGCCAAGAGATCACTTTCTTGATGCCTAACGACGAGGATATCTCTCAA
GCAGACATGACTCAAGAGAGTCTTGAGACGTTTATACTAAGACACACGATCCCTGCGTGG
CTTATGATCAACCACATGCTTCGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCT
GATAAAATGTTCACAATTACAAAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGG
ATTGTTTCTCCTAATATTTGTCAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTT
GTTACGTTCGATGAAGACTCGTTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCA
AGAATCACTTCGCCGAGGCACTGAGGGTGTGAGGAGATGTTCTAATGTT***TTTTTTTT
AATAAATA***GTTGTAGTGTGACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCTCTACCAGGAT
TTCGGATTAAATGTTACTAGACTAATTAATGTAAAAGAGTTGCATGG

QA 2 528 2 528
DS 

RD RR1AX44TF 818 0 0
GG
GATGATTTTAGCATCAGCTACTATGAGATCTCTCTTCCTAACAATATCTCCCTTGTTCTT
CTTCCTTCTCACGATTCTTGCATCCACCGTGACCGAGCCACGTCCAACTCCCATACTAAG
ACACGACAACCAAAGCAGCGACCTCTTCTCCGCCATTTCCGACATGAGAAGAGAATCATA
CTACGGTTTTGTCACACTTCTTCACGTCCTCAACGACACAGGCTTCTTCAGGAACCAAGA
GATCACTTTCTTGATGCCTAACGACGAGGATATCTCTCAAGCAGACATGACTCAAGAGAG
TCTTGAGACGTTTATACTAAGACACACGATCCCTGCGTGGCTTATGATCAACCACATGCT
TCGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATGTTCACAATTAC
AAAGTCTGGTGGGTCTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTCTCCTAATATTTG
TCAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTCGATGAAGACTC
GTTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAATCACTTCGCCGAGGCA
CTGAGGGTGTGAGGAGATGTTCTAATGTT***TTTTTTTTAATAAATAAGAGTTGTAGTG
TGACTAATAAACTCTAGACTATGTTCTCCTCTACCAGGATTTCGGATTAAATGTTACTAG
ACTAATTAATGTAAAAGAGTTGCATGGAATGTGAGTAACAAAATTGATAAAACTCTTAGA
CAGTGCAGAACATCATCATTGTCTATCAGTTTGATA

QA 3 818 3 818
DS 

RD RR1E565JQ 513 0 0
CGCTTCCCTAACAAAACTCTTGTCCCTTGTAGCATCCCTGATAAAATGTTCACAATTACA
AAGTTTGGTGGGTTTGGACTTTATGTGAACAATGCGAGGATTGTTTTTCCTAATATTTGT
CAGAACTCTCGCATATCGTGTCATGGAATCAGTAATGTTATTACGTTCGATGAAGACTCG
TTTCCAAAGGGAAAATTACCACACAAAATGTTATCATCAAGAATCACTTCGCCGAGGCAC
TGAGGGTGTGAGGAGATGTTTTAATGTT****TTTTTTTAATAAATAAGAGTTGTAGTGT
GACTAATAAACTTTAGACTATGTTTTCCTTTACCAGGATTTCGGATTAAATGTTACTAGA
CTAATTAATGTAAAAGAGTTGCATGGAATGTGAGTAACAAAATTGATAAAACTTTTAGAC
AGTGCAGAACATCATCATTGTCTATCAGTTTGATAAGCAATTATTGGTTTTGACTCAAGA
CTGTGATTGATACAGGTTAAATTGAATAGAGTT

QA 1 513 1 513
DS 



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AGCTTATCATGAGATTGATCTCCAACAAAAGCTAAAGATAACTCTATTCAATTTAACCTG
TATCAATCACAGTCTTGAGTCAGAACCAATAATTGCTTATCAAACTGATAGACAATGATG
ATGTTCTGCACTGTCTAAGAGTTTTATCAAGTTTGTTACTCACATTCCATGCAACTCTTT
TACATTAATTAGTCTAGTAACATTTAATCCGAAATCCTGGTAGAGGAGAACATAGTCTAG
AGTTTATTAGTCACACTACGACTCTTATTTCTTGAAAAAAAAA**AGAACATTAGAACAT
CTCCTCAGACCCTCAGTGCCTGGGCGAAGTGATTCTTGATGATAACATTTTGTGTGGTAA
TTTTCCCTTTGGAAACGAGTCTTCATCGAACGTAATAACATTACTGATTCCATGACACGA
TATGCGAGAGTTCTGACAAATATTAGGAGAAACAATCCTCGCATTGTTCACATAAAGTCC
AGACCCACCAGACTTTGTAATTGTGAACATTTTATCAGGGATGCTACAAGGGACAAGAGT
TTTGTTAGGGAAGCGAAGCATGTGGTTGATCATAAGCCACGCAGGGATCGTGTGTCTTAG
TATAAACGTCTCAAGACTCTCTTGAGTCATGTCTGCTTGAGGGATATCCTCGTCGTTAGG
CATCAAGAAAGTGATCTCTTGGTTCCTGAAGAAGCCTGTGTCGTTGAGGACGTGAAGAAG
TGTGACAAAACCGTAGTATGATTCTCTTCTCATGTCGGAAATGGCGGAGAAGAGGTCGCT
GCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1FI87JQ U 1
AF RR1FI87TF C 1
AF RR1AJ48JQ U 29
BS 1 587 RR1FI87JQ
BS 588 784 RR1AJ48JQ

RD RR1FI87JQ 588 0 0
AGCTTATCATGAGATTGATCTCCAACAAAAGCTAAAGATAACTCTATTCAATTTAACCTG
TATCAATCACAGTCTTGAGTCAGAACCAATAATTGCTTATCAAACTGATAGACAATGATG
ATGTTCTGCACTGTCTAAGAGTTTTATCAAGTTTGTTACTCACATTCCATGCAACTCTTT
TACATTAATTAGTCTAGTAACATTTAATCCGAAATCCTGGTAGAGGAGAACATAGTCTAG
AGTTTATTAGTCACACTACGACTCTTATTTCTTGAAAAAAAAA**AGAACATTAGAACAT
CTCCTCAGACCCTCAGTGCCTGGGCGAAGTGATTCTTGATGATAACATTTTGTGTGGTAA
TTTTCCCTTTGGAAACGAGTCTTCATCGAACGTAATAACATTACTGATTCCATGACACGA
TATGCGAGAGTTCTGACAAATATTAGGAGAAACAATCCTCGCATTGTTCACATAAAGTCC
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TTTGTTAGGGAAGCGAAGCATGTGGTTGATCATAAGCCACGCAGGGA
C

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1FI87TF 588 0 0
AGCTTATCATGAGATTGATCTCCAACAAAAGCTAAAGATAACTCTATTCAATTTAACCTG
TATCAATCACAGTCTTGAGTCAGAACCAATAATTGCTTATCAAACTGATAGACAATGATG
ATGTTCTGCACTGTCTAAGAGTTTTATCAAGTTTGTTACTCACATTCCATGCAACTCTTT
TACATTAATTAGTCTAGTAACATTTAATCCGAAATCCTGGTAGAGGAGAACATAGTCTAG
AGTTTATTAGTCACACTACGACTCTTATTTCTTGAAAAAAAAA**AGAACATTAGAACAT
CTCCTCAGACCCTCAGTGCCTGGGCGAAGTGATTCTTGATGATAACATTTTGTGTGGTAA
TTTTCCCTTTGGAAACGAGTCTTCATCGAACGTAATAACATTACTGATTCCATGACACGA
TATGCGAGAGTTCTGACAAATATTAGGAGAAACAATCCTCGCATTGTTCACATAAAGTCC
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TTTGTTAGGGAAGCGAAGCATGTGGTTGATCATAAGCCACGCAGGGA
C

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1AJ48JQ 756 0 0
CG
GCTAAAGATAACTCTATTCAATTTAACCTGTATCAATCACAGTCTTGAGTCAAAACCAAT
AATTGCTTATCAAACTGATAGACAATGATGATGTTCTGCACTGTCTAAGAGTTTTACCAA
GTTTGTTACTCACATTCCATGCAACTCTTTTACATTAATTAGTCTAGTAACATTTAATCC
GAAATCCTGGTAGAGGAGAACATAGTCTAGAGTTTATTAGTCACACTACGACTCTTATTT
CTTGAAAAAAAAAAAAGAACATTAAAACATCTCCTCAAACCCTCAGTGCCTGGGCGAAGT
GATTCTTGATGATAACATTTTGTGTGGTAATTTTCCCTTTGGAAACGAGTCTTCATCGAA
CGTAATAACATTACTGATTCCATGACACGATATGCGAGAGTTCTGACAAATATTAGGAGA
AACAATCCTCGCATTGTTCACATAAAGTCCAGACCCACCAGACTTTGTAATTGTGAACAT
TTTATCAGGGATGCTACAAGGGACAAGAGTTTTGTTAGGGAAGCGAAGCATGTGGTTGAT
CATAAGCCACGCAGGGATCGTGTGTCTTAGTATAAACGTCTCAAGACTCTCTTGAGTCAT
GTCTGCTTGAGGGATATCCTCGTCGTTAGGCATCAAGAAAGTGATCTCTTGGTTCCTGAA
GAAGCCTGTGTCGTTGAGGACGTGAAGAAGTGTGACAAAACCGTAGTATGATTCTCTTCT
CATGTCGGAAATGGCGGAGAAGAGGTCGCTGCTT

QA 3 756 3 756
DS 



AS 1 16

CO CL64Contig1 865 16 15 U
GGGCCCCGAATAGCAATCTAGTTAAAGAGGCAAGAGGGAACCCTTCTTCTCTCGGCCGCC
CGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAGAAACAAG
CTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGTCC
GCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAA
CTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATTCCAGGAA
TTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTC
AAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGG
AAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGGA
AGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCAACCATCC
AAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAAGCTGCCG
CTGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCGTCTTCCTAGACAAAAAAAAAAA
*GCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTA
GTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGTTTTAAGGTTTCTTTTTTATCTAAT
TGATTATTTCATCTGGTTCTCGTGTCTCCATTTCTTACATGGATTGGATTGGATCTGATG
TGACACATTTGTCACTTTTCTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 50 50 50 50 50 55 
55 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 55 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 70 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 60 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 15 45 45 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 30 0 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 30 55 55 55 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DD58TF U 53
AF RR1B288JQ C 54
AF RR1B288TF U 54
AF RR1AU45JQ C 125
AF RR1BJ34TF U 1
AF RR1F342JQ C 53
AF RR1G495TF U 53
AF RR1EA61JQ C 131
AF RR1DD58JQ C 99
AF RR1EA61TF U 58
AF RR1CZ41TF U 64
AF RR1AQ19TF U 54
AF RR1CZ41JQ C 303
AF RR1GQ96TF U 109
AF RR1AU45TF U 54
AF RR1BJ34JQ C 60
BS 1 53 RR1BJ34TF
BS 54 54 RR1DD58TF
BS 55 182 RR1BJ34TF
BS 183 184 RR1DD58TF
BS 185 367 RR1BJ34TF
BS 368 368 RR1G495TF
BS 369 629 RR1BJ34TF
BS 630 630 RR1G495TF
BS 631 655 RR1BJ34TF
BS 656 658 RR1G495TF
BS 659 713 RR1BJ34TF
BS 714 714 RR1G495TF
BS 715 759 RR1BJ34TF
BS 760 808 RR1AQ19TF
BS 809 865 RR1BJ34JQ

RD RR1DD58TF 277 0 0
G
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AAACAAGCTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGACGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAA*TTAACATCTTTAAAGATGAT

QA 2 277 2 277
DS 

RD RR1B288JQ 564 0 0
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AAACAAGCTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
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ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAA
GCTGCCGCTGCTGAAGAGAAAGTA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1B288TF 564 0 0
GGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAG
AAACAAGCTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAA
GCTGCCGCTGCTGAAGAGAAAGTA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1AU45JQ 509 0 0
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TGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATTCCAGGAATTGA
AGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAAGC
TTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGA
TATCCTTCCTCAAATCTTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAATTTGAGGAAGCT
AGCAGAGCAGTTAAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCAACCATCCAAGA
GGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAAGCTGCCGCTGC
TGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTGCTG

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1BJ34TF 759 0 0
GGGCCCCGAATAGCAATCTAGTTAAAGAGGCAAGAGGGAACCCTTCTTCTCTCCGCCGCC
CGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAGAAACAAG
CTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGTCC
GCT*TGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAA
CTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATTCCAGGAA
TTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTC
AAGCTTCGATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGG
AAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGGA
AGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCAACCATCC
AAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAAGCTGCCG
CTGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTACTGCTGCGTCTTCCTAGACAAAAAA***AA
*GCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCCTTTGTA
GTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGTTTT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1F342JQ 714 0 0
G
GGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAG
AAACAAGCTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AATACAACTGATGACAAGAGGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAA
GCTGCCGCTGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCGTCTTCCTAGACAAAA
AAAAAAA*GCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTC
TTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGTTTTAAGGTTT

QA 2 714 2 714
DS 

RD RR1G495TF 685 0 0
G
GGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAG
AAACAAGCTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AATACAGCTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGTTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGCAGCTGGTGAGACATTCGAA
GCTGCCGCTGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCGTCTTCCTAGACAAAA
AAAAAAA*GCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTC
TTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATT

QA 2 685 2 685
DS 

RD RR1EA61JQ 646 0 0
AATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGTCCGCACTGGCGG
AAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAACTGATGACAA
GAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATTCCAGGAATTGAAGAAGT
TAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAAGCTTCAAT
TGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATATCCT
TCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGGAAGCTAGCAGA
GCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCAACCATCCAAGAGGAGGA
TGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAAGCTGCCGCTGCTGAAGA
GAAAGTAGCTGCTCCTGCT***GCTGCGTCTTCCTAGACAAAAAAAA*AA*GCACTTGGA
TTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGA
CCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGTTTTAAGGTTTCTTTTTTATC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1DD58JQ 675 0 0
ACTCTTCAAAGAGAGAAACAAGCTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTG
ACGAAGATGGCCAACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAG
GCTGTGCACAAGACCAATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATC
GGAGTTAACTCCATTCCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATT
CAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGT
TCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCA
GACAACATGGACAATCTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAA
GGTATTGCCTCAGCAACCATCCAAGAGGAGGATGGCGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCT
GGTGAGACATTCGAAGCTGCCGCTGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCG
TCTTCCTAGACAAAAAAAA*AA*GCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTT
CTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGTTT
TAAGGTTTCTTTTTT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1EA61TF 718 0 0
AGGG
GCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAGAAACAAGC
TAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGTCCG
CACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAAC
TGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATTCCAGGAAT
TGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCA
AGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGA
AGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGGAA
GCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCAACCATCCA
AGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAAGCTGCCGC
TGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCT***GCTGCGTCTTCCTAGACAAAAAAAA*AA*
GCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAG
TGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGTTTTAAG*TTTCTTTTT
ATC

QA 5 715 5 715
DS 

RD RR1CZ41TF 688 0 0
ATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAGAAACAAGCTA
ATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGTCCGCA
CTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAACTG
ATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATTCCAGGAATTG
AAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAAG
CTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAG
ATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGGAAGC
TAGCAGTGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCAACCATCCAAG
AGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAAGCTGCCGCTG
CTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCGTCTTCCTAGACAAAAAAAAAAA*GC
ACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTG
TTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGAT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1AQ19TF 755 0 0
GGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAG
AAACAAGCTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCGCAAGACC
AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAA
GCTGCCGCTGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCGTCTTCCTAGACAAAA
AAAAAAA*GCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTC
TTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGTTTTAAGGTTTCTTTTTT
ATCTAATTGATTATTTCATCTGGTTCTCGTGTCTC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1CZ41JQ 498 0 0
GAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAA
GCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTTTCCTCAGACCAAAAAATTGGAA
GATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAATTTGAGGAAG
CTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCAACCATCCAA
GAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATTTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAAGCTGCCGCT
GCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCGTCTTCCTAGACAAAAAAAAAAA*G
CACTTGGATTTTTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGT
GTTTCCGACCAGATTTTACTTTCCCAGATAATGTTTTAAGGTTTCTTTTTTATCTAATTG
ATTATTTCATC
AAAAAAA

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1GQ96TF 679 0 0
GG
GAGAAACAAGCTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCC
AACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAG
ACCAATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCC
ATTCCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAAT
CCTAAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACC
AAAAAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGAC
AATCTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCGACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCA
GCAGCCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTC
GAAGCTGCCGCTGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCGTCTTCCTAGACA
AAAAAA**AA*GCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTT
TTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGTTTTAAG*TTTCTTT
TTTATCTAATTGATTAT

QA 3 679 3 679
DS 

RD RR1AU45TF 737 0 0
GGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAG
AAACAAGCTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTAAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAA
GCTGCCGCTGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCGTCTTCCTAGACAAAA
AAAAAAAAGCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTC
TTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGTTTTAAGGTTTCTTTTTT
ATCTAATTGATTATT
CC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1BJ34JQ 806 0 0
CCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAGAAACAA
GCTAATAATCAAATCTCCAAGATGAATCGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGTC
CGCT*TGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACA
ACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATTCCAGGA
ATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTT
CAAGCTTCGATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTG
GAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGCCAACTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGG
AAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTATTGCCTCAGCAACCATC
CAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAAGCTGCC
GCTGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCTGCTACTGCTGCGTCTTCCTAGACAAAAAA***A
A*GCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCCTTTGT
AGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGTTTTAAGGTTTCTTTTTTATCTAA
TTGATTATTTCATCTGGTTCTCGTGTCTCCATTTCTTACATGGATTGGATTGGATCTGAT
GTGACACATTTGTCACTTTTCTTACC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 2 17

CO CL65Contig1 454 2 3 U
ATTAAGGAATAGAAGAACACATTTCTTTATTTTTATTAATCAGCATTACATAAAATTTGT
CTGATCATAATCAAATTATTAACTCTTCCGTACTATTCACTTTGCCTGTCTAAACAACAC
GTTCAAAATCGGACATGGTAGAGAAATCAATTTTTTTTGGTATAAGCTTAATTTAATTCA
AGTAGTAGGTAAAGAGAGACACAAGGGAAGCCCCAACCAAAGAGCCAAGAGCCGGTACGG
CTACAGAGGCTCCGCTTGCGGCGGGTCCTGGTGCTGGAGCTCCAACTTCTGTTGCCATGA
CGGCGGTCATGGAAGCAGCAGCGAAAAGAACTCCGCAGGCAATCTTCTTCATCTCCATTT
TTAGTTGAGACCTGAAAGGTTTTTTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTGCTAGTTTT
GTTACTTTTTGTTTATTTTTTCTTGCAGGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BD14JQ U 1
AF RR1BD14TF C 1
BS 1 15 RR1BD14TF
BS 16 138 RR1BD14JQ
BS 139 454 RR1BD14TF

RD RR1BD14JQ 139 0 0
ATTAAGGAAAAAAAA
AACACATTTCTTTATTTTTATTAATCAGCATTACATAAAATTTGTCTGATCATAATCAAA
TTATTAACTCTTCCGTACTATTCACTTTGCCTGTCTAAACAACACGTTCAAAATCGGACA
TGG
G

QA 16 138 16 138
DS 

RD RR1BD14TF 454 0 0
ATTAAGGAATAGAAGAACACATTTCTTTATTTTTATTAATCAGCATTACATAAAATTTGT
CTGATCATAATCAAATTATTAGCTCTTCCGTACTATTCACTTTGCCTGTCTAAACAACAC
GTTCAAAATCGGACATGGTAGAGAAATCAATTTTTTTTGGTATAAGCTTAATTTAATTCA
AGTAGTAGGTAAAGAGAGACACAAGGGAAGCCCCAACCAAAGAGCCAAGAGCCGGTACGG
CTACAGAGGCTCCGCTTGCGGCGGGTCCTGGTGCTGGAGCTCCAACTTCTGTTGCCATGA
CGGCGGTCATGGAAGCAGCAGCGAAAAGAACTCCGCAGGCAATCTTCTTCATCTCCATTT
TTAGTTGAGACCTGAAAGGTTTTTTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTGCTAGTTTT
GTTACTTTTTGTTTATTTTTTCTTGCAGGTCTCC

QA 1 454 1 454
DS 



CO CL65Contig2 439 15 6 U
GGGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAA
ACCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCG
CTGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCG
CCGCAAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTG
TGTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTC
TCTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAG
CTAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAA
ATGTGTTCTTCTATTCCTT


BQ
10 70 70 70 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 55 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 
80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 70 85 70 85 70 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 60 85 
50 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 40 75 75 60 45 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC16TF U 2
AF RR1B695JQ C 3
AF RR1DC82JQ C 1
AF RR1A852JQ C 2
AF RR1DC82TF U 1
AF RR1A852TF U 2
AF RR1DF26TF U 2
AF RR1FI44JQ C 2
AF RR1H251JQ C 123
AF RR1DV78TF U 2
AF RR1DR55JQ C 2
AF RR1DR55TF U 2
AF RR1B695TF U 3
AF RR1FI44TF U 2
AF RR1H251TF U 2
BS 1 1 RR1DC82JQ
BS 2 198 RR1DC82TF
BS 199 199 RR1A852TF
BS 200 431 RR1DC82TF
BS 432 432 RR1A852TF
BS 433 439 RR1DF26TF

RD RR1DC16TF 412 0 0
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CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGTACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACTTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAA

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1B695JQ 406 0 0
GG
GACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAACCC
TTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGCTGC
TGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGCCCCGCCGC
AAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGTGTC
TCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTCTCTA
CCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGCTAA
TAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAAT

QA 3 406 3 406
DS 

RD RR1DC82JQ 432 0 0
GGGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAA
ACCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCG
CTGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCG
CCGCAAGCGGAGCCTCTGCAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTG
TGTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTC
TCTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAG
CTAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAA
ATGTGTTCTTC
C

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR1A852JQ 431 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTTTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTTTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAA**TTGATTTTT
TTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAGATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTTTT
TT

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR1DC82TF 432 0 0
G
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGAGCCTCTGCAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTCTTC
C

QA 2 431 2 431
DS 

RD RR1A852TF 431 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAA**TTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAGATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTCTTCT

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR1DF26TF 438 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
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GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTCTTCTATTCCTT

QA 1 438 1 438
DS 

RD RR1FI44JQ 431 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTTTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTCT
TTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
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TGTGTTTTT
CG

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR1H251JQ 310 0 0
GCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGCC
GCAAGGGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTTTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGTG
TTTTTTTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTTTT
TACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGGT
AATAATTTGATTATGATCAGAAAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAAT
GTGTTTTT
TT

QA 1 308 1 308
DS 

RD RR1DV78TF 431 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAAATTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTCTTCT

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR1DR55JQ 431 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCCTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAGATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTCTTCT

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR1DR55TF 431 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCCTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAGATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTCTTCT

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR1B695TF 430 0 0
GG
GACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAACCC
TTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGCTGC
TGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGCCCCGCCGC
AAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGTGTC
TCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTCTCTA
CCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGCTAA
TAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAATGT
GTTCTTCT

QA 3 430 3 430
DS 

RD RR1FI44TF 431 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTCTTC
G

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR1H251TF 431 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAA*TTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTCTTCT

QA 1 431 1 431
DS 



AS 2 15

CO CL66Contig1 1284 13 13 U
GGACACTCCATCCACAGAAAAACATGAAAAATCACTACAGAAACACCATCTCTATCTCTC
TTACATATCTCTTTCTTTGTCTCTTTATCACATATGTGTCTTCACAATCCTTGATACGAC
AAATCCCCGATGACTTCAATACAGATCTAAAAGAAGTGCCTTACGTACAAAAACATCATG
AGTTCTCATCGCGTCACTATAATGTCTCTCATTCGAAGACGGTAACAGGTATGAGAAATC
TTCGTCCATCAACCTATTCTTACAAGATTGAGACAAACGTTATAGACAAATTTGAAACTC
GTCCTTTCACGGTTGGTGGATACAATTGGATTCTCCATGTGTACCTTAATGGGAACACAA
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TCTTATTAATCGAGAAGTATTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 60 60 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 20 20 20 20 20 20 20 20 

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G
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CAACCTATTCTTACAAGATTGAGACAAGCGTTATAGACAAATTTGAAACTCGTCCTTTCA
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AAGAGGTTTACGCGGATCTCAGGTTTTACATCTTCAACAGGAAGGAGAGGAAATATTTTA
CCATCCAAGATACGGATGTGTGGCGATTCAATGCCTTCAACACGATGTGGGGATTCTCTC
AGGTCCTCCCCGTTGATACCTTCAAAGACCCGAAAAATGGTTACCTTTACGATGGAGAAC
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CGATGATCTCAGAGATTCGTCAAAGGGTTTCCTTGTGAATGACGCGTTGATCGTTGAAGT
CCAATTGGAGGCTATTTCTACTACCACGTACTTCCCTTGGTTAACTAAAGGAACATTCAG
CTCTATCTTTGTGTTATTACCAACCCTTTTGTGTTATTATTTTCGGCTATTATCAACCAC
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GACG

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DS 

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G
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ACTCCCTTTGAAGAATCAGAAACTTTCTCAATCAGCAGTAGTTCTGATAAATTCACCTGG
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GGAAAAAAA*TGGAACTTAAGAATGGTTCCAACTGGTTCTGGCTCCGGAAGCGGAAAATA
CGTTTCATTGTTTCTTTAACTTTCTACAAATCAAAGAAGAGCATATGAGTACATTTACGT
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CAGAGATTCGTCAAAGGGTTTCCTTGTGAATGACGCGTTGATCGTTGAAGTCCAATTGGA
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TGTGTTATTACCAACCCTTTTGTGTTATTATTTTCGGCTATTATCAACCACTCAATTATA
ATAAGAATCCATGTCAAACTAAGAAAAAA*GATTCGTAAATATATGTAATGTTTTGTTGA
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GAAGCGGAAAATACGTTCCATTGTTTCTTCAACTTTCTACAAATCAAAGAAGAGCATATG
AGTACATTTATGTTCGAGTCAAGTTTCGAGTTCTTAACCAACGCAAACTCAGTAACCGCG
AATCGGAACTAAGGAATTGGTACGGAAGAACCTATTCTTGGGGTATCGTGAACCTTATCT
CTTTCGATGATTTCAGAGATTCGTCAAAGGGTTTCCTTGTGAATGACGCGTTGATCGTTG
AAGTCCAATTGGAGGCTATTTCTACTACCACGTACTTCCCTTAGTTAACTAAAGGAACAT
TCAGCTCTATCTTTGTGTTATTACCAACCCTTTTGTGTTATTATTTTCGGCTATTATCAA
CCACTCAATTATAATAAGAATCCATGTCAAACTAAGAAAAAA*GATTCGTAAATATATGT
AATGTTTTGTTGAATGAACTTTGTAATCCCCTTCTTATTAATCGAGAAGTATTTTT

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G
CACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACCGTTCCTACTCCCTTTGAAGAATCAGAAACTTTC
TCAATCAGCAGTAGTTCTGATAAATTCACCTGGAGAATTGAGAACTTCTCCACGTTGGTC
AAAGATGCTTACTCATCTGTGTTCTCTCTTGGAGGAAAAAAAATGAAACTTAAGAATGGT
TCCAACTGGTTCTGGCTCCGGAAGCGGAAAATACGTTTCATTGTTTCTTCAACTTTCTAC
AAATCAAAGAAGAGCATATGAGTACATTTATGTTCGAGTCAAGTTTCGAGTTCTTAACCA
ACGCAAACTCAGTAACCGCGAATCGGAACTAAGGAATTGGTACGGAAGAACCTATTCTTG
GGGTATCGTGAACCTTATCTCTTTCGATGATCTCAGAGATTCGTCAAAGGGTTTCCTTGT
GAATGACGCGTTGATCGTTGAAGTCCAATTGGAGGCTATTTCTACTACCACGTACTTCCC
TTAGTTAACTAAAGGAACATTCAGCTCTATCTTTGTGTTATTACCAACCCTTTTGTGTTA
TTATTTTCGGCTATTATCAACCACTCAATTATAATAAGAATCCATGTCAAACTAAGAAAA
AAAGATTCGTAAATATATGTAATGTTTTGTTGAATGAACTTTGTAATCCCCTTCTTATTA
ATCGAGAA

QA 2 669 2 669
DS 

RD RR1B254TF 669 0 0
G
CACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACCGTTCCTACTCCCTTTGAAGAATCAGAAACTTTC
TCAATCAGCAGTAGTTCTGATAAATTCACCTGGAGAATTGAGAACTTCTCCACGTTGGTC
AAAGATGCTTACTCATCTGTGTTCTCTCTTGGAGGAAAAAAAATGGAACTTAAGAATGGT
TCCAACTGGTTCTGGCTCCGGAAGCGGAAAATACGTTTCATTGTTTCTTCAACTTTCTAC
AAATCAAAGAAGAGCATATGAGTACATTTATGTTCGAGTCAAGTTTCGAGTTCTTAACCA
ACGCAAACTCAGTAACCGCGAATCGGAACTAAGGAATTGGTACGGAAGAACCTATTCTTG
GGGTATCGTGAACCTTATCTCTTTCGATGATCTCAGAGATTCGTCAAAGGGTTTCCTTGT
GAATGACGCGTTGATCGTTGAAGTCCAATTGGAGGCTATTTCTACTACCACGTACTTCCC
TTAGTTAACTAAAGGAACATTCAGCTCTATCTTTGTGTTATTACCAACCCTTTTGTGTTA
TTATTTTCGGCTATTATCAACCACTCAATTATAATAAGAATCCATGTCAAACTAAGAAAA
AAAGATTCGTAAATATATGTAATGTTTTGTTGAATGAACTTTGTAATCCCCTTCTTATTA
ATCGAGAA

QA 2 669 2 669
DS 

RD RR1E376JQ 678 0 0
AACACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACCGTTCCTACTCCCTTTGAAGAATCAGAAACTT
TCTCAATCAGCAGTAGTTCTGATAAATTCACCTGGAGAATTGAGAACTTCTCCACGTTGG
TCAAAGATGCTTACTCATCTGTGTTCTCTCTTGGAGGAAAAAAA*TGGAACTTAAGAATG
GTTCCAACTGGTTCTGGCTCCGGAAGCGGAAAATACGTTTCATTGTTTCTTCAACTTTCT
ACAAATCAAAGAAGAGCATATGAGTACATTTATGTTCGAGTCAAGTTTCGAGTTCTTAAC
CAACGCAAACTCAGTAACCGCGAATCGGAACTAAGGAATTGGTACGGAAGAACCTATTCT
TGGGGTATCGTGAACCTTATCTCTTTCGATGATCTCAGAGATTCGTCAAAGGGTTTCCTT
GTGAATGACGCGTTGATCGTTGAAGTCCAATTGGAGGCTATTTCTACTACCACGTACTTC
CCTTAGTTAACTAAAGGAACATTCAGCTCTATCTTTGTGTTATTACCAACCCTTTTGTGT
TATTATTTTCGGCTATTATCAACCACTCAATTATAATAAGAATCCATGTCAAACTAAGAA
AAGA*GATTCGTAAATATAAGTAATGTTTTGTTGAATGAACTTTGTAATCCCCTTCTTAT
TAATCGAGAAGTATTTTT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1BI85TF 755 0 0
G
GCCTTCAACACGATGTGGGGATTCTCTCAGGTCCTCCCCGTTGATACCTTCAAAGACCCG
AAAAATGGTTACCTTTACGATGGAGAACACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACCGTTCCT
ACTCCCTTTGAAGAATCAGAAACTTTCTCAATCAGCAGTAGTTCTGATAAATTCACCTGG
AGAATTGAGAACTTCTCCACGTTGGTCAAAGATGCTTACTCATCTGTGTTCTCTCTTGGA
GGAAAAAAA*TGGAACTTAAGAATGGTTCCAACTGGTTCTGGCTCCGGAAGCGGAAAATA
CGTTTCATTGTTTCTTTAACTTTCTACAAATCAAAGAAGAGCATATGAGTACATTTACGT
TCGAGTCAAGTTTCGAGTTCTTAACCAACGCAAACTCAGTAACCGCGAATCGGAACTAAG
GAATTGGTACGGAAGAACCTATTCTTGGGGTATCGTGAACCTTATCTCTTTCGATGATCT
CAGAGATTCGTCAAAGGGTTTCCTTGTGAATGACGCGTTGATCGTTGAAGTCCAATTGGA
GGCTATTTCTACTACCACGTACTTCCCTTAGTTAACTAAAGGAACATTCAGCTCTATCTT
TGTGTTATTACCAACCCTTTTGTGTTATTATTTTCGGCTATTATCAACCACTCAATTATA
ATAAGAATCCATGTCAAACTAAGAAAAAA*GATTCGTAAATATATGTAATGTTTTGTTGA
ATGAACTTTGTAATCCCCTTCTTATTAATCGAGA

QA 2 755 2 755
DS 



CO CL66Contig2 762 2 6 U
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TTACATATCTCTTTCTTTGTCTCTTTATCACATATGCGTCTTCACAATCCTTGATAAGAC
AAATCACCGATGACTTCAATACAAATCTAAAAGAAGAAGTGCCTTATGTACAAAAACATC
AAGAGATCTCATCGCGTCACTATAATGTCTCTCATTCGAAGACGGTAACAGGTATGAGAA
ATCGTCGTCCATCAACCTACTCTTACAAGATTGAGACGAACGTTATAGACCAATTTGAAA
CTCGTCCTTTCACGGTTGGTGGATACAATTGGATTCTCCGTGTGTACCTTAATGGGAACA
CAAAGGATGGTGGTGCAGGTTATGTTTCTCTTTACGTAGAAATAGACAAGTCAGGTTTCG
TGGATTCTGCACATCAAGAGGTTTACGCGGATCTCAGGTTTTACATCTTCAACAGGAACG
AGAGGAAATATTTTACCATCCAAGATACGGATGTGTGGCGATTCGATGCCTTCAACACGA
TGTGGGGATTCTCTCAGGTCCTCCCCGTTGCTACCTTCAAAGACCCGAAAAATGGTTACC
TTTACAATGGAGAACACTGTGAGTTTGGTGTGGATGTGACCGTTCCTACTCTCTTTGAAG
AATCAGAAACTTTCTCATCAGCAGTAGTTCTGATAAATTCACCTGGAGAATGAGACTTCT
CCACGTTGGTCAAGATGCTTACTCATCTGTGTCTCTCTGGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FI53TF U 1
AF RR1CZ90TF U 159
BS 1 631 RR1FI53TF
BS 632 632 RR1CZ90TF
BS 633 661 RR1FI53TF
BS 662 662 RR1CZ90TF
BS 663 750 RR1FI53TF
BS 751 762 RR1CZ90TF

RD RR1FI53TF 750 0 0
GGACACTACATCCACAGAAAAACATGAAAGATCACTACAGAAACACCATCTCTATCTCTC
TTACATATCTCTTTCTTTGTCTCTTTATCACATATGCGTCTTCACAATCCTTGATAAGAC
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AAGAGATCTCATCGCGTCACTATAATGTCTCTCATTCGAAGACGGTAACAGGTATGAGAA
ATCGTCGTCCATCAACCTACTCTTACAAGATTGAGACGAACGTTATAGACCAATTTGAAA
CTCGTCCTTTCACGGTTGGTGGATACAATTGGATTCTCCGTGTGTACCTTAATGGGAACA
CAAAGGATGGTGGTGCAGGTTATGTTTCTCTTTACGTAGAAATAGACAAGTCAGGTTTCG
TGGATTCTGCACATCAAGAGGTTTACGCGGATCTCAGGTTTTACATCTTCAACAGGAACG
AGAGGAAATATTTTACCATCCAAGATACGGATGTGTGGCGATTCGATGCCTTCAACACGA
TGTGGGGATTCTCTCAGGTCCTCCCCGTTGCTACCTTCAAAGACCCGAAAAATGGTTACC
TTTACAATGGAGAACACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACCGTTCCTACTCTCTTTGAAG
A*TCAGAAACTTTCTCATCAGCAGTAGTTCTGATAAATTCACCTGGAGAATGAGACTTCT
CCACGTTGGTCAAGATGCTTACTCATCTGT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1CZ90TF 604 0 0
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AAGACGGTAACAGGTATGAGAAATCGTCGTCCATCAACCTACTCTTACAAGATTGAGACG
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CGTGTGTACCTTAATGGGAACACAAAGGATGGTGGTGCAGGTTATGTTTCTCTTTACGTA
GAAATAGACACGTCAGGTTTCGTGGATTCTGCACATCAAGAGGTTTACGCGGATCTCAGG
TTTTACATCTTCAACAGGAACGAGAGGAAATATTTTACCATCCAAGATACGGATGTGTGG
CGATTCGATGCCTTCAACACGATGTGGGGATTCTCTCAGGTCCTCCCCGTTGCTACCTTC
AAAGACCCGAAAAATGGTTACCTTTACAATGGAGA*CACTGTGAGTTTGGTGTGGATGTG
ACCGTTCCTACTCTCTTTGAAGAATCAGAAACTTTCTCATCAGCAGTAGTTCTGATAAAT
TCACCTGGAGAATGAGACTTCTCCACGTTGGTCAAGATGCTTACTCATCTGTGTCTCTCT
GGAG

QA 1 604 1 604
DS 



AS 3 17

CO CL67Contig1 571 3 8 U
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ATCTCTGCAACCTTAACTCCTACAAGCACTCTGGTCTTGCAAGTAAGAAGACAGTGACCA
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ACAAGCCTAAGGTCTCTGTCAACAAGTCTATCCTAAAGAAGGAATTCCCTAGGATGTCCA
AGGCTGTTGCTAACCAGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAAATTTGCTC
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TTTTGTTGAACATGTTTTATCTGAGTTGTTTTGTTGAATCATAACACTGCTCCTTTTCAA
AAGGAGTTAGTTTTTCGCTTATGCTTATGTTACTTGTGTGGGTTTTTTTGGATCTATTTT
TATCAAATCAATAACTTGATAAAACCTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B532TF U 1
AF RR1BQ16JQ C 252
AF RR1BQ16TF U 252
BS 1 295 RR1B532TF
BS 296 296 RR1BQ16TF
BS 297 384 RR1B532TF
BS 385 385 RR1BQ16TF
BS 386 406 RR1B532TF
BS 407 407 RR1BQ16TF
BS 408 523 RR1B532TF
BS 524 571 RR1BQ16TF

RD RR1B532TF 523 0 0
TCTTGGTCAAACAGTTCGGACGAGGCAACGCTAAGGTTCAGTTCAGCAAAGAGAAGAACA
ATCTCTGCAACCTTAACTCCTACAAGCACTCTGGTCTTGCAAGTAAGAAGACAGTGACCA
TCCAGCCAGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCACCAAGACCAAGAAGCAGA
ACAAGCCTAAGGTCTCTGTCAACAAGTCTATCCTAAAGAAGGAATTCCCTAGGATGTCCA
AGGCTGTTGCTAACCAGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAAATTCGCTC
TTGCTAGACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGGGTTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAA
GAAACCGTCAAGCTTAATCTTTTTTCCAGAATATGTTCTTTTTTTTATGGAAGTTAAAGA
TTTTGTTGAACATGTTTTATCTGAGTTGTTTTGTTGAATCATAACACTGCTCCTTTTCAA
AAGGAGTTAGTTTTTCGCTTATGCTTATGTTACTTGTGTGGGT

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR1BQ16JQ 320 0 0
GTTT
AGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAAATTTGCTCTTGCTAGACTCAGTG
TCATCAGCAAAAGCATTAGGGTTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAAGAAACCGTCAAGCTT
AATCTTTTT*CCAGAATATGTTCTTTTTTTTGTGGAAGTTAAAGATTTTGTTGAACATGT
TTTATCTGAGTTGTTTTGTTGAATCATAACACTGCTCCTTTTCAAAAGGAGTTAGTTTTT
CGCTTATGCTTATGTTACTTGTGTGGGTTTTTTTGGATCTATTTTTATCAAATCAATAAC
TTGATAAAACCTTTAT

QA 5 320 5 320
DS 

RD RR1BQ16TF 320 0 0
GTTT
AGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAAATTTGCTCTTGCTAGACTCAGTG
TCATCAGCAAAAGCATTAGGGTTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAAGAAACCGTCAAGCTT
AATCTTTTT*CCAGAATATGTTCTTTTTTTTGTGGAAGTTAAAGATTTTGTTGAACATGT
TTTATCTGAGTTGTTTTGTTGAATCATAACACTGCTCCTTTTCAAAAGGAGTTAGTTTTT
CGCTTATGCTTATGTTACTTGTGTGGGTTTTTTTGGATCTATTTTTATCAAATCAATAAC
TTGATAAAACCTTTAT

QA 5 320 5 320
DS 



CO CL67Contig2 634 5 5 U
GGGGCGCCACCATTAAACCAGAGTCTTGCTCTCACTACCTCTGTCTCTCTCCGCGAAATT
TCACGGTTTAGAAATGGCGACAGTTCCAGGACAATTGATCTGGGAGATCGTTAAGACCAA
CAACTGTTTCTTGGTCAAACAGTTCGGACGAGGCAACGCTAAGGTTCAGTTCAGCAAAGA
GAAGAACAATCTCTGCAACCTTAACTCCTACAAGCACTCTGGTCTTGCAAACAAGAAGAC
AGTGACAATCCAGCCAGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCACCAAGACCAA
GAAGCAGAACAAGCCTAAAGTCTCTGTCAACAAGTCTATCCTGAAGAAGGAATTCCCCAG
GATGTCCAAGGCTGTTGCTAACCAGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAA
ATTCGCACTTGCAAGACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGGGTTGCCAAGTCCGGTGC
CAAGCAAAGAAACCGTCAAGCTTAAGCTTTTTCCAGAATATGTTCTTCTTTTGGAAGTTA
AAAAGATTTTGCTGAACATGTTTTTTCTATAAGTTGTTTTGTTGAATCGTAACACTATGC
TCCTTTTCTAAACGAGTAAGTTTTTCTTATGAAA


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA09JQ C 1
AF RR1CA09TF U 1
AF RR1A174JQ C 2
AF RR1A174TF U 2
AF RR1H122TF U 2
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BS 2 62 RR1CA09TF
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BS 64 584 RR1CA09TF
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DS 

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G
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DS 

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CCTTTTCTAAACGAGTAAGTTTTT
TTTATG

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DS 

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DS 

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TTATGC

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DS 



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GTGATGGACCTTTTTTAAATCAAATCAAGAAGTTGACC


BQ
10 30 30 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1CP47TF U 1
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AF RR1B025TF U 7
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AF RR1FF64TF U 2
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QA 3 633 3 633
DS 

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TC

QA 1 695 1 695
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RD RR1FF64TF 697 0 0
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TTGCCAGACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGGGTTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAA
GAAACCGTCAAGCATAAGCTTTTATCTTCAGAAAGTGTGTGTTTTTTTCGAGTAAAAGCT
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TC

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DS 

RD RR1E502JQ 700 0 0
GGAAA
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ATGGACCTTTTTTAAATCAAATCAAGAAGTTGA
TC

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GGAAA
GCTCCGCTCCGGCATCATCACCATCTAAACCCGAGTCTCTCTCTCTCTC**ACGGTCTTG
GAAATGGCGACAGTACTGGGACAATTGGTATGGGAGATCGTTAAGAGAAACAACTGTTTC
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CTCTGCAACCTCAACTCCTACAAGCACTCTGGTCTTGCGAACAAGAAGACAGTGACCATC
CAGCCAGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCACCAAGACCAAGAAGCAGAAC
AAGCCTAAGGTCTCTGTCAACAAGTCTATCCTTAAGAAGGAATTCCCCAGGATGTCCAAG
GCTGTTGCTAACCAGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAAATTCGCTCTT
GCCAGACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGGGTTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAAGA
AACCGTCAAGCATAAGCTTTTATCTTCAGAAAGTGTGTGTTTTTTTCGAGTAAAAGCTTT
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CCTTTCGTTATCCTTTTCAAAAGGAGTTAGAACTTTCTCTCATTATGCATTTGTTTCGTG
ATGGACCTTTTTTAA

QA 6 680 6 680
DS 

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GTCTCTCTCTCTCTC**ACGGTCTTGGAAATGGCGACAGTACCGGGACAATTGGTATGGG
AGATCGTTAAGAGAAACAACTGTTTCTTGGTCAAACAGTTCGGTAGAGGCAATGCCAAAG
TTCAGTTCAGCAAAGAGAAGAACAATCTCTGCAACCTCAACTCCTACAAGCACTCTGGTC
TTGCGAACAAGAAGACAGTGACCATCCAGCCAGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCG
CCACCACCAAGACCAAGAAGCAGAACAAGCCTAAGGTCTCTGTCAACAAGTCTATCCTTA
AGAAGGAATTCCCCAGGATGTCCAAGGCTGTTGCTAACCAGGTGGTTGACAACTACTACA
GGCCAGACTTGAAGAAATTCGCTCTTGCCAGACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGGG
TTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAAGAAACCGTCAAGCATAAGCTTTTATCTTCAGAAAGT
GTGTGTTTTTTTCGAGTAAAAGCTTTAGCTGAAGAGTTTATTTAAATTGTTTTTGTTGAA
GTTGAACCATAACACTATCCTATGCTCCTTTCGTTATCCTTTTCAAAAGGAGTTAGAACT
TTCTCTCATTATGCATTTGTTTCGTGATGGACCTTTTTTAAATCAAATCAAGAAGTTGAC
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 3 15

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TTTTATTTCTTTTCAGGAGACCTTACAGAAAGACATTCCATCGGAGAAATAAAGGAGAAC
AAAAAGAAAACAAACATTGCAGCAAATGCATCGAATCTAAACTTCGACTAAAATATTTTT
AGAAAGCAATAAAAAAAAA*CAAAACAAAAACACAACCATTATAGATAAAAAGAACTCGT
TTCCTTGTTCAAATCATTCATCTCATTTTCAAGCTTCTCTTCACTTGGCACTGGCGAGCT
GGGAGCGGATGAGTTTAGCCGCATCAACCATGTTCTTCAGGGCAGGCTTGACCTCTGTGT
ACTTACGGGTCTTGAGACCACAGTCAGGGTTAACCCAGAGGATGTTCTTCTCAAGAACAG
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TGTCATAAACACCTGGACCAATACCAGCACCGTACTTCACTCCCTCACGGAACACGGAGA
GAAGCTTCTCATCAAATCGGGAGTTCTCGATGGTGATGACATCAGCATCCATGTCGATGA
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GCTCAGATTTCCTGAGTGGTAGTCCTTCTTTGAGTGCAGCCTCATCGATCTGAATGACAC
CGATTCCACCTTTCTCAAGGTCCTCGACTTCGTCCTTGATGGCCAAAGCAATCTGGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS93TF C 42
AF RR1AZ31JQ U 1
AF RR1CA35JQ U 131
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GGTAT
C

QA 1 425 1 425
DS 

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QA 1 745 1 745
DS 

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CCTGAGTGGTAGTCCTTCTTTGAGTGCAGCCTCATCGATCTGAATGACACCGATTCCACC
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QA 1 708 1 708
DS 



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CAATGACCGTCTTCTGGTCCGCAATGGCTCAGAGCATGACCTCTCGCCCAATGAAGGGTA
TGCTTACCGGCCCTGTCACCATTCTCAACTGGTCCTTCGTCAGAACCGACCAGCCCAGGC
ACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGTTGAGGATCTTGAGAAAG
GTGGAATTAATGTCATTCAGATCGATGAGGCTGCACTCAGAGAAGGATTACCACTCAGGA
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GCGTCCAAGACACCACCCAGATCCACACTCACATGTGCTACTCTCACTTCAATGACATTA
TACACTCCATCATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATCCGATG
AGAAGCTTCTCTCTGTGTTCCGTGAGGGAGTCAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTG
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AGATGCTTGCTGTCCTAGAGCAGAACATCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGA
CCCGCAAGTACACAGAGGTCAAGCCAGCATTGAAGAACATGGTTGATGCCGCTAAGCTCA
TCCGTTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAGAAAAGCTTGAAATGAGATGATGAATTTGA
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GCTGTAATGTTTGTCCCTCCTTCGATTTCTCTGAAAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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TTGGGTCCTTCCCACAGACCGTAGAGCTCAGGAGAGTTCGCAGAGAGTACAAGGCGAAGA
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TCCAAGAGGAACTTGACATCGATGTTCTTGTCCACGGAGAGCCAGAGAGAAACGACATGG
TTGAGTACTTTGGGGAGCAGTTGTCTGGTTTTGCCTTCACTGCCAACGGATGGGTCCAAT
CTTATGGATTTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTACGGTGATGTGAGCCGTCCCAAGG
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TGCTTACCGGCCCTGTCACCATTCTCAACTGGTCCTT
T

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DS 

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G
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TGCCTTTACTGCAAACGGATGGGTCCAATCTTATGGATCTCGTTGTGTGAAACCACCAGT
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CATCACCATCGAGAACTCCCGATCCGATGAGAAGCTTCTCTCTGTGTTCCGTGAGGGAGT
CAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTGTCTACGACATCCACTCCCCAAGAATACCATC
CTCTGAGGAGATCGCAGACAGAGTAAACAAGATGCTTGCTGTCCTAGAGCAGAACATCCT
TTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGCAAGTACACAGAGGTCAAGCCAGCATT
GAAGAACATGGTTGATGCCGCTAAGCTCATCCG

QA 2 874 2 874
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G
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TGCACTCAGAGAAGGATTACCACTCAGGAAATCCGAACATGCTTTCTACTTGGACTGGGC
TGTTCACTCCTTCAGAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACACCACCCAGATCCACACTCA
CATGTGCTACTCTCACTTCAATGACATTATACACTCCATCATCGACATGGATGCTGATGT
CATCACCATCGAGAACTCCCGATCCGATGAGAAGCTTCTCTCTGTGTTCCGTGAGGGAGT
CAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTGTCTACGACATCCACTCCCCAAGAATACCATC
CTCTGAGGAAATCGCAGACAGAGTAAACAAGATGCTTGCTGTCCTAGAGCAGAACATCCT
TTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGCAAGTACACAGAGGTCAAGCCAGCATT
GAAGAACATGGTTGATGCCGCTAAGCTCATCCGTTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAG
AAAAGCTTGAAATGAGATGATGAATTTGATGTGGTCTTGCTATAATGGTTTGTGTTTTTT
ATTTTGCTTTGATTACTTTTTCTTATAAAAATATTTAGTCGAAGTTAGTTTTGATGTATA
TTGTTTATGATATGTCATCTTTTGGATTTGCTGTAATGTTTGTCCCTCCTTCGATTTCTC
TGAAAGA

QA 2 728 2 728
DS 



CO CL68Contig3 1403 9 13 U
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CAGACCACCGTCGTGCAACTAATGTTAGTGCTAGGCTCGATGCCCAGCAGAAGAAGCTCA
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TCTACGGTGATGTGAGCCGTCCTAAGGCAATGACCGTCTTCTGGTCCGCAATGGCTCAGA
GCATGACCTCTCGCCCAATGAAGGGTATGCTTACCGGCCCTGTCACCATTCTTAACTGGT
CCTTCGTCAGAAACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATTGCTTTGGCCATCA
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CCCTCAGAGAAGGACTACCACTGAGGAAGTCCGAGCACGCTTTCTACTTGGACTGGGCTG
TTCACTCCTTCAGAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACACCACCCAGATTCACACTCACA
TGTGCTACTCCCACTTCAATGACATCATACACTCCATCATCGACATGGATGCTGATGTCA
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AGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTGTCTATGACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTT
CTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGAACAAGATGCTTGCTGTTCTTGAGCAGAACATCCTTT
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CGTTTTGTATCCTTCATTTCTCTGATGAAACATATCTTTTTTTT*GTAAGGGGTCTTGAA
AGGAAATAAAGATTGATTCTTCT


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 10 

AF RR1FB22TF U 1
AF RR1GQ46TF U 569
AF RR1FB22JQ C 655
AF RR1EJ04TF U 681
AF RR1EJ04JQ C 687
AF RR1ED44JQ C 752
AF RR1H234TF U 766
AF RR1H234JQ C 1098
AF RR1DO17TF U 1259
BS 1 635 RR1FB22TF
BS 636 636 RR1GQ46TF
BS 637 659 RR1FB22TF
BS 660 695 RR1GQ46TF
BS 696 696 RR1EJ04TF
BS 697 1084 RR1GQ46TF
BS 1085 1086 RR1EJ04TF
BS 1087 1172 RR1GQ46TF
BS 1173 1173 RR1EJ04TF
BS 1174 1219 RR1GQ46TF
BS 1220 1364 RR1EJ04TF
BS 1365 1402 RR1H234TF
BS 1403 1403 RR1DO17TF

RD RR1FB22TF 659 0 0
GATCTTCCCCAAGAGTCACCAACGAGGGTGTTCAGAAGGCTGCTGCCGCTTTGAAGGGAT
CAGACCACCGTCGTGCAACTAATGTTAGTGCTAGGCTCGATGCCCAGCAGAAGAAGCTCA
ACCTCCCAATCCTGCCAACCACCACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTAGAGCTCAGGA
GAGTTCGCAGAGAGTACAAGGCGAAGAAGGTGTCTGAGGAGGACTACGTTAAGGCAATGA
AGGAAGAGATCAAGAAAGTTGTTGATCTCCAAGAGGAACTTGACATTGATGTCCTCGTCC
ACGGAGAGCCAGAGAGAAACGACATGGTTGAGTACTTTGGGGAGCAATTGTCTGGTTTTG
CCTTCACCGCAAACGGATGGGTTCAATCTTATGGATCTCGCTGTGTGAAACCTCCAGTTA
TCTACGGTGATGTGAGCCGTCCTAAGGCAATGACCGTCTTCTGGTCCGCAATGGCTCAGA
GCATGACCTCTCGCCCAATGAAGGGTATGCTTACCGGCCCTGTCACCATTCTTAACTGGT
CCTTCGTCAGAAACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATTGCTTTGGCCATCA
AGGACGAAGTCGAGGATCTTGAGAAAGGTGGAATTGGTGTCATTCAGATTGACGAGGCT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1GQ46TF 651 0 0
G
GAAACCTGTTACCAGATTGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGTCGAGGATCTTGAGAAAGGT
GGAATTAGTGTCATTCAGATTGACGAGGCTGCCCTCAGAGAAGGACTACCACTGAGGAAG
TCCGAGTACGCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCCTTCAGAATCACCAACTGTGGC
GTCCAAGACACCACCCAGATTCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAATGACATCATA
CACTCCATCATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATCTGATGAG
AAGCTTCTCTCTGTGTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTGTC
TATGACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGAACAAG
ATGCTTGCTGTTCTTGAGCAGAACATCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACC
CGTAAGTACACAGAGGTTAAGCCTGCCCTGAAGAA**TGGTTGATGCGGCTAAACTCATC
CGCTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAAGAAAGCTTGAAAAGAGATGAATGATTTGAAG
AAG*ATACTCTATAATGCTTGTGTTTTGTTTTGTTTGGTTTAATTACCCT

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR1FB22JQ 712 0 0
AGGCTGCCCTCAGAGAAGGACTACCACTGAGGAAGTCCGAGCACGCTTTCTACTTGGACT
GGGCTGTTCACTCCTTCAGAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACACCACCCAGATTCACA
CTCACATGTGCTACTCCCACTTCAATGACATCATACACTCCATCATCGACATGGATGCTG
ATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATCTGATGAGAAGCTTCTCTCTGTGTTCCGTGAGG
GAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTGTCTATGACATCCACTCTCCAAGAATAC
CATCTTCTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGAACAAGATGCTTGCTGTTCTTGAGCAGAACA
TCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGTAAGTACACAGAGGTTAAGCCTG
CCCTGAAGAACATGGTTGATGCGGCTAAACTCATCCGCTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGT
GAAAGAAAGCTTGAAAAGAGATGAATGATTTGAAGAAGGATACTCTATAATGCTTGTGTT
TTGTTTTGTTTGGTTTAATTACCCTTTTTAAAAATATTTTAATTCAAGTAGGTTTGATGC
ATATGGTTTCAGCTCTTGCTGAGAGATATTGAGAGATATGTATCGTTTGGATCTGTTTGT
GTTTCTCGTTTTGTATCCTTCATTTCTCTGATGAAACATATCTTTTTTTTG
C

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1EJ04TF 697 0 0
AGGG
GGAAGTCCGAGCACGCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCCTTCAGAATCACCAACT
GTGGCGTCCAAGACACCACCCAGATTCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAATGACA
TCATACACTCCA*CATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATCTG
ATGAGAAGCTTCTCTCTGTGTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAG
GTGTCTATGACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGA
ACAAGATGCTTGCTGTTCTTGAGCAGAACATCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCA
AGACCCGTAAGTACACAGAGGTTAAGCCTGCCCTGAAGAACATGGTTGATGCGGCTAAAC
TCATCCGCTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAAGAAAGCTTGAAAAGAGATGAATGATT
TGAAGAAGGATACTCTATAATGCTTGTGTTTTGTTTTGTTTGGTTTAATTACCCTTTTTA
AAAATATTTTAGTTCAAGTAGGTTTGATGCATATGGTTTCAGCTCTTGCTGAGAGAGATT
GAGAGATATGTATCGTTTGGATCTGTTTGTGTTTCTCGTTTTGTATCCTTCATTTCTCTG
ATGAAACATATCTTTTTTTT
TGTAAGGGTCTTG

QA 5 684 5 684
DS 

RD RR1EJ04JQ 717 0 0
AAGTCCGAGCACGCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCCTTCAGAATCACCAACTGT
GGCGTCCAAGACACCACCCAGATTCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAATGACATC
ATACACTCCA*CATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATCTGAT
GAGAAGCTTCTCTCTGTGTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGT
GTCTATGACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTTTTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGAAC
AAGATGCTTGCTGTTCTTGAGCAGAACATCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAG
ACCCGTAAGTACACAGAGGTTAAGCCTGCCCTGAAGAACATGGTTGATGCGGCTAAACTC
ATCCGCTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAAGAAAGCTTGAAAAGAGATGAATGATTTG
AAGAAGGATACTCTATAATGCTTGTGTTTTGTTTTGTTTGGTTTAATTACCCTTTTTAAA
AATATTTTAGTTCAAGTAGGTTTGATGCATATGGTTTCAGCTCTTGCTGAGAGAGATTGA
GAGATATGTATCGTTTGGATCTGTTTGTGTTTCTCGTTTTGTATCCTTCATTTCTCTGAT
GAAACATATCTTTTTTTTTGTAAGGGGTCTTGAAAGGAAATAAAGATTGATTCTTC
G

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DS 

RD RR1ED44JQ 652 0 0
G
CAAGACACCACCCAGATTCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAATGACATCATACAC
TCCATCATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATCTGATGAGAAG
CTTCTCTCTGTGTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTGTCTAT
GACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGAACAAGATG
CTTGCTGTTCTTGAGCAGAACATCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGT
AAGTACACAGAGGTTAAGCCTGCCCTGAAGAACATGGTTGATGCGGCTAAACTCATCCGC
TCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAAGAAAGCTTGAAAAGAGATGAATGATTTGAAGAAG
GATACTCTATAATGCTTGTGTTTTGTTTTGTTTGGTTTAATTACCCTTTTTAAAAATATT
TTAGTTCAAGTAGGTTTGATGCATATGGTTTCAGCTCTTGCTGAGAGAGATTGAGAGATA
TGTATCGTTTGGATCTGTTTGTGTTTCTCGTTTTGTATCCTTCATTTCTCTGATGAAACA
TATCTTTTTTT**GTAAGGGGTCTTGAAAGGAAATAAAGATTGATTCTTC
T

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR1H234TF 638 0 0
G
GATTCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAATGACATCATACACTCCATCATCGACAT
GGATGCTGATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATCTGATGAGAAGCTTCTCTCTGTGTT
CCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTGTCTATGACATCCACTCTCC
AAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGAACAAGATGCTTGCTGTTCTTGA
GCAGAACATCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGTAAGTACACAGAGGT
TAAGCCTGCCCTGAAGAACATGGTTGATGCGGCTAAACTCATCCGCTCCCAGCTCGCCAG
TGCCAAGTGAAAGAAAGCTTGAAAAGAGATGAATGATTTGAAGAAGGATACTCTATAATG
CTTGTGTTTTGTTTTGTTTGGTTTAATTACCCTTTTTAAAAATATTTTAGTTCAAGTAGG
TTTGATGCATATGGTTTCAGCTCTTGCTGAGAGAGATTGAGAGATATGTATCGTTTGGAT
CTGTTTGTGTTTCTCGTTTTGTATCCTTCATTTCTCTGATGAAACATATCTTTTTTTT*G
TAAGGGGTCTTGAAAGGAAATAAAGATTGATTCTTC
C

QA 2 637 2 637
DS 

RD RR1H234JQ 306 0 0
GCTAAATTCATCCGCTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAAGAAAGCTTGAAAAGAGATG
AATGATTTGAAGAAGGATACTCTATAATGCTTGTGTTTTGTTTTGTTTGGTTTAATTACC
CTTTTTAAAAATATTTTAGTTCAAGTAGGTTTGATGCATATGGTTTCAGCTCTTGCTGAG
AGAGATTGAGAGATATGTATCGTTTGGATCTGTTTGTGTTTCTCGTTTTGTATCCTTCAT
TTCTCTGATGAAACATATCTTTTTTTT*GTAAGGGGTCTTGAAAGGAAATAAAGATTGAT
T
TTTCC

QA 1 301 1 301
DS 

RD RR1DO17TF 145 0 0
GGTTTCAGCTCTTGCTGAGAGAGATTGAGAGATATGTATCGTTTGGATCTGTTTGTGTTT
CTCGTTTTGTATCCTTCATTTCTCTGATGAAACATATCTTTTTTTT*GTGAGGGGTCTTG
AAAGGAAATAAAGATTGATTCTTCT

QA 1 145 1 145
DS 



AS 1 15

CO CL69Contig1 1050 15 20 U
GGATCGCCTGTTCCTCCTCTTCCGGTTCCTGCATCAGCATATTCACCTCCAACTGGTATC
AAGAAGACATGGGAAGCCAATCATACGAAGACGCCATCGAAGCTCTCAAGAAGCTTATCA
TTGAGAAGGATGACCTTAAGACGGTGGCTGCGGCCAAGGTGGAGAAGCTCACAGCGGAGC
TTAAGACAATCTCGTCATCGGACGGCAAAGCATTCGATCCTGTGGAACGAATTAAGCAAG
GCTTCGTCACCTTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAGCTTG
CCAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCAT
CACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTGGTTCGTAACATTGCAAATATGG
TTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCT
TGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGG
GACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAA
AAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAG
ACCAATGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACAT
ACCCATTTGTGAGGGAAGGAGTTGTCAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTATTATG
ACTTTGTTAAGGGAGCTTTTGAGCTTTGGGAACTCCAGTTCGGCCTCTCTCCCGCTCATC
CAGTTTGAGCCAATATATCATAATCATCCTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTCTACTCT
TGATCTCCCATCTAAATTAATGGCTACTCGAATAACTGCTTTTTTATTTGAGCTAAGCTT
CATTTTCTCAACTATCTATCCGACTTATAAAATGAATAAAAATAAATTCTGAATTCTATA
TATAAGAATTTAATTATGTGCTTATTTGGG


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 30 60 30 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 40 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 30 30 25 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO73TF U 2
AF RR1EH59TF U 1
AF RR1FL31TF U 1
AF RR1F159TF U 1
AF RR1EQ82TF U 2
AF RR1AN59TF U 99
AF RR1DL91TF U 116
AF RR1FL31JQ C 255
AF RR1C476TF U 723
AF RR1EQ82JQ C 279
AF RR1DL91JQ C 264
AF RR1FO73JQ C 559
AF RR1EH59JQ C 387
AF RR1F159JQ C 426
AF RR1AN59JQ C 448
BS 1 719 RR1EH59TF
BS 720 730 RR1F159TF
BS 731 734 RR1AN59TF
BS 735 735 RR1DL91TF
BS 736 742 RR1AN59TF
BS 743 792 RR1DL91TF
BS 793 793 RR1C476TF
BS 794 819 RR1DL91TF
BS 820 820 RR1C476TF
BS 821 824 RR1DL91TF
BS 825 825 RR1C476TF
BS 826 852 RR1DL91TF
BS 853 853 RR1C476TF
BS 854 873 RR1DL91TF
BS 874 874 RR1C476TF
BS 875 906 RR1DL91TF
BS 907 1011 RR1C476TF
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BS 1015 1017 RR1DL91JQ
BS 1018 1050 RR1F159JQ

RD RR1FO73TF 555 0 0
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TAAGACAATCTCGTCATCGGACGGCAAAGCATTCGATCCTGTGGAACGAATTAAGCAAGG
CTTCGTCACCTTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAGCTTGC
CAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCATC
ACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTGGTTCGTAACATTGCAAATATGGT
TCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTT
GCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGGG
ACTTATGTCATTTGC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1EH59TF 719 0 0
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AAGAAGACATGGGAAGCCAATCATACGAAGACGCCATCGAAGCTCTCAAGAAGCTTATCA
TTGAGAAGGATGACCTTAAGACGGTGGCTGCGGCCAAGGTGGAGAAGCTCACAGCGGAGC
TTAAGACAATCTCGTCATCGGACGGCAAAGCATTCGATCCTGTGGAACGAATTAAGCAAG
GCTTCGTCACCTTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAGCTTG
CCAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCAT
CACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTGGTTCGTAACATTGCAAATATGG
TTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCT
TGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGG
GACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAA
AAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAG
ACCAATGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACA

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1FL31TF 678 0 0
G
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AGAAGACATGGGAAGCCAATCATACGAAGACGCCATCGAAGCTCTCAAGAAGCTTATCAT
TGAGAAGGATGACCTTAAGACGGTGGCTGCGGCCAAGGTGTAGAAGCTCACAGCGGAGCT
TAAGACAATCTCGTCATCGGACGGCAAAGCATTCGATCCTGTGGAACGAATTAAGCAAGG
CTTCGTCACCTTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAGCTTGC
CAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCATC
ACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTGGTTCGTAACATTGCAAATATGGT
TCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTT
GCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGGG
ACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAAA
AATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGA
CCAATGTGGCCGATGTG

QA 2 678 2 678
DS 

RD RR1F159TF 730 0 0
G
GATCGCCTGTTCCTCCTCTTCCGGTTCCTGCATCAGCATATTCACCTCCAACTGGTATCA
AGAAGACATGGGAAGCCAATCATACGAAGACGCCATCGAAGCTCTCAAGAAGCTTATCAT
TGAGAAGGATGACCTTAAGACGGTGGCTGCGTCCAAGGTGGAGAAGCTCACAGCGGAGCT
TAAGACAATCTCGTCATCGTACGGCAAAGCATTCGATCCTGTGGAACGAATTAAGCAAGG
CTTCGTCACCTTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAGCTTGC
CAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCATC
ACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTGGTTCGTAACATTGCAAATATGGT
TCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTT
GCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGGG
ACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAATAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAAA
AATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGA
CCAATGTGGCCGATGTGAAAGG*AGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACATA
CCCATTTGT

QA 2 730 2 730
DS 

RD RR1EQ82TF 722 0 0
GATCGCCTGTTCCTCCTCTTCCGGTTCCTGCATCAGCATATTCACCTCCAACTGGTATCA
AGAAGACATGGGAAGCCAATCATACGAAGACGCCATCGAAGCTCTCAAGAAGCTTATCAT
TGAGAAGGATGACCTTAAGACGGTGGCTGCGGCCAAGGTGGAGAAGCTCACAGCGGAGCT
TAAGATAATCTCGTCATCGGACGGCAAAGCATTCGATCCTGTGGAACGAATTAAGCAAGG
CTTCGTCACCTTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAGCTTGC
CAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCATC
ACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTGGTTCGTAACATTGCAAATATGGT
TCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTT
GCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGGG
ACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAAA
AATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGA
CCAATGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACATA
CC

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DS 

RD RR1AN59TF 644 0 0
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CCTGTGGAACGAATTAAGCAAGGCTTCGTCACCTTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAAT
CCAGCTTTGTACGGTGAGCTTGCCAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGT
TCGGACTCACGTGTGTGCCCATCACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTG
GTTCGTAACATTGCAAATATGGTTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGA
GCCGCCATTGAATATGCTGTCTTGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCAC
AGTGCATGTGGTGGCATCAAGGGACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACT
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TCACTAGCAAACCTATTAACATACCCATTTGTGAGGCAAGGAGT

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DS 

RD RR1DL91TF 791 0 0
G
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CAAGGCTTCGTCACCTTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAG
CTTGCCAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGC
CCATCACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTGGTTCGTAACATTGCAAAT
ATGGTTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCT
GTCTTGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATC
AAGGGACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGG
GTAAAAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTT
GAAGACCAATGTAGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTA
ACATACCCATTTGTGAGGGA*GGAGTTGTCAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTAT
TATGACTTTGTTAAGG*AGCTTTTGAGCTTTGGGAACTCCAGTCCGGC*TCTCTCCCGCT
CATCCAGTTTGAGCCA*TATATCATAATCATCCTCAC*GTCTTCATCACCTTGCTCTCTA
CTCTTGATCT

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DS 

RD RR1FL31JQ 762 0 0
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CCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCATCACACGTGCTTAAC
TTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTGGTTCGTAACATTGCAAATATGGTTCCTCCTTATGAC
CAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTTGCACCTTAAGGTC
GAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGGGACTTATGTCATTT
GCTCTTGACGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAAAAATCTGTTTGCCA
GCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGACCAATGTGGCCGA
TGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACATACCCATTTGTGAGG
GAAGGAGTTGTCAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTATTATGACTTTGTTAAGGGA
GCTTTTGAGCTTTGGGAACTCCAGTTCGGCCTCTCTCCCGCTCATCCAGTTTGAGCCAAT
ATATCATAATCATCCTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTCTACTCTTGATCTCCCATCTA
AATTAATGGCTACTCGAATAACTGCTTTTTTATTTGAGCTAAGCTTCATTTTCTCAACTA
TCTATCCGACTTATAAAATGAATAAAAATAAATTCTGAAT
CC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1C476TF 289 0 0
G
CATTTGTGAGGGAAGGAGTTGTCAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTATTATGACT
TTGTTAAGGGAGCTTTTGAGCTTTGGGAACTCCAGTTCGGCCTCTCTCCCGCTCATCCAG
TTTGAGCCAATATATCATAATCATCCTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTCTACTCTTGA
TCTCCCATCTAAATTAATGGCTACTCGAATAACTGCTTTTTTATTTGAGCTAAGCTTCAT
TTTCTCAACTATCTATCCGACTTATAAAATGAATAAAAATAAATTCTG

QA 2 289 2 289
DS 

RD RR1EQ82JQ 691 0 0
CCAGCTTTGTACGGTGAGCTTGCCAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGT
TCGGACTCACGTGTGTGCCCATCACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTG
GTTCGTAACATTGCAAATATGGTTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGA
GCCGCCATTGAATATGCTGTCTTGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCAC
AGTGCATGTGGTGGCATCAAGGGACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACT
GATTTCATAGAGGATTGGGTAAAAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAA
GCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGACCAATGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTG
TCACTAGCAAACCTATTAACATACCCATTTGTGAGGGAAGGAGTTGTCAAAGGAACACTT
GCTTTGAAGGGAGGCTATTATGACTTTGTTAAGGGAGCTTTTGAGCTTTGGGAACTCCAG
TTCGGCCTCTCTCCCGCTCATCCAGTTTGAGCCAATATATCATAATCATCCTCACCGTCT
TCATCACCTTGCTCTCTACTCTTGATCTCCCATCTAAATTAATGGCTACTCGAATAACTG
CTTTTTTATTTGAGCTAAGCTTCATTTTCTC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1DL91JQ 756 0 0
AAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAGCTTGCCAAAGGTCAAAGCCCAAAGTAC
ATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCATCACACGTGCTTAACTTCCATCCT
GGAGATGCCTTCGTGGTTCGTAACATTGCAAATATGGTTCCTCCTTATGACCAGGTCAAA
TATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTTGCACCTTAAGGTCGAGAACATT
GTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGGGACTTATGTCATTTGCTCTTGAC
GGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAAAAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCA
AAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGACCAATGTAGCCGATGTGAAAGG
GAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACATACCCATTTGTGAGGGA*GGAGTT
GTCAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTATTATGACTTTGTTAAGGGAGCTTTTGAG
CTTTGGGAACTCCAGTCCGGCCTCTCTCCCGCTCATCCAGTTTGAGCCAATATATCATAA
TCATCCTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTCTACTCTTGATCTCCCATCTAAATTAATGG
CTACTCGAATAACTGCTTTTTTATTTGAGCTGAGCTTCATTTTCTCAACTATCTATCCGA
CTTATAAAATGAATAAAAATAAATTCTGAATTCT
AT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1FO73JQ 459 0 0
TTGACGGTAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAAAAATCTGTTTGCCAGCAA
AGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGACCAATGTGGCCGATGTG
AAAGGGAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACATACCCATTTGTGAGGGAAG
GAGTTGTCAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTATTATGACTTTGTTAAGGGAGCTT
TTGAGCTTTGGGAACTCCAGTTTGGCCTCTCTCCCGCTCATCCAGTTTGAGCCAATATAT
CATAATCATCCTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTCTACTCTTGATCTCCCATCTAAATT
AATGGCTACTCGAATAACTGCTTTTTTATTTGAGCTAAGCTTCATTTTCTCAACTATCTA
TCCGACTTATAAAATGAATAAAAATAAATTCTGAATTCT

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DS 

RD RR1EH59JQ 631 0 0
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GCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTTGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTG
ATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGGGACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGA
AACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAAAAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAA
GTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGACCAATGTGGCCGATGTGAAAGGGAG
GCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACATACCCATTTGTGAGGGAAGGAGTTGTC
AAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTATTATGACTTTGTTAAGGGAGCTTTTGAGCTT
TGGGAACTCCAGTTCGGCTTCTCTCCCGCTTATCCAGTTTGAGCCAATATATCATAATCA
TCCTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTCTACTCTTGATCTCCCATCTAAATTAATGGCTA
CTCGAATAACTGCTTTTTTATTTGAGCTAAGCTTCATTTTCTCAACTATCTATCCGACTT
ATAAAATGAATAAAAATAAATTCTGAATTC
C

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1F159JQ 625 0 0
CCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTTGCAC
CTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGGGACTT
ATGTCATTTGCTCTTGACGGAAATAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAAAAATC
TGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGACCAA
TGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACATACCCA
TTTGTGAGGGAAGGAGTTGTCAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTATTACGACTTT
GTTAAGGGAGCTTTTGAGCTTTGGGAACTCCAGTTCGGCCTCTCTCCCGCTCATCCAGTT
TGAGCCAATATATCATAATCATCCTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTCTACTCTTGATC
TCCCATCTAAATTAATGGCTACTCGAATAACTGCTTTTTTATTTGAGCTAAGCTTCATTT
TCTCAACTATCTATCCGACTTATAAAATGAATAAAAATAAATTCTGAATTCTATATATAA
GAATTTAATTATGTGCTTATTTGGG

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1AN59JQ 596 0 0
CAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTTGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGA
TAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGGGACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAA
ACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAAAAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAG
TTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGACCAATGTGGCCGATGTGAAAGGGAGG
CAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACATACCCATTTGTGAGGCAAGGAGTTGTCA
AAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTATTATGACTTTGTTAAGGGAGCTTTTGAGCTTT
GGGAACTCCAGTTCGGCCTCTCTCCCGCTCATCCAGTTTGAGCCAATATATCATAATCAT
CCTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTCTACTCTTGATCTCCCATCTAAATTAATGGCTAC
TCGAATAACTGCTTTTTTATTTGAGCTAAGCTTCATTTTCTCAACTATCTATCCGACTTA
TAAAATGAATAAAAATAAATTCTGAATTCTATATATAAGAATTTAATTATGTGCTT

QA 1 596 1 596
DS 



AS 2 17

CO CL70Contig1 1004 13 16 U
GGACAACACAACTGAGCTCAAACTCAGAAGAAGAAGAAGCAAGCTTCTTTCACTCATCAG
ACACAACAATGATCTTACCAATGAAACTTCTTCATCCTCTCCATCATTCTCTCTCTTCCT
CCATTCCTTTTCAATCAAGAAGAAGGCAATCCAAATCTTACCGGTGCTCGTTACCGTCTC
CCGGCGGCGAAAAGATCATCAGACCAGAGACCGTTGTTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCT
ACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAA
CTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTG
ACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATG
GAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGA
TAACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTG
ACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGA
TGCATGTAGGCGGTCAGAGACTGGTGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAG
GAGTGCAAGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCA
AGCAGAGTCCTTTCGGGACGCCAGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGC
GAGAAATGGATCCAGAGCTATGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATA
CCGGCTAGTCTGGATTCATACCCACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAGTACATGTTTG
TTGTGCTTTGCAAAAACATCAGACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGATACTTTACT
TATGGTTCGAATATAAAATCTAGGATGGAACCTTTTTACAGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 45 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 45 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 45 60 60 60 60 60 60 55 55 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1H690TF U 20
AF RR1EH42TF U 57
AF RR1A575TF U 37
AF RR1CB23TF U 35
AF RR1DM78TF U 40
AF RR1EI45TF U 1
AF RR1BQ11JQ C 487
AF RR1BQ11TF U 487
AF RR1EH42JQ C 363
AF RR1EI45JQ C 181
AF RR1A575JQ C 195
AF RR1H690JQ C 305
AF RR1CB23JQ C 261
BS 1 382 RR1EI45TF
BS 383 383 RR1H690TF
BS 384 667 RR1EI45TF
BS 668 668 RR1H690TF
BS 669 669 RR1EI45TF
BS 670 670 RR1H690TF
BS 671 747 RR1EI45TF
BS 748 748 RR1EH42TF
BS 749 760 RR1EI45TF
BS 761 761 RR1BQ11TF
BS 762 792 RR1EI45TF
BS 793 889 RR1BQ11TF
BS 890 890 RR1EI45JQ
BS 891 952 RR1BQ11TF
BS 953 1001 RR1EI45JQ
BS 1002 1004 RR1A575JQ

RD RR1H690TF 712 0 0
GGAAAACTC
AGAAGAAGAAGCAAGCTTCTTTCACTCATCAGACACAACAATGATCTTACCAATGAAACT
TCTTCATCCTCTCCATCACTCTCTCTCTTCCTCCATTCCTTTTCAATCAAGAAGAAGGCA
ATCCAAATCTTACCGGTGCTCGTTACCCTCTCCCGGCGGCGAAAAGATCATCAGACCAGA
GACCGTTGTTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTGGATG
TCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAG
TAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCAATGG
TCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGT
CGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACT
TGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACGTTGGACAATCAGAGAACGGGAATGT
TCTCAAAGGACTTGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCGGAGACTGGTGAT
TGTTCCTCCCGAGTTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAACGCAAC
AATCGAGCTTGACGTTGAGCTATTATCAATCAAGCAGAGTCCT

QA 10 712 10 712
DS 

RD RR1EH42TF 700 0 0
GG
AGACACAACAATGATCTTACCAATGAAACTTCTTCATCCTCTCCATCATTCTCTCTCTTC
CTCCATTCCTTTTCAATCAAGAAGAAGGCAATCCAAATCTTACCGGTGCTCGTTACCGTC
TCCCGGCGGCGAAAAGATCATCAGACCAGAGACCGTTGTTTCTCCGGCGCCACCGGTGAG
CTACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTT
AACTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGTGGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACC
TGACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAA
TGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCACAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGG
GATAACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTT
TGACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGG
GATGCATGTAGGCGGTCAGAGACTGGTGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAA
AGGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGGGCTCTTATCAAT
CAAGCAGAGTCCTTTCGGGACGCCAGTGAAGATCGTTG

QA 3 700 3 700
DS 

RD RR1A575TF 695 0 0
AAGCAAGCTTCTTTCACTCATCAGACACAACAATGATCTTACCAATGAAACTTCTTCATC
CTCTCCATCATTCTCTCTCTTCCTCCATTCCTTTTCAATCAAGAAGAAGGCAATCCAAAT
CTTACCGGTGCTCGTTACCGTCTCCCGGCGGCGAAAAGATCATCAGACCAGAGACCGTTG
TTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCT
CCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCACCCGAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAG
CTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGT
ACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCC
ACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTG
GAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAG
GACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCAGAGACTGGTGATTGTTCCTC
CGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGC
TTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1CB23TF 720 0 0
GG
AAGCAAGCTTCTTTCACTCATCAGACACAACAATGATCTTACCAATGAAACTTCTTCATC
CTCTCCATCATTCTCTCTCTTCCTCCATTCCTTTTCAATCAAGAAGAAGGCAATCCAAAT
CTTACCGGTGCTCGTTACCGTCTCCCGGCGGCGAAAAGATCATCAGACCAGAGACCGTTG
TTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCT
CCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGCAGAAGAG
CTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGT
ACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCC
ACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTG
GAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAG
GACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCAGAGACTGGTGATTGTTCCTC
CGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGC
TTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCTTTCGGGACGCCAGTGAAGATCGT

QA 3 720 3 720
DS 

RD RR1DM78TF 715 0 0
CAAGCTTCTTTCACTCATCAGACACAACAATGATCTTACCAATGAAACTTCTTCATCCTC
TCCATCATTCTCTCTCTTCCTCCATTCCTTTTCAATCAAGAAGAAGGCAATCCAAATCTT
ACCGGTGCTCGTTACCGTCTCCCGGCGGCGAAAAGATCATCAGACCAGAGACCGTTGTTT
CTCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCTCCG
CTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTC
TACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACT
ATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACT
ATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTGGAG
GTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGAC
TCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCAGAGACTGGTGATTGTTCCTCCGG
AGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTG
ACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCTTTCGGGACGCCAGTGA
GATCGTT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1EI45TF 800 0 0
GGACAACACAACTGAGCTCAAACTCAGAAGAAGAAGAAGCAAGCTTCTTTCACTCATCAG
ACACAACAATGATCTTACCAATGAAACTTCTTCATCCTCTCCATCATTCTCTCTCTTCCT
CCATTCCTTTTCAATCAAGAAGAAGGCAATCCAAATCTTACCGGTGCTCGTTACCGTCTC
CCGGCGGCGAAAAGATCATCAGACCAGAGACCGTTGTTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCT
ACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAA
CTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTG
ACAGCGAGTTTACTACTCTCCC*AATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATG
GAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGA
TAACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTG
ACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGA
TGCATGTAGGCGGTCAGAGACTGGTGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAG
GAGTGCA*GTGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCA
AGCAGAGTCCTTTCGGGACGCCAGTGA*GATCGTTGAAGG*TAAGATACTAATAAGAAGC
GAGAAATGGATC
AGAGCTAT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1BQ11JQ 466 0 0
G
CATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGG
ACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGT
AGGCGGTCAGAGACTGGTGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCA
AGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAG
TCCTTTCGGGGCGCCAGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAAT
GGATCCAGAGCTATGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATACCGGCTA
GTCTGGATTCATACCCACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAATACATGTTTGTTGTGCT
TTGCAAAAACATCAGACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGAT

QA 2 466 2 466
DS 

RD RR1BQ11TF 466 0 0
G
CATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGG
ACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGT
AGGCGGTCAGAGACTGGTGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCA
AGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAG
TCCTTTCGGGGCGCCAGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAAT
GGATCCAGAGCTATGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATACCGGCTA
GTCTGGATTCATACCCACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAATACATGTTTGTTGTGCT
TTGCAAAAACATCAGACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGAT

QA 2 466 2 466
DS 

RD RR1EH42JQ 554 0 0
AGCGAGTTTACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGA
GCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCACAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATA
ACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGAC
ATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATG
CATGTAGGCGGTCAGAGACTGGTGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGA
GTGCAAGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGGGCTCTTATCAATCAAG
CAGAGTCCTTTCGGGACGCCAGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGCGA
GAAATGGATCCAGAGCTATGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATACC
GGCTAGTCTGGATTCATACCCACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAGTACATGTTTGTT
GTGCTTTGCAAAAA

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR1EI45JQ 821 0 0
CCGGCGGCGAAAAGATCATCAGACCAGAGACCGTTGTTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCT
ACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAA
CTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTG
ACAGCGAGTTTACTACTCTCCC*AATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATG
GAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGA
TAACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTG
ACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGA
TGCATGTAGGCGGTCAGAGACTGGTGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAG
GAGTGCA*GTGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCA
AGCAGAGTCCTTTCGGGACGCCAGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGC
GAGAAATGGATCCAGAGCTATGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATA
CCGGCTAGTCTGGATTCATACCCACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAGTACATGTTTG
TTGTGCTTTGCAAAAACATCAGACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGATACTTTACT
TATGGTTCGAATATAAAATCTAGGATGGAACCTTTTTACAG

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1A575JQ 810 0 0
ATCATCAGACCAGAGACCGTTGTTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGAAGA
GTTTTACTTGGATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCACCCGAG
GCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACT
ACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTG
AAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACA
AGTCGACAAGGACTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCA
GAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGT
CAGAGACTGGTGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATT
CCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCTTTC
GGGACGCCAGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAATGGATCCA
GAGCTATGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATACCGGCTAGTCTGGA
TTCATACCCACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAGTACATGTTTGTTGTGCTTTGCAAA
AACATCAGACTCGGTTCAATCCCGTAAGCCGATAAGATACTTTACTTATGGTTCGAATAT
AAAATCTAGGATGGAACCTTTTTACAGAAG

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1H690JQ 692 0 0
TTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAG
CGAGTTTACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGC
AGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAAC
GTTCATGACAAGTCGACAAGGACTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACGT
TGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTTTCAAAGGACTTGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCA
TGTAGGCGGTCGGAGACTGGTGATTGTTCCTCCCGAGTTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGT
GCAAGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACGTTGAGCTATTATCAATCAAGCA
GAGTCCTTTCGGGACGCCAGTGAAGATCGTTGAAGGATAAGATACTAATAAGAAGCGAGA
AATGGATCCAGAGCTATGGAGGCTTCATCTGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATACCGG
CTAGTCTGGATTCATACCCACTTCTCATTTCTTGTTCTTCTATTAGTACATGTTTGTTGT
GCTTTGCAAAAACATCAGACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGATACTTTACTTATG
GTTGGAATATAAAATTTAGGCTGGAACCTTTT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1CB23JQ 733 0 0
CTTGGATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCCGAGGCCGTA
AGCACCAGCAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCTC
CCCAATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGA
TCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGA
CAAGGACTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGAAC
GGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCAGAGA
CTGGTGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTCCT
AACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCTTTCGGGACG
CCAGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAATGGATCCAGAGCTA
TGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATACCGGCTAGTCTGGATTCATA
CCCACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAGTACATGTTTGTTGTGCTTTGCAAAAACATC
AGACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGATACTTTACTTATGGTTCGAATATAAAATC
TAGGATGGAACC
C

QA 1 732 1 732
DS 



CO CL70Contig2 1238 4 11 U
CGTTGTGCTTTGCAAAAACATCAAACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGATACTTTA
CTTATGGTTCGAACATAAAATCTAGGATGGAACCTTTTTACAGAAGTTCTTAACCTTTTA
AATGGAAAATTTCCTATCAAACAAGACTGAAGGGTTAAATCTAATACAATCAGTGATTAA
AAGTTGTAGAGGCCAAGGGATTAGTAGGCGTCTTTGCCTGGCCTCCTACTCTTGCATTAG
CTGTTCCATGCCCAAACGGATTCCTGGCGTTTGATGCTTCCGTTACCGTCACAGACTTCT
TTACAGCGGCAAGTCTCTCTTTGTGAATATCTGTTGCCAGTGGCTTTCGAAATGTCTTGA
TCTCGTCACTGCTAAAACCAGGAGGCCTGATATTCCAGTTTCTTTCAACATGGAGCAAGA
TGTCTTTGGCCTCTAGAGTATCAAACTTTCTATGCTTGGCTAAAGAACATCCAAAAGTTG
TGATTGACTCCACAAAGTCTTCAGCAATATCAGCAAGGATGCCTTCAACCTCTGGATCCA
ATTTCTCTGACGGATCAATCTGTTGAAGTAGCTCATGGATGCTTCTTTTCCCCAGGATAC
GATCATCAGACTCCTCATTCTCTACTGAAACTGGCTTAGCTTGGCTTCCTGGTTGAGGCA
CAGGGGGCGGGGTCGGCATTGCTGGAGAAGCAGCTTTCTGATTTACCAACCCTTGGACCC
GGGCCGGTTGATGTGAGTAAGGTAAAGTCTGATGCGGAGGTCTCAATTGTTGATGTTGCT
CTTGAGGCTGAAGCTGATGTTGTTGTTGTTGCTGCTGAGGCTGTGAAGTCGCTGGTGACG
TGGAAAGATGTTGCTGGGTAACATGAGATCCTTGTTGCATGGAGGAGGGATTATTATTTA
CTTGCGGTCTATAAGAAGGGGGTGCCAAAGGCGGCTTCCCTTGGGCAGAAGATGATAACC
ATGGTTGATTAGTGGCTTGCAAGCTGTGCTGTGCTGCACCAGTAGATTGGACACCAGGAG
AACCAATAGATGAAGGTCTCATAAGGCCATGCGCTTGAAAGTTTTGAGGAACAAGAGATG
GACTACTGGGAGAGGAAGCTGGTCTCAGAGAGGCTTGACCCGGTCTCTGCTGGTGCTGAG
GCATTATTCCACTTGGCCGCATTTGAGAGCCGGACCCAATCGTCCCCATCATTCCCTGCG
TTCCTTGCATCATCCTACCCTGCGGGGGGACACTTGAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1GN46JQ U 1
AF RR1GN46TF C 1
AF RR1F853JQ U 37
AF RR1F853TF C 593
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C

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C
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TTATGGTTCGAACATAAAATCTAGGATGGAACCTTTTTACAGAAGTTCTTAACCTTTTAA
ATGGAAAATTTCCTATCAAACAAGACTGAAGGGTTAAATCTAATACAATCAGTGATTAAA
AGTTGTAGAGGCCAAGGGATTAGTAGGCGTCTTTGCCTGGCCTCCTACTCTTGCATTAGC
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TACAGCGGCAAGTCTCTCTTTGTGAATATCTGTTGCCAGTGGCTTTCGAAATGTCTTGAT
CTCGTCACTGCTAAAACCAGGAGGCCTGATATTCCAGTTTCTTTCAACATGGAGCAAGAT
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C

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GGATGCTTCTTTTCCCCAGGATACGATCATCAGACTCCTCATTCTCTACTGAAACTGGCT
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TCTGATTTACCAACCCTTGGACCCGGGCCGGTTGATGTGAGTAAGGTAAAGTCTGATGCG
GAGGTCTCAATTGTTGATGTTGCTCT

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ATTATTTACTTGCGGTCTATAAGAAGGGGGTGCCAAAGGCGGCTTCCCTTGGGCAGAAGA
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TCCCTGCGTTCCTTGCATCATCCTACCCTGCGGGGGGACACTTGAC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 16

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TTCGTCCCTGCTAACACCCGCAGCAGCAGCAGTCACTGTCATGCTTCTTGGCCTACTGCT
TGGATCTGCAGAGCAAGTTAGCGGACTGCGTCATGTCCCCAAGTCCCATAAGACCACCAC
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CGGTGTTGGAAGGTTCTTGCTTCCTCCCAAATGTAAGAAACCATTCTACCCTTACAATCC
TGTCACTGGAGCTCCACTTACTGGTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGG
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CGTATGTTTGTCATCTCTCTCTTTCTTTTTT*GGATCTCTCTATAACAAGAGAGAATCTT
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CATTTAAATACCAAAATCCTTTATGAT


BQ
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BS 1 463 RR1DW39TF
BS 464 464 RR1GF59TF
BS 465 499 RR1DW39TF
BS 500 546 RR1DN72TF
BS 547 630 RR1GF59TF
BS 631 661 RR1B404TF
BS 662 662 RR1CI57TF
BS 663 717 RR1B404TF
BS 718 722 RR1CI57TF
BS 723 725 RR1DF20TF
BS 726 730 RR1DW39JQ
BS 731 731 RR1GF59JQ
BS 732 747 RR1DW39JQ

RD RR1DW39TF 499 0 0
GGCAACAAACACACTACCTTCCCAAACTTTTCTCAATAACAATAAAAAAAA*CAAATGGG
TTCGTCCCTGCTAACACCCGCAGCAGCAGCAGTCACTGTCATGCTTCTTGGCCTACTGCT
TGGATCTGCAGAGCAAGTTAGCGGACTGCGTCATGTCCCCAAGTCCCATAAGACCACCAC
TGATGTAAAACACCCTGATTTTCTTGTCACCATTGAGCCCAAACCAACAATTCTCATACC
CGGTGTTGGAAGGTTCTTGCTTCCTCCCAAATGTAAGAAACCATTCTACCCTTACAATCC
TGTCACTGGAGCTCCACTTACTGGTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGG
TGGACAAGGGGGCGGAACTCGCACCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTCCCAAA
CCCCGGATATGAAACTCCAACCCCAACCACTGGAGCTGGCGCA*GAAACAACGGCCAAGT
TCCTCCGGTGCCACTACCC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1DN72TF 545 0 0
GGAAC
AAACACACTACCTTCCCAAACTTTTCTCAATAACAATAAAAAAAAACAAATGGGTTCGTC
CCTGCTAACACCCGCAGCAGCAGCAGTCACTGTCATGCTTCTTGGCCTACTGCTTGGATC
TGCAGAGCAAGTTAGCGGACTGCGTCATGTCCCCAAGTCCCATAAGACCACCACTGATGT
AAAACACCCTGATTTTCTTGTCACCATTGAGCCCAAACCAACAATTCTCATACCCGGTGT
TGGAAGGTTCTTGCTTCCTCCCAAATGTAAGAAACCATTCTACCCTTACAATCCTGTCAC
TGGAGCTCCACTTACTGGTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGGTGGACA
AGGGGGCGGAACTCGCACCCAGCTCCCGGGTGGCGATGATACCCTTGTCCCAAACCCCGG
ATATGAAACTCCAACCCCAACCACTGGAGCTGGCGCACGAAACAACGGCCAAGTTCCTCC
GGTGCCACTACCCTGATTTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGCATTTCTTAGATGC

QA 6 545 6 545
DS 

RD RR1GF59TF 639 0 0
GGAAC
AAACACACTACCTTCCCAAACTTTTCTCAATAACAATAAAAAAA**CAAATGGGTTCGTC
CCTGCTAACACCCGCAGCAGCAGCAGTCACTGTCATGCTTCTTGGCCTACTGCTTGGATC
TGCAGAGCAAGTTAGCGGACTGCGTCATGTCCCCAAGTCCCATAAGACCACCACTGATGT
AAAACACCCTGATTTTCTTGTCACCATTGAGCCCAAACCAACAATTCTCATACCCGGTGT
TGGAAGGTTCTTGCTTCCTCCCAAATGTAAGAAACCATTCTACCCTTACAATCCTGTCAC
TGGAGCTCCACTTACTGGTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGGTGGACA
AGGGGGCGGAACTCGCACCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTCCCAAACCCCGG
ATATGAAACTCCAACCCCAGCCACTGGAGCTGGCGCAGGAAACAACGGCCAAGTTCCTCC
GGTGCCACTACCCTGATTTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGCATTTCTTAGATGC
AAAAGGGTCTATATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAGTCGTATG
TTTGTCATCTCTCTCTTTCTTTTT
GGATCCCTCT

QA 6 629 6 629
DS 

RD RR1CI57JQ 517 0 0
TACTGCTTGGATCTGCAGAGCAAGTTGGCGGACTGCGTCATGTCCC*AAGTCCCATAAGA
CCACCACTGATGTAAAACACCCTGATTTTTTTGTCACCATTGAGCCCAAACCAACAATTT
TCATACCCGGTGTTGGAAGGTTCTTGCTTCCTCCCAAATGTAAGAAACCATTCTACCCTT
ACAATCCTGTCACGGGAGCTCCACTTACTGGTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCAT
ATGGTGGTGGACAAGGGGGCGGAACTCGCACCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTG
TCCCAAACCCCGGATATGAAACTCCAACCCCAACCACTGGAGCTGGCGCAGGAAACAACG
GCCAAGTTCCTCCGGTGCCACTACCCTGATTTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGC
ATTTTTTAGATGCAAAAGGGTCTATATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCT
TATGAGTCGTATGTTTGTCATCTCTCTCTTTCTTTTT

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR1B404TF 713 0 0
GG
AAACACACTACCTTCCCAAACTTTTCTCAATAACAATAAAAAAA**CAAATGGGTTCGTC
CCTGCTAACACCCGCAGCAGCAGCAGTCACTGTCATGCTTCTTGGCCTACTGCTTGGATC
TGCAGAGCAAGTTAGCGGACTGCGTCATGTCCCCAAGTCCCATAAGACCACCACTGATGT
AAAACACCCTGATTTTCTTGTCACCATTGAGCCCAAACCAACAATTCTCATACCCGGTGT
TGGAAGGTTCTTGCTTCCTCCCAAACGTAAGAAACCATTCTACCCTTACAATCCTGTCAC
TGGAGCTCCACTTACTGGTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGGTGGACA
AGGGGGCGGAACTCGCACCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTCCCAAACCCCGG
ATATGAAACTCCAACCCCAACCACTGGAGCTGGCGCAGGAAACAACGGCCAAGTTCCTCC
GGTGCCACTACCCTGATTTATTTTCCAACATCTGTCAACAAATAAGCATTTCTTAGATGC
AAAAGGGTCTATATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAGTCGTATG
TTTGTCATCTCTCTCTTTCTTTTTT*GGATCTCTCTATAACAAGAGAGAATCTTGCGTCT
TGTTCTTCACTTAATGTTGTCATCTACAGTATTTATTTACATGCCATTACA

QA 3 713 3 713
DS 

RD RR1AZ79JQ 691 0 0
CTACCTTCCCAAACTTTTCTCAATAACAATAAAAAAAA*CAAATGGGTTCGTCCCTGCTA
ACACCCGCAGCAGCAGCAGTCACTGTCATGCTTCTTGGCCTACTGCTTGGATCTGCAGAG
CAAGTTAGCGGACTGCGTCATGTCCCCAAGTCCCATAAGACCACCACTGATGTAAAACAC
CCTGATTTTCTTGTCACCATTGAGCCCAAACCAACAATTCTCATACCCGGTGTTGGAAGG
TTCTTGCTTCCTCCCAAATGTAAGAAACCATTCTACCCTTACAATCCTGTCACTGGAGCT
CCACTTACTGGTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGGTGGACAAGGGGGC
GGAACTCGCACCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTCCCAAACCCCGGATATGAA
ACTCCAACCCCAACCACTGGAGCTGGCGCAGGAAACAACGGCCAAGTTCCTCCGGTGCCA
CTACCCTGATTTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGCATTTCTTAGATGCAAAAGGG
TCTATATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAGTCGTATGTTTGTCA
TCTCTCTCTTTCTTTTTT*GGATCTCTCTATAACAAGAGAGAATCTTGTGTCTTGTTCTT
CACTTAATGTTGTCATCTACAGTATTTATTT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1AZ79TF 691 0 0
CTACCTTCCCAAACTTTTCTCAATAACAATAAAAAAAA*CAAATGGGTTCGTCCCTGCTA
ACACCCGCAGCAGCAGCAGTCACTGTCATGCTTCTTGGCCTACTGCTTGGATCTGCAGAG
CAAGTTAGCGGACTGCGTCATGTCCCCAAGTCCCATAAGACCACCACTGATGTAAAACAC
CCTGATTTTCTTGTCACCATTGAGCCCAAACCAACAATTCTCATACCCGGTGTTGGAAGG
TTCTTGCTTCCTCCCAAATGTAAGAAACCATTCTACCCTTACAATCCTGTCACTGGAGCT
CCACTTACTGGTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGGTGGACAAGGGGGC
GGAACTCGCACCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTCCCAAACCCCGGATATGAA
ACTCCAACCCCAACCACTGGAGCTGGCGCAGGAAACAACGGCCAAGTTCCTCCGGTGCCA
CTACCCTGATTTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGCATTTCTTAGATGCAAAAGGG
TCTATATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAGTCGTATGTTTGTCA
TCTCTCTCTTTCTTTTTT*GGATCTCTCTATAACAAGAGAGAATCTTGTGTCTTGTTCTT
CACTTAATGTTGTCATCTACAGTATTTATTT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1B183JQ 365 0 0
G
GGTGGTGGACAAGGGGGCGGAACTCGCACCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTC
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CAAGTTCCTCCGGTGCCACTACCCTGATTTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGCAT
TTTTTAGATGCAAAAGGGTCTATATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTA
TGAGTCGTATGTTTGTCATCTCTCTCTTTCTTTTTT*GGATCTCTCTATAACAAGAGAGA
ATCTTGTGTCTTGTTCTTCACTTAATGTTGTCATCTACAGTATTTATTTACATGCCATTA
CATT

QA 2 365 2 365
DS 

RD RR1B183TF 365 0 0
G
GGTGGTGGACAAGGGGGCGGAACTCGCACCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTC
CCAAACCCCGGATATGAAACTCCAACCCCAACCACTGGAGCTGGCGCAGGAAACAACGGC
CAAGTTCCTCCGGTGCCACTACCCTGATTTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGCAT
TTCTTAGATGCAAAAGGGTCTATATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTA
TGAGTCGTATGTTTGTCATCTCTCTCTTTCTTTTTT*GGATCTCTCTATAACAAGAGAGA
ATCTTGTGTCTTGTTCTTCACTTAATGTTGTCATCTACAGTATTTATTTACATGCCATTA
CATT

QA 2 365 2 365
DS 

RD RR1CI57TF 719 0 0
GG
AAACACACTACCTTCCCAAACTTTTCTCAATAACAATAAAAAAAA*CAAATGGGTTCGTC
CCTGCTAACACCCGCAGCAGCAGCAGTCACTGTCATGCTTCTTGGCCTACTGCTTGGATC
TGCAGAGCAAGTTGGCGGACTGCGTCATGTCCC*AAGTCCCATAAGACCACCACTGATGT
AAAACACCCTGATTTTCTTGTCACCATTGAGCCCAAACCAACAATTCTCATACCCGGTGT
TGGAAGGTTCTTGCTTCCTCCCAAATGTAAGAAACCATTCTACCCTTACAATCCTGTCAC
TGGAGCTCCACTTACTGGTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGGTGGACA
AGGGGGCGGAACTCGCACCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTCCCAAACCCCGG
ATATGAAACTCCAACCCCAACCACTGGAGCTGGCGCAGGAAACAACGGCCAAGTTCCTCC
GGTGCCACTACCCTGATTTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGCATTTCTTAGATGC
AAAAGGGTCTATATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAGTCGTATG
TTTGTCATCTCTCTCTTTCTTTTTT*GGATCTCTCTATAACAAGAGAGAATCTTGTGTCT
TGTTCTTCACTTAATGTTGTCATCTACAGTATTTATTTACATGCCATTACATTACA
A

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR1DW39JQ 717 0 0
TCTCAATAACAATAAAAAAAA*CAAATGGGTTCGTCCCTGCTAACACCCGCAGCAGCAGC
AGTCACTGTCATGCTTCTTGGCCTACTGCTTGGATCTGCAGAGCAAGTTAGCGGACTGCG
TCATGTCCCCAAGTCCCATAAGACCACCACTGATGTAAAACACCCTGATTTTCTTGTCAC
CATTGAGCCCAAACCAACAATTCTCATACCCGGTGTTGGAAGGTTCTTGCTTCCTCCCAA
ATGTAAGAAACCATTCTACCCTTACAATCCTGTCACTGGAGCTCCACTTACTGGTGGGTC
TATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGGTGGACAAGGGGGCGGAACTCGCACCCAGCT
CCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTCCCAAACCCCGGATATGAAACTCCAACCCCAACCAC
TGGAGCTGGCGCAGGAAACAACGGCCAAGTTCCTCCGGTGCCACTACCCTGATTTATTTT
CCAATATCTGTCAACAAATAAGCATTTCTTAGATGCAAAAGGGTCTATATGAGTCTTACC
TTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAGTCGTATGTTTGTCATCTCTCTCTTTCTTTTT
T*GGATCTCTCTATAACAAGAGAGAATCTTGTGTCTTGTTCTTCACTTAATGTTGTCATC
TACAGTATTTATTTACATGCCATTACATTACATTTAAATATCAAAATCCTTTATGAT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1DF20JQ 232 0 0
G
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CTATATGAGTTTTACCTTTTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAGTCGTATGTTTGTCAT
CTCTCTCTTTCTTTTTTTGGATCTCTCTATAACAAGAGAGAATCTTGTGTCTTGTTCTTC
ACTTAATGTTGTCATCTACAGTATTTATTTACATGCCATTACATTACATTT

QA 2 232 2 232
DS 

RD RR1DF20TF 232 0 0
G
TACCCTGATTTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGCATTTCTTAGATGCAAAAGGGT
CTATATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAGTCGTATGTTTGTCAT
CTCTCTCTTTCTTTTTTTGGATCTCTCTATAACAAGAGAGAATCTTGTGTCTTGTTCTTC
ACTTAATGTTGTCATCTACAGTATTTATTTACATGCCATTACATTACATTT

QA 2 232 2 232
DS 

RD RR1BG93JQ 459 0 0
G
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GTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGGTGGACAAGGGGGCGGAACTCGCA
CCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTCCCAAACCCCGGATATGAAACTCCAACCC
CAACCACTGGAGCTGGCGCAGGAAACAACGGCCAAGTTCCTCCGGTGCCACGACCCTGAT
TTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGCATTTCTTAGATGCAAAAGGGTCTATATGAG
TCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAGTCGTATGTTTGTCATCTCTCTCTT
TCTTTTTT*GGATCTCTCTATATCAAGAGAGAATCTTGTGTCTTGTTCTTCACTTAATGT
TGTCATCTACAGTATTTATTTACATGCCATTACATTAC

QA 2 459 2 459
DS 

RD RR1BG93TF 459 0 0
G
CTCCCAAATGTAAGAAACCATTCTACCCTTACAATCCTGTCACTGGAGCTCCACTTACTG
GTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCATCATATGGTGGTGGACAAGGGGGCGGAACTCGCA
CCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCCTTGTCCCAAACCCCGGATATGAAACTCCAACCC
CAACCACTGGAGCTGGCGCAGGAAACAACGGCCAAGTTCCTCCGGTGCCACGACCCTGAT
TTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATAAGCATTTCTTAGATGCAAAAGGGTCTATATGAG
TCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAGTCGTATGTTTGTCATCTCTCTCTT
TCTTTTTT*GGATCTCTCTATATCAAGAGAGAATCTTGTGTCTTGTTCTTCACTTAATGT
TGTCATCTACAGTATTTATTTACATGCCATTACATTAC

QA 2 459 2 459
DS 

RD RR1GF59JQ 575 0 0
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TTTTCATACCCGGTGTTGGAAGGTTCTTGCTTCCTCCCAAATGTAAGAAACCATTTTACC
CTTACAATCCTGTCACTGGAGCTCCACTTACTGGTGGGTCTATCGGTGGCCAAATCCCAT
CATATGGTGGTGGACAAGGGGGCGGAACTCGCACCCAGCTCCCTGGTGGCGATGATACCC
TTGTCCCAAACCCCGGATATGAAACTCCAACCCCAGCCACTGGAGCTGGCGCAGGAAACA
ACGGCCAAGTTCCTCCGGTGCCACTACCCTGATTTATTTTCCAATATCTGTCAACAAATA
AGCATTTTTTAGATGCAAAAGGGTCTATATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTA
CCTTATGAGTCGTATGTTTGTCATCTCTCTCTTTCTTTTTT*GGATCCCTCTATAACAAG
AGAGAATCTTGTGTCTTGTTCTTCACTTAATGTTGTCATTTACAGTATTTATTTACATGC
CATTACATTACATTTAAATACCAAAATCCTTTATG

QA 1 575 1 575
DS 



AS 3 15

CO CL72Contig1 637 9 5 U
AAAAACAAGATCGACACCAAAAAAAAGCGAATCTAGGGTTTTCAGAATTTTGACGAAGAA
AGATGGCGATGCAGAAGGCTAAAGAGACGGTCTCCAGCAACCCCGTCGTTGTTTTCAGCA
AGTCGTATTGTCCGTACTGTGTGAGAGTGAAGGAGCTTTTGCAGCAATTGGGTGCTAAAT
TCATTGCCGTTGAGCTCGACAAAGAGAGTGATGGTAGCCAAATTCAATCAGCTCTGGCAG
AATGGACTGGGCAACGCACTGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCT
GCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTG
GAGCTATTGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAAAGGGCACAATCTGTTTGTGATT
TGCTTCTATCAGGAATAAACAAGTTTGAGCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTT
AAACTCGTTGTTATGTCGAAGTCGGTATTGAACTTCTGATACATTTATGTTATCATTATC
AGCATTTGCTAGTAATTTCATTTCTCGTAATATTTCGACGTGAAGAGAAACTCAAATTTT
AGTTTTGAAAGATTTAATAAACTTTGACTAAAAAAAA


BQ
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 45 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A610JQ C 1
AF RR1A610TF U 1
AF RR1FT67JQ C 1
AF RR1FT67TF U 1
AF RR1BJ66JQ C 1
AF RR1BJ66TF U 1
AF RR1EI23TF U 151
AF RR1GO71JQ C 1
AF RR1GO71TF U 1
BS 1 133 RR1A610TF
BS 134 134 RR1FT67TF
BS 135 568 RR1A610TF
BS 569 582 RR1EI23TF
BS 583 637 RR1GO71TF

RD RR1A610JQ 568 0 0
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GAGCTATTGCTGCAACTACTGGAGCTACTTTTGCTTAAAGGGCACAATCTGTTTGTGATT
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AAACTCGTTGTTATGTCGAAGTCGGTATTGAACTTTTGATACATTTATGTTATCATTATC
AGCATTTGCTAGTAATTTCATTTTTCGT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1A610TF 568 0 0
AAAAACAAGATCGACACCAAAAAAAAGCGAATCTAGGGTTTTCAGAATTTTGACGAAGAA
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AATGGACTGGGCAACGCACTGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCT
GCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTG
GAGCTATTGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAAAGGGCACAATCTGTTTGTGATT
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AAACTCGTTGTTATGTCGAAGTCGGTATTGAACTTCTGATACATTTATGTTATCATTATC
AGCATTTGCTAGTAATTTCATTTCTCGT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1FT67JQ 568 0 0
AAAAACAAGATCGACACCAAAAAAAAGCGAATTTAGGGTTTTCAGAATTTTGACAAAGAA
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AATGGACTGGGCAACGCACTGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCT
GCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTG
GAGCTATTGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAAAGGGCACAATCTGTTTGTGATT
TGCTTCTATCAGGAATAAACAAGTTTGAGCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTT
AAACTCGTTGTTATGTCGAAGTCGGTATTGAACTTTTGATACATTTATGTTATCATTATC
AGCATTTGCTAGTAATTTCATTTCTCGT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1FT67TF 568 0 0
AAAAACAAGATCGACACCAAAAAAAAGCGAATCTAGGGTTTTCAGAATTTTGACAAAGAA
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AGTCGTATTGTCCGTACTGTGTGAGTGTGAAGGAGCTTTTGCAGCAATTGGGTGCTAAAT
TCATTGCCGTTGAGCTCGACAAAGAGAGTGATGGCAGCCAAATTCAATCAGCTCTGGCAG
AATGGACTGGGCAACGCACTGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCT
GCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTG
GAGCTATTGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAAAGGGCACAATCTGTTTGTGATT
TGCTTCTATCAGGAATAAACAAGTTTGAGCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTT
AAACTCGTTGTTATGTCGAAGTCGGTATTGAACTTCTGATACATTTATGTTATCATTATC
AGCATTTGCTAGTAATTTCATTTCTCGT

QA 1 568 1 568
DS 

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AGTCGTATTTTCCGTACTGTGTGAGAGTGAAGGAGCTTTTGCAGCAATTGGGTGCTAAAT
TCATTGCCGTTGAGCTCGACAAAGAGAGTGATGGTAGCCAAATTCAATCAGCTCTGGCAG
AATGGACTGGGCAACGCACTGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCT
GCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTG
GAGCTATTGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAAAGGGCACAATCTGTTTGTGATT
TGCTTCTATCAGGAATAAACAAGTTTGAGCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTT
AAACTCGTTGTTATGTCGAAGTCGGTATTGAACTTTTGATACATTTATGTTATCATTATC
AGCATTTGCTAGTAATTTCATTTCTCG

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1BJ66TF 567 0 0
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AGATGGCGATGCAGAAGGCTAAAGAGACGGTCTCCAGCAACCCCGTCGTTGTTTTCAGCA
AGTCGTATTTTCCGTACTGTGTGAGAGTGAAGGAGCTTTTGCAGCAATTGGGTGCTAAAT
TCATTGCCGTTGAGCTCGACAAAGAGAGTGATGGTAGCCAAATTCAATCAGCTCTGGCAG
AATGGACTGGGCAACGCACTGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCT
GCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTG
GAGCTATTGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAAAGGGCACAATCTGTTTGTGATT
TGCTTCTATCAGGAATAAACAAGTTTGAGCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTT
AAACTCGTTGTTATGTCGAAGTCGGTATTGAACTTCTGATACATTTATGTTATCATTATC
AGCATTTGCTAGTAATTTCATTTCTCG

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1EI23TF 432 0 0
G
GGAGCTTTTGCAGCAATTGGGTGCTAAATTCATTGCCGTTGAGCTCGACAAAGAGAGTGA
TGGTAGCCAAATTCAATCAGCTCTGGCAGAATGGACTGGGCAACGCACTGTTCCCAATGT
GTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCTGCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGG
TAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTGGAGCTATTGCTGCAACTACTGGAGCTACTTC
TGCTTAAAGGGCACAATCTGTTTGTGATTTGCTTCTATCAGGAATAAACAAGTTTGAGCA
ATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTTAAACTCGTTGTTATGTCGAAGTCGGTATTGA
ACTTCTGATACATTTATGTTATCATTATCAGCATTTGCTAGTAATTTCATTTCTCGTAAT
ATTTCGACGTG

QA 2 432 2 432
DS 

RD RR1GO71JQ 629 0 0
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AGATGGCGATGCAGAAGGCTAAAGAGACGGTCTCCAGCAACCCCGTCGTTGTTTTCAGCA
AGTCGTATTGTCCGTACTGTGTGAGAGTGAAGGAGCTTTTGCAGCAATTGGGTGCTAAAT
TCATTGCCGTTGAGCTCGACAAAGAGAGTGATGGTAGCCAAATTCAATCAGCTCTGGCAG
AATGGACTGGGCAACGCACTGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCT
GCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTG
GAGCTATTGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAAAGGGCACAATCTGTTTGTGATT
TGCTTCTATCAGGAATAAACAAGTTTGAGCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTT
AAACTCGTTGTTATGTCGAAGTCGGTATTGAACTTCTGATACATTTATGTTATCATTATC
AGCATTTGCTAGTAATTTCATTTCTCGTAATATTTCGACGTGAAGAGAAACTCAAATTTT
AGTTTTGAAAGATTTAATAAACTTTGACT

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1GO71TF 637 0 0
AAAAACAAGATCGACACCAAAAAAAAGCGAATCTAGGGTTTTCAGAATTTTGACGAAGAA
AGATGGCGATGCAGAAGGCTAAAGAGACGGTCTCCAGCAACCCCGTCGTTGTTTTCAGCA
AGTCGTATTGTCCGTACTGTGTGAGAGTGAAGGAGCTTTTGCAGCAATTGGGTGCTAAAT
TCATTGCCGTTGAGCTCGACAAAGAGAGTGATGGTAGCCAAATTCAATCAGCTCTGGCAG
AATGGACTGGGCAACGCACTGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCT
GCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTG
GAGCTATTGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAAAGGGCACAATCTGTTTGTGATT
TGCTTCTATCAGGAATAAACAAGTTTGAGCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTT
AAACTCGTTGTTATGTCGAAGTCGGTATTGAACTTCTGATACATTTATGTTATCATTATC
AGCATTTGCTAGTAATTTCATTTCTCGTAATATTTCGACGTGAAGAGAAACTCAAATTTT
AGTTTTGAAAGATTTAATAAACTTTGACTAAAAAAAA

QA 1 637 1 637
DS 



CO CL72Contig2 549 4 4 U
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ATTTTGACGAAGAAAGATGGCGATGCAGAAGGCTAAAGAGACCGTCTCCAACAACCCCGT
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ATTGGGAGCTAAATTCGTTGCCGTTGAGCTCGACAAAGAGAGTGATGGTAGCCAAGTTCA
ATCAGCTCTGGCAGAATGGACTGGTCAACGCACCGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAA
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GTTGACTGAAGCTGGAGCTATCGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAATGGGCACA
ATCAATTTGTGATTTGCTTCTATCATGAATAAACAAGTTCGATCAATAAATGTTAACTTT
GTCTGAAATGTTTTAAACTCGTGGTTATGTTGAAGTCGGTTTTGAACTTCTGATACATTT
ATGTTATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DJ03JQ C 108
AF RR1DJ03TF U 1
AF RR1DZ48TF U 17
AF RR1ET86TF U 17
BS 1 99 RR1DJ03TF
BS 100 100 RR1DZ48TF
BS 101 523 RR1DJ03TF
BS 524 549 RR1DZ48TF

RD RR1DJ03JQ 372 0 0
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AGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTGGAGCTATCGCTGCAACTACTGGAGCTACTTTTG
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AAATGTTAACTT

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR1DJ03TF 526 0 0
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ATCAGCTCTGGCAGAATGGACTGGTCAACGCACCGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAA
ACACATCGGTGGCTGCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTAT
GTTGACTGAAGCTGGAGCTATCGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAATGGGCACA
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AGC

QA 1 523 1 523
DS 

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QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1ET86TF 533 0 0
AAAAACAAGATCGACACCAAAAAAGCGAATCTAGGGTTTTCAGAATTTTGACGAAGAAAG
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GACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTGGA
GCTATCGCTGCAACTACTGGAGCTACTCCTGCTTAATGGGCACAATCAATTTGTGATTTG
CTTCTATCATGAATAAACAAGTTCGATCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTTAA
ACTCGTGGTTATGTTGAAGTCGGTTTTGAACTTCTGATACATTTATGTTATAA

QA 1 533 1 533
DS 



CO CL72Contig3 585 2 7 U
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TCAACGCACCGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCTGCGACAATGT
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TTATGTCGAAGTCGGTTTTGAACTTCTGATACATTTATGTTATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FS05TF U 1
AF RR1DM92TF U 52
BS 1 266 RR1FS05TF
BS 267 267 RR1DM92TF
BS 268 519 RR1FS05TF
BS 520 520 RR1DM92TF
BS 521 532 RR1FS05TF
BS 533 533 RR1DM92TF
BS 534 585 RR1FS05TF

RD RR1FS05TF 585 0 0
GGAAAGCCGACTGATTCGCTTCTTCTCTCAAACATTCCATTCCATTCTCCTAAAAACAAG
ATCGACACCAAAAAAAGCGAATCTAGGGTTTTCAAAATTTTGACGAAGAAAGATGGCGAT
GCAGAAGGCTAAAGAGACCGTCTCCAACAACCCTGTCGATGTTTTCAGCAAGTCGTATTG
TCCGTACCGTGTGAGAGTGAAGGAGCTTTTGCAGCAATTGGGAGCTAAATTCGTTGCCGT
TGAGCTCGACAAAGAGAGTGATGGTAGCCAAATTCAATCAGCTCTGGCAGAATGGACTGG
TCAACGCACCGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCTGCGACAATGT
GACCAAACTGCACAAAGACGGGAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTGGAGCTATCGC
TGCAACTACTGGAACTACTTCTGCTTAAAGGGCACAATCAATTTGTGATTTGCTTCTATC
AGGAATAAACAAGTTTGAGCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTTAAGCTTGTGG
TTATGTCGAAGTCGGTTTTGAACTTCTGATACATTTATGTTATAA

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1DM92TF 534 0 0
AAAAACAAGATCGACACCAAAAAAAGCGAATCTAGGGTTTTCAAAATTTTGACGAAGAAA
GATGGCGATGCAGAAGGCTAAAGAGACCGTCTCCAACAACCCTGTCGTTGTTTTCAGCAA
GTCGTATTGTCCGTACTGTGTGAGAGTGAAGGAGCTTTTGCAGCAATTGGGAGCTAAATT
CGTTGCCGTTGAGCTCGACAAAGAGAGTGATGGTAACCAAATTCAATCAGCTCTGGCAGA
ATGGACTGGTCAACGCACCGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCTG
CGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGGAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTGG
AGCTATCGCTGCAACTACTGGAACTACTTCTGCTTAAAGGGCACAATCAATTTGTGATTT
GCTTCTATCAGGAATAAACAAGTTTGAGCAATAAATGTGAACTTTGTCCGAAATGTTTTA
AACTTGTGGTTATGTCGAAGTCGGTTTTGAACTTCTGATACATTTATGTTATAA

QA 1 534 1 534
DS 



AS 2 16

CO CL73Contig1 443 10 2 U
GGAAAACACAATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGG
CTTCATTTTGGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACC
AAGCACAGAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAA
GCAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCAT
AGGCAAAGGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACC
TACATTGAAGCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGAT
ATGTAAAATATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTG
GCATCATAACTAAATTACCTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 
25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BA76JQ C 44
AF RR1FN45TF U 1
AF RR1D136JQ C 6
AF RR1BA76TF U 20
AF RR1E508TF U 20
AF RR1FI47TF U 1
AF RR1D136TF U 6
AF RR1DX10JQ C 8
AF RR1E508JQ C 292
AF RR1DX10TF U 8
BS 1 434 RR1FN45TF
BS 435 443 RR1DX10JQ

RD RR1BA76JQ 221 0 0
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GTTCAGAAGGGAGGACCAAGCACAGAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACT
GGAAAATGTGATATTAAGCAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTT
GGTATGTGCCTACCCATAGGCAAAGGAGATTTTCAATGCAG

QA 1 221 1 221
DS 

RD RR1FN45TF 440 0 0
GGAAAACACAATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGG
CTTCATTTTGGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACC
AAGCACAGAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAA
GCAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCAT
AGGCAAAGGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACC
TACATTGAAGCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGAT
ATGTAAAATATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTG
GCATCATAACTAAA
AAAAAA

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR1D136JQ 422 0 0
GG
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TTGGTCACAATCTTTTTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACCAAGCACA
GAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATAGTAAGCAATGT
GAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCATAGGCAAA
GGAGATTTTCAATGCAGATGTTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCTACATTG
AAGCTCAAATTTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGATATGTAAA
ATATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTTTAAATAAAATTTTGGCATCAT

QA 3 422 3 422
DS 

RD RR1BA76TF 412 0 0
GG
ATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGGCTTCATTTTGGTCACAATCTT
TCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACCAAGCACAGAAAGAACTTGTAC
TGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAAGCAATGTGAAGCCGAATGTAC
CAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCATAGGCAAAGGAGATTTTCAATG
CAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCTACATTGAAGCTCAAATCTAT
TCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGATATGTAAAATATAGATCATCAT
TAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTGGCATCATAACT

QA 3 412 3 412
DS 

RD RR1E508TF 412 0 0
GG
ATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGGCTTCATTTTGGTCACAATCTT
TCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACCAAGCACAGAAAGAACTTGTAC
TGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAAGCAATGTGAAGCCGAATGTAC
CAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCATAGGCAAAGGAGATTTTCAATG
CAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCTACATTGAAGCTCAAATCTAT
TCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGATATGTAAAATATAGATCATCAT
TAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTGGCATCATAACT

QA 3 412 3 412
DS 

RD RR1FI47TF 431 0 0
GGAAAACG
CAATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGGCTTCATTT
TGGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACCAAGCACAG
AAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACGATACTGGAAAATGTGATAATAAGCAATGTG
AAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCATAGGCAAAG
GAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCTACATTGA
AGCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGATATGTAAAA
TATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTGGCATCATA
ACT

QA 9 431 9 431
DS 

RD RR1D136TF 422 0 0
GG
ACAATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGGCTTCATT
TTGGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACCAAGCACA
GAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAAGCAATGT
GAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCATAGGCAAA
GGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCTACATTG
AAGCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGATATGTAAA
ATATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTGGCATCAT

QA 3 422 3 422
DS 

RD RR1DX10JQ 436 0 0
GG
AATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGGCTTCATTTT
GGTCACAATCTTTTTACTAGGAGTAGTGGTGTTTGCTCAGAAGGGAGGACCAAGCACAGA
AAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAAGCAATGTGA
AGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCA**GGCAAAGG
AGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCTACATTGAA
GCTCAAATTTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTTTTTTCATGTGTGATATGTAAAAT
ATAGATTTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTTTAAATAAAATTTTGGCATCATAA
CTAAATTACCTCAT

QA 3 436 3 436
DS 

RD RR1E508JQ 140 0 0
TTTTTAACCTACATTGAAGCTCAAATTTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTTTTTTC
ATGTGTGATATGTAAAATATAGATCATCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTTTAAAT
AAAATTTTGGCATCATAACT

QA 1 140 1 140
DS 

RD RR1DX10TF 436 0 0
GG
AATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGGCTTCATTTT
GGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACCAAGCACAGA
AAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAAGCAATGTGA
AGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCA**GGCAAAGG
AGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCTACATTGAA
GCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGATATGTAAAAT
ATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTGGCATCATAA
CTAAA
TTACCTCAT

QA 3 427 3 427
DS 



CO CL73Contig2 433 6 3 U
GGTTATGATGCCAAAATTTTATTTAGAAATAAATGAAAC*ATGATTTTCTAATGAAGATC
TATTTTTTTAAATATCACACATGAAAAGAAGTTGTGACTTATTAAAAGTGGAATATATTT
GAGCTTCAATGTAGGTTAAAAATATCAGCGACGGCATTTATAATAGCATCTGCATTGAAA
ATCTCCTTTGCCTATGGGTAGGCACATACCAACCCCTTTTGGCCTCTTTTTGGTACATTC
GGCTTTACATTGCTTAGTATCACATTTTCCAGTATTGTTTGGGTATGCTTCAGTACAAGT
TCTTTCTGTGCTTGGTCCTCCCTTCTGAGCAGACACCACTACTCCTAGTAGAAAGATTGT
GACCAAAGTGAAGCCAATAAGCGAAGTTTGAAAAGATATTTTCATCTTGAATAATGAACT
AATTGTATTTTCC


BQ
10 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1G918TF C 1
AF RR1C982JQ U 161
AF RR1C982TF C 7
AF RR1G918JQ U 1
AF RR1D212JQ U 5
AF RR1D212TF C 5
BS 1 227 RR1G918JQ
BS 228 228 RR1D212JQ
BS 229 433 RR1G918JQ

RD RR1G918TF 332 0 0
G
GTTATGATGCCAAAATTTTATTTAGAAATAAATGAAACTATGATTTTCTAATGAAGATCT
ATTTTTTTAAATATCACACATGAAAAGAAGTTGTGACTTATTAAAAGTGGAATATATTTG
AGCTTCAATGTAGGTTAAAAATATCAGCGACGGCATTTATAATAGCATCTGCATTGAAAA
TCTCCTTTGCCTATGGGTAGGCACATACCAACCCCTTTTGGCCTCTGTTTGGTACATTCG
GCTTTACATTGCTTAGTATCACATTTTCCAGTATTGTTTGGGTATGCTTCAGTACAAGTT
CTTTCTGTGCTTGGTCCTCCCTTCTGAGCAG

QA 2 332 2 332
DS 

RD RR1C982JQ 239 0 0
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GGCCTCTTTTTGGTACATTCGGCTTTACATTGCTTAGTATCACATTTTCCAGTATTGTTT
GGGTATGCTTCAGTACAAATTCTTTCTGTGCTTGGTCCTCCCTTCTGAGCAGACACCACT
ACTCCTAGTAGAAAGATTGTGACCAAAGTGAAGCCAATAAGCGAAGTTTGAAAAGATAT

QA 1 239 1 239
DS 

RD RR1C982TF 393 0 0
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TTTAAATATCACACATGAAAAGAAGTTGTGAATTATTAAAAGTGGAATATATTTGAGCTT
CAATGTAGGTTAAAAATATCAGCGACGGCATTTATAATAGCATCTGCATTGAAAATCTCC
TTTGCCTATGGGTAGGCACATACCAACCCCTTTTGGCCTCTTTTTGGTACATTCGGCTTT
ACATTGCTTAGTATCACATTTTCCAGTATTGTTTGGGTATGCTTCAGTACAAATTCTTTC
TGTGCTTGGTCCTCCCTTCTGAGCAGACACCACTACTCCTAGTAGAAAGATTGTGACCAA
AGTGAAGCCAATAAGCGAAGTTTGAAAAGATAT

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR1G918JQ 433 0 0
GGTTATGATGCCAAAATTTTATTTAGAAATAAATGAAAC*ATGATTTTCTAATGAAGATC
TATTTTTTTAAATATCACACATGAAAAGAAGTTGTGACTTATTAAAAGTGGAATATATTT
GAGCTTCAATGTAGGTTAAAAATATCAGCGACGGCATTTATAATAGCATCTGCATTGAAA
ATCTCCTTTGCCTATGGGTAGGCACATACCAACCCCTTTTGGCCTCTGTTTGGTACATTC
GGCTTTACATTGCTTAGTATCACATTTTCCAGTATTGTTTGGGTATGCTTCAGTACAAGT
TCTTTCTGTGCTTGGTCCTCCCTTCTGAGCAGACACCACTACTCCTAGTAGAAAGATTGT
GACCAAAGTGAAGCCAATAAGCGAAGTTTGAAAAGATATTTTCATCTTGAATAATGAACT
AATTGTATTTTCC

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR1D212JQ 429 0 0
ATGATGCCAAAATTTTATTTAGAAATAAATGAAAC*ATGATTTTCTAATGAAGATCTATT
TTTTTAAATATCACACATGAAAAGAAGTTGTGACTTATTAAAAGTGGAATATATTTGAGC
TTCAATGTAGGTTAAAAATATCAGCGACGGCATTTATAATAGCATCTGCATTGAAAATCT
CCTTTGCCTATGGGTAGGCACATACCAACCCCTTTTGGCCTCTTTTTGGTACATTCGGCT
TTACATTGCTTAGTATCACATTTTCCAGTATTGTTTGGGTATGCTTCAGTACAAGTTCTT
TCTGTGCTTGGTCCTCCCTTCTGAGCAGACACCACTACTCCTAGTAGAAAGATTGTGACC
AAAGTGAAGCCAATAAGCGAAGTTTGAAAAGATATTTTCATCTTGAATAATGAACTAATT
GTATTTTCC

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR1D212TF 429 0 0
ATGATGCCAAAATTTTATTTAGAAATAAATGAAAC*ATGATTTTCTAATGAAGATCTATT
TTTTTAAATATCACACATGAAAAGAAGTTGTGACTTATTAAAAGTGGAATATATTTGAGC
TTCAATGTAGGTTAAAAATATCAGCGACGGCATTTATAATAGCATCTGCATTGAAAATCT
CCTTTGCCTATGGGTAGGCACATACCAACCCCTTTTGGCCTCTTTTTGGTACATTCGGCT
TTACATTGCTTAGTATCACATTTTCCAGTATTGTTTGGGTATGCTTCAGTACAAGTTCTT
TCTGTGCTTGGTCCTCCCTTCTGAGCAGACACCACTACTCCTAGTAGAAAGATTGTGACC
AAAGTGAAGCCAATAAGCGAAGTTTGAAAAGATATTTTCATCTTGAATAATGAACTAATT
GTATTTTCC

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 15

CO CL74Contig1 1381 15 12 U
AAACATTTAATCTTAATTTTTATTATAACTATAAATATTAATTTCCAATCTAAATTTATG
TCTAAATATTACAAATATATCATTTTGTATAAATAAAAAACTAAAAACATAAAATAATAT
CTGCCCGGCTGGGCGGGTCAAGGTCTAGTTTCATTGATAACAAAGCAAAAAATAAAACAC
ACTCCAAGGACAGAAATGACGACTACATCACACAAGCATCGATAATTTCATCTTATTACA
ATCTCATTAAGCGTCTCTTTATTTATAAGGTTGTTTGACCCATATATATGAAAAAGATGT
AGAGATTACTAAGCTGAGACGATATTGGTCACAGAGACCTTAACCATTTCAGCTTCAAAG
ATAATGGCATCATTCACCAAATACCCTTTCGATGGATCCTTTAAATCTGCTAACAATATG
ATATTGTTCACTCCCACACCATAATCACTTCGAATCGGGTACCAAGCTGCAGAATATAAT
TGTCTGTGGTTGGAGTTTCGCTGATTCTTCAACCGCAAGTTAACTGCTCCCCAAGTGTTT
GTAGCAACTGCGTTTTCCTTAAAGCCTTGAGCAAATAGGAAGAGTGGAAGTGCATGTGGT
CGTCCATCTCCATCCCCTTTCGGGTTAAAGCCTAATCTCCAGTATCGGTCTCCAACGAGA
AAATCGGCAGAATAGTAAAATTTATCTTCCAAGCTGGAGAAACGAAGTATCTTCCAAGTG
AAAATATTGTTTGGAGGGTTTGATATGAATGTGACTTTCTCTTGTATCTCGGCAGGTTTA
ACAATGAGGATCTCAGCACCAAAAGAACAAGTGTCTTGCACAATGTACCCATTGTTAGTA
TTCTCGAATGTTGAAAGAGGGATCAATTTTCCAAATCCCCACTCCTTTTTTGCAGCATTG
TATCGCTTCACGGTTCCATCTGTGACAGTCAAGTACTTATGGGTCTTGGGATTGTGGACA
AAGAGTTTGAGATCAACATTGACTTCCCAACCATAAGGAAGAGATTCAGCGCCTTCGATT
CTCGCGTAAAGTGATATATGGCCAGCTCCACCGTCGTTCTTATTACCAATCACGTACAAA
ACTAATCTCCATTTGTAACCAGCAGCTTCAAAAACAGAGGATTCGTAGGGTTCGAATCTC
CCTTTAATCACGGAGTACCCTGCTATTGTGACTATCTTACTTGATGGTCGCTCCTCTCTA
AACGCTCTTGTCTCTCCAAGATGCGCCTCGACATTATAAGTACTGTTGTTCTCTGTTCCT
CTGCCTTCTGTGACCTGTTGAATGAGGAGCTCAGCAGAAGAGCAAGTGAAGAAGAGAAAA
GCGAGAGATATGAAACCCAAACTCCTTTTGTGACTATCCATTTTTGCTGTGATCTCCCCC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 35 40 
40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 55 55 55 
55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 20 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 25 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 25 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1GL07JQ U 1
AF RR1GW50JQ U 298
AF RR1G369JQ U 116
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AF RR1H701TF C 743
BS 1 136 RR1GL07JQ
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BS 138 167 RR1GL07JQ
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BS 169 317 RR1GL07JQ
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BS 319 580 RR1GL07JQ
BS 581 599 RR1AV38JQ
BS 600 600 RR1FY76JQ
BS 601 867 RR1AV38JQ
BS 868 1370 RR1EN93TF
BS 1371 1381 RR1H701TF

RD RR1GL07JQ 580 0 0
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TCTAAATATTACAAATATATCATTTTGTATAAATAAAAAACTAAAAACATAAAATAATAT
CTGCCCGGCTGGGCGG*TCAAGGTCTAGTTTCATTGATAACAAAGCAGAAAATAAAACAC
ACTCCAAGGACAGAAATGACGACTACATCACACAAGCATCGATAATTTCATCTTATTACA
ATCTCATTAAGCGTCTCTTTATTTATAAGGTTGTTTGACCCATATATATGAAAAAGATGT
AGAGATTACTAAGCTGAAACGATATTGGTCACAGAGACCTTAACCATTTCAGCTTCAAAG
ATAATGGCATCATTCACCAAATACCCTTTCGATGGATCCTTTAAATCTGCTAACAATATG
ATATTGTTCACTCCCACACCATAATCACTTCGAATCGGGTACCAAGCTGCAGAATATAAT
TGTCTGTGGTTGGAGTTTCGCTGATTCTTCAACCGCAAGTTAACTGCTCCCCAAGTGTTT
GTAGCAACTGCGTTTTCCTTAAAGCCTTGAGCAAATAGGA

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1GW50JQ 317 0 0
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AAAATAATGGCATCATTCACCAAATACCCTTTCGATGGATCCTTTAAATCTGCTAACAAT
ATGATATTGTTCACTCCCACACCATAATCACTTCGAATCGGGTACCAAGCTGCAAAATAT
AATTGTCTGTGGTTGGAGTTTCCCTGATTCTTCAACCGCAAGTTAACTGCTCCCCAAGTG
TTTGTAGCAACTGCGTTTTCCTTAAAGCCTTGAGCAAATAGGAAAAGTGGAAGTGCATGT
GGTCGTCCATCTCCATC

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DS 

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AACACACTCCAAGGACAGAAATGACGACTACATCACACAAGCATCGATAATTTCATCTTA
TTACAATCTCATTAAGCGTCTCTTTATTTATAAGGTTGTTTGACCCATATATATGAAAAA
AATGTAAAGATTACTAAGCTGAAACGATATTGGTCACAGAAACCTTAACCATTTCAGCTT
CAAAAATAATGGCATCATTCACCAAATACCCTTTCGATGGATCCTTTAAATCTGCTAACA
ATATGATATTGTTCACTCCCACACCATAATCACTTCGAATCGGGTACCAAGCTGCAAAAT
ATAATTGTCTGTGGTTGGAGTTTCGCTGATTCTTCAACCGCAAGTTAACTGCTCCCCAAG
TGTTTGTAGCAACTGCGTTTTCCTTAAAGCCTTGAGCAAATAGGAAAAGTGGAAGTGCAT
GTGGTCGTCCATCTCCATCCCCTTTCGGGTTAAAGCCTAATCTCCAGTATCGGTCTCCAA
CGAGAAAATCGG

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1FY76JQ 653 0 0
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ACACTCCAAGGACAGAAATGACGACTACATCACACAAGCATCGATAATTTCATCTTATTA
CAATCTCATTAAGCGTCTCTTTATTTATAAGGTTGTTTGACCCATATATATGAAAAAGAT
GTAGAGATTACTAAGCTGAGACGATATTGGTCACAGAGACCTTAACCATTTCAGCTTCAA
AGATAATGGCATCATTCACCAAATACCCTTTCGATGGATCCTTTAAATCTGCTAACAATA
TGATATTGTTCACTCCCACACCATAATCACTTCGAATCAGGTACCAAGCTGCAGAATATA
ATTGTCTGTGGTTGGAGTTTCGCTGATTCTTCAACCGCAAGTTAACTGCTCCCCAAGTGT
TTGTAGCAACTGCGTTTTCCTTAAAGCCTTGAGCAAATAGGAAGAGTGGAAGTGCATGTG
GTCGTCCATCTCCATCCCCTTTCGGGTTAAAGCCTAATCTCCAGTATCGGTCTCCAACGA
GAAAATCGGCAGAATAGTAAAATTTATCTTCCAAGCTGGAGAAACGAAGTATCTTCCAAG
TGAAAATATTGTTTGGAGGGTTTGATATGAATGTGACTTTCTCTTGTATCTCG

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DS 

RD RR1H701JQ 685 0 0
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AGTTTCATTGATAACAAAGCAAAAAATAAAACACACTCCAAGGACAGAAATGACGACTAC
ATCACACAAGCATCGATAATTTCATCTTATTACAATCTCATTAAGCGTCTCTTTATTTAT
AAGGTTGTTTGACCCATATATATGAAAAAGATGTAGAGATTACTAAGCTGAGACGATATT
GGTCACAGAGACCTTAACCATTTCAGCTTCAAAGATAATGGCATCATTCACCAAATACCC
TTTCGATGGATCCTTTAAATCTGCTAACAATATGATATTGTTCACTCCCACACCATAATC
ACTTCGAATCGGGTACCAAGCTGCAGAATATAATTGTCTGTGGTTGGAGTTTCGCTGATT
CTTCAACCGCAAGTTAACTGCTCCCCAAGTGTTTGTAGCAACTGCGTTTTCCTTAAAGCC
TTGAGCAAATAGGAAGAGTGGAAGTGCATGTGGTCGTCCATCTCCATCCCCTTTCGGGTT
AAAGCCTAATCTCCAGTATCGGTCTCCAACGAGAAAATCGGCAGAATAGTAAAATTTATC
TTCCAAGCTGGAGAAACGAAGTATCTTCCAAGTGAAAATATTGTTTGGAGGGTTTGATAT
GAATGTGACTTTCTCTTGTATCTCG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1EN93JQ 681 0 0
CG
TCTGCCCGGCTGGGCGG*TCAAGGTCTAGTTTCATTGATAACAAAGCAGAAAATAAAACA
CACTCCAAGGACAGAAATGACGACTACATCACACAAGCATCGATAATTTCATCTTATTAC
AATCTCATTAAGCGTCTCTTTATTTATAAGGTTGTTTGACCCATATATATGAAAAAGATG
TAGAGATTACTAAGCTGAGACGATATTGGTCACAGAGACCTTAACCATTTCAGCTTCAAA
GATAATGGCATCATTCACCAAATACCCTTTCGATGGATCCTTTAAATCTGCTAACAATAT
GATATTGTTCACTCCCACACCATAATCACTTCGAATCGGGTACCAGGCTGCAGAATATAA
TTGTCTGTGGTTGGAGTTTCGCTGATTCTTCAACCGCAAGTTAACTGCTCCCCAAGTGTT
TGTAGCAACTGCGTTTTCCTTAAAGCCTTGAGCAAATAGGAAGAGTGGAAGTGCATGTGG
TCGTCCATCTCCATCCCCTTTCGGGTTAAAGCCTAATCTCCAGTATCGGTCTCCAACGAG
AAAATCGGCAGAATAGTAAAATTTATCTTCCAAGCTGGAGAAACGAAGTATCTTCCAAGT
GAAAATATTGTTTGGAGGGTTTGATATGAATGTGACTTTCTCTTGTATCTCGGCAGGTTT
AACAATGAGGATCTCAGCA

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DS 

RD RR1AV38JQ 792 0 0
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GTCAAGGTCTAGTTTCATTGATAACAAAGCAAAAAATAAAACACACTCCAAGGACAGAAA
TGACGACTACATCACACAAGCATCGATAATTTCATCTTATTACAATCTCATTAAGCGTCT
CTTTATTTATAAGGTTGTTTGACCCATATATATGAAAAAGATGTAGAGATTACTAAGCTG
AGACGATATTGGTCACAGAGACCTTAACCATTTCAGCTTCAAAGATAATGGCATCATTCA
CCAAATACCCTTTCGATGGATCCTTTAAATCTGCTAACAATATGATATTGTTCACTCCCA
CACCATAATCACTTCGAATCGGGTACCAAGCTGCAGAATATAATTGTCTGTGGTTGGAGT
TTCGCTGATTCTTCAACCGCAAGTTAACTGCTCCCCAAGTGTTTGTAGCAACTGCGTTTT
CCTTAAAGCCTTGAGCAAATAGGAAGAGTGGAAGTGCATGTGGCCGTCCATCTCCATCCC
CTTTCGGGTTAAAGCCTAATCTCCAGTATCGGTCTCCAACGAGAAAATCGGCAGAATAGT
AAAATTTATCTTCCAAGCTGGAGAAACGAAGTATCTTCCAAGTGAAAATATTGTTTGGAG
GGTTTGATATGAATGTGACTTTCTCTTGTATCTCGGCAGGTTTAACAATGAGGATCTCAG
CACCAAAAGAACAAGTGTCTTGCACAATGTACCCATTGTTAGTATTCTCGAATGTTGAAA
GAGGGATCAAT
C

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1DB42JQ 752 0 0
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AACAAAGCAAAAAATAAAACACACTCCAAGGACAGAAATGACGACTACATCACACAAGCA
TCGATAATTTCATCTTATTACAATCTCATTAAGCGTCTCTTTATTTATAAGGTTGTTTGA
CCCATATATATGAAAAAGATGTAGAGATTACTAAGCTGAGACGATATTGGTCACAGAGAC
CTTAACCATTTCAGCTTCAAAGATAATGGCATCATTCACCAAATACCCTTTCGATGGATC
CTTTAAATCTGCTAACAATATGATATTGTTCACTCCCACACCATAATCACTTCGAATCGG
GTACCAAGCTGCAGAATATAATTGTCTGTGGTTGGAGTTTCGCTGATTCTTCAACCGCAA
GTTAACTGCTCCCCAAGTGTTTGTAGCAACCGCGTTTTCCTTAAAGCCTTGAGCAAATAG
GAAGAGTGGAAGTGCATGTGGTCGTCCATCTCCATCCCATTTCGGGTTAAAGCCTAATCT
CCAGTATCGGTCTCCAACGAGAAAATCGGCAGAATAGTAAAATTTATCTTCCAAGCTGGA
GAAACGAAGTATCTTCCAAGTGAAAATATTGTTTGGAGGGTTTGATATGAATGTGACTTT
CTCTTGTATCTCGGCAGGTTTAACAATGAGGATCTCAGCACCAAAAGAACAAGTGTCTTG
CACAATGTACCCATTGTTAGTATTCTCGAATG

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1AV38TF 745 0 0
CCG
GGCTGGGCGGGTCAAGGTCTAGTTTCATTGATAACAAAGCAAAAAATAAAACACACTCCA
AGGACAGAAATGACGACTACATCACACAAGCATCGATAATTTCATCTTATTACAATCTCA
TTAAGCGTCTCTTTATTTATAAGGTTGTTTGACCCATATATATGAAAAAGATGTAGAGAT
TACTAAGCTGAGACGATATTGGTCACAGAGACCTTAACCATTTCAGCTTCAAAGATAATG
GCATCATTCACCAAATACCCTTTCGATGGATCCTTTAAATCTGCTAACAATATGATATTG
TTCACTCCCACACCATAATCACTTCGAATCGGGTACCAAGCTGCAGAATATAATTGTCTG
TGGTTGGAGTTTCGCTGATTCTTCAACCGCAAGTTAACTGCTCCCCAAGTGTTTGTAGCA
ACTGCGTTTTCCTTAAAGCCTTGAGCAAATAGGAAGAGTGGAAGTGCATGTGGCCGTCCA
TCTCCATCCCCTTTCGGGTTAAAGCCTAATCTCCAGTATCGGTCTCCAACGAGAAAATCG
GCAGAATAGTAAAATTTATCTTCCAAGCTGGAGAAACGAAGTATCTTCCAAGTGAAAATA
TTGTTTGGAGGGTTTGATATGAATGTGACTTTCTCTTGTATCTCGGCAGGTTTAACAATG
AGGATCTCAGCACCAAAAGAACAAGTGTCTTGCACAATGTACCCATTGTTAGTATTCTCG
AATGTTGAAAGAGGGATCAAT
C

QA 4 744 4 744
DS 

RD RR1EN93TF 798 0 0
GAAGAGT
GAAGTGCATGTG*TCGTCCATCTCCATCCCCTTTCGGGTTAAAGC*TAATCTCCAGTATC
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GTATCTTCCAAGTGAAAATATTGTTTGGAGGGTTTGATATGAATGTGACTTTCTCTTGTA
TCTCGGCAGGTTTAACAATGAGGATCTCAGCACCAAAAGAACAAGTGTCTTGCACAATGT
ACCCATTGTTAGTATTCTCGAATGTTGAAAGAGGGATCAATTTTCCAAATCCCCACTCCT
TTTTTGCAGCATTGTATCGCTTCACGGTTCCATCTGTGACAGTCAAGTACTTATGGGTCT
TGGGATTGTGGACAAAGAGTTTGAGATCAACATTGACTTCCCAACCATAAGGAAGAGATT
CAGCGCCTTCGATTCTCGCGTAAAGTGATATATGGCCAGCTCCACCGTCGTTCTTATTAC
CAATCACGTACAAAACTAATCTCCATTTGTAACCAGCAGCTTCAAAAACAGAGGATTCGT
AGGGTTCGAATCTCCCTTTAATCACGGAGTACCCTGCTATTGTGACTATCTTACTTGATG
GTCGCTCCTCTCTAAACGCTCTTGTCTCTCCAAGATGCGCCTCGACATTATAAGTACTGT
TGTTCTCTGTTCCTCTGCCTTCTGTGACCTGTTGAATGAGGAGCTCAGCAGAAGAGCAAG
TGAAGAAGAGAAAAGCGAGAGATATGAAACCCAAACTCCTTTTGTGACTATCCATTTTTG
CTGT
GATCTCC

QA 8 791 8 791
DS 

RD RR1G369TF 435 0 0
TATGGGTCTTGGGATTGTGGACAAAGAGTTTGAGATCAACATTG*CTTCCCAACCATAAG
GAAGAGATTCAGCGCCTTCGATTCTCGCGTAAAGTGATATATGGCCAGCTCCACCGTCGT
TCTTATTACCAATCACGTACAAAACTAATCTCCATTTGTAACCAGCAGCTTCAAAAACAG
AGGATTCGTAGGGTTCGAATCTCCCTTTAATCACGGAGTACCCTGCTATTGCGACTATCT
TACTTGATGGTCGCTCCTCTCTAAACGCTCTTGTCTCTCCAAGATGCGCCTCGACATTAT
AAGTACTGTTGTTCTCTGTTCCTCTGCCTTCTGTGACCTGTTGAATGAGGAGCTCAGCAG
AAGAGCAAGTGAAGAAGAGAAAAGCGAGAGATATGAAACCCAAACTCCTTTTGTGACTAT
CCATTTTTGCTGT
CC

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR1FY76TF 483 0 0
TTGCAGCATTGTATCGCTTCACGGTTCCATCTGTGACAGTCAAGTACTTATGGGTCTTGG
GATTGTGGACAAAGAGTTTGAGATCAACATTGACTTCCCAACCATAAGGAAGAGATTCAG
CGCCTTCGATTCTCGCGTAAAGTGATATATGGCCAGCTCCACCGTCGTTCTTATTACCAA
TCACGTACAAAACTAATCTCCATTTGTAACCAGCAGCTTCAAAAACAGAGGATTCGTAGG
GTTCGAATCTCCCTTTAATCACGGAGTACCCTGCTATTGTGACTATCTTACTTGATGGTC
GCTCCTCTCTAAACGCTCTTGTCTCTCCAAGATACGCCTCGACATTATAAGTACTGTTGT
TCTCTGTTCCTCTGCCTTCTGTGACCTGTTGAATGAGGAGCTCAGCAGAAGAGCAAGTGA
AGAAGAGAAAAGCGAGAGATATGAAATCCAAACTCCTTTTGTGACTATCCATTTTTGCTG
T
CC

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1GW50TF 638 0 0
AGGGTTTGATATGAATGTGACTTTCTCTTGTATCTCGGCAGGTTTAACAATGAGGATCTC
AGCAACAAAAGAACAAGTGTCTTGCACAATGTACCCATTGTTAGTATTCTCGAATGTTGA
AAGAGGGATCAATTTTCCAAATCCCCACTCCTTTTTTGCAGCATTGTATCGCTTCACGGT
TCCATCTGTGACAGTCAAGTACTTATGGGTCTTGGGATTGTGGACAAAGAGTTTGAGATC
AACATTGACTTCCCAACCATAAGGAAGAGATTCAGCGCCTTCGATTCTCGCGTAAAGTGA
TATATGGCCAGCTCCACCGTCGTTCTTATTACCAATCACGTACAAAACTAATCTCCATTT
GTAACCAGCAGCTTCAAAAACAGAGGATTCGTAGGGTTCGAATCTCCCTTTAATCACGGA
GTACCCTGCTATTGCGACTATCTTACTTGATGGTCGCTCCTCTCTAAACGCTCTTGTCTC
TCCAAGATGCGCCTCGACATTATAAGTACTGTTGTTCTCTGTTCCTCTGCCTTCTGTGAC
CTGTTGAATGAGGAGCTCAGCAGAAGAGCAAGTGAAGAAGAGAAAAGCGAGAGATATGAA
ACCCAAACTCCTTTTGTGACTATCCATTTTTGCTGT
CC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1GL07TF 761 0 0
CCCCTTTCGGGTAAAGCT
ATCTCCAGTATCGGTCTCCAACGAGAAAATCGGCAGAATAGTAAAATTTATCTTCCAAGC
TGGAGAAACGAAGTATCTTCCAAGTGAAAATATTGTTTGGAGGGTTTGATATGAATGTGA
CTTTCTCTTGTATCTCGGCAGGTTTAACAATGAGGATCTCAGCACCAAAAGAACGAGTGT
CTTGCACAATGTACCCATTGTTAGTATTCTCGAATGTTGAAAGAGGGATCAATTTTCCAA
ATCCCCACTCCTTTTTTGCAGCATTGTATCGCTTCACGGTTCCGTCTGTGACAGTCAAGT
ACTTATGGGTCTTGGGATTGTGGACAAAGAGTTTGAGATCAACATTGACTTCCCAACCAT
AAGGAAGAGATTCAGCGCCTTCGATTCTCGCGTAAAGTGATATATGGCCAGCTCCACCGT
CGTTCTTATTACCAATCACGTACAAAACTAATCTCCATTTGTAACCAGCAGCTTCAAAAA
CAGAGGATTCGTAGGGTTCGAATCTCCCTTTAATCACGGAGTACCCTGCTATTGTGACTA
TCTTACTTGATGGTCGCTCCTCTCTAAACGCTCTT*TCTCTACAAGATGCGCCTCGACAT
TATAAGTACTGTTGTTCTCTGTTCCTCTGCCTTCTGTGACCTGTTGAATGAGGAGCTCAG
CAGAAGAACAAGTGAAGAAGAGAAAAGCGAGAGATATGAAACCCAAACTCCTTTTGTGAC
TATCCATTTTTGCTGT
GATCTCC

QA 19 754 19 754
DS 

RD RR1H701TF 639 0 0
ATATGAATGTGACTTTCTCTTGTATCTCGGCAGGTTTAACAATGAGGATCTCAGCACCAA
CAGAACAAGTGTCTTGCACAATGTACCCATTGTTAGTATTCTCGAATGTTGAAAGAGGGA
TCAATTTTCCAAATCCCCACTCCTTTTTTGCAGAATTGTATCGCTTCACGGTTCCATCTG
TGACAGTCAAGTACTTATGGGTCTTGGGATTGTGGACAAAGAGTTTGAGATCAACATTGA
CTTCCCAACCATAAGGAAGAGATTCAGCGCCTTCGATTCTCGCGTAAAGTGATATATGGC
CAGCTCCACCGTCGTTCTTATTACCAATCACGTACAAAACTAATCTCCATTTGTAACCAG
CAGCTTCAAAAACAGAGGATTCGTAGGGTTCGAATCTCCCTTTAATCACGGAGTACCCTG
CTATTGTGACTATCTTACTTGATGGTCGCTCCTCTCTAAACGCTCTTGTCTCTCCAAGAT
GCGCCTCGACATTATAAGTACTGTTGTTCTCTGTTCCTCTGCCTTCTGTGACCTGTTGAA
TGAGGAGCTCAGCAGAAGAGCAAGTGAAGAAGAGAAAAGCGAGAGATATGAAACCCAAAC
TCCTTTTGTGACTATCCATTTTTGCTGTGATCTCCCCCT

QA 1 639 1 639
DS 



AS 3 15

CO CL75Contig1 650 6 2 U
GGCCCCAAAAGACAGATCTCAAAAACAAAAAACACAGAAAAACAGAGAGATGGGTTTGGT
TACAGATGAAGTGAGAGCTAGGGCAGAGAAATACACAGGGGATGAGTTATGCCGTGAGAA
GACGAAGGTGTTCCTCAAGGAAGTGAATATGCCTAATGGGTTATTGCCATTGAAGGACAT
AGAAGAGGTTGGATACGACAGAGAAACAGGTGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAGAAGAGCAT
CACTCACAAGTTTGAAACTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCACCGAGGTCACTGCTGT
GGTGGAAGTCGGAAAGATCAAGAAGCTGACCGGTGTTAAGGCCAAAGAGCTTCTTATTTG
GGTCACTCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCAGGTAAGATCAATTTCAG
GACACCGACTGGTCTCTCCAGGACTTTTCCAGTTTCAGCTTTTGTGGTTCCTGAGGTTGA
GAAGCCTGCAATGGTGAAGAACAATGCAACCACTGAAGTTAAAGAGGCTGTTGCAGTCAG
CGATGCTTAGTTACTTAAGCCGCACTCTCTATTTTTAATTATCTTAATCACGTAATACTT
TCTGCTTCTGCTGCTTAATTTTCTACATTAATAAGAGTTATGATTCCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1FW85JQ C 43
AF RR1FW85TF U 3
AF RR1CY07JQ C 1
AF RR1CY07TF U 1
AF RR1A862JQ C 3
AF RR1A862TF U 3
BS 1 6 RR1CY07JQ
BS 7 650 RR1CY07TF

RD RR1FW85JQ 241 0 0
CAGAGAGATGGGTTTGGTTACAGATGAAGTGAGAGCTAGGGCAGAGAAATACACAGGGGA
TGAGTTATGCCGTGAGAAGACGAAGGTGTTCCTCAAGGAAGTGAATATGCCTAATGGGTT
ATTGCCATTGAAGGACATAGAAGAGGTTGGATACGACAGAGAAACGGGTGTTGTGTGGCT
GAAGCAGAAGAAGAGCATCACTCACAAGTTTGAAACTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGG
C

QA 1 241 1 241
DS 

RD RR1FW85TF 594 0 0
GCCC
AAAAGACAGATCTCAAAAACAAAAAACACAGAAAAACAGAGAGATGGGTTTGGTTACAGA
TGAAGTGAGAGCTAGGGCAGAGAAATACACAGGGGATGAGTTATGCCGTGAGAAGACGAA
GGTGTTCCTCAAGGAAGTGAATATGCCTAATGGGTTATTGCCATTGAAGGACATAGAAGA
GGTTGGATACGACAGAGAAACGGGTGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAGAAGAGCATCACTCA
CAAGTTTGAAACTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCACCGAGGTCACTGCTGTGGTGGA
AGTCGGAAAGATCAAGAAGCTGACCGGTGTTAAGGCCAAAGAGCTTCTTATTTGGGTCAC
TCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCAGGTAAGATCAATTTCAGGACACC
GACTGGTCTCTCCAGGACTTTTCCAGTTTCAGTTTTTGTGGTTCCTGAGGTTGAGAAGCC
TGCAATGGTGAAGAACAATGCAACCACTGAAGTTAAAGAGGCTGTTGCAGTCAGCGATGC
TTAGTTACTTAAGCCGCACTCTCTATTTTTAATTATCTTAATCACGTAAT

QA 5 594 5 594
DS 

RD RR1CY07JQ 650 0 0
GGCCCCAAAAGACAGATCTCAAAAACAAAAAACACAGAAAAACAGAGAGATGGGTTTGGT
TACAGATGAAGTGAGAGCTAGGGCAGAGAAATACACAGGGGATGAGTTATGCCGTGAGAA
GACGAAGGTGTTCCTCAAGGAAGTGAATATGCCTAATGGGTTATTGCCATTGAAGGACAT
AGAAGAGGTTGGATACGACAGAGAAACAGGTGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAGAAGAGCAT
CACTCACAAGTTTGAAACTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCACCGAGGACACTGCTGT
GGTGGAAGTCGGAAAGATCAAGAAGCTGACCGGTGTTAAGGCCAAAGAGCTTCTTATTTG
GGTCACTCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCAGGTAAGATCAATTTCAG
GACACCGACTGGTCTCTCCAGGACTTTTCCAGTTTCAGCTTTTGTGGTTCCTGAGGTTGA
GAAGCCTGCAATGGTGAAGAACAATGCAACCACTGAAGTTAAAGAGGCTGTTGCAGTCAG
CGATGCTTAGTTACTTAAGCCGCACTCTCTATTTTTAATTATCTTAATCACGTAATACTT
TCTGCTTCTGCTGCTTAATTTTCTACATTAATAAGAGTTATGATTCCACT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1CY07TF 650 0 0
GGCCCC
AAAAGACAGATCTCAAAAACAAAAAACACAGAAAAACAGAGAGATGGGTTTGGTTACAGA
TGAAGTGAGAGCTAGGGCAGAGAAATACACAGGGGATGAGTTATGCCGTGAGAAGACGAA
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GGTTGGATACGACAGAGAAACAGGTGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAGAAGAGCATCACTCA
CAAGTTTGAAACTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCACCGAGGTCACTGCTGTGGTGGA
AGTCGGAAAGATCAAGAAGCTGACCGGTGTTAAGGCCAAAGAGCTTCTTATTTGGGTCAC
TCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCAGGTAAGATCAATTTCAGGACACC
GACTGGTCTCTCCAGGACTTTTCCAGTTTCAGCTTTTGTGGTTCCTGAGGTTGAGAAGCC
TGCAATGGTGAAGAACAATGCAACCACTGAAGTTAAAGAGGCTGTTGCAGTCAGCGATGC
TTAGTTACTTAAGCCGCACTCTCTATTTTTAATTATCTTAATCACGTAATACTTTCTGCT
TCTGCTGCTTAATTTTCTACATTAATAAGAGTTATGATTCCACT

QA 7 650 7 650
DS 

RD RR1A862JQ 648 0 0
GGGA
AAAAGACAGATCTCAAAAACAAAAAACACAGAAAAACAGAGAGATGGGTTTGGTTACAGA
TGAAGTGAGAGCTAGGGCAGAGAAATACACAGGGGATGAGTTATGCCGTGAGAAGACGAA
GGTGTTCCTCAAGGAAGTGAATATGCCTAATGGGTTATTGCCATTGAAGGACATAGAAGA
GGTTGGATACGACAGAGAAACAGGTGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAGAAGAGCATCACTCA
CAAGTTTGAAACTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCACCGAGGTCACTGCTGTGGTGGA
AGTCGGAAAGATCAAGAAGCTGACCGGTGTTAAGGCCAAAGAGCTTCTTATTTGGGTCAC
TCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCAGGTAAGATCAATTTCAGGACACC
GACTGGTCTCTCCAGGACTTTTCCAGTTTCAGCTTTTGTGGTTCCTGAGGTTGAGAAGCC
TGCAATGGTGAAGAACAATGCAACCACTGAAGTTAAAGAGGCTGTTGCAGTCAGCGATGC
TTAGTTACTTAAGCCGCACTCTCTATTTTTAATTATCTTAATCACGTAATACTTTCTGCT
TCTGCTGCTTAATTTTCTACATTAATAAGAGTTATGATTCCACT

QA 5 648 5 648
DS 

RD RR1A862TF 648 0 0
GGGA
AAAAGACAGATCTCAAAAACAAAAAACACAGAAAAACAGAGAGATGGGTTTGGTTACAGA
TGAAGTGAGAGCTAGGGCAGAGAAATACACAGGGGATGAGTTATGCCGTGAGAAGACGAA
GGTGTTCCTCAAGGAAGTGAATATGCCTAATGGGTTATTGCCATTGAAGGACATAGAAGA
GGTTGGATACGACAGAGAAACAGGTGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAGAAGAGCATCACTCA
CAAGTTTGAAACTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCACCGAGGTCACTGCTGTGGTGGA
AGTCGGAAAGATCAAGAAGCTGACCGGTGTTAAGGCCAAAGAGCTTCTTATTTGGGTCAC
TCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCAGGTAAGATCAATTTCAGGACACC
GACTGGTCTCTCCAGGACTTTTCCAGTTTCAGCTTTTGTGGTTCCTGAGGTTGAGAAGCC
TGCAATGGTGAAGAACAATGCAACCACTGAAGTTAAAGAGGCTGTTGCAGTCAGCGATGC
TTAGTTACTTAAGCCGCACTCTCTATTTTTAATTATCTTAATCACGTAATACTTTCTGCT
TCTGCTGCTTAATTTTCTACATTAATAAGAGTTATGATTCCACT

QA 5 648 5 648
DS 



CO CL75Contig2 635 7 8 U
GGTTTAGACTGAAAAATATCTTATTAAAATATAAAATGAAGCATAACATGTAGGAAGTAA
TACATGATTTAAGATAATTAAAAAGAGAGACACTTGAGTAAGTAAGCATCTCTAATTTGC
AATAGCTTCTTTAGCCACTGCAGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGG
GAAAGTCCTGGACAATCCGGTCGGTGTCCTGAAATTGATCTTCCCAGAACTTGTTGGCTG
CTCCAAGACAAGCTCATTGAGAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTAACACCGGT
AAGCTTCTTGATCTTTCCGACTTCCACCACGGCAGTGACCTCAGTGCCGTAAGAGACAAG
TTTCCCAATAGATTCAAACTTGTGAGTGATGCTCTTCTTCTGCTTCAGCCACACAACACC
GGTTTCTCTGTCGTATCCAACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGCAATAACCCATTAGGCAT
ATCAACTTCCTTGAGGAACTCCTTGGTCTTCTCGCGGCATAGCTCATCTCCTGTGTATTT
CTCTGCCCTAGCTCTCACTTCATCTGTAACCAAACCCATCTCCCTGTTTTTTTTTCCTTC
TTTGTTTTTGAGATCTCTGTCTTTTGTGTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 20 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 0 30 30 0 
30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1F656JQ U 1
AF RR1GV78JQ U 6
AF RR1F656TF C 1
AF RR1EH48JQ U 6
AF RR1F753JQ U 20
AF RR1F753TF C 117
AF RR1EH48TF C 6
BS 1 595 RR1F656JQ
BS 596 596 RR1EH48JQ
BS 597 597 RR1F753JQ
BS 598 599 RR1EH48JQ
BS 600 600 RR1F753JQ
BS 601 603 RR1EH48JQ
BS 604 606 RR1F753JQ
BS 607 635 RR1EH48JQ

RD RR1F656JQ 598 0 0
GGTTTAGACTGAAAAATATCTTATTAAAATATAAAATGAAGCATAACATGTAGGAAGTAA
TACATGATTTAAGATAATTAAAAAGAGAGACACTTGAGTAAGTAAGCATCTCTAATTTGC
AATAGCTTCTTTAGCCACTGCAGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGG
GAAAGTCCTGGACAATCCGGTCGGTGTCCTGAAATTGATCTTCCCAGAACTTGTTGGCTG
CTCCAAGACAAGCTCATTGAGAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTAACACCGGT
AAGCTTCTTGATCTTTCCGACTTCCACCACGGCAGTGACCTCAGTGCCGTAAGAGACAAG
TTTCCCAATAGATTCAAACTTGTGAGTGATGCTCTTCTTCTGCTTCAGCCACACAACACC
GGTTTCTCTGTCGTATCCAACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGCAATAACCCATTAGGCAT
ATCAACTTCCTTGAGGAACTCCTTGGTCTTCTCGCGGCATAGCTCATCTCCTGTGTATTT
CTCTGCCCTAGCTCTCACTTCATCTGTAACCAAACCCATCTCCCTGTTTTTTTTT
TGC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1GV78JQ 542 0 0
AA
ACTGAAAAATATCTTATTAAAATATAAAATGAAGCATAACATGTAGGAAGTAATACATGA
TTTAAGATAATTAAAAAGAAAGACACTTGAGTAAGTAAGCATCTCTAATTTGCAATAGCT
TCTTTAGCCACTGCAGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGGGAAAGTC
CTGGACAATCCGGTCGGGGTCCTGAAATTGATCTTCCCAAAACTTGTTGGCTGCTCCAAG
ACAAGCTCATTGAGAGTGACCCAAATAAAAAGCTCCTTGGCCTTAACACCGGTAAGCTTC
TTGATCTTTCCGACTTCCACCACGGCAGTGACCTCAGTGCCGTAAAAAACAAGTTTCCCA
ATAAATTCAAACTTGTGAGTGG*GCTCTTCTTCTGCTTCAGCCACACAACACCGGTTTCT
CTGTCGTATCCAACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGCAATAACCCATTAGGCATATCAACT
TCCTTGAGGAACTCCTTGGTCTTCTCGCGGCATAGCTCATCTCCTGTGTATTTCTCTGCC

QA 3 542 3 542
DS 

RD RR1F656TF 598 0 0
GGTTTA
GACTGAAAAATATCTTATTAAAATATAAAATGAAGCATAACATGTAGGAAGTAATACATG
ATTTAAGATAATTAAAAAGAGAGACACTTGAGTAAGTAAGCATCTCTAATTTGCAATAGC
TTCTTTAGCCACTGCAGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGGGAAAGT
CCTGGACAATCCGGTCGGTGTCCTGAAATTGATCTTCCCAGAACTTGTTGGCTGCTCCAA
GACAAGCTCATTGAGAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTAACACCGGTAAGCTT
CTTGATCTTTCCGACTTCCACCACGGCAGTGACCTCAGTGCCGTAAGAGACAAGTTTCCC
AATAGATTCAAACTTGTGAGTGATGCTCTTCTTCTGCTTCAGCCACACAACACCGGTTTC
TCTGTCGTATCCAACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGCAATAACCCATTAGGCATATCAAC
TTCCTTGAGGAACTCCTTGGTCTTCTCGCGGCATAGCTCATCTCCTGTGTATTTCTCTGC
CCTAGCTCTCACTTCATCTGTAACCAAACCCATCTCCCTGTTTTTTTTT
TGC

QA 7 595 7 595
DS 

RD RR1EH48JQ 630 0 0
G
GACTGAAAATTATCTTATTAAAATATAAAATGAAGCATAACATGTAGGAAGTAATACATG
ATTTAAGATAATTAAAAAGAGAGAGACTTGAGTAAGTAAGCATCTCTAATTTGCAATAGC
TTCTTTAGCCACTGCAGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGGGAAAGT
CCTGGACAATCCGGTCGGTGTCCTGAAATTGATCTTCCCAGAACTTGTTGGCTGCTCCAA
GACAAGCCCATTGAGAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCTTTAACACCGGTCAGCTT
CTTGATCTTTCCGACTTCCACCACGGCAGTGACCTCAGTGCCGTAAGAAACAAGTTTCCC
GATAGATTCAAACTTGTGAGTGATGCTCTTCTTCTGCTTCAGCCACACAACACCGGTTTC
TCTGTCGTATCCAACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGCAATAACCCATTAGGCATATCAAC
TTCCTTGAGGAACTCCTTGGTCTTCTCGCGGCATAACGCATCTCCTGTGTATTTCTCTAC
CCTAGCTCTCACTTCATCTGTAACCAAACCCATCTCCCTGTTTTTTTTTCTTTGTTT***
TTTGAGATCTCTGTCTTTTGTGTTTTTCC

QA 2 630 2 630
DS 

RD RR1F753JQ 615 0 0
CTTATTATAATATAAAATGAAGCATAACATGTAGGAAGTAATACATGATTTAAGATAATT
AAAA*GAGAGACACTTGAGTAAGTAAGCATCTCTAATTTGCAATAGCTTCTTTAGCCACT
G*AGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGGGAAAGTCCTGGACAATCCG
GTCGGTGTCCTGAAATTGATCTTCCCAGAACTTGTTGGCTGCTCCAAGACAAGCTCATTG
AGAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTAACACCGGTAAGCTTCTTGATCTTTCCG
ACTTCCACCACGGCAGTGACCTCAGTGCCGTAAGAGACAAGTTTCCCAATAGATTCAAAC
TTGTGAGTGATGCTATTCTTCTGCTTCAGCCACGCAACACCGGTTTCTCTGTCGTATCCA
ACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGCAATAACCCATTAGGCATATCAACTTCCTTGAGGAAC
TCCTTGGTCTTCTCGCGGCATAGCTCATCTCCTGTGTATTTCTCTGCCCTAGCTCTCACT
TCATCTGTAACCAAACCCATCTCCCTGTTTTTTTTTGCTTCTTTGTTTTTGAGATCTCTG
TCTTTTGTGTTTT
CC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1F753TF 518 0 0
TTGCAATAGCTTCTTTAGCCACTG*AGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAA
CAGGGAAAGTCCTGGACAATCCGGTCGGTGTCCTGAAATTGATCTTCCCAGAACTTGTTG
GCTGCTCCAAGACAAGCTCATTGAGAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTAACAC
CGGTAAGCTTCTTGATCTTTCCGACTTCCACCACGGCAGTGACCTCAGTGCCGTAAGAGA
CAAGTTTCCCAATAGATTCAAACTTGTGAGTGATGCTATTCTTCTGCTTCAGCCACGCAA
CACCGGTTTCTCTGTCGTATCCAACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGCAATAACCCATTAG
GCATATCAACTTCCTTGAGGAACTCCTTGGTCTTCTCGCGGCATAGCTCATCTCCTGTGT
ATTTCTCTGCCCTAGCTCTCACTTCATCTGTAACCAAACCCATCTCCCTGTTTTTTTTTG
CTTCTTTGTTTTTGAGATCTCTGTCTTTTGTGTTTT
CC

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1EH48TF 630 0 0
G
GACTGAAAATTATCTTATTAAAATATAAAATGAAGCATAACATGTAGGAAGTAATACATG
ATTTAAGATAATTAAAAAGAGAGAGACTTGAGTAAGTAAGCATCTCTAATTTGCAATAGC
TTCTTTAGCCACTGCAGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGGGAAAGT
CCTGGACAATCCGGTCGGTGTCCTGAAATTGATCTTCCCAGAACTTGTTGGCTGCTCCAA
GACAAGCCCATTGAGAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCTTTAACACCGGTCAGCTT
CTTGATCTTTCCGACTTCCACCACGGCAGTGACCTCAGTGCCGTAAGAGACAAGTTTCCC
GATAGATTCAAACTTGTGAGTGATGCTCTTCTTCTGCTTCAGCCACACAACACCGGTTTC
TCTGTCGTATCCAACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGCAATAACCCATTAGGCATATCAAC
TTCCTTGAGGAACTCCTTGGTCTTCTCGCGGCATAACGCATCTCCTGTGTATTTCTCTAC
CCTAGCTCTCACTTCATCTGTAACCAAACCCATCTCCCTGTTTTTTTTTCTTTGTTT***
TTTGAGATCTCTGTCTTTTGTGTTTT
TCC

QA 2 627 2 627
DS 



CO CL75Contig3 565 2 1 U
GGAAAAACACAAAAGACAGAGATCTCAAAAACAAAGAAGCAAAAAAAAAACAGGGAGATG
AGCTATGCCGCGAGAAGACCAAGGAGTTCCTCAAGGAAGTTGATATGCCTAATGGGTTAT
TGCCATTGAAGGACATTGAAGAGGTTGGATACGACAGAGAAACCGGTGTTGTGTGGCTGA
AGCAGAAGAAGAGCATCACTCACAAGTTTGAATCTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCA
CTGAAGTCACTGCCGTGGTGGAAGTCGGAAAGATCAAGAAGCTTACCGGTGTTAAGGCCA
AGGAGCTTCTTATCTGGGTCACTCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCTG
GGAAGATCAATTTCAGGACACCGACCGGATTGTCCAGGACTTTCCCTGTTTCAGCTTTTG
TGGTTCCTGAGGTTGAGAAGCCTGCAGTGGCTAAAGAAGCTATTGCAAATTAGAGATGCT
TACTTACTCAAGTGTCTCTCTTTTTAATTATCTTAAATCATGTATTACTTCCTACATGTT
ATGCTTCATTTTATATTTTAATAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FS38JQ C 1
AF RR1FS38TF U 1
BS 1 565 RR1FS38TF

RD RR1FS38JQ 565 0 0
GGAAAAACACAAAAGACAGAGATCTCAAAAACAAAGAAGCAAAAAAAAAACAGGGAGATG
AGCTATGCCGCGAGAAGACCAAGGAGTTCCTCAAGGAAGTTGATATGCCTAATGGGTTAT
TGCCATTGAAGGACATTGAAGAGGTTGGATACGACAGAGAAACCGGTGTTGTGTGGCTGA
AGCAGAAGAAGAGCATCACTCACAAGTTTGAATCTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCA
CTGAAGTCACTGCCGTGGTGGAAGTCGGAAAGATCAAGAAGCTTACCGGTGTTAAGGCCA
AGGAGCTTCTTATCTGGGTCACTCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCTG
GGAAGATCAATTTCAGGACACCGACCGGATTGTCCAGGACTTTCCCTGTTTCAGCTTTTG
TGGTTCCTGAGGTTGAGAAGCCTGCAGTGGCTAAAGAAGCTATTGCAAATTAGAGATGCT
TACTTACTCAAGTGTCTCTCTTTTTAATTATCTTAAATCATGTATTACTTCCTACATGTT
ATGCTTCATTTTATATTTTAATAAG

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1FS38TF 565 0 0
GGAAAAACACAAAAGACAGAGATCTCAAAAACAAAGAAGCAAAAAAAAAACAGGGAGATG
AGCTATGCCGCGAGAAGACCAAGGAGTTCCTCAAGGAAGTTGATATGCCTAATGGGTTAT
TGCCATTGAAGGACATTGAAGAGGTTGGATACGACAGAGAAACCGGTGTTGTGTGGCTGA
AGCAGAAGAAGAGCATCACTCACAAGTTTGAATCTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCA
CTGAAGTCACTGCCGTGGTGGAAGTCGGAAAGATCAAGAAGCTTACCGGTGTTAAGGCCA
AGGAGCTTCTTATCTGGGTCACTCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCTG
GGAAGATCAATTTCAGGACACCGACCGGATTGTCCAGGACTTTCCCTGTTTCAGCTTTTG
TGGTTCCTGAGGTTGAGAAGCCTGCAGTGGCTAAAGAAGCTATTGCAAATTAGAGATGCT
TACTTACTCAAGTGTCTCTCTTTTTAATTATCTTAAATCATGTATTACTTCCTACATGTT
ATGCTTCATTTTATATTTTAATAAG

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 16

CO CL76Contig1 794 16 19 U
GGACCGTGAATCTCTCTGGAAAAAA*CGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTT
TACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCGATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCT
TTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCCGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGC
CCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTTACGGAATAGGACGCCGCAAGTCTCACCAGGTTC
TCTGTGGGCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTG
ACCTCCGCGAAGAAGTTGGCATGCACCAACATGGTGATGAACTGAGGAGGCGTGTTGGAT
CGGAGATACAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTACAGAGGAAGTAGACATAGACATGGGA
TGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTG
CTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCGCAAGTAGAACCCTTAAAAACCTCTCTGTAGTA
GCACCAGTCTACGACTCTGTTTGGATGAAATTTGATCAAATAAGCAGACATGATTTGCTG
AGGAAGTAGAGAACTTCCAAGTAAGCATGATCTTGATTCTTGAACTTGTTCTGTAATACT
CTCTAGCTTCTCTGGTCTCTGGGTTTTGTTTGTTATCCTTTAGAACATGGATCAAAAAGT
TAGCCCATTAACAACTTTTTCTTTGTCACCAAGCCCCTTGATCTTGTAGAATTAACGAGA
TAATTATTATATAG


BQ
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 20 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 55 70 10 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 10 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 60 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 10 60 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 
50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 45 45 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H813TF U 1
AF RR1GO57TF U 1
AF RR1C828JQ C 28
AF RR1GU50TF U 1
AF RR1H696TF U 1
AF RR1DV02TF U 1
AF RR1H696JQ C 445
AF RR1D939TF U 1
AF RR1FP31TF U 1
AF RR1H041TF U 1
AF RR1C828TF U -3
AF RR1H813JQ C 389
AF RR1GO57JQ C 27
AF RR1DV02JQ C 244
AF RR1GU50JQ C 444
AF RR1EP43TF U 337
BS 1 223 RR1D939TF
BS 224 224 RR1GO57TF
BS 225 247 RR1D939TF
BS 248 248 RR1GO57TF
BS 249 307 RR1D939TF
BS 308 308 RR1GO57TF
BS 309 340 RR1D939TF
BS 341 341 RR1GO57TF
BS 342 406 RR1D939TF
BS 407 407 RR1GO57TF
BS 408 526 RR1D939TF
BS 527 527 RR1H041TF
BS 528 646 RR1D939TF
BS 647 647 RR1H041TF
BS 648 674 RR1D939TF
BS 675 680 RR1FP31TF
BS 681 681 RR1C828TF
BS 682 701 RR1FP31TF
BS 702 794 RR1EP43TF

RD RR1H813TF 282 0 0
GGACCGTGAATCTCTCTGGAAAAAAACGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTT
TACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCGATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCT
TTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCCGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGC
CCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTTACGGAATAGGACGCCGCAAGTCTCACCAGGTTC
TCTGTGGGCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAAACTTAA

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR1GO57TF 466 0 0
GGACCGTGAATCTCTCTGGAAAAAA*CGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTT
TACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCGATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCT
TTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCCGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGC
CCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTTACGGAATAGGACGCCGCAAGTCTCACCAGGTTC
TCTGTGGGCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTG
ACCTCCGCGAAGAAGTTGGCATGCACCAACATGGTGATGAACTGAGGAGGCGTGTTGGAT
CGGAGATACAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTACAGAGGAAGTAGACATAGACATGGGA
TGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCGCACCAAAAA

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1C828JQ 486 0 0
GCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTTTACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCG
ATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCTTTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCC
GTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGCCCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTT
ACGGAATAGGACGCCGCAAGTCTCACCAGGTTCTCTGTGGGCTCGGCATCACCAACAAGC
TCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTGACCTCCGCGAAGAAGTTGGCATGCACC
AACATGGTGATGAACTGAGGAGGCGTGTTGGTTCGGAGATACAGAGACTGGTGGAAGTAG
ACTGTTACAGAGGAAGTAGACATAGACATGGGATGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAA
CTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTGCTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTC
GCAAGT

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1GU50TF 598 0 0
GGACCGTGAATCTCTCTGGAAAAAA*CGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTT
TACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCGATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCT
TTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCCGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGC
CCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTTACGGAATAGGACGCCGTAAGTCTCACCAGGTTC
TCTGTGGCCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTG
ACCTCCGTGAAGAAGTTGGCATGCACCAACATGGTGATAAGCTGAGGATGCGTGTTGGAT
CGGAGATACAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTACAGAGGAAGTAGGCATAGACATGGGA
TGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTG
CTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCGCAAGTAGAACCCTTAAAA*CCTCTCTGTAGTA
GCACCAGTCTACGACTCTGTTTGGATGAAATTTGATCAAATAAGCAGACATGATTTGC

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1H696TF 574 0 0
GGACCGTGAATCTCTCTGGAAAAAA*CGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTT
TACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCGATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCT
TTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCCGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGC
CCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTTACGGAATAGGACGCCGCAAGTCTCACCAGGTTC
TCTGTGGGCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTG
ACCTCCGCGAAGAAGTTGGCATGCGCCAACATGGTGATGAACTGAGGAGGCGTGTTGGAT
CGGAGATATAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTACAGAGGAAGTAGACATAGACATGGGA
TGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTG
CTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCGCAAGTAGAACCCTTAAAAACCTCTCTGTAGTA
GCACCAGTCTACGACTCTGTTTGGATGAAATTTG

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1DV02TF 614 0 0
GGACCGTGAATCTCTCTGGAAAAAA*CGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTT
TACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCGATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCT
TTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCCGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGC
CCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTTACGGAATAGGACGCCGTAAGTCTCACCAGGTTC
TCTGTGGCCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTG
ACCTCCGTGAAGAAGTTGGCATGCACCAACATGGTGATGAGCTGAGGAGGCGTGTTGGAT
CGGAGATACAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTACAGAGGAAGTAGGCATAGACATGGGA
TGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTG
CTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCGCAAGTAGAACCCTTAAAA*CCTCTCTGTAGTA
GCACCAGTCTACGACTCTGTTTGGATGAAATTTGATCAAATAAGCAGACATGATTTGCTG
AGGAAGTAGAGAAC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1H696JQ 206 0 0
AAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTGCTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTC
CTCGCAAGTAGAACCCTTAAAAACCTTTCTGTAGTAGCACCAGTTTACGATTCTGTTTGG
ATGAAATTTGGTCAAATAAGCAGACATGATTTGCTGAGGAAGTAGAGAACTTCCAAGTAA
GCATGATCTTGATTCTTGAACTTGTT

QA 1 206 1 206
DS 

RD RR1D939TF 674 0 0
GGACCGTGAATCTCTCTGGAAAAAA*CGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTT
TACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCGATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCT
TTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCCGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGC
CCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTTACGGAATAGGACGCCGTAAGTCTCACCAGGTTC
TCTGTGGCCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTG
ACCTCCGTGAAGAAGTTGGCATGCACCAACATGGTGATGAGCTGAGGAGGCGTGTTGGAT
CGGAGATACAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTACAGAGGAAGTAGGCATAGACATGGGA
TGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTG
CTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCGCAAGTAGAACCCTTAAAA*CCTCTCTGTAGTA
GCACCAGTCTACGACTCTGTTTGGATGAAATTTGATCAAATAAGCAGACATGATTTGCTG
AGGAAGTAGAGAACTTCCAAGTAAGCATGATCTTGATTCTTGAACTAGTTCTGTAATACT
CTCTAGCTTCTCTG

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1FP31TF 701 0 0
GGACCGTGAATCTCTCTGGAAAAAA*CGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTT
TACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCGATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCT
TTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCCGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGC
CCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTTACGGAATAGGACGCCGTAAGTCTCACCAGGTTC
TCTGTGGCCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTG
ACCTCCGTGAAGAAGTTGGCATGCACCAACATGGTGATGAGCTGAGGAGGCGTGTTGGAT
CGGAGATACAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTGCAGAGGAAGTAGTCATAGACATGGGA
TGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTG
CTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCGCAAGTAGAACCCTTAAAA*CCTCTCTGTAGTA
GCACCAGTCTACGACTCTGTTTGGATGAAATTTGATCAAATAAGCAGACATGATTTGCTG
AGGAAGTAGAGAACTTCCAAGTAAGCATGATCTTGATTCTTGAACTAGTTCTGTAATACT
CTCTAGCTTCTCTGGTCTCTTGGTTTTGTTTGTTATCCTTT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1H041TF 672 0 0
GGACCGTGAATCTCTCTGGAAAAAA*CGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTT
TACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCGATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCT
TTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCCGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGC
CCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTTACGGAATAGGACGCCGCAAGTCTCACCAGGTTC
TCTGTGGGCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTG
ACCTCCGCGAAGAAGTTGGCATGCACCAACATGGTGATGAACTGAGGAGGCGTGTTGGAT
CGGAGATACAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTACAGAGGAAGTAGACATAGACATGGGA
TGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTG
CTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCGCAAGTAGAACCCTTAAAAACCTCTCTGTAGTA
GCACCAGTCTACGACTCTGTTTGGATGAAATTTGGTCAAATAAGCAGACATGATTTGCTG
AGGAAGTAGAGAACTTCCAAGTAAGCATGATCTTGATTCTTGAACTTGTTCTGTAATACT
CTCTAGCTTCTC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1C828TF 705 0 0
GGCTTC
ACCGTGAATCTCTCTGGAAAAAA*CGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTTTA
CGCAGATCCGCGGCGACCTTATTCGATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCTTT
CATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATCCGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGCCC
CTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTTTACGGAATAGGACGCCGCAAGTCTCACCAGGTTCTC
TGTGGGCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTGAC
CTCCGCGAAGAAGTTGGCATGCACCAACATGGTGATGAACTGAGGAGGCGTGTTGGATCG
GAGATACAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTACAGAGGAAGTAGACATAGACATGGGATG
CCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTGCT
ATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCGCAAGTAGAACCCTTAAAAACCTCTCTGTAGTAGC
ACCAGTCTACGACTCTGTTTGGATGAAATTTGGTCAAATAAGCAGACATGATTTGCTGAG
GAAGTAGAGAACTTCCAAGTAAGCATGATCTTGATTCTTGAACTTGTTCTGTAATACTCT
CTAGCTTCTCTGGTCTCTGGGTTTTGTTTGTTATCCTTT

QA 7 705 7 705
DS 

RD RR1H813JQ 280 0 0
CTGTTCCAGAGGAAGTAGACATAGATATGGGATGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAAC
TAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTGCTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCG
CAAGTAGAACCCTTAAAAACCTCTCGGTAGTAGCACCAGTGGACGACTCTGTTTGGATGA
AATTTGGTCAAATAAGCAGACATGATTTGCTGAGGAAGTAGAGAACTTCCAAGTAAGCAT
GATCTTGATTCCTGAACTTGTTCTGTAATACTCTCTAGCT

QA 1 280 1 280
DS 

RD RR1GO57JQ 703 0 0
CGCAGTTTCTTTCCTACTACGATGCTGGGTGGTTTACGCAGATCCGCGGCGACCTTATTC
GATCACAGTCAGTCTCTGCTTCGTAATCTATCCTTTCATGGAGTGCGTGTGCAAGGAATC
CGTGTGGGAAACGCAGAGGTTCCAAACCACAAGCCCCTCAAGACCGGTCTTCAAGAAGTT
TACGGAATAGGACGCCGCAAGTCTCACCAGGTTCTCTGTGGGCTCGGCATCACCAACAAG
CTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTGACCTCCGCGAAGAAGTTGGCATGCAC
CAACATGGTGATGAACTGAGGAGGCGTGTTGGATCGGAGATACAGAGACTGGTGGAAGTA
GACTGTTACAGAGGAAGTAGACATAGACATGGGATGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAA
ACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTGCTATCGCTGGCAAGAAGAAAGCTCCT
CGCAAGTAGAACCCTTAAAAACCTCTCTGTAGTAGCACCAGTTTACGACTCTGTTTGGAT
GAAATTTGGTCAAATAAGCAGACATGATTTGCTGATGAAGTAGAGAACTTCCAAGTAAGC
ATGATCTTGATTCTTGAACTTGTTCTGTAATACTCTCTAGCTTCTCTGGTCTCTGGGTTT
TGTTTGTTATCCTTTAGAACATGGATCAAAAAGTTAGCCCATT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1DV02JQ 491 0 0
GTGGCCTCGGCATCACCAACAAGCTCGCCAGAGACTTAACTGGCAAAGAACTCATTGACC
TCCGTGAAGAAGTTGGCATGCACCAACATGGTGATGAGCTGAGGAGGCGTGTTGGATCGG
AGATACAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTACAGAGGAAGTAGGCATAGACATGGGATGC
CTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTGCTA
TCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCGCAAGTAGAACCCTTAAAA*CCTCTCTGTAGTAGCA
CCAGTTTACGACTCTGTTTGGATGAAATTTGATCAAATAAGCAGACATGATTTGCTGAGG
AAGTAGAGAACTTCCAAGTAAGCATGATCTTGATTCTTGAACTAGTTCTGTAATACTCTC
TAGCTTCTCTGGTCTCTTGGTTTTGTTTGTTATCCTTTAGAACATGGATCAAAAAGTTAG
CCCATT
AACAA

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1GU50JQ 286 0 0
AAAACTAATGCTCGCACCAAAAAGGGAAAGAGAGTTGCTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCT
CCTCGCAAGTAGAACCCTTAAAA*CCTCTCTGTAGTAGCACCAGTTTACGACTCTGTTTG
GATGAAATTTGATCAAATAAGCAGACATGATTTGCTGAGGAAGTAGAGAACTTCCAAGTA
AGCATGATCTTGATTTTTGAACTAGTTCTGTAATACTCTCTAGCTTCTCTGGTCTCTTGG
TTTTGTTTGTTATCCTTTAGAACATGGATCAAAAAGTTAGCCCATT

QA 1 286 1 286
DS 

RD RR1EP43TF 458 0 0
G
TGAACTGAGGAGGCGTGTTGGATCGGAGATACAGAGACTGGTGGAAGTAGACTGTTACAG
AGGAAGTAGACATAGACATGGGATGCCTTGCAGAGGTCAAAGAACCAAAACTAATGCTCG
CACCAAAAAGGAAAAGAGAGTTGCTATCGCTGGAAAGAAGAAAGCTCCTCGCAAGTAGAA
CCCTTAAAAACCTCTCTGTAGTAGCACCAGTCTACGACTCTGTTTGGATGAAATTTGGTC
AAATAAGCAGACATGATTTGCTGAGGAAGTAGAGAACTTCCAAGTAAGCATGATCTTGAT
TCTTGAACTTGTTCTGTAATACTCTCTAGCTTCTCTGGTCTCTGGGTTTTGTTTGTTATC
CTTTAGAACATGGATCAAAAAGTTAGCCCATTAACAACTTTTTCTTTGTCACCAAGCCCC
TTGATCTTGTAGAATTAACGAGATAATTATTATATAG

QA 2 458 2 458
DS 



AS 2 16

CO CL77Contig1 484 10 3 U
GGGCCGCCGAACTGCTCTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATT
TTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAG
GAAATGCTCGGCCACGAACAGATTGATCACTTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAA
CATTGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTG
CGGGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATGCTTCTGCCTGTT
GTTATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTC
TGGTTTATGAAAGATAATTACCAAGTTTTTTGGTTCCAATAGACTCGTATCCTACATTTA
AATT


BQ
55 55 55 45 45 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1FJ23JQ C 1
AF RR1FJ23TF U 1
AF RR1BY62JQ C 1
AF RR1BY62TF U 1
AF RR1BR96JQ C 1
AF RR1BR96TF U 1
AF RR1GK39JQ C 1
AF RR1AO61TF U 4
AF RR1GK39TF U 1
AF RR1A318TF U 1
BS 1 12 RR1A318TF
BS 13 13 RR1FJ23TF
BS 14 484 RR1A318TF

RD RR1FJ23JQ 442 0 0
GGGCCGCCGAACTGCTCTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATT
TTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAG
GAAATGCTCGGCCACGAACAGATTGATCACTTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAA
CATTGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTG
CGGGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATGCTTCTGCCTGTT
GTTATTTTTGTTACGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTC
TGGTTTATGAAAGATAATTACC

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR1FJ23TF 442 0 0
GGGCCGCCGAACTGCTCTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATT
TTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAG
GAAATGCTCGGCCACGAACAGATTGATCACTTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAA
CATTGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTG
CGGGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATGCTTCTGCCTGTT
GTTATTTTTGTTACGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTC
TGGTTTATGAAAGATAATTACC

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR1BY62JQ 462 0 0
GGGCCGCCGAACTGCTTTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATT
TTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAG
GAAATGCTCGGCCACGAACAGATTGATCACTTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAA
CATTGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTG
CGGGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGTTCTGGCAGAAGAA
GAAGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATGCTTCTGCCTGTT
GTTATTTTTGCTATGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTC
TGGTTTATGAAAGATAATTACCAAGTTTTTTGGTTCCAA
AAA

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1BY62TF 457 0 0
GGGCCGCCGAACTGCTCTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATT
TTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAG
GAAATGCTCGGCCACGAACAGATTGATCACTTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAA
CATTGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTG
CGGGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATGCTTCTGCCTGTT
GTTATTTTTGCTATGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTC
TGGTTTATGAAAGATAATTACCAAGTTTTTTGGTTCC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1BR96JQ 457 0 0
GGGCCGCCGAACTGCTCTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATT
TTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAG
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CATTGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTG
CGGGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
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GTTATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTC
TGGTTTATGAAAGATAATTACCAAGTTTTTTGGTTCC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1BR96TF 457 0 0
GGGCCGCCGAACTGCTCTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATT
TTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAG
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CATTGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTG
CGGGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATGCTTCTGCCTGTT
GTTATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTC
TGGTTTATGAAAGATAATTACCAAGTTTTTTGGTTCC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1GK39JQ 457 0 0
GGGCCGCCGAACTGCTCTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATT
TTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAG
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CATTGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTG
CGGGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATGCTTCTGCCTGTT
GTTATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTC
TGGTTTATGAAAGATAATTACCAAGTTTTTTGGTTCC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1AO61TF 442 0 0
GGGCCGAACTGCTCTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATTTTT
AAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAGGAA
ATGCTCGGCCACGAACAGATTGATCACTTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAACAT
TGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTGCGG
GTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAA
GGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATGCTTCTGCCTGTTGTT
ATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTCTGG
TTTATGAAAGATAATTACCAAG

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR1GK39TF 457 0 0
GGGCCGCCGAACTGCTCTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATT
TTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAG
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CATTGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTG
CGGGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATGCTTCTGCCTGTT
GTTATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTC
TGGTTTATGAAAGATAATTACCAAGTTTTTTGGTTCC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1A318TF 484 0 0
GGGCCGCCGAACCGCTCTCTTTCTCTCGCTCCACAGACTCTTCTTCTTCTCAGATCGATT
TTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTATACATTCCCAG
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CATTGGCCATCTTGATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTG
CGGGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATGCTTCTGCCTGTT
GTTATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGTCTTTTC
TGGTTTATGAAAGATAATTACCAAGTTTTTTGGTTCCAATAGACTCGTATCCTACATTTA
AATT

QA 1 484 1 484
DS 



CO CL77Contig2 475 6 6 U
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AATGCTCGGCCACGAACAGATTGATCACTTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAACA
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GGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGA
AGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATACTTCTGCCTCTTGT
TATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTCTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTG
GTTTATGAAAGATAATTACCAAGCTTTTTGGTGCCAATAGACTCATATTTTACTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV90TF U 1
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AF RR1GE32TF U 1
AF RR1H678TF U 1
AF RR1AE48TF U 13
AF RR1EJ44TF U 13
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BS 320 464 RR1EU68TF
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RD RR1GV90TF 283 0 0
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GGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGAC
GG

QA 1 281 1 281
DS 

RD RR1EU68TF 474 0 0
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GGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGA
AGGTCGAGACCAAACAACGGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATACTTCTGCCTCTTGT
TATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTCTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTG
GTTTATGAAAGATAATTACCAAGCTTTTTGGTGCCAATAGACTC
ATATTTTACT

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1GE32TF 444 0 0
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GGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGA
AGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATACTTCTGTCTCTTGT
TATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTCTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTG
GTTTATGAAAGATAATTACCAAG
C

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR1H678TF 475 0 0
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GGTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGA
AGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATACTTCTGCCTCTTGT
TATTTTTGTTATGTTTCATTTGAATTCTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTG
GTTTATGAAAGATAATTACCAAGCTTTTTGGTGCCAATAGACTCATATTTTACTT

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR1AE48TF 428 0 0
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GTTTCATTTGAATTCTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTGGTTTATGAAAGA
TAATTACC

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR1EJ44TF 428 0 0
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CGAACAGATTGATCACTTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGGTCATCTTG
ATGCCGATGGCATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTGCGGGTTTGTCCGTG
CTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGTCGAGACCA
AACAACAGTGAAGGGGGTACAGAGAGAGTCTATACTTCTGCCTCTTGTTATTTTTGTTAT
GTTTCATTTGAATTCTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTGGTTTATGAAAGA
TAATTACC

QA 1 428 1 428
DS 



AS 1 15

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CTTCTTGACTGTTATTCAAAAGATCCAATAATGTATGTATATTGGACTTTTTGAGACAAT
TATAGATTCTGGGAGGCAATTCTAATTGGTCAATAAAAATATATTGAAATCCTAGTTCTT
TTTTTTTTTT*CTTAGGTTAACTAATCTATTATGAAAAGGAAAAAGGGGTAAAGTAACTT
GATGTTGATTGTTCTCTAAATAGAACGTTTCTTCTTCTACATGTAGAAAAGGAATAAATA
AATTAATCAAATTCCGGGAGGCTTCATGAAGTGCTTCTTTAGGAGTTAAACTTCCATTTG
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TATGATTCGCATTTTGAACAGGCATGAATACAGCATCTATAGGATAACTTCGGTCTTCAA
AGTTATTTGACATTTTTAGACTATATCCGCGATTCCTCTCGATTTTTAATCCAATACACA
AATTTATTGGTTCCGTTAAGGTAGCTATATGCTGTGTATTATCAACGATTTCCACAGAGG
GCGGTAAAACTATGTCTCGAGCAGTTATATATCCGGGACCTTGGACACAAATAAGCGCGT
TGCGCGTTCCATATAGATTACTTTTTAATACAATCTCGTTCAAATTCATTAAAATTTCAT
GTACTGATTCTTGAATACCGACTATGTTAGAATAGTCATGTGGTATGTTCTCAAATTTTG
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TACTGTCTCTTCTTGATTCAACACACTTCCACTGTAGTGTCCGAGTAGATACTTTGACTT
TCTCTCGAACCATAGTAATTTTATTTGATCAGATCATTGAATCATTTATTTCTCTTGAAA
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GTGGCATAGGGGTTACATCTCGTACGAAACTTAAAAGTATACCGCTTCTACGAATAGCTC
GTAATGCTGCATCTCTTCCCAGTCCAGGGCCTTTTATCCTTACTTCAGCTCGTTGCATAC
CTTGATCCACTACCGCTCGAATAGCATTTCCTGCTGCGGTTTGAGCAGCAAAAGGTGTTC
CTCTTCTTGTACCCCTGAATCCACAAGTACCCGCGGAGGACCAAGAAATCACCCGACCCC
GTACATCTGTAACGGTCACAATGGTATTGTTGAAACTTGCTTGAACATGAATAACTCCCT
TTGGTATTCTACGTACATTTTACGTGAACCACTACGGGTATTTTTACGTGAACCAATTCT
TAATATAGGTTTTGCCATATTTTTTCATTTCACAAGAAATATATGGATATATCCATTTCA
TGTCAAAACGGACCTTTTTTTTTTTACTAGCTCCTTGGAAGTGCCTTTTCCTTTATTTCC
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GTCCCCTCCTACGGATTAGCCGACACTTTTCACAAATTTTACGAACGGAAGCCCTTATTT
TCATAGTTGTTATTCCTTAATTCTCTTAATATACTTATTCTTGGACGAAAAAAAGGTTTC
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ACCTAAGAACTTACTAAAATTTTTAACTTTTTCTCCTATAGGTATACCTATACAAAAATA
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TAATTTCATTTGGGGTAAAACATTCTAAACTTTTTTAGCAGGGGTGGTATTACACAACCC
CCCTTTTTTTTTTTCACAAATGGTAAGTTCCGGATATCCAATTTTGATATTAGAAGGATT
ACCATATATAACACAAAATTTCTCCGCCGATTCTTTTTAGTCGAGCTTCTCGATCTGTCA
TTATACCTTGAGAAGTAGAAAGGATTACAATTCCTATT


BQ
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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C

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GATGTTGATTGTTCTCTAAATAGAACGTTTCTTCTTCTACATGTAGAAAAGGAATAAATA
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C

QA 1 329 1 329
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GATGTTGATTGTTCTCTAAATAGAACGTTTCTTCTTCTACATGTAGAAAAGGAATAAATA
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TCCATATTTCTAG

QA 1 373 1 373
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AGACTATATCCGCGATTCCTCTCGATTTTTAATCCAATACACAAATTTATTGGTTCCGTT
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CGAGCAGTTATATATCCG

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TATAGATTCTGGGAGGCAATTCTAATTGGTCAATAAAAATATATTGAAATCCTAGTTCTT
TTTTTTTTT**CTTAGGTTAACTAATCTATTATGAAAAGGAAAAAGGGGTAAAGTAACTT
GATGTTGATTGTTCTCTAAATAAAACGTTTCTTCTTCTACATGTAAAAAAGGAATAAATA
AATTAATCAAATTCCGGGAGGCTTCATGAAGTGCTTCTTTAGGAGTTAAACTTCCATTTG
TCCATATTTCTAAAAAAAGAATCTCTTGTTTTTCATTCCCATTCCCATAAAAATGAATAC
TATGATTCGCATTTTGAACAGGCTTGAATACAGCATCTATAGGATAACTTCGGTCTTCAA
AGTTATTTGACATTTTTAAACTATATCCGCGATTCCTCTCGATTTTTAATCCAATACACA
AATTTATTGGTTCCGTTAAGGTAGCTATATGCTGTGTATTATCAACGATTTCCA*AGAGG
GCGGTAAAACTATGTCTCGAGCAGTTATATATCCGGGACCTTGGACACAAATAAGCGCGT
TGCGCGTTCCATATAGAT

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DS 

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TCTTGACTGTTATTCAAAAGATCCAATAATGTATGTATATTGGACTTTTTGAGACAATTA
TAGATTCTGGGAGGCAATTCTAATTGGTCAATAAAAATATATTGAAATCCTAGTTCTTTT
TTTTTTT**CTTAGGTTAACTAATCTATTATGAAAAGGAAAAAGGGGTAAAGTAACTTGA
TGTTGATTGTTCTCTAAATAGAACGTTTCTTCTTCTACATGTAGAAAAGGAATAAATAAA
TTAATCAAATTCCGGGAGGCTTCATGAAGTGCTTCTTTAGGAGTTAAACTTCCATTTGTC
CATATTTCTAGAAAAAGAATCTCTTGTTTTTCATTCCCATTCCCATAAGAATGAATACTA
TGATTCGCATTTTGAACAGGCATGAATACAGCATCTATAGGATAACTTCGGTCTTCAAAG
TTATTTGACATTTTTAGACTATATCCGCGATTCCTCTCGATTTTTAATCCAATACACAAA
TTTATTGGTTCCGTTAAGGTAGCTATATGCTGTGTATTATCAACGATTTCCACAGAGGGC
GGTAAAACTATGTCTCGAGCAGTTATATATCCGGGACCTTGGACACAAATAAGCGCGTTG
CGC
C

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TTTAGACTATATCCGCGATTCCTCTCGATTTTTAATCCAATACACAAATTTATTGGTTCC
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C

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TGAACAGGCATGAATACAGCATCTATAGGATAACTTCGGTCTTCAAAGTTATTTGACATT
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GTTAAGGTAGCTATATGCTGTGTATTATCAACGATTTCCACAGAGGGCGGTAAAACTATG
TCTCGAGCAGTTATAT**CCGGGACCTTGGACACAAATAAGCGCGTTGCGCGTTCCATAT
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ATACCGACTAT
C

QA 1 551 1 551
DS 

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AAAAGAATCTCTTGTTTTTCATTCCCATTCCCATAAGAATGAATACTATGATTCGCATCT
TGAACAGGCATGAATACAGCATCTATAGGATAACTTCGGTCTTCAAAGTTATTTGACATT
TTTAGACTATATCCGCGATTCCTCTCGATTTTTAATCCAATACACAAATTTATTGGTTCC
GTTAAGGTAGCTATATGCTGTGTATTATCAACGATTTCCACAGAGGGCGGTAAAACTATG
TCTCGAGCAGTTATATATCCGGGACCTTGGACACAAATAAGCGCGTTGCGCGTTCCATAT
AGATTACTTTTTAATACAATCTCGTTCAAATTCATTAAAATTTCATGTACTGATTCTTGA
ATACCGACTATGTTAGAATAGTCATGTGGTATGTTCTCAAATTTTGCACGTGTAATACAT
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CCT

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RD RR1BL45JQ 864 0 0
G
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AAAGAATCTCTTGTTTCTCATTCCCATTCCCATAAGAATGAATACTATGATTCGCATTTT
GAACAGGCATGAATACAGCATCTATAGGATAACTTCGGTCTTCAAAGTTATTTGACATTT
TTAGACTATATCCGCGATTCCTCTCGATTTTTAATCCAATACACAAATTTATTGGTTCCG
TTAAGGTAGCTATATGCTGTGTATTATCAACGATTTCCACAGAGGGCGGTAAAACTATGT
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TACCGACTATGTTAGAATAGCCATGTGGTATGTTCTCAAATTTTGCACGTGTAATACATG
TTCCTTCTATTTCGCCAAGTAAAGCTCTTCGCATCGCAATGCCTATTGTGTCGGCTTGAC
CTTTCATAAGTGGAGACAGAATAAAGCGTCCATAATAAAGACGCTTACTGTCTCTTCTTG
ATTCAACACACTTCCACTGTAGTGTCTGAGTAGATACTTTGACTTTCTCTCGAACCATAG
TAATTTTATTTGATCAGATCATTGAATCATTTATTTCTCTTGAAACCCTTTCAGCCTTTA
TTTAGTTCTATACACGTCGTTTT

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RD RR1BH20TF 706 0 0
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AAGGTAGCTATATGCTGTGTATTATCAACGATTTCCA*AGAGGGCGGTAAAACTATGTCT
CGAGCAGTTATATATCCGGGACCTTGGACACAAATAAGCGCGTTGCGCGTTCCATATAGA
TTACTTTTTAATACAATCTCGTTCAAATTCATTAAAATTTCATGTACTGATTCTTGAATA
CCGACTATGTTAGAATAGTCATGTGGTATGTTCTCAAATTTTGCACGTGTAATACATGTT
CCTTCTATTTCGCCAAGTAAAGCTCTTCGCATCGCAATGCCTATTGTGTCGGCTTGACCT
TTCATAAGTGGAGACAGAATAAAGCGTCCATAATAAAGACGCTTACTGTCTCTTCTTGAT
TCAACACACTTCCACTGTAGTGTCCGAGTAGATACTTTGACTTTCTCTCGAACCATAGTA
ATTTTATTTGATCAGATCATTGAATCATTTATTTCTCTTGAAACCCTTTCAGCCTTTATT
TAGTTCTATACACGTCGTTTTTTAGGGGGTCTACAACCATTATGTGGCATAGGGGTTACA
TCTCGTACGAAACTTAAAAGTATACCGCTTCTACGAATAGCTCGTAATGCTGCATCTCTT
CCCAGTCCAGGGCCTTTTATCCTTACTTCAGCTCGTTGCATACC
CC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1DS10TF 700 0 0
TTTTAATCCAATACACAAATTTATTGGTTCCGTTAAGGTAGCTATATGCTGTGTATTATC
AACGATTTCCACAGAGGGCGGTAAAACTATGTCTCGAGCAGTTATATATCCGGGACCTTG
GACACAAATAAGCGCGTTGCGCGTTCCATATAGATTACTTTTTAATACAATCTCGTTCAA
ATTCATTAAAATTTCATGTACTGATTCTTGAATACCGACTATGTTAGAATAGTCATGTGG
TATGTTCTCAAATTTTGCACGTGTAATACATGTTCCTTCTATTTCGCCAAGTAAAGCTCT
TCGCATCGCAATGCCTATTGTGTCGGCTTGACCTTTCATAAGTGGAGACAGAATAAAGCG
TCCATAATAAAGACGCTTACTGTCTCTTCTTGATTCAACACACTTCCACTGTAGTGTCCG
AGTAGATACTTTGACTTTCTCTCGAACCATAGTAATTTTATTTGATCAGATCATTGAATC
ATTTATTTCTCTTGAAACCCTTTCAGCCTTTATTTAGTTCTATACACGTCGTTTTTTAGG
GGGTCTACAACCATTATGTGGCATAGGGGTTACATCTCGTACGAAACTTAAAAGTATACC
GCTTCTACGAATAGCTCGTAATGCTGCATCTCTTCCCAGTCCAGGGCCTTTTATCCTTAC
TTCAGCTCGTTGCATACCTTGATCCACTACCGCTCGAAT
C

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1BL45TF 724 0 0
TTCTCTTG
AACCCTTTCAGCCTTTATTTAGTTCTATACACGTCGTTTTT*AGGGGGTCTACAACCATT
ATGTGGCATAGGGGTTACATCTCGTACGAAACTTAAAAGTATACCGCTTCTACGAATAGC
TCGTAATGCTGCATCTCTTCCCAGTCCGGGGCCTTTTATCCTTACTTCAGCTCGTTGCAT
ACCTTGATCCACTACCGCTCGAATAGCATTTCCTGCTGCGGTTTGAGCAGCAAAAGGTGT
TCCTCTTCTTGTACCCCTGAATCCACAAGTACCCGCGGAGGACCAAGAAATCACCCGACC
CCGTACATCTGTAACGGTCACAATGGTATTGTTGAAACTTGCTTGAACATGAATAACTCC
CTTTGGTATTCTACGTACATTTTACGTGAACCACTACGGGTATTTTTACGTGAACCAATT
CTTAATATAGGTTTTGCCATATTTTTTCATTTCACAAGAAATATATGGATATATCCATTT
CATGTCAAAACGGACCTTTTTTTTTTTACTAGCTCCTTGGAAGTGCCTTTTCCTTTATTT
CCTTTAGTAAGATTATCCTTGTCTTTGTTTATGCCTCGGGTTGGAACAAATTACTATAAT
TCGTCCCCTCCTACGGATTAGCCGACACTTTTCACAAATTTTACGAACGGAAGCCCTTAT
TTTCATAGTTGTTATTCCTTAATTCTCTTAATATACTTATTCTTGGACGAAAAAAA

QA 9 724 9 724
DS 

RD RR1FL55JQ 695 0 0
AGTAAGATTATCCTTGTCTTTGTTTATGCCTCGGGTTGGAACAAATTACTATAATTCGTC
CCCTCCTACGGATTAGCCGACACTTTTCACAAATTTTACGAACGGAAGCCCTTATTTTCA
TAGTTGTTATTCCTTAATTCTCTTAATATACTTATTCTTGGACGAAAAAAAGGTTTCTTG
ATATTTTTGAATCTTGAATTGTATCTTCGTGAAAGGAATGTTGAATTTCAAAAAACCACT
GACTTATTTGAATCCTTGTTATGGAGTCTAGAAAGTGGCTGTTCCCCGATTAACTTGACC
TAAGAACTTACTAAAATTTTTAACTTTTTCTCCTATAGGTATACCTATACAAAAATATGT
CGAATCCTTTCAGAAGCATGACCTAAAATAAAAAAAATCTTTAGTATCTAAACAAAATCG
AACCATGCCGTTCGGAAGTGATTCATAAAGAAAACTTTCATTAATTCATTTTTTCTTTAA
TTTCATTTGGGGTAAAACATTCTAAACTTTTTTAGCAGGGGTGGTATTACACAACCCCCC
TTTTTTTTTTTCACAAATGGTAAGTTCCGGATATCCAATTTTGATATTAGAAGGATTACC
ATATATAACACAAAATTTCTCCGCCGATTCTTTTTAGTCGAGCTTCTCGATCTGTCATTA
TACCTTGAGAAGTAGAAAGGATTACAATTCCTATT

QA 1 695 1 695
DS 



AS 2 15

CO CL79Contig1 789 13 9 U
TTTTTGGGTTCCGGGGGGGGTGGCGACCATTGGTCAGTGGGAACGAGTGGCAAATATCTG
AAAGGACGAACATAAAGAAAATCTGAAATTCGATCTATAGAGATAACAAAATAATCAGAT
TCCAAGAAGAAGAAGAAGTTACTTTCGCGTTTGATCTTGAAAGACTCAAATGAATCCTCA
AGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAAC
ATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAG
GAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGT
TACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTG
TCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCC
TTGTGTTCCAATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACTCCTGACAA
TGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCA
CATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATA
CCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAA
TACTTTAGTATGATCTTGTTTTTTTTT**TACAATACAATAATATAAAAAAGGATATGAC
TTTATGCCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 55 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 25 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 40 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 60 75 75 55 70 65 50 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC26TF U 1
AF RR1EC26JQ C 222
AF RR1F239TF U 1
AF RR1DM49TF U 35
AF RR1D139JQ C 78
AF RR1ER63TF U 83
AF RR1CB45TF U 118
AF RR1B493JQ C 111
AF RR1B493TF U 160
AF RR1EQ71JQ C 127
AF RR1F239JQ C 372
AF RR1ER63JQ C 215
AF RR1EQ71TF U 127
BS 1 484 RR1EC26TF
BS 485 485 RR1DM49TF
BS 486 693 RR1EC26TF
BS 694 694 RR1DM49TF
BS 695 710 RR1EC26TF
BS 711 750 RR1ER63TF
BS 751 753 RR1CB45TF
BS 754 781 RR1B493TF
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RD RR1EC26TF 710 0 0
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AAAGGACGAACATAAAGAAAATCTGAAATTCGATCTATAGAGATAACAAAATAATCAGAT
TCCAAGAAGAAGAAGAAGTTACTTTCGCGTTTGATCTTGAAAGACTCAAATGAATCCTCA
AGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAAC
ATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAG
GAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGT
TACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTG
TCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCC
TTGTATTCCAATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACTCCTGACAA
TGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCA
CATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATA
CCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACA*TTATCTATTTCCCTTG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1EC26JQ 454 0 0
TTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGA
AATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTTTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTTTGGGACTTACT
TTTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATT
TGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGAC
AGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTATTCCAATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGC
TTTTTTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAA
TCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAAT
GCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTT
TT

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR1F239TF 679 0 0
TTTTTGGGTTCCGGGGGGGGTGGCGACCATTGGTCAGTGGGAACGAGTGGCAAATATCTG
AAAGGACGAACATAAAGAAAATCTGAAATTCGATCTATAGAGATAACAAAATAATCAGAT
TCCAAGAAGAAGAAGAAGTTACTTTCGCGTTTGATCTTGAAAGACTCAAATGAATCCTCA
AGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAAC
ATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAG
GAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGT
TACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTG
TCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCC
TTGTATTCCAATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACTCCTGACAA
TGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCA
CATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATA
CCCC*ATCATCTTCT
CTCG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1DM49TF 676 0 0
GGGTGG
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AGATAACAAAATAATCAGATTCCAAGAAGAAGAAGAAGTTACTTTCGCGTTTGATCTTGA
AAGACTCAAATGAATCCTCAAGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCA
CTTGTCTCACCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAG
AAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTAC
TTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGAT
TCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGA
CAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCAATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATG
CTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAA
ATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAA
TGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATTATCT
ATTTCCCTTG

QA 7 676 7 676
DS 

RD RR1D139JQ 693 0 0
AAAATCTGAAATTCGATTTATAGAGATAACAAAATAATCAGATTCCAAGAAGAAGAAGAA
GTTACTTTCGCGTTTGATCTTGAAAGACTCAAATGAATCCTCAAGCTGTTTCGTGTAGTA
GCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGCCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTATCC
ATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGT
ACGCTCGTCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCATCA
AGGGTTTGGCTGAGCGTAAAGATTCGTGTGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATTATG
ATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCAATGAGAG
AGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAGG
ATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGTACTGA
TTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTTCTTC
TCCGTTCTTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTATGATCTT
GTTTTTTTTT**TACAATACAATAATATAAAAA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1ER63TF 677 0 0
GG
GAAATTCGATCTATAGAGATAACAAAATAATCAGATTCCAAGAAGAAGAAGAAGTTACTT
TCGCGTTTGATCTTGAAAGACTCAAATGAATCCTCAAGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGG
CTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTATCCATGCCAA
ATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCG
TCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTT
GGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATTATGATGATAA
AGCCGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCAATGAGAGAGAGGAA
GGAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAGCTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAGGATCAGAC
TATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGTACTGATTCAGAG
AGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTC
TTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTATGATCTTGTTTTTT
TTT**T
TACAATACA

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR1CB45TF 648 0 0
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TCAAGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCCCCCAGAAG
AACATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAAT
GAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGACAAAGG
CGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCT
TTGTCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTG
TCCTTGTGTTCCAATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTTTATGCTTTTCTTAACTCCTGA
CAATGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGC
TCACATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTG
ATACCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTCGGATA
AA*TACTTTAGTATGATCTTGTTTTTTTTT***ACA
TACATAATATAA

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DS 

RD RR1B493JQ 673 0 0
GG
AATCAGATTCCAAGAAGAAGAAGAAGTTACTTTCGCGTTTGATCTTGAAAGACTCAAATG
AATCCTCAAGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCC
AGAAGAACATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAG
ATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGAC
AAAGGCGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCA
CCGCTTTGTCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGG
AACTGTCCTTGTGTTCCAATGAGCGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACT
CCTGACAATGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAGCA
ACAGCTCACATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTA
CATTGATACCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTC
GGATAAAATACTTTAGTATGATCTTGTTTTTTTTT***ACAATACAATAATATAAAAAAG
GATATGACT
CT

QA 3 671 3 671
DS 

RD RR1B493TF 624 0 0
AAAGACTCAAATGAATCCTCAAGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCC
ACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGA
GAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTA
CTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGA
TTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGG
ACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCAATGAGCGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTAT
GCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGA
AATCAAAGAAGCAACAGCTCACATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCA
ATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATTATC
TATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTATGATCTTGTTTTTTTTT***ACAATACAA
TAATATAAAAAAGGATATGACT
CT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1EQ71JQ 663 0 0
AGGG
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TGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTT
GTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCG
GAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTC
GTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGA
CATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCA
ATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCT
GGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAA
GTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCAT
CTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTA
TGATCTTGTTTTTTTTT**TACAATACAATAATATAAAAAAGGATATGACTTTATGCCG

QA 5 663 5 663
DS 

RD RR1F239JQ 412 0 0
TCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGAC
ATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTATTCCAA
TGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTTTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTG
GGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAG
TACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATT
TTTTTTTCCGTTTTTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTAT
GATTTTGTTTTTTTTT**TACAATACAATAATATAAAAAAGGATATGACT
TT

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR1ER63JQ 569 0 0
GCTCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCA
TCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGG
ACTTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCAT
AAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGCCGCTGAG
GTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCAATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCAT
TGTATGCTTTTTTTAGCTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCA
GAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTAT
CACCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAA
TTATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTATGATCTTGTTTTTTTTTTTTACAA
TACAATAATATAAAAAAGGATATGACT
CT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1EQ71TF 663 0 0
AGGG
AGAAGAAGTTACTTTCGCGTTTGATCTTGAAAGACTCAAATGAATCCTCAAGCTGTTTCG
TGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTT
GTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCG
GAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTC
GTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGA
CATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCA
ATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCT
GGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAA
GTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCAT
CTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTA
TGATCTTGTTTTTTTTT**TACAATACAATAATATAAAAAAGGATATGACT
TTATGCCG

QA 5 655 5 655
DS 



CO CL79Contig2 764 2 5 U
GGGGCGACCATTGGTCTCTGTGAACTAGTGGCAAATATCTGAAAGGACGAACATAAAAAA
AATCTCAATTCGATCTAAATAGATAAAACTTATCAGATTTCAAGAAGAAGAAGAAGAAAA
AACTTTCGGTATTGATCTTGAAAGACTCAAATGAATCCTCAAGCTGTTTCGTGTAGCTTC
GGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAACTTCCCGATTTGTTATCCATGCCAAA
TCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGT
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GCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATTATGATGATAAA
GCTGCCGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCCATGAGAGAGAGGAAG
GAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAAGATCAGACT
ATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGAACTGATTCAGAGA
GAAATGTATCATCAATGCATCCCTGTAAATTGATACCTCCATCGTCTTCTTCTTCTTTTT
CTCCTTCGTTCTTCTGTACAACTATTTCCCTTGTCAGATAGTATGATCTTGTTTTCTTTT
GCAAATGATTACAATACAATGATATAATAAAAGGATCCGACTTT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EH60TF U 1
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QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1EH60JQ 763 0 0
G
GGCGACCATTGGTCTCTGTGAACTAGTGGCAAATATCTGAAAGGACGAACATAAAAAAAA
TCTCAATTCGATCTAAATAGATAAAACTTATCAGATTTCAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAA
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CTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAACTTCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATC
GGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCG
CTCTGGCACTTACTTCTGTGTCGACAAAGGTGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGC
TGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGC
TGCCGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCCATGAGAGAGAGGAAGGA
GTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAAGATCAGACTAT
TACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGAACTGATTCAGAGAGA
AATGTATCATCAATGCATCCCTGTAAATTGATACCTCCATCGTCTTCTTCTTCTTTTTCT
CCTTCGTTCTTCTGTACAACTATTTCCCTTGTCAGATAGTATGATCTTGTTTTCTTTTGC
AAATGATTACAATACAATGATATAATAAAAGGATCCGACTTT

QA 2 763 2 763
DS 



AS 2 15

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TCACCAGGGAAAATACAAAACCCGGAATGTGTTTGTATCTGTAATGTCTTTTGTTTTTAT
TGTTTGGGGGTAAGGAACAAGAACAATTTTATTGGATGTCAAAAGAAGAAAAAAAGAGGA
ATTTAGTTGTCGCCATAAATCCACTTCTCAGCGTTGTTGGTGTAAGAAACAAGTTCTTGA
GGCTTAAACCACAGATTGATCTCATCCTTTGCAGTCTCTGGTATCAGTCCTCTCTGCACT
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ATACCTGGGGAAATGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE47JQ U 8
AF RR1DE47TF C 1
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BS 8 424 RR1DE47JQ
BS 425 679 RR1DE47TF

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GGGTAAGGAACAAGAACAATTTTATTGGATGTCAAAAGAAGAAAAAAAGAGGAATTTAGT
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GCTTGATAGCAATGAAAGTACGTTCCATCTCTGCAGCAAAAACCTCTTGATCTTGAACCA
TGAAGGCTGCAGCAGGAAGAGCCAAGAGTCCAGTGATCCAAGTCTTTGAGGCGACAC

QA 1 417 1 417
DS 

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TCACCAGGGAAAATACAAAACCCGGAATGTGTTTGTATCTGTAATGTCTTTTGTTTTTAT
TGTTTGGGGGTAAGGAACAAGAACAATTTTATTGGATGTCAAAAGAAGAGAAAAAGAGGA
ATTTAGTTGTCGCCATAGATCCACTTCTCAGCGTTGTTGGTGTAAGAGACAAGTTCTTGA
GGCTTAAACCACAGATTGATCTCATCCTTTGCAGTCTCTGGTATCAGTCCTCTCTGCACT
CCATCAGGCTTGATAGCAATGAAAGTACGTTCCATCTCTGCAGCAAAAACCTCTTGATCT
TGAACCATGAAGGCTGCAGCAGGAAGAGCCAAGAGTCCAGTGATCCAAGTCTTTGAGGCG
ACACCAGAACCTGATGATCTTCCAAAGTTAGATGCATAGAGAGGCATCTTTCCAGATGCG
GTAACCGCTGCTGCTGCACCAACGGCTCGTCCTTCAGAGAAGAAACGAGCATTCTTAGCT
GAAGAGAGAAGAGACCTTGCTGCTTTCGAAGCAGATCTGCAGATTTGGGAGCTCATTTCT
TTGTTGTTGGTTCAGAGAGAGAGTGATGAATGAATAAAAGCCGGAAGTGAAACTGAGAGG
ATACCTGGGGAAATGTCCC

QA 1 679 1 679
DS 



CO CL80Contig2 983 13 26 U
GGGACATTTCCCCAGGTATCCTCTCAGTTTCACTTCCGGCTTTTATTCATTCATCACTCT
CTCTCTCTGAACCAACAACAAAGAAATGAGCTCCCAAATCTGCAGATCTGCTTCGAAAGC
AGCAAGGTCTCTTCTCTCTTCAGCTAAGAATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGACGAGCCGT
TGGTGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCTAACTTTGG
AAGATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAAAGACTTGGATCACTGGACTCTTGGCTCTTCC
TGCTGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAAGAGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGCACTTT
CATTGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCATTTCTCGATT
CGAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGC
ACAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCT
TAGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCG
TAAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAGATCT
TGCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATGG*AAGTGATGGACCAGAGACTGCAAAGG
ATGAGATCAATCTGTGGTTTAAGCCTCAAGAACTTGTCTCTTACACCAACAACGCTGAGA
AGTGGATCTATGGCGACAACTAAATTCCTCTTTTTCTCTTCTTTTGACATCCAATAAAAT
TGTTCTTGTTCCTTACCCCCAAACAATAAAAACAAAA*GACATTACAGATACAAACACAT
TCCGGGTTTTGTATTTTCCCTGGTGAACTCAGTTATCAGAGCAGAAGTAATAATAAGTAT
GAGAATGAGATTATTGGATACTG


BQ
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 20 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 60 60 45 60 
60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 10 55 55 55 55 55 40 40 40 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 30 55 55 40 55 55 55 55 55 55 60 60 60 
30 60 60 60 60 40 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 25 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 10 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 

AF RR1GP50TF U 1
AF RR1BU45TF U 2
AF RR1CC67TF U 56
AF RR1C727TF U 2
AF RR1GI15TF U 31
AF RR1FQ53TF U 71
AF RR1GJ37TF U 333
AF RR1FQ53JQ C 130
AF RR1GP50JQ C 184
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AF RR1GI15JQ C 371
AF RR1C727JQ C 342
AF RR1GJ37JQ C 779
BS 1 269 RR1GP50TF
BS 270 646 RR1BU45TF
BS 647 647 RR1C727TF
BS 648 689 RR1BU45TF
BS 690 690 RR1C727TF
BS 691 717 RR1BU45TF
BS 718 719 RR1C727TF
BS 720 720 RR1GI15TF
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BS 749 751 RR1GI15TF
BS 752 768 RR1C727TF
BS 769 769 RR1FQ53TF
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BS 772 772 RR1GI15TF
BS 773 797 RR1C727TF
BS 798 821 RR1FQ53TF
BS 822 877 RR1GJ37TF
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BS 879 900 RR1GJ37TF
BS 901 902 RR1FQ53JQ
BS 903 959 RR1GJ37TF
BS 960 981 RR1FQ53JQ
BS 982 983 RR1GP50JQ

RD RR1GP50TF 269 0 0
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CTCTCTCTGAACCAACAACAAAGAAATGAGCTCCCAAATCTGCAGATCTGCTTCGAAAGC
AGCAAGGTCTCTTCTCTCTTCAGCTAAGAATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGACGAGCCGT
TGGTGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCTAACTTTGG
AAGATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAA

QA 1 269 1 269
DS 

RD RR1BU45TF 716 0 0
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TCTCTCTGAACCAACAACAAAGAAATGAGCTCCCAAATCTGCAGATCTGCTTCGAAAGCA
GCAAGGTCTCTTCTCTCTTCAGCTAAGAATGCCCGTTTCTTCTCTGAAGGACGAGCCGTT
GGTGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCTAACTTTGGA
AGATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAAAGACTTGGATCACTGGACTCTTGGCTCTTCCT
GCTGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAAGAGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGCACTTTC
ATTGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCATTTCTCGATTC
GAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCA
CAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTT
AGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCGT
AAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACA*TCCGTGGAGATCTT
GCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCGTGG*AAGTGATGGACCAGAGACTGCAA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1CC67TF 672 0 0
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AAAGCAGCAAGGTCTCTTCTCTCTTCAGCTAAGAATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGACGA
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TTTGGAAGATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAAAGACTTGGAACACTGGACTTTTGGCT
CTTCCTGCTGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAAGAGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGC
ACTTTCATTGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCATTTCT
CGATTCGAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTTGTATCGAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGAT
TTCGCACAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGAC
TTCCTTAGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATAC
GGGCGTAAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACAATCCGTGGA
GATCTTGCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATA*TCCATGGGAAGTGATGGACCAGAGACTGC
AAAGGATGAGAT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1C727TF 796 0 0
GGACATTTCCCCAGGTATCCTCTCAGTTTCACTTCCGGCTTTTATTCATTCATCACTCTC
TCTCTCTGAACCAACAACAAAGAAATGAGCTCCCAAATCTGCAGATCTGCTTCGAAAGCA
GCAAGGTCTCTTCTCTCTTCAGCTAAGAATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGACGAGCCGTT
GGTGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCTAACTTTGGA
AGATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAAAGACTTGGATCACTGGACTCTTGGCTCTTCCT
GCTGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAAGAGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGCACTTTC
ATTGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCATTTCTCGATTC
GAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCA
CAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTT
AGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCGT
AAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAGATCTT
GCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATGG*AAGTGATGGAC*AGAGACTGCAAAG*A
TGAGATCAATCTGTGGTTTAG*CCTCAG**ACTTGTCTCTTACACCA*CA*CGCTGAGAA
GTGGATCTATGGCGAC

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1GI15TF 757 0 0
GGGG
TCCGGCTTTTATTCATTCATCACTCTTTCTCTCTGAACCAACAACAAAGAAATGAGCTCC
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CGTTTCTTCTCTGAAGGACGAGCCGTTGGTGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTGGAAAG
ATGCCTCTCTATGCATCTAACTTTGGAAGATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAAAGACT
TGGATCACTGGACTCTTGGCTCTTCCTGCTGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCATGAGGTT
TTTGCTGCTGAGATGGAACGCACTTTCATTGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGA
CTGATATCAGAGATCATTTCTCGATTCGAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCAAG
GTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCACAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCT
TTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTTAGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAA
GGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCGTAAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATCT
GAGCCTGGGACAATCCGTGGAGATCTTGCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATGG*
AAGTGATGGACCAGAGACTGCAAAGGATGAGATCAATCTGTGGTTTAAACCTCAAGAACT
TGTCTCTTACACAA*CAACGCTGAGAAGTGGA
G

QA 5 756 5 756
DS 

RD RR1FQ53TF 751 0 0
GGA
AACAACAAAGAAATGAGCTCCCAAATCCGCAGATCTGCTTCGAAAGCAGCAAGGTCTCTT
CTCTCTTCAGCTAAGAATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGACGAGCCGTTGGTGCAGCAGCA
GCGGTTACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCTAACTTTGGAAGATCATCAGGT
TCTGGTGTCGCCTCAAAGACTTGGATCACTGGACTCTTGGCTCTTCCTGCTGCAGCCTTC
ATGGTTCAAGATCAAGCGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGCACTTTCATTGCTATCAAG
CCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCATTTCTCGATTCGAACGCAAGGGC
TTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCACAGAAGCATTAC
CATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTTAGCTCTGGTCCT
GTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCGTAAACTGATTGGA
GCCACCGATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAGATCTTGCCGTTGTTGTT
GGGAGGAACATAATCCATGG*AAGTGATGGACCAGAGACTGCAGAGGATGAGATCAATCT
GTGGTTTAAGCCTCAAGAACTTGTCTCTTACACCAACAACGCTGAGAATTGGATCTATGG
CGACAACTAAATTCCTCTTTTTCTCTTC

QA 4 751 4 751
DS 

RD RR1GJ37TF 627 0 0
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GACTGATATCAGAGATCATTTCTCGATTCGAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCA
AGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCACAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGAC
CTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTTAGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGG
AAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCGTAAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAAT
CTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAGATCTTGCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATG
G*AAGTGATGGACCAGAGACTGCAAAGGATGAGATCAATCTGTGGTTTAAGCCTCAAGAA
CTTGTCTCTTACACCAACAACGCTGAGAAGTGGATCTATGGCGACAACTAAATTCCTCTT
TTTCTCTTCTTTTGACATCCAATAAAATTGTTCTTGTTCCTTACCCCCAAACAATAAAAA
CAAAAAGACATTACAGATACAAACACATCTCGGGTTTTGTATTTTCCCTGGTGAACTCAG
TTATCAGAGCAGAAGTAATAATAAGTA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1FQ53JQ 854 0 0
TCTCTCTCTC
TCAGCTAAGAATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGACGAGC*GTTGGTGCAGCAGCAGCGGTT
ACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCTAACTTTGGAAGATCATCAGGTTCTGGT
GTCGCCTCAAAGACTTGGATCACTGGACTCTTGGCTCTTCCTGCTGCAGCCTTCATGGTT
CAAGATCAAGCGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGCACTTTCATTGCTATCAAGCCTGAT
GGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCATTTCTCGATTCGAACGCAAGGGCTTCAAG
CTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCACAGAAGCATTACCATGAT
CTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTTAGCTCTGGTCCTGTTATT
GCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCGTAAACTGATTGGAGCCACC
GATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAGATCTTGCCGTTGTTGTTGGGAGG
AACATAATCCATGG*AAGTGATGGACCAGAGACTGCAGAGGATGAGATCAATCTGTGGTT
TAAGCCTCAAGAACTTGTCTCTTACACCAACAACGCTGAGAATTGGATCTATGGCGACAA
CTAAATTCCTCTTTTTCTCTTCTTTTGACATCCAATAAAATTGTTCTTGTTCCTTACCCC
CAAACAATAAAAACAAAA*GACATTACAGATACAAACACATTCCGGGTTTTGTATTTTCC
CTGGTGAACTCAGTTATCAGAGCAGAAGTAATAATAAGTATGAGAATGAGATTATTGGAT
AC
GG

QA 11 852 11 852
DS 

RD RR1GP50JQ 800 0 0
TGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCTAACTTTGGAAG
ATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAAAGACTTGGATCACTGGACTCTTGGCTCTTCCTGC
TGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAAGAGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGCACTTTCAT
TGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCACTTCTCGATTCGA
ACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCACA
GAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTTAG
CTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCGTAA
ACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAGATCTTGC
CGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATGG*AAGTGATGGACCAGAGACTGCAAAGGATG
AGATCAATCTGTGGTTTAAGCCTCAAGAACTTGTCTCTTACACCAACAACGCTGAGAAGT
GGATCTATGGCGACAACTAAATTCCTCTTTTTCTCTTCTTTTGACATCCAATAAAATTGT
TCTTGTTCCTTACCCCCAAACAATAAAAACAAAA*GACATTACAGATACAAACACATTCC
GGGTTTTGTATTTTCCCTGGTGAACTCAGTTATCAGAGCAGAAGTAATAATAAGTATGAG
AATGAGATTATTGGATACTG

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1BU45JQ 799 0 0
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TCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAAAGACTTGGATCACTGGACTCTTGGCTCTTCCTGCT
GCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAAGAGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGCACTTTCATT
GCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCATTTCTCGATTCGAA
CGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCACAG
AAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTTAGC
TCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCGTAAA
CTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATTTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAGATCTTGCC
GTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCGTGG*AAGTGATGGACCAGAGACTGCAAAGGATGA
GATCAATCTGTGGTTTAAGCCTCAAGAACTTGTCTCTTACACCAACAACGCTGAGAAGTG
GATCTATGGCGACAACTAAATTCCTCTTTTTCTCTTCTTTTGACATCCAATAAAATTGTT
CTTGTTCCTTACCCCCAAACAATAAAAACAAAA*GACATTACAGATACAAACACATTCCG
GGTTTTGTATTTTCCCTGGTGAACTCAGTTATCAGAGCAGAAGTAATAATAAGTATGAGA
ATGAGATTATTGGATACTG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1GI15JQ 613 0 0
AAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCATTTCTCGATTCGAACGCAAG
GGCTTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCACAGAAGCAT
TACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTTAGCTCTGGT
CCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCGTAAACTGATT
GGAGCCACCGATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAGATCTTGCCGTTGTT
GTTGGGAGGAACATAATCCATGG*AAGTGATGGACCAGAGACTGCAAAGGATGAGATCAA
TCTGTGGTTTAAACCTCAAGAACTTGTCTCTTACACCAACAACGCTGAGAAGTGGAGCTA
TGGCGACAACTAAATTCCTCTTTTTCTCTTCTTTTGACATCCAATAAAATTGTTCTTGTT
CCTTACCCCCAAACAATAAAAACAAAA*GACATTACAGATACAAACACATTCCGGGTTTT
GTATTTTCCCTGGTGAACTCAGTTATCAGAGCAGAAGTAATAATAAGTATGAGAATGAGA
TTATTGGATACTG

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1C727JQ 642 0 0
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ATGGCTTGTGTGACTTCCTTAGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAG
GTGTGATCAGATACGGGCGTAAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATTTGAGCCTG
GGACAATCCGTGGAGATCTTGCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATGG*AAGTGAT
GGACCAGAGACTGCAAAGGATGAGATCAATTTGTGGTTTAAGCCTCAAGAACTTGTTTTT
TACACCAACAACGCTGAGAAGTGGATTTATGGCGACAAATAAATTCCTCTTTTTTTTTTC
TTTTGACATCCAATAAAATTGTTCTTGTTCCTTACCCCCAAACAATAAAAACAAAA*GAC
ATTACAGATACAAACACATTCCGGGTTTTGTATTTTCCCTGGTGAACTCAGTTATCAGAG
CAGAAGTAATAATAAGTATGAGAATGAGATTATTGGATACTG

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1GJ37JQ 205 0 0
GAAGTGGATTTATGGCGACAACTAAATTCCTCTTTTTTTTTTCTTTTGACATCCAATAAA
ATTGTTCTTGTTCCTTACCCCCAAACAATAAAAACAAAA*GACATTACAGATACAAACAC
ATTTCGGGTTTTGTATTTTCCCTGGTGAACTCAGTTATCAGAGCAGAAGTAATAATAAGT
ATGAGAATGAGATTATTGGATACTG

QA 1 205 1 205
DS 



AS 1 15

CO CL81Contig1 1005 15 23 U
GGAATTCGCCGGCTCTCGATTAAAAGAAAAAATCTTCGACGAGATAAGCAGCAGCAGCTC
AAGAAGAAGGTCTAGAAAAGGAAGAGAGAGGGAGAGAGAAGCTTCCATTTGAACCCATAG
AGATCCCGTCCCGTGGAGGAGAATTTCTAGCAGACCGATCTCTTTTCTCTTGTCTCTCTG
TCTTTCTCGGAAACTGTCTAAATCATAAACTATGGGTTTGTGGGATGCTTTTCTCAATTG
GCTTCGCAGCCTCTTCTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCCTTGATAGGACTTCAAAATGC
AGGAAAGACATCTCTTGTTAACGTCGTTGCTACCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCC
TACGGTAGGGTTCAACATGAGGAAAGTGACAAAAGGAAGCGTCACAATCAAACTCTGGGA
TCTTGGTGGTCAACCTAGGTTCCGCAGCATGTGGGAACGCTACTGCCGTTCTGTTTCCGC
CATTGTGTATGTAGTTGATGCTGCTGATCCTGACAACC*TTAGTGTCTCGAAAAGCGAAC
TCC*ATGATTTGTTGAGCAAGACCTCGCTTAGTGGTATC*CCTCTTCTAGTCCTCGGAAA
CAAAATTGACAAGCCTGGTGCTCTATCCAAAGATGACTTAACCGAGGAAATGGGGCTCAA
GTCGCTCACGGATAGAGAAGTGTGTTGCTTCATGATATCTTGCAAGAACTCTACCAACAT
TGACCAAGTGATTGATTGGCTTGTAAAGCACTCCAAATCAGCAAGCTAAAACAAGAACCC
CTCTGCATTTTCTTTATCTTCTCTCAGTCTTCCTGTGTGTTTGCTCCTTTGATGGTGGAA
GAATCACAATTTTTTTT*CTCTTTGTTTTCAAAAATCCTGTGAGAAACAAGATTTGTCTT
TGTTGTTTTTATCCTCTTTCTTCTTCTGTATATTAGTTTTGATTTGTTTTCCTTAATTCA
CCTTCCTTTAGGGTCAGTTCTGGAAGAATTAAAACATACGGGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 35 75 75 75 75 75 60 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 50 50 50 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
40 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA11TF U 72
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AF RR1BT05TF U 504
AF RR1EZ89TF U 1
AF RR1H020TF U 28
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AF RR1EZ89JQ C 233
AF RR1F327JQ C 283
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BS 791 793 RR1AC09TF
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GG
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CTGTCTAAATCATAAACTATGGGTTTGTGGGATGCTTTTCTCAATTGGCTTCGCAGCCTC
TTCTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCCTTGATAGGACTTCAAAATGCAGGAAAGACATCT
CTTGTTAACGTCGTTGCTACCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCCTACGGTAGGGTTC
AACATGAGGGAAGTGACAAAAGGAAGCGTCACAATCAAACTCTGGGATCTTGGTGGTCAA
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TGAGCAAGACCTCGCTTAGTGGTATC*CCTCTTCTAGTCCTCGGAAACAAAATTGACAAG
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ACCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCCTACGGTAGGGTTCGACATGAGGAAAGTGACA
AAAGGAAGCGTCACAATCAAACTCTGGGATCTTGGTGGTCAACCTAGGTTCCGCAGCATG
TGGGAACGCTACTGCCGTTCTGTTTCCGCCATTGTGTATGTAGTTGATGCTGCTGATCCT
GACAACC*TTAGTGTCTCGAAAAGCGAACTCC*ATGATTTGTTGAGCAAGACCTCGCTTA
GTGGTATC*CCTCTTCTAGTCCTCGGAAACAAAATTGACAAGCCTGGTGCTCTATCCAAA
GATGACTTAACCGAGGAAATGGGGCTCAAGTCGCTCACGGATAGAGAAGTGTGTTGCTTC
ATGATATCTTGCAAGAACTCTA

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ATAGA

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DS 

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AAGAAGAAGGTCTAGAAAAGGAAGAGAGAGGGAGAGAGAAGCTTCCATTTGAACCCATAG
AGATCCCGTCCCGTGGAGGAGAATTTCTAGCAGACCGATCTCTTTTCTCTTGTCTCTCTG
TCTTTCTCGGAAACTGTCTAAATCATAAACTATGGGTTTGTGGGATGCTTTTCTCAATTG
GCTTCGCAGCCTCTTCTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCCTTGATAGGACTTCAAAATGC
AGGAAAGACATCTCTTGTTAACGTCGTTGCTACCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCC
TACGGTAGGGTTCAACATGAGGAAAGTGACAAAAGGAAGCGTCACAATCAAACTCTGGGA
TCTTGGTGGTCAACCTAGGTTCCGCAGCATGTGGGAACGCTACTGCCGTTCTGTTTCCGC
CATTGTGTATGTAGTTGATGCTGCTGATCCTGACAACC*TTAGTGTCTCGAAAAGCGAAC
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CAAAATTGACAAGCCTGGTGCTCTATCCAAAGATGACTTAACCGAGGAAATGGGGCTCAA
GTCGCTCACGGATAGAGAAGTGTGTTGCTTCATGATATCTTGCGAGAACTCTACCAACAT
T

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DS 

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GGAA
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GAGAGAGAAGCTTCCATTTGAACCCATAGAGATCCCGTCCCGTGGAGGAGAATTTCTAGC
AGACCGATCTCTTTTCTCTTGTCTCTCTGTCTTTCTCGGAAACTGTCTAAATCATAAACT
ATGGGTTTGTGGGATGCTTTTCTCAATTGGCTTCGCAGCCTCTTCTTCAAGCAAGAAATG
GAGCTTTCCCTGATAGGACTTCAAAATGCAGGAAAGACATCTCTTGTTAACGTCGTTGCT
ACCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCCTACGGTAGGGTTCGACATGAGGAAAGTGACA
AAAGGAAGCGTCACAATCAAACTCTGGGATCTTGGTGGTCAACCTAGGTTCCGCAGCATG
TGGGAACGCTACTGCCGTTCTGTTTCCGCCATTGTGTATGTAGTTGATGCTGCTGATCCT
GACAACC*TTAGTGTCTCGAAAAGCGAACTCC*ATGATTTGTTGAGCAAGACCTCGCTTA
GTGGTATC*CCTCTTCTAGTCCTCGGAAACAAAATTGACAAGCCTGGTGCTCTATCCAAA
GATGACTTAACCGAGGAAATGGGGCTCAAGTCGCTCACGGATAGAGAAGTGTGTTGCTTC
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C*TGTGTGTTTGCTCCTTTGATG

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DS 

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GGCT
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AGAGAGAAGCTTCCATTTGAACCCATAGAGATCCCGTCCCGTGGAGGAGAATTTCTAGCA
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TGGGTTTGTGGGATGCTTTTCTCAATTGGCTTCGCAGCCTCTTCTTCAAGCAAGAAATGG
AGCTTTCCTTGATAGGACTTCAAAATGCAGGAAAGACATCTCTTGTTAACGTCGTTGCTA
CCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCCTACGGTAGGGTTCAACATGAGGAAAGTGACAA
AAGGAAGCGTCACAATCAAACTCTGGGATCTTGGTGGTCAACCTAGGTTCCGCAGCATGT
GGGAACGCTACTGCCGTTCTGTTTCCGCCATTGTGTATGTAGTTGATGCTGCTGATCCTG
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TGGTATC*CCTCTTCTAGTCCTCGGAAACAAAATTGACAAGCCTGGTGCTCTATCCAAAG
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TGATATCTTGCAAGAACTCTACCAACATTGACCAAGTGATTGATTGGCTTGTAAAGCACT
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CTGTGTGTTTGCTCC

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DS 

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TGTCTCTCTGTCTTTCTCGGAAACTGTCTAAATCATAAACTATGGGTTTGTGGGATGCTT
TTCTCAATTGGCTTCGCAGCCTCTTCTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCCTTGATAGGAC
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CTGTTTCCGCCATTGTGTATGTAGTTGATGCTGCTGATCCTGACAACC*TTAGTGTCTCG
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TGGGGCTCAAGTCGCTCACGGATAGAGAAGTGTGTTGCTTCATGATATCTTGCAAGAACT
CTACCAACATTGACCAAGTGATTGATTGGCTTGTAAAGCACTCCAAATCAGCAAGCTAAA
ACAAGAACCCCTCTGCATTTTCTTTATCTTCTCTCAGTCTTCCTGTGTGTTTGCTCCTTT
GATGGTGGAAGAATCACAATT

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DS 

RD RR1B886TF 841 0 0
GG
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GAGAGAGAAGCTTCCATTTGAACCCATAGAGATCCCGTCCCGTGGAGGAGAATTTCTAGC
AGACCGATCTCTTTTCTCTTGTCTCTCTGTCTTTCTCGGAAACTGTCTAAATCATAAACT
ATGGGTTTGTGGGATGCTTTTCTCAATTGGCTTCGCAGCCTCTTCTTCAAGCAAGAAATG
GAGCTTTCCTTGATAGGACTTCAAAATGCAGGAAAGACATCTCTTGTTAACGTCGTTGCT
ACCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCCTACGGTAGGGTTCAACATGAGGAAAGTGACA
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GACAACC*TTAGTGTCT*GAAAAGCGAACTCC*ATGATTTGTTGAGCAAGACCTCGCTTA
GTGGTATC*CCTCTTCTAGTCCTCGGAAACAAAATTGACAAGCCTGGTGCTCTATCCAAA
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TCCAAATCAGCAAGCTAAAACAAGAACCCCTCTGCATTTTCTTTATCTTCTCTCAGTCTT
CCTGTGTGTT*GCTCCTTTGATGGTGGAAGAATCACAATTTTTTTTTCTCTTTGTTTTC

QA 3 841 3 841
DS 

RD RR1A296JQ 868 0 0
T
TCTTCGACGAGATAAGCAGCAGCAGCTCAAGAAGAAGGTCTAGAAAAGGAAGAGAGAGGG
AGAGAGAAGCTTCCATTTGAACCCATAGAGATCCCGTCCCGTGGAGGAGAATTTCTAGCA
GACCGATCTCTTTTCTCTTGTCTCTCTGTCTTTCTCGGAAACTGTCTAAATCATAAACTA
TGGGTTTGTGGGATGCTTTTCTCAATTGGCTTCGCAGCCTCTTCTTCAAGCAAGAAATGG
AGCTTTCCTTGATAGGACTTCAAAATGCAGGAAAGACATCTCTTGTTAACGTCGTTGCTA
CCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCCTACGGTAGGGTTCAACATGAGGAAAGTGACAA
AAGGAAGCGTCACAATCAAACTCTGGGATCTTGGTGGTCAACCTAGGTTCCGCAGCATGT
GGGAACGCTACTGCCGTTCTGTTTCCGCCATTGTGTATGTAGTTGATGCTGCTGATCCTG
ACAACC*TTAGTGTCTCGAAAAGCGAACTCC*ATGATTTGTTGAGCAAGACCTCGCTTAG
TGGTATC*CCTCTTCTAGTCCTCGGAAACAAAATTGACAAGCCTGGTGCTCTATCCAAAG
ACGACTTAACCGAGGAAATGGGGCTCAAGTCGCTCACTGATAGAGAAGTGTGTTGCTTCA
TGATATCTTGCAAGAACTCTACCAACATTGACCAAGTGATTGATTGGCTTGTAAAGCACT
CCAAATCAGCAAGCTAAAACAAGAACCCCTCTGCATTTTCTTTATCTTCTCTCAGTCTTC
CTGTGTGTTTGCTCCTTTGATGGTGGAAGAG*CACAATTTTTTTTTCTCTTTGTTTTCAA
AAATCCTGTGAGAAACAAGATTTGTCT

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DS 

RD RR1B886JQ 884 0 0
GG
ATCTTCGACGAGATAAGCAGCAGCAGCTCAAGAAGAAGGTCTAGAAAAGGAAGAGAGAGG
GAGAGAGAAGCTTCCATTTGAACCCATAGAGATCCCGTCCCGTGGAGGAGAATTTCTAGC
AGACCGATCTCTTTTCTCTTGTCTCTCTGTCTTTCTCGGAAACTGTCTAAATCATAAACT
ATGGGTTTGTGGGATGCTTTTCTCAATTGGCTTCGCAGCCTCTTCTTCAAGCAAGAAATG
GAGCTTTCCTTGATAGGACTTCAAAATGCAGGAAAGACATCTCTTGTTAACGTCGTTGCT
ACCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCCTACGGTAGGGTTCAACATGAGGAAAGTGACA
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TGGGAACGCTACTGCCGTTCTGTTTCCGCCATTGTGTATGTAGTTGATGCTGCTGATCCT
GACAACC*TTAGTGTCT*GAAAAGCGAACTCC*ATGATTTGTTGAGCAAGACCTCGCTTA
GTGGTATC*CCTCTTCTAGTCCTCGGAAACAAAATTGACAAGCCTGGTGCTCTATCCAAA
GATGACTTAACCGAGGAAATGGGGCTCAAGTCGCTCACGGATAGAGAAGCGTGTTGCTTC
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TCCAAATCAGCAAGCTAAAACAAGAACCCCTCTGCATTTTCTTTATCTTCTCTCAGTCTT
CCTGTGTGTTTGCTCCTTTGATGGTGGAAGAATCACAATTTTTTTT*CTCTTTGTTTTCA
AAAATCCTGTGAGAAACAAGATTTGTCTTTGTTGTTTTTA
AG

QA 3 882 3 882
DS 

RD RR1AC09JQ 819 0 0
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GTCTAAATCATAAACTATGGGTTTGTGGGATGCTTTTCTCAATTGGCTTCGCAGCCTCTT
CTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCCTTGATAGGACTTCAAAATGCAGGAAAGACATCTCT
TGTTAACGTCGTTGCTACCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCCTACGGTAGGGTTCAA
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TAGGTTCCGCAGCATGTGGGAACGCTACTGCCGTTCTGTTTCCGCCATTGTGTATGTAGT
TGATGCTGCTGATCCTGACAACC*TTAGTGTCTCGAAAAGCGAACTCC*ATGATTTGTTG
AGCAAGACCTCGCTTAGTGGTATC*CCTCTTCTAGTCCTCGGAAACAAAATTGACAAGCC
TGGTGCTCTATCCAAAGATGACTTAACCGAGGAAATGGGGCTCAAGTCGCTCACGGATAG
AGAAGTGTGTTGCTTCATGATATCTTGCAAGAACTCTACCAACATTGACCAAGTGATTGA
TTGGCTTGTAAAGCACTCCAAATCAGCAAGCTAAAACAAGAACCCCTCTGCATTTTCTTT
ATCTTCTCTCAGTCTTCCTGTGTGTTTGCTCCTTTGATGGTGGAAGAATCACAATTTTTT
TT*CTCTTTGTTTTCAAAAATCCTGTGAGAAACAAGATTTGTCTTTGTTGTTTTTATCCT
CTTTCTTCTTCTGTATATTAGTTTTGATTTGTTTTCC
TT

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DS 

RD RR1H020JQ 516 0 0
GTTCCGCAGCATGTGGGAACGCTACTGCCGTTCTGTTTCCGCCATTGTGTATGTAGTTGA
TGCTGCTGATCCTGACAACC*TTAGTGTCTCGAAAAGCGAACTCC*ATGATTTGTTGAGC
AAGACCTCGCTTAGTGGTATC*CCTCTTCTAGTCCTCGGAAACAAAATTGACAAGCCTGG
TGCTCTATCCAAAGATGACTTAACCGAGGAAATGGGGCTCAAGTCGCTCACGGATAGAGA
AGTGTGTTGCTTCATGATATCTTGCAAGAACTCTACCAACATTGACCAAGTGATTGATTG
GCTTGTAAAGCACTCCAAATCAGCAAGCTAAAACAAGAACCCCTCTGCATTTTCTTTATC
TTCTCTCAGTCTTCCTGTGTGTTTGCTCCTTTGATGGTGGAAGAATCACAATTTTTTTT*
CTCTTTGTTTTCAAAAATCCTGTGAGAAACAAGATTTGTCTTTGTTGTTTTTATCCTCTT
TCTTCTTCTGTATATTAGTTTTGATTTGTTTTCC
CC

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1G309JQ 688 0 0
AAATGGAGCTTTCCCTGATAGGACTTCAAAATGCAGGAAAGACATCTCTTGTTAACGTCG
TTGCTACCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCCTACGGTAGGGTTCGACATGAGGAAAG
TGACAAAAGGAAGCGTCACAATCAAACTCTGGGATCTTGGTGGTCAACCTAGGTTCCGCA
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CC

QA 1 686 1 686
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CAAAATGCAGGAAAGACATCTCTTGTTAACGTCGTTGCTACCGGTGGATACAGTGAAGAC
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C

QA 1 696 1 696
DS 

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QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 16

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ACAAGACTAAGTAATGGGAAACCTTTTGTGCTGCGTGCTGGTGAAGCAATCAGATGTGGC
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CTGGGTCATAGGTGATTATGTCGCCGGTCAACTCACCCTCCGTCTCCAGCAACTCGATGT
TCAATGCGAAACCAAGACAAAGGACAATGTGTTTGTGACGGTGGTTGCATCCATACAATA
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TTTGTAATTATATTGCCAATTAAGTTTGTATAAAAGTTTTTTTTTAAAAAATGCAACTCT
ATCTCTCACTGT


BQ
10 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 40 55 55 55 55 55 55 30 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 45 45 45 45 30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 15 45 0 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 15 
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30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 50 50 50 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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TGATGA

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GG
ATTCTTATCCTAACAAGACTAAGTAATGGGAAACCTTTTGTGCTGCGTGCTGGTGAAGCA
ATCAGATGTGGCGATCAAGGAGAGATTTGGCAAGTTTCAAAAAGTTCTTAATCCAGGTCT
TCAGTTTGTGCCCTGGGTCATAGGTGATTATGTCGCCGGTCAACTCACCCTCCGTCTCCA
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GGCGGCGAACGAGAAAGCAGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGAGAGCAGAAGGTGA
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TGTGTTGGACATGGTGATGATGACTCAGTACTTTGACACGATGAGAGACATCGGAGC

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DS 

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TTTT
TGGTTTCGGTATCGCTCGCCAGAGACAAGCTTTTGTGGACGGTTTCAGAGACAGTGTTTT
CGGTTTCGCTGGAAACGTGCCGGGGACGTCAGCTAAGGATGTGTTGGACATGGTGATGAT
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TATTCCTCACGGTCCCGGCGCCGTCGCTGACGTGGCAACACAGATTCGAAACGGATTACT
TCAGGCCCACAACACCAATCCCTAAAATGGCTTTGTCAAGAGTCAACTTTTTAAAAGTTT
TCTCCC

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DS 

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ATGGTTATGAGATCCTTCAAACCCTTATCATCGACATCGAGCCTGATCAACAGGTCAAAC
GCGCCATGAACGAAATCAACGCCGCGGCGAGGATGAGAGTGGCGGCGAACGAGAAAGCAG
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TTCTCCCCACTAAATATTTATGATATGATATATACATATTTTTTTTATCGTGATTGTGGT
TTTATATTTTCTTTTGCCAGATTTAATAATTATGTCTGTCTGTCTT

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DS 

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TTCTACAGACTTAGCAATCCAACATCACAAATCAAAGCCTATGTCTTTGATGTGATCAGA
GCATGTGTACCGAAGCTGAACTTGGACGACGTGTTCGAGCAGAAGAATGAAATAGCCAAA
TCCGTGGAAGAAGAGCTAGACAAAGCCATGACTGCTTATGGTTATGAGATCCTTCAAACC
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GCGGCGAGGATGAGAGTGGCGGCGAACGAGAAAGCAGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATA
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AAAAGTTTTTTTTTAAAAAATGCAACTCT
ATCTC

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DS 

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TATTTTCTTTTGCCAGATTTAATAATTATGTCTGTCTGTCTTTGGGATTTTGTAATTATA
TTGCCAATTAAGTTTGT
TT

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DS 

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CCAATCCCTAAAATGGCTTTGTCAAGAGTCAACTTTCTAAAAGTCTTCTCCCCACTAAAT
ATTTATGATATGATATATACATATTTTTTTTATCGTGATTGTGGTTTTATATTTTCTTTT
GCCAGATTTAATAATTATGTCTGTCTGTCTTTGTGATTTTGTAATTATATTGCCAATTAA
GTTTGTATAAAAGTTTTTTTTTAAAAAATGCAACTCT

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DS 

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GGACGACGTGTTCGAGCAGAAGAATGAAATAGCCAAATCCGTGGAAGAAGAGCTAGACAA
AGCCATGACTGCTTATGGTTATGAGATCCTTCAAACCCTTATCATCGACATCGAGCCTGA
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GTCCAAGTACCTTTTTGGTTTCGGTATCGCTCGCCAGAGACAAGCTATCGTGGACGGTTT
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GGACATGGTGATGATGACTCAGTACTTTGACACGATGAGAGACATCGGAGCTCACTCCAA
ATTTTCGTCCGTGTTTATTCCTCACGGTCCCGGCGCCGTCGCTGACGTGGCAACACAGAT
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ATCGTGATTGTGGTTTTATATTTTCTTTTGCCAGATTTAATAATTATGTCTGTCTGTCTT
TGTGATTTTGTAATTATATTGCCAATTAAGTTTGTATAAAAGTTTTTTTTT
T

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DS 

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TGATCAACAGGTCAAACGCGCCATGAACGAAATCAACGCCGCGGCGAGGATGAGAGTGGC
GGCGAACGAGAAAGCAGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGAGAGCAGAAGGTGAAGC
TGAGTCCAAGTACCTTTCTGGTCTCGGTATCGCTCGCCAGAGACAAGCTATCGTGGACGG
TTTCAGAGACAGTGTTTTCGGTTTCGCTGGAAACGTGCCGGGGACGTCAGCTAAGGATGT
GTTGGACATGGTGATGATGACTCAGTACTTTGACACGATGAGAGACATCGGAGCTCACTC
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GATTCGAAACGGATTACTTCAGGCCCACAACACCAATCCCTAAAATGGCTTTGTCAAGAG
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TTTATCGTGATTGTGGTTTTATATTTTCTTTTGCCAGATTTAATAATTATGTCTGTCTGT
CTTTGTGATTTTGTAATTATATTGCCAATTAAGTTTGTATAAAAGTTTTTTTTT

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DS 

RD RR1FW38TF 247 0 0
G
ACTTCAGGCCCACAACACCAATCCCTAAAATGGCTTTGTCAAGAGTCAACTTTCTAAAAG
TCTTCTCCCCACTAAATATTTATGATATGATATATACATATTTTTTTTATCGTGATTGTG
GTTTTATATTTTCTTTTGCCAGATTTAATAATTATGTCTGTCTGTCTTTGTGATTTTGTA
ATTATATTGCCAATTAAGTTTGTATAAAAGTTTTTTTT*AAAAAATGCAACTCTATCTCT
CACTGT

QA 2 247 2 247
DS 



AS 2 11

CO CL83Contig1 1055 5 16 U
GGCTCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAAGCAAGCACAAACCCTAGAGAGATTCGATTTCG
AAGAAAATGGCCTACGCTTCTCGTTTCCTCTCCAGATCTAAGCAGCTACAAGGGAGTCTG
GGCGTTTTGCAGCAACACAATGCTATTCCAGTCCGAGCTTTTGCCAAGGAAGCTGCTCGT
CCCTCTTTTAAAGGAGACGAGATGTTGAAGGGCGTCTTTACGGAGATCAAAAACAAGTTT
CAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGATCACCCTTGCTCCTGAGGACCCTGCT
GCGGTTAAACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAAACATGTTCTCC
GAATCTCAACGCATTAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAAGACATCCCAGACGCTCGT
GCTTACCTGTTGAATTTGAAGGACATCCGCACCAGGAGGGGTCTTACTGATGAGCTTGGT
GCTGAGGCCATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAAGAAGCCTCTC
TTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAATTCGAAAAAGGCAACAAA
AAGCTTGGGATCAGGAAAGAAGATCTTCCTAAATACGAGGAGAACATGGAGCTAAGCATT
GCCAAAGCACAACTGG*ATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAGAA
AAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAGGAAATGCCTGACGTGAAATCTTTGGACATCCGTAA
CTTTATCTAAGGCTTGATGATCATTTTTATTTTGTTGTAAGAAAGGGAGAAGAAAGATCT
ATCTCTCTCTCTTGTGAAAGGGAAGATCTTTGTTCCCTTTTACTGTTTTTTGGTTTGTCG
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GTGGTTATTACGCTTGAGATTTTTTTTAGACAGAAGTGTGGTCTTCCATGTTTTTGATTA
TGGTGATAAATGAATTTCAAGATACATTTAAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BC73TF U 1
AF RR1B366TF U 7
AF RR1BC73JQ C 300
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AF RR1B366JQ C 567
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RD RR1BC73TF 718 0 0
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AAGAAAATGGCCTACGCTTCTCGTTTCCTCTCCAGATCTAAGCAGCTACAAGGGAGTCTG
GGCGTTTTGCAGCAACACAATGCTATTCCAGTCCGAGCTTTTGCCAAGGAAGCTGCTCGT
CCCTCTTTTAAAGGAGACGAGATGTTGAAGGGCGTCTTTACGGAGATCAAAAACAAGTTT
CAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGATCACCCTTGCTCCTGAGGACCCTGCT
GCGGTTAAACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAAACATGTTCTCC
GAATCTCAACGCATTAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAAGACATCCCAGACGCTCGT
GCTTACCTGTTGAATTTGAAGGACATCCGCACCAGGAGGGGTCTTACTGATGAGCTTGGT
GCTGAGGCCATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAAGAAGCCTCTC
TTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAATTCGAAAAAGGCAACAAA
AAGCTTGGGATCAGGAAAGAAGATCTTCCTAAATACGAGGAGAACATGGAGCTAAGCATT
GCCAAAGCACAACTGGGATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1B366TF 852 0 0
GG
AACAGCAACAGCAGCAGCAAGCAAGCACAAACCCTAGAGAGATTCGATTTCGAAGAAAAT
GGCCTACGCTTCTCGTTTCCTCTCCAGATCTAAGCAGCTACAAGGGAGTCTGGGCGTTTT
GCAGCAACACAATGCTATTCCAGTCCGAGCTTTTGCCAAGGAAGCTGCTCGTCCCTCTTT
TAAAGGAGACGAGATGTTGAAGGGCGTCTTTACGGAGATCAAAAACAAGTTTCAGGCTGC
AGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGATCACCCTTGCTCCTGAGGACCCTGCTGCGGTTAA
ACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAAACATGTTCTCCGAATCTCA
ACGCATTAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAAGACATCCCAGACGCTCGTGCTTACCT
GTTGAAGTTGAAGGACATCCGCACCAGGAGGGGTCTTACTGATGAGCTTGGTGCTGAGGC
CATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAAGAAGCCTCTCTTGAGAAG
CGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAATTCGAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGG
GATCAGGAAAGAAGATCTTCCTAAATACGAGGAGAACATGGAGCTAAGCATTGCCAAAGC
ACAACTGGGATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAGAAAAAGAAGG
AGGAATTCAAGGATGAGGAAATGCCTGACGTGAAATCTTTGGACATCCGTAACTTTATCT
AAG*CTTGATGATCATTTTTATTTTGTTGTA*GAA**GGAGA*GAAAGATCTATCTCTCT
CTCTTGTGAA

QA 3 852 3 852
DS 

RD RR1BC73JQ 756 0 0
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CGAATCTCAACGCATTAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAAGACATCCCAGACGCTCG
TGCTTACCTGTTGAATTTGAAGGACATCCGCACCAGGAGGGGTCTTACTGATGAGCTTGG
TGCTGAGGCCATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAAGAAGCCTCT
CTTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAATTCGAAAAAGGCAACAA
AAAGCTTGGGATCAGGAAAGAAGATCTTCCTAAATACGAGGAGAACATGGAGCTAAGCAT
TGCCAAAGCACAACTGG*ATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAGA
AAAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAGGAAATGCCTGACGTGAAATCTTTGGACATCCGTA
ACTTTATCTAAGGCTTGATGATCATTTTTATTTTGTTGTAAGAAAGGGAGAAGAAAGATC
TATCTCTCTCTCTTGTGAAAGGGAAGATCTTTGTTCCCTTTTACTGTTTTTTGGTTTGTC
GTAATAAGGGGTCTCTCTCTCACCATGGATTTGAAATACCAAATGGTGTCTAACTTTCTC
TGTGGTTATTACGCTTGAGATTTTTTTTAGACAGAAGTGTGGTCTTCCATGTTTTTGATT
ATGGTGATAAATGAATTTCAAGATACATTTAAAACT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1AC30TF 624 0 0
GATCCCAGACGCTCGTGCTTACCTGTTGAAGTTGAAGGACATCCGCACCAGGAGGGGTCT
TACTGATGAGCTTGGTGCTGAGGCCATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGA
TATTAAGAAGCCTCTCTTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAATT
CGAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGGGATCAGGAAAGAAGATCTTCCTAAATACGAGGAGAA
CATGGAGCTAAGCATTGCCAAAGCACAACTGG*ATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAG
CAATGGAATCTCAGAAAAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAGGAAATGCCTGACGTGAAAT
CTTTGGACATCCGTAACTTTATCTAAGGCTTGATGATCATTTTTATTTTGTTGTAAGAAA
GGGAGAAGAAAGATCTATCTCTCTCTCTTGTGAAAGGGGAGATCTTTGTTCCCTTTTACT
GTTTTTTGGTTTGTCGTAATAAGGGGTCTCTCTCTCACCATGGATTTGAAATACCAAATG
GTGTCTAACTTTCTCTGTGGTTATTACGCTTGAGATTTTTTTTAGACAGAAGTGTGGTCT
TCCATGTTTTTGATTATGGTGATA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1B366JQ 489 0 0
TCTTTTGGTTGCAGAATTCGAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGGGATCAGGAAAGAAGATCT
TCCTAAATACGAGGAGAACATGGAGCTAAGCATTGCCAAAGCACAACTGG*ATGAGCTGA
AGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAGAAAAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAGG
AAATGCCTGACGTGAAATCTTTGGACATCCGTAACTTTATCTAAGGCTTGATGATCATTT
TTATTTTGTTGTAAGAAAGGGAGAAGAAAGATCTATCTCTCTCTCTTGTGAAAGGGAAGA
TCTTTGTTCCCTTTTACTGTTTTTTGGTTTGTCGTAATAAGGGGTCTCTCTCTCACCATG
GATTTGAAATACCAAATGGTGTCTAACTTTCTCTGTGGTTATTACGCTTGAGATTTTTTC
TAGACAGAAGTGTGGTCTTCCATGTTTTTGATTATGGTGATAAATGAATTTCAAGATACA
TTTAAAACT

QA 1 489 1 489
DS 



CO CL83Contig2 1155 6 19 U
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GTAGTCTATCTATCAAACAACCCCCAAGTGCTTTGCTTAGATAAGGGATCTCAACGCAGC
AACACAAACCCTAATTTCGAGAAAGAGGAGATTCGATTTCGAAAAAATGGCGTACGCTTC
TCGTTTCCTCTCCAGATCTAAGCAGCTACAAGGGAGTCTGGTCATTTTGCAGCAGCACCA
TGCTATTCCCGTCCGCGCTTTTGCCAAGGAAGCTGCTCGTCCTACTTTTAAAGGAGATGA
GATGTTGAAGGGTGTTTTCACGGAGATCAAGAACAAATTTCAGGCTGCAGTTGATATTCT
CCGTAAGGAAAAGATCACCCTTGATCCTGAGGACCCTGCTGCCGTCAAACAGTATGCTAA
TGTCATGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACGCATCAAATA
TGATATTGAGAACGAGACTAAGGAGATCCCAGATGCTCGTGCTTACCTCTTGAAGTTGAA
GGAGATCCGCACCAGGAGAGGGCTTACTGATGAGCTAGGTGCTGAGGCGATGATGTTCGA
GGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAAGAAGCCTCTCTTGAGAAGCGACAAGAAAGG
AATGGATCTTTTGGTTGCAGAATTCGAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGGGATTAGGAAAGA
AGATCTTCCCAAGTACGAGGAGAACTTGGAGCTCAGCATTGCCAAAGCACAGTTGGATGA
GCTGAAGAGTGATGCCCTTGAAGCAATGGAATCTCAGAAAAAGAAGGAGGAATTCAAGGA
CGAGGAGATGCCAGACGTGAAATCGTTGGACATCCGTAACTTTATGTAAGATTTGATGAT
********GAAGAAGCATTTGATTTCTTTGTAAGAAAGACAGAAGAAAGATCTCCCTCTC
TCTCTCTCTCGTCATTGTCTTTTGCTGTTTTTGGTTTGGCGGTTAATAAGGTCGGGACTC
TCACCATGGACTTGAAATACCAAATGGTCTTATAATTTTCTCTCTGGTTATTATTACGCT
TTGTGATTTTTAGACACAAACGTTGGTTTCATGCTTCTGATAATGGTGATATAAATGAAA
CTCGAGATTACATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1GQ63TF U 1
AF RR1F003TF U 111
AF RR1GB59TF U 126
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TGTCATGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACGCATCAAATA
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DS 

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GG
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TATGCTAATGTCATGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACGC
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ATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAAGAAGCCTCTCTTGAGAAGCGAC
AAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAATTCGA

QA 3 577 3 577
DS 

RD RR1GB59TF 695 0 0
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TTCCCGTCCGCGCTTTTGCCAAGGAAGCTGCTCGTCCTACTTTTAAAGGAGATGAGATGT
TGAAGGGTGTTTTCACGGAGATCAAGAACAAATTTCAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTA
AGGAAAAGATCACCCTTGATCCTGAGGACCCTGCTGCCGTCAAACAGTATGCTAATGTCA
TGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACGCATCAAATATGATA
TTGAGAACGAGACTAAGGAGATCCCAGATGCTCGTGCTTACCTCTTGAAGTTGAAGGAGA
TCCGCACCAGGAGAGGGCTTACTGATGAGCTAGGTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGGCTT
TGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAAGAAGCCTCTCTTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGG
ATCTTTTGGTTGCAGAATTCGAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGGGATTAGGAAAGAAGATC
TTCCCAAGTACGAGGGGAACTTGGAGCTCAGCATTGCCAAAGCACAGTTGGATGAGCTGA
AGAGTGATGCCCTTGAAGCAATGGAATCTCAGAAA

QA 1 695 1 695
DS 

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GCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACGCATCAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAGGAG
ATCCCAGATGCTCGTGCTTACCTCTTGAAGTTGAAGGAGATCCGCACCAGGAGAGGGCTT
ACTGATGAGCTAGGTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGAT
ATTAAGAAGCCTCTCTTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAATTC
GAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGGGATTAGGAAAGAAGATCTTCCCAAGTACGAGGAGAAC
TTGGAGCTCAGCATTGCCAAAGCACAGTTGGATGAGCTGAAGAGTGATGCCCTTGAAGCA
ATGGAATCTCAGAAAAAGAAGGAGGAATTCAAGGACGAGGAGATGCCAGACGTGAAATCG
TTGGACATCCGTAACTTTATGTAAGATTTGATGAT********GAAGAAGCATTTGATTT
CTTTGTAAGAAAGACAGAAGAAAGATCTCCCTCTCTCTCTCTCTCGTCATTGTCTTTTGC
TGTTTTTGGTTTGGCGGTTAATAAGGTCGGGACTCTCACCATGGACTTGAAATACCAAAT
GGTCTTAT

QA 1 668 1 668
DS 

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CATGTTCTCCGAATCTCAACGCATCAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAGGAGATCCC
AGATGCTCGTGCTTACCTCTTGAAGTTGAAGGAGATCCGCACCAGGAGAGGGCTTACTGA
TGAGCTAGGTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAA
GAAGCCTCTCTTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAATTCGAAAA
AGGCAACAAAAAGCTTGGGATTAGGAAAGAAGATCTTCCCAAGTACGAGGAGAACTTGGA
GCTCAGCATTGCCAAAGCACAGTTGGATGAGCTGAAGAGTGATGCCCTTGAAGCAATGGA
ATTTCAGAAAAAGAAGGAGTAATTCAAGGACGAGGAGATGCCAGACGTGAAATCGTTGGA
CATCCGTAACTTTATGTAAGATTTGATGAT********GAAGAAGCATTTGATTTCTTTG
TAAGAAAGACAGAAGAAAGATCTCCCTCTCTCTCTCTCTCGTCATTGTCTTTTGCTGTTT
TTGGTTTGGCGGTTAATAAGGTCGGGACTCTCACCATGGACTTGAAATACCAAATGGTCT
TATAATTTTCTCTCTGGTTATTATTACGCTTTGTGATTTTTAGACACAAACGTTGGTTTC
ATGCTTCTGATAATGGTGATATAAATGAAACTCGAGATTACATTT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1GQ63JQ 653 0 0
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CTTACTGATGAGCTAGGTGCTGAGGCCATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAG
GATATTAAGAAGCCTCTCTTGAGAAGTGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAG
TTCGAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGGGATTAGGAAAGAAGATCTTCCCAAGTACGAGGAG
AACGTGGAGCTCAGCATTGCCAAAGCACAGTTGGATGAGCTGAAGAGTGATACTCTTGAA
GCAATGGAATTTCAGAAAAAGAAGGAGGAATTCAAGGACGAGGAGATGCCAGACGTGAAA
TCGTTGGACATCCGTAACTTTATGTAAGGTTTGATGATGATCCTAAGAAGAAGCATTTGA
TTTCTTTGTAAGAAAGACAGAAGAAAGATCTCCCTCTCTCTC*CTCTCGTCATTGTCTTT
TGCTGTTTTTGGTTTGGCGGTTAATAAGGTCGGGACTCTCACCATTGACTTGAAATACCA
AATGGTCTTATAATTTTCTCTCTGGTTATTATTACGCTTTGTGATTTTTAGACACAAACG
TTGGTTTCATGTTTCTGATAATGGTGATATAAATGAAACTCGAGTTTACAT
CC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 3 13

CO CL84Contig1 881 5 10 U
AGGGGGAAATCGAATTTGGGGAGATTCGTCAATGGCTTCGATGCTTGCTCGCAGGTCTCT
GGATGCTCTCCGTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGAAAGCTTTGCAGGGAACTCATCT
TTATCCACTGCAGTCCCGTGGTATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGATGATGAAGAAGAGGA
GCAACTTGCTAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACTGTCTTTGAACGGAGCATAAACAC
CCTGTTTCTCACTGAAATGGTCCGTGGTTTGTCGTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGATCC
CAAAGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCGCTTCCGTGGTGA
ACATGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAACGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTGA
AGCTGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGATGGAAGCCG
CAGAACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGTTTCTGCCAAGA
AGCTTGCCCCGTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTTGAATTCGCAACCGAGACACA
CGAGGAGCTTCTGTATGACAAAGAAAAGCTGCTAGAGAATGGAGATCGATGGGAGACCGA
GATCGCTGAGAATCTGAAATCAGAGAGTCTCTACCGTTGAGAGCAGTCTTTCTTTT*GCA
TCATTGTTTAGAAACAAAA*GACGAGTGCTTTATGCGTTTGCAGAAAAAACTCCTCTGTT
GTACACCAGCTTTGTGGCTGTGTAATTGAATTGTCTATTGTAAACCAGTTCGGTTCCGGT
TCACGAATTCCGGTTTAATTGAATTATCGCATTCAGACATG


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV96TF U 1
AF RR1BL55TF U 4
AF RR1FF79TF U 4
AF RR1F992TF U 4
AF RR1FF79JQ C 33
BS 1 564 RR1EV96TF
BS 565 599 RR1BL55TF
BS 600 600 RR1F992TF
BS 601 617 RR1BL55TF
BS 618 618 RR1F992TF
BS 619 632 RR1BL55TF
BS 633 769 RR1F992TF
BS 770 770 RR1FF79JQ
BS 771 788 RR1F992TF
BS 789 881 RR1FF79JQ

RD RR1EV96TF 564 0 0
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GGATGCTCTCCGTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGAAAGCTTTGCAGGGAACTCATCT
TTATCCACTGCAGTCCCGTGGTATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGATGATGAAGAAGAGGA
GCAACTTGCTAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACTGTCTTTGAACGGAGCATAAACAC
CCTGTTTCTCACTGAAATGGTCCGTGGTTTGTCGTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGATCC
CAAAGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCGCTTCCGTGGTGA
ACATGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAACGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTGA
AGCTGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGATGGAAGCCG
CAGAACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGTTTCTGCCAAGA
AGCTTGCCCCGTTGATGCAATCGT

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1BL55TF 629 0 0
GGGAAATCGAATTTGGGGAGATTCGTCAATGGCTTCGATGCTTGCTCGCAGGTCTCTGGA
TGCTCTCCGTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGAAAGCTTTGCAGGGAACTCATCTTTA
TCCACTGCAGTCCCGTGGTATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGATGATGAAGAAGAGGAGCA
GCTTGCTAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACTGTCTTTGAACGGAGCATAAACACCCT
GTTTCTCACTGAAATGGTCCGTGGTTTGTCGTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGATCCCAA
AGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCGCTTCCGTGATGAACA
TGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAACGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTGAAGC
TGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGATGGAAGCCGCAG
AACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGTTTCTGCCAAGAAGC
TTGCCCCGTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTTGAATTCGCAACCGAGACACTCGA
GGAGCTTCTGTATGGCAAAGAAAAGCTGC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1FF79TF 766 0 0
GGGAAATCGAATTTGGGGAGATTCGCCAATGGCTTCGATGCTTGCTCGCAGGTCTCTGGA
TGCTCTCCGTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGAAAGCTTTGCAGGGAACTCATCTTTA
TCCACTGCAGTCCCGTGGTATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGATGATGAAGAAGAGGAGCA
ACTTGCTAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACTGTCTTTGAACGGTGCATAAACACCCT
GTTTCTCACTGAAATGGTCCGTGGTTTGTCGTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGATCCCAA
AGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCGCTTCCGTGGTGAACA
TGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAACGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTGAAGC
TGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGATGGAAGCCGCAG
AACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGTTTCTGCCAAGAAGC
TTGCCCCGTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTTGAATTCGCAACCGAGACACACGA
GGAGCTTCTGTATGACAAAGAAAAGCTGCTAGAGAATGGAGATCGATGGGAGACCGAGAT
CGCTGAGAATCTGAAATCAGAGAGTCTCTACCGTTGAGAGCAGTCTTTCTTTT*GCATCA
TTGTTTAGAAT*AAAA*GACGAGTGCTTTATGCGTTTGCAGAAAAA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1F992TF 785 0 0
GGGAAATCGAATTTGGGGAGATTCGTCAATGGCTTCGATGCTTGCTCGCAGGTCTCTGGA
TGCTCTCCGTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGAAAGCTTTGCAGGGAACTCATCTTTA
TCCACTGCAGTCCCGTGGTATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGATGATGAAGAAGAGGAGCA
ACTT*CTAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACTGTCTTTGAACGGAGCATAAACACCCT
GTTTCTCTCTGAAATGGTCCGTGGTTTGTCGTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGATCCCAA
AGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCGCTTCCGTGGTGAACA
TGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAACGCCGCATTGCCTGCAAACTCTGTGAAGC
TGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGATGGAAGCCGCAG
AACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGTTTCTGCCAAGAAGC
TTGCCCCGTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTTGAATTCGCAACCGAGACACACGA
GGAGCTTCTGTATGACAAAGAAAAGCTGCTAGAGAATGGAGATCGATGGGAGACCGAGAT
CGCTGAGAATCTGAAATCAGAGAGTCTCTACCGTTGAGAGCAGTCTTTCTTTT*GCATCA
TTGTTTAGAAACAAAA*GACGAGTGCTTTATGCGTTTGCAGAAAAA*CTCCTCTGTTGTA
CACCA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1FF79JQ 849 0 0
CCATGCTCGATGCT
GCTCGCAG*TCTCTGGATGCTCTCCGTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGAAAGCTTTG
CAGGGAACTCATCTTTATCCACTGCAGTCCCGTGGTATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGAT
GATGAAGAAGAGGAGCAACTTGCTAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACTGTCTTTGAA
CGGTGCATAAACACCCTGTTTCTCACTGAAATGGTCCGTGGTTTGTCGTTGACCCTCAAG
TACTTCTTTGATCCCAAAGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCT
CGCTTCCGTGGTGAACATGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAACGCTGCATTGCC
TGCAAACTCTGTGAAGCTGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGA
GAAGATGGAAGCCGCAGAACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGT
GGTTTCTGCCAAGAAGCTTGCCCCGTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTTGAATTC
GCAACCGAGACACACGAGGAGCTTCTGTATGACAAAGAAAAGCTGCTAGAGAATGGAGAT
CGATGGGAGACCGAGATCGCTGAGAATCTGAAATCAGAGAGTCTCTACCGTTGAGAGCAG
TCTTTCTTTTTGCATCATTGTTTAGAAATAAAAAGACGAGTGCTTTATGCGTTTGCAGAA
AAAACTCCTCTGTTGTACACCAGCTTTGTGGCTGTGTAATTGAATTGTCTATTGTAAACC
AGTTCGGTTCCGGTTCACGAATTCCGGTTTAATTGAATTATCGCATTCAGACATG

QA 15 849 15 849
DS 



CO CL84Contig2 887 2 2 U
GGGTCAATCCGAGTGAAGAGGGAAGGAAGGACCCTAAATCGAATCCATCAAAAATCAAAT
GGCATCGACGCTGGCTCGCAGGTCACTGAATACTCTCCGTGCTCGCCATCTCGTTGTATC
AGGGCAAGCTTTGAAGGGATCTCATCTTTCTGGACTGCAGTCCCGTGCTATTTCTTACGG
CTCCAAAAAAGATGATGAAGAAGAGGAGCAACTTGCCAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAA
TACTGTGTTCGAACGGAGTATAAACACACTATTTCTCACTGAAATGGTGTGTGGTTTGTC
GTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGATCCCAAAGTTACTATCAATTATCCATTTGAGAAGGG
TCCACTGAGCCCTCGTTTCCGTGGTGAACATGCTCTTCGTCGTTATCCTACTGGGGAAGA
ACGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTGAAGCTGTTTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGA
AGCAGAGGAGGGGAAGATGGAAGCCGTAGAACCACTAGGTATGACATCGACATGACGAAA
TGCATTTACTGTGGTTTCTGCCAAGAAGCATGCCCCGTTGATGCAATTGTCGAAGGACCG
AACTTTGAATTCGCAACCGAGACACACGAGGAACTACTCTACGACAAGGAAAAGCTTCTT
GAGAATGGAGATCGATGGGAGACTGAGATTGCTGAGAATCTTAAATCAGAGAGTCTCTAC
CGTTAAAAAAAAACATTTTACAACAGTCTTCGCTTCAAGTTATTCCCCGAGAAAACGTTT
TTCGGTTGCTTCTGTTAGAAATAAAAAAAATATGAGATGTTATGCGTTTGAAAACTCCTC
TTTTGTATTCCAGCTTTGTGCTGTGTAATTGAATTGTTTGCTTCCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F467TF U 1
AF RR1F467JQ C 63
BS 1 723 RR1F467TF
BS 724 887 RR1F467JQ

RD RR1F467TF 723 0 0
GGGTCAATCCGAGTGAAGAGGGAAGGAAGGACCCTAAATCGAATCCATCAAAAATCAAAT
GGCATCGACGCTGGCTCGCAGGTCACTGAATACTCTCCGTGCTCGCCATCTCGTTGTATC
AGGGCAAGCTTTGAAGGGATCTCATCTTTCTGGACTGCAGTCCCGTGCTATTTCTTACGG
CTCCAAAAAAGATGATGAAGAAGAGGAGCAACTTGCCAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAA
TACTGTGTTCGAACGGAGTATAAACACACTATTTCTCACTGAAATGGTGTGTGGTTTGTC
GTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGATCCCAAAGTTACTATCAATTATCCATTTGAGAAGGG
TCCACTGAGCCCTCGTTTCCGTGGTGAACATGCTCTTCGTCGTTATCCTACTGGGGAAGA
ACGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTGAAGCTGTTTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGA
AGCAGAGGAGGGGAAGATGGAAGCCGTAGAACCACTAGGTATGACATCGACATGACGAAA
TGCATTTACTGTGGTTTCTGCCAAGAAGCATGCCCCGTTGATGCAATTGTCGAAGGACCG
AACTTTGAATTCGCAACCGAGACACACGAGGAACTACTCTACGACAAGGAAAAGCTTCTT
GAGAATGGAGATCGATGGGAGACTGAGATTGCTGAGAATCTTAAATCAGAGAGTCTCTAC
CGT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1F467JQ 825 0 0
CA
TCGACGCTGGCTCGCAG*TCACTGAATACTCTCCGTGCTCGCCATCTCGTTGTATCAGGG
CAAGCTTTGAAGGGATCTCATCTTTCTGGACTGCAGTCCCGTGCTATTTCTTACGGCTCC
AAAAAAGATGATGAAGAAGAGGAGCAACTTGCCAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACT
GTGTTCGAACGGAGTATAAACACACTATTTCTCACTGAAATGGTGTGTGGTTTGTCGTTG
ACCCTCAAGTACTTCTTTGATCCCAAAGTTACTATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCA
CTGAGCCCTCGTTTCCGTGGTGAACATGCTTTTCGTCGTTATCCTACTGGGGAAGAACGC
TGCATTGCCTGCAAACTCTGTGAAGCTGTTTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCA
GAGGAGGGGAAGATGGAAGCCGTAGAACCACTAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCA
TTTACTGTGGTTTCTGCCAAGAAGCATGCCCCGTTGATGCAATTGTCGAAGGACCGAACT
TTGAATTCGCAACCGAGACACACGAGGAACTACTTTACGACAAGGAAAAGCTTCTTGAGA
ATGGAGATCGATGGGAGACTGAGATTGCTGAGAATCTTAAATCAGAGAGTCTCTACCGTT
AAAAAAAAACATTTTACAACAGTCTTCGCTTCAAGTTATTCCCCGAGAAAACGTTTTTCG
GTTGCTTCTGTTAGAAATAAAAAAAATATGAGATGTTATGCGTTTGAAAACTCCTCTTTT
GTATTCCAGCTTTGTGCTGTGTAATTGAATTGTTTGCTTCCAG

QA 3 825 3 825
DS 



CO CL84Contig3 1063 6 9 U
GATCCAAAATAAGTTTAGAAAAAAATAAATGTATCCAAAGTATTATTAACCGAATAGAAC
CGAACAGATATTATGAAACTCAACCTGAAAACCTGGTCATAACCGGGACACCCTGGCCTA
GTTTTCAGTCTTCAGCGAAAAACGAACAAACTTCACCGGAAATCAAAATCAGGTCGATAC
AAGCAAACAATTCAATTACACAGGACAAAGCTGGAAAACAAAAGAGGAGTTTTCAAACGC
ATAAGATCTCATCTTTTTTATTTCTAACAGAAGCAACCGATAAACGTTTTCTCGGGGAAT
AACTTGAAGCAAAGACTGTTGTAGAATGTTTGTTTTCTAACGGTAGAGACTCTCTGATTT
AAGATTCTCAGCAATCTCAGTCTCCCATCGATCTCCATTCTCAAGAAGCTTTTCCTTGTC
ATAGAGTAGTTCCTCGTGTGTCTCGGTTGCGAATTCAAAGTTAGGCCCTTCGACAATTGC
ATCAACGGGGCACGCTTCTTGACAGAAACCACAGTAAATGCATTTTGTCATGTCGATGTC
ATACCTAGTGGTTCTGCGGCTTCCATCTTCCCGCTCCTCTGCTTCTATTGTGATTGCTTG
AGCTGGACATACAGCTTCACAGAGTTTGCAGGCAATGCAGCGTTCTTCGCCAGTAGGATA
ACGACGAAGAGCATGTTCACCACGGAAACGAGGGCTCAGTGGACCCTTCTCAAATGGATA
ATTGATAGTAACTTT*GGGATCAAAGAAGTACTTGAGGGTCAACGACAAACCACGCACCA
TTTCAGTGAGAAATAGTGTGTTTATACTCCGTTCAAACACAGTATTCCAGTCCTGGGAGA
TTTCCTTGGCAAGTTGCTCCTCTTCTTCATCATCTTTCTTGGAGCCGTAAGAAATAGGAC
GGGACTGAAATCCAGAAAGATGAGATCCCTGCAAAGCTTGCCCTGACAAACCAAGATGGC
GAGCACGAAGAGTATTCAGTGACCTGCGAGCCAGCATCGAAGCCATTGATTTTTGATGGA
TTCGGTTTAGGGTCCTTCCTTCCTTCTTCACTCGGATTGACCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1FL12JQ U 1
AF RR1FL12TF C 3
AF RR1A477JQ U 31
AF RR1C426JQ U 128
AF RR1A477TF C 193
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ATAAGATCTCATCTTTTTTATTTCTAACAGAAGCAACCGATAAACGTTTTCTCGGGGAAT
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ATACCTAGTGGTTCTGCGGCTTCCATCTTCCCGCTCCTCTGCTTCTATTGT
C

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TTTCAGTCTTCAGCGAAAAACGAACAAACTTCACCGGAAATCAAAATCAGGTCGATACAA
GCAAACAATTCAATTACACAGGACAAAGCTGGAAAACAAAAGAGGAGTTTTCAAACGCAT
AAGATCTCATCTTTTTTATTTCTAACAGAAGCAACCGATAAACGTTTTCTCGGGGAATAA
CTTGAAGCAAAGACTGTTGTAGAATGTTTGTTTTCTAACGGTAGAGACTCTCTGATTTAA
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AGAGTAGTTCCTCGTGTGTCTCGGTTGCGAATTCAAAGTTAGGCCCTTCGACAATTGCAT
CAACGGGGCACGCTTCTTGACAGAAACCACAGTAAATGCATTTTGTCATGTCGATGTCAT
ACCTAGTGGTTCTGCGGCTTCCATCTTCCCGCTCCTCTGCTTCTATTGT
C

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CTGGAAAACAAAAGAGGAGTTTTCAAACGCATAAGATCTCATCTTTTTTATTTCTAACAG
AAGCAACCGATAAACGTTTTCTCGGGGAATAACTTGAAGCAAAGACTGTTGTAGAATGTT
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ATCTCCATTCTCAAGAAGCTTTTCCTTGTCATAGAGTAGTTCCTCGTGTGTCTCGGTTGC
GAATTCAAAGTTAGGCCCTTCGACAATTGCATCAACGGGGCACGCTTCTTGACAGAAACC
ACAGTAAATGCATTTTGTCATGTCGATGTCATACCTAGTGGTTCTGCGGCTTCCATCTTC
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GGCAATGCAGCGTTCTTCGCCAGTAGGATAACGACGAAGAGCATGTTCACCACGGAAACG
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ACTTGAGGGTCAACGACAAACCAC

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AGCAAAGACTGTTGTAGAATGTTTGTTTTCTAACGGTAGAGACTCTCTGATTTAAGATTC
TCAGCAATCTCAGTCTCCCATCGATCTCCATTCTCAAGAAGCTTTTCCTTGTCATAGAGT
AGTTCCTCGTGTGTCTCGGTTGCGAATTCAAAGTTAGGCCCTTCGACAATTGCATCAACG
GGGCACGCTTCTTGACAGAAACCACAGTAAATGCATTTTGTCATGTCGATGTCATACCTA
GTGGTTCTGCGGCTTCCATCTTCCCGCTCCTCTGCTTCTATTGTGATTGCTTGAGCTGGA
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GAGAAATAGTGTGTTTATACTCCGTTCAAACACAGTATTCCAGTCCTGGGAGATTTCCTT
GGCAAGTTGCTCCTCTTCTTCATCATCTTTCTTGGAGCCGTAAGAA

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ATCA
TACACAGGACAAAGCTGGAAA*CAAAAGAGGAGTTT*CAAACGCATAAGATCTCATCTTT
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TGTTGTAGAATGTTTGTTTTCTAACGGTAGAGACTCTCTGATTTAAGATTCTCAGCAATC
TCAGTCTCCCATCGATCTCCATTCTCAAGAAGCTTTTCCTTGTCATAGAGTAGTTCCTCG
TGTGTCTCGGTTGCGAATTCAAAGTTAGGCCCTTCGACAATTGCATCAACGGGGCACGCT
TCTTGACAGAAACCACAGTAAATGCATTTTGTCATGTCGATGTCATACCTAGTGGTTCTG
CGGCTTCCATCTTCCCGCTCCTCTGCTTCTATTGTGATTGCTTGAGCTGGACATACAGCT
TCACAGAGTTTGCAGGCAATGCAGCGTTCTTCGCCAGTAGGATAACGACGAAGAGCATGT
TCACCACGGAAACGAGGGCTCAGTGGACCCTTCTCAAATGGATAATTGATAGTAACTTT*
GGGATCAAAGAAGTACTTGAGGGTCAACGACAAACCACGCACCATTTCAGTGAGAAATAG
TGTGTTTATACTCCGTTCAAACACAGTATTCCAGTCCTGGGAGATTTCCTTGGCAAGTTG
CTCCTCTTCTTCATCATCTTTCTTGGAGCCGTAAGAAATAGGACGGGACTGAAATCCGGA
AAGATGAGATCCCTGCAAAGCTTGCCCTGACAAACCAAGATGGCGAGCACGAAGAGTATT
CAGTGACCTGCGAGCCAGCATCGAAGCCATTGATTTTTGATGGATTCGGTTTAGGGTCCT
TCCTTCCTTCTTCACTCGGATT
C

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DS 

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AAGAAGCTTTTCCTTGTCATAGAGTAGTTCCTCGTGTGTCTCGGTTGCGAATTCAAAGTT
AGGCCCTTCGACAATTGCATCAACGGGGCACGCTTCTTGACAGAAACCACAGTAAATGCA
TTTTGTCATGTCGATGTCATACCTAGTGGTTCTGCGGCTTCCATCTTCCCGCTCCTCTGC
TTCTATTGTGATTGCTTGAGCTGGACATACAGCTTCACAGAGTTTGCAGGCAATGCAGCG
TTCTTCGCCAGTAGGATAACGACGAAGAGCATGTTCACCACGGAAACGAGGGCTCAGTGG
ACCCTTCTCAAATGGATAATTGATAGTAACTTT*GGGATCAAAGAAGTACTTGAGGGTCA
ACGACAAACCACGCACCATTTCAGTGAGAAATAGTGTGTTTATACTCCGTTCAAACACAG
TATTCCAGTCCTGGGAGATTTCCTTGGCAAGTTGCTCCTCTTCTTCATCATCTTTCTTGG
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CTGACCAACCAAGATGGCGAGCACGAAGAGTATTCAGTGACCTGCGAGCCAGCATCGAAG
CCATTGATTTTTGATGGATTCGGTTTAGGGTCCTTCCTTCCTTCTTCACTCGGATTGACC
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 15

CO CL85Contig1 1169 15 9 U
CTAGGAACGTAGAAAATAAATGTGTTACGGCAGAAGCAGGAAACAAAGTTAACAAGAGTT
TGCTGTACAAAGAGGGAACACTTGAAGAAGTGAAAACAGACTTAAACAAAGTTACTCTCG
ATTCCCAAAGGCATTCTTGTACCCCAAGAAACACAACATATTTTTTTCCGATGAAAGATG
AAGTAGTAAAAGCGGCAAAAGGAGATGGGAAATATGGGGATTTTACCAGATCGTCGCCTA
ACACCCATGCCAGTTACACCTTCAACAATTCCTTCTCTTTCTGTTTGCAGAGCTCCTCTA
CCTTCTTCATGTATGTGTCAATTAGTTTCTGCAAATCGCTTGACAAATCCTTCACGTTGT
CTTCTGACAGCTTCTTCTCCTTCTCGAGTTTATCATAAGATTTCAAGGCATCCCTCCTTA
TGTTTCTCAGTGCAACCTTCCCTT*CTTCAGTCTGTTTGGCTACAACCTTTGTTAGTTCC
TTTCTTCGCTCAGAAGTGAGGGGAGGCAAGGACAAGCGAATGACATCACCATCGTTATTA
GGAGTGACACCAAGATCAGAACTGACAATGGCCTTTTCTATAGCCTTCAAGCTAGATTTG
TCATAAGGCTGGAGCAAAAGAGAAGTGCCATCGGGGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTC
AGACTTACAGGACTTCCATAGTATTCAACCTCAATCTTGTCAAGCATAGCAACATTGGCT
CTCCCGGTCCTTATGGAGTTGAAACTAGTCCTAAGCGTTTCAATCGTCCTCTCCATTTTT
GATTTAACGTCTTTCTCAATAGCAGATTTCTCGGCTTCAATTTCTTCAATAGTTGCAGAT
CTTATCACCACTCTCTTCTGTAGTGACCGCTTGACAACGGGGCCACCACCAGAGAGCTTA
ACTCCCGCACCCAGCCAAGGATTGTCGCTCCTTAAAGAACACGCAATTGCGCGTGCAGAT
GAAGCATTGTTCGAAGCCATGACCCTCAAACACGAACCTGGGGGAGAGACGAGGGACTTG
GAATCACTGGCTCTGAATCGAAGAATCGGTGTGGTCTGAGCATTGGAAGAGAGTGAAGCC
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AAGCGCTTCGGCTCCTTGATGAGCACATC


BQ
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 55 70 70 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C401JQ U 1
AF RR1C401TF C 1
AF RR1FX71JQ U 1
AF RR1CG42JQ U 27
AF RR1EK34JQ U 19
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AF RR1DL06JQ U 3
AF RR1A717JQ U 1
AF RR1AW01JQ U 1
AF RR1FX71TF C 468
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AF RR1EN76TF C 580
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AF RR1A717TF C 468
AF RR1DL06TF C 575
BS 1 11 RR1A717JQ
BS 12 12 RR1FX71JQ
BS 13 492 RR1A717JQ
BS 493 493 RR1FX71JQ
BS 494 841 RR1A717JQ
BS 842 845 RR1AW01JQ
BS 846 1110 RR1AW01TF
BS 1111 1160 RR1CG42TF
BS 1161 1169 RR1DL06TF

RD RR1C401JQ 443 0 0
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AAGTAGTAAAAGCGGCAAAAGGAGATGGGAAATATGGGGATTTTACCAGATCGTCGCCTA
ACACCCATGCCAGTTACACCTTCAACAATTCCTTCTCTTTCTGTTTGCAGAGCTCCTCTA
CCTTCTTCATGTATGTGTCAATTAGTTTCTGCAAATCGCTTGACAAATCCTTCACGTTGT
CTTCTGACAGCTTCT*CTCCTTCTCGAGTTTATCATAAGATTTCAAGGCATCCCTCCTTA
TGTTTCTCAGTGCAACCTTCCC
C

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR1C401TF 443 0 0
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TGCTGTACAAAGAGGGAACACTTGAAGAAGTGAAAACAGACTTAAACAAAGTTACTCTCG
ATTCCCAAAGGCATTCTTGTACCCCAAGAAACACAACATATTTTTTTCCGATGAAAGATG
AAGTAGTAAAAGCGGCAAAAGGAGATGGGAAATATGGGGATTTTACCAGATCGTCGCCTA
ACACCCATGCCAGTTACACCTTCAACAATTCCTTCTCTTTCTGTTTGCAGAGCTCCTCTA
CCTTCTTCATGTATGTGTCAATTAGTTTCTGCAAATCGCTTGACAAATCCTTCACGTTGT
CTTCTGACAGCTTCT*CTCCTTCTCGAGTTTATCATAAGATTTCAAGGCATCCCTCCTTA
TGTTTCTCAGTGCAACCTTCCC
C

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR1FX71JQ 714 0 0
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TGCTGTACAAAGAGGGAACACTTGAAGAAGTGAAAACAGACTTAAACAAAGTTACTCTCG
ATTCCCAAAGGCATTCTTGTACCCCAAGAAACACAACATATTTTTTTCCGATGAAAGATG
AAGTAGTAAAAGCGGCAAAAGGAGATGGGAAATATGGGGATTTTACCAGATCGTCGCCTA
ACACCCATGCCAGTTACACCTTCAACAATTCCTTCTCTTTCTGTTTGCAGAGCTCCTCTA
CCTTCTTCATGTATGTGTCAATTAGTTTCTGCAAATCGCTTGACAAATCCTTCACGTTGT
CTTCTGACAGCTTCTTCTCCTTCTCGAGTTTATCATAAGATTTCAAGGCATCCCTCCTTA
TGTTTCTCAGTGCAACCTTCCCTT*CTTCAGTCTGTTTGGCTACAACCTTTGTTAGTTCC
TTTCTTCGCTCAGAAGTGAGGGGAGGCAAGGACAAGCGAATGACATCACCATCGTTATCA
GGAGTGACACCAAGATCAGAACTGACAATGGCCTTTTCTATAGCCTCCAAGCTAGATTTG
TCATAAGGCTGGAGCAAAAGAGAAGTGCCATCGGGGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTC
AGACTTACAGGACTTCCATAGTATTCAACCTCAATCTTGTCAAGCATAGCAACA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1CG42JQ 733 0 0
C
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AAGTGAAAACAGACTTAAACAAAGTTACTCTCGATTCCCAAAGGCATTCTTGTACCCCAA
GAAACACAACATATTTTTTTCCGATGAAAGATGAAGTAGTAAAAGCGGCAAAAGGAGATG
GGAAATATGGGGATTTTACCAGATCGTCGCCTAACACCCATGCCAGTTACACCTTCAACA
ATTCCTTCTCTTTCTGTTTGCAGAGCTCCTCTACCTTCTTCATGTATGTGTCAATTAGTT
TCTGCAAATCGCTTGACAAATCCTTCACGTTGTCTTCTGACAGCTTCTTCTCCTTCCCGA
GTTTATCATAAGATTTCAAGGCATCCCTCCTTATGTTTCTCAGTGCAACCTTCCCTT*CT
TCAGTCTGTTTGGCTACAACCTTTGTTAGTTCCTTTCTTCGCTCAGAAGTGAGGGGAGGC
AAGGACAAGCGAATGACATCACCATCGTTATTAGGAGTGACACCAAGATCAGAACTGACA
ATGGCCTTTTCTATAGCCTTCAAGCTAGATTTGTCATAAGGCTGGAGCAAAAGAGAAGTG
CCATCGGGGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTCAGACTTACAGGACTTCCATAGTATTCA
ACCTCAATCTT*TCAAGCATAGCAACATTGGCTCTCCCGGTCCTTATGGAGTTGAAACTA
GTCCTAAGCGTT

QA 2 733 2 733
DS 

RD RR1EK34JQ 744 0 0
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CACTTGAAGAAGTGAAAACAGACTTAAACAAAGTTACTCTCGATTCCCAAAGGCATTCTT
GTACCCCAAGAAACACAACATATTTTTTTCCGATGAAAGATGAAGTAGTAAAAGCGGCAA
AAGGAGATGGGAAATATGGGGATTTTACCAGATCGTCGCCTAACACCCATGCCAGTTACA
CCTTCAACAATTCCTTCTCTTTCTGTTTGCAGAGCTCCTCTACCTTCTTCATGTATGTGT
CAATTAGTTTCTGCAAATCGCTTGACAAATCCTTCACGTTGTCTTCTGACAGCTTCTTCT
CCTTCTCGAGTTTATCATAAGATTTCAAGGCATCCCTCCTTATGTTTCTCAGTGCAACCT
TCCCTT*CTTCAGTCTGTTTGGCTACAACCTTTGTTAGTTCCTTTCTTCGCTCAGAAGTG
AGGGGAGGCAAGGACAAGCGAATGACATCACCATCGTTATTAGGAGTGACACCAAGATCA
GAACTGACAATGGCCTTTTCTATAGCCTTCAAGCTAGATTTGTCATAAGGCTGGAGCAAA
AGAGAAGTGCCATCGGGGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTCAGACTTACAGGACTTCCA
TAGTATTCAACCTCAATCTTGTCAAGCATAGCAACATTGGCTCTCCCGGTCCTTATGGAG
TTGAAACTAGTCCTAAGCGTTTCA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1EN76JQ 758 0 0
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GAGGGAACACTTGAAGAAGTGAAAACAGACTTAAACAAAGTTACTCTCGATTCCCAAAGG
CATTCTTGTACCCCAAGAAACACAACATATTTTTTTCCGATGAAAGATGAAGTAGTAAAA
GCGGCAAAAGGAGATGGGAAATATGGGGATTTTACCAGATCGTCGCCTAACACCCATGCC
AGTTACACCTTCAACAATTCCTTCTCTTTCTGTTTGCAGAGCTCCTCTACCTTCTTCATG
TATGTGTCAATTAGTTTCTGCAAATCGCTTGACAAATCCTTCACGTTGTCTTCTGACAGC
TTCTTCTCCTTCTCGAGTTTATCATAAGATTTCAAGGCATCCCTCCTTATGTTTCTCAGT
GCAACCTTCCCTT*CTTCAGTCTGTTTGGCTACAACCTTTGTTAGTTCCTTTCTTCGCTC
AGAAGTGAGGGGAGGCAGGGACAAGCGAATGACATCACCATCGTTATTAGGAGTGACACC
AAGATCAGAACTGACAATGGCCTTTTCTATAGCCTTCAAGCTAGATTTGTCATAAGGCTG
GAGCAAAAGAGAAGTGCCATCGGGGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTCAGACTTACAGG
ACTTCCATAGTATTCAACCTCAATCTTGTCAAGCATAGCAACATTGGCTCTCCCGGTCCT
TATGGAGTTGAAACTAGTCCTAAGCGTTTCAATCGTCC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1DL06JQ 804 0 0
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CTGTACAAAGAGGGAACACTTGAAGAAGTGAAAACAGACTTAAACAAAGTTACTCTCGAT
TCCCAAAGGCATTCTTGTACCCCAAGAAACACAACATATTTTTTTCCGATGAAAGATGAA
GTAGTAAAAGCGGCAAAAGGAGATGGGAAATATGGGGATTTTACCAGATCGTCGCCTAAC
ACCCATGCCAGTTACACCTTCAACAATTCCTTCTCTTTCTGTTTGCAGAGCTCCTCTACC
TTCTTCATGTATGTGTCAATTAGTTTCTGCAAATCGCTTGACAAATCCTTCACGTTGTCT
TCTGACAGCTTCTTCTCCTTCTCGAGTTTATCATAAGATTTCAAGGCATCCCTCCTTATG
TTTCTCAGTGCAACCTTCCCTT*CTTCAGTCTGTTTGGCTACAACCTTTGTTAGTTCCTT
TCTTCGCTCAGAAGTGAGGGGAGGCAAGGACAAGCGAATGACATCACCATCGTTATTAGG
AGTGACACCAAGATCAGAACTGACAATGGCCTTTTCTATAGCCTTCAAGCTAGATTTGTC
ATAAGGCTGGAGCAAAAGAGAAGTGCCATCGGGGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTCAG
ACTTACAGGACTTCCATAGTATTCAACCTCAATCTTGTCAAGCATAGCAACATTGGCTCT
CCCGGTCCTTATGGAGTTGAAACTAGTCCTAAGCGTTTCAATCGTCCTCTCCATTTTTGA
TTTAACGTCTTTCTCAATAGCAGA

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1A717JQ 841 0 0
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TGCTGTACAAAGAGGGAACACTTGAAGAAGTGAAAACAGACTTAAACAAAGTTACTCTCG
ATTCCCAAAGGCATTCTTGTACCCCAAGAAACACAACATATTTTTTTCCGATGAAAGATG
AAGTAGTAAAAGCGGCAAAAGGAGATGGGAAATATGGGGATTTTACCAGATCGTCGCCTA
ACACCCATGCCAGTTACACCTTCAACAATTCCTTCTCTTTCTGTTTGCAGAGCTCCTCTA
CCTTCTTCATGTATGTGTCAATTAGTTTCTGCAAATCGCTTGACAAATCCTTCACGTTGT
CTTCTGACAGCTTCTTCTCCTTCTCGAGTTTATCATAAGATTTCAAGGCATCCCTCCTTA
TGTTTCTCAGTGCAACCTTCCCTT*CTTCAGTCTGTTTGGCTACAACCTTTGTTAGTTCC
TTTCTTCGCTCAAAAGTGAGGGGAGGCAAGGACAAGCGAATGACATCACCATCGTTATTA
GGAGTGACACCAAGATCAGAACTGACAATGGCCTTTTCTATAGCCTTCAAGCTAGATTTG
TCATAAGGCTGGAGCAAAAGAGAAGTGCCATCGGGGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTC
AGACTTACAGGACTTCCATAGTATTCAACCTCAATCTTGTCAAGCATAGCAACATTGGCT
CTCCCGGTCCTTATGGAGTTGAAACTAGTCCTAAGCGTTTCAATCGTCCTCTCCATTTTT
GATTTAACGTCTTTCTCAATAGCAGATTTCTCGGCTTCAATTTCTTCAATAGTTGCAGAT
C

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR1AW01JQ 845 0 0
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TGCTGTACAAAGAGGGAACACTTGAAGAAGTGAAAACAGACTTAAACAAAGTTACTCTCG
ATTCCCAAAGGCATTCTTGTACCCCAAGAAACACAACATATTTTTTTCCGATGAAAGATG
AAGTAGTAAAAGCGGCAAAAGGAGATGGGAAATATGGGGATTTTACCAGATCGTCGCCTA
ACACCCATGCCAGTTACACCTTCAACAATTCCTTCTCTTTCTGTTTGCAGAGCTCCTCTA
CCTTCTTCATGTATGTGTCAATTGGTTTCTGCAAATCGCTTGACAAATCCTTCACGTTGT
CTTCTGACAGCTTCTTCTCCTTCTCGAGTTTATCATAAGATTTCAAGGCATCCCTCCTTA
TGTTTCTCAGTGCAACCTTCCCTT*CTTCAGTCTGTTTGGCTACAACCTTTGTTAGTTCC
TTTCTTCGCTCAAAAGTGAGGGGAGGCAAGGACAAGCGAATGACATCACCATCGTTATTA
GGAGTGACACCAAGATCAGAACTGACAATGGCCTTTTCTATAGCCTTCAAGCTAGATTTG
TCATAAGGATGGAGCAAAAGAGAAGTGCCATCGGGGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTC
AGACTTACAGGACTTCCATAGTATTCAACCTCAATCTTGTCAAGCATAGCAACATTGGCT
CTCCCGGTCCTTATGGAGTTGAAACTAGTCCCAAGCGTTTCAATCGTCCTCTCCATTTTT
GATTTAACGTCTTTCTCAATAGCAGATTTCTCGGCTTCAATTTCTTCAATAGTTGCAGAT
CTTAT

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR1FX71TF 558 0 0
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ACCATCGTTATCAGGAGTGACACCAAGATCAGAACTGACAATGGCCTTTTCTATAGCCTC
CAAGCTAGATTTGTCATAAGGCTGGAGCAAAAGAGAAGTGCCATCGGGGGTACTGATTTG
GGCAATGCTTTTCAGACTTACAGGACTTCCATAGTATTCAACCTCAATCTTGTCAAGCAT
AGCAACATTGGCTCTCCCGGTCCTTATGGAGTTGAAACTAGTCCTAAGCATTTCAATCGT
CCTCTCCATTTTTGATTTAACGTCTTTCTCAATAGCAGATTTCTCGGCTTCAATTTCTTC
AATAGTTGCAGATCTTATCACCACTCTCTTCTGTAGTGACCGCTTGACAACGGGGCCACC
ACCAGAGAGCTTAACTCCCGCACCC**CCAAGGATTGTCGCTCCTTAAAGAACACGCAAT
TGCGCGTGCAGATGAAGCATTGTTCGAAGCCATGACCCTCAAACACGAGCCTGGGGGAGA
GACGAGGGACTTGGAATC

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1AW01TF 730 0 0
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TTTCTTCAGTCTGTTTGGCTACAACCTTTGTTAGTTCCTTTCTTCGCTCAGAAGTGAGGG
GAGGCAAGGACAAGCGAATGACATCACCATCGTTATTAGGAGTGACACCAAGATCAGAAC
TGACAATGGCCTTTTCTATAGCCTTCAAGCTAGATTTGTCATAAGGATGGAGCAAAAGAG
AAGTGCCATCGGGGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTCAGACTTACAGGACTTCCATAGT
ATTCAACCTCAATCTTGTCAAGCATAGCAACATTGGCTCTCCCGGTCCTTATGGAGTTGA
AACTAGTCCCAAGCGTTTCAATCGTCCTCTCCATTTTTGATTTAACGTCTTTCTCAATAG
CAGATTTCTCGGCTTCAATTTCTTCAATAGTTGCAGATCTTATCACCACTCTCTTCTGTA
GTGACCGCTTGACAACGGGGCCACCACCAGAGAGCTTAACTCCCGCACCCAGCCAAGGAT
TGTCGCTCCTTAAAGAACACGCAATTGCGCGTGCAGATGAAGCATTGTTCGAAGCCATGA
CCCTCAAACACGAACCTGGGGGAGAGACGAGGGACTTGGAATCACTGGCTCTGAATCGAA
GAATCGGTGTGGTCTGAGCATTGGAAGAGAGTGAAGCCGCCATCGCAGTCTGTGAGAGAC
TCGAGTTC
CC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1EN76TF 543 0 0
ATAGCCTTCAAGCTAGATTTGTCATAAGGCTGGAGCAAAAGAGAAGTGCCATCGGGGGTA
CTGATTTGGGCAATGCTTTTCAGACTTACAGGACTTCCATAGTATTCAACCTCAATCTTG
TCAAGCATAGCAACATTGGCTCTCCCGGTCCTTATGGAGTTGAAACTAGTCCTAAGCGTT
TCAATCGTCCTCTCCATTTTTGATTTAACGTCTTTCTCAATAGCAGATTTCGCGGCTTCA
ATTTCTTCAATAGTTGCAGATCTTATCACCACTCTCTTCTGTAGTGACCGCTTGACAACG
GGGCCACCACCAGAAAGCTTAACTCCCGCACCCAGCCAAGGATTGTCGCTCCTTAAAGAA
CACACAATTGCGCGTGCAGATGAAGCATTGTTCGAAGCCATGACCCTCAAACACGAACCT
GGGGGAGAGACGAGGGACTTGGAATCACTGGCTCTGAATCGAAGAATCGGTGTGGTCTGA
GCATTGGAAGAGAGTGAAGCCGCCATCGCAGTCTGTGAGAGACTCGAGTTCGAAAATATC
TTC

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1CG42TF 717 0 0
TTCAGTCTGTT*GGCTACAAC*TTTGTTAGT*CCTTTCTTCGCTCAGAAGTGAGGGGAGG
CAAGGACAAGCGAATGACATCACCATCGTTATTAGGAGTGACACCAAGATCAGAACTGAC
AATGGCCTTTTCTATAGCCTTCAAGCTAGATTTGTCATAAGGCTGGAGCAAAAGAGAAGT
GCCATCGGGGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTCAGACTTACAGGACTTCCATAGTATTC
AACCTCAATCTT*TCAAGCATAGCAACATTGGCTCTCCCGGTCCTTATGGAGTTGAAACT
AGTCCTAAGCGTTTCAATCGTCCTCTCCATTTTTGATTTAACGTCTTTCTCAATAGCAGA
TTTCTCGGCTTCAATTTCTTCAATAGTTGCAGATCTTATCACCACTCTCTTCTGTAGTGA
CCGCTTGACAACGGGGCCACCACCAGAGAGCTTAACTCCCGCACCCAGCCAAGGATTGTC
GCTCCTTAAAGAACACGCAATTGCGCGTGCAGATGAAGCATTGTTCGAAGCCATGACCCT
CAAACACGAACCTGGGGGAGAGACGAGGGACTTGGAATCACTGGCTCTGAATCGAAGAAT
CGGTGTGGTCTGAGCATTGGAAGAGAGTGAAGCCGCAATCGCAGTCTGTGAGAGACTCGA
GTTCGAAAATATCTTCTTTGTAAAGGAGATAAGGAAGCGCTTCGGCTCCTTGAT
CCT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1A717TF 699 0 0
CTTTGTTAGTTCCTTTCTTCGCTCAGAAGTGAGGGGAGGCAAGGACAAGCGAATGACATC
ACCATCGTTATTAGGAGTGACACCAAGATCAGAACTGACAATGGCCTTTTCTATAGCCTT
CAAGCTAGATTTGTCATAAGGCTGGAGCAAAAGAGAAGTGCCATCGGGGGTACTGATTTG
GGCAATGCTTTTCAGACTTACAGGACTTCCATAGTATTCAACCTCAATCTTGTCAAGCAT
AGCAACATTGGCTCTCCCGGTCCTTATGGAGTTGAAACTAGTCCTAAGCGTTTCAATCGT
CCTCTCCATTTTTGATTTAACGTCTTTCTCAATAGCAGATTTCTCGGCTTCAATTTCTTC
AATAGTTGCAGATCTTATCACCACTCTCTTCTGTAGTGACCGCTTGACAACGGGGCCACC
ACCAGAGAGCTTAACTCCCGCACCCAGCCAAGGATTGTCGCTCCTTAAAGAACACGCAAT
TGCGCGTGCAGATGAAGCATTGTTCGAAGCCATGACCCTCAAACACGAACCTGGGGGAGA
GACGAGGGACTTGGAATCACTGGCTCTGAATCGAAGAATCGGTGTGGTCTGAGCATTGGA
AGAGAGTGAAGCCGCCATCGCAGTCTGTGAGAGACTCGAGTTCGAAAATATCTTCTTTGT
AAAGGAGATAAGGAAGCGCTTCGGCTCCTTGAT
GAGCCC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1DL06TF 595 0 0
TTTCTATAGCCTTCAAGCTAGATTTGTCATAAGGCTGGAGCAAAAGAGAAGTGCCATCGG
GGGTACTGATTTGGGCAATGCTTTTCAGACTTACAGGACTTCCATAGTATTCAACCTCAA
TCTTGTCAAGCATAGCAACATTGGCTCTCCCGGTCCTTATGGAGTTGAAACTAGTCCTAA
GCGTTTCAATCGTCCTCTCCATTTTTGATTTAACGTCTTTCTCAATAGCAGATTTCTCGT
CTTCAATTTCTTCAATAGTTGCAGATCTTATCACCACTCTCTTCTGTAGTGACCGCTTGA
CAACGGGGCCACCACCAGAGAGCTTAACTCCCGCACCCAGCCAAGGATTGTCGCTCCTTA
AAGAACACGCAATTGCGCGTGCAGATGAAGCATTGTTCGAAGCCATGACCCTCAAACACG
AACCTGGGGGAGAGACGAGGGACTTGGAATCACTGGCTCTGAATCGAAGAATCGGTGTGG
TCTGAGCATTGGAAGAGAGTGAAGCCGCCATCGCAGTCTGTGAGAGACTCGAGTTCGAAA
ATATCTTCTTTGTAAAGGAGATAAGGAAGCGCTTCGGCTCCTTGATGAGCACATC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 2 16

CO CL86Contig1 609 8 9 U
GGCCCGCAATAACTCTCGTTCTCTGCACAAAGACGATAAACCAATTTCGAGAAAAATCTC
AGTGATTAGCAAACATGTCTTCAGCTCGTTCCGCGATCGCAGGTTTGGCTCGGTCCTTGA
GGGAGAGTCAGATCGGTGCATCTCGCTCCGTTGGATCGATTCGGTGCTTCAGCGACGACA
AAGGTCGTGTGCTTAGCGATGAGGAGCGCGCCAAAGAGACCATCTACATCCAGAAAATGG
AGAAGGAGATACTAGAGAGGAAGAAGAAACTCGAGCAACAGAAGCCAGAAAGTGCTGGAA
AGAAACCAGAGGAAAAGAAGCCCTGAGTTCAGCATCTGCAGTTGCAGTATGTGGTCACAA
GGCAAGCAACAGTGAAAAATAAGCCTTTTGACAGTTTGACCTTTGTCCTCTCTTGGTTTG
AGACTTTGTACTTGTCACCCTCTTTGTATGTTTGTTTGTGTGTGTGTTCTAAAGAAATCA
AGTTTGAAACGGTAGTATAAATGACTCCGCCGATTTAAAAGACATCCATATGCATTTGAT
TCAAAATACCAAACATACGTGTGTGTTGTTACAAAAAGCTTTCTTCTATACACTATATTT
TTATTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 35 35 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CI90JQ C 36
AF RR1CI90TF U 36
AF RR1H936TF U 24
AF RR1FD53TF U 25
AF RR1A525JQ C 4
AF RR1A525TF U 4
AF RR1BN17JQ C 1
AF RR1BN17TF U 1
BS 1 5 RR1BN17JQ
BS 6 24 RR1A525TF
BS 25 37 RR1H936TF
BS 38 332 RR1CI90TF
BS 333 333 RR1H936TF
BS 334 496 RR1CI90TF
BS 497 516 RR1FD53TF
BS 517 572 RR1A525TF
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GG
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ACAGAAGCCAGAAAGTGCTGGAAAGAAACCAGAGGAAAAGAAGCCCTGAGTTCAGTATCT
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GACCTTTGTCCTCTCTTGGTTTGAGACTTTGTACTTGTCACCCTCTTTGTATGTTTGTTT
GTGTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTTGAAACGGTAGT

QA 3 461 3 461
DS 

RD RR1CI90TF 461 0 0
GG
AAACCAATTTCGAGAAAAATCTCAGTGATTAGCAAACATGTCTTCAGCTCGTTCCGCGAT
CGCAGGTTTGGCTCGGTCCTTGAGGGAGAGTCAGATCGGTGCATCTCGCTCCGTTGGATC
GATTCGGTGCTTCAGCGACGACAAAGGTCGTGTGCTTAGCGATGAGGAGCGCGCCAAAGA
GACCATCTACATCCAGAAAATGGAGAAGGAGATACTAGAGAGGAAGAAGAAACTCGAGCA
ACAGAAGCCAGAAAGTGCTGGAAAGAAACCAGAGGAAAAGAAGCCCTGAGTTCAGTATCT
GCAGTTGCAGTATGTGGTCACAAGGCAAGCAACAGTGAAAAATAAGCCTTTTGACAGTTT
GACCTTTGTCCTCTCTTGGTTTGAGACTTTGTACTTGTCACCCTCTTTGTATGTTTGTTT
GTGTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTTGAAACGGTAGT

QA 3 461 3 461
DS 

RD RR1H936TF 471 0 0
G
GCACAAAGACGATAAACCAATTTCGAGAAAAATCTCAGTGATTAGCAAACATGTCTTCAG
CTCGTTCCGCGATCGCAGGTTTGGCTCGGTCCTTGAGGGAGAGTCAGATCGGTGCATCTC
GCTCCGTTGGATCGATTCGGTGCTTCAGCGACGACAAAGGTCGTGTGCTTAGCGATGAGG
AGCGCGCCAAAGAGACCATCTACATCCAGAAAATGGAGAAGGAGATACTAGAGAGGAAGA
AGAAACTCGAGCAACAGAAGCCAGAAAGTGCTGGAAAGAAACCAGAGGAAAAGAAGCCCT
GAGTTCAGCATCTGCAGTTGCAGTATGTGGTCACAAGGCAAGCAACAGTGAAAAATAAGC
CTTTTGACAGTTTGACCTTTGTCCTCTCTTGGTTTGAGACTTTGTACTTGTCACCCTCTT
TGTATGTTTGTTTGTGTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTTGAAACGGT
G

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GG
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TCCGTTGGATCGATTCGGTGCTTCAGCGACGACAAAGGTCGTGTGCTTAGCGATGAGGAG
CGCGCCAAAGAGACCATCTACATCCAGAAAATGGAGAAGGAGATACTAGAGAGGAAGAAG
AAACTCGAGCAACAGAAGCCAGAAAGTGCTGGAAAGAAACCAGAGGAAAAGAAGCCCTGA
GTTCAGCATCTGCAGTTGCAGTATGTGGTCACAAGGCAAGCAACAGTGAAAAATAAGCCT
TTTGACAGTTTGACCTTTGTCCTCTCTTGGTTTGAGACTTTGTACTTGTCACCCTCTTTG
TATGTTTGTTTGTGTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTTGAAGCGGTAGTATAAATGACT
CCGCCGATTT

QA 3 492 3 492
DS 

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GG
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TTAGCAAACATGTTTTCAGCTCGTTCCGCGATCGCGGGTTTGGCTCGGTCCTTGAGGGAG
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GCA***GTGAAAAATAAGCCTTTTGACAGTTTGACCTTTGTCCTCTCTTGGTTTGAGACT
TTGTACTTGTCACCCTCTTTGTATGTTTGTTTGTGTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTT
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QA 3 569 3 569
DS 

RD RR1A525TF 569 0 0
GG
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TTAGCAAACATGTCTTCAGCTCGTTCCGCGATCGCGGGTTTGGCTCGGTCCTTGAGGGAG
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GCA***GTGAAAAATAAGCCTTTTGACAGTTTGACCTTTGTCCTCTCTTGGTTTGAGACT
TTGTACTTGTCACCCTCTTTGTATGTTTGTTTGTGTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTT
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ATACCAAACATACGTGTGTGTTGTTAC

QA 3 569 3 569
DS 

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GGCCCGCAATAACTCTCGTTCTCTGCACAAATACGATAAACCAATTTCGAGAAAAATCTC
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AGAAACCAGAGGAAAAGAAGCCCTGAGTTCAGCATCTGCAGTTGCAGTATGTGGTCACAA
GGCAAGCAACAGTGAAAAATAAGCCTTTTGACAGTTTGACCTTTGTCCTCTCTTGGTTTG
AGACTTTGTACTTGTCACCCTCTTTGTATGTTTGTTTGTGTGTGTGTTCTAAAGAAATCA
AGTTTGAAACGGTAGTATAAATGACTCCGCCGATTTAAAAGACATCCATATGCATTTGAT
TCAAAATACCAAACATACGTGTGTGTTGTTACAAAAAGCTTTCTTCTATACACTATATTT
TTATTCTTT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1BN17TF 609 0 0
GGCCC
GCAATAACTCTCGTTCTCTGCACAAATACGATAAACCAATTTCGAGAAAAATCTCAGTGA
TTAGCAAACATGTCTTCAGCTCGTTCCGCGATCGCAGGTTTGGCTCGGTCCTTGAGGGAG
AGTCAGATCGGTGCATCTCGCTCCGTTGGATCGATTCGGTGCTTCAGCGACGACAAAGGT
CGTGTGCTTAGCGATGAGGAGCGCGCCAAAGAGACCATCTACATCCAGAAAATGGAGAAG
GAGATACTAGAGAGGAAGAAGAAACTCGAGCAACAGAATCCAGAAAGTGCTGGAAAGAAA
CCAGAGGAAAAGAAGCCCTGAGTTCAGCATCTGCAGTTGCAGTATGTGGTCACAAGGCAA
GCAACAGTGAAAAATAAGCCTTTTGACAGTTTGACCTTTGTCCTCTCTTGGTTTGAGACT
TTGTACTTGTCACCCTCTTTGTATGTTTGTTTGTGTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTT
GAAACGGTAGTATAAATGACTCCGCCGATTTAAAAGACATCCATATGCATTTGATTCAAA
ATACCAAACATACGTGTGTGTTGTTACAAAAAGCTTTCTTCTATACACTATATTTTTATT
CTTT

QA 6 609 6 609
DS 



CO CL86Contig2 509 8 6 U
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GTGATTAGCAAACATGTCTTCAGCTCGTTCCGCGATCGCAGGTTTGGCTCGGTCCTTGAG
GGAGAGTCAGATCGGTGCATCTCGATCCGTTGGATCGATTCGGTGCTTCAGCGACGACAA
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CTTTGTACTTGTCACCCTCCTTGTATGTTTGTTTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTTGA
GACAATAATATAAACGACTGCGCCGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 

AF RR1H835TF U 1
AF RR1AE65JQ C 12
AF RR1AY58JQ C 45
AF RR1AY58TF U 45
AF RR1H835JQ C 26
AF RR1FC69JQ C 12
AF RR1AE65TF U 12
AF RR1FC69TF U 12
BS 1 11 RR1H835TF
BS 12 13 RR1AE65TF
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BS 240 240 RR1AY58TF
BS 241 483 RR1H835TF
BS 484 509 RR1AY58TF

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GGAGAGTCAGATCGGTGCATCTCGATCCGTTGGATCGATTCGGTGCTTCAGCGACGACAA
AGGTCGTGTGCTCAGCGATGAGGAGCGCGCCAAAGAGACCATCTACATCCAGAAAATGG*
GAAGGAGATACTAGAGAGGAAGAAGAAACTCGAGCAACAGAAGCCAGAAAGTGCTGGAAA
GAAACCAGAGGAAAAGAAGCCCTGACTTCAGCATCTGCAGTAGCATATGTGGTCATAAGG
CAAGCAACAGTGAAAAATAAGCCTTTGACAGTTTGACCTTTGTCTTCTCTTGGTTTGAGA
CTTTGTACTTGTCACCCTCCTTGTATGTTTGTTTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTTGA
GAC

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR1AE65JQ 498 0 0
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AAACGACTGCGCCGATTT

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1AY58JQ 465 0 0
AG
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GAAATCAAGTTTGAGACAATAATATAAACGACTGCGCCGATTT

QA 3 465 3 465
DS 

RD RR1AY58TF 465 0 0
AG
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GCTCGGTCCTTGAGGGAGAGTCAGATCGGTGCATCTCGATCCGTTGGATCGATTCGGTGC
TTCAGCGACGACAAAGGTCGTGTGCTCAGCGATGAGGAGCGCGCCAAAGAGACCATCTAC
ATCCAGAAAATGGAGAAGGAGATACTAGAGAGGAAGAAGAAACTCGAGCAACAGAAGCCA
GAAAGTGCTGGAAAGAAACCAGAGGAAAAGAAGCCCTGACTTCAGCATCTGCAGTAGCAT
ATGTGGTCATAAGGCAAGCAACAGTGAAAAATAAGCCTTTGACAGTTTGACCTTTGTCTT
CTCTTGGTTTGAGACTTTGCACTTGTCACCCTCCTTGTATGTTTGTTTGTGTGTTCTAAA
GAAATCAAGTTTGAGACAATAATATAAACGACTGCGCCGATTT

QA 3 465 3 465
DS 

RD RR1H835JQ 458 0 0
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CGCGCCAAAGAGACCATCTACATCCAGAAAATGG*GAAGGAGATACTAGAGAGGAAGAAG
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TGACAGTTTGACCTTTGTCTTCTCTTGGTTTGAGACTTTGTACTTGTCACCCTCCTTGTA
TGTTTGTTTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTTGAGAC

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR1FC69JQ 498 0 0
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AAAAGAAGCCCTGACTTCAGCATCTGCAGTAGCATATGTGGTCATAAGGCAAGCAACAGT
GAAAAATAAGCCTTTGACAGTTTGACCTTTGTCTTCTCTTGGTTTGAGACTTTGTACTTG
TCACCCTCCTTGTATGTTTGTTTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTTGAGACAATAATAT
AAACGACTGCGCCGATTT

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1AE65TF 498 0 0
GGCTCGTTCTCTGCAGAAAATCGATAAACCAATTTGGAGAAAAATCTCAGTGATTAGCAA
ACATGTCTTCAGCTCGTTCCGCGATCGCAGGTTTGGCTCGGTCCTTGAGGGAGAGTCAGA
TCGGTGCATCTCGATCCGTTGGATCGATTCGGTGCTTCAGCGACGACAAAGGTCGTGTGC
TCAGCGATGAGGAGCGCGCCAAAGAGACCATCTACATCCAGAAAATGGAGAAGGAGATAC
TAGAGAGGAAGAAGAAACTCGAGCAACAGAAGCCAGAAAGTGCTGGAAAGAAACCAGAGG
AAAAGAAGCCCTGACTTCAGCATCTGCAGTAGCATATGTGGTCATAAGGCAAGCAACAGT
GAAAAATAAGCCTTTGACAGTTTGACCTTTGTCTTCTCTTGGTTTGAGACTTTGTACTTG
TCACCCTCCTTGTATGTTTGTTTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTTGAGACAATAATAT
AAACGACTGCGCCGATTT

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1FC69TF 498 0 0
GGCTCGTTCTCTGCAGAAAATCGATAAACCAATTTGGAGAAAAATCTCAGTGATTAGCAA
ACATGTCTTCAGCTCGTTCCGCGATCGCAGGTTTGGCTCGGTCCTTGAGGGAGAGTCAGA
TCGGTGCATCTCGATCCGTTGGATCGATTCGGTGCTTCAGCGACGACAAAGGTCGTGTGC
TCAGCGATGAGGAGCGCGCCAAAGAGACCATCTACATCCAGAAAATGGAGAAGGAGATAC
TAGAGAGGAAGAAGAAACTCGAGCAACAGAAGCCAGAAAGTGCTGGAAAGAAACCAGAGG
AAAAGAAGCCCTGACTTCAGCATCTGCAGTAGCATATGTGGTCATAAGGCAAGCAACAGT
GAAAAATAAGCCTTTGACAGTTTGACCTTTGTCTTCTCTTGGTTTGAGACTTTGTACTTG
TCACCCTCCTTGTATGTTTGTTTGTGTGTTCTAAAGAAATCAAGTTTGAGACAATAATAT
AAACGACTGCGCCGATTT

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 16

CO CL87Contig1 909 16 18 U
TTTTTCTTTTCCTCACCAAACCAAACACAAAACCTCAACTTCAAACAGCTTCTGAACAAC
TCTTGAAACCAAAGACTTCTCTAATGTCGGAAGAGATACGCGAGCACGGTAGTGACACCA
ACCCTAAACCTTCTCCACCGCCGCCAAAACGTGGCCTCATCAGCCGCAAGAGACAGCTCG
TGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAGGACTCGTGGGGGTAGGAGAAGTAG
CGTTTGTGATACTATCTTACATATACTTGTATGAGTTCATCTCCAGGTTTGCCTTCCCAC
GCAAGAAAAACGAGCAGAAGAGGAGACTCTCGAACCCTAAAAACAAACTCTTCCAAACTT
ACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCCCAATTTGCTACATCGGAGATGGAC
TATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCCGCAGCTCCACATCTCTTCCTCCTCTCCG
GTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACCGGTTTGCGACTCCCATTGGTATTC
TTGGACCGGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCGCGCTGTTGGATTGGGTCAAAGCTG
AGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTGAGATTGTACGGAGGAAGAGCCATTG
CTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGTTTGGTCTCTTGTTGCCTGTGTTTC
TTCCTCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACAACAAAGGAGATTAGTTTCTGATCT
CTTTTGTCTACTGTCTACTTCAGAACTCTTGTGTTGTGTT**********TGTGTTCTTG
TTTCCATCAGGTAAAGATTATTGTTAATAAAAGCGACCGTTTATGATTGCATGATTGATA
TGTCTAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 70 70 75 75 75 75 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 45 85 85 85 85 85 85 85 85 85 25 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 45 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 25 85 85 85 85 25 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 25 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 25 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 70 85 85 25 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 25 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 45 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 35 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 45 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 20 90 90 90 90 90 90 60 
90 90 90 90 90 60 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 20 90 90 90 90 90 90 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 
75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 55 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 55 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 10 65 65 65 65 65 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 35 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1F970TF U 1
AF RR1FA10TF U 17
AF RR1F788TF U 42
AF RR1EF77TF U 35
AF RR1CF09TF U 20
AF RR1EF77JQ C 164
AF RR1B391TF U 36
AF RR1CK24TF U 35
AF RR1A545TF U 42
AF RR1FA10JQ C 54
AF RR1E402TF U 569
AF RR1F970JQ C 158
AF RR1CF09JQ C 135
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AF RR1A545JQ C 132
AF RR1F788JQ C 160
BS 1 641 RR1F970TF
BS 642 756 RR1CF09TF
BS 757 757 RR1CK24TF
BS 758 762 RR1CF09TF
BS 763 763 RR1CK24TF
BS 764 767 RR1CF09TF
BS 768 768 RR1CK24TF
BS 769 784 RR1CF09TF
BS 785 785 RR1CK24TF
BS 786 801 RR1CF09TF
BS 802 845 RR1CK24TF
BS 846 850 RR1A545TF
BS 851 851 RR1E402TF
BS 852 861 RR1A545TF
BS 862 863 RR1E402TF
BS 864 864 RR1FA10JQ
BS 865 890 RR1E402TF
BS 891 909 RR1A545JQ

RD RR1F970TF 641 0 0
TTTTTCTTTTCCTCACCAAACCAAACACAAAACCTCAACTTCAAACAGCTTCTGAACAAC
TCTTGAAACCAAAGACTTCTCTAATGTCGGAAGAGATACGCGAGCACGGTAGTGACACCA
ACCCTAAACCTTCTCCACCGCCGCCAAAACGTGGCCTCATCAGCCGCAAGAGACAGCTCG
TGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAGGACTCGTGGGGGTAGGAGAAGTAG
CGTTTGTGATACTATCTTACATATACTTGTATGAGTTCATCTCCAGGTTTGCCTTCCCAC
GCAAGAAAAACGAGCAGAAGAGGAGACTCTCGAACCCTAAAAACAAACTCTTCCAAACTT
ACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCCCAATTTGCTACATCGGAGATGGAC
TATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCCGCAGCTCCACATCTCTTCCTCCTCTCCG
GTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACCGGTTTGCGACTCCCATTGGTATTC
TTGGACCGGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCGCGCTGTTGGATTGGGTCAAAGCTG
AGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTGAGATTG

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1FA10TF 625 0 0
GAAACC
AAACACAAAACCTCAACTTCAAACAGCTTCTGAACAACTCTTGGAACCAAAGACTTCTCT
AATGTCGGAAGAGATACGCGAGCACGGTAGTGACACCAACCCTAAACCTTCTCCACCGCC
GCCAAAACGTGGCCTCATCAGCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATT
ACTAGCCGCAAAAGGACTCGTGGGGGTAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACAT
ATACTTGTATGAGTTCATCTCCAGGTTTGCCTTCCCACGCAAGAAAAACGAGCAGAAGAG
GAGACTCTCGAACCCTAAAAACAAACTCTTCCAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTAT
CGGCCTACTCTTCCCAATTTGCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGG
TGTTAGAGCCGCAGCTCCACATCTCTTCCTCCTCTCCGGTCAAGCCTTCACAGAACCAAT
TGGTTTCTCTGACCGGTTTGCGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTTTTCTACAACGC
TCGTCGTATCTTCGCGCTGTTGGATTGGGTCAAAGCTGAGTTCTCAGATACTCAGCGTCC
TGGTGGTCCAGTGAGATTG

QA 7 625 7 625
DS 

RD RR1F788TF 677 0 0
G
AAACAGCTTCTGAACAACTCTTGAAACCAAAGACTTCTCTAATGTCGGAAGAGATACGCG
AGCACGGTAGTGACACCAACCCTAAACCTTCTCCACCGCCGCCAAAACGTGGCCTCATCA
GCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAGGACTCG
TGGGGGTAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACATATACTTGTATGAGTTCATCT
CCAGGTTTGCCTTCCCACGCAAGAAAAACGAGCAGAAGAGGAGACTCTCGAACCCTAAAA
ACAAACTCTTCCAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCCCAATTT
GCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCCGCAGCTCCAC
ATCTCTTCCTCCTCTCCAGTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACCGGTTTG
CGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCGCGCTGT
TGGATTGGGTCAAAGCTGAGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTGAGATTGT
ACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGTTTGGTC
TCTTGTTGCCTGTGTT

QA 2 677 2 677
DS 

RD RR1EF77TF 725 0 0
GG
AACTTCAAACAGCTTCTGAACAACTCTTGAAACCAAAGACTTCTCTAATGTCGGAAGAGA
TACGCGAGCACGGTAGTGACACCAGCCCTAAACCTTCTCCACCGCCGCCAAAACGTGGTC
TCATCAGCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAG
GGCTCGTGGGGATAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACATCTACTTGTATGAGT
TCCTCTCTATGTTTGCCTTCCCACGCAAGCAAAACGAGCAGAAGAGGAGACTCTCAAACC
CTAAAAACAAACTCTTTCAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCC
CGATTTGCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCTGCAG
CTCCACATCTCTTCCTCCTCTCCGGTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACC
GATTTGCGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCG
CGCTGTTGGATTGGGTTAAAGCTGAGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTAA
GATTGTACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACA*TCTGT
TTGGTCTCTTGTTGCCTGTGTTTCTTC*TCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACA
CAA

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR1CF09TF 782 0 0
GGA
AAACACAAAACCTCAACTTCAAACAGCTTCTGAACAACTCTTGAAACCAAAGACTTCTCT
AATGTCGGAAGAGATACGCGAGCACGGTAGTGACACCAACCCTAAACCTTCTCCACCGCC
GCCAAAACGTGGCCTCATCAGCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATT
ACTAGCCGCAAAAGGACTCGTGGGGGTAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACAT
ATACTTGTATGAGTTCATCTCCAGGTTTGCCTCCCCACGCAAGAAAAACGAGCAGAAGAG
GAGACTCTCGAACCCTAAAAACAAACTCTTCCAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTAT
CGGCCTACTCTTCCCAATT*GCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGG
TGTTAGAGCCGCAGCTCCACATCTCTTCCTCCTCTCCGGTCAAGCCTTCACAGAACCAAT
TGGTTTCTCTGACCGGTTTGCGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTTTTCTACAACGC
TCGTCGTATCTTCGCGCTGTTGGATTGGGTCAAAGCTAAGTTCTCAGATACTCAGCGTCC
TGGTGGTCCAGTGAGATTGTACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTG
GTTTTACAATCTGTTTGGTCTCTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCTTGTGAGATTTA
CTTCTCAGCCGACA*CAAAG*AGAT*AGTTTCTGATCTCTTT*GTCTACTGTCTACTTC

QA 4 782 4 782
DS 

RD RR1EF77JQ 657 0 0
CCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAGGGCTCGT
GGGGATAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACATCTACTTGTATGAGTTCCTCTC
TATGTTTGCCTTCCCACGCAAGCAAAACGAGCAGAAGAGGAGACTCTCAAACCCTAAAAA
CAAACTCTTTCAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCCCGATTTG
CTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCTGCAGCTCCACA
TCTCTTCCTCCTCTCCGGTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACCGATTTGC
GACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCGCGCTGTT
GGATTGGGTTAAAGCTGAGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTAAGATTGTA
CGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGTTTGGTCT
CTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACAACAAAGG
AGATTAGGTTCTGATCTCTTTTGTCTACTGTCTACTTTAGAACTCTTGTGTTGTGT
C

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1B391TF 772 0 0
G
AACTTTAAACAGCTTCTGAACAACTCTTGAAACCAAAGACTTCTCTAATGTCGGAAGAGA
TACGCGAGCACGGTAGTGACACCAACCCTAAACCTTCTCCACCGCCGCCAAAACGTGGTC
TCATCAGCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAG
GACTCGTGGGGATAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACATATACTTGTATGAGT
TCCTCTCTAGGTTTGCCTTCCCACGCAAGCAGAACGAGCAGAAGAGGAGGCTCTCAAACC
CTAAAAACAAATTCTTTCAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTGTTCC
CGATTTGCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCCGCAG
CTCCACATCTCTTCCTCCTCTCCGGTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACC
GGTTTGCGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCTGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCG
CGCTGTTGGATTGGGTTAAAGCTGAGTTCACAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTAA
GATTGTACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGT
TTGGTCTCTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACA
ACAAAGGAGATTAGTTTCTGATCTCTTTTGTCTACTGTCTACTTTAGAAC
C

QA 2 771 2 771
DS 

RD RR1CK24TF 811 0 0
GG
AACTTCAAACAGCTTCTGAACAACTCTTGAAACCAAAGACTTCTCTAATGTCGGAAGAGA
TACGCGAGCACGGTAGTGACACCAGCCCTAAACCTTCTCCACCGCCGCCAAAACGTGGTC
TCATCAGCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAG
GGCTCGTGGGGATAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACATCTACTTGTATGAGT
TCCTCTCTAGGTTTGCCTTCCCACGCAAGCAAAACGAGCAGAAGAGGAGACTCTCAAACC
CTAAAAACAAACTCTTTCAAACTTACCTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCC
CGATTTGCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCTGCAG
CTCCACATCTCTTCCTCCTCTCCGGTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACC
GATTTGCGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCG
CGCTGTTGGATTGGGTTAAAGCTGAGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTAA
GATTGTACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGT
TTGGTCTCTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACA
ACAAAGGAGATTAGTTTCTGATCTCTTTTGTCTACTGTCTACTTTAGAACTCTTGTGTTG
TGTT**********TGTGTTCTTGTTTCC

QA 3 811 3 811
DS 

RD RR1A545TF 820 0 0
G
AAACAGCTTCTGAACAACTCTTGAAACCAAAGACTTCTCTAATGTCGGAAGAGATACGCG
AGCACGGTAGTGACACCAACCCTAAACCTTCTCCACCGCCGCCAAAACGTGGCCTCATCA
GCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAGGACTCG
TGGGGGTAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACATATACTTGTATGAGTTCATCT
CCAGGTTTGCCTTCCCACGCAAGAAAAACGAGCAGAAGAGGAGACTCTCGAACCCTAAAA
ACAAACTCTTCCAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCCCAATTT
GCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCCGCAGCTCCAC
ATCTCTTCCTCCTCTCCAGTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACCGGTTTG
CGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCGCGCTGT
TGGATTGGGTCAAAGCTGAGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTGAGATTGT
ACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGTTTGGTC
TCTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACAACAAAG
GAGATTAGTTTCTGATCTCTTTTGTCTACTGTCTACTTCAGAACTCTTGTGTTGTGTT**
********TGTGTTCTTGTTTCCATCAG*TAAAGATTAT

QA 2 820 2 820
DS 

RD RR1FA10JQ 837 0 0
GAACAACTCTTGGAACCAAAGACTTCTCTAATGTCGGAAGAGATACGCGAGCACGGTAGT
GACACCAACCCTAAACCTTCTCCACCGCCGCCAAAACGTGGCCTCATCAGCCGCAAGAGA
CAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAGGACTCGTGGGGGTAGGA
GAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACATATACTTGTATGAGTTCATCTCCAGGTTTGCC
TTCCCACGCAAGAAAAACGAGCAGAAGAGGAGACTCTCGAACCCTAAAAACAAACTCTTC
CAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCCCAATTTGCTACATCGGA
GATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCCGCAGCTCCACATCTCTTCCTC
CTCTCCGGTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACCGGTTTGCGACTCCCATT
GGTATTCTTGGACCGGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCGCGCTGTTGGATTGGGTC
AAAGCTGAGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTGAGATTGTACGGAGGAAGA
GCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGTTTGGTCTCTTGTTGCCT
GTGTTTCTTCCTCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACAACAAAGGAGATTAGTTT
CTGATCTCTTTTGTCTACTGTCTACT*CAGAACTCTTGTGTTGTGTT**********TGT
GTTCTTGTTTCCATCAGGTAAAGATTATTGTTAATAAAAGCGACCGTTTATGATTG
G

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1E402TF 322 0 0
G
ATCTTCGCGCTGTTGGATTGGGTTAAAGCTGAGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGT
CCAGTAAGATTGTACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTAC
AATCTGTTTGGTCTCTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCA
GCCGACAACAAAGGAGATTAGTTTCTGATCTCTTTTGTCTACTGTCTACTTTAGAACTCT
TGTGTTGTGTT**********TGTGTTCTTGTTTCCATCAGGTAAAGATTATTGCTAATA
AAAGCGACCGTTTATGATTGC

QA 2 322 2 322
DS 

RD RR1F970JQ 736 0 0
CATCAGCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAGG
ACTCGTGGGGGTAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACATATACTTGTATGAGTT
CATCTCCAGGTTTGCCTTCCCACGCAAGAAAAACGAGCAGAAGAGGAGACTCTCGAACCC
TAAAAACAAACTCTTCCAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCCC
AATTTGCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCCGCAGC
TCCACATCTCTTCCTCCTCTCCGGTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACCG
GTTTGCGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCGC
GCTGTTGGATTGGGTCAAAGCTGAGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTGAG
ATTGTACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGGT
TGGTCTCTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACAA
CAAAGGAGATTAGTTTCTGATCTCTTTTGTCTACTGTCTACTTCAGAACTCTTGTGTTGT
GTT**********TGTGTTCTTGTTTCCATCAGGTAAAGATTATTGTTAATAAAAGCGAC
CGTTTATGATTGC
ATG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1CF09JQ 751 0 0
CCACCGCCGCCAAAACGTGGCCTCATCAGCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTC
ATGATATTACTAGCCGCAAAAGGACTCGTGGGGGTAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTA
TCTTACATATACTTGTATGAGTTCATCTCCAGGTTTGCCTCCCCACGCAAGAAAAACGAG
CAGAAGAGGAGACTCTCGAACCCTAAAAACAAACTTTTCCAAACTTACTTCCTCGCCACT
GCTATTATCGGCCTACTCTTCCCAATT*GCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGAC
ATTCACGGTGTTAGAGCCGCAGCTCCACATCTCTTCCTCCTCTCCGGTCAAGCCTTCACA
GAACCAATTGGTTTCTCTGACCGGTTTGCGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTTTTC
TACAACGCTCGTCGTATCTTCGCGCTGTTGGATTGGGTCAAAGCTAAGTTCTCAGATACT
CAGCGTCCTGGTGGTCCAGTGAGATTGTACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACT
GTCATGTGGTTTTACAATCTGTTTGGTCTCTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCTTGT
GAGATTTACTTCTCAGCCGACAACAAAGGAGATTAGTTTCTGATCTCTTTTGTCTACTGT
CTACTTCAGAACTCTTGTGTTGTGTT**********TGTGTTCTTGTTTCCATCAGGTAA
AGATTATTGTTAATAAAAGCGACCGTTTATG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1B391JQ 725 0 0
CCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAGGACTCGT
GGGGATAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACATATACTTGTATGAGTTCCTCTC
TAGGTTTGCCTTCCCACGCAAGCAGAACGAGCAGAAGAGGAGGCTCTCAAACCCTAAAAA
CAAATTCTTTCAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTGTTCCCGATTTG
CTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCCGCAGCTCCACA
TTTCTTCCTCCTCTCCGGTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACCGGTTTGC
GACTCCCATTGGTATTCTTGGACCTGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCGCGCTGTT
GGATTGGGTTAAAGCTGAGTTCACAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTAAGATTGTA
CGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGTTTGGTCT
CTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACAACAAAGG
AGATTAGTTTCTGATCTCTTTTGTCTACTGTCTACTTTAGAACCCTTGTGTTGTGTTGTG
TTGTGTTTGTGTTCTTGTTTCCATCAGGTAAAGATTATTGTTAATAAAAGCGACAGTTTA
TGATT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1A545JQ 778 0 0
TCTCCACCGCCGCCAAAACGTGGCCTCATCAGCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCC
CTCATGATATTACTAGCCGCAAAAGGACTCGTGGGGGTAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATA
CTATCTTACATATACTTGTATGAGTTCATCTCCAGGTTTGCCTTCCCACGCAAGAAAAAC
GAGCAGAAGAGGAGACTCTCGAACCCTAAAAACAAACTCTTCCAAACTTACTTCCTCGCC
ACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCCCAATTTGCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGA
GACATTCACGGTGTTAGAGCCGCAGCTCCACATCTCTTCCTCCTCTCCAGTCAAGCCTTC
ACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACCGGTTTGCGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTT
TTTTACAACGCTCGTCGTATCTTCGCGCTGTTGGATTGGGTCAAAGCTGAGTTCTCAGAT
ACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTGAGATTGTACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAAC
ACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGTTTGGTCTCTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCT
TGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACAACAAAGGAGATTAGTTTCTGATCTCTTTTGTCTAC
TGTCTACTTCAGAACTCTTGTGTTGTGTT**********TGTGTTCTTGTTTCCATCAGG
TAAAGATTATTGTTAATAAAAGCGACCGTTTATGATTGCATGATTGATATGTCTAATG

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1F788JQ 750 0 0
TCAGCCGCAAGAGACAGCTCGTGTTTCTCTCCCTCATGATATTACTAGCCGCAAAAGGAC
TCGTGGGGGTAGGAGAAGTAGCGTTTGTGATACTATCTTACATATACTTGTATGAGTTCA
TCTCCAGGTTTGCCTTCCCACGCAAGAAAAACGAGCAGAAGAGGAGACTCTCGAACCCTA
AAAACAAACTCTTCCAAACTTACTTCCTCGCCACTGCTATTATCGGCCTACTCTTCCCAA
TTTGCTACATCGGAGATGGACTATACCGGGGAGACATTCACGGTGTTAGAGCCGCAGCTC
CACATCTCTTCCTCCTCTCCAGTCAAGCCTTCACAGAACCAATTGGTTTCTCTGACCGGT
TTGCGACTCCCATTGGTATTCTTGGACCGGTTTTCTACAACGCTCGTCGTATCTTCGCGC
TGTTGGATTGGGTCAAAGCTGAGTTCTCAGATACTCAGCGTCCTGGTGGTCCAGTGAGAT
TGTACGGAGGAAGAGCCATTGCTTCTGTTAACACTGTCATGTGGTTTTACAATCTGTTTG
GTCTCTTGTTGCCTGTGTTTCTTCCTCGGTCTTGTGAGATTTACTTCTCAGCCGACAACA
AAGGAGATTAGTTTCTGATCTCTTTTGTCTACTGTCTACTTCAGAACTCTTGTGTTGTGT
T**********TGTGTTCTTGTTTCCATCAGGTAAAGATTATTGTTAATAAAAGCGACCG
TTTATGATTGCATGATTGATATGTCTAATG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 2 16

CO CL88Contig1 801 7 18 U
GGGCCGCCTCTTGAACACGAAGCTCAAGCAAGCCGTAAACCTTTTCACCACCACCTTCTA
GGGTTCTTTGACGTTTTATCTGAATCTTGCCAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCA
CAAGGATAAGGGTGTTGCACCAACTGATTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGA
CCTTGAAAACACCAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGC
TGTTCAGATGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTACGTTCCATTCAGATT
GAGGAAAGCATTCCGCAAGATCCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAG
TGGCAAAGATGTTATCTTTGTTGCCACTAGAAGAATCATGCGTCCACCGAAGAAAGGCTC
TGCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCATGAAGCTATGCTTGAGGA
TGTTGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAA
GATCATGAAGGTGTTTTT*GGAGCCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTTGAGA
CAATGGTCGGTGTGTACAGGAAACTTACAGGGAGAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCA
CAGAAGCTTGAAGAGATGAATGATTGTTCTATTCTTTGTTTTTTTTGTCGACTAGAGAGC
TTTTGATTCTGGTTTGTTTCCGAGTACAAGTTACTTCAGTCTTCCTCAAATTTCTATTTA
ACAAAACCTTTCTGCTGTTCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY23TF U 11
AF RR1G972TF U 1
AF RR1BR26TF U 10
AF RR1AK58TF U 1
AF RR1AK58JQ C 1
AF RR1G972JQ C 179
AF RR1BR26JQ C 431
BS 1 12 RR1G972TF
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BS 125 125 RR1G972TF
BS 126 304 RR1DY23TF
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BS 338 338 RR1BR26TF
BS 339 470 RR1G972TF
BS 471 471 RR1BR26TF
BS 472 691 RR1G972TF
BS 692 705 RR1BR26TF
BS 706 706 RR1AK58TF
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BS 739 739 RR1AK58TF
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BS 761 765 RR1AK58TF
BS 766 788 RR1AK58JQ
BS 789 791 RR1G972JQ
BS 792 801 RR1BR26JQ

RD RR1DY23TF 294 0 0
GG
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GTTTTATCTGAATCTTGCCAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCACAAGAATAAGGG
TGTTGCACCAACTGATTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGACCTTGAAAACAC
CAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATGGA
TGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTACGTTCCATTCAGATTGAGG

QA 3 294 3 294
DS 

RD RR1G972TF 691 0 0
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GGGTTCTTTGACGTTTTATCTGAATCTTGCCAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCA
CAAGGATAAGGGTGTTGCACCAACTGATTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGA
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TGTTCAGATGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTACGTTCCATTCAGATT
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TGGCAAAGATGTTATCTTTGTTGCCACTAGAAGAATCATGCGTCCACCGAAGAAAGGCTC
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TGTTGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAA
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CAATGGTCGGTGTGTACAGGAAACTTACAGGGAGAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCA
CAGAAGCTTGAAGAGATGAATGATTGTTCTA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1BR26TF 751 0 0
GGG
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GTTTTATCTGAATCTTGCCAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCACAAGGATAAGGG
TGTTGCACCAACTGATTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGACCTTGAAAACAC
CAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATGGA
TGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTACGTTCCATTCAGATTGAGGAAAGCATT
CCGCAAGATCCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGATGT
TATCTTTGTTGCCACTAGAAGAATCATGCGTCCACCGAAGAAAGGCTCTGCTGTTCAGAG
ACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCATGAAGCTATGCTTGAGGATGTTGCTTACCC
TGCTGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAGGT
GTTTTT*GGAGCCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGTG
TGTACAGGAAACTTACAGGGAGAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCACAGAAGCTTGAA
GAGATGAATGATTGTTCTATTCTTTGTTTTTTT*GTCGACTAGAGAGCTTTTGATTCTGG
TTTGTT*CCGAGTACAAGTTACTTCAGT

QA 4 751 4 751
DS 

RD RR1AK58TF 765 0 0
GGGCCGCCTCTTGAACACGAAGCTCAAGCAAGCCGTAAACCTTTTCACCACCACCTTCTA
GGGTTCTTTGACGTTTTATCTGAATCTTGCCAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCA
CAAGGATAAGGGTGTTGCACCAACTGATTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGA
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TGTTCAGATGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTACGTTCCATTCAGATT
GAGGAAAGCATTCCGCAAGATCCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAG
TGGCAAAGATGTTATCTTTGTTGCCACTAGAAGAATCATGCGTCCACCGAAGAAAGGTTC
TGCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCATGAAGCTATGCTTGAGGA
TGTTGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAA
GATCATGAAGGTGTTTTTTGGAGCCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTTGAGA
CAATGGTCGGTGTGTACAGGAAACTTACAGGGAGAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCA
CAGAAGCTTGAAGAGATGAATGATTGTTCTATTCTTTGTTTTTTTTGTCGACTAGAGAGC
TTTTGATTCTGGTTTGTTTCCGAGTACA*GTTACTTCAGTCTTCC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1AK58JQ 788 0 0
GGGCCGCCTCTTGAACACGAAGCTCAAGCAAGCCGTAAACCTTTTCACCACCACCTTCTA
GGGTTCTTTGACGTTTTATCTGAATCTTGCCAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCA
CAAGGATAAGGGTGTTGCACCAACTGATTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGA
CCTTGAAAACACCAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGC
TGTTCAGATGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTACGTTCCATTCAGATT
GAGGAAAGCATTCCGCAAGATCCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAG
TGGCAAAGATGTTATCTTTGTTGCCACTAGAAGAATCATGCGTCCACCGAAGAAAGGTTC
TGCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCATGAAGCTATGCTTGAGGA
TGTTGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAA
GATCATGAAGGTGTTTTT*GGAGCCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTTGAGA
CAATGGTCGGTGTGTACAGGAAACTTACAGGGAGAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCA
CAGAAGCTTGAAGAGATGAATGATTGTTCTATTCTTTGTTTTTTTTGTCGACTAGAGAGC
TTTTGATTCTGGTTTGTTTCCGAGTACAAGTTACTTCAGTCTTCCTCAAATTTCTATTTA
ACAAAACC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1G972JQ 618 0 0
GACCTTGAAAACACCAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAA
GCTGTTCAGATGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTACGTTCCATTCAGA
TTGAGGAAAGCATTCCGCAAGATCCATCCTCGTCTTGTCGGAGAGCTCGAGAAGAAGTTC
AGTGGCAAAGATGTTATCTTTGTTGCCACTAGAAGAATCATGCGTCCACCGAAGAAAGGC
TTTGCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCATGAAGCTAGGCTTGAG
GATGTTGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACC
AAGATCATGAAGGTGTTTTT*GGAGCCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTTGA
GACAATGGTCGGTGTGTACAGGAAACTTACAGGGAGAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGT
CACAGAAGCTTGAAGAGATGAATGATTGTTCTATTCTTTGTTTTTTTTGTCGACTAGAGA
GCTTTTGATTCTGGTTTGTTTCCGAGTACAAGTTACTTCAGTCTTCCTCAAATTTCTATT
TAACAAAACCTTT
TTGAT

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1BR26JQ 371 0 0
AGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCATGAAGCTATGCTTGAGGATGTTGCTTAC
CCTGCTGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAG
GTGTTTTT*GGAGCCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGG
TGTGTACAGGAAACTTACAGGGAGAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCACAGAAGCTTG
AAGAGATGAATGATTGTTCTATTCTTTGTTTTTTTTGTCGACTAGAGAGCTTTTGATTCT
GGTTTGTTTCCGAGTACAAGTTACTTCAGTCTTCCTCAAATTTCTATTTAACAAAACCTT
TCTGCTGTTCC

QA 1 371 1 371
DS 



CO CL88Contig2 846 9 6 U
GGGAACACGAAGCTCTAAACGCAAAGCGGGGTAACCTTTTCACCACCTTCTAGGGCTCTT
CGTCGTTGTTAACTGAATCTACGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCATAAGGATA
AGGGTGTGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGA
ACACAAATCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGA
TGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAG
CTTTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAG
AAGTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTAC
AGAGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTT
ACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGA
AGGTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCG
GTGTCTACAGGAAGCTTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTT
GAAGAAATGAATGTTTGATTCTTTTTTTGTCAGGATAGAGAGCTTTTGATTCTGTTTTCT
GAGTAAAAACTCTTTGCAAAAGATTTCTTGTTTAAGTTGTTGCATCTCAGTCTTTCTCAA
AACTTGTGTTTAAACAAGATCCATCTTTTGTTCTTTGAGCATTCACCATTTCAAGAAACT
TTTATC


BQ
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW33TF U 1
AF RR1G453TF U 1
AF RR1GZ19TFB U 1
AF RR1A344TF U -6
AF RR1BF63TF U 1
AF RR1A344JQ C 214
AF RR1DW33JQ C 90
AF RR1H901JQ C 253
AF RR1BF63JQ C 52
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BS 627 628 RR1A344TF
BS 629 693 RR1BF63TF
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BS 695 777 RR1BF63TF
BS 778 846 RR1BF63JQ

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AGAGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTT
ACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTAC

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DS 

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TGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAG
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AGAGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTT
ACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGATAC

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DS 

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TGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAG
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AAGTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTAC
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ACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGA
AGGTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCG
TGTCT

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DS 

RD RR1A344TF 696 0 0
GGGCCTCTT
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TCGTTGTTAACTGAATCTACGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCATAAGGATAAG
GGTGTGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGAAC
ACAAATCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATG
GATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCT
TTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGAA
GTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAG
AGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTAC
CCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAG
GTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGT
GTCTACAGGAAGCTTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTTGA
AGAAATGAATGTTTGATTCTTTTTTTG

QA 10 696 10 696
DS 

RD RR1BF63TF 778 0 0
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CGTCGTTGTTAACTGAATCTACGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCATAAGGATA
AGGGTGTGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGA
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TGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAG
CTTTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAG
AAGTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTAC
AGAGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTT
ACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGA
AGGTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCG
GTGTCTACAGGAAGCTTACAGGGAGA**TGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTT
GAAGAAATGAATGTTTGATTCTTTTTTTGTCAG*ATAGAGAGCTTTTGATTCTGTTTTCT
GAGTAAAAACTCTTTGCAAAAGATTTCTTGTTTAAGTTGTTGCATCTCAGTCTTTCT
C

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DS 

RD RR1A344JQ 564 0 0
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TCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAG
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GCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAGAGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCC
ATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGAT
ACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAGGTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACA
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AAGTTGTTGCATCTCAGTCTTTCT

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DS 

RD RR1DW33JQ 689 0 0
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GAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGAACACAAATCAGGAGTTGAAAAGTGACTTG
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GTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTC
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ATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAGAGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCC
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AGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAGGTGTATTCGGAGCCTAAGGAGAGGAAT
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GTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTTGAAGAAATGAATGTTTGATTCTTTTTTTG
TCAGGATAGAGAGCTTTTGATTCTGTTTTCTGAGTAAAAACTCTTTGCAAAAGATTTCTT
GTTTAAGTTGTTGCATCTCAGTCTTTC
CC

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DS 

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ACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGA
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AGCTTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTTGAAGAAATGAAT
GTTTGATTCTTTTTTTGTCAGGATAGAGAGCTTTTGATTCTGTTTTCTGAGTAAAAACTC
TTTGCAAAAGATTTCTTGTTTAAGTTGTTGCATCTCAGTCTTTCTCAAAACTTGTGTTTA
AACAAGATCCATCTTTTGTTCTTTGAGC

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1BF63JQ 795 0 0
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ATAAGGATAAGGGTGTGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTG
ATTTGGAGAACACAAATCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAG
CTGTTCAGATGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGAC
TGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCA
GTGGCAAAGAAGTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCT
CTGCTGTACAGAGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGG
ATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCA
AGATCATGAAGGTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGA
CAATGGTCGGTGTCTACAGGAAGCTTACAGGGAGA**TGTTGTTTTCGAGTACCCAATCG
TAGAAGCTTGAAGAAATGAATGTTTGATTCTTTTTTTGTCAGGATAGAGAGCTTTTGATT
CTGTTTTCTGAGTAAAAACTCTTTGCAAAAGATTTCTTGTTTAAGTTGTTGCATCTCAGT
CTTTCTCAAAACTTGTGTTTAAACAAGATCCATCTTTTGTTCTTTGAGCATTCACCATTT
CAAGAAACTTTTATC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 3 10

CO CL89Contig1 518 4 16 U
AACGGAAATTCTCTGTCAAAAAATCCGATAGGTTATTGAATGACATGGTAAAGAAAAGAT
TCTCTTACACAACACAACTAAAA*CGTCAAATGAAACATCAAATCTAGCAAACCAGGTGA
AAAATAAATTCTCTTTGTTTATAAATCCGAAAAAAACACAAAGGGGGATAGAGATACATC
AACCGCATTTGAGTATCTTCCTCAAAGACGACTAATGACTGCTTCGACTTCCTGTGGAGT
GTAAATATGGTACGCTGGAGCTACCTTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCACCTTTTC
TTCCATAACTTGCTTGAAAATAGATACAGCGATCGTCTCAGCTTCTTCAAGTGACAGATC
TTTGTTGAATTGTTCTTGAAAAAAACTATCAGCTCCTTCTGAGCCTGAACCAATCGCCTT
TGCATTGCACTGCCAGAATGTTCCAAATGGGTCCGTGTAGTACAAGCTCGGTCCGTTTTC
ACCATGACCAGCAATGAGAAGAGAGACTCCAAATGGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DO77JQ U 46
AF RR1B666JQ U 1
AF RR1ET84JQ U 1
AF RR1G713JQ U 17
BS 1 10 RR1B666JQ
BS 11 11 RR1ET84JQ
BS 12 52 RR1B666JQ
BS 53 53 RR1ET84JQ
BS 54 57 RR1B666JQ
BS 58 58 RR1ET84JQ
BS 59 209 RR1B666JQ
BS 210 210 RR1ET84JQ
BS 211 322 RR1B666JQ
BS 323 323 RR1ET84JQ
BS 324 356 RR1B666JQ
BS 357 357 RR1ET84JQ
BS 358 435 RR1B666JQ
BS 436 436 RR1ET84JQ
BS 437 497 RR1B666JQ
BS 498 518 RR1ET84JQ

RD RR1DO77JQ 411 0 0
TGGTAAAGAAAAGATTCTCTTATACAACACAACTAAAAACGTCAAATGAAACATCAAATC
TAGCAGACCAGGTGAAAAATAAATTCTCTTTGTTTATAAATCCGAAGAAGACACAAAGGG
GGATAGAGATACATCAACCGCATTTGAGTATCTTCCTCAAAGACGACTAATGACTGCTTC
AACTTCCTGTGGAGTGTAGATATGGTACGCTGGAGCTACCTTGGCAATGTCCACATTATT
CGGAGTCACCTTTTCTTCCATAACTTGCTTGAGGATAGATACAGCGATCGTCTCAGCTTC
TTCAAGTGACAGATCTTTGTTGAATTGTTCTTGAAGAGAACTATCAGCTCCTTCTGAGCC
TGAACCAATCGCCTTTGCATTGCACTGCCAGAATGTTCCAGATGGGTCCGT

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR1B666JQ 500 0 0
AACGGAAATTTTCTGTCAAAAAATCCGATAGGTTATTGAATGACATGGTAAAAAAAAAAT
TCTCTTACACAACACAACTAAAA*CGTCAAATGAAACATCAAATCTAGCAAACCAGGTGA
AAAATAAATTCTCTTTGTTTATAAATCCGAAAAAAACACAAAGGGGGATAGAGATACATC
AACCGCATTTGAGTATCTTCCTCAAAGACAACTAATGACTGCTTCGACTTCCTGTGGAGT
GTAAATATGGTACGCTGGAGCTACCTTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCACCTTTTC
TTCCATAACTTGCTTGAAAATAAATACAGCGATCGTCTCAGCTTCTTCAAGTGACAAATC
TTTGTTGAATTGTTCTTGAAAAAAACTATCAGCTCCTTCTGAGCCTGAACCAATCGCCTT
TGCATTGCACTGCCAAAATGTTCCAAATGGGTCCGTGTAGTACAAGCTCGGTCCGTTTTC
ACCATGACCAGCAATGA
AAA

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1ET84JQ 518 0 0
AACGGAAATTCTCTGTCAAAAAATCCGATAGGTTATTGAATGACATGGTAAAGAAAAGAT
TCTCTTACACAACACAACTAAAA*CGTCAAATGAAACATCAAATCTAGCAAACCAGGTGA
AAAATAAATTCTCTTTGTTTATAAATCCGAAAAAAACACAAAGGGGGATAGAGATACATC
AACCGCATTTGAGTATCTTCCTCAAAGACGACTAATGACTGCTTCGACTTCCTGTGGAGT
GTAAATATGGTACGCTGGAGCTACCTTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCACCTTTTC
TTCCACAACTTGCTTGAAAATAGATACAGCGATCGTCTCAGCTTCTTCAAGTGACAGATC
TTTGTTGAATTGTTCTTGAAAAAAACTATCAGCTCCTTCTGAGCCTGAACCAATCGCCTT
TGCATTGCACTGCCAGAATGTTCCAAATGGGTCCGTGTAGTACAAGCTCGGTCCGTTTTC
ACCATGACCAGCAATGAGAAGAGAGACTCCAAATGGCC

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1G713JQ 483 0 0
CGGAAG
ATCCGATAGGTTATTGAATGACATGGTAAAGAAAAGATTCTCTTACACAACACAACTAAA
A*CGTCAAATGAAACATCAAATCTAGCAGACCAGGTGAAAAATAAATTCTCTTTGTTTAT
AAATCCGAAGAAGACACAAAGGGGGATAGAGATACATCAACCGCATTTGAGTATCTTCCT
CAAAGACGACTAATGACTGCTTCGACTTCCTGTGGAGTGTAGATATGGTACGCTGGAGCT
ACCTTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCACCTTTTCTTCCATAACTTGCTTGAGAATA
GATACAGCGATCGTCTCAGCTTCTTCAAGTGACAGATCTTTGTTGAATTGTTCTTGAAGA
GAACTATCAGCTCCTTCTGAGCCTGAACCAATCGCCTTTGCATTGCACTGCCAGAATGTT
CCAGATGGGTCCGTGTAGTACAAGCTCGGTCCGTTTTCACCATGACCAGCAATGAGA

QA 7 483 7 483
DS 



CO CL89Contig2 623 4 11 U
GGGAACCTTCGGAAAGCTAAAAAGAGCGAGCCAAACGCATCCAGTTTCTCAGATTCGCCG
ATCAATCAGCTCACAGACACTTAAAAGAGGGTTTTACAGATCGAAGAAGAAGAAGATGTT
TCTCACTAGGACTGAGTATGACAGAGGAGTCAACACTTTCTCTCCTGAAGGCAGGCTCTT
CCAAGTCGAGTACGCCATTGAAGCTATCAAGCTTGGTTCTACTGCAATTGGAGTGAAGAC
AAAAGAGGGAGTTGTACTTGCTGTCGAGAAGCGTATCACCTCTCCTTTGCTGGAGCCGAG
CAGTGTGGAGAAGATAATGGAAATTGATGACCATATTGGCTGTGCCATGAGCGGTTTAAT
TGCTGATGCGCGTACACTCGTTGAGCATGCAAGAGTTGAGACTCAAAACCACAGATTCTC
GTATGGTGAGCCAATGACTGTAGAGTCCACTACACAAGCCCTCTGTGATCTGGCTTTACG
GTTTGGTGAAGGAGATGAAGAATCAATGTCTCGGCCATTTGGAGTCTCTCTTCTCATCGC
TGGTCATGATGAAAACGGACCGAGCTTGTACTACACGGACCCATCTGGAACATTCTGGCA
GTGCAATGCAAAGGCGATTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 25 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 10 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1DO96TF U 1
AF RR1G713TF U 21
AF RR1DO77TF U 26
AF RR1ET84TF U 26
BS 1 50 RR1DO96TF
BS 51 51 RR1G713TF
BS 52 82 RR1DO96TF
BS 83 83 RR1G713TF
BS 84 375 RR1DO96TF
BS 376 376 RR1G713TF
BS 377 462 RR1DO96TF
BS 463 463 RR1G713TF
BS 464 609 RR1DO96TF
BS 610 622 RR1G713TF
BS 623 623 RR1DO77TF

RD RR1DO96TF 609 0 0
GGGAACCTTCGGAAAGCTAAAAAGAGCGAGCCAAACGCATCCAGTTTCTCCGATTCGCCG
ATCAATCAGCTCACAGACACTTGAAAGAGGGTTTTACAGATCGAAGAAGAAGAAGATGTT
TCTCACTAGGACTGAGTATGACAGAGGAGTCAACACTTTCTCTCCTGAAGGCAGGCTCTT
CCAAGTCGAGTACGCCATTGAAGCTATCAAGCTTGGTTCTACTGCAATTGGAGTGAAGAC
AAAAGAGGGAGTTGTACTTGCTGTCGAGAAGCGTATCACCTCTCCTTTGCTGGAGCCGAG
CAGTGTGGAGAAGATAATGGAAATTGATGACCATATTGGCTGTGCCATGAGCGGTTTAAT
TGCTGATGCGCGTACTCTCGTTGAGCATGCAAGAGTTGAGACTCAAAACCACAGATTCTC
GTATGGTGAGCCAATGACTGTAGAGTCCACTACACAAGCCCTGTGTGATCTGGCTTTACG
GTTTGGTGAAGGAGATGAAGAATCAATGTCTCGGCCATTTGGAGTCTCTCTTCTCATCGC
TGGTCATGATGAAAACGGACCGAGCTTGTACTACACGGACCCATCTGGAACATTCTGGCA
GTGCAATGC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1G713TF 602 0 0
GGAGAGC
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AGGGTTTTACAGATCGAAGAAGAAGA***TGTTTCTCACTAGGACTGAGTATGACAGAGG
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CAAGCTTGGTTCTACTGCAATTGGAGTGAAGACAAAAGAGGGAGTTGTGCTTGCTGTTGA
GAAGCGTATCACCTCTCCTTTGCTGGAGCCGAGCAGTGTGGAGAAGATTATGGAAATTGA
TGACCATATTGGCTGTGCCATGAGCGGTTTAATTGCTGATGCGCGTACACTCGTTGAGCA
TGCAAGAGTTGAGACTCAAAACCACAGATTCTCGTATGGTGAGCCAATGACTGTAGAGTC
CACTACACAAGCCCTCTGTGATCTGGCTTTACGGTTTGGTGAAGGAGATGAA*AATCAAT
GTCTCGGCCATTTGGAGTCTCTCTTCTCATTGCTGGTCATGGTGAAAACGGACCGAGCTT
GTACTACACGGACCCATCTGGAACATTCTGGCAGTGCAATGCAAAGGCGATTGGT

QA 8 602 8 602
DS 

RD RR1DO77TF 598 0 0
GG
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AGGGTTTTACAGATCGAAGAAGAAGAAGATGTTTCTCACTAGGACTGAGTATGACAGAGG
AGTCAACACTTTCTCTCCTGAAGGCAGGCTCTTCCAAGTCGAGTACGCCATTGAAGCTAT
CAAGCTTGGTTCTACTGCAATTGGAGTGAAGACAAAAGAGGGAGTTGTACTTGCTGTCGA
GAAGCGTATCACCTCTCCTTTGCTGGAGCCGAGCAGTGTGGAGAAGATAATGGAAATTGA
TGACCATATTGGCTGTGCCATGAGCGGTTTAATTGCTGATGCGCGTACTCTCGTTGAGCA
TGCAAGAGTTGAGACTCAAAACCACGGATTCTCGTATGGTGAGCCAATGAGTGTAGAGTC
CACTACACAAGCCCTGTGTGATCTGGCTTTACGGTTTGGTGAAGGAGATGAAGAATCAAT
GTCTCGGCCATTTGGAGTCTCTCTTCTCATCGCTGGTCATGATGAAAACGGACCGAGCTT
GTACTACACGGACCCATCTGGAACATTCTGGCAGTGCAATGCAAAGGCGATTGGTT

QA 3 598 3 598
DS 

RD RR1ET84TF 597 0 0
GG
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AGGGTTTTACAGATCGAAGAAGAAGA***TGTTTCTCACTAGGACTGAGTATGACAGAGG
AGTCAACACTTTCTCTCCTGAAGGCAGGCTTTTCCAAGTCGAGTACGCCATTGAAGCTAT
CAAGCTTGGTTCTACTGCAATTGGAGTGAAGACAAAAGAGGGAGTTGTGTTTGCTGTTGA
GAAGCGTATCACCTCTCCTTTGCTGGAGCCGAGCAGTGTGGAGAAGATTATGGAAATTGA
TGACCATATTGGCTGCGCCATGAGCGGTTTAATTGCTGATGCGCGTACACTCGTTGAGCA
TGCAAGAGTTGAGACTCAAAACCACAGATTCTCGTATGGTGAGCCAATGACTGTAGAGTC
CACTACACAAGCCCTCTGTGATCTGGCTTTACGGTTTGGTGAAGGAGATGAAGAATCAAT
GTCTCGGCCATTTGGAGTCTCTCTTCTCATTGCTGGTCATGGTGAAAACGGACCGAGCTT
GTACTACACGGACCCATCTGGAACATTCTGGCAGTGCAATGCAAAGGCGATTGGT

QA 3 597 3 597
DS 



CO CL89Contig3 951 2 10 U
GGGCCGATCAATCAACTGACATTTAAGGGGTTTATCAGATCGAAGTCGCGGAAGAAGAAG
ATGTTTCTCACAAGGACCGAGTATGACAGAGGAGTCAACACTTTCTCTCCTGAAGGCAGG
TTGTTCCAAGTCGAGTATACCATTGAAGCTATCAAGCTTGGTTCCACTGCAATTGGAGTG
AAGACAAAGGAAGGAGTTGTGCTTGCTGTCGAGAAGCGTATCACCTCTCCTTTGCTGGAG
CCGAGCAGTGTGGAGAAGATTATGGAGATTGATGACCATATTGGTTGTGCCATGAGCGGT
TTAATTGCTGATGCACGTACACTTGTTGAGCATGCAAGAGTTGAAACTCAAAACCACAGA
TTCTCGTATGGTGAGCCAATGACTGTAGAGTCCACAACGCAAGCGCTGTGTGATCTGGCT
TTACGGTTTGGTGAAGGAGATGAAGAATCAATGTCTCGCCCATTTGGAGTACCTCTTCTC
ATTGCTGGTCATGATGAAAACGGACCAAGCTTGTACTACACGGACCCATCAGGAACATTC
TGGCAGTGCAACGCAAAGGCCATTGGCTCAGGCTCAGAAGGAACTGATAGTTCTCTTCAA
GAGCAATTCAACAAAGATCTGTCACTCAGTGAAGCTGAGACGATCGCGGTGTCTATCCTC
AAGCAAGTTATGGAAGAAAAGGTGACTCCGAATAATGTGGACATTGCCAAGGTAGCTCCA
GCTTACCATCTCTACACTCCAGAAGAAGTTGAAGCAGTCATTAGTCGTCTTTGAGGATGA
TCATACTCTCAATACGAGTGATGTGTTTATCCGCCTTGTTCTAGTTCGGATTTTGAAACA
AAGACTTTCTTTCACTTTTGTCCGTTAGATTGGATGTTTTATGTGACATTTAAAGTCTTG
TTTATGTAACAGAACCTCTTATTTCCCATTTTCATTCAAGAATCGTCTCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH79TF U 1
AF RR1CO75JQ C 233
BS 1 471 RR1GH79TF
BS 472 472 RR1CO75JQ
BS 473 582 RR1GH79TF
BS 583 583 RR1CO75JQ
BS 584 681 RR1GH79TF
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BS 713 738 RR1GH79TF
BS 739 951 RR1CO75JQ

RD RR1GH79TF 738 0 0
GGGCCGATCAATCAACTGACATTTAAGGGGTTTATCAGATCGAAGTCGCGGAAGAAGAAG
ATGTTTCTCACAAGGACCGAGTATGACAGAGGAGTCAACACTTTCTCTCCTGAAGGCAGG
TTGTTCCAAGTCGAGTATACCATTGAAGCTATCAAGCTTGGTTCCACTGCAATTGGAGTG
AAGACAAAGGAAGGAGTTGTGCTTGCTGTCGAGAAGCGTATCACCTCTCCTTTGCTGGAG
CCGAGCAGTGTGGAGAAGATTATGGAGATTGATGACCATATTGGTTGTGCCATGAGCGGT
TTAATTGCTGATGCACGTACACTTGTTGAGCATGCAAGAGTTGAAACTCAAAACCACAGA
TTCTCGTATGGTGAGCCAATGACTGTAGAGTCCACAACGCAAGCGCTGTGTGATCTGGCT
TTACGGTTTGGTGAAGGAGATGAAGAATCAATGTCTCGCCCATTTGGAGTATCTCTTCTC
ATTGCTGGTCATGATGAAAACGGACCAAGCTTGTACTACACGGACCCATCAGGAACATTC
TGGCAGTGCAACGCAAAGGCCATTGGCTCAGGCTCAGAAGGAGCTGATAGTTCTCTTCAA
GAGCAATTCAACAAAGATCTGTCACTCAGTGAAGCTGAGACGATCGCGGTGTCTATCCTC
AAGCAAGTTATGGAAGAAAAG*TGACTCCGAATAATGTGGACATTGCCAAG*TAGCTCCA
GCTTACCATCTCTACACT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1CO75JQ 719 0 0
TGCTGGAGCCGAGCAGTGTGGAGAAGATTATGGAGATTGATGACCATATTGGTTGTGCCA
TGAGCGGTTTAATTGCTGATGCACGTACACTTGTTGAGCATGCAAGAGTTGAAACTCAAA
ACCACAGATTCTCGTATGGTGAGCCAATGACTGTAGAGTCCACAACGCAAGCGCTGTGTG
ATCTGGCTTTACGGTTTGGTGAAGGAGATGAAGAATCAATGTCTCGCCCATTTGGAGTAC
CTCTTCTCATTGCTGGTCATGATGAAAACGGACCAAGCTTGTACTACACGGACCCATCAG
GAACATTCTGGCAGTGCAACGCAAAGGCCATTGGCTCAGGCTCAGAAGGAACTGATAGTT
CTCTTCAAGAGCAATTCAACAAAGATCTGTCACTCAGTGAAGCTGAGACGATCGCGGTGT
CTATCCTCAAGCAAGTTATGGAAGAAAAGGTGACTCCGAATAATGTGGACATTGCCAAGG
TAGCTCCAGCTTACCATCTCTACACTCCAGAAGAAGTTGAAGCAGTCATTAGTCGTCTTT
GAGGATGATCATACTCTCAATACGAGTGATGTGTTTATCCGCCTTGTTCTAGTTCGGATT
TTGAAACAAAGACTTTCTTTCACTTTTGTCCGTTAGATTGGATGTTTTATGTGACATTTA
AAGTCTTGTTTATGTAACAGAACCTCTTATTTCCCATTTTCATTCAAGAATCGTCTCGG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 15

CO CL90Contig1 654 15 10 U
GGAAGATTACAAAACAATCTAAAGAACTCACTCTTTCCTGTCGGAACAACAATACGAAGC
AAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGCGTTTGTTTTGACGGCTAA
CGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGTGTCTTTCCTACCGATGAG
AAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCGGCTTCAGAAACATCTTC
TTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCTGCTGCCACCAAACCAAA
ACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAGGAGAGAATCCTA
TTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAAAGACTCGGTACCC
TGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCAACAACTATGCGTT
GGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAAAAACAATTGTGTGTACT
TTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACTTATGTACCGACAAGTTT
TACCATTATTTAATTCTCGAGTCAGAAAATAATTACATCACCGGGGGATTCACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
60 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 60 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1EH39JQ C 28
AF RR1GQ69JQ C 1
AF RR1H718JQ C 41
AF RR1H718TF U 41
AF RR1GQ69TF U 1
AF RR1EH39TF U 28
AF RR1F396TF U 41
AF RR1DU04JQ C 236
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AF RR1EX84JQ C 91
AF RR1DU04TF U 48
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AF RR1BG24TF U 38
AF RR1EX84TF U 52
AF RR1F396JQ C 307
BS 1 42 RR1GQ69TF
BS 43 186 RR1H718TF
BS 187 187 RR1GQ69TF
BS 188 216 RR1H718TF
BS 217 217 RR1GQ69TF
BS 218 610 RR1H718TF
BS 611 644 RR1F396TF
BS 645 645 RR1F396JQ
BS 646 652 RR1F396TF
BS 653 654 RR1F396JQ

RD RR1EH39JQ 566 0 0
GG
ACTCTTTCCTGTCGGAACAACAATACGAAGCAAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGT
CAGCGTCTTCGGCGTTTGTTTTGACGGCTGACGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTT
CAAGGAACTCAGTGTCTTTCCTACCGATGAGAAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAG
CAGCCGACGAGGCGGCTTCAGAAACATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGG
CTCCGGCTGGAGCTGCTGCCACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGT
CCAAGGTCAAGATCCTAAGGAGAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGG
CCGTTGATCAGGATCCAAAGACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATT
ACGCCAACATATCGACCAACAACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAA
AAATGAGAGCTGAAAAACAATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTG
TCTGTAACTCGACTTATGTACCGA

QA 3 566 3 566
DS 

RD RR1GQ69JQ 610 0 0
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AAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGCGTTTGTTTTGACGGCTAA
CGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGTGTCTTTCCTACCGATGAG
AAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCGGCTTCAGAAACATCTTC
TTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCTGCTGCCACCAAACCAAA
ACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAGGAGAGAATCCTA
TTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAAAGACTCGGTACCC
TGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCAACAACTATGCGTT
GGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAAAAACAATTGTGTGTACT
TTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACTTATGTACCGACAAGTTT
TACCATTATT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1H718JQ 570 0 0
GG
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GTTTGTTTTGACGGCTAACGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGT
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CCTAAGGAGAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGA
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AAAACAATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGAC
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QA 3 570 3 570
DS 

RD RR1H718TF 570 0 0
GG
GGAACAACAATACGAAGCAAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGC
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GTCTTTCCTACCGATGAGAAGGGCCGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGATGAGGC
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TGCTGCCACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGAT
CCTAAGGAGAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGA
TCCAAAGACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATC
GACCAACAACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGA
AAAACAATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGAC
TTATGTACCGACAAGTTTTACCATTATT

QA 3 570 3 570
DS 

RD RR1GQ69TF 610 0 0
GGAAGATTACAAAACAATCTAAAGAACTCACTCTTTCCTGTCGGAACAACAATACGAAGC
AAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGCGTTTGTTTTGACGGCTAA
CGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGTGTCTTTCCTACCGATGAG
AAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCGGCTTCAGAAACATCTTC
TTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCTGCTGCCACCAAACCAAA
ACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAGGAGAGAATCCTA
TTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAAAGACTCGGTACCC
TGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCAACAACTATGCGTT
GGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAAAAACAATTGTGTGTACT
TTGGTTTAATGTGTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACTTATGTACCGACAAGTTT
TACCATTATT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1EH39TF 583 0 0
GG
ACTCTTTCCTGTCGGAACAACAATACGAAGCAAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGT
CAGCGTCTTCGGCGTTTGTTTTGACGGCTGACGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTT
CAAGGAACTCAGTGTCTTTCCTACCGATGAGAAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAG
CAGCCGACGAGGCGGCTTCAGAAACATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGG
CTCCGGCTGGAGCTGCTGCCACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGT
CCAAGGTCAAGATCCTAAGGAGAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGG
CCGTTGATCAGGATCCAAAGACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATT
ACGCCAACATATCGACCAACAACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAA
AAATGAGAGCTGAAAAACAATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTG
TCTGTAACTCGACTTATGTACCGACAAGTTTTACCATTATT

QA 3 583 3 583
DS 

RD RR1F396TF 612 0 0
GG
GGAACAACAATACGAAGCAAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGC
GTTTGTTTTGACGGCTAACGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGT
GTCTTTCCTACCGATGAGAAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGC
GGCTTCAGAAACATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGC
TGCTGCCACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGAT
CCTAAGGAGAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGA
TCCAAAGACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATC
GACCAACAACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGA
AAAACAATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCCGTAACTCGAC
TTATGTACCGACAAGTTTTACCATTATTTAATTCTCGAGTCAGAAAATAATTACATCACC
GGTGGATTCA

QA 3 612 3 612
DS 

RD RR1DU04JQ 376 0 0
TTTTT
TTCAGAAGGTGCCCCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCTGCTGCCACCAAACCAAA
ACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAGGAGAGAATCCTA
TTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAA*GACTCGGTACCC
TGTTGTGGTCCGGTTCGGGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCAACAACTATGCGTT
GGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAAAAACAATTGTGTGTACT
TTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACTTATGTACCGACAAGTTT
TACCATTATTT

QA 6 376 6 376
DS 

RD RR1B445TF 463 0 0
TACCGATGAGAAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCGGCTTCAG
AAACATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCTGCTGCCA
CCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAGGA
GAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAAAGA
CTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCAACA
ACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAAAAACAAT
TGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACTTATGTAC
CGACAAGTTTTACCATTATTTAATTCTCGAGTCAGAAAATAAT

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR1EX84JQ 534 0 0
AGCGTCTTCGGCGTTTGTTTTGACGGCTAACGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTTC
AAGGAACTCAGTGTCTTTCCTACCGATGAGAAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGC
AGCCGACGAGGCGGCTTCAGAAACATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGC
TCCGGCTGGAGCTGCTGCCACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTC
CAAGGTCAAGATCCTAAGGAGAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGC
CGTTGATCAGGATCCAAAGACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTA
CGCCGACATATCGACCAACAACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAA
AATGAGAGCTGAAAAACAATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGT
CTGTAACTCGACTTATGTACCGACAAGTTTTACCATTATTTAATTCTCGAGTCA

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1DU04TF 564 0 0
GGG
AATACGAAGCAAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGCGTTTGTTT
TGACGGCTAACGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGTGTCTTCCC
TACCGATGAGGAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCGGCTTCAG
AAACATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCTGCTGCCA
CCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAGGA
GAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAA*GA
CTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCAACA
ACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAAAAACAAT
TGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACTTATGTAC
CGACAAGTTTTACCATTATTT

QA 4 564 4 564
DS 

RD RR1AO43TF 573 0 0
GGGTCA
GAACAACAATACGAAGCAAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGCG
TTTGTTTTGACGGCTAACGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGTG
TCTTTCCTACCGATGAGAAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCG
GCTTCAGAAACATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCT
GCTGCCACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATC
CTAAGGAGAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAAGAT
CCAAAGACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCG
ACCAACAACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAA
AAACAATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACT
TATGTACCGACAAGTTTTACCATTATT

QA 7 573 7 573
DS 

RD RR1BG24TF 573 0 0
GGGTCA
GAACAACAATACGAAGCAAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGCG
TTTGTTTTGACGGCTAACGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGTG
TCTTTCCTACCGATGAGAAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCG
GCTTCAGAAACATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCT
GCTGCCACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATC
CTAAGGAGAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAAGAT
CCAAAGACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCG
ACCAACAACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAA
AAACAATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACT
TATGTACCGACAAGTTTTACCATTATT

QA 7 573 7 573
DS 

RD RR1EX84TF 573 0 0
GG
ACGAAGCAAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGCGTTTGTTTTGA
CGGCTAACGTTACGGCGGCCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGTGTCTTTCCTAC
CGATGAGAAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCGGCTTCAGAAA
CATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCTGCTGCCACCA
AACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAGGAGAG
AATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAAAGACTC
GGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCGACATATCGACCAACAACT
ATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAAAAACAATTGT
GTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACTTATGTACCGA
CAAGTTTTACCATTATTTAATTCTCGAGTCA

QA 3 573 3 573
DS 

RD RR1F396JQ 348 0 0
TCCGATCGGCCTTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAGGAGAGAATCCTATTGGTT
CAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAAAGACTCGGTACCCTGTTGT
GGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCAACAACTATGCGTTGGATGA
GGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAAAAACAATTGTGTGTACTTTGGTT
TAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCCGTAACTCGACTTATGTACCGACAAGTTTTACCAT
TATTTAATTCTCGAGTCAGAAAATAATTACATCACCGGGGGATTCACC

QA 1 348 1 348
DS 



AS 1 15

CO CL91Contig1 974 15 11 U
TTTTTAAACCAAAACAAAACAAAACAAAAAAAATACAAAAGATAAAATAACATAAAAATA
ATGGCAAGAGTTCAGTTATTATTATGTTTCACCTTTCTCCTCGCATCAGTGACCTTTATG
GAACATGTTTCAAGTGCCACCACCGCCAGCTCTAGCTCAACCACAACAGTGGCACAACTT
GAGACTGAGACATCCAAAGAAGTCATGGAATTCATAATGAAGCTGGAGAAGAAGTGTCCA
CCAAAGGAGGAATACAAGTCTTTCTTCGAGAAACTAAAGAGTACCATGGTGGCCTCCACA
AAGGTTACTACCGAAAAGAAGAAAGGTTTCTTCTCTGCTGCAGCTGGAAAAATATCTGAT
GCGGTGTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGTCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATG
GAGACCTACCAACAAGAGGTGGCCAAGGCACTGCAGGAGTTAGAAGCCATCCACAAGAAA
ATCATTGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAA
A*CAGAGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGAC
TGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACC
TTGAGCTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTTTATCTACTACATTCATTTTGCCACTACACATAT
ATAATATCTTATTCAAGGCTAGCTAATAATAATTTAGAGATTTTCTTTTTTGTTGGGTTG
AAATAAAACCAAGGTTGGTATAGGCCAATCATATAGATCTATGGATCGACCTATTAAGTA
AGTAAAGATAGACTGTAACCGCTCTGTATGTGTTGAAATAATTTTAAAATAAGCTCTGAT
AGCATAAGATGAGAAGATTTTCTAAAGCTTTTTTTTTCACTCTGAAAATAATGTAGACTA
GATCCTTGACTGCC


BQ
30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 70 70 70 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 85 85 85 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 45 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 
75 75 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 
35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV71TF U 1
AF RR1G808TF U 1
AF RR1E285TF U 1
AF RR1E732TF U 1
AF RR1GJ11TF U 1
AF RR1AM36TF U 6
AF RR1BI65TF U 6
AF RR1B173TF U 6
AF RR1G808JQ C 148
AF RR1B173JQ C 59
AF RR1EV71JQ C 341
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AF RR1GJ11JQ C 675
AF RR1BI65JQ C 132
BS 1 159 RR1E285TF
BS 160 160 RR1EV71TF
BS 161 660 RR1E285TF
BS 661 661 RR1EV71TF
BS 662 708 RR1E285TF
BS 709 709 RR1E732TF
BS 710 743 RR1E285TF
BS 744 756 RR1GJ11TF
BS 757 783 RR1B173TF
BS 784 921 RR1B173JQ
BS 922 974 RR1BI65JQ

RD RR1EV71TF 677 0 0
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GCGGTGTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGTCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATG
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ATCATTGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAA
A*CAGAGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGAC
TGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACC
TTGAGCTCTCTCTCTCA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1G808TF 720 0 0
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GCGGTGTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGTCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATG
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A*CAGAGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGAC
TGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACC
TTGAGCTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTTTATCTACTACATTCATTTTGCCACTACACATAT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1E285TF 743 0 0
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AAGGTTACTACCGAAAAGAAGAAAGGTTTCTTCTCTGCTGCAGCTGGAAAAATATCTGAT
GCGGTGTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGTCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATG
GAGACCTACCAACAAGAGGTGGCCAAGGCACTGCAGGAGTTAGAAGCCATCCACAAGAAA
ATCATTGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAA
A*CAGAGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGAC
TGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACC
ATGAGCTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTTTATCTACTACATTCATTTTGC*ACTACACATAT
ATAATATCTTATTCAAGGCTAGC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1E732TF 729 0 0
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ATGGCAAGAGTTCAGTTATTATTATGTTTCACCTTTCTCCTCGCATCAGTGACCTTTATG
GAACATGTTTCAAGTGCCACCACCGCCAGCTCTAGCTCAACCACAACAGTGGCACAACTT
GAGACTGAGACATCCAAAAAAGTCATGGAATTCATAATGAAGCTGGAGAAGAAGTGTCCA
CCAAAGGAGGAATACAAGTCTTTCTTCGAGAAACTAAAGAGTACCATGGTGGCCTCCACA
AAGGTTACTACCGAAAAGAAGAAAGGTTTCTTCTCTGCTGCAGCTGGAAAAATATCTGAT
GCGGTGTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGTCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATG
GAGACCTACCAACAAGAGGTGGCCAAGGCACTGCAGGAGTTAGAAGCCATCCACAAGAAA
ATCATTGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAA
AACAGAGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGAC
TGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACC
TTGAGCTCTCTCTCTCAGAG*CTGCTTTATCTACTACATTCATTTTGCCACTACACATAT
ATA
TATCTT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1GJ11TF 756 0 0
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GAACATGTTTCAAGTGCCACCACCGCCAGCTCTAGCTCAACCACAACAGTGGCACAACTT
GAGACTGAGACATCCAAAGAAGTCATGGAATTCATAATGAAGCTGGAGAAGAAGTGTCCA
CCAAAGGAGGAATACAAGTCTTTCTTCG*GAAACTAAAGAGTACCATGGTGGCCTCCACA
AAGGTTACTACCGAAAAGAAGAAAGGTTTCTTCTCTGCTGCAGCTGGAAAAATATCTGAT
GCGGTGTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGTCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATG
GAGACCTACCAACAAGAGGTGGCCAAGGCACTGCAGGAGTTAGAAGCCATCCACAAGAAA
ATCATTGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAA
A*CAGAGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGAC
TGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACC
TTGAGCTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTTTATCTACTACATTCATTTTGCCACTACACATAT
ATAATATCTTATTCAAGGCTAGCTAATAATAATTTA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1AM36TF 728 0 0
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AAGAGTTCAGTTATTATTATGTTTCACCTTTCTCCTCGCATCAGTGACCTTTATGGAACA
TGTTTCAAGTGCCACCACCGCCAGCTCTAGCTCAACCACAACAGTGGCACAACTTGAGAC
TGAGACATCCAAAGAAGTCATGGAATTCATAATGAAGCTGGAGAAGAAGTGTCCACCAAA
GGAGGAATACAAGTCTTTCTTCGAGAAACTAAAGAGTACCATGGTGGCCTCCACAAAGGT
TACTACCGAAAAGAAGAAAGGTTTCTTCTCTGCTGCAGCTGGAAAAATATCTGATGCGGT
GTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGTCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATGGAGAC
CTACCAACAAGAGGTGGCCAAGGCACTGCAGGAGTTAGAAGCCATCCACAAGAAAATCAT
TGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAAA*CAG
AGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGACTGCTA
TCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACCTTGAG
CTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTTTATCTACTACATTCATTTTGCCACTACACATATATAAT
ATCTTATT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1BI65TF 728 0 0
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AAGAGTTCAGTTATTATTATGTTTCACCTTTCTCCTCGCATCAGTGACCTTTATGGAACA
TGTTTCAAGTGCCACCACCGCCAGCTCTAGCTCAACCACAACAGTGGCACAACTTGAGAC
TGAGACATCCAAAGAAGTCATGGAATTCGTAATGAAGCTGGAGAAGAAGTGTCCACCAAA
GGAGGAATACAAGTCTTTCTTCGAGAAACTAAAGAGTACCATGGTGGCCTCCACAAAGGT
TACTACCGAAAAGAAGAAAGGTTTCTTCTCTGCTGCAGCTGGAAAAATATCTGATGCGGT
GTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGCCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATGGAGAC
CTACCAACAAGAGGTGGCCAAGGCACTGCAGGAGTTAGAAGCCATCCACAAGAAAATCAT
TGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAAA*CAG
AGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGACTGCTA
TCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACCTTGAG
CTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTTTATCTACTACATTCATTTTGCCACTACACATATATAAT
ATCTTATT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1B173TF 778 0 0
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AAGAGTTCAGTTATTATTATGTTTCACCTTTCTCCTCGCATCAGTGACCTTTATGGAACA
TGTTTCAAGTGCCACCACCGCCAGCTCTAGCTCAACCACAACAGTGGCACAACTTGAGAC
TGAGACATCCAAAGAAGTCATGGAATTCATAATGAAGCTGGAGAAGAAGTGTCCACCAAA
GGAGGAATACAAGTCTTTCTTCGAGAAACTAAAGAGTACCATGGTGGCCTCCACAAAGGT
TACTACCGAAAAGAAGAAAGGTTTCTTCTCTGCTGCAGCTGGAAAAATATCTGATGCGGT
GTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGTCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATGGAGAC
CTACCAACAAGAGGTGGCCAAGGCACTGCAGGAGTTAGAAGCCATCCACAAGAAAATCAT
TGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAAA*CAG
AGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGACTGCTA
TCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACCTTGAG
CTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTTTATCTACTACATTCATTTTGCCACTACACATATATAAT
ATCTTATTCA*GGCTAGCTAATAATAATTTAGAGATTTTCTTTTTTGTTGGGTTGAAA

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1G808JQ 753 0 0
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GAGAAACTAAAGAGTACCATGGTGGCCTCCACAAAGGTTACTACCGAAAAGAAGAAAGGT
TTCTTTTCTGCTGCAGCTGGAAAAATATCTGATGCGGTGTCTTTCATTGGTTCAAAATTT
ACTGGCAAGTCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATGGAGACCTACCAACAAGAGGTGGCCAAG
GCACTGCAGGAGTTAGAAGCCATCCACAAGAAAATCATTGAAGCAAACCAAGGCAAGGTA
GAGGGTTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAAA*CAGAGATCAAACAAACAATCACCAG
ATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGACTGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAA
TACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACCTTGAGCTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTT
TATCTACTACATTCATTTTGCCACTACACATATATAATATCTTATTCAAGGCTAGCTAAT
AATAATTTAGAGATTTTCTTTTTTGTTGGGTTGAAATAAAACCAAGGTTGGTATAGGCCA
ATCATATAGATCTATGGATCGACCTATTAAGTAAGTAAAGATAGACTGTAACCGCTCTGT
ATGTGTTGAAATAATTTTAAAATAAGCTCTGAT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1B173JQ 866 0 0
TAATGGCAAGAGTTCAGTTATTATTATGTTTCAC*TTTCTCCTCGCATCAGTGACCTTTA
TGGAACATGTTTCAAGTGCCACCACCGCCAGCTCTAGCTCAACCACAACAGTGGCACAAC
TTGAGACTGAGACATCCAAAGAAGTCATGGAATTCATAATGAAGCTGGAGAAGAAGTGTC
CACCAAAGGAGGAATACAAGTCTTTCTTCGAGAAACTAAAGAGTACCATGGTGGCCTCCA
CAAAGGTTACTACCGAAAAGAAGAAAGGTTTCTTCTCTGCTGCAGCTGGAAAAATATCTG
ATGCGGTGTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGTCAGCAGAGGTTAAAAAATCCA
TGGAGACCTACCAACAAGAGGTGGCCAAGGCACTGCAGGAGTTAGAAGCCATCCACAAGA
AAATCATTGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAA
AAA*CAGAGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAG
ACTGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTA
CCTTGAGCTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTTTATCTACTACATTCATTTTGCCACTACACAT
ATATAATATCTTATTCAAGGCTAGCTAATAATAATTTAGAGATTTTCTTTTTTGTTGGGT
TGAAATAAAACCAAGGTTGGTATAGGCCAATCATATAGATCTATGGATCGACCTATTAAG
TAAGTAAAGATAGACTGTAACCGCTCTGTATGTGTTGAAATAATTTTAAAATAAGCTCTG
ATAGCATAAGATGAGAAGATTTT
CCG

QA 1 863 1 863
DS 

RD RR1EV71JQ 563 0 0
CAGCTGGAAAAATATCTGATGCGGTGTCTTTCATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGTCAG
CAGAGGTTAAAAAATCCATGGAGACCTACCAACAAGAGGTGGCCAAGGCACTGCAGGAGT
TAGAAGCCATCCACAAGAAAATCATTGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGG
CAGTGACAGCAGAGCAAAAAA*CAGAGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTG
ACGACTCAGTTCGTGGAGACTGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGTTGGT
GTAGACAAAGTCAAGCTACCTTGAGCTCTCTCTTTCAGAGGCTGCTTTATTTACTACATT
CATTTTGCCACTACACATATATAATATTTTATTCAAGGCTAGCTAATAATAATTTAGAGA
TTTTTTTTTTTGTTGGGTTGAAATAAAACCAAGGTTGGTATAGGCCAATCATATAGATCT
ATGGATCGACCTATTAAGTAAGTAAAGATAGACTGTAACCGCTCTGTATGTGTTGAAATA
ATTTTAAAATAAGCTCTGATAGC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1AM36JQ 570 0 0
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AACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGACTGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTAC
AGTTGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACCTTGAGCTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTTTATCTA
CTACATTCATTTTGCCACTACACATATATAATATCTTATTCAAGGCTAGCTAATAATAAT
TTAGAGATTTTCTTTTTTGTTGGGTTGAAATAAAACCAAGGTTGGTATAGGCCAATCATA
TAGATTTATGGATCGACCTATTAAGTAAGTAAAGATAGACTGTAACCGCTCTGTATGTGT
TGAAATAATTTTAAAATAAGCTCTGATAGC

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1E285JQ 587 0 0
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TCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATGGAGACCTACCAACAAGAGGTGGCCAAGGCACTGCAG
GAGTTAGAAGCCATCCACAAGAAAATCATTGAAGCAAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCA
GTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAAA*CAGAGATCAAACAAACAATCACCAGATGGGAAAC
AGTGACGACTCAGTTCGTGGAGACTGCTATCCAGACCGAGGCTGCTTCAAATACTACAGT
TGGTGTAGACAAAGTCAAGCTACCATGAGCTCTCTCTCTCAGAGGCTGCTTTATTTACTA
CATTCATTTTGCCACTACACATATATAATATCTTATTCAAGGCTAGCTAATAATAATTTA
GAGATTTTCTTTTTTGTTGGGTTGAAATAAAACCAAGGTTGGTATAGGCCAATCATATAG
ATCTATGGATCGACCTATTAAGTAAGTAAAGATAGACTGTAACCGCTCTGTATGTGTTGA
AATAATTTTAAAATAAGCTCTGATAGCATAAGATGAGAAGATTTT
TT

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1GJ11JQ 249 0 0
TCAGAGGCTGCTTTATTTACTACATTCATTTTGCCACTACACATATATAATATTTTATTC
AAGGCTAGCTAATAATAATTTAGAGATTTTTTTTTTTGTTGGGTTGAAATAAAACCAAGG
TTGGTATATGCCAATCATATAGATTTATGGATCGACCTATTAAGTAAGTAAAGATAGACT
GTAACCGCTCTGTATGTGTTGAAATAATTTTAAAATAAGCTTTGATAGCATAAGATGAGA
AGATTTT
TT

QA 1 247 1 247
DS 

RD RR1BI65JQ 843 0 0
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ATACAAGTCTTTCTTCGAGAAACTAAAGAGTACCATGGTGGCCTCCACAAAGGTTACTAC
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CATTGGTTCAAAATTTACTGGCAAGCCAGCAGAGGTTAAAAAATCCATGGAGACCTACCA
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AAACCAAGGCAAGGTAGAGGGGTCAGTGGCAGTGACAGCAGAGCAAAAAA*CAGAGATCA
AACAAACAATCACCAGATGGGAAACAGTGACGACTCAGTTCGTGGAGACTGCTATCCAGA
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CTCTCAGAGGCTGCTTTATCTACTACATTCATTTTGCCACTACACATATATAATATCTTA
TTCAAGGCTAGCTAATAATAATTTAGAGATTTTCTTTTTTGTTGGGTTGAAATAAAACCA
AGGTTGGTATAGGCCAATCATATAGATCTATGGATCGACCTATTAAGTAAGTAAAGATAG
ACTGTAACCGCTCTGTATGTGTTGAAATAATTTTAAAATAAGCTCTGATAGCATAAGATG
AGAAGATTTTCTAAAGCTTTTTTTTTCACTCTGAAAATAATGTAGACTAGATCCTTGACT
GCC

QA 1 843 1 843
DS 



AS 2 15

CO CL92Contig1 1048 6 7 U
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AGCAAATGCAAATCAACGAAAGACACAAACCTTACAGAACATCATAAAGATTGAAGAGAA
AATCATCAAAGAAGCACAGCAAATGTCCCACTCCAGATCATTATTTTCTTAATCATCGGA
CTCCTTTTCTTTCTTCTTCTCCTCCTCTTCAGTACCCTTGGCGTGATAACCTGGAAGCTT
CTCTTTGATCTTTTCAAGAATCCCTTTCTTCTCTTCCGGATGCTCAGCCGTTTCCTCAGT
CACTGGTACCGCAGCCCCCGTGTCGACCACTTGAGAATCCTCTGGTTTCTCGCTGTGACC
TGGAAGCTTCTCCTTGATCTTCTCCATCAGTCC*TTTCTTCTCCTCCGGATGCTCCACCG
TTTCCTCCTTCACCGGCAGGGTGGCGATGACTGGAGTATCATCCTCTGTCTTTGTTCCGT
GTGGAAACTTCTCCCTGATCTGCTCCATTACATCCTTTCTATCTTCCTTTATTTTCTCAT
CTTCTTCGGCCATCTTCTTCTTCTTTTCCTTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCACCTTCTT
CCTCGCTTGAAGAGGAAGAAGAGCTGTTGGATCGGTGAAGCTTTTGGATGAGACTAGGTT
TGTTCTCTTCTTCTTCTTCGTGCTTCTGGTGGAGCTTCTCGAGGAGAGTAGGCTTATGCT
CCTTCTCTTTCTCTTCTTCGTGCTTCACCACAAACGCCGGCTGTTCCGAGACCTGAGCCT
TGTGCTCGAACTCTGACTCCAGCGTCGTCGACGTTTCTTGAGGCTTCACTTCCTCTTTTT
TCTTGAGGAAGTCAAACAATCCACGATCCTTAACCTCTCCCGTCGTCGTGACAGATGATT
CCTCGGTGGTGGCAACCTTTGGGGACTCGTTCTTGAACTCCTCCGAAGCGTTCTTGTACT
CTTCCGCCATTGTGATAAACAGAAAATATGAGAGCTTTACTTTGCTTTAAAGGTGATTGA
TTATGTAGAGCTGTGATGAGTATTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1EL80TF C 12
AF RR1EW61JQ U 5
AF RR1AM10JQ U 1
AF RR1A747JQ U 5
AF RR1AM10TF C 248
AF RR1A747TF C 294
BS 1 222 RR1AM10JQ
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BS 773 795 RR1A747JQ
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TCTTCTTCTCCTCCTCTTCAGTACCCTTGGCGTGATAACCTGGAAGCTTCTCTTTGATCT
TTTCAAGAATCCCTTTCTTCTCTTCCGGATGCTCAGCCG
C

QA 1 279 1 279
DS 

RD RR1EW61JQ 601 0 0
GCTTAGA
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ATCAACGAAAGACACAAACCTTACAGAACATCATAAAGATTGAAGAGAAGATCATCAAAG
AAGCACAGCAAATGTCCCACTCCAGATCATTATTTTCTTAATCATCGGACTCCTTTTCTT
TCTTCTTCTCCTCCTCTTCAGTACCCTTGGCGTGATAACCTGGAAGCTTCTCTTTGATCT
TTTCAAGAATCCCTTTCTTCTCTTCCGGATGCTCAGCCGTTTCCTCAGTCACTGGTACCG
CAGCCCCCGTGTCGACCACTTGAGAATCCTCTGGTTTCTCGCTGTGACCTGGAAGCTTCT
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ATCTTATTCTTCTTTTCCTTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCACCTTCTTCCTCG

QA 8 601 8 601
DS 

RD RR1AM10JQ 772 0 0
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CTCTTTGATCTTTTCAAGAATCCCTTTCTTCTCTTCCGGATGCTCAGCCGTTTCCTCAGT
CACTGGTACCGCAGCCCCCGTGTCGACCACTTGAGAATCCTCTGGTTTCTCGCTGTGACC
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TTTCCTCCTTCACCGGCAGGGTGGCGATGACTGGAGTATCATCCTCTGTCTTTGTTCCGT
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CTTCTTCGGCCATCTTCTTCTTCTTTTCCTTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCACCTTCTT
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TGTTCTCTTCTTCTTCTTCGTGCTTCTGGTGGAGCTTCTCGAGGAGAGTAGGCTTATGCT
CCTTCTCTTTCTCTTCTTCGTGCTTCACCACAAACGCCGGCTGTTCCGAGAC

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DS 

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ATCAACGAAAGACACAAACCTTACAGAACATCATAAAGATTGAAGAGAAAATCATCAAAG
AAGCACAGCAAATGTCCCACTCCAGATCATTATTTTCTTAATCATCGGACTCCTTTTCTT
TCTTCTTCTCCTCCTCTTCAGTACCCTTGGCGTGATAACCTGGAAGCTTCTCTTTGATCT
TTTCAAGAATCCCTTTCTTCTCTTCCGGATGCTCAGCCGTTTCCTCAGTCACTGGTACCG
CAGCCCCCGTGTCGACCACTTGAGAATCCTCTGGTTTCTCGCTGTGACCTGGAAGCTTCT
CCTTGATCTTCTCCATCAGTCC*TTTCTTCTCCTCCGGATGCTCCACCGTTTCCTCCTTC
ACCGGCAGGGTGGCGATGACTGGAGTATCATCCTCTGTCTTTGTTCCGTGTGGAAACTTC
TCCCTGATCTGCTCCGTTACATCCTTTCTATCTTCCTTTATTTTCTCATCTTCTTCGGCC
ATCTTCTTCTTCTTTTCCTTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCACCTTCTTCCTCGCTTGAA
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TCTTCTTCGTGCTTCTGGTGGAGCTTCTCGAGGAGAGTAGGCTTATGCTCCTTCTCTTTC
TCTTCTTCGTGCTTCGCCACAAACGCCGGCTGTTCCGAGACCTGAGCCTTGTGCTCGAAC
TCTG

QA 8 791 8 791
DS 

RD RR1AM10TF 801 0 0
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ACCGCAGCCCCCGTGTCGACCACTTGAGAATCCTCTGGTTTCTCGCTGTGACCTGGAAGC
TTCTCCTTGATCTTCTCCATCAGTCCCTTTCTTCTCCTCCGGATGCTCCACCGTTTCCTC
CTTCACCGGCAGGGTGGCGATGACTGGAGTATCATCCTCTGTCTTTGTTCCGTGTGGAAA
CTTCTCCCTGATCTGCTCCATTACATCCTTTCTATCTTCCTTTATTTTCTCATCTTCTTC
GGCCATCTTCTTCTTCTTTTCCTTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCACCTTCTTCCTCGCT
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TTCTTCTTCTTCGTGCTTCTGGTGGAGCTTCTCGAGGAGAGTAGGCTTATGCTCCTTCTC
TTTCTCTTCTTCGTGCTTCACCACAAACGCCGGCTGTTCCGAGACCTGAGCCTTGTGCTC
GAACTCTGACTCCAGCGTCGTCGACGTTTCTTGAGGCTTCACTTCCTCTTTTTTCTTGAG
GAAGTCAAACAATCCACGATCCTTAACCTCTCCCGTCGTCGTGACAGATGATTCCTCGGT
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CATTGTGATAAACAGAAAATATGAGAGCTTTACTTTGCTTTAAAGGTGATTGATTATGTA
GAGCTGTGATGAGTATTGTCC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1A747TF 755 0 0
T
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GTGACCTGGAAGCTTCTCCTTGATCTTCTCCATCAGTCC*TTTCTTCTCCTCCGGATGCT
CCACCGTTTCCTCCTTCACCGGCAGGGTGGCGATGACTGGAGTATCATCCTCTGTCTTTG
TTCCGTGTGGAAACTTCTCCCTGATCTGCTCCGTTACATCCTTTCTATCTTCCTTTATTT
TCTCATCTTCTTCGGCCATCTTCTTCTTCTTTTCCTTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCAC
CTTCTTCCTCGCTTGAAGAGGAAGAAGAGCTGTTGGATCGGTGAAGCTTTTGGATGAGAC
TAGGTTTGTTCTCTTCTTCTTCTTCGTGCTTCTGGTGGAGCTTCTCGAGGAGAGTAGGCT
TATGCTCCTTCTCTTTCTCTTCTTCGTGCTTCGCCACAAACGCCGGCTGTTCCGAGACCT
GAGCCTTGTGCTCGAACTCTGACTCCAGCGTCGTCGACGTTTCTTGAGGCTTCACTTCCT
CTTTTTTCTTGAGGAAGTCAAACAATCCACGATCCTTAACCTCTCCCGTCGTCGTGACAG
ATGATTCCTCGGTGGTGGCAACCTTTGGGGACTCGTTCTTGAACTCCTCCGAAGCGTTCT
TGTACTCTTCCGCCATTGTGATAAACAGAAAATATGAGAGCTTTACTTTGCTTTAAAGGT
GATTGATTATGTAGAGCTGTGATGAGTATTGTCC

QA 2 755 2 755
DS 



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TCACTTCTCGTTAACTGTTCCGTTAATCAAGAGTAACTAACAATGGCCGAAGAGTACAAG
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AAAGCCCAGATCACGGGAGAGCAGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAAGAGAAGGAGCAT
AAGCCTACTCTCCTCGAGCAGCTTCACCAGAAGCATGAGGAGGAGGAAGAGAACAAGCCA
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GGTGAAGACGGTGAGAAGAGGAAGAATGAGAAGAAGAAGATCGTTGAAGGAGACGAGAAG
AAGGGAGTGATGGAGAAGATCAAGGAGAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAA*CTGACGA
TTCTCAAGTCGTCAACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGAGGAAAAGGCGGAGCATCC
GGAGGAGAAGAAAGGTATTCTTGAGAAGATCAAAGAGAAGCTTCCAGGTTATCACGCTAA
GAGCACTGAAGAGGAGGAGGAGAAGAAAGAAAAGGAGTCCGATGCTTAAGAAAGATGATA
TAAATAATGTTGGAGTGGGACAGTTGCTGTGTTTCTTTCTGTGATGATTTATCTTTTATC
TTTAAGCTATACTCTGTTTTTTTTTTTGTGCAACCTTTAAGCTATACTCTGTAAGATTGT
GTCTTTCGTTGGCTTGCATTCTTCACCGCTATATTGTAATTTCAGTATCTCTTTTGTAAA
CTTCGCATATGGTTAAGTAAAGTTTCGAGTTATGTGTGTAATGTTC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA21TF U 1
AF RR1BJ89TF U 1
AF RR1F459TF U 1
AF RR1GK40TF U 1
AF RR1BT26TF U 1
AF RR1FY58TF U 319
AF RR1F459JQ C 229
AF RR1DC61JQ C 498
AF RR1DC61TF U 435
BS 1 269 RR1BJ89TF
BS 270 270 RR1BT26TF
BS 271 330 RR1BJ89TF
BS 331 331 RR1BT26TF
BS 332 412 RR1BJ89TF
BS 413 413 RR1BT26TF
BS 414 592 RR1BJ89TF
BS 593 593 RR1BT26TF
BS 594 639 RR1BJ89TF
BS 640 719 RR1BT26TF
BS 720 720 RR1DC61TF
BS 721 729 RR1BT26TF
BS 730 998 RR1DC61TF
BS 999 1006 RR1F459JQ

RD RR1HA21TF 222 0 0
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TCACTTCTCGTTAACTGTTCCGTTAATCAAGAGTAACTAACAATGGCCGAAGAGTACAAG
AACGCTACTGAGGAGTTCAAGAACGTCCCCGAACACGAGACCCCAAAGATCACCACCACG
GAAGAACCGTCGGCTACGACGGGAGAGGT*AAGGACCGTGGA

QA 1 222 1 222
DS 

RD RR1BJ89TF 639 0 0
GGATCACAGCTCTTTACAATCACCTTAAAAGCAAGTTAAAGCTCTCCTTTTCTCTGTTTA
TCACTTCTCGTTAACTGTTCCGTTAATCAAGAGTAACTAACAATGGCCGAAGAGTACAAG
AACGCTACTGAGGAGTTCAAGAACGTCCCCGAACACGAGACCCCAAAGATCACCACCACG
GAAGAACCGTCGGCTACGACGGGAGAGGTTAAGGACCGTGGATTGTTCGATTTCTTGGGG
AAAAAGGAGGAAGTGAAACCTCAAGAAACAACCACACCGCTAGCTTCGGAGGTCGAGCAT
AAAGCCCAGATCACGGGAGAGCAGGCGTTT*TGGCGAAGCACGAAGAAGAGAAGGAGCAT
AAGCCTACTCTCCTCGAGCAGCTTCACCAGAAGCATGAGGAGGAGGAAGAGATCAAGCCA
AGTCTCTTCCAGAAGCTTCACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCTTCAAGCGAGGAAGAA
GGTGAAGACGGTGAGAAGAGGAAGAATGAGAAGAAGAAGATCGTTGAAGGAGACGAGAAG
AAGGGAGTGATGGAGAAGATCAAGGAGAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAAACTGACGA
TTCTCAAGTCGTCAACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGAC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1F459TF 644 0 0
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TCACTTCTCGTTAACTGTTCCGTTAATCAAGAGTAACTAACAATGGCCGAAGAGTACAAG
AACGCTACTGAGGAGTTCAAGAACGTCCCCGAACACGAGACCCCAAAGATCACCACCACG
GAAGAACCGTCGGCTACGACGGGAGAGGTTAAGGACCGTGGATTGTTCGATTTCTTGGGG
AAAAAGGAGGAAGTGAAACCTCAAGAAACGACCACACCGCTAGCTTCGGAGGTCGAGCAT
AAAGCCCAGATCACGGGAGAGCAGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAAGATAAGGAGCAT
AAGCCTACTCTCCTCGAGCAGCTTCACCAGAAGCATGAGGAGGAGGAAGAGAACAAGCCA
AGTCTCTTCCAGAAGCTTCACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCTTCAAGCGAGGAAGGA
GGTGAAGACGGTGAGAAGAGGAAGAATGAGAAGAAGAAGATCGTTGAAGGAGACGAGAAG
AAGGGAGTGATGGAGAAGATCAAGGAGAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAA*CTGACGA
TTCTCAAGTCGTCAACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGAGG

QA 1 644 1 644
DS 

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TCACTTCTCGTTAACTGTTCCGTTAATCAAGAGTAACTAACAATGGCCGAAGAGTACAAG
AACGCTACTGAGGAGTTCAAGAACGTCCCCGAACACGAGACCCCAAAGATCACCACCACG
GAAGAACCGTCGGCTACGACGGGAGAGGTTAAGGACCGTGGATTGTTCGATTTCTTGGGG
AAAAAGGAGGAAGTGAAACCTCAAGAAACGACCACACCGCTAGCTTCGGAGGTCGAGCAT
AAAGCCCAGATCACGGGAGAGCAGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAAGAGAAGGAGCAT
AAGCCTACTCTCCTCGAGCAGCTTCACCAGAAGCATGAGGAGGAGGAAGAGAACAAGCCA
AGTCTCTTCCAGAAGCTTCACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCTTCAAGCGAGGAAGAA
GGTGAAGACGGTGAGAAGAGGAAGAATGAGAAGAAGAAGATCGTTGAAGGAGACGAGAAG
AAGGGAGTGATGGAGAAGATCAAGGAGAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAA*CTGACGA
TTCTCAAGTCGTCAACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGAGGA

QA 1 645 1 645
DS 

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TCACTTCTCGTTAACTGTTCCGTTAATCAAGAGTAACTAACAATGGCCGAAGAGTACAAG
AACGCTACTGAGGAGTTCAAGAACGTCCCCGAACACGAGACCCCAAAGATCACCACCACG
GAAGAACCGTCGGCTACGACGGGAGAGGTTAAGGACCGTGGATTGTTCGATTTCTTGGGG
AAAAAGGAGGAAGTGAAACCTCAAGAAACGACCACACCGCTAGCTTCGGAGGTCGAGCAT
AAAGCCCAGATCACGGGAGAGCAGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAAGAGAAGGAGCAT
AAGCCTACTCTCCTCGAGCAGCTTCACCAGAAGCATGAGGAGGAGGAAGAGAACAAGCCA
AGTCTCTTCCAGAAGCTTCACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCTTCAAGCGAGGAAGAA
GGTGAAGACGGTGAGAAGAGGAAGAATGAGAAGAAGAAGATCGTTGAAGGAGACGAGAAG
AAGGGAGTGATGGAGAAGATCAAGGAGAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAA*CTGACGA
TTCTCAAGTCGTCAACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGAGGAAAAGGCGGAGCATCC
GGAGGAGAAGAAAGGTATTCTTGAGAAGATCAAAGAGAAGCTTCCAGGTTATCACGCTA*
GAGCACTGA

QA 1 729 1 729
DS 

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CACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCCTCAAGCGAGGAAGAAGGTGAAGACGGTGAGAAG
AGGAAGAATGAGAAGAAGAAGATCGTTGAAGGAGACGAGAAGAAGGGAGTGATGGAGAAG
ATCAAGGATAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAA*CTGACGATTCTCAAGTCGTCAACAC
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TCTTGAGAAGATCAAAGAGAAGCTTCCAGGTTATCACGCTAAGAGCACTGAAGAGGAGGA
GGAGAAGAAAGAAAAGGAGTCCGATGCTTAAGAAAGATGATATAAATAATGTTGGAGTGG
GACAGTTGCTGTGTTTCTTTCTGTGATGATTTATCTTTTATCTTTAAGCTATACTCTGTT
TTTTTTTT*GTGCAACCTTTAAGCTATACTCTGTAAGATTGTGTCTTTCGTTGGCTTGCA
TTCTTCACCGCTATATTGTAATTTCAGTATCTC

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DS 

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GAGGTCGAGCATAAAGCCCAGATCACGGGAGAGCAGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAA
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AGCGAGGAAGGAGGTGAAGACGGTGAGAAGAGGAAGAATGAGAAGAAGAAGATCGTTGAA
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AAAA*CTGACGATTCTCAAGTCGTCAACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGAGGAAAA
GGCGGAGCATCCGGAGGAGAAGAAAGTTATTCTTGAGAAGATCAAAGAGAAGCTTCCAGG
TTATCACGCTAAGAGCACTGAAGAGGAGGAGGAGAAGAAAGAAAAGGAGTCCGATGCTTA
AGAAAGATGATATAAATAATGTTGGAGTGGGACAGTTGCTGTGTTTCTTTCTGTGATGAT
TTATCTTTTATCTTTAAGCTATACTCTGTTTTTTTTTT*GTGCAACCTTTAAGCTATACT
CTGTAAGATTGTGTCTTTCGTTGGCTTGCATTCTTCACCGCTATATTGTAATTTCAGTAT
CTCTTTTGTAAACTTCGCATATGGTTAAGTAAAGTTTCGAGTTATGTGTGTAATGTTC

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DS 

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GATCAAGGAGAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAA*CTGACGATTCTCAAGTCGTCAACA
CGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGAGGAAAAGGCGGAGCATCCGGAGGAGAAGAAAGGTA
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AGGAGAAGAAAGAAAAGGAGTCCGATGCTTAAGAAAGATGATATAAATAATGTTGGAGTG
GGACAGTTGCTGTGTTTCTTTCTGTGATGATTTATCTTTTATCTTTAAGCTATACTCTGT
TTTTTTTTTTGTGCAACCTTTAAGCTATACTCTGTAAGATTGTGTCTTTCGTTGGCTTGC
ATTCTTCACCGCTATATTGTAATTTCAGTATCTCTTTTGTAAACTTCGCATATGGTTAAG
TAAAGTTTCGAGTTATGTGTG
T

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR1DC61TF 564 0 0
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GAAGATCAAGGAGAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAA*CTGACGATTCTCAAGTCGTCA
ACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGAGGAAAAGGCGGAGCATCCGGAGGAGAAGAAAG
GTATTCTTGAGAAGATCAAAGAGAAGCTTCCAGGTTATCACGCTAAGAGCACTGAAGAGG
AGGAGGAGAAGAAAGAAAAGGAGTCCGATGCTTAAGAAAGATGATATAAATAATGTTGGA
GTGGGACAGTTGCTGTGTTTCTTTCTGTGATGATTTATCTTTTATCTTTAAGCTATACTC
TGTTTTTTTTTTTGTGCAACCTTTAAGCTATACTCTGTAAGATTGTGTCTTTCGTTGGCT
TGCATTCTTCACCGCTATATTGTAATTTCAGTATCTCTTTTGTAAACTTCGCATATGGTT
AAGTAAAGTTTCGAGTTATGTGTG

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 14

CO CL93Contig1 870 14 40 U
GGACTTGAAGGAAGTGCGTGAAGCTAGTGGCAGACGTCTTTGATAGAGAGAACAAAAAAA
AA**TATGGCTTCTTCTTCTTGTTCTACATTTTTCACTTTCTCTAGTCAGACCACACTGC
ACTCTCTTCCTCAGAGAAACACCATTCTCACCAAAACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAAT
CATCAGAATCTAACTTCTTTGGTCTCAGACTCTCTCCCTCCACCTCTCTCGCC**CCCCT
CTACTCTCCCGGTTCTTTCAAAAGCTCAATCTTTGCTAAGGTAAACAAGGGGCAGAGTGC
ACCAGACTTCACACTAAAGGATCAAAACGGAAAGCCGGTGAGCCTCAAGAAGTATAAAGG
GAAGCCTGTTGTTCTATATTTTTACCCTGCAGATGAAACCCCTGGCTGCACCAAGCAGGC
TTGTGCTTTCAGAGACTCTTATGAGAAATTCAAGAAGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCAT
AAGTGGTGATGATTCTGCTTCCCACAAGGCTTTTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACAC
ATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAGACTGGGG*AGTGCCTGGAGATCTGT
TTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGTTCTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCA
TCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGAGAAACACATTGATGAGACCTTAAAGTTCCTCAAAG
CTGCTTGATC*TTCTCTTCTTCCTCTTCTGCATCTTTACAAAACAACAATTCATGACCTT
CCTTTATTGTTCTCATTGCTGTTTTCCCAATGACTCCAATTCAAAACACCAAACTTGATA
ATAAAACAAAATATAAGAGTTTAATTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 25 30 30 30 35 35 35 35 35 35 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 20 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 25 75 75 75 75 75 35 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 55 80 80 80 80 80 80 30 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 25 75 75 75 75 75 75 60 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 45 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 
55 55 50 50 50 50 50 10 50 35 50 50 35 50 50 50 45 45 30 45 45 30 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1B078JQ C 280
AF RR1B078TF U 35
AF RR1FQ60TF U 1
AF RR1FP16TF U 8
AF RR1E771TF U 19
AF RR1FA05TF U 31
AF RR1A918JQ C 441
AF RR1BO34TF U 30
AF RR1A918TF U 41
AF RR1B577JQ C 44
AF RR1FA05JQ C 207
AF RR1FQ60JQ C 146
AF RR1FP16JQ C 378
AF RR1BO34JQ C 400
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BS 589 706 RR1FQ60TF
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BS 764 807 RR1BO34TF
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BS 842 870 RR1FQ60JQ

RD RR1B078JQ 297 0 0
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GAGCCTCAAGAAGTATAAAGGGAAGCCTGTTGTTCTATATTTTTACCTTGCAGATGAAAC
CCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCTTTCAGGGACTCTTATGAGAAATTCAAGAAGGC
CGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCCCACAAGGCTTTTGCAAG
CAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAGA

QA 1 297 1 297
DS 

RD RR1B078TF 604 0 0
G
GTCTTTGATAGAGAGAACAAAAAAAAAA*TATGGCTTCTTCTTCTTGTTCTACATTTTTC
ACTTTCTCTAGTCAGACCACACTGCACTCTCTTCCTCAGAGAAACACCATTCTCACCAAA
ACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAATCATCAGAATCTAACTTCTTTGGTCTCAGACTCTCT
CCCTCCACCTCTCTCGCC**CCCCTCTACTCTCCCGGTTCTTTCAAAAGCTCAATCTTTG
CTAAGGTAAACAAGGGGCAGAGTGCACCAGACTTCACACTAAAGGATCAAAACGGAAAGC
CGGTGAGCCTCAAGAAGTATAAAGGGAAGCCTGTTGTTCTATATTTTTACCTTGCAGATG
AAACCCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCTTTCAGGGACTCTTATGAGAAATTCAAGA
AGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCCCACAAGGCTTTTG
CAAGCGAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAG
ACTGGGGGAGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGTTCTT
GAC

QA 2 604 2 604
DS 

RD RR1FQ60TF 707 0 0
GGACTTGAAGGAAGTGCGTGAAGCTAGTGGCAGACGTCTTTGATAGAGAGAACAAAAAAA
AA**TATGGCTTCTTCTTCTTGTTCTACATTTTTCACTTTCTCTAGTCAGACCACACTGC
ACTCTCTTCCTCAGAGAAACACCATTCTCACCAAAACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAAT
CATCAGAATCTAACTTCTTTGGTCTCAGACTCTCTCCCTCCACCTCTCTCTCT**CCCCT
CTACTCTCCCTGTTCTTTCAAAAGCTCGATCTTTGCTAAGGTTAACAAGGGGCAGACTGC
ACCAGACTTCACGCTAAAGGATCAAAACGGAAAGCCGGTGAGCCTGAAGAAGTATAAAGG
GAAACCTGTTGTTCTATATTTCTACCCTGCAGATGAAACCCCTGGCTGCACCAAGCAGGC
TTGTGCGTTCAGAGACTCTTATGAGAAATTCAAGAAGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCAT
AAGTGGTGATGATTCTGCTTCTCACAAGGCTTTTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACAC
ATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAGATTGGGG*AGTGTCTGGAGATCTGT
TTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGTTCTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCA
TCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGAGAAACACATTGATGAGACCTT
G

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1FP16TF 689 0 0
GG
GGAAGTGCGTGAAGCTAGTGGCAGACGTCTTTGATAGAGAGAACAAAAAAAAAA*TATGG
CTTCTTCTTCTTGTTCTACATTTTTCACTTTCTCTAGTCAGACCACACTGCACTCTCTTC
CTCAGAGAAACACCATTCTCACCAAAACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAATCATCAGAAT
CTAACTTCTTTGGTCTCAGACTCTCTCCCTCCACCTCTCTCTCTCTCCCCTCTACTCTCC
CTGTTCTTTCAAAAGCTCGATCTTTGCTAAGGTTAACAAGGGGCAGACTGCACCAGACTT
CACGCTAAAGGATCAAAACGGAAAGCCGGTGAGCCTGAAGAAGTATAAAGGGAAACCTGT
TGTTCTATATTTCTACCCTGCAGATGAAGCCCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCGTT
CAGAGACTCTTATGAGAAATTCAAGAAGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGA
TGATTCTGCTTCTCACAAGGCTTTTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAG
TGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAGATTGGGG*AGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCAT
TTCCAGGGAGGCAGACTTATGTTCTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACA
ACCAGTTC
AGCTGAGAACACATGATGA

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR1E771TF 724 0 0
GGAAC
CTAGTGGCAGACGTCTTTGATAGAGAGAACAAAAAAAAA**TATGGCTTCTTCTTCTTGT
TCTACATTTTTCACTTTCTCTAGTCAGACCACACTGCACTCTCTTCCTCAGAGAAACACC
ATTCTCACCAAAACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAATCATCAGAATCTAACTTCTTTGGT
CCCAGACTCTCTCCCTCCACCTCTCTCGCC**CCCCTCTACTCTCCCGGTTCTTTCAAAA
GCTCAATCTTTGCTAAGGTAAACAAGGGGCAGAGTGCACCAGACTTCACACTAAAGGATC
AAAACGGAAAGCCGGTGAGCCTCAAGAAGTATAAAGGGAAGCCTGTTGTTCTATATTTTT
ACCCTGCAGATGAAACCCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCTTTCAGAGACTCTTATG
AGAAATTCAAGAAGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCCC
ACAAGGCTTTTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATA
AGGTGAGGAAAGACTGGGG*AGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAG
ACTTATGTTCTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTCCAGCCT
GAGAAACACATTGATGAGACCTTAAAGTTCCTCAA*GCTGCTTGATC*TTCTCTTCTTC

QA 6 724 6 724
DS 

RD RR1FA05TF 697 0 0
GG
GACGTCTTTGATAGAGAGAACAAAAAAAAAAATATGGCTTCTTCTTCTTGTTCTACATTT
TTCACTTTCTCTAGTCAGACCACACTGCACTCTCTTCCTCAGAGAAACACCATTCTCACC
AAAACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAATCATCAGAATCTAACTTCTTTGGTCTCAGACTC
TCTCCCTCCACCTCTCTCGCC**CCCCTCTACTCTCCCGGTTCTTTCAAAAGCTCAATCT
TTGCTAAGGTAAACAAGGGGCAGAGTGCACCAGACTTCACACTAAAGGATCAAAACGGAA
AGCCGGTGAGCCTCAAGAAGTATAAAGGGAAGCCTGTTGTTCTATATTTTTACCCTGCAG
ATGAAACCCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCTTTCAGAGACTCTTATGAGAAATTCA
AGAAGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCCCACAAGGCTT
TTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGA
AAGACTGGGG*AGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGTT
CTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGAGAAACAC
ATTGATGAGACCTTAAAGTTCCTCAAAGCTGCTTG

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR1A918JQ 285 0 0
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CCCACAAGGCTTTTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGA
ATAAGGTGAGGAAAGACTGGGG*AGTGCCTGGAGATTTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGG
CAGACTTATGTTCTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGTTCATTTACAACAACCAGTTCCAG
CCTGAGAAACACATTGATGAGACTTTAAAGTTCCTCAAAGCTGCT

QA 1 285 1 285
DS 

RD RR1BO34TF 788 0 0
GG
AGACGTCTTTGATAGAGAGAACAAAAAAAAA**TATGGCTTCTTCTTCTTGTTCTACATT
TTTCACTTTCTCTAGTCAGACCACACTGCACTCTCTTCCTCAGAGAAACACCATTCTCAC
CAAAACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAATCATCAGAATCTAACTTCTTTGGTCTCAGACT
CTCTCCCTCCACCTCTCTCGCC**CCCCTCTACTCTCCCGGTTCTTTCAAAAGCTCAATC
TTTGCTAAGGTAAACAAGGGGCAGAGTGCACCAGACTTCACACTAAAGGATCAAAACGGA
AAGCCGGTGAGCCTCAAGAAGTATAAAGGGAAGCCTGTTGTTCTATATTTTTACCCTGCA
GATGAAACCCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCTTTCAGAGACTCTTATGAGAAATTC
AAGAAGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCCCACAAGGCT
TTTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGG
AAAGACTGGGG*AGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGT
TCTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGAGAAACA
CATTGATGAGACCTTAAAGTTCCTCAAAGCTGCTTGATC*TTCTCTTCTTCCTCTTCTGC
ATCTTTACAAA*CAACAATTCATGACCTTCCTTTATTGTTCTCATTGCTGTTTTCC*AAT
GACTCC

QA 3 788 3 788
DS 

RD RR1A918TF 800 0 0
G
GATAGAGAGAACAAAAAAAA***TATGGCTTCTTCTTCTTGTTCTACATTTTTCACTTTC
TCTAGTCAGACCACACTGCACTCTCTTCCTCAGAGAAACACCGTTCTCACCAAAACCCAA
TTTCCAGCTCCCACAAAATCATCGGAATCTAACTTCTTTGGTCTCAGACTCTCTCCCTCC
ACCTCTCTCGCC**CCCCTCTACTCTCCCGGTTCTTTCAAAAGCTCAATCTTTGCTAAGG
TAAACAAGGGGCAGAGTGCACCAGACTTCACACTAAAGGATCAAAACGGAAAGCCGGTGA
GCCTCAAGAAGTATAAAGGGAAGCCTGTTGTTCTATATTTTTACCCTGCAGATGAAACCC
CTGGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCTTTCAGGGACTCTTATGAGAAATTCAAGAAGGCCG
GCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCCCACAAGGCTTTTGCAAGCA
AATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAGACTGGG
G*AGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGTTCTTGACAAA
AACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGAGAAACACATTGATGAG
ACTTTAAAGTTCCTCAAAGCTGCTTGATC*TTCTCTTCTTCCTCTTCTGCATCTTTACAA
AACAACAATTCATGACCTTCCTTTATTGTTCTCATTGCTGTTTTCCCAATGACTCCAATT
CAAAACACCAAACTTGATA

QA 2 800 2 800
DS 

RD RR1B577JQ 798 0 0
TAGAGAGAACAAAAAAAAA**TATGGCTTCTTCTTCTTGTTCTACATTTTTCACTTTCTC
TAGTCAGACCACACTGCACTCTCTTCCTCAGAGAAACACCATTCTCACCAAAACCCAATT
TCCAGCTCCCACAAAATCATCAGAATCTAACTTCTTTGGTCTCAGACTCTCTCCCTCCAC
CTCTCTCGCC**CCCCTCTACTCTCCCGGTTCTTTCAAAAGCTCAATCTTTGCTAAGGTA
AACAAGGGGCAGAGTGCACCAGACTTCACACTAAAGGATCAAAACGGAAAGCCGGTGAGC
CTCAAGAAGTATAAAGGGAAGCCTGTTGTTCTATATTTTTACCCTGCAGATGAAACCCCT
GGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCTTTCAGAGACTCTTATGAGAAATTCAAGAAGGCCAGC
GCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCCCACAAGGCTTTTGCATGCAAA
TACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAGACTGGGG*
ATTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGTTCTTGACAAAAA
CGGTGTCTTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGAGAAACACATTGATGAGAC
CTTAAAGTTCCTCAAAGCTGCTTGATC*TTCTCTTCTTCCTCTTCTGCATCTTTACAAAA
CAACAATTCATGACCTTCCTTTATTGTTCTCATTGCTGTTTTCCCAATGACTCCAATTCA
AAACACCAAACTTGATAA

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1FA05JQ 635 0 0
AGACTCTCTCCCTCCACCTCTCTCGCC**CCCCTCTACTCTCCCGGTTCTTTCAAAAGCT
CAATCTTTGCTAAGGTAAACAAGGGGCAGAGTGCACCAGACTTCACACTAAAGGATCAAA
ACGGAAAGCCGGTGAGCCTCAAGAAGTATAAAGGGAAGCCTGTTGTTCTATATTTTTACC
CTGCAGATGAAACCCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCTTTCAGAGACTCTTATGAGA
AATTCAAGAAGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCCCACA
AGGCTTTTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGG
TGAGGAAAGACTGGGG*AGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACT
TATGTTCTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGAG
AAACACATTGATGAGACCTTAAAGTTCCTCAAAGCTGCTTGATC*TTCTCTTCTTCCTCT
TCTGCATCTTTACAAAACAACAATTCATGACCTTCCTTTATTGTTCTCATTGCTGTTTTC
CCAATGACTCCAATTCAAAACACCAAACTTGATAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1FQ60JQ 725 0 0
TCTCACCAAAACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAATCATCAGAATCTAACTTCTTTGGTCT
CAGACTCTCTCCCTCCACCTCTCTCTCT**CCCCTCTACTCTCCCTGTTCTTTCAAAAGC
TCGATCTTTGCTAAGGTTAACAAGGGGCAGACTGCACCAGACTTCACGCTAAAGGATCAA
AACGGAAAGCCGGTGAGCCTGAAGAAGTATAAAGGGAAACCTGTTGTTCTATATTTCTAC
CCTGCAGATGAAACCCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCGTTCAGAGACTCTTATGAG
AAATTCAAGAAGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCTCAC
AAGGCTTTTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAG
GTGAGGAAAGATTGGGG*AGTGTCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGAC
TTATGTTCTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGA
GAAACACATTGATGAGACCTTGAAGTTCCTCAAAGCTGCTTGATCCTTGTCTTCTTCCTC
TTCTGGATCTTTACAAAACAACAATTCATGACCTTCCTTTATTGTTATCATTGCTGTTTT
CCCAATGACTCCAATTCAAAACACCAAACTTGATAATAAAACAAAATATAAGAGTTTAAT
TTCAC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1FP16JQ 472 0 0
ATTTCTACCCTGCAGATGAAGCCCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTGTGCGTTCAGAGACT
CTTATGAGAAATTCAAGAAGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTTTG
CTTCTCACAAGGCTTTTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAG
GGAATAAGGTGAGGAAAGATTGGGG*AGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTTCCAGGG
AGGCAGACTTATGTTTTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCATTTACAACAACCAGTTC
CAGCCTGAGAAACACATTGATGAGACCTTGAAGTTCCTCAAAGCTGCTTGATCCTTGTTT
TTTTCCTTTTTTGGATCTTTACAAAACAACAATTCATGACCTTCCTTTATTGTTATCATT
GCTGTTTTCCCAATGACTCCAATTCAAAACACCAAACTTGATAATAAAACAA

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1BO34JQ 468 0 0
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CGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCCCACAAGGCTTTTGCAAG
CAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAGACTG
GGG*AGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGTTCTTGACA
AAAACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGAGAAACACATTGATG
AGACCTTAAAGTTCCTCAAAGCTGCTTGATC*TTTTCTTCTTCCTCTTCTGCATCTTTAC
AAAACAACAATTCATGACCTTCCTTTATTGTTCTCATTGCTGTTTTCCCAATGACTCCAA
TTCAAAACACCAAACTTGATAATAAAACAAAATATAAGAGTTTAATTT

QA 1 468 1 468
DS 



AS 1 15

CO CL94Contig1 847 15 7 U
GGAAGGAAAAGGAAAGGTAGAAGCCGTGGAAGTGCTCCAACCTCTCTCTAGAAGTTCTTC
AAATATAATTGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTT
TGTTTTTTTGTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGA
TCTTCCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAA
AATCCGTTCTCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAG
TCTCCTTGTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACA
AAGGCGAAGTATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGA
TGCAGAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTA
TCTCTTTCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCA
AAATTGACGGCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGG
CGGCTGAAGGTTCACAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGCAACCAGCGGCGTTCTCTTTGGA
TCCAGAAAATTCGATGGCCACGTAAAGAGCACGTGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATT
ATTAAATAACACGTGTTTGTATCTGTTTAATTTTATCTTGTTGGGCATCGAACGGGCTGA
ATATGTATTGGGGATGATTTACCTACTTGTAATTTGGGCTAAGGTCCTATCAATAAAACT
GTTGACG


BQ
10 10 10 10 30 30 30 40 40 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
65 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 65 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 60 
60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 40 55 55 55 40 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 30 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 10 

AF RR1DL77TF U 2
AF RR1F212TF U 2
AF RR1DW53TF U 2
AF RR1FF68TF U 3
AF RR1C896TF U 1
AF RR1B951TF U 6
AF RR1GF06TF U 6
AF RR1A089TF U 10
AF RR1F101TF U 8
AF RR1A089JQ C 182
AF RR1B951JQ C 28
AF RR1GF06JQ C 730
AF RR1DL77JQ C 118
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AF RR1DW53JQ C 143
BS 1 240 RR1C896TF
BS 241 241 RR1B951TF
BS 242 622 RR1C896TF
BS 623 675 RR1GF06TF
BS 676 742 RR1F101TF
BS 743 846 RR1B951JQ
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RD RR1DL77TF 602 0 0
GAG
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ATAATTGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTT
TTTTTGTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTT
CCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATC
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CTTGTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGG
CGAAGTATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCA
GAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTC
TTTCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAAT
TGACGGCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAG
CGGC

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DS 

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GGA
GGAAAAGGAAAAGTAGAAGCCGTGGAAGTGCTCCAACCTCTCTCTAGAAGTTCTTCAAAT
ATAATTGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTT
TTTTTGTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGCTCCGGTTTGCGGATCTT
CCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATC
CGTTCTCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTC
CTTGTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGG
CGAAGTATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGTA
GAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTC
TTCCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAAT
TGACGGCGAG

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DS 

RD RR1DW53TF 562 0 0
GGA
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ATAATTGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTT
TTTTTGTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTT
CCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATC
CGTTCTCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTC
CTTGTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGG
CGAAGTATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCA
GAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTC
TTTCCTTGAAACTTTTCGCTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAAT
TGACGGCGAGCAAGGAAAG

QA 4 562 4 562
DS 

RD RR1FF68TF 600 0 0
GG
GGAAAAGGAAAGGTAGAAGCCGTGGAAGTGCTCCAACCTCTCTCTAGAAGTTCTTCAAAT
ATAATTGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTT
TTTTTGTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTT
CCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATC
CGTTCTCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTC
CTTGTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGG
CGAAGTATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCA
GAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTC
TTTCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAAT
TGACGGCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAG
CGG

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DS 

RD RR1C896TF 622 0 0
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AAATATAATTGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTT
TGTTTTTTTGTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGA
TCTTCCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAA
GATCCGTTCTCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAG
TCTCCTTGTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACA
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TGCAGAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTA
TCTCTTTCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCA
AAATTGACGGCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGG
CGGCTGAAGGTTCACAGTCCGG

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DS 

RD RR1B951TF 600 0 0
GG
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ATTGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTTTTT
TTGTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCC
TTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGT
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GTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGA
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TTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTT
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QA 3 600 3 600
DS 

RD RR1GF06TF 670 0 0
GG
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ATTGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTTTTT
TTGTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCTAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCC
TTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGT
TCTCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTT
GTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACGAAGGCGA
AGTATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAG
TTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTT
CCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGA
CGGCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGA
AGGTTCACAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGCAACCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAA
AATTCGAT

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR1A089TF 662 0 0
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TGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTTTTTTT
GTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTT
TCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTC
TCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGT
TAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAG
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GCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAG
GTTCACAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGCAACCAACGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAAAA
TT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1F101TF 735 0 0
GG
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TGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTTTTTTT
GTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTT
TCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTC
TCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGT
TAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAG
TATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTT
TCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCC
TTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACG
GCGAGCAAGGAAAGAAGAGACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAG
GTT*ACAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGCAACCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAAAA
TTCAATGGCCACGTAAAGAGCACGTGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATTATTAAATAA
CACGTGTTTGTAT

QA 3 735 3 735
DS 

RD RR1A089JQ 647 0 0
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GCAGAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTAT
CTCTTTCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAA
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GGCTGAAGGTTCACAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGCAACCAGCGGCGTTCTCTTTGGAT
CCAGAAAATTCGATGGCCACGTAAAGAGCACGTGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATTA
TTAAATAACACGTGTTTGTATCTGTTTAATTTTATCTTGTTGGGCATCGAACGGGCTGAA
TATGTATTGGGGATGATTTACCTACTTGTAATTTGGGCTAAGGTCCT

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DS 

RD RR1B951JQ 819 0 0
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GGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTTTTTTTGTTTATAAATACTTCGAT
CTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTA
TCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCTCTGCTTTCCTTTTCAAA
CTGGTAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAGATACGTTTTATTTCT
TACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTATTCTTAAAGGTATGAA
ATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCGGAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTT
TCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTGAAACTTTTCACTGGA
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TAATTTTATCTTGTTGGGCATCGAACGGGCTGAATATGTATTGGGGATGATTTACCTACT
TGTAATTTGGGCTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTTGAC

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR1GF06JQ 117 0 0
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GGGGATGATTTACCTACTTGTAATTTGGGCTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTTGAC

QA 1 117 1 117
DS 

RD RR1DL77JQ 730 0 0
TTTTTG
TTTTTTGTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCT
TCCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAAT
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CTTTCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAA
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CTGAAGGTTCACAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGCAACCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCC
AGAAAATTCGATGGCCACGTAAAGAGCACGTGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATTATT
AAATAACACGTGTTTGTATCTGTTTAATTTTATCTTGTTGGGCATCGAACGGGCTGAATA
CGTATTGGGGATGATTTACCTACTTGTAATTTGGGCTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTT
GACG

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DS 

RD RR1FF68JQ 704 0 0
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CTGTTTAATTTTATCTTGTTGGGCATCGAACGGGCTGAATATGTATTGGGGATGATTTAC
CTACTTGTAATTTGGGCTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTTGAC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1DW53JQ 704 0 0
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TTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCTCTGCTTTCCTTT
TCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAGATACGTTTTA
TTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTATTCTTAAAGGT
ATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTTTCAGATTAGCCGG
AGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTGAAACTTTTCG
CTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACGGCGAGCAAGGAAA
GAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAGGTTCACAGTCCGG
TAGGTTTCCGGCAAGCAACCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAAAATTCGATGGCCACG
TAAAGAGCACGTGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATTATTAAATAACACGTGTTTGTAT
CTGTTTAATTTTATCTTGTTGGGCATCGAACGGGCTGAATATGTATTGGGGATGATTTAC
CTACTTGTAATTTGGGCTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTTG
GC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 2 15

CO CL95Contig1 699 9 5 U
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CTTCTACCGCACTTGCATTCCGGATGGGCTGTTGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAG
CGTCTCGTGGTCATACGTTTCGGCCATGATTGGGATGAAACCTGTATGCAGATGGATGAG
GTGCTGGCATCAGTTGCTGAGACGATAAAGAACTTTGCGGTGATATATCTGGTGGACATA
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TGGGCTATGAAGGACAAGCAGGAGTTTATCGACATCATCGAGACCGTCTTCCGTGGTGCA
AGGAAAGGTCGTGGGCTCGTGATTGCTCCGAAAGATTACTCCACCAAATACCGCTACTAA
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TCCATGTGGAGTAGTTCTTGAATATCCTATGAACTTGTTGCATATATGCTTTGATATGAT
TTGTGATTCCTGCTTGCTTACTCTTTTCGGCTGTTTGGCCATTTATAATGTATGCAGTTG
CTTCGAACATGAATCGCCGAAATGAATGTGTTTATGTTT


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 

AF RR1H446TF U 2
AF RR1BF31TF U 1
AF RR1H348JQ C 245
AF RR1AS41TF U 188
AF RR1H348TF U 89
AF RR1H446JQ C 40
AF RR1CO72JQ C 2
AF RR1CO72TF U 2
AF RR1BF31JQ C 65
BS 1 43 RR1BF31TF
BS 44 45 RR1CO72TF
BS 46 114 RR1BF31TF
BS 115 115 RR1H348TF
BS 116 699 RR1BF31TF

RD RR1H446TF 624 0 0
GG
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CTACCGCACTTGCATTCCGGATGGGCTGTTGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGT
CTCGTGGTCATACGTTTCGGCCATGATTGGGATGAAACCTGTATGCAGATGGATGAGGTG
CTGGCATCAGTTGCTGAGACGATAAAGAACTTTGCGGTGATATATCTGGTGGACATAACT
GAGGTTCCAGACTTCAACACCATGTACGAGCTCTACGATCCTTCCACGGTCATGTTCTTC
TTTAGGAACAAACACATTATGATCGATCTTGGAACCGGTAACAACAACAAGATCAACTGG
GCTATGAAGGACAAGCAGGAGTTTATCGACATCATCGAGACCGTCTTCCGTGGTGCAAGG
AAAGGTGGTGGGCTCGTGATTGCTCCGAAAGATTACTCCACCAAATACCGCTACTAAACC
GGGTCTTTCCAACACGTTGGAGTATGTTAAAAAAAAAA*CATTGGATCAAAACTCTTTCC
ATGTGGAGTAGTTCTTGAATATCCTATGAACTTGTTGCATATATGCTTTGATATGATTTG
TGATTCCTGCTTGCTTACTCTT

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR1BF31TF 699 0 0
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CTTCTACCGCACTTGCATTCCGGATGGGCTGTTGATCAGGCGATTCTAGCTGAGAAAGAG
CGTCTCGTGGTCATACGTTTCGGCCATGATTGGGATGAAACCTGTATGCAGATGGATGAG
GTGCTGGCATCAGTTGCTGAGACGATAAAGAACTTTGCGGTGATATATCTGGTGGACATA
ACTGAGGTTCCAGACTTCAACACCATGTACGAGCTCTACGATCCTTCCACGGTCATGTTC
TTCTTTAGGAACAAACACATTATGATCGATCTTGGAACCGGTAACAACAACAAGATCAAC
TGGGCTATGAAGGACAAGCAGGAGTTTATCGACATCATCGAGACCGTCTTCCGTGGTGCA
AGGAAAGGTCGTGGGCTCGTGATTGCTCCGAAAGATTACTCCACCAAATACCGCTACTAA
ACCGGGTCTTTCCAACACGTTGGAGTATGTTAAAAAAAAAA*CATTGGATCAAAACTCTT
TCCATGTGGAGTAGTTCTTGAATATCCTATGAACTTGTTGCATATATGCTTTGATATGAT
TTGTGATTCCTGCTTGCTTACTCTTTTCGGCTGTTTGGCCATTTATAATGTATGCAGTTG
CTTCGAACATGAATCGCCGAAATGAATGTGTTTATGTTT

QA 1 699 1 699
DS 

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TTAGGAACAAACACATTATGATCGATCTTGGAACCGGTAACAACAACAAGATCAACTGGG
CTATGAAGGACAAGCAGGAGTTTATCGACATCATCGAGACCGTCTTCCGTGGTGCAAGGA
AAGGTCGTGGGCTCGTGATTGCTCCGAAAGATTACTCCACCAAATACCGCTACTAAACCG
GGTCTTTCCAACACGTTGGAGTATGTTAAAAAAAA***CATTGGATCAAAACTCTTTCCA
TGTGGAGTAGTTCTTGAATATCCTATGAACTTGTTGCATATATGCTTTGATATGATTTGT
GATACCTGCTTGCTTACTCTTTTCGGCTGTTTGGCCATTTATAATGTATGCAGTTGCTTC
G

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1AS41TF 510 0 0
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TTCCAGACTTCAACACCATGTACGAGCTCTACGATCCTTCCACGGTCATGTTCTTCTTTA
GGAACAAACACATTATGATCGATCTTGGAACCGGTAACAACAACAAGATCAACTGGGCTA
TGAAGGACAAGCAGGAGTTTATCGACATCATCGAGACCGTCTTCCGTGGTGCAAGGAAAG
GTCGTGGGCTCGTGATTGCTCCGAAAGATTACTCCACCAAATACCGCTACTAAATCGGGT
CTTTCCAACACGTTGGAGTATGTTAAAAAAAAA**CATTGGATCAAAACTCTTTCCATGT
GGAGTAGTTCTTGAATATCCTATGAACTTGTTGCATATATGCTTTGATATGATTTGTGAT
TCCTGCTTGCTTACTCTTTTCGGCTGTTTGGCCATTTATAATGTATGCAGTTGCTTCGAA
CATGAATCGCCGAAATGAATGTGTTTATGT

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1H348TF 577 0 0
G
TGTTGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTGGTCATACGTTTCGGCCATGA
TTGGGATGAAACCTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTGGCATCAGTTGCTGAGACGATAAA
GAACTTTGCGGTGATATATCTGGTGGACATAACTGAGGTTCCAGACTTCAACACCATGTA
CGAGCTCTACGATCCTTCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAACACATTATGATCGA
TCTTGGAACCGGTAACAACAACAAGATCAACTGGGCTATGAAGGACAAGCAGGAGTTTAT
CGACATCATCGAGACCGTCTTCCGTGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTCGTGATTGCTCC
GAAAGATTACTCCACCAAATACCGCTACTAAACCGGGTCTTTCCAACACGTTGGAGTATG
TTAAAAAAAA***CATTGGATCAAAACTCTTTCCATGTGGAGTAGTTCTTGAATATCCTA
TGAACTTGTTGCATATATGCTTTGATATGATTTGTGATACCTGCTTGCTTACTCTTTTCG
GCTGTTTGGCCATTTATAATGTATGCAGTTGCTTCG

QA 2 577 2 577
DS 

RD RR1H446JQ 660 0 0
AGAGAGGAAACGATGTCGTATCTTCTACCGCACTTGCATTCCGGATGGGCTGTTGATCAG
GCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTGGTCATACGTTTCGGCCATGATTGGGATGAA
ACCTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTGGCATCAGTTGCTGAGACGATAAAGAACTTTGCG
GTGATATATCTGGTGGACATAACTGAGGTTCCAGACTTCAACACCATGTACGAGCTTTAC
GATCCTTCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAACACATTATGATCGATCTTGGAACC
GGTAACAACAACAAGATCAACTGGGCTATGAAGGACAAGCAGGAGTTTATCGACATCATC
GAGACCGTCTTCCGTGGTGCAAGGAAAGGTGGTGGGCTCGTGATTGCTCCGAAAGATTAC
TCCACCAAATACCGCTACTAAACCGGGTCTTTCCAACACGTTGGAGTATGTTAAAAAAAA
AA*CATTGGATCAAAACTCTTTCCATGTGGAGTAGTTCTTGAATATCCTATGAACTTGTT
GCATATATGCTTTGATATGATTTGTGATTCCTGCTTGCTTACTCTTTTCGGCTGTTTGGC
CATTTATAATGTATGCAGTTGCTTCGAACATGAATCGCCGAAATGAATGTGTTTATGTTT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1CO72JQ 698 0 0
GG
GTGAGAAATCGAAACGAATCGAAATCGTTTCTAGAGAGAG**GAAACGATGTCGTATCTT
CTACCGCACTTGCATTCCGGATGGGCTGTTGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGT
CTCGTGGTCATACGTTTCGGCCATGATTGGGATGAAACCTGTATGCAGATGGATGAGGTG
CTGGCATCAGTTGCTGAGACGATAAAGAACTTTGCGGTGATATATCTGGTGGACATAACT
GAGGTTCCAGACTTCAACACCATGTACGAGCTTTACGATCCTTCCACGGTCATGTTTTTC
TTTAGGAACAAACACATTATGATCGATCTTGGAACCGGTAACAACAACAAGATCAACTGG
GCTATGAAGGACAAGCAGGAGTTTATCGACATCATCGAGACCGTCTTCCGTGGTGCAAGG
AAAGGTGGTGGGCTCGTGATTGCTCCGAAAGATTACTCCACCAAATACCGCTACTAAACC
GGGTCTTTCCAACACGTTGGAGTATGTTAAAAAAAAAAACATTGGATCAAAACTCTTTCC
ATGTGGAGTAGTTCTTGAATATCCTATGAACTTGTTGCATATATGCTTTGATATGATTTG
TGATTCCTGCTTGCTTACTCTTTTCGGCTGTTTGGCCATTTATAATGTATGCAGTTGCTT
CGAACATGAATCGCCGAAATGAATGTGTTTATGTTT

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1CO72TF 698 0 0
GG
GTGAGAAATCGAAACGAATCGAAATCGTTTCTAGAGAGAG**GAAACGATGTCGTATCTT
CTACCGCACTTGCATTCCGGATGGGCTGTTGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGT
CTCGTGGTCATACGTTTCGGCCATGATTGGGATGAAACCTGTATGCAGATGGATGAGGTG
CTGGCATCAGTTGCTGAGACGATAAAGAACTTTGCGGTGATATATCTGGTGGACATAACT
GAGGTTCCAGACTTCAACACCATGTACGAGCTCTACGATCCTTCCACGGTCATGTTCTTC
TTTAGGAACAAACACATTATGATCGATCTTGGAACCGGTAACAACAACAAGATCAACTGG
GCTATGAAGGACAAGCAGGAGTTTATCGACATCATCGAGACCGTCTTCCGTGGTGCAAGG
AAAGGTGGTGGGCTCGTGATTGCTCCGAAAGATTACTCCACCAAATACCGCTACTAAACC
GGGTCTTTCCAACACGTTGGAGTATGTTAAAAAAAAAAACATTGGATCAAAACTCTTTCC
ATGTGGAGTAGTTCTTGAATATCCTATGAACTTGTTGCATATATGCTTTGATATGATTTG
TGATTCCTGCTTGCTTACTCTTTTCGGCTGTTTGGCCATTTATAATGTATGCAGTTGCTT
CGAACATGAATCGCCGAAATGAATGTGTTTATGTTT

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1BF31JQ 635 0 0
TACCGCACTTGCATTCCGGATGGGCTGTTGATCAGGCGATTCTAGCTGAGAAAGAGCGTC
TCGTGGTCATACGTTTCGGCCATGATTGGGATGAAACCTGTATGCAGATGGATGAGGTGC
TGGCATCAGTTGCTGAGACGATAAAGAACTTTGCGGTGATATATCTGGTGGACATAACTG
AGGTTCCAGACTTCAACACCATGTACGAGCTTTACGATCCTTCCACGGTCATGTTTTTCT
TTAGGAACAAACACATTATGATCGATCTTGGAACCGGTAACAACAACAAGATCAACTGGG
CTATGAAGGACAAGCAGGAGTTTATCGACATCATCGAGACCGTCTTCCGTGGTGCAAGGA
AAGGTCGTGGGCTCGTGATTGCTCCGAAAGATTACTCCACCAAATACCGCTACTAAACCG
GGTCTTTCCAACACGTTGGAGTATGTTAAAAAAAAAA*CATTGGATCAAAACTCTTTCCA
TGTGGAGTAGTTCTTGAATATCCTATGAACTTGTTGCATATATGCTTTGATATGATTTGT
GATTCCTGCTTGCTTACTCTTTTCGGCTGTTTGGCCATTTATAATGTATGCAGTTGCTTC
GAACATGAATCGCCGAAATGAATGTGTTTATGTTT

QA 1 635 1 635
DS 



CO CL95Contig2 692 6 7 U
AAACATAAACACATTCATTTCGGCGATTCATGTTCGAAGCAACTGCATACATTATAAATG
GCCAAACAGCCGAAAAGAGTAAGCAAGCAGGAATCACAAATCATCAAAGCATATATGCAA
CAAGTTCATAGGATATTCAGAACCACTCAACATGGAAAGAGTATCCAATGTTTTTTTCTT
AACATACTCCAACGTGTGTTGGAAAGGCCCGGTTTAGTAGCGGTATTTGGTGGAGTAATC
TTTTGGAGCAATCACGAGCCCACGACCTTTCCTTGCACCACGGAAGACGGTCTCGATGAT
ATCGATAAACTCCTGCTTGTCCTTCATAGCCCAGTTGATCTTGTTGTTGTTACCAGTTCC
AAGATCGATCATAATGTGTTTGTTCCTAAAGAAGAACATGACCGTGGAAGGATCGTAGAG
CTCGTACATGGTGTTGAAGTCTGGAACCTCAGTTATGTCCACCAGATATATCACCGCAAA
GTTCTTTATCGTCTCAGCAACTGACGCCAGCACCTCATCCATCTGCATACAGGTTTCATC
CCAATCATGGCCGAAACGTATGACCACGAGACGCTCTTCCTCGGCTAGAATCGCCTGATC
AACAGCCCAGCCGGAATGCAAGTGCGGTAGAAGATACGACATAGTTTCCTCTCCCTCTAG
AAACGATTTCGATTCGTTTCGATTTTCACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G092JQ U 1
AF RR1DA70TF C 31
AF RR1DA70JQ U 35
AF RR1BY32JQ U 35
AF RR1BY32TF C 35
AF RR1G092TF C 41
BS 1 194 RR1G092JQ
BS 195 195 RR1DA70JQ
BS 196 417 RR1G092JQ
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BS 419 636 RR1G092JQ
BS 637 653 RR1DA70JQ
BS 654 692 RR1BY32JQ

RD RR1G092JQ 636 0 0
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GCCAAACAGCCGAAAAGAGTAAGCAAGCAGGAATCACAAATCATCAAAGCATATATGCAA
CAAGTTCATAGGATATTCAGAACCACTCAACATGGAAAGAGTATCCAATGTTTTTTTCTT
AACATACTCCAACGCGTGTTGGAAAGGCCCGGTTTAGTAGCGGTATTTGGTGGAGTAATC
TTTTGGAGCAATCACGAGCCCACGACCTTTCCTTGCACCACGGAAGACGGTCTCGATGAT
ATCGATAAACTCCTGCTTGTCCTTCATAGCCCAGTTGATCTTGTTGTTGTTACCAGTTCC
AAGATCGATCATAATGTGTTTGTTCCTAAAGAAGAACATGACCGTGGAAGGATCGTAAAG
CTCGTACATGGTGTTGAAGTCTGGAACCTCAGTTATGTCCACCAGATATATCACCGCAAA
GTTCTTTATCGTCTCAGCAACTGACGCCAGCACCTCATCCATCTGCATACAGGTTTCATC
CCAATCATGGCCGAAACGTATGACCACGAGACGCTCTTCCTCGGCTAGAATCGCCTGATC
AACAGCCCAGCCGGAATGCAAGTGCGGTAGAAGATA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1DA70TF 630 0 0
TT
TTCGAAGCAACTGCATACATTATAAATGGCCAAACAGCCGAAAAGAGTAAGCAAGCAGGA
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TGGAAAGAGTATCCAATGTTTTTTTCTTAACATACTCCAACGTGTGTTGGAAAGGCCCGG
TTTAGTAGCGGTATTTGGTGGAGTAATCTTTTGGAGCAATCACGAGCCCACGACCTTTCC
TTGCACCACGGAAGACGGTCTCGATGATATCGATAAACTCCTGCTTGTCCTTCATAGCCC
AGTTGATCTTGTTGTTGTTACCAGTTCCAAGATCGATCATAATGTGTTTGTTCCTAAAGA
AGAACATGACCGTGGAAGGATCGTAGAGCTCGTACATGGTGTTGAAGTCTGGAACCTCAG
TTATGTCCACCAGATATATCACCGCAAAGTTCTTTATCGTCTCAGCAACTGACGCCAGCA
CCTCATCCATCTGCATACAGGTTTCATCCCAATCATGGCCGAAACGTATGACCACGAGAC
GCTCTTCCTCGGCTAGAATCGCCTGATCAACAGCCCAGCCGGAATGCAAGTGCGGTAGAA
GATACGACATAGTTTCCTCTCCCTCT
CC

QA 3 628 3 628
DS 

RD RR1DA70JQ 619 0 0
CGAAGCAACTGCATACATTATAAATGGCCAAACAGCCGAAAAGAGTAAGCAAGCAGGAAT
CACAAATCATCAAAGCATATATGCAACAAGTTCATAGGATATTCAGAACCACTCAACATG
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TAGTAGCGGTATTTGGTGGAGTAATCTTTTGGAGCAATCACGAGCCCACGACCTTTCCTT
GCACCACGGAAGACGGTCTCGATGATATCGATAAACTCCTGCTTGTCCTTCATAGCCCAG
TTGATCTTGTTGTTGTTACCAGTTCCAAGATCGATCATAATGTGTTTGTTCCTAAAGAAG
AACATGACCGTGGAAGGATCGTAGAGCTCGTACATGGTGTTGAAGTCTGGAACCTCAGTT
ATGTCCACCAGATATATCACCGCAAAGTTCTTTATCGTCTCAGCAACTGACGCCAGCACC
TCATCCATCTGCATACAGGTTTCATCCCAATCATGGCCGAAACGTATGACCACGAGACGC
TCTTCCTCGGCTAGAATCGCCTGATCAACAGCCCAGCCGGAATGCAAGTGCGGTAGAAGA
TACGACATAGTTTCCTCTC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1BY32JQ 658 0 0
CGAAGCAACTGCATACATTATAAATGGCCAAACAGCCGAAAAGAGTAAGCAAGCAGGAAT
CACAAATCATCAAAGCATATATGCAACAAGTTCATAGGATATTCAGAACCACTCAACATG
GAAAGAGTATCCAATGTTTTTTTCTTAACATACTCCAAAGTGTGTTGGAAAGGCCCGGTT
TAGTAGCGGTATTTGGTGGAGTAATCTTTTGGAGCAATCACGAGCCCACGACCTTTCCTT
GCACCACGGAAGACGGTCTCGATGATATCGATAAACTCCTGCTTGTCCTTCATAGCCCAG
TTGATCTTGTTGTTGTTACCAGTTCCAAGATCGATCATAATGTGTTTGTTCCTAAAGAAG
AACATGACCGTGGAAGGATCGTAAAGCTCGTACATGGTGCTGAAGTCTGGAACCTCAGTT
ATGTCCACCAGATATATCACCGCAAAGTTCTTTATCGTCTCAGCAACTGACGCCAGCACC
TCATCCATCTGCATACAGGTTTCATCCCAATCATGGCCGAAACGTATGACCACGAGACGC
TCTTCCTCGGCTAGAATCGCCTGATCAACAGCCCAGCCGGAATGCAAGTGCGGTAGAAGA
TACGACATAGTTTCCTCTCCCTCTAGAAACGATTTCGATTCGTTTCGATTTTCACTCC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1BY32TF 658 0 0
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CACAAATCATCAAAGCATATATGCAACAAGTTCATAGGATATTCAGAACCACTCAACATG
GAAAGAGTATCCAATGTTTTTTTCTTAACATACTCCAAAGTGTGTTGGAAAGGCCCGGTT
TAGTAGCGGTATTTGGTGGAGTAATCTTTTGGAGCAATCACGAGCCCACGACCTTTCCTT
GCACCACGGAAGACGGTCTCGATGATATCGATAAACTCCTGCTTGTCCTTCATAGCCCAG
TTGATCTTGTTGTTGTTACCAGTTCCAAGATCGATCATAATGTGTTTGTTCCTAAAGAAG
AACATGACCGTGGAAGGATCGTAGAGCTCGTACATGGTGCTGAAGTCTGGAACCTCAGTT
ATGTCCACCAGATATATCACCGCAAAGTTCTTTATCGTCTCAGCAACTGACGCCAGCACC
TCATCCATCTGCATACAGGTTTCATCCCAATCATGGCCGAAACGTATGACCACGAGACGC
TCTTCCTCGGCTAGAATCGCCTGATCAACAGCCCAGCCGGAATGCAAGTGCGGTAGAAGA
TACGACATAGTTTCCTCTCCCTCTAGAAACGATTTCGATTCGTTTCGATTT
TCACTCC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1G092TF 651 0 0
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TCATCAAAGCATATATGCAACAAGTTCATAGGATATTCAGAACCACTCAACATGGAAAGA
GTATCCAATGTTTTTTTCTTAACATACTCCAACGCGTGTTGGAAAGGCCCGGTTTAGTAG
CGGTATTTGGTGGAGTAATCTTTTGGAGCAATCACGAGCCCACGACCTTTCCTTGCACCA
CGGAAGACGGTCTCGATGATATCGATAAACTCCTGCTTGTCCTTCATAGCCCAGTTGATC
TTGTTGTTGTTACCAGTTCCAAGATCGATCATAATGTGTTTGTTCCTAAAGAAGAACATG
ACCGTGGAAGGATCGTAGAGCTCGTACATGGTGTTGAAGTCTGGAACCTCAGTTATGTCC
ACCAGATATATCACCGCAAAGTTCTTTATCGTCTCAGCAACTGACGCCAGCACCTCATCC
ATCTGCATACAGGTTTCATCCCAATCATGGCCGAAACGTATGACCACGAGACGCTCTTCC
TCGGCTAGAATCGCCTGATCAACAGCCCAGCCGGAATGCAAGTGCGGTAGAAGATACGAC
ATAGTTTCCTCTCCCTCTAGAAACGATTTCGATTCGTTTCGATTT
TCACCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 15

CO CL96Contig1 865 15 13 U
GGATAACTTCAAAACTCTTGCCTAAATAATCTATAAGAAAATGAAGATGATAATCCACAT
TTTCTTCATACTCTCCCTAGTTTCATCCATCTCTTTTGCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGT
AGCTGATCCCAAGGGTCCTCAAAGCCCATCAGGTTACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGT
CACCGAAAATGATTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCAT
TAAAGCCGCGGTGACACCAGCATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGT
CTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGCAGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGG
TGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGC
TAATAAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCT
TCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAG
CTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGA
ACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCT
TGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTATTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGC
GTTTATGCGTTTTTTTCGAGTTGGTTTAGCATTCTGATTTTTACCGTAATGGTTGTCTTT
CTTTTTTTGTTGTTATTGTTCTCAATGTCTCATTTTATTATCTCTTTGGGTTAAATTTTA
ATAAGTAATTGCATAGCAGACGTCT


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 55 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 45 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 55 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 50 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 
70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 60 25 55 55 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ60TF U 1
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AF RR1EO22TF U 1
AF RR1AH87TF U 1
AF RR1FM10TF U 1
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QA 1 517 1 517
DS 

RD RR1GT42TF 647 0 0
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TTTCTTCATACTCTCCCTAGTTTCATCCATCTCTTTTGCCTCTGTTCAAAACTTTTGTGT
AGCTGATCCCAAGGGTCCTCAAAGCCCATCAGGTTACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGT
CACCGAAAATGATTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCAT
TAAAGCCGCGGTGACACCAGCATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGT
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TGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGC
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CTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGA
ACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1EO22TF 715 0 0
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TCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAG
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TGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTATTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTG

QA 1 715 1 715
DS 

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GTTTATGCGTTTTTTTCGAGTTGG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1FM10TF 809 0 0
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CTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGCGGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGG
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TAATAAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCT
TCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAG
CTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGA
ACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCT
TGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTATTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGC
GTTTATGCGTTTTTTTCGAGTTGGTTTAGCATTCTGATTTT*ACCGTAATGGTTGTCTTT
CTTTTTT*GTTGTTATTGTTCTCA
TGTCT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1H763TF 720 0 0
G
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GGGTCCTCAAAGCCCATCAGGTTACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGTCACCGAAAATGA
TTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGGT
GACACCAGCATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTCG
TCTTGACTTAGCAGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTGAGGT
TCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTATA
CTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCA
GCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCCCCGGG
ACTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGC
TACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAA
CTAAGCTTCTCTTTCGTTTTATTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTT
TTTTCGAGTTGGTTTAGCATTCTGATTTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTT
GTTG

QA 2 716 2 716
DS 

RD RR1H190TF 795 0 0
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TTTCTTCATACTCTCCCTAGTTTCATCCATCTCTTTTGCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGT
AGCTGATCCCAAGGGTCCTCAAAGCCCATCAGGTTACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGT
CACCGAAAATGATTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCAT
TAAAGCCGCGGTGACACCAGCATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGT
CTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGCAGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGG
TGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGC
TAATAAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCT
TCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAG
CTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGA
ACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCT
TGGAGGA*CTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTATTTT*CTAAGTTTT*GTGTGTGAGTGC
GTT*ATGCGTTTTTT*CGAGTTGGTTTAGCATTCTGATTTT*ACCGTA*TGGT*GTCTTT
CTTTTTT*GT
GTATT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1AH87JQ 791 0 0
ATAATCTATAAGAAAATGAAGATGATAATCCACATTTTCTTCATACTCTCCCTAGTTTCA
TCCATCTCTTTTGCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATCCCAAGGGTCCTCAAAGC
CCATCAGGTTACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGTCACCGAAAATGATTTCGCATTCTCC
GGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGGTGACACCAGCATTC
GCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGCA
GGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCGCACTCATCCTGGTGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCATA
CAAGGAACCATTTGCGCCGGGTTTATTTCCTTTGCTAATAAGGTATACTTGAAGACTCTC
CAGAGAGGGGATTTTATGTTGTTTCCTCAAGGGCTTTTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGG
AAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTA
CCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCTT
AGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCTTTTCTT
TCGTTTTATTTTTTTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTTTTTTCGAGTTGGT
TTAGCATTTTGATTTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTTTGTTGTTATTGTTCTCAA
TGTCTCATTTT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1AK64TF 391 0 0
G
CTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGA
TTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGC
CTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTACCATTTGCTCT
GTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCTTAGTGATGAACA
AGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTATTT
TTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTTTTTTCGAGTTGGTTTAGCATTCTG
ATTTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTT

QA 2 391 2 391
DS 

RD RR1H190JQ 615 0 0
CGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGGTGACACCAGCATT
CGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGC
AGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCAT
ACAAGGAACCATTTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTATACTTGAAGACTCT
CCAGAGAGGGGATTTTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGG
GAAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCCCCGGGACTTCAGATTCT
ACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCT
TAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCT
TTCGTTTTATTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTTTTTTCGAGTTGG
TTTAGCATTCTGATTTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTTTGTTGTTATTTTTCTCA
ATGTCTCATTTTATT

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1FM10JQ 754 0 0
CCTCTGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATCCCAAGGGTCCTCAAAGCCCATCAGGTTACT
CTTGCAAGAACCCTGACCAAGTCACCGAAAATGATTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAG
CTGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGGTGACACCAGCATTCGCGCCTGCTTTCG
CAGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGCGGGTGGTGGTGTCA
TCCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCT
GCGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATT
CTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGCCT
TGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGT
TTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAG
TTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTATTTTT
CTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTTTTTTCGAGTTGGTTTAGCATTCTGAT
TTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTTTGTTGTTATTGTTCTCAATGTCTCATTTTAT
TATCTCTTTGGGTTAAATTTTAATAAGTAATT
CC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1EO22JQ 672 0 0
CCAAGTCACCGAAAATGATTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAA
CATCATTAAAGCCGCGGTGACACCAGCATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCT
TGGAGTCTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGCAGGTGGTGTTGTCATCCCTCTTCACACTCA
TCCTGGTGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTC
CTCTGCTAATAAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCA
AGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTT
TGGAAGCTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCC
TTCAGAACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAACTTAAGGG
CGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTATTTTTCTAAGTTTTTGTGTGT
GAGTGCGTTTATGCGTTTTTTTCGAGTTGGTTTAGCATTCTGATTTTTACCGTAATGGTT
GTCTTTCTTTTTTTGTTGTTATTGTTCTCAATGTCTCATTTTATTATCTCTTTGGGTTAA
ATTTTAATAAGT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1DZ60JQ 658 0 0
TTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGGTGACACCA
GCATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTCGTCTTGAC
TTAGCAGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTGAGGTTCTTGTA
GTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTATACTTGAAG
ACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAAC
TCTGGGAAAGGTTCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCCCCGGGACTTCAG
ATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCTACCACC
TTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCT
TCTCTTTCGTTTTATTTTTCTAAGTTTT*GTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTTTTT*CGA
GTTGGTTTAGCATTCTGATTTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTTTGTTGTTATTGT
TCTCAATGTCTCATTTTATTATCTCTTTGGGTTAAATTTTAATAAGTAATT
GCATAGC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1GT42JQ 348 0 0
AAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTAC
CATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCTTA
GTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTT
CGTTTTATTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTTTTTTCGAGTTGGTT
TAGCATTCTGATTTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTTTGTTGTTATTGTTCTCAAT
GTCTCATTTTATTATCTCTTTGGGTTAAATTTTAATAAGTAATT
GCAT

QA 1 344 1 344
DS 

RD RR1H763JQ 498 0 0
GAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATTTGCGCCGGGTTTATTTCCTTTGCTAATAAG
GTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTTTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTTTTCAT
TTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCC
CCGGGACTTCAGATTTTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTT
GAAGCTACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGA
ACTAACTAAGCTTTTCTTTCGTTTTATTTTTTTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATG
CGTTTTTTTCGAGTTGGTTTAGCATTCTGATTTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTT
TGTTGTTATTGTTCTCAATGTCTCATTT*ATTATCTCTTTGGGTTAAATTTTAATAAGTA
ATTGCATAGCAGACGTCT

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 15

CO CL97Contig1 834 15 21 U
AGGCAGAGAGATAGACACCTCGCGACATAAACCGAAGTCTGAATCTAATCCTACCAGATC
AAAAGCAAACACAACCAGAACGAGGAAAACCTTCTTTGTCGGTGAGATTCAGACATGGCT
CCTGTTGGTCCTCGTTCCGGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGAATGCAGAG
TTGTTCACATTGACGTACGGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACC*TTGAAGATGT
CGATGAAGTCAACAAACAGCTTGATCAAATGGGATACAACATTGGAATCAGACTTATCGA
TGAGTTTCTAGCCAAATCTGGCGTTTCCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAACTGCTGAAAT
GATTGCCAAGGTGGGTTTCAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTCTCAAGCTGGGA
CGCGGACGGGACTTGCTGCAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACTCGTTGATTTCGTGGA
GCTTCCCGATACTTGCCAAGGGCTTTACTACTGCAACGTCTTAAGTGGAGTCATCAGAGG
CGCTTTGGAAATGGTGTCAATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGTGATGCTCTCAGAGG
GGATGATGCTTATGAGTTGCAGGTGAAGCTACTGAAGCAAGTCGCTGAGGAGTATCCGTA
CAAGGATGATGAATAAATTGTCACTCCCATGTGTAGCGTCTTGGCTCTTCTTTTCTTCTT
CCAGAAACACAAACTCTGAGCTTTGAAACTGAATACTGTTTTATGTTTGGCACAAACCTA
TTAATCCATTTCTTAGCTGTTTTATAACTCAATGTGAGAAGAGTCGAGCGTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 50 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 50 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 65 80 65 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 45 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 65 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 40 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 40 55 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 55 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 65 65 65 50 65 65 40 65 65 65 50 40 65 65 25 65 65 65 
65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1B056JQ C 114
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AF RR1DO18TF U 15
AF RR1DO18JQ C 310
AF RR1CY01TF U 1
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AF RR1D247TF U 54
AF RR1FS68JQ C 17
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AF RR1FS68TF U 17
AF RR1B056TF U 39
AF RR1CY01JQ C 55
AF RR1BJ91JQ C 156
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BS 805 834 RR1CY01JQ

RD RR1B056JQ 152 0 0
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TGCAGAGTTGTTCACATTGACGTACGGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACCCTTG
AAGATGTCGATGAAGTCAACAAA
ACAGCTTGA

QA 1 143 1 143
DS 

RD RR1GU93TF 522 0 0
GAG
AGAACGAGGAAAACCTTCTTTGTCGGTGAGATTCAGACATGGCTCCTGTTGGTCCTCGTT
CCGGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGT
ACGGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACC*TTGAAGATGTCGATGAAGTCAACAAA
CAGCTTGATCAAATGGGATACAACATTGGAATCAGACTTATCGATGAGTTTCTAGCCAAA
TCTGGCGTTTCCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAACTGCTGAAATGATTGCCAAGGTGGGT
TTCAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTCTCAAGCTGGGACGCGGACGGGACTTGC
TGCAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACTCGTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTGC
CAAGGGCTTTACTACTGCAACGTCTTAAGTGGAGTCATCAGAGGCGCTTTGGAA*TGGTG
TCAATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGTG
TGCTCTCA

QA 4 514 4 514
DS 

RD RR1DO18TF 604 0 0
GGAC
CTCGCGACATAAACCGAAGTCTGAATCTAATCCTACCAGATCAAAAGCAAACACAACCAG
AACGAGGAAAACCTTCTTTGTCGGTGAGATTCAGACATGGCTCCTGTTGGTCCTCGTTCC
GGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTAC
GGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACC*TTGAAGATGTCGATGAAGTCAACAAACA
GCTTGATCAAATGGGATACAACATTGGAATCAGACTTATCGATGAGTTTCTAGCCAAATC
TGGCGTTTCCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAACTGCTGAAATGATTGCCAAGGTGGGTTT
CAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTCTCAAGCTGGGACGCGGACGGGACTTGCTG
CAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACTCGTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTGCCA
AGGGCTTTACTACTGCAACGTCTTAAGTGGAGTCATCAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTC
AATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGTGATGCTCTCAGAGGGGATGATGCTTATGAGTT

QA 5 604 5 604
DS 

RD RR1DO18JQ 394 0 0
AGCCAAATCTGGCGTTTCCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAACTGCTGAAATGATTGCCAA
GGTGGGTTTCAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTCTCAAGCTGGGACGCGGACGG
GACTTGCTGCAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACTCGTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGA
TACTTGCCAAGGGCTTTACTACTGCAACGTCTTAAGTGGAGTCATCAGAGGCGCTTTGGA
AATGGTGTCAATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGTGATGCTTTCAGAGGGGATGATGC
TTATGAGTTGCAGGTGAAGCTACTGAAGCAAGTCGCTGAGGAGTATCCGTACAAGGATGA
TGAATAAATTGTCACTCCCATGTGTAGCGTCTTG

QA 1 394 1 394
DS 

RD RR1CY01TF 762 0 0
AGGCAGAGAGATAGACACCTCGCGACATAAACCGAAGTCTGAATCTAATCCTACCAGATC
AAAAGCAAACACAACCAGAACGAGGAAAACCTTCTTTGTCGGTGAGATTCAGACATGGCT
CCTGTTGTTCCTCGTTCCGGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGAATGCAGAG
TTGTTCACATTGACGTACGGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACC*TTGAAGATGT
CGATGAAGTCAACAAACAGCTTGATCAAATGGGATACAACATTGGAATCAGACTTATCGA
TGAGTTTCTAGCCAAATCTGGCGTTTCCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAACTGCTGAAAT
GATTGCCAAGGTGGGTTTCAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTCTCAAGCTGGGA
CGCGGACGGGACTTACTGCAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACTCGTTGATTTCGTGGA
GCTTCCCGATACTTGCCAAGGGCTTTACTACTGCAACGTCTTAAGTGGAGTCATCAGAGG
CGCTTTGGAAATGGTGTCAATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGTGATGCTCTCAGAGG
GGATGATGCTTATGAGTTGCAG*TGAAGCTACTGAAGCAAGTCGCTGAGGAGTATCCGTA
CAAG*ATGATGAATAA*TTGTCACTCCCATGTGTAGCGTCTTGGCTCTTCTTT*CTT*TT
CCAGAAACACAAACTCTGAGCTTTGAAACTGAATACTGTTTT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1D247JQ 595 0 0
AATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTACGGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACC*T
TGAAGATGTCGATGAAGTCAACAAACAGCTTGATCAAATGGGATACAACATTGGAATCAG
ACTTATCGATGAGTTTCTAGCCAAATCTGGCGTT*CCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAAC
TGCTGAAATGATTGCCAAGGTGGGTTTCAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTCTC
AAGCTGGGACGCGGACGGGACTTGCTGCAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACTCGTTGA
TTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTGCCAAGGGCTTTACTACTGCAACGTTTTAAGTGGAGT
CATCAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTCAATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGTGATGC
TTTCAGAGGGGATGATGCTTATGAGTTGCAGGTGAAGCTACTGAAGCAAGTCGCTGAGGA
GTATCCGTACAAGGATGATGAATAAATTGTCACTCCCATGTGTAGCGTCTTGGCTTTTTT
TTTTTTTTTCCAGAAACACAAACTTTGAGCTTTGAAACTGAATACTGTTTTATGT

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1DJ69TF 728 0 0
GG
GAATCTAATCCTACCAGATCAAAAGCAAGCACAACCAGAACGAGGAAAACCTTCTTTGTC
GGTGAGATTCAGACATGGCTCCTGTTGTTCCTCGTTCCGGTGATGCCATCTTCTCCAGCA
TCGATCGCGTGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTACGGTGCAATCGTGCGTCAATTGC
TTACTGACC*TTGAAGATGTCGATGAAGCCAACAAACAGCTTGATCAAATGGGATACAAC
ATTGGAATCAGACTTGTCGATGAGTTTCTAGCCAAGTCTGGCGTTTCCAGATGCGTTGAT
TTTAAGGAAACTGCTGAAATGATTGCCAAGGTGGGTTTCAAGATGTTTTTGGGGGTCACT
GCATCAGTCTCAAGCTGGGACGCGGACGGGACTTGCTGCAGTATCATCTTGGAAGACAAT
CCACTCGTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTACCAAGGGCTTTACTACTGCAACGTC
TTAAGTGGAGTCATCAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTCAATGAAGACAGAAGTGACTTGG
ACGCGTGATGCTCTCAGAGGGGATGATGCTTATGAGTTGCACGTGAAGCTACTGAAGCAA
GTCGCTGAGGAGTATCCGTACAAG*ATGATGAATAAATTGTCACTCCCATGTGTAGCGTC
TTGGCTCTTCTTTTCTTCTTCCAGAAACACAAACTCTGAGCTTTGAAACTGAATACTGTT
TTATGT

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR1D247TF 693 0 0
GG
AGATCAAAAGCAAACACAACCAGAACGAGGAAAACCTTCTTTGTCGGTGAGATTCAGACA
TGGCTCCTGTTGGTCCTCGTTCCGGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGAATG
CAGAGTTGTTCACATTGACGTACGGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACC*TTGAA
GATGTCGATGAAGTCAACAAACAGCTTGATCAAATGGGATACAACATTGGAATCAGACTT
ATCGATGAGTTTCTAGCCAAATCTGGCGTT*CCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAACTGCT
GAAATGATTGCCAAGGTGGGTTTCAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTCTCAAGC
TGGGACGCGGACGGGACTTGCTGCAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACTCGTTGATTTC
GTGGAGCTTCCCGATACTTGCCAAGGGCTTTACTACTGCAACGTCTTAAGTGGAGTCATC
AGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTCAATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGTGATGCTCTC
AGAGGGGATGATGCTTATGAGTTGCAGGTGAAGCTACTGAAGCAAGTCGCTGAGGAGTAT
CCGTACAAGGATGATGAATAAATTGTCACTCCCATGTGTAGCGTCTTGGCTCTTCTTTTC
TTCTTCCAGAA*CACAAACTCTGAGCTTTGA

QA 3 693 3 693
DS 

RD RR1FS68JQ 789 0 0
GG
CTCGCGACATAAAC*GAAGTCTGAATCTAATCCTACCAGATCAAAAGCAAACACAACCAG
AACGAGGAAAACCTTCTTTGTCGGTGAGATTCAGACATGGCTCCTGTTGGTCCTCGTTCC
GGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTAC
GGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACC*TTGAAGATGTCGATTAAGTCAACAAACA
GCTTGATCAAATGGGATACAACATTGGAATCAGACTTATCGATGAGTTTCTAGCCAAATC
TGGCGTTTCCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAACTGCTGAAATGATTGCCAAGGTGGGTTT
CAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTCTCAAGCTGGGACGCGGACGGGACTTGCTG
CAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACTCGTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTGCCA
AGGGCTTTACTACTGCAACGTCTTAAGTGGAGTCGTCAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTC
AATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGTGATGCTCTCAGAGGGGATGATGCTTATGAGTT
GCAGGTGAAGCTACTGAAGCAAGTCGCTGAGGAGTATCCGTACAAGGATGATGAATAAAT
TGTCACTCCCATGTGTAGCGTCTTGGCTCTTCTTTTCTTCTTCCAGAAACACAAACTCTG
AGCTTTGAAACTGAATACTGTTTTATGTTTGGCACAAACCTATTAATCCATTTCTTAGCT
GTTTTA
C

QA 3 788 3 788
DS 

RD RR1AY88JQ 657 0 0
CCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTGCGGTGCAA
TCGTGCGTCAATTGCTTACTGACC*TTGAAGATGTCGATGAAGTCAACAAACAGCTTGAT
CAAATGGGATACAACATTGGAATCAGACTTATCGATGAGTTTCTAGCCAAATTTGGCGTT
TCCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAACTGCTGAAATGATTGCCAAGGTGGGTTTCAAGATG
TTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTTTCAGGCTGGGACGCGGACGGGACTTGCTGCAGTATC
ATCTTGGAAGGCAATCCACTCGTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTGCCAAGGGCTT
TACTACTGCAACGTTTTAAGTGGAGTCATCAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTCAATGAAG
ACAGAAGTGACTTGGACGCGTGATGCTTTCAGAGGGGATGATGCTTATGAGTTGCAGGTG
AAGCTACTGAAGCAAGTCGCTGAGGAGTATCCGTACAAGGATGATGAATAAATTGTCACT
CCCATGTGTAGCGTTTTGGCTCTTTTTTTTTTTTTCCAGAAACACAAACTTTGAGCTTTG
AAACTGAATACTGTTTTATGTTTGGCACAAACCTATTAATCCATTTTTTAGCTGTTT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1AY88TF 756 0 0
GG
AATCCTACCAGATCAAAAGCAAACACAACCAGAACGAGGAAAACCTTCTTTGTCGGTGAG
ATTCAGACATGGCTCCTGTTGGTCCTCGTTCCGGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATC
GCGTGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTGCGGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTG
ACC*TTGAAGATGTCGATGAAGTCAACAAACAGCTTGATCAAATGGGATACAACATTGGA
ATCAGACTTATCGATGAGTTTCTAGCCAAATCTGGCGTTTCCAGATGCGTTGATTTTAAG
GAAACTGCTGAAATGATTGCCAAGGTGGGTTTCAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCA
GTCTCAGGCTGGGACGCGGACGGGACTTGCTGCAGTATCATCTTGGAAGGCAATCCACTC
GTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTGCCAAGGGCTTTACTACTGCAACGTCTTAAGT
GGAGTCATCAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTCAATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGT
GATGCTCTCAGAGGGGATGATGCTTATGAGTTGCAGGTGAAGCTACTGAAGCAAGTCGCT
GAGGAGTATCCGTACAAGGATGATGAATAAATTGTCACTCCCATGTGTAGCGTTTTGGCT
CTTCTTTTCTTCTTCCAGAAACACAAACTCTGAGCTTTGAAACTGAATACTGTTTTATGT
TTGGCACAA*CCTATTAATCCATTTCTTAGCTGT

QA 3 756 3 756
DS 

RD RR1FS68TF 790 0 0
GG
CTCGCGACATAAACCGAAGTCTGAATCTAATCCTACCAGATCAAAAGCAAACACAACCAG
AACGAGGAAAACCTTCTTTGTCGGTGAGATTCAGACATGGCTCCTGTTGGTCCTCGTTCC
GGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTAC
GGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACC*TTGAAGATGTCGATTAAGTCAACAAACA
GCTTGATCAAATGGGATACAACATTGGAATCAGACTTATCGATGAGTTTCTAGCCAAATC
TGGCGTTTCCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAACTGCTGAAATGATTGCCAAGGTGGGTTT
CAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTCTCAAGCTGGGACGCGGACGGGACTTGCTG
CAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACTCGTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTGCCA
AGGGCTTTACTACTGCAACGTCTTAAGTGGAGTCGTCAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTC
AATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGTGATGCTCTCAGAGGGGATGATGCTTATGAGTT
GCAGGTGAAGCTACTGAAGCAAGTCGCTGAGGAGTATCCGTACAAG*ATGATGAATAAAT
TGTCACTCCCATGTGTAGCGTCTTGGCTCTTCTTTTCTTCTTCCAGAAACACAAACTCTG
AGCTTTGAAACTGAATACTGTTTTATGTTTGGCACAAACCTATTAATCCATTTCTTAGCT
GTTT
ACAA

QA 3 786 3 786
DS 

RD RR1B056TF 767 0 0
GG
GAATCTAATCCTACCAGATCAAAAGCAAACACAACCAGAACGAGGAAAACCTTCTTTGTC
GGTGAGATTCAGACATGGCTCCTGTTGGTCCTCGTTCCGGTGATGCCATCTTCTCCAGCA
TCGATCGCGTGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTACGGTGCAATCGTGCGTCAATTGC
TTACTGACC*TTGAAGATGTCGATGAAGTCAACAAACAGCTTGATCAAATGGGATACAAC
ATTGGAATCAGACTTATCGATGAGTTTCTAGCCAAATCTGGCGTTTCCAGATGCGTTGAT
TTTAAGGAAACTGCTGAAATGATTGCCAAGGTGGGTTTCAAGATGTTTTTGGGGGTCACT
GCATCAGTCTCAAGCTGGGACGCGGACGGGACTTGCTGCAGTATCATCTTGGAAGACAAT
CCACTCGTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTGCCAAGGGCTTTACTACTGCAACGTC
TTAAGTGGAGTCACCAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTCAATGAAGACAGAAGTGACTTGG
ACGCGTGATGCTCTCAGAGGGGATGATGCTTATGAGTTGCATGTGAAGCTACTGAAGCAA
GTCGCTGAGGAGTATCCGTACAAAGATGATGAATAAATTGTCACTCCCATGTGTAGCGTC
TTGGCTCTTCTTTTCTTCTTCCAGAAACACAAACTCTGAGCTTTGAAACTGAATACTGTT
TTATGTTTGGCACAAACCTATTAATCCATTTCTTAGCTGTTTTA
T

QA 3 766 3 766
DS 

RD RR1CY01JQ 780 0 0
CAGATCAAAAGCAAACACAACCAGAACGAGGAAAACCTTCTTTGTCGGTGAGATTCAGAC
ATGGCTCCTGTTGTTCCTCGTTCCGGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGAAT
GCAGAGTTGTTCACATTGACGTACGGTGCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACC*TTGA
AGATGTCGATGAAGTCAACAAACAGCTTGATCAAATGGGATACAACATTGGAATCAGACT
TATCGATGAGTTTCTAGCCAAATCTGGCGTTTCCAGATGCGTTGATTTTAAGGAAACTGC
TGAAATGATTGCCAAGGTGGGTTTCAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTCTCAAG
CTGGGACGCGGACGGGACTTACTGCAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACTCGTTGATTT
CGTGGAGCTTCCCGATACTTGCCAAGGGCTTTACTACTGCAACGTCTTAAGTGGAGTCAT
CAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTCAATGAAGACAGAAGTGACTTGGACGCGTGATGCTCT
CAGAGGGGATGATGCTTATGAGTTGCAGGTGAAGCTACTGAAGCAAGTCGCTGAGGAGTA
TCCGTACAAGGATGATGAATAAATTGTCACTCCCATGTGTAGCGTCTTGGCTCTTCTTTT
CTTCTTCCAGAAACACAAACTCTGAGCTTTGAAACTGAATACTGTTTTATGTTTGGCACA
AACCTATTAATCCATTTCTTAGCTGTTTTATAACTCAATGTGAGAAGAGTCGAGCGTACC

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1BJ91JQ 676 0 0
CAGCATCGATCGCGTGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTACGGTGCAATCGTGCGTCA
ATTGCTTACTGACC*TTGAAGATGTCGATGAAGTCAACAAACAGCTTGATCAAATGGGAT
ACAACATTGGAATCAGACTTATCGATGAGTTTCTAGCCAAATCTGGCGTTTCCAGATGCG
TTGATTTTAAGGAAACTGCTGAAATGATCGCCAAGGTGGGTTTCAAGATGTTTTTGGGGG
TCACTGCATCAGTCTCAAGCTGGGACGCGGACGGGACTTGCTGCAGTATCATCTTGGAAG
ACAATCCACTCGTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTGCCAAGGGCTTTACTGCTGCA
ACGTTTTAAGTGGAGTCATCAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTCAATGAAGACAGAAGTGA
CTTGGACGCGTGATGCTCTCAGAGGGGATGATGCTTATGAGTTGCAGGTGGAGCTACTGA
AGCAAGTCGCTGAGGAGTATCCGTACAAGGATGATGAATAAATTGTCACTCCCATGTGTA
GCGTCTTGGCTCTTCTTTTCTTCTTCCAGAAACACAAACTCTGAGCTTTGAAACTGAATA
CTGTTTTATGTTTGGCACAAACCTATTAATCCATTTTTTAGCTGTTTTATAACTCAATGT
GAGAAGAGTCGAGCGT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 2 13

CO CL98Contig1 568 6 18 U
GGGCCGTCTTCAAAAACACTCGTGAGCTTTCCTTCTCCTTCGAGATCTCCATCAACTTCT
GCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCTTTGAGCGGGAAAGCTTCCCCG
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ATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAACGGGAAAGACTTGTGTGAACTGATCGCTGCTGGT
AGGGAGAAGTTGGCTTCCGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTCTGCTCCATCT
GCCGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCACCTGTGGCTGAGGCCAAGAAGGAAGAGAAGAAAGAA
GAAAAGGAAGAATCCGACGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATACTTGTCCGCA
TTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTTTATGTGGTTTT
TTCTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCCTGCAATTCTCAAGAGATTTTT
TTAGTTTTATAACCATAATCCTTATCCG


BQ
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DZ08TF U -2
AF RR1DH70TF U 1
AF RR1AM03JQ C 1
AF RR1DH70JQ C 271
AF RR1AM03TF U 1
AF RR1GJ44TF U 1
BS 1 2 RR1DH70TF
BS 3 33 RR1DZ08TF
BS 34 34 RR1DH70TF
BS 35 95 RR1DZ08TF
BS 96 96 RR1DH70TF
BS 97 159 RR1DZ08TF
BS 160 160 RR1DH70TF
BS 161 167 RR1DZ08TF
BS 168 168 RR1DH70TF
BS 169 193 RR1DZ08TF
BS 194 194 RR1DH70TF
BS 195 257 RR1DZ08TF
BS 258 258 RR1DH70TF
BS 259 277 RR1DZ08TF
BS 278 369 RR1DH70TF
BS 370 371 RR1AM03TF
BS 372 540 RR1DH70TF
BS 541 568 RR1AM03TF

RD RR1DZ08TF 292 0 0
GGGTC
GCCGTCTTCAAAAACACTCGTGAGCTTTCCTCCTCCTTCGAGATCTCCATCAACTTCTGC
TAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCTGCTTTGAGCGGGAAAGCTTCCCCGAC
CAGTGCCGATGTCAAGACCATCCTCGGATCTGTTGGT*GTGAATCCGAAGACTCTCAGAT
TGAGCTTTTGT*GAAGGAAGTGAACGGGAAAGACTTGTGTGAACTGATCGCTGCTGGTAG
GGAGAAGTTGGCTTCTGTTCCAAGCGGTGGTGGTG
GTGTTGCCATGG

QA 6 280 6 280
DS 

RD RR1DH70TF 540 0 0
GGGCCGTCTTCAAAAACACTCGTGAGCTTTCCTTCTCCTTCGAGATCTCCATCAACTTCT
GCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCTTTGAGCGGGAAAGCTTCCCCG
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ATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAACGGGAAAGACTTGTGTGAACTGATCGCTGCTGGT
AGGGAGAAGTTGGCTTCCGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTCTGCTCCATCT
GCCGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCACCTGTGGCTGAGGCCAAGAAGGAAGAGAAGAAAGAA
GAAAAGGAA**ATCCGACGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATACTTGTCCGCA
TTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTTTATGTGGTTTT
TTCTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCCTGCAATTCTCAAGAGATTTTT

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1AM03JQ 568 0 0
GGGCCGTCTTCAAAAACACTCGTGAGCTTTCCTTCTCCTTCGAGATCTCCATCAACTTCT
GCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCTTTGAGCGGGAAAGCTTCCCCG
ACCAGTGCCGATGTCAAGACCATCCTCGGATCTGTTGGTTGTGAATCTGAAGACTCTCAG
ATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAACGGGAAAGACTTGTGTGAACTGATCGCTGCTGGT
AGGGAGAAGTTGGCTTCCGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTTTGCTCCATCT
GCCGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCACCTGTGGCTGAGGCCAAGAAGGAAGAGAAGAAAGAA
GAAAGGGAAGAATCCGACGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATACTTGTCCGCA
TTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTTTATGTGGTTTT
TTCTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCTTGCAATTCTCAAGAGATTTTT
TTAGTTTTATAACCATAATCCTTATCCG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1DH70JQ 278 0 0
GGGGGG
GTTGCCATGGCCTTTGCTCCATCTGCCGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCACCTGTGGCTGAG
GCCAAGAAGGAAGAGAAGAAAGAAGAAAAGGAA**ATCCGACGATGACATGGGTTTCAGT
CTTTTCGAGTAATACTTGTCCGCATTCTGTTTTTGTCGTTTTTTTCATTTTGTGTTAAAC
CCTTTGGAACCTTTATGTGGTTTTTTTTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACAT
TCCTGCAATTCTCAAGAGATTTTTTTAGTTTT

QA 7 278 7 278
DS 

RD RR1AM03TF 568 0 0
GGGCCGTCTTCAAAAACACTCGTGAGCTTTCCTTCTCCTTCGAGATCTCCATCAACTTCT
GCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCTTTGAGCGGGAAAGCTTCCCCG
ACCAGTGCCGATGTCAAGACCATCCTCGGATCTGTTGGTTGTGAATCTGAAGACTCTCAG
ATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAACGGGAAAGACTTGTGTGAACTGATCGCTGCTGGT
AGGGAGAAGTTGGCTTCCGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTCTGCTCCATCT
GCCGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCACCTGTGGCTGAGGCCAAGAAGGAAGAGAAGAAAGAA
GAAAGGGAAGAATCCGACGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATACTTGTCCGCA
TTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTTTATGTGGTTTT
TTCTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCTTGCAATTCTCAAGAGATTTTT
TTAGTTTTATAACCATAATCCTTATCCG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1GJ44TF 551 0 0
GGGCCGTCTTCAAAAACACTCGTGAGCTTTCCTTCTCCTTCGAGATCTCCATCAACTTCT
GCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCTTTGAGCGGGAAAGCTTCCCCG
CCCAGTGCCGATGTCAAGACCATCCTCGGATCTGTTGGTTGTGAATCTGAAGACTCTCAG
ATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAACGGGAAAGACTTGTGTGAACTGATCGCTGCTGGT
AGGGAGAAGTTGGCTTCCGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTCTGCTCCATCT
GCCGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCACCTGTGGCTGAGGCCAAGAAGGAAGAGAAGAAAGAA
GAAAAGGAAGAATCCGACGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATACTTGTCCGCA
TTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTTTATGTGGTTTT
TTCTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCCTGCAATTCTCAAGAGATTTTT
TTAGTTTT
ATA

QA 1 548 1 548
DS 



CO CL98Contig2 562 7 10 U
GCCGGGGGAGCGCCGTCTTCAAAAACACTCGTGAGCTTTCCTCCTCCTTCGAGATCTCCA
TCAAACTTCTGCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCATTGAGCGGAAA
AGCTTCCCCAACCAGTGCCGATGTCAAGAGTATCCTCGGATCTGTTGGTTGTGAATCTGA
AGACTCTCAGATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAATGGGAAAGACTTGTGCGAATTGAT
CGCTGCTGGTAGGGAGAAGCTGGCTTCTGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTC
TGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGGCCAAGAAGGAAGA
GAAGAAAGAAGAGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATA
CTTGTCCGCATTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTCT
ATGTTGTTTTTTCTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCCTGCAATTCTCA
AGAGATTTTTTTAGTTATAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 

AF RR1CS08JQ C 1
AF RR1GS17TF U 10
AF RR1CS08TF U 7
AF RR1CZ71JQ C 51
AF RR1GS17JQ C 62
AF RR1CZ71TF U 60
AF RR1F029TF U 204
BS 1 9 RR1CS08JQ
BS 10 10 RR1GS17TF
BS 11 11 RR1CS08JQ
BS 12 217 RR1GS17TF
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BS 219 501 RR1GS17TF
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BS 531 532 RR1CS08TF
BS 533 562 RR1CZ71TF

RD RR1CS08JQ 532 0 0
GCCGGGGGATCGCCGTCTTCAAAAACACTCGTGAGCTTTCCTCCTCCTTCGAGATCTCCA
TCAAACTTCTGCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCATTGAGCTGAAA
AGCTTCCCCAACCAGTGCCGATGTCAAGAGTATCCTCGGATCTGTTGGTTGTGAATCTGA
AGACTCTCAGATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAATGGGAAAGACTTGTGCGAATTGAT
CGCTGCTGGTAGGGAGAAGCTGGCCTCTGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTC
TGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGGCCAAGAAGGAAGA
GAAGAAAGAAGAGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATA
CTTGTCCGCATTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTCT
ATGTTGTTTTTTCTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCCTGC

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1GS17TF 521 0 0
GGGCCGTCTTCAAAAACACTCGTGAGCTTTCCTCCTCCTTCGAGATCTCCATCAAACTTC
TGCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCATTGAGCGGAAAAGCTTCCCC
AACCAGTGCCGATGTCAAGAGTATCCTCGGATCTGTTGGTTGTGAATCTGAAGACTCTCA
GATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAATAGGAAAGACTTGTGCGAATTGATCGCTGCTGG
TAGGGAGAAGCTGGCTTCTGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTCTGCTCCATC
TGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGGCCAAGAAGGAAGAGAAGAAAGA
AGAGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATACTTGTCCGC
ATTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTCTATGTTGTTT
TTTCTTAGTTTGCACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCCT

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1CS08TF 526 0 0
GGATC
GCCGTCTTCAAAAACACTCGTGAGCTTTCCTCCTCCTTCGAGATCTCCATCAAACTTCTG
CTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCATTGAGCTGAAAAGCTTCCCCAA
CCAGTGCCGATGTCAAGAGTATCCTCGGATCTGTTGGTTGTGAATCTGAAGACTCTCAGA
TTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAATGGGAAAGACTTGTGCGAATTGATCGCTGCTGGTA
GGGAGAAGCTGGCCTCTGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTCTGCTCCATCTG
CTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGGCCAAGAAGGAAGAGAAGAAAGAAG
AGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATACTTGTCCGCAT
TCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTCTATGTTGTTTTT
TCTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCCTGC

QA 6 526 6 526
DS 

RD RR1CZ71JQ 512 0 0
GAGATCTCCATCAAACTTCTGCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCAT
TGAGCGGAAAAGCTTCCCCAACCAGTGCCGATGTCAAGAGTATCCTCGGATCCGTTGGTT
GTGAATCTGAAGACTCTCAGATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAATGGGAAAGACTTGT
GCGAATTGATCGCTGCTGGTAGGGAGAAGCTGGCTTCTGTTCCAAGCGGTGGTGGTGCTG
CCATGGCCTCTGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGGCCA
AGAAGGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTTT
TCGAGTAATACTTGTCCGCATTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTT
TGGAACCTCTATGTTGTTTTTTCTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACATCCCT
GCAATTCTCAAGAGATTTTTTTAGTTATAACC

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1GS17JQ 501 0 0
CAAACTTCTGCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCATTGAGCGGAAAA
GCTTCCCCAACCAGTGCCGATGTCAAGAGTATCCTCGGATCTGTTGGTTGTGAATCTGAA
GACTCTCAGATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAATAGGAAAGACTTGTGCGAATTGATC
GCTGCTGGTAGGGAGAAGCTGGCTTCTGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTCT
GCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGGCCAAGAAGGAAGAG
AAGAAAGAAGAGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATAC
TTGTCCGCATTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTCTA
TGTTGTTTTTTCTTAGTTTGCACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCCTGCAATTCTCAA
GAGATTTTTTTAGTTATAACC

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR1CZ71TF 503 0 0
ATCAAACTT*TGCTAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTACCTGCTCGCCGCATTGAGCGGAA
AAGCTTCCCCAACCAGTGCCGATGTCAAGAGTATCCTCGGATCCGTTGGTTGTGAATCTG
AAGACTCTCAGATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTGAATGGGAAAGACTTGTGCGAATTGA
TCGCTGCTGGTAGGGAGAAGCTGGCTTCTGTTCCAAGCGGTGGTGGTGCTGCCATGGCCT
CTGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGGCCAAGAAGGAAG
AGAAGAAAGAAGAGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAAT
ACTTGTCCGCATTCTGTTTTTGTCGTCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTC
TATGTTGTTTTTTCTTAGTTTGTACCCGATGGCTATCTTTTTGACATTCCTGCAATTCTC
AAGAGATTTTTTTAGTTATAACC

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR1F029TF 353 0 0
G
GAAGGAAGTGAATGGGAAAGACTTGTGCGAATTGATCGCTGCTGGTAGGGAGAAGCTGGC
TTCTGTTCCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCCTCTGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGG
AGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGGCCAAGAAGGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGGAAGAATC
CGATGATGACATGGGTTTCAGTCTTTTCGAGTAATACTTGTCCGCATTCTGTTTTTGTCG
TCTTTTTCATTTTGTGTTAAACCCTTTGGAACCTCTATGTTGTTTTTTCTTAGTTTGTAC
CCGATGGCTATCTTTTTGACATTCCTGCAATTCTCAAGAGATTTTTTTAGTT

QA 2 353 2 353
DS 



AS 1 14

CO CL99Contig1 511 14 3 U
GGGACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTAT
TCTGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGG
CCAGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGC
TAAGGAATCTCTCCAAGAGGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGA
GGCCATCAAGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTAC
GTTTCCTTTTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTT
CGAAGCCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTT
GGCCCTTGTCTCTTGATCAATATGTAGCCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATT
TTGAAATACATAAAGGGAAATTGCACCGTAT


BQ
10 55 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 30 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 45 45 45 45 40 40 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1GY40JQ C 1
AF RR1AC49TF U 2
AF RR1GI47TF U 188
AF RR1ET65TF U 4
AF RR1GY40TF U 1
AF RR1CN36TF U 2
AF RR1FE26TF U 2
AF RR1AB04TF U 2
AF RR1BP25JQ C 2
AF RR1BP25TF U 2
AF RR1E594TF U 2
AF RR1FE05JQ C 198
AF RR1FE05TF U 198
AF RR1GJ05TF U 3
BS 1 1 RR1GY40JQ
BS 2 491 RR1GY40TF
BS 492 511 RR1E594TF

RD RR1GY40JQ 183 0 0
GGGACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTAT
TCTGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGG
CCAGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTG
TTAA

QA 1 179 1 179
DS 

RD RR1AC49TF 437 0 0
GGACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTATT
CTGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGC
CAGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGCT
AAGGAATCTCTCCAAGAGGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAG
GCCATCAAGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACG
TTTCCTTTTACTGCCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTC
GAAGCCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTG
GCCCTTGTCTCTTGATC

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR1GI47TF 251 0 0
G
CTCTCCAAGAGGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAGGCCATCA
AGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACGTTTCCTT
TTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTCGAAGCCA
TTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTGGCCCTTG
TCTCTTGATC

QA 2 251 2 251
DS 

RD RR1ET65TF 435 0 0
GG
AAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTATTCTGC
AGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGCCAGA
CCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGCTAAGG
AATCTCTCCAAGAGGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACCGAGGCCA
TCAAGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACGTTTC
CTTTTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTCGAAG
CCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTGGCCC
TTGTCTCTTGATC

QA 3 435 3 435
DS 

RD RR1GY40TF 491 0 0
G
GGACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTATT
CTGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGC
CAGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGCT
AAGGAATCTCTCCAAGAGGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAG
GCCATCAAGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACG
TTTCCTTTTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTC
GAAGCCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTG
GCCCTTGTCTCTTGATCAATATGTAGCCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATTT
TGAAATACAT

QA 2 491 2 491
DS 

RD RR1CN36TF 482 0 0
GGACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTATT
CTGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGAC
CAGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGCT
AAGGAATCTCTCCAAGAGGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAG
GCCATCAAGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACG
TTTCCTTTTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTC
GAAGCCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTG
GCCCTTGTCTCTTGATCAATATGTAGTCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATTT
TG

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1FE26TF 486 0 0
GGACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTATT
CTGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGC
CAGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGCT
AAGGAATCTCTCCAAGAGGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAG
GCCATCAAGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACG
TTTCCTTTTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAATTC
GAAGCCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTG
GCCCTTGTCTCTTGATCAATATGTAGTCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATTT
TGAAAT

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1AB04TF 488 0 0
GGACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTATT
CTGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGC
CAGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGCT
AAGGAATCTCTCCAAGAGGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAG
GCCATCAAGGAAAAGACGGGCATGGACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACG
TTTCCTTTTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTC
GAAGCCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTG
GCCCTTGTCTCTTGATCAATATGTAGCCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATTT
TGAAATAC

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1BP25JQ 490 0 0
GGACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTATT
CTGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGC
CAGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGCT
AAGGAATCTCTCCAAGAGGTTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAG
GCCATCAAGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACG
TTTCCTTTTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTC
GAAGCCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTG
GCCCTTGTCTCTTGATCAATATGTAGCCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATTT
TGAAATACAT

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1BP25TF 490 0 0
GGACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTATT
CTGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGC
CAGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGCT
AAGGAATCTCTCCAAGAGGTTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAG
GCCATCAAGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACG
TTTCCTTTTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTC
GAAGCCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTG
GCCCTTGTCTCTTGATCAATATGTAGCCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATTT
TGAAATACAT

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1E594TF 510 0 0
GGACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTATAAGCTTTTATT
CTGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGC
CAGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGCT
AAGGAATCTCTCCAAGAGGGTGGACAGCAACTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAG
GCCATCAAGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACG
TTTCCTTTTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTC
GAAGCCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTG
GCCCTTGTCTCTTGATCAATATGTAGCCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATTT
TGAAATACATAAAGGGAAATTGCACCGTAT

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1FE05JQ 286 0 0
G
GGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAGGCCATCAAGGAAAAGAC
GGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACGTTTCCTTTTACTACCAA
TAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTCGAAGCCATTAGGCATCT
TTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTGGCCCTTGTCTCTTGATC
AGTATGTAGCCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATTTTG

QA 2 286 2 286
DS 

RD RR1FE05TF 286 0 0
G
GGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAGGCCATCAAGGAAAAGAC
GGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACGTTTCCTTTTACTACCAA
TAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTCGAAGCCATTAGGCATCT
TTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTGGCCCTTGTCTCTTGATC
AGTATGTAGCCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATTTTG

QA 2 286 2 286
DS 

RD RR1GJ05TF 507 0 0
GACAAGTCACAATTACAAAAACTAGATAAGTTCACAACATCAAATTACAAGCTTTTATTC
TGCAGAGAATGTCTAACAACAGTCAGAGCATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGCC
AGACCCAGGAGAAAGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCCAATGCTGCCCAATCTGCTA
AGGAATCTCTCCAAGAGGGTGGACAGCAGCTGAAGCAGAAGGCACAGGGTGCGACTGAGG
CCATCAAGGAAAAGACGGGCATGAACAAATGAGAAGCACGTTCCAAATAAAATTTTACGT
TTCCTTTTACTACCAATAATAATAACTAGATAGATTTTGTCTGTCTAAATCCTAAGTTCG
AAGCCATTAGGCATCTTTTTGTTCTCTGAATTTATTCAATATCTATCGAAGGGTTGTTGG
CCCTTGTCTCTTGATCAATATGTAGCCGTGCACTTATTTATTTATGTAATAAAGTATTTT
GAAATACATAAAGGGAAATTGCACCG
G

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 14

CO CL100Contig1 905 14 15 U
GGAAAAGTAAAATCAACGAAGCAGAATATTTTCCTCAACCCTATTTATTGTGGGTCGCGA
CCCACAGAGAGAGAGAAGAGAAGAACCATTTACAGTTTCCTTTCTCTCTCTTTTCTTTTC
CTAAATAACGAAGAATCTAAAGCTAAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCG
GGGATGGCATCGAAACGGATATTGAAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACT
TCATGCAGCGCAGGACCGGTGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGT
CCATCCGACAGCCCTTACTCTGGCGGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGAT
TATCCTTTTAAACCTCCCAAGGTGGCTTTTAGGACAAAGGTGTTCCATCCAAACATCAAC
AGCAATGGGAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATT
TCCAAGGTGCTGCTGTCGATCTGTTCGTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTG
GTTCCGGAGATTGCTCACATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTACGAGTCTACTGCCCGT
ACCTGGACTCAAAAGTACGGAATGGGCTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCCTTT
TAATAACCTAAAAGAACTCTTCTCATTTCTATGTAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCT
TATTAAAAAAAAAAA**TTGTGAAGACTGAGATCAGTAAGAAATCGCATGATCTCCCATT
TTCATTTAAATCTCATGGAATTTGTAAACTTTAAGTCATCTCGTTCCCATTTGCTTTTTA
TTCTCTGTGTTCTTCTACTGAATGATGGGCTTTTCCATTGGAACTGAAATAAACTTAAAC
CAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 45 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 15 65 65 55 55 55 55 55 55 50 50 50 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR1DE23TF U 71
AF RR1BC10TF U 1
AF RR1EX72TF U 78
AF RR1G116TF U 74
AF RR1H711TF U 76
AF RR1EJ36TF U 75
AF RR1EJ36JQ C 77
AF RR1BC10JQ C 34
AF RR1GK25TF U 70
AF RR1GK25JQ C 147
AF RR1H711JQ C 241
AF RR1EX72JQ C 123
AF RR1EY44JQ C 341
AF RR1EY44TF U 341
BS 1 571 RR1BC10TF
BS 572 584 RR1EX72TF
BS 585 585 RR1GK25TF
BS 586 664 RR1EX72TF
BS 665 665 RR1GK25TF
BS 666 711 RR1EX72TF
BS 712 721 RR1G116TF
BS 722 722 RR1GK25TF
BS 723 730 RR1G116TF
BS 731 734 RR1GK25TF
BS 735 735 RR1EY44TF
BS 736 789 RR1GK25TF
BS 790 790 RR1EY44TF
BS 791 818 RR1GK25TF
BS 819 905 RR1EY44TF

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GG
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GAATCTAAAGCTAAGAAGCTGAACCGAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCG
AAACGGATATTGAAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACTTCATGCAGCGCA
GGACCGGTGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCATCCGACAGC
CCTTACTCTGGCGGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTC

QA 3 285 3 285
DS 

RD RR1BC10TF 571 0 0
GGAAAAGTAAAATCAACGAAGCAGAATATTTTCCTCAACCCTATTTATTGTGGGTCGCGA
CCCACAGAGAGAGAGAAGAGAAGAACCATTTACAGTTTCCTTTCTCTCTCTTTTCTTTTC
CTAAATAACGAAGAATCTAAAGCTAAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCG
GGGATGGCATCGAAACGGATATTGAAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACT
TCATGCAGCGCAGGACCGGTGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGT
CCATCCGACAGCCCTTACTCTGGCGGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGAT
TATCCTTTTAAACCTCCCAAGGTGGCTTTTAGGACAAAGGTGTTCCATCCAAACATCAAC
AGCAATGGGAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATT
TCCAAGGTGCTGCTGTCGATCTGTTCGTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTG
GTTCCGGAGATTGCTCACATGTACAAGACTG

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1EX72TF 634 0 0
GG
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AAGCTAAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCGAAACGGA
TATTGAAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACTTCATGCAGCGCAGGACCGG
TGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCATCCGACAGCCCTTACT
CTGGCGGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAACCTCCCA
AGGTGGCTTTTAGGACAAAGGTGTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGCATCTGCC
TCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTGTCGA
TCTGTTCGTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTGGTTCCGGAGATTGCTCACA
TGTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCTACTGCCCGTACCTGGACTCAAAAGTACG
GAATGGGCTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCCTTTTAATTACCTAAAAGAACTC
TTCTCATTTCTATGTAATCATATTTATAAACT

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR1G116TF 657 0 0
G
GAAGAGAAGAACCATTTACAGTTTCCTTTCTCTCTCTTTTCTTTTCCTAAATAACGAAGA
ATCTAAAGCTAAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCGAA
ACGGATATTGAAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACTTCATGCAGCGCAGG
ACCGGTGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCATCCGACAGCCC
TTACTCTGGCGGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAACC
TCCCAAGGTGGCTTTTAGGACAAAGGTGTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGCAT
CTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCT
GTCGATCTGTTCGTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTGGTTCCGGAGATTGC
TCACATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCTACTGCCCGTACCTGGACTCAAAA
GTACGGAATGGGCTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCCTTTTAATTACCTAAAAG
AACTCTTCTCATTTCTATGTAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCTTGTTAAAAAA

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR1H711TF 649 0 0
GG
GAGAAGAACCATTTACAGTTTCCTTTCTCTCTCTTTTCTTTTCCTAAATAACGAAGAATC
TAAAGCTAAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCGAAACG
GATATTGAAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACTTCATGCAGCGCAGGACC
GGTGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCATCCGACAGCCCTTA
CTCTGGCGGTGTTTTTCGTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAACCTCC
CAAGGTGGCTTTTAGGACTAAGGTGTTCCATCCAAACACCAACAGCAATGGGAGCATCTG
CCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTGTC
GATCTGTTCGTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTGGTTCCGGAGATTGCTCA
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CGGAATGGGCTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCCTTTTAATAACCTAAAAGAAC
TCTTCTCATTTCTATGTAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCTTATT

QA 3 649 3 649
DS 

RD RR1EJ36TF 659 0 0
GG
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CTAAAGCTAAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCGAAAC
GGATATTGAAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACTTCATGCAGCGCAGGAC
CGGTGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCATCCGACAGCCCTT
ACTCTGGCGGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAACCTC
CCAAGGTGGCTTTTAGGACAAAGGTGTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGCATCT
GCCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTGT
CGATCTGTTCGTTGTTGACGGATCCGAGCCCGGATGATCCTTTGGTTCCGGAGATTGCTC
ACATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTACGAGTCTACTGCCCGTACCTGGACTCAAAAGT
ACGGAATGGGCTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCCTTTTAATAACCTAAAAGAA
CTCTTCTCATTTCTATGTAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCTTATTAAAAAAAAA

QA 3 659 3 659
DS 

RD RR1EJ36JQ 648 0 0
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CTAAAGCTAAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCGAAAC
GGATATTGAAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACTTCATGCAGCGCAGGAC
CGGTGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCATCCGACAGCCCTT
ACTCTGGCGGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAACCTC
CCAAGGTGGCTTTTAGGACAAAGGTGTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGCATTT
GCCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTGT
CGATCTGTTCGTTGTTGACGGATCCGAGCCCGGATGATCCTTTGGTTCCGGAGATTGCTC
ACATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTACGAGTCTACTGCCCGTACCTGGACTCAAAAGT
ACGGAATGGGCTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCCTTTTAATAACCTAAAAGAA
CTCTTCTCATTTCTATGTAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCTTATT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1BC10JQ 772 0 0
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AGTTTCCTTTCTCTCTCTTTTCTTTTCCTAAATAACGAAGAATCTAAAGCTAAGAAGCTG
AACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCGAAACGGATATTGAAGGAATTG
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TTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCATCCGACAGCCCTTACTCTGGCGGTGTTTTT
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ACAAAGGTGTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAG
GAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTGTCGATCTGTTCGTTGTTG
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AAGAACAAGTATGAGTCTACTGCCCGTACCTGGACTCAAAAGTACGGAATGGGCTGACCA
CTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCCTTTTAATTACCTAAAAGAACTCTTCTCATTTCTATG
TAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCTTATTAAAAAAAAAA***TTGTGAAGACTGAGAT
CAGTAAGAAATCGCATGATCTCCCATTTTCATTTAAATCTCATGGAATTTGT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1GK25TF 752 0 0
GAG
GAGAAGAGAAGAACCATTTACAGTTTCCTTTCTCTCTCTTTTCTTTTCCTAAATAACGAA
GAATCTAAAGCTAAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCG
AAACGGATATTGAAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACTTCATGCAGCGCA
GGACCGGTGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCATCCGACAGC
CCTTACTCTGGCGGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAA
CCTCCCAAGGTGGCTTTTAGGACAAAGGTGTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGC
ATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTG
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AGAACTCTTCTCATTTCTATGTAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCTTATTAAAAAAAA
AA***TTGTGAAGACTGAGATCAGTAAGAAATCGCATGATCTCCCATTTTCATTTAA*TC
TCATGGAATTTGTAAACTTTAAGTCA
AAA

QA 4 749 4 749
DS 

RD RR1GK25JQ 671 0 0
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GGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACTTCATGCAGCGCAGGACCGGTGGCGGA
AGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCATCCGACAGCCCTTACTCTGGCGG
TGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAACCTCCCAAGGTGGC
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CTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTGTCGATCTGTTC
GTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTGGTTCCGGAGATTGCTCACATGTACAA
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CTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCCTTTTAATAACCTAAAAGAACTCTTCTCAT
TTCTATGTAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCTTATTAAAAAAAAAAA**TTGTGAAGA
CTGAGATCAGTAAGAAATCGCATGATCTCCCATTTTCATTTAAATCTCATGGAATTTGTA
AACTTTAAGTC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1H711JQ 573 0 0
TCATGCAGCGCAGGACCGGTGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGT
CCATCCGACAGCCCTTACTCTGGCGGTGTTTTTCGTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGAT
TATCCTTTTAAACCTCCCAAGGTGGCTTTTAGGACTAAGGTGTTCCATCCAAACACCAAC
AGCAATGGGAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATT
TCCAAGGTGCTGCTGTCGATCTGTTCGTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTG
GTTCCGGAGATTGCTCACATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTACGAGTCTACTGCCCGT
ACCTGGACTCAAAAGTACGGAATGGGCTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCCTTT
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TATTAAAAAAAAAAA**TTGTGAAGACTGAGATCAGTAAGAAATCGCATGATCTCCCATT
TTCATTTAAATCTCATGGAATTTGTAAACTTTA

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1EX72JQ 719 0 0
AAATAACGAAGAATCTAAAGCTAAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGG
GATGGCATCGAAACGGATATTGAAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACTTC
ATGCAGCGCAGGACCGGTGGCGGAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCC
ATCCGACAGCCCTTACTCTGGCGGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTA
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CAATGGGAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTC
CAAGGTGCTGCTGTCGATCTGTTCGTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTGGT
TCCGGAGATTGCTCACATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCTACTGCCCGTAC
CTGGACTCAAAAGTACGGAATGGGCTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCCTTTTA
ATTACCTAAAAGAACTCTTCTCATTTCTATGTAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCTTG
TTAAAAAAAAAAAA*TTGTGAAGACTGAGATCAGTAAGAAATCGCATGATCTCCCATTTT
CATTTAAATCTCATGGAATTTGTAAACTTTAAGTCATCTCGTTCCCATTTGCTTTTT
AG

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DS 

RD RR1EY44JQ 565 0 0
G
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GTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGCATTTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTG
GAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTGTCGATCTGTTCGTTGTTGACGGATCC
GAACCCGGATTATCCTTTGGTTCCGGAGATTGCTCACATGTACAAGACTGACAAGAACAA
GTATGAGTTTACTGCCCGTACCTGGACTCAAAAGTACGGAATGGGCTGACCACTCTCCCC
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CGTTCCCATTTGCTTTTTATTCTCTGTGTTCTTCTACTGAATGATGGGCTTTTCCATTGG
AACTGAAATAAACTTAAACCAACG

QA 2 565 2 565
DS 

RD RR1EY44TF 565 0 0
G
CATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAACCTCCCAAGGTGGCTTTTAGGACAAAGGT
GTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTG
GAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTGTCGATCTGTTCGTTGTTGACGGATCC
GAACCCGGATTATCCTTTGGTTCCGGAGATTGCTCACATGTACAAGACTGACAAGAACAA
GTATGAGTCTACTGCCCGTACCTGGACTCAAAAGTACGGAATGGGCTGACCACTCTCCCC
CTCAAGGACTTTCCCCTTTTAATTACCTAAAAGAACTCTTCTCATTTCTATGTAATCATA
TTTATAAACTTTTCTGTCTTGTTAAAAAAAAAAAAATTGTGAAGACTGAGATCAGTAAGA
AATCGCATGATCTCCCATTTTCATTTAAATCTCATGGAATTTGTAAACTTTAAGTCATCT
CGTTCCCATTTGCTTTTTATTCTCTGTGTTCTTCTACTGAATGATGGGCTTTTCCATTGG
AACTGAAATAAACTTAAACCAACG

QA 2 565 2 565
DS 



AS 1 15

CO CL101Contig1 698 15 4 U
GGGCAGTAAGAAGGTGGCGCGAATTGGATATTAACAGCGAAAGATCTCTGCAATAGAAGG
AATATCATGGCCTTATCTCAAGTATCTGCGTCTCTCGCCTTTTCTCTTTCCAATCCTGGA
GCCATAAAGCTAGGAAGAATCACAAACCCTTGTAGGGTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGA
AGCCGATCCACCTTCGCTTCTGGTTCTCCTCTTTTGCCATTGAACTTGAGAGTGACTCGT
GGAAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAGGAGGAGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGT
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GTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCA
AGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTT
TTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATAAAAGCTCCCCCCCCCCCC**ACATCTGT
TTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTTCTCTCATAAAAACTCTACTTTCATCA
GAATGAAATCCCTCATTAGTTTTCTTTTTGCTCTGAATTTTGATTGTGTCAACTCGAAGT
AAATCAAAGTAACCGCTAGTAGAGAGTGCTTGAACCAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 40 40 40 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 
60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 45 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 25 15 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1FK35JQ C 19
AF RR1DP11JQ C 212
AF RR1CD52JQ C 17
AF RR1CD52TF U 29
AF RR1C504TF U 58
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AF RR1DP11TF U 34
AF RR1A659JQ C 1
AF RR1A659TF U 1
AF RR1FD38JQ C 356
AF RR1FD38TF U 356
AF RR1E473TF U 32
AF RR1E473JQ C 44
AF RR1BT09TF U 24
AF RR1BT09JQ C 88
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GG
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AGTATTTGCGTCTTTCGCCTTTTCTCTTTCCAATCCTGGAGCCATAAAGCTAGGAAGAAT
CACAAACCCTTGTAGGGTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGAAGCCGATCCACCTTCGCTTC
TGGTTCTCCTCTTTTGCCATTGAACTTGAGAGTGACTCGTGGAAGAGTAAGAAGTGGAAG
CAGAGGAGGAGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGTTCAGAAGGAGGCAGCGGTTT
GGACATATGGCTTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTCTGTTGAGAT
CGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGC
TTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTA

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DS 

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CTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGTTCAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACATATGGC
TTGGTCGGGGCGCTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTTTGTTGAAATCGCTACCGGTA
AAGGACTTTTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTA
CAGCATTGGCTGGTGTTTTAACTGCGGTTTTCATTTTCCAGTTTTTTTCCAAAA

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR1CD52JQ 583 0 0
GGGC
GAATTGGATATTAACAGCGAAAGATTTCTGCAATAGAAGGAATATCATGGCCTTATCTCA
AGTATCTGCGTCTCTCGCCTTTTCTCTTTCCAATCCTGGAGCCATAAAGCTAGGAAGAAT
CACAAACCCTTGTAGGGTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGAAGCCGATCCACCTTCGCTTC
TGGTTCTCCTCTTTTGCCATTGAACTTGAGAGTGACTCGTGGAAGAGTAAGAAGTGGAAG
CAGAGGAGGAGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGTTCAGAAGGAGGCAGCGGTTT
GGACATATGGCTTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTCTGTTGAGAT
CGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGC
TTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTC
CAAAAACTGATAAAAGCTCCCCCCCCCC****ACATCTGTTTATTGTCATCATTTTGTTG
TATCTAAGATTCTTCTCTCATAAAAACTCTACTTTCA
CC

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DS 

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CGTCTCTCGCCTTTTCTCTTTCCAATCCTGGAGCCATAAAGCTAGGAAGAATCACAAACC
CTTGTAGGGTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGAAGCCGATCCACCTTCGCTTCTGGTTCTC
CTCTTTTGCCATTGAACTTGAGAGTGACTCGTGGAAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAGGAG
GAGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGTTCAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACATAT
GGCTTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCG
GTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTG
TTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACT
GATAAAAGCTCCCCCCCCCC****ACATCTGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAG
ATTCTTCTCTCATAAAAACTCTACTTTCA
CC

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DS 

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GGAT
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CCATAAAGCTAGGAAGAATCACAAACCCTTGTAGGGTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGAA
GCCGATCCACCTTCGCTTCTGGTTCTCCTCTTTTGCCATTGAACTTGAGAGTGACTCGTG
GAAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAGGAGGAGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGTT
CAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACATATGGCTTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCTG
TCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAA
GTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTTT
TCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATAAAAGCTCCCCCCCCCCCCCCACATCTGTT
TATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTTCTCTCAT

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DS 

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GG
AGGAATATCATGGCCTTATCTCAAGTATCTGCGTCTCTCGCCTTTTCTCTTTCCAATCCT
GGAGCCATAAAGCTAGGAAGAATCACAAACCCTTGTAGGGTTCATGTACCGCGGCTTGCT
GGAAGCCGATCCACCTTCGCTTCTGGTTCTCCTCTTTTGCCATTGAACTTGAGAGTGACT
CGTGGAAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAGGAGGAGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAA
AGTTCAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACATATGGCTTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTT
GCTGTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTA
GCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCG
GTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATAAAAGCTCCCCCCCCCCCC**ACATC
TGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTTCTCTCATAAAAA

QA 3 531 3 531
DS 

RD RR1DP11TF 553 0 0
GGG
GCGAAAGATCTCTGCAATAGAAGGAATATCATGGCCTTATCTCAAGTATCTGCGTCTCTC
GCCTTTTCTCTTTCCAATCCTGGAGCCATAAAGCTAGGAAGAATCACAAACCCTTGTAGG
GTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGAAGCCGATCCACCTTCGCTTCTGGTTCTCCTCTTTTG
CCATTGAACTTGAGAGTGACTCGTGGAAGAGTAAGAAGTGGAAGCGGAGGAGGAGCTTCA
GTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGTTCAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACATATGGCTTGGT
CGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTAAAGGA
CTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTACAGCA
TTGGCTGGTGTTCTAACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATAAAAG
CTCCCCCCCCCCC***ACATCTGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTTCT
CTCATAAAAA

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DS 

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GGGCAGTAAGAAGGTGGCGCGAATTGGATATTAACAGCGAAAGATCTCTGCAATAGAAGG
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GCCATAAAGCTAGGAAGAATCACAAACCCTTGTAGGGTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGA
AGCCGATCCCCCTTCGCTTCTGGTTCTCCTCTTTTGCCATTGAACTTGAGAGTGACTCGT
GGAAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAGGAGGAGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGT
TCAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACATATGGCTTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCT
GTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCA
AGTCCATTGCCTACCGTTGCTTCGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTT
TTCATCTTCCAGTCTTTTTCCAAAAACTGATAAAAGCTCCCCCCCCCCCC**ACATCTGT
TTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTTCTCTCATAAAAACTCTACTTTCATCA
GAATGAAATCCCTCATTAGTTTT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1A659TF 623 0 0
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AATATCATGGCCTTATCTCAAGTATCTGCGTCTCTCGCCTTTTCTCTTTCCAATCCTGGA
GCCATAAAGCTAGGAAGAATCACAAACCCTTGTAGGGTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGA
AGCCGATCCACCTTCGCTTCTGGTTCTCCTCTTTTGCCATTGAACTTGAGAGTGACTCGT
GGAAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAGGAGGAGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGT
TCAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACATATGGCTTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCT
GTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCA
AGTCCATTGCCTACCGTTGCTTCGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTT
TTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATAAAAGCTCCCCCCCCCCCC**ACATCTGT
TTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTTCTCTCATAAAAACTCTACTTTCATCA
GAATGAAATCCCTCATTAGTTTT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1FD38JQ 268 0 0
G
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AGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGC
GGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATAAAAGCTCCCCCCCCCC****ACAT
CTGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTTCTCTCATAAAAACTCTACTTTC
ATCAGAATGAAATCCCTCATTAGTTTT

QA 2 268 2 268
DS 

RD RR1FD38TF 268 0 0
G
TGCTGTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGT
AGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGC
GGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATAAAAGCTCCCCCCCCCC****ACAT
CTGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTTCTCTCATAAAAACTCTACTTTC
ATCAGAATGAAATCCCTCATTAGTTTT

QA 2 268 2 268
DS 

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CTCTCGCCTTTTCTCTTTCCAATCCTGGAGCCATAAAGCTAGGAAGAATCACAAACCCTT
GTAGGGTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGAAGCCGATCCACCTTCGCTTCTGGTTCTCCTC
TTTTGCCATTGAACTTGAGAGTGACTCGTGGAAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAGGAGGAG
CTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGTTCAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACATATGGC
TTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTA
AAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTA
CAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGAT
AAAAGCTCCCCCCCCCCCC**ACATCTGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATT
CTTCTCTCATAAAAACTCTACTTTCATCAGAATGAAATCCCTCATTAGTTTTCTTTTTGC
TC
CGAAA

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1E473JQ 592 0 0
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CTCTTTCCAATCCTGGAGCCATAAAGCTAGGAAGAATCACAAACCCTTGTAGGGTTCATG
TACCGCAGCTTGCTGGAAGCCGATCCACCTTCGCTTCTGGTTCTCCTCTTTTGCCATTGA
ACTTGAGAGTGACTCGTGGAAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAGGAGGAGCTTCAGTTTCCA
TCAGAAGCGAGCAAAGTTCAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACATATGGCTTGGTCGTGGCG
CTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTG
AGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTACAGCATTGGTTG
GTGTTCTAACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTTTTTCCAAAAACTGATAAAAGCTCCCCC
CCCCCCC**ACATCTGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTTCTCTCATAA
AAACTCTACTTTCATCAGAATGAAATCCCTCATTAGTTTTCTTTTTGCTC
CG

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1BT09TF 675 0 0
GG
GGATATTAACAGCGAAAGATCTCTGCAATAGAAGGAATATCATGGCCTTATCTCAAGTAT
CTGCGTCTCTCGCCTTTTCTCTTTCCAATCCTGGAGCCATAAAGCTAGGAAGAATCACAA
ACCCTTGTAGGGTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGAAGCCGATCCACCTTCGCTTCTGGTT
CTCCTCTTTTGCCATTGAACTTGAGTGTGACTCGTGGAAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAG
GAGGGGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGTTCAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACA
TATGGCTTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTA
CCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGG
CTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAA
ACTGATAAAAGCTCCCCCCCCCCCCC*ACATCTGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCT
AAGATTCTTCTCTCATAAAAACTCTACTTTCATCAGAATGAAATCCCTCATTAGTTTTCT
TTTTGCTCTGAATTTTGATTGTGTCAACTCGAAGTAAATCAAAGTAACCGCTAGTAGAGA
GTGCTTGAACCAA

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR1BT09JQ 609 0 0
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CCTTGTAGGGTTCATGTACCGCAGCTTGCTGGAAGCCGATCCACCTTCGCTTCTGGTTCT
CCTCTTTTGCCATTGAACTTGAGTGTGACTCGTGGAAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAGGA
GGGGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGTTCAGAAGGAGGCAGCGGTTTGGACATA
TGGCTTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACC
GGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCT
GTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAAC
TGATAAAAGCTCCCCCCCCCCCCC*ACATCTGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAA
GATTCTTCTCTCATAAAAACTCTACTTTCATCAGAATGAAATCCCTCATTAGTTTTCTTT
TTGCTCTGAATTTTGATTGTGTCAACTCGAAGTAAATCAAAGTAACCGCTAGTAGAGAGT
GCTTGAACC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 3 13

CO CL102Contig1 875 5 11 U
GCTGAGGTTCTGTCGGACAAAGGCTATGACGGTGCAGCAGCAGATGTATGGTCATGTGGT
GTTATTCTATTTGTTCTCATGGCTGGTTACTTGCCCTTTGACGAGCCAAATCTCATGACA
TTATACAAACGTATATGCAAGGCTGAATTCAACTGCCCACCATGGTTCTCGCCAGGTGCC
AAGACTGTCATTAAGCGTATTCTTGATCCCAGCCCTATAACCAGAATAAGTATCGCAGAG
TTACTAGAAGATGAATGGTTCAAGCAAGGGTACAAGCCGCCATCTTTTGAGCAAGATGAT
GAGGACATAACCATTGATGATGTTGATGCTGCTTTCAGTAACTCCAAGGAATGTCTTGTA
ACAGAGAAGAAGGAGAAACCTGAATCTATGAACGCTTTTGAACTTATCTCTAGCTCAAGC
GAGTTCAGTCTTGAGAACTTGTTCGAGAAGCAAGCCCAACTTGTGAAAAAAGAGACGCGG
TTTACTTCAAACCGGCCTGCGAGCGAAATAATGTCCAAGATGGAAGAAACCGCAAAGCCA
TTAGGTTTCAATGTCCGTAAAGACAAGTACAAGATAAAAATGAAAGGAGACAAAAGTGGT
CGTAAAGGCCAGCTCTCAGTTGCTACAGAGGTGTTTGAAGTGGCACCATCATTGCATGTG
GTAGAGCTTAGGAAAACCGGCGGTGATACCCTCGAGTTTCACAAGTTCTACAAAACCTTC
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TAATAAGTTCATTAGCAATTTGTTCTATTTAAAAGCAAATTAAACTAAATGAAGAAAGAA
AGAGCATTGAACAAGTTGAAACTTTTAAATGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E313JQ C 412
AF RR1AB02TF U 1
AF RR1C362JQ C 178
AF RR1C362TF U 178
AF RR1E313TF U 358
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BS 186 240 RR1AB02TF
BS 241 241 RR1C362TF
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BS 810 843 RR1C362TF
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AAAAGTGGTCGTAAAGGCCAGCTTTCAGTTGCTACAGAGGTGTTTGAAGTGGCACCATCA
TTGCATGAGGTAGAGCTTAGGAAAACCGGCGGTGATACCCTCGAGTTTCACAAGTTTTAC
AAAGCCTT

QA 1 308 1 308
DS 

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TTATACAAACGTATATGCAAGGCTGAATTCAACTGCCCACCATGGTTCTCGCCAGGTGCC
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CTACTAGAAGATGAATGGTTCAAGCAAGGGTACAAGCCGCCATCGTTTGAGCAAGATGAT
GAGGACATAACCATTGATGATGTTGATGCTGCTTTCAGTAACTCCAAGGAATGTCTTGTA
ACAGAGAAGAAGGAGAAACCTGAATCTATGAACGCTTTTGAACTTATCTCTAGCTCAAGC
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TAATAAGTTCATTAGCAATTTGTTCTATT

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DS 

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AAGAAAGAGCATTGAACG

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DS 

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GATGAGGACATAACCATTGATGATGTTGATGCTGCTTTCAGTAACTCCAAGGAATGTCTT
GTAACAGAGAAGAAGGAGAAACCTGAATCTATGAACGCTTTTGAACTTATCTCTAGCTCA
AGCGAGTTCAGTCTTGAGAACTTGTTCGAGAAGCAAGCCCAACTTGTGAAAAAAGAGACC
CGGTTTACTTCAAACAGACCTGCGAGCGAAATAATGTCCAAGATGGAAGAAACCGCAAAG
CCATTAGGTTTCAATGTCCGTAAAGACAGGTACAAGATAAAAATGAAAGGAGACAAAAGT
GGTCGTAAAGGCCAGCTCTCAGTTGCTACAGAGGTGTTTGAAGTGGCACCATCATTGCAT
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TTCTCATCTGGATTAAAGGATGTAGTCTGGAATACTGACGGAGCAGCTCAAGAACATAAA
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GAAAGA
AAGAAAGAGCATTGAACG

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DS 

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AGCGAGTTCAGTCTTGAGAACTTGTTCGAGAAGCAAGCCCAACTTGTGAAAAAAGAGACG
CGGTTTACTTCAAACCGGCCTGCGAGCGAAATAATGTCCAAGATGGAAGAAACCGCAAAG
CCATTAGGTTTCAATGTCCGTAAAGACAAGTACAAGATAAAAATGAAAGGAGACAAAAGT
GGTCGTAAAGGCCAGCTCTCAGTTGCTACAGAGGTGTTTGAAGTGGCACCATCATTGCAT
GAGGTAGAGCTTAGGAAAACCGGCGGTGATACCCTCGAGTTTCACAAGTTCTACAAAGCC
TTCTCATCTGGATTAAAGGATGTAGTCTGGAATACTGGCGGAGTAGCTCAAGAACATAAA
GTTTAATAAGTTCATTAGCAATTTGTTCTATTTAAAAGCAAATTAAACTAAATGAAGAAA
GAAAGAGCATTGAACAAGTTGAAACTTTTAAATGAACC

QA 1 518 1 518
DS 



CO CL102Contig2 1020 4 7 U
ACCCACTACTAGGTTTTCCTTTATTTTTTGGTTGTCAATCTTTGAAGCTTCATGTTACAG
TTTTCAACCATTTCAACTATCTTTCATGATTTAATATATTTTGTTTCGAATAGAACAACT
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CCTTTAATCCAGATGAGAAGTTTTTGTAGAACTTGTGAAACTCGAGGGTATCACCGCCGG
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AGAGCTGGCCTTTACGACCACTTTTGTCTCCTTTCATTTTTATCTTGTACTTGTCTTTAC
GGACATTGAAGCCTAATGGCTTTGCGGTTTCTTCCATTTTGGACATTATTTCGCTCGCAG
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TTTCAAGACTGTTTGAGCTCGAGATAAGTTCAAAAGCGTTCATCGATTCCGGTTTCTCCT
TCTTCTCAGTTACAAGAGACTCCTTGGAGTTACTGAAAGCAGCATCGACATCATCAATAT
TTATGTCTTCATCATCTTGACCAAACGATGGTGGCTTGTACCCTTGCTTGAACCATTCAT
CTTCTAGCAACTCTGCAATACTTATTCTGGTTATAGGGCTGGGATCAAGAATACGCTTAA
TGACTCCCTTGGCACCTGGCGAGAACCATGATGGGCAGCTGAACTCAGCCTTGCATATAC
GTTTGTATAATGTCATGAGATTTGGCTCATCAAAAGGTAAGTAACCAGCCATGAGCACAA
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GAACTTGTAGTGAAAACGCGCTTAACCCAAAATCAGAAACTTTTAAAATCCCATTAGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H410JQ U 30
AF RR1FC10JQ U 1
AF RR1EV52JQ U 30
AF RR1H410TF C 375
BS 1 215 RR1FC10JQ
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DS 

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CCTTTAATCCAGATGAGAAGTTTTTGTAGAACTTGCGAAACTCGAGGGTATCACCGCCGG
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AGAGCTGGCCTTTACGACCACTTTTGTCTCCTTTCATTTTCATCTTGTACTTGTCTTTAC
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TCTTCTCAGTTACAAGAGACTCCTTGGAGTTACTGAAAGCAGCATCGACATCATCAATAT
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CTTCTAGCAACTCTGCAATACTTATTCTGGTTATAGGGCTGGGATCAA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1EV52JQ 800 0 0
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TTTAATATATTTTGTTTCGAATAGAACAATTTGCTATTAACTTGTTAAGCTTTATGTTCT
TCAGCTGCTCCATCAGTATTCCAGACTACATCCTTTAATCCGGATGAAAAGTTTTTGTAG
AACTTGTGAAACTCGAGGGTATCACCGCCGGTTTTCCTAAGCTCTACTACATGCAACGAT
GGCGCCACTTCAAACACCTCTGTGGCAACTGAGAGCTGGCCTTTACGACCACTTTTGTCT
CCTTTCATCTTTATCTTGTACTTGTCTTTACGGACATTGAAGCCTAATGGCTTTGCGGTT
TCTTCCATTTTGGACATTATTTCGCTCGCAGGTCGTTGAGAAGTAAACCGTGTCTCTTTC
TTCACAAGTTGGGCTTGTTTCTCGAACAAGTTTTCAAGACTGTTTGAGCCCGAAATAAGT
TCAAAAGCGTTCATCGATTCCGGTTTCTCCTTCTTCTCGGTTACAAGAGACTCCTTGGAG
TTACTGAAAGCAGCATCCACATCATCAATATTTATGTCTTCATCATCTTGACCAAACGAT
GGCGGCTTGTACCCTTGCTTGAACCATTCATCTTCTAGTAACTCTGCAATACTTATTCTG
GTTATAGGACTGGGATCAAGAATACGCTTAATGACTCCCTTGGCACCTGGCGAGAACCAT
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T
TTTCTTCTTTCTTCGCTTA

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1H410TF 646 0 0
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AACCGTGTCTCTTTCTTCACAAGTTGGGCTTGCTTCTCGAACAAGTTTTCAAGACTGTTT
GAGCTCGAGATAAGTTCAAAAGCGTTCATCGATTCCGGTTTCTCCTTCTTCTCAGTTACA
AGAGACTCCTTGGAGTTACTGAAAGCAGCATCGACATCATAAATATTTATGTCTTCATCA
TCTTGACCAAACGATGGTGGCTTGTACCCTTGCTTGAACCATTCATCTTCTAGCAACTCT
GCGATACTTATTCTGGTTATAGGGCTGGGATCAAGAATACGCTTAATGACTCCCTTGGCA
CCTGGCGAGAACCATGATGGGCAGCTGAACTCAGCCTTGCATATACGTTTGTATAATGTC
ATGAGATTTGGTTCATCAAAAGGTAAGTAACCAGCCATGAGCACAAATAGAATAATACCA
CAGGACCAGACGTCTGCTGCTGCACCGTCATAGCCTTTGTCCGACAGAACCTCAGGAGCA
ACATAGTTCGGCGTTCCACAAGCAGTGTGAAGCAAACCATCTCCCCGAACTTGTAGTGAA
AACGCGCTTAACCCAAAATCAGAAACTTTTAAAATCCCATTAGCAC

QA 1 646 1 646
DS 



CO CL102Contig3 1472 4 6 U
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TCTTAGCATAAGCAAGAAAAAAGAAAATGAGCGGGAGTAGAAAGAAGACAACGCCGGCGA
GCCGGACGCGAGTGGGGAACTACGAGATGGGACGAACTCTAGGCGAAGGAAGCTTCGCTA
AGGTCAAATACGCTAGGAACACCATCACCGGAGATCTAGCCGCTATCAAAATCCTCGACC
GAGATAAGGTTCTCCGCCACAAAATGGTCGAACAGCTTAAACGAGAAATATCGACAATGA
AACTGATTAAACATCCAAATGTGGTCGAAATAATCGAGGTTATGGCGAGCAAAACGAAGA
TCTATATCGTTCTCGAGCTGGTCAGCGGAGGTGAACTATTTGATAAAATCGCCCAACAGG
GGAAACTAAAGGAGGATGAAGCTCGGAGTTATTTTCATCAGCTCATAAATGCTGTGGATT
ACTGCCACAGTCGAGGGGTCTACCACAGAGATCTCAAGCCTGAAAATCTTATCCTTGATG
CTAATGGGATTTTAAAAGTTTCTGATTTTGGGTTAAGCGCGTTTTCACTACAAGTTCGGG
GAGATGGTTTGCTTCACACTGCTTGTGGAACGCCGAACTATGTTGCTCCTGAGGTTCTGT
CGGACAAAGGCTATGACGGTGCAGCAGCAGACGTCTGGTCCTGTGGTATTATTCTATTTG
TGCTCATGGCTGGTTACTCACCTTTTGATGAGCCAAATCTCATGACATTATACAAACGTA
TATGCAAGGCTGAGTTCAGCTGCCCATCATGGTTCTCGCCAGGTGCCGAGGGTACAAGCC
GCCATCGTTTGGTCAAGATGATGAAGACATAAATATTGATGATGTGGATGCTGCTTTCAG
TAACTCCAAGGAGTCTCTTGTAACCGAGAAGAAGGAGAAACCGGAATCGATGAACGCTTT
TGAACTTATTTCGGGCTCAAACAGTCTTGGAAACTTGTTCGAGAAACAAGCCCAACTTGT
GAAGAAAGAGACACGGTTTACTTTTCAACGACCTGCGAGCGAAATAATGTCCAAAATGGA
AGAAACCGCAAAGCCATTAGGCTTCAATGTCCGTAAAGACAAGTACAAGATAAAGATGAA
AGGAGACAAAAGTGGTCGTAAAAGCCAGCTCTCAGTTGCCACAGAGGTGTTTGAAGTGGC
GCCATCGTTGCATGTAGTAGAGCTTAGGAAAACCGGCGGTGATACCCTCGAGTTTCACAA
GTTCTACAAAAACTTCTCATCCGGATTAAAGGATGTAGTCTGGAATACTGATGGAGCAGC
TGAAGAACATAAAGCTTAACAAGTTAATAGCAAATTGTTCTATTCGAAACAAAATATATT
AAATCATGAAAGATAGTTGAAATGGTTGAAACTGTAACATGAAGCTTCAAAGATTGACAA
CCAAAAAATAAAGGAAAACCTAGTAGTGGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC10TF U 1
AF RR1CE58TF U 534
AF RR1CE58JQ C 743
AF RR1CK72TF U 1194
BS 1 767 RR1FC10TF
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BS 925 1194 RR1CE58JQ
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RD RR1FC10TF 767 0 0
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TCTTAGCATAAGCAAGAAAAAAGAAAATGAGCGGGAGTAGAAAGAAGACAACGCCGGCGA
GCCGGACGCGAGTGGGGAACTACGAGATGGGACGAACTCTAGGCGAAGGAAGCTTCGCTA
AGGTCAAATACGCTAGGAACACCATCACCGGAGATCTAGCCGCTATCAAAATCCTCGACC
GAGATAAGGTTCTCCGCCACAAAATGGTCGAACAGCTTAAACGAGAAATATCGACAATGA
AACTGATTAAACATCCAAATGTGGTCGAAATAATCGAGGTTATGGCGAGCAAAACGAAGA
TCTATATCGTTCTCGAGCTGGTCAGCGGAGGTGAACTATTTGATAAAATCGCCCAACAGG
GGAAACTAAAGGAGGATGAAGCTCGGAGTTATTTTCATCAGCTCATAAATGCTGTGGATT
ACTGCCACAGTCGAGGGGTCTACCACAGAGATCTCAAGCCTGAAAATCTTATCCTTGATG
CTAATGGGATTTTAAAAGTTTCTGATTTTGGGTTAAGCGCGTTTTCACTACAAGTTCGGG
GAGATGGTTTGCTTCACACTGCTTGTGGAACGCCGAACTATGTTGCTCCTGAGGTTCTGT
CGGACAAAGGCTATGACGGTGCAGCAGCAGACGTCTGGTCCTGTGGTATTATTCTATTTG
TGCTCATGGCTGGTTACTCACCTTTTGATGAGCCAAATCTCATGACA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1CE58TF 391 0 0
CTTGA
TGCTAATGGGATTTTAAAAGTTTCTGATTTTGGGTTAAGCGCGTTTTCACTACAAGTTCG
GGGAGATGGTTTGCTTCACACTGCTTGTGGAACGCCGAACTATGTTGCTCCTGAGGTTCT
GTCGGACAAAGGCTATGACGGTGCTGCAGCAGACGTCTGGTCCTGTGGTATTATTCTATT
TGTGCTCATGGCTGGTTACTTACCTTTTGATGAGCCAAATCTCATGACATTATACAAACG
TATATGCAAGGCTGAGTTCAGCTGCCCATCATGGTTCTCGCCAGGTGCCGAGGGTACAAG
CCGCCATCGTTTGGTCAAGATGATGAAGACATAAATATTGATGATGTGGATGCTGCTTTC
AGTAACTCCAAG*AGTCTCTTGTAAC

QA 6 391 6 391
DS 

RD RR1CE58JQ 700 0 0
TTTTGATGAGCCAAATCTCATGACATTATACAAACGTATATGCAAGGCTGAGTTCAGCTG
CCCATCATGGTTCTCGCCAGGTGCCGAGGGTACAAGCCGCCATCGTTTGGTCAAGATGAT
GAAGACATAAATATTGATGATGTGGATGCTGCTTTCAGTAACTCCAAGGAGTCTCTTGTA
ACCGAGAAGAAGGAGAAACCGGAATCGATGAACGCTTTTGAACTTATTTCGGGCTCAAAC
AGTCTTGGAAACTTGTTCGAGAAACAAGCCCAACTTGTGAAGAAAGAGACACGGTTTACT
TTTCAACGACCTGCGAGCGAAATAATGTCCAAAATGGAAGAAACCGCAAAGCCATTAGGC
TTCAATGTCCGTAAAGACAAGTACAAGATAAAGATGAAAGGAGACAAAAGTGGTCGTAAA
AGCCAGCTCTCAGTTGCCACAGAGGTGTTTGAAGTGGCGCCATCGTTGCATGTAGTAGAG
CTTAGGAAAACCGGCGGTGATACCCTCGAGTTTCACAAGTTCTACAAAAACTTCTCATCC
GGATTAAAGGATGTAGTCTGGAATACTGATGGAGCAGCTGAAGAACATAAAGCTTAACAA
GTTAATAGCAAATTGTTCTATTCGAAACAAAATATATTAAATCATGAAAGATAGTTGAAA
TGGTTGAAACTGTAACATGAAGCTTCAAAGATTGACAACC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1CK72TF 279 0 0
G
AGTGGCGCCATCGTTGCATGTAGTAGAGCTTAGGAAAACCGGCGGTGATACCCTCGAGTT
TCACAAGTTCTACAAAAACTTCTCATCCGGATTAAAGGATGTAGTCTGGAATACTGATGG
AGCAGCTGAAGAACATAAAGCTTAACAAGTTAATAGCAAATTGTTCTATTCGAAACAAAA
TATATTAAATCATGAAAGATAGTTGAAATGGTTGAAACTGTAACATGAAGCTTCAAAGAT
TGACAACCAAAAAATAAAGGAAAACCTAGTAGTGGCCT

QA 2 279 2 279
DS 



AS 1 14

CO CL103Contig1 661 14 9 U
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ATCATCAATTATGTCTCAACAATCATTCAATGCTGGACAAACCAGAGGCCATGCTCAAGA
GAAGGCTGAGCAGTGGACTGAGTCTGCCAAGCAGACCGCACAATCAGCATGTGACAAGAC
TGCAGATGCAGCACTATCAGCACGTGACAAGACTGCCAATTTGACACAATCAACACATAG
CAAGTCTGCAGATGCATCTCATTCCACCCACGCATCTGCTCAACATGGCCAGGAACAAAC
CACTGGTTTTCTCGGTCAGACCGGTGAATCTGTGAAGAACATGGCTCAGGGTGCTTTCGA
TGGTGTTAAAAACAGCCTTGGCATGAACGAGAAGAAATGAGGAGATGAGTATTCGTACTT
CTCAAATAACTATTTATATATTCATGGCTATTTCTGGTTTCTAGCAATTTTTTATTTCTC
TAAATTATGTTTGTAATAAATATATTTTTGAAAGGTTTCATGATCATAAGATATGAGATC
TATATATAATAATTT**GGGGTGGTATTACACCCCAGTTTCTATTTTAAAGAAATGTGAC
AAATTAATGTTCCAGTGGTTTATCGTTATATAACAATGAATGAAGTTATCTGTAGTTCGT
T


BQ
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70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 40 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 40 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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AF RR1A901TF U 1
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GC

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AT

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TAATAATTT**GGGGTGGTATTACACCCCAGTTTCTATTTTAAAGAAATGTGACAAATTA
ATGTTCC

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TATATATAATAATTT**GGGGTGGTATTACACCCCAGTTTCTATTTTAAAGAAATGTGAC
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T

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G
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GCAGATGCAGCACTATCAGCACGTGACAAGACTGCCAATTTGACACAATCAACACATAGC
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QA 2 661 2 661
DS 



AS 1 15

CO CL104Contig1 699 15 10 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 0 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 40 
50 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 

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AF RR1B704TF U 33
AF RR1BZ25JQ C 38
AF RR1BZ25TF U 38
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CAAAATGGATCCGACCCGCAAGAAACGCTTATGGAGGATCAAGATAATGCCGAAACTGAG
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TTTTGGATCGGGTCGGATGAAAGAGTATGATGAGAAAGTGCTCGTGGAGATTTACAAGTC
CATATTGATGGCGCAGGCGCAGGGGAATCTCGTGCAACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCC
TTCTGAACCAGTTGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGTTCAGTAATTTTTAAAATCACAACA
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DS 

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TGATCAAAGAGATTGTGTGTCTGTGATGGAGATAACGCCGAAGAGGTATTGGAGAAGGTG
GAGAGGATACGAGAAGCTTGATGGGTCATCAACGGTGGAAAGAAGGAATGGAAAACGGGT
CAAAATGGATCCGACCCGCAAGAAACGCTTATGGAGGATCAAGATAATGCCGAAACTGAG
GATCCTCAGAAGAGCGTCCCCTAAGAAGCTTCTCATTTGGTTACGCGATTCTTATGTTAA
TATGATGATGAGGTTGGCGAACTCACGGGTCGTAGGAGCTTCTGGATACGGTGGATCCGG
TTTTGGATCGGGTCGGATGAAAGAGTATGATGAGAAAGTGCTCGTGGAGATTTACAAGTC
CATATTGATGGCGCAGGCGCAGGGGAATCTCGTGCAACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCC
TTCTGAACCAGTTGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGTTCAGTAATTTTTAAAATCACAACA
ATTCTCCTTTTTCCTTATAATAAAAGATAATTATAATTCTTGACTTGTTTGATATATACA
AA

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DS 

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AGTGCTCGTGGAGATTTACAAGTCCATATTGATGGCGCAGGCGCAGGGGAATCTCGTGCA
ACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCCTTCTGAACCAGTGGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGT
TCAGTAATTTTTAAAATCACAACAATTCTCCTTTTTCCTTATAATAAAAGATAATTATAA
TT

QA 1 542 1 542
DS 

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GGAAAGAAGGAATGGAAAACGGGTCAAAATGGATCCGACCCGCAAGAAACGCTTATGGAG
GATCAAGATAATGCCGAAACTGAGGATCCTCAGAAGAGCGTCCCCTAAGAAGCTTCTCAT
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AGCTTCTGGATACGGTGGATCCGGTTTTGGATCGGGTCGGATGAAAGAGTATGATGAGAA
AGTGCTCGTGGAGATTTACAAGTCCATATTGATGGCGCAGGCGCAGGGGAATCTCGTGCA
ACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCCTTCTGAACCAGTGGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGT
TCAGTAATTTTTAAAATCACAACAATTCTCCTTTTTCCTTATAATAAAAGATAATTATAA
TTCTTGACTTGTTTGATATATACATTTCGAGATTGCC

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DS 

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GGAAAGAAGGAATGGAAAACGGGTCAAAATGGATCCGACCCGCAAGAAACGCTTATGGAG
GATCAAGATAATGCCGAAACTGAGGATCCTCAGAAGAGCGTCCCCTAAGAAGCTTCTCAT
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AGCTTCTGGATACGGTGGATCCGGTTTTGGATCGGGTCGGATGAAAGAGTATGATGAGAA
AGTGCTCGTGGAGATTTACAAGTCCATATTGATGGCGCAGGCGCAGGGGAATCTCGTGCA
ACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCCTTCTGAACCAGTGGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGT
TCAGTAATTTTTAAAATCACAACAATTCTCCTTTTTCCTTATAATAAAAGATAATTATAA
TTCTTGACTTGTTTGATATATACATTTCGAGATTGCC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1AL78TF 577 0 0
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ACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCCTTCTGAACCAGTGGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGT
TCAGTAATTTTTAAAATCACAACAATTCTCCTTTTTCCTTATAATAAAAGATAATTATAA
TTCTTGACTTGTTTGATATATACATTTCGAGATTGCC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1FO14TF 577 0 0
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GCCGAAGAGGTATTGGAGAAGGTGGAGAGGATACGAGAAGCTTGATGGGTCATCAACGGT
GGAAAGAAGGAATGGAAAACGGGTCAAAATGGATCCGACCCGCAAGAAACGCTTATGGAG
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AGTGCTCGTGGAGATTTACAAGTCCATATTGATGGCGCAGGCGCAGGGGAATCTCGTGCA
ACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCCTTCTGAACCAGTGGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGT
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TTCTTGACTTGTTTGATATATACATTTCGAGATTGCC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1B704JQ 666 0 0
AGGG
ACAGAAACAAATAAACTTACATACTGATCAAAGAGATTGTGTGTCTGTGATGGAGATAAC
GCCGAAGAGGTATTGGAGAAGGTGGAGAGGATACGAGAAGCTTGATGGGTCATCAACGGT
GGAAAGAAGGAATGGAAAACGGGTCAAAATGGATCCGACCCGCAAGAAACGCTTATGGAG
GATCAAGATAATGCCGAAACTGAGGATCCTCAGAAGAGCGTCCCCTAAGAAGCTTCTCAT
TTGGTTACGCGATTCTTATGTTAATATGATGATGAGGTTGGCGAACTCACGGGTCGTAGG
AGCTTCTGGATACGGTGGATCCGGTTTTGGATCGGGTCGGATGAAAGAGTATGATGAGAA
AGTGCTCGTGGAGATTTACAAGTCCATATTGATGGCGCAGGCGCAGGGGAATCTCGTGCA
ACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCCTTCTGAACCAGTGGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGT
TCAGTAATTTTTAAAATCACAACAATTCTCCTTTTTCCTTATAATAAAAGATAATTATAA
TTCTTGACTTGTTTGATATATACATTTCGAGATTGCCGATATGAAAGTTTGTGATCTTGG
TCTGTATTGGAAATACTTAAAACTACAAGTAAAAGAAAATAAAAGAATTTATCATGTTCA
CC

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DS 

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TGAGGTTGGCGAACTCACGGGTCGTAGGAGCTTCTGGATACGGTGGATCCGGTTTTGGAT
CGGGTCGGATGAAAGAGTATGATGAGAAAGTGCTCGTGGAGATTTACAAGTCCATATTGA
TGGCGCAGGCGCAGGGGAATCTCGTGCAACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCCTTCTGAAC
CAGTGGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGTTCAGTAATTTTTAAAATCACAACAATTCTCCT
TTTTCCTTATAATAAAAGATAATTATAATTCTTGACTTGTTTGATATATACATTTCGAGA
TTGCCGATATGAAAGTTTGTGATCTTGGTCTGTATTGGAAATACTTAAAACTACAAGTAA
AAGAAAATAAAAGAATTTATCATGTTCACC

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DS 

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ACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCCTTCTGAACCAGTGGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGT
TCAGTAATTTTTAAAATCACAACAATTCTCCTTTTTCCTTATAATAAAAGATAATTATAA
TTCTTGACTTGTTTGATATATACATTTCGAGATTGCCGATATGAAAGTTTGTGATCTTGG
TCTGTATTGGAAATACTTAAAACTACAAGTAAAAGAAAATAAAAGAATTTATCATGTTCA
CC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1CB05TF 662 0 0
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AGTGCTCGTGGAGATTTACAAGTCCATATTGATGGCGCAGGCGCAGGGGAATCTCGTGCA
ACGCGACACGGCTAGCAAGCTTCCTTCTGAACCAGTGGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGT
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TTCTTGACTTGTTTGATATATACATTTCGAGATTGCCGATATGAAAGTTTGTGATCTTGG
TCTGTATTGGAAATACTTAAAACTACAAGTAAAAGAAAATAAAAGAATTTATCATGTTCA
CC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1H243TF 651 0 0
G
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GGAAAGAAGGAATGGAAAACGGGTCAAAATGGATCCGACCCGCAAGAAACGCTTATGGAG
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TCTGTATTGGAAATACTTAAAACTACAAGTAAAAGAAAATAAAAGAATTT

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR1B704TF 666 0 0
AGGG
ACAGAAACAAATAAACTTACATACTGATCAAAGAGATTGTGTGTCTGTGATGGAGATAAC
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TTCTTGACTTGTTTGATATATACATTTCGAGATTGCCGATATGAAAGTTTGTGATCTTGG
TCTGTATTGGAAATACTTAAAACTACAAGTAAAAGAAAATAAAAGAATTTATCATGTTCA
CC

QA 5 666 5 666
DS 

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CTGTATTGGAAATACTTAAAACTACAAGTAAAAGAAAATAAAAGAATTTATCATGTTCAC
CG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1BZ25TF 662 0 0
CAGAAACAAATAAACTTACATACTGATCAAAGAGATTGTGTGTCTGTGATGGAGATAACG
CCGAAGAGGTATTGGAGAAGGTGGAGAGGATACGAGAAGCTTGATGGGTCATCAACGGTG
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ATCAAGATAATGCCGAAACTGAGGATCCTCAGAAGAGCGTCCCCTAAGAAGCTTCTCATT
TGGTTACGCGATTCTTATGTTAATATGATGATGAGGTTGGCGAACTCACGGGTCGTAGGA
GCTTCTGGATACGGTGGATCCGGTTTTGGATCGGGTCGGATGAAAGAGTATGATGAGAAA
GTGCTCGTGGAGATTTACAAGTCCATATTGATGGCGCAGGCGCAGGGGAATCTCGTGCAA
CGCGACACGGCTAGCAAGCTTCCTTCTGAACCAGTGGTTGTATCTGTCTCTCCTGTTGTT
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TCTTGACTTGTTTGATATATACATTTCGAGATTGCCGATATGAAAGTTTGTGATCTTGGT
CTGTATTGGAAATACTTAAAACTACAAGTAAAAGAAAATAAAAGAATTTATCATGTTCAC
C
G

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 15

CO CL105Contig1 621 15 4 U
GGATTGCATAAAAAAAAAGTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGAGAGGGGCTAGGGT
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AAGAAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTG
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AAGGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTAC
TACAATTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTG
ATTTGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAAA*AAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGG
GTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATA
AGCTA**CTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAA*GTCTCTCGGTGTTGTGCTCGA*TTGCT
ATAATTCTAAATGTTGCCCATATCTTTCTGGAAATACTACTTTATTTTGTTCGTTTAGAT
TAAATATGGTACATACTTTCG


BQ
45 45 45 45 45 55 55 65 65 70 70 80 80 80 80 80 80 30 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 20 80 80 80 80 65 65 
80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 20 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 20 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 20 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 20 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 20 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 15 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 0 5 70 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 10 80 80 65 80 80 80 80 80 80 70 70 70 70 70 70 70 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 60 60 40 55 55 55 55 55 55 55 25 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FV15TF U 8
AF RR1FP09TF U 338
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BS 1 392 RR1A827TF
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BS 595 621 RR1C791TF

RD RR1FV15TF 394 0 0
GGAT
AAAAAAAGTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGAGAGGGGCTAGGGTTTGCTAATCAA
GAAAGAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAG
GGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAGAC
GGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACAT
CACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAATTGAGG
CGAACCGGAGGGGGTGCTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCACACC
TCCATAAATAAAATTAAAAAAC*AAAAAAA

QA 5 394 5 394
DS 

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G
GTGAGCTGAAGTAATGTTGTTGATTTGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAA*C*AAAA
AAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAATTGTTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAAC
TAAAATCAATTGTGTTGTAATAAGCTATACTCTTCCAACTTTTGTCTACGGTAAAGTCTC
TTGGTGTTGTGCTC

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DS 

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AAGAAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGCGATCTGAAGAAGCTGGTG
GCGGCGCAGACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATCCAGAAGTGGTACAACATCTAC
AAGGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGAATGGGTCTCGAGCTCTAC
TACAATTAAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAA*GCAAGTGTGAGCTGAAGTAATGTTGTTG
ATTTGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAACA*AAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGG
GTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATA
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C

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DS 

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GG
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TAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGCGATTTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGC
AGACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATCCAGAAGTGGTACAACATTTACAAGGATC
ACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGAATGGGTCTCGAGCTTTACTACAATT
AAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAA*GCAAGTGTGAGCTGAAGTAATGTTGTTGATTTGCA
CACCTCCATAAATAAAATTAAAAACA*AAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAATTG
GTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTATA
CTCTTCCAACTTTTGTTTACGGT

QA 3 505 3 505
DS 

RD RR1A517TF 505 0 0
GG
ATAAAAAAAAAGTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGAGAGGGGCTAGGGTTTGCTAA
TCAAGAAAGAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGTCTGGGGAAGAAAG
TAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGCGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGC
AGACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATCCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATC
ACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGAATGGGTCTCGAGCTCTACTACAATT
AAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAA*GCAAGTGTGAGCTGAAGTAATGTTGTTGATTTGCA
CACCTCCATAAATAAAATTAAAAACA*AAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAATTG
GTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTATA
CTCTTCCAACTTTTGTCTACGGT

QA 3 505 3 505
DS 

RD RR1BG15TF 531 0 0
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AAGAAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGCGATCTGAAGAAGCTGGTG
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AAGGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGAATGGGTCTCGAGCTCTAC
TACAATTAAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAA*GCAAGTGTGAGCTGAAGTAATGTTGTTG
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GTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATA
AGCTATACTCTTCCAACTTTTGTCTACGGTAAAGTCTCTTGGTGTTGTGC
C

QA 1 530 1 530
DS 

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AAGGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTAC
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GTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATA
AGCTA**CTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAA*GTCTCTCGGTGTTGTGCTCGA*TTGCT
ATAATTCTAAATGTTGCCCATATCTTTCTGGAAATACTACTTTATTTTGTTCGT
TT

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DS 

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GGATA
AAAAAAAAAGTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGAGAGGGGCTAGGGTTTGCTAATC
AAGAAAGAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGTCTGG**AAGAAAGTA
AGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGCGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAG
ACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATCCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCAC
ATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGAATGGGTCTCGAGCTCTACTACAATTAA
GGCGAACCGGAGGGGGTGCTAA*GCAAGTGTGAGCTGAAGTAATGTTGTTGATTTGCACA
CCTCCATAAATAAAATTAAAAACA*AAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGT
TTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTATACT
CTTCCAACTTTTGTCTACGGTAAAGTCTCTTGGTGTTGTGCTCAAGTTGCTATATTTCTA
AATG

QA 6 549 6 549
DS 

RD RR1FV15JQ 564 0 0
GGAT
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GAAAGAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAG
GGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAGAC
GGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACAT
CACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAATTGAGG
CGAACCGGAGGGGGTGCTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCACACC
TCCATAAATAAAATTAAAAA*A*CAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTTT
CTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTA**CTCT
TCCAACTTTCGTCTACGGTAA*GTCTCTCGGTGTTGTGCTCGA*TTGCTATAATTCTAAA
TGTTGCCCATATCTTTCTGG

QA 5 564 5 564
DS 

RD RR1BI45JQ 571 0 0
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AAGAAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGGCACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTG
GCGGCGCAGACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATTCAGAAGTGGTACAACATCTAC
AAGGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTAC
TACAATTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTG
ATTTGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAAC*AAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGG
GTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATA
AGCTA**CTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAA*GTCTCTCGGTGTTGTGCTCGA*TTGCT
ATAATTCTAAATGTTGCCCATATCTTTCTGG

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1BI45TF 571 0 0
GGATTGCATAAAAAAAAAGTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGAGAGGGGCTAGGGT
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AAGAAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGGCACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTG
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AAGGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTAC
TACAATTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTG
ATTTGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAAC*AAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGG
GTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATA
AGCTA**CTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAA*GTCTCTCGGTGTTGTGCTCGA*TTGCT
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QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1CZ24JQ 592 0 0
GG
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AATCAAGAAAGAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAA
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GCAGACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGA
TCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAA
TTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTG
CACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAACAAAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAAT
TGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTA
**CTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAA*GTCTCTCGGTGTTGTGCTCGA*TTGCTACAAT
TCTAAATGTTGCCCATATCTTTCTGGAAATACTACTTTATTTTGTTCGT
C

QA 3 591 3 591
DS 

RD RR1CZ24TF 592 0 0
GG
GCATAAAAAAAA*GTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGAGAGGGGCTAGGGTTTGCT
AATCAAGAAAGAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAA
AGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGC
GCAGACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGA
TCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAA
TTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTG
CACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAACAAAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAAT
TGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTA
**CTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAA*GTCTCTCGGTGTTGTGCTCGA*TTGCTACAAT
TCTAAATGTTGCCCATATCTTTCTGGAAATACTACTTTATTTTGTTCGT
C

QA 3 591 3 591
DS 

RD RR1C791JQ 621 0 0
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TACAATTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTG
ATTTGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAAACAAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGG
GTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATA
AGCTA**CTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAA*GTCTCTCGGTGTTGTGCTCGA*TTGCT
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TAAATATGGTACATACTTTCG

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1C791TF 621 0 0
GGATTGCATAAAAAAAA*GTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGAGAGGGGCTAGGGT
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AAGGAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTG
GCGGCGCAGACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATTCAGAAGTGGTACAACATCTAC
AAGGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTAC
TACAATTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTG
ATTTGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAAACAAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGG
GTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATA
AGCTA**CTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAA*GTCTCTCGGTGTTGTGCTCGA*TTGCT
ATAATTCTAAATGTTGCCCATATCTTTCTGGAAATACTACTTTATTTTGTTCGTTTAGAT
TAAATATGGTACATACTTTCG

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 15

CO CL106Contig1 763 15 10 U
GGAGACCAGACAGAAGCTGTCTTTTATCCGAAGAATATAGGGTTTTCATTTCTCGTATAA
TCCAAATCGTCGAAACCCTAATACATCTACATCAGGCTTTAGCATCCTTGTCGAGTTTGC
TCCCTTGTTTCAACAAAGGTTCATGTCAGATCTTGAAGTTCAAGTCCCCACTGCCTTTGA
TCCGTTTGCTGATGCAAATGCTGAGGACGCTGGAGCTGGAGCTGGAACAAAAGAATACGT
GCACATACGTGTTCAGCAGCGTAATGGTAGAAAAAGCCTGACCACTGTCCAGGGCCTTAA
GAAAGAGTATAGCTATACCAAGATCCTTAAAGACCTTAAGAAAGAGTTCTGCTGCAATGG
CACTGTCGTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGATCAGAGGAA
GAACGTCTCTACTTTCCTTGTTCAGGCTGGTCTTGTGAAGAAGGATAACATCAAGATCCA
TGGTTTTTGAGCAAACTCTATATACTTGTTGTTGTTGTTCATCATTGCACAACGAGTTGA
ATTTTCGGAATCAATCATCCCTTCTCAAAGGCAGCACTATAAACAATCACTTATGTATTG
TTATTAATGCTTTTCTTCTATATATATTGTGTCAGAAAAA*TTAAATGGTTTGCTTATGA
GCGGATATAACAAATGTATGAACTCTTCATTTGCGTTTGTAGTGTGAGATCATCAATAAA
ACTGTGCATTGAGTGCAAAATAAAGTTAGACCGGATTAGAGGA


BQ
40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 70 70 
70 70 70 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 60 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 60 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1BP34JQ C 6
AF RR1BP34TF U 6
AF RR1A942JQ C 1
AF RR1A942TF U 1
AF RR1BR50JQ C 57
AF RR1BR50TF U 57
AF RR1FL62JQ C 62
AF RR1FL62TF U 62
AF RR1A941TF U 1
AF RR1CL18JQ C 1
AF RR1ET07TF U 1
AF RR1CL18TF U 1
AF RR1A551JQ C 53
AF RR1A551TF U 53
AF RR1FO90JQ C 76
BS 1 68 RR1A941TF
BS 69 69 RR1BP34TF
BS 70 282 RR1A941TF
BS 283 283 RR1BP34TF
BS 284 640 RR1A941TF
BS 641 641 RR1ET07TF
BS 642 662 RR1A941TF
BS 663 664 RR1ET07TF
BS 665 734 RR1A941TF
BS 735 763 RR1A551TF

RD RR1BP34JQ 635 0 0
GG
AGACAGAAGCTGTCTTTTATCCGAAGAATATAGGGTTTTCATTTCTCGTATAATCCAAAT
CGTCGAAACCCTAATACATCTACATCAGGCTTTAGCATCCTTGTCGAGTTTGCTCCCTTG
TTTCAACAAAGGTTCATGTCAGATCTTGAAGTTCAAGTCCCCACTGCCTTTGATCCGTTT
GCTGATGCAAATGCTGAGGACGCTGGAGCTGGAGCTGGAACAAAAGAATACGTGCACATA
CGTGTTCAGCAGCGTAATG*TAGAAAAAGCCTGACCACTGTCCAGGGCCTTAAGAAAGAG
TATAGCTATACCAAGATCCTTAAAGACCTTAAGAAAGAGTTCTGCTGCAATGGCACTGTC
GTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGATCAGAGGAAGAACGTC
TCTACTTTCCTTGTTCAGGCTGGTCTTGTGAAGAAGGATAACATCAAGATCCATGGTTTT
TGAGCAAACTCTATATACTTGTTGTTGTTGTTCATCATTGCACAACGAGTTGAATTTTCG
GAATCAATCATCCCTTCTCAAAGGCAGCACTATAAACAATCACTTATGTATTGTTATTAA
TGCTTTTCTTCTATATATATTGTGTCAGAAAAA

QA 3 635 3 635
DS 

RD RR1BP34TF 635 0 0
GG
AGACAGAAGCTGTCTTTTATCCGAAGAATATAGGGTTTTCATTTCTCGTATAATCCAAAT
CGTCGAAACCCTAATACATCTACATCAGGCTTTAGCATCCTTGTCGAGTTTGCTCCCTTG
TTTCAACAAAGGTTCATGTCAGATCTTGAAGTTCAAGTCCCCACTGCCTTTGATCCGTTT
GCTGATGCAAATGCTGAGGACGCTGGAGCTGGAGCTGGAACAAAAGAATACGTGCACATA
CGTGTTCAGCAGCGTAATG*TAGAAAAAGCCTGACCACTGTCCAGGGCCTTAAGAAAGAG
TATAGCTATACCAAGATCCTTAAAGACCTTAAGAAAGAGTTCTGCTGCAATGGCACTGTC
GTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGATCAGAGGAAGAACGTC
TCTACTTTCCTTGTTCAGGCTGGTCTTGTGAAGAAGGATAACATCAAGATCCATGGTTTT
TGAGCAAACTCTATATACTTGTTGTTGTTGTTCATCATTGCACAACGAGTTGAATTTTCG
GAATCAATCATCCCTTCTCAAAGGCAGCACTATAAACAATCACTTATGTATTGTTATTAA
TGCTTTTCTTCTATATATATTGTGTCAGAAAAA

QA 3 635 3 635
DS 

RD RR1A942JQ 640 0 0
GGAGACCAGACAGATGCTGTCTTTTATCCGAAGAATATAGGGTTTTCATTTCTCGTATAA
TCCAAATCGTCGAAACCCTAATACATCTACATCAGGCTTTAGCATCCTTGTCGAGTTTGC
TCCCTTGTTTCAACAAAGGTTCATGTCAGATCTTGAAGTTCAAGTCCCCACTGCCTTTGA
TCCGTTTGCTGATGCAAATGCTGAGGACGCTGGAGCTGGAGCTGGAACAAAAGAATACGT
GCACATACGTGTTCAGCAGCGTAATGGTAGAAAAAGCCTGACCACTGTCCAGGGCCTTAA
GAAAGAGTATAGCTATACCAAGATCCTTAAAGACCTTAAGAAAGAGTTCTGCTGCAATGG
CACTGTCGTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGATCAGAGGAA
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AAGAAAGAGTATAGCTATACCAAGATCCTTAAAGACCTTAAGAAAGAGTTCTGCTGCAAT
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AAGAACGTCTCTACTTTCCTTGTTCAGGCTGGTCTTGTGAAGAAGGATAACATCAAGATC
CATGGTTTTTGAGCAAACTCTATATACTTGTTGTTGTTGTTCATCATTGCACAACGAGTT
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TGTCGTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGATCAGAGGAAGAA
CGTCTCTACTTTCCTTGTTCAGGCTGGTCTTGTGAAGAAGGATAACATCAAGATCCATGG
TTTTTGAGCAAACTCTATATACTTGTTGTTGTTGTTCATCATTGCACAACGAGTTGAATT
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AC

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AC

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DS 

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CAATGGCACTGTCGTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGATCA
GAGGAAGAACGTCTCTACTTTCCTTGTTCAGGCTGGTCTTGTGAAGAAGGATAACATCAA
GATCCATGGTTTTTGAGCAAACTCTATATACTTGTTGTTGTTGTTCATCATCGCACAACG
AGTTGAATTTTCGGAATCAATCATCCCTTCTCAAAGGCAGCACTATAAACAATCACTTAT
GTATTGTTATTAATGCTTTTCTTCTATATATATTGTGTCAGAAAAA*TTAAATGGTTTGC
TTATGAGCGGATATAACAAATGTATGAACTCTTCATTTGCGTTTGTAGTGTGAGATCATC
AATAAAACTGTGCATTGAGTGCAAAATAAAGTTAGACCGGATTAGAGGA

QA 3 711 3 711
DS 

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TTCTATATATATTGTGTCAGAAAAA*TTAAATGGTTTGCTTATGAGCGGATATAACAAAT
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GC

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DS 



AS 3 14

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CCGCCGTTGCTTGCCTTCCCTCATCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC***CTCCTCCCCCT
CTCGTTCCGTTCCAACACTTATCCGTAACGAGCCCGTTTTTGCCGCTCCTGCTCCTATCA
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TGTACGGTGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGTCCTAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCCGACT
CGCGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTA
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AGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCC
TCTCCGAAACTAGCTCAGTTAAAGATGTGGCCACCATACTACATTGGAAGCTGTAGGAGA
TCTTTCAAGCTTTTATCCCATTCACATTT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AX91TF U 2
AF RR1AP01TF U 1
AF RR1FG19TF U 44
AF RR1AX91JQ C 851
AF RR1BO03TF U 374
BS 1 226 RR1AP01TF
BS 227 229 RR1AX91TF
BS 230 409 RR1AP01TF
BS 410 410 RR1AX91TF
BS 411 668 RR1AP01TF
BS 669 669 RR1FG19TF
BS 670 708 RR1AP01TF
BS 709 735 RR1FG19TF
BS 736 736 RR1BO03TF
BS 737 746 RR1FG19TF
BS 747 747 RR1BO03TF
BS 748 807 RR1FG19TF
BS 808 905 RR1BO03TF
BS 906 906 RR1AX91JQ
BS 907 1169 RR1BO03TF

RD RR1AX91TF 436 0 0
GGACTGAAGTAGCCTATATATTACATATACAAAGTCTTATTACTATATTGTAAAATACAT
CTCACTCTCACTAACTTCTCTTCACCCGAAAATGTCGACCGCTCCTCTCTCCGGCTTCTT
CCTCACCTCTCTTTCTCCTTCTCAACCTTCACTCCAAAAACTCTCTCTTCGTTCCTCTCC
CGCCGTTGCTTGCCTTCCCTCATCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC***CTCCTCCCCCTC
TCGTTCCGTTCCAACACTTATCCGTAACGAGCCCGTTTTTGCCGCTCCTGCTCCTATCAT
CACCCCTTATTGGAGCGAAGAGATGGGTAGCGAAGCATACGAAGAGGCCATTGAAGCTCT
CAAGAAGCTTATTATCGAGAAGGAGGAGCTAAAGACTGTTGCGGCCGCTAAGGTGGAGCA
GGTCACGGCAGCACTT

QA 1 436 1 436
DS 

RD RR1AP01TF 708 0 0
GGGACTGAAGTAGCCTATATATTACATATACAAAGTCTTATTACTATATTGTAAAATACA
TCTCACTCTCACTAACTTCTCTTCACCCGAAAATGTCGACCGCTCCTCTCTCCGGCTTCT
TCCTCACCTCTCTTTCTCCTTCTCAACCTTCACTCCAAAAACTCTCTCTTCGTTCCTCTC
CCGCCGTTGCTTGCCTTCCCTCATCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCCCCT
CTCGTTCCGTTCCAACACTTATCCGTAACGAGCCCGTTTTTGCCGCTCCTGCTCCTATCA
TCACCCCTTATTGGAGCGAAGAGATGGGTAGCGAAGCATACGAAGAGGCCATTGAAGCTC
TCAAGAAGCTTATTATCGAGAAGGAGGAGCTAAAGACTGTTGCGGCCGCCAAGGTGGAGC
AGGTCACGGCAGCACTTCAGACAGGTACTTCCTCCGACAAGAAAGCTTTCGACCCCGTCG
AAAACATTAAGCAAGGCTTCATCACTTTCAAGAAGGAGAAATACGAAACCAACCCTGCTT
TGTACGGTGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGTCCTAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCCGACT
CGCGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTA
ACATAGCCCACATGGTTCCTCCTTTTGACAAG*TCAAATACGGTGGAG

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1FG19TF 764 0 0
GG
ATATTGTAAAATACATCTCACTCTCACTAACTTCTCTTCACCCGAAAATGTCGACCGCTC
CTCTCTCCGGCTTCTTCCTCACCTCTCTTTCTCCTTCTCAACCTTCACTCCAAAAACTCT
CTCTTCGTTCCTCTCCCGCCGTTGCTTGCCTTCCCTCATCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTT
C***CTCCTCCCCCTCTCGTTCCGTTCCAACACTTATCCGTAACGAGCCCGTTTTTGCCG
CTCCTGCTCCTATCATCACCCCTTATTGGAGCGAAGAGATGGGTAGCGAAGCATACGAAG
AGGCCATTGAAGCTCTCAAGAAGCTTATTATCGAGAAGGAGGAGCTAAAGACTGTTGCGG
CCGCTAAGGTGGAGCAGGTCACGGCAGCACTTCAGACAGGTACTTCCTCCGACAAGAAAG
CTTTCGACCCCGTCGAAAACATTAAGCAAGGCTTCATCACTTTCAAGAAGGAGAAATACG
AAACCAACCCTGCTTTGTACGGTGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGTCCTAATTACATGGTGT
TTGCTTGTTCCGACTCGCGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGTCAGGAGAGG
CCTTCGTTGTCCGTAACATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTTGACAAG*TCAAATACGGTG
GAGTAGGAGCAGCCATCGAATACGCTGTTT*GCACCTTAAG*TGGAGAACATTGTGGTGA
TAGGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTCTT

QA 3 764 3 764
DS 

RD RR1AX91JQ 125 0 0
GGTCAAAATTTGTTTCCCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCACCCTT
TGAGGACCAGTGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTT
GA
TTT

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR1BO03TF 796 0 0
G
ATCGAGAAGGAGGAGCTAAAGACTGTTGCGGCCGCTAAGGTGGAGCAGGTCACGGCAGCA
CTTCAGACAGGTACTTCCTCCGACAAGAAAGCTTTCGACCCCGTCGAAAACATTAAGCAA
GGCTTCATCACTTTCAAGAAGGAGAAATACGAAACCAACCCTGCTTTGTACGGTGAGCTC
GCCAAGGGTCAGAGTCCTAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCCGACTCGCGTGTGTGTCCA
TCGCACGTTCTCAACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAACATAGCCAACATG
GTTCCTCCTTTTGACAAGGTCAAATACGGTGGAGTAGGAGCAGCCATCGAATACGCTGTT
TTGCACCTTAAGGTGGAGAACATTGTGGTGATAGGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAG
GGACTCATGTCTTTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTC
AAAATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAG
GACCAGTGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACT
TATCCATTCGTGAGAGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTAT
GATTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGC
TCAGTTAAAGATGTGGCCACCATACTACATTGGAAGCTGTAGGAGATCTTTCAAGCTTTT
ATCCCATTCACATTT

QA 2 796 2 796
DS 



CO CL107Contig2 683 2 5 U
GGTGGAGAACATTGTGGTGATAGGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTC
TTTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTT
ACCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGG
TCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGT
GAGAGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAA
GGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAAC
CAATCCACCATCATCATCATGAGCATCCATCATCATCATATATCTCATTTACATATGTAA
TTTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAA
AAGAAAACTCAGATGATATATAGACCTTTTTTTTGAGGGAGGGGGGGGAGGGGCGTTAAT
TATGAATAATTGTGTTTATATTATGTGCATCAAATCGGTTGTATCTACGGTTTGATTTCA
TTTTCTATGTTGTTTGATAGGTTAAAGATGTGGCCACCATACTACATTGGAAGCTGTAGG
AAATCTTTCAAACTTTTATCCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD57TF U 233
AF RR1FH08JQ C 1
BS 1 233 RR1FH08JQ
BS 234 410 RR1CD57TF
BS 411 411 RR1FH08JQ
BS 412 513 RR1CD57TF
BS 514 683 RR1FH08JQ

RD RR1CD57TF 287 0 0
G
CATTCGTGAGAGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATT
TTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAG
TATGAACCAATCCACCATCATCATCATGAGCATCCATCATCATCATATATCTCATTTTCA
TATGTAATTTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATA
AATAAAAAAGAAAACTCAGATGATATATAGACCTTTTTTT
TGAGGG

QA 2 281 2 281
DS 

RD RR1FH08JQ 683 0 0
GGTGGAGAACATTGTGGTGATAGGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTC
TTTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTT
ACCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGG
TCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGT
GAGAGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAA
GGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAAC
CAATCCACCATCATCATCATGAGCATCCATCATCATCATATATCTCATTTACATATGTAA
TTTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAA
AAGAAAACTCAGATGATATATAGATCTTTTTTTTGAGGGAGGGGGGGGAGGGGCGTTAAT
TATGAATAATTGTGTTTATATTATGTGCATCAAATCGGTTGTATCTACGGTTTGATTTCA
TTTTCTATGTTGTTTGATAGGTTAAAGATGTGGCCACCATACTACATTGGAAGCTGTAGG
AAATCTTTCAAACTTTTATCCCG

QA 1 683 1 683
DS 



CO CL107Contig3 916 7 9 U
GAAGAAAGCTTTCGACCCCGTCGAAAACATTAAGCAAGGCTTCATCACTTTCAAGAAGGA
GAAATACGAAACCAACCCTGCTTTGTACGGTGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGTCCTAAGTA
CATGGTGTTTGCTTGTTCCGACTCGCGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGCC
AGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAACATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTTGACAAGGTCAA
ATACGGTGGAGTAGGAGCAGCCATCGAATACGCTGTTTTGCACCTTAAGGTGGAGAACAT
TGTGGTGATAGGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTCTTTTCCTTTGGA
TGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTC
AAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTGAAAG
GGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGGACT
TGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGA
GCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACCATC
ATCATCATGAGCATCCATCATCATCATATATCTCATTTACATATGTAATTTGTAATGTGC
TGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAAAAGAAAACTCAG
ATGATATATAGATCTTTTTTTGAGGAGGGGGGGGGGAGGGGCGTTAATTATGAATAATTG
TGTTTATATTATGTGCATCAAATCGGTTGTATCTACGTTTGATTTCATTTTCTATGTTGT
TTGATAGGTAAAGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H791TF U 1
AF RR1FU14JQ C 250
AF RR1DB81TF U 30
AF RR1DB81JQ C 82
AF RR1H791JQ C 418
AF RR1FU14TF U 250
AF RR1FH08TF U 169
BS 1 385 RR1H791TF
BS 386 386 RR1DB81TF
BS 387 656 RR1H791TF
BS 657 657 RR1DB81TF
BS 658 705 RR1H791TF
BS 706 769 RR1DB81TF
BS 770 770 RR1FU14TF
BS 771 785 RR1DB81TF
BS 786 916 RR1FH08TF

RD RR1H791TF 705 0 0
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GAAATACGAAACCAACCCTGCTTTGTACGGTGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGTCCTAAGTA
CATGGTGTTTGCTTGTTCCGACTCGCGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGCC
AGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAACATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTTGACAAGGTCAA
ATACGGTGGAGTAGGAGCAGCCATCGAATACGCTGTTTTGCACCTTAAGGTGGAGAACAT
TGTGGTGATAGGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTCTTTTCCTTTGGA
TGGAAACAACTCCACTGATTTCATAAAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTC
AAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTGAAAG
GGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGGACT
TGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGA
GCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACTATC
ATCATCATGAGCATCCATCATCATCATATATCTCATTTACATATG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1FU14JQ 521 0 0
G
GTAGGAGCAGCCATCGAATACGCTGTTTTGCACCTTAAGGTGGAGAACATTGTGGTGATA
GGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTCTTTTCCTTTGGATGGAAACAAC
TCCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAAGTCATA
TCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTAAAAGGGAGGCAGTG
AATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGGACTTGTGAAAGGA
ACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGA
CTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACCATCATCATCATGA
GCATCCATCATCATCACATATCTCATTTACATATGTAATTTGTAATGTGCTGAGTTGTTT
TCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAAAA

QA 2 521 2 521
DS 

RD RR1DB81TF 756 0 0
G
TAAGCAAGGCTTCATCACTTTCAAGAAGGAGAAATACGAAACCAACCCTGCTTTGTACGG
TGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGTCCTAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCCGACTCGCGTGT
GTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAACATAGC
CAACATGGTTCCTCCTTTTGACAAGGTCAAATACGGTGGAGTAGGAGCAGCCATCGAATA
CGCTGTTTTGCACCTTAAGGTGGAGAACATTGTGGTGATAGGACACAGCGCTTGTGGTGG
GATCAAGGGACTCATGTCTTTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGA
CTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGC
CTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTT
GTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGG
CTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGA
AACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACCATCATCATCATGAGCATCCATCATCATCATATA
TCTCATTTACATATGTAATTTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGGTATTCA
ACTTTCATATAAATAAAAA*GAAAACTCAGATGAT

QA 2 756 2 756
DS 

RD RR1DB81JQ 704 0 0
TTTGTACGGTGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGTCCTAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCCGA
CTCGCGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCG
TAACATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTTGACAAGGTCAAATACGGTGGAGTAGGAGCAGC
CATCGAATACGCTGTTTTGCACCTTAAGGTGGAGAACATTGTGGTGATAGGACACAGCGC
TTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTCTTTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTT
CATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGG
GGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACT
AGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTT
GAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGG
CCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACCATCATCATCATGAGCATCCATCAT
CATCATATATCTCATTTACATATGTAATTTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCA
TGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAAAAGAAAACTCAGATGAT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1H791JQ 366 0 0
GTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTGA
AAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGG
ACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTT
TGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACT
ATCATCATCATGAGCATCCATCATCATCATATATCTCATTTACATATGTAATTTGTAATG
TGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAAAAGAAAACT
CAGATG

QA 1 366 1 366
DS 

RD RR1FU14TF 534 0 0
G
GTAGGAGCAGCCATCGAATACGCTGTTTTGCACCTTAAGGTGGAGAACATTGTGGTGATA
GGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTCTTTTCCTTTGGATGGAAACAAC
TCCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAAGTCATA
TCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTAAAAGGGAGGCAGTG
AATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGGACTTGTGAAAGGA
ACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGA
CTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACCATCATCATCATGA
GCATCCATCATCATCACATATCTCATTTACATATGTAATTTGTAATGTGCTGAGTTGTTT
TCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAAAAGAAAACTCAGATG

QA 2 534 2 534
DS 

RD RR1FH08TF 748 0 0
G
AACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAACATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTT
GACAAGGTCAAATACGGTGGAGTAGGAGCAGCCATCGAATACGCTGTTTTGCACCTTAAG
GTGGAGAACATTGTGGTGATAGGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTCT
TTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTA
CCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGT
CGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGTG
AGAGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAG
GGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACC
AATCCACCATCATCATCATGAGCATCCATCATCATCATATATCTCATTTACATATGTAAT
TTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAAA
AGAAAACTCAGATGATATATAGATCTTTTTTTGAGGAGGGGGGGGGGAGGGGCGTTAATT
ATGAATAATTGTGTTTATATTATGTGCATCAAATCGGTTGTATCTACGTTTGATTTCATT
TTCTATGTTGTTTGATAGGTAAAGATG

QA 2 748 2 748
DS 



AS 2 12

CO CL108Contig1 800 6 32 U
GGTCTGGTGTTGGTAAGATGAGGAACAGGCGTTACGTTTGTCGGAAAGGTCCTCTTGTTG
TTTACGGTACCGAAGGTTCCAAGATTGTCAAGGCGTTTAGGAACCTTCCGGGTGTTGAGC
TTTGCCACGTTGAGAGGCTTAACCTGTTGAAGCTTGCGCCTGGTGGTCACCTTGGGAGGT
TTGTGGTTTGGACCAAGTCTGCCTTCGAGAAGCTTGAGGGGATCTATGGATCGTTTGAGA
AGGGTTCGGAGATGAAGAAAGGGTACGTGCTTCCTAGGGCTAAGATGGTGAATGCTGATT
TGGCGAGGATTATTAACTCTGACGAGGTTCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATG
CGGCGAGGGCTGTGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAATGTGATGTTGAAGTTGA
ATCCGTATGCTAAGACTGCGAAGAGGATGTCTTTGTTGGCCGAGGCGCAGAGGGTTAAGT
CCAAGAGTGAGAAACTCACCAAGAAGAGGAAGACGGTTACTAAGGAGGAGGCATTGGCGA
TCAAAGCAGCAGGGAAGTCGTGGTACCAGACTATGATTTCCGACAGTGACTACACCGAGT
TTGACAACTTCACCAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTGATACTATCTATCATATGCGTGAA
ATGTTGTCGTCTTTAGGGAAAGGTTTTGGTTTTATATCTATTTGGTTTTTTTATGTCGTA
ATTCTAAGTTCAGCTTTGGACAAGTTATGTCATTTTTCATTTTTGGACCTTGCTTTCATC
GATCGAACCAAGTTTAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 25 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 

AF RR1BB75TF U 1
AF RR1DF39TF U 25
AF RR1EX44TF U 193
AF RR1AL35JQ C 355
AF RR1DF39JQ C 450
AF RR1AL35TF U 355
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BS 192 414 RR1BB75TF
BS 415 415 RR1DF39TF
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BS 440 440 RR1DF39TF
BS 441 460 RR1BB75TF
BS 461 461 RR1DF39TF
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BS 495 514 RR1BB75TF
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BS 673 677 RR1DF39TF
BS 678 688 RR1EX44TF
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BS 690 711 RR1EX44TF
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BS 781 781 RR1AL35TF
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BS 798 800 RR1AL35TF

RD RR1BB75TF 672 0 0
GGTCTGGTGTTGGTAAGATGAGGAACAGGCGTTACGTTTGTCGGAAAGGTCCTCTTGTTG
TTTACGGTACCGAAGGTTCCAAGATTGTCAAGGCGTTTAGGAACCTTCCGGGTGTTGAGC
TTTGCCACGTTGAGAGGCTTAACCTGTTGAAGCTTGCGCCTGGTGGTCACCTTGGGAGGT
TTGTGGTTTGTACCAAGTCTGCCTTCGAGAAGCTTGAGGGGATCTATGGATCGTTTGAGA
AGGGTTCGGAGATGAAGAAAGGGTACGTGCTTCCTAGGGCTAAGATGGTGAATGCTGATT
TGGCGAGGATTATTAACTCTGACGAGGTTCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATG
CGGCGAGGGCTGTGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAATGTGATGTTGAGGTTGA
ATCCGTATGCTAAGACTGCTAAGAGGATGTCTTTGTTGGCGGAGGCGCAGAGGGTTAAGG
CTAAGAAGGAGAAGCTCACCAAGAAGAGGAAGACAGTTACTAAGGAGGAGGCATTGGCGA
TCAAAGCAGCAGGGAAGTCGTGGTATCAGACTATGATCTCCGACAGTGACTACACCGAGT
TTGACAACTTCACCAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTGATACTATCTATCATATGCGTGAA
ATGTTGTCGTCT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1DF39TF 665 0 0
G
CAGGCGTTACGTTTGTCGGAAAGGTCCTCTTGTTGTTTACGGTACCGAAGGTTCCAAGAT
TGTCAAGGCGTTTAGGAACCTTCCGGGTGTTGAGCTTTGCCACGTTGAGAGGCTTAACCT
GTTGAAGCTTGCGCCTGGTGGTCACCTTGGGAGGTTTGTGGTTTGGACCAAGTCTGCCTT
CGAGAAGCTTGAGGGGATCTATGGATCGTTTGAGAAGGGTTCGGAGATGAAGAAAGGGTA
CGTGCTTCCTAGGGCTAAGATGGTGAATGCTGATTTGGCGAGGATTATTAACTCTGACGA
GGTTCAGAGTGTGGTGAAGCCGACTAAGAAGGATGCGGCGAGGGCTGTGATGAAGAAGAA
TCCTTTGAAGAATTTGAATGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTATGCTAAGACTGCGAAGAG
GATGTCTTTGTTGGCCGAGGCGCAGAGGGTTAAGTCCAAGAGTGAGAAACTCACCAAGAA
GAGGAAGACGGTTACTAAGGAGGAGGCATTGGCGATCAAAGCAGCAGGGAAGTCGTGGTA
CCAGACTATGATTTCCGACAGTGACTACACCGAGTTTGACAACTTCACCAAATGGCTCGG
TGCTAGCCAGTGATACTATCTATCATATGCGTGAAATGTTGTCGTCTTTAGG
AAAGGTTTGGTT

QA 2 653 2 653
DS 

RD RR1EX44TF 605 0 0
CCAAGTCTGCCTTCGAGAAGCTTGAGGGGATCTATGGATCGTTTGAGAAGGGTT*GGAGA
TGAAGAAAGGGTACGTGCTTCCTAGGGCTAAGATGGTGAATGCTGATTTGGCGAGGATTA
TTAACTCTGACGAGGTTCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGCGGCGAGGGCTG
TGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAATGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTATGCTA
AGACTGCGAAGAGGATGTCTTTGTTGGCCGAGGCGCAGAGGGTTAAGTCCAAGAGTGAGA
AACTCACCAAGAAGAGGAAGACGGTTACTAAGGAGGAGGCATTGGCGATCAAAGCAGCAG
GGAAGTCGTGGTACCAGACTATGATTTCCGACAGTGACTACACCGAGTTTGACAACTTCA
CCAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTGATACTATCTATCATATGCGTGAAATGTTGTCGTCT
TTAGGGAAAGGTTTTGATTTTATATCTATTTGGTTTTTT*ATGTCGTAATTCTAAGTTCA
GCTTTGGACAAGTTATGTCATTTTTCATTTTTGGACCTTGCTTTCATC*ATCGAACCAAG
TTTAA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1AL35JQ 446 0 0
G
GGATGCGGCGAGGGCTGTGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAATGTGATGTTGGA
GTTGAATCCGTATGCTAAGACTGCGAAGAGGATGTCTTTGTTGGCCGAGGCGCAGAGGGT
TAAGTCCAAGAGTGAGAAACTCACCAAGAAGAGGAAGACGGTTACTAAGGAGGAGGCATT
GGCGATCAAAGCAGCAGGGAAGTCGTGGTACCAGACTATGATTTCCGACAGTGACTACAC
CGAGTTTGACAACTTCACCAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTGATACTATCTATCATATGC
GTGAAATGTTGTCGTCTTTAGGGAAAGGTTTTGGTTTTATATCTATTTGGTTTTTTTATG
TCGTAATTCTAAGTTCAGCTTTGGACAAGTTATGTCATTTTTCATTTTTGGACCTTGTTT
TCATCGATCGAACCAAGTTTAAGAC

QA 2 446 2 446
DS 

RD RR1DF39JQ 351 0 0
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AAGACGGTTACTAAGGAGGAGGCATTGGCGATCAAAGCAGCAGGGAAGTCGTGGTACCAG
ACTATGATTTCCGACAGTGACTACACCGAGTTTGACAACTTCACCAAATGGCTCGGTGCT
AGCCAGTGATACTATCTATCATATGCGTGAAATGTTGTCGTCTTTAGGGAAAGGTTTTGG
TTTTATATCTATTTGGTTTTTTTATGTCGTAATTCTAAGTTCAGCTTTGGACAAGTTATG
TCATTTTTCATTTTTGGACCTTGCTTTCATCAATCGAACCAAGTTTAAGAC

QA 1 351 1 351
DS 

RD RR1AL35TF 446 0 0
G
GGATGCGGCGAGGGCTGTGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAATGTGATGTTGGA
GTTGAATCCGTATGCTAAGACTGCGAAGAGGATGTCTTTGTTGGCCGAGGCGCAGAGGGT
TAAGTCCAAGAGTGAGAAACTCACCAAGAAGAGGAAGACGGTTACTAAGGAGGAGGCATT
GGCGATCAAAGCAGCAGGGAAGTCGTGGTACCAGACTATGATTTCCGACAGTGACTACAC
CGAGTTTGACAACTTCACCAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTGATACTATCTATCATATGC
GTGAAATGTTGTCGTCTTTAGGGAAAGGTTTTGGTTTTATATCTATTTGGTTTTTTTATG
TCGTAATTCTAAGTTCAGCTTTGGACAAGTTATGTCATTTTTCATTTTTGGACCTTGTTT
TCATCGATCGAACCAAGTTTAAGAC

QA 2 446 2 446
DS 



CO CL108Contig2 994 6 12 U
GTTCCCGCGCTCGTCATGGCGCGTGGTCACAAGATCGAGAACGTCCCCGAGATGCCTCTT
GTTGTTAGTGACTCTGCCGAGGGCGTGGAGAAGACGTCGGCTGCTATCAAGGTTTTGAAG
CAGATTGGGGCTTATGATGATGCTGAGAAGGCCAAGGATAGTATCGGGATTAGGTCTGGT
GTCGGGAAGATGAGGAACAGGCGTTACATTTGTAGGAAGGGTCCTCTTGTGGTTTACGGT
ACCGAAGGGTCTAAGATTGTGAAGGCGTTTAGGAACCTTCCCGGGGTGGAGCTTTGCCAC
GTGGAGAGGCTTAACTTGCTGAAGCTTGCACCCGGTGGTCACCTAGGGAGGTTTGTGGTT
TGGACCAAGTCTGCTTTCGAGAAGCTTGAGGGGATCTACGGGTCGTTTGAGAAGCCCTCG
GAGAAGAAGAAGGGGTACGTGCTTCCTAGGGCGAAGATGGTGAATGCTGATTTGGCGAGG
ATTATTAACTCTGACGAGGTGCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGCTAAGAGG
GCTGTGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAACGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTAT
GCTAAGACTGCGAAGAGGATGTCTTTGTTGGCGGAAGAGCAGAGGGTTAAGGCTAAGAAG
GAGAAGCTCACCAAGAAGAGGAAAACTGTCACCAAGGAGGAGGCATTGGCAATCAAGGCA
GCAGGGAAGTCGTGGTACCAGACCATGATCTCCGACAGTGACTACACCGAGTTTGACAAC
TTCACCAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTAATAATAATATGATCTGCTTGAAACACTCTTT
CATGTTTAGGGAATGTTTTTGGTTTTATATCTGTTTTGTCTCGAGTTGTGTCGGATTACT
AAGCTCAGCTATGAACAATTTTTCATTTCTCTTTTACTCTTGTTGTGGTGTTACCTTGTT
TCTATCAAACGAATGCTTGAATCTTGTTTCTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1GL85TF U 1
AF RR1FV21TF U 24
AF RR1BN04TF U 453
AF RR1FV21JQ C 296
AF RR1EE26JQ C 548
AF RR1EE26TF U 548
BS 1 164 RR1GL85TF
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BS 166 630 RR1GL85TF
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BS 935 994 RR1EE26TF

RD RR1GL85TF 630 0 0
GTTCCCGCGCTCGTCATGGCGCGTGGTCACAAGATCGAGAACGTCCCCGAGATGCCTCTT
GTTGTTAGTGACTCTGCCGAGGGCGTGGAGAAGACGTCGGCTGCTATCAAGGTTTTGAAG
CAGATTGGGGCTTATGATGATGCTGAGAAGGCCAAGGATAGTATTGGGATTAGGTCTGGT
GTCGGGAAGATGAGGAACAGGCGTTACATTTGTAGGAAGGGTCCTCTTGTGGTTTACGGT
ACCGAAGGGTCTAAGATTGTGAAGGCGTTTAGGAACCTTCCCGGGGTGGAGCTTTGCCAC
GTGGAGAGGCTTAACTTGCTGAAGCTTGCACCCGGTGGTCACCTAGGGAGGTTTGTGGTT
TGGACCAAGTCTGCTTTCGAGAAGCTTGAGGGGATCTACGGGTCGTTTGAGAAGCCCTCG
GAGAAGAAGAAGGGGTACGTGCTTCCTAGGGCGAAGATGGTGAATGCTGATTTGGCGAGG
ATTATTAACTCTGACGAGGTGCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGCTAAGAGG
GCTGTGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAACGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTAT
GCTAAGACTGCGAAGAGGATGTCTTTGTTG

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1FV21TF 656 0 0
GGGT
CACAAGATCGAGAACGTCCCCGAGATGCCTCTTGTTGTTAGTGACTCTGCCGAGGGCGTG
GAGAAGACGTCGGCTGCTATCAAGGTTTTGAAGCAGATTGGGGCTTATGATGATGCTGAG
AAGGCCAAGGATAGTATCGGGATTAGGTCTGGTGTCGGGAAGATGAGGAACAGGCGTTAC
ATTTGTAGGAAGGGTCCTCTTGTGGTTTACGGTACCGAAGGGTCTAAGATTGTGAAGGCG
TTTAGGAACCTTCCCGGGGTGGAGCTTTGCCACGTGGAGAGGCTTAACTTGCTGAAGCTT
GCACCCGGTGGTCACCTAGGGAGGTTTGTGGTTTGGACCAAGTCTGCTTTCGAGAAGCTT
GAGGGGATCTACGGGTCGTTTGAGAAGCCCTCGGAGAAGAAGAAGGGGTACGTGCTTCCT
AGGGCGAAGATGGTGAATGCTGATTTGGCGAGGATTATTAACTCTGACGAGGTGCAGAGT
GTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGCTAAGAGGGCTGTGATGAAGAAGAATCCTTTGAAG
AATTTGAACGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTATGCTAAGACTGCGAAGAGGATGTCTTTG
TTGGCGGAAGAGCAGAGGGTTAAG*CTAAGAAG*AGAAGCTCACCAAGAAGA

QA 5 656 5 656
DS 

RD RR1BN04TF 482 0 0
GG
AGATGGTGAATGCTGATTTGGCGAGGATTATTAACTCTGACGAGGTGCAGAGTGTGGTGA
AGCCGATTAAGAAGGATGCTAAGAGGGCTGTGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGA
ACGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTATGCTAAGACTGCGAAGAGGATGTCTTTGTTGTCGG
AAGAGCAGAGGGTTAAGGCTAAGAAGGAGAAGCTCACCAAGAAGAGGAAAACTGTCACCA
AGGAGGAGGCATTGGCAATCAAGGCAGCAGGGAAGTCGTGGTACCAGACTATGATCTCCG
ACAGTGACTACACCGAGTTTGACAACTTCACCAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTAATAAT
AATATGATCTGCTTGAAACACTCTTTCATGTTTAGGGAATGTTTTTGGTTTTATATCTGT
TTTGTCTCGAGTTGTGTCGGATTACTAAGCTCAGCTATGAACAATTTTTCATTTCTCTTT

QA 3 482 3 482
DS 

RD RR1FV21JQ 699 0 0
GCCACGTGGAGAGGCTTAACTTGCTGAAGCTTGCACCCGGTGGTCACCTAGGGAGGTTTG
TGGTTTGGACCAAGTCTGCTTTCGAGAAGCTTGAGGGGATCTACGGGTCGTTTGAGAAGC
CCTCGGAGAAGAAGAAGGGGTACGTGCTTCCTAGGGCGAAGATGGTGAATGCTGATTTGG
CGAGGATTATTAACTCTGACGAGGTGCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGCTA
AGAGGGCTGTGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAACGTGATGTTGAAGTTGAATC
CGTATGCTAAGACTGCGAAGAGGATGTCTTTGTTGGCGGAAGAGCAGAGGGTTAAGGCTA
AGAAGGAGAAGCTCACCAAGAAGAGGAAAACTGTCACCAAGGAGGAGGCATTGGCAATCA
AGGCAGCAGGGAAGTCGTGGTACCAGACTATGATCTCCGACAGTGACTACACCGAGTTTG
ACAACTTCACCAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTAATAATAATATGATCTGCTTGAAACAC
TCTTTCATGTTTAGGGAATGTTTTTGGTTTTATATCTGTTTTGTCTCGAGTTGTGTCGGA
TTACTAAGCTCAGCTATGAACAATTTTTCATTTCTCTTTTACTCTTGTTGTGGTGTTACC
TTGTTTCTATCAAACGAATGCTTGAATCTTGTTTCTATC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1EE26JQ 447 0 0
G
GAAGAAGAATCCTTAGAAGAATTTGAACGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTATGCTAAGAC
TGCGAAGAGGATGTCTTTGTTGGCGGAAGAGCAGAGGGTTAAGGCTAAGAAGGAGAAGCT
CACCAAGAAGAGGAAAACTGTCACCAAGGAGGAGGCATTGGCAATCAAGGCAGCAGGGAA
GTCGTGGTACCAGACCATGATCTCCGACAGTGACTACACCGAGTTTGACAACTTCACCAA
ATGGCTCGGTGCTAGCCAGTAATAATAATATGATCTGCTTGAAACACTCTTTCATGTTTA
GGGAATGTTTTTGGTTTTATATCTGTTTTGTCTCGAGTTGTGTCGGATTACTAAGCTCAG
CTATGAGCAATTTTTCATTTCTCTTTTACTCTTGTTGTGGTGTTACCTTGTTTCTATCAA
ACGAATGCTTGAATCTTGTTTCTATC

QA 2 447 2 447
DS 

RD RR1EE26TF 447 0 0
G
GAAGAAGAATCCTTAGAAGAATTTGAACGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTATGCTAAGAC
TGCGAAGAGGATGTCTTTGTTGGCGGAAGAGCAGAGGGTTAAGGCTAAGAAGGAGAAGCT
CACCAAGAAGAGGAAAACTGTCACCAAGGAGGAGGCATTGGCAATCAAGGCAGCAGGGAA
GTCGTGGTACCAGACCATGATCTCCGACAGTGACTACACCGAGTTTGACAACTTCACCAA
ATGGCTCGGTGCTAGCCAGTAATAATAATATGATCTGCTTGAAACACTCTTTCATGTTTA
GGGAATGTTTTTGGTTTTATATCTGTTTTGTCTCGAGTTGTGTCGGATTACTAAGCTCAG
CTATGAGCAATTTTTCATTTCTCTTTTACTCTTGTTGTGGTGTTACCTTGTTTCTATCAA
ACGAATGCTTGAATCTTGTTTCTATC

QA 2 447 2 447
DS 



AS 2 14

CO CL109Contig1 1386 11 13 U
GGATTGCGGTCTTATCCCAAAATCCCAACAAAACACAGAGAAATTTTCTTGGTGGTCTCT
CCAATGGCGTTCTCAACGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGAGGATCTCCTCTTCA
CTGCCACTTTCTTCTAGAAGATTCTCTCTTCGATCTCAGACTCAGTTCAGAGTCAAAGCA
GAGGCAGAGAATGAGAAACAGAGCACACAGACTAAATCCGAAGGGGAAGCAGCTTCACCA
GCTTCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAGCCAGTTTACTCGATGAAGAAGGGT
CAAATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTACCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTGGT
CATCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGCGAGGTTCTGGAC
ATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAACCGCA
CCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCGACTA
TAGAGTCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGATGGGTTGTGAGATGAATGAT
AACACAATGGAACCACCATGATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTTACCG
CAGTCAAAAAAA*CTGTTGTGGAATGTAAAAAAAATGTGATGAGACTGAATCTTACAAAA
AGAATGCAGCTT*CCATAGTTGCATACCTAAACCAATCCACACTCCTTTATTGCTGAGAT
GACAATCTAAACAAAACTGTTGTTCCTGATGAGAAACTATTATACTAAAGTAAAAGGCTT
ATCAACTTTCCATGAAAACTCTCGATCTTCTTTCTCTCTTAAGCTATGTCAAGTCCTTTA
AACGAAGGAGACAAACGAACTGTGCCACGGCCACGTTGCTGGAAACTAACTTCACCGCTG
TTACTACTCGTCTGCTCATACTTGTTCCTGCAAGCTGGGCAACGTCCATCGTTTTCGTTG
ATCTGCTTATGGCAGAAGAGACATAGCCGAAAGCCGCAAGGACACGGTAAGAAGCTTAGA
TCCGTTGCATCCATCTCTTCAGAGCAAATAGGACATTCACTTATCTCGTCACCACCACCA
CCTTCTTTCTTCTGATCAGACTTCTTCTTCTTATTTTTTCTACCGACATTACGATGAATC
ATCGCCTTCTCTGGTAAATCTTCTTGCTTGCACTTGTCTTTATTGTTCTTTCTACTGTCG
ACTCTGTGATGATGATGAACCGCTTTTTCTGGTGAAGCTTCTTGCTTGCAGCACTTGTCT
TTATGAGAAGAAGACTTCTTCCTCTGGCTATCTTCATGCTGTAAAGTCCCTTCGCTCTCA
AAGCTG


BQ
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 25 
50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1A327TF U 1
AF RR1DD13TF U 1
AF RR1DD13JQ C 90
AF RR1GE88TF U 4
AF RR1HA29TF U 4
AF RR1AQ46JQ C 38
AF RR1GE88JQ C 221
AF RR1HA29JQ C 494
AF RR1AQ46TF U 38
AF RR1A327JQ C 167
AF RR1F357JQ U 680
BS 1 454 RR1A327TF
BS 455 547 RR1DD13TF
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BS 558 694 RR1GE88TF
BS 695 695 RR1AQ46TF
BS 696 720 RR1GE88TF
BS 721 721 RR1AQ46TF
BS 722 723 RR1GE88TF
BS 724 724 RR1AQ46TF
BS 725 751 RR1GE88TF
BS 752 754 RR1AQ46TF
BS 755 1386 RR1F357JQ

RD RR1A327TF 454 0 0
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ATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTG

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DS 

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CCAATGGCGTTCTCAACGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGAGGATCTCCTCTTCA
CTGCCACTTTCTTCTAGAAGATTCTCTCTTCGATCTCAGACTCAGTTCAGAGTCAAAGCA
GAGGCAGAGAATGAGAAACAGAGCACACAGACTAAATCCGAAGGGGAAGCAGCTTCACCA
GCTTCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAGCCAGTTTACTCGATGAAGAAGGGT
CAAATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTACCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTGGT
CATCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGCGAGGTTCTGGAC
ATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAACCGCA
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TAGAGTCTACAAGTCTC

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DS 

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CAAGAAGCCAGTTTACTCGATGAAGAAGGGTCAAATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTA
CCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTGGTCATCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTA
CATCTATGAAGATCGCGGCGAGGTTCTGGACATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGC
CCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAACCGCACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCAT
CAAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCGACTATAGAGTCTACAAGTCTCCAAGAAGAATGC
AACTGATACGATGGGTTGTGAGATGAATGATAACACAATGGAACCACCATGATCATGTCA
AGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTTACCGCAGTCAAAAAAA*ATGTTGTGGAATGTAA
AAAAA*TGTGATGAGACTGAATCTTAC

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DS 

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GG
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GGCGTTCTCAACGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGAGGATCTCCTCTTCACTGCC
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AGAGAATGAGAAACAGAGCACACAGACTAAATCCGAAGGGGAAGCAGCTTCACCAGCTTC
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CGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTACCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTGGTCATCC
ACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGCGAGGTTCTGGACATTCG
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TCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGATGGGTTGTGAGATGAATGATAACAC
AATGGAACCACCATGATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTTACCGCAGTC
AAAAAAA*CTGTTGTGGAATGTAAAAAAA*TGTGATGAGACTGAATCTTACAAAA*GAGT
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CC

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DS 

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GG
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GGCGTTCTCAACGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGAGGATCTCCTCTTCACTGCC
ACTTTCTTCTAGAAGATTCTCTCTTCGATCTCAGACTCAGTTCAGAGTCAAAGCAGAGGC
AGAGAATGAGAAACAGAGCACACAGACTAAATCCGAAGGGGAAGCAGCTTCACCAGCTTC
AACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAGCCAGTTTACTCGATGAAGAAGGGTCAAAT
CGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTACCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTGGTCATCC
ACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGCGAGGTTCTGGACATTCG
CGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAACCGCACCGGC
TTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCGACTATAGAG
TCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGATGGGTTGTGAGATGAATGATAACAC
AATGGAACCACCATGATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTTACCGCAGTC
AAAAAAA*CTGTTGTGGAATGTAAAAAAA*TGTGATGAGACTGA*TCTTACAAAA*GAGT
GCAGCTT*C*ATAGTTGCATAC
T

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DS 

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GG
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TGGGTTGGTATCCCAACCGCACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAG
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G

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ATCGCGGCGAGGTTCTGGACATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGAT
GGGTTGGTATCCCAACCGCACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGA
AACTTGTTTACGAGCGACTATAGAGTCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGA
TGGGTTGTGAGATGAATGATAACACAATGGAACCACCATGATCATGTCAAGAGTTTTACA
ATGTATCAAATGAGTTACCGCAGTCAAAAAAAACTGTTGTGGAATGTAAAAAAAATGTGA
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DS 

RD RR1HA29JQ 261 0 0
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CTGTTGTGGAATGTAAAAAAAATGTGATGAGACTGAATCTTACAAAAAGAGTGCAGCTT*
CCATAGTTGCATACCTAAACC

QA 1 261 1 261
DS 

RD RR1AQ46TF 718 0 0
GG
GAAATTTTCTTGGTGGTCTCTCCAATGGCGTTCTCAACGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCT
CTTTCGAGGATCTCCTCTTCACTGCCACTTTCTTCTAGAAGATTCTCTCTTCGATCTCAG
ACTCAGTTCAGAGTCAAAGCAGAGGCAGAGAATGAGAAACAGAGCACACAGACTAAATCC
GAAGGGGAAGCAGCTTCACCAGCTTCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAGCCA
GTTTACTCGATGAAGAAGGGTCAAATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTACCTCAACAGC
ATCAATTACTTATCAGTTGGTCATCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAA
GATCGCGGCGAGGTTCTGGACATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGA
TGGGTTGGTATCCCAACCGCACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAG
AAACTTGTTTACGAGCGACTATAGAGTCCACAAGTCTCCAAGAAGAACGCAACTGATACG
ATGGGTTGTGAGATGAATGATAACACAATGGAACCACCATGATCATGTCAAGAGTTTTAC
AATGTATCAAATGAGTTACCGCAGTCAAAAAAA*CTGTTGTGGAATGTAAAAAAAATGTG
ATGAGACTGAATCTTACAAAAAGAATGCAGCTT*CCATAGTTGCATACCTAAACC
G

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DS 

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TCAGAGTCAAAGCAGAGGCAGAGAATGAGAAACAGAGCACACAGACTAAATCCGAAGGGG
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ACTTATCAGTTGGTCATCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCG
GCGAGGTTCTGGACATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTG
GTATCCCAACCGCACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGAAACTTG
TTTACGAGCGACTATAGAGTCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGATGGGTT
GTGAGATGAATGATAACACAATGGAACCACCATGATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTAT
CAAATGAGTTACCGCAGTCAAAAAAA*CTGTTGTGGAATGTAAAAAAAATGTGATGAGAC
TGAATCTTACAAAAAGAATGCAGCTT*CCATAGTTGCATACC
C

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DS 

RD RR1F357JQ 707 0 0
GGTATGTA
AAAAAAAATGTGATGAGACCGAATCTTACAAAAAGAATGCAGCTTTCCATAGTTGCATAC
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GATGAGAAACTATTATACTAAAGTAAAAGGCTTATCAACTTTCCATGAAAACTCTCGATC
TTCTTTCTCTCTTAAGCTATGTCAAGTCCTTTAAACGAAGGAGACAAACGAACTGTGCCA
CGGCCACGTTGCTGGAAACTAACTTCACCGCTGTTACTACTCGTCTGCTCATACTTGTTC
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CGAAAGCCGCAAGGACACGGTAAGAAGCTTAGATCCGTTGCATCCATCTCTTCAGAGCAA
ATAGGACATTCACTTATCTCGTCACCACCACCACCTTCTTTCTTCTGATCAGACTTCTTC
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TTGCACTTGTCTTTATTGTTCTTTCTACTGTCGACTCTGTGATGATGATGAACCGCTTTT
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CTATCTTCATGCTGTAAAGTCCCTTCGCTCTCAAAGCTG

QA 9 707 9 707
DS 



CO CL109Contig2 711 3 7 U
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TCCAATGGCTTTCTCAGCGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGACAATCTCCTCTTC
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AATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTATCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTGGTCA
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TCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAACCGCACC
GGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCGAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCTACTATA
GAGTCCACAAGTCTACAAGAAGAATGCAACTGATGGGTTCTGAGATGAATGATAACAATG
TAACCACCATGATCATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTTACCGTAGTAA
AAAAAAACTGTTGTGGTATGTAAAAAAAAATGTGATGAGACCGAATCTTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1BY26JQ C 1
AF RR1BY26TF U 1
AF RR1AC92TF U 40
BS 1 453 RR1BY26TF
BS 454 454 RR1AC92TF
BS 455 666 RR1BY26TF
BS 667 667 RR1AC92TF
BS 668 689 RR1BY26TF
BS 690 690 RR1AC92TF
BS 691 711 RR1BY26TF

RD RR1BY26JQ 711 0 0
GGATTGCGGTCTTATCCCAAACTCCCAACAAAACACAGATAAATTTTGCGTGGTGGTCTC
TCCAATGGCTTTCTCAGCGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGACAATCTCCTCTTC
ACTGCCACTTTCTTCTAGAAGCTTCCCTCTTCGATCTCAGACTCAGTTTAGGGTCAAAGC
AGAGACAGAGAATGAGAAACAGAGCACACAGACTAAATCCGAAGGGGAAGCTTCACCAGC
TCCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAACCAGTTTACTCGATGAAGAAGGGTCA
AATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTATCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTGGTCA
TCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGCGAGGTTCTGGACAT
TCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAACCGCACC
GGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCGAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCTACTATA
GAGTCCACAAGTCTACAAGAAGAATGCAACTGATGGGTTTTGAGATGAATGATAACAATG
TAACCACCATGATCATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTTACCGTAGTAA
AAAAAAACTGTTGTGGTATGTAAAAAAAAATGTGATGAGACCGAATCTTAC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1BY26TF 711 0 0
GGATTGCGGTCTTATCCCAAACTCCCAACAAAACACAGATAAATTTTGCGTGGTGGTCTC
TCCAATGGCTTTCTCAGCGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGACAATCTCCTCTTC
ACTGCCACTTTCTTCTAGAAGCTTCCCTCTTCGATCTCAGACTCAGTTTAGGGTCAAAGC
AGAGACAGAGAATGAGAAACAGAGCACACAGACTAAATCCGAAGGGGAAGCTTCACCAGC
TCCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAACCAGTTTACTCGATGAAGAAGGGTCA
AATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTATCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTGGTCA
TCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGCGAGGTTCTGGACAT
TCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGT*GGATGGGTTGGTATCCCAACCGCACC
GGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCGAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCTACTATA
GAGTCCACAAGTCTACAAGAAGAATGCAACTGATGGGTTCTGAGATGAATGATAACAATG
TAACCACCATGATCATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTTACCGTAGTAA
AAAAAA*CTGTTGTGGTATGTAAAAAAAA*TGTGATGAGACCGAATCTTAC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1AC92TF 672 0 0
GAAATTTTGCG
TGGTGGTCTCTCCAATGGCTTTCTCAGCGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGACAA
TCTCCTCTTCACTGCCACTTTCTTCTAGAAGCTTCCCTCTTCGATCTCAGACTCAGTTCA
GGGTCAAAGCCGAGACAGAGAATGAGAAACAGAGCACACAGACTAAATCCGAAGGGGAAG
CTTCACCAGCTCCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAACCAGTTTACTCGATGA
AGAAGGGTCAAATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTATCTCAACAGCATCAATTACTTAT
CAGTTGGTCATCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGCGAGG
TTCTGGACATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCC
CAACCGCACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGAAACTTGTTTACG
AGCGACTATAGAGTCCACAAGTCTACAAGAAGAATGCAACTGATGGGTTCTGAGATGAAT
GATAACAATGTAACCACCATGATCATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTT
ACCGTAGTAAAAAAAAACTGTTGTGGTATGTAAAAAAAAATGTGATGAGACCGAATCTTA
C

QA 12 672 12 672
DS 



AS 2 13

CO CL110Contig1 916 9 10 U
GGCCACTCCTTCTCGCCTCCGTCGCTCATCTTCAAGTCTCCTTGTAACTCAGTGAAAAAG
GTTCGAGCTTTTAGAGAATAATGGCTGCCTTCCCAAACCTTAACACTGAAGCTGGATTGA
AGAAGCTCGATGAGCATCTTCTCACTCGCAGTTACATCACTGGGTACCAGGCTTCCAAGG
ATGATATCACTGTCTTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTATGTGAACGCTT
CTCGTTGGTACAACCACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCGGAGGGAA
GTGGTGTCATTGTTGAGGGATCAGCCCCAGTTGCGGAAGAGACTATTGCTACTCCCCCTG
CAGCTGATTCCAAGGATGCTGCTGATGAAGAGGATGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTG
AGGAGACAGAGGAGGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCCA
CAAAGAAGAAGGAATCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATG
AGACTGACATGAAGAAACTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGACTATTCT
GGGGAGCATCAAAGCTTGTCCCGGTTGGTTACGGTATCAAGAAGTTGCAGATCATGTGCA
CCATAGTTGACGACCTCGTCTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGC
CAATCAATGAGTTTGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTCAACAAAATCTGAGGATGGC
ATCTTTGCTTTTGAGGAAGCGCTCATGCAATCTGATTATTGTTTCCAAGTTTCTTGTGGA
CTCATGTTTTTGATTTTGCTATGGTTTGCCGTTTCTCCTGTTTAATTTTGATATTTATGA
AGAAGACAGTTTCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 5 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GZ02TFB U 13
AF RR1G712TF U 11
AF RR1C966TF U 4
AF RR1FX62TF U 11
AF RR1C089TF U 13
AF RR1A093TF U 1
AF RR1A093JQ C 110
AF RR1FX62JQ C 120
AF RR1G712JQ C 255
BS 1 58 RR1A093TF
BS 59 59 RR1C966TF
BS 60 332 RR1A093TF
BS 333 333 RR1C966TF
BS 334 767 RR1A093TF
BS 768 768 RR1A093JQ
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BS 776 816 RR1A093TF
BS 817 916 RR1A093JQ

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GG
GCCTCCGTCGCTCATCTTCAAGTCTCCTTGTAACTCAGTGAAAAAGGTTCGAGCTTTTAG
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CATCTTCTCACTCGCAGTTACATCACTGGGTACCAGGCTTCCAAGGATGATATCACTGTC
TTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTATGTGAACGCTTCTCGTTGGTACAAC
CACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCGGAGGGAAGTGGTGTCATTGTT
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GATGCTGCTGATGAAGAGGATGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACAGAGGAG
GAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCCACAAAGAAGAAGGAA
TCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATGAAG
AAACTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGACTATTCTGGGGAGCA

QA 3 596 3 596
DS 

RD RR1G712TF 618 0 0
G
CTCGCCTCCGTCGCTCATCTTCAAGTCTCCTTGTAACTCAGTGAAAAAGGTTCGAGCTTT
TAGAGAATAATGGCTGCCTTCCCAAACCTTAACACTGAAGCTGGATTGAAGAAGCTCGAT
GAGCATCTTCTCACTCGCAGTTACATCACTGGGTACCAGGCTTCCAAGGATGATATCACT
GTCTTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTATGTGAACGCTTCTCGTTGGTAC
AACCACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCGGAGGGAAGTGGTGTCATT
GTTGAGGGATCAGCCCCAGTTGCGGAAGAGACTATTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCC
AAGGATGCTGCTGATGAAGAGGATGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACAGAG
GAGGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCCACAAAGAAGAAG
GAATCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATG
AAGAAACTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAG*ACTATTCTGGGGAGCATCA
AAGCTTGTCCCGGTTGG

QA 2 618 2 618
DS 

RD RR1C966TF 717 0 0
GGACTCCT
CTCGCCTCCGTCGTTCATCTTCAAGTCTCCTTGTAACTCAGTGAAAAAGGTTCGAGCTTT
TAGAGAATAATGGCTGCCTTTCCAAACCTTAACACTGAAGCTGGATTGAAGAAGCTCGAT
GAGCATCTTCTCACTCGCAGTTACATCATTGGGTACCAGGCTTCCAAGGATGATATCACT
GTCTTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTATGTGAACGCTTCTCGTTGGTAC
AACCACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCGGAGGGAAGTGGTGTCATT
GTTGAGGGATCAGCCCCAGTTGCGGAAGAGACTATTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCC
AAGGATGCTGCTGATGAAGAGGATGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACAGAG
GAGGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCCACAAAGAAGAAG
GAATCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATG
AAGAAACTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGACTATTCTGGGGAGCATCA
AAGCTTGTCCCGGTTGGTTACG*TATCAAGAAGTTGCAGATCATGTGCACCATAGTTGAC
GACCTCGTCTCTGT*GACACCATGATTGA*GAGACGCTCACCGTCGAGC

QA 9 717 9 717
DS 

RD RR1FX62TF 726 0 0
G
CTCGCCTCCGTCGCTCATCTTCAAGTCTCCTTGTAACTCAGTGAAAAAGGTTCGAGCTTT
TAGAGAATAATGGCTGCCTTCCCAAACCTTAACACTGAAGCTGGATTGAAGAAGCTCGAT
GAGCATCTTCTCACTCGCAGTTACATCACTGGGTACCAGGCTTCCAAGGATGATATCACT
GTCTTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTATGTGAACGCTTCTCGTTGGTAC
AACCACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCGGAGGGAAGTGGTGTCATT
GTTGAGGGATCAGCCCCAGTTGCGGAAGAGACTATTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCC
AAGGATGCTGCTGATGAAGAGGATGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACAGAG
GAGGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCCACAAAGAAGAAG
GAATCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATG
AAGAAACTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGACTATTCTGGGGAGCATCA
AAGCTTGTCCCGGTTGGTTGCGGTATCAAGAAGTTGCAGATCTTGTGCACCATAGTTGAC
GACCTCGTCTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGCCAATCAATGAG
TTTGT

QA 2 726 2 726
DS 

RD RR1C089TF 734 0 0
GG
GCCTCCGTCGCTCATCTTCAAGTCTCCTTGTAACTCAGTGAAAAAGGTTCGAGCTTTTAG
AGAATAATGGCTGCCTTCCCAAACCTTAACACTGAAGCTGGATTGAAGAAGCTCGATGAG
CATCTTCTCACTCGCAGTTACATCACTGGGTACCAGGCTTCCAAGGATGATATCACTGTC
TTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTATGTGAACGCTTCTCGTTGGTACAAC
CACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCGGAGGGAAGTGGTGTCATTGTT
GAGGGATCAGCCCCAGTTGCGGAAGAGACTATTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCCAAG
GATGCTGCTGATGAAGAGGATGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACAGAGGAG
GAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGGGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCCACAAAGAAGAAGGAA
TCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATGAAG
AAACTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGACTATTCTGGGGAGCATCAAAG
CTTGTCCCGGTTGGTTACGGTATCAAGAAGTCGCAGATCATGTGCACCATAGTTGACGAC
CTCGTCTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGCCAATCAATGAGTTT
GTCCAGAGCTGT

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR1A093TF 816 0 0
GGCCACTCCTTCTCGCCTCCGTCGCTCATCTTCAAGTCTCCTTGTAACTCAGTGAAAA*G
GTTCGAGCTTTTAGAGAATAATGGCTGCCTTCCCAAACCTTAACACTGAAGCTGGATTGA
AGAAGCTCGATGAGCATCTTCTCACTCGCAGTTACATCACTGGGTACCAGGCTTCCAAGG
ATGATATCACTGTCTTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTATGTGAACGCTT
CTCGTTGGTACAACCACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCGGAGGGAA
GTGGTGTCATTGTTGAGGGATCAGCCCCAGTTACGGAAGAGACTATTGCTACTCCCCCTG
CAGCTGATTCCAAGGATGCTGCTGATGAAGAGGATGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTG
AGGAGACAGAGGAGGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCCA
CAAAGAAGAAGGAATCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATG
AGACTGACATGAAGAAACTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGACTATTCT
GGGGAGCATCAAAGCTTGTCCCGGTTGGTTACGGTATCAAGAAGTTGCAGATCATGTGCA
CCATAGTTGACGACCTCGTCTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGC
CAATCAATGAGTTTGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTCAACAAA*TCTGAG*ATGGC
ATCTTTGCTTTTGAGGAAGCGCTCATGCAATCTGAT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1A093JQ 807 0 0
AGCTGGATTGAAGAAGCTCGATGAGCATCTTCTCACTCGCAGTTACATCACTGGGTACCA
GGCTTCCAAGGATGATATCACTGTCTTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTA
TGTGAACGCTTCTCGTTGGTACAACCACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTC
TGCGGAGGGAAGTGGTGTCATTGTTGAGGGATCAGCCCCAGTTACGGAAGAGACTATTGC
TACTCCCCCTGCAGCTGATTCCAAGGATGCTGCTGATGAAGAGGATGATGATGATGTTGA
CCTTTTTGGTGAGGAGACAGAGGAGGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCTGT
AAAGGCATCCACAAAGAAGAAGGAATCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCC
ATGGGATGATGAGACTGACATGAAGAAACTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGA
AGGACTATTTTGGGGAGCATCAAAGCTTGTCCCGGTTGGTTACGGTATCAAGAAGTTGCA
GATCATGTGCACCATAGTTGACGACCTCGTCTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCT
CACCGTCGAGCCAATCAATGAGTTTGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTCAACAAAAT
CTGAGGATGGCATCTTTGCTTTTGAGGAAGCGCTCATGCAATCTGATTATTGTTTCCAAG
TTTCTTGTGGACTCATGTTTTTGATTTTGCTATGGTTTGCCGTTTCTCCTGTTTAATTTT
GATATTTATGAAGAAGACAGTTTCGTT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1FX62JQ 797 0 0
AAGAAGCTCGATGAGCATCTTCTCACTCGCAGTTACATCACTGGGTACCAGGCTTCCAAG
GATGATATCACTGTCTTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTATGTGAACGCT
TCTCGTTGGTACAACCACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCGGAGGGA
AGTGGTGTCATTGTTGAGGGATCAGCCCCAGTTGCGGAAGAGACTATTGCTACTCCCCCT
GCAGCTGATTCCAAGGATGCTGCTGATGAAGAGGATGATGATGATGTTGACCTTTTTGGT
GAGGAGACAGAGGAGGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCC
ACAAAGAAGAAGGAATCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGAT
GAGACTGACATGAAGAAACTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGACTATTC
TGGGGAGCATCAAAGCTTGTCCCGGTTGGTTGCGGTATCAAGAAGTTGCAGATCTTGTGC
ACCATAGTTGACGACCTCGTCTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAG
CCAATCAATGAGTTTGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTCAACAAAATCTGAGGATGG
CATCTTTGCTTTTGAGGAAGCGCTCATGCAATCTGATTATTGTTTCCAAGTTTCTTGTGG
ACTCATGTTTTTGATTTTGCTATGGTTTGCCGTTTCTCCTGTTTAATTTTGATATTTATG
AAGAAGACAGTTTCGTT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1G712JQ 662 0 0
CACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCGGAGGGAAGTGGTGTCATTGTT
GAGGGATCAGCCCCAGTTGCGGAAGAGACTATTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCCAAG
GATGCTGCTGATGAAGAGGATGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACAGAGGAG
GAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCCACAAAGAAGAAGGAA
TCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATGAAG
AAACTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGACTATTCTGGGGAGCATCAAAG
CTTGTCCCGGTTGGTTGCGGTATCAAGAAGTTGCAGATCTTGTGCACCATAGTTGACGAC
CTCGTCTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGCCAATCAATGAGTTT
GTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTCAACAAAATCTGAGGATGGCATCTTTGCTTTTGA
GGAAGCGCTCATGCAATCTGATTATTGTTTCCAAGTTTCTTGTGGACTCATGTTTTTGAT
TTTGCTATGGTTTGCCGTTTCTCCTGTTTAATTTTGATATTTATGAAGAAGACAGTTTCG
TT

QA 1 662 1 662
DS 



CO CL110Contig2 804 4 3 U
GACATCACTGTCTTTACAGCTCTTGCAAAGCCCCCAACTTCACAGTATGTCAACGAATCT
CGTTGGTACAGCCACATCGATGCCCTCTTGAGGATCTCTGGTGTCTCTGCTGAAGGAAGC
GGTGTCATTGTTGAGGGATCAGCCCCCGTCTCAGAGGAGGCTGTTGCTACTCCACCAGCA
GCTGATTCTAAGGATGCGGCTGATGAGGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGTGAG
GAGACCGAAGAGGAGAAGAAAGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCCGTGAAGGCATCTACT
AAGAAGAAGGAATCTGGAAAGTCATCAGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAG
ACTGACATGAAGAAGCTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAGGGATTATTCTGG
GGAGCGTCAAAGCTTGTACCGGTTGGTTACGGTATCAAGAAGTTGCAGATCATGTGCACC
ATTGTTGACGACCTCGTCTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGCCA
ATCAATGAGTTTGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTTAACAAAATCTGAGGATGGATA
AAAGAGTTCCAAGGATGGATGGCCTTTGTGTGTTTTGATTTTTGAAGTTTCCTGTGTTTT
CTACTGTTGTTTTGATTCTGATATCTGAATAATTTTGATGCTTATGCAATACAGTGTTTT
CTTTATTTCTCAAATTTAGTAAACTTCTCATTAAATTATCTGTGAGGATTGGTTTGAACA
TAGAAAAGCCTCTCGAGGATTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C887JQ C 125
AF RR1DU01TF U 470
AF RR1C887TF U 125
AF RR1F720JQ C 1
BS 1 125 RR1F720JQ
BS 126 729 RR1C887TF
BS 730 804 RR1F720JQ

RD RR1C887JQ 447 0 0
G
CATTGTTGAGGGATCAGCCCCCGTCTCAGAGGAGGCTGTTGCTACTCCACCAGCAGCTGA
TTCTAAGGATGCGGCTGATGAGGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGTGAGGAGAC
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GAAGGAATCTGGAAAGTCATCAGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAGACTGA
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TGACGACCTCGTTTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGCCAATCAA
TGAGTTTGTCCAGAGTTGTGACATTG

QA 2 447 2 447
DS 

RD RR1DU01TF 248 0 0
G
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CGTCGAGCCAATCAATGAGTTTGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTTAACAAAATCTG
AGGATGGATAAAAGAGTTCCAAGGATGGATGGCCTTTGTGTGTTTTGATTTTTGAAGTTT
CCTGTGTTTTCTACTGTTGTTTTGATTCTGATATCTGAATAATTTTGATGCTTATGCAAT
ACAGTGT

QA 2 248 2 248
DS 

RD RR1C887TF 607 0 0
G
CATTGTTGAGGGATCAGCCCCCGTCTCAGAGGAGGCTGTTGCTACTCCACCAGCAGCTGA
TTCTAAGGATGCGGCTGATGAGGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGTGAGGAGAC
CGAAGAGGAGAAGAAAGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCCGTGAAGGCATCTACTAAGAA
GAAGGAATCTGGAAAGTCATCAGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAGACTGA
CATGAAGAAGCTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAGGGATTATTCTGGGGAGC
GTCAAAGCTTGTACCGGTTGGTTACGGTATCAAGAAGTTGCAGATCATGTGCACCATTGT
TGACGACCTCGTCTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGCCAATCAA
TGAGTTTGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTTAACAAAATCTGAGGATGGATAAAAGA
GTTCCAAGGATGGATGGCCTTTGTGTGTTTTGATTTTTGAAGTTTCCTGTGTTTTCTACT
GTTGTTTTGATTCTGATATCTGAATAATTTTGATGCTTATGCAATACAGTGTTTTCTTTA
TTTC
CC

QA 2 605 2 605
DS 

RD RR1F720JQ 804 0 0
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CGTTGGTACAGCCACATCGATGCCCTCTTGAGGATCTCTGGTGTCTCTGCTGAAGGAAGC
GGTGTCATTGTTGAGGGATCAGCCCCCGTCTCAGAGGAGGCTGTTGCTACTCCACCAGCA
GCTGATTCTAAGGATGCGGCTGATGAGGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGTGAG
GAGACCGAAGAGGAGAAGAAAGCTGCTGAAGAGAGAGCTGCTTCCGTGAAGGCATCTACT
AAGAAGAAGGAATCTGGAAAGTCATCAGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAG
ACTGACATGAAGAAGCTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGATTATTCTGG
GGAGCGTCAAAGCTTGTACCGGTTGGTTACGATATCAAGAAGTTGCAGATCATGTGCACC
ATTGTTGACGACCTCGTCTCTGTTGACACCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGCCA
ATCAATGAGTTTGTCCAGAGCTGTTACATTGTTGCTTTTAACAAAATCTGAGGATGGATA
AAAGAGTTCCAAGGATGGATGGCCTTTGTGTGTTTTGATTTTTGAAGCTTCCTGTGTTTT
CTACTGTTGTTTTGATTCTGATATCTGAATAATTTTGATGCTTATGCAATACAGTGTTTT
CTTTATTTCTCAAATTTAGTAAACTTCTCATTAAATTATCTGTGAGGATTGGTTTGAACA
TAGAAAAGCCTCTCGAGGATTATT

QA 1 804 1 804
DS 



AS 2 15

CO CL111Contig1 915 9 2 U
GAGATAAATGGATATGAAATTTGTAATATATATAATGAAAAGTTCAATGGTATGGAGATA
TTACAATAAAAATTTTACTTTACTAACAAAGCTCAACTAACTACACACAATAATACAGAG
GAATTTTTACTCTCTCTGACTTCTTCAATCTTTGATCCTTCTCATTACCAAACTAAGATA
TAGCTAGAAAATAATATAAAATTCATATCTCAGAATAACAAACACTCAAACGGTTACAGG
AAAAAGAAGTATTATTCGTGGTAAAAGAACGAAAAAAGAAGAAGAACATATTATTATTAT
GACCTTTTGCTCCATTGGAGTCGCTCGAATGAATGCTTATCTGAGAACTCTGTTTGAGCT
AAGGACGAAATGTTCTTCACCTCCTGCAATGGTAGAGTGAAGTCTGCCGGCAGCCCATCC
ATTGTTGAGCATCCGAGCAGGATCACCGGTGACACGGCTTTCTTCAGCACGTGTTTCGAA
CTCAGGAAGGCCATTGGCTTTCCTTTCTCTCCTAGTCTTCCTCTCCTCGTCTCTTTCTTT
CCTCAACCAACTCTCAACAGTTCTCATCAATGACTTCTTGCTTGTTTCCTTCACTTTCTC
CATTGGCATAGCTAATTGCAACTTCCCGTTTGCTACATACACAATGTGAGTAGGCCAATC
CTCAAGACCATCGAAAATATGAGTGGCGTAGATAATGGTAGCTCCTCGTTCTTGGCATTC
CTTTCTCAGAAATGTCAAAAGATCGGCTCTGGCGAGAACGTCAAGATCAACAGTGATTTC
ATCCAAAAGGAGAACCTTGAAAGGCTTGAGGAGTCCCATACAAATCTGGACGCGTCTTCT
CTGGCCATCAGAGACCTTGTGCAATCTCCATGAGATATCAATATCCAACACCTTGATAAG
TTCAGCTCTTCTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 55 55 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR32JQ U 102
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AF RR1BP14TF C 531
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AF RR1C417JQ U 10
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GTCTGCCGGCAGCCCATCCATTGTTGAGCATCCGAGCAGGATCACCGGTGACACGGCTTT
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TCTCCTCGTCTCTTTCTTTCCTCAACCAACTCTCAACAGTTCTCATCAATGACTTCTTGC
TTGTTTCCTTCACTTTCTCCATTGGCATAGCTAATTGCAACTTCCCGTTTGCTACATACA
CAATGTGAGTAGGCCAATCCTCAAGACCATCGAAAATATGAGTGGCGTAGATAATGGTAG
CTCCTCGTTCTTGGCATTCCTTTCTCAGAAATG

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DS 

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CTTCAATCTTTGATCCTTCTCATTACCAAACTAAGATATAGCTAGAAAATAATATAAAAT
TCATATCTCAGAATAACAAACACTCAAACGGTTACAGGAAAAAGAAGTATTATTCGTGGT
AAAAGAACGAAAAAAGAAGAAGAACATATTATTATTATGACCTTTTGCTCCATTGGAGTC
GCTCGAATGAATGCTTATCTGAGAACTCTGTTTGAGCTAAGGACGAAATGTTCTTCACCT
CCTGCAATGGTAGAGTGAAGTCTGCCGGCAGCCCATCCATTGTTGAGCATCCGAGCAGGA
TCACCGGTGACACGGCTTTCTTCAGCACGTGTTTCGAACTCAGGAAGGCCATTGGCTTTC
CTTTCTCTCCTAGTCTTCCTCTCCTCGTCTCTTTCTTTCCTCAACCAACTCTCAACAGTT
CTCACCAATGACTTCTTGCTTGTTTCCTTCACTTTCTCCATTGGCATAGCTAATTGCAAC
TTCCCGTTTGCTACATACACAATGTGAGTAGGCCAATCCTCAAGACCATCGAAAATATGA
GTGGCGTAGATAATGGTAGCTCCTCGTTCTTGGCATTCCTTTC

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DS 

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TCACTTTCTCCATTGGCATAGCTAATTGCAACTTCCCGTCTGTTACATACACAATGTGAG
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CTTGGCATTCCTTTCTCAGAAATGTCAAAAGATCGGCTCTGGCGAGAACGTCAAGATCAA
CAGTGATTTCATCCAAAAGGAGAACCTTGAAAGGCTTG
C

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DS 

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G
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GGACGAAATGTTCTTCACCTCCTGCAATGGTAGAGTGAAGTCTGCCGGCAGCCCATCCAT
TGTTGAGCATCCGAGCAGGATCACCGGTGACACGGCTTTCTTCAGCACGTGTTTCGAACT
CAGGAAGGCCATTGGCTTTCCTTTCTCTCCTAGTCTTCCTCTCCTCGTCTCTTTCTTTCC
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CCAAAAGGAGAACCTTGAAAGG

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DS 

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CGCTG
GAAAATAATATAAAATTCATATCTCAAAATAACAAACACTCAAACGGTTACAGGAAAAAG
AAGTATTATTCGTGGTAAAAGAACAAAAAAAGAAGAAGAACATATTATTATTATGACCTT
TTGCTCCATTGGAGTCGCTCGAGTGAATGCTTATCTGAGAACTCTGTTTGAGCTAAGGAC
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GAGCATCCGAGCAGGATCACCGGTGACACGGCTTTCTTCAGCACGTGTTTCGAACTCAGG
AAGGCCATTGGCTTTCCTTTCTCTCCTAGTCTTCCTCTCCTCGTCTCTTTCTTTCCTCAA
CCAACTCTCAACAGTTCTCATCAATGACTTCTTGCTTGTTTCCTTCACTTTCTCCATTGG
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ACCATCGAAAATATGAGTGGCGTAGATAATGGTAGCTCCTCGTTCTTGGCATTCCTTTCT
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AAGGAGAACCTTGAAAGGCTTGAGGAGTCCCATACAAATCTGGACGCG

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DS 

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GCTAGAAAATAATATAAAATTCATATCTCAAAATAACAAACACTCAAACGGTTACAGGAA
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CAGGAAGGCCATTGGCTTTCCTTTCTCTCCTAGTCTTCCTCTCCTCGTCTCTTTCTTTCC
TCAACCAACTCTCAACAGTTCTCATCAATGACTTCTTGCTTGTTTCCTTCACTTTCTCCA
TTGGCATAGCTAATTGCAACTTCCCGTTTGCTACATACACAATGTGAGTAGGCCAATCCT
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TTCTCAGAAATGTCAAAAGATCGGCTCTGGCGAGAACGTCAAGATCAACAGTGATTTCAT
CCA

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AGGACGAAATGTTCTTCACCTCCTGCAATGGTAGAGTGAAGTCTGCCGGCAGCCCATCCA
TTGTTGAGCATCCGAGCAGGATCACCGGTGACACGGCTTTCTTCAGCACGT**TTCGAAC
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TCAAGACCATCGAGAATATGAGTGGCGTAGATAATGGTAGCTCCTCGTTCTTGGCATTCC
TTTCTCAGAAATGTCAAAAGATCGGCTCTGGCGAGAACGTCAAGAACAACAGTGATTTCA
TCCAAAAGGAGAACCTTGAAAGGCTTGAGGAGTCCCATACAAATCTGGACGCGTCTTCTC
TGGCCATCAGAGACCTTGTGCAATCT

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DS 

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TAGCTAGAAAATAATATAAAATTCATATCTCAGAATAACAAACACTCAAACGGTTACAGG
AAAAAGAAGTATTATTCGTGGTAAAAGAACGAAAAAAGAAGAAGAACATATTATTATTAT
GACCTTTTGCTCCATTGGAGTCGCTCGAATGAATGCTTATCTGAGAACTCTGTTTGAGCT
AAGGACGAAATGTTCTTCACCTCCTGCAATGGTAGAGTGAAGTCTGCCGGCAGCCCATCC
ATTGTTGAGCATCCGAGCAGGATCACCGGTGACACGGCTTTCTTCAGCACGTGTTTCGAA
CTCAGGAAGGCCATTGGCTTTCCTTTCTCTCCTAGTCTTCCTCTCCTCGTCTCTTTCTTT
CCTCAACCAACTCTCAACAGTTCTCATCAATGACTTCTTGCTTGTTTCCTTCACTTTCTC
CATTGGCATAGCTAATTGCAACTTCCCGTTTGCTACATACACAATGTGAGTAGGCCAATC
CTCAAGACCATCGAAAATATGAGTGGCGTAGATAATGGTAGCTCCTCGTTCTTGGCATTC
CTTTCTCAGAAATGTCAAAAGATCGGCTCTGGCGAGAACGTCAAGATCAACAGTGATTTC
ATCCAAAAGGAGAACCTTGAAAGGCTTGAGGAGTCCCATACAAATCTGGACGCGTCTTCT
CTGGCCATCAGAGACCTTGTGCAATCTCCATGAGATATCAATATCCAACACCTTGATAAG
TTCAGCT

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DS 

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A
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AATTTTACTTTACTAACAAAGCTCAACTAACTACACACAATAATACAGAGGAATTTTTAC
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ATAATATAAAATTCATATCTCAGAATAACAAACACTCAAACGGTTACAGGAAAAAGAAGT
ATTATTCGTGGTAAAAGAACGAAAAAAGAAGAAGAACATATTATTATTATGACCTTTTGC
TCCATTGGAGTCGCTCGAATGAATGCTTATCTGAGAACTCTGTTTGAGCTAAGGACGAAA
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GAGAC*TTGTGCA*TCTCCATGAGATATCA*TATCCA*CACCTTGATAAGT*CAGCTCTT
CTCTG

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DS 



CO CL111Contig2 804 6 9 U
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GGGAAAACGACGATACTGAAGATATTGGGAGGGAAACACATGGTGGAGCCGCACATGGTT
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ATGGACATTTCTGCTGAGAAGATGATATTCGGAGTGGCTGGTATTGATCCTCAGAGAAGA
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GGCCAGAGAAGACGCGTCCAGATTTGTATGGGACTCCTCAAGCCTTTCAAGGTTCTCCTT
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TTGAGGAAAGAAAGAGACGAGGAG


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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RD RR1E979TF 713 0 0
GGGGAGGAAGTAGAAATGGAAGAGGAGAAGCGACATTCAACGGTGGAGATCTCTGGATTA
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GGGAAAACGACGATACTGAAGATATTGGGAGGGGAACACATGGTGGAGCCGCACATGGTT
AGGGTTCTTGGTCGATCTGCGTTTCACGACACCGGTTTGACATCTTCTGGTGATCTCTGC
TATCTCGGCGGCGAGTGGAGGCGTGATGTGGCATTTGCAGGATTTGAAGTTCCGATTCAA
ATGGACATTTCTGCTGAGAAGATGATATTCGGAGTGGCTGGTATTGATCCTCAGAGAAGA
GCTGAACTTATCAAGGTGTTGGATATTGATATCTCATGGAGATTGCACAAGGTCTCTGAT
GGCCAGAGAAGACGCGTCCAGATTTGTATGGGACTCCTCAAGCCTTTCAAGGTTCTCCTT
TTGGATGAAATCACTGTTGATCTTGACGTTCTCGCCAGAGCCGATCTTTTGACATTTCTG
AGAAAGGAATGCCAAGAACGAGGAGCTACCATTATCTACGCCACTCATATTTTCGATGGT
CTTGAGGATTGGCCTACTCACATTGTGTATGTAGCAAACGGGAAGTTGCAATT

QA 1 713 1 713
DS 

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CACGTATCCAGGAATCGACGGCCATCCACCACCGGGATCAAAACCGCTTATCGAGGATTT
CTCTCTGAAGCTCAATTCGAGCGAACGGTGTCTCCTCGTCGGATCCAATGGCGCCGGGAA
AACGACGATACTGAAGATATTGGGAGGGAAACACATGGTGGAGCCGCACATGGTTAGGGT
TCTTGGTCGATCTGCGTTTCACGACACCGGTTTGACATCTTCTGGTGATCTCTGCTATCT
CGGCGGCGAGTGGAGGCGTGATGTGGCATTTGCAGGATTTGAAGTTCCGATTCAAATGGA
CATTTCTGCTGAGAAGATGATATTCGGAGTGGCTGGTATTGATCCTCAGAGAAGAGCTGA
ACTTATCAAGGTGTTGGATATTGATATCTCATGGAGATTGCACAAGGTCTCTGATGGCCA
GAGAAGACGCGTCCAGATTTGTATGGGACTCCTCAAGCCTTTCAAGGTTCTCCTTTTGGA
TGAAATCACTGTTGTTCTTGACGTTCTCGCCAGAGCCGATCTTTTGACATTTCTGAGAAA
GGAATGCCAAGAACGAGGAGCTACCATTATCTACGCCACTCATATTCTCGATGGTCTTGA
GGATTGGCCTACTCACATTGTGTATGTAGC

QA 1 690 1 690
DS 

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GG
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TATCCAGGAATCGACGGCCATCCACCACCGGGATCAAAACCGCTTATCGAGGATTTCTCT
CCGAAGCTCAATTCGAGCGAACGGTGTCTCCTCGTCGGATCCAATGGCGCCGGGAAAACG
ACGATACTGAAGATATTGGGAGGGAAACACATGGTGGAGCCGCACATGGTTAGGGTTCTT
GGTCGATCTGCGTTTCACGACACCGGTTTGACATCTTCTGGTGATCTCTGCTATCTCGGC
GGCGAGTGGAGGCGTGATGTGGCATTTGCAGGATTTGAAGTTCCGATTCAAATGGACATT
TCTGCTGAGAAGATGATATTCGGAGTGGCTGGTATTGATCCTCAGAGAAGAGCTGAACTT
ATCAAGGTGTTGGATATTGATATCTCATGGAGATTGCACAAGGTCTCTGATGGCCAGAGA
AGACGCGTCCAGATTTGTATGGGACTCCTCAAGCCTTTCAAGGTTCTCCTTTTGGATGAA
ATCACTGTTGATCTTGACGTTCTCGCCAGAGCCGATCTTTTGACATTTCTGAGAAAGGAA
TGCCAAGAACGAGGAGCTACCATTATCTACGCCACTCATATTTTCGATGGTCTTGAGGAT
TGGCCTACTCACATTGTGTATGTAGCAAACGGGAAGTTG

QA 3 701 3 701
DS 

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GGGA
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CACGTATCCAGGAATCGACGGCCATCCACCACCGGGATCAAAACCGCTTATCGAGGATTT
CTCTCTGAAGCTCAATTCGAGCGAACGGTGTCTCCTCGTCGGATCCAATGGCGCCGGGAA
AACGACGATACTGAAGATATTGGGAGGGAAACACATGGTGGAGCCGCACATGGTTAGGGT
TCTTGGTCGATCTGCGTTTCACGACACCGGTTTGACATCTTCTGGTGATCTCTGCTATCT
CGGCGGCGAGTGGAGGCGTGATGTGGCATTTGCAGGATTTGAAGTTCCGATTCAAATGGA
CATTTCTGCTGAGAAGATGATATTCGGAGTGGCTGGTATTGATCCTCAGAGAAGAGCTGA
ACTTATCAAGGTGTTGGATATTGATATCTCATGGAGATTGCACAAGGTCTCTGATCGCCA
GAGAAGACGCGTCCAGATTTGTATGGGACTCCTCAAGCCTTTCAAGGTTCTCCTTTTGGA
TGAAATCACTGTTGATCTTGACGTTCTCGCCAGAGCCGATCTTTTGACATTTCTGAGAAA
GGAATGCCAAGAACGAGGAGTTACCATTATCTACGCCACTCATATTTTCGATGGTCTTGA
GGATTGGCCTACTCACATTGTGTATGTAGCAAACGGGAAGTTGCAATTAGCTATGCCAAT
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GGGT

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DS 

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GG
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GATACTGAAGATATTGGGAGGGAAACACATGGTGGAGCCGCACATGGTTAGGGTTCTTGG
TCGATCTGCGTTTCACGACACCGGTTTGACATCTTCTGGTGATCTCTGCTATCTCGGCGG
CGAGTGGAGGCGTGATGTGGCATTTGCAGGATTTGAAGTTCCGATTCAAATGGACATTTC
TGCTGAGAAGATGATATTCGGAGTGGCTGGTATTGATCCTCAGAGAAGAGCTGAACTTAT
CAAGGTGTTGGATATTGATATCTCATGGAGATTGCACAAGGTCTCTGATGGCCAGAGAAG
ACGCGTCCAGATTTGTATGGGACTCCTCAAGCCTTTCAAGGTTCTCCTTTTGGATGAAAT
CACTGTTGATCTTGACGTTCTCGCCAGAGCCGATCTCTTGACATTTCTGAGAAAGGAATG
CCAAGAACGAGGAGCTACCATTATCTACGCCACTCATATTTTCGATGGTCTTGAGGATTG
GCCTACTCACATTGTGTATGTAGCAAACGGGAAGTTGCAATTAGCTATGCCAATGGAGAA
AGTGA

QA 3 727 3 727
DS 

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GG
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CACGTATCCAGGAATCGACGGCCATCCACCACCGGGATCAAAACCGCTTATCGAGGATTT
CTCTCTGAAGCTCAATTCGAGCGAACGGTGTCTCCTCGTCGGATCCAATGGCGCCGGGAA
AACGACGATACTGAAGATATTGGGAGGGAAACACATGGTGGAGCCGCACATGGTTAGGGT
TCTTGGTCGATCTGCGTTTCACGACACCGGTTTGACATCTTCTGGTGATCTCTGCTATCT
CGGCGGCGAGTGGAGGCGTGATGTGGCATTAGCAGGATTTGAAGTTCCGATTCAAATGGA
CATTTCTGCTGAGAAGATGATATTCGGAGTGGCTGGTATTGATCCTCAGAGAAGAGCTGA
ACTTATCAAGGTGTTGGATATTGATATCTCATGGAGATTGCACAAGGTCTCTGATGGCCA
GAGAAGACGCGTCCAGATTTGTATGGGACTCCTCAAGCCTTTCAAGGTTCTCCTTTTGGA
TGAAATCACTGTTGATCTTGACGTTCTCGCCAGAGCCGATCTTTTGACATTTCTGAGAAA
GGAATGCCAAGAACGAGGAGCTACCATTATCTACGCCACTCATATTTTCGATGGTCTTGA
GGATTGGCCTACTCACATTGTGTATGTAGCAAACGGGAAGTTGCAATTAGCTATGCCAAT
GGAGAAAGTGAAGGAAACAAGCAAGAAGTCATTGATGAGAACTGTTGAGAGTTGGTTGAG
GAAAGAAAGAGACGAGGAG

QA 3 801 3 801
DS 



AS 2 10

CO CL112Contig1 975 8 27 U
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GGTTTTATCTTCTAAAGTCACAGTGCCCCCCCCTTCTTCTCTTATCCTCAAGACAGCAGA
AATGGCGGCGACTCAACTCACAGCATCACCAGTGACTGTGTCAGCTAGGAGCTTAGCCTC
ACTCAGAGCTTCGAGTGCCATCAAGTTTGGAACTTTGAAACCAGGCACCCTTAAGCAGAC
TCAGTTCCGTTCTTTGGTTGTCAGAGCTGCTTCCGTCGTTGCTCCCAAGTACACTTCAAT
TAAGCCATTGGGAGATCGAGTTTTGGTTAAGACCAAGGAGGCAGAGGAGAAGACAATGGG
AGGTATCTTACTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAGTCATTGCTGT
GGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCGATATCGATGTCCCTACTGGAGCACA
GATCATCTACTCCAAATACGCAGGAACCGAAGTGGAGTTCAACGATGTGAAGCATCTCAT
TCTCAAGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAAAGATCTCAAGCC
ATTGAACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCTGAGGAGAAAACAGCTGG*AGGGT
TGTTGCTTACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGCACGGTGATAGCAGTTGGAC
CAGGTTCTCTAGATGAGGAAGGTAAGCGTCAGCCACTATCGATATCGACTGGAAGCACAG
TTCTTTACTCCAAGTATGCTGGCAATGACTTCAAGGGCAAAGATGGTTCCAACTACATCG
CCCTGAGAGCTTCGGATGTGATGGCTATCCTTTCTTAGTTTGTATCTTTGTGACCCTGCA
ATTTGTATCCCAAATGTGGAAATTTTTCATAAACGGCTTCAGCACAATCTGAAATAAAAG
ACTTGAGAGCTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1FD22TF U 1
AF RR1DT24TF U 54
AF RR1CF92TF U 54
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BS 455 455 RR1CF92TF
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RD RR1FD22TF 774 0 0
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GGTTTTATCTTCCAAAGTCACAGTGCCCCC**CTTCTTCTCTTATCCTCAA****GCAGA
AATGGCGGCGACTCAACTCACAGCATCACCAGTGACTGTGTCAGCTAGGAGCTTAGCCTC
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TAAGCCATTGGGAGATCGAGTTCTGGTTAAGACCAAGGAGGCAGAGGAGAAGACTATGGG
AGGTATCTTACTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAGTCATTGCTGT
GGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCAATATCGATGTCCCTACTGGAGCACA
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TCTCAAGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAAAGATCTCAAGCC
ATTGAACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCTGAGGAGAAAACAGCTGG*AGGGT
TGTTGCTTACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGCACGGTGATAGCAGTTGGAC
CAGGTTCTCTAGATGAGGAAG*TAAGCGTCAGCCACTATCGATATCGACTGGAA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1DT24TF 686 0 0
TTTTT
AGGGTTTTATCTTCTAAAGTCACAGTGCCCCCCCCTTCTTCTCTTATCCTCAAGACAGCA
GAAATGGCGGCGACTCAACTCACAGCATCACCAGTGACTGTGTCAGCTAGGAGCTTAGCC
TCACTCAGAGCTTCGAGTGCCATCAAGTTTGGAACTTTGAAACCAGGCACCCTTAAGCAG
ACTCAGTTCCGTTCTTTGGTTGTCAGAGCTGCTTCCGTCGTTGCTCCCAAGTACACTTCA
ATTAAGCCATTGGGAGATCGAGTTTTGGTTAAGACCAAGGAGGCAGAGGAGAAGACAATG
GGAGGTATCTTACTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAGTCATTGCT
GTGGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCGATATCGATGTCCCTACTGGAGCA
CAGATCATCTACTCCAAATACGCAGGAACCGAAGTGGAGTTCAACGATGTGAAGCATCTC
ATTCTCAAGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAAAGATCTCAAG
CCATTGAACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCTGAGGAGAAAACAGCTGG*AGG
GTTGTTGCTTACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGCACGGTGATAGCAGTTGG
ACCAGGTTCTCTAGATGAGGA

QA 6 686 6 686
DS 

RD RR1CF92TF 744 0 0
TTTTT
AGGGTTTTATCTTCTAAAGTCACAGTGCCCCCCCCTTCTTCTCTTATCCTCAAGACAGCA
GAAATGGCGGCGACTCAACTCACAGCATCACCAGTGACTGTGTCAGCTAGGAGCTTGGCC
TCACTCAGAGCTTCGAGTGCCATCAAGTTTGGAACTTTGAAACCAGGCACCCTTAAGCAG
ACTCAGTTCCGTTCTTTGGTTGTCAGAGCTGCTTCCGTCGTTGCTCCCAAGTACACTTCA
ATTAAGCCATTGGGAGATCGAGTTTTGGTTAAGACCAAGGAGGCAGAGGAGAAGACAATG
GGAGGTATCTTACTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAGTCATTGCT
GTGGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGAATAAAATCGATATCGATGTCCCTACTGGAGCA
CAGATCATCTACTCCAAATACGCAGGAACCGAAGTGGAGTTCAACGATGTGAAGCATCTC
ATTCTCAAGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAAAGATCTCAAG
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ACCAGGT*CTCTAGATGAGGAAG*TAAGCGTCAGCCACTATCGATATCGACTGGAAGCAC
AGTTCTTTACTCCAAGTAT

QA 6 744 6 744
DS 

RD RR1B825TF 845 0 0
AGGGTTTTATCTTCTAAAGTCACAGTGCCCCCCCCTTCTTCTCTTATCCTCAAGACAGCA
GAAATGGCGGCGACTCAACTCACAGCATCACCAGTGACTGTGTCAGCTAGGAGCTTAGCC
TCACTCAGAGCTTCGAGTGCCATCAAGTTTGGAACTTTGAAACCAGGCACCCTTAAGCAG
ACTCAGTTCCGTTCTTTGGTTGTCAGAGCTGCTTCCGTCGTTGCTCCCAAGTACACTTCA
ATTAAGCCATTGGGAGATCGAGTTTTGGTTAAGACCAAGGAGGCAGAGGAGAAGACAATG
GGAGGTATCTTACTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAGTCATTGCT
GTGGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCGATATCGATGTCCCTACTGGAGCA
CAGATCATCTACTCCAAATACGCAGGAACCGAAGTGGAGTTCAACGATGTGAAGCATCTC
ATTCTCAAGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAAAGATCTCAAG
CCATTGAACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCTGAGGAGAAAACAGCTGGGAGG
GTTGTTGCTTACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGCACGGTGATAGCAGTTGG
ACCAGGTTCTCTAGATGAGGAAGGTAAGCGTCTGCCACTATCGATATCGACTGGAAGCAC
AGTTCTTTACTCCAAGTATGCTGGCAATGACTTCA*GGGCAAAGATGGTTCCAACTACAT
CGCCCTGAGAGCTTCGGATGTGATGGCTATCCTTTCT*AGTTTGTATCTTTGTGACCCTG
CA
TTG

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR1CC90TF 725 0 0
CGGCGACTCAACTCACAGCATCACCAGTGACTGTGTCAGCTAGGAGCTTAGCCTCACTCA
GAGCTTCGAGTGCCATCAAGTTTGGAACTTTGAAACCAGGCACCCTTAAGCAGACTCAGT
TCCGTTCTTTGGTTGTCAGAGCTGCTTCCGTCGTTGCTCCCAAGTACACTTCAATTAAGC
CATTGGGAGATCGAGTTTTGGTTAAGACCAAGGAGGCAGAGGAGAAGACAATGGGAGGTA
TCTTACTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAGTCATTGCTGTGGGTG
AAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCGATATCGATGTCCCTACTGGAGCACAGATCA
TCTACTCCAAATACGCAGGAACCGAAGTGGAGTTCAACGATGTGAAGCATCTCATTCTCA
AGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAAAGATCCCAAGCCATTGA
ACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCTGAGGAGAAAACAGCTGGGAGGGTTGTTG
CTTACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGCACGGTGATAGCAGTTGGACCAGGT
TCTCTAGATGAGGAAGGTAAGCGTCAGCCACTATCGATATCGACTGGAAGCACAGTTCTT
TACTCCAAGTATGCTGGCAATGACTTCA*GGGCAAAGATGGTTCCA*CTACATCGCCCTG
AGAGC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1AR70TF 772 0 0
G
GAGCTTCGAGTGCCATCAAGTTTGGAACTTTGAAACCAGGCACCCTTAAGCAGACTCAGT
TCCGTTCTTTGGTTGTCAGAGCTGCTTCCGTCGTTGCTCCCAAGTACACTTCAATTAAGC
CATTGGGAGATCGAGTTTTGGTTAAGATCAAGGAGGCAGAGGAGAAGACAATGGGAGGTA
TCTTACTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAGTCATTGCTGTGGGTG
AAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCGATATCGATGTCCCTACTGGAGCACAGATCA
TCTACTCCAAATACGCAGGAACCGAAGTGGAGTTCAACGATGTGAAGCATCTCATTCTCA
AGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAAAGATCTCAAGCCATTGA
ACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCTGAGGAGAAAACAACTGG*AGGGTTGTTG
CTTACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGCACGGTGATAGCAGTTGGACCAGGT
TCTCTAGATGAGGAAGGTAAGCGTCAGCCACTATCGATATCGACTGGAAGCACAGTTCTT
TACTCCAAGTATGCTGGCAATGACTTCAAGGGCAAAGATGGTTCCAACTACATCGCCCTG
AGAGCTTCGGATGTGATGGCTATCCTTTCTTAGTTTGTATCTTTGTGACCCTGCAATTTG
TATCCCAAATGTGGAAATTTTTCATAAACGGCTTCAGCACAATCTGAAATA

QA 2 772 2 772
DS 

RD RR1AR70JQ 789 0 0
AGCTTCGAGTGCCATCAAGTTTGGAACTTTGAAACCAGGCACCCTTAAGCAGACTCAGTT
CCGTTCTTTGGTTGTCAGAGCTGCTTCCGTCGTTGCTCCCAAGTACACTTCAATTAAGCC
ATTGGGAGATCGAGTTTTGGTTAAGATCAAGGAGGCAGAGGAGAAGACAATGGGAGGTAT
CTTACTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAGTCATTGCTGTGGGTGA
AGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCGATATCGATGTCCCTACTGGAGCACAGATCAT
TTACTCCAAATACGCAGGAACCGAAGTGGAGTTCAACGATGTGAAGCATCTCATTCTCAA
GGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAAAGATCTCAAGCCATTGAA
CGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCTGAGGAGAAAACAACTGG*AGGGTTGTTGC
TTACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGCACGGTGATAGCAGTTGGACCAGGTT
CTCTAGATGAGGAAGGTAAGCGTCAGCCACTATCGATATCGACTGGAAGCACAGTTCTTT
ACTCCAAGTATGCTGGCAATGACTTCAAGGGCAAAGATGGTTCCAACTACATCGCCCTGA
GAGCTTCGGATGTGATGGCTATCCTTTCTTAGTTTGTATCTTTGTGACCCTGCAATTTGT
ATCCCAAATGTGGAAATTTTTCATAAACGGCTTCAGCACAATCTGAAATAAAAGACTTGA
GAGCTTATT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1DT24JQ 573 0 0
GGGAGGTGAAGTCATTGCTGTGGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCGATAT
CGATGTCCCTACTGGAGCACAGATCATCTACTCCAAATACGCAGGAACCGAAGTGGAGTT
CAACGATGTGAAGCATCTCATTCTCAAGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGA
GGACATCAAAGATCTCAAGCCATTGAACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCTGA
GGAGAAAACAGCTGG*AGGGTTGTTGCTTACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTG
GCACGGTGATAGCAGTTGGACCAGGTTCTCTAGATGAGGAAGGTAAGCGTCAGCCACTAT
CGATATCGACTGGAAGCACAGTTCTTTACTCCAAGTATGCTGGCAATGACTTCAAGGGCA
AAGATGGTTCCAACTACATCGCCCTGAGAGCTTCGGATGTGATGGCTATCCTTTCTTAGT
TTGTATCTTTGTGACCCTGCAATTTGTATCCCAAATGTGGAAATTTTTCATAAACGGCTT
CAGCACAATCTGAAATAAAAGACTTGAGAGC
GC

QA 1 571 1 571
DS 



CO CL112Contig2 741 2 10 U
GATCAAGCTTGTAAAGGCCAGTATGATAACTCAGCTACACCGTCAACTAAGTTTACACGA
ACTACATGGTATGAAGTTTCAAATTCAAGTCTTTATTTCAAATTATGATCATGCCGTCTA
TGAAAAAAATTCCACAATTGGGATACAAATTTGCAAGTTACAAAGAAAGATATAAACTAA
GAAAGGATAGCCATCACATCTGAAGCTCTCAGGGCAATGTAGTTTGAACCATCCTTGCCC
TTGAAGTCGTTTCCAGCATACTTGGAGTAAAGAAATGTGCTTCCAGTCGATATCGATAGT
GGCTGAACCTTACCTTCCTCATCTAGAGTACCTGGTCCAACTGCTATCACCGTGCCAATA
AAAGGCTTCTCTTTGGTGGTCTCGGTAAGCAACAACCCTCCAGCTGTTTTCTCCTCTGCC
TCAGCAACCTTAATGAAGACACGGTCATTCAAGGGCTTGAAATCCTTGATGTCCTCTGTC
TCAAGAAAACCAACAATGTCATCTTCCTTGAAAATGAGATGCTTCACATCGTTGAACTCC
ACCTCAGTGCCTGCGTACTTGGAGTAAATGATTTGTGCTCCAGTAGGGATAGTGATATCA
ACTTTGGTCTTCCCAATAGTTCTTCCTTCACCTACAGCAATGACTTCACCTCCTTGAGGC
TTTGATTGAGCAGTGGATGGAAGTAAGATACCTCCCATAGTCTTTTCCTCTGCCTCCTTG
ATCTTCACCAAAACTCTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H515JQ U 1
AF RR1DR21JQ U 80
BS 1 100 RR1H515JQ
BS 101 101 RR1DR21JQ
BS 102 269 RR1H515JQ
BS 270 270 RR1DR21JQ
BS 271 274 RR1H515JQ
BS 275 275 RR1DR21JQ
BS 276 360 RR1H515JQ
BS 361 361 RR1DR21JQ
BS 362 365 RR1H515JQ
BS 366 741 RR1DR21JQ

RD RR1H515JQ 365 0 0
GATCAAGCTTGTAAAGGCCAGTATGATAACTCAGCTACACCGTCAACTAAGTTTACACGA
ACTACATGGTATGAAGTTTCAAATTCAAGTCTTTATTTCAGATTATGATCATGCCGTCTA
TGAAAAAAATTCCACAATTGGGATACAAATTTGCAAGTTACAAAGAAAGATATAAACTAA
GAAAGGATAGCCATCACATCTGAAGCTCTCAGGGCAATGTAGTTTGAACCATCCTTGCCC
TTGAAGTCGTTTCCAGCATACTTGGAGTAGAGAACTGTGCTTCCAGTCGATATCGATAGT
GGCTGAACCTTACCTTCCTCATCTAGAGTACCTGGTCCAACTGCTATCACCGTGCCAATA
GAAGG

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR1DR21JQ 662 0 0
CG
AATTCAAGTCTTTATTTCAAATTATGATCATGCCGTCTATGAAAAAAATTCCACAATTGG
GATACAAATTTGCAAGTTACAAAGAAAGATATAAACTAAGAAAGGATAGCCATCACATCT
GAAGCTCTCAGGGCAATGTAGTTTGAACCATCCTTGCCCTTGAAGTCGTTTCCAGCATAC
TTGGAGTAAAGAAATGTGCTTCCAGTCGATATCGATAGTGGCTGAACCTTACCTTCCTCA
TCTAGAGTACCTGGTCCAACTGCTATCACCGTGCCAATAAAAGGCTTCTCTTTGGTGGTC
TCGGTAAGCAACAACCCTCCAGCTGTTTTCTCCTCTGCCTCAGCAACCTTAATGAAGACA
CGGTCATTCAAGGGCTTGAAATCCTTGATGTCCTCTGTCTCAAGAAAACCAACAATGTCA
TCTTCCTTGAAAATGAGATGCTTCACATCGTTGAACTCCACCTCAGTGCCTGCGTACTTG
GAGTAAATGATTTGTGCTCCAGTAGGGATAGTGATATCAACTTTGGTCTTCCCAATAGTT
CTTCCTTCACCTACAGCAATGACTTCACCTCCTTGAGGCTTTGATTGAGCAGTGGATGGA
AGTAAGATACCTCCCATAGTCTTTTCCTCTGCCTCCTTGATCTTCACCAAAACTCTATCT

QA 3 662 3 662
DS 



AS 1 14

CO CL113Contig1 1433 14 20 U
GGGTCTTACAATCAAAGAAAACGTAGATAAGGTTAAACCAAAACACTGTCTGAACAAAAA
AAAAATTGTCTTTCCGTTTGAACCAAAATCAAGAACAATGGCTTGCAGTAATCTAACAAC
AATGTGGGTTTCACCAAACCCATCTCTTTCCGATTCCTCTTCCTTGTCCTTCCGTTCTGT
TCTCAACCCACTTCCTCTCCCAAACCACAACTCCTCTCCTTCAAGATCCTCCTTCGTTGC
TCCAATCCAATCCTCCCTTCGTGAGCTCAGAGACCGAATCGACTCAGTCAAAAACACTCA
GAAGATCACTGAAGCCATGAAGCTTGTCGCTGCAGCAAAAGTAAGGAGAGCTCAAGAAGC
TGTCGTCAACGGACGACCATTCTCCGAAACCCTAGTCGAAGTTCTTTACAACATCAACGA
ACAGCTTCAAACCGATGATATCGATGTGCCCTTAACCAAGATAAGACCGGTTAAGAAGGT
TGCACTCGTTGTCGTAACGGGAGACCGTGGATTATGCGGTGGGTTTAATAACTTCATTAT
CAAGAAAGCAGAGGCGAGGATCAAGGAGCTTCAAGGGTTAGGTCTTGACTACACAGTCAT
TAGCGTGGGGAAGAAGGGAAACTCTTACTTCCTCCGCCGTCCCTACATCCCCGTCGACAA
GTACCTCGAGGCCGGAACCTTACCGACGGCGAAGGAAGCTCAAGCTGTTGCCGATGATGT
CTTCTCTCTGTTTATAAGCGAGGAAGTCGACAAAGTGGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGT
GTCTTTGGTCAGATCAGAACCCGTGATCCACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGA
GATCTGTGACATCAACGGGAACTGTGTTGACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTGAC
GACTAAAGAAGGGAAGCTGACGGTCGAGAGAGAG**ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGAT
TTCTCGCCGATCTTGCAGTTCGAGCAAGACCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCT
TTGTATCTGAACAGTCAGATTCTTAGGGCGTTACAGGAGTCTTTGGCGAGTGAGCTCGCA
GCTCGGATGAGTGCGATGAGTAGTGCTTCGGATAATGCATCGGATCTTAAGAAATCGCTT
TCCATGGTTTATAATAGAAAACGTCAAGCTAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTT
GCTGGAGCTAATGCACAGGCTTGATTGGATATGAGCAGGTTGTTTTTTAAATATATATCA
TTTTCGGTTGTATAATGTATAATCGTCTAGACTCCTATGATCTTTATATAATCATGCAAT
TACAAACATAATGCGGTTGTATTTATTTTGGTCTTTCATTGGATAAATGATTAAGAAAAA
ACTTCGTGATGATTTCGTGGATTATGAGCTTTGCTAGGATGTTTTGAAGGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 45 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
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70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 25 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
45 30 45 45 45 30 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN41TF U 1
AF RR1DQ83TF U 38
AF RR1B416JQ C 690
AF RR1D162TF U 260
AF RR1B746TF U 554
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AF RR1AI88TF U 499
AF RR1CR95TF U 539
AF RR1D162JQ C 668
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AF RR1AI88JQ C 750
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BS 1390 1433 RR1AI88JQ

RD RR1GN41TF 670 0 0
GGGTCTTACAATCAAAGAAAACGTAGATAAGGTTAAACCAAAACACTGTCTGAACAAAAA
AAAAATTGTCTTTCCGTTTGAACCAAAATCAAGAACAATGGCTTGCAGTAATCTAACAAC
AATGTGGGTTTCACCAAACCCATCTCTTTCCGATTCCTCTTCCTTGTCCTTCCGTTCTGT
TCTCAACCCACTTCCTCTCCCAAACCACAACTCCTCTCCTTCAAGATCCTCCTTCGTTGC
TCCAATCCAATCCTCCCTTCGTGAGCTCAGAGACCGAATCGACTCAGTCAAAAACACTCA
GAAGATCACTGAAGCCATGAAGCTTGTCGCTGCAGCAAAAGTAAGGAGAGCTCAAGAAGC
TGTCGTCAACGGACGACCATTCTCCGAAACCCTAGTCGAAGTTCTTTACAACATCAACGA
ACAGCTTCAAACCGATGATATCGATGTGCCCTTAACCAAGATAAGACCGGTTAAGAAGGT
TGCACTCGTTGTCGTAACGGGAGACCGTGGATTATGCGGTGGGTTTAATAACTTCATTAT
CAAGAAAGCAGAGGCGAGGATCAAGGAGCTTCAAGGGTTAGGTCTTGACTACACAGTCAT
TAGCGTGGGGAAGAAGGGAA*CTCTTACTTCCTCCGCCGTCCCTACATCCCCGTCGACA*
GTACCTCGAG

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DS 

RD RR1DQ83TF 629 0 0
GG
AAAACACTGTCTGAACAAAAAAAAA*TTGTCTTTCCGTTTGAACCAAAATCAAGAACAAT
GGCTTGCAGTAATCTAACAACAATGTGGGTTTCATCAAACCCATCTCTTTCCGATTCCTC
TTCCTTGTCCTTCCGTTCTGTTCTCAACCCACTTCCTCTCCCAAACCACAACTCCTCTCC
TTCAAGATCCTCCTTCGTTGCTCCAATCCAATCCTCCCTTCGTGAGCTCAGAGACCGAAT
CGACTCAGTCAAAAACACTCAGAAGATCACTGAAGCCATGAAGCTTGTCGCTGCAGCAAA
AGTAAGGAGAGCTCAAGAAGCTGTCGTCAACGGACGACCATTCTCCGAAACCCTAGTCGA
AGTTCTTTACAACATCAACGAACAGCTTCAAACCGATGATATCGATGTGCCCTTAACCAA
GATAAGACCGGTTAAGAAGGTTGCACTCGTTGTCGTAACGGGAGACCGTGGATTGTGCGG
TGGGTTTAATAACTTCATTATCAAGAAAGCAGAGGCGAGGATCAAGGAGCTTCAAGGGTT
AGGTCTTGACTACACAGTCATTAGCGTGGGGAAGAAGGGAAACTCCTACTTCCTCCGCCG
TCCCTACATCCCCGTCGACAAGTACCT

QA 3 629 3 629
DS 

RD RR1B416JQ 289 0 0
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ACAAAGTGGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGATCAGAACCCGTGATCC
ACACGTTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATCAACGGGAACTGTGTTG
ACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTGACGACTAAAGAAGGGAAGCTGACGGTCGAGA
GAGAGAGACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCAG

QA 1 289 1 289
DS 

RD RR1D162TF 783 0 0
G
GTGAGCTCAGAGACCGAATCGACTCAGTCAAAAACACTCAGAAGATCACTGAAGCCATGA
AGCTTGTCGCTGCAGCAAAAGTAAGGAGAGCTCAAGAAGCTGTCGTCAACGGACGACCAC
TCTCCGAAACCCTAGTCGAAGTTCTTTACAACATCAACGAACAGCTTCAAACCGATGATA
TCGATGTGCCCTTAACCAAGATAAGACCGGTTAAGAAGGTTGCACTCGTTGTCGTAACGG
GAGACCGTGGATTATGCGGTGGGTTTAATAACTTCATTATCAAGAAAGCAGAGGCGAGGA
TCAAGGAGCTTCAAGGGTTAGGTCTTGACCACACAGTCATTAGCGTGGGGAAGAAGGGAA
ACTCTTACTTCCTCCGCCGTCCCTACATCCCCGTCGACAAGTACCTCGAGGCCGGAACCT
TACCGACGGCGAAGGAAGCTCAAGCTGTTGCCGATGATGTCTTCTCTCTGTTTATAAGCG
AGGAAGTCGACAAAGTGGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGATCAGAAC
CCGTGATCCACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATCAACGGGA
ACTGTGTTGACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCACGTTGACGACTAAAGAAGGGAAGCTGA
CGGTCGAGAGAGAG**ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCAGTT
CGAGCAAGACC*TGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACAGTCAGAT
TC

QA 2 783 2 783
DS 

RD RR1B746TF 489 0 0
GCGAGGATCAAGGAGCTTCAAGGGTTAGGTCTTGACTACACAGTCATTAGTGTGGGGAAG
AAGGGAAACTCTTACTTCCTCCGCCGTCCCTACATCCCCGTCGACAAGTACCTCGAGGCC
GGAACCTTACCGACGGCGAAGGAAGCTCAAGCTGTTGCCGATGATGTCTTCTCTCTGTTT
ATAAGCGAGGAAGTCGACAAAGTGGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGA
TCAGAACCCGTGATCCACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATC
AACGGGAACTGTGTTGACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTGACGACTAAAGAAGGG
AAGCTGACGGTCGAGAGAGAG**ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCT
TGCAGTTCGAGCAAGACCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACA
GTCAGATTC

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR1DJ85TF 656 0 0
GT
GAGCTTCAAGGGTTAGGTCTTGACTACACAGTCATTAGCGTGGGGAAGAAGGGAAACTCT
TACTTCCTCCGCCGTCCCTACATCCCCGTCGACAAGTACCTCGAGGCCGGAACCTTACCG
ACGGCGAAGGAAGCTCAAGCTGTTGCCGATGATGTCTTCTCTCTGTTTATAAGCGAGGAA
GTCGACAAAGTGGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGATCAGAACCCGTG
ATCCACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATCAACGGGAACTGT
GTTGACGCTGCTGAAGACGAGCTCTTCAGGTTGACGACTAAAGAAGGGAAGCTGACGGTC
GAGAGAGAG**ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCAGTTCGAGC
AAGACCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACAGTCAGATTCTTA
GGGCGTTACAGGAGTCTATGGCGAGTGAGCTCGCAGCTCGGATGAGTGCGATGAGTAGTG
CTTCGGATAATGCATCGGATCTTAAGAAATCGCTTTCCATGGTTTATAATAGAAAACGTC
AAGCTAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCTAATGCACAGG

QA 3 656 3 656
DS 

RD RR1AI88TF 764 0 0
GGGAGACCGTGGATTATGCGGTGGGTTTAATAACTTCATTATCAAGAAAGCAGAGGCGAG
GATCAAGGAGCTTCAAGGGTTAGGTCTTGACTACACAGTCATTAGCGTGGGGAAGAAGGG
AAACTCTTACTTCCTCCGCCGTCCCTACATCCCCGTCGACAAGTACCTCGAGGCCGGAAC
CTTACCGACGGCGAAGGAAGCTCAAGCTGTTGCCGATGATGTCTTCTCTCTGTTTATAAG
CGAGGAAGTCGACAAAGTGGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGATCAGA
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GAACTGTGTTGACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTGACGACTAAAGAAGGGAAGCT
GACGGTCGAGAGAGAG**ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCAG
TTCGAGCAAGACCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACAGTCAG
ATTCTTAGGGCGTTACAGGAGTCTTTTGCGAGTGAGCTCGCAGCTCGGATGAGTGCGATG
AGTAGTGCTTCGGATAATGCATCGGATCTTAAGAAATCGCTTTCCATGGTTTATAATAGA
AAACGTCAAGCTAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCTAATGCACAG
GCTTGATTGGATATGAGCAG*TTGTTTTTTAAATATATATCATT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1CR95TF 783 0 0
G
TCAAGAAAGCAGAGGCGAGGATCAAGGAGCTTCAAGGGTTAGGTCTTGACTACACAGTCA
TTAGCGTGGGGAAGAAGGGAAACTCTTACTTCCTCCGCCGTCCCTACATCCCCGTCGACA
AGTACCTCGAGGCCGGAACCTTACCGACGGCGAAGGAAGCTCAAGCTGTTGCCGATGATG
TCTTCTCTCTGTTTATAAGCGAGGAAGTCGACAAAGTGGAGCTCTTGTACACGAAGTTTG
TGTCTTTGGTCAGATCAGAACCCGTGATCCACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAG
AGATCTGTGACATCAACGGGAACTGTGTTGACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTGA
CGACTAAAGAAGGGAAGCTGACGGTCGAGAGAGAG**ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGA
TTTCTCGCCGATCTTGCAGTTCGAGCAAGACCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCC
TTTGTATCTGAACAGTCAGATTCTTAGGGCGTTACAGGAGTCTTTGGCGAGTGAGCTCGC
AGCTCGGATGAGTGCGATGAGTAGTGCTTCGGATAATGCATCGGATCTTAAGAAATCGCT
TTCCATGGTTTATAATAGAAAACGTCAAGCTAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGT
TGCTGGAGCTAATGCACAG*CTTGATTGGATATGAGCAG*TTGTTTTT*AAATATATATC
ATTTTCGGTTGTATAATGTATA*TCGTCTAGACTCCTATGATCTT
ATATATCATGCAATACA

QA 2 766 2 766
DS 

RD RR1D162JQ 677 0 0
GAGGCCGGAACCTTACCGACGGCGAAGGAAGCTCAAGCTGTTGCCGATGATGTCTTCTCT
CTGTTTATAAGCGAGGAAGTCGACAAAGTGGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTG
GTCAGATCAGAACCCGTGATCCACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGT
GACATCAACGGGAACTGTGTTGACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTGACGACTAAA
GAAGGGAAGCTGACGGTCGAGAGAGAG**ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGC
CGATCTTGCAGTTCGAGCAAGACCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATC
TGAACAGTCAGATTCTTAGGGCGTTACAGGAGTCTTTGGCGAGTGAGCTCGCAGCTCGGA
TGAGTGCGATGAGTAGTGCTTCGGATAATGCATCGGATCTTAAGAAATCGCTTTCCATGG
TTTATAATAGAAAACGTCAAGCTAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAG
CTAATGCACAGGCTTGATTGGATATGAGCAGGTTGTTTTTTAAATATATATCATTTACGG
TTGTATAATGTATAATCGTCTAGACTCCTATGATCTTTATATAATCATGCAATTACAAAC
ATAATGCGGTTGTATTT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1B746JQ 756 0 0
GCCGTCCCTACATCCCCGTCGACAAGTACCTCGAGGCCGGAACCTTACCGACGGCGAAGG
AAGCTCAAGCTGTTGCCGATGATGTCTTCTCTCTGTTTATAAGCGAGGAAGTCGACAAAG
TGGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGATCAGAACCCGTGATCCACACGC
TACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATCAACGGGAACTGTGTTGACGCTG
CTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTGACGACTAAAGAAGGGAAGCTGACGGTCGAGAGAGAG*
*ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCAGTTCGAGCAAGACCCTGT
TCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACAGTCAGATTCTTAGGGCGTTACA
GGAGTCTTTGGCGAGTGAGCTCGCAGCTCGGATGAGTGCGATGAGTAGTGCTTCGGATAA
TGCATCGGATCTTAAGAAATCGCTTTCCATGGTTTATAATAGAAAACGTCAAGCTAAGAT
TACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCTAATGCACAGGCTTGATTCGATATGAG
CAGGTTGTTTTTTAAATATATATCATTTTCGGCCGTATAATGTATAATCGTCTAGACTCC
TATGATCTTTATATAATCATGCAATTACAAACATAATGCGGTTGTATTTATTTTGGTCTT
TCATTGGATAAATGATTAAGAAAAAACTTCGTGA
CG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1DJ85JQ 602 0 0
CAGATCAGAACCCGTGATCCACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGA
CATCAACGGGAACTGTGTTGACGCTGCTGAAGACGAGCTCTTCAGGTTGACGACTAAAGA
AGGGAAGCTGACGGTCGAGAGAGAG**ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCG
ATCTTGCAGTTCGAGCAAGACCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTG
AACAGTCAGATTCTTAGGGCGTTACAGGAGTCTATGGCGAGTGAGCTCGCAGCTCGGATG
AGTGCGATGAGTAGTGCTTCGGATAATGCATCGGATCTTAAGAAATCGCTTTCCATGGTT
TATAATAGAAAACGTCAAGCTAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCT
AATGCACAGGCTTGATTCGATATGAGCAGGTTGTTTTTTAAATATATATCATTTTCGGTC
GTATAATGTATAATCGTCTAGACTCCTATGATCTTTATATAATCATGCAATTACAAACAT
AATGCGGTTGTATTTATTTTGGTCTTTCATTGGATAAATGATTAAGAAAAAACTTCGTGA
TG

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1GN41JQ 690 0 0
CTCAAGCTGTTGCCGATGATGTCTTCTCTCTGTTTATAAGCGAGGAAGTCGACAAAGTGG
AGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGATCAGAACCCGTGATCCACACGCTAC
TGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATCAACGGGAACTGTGTTGACGCTGCTG
AAGACGAGTTCTTCAGGTTGACGACTAAAGAAGGGAAGCTGACGGTCGAGAGAGAG**AC
TTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCAGTTCGAGCAAGACCCTGTTCA
GATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACAGTCAGATTCTTAGGGCGTTACAGGA
GTCTTTGGCGAGTGAGCTCGCAGCTCGGATGAGTGCGATGAGTAGTGCTTCGGATAATGC
ATCGGATCTTAAGAAATCGCTTTCCATGGTTTATAATAGAAAACGTCAAGCTAAGATTAC
TGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCTAATGCACAGGCTTGATTGGATATGAGCAG
GTTGTTTTTTAAATATATATCATTTTCGGTTGTATAATGTATAATCGTCTAGACTCCTAT
GATCTTTATATAATCATGCAATTACAAACATAATGCGGTTGTATTTATTTTGGTCTTTCA
TTGGATAAATGATTAAGAAAAAACTTCGTG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1DQ83JQ 694 0 0
AGCTCAAGCTGTTGCCGATGATGTCTTCTCTCTGTTTATAAGCGAGGAAGTCGACAAAGT
GGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGATCAGAACCCGTGATCCACACGCT
ACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATCAACGGGAACTGTGTTGACGCTGC
TGAAGACGAGTTCTTCAGGTTGACGACTAAAGAAGGGAAGCTGACGGTCGAGAGAGAG**
ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCAGTTCGAGCAAGACCCTGTT
CAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACAGTCAGATTCTTAGGGCGTTACAA
GAGTCTTTGGCGAGTGAGCTCGCAGCTCGGATGAGTGCGATGAGTAGTGCTTCGGATAAT
GCATCGGATCTTAAGAAATCGCTTTCCATGGTTTATAATAGAAAACGTCAAGCTAAGATT
ACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCTAATGCACAGGCTTGATTCGATATGAGC
AGGTTGTTTTTTAAATATATATCATTTTCGGTCGTATAATGTATAATCGTCTAGACTCCT
ATGATCTTTATATAATCATGCAATTACAAACATAATGCGGTTGTATTTATTTTGGTCTTT
CATTGGATAAATGATTAAGAAAAAACTTCGTGA
C

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1AI88JQ 684 0 0
ACAAAGTGGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGATCAGAACCCGTGATCC
ACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATCAACGGGAACTGTGTTG
ACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTGACGACTAAAGAAGGGAAGCTGACGGTCGAGA
GAGAG**ACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCAGTTCGAGCAAGA
CCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACAGTCAGATTCTTAGGGC
GTTACAGGAGTCTTTTGCGAGTGAGCTCGCAGCTCGGATGAGTGCGATGAGTAGTGCTTC
GGATAATGCATCGGATCTTAAGAAATCGCTTTCCATGGTTTATAATAGAAAACGTCAAGC
TAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCTAATGCACAGGCTTGATTGGA
TATGAGCAGGTTGTTTTTTAAATATATATCATTTTCGGTTGTATAATGTATAATCGTCTA
GACTCCTATGATCTTTATATAATCATGCAATTACAAACATAATGCGGTTGTATTTATTTT
GGTCTTTCATTGGATAAATGATTAAGAAAAAACTTCGTGATGATTTCGTGGATTATGAGC
TTTGCTAGGATGTTTTGAAGGAAT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 13

CO CL114Contig1 1069 13 28 U
GGAGAGAAGTCTATCTTCTCTCCGTCGTTCCCAACACCAATCGCATAATCAATCAATTGA
ACTTCAACAAACAGAGAGAGAGAGAGAGCGAAACCCTAATTTCTCTGATCGTAAAAAAAG
AGAGAAAACTAACTTTACTTCAATTCCCTTTTTCTCGATTAGCTCACGATGGCGTTCCGA
AACTGTCGGTGGGAGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTGACTTTAGCTCTGATTCACCAC
CCGGTGGATGCGAACTCGGAAGGAGATGCCCTTTACGCTCTTCGCAGGAGCTTATCGGAT
CCAGACCATGTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCAT
GTCACCTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCA
GGACATCTTGCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAA
AACAACATCAAAGGGACTATACCTTCTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTG
GATCTGTACAACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGGAAATTGAAGTCT
CTGGTCTTTCTACGGCTCAACGACAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAGAGAACTCACG
AAAATCCCAAGCCTTAAAGTTGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTGTGGAACTATCCCA
ACAGAAGGACCTTTCGGACACATTCCTTTGCAGAACTTTGAGAACAACTCGAGATTGGAG
GGGCCGGAACTAATCGGTCTTGCTAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTGGCAA
ATGACCTGAAAAAA*CAAGAAATGAGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTAT
CAAAATATCACATCTATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGTTGTGTGACACACT
GAGATGTAACATTTGTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCATTAACATTTG
TGTGTATGATATGTCATATTAATACGAAAACTATGGATTTGTGTGCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 5 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 5 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 5 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 
55 70 70 70 70 70 70 70 70 25 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 10 10 

AF RR1CS46TF U 34
AF RR1GS86TF U 1
AF RR1CR68TF U 65
AF RR1CT86TF U 65
AF RR1H494TF U 67
AF RR1B634TF U 321
AF RR1B634JQ C 232
AF RR1F676TF U 788
AF RR1GS86JQ C 348
AF RR1CS46JQ C 319
AF RR1CT86JQ C 311
AF RR1H494JQ C 437
AF RR1CR68JQ C 360
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BS 72 72 RR1CR68TF
BS 73 75 RR1GS86TF
BS 76 76 RR1CR68TF
BS 77 100 RR1GS86TF
BS 101 101 RR1CR68TF
BS 102 117 RR1GS86TF
BS 118 118 RR1CR68TF
BS 119 123 RR1GS86TF
BS 124 126 RR1CR68TF
BS 127 153 RR1GS86TF
BS 154 154 RR1CR68TF
BS 155 229 RR1GS86TF
BS 230 230 RR1CS46TF
BS 231 240 RR1GS86TF
BS 241 241 RR1CS46TF
BS 242 707 RR1GS86TF
BS 708 726 RR1CT86TF
BS 727 727 RR1H494TF
BS 728 741 RR1CT86TF
BS 742 763 RR1H494TF
BS 764 764 RR1B634TF
BS 765 776 RR1H494TF
BS 777 787 RR1B634TF
BS 788 859 RR1F676TF
BS 860 860 RR1B634TF
BS 861 1046 RR1F676TF
BS 1047 1069 RR1B634JQ

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GG
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CCTGACTTTAGCTCTGATTCACCACCCGGTGGATGCGAACTCGGAAGGAGATGCCCTTTA
CGCTCTTCGCAGGAGCTTATCGGATCCAGACCATGTGCTCCAGAGCTGG*ATCCAACTCT
TGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCATGTCACCTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGT
GGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTTGCGCCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCA
TTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACAACATCAAAGGGACTATACCTTCTGAACTAGA
AAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACAACAATCTTACTGGGAAAATCCC
TTCTTCTTTGGGGAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTCT

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DS 

RD RR1GS86TF 707 0 0
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ACTTCAACAAAGAGAAAGAGAGAGAGAGCGAAACCCTAATATCTCTGATCGTAAAAAGAG
AGA***AACTAACTTTACTTCAATTCCCTTTTTTTCGATTAGCTCACGATGGCGTTCCGA
AACTGTCGGTGGGAGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTGACTTTAGCTCGGATTCACCAC
TCGGTGGATGCGAACTCGGAAGGAGATGCCCTTTACGCTCTTCGCAGGAGCTTATCGGAT
CCAGACCATGTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCAT
GTCACCTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCA
GGACATCTTGCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAA
AACAACATCAAAGGGACTATACCTTCTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTG
GATCTGTACAACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGGAAATTGAAGTCT
CTGGTCTTTCTACGGCTCAACGACAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAGAGAACTCACG
AAAATCCCAAGCCTTAAAGTTGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTG

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DS 

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TGGGAGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTGACTTTAGCTCTGATTCACCACCCGGTGGAT
GCGAACTCGGAAGGAGATGCCCTTTACGCTCTTCGCAGGAGCTTATCGGATCCAGACCAC
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AACCAAGACAGTCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTT
GCACCTGAGTTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACAACATC
AAAGGGACTATACCTTCTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTAC
AACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTT*GGGGAAATTGGAGTCTCTGGTCTTT
CTACGGCTCAACGACAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAGAGAACTCACGAAA*TCCCA
AGCCTTAAAGTTGTTGATGTATCGA
CAAT

QA 6 630 6 630
DS 

RD RR1CT86TF 677 0 0
ACTTC
AACAGAGAGAGAGAGAGAGCGAAACCCTAATTTCTCTGATCGTAAAAAAAGAGAGAAAAC
TAACTTTACTTCAATTCCCTTTTTCTCGATTAGCTCACGATGGCGTTCCGAAACTGTCGG
TGGGAGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTGACTTTAGCTCTGATTCACCACCCGGTGGAT
GCGAACTCGGAAGGAGATGCCCTTTACGCTCTTCGCAGGT**TTATCGGATCCAGACCAC
GTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCATGTCACCTGT
AACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTT
GCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACAACATC
AAAGGGACTATACCTTCTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTAC
AACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGGAAATTGAAGTCTCTGGTCTTT
CTACGGCTCAACGACAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAGAGAACTCACGAAAATCCCA
AGCCTTAAAGTTGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTGTGGAACTATCCCAACAGAAAGA
CCTTTCGGACAC

QA 6 677 6 677
DS 

RD RR1H494TF 710 0 0
GGG
AACAGAGAGAGAGAGAGAGCGAAACCCTAATTTCTCTGATCGTAAAAAAAGAGAGAAAAC
TAACTTTACTTCAATTCCCTTTTTCTCGATTAGCTCACGATGGCGTTCCGAAACTGTCGG
TGGGAGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTGACTTTAGCTCTGATTCACCACCCGGTGGAT
GCGAACTCGGAAGGAGATGCCCTTTACGCTCTTCGCAGGAGCTTATCGGATCCATACCAC
GTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCATGTCACCTGT
AACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTT
GCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACGACATC
AAAGGGACTATACCTTCTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTAC
AACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGGAAATTGAAGTCTCTGGTCTTT
CTACGGCTCAACGACAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAAAGAACTCACGAAAATCCCA
AGCCTTAAAGTTGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTGTGGAACTATCCCAACAGAAGGA
CCTTTCGGACACATTCCTTTGCAGAACTTTGAGA*CAACTCGAGATT

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DS 

RD RR1B634TF 598 0 0
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CCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTTGCACCTGAGCT
TGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACAACATCAAAGGGACTAT
ACCTTCTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACAACAATCT
TACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGGAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTCTACGGCTCAA
CGACAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAGAGAACTCACGAAAATCCCAAGCCTTAAAGT
TGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTGTGGAACTATCCCAACAGAAGGACCTTTCGGACA
CATTCCTTTGCAGAACTTTGAGAACAACTCGAGATTGGAGGGGCCGGAACTAATCGGTCT
TGCTAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTGGCAAATGACCTGAAAAAC***AGA
AATGAGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTATCAAA*TATCACATCTAT
A

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DS 

RD RR1B634JQ 838 0 0
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TTATCGGATCCAGACCATGTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACC
TGGTTCCATGTCACCTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCA
AACCTTTCAGGACATCTTGCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAG
CTGTACAAAAACAACATCAAAGGGACTATACCTTCTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTC
ATCAGCTTGGATCTGTACAACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGGAAA
TTGAAGTCTCTGGTCTTTCTACGGCTCAACGACAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAGA
GAACTCACGAAAATCCCAAGCCTTAAAGTTGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTGTGGA
ACTATCCCAACAGAAGGACCTTTCGGACACATTCCTTTGCAGAACTTTGAGAACAACTCG
AGATTGGAGGGGCCGGAACTAATCGGTCTTGCTAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAAC
AACTGGCAAATGACCTGAAAAAA*CAAGAAATGAGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCA
CCACTTTATCAAAATATCACATCTATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGTTGTG
TGACACACTGAGATGTAACATTTGTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCAT
TAACATTTGTGTGTATGATATGTCATATTAATACGAAAACTATGGATTTGTGTGCTCT

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR1F676TF 259 0 0
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GAAAAAA*CAAGGAATGAGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTATCAAAATA
TCACATCTATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGTTGTGTGACACACTGAGATGT
AACATTTGTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCATTAACATTTGTGTGTAT
GATATGTCATATTAATACG

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DS 

RD RR1GS86JQ 722 0 0
TACCTGGTTCCATGTCACCTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAA
TTCAAACCTTTCAGGACATCTTGCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTT
GGAGCTGTACAAAAACAACATCAAAGGGACTATACCTTCTGAACTAGAAAATTTGAAGAA
CCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGG
GAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTTTACGGCTCAACGACAACCAATTGACTGGACCAATCCC
TAGAGAACTCACGAAAATCCCAAGCCTTAAAGTTGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTG
TGGAACTATCCCAACAGAAGGACCTTTCGGACACATTCCTTTGCACAACTTTGAGAACAA
CTCGAGATTGGAGGGGCCGGAACTAATCGGTCTTGCTAGCTACGACACCAACTGCAACTG
AAACAACTGGCAAATGACCTGAAAAAA*CAAGAAATGAGGGGGTGACCTTAGAAGAACAC
TTCACCACTTTATCAAAATATCACATCTATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGT
TGTGTGACACACTGAGATGTAACATTTGTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCT
GCATTAACATTTGTGTGTATGATATGTCATATTAATACGAAAACTATGGATTTGTGTGCT
TT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1CS46JQ 750 0 0
GAGCT
GGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCATGTCACCTGTAACCAAGACAGCCG
CGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTTGCGCCTGAGCTTGG
GAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACAACATCAAAGGGACTATACC
TTTTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACAACAATCTTAC
TGGGAAAATCCCTTTTTCTTTGGGGAAATTGAAGTCTTTGGTCTTTTTACGGCTCAACGA
CAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAGAGAACTCACGAAAATCCCAAGCCTTAAAGTTGT
TGATGTATCGAACAATGATTTGTGTGGAACTATCCCAACAGAAGGACCTTTCGGACACAT
TCCTTTGCAGAACTTTGAGAACAACTCGAGATTGGAGGGGCCGGAACTAATCGGTCTTGC
TAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTGGCAAATGACCTAAAAAAA*CAAGAAAT
GAGGGGGTGGCCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTATCAAAATATCACATCTATTATGTA
ACAAGTATATATATGTATGCTTGTTGTGTGACACACTGAGATGTAACATTTGTTGTATTG
GTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCATTAACATTTGTGTGTATGATATGTCATATTAAT
ACGAAAACTATGGATTTGTGTGCT
G

QA 6 749 6 749
DS 

RD RR1CT86JQ 759 0 0
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ACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTTG
CACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACAACATCA
AAGGGACTATACCTTCTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACA
ACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGGAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTT
TACGGCTCAACGACAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAGAGAACTCACGAAAATCCCAA
GCCTTAAAGTTGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTGTGGAACTATCCCAACAGAAGGAC
CTTTCGGACACATTCCTTTGCAGAACTTTGAGAACAACTCGAGATTGGAGGGGCCGGAAC
TAATCGGTCTTGCTAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTGGCAAATGACCTGAA
AAAAACAAGAAATGAGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTATCAAAATATCA
CATCTATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGTTGTGTGATACACTGAGATGTAAC
ATTTGTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCATTAACATTTGTGTGTATGAT
ATGTCATATTAATACGAAAACTATGGATTTGTGTGCT
TT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1H494JQ 632 0 0
AGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACGACATCAAAGGGA
CTATACCTTCTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACAACA
ATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGGAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTCTACGGC
TCAACGACAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAAAGAACTCACGAAAATCCCAAGCCTTA
AAGTTGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTGTGGAACTATCCCAACAGAAGGACCTTTCG
GACACATTCCTTTGCAGAACTTTGAGAACAACTCGAGATTGGAGGGGCCGGAACTAATCG
GTCTTGCTAGTTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTGGCAAATGACCTGAAAAAAAC
AAGAAATGAGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTATCAAAATATCACATCTA
TTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGTTGTGTGATACACTGAGATGTAACATTTGT
TGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCATTAACATTTGTGTGTATGATATGTCA
TATTAATACGAAAACTATGGATTTGTGTGC
CC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1CR68JQ 707 0 0
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AGGACATCTTGCACCTGAGTTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAA
AAACAACATCAAAGGGACTATACCTTCTGAACTAGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTT
GGATCTGTACAACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTT*GGGGAAATTGGAGTC
TCTGGTCTTTTTACGGCTCAACGACAACCAATTGACTGGACCAATCCCTAGAGAACTCAC
GAAAATCCCAAGCCTTAAAGTTGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTGTGGAACTATCCC
AACAGAAGGACCTTTCGGACACATTCCTTTGCAGAACTTTGAGAACAACTCGAGATTGGA
GGGGCCGGAACTAATCGGTCTTGCTAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTGGCA
AATGACCTGAAAAAAACAAGAAATGAGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTA
TCAAAATATCACATCTATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGTTGTGTGATACAC
TGAGATGTAACATTCGTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCATTAACATTT
GTGTGTATGATATGTCATATTAATACGAAAACTATGGATTTGTGTGC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 14

CO CL115Contig1 777 14 6 U
GGATTTACATTTTGAGGTCACAGAAGAATCTCAGGAACAGAACTTATCGTGTGGTTCTTG
TTTTTCTCTCCACAATGGCTGCTTTCACCTGTACTTCTAGTCCGCCGATTTGTCTCCGGT
CAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTG
TGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCCTCGAAGA
ATTCTAGATTACGACAACGAGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAG
GGATTCCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCAGATGAGCCTG
TTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATCGACCCTATTGTCA
GTGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGT
CTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATCTTCGTTA
AGGGCGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCAGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCT
TTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTCTTTTATTTCTCTATA
TGTATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATGATGAT
AATAAATATAATGTTGTTTTCTCAGAAACGAGTTTATGATGATGACTTGTCTATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 
50 50 50 50 50 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 15 65 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 25 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 45 75 75 75 75 40 70 70 40 70 40 40 70 70 40 70 70 70 70 
40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 20 70 70 65 65 
65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 20 20 70 40 70 70 40 70 70 70 70 40 70 70 70 70 
70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 55 45 45 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1GV35TF U 1
AF RR1EF53TF U 5
AF RR1F518TF U 1
AF RR1C513TF U 5
AF RR1BC14JQ C 18
AF RR1EF53JQ C 114
AF RR1A789TF U 559
AF RR1F518JQ C 114
AF RR1A465JQ C 66
AF RR1A465TF U 66
AF RR1D339JQ C 61
AF RR1D339TF U 61
AF RR1C513JQ C 67
AF RR1BC14TF U 18
BS 1 650 RR1F518TF
BS 651 651 RR1C513TF
BS 652 709 RR1F518TF
BS 710 744 RR1C513TF
BS 745 772 RR1BC14TF
BS 773 777 RR1BC14JQ

RD RR1GV35TF 406 0 0
GGATTT
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CATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCAGATGAGCCTGTTGTTG
TGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTTCAAAATGAT

QA 7 406 7 406
DS 

RD RR1EF53TF 534 0 0
GG
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TCTCCACAATGGCTGCTTTCACCTGTACTTCTAGTCCGCCGATTTGTCTCCGGTCAGAGA
TGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTGTGTTAC
CGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGCCTCATTATCATCGGTCTCCTCGAAGAATTCTA
GATTACGACAACGAGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAGGGATTC
CATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCAGATGAGCCTGTTGTTG
TGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAA*TGATCGACCCTATTGTCAGTGAAC
TAGCACAGCAGTACACACGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGTCTCCTG
CAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATCTTCGT

QA 3 534 3 534
DS 

RD RR1F518TF 709 0 0
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CAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTG
TGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCCTCGAAGA
ATTCTAGATTACGACAACGAGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAG
GGATTCCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCAGATGAGCCTG
TTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATCGACCCTATTGTCA
GTGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGT
CTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATCTTCGTTA
AGGGCGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCAGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCT
TTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTCTTTTACTTCTCTATA
TGTATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1C513TF 740 0 0
GG
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TCTCCACAATGGCTGCTTTCACCTGTACTTCTAGTCCGCCGATTTGTCTCCGGTCAGAGA
TGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTGTGTTAC
CGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCCTCGAAGAATTCTA
GATTACGACAACGAGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAGGGATTC
CATTGGTGAACGATTCAACATGGGGGTCTCTTGTACTCAAGGCAGATGAGCCTGTTGTTG
TGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATCGACCCTATTGTCAGTGAAC
TAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGTCTCCTG
CAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATCTTCGTTAAGGGCG
AGAAGAAGGATACGATCATCGGC*CAGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCTTTGATA
AATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTCTTTTATTTCTCTATATGTATT
TGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATGATGATAATAAA
TATAATGTTGTTTTCTCA

QA 3 740 3 740
DS 

RD RR1BC14JQ 760 0 0
GG
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TGCTTTCACCTGTACTTCTAGTCCGCCGATTTGTCTCCGGTCAGAGATGAGGATCGCATC
CTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTGTGTTACCGGAATCGGGAGG
GCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCCTCGAAGAATTCTAGATTACGACAACG
AGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAGGGATTCCATTGGTGAACGA
TTCAACATGGGAGCCTCTTGTACTCAAGGCAGATGAGCCTGTTGTTGTGGACTTTTGGGC
ACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATCGACCTTATTGTCAGTGAACTAGCACAGCAGTA
CACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGTCTCCTGCAACCCCGGGAAA
GTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATCTTCGTTAAGGGCGAGAAGAAGGATAC
GATCATCGGCGCAGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCTTTGATAAATTCTTGCAGTG
AAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTCTTTTATTTCTCTATATGTACTTGGACTTAACGTA
TACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATGATGATAATAAATATAATGTTGTTT
TCTCAGAAACGAGTTTATGATGATGACTTGTCTATTCG

QA 3 760 3 760
DS 

RD RR1EF53JQ 630 0 0
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TTCTCTGTGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGCCTCATTATCATCGGTCTCC
TCGAAGAATTCTAGATTACGACAACGAGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCT
ACTACAGGGATTCCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCAGAT
GAGCCTGTTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAA*TGATCGACCCT
ATTGTCAGTGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACG
GACGAGTCTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATC
TTCGTTAAGGGCGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCAGTGTCTAAAACCACATTAGCA
ACAAGCTTTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTCTTTTATTT
CTCTATATGTATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAA
TGATGATAATAAATATAATGTTGTTTTC
CC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1A789TF 182 0 0
G
GATCATCGGCGCAGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCTTTGATAAATTCTTGCAGTG
AAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTCTTTTATTTCTCTATATGTATTTGGACTTAACGTA
TACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATGATGATAATAAATATAATGTTGTTT
T

QA 2 182 2 182
DS 

RD RR1F518JQ 630 0 0
CTCCGGTCAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATG
TTCTCTGTGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCC
TCGAAGAATTCTAGATTACGACAACGAGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCT
ACTACAGGGATTCCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCAGAT
GAGCCTGTTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATCGACCCT
ATTGTCAGTGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACG
GACGAGTCTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATC
TTCGTTAAGGGCGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCAGTGTCTAAAACCACATTAGCA
ACAAGCTTTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTCTTTTACTT
CTCTATATGTATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAA
TGATGATAATAAATATAATGTTGTTTTC
CC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1A465JQ 678 0 0
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ATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTGTGTTA
CCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCTTCGAAGAATTCT
AAATTACGACAACGAGGAGGGGCCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAGGGGTT
CCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCTGATGAGCCTGTTGTT
GTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATTGATCCTATTGTCAGTGAA
CTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGTCTCCT
GCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATACCAACCATCATGATCTTTGTTAAGGGC
GAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCGGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCTTTGAT
AAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCT**TTTATTTCTTTATATGTAT
TTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATGATGATAATAA
ATATAATGTTGTTTTCTC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1A465TF 678 0 0
CTCTCCACAATGGCTGCTTTGACCTGTACTTCTTGTCCGCCGATTCATCTCCGGTCAGAG
ATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTGTGTTA
CCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCTTCGAAGAATTCT
AAATTACGACAACGAGGAGGGGCCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAGGGGTT
CCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCTGATGAGCCTGTTGTT
GTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATTGATCCTATTGTCAGTGAA
CTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGTCTCCT
GCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATACCAACCATCATGATCTTTGTTAAGGGC
GAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCGGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCTTTGAT
AAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCT**TTTATTTCTTTATATGTAT
TTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATGATGATAATAA
ATATAATGTTGTTTTCTC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1D339JQ 695 0 0
TTTTTCTCTCCACAATGGCTGCTTTCACCTGTACTTCTTGTCCGCCGATTCATCTCCGGT
CAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTG
TGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCCTCGAAGA
ATTCTAGATTACGACAACGAGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAG
GGATTCCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCTGATGAGCCTG
TTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATCGACCCCATCGTCA
ATGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGGCGAGT
CTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATCTTTGTTA
AGGGGGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCGGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCT
TTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCT**TCTATTTCTCTATA
TGTATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGCTCATCATCTAGACATGTATAATGATGAT
AATAAATATAATGTTGTTTTCTCAGAAACGAGTTT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1D339TF 693 0 0
TTTTTCTCTCCACAATGGCTGCTTTCACCTGTACTTCTTGTCCGCCGATTCATCTCCGGT
CAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTG
TGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCCTCGAAGA
ATTCTAGATTACGACAACGAGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAG
GGATTCCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCTGATGAGCCTG
TTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATCGACCCCATCGTCA
ATGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGGCGAGT
CTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATCTTTGTTA
AGGGGGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCGGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCT
TTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCT**TCTATTTCTCTATA
TGTATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGCTCATCATCTAGACATGTATAATGATGAT
AATAAATATAATGTTGTTT
CTCAGAACGAGTTT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1C513JQ 706 0 0
TCTCCACAATGGCTGCTTTCACCTGTACTTCTAGTCCGCCGATTTGTCTCCGGTCAGAGA
TGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTGTGTTAC
CGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCCTCGAAGAATTCTA
GATTACGACAACGAGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAGGGATTC
CATTGGTGAACGATTCAACATGGGGGTCTCTTGTACTCAAGGCAGATGAGCCTGTTGTTG
TGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATCGACCCTATTGTCAGTGAAC
TAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTTTTCAAACTAAACACGGACGAGTCTCCTG
CAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATCTTCGTTAAGGGCG
AGAAGAAGGATACGATCATCGGC*CAGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCTTTGATA
AATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTCTTTTATTTCTCTATATGTATT
TGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATGATGATAATAAA
TATAATGTTGTTTTCTCAGAAACGAGTTTATGATGATGACTTGTCT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1BC14TF 760 0 0
GG
ACAGAAGAATCTCAGGAACAGAACTTATCGTGTGGTTCTCGTTTTTCTCTCCACAATGGC
TGCTTTCACCTGTACTTCTAGTCCGCCGATTTGTCTCCGGTCAGAGATGAGGATCGCATC
CTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTGTGTTACCGGAATCGGGAGG
GCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCCTCGAAGAATTCTAGATTACGACAACG
AGGAGGGATCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAGGGATTCCATTGGTGAACGA
TTCAACATGGGAGCCTCTTGTACTCAAGGCAGATGAGCCTGTTGTTGTGGACTTTTGGGC
ACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATCGACCTTATTGTCAGTGAACTAGCACAGCAGTA
CACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGTCTCCTGCAACCCCGGGAAA
GTACGGTGTTAGAAGCATCCCAACCATCATGATCTTCGTTAAGGGCGAGAAGAAGGATAC
GATCATCGGCGCAGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCTTTGATAAATTCTTGCAGTG
AAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTCTTTTATTTCTCTATATGTACTTGGACTTAACGTA
TACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATGATGATAATAAATATAATGTTGTTT
TCTCAGAAACGAGTTTATGATGATGACTTGTCT
ATTCG

QA 3 755 3 755
DS 



AS 1 13

CO CL116Contig1 895 13 4 U
GGCTTCACATTCTCCTCGCGAAACCAAATTTTAATTCTTTCTTTGTATGGCACTAGCCCT
TTTGTCTCACGAGGTATCCGATCTCTGCATCGGCAAACCACCGCTACGGTGCCTCTCCGC
CGTCACAGCCACCGTCGCTGACGTCATCTCTGCCCTCAAATCCTCCGACGAACCTTTCCT
CAGCGTATGGAGCTGTGATCACGATGATAACAACAAATGCGAATGCGAGTGTGTGGGTAA
GATCTGTATGGCAGATGTGATCTGTTACCTAACTGAATCAGACAAGAAGGCTTTGTCTCT
TTCCTCTGTTTTCGACGCTTCCGTCTCTGTTCTTCTTCCCAAATCTCGTTCCATCGTCAT
TCATGTACAATCTTCTTGCAAGTTAATTGAAGCCATTAATCTGATAACCGGAGGAGCACA
GAATCTGATCGTTCCGATTCAGACGAAACCAATCACGAAGAGAAGACAACAAACCCGAAA
CGCTGTCGTTTCGCTAACCACAACGACAACAACAACTCACAAGAACAGCCGACAGTTCAG
CTGGATTACACAAGAAGACATCATCAGATTCCTTCTCGACTCCATCAGCGTCTTCTCCCC
ATTACCATCGCTCTCCATCTCCGACCTCGGCGTGATCAACAGCACGCACGCATGAATGAG
AAATCACGTTTTTGGACCACGTATATCAGCTGCAATTTGGGTCTCACATCTAGTTATAAA
CCTAAAATGCAAAAGTTGATGAGTCTTGTGCCTGAAATCTTTTTAAGAATGACAATATTG
AATCTAAATTACAAAACAAAACAGAAAAATACATCAAAAATAGGTGTATCGTGATGTTGA
TTGAAGAATATGCAAGACTGATTCTCTTTTAGTTAATTAGTACACACTTGACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 45 0 70 
70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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GGG
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TCCCAAATCTCGTTCCATCGTCATTCATGTACAATCTTCTTGCAAGTTAATTGAAGCCAT
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TCACAAGAACAGCCGACAGTTCAGCTGG

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DS 

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TTCCTCTGTTTTCGACGCTTCCGTCTCTGTTCTTCTTCCCAAATCTCGTTCCATCGTCAT
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CGCTGTCGTTTCGCTAACCACAACGACAACAACAACTCACAAGAACAGCCGACAGTTCAG
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ATTACCATCGCTCTCCATCTCCGA

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DS 

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GG
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CGCTCTCCATCTCCGAC

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GG
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AGCCACCGTCGCTGACGTCATCTCTGCCCTCAAATCCTCCGACGAACCTTTCCTCAGCGT
ATGGAGCTGTGATCACGATGATAACAACAAATGCGAATGCGAGTGTGTGGGTAAGATCTG
TATGGCAGATGTGATCTGTTACCTAACTGAATCAGACAAGAAGGCTTTGTCTCTTTCCTC
TGTTTTCGACGCTTCCGTCTCTGTTCTTCTTCCCAAATCTCGTTCCATCGTCATTCATGT
ACAATCTTCTTGCAAGTTAATTGAAGCCATTAATCTGATAACCGGAGGAGCACAGAATCT
GATCGTTCCGATTCAGACGAAACCAATCGCGAAGAGAAGACAACAAACCCGAAACGCTGT
CGTTTCGCTAACCACAACGACAACAACAACTCACAAGAACAGCCGACAGTTCAGCTGGAT
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GG
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AGCCACCGTCGCTGACGTCATCTCTGCCCTCAAATCCTCCGACGAACCTTTCCTCAGCGT
ATGGAGCTGTGATCACGATGATAACAACAAATGCGAATGCGAGTGTGTGGGTAAGATCTG
TATGGCAGATGTGATCTGTTACCTAACTGAATCAGACAAGAAGGCTTTGTCTCTTTCCTC
TGTTTTCGACGCTTCCGTCTCTGTTCTTCTTCCCAAATCTCGTTCCATCGTCATTCATGT
ACAATCTTCTTGCAAGTTAATTGAAGCCATTAATCTGATAACCGGAGGAGCACAGAATCT
GATCGTTCCGATTCAGACGAAACCAATCACGAAGAGAAGACAGCAAACCCGAAACGCTGT
CGTTTCGCTAACCACAACGACAACAACAACTCACAAGAACAGCCGACAGTTCTGCTGGAT
TACACAAGAAGACATCATCAGATTCCTTCTCGACTCCATCAGCGTCTTCTCCCCATTACC
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CGTTTTTGGACCACGTATATCAGCTGCAATTTGGGTCTCACATCTAGTTATAAACCTAAA
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TCAGCTGGATTACACAAGAAGACATCATCAGATTCCTTCTCGACTCCATCAGCGTCTTCT
CCCCATTACCATCGCTCTCCATCTCCGACCTCGGCGTGATCAACAGCACGCACGCATGAA
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TGATGAGTCTTGTGCCTGAAATCTTTTTAAGAATGACAATATTGAATCTAAATTACAAAA
CAAAACAGAAAAATACATCAAAAATAGGTGTATCGTGATGTTGATTGAAGAATATGCAAG
ACTGATTCTCTTTTAG
CT

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GAGTCTTGTGCCTGAAATCTTTTTAAGAATGACAATATTGAATCTAAATTACAAAACAAA
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ATTCTCTTTTAG
TT

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DS 

RD RR1BR95JQ 662 0 0
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TTCCTTCTCGACTCCATCAGCGTCTTCTCCCCATTACCATCGCTCTCCATCTCCGACCTC
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TT

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DS 

RD RR1GY24JQ 536 0 0
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TCCTTCTCGACTCCATCAGCGTCTTCTCCCCATTACCATCGCTCTCCATTTCCGACCTCG
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CTGCAATTTGGGTCTCACATCTAGTTATAAACCTAAAATGCAAAAGTTGATGAGTCTTGT
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TACATCAAAAATAGGTGTATCGTGATGTTGATTGAAGAATATGCAAGACTGATT
TT

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G
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RD RR1FL95TF 369 0 0
G
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ACGCATGAATGAGAAATCACGTTTTCGGACCACGTATATCAGCTGCAATTTGGGTCTCAC
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QA 2 369 2 369
DS 



AS 3 13

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AGACACAACGCACGTAAATTGTTCTTTATATTTTAATTTATTTGTATGTGTGTTGTTCTT
TTGTCATGTTGTTGATAGTATTATCTCCTGCAATATTAGTTTGAAAGTTACCG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CA22JQ C 1
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BS 3 533 RR1CA22TF

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RD RR1CA22TF 533 0 0
GG
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GAAAAGGCGTTGAGGCTTAATGGAAGTGACATGGGAGGACGGATTTTACAAACTTATGCT
TACCCGTTTCAGGAAAATTACCTTGATGATGTCTTGGCTACTCTGAAAGAAGCCCCTCAG
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QA 3 533 3 533
DS 



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AAACCTCTCTCTTCTTGGGAGAAGACATATATGCTCTTTTGTGCTATTAACTTGTGTTGC
AATGCAACATTTTTCTTTTCTTTTGTCTGGATGTTAAAAATATTATGTCTTTTGTGGATT
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AAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 5 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 10 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 25 10 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1H887TF U 33
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GG
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TTATGCTTACCCGTTTCAGGAAAATTACCTTGATGATGTCTTGGCTACTCTGAAAGAAGC
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G
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CGAGAGCAAGCTGTGTAAACATTTCGCACCAGCTAGTTGTTTTGCTTACCGGACATGTGG
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CGAAAGCGCTATATATCTTTTATGAGGAAAATTAGGAGGAGCAGAAAGAATAAGACTAAA
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AAAGTGA

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TTTCTTTTCTTTTGTCTGGATGTTAAAAATATTATGTCTTTTGTGGATTTTTATATTTAT
GATAAACTACA

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AGCTTTCGTTTATCTCGTTGGAGAAGACGATGTAGAGAAGGCGCTGGAACTCAGTGGACG
TTGTGTGGGAGGATTGAACATTGTAGTTACCCAGGTTCTGCCCAAAAAACCGATCAAGTG
TGGCTACACTCGTCCACTTAATTGACTAATGAGCAGAAAGCTGATCGAAAGCGCTATATA
TCTTTTATGAGGAAAATTAGGAGGAGCAGAAAGAATAAGACTAAACCTCTCTCTTCTTGG
GAGAAGACATATATGCTCTTTTGTGCTATTAACTTGTGTTGCAATGCAACATTTTTCTTT
TCTTTTGTCTGGATGTTAAAAATATTATGTCTTTTGTGGATTTTTATATTTATGATAAAC
TACAATAATATCATTATGCCAACTTGGTTGGCT
GAAGCC

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DS 

RD RR1GJ46TF 680 0 0
G
TATGTTAACGGAGAAGACGAAGAAAAGGCGTTGAGGCTTAATGGAAGTGACATGGGAGGA
CGGATTTTACAAACTTATGCTTACCCGTTTCAGGAAAATTACCTTGATGATGTCTTGGCT
ACTCTGAAAGAAGCCCCTCAGACACAACGCACTTTGAAAGTTACCGGATATGACCCTTCC
CTTTCTATGGATGATGTCGAGAGCAAGCTGTGTAAACATTTCGCACCAGCTAGTTGTTTT
GCTTACCGGACATGTGGTC*TCTCAAAAGCAAAGCTTTCGTTTATCTCGTTGGAGAAGAC
GATGTAGAGAAGGCGCTGGAACTCAGTGGACGTTGTGTGGGAGGATTGAACATTGTAGTT
ACCCAGGTTCTGCCCAAAAAACCGATCAAGTGTGGCTACACTCGTCCACTTAATTGACTA
ATGAGCAGAAAGCTGATCGAAAGCGCTATATATCTTTTATGAGGAAAATTAGGAGGAGCA
GAAAGAATAAGACTAAACCTCTCTCTTCTTGGGAGAAGACATATATGCTCTTTTGTGCTA
TTAACTTGTGTTGCAATGCAACATTTTTCTTTTCTTTTGTCTGGATGTTAAAAATATTAT
GTCTTTTGTGGATTTTTATATTTATGATAAACTACAATAATATCATTATGCCAACTTGGT
TGGCTGAGCCAAAAAAAAA

QA 2 680 2 680
DS 



CO CL117Contig3 1042 2 4 U
GGATCGCCTCTTGGAAACCTAGCGCAGTCGCCATGGACGAATCCGCCATAAAAGGTCTGG
AATTGAATGGTTGTGAGGCAGAGATTCGAGAAAGCCGGATTGTGGTTGAGGGATACGACA
CCTCTCTTCGTAGGGAAGATGTCGAAGAGGCTTTGAGAAAACATTTCGCTTCATGTGGAA
ACATAATACATGTTTATGTTCCCATTAACGAGGAAACTGATATTCCCAACAGATTTTCCT
TCATTTATGTTAACGGAGAAGACGAAGAAAAGGCGTTGAGGCTTGATGGAAGCGACATGG
GAGGACGGATTTTACAAACTTATGCTTACCCGTTTCAGGAAAATTACCTTGATGATGTCT
TGGCTACTCTGAAAGAAGCCCGTCAGACACAACGCACGTAAATTGTTCTTTATATTTTAA
TTTATTTGTATGTGTGTTGTTCTTTTGTCATGTTGTTGATAGTATTATCTCCTGCAATAT
TAGTTTGAAAGTTACCGGATATGACCCTTCCCTTTCTATGGATGATGTCGAGAGCAAGCT
GTGTAAACATTTCGCACCAGCTAGTTGTTTTGCGTACAGGACATGTGGTGGTCTCCAAAG
GTTTTTTTGGCTTGTATTATTATTATTCTTTTTAATGAGTTATCAGTTAATAACTAACGA
CTTTTTTTTAATTATTATTATTATTTACAGCAAAGCTTTCGTTTATCTCGTTGGAGAAGA
CGATGTAGAGAAGGCGCTGGAACTCAGTGGACGTTGTGTGGGAGGATTGAACATTGTAGT
TACCCAGGTTCTGCCCAAAAAACCGATCAAGTGTGGCTACACTCGTCCACTTAATTGACT
AATGAGCAGAAAGCTGATCGAAAGCGCTATATATCTTTTATGAGGAATATCAGAAGGAGC
AGAAGAATAAGACTAAACCTCTCTCTTCTTGGGAGAAGACATATATGCTCTTTTGTTGTA
TTAACTTGTGTTGCAATGCAACATTTTTCTTTTCTTTTGTCTGGATTTTTTTACTAAAAT
TTTATCCAAGTTCATGCTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS69TF U 1
AF RR1DS69JQ C 535
BS 1 600 RR1DS69TF
BS 601 601 RR1DS69JQ
BS 602 646 RR1DS69TF
BS 647 1042 RR1DS69JQ

RD RR1DS69TF 646 0 0
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AATTGAATGGTTGTGAGGCAGAGATTCGAGAAAGCCGGATTGTGGTTGAGGGATACGACA
CCTCTCTTCGTAGGGAAGATGTCGAAGAGGCTTTGAGAAAACATTTCGCTTCATGTGGAA
ACATAATACATGTTTATGTTCCCATTAACGAGGAAACTGATATTCCCAACAGATTTTCCT
TCATTTATGTTAACGGAGAAGACGAAGAAAAGGCGTTGAGGCTTGATGGAAGCGACATGG
GAGGACGGATTTTACAAACTTATGCTTACCCGTTTCAGGAAAATTACCTTGATGATGTCT
TGGCTACTCTGAAAGAAGCCCGTCAGACACAACGCACGTAAATTGTTCTTTATATTTTAA
TTTATTTGTATGTGTGTTGTTCTTTTGTCATGTTGTTGATAGTATTATCTCCTGCAATAT
TAGTTTGAAAGTTACCGGATATGACCCTTCCCTTTCTATGGATGATGTCGAGAGCAAGCT
GTGTAAACATTTCGCACCAGCTAGTTGTTTTGCGTACAGGACATGTGGTGGTCTCCAAAG
*TTTTTTTGGCTTGTATTATTATTATTCTTTTTAATGAGTTATCAG

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1DS69JQ 508 0 0
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CCAAAGGTTTTTTTGGCTTGTATTATTATTATTCTTTTTAATGAGTTATCAGTTAATAAC
TAACGACTTTTTTTTAATTATTATTATTATTTACAGCAAAGCTTTCGTTTATCTCGTTGG
AGAAGACGATGTAGAGAAGGCGCTGGAACTCAGTGGACGTTGTGTGGGAGGATTGAACAT
TGTAGTTACCCAGGTTCTGCCCAAAAAACCGATCAAGTGTGGCTACACTCGTCCACTTAA
TTGACTAATGAGCAGAAAGCTGATCGAAAGCGCTATATATCTTTTATGAGGAATATCAGA
AGGAGCAGAAGAATAAGACTAAACCTCTCTCTTCTTGGGAGAAGACATATATGCTCTTTT
GTTGTATTAACTTGTGTTGCAATGCAACATTTTTCTTTTCTTTTGTCTGGATTTTTTTAC
TAAAATTTTATCCAAGTTCATGCTCTGC

QA 1 508 1 508
DS 



AS 2 14

CO CL118Contig1 562 11 7 U
GGGTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAACAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCAT
TTTCAGCCATGAGACAGAGTGTGATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTT
TAAATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTAC
CAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGA
AAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AAATCTCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGTCT
TATTAATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAAATAAATATAACGTTTATCTAA
TAATATCCAAATTCTTTAAAAA


BQ
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 10 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 45 60 
60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E333TF U 1
AF RR1A504JQ C 1
AF RR1A504TF U 75
AF RR1C605JQ C 1
AF RR1C605TF U 1
AF RR1E333JQ C 1
AF RR1G486TF U -2
AF RR1DW76TF U 1
AF RR1DW76JQ C 101
AF RR1EK76TF U 1
AF RR1B430TF U 201
BS 1 74 RR1C605TF
BS 75 213 RR1A504TF
BS 214 214 RR1C605TF
BS 215 440 RR1A504TF
BS 441 441 RR1C605TF
BS 442 519 RR1A504TF
BS 520 562 RR1DW76TF

RD RR1E333TF 356 0 0
GGGTATTTCATAGGA*TGTACAAGAAACAATAATTCCTTTTTG*AAAAGAATTTCCTCAT
TTTCAGCCATGAGACAGAGTGTGATGTTAATGGCTTCTTGT**TCTCACATTTCTCATTT
TAAATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTCTTCTGCAAATCATTAC
CAAGCGATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGA
AAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTA
CCAAATG*ATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGT*ATATTCGCATGCATCAATGTGAA

QA 1 356 1 356
DS 

RD RR1A504JQ 519 0 0
GGGTATTTCATAGGAGTGTACAGGAAACAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCAT
TTTCAGCCATGAGACAGAGTGTGATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTT
TAAATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTTTGCAAATCATTAC
CAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGAAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGA
AAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AAATCTCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGTCT
TATTAATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAA

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1A504TF 445 0 0
CAGAGTGTGATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTTTAAATAATGTTAAA
GTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTACCAAGCAATCATGCT
GGAGCATGCGGAAAAAATGAAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGAAAAAGATGAGTGTA
ACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTACCAAATGTATTGAT
GATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTCGATATGATTGCTAA
ATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATGAAATCTCAATGTAA
TAGAGAACTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTATTAATAATTTTC
CAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAA

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1C605JQ 484 0 0
GGGTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAACAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCAT
TTTCAGCCATGAGACAGAGTGTGATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTT
TAAATAATGTTAAAG***AGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTAC
CAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGA
AAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAACGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AAATCTCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCACGTCT
TATT

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR1C605TF 484 0 0
GGGTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAACAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCAT
TTTCAGCCATGAGACAGAGTGTGATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTT
TAAATAATGTTAAAG***AGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTAC
CAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGA
AAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAACGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AAATCTCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCACGTCT
TATT

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR1E333JQ 519 0 0
GGGTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAACAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCAT
TTTCAGCCATGAGACAGAGTGTGATGTTAATGGCTTCTTGT**TCTCACATTTCTCATTT
TAAATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTCTTCTGCAAATCATTAC
CAAGCGATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGA
AAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AAATCTCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGTCT
TATTAATAATTTTCCAATTTAGATTGGTTATGGTTCAAA

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1G486TF 522 0 0
GGATT
GTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAACAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCATTT
TCAGCCATGAAACAGAGTGTGATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTTTA
AATAATGTTAAAG***AGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTACCA
AGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGAAA
AAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTACC
AAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTCGA
TATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATGAA
ATCTCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTA
TTAATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAA

QA 6 522 6 522
DS 

RD RR1DW76TF 562 0 0
GGGTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAACAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCAT
TTTCAGCCATGAGACAGAGTGTGATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTT
TAAATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTAC
CAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGA
AAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGCGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AAATCTCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATC*AGCAGGAAAAACAGCTCATGTCT
TATTAATAATTTTCCAAGTCAGATTGGTTATGGTTCAAAATAAATATAACGTTTATCTAA
TAATATCCAAATTCTTTAAAAA

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1DW76JQ 456 0 0
TGTTCTCACATTTCTCATTTTAAATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAA
GCTTTTTTGCAAATCATTACCAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAA
TTTATGTGTAGAGGACATGAAAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGCGCCAAA
AGGATGGGGAGTACAATGTACCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCG
CATGCATCAATGTGAATGTCGATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATT
TCTTTACTAATAAAGACATGAAATCTCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATC*AGC
AGGAAAAACAGCTCATGTTTTATTAATAATTTTCCAAGTCAGATTGGTTATGGTTCAAAA
TAAATATAACGTTTATTTAATAATATCCAAATT
TTT

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1EK76TF 554 0 0
GGGTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAACAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCAT
TTTCAGCCATGAGACAGAGTGTGATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTCCTCATTT
TAAATAATGTTAAAG***AGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTAC
CAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGA
AAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AAATCTCAATGTAATAGAGATCTCTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGTCT
TATTAATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAAATAA*TATAACGTTTATCTAA
TAATATCCAAATT
C

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1B430TF 353 0 0
ATGCGG
AAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGAAAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGA
AAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTACCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAG
CCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTCGATATGATTGCTAAATTTTAAAATAC
ATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATGAAATCTCAATGTAATAGAGATCTTTT
TGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTATTAATAATTTTCCAAGTTAGATTG
GTTATGGTTCAAAATAGATATAACGTTTATCTAATAATATCCAAATT

QA 7 353 7 353
DS 



CO CL118Contig2 531 3 11 U
GGGTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAGCAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCAT
TTTCAGCCATGAGACAGAGTGTTATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTT
TAAATAATTTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTAC
CAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACGTGA
AAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AAATCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTA
TTAATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAATAATATAACGTTTA


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC88TF U -2
AF RR1GC88JQ C -2
AF RR1BR84TF U 1
BS 1 26 RR1BR84TF
BS 27 27 RR1GC88TF
BS 28 85 RR1BR84TF
BS 86 86 RR1GC88TF
BS 87 236 RR1BR84TF
BS 237 237 RR1GC88TF
BS 238 390 RR1BR84TF
BS 391 391 RR1GC88TF
BS 392 436 RR1BR84TF
BS 437 437 RR1GC88TF
BS 438 531 RR1BR84TF

RD RR1GC88TF 458 0 0
GGATT
GTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAGCAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCATTC
TCAGCCATGAGACAGAGTGTTATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTTTA
AATAATTTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTACCA
AGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACGTGAAA
AAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTACC
AAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTCGA
TATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATGAA
ATCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCT

QA 6 458 6 458
DS 

RD RR1GC88JQ 452 0 0
GGATT
GTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAGCAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCATTT
TCAGCCATGAGACAGAGTGTTATGTTAATGGTTTTTTGTGTTCTCACATTTCTCATTTTA
AATAATTTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTTTGCAAATCATTACCA
AGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACGTGAAA
AAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTACC
AAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTCGA
TATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATTTCTTTACTAATAAAGACATGAA
ATCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGT

QA 6 452 6 452
DS 

RD RR1BR84TF 531 0 0
GGGTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAACAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCAT
TTTCAGCCATGAGACAGAGTGTTATTTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTT
TAAATAATTTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTAC
CAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGA
AAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATGTGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AAATCAATGTAATAGATATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTA
TTAATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAATAATATAACGTTTA

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 12

CO CL119Contig1 989 12 11 U
GGATATAAAATCCTCACTTTCGATTATTCGTTTCCTCACATCTTAAGAGAGAAGGCAAGA
GGTGGCCTCATGGCAACTTTGATCTCCGGAGCTATGCTTAGTGGATTGGGTTCTACTGTC
TCGATCAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTG
ATCATTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGGCCGCCGTGAAAGATGATGATGGC
AACTCAAAGCTAGATCCAAAATGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTG
AAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGAT
CACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTG
ACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAA
GAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCT
AAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAA
AAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAGGCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCA
AATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCC*TAACGTCTAAACAAATACAAGGTG
TTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATATAAAAAAAACTGTTATAATCAGT
GGTTTATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGAATATATTTGCAAAATAAGCCATACACAGT
TATTTTCAGTTTTGATATAACTGAAATATGTGTTGGTCGTTCCCGATTCTCAGATGTATA
TTGGAACCCTATACATATAAATCAATTTGAGGCAGTAATGTATTTTATTTTTATTTTGTG
AGAATATATTGATACATAAACTTGGTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 45 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GI31TF U 1
AF RR1EJ29TF U 46
AF RR1BV50JQ C 36
AF RR1BV50TF U 36
AF RR1BN39JQ C 152
AF RR1GA67TF U 212
AF RR1GB30TF U 203
AF RR1EJ29JQ C 226
AF RR1BP37TF U 285
AF RR1GA67JQ C 226
AF RR1GB30JQ C 226
AF RR1GI31JQ C 571
BS 1 300 RR1GI31TF
BS 301 301 RR1EJ29TF
BS 302 596 RR1GI31TF
BS 597 712 RR1EJ29TF
BS 713 717 RR1BV50TF
BS 718 718 RR1GA67TF
BS 719 765 RR1BV50TF
BS 766 927 RR1GA67TF
BS 928 933 RR1BP37TF
BS 934 935 RR1EJ29JQ
BS 936 989 RR1GA67JQ

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GGTGGCCTCATGGCAACTTTGATCTCCGGAGCTATGCTTAGTGGATTGGGTTCTACTGTC
TCGATCAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTG
ATCATTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGGCCGCCGTGAAAGATGATGATGGC
AACTCAAAGCTAGATCCAAAATGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTG
GAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGAT
CACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTG
ACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAA
GAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCT
AAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCGACGGATATGAG

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1EJ29TF 667 0 0
G
GAGAGAAGGCAAGAGGTGGCCTCATGGCAACTTTGATCTCCGGAGCTATGCTTAGTGGAT
TGGGTTCTACTGTCTCGATCAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTG
GCTGGAAGAATGTGATCATTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGGCCGCCGTGA
AAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAATGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAAG
CTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGAC
AAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTAG
CCATGGACATGGCGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAAGCCA
AAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAA
AAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCGA
CGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAGGCAAAAGAAG
CGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCC*TAACGTCTAA
ACAAAT

QA 2 667 2 667
DS 

RD RR1BV50JQ 742 0 0
GG
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TTAGTGGATTGGGTTCTACTGTCTCGATCAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATA
TTAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCATTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGG
CCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAATGGCTCGATGATGCCT
CAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCAC
ATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAG
CTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGG
AAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCG
TAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAGAAGCTGGTGAAGCCAAAG
AGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAGG
CAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCC*T
AACGTCTAAACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATA
TAAAAAAAACTGTTATAATC

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR1BV50TF 730 0 0
GG
ACATCTTAAGAGAGAAGGCAAGAGGTGGCCTCATGGCAACTTTGATCTCCGGAGCTATGC
TTAGTGGATTGGGTTCTACTGTCTCGATCAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATA
TTAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCATTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGG
CCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAATGGCTCGATGATGCCT
CAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCAC
ATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAG
CTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGG
AAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCG
TAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAGAAGCTGGTGAAGCCAAAG
AGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAG*
CAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCC*T
AACGTCTAAACAAATACAAG*TGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATA
TAAAAAAA

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR1BN39JQ 782 0 0
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TCATGGCCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAATGGCTCGATG
ATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGA
CTGCACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGG
AGAAAGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTG
TGGCGGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAG
ATTTCGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAG
CCAAAGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAA**CAG
CCGAGGCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGA
GCCC*TAACGTCTAAACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTACCACGTG
AGAATATAAAAAAAACTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTCTACTGAAAATTTTAATTCGA
ATATATTTGCAAAATAAGCCATACACAGTTATTTTCAGTTTTGATATAACTGAAATATGT
GTTGGTCGTTCCCGATTCTCAGATGTATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATTTGAG
GC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1GA67TF 716 0 0
TCATGGCCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAATGGCTCGATG
ATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGA
CTGCACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGG
AGAAAGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCGCACAGCTTCAGATTTTG
TGGCGGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAG
ATTTCGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGCGAAG
CCAAAGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAG
CCGAGGCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGA
GCCCCTAACGTCTAAACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTG
AGAATATAAAAAAAACTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGA
ATATATTTGCAAAATAAGCCATACACAGTTATTTTCAGTTTTGATATAACTGAAATATGT
GTTGGTCGTTCCCGATTCTCAGATGTATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1GB30TF 725 0 0
AGGGGAGGTCATA
GGCCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAATGGCTCGATGATGC
CTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGC
ACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAA
AGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCGCACAGCTTCAGATTTTGTGGC
GGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTT
CGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGCGAAGCCAA
AGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGA
GGCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCC
*TAACGTCTAAACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAA
TATAAAAAAAACTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGAATAT
ATTTGCAAAATAAGCCATACACAGTTATTTTCAGTTTTGATATAACTGAAATATGTGTTG
GTCGTTCCCGATTCTCAGATGTATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATT

QA 14 725 14 725
DS 

RD RR1EJ29JQ 711 0 0
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AAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAA
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GCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCC*TAACGTCTA
AACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATATAAAAAAA
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TAAGCCATACACAGTTATTTTCAGTTTTGATATAACTGAAATATGTGTTGGTCGTTCCCG
ATTCTCAGATGTATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATTTGAGGCAG
C

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1BP37TF 649 0 0
G
GCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGA
CAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTA
GCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAAGCC
AAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAA
AAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCG
ACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAGGCAAAAGAA
GCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCC*TAACGTCTA
AACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATATAAAAAAA
ACTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGAATATATTTGCAAAA
TAAGCCATACACAGTTATTTTCAGTTTTGATATAACTGAAATATGTGTTGGTCGTTCCCG
ATTCTCAGATGTATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATTTGAGGC

QA 2 649 2 649
DS 

RD RR1GA67JQ 764 0 0
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AAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAA
AAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGCGAAGCCAAAGAGTTGGCG
ACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAGGCAAAAGAA
GCGATATTGCCTCCAAATTTTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCC*TAACGTCTA
AACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATATAAAAAAA
ACTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGAATATATTTGCAAAA
TAAGCCATACACAGTTATTTTCAGTTTTGATATAACTGAAATATGTGTTGGTCGTTCCCG
ATTCTCAGATGTATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATTTGAGGCAGTAATGTATTT
TATTTTTATTTTGTGAGAATATATTGATACATAAACTTGGTGGT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1GB30JQ 764 0 0
AAAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAATGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAA
GCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGA
CAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTA
GCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCGCACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAAGCC
AAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAA
AAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGCGAAGCCAAAGAGTTGGCG
ACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAGGCAAAAGAA
GCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCC*TAACGTCTA
AACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATATAAAAAAA
ACTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGAATATATTTGCAAAA
TAAGCCATACACAGTTATTTTCAGTTTTGATATAACTGAAATATGTGTTGGTCGTTCCCG
ATTCTCAGATGTATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATTTGAGGCAGTAATGTATTT
TATTTTTATTTTGTGAGAATATATTGATACATAAACTTGGTGGT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1GI31JQ 405 0 0
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GCCGAGGCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAG
AGCCC*TAACGTCTAAACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGT
GAGAATATAAAAAAAACTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCG
AATATATTTGCAAAATAAGCCATACACAGTTATTTTCAGTTTTGATATAACTGAAATATG
TGTTGGTCGTTCCCGATTTTCAGATGTATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATTTGA
GGCAGTAATGTATTTTATTTTTATTTTGTGAGAATATATTGATAC

QA 1 405 1 405
DS 



AS 1 10

CO CL120Contig1 1312 10 20 U
TTTTTAAACCTGAGTACAGATGATATTCTTTATTGAATAAACCGTGGCGTAACGGTCTGA
GAGAAGTAACAACACAAAATGTATAATAGTAATCTCAAAAATCATGTTTGATTATGAGGC
AACTTTTTTTTAATTTTCGTTATTATCCTCATAAAACTCCCAATAGATACTCAAAAGGAA
CAGAAGTTGAGGTCTTTCCACCTTCCCATCGAAGATTTTTATGTCACATGAAAAAATGGA
GATATGAAGAGGACTTGTGCGTAACCACTGCAAAAGCTTACTACGCAATACTTTTAGTTC
ACTACGTCGAGGACCAGCTTGCGGGACTTGAGAACGGACCATTTGAGTCGCCTGTAGTAC
GCTGCCTGGAGCAGAGCAAGAGATAGAAGGAATATCCATTTAAATCCCATCAGTTTTCTC
TCTTCCATTTCTGGTTCAGCTGCCCAAGACAAGAATGACACAACATCTTTACCCATCTGA
GCCTCTGTGGCGGGGACACCATCTTCATACTCAACAGCTTCATCATTGAGCATTTTCGGC
ATAGCAATTGCTCCCCCAGGGAAATAAGGATTGTAGTGTAGCCCCTCTCTAATTGAAATG
CCAGCAGGAGGATCGCGGTAACCCGTCAGAAGAGCAAAGACGTAGTTTTGACCATTGTGA
CGTGCCTTGGTGATAAGACTGAGATCAGGAGGATACGCTCCACCATTAGCGAACCTTGCA
GCTGATTCATTAGCATAAGGCTGAGGCAAGCGGTCACTGAGCTTGCCAGGACGGGTGAAC
ATCTCACCCTCGTCATTAGGACCATCAACAACCTCGATTTCAGCTGCCATTGCTTTGGCC
TCTTCCTCAGTGTAGGCAACACCCACCAAATCTCGGTATGAGATGAGAGACATGGAATGG
CAAGAAGCACAGACTTGCTGATAAACTTGATGCCCACGACGGATCGAAGCGTGGTCATAA
GAGCTGAGAATGCCATCATGAGGCCAAGGGTAGTCCGGACACGCCAACCCATGCTCAGCC
TCATCAGCAGATGCAACCGTGGAGAAACTCAACAGCCCTGTAACTCCAGCACCCAAGAGA
GCAAGTGCTCTCACACCAGAAGACGAGGCAGCAGCATCCTCATGAACTTTCTTCGAAGCA
AACCACGACAGGACAGGAGTTGCGGCTGATTGGGAGTGAAGCTTTCTCCTGAGAATTTGC
TGGATAACTCCTCCTCCAACCATCGGGAAATGAAGCAACGGGATCGGCGACGGAGACGAT
CGAGGAAGGAAGGAACGAAGAAGTAAACCGATAAACGAGAGAAAATGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU95JQ U 5
AF RR1E328JQ U 19
AF RR1CA20JQ U 1
AF RR1A864JQ U 12
AF RR1H851JQ U 38
AF RR1BV57JQ U 38
AF RR1BV57TF C 434
AF RR1CA20TF C 582
AF RR1BU95TF C 724
AF RR1H851TF C 632
BS 1 43 RR1CA20JQ
BS 44 44 RR1BU95JQ
BS 45 580 RR1CA20JQ
BS 581 581 RR1A864JQ
BS 582 735 RR1CA20JQ
BS 736 740 RR1A864JQ
BS 741 851 RR1BV57TF
BS 852 852 RR1CA20TF
BS 853 1016 RR1BV57TF
BS 1017 1017 RR1BU95TF
BS 1018 1085 RR1BV57TF
BS 1086 1086 RR1CA20TF
BS 1087 1189 RR1BV57TF
BS 1190 1226 RR1CA20TF
BS 1227 1227 RR1BU95TF
BS 1228 1229 RR1CA20TF
BS 1230 1230 RR1BU95TF
BS 1231 1240 RR1CA20TF
BS 1241 1241 RR1BU95TF
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RD RR1BU95JQ 370 0 0
GGAACCTGA
GTACAGATGATATTCTTTATTGAATAAACCGTGGCGTAACGGTCTGAGAGAAGTAACAAC
ACAAAATGTATAATAGTAATCTCAAAAATCATGTTTGATTATGAGGCAACTTTTTTTTAA
TTTTCGTTATTATCCTCATAAAACTCCCAATAGATACTCAAAAGGAACAGAAGTTGAGGT
CTTTCCACCTTCCCATCGAAGATTTTTATGTCACATGAAAAAATGGAGATATGAAGAGGA
CTTGTGCGTAACCACTGCAAAAGCTTACTACGCAATACTTTTAGTTCACTACGTCGAGGA
CCAGCTTGCGGGACTTGAGAACGGACCATTTGAGTCGCCTGTAGTACGCTGCCTGGAGCA
G

QA 10 370 10 370
DS 

RD RR1E328JQ 661 0 0
GATGATATTCTTTATTGAATAAACCGTGGCGTAACGGTCTGAGAGAAGTAACAACACAAA
ATGTATAATAGTAATCTCAAAAATCATGTTTGATTATGAGGCAACTTTTTTTTAATTTTC
GTTATTATCCTCATAAAACTCCCAATAGATACTCAAAAGGAACAGAAGTTGAGGTCTTTC
CACCTTCCCATCGAAGATTTTTATGTCACATGAAAAAATGGAGATATGAAGAGGACTTGT
GCGTAACCACTGCAAAAGCTTACTACGCAATACTTTTAGTTCACTACGTCGAGGACCAGC
TTGCGGGACTTGAGAACGGACCATTTGAGTCGCCTGTAGTACGCTGCCTGGAGCAGAGCA
AGAGATAGAAGGAATATCCATTTAAATCCCATCAGTTTTCTCTCTTCCATTTCTGGTTCA
GCTGCCCAAGACAAGAATGACACAACATCTTTACCCATCTGAGCCTCTGTGGCGGGGACA
CCATCTTCATACTCAACAGCTTCATCATTGAGCATTTTCGGCATAGCAATTGCTCCCCCA
GGGAAATAAGGATTGTAGTGTAGCCCCTCTCTAATTGAAATGCCAGCAGGAGGATCGCGG
TAACCCGTCAGAAGAGCAAAGACGTAGTTTTGACCATTGTGACGTGCCTTGGTGATAAGA
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1CA20JQ 735 0 0
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GAGAAGTAACAACACAAAATGTATAATAGTAATCTCAAAAATCATGTTTGATTATGAGGC
AACTTTTTTTTAATTTTCGTTATTATCCTCATAAAACTCCCAATAGATACTCAAAAGGAA
CAGAAGTTGAGGTCTTTCCACCTTCCCATCGAAGATTTTTATGTCACATGAAAAAATGGA
GATATGAAGAGGACTTGTGCGTAACCACTGCAAAAGCTTACTACGCAATACTTTTAGTTC
ACTACGTCGAGGACCAGCTTGCGGGACTTGAGAACGGACCATTTGAGTCGCCTGTAGTAC
GCTGCCTGGAGCAGAGCAAGAGATAGAAGGAATATCCATTTAAATCCCATCAGTTTTCTC
TCTTCCATTTCTGGTTCAGCTGCCCAAGACAAGAATGACACAACATCTTTACCCATCTGA
GCCTCTGTGGCGGGGACACCATCTTCATACTCAACAGCTTCATCATTGAGCATTTTCGGC
ATAGCAATTGCTCCCCCAGGGAAATAAGGATTGTAGTGTAACCCCTCTCTAATTGAAATG
CCAGCAGGAGGATCGCGGTAACCCGTCAGAAGAGCAAAGACGTAGTTTTGACCATTGTGA
CGTGCCTTGGTGATAAGACTGAGATCAGGAGGATACGCTCCACCATTAGCGAACCTTGCA
GCTGATTCATTAGCA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1A864JQ 729 0 0
GCGTACA
GATGACATTCTTTATTGAATAAACCGTGGCGTAACGGTCTGAGAGAAGTAACAACACAAA
ATGTATAATAGTAATCTCAAAAATCATGTTTGATTATGAGGCAACTTTTTTTTAATTTTC
GTTATTATCCTCATAAAACTCCCAATAGATACTCAAAAGGAACAGAAGTTGAGGTCTTTC
CACCTTCCCATCGAAGATTTTTATGTCACATGAAAAAATGGAGATATGAAGAGGACTTGT
GCGTAACCACTGCAAAAGCTTACTACGCAATACTTTTAGTTCACTACGTCGAGGACCAGC
TTGCGGGACTTGAGAACAGACCATTTGAGTCGCCTGTAGTACGCTGCCTGGAGCAGAGCA
AGAGATAGAAGGAATATCCATTTAAATCCCATCAGTTTTCTCTCTTCCATTTCTGGTTCA
GCTGCCCAAGACAAGAATGACACAACATCTTTACCCATCTGAGCCTCTGTGGCGGGGACA
CCATCTTCATACTCAACAGCTTCATCATTGAGCATTTTCGGCATAGCAATTGCTCCCCCA
GGGAAATAAGGATTGTAGTGTAGCCCCTCTCTAATTGAAATGCCAGCAGGAGGATCGCGG
TAACCCGTCAGAAGAGCAAAGACGTAGTTTTGACCATTGTGACGTGCCTTGGTGATAAGA
CTGAGATCAGGAGGATACGCTCCACCATTAGCGAACCTTGCAGCTGATTCATTAGCATAA
GG

QA 8 729 8 729
DS 

RD RR1H851JQ 699 0 0
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AAAATCATGTTTGATTATGAGGCAACTTTTTTTTAATTTTCGTTATTATCCTCATAAAAC
TCCCAATAGATACTCAAAAGGAACAGAAGTTGAGGTCTTTCCACCTTCCCATCGAAGATT
TTTATGCCACATGAAAAAATGGAGATATGAAGAGGACTTGTGCGTAACCACTGCAAAAGC
TTACTACGCAAAACTTTTAGTTCACTACGTCGAGGACCAGCTTGCGGGACTTGAGAACGG
ACCATTTGAGTCGCCCGTAGTACGCTGCCTGGAGCAGAGCAAGAGATAGAAGGAATATCC
ATTTAAATCCCATCAGTTTTCTCTCTTCCATTTCTGGTTCAGCTGCCCAAGACAAGAATG
ACACAACATCTTTACCCATCTGAGCCTCTGTGGCGGGGACACCATCTTCATACTCAACAG
CTTCATCATTGAGCATTTTCGGCATAGCAATTGCTCCCCCAGGGAAATAAGGATTGTAGT
GTAGCCCCTATCTAATTGAAATGCCAGCAGGAGGATCGCGGTAACCCGTCAGAAGAGCAA
AGACGTAGTTTTGACCATTGTGACGTGCCTTGGTGATAAGACTGAGATCAGGAGGATACG
CTCCACCATTAGCGAACCTTGCAGCTGACTCATTAGCAT

QA 1 699 1 699
DS 

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AAAATCATGTTTGATTATGAGGCAACTTTTTTTTAATTTTCGTTATTATCCTCATAAAAC
TCCCAATAGATACTCAAAAGGAACAGAAGTTGAGGTCTTTCCACCTTCCCATCGAAAATT
TTTATGTCACATGAAAAAATGGAGATATGAAGAGGACTTGTGCGTAACCACTGCAAAAGC
TTACTACGCAATACTTTTAGTTCACTACGTCGAGGACCAGCTTGCGGGACTTGAGAACGG
ACCATTTGAGTCGCCTGTAGTACGCTGCCTGGAGCAAAGCAAGAGATAGAAGGAATATCC
ATTTAAATCCCATCAGTTTTCTCTCTTCCATTTCTGGTTCAGGTGCCCAAGACAAGAATG
ACACAACATCTTTACCCATCTGAGCCTCTGTGGCGGGGACACCATCTTCATACTCAACAG
CTTCATCATTGAGCATTTTCGGCATAGCAATTGCTCCCCCAGGGAAATAAGGATTGTAGT
GTAGCCCCTCTCTAATTGAAATGCCAGCAGGAGGATCGCGGTAACCCGTCAGAAGAGCAA
AGACGTAGTTTTGACCATTGTGACGTGCCTTGGTGATAAGACTGAGATCAGGAGGATACG
CTCCACCATTAGCGAACCTTGCAGCTGATTCATTAGCA

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DS 

RD RR1BV57TF 757 0 0
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G*ACACCATCTTCATACTCAACAGCTTCATCATTGAGCATTT*CGGCATAGCAATTGCTC
CCCCAGGGAAATAAGGATTGTAGTGTAGCCCCTCTCTAATTGAAATGCCAGCAGGAGGAT
CGCGGTAACCCGTCAGAAGAGCAAAGACGTAGTTTTGACCATTGTGACGTGCCTTGGTGA
TAAGACTGAGATCAGGAGGATACGCTCCACCATTAGCGAACCTTGCAGCTGATTCATTAG
CATAAGGCTGAGGCAAGCGGTCACTGAGCTTGCCAGGACGGGTGAACATCTCACCCTCGT
CATTAGGACCATCAACAACCTCGATTTCAGCTGCCATTGCTTTGGCCTCTTCCTCAGTAT
AGGCAACACCCACCAAATCTCGGTATGAGATGAGAGACATGGAATGGCAAGAAGCACAGA
CTTGCTGATAAACTTGATGCCCACGACGGATCGAAGCGTGGTCATAAGAGCTGAGAATGC
CATCATGAGGCCAAGGGTAGTCCGGACACGCCAACCCATGCTCGGCCTCATCAGCAGATG
CAACCGTGGAGAAACTCAACAGCCCTGTAACTCCAGCACCCAAGAGAGCAAGCGCTCTCA
CACCAGAAGACGAGGCAGCAGCATCCTCATGAACTTTCTTCGAAGCAAACCACGACAGGA
CAGGAGTTGCGGCTGATTGGGAGTGAAGCTTTCTCC
C

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1CA20TF 731 0 0
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GTAGTTTTGACCATTGTGACGTGCTTTGGTGATAAGACTGAGATCAGGAGGATACGCTCC
ACCATTAGCGAACCTTGCAGCTGATTCATTAGCATAAGGCTGAGGCAAGCGGTCACTGAG
CTTGCCAGGACGGGTGAACATCTCACCCTCGTCATTAGGACCATCAACAACCTCGATTTC
AGCTGCCATTGCTTTGGCCTCTTCCTCAGTGTAGGCAACACCCACCAAATCTCGGTATGA
GATGAGAGACATGGAATGGCAAGAAGCACAGACTTGCTGATAAACTTGATGCCCACGACG
GATCGAAGCGTGGTCATAAGAGCTGAGAATGCCATCATGAGGCCAAGGGTAGTCCGGACA
CGCCAACCCATGCTCGGCCTCATCAGCAGATGCAACCGTGGAGAAACTCAACAGCCCTGT
AACTCCAGCACCCAAGAGAGCAAGTGCTCTCACACCAGAAGACGAGGCAGCAGCGTCCTC
ATGAACTTTCTTCGAAGCAAACCACGACAGGACAGGAGTTGCGGCTGATTGGGAGTGAAG
CTTTCTCCTGAGAATTTGCTGGATAACTCCTCCTCCAACCATCGGAAAGTGAAGCAACGA
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AAAATGGGTCC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1BU95TF 585 0 0
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TCACCCTCGTCATTAGGACCATCAACAACCTCGATTTCAGCTGCCATTGCTTTGGCCTCT
TCCTCAGTGTAGGCAACACCCACCAAATCTCGGTATGAGATGAGAGACATGGAATGGCAA
GAAGCACAGAATTGCTGATAAACTTGATGCCCACGACGGATCGAAGCGTGGTCATAAGAG
CTGAGAATGCCATCATGAGGCCAAGGGTAGTCCGGACACGCCAACCCATGCTCAGCCTCA
TCAGCAGATGCAACCGTGGAGAAACTCAACAGCCCTGTGACTCCAGTACCCAAGAGAGCA
AGTGCTCTCACACCAGAAGACG***CAGCAGCATCCTCATGAACTTTCTTCGAAGCAAAC
CACGACAGGACAGGAGTTGCGGCTGATTGGGAGCGAAGCTTTCTCCTGAGAATTTGCTGG
ATAACTCCTCCTCCAACCATCGGGAAATGAAGCAACGGGATCGGCGACGGAGACGATCGA
GGAAGGAAGGAACGAAGAAGTAAACCGATAAACGAGAGA
GAATCC

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1H851TF 676 0 0
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GATACGCTCCACCATTAGCGAAC*TTGCAGCTGACTCATTAGCATAAGGCTGAGGCAAGC
GGTCACTGAGCTTGCCAGGACGGGTGAACATCTCACCCTCGTCATTAGGACCATCAACAA
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CTCGGTATGAGATGAGAGACATGGAATGGCAAGAAGCACAGACTTGCTGATAAACTTGAT
GCCCACGACGGATCGAAGAGTGGTCATAAGAGCTGAGAATGCCATCATGAGGCCAAGGGT
AGTCCGGACACGCCAACCCATGCTCAGCCTCATCAGCAGATGCAACCGTGGAGAAACTCA
ACAGCCCTGTGACTCCAGCACCCAAGAGAGCAAGTGATCTCACACCAGAAGACG***CAG
CAGCATCCTCATGAACTTTCTTCGAAGCAAACCACGACAGGACAGGAGTTGCGGCTGATT
GGGAGTGAAGCTTTCTCCTGAGAATTTGCTGGATAACTCCTCCTCCAACCATCGGGAAAT
GAAGCAACGGGATCGGCGACGGAGACGATCGAGGAAGGAAGGAACGAAGAAGTAAACCGA
TAAACGAGAGA
GAATC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 2 11

CO CL121Contig1 947 5 10 U
CACTATACAGGGCAAAAGTAAAGAATGGACGACAATGAAATTTATAAATTCAGGGCTCAA
ATTATGAAATTATTACAAACCCCCCCTCAAATCGTAACCATGTCTCTAGTTTGCCACATA
TTCCTTTGGAGTTTAAAAGTAATAATCGGGTAACAAGTCAACAAATATTATACAGAATCC
GGGAAGGCCTCACATTTTTCGAAGGTTGTCCAACCTTGCCTGAAAATCACTATCTATTCC
CCCACCGTCCTCAGCTCCTGCCGCCTCAGCTTGCACCACCTTATTCTTTCCTGCTGGTGC
TGCCACCGCACCAGATGGAGCATTCACCAGCTCTTGGTTGATATCGATACCGATCTCGTC
AAGGACTTGGCTAACAAGATCTTCAGTCTCTTCCTCTTCCTCATCTCCTTCCAAGGCATC
ATCAATAGCATCTCCCATCACCTCAGAGGTCATCTCCATTTTCTCGTTTTGCCTCTCAAA
CTCTTGCATGATTTTCTGCAGAGAAGGCAGATTCATCTGCCTGTTCATTTGCCCCATTGC
TTTAGTCACACCTTTCATTGCCTCTCCCATTGCTTGTGTTGATTTGAGAGTCTGGATCCT
GAGAGAAACACCTTGGAGCTGGGATTTAAGCTTGTAAAACTTCTCAATCTGGTGTCGTGT
TCTGATAAGGTCCTTTGCCATCACTTTCACAGCTCCCATCTGTCCCTGCTCCGCGGTCTT
TTTAATCTCGGTAATAAGTTTCTTCTCTTGTGTCTGAAGGCCTTGTCTCTCCCTCTCAAT
GTCTCTGATCGACTTATCAAGCATCCTCTTGTTTTCCCGCAGTAGTTCTGCAGGAGTTTT
TCGCTTTCCGAAGATGGAATTCATCATGATCGCAAGAAGAATCTCAAAACTTTGCACGGA
AAATTTAAAGCTGAATTCCAATCAGCAGAACCTTCGATTGGAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW53JQ U 44
AF RR1A505JQ U 1
AF RR1AR27JQ U 27
AF RR1GW53TF C 286
AF RR1A505TF C 599
BS 1 38 RR1A505JQ
BS 39 39 RR1AR27JQ
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BS 83 83 RR1AR27JQ
BS 84 224 RR1A505JQ
BS 225 225 RR1AR27JQ
BS 226 345 RR1A505JQ
BS 346 346 RR1AR27JQ
BS 347 770 RR1A505JQ
BS 771 947 RR1GW53TF

RD RR1GW53JQ 222 0 0
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CTCTAGTTTGCCACATATTCCTTTGGAGTTTAAAAGTAATAATCGGGTAACAAGTCAACA
AATATTATACAAAATCCGGGAAGGCCTCACATTTTTCGAAGGTT*TCCAACCTTGCCTGA
AAATCACTATCTATTCCCCCACCGTCCTCAGCTCCTGCCGCC

QA 1 222 1 222
DS 

RD RR1A505JQ 770 0 0
CACTATACAGGGCAAAAGTAAAGAATGGACGACAATGAGATTTATAAATTCAGGGCTCAA
ATTATGAAATTATTACAAACCCACCCTCAAATCGTAACCATGTCTCTAGTTTGCCACATA
TTCCTTTGGAGTTTAAAAGTAATAATCGGGTAACAAGTCAACAAATATTATACAGAATCC
GGGAAGGCCTCACATTTTTCGAAGGTTGTCCAACCTTGCCTGAAGATCACTATCTATTCC
CCCACCGTCCTCAGCTCCTGCCGCCTCAGCTTGCACCACCTTATTCTTTCCTGCTGGTGC
TGCCACCGCACCAGATGGAGCATTCACCAGCTCTTGGTTGATATCTATACCGATCTCGTC
AAGGACTTGGCTAACAAGATCTTCAGTCTCTTCCTCTTCCTCATCTCCTTCCAAGGCATC
ATCAATAGCATCTCCCATCACCTCAGAGGTCATCTCCATTTTCTCGTTTTGCCTCTCAAA
CTCTTGCATGATTTTCTGCAGAGAAGGCAGATTCATCTGCCTGTTCATTTGCCCCATTGC
TTTAGTCACACCTTTCATTGCCTCTCCCATTGCTTGTGTTGATTTGAGAGTCTGGATCCT
GAGAGAAACACCTTGGAGCTGGGATTTAAGCTTGTAAAACTTCTCAATCTGGTGTCGTGT
TCTGATAAGGTCCTTTGCCATCACTTTCACAGCTCCCATCTGTCCCTGCTCCGCGGTCTT
TTTAATCTCGGTAATAAGTTTCTTCTCTTGTGTCTGAAGGCCTTGTCTCT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1AR27JQ 726 0 0
GGACGACAATGAAATTTATAAATTCAGGGCTCAAATTATGAAATTATTACAAACCCCCCC
TCAAATCGTAACCATGTCTCTAGTTTGCCACATATTCCTTTGGAGTTTAAAAGTAATAAT
CGGGTAACAAGTCAACAAATATTATACAGAATCCGGGAAGGCCTCACATTTTTCGAAGGT
TGTCCAACCTTGCCTGAAAATCACTATCTATTCCCCCACCGTCCTCAGCTCCTGCCGCCT
CAGCTTGCACCACCTTATTCTTTCCTGCTGGTGCTGCCACCGCACCAAATGGAGCATTCA
CCAGCTCTTGGTTGATATCGATACCGATCTCGTCAAGGACTTGGCTAACAAGATCTTCAG
TCTCTTCCTCTTCCTCATCTCCTTCCAAGGCATCATCAATAGCATCTCCCATCACCTCAA
AGGTCATCTCCATTTTCTCGTTTTGCCTCTCAAACTCTTGCATGATTTTCTGCAAAAAAG
GCAAATTCATCTGCCTGTTCATTTGCCCCATTGCTTTAGTCACACCTTTCATTGCCTCTC
CCATTGCTTGTGTTGATTTGAGAGTCTGGATCCTGAGAGAAACACCTTGGAGCTGGGATT
TAAGCTTGTAAAACTTCTCAATCTGGTGTCGTGTTCTGATAAGGTCCTTTGCCATCACTT
TCACAGCTCCCATCTGTCCCTGCTTCGCGGTCTTTTTAATCTCGGTAATAAGTTTCTTCT
CTTGTG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1GW53TF 662 0 0
TCTTT
CTGCTGGTGCTGCCACCGCACCAGATGGAGCATTCACCAGCTCTTGGTTGATATCGATAC
CGATCTCGTCAAGGACTTGGCTAACAAGATCTTCAGTCTCTTCCTCTTCCTCATCTCCTT
CCAAGGCATCATCAATAGCATCTCCCATCACCTCAGAGGTCATCTCCATTTTCTAGTTTT
GACTCTCAAACTCTTGCATGATTTTCTGCAGAGAAGGCAGATTCATCTGCCTGTTCATTT
GCCCCATTGCTTTAGTCACACCTTTCATTGCCTCTCCCATTGCTTGTGTTGATTTGAGAG
TCTGGATCCTGAGAGAAACACCTTGGAGCTGGGATTTAAGCTTGTAAAACTTCTCAATCT
GGTGTCGTGTTCTGATAAGGTCCTTTGCCATCACTTTCACAGCTCCCATCTGTCCCTGCT
TCGCGGTCTTTTTAATCTCGGTAATAAGTTTCTTCTCTTGTGTCTGAAGGCCTTGTCTCT
CCCTCTCAATGTCTCTGATCGACTTATCAAGCATCCTCTTGTTTTCCCGCAGTAGTTCTG
CAGGAGTTTTTCGCTTTCCGAAGATGGAATTCATCATGATCGCAAGAAGAATCTCAAAAC
TTTGCACGGAAAATTTAAAGCTGAATTCCAATCAGCAGAACCTTCGATTGGAGTTCC

QA 6 662 6 662
DS 

RD RR1A505TF 324 0 0
CTGAGAGAAACACCTTGGAGCTGGGATTTAAGCTTGTAAAACTTCTCAATCTGGTGTCGT
GTTCTGATAAGGTCCTTTGCCATCACTTTCACAGCTCCCATCTGTCCCTGCTCCGCGGTC
TTTTTAATCTCGGTAATAAGTTTCTTCTCTTGTGTCTGAAGGCCTTGTCTCTCCCTCTCA
ATGTCTCTGATCGACTTATCAAGCATCCTCTTGTTTTCCCGCAGTAGTTCTGCAGGAGTT
TTTCGCTTTCCGAAGATGGAATTCATCATGATCGCAAGAAGAATCTCAAAACTTTGCACG
GAAAATTTAAAGCTGAATT
TCCCC

QA 1 319 1 319
DS 



CO CL121Contig2 961 6 18 U
GGGGACGAAGGAAAAGAGAATAATCCCTTTTCCGCGTTTCCTGACCAAAAGTTTCATAAC
TGAGATTTGTTCCAACTCCGATCGTAGGTTTCGCTGATTCGAGCTCGCGTCAAAATCCTA
TTCAAAGTTTCCGAGATTTCGATCATGATGAATTCCATCTTCGGAAAGCGGAAAACTCCT
GCAGAACTACTGCGGGAAAACAAGAGGATGCTCGATAAGTCAATCAGAGACATCGAGAGG
GAGAGACAAGGCCTTCAAACACAAGAGAAGAAACTTATTACCGAGATTAAGAAGACCGCA
AAGCAGGGCCAGATGGGAGCTGTGAAAGTGATGGCAAAGGACCTTATCAGAACACGGCAC
CAGATTGAGAAGTTTTACAAGCTTAAATCCCAGCTCCAAGGTGTATCTCTCAGGATCCAG
ACTTTAAAATCAACACAAGCAATGGGAGAGGCAATGAAAGGCGTGACTAAAGCAATGGGG
CAAATGAACAGACAGATGAATCTTCCATCTCTGCAGAAAATCATGCAAGAGTTTGAGAGG
CAGAACGAGAAAATGGAGATGGTCTCCGAGGTGATGGGAGATGCTATTGATGATGCCTTG
GAAGGAGATGAGGAAGAGGAAGAGACTGAAGATCTTGTTAGCCAAGTCCTTGACGAGATC
GGTATCGATATCAACCAAGAGCTGGTGAATGCTCCATCTGGTGCGGTGGCTGCACCAGCA
GCAAAGAACAAGGTGGTGCAAGCTGAGGCGGCCGGAGCTGAGGACGGTGGGGGAATTGAT
AGTGATCTTCAGGCAAGGTTGGACAACCTTCGAAAAATGTGAGGCTTTCCCGGTTTCTGT
ATAATATTGTTGATTTGTTACCTGATTATTACTTTTAAACTCCAAAGGAATATATGGCAA
ACCAGAGTTTTAAGGATGTGTTTGTAATCATTTCATAATTTGAGCCCCTGAATTTATAAA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 

AF RR1D493TF U 6
AF RR1EF37TF U 57
AF RR1GM44TF U 1
AF RR1DJ74TF U 6
AF RR1D493JQ C 183
AF RR1GM44JQ C 192
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BS 769 779 RR1DJ74TF
BS 780 957 RR1D493JQ
BS 958 961 RR1GM44JQ

RD RR1D493TF 610 0 0
G
GAAGGAAAAGAGAATAATCCCTTTTCCGCGTTTCCTGACCAAAAGTTTCATAACTGAGAT
TTGTTCCAACTCCGATCGTAGGTTTCGCTGATTCGAGCTCGCGTCAAAATCCTATTCAAA
GTTTCCGAGATTTCGATCATGATGAATTCCATCTTCGGAAAGCGGAAAACTCCTGCAGAA
CTACTGCGGGAAAACAAGAGGATGCTCGATAAGTCAATCAGAGACATCGAGAGGGAGAGA
CAAGGCCTTCAAACACAAGAGAAGAAACTTATTACCGAGATTAAGAAGACCGCAAAGCAG
GGCCAGATGGGAGCTGTGAAAGTGATGGCAAAGGACCTTATCAGAACACGGCACCAGATT
GAGAAGTTTTACAAGCTTAAATCCCAGCTCCAAGGTGTATCTCTCAGGATCCAGACTTTA
AAATCAACACAAGCAATGGGAGAGGCAATGAAAGGCGTGACTAAAGCAATGGGGCAAATG
AACAGACAGATGAATCTTCCATCTCTGCAGAAAATCATGCAAGAGTTTGAGAGGCAGAAC
GAGAAAATGGAGATGGTCTCCGAGGTGATGGGAGATGCTATTGATGATGCCTTGGAAGGA
GATGAGGAA

QA 2 610 2 610
DS 

RD RR1EF37TF 661 0 0
GG
ACTGAGATTTGTTCCAACTCCGATCGTAGGTTTCGCTGATTCGAGCTCGCGTCAAAATCC
TATTCAAAGTTTCCGAGATTTCGATCATGATGAATTCCATCTTCGGAAAGCGGAAAACTC
CTGCAGAACTACTGCGGGAAAACAAGAGGATGCTCGATAAGTCAATCAGAGACATCGAGA
GGGAGAGACAAGGCCTTCAAACACAAGAGAAGAAACTTATTACCGAGATTAAGAAGACCG
CAAAGCAGGGCCAGATGGGAGCTGTGAAAGTGATGGCAAAGGACCTTATCAGAACACGGC
ACCAGATTGAGAAGTTTTACAAGCTTAAATCCCAGCTCCAAGGTGTATCTCTCAGGATCC
AGACTTTAAAATCAACACAAGCAATGGGAGAGGCAATGAAAGGCGTGACTAAAGCAATGG
GGCAAATGAACAGACAGATGAATCTTCCATCTCTGCAGAAAATCATGCAAGAGTTTGAGA
GGCAGAACGAGAAAATGGAGATGGTCTCCGAGGTGATGGGAGATGCTATTGATGATGCCT
TGGAAGGAGATGAGGAAGAGGAAGAGACTGAAGATCTTGTTAGCCAAGTCCTTGACGAGA
TCGGTATCGATATCAACCAAGAGCTGGTGAATGCTCCATCTGGTGCGGTGGCTGCACCA

QA 3 661 3 661
DS 

RD RR1GM44TF 722 0 0
GGGGACGAAGGAAAAGAGAATAATCCCTTTTCCGCGTTTCCTGACCAAAAGTTTCATAAC
TGAGATTTGTTCCAACTCCGATCGTAGGTTTCGCTGATTCGAGCTCGCGTCAAAATCCTA
TTCAAAGTTTCCGAGATTTCGATCATGATGAATTCCATCTTCGGAAAGCGGAAAACTCCT
GCAGAACTACTGCGGGAAAACAAGAGGATGCTCGATAAGTCAATCAGAGACATCGAGAGG
GAGAGACAAGGCCTTCAAACACAAGAGAAGAAACTTATTACCGAGATTAAGAAGACCGCA
AAGCAGGGCCAGATGGGAGCTGTGAAAGTGATGGCAAAGGACCTTATCAGAACACGGCAC
CAGATTGAGAAGTTTTACAAGCTTAAATCCCAGCTCCAAGGTGTATCTCTCAGGATCCAG
ACTTTAAAATCAACACAAGCAATGGGAGAGGCAATGAAAGGCGTGACTAAAGCAATGGGG
CAAATGAACAGACAGATGAATCTTCCATCTCTGCGGAAAATCATGCAAGAGTTTGAGAGG
CAGAACGAGAAAATGGAGATGGTCTCCGAGGTGATGGGAGATGCTATTGATGATGCCTTG
GAAGGAGATGAGGAAGAGGAAGAGACTGAAGATCTTGTTAGCCAAGTCCTTGACGAGATC
GGTATCGATATCAACCAAGAGCTGGTGA*TGCTCATCTTGGTGCGGTGGCTGCACCAGCA
GC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1DJ74TF 774 0 0
G
GAAGGAAAAGAGAATAATCCCTTTTCCGCGTTTCCTGACCAAAAGTTTCATAACTGAGAT
TTGTTCCAACTCCGATCGTAGGTTTCGCTGATTCGAGCTCGCGTCAAAATCCTATTCAAA
GTTTCCGAGATTTCGATCATGATGAATTCCATCTTCGGAAAGCGGAAAACTCCTGCAGAA
CTACTGCGGGAAAACAAGAGGATGCTCGATAAGTCAATCAGAGACATCGAGAGGGAGAGA
CAAGGCCTTCAAACACAAGAGAAGAAACTTATTACCGAGATTAAGAAGACCGCAAAGCAG
GGCCAGATGGGAGCTGTGAAAGTGATGGTAAAGGACCTTATCAGAACACGGCACCAGATT
GAGAAGTTTTACAAGCTTAAATCCCAGCTCCAAGGTGTATCTCTCAGGATCCAGACTTTA
AAATCAACACAAGCAATGGGAGAGGCAATGAAAGGCGTGACTAAAGCAATGGGGCAAATG
AACAGACAGATGAATCTTCCATCTCTGCGGAAAATCATGCAAGAGTTTGAGAGGCAGAAC
GAGAAAATGGAGATGGTCTCCGAGGTGATGGGAGATGCTATTGATGATGCCTTGGAAGGA
GATGAGGAAGAGGAAGAGACTGAAGATCTTGTTAGCCAAGTCCTCGACGAGATCGGTATC
GATATCAACCAAGAGCTGGTGAATGCTCCATCTGGTGCGGTGGCTGCACCAGCAGCAAAG
AACAAG*TGGTGCAAGCTGAG*CGGCCGGAGCTGAG*ACGGGGGGGGAATTGA

QA 2 774 2 774
DS 

RD RR1D493JQ 775 0 0
AGAACTACTGCGGGAAAACAAGAGGATGCTCGATAAGTCAATCAGAGACATCGAGAGGGA
GAGACAAGGCCTTCAAACACAAGAGAAGAAACTTATTACCGAGATTAAGAAGACCGCAAA
GCAGGGCCAGATGGGAGCTGTGAAAGTGATGGCAAAGGACCTTATCAGAACACGGCACCA
GATTGAGAAGTTTTACAAGCTTAAATCCCAGCTCCAAGGTGTATCTCTCAGGATCCAGAC
TTTAAAATCAACACAAGCAATGGGAGAGGCAATGAAAGGCGTGACTAAAGCAATGGGGCA
AATGAACAGACAGATGAATCTTCCATCTCTGCAGAAAATCATGCAAGAGTTTGAGAGGCA
GAACGAGAAAATGGAGATGGTCTCCGAGGTGATGGGAGATGCTATTGATGATGCCTTGGA
AGGAGATGAGGAAGAGGAAGAGACTGAAGATCTTGTTAGCCAAGTCCTTGACGAGATCGG
TATCGATATCAACCAAGAGCTGGTGAATGCTCCATCTGGTGCGGTGGCTACACCAGCAGC
AAAGAACAAGGTGGTGCAAGCTGAGGCGGCCGGAGCTGAGGACGGTGGGGGAATTGATAG
TGATCTTCAGGCAAGGTTGGACAACCTTCGAAAAATGTGAGGCTTTCCCGGTTTCTGTAT
AATATTGTTGATTTGTTACCTGATTATTACTTTTAAACTCCAAAGGAATATATGGCAAAC
CAGAGTTTTAAGGATGTGTTTGTAATCATTTCATAATTTGAGCCCCTGAATTTAT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1GM44JQ 770 0 0
GCGGGAAAACAAGAGGATGCTCGATAAGTCAATCAGAGACATCGAGAGGGAGAGACAAGG
CCTTCAAACACAAGAGAAGAAACTTATTACCGAGATTAAGAAGACCGCAAAGCAGGGCCA
GATGGGAGCTGTGAAAGTGATGGCAAAGGACCTTATCAGAACACGGCACCAGATTGAGAA
GTTTTACAAGCTTAAATCCCAGCTCCAAGGTGTATCTCTCAGGATCCAGACTTTAAAATC
AACACAAGCAATGGGAGAGGCAATGAAAGGCGTGACTAAAGCAATGGGGCAAATGAACAG
ACAGATGAATCTTCCATTTCTGCGGAAAATCATGCAAGAGTTTGAGAGGCAGAACGAGAA
AATGGAGATGGTTTCCGAGGTGATGGGAGATGCTATTGATGATGCCTTGGAAGGAGATGA
GGAAGAGGAAGAGACTGAAGATCTTGTTAGCCAAGTCCTTGACGAGATCGGTATCGATAT
CAACCAAGAGCTGGTGAATGCTCCATCTGGTGCGGTGGCTGCACCAGCAGCAAATAACAA
GGTGGTGCAAGCTGAGGCGGCCGGAGCTGAGGACGGTGGGGGAATTGATAGTGATCTTCA
GGCAAGGTTGGACAACCTTCGAAAAATGTGAGGCTTTCCCGGTTTCTGTATAATATTGTT
GATTTGTTACCTGATTATTACTTTTAAACTCCAAAGGAATATATGGCAAACCAGAGTTTT
AAGGATGTGTTTGTAATCATTTCATAATTTGAGCCCCTGAATTTATAAAA

QA 1 770 1 770
DS 



AS 3 14

CO CL122Contig1 758 4 9 U
AGGACTCTTCGCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTTTAGGGTTTT
ATCCTTTTTGCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCCGGA
GTCCCTAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGTGTCGATCTCGATGCTCTT
CTTGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAGGGTTC
TCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTGCGTAAGGCCAAAAGG
GAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATT
GTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGGGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAGGTC
GAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCGTACAAGCCG
GTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAG
TGAAGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGTGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTG
CTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTT
ATGATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTCAATTTATTACGCTCATGCATTTTCGTTATT
AGGTTTAATGTTTTATCAAGATAGTATTTGTCACTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG41JQ C 39
AF RR1CG41TF U 39
AF RR1BN01TF U 1
AF RR1DS44TF U 604
BS 1 234 RR1BN01TF
BS 235 235 RR1CG41TF
BS 236 381 RR1BN01TF
BS 382 382 RR1CG41TF
BS 383 673 RR1BN01TF
BS 674 674 RR1DS44TF
BS 675 698 RR1BN01TF
BS 699 699 RR1DS44TF
BS 700 758 RR1BN01TF

RD RR1CG41JQ 675 0 0
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ACCAGAGGTTGCTGCTGCCGGAGTCCCTAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAA
AGGTGTCGATCTCGATGCTCTTCTTGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCC
TTCTCGTATTCGCAGAGGGTTCTCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAA
GAAGCTGCGTAAGGCCAAAAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAAC
CCACTTGAGGAACATGATCATTGTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGGGTGTACAA
TGGAAAGACCTTTAACCAGGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGA
GTTCTCCATCTCGTACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTC
CTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTGAAGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGTGGAATGTGTTC
CTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATT
TTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTCAATTTATT
ACGCTCA
AAAAAAAA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1CG41TF 670 0 0
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ACCAGAGGTTGCTGCTGCCGGAGTCCCTAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAA
AGGTGTCGATCTCGATGCTCTTCTTGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCC
TTCTCGTATTCGCAGAGGGTTCTCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAA
GAAGCTGCGTAAGGCCAAAAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAAC
CCACTTGAGGAACATGATCATTGTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGGGTGTACAA
TGGAAAGACCTTTAACCAGGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGA
GTTCTCCATCTCGTACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTC
CTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTGAAGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGTGGAATGTGTTC
CTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATT
TTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTCAATTTATT
ACGCTCA
AAA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1BN01TF 758 0 0
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ATCCTTTTTGCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCCGGA
GTCCCTAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGTGTCGATCTCGATGCTCTT
CTTGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTC
TCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTGCGTAAGGCCAAAAGG
GAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATT
GTCCCAGAGATGATCGGAAGCGTCATTGGGGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAGGTC
GAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCGTACAAGCCG
GTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAG
TGAAGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGTGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTG
CTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTT
ATGATGAAACTACCTTTAGATACTTTGTTCAATTTATTGCGCTCATGCATTTTCGTTATT
AGGTTTAATGTTTTATCAAGATAGTATTTGTCACTTAA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1DS44TF 134 0 0
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ATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTCAATTTATTACGCTCATGCATTTTCGTTATTAGG
TTTAATGTTTTATC

QA 1 134 1 134
DS 



CO CL122Contig2 715 8 7 U
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TCCTTTCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGT
CCCAAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCCCTTCT
TGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTTTC
AAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAGGGA
GGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATTGT
CCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGA
GATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGT
TAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTG
AAGAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTG
AGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGAT
GAAACTACTTTTAGATACTTTGTTAAATTTATTATGCTCATGCATTTTCGTTATT


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 20 20 20 

AF RR1C502TF U 1
AF RR1H342JQ C 129
AF RR1GI69TF U 1
AF RR1GI69JQ C 198
AF RR1H766JQ C 1
AF RR1H766TF U 1
AF RR1H342TF U 1
AF RR1C502JQ C 38
BS 1 95 RR1C502TF
BS 96 96 RR1GI69TF
BS 97 264 RR1C502TF
BS 265 265 RR1GI69TF
BS 266 701 RR1C502TF
BS 702 702 RR1H766TF
BS 703 715 RR1C502TF

RD RR1C502TF 715 0 0
GGACTCTTCGCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTTTAGGGTTTTA
TCCTTTCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGGACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGT
CCCAAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCCCTTCT
TGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTTTC
AAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATAGCTCTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAGGGA
GGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATTGT
CCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGA
GATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGT
TAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTG
AAGAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTG
AGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGAT
GAAACTACTTTTAGATACTTTGTTAAATTTATTATGCTCATTCATTTTCGTTATT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1H342JQ 584 0 0
AGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCCCTTCTTGACATGT
CTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTTTCAAGAGGTT
TGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAGGGAGGCACCAC
AAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATTGTCCCAGAGA
TGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGAGATCAAGC
CTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGTTAAGCACG
GTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTGAAGAGCTT
ATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTGAGTTGTCT
CTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGATGAAACTAC
TTTTAGATACTTTGTTAAATTTATTATGCTCATGCATTTTCGTT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1GI69TF 691 0 0
GGACTCTTCGCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTTTAGGGTTTTA
TCCTTTCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGT
CCCAAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCCCTTCT
TGACATGTCTACTGATGACCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTTTC
AAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAGGGA
GGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATTGT
CCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGA
GATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGT
TAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTG
AAGAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTG
AGTTGTCTCTTATGTATTCGAATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGAT
GAAACTACTTTTAGATACTTTGTTAAATT
CA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1GI69JQ 493 0 0
AC
CTCGTCAAGCTCTTCCCTTTTCGTATTCGCAGAAGGTTTTCAAGAGGTTTGACCAGGAAG
CCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAG
CCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATTGTCCCAGAGATGATCGGAAGC
ATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATT
GGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATTTCATACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGT
GTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTGAAGAGCTTATATTGCTGCT
TGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTGAGTTGTTTCTTATGTATTC
GAATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGATGAAACTACTTTTAGATACT
TTGTTAAATT
C

QA 3 492 3 492
DS 

RD RR1H766JQ 710 0 0
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TCCTTTCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGT
CCCAAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCCCTTCT
TGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTTTC
AAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCTGTAAGGCGAAAAGGGA
GGCACCACAAGGTGGGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACGTGATCATTGT
CCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGA
GATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGT
TAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTG
AAGAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTG
AGTTGTCTCTTATGTATTCAGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGAT
GAAACTACTTTTAGATACTTTGTTAAATTTATTATGCTCATGCATTTTC
C

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1H766TF 710 0 0
GGACTCTTCGCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTTTAGGGTTTTA
TCCTTTCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGT
CCCAAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCCCTTCT
TGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTTTC
AAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCTGTAAGGCGAAAAGGGA
GGCACCACAAGGTGGGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACGTGATCATTGT
CCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGA
GATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGT
TAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTG
AAGAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTG
AGTTGTCTCTTATGTATTCAGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGAT
GAAACTACTTTTAGATACTTTGTTAAATTTATTATGCTCATGCATTTTC
C

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1H342TF 712 0 0
GGACTCTTCGCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTTTAGGGTTTTA
TCCTTTCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGT
CCCAAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCCCTTCT
TGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTTTC
AAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAGGGA
GGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATTGT
CCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGA
GATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGT
TAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTG
AAGAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTG
AGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGAT
GAAACTACTTTTAGATACTTTGTTAAATTTATTATGCTCATGCATTTTCGTT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1C502JQ 678 0 0
TTTTTAGCCGTTTTAGGGTTTTATCCTTTCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGGA
CCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGTCCCAAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAA
GGAGTCGATCTCGATGCCCTTCTTGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCT
TCTCGTATTCGCAGAAGGTTTTCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATAGCTCTCATTAAG
AAGCTCCGTAAGGCGAAAAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACC
CACTTGAGGAACATGATCATTGTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAAT
GGAAAGACCTTTAACCAAGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAG
TTCTCCATCTCATACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCC
TCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTC
ATCGTTATATGGTCTTTGCTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTT
TGCATTTGTTTTTGCTTTATGATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTAAATTTATTATGC
TCATTCATTTTCGTTATT

QA 1 678 1 678
DS 



CO CL122Contig3 863 2 2 U
GGTACGGTGAAGAGTGTCGCTTTCTTGATTCAGGGTTTCGCTGTCGGAAGAACGGAAGAA
AAGATTCCGGTTATCTAGATTGGCGATGGCAACCACACGGCTGCGATCTTCCACGATTCA
ACGCAAGTGACTTTCTGGAGAGGAGTAGGAACGGGAGGATAGTGTTTGTGGGAGATTCAA
TTGGAAGAAACCAGTGGGAATCACTCATGTGCATGCTCTCACAAGCAGTACATAACAAGT
CCGAGATATACGAAGTATATGGGAACCCCATAACGAAACACAAGGGCTTTCTCTCCATGA
GGTTCCCTCGGCAAAACCTCACAGTTGAGTATCACAGAACGCCGTTTCTCGTCGTCATTG
GCCGGCCACCTGAACACTCACCGCAAGAGGTCAAAACCAGTGAGAACCCACTTGAGGAAC
ATGATCGTTGTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGGGTGTACAATGGAAAGACCTTT
AACCAGGTCGAGATCAGGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCG
TACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATT
CCTCTCAAGTGAAGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGTGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATA
TGGTCTTTGCTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGT
TTTTGCTTTATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTCAATTTGTTACGCTCATGCATTTTC
GTTATTAGGTTTAATGTTTTATCAAGATAGTATTTGTCAACTTAAGTACCTTAAATTTAA
AAGAAAAATACATTTTCAGAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D635TF U 1
AF RR1D635JQ C 116
BS 1 706 RR1D635TF
BS 707 863 RR1D635JQ

RD RR1D635TF 706 0 0
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AAGATTCCGGTTATCTAGATTGGCGATGGCAACCACACGGCTGCGATCTTCCACGATTCA
ACGCAAGTGACTTTCTGGAGAGGAGTAGGAACGGGAGGATAGTGTTTGTGGGAGATTCAA
TTGGAAGAAACCAGTGGGAATCACTCATGTGCATGCTCTCACAAGCAGTACATAACAAGT
CCGAGATATACGAAGTATATGGGAACCCCATAACGAAACACAAGGGCTTTCTCTCCATGA
GGTTCCCTCGGCAAAACCTCACAGTTGAGTATCACAGAACGCCGTTTCTCGTCGTCATTG
GCCGGCCACCTGAACACTCACCGCAAGAGGTCAAAACCAGTGAGAACCCACTTGAGGAAC
ATGATCGTTGTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGGGTGTACAATGGAAAGACCTTT
AACCAGGTCGAGATCAGGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCG
TACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATT
CCTCTCAAGTGAAGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGTGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATA
TGGTCTTTGCTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTAT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1D635JQ 748 0 0
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TTCAATTGGAAGAAACCAGTGGGAATCACTCATGTGCATGCTCTCACAAGCAGTACATAA
CAAGTCCGAGATATACGAAGTATATGGGAACCCCATAACGAAACACAAGGGCTTTCTCTC
CATGAGGTTCCCTCGGCAAAACCTCACAGTTGAGTATCACAGAACGCCGTTTCTCGTCGT
CATTGGCCGGCCACCTGAACACTCACCGCAAGAGGTCAAAACCAGTGAGAACCCACTTGA
GGAACATGATCGTTGTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGGGTGTACAATGGAAAGA
CCTTTAACCAGGTCGAGATCAGGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCA
TCTCGTACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGT
TCATTCCTCTCAAGTGAAGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGTGGAATGTGTTCCTTCATCG
TTATATGGTCTTTGCTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCA
TTTGTTTTTGCTTTATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTCAATTTGTTACGCTCATGCA
TTTTCGTTATTAGGTTTAATGTTTTATCAAGATAGTATTTGTCAACTTAAGTACCTTAAA
TTTAAAAGAAAAATACATTTTCAGAGCT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 3 11

CO CL123Contig1 1079 3 12 U
GTCTCGCGAAACTACACAGATCTGATCAACAAACCGTCCTACCGATCCCTCCACGACTCC
TCCGACGGATCCTCCATCGACGAATCCACGCTCCGCCAGTTCGAGAAGGAGGTGAAGGAG
CGGATCAAGATGACTCGCCAAGTGATCGCCGAGGCCAAAGAGTCGTTCGATAATCAGCTC
AAGATCCAGAAGCTCAAGGATACGATCTTCGCCGTCAGCGAGCAGCTCACCAGCGCCAAG
AAGCAAGGCGCGTTCTCCAGCATGATCGCCGCGAAATCGATCCCTAAAGGATTGCACTGC
CTCGCCATGAGGCTGATGGAGGAGAGGATCGCTCATCCAGAGAAGTACACCGACAAAGAT
AAACGGGCGGAGCTGGAGGATCCGAGTCTTTACCATTACGCGATCTTCTCGGATAACGTG
ATCGCAGCTTCCGTTGTGGTGAACTCCGCTGTGAAGAACGCAAAGGAGCCGTGGAAGCAC
GTGTTCCACGTGGTGACTGATAAGATGAACCTAGGAGCGATGCAGGCTATGTTTAAGCTC
AAGGAGTATAAAGGAGCTCACGTGGAAGTGAAAGCCGTGGAGGACTACACGTTCTTGAAC
TCTTCTTACGTTCCCGTCTTGAAGCAGCTTGAGTCTTCGAATCTTCAGAAGTTCTATTTC
GAGAATAAGCTCGAGAACGCGACGAAGGACACTACGAATATGAAGTTTAGGAACCCCAAG
TATCTCTCTATATTGAACCACTTGAGGTTTTATCTGCCTGAGATGTACCCGAAGCTGCAT
AGGATACTGTTCTTGGACGATGACGTGGTTGTGCAGAAGGATTTAACGGGGCTTTGGGAG
ATTGATATGGATGGGAAAGTGAACGGAGCTGTGGAGACTTGTTTCGGTTCGTTCCATCGG
TATGCTCAGTACATGAACTTCTCCCATCCTTTGATCAAGAGAAGTTAATCCCAAGGCATG
TGCGTGGGCTTATGGGATGACTTCTTTGATCTTGATGCTGGAGAGAGAGAGTGCACTGAA
GAGTATCACTACTGGCAAACCTGATGAGACAGGCTCTGTGGAAGCTGGGGACGTACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BE67TF U 1
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AF RR1C655TF U 243
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DS 



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TCTCTTCCATCAACCTCATCGCGAGACAATGCAGCCCCTTGGGGATCGATTTCGCGGCGA
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TCACTTGGCGAGTCATCTTGATCCGTTCC


BQ
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AF RR1BH44JQ U 1
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BS 1 867 RR1BH44JQ
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QA 1 867 1 867
DS 

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CATCTCAGGCAAATAGAATCTCAAGTGATTCAATATAGACAAATACTTGGGGTTCCTAAA
CTTCATATTAGTCGTATCTTTGGTCGCATTCTCAAGCTTATTCTCGAAATAGAACTTCTG
AAGATTGGCAGACTCAAGCTGCTTCAACACAGGCACATACGAAGAGTTCAAAAACGTATA
GTCCTCAACAGCTTTCACTTCCACATGAGCTCCTTTATACTCCTTGAGCTTAGACGTCTT
ATCCGTCACGACGTGGAAGACATGCTTCCACGGCTCCTTGGCATTCTTCACAGCAGAGTT
CACCACCACCGAAGCTGCAATCACGTTATCCGAAAAGATAGCGTAATGGTAAAGACTCGG
ATCCTCTAACTCCGCCGCTCTAGCTTTCCCTCCTTCATCCGTATACTTCTCCGGATGAGC
GATCCTCTCTTCCATCAACCTCATCGCGAGACAATGCAGCCCCTTGGGGATCGATTTCGC
GGCGATCAAGCTCGAGAACGCTCCTTGCTTCTTAGCGTTCGTCAGCTGCTCGTTAACGGC
GAAGATCGTATCCTTCAGCTTCTGGATCTTGAGCTGGTTATCGAACGACTCTTTGGCTTC
AGCGATCACTTGGCGAGTCATCTTGATCCGTTCC

QA 1 814 1 814
DS 



CO CL123Contig3 856 6 10 U
GCATAATGAAGTAACCATTATATATAGTATAAAAGCTTTGATTATAGGTTGCCATAGAAT
TACGACAGCTCTGAACAAAAATACAATTATTCTAATTTCCCCTCAAAAATATATAAATAA
ACAGACAGAACAAACTAAGTTACAAATTTCATAGATAGAAAAATAAATTCATAGTTCAGA
GGCCGAAATTGCAAGCCTGGACAAACTCCAAGTCGTAGTCAACGTGTTTGGTCCAAAGCG
GCCTAAACTGGTTCATAGCTATGTCCAGCCACGGCTTCATATTACCATTGAAGTGTACCA
CCGCAGCGTTACGAATCTCCTCCATACTAATGCTCGGGTTGTAACCCAACCCAAGCACAT
GCCACGACTTGTCCAGCGGCTTCGTGGTCGAGTAAAACGTGATCAGCCCCGGTGGTAACG
TCCCCAGCTTCCACAGAGCCCTGTTCTCATTCAGGTTTTGCCAGTAGTGATACTCTTCAG
TGCACTTCTCTCTTCTCCAAGCATCAAGATCAAAGAAGTTCATCCCATAAGCCCACGCAC
ATGCCTTGGGATTAAACTTCTCCTTGATCAAAGGATGGGAGAAGTTCATGTACTGAGCAT
ACCGATGGAACGAACCGAAACAAGTCTCCACAGCTCCGTTCACTTTCCCATCCATATCAA
TCTCCCAAAGCCCCGTTAAATCCTTCTGCACAACCACGTCATCGTCCAAGAACAGTATCC
TATGCAGCTTCGGGTACATCTCAGGCAGATAAAACCTTAAGTGGTTCAATATAGAGAGAT
ACTTGGGGTTCCTAAACTTCATATTCGTAGTGTCCTTCGTCG*GTTCTCGAGCTTATTCT
CGAAATAGAACCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1DM09JQ U 1
AF RR1BE67JQ U 22
AF RR1C655JQ U 26
AF RR1GD73JQ U 73
AF RR1CL04JQ U 92
AF RR1CL04TF C 189
BS 1 180 RR1DM09JQ
BS 181 181 RR1BE67JQ
BS 182 652 RR1DM09JQ
BS 653 740 RR1BE67JQ
BS 741 757 RR1GD73JQ
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BS 759 822 RR1GD73JQ
BS 823 823 RR1CL04JQ
BS 824 827 RR1GD73JQ
BS 828 856 RR1CL04JQ

RD RR1DM09JQ 652 0 0
GCATAATGAAGTAACCATTATATATAGTATAAAAGCTTTGATTATAGGTTGCCATAGAAT
TACGACAGCTCTGAACAAAAATACAATTATTCTAATTTCCCCTCAAAAATATATAAATAA
ACAGACAGAACAAACTAAGTTACAAATTTCATAGATAGAAAAATAAATTCATAGTTCAGA
AGCCGAAATTGCAAGCCTGGACAAACTCCAAGTCGTAGTCAACGTGTTTGGTCCAAAGCG
GCCTAAACTGGTTCATAGCTATGTCCAGCCACGGCTTCATATTACCATTGAAGTGTACCA
CCGCAGCGTTACGAATCTCCTCCATACTAATGCTCGGGTTGTAACCCAACCCAAGCACAT
GCCACGACTTGTCCAGCGGCTTCGTGGTCGAGTAAAACGTGATCAGCCCCGGTGGTAACG
TCCCCAGCTTCCACAGAGCCCTGTTCTCATTCAGGTTTTGCCAGTAGTGATACTCTTCAG
TGCACTTCTCTCTTCTCCAAGCATCAAGATCAAAGAAGTTCATCCCATAAGCCCACGCAC
ATGCCTTGGGATTAAACTTCTCCTTGATCAAAGGATGGGAGAAGTTCATGTACTGAGCAT
ACCGATGGAACGAACCGAAACAAGTCTCCACAGCTCCGTTCACTTTCCCATC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1BE67JQ 719 0 0
ATATA
GTATAAAAACTTTGATTATAGGTTGCCATAAAATTACGACAGCTCTGAACAAAAATACAA
TTATTCTAATTTCCCCTCAAAAATATATAAATAAACAGACAGAACAAACTAAGTTACAAA
TTTCATAGATAGAAAAATAAATTCATAGTTCAAAGGCCGAAATTGCAAGCCTGGACAAAC
TCCAAGTCGTAGTCAACGTGTTTGGTCCAAAGTGGCCTAAACTGGTTCATAGCTATGTCC
AGCCACGGCTTCATATTACCATTGAAGTGTACCGCCGCAGCGTTACGAATCTCCTCCATA
CTAATGCTCGGGTTGTAACCCAACCCAAGCACATGCCACGACTTGTCCAGCGGCTTCGTG
GTCGAGTAAAACGTGATCAGCCCCGGTGGTAACGTCCCCAGCTTCCACAGAGCCCTGTTC
TCATTCAGGTTTTGCCAGTAGTGATACTCTTCAGTGCACTTCTCTCTTCTCCAAGCATCA
AGATCAAAGAAGTTCATCCCATAAGCCCACGCACATGCCTTGGGATTAAACTTCTCCTTG
ATCAAAGGATGGGAGAAGTTCATGTACTGAGCATACCGATGGAACGAACCGAAACAAGTC
TCCACAGCTCCGTTCACTTTCCCATCCATATCAATCTCCCAAAGCCCCGTTAAATCCTTC
TGCACAACCACGTCATCGTCCAAGAACAGTATCCTATGCAGCTTCGGGTACATC

QA 6 719 6 719
DS 

RD RR1C655JQ 715 0 0
C
GTATAAAAGCTTTGATTATAGGTTGCCATAGAATTACGACAGCTCCGAACAAAAATACAA
TTATTCTAATTTCCCCTCAAAAATATATAAATAAACAGACAGAACAAACTAAGTTACAAA
TTTCATAGATAGAAAAATAAATTCATAGTTCAGAGGCCGAAATTGCAAGCCTGGACAAAC
TCCAAGTCGTAGTCAACGTGTTTGGTCCAAAGCGGCCTAAACTGGTTCATAGCTATGTCC
AGCCACGGCTTCATATTACCATTGAAGTGTACCACCGCAGCGTTACGAATCTCCTCCATA
CTAATGCTCGGGTTGTAACCCAACCCAAGCACATGCCACGACTTGTCCAGCGGCTTCGTG
GTCGAGTAAAACGTGATCAGCCCCGGTGGTAACGTCCCCAGCTTCCACAGAGCCCTGTTC
TCATTCAGGTTTTGCCAGTAGTGATACTCTTCAGTGCACTTCTCTCTTCTCCAAGCATCA
AGATCAAAGAAGTTCATCCCATAAGCCCACGCACATGCCTTGGGATTAAACTTCTCCTTG
ATCAAAGGATGGGAGAAGTTCATGTACTGAGCATACCGATGGAACGAACCGAAACAAGTC
TCCACAGCTCCGTTCACTTTCCCATCCATATCAATCTCCCAAAGCCCCGTTAAATCCTTC
TGCACAACCACGTCATCGTCCAAGAACAGTATCCTATGCAGCTTCGGGTACATC

QA 2 715 2 715
DS 

RD RR1GD73JQ 755 0 0
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AACTAAGTTACAAATTTCATAGATAGAAAAATAAATTCATAGTTCAGAGGCCGAAATTGC
AAGCCTGGACAAACTCCAAGTCGCAGTCAACGTGTTTGGTCCAAAGCGGCCTAAACTGGT
TCATAGCTATGTCCAGCCACGGTTTCATATTACCATTGAAGTGTACCACCGCAGCGTTAC
GAATCTCCTCCATACTAATGCTCGGGTTGTAACCCAACCCAAGCACATGCCACGACTTGT
CCAGCGGCTTCGTGGTCGAGTAAAACGTGATCAGCCCCGGTGGTAACGTCCCCAGCTTCC
ACAGAGCCCTGTTCTCATTCAGGTTTTGCCAGTAGTGATACTCTTCAGTGCACTTCTCTC
TTCTCCAAGCATCAAGATCAAAGAAGTTCATCCCATAAGCCCACGCACATGCCTTGGGAT
TAAACTTCTCCTTGATCAAAGGATGGGAGAAGTTCATGTACTGAGCATACCGATGGAACG
AACCGAAACAAGTCTCCACAGCTCCGTTCACTTTCCCATCCATATCAATCTCCCAAAGCC
CCGTTAAATCCTTCTGCACAACCACGTCATCGTCCAAGAACAGTATCCTATGCAGCTTCG
GGTACATCTCAGGCAGATAAAACCTCAAGTGGTTCAATATAGAGAGATACTTGGGGTTCC
TAAACTTCATATTCGTAGTGTCCTTCGTCGCGTTC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1CL04JQ 765 0 0
CTAATTTCCCCTCAAAAATATATAAATAAACAGACAGAACAAACTAAGTTACAAATTTCA
TAGATAGAAAAATAAATTCATAGTCCAGAGGCCGAAATTGCAAGCCTGGACAAACTCCAA
GTCGTAGTCAACGTGTTTGGTCCAAAGCGGCCTAAACTGGTTCATAGCTATGTCCAGCCA
CGGCTTCATATTACCATTGAAGTGTACCACCGCAGCGTTACGAATCTCCTCCATACTAAT
GCTCGGGTTGTAACCCAACCCAAGCACATGCCACGACTTGTCCAGCGGCTTCGTGGTCGA
GTAAAACGTGATCAGCCCCGGTGGTAACGTCCCCAGCTTCCACAGAGCCCTGTTCTCATT
CAGGTTTTGCCAGTAGTGATACTCTTCAGTGCACTTCTCTCTTCTCCAAGCATCAAGATC
AAAGAAGTTCATCCCATAAGCCCACGCACATGCCTTGGGATTAAACTTCTCCTTGATCAA
AGGATGGGAGAAGTTCATGTACTGAGCATACCGATGGAACGAACCGAAACAAGTCTCCAC
AGCTCCGTTCACTTTCCCATCCATATCAATCTCCCAAAGCCCCGTTAAATCCTTCTGCAC
AACCACGTCATCGTCCAAGAACAGTATCCTATGCAGCTTCGGGTACATCTCAGGCAGATA
AAACCTTAAGTGGTTCAATATAGAGAGATACTTGGGGTTCCTAAACTTCATATTCGTAGT
GTCCTTCGTCG*GTTCTCGAGCTTATTCTCGAAATAGAACCTCTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1CL04TF 668 0 0
A
TGCAAGCCTGGACAAACTCCAAGTCGTAGTCAACGTGTTTGGTCCAAAGCGGCCTAAACT
GGTTCATAGCTATGTCCAGCCACGGCTTCATATTACCATTGAAGTGTACCACCGCAGCGT
TACGAATCTCCTCCATACTAATGCTCGGGTTGTAACCCAACCCAAGCACATGCCACGACT
TGTCCAGCGGCTTCGTGGTCGAGTAAAACGTGATCAGCCCCGGTGGTAACGTCCCCAGCT
TCCACAGAGCCCTGTTCTCATTCAGGTTTTGCCAGTAGTGATACTCTTCAGTGCACTTCT
CTCTTCTCCAAGCATCAAGATCAAAGAAGTTCATCCCATAAGCCCACGCACATGCCTTGG
GATTAAACTTCTCCTTGATCAAAGGATGGGAGAAGTTCATGTACTGAGCATACCGATGGA
ACGAACCGAAACAAGTCTCCACAGCTCCGTTCACTTTCCCATCCATATCAATCTCCCAAA
GCCCCGTTAAATCCTTCTGCACAACCACGTCATCGTCCAAGAACAGTATCCTATGCAGCT
TCGGGTACATCTCAGGCAGATAAAACCTTAAGTGGTTCAATATAGAGAGATACTTGGGGT
TCCTAAACTTCATATTCGTAGTGTCCTTCGTCG*GTTCTCGAGCTTATTCTCGAAATAGA
AC
CTCTC

QA 2 663 2 663
DS 



AS 2 13

CO CL124Contig1 1115 5 10 U
GGGAGACAATTAATCAGTTTTCTGTGTTTCAGAGAAGAATAAGAAGATCTTCAAAGAGAT
TTATCATCTCGAACGCGCGTTGAGACGGTGAATTTAAATTAAATTACAAAATGGGTTACT
GGAATTCGAAGGTTGTTCCCAGGTTCAAGAAGATATTCGAGAAGAATAGTGCCAAGAAGG
CTGCTGCTGCTGAAGCTTGCAAGACCTTTGATGAGTCTAAGGAAACAATCAACAAGGAAA
TTGAGGAGAAAAAGACAGAACTCCAACCAAAGGTCGTGGAGACCTATGAGGCCACGTCTG
CTGAAGTCAAGGCTTTGGTGAGAGACCCTAAGGAGGCTGGTTTGAAGAAAAACTCTGCGG
CTGTGCTGAAATATCTCGAGGCTCTTGTCGGTATAGAATTCCCCGGATCAACGGCTGTGA
AAGAAGCTGCCTCTAGCTTCGGAGCTGGCTATGTCTCCGGACCAGTCGGGTTCATATTCG
AGAAGGTATGTGTGTTCCTTCCCGAGGAGGTTAAGACACGGGAAGTACCTGTGGAGGAAG
TGAAAGCCGAAGAACCAGCCAAGACCGAGGAGCCAGCCAAAACCGAGGAGCCAGTCAAAA
CCGAAGAAACAAGTGGCGAGAAGGAGATTGTTGAAGAGAAGAAAGAAGAGACCGTTGCAA
CCGCCGTCGTTGAGGAGAAGAAACCTGAAGTAGAAAAGGAGGAGGAGAAGAAGCCTGTCG
TAGAAGAAGTGAAAAAGGAAGAAGCTGCTCCAGCTCCAGCTCCAGCGGTGGTTGAAACTC
CGGTTACAGCACCAGAGACGACAACGCCGGCGCCAGTGGCTGAGCCACCGAAGCCTTGAT
TCGTTTCAAGATGGTACGATTTGCTTTATCTTGTATGAAAACATCTTTGTACGTGACAAA
AAAGTGAAAGGAACAAAAAAAAACCTGTTTTCATTCTTTTTATTTTATTTGGTTTGTCTT
TGTGTGGATAAATCTCTGTTTCTGAAAGTCGTTAATGTGTTGTTTATTTGTATTCATTTG
AATTTGTAAAAAAAGTATTGGTGGATGTTTTTCTTTCTTTCTATACAATCTGTATATGTT
GTAACCAAGCTTATCAACCTCAAACAATTCTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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ATTGGT
GG

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GG

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G
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ATGTGTTGTTTATTTGTATTCATTTGAATTTGTAAAAAAAGTATTGGTGGATGTTTTTCT
TTCTTTCTATACAATCTGTATATGTTGTAACCAAGCTTATCAACCTCAAACAATTCTTGA
T

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DS 



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AGACGACAACGCCGGCGCCAGTGGCTGAGCCACCGAAGCCTTGATTCGTTTCAAGATGGT
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TCTGTTTCTGGAAGTCGTTGATGTGTTGTTTATTTGTATTCATTTGAATTTGTAAAAAAA
GTATTGGTTGATGTTTTTCTTTCTTCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
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30 30 30 30 30 30 30 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 3 473 3 473
DS 

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TTGAGGAGAAAAAGACAGAACTCCAACCAAAGGTCGTGGAGACCTATGAGGCCACGTCGG
CTGAAGTCAAGGCTTTGGTGAGAGACCCTAAGGAGGCTGGTTTGAAGAAAAACTCTGCGG
CTGTGCTGAAATATCTCGAGGCTCTTGTCGGTATAGAATTCCCCGGATCAACGGCTGTGA
AAGAAGCTGCCTCTAGCTTCGGAGCTGGCTATGTCTCCGGACCAGTCGGGTTCATATTCG
AGAAGGTATGTGTGTTCCTTCCCGAGGAGGTTAAGACACGGGAAATACCTGTGGAGGAAG
TGAAAACCGAAGAACCATCCAAGACCGAGGAGCCAGTCAAAACCGAAGAAACAAGTGGCG
AGAAAGAGATTGTTGAAGAGAAGAAAGAAGAGACCGTCGCAACCGCGGTAGT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1A850TF 715 0 0
GGGA
GGCGATTAATCAGTTTTGTGTGTTCCGGAGAAGAAAGAAGAAGA*CTTCAAAGAGATTTA
ACATCTCAAGCGCGTTGAGACGGTGAATTTAAATTAAATTACAAAATGGGTTACTGGAAT
TCGAAGGTTGTTCCGAGGTTCAAGAAGATATTCGAGAAGAACAGTGCTAAGAAGGCTGCT
GCTGCTGAAGCTTGCAAGACCTTTGATGAGTCTAAGGAAACAATCAACAAGGAAATTGAG
GAGAAAAAGACAGAACTCCAACCAAAGGTCGTGGAGACCTATGAGGCCACGTCGGCTGAA
GTCAAGGCTTTGGTGAGAGACCCTAAGGAGGCTGGTTTGAAGAAAAACTCTGCGGCTGTG
CTGAAATATCTCGAGGCTCTTGTCGGTATAGAATTCCCCGGATCAACGGCTGTGAAAGAA
GCTGCCTCTAGCTTCGGAGCTGGCTATGTCTCCGGACCAGTCGGGTTCATATTCGAGAAG
GTATGTGTGTTCCTTCCCGAGGAGGTTAAGACACGGGAAATACCTGTGGAGGAAGTGAAA
ACCGAAGAACCAGCCAAGACCGAGGAGCCAGTCAAAACCGAAGAAACAAGTGGCGAGAAG
GAGCTTGTTGAAGAGAAGAAAGAAGAGACCGTCGCAACCGCGGTAATTGAGGAGAAGAAA
CCTGAAGTAGAAAAGGAGGAGGAGAAGAAGCCTGTCGTCGAAGAAGTGAAA

QA 5 715 5 715
DS 

RD RR1BC87TF 714 0 0
GGGA
GGCGATTAATCAGTTTTGTGTGTTCCGGAGAAGAAAGAAGAAGATCTTCAAAGAGATTTA
ACATCTCAAGCGCGTTGAGACGGTGAATTTAAATTAAATTACAAAATGGGTTACTGGAAT
TCGAAGGTTGTTCCGAGGTTCAAGAAGATATTCGAGAAGAACAGTGCTAAGAAGGCTGCT
GCTGCTGAAGCTTGCAAGACCTTTGATGAGTCTAAGGAAACAATCAACAAGGAAATTGAG
GAGAAAAAGACAGAACTCCAACCAAAGGTCGTGGAGACCTATGAGGCCACGTCGGCTGAA
GTCAAGGCTTTGGTGAGAGACCCTAAGGAGGCTGGTTTGAAGAAAAACTCTGCGGCTGTG
CTGAAATATCTCGAGGCTCTTGTCGGTATAGAATTCCCCGGATCAACGGCTGTGAAAGAA
GCTGCCTCTAGCTTCGGAGCTGGCTATGTCTCCGGACCAGTCGGGTTCATATTCGAGAAG
GTATGTGTGTTCCTTCCCGAGGAGGTTAAGACACGGGAAATACCTGTGGAGGAAGTGAAA
ACCGAAGAACCAGCCAAGACCGAGGAGCCAGTCAAAACCGAAGAAACAAGTGGCGAGAAG
GAGATTGTTGAAGAGAAGAAAGAAGAGACCGTCGCAACCGCGGTAGTTGAGGAGAAGAAA
CCTGAAGTAGAAAAGGAGGAGGAGAAGAAGCCTGTCGTCGAAGAAGTGAA

QA 5 714 5 714
DS 

RD RR1GU06TF 553 0 0
G
GTCGGCTGAAGTCAAGGCTTTGGTGAGAGACCCTAAGGAGGCTGGTTTGAAGAAAAACTC
TGCGGCTGTGCTGAAATATCTCGAGGCTCTTGTCGGTATATAATTCCCCGGATCAACGGC
TGTGAAAGAAGCTGCCTCTAGCTTCGGAGCTGGCTATGTCTCCGGACCAGTCGGGTTCAT
ATTCGAGAAGGTATGTGTGTTCCTTCCCGAGGAGGTTAAGACACGGGAAATACCTGTGGA
GGAAGTGAAGACCGAAGAATCAGCCAAGACCGAGGAGCCAGTCAAAACCGAAGAAACAAG
TGGCGAGAAGGAGATTGTTGAAGAGAAGAAAGAAGAGACCGTCGCAACCGCGGTAGTTGA
GGAGAAGAAACCTGAAGTAGAAAAGGAGGAGGAGAAGAAGCCTGTCGTCGAAGAAGTGAA
AAAGGAAGAAGCTGCTCCAGCTCCAGCTCCAGCGGTGGTTGAAACTCCGGTTACGGTACC
AGCTGAGACGACAACGCCGGCGCCAGTGGCTGAGCCACCGAAGCCTTGATTCGTTTCAAG
ATGGTACGGTTT

QA 2 553 2 553
DS 

RD RR1A850JQ 893 0 0
TCAAGAAGATATTCGAGAAGAACAGTGCTAAGAAGGCTGCTGCTGCTGAAGCTTGCAAGA
CCTTTGATGAGTCTAAGGAAACAATCAACAAGGAAATTGAGGAGAAAAAGACAGAACTCC
AACCAAAGGTCGTGGAGACCTATGAGGCCACGTCGGCTGAAGTCAAGGCTTTGGTGAGAG
ACCCTAAGGAGGCTGGTTTGAAGAAAAACTCTGCGGCTGTGCTGAAATATCTCGAGGCTC
TTGTCGGTATAGAATTCCCCGGATCAACGGCTGTGAAAGAAGCTGCCTCTAGCTTCGGAG
CTGGCTATGTCTCCGGACCAGTCGGGTTCATATTCGAGAAGGTATGTGTGTTCCTTCCCG
AGGAGGTTAAGACACGGGAAATACCTGTGGAGGAAGTGAAAACCGAAGAACCAGCCAAGA
CCGAGGAGCCAGTCAAAACCGAAGAAACAAGTGGCGAGAAGGAGCTTGTTGAAGAGAAGA
AAGAAGAGACCGTCGCAACCGCGGTAATTGAGGAGAAGAAACCTGAAGTAGAAAAGGAGG
AGGAGAAGAAGCCTGTCGTCGAAGAAGTGAAAAAGGAAGAAGCTGCTCCAGCTCCAGCTC
CAGCGGTGGTTGAAACTCCGGTTACGGTACCAGCTGAGACGACAACGCCGGCGCCAGTGG
CTGAGCCACCGAAGCCTTGATTCGTTTCAAGATGGTACGGTTTGCCTTATCTTGTATGAA
AACATCTTTGTACGTGACAAAAAGTGAAAGGAACAAAAAAAACAAACTATTTTCATTCTT
TTTATTTTATTTGGTTTGTCTTTGTGTGGATAAATCTCTGTTTCTGGAAGTCGTTGATGT
GTTGTTTATTTGTATTCATTTGAATTTGTAAAAAAAGTATTGGTTGATG
TTTT

QA 1 889 1 889
DS 

RD RR1GU06JQ 672 0 0
TCGAGGCTCTTGTCGGTATATAATTCCCCGGATCAACGGCTGTGAAAGAAGCTGCCTCTA
GCTTCGGAGCTGGCTATGTCTCCGGACCAGTCGGGTTCATATTCGAGAAGGTATGTGTGT
TCCTTCCCGAGGAGGTTAAGACACGGGAAATACCTGTGGAGGAAGTGAAGACCGAAGAAT
CAGCCAAGACCGAGGAGCCAGTCAAAACCGAAGAAACAAGTGGCGAGAAGGAGATTGTTG
AAGAGAAGAAAGAAGAGACCGTCGCAACCGCGGTAGTTGAGGAGAAGAAACCTGAAGTAG
AAAAGGAGGAGGAGAAGAAGCCTGTCGTCGAAGAAGTGAAAAAGGAAGAAGCTGCTCCAG
CTCCAGCTCCAGCGGTGGTTGAAACTCCGGTTACGGTACCAGCTGAGACGACAACGCCGG
CGCCAGTGGCTGAGCCACCGAAGCCTTGATTCGTTTCAAGATGGTACGGTTTGCTTTATC
TTGTATGAAAACATCTTTGTACGTGACAAAAAGTGAAAGGAACAAAAAAAACAAACTATT
TTCATTCTTTTTATTTTATTTGGTTTGTCTTTGTGTGGATAAATCTCTGTTTCTGGAAGT
CGTTGATGTGTTGTTTATTTGTATTCATTTGAATTTGTAAAAAAAGTATTGGTTGATGTT
TTTCTTTCTTCC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1BC87JQ 584 0 0
ATGTCTCCGGACCAGTCGGGTTCATATTCGAGAAGGTATGTGTGTTCCTTCCCGAGGAGG
TTAAGACACGGGAAATACCTGTGGAGGAAGTGAAAACCGAAGAACCAGCCAAGACCGAGG
AGCCAGTCAAAACCGAAGAAACAAGTGGCGAGAAGGAGATTGTTGAAGAGAAGAAAGAAG
AGACCGTCGCAACCGCGGTAGTTGAGGAGAAGAAACCTGAAGTAGAAAAGGAGGAGGAGA
AGAAGCCTGTCGTCGAAGAAGTGAAAAAGGAAGAAGCTGCTCCAGCTCCAGCTCCAGCGG
TGGTTGAAACTCCGGTTACGGTACCAGCTGAGACGACAACGCCGGCGCCAGTGGCTGAGC
CACCGAAGCCTTGATTCGTTTCAAGATGGTACGGTTTGCTTTATCTTGTATGAAAACATC
TTTGTACGTGACAAAAAGTGAAAGGAACAAAAAAAACAAACTATTTTCATTCTTTTTATT
TTATTTGGTTTGTCTTTGTGTGGATAAATCTCTGTTTCTGGAAGTCGTTGGTGTGTTGTT
TATTTGTATTCATTTGAATTTGTAAAAAAAGTATTGGTTGATG
C

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 14

CO CL125Contig1 945 14 12 U
CATTGAGCACGTACATTTTGTTATACTTCAAAAACGCAGTTTGCCAAAATACAGAAACCA
AAAGAACCATTATAAAGATGAGAAACTTAGGCAGCAAAAAGATACGATATGATTCGTGTT
TCCGGTAAAGAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAGAAAAATGGTAAACGTCATGTCA
TCAATCTGTCTTTTTAGAAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTCCC*AT
CGAAGCATCTCCTAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGT
ATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGT
TAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGCACGGTACGTGCGT
ACTTACTAAACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGG
AAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAG
AAGGTATCCAACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACATGCACGATGAATGTCAGAA
AGAAACTAAAGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAAACCTTTGAATGTCTCCGATGGGT
AGATGACACCATCACCATCTTGGTCAAAGAAGGCAACGTGCTGCTGAAGAACAGACATGT
CCTGGTGCTTGTGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTTCCATGTCAGGTGCAACCATGGCTC
GAGGCACATATGGTTTTGGGAGACGATCATCGAGATCAGTCCGGACCCTCCTCTCGGCCG
TCACCGGAGCCTTTGAAGCCACTGTCGCCATCGTCTCTGATCCTGCATCTGTCGCCATCT
CTCTCGTTCTGTATTGATTGTGGAGAGAGTGTTTTGTTTTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 50 
65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 35 70 70 55 60 45 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 40 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW11JQ U 51
AF RR1GG66JQ U 8
AF RR1C438JQ U 1
AF RR1BA19JQ U 102
AF RR1BA19TF C 102
AF RR1CR51JQ U 54
AF RR1BV62JQ U 4
AF RR1CJ45JQ U 70
AF RR1C438TF C 151
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AF RR1GG66TF C 277
BS 1 463 RR1C438JQ
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BS 762 765 RR1BV62JQ
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BS 911 945 RR1BV62TF

RD RR1CW11JQ 506 0 0
ACAGAAACCAAAAGAACCATTATAAAGATGAAAAACTTAGGCAGCAAAAAGATACGATAT
GATTCGTGTTTCCGGTAAAGAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAAAAAAATGGTAAA
CGTCATGTCATCAATCTGTCTTTTTAGAAAAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAACA
AGCTCCC*ATCGAAGCATCTCCTAACAGCTTCTTTAAATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTA
GCCAGTAAGTATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAAAAATCGAAT
GCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGGACG
GTACGTGCGTACTTACTAAACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCTTCAGTG
TCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGG
AAGGAAAAAGAAGGTACCCAACTAGG

QA 1 506 1 506
DS 

RD RR1GG66JQ 680 0 0
CG
CGTACATTTTGTTATACTTCAAAAACGCAGTTTGCCAAAATACAGAAACCAAAAGAACCA
TTATAAAGATGAGAAACTTAGGCAGCAAAAAGATACGATATGATTCGTGTTTCCGGTAAA
GAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAGAAAAATGGTAAACGTCATGTCATCAATCTGT
CTTTTTAGAAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTCCC*ATCGAAGCATC
TCCTAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACTC
CCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCACAG
TCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAA
ACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGC
TTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCC
AACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAA
AGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAAACCTTTGAATGTCTCCGATGGGTAGATGACAC
CATCACCATCTTGGTCAA

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR1C438JQ 761 0 0
CATTGAGCACGTACATTTTGTTATACTTCAAAAACGCAGTTTGCCAAAATACAGAAACCA
AAAGAACCATTATAAAGATGAGAAACTTAGGCAGCAAAAAGATACGATATGATTCGTGTT
TCCGGTAAAGAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAGAAAAATGGTAAACGTCATGTCA
TCAATCTGTCTTTTTAGAAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTCCC*AT
CGAAGCATCTCCTAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGT
ATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGT
TAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGCACGGTACGTGCGT
ACTTACTAAACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCCTCAGTGTCGTAAGTGG
AAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAG
AAGGTATCCAACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACATGCACGATGAATGTCAGAA
AGAAACTAAAGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAAACCTTTGAATGTCTCCGATGGGT
AGATGACACCATCACCATCTTGGTCAAAGAAGGCAACGTGCTGCTGAAGAACAGACATGT
CCTGGTGCTTGTGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTTCCATG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1BA19JQ 637 0 0
ATACGATATGATTCGTGTTTCCGGTAAAGAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAGAAA
AATGGTAAACGTCATGTCATCAATCTGTCTTTTTAGAAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGT
AGTCAAACAAGCTCCC*ATCGAAGCATCTCCTAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTC
TCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTGTCCAGCCAAAG
AAATCGGATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTA
TCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAAACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTT
CCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATG
TAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCCAACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACA
TGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAAAGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAAACCT
TTGAATGTCTCCGATGGGTAGATGACACCATCACCATCTTGGTCAAAGAAGGCAACGTGC
TGCTGAAGAACAGACATGTCCTGGTGCTTGTGTCCCC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1BA19TF 637 0 0
ATACGATATGATTCGTGTTTCCGGTAAAGAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAGAAA
AATGGTAAACGTCATGTCATCAATCTGTCTTTTTAGAAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGT
AGTCAAACAAGCTCCC*ATCGAAGCATCTCCTAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTC
TCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTGTCCAGCCAAAG
AAATCGGATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTA
TCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAAACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTT
CCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATG
TAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCCAACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACA
TGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAAAGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAAACCT
TTGAATGTCTCCGATGGGTAGATGACACCATCACCATCTTGGTCAAAGAAGGCAACGTGC
TGCTGAAGAACAGACATGTCCTGGTGCTTGTGTCCCC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1CR51JQ 715 0 0
GG
AACCAAAAGAACCATTATAAAGATGAGAAACTTAGGCAGCAAAAAGATACGATATGATTC
GTGTTTCCGGTAAAGAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAGAAAAATGGTAAACGTCA
TGTCATCAATCTGTCTTTTTAGAAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTC
CC*ATCGAAGCATCTCCTAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAG
TAAGTATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTT
GCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGCACGGTACG
TGCGTACTTACTAAACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCTTCAGTGTCGTA
AGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGA
AAAAGAAGGTATCCAACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACATGCACGATGAATGT
CAGAAAGAAACTAAAGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAAACCTTTGAATGTCTCCGA
TGGGTAGATGACACCATCACCATCTTGGTCAAAGAAGGCAACGTGCTGCTGAAGAACAGA
CATGTCCTGGTGCTTGTGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTTCCATGTCAG
TGC

QA 3 712 3 712
DS 

RD RR1BV62JQ 836 0 0
AGGGCA
CGTACATTTTGTTATACTTCAAAAACGCGGTTTGCCAAAATACAGAAACCAAAAGAACCA
CTATAAAGATGAGAAACTTAGGCAGCAAAAAGATACGATATGATTCGTGTTTCCGGTAAA
GAGATTAACCAAAGGTTTACTTAAGCAAGAAAAATGGTAAACGTCATGTCATCAATCTGT
CTTTTTAGGAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTCCC*ATCGAAGCATC
TCCTAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACTC
CCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCTCAG
TCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAA
ACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGC
TTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCC
AACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAA
AGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAAACCTTTGAATGTCTCCGATGGGTAGATGACAC
CATCACCATCTTGGTCAAAGAAGGCAACGTGCTGCTGAAGAACAGACATGTCCTGGTGCT
TGTGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTTCCATGTCAG*TGCAACCATGGCTCGAGGCACAT
ATGGTTTTGGGAGACGATCATCGCGATCAGTCCGGACCCTCCTCTCGGC
G

QA 7 835 7 835
DS 

RD RR1CJ45JQ 795 0 0
TTATAAAGATGAGAAACTTAGGCAGCAAAAAGATACGATATGATTCGTGTTTCCGGTAAA
GAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAGAAAAATGGTAAACGCCATGTCGTCAATCTGT
CTTTTTAGAAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTCCC*ATCGAAGCATC
TCCTAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACTC
CCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCTCAG
TCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAA
ACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGC
TTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCC
AACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAA
GGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAAACCTTTGAATGTCTCCGATGGGTAGATGACAC
CATCACCATCTTTGTCAAAGAAGGCAACGTGCTGCTGAAGAACAGACATGTCCTGGTGCT
TGTGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTTCCATGTCAGGTGCAACCATGGCTCGAGGCACAT
ATGGTTTTGGGAGACGATCATCGAGATCAGTCCGGACCCTCCTCTCGGCCGTCACCGGAG
CCTTTGAAGCCACTG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1C438TF 741 0 0
TAAGCAAGAAAAATGGTAAACGTCATGTCATCAATCTGTCTTTT*AGAAGAAGCTCTCGA
CTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTCCC*ATCGAAGCATCTCCTAACAGCTTCTTTAGATA
AGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTG
CCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAAC
GGGTTAGCTTATCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAAACATGTTCTCAAGATTTGCTG
GAATATACCTTCCCTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGGA
TGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCCAACTAGGCGATGTGGCGTAAC
TCATGGTAACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAAAGATCACGTTGAAACCAAGTT
CTCTAAAACCTTTGAATGTCTCCGATGGGTAGATGACACCATCACCATCTTGGTCAAAGA
AGGCAACGTGCTGCTGAAGAACAGACATGTCCTGGTGCTTGTGTCCCCTTGTCCCGTTAA
CATTTTCCATGTCAGGTGCAACCATGGCTCGAGGCACATATGGTTTTGGGAGACGATCAT
CGAGATCAGTCCGGACCCTCCTCTCGGCCGTCACCGGAGCCTTTGAAGCCACTGTCGCCA
TCGTCTCTGATCCTGC
TCTGT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1CW11TF 755 0 0
GAAAAATGGTAAACGTCATGTCATCAATCTGTCTTTT*AGAAGAAGCTCTCGACTTGGCG
CAGTAGTCAAACAAGCTCCC*ATCGAAGCATCTCCTAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCC
ATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCC
AAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAG
CTTATCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAAACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATA
CCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTT
GATGTAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTACCCAACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGT
AACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAAAGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAA
ACCTTTGAATGTCTCCGATGGGTAGATGACACCATCACCATCTTGGTCAAAGAAGGCAAC
GTGCTGCTGAAGAACAGACATGTCCTGGTGCTTGTGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTTC
CATGTCAGGTGCAACCATGGCTCGAGGCACATATGGTTTTGGGAGACGATCATCGAGATC
AGTCCGGACCCTCCTCTCGGCCGTCACCGGAGCCTTTGAAGCCACTGACGCCATCGTCTC
TGATCCTGCATCTGTCGCCATCTCTCTCGTTCT
CC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1CR51TF 746 0 0
AACGTCATGTCATCA*TCTGTCTTTT*AGAG**AGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAA
CAAGCTCCC*ATCGAAGCATCTC*TAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTT
TAGCCAGTAAGTATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGA
ATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGCA
CGGTACGTGCGTACTTACTAAACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCTTCAG
TGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCG
GGAAGGAAAAAGAAGGTATCCAACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACATGCACGA
TGAATGTCAGAAAGAAACTAAAGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAAACCTTTGAATG
TCTCCGATGGGTAGATGACACCATCACCATCTTGGTCAAAGAAGGCAACGTGCTGCTGAA
GAACAGACATGTCCTGGTGCTTGTGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTTCCATGTCAGGTG
CAACCATGGCTCGAGGCACATATGGTTTTGGGAGACGATCATCGAGATCAGTCCGGACCC
TCCTCTCGGCCGTCACCGGAGCCTTTGAAGCCACTGTCGCCATCGTCTCTGATCCTGCAT
CTGTCGCCATCTCTCTCGTTCT
GTCC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1CJ45TF 728 0 0
ATCTGTC
TTTTAGAAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTCCCCATCGAAGCATCTC
*TAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACTCCC
CACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTC
ATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAAAC
ATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTT
CCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCCAA
CTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAAGG
ATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAAAACCTTTGAATGTCTCCGATGGGTAGATGACACCA
TCACCATCTTTGTCAAAGAAGGCAACGTGCTGCTGAAGAACAGACATGTCCTGGTGCTTG
TGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTTCCATGTCAGGTGCAACCATGGCTCGAGGCACATAT
GGTTTTGGGAGACGATCATCGAGATCAGTCCGGACCCTCCTCTCGGCCGTCACCGGAGCC
TTTGAAGCCACTGTCGCCATCGTCTCTGATCCTGCATCTGTCGCCATCTCTCTCGTTCT
CC

QA 8 726 8 726
DS 

RD RR1BV62TF 747 0 0
AGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTCCC*ATCGAAGCATCTC*TAACAG
CTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACTCCCCACTCCA
TTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCC
ACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAAACATGTTCT
CAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTT
TGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCCAACTAGGCG
ATGTGGCGTAACTCATGGTAACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAAAGATCACGT
TGAAACCAAGTTCTCTAAAACCTTTGAATGTCTCCGATGGGTAGATGACACCATCACCAT
CTTGGTCAAAGAAGGCAACGTGCTGCTGAAGAACAGACATGTCCTGGTGCTTGTGTCCCC
TTGTCCCGTTAACATTTTCCATGTCAGGTGCAACCATGGCTCGAGGCACATATGGTTTTG
GGAGACGATCATCGCGATCAGTCCGGACCCTCCTCTCGGCCGTCACCGGAGCCTTTGAAG
CCACTGTCGCCATCGTCTCTGATCCTGCATCTGTCGCCATCTCTCTCGTTCTGTATTGAT
TGTGGAGAGAGTGTTTTGTTTTTATCC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1GG66TF 639 0 0
CATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGC
CAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCACAGTCATTTGCCACAGCTCGTAACGGGTTA
GCTTATCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAAACATGTTCTCAAGATTTGCTGGAATAT
ACCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGGATGTTCT
TGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCCAACTAGGCGATGTGGCGTAACTCATGG
TAACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAAAGATCACGTTGAAACCAAGTTCTCTAA
AACCTTTGAATGTCTCCGATGGGTAGATGACACCATCACCATCTTGGTCAAAGAAGGCAA
CGTGCTGCTGAAGAACAGACATGTCCTGGTGCTTGTGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTT
CCATGTCAGGTGCAACCATGGCTCGAGGCACATATGGTTTTGGGAGACGATCATCGAGAT
CAGTCCGGACCCTCCTCTCGGCCGTCACCGGAGCCTTTGAAGCCACTGTCGCCATCGTCT
CTGATCCTGCATCTGTCGCCATCTCTCTCGTTCT
GTCCC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 2 13

CO CL126Contig1 732 4 8 U
AAACGGCAAAACGCGATTCAGTCTCATAGCAGCTCTGTTTTATACTACTAGAACAAAGTT
ACATTACACGATAGAGATGATGATGAGAAAGGAGAAAATGATTTCTAAGAGGAGAAGGTA
TCGATGATGGTGGTGTGAAGCGGATCACTGAGGTGAGTAGCCCAATTGTTGAGCGGACCT
TTACCAGTGGCAGCGGCTTGAACAGCGAAGCCCAAGAAGGCGACCATGGCAAGACGTGCG
TGCTTGATCTCAGCTAACTGAAGCTGAGCCATCTTCTCAGGGTCAGACGCTAAACCAAGC
GGGTCGAAAAATTTGCCTCCAGGGTACAAACGCTTCTCAGAGTCAAGCTCGGCGTTGCGC
TGGAACTCAATGTAGCCGATCACTAACACCTCGATCCATATCAACGTCGAGATGGAGAAG
GGTAGTGGCTGCCCCAAGTAGGACGATCCATCCACAAGCTCCACCTTTCCGGCGTCTTGC
CAAGTGACGCCGGTGAGCCATTCGACGGAAAGAGCGCCGAGAGTGGCGAGCATGGCCCAC
CGTCCGTGAATCAGCTCGCATTCTCTGAACCTCTGGATTCCGAAGACCTCACTGTACGGC
TGAAACGGCGTCGATTTGGGTGCAGCCTCTTCCGTGCGTGTTCCGATCACGTCTCCGGCT
AAGTTCTTAGCCAGATTCTGGTCTAGCGAGTCTATGTCGAACTGGAGATACTCGGCCGGT
TTACCTAAACCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F995TF C 156
AF RR1H495JQ U 1
AF RR1CD54JQ U 1
AF RR1E232JQ U 20
BS 1 28 RR1CD54JQ
BS 29 29 RR1H495JQ
BS 30 81 RR1CD54JQ
BS 82 84 RR1H495JQ
BS 85 676 RR1CD54JQ
BS 677 677 RR1E232JQ
BS 678 701 RR1CD54JQ
BS 702 732 RR1E232JQ

RD RR1F995TF 103 0 0
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GAAGGCGACCATGGCAAGACGTGCGTGCTTGATCTCAGCTA
CC

QA 1 101 1 101
DS 

RD RR1H495JQ 360 0 0
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ACATTACACGATAGAGATGATGATGAGAAAGGAGAAAATGATTTCTAAGAGGAGAAGGTA
TCGATGATGGTGGTGTGAAGCGGATCACTGAGGTGAGTAGCCCAATTGTTGAGCGGACCT
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TGCTTGATCTCAGCTAACTGAAGCTGAGCCATCTTCTCAGGGTCAGACGCTAAACCAAGC
GGGTCGAAGAATTTGCCTCCAGGGTACAAACGCTTCTCAGAGTCAAGCTCGGCGTTGCGC

QA 1 360 1 360
DS 

RD RR1CD54JQ 701 0 0
AAACGGCAAAACGCGATTCAGTCTCATAACAGCTCTGTTTTATACTACTAGAACAAAGTT
ACATTACACGATAGAGATGAT***GAGAAAGGAGAAAATGATTTCTAAGAGGAGAAGGTA
TCGATGATGGTGGTGTGAAGCGGATCACTGAGGTGAGTAGCCCAATTGTTGAGCGGACCT
TTACCAGTGGCAGCGGCTTGAACAGCGAAGCCCAAGAAGGCGACCATGGCAAGACGTGCG
TGCTTGATCTCAGCTAACTGAAGCTGAGCCATCTTCTCAGGGTCAGACGCTAAACCAAGC
GGGTCGAAAAATTTGCCTCCAGGGTACAAACGCTTCTCAGAGTCAAGCTCGGCGTTGCGC
TGGAACTCAATGTAGCCGATCACTAACACCTCGATCCATATCAACGTCGAGATGGAGAAG
GGTAGTGGCTGCCCCAAGTAGGACGATCCATCCACAAGCTCCACCTTTCCGGCGTCTTGC
CAAGTGACGCCGGTGAGCCATTCGACGGAAAGAGCGCCGAGAGTGGCGAGCATGGCCCAC
CGTCCGTGAATCAGCTCGCATTCTCTGAACCTCTGGATTCCGAAGACCTCACTGTACGGC
TGAAACGGCGTCGATTTGGGTGCAGCCTCTTCCGTGCGTGTTCCGATCACGTCTCCGGCT
AAGTTCTTAGCCAGAT*CTGGTCTAGCGAGTCTATGTCGAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1E232JQ 713 0 0
AGTCTCATAGCAGCTCTGTTTTATACTACTAGAACAAAGTTACATTACACGATAGAGATG
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GCGGATCACTGAGGTGAGTAGCCCAATTGTTGAGCGGACCTTTACCAGTGGCAGCGGCTT
GAACAGCGAAGCCCAAGAAGGCGACCATGGCAAGACGTGCGTGCTTGATCTCAGCTAACT
GAAGCTGAGCCATCTTCTCAGGGTCAGACGCTAAACCAAGCGGGTCGAAAAATTTGCCTC
CAGGGTACAAACGCTTCTCAGAGTCAAGCTCGGCGTTGCGCTGGAACTCAATGTAGCCGA
TCACTAACACCTCGATCCATATCAACGTCGAGATGGAGAAGGGTAGTGGCTGCCCCAAGT
AGGACGATCCATCCACAAGCTCCACCTTTCCGGCGTCTTGCCAAGTGGCGCCGGTGAGCC
ATTCGACGGAGAGAGCGCCGAGAGTGGCGAGCATGGCCCACCGTCCGTGAATCAGCTCGC
ATTCTCTGAACCTCTGGATTCCGAAGACCTCACTGTACGGCTGAAACGGCGTCGATTTGG
GTGCAGCCTCTTCCGTGCGTGTTCCGATCACGTCTCCGGCTAAGTTCTTAGCCAGATTCT
GGTCTAGCGAGTCTATGTCGAACTGGAGATACTCGGCCGGTTTACCTAAACCG

QA 1 713 1 713
DS 



CO CL126Contig2 1008 9 11 U
GGAAAAGACAGAAGTTCCTTCTACCTCCTGAAATCACGAAAGCGCAACATCGCCGAAGAT
GGCCGCTACTCCCACCGCCGCCGCTGCTTCGTCCATCATGGGTACTCGGGTGGTTCCCGA
TATCCACTCCGGTTCGGGTAGAATCACAGCCAGGTTTGGGTTCGGGAAGAAGAAGGCGGC
TCCCAAAAAGACCAAGACTACCGTGACTTCCGACAGGCCTCTCTGGTACCCAGGCGCCAA
ATCTCCCGAGTGGCTCGACGGTTCCCTGGTCGGAGATTACGGTTTTGATCCTTTCGGTTT
AGGTAAACCGGCCGAGTATCTCCAGTTCGACATAGATTCGCTAGACCAGAATCTGGCTAA
GAACTTAGCCGGAGACGTGATCGGAACCCGTACCGAAGAGGCGGCCCCCAAATCGACTCC
GTTTCAGCCGTACAGTGAGGTCTTCGGAATCCAGAGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCA
CGGACGGTGGGCCATGCTCGCCACTCTTGGCGCTCTCTCCGTCGAATGGCTTACCGGCGT
CACCTGGCAAGATGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGGATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCC
ACTACCATTCTCCATCTCGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGATCGGCTACATTGA
GTTCCAGCGCAACGCCGAACTTGACTCTGAGAAGCGTTTGTACCCTGGAGGCAAATTCTT
CGACCCGCTTGGTTTAGCGTCTGACCCTGAGAAGATGGCTCAGCTTCAGTTAGCCGAGAT
CAAGCACGCACGTCTTGCCATGGTCGCCTTCTTGGGCTTCGCTGTTCAAGCCGCTGCGAC
TGGTAAAGGTCCACTCAACAATTGGGCTACTCACCTCAGTGATCCGCTTCACACCACCAT
CATCGATACCTTCTCCTCTTAGAAATCATTCTCTCCTTTCTCATCATCATCTCTATCGTG
TAATGTAACTTTGTTCTAGTAGTATAAAACAGAGCTGCTATGAGACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 20 35 35 35 35 10 35 0 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 15 35 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1HB84TF U 1
AF RR1DC43TF U 5
AF RR1CD54TF U 91
AF RR1H495TF U 43
AF RR1E232TF U 2
AF RR1AE58TF U 2
AF RR1AE58JQ C 334
AF RR1DC43JQ C 581
AF RR1HB84JQ C 366
BS 1 25 RR1HB84TF
BS 26 26 RR1AE58TF
BS 27 196 RR1HB84TF
BS 197 197 RR1E232TF
BS 198 330 RR1HB84TF
BS 331 331 RR1E232TF
BS 332 393 RR1HB84TF
BS 394 394 RR1AE58TF
BS 395 620 RR1HB84TF
BS 621 842 RR1AE58TF
BS 843 1008 RR1AE58JQ

RD RR1HB84TF 620 0 0
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GGCCGCTACTCCCACCGCCGCCGCTGCTTCGTCCATCATGGGTACTCGGGTGGTTCCCGA
TATCCACTCCGGTTCGGGTAGAATCACAGCCAGGTTTGGGTTCGGGAAGAAGAAGGCGGC
TCCCAAAAAGACCAAGTCTACCGTGACTTCCGACAGGCCTCTCTGGTACCCAGGCGCCAA
ATCTCCCGAGTGGCTCGACGGTTCCCTGGTCGGAGATTACGGTTTTGATCCTTTCGGTTT
AGGTAAACCGGCCGAGTATCTCCAGTTCGATATAGATTCGCTAGACCAGAATCTGGCTAA
GAACTTAGCCGGAGACGTGATCGGAACCCGTACTGAAGAGGCGGCCCCCAAATCGACTCC
GTTTCAGCCGTACAGTGAGGTCTTCGGAATCCAGAGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCA
CGGACGGTGGGCCATGCTCGCCACTCTTGGCGCTCTCTCCGTCGAATGGCTTACCGGCGT
CACCTGGCAAGATGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGGATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCC
ACTACCATTCTCCATCTCGA

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DS 

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GGGACAGA
AGTTCCTTCTACCTCCTGAAATCACGAAAGCGCAACATCGCCGAAGATGGCCGCTACTCC
CACCGCCGCCGCTGCTTCGTCCATCATGGGTACTCGGGTGGTTCCCGATATCCACTCCGG
TTCGGGTAGAATCACAGCCAGGTTTGGGTTCGGGAAGAAGAAGGCGGCTCCCAAAAAGAC
CAAGTCTACCGTGACTTCCGACAGGCCTCTCTGGTACCCAGGCGCCAAATCTCCCGAGTG
GCTCGACGGTTCCTTGGTCGGAGATTACGGTTTTGATCCTTTCGGTTTAGGTAAACCGGC
CGAGTATCTCCAGTTCGATATAGATTCGCTAGACCAGAATCTGGCTAAGAACTTAGCCGG
AGACGTGATCGGAACCCGTACCGAAGAGGCGGCCCCCAAATCGACTCCGTTTCAGCCGTA
CAGTGAGGTCTTCGGAATCCAGAGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCACGGACGGTGGGC
CATGCTCGCCACTCTTGGCGCTCTCTCCGTCGAATGGCTTACCGGCGTCACCTGGCAAGA
TGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGGGTGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCATTCTC
CATCTCGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGATCGGCTACATTGAGTTCCAGCGCAA

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DS 

RD RR1CD54TF 617 0 0
CGTCC
TCATGGGTACTCGGGTGGTTCCCGATATCCACTCCGGTTCGGGTAGAATCACAGCCAGGT
TTGGGTTCGGGAAGAAGAAGGCGGCTCCCAAAAAGACCAAGACTACCGTGACTTCCGACA
GGCCTCTCTGGTACCCAGGCGCCAAATCTCCCGAGTGGCTTGACGTTTCCCTTGTTGGAG
ATTACGGTTTTGATCCTTTCGGTTTAGGTAAACCGGCCGAGTATCTCCAGTTCGACATAG
ACTCGCTAGACCAGA*TCTGGCTAAGAACTTAGCCGGAGACGTGATCGGAACACGCACGG
AAGAGGCTGCACCCAAATCGACGCCGTTTCAGCCGTACAGTGAGGTCTTCGGAATCCAGA
GGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCACGGACGGTGGGCCATGCTCGCCACTCTCGGCGCTC
TCTCCGTCGAATGGCTCACCGGCGTCACTTGGCAAGACGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGG
ATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCCTTCTCCATCTCGACGTTGATATGGATCG
AGGTGTTAGTGATCGGCTACATTGAGTTCCAGCGCA*CGCCGAGCTTGACTCTGAGAAGC
GTTTGTACCCTG

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DS 

RD RR1H495TF 665 0 0
CGCAGCAC
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TGGTTCCCGATATCCACTCCGGTTCGGGTAGAATCACAGCCAGGTTTGGGTTCGGGACGA
AGAAGGCGGCTCCCAAAAAGACCAAGACTACCGTGACTTCCGACAGGCCTCTCTGGTACC
CAGGCGCCAAATCTCCCGAGTGGCTTGACGGTTCCCTTGTTGGAGATTACGGTTTTGATC
CTTTCGGTTTAGGTAAACCGGCCGAGTATCTCCAGTTCGACATAGACTCGCTAGACCAGA
ATCTGGCTAAGAACTTAGCCGGAGACGTGATCGGAACACGCGCGGAAGAGGCTGCACCCA
AATCGACGCCGTTTCAGCCGTACAGTGAGGTCTTCGGAATCCAGAGGTTCAGAGAATGCG
AGCTGATTCACGGACGGTGGGCCATGCTCGCCACTCTCGGCGCTCTCTCCGTCGAATGGC
TCACCGGCGTCACTTGGCAAGACGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGGATGGATCGTCCTACT
TGGGGCAGCCACTACCCTTCTCCATCTCGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGATTG
GCTACATTGAGTTCCAGCGCAACGCCGAGCTTGACTCTGAGAAGCGTTTGTACCCTG

QA 9 665 9 665
DS 

RD RR1E232TF 809 0 0
GGAAGACAGAG
AGTTCCTTCTACCTCCCGAAATCACCAAAACGCAGCACCGCCGAAGATGGCCGCTACTCC
TACCGCCGCCGCTGCTTCGTCCATCATGGGTACTCGGGTGGTTCCCGATATCCACTCCGG
TTCGGGTAGAATCACAGCCAGGTTTGGGTTCGGGAAGAAGAAGGCGGCTCCCAAAAAGAC
CAAGACTACCGTGACTTCCGACAGGCCTCTCTGGTACCCAGGCGCCAAATCTCCCGAGTG
GCTTGACGGTTCCCTTGTTGGAGATTACGGTTTTGATCCTTTCGGTTTAGGTAAACCGGC
CGAGTATCTCCAGTTCGACATAGACTCGCTAGACCAGAATCTGGCTAAGAACTTAGCCGG
AGACGTGATCGGAACACGCACGGAAGAGGCTGCACCCAAATCGACGCCGTTTCAGCCGTA
CAGTGAGGTCTTCGGAATCCAGAGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCACGGACGGTGGGC
CATGCTCGCCACTCTCGGCGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGCGCCACTTGGCAAGA
CGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGGATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCCTTCTC
CATCTCGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGATCGGCTACATTGAGTTCCAGCGCAA
CGCCGAGCTTGACTCTGAGAAGCGTTTGTACCCTGGAGGCAAATTCTTCGACCCGCTTGG
TTTAGCGTCTGACCCTGAGAAGATGGCTCAGCTTCAGTTAGCTGAGATCAAGCACGCACG
TCTTGCCATGGTCGCCTT

QA 12 809 12 809
DS 

RD RR1AE58TF 841 0 0
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CACCGCCGCCGCTGCTTCGTCCATCATGGGTACTCGGGTGGTTCCCGATATCCACTCCGG
TTCGGGTAGAATCACAGCCAGGTTTGGGTTCGGGAAGAAGAAGGCGGCTCCCAAAAAGAC
CAAGTCTACCGTGACTTCCGACAGGCCTCTCTGGTACCCATGCGCCAAATCTCCCGAGTG
GCTCGACGGTTCCTTGGTCGGAGATTACGGTTTTGATCCTTTCGGTTTAGGTAAACCGGC
CGAGTATCTCCAGTTCGATATAGATTCGCTAGACCAGAATCTGGCTAAGAACTTAGCCGG
AGACGTGATCGGAACCCGTACCGAAGAGGCGGCCCCCAAATCGACTCCGTTTCAGCCGTA
CAGTGAGGTCTTCGGAATCCAGTGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCACGGACGGTGGGC
CATGCTCGCCACTCTTGGCGCTCTCTCCGTCGAATGACTTACCGGCGTCACCTGGCAAGA
TGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGGATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCATTCTC
CATCTCGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGATCGGCTACATTGAGTTCCAGCGCAA
CGCCGAACTTGACTCTGAGAAGCGTTTGTACCCTGGAGGCAAATTCTTCGACCCGCTTGG
TTTAGCGTCTGACCCTGAGAAGATGGCTCAGCTTCAGTTAGCCGAGATCAAGCACGCACG
TCTTGCCATGGTCGCCTTCTTGGGCTTCGCTGTTCAAGCCGCTGCGACTG

QA 12 841 12 841
DS 

RD RR1AE58JQ 675 0 0
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CGAAGAGGCGGCCCCCAAATCGACTCCGTTTCAGCCGTACAGTGAGGTCTTCGGAATCCA
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TCTCTCCGTCGAATGACTTACCGGCGTCACCTGGCAAGATGCCGGAAAGGTGGAGCTTGT
GGATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCATTCTCCATCTCGACGTTGATATGGAT
CGAGGTGTTAGTGATCGGCTACATTGAGTTCCAGCGCAACGCCGAACTTGACTTTGAGAA
GCGTTTGTACCCTGGAGGCAAATTTTTCGACCCGCTTGGTTTAGCGTCTGACCCTGAGAA
GATGGCTCAGCTTCAGTTAGCCGAGATCAAGCACGCACGTCTTGCCATGGTCGCCTTCTT
GGGCTTCGCTGTTCAAGCCGCTGCGACTGGTAAAGGTCCACTCAACAATTGGGCTACTCA
CCTCAGTGATCCGCTTCACACCACCATCATCGATACCTTCTCCTCTTAGAAATCATTCTC
TCCTTTCTCATCATCATCTCTATCGTGTAATGTAACTTTGTTCTAGTAGTATAAAACAGA
GCTGCTATGAGACTG

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DS 

RD RR1DC43JQ 427 0 0
TCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCATTCTCCATCTCGACGTTGATATGGATCGAGGTG
TTAGTGATCGGCTACATTGAGTTCCAGCGCAACGCCGAACTTGACTCTGAGAAGCGTTTG
TACCCTGGAGGCAAATTTTTCGACCCGCTTGGTTTAGCGTCTGACCCTGAGAAGATGGTT
CAGCTTCAGTTAGCCGAGATCAAGCACGCACGTCTTGCCATGGTCGCCTTCTTGGGCTTC
GCTGTTCAAGCCGCTGCGACTGGTAAAGGTCCACTCAACAATTGGGCTACTCACCTCAGT
GATCCGCTTCACACCACCATCATCGATACCTTCTCCTCTTAGAAATCATTCTCTCCTTTC
TCATCATCATCTCTATCGTGTAATGTAACTTTGTTCTAGTAGTATAAAACAGAGCTGCTA
TGAGAC
C

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR1HB84JQ 618 0 0
TAGCCGGAGACGTGATCGGAACCCGTACTGAAGAGGCGGCCCCCAAATCGACTCCGTTTC
AGCCGTACAGTGAGGTCTTCGGAATCCAGAGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCACGGAC
GGTGGGCCATGCTCGCCACTCTTGGCGCTCTCTCCGTCGAATGGCTTACCGGCGTCACCT
GGCAAGATGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGGATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTAC
CATTCTCCATCTCGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGATCGGCTACATTGAGTTCC
AGCGCAACGCCGAACTTGACTCTGAGAAGCGTTTGTACCCTGGAGGCAAATTCTTCGACC
CGCTTGGTTTAGCGTCTGACCCTGAGAAGATGGCTCAGCTTCAGTTAGCCGAGATCAAGC
ACGCACGTCTTGCCATGGTCGCCTTCTTGGGCTTCGCTGTTCAAGCCGCTGCGACTGGTA
AAGGTCCACTCAACAATTGGGCTACTCACCTCAGTGATCCGCTTCACACCACCATCATCG
ATACCTTCTCCTCTTAGAAATCATTCTCTCCTTTCTCATCATCATCTCTATCGTGTAATG
TAACTTTGTTCTAGTAG
C

QA 1 617 1 617
DS 



AS 2 13

CO CL127Contig1 842 8 9 U
GGACGCGCTTTCATCTTCTTCCCCTAGATTCGCTTCTATCTCACTGTCTTAAATTTCTAC
CTGTACTTTACTTCCTTCTCACTTCGATCCATACTCTCTCTTCTCACTCTCTCTCTCTAA
CTCTCTCTTCTCGAAAATGGCGAAACTAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTACCCGC
GATAGCCATGGCGGCGAGGAAGCAGCCACGCATCGGAAAGAACACTCTGGTCGTTCAAGG
CATCACTTACTGCGACACATGCAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCT
CCCCGGCGCGACGGTGAAGCTTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAG
TGACGTGGCCGTGTCGAACCGTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAA
AGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTC
AAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGAT
TAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTT
GATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGT
CGAAGCTGTGATCTGATGTTTTTTTTAAATATATTTATTCGTCTTGGATGATGATCGGAA
CTCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATATTTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTG
TCTTTAATATTTGATTACTTCGTTTCTTTCTTCTAATCTCATATGTCTAAGTGAGTGCAG
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 35 35 35 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1CI48TF U 1
AF RR1CI48JQ C 22
AF RR1DU59JQ C 176
AF RR1GT92TF U 79
AF RR1CA36TF U 79
AF RR1DU59TF U 41
AF RR1BP33TF U 79
AF RR1G779TF U 199
BS 1 685 RR1CI48TF
BS 686 686 RR1GT92TF
BS 687 715 RR1CI48TF
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BS 778 786 RR1GT92TF
BS 787 842 RR1G779TF

RD RR1CI48TF 715 0 0
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CTGTACTTTACTTCCTTCTCACTTCGATCCATACTCTCTCTTCTCACTCTCTCTCTCTAA
CTCTCTCTTCTCGAAAATGGCGAAACTAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTACCCGC
GATAGCCATGGCGGCGAGGAAGCAGCCACGCATCGGAAAGAACACTCTGGTCGTTCAAGG
CATCACTTACTGCGACACATGCAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCT
CCCCGGCGCGACGGTGAAGCTTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAG
TGACGTGGCCGTGTCGAACCGTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAA
AGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTC
AAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGAT
TAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTT
GATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGT
CGAAGCTGTGATCTGATGTTTTTTT*AAATATATTTATTCGTCTTGGATGATGAT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1CI48JQ 769 0 0
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CTTCGATCCATACTCTCTCTTCTCACTCTCTCTCTCTAACTCTCTCTTCTCGAAAATGGC
GAAACTAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTACCCGCGATAGCCATGGCGGCGAGGAA
GCAGCCACGCATCGGAAAGAACACTCTGGTCGTTCAAGGCATCACTTACTGCGACACATG
CAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTCCCCGGCGCGACGGTGAAGCT
TTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACCG
TCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGAT
GCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCG
CGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGGG
GTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGA
TGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCGAAGCTGTGATCTGATGTTT
TTTTTAAATATATTTATTCGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTCT
TTATATTTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGTCTTTA
ATAT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1DU59JQ 610 0 0
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CAATGCATCACTTACTGCGACACATGCAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTAC
GTCCTCCCCGGCGCGACGGTGAAGCTTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATC
TACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACCGTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGAC
CACAAAGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAA
ATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAG
CAGATTAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCT
GAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTT
CTTGTC**AGCTGTGATCTGATGTTTTTTTTAAATATATTTATTCGTCTTGGATGATGAT
CGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATATTTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGG
AAGTGTCTTT

QA 1 610 1 610
DS 

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GG
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GCAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTCCCCGGCGCGACGGTGAAGC
TTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACC
GTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGA
TGCTCGTGAAGAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGC
GCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGG
GGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTG
ATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCGAAGCTGTGATCTGATGTT
TTTTTTAAATATATTTATTCGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTC
TTTATATTTGATGATGTGTTACTTCC*TGCTTGGGA*GTGTCTTTA
TA

QA 3 708 3 708
DS 

RD RR1CA36TF 704 0 0
GG
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CGAAACTAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTACCCGCGATAGCCATGGCGGCGAGGA
AGCAGCCACGCATCGGAAAGAACACTCTGGTCGTTCAAGGCATCACTTACTGCGACACAT
GCAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTCCCCGGCGCGACGGTGAAGC
TTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACC
GTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGA
TGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAGATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGC
GCGTGGTATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGG
GGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTG
ATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCGAAGCTGTGATCTGATGTT
TTTTTTAAATATATTTATTCGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTC
TTTATATTTGATGATGTGTTACTTCC*TGCTTGGGAAGTGTC

QA 3 704 3 704
DS 

RD RR1DU59TF 742 0 0
GG
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CTCACTCTCTCTCTCTAACTCTCTCTTCTCGAAAATGGCGAAACTAGTGATCTTGATGGT
CCTCTGCATCTTACCCGCGATAGCCATGGCGGCGAGGAAGCAGCCACGCATCGGAAAGAA
CACTCTGGTCGTTCAATGCATCACTTACTGCGACACATGCAAGTTCGGTTTCGAGACTGC
CGAATCCTCCTACGTCCTCCCCGGCGCGACGGTGAAGCTTTCTTGCAAAGACAGGAAGAC
GATGGAAGAGATCTACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACCGTCACGGGAAGTACATGTTCGT
CGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCGTGAAAAGCTCGGACAA
GGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACAA
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TGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGATTTGAGATTA
GTAGATCTGTTTTCTTGTC**AGCTGTGATCTGATGTTTTTTTTAAATATATTTATTCGT
CTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATATTTGATGATGTGTTAC
TTCC*TGCTTGGGAAGTGTC

QA 3 742 3 742
DS 

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GG
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CGAAACTAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTACCCGCGATAGCCATGGCGGCGAGGA
AGCAGCCACGCATCGGAAAGAACACTCTGGTCGTTCAAGGCATCACTTACTGCGACACAT
GCAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTCCCCGGCGCGACGGTGAAGC
TTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATC*ACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACC
GTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGA
TGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGC
GCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGG
GGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTG
ATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCGAAGCTGTGATCTGATGTT
TTTTTTAAATATATTTATTCGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTC
TTTATATTTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGTCTTTA
ATATT

QA 3 708 3 708
DS 

RD RR1G779TF 644 0 0
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ATGCAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTCCCCGGCGCGACGGTGAA
GCTTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGACGTGGCCGTGTCGAA
CCGTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGT
GATGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTC
GCGCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACAT
GGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGT
TGATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCGAAGCTGTGATCTGATG
TTTTTTTTAAATATATTTATTCGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTT
TCTTTATATTTGATGACGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGTCTTTAATATTTGATTAC
TTCGTTTCTTTCTTCTAATCTCATATGTCTAAGTGAGTGCAGTT

QA 1 644 1 644
DS 



CO CL127Contig2 707 5 9 U
ACAAAGTAATCAAATATAAAGACACTTCCCAAGCAGGGAAGTAACACATCAATAAAGAAA
GCTTACACAACCAGAGTTCCGATCATCATCCAAGACAAATAAATATATTAAAAAAAAA*C
ATCAGATCACAACATAGACAAGAAAACAGATCTACTAATCTCAAATCTCATCTTCATCAA
CCTGATACTTCTTAATCAACTCAGAACAAAACACATCGCTAACATCCTTCTCGAACCCCA
TGTTGTTCGCATGCCTAATCTGCTCAGCGATACCATTGTAATGGTTCAATATCACGCGCG
ACTGCTCACGCCCCTTTGAGATTTTCGAACAACCCTTGTCCGAGCTTTTCACGAGCATCA
CATCGCACATCTCGTCTTTGTGGTCTTCGTGGACGACGAACATGTACTTCCCGTGACGGT
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TCACCGTCGCGCCGGGAAGGACGTAGGAGGATTCGGCAGTCTCGAAACCGAACTTGCATG
TGTCGCAGTAAGTGATGCCTTGAACGACAAGAGTGTTCTTTCCGATGCGTGGCTGCTTCC
TCGCCGCCATGGCTATCGCCGGCAAGATGCAGAGGACCATCAAGATCACTAGTTTCGCCA
TTTTCGAGAAGAGAGAGTTAGAGAGAGAGAGTATGGATCGAAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1FD69TF C 1
AF RR1FS48JQ U 18
AF RR1EB87JQ U 20
AF RR1A235TF C 84
AF RR1A235JQ U 111
BS 1 17 RR1FD69TF
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BS 120 570 RR1FS48JQ
BS 571 571 RR1EB87JQ
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RD RR1FD69TF 701 0 0
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GCTTACACAACCAGAGTTCCGATCATCATCCAAGACAAATAAATATATTAAAAAAAAA*C
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CGTTGTTCGCATGCCTAATCTGCTCAGCGATACCATTGTAATGGTTCAATATCACGCGCG
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CATCGCACATCTCGTCTTTGTGGTCTTCGTGGACGACGAACATGTACTTCCCGTGACGGT
TCGACACGGCCACGTCACTGTAGATCCCTTCCATCGTCTTCCTGTCTTTGCAAGAAAGCT
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TCGCCGCCATGGCTATCGCCGGCAAGATGCAGAGGACCATCAAGATCACTAGTTTCGCCA
TTTTCGAGAAGAGAGAGTTAGAGAGAGAGAGTATGGATC
CC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1FS48JQ 690 0 0
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ATCTGCTCAGCGATACCATTGTAATGGTTCAATATCACGCGCGACTGCTCACGCCCCTTT
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AGGACGTAGGAGGATTCGGCAGTCTCGAAACCGAACTTGCATGTGTCGCAGTAAGTGATG
CCTTGAACGACAAAAGTGTTCTTTCCGATGCGTGGCTGCTTCCTCGCCGCCATGGCTATC
GCCGGCAAGATGCAGAGGACCATCAAGATCACTAGTTTCGCCATTTTCGAGAAGAAAGAG
TTAGAGAGAGAGAGTATGGATCGAAGT
GCC

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1EB87JQ 687 0 0
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CGATCATCATCCAAGACAAATAAATATATTAAAAAAAAA*CATCAGATCACAACATAGAC
AAGAAAACAGATCTACTAATCTCAAATCTCATCTTCATCAACCTGATACTTCTTAATCAA
CTCAGAACAAAACACATCGCTAACATCCTTCTCGAACCCCATGTTGTTCGCATGCCTAAT
CTGCTCAGCGATACCATTGTAATGGTTCAATATCACGCGCGACTGCTCACGCCCCTTTGA
GATTTTCGAACAACCCTTGTCCGAGCTTTTCACGAGCATCACATCGCACATCTCGTCTTT
GTGGTCTTCGTGGACGACGAACATGTACTTCCCGTGA*GGTTCGACACGGCCACGTCACT
GTAGATCTCTTCCATCGTCTTCCTGTCTTTGCAAGAAAGCTTCACCGTCGCGCCGGGAAG
GACGTAGGAGGATTCGGCAGTCTCGAAACCGAAATTGCATGTGTCGCAGTAAGTGATGCC
TTGAACGACAAGAGTGTTCTTTCCGATGCGTGGCTGTTTCCTCGCCGCCATGGCTATCGC
CGGCAAGATGCAGAGGACCATCAAGATCACTAGTTTCGCCATTTTCGAGAAGAGAGAGTT
AGAGAGAGAGAGTATGGATCGAAGT
GA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1A235TF 624 0 0
CATCATCCAAGACAAATAAATATATTAAAAAAAAA*CATCAGATCACAACATAGACAAGA
AAACAGATCTACTAATCTCAAATCTCATCTTCATCAACCTGATACTTCTTAATCAACTCA
GAACAAAACACATCGCTAACATCCTTCTCGAACCCCATGTTGTTCGCATGCCTAATCTGC
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TCTTCGTGGACGACGAACATGTACTTCCCGTGACGGTTCGACACGGCCACGTCACTGTAG
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AAGATGCAGAGGACCATCAAGATCACTAGTTTCGCCATTTTCGAGAAGAGAGAGTTAGAG
AGAGAGAGTATGGATCGAAGT
CCC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1A235JQ 597 0 0
AAAAAAAAACATCAGATCACAACATAGACAAGAAAACAGATCTACTAATCTCAAATCTCA
TCTTCATCAACCTGATACTTCTTAATCAACTCAAAACAAAACACATCGCTAACATCCTTC
TCGAACCCCATGTTGTTCGCATGCCTAATCTGCTCAGCGATACCATTGTAATGGTTCAAT
ATCACGCGCGACTGCTCACGCCCCTTTGAGATTTTCGAACAACCCTTGTCCGAGCTTTTC
ACGAGCATCACATCGCACATCTCGTCTTTGTGGTCTTCGTGGACGACGAACATGTACTTC
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AACTTGCATGTGTCGCAGTAAGTGATGCCTTGAACGACAAGAGTGTTCTTTCCGATGCGT
GGCTGCTTCCTCGCCGCCATGGCTATCGCCGGCAAGATGCAGAGGACCATCAAGATCACT
AGTTTCGCCATTTTCGAGAAGAGAGAGTTAGAGAGAGAGAGTATGGATCGAAGTCCC

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 14

CO CL128Contig1 1198 14 8 U
GGGACAACAACAAACTCAAAACCTTATTCATAAAAAAAAAA*TGTCATCGATAGTGCTCA
TGTTTGTGGTTCTAACCATTCTTTCCATGGGTTTGAACGTCTCTCAAGCGACATCTCGTG
TCACCTTCCACGAGCCACTATTGGCTGACCACCATCAACAATGGATGAATCGATTCTCTC
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TTGCGGATTGGCCCGAAGAGGATTTCATTGCCACACATACCGGTCTTAGGAGCACTGGCG
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ATGTCGCCCCTCATGAGACCAAAGATTGGAGAAACGAAGGAGCTGTAACACCGGTTAGAT
ACCAAGGCCTATGCGGAGGTTGTTGGGCGTTCTCAGCTGTTGCCGCTGTGGAAGGTGTGA
CAAAGATTGCCGGAGGCAAACTTATACCATTATCTGAACAACAGCTTATAGATTGCGACA
GAGGGTATAATAATGGTTGTGGAGGTGGGATAATGACAGAAGCTTTCGACTACATAGTCC
AAAACCAAGGCATTGCCTCAGAAGAAGCTTACCCTTTCTCAGAGCAAGCGTACCCTTTCC
TATGGACATACGAGATGTGCCGGTTTAATGCGAGACCCGCCGCATCAATCAGAGGTTTCC
AGACCGTTCCAAGCAACAACGAGCGTGCGTTGCTCGAGGCTGTGTCGAGACAGCCTGTCT
CGGTTTCCATTGACGCAGATGGACCCGGTTTCATGCATTACTCAGGGGGAGTGTACGATG
AGCCGTACTGTGGGACCAGAGTGAATCATGCGGTGACGTTCGTTGGCTACGGGACTAGCC
CTGAAGGGATCAAGTATTGGCTAGCTAAGAATTCTTGGGGTGAGACTTGGGGAGAGAATG
GTTACATTAGGATTCGTAGAGATGTGGACTGGCCTGAGGGCATGTGTGGTGTGGCTCAGA
ATGCTTATTATCCAATTGCTTAATTAAGTGGCAAATGGCTTATTGTTTAAGTGTTATATA
ACACTAGAATAACAAAAGTGACTAGTTTGGTTTATTAATTGATTATATAGTCTGGCTT


BQ
10 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA10TF U 2
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CAC

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DS 

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GA
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CGGATTGGCCCGAAGAGGATTTCATTGCCACACATACCGGTCTTAGGAGCACTGGCGGAT
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AAGGCCTATGCGGAGGTTGTTGGGCGTTCTCAGCTGTTGCCGCTGTGGAAGGTGTG

QA 3 538 3 538
DS 

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GTTTGTGGTTCTAACCATTCTTTCCATGGGTTTGAACGTCTCTCAAGCGACATCTCGTGT
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QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1BH23TF 680 0 0
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GAGTTTATAACAGCGAGCTCGAGAAACAGATGAGATTCGACATGTTCAAGAAGAACTTTA
AATTCATTGAGGAATTTAATAGAAAGGGAGATAGAACCTACAAGCTTGGTGTCAACGAGT
TTGCGGATTGGCCCGAAGAGGATTTCATTGCCACACATACCGGTCTTAGGAGCACTGGCG
GATATTCACCAAGTGGATTTATGTATGAAGTGGAACCGTATCAGGACTGGAACGTCACTG
ATGTCGCCCCTCATGAGACCAGAGATTGGAGAAACGAAGGAGCTGTAACACCGGTTAGAT
ACCAAGGCCTATGCGGAGGTTGTTGGGCGTTCTCAGCTGTTGCCGCTGTGGAAGGTGTGA
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AAAACCAAGGCATTGCCTCA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1BF10TF 664 0 0
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GTTTGTGGTTCTAACCATTCTTTCCATGGGTTTGAACGTCTCTCAAGCGACATCTCGTGT
CACCTTCCACGAGCCACTATTGGCTGACCACCATCAACAATGGATGAATCGATTCTCTCG
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AAAC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1EX28TF 674 0 0
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GTTTGTGGTTCTAACCATTCTTTCCATGGGTTTGAACGTCTCTCAAGCGACATCTCGTAT
CACCTTCCACGAGCCACTATTGGCTGACCACCATCAACAATGGATGAATCGATTCTCTCG
AGTTTATAACAGCTAGCTCGAGAAACAGATGAGATTCGAC*TGTTCAAGAAGAACTTTAA
ATTCATTGAGGAATTTAATAGAAAGGGAGATAGAACCTACAAGCTTGGTGTCAACGAGTT
TGCGGATTGGCCCGAAGAGGATTTCATTGCCACACATACCGGTCTTAGGAGCACTGGCGG
ATATTCACCAAGTGGATTTATGTATGAAGTGGAACCGTATCAAGACTGTAACGTCACTGA
TGTCGCCCCTCATGAGACCAAAGATTGGAGAAACGAAGGAGCTGTAACACCGGTTAGATA
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DS 

RD RR1DA28TF 680 0 0
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CACCTTCCACGAGCCACTATTGGCTGACCACCATCAACAATGGATGAATCGATTCTCTCG
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CCAAGGCCTATGCGGAGGTTGTTGGGCGTTCTCAGCTGTTGCCGCTGTGGAAGGTGTGAC
AAAGATTGCCGGAGGCAAACTTATACCATTATCTGAACAACAGCTTATAGATTGCGACAG
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AAACCAAG*CATTGCCTCAG

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DS 

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GTTTGTGGTTCTAACCATTCTTTCCATGGGTTTGAACGTCTCTCAAGCGACATCTCGTGT
CACCTTCCACGAGCCACTATTGGCTGACCACCATCAACAATGGATGAATCGATTCTCTCG
AGTTTATAACAGCGAGCTCGAGAAACAGATGAGATTCGACATGTTCAAGAAGAACTTTAA
ATTCATTGAGGAATTTAATAGAAAGGGAGATAGAACCTACAAGCTTGGTGTCAACGAGTT
TGCGGATTGGCCCGAAGAGGATTTCATTGCCACACATACCGGTCTTAGGAGCACTGGCGG
ATATTCACCAAGTGGATTTATGTATGAAGTGGAACCGTATCAGGACTGGAACGTCACTGA
TGTCGCCCCTCATGAGACCAAAGATTGGAGAAACGAAGGAGCTGTAACACCGGTTAGATA
CCAAGGCCTATGCGGAGGTTGTTGGGCGTTCTCAGCTGTTGCCGCTGTGGAAGGTGTGAC
AAAGATTGCCGGAGGCAAACTTATACCATTATCTGAACAACAGCTTATAGATTGCGACAG
AGGGTATAATAATGGTTGTGGAGGTGGGATAATGACAGAAGCTTTCGACTACATAGTCCA
AAACCAAGGCATTGCCTCAGAAGAAGCTTACCCTTTCTCAGAGCAAGCGTACCCTTTCCT
ATGGACATACGAGATGTGCCGGTTTAATGCGAGA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1DA10JQ 178 0 0
GGCTGTGTCGAGACAGCCTGTCTCGGTTTCCATTGACGCAGATGGACCCGGTTTCATGCA
TTACTCAGGGGGAGTGTACGATGAGCCGTACTGTGGGACCGGAGTGAATCATGCGGTGAC
GTTCGTTGGCTACGGGACTAGCCCTGAAGGGATCAAGTATTGGCTAGCTAAGAATTCT

QA 1 178 1 178
DS 

RD RR1EX28JQ 773 0 0
TCAA
GACTGTAACGTCACTGATGTCGCCCCTCATGAGACCAAAGATTGGAGAAACGAAGGAGCT
GTAACACCGGTTAGATACCAAGGCCTATGCGGAGGTTGTTGGGCGTTCTCAGCTGTTGCC
GCTGTGGAAGGTGTGACAAAGATTGCCGGAGGCAAACTTATACCATTATCTTAACAACAG
CTTATAGATTGCGACAGAGGGTATAATAATGGTTGTGGAGGTGGGATAATGACAGAAGCT
TTCGACTACATAGTCCAAAACCAAGGCATTGCCTCAGAAGAAGCTTACCCTTTCTCAGAG
CAAGCGTACCCTTTCCTATGGACATACGAGATGTGCCGGTTTAATGCGAGACCCGCCGCA
TCAATCAGAGGTTTCCAGACCGTCCCAAGCAACAACGAGCGTGCGTTGCTCGAGGCTGTG
TCGAGACAGCCTGTCTCGGTTTCCATTGACGCAGATGGACCCGGTTTCATGCATTACTCA
GGGGGAGTGTACGATGAGCCGTACTGTGGGACCAGAGTGAATCATGCGGTGACGTTCGTT
GGCTACGGGACTAGCCCTGAAGGGATCAAGTATTGGCTAGCTAAGAATTCTTGGGGTGAG
ACTTGGGGAGAGAATGGTTACATTAGGATTCGTAGAGATGTGGACTGGCCTGAGGGCATG
TGTGGTGTGGCTCAGAATGCTTATTATCCAATTGCTTAATTAAGTGGCAAATGGCTTATT
GTTTAAGTGTTATATAACACTAGAATAACAAAAGTGACTAGTTTGGTTT

QA 5 773 5 773
DS 

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GCGGAGGTTGTTGGGCGTTCTCAGCTGTTGCCGCTGTGGAAGGTGTGACAAAGATTGCCG
GAGGCAAACTTATACCATTATCTGAACAACAGCTTATAGATTGCGACAGAGGGTATAATA
ATGGTTGTGGAGGTGGGATAATGACAGAAGCTTTCGACTACATAGTCCAAAACCAAGGCA
TTGCCTCAGAAGAAGCTTACCCTTTCTCAGAGCAAGCGTACCCTTTCCTATGGACATACG
AGATGTGCCGGTTTAATGCGAGACCCGCCGCATCAATCAGAGGTTTCCAGACCGTTCCAA
GCAACAACGAGCGTGCGTTGCTCGAGGCTGTGTCGAGACAGCCCGTCTCGGTTTCCATTG
ACGCAGATGGACCCGGTTTCATGCATTACTCAGGGGGAGTGTACGATGAGCCGTACTGTG
GGACCAGAGTGAATCATGCGGTGACGTTCGTTGGCTACGGGACTAGCCCTGAAGGGATCA
AGTATTGGCTAGCTAAGAATTCTTGGGGTGAGACTTGGGGAGAGAATGGTTACATTAGGA
TTCGTAGAGATGTGGACTGGCCTGAGGGCATGTGTGGTGTGGCTCAGAATGCTTATTATC
CAATTGCTTAATTAAGTGGCAAATGGCTTATTGTTTAAGTGTTATATAACACTAGAATAA
CAAAAGTGACTAGTTTGGTTT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1HA54JQ 597 0 0
AACAACAGCTTATAGATTGCGACAGAGGGTATAATAATGGTTGTGGAGGTGGGATAATGA
CAGAAGCTTTCGACTACATAGTCCAAAACCAAGGCATTGCCTCAGAAGAAGCTTACCCTT
TTTCAGAGCAAGCGTACCCTTTCCTATTGACATACGAGATGTGCCGGTTTAATGCGAGAC
CCGCCGCATCAATCAGAGGTTTCCAGACCGTTCCAAGCAACAACGAGCGTGCGTTGCTCG
AGGCTGTGTCGAGACAGCCTGTTTCGGTTTCCATTGACGCAGATGGACCCGGTTTCATGC
ATTACTCAGGGGGAGTGTACGATGAGCCGTACTGTGGGACCAGAGTGAATCATGCGGTGA
CGTTCGTTGGCTACGGGACTAGCCCTGAAGGGATCAAGTATTGGCTAGCTAAGAATTCTT
GGGGTGAGACTTGGGGAGAGAATGGTTACATTAGGATTCGTAGAGATGTGGACTGGCCTG
AGGGCATGTGTGGTGTGGCTCAGAATGCTTATTATCCAATTGCTTAATTAAGTGGCAAAT
GGCTTATTGTTTAAGTGTTATATAACACTAGAATAACAAAAGTGACTAGTTTGGTTT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1BF10JQ 654 0 0
CCGCTGTGGAAGGTGTGACAAAGATTGCCGGAGGCAAACTTATACCATTATCTGAACAAC
AGCTTATAGATTGCGACAGAGGGTATAATAATGGTTGTGGAGGTGGGATAATGACAGAAG
TTTTCGACTACATAGTCCAAAACCAAGGCATTGCCTCAGAAGAAGCTTACCCTTTCTCAG
AGCAAGCGTACCCTTTCCTATGGACATACGAGATGTGCCGGTTTAATGCGAGACCCGCCG
CATCAATCAGAGGTTTCCAGACCGTTCCAAGCAACAACGAGCGTGCGTTGCTCGAGGCTG
TGTCGAGACAGCCTGTCTCGGTTTCCATTGACGCAGATGTACCCGGTTTCATGCATTACT
CAGGGGGAGTGTACGATGAGCCGTACTGTGGGACCAGAGTGAATCATGCGGTGACGTTCG
TTGGCTACGGGACTAGCCCTGAAGGGATCAAGTATTGGCTAGCTAAGAATTCTTGGGGTG
AGACTTGGGGAGAGAATGGTTACATTAGGATTCGTAGAGATGTGGACTGGCCTGAGGGCA
TGTGTGGTGTGGCTCAGAATGCTTATTATCCAATTGCTTAATTAAGTGGCAAATGGCTTA
TTGTTTAAGTGTTATATAACACTAGAATAACAAAAGTGACTAGTTTGGTTT
ATT

QA 1 651 1 651
DS 

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TACCCTTTCCTATGGACATACGAGGTGTGCCGGTTTAATGCGAGACCCGCCGCATCAATC
AGAGGTTTCCAGACCGTTCCAAGCAGCAACGAGCGTGCGTTGCTCGAGGCTGTGTCGAGA
CAGCCTGTCTCGGGTTCCATTGACGCAGATGGACCCGGTTTCATGCATTACTCAGGGGGA
GTGTACGATGAGCCGTACTGTGGGACCAGAGTGAATCATGCGGTGACGTTCGTTGGCTAC
GGGACTAGCCCTGAAGGGATCAAGTATTGGCTAGCTAAGAATTCTTGGGGTGAGACTTGG
GGAGAGAATGGTTACATTAGGATTCGTAGAGATGTGGACTGGCCTGAGGGCATGTGTGGT
GTGGCTCAGAATGCTTATTATCCAATTGCTTAATTAAGTGGCAAATGGCTTATTGTTTAA
GTGTTATATAACACTAGAATAACAAAAGTGACTAGTTTGGTTTATTAATTGATTATATAG
TCTGGCTT

QA 1 488 1 488
DS 



AS 2 12

CO CL129Contig1 1076 10 6 U
GCTAATTTATTAAATAGTTAACTTATGAATCAAAACGTTGAGAATGGAATACAATTTTTT
TTTGAACATCTGTTTCTTTCTATAGAGCAAATAAGGCATATAACAGAGAGTGGAAGATAT
ATTTGGTTCGAAGACAAGTAACAATAATACTAATAACGTTCTAATGTAATGGCTTGAGGT
GGAAGACTTGACAAGCTGGTTTGTATGACATCTTGGACGCTGCTTTTTCGAATTTCTTGC
TTCCTGCTTCGTTTTCCTCTAAGTTCGTCTGTGAGAAGAAACGGCTCCACCAGGACGAGC
TACGCATTTTAGCCGGTCGTCCCACTTTTGACAACTCTGCAGCTTTAGCCTTTTGCTTAC
CAGGATTACCTGCGAAGAGAACGACACCATCTGAAGCAACCCGCGCAAGTTCAGGAACGG
TTTTGTTCAGATACTTTGGTGAGAGGTAATCCAGAGCATCCGAGACGATCACAACAGAAA
ATGACTTAGACCGGTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCGGCCACACGTACAAGGCCTTTAC
GCAATAGACTTTTGCATTTGGAGTCTGCATCCTCTACATCATACGGCTCAACACCCCATG
CTTCAGTCTCTTCTTCCCTCAACAGAGTAGAGACCACTGAGCATGTTTCAGGACCCACGT
GCAAGACTTTCCGCATGCTGTCCCCGTAAGCATTTTTGAGAACAGGAATGGCTCTTTGAA
CTTCTGATGTGCATGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACTTCTCTGATAGTTTTAAACA
AACCTGGACCACTGAAAGCATAACCAATGAGAAGGCATGCTCCCACGAGAACAAGGCAAA
TAGAAAGCAGAGGAGAGGAACGTGACTTGGAGTGCAAAGCTCCTACAAATGGAAAGCTTC
CACTATCCCCTCCACGCCTCGTGGAACCTCCTACTTGCCTTCTTGACATGACTAAGATCC
CTCAAAGCTTTCCTTATACCTTGATTTCGAATTAAAAAACGATGTTTGGATCCAAAGATC
TCAGATCCGAGAAATTTTCGTGTGTGAAAGCTTTCTTCTTTTTAAGCGCTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 50 50 50 50 35 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 20 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 15 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1DF63JQ U 25
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TAATACTAATAACGTTCTAATGTAATGGCTTGAGGTGGAAGACTTGACAAGCTGGTTTGT
ATGACATCTTGGACGCTGCTTTTTCGAATTTCTTGCTTCCTGCTTCGTTTTCCTCTAAGT
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CTTG

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DS 

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CTGCATCCTCTACATCATACGGCTCAACACCCCATGCTTCAGTCTCTTCTTCCCTCAACA
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CGTAAGCATTTTTGAGA

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DS 

RD RR1BQ41JQ 772 0 0
GG
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ACTAATAACGTTCTAATGTAATGGCTTGAGGTGGAAGACTTGACAAGCTGGTTTGTATGA
CATCTTGGACGCTGCTTTTTCGAATTTCTTGCTTCCTGCTTCGTTTTCCTCTAAGTTCGT
CTGTGAGAAGAAACGGTTCCACCAGGACGAGCTACGCATTTTAGCCGGTCGTCCCACTTT
TGACAACTCTGCAGCTTTAGCCTTTTGCTTACCAGGATTACCTGCGAAGAGAACGACACC
ATCTGAAGCAACCCGCGCAAGTTCAGGAACGGTTTTGTTCAGATACTTTGGTGAGAGGTA
ATCCAGAGCATCCGAGACGATCACAACAGAAAATGACTTAGACCGGTAAGGCAGAGGGAA
CTTGATGTCGGCCACACGTACAAGGCCTTTACGCAATAGACTTTTGCATTTGGAGTCTGC
ATCCTCTACATCATACGGCTCAACACCCCATGCTTCAGTCTCTT**TCCCTCAACAGAGT
AGAGACCACTGAGCATGTTTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTCCGCATGCTGTCCCCGTA
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ACGAGA

QA 3 766 3 766
DS 

RD RR1A921JQ 784 0 0
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GAGCAAATAAGGCATATAACAGAGAGTGGAAGATATATTTGGTTCGAAGACAAGTAACAA
TAATACTAATAACGTTCTAATGTAATGGCTTGAGGTGGAAGACTCGACAAGCTGGTTTGT
ATGACATCTTGGACGCTGCTTTTTCGAATTTCTTGCTTCCTGCTTCGTTTTCCTCTAAGT
TCGTCTGTGAGAAGAAACGGCTCCACCAGGACGAGCTACGCATTTTAGCCGGTCGTCCCA
CTTTTGACAACTCTGCAGCTTTAGCCTTTTGCTTACCAGGATTACCTGCGAAGAGAACGA
CACCATCTGAAGCAACCCGCGCAAGTTCAGGAACGGTTTTGTTCAGATACTTTGGTGAGA
GGTAATCCAGAGCATCCGAGACGATCACAACAGAAAATGACTTAGACCGGTAAGGCAGAG
GGAACTTGATGTCGGCCACACGTACAAGGCCTTTACGCAATAGACTTTTGCATTTGGAGT
CTGCATCCTCTACATCATACGGCTCAACACCCCATGCTTCAGTCTCTTCTTCCCTCAACA
GAGTTGAGACCACTGAGCATGTTTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTCCGCATGCTGTCCC
CATAAGCATTTTTGAGAACAGGAATGGCTCTTTGAACTTCTGATGTGCATGAATAGTCAC
CTGTGATCTTGCTGACTTCCCTGATAGTTTTAAACAAACCTGGACCACTGAAAGCATAAC
CAAT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1AA43JQ 919 0 0
GCTAATTTATTAAATAGTTAACTTATGAATCAAAACGTTGAGAATGGAATACAATTTTTT
TTTGAACATCTGTTTCTTTCTATAGAGCAAATAAGGCATATAACAGAGAGTGGAAGATAT
ATTTGGTTCGAAGACAAGTAACAATAATACTAATAACGTTCTAATGTAATGGCTTGAGGT
GGAAGACTTGACAAGCTGGTTTGTATGACATCTTGGACGCTGCTTTTTCGAATTTCTTGC
TTCCTGCTTCGTTTTCCTCTAAGTTCGTCTGTGAGAAGAAACGGCTCCACCAGGACGAGC
TACGCATTTTAGCCGGTCGTCCCACTTTTGACAACTCTGCAGCTTTAGCCTTTTGCTTAC
CAGGATTACCTGCGAAGAGAACGACACCATCTGAAGCAACCCGCGCAAGTTCAGGAACGG
TTTTGTTCAGATACTTTGGTGAGAGGTAATCCAGAGCATCCGAGACGATCACAACAGAAA
ATGACTTAGACCGGTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCGGCCACACGTACAAGGCCTTTAC
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CTTCAGTCTCTTCTTCCCTCAACAGAGTTGAGACCACTGAGCATGTTTCAGGACCCACGT
GCAAGACTTTCCGCATGCTGTCCCCGTAAGCATTTTTGAGAACAGGAATGGCTCTTTGAA
CTTCTGATGTGCATGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACTTCTCTGATAGTTTTAAACA
AACCTGGACCACTGAAAGCATAACCAATGAGAAGGCATGCTCCCACGAGAACAAG*CAAA
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CACTATCCCCTCCACGCCT

QA 1 919 1 919
DS 

RD RR1AA43TF 622 0 0
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TACTTTGGTGAGAGGTAATCCAGAGCATCCGAGACGATCACAACAGAAAATGACTTAGAC
CGGTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCGGCCACACGTACAAGGCCTTTACGCAATAGACTT
TTGCATTTGGAGTCTGCATCCTCTACATCATACGGCTCAACACCCCATGCTTCAGTCTCT
TCTTCCCTCAACAGAGTTGAGACCACTGAGCATGTTTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTC
CGCATGCTGTCCCCGTAAGCATTTTTGAGAACAGGAATGGCTCTTTGAACTTCTGATGTG
CATGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACTTCTCTGATAGTTTTAAACAAACCTGGACCA
CTGAAAGCATAACCAATGAGAAGGCATGCTCCCACGAGAACAAGGCAAATAGAAAGCAGA
GGAGAGGAACGTGACTTGGAGTGCAAAGCTCCTACAAATGGAAAGCTTCCACTATCCCCT
CCACGCCTCGTGGAACCTCCTACTTGCCTTCTTGACATGACTAAGATCCCTCAAAGCTTT
CCTTATACCTTGATTTCGAATT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1A921TF 705 0 0
GCGAAGAGAACGACACCATCTGAAGCAACCCGCGCAAGTTCAGGAACGGTTTTGTTCAGA
TACTTTGGTGAGAGGTAATCCAGAGCATCCGAGACGATCACAACAGAAAATGACTTAGAC
CGGTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCGGCCACACGTACAAGGCCTTTACGCAATAGACTT
TTGCATTTGGAGTCTGCATCCTCTACATCATACGGCTCAACACCCCATGCTTCAGTCTCT
TCTTCCCTCAACAGAGTTGAGACCACTGAGCATGTTTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTC
CGCATGCTGTCCCCATAAGCATTTTTGAGAACAGGAATGGCTCTTTGAACTTCTGATGTG
CATGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACTTCCCTGATAGTTTTAAACAAACCTGGACCA
CTGAAAGCATAACCAATGAGAAGGCATGCTCCCACGAGAACAAGGCAAATAGAAAGCAGG
GGAGAGGAACGTGACTTGGAGTGCAAAGCTCCTACAAATGGAAAGCTTCCACTATCCCCT
CCACGCCTCGTGGAACCTCCTACTTGCCTTCTTGACATGACTAAGATCCCTCAAAGCTTT
CCTTATACCTTGATTTCGAATTAAAAAACGATGTTTGGATCCAAAGATCTCAGATCCGAG
AAATTTTCGTGTGTGAAAGCTTTCTTCTTTTTAAGCGCTCTTTCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1DF63TF 244 0 0
AAGGCAAATAGAAA*CAGAGGAGAGGAACGTGACTTGGAGTGCAAAGCTCCTACAAATGG
AAAGCTTCCACTATCCCCTCCACGCCTCGTGGAACCTCCTACTTGCCTTCTTGACATGAC
TAAGATCCCTCAAAGCTTTCCTTATACCTTGATTTCGAATTAAAAAACGATGTTTGGATC
CAAAGATCGCAGATCCGAGAAATTTTCGTGTGTGAAAGCTTTCTTCTTTTTAAGCGCTCT
TT
CC

QA 1 242 1 242
DS 

RD RR1DB10TF 660 0 0
GAG
GAGAACGACACCATCTGAAGCAACCCGCGCAAGTTCAGGAACGGTTTTGTTCAGATACTT
TGGTGAGAGGTAATCCAGAGCATCTGAGACGATCACAACAGAAAATGACTTAGACCGGTA
AGGCAGAGGGAACTTGATGTCGGCCACACGTACAAGGCCTTTACGCAATAGACTTTTGCA
TTTGGAGTCTGCATCCTCTACATCATACGGCTCAACACCCCATGCTTCAGTCTCTTCTTC
CCTCAACAGAGTAGAGACCACTGAGCATGTTTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTCCGCAT
GCTATCTCCGTAAGCATTCTTGAGAACAGGAATGGCTCTTTGAACTTCTGATGTGCATGA
ATAATCACCTGTGATCTTGCTGACTTCTCTGATAGTTTTAAACAAACCTGGACCACTGAA
AGCATAACCAATGAGAAGGCATGCTCCCACGAGAACAAGGCAAATAGAAAGCAGAGGAGA
GGAACGTGACTTGGAGTGCAAAGCTCCTACAAATGGAAAGCTTCCACTATCCCCTCCACG
CCTCGTGGAACCTCCTACTTGCCTTCTTGACATGACTAAGATCCCTCAAAGCTTTCCTTA
TACCTTGATTTCGAATTAAAAAACGATGTTTGGATCCAAAGATCTCAGATCCGAG
CC

QA 4 658 4 658
DS 



CO CL129Contig2 555 2 1 U
AGGGGGATGTCTGACAATAACACTGCGAAGCTCTCCGCTAGTAGCTAAAGAGCGCTTAAA
AAGAAGAAAGCTTTCACACACGAAATTTTATCGGATCTGAGATCTTTGGATCCAAACATC
GTTTTTTAATTCGAAATCAAGGTAATAAGGAAAGCTTTGAGGTATCGTAGTCATCATGTC
AAGAAGGCAAGTAGGAGGTTCCACGAGGCGTGGAGGGGATAGTGGAAGCTTTCCATTTGT
AGGAGCTTTGCACTCTAAATCACGTTCCTCTCCTCTGCTTTCTATTTGCCTTGTTCTCGT
GGTATGATGAAATGAGTCTCCTGCTTCGTTAGTCATTCCTTTCATAGTATACAAATTGAC
TTCTTCTTTTTTCTTTTTCTGAAACTGTAATTATTACCAGGGAGCATGCCTTCTCATTGG
TTATGCTTTCAGTGGTCCAGGTTTGTTTACCTTCTTCAACCGAGTGAGTATGTTTTGTTT
GATGATTGCTTTTGAATAGCCGTGAGAAAATAATAAATTGGAATGTACATGTAATATAAT
AAAATAGTTTGAGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CO02JQ C 1
AF RR1CO02TF U 1
BS 1 555 RR1CO02TF

RD RR1CO02JQ 555 0 0
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AAGAAGGCAAGTAGGAGGTTCCACGAGGCGTGGAGGGGATAGTGGAAGCTTTCCATTTGT
AGGAGCTTTGCACTCTAAATCACGTTCCTCTCCTCTGCTTTCTATTTGCCTTGTTCTCGT
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TTCTTCTTTTTTCTTTTTCTGAAACTGTAATTATTACCAGGGAGCATGCCTTCTCATTGG
TTATGCTTTCAGTGGTCCAGGTTTGTTTACCTTCTTCAACCGAGTGAGTATGTTTTGTTT
GATGATTGCTTTTGAATAGCCGTGAGAAAATAATAAATTGGAATGTACATGTAATATAAT
AAAATAGTTTGAGGC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1CO02TF 555 0 0
AGGGGGATGTCTGACAATAACACTGCGAAGCTCTCCGCTAGTAGCTAAAGAGCGCTTAAA
AAGAAGAAAGCTTTCACACACGAAATTTTATCGGATCTGAGATCTTTGGATCCAAACATC
GTTTTTTAATTCGAAATCAAGGTAATAAGGAAAGCTTTGAGGTATCGTAGTCATCATGTC
AAGAAGGCAAGTAGGAGGTTCCACGAGGCGTGGAGGGGATAGTGGAAGCTTTCCATTTGT
AGGAGCTTTGCACTCTAAATCACGTTCCTCTCCTCTGCTTTCTATTTGCCTTGTTCTCGT
GGTATGATGAAATGAGTCTCCTGCTTCGTTAGTCATTCCTTTCATAGTATACAAATTGAC
TTCTTCTTTTTTCTTTTTCTGAAACTGTAATTATTACCAGGGAGCATGCCTTCTCATTGG
TTATGCTTTCAGTGGTCCAGGTTTGTTTACCTTCTTCAACCGAGTGAGTATGTTTTGTTT
GATGATTGCTTTTGAATAGCCGTGAGAAAATAATAAATTGGAATGTACATGTAATATAAT
AAAATAGTTTGAGGC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 14

CO CL130Contig1 1130 14 11 U
AGGGGACACCTAACCTTCTCAATGCCAACGGTTTCATATCTGACTCAGTGTTTCTGATTA
GCTAGCGACCAAGTTAAAGAGTATCTTCGCAGTTCAGGAAATGTTAGGAAGCTCTTTAGC
TTCACCTTTGGCTACAGTGGGTTCTGTCAAATGTTTTCGACACTCTGCGTTGATACCACT
GCTTACGGCCGGGGGGATCGGAAAAAGAAATACTCTTTCTCTACAACCCTGCGCAGATGG
AGCCTGAATATGAAGCTAATCCCGTGTCTTTGCCGCCGATGGACGTAGCTGATCCCGTTT
CGACGCAGCCGCCGCCGCCGCCGGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGA
CAGTATCACTTCCTCCAGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATT
ACCTCAAGGGGAAAGTCTTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCT
ACAAGCACGATCCCTGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGT
ACTTTTTT*ACCAACCTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACT
CCCCACGGGAGATGGAGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGAT
CTCAAGGGCACAAAGATGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCA
AGTGAATGGCGAATGGAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGGG*ATGTGTGTCTCCAA
GGTTTTCAGGAACAAGAAAGAAATGGTTGAGCAGACAACTACACCTCAAGGAGAGATCCC
ATCATCTTCCTCTGATGATGAAGATGCTACCAGTTTGCTCAGGATCCCACAAGCACAACT
ATGATAACATATTTATTCCCACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGG
GTCTTTCTTTCTATGTAAAAGATTATTATCTGGTTAAACCTCTGGGCCTTCTGTTTAGGG
CTTTCTTTCTAAGTAAAAAGATTATGATCTGGTTAGACCTTCTAAGCTTTTCCAATATTA
TAAAAAACATTGAGTAATTTATTTTTCCAATATTATAAAAAACATTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 25 25 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 
65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 50 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 45 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT94TF U 1
AF RR1AJ74JQ C 471
AF RR1C667TF U 189
AF RR1AJ74TF U 189
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AF RR1C667JQ C 246
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AF RR1CT40JQ C 663
AF RR1C688JQ C 467
BS 1 229 RR1GT94TF
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BS 231 319 RR1GT94TF
BS 320 322 RR1AE12TF
BS 323 605 RR1GT94TF
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RD RR1GT94TF 605 0 0
AGGGGACACCTAACCTTCTCAATGCCAACGGTTTCATATCTGACTCAGTGTTTCTGATTA
GCTAGCGACCAAGTTAAAGAGTATCTTCGCAGTTCAGGAAATGTTAGGAAGCTCTTTAGC
TTCACCTTTGGCTACAGTGGGTTCTGTCAAATGTTTTCGACACTCTGCGTTGATACCACT
GCTTACGGCCGGGGGGATCGGAAAAAGAAATACTCTTTCTCTACAACCCCGCGCAGATGG
AGCCTGAATATGAAGCTAATCCCGTGTCTTTGCCGCCGATGGACGTAGCTGATCCCGTTT
CGACGCAGCCGCCGCCGCC***GGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGA
CAGTATCACTTCCTCCAGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATT
ACCTCAAGGGGAAAGTCTTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCT
ACAAGCACGATCCCTGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGT
ACTTTTTT*ACCAACCTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACT
CCCCA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1AJ74JQ 354 0 0
CTTGACATTTACAAGCACGATCCCTGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACA
GAGGAGTGGTACTTTTTT*ACCAACCTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAA
GCGGGACACTCCCCACGGGAGATGGAGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCC
CAACAGTGATTTCAAGGGCACAAAGATGCCGTATAGCTTTTTTTTGAAGAACGGCACAAA
GGAAGAGCCAAGTGAATGGGGAATGGAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTTTGGG*ATGT
GTGTTTCCAAGGTTTTCAGGAACAAGAAAGAAATGGTTGAGCAGACCACTAC
CC

QA 1 352 1 352
DS 

RD RR1C667TF 597 0 0
CTCTTTTC
ATCGGAAAAAGAAATACTCTTTCTCTACAACCCTGCGCAGATGGAGCCTGAATATGAAGC
TAATCCCGTGTCTTTGCCGCCGATGGACGTAGCTGATCTCGTTTCGACGCAGCCGCCGCC
GCCGCCGGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGACAGTATCACTTCCTCC
AGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAAGT
CTTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCCTG
GGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTT*ACCAACC
TACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATGGA
GACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAAGA
TGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAATGG
AGGAATTCAAGCTGGGAAACCATTCTGGGGATGTGTGTCTCCAAGGTTT

QA 9 597 9 597
DS 

RD RR1AJ74TF 690 0 0
CTCTTTTC
ATCGGAAAAAGAAATACTCTTTCTCTACAACCCTGCGCAGATGGAGCCTGAATATGAAGC
TAATCCCGTGTCTTTGCCGCCGATGGACGTAGCTGATCCCGTTTCGACGCAGCCGCCGCC
GCC***GGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGACAGTATCACTTCCTCC
AGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAAGT
CTTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCCTG
GGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTT*ACCAACC
TACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATGGA
GACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAAGA
TGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAATGG
AGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGGG*ATGTGTGTCTCCAAGGTTTTCAGGAACAAG
AAAGAA*TGGTTGAGCAGACCACTACACCTCAAGGAGAGATCCCATCATCTTCCTCTGAT
GATGAAGATGCTACCAGTTTGC

QA 9 690 9 690
DS 

RD RR1C934TF 740 0 0
GGATCGGAAAAAGAAATACTCTTTCTCTACAACCCTGCGCAGATGGAGCCTGAATATGAA
GCTAATCCCGTGTCTTTGCCGCCGATGGACGTAGCTGATCCCGTTTCGACGCAGCCGCCG
CCGCCGCCGGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGACAGTATCACTTCCT
CCAGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAA
GTCTTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCC
TGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTT*ACCAG
CCTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATG
GAGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAA
GATGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAAT
GGAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGGGGATGTGTGTCTCCAAGGTTTTCAGGAACA
AGAAAGAAATGGTTGAGCAGACAACTACACCTCAAGGAGAGATCCCATCATCTTCCTCTG
ATGATGAAGATGCTACCAGTTTGCTCGG*ATCCCACAAGCACAACTATGATAACATATTT
ATTCCCACGAAATATTAGCT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1AE12JQ 387 0 0
ACCAACCTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGGGACACTCCCCACGGG
AGATGGAGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGC
ACAAAGATGCCGTATAGCTTCTTATTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGG
CGAATGGAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGGG*ATGTGTGTCTCCAAGGTTTTCAG
GAACAAGAAAGAAATGGTTGAGCAGACAACTACACCTCAAGGAGAGATCCCATCATCTTC
TTTTGATGATGAAGATGCTACCAGTTTGCTCAGGATCCCACAAGCACAACTATGATAACA
TATTTATTCCCACGAAATATTAGCTAA

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR1AE12TF 807 0 0
GGATCGGAAAAAGAAATACTCTTTCTCTACAACCCTGCGCAGATGGAGCCTGAATATGAA
GCTAATCCCGTGTCTCTGCCGCCGATGGACGTAGCTGATCCCGTTTCGACGCAGCCGCCG
CCGCCGCCGGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTCTCCAGTTGACAGTATCACTTCCT
CCAGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAA
GTCTTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCC
TGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTTTACCAA
CCTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATG
GAGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAA
GATGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAAT
GGAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGGG*ATGTGTGTCTCCAAGGTTTTCAGGAACA
AGAAAGAAATGGTTGAGCAGACAACTACACCTCAAGGAGAGATCCCATCATCTTCCTCTG
ATGATGAAGATGCTACCAGTTTGCTCAG*ATCCCACAAGCACAACTATGATAACATATTT
ATTCCCACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGGGTCTTTCTTTCTAT
GTAAAAGATTATTATCTGGTTAAACCT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1C688TF 788 0 0
GGATCGGAAAAAGAAATACTCTTTCTCTACAACCCTGCGCAGATGGAGCCTGAATATGAA
GCTAATCCCGTGTCTTTGCCGCCGATGGACGTAGCTGATCCCGTTTCGACGCAGCCGCCG
CCGCCGCCGGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGACAGTATCACTTCCT
CCAGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAA
GTCTTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCC
TGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTT*ACCAA
CCTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATG
GAGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAA
GATGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAAT
GGAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGGG*ATGTGTGTCTCCAAGGTTTTCAGGAACA
AGAAAGAAATGGTTGAGCAGACAACTACACCTCAAGGAGAGATCCCATCATCTTCCTCTG
ATGATGAAGATGCTACCAGTTTGCTCAG*ATCCCACAAGCACAACTATGATAACATATTT
ATTCCCACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGG*TCTTTCTTT
TATGTAAAGATA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1C667JQ 815 0 0
GAATATGAAGCTA*TCCCGTGTCT*TGCCGCCGATGGACGTAGCTGATCTCGTTTCGACG
CAGCCGCCGCCGCCGCCGGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGACAGTA
TCACTTCCTCCAGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTC
AAGGGGAAAGTCTTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAG
CACGATCCCTGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTT
TTT*ACCAACCTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCA
CGGGAGATGGAGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAA
GGGCACAAAGATGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGA
ATGGCGAATGGAGGAATTCAAGCTGGGAAACCATTCTGGG*ATGTGTGTCTCCAAGGTTT
TCAGGAACAAGAAAGAAATGGT*GAGCAGACAACTACACCTCAAGGAGAGATCCCATCAT
CTTCCTCTGATGATGAAGATGCTACCAGTTTGCTCAGGATCCCACAAGCACAACTATGAT
AACATATTTATTCCCACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGGGTCTT
TCTTTCTATGTAAAAGATTATTATCTGGTTAAACCTCTGGGCCTTCTGTTTAGGGCTTTC
TTTCTAAGTAAAAAGATTATGATCTGGTTAGACC
T

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1GT94JQ 663 0 0
CTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAAGTCTTGAGCGAAGAGGTGACTG
ATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCCTGGGACTTAGCAGGTCATTCCA
AGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTT*ACCAACCTACAGAGTAGGTACAAAAGT
GGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATGGAGACGAGGTAGTCGCAAGAAA
GAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAAGATGCCGTATAGCTTCTTCTTG
AAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAATGGAGGAATTCAAGCTGGAAAAC
CATTCTGGG*ATGTGTGTCTCCAAGGTTT*CAGGAACAAGAAAGAAATGGTTGAGCAGAC
AACTACACCTCAAGGAGAGATCCCATCATCTTCCTCTGATGATGAAGATGCTACCAGTTT
GCTCAGGATCCCACAAGCACAACTATGATAACATATTTATTCCCACGAAATATTAGCTAA
TCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGGGTCTTTCTTTCTATGTAAAAGATTATTATCTGGTTA
AACCTCTGGGCCTTCTGTTTAGGGCTTTCTTTCTAAGTAAAAAGATTATGATCTGGTTAG
ACC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1C934JQ 722 0 0
CCGCCGGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGACAGTATCACTTCCTCCA
GGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAAGTC
TTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCCTGG
GACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTT*ACCAGCCT
ACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATGGAG
ACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAAGAT
GCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAATGGA
GGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGGG*ATGTGTGTCTCCAAGGTTTTCAGGAACAAGA
AAGAAATGGTTGAGCAGACAACTACACCTCAAGGAGAGATCCCATCATCTTCCTCTGATG
ATGAAGATGCTACCAGTTTGCTCAGGATCCCACAAGCACAACTATGATAACATATTTATT
CCCACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGGGTCTTTCTTTCTATGTA
AAAGATTATTATCTGGTTAAACCTCTGGGCCTTCTGTTTAGGGCTTTCTTTCTAAGTAAA
AA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1GV96TF 236 0 0
G
GGTTGAGCAGACAACTACACCTCAAGGAGAGATCCCATCATCTTCCTCTGATGATGAAGA
TGCTACCAGTTTGCTCAGGATCCCACAAGCACAACTATGATAACATATTTATTCCCACGA
AATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGGGTCTTTCTTTCTATGTAAAAGATT
ATTATCTGGTTAAACCTCTGGGCCTTCTGTTTAGGGCTTTCTTTCTAAGTAAAAA

QA 2 236 2 236
DS 

RD RR1CT40JQ 377 0 0
CAAGGGCACAAAGATGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAG
TGAATGGGGAATGGAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTTTGGG*ATGTGTGTTTCCAAGG
TTTTCAGGAACAAGAAAGAAATGGTTGAGCAGACAACTACACCTCAAGGAGAGATCCCAT
CATCTTCCTCTGATGATGAAGATGCTACCAGTTTGCTCAGGATCCCACAAGCACAACTAT
GATAACATATTTATTCCCACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGGGT
CTTTCTTTCTATGTAAAAGATTATTATCTGGTTAAACCTCTGGGCCTTCTGTTTAGGGCT
TTCTTTCTAAGTAAAAA

QA 1 377 1 377
DS 

RD RR1C688JQ 664 0 0
AGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCCTGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATC
CACAGAGGAGTGGTACTTTTTT*ACCAACCTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTA
CCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATGGAGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAG
ACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAAGATGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCA
CAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAATGGAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGGG*
ATGTGTGTCTCCAAGGTTTTCAGGAACAAGAAAGAAATGGTTGAGCAGACAACTACACCT
CAAGGAGAGATCCCATCATCTTCCTCTGATGATGAAGATGCTACCAGTTTGCTCAGGATC
CCACAAGCACAACTATGATAACATATTTATTCCCACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGG
GCCTTCTGTTTAGGGTCTTTCTTTCTATGTAAAAGATTATTATCTGGTTAAACCTCTGGG
CCTTCTGTTTAGGGCTTTCTTTCTAAGTAAAAAGATTATGATCTGGTTAGACCTTCTAAG
CTTTTCCAATATTATAAAAAACATTGAGTAATTTATTTTTCCAATATTATAAAAAACATT
GAGC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 13

CO CL131Contig1 1380 13 21 U
GCAATAAATTCAGTTTATTCCAGTAATTTTTTATTATTGAAAACTTTATTTAAATATTAA
TAAAATAGTATTTGAAATTTAAAGTTATGTGAGATAAACATTAGAGTGTCACTTAGGGAG
GATGAGATTGGTGCTCGCTAACGCGCCATGCACGAGAAAGACGCTTCGAATAAATGAAGC
TTGCCAAAACAAGCAAGAAAAAGTCTATACATAGATAAACGTATGGATTGACTCTGTAGT
TGCTGAGTTGTACAGAGTGAAGTGATTTCTTGTTCATCACACATTAGCTGCTTTGAGGGA
AAGAAAATCAGAAATCTTGCTGGTGTAGAAATCTGGTTGTATCTTGTTCTCAGGGCTTTC
CAACATGGAGATTGAAGTAACACCAGAGAGGACAAGAAGAGTTTTACAACCACCATTCTG
CCCAAACAAAATATCAGTGTCCAATCTATCACCCACCATGCATATCTGTGACTTTTCGAT
TCCAAATTTGTCTGACAAATAGTCCATCATAAAAGTTGAGGGTTTTCCAACTACAAGAGG
TTCACGTTGACAGGATCCAACAAGAGCACCAACCATGGAGCCACCACCTGCCCATTCTTG
AGCATCGGTAAGGTGAGTGACAGCATCCCGGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGGTT
TTCGCGGATACAGAGAGTTCCATACTGAATTTTGTAGTAGTTGAAATAGCGGTCAAATCC
AACCACCACAGCTCCC*ACATCATTATCATGCTCCATTAGAAATCCTGGCTTCAGTTCAA
TTTGTTTTTTACCATCATCCGGACCTCCAAGGTATTGAAAACCAGCAAGGTCGAGCTCTT
TCAAAATACCCTCCTCACCAATCACGTAGACCTTCTTATCTTTGGGGAAATTAATAGACT
GCAAGTATGCAGCTGCAGCAAAAGAAGAAGCAAATATTTCCTCCTCGTTAACATTCAGGC
CAAGAGTCTCAAATTTTTTACCATATTGTTTCCTAGATTTTGTTGAGTTGTTCGTCACAA
AAACCAACCTCTTTCCCTTGGCACGGAGCATATCAAGAGTTTCAGGAACTCCCTCAATCA
ATTTATCTCCCTTCCAAATGACTCCGTCACAATCGAAGATAAAAGTTTCAACGGAATCGA
TGAGCTGATCGGCGTTCTCGAGCTGCTGTGCCGCCATAGCTCTCGGTGTCAAATTGGGAG
TCATCACACGGATAGGCTTATGGTCGATTCTGCGAATGAAGCCGCCGGAGAAGGAGGAAG
AACGAAATCCGGAGGAGACGAAAGGTTTTGAGTTTGGTAAGAGAGAAAGTGAGGAAGAAG
AAACAAGTGTTCTGTTCAGCACCATCTTTTCTTCTTCGGTTTCCGTTTCTTTTGGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 70 70 
70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 75 75 60 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GG08JQ U 52
AF RR1CF08JQ U 1
AF RR1FX10JQ U 148
AF RR1EH96JQ U 72
AF RR1AC71JQ U 150
AF RR1FE28JQ U 59
AF RR1BK33JQ U 150
AF RR1FX10TF C 341
AF RR1GG08TF C 425
AF RR1AC71TF C 509
AF RR1CF08TF C 611
AF RR1FE28TF C 596
AF RR1DV66TF C 599
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BS 430 736 RR1CF08JQ
BS 737 893 RR1FE28JQ
BS 894 894 RR1BK33JQ
BS 895 903 RR1FE28JQ
BS 904 904 RR1BK33JQ
BS 905 925 RR1FE28JQ
BS 926 928 RR1BK33JQ
BS 929 944 RR1FE28JQ
BS 945 950 RR1BK33JQ
BS 951 951 RR1FX10TF
BS 952 958 RR1BK33JQ
BS 959 959 RR1FX10TF
BS 960 974 RR1BK33JQ
BS 975 1005 RR1FX10TF
BS 1006 1018 RR1GG08TF
BS 1019 1093 RR1AC71TF
BS 1094 1094 RR1CF08TF
BS 1095 1369 RR1AC71TF
BS 1370 1380 RR1FE28TF

RD RR1GG08JQ 587 0 0
AAATATT
AATAAAATAGTGTTTGAAATTTAAAGTTATGTGAGATAAACATTAGAGTGTCACTTAGGG
TGGATGAGATTGGTGCTCGCTAACGCGCCATGCACGAGAAAGACGCTTCGAATAAATGAA
GCTTGCCAAAACGAGCAAGAAAAAGTCTGTACATAGATAAACGTATGGATTGACTCTGTA
GTTGCTGAGTTGTACAGAGTGAAGTGATTTCTTGTTCATCACACATTAGCTGCTTTGAGG
GAAAGAAAATCAGAAATCTTGCTGGTGTAGAAATCTGGTTGTATCTTGTTCTCAGGGCTT
TCCAACATGGAGATTGAAGTAACACCAGAGAGAACAAGAAGAGTTTTACAACCACCATTC
TGCCCAAACAAAATATCAGTGTCCAATCTATCACCCACCATGCATATCTGTGACTTTTCG
ATTCCAAATTTGTCTGACAAATAGTCCATCATAAAAGTTGAGGGTTTTCCAACTACAAGA
GGTTCACGTTGACAGGATCCAACAAGAGCACCAACCATGGAGCCACCACCTGCCCATTCT
TGAGCATCGGTAAGGTGAGTGACAGCATCCCGGTTTGTAG

QA 8 587 8 587
DS 

RD RR1CF08JQ 736 0 0
GCAATAAATTCAGTTTATTCCAGTAATTTTTTATTATTGAAAACTTTATTTAAATATTAA
TAAAATAGTATTTGAAATTTAAAGTTATGTGAGATAAACATTAGAGTGTCACTTAGGGAG
GATGAGATTGGTGCTCGCTAACGCGCCATGCACGAGAAAGACGCTTCGAATAAATGAAGC
TTGCCAAAACAAGCAAGAAAAAGTCTATACATAGATAAACGTATGGATTGACTCTGTAGT
TGCTGAGTTGTACAGAGTGAAGTGATTTCTTGTTCATCACACATTAGCTGCTTTGAGGGA
AAGAAAATCAGAAATCTTGCTGGTGTAGAAATCTGGTTGTATCTTGTTCTCAGGGCTTTC
CAACATGGAGATTGAAGTAACACCAGAGAGGACAAGAAGAGTTTTACAACCACCATTCTG
CCCAAACAGAATATCAGTGTCCAATCTATCACCCACCATGCATATCTGTGACTTTTCGAT
TCCAAATTTGTCTGACAAATAGTCCATCATAAAAGTTGAGGGTTTTCCAACTACAAGAGG
TTCACGTTGACAGGATCCAACAAGAGCACCAACCATGGAGCCACCACCTGCCCATTCTTG
AGCATCGGTAAGGTGAGTGACAGCATCCCGGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGGTT
TTCGCGGATACAGAGAGTTCCATACTGAATTTTGTAGTAGTTGAAATAGCGGTCAAATCC
AACCACCACAGCTCCC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1FX10JQ 616 0 0
ATGCACGAGAAAGACGCTTCGAATAAATGAAGCTTGCCAAAACAAGCAAGAAAAAGTCTA
TACATAGATAAACGTATGGATTGACTCTGTAGTTGCTGAGTTGTACAGAGTGAAGTGATT
TCTTGTTCATCACACATTAGCTGCTTTGAGGGAAAGAAAATCAGAAATCTTGCTGGTGTA
GAAATCTGGTTGTATCTTGTTCTCAGGGCTTTCCAACATGGAGATTGAAGTAACACCAGA
GAGGACAAGAAGAGTTTTACAACTACCATTCTGCCCAAACAAAATATCAGTGTCCAATCT
ATCACCCACCATGCATATCTGTGACTTTTCGATTCCAAATTTGTCTGACAAATAGTCCAT
CATAAAAGTTGAGGGTTTTCCAACTACAAGAGGTTCACGTTGACAGGATCCAACAAGAGC
ACCAACCATGGAGCCACCACCTGCCCATTCTTGAGCATCGGTAAGGTGAGTGACAGCATC
CCGGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGGTTTTCGCGGATACAGAGAGTTCCATACTG
AATTTTGTAGTAGTTGAAATAGCGGTCAAATCCAACCACCACAGCTCCCCACATCATTAT
CATGCTCCATTAGAAA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1EH96JQ 718 0 0
TTGAAATTTAAAGTTATGTGAGATAAACATTAGAGTGTCACTTAGGGAGGATGAGATTGG
TGCTCGCTAACGCGCCATGCACGAGAAAGACGCTTCGAATAAATGAAGCTTGCCAAAACA
AGCAAGAAAAAGTCTATACATAGATAAACGTATGGATTGACTCTGTAGTTGCTGAGTTGT
ACAGAGTGAAGTGATTTCTTGTTCATCACACATTAGCTGCTTTGAGGGAAAGAAAATCAG
AAATCTTGCTGGTGTAGAAATCTGGTTGTATCTTGTTCTCAGGGCTTTCCAACATGGAGA
TTGAAGTAACACCAGAGAGGACAAGAAGAGTTTTACAACCACCATTCTGCCCAAACAAAA
TATCAGTGTCCAATCTATCACCCACCATGCATATCTGTGACTTTTCGATTCCAAATTTGT
CTGACAAATAGTCCATCATAAAAGTTGAGGGTTTTCCAACTACAAGAGGTTCACGTTGAC
AGGATCCAACAAGAGCACCAACCATGGAGCCACCACCTGCCCATTCTTGAGAATCGGTAA
GGTGAGTGACAGCATCCCGGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGGTTTTCGCGGATAC
AGAGAGTTCCATACTGAATTTTGTAGTAGTTGAAATAGCGGTCAAATCCAACCACCACAG
CTCCC*ACATCATTATCATGCTCCATTAGAAATCCTGGCTTCAGTTCAATTTGTTTTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1AC71JQ 734 0 0
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CATAGATAAACGTATGGATTGACTCTGTAGTTGCTGAGTTGTACAGAGTGAAGTGATTTC
TTGTTCATCACACATTAGCTGCTTTGAGGGAAAGAAAATCAAAAATCTTGCTGGTGTAAA
AATCTGGTTGTATCTTGTTCTCAGGGCTTTCCAACATGGAGATTGAAGTAACACCAGAGA
GGGCAAGAAGAGTTTTACAACCACCATTCTGCCCAAACAAAATATCAGTGTCCAATCTAT
CACCCACCATGCATATCTGTGACTTTTCGATTCCAAATTTGTCTGACAAATAGTCCATCA
TAAAAGTTGAGGGTTTTCCAACTACAAGAGGTTCACGTTGACAGGATCCAACAAGAGCAC
CAACCATGGAGCCACCACCTGCCCATTCTTGAGCATCGGTAAGGTGAGTGACAGCATCCC
GGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGGTTTTCGCGGATACAGAGAGTTCCATACTGAA
TTTTGTAGTAGTTGAAATAGCTGTCAAATCCAACCACCACAGCTCCC*ACATCATTATCA
TGCTCCATTAGAAATCCTGGCTTCAGTTCAATTTGTTTTTTACCATCATCCGGACCTCCA
AGGTATTGAAAACCAGCAAGGTCGAGCTCTTTCAAAATACCCTCCTCACCAATCACGTAG
ACCTTCTTATCTTT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1FE28JQ 886 0 0
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AGGATGAGATTGGTGCTCGCTAACGCGCCATGCACGAGAAAGACGCTTCGAATAAATGAA
GCTTGCCAAAACAAGCAAGAAAAAGTCTATACATAGATAAACGTATGGATTGACTCTGTA
GTTGCTGAGTTGTACAGAGTGAAGTGATTTCTTGTTCATCACGCATTAGCTGCTTTGTGG
GAAAGAAAATCAGAAATCTTGCTGGTGTAGAAATCTGGTTGTATCTTGTTCTCAGGGCTT
TCCAACATGGAGATTGAAGTAACACCAGAGAGGACAAGAAGAGTTTTACAACCACCATTC
TGCCCAAACAAAATATCAGTGTCCAATCTATCACCCACCATGCATATCTGTGACTTTTCG
ATTCCAAATTTGTCTGACAAATAGTCCATCATAAAAGTTGAGGGTTTTCCAACTACAAGA
GGTTCACGTTGACAGGATCCAACAAGAGCACCAACCATGGAGCCACCACCTGCCCATTCT
TGAGCATCGGTAAGGTGAGTCACAGCATCCCGGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGG
TTTTCGCGGATACAGAGAGTTCCATACTGAATTTTGTAGTAGTTGAAATAGCGGTCAAAT
CCAACCACCACAGCTCCC*ACATCATTATCATGCTCCATTAGAAATCCTGGCTTCAGTTC
AATTTGTTTTTTACCATCATCCGGACCTCCAAGGTATTGAAAACCAGCAAGGTCGAGCTC
TTTCAAAATACCCTCCTCACCAATCACGTAGACCTTCTTATCTTTGGGGAAATTA*TAGA
CTGCA*GTATGCAGCTGCAGCAAAAGAG**AGCAAATATTTCCTCC

QA 1 886 1 886
DS 

RD RR1BK33JQ 825 0 0
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CATAGATAAACGTATGGATTGACTCTGTAGTTGCTGAGTTGTACAGAGTGAAGTGATTTC
TTGTTCATCACACATTAGCTGCTTTGAGGGAAAGAAAATCAGAAATCTTGCTGGCGTAAA
AATCTGGTTGTATCTTGTTCTCAGGGCTTTCCAACATGGAGATTGAAGTAACACCAGAGA
GGACAAGAAGAGTTTTACAACCACCATTCTGCCCAAACAAAATATCAGTGTCCAATCTAT
CACCCACCATGCATATCTGTGACTTTTCGATTCCAAATTTGTATGACAAATAGTCCATCA
TAAAAGTTGAGGGTTTTCCAACTACAAGAGGTTCACGTTGACAGGATCCAACAAGAGCAC
CAACCATGGAGCCACCACCTGCCCATTCTTGAGCATCGGTAAGGTGAGTGACAGCATCCC
GGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGGTTTTCGCGGATACAGAGAGTTCCATACTGAA
TTTTGTAGTAGTTGAAATAGCGGTCAAATCCAACCACCACAGCTCCC*ACATCATTATCA
TGCTCCATTAGAAATCCTGGCTTCAGTTCAATTTGTTTTTTACCATCATCCGGACCTCCA
AGGTATTGAAAACCAGCAAGGTCGAACTCTTTCAAAATACCCTCCTCACCAATCACGTAG
ACCTTCTTATCTTTGGGGAAATTAATAGACTGCAAGTATGCAGCTGCAGCAAAAGAAGAA
GCAAATATTTCCTCCTCGTTA*CATTCAG*CCAAGAGTCTCAAAT

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR1FX10TF 666 0 0
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GTTTTACAACTACCATTCTGCCCAAACAAAATATCAGTGTCCAATCTATCACCCACCATG
CATATCTGTGACTTTTCGATTCCAAATTTGTCTGACAAATAGTCCATCATAAAAGTTGAG
GGTTTTCCAACTACAAGAGGTTCACGTTGACAGGATCCAACAAGAGCACCAACCATGGAG
CCACCACCTGCCCATTCTTGAGCATCGGTAAGGTGAGTGACAGCATCCCGGTTTGTAGCA
ATGAAAAGACAGCCCGGGTTTTCGCGGATACAGAGAGTTCCATACTGAATTTTGTAGTAG
TTGAAATAGCGGTCAAATCCAACCACCACAGCTCCC*ACATCATTATCATGCTCCATTAG
AAATCCTGGCTTCAGTTCAATTTGTTTTTTACCATCATCCGGACCTCCAAGGTATTGAAA
ACCAGCAAGGTCGAGCTCTTTCAAAATACCCTCCTCACCAATCACGTAGACCTTCTTATC
TTTGGGGAAATTAATAGACTGCAAGTATGCAGCTGCAGCAAAAGAAGAAGCAAATATTTC
CTCCTCGTTAACATTCAGGCCAAGAGTCTCAAATTTTTTACCATATTGTTTCCTAGATTT
TGTTG
C

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1GG08TF 594 0 0
AACAAAATATCAGTGTCCAATCTATCACCCACCATGCATATCTGTGACTTTTCGATTCCA
AATTTGTCTGACAAATAGTCCATCATAAAAGTTGAGGGTTTTCCAACTACAAGAGGTTCA
CGTTGACAGGATCCAACAAGAGCACCAACCATGGAGCCACCACCTGCCCATTCTTGAGCA
TCGGTAAGGTGAGTGACAGCATCCCGGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGGTTTTCG
CGGATACAGAGAGTTCCATACTGAATTTTGTAGTAGTTGAAATAGCGGTCAAATCCAACC
ACCACAGCTCCC*ACATCATTATCATGCTCCATTAGAAATCCTGGCTTCAGTTCAATTTG
TTTTTTACCATCATCCGGACCTCCAAGGTATTGAAAACCAGCAAGGTCGAGCTCTTTCAA
AATACCCTCCTCACCAATCACGTAGACCTTCTTATCTTTGGGGAAATTAATAGACTGCAA
GTATGCAGCTGCAGCAAAAGAAGAAGCAAATATTTCCTCCTCGTTAACATTCAGGCCAAG
AGTCTCAAATTTTTTACCATATTGTTTCCTAGATTTTGTTGAGTTGTTCGTCAC

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1AC71TF 864 0 0
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CCAACCATGGAGCCACCACCTGCCCATTCTTGAGCATCGGTAAGGTGAGTGACAGCATCC
CGGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGGTTTTCGCGGATACAGAGAGTTCCATACTGA
ATTTTGTAGTAGTTGAAATAGCTGTCAAATCCAACCACCACAGCTCCC*ACATCATTATC
ATGCTCCATTAGAAATCCTGGCTTCAGTTCAATTTGTTTTTTACCATCATCCGGACCTCC
AAGGTATTGAAAACCAGCAAGGTCGAGCTCTTTCAAAATACCCTCCTCACCAATCACGTA
GACCTTCTTATCTTTGGGGAAATTAATAGACTGCAAGTATGCAGCTGCAGCAAAAGAAGA
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CATATCAAGAGTTTCAGGAACTCCCTCAATCAATTTATCTCCCTTACAAATGACTCCGTC
ACAATCGAAGATAAAAGTTTCAACGGAATCGATGAGCTGATCGGCGTTCTCGAGCTGCTG
TGCCGCCATAGCTCTCGGTGTCAAATTGGGAGTCATCACACGGATAGGCTTATGGTCGAT
TCTGCGAATGAAGCCGCCGGAGAAGGAGGAAGAACGAAATCCGGAGGAGACGAAAGGTTT
TGAGTTTGGTAAGAGAGAAAGTGAGGAAGAAGAAACAAGTGTTCTGTTCAGCACCATCTT
TTCTTCTTCGGTTTCCGTTTC
CCC

QA 1 861 1 861
DS 

RD RR1CF08TF 742 0 0
AGGTGAGTGACAGCATCCCGGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGGTTTTCGCGGATA
CAGAGAGTTCCATACTGAATTTTGTAGTAGTTGAAATAGCGGTCAAATCCAACCACCACA
GCTCCC*ACATCATTATCATGCTCCATTAGAAATCCTGGCTTCAGTTCAATTTGTTTTTT
ACCATCATCCGGACCTCCAAGGTATTGAAAACCAGCAAGGTCGAGCTCTTTCAAAATACC
CTCCTCACCAATCACGTAGACCTTCTTATCTTTGGGGAAATTAATAGACTGCAAGTATGC
AGCTGCAGCAAAAGAAGAAGCAAATATTTCCTCCTCGTTAACATTCAGGCCAAGAGTCTC
AAATTTTTTACCATATTGTTTCCTAGATTTTGTTGAGTTGTTCGTCACAAAAACCAACCT
CTTTCCCTTGGCACGGAGCATATCAAGAGTTTCAGGAACTCCCTCAATCAATTTATCTCC
CTTCCAAATGACTCCGTCACAATCGAAGATAAAAGTTTCAACGGAATCGATGAGCTGATC
GGCGTTCTCGAGCTGCTGTGCCGCCATAGCTCTCGGTGTCAAATTGGGAGTCATCACACG
GATAGGCTTATGGTCGATTCTGCGAATGAAGCCGCCGGAGAAGGAGGAAGAACGAAATCC
GGAGGAGACGAAAGGTTTTGAGTTTGGTAAGAGAGAAAGTGAGGAAGAAGAAACAAGTGT
TCTGTTCAGCATCATCTTTTCT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1FE28TF 785 0 0
ATC
TGAGCATCGGTAAGATGAGTCACAGCATCCCGGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGG
TTTTCGCGGATACAGAGAGTTCCATACTGAATTTTGTAGTAGTTGAAATAGCGGTCAAAT
CCAACCACCACAGCTCCC*ACATCATTATCATGCTCCATTAGAAATCCTGGCTTCAGTTC
AATTTGTTTTTTACCATCATCCGGACCTCCAAGGTATTGAAAACCAGCAAGGTCGAGCTC
TTTCAAAATACCCTCCTCACCAATCACGTAGACCTTCTTATCTTTGGGGAAATTAATAGA
CTGCAAGTATGCAGCTGCAGCAAAAGAAGAAGCAAATATTTCCTCCTCGTTAACATTCAG
GCCAAGAGTCTCAAATTTTTTACCATATTGTTTCCTAGATTTTGTTGAGTTGTTCGTCAC
AAAAACCAACCTCTTTCCCTTGGCACGGAGCATATCAAGAGTTTCAGGAACTCCCTCAAT
CAATTTATCTCCCTTCCAAATGACTCCGTCACAATCGAAGATAAAAGTTTCAACGGAATC
GATGAGCTGATCGGCGTTCTCGAGCTGCTGTGCCGCCATAGCTCTCGGTGTCAAATTGGG
AGTCATCACACGGATAGGCTTATGGTCGATTCTGCGAATGAAGCCGCCGGAGAAGGAGGA
AGAACGAAATCCGGAGGAGACGAAAGGTTTTGAGTTTGGTAAGAGAGAAAGTGAGGAAGA
AGAAACAAGTGTTCTGTTCAGCACCATCTTTTCTTCTTCGGTTTCCGTTTCTTTTGGAAT
CC

QA 4 785 4 785
DS 

RD RR1DV66TF 782 0 0
TGAGCATCGGTAAGGTGAGTGACAGCATCTCGGTTTGTAGCAATGAAAAGACAGCCCGGG
TTTTCGCGGATACAGAGAGTTCCATACTGAATTTTGTAGTAATTGAAATAGCGGTCAAAT
CCAACCACCACAGCTCCC*ACATCATTATCATGCTCCATTAGAAATCCTGGCTTCAGTTC
AATTTGTTTTTTACCATCATCCGGACCTCCAAGGTATTGAAAACCAGCAAGGTCGAGCTC
TTTCAAAATACCCTCCTCACCAATCACGTAGACCTTCTTATCTTTGGGGAAATTAATAGA
CTGCAAGTATGCAGCTGCAGCAAAAGAAGAAGCAAATATTTCCTCCTCGTTAACATTCAG
GCCAAGAGTCTCAAACTTTTTGCCATATTGTTTCCTAGATTTTGTTGAGTTGTTCGTCAC
AAAAACCAATCTCTTTCCCTTGGCACGGAGCATATCAAGAGTTTCAGGAACTCCCTCAAT
CAATTTATCTCCCTTCCAAATGACTCCGTCACAATCGAAGATAAAAGTTTCAACGGAATC
GATGAGCTGATCGGCGTTCTCGAGCTGCTGTGCCGCCATAGCTCTCGGTGTCAAATTGGG
AGTCATCACACGGATAGGCTTATGGTCGATTCTGCGAATGAAGCCGCCGGAGAAGGAGGA
AGAACGAAATCCGGAGGAGACGAAAGGTTTTGAGTTTGGTAAGAGAGAAAGTGAGGAAGA
AGAAACAAGTGTTCTGTTCAGTATCATCTTTTCTTCTTCGGTTTCCGTTTCTTTTGGAAT
CC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 3 13

CO CL132Contig1 784 5 4 U
GACTTAAACAAAGGCATAAGCATTAGCATCAAGCAAACCATACAAACTATAGATACCAAA
ATCCCATATAAGCACAAAATAATACAATCTACAAGATAACAAATGGCACTATATCCTTTT
CACTGATCTCCACAATACTATCAGTCTCTAGGTTTTATTATACTCGGAATCTGGAGAAAA
AATGATACATAGAAGTAGAACATACTCCTAACACAGATTTCATTCAAACCGAAGG*AGCA
TCGCGTAGGGCATTGTTGAAGACGTCCCTTCCCTTTCCTTGAGGA*TTCCTCTTCCATTC
CATGATTTTTTTGAACGTCTCTATGAATTCCTTCATGTGTAGTCGTTTCCATTCCTCAAA
ATCCCATTCTCCTCCGATATCAGGATCATCTTTATTGATCCATATATATGTTTCCACAGT
CATCTTCTCAAAATTGTCCTCTGGTACAACACCAACTGTCACCCTCTCATATTCATTACC
CTCGACAGCATCTAAATTCTCAAGTTCTTCATCCGTTAATCCCATTAATAACTTTCCATG
AACTTCTCCATCTTCAGACGGTATAACACATGGATACAAACGTCCATTAAGCCTAAACCT
CTTAAAGCCAGGGAGTGTTGCAAAGATGGTTTCAGGAGTACGATCAAGCATGACCTTGAC
GACCTCAGGCTCCTGAAAGCTACCATAGACGAAAACATTGTGAAGCTGCGCACCGGAGCC
ACTCATTTTTCTTCTCTCTTCAGTCTTTTTTTTTGCTTTATTTGCTTCTGCTGTTTCTTT
ATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1CC53TF C 99
AF RR1CC53JQ U 25
AF RR1D706JQ U 1
AF RR1EV89TF C 49
AF RR1EV89JQ U 96
BS 1 677 RR1D706JQ
BS 678 678 RR1CC53JQ
BS 679 754 RR1D706JQ
BS 755 784 RR1EV89JQ

RD RR1CC53TF 297 0 0
ACAAATGGCACTATATC*TTTTCACTGATCTCCACAATACTATCAGTCTCTAGGTTTTAT
TATACTCGGAATCTGGAGAAAAAATGATACATAGAAGTAGAACATACTCCTAACACAGAT
TTCATTCAAACCGAAGGGAGCATCGCGTAGGGCATTGTTGAAGACGTCCCTTCCCTTTCC
TTGAGGAATTCCTCTTCCATTCCATGATTTTTTTGAACGTCTCTATGAATTCCTTCATGT
GTAGTCGTTTCCATTCCTCAAAATCCCATTCTCCTCCGATATCAGGGTCATCTTTAT

QA 1 297 1 297
DS 

RD RR1CC53JQ 665 0 0
G
GCATCAAGCAAACCATACAAACTATAGATACCAAAATCCCATATAAGCACAAAATAATAC
AATCTACAAGATAACAAATGGCACTATATCCTTTTCACTGATCTCCACAATACTATCAGT
CTCTAGGTTTTATTATACTCGGAATCTGGAGAAAAAATGATACATAGAAGTAGAACATAC
TCCTAACACAGATTTCATTCAAACCGAAGG*AGCATCGCGTAGGGCATTGTTGAAGACGT
CCCTTCCCTTTCCTTGAGGA*TTCCTCTTCCATTCCATGATTTTTTTGAACGTCTCTATG
AATTCCTTCATGTGTAGTCGTTTCCATTCCTCAAAATCCCATTCTCCTCCGATATCAGGA
TCATCTTTATTGATCCATATATATGTTTCCACAGTCATCTTCTCAAAATTGTCCTCTGGT
ACAACACCAACTGTCACCCTCTCATATTCATTACCCTCGACAGCATCTAAATTCTCAAGT
TCTTCATCCGTTAATCCCATTAATAACTTTCCATGAACTTCTCCATCTTCAGACGGTATA
ACACATGGATACAAACGTCCATTAAGCCTAAACCTCTTAAAGCCAGGGAGTGTTGCAAAG
ATGGTTTCAGGAGTACGATCAAGCATGACCTTGACGACCTCAGGCTCCTGAAAGCTACCA
TAGA

QA 2 665 2 665
DS 

RD RR1D706JQ 764 0 0
GACTTAAACAAAGGCATAAGCATTAGCATCAAGCAAACCATACAAACTATAGATACCAAA
ATCCCATATAAGCACAAAATAATACAATCTACAAGATAACAAATGGCACTATATCCTTTT
CACTGATCTCCACAATACTATCAGTCTCTAGGTTTTATTATACTCGGAATCTGGAGAAAA
AATGATACATAGAAGTAGAACATACTCCTAACACAGATTTCATTCAAACCGAAGG*AGCA
TCGCGTAGGGCATTGTTGAAGACGTCCCTTCCCTTTCCTTGAGGA*TTCCTCTTCCATTC
CATGATTTTTTTGAACGTCTCTATGAATTCCTTCATGTGTAGTCGTTTCCATTCCTCAAA
ATCCCATTCTCCTCCGATATCAGGATCATCTTTATTGATCCATATATATGTTTCCACAGT
CATCTTCTCAAAATTGTCCTCTGGTACAACACCAACTGTCACCCTCTCATATTCATTACC
CTCGACAGCATCTAAATTCTCAAGTTCTTCATCCGTTAATCCCATTAATAACTTTCCATG
AACTTCTCCATCTTCAGACGGTATAACACATGGATACAAACGTCCATTAAGCCTAAACCT
CTTAAAGCCAGGGAGTGTTGCAAAGATGGTTTCAGGAGTACGATCAAGCATGACCTTGAC
GACCTCAGGCTCCTGAA*GCTACCATAGACGAAAACATTGTGAAGCTGCGCACCGGAGCC
ACTCATTTTTCTTCTCTCTTCAGTCTTTTTTTTT
TTTGCTTTAT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1EV89TF 736 0 0
ATAGATACCAAAATCCCATATAAGCACAAA*TAATACAATCTACAAGATAACAAATGGCA
CTATATC*TTTTCACTGATCTCCACAATACTATCAGTCTCTAGGTTTTATTATACTCGGA
ATCTGGAGAAAAAATGATACATAGAAGTAGAACATACTCCTAACACAGATTTCATTCAAA
CCGAAGG*AGCATCGCGTAGGGCATTGTTGAAGACGTCCCTTCCCTTTCCTTGAGGA*TT
CCTCTTCCATTCCATGATTTTTTTGAACGTCCCTATGAATTCCTTCATGTGTAGTCGTTT
CCATTCCTCAAAATCCCATTCTCCTCCGATATCAGGATCATCTTTATTGATCCATATATA
TGTTTCCACAGTCATCTTCTCAAAATTGTCCTCTGGTACAACACCAACTGTCACCCTCTC
ATATTCATTACCCTCGACAGCATCTAAATTCTCAAGTTCTTCATCCGTTAATCCCATTAA
TAACTTTCCATGAACTTCTCCATCTTCAGACGGTATAACACATGGATACAAACGTCCATT
AAGCCTAAACCTCTTAAAGCCAGGGAGTGTTGCAAAGATGGTTTCAGGAGTACGATCAAG
CATGACCTTGACGACCTCAGGCTCCTGAAAGCTACCATAGACGAAAACATTGTGAAGCTG
CGCACCGGAGCCACTCATTTTTCTTCTCTCTTCAGTCTTTTTTTTTGCTTTATTTGCTTC
TGCTGTTTCTTTATCC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1EV89JQ 689 0 0
ATAACAAATGGCACTATATCCTTTTCACTGATCTCCACAATACTATCAGTCTCTAGGTTT
TATTATACTCGGAATCTGGAGAAAAAATGATACATAGAAGTAGAACATACTCCTAACACA
GATTTCATTCAAACCGAAGG*AGCATCGCGTAGGGCATTGTTGAAGACGTCCCTTCCCTT
TCCTTGAGGA*TTCCTCTTCCATTCCATGATTTTTTTGAACGTCCCTATGAATTCCTTCA
TGTGTAGTCGTTTCCATTCCTCAAAATCCCATTCTCCTCCGATATCAGGATCATCTTTAT
TGATCCATATATATGTTTCCACAGTCATCTTCTCAAAATTGTCCTCTGGTACAACACCAA
CTGTCACCCTCTCATATTCATTACCCTCGACAGCATCTAAATTCTCAAGTTCTTCATCCG
TTAATCCCATTAATAACTTTCCATGAACTTCTCCATCTTCAGACGGTATAACACATGGAT
ACAAACGTCCATTAAGCCTAAACCTCTTAAAGCCAGGGAGTGTTGCAAAGATGGTTTCAG
GAGTACGATCAAGCATGACCTTGACGACCTCAGGCTCCTGAAAGCTACCATAGACGAAAA
CATTGTGAAGCTGCGCACCGGAGCCACTCATTTTTCTTCTCTCTTCAGTCTTTTTTTTTG
CTTTATTTGCTTCTGCTGTTTCTTTATCC

QA 1 689 1 689
DS 



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GGAAATAAAGAGAAAAAACTGAGGAAAAAAAAAAGAAAAATGAGTGGCTCCGGTACGCAG
CTTCACAATGTTTTCGTCTATGGTAGCTTTCAGGAGCCTGAGGTCGTCAAGGTCATGCTT
GATCGTACTCCTGAAATCATCTCTGTAACACTCCCTGGCTTTAAGAGGTTTAGGCTTAAA
GGACGTCAGTATCCATGTGTTATACCGTCTGAAGATGGAGAAGTTCATGGAAAGTTACTA
ATGGGATTAACAGATGAAGAACTTGAGAATTTAGATACTGTTGAGGGTAATGAATATGAG
AGAGTGACAGTTGGTGTCGTACGAGAGGACAATTCTGAGAAGATGACTGTGAAAACATAT
ATATGGATCAATAAAGATGATCCTGATATCGGAGGAGAATGGGATTTTGAGGAATGGAGA
CGCCTACACATAAAGGAATTCATAAAGACGTTCAAAGAAATCATGGAATGGAAGAGGAAT
CCTCAAGGAAAGGGAAGGGACGAGTTCAACAATGCCCTACGCGATGCTCCTTCGGTTTGA
ATGAAATCTGTGCTAAGAGTATGTTCTATGTATCATTTTTCTCCAGATTGCGAGTATAAT
AAAACCTAGAGGCTGATAGTATTGTGGAGATCAGTGAAAAGGATATAGTGCCATATGTTA
TCTTGTGGATTGTATTATTGTTCTTATAAGGGATTTTGGTATCTATATTTTGTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C967JQ C 49
AF RR1GM80TF U 1
AF RR1H095TF U 57
AF RR1C967TF U 5
BS 1 33 RR1GM80TF
BS 34 34 RR1C967TF
BS 35 418 RR1GM80TF
BS 419 419 RR1C967TF
BS 420 688 RR1GM80TF
BS 689 689 RR1C967TF
BS 690 703 RR1GM80TF
BS 704 716 RR1C967TF

RD RR1C967JQ 579 0 0
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AAGGTCATGCTTGATCGTACTCCTGAAATCATCTCTGTAACACTCCCTGGCTTTAAGAGG
TTTAGGCTTAAAGGACGTCAGTATCCATGTGTTATACCGTCTGAAGATGGAGAAGTTCAT
GGAAAGTTACTAATGGGATTAACAGATGAAGAACTTGAGAATTTAGATACTGTTGAGGGT
AATGAATATGAGAGAGTGACAGTTGGTGTCGTACGAGAGGACAATTCTGAGAAGATGACT
GTGAAAACATATATATGGATCAATAAAGATGATCCTGATATCGGAGGAGAATGGGATTTT
GAGGAATGGAGACGCCTACACATAAAGGAATTCATAAAGACGTTCAAAGAAATCATGGAA
TGGAAGAGGAATCCTCAAGGAAAGGGAAGGGACGAGTTCAACAATGCCCTACGCGATGCT
CCTTCGGTTTGAATGAAATCTGTGCTAAGAGTATGTTCTATGTATCATTTTTCTCCAGAT
TGCGAGTATAATAAAACCTAGAGGCTGATAGTATTGTGG

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1GM80TF 703 0 0
GGAAATAAAGAGAAAAAACTGAGGAAAAAAAAA*GAAAAATGAGTGGCTCCGGTACGCAG
CTTCACAATGTTTTCGTCTATGGTAGCTTTCAGGAGCCTGAGGTCGTCAAGGTCATGCTT
GATCGTACTCCTGAAATCATCTCTGTAACACTCCCTGGCTTTAAGAGGTTTAGGCTTAAA
GGACGTCAGTATCCATGTGTTATACCGTCTGAAGATGGAGAAGTTCATGGAAAGTTACTA
ATGGGATTAACAGATGAAGAACTTGAGAATTTAGATACTGTTGAGGGTAATGAATATGAG
AGAGTGACAGTTGGTGTCGTACGAGAGGACAATTCTGAGAAGATGACTGTGAAAACATAT
ATATGGATCAATAAAGATGATCCTGATATCGGAGGAGAATGGGATTTTGAGGAATGGAAA
CGCCTACACATAAAGGAATTCATAAAGACGTTCAAAGAAATCATGGAATGGAAGAGGAAT
CCTCAAGGAAAGGGAAGGGACGAGTTCAACAATGCCCTACGCGATGCTCCTTCGGTTTGA
ATGAAATCTGTGCTAAGAGTATGTTCTATGTATCATTTTTCTCCAGATTGCGAGTATAAT
AAAACCTAGAGGCTGATAGTATTGTGGAGATCAGTGAAAAGGATATAGTGCCATATGTTA
TCTTGTGGATTGTATTATTGTTCTTATATGGGATTTTGGTATC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1H095TF 608 0 0
GG
AGCTTCACAATGTTTTCGTCTATGGTAGCTTTCAGGAGCCTGAGGTCGTCAAGGTCATGC
TTGATCGTACTCCTGAAATCATCTCTGTAACACTCCCTGGCTTTAAGAGGTTTAGGCTTA
AAGGACGTCAGTATCCATGTGTTATACCGTCTGAAGATGGAGAAGTTCATGGAAAGTTAC
TAATGGGATTAACAGATGAAGAACTTGAGAATTTAGATACTGTTGAGGGTAATGAATATG
AGAGAGTGACAGTTGGTGTCGTACGAGAGGACAATTCTGAGAAGATGACTGTGAAAACAT
ATATATGGATCAATAAAGATGATCCTGATATCGGAGGAGAATGGGATTTTGAGGAATGGA
AACGCCTACACATAAAGGAATTCATAAAGACGTTCAAAGAAATCATGGAATGGAAGAGGA
ATCCTCAAGGAAAGGGAAGGGACGAGTTCAACAATGCTCTACGCGATGCTCCTTCGGTTT
GAATGAAATCTGTGCTAAGAGTATGTTCTATGTATCATTTTTCTCCAGATTGCGAGTATA
ATAAAACCTAGAGGCTGATAGTATTGTGGAGATCAGTGAAAAGGATATAGTGCCATATGT
TATCTT

QA 3 608 3 608
DS 

RD RR1C967TF 712 0 0
GG
AAAGAGAAAAAACTGAGGAAAAAAAAAAGAAAAATGAGTGGCTCCGGTACGCAGCTTCAC
AATGTTTTCGTCTATGGTAGCTTTCAGGAGCCTGAGGTCGTCAAGGTCATGCTTGATCGT
ACTCCTGAAATCATCTCTGTAACACTCCCTGGCTTTAAGAGGTTTAGGCTTAAAGGACGT
CAGTATCCATGTGTTATACCGTCTGAAGATGGAGAAGTTCATGGAAAGTTACTAATGGGA
TTAACAGATGAAGAACTTGAGAATTTAGATACTGTTGAGGGTAATGAATATGAGAGAGTG
ACAGTTGGTGTCGTACGAGAGGACAATTCTGAGAAGATGACTGTGAAAACATATATATGG
ATCAATAAAGATGATCCTGATATCGGAGGAGAATGGGATTTTGAGGAATGGAGACGCCTA
CACATAAAGGAATTCATAAAGACGTTCAAAGAAATCATGGAATGGAAGAGGAATCCTCAA
GGAAAGGGAAGGGACGAGTTCAACAATGCCCTACGCGATGCTCCTTCGGTTTGAATGAAA
TCTGTGCTAAGAGTATGTTCTATGTATCATTTTTCTCCAGATTGCGAGTATAATAAAACC
TAGAGGCTGATAGTATTGTGGAGATCAGTGAAAAG*ATATAGTGCCATATGTTATCTTGT
GGATTGTATTATTGTTCTTATAAGGGATTT*GGTATCTATATTTTGTATG

QA 3 712 3 712
DS 



CO CL132Contig3 860 4 7 U
AAACCATACAAAATATAGATACCAAAATCCCATATAAGCACAAAATAATACAATCCACAA
AATAACATATGGCACTATATCCTTTTCACTGATCTCCACAATACTATCAGTCTCTAGGTT
TTATTATACTCGGAATCTGGAGAAAAATGATACATAGAAAAATACTCTTTAACACAGATT
TCATTCAAACCGAAGGAGCATTGCGTAGGGCATTGTTGAACTCGTCCCTTCCTTTTCCTT
GAGGATTCTTCTTCCATTCCATGATTTCTTTGAACGTCTCTATGAATTCCTTCATGTGTA
GTCGTTTCCATTCCTCAAAATCCCATTCTCCTCCGATATCAGGATCATCTTTATTGATCC
ATATATATGTTTTCACAGTCATCTTCTCAGAATTGTCCTCTCGTACAACACCAACTGTCA
CTCTCTCATATTGATTACCCTCAGCAGCATCTAAATTCTCAAGTTCTTCATCCGTTAATC
CCATTAGTAACTTTCCATGAACTTCTCCATCTTCAGACGGTATAACACATGGATACAAGC
GTCCTTTGAGCCTAAACCTCTTAAAGCCAGGGAGTGTTACAGAGATGATTTCAGGAGTAC
GATTAAGCATGACCTTGACGACCTCAGACTCCTGAAAGCTACCATAGACGAAAACATTGT
GAAGCTGCGCACCGGAGCCACTCATTTTTCTTTTTTTACTCAGGTTTTTTTTTTCTCTTT
ATTTGCTGCCAAAAACCACCAGAGAGCGATGAAGCAGACAACAAAGGAGATGGCCAGAAG
CGGTCGTACGATAAAGAATAGGAGACTGTTCAGGAACGACGGAGATTCCATTCGAGGAAG
CTAAATCGATTTGGTTTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY06JQ U 1
AF RR1GY06TF C 1
AF RR1F975JQ U 15
AF RR1F975TF C 237
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BS 728 860 RR1F975TF

RD RR1GY06JQ 299 0 0
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AATAACATATGGCACTATATCCTTTTCACTGATCTCCACAATACTATCAGTCTCTAGGTT
TTATTATACTCGGAATCTGGAGAAAAATGATACATAAAAAAATACTCTTTAACACAAATT
TCATTCAAACCGAAGGAGCATTGCGTAGGGCATTGTTGAACTCGTCCCTTCCTTTTCCTT
GAGGATTCTTCTTCCATTCCATGATTTCTTTGAACGTCTCTATGAATTCCTTCATGTG
C

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR1GY06TF 299 0 0
AAACCATACAAAATATAGATACCAAAATCCCATATAAGCACAAAATAATACAATCCACAA
AATAACATATGGCACTATATCCTTTTCACTGATCTCCACAATACTATCAGTCTCTAGGTT
TTATTATACTCGGAATCTGGAGAAAAATGATACATAGAAAAATACTCTTTAACACAGATT
TCATTCAAACCGAAGGAGCATTGCGTAGGGCATTGTTGAACTCGTCCCTTCCTTTTCCTT
GAGGATTCTTCTTCCATTCCATGATTTCTTTGAACGTCTCTATGAATTCCTTCATGTG
C

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR1F975JQ 713 0 0
ATAGATACCAAAATCCCATATAAGCACAAAATAATACAATCCACAAA*TAACATATGGCA
CTATATCCTTTTCACTGATCTCCACAATACTATCAGTCTCTAGGTTTTATTATACTCGGA
ATCTGGAGAAAAATGATACATAGAAAAATACTCTTTAACACAGATTTCATTCAAACCGAA
GGAGCATTGCGTAGGGCATTGTTGAACTCGTCCCTTCCTTTTCCTTGAGGATTCTTCTTC
CATTCCATGATTTCTTTGAACGTCTCTATGAATTCCTTCATGTGTAGTCGTTTCCATTCC
TCAAAATCCCATTCTCCTCCGATATCAGGATCATCTTTATTGATCCATATATATGTTTTC
ACAGTCATCTTCTCAGAATTGTCCTCTCGTACAACACCAACTGTCACTCTCTCATATTGA
TTACCCTCAGCAGCATCTAAATTCTCAAGTTCTTCATCCGTTAATCCCATTAGTAACTTT
CCATGAACTTCTCCATCTTCAGACGGTATAACACATGGATACAAGCGTCCTTTGAGCCTA
AACCTCTTAAAGCCAGGGAGTGTTACAGAGATGATTTCAGGAGTACGATTAAGCATGACC
TTGACGACCTCAGACTCCTGAAAGCTACCATAGACGAAAACATTGTGAAGCTGCGCACCG
GAGCCACTCATTTTTCTTTTTTTACTCAGGTTTTTTTTTTCTCTTTATTTGCT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1F975TF 624 0 0
CCTTGAGGATTCTTCTTCCATTCCATGATTTCTTTGAACGTCTCTATGAATTCCTTCATG
TGTAGTCGTTTCCATTCCTCAAAATCCCATTCTCCTCCGATATCAGGATCATCTTTATTG
ATCCATATATATGTTTTCACAGTCATCTTCTCAGAATTGTCCTCTCGTACAACACCAACT
GTCACTCTCTCATATTGATTACCCTCAGCAGCATCTAAATTCTCAAGTTCTTCATCCGTT
AATCCCATTAGTAACTTTCCATGAACTTCTCCATCTTCAGACGGTATAACACATGGATAC
AAGCGTCCTTTGAGCCTAAACCTCTTAAAGCCAGGGAGTGTTACAGAGATGATTTCAGGA
GTACGATTAAGCATGACCTTGACGACCTCAGACTCCTGAAAGCTACCATAGACGAAAACA
TTGTGAAGCTGCGCACCGGAGCCACTCATTTTTCTTTTTTTACTCAGGTTTTTTTTTTCT
CTTTATTTGCTGCCAAAAACCACCAGAGAGCGATGAAGCAGACAACAAAGGAGATGGCCA
GAAGCGGTCGTACGATAAAGAATAGGAGACTGTTCAGGAACGACGGAGATTCCATTCGAG
GAAGCTAAATCGATTTGGTTTCCC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 14

CO CL133Contig1 860 14 9 U
GGATTAATCTCTCAAGATAATTATAATAATAAGCTTCTCTGATTTTTTTCGAACAAAATA
TACATTTTGTTGGGTTGTTTTCTGTGATTGAAGCGCCAGAGCCATGGCTTCCCTTTCTAT
CTCTTCCTCTTCGACTATCATTAATTCTAGAGCTTCTCCTACTCGACAGGCCTCCTTCTC
TTCTCCGTCGTGTATTTCCCTTCCGATGCTTCCTCCTAAGCCTTTTCAGTCCACTTCTTA
CTGTCGGAAGATCGCGAGGAACGTTTTGACGAAAGCTACCGAAGTTGAAGCTTCGGCCAC
TGCCGAATCTGACACTACAGAGTTGCCAGAAATCGTCAAGACAGCTCAAGAAGCTTGGGA
GAAAGTGGAGGACAAATATGCAATTGGTTCACTCGCATTTGCTGCTTTGGTGGCTCTTTG
GGGATCTACTGGCCTCATCTCGGCAATCGACAAGCTTCCATTGTTTCCAGGTGTTTTTGA
ACTTGTAGGCATTGGTTACACTGGG*TGGTTTGTTTACAAGAACATCATCTTCAAACCAG
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AGCTAAATCAAAGGAAGAAAAGTGAGAAACATTCATGAAGGAAAATCAAAAGAAGAATCT
AAGACATGCCTATCTCTCTCTCTCTTTGTGCTCCTTGTGGCTCAAAATATCATCCATTTT
ATGTCAAAGTGTTGTAAATTCCTCAAGACTGCAATGATGAGATGTCTATTTCATTCCTCT
CAAGTTTTCTAACTCTATTCTCTATTTTAGTTTATATACAAAGCAAAGACCAATATGTAT
TAATCTTTTATAGTTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1D060TF U 52
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GGA
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TCTTTGGGGATCTACTGGCCTCATCTCGGCAATCGACAAGCTTCCATTGTTTCCATGTGT
TTTTGAACTTGTAGGCATTGGTTACACTGGG*TGGTTTGTTTACAAGAACATCATCTTCA
AACCAGACAGAGAAGTGATGTTTCAGAAGGTCAAAGACACATACAGAAACATGTTAGGGG
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QA 4 590 4 590
DS 

RD RR1AE08JQ 301 0 0
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CATTGGTTACACTGGG*TGGTTTGTTTACAAGAACATCATTTTCAAACCAGACAGAGAGG
GGATGTTTCAGAAGGTCAAAGACACATACAGAAACATATTAGGG*AGCAACAGCTAAATC
AAAGGAAGAAAAGTGAGAAACATTCATTAAGGAAAATCAAAAGAAGAATTTAAGACATGC
C

QA 1 301 1 301
DS 

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TACATTTTGTTGGGTTGTTTTCTGTGATTGAAGCGCTAGAGCCATGGCTTCCCTTTCTAT
CTCTTCCTCTTCGACTATCATTAATTCTAGAGCTTCTCCTACTCGACAGGCCTCCTTCTC
TTCTCCGTCGTGTATTTCCCTTCCGATGCTTCCTCCTAAGCCTTTTCAGTCCACTTCTTA
CTGTCGGAAGATCGCGAGGAACGTTTTGACGAAAGCTACCGAAGTTGAAGCTTCGGCCAC
TGCCGAATCTGACACTACAGAGTTGCCAGAAATCGTCAAGACAGCTCAAGAAGCTTGGGA
GAAAGTGGAGGACAAATATGCAATTGGTTCACTCGCATTTGCTGCTTTGGTGGCTCTTTG
GGGATCTACTGGCCTCATCTCGGCAATCGACAAGCTTCCATTGTTTCCAGGTGTTTTTGA
ACTTGTAGGCATTGGTTACACTGGG*TGGTTTGTTTACAAGAACATCATCTTCAAACCAG
ACAGAGAGGTGATGTTTCAGAAGGTCAAAGACACATACAGAAACATATTAGGG*AGCAAC
AGCTAAATCAAAGGAAGAAAAGTGAGAAACATTCATGAAGGAAAATCAAAAGAAGAATCT
AAGACATGCCTATCTCTCTCTCTCTTTGTGCTCCTTGTGGCTCAAA*TATCATCCATTTT
ATGTCAAAGTGTTGTAAATTCCTCAAGACTGCAATGATGAGATGTCTATT

QA 1 770 1 770
DS 

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TTTTTTTC
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QA 9 723 9 723
DS 

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ATGTCAAAGTGTTGTAAATTCCTCAAGACTGCAATGATGAGATGTCTATTTCATTCC

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DS 

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TCGACAGGCCTCCTTCTCTTCTCCGTCGTGTATTTCCCTTCCGATGCTTCCTCCTAAGCC
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CAAAATATCATCCATTTTATGTCAAAGTGTTGTAAATTCCTCAAGACTGCAATGATGAGA
TGTCTATTTCATTCC

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DS 

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GGGAAC
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TCCTCTCAAGTTTTCTAACTCTATTCTCTATTTTAGTTTATATACAAAGCAAAG

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DS 

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CTTTGTGCTCCTTGTGGCTCAAAATATCATCCATTTTATGTCAAAGTGTTGTAAATTCCT
CAAGACTGCAATGATGAGATGTCTATTTCATTCCTCTCAAGTTTTC
C

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DS 

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GG
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TCTCCGTCGTGTATTTTCCTTCCGATGCTTCCTCCTAAGCCTTTTCAGTCCACTTCTTAC
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AAGTTTTCTAACTCTATTCTCTATTTTAGTTTATATACAAAGCAAAGACCAATATGTATT
A
C

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DS 

RD RR1AV17TF 784 0 0
GG
ACATTTTGTTGGGTTGTTTTCTGTGATTGAAGCGCCAGAGCCATGGCTTCCCTTTCTATC
TCTTCCTCTTCGACTATCATTAATTCTAGAGCTTCTCCTACTCGACAGGCCTCCTTCTCT
TCTCCGTCGTGTATTTTCCTTCCGATGCTTCCTCCTAAGCCTTTTCAGTCCACTTCTTAC
TGTCGGAAGATCGCGAGGAACGTTTTGACGAAAGCTATCGAAGTTGAAGCTTCGGCCACT
GCCGAATCTGACACTACAGAGTTGCCAGAAATCGTCAAGACAGCTCAAGAAGCTTGGGAG
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GGATCTACTGGCCTCATCTCGGCAATCGACAAGCTTCCATTGTTTCCAGGTGTTTTTGAA
CTTGTAGGCATTGGTTACACTGGG*TGGTTTGTTTACAAGAACATCATCTTCAAACCAGA
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TGTCAAAGTGTTGTAAATTCCTCAAGACTGCAATGATGAGATGTCTATTTCATTCCTCTC
AAGTTTTCTAACTCTATTCTCTATTTTAGTTTATATACAAAGCAAAGACCAATATGTATT
A
C

QA 3 783 3 783
DS 

RD RR1AE08TF 765 0 0
GG
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TCTCCTACTCGACAGGCCTCCTTCTCTTCTCCGTCGTGTATTTCCCTTCCGATGCTTCCT
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CTTCCATTGTTTCCAGGTGTTTTTGAACTTGTAGGCATTGGTTACACTGGG*TGGTTTGT
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TTGTGGCTCAAAATATCATCCATTTTATGTCAAAGTGTTGTAAATTCCTCAAGACTGCAA
TGATGAGATGTCTATTTCATTCCTCTCAAGTTTTCTAACTCTATTCTCTATTTTAGTTTA
TATACAAAGCAAAGACCAATATGTATTAATCTTTTATAGTTTT

QA 3 765 3 765
DS 

RD RR1EI65JQ 670 0 0
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ATCGCGAGGAACGTTTTGACGAAAGCTACCGAAGTTGAAGCTTCGGCCACTGCCGAATCT
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GACAAATATGCAATTGGTTCACTCGCATTTGCTGCTTTGGTGGCTCTTTGGGGATCTACT
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CCC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1FJ85TF 657 0 0
G
GATGCTTCCTCCTAAGCCTTTTCAGTCCACTTCTTACTGTCGGAAGATCGCGAGGAACGT
TTTGACGAAAGCTACCGAAGTTGAAGCTTCGGCCACTGCCGAATCTGACACTACAGAGTT
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AAGACTGCAATGATGAGATGTCTATTTCATTCCTCTCAAGTTTTCTAACTCTATTCTCTA
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CCC

QA 2 654 2 654
DS 

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ATTCTCTATTTTAGTTTATATACAAAGCAAAGACCAATATGTATTAATCTTTTATAGTTT
TCCC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 2 13

CO CL134Contig1 915 2 4 U
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TTGTTGTGTACCCGAACGGGAACAAGAATGATAATGGTGCAGGGTTCCTTTCGCTTTACG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AY47TF U 1
AF RR1AY47JQ C 86
BS 1 791 RR1AY47TF
BS 792 792 RR1AY47JQ
BS 793 816 RR1AY47TF
BS 817 915 RR1AY47JQ

RD RR1AY47TF 816 0 0
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ACGTCTTCAACAGGGTAGAGAAGAAGTACTTCACGATCCAAGATACCGATGGATGGAGGT
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AACTTTTCACTGTTACTGACAAGTTCTATAACGCGAAGTACACATGGAATATTCTGAAGT
TCTCCACCTTGGTCAAAGATAGTGAGCTCTCTGATGTGTTCTCCATCGGAGGAAGAAGAT
GGAATATAAAAGTGTATCCGGGTGGTTCTGCCACGGGGAAGGGAAAAGCTGTGTCCATCT
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AGCTTCGAGTTCTTAACCAACGCAACCTCAATAACGTCGAAAAGACAATTGATAATTGGT
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TCTGATCTCAAAGATTCATCAAAGGGTTTTCTTGTGAATGATGTGTTGATGGTTCAAGTC
GAAATTGAAGCCATTTCTTCAACCAAGTACTTCCCTAGTTAGATTTTCTCTAACCATGGA
TGGAACTTGCA*CTCCATGTGTGTTTGCTTTGTCAT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1AY47JQ 830 0 0
GAATGATAATGGTGCAGGGTTCCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCTC
TCCACACCAAGAGGTTTACGTGGATCTCAGGTTTTACGTCTTCAACAGGGTAGAGAAGAA
GTACTTCACGATCCAAGATACCGATGGATGGAGGTTTAGTTATTTCAAAACGATGTGGGG
GCTCTCTCAGGTTCTACCTGTCTTTAAAGAATCCGAACTTTTCACTGTTACTGACAAGTT
CTATAACGCGAAGTACACATGGAATATTCTGAAGTTCTCCACCTTGGTCAAAGATAGTGA
GCTCTCTGATGTGTTCTCCATCGGAGGAAGAAGATGGAATATAAAAGTGTATCCGGGTGG
TTCTGCCACGGGGAAGGGAAAAGCTGTGTCCATCTACCTAATCCTTAATGCGAACGAGAA
ATTCAGACCCTATGAGAAAATTTATGTTGGAGCCAAGCTTCGAGTTCTTAACCAACGCAA
CCTCAATAACGTCGAAAAGACAATTGATAATTGGTACAATGGTCCGGGATATGGAGATGA
ATCTGGTTGGGG*TTATCATGAATTTATCCCATTCTCTGATCTCAAAGATTCATCAAAGG
GTTTTCTTGTGAATGATGTGTTGATGGTTCAAGTCGAAATTGAAGCCATTTCTTCAACCA
AGTACTTCCCTAGTTAGATTTTCTCTAACCATGGATGGAACTTGCAACTCCATGTGTGTT
TGCTTTGTCATAAAAACCACCTAAAATAATAAGTTTGTGTTTGCGTTTCAAATAAGTTAA
AGTTTGTATTCTCAGCATGTATGCTTTTTAAATATTAATTGTGTTCATGG

QA 1 830 1 830
DS 



CO CL134Contig2 1368 11 12 U
GGACATTTCATTAACATAGATACCTTAAAATATGAGTAATCACTACACAAACACCGTTTC
TGCTGTTTTTGTCTTGTTTTTTCTCTTCATCTCATCTGCCTCTTCAAGTTCCTTCATACG
GCAATACACTGATGACATCAACACAAACTTTCAACAGGAGAATGGAGCAGTACCAGACGC
AATCCGGGGAGAAGCGCATTACTTACGTAAACATGATCAAGAGATCTCGTCACGTGACTA
TAAAGTCTCAGCTTCAAACACAGTTAAGGGTCTAAGAGATCGTCCTCCATCTTCTTACTC
TTTGAAGATGGAGTCTTTTAACACGCTCCTCAAGTCAACCTACGCAGACAAATATGTTTC
ACGTCCTTTCTCGGCTGCCGGATATAAGTGGACACTTGTTGTGTACCCGAACGGGAACAA
GAATGATAATGGTGCAGGGTTCCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCTC
TCCACACCAAGAGGTTTACGTGGATCTCAGGTTTTACGTCTTCAACAGGGTAGAGAAGAA
GTACTTCACGATCCAAGATACCGATGGATGGAGGTTTAGTTATTTCAAAACGATGTGGGG
GTTCTCTCAGGTTCTACCTGTTAATACATTTAAAGACTCGAACAACGGATACCTCTACGA
TGGAGATCACTGCGAGTTTGGTGTTGATGTGACCACTCCCACTGTCTTTAAAGAATCCGA
ACTTTTCACTGTTACTGACAAGTTCTATAACGCGAAGTACACATGGAATATTCTGAAGTT
CTCCACCTTGGTCAAAGATAGTGAGCTCTCTGATGTGTTCTCCATCGGAGGAAGAAGATG
GAATATAAAAGTGTATCCGGGTGGTTCTGCCACGGGGAAGGGAAAAGCTGTGTCCATCTA
CCTAATCCTTAATGCGAACGAGAAATTCAGACCCTATGAGAAAATTTATGTTGGAGCCAA
GCTTCGAGTTCTTAACCAACGCAACCTCAATAACGTCGAAAAGACAATTGATAATTGGTA
CAATGGTCCGGGATATGGAGATGAATCTGGTTGGGGTTATCATGAATTTATCCCATTCTC
TGATCTCAAAGATTCATCAAAGGGTTTTCTTGTGAATGATGTGTTGATGGTTCAAGTCGA
AATTGAAGCCATTTCTTCAACCAAGTACTTCCCTAGTTAGATTTTCTCTAACCATGGATG
GAACTTGCAACTCCATGTGTGTTTGCTTTGTCATAAAAACCACCTAAAATAATAAGTTTG
TGTTTGCGTTTCAAATAAGTTAAAGTTTGTATTCTCAGCATGTATGCTTTTTAAATATTA
ATTGTGTTCATGGAAAGATCGTGTAATATTAAATACAACAAGAACTCG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1GK29TF U 1
AF RR1CN32TF U 3
AF RR1CB62TF U 3
AF RR1H769TF U 11
AF RR1H769JQ C 483
AF RR1CN32JQ C 556
AF RR1GK29JQ C 625
AF RR1F068TF U 708
AF RR1GG11JQ C 913
AF RR1GG11TF U 913
AF RR1F068JQ C 812
BS 1 101 RR1GK29TF
BS 102 102 RR1CN32TF
BS 103 608 RR1GK29TF
BS 609 609 RR1CB62TF
BS 610 610 RR1H769TF
BS 611 678 RR1CB62TF
BS 679 692 RR1H769TF
BS 693 708 RR1H769JQ
BS 709 915 RR1F068TF
BS 916 916 RR1GG11TF
BS 917 1365 RR1F068TF
BS 1366 1368 RR1F068JQ

RD RR1GK29TF 608 0 0
GGACATTTCATTAACATAGATACCTTAAAATATGAGTAATCACTACACAAACACCGTTTC
TGCTGTTTTTGTCTTGTTTTTTCTCTTCATCTCATCTGCCTATTCAAGTTCCTTCATACG
GCAATACACTGATGACATCAACACAAACTTTCAACAGGAGAATGGAGCAGTACCAGACGC
AATCCGGGGAGAAGCGCATTACTTACGTAAACATGATCAAGAGATCTCGTCACGTGACTA
TAAAGTCTCAGCTTCAAACACAGTTAAGGGTCTAAGAGATCGTCCTCCATCTTCTTACTC
TTTGAAGATGGAGTCTTTTAACACGCTCCTCAAGTCAACCTACGCAGACAAATATGTTTC
ACGTCCTTTCTCGGCTGCCGGATATAAGTGGACACTTGTTGTGTACCCGAACGGGAACAA
GAATGATAATGGTGCAGGGTTCCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCTC
TCCACACCAAGAGGTTTACGTGGATCTCAGGTTTTACGTCTTCAACAGGGTAGAGAAGAA
GTACTTCACGATCCAAGATACCGATGGATGGAGGTTTAGTTATTTCAAAACGATGTGGGG
GTTCTCTC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1CN32TF 604 0 0
GG
ATTTCATTAACATAGATACCTTAAAATATGAGTAATCACTACACAAACACCGTTTCTGCT
GTTTTTGTCTTGTTTTTTCTCTTCATCTCATCTGCCTCTTCAAGTTCCTTCATACGGCAA
TACACTGATGACATCAACA*AAACTTTCAACAGTAGAATGGAGCAGTACCAGACGCAATC
CGGGGAGAAGCGCATTACTTACGTAAACATGATCAAGAGATCTCGTCACGTGACTATAAA
GTCTCAGCTTCAAACACAGTTAAGGGTCTAAGAGATCGTCCTCCATCTTCTTACTCTTTG
AAGATGGAGTCTTTTAACACGCTCCTCAAGTCAACCTACGCAGACAAATATGTTTCACGT
CCTTTCTCGGCTGCCGGATATAAGTGGACACTTGTTGTGTACCCGAACGGGAACAAGAAT
GATAATGGTGCAGGGTTCCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCTCTCCA
CACCAAGAGGTTTACGTGGATCTCAGGTTTTACGTCTTCAACAGGGTAGAGAAGAAGTAC
TTCACGATCCAAGATACCGATGGATGGAGGTTTAGTTATTTCAAAACGATGTGGGGGTTC
TC

QA 3 604 3 604
DS 

RD RR1CB62TF 676 0 0
GG
ATTTCATTAACATAGATACCTTAAAATATGAGTAATCACTACACAAACACCGTTTCTGCT
GTTTTTGTCTTGTTTTTTCTCTTCATCTCATCTGCCTCTTCAAGTTCCTTCATACGGCAA
TACACTGATGACATCAACACAAACTTTCAACAGGAGAATGGAGCAGTACCAGACGCAATC
CGGGGAGAAGCGCATTACTTACGTAAACATGATCAAGAGATCTCGTCACGTGACTATAAA
GTCTCAGCTTCAAACACAGTTAAGGGTCTAAGAGATCGTCCTCCATCTTCTTACTCTTTG
AAGATGGAGTCTTTTAACACGCTCCTCAAGTCAACCTACGCAGACAAATATGTTTCACGT
CCTTTCTCGGCTGCCGGATATAAGTGGACACTTGTTGTGTACCCGAACGAGAACAAGAAT
GATAATGGCGCAGGGTTCCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCTCTCCA
CACCAAGAGGTTTACGTGGATCTCAGGTTTTACGTCTTCAACAGGGTAGAGAAGAAGTAC
TTCACGATCCAAGATACCGATGGATGGAGGTTTAGTTATTTCAAAACGATGTGGGGGTTC
TCTCACGTTCTACCTGTTAATACATTTAAAGACTCGAACAACGGATACCTCTACGATGGA
GATCACTGCGAGTT

QA 3 676 3 676
DS 

RD RR1H769TF 682 0 0
GG
AACATAGATACCTTAAAATATGAGTAATCACTACACAAACACCGTTTCTGCTGTTTT*GT
CTTGTTTTTTCTCTTCATCTCATCTGCCTCTTCAAGTTCCTTCATACGGCAATACACTGA
TGACATCAACACAAACTTTCAACAGGAGAATGGAGCAGTACCAGACGCAATCCGGGGAGA
AGCGCATTACTTACGTAAACATGATCAAGAGATCTCGTCACGTGACTATAAAGTCTCAGC
TTCAAACACAGTTAAGGGTCTAAGAGATCGTCTTCCATCTTCTTACTCTTTGAAGATGGA
GTCTTTTAACACGCTCCTCAAGTCAACCTACGCAGACAAATATGTTTCACGTCCTTTCTC
GGCTGCCGGATATAAGTGGACACTTGTTGTGTACCCGAACGGGAACAAGAATGATAATGG
TGCAGGGTTCCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCTCTCCACACCAAGA
GGTTTACGTGGATCTCAGGTTTTACGTCTTCAACAGGGTAGAGAAGAAGTACTTCACGAT
CCAAGATACCGATGGATGGAGGTTTAGTTATTTCAAAACGATGTGGGGGGTCTCTCAGGT
TCTACCTGTTAATACATTTAAAGACTCGAACAACGGATACCTCTACGATGGAGATCACTG
CGAGTTTGGTGTTGATGTGA

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR1H769JQ 851 0 0
CACACCAAGAGGTTTACGTGGATCTCAGGTTTTACGTCTTCAACAGG*TAGAGAAGAAGT
ACTTCACGATCCAAGATACCGATGGATGGAGGTTTAGTTATTTCAAAACGATGTGGGGGT
TCTCTCAGGTTCTACCTGTTAATACATTTAAAGACTCGAACAACGGATACCTCTACGATG
GAGATCACTGCGAGTTTGGTGTTGATGTGACCACTCCCACTGTCTTTAAAGAATCCGAAC
TTTTCACTGTTACTGACAAGTTCTATAACGCGAAGTACACATGGAATATTCTGAAGCTCT
CCACCTTGGTCAAAGATAGTGAGCTCTCTGATGTGTTCTCCATCGGAGGAAGAAGATGGA
ATATAAAAGTGTATCCGGGTGGTTCTGCCACGGGGAAGGGAAAAGCTGTGTCCATCTACC
TAATCCTTAATGCGAACGAGAAATTCAGACCCTATGAGAAAATTTATGTTGGAGCCAAGC
TTCGAGTTCTTAACCAACGCAACCTCAATAACGTCGAAAAGACAATTGATAATTGGTACA
ATGGTCCGGGATATGGAGATGAATCTGGTTGGGGTTATCATGAATTTATCCCATTCTCTG
ATCTCAAAGATTCATCAAAGGGTTTTCTTGTGAATGATGTGTTGATGGTTCAAGTCGAAA
TTGAAGCCATTTCTTCAACCAAGTACTTCCCTAGTTAGATTTTCTCTAACCATGGATGGA
ACTTGCAACTCCATGTGTGTTTGCTTTGTCATAAAAACCACCTAAAATAATAAGTTTGTG
TTTGCGTTTCAAATAAGTTAAAGTTTGTATTCTCAGCATGTATGCTTTTTAAATATTAAT
TGTGTTCAT
AG

QA 1 849 1 849
DS 

RD RR1CN32JQ 778 0 0
AGATACCGATGGATGGAGGTTTAGTTATTTCAAAACGATGTGGGGG*TCTCTCAGGTTCT
ACCTGTTAATACATTTAAAGACTCGAACAACGGATACCTCTACGATGGAGATCACTGCTA
GTTTGGTGTTGATGTGACCACTCCCACTGTCTTTAAAGAATCCGAACTTTTCACTGTTAC
TGACAAGTTCTATAACGCGAAGTACACATGGAATATTCTGAAGTTCTCCACCTTGGTCAA
AGATAGTGAGCTCTCTGATGTGTTCTCCATCGGAGGAAGAAGATGGAATATAAAAGTGTA
TCCGGGTGGTTTTGCCACGGGGAAGGGAAAAGCTGTGTCCATCTACCTAATCCTTAATGC
GAACGAGAAATTCAGACCCTATGAGAAAATTTATGTTGGAGCCAAGCTTCGAGTTCTTAA
CCAACGCAACCTCAATAACGTCGAAAAGACAATTGATAATTGGTACAATGGGT*GGGATA
TGGAGATGAATCTGGTTGGGGTTATCATGAATTTATCCCATTCTCTGATCTCAAAGATTC
ATCAAAGGGTTTTCTTGTGAATGATGTGTTGATGGTTCAAGTCGAAATTGAAGCCATTTC
TTCAACCAAGTACTTCCCTAGTTAGATTTTCTCTAACCATGGATGGAACTTGCAACTCCA
TGTGTGTTTGCTTTGTCATAAAAACCACCTAAAATAATAAGTTTGTGTTTGCGTTTCAAA
TAAGTTAAAGTTTGTATTCTCAGCATGTATGCTTTTTAAATATTAATTGTGTTCATGG

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1GK29JQ 741 0 0
TACATTTAAAGACTCGAACAACGGATACCTCTACGATGGAGATCACTGCGAGTTTGGTGT
TGATGTGACCACTCCCACTGTCTTTAAAGAATCCGAACTTTTCACTGTTACTGACAAGTT
CTATAACGCGAAGTACACATGGAATATTCTGAAGTTCTCCACCTTGGTCAAAGATAGTGA
GCTCTCTGATGTGTTCTCCATCGGAGGAAGAAGATGGAATATAAAAGTGTATCCGGGTGG
TTCTGCCACGGGGAAGGGAAAAGCTGTGTCCATCTACCTAATCCTTAATGCGAACGAGAA
ATTCAGACCCTATGAGAAAATTTATGTTGGAGCCAAGCTTCGGGTTCTTAACCAACGCAA
CCTCAATAACGTCGAAAAGACAATTGATAATTGGTACAATGGTCCGGGATATGGAGATGA
ATCTGGTTGGGGTTATCATGAATTTATCCCATTCTCTGATCTCAAAGATTCATCAAAGGG
TTTTCTTGTGAATGATGTGTTGATGGTTCAAGTCGAGATTGAAGCCATTTCTTCAACCAA
GTACTTCCCTAGTTAGATTTTCTCTAACCATGGATGGAACTTGCAACTCCATGTGTGCTT
GCTTTGTCATAAAAACCACCTAAAATAATAAGTTTGTGTTTGCGTTTCAAATAAGCTAAA
GTTTGTATTCTCAGCATGTATGCTTTTTAAATATTAATTGTGTTCATGGAAAGATCGTGT
AATATTAAATACAACAAGAAC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1F068TF 661 0 0
G
TAAAGAATCCGAACTTTTCACTGTTACTGACAAGTTCTATAACGCGAAGTACACATGGAA
TATTCTGAAGTTCTCCACCTTGGTCAAAGATAGTGAGCTCTCTGATGTGTTCTCCATCGG
AGGAAGAAGATGGAATATAAAAGTGTATCCGGGTGGTTCTGCCACGGGGAAGGGAAAAGC
TGTGTCCATCTACCTAATCCTTAATGCTAACGAGAAATTCAGACCCTATGAGAAAATTTA
TGTTGGAGCCAAGCTTCGAGTTCTTAACCAACGCAACCTCAATAACGTCGAAAAGACAAT
TGATAATTGGTACAATGGTCCGGGATATGGAGATGAATCTGGTTGGGGTTATCATGAATT
TATCCCATTCTCTGATCTCAAAGATTCATCAAAGGGTTTTCTTGTGAATGATGTGTTGAT
GGTTCAAGTCGAAATTGAAGCCATTTCTTCAACCAAGTACTTCCCTAGTTAGATTTTCTC
TAACCATGGATGGAACTTGCAACTCCATGTGTGTTTGCTTTGTCATAAAAACCACCTAAA
ATAATAAGTTTGTGTTTGCGTTTCAAATAAGTTAAAGTTTGTATTCTCAGCATGTATGCT
TTTTAAATATTAATTGTGTTCATGGAAAGATCGTGTAATATTAAATACAACAAGAAC
TCG

QA 2 658 2 658
DS 

RD RR1GG11JQ 461 0 0
G
GCGAACGAGAAATTCAGACCCTATGAGAAAATTTATGTTGGAGCCAAGCTCCGAGTTCTT
AACCAACGCAACCTCAATAACGTCGAAAAGACAATTGATAATTGGTACAATGGTCCGGGA
T**GGAGATGAATCTGGTTGGGGTTATCATGAATTTATCCCATTCTCTGATCTCAAAGAT
TCATCAAAGGGTTTTCTTGTGAATGATGTGTTGATGGTTCAAGTCGAAATTGAAGCCATT
TCTTCAACCAAGTACTTCCCTAGTTAGATTTTCTCTAACCATGGATGGAACTTGCAACTC
CATGTGTGTTTGCTTTGTCATAAAAACCACCTAAAATAATAAGTTTGTGTTTGCGTTTCA
AATAAGTTAAAGTTTGTATTCTCAGCATGTATGCTTTTTAAATATTAATTGTGTTCATGG
AAAGATCGTGTAATATTAAATA
AACAGTGGTGACAACAGG

QA 2 443 2 443
DS 

RD RR1GG11TF 461 0 0
G
GCGAACGAGAAATTCAGACCCTATGAGAAAATTTATGTTGGAGCCAAGCTCCGAGTTCTT
AACCAACGCAACCTCAATAACGTCGAAAAGACAATTGATAATTGGTACAATGGTCCGGGA
T**GGAGATGAATCTGGTTGGGGTTATCATGAATTTATCCCATTCTCTGATCTCAAAGAT
TCATCAAAGGGTTTTCTTGTGAATGATGTGTTGATGGTTCAAGTCGAAATTGAAGCCATT
TCTTCAACCAAGTACTTCCCTAGTTAGATTTTCTCTAACCATGGATGGAACTTGCAACTC
CATGTGTGTTTGCTTTGTCATAAAAACCACCTAAAATAATAAGTTTGTGTTTGCGTTTCA
AATAAGTTAAAGTTTGTATTCTCAGCATGTATGCTTTTTAAATATTAATTGTGTTCATGG
AAAGATCGTGTAATATTAAATA
AACAGTGGTGACAACAGG

QA 2 443 2 443
DS 

RD RR1F068JQ 557 0 0
GATGTGTTCTCCATCGGAGGAAGAAGATGGAATATAAAAGTGTATCCGGGTGGTTCTGCC
ACGGGGAAGGGAAAAGCTGTGTCCATCTACCTAATCCTTAATGCTAACGAGAAATTCAGA
CCCTATGAGAAAATTTATGTTGGAGCCAAGCTTCGAGTTCTTAACCAACGCAACCTCAAT
AACGTCGAAAAGACAATTGATAATTGGTACAATGGTCCGGGATATGGAGATGAATCTGGT
TGGGGTTATCATGAATTTATCCCATTCTCTGATCTCAAAGATTCATCAAAGGGTTTTCTT
GTGAATGATGTGTTGATGGTTCAAGTCGAAATTGAAGCCATTTCTTCAACCAAGTACTTC
CCTAGTTAGATTTTCTCTAACCATGGATGGAACTTGCAACTCCATGTGTGTTTGCTTTGT
CATAAAAACCCCCTAAAATAATAAGTTTGTGTTTGCGTTTCAAATAAGTTAAAGTTTGTA
TTCTCAGCATGTATGCTTTTTAAATATTAATTGTGTTCATGGAAAGATCGTGTAATATTA
AATACAACAAGAACTCG

QA 1 557 1 557
DS 



AS 2 14

CO CL135Contig1 676 2 3 U
AAAAAAACAATATTGAAAGTTCCATTGCATATATAATTATAATAGCAAGAGACTTATTGT
TGAAAAAGTCTTAAGTAAAAAGAAAAACAGAACCATTATCTTGTTGACACAAGACACTTA
AAAGAATTTGATAATACAAACATAGTAAAAGAAGGACCCATACATTTACATTGGAATCCT
TTTCTTTGCGAGAGATGATAGTTTCATCACTTCTTGAGATGTGGGAAGCAAGCGACAACA
TCAGCTTTAGGATGCTTGGCCTCAGCGTGCTCCCTGCATTTCACTTCCGATGTAGTGCAA
ATGAATGTTTGCATACAAACCTTGCACTGAAGGGACATAGCTTTCTTGTTCGCTTACAAC
TGGCTTCCTTTTCCAGCCTGCCTTGCCTTCTCGAGATTCTTCTCACGAGCCATCTTCGAT
TTCTGCGCGTTTCCTCCACCCATCTCTCTCTCTGTGTCTGATTCGATTACACGCGGCGAA
GGAAAGAGAAAAAAAAAGATGAAAATACGCAAACCCTAATTTTTCAAAAAGAAATGGGGA
ATAATCTCCCCCCACTCTGCGTTGATACCACTGCTTGCGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTAAAATAATGTTTATTTATATAACAATGAACAAGGGAATATGAACATATGAATAACAAA
AAGGCTCTGTAAAAAA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G224JQ U 3
AF RR1CG21JQ U 1
BS 1 125 RR1CG21JQ
BS 126 126 RR1G224JQ
BS 127 676 RR1CG21JQ

RD RR1G224JQ 345 0 0
G
AAAACAATATTGAAAGTTCCATTGCATATATAATTATAATAGCAAGAGACTTATTGTTGA
AAAAGTCTTAAGTAAAAAGAGAAACAGAACCATTATCTTGTTGACACAAGACACTTAAAA
GAATTTGATAATACAAACATAGTAGAAGAAGGACCCATACATTTACATTGGAATCCTTTT
CTTTGCGAGAGATGATAGTTTCATCACTTCTTGAGATGTGGGAAGCAAGCGACAACATCA
GCTTTAGGATGCTTGGCCTCAGCGTGCTCCCTGCATTTCACTTCCGATGTAGTGCAGATG
AATGTTTGCATACAAACCTTGCACTGAAGGGACATAGCTTTCTT

QA 2 345 2 345
DS 

RD RR1CG21JQ 676 0 0
AAAAAAACAATATTGAAAGTTCCATTGCATATATAATTATAATAGCAAGAGACTTATTGT
TGAAAAAGTCTTAAGTAAAAAGAAAAACAGAACCATTATCTTGTTGACACAAGACACTTA
AAAGACTTTGATAATACAAACATAGTAAAAGAAGGACCCATACATTTACATTGGAATCCT
TTTCTTTGCGAGAGATGATAGTTTCATCACTTCTTGAGATGTGGGAAGCAAGCGACAACA
TCAGCTTTAGGATGCTTGGCCTCAGCGTGCTCCCTGCATTTCACTTCCGATGTAGTGCAA
ATGAATGTTTGCATACAAACCTTGCACTGAAGGGACATAGCTTTCTTGTTCGCTTACAAC
TGGCTTCCTTTTCCAGCCTGCCTTGCCTTCTCGAGATTCTTCTCACGAGCCATCTTCGAT
TTCTGCGCGTTTCCTCCACCCATCTCTCTCTCTGTGTCTGATTCGATTACACGCGGCGAA
GGAAAGAGAAAAAAAAAGATGAAAATACGCAAACCCTAATTTTTCAAAAAGAAATGGGGA
ATAATCTCCCCCCACTCTGCGTTGATACCACTGCTTGCGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTAAAATAATGTTTATTTATATAACAATGAACAAGGGAATATGAACATATGAATAACAAA
AAGGCTCTGTAAAAAA

QA 1 676 1 676
DS 



CO CL135Contig2 588 12 17 U
GGAGATTATTCCCCATTTCTTTCTGAAAAATTAGGGTTTGCGTATTCTCATCTTTCTTCT
TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAA
CGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAA
AGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCA
AACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCC
TAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTCTC
GCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATC
AAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTAAG
ACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTCAATAT
TGTTTTCTTTTTTAAAATTATGTCACTATAAAGATTTAGCATTGCGGT


BQ
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 45 45 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
50 65 65 50 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 50 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G328TF U 1
AF RR1DD72TF U 1
AF RR1E495JQ C 1
AF RR1FX65TF U 1
AF RR1CC71TF U 71
AF RR1FA43JQ C 71
AF RR1A031TF U -6
AF RR1FA43TF U 71
AF RR1G224TF U 1
AF RR1GE47TF U 1
AF RR1H685TF U 1
AF RR1GE47JQ C 376
BS 1 145 RR1DD72TF
BS 146 146 RR1FX65TF
BS 147 211 RR1DD72TF
BS 212 212 RR1FX65TF
BS 213 270 RR1DD72TF
BS 271 271 RR1FX65TF
BS 272 345 RR1DD72TF
BS 346 346 RR1FX65TF
BS 347 473 RR1DD72TF
BS 474 474 RR1FX65TF
BS 475 501 RR1DD72TF
BS 502 523 RR1G224TF
BS 524 524 RR1GE47TF
BS 525 527 RR1G224TF
BS 528 528 RR1GE47TF
BS 529 542 RR1G224TF
BS 543 588 RR1GE47TF

RD RR1G328TF 195 0 0
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TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAA
CGCGCA*AAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGG*AAGGCAGGCTGGAAA
AGGAA
CCAGTCGGAA

QA 1 185 1 185
DS 

RD RR1DD72TF 501 0 0
GGAGATTATTCCCCATTTCTTTCTGAAAAATTAGGGTTTGCGTATTCTCATCTTTCTTCT
TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAA
CGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTTAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAA
AGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTGTGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCA
AACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAATGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCC
TAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGAAACTATCATCTCTC
GCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATC
AAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTACTTAAG
ACTTTTTCAACAATAAGTCTC

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR1E495JQ 534 0 0
GGAGATTATTCCCCATTTCTTTCTGAAAAATTAGGGTTTGCGTATTCTCATCTTCCTTCT
TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAA
CGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAA
AGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCA
AACATTCATCTGCAATACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCC
TAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTCTC
GCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATC
AAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTAAG
ACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTT

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1FX65TF 501 0 0
GGAGATTATTCCCCATTTCTTTCTGAAAAATTAGGGTTTGCGTATTCTCATCTTTCTTCT
TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAA
CGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAA
AGGAAGCCAGTCGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCG
AACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCC
TAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTCTC
GCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATC
AAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTAAG
ACTTTTTCAACAATAAGTCTC

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR1CC71TF 465 0 0
GG
GCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAACGCGCAGAAATC
GAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCGGGCTGGAAAAGGAAGCCAGTT
GGAAGCGAACAAGAAAGCTATGCCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCAAACATTCATCTG
CACTACATCGGAAGTGAAATGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCCTAAAGCTGATGT
TGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGA**AAACTATCATCTCTCGCAAAGAAAAGG
ATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATCAAAGTCTTTTAA
GTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTACTTAAGACTTTTTCAACA
ATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCAATGGAACTTTC

QA 3 465 3 465
DS 

RD RR1FA43JQ 465 0 0
GG
GCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAACGCGCAGAAATC
GAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAAAGGAAGCCAGTT
GGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCAAACATTCATCTG
CACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCCTAAAGCTGATGT
TGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTCTCGCAAAGAAAAGG
ATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATCAAAGTCTTTTAA
GTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTAAGACTTTTTCAACA
ATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTC

QA 3 465 3 465
DS 

RD RR1A031TF 543 0 0
GGGTCGGCT
AGATTATTCCCCATTTCTTTCTGAAAAATTAGGGTTTGCGTATTCTCATCTTTCTTCTTC
TCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAACG
CGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAAAG
GAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCAAA
CATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCCTA
AAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTCTCGC
AAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATCAA
AGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTAAGAC
TTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTC
C

QA 10 542 10 542
DS 

RD RR1FA43TF 465 0 0
GG
GCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAACGCGCAGAAATC
GAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAAAGGAAGCCAGTT
GGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCAAACATTCATCTG
CACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCCTAAAGCTGATGT
TGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTCTCGCAAAGAAAAGG
ATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATCAAAGTCTTTTAA
GTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTAAGACTTTTTCAACA
ATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTC

QA 3 465 3 465
DS 

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TCCCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAA
CGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAA
AGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCA
AACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAATGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCC
TAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGAAACTATCATCTCTC
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AAATTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTACTTAAG
ACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCAATGGAACTTTCAATAT
TG

QA 1 542 1 542
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TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAA
CGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAA
AGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAG******GTTTGTATGCA
AACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCC
TAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTCTC
GCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATC
AAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTAAG
ACTTTTTCAACAATAAGCCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTCAATAT
TGTTTTCTTTTTTAAAATTATGTCACTATAAAGATTTAGCATTGCGGT

QA 1 588 1 588
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TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAA
CGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAA
AGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCA
AACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAGGCATCC
TAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTCTC
GCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATC
GAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTAAG
ACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTCAATAT
TGTTTTCTTTTTTAAAATTATGTCACTATAAAGATTTAG

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DS 

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TCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTTTGTTTTTCTTTTTGCTTAAGACTTTTTCAACAATA
AGCCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTCAATATTGTTTTTTTTTTTAA
AATTATGTCACTATAAAGATTTAGCATTGCGGT

QA 1 213 1 213
DS 



AS 1 12

CO CL136Contig1 1563 12 8 U
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GAAAGCATCTAGTTCCATTTTTCTTTCGTTAGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAGTAA
TTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCAT
TCGATCACAGAATCCATTGACAGCTGCATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAG
TGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGC
CTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGCCAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTG
TGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGA
CCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGACGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAG
CTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCATCAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGC
CGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAATGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGT
CTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTTCTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACC
TGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTCGGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATGCCAC
CGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGATTATTAATGCGTGCATTCCATTATCGCGGAAATA
TTCCCCCATGGCACACCCGGAATATGGGGCCAAAAATTGCAGAGGAGCAGGATCCGAAGC
GGTGGCTGCTACAAGAATGGAATATTCCAAAGCATTCGCTTCTTCAAGAGTTTGAATTAA
TTGTCCCACAGTCGAGCGTTTCTGTCCAATCGCTACATAGACACAATACATTGTCTCACT
CTCAGAGGTGGCCCTTGAGTTTATTTGCTTTTGGTTTAATATGGTATCGATAGCAATAGT
CGTTTTTCCAGTTTGTCGGTCCCCGATTAGAAGTTCTCGTTGACCACGGCCTATAGGAAC
CAGGCTATCTACCGCTTTTAACCCTGTTTGCATAGGCTCGTGCACTGATTTACGTTCAAG
AATCCCAGGGGCTTTCACTTCGACACGTCTTTGCTCGTGATCGCTTAGAGCCCCTCTTCC
ATCAATAGGTACTCCCATCGCGTCGACCACACGCCCTAGCATAGCCTTTCCCGCGGGAAC
ATCCACAATAGATCCAGTGCGCTTGACAAGATCTCCTTCTTTTATAGCGGTATCACCACC
AAAGACAACAATCCCGACATTCTCATTCTCAAGATTCAAGGCCATTCCTTTCACACCGTT
GGCAAAAAGAACCATTTCCCCAGCTTGAATCTCGTTCAATCCATAAACTTGTGCAATCCC
ATCTCCAACTGAGACCACTCGACCGATCTCATCCACTTGAAAATTCGCGTAAAAGTTCCT
AATTCGACTTTCGAATAGATTCGTTAGTTCCGCAGCTCTAGGAGATAATTCCATAATTCC
ATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 40 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1B924JQ U 87
AF RR1B924TF C 87
AF RR1EJ56JQ U 1
AF RR1GV93JQ U 87
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AF RR1AD81TF C 106
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BS 1 682 RR1EJ56JQ
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BS 1373 1563 RR1DO24TF

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C

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1B924TF 564 0 0
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CTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTTGATCACAGAATCCATTGACAGCTG
CATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTA
CTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGC
CAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAA**ACCGC
ATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGA
CGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCAT
CAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCGGCTTGTGTTTCAA
TGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTT
GTAAGAGACGGGAATGTAAATAG
C

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1EJ56JQ 682 0 0
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GAAAGCATCTAGTTCCATTTTTCTTTCGTTAGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAGTAA
TTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCAT
TCGATCACAGAATCCATTGACAGCTGCATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAG
TGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGC
CTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGCCAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTG
TGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGA
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CTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTTCTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACC
TGGGAAAGCCTCACGGCCTGGT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1GV93JQ 612 0 0
CGTTAGTTAATCCACCTTCAAGGGCTTGTAGTAATTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGG
CTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTG
CATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTA
CTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGC
CAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGC
ATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGA
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CAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAA
TGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTT
CTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTC
GGCGTAACAATA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1DO24JQ 695 0 0
CGTTAGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAGTAATTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGG
CTTTCTCATATTGAGA*ATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTG
CATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTA
CTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGC
CAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGC
ATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGA
CGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCAT
CAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAA
TGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTT
CTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTC
GGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATGCCACCGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGA
TTATTAATGCGTGCATTCCATTATCGCGGAAATAT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1FA39JQ 724 0 0
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CTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTG
CATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTA
CTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGC
CAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGC
ATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGA
CGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCAT
CAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAA
TGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTT
CTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTC
GGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATGCCACCGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGA
TTATTAATGCGTGCATTCCATTATCGCGGAAATATTCCCCCATGGCACACCCGGAATATG
GGGC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1AD81JQ 778 0 0
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CTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTG
CATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTA
CTCCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCGGCATCAAGGTCTGAGC
CAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGC
ATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGA
CGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCAT
CTGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAA
TGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACATGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTT
CTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTC
GGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATACCACCGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGA
TTATTAATGCGTGCATTCCATTATCGCGGAAATATTCCCCCATGGCACACCCGGAATATG
GGGCCAAAAATTGCAGAGGAGCAGGATCCGAAGCGGTGGCTGCTACAAGAATGGAAT
C

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1AD81TF 759 0 0
AAGGGCTTGTAGTAATTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTTCTCATATTGAGAGAT
TCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTGCATAAATGACTAGTATTTG
TTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTCCTGTCAGCCTTGCACC
TCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCGGCATCAAGGTCTGAGCCAAATTGAGCAAAGGCGGC
CACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATACTTGTTTCATAGCTTT
CAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGACGTTAATAGCAGGTCTAAT
TCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCATCTGTAATGGAGATCACATT
GGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAATGACGGGTAAGGCGGTCAA
GCTACCTGCACATGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTTCTAAGAGACGGGAATGTAA
ATAGAAAACATCACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTCGGCGTAACAATAATGACAT
TTGTCGATATACCACCGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGATTATTAATGCGTGCATTCC
ATTATCGCGGAAATATTCCCCCATGGCACACCCGGAATATGGGGCCAAAAATTGCAGAGG
AGCAGGATCCGAAGCGGTGGCTGCTACAAGAATGGAAT
C

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1AC20JQ 798 0 0
AGTTAATCCACCTTTAAGGGCCTGTAGTAATTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTT
CTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTGCATA
AATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTTC
TGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGCCAAA
TTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATAC
TTGGTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGACGTT
AATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCATCAGT
AATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAATGAC
GGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTTCTAA
GAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTCGGCG
TAACAATAATGACATTTGTCGATATGCCACCGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGATTAT
TAATGCGTGCATTCCATTATCGCGGAAATATTCCCCCATGGCACACCCGGAATATGGGGC
CAAAAATTGCAGAGGAGCAGGATCCGAAGCGGTGGCTGCTACAAGAATGGAATATTCCAA
AGCATTCGCTTCTTCAAG

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1EJ56TF 627 0 0
CATCAAGGTCTGAGCCAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCA
GTTTTAAACTACCGCATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGAC
TGACAGATAAGCCGACGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCA
AACAGATTTGTCCATCAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTC
CAGCTTGTGTTTCAATGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCTGGTCCGATC
GTTTAGCCGCTCTTTCTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGAAAGCCT
CACGGCCTGGTGGTCGGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATGCCACCGCCTGTTTAC
TAAGATCATCATAGATTATTAATGCGTGCATTCCATTATCGCGGAAATATTCCCCCATGG
CACACCCGGAATATGGGGCCAAAAATTGCAGAGGAGCAGGATCCGAAGCGGTGGCTGCTA
CAAGAATGGAATATTCCAAAGCATTCGCTTCTTCAAGAGTTTGAATTAATTGTCCCACAG
TCGAGCGTTTCTGTCCAATCGCTACA
C

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1FA39TF 738 0 0
CGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTCGGCGTAAC
AATAATGACATTTGTCGATATGCCACCGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGATTATTAAT
GCGTGCATTCCATTATCGCGGAAATATTCCCCCATGGCACACCCGGAATATGGGGCCAAA
AATTGCAGAGGAGCAGGATCCGAAGCGGTGGCTGCTACAAGAATGGAATATTCCAAAGCA
TTCGCTTCTTCAAGAGTTTGAATTAATTGTCCCACAGTCGAGCGTTTCTGTCCAATCGCT
ACATAGACACAATACATTGTCTCACTCTCAGAGGTGGCCCTTGAGTTTATTTGCTTTTGG
TTTAATATGGTATCGATAGCAATAGTCGTTTTTCCAGTTTGTCGGTCCCCGATTAGAAGT
TCTCGTTGACCACGGCCTATAGGAACCAGGCTATCTACCGCTTTTAACCCTGTTTGCATA
GGCTCGTGCACTGATTTACGTTCAAGAATCCCAGGGGCTTTCACTTCGACACGTCTTTGC
TCGTGATCGCTTAGAGCCCCTCTTCCATCAATAGGTACTCCCATCGCGTCGACCACACGC
CCTAGCATAGCCTTTCCCGCGGGAACATCCACAATAGATCCAGTGCGCTTGACAAGATCT
CCTTCTTTTATAGCGGTATCACCACCAAAGACAACAATCCCGACATTCTCATTCTCAAGA
TTCAAGGCCATTCCTTTC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1DO24TF 681 0 0
TTCAAGAGTTTGAATTAATTGTCCCACAGTCGAGCGTTTCTGTCCAATCGCTACATAGAC
ACAATACATTGTCTCACTCTCAGAGGTGGCCCTTGAGTTTATTTGCTTTTGGTTTAATAT
GGTATCGATAGCAATAGTCGTTTTTCCAGTTTGTCGGTCCCCGATTAGAAGTTCTCGTTG
ACCACGGCCTATAGGAACCAGGCTATCTACCGCTTTTAACCCTGTTTGCATAGGCTCGTG
CACTGATTTACGTTCAAGAATCCCAGGGGCTTTCACTTCGACACGTCTTTGCTCGTGATC
GCTTAGAGCCCCTCTTCCATCAATAGGTACTCCCATCGCGTCGACCACACGCCCTAGCAT
AGCCTTTCCCGCGGGAACATCCACAATAGATCCAGTGCGCTTGACAAGATCTCCTTCTTT
TATAGCGGTATCACCACCAAAGACAACAATCCCGACATTCTCATTCTCAAGATTCAAGGC
CATTCCTTTCACACCGTTGGCAAAAAGAACCATTTCCCCAGCTTGAATCTCGTTCAATCC
ATAAACTTGTGCAATCCCATCTCCAACTGAGACCACTCGACCGATCTCATCCACTTGAAA
ATTCGCGTAAAAGTTCCTAATTCGACTTTCGAATAGATTCGTTAGTTCCGCAGCTCTAGG
AGATAATTCCATAATTCCATC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 14

CO CL137Contig1 778 14 6 U
GGATTCAAAAGCCAAAAGAACAAAAACAAAAAAAAAGAAAGATCAGAGATGGCGACGTCA
GGAACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATCGGCGGAGAAACACTACAAGAGGTGG
AAGAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTC
CACGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGATTTGGAACTACACATGCGATGGG
AAACAAGAGGTGTTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGAGAATATGGCGGTAACGCTC
AAAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCATCTTTCAGTTC
ATTCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAAGCGAACC
GATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATG
GATCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCG
TTATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTATTATGTTATAATA
AATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATG
CTTTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGGTTTCATATATTTTCAGTCTATCA
GTTGAATATATGTATCCTTGTTAATTAATGCTTTCAAAAGAGTAAATTTTACCGAAAA


BQ
25 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 35 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1BL95TF U 433
AF RR1BL95JQ C 350
AF RR1CA57TF U 2
AF RR1BT74JQ C 48
AF RR1BT74TF U 1
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AF RR1CA57JQ C 3
BS 1 570 RR1A149TF
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RD RR1BL95TF 217 0 0
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ATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCGTTATATATGGCT
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GTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGG
G

QA 1 216 1 216
DS 

RD RR1BL95JQ 300 0 0
TT
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AAGCGAACCGATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCT
GCGGACATGGATCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGAT
CCCCCACCGTTATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTATTAT
GTTATAATAAATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGG
G

QA 3 299 3 299
DS 

RD RR1CA57TF 647 0 0
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GAACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATCGGCGGAGAAACACTACAAGAGGT**A
AGAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTCC
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AACAAGAGGTGTTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGAGAATATGGCGGTAACGCTCA
AAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCATCTTTCAGTTCA
TTCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAAGCGAACCG
ATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATGG
ATCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCGT
TATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTATTATGTTATAATAA
ATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGG

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1BT74JQ 658 0 0
GATGGCGACGTCAGGAACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATC**CGGAGAAACA
CTACAAGAGGTGGAAGAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCA
AGGTGTCACCGTCCACGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGATTTGGAACTA
CACATGCGATGGGAAACAAGAGGTGTTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGAGAATAT
GGCGGTAACGCTCAAAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGT
CATCTTTCAGTTCATTCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATG
GGAGAAGCGAACCGATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCT
CGCTGCGGACATGGATCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACC
AGATCCCCCCCCGTTATATATGGCTGCCCCTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTA
TTATGTTATAATAAATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGG
GTATTTTGATATGCTTTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGGTTTCATAT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1BT74TF 705 0 0
GGATTCAAAAGCCAAAAGAACAAAAACAAAAAAAAAGAAAGATCAGAGATGGCGACGTCA
GGAACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATC**CGGAGAAACACTACAAGAGGTGG
AAGAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTC
CACGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGATTTGGAACTACACATGCGATGGG
AAACAAGAGGTGTTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGAGAATATGGCGGTAACGCTC
AAAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCATCTTTCAGTTC
ATTCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAAGCGAACC
GATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATG
GATCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCG
TTATATATGGCTGCCCCTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTATTATGTTATAATA
AATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATG
CTTTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGGTTTCATAT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1DR92TF 707 0 0
GGAATTC
ATTCAAAAGCCAAAAGAACAAAAACAAAAAAA**GAAAGATCAGAGATGGCGACGTCAGG
AACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATCGGCGGAGAAACACTACAAGAGGTGGAA
GAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTCCA
CGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGATTTGGAACTACACATGCGATGGGAA
ACAAGAGGTATTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGCGAATATGGCGGTAACGCTCAA
AGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCACCTTTCAGTTCAT
TCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAAGCGAACCGA
TGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATGGA
TCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCGTT
ATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTATTATGTTATAATAAA
TGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTCACAATATATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATGCT
TTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGGTTTCA

QA 8 707 8 707
DS 

RD RR1A149TF 740 0 0
GGATTCAAAAGCCAAAAGAACAAAAACAAAAAAAAAGAAAGATCAGAGATGGCGACGTCA
GGAACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATCGGCGGAGAAACACTACAAGAGGTGG
AAGAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTC
CACGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGATTTGGAACTACACATGCGATGGG
AAACAAGAGGTGTTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGAGAATATGGCGGTAACGCTC
AAAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCATCTTTCAGTTC
ATTCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAAGCGAACC
GATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATG
GATCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCG
TTATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTTTGCGCGCGCCTTCGTATTATGTTATAATA
AATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATG
CTTTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGGTTTCATATATTTTCAGTCTATCA
GTTGAATATATGTATCCTTG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1C268TF 731 0 0
GGATTCAAAAGCCAAAAGAACAAAAACAAAAAAA**GAAAGATCAGAGATGGCGACGTCA
GGAACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATCGGCGGAGAAACACTACAAGAGGTGG
AAGAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTC
CACGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGATTTGGAACTACACATGCGATGGG
AAACAAGAGGTATTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGCGAATATGGCGGTAACGCTC
AAAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCACCTTTCAGTTC
ATTCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAAGCGAACC
GATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATG
GATCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCG
TTATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTATTATGTTATAATA
AATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATG
CTTTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGGTT*CATATATTTTCAGTCTATCA
GTTGA
TATATG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1BW29TF 763 0 0
GGATTCAAAAGCCAAAAGAACAAAAACAAAAAAAA*GAAAGATCAGAGATGGCGACGTCA
GGAACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATCGGCGGAGAAACACTACAAGAGGTGG
AAGAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTC
CACGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGATTTGGAACTACGCATGCGATGGG
AAACAAGAGGTGTTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGAGAATATGGCGGTAACGCTC
AAAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCATCTTTCAGTTC
ATTCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAAGCGAACC
GATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATG
GATCACCACGTTATCAAATCTTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCG
TTATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGGGCCTTCGTATTATGTTATAATA
AATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATG
CTTTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGGTTTCATATATTTTCAGTCTATCA
GTTGA*TATATGTATCCTTGTTAATTAATGCTTTCAAAAGAGT

QA 1 763 1 763
DS 

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TGGGAGAAGCGAACCGATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGC
CTCGCTGCGGACATGGATCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCA
CCAGATCCCCCACCGTTATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTTTGCGCGCGCCTTCG
TATTATGTTATAATAAATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTT
GGGTATTTTGATATGCTTTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGGTTTCATAT
ATTTTCAGTCTATCAGTTGAATATATGTATCCTTGTT

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR1BW29JQ 720 0 0
AGAAAGATCAGAGATGGCGACGTCAGGAACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATC
GGCGGAGAAACACTACAAGAGGTGGAAGAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGG
CCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTCCACGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAA
GATTTGGAACTACGCATGCGATGGGAAACAAGAGGTGTTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGA
CGATGAGAATATGGCGGTAACGCTCAAAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAA
AGTGTATGACGTCATCTTTCAGTTCATTCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGT
CACTATGATATGGGAGAAGCGAACCGATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTT
CGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATGGATCACCACGTTATCAAATCTTAAGTCCGTTTCAA
ACCATCATCACCAGATCCCCCACCGTTATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTGTGCG
CGGGCCTTCGTATTATGTTATAATAAATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATAT
ATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATGCTTTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGA
GGTTTCATATATTTTCAGTCTATCAGTTGAATATATGTATCCTTGTTAATTAATGCTTTC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1BJ05JQ 782 0 0
GGAATTC
ATTCAAAAGCCAAAAGAACAAAAACAAAAAAAAAGAAAGATCAGAGATGGCGACGTCAGG
AACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATCGGCGGAGAAACACTACAAGAGGTGGAA
GAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTCCA
CGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGATTTGGAACTACACATGCGATGGGAA
ACAAGAGGTGTTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGAGAATATGGCGGTAACGCTCAA
AGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCATCTTTCAGTTCAT
TCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAAGCGAACCGA
TGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATGGA
TCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCGTT
ATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTATTATGTTATAATAAA
TGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATGCT
TTGATGTTGTTAATTACGTGTGATGAATCTCGAGGTTTCATATATTTTCAGTCTATCAGT
TGAATATATGTATCCTTGTTAATTAATGCTTTCAAAAGAGTAAATTTTACC
CATC

QA 8 778 8 778
DS 

RD RR1BJ05TF 759 0 0
GGAATTC
ATTCAAAAGCCAAAAGAACAAAAACAAAAAAAAAGAAAGATCAGAGATGGCGACGTCAGG
AACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATCGGCGGAGAAACACTACAAGAGGTGGAA
GAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTCCA
CGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGATTTGGAACTACACATGCGATGGGAA
ACAAGAGGTGTTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGAGAATATGGCGGTAACGCTCAA
AGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCATCTTTCAGTTCAT
TCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAAGCGAACCGA
TGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATGGA
TCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCGTT
ATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTATTATGTTATAATAAA
TGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATGCT
TTGATGTTGTTAATTACGTGTGATGAATCTCGAGGTTTCATATATTTTCAGTCTATCAGT
TGAATATATGTATCCTTGTTAATTAATGCTTT

QA 8 759 8 759
DS 

RD RR1CA57JQ 776 0 0
ATTCAAAAGCCAAAAGAACAAAAACAAAAAAAA*GAAAGATCAGAGATGGCGACGTCAGG
AACATATGTGACGGAGGTTCCTTTGAAAGGATCGGCGGAGAAACACTACAAGAGGT**AA
GAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTCCA
CGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGATTTGGAACTACACATGCGATGGGAA
ACAAGAGGTGTTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGAGAATATGGCGGTAACGCTCAA
AGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCATCTTTCAGTTCAT
TCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTTTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAAGCGAACCGA
TGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATGGA
TCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCGTT
ATATATGGCTGCCTTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTATTATGTTATAATAAA
TGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATGCT
TTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGGTTTCATATATTTTCAGTCTATCAGT
TGAATATATGTATCCTTGTTAATTAATGCTTTCAAAAGAGTAAATTTTACCGAAAA

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 13

CO CL138Contig1 558 13 6 U
GGGTACAATAAACATAACATACCTTCAAATTAAAAAAAAAAAGAAAGAGAAAAAGTAAAA
AA*GTAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCATTGTTCTT
ATTATCTTTTCTGCTTTCGAAGCACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGG
CAGCCAAATTCAGGGAAAAAATATTGTATGAAGGATGGTGATTGCCGGAAGATTTGCGTC
GAAACCGAGAAAGCATTACGTGCTAGTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGCGTGTGTTTC
TGCCACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCTGTTCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAA
TAAATATTACTAGATAACTTCCTGCAATATCGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTA
TAATAAGTTTTACATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATTAATTAATTTTTTGATAA
AATCAATGAATCTTTTTGATAGGTTAATAATGTAAGAATAACATTAATTTTATTACAATA
TATTAACCATTTTAACGC


BQ
45 50 55 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 35 15 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 25 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 40 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 60 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
60 60 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 30 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 30 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 30 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 30 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 10 10 

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AF RR1C738JQ C 1
AF RR1H880JQ C 127
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QA 1 476 1 476
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RD RR1DK39TF 435 0 0
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TTATCTTTTCTGCTTTCGAAGCCCCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGGC
**CCAAATTCGGGGAGAAAATATTGTATGAAGGATGGTGATTGCCGGAAGATTTGCGTCG
AAACCGAGAAAGCATTACGTGCTACTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGCGTGTGTTTCT
GCCACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCCGTTCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAAT
AAATATTACTAGATAACTTCATGCAATATCGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTAT
AATAAGTTTTACATA

QA 1 435 1 435
DS 

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QA 1 463 1 463
DS 

RD RR1AW56TF 463 0 0
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QA 1 463 1 463
DS 

RD RR1CQ30TF 478 0 0
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AA*GTAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCATTGTTCTT
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CAGCCAAATTCAGGGAAAAAATATTGTATGAAGGATGGTGATTGCCGGAAGATTTGCGTC
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TGCCACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCTGTTCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAA
TAAATATTACTAGATAACTTCCTGCAATATCGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTA
TAATAAGTTTTACATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATTAATTAATTTTTTGAT

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR1B729TF 467 0 0
GGA
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CCAAATTCAGGGAGAAAATATTGCATGAAGGATGGTGATTGCCGGAAGATTTGCGTCGAA
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CACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCCGTTCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATAA
ATATTACTAGATAACTTCATGCAATATCGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTATAA
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QA 4 467 4 467
DS 

RD RR1BY52TF 458 0 0
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AAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCGTTGTTCTTATTAT
CTTTTCTGCTTTCGAAGCCCCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGGCAGCC
AAATTCAGGGAGAAAATATTGTATGAAGGATGGTGATTGCCGGAAGATTTGCGTCGAAAC
CGAGAAAGCATTACGTGCTACTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGCGTGTGTTTCTGCCA
CTTTCCATGTTAATCAACAGAGCCGTTCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATAAAT
ATTACTAGATAACTTCATGCAATATCGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTATAATA
AGTTTTACATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATT

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DS 

RD RR1C738JQ 558 0 0
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AA*GTAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCATTGTTCTT
ATTACCTTTTCTGCTTTCGAAGCACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGG
CAGCCAAATTCAGGGAAAAAATATTGTATGAAGGATGGTGATTGCCGGAAGATTTGCGTC
GAAACCGAGAAAGCATTACGTGCTAGTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGCGTGTGTTTC
TGCCACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCTGTTCCAAGACATTTTTATGCCCCATGCCAAA
TAAATATTACTAGATAACTTCCTGCAATATCGCGGAATAACGTTCATTTCAATATTATTA
TAATAAGTTTTACATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATTAATTAATTTTTTGATAA
AATCAATGAATCTTTTTGATAGGTTAATAATGTAAGAATAACATTAATTTTATTACAATA
TATTAACCATTTTAACGC

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1H880JQ 432 0 0
TTTTCTGCTTTGGAAGCACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGGCAGCCA
AATTCAGGGAAAAAATATTGTATGAAGGATGGTGGTTGCCGGAAGATTTGCGTCGAAACC
GAGAAAGCATTACGTGCTAGTTGGGATTATACATTCCCAAGGCGCGTGTGTTTCTGCCAC
TTTCCATGTTAATCAACAGAGCTGTTCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATAAATA
TTACTAGATAACTTCCTGCAATATCGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTATAATAA
GTTTTACATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATTAATTAATTTTTTGATAAAATCAA
TGAATCTTTTTGATAGGTTAATAATGTAAGAATAACATTAATTTTATTACAATATATTAA
CCATTTTAAC
AC

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR1H880TF 558 0 0
GGGTACAATAAACATAACATACCTTCAAATTAAAAAAAAAA*GAAAGAGAAAAAGTAAAA
AA*GTAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCATTGTTCTT
ATTATCTTTTCTGCTTTCGAAGCACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGG
CAGCCAAATTCAGGGAAAAAATATTGTATGAAGGATGGTGGTTGCCGGAAGATTTGCGTC
GAAACCGAGAAAGCATTACGTGCTAGTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGCGTGTGTTTC
TGCCACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCTGTTCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAA
TAAATATTACTAGATAACTTCCTGCAATATCGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTA
TAATAAGTTTTACATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATTAATTAATTTTTTGATAA
AATCAATGAATCTTTTTGATAGGTTAATAATGTAAGAATAACATTAATTTTATTACAATA
TATTAACCATTTTAAC
AC

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DS 

RD RR1BS03TF 557 0 0
GTGA
TACAATAAACATAACATACCTTCAAATTAAAAAAAAAA*GAAAGAGAAAAAGTAAAAAAA
GTAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCGTTGTTCTTATT
ATCTTTTCTGCTTTCGAAGCACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGGCAG
CCAAATTCAGGGAGAAAATATTGTATGAAGGATGGTGATTGCCGGAAGATTTGCGTCGAA
ACCGAGAAAGCATTACGTGCTACTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGTGTGTGTTTCTGC
CACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCCGTTCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATAA
ATATTACTAGATAACTTCATGCAATATCGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTATAA
TAAGTTTTACATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATTAATTAATTTTTTGATAAAAT
CAATGAATCTTTTTGATAGGTTAATAATGTAAGAATAACATTAATTTTATTACAATATAT
TAACCATTTTAAC

QA 5 557 5 557
DS 

RD RR1BO74TF 556 0 0
GGCTC
GTACAATAAACATAACATACCTTCAAATTAAAAAAAAAAAGAAAGAGAAAAAGTAAAAAA
*GTAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCATTGTTCTTAT
TATCTTTTCTGCTTTCGAAGCACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGGCA
GCCAAATTCAGGGAAAAAATATTGTATGAAGGATGGTGATTGCCGGAAGATTTGCGTCGA
AACCGAGAAAGCATTACGTGCTAGTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGCGTGTGTTTCTG
CCACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCTGTTCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATA
AATATTACTAGATAACTTCCTGCAATATCGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTATA
ATAAGTTTTACATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATTAATTAATTTTTTGATAAAA
TCAATGAATCTTTTTGATAGGTTAATAATGTAAGAATAACATTAATTTTATTACAATATA
TTAACCATTTT

QA 6 556 6 556
DS 

RD RR1C738TF 558 0 0
GGGTACAATAAACATAACATACCTTCAAATTAAAAAAAAAAAGAAAGAGAAAAAGTAAAA
AA*GTAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCATTGTTCTT
ATTACCTTTTCTGCTTTCGAAGCACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGG
CAGCCAAATTCAGGGAAAAAATATTGTATGAAGGATGGTGATTGCCGGAAGATTTGCGTC
GAAACCGAGAAAGCATTACGTGCTAGTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGCGTGTGTTTC
TGCCACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCTGTTCCAAGACATTTTTATGCCCCATGCCAAA
TAAATATTACTAGATAACTTCCTGCAATATCGCGGAATAACGTTCATTTCAATATTATTA
TAATAAGTTTTACATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATTAATTAATTTTTTGATAA
AATCAATGAATCTTTTTGATAGGTTAATAATGTAAGAATAACATTAATTTTATTACAATA
TATTAACCATTTTAAC
GC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 2 14

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AGAAAATGAAGACGGAACTCGGTTCTCTTAGGGTTTCTGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AR29JQ U 73
AF RR1E194JQ U 1
AF RR1E194TF C 1
AF RR1AR29TF C 73
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QA 1 339 1 339
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QA 1 587 1 587
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QA 1 587 1 587
DS 

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QA 1 570 1 570
DS 



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GCCCAGGGAAGACCATCTTAGTTCCAGGAATGTACTTCTTTGGGTTGAGCAAGTAATCGT
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 

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C

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CCTTGGGGTTCCCTGGTGGTGCTTCATCAAACGACGCCATTCTCGCGGGAGAT
CC

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A
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CC

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G
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G
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GAGAAAATGAAGACGGAACTCTGTTCTCTTAGGGTTTCTGTCC

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DS 



AS 2 13

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

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CAACAAGCTCACTGACAATGGAGCCACCACTCCTTCAGGCCTTGTCGCCGCTGCCTTAGC
TCATGCTTTCGGTCTCTTCGTCGCTGTTTCTGTCGGTGCCAACATCTCCGGTGGACACGT
TAACCCTGCCGTTACCTTCGGTGCCTTCCTCGGTGGAAACATCACTCTCCTCCGTGGCCT
TCTCTATTGGATTGCTCAGCTTCTTGGCTCAGTCGCCGCTTGCTTCCTCCTTCAATTCGC
CACCGGTGGCTTGGCAGTTCCAGCTTTCGGTCTCTCTGCTGGAGTTGGAACCTTGAACGG
TCTCGTCTTCGAGATCGTGATGACCTTCGGGCTCGTCTACACCGTCTACGCCACAGCCAT
CGATCCCAAAAACGGTAGCCTCGGAACAATCGCACCAATCGCAATAGGTTTCATCGTCGG
AGCTAACATCCTCGCGGGTGGAGCTTTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCAGCCGTCGCTTT
TGGACCAGCCGTCGTGAGCTGGTCGTGGAGCAACCACTGGATTTACTGGGTTGGTCCTCT
TGTTGGTGGTGGTCTCGCTGGAATCATCTACGACTTTGTTTACATCATCGAAAACGGTCA
CGAGCAATTGCCCACCACTGATTACTGAAGACGCTGAAAATTAAATGTTGTGATATGATT
TGTTTTTAATTCTCATCGTAATTGAATTTCTGTGTGACCGTTGGATCATCTTTT
AGATG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1GL08JQ 516 0 0
TTCGAGATCGTGATGACCTTCGGGCTCGTCTACACCGTTTACGCCACAGCCATCGACCCC
AAAAACGGTAGCCTCGGAACAATCGCACCAATCGCAATAGGTTTCATCGTCGGAGCTAAC
ATCCTCGCGGGTGGAGCTTTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCAGCCGTCGCTTTTGGACCA
GCCGTCGTGAGCTGGTCGTGGAGCAACCACTGGATTTACTGGGTTGGTCCTCTTGTTGGT
GGTGGTCTCGCTGGAATCATTTACGACTTTGTTTACATCATCGAAAACGGTCACGAGCAA
TTGCCCACCACTGATTACTGAAGACGCTGAAAATTAAATGTTGTGATATGATTTGTTTTT
AATTCTCATCGTAATTGAATTTCTGTGTGACCGTTGGATCATCTTTTTAGATGAATCCTT
GTCCGTTGATTTATGTTGTATTTGGGTTTGTTGTTGGAGTTGTAATTTTCATTGAAGGCT
CTTTTAGATGAATGTGAATTATGCATGCTTCTACG
C

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR1GW83TF 306 0 0
GGATTTACTGGGTTGGTCCTCTTGTTGGTGGTGGTCTCGCTGGAATCATCTACGACTTTG
TTTACATCATCGAAAACGGTCACGAGCAATTGCCCACCACTGATTACTGAAGACGCTGAA
AATTAAATGTTGTGATATGATTTGTTTTTAATTCTCATCGTAATTGAATTTCTGTGTGAC
CGTTGGATCATCTTTTTAGATGAATCCTTGTCCGTTGATTTATGTTGTATTTGGGTTTGT
TGTTGGAGTTGTAATTTTCATTGAAGGCTCTTTTAGATGAATGTGAATTATGCATGCTTC
TACGTT

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR1CC48JQ 300 0 0
G
CCTCTTGTTGGGGGTGGTCTCGCTGGAATCATTTACGACTTTGTTTACATCATCGAAAAC
GGTCACGAGCAATTGCCCACCACTGATTACTGAAGACGCTGAAAATTAAATGTTGTGATA
TGATTTGTTTTTAATTTTCATCGTAGTTGAATTTTTGTGTGACCGTTGGATCATCTTTTT
AGATGAATCCTTGTCCGTTGATTTATGTTGTATTTGGGTTTGTTGTTGGAGTTGTAATTT
TCATTGAAGGCTTTTTTAGATGAATGTGAATTATGCATGCTTTTACGTTATATTTTTTT

QA 2 300 2 300
DS 

RD RR1DG36JQ 226 0 0
G
TGCCCACCACTGATTACTGAAGACGCTGAAAATTAAATGTTGTGATATGATTTGTTTTTA
ATTCTCATCGTAATTGAATCTCTGTGTGACCGTTGGATCATCTTTTTAGATGAATCCTTG
TCCGTTGATTTATGTTGTATTTGGGTTTGTTGTTGGAGTTGTAATTTTCATTGAAGGCTC
TTTTAGATGAATGTGAATTATGCATGCTTTTACGTTATATTTT
CG

QA 2 224 2 224
DS 

RD RR1DG36TF 226 0 0
G
TGCCCACCACTGATTACTGAAGACGCTGAAAATTAAATGTTGTGATATGATTTGTTTTTA
ATTCTCATCGTAATTGAATCTCTGTGTGACCGTTGGATCATCTTTTTAGATGAATCCTTG
TCCGTTGATTTATGTTGTATTTGGGTTTGTTGTTGGAGTTGTAATTTTCATTGAAGGCTC
TTTTAGATGAATGTGAATTATGCATGCTTCTACGTTATATTTT
CG

QA 2 224 2 224
DS 

RD RR1CC48TF 283 0 0
GTCTCGCTGGAATCATCTACGACTTTGTTTACATCATCGAAAACGGTCACGAGCAATTGC
CCACCACTGATTACTGAAGACGCTGAAAATTAAATGTTGTGATATGATTTGTTTTTAATT
CTCATCGTAGTTGAATTTCTGTGTGACCGTTGGATCATCTTTTTAGATGAATCCTTGTCC
GTTGATTTATGTTGTATTTGGGTTTGTTGTTGGAGTTGTAATTTTCATTGAAGGCTCTTT
TAGATGAATGTGAATTATGCATGCTTCTACGTTATATTTT
CTT

QA 1 280 1 280
DS 



CO CL140Contig2 1060 6 20 U
GGAGACCAATCACTACACAAATAAACCCACAACTCTCCTTATCAAAAACATTGTAACCTC
AAACCAATTAAATCTCTCCGATCATGCCGATAAGAAACATCGCCATCGGCGGAGTCCAAG
AAGAAGTGACTCATCCCAGCGCACTTAGGGCGGCGCTGGCTGAGTTTATCTCGACTTTGA
TCTTTGTCTTCGCCGGCTCAGGCTCCGGTATCGCTTTCAACAAGCTCACTGACAATGGAG
CGACCACTCCTTCAGGGCTCGTAGCCGCTGCGTTAGCTCATGCTTTCGGTCTCTTCGTCG
CTGTTTCCGTCGGTGCTAACATCTCTGGTGGTCACGTTAACCCTGCCGTTACCTTCGGTG
CTTTCGTCGGTGGGAACATCACTCTCCTCCGTGGTATCCTCTATTGGATTGCTCAGCTTC
TTGGCTCAGTCGTCGCTTGTCTCCTCCTTAAATTCGCCACCGGTGGCTTGGCAGTTCCAG
CTTTTGGTCTCTCTGCTGGAGTTGAATCCTTAAACGGATTTGTCTTCGAGATCGTGATGA
CCTTCGGGCTCGTCTACACCGTTTACGCCACAGCCGTCGACCCCAAGAACGGTAGTCTCG
GAACAATCGCACCAATTGCCATAGGTTTCATCGTTGGAGCTAACATCCTCGCCGGTGGAG
CTTTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCAGCCGTCGCTTTTGGACCAGCCGTCGTGAGCTGGA
CGTGGACCAACCACTGGATCTACTGGGCCGGCCCTCTTGTCGGTGGTGGACTCGCTGGAC
TCATCTACGAGTTTGTCTTCATCAACCAAAACGGTCACGAGCAATTGCCAACCACTGATT
ACTGAAGACTGCCAAAATTCAATGTGACTTGATTTGTTTTTATTTTGCATCGTAATGGGA
TTTCTATGTGGTCGTTGGATCTTTTTAGATGAATTGTTGTATGTTGATTGCATGGTGTAT
TTGGGTTTGTTGTTGGAGTTTTAAATTCCCTGGAAGACTTTTGTGCAATTTTATTGTACT
AATATAAATGATAAAACCAGGGAATGTGAATTATCATGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EQ87TF U 1
AF RR1B676TF U 6
AF RR1B676JQ C 210
AF RR1EQ87JQ C 529
AF RR1BI37JQ C 288
AF RR1BI37TF U 288
BS 1 256 RR1EQ87TF
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BS 258 271 RR1EQ87TF
BS 272 272 RR1B676TF
BS 273 697 RR1EQ87TF
BS 698 762 RR1B676TF
BS 763 763 RR1BI37TF
BS 764 793 RR1B676TF
BS 794 794 RR1BI37TF
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BS 811 811 RR1BI37TF
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BS 824 824 RR1BI37TF
BS 825 830 RR1B676TF
BS 831 831 RR1BI37TF
BS 832 845 RR1B676TF
BS 846 846 RR1BI37TF
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BS 859 1037 RR1BI37TF
BS 1038 1060 RR1B676JQ

RD RR1EQ87TF 697 0 0
GGAGACCAATCACTACACAAATAAACCCACAACTCTCCTTATCAAAAACATTGTAACCTC
AAACCAATTAAATCTCTCCGATCATGCCGATAAGAAACATCGCCATCGGCGGAGTCCAAG
AAGAAGTGACTCATCCCAGCGCACTTAGGGCGGCGCTGGCTGAGTTTATCTCGACTTTGA
TCTTTGTCTTCGCCGGCTCAGGCTCCGGTATCGCTTTCAACAAGCTCACTGACAATGGAG
CGACCACTCCTTCAGGACTCGTAGCCGCTGCATTAGCTCATGCTTTCGGTCTCTTCGTCG
CTGTTTCCGTCGGTGCTAACATCTCTGGTGGTCACGTTAACCCTGCCGTTACCTTCGGTG
CTTTCGTCGGTGGGAACATCACTCTCCTCCGTGGTATCCTCTATTGGATTGCTCAGCTTC
TTGGCTCAGTCGTCGCTTGTCTCCTCCTTAAATTCGCCACCGGTGGCTTGGCAGTTCCAG
CTTTTGGTCTCTCTGCTGGAGTTGAATCCTTAAACGGATTTGTCTTCGAGATCGTGATGA
CCTTCGGGCTCGTCTACACCGTTTACGCCACAGCCGTCGACCCCAAGAACGGTAGTCTCG
GAACAATCGCACCAATTGCCATAGGTTTCATCGTTGGAGCTAACATCCTCGCCGGTGGAG
CTTTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCAGCCGTCGCTTT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1B676TF 867 0 0
GG
AATCACTACACAAATAAACCCACAACTCTCCTTATCAAAAACATTGTAACCTCAAACCAA
TTAAATCTCTCCGATCATGCCGATAAGAAACATCGCCATCGGCGGAGTCCAAGAAGAAGT
GACTCATCCCAGCGCACTTAGGGCGGCGCTGGCTGAGTTTATCTCGACTTTGATCTTTGT
CTTCGCCGGCTCAGGCTCCGGTATCGCTTTCAACAAGCTCACTGACAATGGAGCGACCAC
TCCTTCAGGGCTCGTAGCCGCTGCGTTAGCTCATGCTTTCGGTCTCTTCGTCGCTGTTTC
CGTCGGTGCTAACATCTCTGGTGGTCACGTTAACCCTGCCGTTACCTTCGGTGCTTTCGT
CGGTGGGAACATCACTCTCCTCCGTGGTATCCTCTATTGGATTGCTCAGCTTCTTGGCTC
AGTCGTCGCTTGTCTCCTCCTTAAATTCGCCACCGGTGGCCTGGCAGTTCCAGCTTTTGG
TCCCTCTGCTGGAGTTGAATCCTTAAACGGATTTGTCTTCGAGATCGTGATGACCTTCGG
GCTCGTCTACACCGTTTACGCCACAGCCGTCGACCCCAAGAACGGTAGTCTCGGAACAAT
CGCACCAATTGCCATAGGTTTCATCGTTGGAGCTAACATCCTCGCCGGTGGAGCTTTCAG
CGGAGCCTCCATGAACCCAGCCGTCGCTTTTGGACCAGCCGTCGTGAGCTGGACGTGGAC
CAACCACTGGATCTACTGGGCCGGCCCTCTTGTCG*TGGTGGACTCGCTGGACTCATCTA
CGAGTT*GTCTTCATCAACCAAA*CGGTCACGAGCA*TTGCCA*CCACTGATTACTGA*G
ACTGCCAAAAT
CATGTGACTTGATT

QA 3 853 3 853
DS 

RD RR1B676JQ 851 0 0
ATC
GCTTTCAACAAGCTCACTGACAATGGAGCGACCACTCCTTCAGGGCTCGTAGCCGCTGCG
TTAGCTCATGCTTTCGGTCTCTTCGTCGCTGTTTCCGTCGGTGCTAACATCTCTGGTGGT
CACGTTAACCCTGCCGTTACCTTCGGTGCTTTCGTCGGTGGGAACATCACTCTCCTCCGT
GGTATCCTCTATTGGATTGCTCAGCTTCTTGGCTCAGTCGTCGCTTGTCTCCTCCTTAAA
TTCGCCACCGGTGGCCTGGCAGTTCCAGCTTTTGGTCCCTCTGCTGGAGTTGAATCCTTA
AACGGATTTGTCTTCGAGATCGTGATGACCTTCGGGCTCGTCTACACCGTTTACGCCACA
GCCGTCGACCCCAAGAACGGTAGTCTCGGAACAATCGCACCAATTGCCATAGGTTTCATC
GTTGGAGCTAACATCCTCGCCGGTGGAGCTTTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCAGCCGTC
GCTTTTGGACCAGCCGTCGTGAGCTGGACGTGGACCAACCACTGGATCTACTGGGCCGGC
CCTCTTGTCGGTGGTGGACTCGCTGGACTCATCTACGAGTTTGTCTTCATCAACCAAAAC
GGTCACGAGCAATTGCCAACCACTGATTACTGAAGACTGCCAAAATTCAATGTGACTTGA
TTTGTTTTTATTTTGCATCGTAATGGGATTTCTATGTGGTCGTTGGATCTTTTTAGATGA
ATTGTTGTATGTTGATTGCATGGTGTATTTGGGTTTGTTGTTGGAGTTTTAAATTCCCTG
GAAGACTTTTGTGCAATTTTATTGTACTAATATAAACGATAAAACCAGGGAATGTGAATT
ATCATGCC

QA 4 851 4 851
DS 

RD RR1EQ87JQ 530 0 0
AGATCGTGATGACCTTCGGGCTCGTCTACACCGTTTACGCCACAGCCGTCGACCCCAAGA
ACGGTAGTCTCGGAACAATCGCACCAATTGCCATAGGTTTCATCGTTGGAGCTAACATCC
TCGCCGGTGGAGCTTTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCAGCCGTCGCTTTTGGACCAGCCG
TCGTGAGCTGGACGTGGACCAACCACTGGATTTACTGGGCCGGCCCTCTTGTCGGTGGTG
GACTCGCTGGACTCATCTACAAGTTTGTCTTCATCAACCAAAACGGTCACGAGCAATTGC
CAACCACTGATTACTGAAGACTGCCAAAATTCAATGTGACTTGATTTGTTTTTATTTTGC
ATCGTAATGGGATTTCTATGTGGTCGTTGGATCTTTTTAGATGAATTGTTGTATGTTGAT
TGCATGGTGTATTTGGGTTTGTTGTTGGAGTTTTAAATTCCCTGGAAGACTTTTGTGCAA
TTTTATTGTACTAATATAAATGATAAAACCAGGGAATGTGA
ATTATCATG

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1BI37JQ 765 0 0
GGTCTCTTCGTCGCTGTTTCCGTCGGTGCTAACATCTCTGGTGGTCACGTTAACCCTGCC
GTTACCTTCGGTGCTTTCGTCGGTGGGAACATCACTCTCCTCCGTGGTATCCTCTATTGG
ATTGCTCAGCTTCTTGGCTCAGTCGTCGCTTGTCTCCTCCTTAAATTCGCCACCGGTGGC
TTGGCAGTTCCAGCTTTTGGTCTTTCTGCTGGAGTTGAATCCTTAAACGGATTTGTCTTC
GAGATCGTGATGACCTTCGGGCTCGTCTACACCGTTTACGCCACAGCCGTCGACCCCAAG
AACGGTAGTCTCGGAACAATCGCACCAATTGCCATAGGTTTCATCGTTGGAGCTAACATC
CTCGCCGGTGGAGCTTTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCAGCCGTCGCTTTTGGACCAGCC
GTCGTGAGCTGGACGTGGACCAACCACTGGATCTACTGGGCCGGCCCTCTTGTCGGTGGT
GGACTCGCTGGACTCATCTACGAGTTTGTCTTCATCAACCAAAACGGTCACGAGCAATTG
CCAACCACTGATTACTGAAGACTGCCAAAATTCAATGTGACTTGATTTGTTTTTATTTTG
CATCGTAATGGGATTTCTATGTGGTCGTTGGATCTTTTTAGATGAATTGTTGTATGTTGA
TTGCATGGTGTATTTGGGTTTGTTGTTGGAGTTTTAAATTCCCTGGAAGACTTTTGTGCA
ATTTTATTGTACTAATATAAATGATAAAACCAGGGAATGTGA
GGC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1BI37TF 750 0 0
GGTCTCTTCGTCGCTGTTTCCGTCGGTGCTAACATCTCTGGTGGTCACGTTAACCCTGCC
GTTACCTTCGGTGCTTTCGTCGGTGGGAACATCACTCTCCTCCGTGGTATCCTCTATTGG
ATTGCTCAGCTTCTTGGCTCAGTCGTCGCTTGTCTCCTCCTTAAATTCGCCACCGGTGGC
TTGGCAGTTCCAGCTTTTGGTCTCTCTGCTGGAGTTGAATCCTTAAACGGATTTGTCTTC
GAGATCGTGATGACCTTCGGGCTCGTCTACACCGTTTACGCCACAGCCGTCGACCCCAAG
AACGGTAGTCTCGGAACAATCGCACCAATTGCCATAGGTTTCATCGTTGGAGCTAACATC
CTCGCCGGTGGAGCTTTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCAGCCGTCGCTTTTGGACCAGCC
GTCGTGAGCTGGACGTGGACCAACCACTGGATCTACTGGGCCGGCCCTCTTGTCGGTGGT
GGACTCGCTGGACTCATCTACGAGTTTGTCTTCATCAACCAAAACGGTCACGAGCAATTG
CCAACCACTGATTACTGAAGACTGCCAAAATTCAATGTGACTTGATTTGTTTTTATTTTG
CATCGTAATGGGATTTCTATGTGGTCGTTGGATCTTTTTAGATGAATTGTTGTATGTTGA
TTGCATGGTGTATTTGGGTTTGTTGTTGGAGTTTTAAATTCCCTGGAAGACTTTTGTGCA
ATTTTATTGTACTAATATAAATGATAAAAC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 2 13

CO CL141Contig1 565 11 12 U
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCC
CAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAG
TCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAAT
ACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAG
GAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGA
TTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGT
ATATGAAATCTAGCTTCACTTAATC


BQ
35 35 35 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 60 60 60 55 45 10 10 10 10 

AF RR1D102TF U 1
AF RR1CZ28JQ C 367
AF RR1FG15JQ C 1
AF RR1FW40TF U 5
AF RR1FG15TF U 1
AF RR1ET96TF U 1
AF RR1GS33TF U 53
AF RR1DQ89TF U 1
AF RR1AD79JQ C 2
AF RR1AD79TF U 2
AF RR1E693TF U 57
BS 1 40 RR1D102TF
BS 41 41 RR1FW40TF
BS 42 108 RR1D102TF
BS 109 109 RR1FW40TF
BS 110 490 RR1D102TF
BS 491 491 RR1FW40TF
BS 492 526 RR1D102TF
BS 527 527 RR1FW40TF
BS 528 553 RR1D102TF
BS 554 554 RR1FW40TF
BS 555 561 RR1D102TF
BS 562 565 RR1E693TF

RD RR1D102TF 561 0 0
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGTAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCTCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCC
CAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAG
TCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAAT
ACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAG
GAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGA
TTTTATGTGACGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGCAACCACTCTTAGT
ATATGAAATCTAGTTTCACTT

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1CZ28JQ 194 0 0
G
GTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAGGAGAGTT
CTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGATTTTATG
TGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGTATATGAA
ATCTAGCTTCACT

QA 2 194 2 194
DS 

RD RR1FG15JQ 561 0 0
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCC
CAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAG
TCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAAT
ACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAG
GAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGA
TTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGT
ATATGAAATCTAGCTTCACTT

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1FW40TF 557 0 0
GG
ACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACCAAC
CATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTCCACCAC
CAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCCTTCAAC
CTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCCCAGCTG
AAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAGTCAAGC
TTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAATACCTAG
AGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAGGAGAGT
TCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGATTTTAT
GTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGTATATGA
AATCTAGCTTCACTT

QA 3 557 3 557
DS 

RD RR1FG15TF 561 0 0
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCC
CAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAG
TCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAAT
ACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAG
GAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGA
TTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGT
ATATGAAATCTAGCTTCACTT

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1ET96TF 560 0 0
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCC
CAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAG
TCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAAT
ACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAG
GAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGA
TTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGT
ATATGAAATCTAGCTTCACT

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1GS33TF 504 0 0
G
GCATCAAACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACA
CCATCTCCACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCAT
CATCTCCTTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****T
GTTTTCCCAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTAC
CCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGAC
CGAGAATACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGAT
CTTGGAGGAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGA
AGCAAGATTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCAC
TCTTAGTATATGAAATCTAGCTT

QA 2 504 2 504
DS 

RD RR1DQ89TF 559 0 0
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCC
CAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCGGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAG
TCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAAT
ACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAG
GAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAATAAGCAAGA
TTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTGTCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGT
ATATGAAATCTAGCTTCAC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1AD79JQ 560 0 0
GG
ATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACC
AACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTCCAC
CACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCCTTC
AACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCCCAG
CTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAGTCA
AGCTTGAAACAAAGCTCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAATACC
TAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAGGAG
AGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGATTT
TATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGTATA
TGAAATCTAGCTTCACTT

QA 3 560 3 560
DS 

RD RR1AD79TF 560 0 0
GG
ATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACC
AACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTCCAC
CACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCCTTC
AACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCCCAG
CTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAGTCA
AGCTTGAAACAAAGCTCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAATACC
TAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAGGAG
AGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGATTT
TATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGTATA
TGAAATCTAGCTTCACTT

QA 3 560 3 560
DS 

RD RR1E693TF 509 0 0
G
CAAACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCAT
CTCCACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCATACTCAGACCAAACTCATCATC
TCCTTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACCCTCCCCTTTCGTAGTGTTT
TCCCAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTG
AAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGGCCGAG
AATACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTG
GAGGAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCA
AGATTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTT
AGTATATGAAATCTAGCTTCACTTAATC

QA 2 509 2 509
DS 



CO CL141Contig2 427 2 1 U
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAGAGCCTGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGC
AGAGGCTTGTGATGATCTTGGAGGAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAGATGTCTAC
TAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGATTTTATGTGATGTGAGTATGTGTTGTTGTATCTCTACT
AGTCTCTGTAACCACTCTTAGTATATGAAATCTAGCTTCACTTAATCAATGAATTTGAAT
CAGACAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F674JQ C 1
AF RR1F674TF U 1
BS 1 427 RR1F674TF

RD RR1F674JQ 427 0 0
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAGAGCCTGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGC
AGAGGCTTGTGATGATCTTGGAGGAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAGATGTCTAC
TAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGATTTTATGTGATGTGAGTATGTGTTGTTGTATCTCTACT
AGTCTCTGTAACCACTCTTAGTATATGAAATCTAGCTTCACTTAATCAATGAATTTGAAT
CAGACAC

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1F674TF 427 0 0
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAGAGCCTGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGC
AGAGGCTTGTGATGATCTTGGAGGAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAGATGTCTAC
TAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGATTTTATGTGATGTGAGTATGTGTTGTTGTATCTCTACT
AGTCTCTGTAACCACTCTTAGTATATGAAATCTAGCTTCACTTAATCAATGAATTTGAAT
CAGACAC

QA 1 427 1 427
DS 



AS 2 14

CO CL142Contig1 555 3 1 U
ATAATATTCAAATCAGTAAACCAATAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACCAACCA
TTCCTCCTCTTTCTTCATCACTTTTCTCTCCAAAGATAAGTCTTCTTCTTCCTCCTCAGA
CCATCACAAACACTAAAGGTTCAAGACTCTCATCTCTTAGACCAAATGCATCATCATCTC
CTTTAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCCG
AAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGCTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAGC
TTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACGTAGACCGAGAATACC
TAGAGTATAACACCCCTAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCGTGCGATGATCTCGGAGGAG
AGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAAAGATGTCTATTAGAAGAAGCAAAGATTTGATGTGA
TGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTATGCTAATATAAAGCTAGCTTCACTTAATCAAG
ACTGAAATTGTGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY94JQ C 8
AF RR1CY94TF U 8
AF RR1CD66TF U 1
BS 1 555 RR1CD66TF

RD RR1CY94JQ 511 0 0
GGAAATCAGTAAACCAAT
AAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTCTTCATCACTTTT
CTCTCCAAAGATAAGTCTTCTTCTTCCTCCTCAGACCATCACAAACACTAAAGGTTCAAG
ACTCTCATCTCTTAGACCAAATGCATCATCATCTCCTTTAACCTCTGATCCTCTCACCGT
TGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATA
TGCATGCTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCC
CGTGACTTCTTCAGAGAACGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCCTAAAACTGT
TTTCGTCGCGGAGGCGTGCGATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAA
AGATGTCTATTAGAAGAAGCAAAGATTTGATGTGATGTTGATATGTGTTTGTATGTATCT
CTATGCTAATATA

QA 19 511 19 511
DS 

RD RR1CY94TF 511 0 0
GGAAATCAGTAAACCAAT
AAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTCTTCATCACTTTT
CTCTCCAAAGATAAGTCTTCTTCTTCCTCCTCAGACCATCACAAACACTAAAGGTTCAAG
ACTCTCATCTCTTAGACCAAATGCATCATCATCTCCTTTAACCTCTGATCCTCTCACCGT
TGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATA
TGCATGCTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCC
CGTGACTTCTTCAGAGAACGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCCTAAAACTGT
TTTCGTCGCGGAGGCGTGCGATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAA
AGATGTCTATTAGAAGAAGCAAAGATTTGATGTGATGTTGATATGTGTTTGTATGTATCT
CTATGCTAATATA

QA 19 511 19 511
DS 

RD RR1CD66TF 555 0 0
ATAATATTCAAATCAGTAAACCAATAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACCAACCA
TTCCTCCTCTTTCTTCATCACTTTTCTCTCCAAAGATAAGTCTTCTTCTTCCTCCTCAGA
CCATCACAAACACTAAAGGTTCAAGACTCTCATCTCTTAGACCAAATGCATCATCATCTC
CTTTAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCCG
AAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGCTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAGC
TTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACGTAGACCGAGAATACC
TAGAGTATAACACCCCTAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCGTGCGATGATCTCGGAGGAG
AGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAAAGATGTCTATTAGAAGAAGCAAAGATTTGATGTGA
TGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTATGCTAATATAAAGCTAGCTTCACTTAATCAAG
ACTGAAATTGTGAAT

QA 1 555 1 555
DS 



CO CL142Contig2 623 11 10 U
GGAACAATAAATATCCAAAACAATAAACTAATCTCCTAAAACAACAATAAAAAATGCAGG
GAGCTTTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTCTTCACAACTTTTTTCTCCAAAGA
TAACTCTTCTTCTACCTCCTCAGATCATCACAAACACTAAATGTTCAAGACTCTCATCTG
TTGGACCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCC
TCCTTTCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGCTCAGCTG
ACATCTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAG
AGAACGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCCTAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGG
CGTGCGATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAAAGATGTCTATTAGA
AGAAGCAAAGATTTGATGTGATGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTATGCTAATATAA
AGCTAGCTTCACTTAATCAAGACTGAAATTGTGAATCAAACCCCAAGTTTCCAAAGTTAA
TAAAACAGTAATGATTTATCAAC


BQ
10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 35 65 65 65 65 65 
65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 35 35 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 45 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 

AF RR1B249JQ C 53
AF RR1F660JQ C 36
AF RR1F660TF U 36
AF RR1DT74JQ C 1
AF RR1DT74TF U 1
AF RR1CE17TF U 1
AF RR1AA02JQ C 4
AF RR1AA02TF U 4
AF RR1A323JQ C 35
AF RR1A323TF U 35
AF RR1B249TF U 53
BS 1 219 RR1CE17TF
BS 220 221 RR1F660TF
BS 222 422 RR1CE17TF
BS 423 423 RR1F660TF
BS 424 488 RR1CE17TF
BS 489 489 RR1F660TF
BS 490 604 RR1CE17TF
BS 605 605 RR1AA02TF
BS 606 617 RR1CE17TF
BS 618 623 RR1AA02TF

RD RR1B249JQ 164 0 0
G
ATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTCTTCACAACTTTTTTCT
CCAAAGATAACTTTTCTTCTACCTCCTCAGATCATCACAAACACTAAATGTTCAAGACTT
TCATCTGTTGGACCAAATGCATCATTTCCTACAACCTCTGATC

QA 2 164 2 164
DS 

RD RR1F660JQ 504 0 0
GG
AAAACAACAATAAAAAACGCAGGGAGTTTTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTC
TTCACAACTTTTTTCTCCAAAGATAACTCTTCTTCTACCTCCTCAGATCATCACAAACAC
TAAATGTTCAAGACTCTCATCTGTTGGACCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCC
TCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGAT
CAGCGGATATGCATGCTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCAT
CTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCC
TAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCGTGCGATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGG
CTATCAAAAAGATGTCTATTAGAAGAAGCAAAGATTTGATGTGATGTTGATATGTGTTTG
TATGTATCTCTATGCTAATATA

QA 3 504 3 504
DS 

RD RR1F660TF 504 0 0
GG
AAAACAACAATAAAAAACGCAGGGAGTTTTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTC
TTCACAACTTTTTTCTCCAAAGATAACTCTTCTTCTACCTCCTCAGATCATCACAAACAC
TAAATGTTCAAGACTCTCATCTGTTGGACCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCC
TCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGAT
CAGCGGATATGCATGCTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCAT
CTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCC
TAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCGTGCGATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGG
CTATCAAAAAGATGTCTATTAGAAGAAGCAAAGATTTGATGTGATGTTGATATGTGTTTG
TATGTATCTCTATGCTAATATA

QA 3 504 3 504
DS 

RD RR1DT74JQ 578 0 0
GGAAC
AATAAATATCCAAAACAATAAACTAATCTCCTAAAACAACAATAAAAAATGCAGGGAGCT
TTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTCTTCACAACTTTTTTCTCCAAAGATAACT
CTTCTTCTACCTCCTCAGATCATCACAAACACTAAATGTTCAAGACTCTCATCTGTTGGA
CCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTT
TCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGCTCAGCTGACATC
TACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAGAGAAC
GTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCCTAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCGTGC
GATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAAAGATGTCTATTAGAAGAAG
CAAAGATTTGATGTGATGTTGATGTGTGTTTGTATGTATCTCTATGCTAATATAAAGCTA
GCTTCACTTAATCAAGACTGAAATTGTGAATC
T

QA 6 577 6 577
DS 

RD RR1DT74TF 578 0 0
GGAAC
AATAAATATCCAAAACAATAAACTAATCTCCTAAAACAACAATAAAAAATGCAGGGAGCT
TTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTCTTCACAACTTTTTTCTCCAAAGATAACT
CTTCTTCTACCTCCTCAGATCATCACAAACACTAAATGTTCAAGACTCTCATCTGTTGGA
CCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTT
TCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGCTCAGCTGACATC
TACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAGAGAAC
GTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCCTAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCGTGC
GATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAAAGATGTCTATTAGAAGAAG
CAAAGATTTGATGTGATGTTGATGTGTGTTTGTATGTATCTCTATGCTAATATAAAGCTA
GCTTCACTTAATCAAGACTGAAATTGTGAATC
T

QA 6 577 6 577
DS 

RD RR1CE17TF 617 0 0
GGAACAATAAATATCCAAAACAATAAACTAATCTCCTAAAACAACAATAAAAAATGCAGG
GAGCTTTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTCTTCACAACTTTTTTCTCCAAAGA
TAACTCTTCTTCTACCTCCTCAGATCATCACAAACACTAAATGTTCAAGACTCTCATCTG
TTGGACCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCCTC**ACCGTTGACTATGACTCCC
TCCTTTCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGCTCAGCTG
ACATCTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAG
AGAACGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCCTAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGG
CGCGCGATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAAAGATGTCTATTAGA
AGAAGCAAGGATTTGATGTGATGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTATGCTAATATAA
AGCTAGCTTCACTTAATCAAGACTGAAATTGTGAATCAAACCCCAAGTTTCCAAAGTTAA
TAAA*CAGTAATGATTT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1AA02JQ 620 0 0
GG
AATAAATATCCAAAACAATAAACTAATCTCCTAAAACAACAATAAAAAATGCAGGGAGCT
TTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTCTTCACAACTTTTTTCTCCAAAGATAACC
CTTCTTCTACCTC*TCAGATCATCACAAACACTAAATGTTCAAGACTCTCATCTGTTGGA
CCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTT
TCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGCTCAGCTGACATC
TACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAGAGAAC
GTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCCTAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCGTGC
GATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAAAGATGTCTATTAGAAGAAG
CAAAGATTTTATGTGATGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTATGCTAATATAAAGCTA
GCTTCACTTAATCAAGACTGAAATTGTGAATCAAACCCCAAGTTTCCAAAGTTAATAAAA
CAGTAATGATTTATCAAC

QA 3 620 3 620
DS 

RD RR1AA02TF 620 0 0
GG
AATAAATATCCAAAACAATAAACTAATCTCCTAAAACAACAATAAAAAATGCAGGGAGCT
TTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTCTTCACAACTTTTTTCTCCAAAGATAACC
CTTCTTCTACCTC*TCAGATCATCACAAACACTAAATGTTCAAGACTCTCATCTGTTGGA
CCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTT
TCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGCTCAGCTGACATC
TACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAGAGAAC
GTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCCTAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCGTGC
GATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAAAGATGTCTATTAGAAGAAG
CAAAGATTTTATGTGATGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTATGCTAATATAAAGCTA
GCTTCACTTAATCAAGACTGAAATTGTGAATCAAACCCCAAGTTTCCAAAGTTAATAAAA
CAGTAATGATTTATCAAC

QA 3 620 3 620
DS 

RD RR1A323JQ 589 0 0
GGA
AAAACAACAATAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTC
TTCACAACTTTTTTCTCCAAAGATAACTCTTTTTCTACCTCCTCAGATCATCACAAACAC
TAAATGTCCAAGACTCTCATCTGTTGGACCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCC
TCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGAT
CAGCGGATATGCATGCTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCAT
CTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCC
TAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCGT*CGATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGG
CTATCAAAAAGATGTCTATTAGAAGAAGCAAAGATTTGATGTGATGTTGATATGTGTTTG
TATGTATCTCTATGCTAATATAAAGCTAGCTTCACTTAATCAAGACTGAAATTGTGAATC
AAACCCCAAGTTTCCAAAGTTAATAAAACAGTAATGATTTATCAAC

QA 4 589 4 589
DS 

RD RR1A323TF 589 0 0
GGA
AAAACAACAATAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTC
TTCACAACTTTTTTCTCCAAAGATAACTCTTCTTCTACCTCCTCAGATCATCACAAACAC
TAAATGTCCAAGACTCTCATCTGTTGGACCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCC
TCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGAT
CAGCGGATATGCATGCTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCAT
CTCCCCTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCC
TAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCGT*CGATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGG
CTATCAAAAAGATGTCTATTAGAAGAAGCAAAGATTTGATGTGATGTTGATATGTGTTTG
TATGTATCTCTATGCTAATATAAAGCTAGCTTCACTTAATCAAGACTGAAATTGTGAATC
AAACCCCAAGTTTCCAAAGTTAATAAAACAGTAATGATTTATCAAC

QA 4 589 4 589
DS 

RD RR1B249TF 568 0 0
G
ATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAAACCAACCATTCCTCCTCTTTCTTCACAACTTTTTTCT
CCAAAGATAACTTTTCTTCTACCTCCTCAGATCATCACAAACACTAAATGTTCAAGACTC
TCATCTGTTGGACCAAATGCATCATCTCCTACAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTAT
GACTCCCTCCCTTCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGC
TCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCATCTCCCCTCCCGTGACT
TCTTCAGAGAACGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACACCCCTAAAACTGTTTTCGTC
GCGGAGGCGTGCGATGATCTCGGAGGAGAGTTCTGTGAACCTGGCTATCAAAAAGATGTC
TATTAGAAGAAGCAAAGATTTGATGTGATGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTATGCT
AATATAAAGCTAGCTTCACTTAATCAAGACTGAAATTGTGAATCAAACCCCAAGTTTCCA
AAGTTAATAAAACAGTAATGATTTA
CC

QA 2 566 2 566
DS 



AS 1 12

CO CL143Contig1 794 12 11 U
GGATACAACAGAAATATTCCATAAGAAAAAAAAGAAAATATAACAAATAAGAAGAAAAAT
AAACATGGCGAAACATGGAAATGTCGTTGATTTCACCTATCTTTTGTT*GATTTTCTTGT
TGGTTTTGACAGGAGAAGCTCAAGCTCAAAGTAAGTATACTAAAGCCAAAAGTGCGCCGG
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TTTTTTAAAAAAGTTATAAATGCCAGTTTTAAAAGTTTTCGTCAAATAATAAGATAAAGA
CAAAAATAATATTTTCTTGGGTTTCACCAAAAAATGCTTGTTTTTTCTCAGACGAGATTT
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AAAGAAATGTATTTTTTTTTAACAAGATGTAATTTTCCTTCAGACTCAAATTATAAAGTT
TATAGTTAGAAACT


BQ
35 45 50 50 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 40 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1B223TF U 1
AF RR1DV47JQ C 3
AF RR1DV47TF U 3
AF RR1F391TF U 1
AF RR1BA41TF U 1
AF RR1GQ04TF U 2
AF RR1H516TF U 2
AF RR1FE69TF U 1
AF RR1CC03TF U 6
AF RR1AO26JQ C 1
AF RR1DW82JQ C 131
AF RR1AO26TF U 1
BS 1 2 RR1AO26TF
BS 3 226 RR1B223TF
BS 227 227 RR1DV47TF
BS 228 246 RR1B223TF
BS 247 247 RR1DV47TF
BS 248 463 RR1B223TF
BS 464 464 RR1DV47TF
BS 465 481 RR1B223TF
BS 482 505 RR1DV47TF
BS 506 789 RR1AO26TF
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RD RR1B223TF 481 0 0
GA
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DS 

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DS 

RD RR1DV47TF 503 0 0
GG
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ATGGCGAAACATGGAAATGTCGTTGATTTCACCTATCTTTTGTT*GATTTTCTTGTTGGT
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AGTCTGTCTGGATCGTAATTCTGGTGATGCTGTATGCACTCAGCATTGCGTTGCAGAAAA
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TTAAAAAAGTTATAAATGCCAGTTTTAAAAGTTTTCGTCAAATAATAAGATAAAGACAAA
AATAATATTTTCTTGGGTTTC

QA 3 503 3 503
DS 

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GAT

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DS 

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TTTTTTAAAAAAGTTATAAATGCCAGTTTTAAAAGTTTTCGTCAAATAATAAGATAAAGA
CAAAAATAATATTTTCTTGGGTTTCACCAAAAAATGCTTGTTTTTTCTCAGACGAGATTT
TTAGTATATTTTATAATTATTTAGAAGTTCAAACATATTCTAAAAACTGCAAACAATCAA
AGCCAATTTGCATAAAAATACCACAAAGTGTAATAAGATAAGATCATAATGAAAATAAGA
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TGT

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DS 

RD RR1GQ04TF 670 0 0
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AAAAAATCCTAAAAGATGTTCTGGAAAATGTTTCCCATATAAAATGTCAGGAAGGAAGGA
ATGCTACTGTCATCCATGCTAATAAATGACAACAGCTGGTTTTGATTGTTTGTGGGTTGT
TTAAATTTTTCTTTTCATGAAAAAAATATACTTTTAACCGGCTAATATTTTGAAGTAGCT
TTTTTAAAAAAGTTATAAATGCCAGTTTTAAAAGTTTTCGTCAAATAATAAGATAAAGAC
AAAAATAATATTTTCTTGGGTTTCACCAAAAAATGCTTGTTTTTTCTCAGACGAGATTTT
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GCCAATTTGCATAAAAATACCACAAAGTGTAATAAGATAAGATCATAATGAAAATAAGAT
TGTCTTTAAT

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DS 

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TTTTTAAAAAAGTTATAAATGCCAGTTTTAAAAGTTTTCGTCAAATAATAAGATAAAGAC
AAAAATAATATTTTCTTGGGTTTCACCAAAAAATGCTTGTTTTTTCTCAGACGAGATTTT
TAGTATATTTTATAATTATTTAGAAGTTCAAACATATTCTAAAAACTGCAAACAATCAAA
GCCAATTTGCATAAAAATACCACAAAGTGTAATAAGATAAGATCATAATGAAAATAAGAT
TG

QA 1 662 1 662
DS 

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TTAGTATATTTTATAATTATTTAGAAGTTCAAACATATTCTAAAAACTGCAAACAATCAA
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QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1CC03TF 730 0 0
GG
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TCCTAAAAGATGTTCTGGAAAATGTTTCCCATATAAAATGTCAGGAAGGAAGGAATGCTA
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TTTTCTTTTCATGAAAAAAATATACTTTTAACCGGCTAATATTTTGAAGTAGCTTTTTTA
AAAAAGTTATAAATGCCAGTTTTAAAAGTTTTCGTCAAATAATAAGATAAAGACAAAAAT
AATATTTTCTTGGGTTTCACCAAAAAATGCTTGTTTTTTCTCAGACGAGATTTTTAGTAT
ATTTTATAATTATTTAGAAGTTCAAACATATTCTAAAAACTGCAAACAATCAAAGCCAAT
TTGCATAAAAATACCACAAAGTGTAATAAGATAAGATCATAATGAAAATAAGATTGTCTT
TAATTAAGTTATGCATTTTTATAATTCTCTAATTTCTCTGAATGTTTAT*AATAAAGAAA
TGTATTTT

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR1AO26JQ 794 0 0
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AAACATGGCGAAACATGGAAATGTCGTTGATTTCACCTATCTTTTGTT*GATTTTCTTGT
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AACGCTACAGTCATCCATGCTAATAAATGACAACAGCTGGTTTTGATTGTTTGTGGGTTG
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TTTTTTAAAAAAGTTATAAATGCCAGTTTTAAAAGTTTTCGTCAAATAATAAGATAAAGA
CAAAAATAATATTTTCTTGGGTTTCACCAAAAAATGCTTGTTTTTTTTCAGACGAGATTT
TTAGTATATTTTATAATTATTTAGAAGTTCAAACATATTCTAAAAACTGCAAACAATCAA
AGCCAATTTGCATAAAAATACCACAAAGTGTAATAAGATAAGATCATAATGAAAATAAGA
TTGTCTTTAATTAAGTTATGCATTTTTATAATTCTCTAATTTCTCTGAATGTTTATTAAT
AAAGAAATGTATTTTTTTTTAACAAGATGTAATTTTCCTTCAGACTCAAATTATAAAGTT
TATAGTTAGAAACT

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DS 

RD RR1DW82JQ 659 0 0
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TAAAAGATGTTCTGGAAAATGTTTCCCATATAAAATGTCAGGAAGGAAGGAATGCTACTG
TCATCCATGCTAATAAATGACAACAGCTGGTTTTGATTGTTTGTGGGTTGTTTAAATTTT
TCTTTTCATGAAAAAAATATACTTTTAACCGGCTAATATTTTGAAGTAGCTTTTTTAAAA
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ATTTTCTTGGGTTTCACCAAAAAACGCTTGTTTTTTTTCAGACGAGATTTTTAGTATATT
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DS 

RD RR1AO26TF 792 0 0
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TTTTTTAAAAAAGTTATAAATGCCAGTTTTAAAAGTTTTCGTCAAATAATAAGATAAAGA
CAAAAATAATATTTTCTTGGGTTTCACCAAAAAATGCTTGTTTTTTCTCAGACGAGATTT
TTAGTATATTTTATAATTATTTAGAAGTTCAAACATATTCTAAAAACTGCAAACAATCAA
AGCCAATTTGCATAAAAATACCACAAAGTGTAATAAGATAAGATCATAATGAAAATAAGA
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AAAGAAATGTATTTTTTTTTAACAAGATGTAATTTTCCTTCAGACTCAAATTATAAAGTT
TATAGTTAG
AAA

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 14

CO CL144Contig1 950 14 7 U
AAGTTGCTCTCAAATGTAGATGGTTAATTTAAAATGAGAACAAGATTCTTCGGTAATAAT
AATCTGGAAATATTCAGCAATATGATTACAAGGAAAAATACAATAATAGGTGCACACAGA
AGCGACAAACTACCGAGTTTTATCGCTTCATTATTCAGAGTCCAGGTATTACTCTCCATA
CACATACACACATCTTGAATTCTTGATGATCCATCCAAGTTAAATATCTTCAGACACACG
CATACATACGAACAACAGCACACACTTTTCATCTCAAACATGAAGAACTTGATGCTTTAA
CTAGTCATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCAGTTGGCGTGATGAGCACAG
TAGTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCCAAGTCCACGACTGCCCACA
ACGAGAAGATCAACGTGCATTTGCTCCACCGCCTGGCAAATCATTTCCTTTGCCTCGCCT
TCAAACACCAGACTTTCAGAACGTATCTGTTTGGCTCGGCACATTTGGAGTGCACGCGAG
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TGCGTAGACTGCTGTTGCGCCACCGGGTCCAGCCGGAAAAGGAGCAAAGTGATGGAAAGG
AGACTGCACATGAACCACCGTGAGCAAACCACCTTCTGCACCATCCCCCTCAGTGGTCAT
CAATAGGGTAGAGAAATGGTCAATGACCCACTGAAGAGCGTAGAAGCTGGAATCGCTCTC
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CTCAGGCTGCTTCTCCACCTTCGATGTTTCCAACGCTGCCGTTGCTTGATCCTCCGCCAT
TGATTTAATATTTTATTTTATTTTATTTTTTAAATCAAGTTATTGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 50 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 
45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 75 60 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
60 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 

AF RR1G629JQ U 1
AF RR1BB32JQ U 6
AF RR1G721JQ U 1
AF RR1EJ21TF C 53
AF RR1G721TF C 3
AF RR1G629TF C 107
AF RR1EJ21JQ U 51
AF RR1BS58JQ U 51
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AF RR1AI33JQ U 51
AF RR1AI33TF C 152
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AF RR1BS58TF C 243
BS 1 80 RR1G629JQ
BS 81 81 RR1BB32JQ
BS 82 426 RR1G629JQ
BS 427 722 RR1G721JQ
BS 723 845 RR1AI33JQ
BS 846 846 RR1AI33TF
BS 847 950 RR1AI33JQ

RD RR1G629JQ 426 0 0
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AGCGACAAACTACCGAGTTTTATCGCTTCATTATTCAGAGTCCAGGTATTACTCTCCATA
CACATACACACATCTTGAATTCTTGATGATCCATCCAAGTTAAATATCTTCAGACACACG
CATACATACGAACAACAGCACACACTTTTCATCTCAAACATGAAGAACTTGATGCTTTAA
CTAGTCATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCAGTTGGCGTGATGAGCACAG
TAGTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCCAAGTCCACGACTGCCCACA
ACGAGA

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DS 

RD RR1BB32JQ 492 0 0
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ACACACATCTTGAATTCTTGATGATCCATCCAAGTTAAATATCTTCAGACACACGCATAC
ATACGAACAACAGCACACACTTTTCATCTCAAACATGAAAAACTTGATGCTTTAAATAGT
CATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCAGTTGGCGTGATGAGCACAGTAGTC
GCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCCAAGTCCACGACTGCCCACAACGAG
AAAATCAACGTGCATTTGCTCCACCGCCTGGCAAATCATTTCCTTTGCCTCGCCTTCAAA
CACCAGACTTTC

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DS 

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ACACACATCTTGAATTCTTGATGATCCATCCAAGTTAAATATCTTCAGACACACGCATAC
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CATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCAGTTGGCGTGATGAGCACAGTAGTC
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C

QA 6 722 6 722
DS 

RD RR1EJ21TF 670 0 0
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TCTCCATACACATACACACATCTTGAATTCTTGATGATCCATCCAAGTTAAATATCTTCA
GACACACGCATACATACGAACAACAGCACACACTTTTCATCTCAAACATGAAGAACTTGA
TGCTTTAACTAGTCATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCAGTTGGCGTGAT
GAGCACAGTAGTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCCAAGTCCACGAC
TGCCCACAACGAGAAGATCAACGTGCATTTGCTCCACCGCCTGGCAAATCATTTCCTTTG
CCTCGCCTTCAAACACCAGACTTTCAGAACGTATCTGTTTGGCTCGGCACATTTGGAGTG
CACGCGAGAGAAGCGCTGCAGATGCCTCTTGTTGTGTTTTTTT*CACCGACTCTATCATC
AACGAAGGTGCGTAGACTGCTGTTGCGCCACCGGGTCCAGCCGGAAAAGGAGCAAAGTGA
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GTGGTCATC
C

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DS 

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AGT
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CAAACTACCGAGTTTTATCGCTTCATTATTCAGAGTCCAGGTATTACTCTCCATACACAT
ACACACATCTTGAATTCTTGATGATCCATCCAAGTTAAATATCTTCAGACACACGCATAC
ATACGAACAACAGCACACACTTTTCATCTCAAACATGAAGAACTTGATGCTTTAACTAGT
CATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCAGTTGGCGTGATGAGCACAGTAGTC
GCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCCAAGTCCACGACTGCCCACAACGAG
AAGATCAACGTGCATTTGCTCCACCGCCTGGCAAATCATTTCCTTTGCCTCGCCTTCAAA
CACCAGACTTTCAGAACGTATCTGTTTGGCTCGGCACATTTGGAGTGCACGCGAGAGAAG
CGCTGCAGATGCCTCTTGTTGTGTTTTTTT*CACCGACTCTATCATCAACGAAGGTGCGT
AGACTGCTGTTGCGCCACCGGGTCCAGCCGGAAAAGGAGCAAAGTGATGGAAAGGAGACT
GCACATGAACCACCGTGAGCAAACCACCTTCTGCACCATCCCCCTCAGTGGTCATCA
C

QA 4 720 4 720
DS 

RD RR1G629TF 617 0 0
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TCTTCAGACACACGCATACATACGAACAACAGCACACACTTTTCATCTCAAACATGAAGA
ACTTGATGCTTTAACTAGTCATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCAGTTGG
CGTGATGAGCACAGTAGTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCCAAGTC
CACGACTGCCCACAACGAGAAGATCAACGTGCATTTGCTCCACCGCCTGGCAAATCATTT
CCTTTGCCTCGCCTTCAAACACCAGACTTTCAGAACGTATCTGTTTGGCTCGGCACATTT
GGAGTGCACGCGAGAGAAGCGCTGCAGATGCCTCTTGTTGTGTTTTTTT*CACCGACTCT
ATCATCAACGAAGGTGCGTAGACTGCTGTTGCGCCACCGGGTCCAGCCGGAAAAGGAGCA
AAGTGATGGAAAGGAGACTGCACATGAACCACCGTGAGCAAACCACCTTCTGCACCATCC
CCCTCAGTGGTCATCA
C

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1EJ21JQ 672 0 0
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GATGCTTTAACTAGTCATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCAGTTGGCGTG
ATGAGCACAGTAGTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCCAAGTCCACG
ACTGCCCACAACGAGAAGATCAACGTGCATTTGCTCCACCGCCTGGCAAATCATTTCCTT
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TGCACGCGAGAGAAGCGCTGCAAATGCCTCTTGTTGTGTTTTTTT*CACCGACTCTATCA
TCAACGAAGGTGCGTAGACTGCTGTTGCGCCACCGGGTCCAGCCGGAAAAGGAGCAAAGT
GATGGAAAGGAGACTGCACATGAACCACCGTGAGCAAACCACCTTCTGCACTATCCCCCT
CAGTGGTCATC
C

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DS 

RD RR1BS58JQ 836 0 0
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ACTCTCCATACACATACACACATCTTGAATTCTTGATGATCCATCCAAGTTAAATATCTT
CAGACACACGCATACATACGAACAACAGCACACACTTTTCATCTCAAACATGAAGAACTT
GATACTTTAACTAGTCATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCAGTTGGCGTG
ATGAGCACAGTAGTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCCAAGTCCACG
ACTGCCCACAACGAGAAGATCAACGTGCATTTGCTCCACCGCCTGGCAAATCATTTCCTT
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GATGGAAAGGAGACTGCACATGAACCACCGTGAGCAAACCACCTTCTGCACCATCCCCCT
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ACTCTGTTGTCTCAG*CTGCTTCTCCACCTTCGATGTTTC*AACGCTGCCGTTGCT

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1GL69JQ 790 0 0
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CTCTCCATACACATACACACATCTTGAATTCTTGATGATCCATCCAAGTTAAATATCTTC
AGACACACGCATACATACGAACAACAGCACACACTTTTCATCTCAAACATGAAGAACTTG
ATGCTTTAACTAGTCATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCAGTTGGCGTGA
TGAGCACAGTAGTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCCTGCCAAGTCCACGA
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GCACGCGAGAGAAGCGCTGCAGATGCCTCTTGTTGTGTTTTTTTTCACCGACTCTATCAT
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ATGGAAAGGAGACTGCACATGAACCACCGTGAGCAAACCACCTTCTGCACCATCCCCCTC
AGTGGTCATCAATAGGGTAGAGAAATGGTCAATGACCCACTGAAGAGCGTAGAAGCTGGA
ATCGCTCTCGTCGATCGCAACCATAATCCTTTTTGTCGTCGTCACTCCCGATGCTTCAGA
CTCTGTTGTC

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1AI33JQ 900 0 0
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ACTCTCCATACACATACACACATCTTGAATTCTTGATGATCCATCCAAGTTAAATATCTT
CAGACACACGCATACATACGAACAACAGCACACACTTTTCATCTCAAACATGAAGAACTT
GATGCTTTAACTAGTCATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGGTGGGGCAGTTGGCGTG
ATGAGCACAGTAGTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCCAAGTCCACG
ACTGCCCACAACGAGAAGATCAACGTGCATTTGCTCCACCGCCTGGCAAATCATTTCCTT
TGCCTCGCCTTCAAACACCAGACTTTCAAAACGTATCTGTTTGACTCGGCACATTTGGAG
TGCACGCGAGAGAAGCGCTGCAAATGCCTCTTGTTGTGTTTTTTT*CACCGACTCTATCA
TCAACGAAGGTGCGTAAACTGCTGTTGCGCCACCGGGTCCAGCCGGAAAAGGAGCAAAGT
GATGGAAAGGAGACTGCACATGAACCACCGTGAGCAAACCACCTTCTGCACCATCCCCCT
CAGTGGTCATCAATAGGGTAGAGAAATGGTCAATGACCCACTGAAGAGCGTAGAAGCTGG
AATCGCTCTCGTCGATCGCAACCATAATCCTTTTTGTCGTCGTCACTCCCGATGCTTCAG
ACTCTGTTGTCTCAG*CTGCTTCTCCACCTTCGATGTTTCCAACGCTGCCGTTGCTTGAT
CCTCCGCCATTGATTTAATATTTTATTTTATTTTATTTTTTAAATCAAGTTATTGTGTCC

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DS 

RD RR1AI33TF 799 0 0
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TCTCAAACATGAAGAACTTGATGCTTTAACTAGTCATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAA
GGGTGGGGCAGTTGGCGTGATGAGCACAGTAGTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTC
TGATCTTGCCAAGTCCACGACTGCCCACAACGAGAAGATCAACGTGCATTTGCTCCACCG
CCTGGCAAATCATTTCCTTTGCCTCGCCTTCAAACACCAGACTTTCAGAACGTATCTGTT
TGACTCGGCACATTTGGAGTGCACGCGAGAGAAGCGCTGCAGATGCCTCTTGTTGTGTTT
TTTT*CACCGACTCTATCATCAACGAAGGTGCGTAGACTGCTGTTGCGCCACCGGGTCCA
GCCGGAAAAGGAGCAAAGTGATGGAAAGGAGACTGCACATGAACCACCGTGAGCAAACCA
CCTTCTGCACCATCCCCCTCAGTGGTCATCAATAGGGTAGAGAAATGGTCAATGACCCAC
TGAAGAGCGTAGAAGCTGGAATCGCTCTCGTCGATCGCAACCATAATCCTTTTTGTCGTC
GTCACTCCCGATGCTTCAGACTCTGTTGTCTCAGGCTGCTTCTCCACCTTCGATGTTTCC
AACGCTGCCGTTGCTTGATCCTCCGCCATTGATTTAATATTTTATTTTATTTTATTTTTT
AAATCAAGTTATTGTGTCC

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DS 

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AAATATCTTCAGACACACGCATACATACGAACAACAGCACACACTTTTCATCTCAAACAT
GAAGAACTTGATGCTTTAAATAGTCATCTCCTTTGGTGGCTTCACAATAAGGATGGGGCA
GTTGGCGTGATGAGCACAGTAGTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCC
AAGTCCACGACTGCCCACAACGAGAAGATCAACGTGCATTTGCTCCACCGCCTGGCAAAT
CATTTCCTTTGCCTCGCCTTCAAACACCAGACTTTCAGAACGTATCTGTTTGGCTCGGCA
CATTTGGAGTGCACGCGAGAGAAGCGCTGCAGATGCCTCTTGTTGTGTTTTTTT*CACCG
ACTCTATCATCAACGAAGGTGCGTAGACTGCTGTTGCGCCACCGGGTCCAGCCGGAAAAG
GAGCAAAGTGATGGAAAGGAGACTGCACATGAACCACCGTGAGCAAACCACCTTCTGCAC
CATCCCCCTCAGTGGTCATCAATAGGGTAGAGAAATGGTCAATGACCCACTGAAGAGCGT
AGAAGCTGGAATCGCTCTCGTCGATCGCAACCATAATCCTTTTTGTCGTCGTCACTCCCG
ATGCTTCAGACTCTGTTGTCTCAGGCTGCTTCTCCACCTTCGATGTTTCCAACGCTGCCG
TTGCTTGATCCTCCGCCATTGATTTAATATTTTATTTTATTTTATTTTTTAAATCAAGTT
ATTGTGTCC

QA 1 849 1 849
DS 

RD RR1GL69TF 569 0 0
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TTTGCTCCACCGCCTGGCAAATCATTTCCTTTGCCTCGCCTTCAAACACCAGACTTTCAG
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CTTGTTGTGTTTTTTTTCACCGACTCTATCATCAACGAAGGTGCGTAGACTGCTGTTGCG
CCACCGGGTCCAGCCGGAAAAGGAGCAAAGTGATGGAAAGGAGACTGCACATGAACCACC
GTGAGCAAACCACCTTCTGCACCATCCCCCTCAGTGGTCATCAATAGGGTAGAGAAATGG
TCAATGACCCACTGAAGAGCGTAGAAGCTGGAATCGCTCTCGTCGATCGCAACCATAATC
CTTTTTGTCGTCGTCACTCCCGATGCTTCAGACTCTGTTGTCTCAGGCTGCTTCTCCACC
TTCGATGTTTCCAACGCTGCCGTTGCTTGATCCTCCGCCATTGATTTAATATTTTATTTT
ATTTTATTTTTTAAATCAAGTTATTGT
CC

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1BS58TF 708 0 0
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GTCGCTAACACTCCCAATAAACGCTCTTCTGATCTTGCCAAGTCCACGACTGCCCACAAC
GAGAAGATCAACGTGCATTTGCTCCACCGCCTGGCAAATCATTTCCTTTGCCTCGCCTTC
AAACACCAGACTTTCAGAACGTATCTGTTTGGCTCGGCACATTTGGAGTGCACGCGAGAG
AAGCGCTGCAGATGCCTCTTGTTGTGTTTTTTT*CACCGACTCTATCATCAACGAAGGTG
CGTAGACTGCTGTTGCGCCACCGGGTCCAGCCGGAAAAGGAGCAAAGTGATGGAAAGGAG
ACTGCACATGAACCACCGTGAGCAAACCACCTTCTGCACCATCCCCCTCAGTGGTCATCA
ATAGGGTAGAGAAATGGTCAATGACCCACTGAAGAGCGTAGAAGCTGGAATCGCTCTCGT
CGATCGCAACCATAATCCTTTTTGTCGTCGTCACTCCCGATGCTTCAGACTCTGTTGTCT
CAGGCTGCTTCTCCACCTTCGATGTTTCCAACGCTGCCGTTGCTTGATCCTCCGCCATTG
ATTTAATATTTTATTTTATTTTATTTTTTAAATCAAGTTATTGTGTCC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 14

CO CL145Contig1 1439 14 13 U
CGATCACTACTAAAAGAACTTTTTTTAATTTTTAAAATAAAAAATATGATTCTATTTTCG
AGACGAATAAACTCCCTTTCTTTTCTATCAAATATATAAAAAAAACGAGCATAAAAGAAT
AGATGAATGTTCAATTGAAAAAAAAAGAAAGCAATTCTTTCGTTTTTTCTTCCTACTGCC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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C

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ATCTTTCATAAGGAATCGTAAAAAGATGCGACGGCTTTTTCCAGGAAATCCCCAACGAAA
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C

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TTGTTTTCAAAGTAACTCTCATCAACTATAACTATTTTATTGTGAACCTTTACTTTAGGA
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C

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QA 1 594 1 594
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TTC

QA 6 600 6 600
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TATC

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*GTTATAAATATTCTACCAAATGGGTCTTATCAAATCGAAGTTTTTAAAATAAAAAAGGG
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DS 



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CTTTGGTGCCTTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCCCTCTGCCATTGATGATGC
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TATCTTTTGTTGCTACTTGGTGCTATCAACAGATCATATTCTTATTTGATGTATTTGTAG
TGAAAAACACTTTGTGTTTGTGGTTTCGCTGATTATGAGTTTGCTACTTCTGGTGTGTAA
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TAACAGAGTGGTAGTTATGTGTTAAGTCTCTTTGTAGCAACTTGTAACATGTTGTAATGT
GTCATTATGATAGTGAGATAACGGTATTACAATGTCAAAGCACTTTTAGAAGAAATAAAA
ACATGTTATCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 30 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 40 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 50 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 45 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AV59TF U 6
AF RR1F373TF U 1
AF RR1A648TF U 10
AF RR1AV72TF U 6
AF RR1C475TF U 26
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AF RR1GO66TF U 26
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AF RR1C475JQ C 99
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RD RR1AV59TF 604 0 0
GGAC
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QA 5 604 5 604
DS 

RD RR1F373TF 681 0 0
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AACCTGCATCCTGTTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGCAATTATA
AGTTACAAATCGCTCCCGTTGGAGAAACCAGTGAAGAAGCTGATCCACCTTATTCTCCAT
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AGTGGCATCCCTAACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCATTTCTCTT
TATGCCTTCCAGTGGGTGTACAGCTTCGCAGTGTTCTTCTTCCCAGGAGGCTCACCAAAC
CTTAGAAGCGGTTTGCTTCCGTGGCACGCAATTCTAGGCCTATTTGTTTATATTCTTGCG
GTTGGGAACGCAGCTTTAGGG*TTTCTGGAGAAGCTGACTTTCCTGGAGAGTGGTGCTAA
GCTTGACAAGTACGGTCCAGA

QA 1 681 1 681
DS 

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CCTGTTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACAAA
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CTTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1AV72TF 803 0 0
GGAC
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AAAAAAAAA*GGAAACAAAAGAGTTCAGTTATGGCTGTCGGGATAAACGCGATGCCGGTG
ACGTTTGCGGCCCACGCGCTGGCTGTAATAGCGGCGATTATGGTGCTGGTTTGGAATATC
AGCTACAGAGGTGGTCTGGCTTGGGAAGCTGAAAACAAGAATCTCATCTTTAACCTGCAT
CCTGTTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACAAA
TCGCTCCCGTTGGAGAAACCAGTGAAGAAGCTGATCCACCTTATTCTCCATGCCATTGCT
CTGGCTCTTGGGATCTGGGGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCATC
CCTAACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCTTC
CAGTGGGTGTACAGCTTCGCAGTGTTCTTCTTCCCAGGAGGCTCACCAAACCTTAGAAGC
GGTTTGCTTCCGTGGCGCGCAATTCTAGGCCTATTTGTTTATATTCTTGCGGTTGGGAAC
GCAGCTTTAGGG*TTTCTGGAGAAGCTGACTTTCCTGGAGAGTGGTGCGAAGCTTGACAA
GTACGGTCCAGAAGCGTTTCTTGTGAACTTCACAGCCATTGTCACCATTCTCTTTGGTGC
CTTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCCCTCTGCCATTGATGATGCTGACAACTA
CAGCTACTCTGCTATATGA

QA 5 803 5 803
DS 

RD RR1C475TF 817 0 0
GG
GACAACAGAAGTAGAAGAAGAGGAGAGAAAAAGACAAGAACAAAAAAAAAA*GGAAACAA
AAGAGTTCAGTTATGGCTGTCGGGATAAACGCGATGCCGGTGACGTTTGCGGCCCACGCG
CTGGCTGTAATAGCGGCGATTATGGTGCTGGTTTGGAATATCAGCTACAGAGGTGGTCTG
GCTTGGGAAGCTGAAAACAAGAATCTCATCTTTAACCTGCATCCTGTTCTGATGCTCATT
GGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACAAATCGCTCCCGTTGGAGAAC
CCAGTGAAGAAGCTGATCCACCTTATTCTCCATGCCATTGCTCTGGCTCTTGGGATCTGG
GGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCATCCCTAACCTCTACAGCCTC
CATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCTTCCAGTGGGTGTACAGCTTC
GCAGTGTTCTTCTTCCCAGGAGGCTCACCAAACCTTAGAAGCGGTTTGCTTCCGTGGCAC
GCAATTCTAGGCCTATTTGTTTATATTCTTGCGGTTGGGAACGCAGCTTTAGGG*TTTCT
GTAGAAGCTGACTTTCCTGGAGAGTGGTGCTAAGCTTGACAAGTACGGTCCAGAAGCGTT
TCTTGTGAACTTCACAGCCATTGTCACCATTCTCTTTGGTGCCTTAGTGGTGCTCACTGC
TTCTGCTAAGTCTCCCTCTGC*ATTGATGATGCTGACA*CTACAGCTACTCTGCTATATG
AAA*CGCTTTGTACATTTC
GCAGTCCTCGCATATC

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DS 

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GG
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AAAA**GGAAACAAAAGAGTTCAGTTATGGCTGTCGGGATAAACGCGATGCCGGTGACGT
TTGCGGCCCACGCGCTGGCTGTAATAGCGGCGATTATGGTGCTGGTTTGGAATATCAGCT
ACAGAGGTGGTCTGGCTTGGGAAGCTGAAAACAAGAATCTCATCTTTAACCTGCATCCTG
TTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACAAATCGC
TCCCGTTGGAGAAACCAGTGAAGAAGCTGATCCACCTTATTCTCCATGCCATTGCTCTGG
CTCTTGGGATCTGGGGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCATCCCTA
ACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCTTCCAGT
GAGTGTACAGCTTCGCAGTGTTCTTCTTCCTAGGAGGCTCACCAAACCTTAGAAGCGGTT
TGCTTCCGTGGCACGCAATTCTAGGCCTATTTGTTTATATTCTTGCGGTTGGGAACGCAG
CTTTAGGG*TTTCTGGAGAAGCTGACTTTCCTGGAGAGTGGTGCTAAGCTTGACAAGTAC
GGTCCGGAAGCGTTTCTTGTGA*CTTCACAGCCATTGTCAC*ATTCTCTTTGGTGCCTTA
GTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCCCTCTGCCATTGATGATGCTGACA*CTACAGC
TACTCTGCTATATGAAA*CGCTTTGTACATTTCCGCAGT*CCTCGCATATCTTTTTT*GC
TACTTGGTG

QA 3 851 3 851
DS 

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GG
GACAACAGAAGTAGAAGAAGAGGAGAGAAAAAGACAAGAACAAAAAAAAAAAGGAAACAA
AAGAGTTCAGTTATGGCTGTCGGGATAAACGCGATGCCGGTGACGTTTGCGGCCCACGCG
CTGGCTGTAATAGCGGCGATTATGGTGCTGGTTTGGAATATCAGCTACAGAGGTGGTCTG
GCTTGGGAAGCTGAAAACAAGAATCTCATCTTTAACCTGCATCCTGTTCTGATGCTCATT
GGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACAAATCGCTCCCGTTGGAGAAA
CCAGTGAAGAAGCTGATCCACCTTATTCTCCATGCCATTGCTCTGGCTCTTGGGATCTGG
GGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCATCCCTAACCTCTACAGCCTC
CATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCTTCCAGTGGGTGTACAGCTTC
GCAGTGTTCTTCTTCCCAGGAGGCTCACCAAACCTTAGAAGCGGTTTGCTTCCGTGGCAC
GCAATTCTAGGCCTATTTGTTTATATTCTTGCGGTTGGGGACGCAGCTTTAGGG*TTTCT
GGAGAAGCTGACTTTCCTGGAGAGTGGTGCTAAGCTTGACAAGTACGGTCCAGAAGCGTT
TCTTGTGAACTTCACAGCCATTGTCAC*ATTCTCTTTGGTGCCTTAGTGGTGCTCACTGC
TTCTGCTAAGTCTCCCTCTGC*ATTGATGATGCTGACA*CTACAGCTACTCTGCTATATG
AAA*CGCTTTGTACATTTCTGCAGT*CCTCGCATATCTTTTGT
GCTACTGGTGCTA

QA 3 825 3 825
DS 

RD RR1AW89TF 877 0 0
GG
GAAAAAGACAAGAACAAAAAAAAAG*GGAAACAAAAGAGTTCAGTTATGGCTGTCGGGAT
AAACGCGATGCCGGTGACGTTTGCGGCCCACGCGCTGGCTGTAATAGCGGCGATTATGGC
GCTGGTTTGGAATATCAGCTACAGAGGTGGTCTGGCTTGGGAAGCTGAAAACAAGAATCT
CATCTTTAACCTGCATCCTGTTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGC
AATTATAAGTTACAAATCGCTCCCGTTGGAGAAACCAGTGAAGAAGCTGATCCACCTTAT
TCTCCATGCCATTGCTCTGGCTCTTGGGATCTGGGGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACCA
CAACGAAAGTGGCATCCCTAACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCAT
TTCTCTTTATGCCTTCCAGTGGGTGTACAGCTTCGCAGTGTTTTTCTTCCCAGGAGGTTC
ACCAACCCTTAGAAGCGGTTTGCTTCCGTGGCACGCAATTCTAGGCCTATTTGTTTATAT
TCTTGCGGTTGGGAACGCAGCTTTAGGG*TTTCTGGAGAAGCTGACTTTCCTGGAGAGTG
GTGCTAAGCTTGACAAGTACGGTCCAGAAGCGTTTCTTGTGAACTTCACAGCCATTGTCA
CCATTCTCTTTGGTGCCTTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCCCTCTGCCATTG
ATGATGCTGACAACTACAGCTACTCTGCTATATGAAAACGCTTTGTACATTTCCGCAGTT
CCTCGCATATCTTTTGTTGCTACTTGGTGCTATCAACAGATCATATTCTTATTTGATGTA
TTTGTAGTGAAAA*CACTTTGTGTTTGTGGTTTCG

QA 3 877 3 877
DS 

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TTAT
GCTGTCGGGATAAACGCGATGCCGGTGACGTT*GCGGCCCACGCGCTGGCTGTAATAGCG
GCGATTATGGTGCTGGTTTGGAATATCAGCTACAGAGGTGGTCTGGCTTGGGAAGCTGAA
AACAAGAATCTCATCTTTAACCTGCATCCTGTTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTTG
GGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACAAATCGCTCCCGTTGGAGAACCCAGTGAAGAAGCTG
ATCCACCTTATTCTCCATGCCATTGCTCTGGCTCTTGGGATCTGGGGAATCTGTGCAGCC
TTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCATCCCTAACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGGT
ATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCTTCCAGTGGGTGTACAGCTTCGCAGTGTTCTTCTTC
CCAGGAGGCTCACCAAACCTTAGAAGCGGTTTGCTTCCGTGGCACGCAATTCTAGGCCTA
TTTGTTTATATTCTTGCGGTTGGGAACGCAGCTTTAGGG*TTTCTGTAGAAGCTGACTTT
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AGCCATTGTCACCATTCTCTTTGGTGCCTTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCC
CTCTGCCATTGATGATGCTGACAACTACAGCTACTTTGCTATATGAAAACGCTTTGTACA
TTTCCGCAGTTCCTCGCATATCTTTTGTTGCTACTTGGTGCTATCAACAGATCATATTCT
TATTTGATGTATTTGTAGTGAAAAACACTTTGTGTTTGTGGTTTCGCTGATTATGAGTTT
GC
G

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DS 

RD RR1GO66JQ 769 0 0
AAACAAGAATCTCATCTTTAACCTGCATCCTGTTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTT
GGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACAAATCGCTCCCGTTGGAGAAACCAGTGAAGAAGCT
GATCCACCTTATTCTCCATGCCATTGCTCTGGCTCTTGGGATCTGGGGAATCTGTGCAGC
CTTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCATCCCTAACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGG
TATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCTTCCAGTGGGTGTACAGCTTCGCAGTGTTCTTCTT
CCCAGGAGGCTCACCAAACCTTAGAAGCGGTTTGCTTCCGTGGCACGCAATTCTAGGCCT
ATTTGTTTATATTCTTGCGGTTGGGGACGCAGCTTTAGGG*TTTCTGGAGAAGCTGACTT
TCCTGGAGAGTGGTGCTAAGCTTGACAAGTACGGTCCAGAAGCGTTTCTTGTGAACTTCA
CAGCCATTGTCACCATTCTCTTTGGTGCCTTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTC
CCTCTGCCATTGATGATGCTGACAACTACAGCTACTCTGCTATATGAAAACGCTTTGTAC
ATTTCTGCAGTTCCTCGCATATCTTTTGTTGCTACTTGGTGCTATCAACAGATCATATTC
TTATTTGATGTATTTGTAGTGAAAAACACTTTGTGTTTGTGGTTTCGCTGATTATGAGTT
TGCTACTTCTGGTGTGTAAAATCTTCAGTAATTATTGTTGAAAATTTGC

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DS 

RD RR1AW89JQ 745 0 0
TCCTGTTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACAA
ATCGCTCCCGTTGGAGAAACCAGTGAAGAAGCTGATCCACCTTATTCTCCATGCCATTGC
TCTGGCTCTTGGGATCTGGGGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCAT
CCCTAACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCTT
CCAGTGGGTGTACAGCTTCGCAGTGTTTTTCTTCCCAGGAGGTTCACCAACCCTTAGAAG
CGGTTTGCTTCCGTGGCACGCAATTCTAGGCCTATTTGTTTATATTCTTGCGGTTGGGAA
CGCAGCTTTAGGG*TTTCTGGAGAAGCTGACTTTCCTGGAGAGTGGTGCTAAGCTTGACA
AGTACGGTCCAGAAGCGTTTCTTGTGAACTTCACAGCCATTGTCACCATTCTCTTTGGTG
CCTTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCCCTCTGCCATTGATGATGCTGACAACT
ACAGCTACTCTGCTATATGAAAACGCTTTGTACATTTCCGCAGTTCCTCGCATATCTTTT
GTTGCTACTTGGTGCTATCAACAGATCATATTCTTATTTGATGTATTTGTAGTGAAAAAC
ACTTTGTGTTTGTGGTTTCGCTGATTATGAGTTTGCTACTTCTGGTGTGTAAAATCTTCA
GTAATTATTGTTGAAAATTTGCAAC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1AV72JQ 767 0 0
CTGTTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACAAAT
CGCTCCCGTTGGAGAAACCAGTGAAGAAGCTGATCCACCTTATTCTCCATGCCATTGCTC
TGGCTCTTGGGATCTGGGGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCATCC
CTAACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCTTCC
AGTGGGTGTACAGCTTCGCAGTGTTCTTCTTCCCAGGAGGCTCACCAAACCTTAGAAGCG
GTTTGCTTCCGTGGCGCGCAATTCTAGGCCTATTTGTTTATATTCTTGCGGTTGGGAACG
CAGCTTTAGGG*TTTCTGGAGAAGCTGACTTTCCTGGAGAGTGGTGCTAAGCTTGACAAG
TACGGTCCAGAAGCGTTTCTTGTGAACTTCACAGCCATTGTCACCATTCTCTTTGGTGCC
TTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCCCTCTGCCATTGATGATGCTGACAACTAC
AGCTACTCTGCTATATGAAAACGCTTTGTACATTTCCGCAGTTCCTCGCATATCTTTTGT
TGCTACTTGGTGCTATCAACAGATCATATTCTTATTTGATGTATTTGTAGTGAAAAACAC
TTTGTGTTTGTGGTTTCGCTGATTATGAGTTTGCTACTTCTGGTGTGTAAAATCTTCAGT
AATTATTGTTGAAAATTTACAACAGTTGGTAAAGTTTTCATATTGCC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1GD18JQ 777 0 0
TTCTCCATGCCATTGCTCTGGCTCTTGGGATCTGGGGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACC
ACAACGAAAGTGGCATCCCTAACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCA
TTTCTCTTTATGCCTTCCAGTGAGTGTACAGCTTCGCAGTGTTCTTCTTCCTAGGAGGCT
CACCAAACCTTAGAAGCGGTTTGCTTCCGTGGCACGCAATTCTAGGCCTATTTGTTTATA
TTCTTGCGGTTGGGAACGCAGCTTTAGGG*TTTCTGGAGAAGCTGACTTTCCTGGAGAGT
GGTGCTAAGCTTGACAAGTACGGTCCGGAAGCGTTTCTTGTGAACTTCACAGCCATTGTC
ACCATTCTCTTTGGTGCCTTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCCCTCTGCCATT
GATGATGCTGACAACTACAGCTACTTTGCTATATGAAAACGCTTTGTACATTTCCGCAGT
TCCTCGCATATCTTTTGTTGCTACTTGGTGCTATCAACAGATCATATTCTTATTTGATGT
ATTTGTAGTGAAAAACACTTTGTGTTTGTGGTTTCGCTGATTATGAGTTTGCTACTTCTG
GTGTGTAAAATCTTCAGTAATTATTGTTGAAAATTTGCAACAGTTGGTAAAGTTTTCATA
TTGCCATTTAACAGAGTGGTAGTTATGTGTTAAGTCTCTTTGTAGCAACTTGTAACATGT
TGTAATGTGTCATTATGATAGTGAGATAACGGTATTACAATGTCAAAGCACTTTTAG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1F373JQ 669 0 0
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GAAGCGGTTTGCTTCCGTGGCACGCAATTCTAGGCCTATTTGTTTATATTCTTGCGGTTG
GGAACGCAGCTTTAGGG*TTTCTGGAGAAGCTGACTTTCCTGGAGAGTGGTGCTAAGCTT
GACAAGTACGGTCCAGAAGCGTTTCTTGTGAACTTCACAGCCATTGTCACCATTCTCTTT
GGTGCCTTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCCCTCTGCCATTGATGATGCTGAC
AACTACAGCTACTTTGCTATATGAAAACGCTTTGTACATTTCCGCAGTTCCTCGCATATC
TTTTGTTGCTACTTGGTGCTATCAACAGATCATATTCTTATTTGATGTATTTGTAGTGAA
AAACACTTTGTGTTTGTGGTTTCGCTGATTATGAGTTTGCTACTTCTGGTGTGTAAAATC
TTCAGTAATTATTGTTGAAAATTTGCAACAGTTGGTAAAGTCTTCATATTGCCATTTAAC
AGAGTGGTAGTTATGTGTTAAGTCTCTTTGTAGCAACTTGTAACATGTTGTAATGTGTCA
TTATGATAGTGAGATAACGGTATTACAATGTCAAAGCACTTTTAGAAGAAATAAAAACAT
GTTATCTGC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 2 14

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TTTTCTGATAAAAAAACATAATCAATTCATTCATATTACCAAGGATGAAAAAATCACTTA
TATTTTCATTCAATGTTTTAACTCTCCTCGTCATTCTTGTACTAGTGGCCGGAGCGATGG
GGCAAGGGAATAAAAATAAAAAAGATTTATGTCCCATATATCTAGATAACCAACAGCCTG
GAAGTTGTAAGAACAAAGCAGCTTGCCAATCTGCGTGCAACAAGAGGATACAAGGGTCAG
GAATAAAGGAAGTAACCACTGGTTGTGTCCCGGGAAACAAATGCGCCTGCTATACCCCAT
GTCCAAAATAATCTTTATGTTTAGTTTATTGACAACAGCATTCAGATATATTTATAATAA
ATTATGATGTTATTTATAGTAATAACGAAATAAGTTGTCAAAATTTTATTTTCAAATTAC
GATAACAATAAATATGTTCATTTGCATATGTAATAAATGACAAAATAAGCTGTAAAAGTT
AATTATAAATATCAACTTCTAAATTTTAAGCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C916JQ C 1
AF RR1D507TF U 0
AF RR1C916TF U 1
BS 1 11 RR1C916JQ
BS 12 165 RR1D507TF
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BS 167 385 RR1D507TF
BS 386 387 RR1C916TF
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BS 390 403 RR1D507TF
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BS 406 488 RR1D507TF
BS 489 514 RR1C916TF

RD RR1C916JQ 514 0 0
TTTTCTGATAAAAAAACATAATCAATTCATTCATATTACCAAGGATGAAAAAATCACTTA
TATTTTCATTCAATGTTTTAACTCTCCTCGTCATTCTTGTACTAGTGGCCGGAGCGATGG
GGCAAGGGAATAAAAATAAAAAAGATTTATGTCCCATATATCTAGATAACCAACAGCCTG
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GAATAAAGGAAGTAACCACTGGTTGTGTCCCGGGAAACAAATGCGCCTGCTATACCCCAT
GTCCAAAATAATCTTTATGTTTAGTTTATTGACAACAGCATTCAGATATATTTATAATAA
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QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1D507TF 491 0 0
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AAAAATAAAAAAGATTTATGTCCCATATATCTAGGTAACCAACAGCCTGGAAGTTGTAAG
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TCTTTATGTTTAGTTTATTGACAACAGCATTCAGATATATTTATAATAAATTATGATGTT
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ATATGTTCATTTGCATATGTAATAAATGACAAAATAAGCTGTAAAAGTTAATTATAA
TT

QA 13 489 13 489
DS 

RD RR1C916TF 514 0 0
TTTTCTGATAA
AAAAACATAATCAATTCATTCATATTACCAAGGATGAAAAAATCACTTATATTTTCATTC
AATGTTTTAACTCTCCTCGTCATTCTTGTACTAGTGGCCGGAGCGATGGGGCAAGGGAAT
AAAAATAAAAAAGATTTATGTCCCATATATCTAGATAACCAACAGCCTGGAAGTTGTAAG
AACAAAGCAGCTTGCCAATCTGCGTGCAACAAGAGGATACAAGGGTCAGGAATAAAGGAA
GTAACCACTGGTTGTGTCCCGGGAAACAAATGCGCCTGCTATACCCCATGTCCAAAATAA
TCTTTATGTTTAGTTTATTGACAACAGCATTCAGATATATTTATAATAAATTATGATGTT
ATTTATAGTAATAACGAAATAAGTTGTCAAAATTTTATTTTCAAATTACGATAACAATAA
ATATGTTCATTTGCATATGTAATAAATGACAAAATAAGCTGTAAAAGTTAATTATAAATA
TCAACTTCTAAATTTTAAGCGCC

QA 12 514 12 514
DS 



CO CL147Contig2 530 11 11 U
GGGACACACAACAAAA*TTTTCTGATAAAAACATAATCAATTCATTCATATTACCAAGGA
TGAAAAAATCACTTATATTTTCATTTAATGTGTTAACTATCCTCGTCATTCTTGTACTAG
TGGCCGGAGCGATGGGGCAAGGGAATAAAAATAAAAAAGATATATGTCCCATATATCTAG
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GGATACAAGGGTCAGGAATAAAGGAAGTAACCACTGGTTGTGTCTCGGGAAACAAATGCG
CCTGCTATACCCCATGTCCAAAATAATCTTAATATTTAGTTTATTGACAACAGAATTCAG
ATATATTTATAATAAATTATGATGTTATTTATAGTAATAATTAAATAAGTTGTCAAAATT
TTTATTTTCAAATTACGATAACAATAAATATGTTCATTTGCATATGTAATAAATGACAAA
ATAAGCTGTAAAAGTTAATTATAATTATCAACTTCTAAATTTTAAGCGCC


BQ
10 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 45 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 10 5 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A271TF U 2
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AF RR1AR39TF U -5
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AF RR1EP05JQ C 2
AF RR1EP05TF U 2
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AF RR1AD08TF U 6
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TATATTTATAATAAATTATGATGTT

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GTTATTTATAGT

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DS 

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CCTGCTATACCCCATGTCCAAAATAATCTTAATGTTTAGTTTATTGACAACAGAATTCAG
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ATTTTCAAATTACGATAACAATAAATATGTTCATTTGCAT

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DS 

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ATTTTCAAATTACGATAACAATAAATATGTTC

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TTGAATTAT

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TTATTTTCAAATTACGATAACAATAAATATGTTCATTTGCATATGTAATAAATGACAAAA
TAAGCTGTAAAA
TTGAATTAT

QA 1 492 1 492
DS 

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TAAGCTGTAAAA
TTGAATTAT

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DS 

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DS 

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TATATTTTCATTTAATGTGTTAACTATCCTCGTCATTCTTGTACTAGTGGCCGGAGGGAT
GGGGCAAGGAAATAAAAATAAAAA*GATATATGTCCCATATATCTAGATAACCAACAGTC
TGGAAGTTGTAAGAACAAGGCAGCTTGCCAATCTGCGTGCAACAAGAGGATACAAGGGTC
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ATGTCCAAAATAATCTTAATATTTAGTTTATTGACAACAGAATTCAGATATATTTATAAT
AAATTATGATGTTATTTATAGTAATAATTAAATAAGTTGTCAAATTTTTTATTTTCAAAT
TACGATAACAATAAATATGCTCATTTGCATATGTAATAAATGACAAAATAAGCTGTAAAA
GTTAATTATAATTATCAACTTCTAAATTTTAAGCGCC

QA 9 525 9 525
DS 



AS 1 13

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AGCTATGTTGTGGGTGAATTGAGTGTCCC


BQ
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75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 35 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 35 75 75 75 25 75 75 75 75 75 45 45 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 15 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 35 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 35 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 10 

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CATTGGCGC

QA 1 489 1 489
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GG

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QA 1 657 1 657
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TGG
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ATGGAACTGTTAACTTCAAGAATCGTAAGGATCATCCGGATAGAGACACAATTTGGCTCC
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TGCAGCTACCGCATGCGGAGATTGTTGTGAAGAACATGAGGTTGAGAGCCAAGAAAAGGG
CTATGGAGCTTGAAGCCATTTTTTTAGAATAC

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GAGAGCCAAGAAAAGGGCTATGGAGCTTGAAGCCATTTTTTTAGAATACACTGTTCCACT
AGCTATGTTGTGGGTGAATTGAGTGTCCC

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TGAATTGAGTGTC

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DS 

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GGCTTGGGGTTGGTTTAGGAGTTGGCTTGGGCTTGGGAGAGGGGCAACCTCCTCCGCAAG
GAGTGCAGCTACCGCATGCGGAGATTGTTGTGAAGAACATGAGGTTGAGAGCCAAGAAAA
GGGCTATGGAGCTTGAAGCCATTTTTTTAGAATACACTGTTCCACTAGCTATGTTGTGGG
TGAATTGAGTGTC

QA 1 733 1 733
DS 

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TGGT
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CAGCTACCGCATGCGGAGATTGTTGTGAAGAACATGAGGTTGAGAGCCAAGAAAAGGGCT
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GGCTACAGCATGGCTTGACCGGTGGCTTGCCGAGGGTCAAGTCGAGGAGGCCATTGAGTA
CATTGGCGCAGACACCAAGCTTGAGGGTATCTTTAGGGCACTTTCCCTTGCCAGAGCTAG
GGCTTGGGGTTGGTTTAGGAGTTGGCTTGGGCTTGGGAGAGGGGCAACCTCCTCCGCAAG
GAGTGCAGCTACCGCATGCGGAGATTGTTGTGAAGAACATGAGGTTGAGAGCCAAGAAAA
GGGCTATGGAGCTTGAAGCCATTTTTTTAGAATACACTGTTCCACTAGCTATGTTGTGGG
TGAATTGAGTGTCC

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DS 

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TCCAATGAACCCCACAACAAGAAGATTGTAATAAGAACACAAATATAGAGGAACACAATA
ATAAGAGTAAACAGAATCACCTTGTCTGTCCAAAACAAGAAGATAAATATACACATTCGT
GTACTGAAATTACATATGGTACGATTGCTTAGCACTGGAAGCCAGGAGGAACTTGTTTGC
TGCAAACATTGAGGAGAAGACTTAGAGAGATTGGGAGGTTCAAGTTGATTCCAAGAACGT
TAGCCTTAAGAGCGGTGCAGAGGCAAACGGCTGCTTCAACATCAGCGAGTCCTTGGATGA
GGCTACAGCATGGCTTGACCGGTGGCTTACCGAGGGTCAAGTCGAGGAGGTCATTGAGTA
CATTGGCGCAGACACCAAGCTTGAGGGTATCTTTAGGGCACTTTCCCTTGCCAGAGCTAG
GGCTTGGGGTTGGTTTAGGAGTTGGCTTGGGCTTGGGAGAGGGGCAACCTCCTCCGCAAG
GAGTGCAGCTACCGCATGCGGAGATTGTTGTGAAGAACATGAGGTTGAGAGCCAAGAAAA
GGGCTATGGAGCTTGAAGCCATTTTTTTAGAATACACTGTTCCACTAGCTATGTTGTGGG
TGAATTGAGTGTCC

QA 1 734 1 734
DS 

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AAACAGAATCACCTTGTCTGTCCAAAACAAGAAGATAAATATACACATTCGTGTACTGAA
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TTGAGGAGAAGACTTAGAGAGATTGGGAGGTTCAAGTTGATTCCAAGAACGTTAGCCTTA
AGAGCGGTGCAGAGGCAAACGGCTGCTTCAACATCAGCGAGTCCTTGGATGAGGCTACAG
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CAGACACCAAGCTTGAGGGTATCTTTAGGGCACTTTCCCTTGCCAGAGCTAGGGCTTGGG
GTTGGTTTAGGAGTTGGCTTGGGCTTGGGAGAGGGGCAACCTCCTCCGCAAGGAGTGCAG
CTACCGCATGCGGAGATTGTTGTGAAGAACATGAGGTTGAGAGCCAAGAAAAGGGCTATG
GAGCTTGAAGCCATTTTTTTAGAATACACTGTTCCACTAGCTATGTTGTGGGTGAATTGA
GTGTCC

QA 16 741 16 741
DS 

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TGAT
TTATTTCATAGGATCATAGTACAACAATTACCCC*AATATAAAGAGTAACGGGAAATAAT
GGAACTGTTAACTTCAAGAATCGTAAGGATCATCCGGATAGAGACACAATTTGGCTCCAA
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AGTAAACAGAATCACCTTGTCTGTCCAAAACAAGAAGATAAATATACACATTCGTGTACT
GAAATTACATATGGTACGATTGCTTAGCACTGGAAGCCCGGAGGAACTTGTTTGCTGCAA
ACATTGAGGAGAAGACTTAGAGAGATTGGGAGGTTCAAGTTGATTCCAAGAACGTTAGCC
TTAAGAGCGGTGCAGAGGCAAACGGCTGCTTCAACATCAGCGAGTCCTTGGATGAGGCTA
CAGCATGGCTTGACCGGTGGCTTGCCGAGGGTCAAGTCGAGGAGGCCATTGAGTACATTG
GCGCAGACACCAAGCTTGAGGGTATCTTTAGGGCACTTTCCCTTGCCAGAGCTAGGGCTT
GGGGTTGGTTTAGGAGTTGGCTTGGGCTTGGGAGAGGGGCAACCTCCTCCGCAAGGAGTG
CAGCTACCGCATGCGGAGATTGTTGTGAAGAACATGAGGTTGAGAGCCAAGAAAAGGGCT
ATGGAGCTTGAAGCCATTTTTTTAGAATACACTGTTCCACTAGCTATGTTGTGGGTGAAT
TGAGTGTCC

QA 5 733 5 733
DS 



AS 1 14

CO CL149Contig1 741 14 6 U
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TCTGTCTCTCCGTCTAGCTCCATCTCCTACGGCTTTATCTCCGACAACCGGTGGATTTGG
AGCTGCGAAAAAGCAGTGTCGTATCCCTTACTCCGGCGTGGCGACGACGACGACGAGGAT
TGGGTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGGTGTAGCTT
AGAGACTGTGAATGTAAGTGTTGGTCTAGTGACGGAAGTGGATAAGGATACCTTCTGGCC
CATCGTTAAAGCCGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAATGGTGTGG
TCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCAGAGAAATATGAGGACGTTGT
GTTTCTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTAGGAATAAG
AGTGGTTCCAACTTTTAAAATATTGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTTACGGGTGC
CAAATATGATGATCTAGTTGCAGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTACTTCTTCGGGATG
AGCCAATCAACCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACAAGCTTTCT
GTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCAAGCAATATGATG
ATCAAATATAATTTCATTTGC


BQ
35 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 65 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 55 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 55 55 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 20 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 
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GG
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GTTCCAACTTTTAA

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DS 

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AGCTTTCTGTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTG

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DS 

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AGAGACTGTGAATGTAAGTGTTGGTCTAGTGACGGAAGTGGATAAGGATACCTTCTGGCC
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GTTGGTGCTCTTATTGTGACT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1CX27TF 690 0 0
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TGCAGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTACTTCTTCGGGATGAGCCAATCAACCTCCATG
TCTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACAAGCTTTCTGTTGGTGCTCTTATTGTG
ACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCA

QA 1 690 1 690
DS 

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GTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1CJ40TF 735 0 0
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GTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCA*GCA*TATGATG
ATCAAATATAATTTC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1G886TF 723 0 0
GGACACACAAGCTGATCAATTTCATCGTTCCGACACTCTTTCGCCGAACTCAACAATGCC
TCTGTCTCTCCGTCTAGCTCCATCTCCTACGGCTTTATCTCCGGCAACCGGTGGATTTGG
AGCTGCGAAAAAGCAGTGTCGTATCCCTTACTCCGGCGTGGCGACGACGACGACGAGGAT
TGGGTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGGTGTAGCTT
AGAGACTGTGAATGTAAGTGTTGGTCTAGTGACGGAAGTGGATAAGGATACCTTCTGGCC
CATCGTTAAAGCCGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAATGGTGTGG
TCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCAGAGAAATATGAGGACGTTGT
GTTTCTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTAGGAATAAG
AGTGGTTCCAACTTTTAAAATATCGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTTACGGGTGC
CAAATATGATGATCTAGTTGCAGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTACTTCTTCGGGATG
AGCCAATCAGCCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACAAGCTTTCT
GTTGGTGCTCTTATTGCGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCA*GCAATATGATG
ATC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1G886JQ 502 0 0
TCTGTGGTGAGGTGTAGCTTAGAGACTGTGAATGTAAGTGTTGGTTTAGTGACGGAAGTG
GATAAGGATACCTTCTGGCCCATCGTTAAAGCCGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGAC
ATGTACACTCAATGGTGTGGTCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCA
GAGAAATATGAGGACGTTGTGTTTTTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTA
GCAAAGGAACTAGGAATAAGAGTGGTTCCAACTTTTAAAATATCGAAGGATAACCAAGTG
GTGAAGGAAGTTACGGGTGCCAAATATGATGATCTAGTTGCAGCCATTGAAACAGCAAGG
TCTGCTACTTTTTCGGGATGAGCCAATCAGCCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGT
ATCAATGTAACAAGCTTTCTGTTGGTGCTCTTATTGCGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAA
TGTTTTCAAGCAATATGATGAT

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR1DP94TF 742 0 0
GGACACACAAGCTGATCAATTTCATCGTTCCGACACTCTTTCGCCGAACTCAACAATGCC
TCTGTCTCTCCGTCTAGCTCCATCTCCTACGGCTTTATCTCCGACAACCGGTGGATTTGG
AGCTGCGAAAAAGCAGTGTCGTATCCCTTACTCCGGCGTGGCGACGACGACGACGAGGAT
TGGGTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGGTGTAGCTT
AGAGACTGTGAATGTAAGTGTTGGTCTAGTGACGGAAGTGGATAAGGATACCTTCTGGCC
CATCGTTAAAGCCGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAATGGTGTGG
TCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCAGAGAAATATGAGGACGTTGT
GTTTCTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTAGGAATAAG
AGTGGTTCCAACTTTTAAAATATTGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTTACGGGTGC
CAAATATGATGATCTAGTTGCAGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTACTTCTTCGGGATG
AGCCAATCAACCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACAAGCTTTCT
GTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCA*GCA*TATGATG
ATCAAATATA
TTCCAAAAAAAA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1H633TF 739 0 0
GGACACACAAGCTGATCAATTTCATCGTTCCGACACTCTTTCGCCGAACTCAACAATGCC
TCTGTCTCTCCGTCTAGCTCCATCTCCTACGGCTTTATCTCCGACAACCGGTGGATTTGG
AGCTGCGAAAAAGCAGTGTCGTATCCCTTACTCCGGCGTGGCGACGACGACGACGAGGAT
TGGGTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGGTGTAGCTT
AGAGACTGTGAATGTAAGTGTTGGTCTAGTGACGGAAGTGGATAAGGATACCTTCTGGCC
CATCGTTAAAGCCGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAATGGTGTGG
TCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCAGAGAAATATGAGGACGTTGT
GTTTCTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTAGGAATAAG
AGTGGTTCCAACTTTTAAAATATTGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTTACGGGTGC
CAAATATGATGATCTAGTTGCAGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTACTTCTTCGGGATG
AGCCAATCAACCTCCATGTCTTTACTTGTAACATGGCTGTATCAATGTAACAAGCTTTCT
GTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCAAGCAATATGATG
ATCAAATATAATTTC
AAAA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1AM04JQ 721 0 0
GACACACAAGCTGATCAATTTCATCGTTCCGACACTCTTTCGCCGAACTCAACAATGCCT
CTGTCTCTCCGTCTAGCTCCATCTCCTACGGCTTTATCTCCGACAACCGGTGGATTTGGA
GCTGCGAAAAAGCAGTGTCGTATCCCTTACTCCGGCGTGGCGACGACGACGACGAGGATT
GGGTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGGTGTAGCTTA
GAGACTGTGAATGTAAGTGTTGGTCTAGTGACGGAAGTGGATAAGGATACCTTCTGGCCC
ATCGTTAAAGCCGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAATGGTGTGGT
CCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCTGAGAAATATGAGGACGTTGTG
TTTCTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTAGGAATAAGA
GTGGTTCCAACTTTTAAAATATTGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTTACGGGTGCC
AAATATGATGATCTAGTTGCCGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTACTTCTTCGGGATGA
GCCAATCAACCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACAAGCTTTCTG
TTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCAAGCAATATGATGA
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1AM04TF 721 0 0
GACACACAAGCTGATCAATTTCATCGTTCCGACACTCTTTCGCCGAACTCAACAATGCCT
CTGTCTCTCCGTCTAGCTCCATCTCCTACGGCTTTATCTCCGACAACCGGTGGATTTGGA
GCTGCGAAAAAGCAGTGTCGTATCCCTTACTCCGGCGTGGCGACGACGACGACGAGGATT
GGGTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGGTGTAGCTTA
GAGACTGTGAATGTAAGTGTTGGTCTAGTGACGGAAGTGGATAAGGATACCTTCTGGCCC
ATCGTTAAAGCCGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAATGGTGTGGT
CCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCTGAGAAATATGAGGACGTTGTG
TTTCTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTAGGAATAAGA
GTGGTTCCAACTTTTAAAATATTGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTTACGGGTGCC
AAATATGATGATCTAGTTGCCGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTACTTCTTCGGGATGA
GCCAATCAACCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACAAGCTTTCTG
TTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCAAGCAATATGATGA
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1D336JQ 638 0 0
ACAACCGGTGGATTTGGAGCTGCGAAAAAGCAGTGTCGTATCCCTTACTCCGGCGTGGCG
ACGACGACGACGAGGATTGGGTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCT
GTGGTGAGGTGTAGCTTAGAGACTGTGAATGTAAGTGTTGGTCTAGTGACGGAAGTGGAT
AAGGATACCTTCTGGCCCATCGTTAAAGCCGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATG
TACACTCAATGGTGTGGTCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCAGAG
AAATATGAGGACGTTGTGTTTCTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCA
AAGGAACTAGGAATAAGAGTGGTTCCAACTTTTAAAATATTGAAGGATAACCAAGTGGTG
AAGGAAGTTACGGGTGCCAAATATGATGATCTAGTTGCAGCCATTGAAACAGCAAGGTCT
GCTACTTCTTCGGGATGAGCCAATCAACCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGTATC
AATGTAACAAGCTTTCTGTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGT
TTTCAAGCAATATGATGATCAAATATAATTTCATTTGC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1CJ40JQ 566 0 0
ACGACGAGGATTGGGTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTG
AGGTGTAGCTTAGAGACTGTGAATGTAAGTGTTGGTCTAGTGACGGAAGTGGATAAGGAT
ACCTTTTGGCCCATCGTTAAAGCCGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACT
CAATGGTGTGGTCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCAGAGAAATAT
GAGGACGTTGTGTTTTTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAA
CTAGGAATAAGAGTGGTTCCAACTTTTAAAATATTGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAA
GTTACGGGTGCCAAATATGATGATCTAGTTGCAGCCATTGAAACAGCAAGGTTTGCTACT
TTTTCGGGATGAGCCAATCAACCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTA
ACAAGCTTTCTGTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCAA
GCAATATGATGATCAAATATAATTTC

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 14

CO CL150Contig1 789 14 12 U
CTCCGAGCAGATCCAAAAGGTAAATTCGCTTTCCCCACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCG
TTCCATCCTCGGCCTCCACCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTCTCAAAGTCTTCACCTTT
CTCGATAACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGA
AATCTCCTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGT
CACCGATGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAG
CAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGA
GGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGG
CTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGA
ATCATCTTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGT
CCTCCCTTTTTTTATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTG
TGTTGGATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTT
TGAATCTTATTAAGACTCTTTTCTATCAAGCTTTGAATTGAATAAAAGAGAAGTTCTCTC
AGTTCTGTTCTTTGTAATTTCATAGGAAGCTCTTCTTGATCGATCAATCAGAATGAAAGT
TGCGGTTTG


BQ
30 30 30 30 30 30 0 0 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 30 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1FY82TF U 7
AF RR1AD96TF U 1
AF RR1A190JQ C 7
AF RR1A190TF U 7
AF RR1FY82JQ C 7
AF RR1AD96JQ C 79
AF RR1FK64TF U 1
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AF RR1FF09JQ C 79
AF RR1FE31JQ C 121
AF RR1DO88JQ C 270
AF RR1DO88TF U 270
BS 1 6 RR1AD96TF
BS 7 7 RR1A190TF
BS 8 631 RR1AD96TF
BS 632 632 RR1A190TF
BS 633 638 RR1AD96TF
BS 639 639 RR1A190TF
BS 640 720 RR1AD96TF
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BS 749 789 RR1DO88TF

RD RR1FY82TF 642 0 0
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CCTCGGCCTCCACCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTCTCAAAGTCTTCACCTTTCTCGAT
AACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAAATCTC
CTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGTCACCGA
TGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGC
GTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGAGGTTTT
GGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGGCTTGTT
CCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATC
TTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGTCCTCCC
TTTTTTTATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTGTGTTGG
ATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1AD96TF 720 0 0
CTCCGATCAGATCCAAAAGGTAAATTCGCTTTCCCCACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCG
TTCCATCCTCGGCCTCCACCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTCTCAAAGTCTTCACCTTT
CTCGATAACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGA
AATCTCCTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGT
CACCGATGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAG
CAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGA
GGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGG
CTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGA
ATCATCTTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGT
CCTCCCTTTTTTTATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTG
TGTTGGATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGCTTGAAGCCTGTATTTACTTTCCTGTTTT
TGAATCTTATTAAGACTCTTTTCTATCAAGCTTTGAATTGAATAAAAGAGAAGTTCTCTC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1A190JQ 690 0 0
GGAGATCCAAAAGGTAAATTCGCTTTCCCCACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCGTTCCAT
CCTCGGCCTCCACCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTCTCAAAGTCTTCACCTTTCTCGAT
AACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAAATCTC
CTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGTCACCGA
TGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGC
GTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGAGGTTTT
GGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGGCTTGTT
CCAGATCATCGTTATCAA*GATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATC
TTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGTCCTCCC
TTTTTTTATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTGTGTTGG
ATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTTTGAATC
TTATTAAGACTCTTTTCTATCAAGCTTTGA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1A190TF 697 0 0
GGAGATCCAAAAGGTAAATTCGCTTTCCCCACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCGTTCCAT
CCTCGGCCTCCACCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTCTCAAAGTCTTCACCTTTCTCGAT
AACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAAATCTC
CTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGTCACCGA
TGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGC
GTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGAGGTTTT
GGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGGCTTGTT
CCAGATCATCGTTATCAA*GATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATC
TTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGTCCTCCC
TTTTTTTATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTGTGTTGG
ATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTTTGAATC
TTATTAAGACTCTTTTCTATCAAGCTTTGAATTGAA
C

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1FY82JQ 714 0 0
GGAGATCCAAAAGGTAAATTCGCTTTCCCCACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCGTTCCAT
CCTCGGCCTCCACCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTCTCAAAGTCTTCACCTTTCTCGAT
AACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAAATCTC
CTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGTCACCGA
TGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGC
GTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGAGGTTTT
GGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGGCTTGTT
CCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATC
TTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGTCCTCCC
TTTTTTTATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTGTGTTGG
ATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTTTGAATC
TTATTAAGACTCTTTTCTATCAAGCTTTGAATTGAATAAAAGAGAAGTTCTCTC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1AD96JQ 642 0 0
CCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTCTCAAAGTCTTCACCTTTCTCGATAACCAACAACAT
CTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAAATCTCCTCGATCCCATT
TTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGTCACCGATGCTTCTCTTGG
GCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGCGTCTCTCGTACG
GAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGAGGTTTTGGCGGATTACGT
TCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGGCTTGTTCCAGATCATCGT
TATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATCTTTGTGGGGGTC
TCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGTCCTCCCTTTTTTTATATG
AATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTGTGTTGGATCAGTTTCTCG
TATTCCAAGTGTGCTTGAAGCCTGTATTTACTTTCCTGTTTTTGAATCTTATTAAGACTC
TTTTCTATCAAGCTTTGAATTGAATAAAAGAGAAGTTCTCTC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1FK64TF 689 0 0
CTCCGATCAGATCCAAAAGGTAAATTCGCTTTCCCCACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCG
TTCCATCCTCGGCCTCCACCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTC**AAAGTCTTCACCTTT
CTCGATAACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGA
AATCTCCTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGT
CACCGATGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAG
CAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGA
GGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGG
CTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGA
ATCATCTTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGT
CCTCCCTTTTTTTATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTG
TGTTGGATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTT
TGAATCTTATTA*GACTCTTTTCTATCAA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1DU53TF 723 0 0
CTCCGATCAGATCCAAAAGGTAAATTCGCTTTCCCCACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCG
TTCCATCCTCGGCCTCCACCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTC**AAAGTCTTCACCTTT
CTCGATAACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGA
AATCTCCTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGT
CACCGATGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAG
CAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGA
GGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGG
CTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGA
ATCATCTTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGT
CCTCCCTTTTTTTATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTG
TGTTGGATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTT
TGAATCTTATTA*GACTCTTTTCTATCAAGCTTTGAATTGAATAAAAGAGAAGTTCTCTC
AGT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1FE31TF 751 0 0
CTCCGATCAGATCCAAAAGGTAAATTCGCTTTCCCCACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCG
TTCCATCCTCGGCCTCCACCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTCTCAAAGTCTTCACCTTT
CTCGATAACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGA
GATCTCCTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGT
CACCGATGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAG
CAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGA
GGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGG
CTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGA
ATCATCTTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGT
CCTCTCTTTTTT*ATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTG
TGTTGGATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTT
TGAATCTTATTAAGACTCTTTTCTATCAAGCTTTGAATTGA*TAAAAGAGAAGTTCTCTC
AGTTCTGTTCTTTGTA*TTTCATAGGAA
ACT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1FF09TF 741 0 0
CTCCGATCAGATCCAAAAGGTAAATTCGCTTTCCCCACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCG
TTCCATCCTCGGCCTCCACCGCCAAACCCACAACCTCTCTCTCTCAAAGTCTTCACCTTT
CTCGATAACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGA
GATCTCCTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGT
CACCGATGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAG
CAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGA
GGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGG
CTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGA
ATCATCTTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAA*TAGTGAGCTAAAGT
CCTCCCTTTTTT*ATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTG
TGTTGGATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTT
TGAATCTTATTAAGACTCTTTTCTATCAAGCTTTGAATTGAATAAAAGAGAAGTTCTCTC
AGTTCTGTTCTTTGTAATTTC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1FF09JQ 711 0 0
CCC
CCAAACCCACAACCTCTCTCTCTCAAAGTCTTCACCTTTCTCGATAACCAACAACATCTC
CTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAGATCTCCTCGATCCCATTTTC
ACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGTCACCGATGCTTCTCTTGGGCA
ATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGCGTCTCTCGTACGGAA
GATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGAGGTTTTGGCGGATTACGTTCA
CCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGGCTTGTTCCAGATCATCGTTAT
CAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATCTTTGTGGGGGTCTCA
GGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGTCCTCCCTTTTTT*ATATGAAT
AAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTGTGTTGGATCAGTTTCTCGTAT
TCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTTTGAATCTTATTAAGACTCTTT
TCTATCAAGCTTTGAATTGAATAAAAGAGAAGTTCTCTCAGTTCTGTTCTTTGTAATTTC
ATAGGAAACTCTTCTTGATCGATCAATCAGAATGAAAGTTGCGGTTTG

QA 4 711 4 711
DS 

RD RR1FE31JQ 669 0 0
CTCGATAACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCGCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGA
GATCTCCTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGT
CACCGATGCTTCTCTTGGGCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAG
CAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAGAGGA
GGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGG
CTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGA
ATCATCTTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGATTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGT
CCTCCCTTTTTT*ATATGAATAAAAGAACATTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTG
TGTTGGATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGTGTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTT
TGAATCTTATTAAGACTCTTTTCTATCAAGCTTTGAATTGAATAAAAGAGAAGTTCTCTC
AGTTCTGTTCTTTGTAATTTCATAGGAAACTCTTCTTGATCGATCAATCAGAATGAAAGT
TGCGGTTTG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1DO88JQ 520 0 0
G
GGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGT
TCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAG*GGAGGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCT
GACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGGCTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGT
CGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATCTTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGA
TTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGTCCTCCCTTTTTTTATATGAATAAAAGAACA
TTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTGTGTTGGATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGT
GTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTTTGAATCTTATTAAGACTCTTTTCTATCAAG
CTTTGAATTGAATAAAAGAGAAGTTCTCTCAGTTCTGTTCTTTGTAATTTCATAGGAAGC
TCTTCTTGATCGATCAATCAGAATGAAAGTTGCGGTTTG

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DS 

RD RR1DO88TF 520 0 0
G
GGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGT
TCTGTTTCACATCAACGCGGGAATAG*GGAGGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCT
GACCAGGAATCTGATGGTGATCTCTCTGGGCTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGT
CGTCGTGTTTCTCTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATCTTTGTGGGGGTCTCAGGAACTTGA
TTATCTGTTGATGAAATAGTGAGCTAAAGTCCTCCCTTTTTTTATATGAATAAAAGAACA
TTGATGCAATCCGCATCTTAAGCTTCCTTGTGTTGGATCAGTTTCTCGTATTCCAAGTGT
GTTTGAAGTCTGTATTTACTTTCCTGTTTTTGAATCTTATTAAGACTCTTTTCTATCAAG
CTTTGAATTGAATAAAAGAGAAGTTCTCTCAGTTCTGTTCTTTGTAATTTCATAGGAAGC
TCTTCTTGATCGATCAATCAGAATGAAAGTTGCGGTTTG

QA 2 520 2 520
DS 



AS 3 11

CO CL151Contig1 993 3 16 U
GGATTACAAACAGATCACCAAAAAGTATAACCCTCTTCAATTGGTATCATCAGCAACATG
GCTAGATCTTTGGTGCTCTCGCTAACCCTCGCATTCCTCTTCATAGGAATGGTCTCAGCT
CGTGACTGGAACATCCTAAACCAGTTTAAGGGACTCAAGCCAACCGCAACCACCAACCAG
AACGGCGTCGCCTCATTGAAAGGACCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGAGTC
AACGTGGAGCTTCACAACATCAGAGACTTCACGGTGGTGCCACAGGAGTGCGTGTGGTTC
GTCCAACAGTACATGACGTCATCTCAGTACGATGATGACGTGGAGAGAGCTGTTGAGGAA
GCCATCCTCTACCTCGGGAAAACAAGTTGCGGAAAGAAGAAATGTGATGACATGGATGCT
TGGATCTTTGACATTGATGACACTCTGCTCTCCACCATCCCGTACCACAAGAGCAACGGC
TGTTTCGGTGGTGAGCAACTAAACACGACCAAATTCGAGGAGTGGCAGAGTTGGGGAAAG
GCACCAGCTGTTCCAAACATGGTGAAGCTATTCCATGAGATCCGAGAGAGAGGTTTCAAG
ATCTTTTTGGTTTCTTCTCGCAAGGAGTACCTCAGATCCGCCACCGTCGAGAACCTTATT
GAAGCCGGTTACCACAGCTGGTCTAACCTCCTTCTCAGAGGAGAAGAGGAAGAGAAGAAG
AGTGTGACCCAATACAAAGCAGATGTGAGGACATGGCTTACAAGTCTTGGATACAGAGTT
TGGGGAGTGATGGGTGCACAATGGAACAGCTTCGCAGGTTGTCCAGTTCCCAAGAGAACC
TTCAAGCTCCCTAACTCCATCTACTATGTCGCTTGATCAAATCATTTTACGAATAATATT
CTAACCAATGAATAAGATCAGAGTTCCAATCTGATTATTGAGTCTTTTCTATCCCTTTTC
CATTTCTTAATTATATAACCAGTTCAAATGCTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ65TF U 4
AF RR1AQ77TF U 1
AF RR1AQ77JQ C 196
BS 1 11 RR1AQ77TF
BS 12 12 RR1GJ65TF
BS 13 805 RR1AQ77TF
BS 806 806 RR1AQ77JQ
BS 807 817 RR1AQ77TF
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BS 881 993 RR1AQ77JQ

RD RR1GJ65TF 686 0 0
GG
ACAAACAGATCACCAAAAAGTATAACCCTCTTCAATTGGTATCATCAGCAACATGGCTAG
ATCTTTGGTGCTCTCGCTAACCCTCGCATTCCTCTTCATAGGAATGGTCTCAGCTCGTGA
CTGGAACATCCTAAACCAGTTTAAGGGACTCAAGCCAACCGCAACCACCAACCAGAACGG
CGTCGCCTCATTGAAAGGACCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGAGTCAACGT
GGAGCTTCACAACATCAGAGACTTCACGGTGGTGCCACAGGAGTGCGTGTGGTTCGTCCA
ACAGTACATGACGTCATCTCAGTACGATGATGACGTGGAGAGAGCTGTTGAGGAAGCCAT
CCTCTACCTCGGGAAAACATGTTGCGGAAAGAAGAAATGTGATGACATAGATGCTTGGAT
CTTTGACATTGATGACACTCTGCTCTCCACCATCCCGTACCACAAGAGCAACGGCTGTTT
CGGTGGTGAGCAACTAAACACGACCAAATTCGAGGAGTGGCAGAGTTGGGGAAAGGCACC
AGCTGTTCCAAACATGGTGAAGCTATTCCATGAGATCCGAGAGAGAGGTTTCAAGATCTT
TTTGGTTTCTTCTCGCAAGGAGTACCTCAGATCCGCCACCGTCGAGAACCTTATTGAAGC
CG*TTACCACAGCTGGTCTAACCT

QA 3 686 3 686
DS 

RD RR1AQ77TF 891 0 0
GGATTACAAACTGATCACCAAAAAGTATAACCCTCTTCAATTGGTATCATCAGCAACATG
GCTAGATCTTTGGTGCTCTCGCTAACCCTCGCATTCCTCTTCATAGGAATGGTCTCAGCT
CGTGACTGGAACATCCTAAACCAGTTTAAGGGACTCAAGCCAACCGCAACCACCAACCAG
AACGGCGTCGCCTCATTGAAAGGACCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGAGTC
AACGTGGAGCTTCACAACATCAGAGACTTCACGGTGGTGCCACAGGAGTGCGTGTGGTTC
GTCCAACAGTACATGACGTCATCTCAGTACGATGATGACGTGGAGAGAGCTGTTGAGGAA
GCCATCCTCTACCTCGGGAAAACAAGTTGCGGAAAGAAGAAATGTGATGACATGGATGCT
TGGATCTTTGACATTGATGACACTCTGCTCTCCACCATCCCGTACCACAAGAGCAACGGC
TGTTTCGGTGGTGAGCAACTAAACACGACCAAATTCGAGGAGTGGCAGAGTTGGGGAAAG
GCACCAGCTGTTCCAAACATGGTGAAGCTATTCCATGAGATCCGAGAGAGAGGTTTCAAG
ATCTTTTTGGTTTCTTCTCGCAAGGAGTACCTCAGATCCGCCACCGTCGAGAACCTTATT
GAAGCCGGTTACCACAGCTGGTCTAACCTCCTTCTCAGAGGAGAAGAGGAAGAGAAGAAG
AGTGTGACCCAATACAAAGCAGATGTGAGGACATGGCTTACAAGTCTTGGATACAGAGTT
TGGGGAGTGATGGGTGCACAATGGA*CAGCTTCGCAG*TTGTCCAGTTCCCA*GAGA*CC
TTCA*GCTCCCTA*CTCCATCTACTATGTCGCTTGATCAA
TCATTTACGAT

QA 1 880 1 880
DS 

RD RR1AQ77JQ 798 0 0
TTGAAAGGACCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGAGTCAACGTGGAGCTTCAC
AACATCAGAGACTTCACGGTGGTGCCACAGGAGTGCGTGTGGTTCGTCCAACAGTACATG
ACGTCATCTCAGTACGATGATGACGTGGAGAGAGCTGTTGAGGAAGCCATCCTCTACCTC
GGGAAAACAAGTTGCGGAAAGAAGAAATGTGATGACATGGATGCTTGGATCTTTGACATT
GATGACACTCTGCTCTCCACCATCCCGTACCACAAGAGCAACGGCTGTTTCGGTGGTGAG
CAACTAAACACGACCAAATTCGAGGAGTGGCAGAGTTGGGGAAAGGCACCAGCTGTTCCA
AACATGGTGAAGCTATTCCATGAGATCCGAGAGAGAGGTTTCAAGATCTTTTTGGTTTCT
TCTCGCAAGGAGTACCTCAGATCCGCCACCGTCGAGAACCTTATTGAAGCCGGTTACCAC
AGCTGGTCTAACCTCCTTCTCAGAGGAGAAGAGGAAGAGAAGAAGAGTGTGACCCAATAC
AAAGCAGATGTGAGGACATGGCTTACAAGTCTTGGATACAGAGTTTGGGGAGTGATGGGT
GCACAATGGAACAGCTTCGCAGGTTGTCCAGTTCCCAAGAGAACCTTCAAGCTCCCTAAC
TCCATCTACTATGTCGCTTGATCAAATCATTTTACGAATAATATTCTAACCAATGAATAA
GATCAGAGTTCCAATCTGATTATTGAGTCTTTTCTATCCCTTTTCCATTTCTTAATTATA
TAACCAGTTCAAATGCTT

QA 1 798 1 798
DS 



CO CL151Contig2 829 3 6 U
CGCAAAGGCCCAAAATTGTAATACAATGAAAGAGAAACAGCTGAATTCAACAGAACCAAA
GATGATCGTGGTTCATAATATCACTCATAAACATTTGACTTTTATATAAACCAAAAATGA
CAAAAAGAAAAGAAGGGAGATAATAAGCAGACTCAAGAATCAGATTGAATCTCTGATCTT
TTTTTTT*GGTTGGAGTAGTAAATATGATTTGATCAAGCAATGTAGTAAATGGAGTTAGG
GAGCTTGAAGGTTCTCTTGGGAACTGGGCAACCTGCAAAGCTGTTCCATTGTGCACCCAT
CACTCCCCAAACTCTGTATCCAAGACTTGTAAGCCACGTCCTCACATCTGCTTTGTATTG
GCTCACACTCTTCTTCTCTTCCTCTTCTCCCCTGAGAAGAAGGTTAGACCAGCCGTGGTA
ACCGACTTCAATAAGGTTTTCGACGGTGGCGGATCTGAGATACTCTTTACGAGAAGAGAC
CAAAAAGATTTTGAAGCCTCTCTCTCTGATCTCGTGGAACAGCTTCACCATGCTTGGAAC
CGCTGGTGCCTTTCCCAAATTTTGCCATTCCTCGAACTTGGTCGTGTTTAGTTGCTCACC
ACCGAAGCATCCGTTGCTCTTGTGGTAAGGAATGGTGGAGAGAAGAGTGTCATCAATGTC
AAAGATCCAAGCATCCATGCCATCACATTTCTTCTTCTCGCAACAAGTTTTTCCGAGGTA
TAGGATGGCTTCATCAACGGCTCTCTCCACGTCATCCTCGTATTGAGATGACGTCATGTG
CTTTTGGACGAACCAGACGCACTCTTGTGGCACCACCGTGAAGTCTCTG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DX61JQ U 1
AF RR1GU63JQ U 1
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BS 397 475 RR1DX61JQ
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CAAAAAGAAAAGAAGGGAGATAATAAGCAGACTCAAGAATCAAATTGAATCTCTGATCTT
TTTTTTT*GGTTGGAGTAGTAAATATGATTTGATCAAGCAATGTAGTAAATGGAGTTAGG
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DS 

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CA
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AAAAGAAAAGAAGGGAGATAATAAGCAGACTCAAGAATCAGATTGAATCTCTGATCTTTT
TTTTTTGGTTGGAGTAGTAAATATGATTTGATCAAGCAATGTAGTAAATGGAGTTAGGGA
GCTTGAAGGTTCTCTTGGGAACTGGGCAACCTGCAAAGCTGTTCCATTGTGCACCCATCA
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TCACACTCTTCTTCTCTTCCTCTTCTCCCCTGAGAAAAAGGTTAGACCAGCCGTGGTAAC
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DS 

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CG
CAAAGGCCCAAAATTGTAATACAATGAAAGAGAAACAGCTGAATTCAACAGAACCAAAGA
TGATCGTGGTTCATAATATCACTCATAAACATTTGACTTTTATATAAACCAAAAATGACA
AAAAGAAAAGAAGGGAGATAATAAGCAGACTCAAGAATCAGATTGAATCTCTGATCTTTT
TTTTT*GGTTGGAGTAGTAAATATGATTTGATCAAGCAATGTAGTAGATGGAGTTAGGGA
GCTTGAAGGTTCTCTTGGGAACTGGGCAACCTGCAAAGCTGTTCCATTGTGCACCCATCA
CTCCCCAAACTCTGTATCCAAGACTTGTAAGCCACGTCCTCACATCTGCTTTGTATTGGC
TCACACTCTTCTTCTCTTCCTCTTCTCCCCTGAGAAGAAGGTTAGACCAGCCGTGGTAAC
CGACTTCAATAAGGTTTTCGACGGTGGCGGATCTGAGATACTCTTTACGAGAAGAGACCA
AAAAGATTTTGAAGCCTCTCTCTCTGATCTCGTGGAACAGCTTCACCATGCTTGGAACCG
CTGGTGCCTTTCCCAAATTTTGCCATTCCTCGAACTTGGTCGTGTTTAGTTGCTCACCAC
CGAAGCATCCGTTGCTCTTGTGGTAAGGAATGGTGGAGAGAAGAGTGTCATCAATGTCAA
AGATCCAAGCATCCATGCCATCACATTTCTTCTTCTCGCAACAAGTTTTTCCGAGGTATA
GGATGGCTTCATCAACGGCTCTCTCCACGTCATCCTCGTATTGAGATGACGTCATGTGCT
TTTGGACGAACCAGACGCACTCTTGTGGCACCACCGTGAAGTCTCTG

QA 3 829 3 829
DS 



CO CL151Contig3 1110 5 18 U
GGAGATCGCCAAAACAAGTAAATCTTCTTCATCGGTCAACTTGATCAAGTCATCATCGAC
ATGGCTAGATCTTTGTT*CTCTCGCTAACCCTCGCGTGCTTCTTCACCGCAATCGTCTCA
GCTCGTGACTGGAACATCCTAAACCAGCTCAAAGGAGGCAAGCCAACCACAACCACCAGC
CAAAACGGCGTAGGATCCTTGAAAGTATCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGA
GTCAACGTGGAGCTTCACAACATCAGAGACTTCACGGTGGTGCCACAAGGGTGCGTCTGG
TTCGTCCAAAAGTACGTGACGTCATCTCAATACGAGGATGACGTGGAGAGAGCCGTTGAT
GAAGCCATCCTATACCTCGGAAAAACTTGTTGCGAGAAGAAGAAATGTGATGGCATGGAT
GCTTGGATCTTTGACATTGATGACACTCTTCTCTCAACCATTCCTTACCACAAGAGCAAC
GGATGCTTCGGTGGTGAGCAACTAAACGCGACCAAGTTCGAGGAATGGCAAAATTTGGGA
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AAAATCTTTTTGGTCTCTTCTCGTAAAGAGTATCTCAGATCCGCCACCGTCGAAAACCTT
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AAGAGCGTGAGCCAATACAAAGCAGATGTGAGGACATGGCTTACAAGTCTTGGATACAGA
GTTTGGGGAGTGATGGGTGCACAATGGAACAGCTTTGCAGGTTGCCCAGTTCCCAAGAGA
ACCTTCAAGCTCCCTAACTCCATCTACTACATTGCTTGATCAAATCATATTTACTACTCT
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TTTTCTTTTTGTCATTTTTGGTTTATTTAAAATGCTTACGAGTGATATTATGAACCACGA
TCATCTTTGGTTCTGTTGAATTCAGCTGTTTCTCTTTCATTGTATTACAATTTTGGGCCT
TTGTGAAATTGATTATGGGCTCTTTTTAAT


BQ
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AF RR1GU63TF U 6
AF RR1DX61TF U 1
AF RR1EC78TF U 1
AF RR1B434TF U 112
AF RR1B434JQ C 239
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BS 641 655 RR1EC78TF
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RD RR1GU63TF 284 0 0
GG
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GCGTAGGATCCTTGAAAGTATCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGAG*CAACG
TGGAGCTTCACAACATCAGAGACTTCACGGTGGTGCCACAAG

QA 3 284 3 284
DS 

RD RR1DX61TF 640 0 0
GGAGATCGCCAAAACAAGTAAATCTTCTTCATCGGTCAACTTGATCAAGTCATCATCGAC
ATGGCTAGATCTTTGTT*CTCTCGCTAACCCTCGCGTGCTTCTTCACCGCAATCGTCTCA
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CAAAACGGCGTAGGATCCTTGAAAGTATCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGA
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GCTTGGATCTTTGACATTGATGACACTCTTCTCTCCACCATTCCTTACCACAAGAGCAAC
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AAAATCTTTTTGGTCTCTTCTCGTAAAGAGTATCTCAGAT

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TACAGAGTTTGGGG

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GGTTCGTCCAAAAGTACGTGACGTCATCTCAATACGAGGATGACGTGGAGAGAGCCGTTG
ATGAAGCCATCCTATACCTCGGAAAAACTTGTTGCGAGAAGAAGAAATGTGATGGCATGG
ATGCTTGGATCTTTGACATTGATGACACTCTTCTCTCAACCATTCCTTACCACAAGAGCA
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GAAAGGCACCAGCGGTTCCAAGCATGGTGAAGCTGTTCCACGAGATCAGAGAGAGAGGCT
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GAACCTTCAAGCTCCCTAACTCCATCTACTACATTGCTTGATCAAATCATATTTACTACT
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TCTTTTCTTTTTGTCATTTTTGGTTTATTTAAAATGCTTACGAGTGATATTATGAACCAC
GATCATCTTTGGTTCTGTTGAATTCAGCTGTTTCTCTTTCATTGTATTACAATTTTGGGC
CTTTGTGAAATTGATTATGGGCTCTTTTTAAT

QA 1 872 1 872
DS 



AS 1 12

CO CL152Contig1 947 12 22 U
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TGCATCTCCAATGGCGAGCCAGCTAAGGAGCAGCTTATCCTCCGCTGCAATTGCTAGGCG
TCTAGCCGTCCCTAAGGGAATCTCCGGCCCTTCTTTCGGCGTATATCCGACCAAGAGAAT
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AATCAACGGCGATCCATTCATCGGAAGTTTGGAGACTCCTGTAACGTCAAGCCCTTTGAT
TGCGTGGTATCTTTCCAACCTCCCGGCTTACCGCACCGCCGTCAACCCTCTCCTTCGTGG
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GATTGCTCCGAGTTTGACGTTGACTGGGCGGAAGAAGCAGCCTGACCAGCTTCAGACAGC
TGAGGGATGGGCAAAATTTACGGGAGGGTTCTTCTTCGGAGGGATCTCTGGTGTGACTTG
GGCTTACTTTCTCCTGTACGTTCTTGACCTTCCCTATTACGTCAAATGAATGTAGTACAA
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TCTGAAAATTTCTTTGAACACAAAAAAATAAAATACATTTTGAATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
30 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 
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35 35 35 35 35 35 0 25 25 25 0 25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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A*TATGAGCTTT

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AACGTCAAGCCCTTTGATTGCGTGGTATCTTTCCAACCTCCCGGCTTACCGCACCGCCGT
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CAAATGAATGTAGTACAAAATATGAGCTTTCACCAGTATTCTACCAATAAATACTCTCCA
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GATCTCTGGTGTGACTTGGGCTTACTTTCTCCTGTACGTTCTTGACCTTCCCTATTACGT
CAAATGAATGTAGTACAAAATATGAGCTTTCACCAGTATTCTACCAATAAATACTCTCCA
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AACCCTCTCCTTCGTGGTGTTGAAGTGGGCTTGGCACATGGTTTCCTCTTAGTGGGCCCA
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GCCGCTGGGCTTGTAGTCATCCTCAGCATGTGCCTCACTATCTACGGAATCTCTTCGTTC
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GACCAGCTTCAGACAGCTGAGGGATGGGCAAAATTTACGGGAGGGTTCTTCTTCGGAGGG
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AAATGAATGTAGTACAAAATATGAGCTTTCACCAGTATTCTACCAATAAATACTCTCCAG
TACAGTTGTTTCTTTCTCTTTTTT***TTACCTTTGTCTGATCAAGA*TCCTGAATCTCA
G
ATCGTT

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CGCTGCAATTGCTAGGCGTCTAGCCGTCCCTAAGGGAATCTCCGGCCCTCCTTTCGGCGT
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AACGTCAAGCCCTTTGATTGCGTGGTATCTTTCCAACCTCCCGGCT*ACCGCACCGCCGT
CAACCCTCTCCTTCGTGGTGTTGAAGTGGGCTTGGCACATGGTTTCCTCTTAGTGGGCCC
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CGCCGCTGGGCTTGTAGTCATCCTCAGCATGTGCCTCACTATCTACGGAATCTCTTCGTT
CAAGGAAGGAGAGCCCTCGATTGCTCCGAGTTTGACGTTGACTGGGCGGAAGAAGCAGCC
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GATCTCTGGTGTGACTTGGGCTTACTTTCTCCTCTACGTTCTTGACCTTCCCTATTTCGT
CAAGTGAATGTAGTACAAAATATGAGCTTTCACCAGTATTCTACCAATAAATACTCTCCA
GTACAATTGTTTCTTTTTCCTTTTTAATTTACTTTTGTCTGATCAAGAATCCTGAATCTC
AG*ATCGTTTATGCATAATACTGTG
C

QA 1 805 1 805
DS 

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QA 1 746 1 746
DS 

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DS 

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QA 1 720 1 720
DS 

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GGTATCTTTCCAACCTCCCGGCTTACCGCACCGCCGTCAACCCTCTCCTTCGTGGTGTTA
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QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 14

CO CL153Contig1 1486 14 10 U
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AL27TF U 1
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BS 810 1215 RR1EA88TF
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CTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAATCACCTTGTTTTAGCGGATCT
CAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTCAAGTGTTGCTCCGATCGGACTTCTTAT
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AGCAATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTATCAATATCTCTACTATCTAA
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TTTGTGGCGTCAACCTATAGGTTTTATCATTTTTCTAATTTCTTCCCTAGCAGAATGCGA
GAGGTTACCTTTTGATTTACCAGAAGCGGAAGAAGAATTAATAGCAGGTTATCAAACTGA
ATATTCCGGTATCAAATTTGGTTTATTTTACGTTGCTTCTTATCTAAATCTATTAATTTC
CTCATTATTTGTAACAGTTCTATACTTAGGCGGTTGGAATATTTCTATTCCGTATATATC
TATTCTGGAGCTATTTGAAAAGGATCAAATTTTTGGAACAACAATTGGTATCTTTATTAC
ATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCTATCGCAACCA

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1EA88TF 690 0 0
G
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TCATAGATAATTACAATATGCTTCCTATGATAACCGGGTTCATGAATTATGGTCAACAAA
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GTTTACCTGTAACTATTCAATACCCCTATGAAAAATTAATAACATCAGAACGTTTCCGCG
GTCGAATCCATTTCGAATTTGATAAATGCATTGCTTGTGAAGTATGTGTTCGAGTATGTC
CTATAGATCTGCCGGTTGTTGATTG
AAAT

QA 2 686 2 686
DS 

RD RR1CQ64TF 740 0 0
G
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TGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCTATCGCAACCAG
ATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAATTTCTTTT
ACCGATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACAACTTCTTTCCAACTCTTTTCACTCTAAAT
TGAAAATCAATCCAAGATATTCATTACTTGTTTTAAACAAGAGAAAGAAACAAAGATCAA
ATTATTCATAGATAATTACAATATGCTTCCTATGATAACCGGGTTCATGAATTATGGTCA
ACAAACCCTACGAGCTGCAAGGTATATTGGTCAGGGTTTCATGATTACCTTATCCCACAC
AAATCGTTTACCTGTAACTATTCAATACCCCTATGAAAAATTAATAACATCAGAACGTTT
CCGCGGTCGAATCCATTTCGAATTTGATAAATGCATTGCTTGTGAAGTATGTGTTCGAGT
ATGTCCTATAGATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAATATTCGAAAAAA*CG
ATTGCTTAATTACAGTATTGATTTTGGA*TTTGTATATTTTGTGGTA*TTGTGTTGAGTA
T*GTCCAACAAATTGTTTGTCA*TGACTGAG**ATATGAATTT*CAACTTATGATCGTCA
CGAGTTGA
TATATCAATCG

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR1C448TF 763 0 0
GGGT
TGGAATATTTCTATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTGAAAAGGATCAAATTTTT
GGAACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCT
ATCGCAACCAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGG
AAATTTCTTTTACCGATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACAACTTCTTTCCAACTCTTT
TCACTCTAAATTGAAAATCAATCCAAGATATTCATTACTTGTTTTAAACAAGAGAAAGAA
ACAAAGATCAAATTATTCATAGATAATTACAATATGCTTCCTATGATAACCGGGTTCATG
AATTATGGTCAACAAACCCTACGAGCTGCAAGGTATATTGGTCAGGGTTTCATGATTACC
TTATCCCACACAAATCGTTTACCTGTAACTATTCAATACCCCTATGAAAAATTAATAACA
TCAGAACGTTTCCGCGGTCGAATCCATTTCGAATTTGATAAATGCATTGCTTGTGAAGTA
TGTGTTCGAGTATGTCCTATAGATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAATATT
CGAAAAAA*CGATTGCTTAATTACAGTATTGATTTTGGAATTTGTATATTTTGTGGTAAT
TGTGTTGAGTATTGTCCAACAAATTGTTTGTCAATGACTGAAGAATATGAATTTTCAACT
TATGATCGTCACGAGTTGAATTATAATCAAATCGCTTTG

QA 5 763 5 763
DS 

RD RR1CQ64JQ 702 0 0
TTATTTGTTCT*GTTCATTTCTATCGCAACCAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGA
TCAACTATTAAATCTTGGATGGAAATTTCTTTTACCGATTTCCCTTGGTAATCTATTATT
AACAACTTCTTTCCAACTCTTTTCACTCTAAATTGAAAATCAATCCAAGATATTCATTAC
TTGTTTTAAACAAGAGAAAGAAACAAAGATCAAATTATTCATAGATAATTACAATATGCT
TCCTATGATAACCGGGTTCATGAATTATGGTCAACAAACCCTACGAGCTGCAAGGTATAT
TGGTCAGGGTTTCATGATTACCTTATCCCACACAAATCGTTTACCTGTAACTATTCAATA
CCCCTATGAAAAATTAATAACATCAGAACGTTTCCGCGGTCGAATCCATTTCGAATTTGA
TAAATGCATTGCTTGTGAAGTATGTGTTCGAGTATGTCCTATAGATCTGCCGGTTGTTGA
TTGGAAATTGGAAACCAATATTCGAAAAAAACGATTGCTTAATTACAGTATTGATTTTGG
AATTTGTATATTTTGTGGTAATTGTGTTGAGTATTGTCCAACAAATTGTTTGTCAATGAC
TGAAGAATATGAATTTTCAACTTATGATCGTCACGAGTTGAATTATAATCAAATCGCTTT
GGGTCGTTTACCAATGTCAGTAATTGACGATTACACTATTCG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1C448JQ 852 0 0
TGGAATATTTCTATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATT*GAAAAGGATCAAATTTTT
GGAACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCT
ATCGCAACCAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGG
AAATTTCTTTTACCGATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACAACTTCTTTCCAACTCTTT
TCACTCTAAATTGAAAATCAATCCAAGATATTCATTACTTGTTTTAAACAAGAGAAAGAA
ACAAAGATCAAATTATTCATAGATAATTACAATATGCTTCCTATGATAACCGGGTTCATG
AATTATGGTCAACAAACCCTACGAGCTGCAAGGTATATTGGTCAGGGTTTCATGATTACC
TTATCCCACACAAATCGTTTACCTGTAACTATTCAATACCCCTATGAAAAATTAATAACA
TCAGAACGTTTCCGCGGTCGAATCCATTTCGAATTTGATAAATGCATTGCTTGTGAAGTA
TGTGTTCGAGTATGTCCTATAGATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAATATT
CGAAAAAA*CGATTGCTTAATTACAGTATTGATTTTGGAATTTGTATATTTTGTGGTAAT
TGTGTTGAGTATTGTCCAACAAATTGTTTGTCAATGACTGAAGAATATGAATTTTCAACT
TATGATCGTCACGAGTTGAATTATAATCAAATCGCTTTGGGTCGTTTACCAATGTCAGTA
ATTGACGATTACACTATTCGAACAATTTTGAATTCACCTCAAACAAAAAATGGATAAACC
CATTAATTTTAT

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR1AV18TF 811 0 0
G
TATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTGAAAAGGATCAAATTTTTGGAACAACAAT
TGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCTATCGCAACCAG
ATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAATTTCTTTT
ACCGATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACAACTTCTTTCCAACTCTTTTCACTCTAAAT
TGAAAATCAATCCAAGATATTCATTACTTGTTTTAAACAAGAGAAAGAAACAAAGATCAA
ATTATTCATAGATAATTACAATATGCTTCCTATGATAACCGGGTTCATGAATTATGGTCA
ACAAACCCTACGAGCTGCAAGGTATATTGGTCAGGGTTTCATGATTACCTTATCCCACAC
AAATCGTTTACCTGTAACTATTCAATACCCCTATGAAAAATTAATAACATCAGAACGTTT
CCGCGGTCGAATCCATTTCGAATTTGATAAATGCATTGCTTGTGAAGTATGTGTTCGAGT
ATGTCCTATAGATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAATATTCGAAAAAAACG
ATTGCTTAATTACAGTATTGATTTTGGAATTTGTATATTTTGTGGTAATTGTGTTGAGTA
TTGTCCAACAAATTGTTTGTCAATGACTGAAGAATATGAATTTTCAACTTATGATCGTCA
CGAGTTGAATTATAATCAAATCGCTTTGGGTCGTTTACCAATGTCAGTAATTGACGATTA
CACTATTCGAACAATTTTGAATTCACCTCA

QA 2 811 2 811
DS 

RD RR1AV18JQ 839 0 0
A
TCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTGAAAAGGATCAAATTTTTGGAACAACAATTGG
TATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCTATCGCAACCAGATG
GACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAATTTCTTTTACC
GATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACAACTTCTTTCCAACTCTTTTCACTCTAAATTGA
AAATCAATCCAAGATATTCATTACTTGTTTTAAACAAGAGAAAGAAACAAAGATCAAATT
ATTCATAGATAATTACAATATGCTTCCTATGATAACCGGGTTCATGAATTATGGTCAACA
AACCCTACGAGCTGCAAGGTATATTGGTCAGGGTTTCATGATTACCTTATCCCACACAAA
TCGTTTACCTGTAACTATTCAATACCCCTATGAAAAATTAATAACATCAGAACGTTTCCG
CGGTCGAATCCATTTCGAATTTGATAAATGCATTGCTTGTGAAGTATGTGTTCGAGTATG
TCCTATAGATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAATATTCGAAAAAAACGATT
GCTTAATTACAGTATTGATTTTGGAATTTGTATATTTTGTGGTAATTGTGTTGAGTATTG
TCCAACAAATTGTTTGTCAATGACTGAAGAATATGAATTTTCAACTTATGATCGTCACGA
GTTGAATTATAATCAAATCGCTTTGGGTCGTTTACCAATGTCAGTAATTGACGATTACAC
TATTCGAACAATTTTGAATTCACCTCAAACAAAAAATGGATAAACCCATTAATTTTAT

QA 2 839 2 839
DS 

RD RR1EA88JQ 376 0 0
AACATCAGAACGTTTCCGCGGTCGAATCCATTTCGAATTTGATAAATGCATTGCTTGTGA
AGTATGTGTTCGAGTATGTCCTATAGATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAA
TATTCGAAAAAAACGATTGCTTAATTACAGTATTGATTTTGGAATTTGTATATTTTGTGG
TAATTGTGTTGAGTATTGTCCAACAAATTGTTTGTCAATGACTGAAGAATATGAATTTTC
AACTTATGATCGTCACGAGTTGAATTATAATCAAATCGCTTTGGGTCGTTTACCAATGTC
AGTAATTGACGATTACACTATTCGAACAATTTTGAATTCACCTCAAACAAAAAATGGATA
AACCCATTAATTTTAT

QA 1 376 1 376
DS 

RD RR1F215TF 585 0 0
G
TAAATTGAAAATCAATCCAAGATATTCATTACTTGTTTTAAACAAGAGAAAGAAACAAAG
ATCAAATTATTCATAGATAATTACAATATGCTTCCTATGATAACCGGGTTCATGAATTAT
GGTCAACAAACCCTACGAGCTGCAAGGTATATTGGTCAGGGTTTCATGATTACCTTATCC
CACACAAATCGTTTACCTGTAACTATTCAATACCCCTATGAAAAATTAATAACATCAGAA
CGTTTCCGCGGTCGAATCCATTTCGAATTTGATAAATGCATTGCTTGTGAAGTATGTGTT
CGAGTATGTCCTATAGATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAATATTCGAAAA
AAACGATTGCTTAATTACAGTATTGATTTTGGAATTTGTATATTTTGTGGTAATTGTGTT
GAGTATTGTCCAACAAATTGTTTGTCAATGACTGAAGAATATGAATTTTCAACTTATGAT
CGTCACGAGTTGAATTATAATCAAATCGCTTTGGGTCGTTTACCAATGTCAGTAATTGAC
GATTACACTATTCGAACAATTTTGAATTCACCTCAAACAAAAAA

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR1F215JQ 607 0 0
G
TAAATTGAAAATCAATCCAAGATATTCATTACTTGTTTTAAACAAGAGAAAGAAACAAAG
ATCAAATTATTCATAGATAATTACAATATGCTTCCTATGATAACCGGGTTCATGAATTAT
GGTCAACAAACCCTACGAGCTGCAAGGTATATTGGTCAGGGTTTCATGATTACCTTATCC
CACACAAATCGTTTACCTGTAACTATTCAATACCCCTATGAAAAATTAATAACATCAGAA
CGTTTCCGCGGTCGAATCCATTTCGAATTTGATAAATGCATTGCTTGTGAAGTATGTGTT
CGAGTATGTCCTATAGATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAATATTCGAAAA
AAACGATTGCTTAATTACAGTATTGATTTTGGAATTTGTATATTTTGTGGTAATTGTGTT
GAGTATTGTCCAACAAATTGTTTGTCAATGACTGAAGAATATGAATTTTCAACTTATGAT
CGTCACGAGTTGAATTATAATCAAATCGCTTTGGGTCGTTTACCAATGTCAGTAATTGAC
GATTACACTATTCGAACAATTTTGAATTCACCTCAAACAAAAAATGGATAAACCCATTAA
TTTTAT

QA 2 607 2 607
DS 

RD RR1AL27JQ 791 0 0
GAACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCTA
TCGCAACCAGACGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGA
AATTTCTTTTACCGATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACAACTTCTTTCCAACTCTTTT
CACTCTAAATTGAAAATCAATCCAAGATATTCATTACTTGTTTTAAACAAGAGAAAGAAA
CAAAGATCAAATTATTCATAGATAATTACAATATGCTTCCTATGATAACCGGGTTCATGA
ATTATGGTCAACAAACCCTACGAGCTGCAAGGTATATTGGTCAGGGTTTCATGATTACCT
TATCCCACACAAATCGTTTACCTGTAACTATTCAATACCCCTATGAAAAATTAATAACAT
CAGAACGTTTCCGCGGTCGAATCCATTTCGAATTTGATAAATGCATTGCTTGTGAAGTAT
GTGTTCGAGTATGTCCTATAGATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAATATTC
GAAAAAAACGATTGCTTAATTACAGTATTGATTTTGGAATTTGTATATTTTGTGGTAATT
GTGTTGAGTATTGTCCAACAAATTGTTTGTCAATGACTGAAGAATATGAATTTTCAACTT
ATGGTCGTCACGAGTTGAATTATAATCAAATCGCTTTGGGTCGTTTACCAATGTCAGTAA
TTGACGATTACACTATTCGAACAATTTTGAATTCACCTCAAACAAAAAATGGATAAACCC
ATTAATTTTAT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1AJ76JQ 291 0 0
GATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAATATTCGAAAAAAACGATTGCTTAAT
TACAGTATTGATTTTGGAATTTGTATATTTTGTGGTAATTGTGTTGAGTATTGTCCAACA
AATTGTTTGTCAATGACTGAAGAATATGAATTTTCAACTTATGATCGTCACGAGTTGAAT
TATAATCAAATCGCTTTGGGTCGTTTACCAATGTCAGTAATTGACGATTACACTATTCGA
ACAATTTTGAATTCACCTCAAACAAAAAATGGATAAACCCATTAATTTTAT

QA 1 291 1 291
DS 

RD RR1AJ76TF 291 0 0
GATCTGCCGGTTGTTGATTGGAAATTGGAAACCAATATTCGAAAAAAACGATTGCTTAAT
TACAGTATTGATTTTGGAATTTGTATATTTTGTGGTAATTGTGTTGAGTATTGTCCAACA
AATTGTTTGTCAATGACTGAAGAATATGAATTTTCAACTTATGATCGTCACGAGTTGAAT
TATAATCAAATCGCTTTGGGTCGTTTACCAATGTCAGTAATTGACGATTACACTATTCGA
ACAATTTTGAATTCACCTCAAACAAAAAATGGATAAACCCATTAATTTTAT

QA 1 291 1 291
DS 



AS 3 10

CO CL154Contig1 797 2 5 U
GGATAAAAAATCAACAGAATCTTTATGATCCCAGAAACGACACTCGGAGACTTTTCTTAG
GGCTTATCCGAATCCGAATTCTCAGTGCAACTTGATAAAGTCTTATCATCAAATCAAATC
AAACCAACCCCTAACAACCTCCTCCGATCTCCAGATTCATCGTCGCCCTGAGTGGAATAT
CTACAGAGAAGGGGAGAAAAGATGGCGGTTACTATGAAGCATATGTCGTTGATCGTCTCT
TTGTTTGGCGTATTGTCCTTCCTTCTTGGTGTCATCGCTGAGAACAAGAAGCCTGCGTCT
GGGACTCCAATTAACGGAAAGGGAGTGGTTATCTGCAAATATCCATCTGATCCAACTGTT
GCCTTGGGTTACCTTTCTGCTGCCTTTCTCCTTGCCTCCACCGTAGCTGGATACAAATCC
CTCTTCATGTCTTACAAGGGAAAGTCTGTTCCCAACTCCGTCTTGTTCAAAAGCACCAGC
TTCTCCGTCTTCTTCAACATTGCCTTGATCACATCTGGACTTGCACTGTCTCTGTTGCTA
TGGCCAACCATTACAGAGCAACTTCACTTGACGCGTAATGTTCATCGGAACTTAGAGACC
GCTTGCCCCACGGCTAAGACTGGTCTGCTTGGTGGAGGTGCCTTCGTGTCATTAGACTCG
TGCCTTTTCTGGTTGGTCGCTCTGATGCTCGCTGATACGCACGTGAAGACCATTTTGATG
AACTGAGAACAGGAACGTCAATGGGAACTCTTCCTCTAGGGATGTAGTCTCAGATTGATG
CTTGAGAGATATCTGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 
0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB36TF U 57
AF RR1BM38TF U 1
BS 1 118 RR1BM38TF
BS 119 123 RR1HB36TF
BS 124 338 RR1BM38TF
BS 339 339 RR1HB36TF
BS 340 797 RR1BM38TF

RD RR1HB36TF 535 0 0
GG
AGGGCTTATCCGAATCCGAATTCTCAGTGCAACTTGATAAAGTCTTATCATCAAATCAAA
TCAAACCAACCCCTAACAACCTCCTCCGATCTCCAGATTCATCGTCGCCCTGAGTGGAAT
ATCTACAGAGAAGGGGAGAAAAGATGGCGGTTACTATGAAGCATATGTCGTTGATCGTCT
CTTTGTTTGGCGTATTGTCCTTCCTTCTTGGTGTCATCGCTGAGAACAAGAAGCCTGCGT
CTGGGACTCCAATTAACGGAAAGGGAGTGGTTATCTGCAAATATCCATCTGATCCAACTG
TTGCCTTGGGTTACCTTTCTGCTGCCTTTCTCCTTGCCTCCACCGTAGCTGGATACAAAT
CCCTCTTCATGTCTTACAAGGGAAAGTCTGTTCCCAACTCCGTCTTGTTCAAAAGCACCA
GCTTCTCCGTCTTCTTCAACATTGCCTTGATCACATCTGGACTTGCACTGTCTCTGTTGC
TATGGCCAACCATTACAGAGCAACTTCACTTGACGCGTAATGTTCATCGGAAC

QA 3 535 3 535
DS 

RD RR1BM38TF 797 0 0
GGATAAAAAATCAACAGAATCTTTATGATCCCAGAAACGACACTCGGAGACTTTTCTTAG
GGCTTATCCGAATCCGAATTCTCAGTGCAACTTGATAAAGTCTTATCATCAAATCAAA**
***CCAACCCCTAACAACCTCCTCCGATCTCCAGATTCATCGTCGCCCTGAGTGGAATAT
CTACAGAGAAGGGGAGAAAAGATGGCGGTTACTATGAAGCATATGTCGTTGATCGTCTCT
TTGTTTGGCGTATTGTCCTTCCTTCTTGGTGTCATCGCTGAGAACAAGAAGCCTGCGTCT
GGGACTCCAATTAACGGAAAGGGAGTGGTTATCTGCAAGTATCCATCTGATCCAACTGTT
GCCTTGGGTTACCTTTCTGCTGCCTTTCTCCTTGCCTCCACCGTAGCTGGATACAAATCC
CTCTTCATGTCTTACAAGGGAAAGTCTGTTCCCAACTCCGTCTTGTTCAAAAGCACCAGC
TTCTCCGTCTTCTTCAACATTGCCTTGATCACATCTGGACTTGCACTGTCTCTGTTGCTA
TGGCCAACCATTACAGAGCAACTTCACTTGACGCGTAATGTTCATCGGAACTTAGAGACC
GCTTGCCCCACGGCTAAGACTGGTCTGCTTGGTGGAGGTGCCTTCGTGTCATTAGACTCG
TGCCTTTTCTGGTTGGTCGCTCTGATGCTCGCTGATACGCACGTGAAGACCATTTTGATG
AACTGAGAACAGGAACGTCAATGGGAACTCTTCCTCTAGGGATGTAGTCTCAGATTGATG
CTTGAGAGATATCTGCA

QA 1 797 1 797
DS 



CO CL154Contig2 857 3 5 U
GGAACTTGACAAGTTATCATCTTCACGTCTCCCAAATCACAATCAAATCGAACCACATCA
TCTGAGAAGCAAGAAAATGGCGGTTACTATGAAACAGATGTCGTTGATCGTGTCTTTGTT
TGGTGTCTTGTCGTTTATTCTCGGAGTCATCGCTGAGAACAAGAAGCCTGCGTCTGGAAT
TCCAATAAACGGAAAGGGAGTAGTCATCTGCAAATATCCATCTGATCCAACTGTTGCCTT
GGGTTACCTTTCTGCCGCTTTTCTCCTTGCCTGCACCGTTGCAGGATACAAATCCTTGTT
CATCTCTTACAAGGGAAGGGTCTGTTCCCAACTCTGTCTTGTTCAAAAGCACCAGCTTCT
CTGTCTTCTTCAACATTGCCTTGATAACATCTGGACTGGCACTGTCTCTGTTGCTATGGC
CAACCATTACAGAGCAACTTCACTTGACCCGTAATTTACACAGGAACTTAGAGACCAGCT
GCCCCACAGCTAAGACTGGTCTGCTAGGTGGAGGTGCATTTGTGTCATTGGACTCGTGTC
TTTTCTGGCTGGTGGCTCTGGTGCTAGCCGATAACGCCCGTGAAGACCATTTGGATGAAG
CTGAAAACAGAAACGGCGATGGGAACTCTTCCTCCAGGGATGTTAACCTCAAGATTGATG
CTTGAGAGAATGAACGATCTGCATCTGCTTATTGGTATTGGGGTGTAGTAATAGTTTTCT
TTTGTTAAAATACATTTGATTTTAAAGATGCTATGAATTGCTTGTGCAGCTTAATGCACT
GTGATTCTCAAAGTTGTATATGTCTCTCTACTCAGTCAGATTCTTGCTTAAATAATATTT
TGATTTGGATTTATCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA10TF U 1
AF RR1B465TF U 229
AF RR1CA10JQ C 367
BS 1 319 RR1CA10TF
BS 320 320 RR1B465TF
BS 321 729 RR1CA10TF
BS 730 818 RR1B465TF
BS 819 857 RR1CA10JQ

RD RR1CA10TF 737 0 0
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TCCAATAAACGGAAAGGGAGTAGTCATCTGCAAATATCCATCTGATCCAACTGTTGCCTT
GGGTTACCTTTCTGCCGCTTTTCTCCTTGCCTGCACCGTTGCAGGATACAAATCCTTGTT
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CTGTCTTCTTCAACATTGCCTTGATAACATCTGGACTGGCACTGTCTCTGTTGCTATGGC
CAACCATTACAGAGCAACTTCACTTGACCCGTAATTTACACAGGAACTTAGAGACCAGCT
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TTTTCTGGCTGGTGGCTCTGGTGCTAGCCGATAACGCCCGTGAAGACCATTTGGATGAAG
CTGAAAACAGAAACGGCGATGGGAACTCTTCCTCCAGGGATGTTAACCTCAAGATTGATG
CTTGAGAGAATGAACGATCTGCATCTGCTTATTGGTATTGGGGTGTAGTAATAGTTTTCT
TTTGTTAAA
TACATTTG

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DS 

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GCACCAGCTTCTCTGTCTTCTTCAACATTGCCTTGATAACATCTGGACTGGCACTGTCTC
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TGGACTCGTGTCTTTTCTGGCTGGTGGCTCTGATGCTAGCTGATAACGCCCGTGAAGACC
ATTTGGATGAAGCTGAAAACAGAAACGGCGATGGGAACTCTTCCTCCAGGGATGTTAACC
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GCTTAATGCACTGTGATTCTCAAAGTTGTATATGTCTCTCTACTCAGTCA

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DS 

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TTACAGAGCAACTTCACTTGACCCGTAATTTACACAGGAACTTAGAGACCAGCTGCCCCA
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GGCTGGTGGCTCTGGTGCTAGCCGATAACGCCCGTGAAGACCATTTGGATGAAGCTGAAA
ACAGAAACGGCGATGGGAACTCTTCCTCCAGGGATGTTAACCTCAAGATTGATGCTTGAG
AGAATGAACGATCTGCATCTGCTTATTGGTATTGGGGTGTAGTAATAGTTTTCTTTTGTT
AAAATACATTTGATTTTAAAGATGCTATGAATTGCTTGTGCAGCTTACTGCACTGTGATT
CTCAAAGTTGTATATGTCTCTCTACTCAGTCAGATTCTTGCTTAAATAATATTTTGATTT
GGATTTATCTT

QA 1 491 1 491
DS 



CO CL154Contig3 974 5 5 U
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CATCATCATCTTCTCCCAAATCACAATCAAATCAAAACCACATCATCTGATCTCCAGATT
CGTCGTCTCTGAGAAGAAAAAAAAATGGCGGTTACTATGAAACAGATGTCGTTGATCGTG
CCTTTGTTTGGCGTCTTGTCGTTTATTCTCGGAGTCATCGCTGAGAACAAGAAGCCTGCG
TCTGGAATTCCAATAAATGGAAAGGGAGTAGTCATCTGCAAATATCCATCTGATCCAACT
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CCCTTGTTCATCTCTTACAAGGGAAAGTCTGTTCCCAACTCTGTCTTGTTCAAAAGCACC
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CTATGGCCAACCATTACAGAGCAACTTCACTTGACCCGTAATGTACACAGGAACTTAGAG
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ATTGATGCTTGAGAGAATGAATGATCTGCATCTGCATCTGCTTATTGGTATTGGGGTGTA
GTAAGGGGGTTTTATGTTATTCTACTGCTTGTTTGATTAGGAAAATACAAATAGTTTTTC
TTTTTAAAATACATTTGATTTTAAAGATGCTATGAATTGCTTGTGAAGCTTAATGCACTG
TGATTCTCAAAGTTGTATATGTCTCTACTCAGTCAGATTCTTGCTTAAATAATATTTTGA
TTTGGATTTATCAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH43TF U 1
AF RR1CR54TF U 1
AF RR1GQ60TF U 2
AF RR1CH43JQ C 101
AF RR1CR54JQ C 542
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TCTGGAATTCCAATAAATGGAAAGGGAGTAGTCATCTGCAAATATCCATCTGATCCAACT
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AGCTCCTCTGTCTTCTTCAACATTGCCTTGATAACATCTGGACTGGCACTGTCTCTGTTG
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GATGAAGCTGAAA
CAGA

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DS 

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G
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GTCGTCTCTGAGAAGAAAAAAAAATGGCGGTTACTATGAAACAGATGTCGTTGATCGTGT
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CCTTGTTCATCTCTTACAAGGGAAAGTCTGTTCCCAACTCTGTCTTGTTCAAAAGCACCA
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ATGAAGCTGAAAA
A

QA 2 674 2 674
DS 

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ATCATCATCTTCTCCCAAATCACAATCAAATCAAAACCACATCATCTGATCTCCAGATTC
GTCGTCTCTAA****AAAAAAAAATAGCGGTTACTATGAAACAGATGTCGTTGATCGTGT
CTTTGTTTGGCGTCTTGTCGTTTATTCTCGGAGTCATCGCTGAGAACAAGAAGCCTGCGT
CTGGAATTCCAGTAAATGGAA*GGGAGTAGTCATCTGCAAATATCCATCTGATCCAACTG
TTGCCTTGGGTTACCTTTCTGCCGCTTTTCTCCTTGCCTGCACCGTTGCAGGATACAAAT
CCTTGTTCATCTCTTACAAGGGAAAGTCTGTTCCCAACTCTGTCTTGTTCAAAAGCACCA
GCTTCTCTGTCTTCTTCAACATTGCCTTGATAACATCTGGACTGGCACTGTCTCTGTTGC
TATGGCCAACCATTACAGAGCAACTTCACTTGACCCGTAATGTACACAGGAACTTAGAGA
CCAGCTGCCCCACGGCTAAGACTGGTCTGCTAGGTGGAGGTGCATTTGTGTCATTGGACT
CGTGTCTTTTCTGGCTGGTGGCTCTGATGCTAGCTGATAACGCCCGTGAAGACCATTTGG
ATGAAGCTGAAAACAGAAACGGCGATGGGAACTCTTCCTCCAGGGATGTTAACCTCAAGA
TTGATGCTT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1CH43JQ 811 0 0
CATCATCTGATCTCCAGATTCGTCGTCTCTGAGAAAAAAAAAAAATGGCGGTTACTATGA
AACAGATGTCGTTGATCGTGCCTTTGTTTGGCGTCTTGTCGTTTATTCTCGGAGTCATCG
CTGAGAACAAGAAGCCTGCGTCTGGAATTCCAATAAATGGAAAGGGAGTAGTCATCTGCA
AATATCCATCTGATCCAACTGTTGCCTTGGGTTACCTTTCTGCCGCTTTTCTCCTTTCCT
GCACCGTTGCAGGATACAAACCCTTGTTCATCTCTTACAAGGGAAAGTCTGTTCCCAACT
CTGTCTTGTTCAAAAGCACCAGCTCCTCTGTCTTCTTCAACATTGCCTTGATAACATCTG
GACTGGCACTGTCTCTGTTGCTATGGCCAACCATTACAGAGCAACTTCACTTGACCCGTA
ATGTACACAGGAACTTAGAGACCAGCTGCCCCACGGCTAAGACTGGTCTGCTAGGTGGAG
GTGCATTTGTGTCATTGGACTCGTGTCTTTTCTGGCTGGTGGCTCTGATGCTAGCTGATA
ACGCCCGTGAAGACCATTTGGATGAAGCTGAAAACAGAAACGGCGATGGGAACTCTTCCT
CCAGGGATGTTAACCTCAAGATTGATGCTTGAGAGAATGAATGATCTGCATCTGCATCTG
CTTATTGGTATTGGGGTGTAGTAAGGGGGTTTTATGTTATTCTACTGCTTGTTTGATTAG
GAAAATACAAATAGTTTTTCTTTTTAAAATACATTTGATTTTAAAGATGCTATGAATTGC
TTGTGAAGCTTAATGCACTGTGATTCTC
TAA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1CR54JQ 433 0 0
CCAGCTGCCCCACGGCTAAGACTGGTCTGCTAGGTGGAGGTGCATTTGTGTCATTGGACT
CGTGTCTTTTCTGGCTTGTGGCTCTGATGCTAGCTGATAACGCCCGTGAAGACCATTTGG
ATGAAGCTGAAAACAGAAACGGCGATGGGAACTCTTCCTCCAGGGATGTTAACCTCAAGA
TTGATGCTTGAGAGAATGAATGATCTGCATCTGCATCTGCTTATTGGTATTGGGGTGTAG
TAAGGGGGTTTTATGTTATTCTACTGCTTGTTTGATTAGGAAAATACAAATAGTTTTTCT
TTTTAAAATACATTTGATTTTAAAGATGCTATGAATTGCTTGTGAAGCTTAATGCACTGT
GATTCTCAAAGTTGTATATGTCTCTACTCAGTCAGATTCTTGCTTAAATAATATTTTGAT
TTGGATTTATCAC

QA 1 433 1 433
DS 



AS 4 14

CO CL155Contig1 891 2 4 U
GCAGAAGAGTTTGTCCAAGGTCTTCAACAATTCATGTCATTTGCCTCAAACCAGCAGATA
ACTATGGAAACGGGTAAGATGTACTGCCCTTGTCCTGTTTGTAAAAATCGTAGATTTGGT
ACTGTTAGTGGTGTATGGAAGCACTTATATGTAGAGGATTTATGGCGGGTTATAAAATTT
GGTATTCGCATGGTGAAACTGATTTGATGGTGAATTTCGGTAGTACTAGTGAAGAAAATA
ATTTGAGAGGGGTAGGAGAACAACAAGGTGGCTTAGATGAACATATTGGAACTGTTCAAA
TGGTTGAAGATAGGTTTAGAACGGAGGAACCAAATTTTGAAGCGCAGAAATTTTATGATA
TGTTAGATGCAGCAAAAAATCCTTTATATGATGGTTGTAGAGAGGGTATTTCACCTCTTT
CAGCTGCAACAAGGATGATGTCTATTAAAACAGATTACAACTTAAGCGAAGACTGTGTTG
ATGCGATAGCTGATTTTGTGAAAGGTATATTGCCGGAAGATAACTTTTCACCAGCTAATT
ATTATGAGATACAGAAGTTGGTTTCTGGGTTGGGTTTACCCTATCAAATGATAGACGTTT
GCATCGACAACTGTATGTTATACTGGGGAAGGAGCAAGTGGTTAGCGGGAAAAAGTACGA
TCTGAAGATTGCGGCCAAGGATGGTGGTGGTGCGACGAAGAACTACGAGGCTGTGGTGGT
GGAAAGGGTGTGGGATCATTACAGGAGTCTTGAGTCTTTCAAGGCTGTGTAGATCTGATT
TGGAATATTGATCTGATTGATATCTATATAGGTTTCCTTGGTTTGAGATTTTGACATTAT
ATGTTGTTGTTTTTTTGACACTATATGTTGTTGTTGTTTGGTAATAAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN53TF U 1
AF RR1FN53JQ C 100
BS 1 679 RR1FN53TF
BS 680 680 RR1FN53JQ
BS 681 705 RR1FN53TF
BS 706 891 RR1FN53JQ

RD RR1FN53TF 705 0 0
GCAGAAGAGTTTGTCCAAGGTCTTCAACAATTCATGTCATTTGCCTCAAACCAGCAGATA
ACTATGGAAACGGGTAAGATGTACTGCCCTTGTCCTGTTTGTAAAAATCGTAGATTTGGT
ACTGTTAGTGGTGTATGGAAGCACTTATATGTAGAGGATTTATGGCGGGTTATAAAATTT
GGTATTCGCATGGTGAAACTGATTTGATGGTGAATTTCGGTAGTACTAGTGAAGAAAATA
ATTTGAGAGGGGTAGGAGAACAACAAGGTGGCTTAGATGAACATATTGGAACTGTTCAAA
TGGTTGAAGATAGGTTTAGAACGGAGGAACCAAATTTTGAAGCGCAGAAATTTTATGATA
TGTTAGATGCAGCAAAAAATCCTTTATATGATGGTTGTAGAGAGGGTATTTCACCTCTTT
CAGCTGCAACAAGGATGATGTCTATTAAAACAGATTACAACTTAAGCGAAGACTGTGTTG
ATGCGATAGCTGATTTTGTGAAAGGTATATTGCCGGAAGATAACTTTTCACCAGCTAATT
ATTATGAGATACAGAAGTTGGTTTCTGGGTTGGGTTTACCCTATCAAATGATAGACGTTT
GCATCGACAACTGTATGTTATACTGGGGAAGGAGCAAGTGGTTAGCGGGAAAAAGTACGA
TCTGAAGATTGCGGCCAAG*ATGGTGGTGGTGCGACGAAGAACTA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1FN53JQ 792 0 0
TTGT
AAAATCGTAGATTTGGTACTGTTAGTGGTGTATGGAAGCACTTATATGTAGAGGATTTAT
GGCGGGTTATAAAATTTGGTATTCGCATGGTGAAACTGATTTGATGGTGAATTTCGGTAG
TACTAGTGAAGAAAATAATTTGAGAGGGGTAGGAGAACAACAAGGTGGCTTAGATGAACA
TATTGGAACTGTTCAAATGGTTGAAGATAGGTTTAGAACGGAGGAACCAAATTTTGAAGC
GCAGAAATTTTATGATATGTTAGATGCAGCAAAAAATCCTTTATATGATGGTTGTAGAGA
GGGTATTTCACCTCTTTCAGCTGCAACAAGGATGATGTCTATTAAAACAGATTACAACTT
AAGCGAAGACTGTGTTGATGCGATAGCTGATTTTGTGAAAGGTATATTGCCGGAAGATAA
CTTTTCACCAGCTAATTATTATGAGATACAGAAGTTGGTTTCTGGGTTGGGTTTACCCTA
TCAAATGATAGACGTTTGCATCGACAACTGTATGTTATACTGGGGAAGGAGCAAGTGGTT
AGCGGGAAAAAGTACGATCTGAAGATTGCGGCCAAGGATGGTGGTGGTGCGACGAAGAAC
TACGAGGCTGTGGTGGTGGAAAGGGTGTGGGATCATTACAGGAGTCTTGAGTCTTTCAAG
GCTGTGTAGATCTGATTTGGAATATTGATCTGATTGATATCTATATAGGTTTCCTTGGTT
TGAGATTTTGACATTATATGTTGTTGTTTTTTTGACACTATATGTTGTTGTTGTTTGGTA
ATAAAAAG

QA 5 792 5 792
DS 



CO CL155Contig2 529 6 7 U
AGTAAAACAGATCTTTTATTTAATATCAAAAAGACTTTTTATTACCAAACAACAACAACA
TATAGTGTCAAAAAAACAACAACATATAATGTCAAAATCTCAAACCAAGGAAACCTATAT
AGATATCAATCAGATCAATATTCCAAATCAGATCTACACAGCCTTGAAAGACTCAAGACT
CCTGTAATGATCCCACACCCTTTCCACCACCACAGCCTCGTAGTTCTTCGTCGCACCACC
ACCATCCTTGGCCGCAATCTTCAGATCGTACTTTTTCCCGCTAACCACTTGCTCCTTCCC
CTCGACTATCTTCACGAACACCAGATTCGCTTTCGACTGCTTGTTATGCTCATCAACCGC
ATACTTCGCGAGCGACACCACGATCGGATCTGATAAGTTTTCAATCTTCTTCCACCCACC
GAGGTTGCCTTCCACGACGGCGATGAGAGGGAGGAGGACGAGCGAGAGACAAATCAAAGA
CTTCATCATCATTTTTTCTTTTTTTTTCTTTATGGATCTTGGACGGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR1C337JQ U 35
AF RR1FW72JQ U 1
AF RR1FW72TF C 1
AF RR1BN15JQ U 35
AF RR1C337TF C 35
AF RR1BN15TF C 35
BS 1 131 RR1FW72JQ
BS 132 132 RR1BN15JQ
BS 133 367 RR1FW72JQ
BS 368 368 RR1BN15JQ
BS 369 446 RR1FW72JQ
BS 447 447 RR1BN15JQ
BS 448 529 RR1FW72JQ

RD RR1C337JQ 198 0 0
CTTTTTATTACCAAACAACAACAACATATAGTGTCAAAAAAACAACAACATATAATGTCA
AA*TCTCAAACCAAGGAAACCTATATAGATATCAATCAGATCAATATCCCAAATCAGATC
TACACAGCCTTGAAAGACTCAAGACTCCTGTAATGATCCCACCCCCTTTCCACCACCACA
GCCTCGTAGTTCTTCGTC

QA 1 198 1 198
DS 

RD RR1FW72JQ 529 0 0
AGTAAAACAGATCTTTTATTTAATATCAAAAAGACTTTTTATTACCAAACAACAACAACA
TATAGTGTCAAAAAAACAACAACATATAATGTCAAAATCTCAAACCAAGGAAACCTATAT
AGATATCAATCGGATCAATATTCCAAATCAGATCTACACAGCCTTGAAAGACTCAAGACT
CCTGTAATGATCCCACACCCTTTCCACCACCACAGCCTCGTAGTTCTTCGTCGCACCACC
ACCATCCTTGGCCGCAATCTTCAGATCGTACTTTTTCCCGCTAACCACTTGCTCCTTCCC
CTCGACTATCTTCACGAACACCAGATTCGCTTTCGACTGCTTGTTATGCTCATCAACCGC
ATACTTCACGAGCGACACCACGATCGGATCTGATAAGTTTTCAATCTTCTTCCACCCACC
GAGGTTGCCTTCCACGACGGCGATGAAAGGGAGGAGGACGAGCGAGAGACAAATCAAAGA
CTTCATCATCATTTTTTCTTTTTTTTTCTTTATGGATCTTGGACGGTCC

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1FW72TF 529 0 0
AGTAAAACAGATCTTTTATTTAATATCAAAAAGACTTTTTATTACCAAACAACAACAACA
TATAGTGTCAAAAAAACAACAACATATAATGTCAAAATCTCAAACCAAGGAAACCTATAT
AGATATCAATCGGATCAATATTCCAAATCAGATCTACACAGCCTTGAAAGACTCAAGACT
CCTGTAATGATCCCACACCCTTTCCACCACCACAGCCTCGTAGTTCTTCGTCGCACCACC
ACCATCCTTGGCCGCAATCTTCAGATCGTACTTTTTCCCGCTAACCACTTGCTCCTTCCC
CTCGACTATCTTCACGAACACCAGATTCGCTTTCGACTGCTTGTTATGCTCATCAACCGC
ATACTTCACGAGCGACACCACGATCGGATCTGATAAGTTTTCAATCTTCTTCCACCCACC
GAGGTTGCCTTCCACGACGGCGATGAGAGGGAGGAGGACGAGCGAGAGACAAATCAAAGA
CTTCATCATCATTTTTTCTTTTTTTTTCTTTATGGATCTTGGACGGTCC

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1BN15JQ 495 0 0
CTTTTTATTACCAAACAACAACAACATATAGTGTCAAAAAAACAACAACATATAATGTCA
AAATCTCAAACCAAGGAAACCTATATAGATATCAATCAGATCAATATTCCAAATCAGATC
TACACAGCCTTGAAAGACTCAAGACTCCTGTAATGATCCCACACCCTTTCCACCACCACA
GCCTCGTAGTTCTTCGTCGCACCACCACCATCCTTGGCCGCAATCTTCAGATCGTACTTT
TTCCCGCTAACCACTTGCTCCTTCCCCTCGACTATCTTCACGAACACCAGATTCGCTTTC
GACTGCTTGTTATGCTCATCAACCGCATACTTCGCGAGCGACACCACGATCGGATCTGAT
AAGTTTTCAATCTTCTTCCACCCACCGAGGTTGCCTTCCACGACGGCGATGAGAGGGAGG
AGGACGAGCGAGAGACAAATCAAAGACTTCATCATCATTTTTTCTTTTTTTT*CTTTATG
GATCTTGGACGGTCC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1C337TF 495 0 0
CTTTTTATTACCAAACAACAACAACATATAGTGTCAAAAAAACAACAACATATAATGTCA
AA*TCTCAAACCAAGGAAACCTATATAGATATCAATCAGATCAATATCCCAAATCAGATC
TACACAGCCTTGAAAGACTCAAGACTCCTGTAATGATCCCACACCCTTTCCACCACCACA
GCCTCGTAGTTCTTCGTCGCACCACCACCATCCTTGGCCGCAATCTTCAGATCGTACTTT
TTCCCGCTAACCACTTGCTCCTTCCCCTCGACTATCTTCACGAACACCAGATTCGCTTTC
GACTGCTTGTTATGCTCATCAACCGCATACTTCGCGAGCGACACCACGATCGGATCTGAT
AAGTTTTCAATCTTCTTCCACCCACCGAGGTTGCCTTCCACGACGGCGATGAGAGGGAGG
AGGACGAGCGAGAGACAAATCAAAGACTTCATCATCATTTTTTCTTTTTTTTTCTTTATG
GATCTTGGACGGTCC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1BN15TF 495 0 0
CTTTTTATTACCAAACAACAACAACATATAGTGTCAAAAAAACAACAACATATAATGTCA
AAATCTCAAACCAAGGAAACCTATATAGATATCAATCAGATCAATATTCCAAATCAGATC
TACACAGCCTTGAAAGACTCAAGACTCCTGTAATGATCCCACACCCTTTCCACCACCACA
GCCTCGTAGTTCTTCGTCGCACCACCACCATCCTTGGCCGCAATCTTCAGATCGTACTTT
TTCCCGCTAACCACTTGCTCCTTCCCCTCGACTATCTTCACGAACACCAGATTCGCTTTC
GACTGCTTGTTATGCTCATCAACCGCATACTTCGCGAGCGACACCACGATCGGATCTGAT
AAGTTTTCAATCTTCTTCCACCCACCGAGGTTGCCTTCCACGACGGCGATGAGAGGGAGG
AGGACGAGCGAGAGACAAATCAAAGACTTCATCATCATTTTTTCTTTTTTTT*CTTTATG
GATCTTGGACGGTCC

QA 1 495 1 495
DS 



CO CL155Contig3 512 2 3 U
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ATCCTCCTCCCTCTCATCGCCGTGGTGGAAGGCAACCTCGGTGGGTGGAAGAATATTGAA
AACTTATTAGATCCGAACGTGGTGTCGCTCGCAAAGTATGCGGTTGATGAGCATAACAAG
CAGTCGAAAGCGAATCTGGTGTTCGTGAAGATAGTCGAGGGGAAGGAGCAAGTGGTTAGC
GGGAAAAAGTACGATCTGAAGATTGCGGCCAAGGATGGTGGTGGTGCGACGAAGAACTAC
GAGGCTGTGGTGGTGGAAAGGGTGTGGGATCATTACAGGAGTCTTGAGTCTTTCAAGGCT
GTGTAGATCTGATTTGGAATATTGATCTGATATCTATATAGGTTTCCTTGGTTTGAGATT
TTGACACTACATGTTGTTGTTTTTTGACATTATATGTTGTTGTTTGGTAATAAAGTCTTC
TTGATATTAAATAAAAGATCTGTTTTACTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1G131JQ C 1
AF RR1G131TF U 1
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BS 13 509 RR1G131TF
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AACTTATTAGATCCGAACGTGGTGTCGCTCGCAAAGTATGCGGTTGATGAGCATAACAAG
CAGTCGAAAGCGAATCTGGTGTTCGTGAAGATAGTCGAGGGGAAGGAGCAAGTGGTTAGC
GGGAAAAAGTACGATCTGAAGATTGCGGCCAAGGATGGTGGTGGTGCGACGAAGAACTAC
GAGGCTGTGGTGGTGGAAAGGGTGTGGGATCATTACAGGAGTCTTGAGTCTTTCAAGGCT
GTGTAGATCTGATTTGGAATATTGATCTGATATCTATATAGGTTTCCTTGGTTTGAGATT
TTGACACTACATGTTGTTGTTTTTTGACATTATATGTTGTTGTTTGGTAATAAAGTCTTC
TTGATATTAAATAAAAGATCTGTTTTACTTGC

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1G131TF 512 0 0
GAAAGAAAAAGA
AAAAAAAAAGAAAAAATGACGATGAAGCCTTTGATTTGTCTCTCGCTCATCCTCCTCCCT
CTCATCGCCGTGGTGGAAGGCAACCTCGGTGGGTGGAAGAATATTGAAAACTTATTAGAT
CCGAACGTGGTGTCGCTCGCAAAGTATGCGGTTGATGAGCATAACAAGCAGTCGAAAGCG
AATCTGGTGTTCGTGAAGATAGTCGAGGGGAAGGAGCAAGTGGTTAGCGGGAAAAAGTAC
GATCTGAAGATTGCGGCCAAGGATGGTGGTGGTGCGACGAAGAACTACGAGGCTGTGGTG
GTGGAAAGGGTGTGGGATCATTACAGGAGTCTTGAGTCTTTCAAGGCTGTGTAGATCTGA
TTTGGAATATTGATCTGATATCTATATAGGTTTCCTTGGTTTGAGATTTTGACACTACAT
GTTGTTGTTTTTTGACATTATATGTTGTTGTTTGGTAATAAAGTCTTCTTGATATTAAAT
AAAAGATCTGTTTTACT
TGC

QA 13 509 13 509
DS 



CO CL155Contig4 501 4 20 U
AAAAGTAAAACAGATCTTTTATTTAATATCAAGAAAATTTTTTATTACCAAACAACAACA
ACATATAATGTCAAAATCTCAAACCAAGGAAACCTATATAGATATCAGATCAATATTCCG
AATCAGATCTACACTGCCTTGAAAGACTCAAGACTCCTGTAATGATCCCACACCCTTTCC
ACCACCACAGCCTCGTAGTTCTTCGTCGCACCACCACCATCCTTGGCCGCAATCTTCAGA
TCGTACTTTTTCCCGCTAACCACTTGCTCCTTCCCCTCGACTATCTTCACGAACGCCAGA
TTCGCTTTCGACTGCTTGTTATGCTCATCAACCGCATACTTCGCGAGCGACACCACGTTC
GGATCTGATAAGTTTTCAATCTTCTTCCACCCACCGAGGTTGCCTTCCACGACGGCTATG
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TTTATGGATCTTGGACGGTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1GE79JQ U 1
AF RR1EY67JQ U 215
AF RR1GE79TF C 1
AF RR1EY67TF C 38
BS 1 3 RR1GE79TF
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BS 500 501 RR1EY67TF

RD RR1GE79JQ 100 0 0
AAA
AGTAAAACAGATCTTTTATTTAATATCAAGAAAATTTTTTATTACCAAACAACAACAACA
TATAATGTCAAAATCTCAAACCAAGGAAACCTATATA

QA 4 100 4 100
DS 

RD RR1EY67JQ 192 0 0
CC
CCATCCTTGGCCGCAATCTTCAAATTGTACTTTTTCCCGCTAACCACTTGCTCCTTCCCC
TCGACTATCTTCACGAACGCCAAATTCCCTTTCGACTGCTTGTTATGCTCATCAACCGCA
TACTTCGCGAGCGACACCACGTTCGGATTTGAAAAGTTTTCAATCTTCTTCCACCCACCG
AGGTTGCCTT

QA 3 192 3 192
DS 

RD RR1GE79TF 503 0 0
AAAAGTAAAACAGATCTTTTATTTAATATCAAGAAGATTTTTTATTACCAAACAACAACA
ACATATAATGTCAAAATCTCAAACCAAGGAAACCTATATAGATATCAGATCAATATTCCG
AATCAGATCTACACTGCCTTGAAAGACTCAAGACTCCTGTAATGATCCCACACCCTTTCC
ACCACCACAGCCTCGTAGTTCTTCGTCGCACCACCACCATCCTTGGCCGCAATCTTCAGA
TCGTACTTTTTCCCGCTAACCACTTGCTCCTTCCCCTCGACTATCTTCACGAACACCAGA
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TTTATGGATCTTGGACGGT
GTCC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1EY67TF 464 0 0
TTTTTTATTAC
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CACACCCTTTCCACCACCACAGCCTCGTAGTTCTTCGTCGCACCACCACCATCCTTGGCC
GCAATCTTCAGATCGTACTTTTTCCCGCTAACCACTTGCTCCTTCCCCTCGACTATCTTC
ACGAACGCCAGATTCGCTTTCGACTGCTTGTTATGCTCATCAACCGCATACTTCGCGAGC
GACACCACGTTCGGATCTGATAAGTTTTCAATCTTCTTCCACCCACCGAGGTTGCCTTCC
ACGACGGCTATGAGCGGGAGGAGGATGAGCGAGAGACAAATAAAAGACTTCATCATTTTT
CTTTTTTT***CTTTATGGATCTTGGACGGTCC

QA 12 464 12 464
DS 



AS 2 13

CO CL156Contig1 693 2 2 U
GGAAACCAATTCCTTCTCTGTTCTTGATCTTGAGGTGAAAATGGCTAGCAACGAAGTGAA
GGTGATCGGCGCATGGGCGAGTCCTTTTGTGATGAGGCCGAGGATTGCTCTGAACCTCAA
GTCTGTTCCCTACGAGTTCCTCCAGGAGACGTTTGGTTCTAAGAGCGAGTTCCTTCTTAA
ATCAAACCCGGTTCACAAGAAGATTCCCGTTCTGATTCATGCTGACAAACCGGTTTGTGA
ATCTAACATCATCGTTGAGTATGTTGATGAGACTTGGAGCACATCTGGACCGTCCATGCT
ACCTTCTAATCCTTATGACCGAGCCATCGCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAA
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GAAACCTGTCATGCCCGACACTGCAACTCTGGCTGAATTCGCTAAGAAGATCTTCGCCAA
GCCTGCGGCCTAAGTTGATGGTTGTGGTCCTTGTGTATTTGTGGGATGAGTTCTTGCAAG
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TAAGTGTATTTGGGATATTAAGTTTGTATCAGGCTTGGTGGTATGAAATAATTTTATATA
TGTAGTTTTAGAAGTAAGAAAATCATATCTAAT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AN72JQ C 1
AF RR1AN72TF U 1
BS 1 2 RR1AN72JQ
BS 3 693 RR1AN72TF

RD RR1AN72JQ 693 0 0
GGAAACCAATTCCTTCTCTGTTCTTGATCTTGAGGTGAAAATGGCTAGCAACGAAGTGAA
GGTGATCGGCGCATGGGCGAGTCCTTTTGTGATGAGGCCGAGGATTGCTCTGAACCTCAA
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ATCAAACCCGGTTCACAAGAAGATTCCCGTTCTGATTCATGCTGACAAACCGGTTTGTGA
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GG
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DS 



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GTGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGACCGCGCTTCTCGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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GC

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G
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G

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ACCCGGTTCACAAGAAGATTCCCGTTCTGATTCATGCTGACAAACCGGTTTGTGAATCTA
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CTAATCCTTATGACCGAGCCATCGCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGT
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GAAAAAA

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CTTCTAATCCTTATGACCGAGCCATCGCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGT
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AGTGATAGTACTTACTT

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CGACACTGCAACTCTGGCTGAATTCGCTAAGAAGATTTTCGCCAAGCCTGCGGCCTAAGT
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ATAGTACTTACTTATTTATGTTTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGA
TATTAAGTTTGTACCAGGCTTGGTGGTA

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DS 

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AGTGGAAGAAGGGACCGCGCTTCTCGAGAAGGCCTTCATCGATTGCGGCAAAGGAAAACC
ATTCTTCAACGGTGAACACGTCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTGCTTCCTTGGTTG
GTTGAGAGTCACCGAGTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCCTTC
TCTATCCAAATGGGCTGAGCAATTTTGTAACGATCCTGCCGTGAAACCTGTCATGCCCGA
CACTGCAACTCTGGCTGAATTCGCTAAGAAGATCTTCGCCAAGCCTGCGGCCTAAGTTGA
TGGTTGTGGTCCTTGTGTATTTGTGGGATGAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAGAGTGATA
GTACTTACTTATTTATGTTTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGATAT
TAAGTTTGTATCAGGCTTGGTGGTATGAAATAATTTTATAT

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DS 

RD RR1ES74JQ 605 0 0
TATGTTGATGAGACTTGGAGCACATCTGGACCGTCCATGCTACCTTCTAATCCTTATGAC
CGAGCCATCGCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAA
AGTATCCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGAGAAGAAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGAAGAA
GGGACCGCGCTTCTCGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAGGAAAACCATTTTTCAAC
GGTGAACACGTCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTGCTTCCTTGGTTGGTTGAGAGTC
ACCGAGTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCCTTCTCTATCCAAA
TGGGCTGAGCAATTTTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCATGCCCGACACTGCAACT
CTGGCTGAATTCGCTAAGAAGATCTTCGCCAAGCCTGCGGCCTAAGTTGATGGTTGTGGT
CCTTGTGTATTTGTGGGATGAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAGAGTGATAGTACTTACTT
ATTTATGTTTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGATATTAAGTTTGTA
TCAGG

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1HB70JQ 732 0 0
CAAACCCGGTTCACAAGAAGATTCCCGTTCTGATTCATGCTGACAAACCGGTTTGTGAAT
CTAACATCATCGTTGAGTATGTTGATGAGACTTGGAGCACATCTGGACCGTCCATGCTAC
CTTCTAATCCTTATGACCGAGCCATCGCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGT
GGTTTCCCTCTCTAAAAAGTATCCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGAGAAGAAAGCTGTGC
TAGCTCAAGTGGAAGAAGGGACCGCGCTTCTCGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAG
GAAAACCATTTTTCAACGGTGAACACGTCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTGCTTCC
TTGGTTGGTTGAGAGTCACCGAGTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGA
CTCCTTCTCTATCCAAATGGGCTGAGCAATTTTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCA
TGCCCGACACTGCAACTCTGGCTGAATTCGCTAAGAAGATCTTCGCCAAGCCTGCGGCCT
AAGTTGATGGTTGTGGTCCTTGTGTATTTGTGGGATGAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAG
AGTGATAGTACTTACTTATTTATGTTTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCTAAGTGTATTT
GGGATATTAAGTTTGTATCAGGCTTGGTGGTATGAAATAATTTTATATATGTAGTTTTAG
AAGTAAGAAACG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1F091JQ 478 0 0
AAGTGGAAGAAGGGACCGCGCTTCTCGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAGGAAAAC
CATTCTTCAACGGTGAACACGTCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTGCTTCCTTGGTT
GGTTGAGAGTCACCGAGTTGACAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCCTT
CTCTATCCAAATGGGCTGAGCAATTTTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCATGCCCG
ACACTGCAACTCTGGCTGAATTCGCTAAGAAGATTTTCGCCAAGCCTGCGGCCTAAGTTG
ATGGTTGTGGTCCTTGTGTATTTGTGGGATGAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAGAGTGAT
AGTACTTACTTATTTATGTTTTAATTTTATTTGGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGATA
TTAAGTTTGTATCAGGCTTGGTGGTATGAAATAATTTTATATATGTAGTTTTAGAAG
C

QA 1 477 1 477
DS 



AS 2 12

CO CL157Contig1 505 10 8 U
GGGGACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCTAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATTT
CTGTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTCTTATTCACCTTATTAATTGCCTTCATC
ATTCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAGGAAAAAAAA*CTATGTCCTTC
TCCAATCAAGTTAGGCCGTTTTTGTCTTCCAGCACTATGTCGAAGTGAGTGTAAGAAGAA
ATTCCCAACTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAAT
TTGTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTA
AATTCTATATTACCGTTTTAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAA
GTATTATGATATTTGTATCGGATCTTTGGTTTATTTACAATAAATAACAATATGAATGTT
AAATAATTGCAATCTTTATTAATAA


BQ
30 30 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 30 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AZ61TF U 1
AF RR1CI94TF U 3
AF RR1FV11JQ C 1
AF RR1FV11TF U 1
AF RR1G595JQ C 3
AF RR1G595TF U 3
AF RR1FF11JQ C 3
AF RR1FF11TF U 3
AF RR1BQ72TF U -2
AF RR1GI17TF U 1
BS 1 3 RR1AZ61TF
BS 4 4 RR1CI94TF
BS 5 168 RR1AZ61TF
BS 169 169 RR1FV11TF
BS 170 452 RR1AZ61TF
BS 453 457 RR1GI17TF
BS 458 458 RR1BQ72TF
BS 459 505 RR1GI17TF

RD RR1AZ61TF 452 0 0
GGGTACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCTAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATTT
CTGTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTCTTATTCACCTTATTAATTGCCTTCATC
ATTCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAGGAAAAAAAAACTATGTCCTTC
TCCAATCAAGTTAGGCCGTTTTTGTCTTCCAGCACTATGTCGAAGTGAGTGTAAGAAGAA
ATTCCCAACTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAAT
TTGTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTA
AATTCTATATTACCGTTTTAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAA
GTATTATGATATTTGTATCGGATCTTTGGTTT

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR1CI94TF 426 0 0
GGACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCTAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATTTCT
GTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTCTTATTCACCTTATTAATTGCCTTCATCAT
TCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAGGAAAAAAAAACTATGTCCTTCTC
CAATCAAGTTAGACCGTTTTTGTCTTCCAGCACTATGTCGAAGTGAGTGTAAGAAGAAAT
TCCCAGCTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAATTT
GTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTAAA
TTCTATATTACCGTTTTAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAAGT
ATTATG

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR1FV11JQ 452 0 0
GGGTACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCTAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATTT
CTGTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTCTTATTCACCTTATTAATTGCCTTCATC
ATTCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAGGAAAAAAAA*CTATGTCCTTC
TCCAATCAAGTTAGGCCGTTTTTGTCTTCCAGCACTATGTCGAAGTGAGTGTAAGAAGAA
ATTCCCAGCTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAAT
TTGTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTA
AATTCTATATTACCGTTTTAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAA
GTATTATGATATTTGTATCGGATCTTTGGTTT

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR1FV11TF 452 0 0
GGGTACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCTAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATTT
CTGTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTCTTATTCACCTTATTAATTGCCTTCATC
ATTCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAGGAAAAAAAA*CTATGTCCTTC
TCCAATCAAGTTAGGCCGTTTTTGTCTTCCAGCACTATGTCGAAGTGAGTGTAAGAAGAA
ATTCCCAGCTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAAT
TTGTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTA
AATTCTATATTACCGTTTTAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAA
GTATTATGATATTTGTATCGGATCTTTGGTTT

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR1G595JQ 450 0 0
GGACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCCAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATTTCT
GTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTTTTATTCACCTTATTAATTGCCTTCATCAT
TCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAAGGAAAAAAAATTATGTCCTTCTC
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TCCCAACTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAATTT
GTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTAAA
TTCTATATTACCGTTTCAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAAGT
ATTATGATATTTGTATCGGATCTTTGGTTT

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR1G595TF 450 0 0
GGACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCCAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATTTCT
GTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTCTTATTCACCTTATTAATTGCCTTCATCAT
TCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAAGGAAAAAAAATTATGTCCTTCTC
CAATCAAGTTAGGCCGTTTTTGTCTTCCAGCACTATGTCGAAGTGAGTGTAAGAAGAAAT
TCCCAACTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAATTT
GTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTAAA
TTCTATATTACCGTTTCAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAAGT
ATTATGATATTTGTATCGGATCTTTGGTTT

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR1FF11JQ 450 0 0
GGACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCTAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATTTCT
GTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTTTTATTCACCTTATTAATTGCCTTCATCAT
TCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAGGAAAAAAAA*CTATGTCCTTCTC
CAATCAAGTTAGGCCGTTTTTGTCTTCCAGCACTATGTCGAAGTGAGTGTAAGAAGAAAT
TCCCAACTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAATTT
GTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTAAA
TTCTATATTACCGTTTTAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAAGT
ATTATGATATTTGTATCGGATCTTTGGTTT

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR1FF11TF 450 0 0
GGACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCTAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATTTCT
GTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTCTTATTCACCTTATTAATTGCCTTCATCAT
TCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAGGAAAAAAAA*CTATGTCCTTCTC
CAATCAAGTTAGGCCGTTTTTGTCTTCCAGCACTATGTCGAAGTGAGTGTAAGAAGAAAT
TCCCAACTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAATTT
GTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTAAA
TTCTATATTACCGTTTTAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAAGT
ATTATGATATTTGTATCGGATCTTTGGTTT

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR1BQ72TF 483 0 0
GGATT
GTACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCTAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATCTCT
GTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTCTTATTCACCTTATTAATTGCCTTCATCAT
TCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAGGAAAAAAAA*CTATGTCCTTCTC
CAATCAAGTTAGGCCGTTTTTGTCTTCCAGCACTATGTCGAAGTGAGTGTAAGAAGAAAT
TCCCAGCTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAATTT
GTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTAAA
TTCTATATTACCGTTTTAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAAGT
ATTATGATATTTGTATCGGATCTTTGGTTTATTTACAATAAATAACAATATGAATGTT

QA 6 483 6 483
DS 

RD RR1GI17TF 505 0 0
GGGTACAAATAGAAACACTTCATTTATTTCCTAAAATTTTAACCCACTATCAATCCATTT
CTGTTATCCACGATGAGGAAATCCCTTCTACTCTTATCCACCTTATTAATTGCCTTCATC
ATTCTTTCACTAGGAATGACGACAAATGCGCAGAAAAAGGAAAAAAAA*CTATGTCCTTC
TCCAATCAAGTTAGGCCGTTTTTGTCTTCCAGCACTATGTCGAAGTGAGTGTAAGAAGAA
ATTCCCAGCTCCTCGTATTGGTTTTGGTAGTGGTTTTTGTGCAGATTTAGAGAAGGGAAT
TTGTAACTGTGCTGTTCCTTGTGGTTCACGCTAAATGTTGTGAATATAATACACAACCTA
AATTCTATATTACCGTTTTAACTATAAATGTCTAAATATTTTTAGTGTCATTAAAATAAA
GTATTATGATATTTGTATCGGATCTTTGGTTTATTTATAATAAATAACAATATGAATGTT
AAATAATTGCAATCTTTATTAATAA

QA 1 505 1 505
DS 



CO CL157Contig2 479 2 8 U
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ATTCCCTTCTCTAAATCTGCACAAAAACCACTACCAAAACCAATACGAGGAGCTGGGAAT
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GAAGGACATAGTTTTTTTTCCTTTTTCTGCCCATTTGTCGTCATTCCTAGTGAAAAAATG
ATGAAGGCAATTAATAAGGGGAATAAAAATAAAAGGGATTTCCTCATCGTGGATAACAAA
AATGGATTGATAGGGGGTTAAAATTTTAGGAAATAAATGAAGTGTTTCTATTTGTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1BQ72JQ U 1
AF RR1AZ61JQ U 345
BS 1 355 RR1BQ72JQ
BS 356 356 RR1AZ61JQ
BS 357 388 RR1BQ72JQ
BS 389 389 RR1AZ61JQ
BS 390 433 RR1BQ72JQ
BS 434 434 RR1AZ61JQ
BS 435 477 RR1BQ72JQ
BS 478 479 RR1AZ61JQ

RD RR1BQ72JQ 482 0 0
AACATTCATATTGTTATTTATTGTAAATAAACCAAAGATCCGATACAAATATCATAATAC
TTTATTTTAATGACACTAAAAATATTTAAACATTTATAGTTAAAACGGTAATATAGAATT
TAGGTTGTGTATTATATTCACAACATTTAGCGTGAACCACAAGGAACAGCACAGTTACAA
ATTCCCTTCTCTAAATCTGCACAAAAACCACTACCAAAACCAATACGAGGAGCTGGGAAT
TTCTTCTTACACTCACTTCGACATAGTGCTGGAAAACAAAAACGGCCTAACTTGATTGGA
GAAGGACATAGTTTTTTTTCCTTTTTCTGCCCATTTGTCGTCATTCCTAGTGAAAGAATG
ATGAAGGCAATTAATAAGGGGAATAAAAGTAAAAGGGATTTCCTCATCGTGGATAACAAA
AATGGATTGATAGTGGGTTAAAATTTTAGGAAATAAATGAAGTGTTTCTATTTGTAC
AATCC

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1AZ61JQ 135 0 0
TCCTAGTGAAAAAATGATGAAGGCAATTAATAAGGGGAATAAAAATAAAAGGGATTTCCT
CCTCGTGGATAACAAAAATGGATTGATAGGGGGTTAAAATTTTAGGAAATAAATGAAGTG
TTTCTATTTGTACCC

QA 1 135 1 135
DS 



AS 1 13

CO CL158Contig1 794 13 24 U
GGGTCGAGAAAAAAAAAAGAGGTTTGCAGATTCTATCTCTCGATCTCTCGTCCAAGTCTC
CTTTCTGCACATTTATATTTTCCAACAATGGCCGAGTTTGCGGAAGGAGAATTGGTCGAA
GTATGCCTCAAAGAAGATGGTTACTTCGGGTCATTCTTTGAGGCCAAGGTATTGTCCAAG
CTTCACGATGGAACTTTCTACGAGGTTGAATACAAGAACCTTATCACTGAAGGCGAAAAC
CCTCAGCCGTTGATTGAAACCATCTCCGCCGACGACATCCGTCCGATGCCACCTACATTA
CCCCAGCCGTCCACGTTTAGCCTCCATGAGAAGGTTGATGCTTTTGACCTAGACGCGTGG
TGGTACGGAGAGATCTACGGTTATGACGGCGAGACGTACTACGTTCACTTTCCAACGACC
AAACATTTGTGCGAGTACCCACTTCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTCGTTGACGGT
GAATGGGTTCCTTCAGCAATGTCAACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTCTCCGATGT
TTCTTGGTCGCTAGTTATTGTTCTTAATAATCCGGAACGTTTATCGTTGTAATACTTTTT
ATATCGGTTTCCAGAAAACCGTTGCTCTGTTTTTAAGACGTCCAAATAAAATAGGGAAAC
GACTTCTAGAACAAATCGTTAGCCCTAGAAAGTTTGATCATTTTGTAATCAATGCACAGC
CACTTGTTTTGCTGTTGCTTTCACAATGAATGTTGTATTCAAACTATGTTATTTGATTAC
TCTGTTTTGGATTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 65 65 60 60 45 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 40 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 10 10 10 10 

AF RR1EO56TF U 133
AF RR1F776TF U 1
AF RR1CW88TF U 376
AF RR1EL20TF U 1
AF RR1F776JQ C 307
AF RR1EM90JQ C 97
AF RR1B332JQ C 84
AF RR1EM90TF U 1
AF RR1CG07TF U 1
AF RR1B332TF U 1
AF RR1EO56JQ C 205
AF RR1EL20JQ C 117
AF RR1CW88JQ C 377
BS 1 15 RR1B332TF
BS 16 16 RR1EM90TF
BS 17 34 RR1B332TF
BS 35 35 RR1EM90TF
BS 36 60 RR1B332TF
BS 61 61 RR1EM90TF
BS 62 209 RR1B332TF
BS 210 210 RR1EM90TF
BS 211 252 RR1B332TF
BS 253 253 RR1EM90TF
BS 254 311 RR1B332TF
BS 312 312 RR1EM90TF
BS 313 404 RR1B332TF
BS 405 405 RR1F776TF
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BS 471 471 RR1CW88TF
BS 472 556 RR1B332TF
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BS 688 688 RR1EM90TF
BS 689 789 RR1B332TF
BS 790 794 RR1EL20JQ

RD RR1EO56TF 176 0 0
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ACTTTCTACGAGGTTGAGTACAAGAACCTTATCACTGAAGGCGAAAACCCTCAGCCGTTG
GTTGAAACCATCTCCGCCGACGACATCCGTCCGATGCCACCTACATTACCCCAGCC

QA 1 176 1 176
DS 

RD RR1F776TF 565 0 0
GGGTCGAGAAAAAAATAAGAGGTTTGCAGATTCTTTCTCTCGATCTCTCGTCCAAGTCTC
TTTTCTGCACATTTATATTTTCCAACAATGGCCGAGTTTGCGGAAGGAGAATTGGTCGAA
GTATGCCTCAAAGAAGATGGTTACTTCGGGTCATTCTTTGAGGCCAAGGTATTGTCCAAG
CTTCACGATGGAACTTTCTACGAGGTTGAGTACAAGAACCTTATCACTGAAGGCGAAAAC
CCTCAGCCGTTGGTTGAAACCATCTCCGCCGACGACATCCGTCCGATGCCACCTACATTA
CCCCAGCCGTCGACGTTTAGCCTCCATGAGAAGGTTGATGCTTTTGACCTAGACGCGTGG
TGGTACGGAGAGATCTACGGTTATGACGGCGAGACGTACTACGTTCACTTTCCAACGACC
AAACATTTGTGCGAGTACCCACTTCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTTGTTGACGGT
GAATGGGTTCCTTCAGCAATGTCAACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTCTCCGATGT
TTCTTGGTCGCTAGTTGTTGTTCTT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1CW88TF 274 0 0
TACGGTTATGACGGCGAGACGTACTACGTTCACTTTCCAACGACCAAACATTTGTGCGAG
TACCCACTTCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTCGTTGACGGTGAATGGGTTCCTTCA
GCAATGTCAACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTCTCCGATGTTTCTTGGTCGCTAGT
TATTGTTCTTAATAATCCGGAACGTTTATCGTTGTAATACTTTTTATATCGGTTTCCAGA
AAACCGTTGCTCTGTTTTTAAGACGTCCAAATAA

QA 1 274 1 274
DS 

RD RR1EL20TF 647 0 0
GGGGTCGAG
AAAAAAAAAGAGGTTTGCAGATTCTATCTCTCGATCTCTCGTCCAAGTCTCCTTTCTGCA
CATTTATATTTTCCAACAATGGCCGAGTTTGCGGAAGGAGAATTGGTCGAAGTATGCCTC
AAAGAAGATGGTTACTTCGGGTCATTCTTTGAGGCCAAGGTATTGTCCAAGCTTCACGAT
GGAACTTTCTACGAGGTTGAATACAAGAACCTTATCACTGAAGGTGAAAACCCTCAGCCG
TTGATTGAAACCATCTCCGCCGACGACATCCGTCCGATTCCACCTACATTACCCCAGCCG
TCCACGTTTAGCCTCCATGAGAAGGTTGATGCTTTTGACTTAGACGCGTGGTGGTACGGA
GAGATCTACGGTTATGACGGCGAGACGTACTACGTTCACTTTCCAACGACCAAACATTTG
TGCGAGTACCCACTTCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTCGTCGACGGTGAATGGGTT
CCTTCAGCAATGTCAACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTCTCCGATGTTTCTTGGTC
GCTAGTTATTGTTCTTAATAATCCGGAACGTTTATCGTTGTAATACTTTTTATATCGGTT
TCCAGAAAACCGTTGCTCTGTTTTTAAGACGTCCAAAT

QA 10 647 10 647
DS 

RD RR1F776JQ 459 0 0
CCGTCGACGTTTAGCCTCCATGAGAAGGTTGATGCTTTTGACCTAGACGCGTGGTGGTAC
GGAGAGATCTACGGTTATGACGGCGAGACGTACTACGTTCACTTTCCAACGACCAAACAT
TTGTGGGAGTACCCACTTCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTTGTTGACGGTGAATGG
GTTCCTTCAGCAATGTCAACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTTTCCGATGTTTCTTG
GTCGCTAGTTGTTGTTCTTAATAATCCGCAACGTTTATCGTTGTAATACTTTTTATATCG
GTTTCCAGAAAACCGTTGCTCTGTTTTTAAGACGTCCAAATAAAATAGGGAAACGACTTC
TAGAACAAATCGTTAGCCCTAAAAAGTTTGATCATTTTGTAATCAATGCACAGCCACTTG
TTTTGCTGTTGCTTTCACAATGAATGTTGTATTCAAACT

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DS 

RD RR1EM90JQ 682 0 0
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TTTGAGGCCAAGGTATTGTCCAAGCTTCACGATGGAACTTTCTACGAGGTTGAATACAAG
AACCTTATCACTGAAGGTGAAAACCCTCAGCCGTTGATTGAAACCATCTCCGCCGACGAC
ATCCGTCCGATTCCACCTACATTACCCCAGCCGTCCACGTTTAGCCTCCGTGAGAAGGTT
GATGCTTTTGACTTAGACGCGTGGTGGTACGGAGAGATCTACGGTTATGACGGCGAGACG
TACTACGTTCACTTTCCAACGACCAAACATTTGTGCGAGTACCCACTTCAAAGCCTCAGA
AAGCATCTCGAATTCGTTGACGGTGAATGGGTTCCTTCAGCAATGTCAACAAGGAGGCGT
TGAGCGTCTTAGATTCTCCGATGTTTCTTGGTCGCTAGTTATTGTTCTTAATAATCCGGA
ACGTTTATCGTTGTAATACTTTTTATATCGGTTTCCAGAAAACCGTTGCTCTGTTTTTAA
GACGTCCAAATAAAATAGGGAAGCGACTTCTAGAACAAATCGTTAGCCCTAGAAAGTTTG
ATCATTTTGTAATCAATGCACAGCCACTTGTTTTGCTGTTGCTTTCACAATGAATGTTGT
ATTCAAACTATGTTATTTGATT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1B332JQ 658 0 0
AACAATGGCCGAGTTTGCGGAAGGAGAATTGGTCGAAGTATGCCTCAAAGAAGATGGTTA
CTTCGGGTCATTCTTTGAGGCCAAGGTATTGTCCAAGCTTCACGATGGAACTTTCTACGA
GGTTGAGTACAAGAACCTTATCACTGAAGGCGAAAACCCTCAGCCGTTGGTTGAAACCAT
CTCCGCCGACGACATCCGTCCGATGCCACCTACATTACCCCAGCCGTCGACGTTTAGCCT
CCATGAGAAGGTTGATGCTTTTGACCTAGACGCGTGGTGGTACGGAGAGATCTACGGTTA
TGACGGCGAGACGTACTACGTCCACTTTCCAACGACCAAACATTTGTGCGAGTACCCACT
TCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTTGTTGACGGTGAATGGGTTCCTTCAGCAATGTC
AACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTCTCCGATGTTTCTTGGTCGCTAGTTGTTGTTC
TTAATAATCCGCAACGTTTATCGTTGTAATACTTTTTATATCGGTTTCCAGAAAACCGTT
GCTCTGTTTTTAAGACGTCCAAATAAAATAGGGAAACGACTTCTAGAACAAATCGTTAGC
CCTAAAAAGTTTGATCATTTTGTAATCAATGCACAGCCACTTGTTTTGCTGTTGCTTT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1EM90TF 752 0 0
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CTTTCTGCACATTTATATTTTCCAACAATGGCCGAGTTTGCGGAAGGAGAATTGGTCGAA
GTATGCCTCAAAGAAGATGGTTACTTCGGGTCATTCTTTGAGGCCAAGGTATTGTCCAAG
CTTCACGATGGAACTTTCTACGAGGTTGAATACAAGAACCTTATCACTGAAGGTGAAAAC
CCTCAGCCGTTGATTGAAACCATCTCCGCCGACGACATCCGTCCGATTCCACCTACATTA
CCCCAGCCGTCCACGTTTAGCCTCCGTGAGAAGGTTGATGCTTTTGACTTAGACGCGTGG
TGGTACGGAGAGATCTACGGTTATGACGGCGAGACGTACTACGTTCACTTTCCAACGACC
AAACATTTGTGCGAGTACCCACTTCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTCGTTGACGGT
GAATGGGTTCCTTCAGCAATGTCAACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTCTCCGATGT
TTCTTGGTCGCTAGTTATTGTTCTTAATAATCCGGAACGTTTATCGTTGTAATACTTTTT
ATATCGGTTTCCAGAAAACCGTTGCTCTGTTTTTAAGACGTCCAAATAAAATAGGGAAGC
GACTTCTAGAACAAATCGTTAGCCCTAGAAAGTTTGATCATTTTGTAATCAATGCACAGC
CACTTGTTTTGCTGTTGCTTTCACAATGAATG

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1CG07TF 738 0 0
GGGTCGAGAAAAAAAAAAGAGGTTTGCAGATTCTATCTCTCGATCTCTCGTCCAAGTCTC
CTTTCTGCACATTTATATTTTCCAACAATGGCCGAGTTTGCGGAAGGAGAATTGGTCGAA
GTATGCCTCAA*GAAGATGGTTACTTCGGGTCATTCTTTGAGGCCAAGGTATTGTCCAAG
CTTCACGATGGAACTTTCTACGAGGTTGAATACAAGAACCTTATCACTGAAGGTGAAAAC
CCTCAGCCGTTGATTGAAACCATCTCCGCCGACGACATCCGTCCGATTCCACCTACATTA
CCCCAGCCGTCCACGTTTAGCCTCCATGAGAAGGTTGATGCTTTTGACTTAGACGCGTGG
TGGTACGGAGAGATCTACGGTTATGACGGCGAGACGTACTACGTTCACTTTCCAACGACC
AAACATTTGTGCGAGTACCCACTTCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTCGTTGACGGT
GAATGGGTTCCTTCAGCAATGTCAACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTCTCCGATGT
TTCTTGGTCGCTAGTTATTGTTCTTAATAATCCGGAACGTTTATCGTTGTAATACTTTT*
ATATCGGTTTCCAGAAAACCGTTGCTCTGTTTTTAAGACGTCCAAATAAAATAGGGAAAC
GACTTCTAGAACAAATCGTTAGCCCTAGAAAGTTTGATCATTTTGTAATCAATGCACAGC
CACTTGTTTTGCTGTTG
T

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1B332TF 792 0 0
GGGTCGAGAAAAAAATAAGAGGTTTGCAGATTCTTTCTCTCGATCTCTCGTCCAAGTCTC
TTTTCTGCACATTTATATTTTCCAACAATGGCCGAGTTTGCGGAAGGAGAATTGGTCGAA
GTATGCCTCAAAGAAGATGGTTACTTCGGGTCATTCTTTGAGGCCAAGGTATTGTCCAAG
CTTCACGATGGAACTTTCTACGAGGTTGAGTACAAGAACCTTATCACTGAAGGCGAAAAC
CCTCAGCCGTTGGTTGAAACCATCTCCGCCGACGACATCCGTCCGATGCCACCTACATTA
CCCCAGCCGTCGACGTTTAGCCTCCATGAGAAGGTTGATGCTTTTGACCTAGACGCGTGG
TGGTACGGAGAGATCTACGGTTATGACGGCGAGACGTACTACGTCCACTTTCCAACGACC
AAACATTTGTGCGAGTACCCACTTCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTTGTTGACGGT
GAATGGGTTCCTTCAGCAATGTCAACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTCTCCGATGT
TTCTTGGTCGCTAGTTGTTGTTCTTAATAATCCGCAACGTTTATCGTTGTAATACTTTTT
ATATCGGTTTCCAGAAAACCGTTGCTCTGTTTTTAAGACGTCCAAATAAAATAGGGAAAC
GACTTCTAGAACAAATCGTTAGCCCTAAAAAGTTTGATCATTTTGTAATCAATGCACAGC
CACTTGTTTTGCTGTTGCTTTCACAATGAATGTTGTATTCAAACTATGTTATTTGATTAC
TCTGTTTTG
AAT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1EO56JQ 585 0 0
GTTGAGTACAAGAACCTTATCACTGAAGGCGAAAACCCTCAGCCGTTGGTTGAAACCATC
TCCGCCGACGACATCCGTCCGATGCCACCTACATTACCCCAGCCGTTGACGTTTAGCCTC
CATGAGAAGGTTGATGCTTTTGACCTAGACGCGTGGTGGTACGGAGAGATTTACGGTTAT
GACGGCGAGACGTAATACGTTCACTTTCCAACGACCAAACATTTGTGGGAGTACCCACTT
CAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTTGTTGACGGTGAATGGGTTCCTTCAGCAATGTCA
ACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTTTCCGATGTTTCTTGGTCGCTAGTTGTTGTTCT
TAATAATCCGCAACGTTTATCGTTGTAATACTTTTTATATCGGTTTCCAGAAAACCGTTG
CTCTGTTTTTAAGACGTCCAAATAAAATAGGGAAACGACTTTTAGAACAAATCGTTAGCC
CTAAAAAGTTTGATCATTTTGTAATCAATGCACAGCCACTTGTTTTGCTGTTGCTTTCAC
AATGAATGTTGTATTCAAAATATGTTATTTGATTACTCTGTTTTG

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1EL20JQ 678 0 0
CGAAGTATGCCTCAAAGAAGATGGTTACTTCGGGTCATTCTTTGAGGCCAAGGTATTGTC
CAAGCTTCACGATGGAACTTTCTACGAGGTTGAATACAAGAACCTTATCACTGAAGGTGA
AAACCCTCAGCCGTTGATTGAAACCATCTCCGCCGACGACATCCGTCCGATTCCACCTAC
ATTACCCCAGCCGTCCACGTTTAGCCTCCATGAGAAGGTTGATGCTTTTGACTTAGACGC
GTGGTGGTACGGAGAGATCTACGGTTATGACGGCGAGACGTACTACGTTCACTTTCCAAC
GACCAAACATTTGTGCGAGTACCCACTTCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTCGTCGA
CGGTGAATGGGTTCCTTCAGCAATGTCAACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTCTCCG
ATGTTTCTTGGTCGCTAGTTATTGTTCTTAATAATCCGGAACGTTTATCGTTGTAATACT
TTTTATATCGGTTTCCAGAAAACCGTTGCTCTGTTTTTAAGACGTCCAAATAAAATAGGG
AAACGACTTCTAGAACAAATCGTTAGCCCTAGAAAGTTTGATCATTTTGTAATCAATGCA
CAGCCACTTGTTTTGCTGTTGCTTTCACAATGAATGTTGTATTCAAACTATGTTATTTGA
TTACTCTGTTTTGGATTT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1CW88JQ 412 0 0
ACGGTTATGACGGCGAGACGTACTACGTTCACTTTCCAACGACCAAACATTTGTGCGAGT
ACCCACTTCAAAGCCTCAGAAAGCATCTCGAATTCGTTGACGGTGAATGGGTTCCTTCAG
CAATGTCAACAAGGAGGCGTTGAGCGTCTTAGATTCTCCGATGTTTCTTGGTCGCTAGTT
ATTGTTCTTAATAATCCGGAACGTTTATCGTTGTAATACTTTTTATATCGGTTTCCAGAA
AACCGTTGCTCTGTTTTTAAGACGTCCAAATAAAATAGGGAAACGACTTCTAGAACAAAT
CGTTAGCCCTAGAAAGTTTGATCATTTTGTAATCAATGCACAGCCACTTGTTTTGCTGTT
GCTTTCACAATGAATGTTGTATTCAAACTATGTTATTTGATTACTCTGTTTT

QA 1 412 1 412
DS 



AS 2 14

CO CL159Contig1 725 6 25 U
GGAGAAGAGAAGAAGTGTAAAAAAATAAGACGAGAATCTTTTAACATTTTCAGATAAAAT
GGCGTCCAAAGCCATATTCTTCTTCTTCTTTGTCTCCGCCGTGTGCCTATCCTCTCTCAC
CGGCAAGGCCGTCGCTGACGCCGATGACTTGGACAGTTTCCAAATTCAGGGATCCGTTTA
CTGCGACACTTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTCAGCAAATTCCTTGAAGGAGCCAA
AGTGAAGCTAGAGTGCAGGAGCAGAACCAACGGAACCGTGACGTTGACAAAAGAAGCCGT
GACTGACAAATCAGGCAGCTACAAAATGGAAGTGACCGGTGACCACGAGGAGGAAGTCTG
TGAGCTTGTTCTCCTCCAGTCACCAGACAGTGGTTGCAGCGACGTCAGCCAAGATGCTTA
CCTACGTAACGCCGCTAAGGTTAGCCTGACGGCCAATGACGGTATCGTCTCTCACGAGAC
ACGTATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTCCTACACCGTCAGCTGAATGCCCCGCCGC
TTTCAAGGAGCTCGGGATCGTCCCTGACGTCATATTCTAAATATGATGATAACTTATCTC
AGAGATAGTTATTAACTGTCATGACCATCTCTGTTGTTTATTTTCTTATATATACAAAAA
GTGTAATTTGATATAAAAAAAATGTAAAATGCGGTAATTAAAAATAAACTATTTATCTTT
TTTCC


BQ
10 10 10 20 10 10 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 

AF RR1EP76TF U 134
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AF RR1FQ89TF U 11
AF RR1D626JQ C 1
AF RR1D626TF U 1
AF RR1FQ89JQ C 11
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GCTA
GGT

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DS 

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AATTTGATATAAAAAAAATGTAAAATGCGGTAATTAAAA*TAAACTATTTA

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DS 

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G
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CAGGCAGCTACAAAATGGAAGTGACCGGTGACCACGAGGAGGAAGTCTGTGAGCTTGTTC
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TATAAAAAA

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DS 

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TTT
TCTGAG

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DS 

RD RR1D626TF 729 0 0
GGA
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TAATTTGATATAAAAAA**TGTAAAATGCGGTAATTAAAA*TAAACTATTTATCTTTTTT
TCTGAG

QA 4 723 4 723
DS 

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G
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CCATATTCTTCTTCTTCTTTGTCTCCGCCGTGTGCCTATCCTCTCTCACCGGCAAGGCCG
TCGCTGACGCCGATGACTTGGACAGTTTCCAAATTCAGGGATCCGTTTACTGCGACACTT
GCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTCAGCAAATTCCTTGAAGGAGCCAAAGTGAAGCTAG
AGTGCAGGAGCAGAACCAACGGAACCGTGACGTTGACAAAAGAAGCCGTGACTGACAAAT
CAGGCAGCTACAAAATGGAAGTGACCGGTGACCACGAGGAGGAAGTCTGTGAGCTTGTTC
TCCTCCAGTCACCAGACAGTGGTTGCAGCGACGTCAGCCAAGATGCTTACCTACGTAACG
CCGCTAAGGTTAGCCTGACGGCCAATGACGGTATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTA
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TCGGGATCGTCCCTGACGTCATATTCTAAATATGATGATAACTTATCCCAGAGATAGTTA
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TATAAAAAAAATGTAAAATGCGGTAATTAAAAATAAACTATTTATCTTTTTTCC

QA 2 715 2 715
DS 



CO CL159Contig2 741 8 5 U
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TTT*ATATCAAATTACACTTTTGTATTATATAAGAAAATAAACAACAGAGATGGTCATGA
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GAAGAATATGGCTTTGGACGCCATTTTGTCTGAAAATGTTAAAAGATTCTCGTCTTATTT
TTTT*ACACTTCTTCTCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 45 45 45 
45 45 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 10 10 20 10 

AF RR1HB17JQ U 1
AF RR1FH93JQ U 11
AF RR1HB17TF C 58
AF RR1FH93TF C 3
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RD RR1HB17JQ 268 0 0
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TTTTATATCAAATTACACTTTTGTATTATATAAGAAAATAAACAACAGAGATGGTCATGA
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GATCCCGAGCTCCTTGAAAGCGGCGGGGCATTCAGCTGACGGTGTCGGAACCATGAAACC
GAGAGGGTTAACGATACGTGTCTCGTGA

QA 1 268 1 268
DS 

RD RR1FH93JQ 729 0 0
CC
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GTCGCAATAAACGGATCCCTGAATTTGGAAACTGTCCAAGTCATCGGCGTCAGCGACGGC
CTTGCCGGTGAGAGAGGATAGGCACACGGCGGAGACAAAGAAGAAGAAGAAGAATATGGC
TTTGGACGCCATTTTGTCTGAAAATGTTAAAAGATTCTCGTCTTATTTTTTT*ACACTTC
TTCTCCC

QA 3 729 3 729
DS 

RD RR1HB17TF 680 0 0
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AACCTTAGCGGCGTTACGTAGGTAAGCATCTTGGCTCACGTCGCTGCAACCACTGTCTGG
TGACTGGAGGAGAACAAGCTCACAAACTTCCTCCTCGTGGTCACCGGTCACTTCCATTTT
GTAGCTGCCTGATTTGTCAGTCACGGCTTCTTTTGTCAACGTCACGGTTCCGTTGGTTCT
GCTCCTGCACTCTAGCTTCACTTTGGCTCCTTCGAGGAATTTGCTGAGACGGGTGACGAA
TTGGACACGGCAAGTGTCGCAATAAACGGATCCCTGAATTTGGAAACTGTCCAAGTCATC
GGCGTCAGCGACGGCCTTGCCGGTGAGAGAGGATAGGCACACGGCGGAGACAAAGAAGAA
GAAGAAGAATATGGCTTTGGACGCCATTTTGTCTGAAAATGTTAAAAGATTCTCGTCTTA
TTTTTTT*ACACTTCTTC
CC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1FH93TF 737 0 0
TTTTTTTTCCCAG
AAAAAAGATAAATAGTTTATTTTTAATTACCGCATTCTGCATTTTTT**ATATCAAATTA
CACTTTTGTATTATATAAGAAAATAAACAACAGAGATGGTCATGACAGTTAAATAACGAT
CTCTGAGATAAGTCATCATCATATTTAGAATATGACGTCAGGGACGATCCCGAGCTCCTT
GAAAGCGGCGGGGCATTCAGCTGACGGTGTCGGAACCATGAAACCGAGAGGGTTAACGAT
ACGTGTCTCGTGAGAGACGATACCGTCATTGGCCGTCAGGCTAACCTTAGCGGCGTTACG
TAGGTAAGCATCTTGGCTCACGTCGCTGCAACCACTGTCTGGTGACTGGAGGAGAACAAG
CTCACAGACTTCCTCCTCGTGGTCACCGGTCACTTCCATTTTGTAGCTGCCTGATTTGTC
AGTCACGGCTTCTTTTGTCAACGTCACGGTTCCGTTGGTTCTGCTCCTGCACTCTAGCTT
CACTTTGGCTCCTTCGAGGAATTTGCTGAGACGGGTGACGAATTGGACACGGCAAGTGTC
GCAATAAACGGATCCCTGAATTTGGAAACTGTCCAAGTCATCGGCGTCAGCGACGGCCTT
GCCGGTGAGAGAGGATAGGCACACGGCGGAGACAAAGAAGAAGAAGAAGAATATGGCTTT
GGACGCCATTTTGTCTGAAAATGTTAAAAGATTCTCGTCTTATTTTTTT*ACACTTCTTC
TCCC

QA 14 737 14 737
DS 

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TTACACTTTTGTATTATATAAGAAAATAAACAACAGAGATGGTCATGACAGTTAAATAAC
GATCTCTGAGATAAGTCGTCATCATATTTAGAATATGACGTCAGGGACGATCCCGAGCTC
CTTGAAAGCGGCGGGGCATTCAGCTGACGGTGTCGGAACCATGAAACCGAGAGGGTTAAC
GATACGTGTCTCGTGAGAGACGATACCGTCATTGGCCGTCAGGCTAACCTTAGCGGCGTT
ACGTAGGTAAGCATCTTGGCTCACGTCGCTGCAACCACTGTCTGGTGACTGGAGGAGAAC
AAGCTCACAGACTTCCTCCTCGTGGTCACCGGTCACTTCCATTTTGTAGCTGCCTGATTT
GTCAGTCACGGCTTCTTTTGTCAACGTCACGGTTCCGTTGGTTCTGCTCCTGCACTCTAG
CTTCACTTTGGCTCCTTCGAGGAATTTGCTGAGACGGGTGACGAATTGGACACGGCAAGT
GTCGCAATAAACGGATCCCTGAATTTGGAAACTGTCCAAGTCATCGGCGTCAGCGACGGC
CTTGCCGGTGAGAGAGGATAGGCACACGGCGGAGACAAAGAAGAAGAAGAAGAATATGGC
TTTGGACGCCATTTTGTCTGAAAATGTTAAAAGATTCTCGTCTTATTTTTTTTACACTTC
TTCTCCC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1BP59TF 705 0 0
TTTTTAATTACCGCATTTTGCATTTTTTT*ATATCAAATTACACTTTTGTATTATATAAG
AAAATAAACAACAGAGATGGTCATGACAGTTAAATAACGATCTCTGAGATAAGTCGTCAT
CATATTTAGAATATGACGTCAGGGACGATCCCGAGCTCCTTGAAAGCGGCGGGGCATTCA
GCTGACGGTGTCGGAACCATGAAACCGAGAGGGTTAACGATACGTGTCTCGTGAGAGACG
ATACCGTCATTGGCCGTCAGGCTAACCTTAGCGGCGTTACGTAGGTAAGCATCTTGGCTC
ACGTCGCTGCAACCACTGTCTGGTGACTGGAGGAGAACAAGCTCACAGACTTCCTCCTCG
TGGTCACCGGTCACTTCCATTTTGTAGCTGCCTGATTTGTCAGTCACGGCTTCTTTTGTC
AACGTCACGGTTCCGTTGGTTCTGCTCCTGCACTCTAGCTTCACTTTGGCTCCTTCGAGG
AATTTGCTGAGACGGGTGACGAATTGGACACGGCAAGTGTCGCAATAAACGGATCCCTGA
ATTTGGAAACTGTCCAAGTCATCGGCGTCAGCGACGGCCTTGCCGGTGAGAGAGGATAGG
CACACGGCGGAGACAAAGAAGAAGAAGAAGAATATGGCTTTGGACGCCATTTTGTCTGAA
AATGTTAAAAGATTCTCGTCTTATTTTTTTTACACTTCTTCTCCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1G045JQ 702 0 0
AATTACCGCATTTTGCATTTTTTT*ATATCAAATTACACTTTTGTATTATATAAGAAGAT
AAACAACAGAGATGGTCATGACAGTTAAATAACGATCTCTGAGATAAGTCGTCATCATAT
TTAGAATATGACGTCAGGGACGATCCCGAGCTCCTTGAAAGCGGCGGGGCATTCAGCTGA
CGGTGTCGGAACCATGAAACCGAGAGGGTTAACGATACGTGTCTCGTGAGAGACGATACC
GTCATTGGCCGTCAGGCTAACCTTAGCGGCGTTACGTAGGTAAGCATCTTGGCTCACGTC
GCTGCAACCACTGTCTGGTGACTGGAGGAGAACAAGCTCACAGACTTCCTCCTCGTGGTC
ACCGGTCACTTCCATTTTGTAGCTGCCTGATTTGTCAGTCACGGCTTCTTTTGTCAACGT
CACGGTTCCGTTGGTTCTGCTCCTGCACTCTAGCTTCACTTTGGCTCCTTCGAGGAATTT
GCTGAGACGGGTGACGAATTGGACACGGCAAGTGTCGCAATAAACGGATCCCTGAATTTG
GAAACTGTCCAAGTCATCGGCGTCAGCGACGGCCTTGCCGGTGAGAGAGGATAGGCACAC
GGCGGAGACAAAGAAGAAGAAGAAGAATATGGCTTTGGACGCCATTTTGTCTGAAAATGT
TAAAAGATTCTCGTCTTATTTTTTT*ACACTTCTTCTCTTCC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1G045TF 679 0 0
TTATATCAAATTACACTTTTGTATTATATAAGAAGATAAACAACAGAGATGGTCATGACA
GTTAAATAACGATCTCTGAGATAAGTCGTCATCATATTTAGAATATGACGTCAGGGACGA
TCCCGAGCTCCTTGAAAGCGGCGGGGCATTCAGCTGACGGTGTCGGAACCATGAAACCGA
GAGGGTTAACGATACGTGTCTCGTGAGAGACGATACCGTCATTGGCCGTCAGGCTAACCT
TAGCGGCGTTACGTAGGTAAGCATCTTGGCTCACGTCGCTGCAACCACTGTCTGGTGACT
GGAGGAGAACAAGCTCACAGACTTCCTCCTCGTGGTCACCGGTCACTTCCATTTTGTAGC
TGCCTGATTTGTCAGTCACGGCTTCTTTTGTCAACGTCACGGTTCCGTTGGTTCTGCTCC
TGCACTCTAGCTTCACTTTGGCTCCTTCGAGGAATTTGCTGAGACGGGTGACGAATTGGA
CACGGCAAGTGTCGCAATAAACGGATCCCTGAATTTGGAAACTGTCCAAGTCATCGGCGT
CAGCGACGGCCTTGCCGGTGAGAGAGGATAGGCACACGGCGGAGACAAAGAAGAAGAAGA
AGAATATGGCTTTGGACGCCATTTTGTCTGAAAATGTTAAAAGATTCTCGTCTTATTTTT
TT*ACACTTCTTCTCTTC
C

QA 1 678 1 678
DS 



AS 2 14

CO CL160Contig1 789 6 11 U
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AACCAAGTCTCAAGAAAGGTAGAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCT
TGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTCTCATCATGGACGA
AGATGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTAT
GTTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGAC
TGGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAAACCAGAAGGAGAACTCAGCATCCTAAGCAAGG
CAGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGGAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTA
TCAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCAT
GATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAA
TTGATTGATCTAACAAATATTCTGCAGGATGCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTAT
ATTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAATGATTCTAT
ACAAGGAAGGAAGTTCCTGGAGATTTGTTCCAAGCTTGTTCTTGTTTTAAATATAACTCT
TTCTTGGTGATTTTAGAGATGATGATATTTCACCGACTTCTCTATTTGTAAAATACGTTT
TGAAAGATT


BQ
20 30 0 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT52JQ C 2
AF RR1FZ13TF U 2
AF RR1AU57TF U 6
AF RR1AQ78TF U 1
AF RR1AQ78JQ C 1
AF RR1AU57JQ C 218
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BS 2 2 RR1FZ13TF
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BS 4 28 RR1FZ13TF
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TGATTCTATA

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TTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATATATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACT
GGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAAACCAGAAGGAGAACTCAGCATCCTAAGCAAGGC
AGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGGAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTAT
CAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATG
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TGATTGATCTAACAAATATTCTGCAGGATGCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATA
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AAGA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1AU57TF 634 0 0
GG
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CAGCTTAACTCTGCTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTATGTTCAGA
GGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGCATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACTGGTGTT
TTCATCCCTAAATCTTCTCAAACCAGAAGGAGAACTCAGCATCCTAAGCAAGGCAGGGTT
AGTTCCTTCAACGCCAAGGAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTATCAGCAG
AATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATGATCACT
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TATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAAT

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR1AQ78TF 638 0 0
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GTTTAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGAC
TGGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAAACCAGAAGGAGAACTCAGCATCCTAAGCAAGG
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TCAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCAT
GATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAA
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ATTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1AQ78JQ 789 0 0
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TGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTCTCATCATGGACGA
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GTTTAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGAC
TGGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAAACCAGAAGGAGAACTCAGCATCCTAAGCAAGG
CAGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGGAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTA
TCAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCAT
GATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAA
TTGATTGATCTAACAAATATTCTGCAGGATGCATGGTTTTCTATGTAATTGATTTATTAT
ATTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAATGATTCTAT
ACAAGGAAGGAAGTTCCTGGAGATTTGTTCCAAGCTTGTTCTTGTTTTAAATATAACTCT
TTCTTGGTGATTTTAGAGATGATGATATTTCACCGACTTCTCTATTTGTAAAATACGTTT
TGAAAGATT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1AU57JQ 572 0 0
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AGAACTCAGCATCCTAAGCAAGGCAGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGGAACAACGCTCT
CTTCATCAAAACAGACAACAGTATCAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACC
ACTCACAACAACAAGAGCAGCATGATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGA
ACTTACAGAGATGCAATCTACAATTGATTGATCTAACAAATATTCTGCAGGATGCATGGT
TTTCTATGGAATTGATTTATTATATTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAA
ATCAGGAAGAATAATGATTCTATACAAGGAAGGAAGTTCCTGGAGATTTGTTCCAAGCTT
GTTCTTGTTTTAAATATAACTCTTTCTTGGTGATTTTAGAGATGATGATATTTCACCGAC
TTCTCTATTTGTAAAATACGTTTT
GAAAGATT

QA 1 564 1 564
DS 



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AACCAAGTCTCAAGAAAGGTAGAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCT
TGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTCTCATCATGGACGA
AGATGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTAT
GTTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGAC
TGGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAGACCGGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGG
CAGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTA
TCAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCAT
GATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAA
TTGATTGATCTAACAAATATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTAT
ATTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAA
TGATTCTATATAAGGAAGGAAGTTCTTGGAGATTTGTTTCAAGCTTGTTCTTGTTTTAAT
ATAACTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGATAATATTTCACTGACTTCTCTATTTGTAAA
ATATGTTTTTAAGGATT


BQ
20 30 0 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT52TF U 117
AF RR1B226TF U 1
AF RR1FM03TF U 4
AF RR1B226JQ C 1
AF RR1CN35TF U 34
AF RR1CN35JQ C 170
AF RR1AD26TF U -2
AF RR1AD26JQ C -2
BS 1 29 RR1B226TF
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BS 31 164 RR1B226TF
BS 165 165 RR1FM03TF
BS 166 211 RR1B226TF
BS 212 212 RR1FM03TF
BS 213 478 RR1B226TF
BS 479 479 RR1FM03TF
BS 480 611 RR1B226TF
BS 612 612 RR1FM03TF
BS 613 640 RR1B226TF
BS 641 684 RR1FM03TF
BS 685 685 RR1CN35TF
BS 686 694 RR1FM03TF
BS 695 695 RR1CN35TF
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BS 712 754 RR1CN35TF
BS 755 768 RR1AD26TF
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RD RR1CT52TF 184 0 0
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ACGAAGATGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGG
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GGAC

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR1B226TF 640 0 0
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TGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCCTCTCATCATGGACGA
AGATGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTACCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTAT
GTTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGAC
TGGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAGACCGGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGG
CAGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTA
TCAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCGT
GATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAA
TTGATTGATCTAACAAATATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTAT
ATTATTTTATATATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATC

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DS 

RD RR1FM03TF 708 0 0
GG
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AGTCTCAAGAAAGGTAGAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCTTGATG
ATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTCTCATCATGGACGAAGATG
AACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTATGTTCA
GAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACTGGTG
TTTTCATCCCTAAATCTTCTCAGACCGGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGCAGGG
TTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTATCAGC
AGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATGATCA
CTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAATTGAT
TGATCTAACAAAGATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATATTAT
TTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAATGATT
CTATATAAGGAAGGAAGTTTTTGGAGATT*GTTTCAAGCTTGTTCT

QA 3 708 3 708
DS 

RD RR1B226JQ 762 0 0
GGCACATGAAGCAAAGATAGAAAAAAAAA*TACACACACACAAACTTGTTTCTACAGAGC
AACCAAGTCTCAAGAAAGGTAGAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCT
TGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCCTCTCATCATGGACGA
AGATGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTACCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTAT
GTTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGAC
TGGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAGACCGGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGG
CAGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTA
TCAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCGT
GATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAA
TTGATTGATCTAACAAATATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTAT
ATTATTTTATATATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAA
TGATTCTATATAAGGAAGGAAGTTCTTGGAGATTTGTTTCAAGCTTGTTCTTGTTTTAAT
ATAACTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGATAATATTT
AAAG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1CN35TF 721 0 0
GG
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AGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCTTGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAAC
AGATCTCTCTTCTCATCATGGACGAAGATGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCT
CCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTATGTTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGT
ATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACTGGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAGACCGGAA
GGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGCAGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCT
CTCTTCATCAAAACAGACAACAGTATCAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCA
CCACTCACAACAACAAGAGCAGCATGATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAA
GAACTTACAGAGATGCAATCTACAATTGATTGATCTAACAAATATTCTGCAAGATTCATG
GTTTTCTATGGAATTGATTTATTATATTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGT
AAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAATGATTCTATATAAGGAAGGAAGTTCTTGGAGATTT
GTTTCAAGCTTGTTCTTGTTTTAATATAACTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGATAAT

QA 3 721 3 721
DS 

RD RR1CN35JQ 582 0 0
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TTCCAGGGTATGTTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAG
AGCAAAGGGACTGGTGTTTTCATCCCTAAATCTTTTCAGACCGGAAGGAGACCTCAGCAT
CCTAAGCAAGGCAGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTTTTTTCATCAAAAC
AGACAACAGTATCAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAAC
AAGAGCAGCATGATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGAT
GCAATCTACAATTGATTGATCTAACAAATATTTTGCAAGATTCATGGTTTTTTATGGAAT
TGATTTATTATATTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAAT
AAGAAGAATAATGATTCTATATAAGGAAGGAAGTTCTTGGAGATTTGTTTCAAGCTTGTT
CTTGTTTTAATATAACTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGAT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1AD26TF 771 0 0
CGGG
GGACATGAAGCAAAGATAGAAAAAAAAAATACACACACACAAACTTGTTTCTACAGAGCA
ACCAAGTCTCAAGAAAGGTAGAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCTT
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CTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACT
GGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAGACCGGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGC
AGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACATACAACAGTAT
CAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATG
ATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAAT
TGATTGATCTAACAAATATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATA
TTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAAT
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TAACTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGATAATATTTCACTGACTTC

QA 5 771 5 771
DS 

RD RR1AD26JQ 800 0 0
CGGG
GGACATGAAGCAAAGATAGAAAAAAAAAATACACACACACAAACTTGTTTCTACAGAGCA
ACCAAGTCTCAAGAAAGGTAGAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCTT
GATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTCTCATCATGGACGAA
GATGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTATG
CTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACT
GGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAGACCGGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGC
AGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACATACAACAGTAT
CAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATG
ATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAAT
TGATTGATCTAACAAATATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATA
TTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAAT
GATTCTATATAAGGAAGGAAGTTCTTGGAGATTTGTTTCAAGCTTGTTCTTGTTTTAATA
TAACTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGATAATATTTCACTGACTTCTCTATTTGTAAAA
TATGTTTTTAAGGATT

QA 5 800 5 800
DS 



AS 2 14

CO CL161Contig1 651 12 7 U
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TTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTTTTT*GAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGG
GTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTT
CCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGGTC
CACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCC
CAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAA
GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTCAAGCCTGCTAC


BQ
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 45 45 45 5 45 25 25 25 10 10 10 

AF RR1AB51TF U 1
AF RR1F220JQ C 101
AF RR1FQ86JQ C 1
AF RR1FQ86TF U 1
AF RR1D018JQ C 1
AF RR1H483TF U 1
AF RR1D018TF U 1
AF RR1F220TF U 1
AF RR1GI42TF U 1
AF RR1AB51JQ C 436
AF RR1DO42JQ C 213
AF RR1DO42TF U 213
BS 1 74 RR1AB51TF
BS 75 75 RR1FQ86TF
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BS 209 209 RR1FQ86TF
BS 210 645 RR1AB51TF
BS 646 648 RR1GI42TF
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RD RR1AB51TF 645 0 0
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GGCATCGTTTGCAAACATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAGG
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AGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCC
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GTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTT
CCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGGTC
CACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCC
CAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAA
GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTCAAGCC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1F220JQ 545 0 0
GCTGTGAAAGGACTCGGAGGAAGCTCTCTCACCGGAGCTAAGCTCTTCATCAAGCCTTCT
CGCCAAAGCTTCAAACCCAAATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCGAGTATGGAGAC
AAAAGTGTATACTTTGATTTAGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTAT
GGATCTGATGCTCCTTCTCCTTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTTTTT*GAGACATTTGC
TGCTCCTTTCACAAAGAGGGGTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTT
GCTTACTTATGTCAGTGCTTCCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCA
AGAGAAGCCTAAGCTTGGTCCACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAA
AACATCAGAAACTTTCTTCCCAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTG
TTGTGTTAATTGCTTTGCAAGCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTC
AAGCC

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1FQ86JQ 640 0 0
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GGCATCGTTTGCAACCATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAGG
AAGCTCTCTCACCGGAGCTAAGCTCTTCATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACCCAA
ATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTT
AGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCC
TTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTTTTTTGAGACATCTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGG
GTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTT
CCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCATGGTC
CACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCC
CAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTTCAA
GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1FQ86TF 640 0 0
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GGCATCGTTTGCAACCATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAGG
AAGCTCTCTCACCGGAGCTAAGCTCTTCATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACCCAA
ATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTT
AGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCC
TTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTTTTTTGAGACATCTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGG
GTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTT
CCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCATGGTC
CACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCC
CAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTTCAA
GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1D018JQ 640 0 0
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GGCATCGTTTGCAACCATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAGG
AAGCTCTCTCACCGGAGCTAAGCTCTTCATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACCCAA
ATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTT
AGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCC
TTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTTTTT*GAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGG
GTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTT
CCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGGTC
CACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCC
CAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAA
GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTTGCATT
CC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1H483TF 630 0 0
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GGCATCGTTTGCAACCATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAGG
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ATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTT
AGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCC
TTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTTTTT*GAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGG
GTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTT
CCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGGTC
CACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCC
CAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAA
GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAA

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1D018TF 640 0 0
GGACTTTAGCAACAACAACAAGGAGAGAAGTCTTTATTGTGTGTTTGATCTGAGAAACAT
GGCATCGTTTGCAACCATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAGG
AAGCTCTCTCACCGGAGCTAAGCTCTTCATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACCCAA
ATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTT
AGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCC
TTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTTTTT*GAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGG
GTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTT
CCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGGTC
CACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCC
CAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAA
GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTTGCATT
CC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1F220TF 645 0 0
GGACTTTAGCAACAACAACAAGGAGAGAAGTCTTTATTGTGTGTTTGATCTGAGAAACAT
GGCATCGTTTGCAAACATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAGG
AAGCTCTCTCACCGGAGCTAAGCTCTTCATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACCCAA
ATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCGAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTT
AGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCC
TTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTTTTT*GAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGG
GTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTT
CCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGGTC
CACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCC
CAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAA
GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTCAAGCC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1GI42TF 649 0 0
GGACTTTAGCAACAACAACAAGGAGAGAAGTCTTTATTGTGTGTTTGATCTGAGAAACAT
GGCATCGTTTGCAACCATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAGG
AAGCTCTCTCACCGGAGCTAAGCTCTTCATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACCCAA
ATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTT
AGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCC
TTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTTTTT*GAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGG
GTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTT
CCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGGTC
CACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCC
CAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAA
GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAA*TTTGCATTTCAAGTCTGC
T

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1AB51JQ 210 0 0
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AAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCCCAAGTCTCTGAACTC
CTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAAGCTGCTGAATTGTAA
TGAATCAATGAAAAATTTGCATTTCAAGCC

QA 1 210 1 210
DS 

RD RR1DO42JQ 439 0 0
G
TGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTTAGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGA
TTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCCTTACATCCCACTTCAGTGCAAGTTTTTT*GAGA
CATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGGGTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAG
GCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTTCCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAG
GTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGGTCCACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATC
CCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCCCAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTA
TATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAAGCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTT
GCATTTCAAGTCTGCTAC

QA 2 439 2 439
DS 

RD RR1DO42TF 439 0 0
G
TGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTTAGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGA
TTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCCTTACATCCCACTTCAGTGCAAGTTTTTT*GAGA
CATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGGGTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAG
GCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTTCCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAG
GTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGGTCCACGTGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATC
CCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCCCAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTA
TATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAAGCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTT
GCATTTCAAGTCTGC
TAC

QA 2 436 2 436
DS 



CO CL161Contig2 651 2 2 U
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CATGGCATCTTTTGCAACCATCGCCGCCGTTCAACCATCCTCCGCCGTGAAAGGACTTGG
AGGAAGCTCTCTCACCGGAGCAAAGCTCTTCATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACC
CAAATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGA
TTTAGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTC
TCCTTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACGAAGAG
AGGTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTCTGCTTACGTATGTCAGTGC
TTCCTCAACTGGTGATGTTCTTCCTATCAAGAGAGGCCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGG
TCCACGCGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTT
CCCAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGC
AAGCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAAATTGCATTTCAAGTCTGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1C263JQ C 1
AF RR1C263TF U 1
BS 1 650 RR1C263TF
BS 651 651 RR1C263JQ

RD RR1C263JQ 651 0 0
GGACTTTGGCAACAGCAACAAAAAGAGATAACTCTTTTATTGTGTGTTTGATCCGAGAAA
CATGGCATCTTTTGCAACCATCGCCGCCGTTCAACCATCCTCCGCCGTGAAAGGACTTGG
AGGAAGCTCTCTCACCGGAGCAAAGCTCTTCATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACC
CAAATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGA
TTTAGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTC
TCCTTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACGAAGAG
AGGTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTCTGCTTACGTATGTCAGTGC
TTCCTCAACTGGTGATGTTCTTCCTATCAAGAGAGGCCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGG
TCCACGCGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTT
CCCAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGC
AAGCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAAATTGCATTTCAAGTCTGCC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1C263TF 651 0 0
GGACTTTGGCAACAGCAACAAAAAGAGATAACTCTTTTATTGTGTGTTTGATCCGAGAAA
CATGGCATCTTTTGCAACCATCGCCGCCGTTCAACCATCCTCCGCCGTGAAAGGACTTGG
AGGAAGCTCTCTCACCGGAGCAAAGCTCTTCATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACC
CAAATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGA
TTTAGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTC
TCCTTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACGAAGAG
AGGTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTCTGCTTACGTATGTCAGTGC
TTCCTCAACTGGTGATGTTCTTCCTATCAAGAGAGGCCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGG
TCCACGCGGCAAGCTTTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTT
CCCAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGC
AAGCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAAATTGCATTTCAAGTCTGC
C

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 14

CO CL162Contig1 1117 14 27 U
GTATAATTCACTTGTTACCAAGCTTTTGCATTTGTTACACAAACCAAAAGAGGTAACATA
TGGGACTGTTTTAAAAGAC*GTCTTATTTGGTGAA***TTAAAATGTGTTCTTGGCCAAA
TCATGAGTAGAGTAAACTGTCTTTGGGAAGACAACAATCATTTTAGTTTTTTCTTTTCCA
ATAGTTTAACTACTACTCCCTGGAGAATTTCACAGCCTCAATCACAGCAGAAAAGTCCAG
ATCTCCAAGTCCCATGCTTCTTGCCTTCTTAAAAGCCTCATTTGCGGCTGCAGCTACAGG
CATGGAAACAGCGTTTTCATCGCCAAGAGCAAGAGCTAGCCTCATGTCCTTCTGCTGATG
TTTCAACGGGAACGCTGGTGGGTAACTACTCTTATTCATCGAAGGTCCTTTCCCTTCGAA
CATCGGGTTTGTCATTGCACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGTCAGAGCTAAGTC
CACTCTTGTCAGCTAATACAAGCCCCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGCTTCCCATGACCA
TGTTGACAACAAGTTTCATCTTAGCTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGTAAAAAGACTTCT
TCCCCAAAACGTCAAAAGCTGGGACCGATTCATCGAAAAGGGACTTGTCACCAGCAGCAA
GTATGATGAGCTGGCCATCTTCTGCCGGCTTCTTGCTACCTGAAACCGGACCTTCTACAA
ACCGACCACCTTTCCCGGTGATTGCCTCATTGATCTTTAAGGAGGTCTCAGCATCAACAG
TTGACATATCGATATAGCCTTTCCCTTCACAGATTTGCTCCAAAACGCCATCTTT*ATCG
AAAACAACCGAAAGAGCAGCAGAAGGGTCAGAGAGCATAGCGATAGTGTATTTGCATTTC
TTGATTACTTCAGCTGGAGTCTCGCATACTGAAGCTCCATGCTCCACAAGTTCATCACAC
TTGGAGAGTGTCCTGTTCCAGACGGTTAGTTTGAAACCATGTTTCAGTAGATTCATTGAC
ATGGCCTTTCCCATGATACCCAAGCCCAGAAACCCAATCTCCATTTTTCTCTCTCTCTCT
CTCCTTTGTGTGTTTGAGCGATGATGATGAGGATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 60 60 60 60 30 65 65 65 0 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 40 75 75 75 45 75 75 75 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 5 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 20 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1GO02JQ U 106
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AF RR1DO73JQ U 114
AF RR1EI90JQ U 1
AF RR1FJ92JQ U 17
AF RR1GO02TF C 409
AF RR1A305JQ U 68
AF RR1B343JQ U 109
AF RR1A305TF C 279
AF RR1FJ92TF C 385
AF RR1H033TF C 519
AF RR1B343TF C 414
AF RR1EI90TF C 418
AF RR1DO73TF C 443
BS 1 79 RR1EI90JQ
BS 80 80 RR1FJ92JQ
BS 81 95 RR1EI90JQ
BS 96 98 RR1FJ92JQ
BS 99 231 RR1EI90JQ
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BS 233 312 RR1EI90JQ
BS 313 313 RR1FJ92JQ
BS 314 476 RR1EI90JQ
BS 477 477 RR1FJ92JQ
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BS 609 748 RR1EI90JQ
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BS 750 760 RR1EI90JQ
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BS 845 929 RR1A305JQ
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RD RR1GO02JQ 375 0 0
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GTTTTTTCTTTTCCAATAGTTTAACTACTACTCCCTGGAGAATTTCACAGCCTCAATCAC
AGCAGAAAAGTCCAGATCTCCAAGTCCCATGCTTCTTGCCTTCTTAAAAGCCTCATTTGC
GGCTGCAGCTACAGGCATGGAAACAGCGTTTTCATCGCCAAGAGCAAGAGCTAGCCTCAT
GTCCTTCTGCTGATGTTTCAACGGGAACGCTGGGGGGTAACTACTCTTATTCATCGAAGG
GCCTTTCCCTTCGAACATCGGGTTTGTCATTGCACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAAAG
TGTCAGAACTAAGTC

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR1H033JQ 442 0 0
AAAAGAC*GTCTTATTTGGTGAA***TTAAAATGTGTTCTTGGCCAAATCATGAGTAGAG
TAAACTGTCTTTGGGAAGACAACAATCATTTTAGTTTTTTCTTTTCCAATAGTTTAACTA
CTACTCCCTGGAGAATTTCACAGCCTCAATCACAGCAGAAAAGTCCAGATCTCCAAGTCC
CATGCTTCTTGCCTTCTTAAAAGCCTCATTTGCGGCTGCAGCTACAGGCATGGAAACAGC
GTTTTCATCGCCAAGAGCAAGAGCTAGCCTCATGTCCTTCTGCTGATGTTTCAACGGGAA
CGCTGGGGGGTAACTACTCTTATTCATCGAAGGGCCTTTCCCTT*GAACATCGGGTTTGT
CATTGCACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGTCAGAACTAAGTCCACTCTTGTCAG
CTAATACAAGCCCCTCGGA
AAA

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR1DO73JQ 578 0 0
GGCCAAATCATGAGTAGAGTAAACTGTCTTTGGGAAGACAACAATCATTTTAGTTTTTTC
TTTTACAATAGTTTAACTACTACTCCCTGGAGAATTTCACAGCCTCAATCACAGCAGAAA
AGTCCAGATCTCCAAGTCCCATGCTTCTTGCCTTCTTAAAAGCCTCATTTGCGGCTGCAG
CTACAGGCATGGAAACAGCGTTTTCATCGCCAAGAGCAAGAGCTAGCCTCATGTCCTTCT
GCTGATGTTTCAACGGGAACGCTGGTGGGTAACTACTCTTATTCATCGAAGGTCCTTTCC
CTTTGAACATCGGGTTTGTCATTGCACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGTCAGAG
CTAAGTCCACTCTTGTCAGCTAATACAAGCCCCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGCTTCCC
ATGACCATGTTGACAACAAGTTTCATCTTAGCTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGTAAAAA
GACTTCTTCCCCAAAACGTCAAAAGCTGGGACCGATTCATCGAAAAGGGACTTGTCACCA
GCAGCAAGTATGATGAGCTGGCCATCTTCTGCCGGCTT

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1EI90JQ 838 0 0
GTATAATTCACTTGTTACCAAGCTTTTGCATTTGTTACACAAACCAAAAGAGGTAACATA
TGGGACTGTTTTAAAAGACTGTCTTATTTGGTGAAGGATTAAAATGTGTTCTTGGCCAAA
TCATGAGTAGAGTAAACTGTCTTTGGGAAGACAACAATCATTTTAGTTTTTTCTTTTCCA
ATAGTTTAACTACTACTCCCTGGAGAATTTCACAGCCTCAATCACAGCAGAGAAGTCCAG
ATCTCCAAGTCCCATGCTTCTTGCCTTCTTAAAAGCCTCATTTGCGGCTGCAGCTACAGG
CATGGAAACAGCATTTTCATCGCCAAGAGCAAGAGCTAGCCTCATGTCCTTCTGCTGATG
TTTCAACGGGAACGCTGGTGGGTAACTACTCTTATTCATCGAAGGTCCTTTCCCTTCGAA
CATCGGGTTTGTCATTGCACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGTCAGAGCTAGGTC
CACTCTTGTCAGCTAATACAAGCCCCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGCTTCCCATGACCA
TGTTGACAACAAGTTTCATCTTAGCTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGTAAAAAGACTTCT
TCCCCAAGACGTCAAAAGCTGGGACCGATTCATCGAAAAGGGACTTGTCACCAGCAGCAA
GTATGATGAGCTGGCCATCTTCTGCCGGCTTCTTGCTACCTGAAACCGGACCTTCTACAA
ACCGACCACCTTTCCCGGTGATTGCCTCGTTGATCTTTAACGAGGTCTCAGCATCAACAG
TTGACATATCGATATAGCCTTTCCCTTCACAGATTTGCTCCAAA*CGCCATCTTT*AT

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR1FJ92JQ 830 0 0
G
CCAAGCTTTTGCATTTGTTACACAAACCAAAAGAGGTAACATATGGGACTGTTTTAAAAG
AC*GTCTTATTTGGTGAA***TTAAAATGTGTTCTTGGCCAAATCATGAGTAGAGTAAAC
TGTCTTTGGGAAGACAACAATCATTTTAGTTTTTTCTTTTCCAATAGTTTAACTACTACT
CCCTGGAGAATTTCACAGCCTCAATCACAGCAGAGAAGTCCAGATCTCCAAGTCCCATGC
TTCTTGCCTTCTTAAAAGCCTCATTTGCGGCTGCAGCTACAGGCATGGAAACAGCGTTTT
CATCGCCAAGAGCAAGAGCTAGCCTCATGTCCTTCTGCTGATGTTTCAACGGGAACGCTG
GTGGGTAACTACTCTTATTCATCGAAGGTCCTTTCCCTTTGAACATCGGGTTTGTCATTG
CACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGTCAGAGCTAAGTCCACTCTTGTCAGCTAAT
ACAAGCCCCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGCTTCCCATGACCATGTTGACAACAAGTTTC
ATCTTAGCTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGTAAAAAGACTTCTTCCCCAAAACGTCAAAA
GCTGGGACCGATTCATCGAAAAGGGACTTGTCACCAGCAGCAAGTATGATGAGCTGGCCA
TCTTCTGCCGGCTTCTTGCTACCTGAAACCGGACCTTCTACAAACCGACCACCTTCCCCG
GTGATTGCATCATTGATCTTTAAGGAGGTCTCAGCATCAACAGTTGACATATCGATATAG
CCTTTCCCTTCACAGATTTGCTCCAAA*CGCCATCTTT*ATCGAAAA
AA

QA 2 828 2 828
DS 

RD RR1GO02TF 462 0 0
TTTCCCTTCGAACATCGGGTTTGTCATTGCACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGT
CAGAGCTAAGTCCACTCTTGTCAGCTAATACAAGCCCCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGC
TTCCCATGACCATGTTGACAACAAGTTTCATCTTAGCTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGT
AAAAAGACTTCTTCCCCAAGACGTCAAAAGCTGGGACCGATTCATCGAAAAGGGACTTGT
CACCAGCAGCAAGTATGATGAGCTGGCCATCTTCTGCCGGCTTCTTGCTACCTGAAACCG
GACCTTCTACAAACCGACCACCTTTCCCGGTGATTGCCTCGTTGATCTTTAACGAGGTCT
CAGCATCAACAGTTGACATATCGATATAGCCTTTCCCTTCA**GATTTGCTCCAAAACGC
CATCTTT*ATCGAAAACAACCGAAAGAGCAGCGGAAGGGTC
C

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR1A305JQ 868 0 0
GTTTT
AAAAGAC*GTCTTATTTGGTGAA***TTAAAATGTGTTCTTGGCCAAATCATGAGTAGAG
TAAACTGTCTTTGGGAAGACAACAATCATTTTAGTTTTTTCTTTTCCAATAGTTTAACTA
CTACTCCCTGGAGAATTTCACAGCCTCAATCACAGCAGAAAAGTCCAGATCTCCAAGTCC
CATGCTTCTTGCCTTCTTAAAAGCCTCATTTGCGGCTGCAGCTACAGGCATGGAAACAGC
GTTTTCATCGCCAAGAGCAAGAGCTAGCCTCATGTCCTTCTGCTGATGTTTCAACGGGAA
CGCTGGTGGGTAACTACTCTTATTCATCGAAGGTCCTTTCTCTTTGAACATCGGGTTTGT
CATTGCACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGTCAGAACTAAGTCCACTCTTGTCAG
CTAATACAAGCCCCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGCTTCCCATGACCATGTTGACAACAA
GTTTCATCTTAGCTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGTAAAAAGACTTCTTCCCCAAAACGT
CAAAAGCTGGGACCGATTCATCGAAAAGGGACTTGTCACCAGCAGCAAGTATGATGAGCT
GGCCATCTTCTGCCGGCTTCTTGCTACCTGAAACCGGACCTTCTACAAACCGACCACCTT
TCCCGGTGATTGCCTCATTGATCTTTAAGGAGGTCTCAGCATCAACAGTTGACATATCGA
TATAGCCTTTCCCTTCACGGATTTGCTCCAAAACGCCCTCTTT*ATCGAAAACAACCGAA
AGAGCAGCAGAAGGGTCAGAGAGCATAGCGATAGTGTATTTGCATTTCTTGATTACTTCA
GCTGGAGTCTCGCATACGGAAGC

QA 6 868 6 868
DS 

RD RR1B343JQ 862 0 0
TTCTTGGCCAAATCATGAGTAGAGTAAACTGTCTTTGGGAAGACAACAATCATTTTAGTT
TTTTCTTTCCCAATAGTTTAACTACTACTCCCTGGAGAATTTCACAGCCTCAATCACAGC
AGAAAAGTCCAGATCTCCAAGCCCCATGCTTCTTGCCTTCTTAAAAGCCTCATTTGCGGC
TGCAGCTACAGGCATGGAAACAGCGTTTTCATCGCCAAGAGCAAGAGCTAGCCTCATGTC
CTTCTGCTGATGTTTCAACGGGAACGCTGGTGGGTAACTACTCTTATTCATCGAAGGTCC
TTTCCCTTCGAACATCGGGTTTGTCATTGCACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGT
CAGAGCTAAGTCCACTCTTGTCAGCTAATACAAGCCCCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGC
TTCCCATGACCATGTTGACAACAAGTTTCATCTTAGCTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGT
AAAAAGACTTCTTCCCCAAGACGTCAAAAGCTGGGACCGATTCATCGAAAAGGGACTTGT
CACCAGCAGCAAGTATGATGAGCTGGCCATCTTCTGCCGGCTTCTTGCTACCTGAAACCG
GACCTTCTACAAACCGACCACCTTTCCCGGTGATTGCCTCGTTGATCTTTAACGAGGTCT
CAGCATCAACAGTTGACATATCGATATAGCCTTTCCCTTCACAGATTTGCTCCAAAACGC
CATCTTTTATCGAAAACAACCGAAAGAGCAGCGGAAGGGTCAGAGAGCATAGCGATAGTG
TATTTGCATTTCTTGATTACTTCAGCTGGAGTCTCGCATACTGAAGCTCCATGCTCCACA
AGTTCATCACACTTGGAGAGTG

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR1A305TF 815 0 0
CATTTGCGGCTGCAGCTACAGGCATGGAAACAGCGTTTTCATCGCCAAGAGCAAGAGCTA
GCCTCATGTCCTTCTGCTGATGTTTCAACGGGAACGCTGGTGGGTAACTACTCTTATTCA
TCGAAGGTCCTTTCTCTTTGAACATCGGGTTTGTCATTGCACCAAGATCCCAGAATATCA
AGAAGAGTGTCAGAGCTAAGTCCACTCTTGTCAGCTAATACAAGCCCCTCGGAGAAGGCG
TTCATCATGCTTCCCATGACCATGTTGACAACAAGTTTCATCTTAGCTCCGTTCCCAACT
TGTCCCAAGTAAAAAGACTTCTTCCCCAAAACGTCAAAAGCTGGGACCGATTCATCGAAA
AGGGACTTGTCACCAGCAGCAAGTATGATGAGCTGGCCATCTTCTGCCGGCTTCTTGCTA
CCTGAAACCGGACCTTCTACAAACCGACCACCTTTCCCGGTGATTGCCTCATTGATCTTT
AAGGAGGTCTCAGCATCAACAGTTGACATATCGATATAGCCTTTCCCTTCACGGATTTGC
TCCAAAACGCCATCTTT*ATCGAAAACAACCGAAAGAGCAGCAGAAGGGTCAGAGAGCAT
AGCGATAGTGTATTTGCATTTCTTGATTACTTCAGCTGGAGTCTCGCATACTGAAGCTCC
ATGCTCCACAAGTTCATCACACTTGGAGAGTGTCCTGTTCCAGACGGTTAGTTTGAAACC
ATGTTTCAGTAGATTCATTGACATGGCCTTTCCCATGATACCCAAGCCCAGAAACCCAAT
CTCCATTTTTCTCTCTCTCTCTCTCCTTTGTGT
CC

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1FJ92TF 732 0 0
ACTACTCTTATTCATCGAAGGTCCTTTCCCTTTGAACATCGGGTTTGTCATTGCACCAAG
ATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGTCAGAGCTAAGTCCACTCTTGTCAGCTAATACAAGCC
CCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGCTTCCCATGACCATGTTGACAACAAGTTTCATCTTAG
CTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGTAAAAAGACTTCTTCCCCAAAACGTCAAAAGCTGGGA
CCGATTCATCGAAAAGGGACTTGTCACCAGCAGCAAGTATGATGAGCTGGCCATCTTCTG
CCGGCTTCTTGCTACCTGAAACCGGACCTTCTACAAACCGACCACCTTCCCCGGTGATTG
CATCATTGATCTTTAAGGAGGTCTCAGCATCAACAGTTGACATATCGATATAGCCTTTCC
CTTCACAGATTTGCTCCAAAACGCCATCTTT*ATCGAAAACAACCGAAAGAGCAGCAGAA
GGGTCAGAGAGCATAGCGATAGTGTATTTGCATTTCTTGATTACTTCAGCTGGAGTCTCG
CATACTGAAGCTCCATGCTCCACAAGTTCATCACACTTGGAGAGTGTCCTGTTCCAGACG
GTTAGTTTGAAACCATGTTTCAGTAGATTCATTGACATGGCCTTTCCCATGATACCCAAG
CCCAGAAACCCAATCTCCATTTTTCTCTCTCTCTCTCTCCTTTGTGTGTTTGAGCGATGA
TGATGAGGA
ACC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1H033TF 598 0 0
TTCATCATGCTTCCCATGACCATGTTGACAACAAGTTTCATCTTAGCTCCGTCCCCAACT
TGTCCCAAGTAAAAAGACTTCTTCCCCAAAACGTCAAAAGCTGGGACCGATTCATCGAAA
AGGGACTTGTCACCAGCAGCAAGTATGATGAGCTGGCCATCTTCTGCCGGCTTCTTGCTA
CCTGAAACCGGACCTTCCACAAACCGACCACCTTTCCCGGTGATTGCCTCATTGATCTTT
AAGGAGGTCTCAGCATCAACAGTTGACATATCGATATAGCCTTTCCCTTCACAGATTTGC
TCCAAAACGCCATCTTT*ATCGAAAACAACCGAAAGAGCAGCAGAAGGGTCAGAGAGCAT
AGCGATAGTGTATTTGCATTTCTTGATTACTTCAGCTGGAGTCTCGCATACTGAAGCTCC
ATGCTCCACAAGTTCATCACACTTGGAGAGTGTCCTGTTCCAGACGGTTAGTTTGAAACC
ATGTTTCAGTAGATTCATTGACATGGCCTTTCCCATGATACCCAAGCCCAGAAACCCAAT
CTCCATTTTTCTCTCTCTCTCTCTCCTTTGTGTGTTTGAGCGATGATGATGAGGA
TCC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1B343TF 703 0 0
CTTCGAACATCGGGTTTGTCATTGCACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGTCAGAG
CTAAGTCCACTCTTGTCAGCTAATACAAGCCCCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGCTTCCC
ATGACCATGTTGACAACAAGTTTCATCTTAGCTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGTAAAAA
GACTTCTTCCCCAAGACGTCAAAAGCTGGGACCGATTCATCGAAAAGGGACTTGTCACCA
GCAGCAAGTATGATGAGCTGGCCATCTTCTGCCGGCTTCTTGCTACCTGAAACCGGACCT
TCTACAAACCGACCACCTTTCCCGGTGATTGCCTCGTTGATCTTTAACGAGGTCTCAGCA
TCAACAGTTGACATATCGATATAGCCTTTCCCTTCACAGATTTGCTCCAAAACGCCATCT
TT*ATCGAAAACAACCGAAAGAGCAGCGGAAGGGTCAGAGAGCATAGCGATAGTGTATTT
GCATTTCTTGATTACTTCAGCTGGAGTCTCGCATACTGAAGCTCCATGCTCCACAAGTTC
ATCACACTTGGAGAGTGTCCTGTTCCAGACGGTTAGCTTGAAACCATGTTTCAGTAGATT
CATTGACATGGCCTTTCCCATGATACCCAAGCCCAGAAACCCAATCTCCATTTTTCTTTC
TCTCTCTCTCCTTTGTGTGTTTGAGCGATGATGATGAGGA
TCC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1EI90TF 687 0 0
GAACATCGGGTTTGTCATTGCACCAAGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGTCAGAGCTAG
GTCCACTCTTGTCAGCTAATACAAGCCCCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGCTTCCCATGA
CCATGTTGACAACAAGTTTCATCTTAGCTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGTAAAAAGACT
TCTTCCCCAAGACGTCAAAAGCTGGGACCGATTCATCGAAAAGGGACTTGTCACCAGCAG
CAAGTATGATGAGCTGGCCATCTTCTGCCGGCTTCTTGCTACCTGAAACCGGACCTTCTA
CAAACCGACCACCTTTCCCGGTGATTGCCTCGTTGATCTTTAACGAGGTCTCAGCATCAA
CAGTTGACATATCGATATAGCCTTTCCCTTCACAGATTTGCTCCAAAACGCCATCTTT*A
TCGAAAACAACCGAAAGAGCAGCGGAAGGGTCAGAGAGCATAGCGATAGTGTATTTGCAT
TTCTTGATTACTTCAGCTGGAGTCTCGCATACTGAAGCTCCATGCTCCACAAGTTCATCA
CACTTGGAGAGTGTCCTGTTCCAGACGGTTAGCTTGAAACCATGTTTCAGTAGATTCATT
GACATGGCCTTTCCCATGATACCCAAGCCCAGAAACCCAATCTCCATTTTTCTCTCTCTC
TCTCTCCTTTGTGTGTTTGAGCGAT
CC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1DO73TF 675 0 0
AGATCC*AGAATATCAAGAAGAGTGTCAGAGCTAAGTCCACTCTTGTCAGCTAATACAAG
CCCCTCGGAGAAGGCGTTCATCATGCTTCCCATGACCATGTTGACAACAAGTTTCATCTT
AGCTCCGTTCCCAACTTGTCCCAAGTAAAAAGACTTCTTCCCCAAAACGTCAAAAGCTGG
GACCGATTCATCGAAAAGGGACTTGTCACCAGCAGCAAGTATGATGAGCTGGCCATCTTC
TGCCGGCTTCTTGCTACCCGAAACCGGACCTTCTACAAACCGACCACCTTTCCCGGTGAT
TGCCTCATTGGTCTTTAAGGAGGTCTCAGCATCAACAGTTGACATATCGATATAGCCTTT
CCCTTCACAGATTTGCTCCAAAACGCCATCTTT*ATCGAAAACAACCGAAAGAGCAGCAG
AAGGGTCAGAGAGCATAGCGATAGTATATTTGCATTTCTTGATTACTTCAGCTGGAGTCT
CGCATACTGAAGCTCCATGCTCCACAAGTTCATCACACTTGGAGAGTGTCCTGTTCCAGA
CGGTTAGTTTGAAACCATGTTTCAGTAGATTCATTGACATGGCCTTTCCCATGATACCCA
AGCCCAGAAACCCAATCTCCATTTTTCT****CTCTCTCTCCTTTGTGTGTTTGAGCGAT
GATGATGAGGATCCC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 13

CO CL163Contig1 859 13 21 U
GGGGACTTTCTCTTGTTGCGCTTAGACTTGGTCGAAAGAAGAAGACCCGTCGTAGCTCTC
CGATGGCGATCAGAGGAATCGTTGCGATTTCAACGGCGGTGGTGGTGCTGTTTCTGCTGA
CGATTAATCACGGAGAAGCTATATGGCTGACGATTCCGGCGACGGGAGGGACAAAGTGCG
TCTCAGAGGAGATACAGAGTAACGTCGTCGTCTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGC
AGAACCCTGGAAACACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATC
TTCATCACCAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAA
ACTACTTGGCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTG
GGATTGATTGGAAGACTGGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAA
AGATTGAGGGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTG
AGAACATCGATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACC
AACGGAAGAGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTTGGGGTTTGTCTTTCCGTTGCGGGT
GTACAGATATGGTACCTGAAGCGATATTTCCACAAGAAGAAACTCATCTAAAGACTTTGG
CTTTGAAGGATACTTTGCTATGTTTAGTAAC*ATTACAGATTCCCTCCCACCTTTGAAAA
GAGGGAAAATCTCAAGATTGTAGAGTTAACTGGTTACAATCAC*ATTTACATTTATTATT
TTCTTTGAAATTTATATCG


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 55 60 60 60 60 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 25 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 25 25 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B386TF U 190
AF RR1F261TF U 1
AF RR1FZ87TF U 2
AF RR1GA78TF U 2
AF RR1EC17TF U 35
AF RR1B340TF U 190
AF RR1A456JQ C 2
AF RR1A456TF U 19
AF RR1B340JQ C 35
AF RR1DE08TF U 227
AF RR1B386JQ C 185
AF RR1F261JQ C 129
AF RR1FZ87JQ C 186
BS 1 611 RR1F261TF
BS 612 645 RR1FZ87TF
BS 646 673 RR1A456TF
BS 674 674 RR1B340TF
BS 675 697 RR1A456TF
BS 698 698 RR1DE08TF
BS 699 727 RR1A456TF
BS 728 728 RR1B340TF
BS 729 745 RR1A456TF
BS 746 746 RR1B340TF
BS 747 747 RR1DE08TF
BS 748 779 RR1A456TF
BS 780 780 RR1DE08TF
BS 781 788 RR1A456TF
BS 789 789 RR1DE08TF
BS 790 818 RR1A456TF
BS 819 819 RR1DE08TF
BS 820 837 RR1A456TF
BS 838 841 RR1DE08TF
BS 842 843 RR1B340JQ
BS 844 859 RR1F261JQ

RD RR1B386TF 281 0 0
AGATACAGAGTAACGTCGTCGTCTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCAGAACCCTG
GAAGCACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATCTTCATCACC
AAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACACGAAACGGGAAACTACTTGG
CTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTGGGATTGATT
GGAAGACTGGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCT

QA 1 281 1 281
DS 

RD RR1F261TF 611 0 0
GGGGACTTTCTCTTGTTGCGCTTAGACTTGGTCGAAAGAAGAAGACCCGTCGTAGCTCTC
CGATGGCGATCAGAGGAATCGTTGCGATTTCAACGGCGGTGGTGGTGCTGTTTCTGCTGA
CGATTAATCACGGAGAAGCTATATGGCTGACGATTCCGGCGACGGGAGGGACAAAGTGCG
TCTCAGAGGAGATACAGAGTAACGTCGTCGTCTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGC
AGAACCCTGGAAACACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATC
TTCATCACCAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAA
ACTACTTGGCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTG
GGATTGATTGGAAGACTGGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAA
AGATTGAGGGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTG
AGAACATCGATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACC
AACGGAAGAGT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1FZ87TF 644 0 0
GGGACTTTCTCTTGTTGCGCTTAGACTTGGTCGAAAGAAGAAGACCCGTCGTAGCTCTCC
GATGGCGATCAGAGGAATCGTTGCGATTTCAACGGCGGTGGTGGTGCTGTTTCTGCTGAC
GATTAATCACGGAGAAGCTATATGGCTGACGATTCCGGCGACGGGGGGGACAAAGTGCGT
CTCAGAGGAGATACAGAGTAACGTCGTCGTCTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCA
GAACCCTGGAAACACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATCT
TCATCACCAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAAA
CTACTTGGCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTGG
GATTGATTGGAAGGCTGGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAA
GATTGAGGGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTGA
GAACATCGATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACCA
ACGGAAGAGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTTGGGGTTTGT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1GA78TF 617 0 0
GGGACTTTCTCTTGTTGCGCTTAGACTTGGTCGAAAGGAGAAGACCCGTCGTAGCTCTCC
GATGGCGATCAGAGGAATCGTTGCGATTTCAACGGCGGTGGTGGTGCTGTTTCTGCTGAC
GATTAATCACGGAGAAGCTATATGGCTGACGATTCCGGCGACGGGAGGGACAAAGTGCGT
CTCAGAGGAGATACAGAGTAACGTCGTCGTCTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCA
GAACCCTGGAAACACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATCT
TCATCACCAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAAA
CTACTTGGCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTGG
GATTGATTGGAAGACTGGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAA
GATTGAGGGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTGA
GAACATCGATTATATAAAGAAACAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACCA
ACGGAAGAGTGGCTTGG

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1EC17TF 621 0 0
GCG
GAAGAAGACCCGTCGTAGCTCTCCGATGGCGATCAGAGGAATCGTTGCGATTTCAACGGC
GGTGGTGGTGCTGTTTCTGCTGACGATTAATCACGGAGAAGCTATATGGCTGACGATTCC
GGCGACGGGAGGGACAAAGTGCGTCTCAGAGGAGATACAGAGTAACGTCGTCGTCTTGGC
TGATTACTACGTCGTCGATGAGCAGAACCCTGGAAACACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGT
AACATCTCCATATGGGAACGATCTTCATCACCAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGC
GTTCACGACACAAGAAACGGGAAACTACTTGGCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCC
GCTACCTAATCCGTTGACACTTGGGATTGATTGGAAGACTGGTATCGCCACCAAGGATTG
GGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATTGAGGGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGA
GGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTGAGAACATCGATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCGAGA
TGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACCAACGGAAGAGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTTG
GGGTTTGTCTTTCCGTTG

QA 4 621 4 621
DS 

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GAAGCACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATCTTCATCACC
AAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAAACTACTTGG
CTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTGGGATTGATT
GGAAGACTGGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATTGAGG
GTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTGAGAACATCG
ATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACCAACGGAAGA
GTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTTGGGGTTTGTCTTTCCGTTGCGGGTGTACAGATA
TGGTACCTGAAGCGATATTTCCACA*GACGAAACTCATCTAAAGACTTTGGCTTTGAAGG
ATACTTTGCTATGTTTA

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1A456JQ 838 0 0
GGGACTTTCTCTTGTTGCGCTTAGACTTGGTCGAAAGAAGAAGACCCGTCGTAGCTCTCC
GATGGCGATCAGAGGAATCGTTGCGATTTCAACGGCGGTGGTGGTGCTGTTTCTGCTGAC
GATTAATCACGGAGAAGCTATATGGCTGACGATTCCGGCGACGGGAGGGACAAAGTGCGT
CTCAGAGGAGATACAGAGTAACGTCGTCGTCC*GGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCA
GAACCCTGGAAACACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATCT
TCATCACCAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAAA
CTACTTGGCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTGG
GATTGATTGGAAGACTGGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAA
GATTGAGGGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTGA
GAACATCGATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACCA
ACGGAAGAGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTTGGGGTTTGTCTTTCCGTTGCGGGTG
TACAGATATGGTGCCTGAAGCGATATTTCCACAAGATGAAACTCATCTAAAGACTTTGGC
TTTGAAGGATACTTTGCTATGTTTT*TAACTATTACAGATTCCCTCCCACCTTTGAAAAG
AGGGAAAATCTCAAGATTGTAGAGTTAACTGGTTACAATCACTATTTACATTTATTAT

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR1A456TF 819 0 0
CGCTTAGACTTGGTCGAAAGAAGAAGACCCGTCGTAGCTCTCCGATGGCGATCAGAGGAA
TCGTTGCGATTTCAACGGCGGTGGTGGTGCTGTTTCTGCTGACGATTAATCACGGAGAAG
CTATATGGCTGACGATTCCGGCGACGGGAGGGACAAAGTGCGTCTCAGAGGAGATACAGA
GTAACGTCGTCGTCC*GGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCAGAACCCTGGAAACACAC
CTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATCTTCATCACCAAGAGAACG
TAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAAACTACTTGGCTTGTTTCT
CGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTGGGATTGATTGGAAGACTG
GTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATTGAGGGTGTTGAGC
TTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTGAGAACATCGATTATATAA
AGAA*CAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACCAACGGAAGAGTGGCTTGG
TTCAGTATAATGTCACTTGGGGTTTGTCTTTCCGTTGCGGGTGTACAGATATGGTGCCTG
AAGCGATATTTCCACAAGATGAAACTCATCTAAAGACTTTGGCTTTGAAAGATACTTTGC
TATGTTTT*TAAC*ATTACAGATTCCCTCCCACCTTTGAAA*GAGGGAAA*TCTCAAGAT
TGTAGAGTTAACTGGTTACA*TCAC*ATTTACATTTATT

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR1B340JQ 813 0 0
AAAGAAGAAGACCCGTCGTAGCTCTCCGATGGCGATCAGGGGAATCGTTGCGATTTCAAC
GGCGGTGGTGGTGCTGTTTCTGCTGACGATTAATCACGGAGAAGCTATATGGCTGACGAT
TCCGGCGACGGGAGGGACAAAGTGCGTCTCAGAGGAGATACAGAGTAACGTCGTCGTCTT
GGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCAGAACCCTGGAAGCACACCTGCTGTTTCCGCTAA
GGTAACATCTCCATATGGGAACGATCTTCATCACCAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTT
TGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAAACTACTTGGCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCA
TCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTGGGATTGATTGGAAGACTGGTATCGCCACCAAGGA
TTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATTGAGGGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACT
TGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTGAGAACATCGATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCG
AGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACCAACGGAAGAGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCAC
TTGGGGTTTGTCTTTCCGTTGCGGGTGTACAGATATGGTACCTGAAGCGATATTTCCACA
AGAAGAAACTCATCTAAAGACTTTGGCTTTGAAGGATACTTTGCTATGTTTAGTAAC*AT
TACAGATTCCCTCCCACCTTTGAAAAGAGGGAAAATCTCAAGATTGTAGAGTTAACTGGT
TACAATCAC*ATTTACATTTATTATTTTC
TTGG

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1DE08TF 615 0 0
G
GTCGTCGATGAGCAGAACCCTGGAAACACACCTGCTGTTTCCGCTAAGATAACATCTCCA
TATGGGAACGATCTTCATCACCAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACA
CAAGAAACGGGAAACTACTTGGCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAAT
CCGTTGACACTTGGGATTGATTGGAAGACTTGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTT
GCTAAAAAGGAAAAGATTGAGGGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTG
CAAGCTATTCGTGAGAACATCGATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGT
GAGTGAAGCAACCAACGGAAGAGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTTGGGGTTTGTCT
TTCCGTTGCGGGTGTACAGATATGGTACCTGAAGCGATATTTCCACAAGAAGAAACTCAT
CTAAAGACTTTGGCTTTGAAGGATACTTTGCTATGTTTAGTAAC*ATTACAGATTCCCTC
CCACCTTTAAAAAGAGGGAAAATCTCAAGATTGTAGAGTTAACTGGTTACAATCAC*ATT
TACATTTATTATTT

QA 2 615 2 615
DS 

RD RR1B386JQ 663 0 0
AGAGGAGATACAGAGTAACGTCGTCGTCTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCAGAA
CCCTGGAAGCACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATCTTCA
TCACCAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAAACTA
CTTGGCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTGGGAT
TGATTGGAAGACTGGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGAT
TGAGGGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTGAGAA
CATCGATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACCAACG
GAAGAGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTTGGGGTTTGTCTTTCCGTTGCGGGTGTAC
AGATATGGTACCTGAAGCGATATTTCCACAAGAAGAAACTCATCTAAAGACTTTGGCTTT
GAAGGATACTTTGCTATGTTTAGTAAC*ATTACAGATTCCCTCCCACCTTTGAAAAGAGG
GAAAATCTCAAGATTGTAGAGTTAACTGGTTACAATCAC*ATTTACATTTATTATTTTC
TTGG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1F261JQ 731 0 0
CACGGAGAAGCTATATGGCTGACGATTCCGGCGACGGGAGGGACAAAGTGCGTCTCAGAG
GAGATACAGAGTAACGTCGTCGTCTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCAGAACCCT
GGAAACACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATCTTCATCAC
CAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAAACTACTTG
GCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTGGGATTGAT
TGGAAGACTGGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATTGAG
GGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTGAGAACATC
GATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACCAACGGAAG
AGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTTGGGGTTTGTCTTTCCGTTGCGGGTGTACAGAT
ATGGTACCTGAAGCGATATTTCCACAAGAAGAAACTCATCTAAAGACTTTGGCTTTGAAG
GATACTTTGCTATGTTTAGTAAC*ATTACAGAGTCCCTCCCACCTTTGAAAAGAGGGAAA
ATCTCAAGATTGTAGAGTTAACTGGTTACAATCAC*ATTTACATTTATTATTTTCTTTGA
AATTTATATCG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1FZ87JQ 658 0 0
GAGGAGATACAGAGTAACGTCGTCGTCTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCAGAAC
CCTGGAAACACACCTGCTGTTTCCGCTAAGGTAACATCTCCATATGGGAACGATCTTCAT
CACCAAGAGAACGTAACGCATGGTCAGTTTGCGTTCACGACACAAGAAACGGGAAACTAC
TTGGCTTGTTTCTCGGTTGATTCGAGTCATCCGCTACCTAATCCGTTGACACTTGGGATT
GATTGGAAGGCTGGTATCGCCACCAAGGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATT
GAGGGTGTTGAGCTTCAGTTAACGAGACTTGAGGGGTTAGTGCAAGCTATTCGTGAGAAC
ATCGATTATATAAAGAA*CAGGGAAGGCGAGATGCGAGAAGTGAGTGAAGCAACCAACGG
AAGAGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTTGGGGTTTGTCTTTCCGTTGCGGGTGTACA
GATATGGTACCTGAAGCGATATTTCCACAAGAAGAAACTCATCTAAAGACTTTGGCTTTG
AAGGATACTTTGCTATGTTTAGTAAC*ATTACAGAGTCCCTCCCACCTTTGAAAAGAGGG
AAAATCTCAAGATTGTAGAGTTAACTGGTTACAATCAC*ATTTACATTTATTATTTTC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 13

CO CL164Contig1 1147 13 18 U
GGAAATTCAAAACAAAACCCCATACAACATGGATCATAAGACAAACACGACACTGCTTTT
CTATTTCTTGTTTTTCATCACGTACCTCATCACCATCGCTTCAACGAAAGATCTATGTAA
CAAAAACGACAAAAACACCCTCCTCAAGATCAAGAAGTCCCTAAACAACCCTTACCACCT
CGCCTCGTGGGATCCCAAAAGCGACTGCTGCTCCTGGTACAGCCTCGAGTGCGGCGACGC
TACCGTTAACCACCGCGTCATCTCCCTAACCATATTCTCCGGTCAGATATCTGGTCAGAT
CCCGCCTGAAGTCGGTGACTTACCGTATCTTCAGAATCTTATGTTCCACAAGATCACTAA
CATCACCGGTCAGATCCCATCCACCATCACCAAGCTTAAGTATCTCCGTTCTCTCAGGCT
TAGCTGGCTCAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAGTCAGCTCATGAACCTCGA
CAACCTAGACCTTTCCTTCAATCAGCTCTCTGGTTCCTTACCTAGCTCTCTCTCCTCGTT
ACCTAAACTTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAATAAGATTACAGGTACAATACCAGAGTC
ATTTGGATCGTTTCTAGCAGAACCTCCTTACCTTCTCTTATCACACAACCAGCTCTCCGG
TTCTATACCCAAATCACTAGGCAACATTGATTTTAACCACATAGATTTCTCAAGGAACAA
GCTCACAGGCGATGCTTCGATGTTGTTTGGAGCAAAAAAA*CGACGTTTTCCATTGACTT
ATCAAGAAACATGTTCCAGTTCGATCTGTCCAGAGTTGAGCTCCATGAGTCATTTGCTGT
CTTGGACTTGAACCACAATAAGATCACTGGGAGTATTCCGGTTCAGTGGACTGAAAATTC
TCTCCAACTCTTAAACGTTAGCTATAACAGACTGTGTGGACGCATCCCCACTGGAGGAAG
TCTTCAGAGATTTGATTCTTATACGTATTTTCACAATAAGTGTTTGTGTGGTGCACCTCT
TGGTAGTTGCAAGTGAAAAAACCAAGCTTATCTCTTGGTTTCCCAAATAAATATGTAATG
TCAACCTGATGGATTAAATAAAACATGTATCACAACTTGTATTTGATGAGTTCTTATAAC
ATTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 20 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR1D093TF U 7
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AAGTCGGTGACTTACCGTATCTTCAGAATCTTATGTTCCACAAGATCACTAACATCACCG
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TCAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAGTCAGCTCATGAACCTCGACAACCTAG
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TTTCGTACGTTGATCTTA

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DS 

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ACCTAAACTTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAATAAGATTACAGGTACAATACCAGAGTC
ATTTGGATCGTTTCTAGCAGAACCTCCTTACCTTCTCTTATCACACAACCAGCTCTCCGG
TTCTATACCCAA

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TCAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAGTCAGCTCATGAACCTCGACAACCTAG
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GACACATAGATCAC

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CAACTTG
C

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G
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AGTGAAAAAACCAAGCTTATCTCTTGGTTTCCCAAATAAATATGTAATGTCAACCTGATG
GATTAAATAAAACATGTATCACAACTT
AT

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AAAAAAAACGACGTTTTCCATTGACTTATCGAGAAACATGTTCCAGTTCGATCTGTCCAG
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TTAAATAAAACATGTATCACAACTTGTATT

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G
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DS 

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TTTGATGAGTTCTTATAACATTTTTC

QA 1 326 1 326
DS 



AS 1 10

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CACGTAAGAGTCAAAGAAAATGGCGAGCACTGTGATGACTACACTGCCTCAGTTCAATGG
TCTTCGAGCTAGCAAGATCTCTGCAGCTCCAGTGCAAGGCCTGGCAACTGTTGTGCCCAT
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TCTGATAATGGTAACGTCGACGACTCTGATGTTGTTCGCTGGGAGATTCGGACTAGCACC
ATCAGCCAATAGGAAGGCGACAGCTGGGCTTAAGTTAGAGGCACGTGACTCGGGTCTACA
AACGGGTGACCCAGCCGGGTTCACTCTCGCCGACACTTTGGCTTGTGGTACCGTTGGTCA
TATCATCGGCGTCGGAGTTGTCCTTGGTCTCAAAAACATTGGTGCTATTTAAAAACATGT
TCATTTGTATTCTGTCAACTTGTAGATTTTTAAAAAACAAAGTTCTCAAGAACCCGAGGG
GAGATCTAGTCAATGTTTATAATGTTTGT*ATCGCATTGTATTCCTCTTTAAAACAACTA
GAACGACCGCATCTTCAAGTATGTAACGTGAACCGAAGGCATTGTTCCCTTGATGATAAT
ATTTAATAGATCACATGAGTAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 5 40 25 15 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 30 55 55 5 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 20 30 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1C840JQ C 197
AF RR1DI58JQ C 26
AF RR1DI58TF U 26
AF RR1BN10TF U 1
AF RR1DV27TF U 1
AF RR1C840TF U 26
AF RR1DM55TF U 26
AF RR1CK33JQ C 56
AF RR1CK33TF U 56
AF RR1DM55JQ C 65
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BS 56 287 RR1BN10TF
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BS 634 644 RR1BN10TF
BS 645 652 RR1DV27TF
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GCTCCAGTGCAAGGCCTGGCAACTGTTGTGCCCATGAGACGCAAGGGGAATGGAGCTTTG
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CTGATGTTGTTCGCTGGGAGATTCGGACTAGCACCATCAGCCAATAGGAAGGCGACAGCT
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TTGT*ATCGC

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DS 

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TCTTCGAGCTAGCAAGATCTCTGCAGCCCCAGTGCAAGGCCTGGCAACTGTTGTGCCCAT
GAGACGCAAGGGGAATGGAGCTTTGGGTGCAAAGTGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAA
TCTGATAATGGTAACGTCGACGACTCTGATGTTGTTCGCTGGGAGATTCGGACTAGCACC
ATCAGCCAATAGGAAGGCGACAGCTGGGCTTAAGTTAGAGGCACGTGACTCGGGTCTACA
AACGGGTGACCCAGCCGGGTTCACTCTCGCCGACACTTTGGCTTGTGGTACCGTTGGTCA
TATCATCGGCGTCGGAGTTGTCCTTGGTCTCAAAAACATTGGTGCTATTTAAAAACATGT
TCATTTGTATTCTGTCAACTTGTAGATTTTTAAAAAACAAAGTTCTCAAGAACCCGAGGG
GAGATCTAGTCAATGTTTATAATGCTTGT*ATCGCATTGTATTCCTCTTTAAAACAACTA
GAACGACCGCATCTTCAAGTATGTAACGTGAAGCGAAAGCATTGTTCCCTTG
TT

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CTGATGTTGTTCGCTGGGAGATTCGGACTAGCACCATCAGCCAATAGGAAGGCGACAGCT
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CTCGCCGACACTTTGGCTTGTGGTACCGTTGGTCATATCATCGGCGTCGGAGTTGTCCTT
GGTCTCAAAAACATTGGTGCTATTTAAAAACATGTTCATTTGTATTCTGTCAACTTGTAG
ATTTTTAAAAAACAAAGTTCTCAAGAACCCGAGGGGAGATCTAGTCAATGTTTATAATGT
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CTGATGCTGTTCGCTGGGAGATTCGGACTAGCACCATCAGCCAACAGGAAGGCGACAGCT
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CTCGCCGACACTTTGGCTTGTGGTACCGTTGGTCATATCATCGGCGTCGGAGTTGTCCTT
GGTCTCAAAAACATTGGTGCTATTTAAAAACATGTTCATTTGTATTCTGTCAACTTGTAG
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GCACCATCAGCCAACAGGAAGGCGACAGCTGGACTTAAGTTAGAGGCACGTGACTCGGGT
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ATAATATTT

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GCCAACAGGAAGGCGACAGCTGGACTTAAGTTAGAGGCACGTGACTCGGGTCTACAAACG
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ATCGGCGTCGGAGTTGTCCTTGGTCTCAAAAACATTGGTGCTATTTAAAAACATGTTCAT
TTGTATTCTGTCAACTTGTAGATTTA*AAAAAACAAAGTTCTCAAGAACCCGAGGGGAGA
TCTAGTCAATGTTTATAATGTTTCTTATCGCATTGTATTCCTCTTTAAAACAACTAGAAC
GACCGCATCTTCAAGTATGTAACGTGAACCGAAGGCATTGTTCCCTTGATGATAATATTT
AATAGATCACATGAGT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 13

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CCTCCTCCGGCAAGTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGT
AGCTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATT
ATATAAATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGTATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAA
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ATTGTTATGTCCTTAATCTACCTATATTTGTTGTGATTATGCTAACGTTTTGGTGTTAAT
AAACCAAATCAGGGAGCC


BQ
30 30 45 45 45 45 50 50 50 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 0 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 30 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 
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75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 45 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1GB09TF U 5
AF RR1DV52JQ C 92
AF RR1EG02JQ C 1
AF RR1EG02TF U 1
AF RR1GA24JQ C 14
AF RR1GB09JQ C 194
AF RR1EM01TF U 1
AF RR1DV52TF U 8
AF RR1E666TF U -1
AF RR1E666JQ C -1
AF RR1GA24TF U -1
AF RR1A904TF U 1
AF RR1A904JQ C 92
BS 1 733 RR1A904TF
BS 734 738 RR1A904JQ

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GG
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GCTAAAGTCGCTGGAGCCAGCGCTGATATCTTAGATGCCGCCCAGAAATACGGAAAGCTC
GATGAGAAGAGCGGCGCTGGTCAGTACATAGAGAAGGCCGAGAAGTATCTAAACGATTTC
GAGTCCTCACATTCCTCCGGCGCAGCCGGTACTCCTCCCCCGGCTGCCGGTGCTCCTCCT
CCGGCAAGTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGTAGCTTG
GGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATTATATAA
ATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGTATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAAGTACGT
CAGTAATCATGTTGTATCGT

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DS 

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CCGGTACTCCTCCCCCGGCTGCCGGTGCTCCTCCTCCGGCAAGTCAGGCTGAACCGGAAG
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GTTTTATGAAGTGATTATTGATCTTTATTATATAAATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGT
ATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAAGTACGTCAGTAATCATGTTGTATCGTTTTAG
TATGGGAGCGGATGTAATCTTTCCTTGTCATTGTTATGTCCTTAATCTACCTATATTTGT
TGTG

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DS 

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CCTCCTCCGGCAAGTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGT
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ATTGTTATGTCCTTAATCTACCT

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DS 

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AAGCTCGATGAGAAGAGCGGCGCTGGTCAGTACATAGAGGAGGCCGAGAAGTATCTAAAC
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CCTCCTCCGGCAAGTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGT
AGCTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATT
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ATTGTTATGTCCTTAATCTACCT

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DS 

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AGAGCGGCGCTGGTCAGTACATAGAGAAGGCCGAGAAGTATTTAAACGATTTCGAGTCCT
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GTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGTAGCTTGGGAGGTT
ATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATTATATAAATTTAAA
TAAGTACGTACGTTTAGTATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAAGTACGTCAGTAAT
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TAATCTACCTATATTTGTTGTGATT

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DS 

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AGAGCGGCGCTGGTCAGTACATAGAGAAGGCCGAGAAGTATTTAAACGATTTCGAGTCCT
CACATTCCTCCGGCGCAGCCGGTACTCCTCCCCCGGCTGCCGGTGCTCCTCCTCCGGCAA
GTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGTAGCTTGGGAGGTT
ATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATTATATAAATTTAAA
TAAGTACGTACGTTTAGTATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAAGTACGTCAGTAAT
CATGTTGTATCGTTTTAGTATGGGAGCGGATGTAATCTTTCCTTGTCATTGTTATGTCCT
TAATCTACCTATATTTGTTGTGATT

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DS 

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AAGCTCGATGAGAAGAGCGGCGCTGGTCAGTACATAGAGAAGGCCGAGAAGTATCTAAAC
GATTTCGAGTCCTCACATTCCTCCGGCGCAGCCGGTACTCCTCCCCCGGCTGCCGGTGCT
CCTCCTCCGGCAAGTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGT
AGCTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATT
ATATAAATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGTATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAA
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ATTGTTATGTCCTTAATCTACCTATATTTGTTGTGATT

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DS 

RD RR1DV52TF 688 0 0
GG
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TAAATAAGTACGTACGTTTAGTATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAAGTACGTCAG
TAATCATGTTGTATCGTTTTAGTATGGGAGCGGATGTAATCTTTCCTTGTCATTGTTATG
TCCTTAATCTACCTATATTTGTTGTG

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DS 

RD RR1E666TF 704 0 0
GGAC
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TCCTCCGGCAAGTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGTAG
CTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATTAT
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TGTTATGTCCTTAATCTACCTATATTTGTTGTGAT
CAAAA

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DS 

RD RR1E666JQ 700 0 0
GGAC
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GCCCGCCGAAGGAACCGAAACAACCAACAGACCAGCTTCATCCTCCGAGCTCATGGCTAG
TGCCAAGGTCGTAGCCGAAGCTGCTCAAGCCGCTGCTCGTAACGAGTCAGACAAACTCGA
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CTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATTAT
ATAAATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGTATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAAGT
ACGTCAGTAATCATGTTGTATCGTTTTAGTATGGGAGCGGATGTAATCTTTCCTTGTCAT
TGTTATGTCCTTAATCTACCTATATTTGTTGTGAT
C

QA 5 699 5 699
DS 

RD RR1GA24TF 698 0 0
GGAC
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CCTCTCCGACCAGGTAAAGAAATTCTCCGACTCCAAACCAGAGGAGCCAGACCACAACAA
GCCCGCCGAAGGAACCGAAACAACCAACAGACCAGCTTCATCCTCCGAGCTCATGGCTAG
TGCCAAGGTCGTAGCCGAAGCTGCTCAAGCCGCTGCTCGTAACGAGTCAGACAAACTCGA
CAAGGCTAAAGTCGCTGGAGCCAGCGCTGATATCTTAGATGCCGCCCAGAAATACGGAAA
GCTCGATGAGAAGAGCGGCGCTGGTCAGTACATAGAGAAGGCCGAGAAGTATCTAAACGA
TTTCGAGTCCTCACATTCCTCCGGCGCAGCCGGTACTCCTCCCCCGGCTGCCGGTGCTCC
TCCTCCGGCAAGTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGTAG
CTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATTAT
ATAAATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGTATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAAGT
ACGTCAGTAATCATGTTGTATCGTTTTAGTATGGGAGCGGATGTAATCTTTCCTTGTCAT
TGTTATGTCCTTAATCTACCTATATTTGTTGTGA

QA 5 698 5 698
DS 

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AAGCCCGCCGAAGGAACCGAAACAACCAACAGACCAGCTTCATCCTCCGAGCTCATGGCT
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AAGCTCGATGAGAAGAGCGGCGCTGGTCAGTACATAGAGAAGGCCGAGAAGTATCTAAAC
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CCTCCTCCGGCAAGTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGT
AGCTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATT
ATATAAATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGTATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAA
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AGCCA

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DS 

RD RR1A904JQ 647 0 0
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CTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGTAGCTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAG
GTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTATTATATAAATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGT
ATGGTGATATAATACTAAATTATAGCTAAGTACGTCAGTAATCATGTTGTATCGTTTTAG
TATGGGAGCGGATGTAATCTTTCCTTGTCATTGTTATGTCCTTAATCTACCTATATTTGT
TGTGATTATGCTAACGTTTTGGTGTTAATAAACCAAATCAGGGAGCC

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DS 



AS 1 13

CO CL167Contig1 1114 13 16 U
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AGAATATTCTATCTAATAGGCTAAAAAATACACAGCTGAAGTGCATAACACCATGAAGAG
CCAAGCCAGCCTTAAAGAAAGATGGTCTCACTCTAATCTATATAGAAACTACAAAA*CAT
GTCCGAGATCCCCTGAGAGTTGTTGAACCATCTTAGCCAGCAAAACCATCTTAGCCGAGA
GCTGTGTAAAAGCATCAGAACAATGCCATTGATCAACAGAGTTCTTACAAACTATTTGCC
TTTTTCTTTTTTT*GTTTCTGGAGCAAATATAGCATCAACTTCGAGGTGGTGGTTCATCT
TGAAATGGAAGTGGAACTGACATGGCATTTCCGTAGAAATCTTCCAAGTTATAGAAGGTT
CTTTGTGGAGGTAAGAAAATATGGATCACCACATCTCCATAGTCCAACAATGTCCATGCA
TTTGGCTTTACATCTCC*ATTAGCAACTCTCCC*ATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCA
TCCTAGACCCGATTGCATCGATTTGAGGGCGGGAAAATGCAGTGGTGATGATGAAAAAA*
CGAGTCCAGTAGACGAGAGGCTTCACAAAGAGAACCTTAATGTCTCCGGCTTTCACTTCA
CTAGCAACCTTAGCCATTTCAACAGCAAATGCTAAACTTTCAGCGTCATCATCAACCTCA
GCTGATGGAGACTTTACATCGTCGCTCTTGTAAACAACCTTCCCATACTTGTTGAACAAG
TCGTCGAACATCTCATCAGTATCTTCACTTACATCCGAGAGGAAGCCATCTTCAGCTCCC
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AGTCGCAGAGGGGAATTATACGGTGCGGAGAGGTCTCCATTGTTGAGGCATAACAGTGGT
GACGAAGAAGAAGAAGAAGAA***AACTTTCTAGGTATTTGAGAGGACGAACATGG*TAA
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CTCGAAGGTAAGCAGAGAGTTTCGAAAACACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 15 40 40 40 40 40 25 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 65 15 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 40 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1G470JQ U 120
AF RR1G355JQ U 120
AF RR1CK08JQ U 1
AF RR1CK36JQ U 17
AF RR1B032JQ U 428
AF RR1B032TF C 18
AF RR1CK36TF C 138
AF RR1G470TF C 308
AF RR1B991JQ U 315
AF RR1A356JQ U 336
AF RR1B991TF C 336
AF RR1CK08TF C 401
AF RR1A356TF C 349
BS 1 506 RR1CK08JQ
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BS 508 545 RR1CK08JQ
BS 546 546 RR1CK36JQ
BS 547 721 RR1CK08JQ
BS 722 722 RR1CK36JQ
BS 723 769 RR1CK08JQ
BS 770 770 RR1CK36JQ
BS 771 775 RR1CK08JQ
BS 776 820 RR1CK36JQ
BS 821 935 RR1B991JQ
BS 936 936 RR1A356JQ
BS 937 1016 RR1B991JQ
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CTTTTTCTTTTTTTTGTTTCTGGAGCAAATATAGCATCAACTTCGAGGGGGGGGTTCATC
TTGAAATGGAAGTGGAACTGACATGGCATTTCCGTAAAAATCTTCCAAGTTATAAAAGGT
TCTTTGTGGAGGTAAAAAAATATGGATCACCACATCTCCATAGTCCAACAATGTCCATGC
ATTTGGCTTTACATCTCC*ATTAGCAACTCTCCC*ATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTC
ATCCTAAACCCGATTGCATCGATTTGAGGGCGGGAAAATGCAGTGGTGATGATGAAAAAA

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR1G355JQ 539 0 0
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AGCTGTGTAAAAGCATCAAAACAATGCCATTGATCAACAGAGTTCTTACAAACTATTTGC
CTTTTTCTTTTTTTTGTTTCTGGAGCAAATATAGCATCAACTTCGAGGGGGGGGTTCATC
TTGAAATGGAAGTGGAACTGACATGGCATTTCCGTAAAAATCTTCCAAGTTATAAAAGGT
TCTTTGTGGAGGTAAAAAAATATGGATCACCACATCTCCATAGTCCAACAATGTCCATGC
ATTTGGCTTTACATCTCC*ATTAGCAACTCTCCC*ATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTC
ATCCTAAACCCGATTGCATCGATTTGAGGGCGGGAAAATGCAGTGGTGATGATGAAAAAA
*CGAGTCCAGTAAACGAAAGGCTTCACAAAGAAAACCTTAATGTCTCCGGCTTTCACTT

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR1CK08JQ 775 0 0
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AGAATATTCTATCTAATAGGCTAAAAAATACACAGCTGAAGTGCATAACACCATGAAGAG
CCAAGCCAGCCTTAAAGAAAGATGGTCTCACTCTAATCTATATAGAAACTACAAAA*CAT
GTCCGAGATCCCCTGAGAGTTGTTGAACCATCTTAGCCAGCAAAACCATCTTAGCCGAGA
GCTGTGTAAAAGCATCAGAACAATGCCATTGATCAACAGAGTTCTTACAAACTATTTGCC
TTTTTCTTTTTTT*GTTTCTGGAGCAAATATAGCATCAACTTCGAGGTGGTGGTTCATCT
TGAAATGGAAGTGGAACTGACATGGCATTTCCGTAGAAATCTTCCAAGTTATAGAAGGTT
CTTTGTGGAGGTAAGAAAATATGGATCACCACATCTCCATAGTCCAACAATGTCCATGCA
TTTGGCTTTACATCTCC*ATTAGCAAATCTCCC*ATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCA
TCCTAAACCCGATTGCATCGATTTGAGGGCGGGAAAATGCAGTGGTGATGATGAAAAAA*
CGAGTCCAGTAGACGAGAGGCTTCACAAAGAGAACCTTAATGTCTCCGGCTTTCACTTCA
CTAGCAACCTTAGCCATTTCAACAGCAAATGCTAAACTTTCAGCGTCATCATCAACCTCA
GTTGATGGAGACTTTACATCGTCGCTCTTGTAAACAACCTTCCCATACTCGTTGA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1CK36JQ 804 0 0
C
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AGTTGTTGAACCATCTTAGCCAGCAAAACCATCTTAGCCGAGAGCTGTGTAAAAGCATCA
GAACAATGCCATTGATCAACAGAGTTCTTACAAACTATTTGCCTTTT*CTTTTTTT*GTT
TCTGGAGCAAATATAGCATCAACTTCGAGGTGGTGGTTCATCTTGAAATGGAAGTGGAAC
TGACATGTCATTTCCGTAGAAATCTTCCAAGTTATAGAAGGTTCTTTGTGGAGGTAAGAA
AATATGGATCACCACATCTCCATAGTCCAACAATGTCCATGCATTTGGCTTTACATCTCC
*ATTAGCAACTCTCCC*ATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCATCCTAGACCCGATTGCA
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AGGCTTCACAAAGAGAACCTTAATGTCTCCGGCTTTCACTTCACTAGCAACCTTAGCCAT
TTCAACAGCAAATGCTAAACTTTCAGCGTCATCATCAACCTCAGCTGATGGAGACTTTAC
ATCGTCGCTCTTGTAAACAACCTTCCCATACTTGTTGAACAAGTCGTCGAACATCTCATC
AGTATCTTCACTTACATCCGAGA

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DS 

RD RR1B032JQ 384 0 0
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TTACATCTCC*ATTAGCAACTCTCCC*ATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCATCCTAGA
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AGTAGACGAGAGGCTTCACAAAGAGAACCTTAATGTCTCCGGCTTTCATTTCACTAGCAA
CCTTAGCCATTTCAACAGCAAATGCTAAACTTTCAGCGTCATCATCAACCTCAGCTGATG
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ACATCTCATCAGTATCTTCACTT
C

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DS 

RD RR1B032TF 794 0 0
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AGGCTAAAAAATACACAGCTGAAGTGCATAACACCATGAAGAGCCAAGCCAGCCTTAAAG
AAAGATGGTCTCACTCTAATCTATATAGAAACTACAAAAACATGTCCGAGATCCCCTGAG
AGTTGTTGAACCATCTTAGCCAGCAAAACCATCTTAGCCGAGAGCTGTGTAAAAGCATCA
GAACAATGCCATTGATCAACAGAGTTCTTACAAACTATTTGCCTTTTTCTTTTTTT*GTT
TCTGGAGCAAATATAGCATCAACTTCGAGGTGGTGGTTCATCTTGAAATGGAAGTGGAAC
TGACATGGCATTTCCGTAGAAATCTTCCAAGTTATAGAAGGTTCTTTGTGGAGGTAAGAA
AATATGGATCACCACATCTCCATAGTCCAACAATGTCCATGCATTTGGCTTTACATCTCC
*ATTAGCAACTCTCCC*ATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCATCCTAGACCCGATTGCA
TCGATTTGAGGGCGGGAAAATGCAGTGGTGATGATGAAAAAA*CGAGTCCAGTAGACGAG
AGGCTTCACAAAGAGAACCTTAATGTCTCCGGCTTTCATTTCACTAGCAACCTTAGCCAT
TTCAACAGCAAATGCTAAACTTTCAGCGTCATCATCAACCTCAGCTGATGGAGACTTTAC
ATCGTCGCTCTTGTAAACAACCTTCCCATACTTGTTGAACAAGTCGTCGAACATCTCATC
AGTATCTTCACTT
C

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DS 

RD RR1CK36TF 732 0 0
GAAAGAT
GTCTCACTCTAATCTATA*****ACTACAAAA*CATGTCCGAGATCCC*TGAGAGTTGTT
GAACCATCTTAGCCAGCAAAACCATCTTAGCCGAGAGCTGTGTAAAAGCATCAGAACAAT
GCCATTGATCAACAGAGTTCTTACAAACTATTTGCCTTTT*CTTTTTTT*GTTTCTGGAG
CAAATATAGCATCAACTTCGAGGTGGTGGTTCATCTTGAAATGGAAGTGGAACTGACATG
TCATTTCCGTAGAAATCTTCCAAGTTATAGAAGGTTCTTTGTGGAGGTAAGAAAATATGG
ATCACCACATCTCCATAGTCCAACAATGTCCATGCATTTGGCTTTACATCTCC*ATTAGC
AACTCTCCC*ATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCATCCTAGACCCGATTGCATCGATTT
GAGGGCGGGAAAATGCAGTGGTGATGATGAAAAAA*CGAGTCCAGTAGACGAGAGGCTTC
ACAAAGAGAACCTTAATGTCTCCGGCTTTCACTTCACTAGCAACCTTAGCCATTTCAACA
GCAAATGCTAAACTTTCAGCGTCATCATCAACCTCAGCTGATGGAGACTTTACATCGTCG
CTCTTGTAAACAACCTTCCCATACTTGTTGAACAAGTCGTCGAACATCTCATCAGTATCT
TCACTTACATCCGAGAGGAAGCCATCTTCAGCTCCCTTTCCAACAGCGAAGCTCTTCGAG
TTAC
C

QA 8 731 8 731
DS 

RD RR1G470TF 624 0 0
TTTTTTTGTTTCTGGAGCAAATATAGCATCAACTTCGAGGTGGTGGTTCATCTTGAAATG
GAAGTGGAACTGACATGGCATTTCCGTAGAAATCTTCCAAGTTATAGAAGGTTCTTTGTG
GAGGTAAGAAAATATGGATCACCACATCTCCATAGTCCAACAATGTCCATGCATTTGGCT
TTACATCTCC*ATTAGCAACTCTCCC*ATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCATCCTAGA
CCCGATTGCATCGATTTGAGGGCGGGAAAATGCAGTGGTGATGATGAAAAAA*CGAGTCC
AGTAGACGAGAGGCTTCACAAAGAGAACCTTAATGTCTCCGGCTTTCACTTCACTAGCAA
CCTTAGCCATTTCAACAGCAAATGCTAAACTTTCAGCGTCATCATCAACCTCAGCTGATG
GAGACTTTACATCGTCGCTCTTGTAAACAACCTTCCCATACTTGTTGAACAAGTCGTCGA
ACATCTCATCAGTATCTTCACTTACATCCGAGAGGAAGCCATCTTCAGCTCCCTTTCCAA
CAGCGAAGCTCTTCGAGTTACTTCTGAGAGTTGTCTGAACTCTGCCTCTAGATAGTCGCA
GAGGGGAATTATACGGTGCGGAG
C

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1B991JQ 736 0 0
GC
TTCTGGAGCAAATATAGCATCAACTTCGAGGTGGTGGTTCATCTTGAAATGGAAGTGGAA
CTGACATGGCATTTCCGTAGAAATCTTCCAAGTTATAGAAGGTTCTTTGTGGAGGTAAGA
AAATATGGATCACCACATCTCCATAGTCCAACAATGTCCATGCATTTGGCTTTACATCTC
C*ATTAGCAACTCTCCC*ATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCATCCTAGACCCGATTGC
ATCGATTTGAGGGCGGGAAAATGCAGTGGTGATGATGAAAAAAACGAGTCCAGTAGACGA
GAGGCTTCACAAAGAGAACCTTAATGTCTCCGGCTTTCACTTCACTAGCAACCTTAGCCA
TTTCAACAGCAAATGCTAAACTTTCAGCGTCATCATCAACCTCAGCTGATGGAGACTTTA
CATCGTCGCTCTTGTAAACAACCTTCCCATACTTGTTGAACAAGTCGTCGAACATCTCAT
CAGTATCTTCACTTACATCCGAGAGGAAGCCATCTTCAGCTCCCTTTCCAACAGCGAAGC
TCTTCGAGTTACTTCTGAGAGTTGTCTGAACTCTGCCTCTAGATAGTCGCAGAGGGGAAT
TATACGGTGCGGAGAGGTCACCATTGTTGAGGCATAACAGTGGTGACGAAGAAGAAGAAG
AAGAA***AACTTTCTAGGTATTTGAGAGGACGAACATGGGTAATCGAGAACCACCGGTA
AGCAGAGCTCCGGC

QA 3 736 3 736
DS 

RD RR1A356JQ 702 0 0
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AAAATCTTCCAAGTTATAGAAGGTTCTTTGTGGAGGTAAGAAAATATGGATCACCACATC
TCCATAGTCCAACAATGTCCATGCATTTGGCTTTACATCTCC*ATCAGCAACTCTCCC*A
TACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCATCCTAGACCCGATTGCATCGATTTGAGAGCGGGAA
AATGCAGTGGTGATGATGAAAAAA*CGAGTCCAGTAAACGAGAGGCTTCACAAAGAGAAC
CTTAATGTCTCCGGCTTTCACTTCACTAGCAACCTTAGCCATTTCAACAGCAAATGCTAA
ACTTTCTGCGTCATCATCAACCTCAGCTGATGGAGACTTTACATCGTCGCTCTTGTAAAC
AACCTTCCCATACTTGTTGAACAAGTCGTCGAACATCTCATCAGTATCTTCACTTACATC
CGAAAGGAAGCCATCTTCAGCTCCCTTTCCAACAGCGAAGCTCTTCGAGTTACTTCTGAA
AGTTGTCTGAACTCTGCCTCTAGATAGTCGCAGAGGGGAATTATACGGTGCGGAGAGGTC
TCCATTGTTGAGGCATAACAGTGGTGACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAACTTTCTAGG
TATTTGAGAGGACGAACATGG*TAATCGAGAACCACCGGTAA

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DS 

RD RR1B991TF 779 0 0
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GAAATCTTCCAAGTTATAGAAGGTTCTTTGTGGAGGTAAGAAAATATGGATCACCACATC
TCCATAGTCCAACAATGTCCATGCATTTGGCTTTACATCTCC*ATTAGCAACTCTCCC*A
TACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCATCCTAGACCCGATTGCATCGATTTGAGGGCGGGAA
AATGCAGTGGTGATGATGAAAAAAACGAGTCCAGTAGACGAGAGGCTTCACAAAGAGAAC
CTTAATGTCTCCGGCTTTCACTTCACTAGCAACCTTAGCCATTTCAACAGCAAATGCTAA
ACTTTCAGCGTCATCATCAACCTCAGCTGATGGAGACTTTACATCGTCGCTCTTGTAAAC
AACCTTCCCATACTTGTTGAACAAGTCGTCGAACATCTCATCAGTATCTTCACTTACATC
CGAGAGGAAGCCATCTTCAGCTCCCTTTCCAACAGCGAAGCTCTTCGAGTTACTTCTGAG
AGTTGTCTGAACTCTGCCTCTAGATAGTCGCAGAGGGGAATTATACGGTGCGGAGAGGTC
ACCATTGTTGAGGCATAACAGTGGTGACGAAGAAGAAGAAGAAGAA***AACTTTCTAGG
TATTTGAGAGGACGAACATGG*TAATCGAGAACCACCGGTAAGCAGAGCTCCGGCGACGG
TGGAAGATGCCATTGTCTCGCTCGTCTCGAAGGTAAGCAGAGAGTTTCGAAAACACTCC

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1CK08TF 714 0 0
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AGTCCAACAATGTCCATGCATTTGGCTTTACATCTCC*ATTAGCAAATCTCCC*ATACTT
CTTCTCAGCCAGGTCTCTCATCCTAGACCCGATTGCATCGATTTGAGGGCGGGAAAATGC
AGTGGTGATGATGAAAAAA*CGAGTCCAGTAGACGAGAGGCTTCACAAAGAGAACCTTAA
TGTCTCCGGCTTTCACTTCACTAGCAACCTTAGCCATTTCAACAGCAAATGCTAAACTTT
CAGCGTCATCATCAACCTCAGTTGATGGAGACTTTACATCGTCGCTCTTGTAAACAACCT
TCCCATACTCGTTGAACAAGTCGTCGAACATCTCATCAGTATCTTCACTTACATCCGAGA
GGAAGCCATCTTCAGCTCCCTTTCCAACAGCGAAGCTCTTCGAGTTACTTCTGAGAGTTG
TCTGAACTCTGCCTCTAGATAGTCGCAGAGGGGAATTATACGGTGCGGAGAGGTCTCCAT
TGTTGAGGCATAACAGTGGTGACGAAGAAGAAGAAGAAGAA***AACTTTCTAGGTATTT
GAGAGGACGAACATGG*TAATCGAGAACCACCGGTAAGCAGAGCTCCGGCGACGGTGGAA
GATGCCATTGTCTCGCTCGTATCGAAGGTAAGCAGAGAGTTTCGAAAAC
ACTCC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1A356TF 763 0 0
T
GGGGGTCATCTTGAAATGGAAGTGGAACTGACATGGCATTTCCGTAGAAATCT*CCAAGT
TATAGAAGGTTCTTTGTGGAGGTAAGAAAATATGGATCACCACATCTCCATAGTCCAACA
ATGTCCATGCATTTGGCTTTACATCTCCCATCAGCAACTCTCCCCATACTTCTTCTCAGC
CAGGTCTCTCATCCTAGACCCGATTGCATCGATTTGAGAGCGGGAAAATGCAGTGGTGAT
GATGAAAAAA*CGAGTCCAGTAGACGAGAGGCTTCACAAAGAGAACCTTAATGTCTCCGG
CTTTCACTTCACTAGCAACCTTAGCCATTTCAACAGCAAATGCTAAACTTTCTGCGTCAT
CATCAACCTCAGCTGATGGAGACTTTACATCGTCGCTCTTGTAAACAACCTTCCCATACT
TGTTGAACAAGTCGTCGAACATCTCATCAGTATCTTCACTTACATCCGAGAGGAAGCCAT
CTTCAGCTCCCTTTCCAACAGCGAAGCTCTTCGAGTTACTTCTGAGAGTTGTCTGAACTC
TGCCTCTAGATAGTCGCAGAGGGGAATTATACGGTGCGGAGAGGTCTCCATTGTTGAGGC
ATAACAGTGGTGACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAACTTTCTAGGTATTTGAGAGGACG
AACATGG*TAATCGAGAACCACCGGTAAGCAGAGCTCCGGCGACGGTGGAAGATGCCATT
GTCTCGCTCGTCTCGAAGGTAAGCAGAGAGTTTCGAAAAC
CC

QA 2 761 2 761
DS 



AS 3 12

CO CL168Contig1 1057 2 14 U
GTCATCTTGTCTTCAATGACGATATCCAGGGTACTGCATCAGTGGTGCTTGCTGGGCTTA
TTGCAGCTCAGAAGGTGCTTGGTAAAAGCCTGGCTGACCATACCTTCTTGTTCTTGGGTG
CCGGAGAGGCTGGAACTGGTATTGCTGAGCTAATTGCTCTTAAAATTTCGAAAGAGACAG
GAGCTCCCATCGAGGAGACCAGGAAGAAGATTTGGCTTGTGGACTCCAAGGGACTGATCG
TTAGCTCCCGCAAAGAGTCGCTTCAGCACTTCAAGCAGCCATGGGCTCATGAGTACGAAC
CTGTCAAGGACCTCATTGGTGCTGTGAATGCAATCAAACCAACTGTTCTCATTGGAACAT
CAGGTGTGGGTCAGACTTTCACAAAGGAAGTTGTTGAAGCCATGGCTACCAACAACGAGA
AACCCTTGATTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCTCAAGCTGAGTGTACCGCTGAACAGG
CTTACACATGGACCGAGGGACGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCGTTTGATCTCGTTG
AGTACAACGGCAAAACTTACTTGCCTGGCCAGGCAAACAACTGTTACATTTTCCCGGGTC
TGGGACTTGGTTTGATCATGTCGGGTGCCATTCGTGTCCGTGATGACATGCTTCTCGCAG
CTTCTGAAGCGTTGGCAGCTCAAGTCACAGAAGAGAATTTTGCCAACGGTCTGATCTACC
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CCTATGACCTCGGATTGGCGTCGAACCTGCCACGTGCAAAGGATCTGGTGAAGTTTGCAG
AGAGCTGCATGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAAAAAGAAGTGGTGATGCA
GAAACCTGAAAATTCTTCTTGCATTCACAACCTTGTTGAGGCTTTGTATAAGTGTTGTTT
GTTTGTTTTCTCACTTTCTACTACACTATGATGCTTCGAGCACTCTCTCTTTTGTCTTTG
CTTCTTTGTTTCTGGAATAAATAAAATCCAGTCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL91TF U 1
AF RR1BL91JQ C 276
BS 1 732 RR1BL91TF
BS 733 733 RR1BL91JQ
BS 734 763 RR1BL91TF
BS 764 764 RR1BL91JQ
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BS 777 777 RR1BL91JQ
BS 778 781 RR1BL91TF
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BS 783 795 RR1BL91TF
BS 796 796 RR1BL91JQ
BS 797 803 RR1BL91TF
BS 804 1057 RR1BL91JQ

RD RR1BL91TF 803 0 0
GTCATCTTGTCTTCAATGACGATATCCAGGGTACTGCATCAGTGGTGCTTGCTGGGCTTA
TTGCAGCTCAGAAGGTGCTTGGTAAAAGCCTGGCTGACCATACCTTCTTGTTCTTGGGTG
CCGGAGAGGCTGGAACTGGTATTGCTGAGCTAATTGCTCTTAAAATTTCGAAAGAGACAG
GAGCTCCCATCGAGGAGACCAGGAAGAAGATTTGGCTTGTGGACTCCAAGGGACTGATCG
TTAGCTCCCGCAAAGAGTCGCTTCAGCACTTCAAGCAGCCATGGGCTCATGAGTACGAAC
CTGTCAAGGACCTCATTGGTGCTGTGAATGCAATCAAACCAACTGTTCTCATTGGAACAT
CAGGTGTGGGTCAGACTTTCACAAAGGAAGTTGTTGAAGCCATGGCTACCAACAACGAGA
AACCCTTGATTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCTCAAGCTGAGTGTACCGCTGAACAGG
CTTACACATGGACCGAGGGACGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCGTTTGATCTCGTTG
AGTACAACGGCAAAACTTACTTGCCTGGCCAGGCAAACAACTGTTACATTTTCCCGGGTC
TGGGACTTGGTTTGATCATGTCGGGTGCCATTCGTGTCCGTGATGACATGCTTCTCGCAG
CTTCTGAAGCGTTGGCAGCTCAAGTCACAGAAGAGAATTTTGCCAACGGTCTGATCTACC
CGCCATTCTCAA*CATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCGGC*AGTGTCGC*GCA*CAA
C*TATGACCTCGGAT*GGCGTCG

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1BL91JQ 782 0 0
CAGCCATGGGCTCATGAGTACGA*CCTGTCAAGGACCTCATTGGTGCTGTGAATGCAATC
AAACCAACTGTTCTCATTGGAACATCAGGTGTGGGTCAGACTTTCACAAAGGAAGTTGTT
GAAGCCATGGCTACCAACAACGAGAAACCCTTGATTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCT
CAAGCTGAGTGTACCGCTGAACAGGCTTACACATGGACCGAGGGACGTGCAATCTTTGGT
AGTGGAAGCCCGTTTGATCTCGTTGAGTACAACGGCAAAACTTACTTGCCTGGCCAGGCA
AACAACTGTTACATTTTCCCGGGTCTGGGACTTGGTTTGATCATGTCGGGTGCCATTCGT
GTCCGTGATGACATGCTTCTCGCAGCTTCTGAAGCGTTGGCAGCTCAAGTCACAGAAGAG
AATTTTGCCAACGGTCTGATCTACCCGCCATTCTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAAC
ATTGCGGCCAGTGTCGCCGCAACAACCTATGACCTCGGATTGGCGTCGAACCTGCCACGT
GCAAAGGATCTGGTGAAGTTTGCAGAGAGCTGCATGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTAC
CGTTAAAAAAAGAAGTGGTGATGCAGAAACCTGAAAATTCTTCTTGCATTCACAACCTTG
TTGAGGCTTTGTATAAGTGTTGTTTGTTTGTTTTCTCACTTTCTACTACACTATGATGCT
TCGAGCACTCTCTCTTTTGTCTTTGCTTCTTTGTTTCTGGAATAAATAAAATCCAGTCTA
CC

QA 1 782 1 782
DS 



CO CL168Contig2 996 6 16 U
GCAGAAGGTGCTTGGTAAAAGCCTGGCTGACCATACCTTCTTGTTCTTGGGTGCCGGAGA
GGCTGGAACTGGTATCGCTGAGCTAATTGCTCTTAAAATTTCCAAAGAGACTGGAGCTCC
AATCGAGGAGACCAGGAAGAAGATTTGGCTTGTGGACTCCAAGGGACTGATCGTTAGCTC
CCGCAAAGAGTCGCTTCAGCATTTCAAGCAGCCATGGGCTCATGAGTACGAACCTGTCAA
GGATCTCATTGGTGCTGTCAATGCAATCAAACCAACTGTTCTCATTGGAACATCAGGTGT
GGGTCAGACTTTCACAAAGGAAGTTGTCGAGGCCATGGCTACCAACAACGAGAAACCGCT
GATTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCTCAAGCTGAGTGTACCGCAGAACAGGCTTACAC
ATGGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCCTTTGATCCAGTTGAGTACAA
CGGCAAAACTTACTTGCCTGGCCAGGCAAACAATTGTTACATTTTCCCTGGTCTGGGTCT
TGGTTTGATCATGTCCGGTGCAATCCGTGTCCGTGATGACATGCTCCTCGCAACTTCTGA
AGCATTGGCAGCTCAAGTCACAGAGGAGAATTTCGCCAACGGTTTGATCTACCCACCATT
CTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCAGCCAGTGTCGCCGCAACAACCTATGA
CCTCGGATTGGCGTCGAACCTGCCACGTGCAAAGGATCTGGTGAAGTTTGCAGAGAGCTG
CATGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAAAGAAGTGTTGCTGAAGAAACCACC
TGCAGATTCTTCTTGTATTCACAACCTTGTTGAGGCTTCTTTGTATTAAGTGTTGTTTGT
TTGTTTTCTACTTTCTACTCCACTATGATGCTTCGAGCACTCTCTCTTTTGTCTTTGCTT
CTTGTTTCCGGAATAATAAAATCCAATCTTCCAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG54TF U 1
AF RR1DV28TF U 11
AF RR1FG54JQ C 415
AF RR1DV28JQ C 284
AF RR1G072JQ C 657
AF RR1G072TF U 657
BS 1 343 RR1FG54TF
BS 344 344 RR1DV28TF
BS 345 468 RR1FG54TF
BS 469 469 RR1DV28TF
BS 470 564 RR1FG54TF
BS 565 565 RR1DV28TF
BS 566 592 RR1FG54TF
BS 593 593 RR1DV28TF
BS 594 720 RR1FG54TF
BS 721 728 RR1DV28TF
BS 729 729 RR1G072TF
BS 730 803 RR1DV28TF
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BS 805 817 RR1DV28TF
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RD RR1FG54TF 720 0 0
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GGCTGGAACTGGTATCGCTGAGCTAATTGCTCTTAAAATTTCCAAAGAGACTGGAGCTCC
AATCGAGGAGACCAGGAAGAAGATTTGGCTTGTGGACTCCAAGGGACTGATCGTTAGCTC
CCGCAAAGAGTCGCTTCAGCATTTCAAGCAGCCATGGGCTCATGAGTACGAACCTGTCAA
GGATCTCATTGGTGCTGTCAATGCAATCAAACCAACTGTTCTCATTGGAACATCAGGTGT
GGGTCAGACTTTCACAAAGGAAGTTGTCGAGGCCATGGCTACCGACAACGAGAAACCGCT
GATTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCTCAAGCTGAGTGTACCGCAGAACAGGCTTACAC
ATGGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCCTTTGATCCTGTTGAGTACAA
CGGCAAAACTTACTTGCCTGGCCAGGCAAACAATTGTTACATTTTCCCTGGTCTGGGTCT
TGGTTTGATCATGTCCGGTGCAATTCGTGTCCGTGATGACATGCTCCTCGCAGCTTCTGA
AGCATTGGCAGCTCAAGTCACAGAGGAGAATTTCGCCAACGGTTTGATCTACCCACCATT
CTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCAGCCAGTGTCGCCGCAACAACCTATGA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1DV28TF 808 0 0
G
TTGGTAAAAGCCTGGCTGACCATACCTTCTTGTTCTTGGGTGCCGGAGAGGCTGGAACTG
GTATCGCTGAGCTAATTGCTCTTAAAATTTCCAAAGAGACTGGAGCTCCAATCGAGGAGA
CCAGGAAGAAGATTTGGCTTGTGGACTCCAAGGGACTGATCGTTAGCTCCCGCAAAGAGT
CGCTTCAGCATTTCAAGCAGCCATGGGCTCATGAGTACGAACCTGTCAAGGATCTCATTG
GTGCTGTCAATGCAATCAAACCAACTGTTCTCATTGGAACATCAGGTGTGGGTCAGACTT
TCACAAAGGAAGTTGTCGAGGCCATGGCTACCAACAACGAGAAACCGCTGATTCTTGCTC
TCTCAAACCCTACTTCTCAAGCTGAGTGTACCGCAGAACAGGCTTACACATGGACCGAGG
GTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCCTTTGATCCAGTTGAGTACAACGGCAAAACTT
ACTTGCCTGGCCAGGCAAACAATTGTTACATTTTCCCTGGTCTGGGTCTTGGTTTGATCA
TGTCCGGTGCAATCCGTGTCCGTGATGACATGCTCCTCGCAACTTCTGAAGCATTGGCAG
CTCAAGTCACAGAGGAGAATTTCGCCAACGGTTTGATCTACCCACCATTCTCAAACATCA
GAGAGATCTCTGCTAACATTGCAGCCAGTGTCGCCGCAACAACCTATGACCTCGGAT*GG
CGTCGAACCTGCCACGTGCAAAGGATCTGGTGAAGTTTGCAGAGAGCTGCATGTACAGCC
CTGTCTACAGAA*CTACCGTTAAAAA
A

QA 2 807 2 807
DS 

RD RR1FG54JQ 403 0 0
TTACACATGGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCCTTTGATCCTGTTGA
GTACAACGGCAAAACTTACTTGCCTGGCCAGGCAAACAATTGTTACATTTTCCCTGGTTT
GGGTCTTGGTTTGATCATGTCCGGTGCAATTCGTGTCCGTGATGACATGCTCCTCGCAGC
TTTTGAAGCATTGGCAGCTCAAGTCACAGAGGAGAATTTCGCCAACGGTTTGATCTACCC
ACCATTCTCAAACATCAGAGAGATTTTTGCTAACATTGCAGCCAGTGTCGCCGCAACAAC
CTATGACCTCGGATTGGCGTCGAACCTGCCACGTGCAAAGGATCTGGTGAAGTTTGCAGA
GAGCTGCATGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAAA

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR1DV28JQ 713 0 0
ATTGGAACATCAGGTGTGGGTCAGACTTTCACAAAGGAAGTTGTCGAGGCCATGGCTACC
AACAACGAGAAACCGCTGATTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCTCAAGCTGAGTGTACC
GCAGAACAGGCTTACACATGGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCCTTT
GATCCAGTTGAGTACAACGGCAAAACTTACTTGCCTGGCCAGGCAAACAATTGTTACATT
TTCCCTGGTCTGGGTCTTGGTTTGATCATGTCCGGTGCAATCCGTGTCCGTGATGACATG
CTCCTCGCAACTTCTGAAGCATTGGCAGCTCAAGTCACAGAGGAGAATTTCGCCAACGGT
TTGATCTACCCACCATTCTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCAGCCAGTGTC
GCCGCAACAACCTATGACCTCGGATTGGCGTCGAACCTGCCACGTGCAAAGGATCTGGTG
AAGTTTGCAGAGAGCTGCATGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAAAGAAGTG
TTGCTGAAGAAACCACCTGCAGATTCTTCTTGTATTCACAACCTTGTTGAGGCTTCTTTG
TATTAAGTGTTGTTTGTTTGTTTTCTACTTTCTACTCCACTATGATGCTTCGAGCACTCT
CTCTTTTGTCTTTGCTTCTTGTTTCCGGAATAATAAAATCCAATCTTCCAACT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1G072JQ 337 0 0
G
ATTCTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCAGCCAGTGTCGCCGCAACAACCTA
TGACCTCGGATTGGCGTCGAACCTGCCACGTGCAAAGGATCTGGTGAAGTTTGCAGAGAG
CTGCATGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAAAGAAGTGTTGCTGAAGAAACC
ACCTGCAGATTCTTCTTGTATTCACAACCTTGTTGAGGCTTCTTTGTATTAAGTGTTGTT
TGTTTGTTTTCTACTTTCTACTCCACTATGATGCTTCGAGCACTCTCTCTTTTGTCTTTG
CTTCTTGTTTCCGGAATAATAAAATCCA
ATCTTCCG

QA 2 329 2 329
DS 

RD RR1G072TF 337 0 0
G
ATTCTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCAGCCAGTGTCGCCGCAACAACCTA
TGACCTCGGATTGGCGTCGAACCTGCCACGTGCAAAGGATCTGGTGAAGTTTGCAGAGAG
CTGCATGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAAAGAAGTGTTGCTGAAGAAACC
ACCTGCAGATTCTTCTTGTATTCACAACCTTGTTGAGGCTTCTTTGTATTAAGTGTTGTT
TGTTTGTTTTCTACTTTCTACTCCACTATGATGCTTCGAGCACTCTCTCTTTTGTCTTTG
CTTCTTGTTTCCGGAATAATAAAATCCA
ATCTTCCG

QA 2 329 2 329
DS 



CO CL168Contig3 569 4 22 U
TTACACATGGACCAAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCTTTTGATCCTGTTGA
GTACGATGGCAAAACTTACTTCCCTGGCCAGGCAAACAACTGTTACATTTTCCCGGGTCT
TGGTCTCGGTTTGATCATGTCCGGTGCAATTCGTGTCCGTGATGACATGCTCCTTGCAGC
CTCTGAAGCATTGGCCGCTCAAGTCACAGAAGAGAATTTCGCCAACGGTCTGATCTACCC
GCCATTCTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCAGCCAGTGTTGCCGCCAAAAC
CTATGAGCTCGGATTGGCATCGAACCTCCCACGTCCAAAAGATCTGGTGAAGTTTGCAGA
GAGCTGCATGTACAGTCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAACAAGTTTTGTTCAAAGAA
ACCTGCAGTTGCAGATTCTTCTCCTTTTTCACAACATTTATTCTTCTCCTATTATTGTTT
GTTTGTTCTACCATATGATATGTTTTTGAGTACTCAACTCTTTT**CCTTGTACTTGTTT
GATGAATAATAATTTAAATTTTACAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BY08JQ C 49
AF RR1FV43TF U 1
AF RR1BY08TF U 117
AF RR1DK43JQ C 317
BS 1 120 RR1FV43TF
BS 121 121 RR1BY08TF
BS 122 367 RR1FV43TF
BS 368 368 RR1BY08TF
BS 369 402 RR1FV43TF
BS 403 403 RR1BY08TF
BS 404 445 RR1FV43TF
BS 446 446 RR1BY08TF
BS 447 492 RR1FV43TF
BS 493 493 RR1BY08TF
BS 494 497 RR1FV43TF
BS 498 498 RR1BY08TF
BS 499 506 RR1FV43TF
BS 507 507 RR1BY08TF
BS 508 524 RR1FV43TF
BS 525 526 RR1BY08TF
BS 527 533 RR1FV43TF
BS 534 534 RR1BY08TF
BS 535 535 RR1FV43TF
BS 536 536 RR1BY08TF
BS 537 548 RR1FV43TF
BS 549 569 RR1BY08TF

RD RR1BY08JQ 396 0 0
G
GATCCTGTTGAGTACGATGGCAAAACTTACTTCCCTGGCCAGGCAAACAACTGTTACATT
TTCCCTGGTCTTGGTCTCGGTTTGATCATGTCCGGTGCAATTCGTGTCCGTGATGACATG
CTCCTTGCAGCCTCTGAAGCATTGGCCGCTCAAGTCACAGAAGAGAATTTCGCCAACGGT
CTGATCTACCCGCCATTCTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCAGCCAGTGTT
GCCGCCAAAACCTATGAGCTCGGATTGGCATCGAACCTCCCACGTCCAAAAGATCTGGTG
AAGTTTGCAGAGAGCTGCATGTACAGTCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAACAAGTTT
TGTTCAAAGAAACCTGCAGTTGCAGATTCTTCTCC

QA 2 396 2 396
DS 

RD RR1FV43TF 548 0 0
TTACACATGGACCAAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCTTTTGATCCTGTTGA
GTACGATGGCAAAACTTACTTCCCTGGCCAGGCAAACAACTGTTACATTTTCCCGGGTCT
GGGTCTCGGTTTGATCATGTCCGGTGCAATTCGTGTCCGTGATGACATGCTCCTTGCAGC
CTCTGAAGCATTGGCCGCTCAAGTCACAGAAGAGAATTTCGCCAACGGTCTGATCTACCC
GCCATTCTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCAGCCAGTGTTGCCGCCAAAAC
CTATGAGCTCGGATTGGCATCGAACCTCCCACGTCCAAAAGATCTGGTGAAGTTTGCAGA
GAGCTGCTTGTACAGTCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAAGAAGTTTTGTTCAAAGAA
ACCTGCAGTTGCAGATTCTTCTCCTATTTCACAACATTTATTCTTCTCCTATTATTGTTT
GTTTGTTCTACCTTATGTTATGTTTT*GAGTACTCAACTCTTTTGTCCTTGTATTCGTTT
GATGAATA

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1BY08TF 453 0 0
GTCTTGGTCTCGGTTTGATCATGTCCGGTGCAATTCGTGTCCGTGATGACATGCTCCTTG
CAGCCTCTGAAGCATTGGCCGCTCAAGTCACAGAAGAGAATTTCGCCAACGGTCTGATCT
ACCCGCCATTCTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCAGCCAGTGTTGCCGCCA
AAACCTATGAGCTCGGATTGGCATCGAACCTCCCACGTCCAAAAGATCTGGTGAAGTTTG
CAGAGAGCTGCATGTACAGTCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAACAAGTTTTGTTCAA
AGAAACCTGCAGTTGCAGATTCTTCTCCTTTTTCACAACATTTATTCTTCTCCTATTATT
GTTTGTTTGTTCTACCATATGATATGTTTTTGAGTACTCAACTCTTTT**CCTTGTACTT
GTTTGATGAATAATAATTTAAATTTTACAAATC

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1DK43JQ 253 0 0
GCATCGAACCTCCCACGTCCAAAAGATCTGGTGAAGTTTGCAGAGAGCTGCATGTACAGT
CCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAACAAGTTTTGTTCAAAGAAACCTGCAGTTGCAGAT
TCTTCTCCTTTTTCACAACATTTATTCTTCTCCTATTATTGTTTGTTTGTTCTACCATAT
GATATGTTTTTGAGTACTCAACTCTTTT**CCTTGTACTTGTTTGATGAATAATAATTTA
AATTTTACAAATC

QA 1 253 1 253
DS 



AS 1 13

CO CL169Contig1 1038 13 21 U
GGACACACAAGTAGCAGAGTAAGTAAAATATCATCGCTAAAGCTCAACCAAAAAGGCTTT
TTGTCTTGTTGTCGGAGTTTCGTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTT*ATCCC
TTTGACGGTCGTCGTTCCCCGGCGGAGTGCATCATCATCATCATCTCCCTCTTCTTCCCT
GATTCCTCCTCCTTCTCTGATAGGTAAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCG
CTTCTTCGTCTCCAAGCACCGGTTCTTGACATCGGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAAC
TGCGCAACCGGAGAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAA
ATCACTGGCAATGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGA
GGCCATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTTCTGAGGGG
GAATGGTATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGA
TATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAATGCCGTTGA
CTGGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTT
GCTTCTTGGGGTTTGGTCTCAGAA*GGACTCAGCAGGCCGCCAGATTTTGGAGTCGCTCG
GGTTCAACGAAGATAAAGCCAAACAAGTTGCTGATTCGATGAATGAAGATGTAGATTTGA
GCTTCAAGAAACAAGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGTAACTGTATATGGA
GTAGCAAAAGCAACTCCTTATTCAACAAACCTGTCTCACTCTTATCAAATACGAGACACC
AGGCCATCATCGTTAGCATTTTCTGTCTGTACACTTGGTTGCTGTTAAAGTTTTATTTTA
TTTTTGCATTAGACACCTATTCTGCATCTTATTATACAATTTACAACTTCAAAATATAAT
TCAGTTGCTATTGCTTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 25 55 55 70 40 40 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 55 55 55 40 10 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 0 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI11TF U 64
AF RR1A011TF U 3
AF RR1F965TF U 1
AF RR1H471TF U 61
AF RR1FG56TF U 3
AF RR1EQ19TF U 14
AF RR1B062TF U 19
AF RR1B062JQ C 190
AF RR1EQ19JQ C 294
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AF RR1F965JQ C 241
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AF RR1DI11JQ C 471
BS 1 617 RR1F965TF
BS 618 620 RR1A011TF
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BS 746 786 RR1B062TF
BS 787 988 RR1A011JQ
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BS 996 1010 RR1F965JQ
BS 1011 1038 RR1DI11JQ

RD RR1DI11TF 130 0 0
TCTTGTTGTCGGAGTTTCGTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTT*ATCCCTTT
GACGGTCGTCGTTCCCCGGCGGAGTGCATCATCATCATCATCTCCCTCTTCTTCCCTGAT
TCCTCCTCCT

QA 1 130 1 130
DS 

RD RR1A011TF 640 0 0
GG
ACACAAGTAGCAGAGTAAGTAAAATATCATCGCTAAAGCTCAACCAAAAAGGCTTTTTGT
CTTGTTGTCGGAGTTTCGTGAAAATGGTGTCGTCGTACACGCTTTCCTTT*ATCCCTTTG
ACGGTCGTCGTTCCCCGGCGGAGTGCATCATCATCATCATCTCCCTCTTCTTCCCTGATT
CCTCCTCCTTCTCTGATAGGTAAGAGGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTTC
TTCGTCTCCAAGCACCGGTTCTCGACATCGGCCCGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGCG
CAACCGGAGAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAAATCA
CTGGCAATGGGGGAATTGG*GGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGGCC
ATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTCCTGAGGGGGAAT
GGTATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGATATG
TACTTCTTCAGCCCTGAGCATCTTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAATGCCGTTGACTGG
GCTGTTGACCAGAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGA

QA 3 640 3 640
DS 

RD RR1F965TF 679 0 0
GGACACACAAGTAGCAGAGTAAGTAAAATATCATCGCTAAAGCTCAACCAAAAAGGCTTT
TTGTCTTGTTGTCGGAGTTTCGTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTT*ATCCC
TTTGACGGTCGTCGTTCCCCGGCGGAGTGCATCATCATCATCATCTCCCTCTTCTTCCCT
GATTCCTCCTCCTTCTCTGATAGGTAAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCG
CTTCTTCGTCTCCAAGCACCGGTTCTTGACATCGGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAAC
TGCGCAACCGGAGAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAA
ATCACTGGCAATGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGA
GGCCATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTTCTGAGGGG
GAATGGTATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGA
TATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAATGCCGTTGA
CTGGGCTGTTGACCAGA**GAGAAATCTGGTGTGGATGGGGA*CTAACAGCAGCCTACTT
GCTTCTTGGGGTTTGGTCT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1H471TF 632 0 0
GG
GTCTTGTTGTCGGAGTTTCGTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTTTATCCCTT
TGACGGTCGTCGTTCCCCGGCGGAGTGCATCATCATCATCATCTCCCTCTTCTTCCCTGA
TTCCTCCTCCTTCTCTGATAGGTAAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCT
TCTTCGTCTCCAAGCACCGGTTCTTGACATCGGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTG
CGCAACCGGAGAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAAAT
CACTGGCAATGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGG
CCATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTCCTGAGGGGGA
ATGGTATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGATA
TGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAATGCCGTTGACT
GGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTTGC
TTCTTGGGGTTTGGTCTCAGAAAG*ACTCA

QA 3 632 3 632
DS 

RD RR1FG56TF 731 0 0
GG
ACACAAGTAGCAGAGTAAGTAAAATATCATCGCTAAAGCTCAACCAAAAAGGCTTTTTGT
CTTGTTGTCGGAGTTTCGTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTT*ATCCCTTTG
ACGGTCGTCGTTCCCCGGCGGAGTGCATCATCATCATCATCTCCCTCTTCTTCCCTGATT
CCTCCTCCTTCTCTGATAGGTAAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTTC
TTCGTCTCCAAGCACCGGTTCTTGACATCGGCCAGCACCGTCCTTAGCGTCCCAACTGCG
CAACCGGAGAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAAATCA
CTGGCAATGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGGCC
ATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTCCTGAGGGGGAAT
GGTATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGATATG
TACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAATGCCGTTGACTGG
GCTGTTGACCAGAGGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTTGCTT
CTTGGGGTTTGGTCTCAGAA*G*ACTCAGCAG*CCGCCAGATTATGGAGTCGCTCGGGTT
CTACGAAGA

QA 3 731 3 731
DS 

RD RR1EQ19TF 732 0 0
GG
AGAGTAAGTAAAATATCATCGCTAAAGCTCAACCAAAAAGGCTCTTTGTCTTGTTGTCGG
AGTTTCGTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTT*ATCCCTTTGACGGTCGTCGT
TCCCCGGCGGAGTGCATCATCATCATCATCTCCCTCTTCTTCCCTGATTCCTCCTCCTTC
TCTGATAGGTAAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTTCTTCGTCTCCAA
GCACCGGTTCTTGACATCGGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGCGCAACCGGAGAA
TGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAAATCACTGGCAATGGG
GGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGGCCATTCTCATGGG
TATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTTCTGAGGGGGAATGGTATCACACT
TTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGATATGTACTTCTTCAG
CCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAATGCCGTTGACTGGGCTGTTGACCA
GAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTTGCTTCTTGGGGTTTG
GTCTCAGAA*G*ACTCAGCAGACCGCCAGATTTTGGAGTCGCTCGGGTTC*ACGAAGATA
AAGCCAAACA

QA 3 732 3 732
DS 

RD RR1B062TF 770 0 0
GG
AAGTAAAATATCATCGCTAAAGCTCAACCAAAAAGGCTTTTTGTCTTGTTGTCGGAGTTT
CGTGAAAATGGCGTCG*CGTACACGCTTTCCTTT*ATCCCTTTGACGGTCGTCGTTCCCC
GGCGGAGTGCATCATCATCATCATCTCCCTCTTCTTCCCTGATTCCTCCTCCTTCTCTGA
TAGGTAAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTTCTTCGTCTCCAAGCACC
GGTTCTTGACATCGGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGCGCAACCGTAGAATGGTT
CTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAAATCACTGGCAATGGGGGAAT
TGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGGCCACTCTCATGGGTATTT
TGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTTCTGAGGGGGAATGGTATCACACTTTTCA
AGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGATATGTACTTCTTCAGCCCTG
AGCATCCTCCTCTTACTGAATCCGCTCGCAATGCCGTTGACTGGGCTGTTGACCAGAAGA
A**AATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTTGCTTCTTGGGGTTTGGTCTC
AGAAAGGACTCAGCACGCCGCCAGATT*TGGAGTCGCTCGGGTTCAACGAAGATAAAGCC
AAACAAGTTGCTGATTCGATGAATGAAGATGTAGATTTGAGCTTCA
GA

QA 3 768 3 768
DS 

RD RR1B062JQ 674 0 0
CT
CTTCTCTGATAGGTAAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTTCTTCGTCT
CCAAGCACCGGTTCTTGACATCGGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGCGCAACCGT
AGAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAAATCACTGGCAA
TGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGGCCACTCTCA
TGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTTCTGAGGGGGAATGGTATCA
CACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGATATGTACTTCT
TCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAATCCGCTCGCAATGCCGTTGACTGGGCTGTTG
ACCAGAAGAA**AATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTTGCTTCTTGGGG
TTTGGTCTCAGAA*GGACTCAGCAGGCCGCCAGATT*TGGAGTCGCTCGGGTTCAACGAA
GATAAAGCCAAACAAGTTGCTGATTCGATGAATGAAGATGTAGATTTGAGCTTCAAGAAA
CAAGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGTAACTGTATATGGAGTAGCAAAAGC
AACTCCTTATTC

QA 3 674 3 674
DS 

RD RR1EQ19JQ 659 0 0
TCCCAACTGCGCAACCGGAGAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAG
CGATAAAATCACTGGCAATGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAG
GGACCGAGGCCATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTTC
TGAGGGGGAATGGTATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGA
AATCAGATATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAATG
CCGTTGACTGGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAG
CCTACTTGCTTCTTGGGGTTTGGTCTCAGAA*GGACTCAGCAGACCGCCAGATTTTGGAG
TCGCTCGGGTTCAACGAAGATAAAGCCAAACAAGTTGCTGATTCGATGAATGAAGATGTA
GATTTGAGCTTCAAGAAACAAGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGTAACTGT
ATATGGAGTAGCAAAAGCAACTCCTTATTCAACAAACCTGTCTCACTCTTATCAAATACG
AGACACCAGGCCATCATCGTTAGCATTTTCTGTCTGTACACTTGGTTGCTGTTAAAGTT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1A011JQ 812 0 0
TCCTCCTCCTTCTCTGATAGGTAAGAGGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTT
CTTCGTCTCCAAGCACCGGTTCTCGACATCGGCCCGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGC
GCAACCGGAGAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAAATC
ACTGGCAATGGGGGAATTGG*GGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGGC
CATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTCCTGAGGGGGAA
TGGTATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGATAT
GTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCTTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAATGCCGTTGACTG
GGCTGTTGACCAGAAGAAGAAATTTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTTGCT
TCTTGGGGTTTGGTCTCAGAA*GGACTCAGCAGGCCGCCAGATTATGGAGTCGCTCGGGT
TCAACGAAGATAAAGCCAAACAAGTTGCTGATTCGATGAATGAAGATGTAGATTTGAGCT
TCAAGAAACAAGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGTAACTGTATATGGAGTA
GCAAAAGCAACTCCTTATTCAACAAACCTGTCTCACTCTTATCAAATACGAGACACCAGG
CCATCATCGTTAGCATTTTCTGTCTGTACACTTGGTTGCTGTTAAAGTTTTATTTTATTT
TTGCATTAGACACCTATTCTGCATCCTATTAT

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1F965JQ 772 0 0
CTTCTTCGTCTCCAAGCACCGGTTCTTGACATCGGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAAC
TGCGCAACCGGAGAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAA
ATCACTGGCAATGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGA
GGCCATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTTCTGAGGGG
GAATGGTATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGA
TATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAATGCCGTTGA
CTGGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTT
GCTTCTTGGGGTTTGGTCTCAGAA*GGACTCAGCAGGCCGCCAGATTTTGGAGTCGCTCG
GGTTCAACGAAGATAAAGCCAAACAAGTTGCTGATTCGATGAATGAAGATGTAGATTTGA
GCTTCAAGAAACAAGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGTAACTGTATATGGA
GTAGCAAAAGCAACTCCTTATTCAACAAACCTGTCTCACTCTTATCAAATACGAGACACC
AGGCCATCATCGTTAGCATTTTCTGTCTGTACACTTGGTTGCTGTTAAAGTTTTATTTTA
TTTTTGCATTAGACACCTATTCTGCATCTTATTATACAATTTACAACTTC
AT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1FG56JQ 721 0 0
AGCGTCCCAACTGCGCAACCGGAGAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCG
AGAGCGATAAAATCACTGGCAATGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACT
ACAGGGACCGAGGCCATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAG
TTCCTGAGGGGGAATGGTATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTA
GGGAAATCAGATATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGC
AATGCCGTTGACTGGGCTGTTGACCAGAGGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACA
GCAGCCTACTTGCTTCTTGGGGTTTGGTCTCAGAA*GGACTCAGCAGGCCGCCAGATTAT
GGAGTCGCTCGGGTTCAACGAAGATAAAGCCAAACAAGTTGCTGATTCGATGAATGAAGA
TGTAGATTTGAGCTTCAAGAAACAAGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGTAA
CTGTATATGGAGTAGCAAAAGCAACTCCTTATTCAACAAACCTGTCTCACTCTTATCAAA
TACGAGACACCAGGCCATCATCGTTAGCATTTTCTGTCTGCACACTTGGTTGCTGTTAAA
GTTTTATTTTATTTTTGCATTATACACCTATTCTGCATCTTATTATACAATTTACAACTT
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1DI11JQ 568 0 0
A
TCTGAGGGGGAATGGTATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGG
GAAATCAGATATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAA
TGCCGTTGACTGGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGC
AGCCTACTTGCTTCTTGGGGTTTGGTCTCAGAA*GGACTCAGCAGGCCGCCAGATTTTGG
AGTCGCTCGGGTTCAACGAAGATAAAGCCAAACAAGTTGCTGATTCGATGAATGAAGATG
TAGATTTGAGCTTCAAGAAACAAGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGTAACT
GTATATGGAGTAGCAAAAGCAACTCCTTATTCAACAAACCTGTCTCACTCTTATCAAATA
CGAGACACCAGGCCATCATCGTTAGCATTTTCTGTCTGTACACTTGGTTGCTGTTAAAGT
TTTATTTTATTTTTGCATTAGACACCTATTCTGCATCTTATTATACAATTTACAACTTCA
AAATATAATTCAGTTGCTATTGCTTCC

QA 2 568 2 568
DS 



AS 1 13

CO CL170Contig1 998 13 14 U
GGATCTTCTTCCTCTTTCTAGATCAAAAAGAGAGAGAACGTCTGTTGAGAAGATCTAAGA
ACATAAAACATGGCGGGAGAAGACAGCCGCGAAGCTCAACGATGCGAGGAATCGAGTCCG
CTCTTGCAAGTGAACGAAAGCAAGATCTGCTCCAAAGGAGACGACAACACCAAGACGACG
AAAGCGGCGGAGGAACACGGATGGACGGCGGATGGATTGCCGGTGAGCCACGGGAGCGTG
ATCGGAGAGCCGATCGGGAGAAACCAGTGGAGTTCCGGTCTTTTTT*CCTGTCTCGGCCG
AAACGATGAGTTCTGCAGCAGCGATCTCGAAGTTTGTCTCCTTGGAAGTGTGGCTCCATG
TGTGTTGTATGGAAGCAATGCAGAGAGGCTTGGGTCTGCTCCCGGAACGTTTTCCAATCA
CTGCTTGACGTACTTAGGGTTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTGTCT
TGCTCCTTGGTTCTCTTATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGG
AAGCTTTGAGGCGATGAACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAGAT
GCAAAGGGAGCATATGGAGACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTTCTTTGCCATACATG
TGCACTTTGCCAAGAAGGCCGTGAGATCCGCAGGAAGGTTCTTCACCCTGGTTTCAATGC
TCAGTCCACCGTGGTCGTGCTTCCACCAAGTGAACAAACCATGGGACGTAAGTGAAAGCT
TGCGTTGAGTCATGTGTCAATAACACTTGTTACACTTGTATACGCACAGTGAAGTGTGAA
CTATGATGTTTGTCTTTTGCTTGCTTTTGTCGCATGTTCTGTTCTTTTATTTTCTTTTCT
TTTTTCAACGCATGCAACACATATGTATATCTTTATTGTTACGCACTTTGTTTTGATATG
GTAATGTAATATTCAATAAAGTTTTAAAACTGATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 5 5 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 45 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 60 75 30 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 60 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ42TFB U 6
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AF RR1BH55TF U 45
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AF RR1BH55JQ C 337
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AF RR1A664JQ C 330
AF RR1GZ42JQ C 419
BS 1 119 RR1E371TF
BS 120 120 RR1GZ42TFB
BS 121 358 RR1E371TF
BS 359 359 RR1GZ42TFB
BS 360 676 RR1E371TF
BS 677 677 RR1BH55TF
BS 678 689 RR1E371TF
BS 690 691 RR1A755TF
BS 692 880 RR1BH55TF
BS 881 893 RR1AI04TF
BS 894 902 RR1A755JQ
BS 903 903 RR1GN87JQ
BS 904 985 RR1A755JQ
BS 986 998 RR1AI04JQ

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TTT
TTCCTCTTTCTAGATCAAAAAGAGAGAGAACGTCTGTTGAGAAGATCTGAGAACATAAAA
CATGGCGGGAGAAGACAGCCGCGAAGCTCAACGATGCGAGGAATCGAGTCCGCTCTTGCA
AGTGAACGAAAGCAAGATCTGCTCCAAAGAAGACGACA***CCAAGACGACGAAAGCGGC
GGAGGAACACGGATGGACGGCGGATGGATTGCCGGTGAGCCACGGGAGCGTGATCGGAGA
GCCGATCGGGAGAAACCAGTGGAGTTCCGGTCTTTTTT*CCTGTCTCGGCCGAAACGATG
AGTTCTGCAGCAGCGATCTCGAAGTTTGTCTCCTTGGAAGTGTGGCTCCATGTGTGTTGT
ATGGAAGCAATGCAGAGAGGCTTGGGTCTGCTCCCGGAACGTTTTCCAATCACTGCTTGA
CGTACTTAGGGTTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTGTCTTGCTCCGT
GGTTCTCTTATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCC

QA 4 516 4 516
DS 

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ACATAAAACATGGCGGGAGAAGACAGCCGCGAAGCTCAACGATGCGAGGAATCGAGTCCT
CTCTTGCAAGTGAACGAAAGCAAGATCTGCTCCAAAGGAGACGACAACACCAAGACGACG
AAAGCGGCGGAGGAACACGGATGGACGGCGGATGGATTGCCGGTGAGCCACGGGAGCGTG
ATCGGAGAGCCGATCGGGAGAAACCAGTGGAGTTCCGGTCTTTTTT*CCTGTCTCGGCCG
AAACGATGAGTTCTGCAGCAGCGATCTCGAAGTTTGTCTCCTTGGAAGTGTGGCTCCACG
TGTGTTGTATGGAAGCAATGCAGAGAGGCTTGGGTCTGCTCCCGGAACGTTTTCCAATCA
CTGCTTGACGTACTTAGGGTTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTGTCT
TGCTCCTTGGTTCTCTTATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGG
AAGCTTTGAGGCGATGAACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAGAT
GCAAAGGGAGCATATGGAGACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTTCTTTGCCATACATG
TGCACTTTGCCAAGAA*GCCGTGAGATCC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1A755TF 674 0 0
GG
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AAGACAGCCGCGAAGCTCAACGATGCGAGGAATCGAGTCCGCTCTTGCAAGTGAACGAAA
GCAAGATCTGCTCCAAAGAAGACGACA***CCAAGACGACGAAAGCGGCGGAGGAACACG
GATGGACGGCGGATGGATTGCCGGTGAGCCACGGGAGCGTGATCGGAGAGCCGATCGGGA
GAAACCAGTGGAGTTCCGGTCTTTTTT*CCTGTCTCGGCCGAAACGATGAGTTCTGCAGC
AGCGATCTCGAAGTTTGTCTCCTTGGAAGTGTGGCTCCATGTGTGTTGTATGGAAGCAAT
GCAGAGAGGCTTGGGTCTGCTCCCGGAACGTTTTCCAATCACTGCTTGACGTACTTAGGG
TTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTGTCTTGCTCCTTGGTTCTCTTAT
TCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGGAAGCTTTGAGGCGATGAAC
AGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAGATGCAAAGGGAGCATATGGAG
ACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTTCTTTGCCATACATGTGCACTTTGCCAAGAAAGC
CGTGAGATCCGC

QA 3 674 3 674
DS 

RD RR1A664TF 635 0 0
GGG
AGAACATAAAACATGGCGGGAGAAGACAGCCGCGAAGCTCAACGATGCGAGGAATCGAGT
CCGCTCTTGCAAGTGAACGAAAGCAAGATCTGCTCCAAAGAAGACGACA***CCAAGACG
ACGAAAGCGGCGGAGGAACACGGATGGACGGCGGATGGATTGCCGGTGAGCCACGGGAGC
GTGATCGGAGAGCCGATCGGGAGAAACCAGTGGAGTTCCGGTCTTTTTT*CCTGTCTCGG
CCGAAACGATGAGTTCTGCAGCAGCGATCTCGAAGTTTGTCTCCTTGGAAGTGTGGCTCC
ATGTGTGTTGTATGGAAGCAATGCAGAGAGGCTTGGGTCTGCTCCCGGAACGTTTTCCAA
TCACTGCTTGACGTACTTAGGGTTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTG
TCTTGCTCCTTGGTTCTCTTATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGA
GGGAAGCTTTGAGGCGATGAACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGA
GATGCAAAGGGAGCATATGGAGACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTTCTTTGCCATAC
ATGTGCACTTTGCCAAGAA*GCCGTGAGATCC

QA 4 635 4 635
DS 

RD RR1GN87TF 637 0 0
GGG
AAGAACATAAAACATGGCGGGAGAAGACAGCCGCGAAGCTCAACGATACGAGGAATCGAG
TCCTCTCTTGCAAGTGAACGAAAGCAAGATCTGCTCCAAAGGAGACGACAACACCAAGAC
GACGAAAGCGGCGGAGGAACACGGATGGACGGCGGATGGATTGCCGGTGAGCCACGGGAG
CGTGATCGGAGAGCCGATCGGGAGAAGCCAGTGGAGTTCCGGTCTTTTTTTCCTGTCTCG
GCCGAAGCGATGAGTTCTGCAGCAGCGATCTCGAAGTTTGTCTCCTTGGAAGTGTGGCTC
CATGTGTGTTGTATGGAAGCAATGCAGAGAGGCTTGGGTCTGCTCCCGGAACGTTTTCCA
ATCACTGCTTGACGTACTTAGGGTTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACT
GTCTTGCTCCTTGGTTCTCTTATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTG
AGGGAAGCTTTGAGGCGATAAACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACG
AGATGCAAAGGGAGCATATGGAGACGACTTGTGACTTTGTGGCGCATGTTCTTTGCCATA
CATGTGCACTTTGCCAAGAAAGCCGTGAGATCCG

QA 4 637 4 637
DS 

RD RR1BH55TF 836 0 0
GG
GAGAAGATCTAAGAACATAAAACATGGCGGGAGAAGACAGCCGCGAAGCTCAACGATGCG
AGGAATCGAGTCCTCTCTTGCAAGTGAACGAAAGCAAGATCTGCTCCAAAGGAGACGACA
ACACCAAGACGACGAAAGCGGCGGAGGAACACGGATGGACGGCGGATGGATTGCCGGTGA
GCCACGGGAGCGTGATCGGAGAGCCGATCGGGAGAAACCAGTGGAGTTCCGGTCTTTTTT
*CCTGTCTCGGCCGAAACGATGAGTTCTGCAGCAGCGATCTCGAAGTTTGTCTCCTTGGA
AGTGTGGCTCCATGTGTGTTGTATGGAAGCAATGCAGAGAGGCTTGGGTCTGCTCCCGGA
ACGTTTTCCAATCACTGCTTGACGTACTTAGGGTTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTT
GGTTGGAACTGTCTTGCTCCTTGGTTCTCTTATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGG
TTTAACCTTGAGGGAAGCTTTGAGGCGATGAACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGC
ATAGAAGACGAGATGCAAAGGGAGCATATGGAGACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTT
CTTTGCCATACATGTGCACTTTGCCAAGAAGGCCGTGAGATCCGCAGGAAGGTTCTTCAC
CCTGGTTTCAATGCTCAGTCCACCGTGGTCGTGCTTCCACCAAGTGAACAAACCATGGGA
CGTAAGTGAAAGCTTGCGTTGAGTCATGTGTCAATAACACTTGTTACACTTGTATACGCA
CAGTGAAGTGTGAACTATGATGTTTGTCTTTTGCTTGCTTTTGTCGCATGTTCT

QA 3 836 3 836
DS 

RD RR1AI04TF 839 0 0
GG
AAGAACATAAAACATGGCGGGAGAAGACAGCCGCGAAGCTCAACGATGCGAGGAATCGAG
TCCTCTCTTGCAAGTGAACGAAAGCAAGATCTGCTCCAAAGGAGACGACAACACCAAGAC
GACGAAAGCGGCGGAGGAACACGGATGGACGGCGGATGGATTGCCGGTGAGCCACGGGAG
CGTGATCGGAGAGCCGATCGGGAGAAACCAGTGGAGTTCCGGTCTTTTTT*CCTGTCTCG
GCCGAAACGATGAGTTCTGCAGCAGCGATCTCGAAGTTTGTCTCCTTGGAAGTGTGGCTC
CATGTGTGTTGTATGGAAGCAATGCAGAGAGGCTTGGGTCTGCTCCCGGAACGTTTTCCA
ATCACTGCTTGACGTACTTAGGGTTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACT
GTCTTGCTCCTTGGTTCTCTTATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTG
AGGGAAGCTTTGAGGCGATGAACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACG
AGATGCAAAGGGAGCATATGGAGACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTTCTTTGCCATA
CATGTGCACTTTGCAAAGAAGGCCGTGAGATCCGCAGGAAGGTTCTTCACCCTGGTTTCA
ATGCTCAGTCCACCGTGGTCGTGCTTCCACCAAGTGAACAAACCATGGGACGTAAGTGAA
AGCTTGCGTTGAGTCATGTGTCAATAACACTTGTTACACTTGTATACGCACAGTGAAGTG
TGAACTATGATGTTTGTCTTTTGCTTGCTTTTGTCGCATGTTCTGTTCTTTTATTTT

QA 3 839 3 839
DS 

RD RR1BH55JQ 546 0 0
TCTCCTTGGAAGTGTGGCTCCATGTGTGTTGTATGGAAGCAATGCAGAGAGGCTTGGGTC
TGCTCCCGGAACGTTTTCCAATCACTGCTTGACGTACTTAGGGTTGTACTTTGTCGGCAA
CTCTTTGTTTGGTTGGAACTGTCTTGCTCCTTGGTTTTCTTATTCCAGCCGCTTTGCCAT
TCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGGAAGCTTTGAGGCGATGAACAGGTCATGTGGTTGCTG
CGGTAGCTGCATAGAAGACGAGATGCAAAGGGAGCATATGGAGACGACTTGTGACTTTGT
GACGCATGTTCTTTGCCATACATGTGCACTTTGCCAAGAAGGCCGTGAGATCCGCAGGAA
GGTTTTTCACCCTGGTTTCAATGCTCAGTCCCCCGTGGTCGTGCTTCCACCAAGTGAACA
AACCATGGGACGTAAGTGAAAGCTTGCGTTGAGTCATGTGTCAATAACACTTGTTACACT
TGTATACGCACAGTGAAGTGTGAACTATGATGTTTGTTTTTTGCTTGCTTTTGTCGCATG
TT
TTGT

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1A755JQ 902 0 0
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GATCTGCTCCAAAGAAGACGACA***CCAAGACGACGAAAGCGGCGGAGGAACACGGATG
GACGGCGGATGGATTGCCGGTGAGCCACGGGAGCGTGATCGGAGAGCCGATCGGGAGAAA
CCAGTGGAGTTCCGGTCTTTTTT*CCTGTCTCGGCCGAAACGATGAGTTCTGCAGCAGCG
ATCTCGAAGTTTGTCTCCTTGGAAGTGTGGCTCCATGTGTGTTGTATGGAAGCAATGCAG
AGAGGCTTGGGTCTGCTCCCGGAACGTTTTCCAATCACTGCTTGACGTACTTAGGGTTGT
ACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTGTCTTGCTCCTTGGTTCTCTTATTCCA
GCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGGAAGCTTTGAGGCGATGAACAGGT
CATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAGATGCAAAGGGAGCATATGGAGACGA
CTTGTGACTTTGTGACGCATGTTCTTTGCCATACATGTGCACTTTGCCAAGAAGGCCGTG
AGATCCGCAGGAAGGTTCTTCACCCTGGTTTCAATGCTCAGTCCACCGTGGTCGTGCTTC
CACCAAGTGAACAAACCATGGGACGTAAGTGAAAGCTTGCGTTGAGTCATGTGTCAATAA
CACTTGTTACACTTGTATACGCACAGTGAAGTGTGAACTATGATGTTTGTCTTTTGCTTG
CTTTTGTCGCATGTTCTGTTCTTTTATTTTCTTTTCTTTCTTCAACGCATGCAACACATA
TGTATATCTTTATTGTTACGCACTTTGTTTTGATATGGTAATGTAATATTCAATAAAGTT
TT

QA 1 902 1 902
DS 

RD RR1GN87JQ 471 0 0
GCCGCTTTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGGAAGCTTTGAGGCGATAAACAGGT
CATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAGATGCAAAGGGAGCATATGGAGACGA
CTTGTGACTTTGTGGCGCATGTTTTTTGCCATACATGTGCACTTTGCCAAGAAGGCCGTG
AGATCCGCAGGAAGGTTCTTCACCCTGGTTTCAATGCTCAGTCCACCGTGGTCGTGCTTC
CACCAAGTGAACAAACCATGGGACGTAAGTGAAAGCTTGCGTTGAGTCATGTGTCAATAA
CACTTGTTACACTTGTATACGCACAGTGAAGTGTGAACTATGATGTTTGTCTTTTGCTTG
CTTTTGTCGCATGTTCTGTTCTTTTATTTTCTTTTCTTTTTTCAACGCATGCAACACATA
TGTATATCTTTATTGTTACGCACTTTGTTTTGATATGGTAATGTAATATTC

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DS 

RD RR1AI04JQ 866 0 0
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GAACACGGATGGACGGCGGATGGATTGCCGGTGAGCCACGGGAGCGTGATCGGAGAGCCG
ATCGGGAGAAACCAGTGGAGTTCCGGTCTTTTTT*CCTGTCTCGGCCGAAACGATGAGTT
CTGCAGCAGCGATCTCGAAGTTTGTCTCCTTGGAAGTGTGGCTCCATGTGTGTTGTATGG
AAGCAATGCAGAGAGGCTTGGGTCTGCTCCCGGAACGTTTTCCAATCACTGCTTGACGTA
CTTAGGGTTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTGTCTTGCTCCTTGGTT
CTCTTATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGGAAGCTTTGAGGC
GATGAACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAGATGCAAAGGGAGCA
TATGGAGACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTTCTTTGCCATACATGTGCACTTTGCAA
AGAAGGCCGTGAGATCCGCAGGAAGGTTCTTCACCCTGGTTTCAATGCTCAGTCCACCGT
GGTCGTGCTTCCACCAAGTGAACAAACCATGGGACGTAAGTGAAAGCTTGCGTTGAGTCA
TGTGTCAATAACACTTGTTACACTTGTATACGCACAGTGAAGTGTGAACTATGATGTTTG
TCTTTTGCTTGCTTTTGTCGCATGTTCTGTTCTTTTATTTTCTTTTCTTTCTTCAACGCA
TGCAACACATATGTATATCTTTATTGTTACGCACTTTGTTTTGATATGGTAATGTAATAT
TCAATAAAGTTTTAAAACTGATCTCC

QA 1 866 1 866
DS 

RD RR1A664JQ 664 0 0
AAGTTTGTCTCCTTGGAAGTGTGGCTCCATGTGTGTTGTATGGAAGCAATGCAGAGAGGC
TTGGGTCTGCTCCCGGAACGTTTTCCAATCACTGCTTGACGTACTTAGGGTTGTACTTTG
TCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTGTCTTGCTCCTTGGTTCTCTTATTCCAGCCGCT
TTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGGAAGCTTTGAGGCGATGAACAGGTCATGTG
GTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAGATGCAAAGGGAGCATATGGAGACGACTTGTG
ACTTTGTGACGCATGTTTTTTGCCATACATGTGCACTTTGCCAAGAAGGCCGTGAGATCC
GCAGGAAGGTTCTTCACCCTGGTTTCAATGCTCAGTCCCCCGTGGTCGTGCTTCCCCCAA
GTGAACAAACCATGGGACGTAAA**AAAGCTTGCGTTGAGTCATGTGTCAATAACACTTG
TTACACTTGTATACGCACAGTGAAGTGTGAACTATGATGTTTGTCTTTTGCTTGCTTTTG
TCGCATGTTCTGTTCTTTTATTTTCTTTTCTTTTTTCAACGCATGCAACACATATGTATA
TCTTTATTGTTACGCACTTTGTTTTGATATGGTAATGTAATATTCAATAAAGTTTTAAAA
C
CGG

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1GZ42JQ 567 0 0
CACTGCTTGACGTACTTAGGGTTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTGT
CTTGCTCCGTGGTTTTTTTATTCCAGCCGTTTTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAG
GGAAGCTTTGAGGCGATGAACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAG
ATGCAAAGGGAGCATATGGAGACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTTTTTTGCCATACA
TGTGCACTTTGCCAAGAAGGCCGTGAGATCCGCAGGAAGGTTTTTCACCCTGGTTTCAAT
GCTCAGTCCCCCGTGGTCGTGCTTCCCCCAAGTGAACAAACCATGGGACGTAAGTGAAAG
CTTGCGTTGAGTCATGTGTCAATAACACTTGTTACACTTGTATACGCACAGTGAAGTGTG
AACTATGATGTTTGTCTTTTGCTTGCTTTTGTCGCATGTTCTGTTCTTTTATTTTCTTTT
CTTTTTTCAACGCATGCAACACATATGTATATTTTTATTGTTACGCACTTTGTTTTGATA
TGGTAATGTAATATTCAATAAAGTTTT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 12

CO CL171Contig1 1012 12 15 U
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GGAGAGAGAGGGGGAAACCCTAGATTCCGTTTGCTCCGTCTCTCTCTGAATCGAAGGCGA
TGGTGTTCTACTTCAAGGCACGACCAGATGCTGGAGACTACACCATCTTCATGGGGCTTG
ACAAGTTCGAGAACGAGGAGCTCATCAAGTACGGCTTCCCCGAAGACGTCTGGTTTCACG
TTGACAAAATGTCCTCAGCTCATGTTTACTTAAGGCTTCATAAAGGCCAAGGTCTTGATA
ACATTAACGAAGGTGTTCTGGAGGACTGTGCTCAGCTTGTGAAAGCTAACTCCATTCAAG
GCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTTGTGTACACCCCGTGGTCCAACTTGAAGAAAACCG
CCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGGTCCGGACTATCAGAG
TGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTTAACAGGTTGAACAAAACAAAGGTTGAGAGAACCC
C*TGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGCAGTGAACGCTGCAGAAAGAGCTGAGAGGAAGCAG
CATCTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGAAGAGATAGAGAGGCTGGAGAAGGAGAGGCAAGCA
GAGATGAGGAGTTACAA*GGGACTGATGGTAACTGATAAAATGACATCCAACAAAGACAT
TGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCAAGAACTCGAAGACGATTTCATGTAAAACTCTGATTT
GGTTCTTAAAGACTCTTTCGTCCCATTGAAATGTTTCAGAGGATTGAGTCTTTGAGTTGT
GAGGAAAAAAAAACAGAGAGCATTTACTCAGGTGATGCCATTGATTTGTTGCGATCATGG
TTTACTCTACCTTGCTGTGTTTGTTGAAAATCATTTTACCACTCTTATATTTTTATCCTT
TTACATTTTATCCCAAAATTAATTTACATACAAGGTAACCTCGCTTCGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 45 60 45 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 55 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 
70 55 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 20 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 60 60 
60 35 60 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 35 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG43TF U 27
AF RR1CL34TF U 1
AF RR1DK86TF U 115
AF RR1DV73TF U 27
AF RR1A041TF U 40
AF RR1AI02TF U 27
AF RR1H604TF U 27
AF RR1A041JQ C 161
AF RR1CL34JQ C 226
AF RR1DK86JQ C 344
AF RR1FG43JQ C 227
AF RR1H604JQ C 388
BS 1 26 RR1CL34TF
BS 27 28 RR1AI02TF
BS 29 149 RR1CL34TF
BS 150 150 RR1AI02TF
BS 151 731 RR1CL34TF
BS 732 732 RR1AI02TF
BS 733 747 RR1CL34TF
BS 748 748 RR1AI02TF
BS 749 770 RR1CL34TF
BS 771 771 RR1AI02TF
BS 772 781 RR1CL34TF
BS 782 844 RR1AI02TF
BS 845 845 RR1H604TF
BS 846 930 RR1A041JQ
BS 931 1012 RR1CL34JQ

RD RR1FG43TF 578 0 0
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AAGTACGGCTTCCCCGAAGACGTCTGGTTTCACGTTGACAAAATGTCCTCAGCTCATGTT
TACTTAAGGCTTCATAAAGGCCAAGGTCTTGATAACATTAACGAAGGTGTTCTGGAGGAC
TGTGCTCAGCTTGTGAAAGCTAACTCCATTCAAGGCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTT
GTGTACACCCCGTGGTCCAACTTGAAGAAAACCGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGT
TTCCACAATTCAAAGATGGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTT
AACAGGTTGAACAAAACAAAGGTTGAGAGAACCCC*TGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGC
AGTGAACGCTGCAGAAAGAGCTGAGAGGAAGCAGCATC

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1CL34TF 781 0 0
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GGAGAGAGAGGGGGAAACCCTAGATTCCGTTTGCTCCGTCTCTCTCTGAATCGAAGGCGA
TGGTGTTCTACTTCAAGGCACGACCAGAT*CTGGAGACTACACCATCTTCATGGGGCTTG
ACAAGTTCGAGAACGAGGAGCTCATCAAGTACGGCTTCCCCGAAGACGTCTGGTTTCACG
TTGACAAAATGTCCTCAGCTCATGTTTACTTAAGGCTTCATAAAGGCCAAGGTCTTGATA
ACATTAACGAAGGTGTTCTGGAGGACTGTGCTCAGCTTGTGAAAGCTAACTCCATTCAAG
GCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTTGTGTACACCCCGTGGTCCAACTTGAAGAAAACCG
CCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGGTCCGGACTATCAGAG
TGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTTAACAGGTTGAACAAAACAAAGGTTGAGAGAACCC
C*TGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGCAGTGAACGCTGCAGAAAGAGCTGAGAGGAAGCAG
CATCTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGAAGAGATAGAGAGGCTGGAGAAGGAGAGGCAAGCA
GAGATGAGGAGTTACAA*GGGACTGATGGTAACTGATAAAATGACATCCAACAAAGACAT
TGCTTCAAGCA*CAAATCGCTTCAAGA*CTCGAAGACGATTTCATGTAAA*CTCTGATTT
G

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1DK86TF 703 0 0
G
GGCGATGGTGTTCTACTTCAAGGCACGACCAGATGCTGGAGACTACACCATCTTCATGGG
GCTTGACAAGTTCGAGAACGAGGAGCTCATCAAGTACGGCTTCCCCGAAGACGTCTGGTT
TCACGTTGACAAAATGTCCTCAGCTCATGTTTACTTAAGGCTTCATAAAGGCCAAGGTCT
TGATAACATTAACGAAGGTGTTCTGGAGGACTGTGCTCAGCTTGTGAAAGCTAACTCCAT
TCAAGGCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTTGTGTACACCCCGTGGTCCAACTTGAAGAA
AACCGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGGTCCGGACTAT
CAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTTAACAGGTTGAACAAAACAAAGGTTGAGAG
AACCCC*TGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGCAGTGAACGCTGCAGAAAGAGCTGAGAGGA
AGCAGCATCTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGAAGAGATAGAGAGGCTGGAGAAGGAGAGGC
AAGCAGAGATGAGGAGCTACAAAGGGACTGATGGTAACTGATAAAATGACATCCAACAAA
GACATTGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCAAGAACTCGAAGACGATTTCATGTAAA*CTCT
GATTTGGTTCTTAAAGACTCTTTCGTCC*ATTGAAATGTTTC

QA 2 703 2 703
DS 

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CTGTTTGCTCCGTCTCTCTC*GAATCGAAGGCGATGGTGTTCTACTTCAAGGCACGACCA
GATGCTGGTGACTACACCATCTTCATGGGGCTTGACAAGTTCGAAAACGAGGAGCTCATC
AAGTACGGCTTCCCCGAAGACGTCTGGTTCCACGTTGACAAAATGTCCTCAGCTCATGTT
TACTTAAGGCTTCATAAAGGCCAAGGTTTCGATAACATTAACGAAGGTGTGCTGGAGGAC
TGCGCTCAGCTTGTGAAAGCTAACTCCATTCAAGGCAACAAGGTGAACAACGTTGATGTT
GTGTACACCCCGTGGTCCAACTTGAAGAAAACCGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGT
TTCCACAATTCAAAGATGGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATAGTT
AACAGGTTGAACAAAACAAAGGTTGAGGGAACCCC*TGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGC
AGTGAACGCTGCAGAAAGAGCTGAGAGGAAGCAGCATCTCACGGAGAAGAAGAAACGTGA
AGAGATAGAGAGGCTGGAGAAGGAGAGGCAAGCAGAGATGAGGAGTTACAA*GGGACTGA
TGGTAACTGATAAAATGACATCCAACAAAGACATTGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCAAG
AACTCGAAGACGATTTCATGTAAAACTCTGATTTGGTTCTT
TAGACTCTTTC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1A041TF 775 0 0
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CTCTCTCTGAATCGAAGGCGATGGTGTTCTACTTCAAGGCACGACCAGATGCTGGAGACT
ACACCATCTTCATGGGGCTTGACAAGTTCGAGAACGAGGAGCTCATCAAGTACGGCTTCC
CCGAAGACGTCTGGTTTCACGTTGACAAAATGTCCTCAGCTCATGTTTACTTAAGGCTTC
ATAAAGGCCAAGGTCTTGATAACATTAACGAAGGTGTTCTGGAGGACTGTGCTCAGCTTG
TGAAAGCTAACTCCATTCAAGGCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTTGTGTACACCCCGT
GGTCCAACTTGAAGAAAACCGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAA
AGATGGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTTAACAGGTTGAACA
AAACAAAGGTTGGGAGAACCCCCTGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGCAGTGAACGCTGCA
GAAAGAGCTGAGAGGAAGCAGCATCTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGAAGAGATAGAGAGG
CTGGAGAAGGAGAGGCAAGCAGAGATGAGGAGTTACAA*GGGACTGATGGTAACTGATAA
AATGACATCCAACAAAGACATTGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCAAGAACTCGAAGACGA
TTTCATGTAAA*CTCTGATTTGGTTCTTAAAGACTCTTTCGTCCCATTGAA
TGTT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1AI02TF 818 0 0
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CCGTTTGCTCCGTCTCTCTCTGAATCGAAGGCGATGGTGTTCTACTTCAAGGCACGACCA
GATGCTGGAGACTACACCATCTTCATGGGGCTTGACAAGTTCGAGAACGAGGAGCTCATC
AAGTACGGCTTCCCCGAAGACGTCTGGTTTCACGTTGACAAAATGTCCTCAGCTCATGTT
TACTTAAGGCTTCATAAAGTCCAAGGTCTTGATAACATTAACGAAGGTGTTCTGGAGGAC
TGTGCTCAGCTTGTGAAAGCTAACTCCATTCAAGGCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTT
GTGTACACCTCGTGGTCCAACTTGAAGAAAACCGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGT
TTCCACAATTCAAAGATGGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTT
AACAGGTTGAACAAAACAAAGGTTGAGAGAACCCC*TGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGC
AGTGAACGCTGCAGAAAGAGCTGAGAGGAAGCAGCATCTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGA
AGAGATAGAGAGGCTGGAGAAGGAGAGGCAAGCAGAGATGAGGAGTTACAA*GGGACTGA
TGGTAACTGATAAAATGACATCCAACAAAGACATTGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCAAG
AACTCGAAGACGATTTCATGTAAAACTCTGATTTGGTTCTTAAAGACTCTTTCGTCCCAT
TGAAATGTTTCAGAGGATTGAGTCTTTGAGTTGTGAGG

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DS 

RD RR1H604TF 819 0 0
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GATGCTGGAGACTACACCATCTTCATGGGGCTTGACAAGTTCGAGAACGAGGAGCTCATC
AAGTACGGCTTCCCCGAAGACGTCTGGTTTCACGTTGACAAAATGTCCTCAGCTCATGTT
TACTTAAGGCTTCATAAAGGCCAAGGTCTTGATAACATTAACGAAGGTGTTCTGGAGGAC
TGTGCTCAGCTTGTGAAAGCTAACTCCATTCAAGGCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTT
GTGTACACCCCGTGGTCCAACTTGAAGAAAACCGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGT
TTCCACAATTCAAAGATGGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTT
AACAGGTTGAACAAAACAAAGGTTGAGAGAACCCC*TGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGC
AGTGAACGCTGCAGAAAGAGCTGAGAGGAGGCAGCATCTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGA
AGAGATAGAGAGGCTGGAGAAGGAGAGGCAAGCAGAGATGAGGAGTTACAA**GGACTGA
TGGTAACTGATAAAATGACATCCAACAAAGACATTGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCA*G
AACTCGAAGACGATTTCATGTAAA*CTCTGATTTGGTTCT*AAAGACTCTTTCGTCCCAT
TGAA*TGTTTCAGAGGAT*GAGTCTTTGAGTTGTGAGGA

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR1A041JQ 772 0 0
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CGAAGACGTCTGGTTTCACGTTGACAAAATGTCCTCAGCTCATGTTTACTTAAGGCTTCA
TAAAGGCCAAGGTCTTGATAACATTAACGAAGGTGTTCTGGAGGACTGTGCTCAGCTTGT
GAAAGCTAACTCCATTCAAGGCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTTGTGTACACCCCGTG
GTCCAACTTGAAGAAAACCGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAA
GATGGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTTAACAGGTTGAACAA
AACAAAGGTTGGGAGAACCCC*TGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGCAGTGAACGCTGCAG
AAAGAGCTGAGAGGAAGCAGCATCTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGAAGAGATAGAGAGGC
TGGAGAAGGAGAGGCAAGCAGAGATGAGGAGTTACAA*GGGACTGATGGTAACTGATAAA
ATGACATCCAACAAAGACATTGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCAAGAACTCGAAGACGAT
TTCATGTAAAACTCTGATTTGGTTCTTAAAGACTCTTTCGTCCCATTGAAATGTTTCAGA
GGATTGAGTCTTTGAGTTGTGAGGAAAAAAAAACAGAGAGCATTTACTCAGGTGATGCCA
TTGATTTGTTGCGATCATGGTTTACTCTACCTTGCTGTGTTTGTTGAAAA
GC

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1CL34JQ 787 0 0
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GCCAAGGTCTTGATAACATTAACGAAGGTGTTCTGGAGGACTGTGCTCAGCTTGTGAAAG
CTAACTCCATTCAAGGCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTTGTGTACACCCCGTGGTCCA
ACTTGAAGAAAACCGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGG
TCCGGACTATCAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTTAACAGGTTGAACAAAACAA
AGGTTGAGAGAACCCC*TGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGCAGTGAACGCTGCAGAAAGA
GCTGAGAGGAAGCAGCATCTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGAAGAGATAGAGAGGCTGGAG
AAGGAGAGGCAAGCAGAGATGAGGAGTTACAA*GGGACTGATGGTAACTGATAAAATGAC
ATCCAACAAAGACATTGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCAAGAACTCGAAGACGATTTCAT
GTAAAACTCTGATTTGGTTCTTAAAGACTCTTTCGTCCCATTGAAATGTTTCAGAGGATT
GAGTCTTTGAGTTGTGAGGAAAAAAAAACAGAGAGCATTTACTCAGGTGATGCCATCGAT
TTGTTGCGATCATGGTTTACTCTACCTTGCTGTGTTTGTTGAAAATCATTTTACCACTCT
TATATTTTTATCCTTTTACATTTTATCCCAAAATTAATTTACATACAAGGTAACCTCGCT
TCGTATT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1DK86JQ 621 0 0
AGCTAACTCCATTCAAGGCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTTGTGTACACCCCGTGGTC
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GGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTTAACAGGTTGAACAAAAC
AAAGGTTGAGAGAACCCC*TGATCTGAGAGCCGAGAGAGAAGCAGTGAACGCTGCAGAAA
GAGCTGAGAGGAAGCAGCATCTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGAAGAGATAGAGAGGCTGG
AGAAGGAGAGGCAAGCAGAGATGAGGAGCTACAA*GGGACTGATGGTAACTGATAAAATG
ACATCCAACAAAGACATTGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCAAGAACTCGAAGACGATTTC
ATGTAAAACTCTGATTTGGTTCTTAAAGACTCTTTCGTCCCATTGAAATGTTTCAGAGGA
TTGAGTCTTTGAGTTGTGAGGAAAAAAAAACAGAGAGCATTTACTCAGGTGATGCCATTG
ATTTGTTGCGATCATGGTTTACTCTACCTTGCTGTGTTTGTTGAAAATCATTTTACCACT
CTTATATTTTTATCCTTTT
AC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1FG43JQ 743 0 0
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CCAAGGTCTTGATAACATTAACGAAGGTGTTCTGGAGGACTGTGCTCAGCTTGTGAAAGC
TAACTCCATTCAAGGCAACAAGGTGAACAACGTCGATGTTGTGTACACCCCGTGGTCCAA
CTTGAAGAAAACCGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGGT
CCGGACTATCAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTTAACAGGTTGAACAAAACAAA
GGTTGAGAGAACCCC*TGATTTGAGAGCCGAGAGAGAAGCAGTGAACGCTGCAGAAAGAG
CTGAGAGGAAGCAGCATCTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGAAGAGATAGAGAGGCTGGAGA
AGGAGAGGCAAGCAGAGATGAGGAGTTACAA*GGGACTGATGGTAACTGATAAAATGACA
TCCAACAAAGACATTGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCAAGAACTCGAAGACGATTTCATG
TAAAACTTTGATTTGGTTTTTAAAGACTCTTTCGTCCCATTGAAATGTTTCAGAGGATTG
AGTCTTTGAGTTGTGAGGAAAAAAAAACAGAGAGCATTTACTCAGGTGATGCCATTGATT
TGTTGCGATCATGGTTTACTCTACCTTGCTGTGTTTGTTGAAAATCATTTTACCACTCTT
ATATTTTTATCCTTTT
ACATTTT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1H604JQ 575 0 0
TGTACACCCCGTGGTCCAACTTGAAGAAAACCGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTT
TCCACAATTCAAAGATGGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAACGAGTCAATGATATTGTTA
ACAGGTTGAACAAAACAAAGGTTGAGAGAACCCC*TGATTTGAGAGCCGAGAGAGAAGCA
GTGAACGCTGCAGAAAGAGCTGAGAGGAGGCAGCATTTCAGGGAGAAGAAGAAACGTGAA
GAGATAGAGAGGCTGGAGAAGGAGAGGCAAGCAGAGATGAGGAGTTACAA*GGGACTGAT
GGTAACTGATAAAATGACATCCAACAAAGACATTGCTTCAAGCAACAAATCGCTTCAAGA
ACTCGAAGACGATTTCATGTAAAACTTTGATTTGGTTTTTAAAGACTCTTTCGTCCCATT
GAAATGTTTCAGAGGATTGAGTTTTTGAGTTGTGAGGAAAAAAAAACAGAGAGCATTTAC
TCAGGTGATGCC**TGATTTGTTGCGATCATGGTTTACTTTACCTTGCTGTGTTTGTTGA
AAATCATTTTACCACTTTTATATTTTTATCCTTTT

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 12

CO CL172Contig1 1531 12 20 U
GGCTGCCTCAAGCAAATAGAGCTTATCACACCAAACTTCTCTCATCAATCTAAAGAGAGT
AAAGCAGAGATCCTCTATACATAAACATAGATACATAATTGTTTTATATAACTACAGATA
TAGTATCTATATAGAGAAGTAACAAATAATCAACAAACAAAGATGAAAGGTGGAGGAAGC
AATTGTGGGAGCTTGGAGAAAATTAAACCGATATTAGCGATAATATCATTGCAATTTGGG
TATGCAGGCATGTACATCATTACCATGGTGTCTTTCAAGCATGGCATGGACCATTGGGTC
CTAGCCACATACCGTCATATCGTCGCCACGTTGGTCATGGCTCCCTTTGCTCTGGTTTTT
GAGAGGAAAATTAGGCCGAAGATGACACTACCAATATTCTATAGGCTTCTTGCTCTTGGA
ATACTAGAGCCCCTCATGGACCAGAACTTCTACTACATAGGATTAAAGTCCACGTCGGCA
TCGTACACTTCTGCCTTTACGAATGCACTTCCCGCAGTCACCTTCATTCTCGCCCTCATT
TTCAGGCTTGAGACAGTGAACTTTAGAAAGATACATAGTGTTGCAAAAGTGGTAGGAACG
GTAATAACGTTGGCAGGAGCAATGGTGATGACTTTGTACAAAGGTCCAGCCATCGAGATC
GTGAAAGCTGCACATTCTTCCTTCCACGGTGGCTCCAACACGGCCACCGGCCAGCACTGG
GTCACCGGAACTTTAGCCATCATGGGAAGTATCTCCACTTGGGCTGCTTTCTTTATTTTA
CAGTCGTTCACATTAAAAATTTATCCGGCTGAGTTATCCCTCGTGACGTTGATATGTGGG
ATTGGATCGATCCTAAACTTCGGCGTTTCGATGATATTTGTCCGCGACTTGAGCGCCTGG
AAAATCGGCATGGACTCTGGCACACTGGCCGCAGTTTACTCTGGAGTGGTTTGTTCGGGC
ATTGCTTATTACATACAAAGCATTGTGATTAAGCAACGTGGCCCCGTGTTTACGACGTCG
TTTAGTCCTATGTGTATGGTCATTACAGCTTTCCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAGAAA
ATCCACCTCGGAAGTATAATCGGGGCAATTTTCATCGTCATTGGACTATATAGTGTAGTA
TGGGGAAAAAGTAAAGACGTGGTGAATCCATTGGATGAGAAAATTGTTGTAGCTCAAGAG
CTTCCGATCACTAACTCAGTCAAACAAACGAACGGTCATGATGCCTCGGGAGCACAAGTT
AATGGCGTGGCTACAAGTATCTAATCAGTCCCGAAGAAAAAGAAAGATACAGAGACAAAG
ATGCATCTCCTTTGGGGTTGAAATTTTGATATCTTTCTTGTTGTTTTTGTGTTTTCTTCT
TTGTGTCTTTTTACGTTCTCTAATATTGCCCTACTCTTAAATCTTAGCATCTTTACTTAT
CTGTGTTTTTTCTGTTTCTACTTTCGTATATTTTGAAATTCCAAGGCAAATGATGAATGG
GTCATTTGATAAATATTTGAGCCTAGTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G111TF U 3
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AF RR1H843TF U 1
AF RR1G759TF U 3
AF RR1FF16TF U 371
AF RR1B390TF U 450
AF RR1G111JQ C 944
AF RR1G759JQ C 908
AF RR1DY96JQ C 730
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AF RR1FF16JQ C 692
AF RR1B390JQ C 732
BS 1 185 RR1H843TF
BS 186 187 RR1G111TF
BS 188 231 RR1H843TF
BS 232 232 RR1G111TF
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BS 676 697 RR1G759TF
BS 698 930 RR1FF16TF
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AGCTTGGAGAAAATTAAACCGATATTAGCGATAATATCATTGCAATTTGGGTATGCAGGC
ATGTACATCATTACCATGGTGTCTTTCAAGCATGGCATGGACCATTGGGTCCTAGCCACA
TACCGTCATATCGTCGCCATGTTGGTCATGGCTCCCTTTGCTCTGGTTTTTGAGAGGAAA
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CCCCTCATGGACCAGAACTTCTACTACATAGGATTAAAGTCCACGTCGGCATCGTACACT
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DS 

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GG
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ATCCTCTATACATAAACATAGATACATAATTGTTTTATATAACTACAGATATAGTATCTA
TATAGAGAAGTAACAAATAATCAACAAACAAAGATGAAAGGTGGAGGAAGCAATTGTGGG
AGCTTGGAGAAAATTAAACCGATATTAGCGATAATATCATTGCAATTTGGGTATGCAGGC
ATGTACATCATTACCATGGTGTCTTTCAAGCATGGCATGGACCATTGGGTCCTAGCCACA
TACCGTCATATCGTCGCCACGTTGGTCATGGCTCCCTTTGCTCTGGTTTTTGAGAGGAAA
ATTAGGCCGAAGATGACACTACCAATATTCTATAGGCTTCTTGCTCTTGGAATACTAGAG
CCCCTCATGGACCAGAACTTCTACTACATAGGATTAAAGTCCACGTCGGCATCGTACACT
TCTGCCTTTACGAATGCACTTCCCGCAGTCACCTTCATTCTCGCCCTCATTTTCAGGTTT
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TTGGCAG*AGCAATGGTGATGACTTTGT

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DS 

RD RR1H843TF 675 0 0
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AATTG**GGAGCTTGGAGAAAATTAAACCGATATTAGCGATAATATCATTGTAATTTGGG
TATGCAGGCATGTACATCATTACCATGGTGTCTTTCAAGCATGGCATGGACCATTGGGTC
CTAGCCACATACCGTCATATCGTCGCCACGTTGGTCATGGCTCCCTTTGCTCTGGTTTTT
GAGAGGAAAATTAGGCCGAAGATGACACTACCAATATTCTATAGGCTTCTTGCTCTTGGA
ATACTAGAGCCCCTCATGGACCAGAACTTCTACTACATAGGATTAAAGTCCACGTCGGCA
TCGTACACTTCTGCCTTTACGAATGCACTTCCCGCAGTCACCTTCATTCTCGCCCTCATT
TTCAGGCTTGAGACAGTGAACTTTAGAAAGATACATAGTGTTGCAAAAGTGGTAGGAACG
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GTGAAAGCTGCACAT

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DS 

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GGGCCTC
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TATAGAGAAGTAACAAATAATCAACAAACAAAGATGAAAGGTGGAGGAAGCAATTGTGGG
AGCTTGGAGAAAATTAAACCGATATTAGCGATAATATCATTGCAATTTGGGTATGCAGGC
ATGTACATCATTACCATGGTGTCTTTCAAGCATGGCATGGACCATTGGGTCCTAGCCACA
TACCGTCATATCGTCGCCATGTTGGTCATGGCTCCCTTTGCTCTGGTTTTTGAGAGGAAA
ATTAGGCCGAAGATGACACTACCAATATTCTATAGGCTTCTTGCTCTTGGAATACTAGAG
CCCCTCATGGACCAGAACTTCTACTACATAGGATTAAAGTCCACGTCGGCATCGTACACT
TCTGCCTTTACGAATGCACTTCCCGCAGTCACCTTCATTCTCGCCCTCATTTTCAGGCTT
GAGACAGTGAACTTTAGAAAGATACATAGTGTTGCAAAAGTGGTAGAAACGGTAATAACG
TTGGCAG*AGCAATGGTGATGACTTTGTACAAAG*TCCAGCCATCGAGATCGTGAAAGCT
GCACATTCTTCCTTCCACGGTGGCTCCA
C

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DS 

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G
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TGCCTTTACGAATGCACTTCCCGCAGTCACCTTCATTCTCGCCCTCATTTTCAGGCTTGA
GACAGTGAACTTTAGAAAGATACATAGTGTTGCAAAAGTGGTAGGAACGGTAATAACGTT
GGCAGGAGCAATGGTGATGACTTTGTACAAAGGTCCAGCCATCGAGATCGTGAAAGCTGC
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ATTAAAAATTTATCCGGCTGAGTTATCCCTCGTGACGTTGATATGTGGGATTGGATCGAT
CCTAAACTTCGGCGTTTCGATGATATTTGTCCGCGACTTGAGCGCCTGGAAAATCGGCAT
GGACTCTGGCACACTGGCCACAGTTTACTCTGGAGTGGTTTGTTCGGGCATTGCTTATTA
CATACAAAGCATTGTGATTAAGCAACGTGGCCCCGTGTTTACGACGTCGTTTAGTCCTAT
GTGTATGGTCATTACAGCTTTCCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAGAAA*TCCACCTCGG
AAGTATAATCGGGGCAATTTTCATCGTCAT*GGACTATATAGTGTAGTATGGGGAAAAA

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DS 

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GG
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CTTTGTACAAAGGTCCAGCCATCGAGATCGTGAAAGCTGCACATTCTTCCTTCCACGGTG
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AGTTATCCCTCATGACGTTGATATGTGGGATTGGATCGATCCTAAACTTCGGCGTTTCGA
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CAGTTTGCTCTGGAGTGGTTTGTTCGGGCATTGCTTATTACATACAAATCATTGTGATTA
AGCAACGTGGCCCCGTGTTTACGACGTCGTTTAGTCCTATGTGTATGGTCATTACAGCTT
TCCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAGAAAATCCACCTCGGAAGTATAATCGGGGCAATTT
TCATCGTCATTGGACTATATAGTGTAGTATGGGGAAAAAGTAAAGACGTGGTGAATCCAT
TGGATGAGAAAATTGTTGTAGCTCAAGAGCTTCCGATCACTAACTCAGTCAAACAAACGA
ACGGCCATGATGCCTCGGGAGCACA
GTTAATG

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DS 

RD RR1G111JQ 495 0 0
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CCGTGTTTACGACGTCGTTTAGTCCTATGTGTATGGTCATTACAGCTTTCCTCGGTGCCC
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GACTATATAGTGTAGTATGGGGAAAAAGTAAAGACGTGGTGAATCCATTGGATGAGAAAA
TTGTTGTAGCTCAAGAGCTTCCGATCACTAACTCAGTCAAACAAACGAACGGTCATGATG
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AAGATACAGAGACAAAGATGCATCTCCTTTGGGGTTGAAATTTTGATATCTTTCTTGTTG
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TTAGCATCTTTAC
CC

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DS 

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CTATGTGTATGGTCATTACAGCTTTCCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAGAAAATCCACC
TCGGAAGTATAATCGGGGCAATTTTCATCGTCATTGGACTATATAGTGTAGTATGGGGAA
AAAGTAAAGACGTGGTGAATCCATTGGATGAGAAAATTGTTGTAGCTCAAGAGCTTCCGA
TCACTAACTCAGTCAAACAAACGAACGGTCATGATGCCTCGGGAGCACAAGTTAATGGCG
TGGCTACAAGTATCTAATCAGTCCCGAAGAAAAAGAAAGATACAGAGACAAAGATGCATC
TCCTTTGGGGTTGAAATTTTGATATCTTTCTTGTTGTTTTTGTGTTTTCTTCTTTGTGTC
TTTTTACGTTCTCTAATATTGCCCTACTCTTAAATCTTAGCATCTTTAC
CC

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DS 

RD RR1DY96JQ 699 0 0
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ATCCTAAACTTCGGCGTTTCGATGATATTTGTCCGCGACTTGAGCGCCTGGAAAATCGGC
ATGGACTCTGGCACACTGGCCGCAGTTTACTCTGGAGTGGTTTGTTCGGGCATTGCTTAT
TACATACAAAGCATTGTGATTAAGCAACGTGGCCCCGTGTTTACGACGTCGTTTAGTCCT
ATGTGTATGGTCATTACAGCTTTCCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAGAAAATCCACCTC
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AGTAAAGACGTGGTGAATCCATTGGATGAGAAAATTGTTGTAGCTCAAGAGCTTCCGATC
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GCTACAAGTATCTAATCAGTCCCGAAGAAAAAGAAAGATACAGAGACAAAGATGCATCTC
CTTTGGGGTTGAAATTTTGATATCTTTCTTGTTGTTTTTGTGTTTTCTTCTTTGTGTCTT
TTTACGTTCTCTAATATTGCCCTACTCTTAAATCTTAGC

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DS 

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AGTTTACTCTGGAGTGGTTTGTTCGGGCATTGCTTATTACATACAAAGCATTGTGATTAA
GCAACGTGGCCCCGTGTTTACGACGTCGTTTAGTCCTATGTGTATGGTCATTACAGCTTT
CCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAGAAAATCCACCTCGGAAGTATAATCGGGGCAATTTT
CATCGTCATTGGACTATGTAGTGTAGTATGGGGAAAAAGTAAAGACGTGGTGAATCCATT
GGATGAGAAAATTGTTGTAGCTCAAGAGCTTCCGATCACTATCTCAGTCAAACAAACGAA
CGGTCATGATGCCTCGGGAGCACAAGTTAATGGCGTGGCTACAAGTATCTAATCAGTCCC
GAAGAAAAAGAAAGATACAGAGACAAAGATGCATCTCCTTTGGGGTTGAAATTTTGATAT
CTTTCTTGTTGTTTTTGTGTTTTCTTCTTTGTGTCTTTTTACGTTCTCTAATATTGCCCT
ACTC
C

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DS 

RD RR1FF16JQ 817 0 0
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AGTTATCCCTCGTGACGTTGATATGTGGGATTGGATCGATCCTAAACTTCGGCGTTTCGA
TGATATTTGTCCGCGACTTGAGCGCCTGGAAAATCGGCATGGACTCTGGCACACTGGCCA
CAGTTTACTCTGGAGTGGTTTGTTCGGGCATTGCTTATTACATACAAAGCATTGTGATTA
AGCAACGTGGCCCCGTGTTTACGACGTCGTTTAGTCCTATGTGTATGGTCATTACAGCTT
TCCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAGAAAATCCACCTCGGAAGTATAATCGGGGCAATTT
TCATCGTCATTGGACTATATAGTGTAGTATGGGGAAAAAGTAAAGACGTGGTGAATCCAT
TGGATGAGAAAATTGTTGTAGCTCAAGAGCTTCCGATCACTAACTCAGTCAAACAAACGA
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CGAAGAAAAAGAAAGATACAGAGACAAAGATGCATCTCCTTTGGGGTTGAAATTTTGATA
TCTTTCTTGTTGTTTTTGTGTTTTCTTCTTTGTGTCTTTTTACGTTCTCTAATATTGCCC
TACTCTTAAATCTTAGCATCTTTACTTATCTGTGTTTTTTCTGTTTCTACTTTCGTATAT
TTTGAAATTCCAAGGCAAATGATGAATGGGTCATTTG

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DS 

RD RR1B390JQ 800 0 0
TTTAGCCATCATGGGAAGTATCTCCACTTGGGCTGCTTTCTTTATTTTACAGTCGTTCAC
ATTAAAAATTTATCCGGCTGAGTTATCCCTCATGACGTTGATATGTGGGATTGGATCGAT
CCTAAACTTCGGCGTTTCGATGATATTTGTCCGCGACTTGAGCGCCTGGAAAATCGGCAT
GGACTCTGGCACACTGGCCGCAGTTTGCTCTGGAGTGGTTTGTTCGGGCATTGCTTATTA
CATACAAATCATTGTGATTAAGCAACGTGGCCCCGTGTTTACGACGTCGTTTAGTCCTAT
GTGTATGGTCATTACAGCTTTCCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAGAAAATCCACCTCGA
AAGTATAATCGGGGCAATTTTCATCGTCATTGGACTATATAGTGTAGTATGGGGAAAAAG
TAAAGACGTGGTGAATCCATTGGATGAGAAAATTGTTGTAGCTCAAGAGCTTCCGATCAC
TAACTCAGTCAAACAAACGAACGGCCATGATGCCTCGGGAGCACAAGTTAATGGCGTGGC
TACAAGTATCTAATCAGTCCCGAAGAAAAAGAAAGATACAGAGACAAAGATGCATCTCCT
TTGGGGTTGAAATTTTGATATCTTTCTTGTTGTTTTTGTGTTTTCTTCTTTGTGTCTTTT
TACGTTCTCTAATATTGCCCTACTCTTAAATCTTAGCATCTTTACTTATCTGTGTTTTTT
CTGTTTCTACTTTCGTATATTTTGAAATTCCAAGGCAAATGATGAATGGGTCATTTGATA
AATATTTGAGCCTAGTTTAC

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 12

CO CL173Contig1 1417 12 18 U
GATAAAACCATATAATAAAACTAAAATGAGAGATGTTTAACATGTTTTGCAACATTATAA
TATAATTACGGAAATGTAAAGAATTTCTACATTTTTAGAAAGTTAACAAACACAAACACA
AAGACGTTTTAAAAATGCAACTGTCTACACCTTGAGATGTCAACATCGGTGGGACAATAA
GGACACTTGAAAGAAGACCTAGCACCATTCTTGGACATCTTGTTGATAGTCTGCTTACAC
AGCACGTGACCACAAGACATCATCATCGGAGGATTCTCATCGCTCGCCTGTTCCTTGGAG
ACAGGACACACAAACACCGAGCGGAACTGAAACTCCTCAGACAGCTCAACAGCCACAGGA
AGCTGCTCCACGCTCTGCCAATCGAGCTTCTTGCTCGCCGCCACCATCACGTTCATGTAC
TTCAACAGCACAGGCAAAGCCTGCGTCCCCGCAGCTAGCGTTGTACTCAACGCGCTTTCA
GATGATTCCCTGAGGAGGTTGCAGTACTGTCTCGTCAACTCTCTCACCGCATCGTTCCAT
CGAGAAGGAGCGAGGAGATCCGAGTAGGGAGAGTGTTCGAGGTTTCTGCTCCATAAGAGA
GAGCAAATGAGCTTCTGGATCTCGTAAAGGGAGCTATCTGCGAATCCCGCCATGTGTTTT
CTCGCGTAGTTGATCGCTTCTTGTGAGGTTTGGTCTCTGGCTATCTCCAAGAAACGTAAG
CTGTGAAGCTTCATCTCTAAATCGGACCGTGCTTGCTTTAGCTTCTCCGAGTTCGAGGTC
GCCCAGTTGAGAGCTGGTCCGAGCTCTCTCCTCTTCTCCATAGCTTCCAGTATCCGATGC
ATTTCGACGAAAGAACGTCTTGTGGAACACTCGGATTTGTCGCCAGTCTCGACGAGGAAG
GAGTCGCCGATGTCGAACATCCCTTGGCGGTAGAAGAAGTTGGCTATTATCTGGTTCACG
ACGTGTGTGTCGAACTCGACGCTGTGTCTGTAAGCCTTTGATATGTCGGAGCTGAGGTGC
TTCTCGAGGACTTTAGGGTACTTGGTGAGAGCCAGGTTGAGTTCTTTCTCGGTAACTTCG
AGTTGAGGGACTGGAGAGTTCTCTTGTAAAGTTTTCTTCAGAGAAGCAAGGATGGGTCTG
TGATCGAACTGTTCCTGTAATAAGATCAACGCCTTGTCGAGTTCTTGAGAAAGCATCTGA
ATGATCTCGTGTGTTTTGGTGTATGAGAGTTTCTGCTTGTTCGAAACGCGATCAAACGCA
TCCTTAATGCTCTTTAACTCCATTAACAAGTGATAATAGAGTGTGCCTGATGGACGAGAG
GTTGAAGATGAAGTAGAACCGCCTTCCTTCGCTTGTCGCCGGACGAAACCAGATTTCGTT
ATTTTCTTTTTTTTTATTTGGTTTTATTTTCTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 20 20 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 25 40 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI95JQ U 1
AF RR1DY34JQ U 56
AF RR1FG68JQ U 14
AF RR1AX87JQ U 44
AF RR1BT90JQ U 49
AF RR1AF13JQ U 14
AF RR1CI95TF C 299
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AF RR1AF13TF C 565
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BS 133 354 RR1CI95JQ
BS 355 356 RR1AF13JQ
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BS 369 475 RR1CI95JQ
BS 476 588 RR1AF13JQ
BS 589 589 RR1AX87JQ
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BS 808 1016 RR1AX87TF
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BS 1019 1093 RR1AX87TF
BS 1094 1208 RR1AF13TF
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RD RR1CI95JQ 478 0 0
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AAGACGTTTTAGAAATGCAACTGTCTACACCTTGAGATGTCAACATCGGTGGGACAATAA
GGACACTTGAAAGAAGACCTAGCACCATTCTTGGACATCTTGTTGATAGTCTGCTTACAC
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TTCAACAGCACAGGCAAAGCCTGCGTCCCCGCAGCTAGCGTTGTACTCAACGCGC
CTT

QA 1 475 1 475
DS 

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ACACAAAGACGTTTTAGAAATGCAACTGTCTACACCTTGAGATGTCCACATCGGTGGGAC
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TACCCAGCACGTGACCACAAGACATCATCATCGGAGGATTCTCATCGCTCGCCTGTTCCT
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TCCATCGAGAAGGAGCGAGGAGA

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DS 

RD RR1FG68JQ 542 0 0
A
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ATGCAACTGTCTACACCTTGAGATGTCAACATCGGTGGGACAATAAGGACACTTGAAAGA
AGACCTAGCACCATTCTTGGACATCTTGTTGATAGTCTGCTTACACAGCACGTGACCACA
AGACATCATCATCGGAGGATTCTCATCGCTCGCCTGTTCCTTGGAGACAGGACACACAAA
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CAAAGCCTGCGTCCCCGCAGCTAGCGTTGTACTCAACGCGCTTTCAGATGATTCCCTGAG
GAGGTTGCAGTACTGTCTCGTCAACTCTCTCACCGCATCGTTCCATCGAGAAGGAGCGAG
G

QA 2 542 2 542
DS 

RD RR1AX87JQ 551 0 0
GTTTTGCAACATTATAATATAATTACGGAAATGTAAAGAATTTCTACATTTTTAGAAAGT
TAACAAACACAAACACAAAGACGTTTTAAAAATGCAACTGTCTACACCTTGAGATGTCAA
CATCGGTGGGACAATAAGGACACTTGAAAGAAGACCTAGCACCATTCTTGGACATCTTGT
TGATAGTCTGCTTACACAGCACGTGACCACAAGACATCATCATCGGAGGATTCTCATCGC
TCGCCTGTTCCTTGGAGACAGGACACACAAACACCGAGCGGAACTGAAACTCCTCAAACA
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CCATCACGTTCATGTACTTCAACAGCACAGGCAAAGCCTGCGTCCCCGCAGCTAGCGTTG
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TCACCGCATCGTTCCATCGAGAAGGAGCGAGGAGATCCGAGTAGGGAGAGTGTTCAAGGT
TTCTGCTCCAT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1BT90JQ 725 0 0
GCAACATTATAATATAATTACGGAAATGTAAAGAATTTCTACATTTTTAGAAAGTTAACA
AACACAAACACAAAGACGTTTTAAAAATGCAACTGTCTACACCTTGAGATGTCAACATCG
GTGGGACAATAAGGACACTTGAAAGAAGACCTAGCACCATTCTTGGACATCTTGTTGATA
GTCTGCTTACACAGCACGTGACCACAAGACATCATCATCGGAGGATTCTCATCGCTCGCC
TGTTCCTTGGAGACAGGACACACAAACACCGAGCGGAACTGAAACTCCTCAGACAGCTCA
ACAAC*ACAGGAAGCTGCTCCACGCTCTGCCAATCGAGCTTCTTGCTCGCCGCCACCATC
ACGTTCATGTACTTCAACAGCACAGGCAAAGCCTGCGTCCCCGCAGCTAGCGTTGTACTC
AACGCGCTTTCAGATGATTCCCTGAGGAGGTTGCAGTACTGTCTCGTCAACTCTCTCACC
GCATCGTTCCATCGAGAAGGAGCGAGGAAATCCGAGTAGGGAGAGTGTTCGAGGTTTCTG
CTCCATAAGAGAGAGCAAATGAGCTTCTGGATCTCGTAAAGGGAGCTATCTGCGAATCCC
GCCATGTGTTTTCTCGCGTAGTTGATCGCTTCTTGTGAGGTTTGGTCTCTGGCTATCTCC
AAGAAACGTAAGCTGTGAAGCTTCATCTCTAAATCGGACCGTGCTTGCTTTAGCTTCTCC
GAGTT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1AF13JQ 794 0 0
A
ATAAAACTAAAATGAGAGATGTTTAACATGTTTTGCAACATTATAATATAATTACGGAAA
TGTAAAGAATTTCTACATTTTTAGAAAGTTAACAAACACAAACACAAAGACGTTTTAGAA
ATGCAACTGTCTACACCTTGAGATGTCAACATCGGTGGGACAATAAGGACACTTGAAAGA
AGACCTAGCACCATTCTTGGACATCTTGTTGATAGTCTGCTTACACAGCACGTGACCACA
AGACATCATCATCGGAGGATTCTCATCGCTCGCCTGTTCCTTGGAGACAGGACACACAAA
CACCGAGCGGAACTGAAACTCCTCAGACAGCTCAACAGCCACAGGAAGCTGCTCCACGCT
CTGCCAATCGAGCTTCTTGCTCGCCGCCACCATCACGTTCATGTACTTCAACAGCACAGG
CAAAGCCTGCGTCCCCGCAGCTAGCGTTGTACTCAACGCGCTTTCAGATGATTCCCTGAG
GAGGTTGCAGTACTGTCTCGTCAACTCTCTCACCGCATCGTTCCATCGAGAAGGAGCGAG
GAGATCCGAGTAGGGAGAGTGTTCGAGGTTTCTGTTCCATAAGAGAGAGCAAATGAGCTT
CTGGATCTCGTAAAGGGAGCTATCTGCGAATCCCGCCATGTGTTTTCTCGCGTAGTTGAT
CGCTTCTTGTGAGGTTTGGTCTCTGGCTATCTCCAAGAAACGTAAGCTGTGAAGCTTCAT
CTCTAAATCGGACCGTGCTTGCTTTAGCTTCTCCGAGTTCGAGGTCGCCCAGTTGAGAGC
TGGTCCGAGCTCT

QA 2 794 2 794
DS 

RD RR1CI95TF 747 0 0
AGACAGGACACACAAACACCGAGCG*AACTGAAACTC*TCAGACAGCTCAACAGCC**AG
GAAGCTGCTACACGCTCTGCCAATCGAGCTTCTTGCTCGCCGCCACCATCACGTTCATGT
ACTTCAACAGCACAGGCAAAGCCTGCGTCCCCGCAGCTAGCGTTGTACTCAACGCGCTTT
CAGATGATTCCCTGAGGAGGTTGCAGTACTGTCTCGTCAACTCTCTCACCGCATCGTTCC
ATCGAGAAGGAGCGAGGAGATCCGAGTAGGGAGAGTGTTCGAGGTTTCTGCTCCATAAGA
GAGAGCAAATGAGCTTCTGGATCTCGTAAAGGGAGCTATCTGCGAATCCCGCCATGTGTT
TTCTCGCGTAGTTGATCGCTTCTTGTGAGGTTTGGTCTCTGGCTATCTCCAAGAAACGTA
AGCTGTGAAGCTTCATCTCTAAATCGGACCGTGCTTGCTTTAGCTTCTCCGAGTTCGAGG
TCGCCCAGTTGAGAGCTGGTCCGAGCTCTCTCCTCTTCTCCATAGCTTCCAGTATCCGAT
GCATTTCGACGAAAGAACGTCTTGTGGAACACTCGGATTTGTCGCCAGTCTCGACGAGGA
AGGAGTCGCCGATGTCGAACATCCCTTGGCGGTAGAAGAAGTTGGCTATTATCTGGTTCA
CGACGTGTGTGTCGAACTCGACGCTGTGTCTGTAAGCCTTTGATATGTCGGAGCTGAGGT
GCTTCTCGAGGACTTTAGGGTACTTG
C

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1AX87TF 890 0 0
AGCACCATCTGGACATCTG
TGATAGTCTGCTTACACAGCACGTGACCACAAGACATCATCATCGGAGGAT*CTCATCGC
TCGCCTGTTC*TTGGAGACAGGACACACAAACACCGAGCGGAACTGAAACTCCTCAGACA
GCTCAACAGCCACAGGAAGCTGCTCCACGCTCTGCCAATCGAGCTTCTTGCTCGCCGCCA
CCATCACGTTCATGTACTTCAACAGCACAGGCAAAGCCTGCGTCCCCGCAGCTAGCGTTG
TACTCAACGCGCTTTCAGATGATTCCCTGAGGAGGTTGCAGTACTGTCTCGTCAACTCTC
TCACCGCATCGTTCCATCGAGAAGGAGCGAGGAGATCCGAGTAGGGAGAGTGTTCAAGGT
TTCTGCTCCATAAGAGAGAGCAAATGAGCTTCTGGATCTCGTAAAGGGAGCTATCTGCGA
ATCCCGCCATGTGTTTTCTCGCGTAGTTGATCGCTTCTTGTGAGGTTTGGTCTCTGGCTA
TCTCCAAGAAACGTAAGCTGTGAAGCTTCATCTCTAAATCGGACCGTGCTTGCTTTAGCT
TCTCCGAGTTCGAGGTCGCCCAGTTGGGAGCTGGTCCGAGCTCTCTCCTCTTCTCCATAG
CTTCCAGTATCCGATGCATTTCGACGAAAGAACGTCTTGTGGAACACTCGGATTTGTCGC
CAGTCTCGACGAGGAAGGAGTCGCCGATGTCGAACATCCCTTGGCGGTAGAAGAAGTTGG
CTATTATCTGGTTCACGACGTGTGTGTCGAACTCGACGCTGTGTCTGTAAGCCTTTGATA
TGTCGGAGCTGAGA*GCTTCTCGAGGACTTTAGGGTACTTGGTGAGAGCCAGGTTGAGTT
CTTTCTCGGTAACTTCGAGTTGAGGGACTG
C

QA 20 889 20 889
DS 

RD RR1AF13TF 853 0 0
TAGGGAGAGTGTTCGAGGTTTCTGTTCCATAAGAGAGAGCAAATGAGCTTCTGGATCTCG
TAAAGGGAGCTATCTGCGAATCCCGCCATGTGTTTTCTCGCGTAGTTGATCGCTTCTTGT
GAGGTTTGGTCTCTGGCTATCTCCAAGAAACGTAAGCTGTGAAGCTTCATCTCTAAATCG
GACCGTGCTTGCTTTAGCTTCTCCGAGTTCGAGGTCGCCCAGTTGAGAGCTGGTCCGAGC
TCTCTCCTCTTCTCCATAGCTTCCAGTATCCGATGCATTTCGACGAAAGAACGTCTTGTG
GAACACTCGGATTTGTCGCCAGTCTCGACGAGGAAGGAGTCGCCGATGTCGAACATCCCT
TGGCGGTAGAAGAAGTTGGCTATTATCTGGTTCACGACGTGTGTGTCGAACTCGACGCTG
TGTCTGTAAGCCTTTGATATGTCGGAGCTGAGGTGCTTCTCGAGGACTTTAGGGTACTTG
GTGAGAGCCAGGTTGAGTTCTTTCTCGGTAACTTCGAGTTGAGGGACTGGAGAGTTCTCT
TGTAAAGTTTTCTTCAGAGAAGCAAGGATGGGTCTGTGATCGAACTGTTCCTGTAATAAG
ATCAACGCCTTGTCGAGTTCTTGAGAAAGCATCTGAATGATCTCTTGTGTTTTGGTGTAT
GAGAGTTTCTGCTTGTTCGAAACGCGATCAAACGCATCCTTAATGCTCTTTAACTCCATT
AACAAGTGATAATAGAGTGTGCCTGATGGGCGAGAGGTTGAAGATGAAGTAGAACCGCCT
TCCTTCGCTTGTCGCCGGACGAAACCAGATTTCGTTATTTTCTTTTTTTTTATTTGGTTT
TATTTTCTTCTCC

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DS 

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TGTGAAGCTTCATCTCTAAATCGGACCGTGCTTGCTTTAGCTTCTCCGAGTTCGAGGTCG
CCCAGTTGAGAGCTGGTCCGAGCTCTCTCCTCTTCTCCATAGCTTCCAGTATCCGATGCA
TTTCGACGAAAGAACGTCTTGTGGAACACTCGGATTTGTCGCCAGTCTCGACGAGGAAGG
AGTCGCCGATGTCGAACATCCCTTGGCGGTAGAAGAAGTTGGCTATTATCTGGTTCACGA
CGTGTGTGTCGAACTCGACGCTGTGTCTGTAAGCCTTTGATATGTCGGAGCTGAGGTGCT
TCTCGAGGACTTTAGGGTACTTGGTGAGAGCCAGGTTGAGTTCTTTCTCGGTAACTTCGA
GTTGAGGGACTGGAGAGTTCTCTTGTAAAGTTTTCTTCAGAGAAGCAAGGATGGGTCTGT
GATCGAACTGTTCCTGTAATAAGATCAACGCCTTGTCGAGTTCTTGAGAAAGCATCTGAA
TGATCTCGTGTGTTTTGGTGTATGAGAGTTTCTGCTTGTTCGAAACGCGATCAAACGCAT
CCTTAATGCTCTTTAACTCCATTAACAAGTGATAATAGAGTGTGCCTGATGGACGAGAGG
TTGAAGATGAAGTAGAACCGCCTTCCTTCGCTTGTCGCCGGACGAAACCAGATTTCGTTA
TTTTCTTTTTTTT
ATTTCC

QA 1 733 1 733
DS 

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GTTCTTTCTCGGTAACTTCGAGTTGAGGGACTGGAGAGTTCTCTTGTAAAGTTTTCTTCA
GAGAAGCAAGGATGGGTCTGTGATCGAACTGTTCCTGTAATAAGATCAACGCCTTGTCGA
GTTCTTGAGAAAGCATCTGAATGATCTCGTGTGTTTTGGTGTATGAGAGTTTCTGCTTGT
TCGAAACGCGATCAAACGCATCCTTAATGCTCTTTAACTCCATTAACAAGTGATAATAGA
GTGTGCCTGACGGACGAGAGGTTGAAGATGAAGTAGAACCGCCTTCCTTCGCTTGTCGCC
GGACGAAACCAGATTTCGTTATTTTCTTTTTTTT
AT

QA 1 394 1 394
DS 

RD RR1FG68TF 728 0 0
ATCGCTTCTTGTGAGGTTTG*TCTCTGGCTATCTCCAAGAAACGTAAGCTGTGAAGCTTC
ATCTCTAAATCGGACCGTGCTTGCTTTAGCTTCTCCGAGTTCGAGGTCGCCCAGTTGAGA
GCTGGTCCGAGCTCTCTCCTCTTCTCCATAGCTTCCAGTATCCGATGCATTTCGACGAAA
GAACGTCTTGTGGAACACTCGGATTTGTCGCCAGTCTCGACGAGGAAGGAGTCGCCGATG
TCGAACATCCCTTGGCGGTAGAAGAAGTTGGCTATTATCTGGTTCACGACGTGTGTGTCG
AACTCGACGCTGTGTCTGTAAGCCTTTGATATGTCGGAGCTGAGGTGCTTCTCGAGGACT
TTAGGGTACTTGGTGAGAGCCAGGTTGAGTTCTTTCTCGGTAACTTCGAGTTGAGGGACT
GGAGAGTTCTCTTGTAAAGTTTTCTTCAGAGAAGCAAGGATGGGTCTGTGATCGAACTGT
TCCTGTAATAAGATCAACGCCTTGTCGAGTTCTTGAGAAAGCATCTGAATGATCTCGTGT
GTTTTGGTGTATGAGAGTTTCTGCTTGTTCGAAACGCGATCAAACGCATCCTTAATGCTC
TTTAACTCCATTAACAAGTGGTAATAGAGTGTGCCTGATGGACGAGAGGTTGAAGATGAA
GTAGAACCGCCTTCCTTCGCTTGTCGCCGGACGAAACCAGATTTCGTTATTTTCTTTTTT
TT
ATTTCC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 2 13

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ACGCAGGTTGTGGCAGGAACGATGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGTGAGAAG
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GCCTTCAACCACCTTCACGATGTTTAGTTTTCATACCTCAGCTTTGAACACATCACGTGA
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TGTCTTTGATTTGATGGGTGTGTGTAATGGAACCCGTGTTATTATTATCTATGACTTTCG
TTTGTGTATTATTGCAAGTTTGCAAACTTTCACTTTATATCTTATCTTGTCATGATTC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B807JQ C 1
AF RR1C229JQ C 1
AF RR1C229TF U 1
AF RR1B807TF U 1
BS 1 141 RR1C229TF
BS 142 142 RR1B807TF
BS 143 234 RR1C229TF
BS 235 235 RR1B807TF
BS 236 453 RR1C229TF
BS 454 454 RR1B807TF
BS 455 490 RR1C229TF
BS 491 538 RR1B807TF

RD RR1B807JQ 538 0 0
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QA 1 538 1 538
DS 

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QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1C229TF 490 0 0
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ACGCAGGTTGTGGCAGGAACGATGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGT*AGAAG
AAGAAGGTCTACGAGGCCAAGGTTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAAGAAGTAGGAG
GCCTTCAACCACCTTCACGATGTTTAGTTTTCATACCTCAGCTTTGAACACATCACGTGA
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TTTGTGTATT

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1B807TF 538 0 0
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CGCGATGTCGATCCAAATGCAAACGATCTTCAAGTCGAGAGTCTCGCTCGTTTCGCTGTC
GATGAGCACAACAAGAAGGAGAACGTGAGCCTGGAGTACAGGAGGCTCATCGGTGCGAAA
ACGCAGGTTGTGGCAGGAACGATGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGTGAGAAG
AAGAAGGTCTACGAGGCCAAGGTTTTGGAGAGGGCCTGGGAGAATCTCAAGAAGTTGGAG
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TTTGTGTATTATTGCAAGTTTGCAAACTTTCACTTTATATCTTATCTTGTCATGATTC

QA 1 538 1 538
DS 



CO CL174Contig2 557 9 7 U
GGGGACTTATCTACGAAGCAAATAAGCGATAATGGCGGATCAACAAGGAGGAACAGTTTT
GGGAGGAGTTCGCGATGTCGATCCAAATGCAAACGATCTTCAAGTGGAGAGTCTAGCTCG
TTTCGCTGTGGATGAGCACAACAAGAAGGAGAACGTGAGTCTGGAGTACAAGAGGCTCAT
CGGTGCGAAAACGCAGGTTGTGGCAGGAACGATGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGA
TGGTGAAAAGAAGAAGGTCTACGAGGCCAAGGTTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAA
GAAGTTGGAGTCCTTCAACCACCTTCACGATGTTTAGTTTTCATACCTGAGATTGTCTAT
TAAACACATCGCATTCTACGTGATAATTAAGAGTCCCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCG
TTAAAATAATAAGTGAATGCGAAATTCTACTCCATGTGTTTGATTTGATGGGTAATGTGT
AATGGAACTAGTATGGTGTTTATCTATTATGACTTTCGTTCTATGTATTTATTGCAAGTT
GCAAACTTTTTTACTTT


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FU03TF U 33
AF RR1FQ57TF U 1
AF RR1BH57TF U 2
AF RR1F619TF U 22
AF RR1FU03JQ C 33
AF RR1F056JQ C 2
AF RR1F056TF U 2
AF RR1GY32JQ C 33
AF RR1GY32TF U 33
BS 1 70 RR1FQ57TF
BS 71 71 RR1BH57TF
BS 72 210 RR1FQ57TF
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RD RR1FU03TF 229 0 0
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ACGATCTTCAAGTGGAGAGTCTAGCTCGTTTCGCTGTGGATGAGCACAACAAGAAGGAGA
ACGTGAGTCTGGAGTACAAGAGGCTCATCGGTGCGAAAACGCAGGTAGTGGCAGGAACGA
TGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGTGAAAAGAAGAAGGTCTA

QA 1 229 1 229
DS 

RD RR1FQ57TF 521 0 0
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GGGAGGAGTTAGCGATGTCGATCCAAATGCAAACGATCTTCAAGTGGAGAGTCTAGCTCG
TTTCGCTGTGGATGAGCACAACAAGAAGGAGAACGTGAGTCTGGAGTACAAGAGGCTCAT
CGGTGCGAAAACGCAGGTTGTGGCAGGAACAATGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGA
TGGTGAAAAGAAGAAGGTCTACGAGGCCAAGGTTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAA
GAAGTTGGAGTCCTTCAACCACCTTCACGATGTTTAGTTTTCATACCTGAGATTGTCTAT
TAAACACATCGCATTCTACGTGATAATTAAGAGTCCCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCG
TTAAAATAATAAGTGAATGCGAAATTCTACTCCATGTGTTTGATTTGATGGGTAATGTGT
AATGGAACTAGTATGGTGTTTATCTATTATGACTTTCGTTC

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1BH57TF 520 0 0
GGGACTTATCTACGAAGCAAATAAGCGATAATGGCGGATCAACAAGGAGGAACAGTTTTG
GGAGGAGTTCGCGATGTCGATCCAAATGCAAACGATCTTCAAGTGGAGAGTCTAGCTCGT
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GGTGCGAAAACGCAGGTTGTGGCAGGAACGATGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGAT
GGTGAAAAGAAGAAGGTCTACGAGGCCAAGGTTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAAG
AAGTTGGAGTCCTTCAACCACCTTCACGATGTTTAGTTTTCATACCTGAGATTGTCTATT
AAACACATCGCATTCTACGTGATAATTAAGAGTCCCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCGT
TAAAATAATAAGTGAATGCGAAATTCTACTCCATGTGTTTGATTTGATGGGTAATGTGTA
ATGGAACTAGTATGGTGTTTATCTATTATGACTTTCGTTC

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR1F619TF 482 0 0
GG
AAGCGATAATGGCGGATCAACAAGGAGGAACAGTTTTGGGAGGAGTTCGCGATGTCGATC
CAAATGCAAACGATCTTCAAGTGGAGAGTCTAGCTCGTTTCGCTGTGGATGAGCACAACA
AGAAGGAGAACGTGAGTCTGGAGTACAAGAGGCTCATCGGTGCGAAAACGCAGGTTGTGG
CAGGAACGATGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGTGAAAAGAAGAAGGTCTACG
AGGCCAAGGTTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAAGAAGTTGGAGTCCTCCAACCACC
TTCACGATGTTTAGTTTTCATACCTGAGATTGTCTATTAAACACATCGCATTCTACGTGA
TAATTAAGAGTCCCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCGTTAAAATAATAAGTGAATGCGAA
ATTCTACTCCATGTGTTTGATTTGATGGGTAATGTGTAATGGAACTAGTATGGTGTTTAT

QA 3 482 3 482
DS 

RD RR1FU03JQ 494 0 0
TGGCGGATCAACAAGGAGGAACAGTTTTGGGAGGAGTTCGCGATGTCGATCCAAATGCAA
ACGATCTTCAAGTGGAGAGTCTAGCTCGTTTCGCTGTGGATGAGCACAACAAGAAGGAGA
ACGTGAGTCTGGAGTACAAGAGGCTCATCGGTGCGAAAACGCAGGTAGTGGCAGGAACGA
TGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGTGAAAAGAAGAAGGTCTACGAGGCCAAGG
TTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCCCAAGAAGTTGGAGTCCTTCAACCACCTTCACGATG
TTTAGTTTTCATACCTGAGATTGTCTATTAAACACATCGCATTCTACGTGATAATTAAGA
GTCCCGGTTTAAC*AATGGGTTAACTCGTTAAAATAATAAGTGAATGCGAAATTCTACTC
CATGTGTTTGATTTGATGGGTAATGTGTAATGGAACTAGTATGGTGTTTATCTATTATGA
CTTTCGTTCTATGT

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1F056JQ 541 0 0
GGGACTTATCTACGAAGCAAATAAGCGATAATGGCGGATCAACAAGGAGGAACAGTTTTG
GGAGGAGTTCGCGATGTCGATCCAAATGCAAACGATCTTCAAGTGGAGAGTCTAGCTCGT
TTCGCTGTGGATGAGCACAACAAGAAGGAGAACGTGAGTCTGGAGTACAAGAGGCTCATC
GGTGCGAAAACGCAGGTTGTGGCAGGAACGATGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGAT
GGTGAAAAGAAGAAGGTCTACGAGGCCAAGGTTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAAG
AAGTTGGAGTCCTTCAACCACCTTCACGATGTTTAGTTTTCATACCTGAGATTGTCTATT
AAACACATCGCATTCTACGTGATAATTAAGAGTCCCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCGT
TAAAATAATAAGTGAATGCGAAATTCTACTCCATGTGTTTGATTTGATGGGTAATGTGTA
ATGGAACTAGTATGGTGTTTATCTATTATGACTTTCGTTCTATGTATTTATTGCAAGTTG
C

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1F056TF 540 0 0
GGGACTTATCTACGAAGCAAATAAGCGATAATGGCGGATCAACAAGGAGGAACAGTTTTG
GGAGGAGTTCGCGATGTCGATCCAAATGCAAACGATCTTCAAGTGGAGAGTCTAGCTCGT
TTCGCTGTGGATGAGCACAACAAGAAGGAGAACGTGAGTCTGGAGTACAAGAGGCTCATC
GGTGCGAAAACGCAGGTTGTGGCAGGAACGATGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGAT
GGTGAAAAGAAGAAGGTCTACGAGGCCAAGGTTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAAG
AAGTTGGAGTCCTTCAACCACCTTCACGATGTTTAGTTTTCATACCTGAGATTGTCTATT
AAACACATCGCATTCTACGTGATAATTAAGAGTCCCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCGT
TAAAATAATAAGTGAATGCGAAATTCTACTCCATGTGTTTGATTTGATGGGTAATGTGTA
ATGGAACTAGTATGGTGTTTATCTATTATGACTTTCGTTCTATGTATTTATTGCAAGTTG

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1GY32JQ 525 0 0
TGGCGGATCAACAAGGAGGAACAGTTTTGGGAGGAGTTCGCGATGTCGATCCAAATGCAA
ACGATCTTCAAGTGGAGAGTCTAGCTCGTTTCGCTGTGGATGAGCACAACAAGAAGGAGA
ACGTGAGTTTGGAGTACAAGAGGCTCATCGGTGCGAAAACGCAGGTTGTGGCAGGAACGA
TGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGTGAAAAGAAGAAGGTTTACGAGGCCAAGG
TTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAAGAAGTTGGAGTCCTTCAACCACCTTCACGATG
TTTAGTTTTCATACCTGAGACTGTCTATTAAACACATCGCATTTTACGTGATAATTAAGA
GTCCCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCGTTAAAATAATAAGTGAATGCGAAATTCTACTC
CATGTGTTTGATTTGATGGGTAATGTGTAATGGAACTAGTATGGTGTTTATCTATTATGA
CTTTCGTTCTATGTATTTATTGCAAGTTGCAAACTTTTTTACTTT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1GY32TF 525 0 0
TGGCGGATCAACAAGGAGGAACAGTTTTGGGAGGAGTTCGCGATGTCGATCCAAATGCAA
ACGATCTTCAAGTGGAGAGTCTAGCTCGTTTCGCTGTGGATGAGCACAACAAGAAGGAGA
ACGTGAGTCTGGAGTACAAGAGGCTCATCGGTGCGAAAACGCAGGTTGTGGCAGGAACGA
TGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGTGAAAAGAAGAAGGTCTACGAGGCCAAGG
TTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAAGAAGTTGGAGTCCTTCAACCACCTTCACGATG
TTTAGTTTTCATACCTGAGACTGTCTATTAAACACATCGCATTCTACGTGATAATTAAGA
GTCCCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCGTTAAAATAATAAGTGAATGCGAAATTCTACTC
CATGTGTTTGATTTGATGGGTAATGTGTAATGGAACTAGTATGGTGTTTATCTATTATGA
CTTTCGTTCTATGTATTTATTGCAAGTTGCAAACTTTTTTACTTT

QA 1 525 1 525
DS 



AS 2 11

CO CL175Contig1 887 9 3 U
AAATTATAACGATTTTCTTTATAAAATCACCCAAATTATCTATGTATCTAAATTCATATG
AATACACCCATACTGATTAAGAAGTCATAAACAACTATTATATAGGTCATCTGACCATAC
TCATGACTTCTACTAATACTATAGCTTAAGTAAAGTCAAAACCAATATAAACAAGAACAC
AATATAAAAAATATTTAAAAACAGAATGTCATTATTAAGCCATCGATAGCTTGATAGGAC
ACCTCCATATAGTACCATATTCTTTATTAAGTCTGAGTTATTCCAATTCGAGCCATCGAT
CTCTAGACCGACGAAAGTAACTTATAATGTTTGTGATTTATTTTAAACATCTGGTCAGTC
CAGAGAGACATATCAAAGGGGAATTTCACATCACTTCCACTTCTTGAACTTACCTCCTCC
ATACATCCCATGCCCACGTTTAAACTTGCCTCCGTGATGCTTGAACTTACCATGACCATG
ACCATAACCATAGCCATGACCATGGCCATATCCGTGACCATATGCAGAGTGTCCGTAAGG
ACTGTGAGAGCTATGAGCTATGTGGTGAGCTCCATAGGCTGCTGCAGCACCAGCAATCAT
ACCCCCGATTCCTCCTGCGTGTCCTGAGTGATGAGCAGGATAACCAGCATGAGCAGGTGC
AGGAGGATAACCTCCATAACCATGAGATGGAGGGTAGGCACCAGGTGGTGGAGGATAACC
TTGATGTGGTGGGTATCCAGCTGGTGGATAACCCCCAGTACCGGCCGGGTATCCAGCAGG
TGGATACCCATGAAACCCTCTGTCTTTGTCACCTCCCATGTTTTCTCAGTCAACAAACAA
AACCCGAGACGAATAGCGAGAAATGTTGAAACTGAATTGGAAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 25 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 30 30 10 

AF RR1A091JQ U 181
AF RR1DD38JQ U 21
AF RR1F171JQ U 197
AF RR1AU29JQ U 1
AF RR1E243JQ U 251
AF RR1E243TF C 251
AF RR1AU29TF C 77
AF RR1A091TF C 626
AF RR1DD38TF C 247
BS 1 779 RR1AU29JQ
BS 780 780 RR1E243JQ
BS 781 887 RR1AU29JQ

RD RR1A091JQ 268 0 0
AATATAAAAAATATTTAAAAACAGAATGTCATTATTAAGCCATCGATAGCTTGATAGGAC
ACCTCCTTATAGTACCATATTCTTTATTAAGTCTGATTTATTCCAATTCGAGCCATCGAT
CTCTAGACCGACGAAAGTAACTTATAATGTTTGTGATTTATTTTAAACATCTGGTCAGTC
CAGAGAGACATATCAAAGGGGAATTTCACATCACTTCCACTTCTTGAACTTACCTCCTCC
ATACATCCCATGCCCACGTTTAAACTTG

QA 1 268 1 268
DS 

RD RR1DD38JQ 632 0 0
ATAAAATCACCCAAATTATCTATGTATCTAAATTCATATGAATACACCCATACTGATTAA
GAAGTCATAAACAACTATTATATAGGTCATCTGACCATACTCATGACTTCTACTAATACT
ATAGCTTAAGTAAAGTCAAAACCAATATAAACAAGAACACAATATAAAAAATATTTAAAA
ACAGAATGTCATTATTAAGCCATCGATAGCTTGATAGGACACCTCCATATAGTACCATAT
TCTTTATTAAGTCTGAGTTATTCCAATTCGAGCCATCGATCTCTAGACCGACGAAAGTAA
CTTATAATGTTTGTGGTTTATTTTAAACATCTGGTCAGTCCAGAGAGACATATCAAAGGG
GAATTTCACATCACTTCCACTTCTTGAACTTACCTCCTCCATACATCCCATGCCCACGTT
TAAACTTGCCTCCGTGATGCTTGAACTTACCATGACCATGACCATAACCATAGCCATGAC
CATGGCCATATCCGTGACCATATGCAGAGTGTCCGTAAGGACTGTGAGAGCTATGAGCTA
TGTGGTGAGCTCCATAGGCTGCTGCAGCACCAGAAATCATACCCCTGATTCCTCCTGCGT
GTCCTGAGTGATGAGCAGGATAACCAGCATGA

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1F171JQ 466 0 0
AAAAACAGAATGTCATTATTAAGCCATCGATAGCTTGATAGGACACCTCCATATAGTACC
ATATTCTTTATTAAGTCTGAGTTATTCCAATTCGAGCCATCGATCTCTAGACCGACGAAA
GTAACTTATAATGTTTGTGATTTATTTTAAACACCTGGTCAGTCCAGAGAGACATATCAA
AGGGGAATTTCACATCACTTCCACTTCTTGAACTTACCTCCTCCATACATCCCATGCCCA
CGTTTAAACTTGCCTCCGTGATGATTGAACTTACCATGACCATGACCATAACCATAGCCA
TGACCATGGCCATATCCGTGACCATATGCAGAGTGTCCGTAAGGACTGTGAGAGCTATGA
GCTATGTGGTGAGCTCCATAGGCTGCTGCAGCACCAGCAATCATACCCCCGATTCCTCCT
GCGTGTCCTGAGTGATGAGCAGGATAACCAGCATGAGCAGGTGCAG

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1AU29JQ 887 0 0
AAATTATAACGATTTTCTTTATAAAATCACCCAAATTATCTATGTATCTAAATTCATATG
AATACACCCATACTGATTAAGAAGTCATAAACAACTATTATATAGGTCATCTGACCATAC
TCATGACTTCTACTAATACTATAGCTTAAGTAAAGTCAAAACCAATATAAACAAGAACAC
AATATAAAAAATATTTAAAAACAGAATGTCATTATTAAGCCATCGATAGCTTGATAGGAC
ACCTCCATATAGTACCATATTCTTTATTAAGTCTGAGTTATTCCAATTCGAGCCATCGAT
CTCTAGACCGACGAAAGTAACTTATAATGTTTGTGATTTATTTTAAACATCTGGTCAGTC
CAGAGAGACATATCAAAGGGGAATTTCACATCACTTCCACTTCTTGAACTTACCTCCTCC
ATACATCCCATGCCCACGTTTAAACTTGCCTCCGTGATGCTTGAACTTACCATGACCATG
ACCATAACCATAGCCATGACCATGGCCATATCCGTGACCATATGCAGAGTGTCCGTAAGG
ACTGTGAGAGCTATGAGCTATGTGGTGAGCTCCATAGGCTGCTGCAGCACCAGCAATCAT
ACCCCCGATTCCTCCTGCGTGTCCTGAGTGATGAGCAGGATAACCAGCATGAGCAGGTGC
AGGAGGATAACCTCCATAACCATGAGATGGAGGGTAGGCACCAGGTGGTGGAGGATAACC
TTGATGTGGTGGGTATCCAGCTGGTGGATAACCCCCAGTACCGGCCGGGTATCCAGCAG*
TGGATACCCATGAAACCCTCTGTCTTTGTCACCTCCCATGTTTTCTCAGTCAACAAACAA
AACCCGAGACGAATAGCGAGAAATGTTGAAACTGAATTGGAAGATCC

QA 1 887 1 887
DS 

RD RR1E243JQ 633 0 0
AGTACCATATTCTTTATTAAGTCTGAGTTATTCCAATTCGAGCCATCGATCTCTAGACCG
ACGAAAGTAACTTATAATGTTTGTGATTTATTTTAAACATCTGGTCAGTCCAGAGAGACA
TATCAAAGGGGAATTTCACATCACTTCCACTTCTTGAACTTACCTCCTCCATACACCCCA
TGCCCACGTTTAAACTTGCCTCCGTGATGCTTGAACTTACCATGACCATGACCATAACCA
TAGCCATGACCATGGCCATATCCGTGACCATATGCAGAGTGTCCGTAAGGACTGTGAGAG
CTATGAGCTATGTGGTGAGCTCCATAGGCTGCTGCAGCACCAGCAATCATACCCCCGATT
CCTCCTGCGTGTCCTGAGTGATGAGCAGGATAACCAGCATGAGCAGGTGCAGGAGGATAA
CCTCCATAACCATGAGATGGAGGGTAGGCACCAGGTGGTAGAGGATAACCTTGATGTGGT
GGGTATCCAGCTGGTGGATAACCCCCAGTACCGGCCGGGTATCCAGCAGGTAGATACCCA
TGAAACCCTCTGTCTTTGTCACCTCCCATGTTTTCTCAGTCAACAAACAAAACCCGAGAC
GAATAGCGAGAAATGTTGAAACTGAATTGGAAG

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1E243TF 637 0 0
AGTACCATATTCTTTATTAAGTCTGAGTTATTCCAATTCGAGCCATCGATCTCTAGACCG
ACGAAAGTAACTTATAATGTTTGTGATTTATTTTAAACATCTGGTCAGTCCAGAGAGACA
TATCAAAGGGGAATTTCACATCACTTCCACTTCTTGAACTTACCTCCTCCATACACCCCA
TGCCCACGTTTAAACTTGCCTCCGTGATGCTTGAACTTACCATGACCATGACCATAACCA
TAGCCATGACCATGGCCATATCCGTGACCATATGCAGAGTGTCCGTAAGGACTGTGAGAG
CTATGAGCTATGTGGTGAGCTCCATAGGCTGCTGCAGCACCAGCAATCATACCCCCGATT
CCTCCTGCGTGTCCTGAGTGATGAGCAGGATAACCAGCATGAGCAGGTGCAGGAGGATAA
CCTCCATAACCATGAGATGGAGGGTAGGCACCAGGTGGTAGAGGATAACCTTGATGTGGT
GGGTATCCAGCTGGTGGATAACCCCCAGTACCGGCCGGGTATCCAGCAGGTAGATACCCA
TGAAACCCTCTGTCTTTGTCACCTCCCATGTTTTCTCAGTCAACAAACAAAACCCGAGAC
GAATAGCGAGAAATGTTGAAACTGAATTGGAAGATC
C

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1AU29TF 811 0 0
TTAAGAAGTCATAAACAACTATTATATAGGTCATCTGACCATACTCATGACTTCTACTAA
TACTATAGCTTAAGTAAAGTCAAAACCAATATAAACAAGAACACAATATAAAAAATATTT
AAAAACAGAATGTCATTATTAAGCCATCGATAGCTTGATAGGACACCTCCATATAGTACC
ATATTCTTTATTAAGTCTGAGTTATTCCAATTCGAGCCATCGATCTCTAGACCGACGAAA
GTAACTTATAATGTTTGTGATTTATTTTAAACATCTGGTCAGTCCAGAGAGACATATCAA
AGGGGAATTTCACATCACTTCCACTTCTTGAACTTACCTCCTCCATACATCCCATGCCCA
CGTTTAAACTTGCCTCCGTGATGCTTGAACTTACCATGACCATGACCATAACCATAGCCA
TGACCATGGCCATATCCGTGACCATATGCAGAGTGTCCGTAAGGACTGTGAGAGCTATGA
GCTATGTGGTGAGCTCCATAGGCTGCTGCAGCACCAGCAATCATACCCCCGATTCCTCCT
GCGTGTCCTGAGTGATGAGCAGGATAACCAGCATGAGCAGGTGCAGGAGGATAACCTCCA
TAACCATGAGATGGAGGGTAGGCACCAGGTGGTGGAGGATAACCTTGATGTGGTGGGTAT
CCAGCTGGTGGATAACCCCCAGTACCGGCCGGGTATCCAGCAGGTGGATACCCATGAAAC
CCTCTGTCTTTGTCACCTCCCATGTTTTCTCAGTCAACAAACAAAACCCGAGACGAATAG
CGAGAAATGTTGAAACTGAATTGGAAGATC
C

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1A091TF 261 0 0
GAGTGATGAGCAGGATAACCAGCATGAGCAGGTGCAGGAGGATAACCTCCATAACCATGA
GATGGAGGGTAGGCACCAGGTGGTGGAGGATAACCTTGATGTGGTGGGTATCCAGCTGGT
GGATAACCCCCAGTACCGGCCGGGTATCCAGCAGGTGGATACCCATGAAAACCTCTGTCT
TTGTCACCTCCCATGTTTTCTCAGTCAACAAACAAAACCCGAGACGAATAGCGAGAAATG
TTGAAACTGAATTGGAAGATC

QA 1 261 1 261
DS 

RD RR1DD38TF 634 0 0
ATATAGTACCATATTCTTTATTAAGTCTGAGTTATTCCAATTCGAGCCATCGATCTCTAG
ACCGACGAAAGTAACTTATAATGTTTGTGGTTTATTTTAAACATCTGGTCAGTCCAGAGA
GACATATCAAAGGGGAATTTCACATCACTTCCACTTCTTGAACTTACCTCCTCCATACAT
CCCATGCCCACGTTTAAACTTGCCTCCGTGATGCTTGAACTTACCATGACCATGACCATA
ACCATAGCCATGACCATGGCCATATCCGTGACCATATGCAGAGTGTCCGTAAGGACTGTG
AGAGCTATGAGCTATGTGGTGAGCTCCATAGGCTGCTGCAGCACCAGAAATCATACCCCT
GATTCCTCCTGCGTGTCCTGAGTGATGAGCAGGATAACCAGCATGAGCAGGTGCAGGAGG
ATAACCTCCATAACCATGAGATGGAGGGTAGGCACCAGGTGGTGGAGGATAACCTTGATG
TGGTGGGTATCCAGCTGGTGGATAACCCCCAGTACCGGCCGGGTATCCAGCAGGTGGATA
CCCATGAAACCCTCTGTCTTTGTCACCTCCCATGTTTTCTCAGTCAACAAACAAAACCCG
AGACGAATAGCGAGAAATGTTGAAACTGAATT
CC

QA 1 632 1 632
DS 



CO CL175Contig2 746 2 3 U
TTTATAAAATCACCCAAATTATCTATGTATCTAAATTCATATGAATACACCCATACTGAT
TAAAAAGTCATAAACAACTATTATATAGGTCATCTGACCATACTCATGACTTCTACTAAT
ACTATAGCTTAAGTAAAGTCAAAACCAATATAAACAAGAACACAATATAAAAAATATTTA
AAAACAGAACGTCATTATTAAGCCATCGATAGCTTGATAGGACACCTCCATATAGTACCA
TATTCTTTATTAAGTCTGAGTTATTCCAATTCGAGCCATCGATCTCTAAACCGACGAAAG
TAACTTATAATGTTTGTGATTTATTTTAAACATCTGGTCAGTCCAAAAAGACATATCAAA
GGGGAATTTCACATCACTTCCACTTCTTGAACTTACCTCCTCCATACATCCCATGCCCAC
GTTTAAACTTGCCTCCGTGATGCTTGAACTTACCATGACCATGACCATAACCATAGCCAT
GACCATGGCCATATCCGTGACCATATGCAAAGTGTCCGTAAGGACTGTGAGAGCTATGAG
CTATGTGGTGAGCTCCATAGGCTGCTGCAGCACCAGCAGGATAACCTTGATGTGGTGGGT
ATCCAGCCGGTGGATAACCCCCAGTACCGGCCGGGTATCCAGCAGGTGGATACCCATGAA
ACCCTCTGTCTTTGTCACCTCCCATGTTTTCTCAGTCAACAAACAAAACCCGAGACGAAT
AGCGAGAAATGTTGAAACTGAATTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H076JQ U 4
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BS 689 746 RR1H076TF

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CTTATAATGTTTGTGATTTATTTTAAACATCTGGTCAGTCCAAAAAGACATATCAAAGGG
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DS 

RD RR1H076TF 746 0 0
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GTTTAAACTTGCCTCCGTGATGCTTGAACTTACCATGACCATGACCATAACCATAGCCAT
GACCATGGCCATATCCGTGACCATATGCAGAGTGTCCGTAAGGACTGTGAGAGCTATGAG
CTATGTGGTGAGCTCCATAGGCTGCTGCAGCACCAGCAGGATAACCTTGATGTGGTGGGT
ATCCAGCCGGTGGATAACCCCCAGTACCGGCCGGGTATCCAGCAGGTGGATACCCATGAA
ACCCTCTGTCTTTGTCACCTCCCATGTTTTCTCAGTCAACAAACAAAACCCGAGACGAAT
AGCGAGAAATGTTGAAACTGAATTCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 2 13

CO CL176Contig1 839 7 23 U
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CTCTCTAAGTTCATAAGAAAATGGAAGGAAGACAATATTACCCTCCAAGAGAAAACGTCG
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TTTTTGGTGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCCT
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ATCTTGAAGCTGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGTACCTTTGCCGGAGA
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CTCATGAGTTTACAAGATGTTCAGAGTTTACATTACAAAAACATAACAATTTGATAGCC


BQ
10 15 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 35 35 35 35 35 35 35 20 10 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 25 40 0 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 5 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW32TF U 2
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AF RR1FF36TF U 1
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QA 1 652 1 652
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CTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCACGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGAGAGAGATC
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QA 4 753 4 753
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ATAAACAAACCTGTATTGCAAACTTGTATTGATGATGCATCAAAAAGATATTCTCATAAG
TTT
AC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1FF36JQ 665 0 0
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TTCTGATCCTCGCCTGCTCTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCACGACGGTGAGGAGGAGC
AGAGCAGAGAGAGAGATCTTGAGGCTGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTG
TACCTTTGCCGGAGAAGTTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAACCCACTTACTTGG
CGACGCCGGCTGAAAAGAGCTGTACTTGTGACGATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGA
AGGATGGTGATCAGGTGGTGCGTCGGAGTTAGGGATGTTATATCGGACAGGTCCGGCCCG
TTTGTGTCCGTGTCCGCTAATGTCCGTCCGTTTAACATTCCGTCCGCTAGAGCCCGTTTA
CACTAACAGCCCGATTATTGTCCGTCCGTTAAAAGCCCGATTACTGTCCGTCCGTTAAAA
TACCCGTTTAAGGCCTGTTTAGATAAAAAAAAATTCAAGAAATTTGCTGTTTAGTAGTGA
TTATAAACAAACCTGTATTGCAAACTTGTATTGATGATGCATCAAAAAGATATTCTCATA
AGTTT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1ES73JQ 732 0 0
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CTGATCCTCGCCTGCTCTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAG
AGCAGAGAGAGAGATCTTGAAGCTGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGTA
CCTTTGCCGGAGAAGTTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAACCCACTTACTTGGCG
ACGCCGGCTGAAAAGAGCTGTACTTGTGACGATGATGGAGATGGTGATGATGACGTGAAG
GATGGCGATCAGGTGGTGCGTCGGAGTTAGGGATGTTATATCGGACAGGTCCGGCCCGTT
TGTGTCCGTGTCCGCTAATGTCCGTCCGTTTAACATTCCGTCCACTAGAGCCCGTTTACA
CTAACAGCCCGATTATTGTCCGTCCGTTAAAAGCCCGATTACTGTCCGTCCGTTAAAATA
CCCGTTTAAGGCCTGTTTAGATAAAAAAAAATTCAAGAAATTTGCTGTTTAGTAGTGATT
ATAAACAAACCTGTATTGCAAACTTGTATTGATGATGCATCAAAAAGATATTCTCATAAG
TTTACAAGACATTCTCATGAGTTTACAAGATGTTCAGAGTTTACATTACAAAAACATAAC
AATTTGATAGCC

QA 1 732 1 732
DS 



CO CL176Contig2 803 6 7 U
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CTCCAAGTTCATAAGAAAATGGAAGGAAGACAATATTACCCTCCAAGAGAAAACGTCGAC
GGGAACAGAACAGCCATGGGAGGACCTCACTCGCCGTGGCATTCACCTGTTCCTTATCTT
TTT*GGTGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCCTG
CTCTTACTGGCGTCTCTCCGGCTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGAGAGAGA
TCTTGAATCTGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGTACCTTTGCCGGAGAA
GTTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAACCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAAA
GAGCTGTACTTGTGACGATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGGT
GGTGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACATTGAGAGATGAAGACAAAGAAAAA
ACAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTTCATGATAACTGTTTGCATCTGGCCCGGTTGCTT
CTGGTATTCGGATCGGGTCTGGTCAGAGCTCTACATGATGAGATTTATAGGCTATATAGT
CAAAACTAGAAAAAAGGGAATTGGTTCTGATTAATGTTATTTAATCTCAGCTTTTTGCAT
TAATTTACTTAGGCTTTTTAAGTTGTAAGTTTGTAATTCATCAGTCTTGTTCCAATTCTT
AGTTATAATGAAAAAAATATCGG


BQ
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 15 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FY53TF U 1
AF RR1GI02TF U 1
AF RR1G037TF U 1
AF RR1G796TF U 1
AF RR1FY53JQ C 231
AF RR1G796JQ C 289
BS 1 33 RR1FY53TF
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BS 35 465 RR1FY53TF
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BS 665 803 RR1FY53JQ

RD RR1FY53TF 465 0 0
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QA 1 465 1 465
DS 

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TTT*GGT**TTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCCTG
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TCTTGAAGCAGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGTACCTTTGCCGGAGAA
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QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1G037TF 669 0 0
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CTCTAAGTTCATAAGAAAATGGAAGGAAGACAATATTACCCTCCAAGAGAAAACGTCGAC
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GAGCTGTACTTGTGACGATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGGT
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ACAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTTCATGATAACTGTTTGCATCTGACCCGGTTGCTT
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CAAA
ACTAG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1G796TF 669 0 0
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TTT*GGTGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCCTG
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TCTTGAATCTGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGTACCTTTGCCGGAGAA
GTTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAACCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAAA
GAGCTGTACTTGTGACGATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGGT
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CAAA
CTAGA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1FY53JQ 573 0 0
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QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1G796JQ 515 0 0
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GACAAAGAAAAAACAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTTCATGATAACTGTTTGCATCTG
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AGCTTTTTGCATTAATTTACTTAGGCTTTTTAAGTTGTAAGTTTGTAATTCATCAGTCTT
GTTCCAATTCTTAGTTATAATGAAAAAAATATCGG

QA 1 515 1 515
DS 



AS 3 12

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AGTAACTTAAGGCAACGACCGCAGCCGCAATAGCAACACCGAAAGCTCCCTGAGCCAGAA
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GTTTCTTGTGAGATTCTGCGTAGTCTCTGAAGAATGCATCTTCATCCTTAGCATAAAGGT
CAACATAACGACGGAACTCTGGGTCTTCCAACAAAGTCTTGTCAGATGGAAGTTTCAACA
AGCCCTCTGATTCTCCTTTCAGCAGTTCCACGAAGTATGAGTTATCAAACTTCAGAGGCT
CTTGAGTCCACGGACCATCGAAGCCGGACCTCTCTGGATGAGCCCTTCCCAGAGTATGAC
CCCCTGAGAGTGCTACAATATCCTTATCAGATAATCCCATGCGGTAGAAGACATCTCTAA
AATGTTGGAAATTTTTTGTAGCATCAGGAAGTCTTCCTTCCCTAGGGCAAACATTTGAAT
CTTTTCTCCCAGGTTGGAAACTGATGTCAGGTCCACCAGTAACCTCCACTGCTACCACAC
CAGCAAGCTGGTACAGATCCGCATAGGTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BY91JQ U 1
AF RR1DE68JQ U 23
BS 1 35 RR1BY91JQ
BS 36 36 RR1DE68JQ
BS 37 600 RR1BY91JQ
BS 601 601 RR1DE68JQ
BS 602 752 RR1BY91JQ

RD RR1BY91JQ 752 0 0
CCATTAACTTTGTCTTTTTCTTACTAAAACATAGTGTGACCGTGGATTAAAGAGTTTTAA
CATCTTTGTAGCATGCATTACACATTCTATAGATGATCGATAGTTTCTTTAATGCAAAAG
ATAAGATAATTGTTTTGCTTCTGACTCCTTTTTACTTCATCTTCTTTCGGATCTCGTAAA
AGTAACTTAAGGCAACGACCGCAGCCGCAATAGCAACACCGAAAGCTCCCTGAGCCAGAA
CAGTGCTGTCTGAACAAGCTTTGGCCGCCGAGGCGTTGGGGTTGAAACCGAGCTCAGAGA
GTTTCTTGTGAGATTCTGCGTAGTCTCTGAAGAATGCATCTTCATCCTTAGCATAAAGGT
CAACATAACGACGGAACTCTGGGTCTTCCAACAAAGTCTTGTCAGATGGAAGTTTCAACA
AGCCCTCTGATTCTCCTTTCAGCAGTTCCACGAAGTATGAGTTATCAAACTTCAGAGGCT
CTTGAGTCCACGGACCATCGAAGCCGGACCTCTCTGGATGAGCCCTTCCCAGAGTATGAC
CCCCTGAGAGTGCTACAATATCCTTATCAGATAATCCCATGCGGTAGAAGACATCTCTAA
GATGTTGGAAATTTTTTGTAGCATCAGGAAGTCTTCCTTCCCTAGGGCAAACATTTGAAT
CTTTTCTCCCAGGTTGGAAACTGATGTCAGGTCCACCAGTAACCTCCACTGCTACCACAC
CAGCAAGCTGGTACAGATCCGCATAGGTGATT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1DE68JQ 720 0 0
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CATTCTATAGATGATCGATAGTTTCTTTAATGCAAAAGATAAGATAATTGTTTTGCTTCT
GACTCCTTTTTACTTCATCTTCTTTCGGATCTCGTAAAAGTAACTTAAGGCAACGACCGC
AGCCGCAATAGCAACACCGAAAGCTCCCTGAGCCAGAACAGTGCTGTCTGAACAAGCTTT
GGCCGCCGAGGCGTTGGGGTTGAAACCGAGCTCAGAGAGTTTCTTGTGAGATTCTGCGTA
GTCTCTGAAGAATGCATCTTCATCCTTAGCATAAAGGTCAACATAACGACGGAACTCTGG
GTCTTCCAACAAAGTCTTGTCAGATGGAAGTTTCAACAAGCCCTCTGATTCTCCTTTCAG
CAGTTCCACGAAGTATGAGTTATCAAACTTCAGAGGCTCTTGAGTCCACGGACCATCGAA
GCCGGACCTCTCTGGATGAGCCCTTCCCAGAGTATGACCCCCTGAGAGTGCTACAATATC
CTTATCGGATAATCCCATGCGGTAGAAGACATCTCTAAAATGTTGGAAATTTTTTGTAGC
ATCAGGAAGTCTTCCTTCCCTAGGGCAAACATTTGAATCTTTTCTCCCAGGTTGGAAACT
GATGTCAGGTCCACCAGTAACCTCCACTGCTACCACACCAGCAAGCTGGTACAGATCCGC

QA 1 720 1 720
DS 



CO CL177Contig2 1132 8 48 U
GGCCGAACAAAAATCAAAAAATCTTAACCCCCCACCTTGACCATATCATTCTCCTCTCAA
TTCACCATTGACGATTAGGAAGAGAGCTATGGCGGCACCGATTGTTAACGCTGAGTACAC
GAAAGAGATCAACAAGGCTCGCCGTGATCTCCGCTCAATCATCTCGAGCAAGAACTGTGC
TCCGATCATGCTTAGATTAGCATGGCACGATGCTGGAACCTATGATGCACAGTCGAAGAC
AGGGGGACCTAATGGGTCTATAAGGAACGAAGAGGAGTACACTCACGGTGCCAATAGTGG
TTTAAAGATCGCTCTTGAAATCTGTGAGGGAGTGAAAGCTAAACATCCTAAAATCACCTA
TGCGGATCTGTACCAGCTTGCTGGTGTGGTAGCAGTAGAGGTTACTGGTGGACCTGACAT
CAGCTTCCAACCGGGAAGAAAA*GATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGACTTCCTG
ATGCTACAAAAAATTTCCAACATCTTAGAGATGTTTTCTACCGCATGGGATTATCTGATA
AGGATATTGTAGCACTCTCAGGGGGTCACACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTCCG
GCTTCGACGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTTGTGGAAC
TGCTGAAAGGAGAATCAGAGGGCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTGTTGGAAG
ACCCAGAGTTCCGTCGTTATGTTGACCTTTATGCCAAGGATGAAGATGCATTCTTCAGAG
ACTACGCAGAATCTCACAAGAAACTCTCTGAGCTCGGTTTCAACCCCAACGCCTCGGCGG
CCAAAGCTTGTTCAGACAGCACTGTTCTGGCTCAGGGAGCTTTCGGTGTTGCTATTGCGG
CTGCGGTCGTTGCCTTAAGTTACTTTTACGAGATCCGAAAGAAGATGAAGTAAAAGGAGC
CACGAAGCAAAACGATTATCTTATCTTTTGCATTAAAGATACTATCCATCATCTATAGAA
TGTGTCATGCATGCTCCAAAGATGTTAAAACTCTTTAATCCACGGTCATACTATGTTGTA
GTAAGAAAAGACAAAGTTAATGGTTTGGTTCATTACAACGTTAGGGGTTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 5 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 30 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 25 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BY91TF U 1
AF RR1C949TF U 46
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AF RR1EX17TF U 71
AF RR1C949JQ C 351
AF RR1AB95JQ C 539
AF RR1EX17JQ C 382
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BS 843 871 RR1EX17TF
BS 872 1132 RR1C949JQ

RD RR1BY91TF 715 0 0
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TTCACCATTGACGATTA**AAAAGAGCTATGGCGGCACCGATTGTTAACGCTGAGTACAC
GAAAGAGATCAACAAGGCTCGCCGTGATCTCCGCTCAATCATCTCGAGCAAAAACTGTGC
TCCGATCATGCTTCGATTGGCATGGCACGATGCTGGAACCTATGATGCACAGTCGAAGAC
AGGGGGACCTAATGGGTCTATAAGGAACGAAGAGGAGTACACTCATGGTGCCAATAGTGG
TTTAAAGATCGCTCTTGAAATCTGTGAGGGAGTGAAAGCTAAACATCCTAAAATCACCTA
TGCGGATCTGTACCAGCTTGCTGGTGTGGTAGCAGTGGAGGTTACTGGTGGACCTGACAT
CAGTTTCCAACCTGGGAGAAAA*GATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGACTTCCTG
ATGCTACAAAAAATTTCCAACATCTTAGAGATGTCTTCTACCGCATGGGATTATCTGATA
AGGATATTGTAGCACTCTCAGGGGGTCATACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTCCG
GCTTCGATGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTCGTGGAAC
TGCTGAAAGGAGAATCAGAGGGCTTGTTGAA*CTTCCATCTGACA*GACTTTGTT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1C949TF 709 0 0
GGATTCTC
CTCTCAATTCACCATTGACGATTAGGAAGAGAGCTATGGCGGCACCGATTGTTAACGCTG
AGTACACGAAAGAGATCAACAAGGCTCGCCGTGATCTCCGCTCAATCATCTCGAGCAAGA
ACTGTACTCCGATCATGCTTAGATTAGCATGGCACGATGCTGGAACCTATGATGCACAGT
CGAAGACAGGGGGACCTAATGGGTCTATAAGGAACGAAGAGGAGTACACTCACGGTGCCA
ATAGTGGTTTAAAGATCGCTCTTGAAATCTGTGAGGGAGTGAAAGCTAAACATCCTAAAA
TCACCTATGCGGATCTGTACCAGCTTGCTGGTGTGGTAGCAGTAGAGGTTACTGGTGGAC
CTGACATCAGCTTCCAACCGGGAAGAAAA*GATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGA
CTTCCTGATGCTACAAAAAATTTCCAACATCTTGGAGATGTTTTCTACCGCATGGGATTA
TCTGATAAGGATATTGTAGCACTCTCAGGGGGTCACACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAG
AGGTCCGGCTTCGATGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTT
GTGGAACTGCTGAAAGGAGAATCAGAGGGCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTG
TTGGA*GACC*AGAGTTCCGTCGTTATGTTGACCTT
CATTC

QA 9 704 9 704
DS 

RD RR1DE68TF 745 0 0
GG
AATTCACCATTGACGATTA**AAAAGAGCTATGGCGGCACCGATTGTTAACGCTGAGTAC
ACGAAAGAGATCAACAAGGCTCGCCGTGATCTCCGCTCAATCATCTCGAGCAAAAACTGT
GCTCCGATCATGCTTCGATTGGCATGGCACGATGCTGGAACCTATGATGCACAGTCGAAG
ACAGGGGGACCTAATGGGTCTATAAGGAACGAAGAGGAGTACACTCATGGTGCCAATAGT
GGTTTAAAGATCGCTCTTGAAATCTGTGAGGGAGTGAAAGCTAAACATCCTAAAATCACC
TATGCGGATCTGTACCAGCTTGCTGGTGTGGTAGCAGTGGAGGTTACTGGTGGACCTGAC
ATCAGTTTCCAACCTGGGAGAAAA*GATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGACTTCC
TGATGCTACAAAAAATTTCCAACATTTTAGAGATGTCTTCTACCGCATGGGATTATCCGA
TAAGGATATTGTAGCACTCTCAGGGGGTCATACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTC
CGGCTTCGATGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTCGTGGA
ACTGCTGAAAGGAGAATCAGAGGGCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTGTTGGA
AGACCCAGAGTTCCGTCGTTATGTTGACCTTTATGCTAAG*ATGAAGATGCATTCTTCAG
AGACTACGCAGAATCTCACAAGA

QA 3 745 3 745
DS 

RD RR1AB95TF 732 0 0
GG
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CAAGGCTCGCCGTGATCTCCGCTCAATCATCTCGAGCAAGAACTGTGCTCCGATCATGCT
TAGATTAGCATGGCACGATGCTGGAACCTATGATGCACAGTCGAAGACAGGGGGACCTAA
TGGGTCTATAAGGAACGAAGAGGAGTACACTCACGGTGCCAATAGTGGTTTAAAGATCGC
TCCTGAAATCTGTGAGGGAGTGAAAGCTAAACATCCTAAAATCACCTATGCGGATCTGTA
CCAGCTTGCTGGTGTGGTAGCAGTAGAGGTTACTGGTGGACCTGACATCAGCTTCCAACC
GGGAAGAAAA*GATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGACTTCCTGATGCTACAAAAA
ATTTCCAACATCTTAGAGATGTTTTCTACCGCATGGGATTATCTGATAAGGATATTGTAG
CACTCTCAGGGGGTCACACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTCCGGCTTCGACGGTC
CGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTTGTGGAACTGCTGAAGGGAG
AATCAGAGGGCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTGTTGGAAGACCCAGAGTTCC
GTCGTTATGTTGACCTTTATGCCAAGGATGAAGATGCATTCTTCAGAGACTACGCAGAAT
CTCACAAGAA

QA 3 732 3 732
DS 

RD RR1EX17TF 801 0 0
GG
GATTAGGAAGAGAGCTATGGCGGCACCGATTGTTAACGCTGAGTGCACGAAAGAGATCAA
CAAGGCTCGCCGTGATCTCCGCTCAATCATCTCGAGCAAGAACTGTGCTCCGATCATGCT
TAGATTAGCATGGCACGATGCTGGAACCTATGATGCACAGTCGAAGACAGGGGGACCTAA
TGGGTCTATAAGGAACGAAGAGGAGTACACTCACGGTGCCAATAGTGGTTTAAAGATCGC
TCCTGAAATCTGTGAGGGAGTGAAAGCTAAACATCCTAAAATCACCTATGCGGATCTGTA
CCAGCTTGCTGGTGTGGTAGCAGTAGAGGTTACTGGTGGACCTGACATCAGCTTCCAACC
GGGAAGAAAA*GATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGACTTCCTGATGCTACAAAAA
ATTTCCAACATCTTAGAGATGTTTTCTACCGCATGGGATTATCTGATAAGGATATTGTAG
CACTCTCAGGGGGTCACACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTCCGGCTTCGACGGTC
CGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTTGTGGAACTGCTGAAGGGAG
AATCAGAGGGCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTGTTGGAAGACCCAGAGTTCC
GTCGTTATGTTGACCTTTATGCCAAGGATGAAGATGCATTCTTCAGAGACTACGCAGAAT
CTCACAAGAAACTCTCTGAGCTCGGTTTCAACCCCAACGCCTCGGCGGC*AAAGCTTGTT
CAGACAGCACTGTTCTGGC

QA 3 801 3 801
DS 

RD RR1C949JQ 782 0 0
AAAATCA
CTATGCGGATCTGTACCAGCTTGCTGGTGTGGTAGCAGTAGAGGTTACTGGTGGACCTGA
CATCAGCTTCCAACCGGGAAGAAAA*GATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGACTTC
CTGATGCTACAAAAAATTTCCAACATCTTGGAGATGTTTTCTACCGCATGGGATTATCTG
ATAAGGATATTGTAGCACTCTCAGGGGGTCACACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGT
CCGGCTTCGATGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTTTGAAGTTTGATAACTCATACTTTGTGG
AACTGCTGAAAGGAGAATCAGAGGGCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTGTTGG
AAGACCCAGAGTTCCGTCGTTATGTTGACCTTCATTCCAAGGATGAAGATGCATTCTTCA
GAGACTACGCAGAATCTCACAAGAAACTCTTTGAGCTCGGTTTCAACCCCAACGCCTCGG
CGGCCAAAGCTTGTTCAGACAGCACTGTTCTGGCTCAGGGAGCTTTCGGTGTTGCTATTG
CGGCTGCGGTCGTTGCCTTAAGTTACTTTTACGAGATCCGAAAGAAGATGAAGTAAAAGG
AGCCACGAAGCAAAACGATTATCTTATCTTTTGCATTAAAGATACTATCCATCATCTATA
GAATGTGTCATGCATGCTCCAAAGATGTTAAAACTCTTTAATCCACGGTCATACTATGTT
GTAGTAAGAAAAGACAAAGTTAATGGTTTGGTTCATTACAACGTTAGGGGTTCTG

QA 8 782 8 782
DS 

RD RR1AB95JQ 578 0 0
TAAGGATATTGTAGCACTCTCAGGGGGTCACACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTC
CGGCTTCGACGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTTGTGGA
ACTGCTGAAGGGAGAATCAGAGGGCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTGTTGGA
AGACCCAGAGTTCCGTCGTTATGTTGACCTTTATGCCAAGGATGAAGATGCATTCTTCAG
AGACTACGCAGAATCTCACAAGAAACTCTCTGAGCTCGGTTTCAACCCCAACGCCTCGGC
GGCCAAAGCTTGTTCAGACAGCACTGTTCTGGCTCAGGGAGCTTTCGGTGTTGTTATTGC
GGCTGCGGTCGTTGCCTTAAGTTACTTTTACGAGATCCGAAAGAAGATGAAGTAAAAGGA
GCCACGAAGCAAAACGATTATCTTATCTTTTGCATTAAAGATACTATCCATCATCTATAG
AATGTGTCATGCATGCTCCAAAGATGTTAAAACTCTTTAATCCACGGTCATACTATGTTG
TAGTAAGAAAAGACAAAGTTAATGGTTTGGTTCATTAC

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1EX17JQ 735 0 0
TGGTGTGGTAGCAGTAGAGGTTACTGGTGGACCTGACATCAGCTTCCAACCGGGAAGAAA
AAGATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGACTTCCTGATGCTACAAAAAATTTCCAAC
ATCTTAGAGATGTTTTCTACCGCATGGGATTATCTGATAAGGATATTGTAGCACTCTCAG
GGGGTCACACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTCCGGCTTCGACGGTCCGTGGACTC
AAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTTGTGGAACTGCTGAAGGGAGAATCAGAGG
GCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTGTTGGAAGACCCAGAGTTCCGTCGTTATG
TTGACCTTTATGCCAAGGATGAAGATGCATTCTTCAGAGACTACGCAGAATCTCACAAGA
AACTCTCTGAGCTCGGTTTCAACCCCAACGCCTCGGCGGCCAAAGCTTGTTCAGACAGCA
CTGTTCTGGCTCAGGGAGCTTTCGGTGTTGCTATTGCGGCTGCGGTCGTTGCCTTAAGTT
ACTTTTACGAGATCCGAAAGAAGATGAAGTAAAAGGAGCCACGAAGCAAAACGATTATCT
TATCTTTTGCATTAAAGATACTATCCATCATCTATAGAATGTGTCATGCATGCTCCAAAG
ATGTTAAAACTCTTTAATCCACGGTCATACTATGTTGTAGTAAGAAAAGACAAAGTTAAT
GGTTTGGTTCATTAC

QA 1 735 1 735
DS 



CO CL177Contig3 587 2 3 U
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GCATGCATTACACATTCTATAGATGATTGATAGTATCTTTAATGCAGAAGATAAGATAAT
CGTTTTGCTTCGTAGCTCCCTTTTACTTCATCTTCTTTCGGATCTCGTAAAAGTAACTCA
AGGCAACGACCGCAGCCCCAATAGCAACACCGAAAGCTCCCTGAGCCAAAACAGTGCTGT
CTGAACAAGCTTTGGCTGCTGAGGCGTTGGGGTTAAAACCGAGCTCAAAAAGTTTCTTGG
GAAATTCTGCGTAGTCTCTGAAAAATGCATCTTCATCCTTAGCATAAAGGTCAACATAAC
GACGGAACTCTGGGTCTTCCAACAAAGTCTTGTCAAATGGAAGTTTCAACAAGCCCTCTG
ATTCTCCTTTCAGCAGTTCCACGAAGTATGAGTTACCAAACTTCAGAGGCTCTTGAGTCC
ACGGACCATCGAAGCCAGACCTTTCTGAATGAGCCCTTCCCAGAGTGTGAGCCCCTGAGA
GGGCTACAATATCCTTATCAGATAATCCCATGCGGTAGAAGACATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DT42JQ U 114
AF RR1DT42TF C 1
BS 1 115 RR1DT42TF
BS 116 429 RR1DT42JQ
BS 430 587 RR1DT42TF

RD RR1DT42JQ 316 0 0
AA
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ACTCAAGGCAACGACCGCAGCCCCAATAGCAACACCGAAAGCTCCCTGAGCCAAAACAGT
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CTTGGGAAATTCTGCGTAGTCTCTGAAAAATGCATCTTCATCCTTAGCATAAAGGTCAAC
ATAACGACGGAACTCTGGGTCTTCCAACAAAGTCTTGTCAAATGGAAGTTTCAACAAGCC
CTCTGATTCTCCTT

QA 3 316 3 316
DS 

RD RR1DT42TF 587 0 0
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GCATGCATTACACATTCTATAGATGATTGATAGTATCTTTAATGCAGAAGATAAGATAAT
CGTTTTGCTTCGTAGCTCCCTTTTACTTCATCTTCTTTCGGATCTCGTAAAAGTAACTCA
AGGCAACGACCGCAGCCGCAATAGCAACACCGAAAGCTCCCTGAGCCAGAACAGTGCTGT
CTGAACAAGCTTTGGCTGCTGAGGCGTTGGGGTTAAAACCGAGCTCAGAAAGTTTCTTGT
GAGATTCTGCGTAGTCTCTGAAGAATGCATCTTCATCCTTAGCATAAAGGTCAACATAAC
GACGGAACTCTGGGTCTTCCAACAAAGTCTTGTCAGATGGAAGTTTCAACAAGCCCTCTG
ATTCTCCTTTCAGCAGTTCCACGAAGTATGAGTTACCAAACTTCAGAGGCTCTTGAGTCC
ACGGACCATCGAAGCCAGACCTTTCTGAATGAGCCCTTCCCAGAGTGTGAGCCCCTGAGA
GGGCTACAATATCCTTATCAGATAATCCCATGCGGTAGAAGACATCC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 4 12

CO CL178Contig1 1006 2 2 U
GGTCCTCTTATCAGATCAACTTCATGCTTCATGTCATCTCTGCCTAGTGAAGCTGTGGAT
GACAAGGAGAGATCTCGTGTCACTTGGCCAAAACAGCTTAACGCATCATTGGAGGAGGTT
GATCCTGAGATTGTTGACATCATTGAGCTTGAGAAAGCTAGACAATGGAAGGGACTTGAA
CTCATTCCATCTGAGAATTTCACATCTGTCTCGGTGATGCAAGCTGTTGGCTCTGTGATG
ACTAACAAGTACAGTGAAGGGTACCCTGGCGCTAGATACTATGGAGGAAACGAGTACATA
GACATGGCTGAAACTTTATGCCAAAAGCGTGCTCTTGAAGCTTTCCGGTTAGACCCTGAA
AAGTGGGGAGTGAATGTTCAACCTCTGTCTGGATCTCCTGCTAACTTCCATGTCTACACT
GCATTGCTAAAGCCTCATGAGAGAATCATGGCTCTTGATCTTCCTCATGGTGGTCATCTT
TCTCATGGTTATCAGACTGACACCAAGAAGATATCTGCTGTGTCTATCTTCTTTGAAACA
ATGCCTTATCGATTGGATGAGAGCACTGGCTACATCGACTATGATCAGATGGAGAAAAGT
GCTACTCTTTTCAGGCCAAAACTAATTGTTGCTGGTGCAAGTGCTTATGCTCGGTTGTAT
GACTATGCCCGCATCCGAAAGGTGTGTAACAAGTAAAAAGCTGTGATGCTAGCAGATATG
GCACACATCAGTGGTTTGGTTGCTGCTGGTGTAATCCCTTCACCTTTCGACTATGCAGAT
GTTGTAACCACTACAACTCACAAGTCACTTCGTGGACCCCGTGGAGCCATGATTTTCTAC
AGAAAGGGTGTTAAAGAAGTTAACAAACAAGGGAAAGAGATTTTGTATGATTTTGAAGAC
AGATCAACCAAGCTGTCTTCCCTGGTCTTCAAGTGGTCCACACACCACACTATTACAGGA
CTAGCTGTTGCTTTAAACAGCACTACTTCAGAGTACAAAGCATATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DH79TF U 1
AF RR1G482TF U 205
BS 1 611 RR1DH79TF
BS 612 1006 RR1G482TF

RD RR1DH79TF 611 0 0
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GACAAGGAGAGATCTCGTGTCACTTGGCCAAAACAGCTTAACGCATCATTGGAGGAGGTT
GATCCTGAGATTGTTGACATCATTGAGCTTGAGAAAGCTAGACAATGGAAGGGACTTGAA
CTCATTCCATCTGAGAATTTCACATCTGTCTCGGTGATGCAAGCTGTTGGCTCTGTGATG
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GACATGGCTGAAACTTTATGCCAAAAGCGTGCTCTTGAAGCTTTCCGGTTAGACCCTGAA
AAGTGGGGAGTGAATGTTCAACCTCTGTCTGGATCTCCTGCTAACTTCCATGTCTACACT
GCATTGCTAAAGCCTCATGAGAGAATCATGGCTCTTGATCTTCCTCATGGTGGTCATCTT
TCTCATGGTTATCAGACTGACACCAAGAAGATATCTGCTGTGTCTATCTTCTTTGAAACA
ATGCCTTATCGATTGGATGAGAGCACTGGCTACATCGACTATGATCAGATGGAGAAAAGT
GCTACTCTTTT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1G482TF 802 0 0
G
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CTGGCGCTAGATACTATGGAGGAAACGAGTACATAGACATGGCTGAAACTTTATGCCAAA
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TGTCTGGATCTCCTGCTAACTTCCATGTCTACACTGCATTGCTAAAGCCTCATGAGAGAA
TCATGGCTCTTGATCTTCCTCATGGTGGTCATCTTTCTCATGGTTATCAGACTGACACCA
AGAAGATATCTGCTGTGTCTATCTTCTTTGAAACAATGCCTTATCGATTGGATGAGAGCA
CTGGCTACATCGACTATGATCAGATGGAGAAAAGTGCTACTCTTTTCAGGCCAAAACTAA
TTGTTGCTGGTGCAAGTGCTTATGCTCGGTTGTATGACTATGCCCGCATCCGAAAGGTGT
GTAACAAGTAAAAAGCTGTGATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGTGGTTTGGTTGCTG
CTGGTGTAATCCCTTCACCTTTCGACTATGCAGATGTTGTAACCACTACAACTCACAAGT
CACTTCGTGGACCCCGTGGAGCCATGATTTTCTACAGAAAGGGTGTTAAAGAAGTTAACA
AACAAGGGAAAGAGATTTTGTATGATTTTGAAGACAGATCAACCAAGCTGTCTTCCCTGG
TCTTCAAGTGGTCCACACACCACACTATTACAGGACTAGCTGTTGCTTTAAACAGCACTA
CTTCAGAGTACAAAGCATATC

QA 2 802 2 802
DS 



CO CL178Contig2 997 4 13 U
GCTAATTGTTGCTGGTGCAAGTGCTTATGCTCGGTTGTATGACTATGCCCGCATCCGAAA
GGTGTGTAACAAGCAAAAAGCTGTGATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGTGGTTTGGT
TGCTGCTGGTGTAATCCCTTCACCTTTCGACTATGCAGATGTTGTAACCACTACAACTCA
CAAGTCACTTCGTGGACCCCGTGGAGCCATGATTTTCTACAGAAAGGGTGTTAAGGAAGT
TAACAAACAAGGGAAAGAGATTTTGTATGATTTTGAAGACAAGATCAACCAAGCTGTCTT
CCCTGGTCTTCAAGGTGGTCCACACAACCACACTATTACAGGACTAGCTGTTGCTTTAAA
ACAGGCAACTACTTCAGAGTACAAAGCATATCAAGAGCAAGTCTTGAGTAACTCTGCAAA
GTTTGCTCAGACTCTGATGGAGAAAGGGTATGAGCTTGTTTCTGGTGGAACTGACAACCA
TCTGGTTCTAGTGAATCTGAAGCCCAAGGGAATTGATGGATCTAGAGTTGAGAAAGTGTT
GGAAGCTGTTCACATTGCATCAAACAAAAACACTGTTCCTGGAGATGTTTCTGCCATGGT
TCCTGGTGGAATCAGAATGGGTACACCTGCACTCACTTCCAGAGGCTTTGTTGAGGAAGA
CTTTGCTAAAGTTGCTGAATACTTTGACAAAGCTGTGAAGTTGGCTCTCAAAGTCAAATC
TGAAGCTCAAGGAACCAAGCTGAAAGACTCTGTGTCAGCAATGGAAGCTTCTTCAACCAT
TCAATCAGAGATTACCAAGCTGCGCCATGAAGTAGAGGAATTTGCTAAACAGTTCCCAAC
AATTGGGTTCGAGAAAGAAACCATGAAGTACAAGAACTAATAAATGTCTTCTCATGCAAG
TCTTTTACTATGCTTTGAACTTCCATGGAATGTATAGATGATATGATACATGTGCTCTAT
CTTATGCTATGAGAAAAAAATAATGAACGTTCTATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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TATGCTTTGAACTTCCATGGAATGTATAGATGATATGATACATGTGCTCTATCTTGTGCT
ATGAGAAAAAAATAATGAACGTTCTATAC

QA 1 749 1 749
DS 



CO CL178Contig3 982 4 10 U
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ATACATTACATGGAAGTTCAAAGCATCATAATAATAAAGAGAAGACTTATTTGTAGGATA
AAGACATATTCAGTTCTTGTACTTCATGGTTTCTTTCTCAAACCCAATAGTTGGGAACTG
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H455JQ U 6
AF RR1G269JQ U 13
AF RR1GE19JQ U 1
AF RR1AJ40TF C 181
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BS 32 32 RR1H455JQ
BS 33 451 RR1GE19JQ
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BS 453 521 RR1GE19JQ
BS 522 522 RR1G269JQ
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BS 617 617 RR1AJ40TF
BS 618 789 RR1GE19JQ
BS 790 982 RR1AJ40TF

RD RR1H455JQ 232 0 0
AAAAGGG
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GTTCTTGTACTTCATGGTTTCTTTCTCAAACCCAATAGTTGGGAACTGCTTAGCGAACTC
CTCCACGTCGTGGCGCAGCTTGGCAATCTCTGATTGGATGCCTGA

QA 8 232 8 232
DS 

RD RR1G269JQ 570 0 0
GAGTATGTTTCGCATATAT*ATAACATAGAGTACATGCAGCATTATCTATACATTACATG
GAAGTTCAAAGCATCATAATAATAAAGAGAAGACTTATTTGTAGGATAAAGACATATTCA
GTTCTTGTACTTCATGGTTTCTTTCTCAAACCCAATAGTTGGGAACTGCTTAGCGAACTC
CTCCACGTCGTGGCGCAGCTTGGCAATCTCTGATTGGATGCCTGAAGACGATTCCATTGC
TGACACGAAATCTTTCAGTTTGGTTCCTTGAGCTTCAGATTTGACTTTGAGAGCCAACTT
CACCGCTTTGTCAAAGTATTCAGCTACTTTGGCAAAGTCTTCCTCAACAAAACCTCTGGA
AGTGAGAGCAGGTGTTCCCATTCTGATTCCACCGGGAACCATGGCAAAAACATCTCCAGG
AACAGTGTTTTTGTTGGATGCAATGTGAACAGCTTCCAACACTTTCTCAACTCTAGATCC
ATCAATTCCCTTGGGCTTCAGGTTCACTAAAACCAGATGGTTGTCAGTTCCACCAAAAAC
AAGTTCATAACCTCTCTCCATCAGAGTCTG

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1GE19JQ 789 0 0
GCATTAAAAGGTGAGTATGTTTCGCATATATCATAACATAGAGTACATGCAGCATTATCT
ATACATTACATGGAAGTTCAAAGCATCATAATAATAAAGAGAAGACTTATTTGTAGGATA
AAGACATATTCAGTTCTTGTACTTCATGGTTTCTTTCTCAAACCCAATAGTTGGGAACTG
CTTAGCGAACTCCTCCACGTCGTGGCGCAGCTTGGCAATCTCTGATTGGATGCCTGAAGA
CGATTCCATTGCTGACACGAAATCTTTCAGTTTGGTTCCTTGAGCTTCAGATTTGACTTT
GAGAGCCAACTTCACCGCTTTGTCAAAGTATTCAGCTACTTTGGCAAAGTCTTCCTCAAC
AAAACCTCTGGAAGTGAGAGCAGGTGTTCCCATTCTGATTCCACCGGGAACCATGGCAGA
AACATCTCCAGGAACAGTGTTTTTGTTGGATACAATGTGAACAGCTTCCAACACTTTCTC
AACTCTAGATCCATCAATTCCCTTGGGCTTCAGGTTCACTAGAACCAGATGGTTGTCAGT
TCCACCAGAAACAAGTTCATAACCTCTCTCCATCAGAGTCTGAGCAAACTTTGCAGAGTT
ACTCAGGACTTGCTCTTGGTATGCTTTGTACTCTGAAGTAGTTGCCTGTTTTAAAGCAAC
AGCTAGTCCTGTAATAGTGTGGTTGTGTGGACCACCTTGAAGACCAGGGAAGACAGCTTG
ATTGATCTTGTCTTCATAATCATACAAAACCTCTTTCCCTTGTTTGTTAATTTCCTTAAA
ACCCTTTCT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1AJ40TF 802 0 0
CTTAGCGAACTCCTCCACGTCGTGGCGCAGCTTGGCTATCTCTGATTGGATGCGTGAAGA
CGATTCCATTGCTGACACAAAATCTTTCAGTTTCGTTCCTTGAGCTTCAGATTTGACTCT
GAGAGCCAACTTCACAGCTTTGTCAAAGTATTCAGCTACTTTGGCAAAGTCTTCCTCAAC
AAAACCTCTGGAAGTGAGAGCAGGTGTACCCATTCTGATTCCACCGGGAACCATGGCAGA
AACATCTCCAGGGACAGTGTTTTTGTTGGATGCAATGTGGACAGCTTCCAACACTTTCTC
AACTCTAGATCCATCAATTCCCTTGGGCTTCAGGTTCACTAAAACCAGATGGTTGTCAGT
TCCACCAGAAACAAGTTCATAACCTCTCTCCATCAGAGTCTGAGCAAACTTTGCAGAGTT
ACTCAGGACTTGCTCTCGGTATGCTTTGTACTCTGAAGTAGTTGCCTGTTTTAAAGCAAC
AGCTAGTCCTGTAATAGTGTGGTTGTGTGGACCACCTTGAAGACCAGGGAAGACAGCTTG
ATTGATCTTGTCTTCATAATCATACAAAACCTCTTTCCCTTGTTTGTTAATTTCCTTAAA
ACCCTTTCTGTAGAAAATCATGGCTCCACGAGGTCCACGAAGTGACTTGTGAGTTGTGGT
GGTTACAACATCTGCATACTCGAACGGTGAAGGGATTACACCAGCAGCAACCAAACCGCT
TATGTGTGCCATATCTGCTAGCATCACAGCTTTTTGCTTGTTACACACCTTTCGGATGCG
GGCATAGTCATACAGTCTAGCC

QA 1 802 1 802
DS 



CO CL178Contig4 978 2 8 U
GTGACTATGCCCGCATCCAAAAGGTGTGTAACAAGCAAAAAGCTGTGATGCTAGCAGATA
TGGCACACATAAGCGGTCTGGTTGCAGCTGGTGTTATTCCTTCACCGTTCGAGTATGCAG
ATGTTGTAACCACCACAACTCACAAGTCACTTCGTGGACCTCGTGGAGCCATGATTTTCT
ACAGAAAGGGTTTTAAGGAAATTAACAAACAAGGGAAAGAGGTTTTGTATGATTATGAAG
ACAAGATCAATCAAGCTGTCTTCCCTGGTCTTCAAGGTGGTCCACACAACCACACTATTA
CAGGACTAGCTGTTGCTTTAAAACAGGCAACTACTTCAGAGTACAAAGCATACCAAGAGC
AAGTCCTGAGTAACTCTGCAAAGTTTGCTCAGACTCTGATGGAGAGAGGTTATGAACTTG
TTTCTGGTGGAACTGACAACCATCTGGTTCTAGTGAACCTGAAGCCCAAGGGAATTGATG
GATCTAGAGTTGAGAAAGTGTTGGAAGCTGTCCACATTGCATCCAACAAAAACACTGTCC
CTGGAGATGTTTCTGCCATGGTTCCCGGTGGAATCAGAATGGGAACACCTGCTCTCACTT
CCAGAGGTTTTGTTGAGGAAGACTTTGCCAAAGTAGCTGAATACTTTGACAAAGCGGTGA
AGTTGGCTCTCAAAGTCAAATCTGAAGCTCAAGGAACGAAACTGAAAGATTTTGTGTCAG
CAATGGAATCGTCTTCAGGCATCCAATCAGAGATAGCCAAGCTGCGCCACGACGTGGAGG
AGTTCGCTAAGCAGTTCCCAACTATTGGGTTTGAGAAAGAAACCATGAAGTACAAGAACT
GAATATGTCTGTCTTTATTATCCTACAAACAAGTTTTCTCTTTATTATTATCATCACATG
CTTTGAACTTCCATGTAATGTATAGATAATGCTACATGTACTCCATCTTATGATATATGC
GAAACATACTCACCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE19TF U 1
AF RR1FY39JQ C 369
BS 1 511 RR1GE19TF
BS 512 512 RR1FY39JQ
BS 513 519 RR1GE19TF
BS 520 520 RR1FY39JQ
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BS 540 689 RR1GE19TF
BS 690 978 RR1FY39JQ

RD RR1GE19TF 689 0 0
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TGGCACACATAAGCGGTCTGGTTGCAGCTGGTGTTATTCCTTCACCGTTCGAGTATGCAG
ATGTTGTAACCACCACAACTCACAAGTCACTTCGTGGACCTCGTGGAGCCATGATTTTCT
ACAGAAAGGGTTTTAAGGAAATTAACAAACAAGGGAAAGAGGTTTTGTATGATTATGAAG
ACAAGATCAATCAAGCTGTCTTCCCTGGTCTTCAAGGTGGTCCACACAACCACACTATTA
CAGGACTAGCTGTTGCTTTAAAACAGGCAACTACTTCAGAGTACAAAGCATACCAAGAGC
AAGTCCTGAGTAACTCTGCAAAGTTTGCTCAGACTCTGATGGAGAGAGGTTATGAACTTG
TTTCTGGTGGAACTGACAACCATCTGGTTCTAGTGAACCTGAAGCCCAAGGGAATTGATG
GATCTAGAGTTGAGAAAGTGTTGGAAGCTGTTCACATTGTATCCAACAAAAACACTGTTC
CTGGAGATGTTTCTGCCATGGTTCCCGGTGGAATCAGAATGGGAACACCTGCTCTCACTT
CCAGAGGTTTTGTTGAGGAAGACTTTGCCAAAGTAGCTGAATACTTTGACAAAGCGGTGA
AGTTGGCTCTCAAAGTCAAATCTGAAGCT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1FY39JQ 610 0 0
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GGAACTGACAACCATCTGGTTTTAGTGAACCTGAAGCCCAAGGGAATTGATGGATCTAGA
GTTGAGAAAGTGTTGGAAGCTGTCCACATTGCATCCAACAAAAACACTGTCCCTGGAGAT
GTTTCTGCCATGGTTCCCGGTGGAATCAGAATGGGTACACCTGCTCTCACTTCCAGAGGT
TTTGTTGAGGAAGACTTTGCCAAAGTAGCTGAATACTTTGACAAAGCTGTGAAGTTGGCT
CTCAGAGTCAAATCTGAAGCTCAAGGAACGAAACTGAAAGATTTTGTGTCAGCAATGGAA
TCGTCTTCAGGCATCCAATCAGAGATAGCCAAGCTGCGCCACGACGTGGAGGAGTTCGCT
AAGCAGTTCCCAACTATTGGGTTTGAGAAAGAAACCATGAAGTACAAGAACTGAATATGT
CTGTCTTTATTATCCTACAAACAAGTTTTCTCTTTATTATTATCATCACATGCTTTGAAC
TTCCATGTAATGTATAGATAATGCTACATGTACTCCATCTTATGATATATGCGAAACATA
CTCACCTTTT

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 13

CO CL179Contig1 819 13 10 U
GGACACACAGCACAAATTGAAAACATAAAACTCAGCTCTTCTCAACCACAATGCAGTACT
ACGAAACACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGAGTCGCCAGGCTAATG
GTCAGAACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCC
CGACTCTGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATG
CCCAAAAGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTCTAGGGCACAAGAGCCAAGAGGCTAACA
AGGGCCATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACA
AAGGTGATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAA
ATGAGCACAAGAAGAAGAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCA
GCGGTAGCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGA
AAGACTGTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAA
GTAGACTAAATGCTTAGAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATA
TGAGCTTCACTACTATGAATCTACTTTCTAACTTTTGCTCCAAAACCAATGGAAAAGACT
AGAGATATCAATGCCTATAACGCTTATCAGCCGGCCAGCTAATAAGTGATCCATACATAC
TTCATAAATTTTAATAAGGATAAACATAAATTTTACTCC


BQ
35 40 45 45 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 45 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 45 45 45 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA13TF U 2
AF RR1CY14TF U 1
AF RR1E036TF U 1
AF RR1E036JQ C 64
AF RR1BA18JQ C 5
AF RR1BA18TF U 5
AF RR1F240TF U 136
AF RR1CE87TF U -1
AF RR1C492TF U 3
AF RR1FO07JQ C 1
AF RR1FO07TF U 1
AF RR1ER90TF U 1
AF RR1ER90JQ C 197
BS 1 104 RR1CY14TF
BS 105 105 RR1E036TF
BS 106 292 RR1CY14TF
BS 293 293 RR1ER90TF
BS 294 668 RR1CY14TF
BS 669 681 RR1E036TF
BS 682 716 RR1ER90TF
BS 717 717 RR1ER90JQ
BS 718 755 RR1ER90TF
BS 756 819 RR1ER90JQ

RD RR1HA13TF 568 0 0
GACACACAGCACAAATTGAAAACATAAAACTCAGCTCTTCTCAACCACAATGCAGTACTA
CGAAACACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGAGTCGCCAGGCTAATGG
TCAGAACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCCC
GACTCTGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATGC
CCAAAAGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTCTAGGGCACAAGAGCCAAGAGGCTAACAA
GGGCCATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACAA
AGGTGATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAAA
TGAGCACAAGAAGAAGAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCAG
CGGTAGCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGAA
AGACTGTATAAAGTAAGTAAACGTAATA

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1CY14TF 668 0 0
GGACACACAGCACAAATTGAAAACATAAAACTCAGCTCTTCTCAACCACAATGCAGTACT
ACGAAACACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGGGTCGCCAGGCTAATG
GTCAGAACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCC
CGACTCTGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATG
CCCAAAAGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTCTAGGGCACAAGAGCCAAGATGCTAACA
AGGGCCATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACA
AAGGTGATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAA
ATGAGCACAAGAAGAAGAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCA
GCGGTAGCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGA
AAGACTGTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAA
GTAGACTAAATGCTTAGAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATA
TGAGCTTC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1E036TF 682 0 0
GGACACACAGCACAAATTGAAAACATAAAACTCAGCTCTTCTCAACCACAATGCAGTACT
ACGAAACACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGAGTCGCCAGGCTAATG
GTCAGAACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCC
CGACTCTGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATG
CCCAAAAGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTCTAGGGCACAAGAGCCAAG**GCTAACA
AGGGCCATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACA
AAGGTGATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAA
ATGAGCACAAGAAGAAGAAG***GATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCA
GCGGTAGCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGA
AAGACTGTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAA
GTAGACTAAATGCTTAGAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATA
TGAGCTTCACTACTATGAATC
C

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1E036JQ 619 0 0
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AGAACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCCCGA
CTCTGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATGCCC
AAAAGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTTTAGGGCACAAGAGCCAAG**GCTAACAAGG
GCCATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACAAAG
GTGATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAAATG
AGCACAAGAAGAAGAAG***GATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCAGCG
GTAGCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGAAAG
ACTGTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAAGTA
GACTAAATGCTTAGAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATATGA
GCTTCACTACTATGAATC
C

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1BA18JQ 685 0 0
GG
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CACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGAGTCGCCAGGCTAATGGTCAGA
ACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCCCGACTT
TGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATGCCCAAA
AGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTTTAGGGCACAAGAGCCAAGAGGCTAACAAGGGCC
ATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACAAAGGTG
ATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAAATGAGC
ACAAGAAGAAGAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCAGCGGTA
GCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGAAAGACT
GTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAAGTAGAC
TAAATGCTTAGAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATATGAGCT
TCACTACTATGAATCTACTTTCT

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR1BA18TF 685 0 0
GG
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CACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGAGTCGCCAGGCTAATGGTCAGA
ACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCCCGACTC
TGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATGCCCAAA
AGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTCTAGGGCACAAGAGCCAAGAGGCTAACAAGGGCC
ATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACAAAGGTG
ATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAAATGAGC
ACAAGAAGAAGAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCAGCGGTA
GCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGAAAGACT
GTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAAGTAGAC
TAAATGCTTAGAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATATGAGCT
TCACTACTATGAATCTACTTTCT

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR1F240TF 546 0 0
G
GGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAATCCCGACTCTGAATTACCG
TAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATGCCCAAAAGGATCAGAA
CGGCTTAGGGACGTTTCTAGGGCACAAGAGCCAAGAGGCTAACAAGGGCCATGGACATGG
TAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACAAAGGTGATTACGGCCT
AGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAAATGAGCACAAGAAGAA
GAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCAGCGGTAGCGACAGCGA
CTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGAAAGACTGTATAAAGTA
AGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAAGTAGACTAAATGCTTA
GAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATATGAGCTTCACTACTAT
GAATC

QA 2 546 2 546
DS 

RD RR1CE87TF 690 0 0
GGCC
ACACACAGCACAAATTGAAAACATAAAACTCAGCTCTTCTCAACCACAATGCAGTACTAC
GAAACACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGAGTCGCCAGGCTAATGGT
CAGAACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCCCG
ACTCTGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATGCC
CAAAAGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTCTAGGGCACAAGAGCCAAGAGGCTAACAAG
GGCCATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACAAA
GGTGATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAAAT
GAGCACAAGAAGAAGAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCAGC
GGTAGCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGAAA
GACTGTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAAGT
AGACTAAATGCTTAGAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATATG
AGCTTCACTACTATGAATCTACTTTC

QA 5 690 5 690
DS 

RD RR1C492TF 682 0 0
GG
ACACAGCACAAATTGAAAACATAAAACTCAGCTCTTCTCAACCACAATGCAGTACTACGA
AACACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGAGTCGCCAGGCTAATGGTCA
GAACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCCCGAC
TCTGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATGCCCA
AAAGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTCTAGGGCACAAGAGCCAAGAGGCTAACAAGGG
CCATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACAAAGG
TGATTACGGCCTAGGAGCGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAAATGA
GCACAAGAAGAAGAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCAGCGG
TAGCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGAAAGA
CTGTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAAGTAG
ACTAAATGCTTAGAATAAA*CCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATATGAG
CTTCACTACTATGAATCTAC

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR1FO07JQ 720 0 0
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ACGAAACACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGAGTCGCCAGGCTAATG
GTCAGAACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCC
CGACTCTGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATG
CCCAAAGGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTCTAGGACACAAGAGCCAAGAGGCTAACA
AGGGCCATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACA
AAGGTGATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAA
ATGAGCACAAGAAGAAGAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCA
GCGGTAGCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGA
AAGACTGTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAA
GTAGACTAAATGCTTAGAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATA
TGAGCTTCACTACTATGAATCTACTTTCTAACTTTTGCTCCAAAACCAATGGA
GAAGACT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1FO07TF 681 0 0
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ACGAAACACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGAGTCGCCAGGCTAATG
GTCAGAACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCC
CGACTCTGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATG
CCCAAAGGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTCTAGGACACAAGAGCCAAGAGGCTAACA
AGGGCCATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACA
AAGGTGATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAA
ATGAGCACAAGAAGAAGAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCA
GCGGTAGCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGA
AAGACTGTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAA
GTAGACTAAATGCTTAGAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATA
TGAGCTTCACTACTATGAATC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1ER90TF 758 0 0
GGACACACAGCACAAATTGAAAACATAAAACTCAGCTCTTCTCAACCACAATGCAGTACT
ACGAAACACGTGGAAAAGAATACTACGATGTGGCTCAAGCCCAGAGTCGCCAGGCTAATG
GTCAGAACCACCACCAGGGATATGGCCAGAGCCAGACCCGCCCAGTATATGGGAAAAGCC
CGACTCTGAATTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATG
CCCAAAAGGATCAGAACGGCTTAGGGACGTTTCTAGGGCACAAGAGCCAAGAGGCTAACA
AGGGCCATGGACATGGTAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACA
AAGGTGATTACGGCCTAGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAA
ATGAGCACAAGAAGAAGAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCA
GCGGTAGCGACAGCGACTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGA
AAGACTGTATAAAGTAAGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAA
GTAGACTAAATGCTTAGAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATA
TGAGCTTCACTACTATGAATCTACTTTCTAACTTTTGCTCCAAAACCAATGGAAAA*ACT
AGAGATATCAATGCCTATAACGCTTATCAGCCGGC
AGC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1ER90JQ 623 0 0
TAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTGTTCAAGGGTAAAAATGCCCAAAAGGATCAGAA
CGGCTTAGGGACGTTTCTAGGGCACAAGAGCCAAGAGGCTAACAAGGGCCATGGACATGG
TAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGAAAACTCATGAGACAAACAAAGGTGATTACGGCCT
AGGAACGTTCATTAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAAATGAGCACAAGAAGAA
GAAGAAGGATGGGCATGGAAGTGGCAATGAGAGTGGAAGCAGCAGCGGTAGCGACAGCGA
CTAAATGAAATGATTTCAATTTCATAAAGCCTGATGCTATAAGAAAGACTGTATAAAGTA
AGTAAACGTAATACTTAGAATAAAGAGAGACTTATATAAAGTAAGTAGACTAAATGCTTA
GAATAAAACCACTTAGATGGTTGTGTCACTCTGCATGTGTTATATGAGCTTCACTACTAT
GAATCTACTTTCTAACTTTTGCTCCAAAACCAATGGAGAAGACTAGAGATATCAATGCCT
ATAACGCTTATCAGCCGGCCAGCTAATAAGTGATCCATACATACTTCATAAATTTTAATA
AGGATAAACATAAATTTTACTCC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 2 13

CO CL180Contig1 632 7 8 U
GGACGGAGTAGTCAGTCGCATCGAGATCGATCTTAGGAAGCAGCAAAAATGGCCGTTCCT
TTGCTTACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCCGCCAAGTTCATCAGGCCCCAGAGCGAC
CGCAGAATCACCGTAAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGACTCCAGGGTCAGA
AGGAAGTTCAAGGGTGTCACCTTGATGCCCAA*TGTTGGATACGGATCTGACAAGAAGAC
CCGCCATTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTTGTGCACAACACGAGTGACCTTGA
GTTGTTGATGATGCACAACAGGACTTACTGCGCTGAGATTGCACACAACGTTTCCACCAA
GAAGAGGAAGGCTATCGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTTGATATTGTTGTCACCAACAGGCT
TGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATAT
TTAGTTGTTTCTGGTTTGTTGCATTTCCCTTTTTGTTATCAGACTGTTTTGGTTTCTTTT
GTGTTTGCTGTCAAAACAGACAAGAGTTTTGGTTTAAGACAGACTATGTTGAGATGGTTC
GTAAACTATTTCAGCTTCAGTATTTCTCGTAC


BQ
20 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 30 10 10 10 

AF RR1AR79JQ C 1
AF RR1AR79TF U 1
AF RR1A671JQ C -3
AF RR1DG91JQ C 30
AF RR1DG91TF U -3
AF RR1DG57TF U 7
AF RR1A671TF U -3
BS 1 53 RR1AR79TF
BS 54 54 RR1DG91TF
BS 55 411 RR1AR79TF
BS 412 412 RR1DG91TF
BS 413 478 RR1AR79TF
BS 479 479 RR1DG91TF
BS 480 629 RR1AR79TF
BS 630 632 RR1A671TF

RD RR1AR79JQ 629 0 0
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CCGCCATTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTTGTGCACAACACGAGTGACCTTGA
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GAAGAGGAAGGCTATCGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTTGATATTGTTGTCACTAACAGGCT
TGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATGT
TTAGTTGTTTCTGGTTTGTTGCATTTCCCTTTTTGTTATCAGACTGTTTTGGTTTCTTTT
GTGTTTGCTGTCAAAACAGACAAGAGTTTTGGTTTAAGACAGACTATGTTGAGATGGTTC
GTAAACTATTTCAGCTTCAGTATTTCTCG

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1AR79TF 629 0 0
GGACGGAGTAGTCAGTCGCATCGAGATCGATCTTAGGAAGCAGCAAAAATGGCTGTTCCT
TTGCTTACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCCGCCAAGTTCATCAGGCCCCAGAGCGAC
CGCAGAATCACCGTAAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGACTCCAGGGTCAGA
AGGAAGTTCAAGGGTGTCACCTTGATGCCCAA*TGTTGGATACGGATCTGACAAGAAGAC
CCGCCATTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTTGTGCACAACACGAGTGACCTTGA
GTTGTTGATGATGCACAACAGGACTTACTGCGCTGAGATTGCACACAACGTTTCCACCAA
GAAGAGGAAGGCTATCGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTTGATATTGTTGTCACTAACAGGCT
TGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATGT
TTAGTTGTTTCTGGTTTGTTGCATTTCCCTTTTTGTTATCAGACTGTTTTGGTTTCTTTT
GTGTTTGCTGTCAAAACAGACAAGAGTTTTGGTTTAAGACAGACTATGTTGAGATGGTTC
GTAAACTATTTCAGCTTCAGTATTTCTCG

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1A671JQ 634 0 0
GGGCTT
ACGGAGTAGTCAGTCGCATCGAGATCGATCTTAGGAAGCAGCAAAAATGGCCGTTCCTTT
GCTTACGAAGAAGGTGGTGAAGAATAGGTCCGCCAAGTTCATCAGGCCCCAGAGCGACCG
CAGAATCACCGTAAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGACTCCAGGGTCAGAAG
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GCCATTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTTGTGCACAACACGAGTGACCTTGAGT
TGTTGATGATGCACAACAGGACTTACTGCGCTGAGATTGCACACAACGTTTCCACCAAGA
AGAGGAAGGCTATCGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTTGATATTGTTGTCACCAACAGGCTTG
CTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATATTT
AGTTGTTTCTGGTTTGTTGCATTTCCCTTTTTGTTATCAGACTGTTTTGGTTTCTTTTGT
GTTTGCTGTCAAAACAGACAAGAGTTTTGGTTTAAGACAGACTATGTTGAGATGGTTCGT
AAACTATTTCAGCTTCAGTATTTCTCG
T

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DS 

RD RR1DG91JQ 592 0 0
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AGTTCGTTGTGCACAACACGAGTGACCTTGAGTTGTTGATGATGCACAACAGGACTTACT
GCGCTGAGATTGCACACAACGTTTCCACCAAGAAGAGGAAGGCTATCGTCGAGAGAGCTT
CTCAGCTTGATATTGTTGTCACCAACAGGCTTGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGT
GAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATATTTAGTTGTTTCTGGTTTGTTGCATTTCCC
TTTTTGTTATCAGACTGTTTTGGTTTCTTTTGTGTTTGCTGTCAAAACAGACAAGAGTTT
TGGTTTAAGACAGACTATGTTGAGATGGTTCGTAAACTATTTCAGCTTCAGT

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1DG91TF 625 0 0
GGGCTT
ACGGAGTAGTCAGTCGCATCGAGATCGATCTTAGGAAGCAGCAAAAATGGCCGTTCCTTT
GCTTACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCCGCCAAGTTCATCAGGCCCCAGAGCGACCG
CAGAATCACCGTAAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGACTCCAGGGTCAGAAG
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GCCATTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTTGTGCACAACACGAGTGACCTTGAGT
TGTTGATGATGCACAACAGGACTTACTGCGCTGAGATTGCACACAACGTTTCCACCAAGA
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CTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATATTT
AGTTGTTTCTGGTTTGTTGCATTTCCCTTTTTGTTATCAGACTGTTTTGGTTTCTTTTGT
GTTTGCTGTCAAAACAGACAAGAGTTTTGGTTTAAGACAGACTATGTTGAGATGGTTCGT
AAACTATTTCAGCTTCAGT

QA 7 625 7 625
DS 

RD RR1DG57TF 622 0 0
G
GTAGTCAGTCGCATCGAGATCGATCTTAGGAAGCAGCAAAAATGGCCGTTCCTTTGCTTA
CGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCCGCCAAGTTCATCAGGCCCCAGAGCGACCGCAGAA
TCACCGTAAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGACTCCAGGGTCAGAAGGAAGT
TCAAGGGTGTCACCTTGATGCCCAA*TGTTGGATACGGATCTGACAAGAAGACCCGCCAT
TACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTTGTGCACAACACGAGTGACCTTGAGTTGTTG
ATGATGCACAACAGGACTTACTGCGCTGAGATTGCACACAACGTTTCCACCAAGAAGAGG
AAGGCTATCGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTTGATATTGTTGTCACCAACAGGCTTGCTAGG
CTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATATTTAGTTG
TTTCTGGTTTGTTGCATTTCCCTTTTTGTTATCAGACTGTTTTGGTTTCTTTTGTGTTTG
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ATTTCAGCTTCAGTATTTCTC

QA 2 622 2 622
DS 

RD RR1A671TF 636 0 0
GGGCTT
ACGGAGTAGTCAGTCGCATCGAGATCGATCTTAGGAAGCAGCAAAAATGGCCGTTCCTTT
GCTTACGAAGAAGGTGGTGAAGAATAGGTCCGCCAAGTTCATCAGGCCCCAGAGCGACCG
CAGAATCACCGTAAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGACTCCAGGGTCAGAAG
GAAGTTCAAGGGTGTCACCTTGATGCCCAA*TGTTGGATACGGATCTGACAAGAAGACCC
GCCATTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTTGTGCACAACACGAGTGACCTTGAGT
TGTTGATGATGCACAACAGGACTTACTGCGCTGAGATTGCACACAACGTTTCCACCAAGA
AGAGGAAGGCTATCGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTTGATATTGTTGTCACCAACAGGCTTG
CTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATATTT
AGTTGTTTCTGGTTTGTTGCATTTCCCTTTTTGTTATCAGACTGTTTTGGTTTCTTTTGT
GTTTGCTGTCAAAACAGACAAGAGTTTTGGTTTAAGACAGACTATGTTGAGATGGTTCGT
AAACTATTTCAGCTTCAGTATTTCTCGTAC

QA 7 636 7 636
DS 



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GGTGACAACAATATCAAGCTGAGAAGCTCTCTCGACGATAGCCTTCCTCTTCTTGGTGGA
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GGGCCTGATGAAATTGGTGGACCTCTTCTTCACCACCTTCTTCGTAAGCAAAGGAACGGC
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BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1E049JQ U 56
AF RR1FX68TF C 1
AF RR1FX68JQ U 2
AF RR1E049TF C 8
AF RR1G028JQ U 2
AF RR1G028TF C 2
BS 1 1 RR1FX68TF
BS 2 651 RR1FX68JQ

RD RR1E049JQ 171 0 0
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TCTCAAGTAGCTTCTCTTTGTTATCTTCACTCGTCTTCTTGGCTACGGAGC

QA 1 171 1 171
DS 

RD RR1FX68TF 651 0 0
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CAACACAGTCTTGTCTTAACCCAAAACTCTTGTTTGTTTTGGCAGCAAACACAAAAGAAA
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GGTGACAACAATATCAAGCTGAGAAGCTCTCTCGACGATAGCCTTCCTCTTCTTGGTGGA
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GCTCGTGTTGTGCACAACGAACTTCTTGAACCCATTGGGGAGGTAGTGGCGGGTCTTCTT
GTCAGATCCGTAACCAACATTGGGCATCAAGGTGACACCCTTGAACTTCCTTCTGACCCT
GGAGTCAATACCCTTTGGCCTCCTCCAACTTTCCTTTACGGTGATTCTGCGGTCGCTCTG
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CATTTTTGCTGCTTCCTAAGATTGATCTCGATGCGACTGACTACTCCGTCC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1FX68JQ 650 0 0
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QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1E049TF 639 0 0
TTTTTTTTT
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ACAAAAAGGGAAATGCAACAAACCAGAAACAACTAAATATCTCAAGTAGCTTCTCTTTGT
TATCTTCACTCGTCTTCTTGGCTACGGAGCCTAGCAAGCCTGTTGGTGACAACAATATCA
AGCTGAGAAGCTCTCTCGACGATAGCCTTCCTCTTCTTGGTGGAAACGTTGTGTGCAATC
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ACGAACTTCTTGAACCCATTGGGGAGGTAGTGGCGGGTCTTCTTGTCAGATCCGTAACCA
ACATTGGGCATCAAGGTGACACCCTTGAACTTCCTTCTGACCCTGGAGTCAATACCCTTT
GGCCTCCTCCAGCTTTCCTTTACGGTGATTCTGCGGTCGCTCTGGGGCCTGATGAACTTG
GCGGACCTCTTCTTCACCACCTTCTTCGTAAGCAAAGGAACGGCCATTTTTGCTGCTTCC
TAAGATTGATCTCGATGCGACTGACTAC
CC

QA 10 637 10 637
DS 

RD RR1G028JQ 615 0 0
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GGCCTGATGAAATTGGTGGACCTCTTCTTCACCACCTTCTTCGTAAGCAAAGGAACGGCC
ATTTTTGCTGCTTCC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1G028TF 650 0 0
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CAAAGCAGTCTGATAACAAAAAGGGAAATGCAACAAACCAGAAATAACTAAATATCTCAA
GTAGCTTCCCTTTGTTATCTTCACTCGTCTTCTTGGCTACGGAGCCTAGCAAGCCTGTTG
GTGACAACAATATCAAGCTGAGAAGCTCTCTCGACGATAGCCTTCCTCTTCTTGGTGGAA
ACGTTGTATGCAATCTCGGCGCAGTAAGTCCTGTTGTGCATCATCAACAACTCGAGGTCG
CTCGTGTTGTGCACAACGAACTTCTTGAACCCATTGGGGAGGTAGTGGCGGGTCTTCTTG
TCAGATCCGTAACCAACATTGGGCATCAAGGTGACACCCTTGAACTTCCTTCTGACCCTG
GAGTCAATACCCTTTGGCCTCCTCCAACTTTCCTTTACGGTGATTCTGCGGTCGCTCTGG
GGCCTGATGAAATTGGTGGACCTCTTCTTCACCACCTTCTTCGTAAGCAAAGGAACGGCC
ATTTTTGCTGCTTCCTAAGATTGATCTCGATGCGACTGACTACTCCGTCC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 2 12

CO CL181Contig1 478 4 8 U
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ATTCAAGCTAATAAATCAAGATGCAGAACGAAGAGGGTCAGATCACAGAACTATACGTTC
CTAGGAAATGCTCTGCTACTAACCGGATGATCACATCAAAGGATCATGCATCTGTCCAGC
TCAACATTGGGCATTTAGATGCTGATGGCGTCTACACCGGACAATTCACTACCTTTGCTC
TCTGTGGTTTTGTTCGTGCCCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTGTGGCAGA
AGAAGAAGGTCGAAGCCAAACAAATTTAAGATGCTCTTATTTAAGCTTTTTTTTTCTTTT
GTTATTTAATTAAACAAAGATTATTGACAATTCCGAAGTAATTGATTCTTGCTCTCTATG
CTTGGTTTTATTTTCTCTTGCTTGTTCTGAATATTCATCTAGTGAGAGATTGCAGTAT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ES03JQ C 1
AF RR1ES03TF U 1
AF RR1BT70JQ C 1
AF RR1BT70TF U 1
BS 1 47 RR1ES03TF
BS 48 48 RR1BT70TF
BS 49 223 RR1ES03TF
BS 224 224 RR1BT70TF
BS 225 404 RR1ES03TF
BS 405 405 RR1BT70TF
BS 406 416 RR1ES03TF
BS 417 478 RR1BT70TF

RD RR1ES03JQ 416 0 0
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GTTATTTAATTAAACAAAGATTATTGACAATTCCGAAGTAATTGCTTCTTGCTCTC

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR1ES03TF 416 0 0
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ATTCAAGCTAATAAATCAAGATGCAGAACGAAGAGGGTCAGATCACAGAACTATACGTTC
CTAGGAAATGCTCTGCTACTAACCGGATGATCACATCAAAGGATCATGCATCTGTCCAGC
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TCTGTGGTTTTGTTCGTGCCCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTGTGGCAGA
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GTTATTTAATTAAACAAAGATTATTGACAATTCCGAAGTAATTGCTTCTTGCTCTC

QA 1 416 1 416
DS 

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CTAGGAAATGCTCTGCTACTAACCGGATGATCACATCAAAGGATCATGCCTCTGTCCAGC
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CTTGGTTTTATTTTCTCTTGCTTGTTCTGAATATTCATCTAGTGAGAGATTGCAGTAT

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR1BT70TF 478 0 0
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CTTGGTTTTATTTTCTCTTGCTTGTTCTGAATATTCATCTAGTGAGAGATTGCAGTAT

QA 1 478 1 478
DS 



CO CL181Contig2 470 8 8 U
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TTTGCTAGACCCTTGGTTCTAGTGCTATTGCTTGTCGAGCTTTTTCGCTA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 0 10 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1FF58JQ C 1
AF RR1FF58TF U 1
AF RR1BJ58JQ C 10
AF RR1BJ58TF U 10
AF RR1DO51TF U 10
AF RR1GA13TF U 10
AF RR1C020JQ C 11
AF RR1C020TF U 11
BS 1 9 RR1FF58TF
BS 10 11 RR1BJ58TF
BS 12 407 RR1FF58TF
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QA 1 108 1 108
DS 

RD RR1FF58TF 407 0 0
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TGATCTACAATTCAAGCTAATAAATCAAGATGCAGAACGAAGAGGGTCAGATCACAGAAC
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TGTGGCAGAAAAAGAAGGTCGAAGCCAAACAAATCTAAGATGCTTATTTTAAGCTGTCGT
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QA 1 407 1 407
DS 

RD RR1BJ58JQ 417 0 0
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QA 1 417 1 417
DS 

RD RR1BJ58TF 417 0 0
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QA 1 417 1 417
DS 

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TCTGCGGTTTCGTTCGTGCCCAGGGAGATGCAGACAGTGGCGTGGACAGGTTGTGGCATA
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TGTTATTTAATTAAAAGAAAGACCATCGGATATTACTGAAGTAATGATTTTTTTGCTAGA
CCCTTGGTTCTAATGCTATTGCTTGTCGAGC
CG

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1GA13TF 461 0 0
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AAAAGAAGGTCGAAGCCAAACAAATCTAAGATGCTTATTTTAAGCTGTCGTTCTCTCTTT
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CCCTTGGTTCTAATGCTATTGCTTGTCGAGCTTTTTCGCTA

QA 1 461 1 461
DS 

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CCTTGGTTCTAGTGCTATTGCTTGTCGAGCTTTTTCGCT

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1C020TF 459 0 0
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CAACATTGGTCATTTAGATGCTGATGGCGTCTACACAGGGCAATTCACTACCTTTGCTCT
CTGCGGTTTCGTTCGTGCCCAGGGAGATGCAGACAGTGGCGTGGACAGGTTGTGGCAGAA
AAAGAAGGTCGAAGCCAAACAAATCTAAGATGCTTATTTTAAGCTGTCGTTCTCTCTTTT
GTTATTTAATTAAAAGAAAGACCATCGGATATTACTGAAGTAATGATTTTTTTGCTAGAC
CCTTGGTTCTAGTGCTATTGCTTGTCGAGCTTTTTCGCT

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 12

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AAAGTACTTTTATCTACTTTATTATCAGTTTATTATATGCTTTTATAGTAACTTCAATCT
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AACTCATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATACCTTTAATCTTATCTTTGTCGTGTTCG
TTAATAATGCCCACCGTAGAACCTTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATGATAGGAATCGAG
AATGTGATGGCAACTTCTAAACTTCCAACCGCACCAAAACCAATATTACTTGGAATGTGT
TTAGCTCCGAAATTAGTAAGCTGAGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTGATTTGAGTGGCA
TCGAGCTTATCTTGTAGGTTGCGAGCAAAGACAGTGCTGAAACATTGAACGAACATGAAT
CCTATACATAAAGTATTATATGTTAGCGTTGTCATTTTCTCCACTTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 
55 55 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
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70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 55 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 
65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 30 30 30 30 30 

AF RR1GN44JQ U 34
AF RR1DY57TF C 84
AF RR1DY57JQ U 49
AF RR1FP89JQ U 1
AF RR1FP89TF C 1
AF RR1A570TF C 22
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AF RR1C920JQ U 65
AF RR1C920TF C 49
AF RR1CI87JQ U 49
AF RR1CI87TF C 56
AF RR1A570JQ U 61
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BS 558 560 RR1C920JQ
BS 561 649 RR1FP89JQ

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AACTTATTTGTCTCAAAAACCATAGGTAAAGTACTTTTACCTACTTTATTATCAGTTTAT
TATATGCTTTTATAGTAACTTCAATCTCCACTCTCCAGCTAACATAACTCTCAGGAAAGT
GGCATGGTCTTCAATACTCGGTTTTTAGGAATGGTTTCTCCCTCGCTGTGTCAGAACTCT
ACACCATCTTTTCCAGGGGAAAGACCAAACTCATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATA
CCTTTAATCTTATCTTTGTCGTGTTCGTTAATAATGCCCACCGTAGAACCTTCCTTTGGA
AAAGGAATCTGGATGATAGGAATCGAGAATGTGATGGCAACTTCTGAACTTCCAACCGCA
CCAAAACCAATATTACTTGGAATGTGTTTGGCTCCAAAATTA
TTAACCT

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DS 

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ATCAGTTTATTATATGCTTTTATAGTAACTTCAATCTCCACTCTCCAGCTAACATAACTC
TCAGGAAAGTGGCATGGTCTTCAATACTCGGTTTTTAGGAATGGTTTCTCCCTCGCTGTG
TCAGAACTCTACACCATCTTTTCCAGGGGAAAGACCAAACTCATGAGTAGTCGCTGGAGT
AATTACAATACCTTTAATCTTATCTTTGTCGTGTTCGTTAATAATGCCCACCGTAGAACC
TTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATGATAGGAATCGAGAATGTGATGGCAACTTCTAAACT
TCCAACCGCACCAAAACCAATATTACTTGGAATGTGTTTAGCTCCGAAATTAGTAAGCTG
AGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTGATTTGAGTGGCATCGAGC

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DS 

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AAAACCATAGGTAAAGTACTTTTATCTACTTTATTATCAGTTTATTATATGCTTTTATAG
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ACTCGGTTTTTAGGAATGGTTTCTCCCTCGCTGTGTCAAAACTCTACACCATCTTTTCCA
GGGGAAAGACCAAACTCATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATACCTTTAATCTTATCT
TTGTCGTGTTCGTTAATAATGCCCACCGTAAAACCTTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATG
ATAGGAATCGAGAATGTGATGGCAACTTCTAAACTTCCAACCGCACCAAAACCAATATTA
CTTGGAATGTGTTTAGCTCCGAAATTAGTAAGCTGAGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTG
ATTTGAGTGGCATCGAGC

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DS 

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GTTGACCGATTCTTGATTGATTTGGTTTACAACAACTTATTTGTCTCAAAAACCATAGGT
AAAGTACTTTTATCTACTTTATTATCAGTTTATTATATGCTTTTATAGTAACTTCAATCT
CCACTCTCCAGCTAACATAACTCTCAGGAAAGTGGCATGGTCTTCAATACTCGGTTTTTA
GGAATGGTTTCTCCCTCGCTGTGTCAGAACTCTACACCATCTTTTCCAGGGGAAAGACCA
AACTCATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATACCTTTAATCTTATCTTTGTCGTGTTCG
TTAATAATGCCCACCGTAGAACCTTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATGATAGGAATCGAG
AATGTGATGGCAACTTCTAAACTTCCAACCGCACCAAAACCAATATTACTTGGAATGTGT
TTAGCTCCGAAATTAGTAAGCTGAGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTGATTTGAGTGGCA
TCGAGCTTATCTTGTAGC**GCGAGCAAAGACAGTGCTGAAACATTGAACGAACATGAAT
CCTATACATAAAGTATTATATGTTAGCGTTGTCATTTTCTCCACTTCCC

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DS 

RD RR1FP89TF 649 0 0
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GTTGACCGATTCTTGATTGATTTGGTTTACAACAACTTATTTGTCTCAAAAACCATAGGT
AAAGTACTTTTATCTACTTTATTATCAGTTTATTATATGCTTTTATAGTAACTTCAATCT
CCACTCTCCAGCTAACATAACTCTCAGGAAAGTGGCATGGTCTTCAATACTCGGTTTTTA
GGAATGGTTTCTCCCTCGCTGTGTCAGAACTCTACACCATCTTTTCCAGGGGAAAGACCA
AACTCATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATACCTTTAATCTTATCTTTGTCGTGTTCG
TTAATAATGCCCACCGTAGAACCTTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATGATAGGAATCGAG
AATGTGATGGCAACTTCTAAACTTCCAACCGCACCAAAACCAATATTACTTGGAATGTGT
TTAGCTCCGAAATTAGTAAGCTGAGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTGATTTGAGTGGCA
TCGAGCTTATCTTGTAGC**GCGAGCAAAGACAGTGCTGAAACATTGAACGAACATGAAT
CCTATACATAAAGTATTATATGTTAGCGTTGTCATTTTCTCCACTTCCC

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DS 

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GG
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GGTTTACAACAACTTATTTGTCTCAAAAACCATAGGTAAAGTACTTTTATCTACTTTATT
ATCAGTTTATTATATGCTTTTATAGTAACTTCAATCTCCACTCTCCAGCTAACATAACTC
TCAGGAAAGAGGCATGGCCTTCAATACTCGGTTTTTAGGAATGGTTTCTCCCTCGCTGTG
TCAGAACTCTACACCATCTTTTCCAGGGGAAAGACCAAACTCATGAGTAGTCGCTGGAGT
AATTACAATACCTTTAATCTTATCTTTGTCGTGTTCGTTAATAATGCCCACCGTAGAACC
TTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATGATAGGAATCGAGAATGTGATGGCAACTTCTAAACT
TCCAACCGCACCAAAACCAATATTACTTGGAATGTGTTTAGCTCCGAAATTAGTAAGCTG
AGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTGATTTGAGTGGCATCGAGCTTATCTTGTAGGTTGCG
AGCAAAGACAGTGCTGAAACATTGAACGAACATGAATCCTATACATAAAGTATTATATGT
TAGCGTTGTCATTTTCTCCACTTCCC

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AATGGTTTCTCCCTCGCTGTGTCAGAACTCTACACCATCTTTTCCAGGGGAAAGACCAAA
CTCATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATACCTTTAATCTTATCTTTGTCGTGTTCGTT
AATAATGCCCACCGTAGAACCTTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATGATAGGAATCGAGAA
TGTGATGGCAACTTCTAAACTTCCAACCGCACCAAAACCAATATTACTTGGAATGTGTTT
AGCTCCGAAATTAGTAAGCTGAGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTGATTTGAGTGGCGTC
GAGCTTATCTTGTAGGTTGCGAGCAAAGACAGTGCTGAAACATTGAATGAACATGAATCC
TATACATAAAGTATTATATGTTAGCGTTGTCATTTTCTCCAC
CC

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DS 

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TACTTTTATCTACTTTATTATCAGTTTATTATATGCTTTTATAGTAACTTCAATCTCCAC
TCTCCAGCTAACATAACTCTCAGGAAAGTGGCATGGTCTTCAATACTCGGTTTTTAGGAA
TGGTTTCTCCCTCGCTGTGTCAGAACTCTACACCATCTTTTCCAGGGGAAAGACCAAACT
CATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATACCTTTAATCTTATCTTTGTCGTGTTCGTTAA
TAATGCCCACCGTAAAACCTTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATGATAGGAATCGAGAATG
TGATGGCAACTTCTAAACTTCCAACCGCACCAAAACCAATATTACTTGGAATGTGTTTAG
CTCCGAAATTAGTAAGCTGAGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTGATTTGAGTGGCATCGA
GCTTATCTTGTAGGTTGCGAGCAAAGACAGTGCTGAAACATTGAACGAACATGAATCCTA
TACATAAAGTATTATATGTTAGCGTTGTCATTTTCTCC
CC

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DS 

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TAACTTCAATCTCCACTCTCCAGCTAACATAACTCTCAGGAAAGTGGCATGGTCTTCAAT
ACTCGGTTTTTAGGAATGGTTTCTCCCTCGCTGTGTCAGAACTCTACACCATCTTTTCCA
GGGGAAAGACCAAACTCATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATACCTTTAATCTTATCT
TTGTCGTGTTCGTTAATAATGCCCACCGTAGAACCTTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATG
ATAGGAATCGAGAATGTGATGGCAACTTCTAAACTTCCAACCGCACCAAAACCAATATTA
CTTGGAATGTGTTTAGCTCCGAAATTAGTAAGCTGAGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTG
ATTTGAGTGGCATCGAGCTTATCTTGTAGGTTGCGAGCAAAGACAGTGCTGAAACATTGA
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CC

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DS 

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AAAACCATAGGTAAAGTACTTTTATCTACTTTATTATCAGTTTATTATATGCTTTTATAG
TAACTTCAATCTCCACTCTCCAGCTAACATAACTCTTAGGAAAGTGGCATGGTCTTCAAT
ACTCGGTTTTTAGGAATGGTTTCTCCCTCGCTGTGTCAGAACTCTACACCATCTTTTCCA
GGGGAAAGACCAAACTCATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATACCTTTAATCTTATCT
TTGTCGTGTTCGTTAATAATGCCCACCGTAGAACCTTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATG
ATAGGAATCGAGAATGTGATGGCAACTTCTAAACTTCCAACCGCACCAAAACCAATATTA
CTTGGAATGTGTTTAGCTCCGAAATTAGTAAGCTGAGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTG
ATTTGAGTGGCATCGAGCTTATCTTGTAGGTTGCGAGCAAAGACAGTGCTGAAACATTGA
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CC

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DS 

RD RR1CI87TF 580 0 0
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TTTTAGGAATGGTTTCTCCCTCGCTGTGTCAGAACTCTACACCATCTTTTCCAGGGGAAA
GACCAAACTCATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATACCTTTAATCTTATCTTTGTCGT
GTTCGTTAATAATGCCCACCGTAGAACCTTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATGATAGGAA
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TGTGTTTAGCTCCGAAATTAGTAAGCTGAGCTGTTTCGACATGTTTTGGTGTGATTTGAG
TGGCATCGAGCTTATCTTGTAGGTTGCGAGCAAAGACAGTGCTGAAACATTGAACGAACA
TGAATCCTATACATAAAGTATTATATGTTAGCGTTGTC
CC

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1A570JQ 589 0 0
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AAAGTACTTTTATCTACTTTATTATCAGTTTATTATATGCTTTTATAGTAACTTCAATCT
CCACTCTCCAGCTAACATAACTCTCAGGAAAGAGGCATGGCCTTCAATACTCGGTTTTTA
GGAATGGTTTCTCCCTCGCTGTGTCAGAACTCTACACCATCTTTTCCAGGGGAAAGACCA
AACTCATGAGTAGTCGCTGGAGTAATTACAATACCTTTAATCTTATCTTTGTCGTGTTCG
TTAATAATGCCCACCGTAGAACCTTCCTTTGGAAAAGGAATCTGGATGATAGGAATCGAG
AATGTGATGGCAACTTCTAAACTTCCAACCGCACCAAAACCAATATTACTTGGAATGTGT
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TCGAGCTTATCTTGTAGGTTGCGAGCAAAGACAGTGCTGAAACATTGAACGAACATGAAT
CCTATACATAAAGTATTATATGTTAGCGTTGTCATTTTCTCCACTTCCC

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DS 



AS 1 13

CO CL183Contig1 758 13 6 U
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AAATTAAGTTGAGGGAAAATTAATCATTAAACATGGCAAAAATCTCTTTTGTACTTCTCG
TCGTCGCCCTTATTGTCTTTCTACATGTCTCTGAGGCTCATCGTTCGATAAATTCCAACG
AATTAGTACTAGAAAACAACCTGAATGAAGCCAAGGGCTTGATCGAAGAGGAGTTGAAGA
AAACGGAAAAGAACATTCAGAAGTTGGAAACCGATGTGAGTATATTAAGCAAATCTGAGA
TGATGTTGAAGAAACTCGAAGAAGCTTACAAAAATGGTAAGAGTATAGAGCCTTTCAGAA
AAAATCTCAAGGCATCCGACGATAAGATCGAGCAGGAGCCAGAAGAAGTGAGATACATTT
CCATAATTAAATGCATTTTGAAGGATTTAGGATTAAACGGAGGGAGATGTTGAAACAAGA
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GCTTTACAACTGAGAGGAGCAAATAATTTGCCCACCGTATATATTAACTAATTGCATCAA
TTGTATACATTTAAACAAAATGCATTACTTATAGTTAATAATGTAATCTATCTTTGTGCT
AACATTTGGTTAATTAGTTATCAACACATTATAATAGCTACAGAATGAGTACATTTTTTT
*TTCACACATAAAAAATAATTTATGAGTTGATTTATCC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 20 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 20 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 
45 45 45 45 45 45 40 40 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FS51TF U 6
AF RR1FS51JQ C 23
AF RR1FR20TF U 1
AF RR1FR20JQ C 1
AF RR1BP06TF U 1
AF RR1EX76TF U 8
AF RR1AU83TF U 1
AF RR1AU83JQ C 168
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RD RR1FS51TF 685 0 0
GGGGACTCATTCCTCTC
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ATCATTAAACATGGCAAAAATCTCTTTTGTACTTCTCGTCGTCGCCCTTATTGTCTTTCT
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GAATGAAGCCAAGGGCTTGATCGAAGAGGAGTTGAAGAAAACGGAAAAGAACATTCAGAA
GTTGGAAACCGATGTGAGTATATTAAGCAAATCTGAGATGATGTTGAAGAAACTCGAAGA
AGCTTACAAAAATGGTAAGAGTATAGAGCCTTTCAGAAAAAATCTCAAGGCATCCGACGA
TAAGATCGAGCAGGAGCCAGAAGAAGTGAGATACATTTCCATAATTAAATGCATTTTGAA
GGATTTAGGATTAAACGGAGGGAGATGTTGAAACAAGATTTAGGGTGTGATGGATGTTGA
TGCGTTCAAAGGAGGTTTCAATTGGCCCATGGAGTTTGGCTTTACAACTGAGAGGAGCAA
ATAATTTGCCCACCGTATATATTAACTAATTGCATCAATTGTATACATTTAAACAAAATG
CATTACTTATAGTTAATAATGTAATCTATCTTTGTGCTAACATTTGGTTAATTAGTTATC
A
CACATTA

QA 18 678 18 678
DS 

RD RR1FS51JQ 677 0 0
CATATTTT
CTTTTAACAACTTATAATTTGATCTATTTCAAATTAAGTTGAGGGAAAATTAATCATTAA
ACATGGCAAAAATCTCTTTTGTACTTCTCGTCGTCGCCCTTATTGTCTTTCTACATGTCT
CTGAGGCTCATCGTTCGATAAATTCCAACGAATTAGTACTAGAAAACAACCTGAATGAAG
CCAAGGGCTTGATCGAAGAGGAGTTGAAGAAAACGGAAAAGAACATTCAGAAGTTGGAAA
CCGATGTGAGTATATTAAGCAAATCTGAGATGATGTTGAAGAAACTCGAAGAAGCTTACA
AAAATGGTAAGAGTATAGAGCCTTTCAGAAAAAATCTCAAGGCATCCGACGATAAGATCG
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ATAGTTAATAATGTAATCTATCTTTGTGCTAACATTTGGTTAATTAGTTATCAACACATT
ATAATAGC
C

QA 9 676 9 676
DS 

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AAATTAAGTTGAGGGAAAATTAATCATTAAACATGGCAAAAATCTCTTTTGTACTTCTCG
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AATTAGTACTAGAAAACAACCTGAATGAAGCCAAGGGCTTGATCGAAGAGGAGTTGAAGA
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AACATTTGGTTAATTAGTTATCAACAC
CAAAAA

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DS 

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AAATTAAGTTGAGGGAAAATTAATCATTAAACATGGCAAAAATCTCTTTTGTACTTCTCG
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TTGTATACATTTAAACAAAATGCATTACTTATAGTTAATAATGTAATCTATCTTTGTGCT
AACATTTGGTTAATTAGTTATCAACAC
C

QA 1 687 1 687
DS 

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AAATTAAGTTGAGGGAAAATTAATCATTAAACATGGCAAAAATCTCTTTTGTACTTCTCG
TCGTCGCCCTTATTGTCTTTCTACATGTCTCTGAGGCTCATCGTTCGATAAATTCCGACG
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TGATGTTGAAGAAACTCGAAGAAGCTTACAAAAATGGTAAGAGTATAGAGCCTTTCAGAA
AAAATCTCAAGGCATCCGACGATAAGATCGAGCAGGAGCCAGAAGAAGTGAGATACATTT
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GCTTTACAACTGAGAGGAGCAAATAATTTGCCCACCGTATATATTAACTAATTGCATCAA
TTGTATACATTTAAACAAAATGCATTACTTATAGTTAATAATGTAATCTATCTTTGTGCT
AACATTTGGTTAATTAGTTAT

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DS 

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GTTGAGGGAAAATTAATCATTAAACATGGCAAAAATCTCTTTTGTACTTCTCGTCGTCGC
CCTTATTGTCTTTCTACATGTCTCTGAGGCTCATCGTTCGATAAATTCCAACGAATTAGT
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CATTTAAACAAAATGCATTACTTATAGTTAATAATGTAATCTATCTTTGTGCTAACATTT
GGTTAATTAGTTATCAACACATTATAATAGCTACAGAATGAGTACATTTTTTT

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DS 

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AAATTAAGTTGAGGGAAAATTAATCATTAAACATGGCAAAAATCTCTTTTGTACTTCTCG
TCGTCGCCCTTATTGTCTTTCTACATGTCTCTGAGGCTCATCGTTCGATAAATTCCAACG
AATTAGTACTAGAAAACAACCTGAATGAAGCCAAGGGCTTGATCGAAGAGGAGTTGAAGA
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GCTTTACAACTGAGAGGAGCAAATAATTTGCCCACCGTATATATTAACTAATTGCATCAA
TTGTATACATTTAAACAAAATGCATTACTTATAGTTAATAATGTAATCTATCTTTGTGCT
AACATTTGGTTAATTAGTTATCAACACATTATAATAGCTACAGAATGAGTACATTTTTTT
CTTCACACAT

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DS 

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CTATCTTTGTGCTAACATTTGGTTAATTAGTTATCAACACATTATAATAGCTACAGAATG
AGTACATTTTTT*CTTCACACATAAAAAATAATTTATGAGTTGATTTATCC

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DS 

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TGGTTAATTAGTTATCAACACATTATAATAGCTACAGAATGAGTACATTTTTTT*TTCAC
ACAT
A

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DS 

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ACATTTAAACAAAATGCATTACTTATAGTTAATAATGTAATCTATCTTTGTGCTAACATT
TGGTTAATTAGTTATCAACACATTATAATAGCTACAGAATGAGTACATTTTTTT*TTCAC
ACAT

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1BG40TF 544 0 0
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TCAAGGCATCCGACGATAAGATCGAGCAGGAGCCAGAAGAAGTGAGATACATTTCCATAA
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ACAT

QA 1 544 1 544
DS 

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ACATTTAAACAAAATGCATTACTTATAGTTAATAATGTAATCTATCTTTGTGCTAACATT
TGGTTAATTAGTTATCAACACATTATAATAGCTACAGAATGAGTACATTTTTTT*TTCAC
ACA

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1BD01TF 541 0 0
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TGAAGAAACTCGAAGAAGCTTACAAAAATGGTAATAGTATAGAGCCTTTCAGAAAAAATC
TCAAGGCATCCGACGATAAGATCGAGCAGGAGCCAGAAGAAGTGAGATACATTTCCATAA
TTAAATGCATTTTGAAGGATTTAGGATTAAACGGAGGGAGATGTTGAAACAAGATTTAGG
GTGTGATGGATGTTGATGCGTTCAAAGGAGGTTTCAATTGGCCCATGGAGTTTGGCTTTA
CAACTGAGAGGAGCAAATAATTTGCCCACCGTATATATTAACTAATTGCATCAATTGTAT
ACATTTAAACAAAATGCATTACTTATAGTTAATAATGTAATCTATCTTTGTGCTAACATT
TGGTTAATTAGTTATCAACACATTATAATAGCTACAGAATGAGTACATTTTTTT*TTCAC
A

QA 1 541 1 541
DS 



AS 2 13

CO CL184Contig1 796 11 11 U
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CATTTGCTCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGA
GGAACTGGAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCG
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GAAATCTAAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAATAAACA
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TGAGGACGCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAAAATCTCTATCAC
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TCCCTCCGATCAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 45 45 45 45 45 45 45 25 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ72TFB U 8
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AF RR1E632JQ C 50
AF RR1EH83TF U 7
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QA 1 349 1 349
DS 

RD RR1E632TF 695 0 0
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QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1FI25TF 692 0 0
GGG
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GAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGACTCAAT
TCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTT
GATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGAAATCT
AAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAATAAACAAGAAGCT
AAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGAT
GAGCTTGCTGAGGTAATAAGGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTG
TGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGAC
GCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAAAATCTCTATCACTTCTTTT
ACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTAGACACCTTT
TTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATACA

QA 4 692 4 692
DS 

RD RR1E632JQ 646 0 0
GTTGTTATCACCATTTGCTCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAAC
GCCGTCGCGGAGGAACTGGAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGAT
TTGAGAAACCGACTCAATTCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATG
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CTACAAAAGGTGAAATCTAAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTA
ACAAATAAACAAGAAGCTAAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTG
CTGGAGGAAACGGAAGATGAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGA
GATGCGCGCAAGGTTCTGTGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACA
GATTCAGAAGATGAGGACGCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAAA
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DS 

RD RR1EH83TF 697 0 0
G
GGAAGAAATCGAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCATTTGC
TCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGAGGAACTG
GAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGACTCAAT
TCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTT
GATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGAAATCT
AAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTAAAAGTTTTGACAATCTAACAAATAAACAAGAAGCT
AAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGAT
GAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTG
TGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGAC
GCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAAAATCTCTATCACTTCTTTT
ACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTAGACACCTTT
TTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAA

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR1DB05TF 755 0 0
GGAAGAAATCGAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCATTTGC
TCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGAGGAACTG
GAGTCGCAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGACTCGAT
TCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTT
GGTTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGAAATCT
AAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAATAAACAAGAAGCT
AAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGAT
GAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTG
TGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGAC
GCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAAAATCTCTATCACTTCTTTT
ACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTAGACACCTTT
TTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAA***TAACCCTGAATTTTTCTGA*T
ATTTACATATCTATGCCACTGTAATGAAACTCTGT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1EH83JQ 744 0 0
ATCGAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCATTTGCTCCTTTG
GAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGAGGAACTGGAGTCAC
AGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGACTCAATTCTAAAG
GCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTTGATTTGT
TGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGAAATCTAAAAATA
GTGAATGGGTCAAAGTTAAAAGTTTTGACAATCTAACAAATAAACAAGAAGCTAAAGCGC
ATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGATGAGCTTG
CTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTGTGTCAAA
CTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGACGCCGATG
ACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAAAATCTCTATCACTTCTTTTACCAACA
AGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTAGACACCTTTTTCAGCT
TTTATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAAA**TAACCCTGAATTTTTCTGAATATTTACA
TATCTATGCCACTGTAATGAAACT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1EO21JQ 675 0 0
GTTGTTATCACCATTTGCTCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAAC
GCCGTCGCGGAGGAACTGGAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGAT
TTGAGAAACCGACTCAATTCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATG
AGTGACCTGAGGGTGGTTGATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACT
CTACAAAAGGTGAAATCTAAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTA
ACAAATAAACAAGAAGCTAAAGCGCATGCCAATGACTTTTCAACTTATTGCGGAAGATTG
CTGGAGGAAACGGAAGATGAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGA
GATGCGCGCAAGGTTCTGTGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACA
GATTCAGAAGATGAGGACGCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAAA
ATCTCTATCACTTCTTTTACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATT
TGTAGCTTAGACACCTTTTTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAAAA*TAA
CCCTGAATTTTTC
AG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1AH88TF 755 0 0
GG
GAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCATTTGCTCCTTTGGAG
TCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGAGGAACTGGAGTCACAGC
TTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGACTCAATTCTAAAGGCC
AGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTTGATTTGTTGG
ACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGAAATCTAAAAATAGTG
AATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTAACAATCTAACAAATAAACAAGAAGCTAAAGCGCATG
CCAATGACATTTCAACTTATTGTGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGATGAGCTTGCTG
AGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGG*GATGCGCGCAAGGTTCTGTGTCAAACTT
TAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGACGCCGATGACG
ATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAAAATCTCTATCACTTCTTTTACCAACAAGG
TCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTAGACACCTTTTTCAGCTTTT
ATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAAAAATAACCCTGAATTTTTCTGAATATTTACATAT
CTATGCCACTGTAATGAAACTCTGTCGTTTA
AC

QA 3 753 3 753
DS 

RD RR1AH88JQ 602 0 0
TTTGAGAAACCGACTCAATTCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAAT
GAGTGACCTGAGGGTGGTTGATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATAC
TCTACAAAAGGTGAAATCTAAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTAACAATCT
AACAAATAAACAAGAAGCTAAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGTGGAAGATT
GCTGGAGGAAACGGAAGATGAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGG
*GATGCGCGCAAGGTTCTGTGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAAC
AGATTCAGAAGATGAGGACGCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAA
AATCTCTATCACTTCTTTTACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCAT
TTGTAGCTTAGACACCTTTTTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAAAAATA
ACCCTGAATTTTTCTGAATATTTACATATCTATGCCACTGTAATGAAACTCTGTCGTTTA
AC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1DB05JQ 681 0 0
GCGGAGGAACTGGAGTCGCAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGA
AACCGACTCGATTCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGAC
CTGAGGGTGGTTGGTTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAA
AAGGTGAAATCTAAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAAT
AAACAAGAAGCTAAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAG
GAAACGGAAGATGAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCG
CGCAAGGTTCTGTGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCA
GAAGATGAGGACGCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAAAATCTCT
ATCACTTCTTTTACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGC
TTAGACACCTTTTTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAAA**TAACCCTGA
ATTTTTCTGAATATTTACATATCTATGCCACTGTAATGAAACTCTGTCGTTTAGCACATC
TCCTATCCCTCCGATCAAATC

QA 1 681 1 681
DS 



CO CL184Contig2 1008 2 2 U
GGGGAGGAAGAAATCGAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCA
TTTGCTCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGAGG
AACTGGAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGAC
TCAATTCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGG
TGGTTGATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGA
AATCTAAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAGTAATGTCT
ATTTCCTTTTAAATTTTGCAATCTGTTCATCACACATCTGGCTTCTCCAACTGCGTCAAT
AATGTAATTTAATAAATTAAGCTTAGGTGCTTCTTAAACTTTTGGTCGAGGAAGATTGTG
GAAGAAGAATTGTGGCTGGAAGTCTTTATCTCTAGTTATATTAGTAGGTTTAGAGACTTG
TTTGGGATTCATGTTCGGTGTTTGTGTGTTTTCATAGATAAACAAGAAGCTAAAGCGCAT
GCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGATGAGCTTGCT
GAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTGTGTCAAACT
TTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGACGCCGATGAC
GATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGAAAATCTCTATCACTTCTTTTACCAACAAG
GTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTTATTTGTAGCTTAGACACCTTTTTCAGCTTT
TATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAAATAACCCTGAATTTTTCTGAATATTTACATATC
TATGCCACTGTAATGAAACTCTGTCGTTTAGCACATCTCCTATCCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F506TF U 1
AF RR1F506JQ C 500
BS 1 554 RR1F506TF
BS 555 1008 RR1F506JQ

RD RR1F506TF 554 0 0
GGGGAGGAAGAAATCGAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCA
TTTGCTCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGAGG
AACTGGAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGAC
TCAATTCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGG
TGGTTGATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGA
AATCTAAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAGTAATGTCT
ATTTCCTTTTAAATTTTGCAATCTGTTCATCACACATCTGGCTTCTCCAACTGCGTCAAT
AATGTAATTTAATAAATTAAGCTTAGGTGCTTCTTAAACTTTTGGTCGAGGAAGATTGTG
GAAGAAGAATTGTGGCTGGAAGTCTTTATCTCTAGTTATATTAGTAGGTTTAGAGACTTG
TTTGGGATTCATGT

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR1F506JQ 509 0 0
AAGTCTTTATCTCTAGTTATATTAGTAGGTTTAGAGACTTGTTTGGGATTCATGTTCGGT
GTTTGTGTGTTTTCATAGATAAACAAGAAGCTAAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTT
ATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGATGAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGAT
CGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTGTGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCA
AATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGACGCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGC
TCATTCCGGGGAAAATCTCTATCACTTCTTTTACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATT
TTTTACGACTTATTTGTAGCTTAGACACCTTTTTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATAC
AAAAAAAAATAACCCTGAATTTTTCTGAATATTTACATATCTATGCCACTGTAATGAAAC
TCTGTCGTTTAGCACATCTCCTATCCCTC

QA 1 509 1 509
DS 



AS 2 11

CO CL185Contig1 988 9 16 U
GGGTGTCCATTTCTTTGCAAAAGTTGAAACTGAGAGCATCTTCAATTATTAACACTTACA
GAAGAGAAAGAGAAGGCGATCCAAAGGATAAAGAGAGAGTATGGGAGAAGAGTCAGAGGC
TTTTGCCACTACGGCGCCACTTGCTCCAGTGACCGGTCAGCGAAAAGTAAGGAAAGACTT
GGAGGAAACATTACCTAAACCATATTTAGCAAGAGCACTAGTAGCTCCAGATACAGAGCA
TCCGAATGGATCAGAAGGTCATGACAGCAGAGGAATGAGTGTTATGCAACAACACTGTGC
TTTCTTCGACCAAAACGGCGATGGAATCGTCTATCCTTGGGAGACTTATGCAGGATTCCG
TGACCTTGGTTTCAACCCAATCTCTTCTGTTTTTTGGAGCATAATCATAAACTTAGCGTT
TAGCTACGTTACACTTCCGAGTTGGTTGCCATCCCCACTATTACCTGTTTACATCGATAA
CATACACAAAGCCAAACATGGGAGTGATTCAAGCACCTATGATACTGAAGGAAGGTATGT
CCCGGTTAATCTCGAGAACATCTTTAGCAAATATGCGCTAACGGCTCCAAATAAGATAAC
ATTAAAAGAGCTTTGGAACCTAACCGAGGGAAACCGAATGGCAATCGATCCTTTTGGATG
GCTTGCGAATAAAGTTGAATGGCTACTAGTCTATCTACTTGCTAAGGATGAAGAAGGGTT
CGTGTCTAAAGAAGCTGTGAGAGGTGTCTTTGATGCAAGTTTATTTGAATACTGTGCTAA
AAAGAATAAAGAGAAGGCCGATTCTCGCAAGCAAGACTAAGCATTTAATTTGCTAATTAT
CTTTTAATTTATCTGTTTGTATTATTATGCCCTCAATCTTAATTATGAAAAGGACAGATA
AACAAAAAAAA**TCTATGTGGAATAATTGTGTTCTTGATTATATTGTTGTGTAAAATTT
GTTGAATAAATAATATGAGATTTTCACT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 25 25 25 25 25 25 10 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1E709TF U 3
AF RR1DR82TF U 1
AF RR1AT48TF U 3
AF RR1BE13TF U 3
AF RR1AW09TF U 254
AF RR1BE13JQ C 199
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AF RR1AT48JQ C 396
AF RR1AW09JQ C 254
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BS 296 674 RR1DR82TF
BS 675 706 RR1AT48TF
BS 707 711 RR1BE13TF
BS 712 751 RR1AW09TF
BS 752 752 RR1BE13JQ
BS 753 903 RR1AW09TF
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BS 911 911 RR1DR82JQ
BS 912 983 RR1BE13JQ
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GG
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AATGGATCAGAAGGTCATGACAGCAGAGGAATGAGTGTTATGCAACAACACTGTGCTTTC
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GTTAATCTCGAGAACATCT

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DS 

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CATACACAAAGCCAAACATGGGAGTGATTCAAGCACCTATGATACTGAAGGAAGGTATGT
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GCTTGCGAATAAAG

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DS 

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GG
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AATGGATCAGAAGGTCATGACAGCAGAGGAATGAGTGTTATGCAACAACACTGTGCTTTC
TTCGACCAAAACGGCGATGGAATCGTCTATCCTTGGGAGACTTATGCAGGATTCCGTGAC
CTTGGTCTCAATCCAATCTCTTCTGTTTTTTGGAGCATAATCATAAACTTAGCGTTTAGC
TACGTTACACTTCCGAGTTGGTTGCCATCCCCACTATTACCTGTTTACATCGATAACATA
CACAAAGCCAAACATGGGAGTGATTCAAGCACCTATGATACTGAAGGAAGGTATGTCCCG
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ATGA

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GCCACTACGGCGCCACTTGCTCCAGTGACCGGTCAGCGAAAAGTAAGGAAAGACTTGGAG
GAAACATTACCTAAACCATATTTAGCAAGAGCACTAGTAGCTCCAGATACAGAGCATCCG
AATGGATCAGAAGGTCATGACAGCAGAGGAATGAGTGTTATGCAACAACACTGTGCTTTC
TTCGACCAAAACGGCGATGGAATCGTCTATCCTTGGGAGACTTATGCAGGATTCCGTGAC
CTTGGTTTCAACCCAATCTCTTCTGTTTTTTGGAGCATAATCATAAACTTAGCGTTTAGC
TACGTTACACTTCCGAGTTGGTTGCCATCCCCACTATTACCTGTTTACATCGATAACATA
CACAAAGCCAAACATGGGAGTGATTCAAGCACCTATGATACTGAAGGAAGGTATGTCCCG
GTTAATCTCGAGAACATCTTTAGCAAATATGCGCTAACGGCTCCAAATAAGATAACATTA
AAAGAGCTTTGGAACCTAACCGAGGGAAACCGAACGGCAATCGATCCTTTTGGATGGCTT
GCGAATAAAGTTGAATGGCTACTAGTCTATCTACTTGCTAAAGATGA

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CCCAATCTCTTCTGTTTTTTGGAGCATAATCATAAACTTAGCGTTTAGCTACGTTACACT
TCCGAGTTGGTTGCCATCCCCACTATTACCTGTTTACATCGATAACATACACAAAGCCAA
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GAACCTAACCGAGGGAAACCGAATGGCAATCGATCCTTTTGGATGGCTTGCGAATAAAGT
TGAATGGCTACTAGTCTATCTACTTGCTAAGGATGAAGAAGGGTTCGTGTCTAAAGAAGC
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AATCTCTTCTGTTTTTTGGAGCATAATCATAAACTTAGCGTTTAGCTACGTTACACTTCC
GAGTTGGTTGCCATCCCCACTATTACCTGTTTACATCGATAACATACACAAAGCCAAACA
TGGGAGTGATTCAAGCACCTATGATACTGAAGGAAGGTATGTCCCGGTTAATCTCGAGAA
CATCTTTAGCAAATATGCGCTAACGGCTCCAAATAAGATAACATTAAAAGAGCTTTGGAA
CCTAACCGAGGGAAACCGAACGGCAATCGATCCTTTTGGATGGCTTGCGAATAAAGTTGA
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GAGAGGTGTCTTTGATGCAAGTTTATTTGAATACTGTGCTAAAAAGAATAAAGAGAAGGC
CGATTCTCGCAAGCAAGACTAAGCATTTAATTTGCTAATTATCTTTTAATTTATCTGTTT
GTATTATTATGCCCTCAATCTTAATTATGAAAAGGACAGATAAACAAAAAAA***TCTAT
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GATTT
TCAGC

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DS 

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AAGAGCTTTGGAACCTAACCGAGGGAAACCGAATGGCAATCGATCCTTTTGGATGGCTTG
CGAATAAAGTTGAATGGCTACTAGTCTATCTACTTGCTAAGGATGAAGAAGGGTTTGTGT
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AAAAAA**TCTATGTGGAATAATTGTGTTCTTGATTATATTGTTGTGTAAAATTTGTTGA
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TCATT

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DS 

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CACTATTACCTGTTTACATCGATAACATACACAAAGCCAAACATGGGAGTGATTCAAGCA
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CGCTAACGGCTCCAAATAAGATAACATTAAAAGAGCTTTGGAACCTAACTGAGGGAAACC
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DS 

RD RR1AW09JQ 735 0 0
GG
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CGGCGATGGAATCGTCTATCCTTGGGAGACTTATGCAGGATTCCGTGACCTTGGTTTCAA
CCCAATCTCTTCTGTTTTTTGGAGCATAATCATAAACTTAGCGTTTAGCTACGTTACACT
TCCGAGTTGGTTGCCATCCCCACTATTACCTGTTTACATCGATAACATACACAAAGCCAA
ACATGGGAGTGATTCAAGCACCTATGATACTGAAGGAAGGTATGTCCCGGTTAATCTCGA
GAACATCTTTAGCAAATATGCGCTAACGGCTCCAAATAAGATAACATTAAAAGAGCTTTG
GAACCTAACCGAGGGAAACCGAATGGCAATCGATCCTTTTGGATGGCTTGCGAATAAAGT
TGAATGGCTACTAGTCTATCTACTTGCTAAGGATGAAGAAGGGTTCGTGTCTAAAGAAGC
TGTGAGAGGTGTCTTTTATGCAAGTTTATTTGAATACTGTGCTAAAAAGAATAAAGAGAA
GGCCGATTCTCGCAAGCAAGACTAAGCATTTAATTTGCTAATTATCTTTTAATTTATCTG
TTTGTATTATTATGCCCTCAATCTTAATTATGAAAAGGACAGATAAACAAAAAAAAAATC
TATGTGGAATAATTGTGTTCTTGATTATATTGTTGTGTAAAATTTGTTGAATAAATAATA
TGAGATTTTCACT

QA 3 735 3 735
DS 



CO CL185Contig2 612 2 3 U
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AGAAGGTCATGACAGCAAAGGCATGAGTGTTATGCAACAACATGTTGCTTTCTTCGACCA
GAACGGCGACGGTATTGTCTACCCTTGGGAGACTTATGCAGGATTCCGTGACCTCGGTTT
CAACCCAATCTCCTCTGTCTTCTGGAGCTTAATCATAAACTTAGCGTTTAGCTACGTTAC
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GGAGAACATATTTAGCAAGTATGCGCTAACGGTTCCAAACAAGTTAACATTCAAAGAGAT
GTGGAACTTAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1E308TF U 1
AF RR1GM12TF U 78
BS 1 88 RR1E308TF
BS 89 89 RR1GM12TF
BS 90 612 RR1E308TF

RD RR1E308TF 612 0 0
GGAACACACTGTTTACAAAAGAAGAAAGTGAGAGCTACTTCAATTATTAACACTTACCGA
AGAGAGAGAGAAAGAATCTAAGAGCGAAGTGGGAGATGCGTCAGAAGCTTTTGCCACGAC
AGCGCCGTTAGCTCCGGTGACCAGTGAGCGAAAAGTACGGAGCGACTTGGAGGAAAAACT
ACCAAAGCCATATTTGGCAAGAGCACTAGTAGCTCCAGATACAGAGCATCCGAATGGAAC
AGAAGGTCATGACAGCAAAGGCATGAGTGTTATGCAACAACATGTTGCTTTCTTCGACCA
GAACGGCGACGGTATTGTCTACCCTTGGGAGACTTATGCAGGATTCCGTGACCTCGGTTT
CAACCCAATCTCCTCTGTCTTCTGGAGCTTAATCATAAACTTAGCGTTTAGCTACGTTAC
ACTTCCGAGTTGGTTGCCATCACCACTACTGCCTGTCTATATCGACAACATACACAAAGC
CAAACATGGGAGTGATTCAAGCACCTATGATACTGAAGGAAGGTATGTCCCATTTAATCT
GGAGAACATATTTAGCAAGTATGCGCTAACGGTTCCAAACAAGTTAACATTCAAAGAGAT
GTGGAACTTAAC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1GM12TF 530 0 0
GGAAGAGCGAA
ATGGGAGATGCGTCAGAAGCTTTTGCCACGACAGCGCCGTTAGCTCCGGTGACCAGTGAG
CGAAAAGTACGGAGCGACTTGGAGGAAAAACTACCAAAGCCATATTTGGCAAGAGCACTA
GTAGCTCCAGATACAGAGCATCCGAATGGAACAGAAGGTCATGATAGCAAAGGCATGAGT
GTTATGCAACAACATGTTGCTTTCTTCGACCATAACGGCGACGGTATTGTCTACCCTTGG
GAGACTTATGCAGGATTCCGTGACCTCGGTTTCAACCCAATCTCCTCTGTCTTCTGGAGC
TTAATCATAAACTTAGCGTTTAGCTACGTTACACTTCCGAGTTGGTTGCCATCACCACTA
CTGCCTGTCTATATCGACAACATACACAAAGCCAAA**TGGGAGTGATTCAAGCACCTAT
GATACTGAAGGAAGGTATGTCCCATTTAATCTGGAGAACATATTTAGCAAGTATGCGCTA
ACGGTTCCAAACAAGTTAACATTCAAAGAGATGTGGAAC

QA 12 530 12 530
DS 



AS 2 13

CO CL186Contig1 946 11 13 U
GGGAAATTCATCAACAAAAACCAACAATGGCAATTTCCATGACTCATCTTTTTGTTACCA
TCATGCTTCTAGCCGCCCACACGGCCTTCGCAGAAACAAACATGCTTCAAGATTTGTGTG
TTGCTGATCTCAAGGGTACGAAAGTCAACGGATACTCATGCAAAGACCCATCACAAGTAA
CACCAGAAGACTTCTTCTACGCAGGCTTAGCCAATGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAA
TGGGGTCAGCCGTCACAGCAGGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAACATGATGGGCA
CCTCCATGTCACGTATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCATCTTCACCCAC
GAGCTTCCGAAGCTATATTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCT
CCGGAAAACTCATCTCCAAACACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTCCCGAGAGCTC
TCCTTCATTTCCAGCAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCTGCTTTCGATA
GTCAGAATCCTGGGACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCCATTC
CTGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAGAATATTAA*G
GGAAAATTCCAACCCAAGAAATGAACATAGCTAGGTTTCTGACCATACTCATTAATACAA
GATAATATGATATACAAATAATGAACATAAACACTGTAAACTACTAAGCAAAAGCAAAAA
AGCTTGTACATTTTAAAGAAAATTGTTGTAGATACTCTCGTATACTTTTTGGCCCATTGA
TTACAATGAGACCAGTTTCAACTAGACTTCTAATAATCTATCTCTGGAGTCTATGTATCT
TTGAACATTTTGAAACAAATAATGGAATGCATCGCCAATCCTGTTT


BQ
10 25 25 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FV93TF U 2
AF RR1CR12TF U 1
AF RR1ET46TF U 2
AF RR1CU51TF U 8
AF RR1B811TF U 2
AF RR1AC77TF U -3
AF RR1CR12JQ C 195
AF RR1B811JQ C 141
AF RR1AC77JQ C 171
AF RR1ET46JQ C 233
AF RR1FV93JQ C 283
BS 1 41 RR1CR12TF
BS 42 42 RR1B811TF
BS 43 116 RR1CR12TF
BS 117 117 RR1B811TF
BS 118 376 RR1CR12TF
BS 377 377 RR1B811TF
BS 378 602 RR1CR12TF
BS 603 603 RR1B811TF
BS 604 690 RR1CR12TF
BS 691 775 RR1B811TF
BS 776 878 RR1B811JQ
BS 879 923 RR1AC77JQ
BS 924 946 RR1ET46JQ

RD RR1FV93TF 639 0 0
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CATGCTTCTAGCCGCCCACACGGCCTTCGCAGAAACAAACATGCTTCAAGATTTGTGTGT
TGCTGATCTCAAGGGTACGAAAGTCAACGGATACTCATGCAAAGACCCATCACAAGTAAC
ACCAGAAGACTTCTTCTACGCAGGCTTATCCAATGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAAT
GGGGTCAGCCGTCACAGCAGGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAACATGATGGGCAC
CTCCATGTCACGTATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCATCTTCACCCACG
AGCTTCCGAAGCTATATTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCTC
CGGAAAACTCATCTCCAAACACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTCCCGAGAGCTCT
CCTTCATTTCCAGCAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCTGCTTTCGATAG
TCAGAATCCTGGGACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCCATTCC
TGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCTCGGTTTCAACAAA

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1CR12TF 690 0 0
GGGAAATTCATCAACAAAAACCAACAATGGCAATTTCCATGGCTCATCTTTTTGTTACCA
TCATGCTTCTAGCCGCCCACACGGCCTTCGCAGAAACAAACATGCTTCAAGATTTGCGTG
TTGCTGATCTCAAGGGTACGAAAGTCAACGGATACTCATGCAAAGACCCATCACAAGTAA
CACCAGAAGACTTCTTCTACGCAGGCTTAGCCAATGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAA
TGGGGTCAGCCGTCACAGCAGGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAACATGATGGGCA
CCTCCATGTCACGTATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCATCTTCACCCAC
GAGCTTCCGAAGCTAT*TTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCT
CCGGAAAACTCATCTCCAAACACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTCCCGAGAGCTC
TCCTTCATTTCCAGCAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCTGCTTTCGATA
GTCAGAATCCTGGGACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCCATTC
CTTATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAGAATATTAA*G
GGAAAATTCCAACCCAAGAAATGAACATAG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1ET46TF 714 0 0
GGAAATTCATCAACAAAAACCAACAATGGCAATTTCCATGACTCATCTTTTTGTTACCAT
CATGCTTCTAGCCGCCCACACGGCCTTCGCAGAAACAAACATGCTTCAAGATTTGTGTGT
TGCTGATCTCAAGGGTACGAAAGTCAACGGATACTCATGCAAAGACCCATCACAAGTAAC
ACCAGAAGACTTCTTCTACGCAGGCTTATCCAATGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAAT
GGGGTCAGCCGTCACAGCAGGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAACATGATGGGCAC
CTCCATGTCACGTATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCATCTTCACCCACG
AGCTTCCGAAGCTATATTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCTC
CGGAAAACTCATCTCCAAACACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTCCCGAGAGCTCT
CCTTCATTTCCAGCAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCTGCTTTCGATAG
TCAGAATCCTGGGACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCCATTCC
TGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAGAATATTAAAGG
GAAAATTCCAACCCAAGAAATGAACATAGCTAGGTTTCTGACCATACTCATTAA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1CU51TF 683 0 0
GG
ATCAACAAAAACCAACAATGGCAATTTCCATGACTCATCTTTTTGTTACCATCATGCTTC
TAGCCGCCCACACGGCCTTCGCAGAAACAAACATGCTTCAAGATTTGTGTGTTGCTGATC
TCAAGGGTACGAAAGTCAACGGATACTCATGCAAAGACCCATCACAAGTAACACCAGAAG
ACTTCTTCTACGCAGGCTTAGCCAATGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAATGGGGTCAG
CCGTCACAGCAGGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAACATGATGGGCACCTCCATGT
CACGTATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCATCTTCACCCACGAGCTTCCG
AAGCTATATTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCTCCGGAAAAC
TCATCTCCAAACACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTCCCGAGAGCTCTCCTTCATT
TCCAGCAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCTGCTTTCGATAGTCAGAATC
CTGGGACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCCATTCCTGATGACT
TGCTTGCCAAGGCGTTCTCGGTTTCAACAAATTAGATTCAGAATATTAAAGGGAAAATTC
CAACCCAAGAAATGAACATAG

QA 3 683 3 683
DS 

RD RR1B811TF 774 0 0
GGAAATTCATCAACAAAAACCAACAATGGCAATTTCCATGACTCATCTTTTTGTTACCAT
CATGCTTCTAGCCGCCCACACGGCCTTCGCAGAAACAAACATGCTTCAAGATTTGTGTGT
TGCTGATCTCAAGGGTACGAAAGTCAACGGATACTCATGCAAAGACCCATCACAAGTAAC
ACCAGAAGACTTCTTCTACGCAGGCTTAGCCAATGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAAT
GGGGTCAGCCGTCACAGCAGGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAACATGATGGGCAC
CTCCATGTCACGTATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCATCTTCACCCACG
AGCTTCCGAAGCTATATTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCTC
CGGAAAACTCATCTCCACACACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTCCCGAGAGCTCT
CCTTCATTTCCAGCAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCTGCTTTCGATAG
TCAGAATCCTGGGACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCTTCCCATTCC
TGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAGAATATTAA*GG
GAAAATTCCAACCCAAGAAATGAACATAGCTAGGTTTCTGACCATACTCATTAATACAAG
ATAATATGATATACAAATAATGAACATAAACACTGTAAACTACTAAGCAAAAGC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1AC77TF 776 0 0
GGTTCTC
AAATTCATCAACAAAAACCAACAATGGCAATTTCCATGACTCATCTTTTTGTTACCATCA
TGCTTCTAGCCGCCCACACGGCCTTCGCAGAAACAAACATGCTTCAAGATTTGTGTGTTG
CTGATCTCAAGGGTACGAAAGTCAACGGATACTCATGCAAAGACCCATCACAAGTAACAC
CAGAAGACTTCTTCTACGCATGCTTAGCCAATGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAATGG
GGTCAGCCGTCACAGCAGGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAACATGGTGGGCACCT
CCATGTCACGTATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCATCTTCACCCACGAG
CTTCCGAAGCTATATTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCTCCG
GAAAACTCATCTCCAAACACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTCCCGAGAGCTCTCC
TTCATTTCCAGCAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCTGCTTTCGATAGTC
AGAATCCTGGGACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCCATTCCTG
ATGACTTGCCTGCCAAGGCGTTCTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAGAATATTAA*GGGA
AAATTCCAACCCAAGAAATGAACATAGCTAGGTTTCTGACCATACTCATTAATACAAGAT
AATATGATATACAAATAATGAACATAAACACTGTAAACTACTAAGCAAA

QA 8 776 8 776
DS 

RD RR1CR12JQ 581 0 0
TTCTACGCAGGCTTAGCCAATGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAATGGGGTCAGCCGTC
ACAGCAGGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAACATGATGGGCACCTCCATGTCACGT
ATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCATCTTCACCCACGAGCTTCCGAAGCT
AT*TTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCTCCGGAAAACTCATC
TCCAAACACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTCCCGAGAGCTCTCCTTCATTTCCAG
CAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCTGCTTTCGATAGTCAGAATCCTGGG
ACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCCATTCCTTATGACTTGCTT
GCCAAGGCGTTCTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAGAATATTAA*GGGAAAATTCCAACC
CAAGAAATGAACATAGCTAGGTTTCTGACCATACTCATTAATACAAGATAATATGATATA
CAAATAATGAACATAAACACTGTAAACTACTAAGCAAAAGC

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1B811JQ 739 0 0
AAAGTCAACGGATACTCATGCAAAGACCCATCACAAGTAACACCAGAAGACTTCTTCTAC
GCAGGCTTAGCCAATGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAATGGGGTCAGCCGTCACAGCA
GGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAACATGATGGGCACCTCCATGTCACGTATCGAC
TACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCATCTTCACCCACGAGCTTCCGAAGCTATATTT
GTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCTCCGGAAAACTCATCTCCACA
CACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTCCCGAGAGCTCTCCTTCATTTCCAGCAGAAC
CCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCTGCTTTCGATAGTCAGAATCCTGGGACACAG
AGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCTTCCCATTCCTGATGACTTGCTTGCCAAG
GCGTTCTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAGAATATTAA*GGGAAAATTCCAACCCAAGAA
ATGAACATAGCTAGGTTTCTGACCATACTCATTAATACAAGATAATATGATATACAAATA
ATGAACATAAACACTGTAAACTACTAAGCAAAAGCAAAAAAGCTTGTACATTTTAAAGAA
AATTGTTGTAGATACTCTCGTATACTTTTTGGCCCATTGATTACAATGAGACCAGTTTCA
ACTAGACTTCTAATAATC
C

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1AC77JQ 753 0 0
TCACAAGTAACACCAGAAGACTTCTTCTACGCATGCTTAGCCAATGCTGCAAACACCGGC
AACACCTCAATGGGGTCAGCCGTCACAGCAGGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAAC
ATGGTGGGCACCTCCATGTCACGTATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCAT
CTTCACCCACGAGCTTCCGAAGCTATATTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTC
TTGACCACCTCCGGAAAACTCATCTCCAAACACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTC
CCGAGAGCTCTCCTTCATTTCCAGCAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCT
GCTTTCGATAGTCAGAATCCTGGGACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAAC
CCTCCCATTCCTGATGACTTGCCTGCCAAGGCGTTTTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAG
AATATTAA*GGGAAAATTCCAACCCAAGAAATGAACATAGCTAGGTTTCTGACCATACTC
ATTAATACAAGATAATATGATATACAAATAATGAACATAAACACTGTAAACTACTAAGCA
AAAGCAAAAA*GCTTGTACATTTTAAAGAAAATTGTTGTAGATACTCTCGTATACTTTTT
GGCCCATTGATTACAATGAGACCAGTTTCAACTAGACTTCTAATAATCTATCTCTGGAGT
CTATGTATCTTTGAACATTTTGAAACAAATAAT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1ET46JQ 714 0 0
CACCTCAATGGGGTCAGCCGTCACAGCAGGCAACGTCGAGAAAATCCCTGGCCTAAACAT
GATGGGCACCTCCATGTCACGTATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCGCATCT
TCACCCACGAGCTTCCGAAGCTATATTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCGTAGGCTTCTT
GACCACCTCCGGAAAACTCATCTCCAAACACCTCAACAAAGGAGAGGTCTTTGCATTCCC
GAGAGCTCTCCTTCATTTCCAGCAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTGTGATCGCTGC
TTTCGATAGTCAGAATCCTGGGACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCC
TCCCATTCCTGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAGAA
TATTAA*GGGAAAATTCCAACCCAAGAAATGAACATAGCTAGGTTTCTGACCATACTCAT
TAATACAAGATAATATGATACACAAATAATGAACATAAACACTGTAAACTACTAAGCAAA
AGCAAAAAAGCTTGTACATTTTAAAGAAAATTGTTGTAGATACTCTCGTATACTTTTTGG
CCCATTGATTACAATGAGACCAGTTTCAACTAGACTTCTAATAATCTATCTCTGGAGTCT
ATGTATCTTTGAACATTTTGAAACAAATAATGGAATGCATCGCCAATCCTGTTT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1FV93JQ 664 0 0
GCCTAAACATGATGGGCACCTCCATGTCACGTATCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACC
CGCCGCATCTTCACCCACGAGCTTCCGAAGCTATATTTGTCCTCGAAGGAAGTCTCTTCG
TAGGCTTCTTGACCACCTCCGGAAAACTCATCTCCAAACACCTCAACAAAGGAGAGGTCT
TTGCATTCCCGAGAGCTCTCCTTCATTTCCAGCAGAACCCTAACAAAACTCCTGCCTCTG
TGATCGCTGCTTTCGATAGTCAGAATCCTGGGACACAGAGCGTTGGGCCGTCTCTGTTTG
GTGCTAACCCTCCCATTCCTGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCTCGGTTTCAACAAATG
AGATTCAGAATATTAA*GGGAAAATTCCAACCCAAGAAATGAACATAGCTAGGTTTCTGA
CCATACTCATTAATACAAGATAATATGATACACAAATAATGAACATAAACACTGTAAACT
ACTAAGCAAAAGCAAAAAAGCTTGTACATTTTAAAGAAAATTGTTGTAGATACTCTCGTA
TACTTTTTGGCCCATTGATTACAATGAGACCAGTTTCAACTAGACTTCTAATAATCTATC
TCTGGAGTCTATGTATCTTTGAACATTTTGAAACAAATAATGGAATGCATCGCCAATCCT
GTTT

QA 1 664 1 664
DS 



CO CL186Contig2 619 2 5 U
GCAGGCTTAGCCAACGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAATGGGCTCAGCCGTCACAGCA
GGCAACGTTGAGAAAATCCCTGGCCTCAACATGATGGGTACCTCCATGTCACGTATCGAC
TACGCACCGGGCGGGCTCAACCCGCCGCATCTCCACCCCCGAGCTTCCGAGGCCATATTC
GTCCTCGAAGGAAGCCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCTCCGGAAAACTCATCTCCAAA
CACCTTAACAAAGGAGAGGTCTTTGCGTTCCCGAGAGCTCTCCTCCATTTCCAGCAGAAC
CCTAACAAAACTCCTGCCTCCGTGATCGCTGCTTTCGATAGTCAGAATCCTGGGACACAG
AGCGTTGGCCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCCATTCCTGATGACTTGCTTGCCAGG
GCGTTCTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAGAATATCAAGGGAAAATTCCAGCCCAAGAAA
TGAACATAGCTAGGTTTCAGACCATACTCATTAATACAATAATATGATATTCAAATAATG
AACATTAAAACTGTAAAATACTAAGCAAAAGCAAAGAAAGCTTGTACATTTTTAAAAAGA
AATTGTTGTAGATACTCGC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN95TF U 6
AF RR1FN95JQ C 1
BS 1 5 RR1FN95JQ
BS 6 292 RR1FN95TF
BS 293 293 RR1FN95JQ
BS 294 339 RR1FN95TF
BS 340 619 RR1FN95JQ

RD RR1FN95TF 334 0 0
CTTAGCCAACGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAATGGGCTCAGCCGTCACAGCAGGCAA
CGTTGAGAAAATCCCTGGCCTCAACATGATGGGTACCTCCATGTCACGTATCGACTACGC
ACCGGGCGGGCTCAACCCGCCGCATCTCCACCCCCGAGCTTCCGAGGCCATATTCGTCCT
CGAAGGAAGCCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCTCCGGAAAACTCATCTCCAAACACCT
TAACAAAGGAGAGGTCTTTGCGTTCCCGAGAGCTCTCCTCCATTTCCCGCAGAACCCTAA
CAAAACTCCTGCCTCCGTGATCGCTGCTTTCGAT

QA 1 334 1 334
DS 

RD RR1FN95JQ 619 0 0
GCAGGCTTAGCCAACGCTGCAAACACCGGCAACACCTCAATGGGCTCAGCCGTCACAGCA
GGCAACGTTGAGAAAATCCCTGGCCTCAACATGATGGGTACCTCCATGTCACGTATCGAC
TACGCACCGGGCGGGCTCAACCCGCCGCATCTCCACCCCCGAGCTTCCGAGGCCATATTC
GTCCTCGAAGGAAGCCTCTTCGTAGGCTTCTTGACCACCTCCGGAAAACTCATCTCCAAA
CACCTTAACAAAGGAGAGGTCTTTGCGTTCCCGAGAGCTCTCCTCCATTTCCAGCAGAAC
CCTAACAAAACTCCTGCCTCCGTGATCGCTGCTTTCGATAGTCAGAATCCTGGGACACAG
AGCGTTGGCCCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCCATTCCTGATGACTTGCTTGCCAGG
GCGTTCTCGGTTTCAACAAATGAGATTCAGAATATCAAGGGAAAATTCCAGCCCAAGAAA
TGAACATAGCTAGGTTTCAGACCATACTCATTAATACAATAATATGATATTCAAATAATG
AACATTAAAACTGTAAAATACTAAGCAAAAGCAAAGAAAGCTTGTACATTTTTAAAAAGA
AATTGTTGTAGATACTCGC

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 13

CO CL187Contig1 1155 13 17 U
GGATATTTAGTATCAGAGCCATTCTAGGGTTACCACTAATCTCGAGATCAAAATAGAGAG
AGCATCCATTGTTTGTTTCAGACAGAGAGAAGAAAGAAGGCATGGAGACTGAGAGGGAAA
AGCAGGTTTACTCGGCGAAGCTCTCCGAGCAAACCGAACGATACGATGAGATGGTTGAGG
CAATGAAGAAAGTAGCAGAGATGGATGTGGAGCTCACCGTGGAGGAGAGAAACCTCGTAT
CTGTGGGTTACAAGAACGTCATTGGCGCAAGGAGAGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCA
TCGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACC
GAAAGAGGGTTGAAGACGAGCTTGCCAAAGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTCATTGACA
AGCACCTCATTCCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTCCACCGTCTTTTTCTACAAAATGAAAG
GAGATTACTATCGCTATCTGGCAGAGTTCAGTTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAG
ATCAGTCTCTTGAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGACACTGGTTTGGCACCCA
CACATCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAA
ACTCTCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAAC
TTGACAGCCTCAACGAGGAGTCATACAAGGACAGCACTCTTATCATGCAGCTTCTTAGAG
ACAATCTCACCCTGTGGACTTCTGACCTCCCGGAGGAAGGAGAAGAGAAATCCAAAGGTG
ATGAGCCGAAAGAAGAGAACTGAATCCTCTGTGTGAAGAGAAACGACCTTTGATGCATCC
GAAGACAGCAAGTGTCGTTGCTCGGAAAAATGTGTATTTTTTTTTATTTTATTGTCTTTC
TTGATCATGTTTTTCAGTTATTTGACGTTCTACAACATAGTACTACTGCATAACTTCGAA
TGCTTGATGTCATACACTTAGTTTGCTTTGTTGTTGTTGAATTGAGACCATGCATTTTTG
GTTTTGCACTCTCTTTGACGAATTAAGAACCTTGAGTGTTCAAAATAAATATAATTTTCA
CTAGAAAAAGTGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 
35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 40 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 40 75 75 75 75 
75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 50 65 65 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 5 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 55 55 55 55 55 55 50 50 20 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO15TF U 33
AF RR1F889TF U 1
AF RR1C679TF U 37
AF RR1AK46TF U 3
AF RR1EF38TF U 10
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AF RR1A572JQ C 317
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BS 746 808 RR1AK46TF
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BS 945 945 RR1AK46JQ
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BS 1046 1057 RR1EF38JQ
BS 1058 1155 RR1AK46JQ

RD RR1GO15TF 663 0 0
GG
ACTAATCTCGAGATCAAAATAGAGAGAGCATCCATTGTTTGTTTCAGGCAGAGAGAAGAA
AGAAGGCATGGAGACTGAGAGGGAAAAGCAGGTTTACTCGGCGAAGCTCTCCGAGCAAAC
CGAACGATACGATGAGATGGTTGAGGCAATGAAGAAAGTAGCAGAGATGGATGTGGAGCT
CACCGTGGAAGAGAGAAACCTCGTATCTGTGGGTTACAAGAACGTCATTGGCGCAAGGAG
AGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGA
GAATGTCAAGAGGATTCTGACTTACCGAAAGAGGGTTGAAGACGAGCTTGCCAAAGTTTG
TAATGACATCTTGTCTGCCATTGACAAGCACCTCATTCCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTC
CACCGTCTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTACTATCGCTATCTGGCAGAGTTCAGTTC
TGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGATCAGTCTCTTGAAGCATACAAGGCTGCTGTTGC
TGCTGCAGACACTGGTTTGGCACCCACACATCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTGAACTT
TTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCTAAGCA
A

QA 3 663 3 663
DS 

RD RR1F889TF 745 0 0
GGATATTTAGTATCAGAGCCATTCTAGGGTTACCACTAATCTCGAGATTAAAATAGAGAG
AGCATCCATTGTTTGTTTCAGACAGAGAGAAGAAAGAAGGCATGGAGACTGAGAGGGAAA
AGCAGGTTTACTCGGCGAAGCTCTCCGAGCAAACCGAACGATACGATGAGATGGTTGAGG
CAATGAAGAAAGTAGCAGAGATGGATGTGGAGCTCACCGTGGAGGAGAGAAACCTCGTAT
CTGTGGGTTACAAGAACGTCATTGGCGCAAGGAGAGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCA
TCGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACC
GAAAGAGGGTTGAAGACGAGCTTGCCAAAGTTTGTAATGACATCTTTTCTGTCATTGACA
AGCACCTCATTCCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTCCACCGTCTTTTTCTACAAAATGAAAG
GAGATTACTATCGCTATCTGGCAGAGTTCAGTTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAG
ATCAGTCTCTTGAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCGGACACTGGTTTGGCACCCA
CACATCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAA
ACTCTCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAAC
TTGACAGCCTCAACGAGGATTCATA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1C679TF 692 0 0
G
AATCTCGAGATCAAAATAGAGAGAGCATCCATTGTTTGTTTCAGACAGAGAGAAGAAAGA
AGGCATGGAGACTGAGAGGGAAAAGCAGGTTTACTCGGCGAAGCTCTCCGAGCAAACCGA
ACGATACGATGAGATGGTTGAGGCAATGAAGAAAGTAGCAGAGATGGATGTGGAGCTCAC
CGTGGAGGAGAGAAACCTCGTATCTGTGGGTTACAAGAACGTCATTGGCGCAAGGAGAGC
TTCGTGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAA
TGTCAAGAGGATTCAGACTTACCGAAAGAGGGTTGAAGACGAGCTTGCCAAAGTTTGTAA
TGACATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCATTCCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTCCAC
CGTCTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTACTATCGCTATCTGGCAGAGTCCAGTTCTGG
TACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGATCAGTCTCTTGAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGC
TGCAGACACTGGTTTGGCACCCACACATCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTC
TGTTTTCTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGC
ATTTGACGATGCA*TCGCTGAACTTGAC
GGC

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR1AK46TF 806 0 0
GGATTTAGC
ATCAGAGCCATTCTAGGGTTACCACTAATCTCGAGATCAAAATAGAGAGAGCATCCATTG
TTTGTTTCAGACAGAGAGAAGAAAGAAGGCATGGAGACTGAGAGGGAAAAGCAGGTTTAC
TCGGCGAAGCTCTCCGAGCAAACCGAACGATACGATGAGATGGTTGAGGCAATGAAGAAA
GTAGCAGAGATGGATGTGGAGCTCACCGTGGAGGAGAGAAACCTCGTATCTGTGGGTTAC
AAGAACGTCATTGGCGCAAGGAGAGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGAAG
GAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACCGAAAGAGGGTT
GAAGACGAGCTTGCCAAAGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCATT
CCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTCCACCGTCTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTACTAT
CGCTATCTGGCAGAGTTCAGTTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGATCAGTCTCTT
GAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGACACTGGTTTGGCACCCACACATCCAGTT
AGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTTTTCTACCACGAGATCTTAAACTCTCCTGAA
AGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTCGACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCCTC
AACGAGGAGTCATACAAGGACAGCACTCTTATCATGCAGCTTCTTAGAGACAATCTCACC
CTGTGGACTTCTGACCT

QA 10 806 10 806
DS 

RD RR1EF38TF 793 0 0
GG
ATCAGAGCCATTCTAGGGTTACCACTAATCTCGAGATCAAAATAGAGAGAGCATCCATTG
TTTGTTTCAGACAGAGAGAAGAAAGAAGGCATGGAGACTGAGAGGGAAAAGCAGGTTTAC
TCGGCGAAGCTCTCCGAGCAAACCGAACGATACGATGAGATGGTTGAGGCAATGAAGAAA
GTAGCAGAGATGGATGTGGAGCTCACCGTGGAGGAGAGAAACCTCGTATCTGTGGGTTAC
AAGAACGTCATTGGCGCAAGGAGAGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGAAG
GAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACCGAAAGAGGGTT
GAAGACGAGCTTGCCAAAGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCATT
CCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTCCACCGTCTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTACTAT
CGCTATCTGGCAGAGTTCAGTTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGATCAGTCTCTT
GAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGACACTGGTTTGGCACCCACACATCCAGTT
AGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTGAA
AGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCCTC
AACGAGGAGTCATACA*GGACAGCACCCTTATCATGCAGCTTCTTAGAGACA*TCTCACC
CTGTGGACTTC

QA 3 793 3 793
DS 

RD RR1A572TF 782 0 0
G
ACCACTAATCTCGAGATCAAAATAGAGAGAGCATCCATTGTTTGTTTCAGACAGAGAGAA
GAAAGAAGGCATGGAGACTGAGAGGGAAAAGCAGGTTTACTCGGCGAAGCTCTCCGAGCA
AACCGAACGATACGATGAGATGGTTGAGGCAATGAAGAAAGTAGCAGAGATGGATGTGGA
GCTCACCGTGGAGGAGAGAAACCTCGTATCTGTGGGTTACAAGAACGTCATTGGCGCAAG
GAGAGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGA
GGAGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACC*AAAGAGGGTTGAAGACGAGCTTGCCAAAGT
TTGTAATGACATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCATTCCTTCCTCTACCGCTGTTGA
GTCCACCGTCTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTACTATCGCTATCTGGCAGAGTTCAG
TTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGATCAGTCTCTTGAAGCATACAAGGCTGCTGT
TGCTGCTGCAGACACTGGTTTGGCACCCACACATCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTGAA
CTTTTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCTAA
GCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCCTCAACGAGGAGTCATACAAGGA
CAGCACTCTTATCATGCAGCTTCTTAGAGACAATCTCACCCTGTGGACTTCTGACCTCCC
G

QA 2 782 2 782
DS 

RD RR1A217TF 773 0 0
G
GCATCCATTGTTTGTTTCAGACAGAGAGAAGAAAGAAGGCATGGAGACTGAGAGGGAAAA
GCAGGTTTACTCGGCGAAGCTCTCCGAGCAAACCGAACGATACGATGAGATGGTTGAGGC
AATGAAGAAAGTAGCAGAGATGGATGTGGAGCTCACCGTGGAGGAGAGAAACCTCGTATC
TGTGGGTTACAAGAACGTCATTGGCGCAAGGAGAGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCAT
CGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACCG
AAAGAGGGTTGAAGACGAGCTTGCCAAAGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTCATTGACAA
GCACCTCATTCCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTCCACCGTCTTTTTCTACAAAATGAAAGG
AGATTACTATCGCTATCTGGCAGAGTTCAGTTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGA
TCAGTCTCTTGAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGGCACTGGTTTGGCACCCAC
ACATCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAAA
CTCTCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAACT
TGACAGCCTCAACGAGGAGTCATACAAAGACAGCACTCTTATCATGCAGCTTCTTAGAGA
CAATCTCACCCTGTGGACTTCTGACCTCCTGGAGGAAGGAGAAGAGAAATCC

QA 2 773 2 773
DS 

RD RR1A217JQ 947 0 0
GGCATGGAGACTGAGAGGGAAAAGCAGGTTTACTCGGCGAAGCTCTCCGAGCAAACCGAA
CGATACGATGAGATGGTTGAGGCAATGAAGAAAGTAGCAGAGATGGATGTGGAGCTCACC
GTGGAGGAGAGAAACCTCGTATCTGTGGGTTACAAGAACGTCATTGGCGCAAGGAGAGCT
TCGTGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAAT
GTCAAGAGGATTCAGACTTACCGAAAGAGGGTTGAAGACGAGCTTGCCAAAGTTTGTAAT
GACATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCATTCCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTCCACC
GTCTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTACTATCGCTATCTGGCAGAGTTCAGTTCTGGT
ACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGATCAGTCTCTTGAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGCT
GCAGGCACTGGTTTGGCACCCCCACATCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCT
GTTTTCTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGCA
TTTGACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCCTCAACGAGGAGTCATACAAGGACAGCACT
CTTATCATGCAGCTTTTTAGAGACAATCTCACCCTGTGGACTTCTGACCTCCTGGAGGAA
GGAGAAGAGAAATCCAAAGGTGATGAGCCGAAAGAAGAGAACTGAATCCTCTGTGTGAAG
AGAAACGACCTTTGATGCATCCGAAGACAGCAAGTGTCGTTGCTCGGAAAAATGTGTATT
TTTTTT*ATTTTATTGTCTTTCTTGATCATGTTTTTCAGTTATTTGACGTTCTACAACAT
AGTACTACTGCATAACTTCGAATGCTTGATGTCATACACTTAGTTTG

QA 1 947 1 947
DS 

RD RR1EF38JQ 870 0 0
AAGTAGCAGAGATGGATGTGGAGCTCAC*GTGG*GGAGAGAAACCTCGTATCTGTGGGT*
ACAAGAACGTCATTGGCGCAAGGAGAGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGA
AGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACCGAAAGAGGG
TTGAAGACGAGCTTGCCAAAGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCA
TTCCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTCCACCGTCTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTACT
ATCGCTATCTGGCAGAGTTCAGTTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGATCAGTCTC
TTGAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGACACTGGTTTGGCACCCACACATCCAG
TTAGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTG
AAAGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCC
TCAACGAGGAGTCATACAAGGACAGCACCCTTATCATGCAGCTTCTTAGAGACAATCTCA
CCCTGTGGACTTCTGACCTCCCGGAGGAAGGAGAAGAGAAATCCAAAGGTGATGAGCCGA
AAGAAGAGAACTGAATCCTCTGTGTGAAGAGAAACGACCTTTGATGCATCCGAAGACAGC
AAGTGTCGTTGCTCGGAAAAATGTGTATTTTTTTT*ATTTTATTGTCTTTCTTGATCATG
TTTTTCAGTTATTTGACGTTCTACAACATAGTACTACTGCATAACTTCGAATGCTTGATG
TCATACACTTAGTTTGCTTTGTTGTTGT
CG

QA 1 868 1 868
DS 

RD RR1GO15JQ 573 0 0
AGGAGATTACTATCGCTATCTGGCAGAGTTCAGTTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGC
AGATCAGTTTCTTGAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGACACTGGTTTGGCACC
CACACATCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTTTTTTACTACGAGATTTT
AAACTCTCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGA
ACTTGACAGCCTCAACGAGGAGTCGTACAAGGACAGCACTCTTATCATGCAGCTTTTTAG
AGACAATCTCACCCTGTGGACTTCTGACCTCCCGGAGGAAGGAGAAGAGAAATCCAAAGG
TGATGAGCCGAAAGAAGAGAACTGAATCCTCTGTGTGAAGAGAAACGACCTTTGATGCAT
CCGAAGACAGCAAGTGTCGTTGCTCGGAAAAATGTGTATTTTTTTTTATTTTATTGTCTT
TCTTGATCATGTTTTTCAGTTATTTGACGTTCTACAACATAGTACTACTGCATAACTTCG
AATGCTTGATGTCATACACTTAGTTTGCTTTGT

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1C679JQ 697 0 0
CCTCATTCCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTCCACCGTCTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGA
TTACTATCGCTATCTGGCAGAGTCCAGTTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGATCA
GTCTCTTGAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGACACTGGTTTGGCACCCACACA
TCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTTTTTTACTACGAGATTTTAAACTT
TCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAACTTGA
CGGCCTCAACGAGGAGTCATACAAGGACAGCACTCTTATCATGCAGCTTTTTAGAGACAA
CCTCACCCTGTGGACTTTTGACCTCCCGGAGGAAGGAGAAGAGAAATCCAAAGGTGATGA
GCCGAAAGAAGAGAACTGAATCCTCTGTGTGAAGAGAAACGACCTTTGATGCATCCGAAG
ACAGCAAGTGTCGTTGCTCGGAAAAATGTGTATTTTTTTTTATTTTATTGTCTTTCTTGA
TCATGTTTTTCAGTTATTTGACGTTCTACAACATAGTACTACTGCATAACTTCGAATGCT
TGATGTCATACACTTAGTTTGCTTTGTTGTTGTTGAATTGAGACCATGCATTTTTGGTTT
TGCACTCTCTTTGACGAATTAAGAACCTTGAGTGTTC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1AK46JQ 874 0 0
TGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAATGTC
AAGAGGATTCAGACTTACCGAAAGAGGGTTGAAGACGAGCTTGCCAAAGTTTGTAATGAC
ATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCATTCCTTCCTCTACCGCTGTTGAGTCCACCGTC
TTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTACTATCGCTATCTGGCAGAGTTCAGTTCTGGTACT
GAACGCAAGGAAGCTGCAGATCAGTCTCTTGAAGCATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCA
GACACTGGTTTGGCACCCACACATCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTT
TTTTACCACGAGATTTTAAACTCTCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTC
GACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCCTCAACGAGGAGTCATACAAGGACAGCACTCTT
ATCATGCAGCTTTTTAGAGACAATCTCACCCTGTGGACTTCTGACCTCCCGGAGGAAGGA
GAAGAGAAATCCAAAGGTGATGAGCCGAAAGAAGAGAACTGAATCCTCTGTGTGAAGAGA
AACGACCTTTGATGCATCCGAAGACAGCAAGTGTCGTTGCTCGGAAAAATGTGTATTTTT
TTTTATTTTATTGTCTTTCTTGATCATGTTTTTCAGTTATTTGACGTTCTACAACATAGT
ACTACTGCATAACTTCGAATGCTTGATGTCATACACTTAGTTTGCTTTGTTGTTGTTGAA
TTGAGACCATGCATTTTTGGTTTTGCACTCTCTTTGACGAATTAAGAACCTTGAGTGTTC
AAAATAAATATAATTTTCACTAGAAAAAGTGAGG

QA 1 874 1 874
DS 

RD RR1A572JQ 826 0 0
GTCCAAGGGGAACGAGGAGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACC*AAAGAGGGTTGAAGA
CGAGCTTGCCAAAGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCATTCCTTC
CTCTACCGCTGTTGAGTCCACCGTCTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTACTATCGCTA
TCTGGCAGAGTTCAGTTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGATCAGTCTCTTGAAGC
ATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGACACTGGTTTGGCACCCACACATCCAGTTAGACT
TGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTGAAAGCGC
ATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCCTCAACGA
GGAGTCATACAAGGACAGCACTCTTATCATGCAGCTTTTTAGAGACAATCTCACCCTGTG
GACTTCTGACCTCCCGGAGGAAGGAGAAGAGAAATCCAAAGGTGATGAGCCGAAAGAAGA
GAACTGAATCCTCTGTGTGAAGAGAAACGACCTTTGATGCATCCGAAGACAGCAAGTGTC
GTTGCTCGGAAAAATGTGTATTTTTTTTTATTTTATTGTCTTTCTTGATCATGTTTTTCA
GTTATTTGACGTTCTACAACATAGTACTACTGCATAACTTCGAATGCTTGATGTCATACA
CTTAGTTTGCTTTGTTGTTGTTGAATTGAGACCATGCATTTTTGGTTTTGCACTCTCTTT
GACGAATTAAGAACCTTGAGTGTTCAAAATAAATATAATTTTCAC
G

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 13

CO CL188Contig1 469 13 9 U
GGGAAAACACCAATATTTTCATTATCAAAGATGAAAGTTGTTTTCAAACCTTGGTTTATT
GGTTTCGTTATGCTCACAATTCATCTGTTCGCAATAGGAGAAACGGCGATTGCTCAAGGA
AAATGGTGTTATCATGATATAGAACACATACATTCATGTACTTCCGATAGCTGTAATGCC
GAATGTTTGAAATTGAATAAACTATGGAAAGGTAATTGCCTGTTTGGTAAAGGATGCTTG
TGTCTTATGGACCGCTGCCCTCGCTGATCTTTTATCAACATCAACATTGAAACTCTACTG
ATTTTATATCAACATTGAAACTCGAATAATATTCATAATAATACTATGTATTTGCCATAG
AAAAAATAAAAGTATTAATAAATTGTTGCGTGTTTTTGCACAATAAGATGTACTATATTA
CTGAATACAAAATATAAATAACAGATATAGATACATGTGTCTTCCTCCC


BQ
10 60 65 65 65 65 65 65 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 50 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 40 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 40 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CO46JQ C 2
AF RR1FI32JQ C 1
AF RR1FI32TF U 1
AF RR1B649TF U 2
AF RR1DY45TF U 2
AF RR1AG69JQ C 2
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AF RR1CO46TF U 2
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AF RR1CM81JQ C 7
AF RR1CM81TF U 7
AF RR1BO60TF U 3
AF RR1C637TF U 2
BS 1 1 RR1FI32JQ
BS 2 272 RR1FI32TF
BS 273 273 RR1B649TF
BS 274 360 RR1FI32TF
BS 361 401 RR1B649TF
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RD RR1CO46JQ 258 0 0
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GTTTTATGGACCGCTGCC

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DS 

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GGTTTCGTTATGCTCACAATTCATCTGTTCGCAATAGGAGAAACGGCGATTGCTCAAGGA
AAATGGTGTTATCATGATATAGAACACATACATTCATGTACTTCCGATAGCTGTAATGCC
GAATGTTTGAAATTGAATAAACTATGGAAAGGTAATTGCCTGTTTGGTAAAGGATGCTTG
TGTCTTATGGACCGCTGCCCTCGCTGATCTTTCATCAACATCAACATTGAAACTCTACTG
ATTTTATATCAACATTGAAACTCGAATAATATTCATAATAATACTATGTATTTGCCATAG

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DS 

RD RR1FI32TF 360 0 0
G
GGAAAACACCAATATTTTCATTATCAAAGATGAAAGTTGTTTTCAAACCTTGGTTTATTG
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AATGTTTGAAATTGAATAAACTATGGAAAGGTAATTGCCTGTTTGGTAAAGGATGCTTGT
GTCTTATGGACCGCTGCCCTCGCTGATCTTTCATCAACATCAACATTGAAACTCTACTGA
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DS 

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AATGGTGTTATCATGATATAGAACACATACATTCATGTACTTCCGATAGCTGTAATGCCG
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DS 

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DS 

RD RR1AG69JQ 445 0 0
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GTTTTATGGACCGCTGCCCTCGCTGATTTTTTTTCAACATCAACATTGAAACTTTACTGA
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TGAATACAAAATATAAATAACAGAT

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1AG69TF 445 0 0
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GTCTTATGGACCGCTGCCCTCGCTGATCTTTTATCAACATCAACATTGAAACTCTACTGA
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TGAATACAAAATATAAATAACAGAT

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1CO46TF 427 0 0
GGAAAACACCAATATTTTCATTATCAAAGATGAAAGTTGTTTTCAAACCTTGGTTTATTG
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TTTTATATCAACATTGAAACTCGAATAATATTCATAATAATACTATGTATTTGCCATAGA
AAAAATAAAAGTATTAATAAATTGTTGCGTGTTTTTGCACAATAAGATGCACTATATTAC
TGAATAC

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DS 

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GTTTCGTTATGCTCACAATTCATCTGTTCGCAATAGGAGAAACGGCGATTGCTCAAGGAA
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GTCTTATGGACCGCTGCCCTCGCTGATCTTTTATCAACATCAACATTGAAACTCTACTGA
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AAAAATAAAAGTATTAATAAATTGTTGCGTGTTTTTGCACAATAAGATGTACTATATTAC
TGAATACAAAATATAAATAACAGATATAGATACATGTGTCTTCCTCCC

QA 1 468 1 468
DS 

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GG
ACCAATATTTTCATTATCAAAGATGAAAGTTGTTTTCAAACCTTGGTTTATTGGTTTCGT
TATGCTCACAATTCATCTGTTCGCAATAGGAGAAACGGCGATTGCTCAAGGAAAATGGTG
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TCAACATTGAAACTCGAATAATATTCATAATAATACTATGTATTTGCCATAGAAAAAATA
GAAGTATTAATAAATTGTTGCGTGTTTTTGCACAATAAGATGTACTATATTACTGAATAC

QA 3 422 3 422
DS 

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GG
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TATGCTCACAATTCATCTGTTCGCAATAGGAGAAACGGCGATTGCTCAAGGAAAATGGTG
TTATCATGATATAGAACACATACATTCATGTACTTCCGATAGCTGTAATGCCGAATGTTT
GAAATTGAATAAACTATGGAAAGGTAATTGCCTGTTTGGTAAAGGATGCTTGTGTCTTAT
GGACCGCTGCCCTCGCTGATCTTTTATCAACATCAACATTGAAACTCTACTGATTTTATA
TCAACATTGAAACTCGAATAATATTCATAATAATACTATGTATTTGCCATAGAAAAAATA
GAAGTATTAATAAATTGTTGCGTGTTTTTGCACAATAAGATGTACTATATTACTGAATAC

QA 3 422 3 422
DS 

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TTTCGTTATGCTCACAATTCATCTGTTCGCAATAGGAGAAACGGCGATTGCTCAAGGAAA
ATGGTGTTATCATGATATAGAACACATACATTCATGTACTTCCGATAGCTGTAATGCCGA
ATGTTTGAAATTGAATAAACTATGGAAAGGTAATTGCCTGTTTGGTAAAGGATGCTTGTG
TCTTATGGACCGTTGCCCTCGCTGATCTTTTATCAACATCAACATTGAAACTCTACTGAT
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GAATACAAAATATAAATAACAGAT
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DS 

RD RR1C637TF 468 0 0
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GTTTCGTTATGCTCACAATTCATCTGTTCGCAATAGGAGAAACGGCGATTGCTCAAGGAA
AATGGTGTTATCATGATATAGAACACATACATTCATGTACTTCCGATAGCTGTAATGCCG
AATGTTTGAAATTGAATAAACTATGGAAAGGTAATTGCCTGTTTGGTAAAGGATGCTTGT
GTCTTATGGACCGCTGCCCTCGCTGATCTTTTATCAACATCAACATTGAAACTCTACTGA
TTTTATATCAACATTGAAACTCGAATAATATTCATAATAATACTATGTATTTGCCATAGA
AAAAATAAAAGTATTAATAAATTGTTGCGTGTTTTTGCACAATAAGATGTACTATATTAC
TGAATACAAAATATAAATAACAGATATAGATACATGTGTCTTCCTCCC

QA 1 468 1 468
DS 



AS 2 13

CO CL189Contig1 1349 10 29 U
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TCAATGGCACTACACGAAATTCACTCAGCAAACATTAGTTCCTACAAAGCTGCTTGTGAA
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GACCTTTACCTTCAACGCGCTGTGGATCTCTTTGACAAAGAGTCGGCGGAAAATGGTGGG
AATACTAAGAACAAGTATGAAAAAGCATTGGAGGACCTGAAGAAGTTTGAAAACATGAAA
CACGATTTTGATGGCGACAAGTTAATAGCTAAGTTTGAGTCGGTCAAAAAGGAGCAGGAA
AACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGCGGCATATGCGGCGGCA
CAAGCACATAGCAAACTTACGAATATACTTTTCGGCGTGTTGTTTGGTGTTGTTGCTCTC
ATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAAGCTCTGGTGGCAGGTGCAGTAGCTGCG
GGTTTAGCGTTACCAGTCGTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCGAGGTTGCAATGCAGAAA
CTGGAGGACACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCAGAACAGATTGGGAAAGGTTTGGAA
GTCAACAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCAAGAAACTTTTAGATAAGATA
GAGTCGATGTTGGAGATCGCGGATACTCCTGACGAGGCTAGCGAGAGAGACACGAAAAAT
GAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGACTCAATCAACGCGGTTGAC
GAAACTGTCGCTAAGCTTAGCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTATGGAAAAG
ATCCAAGATTAGTGGTAAACTATCAATATGCTTTATTGATGTTTATTGTTCAAGAATCAA
GACACCCACGCTATGTTATATGTTTTAATCTTTGGTTTTCAATAATTTGGGTTTATAGCG
CATTGTACTTTTTTTTT*GTAACATTAACCATCCGAAAAGATTGGTTGATGTACCTCTAT
CCCCTATTAGTGAAATAAAGTTGTTGTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 

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RD RR1CB60TF 686 0 0
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GACCTTTACCTTCAACGCGCGGTGGATCTCTTTGACAAAGAGTCGGCGGAAAATGGTGGG
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CAAGCACATAGCAAACTTACGA
TATA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1BF54TF 821 0 0
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TCAATGGCACTACACGAAGTTCACTCAGCAAACATTAGTTCCTACAAAGCTGCTTGTGAA
CAACACCCAGAGCTCAAATCCTTTGATGCTTCGCTTCAAGAGGGGGCTAACAAAGTGTTG
AACTCGGTCAACGCTCAAGCCGAGACTGATTCTTATTCCGTACACACATCATACGCGGAG
CTCTACAAGTATCTGCTTGATGCATGCCAAGCTGTGGCAAAGTTCATTACTGCTATCGAA
GGCGACGTGTGGGACAACGAAGGTCTAAAGAAGATAGTGGAGGCCTATTTTGAGGATACC
ATCAAGACTTTAGAGTTTTTCAACAGTGTTGATAAACTGGCCGACAACGCATCAATTGGC
GACCTTTACCTTCAACGCGCTGTGGATCTCTTTGACAAAGAGTCGGCGGAAAATGGTGGG
AATACTAAGAACAAGTATGAAAAAGCATTGGAGGACCTGAAGAAGTTTGAAAACATGAAA
CACGATTTTGATGGCGACAAGTTAATAGCTAAGTTTGAGTCGGTCAAAAAGGAGCAGGAA
AACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGCGGCATATGCGGCGGCA
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GGTTTAGCGTTACCAGTGGTTGCCGTGGGATGGGCAGGGAC

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DS 

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G
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TATTTTGAGGATACCATCAAGACTTTAGAGTTTTTCAACAGTGTTGATAAACTGGCCGAC
AACGCATCAATTGGCGACCTTTACCTTCAACGCGCTGTGGATCTCTTTGACAAAGAGTCG
GCGGAAAATGGTGGGAATACTAAGAACAAGTATGAAAAAGCATTGGAGGACCTGAAGAAG
TTTGAAAACATGAAACACGATTTTGATGGCGACAAGTTAATAGCTAAGTTTGAGTCGGTC
AAAAATGAGCAGGAAAACCTTCTGTAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGCG
GCATATGCGGCGGCACAAGCACATAGCAAACTTACGAATATACTTTTCGGTGTGTTGTTT
GGTGTTGTTGCTCTCATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAAGCTCTGGTGGCA
GGTGCAATAGCTGCGGGTTTAGCGTTACCAGTGGTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCGAG
GTTGCAATGCAGAAACTGGAGGACACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCAGAACAGA

QA 2 599 2 599
DS 

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GC
CGGAAAATGGTGGGAATACTAAGAACAAGTATGAAAAAGCATTGGAGGACCTGAAGAAGT
TTGAAAACATGAAACACGATTTTGATGGCGACAAGTTAATAGCTAAGTTTGAGTCGGTCA
AAAAGGAGCAGGAAAACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGCGG
CATATGCGGCGGCACAAGCACATAGCAAACTTACGAATATACTTTTCGGCGTGTTGTTTG
GTGTTGTTGCTCTCATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAAGCTCTGGTGGCAG
GTGCAGTAGCTGCGGGTTTAGCGTTACCAGTCGTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCGAGG
TTGCAATGCAGAAACTGGAGGACACTGTGAAGAAACGGAAAGATATAGCAGAACAGATTG
GGAAAGGTTTGGAAGTCAACAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCAAGAAAC
TTTTAGATAAGATAGAGTCGATGTTGGAGATCGCGGATACTCCTGACGAGGCTAGCGAGA
GAGACACGAAAAATGAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGACTCAA
TCAACGCGGTTGACGAAACTGTCGCTA

QA 3 629 3 629
DS 

RD RR1CB60JQ 456 0 0
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AACAGAAAGATATAGCAGAACAGATTGGGAAAGGTTTGGAAGTCAACAAAGATGGGATGG
GGACCATAATGAGCTTAGTCAAGAAACTTTTAGATAAGATAGAGTCGATGTTGGAGATCG
GGGATACTCCTGACGGGGCTAGGGGGAGAGACACGAAAAATGAACTGAAATTAATCAAGA
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GCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTATGGAAAAGATCCAAGATTAGTGGTAAA
CTATCAATATGCTTTATTGATGTTTATTGTTCAAGAATCAAGACACCCCCGCTATGTTAT
ATGTTTTAATTTTTGGTTTTCAATAATTTGGGTTTA

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DS 

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AGCAAACTTACGAATATACTTTTCGGCGTGTTGTTTGGTGTTGTTGCTCTCATAGGGGTG
GCTACATTTGCATTCGGGGGCGAAGCTCTGGTGGCAGGTGCAGTAGCTGCGGGTTTAGCG
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TAGTGGTAAACTATCAATATGCTTTATTGATGTTTATTGTTCAAGAATCAAGACACCCAC
GCTA

QA 1 604 1 604
DS 

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GAAACACGATTTTGATGGCGACAAGTTAATAGCTAAGTTTGAGTCGGTCAAAAAGGAGCA
GGAAAACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGCGGCATATGCTGC
GGCACAAGCACATAGCAAACTTACGAATATACTTTTCGGCGTGTTGTTTGGTGTTGTTGC
TCTCATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAAGCTCTGGTGGCAGGTGCAGTAGC
TGCGGGTTTAGCGTTACCAGTCGTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCGAGGTTGCAATGCA
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GGAAGTCAACAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCAAGAAACTTTTAGATAA
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TGACGAAACTGTCGCTAAGCTTAGCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTATGGA
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AGCGCATTGTACTTTTTTTTTTGTAACGTTAACCATCCGAAAAGATTGGTTGATGTACCT
CTATCCCCTATTAGTGAAATAAAGT

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DS 

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G
GGCAGGTGCAGTAGCTGCGGGTTTAGCGTTACCAGTCGTTGCCGTGGGATGGGCAGGGAC
CGAGGTTGCAATGCAGAAACTGGAGGACACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCAGAACA
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CGAGAGAGACACGAAAAATGAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGA
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ATAATTTGGGTTTATAGCGCATTGTACTTTTTTTT**GTAACGTTAACCATCCGAAAAGA
TTGGTTGATGTACCTCTATCCCCTATTAGAGAAATAAAGT

QA 2 581 2 581
DS 

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G
GTGTTGTTTGGTGTTGTTGCTCTCATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAAGCT
CTGGTGGCAGGTGCAGTAGCTGCGGGTTTAGCGTTACCAGTCGTTGCCGTGGGATGGGCA
GGGACCGAGGTTGCAATGCAGAAACTGGAGGACACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCA
GAACAGATTGGGAAAGGTTTGGAAGTCAACAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTA
GTCAAGAAACTTTTAGATAAGATAGAGTCGATGTTGGAGATCGCGGATACTCCTGACGAG
GCTAGCGAGAGAGACACGAAAAATGAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTT
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TCGAGAATTAAGGTTATGGAAAAGATCCGAGATTAGTGGTAAACTATCAATATGCTTTAT
TGATGTTTATTGTTCAAGAATCAAGACACCCACGCTATGTTATATGTTTTAATCTTTGGT
TTTCAATAATTTGGGTTTATAGCGCATTGTACTTTTTTTTT*GTAACATTAACCATCCGA
AAAGATTGGTTGATGTACCTCTATCCCCTATTAGTGAAATAAAGTTGTTGTTG

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DS 

RD RR1EX12JQ 604 0 0
TGCATTCGGGGGCGAAGCTCTGGTGGCAGGTGCAGTAGCTGCGGGTTTAGCGTTACCAGT
CGTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCGAGGTTGCAATGCAGAAACTGGAGGACACTGTGAA
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GGCGACCATAATGAGCTTAGTCAAGAAACTTTTAGATAAGATAGAGTCGATGTTGGAGAT
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GAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGACTCAATGAACGCGGTTGACGAAACTGTCGCTAAGCT
TAGCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTATGGAAAAGATCCGAGATTAGTGGTA
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ATATGTTTTAATCTTTGGTTTTCAATAATTTGGGTTTATAGCGCATTGTACTTTTTTTTT
*GTAACATTAACCATCCGAAAAGATTGGTTGATGTACCTCTATCCCCTATTAGTGAAATA
AAGT

QA 1 604 1 604
DS 



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GGATCCAAAACATCTTCCTCCTCCAGTCTTGAGCAAAATTCCGGTCCAAGTTCAGTAATA
TCAATGGCGCTACACGAAGTTCACTCAGCAAATATTAGTTCCTACAAAGCTGCTTGTGAA
CAACACCCAGAGCTCAAATCCTTTGATGCTTCGCCTCAAGAGGGGGCCAACAAAGTGTTG
AACTCGGTCAACGCTCAAGCCGAGACTGATTCTTATTCCGTACACACATCATACGCGGAG
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GGCGACGTGTGGGACAACGAAGATCTAAAGAAGATAGTGGAGGCCTATTTTGAGGATACC
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GACCTTTACCTTCAACGCGCGGTGGATCTCTTTGACAAAGAGTCGGTGGAAAATGGTGGG
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AACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGAGGCATATGAGGCGTCA
CAAGCACATAGCAAACTTACGAATATAATTTTCGGCACGTTGTTTGGTGTTGTTGCTCTC
ATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAATTTCTGGTGGAAGGTGCAATAGCTGCG
GGTTTTGCGTTACCAGTCCTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCAAGATTGCAATGCAGAAA
CTGGAGGACACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCAGAACAGGTTGGGAAAGGTTTGGAA
GTCAACAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGTTTAGTCAGGAAACTTTTAAATAAGATA
AAGTCGATGTTGGAGATCGCGGATACTCCTGACGAGGCTAGCGAGAGAGACACGAAAAAT
GAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGACTCAATCAACGAGGTTGAC
GAAACCGTGGCTAAACTTAGCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTATGGAAAAG
ATCCAAGATTAGTGGTAAACTATCAATATGCTTTATTGATGTTTATTGTTCAAGAATCAA
GACACCCTCGCTATGTTATATGTTTTAATCTTTGGTTTTCAATAATTTGGGTTTATAGCC
CATTGTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C196TF U 43
AF RR1ER52TF U 1
AF RR1C196JQ C 585
BS 1 154 RR1ER52TF
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RD RR1C196TF 287 0 0
GG
TCCAAGTTCAGTAATATCAATGGCGCTACACGAAGTTCACTCAGCAAATATTAGTTCCTA
CAAAGCTGCTTGTGAACAACACCCAGAGCTCAAATCCTTTGATGCTTCGCCTCAAGAGGG
GGCCAACAAAGTGTTGAACTCGGTCAACGCTCAAGCCGAGACTGATTCTTATTCCGTACA
C*CATCATACGCGGAGCTCTACAAGTATCTGCTTGATGCATGCCAAGCTGTGGCAAAGTT
CATTACTTCTATCGAAGGCGACGTGTGGGACAACGAAGATCTAAA

QA 3 287 3 287
DS 

RD RR1ER52TF 704 0 0
GGATCCAAAACATCTTCCTCCTCCAGTCTTGAGCAAAATTCCGGTCCAAGTTCAGTAATA
TCAATGGCGCTACACGAAGTTCACTCAGCAAATATTAGTTCCTACAAAGCTGCTTGTGAA
CAACACCCAGAGCTCAAATCCTTTGATGCTTCGCTTCAAGAGGGGGCCAACAAAGTGTTG
AACTCGGTCAACGCTCAAGCCGAGACTGATTCTTATTCCGTACACACATCATACGCGGAG
CTCTACAAGTATCTGCTTGATGCATGCCAAGCTGTGGCAAAGTTCATTACTTCTATCGAA
GGCGACGTGTGGGACAACGAAGATCTAAAGAAGATAGTGGAGGCCTATTTTGAGGATACC
ATCAAGACTTTACAGTTTTTCAACAGTGTTGATAAACTGGCCGACAAAGCATCAATTGGC
GACCTTTACCTTCAACGCGCGGTGGATCTCTTTGACAAAGAGTCGGTGGAAAATGGTGGG
AATACTATGAACAAGTATGAGAAAGCATTGGAGGACCTGAAGAAGTTTGAAAACATGAAA
CACGATTTTGATGGTGACAAGTTAATAGCTCAGTTCGACTTGGTCAAAAAGGAGCAGGAA
AACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGAGGCATATGAGGCGTCA
CAAGCACATAGCAAACTTACGAATATAATTTTCGGC
ACGTTGTT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1C196JQ 685 0 0
CAAAAAGGAGCAGGAAAACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGA
GGCATATGAGGCGTCACAAGCACATAGCAAACTTACGTATATAATTTTCGGCACGTTGTT
TGGTGTTGTTGCTCTCATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAATTTCTGGTGGA
AGGTGCAATAGCTGCGGGTTTTGCGTTACCAGTCCTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCAA
GATTGCAATGCAGAAACTGGAGGACACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCAGAACAGGT
TGGGAAAGGTTTGGAAGTCAACAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGTTTAGTCAGGAA
ACTTTTAAATAAGATAAAGTCGATGTTGGAGATCGCGGATACTCCTGACGAGGCTAGCGA
GAGAGACACGAAAAATGAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGACTC
AATCAACGAGGTTGACGAAACCGTGGCTAAACTTAGCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAAT
TAAGGTTATGGAAAAGATCCAAGATTAGTGGTAAACTATCAATATGCTTTATTGATGTTT
ATTGTTCAAGAATCAAGACACCCTCGCTATGTTATATGTTTTAATCTTTGGTTTTCAATA
ATTTGGGTTTATAGCCCATTGTACT

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 13

CO CL190Contig1 1164 13 4 U
AGGGATCGTAAAACCAAACATATACTATCAGCAAAAACAACATACTTATAGTATAGTAGC
TCATCAATCCGTCCCTGCTTTAAAGCAGTTGAAGCATTGGCTTCAGGCCACTTAATATAG
TTATATAGACAAAACATTTAGGCTACATATCATTGATTTTATGTAGCTTAAATTATTTGA
TAAGAGTTTTGGAGCTCTTTGCCTCTGGTTCGACCCAGACCACAACCATTTTGTATACTT
TTTTCTCATAAATAATTTTGGGACGGCACTGCTCATCATAGCTAGTACACGTCGCTTCTC
ACAGTTACAACTCACAACGTAAAACGATCTTACCATACACACACATAATCATGGCACACT
CATAATTTATCTCTCACAAACTCGGACAGGGCTCCATAGTCCTTT*ATTTTGTCTTAGTA
AAAGTACGTAACTTAAGGCACAACACATATTCCTTT*GATTTATTCATCGGCCAAGAGAT
GTTCGTCGATCTCTTTGGAGACTTCGACACAGAACTGGAGGAGAGTCTCGGGATGAGCAA
CCTCTTCGCTAATCTTCTCGTACTCAAGGTGCCAGTGCACAATACTTCCTGCCCCACCGT
GCTTAGGGGTCACCTGGATTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTTTCATCAGATCACCTT
CAATAACCCTGAACGTGATCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCTCGATCCTCTCCTTTG
CCACCTTTGCCTCTCCATCATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAGAGCCAGGTTTGCCCC
AATCGCCTTCGTGCAGATCACAGCCCTGAATGTTGCCTGGAGATGCTTTGGAAACATGGT
GTGGTTTGCCGGTGAACATGTGATGGAACTGCTCAGCAGAAGCTTTGATCTCCACGTCTG
TCTCAAGCTTCCCCACCAAGCTAGACGTCTCTGTTGGCTTCACCTCCTGTTCCGCCGGTT
TGTTTGTAGCCTCGACCGTTTTAGGAGGTATCACCGTCACCTTGGTCTCAGCTTCTTCCG
CCCTTGCAGCCTCCACCGCTTTAGTTGGTGGCACAGTCACTGGCGTCTCCGCGTTTTCCT
CCATCTTCTTTGCAATTTCGGTAGCAACCTCCGCCATTCTAGGAAATTATGGTTGTAAAG
AGTGATATTCTGTTTATGAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1BW10JQ U 1
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AF RR1FS72TF C 245
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BS 1111 1162 RR1AW72TF
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TCATCAATCCGTCCCTGCTTTAAAGCAGTTGAAGCATTGGCTTCAGGCCACTTAATATAG
TTATATAGACAAAACATTTAGGCTACATATCATTGATTTTATGTAGCTTAAATTATTTGA
TAAGAGTTTTGGAGCTCTTTGCCTCTGGTTCGACCCAGACCACAACCATTTTGTATACTT
TTTTCTCATAAATAATTTTGGGACGGCACTGCTCATCATAGCTAGTACACGTCGCTTCTC
ACAGTTACAACTCACAACGTAAAACGATCTTACCATACACACACATAATCATGGCACACT
CATAATTTATCTCTCACAAACTCGGACAGGGCTCCATAGTCCTTT*ATTTTGTCTTAGTA
AAAGTACGTAACTTAAGGCACAACACATATTCCTTT*GATTTATTCATCGGCCAAGAGAT
GTTCGTCGATCTCTTTGGAGACTTCGACACAGAACTGGAGGAGAGTCTCGGGATGAGCAA
CCTCTTCGCTAATCTTCTCGTACTCAAGGTGCCAGTGCACAATACTTCCTGCCCCACCGT
GCTTAGGGGTCACCTGGATTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTTTCATCAGATCACCTT
CAATAACCCTGAACGTGATCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCTCGATCCTCTCCTTTG
CCACCTTTGCCTCTCCATCATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAGAGCCAGGTTTGCCCC
AATCGCCTTCGTG

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CACTGCTCATCATAGCTAGTACACGTCGCTTCTCACAGTTACAACTCACAACGTAAAACG
ATCTTACCATACACACACATAATCATGGCACACTCATAATTTATCTCTCACAAACTCGGA
CAGGGCTCCATAGTCCTTT*ATTTTGTCTTAATAAAAGTACGTAGCTTAAGGCACAACAC
ATATTCCTTT*GATTTATTCATCGGCCAAGAAATGTTCGTCGATCTCTTTGGAGACTTCG
ACACAGAACTGGAGGAGAGTCTCGGGATGAGCAACCTCTTCGCTAATCTTCTCGTACTCA
AGGTGCCAGTGCACAATACTTCCTGCCCCACCGTGCTTAGGGGTCACCTGGATTGTGAGC
AAGAAGCTTTTGTACTCTTTCATCAGATCACCTTCAATAACCCTGAACGTGATCAAGTTC
TTCTCCGGCTCTACCGCCTCGATCCTCTCCTTTGCCACCTTTGCCTCTCCATCATGAACG
TAGTTCCAGAAAATGATAGAGCCAGGTTTGCCCCAATCGCCTTCGTG

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DS 

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TTACAACTCACAACGTAAAACGATCTTACCATACACACACATAATCATGGCACACTCATA
ATTTATCTCTCACAAACTCGGACAGGGCTCCATAGTCCTTT*ATTTTGTCTTAGTAAAAG
TACGTAACTTA*GGCACAACACATATTCCTTT*GATTTATTCATCGGCCAAGAGATGTTC
GTCGATCTCTTTGGAGACTTCGACACAGAACTGGAGGAGAGTCTCGGGATGAGCAACCTC
TTCGCTAATCTTCTCGTACTCAAGGTGCCAGTGCACAATACTTCCTGCCCCACCGTGCTT
AGGGGTCACCTGGATTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTTTCATCAGATCACCTTCAAT
AACCCTGAACGTGATCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCTCGATCCTCTCCTTTGCCAC
CTTTGCCTCTCCATCATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAGAGCCAGGTTTGCCCCAATC
GCCTTCGTGCAGATCACAGACCTGAATGTTGCCTGGAG
C

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DS 

RD RR1FS72TF 579 0 0
CTCACAAATAATTTTGGGACGGCACTGCTCATCATAGCTAGTACACGTCGCTCCTCACAG
TTACAACTCACAACGTAAAACGATCTTACCATACACACACATAATCATGGCACACTCATA
ATTTATCTCTCACAAACTCGGACAGGGCTCCATAGTCCTTT*ATTTTGTCTTAGTAAAAG
TACGTAACTTA*GGCACAACACATATTCCTTT*GATTTATTCATCGGCCAAGAGATGTTC
GTCGATCTCTTTGGAGACTTCGACACAGAACTGGAGGAGAGTCTCGGGATGAGCAACCTC
TTCGCTAATCTTCTCGTACTCAAGGTGCCAGTGCACAATACTTCCTGCCCCACCGTGCTT
AGGGGTCACCTGGATTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTTTCATCAGATCACCTTCAAT
AACCCTGAACGTGATCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCTCGATCCTCTCCTTTGCCAC
CTTTGCCTCTCCATCATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAGAGCCAGGTTTGCCCCAATC
GCCTTCGTGCAGATCACAGACCTGAATGTTGCCTGGAG
C

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1E262JQ 579 0 0
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TAATCATGGCACACTCATAATTTATCTCTCACAAACTCGGACAGGGCTCCATAGTCCTTT
*ATTTTGTCTTAGTAAAAGTACGTAACTTAAGGCACAACACATATTCCTTT*GATTTATT
CATCGGCCAAGAGATGTTCGTCGATCTCTTTGGAGACTTCGACACAAAACTGGAGGAGAG
TCTCGGGATGAGCAACCTCTTCGCTAATCTTCTCGTACTCAAGGTGCCAGTGCACAATAC
TTCCTGCCCCACCGTGCTTAGGGGTCACCTGGATTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTT
TCATCAAATCACCTTCAATAACCCTGAACGTGATCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCT
CGATCCTCTCCTTTGCCACCTTTGCCTCTCCATCATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAG
AGCCAGGTTTGCCCCAATCGCCTTCGTGCAGATCACAGCCCTGAATGTTGCCTGGAAATG
CTTTGGAAACATGGTGTGGTTTGCCGGTGAACATGTGAT

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1FT38JQ 721 0 0
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TAAAACGATCTTACCATACACACACATAATCATGGCACACTCATAATTTATCTCTCACAA
ACTCGGACAGGGCTCCATAGTCCTTT*ATTTTGTCTTAATAAAAGTACGTAACTTAAGGC
ACAACACATATTCCTTT*GATTTATTCATCGGCCAAGAGATGTTCGTCGATCTCTTTGGA
GACTTCGACACAGAACTGGAGGAGAGTCTCGGGATGAGCAACCTCTTCGCTAATCTTCTC
GTACTCAAGGTGCCAGTGCACAATACTTCCTGCCCCACCGTGCTTAGGGGTCACCTGGAT
TGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTTTCATCAGATCACCTTCAATAACCCTGAACGTGAT
CAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCTCGATCCTCTCCTTTGCCACCTTTGCCTCTCCATC
ATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAGAGCCAGGTTTGCCCCAATCGCCTTCGTGCAGATC
ACAGCCCTGAATGTTGCCTGGAGATGCTTTGGAAACATGGTGTGGTTTGCCGGTGAACAT
GTGATGGAACTGCTCAGCAGAAGCTTTGATCTCCACGTCTGTCTCAAGCTTCCCCACTAA
GCTAGACGTCTCTGTTGGCTTCACCTCCTGTTCCGCCGGTTTGTTTGTAGACTCGACCGT
T

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DS 

RD RR1DX85JQ 746 0 0
GC
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CTTCTCACAGTTACAACTCACAACGTAAAACGATCTTACCATACACACACATAATCATGG
CACACTCATAATTTATCTCTCACAAACTCGGACAGGGCTCCATAGTCCTTT*ATTTTGTC
TTAGTAAAAGTACGTAACTTAAGGCACAACACATATTCCTTT*GATTTATTCATCGGCCA
AGAGATGTTCGTCGATCTCTTTGGAGACTTCGACACAGAACTGGAGGAGAGTCTCGGGAT
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CACCGTGCTTAGGGGTCACCTGGATTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTTTCATCAGAT
CACCTTCAATAACCCTGAACGTGATCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCTCGATCCTCT
CCTTTGCCACCTTTGCCTCTCCATCATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAGAGCCAGGTT
TGCCCCAATCGCCTTCGTGCAGATCACAGCCCTGAATGTTGCCTGGAGATGCTTTGGAAA
CATGGTGTGGTTTGCCGGTGAACATGTGATGGAACTGCTCAGCAGAAGCTTTGATCTCCA
CGTCTGTCTCAAGCTTCCCCACCAAGCTAGACGTCTCTGTTGGCTTCACCTCCTGTTCCG
CCGGTTTGTTTGTAGCCTCGACCG

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DS 

RD RR1AW72JQ 878 0 0
GT
ATACTTTTTTCTCATAAATAATTTTGGGACGGCACTGCTCATCATAGCTAGTACACGTCG
CTTCTCACAGTTACAACTCACAACGTAAAACGATCTTACCATACACACACATAATCATGG
CACACTCATAATTTATCTCTCACAAACTCGGACAGGGCTCCATAGTCCTTT*ATTTTGTC
TTAGTAAAAGTACGTAACTTAAGGCACAACACATATTCCTTT*GATTTATTCATCGGCCA
AGAGATGTTCGTCGATCTCTTTGGAGACTTCGACACAGAACTGGAGGAGAGTCTCGGGAT
GAGCAACCTCTTCGCTAATCTTCTCGTACTCGAGGTGCCAGTGCACAATACTTCCTGCCC
CACCGTGCTTAGGAGTCACCTGGATTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTTTCATCAGAT
CACCTTCAATAACCCTGAACGTGATCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCTCGATCCTCT
CCTTTGCCACCTTTGCCTCTCCATCATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAGAGCCAGGTT
TGCCCCAATCGCCTTCGTGCAGATCACAGCCCTGAATGTTGCCTGGAGATGCTTTGGAAA
CATGGTGTGGTTTGCCGGTGAACATGTGATGGAACTGCTCAGCAGAAGCTTTGATCTCCA
CGTCTGTCTCAAGCTTCCCCACCAAGCTAGACGTCTCTGTTGGCTTCACCTCCTGTTCCG
CCGGTTTGTTTGTAGCCTCGACCGTTTTAGGAGGTATCACCGTCACCTTGGTCTCAGCTT
CTTCCGCCCTTGCAGCCTCCACCGCTTTAGTTGGTGGCACAGTCACTGGCGTCTCCGCGT
TTTCCTCCATCTTCTTTGCAATTTCGGTAGCAACCT

QA 3 878 3 878
DS 

RD RR1AW72TF 784 0 0
AACTCGGACAGGGCTCCATAGTCCTTTTATTTTGTCTTAGTAAAAGTACGTAACTTAAGG
CACAACACATATTCCTTTTGATTTATTCATCGGCCAAGAGATGTTCGTCGATCTCTTTGG
AGACTTCGACACAGAACTGGAGGAGAGTCTCGGGATGAGCAACCTCTTCGCTAATCTTCT
CGTACTCGAGGTGCCAGTGCACAATACTTCCTGCCCCACCGTGCTTAGGAGTCACCTGGA
TTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTTTCATCAGATCACCTTCAATAACCCTGAACGTGA
TCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCTCGATCCTCTCCTTTGCCACCTTTGCCTCTCCAT
CATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAGAGCCAGGTTTGCCCCAATCGCCTTCGTGCAGAT
CACAGCCCTGAATGTTGCCTGGAGATGCTTTGGAAACATGGTGTGGTTTGCCGGTGAACA
TGTGATGGAACTGCTCAGCAGAAGCTTTGATCTCCACGTCTGTCTCAAGCTTCCCCACCA
AGCTAGACGTCTCTGTTGGCTTCACCTCCTGTTCCGCCGGTTTGTTTGTAGCCTCGACCG
TTTTAGGAGGTATCACCGTCACCTTGGTCTCAGCTTCTTCCGCCCTTGCAGCCTCCACCG
CTTTAGTTGGTGGCACAGTCACTGGCGTCTCCGCGTTTTCCTCCATCTTCTTTGCAATTT
CGGTAGCAACCTCCGCCATTCTAGGAAATTATGGTTGTAAAGAGTGATATTCTGTTTATG
AGTC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1FT38TF 719 0 0
AACACATATCC
TTGATTTATTCATCGGCCAAGAGATGTTCGTCGATCTCTTTGGAGACTTCGACACAGAAC
TGGAGGAGAGTCTCGGGATGAGCAACCTCTTCGCTAATCTTCTCGTACTCAAGGTGCCAG
TGCACAATACTTCCTGCCCCACCGTGCTTAGGGGTCACCTGGATTGTGAGCAAGAAGCTT
TTGTACTCTTTCATCAGATCACCTTCAATAACCCTGAACGTGATCAAGTTCTTCTCCGGC
TCTACCGCCTCGATCCTCTCCTTTGCCACCTTTGCCTCTCCATCATGAACGTAGTTCCAG
AAAATGATAGAGCCAGGTTTGCCCCAATCGCCTTCGTGCAGATCACAGCCCTGAATGTTG
CCTGGAGATGCTTTGGAAACATGGTGTGGTTTGCCGGTGAACATGTGATGGAACTGCTCA
GCAGAAGCTTTGATCTCCACGTCTGTCTCAAGCTTCCCCACTAAGCTAGACGTCTCTGTT
GGCTTCACCTCCTGTTCCGCCGGTTTGTTTGTAGACTCGACCGTTTTAGGAGGTATCACC
GTCACCTTGGTCTCAGCTTCTTCCGCCCTTGCAGCCTCCACCGCTTTAGTTGGTGGCACA
GTCACTGGCGTCTCCGCGTTTTCCTCCATCTTCTTTGCAATTTCGGTAGCAACCTCCGCC
ATTCTAGGAAATTATGGTTGTAAAGAGTGATATTCTGTTTATGAGTC
C

QA 12 718 12 718
DS 

RD RR1BW10TF 695 0 0
ATTCATCGGCCAAGAGATGTTCGTCGATCTCTTTGGAGACTTCGACACAGAACTGGAGGA
GAGTCTCGGGATGAGCAACCTCTTCGCTAATCTTCTCGTACTCAAGGTGCCAGTGCACAA
TACTTCCTGCCCCACCGTGCTTAGGGGTCACCTGGATTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACT
CTTTCATCAGATCACCTTCAATAACCCTGAACGTGATCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCG
CCTCGATCCTCTCCTTTGCCACCTTTGCCTCTCCATCATGAACGTAGTTCCAGAAAATGA
TAGAGCCAGGTTTGCCCCAATCGCCTTCGTGCAGATCACAGCCCTGAATGTTGCCTGGAG
ATGCTTTGGAAACATGGTGTGGTTTGCCGGTGAACATGTGATGGAACTGCTCAGCAGAAG
CTTTGATCTCCACGTCTGTCTCAAGCTTCCCCACCAAGCTAGACGTCTCTGTTGGCTTCA
CCTCCTGTTCCGCCGGTTTGTTTGTAGCCTCGACCGTTTTAGGAGGTATCACCGTCACCT
TGGTCTCAGCTTCTTCCGCCCTTGCAGCCTCCACCGCTTTAGTTGGTGGCACAGTTACTG
GCGTCTCCGCGTTTT**TCCATCTTCTTTGCAATTTCGGTAGCAACCTCCGCCATTCTAG
GAAATTATGGTTGTAAAGAGTGATATTCTGTTT
CC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1HA62TF 697 0 0
TCGGCCAAGAGATGTTCGTCGATCTCTTTGGAGACTTCGACACAGAACTGGAGGAGAGTC
TCGGGATGAGCAACCTCTTCGCTAATCTTCTCGTACTCAAGGTGCCAGTGCACAATACTT
CCTGCCCCACCGTGCTTAGGGGTCACCTGGATTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTTTC
ATCAGATCACCTTCAATAACCCTGAACGTGATCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCTCG
ATCCTCTCCTTTGCCACCTTTGCCTCTCCATCATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAGAG
CCAGGTTTGCCCCAATCGCCTTCGTGCAGATCACAGCCCTGAATGTTGCCTGGAGATGCT
TTGGAAACATGGTGTGGTTTGCCGGTGAACATGTGATGGAACTGCTCAGCAGAAGCTTTG
ATCTCCACGTCTGTCTCAAGCTTCCCCACCAAGCTAGACGTCTCTGTTGGCTTCACCTCC
TGTTCCGCCGGTTTGTTTGTAGCCTCGACCGTTTTAGGAGGTATCACCGTCACCTTGGTC
TCAGCTTCTTCCGCCCTTGCAGCCTCCACCGCTTTAGTTGGTGGCACAGTCACTGGCGTC
TCCGCGTTTTCCTCCATCTTCTTTGCAATTTCGGTAGCAACCTCCGCCATTCTAGGAAAT
TATGGTTGTAAAGAGTGATATTCTGTTTATGAGTCCC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1DX85TF 557 0 0
GGGGTCA
CTGGATTGTGAGCAAGAAGCTTTTGTACTCTTTCATCAGATCACCTTCAATAACCCTGAA
CGTGATCAAGTTCTTCTCCGGCTCTACCGCCTCGATCCTCTCCTTTGCCACCTTTGCCTC
TCCATCATGAACGTAGTTCCAGAAAATGATAGAGCCAGGTTTGCCCCAATCGCCTTCGTG
CAGATCACAGCCCTGAATGTTGCCTGGAGATGCTTTGGAAACATGGTGTGGTTTGCCGGT
GAACATGTGATGGAACTGCTCAGCAGAAGCTTTGATCTCCACGTCTGTCTCAAGCTTCCC
CACCAAGCTAGACGTCTCTGTTGGCTTCACCTCCTGTTCCGCCGGTTTGTTTGTAGCCTC
GACCGTTTTAGGAGGTATCACCGTCACCTTGGTCTCAGCTTCTTCCGCCCTTGCAGCCTC
CACCGCTTTAGTTGGTGGCACAGTCACTGGCGTCTCCGCGTTTTCCTCCATCTTCTTTGC
AATTTCGGTAGCAACCTCCGCCATTCTAGGAAATTATGGTTGTAAAGAGTGATATTCTGT
TTATGAGTC
C

QA 8 556 8 556
DS 



AS 1 13

CO CL191Contig1 1084 13 29 U
AGGGAGAATTGAATCCTACACGCGCCACCAAAACGCCTGAACATCAGAATCCCGACAACA
CTTGAGAGCAACAGCATTTTTAAAAGCTCCCCTATCTCCTCTCTCTCATCTGCGAGAAAG
AGTCATCAAAACCAAATCGCCGCCATGTTCAGACAAGCTTCCCGCCTCCTCTCCCGATCT
GTCTCCGCCGCCGCATCCTCTAGATCAACGACTAATCGTGCCTTTTCAACGGAAGTTCCG
TCGACTATCGATTCAACATTCGTGGAGTCATGGAAGAAAGTCGCACCGAACATGGACCCG
CCGCAGACTCCTTCCTCCTTCATGAAGGCTCGTCCATCGACTGCTTCCTCGATTCCGACC
AAGCTCACCGTCAATTTCGTCCTCCCTTACGCATCTGAACTTTCCGGGAAAGAGGTCGAC
ATGGTCATCATTCCCGCAACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGTTCCAACA
ATCGCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATAAAGAAGTAC
TTTGTTAGCAGTGGATTCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATTATCGCTGTT
GAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATCGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTC
ACGCAGAAACTTGCTTCTGCAACAACAGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATTGGTGTC
GAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCGGGCTAAAAGAAGATGATCCCTTATTTA
CCCTACTACAAAGGATGGAATAATTTAGAAAAATGATTTTTGCTTTGCTTAATTTTGTTG
GACTTTGTTTTGAATAAATGATTTTGTTGAAGGCACAAACCAACAGAGTTTCTTGTGTTC
ATATTCTTCTCTACTTAGTTTGGGTTGAGAAACTAAGTTGTTTTTGTAATTTCTTTTCAG
AAAAGAAATAAAATTTCATATGCCACGTCCTCTGTAAGGAAGGTTGGAATATTTCTTTAT
GTAATTACTAACAAAAGTTATGTAATTCCAAACAGTAGAGGATAATTAATAAATATCTTT
TACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 25 70 45 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 25 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 15 60 60 60 60 60 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1E962TF U 1
AF RR1EL33TF U 41
AF RR1CI35TF U 111
AF RR1BZ40TF U 77
AF RR1C892TF U 77
AF RR1EH05TF U 77
AF RR1G390TF U 110
AF RR1GR42TF U 77
AF RR1BZ40JQ C 317
AF RR1E962JQ C 322
AF RR1GR42JQ C 340
AF RR1EH05JQ C 399
AF RR1EL33JQ C 492
BS 1 344 RR1E962TF
BS 345 345 RR1EL33TF
BS 346 415 RR1E962TF
BS 416 416 RR1EL33TF
BS 417 603 RR1E962TF
BS 604 604 RR1EL33TF
BS 605 637 RR1E962TF
BS 638 700 RR1EL33TF
BS 701 701 RR1BZ40TF
BS 702 713 RR1EL33TF
BS 714 714 RR1EH05TF
BS 715 715 RR1EL33TF
BS 716 716 RR1C892TF
BS 717 739 RR1EL33TF
BS 740 740 RR1BZ40TF
BS 741 754 RR1EL33TF
BS 755 755 RR1BZ40TF
BS 756 760 RR1EL33TF
BS 761 761 RR1C892TF
BS 762 763 RR1EL33TF
BS 764 764 RR1BZ40TF
BS 765 778 RR1EL33TF
BS 779 799 RR1BZ40TF
BS 800 812 RR1EH05TF
BS 813 867 RR1BZ40JQ
BS 868 880 RR1E962JQ
BS 881 881 RR1GR42JQ
BS 882 978 RR1E962JQ
BS 979 1084 RR1EL33JQ

RD RR1E962TF 637 0 0
AGGGAGAATTGAATCCTACACGCGCCACCAAAACGCCTGAACATCAGAATCCCGACAACA
CTTGAGAGCAACAGCATTTTTAAAAGCTCCCCTATCTCCTCTCTCTCATCTGCGAGAAAG
AGTCATCAAAACCAAATCGCCGCCATGTTCAGACAAGCTTCCCGCCTCCTCTCCCGATCT
GTCTCCGCCGCCGCATCCTCTAGATCAACGACTAATCGTGCCTTTTCAACGGAAGTTCCG
TCGACTATCGATTCAACATTCGTGGAGTCATGGAAGAAAGTCGCACCGAACATGGACCCG
CCGCAGACTCCTTCCTCCTTCATGAAGGCTCGTCCATCGACTGCCTCCTCGATTCCGACC
AAGCTCACCGTCAATTTCGTCCTCCCTTACGCATCTGAACTTTCCGGGAAAGAGGCCGAC
ATGGTCATCATTCCCGCAACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGTTCCAACA
ATCGCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATAAAGAAGTAC
TTTGTTAGCAGTGGATTCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATTATCGCTGTT
GAG*CCGTGCCGCTTGAGAACATCGACGCTAGCCAAG

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1EL33TF 747 0 0
GG
ATCAGAATCCCGACAACACTTGAGAGCAACAGCATTTTTAAAAGCTCCCCTATCTCCTCT
CTCTCATCTGCGAGAAAGAGTCATCAAAACCAAATCGCC***ATGTTCAGACAAGCTTCC
CGCCTCCTCTCCCGATCTGTCTCCTCCGCCGCATCCTCTAGATCAACGACTAATCGTGCC
TTTTCAACGGAAGTTCCGTCGACTATCGATTCAACATTCGTGGAGTCATGGAAGAAAGTC
GCACCGAACATGGACCCGCCGCAGACTCCTTCCTCCTTCATGAAGGCTCGTCCATCGACT
GCTTCCTCGATTCCGACCAAGCTCACCGTCAATTTCGTCCTCCCTTACGCATCTGAACTT
TCCGGGAAAGAGGTCGACATGGTCATCATTCCCGCAACAACAGGACAAATGGGTGTTTTG
CCTGGACACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGC
ACTGACATAAAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGATTCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTC
GCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATCGACGCTAGCCAAGTCCAA
AAGGGTTTAGCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTTCTGCAACAACAGATCTTGAGAAAGTA
GAAGCACAGATGG*TGTCGAAGTTCACAGTGCTATGA*CGCAGCTCTCTCGG*CTAAA*G
A*GATGATCCCTTATT
ACCTACTAC

QA 3 738 3 738
DS 

RD RR1CI35TF 668 0 0
G
GCGAGAAAGAGTCATCAAAACCAAATCGCCGCCATGTTCAGACAAGCTTCCCGCCTCCTC
TCCCGATCTGTCTCCGCCGCCGCATCCTCTAGATCAACGACTAATCGTGCCTTTTCAACG
GAAGTTCCGTCGACTATCGATTCAACATTCGTGGAGTCATGGAAGAAAGTCGCACCGAAC
ATGGACCCGCCGCAGACTCCTTCCTCCTTCATGAAGGCTCGTCCATCGACTGCTTCCTCG
ATTCCGACCAAGCTCACCGTCAATTTCGTCCTCCCTTACGCATCTGAACTTTCCGGGAAA
GAGGTCGACATGGTCATCATTCCCGCAACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACAC
GTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATA
AAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGATTCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATT
ATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATCGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTA
GCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTTCTGCAACAACAGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAG
ATTGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCGGGCTAAAAGAAGATGATC
TCTTATT

QA 2 668 2 668
DS 

RD RR1BZ40TF 739 0 0
TTTTTAAAAGCTCCCCTATCTCCTCTCTCTCATCTGCGAGAAAGAGTCATCAAAACCAAA
TCGCCGCCATGTTCAGACAAGCTTCCCGCCTCCTCTCCCGATCTGTCTCCGCCGCCGCAT
CCTCTAGATCAACGACTAATCGTGCCTTTTCAACGGAAGTTCCGTCGACTATCGATTCAA
CATTCGTGGAGTCGTGGAAGAAAGTCGCACCGAACATGGACCCGCCGCAGACTCCTTCCT
CCTTCATGAAGGCTCGTCCATCGACTGCTTCCTCGATTCCGACCAAGCTCACCGTCAATT
TCGTCCTCCCTTACGCATCTGGACTTTCCGGGAAAGAGGTCGACATGGTCATCATTCCCG
CAACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAAC
CCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATAAAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGAT
TCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTG
AGAACATCGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTT
CTGCAACAACAGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATGG*TGTCGAAGTTCACAGTGCTA
TGAACGCAGCTCTCTCGGGCTAAA*GAAGATGATCCCTTATTTACCCTACTACAAAGGAT
GGA
TATTTAGAAAATGATT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1C892TF 725 0 0
TTTTTAAAAGCTCCCCTATCTCCTCTCTCTCATCTGCGAGAAAGAGTCATCAAAACCAAA
TCGCCGCCATGTTCAGACAAGCTTCTCGCCTCCTCTCCCGATCTGTCTCCGCCGCCGCAT
CCTCTAGATCAACGACTAATCGTGCCTTTTCAACGGAAGTTCCGTCGACTATCGATTCAA
CATTCGTGGAGTCATGGAAGAAAGTCGCACCGAACATGGACCCGCCGCAGACTCCTTCCT
CCTTCATGAAGGCTCGTCCATCGACTGCTTCCTCGATTCCGACCAAGCTCACCGTCAATT
TCGTCCTCCCTTACGCATCTGAACTTTCCGGGAAAGAGGTCGACATGGTCATCATTCCCG
CAACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAAC
CCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATAAAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGAT
TCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTG
AGAACATCGACGCTAACCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTT
CTGCAACAACAGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATGGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTA
TGAACGCAGCTCTCTCGGGCTAAAAGAAGATGATCCCTTATTTACCCTACTACAAAG*AT
GGA
TA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1EH05TF 752 0 0
TTTTTAAAAGCTCCCCTATCTCCTCTCTCTCATCTGCGAGAAAGAGTCATCAAAACCAAA
TCGCCGCCATGTTCAGACAAGCTTCCCGCCTCCTCTCCCGATCTGTCTCCGCCGCCGCAT
CCTCTAGATCAACGACTAATCGTGCCTTTTCAACGGAAGTTCCGTCGACTATCGATTCAA
CATTCGTGGAGTCATGGAAGAAAGTCGCACCGAACATGGACCCGCCGCAGACTCCTTCCT
CCTTCATGAAGGCTCGTCCATCGACTGCTTCCTCGATTCCGACCAAGCTCACCGTCAATT
TCGTCCTCCCTTACGCATCTGAACTTTCCGGGAAAGAGGTCGACATGGTCATCATTCCCG
CAACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAAC
CCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATAAAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGAT
TCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTG
AGAACATCGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTT
CTGCAACAACAGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATTGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTA
TGAACGCAGCTCTCTCGGGCTAAA*GAAGATGATCCCTTATTTACCCTACTACAAAG*AT
GGAATAATTTAGAAAA
TGATTTTGCTTTGCTT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1G390TF 708 0 0
GG
GCGAGAAAGAGTCATCAAAACCAAATCGCCGCCATGTTCAGACAAGCTTCCCGCCTCCTC
TCCCGATCTGTCTCCGCCGCCGCATCCTCTAGATCAACGACTAATCGTGCCTTTTCAACG
GAAGTTCCGTCGACTATCGATTCAACATTCGTGGAGTCATGGAAGAAAGTCGCACCGAAC
ATGGACCCGCCGCAGACTCCTTCCTCCTTCATGAAGGCTCGTCCATCGACTGCTTCCTCG
ATTCCGACCAAGCTCACCTTCAATTTCGTCCTCCCTTACGCATCTGAACTTTCCGGGAAA
GAGGTCGACATGGTCATCATTCCCGCAACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACAC
GTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATA
AAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGATTCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATT
ATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATCGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTA
GCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTTCTGCAACAACAGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAG
ATGGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCGGGCTAAAAGAAGATGATC
CCTTATTTACCCTACTACAAAG*ATGGAATAATTTAGAAAA
TGATT

QA 3 703 3 703
DS 

RD RR1GR42TF 740 0 0
TTTTTAAAAGCTCCCCTATCTCCTCTCTCTCATCTGCGAGAAAGAGTCATCAAAACCAAA
TCGCCGCCATGTTCAGACAAGCTTCCCGCCTCCTCTCCCGATCTGTCTCCGCCGCCGCAT
CCTCTAGATCAACGACTAATCGTGCCTTTTCAACGGAAGTTCCGTCGACTATCGATTCAA
CATTCGTGGAGTCATGGAAGAAAGTCGCACCGAACATGGACCCGCCGCAGACTCCTTCCT
CCTTCATGAAGGCTCGTCCATCGACTGCTTCCTCGATTCCGACCAAGCTCACCGTCAATT
TCGTCCTCCCTTACGCATCTGAACTTTCCGGGAAAGAGGTCGACATGGTCATCATTCCCG
CAACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAAC
CCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATAAAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGAT
TCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTG
AGAACATCGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTT
CTGCAACAACAGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATTGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTA
TGAACGCAGCTCTCTCGGGCTAAA*GA*GATGATCCCTTATTTACCCTACTACAAAG*AT
GGA
TATTTAGAAAATGATTT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1BZ40JQ 555 0 0
CCTTCATGAAGGCTCGTCCATCGACTGCTTCCTCGATTCCGACCAAGCTCACCGTCAATT
TCGTCCTCCCTTACGCATCTGGACTTTCCGGGAAAGAGGTCGACATGGTCATCATTCCCG
CAACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAAC
CCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATAAAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGAT
TCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTG
AGAACATCGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTT
CTGCAACAACAGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATTGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTA
TGAACGCAGCTCTCTCGGGCTAAAAGAAGATGATCCCTTATTTACCCTACTACAAAGGAT
GGAATAATTTAGAAAAATGATTTTTGCTTTGCTTAATTTTGTTGGACTTTGTTTTGAATA
AATGATTTTGT
CGAA

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1E962JQ 658 0 0
ATGAAGGCTCGTCCATCGACTGCCTCCTCGATTCCGACCAAGCTCACCGTCAATTTCGTC
CTCCCTTACGCATCTGAACTTTCCGGGAAAGAGGCCGACATGGTCATCATTCCCGCAACA
ACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAACCCGGT
ATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATAAAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGATTCGCA
TTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAAC
ATCGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTTCTGCA
ACAACAGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATTGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTATGAAC
GCAGCTCTCTCGGGCTAAAAGAAGATGATCCCTTATTTACCCTACTACAAAGGATGGAAT
AATTTAGAAAAATGATTTTTGCTTTGCTTAATTTTGTTGGACTTTGTTTTGAATAAATGA
TTTTGTTGAAGGCACAAACTAACAGAGTTTCTTGTGTTCATATTCTTCTCTACTTAGTTT
GGGTTGAGAAACTAAGTTGTTTTTGTAATTTCTTTTCAGAAAAGAAATAAAATTTCA
C

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1GR42JQ 644 0 0
ACTGCTTCCTCGATTCCGACCAAGCTCACCGTCAATTTCGTCCTCCCTTACGCATCTGAA
CTTTCCGGGAAAGAGGTCGACATGGTCATCATTCCCGCAACAACAGGACAAATGGGTGTT
TTGCCTGGACACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAA
GGCACTGACATAAAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGATTCGCATTTCTACACGCAAATTCC
GTCGCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATCGACGCTAGCCAAGTC
CAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTTCTGCAACAACAGATCTTGAGAAA
GCAGAAGCACAGATTGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCGGGCTAA
AAGAAGATGATCCCTTATTTACCCTACTACAAAGGATGGAATAATTTAGAAAAATGATTT
TTGCTTTGCTTAATTTTGTTGGACTTTGTTTTGAATAAATGATTTTGTTGAAGGCACAAA
CCAACAGAGTTTCTTGTGTTCATATTCTTCTCTACTTAGTTTGGGTTGAGAAACTAAGTT
GTTTTTGTAATTTCTTTTCAGAAAAGAAATAAAATTTCA
TATGC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1EH05JQ 585 0 0
ACTTTCCGGGAAAGAGGTCGACATGGTCATCATTCCCGCAACAACAGGACAAATGGGTGT
TTTGCCTGGACACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGA
AGGCACTGACATAAAGAAGTACTTTGTTAGCAGTGGATTCGCATTTCTACACGCAAATTC
CGTCGCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATCGACGCTAGCCAAGT
CCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACGCAGAAACTTGCTTCTGCAACAACAGATCTTGAGAA
AGCAGAAGCACAGATTGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCGGGCTA
AAAGAAGATGATCCCTTATTTACCCTACTACAAAGGATGGAATAATTTAGAAAAATGATT
TTTGCTTTGCTTAATTTTGTTGGACTTTGTTTTGAATAAATGATTTTGTTGAAGGCACAA
ACCAACAGAGTTTCTTGTGTTCATATTCTTCTCTACTTAGTTTGGGTTGAGAAACTAAGT
TGTTTTTGTAATTTCTTTTCAGAAAAGAAATAAAATTTCA
TATGC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1EL33JQ 593 0 0
GAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACTGACATAAAGAAGTACTTTGTTAGCAG
TGGATTCGCATTTCTACACGCAAATTCCGTCGCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCC
GCTTGAGAACATCGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACGCAGAAACT
TGCTTCTGCAACAACAGATCTTGAGAAAGTAGAAGCACAGATTGGTGTCGAAGTTCACAG
TGCTATGAACGCAGCTCTCTCGGGCTAAAAGAAGATGATCCCTTATTTACCCTACTACAA
AGGATGGAATAATTTAGAAAAATGATTTTTGCTTTGCTTAATTTTGTTGGACTTTGTTTT
GAATAAATGATTTTGTTGAAGGCACAAACCAACAGAGTTTCTTGTGTTCATATTCTTCTC
TACTTAGTTTGGGTTGAGAAACTAAGTTGTTTTTGTAATTTCTTTTCAGAAAAGAAATAA
AATTTCATATGCCACGTCCTCTGTAAGGAAGGTTGGAATATTTCTTTATGTAATTACTAA
CAAAAGTTATGTAATTCCAAACAGTAGAGGATAATTAATAAATATCTTTTACT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 13

CO CL192Contig1 777 13 10 U
GGATCTCCAAAACCAAACTCAACCAAACTCATCTTTTTCTAATTTACAGCTTTTGAACAG
AACACAAAACCAAACATCTCTACTTCCGTCTCTAGATGTCTCGTTCCCTTTCGATCTCTC
TCTCCAAAACCCGACTCACCGCCGCAGCTGCATCTTCTCTCCTCCCGTCGTCACACCTCT
TATCCTTCCGATCTCAATCCTCCGATCGTCGCGGCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCT
CGCCATCTGATCCCTTAATACAGAAGCTAGAGGACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAA
GAGCGGCACCTGATTGGCTCCCGTTTGTTCCAGGCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAG
GATCCGGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCTCAGCTCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAA
CCGACGAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTTCTCACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCC
TCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTAAGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGT
ATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCACTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAA
AACGAGCAGGG*AGGACTGTTATGACTACGGCCATACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTA
TTAATCCCAAAATTCGAATAAGACTAGACTTGTTGTATACTTGTAGCCTGTAAGCATTTC
CCCCTTTTAATGTTAATCTTTTAACCTTTGCTCTTTGTATATATTTCTGTTCACGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 35 35 35 35 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 50 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX70TF U 34
AF RR1DM54TF U 1
AF RR1G238TF U 34
AF RR1EU42TF U 13
AF RR1FX70JQ C 34
AF RR1EU42JQ C 39
AF RR1DJ25TF U 39
AF RR1DJ25JQ C 130
AF RR1A820JQ C 74
AF RR1G238JQ C 186
AF RR1DM54JQ C 91
AF RR1A820TF U 74
AF RR1CV02TF U 477
BS 1 175 RR1DM54TF
BS 176 176 RR1EU42TF
BS 177 190 RR1DM54TF
BS 191 191 RR1EU42TF
BS 192 630 RR1DM54TF
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BS 752 777 RR1CV02TF

RD RR1FX70TF 555 0 0
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CTTCTCTCCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCCGATCTCAATCCTCCGATCGTCGCG
GCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTGATCCCTTAATACAGAAGCTAGAGG
ACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGCACCTGATTGGCTCCCGTTTGTTCCAG
GCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCTCAGC
TCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTTCTC
ACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTA
AGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCA
CTATTTTGAAGATAA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1DM54TF 671 0 0
GGATCTCCAAAACCAAACTCAACCAAACTCATCTTTTTCTAATTTACAGCTTTTGAACAG
AACACAAAACCAAACATCTCTACTTCCGTCTCTAGATGTCTCGTTCCCTTTCGATCTCTC
TCTCCAAAACCCGACTCACCGCCGCAGCTGCATCTTCTCTCCTCCCGTCGTCACATCTCT
TATCCTTCCGTTCTCAATCCTCCGATCGTCGCGGCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCT
CGCCATCTGATCCCTTAATACAGAAGCTAGAGGACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAA
GAGCGGCACCTGATTGGCTCCCGTTTGTTCCAGGCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAG
GATCCGGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCTCAGCTCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAA
CCGACGAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTTCTCACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCC
TCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTAAGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGT
ATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCACTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAA
AACGAGCAGGG*AGGACTGTTATGACTACG*CCATACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTA
TTAATCCCAAA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1G238TF 683 0 0
TTTTTCTAATTTACAGTTTTTGAACAGAACACAAAACCAAACATCTCTACTTCCGTCTCT
AGATGTCTCGTTCCCTTTCGATCTCTCTCTCCAAAACCCGACTCACCGCCGCAGCTGCAT
CTTCTCTCCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCCGATCTCAATCCTCCGATCGTCGCG
GCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTGATCCCTTAATACAGAAGCTAGAGG
ACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGTACCTGATTGGCTCCCGTTTGTTCCAG
GCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCTCAGC
TCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTTCTC
ACGGTCGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTA
AGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCA
CTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAGGGGAGGACTGTTATGACTACGGCC
ATACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCAAAATTCGAATAAGACTAGACTTGT
TGTATACTTGTAGCCTGTAAGCA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1EU42TF 734 0 0
GG
AAACTCAACCAAACTCATCCTTTTCTAATTTACAGCTTTTGAACAGAACACAAAACCAAA
CATCTCTACTTCCGTCTCTAGATGTCTCGTTCCCTTTCGATCTCTCTCTCCAAAACCCGA
CTCACCGCCGCAGCTGCATCTTCTCTCCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCCGATCT
CAATCCTCCGATCGTCGCGGCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTGATCCC
TTAATACAGAAGCTAGAGGACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGCACCTGAT
TGGTTCCCGTTTGTTCCAGGCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAG
ACTCACGGGGTCGCTCAGCTCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACG
CTCTCCACCAATTCTTCTCACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAG
CCTCGATTGATGGAGACTAAGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGAC
GAGGAAGGTTGAAACTGCACTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAGGG*AG
GACTGTTATGACTACGGCCATACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCAAAATT
CGAATAAGACTAGACTTGTTGTATACTTGTAGCCTGTAAGCATTTCCCCCTTTTAATGTT
AATCTTTTAACC

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR1FX70JQ 719 0 0
TTTTTCTAATTTACAGCTTTTGAACAGAACACAAAACCAAACATCTCTACTTCCATCTCT
AGATGTCTCGTTCCCTTTCGATCTCTCTCTCCAAAACCCGACTCACCGCCGCAGCTGCAT
CTTCTCTCCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCCGATCTCAATCCTCCGATCGTCGCG
GCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTGATCCCTTAATACAGAAGCTAGAGG
ACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGCACCTGATTGGCTCCCGTTTGTTCCAG
GCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCTCAGC
TCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTTCTC
ACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTA
AGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCA
CTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAGGG*AGGACTGTTATGACTACGGCC
ATACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCAAAATTCGAATAAGACTAGACTTGT
TGTATACTTGTAGCCTGTAAGCATTTCCCCCTTTTAATGTTAATCTTTTAACCTTTGC
C

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1EU42JQ 708 0 0
CTAATTTACAGCTTTTGAACAGAACACAAAACCAAACATCTCTACTTCCGTCTCTAGATG
TCTCGTTCCCTTTCGATCTCTCTCTCCAAAACCCGACTCACCGCCGCAGCTGCATCTTCT
CTCCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCCGATCTCAATCCTCCGATCGTCGCGGCGAT
CTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTGATCCCTTAATACAGAAGCTAGAGGACGCT
GTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGCACCTGATTGGTTCCCGTTTGTTCCAGGCGCT
TCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCTCAGCTCGTT
GCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTTCTCACGGT
TGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTAAGATG
GAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCACTATT
TTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAGGG*AGGACTGTTATGACTACGGCCATACC
AAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCAAAATTCGAATAAGACTAGACTTGTTGTAT
ACTTGTAGCCTGTAAGCATTTCCCCCTTTTAATGTTAATCTTTTAACC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1DJ25TF 717 0 0
GG
AATTTACAGCTTTTGAACAGAACACAAAACCAAACATCTCTACTTCCGTCTCTAGATGTC
TCGTTCCCTTTCGATCTCTCTCTCCAAAACCCGACTCACCGCCGCAGCTGCATCTTCTCT
CCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCCGATCTCAATCCTCCGATCGTCGCGGCGATCT
CCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTGATCCCTTAATACAGAAGCTAGAGGACGCTGT
TCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGCACCTGATTGGCTCCCGTTTGTTCCAGGCGCTTC
TTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCTCAGCTCGTTGC
GAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTTCTCACGGTTG
GCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTAAGATGGA
GACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCACTATTTT
GAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAGGG*AGGACTGTTATGACTACGGCCATACCAA
AGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCAAAATTCGAATAAGACTAGACTTGTTGTATAC
TTGTAGCCTGTAAGCATTTCCCCCTTTTAATGTTAATCTTTTAACCTTTGC
TCAA

QA 3 713 3 713
DS 

RD RR1DJ25JQ 624 0 0
CCCGACTCACCGCCGCAGCTGCATCTTCTCTCCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCC
GATCTCAATCCTCCGATCGTCGCGGCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTG
ATCCCTTAATACAGAAGCTAGAGGACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGCAC
CTGATTGGCTCCCGTTTGTTCCAGGCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGT
CGCAGACTCACGGGGTCGCTCAGCTCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAG
AAACGCTCTCCACCAATTCTTCTCACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTG
CACAGCCTCGATTGATGGAGACTAAGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTG
AGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCACTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAG
GG*AGGACTGTTATGACTACGGCCATACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCA
AAATTCGAATAAGACTAGACTTGTTGTATACTTGTAGCCTGTAAGCATTTCCCCCTTTTA
ATGTTAATCTTTTAACCTTTGC
TC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1A820JQ 673 0 0
GG
ATCTCTACTTCCGTCTCTAGATGTCTCGTTCCCTTTCGATCTCTCTCTCCAAAACCCGAC
TCACCGCCGCAGCTGCATCTTCTCTCCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCCGATCTC
AATCCTCCGATCGTCGCGGCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTGATCCCT
TAATACAGAAGCTAGAGGACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGCACCTGATT
GGCTCCCGTTTGTTCCAGGCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAGA
CTCACGGGGTCGCTCAGCTCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACGC
TCTCCACCAATTCTTCTCACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAGC
CTCGATTGATGGAGACTAAGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGACG
AGGAAGGTTGAAACTGCACTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAGGG*AGG
ACTGTTATGACTACGGCCATACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCAAAATTC
GAATAAGACTAGACTTGTTGTATACTTGTAGCCTGTAAGCATTTCCCCCTTTTAATGTTA
ATCTTTTAACC

QA 3 673 3 673
DS 

RD RR1G238JQ 561 0 0
TTCCGATCTCAATCCTCCGATCGTCGCGGCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCA
TCTGATCCCTTAATACAGAAGCTAGAGGACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCG
GTACCTGATTGGCTCCCGTTTGTTCCAGGCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCC
GGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCTCAGCTCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGAC
GAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTTCTCACGGTCGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAA
GGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTAAGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCAC
TCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCACTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGA
GCAGGG*AGGACTGTTATGACTACGGCCATACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAAT
CCCAAAATTCGAATAAGACTAGACTTGTTGTATACTTGTAGCCTGTAAGCATTTCCCCCT
TTTAATGTTAATCTTTTAACC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1DM54JQ 656 0 0
TCTAGATGTCTCGTTCCCTTTCGATCTCTCTCTCCAAAACCCGACTCACCGCCGCAGCTG
CATCTTCTCTCCTCCCGTCGTCACATCTCTTATCCTTCCGTTCTCAATCCTCCGATCGTC
GCGGCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTGATCCCTTAATACAGAAGCTAG
AGGACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGCACCTGATTGGCTCCCGTTTGTTC
CAGGCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCTC
AGCTCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTT
CTCACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGA
CTAAGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACT
GCACTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAGGG*AGGACTGTTATGACTACG
GCCATACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCAAAATTCGGATAAGACTAGACT
TGTTGTATACTTGTAGCCTGTAAGCATTTCCCCCTTTTAATGTTAATCTTTTAACC

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1A820TF 673 0 0
GG
ATCTCTACTTCCGTCTCTAGATGTCTCGTTCCCTTTCGATCTCTCTCTCCAAAACCCGAC
TCACCGCCGCAGCTGCATCTTCTCTCCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCCGATCTC
AATCCTCCGATCGTCGCGGCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTGATCCCT
TAATACAGAAGCTAGAGGACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGCACCTGATT
GGCTCCCGTTTGTTCCAGGCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAGA
CTCACGGGGTCGCTCAGCTCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACGC
TCTCCACCAATTCTTCTCACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAGC
CTCGATTGATGGAGACTAAGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGACG
AGGAAGGTTGAAACTGCACTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAGGG*AGG
ACTGTTATGACTACGGCCATACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCAAAATTC
GAATAAGACTAGACTTGTTGTATACTTGTAGCCTGTAAGCATTTCCCCCTTTTAATGTTA
ATCTTTTAACC

QA 3 673 3 673
DS 

RD RR1CV02TF 301 0 0
G
TCCTCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTAAGATGGAGACTAGTTCAAATACTG
AGTATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCACTATTTTGAAGATAAGGATCCTAT
GAAAACGAGCAGGG*AGGACTGTTATGACTACGGCCATACCAAAGTGCAACCATGTTTCT
TTATTAATCCCAAAATCCGAATAAGACTAGACTTGTTGTATACTTGTAGCCTGTAAGCAT
TTCCCCCTTTTAATGTTAATCTTTTAACCTTTGCTCTTTGTATATATTTCTGTTCACGAG

QA 2 301 2 301
DS 



AS 1 13

CO CL193Contig1 959 13 29 U
GGGAGTTCGCTCAAATCAAACTAAAAAAAAAAA**GAAAAGATGAGTAGCATTGGAACTG
GATACGATCTGTCGGTGACGACTTTCTCACCCGATGGGCGGGTTTTCCAGATCGAGTACG
CCGCCAAAGCTGTCGACAACAGTGGAACCGTTGTTGGAATCAAGTGCAAGGACGGGATTG
TTATGGGTGTGGAGAAACTTATAGCATCAAAGATGATGCTACCAGGATCCAACAGGAGAA
TCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGCAGGC
AAATTGTTGCAAGGGCCAAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGGACGCTG
TACCAGTGAAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTTTATT
GGTGGCTCAGGCCTTTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATGGTCCTC
AATTGTACATGATCGAGCCATCGGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTGCCATTGGTA
AAGGCAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACATGCA
AAGAAGGCGTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCAAAGACA
AGGCATTTGAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCATCAGAAGG
TCCCTGATGATCTTCTGGAAGAAGCAAAGACGGCAGCTAAAACTGCACTCGAGGAGATGG
ATGCTGACTAAACTGAGAAAAAA*TGGGTCAAATTAGTTTTTTTTTTGTTTAATGCAACG
TTTGGTCGTGTTCTGTTGTAAGACCTTGAATTGTGTCTCTAGGGGCAATTTGTTGCAGTT
TCTCATGAAACCTTTGGACTCTTTCGTCATTATTGATATCGACAGTTTCTTCTACGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 30 30 30 15 30 30 30 30 15 15 15 30 30 15 30 15 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 35 20 35 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 45 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 
70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 45 75 75 
75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 
35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 55 55 55 55 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC83TF U 14
AF RR1G395TF U 146
AF RR1CN14TF U 34
AF RR1EZ16TF U 1
AF RR1C801TF U 1
AF RR1AC67TF U 7
AF RR1FA63TF U 1
AF RR1AC67JQ C 115
AF RR1FA63JQ C 255
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AF RR1EC83JQ C 202
AF RR1CN14JQ C 172
AF RR1C801JQ C 418
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BS 26 26 RR1AC67TF
BS 27 30 RR1FA63TF
BS 31 33 RR1AC67TF
BS 34 37 RR1FA63TF
BS 38 38 RR1AC67TF
BS 39 39 RR1FA63TF
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BS 951 959 RR1C801JQ

RD RR1EC83TF 591 0 0
GGAAAAACT
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AGCATCAAAGATGATGCTACCAGGATCCAACAGGAGAATCCATTCTGTTCATCGTCATGC
TGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGCAGGCAAATTGTTGCAAGGGCCAAATC
TGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGAACGCTGTACCAGTGAAGGAACTTTCAGA
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TGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATGGTCCTCAATTGTACATGATCGAGCCATC
GGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTGCCATTGGTAAAGGCAAACAAGCTGCTAAAAC
GGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACATGCAAAGA

QA 10 591 10 591
DS 

RD RR1G395TF 567 0 0
G
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ATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGCAGGCAAATTGTTGCAAGGGCCAAATCTGAA
GCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGGACGCTGTACCAGTGAAGGAACTTTCAGAGCGT
GTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTTTATTGGTGGCTCAGGCCTTTTGGATGTGGG
GTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATGGTCCTCAATTGTACATGATCGAGCCATCGGGC
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ATTGAGAAACTGAAATTATCTGGGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTGGCGAAA
ATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCAAAGACAAGGCATTTGAATTGGAGATGAGCTGG
ATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCA

QA 2 567 2 567
DS 

RD RR1CN14TF 682 0 0
GGGAGAG
GATGAGTAGCATTGGAACTGGATACGATCTGTCGGTGACGACTTTCTCACCCGATGGGCG
GGTTTTCCAGATCGAGTACGCCGCCAAAGCTGTCGACAACAGTGGAACCGTTGTTGGAAT
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ACCAGGATCCAACAGGAGAATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGG
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AAGTGTTTATGGGGACGCTGTACCAGTGAAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGT
TCATTTGTGTACCCTTTATCGGTGGCTCAGGCCTTTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGTGG
TTATGATAAAGATGGTCCTCAATTGTACATGATCGAGCCATCGGGCATATCACACAGATA
TTTTGGTGCTGCCATTGGTAAAGGCAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAA
ATTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCT
ACATGATGAAGCCAAAGACAAGGCATTTGAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTC
TAAACGAGAGCATCA

QA 8 682 8 682
DS 

RD RR1EZ16TF 722 0 0
GGGAGTTC
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CTGTCGGTGACGACTTTCTCACCCGATGGGCGGGTTTTCCAGATCGAGTACGCCGCCAAA
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GCAAGGGCCAAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGGACGCTGTACCAGTG
AAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTTTATTGGTGGCTC
GGGCCTTTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATGGTCCTCAATTGTAC
ATGATCGAGCCATCGGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTGCCATTGGTAAAGGCAAA
CAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGC
GTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCAAAGACAAG*CATTT
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TCC

QA 9 719 9 719
DS 

RD RR1C801TF 715 0 0
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CTGTCGGTGACGACTTTCTCACCCGATGGGCGGGTTTTCCAGATCGAGTACGCCGCCAAA
GCTGTCGACAACAGTGGAACCGTTG***GAATCAAGTGCAAGGACGGGATTGTTATGGGT
GTGGAGAAACTTATAGCATCAAAGATGATGCTACCAGGATCCAACAGGAGAATCCATTCT
GTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTCGCTGCTGATGGCAGGCAAATTGTT
GCAAGGGCCAAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGGACGCTGTACCAGTG
AAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTTTATTGGTGGCTC
AGGCCTTTTGGATGTGGGGCCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATGGTCCTCAATTGTAC
ATGATCGAGCCATCGGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTGCCATTGGTAAAGGCAAA
CAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGC
GTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCCAAGACAAG*CATTT
GAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCATCA

QA 9 715 9 715
DS 

RD RR1AC67TF 742 0 0
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AAACTAAAAAAAAAAA**GAAAAGATGAGTAGCATTGGAACTGGATACGATCTGTCGGTG
ACGACTTTCTCACCCGATGGGCGGGTTTTCCAGATCGAGTACGCCGCCAAAGCTGTCGAC
AACAGTGGAACCGTTGTTGGAATCAAGTGCAAGGACGGGATTGTTATGGGTGTGGAGAAA
CTTATAGCATCAAAGATGATGCTACCAGGATCCAACAGGAGAATCCATTCTGTTCATCGT
CATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGCAGGCAAATTGTTGCAAGGGCC
AAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGGACGCTGTACCAGCGAAGGAACTT
TCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTTTATTGGTGGCTCAGGCCTTTT
GGATGTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATGGTCCTCAATTGTACATGATCGAG
CCATCGGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTGCCATTGGTAAAGGCAAACAAGCTGCT
AAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAA
GTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCAAAGACAAGGCATTTGAATTGGAG
ATGAGCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCATCAGAAGGTCCCTGATGATCTTCTG
GAAGAAGCAAA

QA 12 742 12 742
DS 

RD RR1FA63TF 803 0 0
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CCGCCAAAGCTGTCGACAACAGTGGAACCGTTGTTGGAATCAAGTGCAAGGACGGGATTG
TTATGGGTGTGGAGAAACTTATAGCATCAAAGATGATGCTACCAGGATCCAACAGGAGAA
TCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGCAGGC
AAATTGTTGCAAGGGCCAAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGGACGCTG
TACCAGTGAAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTTTATT
GGTGGCTCAGGCCTTTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATGGTCCTC
AATTGTACATGATCGAGCCATCGGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTGCCATTGGTA
AAGGCAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACATGCA
AAGAAAGCGTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCAAAGACA
AG*CATTTGAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCATCAGAAG*
TCCCTGATGATCTTCTGGAAGA*GCAAAGACG*CAGCTAAA*CTGCACTCGAGGAGATGG
ATGCTGACTAA*CTGAGAAAAAA

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1AC67JQ 838 0 0
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GGATTGTTATGGGTGTGGAGAAACTTATAGCATCAAAGATGATGCTACCAGGATCCAACA
GGAGAATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATG
GCAGGCAAATTGTTGCAAGGGCCAAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGG
ACGCTGTACCAGCGAAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCC
TTTATTGGTGGCTCAGGCCTTTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATG
GTCCTCAATTGTACATGATCGAGCCATCGGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTGCCA
TTGGTAAAGGCAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATTTGAGATGA
CATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCA
AAGACAAGGCATTTGAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCATC
AGAAGGTCCCTGATGATCTTCTGGAAGAAGCAAAGACGGCAGCTAAAACTGCACTCGAGG
AGATGGATGCTGACTAAACTGAGAAAAAA*TGGGTCAAATTAGTTTTTTTT**GTTTAAT
GCAACGTTTGGTCGTGTTCTGTTGTAAGACCTTGAATTGTGTCTCTAGGGGCAATTTGTT
GCAGTTTCTCATGAAACCTTTGGACTCTTTCGTCATTATTGATATCGACAGTTTCT
TC

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1FA63JQ 698 0 0
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GCCAAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGGACGCTGTACCAGTGAAGGAA
CTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTTTATTGGTGGCTCAGGCCT
TTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATGGTCCTCAATTGTACATGATC
GAGCCATCGGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTGCCATTGGTAAAGGCAAACAAGCT
GCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATT
GAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCAAAGACAAGGCATTTGAATTG
GAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCATCAGAAGGTCCCTGATGATCTT
CTGGAAGAAGCAAAGACGGCAGCTAAAACTGCACTCGAGGAGATGGATGCTGACTAAACT
GAGAAAAAAATGGGTCAAATTAGTTTTTTTTTTGTTTAATGCAACGTTTGGTCGTGTTCT
GTTGTAAGACCTTGAATTGTGTCTCTAGGGGAAATTTGTTGCAGTTTCTCATGAAACCTT
TGGACTCTTTCGTCATTATTGATATCGACAGTTTCT
CC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1EZ16JQ 790 0 0
ATCAAGTGCAAGGACGGGATTGTTATGGGTGTGGAGAAACTTATAGCATCAAAGATGATG
CTACCAGGATCCAACAGGAGAATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCT
GGGCTTGCTGCTGATGGCAGGCAAATTTTTGCAAGGGCCAAATCTGAAGCCAGAAGTTAC
GAAAGTGTTTATGGGGACGCTGTACCAGTGAAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTAC
GTTCATTTGTGTACCCTTTATTGGTGGCTCGGGCCTTTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGT
GGTTATGATAAAGATGGTCCTCAATTGTACATGATCGAGCCATCGGGCATATCACACAGA
TATTTTGGTGCTGCCATTGGTAAAGGCAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTG
AAATTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAG
CTACATGATGAAGCCAAAGACAAGGCATTTGAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAG
TCTAAACGAGAGCATCAGAAGGTCCCTGATGATCTTCTGGAAGAAGCAAAGACGGCAGCT
AAAACTGCACTCGAGGAGATGGATGCTGACTAAACTGAGAAAAAA*TGGGTCAAATTAGT
TTTTTTTTTGTTTAATGCAACGTTTGGTCGTGTTCTGTTGTAAGACCTTGAATTGTGTCT
CTAGGGGCAATTTGTTGCAGTTTCTCATGAAACCTTTGGACTCTTTCGTCATTATTGATA
TCGACAGTTT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1EC83JQ 720 0 0
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CTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGCAGGCAAATTGTTGCAAGGGCCAAAT
CTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGAACGCTGTACCAGTGAAGGAACTTTCAG
AGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTTTATTGGTGGCTCAGGCCTTTTGGAT
GTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATGGTCCTCAATTGTACATGATCGAGCCAT
CGGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTGCCATTGGTAAAGGCAAACAAGCTGCTAAAA
CGGAAATTGAGAAACTGAAATTATTTGAGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTGG
CGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCAAAGACAAGGCATTTGAATTGGAGATGA
GCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCATCAGAAGGTCCCTGATGATCTTCTGGAAG
AAGCAAAGACGGCAGCTAAAACTGCACTCGAGGAGATGGATGCTGACTAAACTGAGAAAA
AA*TGGGTCAAATTAGTTTTTTTTTTGTTTAATGCAACGTTTGGTCGTGTTCTGTTGTAA
GACCTTGAATTGTGTCTCTAGGGGCAATTTGTTGCAGTTTCTCATGAAACCTTTGGACTC

QA 1 720 1 720
DS 

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ACAGGAGAATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTG
ATGGCGGGCAAATTGTTGCAAGGGC*AAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATG
GGGACGCTGTACCAGTGAAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTA
CCCTTTATCGGTGGCTCAGGCCTTTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAG
ATGGTCCTCAATTGTACATGATCGAGCCATCGGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTG
CCATTGGTAAAGGCAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGA
TGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAG
CCAAAGACAAGGCATTTGAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGC
ATCAGAAGGTCCCTGATGATCTTCTGGAAGAAGCAAAGACGGCAGCTAAAACTGCACTCG
AGGAGATGGATGCTGACTAAACTGAGAAAAAA*TGGGTCAAATTAGTTTTTTTTTTGTTT
AATGCAACGTTTGGTCGTGTTCTGTTGTAAGACCTTGAATTGTGTCTCTAGGGGCAATTT
GTTGCAGTTTCTCATGAAACCTTTGGACTCTTTCGTCATTATTGATATCGACAGTTTCT
TCTACGACC

QA 1 779 1 779
DS 

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CTCAATTGTACATGATCGAGCCATCGGGCATATCACACAGATATTTTGGTGCTGCCATTG
GTAAAGGCAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACAT
GCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCCAAG
ACAAGGCATTTGAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCATCAGA
AGGTCCCTGATGATCTTCTGGAAGAAGCAAAGACGGCAGCTAAAACTGCACTCGAGGAGA
TGGATGCTGACTAAACTGAGAAAAAA*TGGGTCAAATTAGTTTTTTTTT*GTTTAATGCA
ACGTTTGGTCGTGTTCTGTTGTAAGACCTTGAATTGTGTCTCTAGGGGCAATTTGTTGCA
GTTTCTCATGAAACCTTTGGACTCTTTCGTCATTATTGATATCGACAGTTTCTTCTACGA
CT

QA 1 542 1 542
DS 



AS 2 11

CO CL194Contig1 1009 6 6 U
GGGCAGAAGTCACATTTGTTTTATTGTCCCTTGTAAAGATCCAAAGATGAGCGAAGAAAC
ATATGAAGAGACGATGGAATCAAACGGGTCTCCACGTCCTGCTCCAAAACTCAACGAGAG
GATTCTCTCAACTCTGTCCAAGAGATCTGTAGCTGCACATCCATGGCACGACCTTGAGAT
CGGTCCTGAAGCTCCATTGGTCTTCAATGTGGTGGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGT
GAAGTATGAACTTGACAAAAAGACCGGTCTTATCAAGGTTGACCGGATCTTGTACTCATC
GGTTGTTTATCCTCACAACTATGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAATGATCC
TCTCGATGTTCTTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGGATGTTTTCTCCGCGCTAG
AGCCATTGGATTAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAGCGGT
CTGTGCTGATGATCCTGAGTACAGACATTTCACTGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCG
TCTCTCAGAGATCCGTCGTTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAACGAGCACAAGGAGGTGGC
TGTAAACGATTTCTTGCCATCGGAAAAGGCACATGAAGCAATCCAGTACTCCATGGACCT
ATACGCTGAGTACATTCTCCATAGCTTGAGGAGATGAACGTACGCACAAGCTGCATATTT
ATATTCCCATACGGCGAAAGGGATCATTCTTGGCAGCAGAATATTGTTTTAAATAATTAT
ATCTGAATATTACAGTTTTCTCTTGTTATTTTTGTTGTTGTTCTTTCTTGAGATGTTGCA
ATTTTGTTATATTGTATAATTTGAAACTGATACAAGGACGAATGTATTTTTCATTCTTTC
CTTGTCATGTTAACTTGTATACTAATGGGCTTTATAAGCTCATATGGCCCAAATAAACTG
GCTCTTTTATATTTTAATAACCAGTGTAACGAACGAGTATTTAGAAACC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F654TF U 1
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AF RR1D987TF U 1
AF RR1G770TF U 1
AF RR1G770JQ C 368
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BS 1 467 RR1BN66TF
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QA 1 589 1 589
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CGGTCCTGAAGCTCCATTGGTCTTCAATGTGGTGGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGT
GAAGTATGAACTTGACAAAAAGACCGGTCTTATCAAGGTTGACCGGATCTTGTACTCATC
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TCTCGATGTTCTTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGGATGTTTTCTCCGCGCTAG
AGCCATTGGATTAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAGGATCATAGCGGT
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QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1D987TF 737 0 0
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GAAGTATGAACTTGACAAAAAGACCGGTCTTATCAAGGTTGACCGGATCTTGTACTCATC
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TCTCGATGTTCTTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGGATGTTTTCTCCGCGCTAG
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ATACGCTGAGTACATTCTCCATAGCTTGAGGAGATGAACGTACGCACAAGCTGCATATT*
ATATTCCCATACG
CGAA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1G770TF 738 0 0
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GATTCTCTCAACTCTGTCCAAGAGATCTGTAGCTGCACATCCATGGCACGACCTTGAGAT
CGGTCCTGAAGCTCCATTGGTCTTCAATGTGGTGGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGT
GAAGTATGAACTTGACAAAAAGACCGGTCTTATCAAGGTTGACCGGATCTTGTACTCATC
GGTTGTTTATCCTCACAACTATGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAATGATCC
TCTCGATGTTCTTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGGATGTTTTCTCCGCGCTAG
AGCCATTGGATTAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGTACGACAAGATCATAGCGGT
CTGTGCTGATGATCCTGAGTACAGACATTTCACTGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCG
TCTCTCAGAGATCCGTCGTTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAACGAGCACAAGGAGGTGGC
TGTAAACGATTTCTTGCCATCGGAAAAG*CACATGAAGCAATCCAGTACTCCATGGACCT
ATACGCTGAGTACATTCTCCATAGCTTGAGGAGATGAACGTACGCACAAGCTGCATATTT
ATATTCCCATACGGCGAA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1G770JQ 642 0 0
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GGATTAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGTACGACAAGATCATAGCGGTCTGTGCT
GATGATCCTGAGTACAGACATTTCACTGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCGTCTCTCA
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GATTTCTTGCCATCGGAAAAGGCACATGAAGCAATCCAGTACTCCATGGACCTATACGCT
GAGTACATTCTCCATAGCTTGAGGAGATGAACGTACGCACAAGCTGCATATTTATATTCC
CATACGGCGAAAGGGATCATTCTTGGCAGCAGAATATTGTTTTAAATAATTATATCTGAA
TATTACAGTTTTCTCTTGTTATTTTTGTTGTTGTTCTTTCTTGAGATGTTGCAATTTTGT
TATATTGTATAATTTGAAACTGATACAAGGACGAATGTATTTTTCATTCTTTCCTTGTCA
TGTTAACTTGTATACTAATGGGCTTTATAAGCTCATATGGCCCAAATAAACTGGCTCTTT
TATATTTTAATAACCAGTGTAACGAACGAGTATTTAGAAACC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1BN66JQ 283 0 0
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TCTCTTGTTATTTTTGTTGTTGTTCTTTCTTGAGATGTTGCAATTTTGTTATATTGTATA
ATTTGAAACTGATACAAGGACGAATGTATTTTTCATTCTTTCCTTGTCATGTTAACTTGT
ATACTAATGGGCTTTATAAGCTCATATGGCCCAAATAAACTGG

QA 1 283 1 283
DS 



CO CL194Contig2 941 5 8 U
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CTCTATCCAGGAGATCTGTAGCTGCGCATCCGTGGCACGACCTTGAGATCGGTCCTGAAG
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TTGACAAAAAGACTGGTCTTATCAAGGTTGATCGAATCTTGTACTCATCGGTTGTTTATC
CTCACAACTACGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAACGATCCTCTTGATGTTC
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TAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAGCCGTATGTGCAGACG
ATCCAGAGTACAAACATTTCACCGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCGCCTCTCAGAAA
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TCTTGCCATCGGAGAAAGCACATGAAGCGATCCAGTACTCCATGGATCTGTACGCTGAGT
ATATTCTCCATACCTTGAGGAGATGAACCAACAACAACACGTTATCTTCACATATACGGA
AAGAAGTTTACGCTTCCAGTATCCCCCTGCAATAAAATATTTTACGGAATTTATTATTTT
GAATATTCATTTTTCCGACTTTATTTTGAATATTCATAGTTACATATATATGTTCAAATT
TTCAAGTTTTGTGTTGTTAAATTTTTATTTCGTTTCTTTTTCTTGTGATGTTGAAATTTT
GTTGATTTGTGTAATTTGAAACTGATACAAACTGCTTTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP17TF U 1
AF RR1C046TF U 1
AF RR1FX30TF U 1
AF RR1B452TF U 32
AF RR1C046JQ C 106
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BS 355 355 RR1FX30TF
BS 356 464 RR1C046TF
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BS 466 537 RR1C046TF
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CTCCATTAGTCTTCAACGTGGTGGTTGAGATCACAAAGGGGAGCAAAGTGAAATATGAAC
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TAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAGCCGTATGTGCAGA

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DS 

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CTCCATTAGTCTTCAACGTGGTGGTTGAGATCACAAAGGGGAGCAAAGTGAAATATGAAC
TTGACAAAAAGACTGGTCTTATCAAGGTTGATCGAATCTTGTACTCATCGGTTGTTTATC
CTCACAACTACGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAACGATCCTCTTGGTGTTC
TTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGGATGTTTTCTTCGTGCTAGAGCCATTGGAT
TAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATATCCGTATGTGCAGACG
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DS 

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CGATGGAAACAAGTCAATCTCCTCGTCCTGCTCCAAAGCTGAACGAGAGGATCCTCTCAA
CTCTATCCAGGAGATCTGTAGCTGCGCATCCGTGGCACGACCTTGAGATCGGTCCTGAAG
CTCCATTAGTCTTCAACGTGGTGGTTGAGATCACAAAGGGGAGCAAAGTGAAATATGAAC
TTGACAAAAAGACTGGTCTTATCAAGGTTGATCGAATCTTGTACTCATCGGTTGTTTATC
CTCACAACTACGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAACGATCCTCTTGATGTTC
TTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGGATGTTTTCTTCGTGCTAGAGCCATTGGAT
TAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAGCCGTATGTGCAGACG
ATCCAGAGTACAAACATTTCACCGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCGCCTCTCAGAAA
TCCGCCGTTTCTT

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DS 

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TCCAAAGCTGAACGAGAGGATCCTCTCAACTCTATCCAGGAGATCTGTAGCTGCGCATCC
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TCGAATCTTGTACTCATCGGTTGTTTATCCTCACAACTACGGATTCATCCCAAGGACATT
GTGTGAAGACAACGATCCTCTTGATGTTCTTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGG
ATGTTTTCTTCGTGCTAGAGCCATTGGATTAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGA
CGACAAGATCATAGCCGTATGTGCAGACGATCCAGAGTACAAACATTTCACCGACATCAA
ACAACTCGCTCCTCACCGCCTCTCAGAAATCCGCCGTTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAA
CGAGCACAAGGAGGTGGCTGTAAACGATTTCTTGCCATCGGAGAAAGCACATGAAGCGAT
CCAGTACTCCATGGATCTGTACGCTGAGTATATTCTCCATACCTTGAGGAGATGAACCAA
CAACAACACGTTATCTTCACATATACGGAAAGAAGTTTACGCTTCCAGTATCCCCCTGCA
TAAATATTT

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DS 

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AGATCGGTC*TGAAGCTCCATTAGTCTTCAACGTGGTGGTTGAGATCACAAAGGGGAGCA
AAGTGAAATATGAACTTGACAAAAAGACTGGTCTTATCAAGGTTGATCGAATCTTGTACT
CATCGGTTGTTTATCCTCACAACTACGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAACG
ATCCTCTTGGTGTTCTTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGGATGTTTTCTTCGTG
CTAGAGCCATTGGATTAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAT
CCGTATGTGCAGACGATCCAGAGTACAAACATTTCACCGACATCAAACAACTCGCTCCTC
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ATCTGTACGCTGAGTATATTCTCCATACCTTGAGGAGATGAACCAACAACAACACGTTAT
CTTCACATATACGGAAAGAAGTTTACGCTTCCAGTATCCCCCTGCAATAAAATATTTTAC
GGAATTTATTATTTTGAATATTCATTTTTCCGACTTTATTTTGAATATTCATAGTTACAT
ATATATGTTCAAATTTTCAAGTTTTGTGTTGTTAAATTTTTATTTCGTTTCTTTTTCTTG
TGATGTTGAAATTTTGTTGATTTGTGTAATTTGAAACTGATACAAACTGCTTTTTC

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 13

CO CL195Contig1 681 13 8 U
GGGCCGCAAGTACCTCTTTGCTGTTGATTCTCTCTCTCTCTCTCTC**CTTCCATCGACA
AACATGGGTAAGACAAGGGGAATGGGAGCTGGGCGCAAGCTCAAAAGGCTCAGGATTAAT
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TTTGCTGGCTCTTCCCATGCCAAGGGCATCGTTCTTGAGAAAATTGGTATTGAGGCTAAA
CAGCCTAACTCTGCTATCCGTAAGTGTGCTAGAGTCCAGCTTATCAAAAACGGAAAGAAG
ATTGCCGCTTTTGTCCCCAACGATGGTTGCTTGAACTACATTGAGGAAAATGACGAGGTG
TTGATCGCTGGATTTGGTCGTAAGGGTCATGCGGTGGGAGATATTCCCGGAGTTAGGTTC
AAGGTTGTCAAGGTCTCTGGTGTTTCACTCCTTGCCCTCTTCAAAGAGAAGAAGGAGAAG
CCTAGATCATAAACAATGCGCCAAGCTTTTGCATTCATTTTGAAGTTATAATCACTTTTG
GCTAGTTCAGTTTTAAAGAATACTATCTTATCTTCTCTACTTTAAGCCAGAACATGGTGT
GTTGAAACCTATTTTTCTTAATGAATCTTTGAGTTTAGCTTCCTTGTCCCTATATATTAT
ATTTGTTTTTTTGAAGCAAAA


BQ
30 40 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 25 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 
70 70 70 70 70 70 45 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 45 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 40 40 40 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI54JQ C -2
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AF RR1EH27JQ C 1
AF RR1C319TF U 240
AF RR1E360JQ C 83
AF RR1E360TF U -2
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AF RR1F412TF U 1
AF RR1GX95TF U 2
AF RR1EH27TF U 1
AF RR1BI54TF U -2
AF RR1CX81JQ C 151
AF RR1BV20TF U 355
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RD RR1BI54JQ 576 0 0
GGGTC
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GAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAGAAGTCCCATCAGGGTAATGAGTGGAAGAAGCCTTT
TGCTGGCTCTTCCCATGCCAAGGGCATCGTTCTTGAGAAAATTGGTATTGAGGCTAAACA
GCCTAACTTTGCTATCCGTAAGTGTGCTAGAGTCCAGCTTATCAAAAACGGAAAGAAGAT
TGCCGCTTTTGTCCCCAACGATGGTTGCCTGAACTACATTGAGGAAAATGACGAGGTGTT
GATCGCTGGATTTGGTCGTAAGGGTCATGCGGTGGGAGATATTCCCGGAGTTAGGTTCAA
GGTTGTCAAGGTTTCTGGTGTTTCACTCCTTGCCCTCTTCAAAGAGAAGAAGGAGAAGCC
TAGATCATAAACAATGCGCCAAGCTTTTGCATTCATTTTGAAGTTATAATCACTTTTGGC
TAGTTCAGTTTTAAAGAATACTATCTTAT
TT

QA 6 574 6 574
DS 

RD RR1GX95JQ 586 0 0
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TTGCCGCTTTTGTCCCCAACGATGGTTGCTTGAACTACATTGAGGAAAATGACGAGGTGT
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AGGTTGTCAAGGTTTCTGGTGTTTCACTCCTTGCCCTCTTCAAAGAGAAGAAGGAGAAGC
CTAGATCATAAACAATGCGCCAAGCTTTTGCATTCATTTTGAAGTTATAATCACTTTTGG
CTAGTTCAGTTTTAAAGAATACTATCTTATCTTCTCTACTTTAAGC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1EH27JQ 641 0 0
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AACATGGGTAAGACAAGGGGAATGGGAGCTGGGCGCAAGCTCAAAAGGCTCAGGATTAAT
CAGAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAGAAGTCCCATCAGGGTAATGAGTGGAAGAAGCCT
TTTGCTGGCTCTTCCCATGCCAAGGGCATCGTTCTTGAGAAAATTGGTATTGAGGCTAAA
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GTTGAAACCTATTTTTCTTAATGAATCTTTGAGTTTAGCTT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1C319TF 398 0 0
G
CAGCCTAACTCTGCTATCCGTAAGTGTGCTAGAGTCCAGCTTATCAAAAACGGAAAGAAG
ATTGCCGCTTTTGTCCCCAACGATGGTTGCTTGAACTACATTGAGGAAAATGACGAGGTG
TTGATCGCTGGATTTGGTCGTAAGGGTCATGCGGTGGGAGATATTCCCGGAGTTAGGTTC
AAGGTTGTCAAGGTCTCTGGTGTTTCACTCCTTGCCCTCTTCAAAGAGAAGAAGGAGAAG
CCTAGATCATAAACAATGCGCCAAGCTTTTGCATTCATTTTGAAGTTATAATCACTTTTG
GCTAGTTCAGTTTTAAAGAATACTATCTTATCTTCTCTACTTTAAGCCAGAACATGGTGT
GTTGAAACCTATTTTTCTTAATGAATCTTTGAGTTT
T

QA 2 397 2 397
DS 

RD RR1E360JQ 554 0 0
TGGGAGCTGGGCGCAAGCTCAAAAGGCTCAGGATTAATCAGAGGTGGGCTGACAAGCAGT
ACAAGAAGTCCCATCAGGGTAATGAGTGGAAGAAGCCTTTTGCTGGCTCTTCCCATGCCA
AGGGCATCGTTCTTGAGAAAATTGGTATTGAGGCTAAACAGCCTAACTCTGCTATCCGTA
AGTGTGCT*GAGTCCAGCTTATCAAAAACGGAAAGAAGATTGCCGCTTTTGTCCCCAACG
ATGGTTGCTTGAACTACATTGAGGAAAATGACGAGGTGTTGATCGCTGGATTTGGTCGTA
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TTTCACTCCTTGCCCTCTTCAAAGAGAAGAAGGAGAAGCCTAGATCATAAACAATGCGCC
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CTATCTTATTTTCTCTACTTTAAGCCAGAACATGGTGTGTTGAAACCTATTTTTCTTAAT
GAATCTTTGAGTTT

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DS 

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GGGTC
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TGAAACCTATTTTTCTTAATGAATCTTTGAGTTT

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DS 

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GTTGAAACCTATTTTTCTTAATGAATCTTTGAGTTTAGC
C

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DS 

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GCTAGTTCAGTTTTAAAGAATACTATCTTATCTTCTCTACTTTAAGCCAGAACATGGTGT
GTTGAAA

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DS 

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CTAGTTCAGTTTTAAAGAATACTATCTTATCTTCTCTACTTTAAGCCAGAACATGGTGTG
TTGAAACCTATTTTTCTTAATGAATCTTTGAGTT
CAAA

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DS 

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CAGAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAGAAGTCCCATCAGGGTAATGAGTGGAAGAAGCCT
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GTTGAAACCTATTTTTCTTAATGAATCTTTGAGTTTAGCTT

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DS 

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GCCTAACTCTGCTATCCGTAAGTGTGCTAGAGTCCAGCTTATCAAAAACGGAAAGAAGAT
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TGAAACCTATTTTTCTTAATGAATCTTTGAGTTTAGCTT
C

QA 6 644 6 644
DS 

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G
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TTCTTGAGAAAATTGGTATTGAGGCTAAACAGCCTAATTCTGCTATCCGTAAGTGTGTTA
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TTGCCCTCTTCAAAGAGAAGAAGGAGAAGCCTAGATCATAAACAATGCGCCAAGCTTTTG
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DS 

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AGGTTCAAGGTTGTCAAGGTCTCTGGTGTTTCACTCCTTGCCCTCTTCAAAGAGAAGAGG
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GAATT

QA 1 317 1 317
DS 



AS 2 13

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CATGCCAGGTGCTCCTGGCATACCCTGCATAGATCTCATGATCTTGTCCATTTCAGCATC
TTTCGATGGTTTTGCAACAAATGGTTCTCCAGGAACCCGATCCTTGGGAAGAGGAGGAGG
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AGGCTTAGACTTGTATATATACTCCGCAACATCAGTGTCTGAGTAACCAATGACCTTTT*
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BQ
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30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1H093JQ U 1
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AF RR1EQ46JQ U 1
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AF RR1B312TF C 548
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T*CGTGTTTACAGAACACCGATGTCTCTCTCAACACTTTTCTCTTGAAAAGATAGATAAG
AAACTAAACAAAGACAGCTAAAACACAGAGCAAGTTTGAATTATCCTCCTATAGTTCAGA
TTTCCCGGATTTAGGTTTCTTCGAAGAAGAAGATCCTTTCCACCATCTCCTCACCCGGTT
CGACACCATCTTCATCTTTCCCCTCAGAAACTCTCCTTTCTCCTTGAGTAACTTAGTGAC
TGTATTCTTCCACTCTTCCTTTTTATTAGTCTCTTTCTCTCTCAGAACTTTTCCCAAGTT
CTTGG

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR1B312JQ 456 0 0
AA
AAGATCCTTTCCACCATCTCCTCACCCGGTTCGACACCATCTTCATCTTTCCCCTCAGAA
ACTCTCCTTTCTTCTTGAGTAACTTAGTGACTGTCTTCTTCCACTCTTCCTTTTTATTAG
TCTCTTTCTCTCTCAGAACTTTTCCCAAGTTCTTGGGGAACTTGTCATCCTCTTCCTCAT
CTTCATTATCGTCGTCACCATCTTCATCTTCAGTACCGAATTTTTCAGGGTTCGCTTTGT
ACTTCTCTAAATCTTCCCTAGAGTATACCTTCATGCCAGGTGCTCCTGGCATACCCTGCA
TAGATCTCATGATCTTGTCCATTTCAGCATCTTTCGATGGTTTTGCAACAAATGGTTCTC
CAGGAACCCGATCCTTGGGAAGAGGAGGAGGGGTCTTGGTACAAGCATCGGTAAGGTCTT
TGCATAGATGGTTAACTAGTGAAACAAGATCAGG

QA 3 456 3 456
DS 

RD RR1EQ46JQ 702 0 0
GCTTCAAACTTGAATTCATGATTCAGATCTAAAACCATTACATTTGTATGTTCCTTTTTT
TTCGTGTTTACAGAACACTGATGTCTCTCTCAACACTTTTCTCTTGAAAAGATAGATAAG
AAACTAAACAAAGACAGCTAAAACACAGAGCAAGTTTGAATTATCCTCCTATAGTTCAGA
TTTCCCGGATTTAGGCTTCTTCGAAGAAGAAGATCCTTTCCACCATCTCCTCACCCGGTT
CGACACCATCTTCATCTTTCCCCTCAGAGACTCTCCTTTCTTCTTGAGTAACTTAGTGAC
TGTCTTCTTCCACTCTTCCTTTTTATTAGTCTCTTTCTCTCTCAGAACTTTTCCCAAGTT
CTTGGGGAACTTGTCATCCTCTTCCTCATCTTCATCATCGTCGTCACCATCTTCATCTTC
AGTACCGAATTTTTCAGGGTTCGCTTTGTACTTCTCTAAATCTTCCCTAGAGTATACCTT
CATGCCAGGTGCTCCTGGCATACCCTGCATAGATCTCATGATCTTGTCCATTTCAGCATC
TTTCGATGGTTT*GCAACAAATGGTTCTCCAGGAACACGATCCTTGGGAAGAGGAGGAGG
GGTCTTGGTACAAGCATCGGTAAGGTCTTTGCATAGATGGTTAACTAGTGAAACAAGATC
AGGCTTAGACTTGTATATATACTCCGCAACATCAGTGTCTGA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1E357JQ 706 0 0
GC
GATCTAAAACCATTACATTTGTATGTTCCTTTTTTT*CGTGTTTACAGAACACTGATGTC
TCTCTCAACACTTTTCTCTTGAAAAGATAGATAAGAAACTAAACAAAGACAGCTAAAACA
CAGAGCAAGTTTGAATTATCCTCCTATAGTTCAGATTTCCCGGATTTAGGTTTCTTCGAA
GAAGAAGATCCTTTCCACCATCTCCTCACCCGGTTCGACACCATCTTCATCTTTCCCCTC
AGAGACTCTCCTTTCTCCTTGAGTAACTTAGTGACTGTCTTCTTCCACTCTTCCTTTTTA
TTAGTCTCTTTCTCTCTCAGAACTTTTCCCAAGTTCTTGGGGAACTTGTCATCCTCTTCC
TCATCTTCATCATCGTCGTCACCATCTTCATCTTCAGTACCGAATTTTTCAGGGTTCGCT
TTGTACTTCTCTAAATCTTCCCTAGAGTATACCTTCATGCCAGGTGCTCCTGGCATACCC
TGCATAGATCTCATGATCTTGTCCATTTCAGCATCTTTCGATGGTTTTGCAACAAATGGT
TCTCCAGGAACCCGATCCTTGGGAAGAGGAGGAGGGGTCTTGGTACAAGCATCGGTAAGG
TCTTTGCAAAGATGGTTAACAAGTGAAGCAAGATCAGGCTTAGACTTGTATATATACTCC
GAAACATCAGTGTCTGAGTAACCAATGACCTTTT*GACAAGCGG

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR1B843JQ 834 0 0
GCTTCAAACTTGAATTCATGATTCAGATCTAAA*CCATTACATTTGTATGTTCCTTTTTT
TTCGTGTTTACAGAACACTGATGTCTCTCTCAACACTTTTCTCTTGAAAAGATAGATAAG
AAACTAAACAAAGACAGCTAAAACACAGAGCAAGTTTGAATTATCCTCCTATAGTTCAGA
TTTCCCGGATTTAGGTTTCTTCGAAGAAGAAGATCCTTTCCACCATCTCCTCACCCGGTT
CGACACCATCTTCATCTTTCCCCTCAGAGACTCTCCTTTCTTCTTGAGTAACTTAGTGAC
TGTCTTCTTCCACTCTTCCTTTTTATTAGTCTCTTTCTCTCTCAGAACTTTTCCCAAGTT
CTTGGGGAACTTGTCATCCTCTTCCTCATCTTCATCATCGTCGTCACCATCTTCATCTTC
AGTACCGAATTTTTCAGGGTTCGCTTTGTACTTCTCTAAATCTTCCCTAGAGTATACCTT
CATGCCAGGTGCTCCTGGCATACCCTGCATAGATCTCATGATCTTGTCCATTTCAGCATC
TTTCGATGGTTTTGCAACAAATGGTTCTCCAGGAACCCGATCCTTGGGAAGAGGAGGAGG
GGTCTTGGTACAAGCATCGGTAAGGTCTTTGCATAGATGGTTAACTAGTGAAACAAGATC
AGGCTTAGACTTGTATATATACTCCGCAACATCAGTGTCTGAGTAACCAATGACCTTTTT
GACAAACGGCCTCGATCGTCTTGCACTCTGAATTGCACATCC*CTTCTTCTTCTTGTTCA
ACCAGCTGAAGCTTATCACCTTTCTCAACAATATCAATCTTAAGCATCCAATCA

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR1GA26JQ 768 0 0
ATTCATGATTCAGATCTAAAACCATTACATTTGTATGTTCCTTTTTTTTCGTGTTTACAG
AACACTGATGTCTCTCTCAACACTTTTCTCTTGAAAAGATAGATAAGAAACTAAACAAAG
ACAGCTAAAACACAGAGCAAGTTTGAATTATCCTCCTATAGTTCAAATTTCCCGGATTTA
GGTTTCTTCGAAGAAGAAGATCCTTTCCACCATCTCCTCACCCGGTTCGACACCATCTTC
ATCTTTCCCCTCAGAGACTCTCCTTTCTTCTTGAGTAACTTAGTGACTGTCTTCTTCCAC
TCTTCCTTTTTATTAGTCTCTTTCTCTCTCAAAACTTTTCCCAAGTTCTTGGGGAACTTG
TCATCCTCTTCCTCATCTTCATCATCGTCGTCACCATCTTCATCTTCAGTACCGAATTTT
TCAGGGTTCGCTTTGTACTTCTCTAAATCTTCCCTAGAGTATACCTTCATGCCAGGTGCT
CCTGGCATACCCTGCATAGATCTCATGATCTTGTCCATTTCAGCATCTTTCGATGGTTTT
GCAACAAATGGTTCTCCAGGAACCCGATCCTTGGGAAGAGGAGGAGGGGTCTTGGTACAA
GCATCGGTAAGGTCTTTGCATAGATGGTTAACTAGTGAAACAAGATCAGGCTTAGACTTG
TATATATACTCCGCAACATCAGTGTCTGAGTAACCAATGACCTTTT*GACAAGCGGCCTC
GATCGTCTTGCACTCTGAATTGCACATCC*CTTCTTCTTCTTGTTCAA

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1B312TF 626 0 0
GGTTTTGCAACAAATGGTTCTCCAGGAACCCGATCCTTGGGAAGAGGAGGAGGGGTCTTG
GTACAAGCATCGGTAAGGTCTTTGCATAGATGGTTAACTAGTGAAACAAGATCAGGCTTA
GACTTGTATATATACTCCGCAACATCAGTGTCTGAGTAACCAATGACCTTTT*GACAAGC
GGCCTCGATCGTCTTGCACTCTGAATTGCACATCC*CTTCTTCTTCTTGTTCAACCAGCT
GAAGCTTATCACCTTTCTCAACAATATCAATCTTAAGCATCCAATCAGCTTCCTCTTTCT
TCAAGTTACACACGTTTTCAGCAATCTCAATGATCTCATACTCCGAGATCTTCTTGGGAG
AGATCTCAGCTTGCTTCTCCTTCACTAGCTTGTGCAGACGCGACGCTAGCTTCTCGCACA
CCTGACACTTGATATACGGAACATCCTCCTTTCTCGGAGCAGACGACAAGGGCTTCTTCC
CTTCCACCGGTAATAACGCCGACGAAGCTACAAGAGCTAATGCCACTACTACAGCTATCA
GAACTCGATTCATCATCTCCACCGTTTTGAATGGATA**AAAGACAGAGACTTCTCTCGT
AAAGCTGGAGACTTTAAGCGAGTT
CC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1B843TF 751 0 0
GCCAGGTGCTCCTGGCATACCCTGCATAGATCTCATGATCTTGTCCATTTCAGCATCTTT
CGATGGTTTTGCAACAAATGGTTCTCCAGGAACCCGATCCTTGGGAAGAGGAGGAGGGGT
CTTGGTACAAGCATCGGTAAGGTCTTTGCATAGATGGTTAACTAGTGAAACAAGATCAGG
CTTAGACTTGTATATATACTCCGCAACATCAGTGTCTGAGTAACCAATGACCTTTT*GAC
AAACGGCCTCGATCGTCTTGCACTCTGAATTGCACATCC*CTTCTTCTTCTTGTTCAACC
AGCTGAAGCTTATCACCTTTCTCAACAATATCAATCTTAAGCATCCAATCAGCTTCCTCT
TTCTTCAAGTTACACACGTTTTCAGCAATCTCAATGATCTCATACTCCGAGATCTTCTTG
GGAGAGATCTCAGCTTGCTTCTCCTTCACTAGCTTGTGCAGACGCGACGCTAGCTTCTCG
CACACCTGACACTTGATATACGGAACATCCTCCTTTCTCGGAGCCGACGACAAGGGCTTC
TTCCCTTCCACCGGTAGTAACGCCGACGAAGCTACAAGAGCTAATGCCACTACTACAGCT
ATCAGAACTCGATTCATCATCTCCACCGTTTA*AATGAATGTGAAAGACAGAGACTTCTC
TCGTAAAGCTGGAGACTTTAAGCGAGTTATATAGCACGGGATCGTGTATATAAGAATAAG
ATCATGGGTTTTGCGATCTCTTTGCCGA
GCC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1EQ46TF 726 0 0
ATAGATCTCATGATCTTGTCCATTTCAGCATCTTTCGATGGTTT*GCAACAAATGGTTCT
CCAGGAACACGATCCTTGGGAAGAGGAGGAGGGGTCTTGGTACAAGCATCGGTAAGGTCT
TTGCATAGATGGTTAACTAGTGAAACAAGATCAGGCTTAGACTTGTATATATACTCCGCA
ACATCAGTGTCTGAGTAACCAATGACCTTTT*GACAAGCGGCCTCGATCGTCTTGCACTC
TGAATTGCACATCC*CTTCTTCTTCTTGTTCAACCAGCTGAAGCTTATCACCTTTCTCAA
CAATATCAATCTTAAGCATCCAATCAGCTTCCTCTTTCTTCAAGTTACACACGTTTTCAG
CAATCTCAATGATCTCATACTCCGAGATCTTCTTGGGAGAGATCTCAGCTTGCTTCTCCT
TCACTAGCTTGTGCAGACGCGACGCTAGCTTCTCGCACACCTGACACTTGATATACGGAA
CATCCTCCTTTCTCGGAGCAGACGACAAGGGCTTCTTCCCTTCCACCGGTAATAACGCCG
ACGAAGCTACAAGAGCTAATGCCACTACTACAGCTATCAGAACTCGATTCATCATCTCCA
CCGTTTTGAATGGATA**AAAGACAGAGACTTCTCTCGTAAAGCTGGAGACTTTAAGCGA
GTTATATAGCACGGGATCGTGTGTATAAGAATAAGATCATGGGTTTTGCGATCTCTTTGC
CGAT
CC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1GZ08TFB 632 0 0
GAAGAGGAGGAGGGGTCTTGGTACAAGCATCGGTAAGGTCTTTGCATAGATGGTTAACTA
GTGAAACAAGATCAGGCTTAGACTTGTATATATACTCCGCAACATTAGTGTCTGAGTAAC
CAATGACCTTTT*GACGAGCGGCCTCGATCGTCTTGCACTCTGAATTGCACATCC*CTTC
TTCTTCTTGTTCAACCAGCTGAAGCTTATCACCTTTCTCAACAATATCAATCTTAAGCAT
CCAATCAGCTTCCTCTTTCTTCAAGTTACACACGTTTTCAGCAATCTCAATGATCTCATA
CTCCGAGATCTTCTTGGGAGAGATCTCAGCTTGCTTCTCCTTCACTAGCTTGTGCAGACG
CGACGCTAGCTTCTCGCACACCTGACACTTGATATACGGAACATCCTCCTTTCTAAGAGC
AGACGACAAGGGCTTCTTCCCTTCCACCGGTAATAACGCCGACGAAGCTACAAGAGCTAA
TGCCACTACTACAGCTATCAGAACTCGATTCATCATCTCCACCGTTTTGAATGGATA**A
AAGACAGAGACTTCTCTCGTAAAGCTGGAGACTTTAAGCGAGTTATATAGCACGGGATCG
TGTGTATAAGAATAAGATCATGGGTTTTGC
CC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1GA26TF 714 0 0
TGGGAAGAGGAGGAGGGGTCTTGGTACAAGCATCGGTAAGGTCTTTGCATAGATGGTTAA
CTAGTGAAACAAGATCAGGCTTAGACTTGTATATATACTCCGCAACATCAGTGTCTGAGT
AACCAATGACCTTTT*GACAAGCGGCCTCGATCGTCTTGCACTCTGAATTGCACATCCTC
TTCTTCTTCTTGTTCAACCAGCTGAAGCTTATCACCTTTCTCAACAATATCAATCTTAAG
CATCCAATCAGCTTCCTCTTTCTTCAAGTTACACACGTTTTCAGCAATCTCAATGATCTC
ATACTCCGAGATCTTCTTGGGAGAGATCTCAGCTTGCTTCTCCTTCACTAGCTTGTGCAG
ACGCGACGCTAGCTTCTCGCACACCTGACACTTGATATACGGAACATCCTCCTTTCTCGG
AGCAGACGACAAGGGCTTCTTCCCTTCCACCGGTAATAACGCCGACGAAGCTACAAGAGC
TAATGCCACTACTACAGCTATCAGAACTCGATTCATCATCTCCACCGTTTTGAATGGATA
**AAAGACAGAGACTTCTCTCGTAAAGCTGGAGACTTTAAGCGAGTTATATAACACGGGA
TCGTGTGTATAAGAATAAGATCATGGGTTTTGCGATCTCTTTGCCGATAAGTTTGGGTTT
TGATTTTTCTTTCTCTTCTACTGTGCCGTGTTGTTGAAGTGGAACCGATGTTCC

QA 1 714 1 714
DS 



CO CL196Contig2 833 2 6 U
GGACGGCACAGTAGAAGAGAAAGAAAAATCAAAACCCAAACTTATCGGCAAAGAGATCGC
AAAACCCATGATCTTATTCTTATACACACGATCCCGTGCTATATAACTCGCTTAAAGTCT
CCAGCTTTACGAGAGAAGTCTCTGTCTTTTATCCATTCAAAACGGTGGAGATGATGAATC
GAGTTCTGATAGCTGTAGTAGTGGCATTAGCTCTTGTAGCTTCGTCGGCGTTACTACCGG
TGGAAGGGAAGAAGCCCTTGTCGTCGGCTCCGAGAAAGGAGGATGTTCCGTATATCAAGT
GTCAGGTGTGCGAGAAGCTAGCTTCGCGGCTGCACAAGCTAGTGAAGGAGAAGCAAGCTG
AGATCTCCCCCAAGAAGATCTCGGAGTATGAGATCATTGAGATTGCTGAGAACGTGTGCA
ACTTGAAGAAAGAGGAAGCTGATTGGATGCTTAAGATTGATATTGTTGAGAAAGGTGATA
AGCTTCAGCTGGTTGAACAAGAAGAAGAAGGGATGTGCAATTCAGAGTGCAAGACGATCG
AGACCGCTTGTCAAAAGGTCATTGGTTACTCAGACACTGATGTTTCGGAGTATATATACA
AGTCTAAGCCTGATCTTGCTTCACTTGTTAACCATCTTTGCAAAGACCTTACCGATGCTT
GTACCAAGACCCCTCCTCCTCTTCCCAAGGATCGGGTTCCTGGAGAACCATTTGTTGCAA
ACCATCGAAAGATGCTGAATGGACAGATCATGAGATCTATGCAGGGTATGCCAGAGCACC
TGGCATGAAGTATACTCTAGGGAGATTTAGAGAAGTACAAAGCGACCCTGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E357TF U 1
AF RR1H093TF U 42
BS 1 312 RR1E357TF
BS 313 313 RR1H093TF
BS 314 542 RR1E357TF
BS 543 543 RR1H093TF
BS 544 725 RR1E357TF
BS 726 833 RR1H093TF

RD RR1E357TF 725 0 0
GGACGGCACAGTAGAAGAGAAAGAAAAATCAAAACCCAAACTTATCGGCAAAGAGATCGC
AAAACCCATGATCTTATTCTTATACACACGATCCCGTGCTATATAACTCGCTTAAAGTCT
CCAGCTTTACGAGAGAAGTCTCTGTCTTTTATCCATTCAAAACGGTGGAGATGATGAATC
GAGTTCTGATAGCTGTAGTAGTGGCATTAGCTCTTGTAGCTTCGTCGGCGTTACTACCGG
TGGAAGGGAAGAAGCCCTTGTCGTCGGCTCCGAGAAAGGAGGATGTTCCGTATATCAAGT
GTCAGGTGTGCGGGAAGCTAGCTTCGCGGCTGCACAAGCTAGTGAAGGAGAAGCAAGCTG
AGATCTCCCCCAAGAAGATCTCGGAGTATGAGATCATTGAGATTGCTGAGAACGTGTGCA
ACTTGAAGAAAGAGGAAGCTGATTGGATGCTTAAGATTGATATTGTTGAGAAAGGTGATA
AGCTTCAGCTGGTTGAACAAGAAGAAGAAGGGATGTGCAATTCAGAGTGCAAGACGATCG
AGGCCGCTTGTCAAAAGGTCATTGGTTACTCAGACACTGATGTTTCGGAGTATATATACA
AGTCTAAGCCTGATCTTGCTTCACTTGTTAACCATCTTTGCAAAGACCTTACCGATGCTT
GTACCAAGACCCCTCCTCCTCTTCCCAAGGATCGGGTTCCTGGAGAACCATTTGTTGCAA
ACCAT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1H093TF 792 0 0
GG
ATCGGCAAAGAGATCGCAAAACCCATGATCTTATTCTTATACACACGATCCCGTGCTATA
TAACTCGCTTAAAGTCTCCAGCTTTACGAGAGAAGTCTCTGTCTTTTATCCATTCAAAAC
GGTGGAGATGATGAATCGAGTTCTGATAGCTGTAGTAGTGGCATTAGCTCTTGTAGCTTC
GTCGGCGTTACTACCGGTGGAAGGGAAGAAGCCCTTGTCGTCGGCTCCGAGAAAGGAGGA
TGTTCCGTATATCAAGTGTCAGGTGTGCGAGAAGCTAGCTTCGCGGCTGCACAAGCTAGT
GAAGGAGAAGCAAGCTGAGATCTCCCCCAAGAAGATCTCGGAGTATGAGATCATTGAGAT
TGCTGAGAACGTGTGCAACTTGAATAAAGAGGAAGCTGATTGGATGCTTAAGATTGATAT
TGTTGAGAAAGGTGATAAGCTTCAGCTGGTTGAACAAGAAGAAGAAGGGATGTGCAATTC
GGAGTGCAAGACGATCGAGACCGCTTGTCAAAAGGTCATTGGTTACTCAGACACTGATGT
TTCGGAGTATATATACAAGTCTAAGCCTGATCTTGCTTCACTTGTTAACCATCTTTGCAA
AGACCTTACCGATGCTTGTACCAAGACCCCTCCTCCTCTTCCCAAGGATCGGGTTCCTGG
AGAACCATTTGTTGCAAACCATCGAAAGATGCTGAATGGACAGATCATGAGATCTATGCA
GGGTATGCCAGAGCACCTGGCATGAAGTATACTCTAGGGAGATTTAGAGAAGTACAAAGC
GACCCTGAAA

QA 3 792 3 792
DS 



AS 2 13

CO CL197Contig1 1237 11 25 U
GGACACAACTTCAATGCCCCAATCTCTTCCTTTCTCCTTACTCCTCTTCCTCTCTATTTA
AATCTTCCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCAATTTCCTCATCCGTGTCTTCCTCGTTTTCTCC
GCTTTAAGCCATGAAAGTCACCGTCGTCTCCCGCAGCGGCAGAGAAGTTCTCAAAGCCCC
CCTCGACCTCCCCGATTCGGCGACTGTTGCTGATCTGCAGGAAGCTTTTCACAAGAGAGC
TAAGAAGTTTTACCCATCTAGGCAAAGACTTACTCTTCCCGTGGCTCCTGGGTCAAAGGA
CAAACCTGTTGTCCTCAACAGCAAGAAATCACTCAAAGAGTACTGTGACGGAAACACAGA
CTCATTAACCGTTGTCTTCAAGGACTTGGGAGCACAAGTCTCGTACCGCACGCTCTTCTT
CTTCGAGTACCTAGGCCCACTCTTGATCTACCCTGTCTTCTACTACTTCCCTGTTTACAA
ATACCTCGGCTACGGAGAAGACCGTGTGATCCACCCGGTCCAGACCTACGCTATGTACTA
CTGGTGCTTTCACTACTTCAAACGCATCATGGAGACGTTCTTCGTCCACAGGTTCAGCCA
CGCAACTTCGCCGATAGGAAACGTGTTCAGGAACTGTGCTTACTACTGGACCTTTGGTGC
TTACATTGCTTACTACGTGAACCATCCTTTATACACACCGGTTAGTGACCTTCAGATGAA
GATTGGTTTCGGGTTTGGTTTGGTTTGCCAAGTCGCCAACTTCTACTGTCACATTCTGTT
GAAGAATCTTAGAGACCCTAGTGGAGCTGGAGGGTACCAGATCCCGCGTGGTTTCCTCTT
CAACATTGTCACGTGTGCTAATTACACGACAGAGATTTACCAGTGGCTAGGATTCAACAT
CGCTACTCAGACCGTTGCAGGATATGTTTTCTTAGCGGTTGCTGCTCTGATTATGACCAA
TTGGGCTCTTGGAAAGCACAGCCGTCTGAGAAAGATATTTGATGGGAAAGATGGGAAGCC
AAAGTATCCAAGAAGATGGGTGATATTGCCTCCATTCCTGTAGAAGACTTATCGTTATGA
TCTTCGTTCTATCAGTTTAAAAGCTTTTCTTAATAAGGTTGTAAAAGAGATTTGAAAGAT
CTTTGTTCTTTCTCTGTATTTGTTATCACTTTTGTTTTGAGATGTTTTGTAAGTTTAGAG
ATTTTAGACACTTTGCTTCTTTAATCGTTTCTCGCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 30 30 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 5 55 55 5 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 15 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 25 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DO55TF U 95
AF RR1GB95TF U 78
AF RR1DK66TF U 1
AF RR1FZ91TF U 78
AF RR1CR73TF U 86
AF RR1GE54TF U 86
AF RR1FI75TF U 95
AF RR1FI75JQ C 457
AF RR1GE54JQ C 529
AF RR1DK66JQ C 530
AF RR1CR73JQ C 761
BS 1 90 RR1DK66TF
BS 91 91 RR1FZ91TF
BS 92 103 RR1DK66TF
BS 104 104 RR1FZ91TF
BS 105 236 RR1DK66TF
BS 237 237 RR1FZ91TF
BS 238 453 RR1DK66TF
BS 454 454 RR1FZ91TF
BS 455 591 RR1DK66TF
BS 592 592 RR1FZ91TF
BS 593 630 RR1DK66TF
BS 631 631 RR1FZ91TF
BS 632 680 RR1DK66TF
BS 681 681 RR1FZ91TF
BS 682 698 RR1DK66TF
BS 699 699 RR1CR73TF
BS 700 709 RR1DK66TF
BS 710 710 RR1CR73TF
BS 711 719 RR1DK66TF
BS 720 782 RR1CR73TF
BS 783 785 RR1GE54TF
BS 786 786 RR1FI75TF
BS 787 806 RR1GE54TF
BS 807 1215 RR1FI75JQ
BS 1216 1237 RR1DK66JQ

RD RR1DO55TF 430 0 0
GG
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CGGCAGAGAAGTTCTCAAAGCCCCCCTCGACCTCCCCGATTCGGCGACTGTTGCTGATCT
GCAGGAAGCTTTTCACAAGAGAGCTAAGAAGTTTTACCCATCTAGGCAAAGACTTACTCT
TCCCGTGGCTCCTGGGTCAAAGGACAAACCTGTTGTCCTCAACAGCAAGAAATCACTCAA
AGAGTACTGTGACGGAAACACAGACTCATTAACCGTTGTCTTCAAGGACTTGGGAGCACA
AGTCTCGTACCACACGCTCTTCTTCTTCGAGTACCTAGGCCCACTCTTGATCTACCCAGT
CTTCTACTACTTCCCTGTTTACAAATACCTCGGCTACGGAGAAGACCGTGTGATCCACCC
GGTCCAGA

QA 3 430 3 430
DS 

RD RR1GB95TF 583 0 0
GGA
CTCTCTCAATTTCCTCATCCGTGTCTTCCTCGTTTTCTCCGCTTTAAGCCATGAAAGTCA
CCGTCGTCTCCCGTAGCGGTAGAGAAGTTCTCAAAGCCCCCCTCGACCTCCCCGATTCGG
CGACTGTTGCTGATCTGCAGGAAGCTTTTCACAAGAGAGCTAAGAAGTTTTACCCATCTA
GGCAAAGACTTACTCTTCCCGTGGCTCCTGGGTCAAAGGACAAACCTGTTGTCCTCAACA
GCAAGAAATCACTCAAAGAGTACTGTGACGGAAACACAGACTCATTAACCGTTGTCTTCA
AGGACTTGGGAGCACAAGTCTCGTACCGCACGCTCTTCTTCTTCGAGTACCTAGGCCCAC
TCTTGATCTACCCTGTCTTCTACTACTTCCCTGTTTACAAATACCTCGGCTACGGAGAAG
ACCGTGTGATCCACCCGGTCCAGACCTACGCTATGTACTACTGGTGCTTTCACTACTTCA
AACGCATCATGGAGACGTTCTTCGTCCACAGGTTCAGCCACGCAACTTCGCCGATAGGAA
ACGTGTTCAGGAACTGTGCTTACTATTGGACCTTTGGTGC

QA 4 583 4 583
DS 

RD RR1DK66TF 734 0 0
GGACACAACTTCAATGCCCCAATCTCTTCCTTTCTCCTTACTCCTCTTCCTCTCTATTTA
AATCTTCCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCAATCTCCTCATCCGTGACTTCCTCGTTTTCTCC
GCTTTAAGCCATGAAAGTCACCGTCGTCTCCCGCAGCGGCAGAGAAGTTCTCAAAGCCCC
CCTCGACCTCCCCGATTCGGCGACTGTTGCTGATCTGCAGGAAGCTTTTCACAAGAAAGC
TAAGAAGTTTTACCCATCTAGGCAAAGACTTACTCTTCCCGTGGCTCCTGGGTCAAAGGA
CAAACCTGTTGTCCTCAACAGCAAGAAATCACTCAAAGAGTACTGTGACGGAAACACAGA
CTCATTAACCGTTGTCTTCAAGGACTTGGGAGCACAAGTCTCGTACCGCACGCTCTTCTT
CTTCGAGTACCTAGGCCCACTCTTGATCTACCCAGTCTTCTACTACTTCCCTGTTTACAA
ATACCTCGGCTACGGAGAAGACCGTGTGATCCACCCGGTCCAGACCTACGCTATGTACTA
CTGGTGCTTTCACTACTTCAAACGCATCATGGAGACGTTCTTCGTCCACAG*TTCAGCCA
CGCAACTTCGCCGATAGGAAACGTGTTCAG*AACTGTGCTTACTACTGGACCTTTGGTGC
TTACATTGCTTACTACGTGA*CCATCCTTTATACACAC*GGTTAGTGAC*TTCAGATGA
GATGGTTTCGGTTTG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1FZ91TF 620 0 0
GGA
CTCTCTCAATTTCCTCATCCGTGTCTTCCTCGTTTTCTCCGCTTTAAGCCATGAAAGTCA
CCGTCGTCTCCCGTAGCGGTAGAGAAGTTCTCAAAGCCCCCCTCGACCTCCCCGATTCGG
CGACTGTTGCTGATCTGCAGGAAGCTTTTCACAAGAGAGCTAAGAAGTTTTACCCATCTA
GGCAAAGACTTACTCTTCCCGTGGCTCCTGGGTCAAAGGACAAACCTGTTGTCCTCAACA
GCAAGAAATCACTCAAAGAGTACTGTGACGGAAACACAGACTCATTAACCGTTGTCTTCA
AGGACTTGGGAGCACAAGTCTCGTACCGCACGCTCTTCTTCTTCGAGTACCTAGGCCCAC
TCTTGATCTACCCTGTCTTCTACTACTTCCCTGTTTACAAATACCTCGGCTACGGAGAAG
ACCGTGTGATCCACCCGGTCCAGACCTACGCTATGTACTACTGGTGCTTTCACTACTTCA
AACGCATCATGGAGACGTTCTTCGTCCACAGGTTCAGCCACGCAACTTCGCCGATAGGAA
ACGTGTTCAGGAACTGTGCTTACTATTGGACCTTTGGTGCTTACATTGCTTACTACGTGA
ACCATCCTTTATACACA

QA 4 620 4 620
DS 

RD RR1CR73TF 705 0 0
GGAATC
TCCTCATCCGTGTCTTCCTCGTTTTCTCCGCTTTAAGCCATGAAAGTCACCGTCGTCTCC
CGCAGCGGCAGAGAAGTTCTCAAAGCCCCCCTCGACCTCCCCGATTCGGCGACTGTTGCT
GATCTGCAGGAAGCTTTTCACAAGAGAGCTAAGAAGTTTTACCCATCTAGGCAAAGACTT
ACTCTTCCCGTGGCTCCTGGGTCAAAGGACAAACCTGTTGTCCTCAACAGCAAGAAATCA
CTCAAAGAGTACTGTGACGGAAACACAGACTCATTAACCGTTGTCTTCAAGGACTTGGGA
GCACAAGTCTCGTACCGCACGCTCTTCTTCTTCGAGTACCTAGGCCCACTCTTGATCTAC
CCAGTCTTCTACTACTTCCCTGTTTACAAATACCTCGGCTACGGAGAAGACCGTGTGATC
CACCCGGTCCAGACCTACGCTATGTACTACTGGTGCTTTCACTACTTCAAACGCATCATG
GAGACGTTCTTCGTCCACAGGTTCAGCCACGCAACTTCGCCGATAGGAAACGTGTTCAGG
AACTGTGCTTACTACTGGACCTTTGGTGCTTACATTGCTTACTACGTGAACCATCCTTTA
TACACACCGGTTAGTGACCTTCAGATGAAGATTGGTTTCGGGTTTGGTTTGGTTTGCCAA
GTCGCCAACTTCTACTGTCACATTCTGTTGA
GAATCTTA

QA 7 697 7 697
DS 

RD RR1GE54TF 721 0 0
GGAATCTCT
TCATCCGTGTCTTCCTCGTTTTCTCCGCTTTAAGCCATGAAAGTCACCGTCGTCTCCCGC
AGCGGCAGAGAAGTTCTCAAAGCCCCCCTCGACCTCCCCGATTCGGCGACTGTTGCTGAT
CTGCAGGAAGCTTTTCACAAGAGAGCTAAGAAGTTTTATCCGTCGAGGCAAAGACTGACA
CTTCCCGTGGCTCCTGGGTCAAAGGACAAACCTGTTGTCCTCAACAGCAAGAAGTCACTC
GAAGAGTACTGCGATGGGAACACAGACTCCTTAACCGTAGTCTTCAAGGACTTGGGAGCA
CAAGTCTCGTACCGCACGCTCTTCTTCTTCGAGTACCTAGGCCCACTCTTGATCTACCCT
GTCTTCTACTACTTCCCTGTTTACAAATACCTCGGCTACGGAGAAGACCGTGTGATCCAC
CCGGTCCAGACCTACGCTATGTACTACTGGTGCTTTCACTACTTCAAACGTATCATGGAA
ACGTTCTTCGTCCACCGGTTCAGCCACGCAACTTCACCTATCGGGAACGTGTTCAGTAAC
TGTGCTTACTACTGGACCTTTGGTGCTTACATTGCTTACTACGTGAACCATCCTTTATAC
ACACCGGTTAGTGACCCTCAGATGAAGATTGGTTTCGGGTTTGGTTTGGTTTGCCAAGTC
GCCAACTTCTACTGTCACATTCTGTTGAAGA*TCTTAGAGACCCTAGTGGAG

QA 10 721 10 721
DS 

RD RR1FI75TF 694 0 0
GG
ATCCGTGTCTTCCTCGTTTTCTCCGCTTTAAGCCATGAAAGTCACCGTCGTCTCCCGCAG
CGGCAGAGAAGTTCTCAAAGCCCCCCTCGACCTCCCCGATTCGGCGACTGTTGCTGATCT
GCAGGAAGCTTTTCACAAGAGAGCTAAGAAGTTTTATCCGTCGAGGCAAAGACTGACACT
TCCCGTGGCTCCTGGGTCAAAGGACAAACCTGTTGTCCCCAACAGCAAGAAGTCACTCAA
AGAGTACTGCGATGGGAACACAGACTCCTTAACCGTAGTCTTCAAGGACTTGGGAGCACA
AGTCTCGTACCGCACGCCCTTCTTCTTCGAGTACCTAGGCCCACTCTTGATCTACCCTGT
CTTCTACTACTTCCCTGTTTACAAATACCTCGGCTACGGAGAAGACCGTGTGATCCACCC
GGTCCAGACCTACGCTATGTACTACTGGTGCTTTCACTACTTCAAACGTATCATGGAAAC
GTTCTTCGTCCACCGGTTCAGCCACGCAACTTCACCTATCGGGAACGTGTTCAGGAACTG
TGCTTACTACTGGACCTTTGGTGCTTACATTGCTTACTACGTGAACCATCCTTTATACAC
ACCGGTTAGTGACCTTCAGATGAAGATTGGTTTCGGGTTTGGTTTGGTTTGCCAAGTCGC
CAACTTCTACTGTCACATTCTGTTGAAGAATC

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR1FI75JQ 766 0 0
CTTCTACTACTTCCCTGTTTACAAATACCTCGGCTACGGAGAAGACCGTGTGATCCACCC
GGTCCAGACCTACGCTATGTACTACTGGTGCTTTCACTACTTCAAACGTATCATGGAAAC
GTTCTTCGTCCACCGGTTCAGCCACGCAACTTCACCTATCGGGAACGTGTTCAGGAACTG
TGCTTACTACTGGACCTTTGGTGCTTACATTGCTTACTACGTGAACCATCCTTTATACAC
ACCGGTTAGTGACCTTCAGATGAAGATTGGTTTCGGGTTTGGTTTGGTTTGCCAAGTCGC
CAACTTCTACTGTCACATTCTGTTGAAGAATCTTAGAGACCCTAGTGGAGCTGGAGGGTA
CCAGATCCCGCGTGGTTTCCTCTTCAACATTGTCACGTGTGCTAATTACACGACAGAGAT
TTACCAGTGGCTAGGATTCAACATCGCTACTCAGACCGTTGCAGGATATGTTTTCTTAGC
GGTTGCTGCTCTGATTATGACCAATTGGGCTCTTGGAAAGCACAGCCGTCTGAGAAAGAT
ATTTGATGGGAAAGATGGGAAGCCAAAGTATCCAAGAAGATGGGTGATATTGCCTCCATT
CCTGTAGAAGACTTATCGTTATGATCTTCGTTCTATCAGTTTAAAAGCTTTTCTTAATAA
GGTTGTAAAAGAGATTTGAAAGATCTTTGTTCTTTCTCTGTATTTGTTATCACTTTTGTT
TTGAGATGTTTTGTAAGTTTAGAGATTTTAGACACTTTG
CTTCTTT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1GE54JQ 681 0 0
CGCTATGTACTACTGGTGCTTTCACTACTTCAAACGTATCATGGAAACGTTCTTCGTCCA
CCGGTTCAGCCACGCAACTTCACCTATCGGGAACGTGTTCAGTAACTGTGCTTACTACTG
GACCTTTGGTGCTTACATTGCTTACTACGTGAACCATCCTTTATACACACCGGTTAGTGA
CCCTCAGATGAAGATTGGTTTCGGGTTTGGTTTGGTTTGCCAAGTCGCCAACTTCTACTG
TCACATTCTGTTGAAGAATCTTAGAGACCCTAGTGGAGCTGGAGGGTACCAGATCCCGCG
TGGTTTCCTCTTCAACATTGTCACGTGTGCTAATTACACGACAGAGATTTACCAGTGGCT
AGGATTCAACATCGCTACTCAGACCGTTGCAGGATATGTTTTCTTAGCGGTTGCTGCTCT
GATTATGACCAATTGGGCTCTTGGAAAGCACAGCCGTCTGAGAAAGATATTTGATGGGAA
AGATGGGAAGCCAAAGTATCCAAGAAGATGGGTGATATTGCCTCCATTCCTGTAGAAGAC
TTATCGTTATGATCTTCGTTCTATCAGTTTAAAAGCTTTTCTTAATAAGGTTGTAAAAGA
GATTTGAAAGATCTTTGTTCTTTCTCTGTATTTGTTATCACTTTTGTTTTGAGATGTTTT
GTAAGTTTAGAGATTTTAGAC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1DK66JQ 708 0 0
GCTATGTACTACTGGTGCTTTCACTACTTCAAACGCATCATGGAGACGTTCTTCGTCCAC
AGGTTCAGCCACGCAACTTCGCCGATAGGAAACGTGTTCAGGAACTGTGCTTACTACTGG
ACCTTTGGTGCTTACATTGCTTACTACGTGAACCATCCTTTATACACACCGGTTAGTGAC
CTTCAGATGAAGATTGGTTTCGGGTTTGGTTTGGTTTGCCAAGTCGCCAACTTCTACTGT
CACATTCTGTTGAAGAATCTTAGAGACCCTAGTGGAGCTGGAGGGTACCAGATCCCGCGT
GGTTTCCTCTTCAACATTGTCACGTGTGCTAATTACACGACAGAGATTTACCAGTGGCTA
GGATTCAACATCGCTACTCAGACCGTTGCAGGATATGTTTTCTTAGCGGTTGCTGCTCTG
ATTATGACCAATTGGGCTCTTGGAAAGCACAGCCGTCTGAGAAAGATATTTGATGGGAAA
GATGGGAAGCCAAAGTATCCAAGAAGATGGGTGATATTGCCTCCATTCCTGTAGAAGACT
TATCGTTATGATCTTCGTTCTATCAGTTTAAAAGCTTTTCTTAATAAGGTTGTAAAAGAG
ATTTGAAAGATCTTTGTTCTTTCTCTGTATTTGTTATCACTTTTGTTTTGAGATGTTTTG
TAAGTTTAGAGATTTTAGACACTTTGCTTCTTTAATCGTTTCTCGCGC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1CR73JQ 477 0 0
TTCTACTGTCACATTCTGTTGAAGAATCTTAGAGACCCTAGTGGAGCTGGAGGGTACCAG
ATCCCGCGTGGTTTCCTCTTCAACATTGTCACGTGTGCTAATTACACGACAGAGATTTAC
CAGTGGCTAGGATTCAACATCGCTACTCAGACCGTTGCAGGATATGTTTTCTTAGCGGTT
GCTGCTCTGATTATGACCAATTGGGCTCTTGGAAAGCACAGCCGTCTGAGAAAGATATTT
GATGGGAAAGATGGGAAGCCAAAGTATCCAAGAAGATGGGTGATATTGCCTCCATTCCTG
TAGAAGACTTATCGTTATGATCTTCGTTCTATCAGTTTAAAAGCTTTTCTTAATAAGGTT
GTAAAAGAGATTTGAAAGATCTTTGTTCTTTCTCTGTATTTGTTATCACTTTTGTTTTGA
GATGTTTTGTAAGTTTAGAGATTTTAGACACTTTGCTTCTTTAATCGTTTCTCGCGC

QA 1 477 1 477
DS 



CO CL197Contig2 707 2 2 U
CTGCGCGAGAAACGATTAAAACAAAGTGTCTAAAATCTCTAAACTTACAAAACATCTCAA
AACAAAAGTGATAACAAATACAGAGAAAAAAAACATCTTTCAAATCTCTTTTACAACCTT
ATTAAGAAAAGCTTCATAACGATAAGTCTTCTACAGGAATGGAGGCAATATCACCCATCT
TCTTGGATACTTTGGCTTCCCATCTTTCCCATCAAATATCTTTCTCAGACGGCTATGCTT
TCCAAGAGCCCAATTGGTCATAATCAGAGCAGCAACCGCTAAGAAAACATATCCTGCAAC
GGTCTGAGTAGCGATGTTGAATCCTAGCCACTGGTAAATCTCTGTCGTGTAATTAGCACA
CGTGACAATGTTGAAGAGGAAACCACGCGGGATCTGGTACCCTCCAGCTCCACTAGGGTC
TCTAAGATTCTTCAACAGAATGTGACAGTAGAAGTTGGCGACTTGGCAAACCAAACCAAA
CCCGAAACCAATCTTCATCTGAAGGTCACTAACCGGTGTGTATAAAGGATGGTTCACGTA
GTAAGCAATGTAAGCACCAAAGGTCCAATAGTAAGCACAGTTCCTGAACACGTTTCCTAT
CGGCGAAGTTGCGTGGCTGAACCTGTGGACGAAGAACGTCTCCATGATGCGTTTGAAGTA
GTGAAAGCACCAGTAGTACATAGCGTAGGTCTGGACCGGGTGGATCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ91JQ U 1
AF RR1GB95JQ U 1
BS 1 599 RR1FZ91JQ
BS 600 707 RR1GB95JQ

RD RR1FZ91JQ 599 0 0
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AACAAAAGTGATAACAAATACAGAGAAAAAAAACATCTTTCAAATCTCTTTTACAACCTT
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TCTTGGATACTTTGGCTTCCCATCTTTCCCATCAAATATCTTTCTCAGACGGCTATGCTT
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GGTCTGAGTAGCGATGTTGAATCCTAGCCACTGGTAAATCTCTGTCGTGTAATTAGCACA
CGTGACAATGTTGAAGAGGAAACCACGCGGGATCTGGTACCCTCCAGCTCCACTAGGGTC
TCTAAGATTCTTCAACAGAATGTGACAGTAGAAGTTGGCGACTTGGCAAACCAAACCAAA
CCCGAAACCAATCTTCATCTGAAGGTCACTAACCGGTGTGTATAAAGGATGGTTCACGTA
GTAAGCAATGTAAGCACCAAAGGTCCAATAGTAAGCACAGTTCCTGAACACGTTTCCTA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1GB95JQ 707 0 0
CTGCGCGAGAAACGATTAAAACAAAGTGTCTAAAATCTCTAAACTTACAAAACATCTCAA
AACAAAAGTGATAACAAATACAGAGAAAAAAAACATCTTTCAAATCTCTTTTACAACCTT
ATTAAGAAAAGCTTCATAACGATAAGTCTTCTACAGGAATGGAGGCAATATCACCCATCT
TCTTGGATACTTTGGCTTCCCATCTTTCCCATCAAATATCTTTCTCAGACGGCTATGCTT
TCCAAGAGCCCAATTGGTCATAATCAGAGCAGCAACCGCTAAGAAAACATATCCTGCAAC
GGTCTGAGTAGCGATGTTGAATCCTAGCCACTGGTAAATCTCTGTCGTGTAATTAGCACA
CGTGACAATGTTGAAGAGGAAACCACGCGGGATCTGGTACCCTCCAGCTCCACTAGGGTC
TCTAAGATTCTTCAACAGAATGTGACAGTAGAAGTTGGCGACTTGGCAAACCAAACCAAA
CCCGAAACCAATCTTCATCTGAAGGTCACTAACCGGTGTGTATAAAGGATGGTTCACGTA
GTAAGCAATGTAAGCACCAAAGGTCCAATAGTAAGCACAGTTCCTGAACACGTTTCCTAT
CGGCGAAGTTGCGTGGCTGAACCTGTGGACGAAGAACGTCTCCATGATGCGTTTGAAGTA
GTGAAAGCACCAGTAGTACATAGCGTAGGTCTGGACCGGGTGGATCA

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 12

CO CL198Contig1 737 12 11 U
GGAAAGCTAAGGCATTAATTCAGTTCCAGGCATTTCATCTTCATTCATTTCCAAAAGGGG
TACCCTGAGATCACAAAGGATTCACATACTATGGGCAAGGGAGTTGCAGTGTTGAACAGC
AGCGAGGGTGTCAAGGGGACCATCTTCTTCACCCAGGAAGGAAACGGTACCACCACTGTG
ACTGGAACTGTTTCTGGCCTTAAACCTGGTCTCCATGGTTTCCATGTCCATGCTCTTGGT
GACACCACTAATGGTTGCATGTCCACCGGTCCGCATTTCAACCCTGATGGTAAAACCCAC
GGTGCACCAGAGGATGCTAATCGTCATGCTGGAGATCTAGGAAACATAACTGTTGGGGAT
GATGGAACTGCCTCCTTCACAATCACTGACAGCCAGATACCTCTTGATGGACCTAACTCT
ATTGTGGGAAGGGCTGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAGGCCAT
GAACTCAGCTTGGCTACTGGAAACGCAGGAGGTCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTCTT
CAGGGCTAAGCTGTTGCTATTCGAGGAAGAGAGTGATGTAATAAGAGGAGGTTCTTACCT
CTAGACCTGGCTAGTTTGTGTATCGTTTGTGTGTGGCTGTAATCATTGAGTTAGTGGCTC
AATACATTTGATTTAAGACAAAAAAAA*AACAGAGCAAACTTTTCTATTTCAATGAATAA
CAGAGTTGGTTGAAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 15 60 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 
65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 70 70 0 70 70 70 70 70 70 0 0 70 70 70 70 70 70 70 25 70 70 70 70 70 70 
55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 10 10 10 10 10 

AF RR1AY01TF U -4
AF RR1CJ13JQ C 375
AF RR1H854TF U 1
AF RR1AY01JQ C 149
AF RR1H623TF U 576
AF RR1DP59TF U 7
AF RR1GR79JQ C 39
AF RR1CJ13TF U -1
AF RR1DP59JQ C 69
AF RR1F830TF U 207
AF RR1H854JQ C 69
AF RR1B291TF U 420
BS 1 584 RR1H854TF
BS 585 586 RR1AY01TF
BS 587 680 RR1H854TF
BS 681 686 RR1DP59TF
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AGGGGACCATCTTCTTCACCCAGGATGGAAACGGTGCCACCACTGTGACTGGAACTGTTT
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GTTGCATGTCCACCGGTCCGCATTTCAACCCTGATGGTAAAACCCACGGTGCACCAGAGG
ATGCTAATCGTCATGCTGGAGATCTAGGAAACATAACTGTTGGGGATGATGGAACTGCCA
CCTTCGCAATCACTGACAGCCAGATACCTCTTGATGGACCTAACTCTATTGTGGGAAGGG
CTGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAGGCCATGAACTCAGCTTGG
CTACTGGAAACGCAGGAGGTCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTG
TTGCTATTCAAGGAAGGGAGTGATTTAATAAGAGGAGGTTCTTACCTCTAGACCTGGCTA
GTTTGTGTATCGTTTGT

QA 19 635 19 635
DS 

RD RR1CJ13JQ 283 0 0
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TGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAGGCCATGAACTCAGCTTGGC
TACTGGAAACCCAGGAGGTCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTTTTCAGGGTTAAGCTGT
TGTTATTCAAGGAAGGGAGTGATTTAATAAGAGGAGGTTTTTACCTTTAGACCTGGCTAG
TTTGTGTATCGTTTGTGTGGGGCTGTAATCATTGAGTTAG
GGG

QA 1 280 1 280
DS 

RD RR1H854TF 680 0 0
GGAAAGCTAAGGCATTAATTCAGTTCCAGGCATTTCATCTTCATTCATTTCCAAAAGGGG
TACCCTGAGATCACAAAGGATTCACATACTATGGGCAAGGGAGTTGCAGTGTTGAACAGC
AGCGAGGGTGTCAAGGGGACCATCTTCTTCACCCAGGAAGGAAACGGTACCACCACTGTG
ACTGGAACTGTTTCTGGCCTTAAACCTGGTCTCCATGGTTTCCATGTCCATGCTCTTGGT
GACACCACTAATGGTTGCATGTCCACCGGTCCGCATTTCAACCCTGATGGTAAAACCCAC
GGTGCACCAGAGGATGCTAATCGTCATGCTGGAGATCTAGGAAACATAACTGTTGGGGAT
GATGGAACTGCCTCCTTCACAATCACTGACAGCCAGATACCTCTTGATGGACCTAACTCT
ATTGTGGGAAGGGCTGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAGGCCAT
GAACTCAGCTTGGCTACTGGAAACGCAGGAGGTCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTCTT
CAGGGCTAAGCTGTTGCTATTCGAGGAAGAGAGTGATGTAATAA**GGAGGTTCTTACCT
CTAGACCTGGCTAGTTTGTGTATCGTTTGTGTGTGGCTGTAATCATTGAGTTAGTGGCTC
AATACATTTGATTTAAGACA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1AY01JQ 531 0 0
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GTCTCCATGGTTTCCATGTCCATGCCCTTGGTGACACCACTAATGGTTGCATGTCCACCG
GTCCGCATTTCAACCCTGATGGTAAAACCCACGGTGCACCAGAGGATGCTAATCGTCATG
CTGGAGATTTAGGAAACATAACTGTTGGGGATGATGGAACTGCCACCTTCGCAATCACTG
ACAGCCAGATACCTCTTGATGGACCTAACTTTATTGTGGGAAGGGCTGTTGTTGTCCACG
CAGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAGGCCATGAACTCAGCTTGGCTACTGGAAACGCAG
GAGGTCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTGTTGCTATTCAAGGAA
GGGAGTGATTTAATAAGAGGAGGTTTTTACCTCTAGACCTGGCTAGTTTGTGTATCGTTT
GTGTGTGGCTGTAATCATTGAGTTAGTGGCTCAATACATTTGATTTAAGAC

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1H623TF 136 0 0
ATTTAATAAGAGGAGGTTCTTACCTCTAGACCTGGCTAGTTTGTGTATCGTTTGTGTGTG
GCTGTAATCATTGAGTTAGTGGCTCAATACATTTGATTTAAGACAAAAAAAAAAACAGAG
CAAACTTTTCTATTTC

QA 1 136 1 136
DS 

RD RR1DP59TF 726 0 0
GG
AAGGCATTAATTCAGTTCCAGGCATTTCATCTTCATTCATTTCCAAAAGGGGTACCCTGA
GATCACAAAGGATTCACATACTATGGGCAAGGGAGTTGCAGTGTTGAACAGCAGCGAGGG
TGTCAAGGGGACCATCTTCTTCACCCAGGAAGGAAACGGTACCACCACTGTGACTGGAAC
TGTTTCTGGCCTTAAACCTGGTCTCCATGGTTTCCATGTCCATGCTCTTGGTGACACCAC
TAATGGTTGCATGTCCACCGGTCCGCATTTCAACCCTGATGGTAAAACCCACGGTGCACC
AGAGGATGCTAATCGTCATGCTGGAGATCTAGGAAACATAACTGTTGGGGATGATGGAAC
TGCCTCCTTCACAATCACTGACAGCCAGATACCTCTTGATGGACCTAACTCTATTGTGGG
AAGGGCTGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAGGCCATGAACTCAG
CTTGGCTACTGGAAACGCAGGAGGTCGTGTTGCTTGCGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTA
AGCTGTTGCTATTCGAGGAAGAGAGTGATGTAATAA**GGAGGTTCTTACCTCTAGACCT
GGCTAGTTTGTGTATCGTTTGTGTGTGGCTGTAATCATTGAGTTAGTGGCTCAATACATT
TGATTTAAGACAAAAAAA**AACAGAGCAAGCTTTTCTATTTCA*TGAATAACAGAGTTG
GTTG

QA 3 726 3 726
DS 

RD RR1GR79JQ 694 0 0
CTTCATTCATTTCCAAAAGGGGTACCCTGAGATCACAAAGGAT**ACATACTATGGGCAA
GGGAGTTGCAGTGTTGAACAGCAGCGAGGGTGTCAAGGGGACCATCTTCTTCACCCAGGA
AGGAAACGGTGCCACCACTGTGACTGGAACCGTTTCTGGCCTTAAACCTGGTCTCCATGG
TTTCCATGTCCATGCTCTTGGTGACACCACTAATGGTTGCATGTCCACCGGTCCGCATTT
CAACCCTGATGGTAAAACCCACGGTGCACCAGAGGATGCTAATCGTCATGCTGGAGATCT
AGGAAACATAACTGTTGGGGATGATGGAACTGCCTCCTTCACAATCACTGACAGCCAGAT
ACCTCTTGATGGACCTAACTTTATTGTGGGAAGGGCTGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGA
TGACCTCGGAAAGGGAGGCCATGAACTCAGCTTGGCTACTGGAAACGCAGGAGGTCGTGT
TGCTTGTGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTGTTGCTATTCGAGGAAGAGAGTGATG
TAATAA**GGAGGTTCTTACCTCTAGACCTGGCTAGTTTGTGTATCGTTTGTGTGTGGCT
GTAATCATTGAGTTAGTGGCTCAATACATTTGATTTAAGACAAAAAAAAGAACAGAGCAA
ACTTTTCTATTTCAATGAATAACAGAGTTGGTTG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1CJ13TF 731 0 0
GGACAAAGCTAAGGC
ATTAATTCAGTTCCAGGCATTTCATCTTCATTCATTTCCAAAAGGGGTACCCTGAGATCA
CAAAGGATTCACATACTATGGGCAAGGGAGTTGCAGTGTTGAACAGCAGCGAGGGTGTTA
AGGGGACCATCTTCTTCACCCAGGATGGAAACGGTGCCACCACTGTGACTGGAACTGTTT
CTGGCCTTAAACCTGGTCTCCATGGTTTCCATGTCCATGCCCTTGGTGACACCACTAATG
GTTGCATGTCCACCGGTCCGCATTTCAACCCTGATGGTAAAACCCACGGTGCACCAGAGG
ATGCTAATCGTCATGCTGGAGATCTAGGAAACATAACTGTTGGGGATGATGGAACTGCCA
CCTTCACAATCACTGACAGCCAGATACCTCTTGATGGACCTAACTCTATTGTGGGAAGGG
CTGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAGGCCATGAACTCAGCTTGG
CTACTGGAAACGCAGGAGGTCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTG
TTGCTATTCAAGGAAGGGAGTGATTTAATAAGAGGAGGTTCTTACCTCTAGACCTGGCTA
GTTTGTGTATCGTTTGTGTGTGGCTGTAATCATTGAGTTAGTGGCTCAATACATTTGATT
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AGAGGATGCTAATCGTCATGCTGGAGATTTAGGAAACATAACTGTTGGGGATGATGGAAC
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AAGGGCTGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAGGCCATGAACTCAG
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GGCTAGTTTGTGTATCGTTTGTGTGTGGCTGTAATCATTGAGTTAGTGGCTCAATACATT
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G
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GGAGGTCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTGTTGCTATTCGAGGA
AGAGAGTGATGTAATAA**GGAGGTTCTTACCTCTAGACCTGGCTAGTTTGTGTATTGTT
TGTGTGTGGCTGTAATCATTGAGTTAGTGGCTCAATACATTTGATTTAAGACAAAAAAAA
*AACAGAGCAAACTTTTCTATTTCAATGAATAACAGAGTTGGTTG

QA 2 526 2 526
DS 

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TGTCAAGGGGACCATCTTCTTCACCCAGGAAGGAAACGGTACCACCACTGTGACTGGAAC
TGTTTCTGGCCTTAAACCTGGTCTCCATGGTTTCCATGTCCATGCTCTTGGTGACACCAC
TAATGGTTGCATGTCCACCGGTCCGCATTTCAACCCTGATGGTAAAACCCACGGTGCACC
AGAGGATGCTAATCGTCATGCTGGAGATCTAGGAAACATAACTGTTGGGGATGATGGAAC
TGCCTCCTTCACAATCACTGACAGCCAGATACCTCTTGATGGACCTAACTCTATTGTGGG
AAGGGCTGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAGGCCATGAACTCAG
CTTGGCTACTGGAAACGCAGGAGGTCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTA
AGCTGTTGCTATTCGAGGAAGAGAGTGATGTAATAA**GGAGGTTTTTACCTCTAGACCT
GGCTAGTTTGTGTATCGTTTGTGTGTGGCTGTAATCATTGAGTTAGTGGCTCAATACATT
TGATTTAAGACAAAAAAAA*AACAGAGCAAACTTTTCTATTTCAATGAATAACAGAGTTG
GTTG

QA 1 664 1 664
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G
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GAACTCAGCTTGGCTACTGGAAACGCAGGAGGTCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTCTT
CAGGGCTAAGCTGTTGCTATTCAAGGAAGGGAGTGATTTAATAAGAGGAGGTTCTTACCT
CTAGACCTGGCTAGTTTGTGTATCGTTTGTGTGTGGCTGTAATCATTGAGTTAGTGGCTC
AATACATTTGATTTAAGACAAAAAAAA*AACAGAGCAAACTTTTCTATTTCAATGAATAA
CAGAGTTGGTTGAAAAC

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DS 



AS 2 7

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GTTTGTTGTAATACACTCTCCTCACTGATCCTCCTGCTGCTTCCACCACTTCCTTGGCCC
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CCATTAGTCTCACTCCGTCTTCTATTTGCTTCCCTATGGCTCCCACATCCTTGAGCGTCT
TCATAGTGATCAACTCATGGGAATCAATCTCCCCAGCGTTTATGAGTTTAGCGATCTTTC
CAAGACCAACCGGCTGGAAATGAAGCTTAAACTTGTTCTTGAAGCCACGTTTGGGCAAAC
GACGTCGTAGCGGAGTCTGCCCACCTTCGAAACCAAACTTCATCGTCCCTCTCGCCTTCT
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TCGTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO84TF C 27
AF RR1CT80JQ U 0
AF RR1DU39JQ U 0
AF RR1DU39TF C 1
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TGCTTCCCTATGGC
C

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DS 

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QA 18 695 18 695
DS 

RD RR1DU39TF 728 0 0
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CTGGCAATAGTCTTCCTTTCTTCGCAAACCATTCCGGTTTAAGCAATGCTCTCAAGCCCA
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GCCCCTTGTGACCTCTCCCCGCAGTTTTACCTTTACCAGACCCAATACCTCTTCCTTTCC
TCGTCTTG

QA 1 728 1 728
DS 



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GACGGAACTCTTCTTCCCGCGAAGGTAGGAGGAGCTTGAGTCAGGATCGGAGATCGACGG
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TCGATTTCGATTTGAGATCTTCTCC


BQ
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G640JQ U 1
AF RR1EO35JQ U 1
AF RR1EO35TF C 315
BS 1 65 RR1EO35JQ
BS 66 66 RR1G640JQ
BS 67 251 RR1EO35JQ
BS 252 252 RR1G640JQ
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BS 758 758 RR1EO35TF
BS 759 797 RR1EO35JQ
BS 798 1045 RR1EO35TF

RD RR1G640JQ 605 0 0
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TGTGAATCTATCTCCCCAGCGTTTATGAGTTTAGCGATCTTCCCCAAACCAACCGGC
CGAAAATG

QA 1 597 1 597
DS 

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ACCATTCTCAATTTTTGTTCTTGTAAGAACAAGACCAAGAAACAACACGAACAACTTAAA
CCAAAACATCAAAAGTTAAAAAAAAATAACCGAAATCATGATTCAACAGGAGACTCAACT
TTGTTTTCCTCAGCTGCATAGAAAGGGATGGGTTTCTTCGGAGCAGGAAGACGTCCGATG
CTATCGACCCTGTCTTGTTGCTTAGGAGGCGGTCTGGCTGCTTTTGGCAATAGCCTTCCT
TTCTTCTCAAACCATTCCGGTCGAAGTAATGCCCTCAACCCCAATTTGTTGTAATACACT
CTTCTCACCGATCCTCCTGCTGCTTCCACCACCTCCTTGGCCCTAACTGTCACTCTCGAA
ACCTCGAAATGAAGTGGCCATTTGATCTCATCAGCACCACGACCCATCAGTCTCACTCCG
TCTTCTATTTGCTTTCCGATAGCTCCCACATCCTTGAGCGTTTTCATCGTGATCAACTCA
TGTGAATCTATCTGCCCGGCGTTTATGAGTTTAGCGATCTTCCCCAAACCAACCGGCTGA
AAATGGAGCTTAAACTTGTTCTTGAAGCCACGTTTAGGCAAACGGCGTCGTAAAGGAGTC
TGCCCACCTTCGAAACCGAACTTCATCGTCCCTCTCGCCTTCTGCCCCTTGTGACCTCTC
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GGCACATTGTCTCTCAG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1EO35TF 731 0 0
TTCCGGTCGAAGT
AATGCCCTCAACCCCAATTTGTTGTAATACACTCTTCTCACCGATCCTC*TGCTGCTTCC
ACCACCTCCTTGGCCCTAACTGTCACTCTCGAAACCTCGAAATGAAGTGGCCATTTGATC
TCATCAGCACCACGACCCATCAGTCTCACTCCGTCTTCTATTTGCTTTCCGATAGCTCCC
ACATCCTTGAGCGTTTTCATCGTGATCAACTCATGTGAATCTATCTGCCCGGCGTTTATG
AGTTTAGCGATCTTCCCCAAACCAACCGGCTGAAAATGGAGCTTAAACTTGTTCTTGAAG
CCACGTTTAGGCAAACGGCGTCGTAAAGGAGTCTGCCCACCTTCGAAACCGAACTTCATC
GTCCCTCTCGCCTTCTGCCCCTTGTGACCTCTCCCCGCCGTTTTGCCTTTCCCAGACCCG
ATACCTCTTCCTTTCCTCGTCTTCAGCTTTCTCGGCACATTGTCTCTCAGATCGTTCAGG
CTCAGCAAACTGTAAGCCCTGATCCCCTCGAACGACGGAACTCTTCTTCCCGCGAAGGTA
GGAGGAGCTTGAGTCAGGATCGGAGATCGACGGCATTGAAGAAGCGGCGAAGAGACGATG
AATCTGGGCTTGGCGGAGTGATGAAATGGAGAATTGATGAGAGACGATGAAATGATCGAA
GAGATTCTTCTTCTGATCATCTTTTTTCGATTTTCGATTTCGATTTGAGATCTTCTCC

QA 14 731 14 731
DS 



AS 2 11

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AGAGAAGAAGCTGTCGAACCCTATGAGGGACATCAAGGTTCAGAAGCTCGTTCTCAACAT
CTCTGTTGGTGAGAGCGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCTCAG
TGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCTTTCGGAATCAGGCG
TAACGAGAAGATTGCTTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCGATGCAGCTTCTCGA
GAGCGGCTTGAAAGTCAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGCTG
CTTTGGGTTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGAATCAAGTACGATCCTTCCACCGG
TATCTATGGAATGGACTTCTACGTTGTTCTTGAACGTCCTGGGTACCGTGTTGCACGTCG
CCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCCATGAA
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AAGAAGTTTGTTTCTATTTTGTTTTGTTTTGTGGTGTTAGCCTCTCTCTCTC**AGACCA
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CCAGCATGAACCAATTTTTGGAGGTTATCGTTATCAATTTCAAACAATCTCTCTGCTTTA
AAC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B308TF U 1
AF RR1B308JQ C 458
AF RR1F180TF U 19
AF RR1DK90TF U 2
AF RR1DK90JQ C 194
AF RR1D216TF U 41
AF RR1AO37JQ C 3
AF RR1AO37TF U 3
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BS 176 273 RR1B308TF
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AGAGAAGAAGCTGTCGAACCCTATGAGGGACATCAAGGTTCAGAAGCTCGTTCTCAACAT
CTCTGTTGGTGAGAGCGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAACTCAG
TGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCTTTCGGAATCAGGCG
TAACGAGAAGATTGCTTGCTACGTCACCGTGAG

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DS 

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AAGTCTCAGAACA

QA 1 133 1 133
DS 

RD RR1F180TF 667 0 0
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CCCTATGAGGGACATCAAGGTTCAGAAGCTCGTTCTCAACATCTCTGTTGGTGAGAGCGG
TGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAACTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTT
CTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCTTTCGGAATCAGGCGTAACGAGAAGATTGCTTG
CTGCGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCGATGCAGCTTCTCGAGAGCGGCTTGAAAGTCAA
GGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGCTGCTTTGGGTTCGGTATCCA
GGAGCACATTGATCTTGGAATCAAGTACGATCCTTCCACCTGTATCTATGGAATGGACTT
CTACGTTGTTCTTGAACGTCCTGGGTACCGTGTCGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCG
CGTTGGGATTCAACATAGAGTTACGAAGGATGATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTA
CGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACTGGTTGAAGAAGTTTGTTTCTATT
TTGTTTTGTTTTGTGGTGTTAGCCTCTCTCTCTC**AGACCATCGCTGTTGGGATCTCTT
GTTTTTT

QA 1 667 1 667
DS 

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GGC
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GTTGGTGGGAGCGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCTCAGTGGT
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GGCTTGAAAGTCAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGCTGCTTT
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TATGGAATGGACTTCTACGTTGTTCTTGAACGTCCTGGGTACCGTGTTGCACGTCGCCGT
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TTCCAAGTTAAGTACGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACTGGCTGAAGA
AGTTTGTTTCTATTTTGTTTTGTTTTGTGGTGTTAGCCTCTCTCTCTC**AGACCATCGC
TGTTGGGATCTCTTGTTTTTTT*****GTACTTCAGTTGGTTTAGAATCTACGTATCCAG
CATGAACC
CA

QA 4 731 4 731
DS 

RD RR1DK90JQ 573 0 0
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GACTTCTACGTTGTTCTTGAACGTCCTGGGTACCGTGTTGCACGTCGCCGTAGGTGCAAG
ACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTT
AAGTACGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACTGGCTGAAGAAGTTTGTTT
CTATTTTGTTTTGTTTTGTGGTGTTAGCCTCTCTCTCTC**AGACCATCGCTGTTGGGAT
CTCTTGTTTTTTTT****GTACTTCAGTTGGTTTAGAATCTACGTATCCAGCATGAACCC
ATTTTTGGAGGTTATCGTTATCAATTTCAAA
AA

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1D216TF 702 0 0
GG
AATCGCAAAGATGGCGTCAGAGAAGAAGCTGTCGAACCCTATGAGGGACATCAAGGTTCA
GAAGCTCGTTCTCAACATCTCTGTTGGTGAGAGCGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAA
GGTGTTGGAACAACTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAG
GTCTTTCGGAATCAGGCGTAACGAGAAGATTGCTTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAA
GGCGATGCAGCTTCTCGAGAGCGGCTTGAAAGTCAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAA
CTTCAGTGACACTGGCTGCTTTGGGTTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGAATCAA
GTACGATCCTTCCACCGGTATCTATGGAATGGACTTCTACGTTGTTCTTGAACGTCCTGG
GTACCGTGTCGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTAC
GAAGGATGATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTACGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTC
TCAGAACATCACTGGTTGAAGAAGTTTGTTTCTATTTTGTTTTGTTTTGTGGTGTTAGCC
TCTCTCTCTCTCAGACCATCGCTGTTGGGATCTCTTGTTTTTTTTTTTTGTACTTCAGTT
GGTTTAGAATCTACGTATCCAGCATGAACCAATTTTTGGA

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DS 

RD RR1AO37JQ 781 0 0
GG
ACTCTTCTTTGCTCACCTCCCTCAATTTTGAATCCCTTAATCGCAAAGATGGCGTCAGAG
AAGAAGCTGTCGAACCCTATGAGGGACATCAAGGTTCAGAAGCTCGTTCTCAACATCTCT
GTTGGTGAGAGCGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCTCAGTGGT
CAAACCCCTGTCTTCTCCGAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCTTTCGGAATCAGGCGTAAC
GAGAAGATTGCTTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCGATGCAGCTTCTCGAGAGC
GGCTTGAAAGTCAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGCTGCTTT
GGGTTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGAATCAAGTACGATCCTTCCACCGGTATC
TATGGAATGGACTTCTACGTTGTTCTTGAACGTCCTGGGTACCGTGTTGCACGTCGCCGT
AGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCCATGAAGTGG
TTCCAAGTTAAGTACGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACTGGCTGAAGA
AGTTTGGTTCTATTTTGTTTTGTTTTGTGGTGTTAGCCTCTCTCTCTC**AGACCATCGC
TGTTGGGATCTCTTGTTTTTTTT****GTACTTCAGTTGGTTTAGAATCTACGTATCCAG
CATGAACCAATTTTTGGAGGTTATCGTTATCAATTTCAAACAATCTCTCTGCTTTAAAC

QA 3 781 3 781
DS 

RD RR1AO37TF 781 0 0
GG
ACTCTTCTTTGCTCACCTCCCTCAATTTTGAATCCCTTAATCGCAAAGATGGCGTCAGAG
AAGAAGCTGTCGAACCCTATGAGGGACATCAAGGTTCAGAAGCTCGTTCTCAACATCTCT
GTTGGTGAGAGCGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCTCAGTGGT
CAAACCCCTGTCTTCTCCGAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCTTTCGGAATCAGGCGTAAC
GAGAAGATTGCTTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCGATGCAGCTTCTCGAGAGC
GGCTTGAAAGTCAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGCTGCTTT
GGGTTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGAATCAAGTACGATCCTTCCACCGGTATC
TATGGAATGGACTTCTACGTTGTTCTTGAACGTCCTGGGTACCGTGTTGCACGTCGCCGT
AGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCCATGAAGTGG
TTCCAAGTTAAGTACGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACTGGCTGAAGA
AGTTTGGTTCTATTTTGTTTTGTTTTGTGGTGTTAGCCTCTCTCTCTC**AGACCATCGC
TGTTGGGATCTCTTGTTTTTTTT****GTACTTCAGTTGGTTTAGAATCTACGTATCCAG
CATGAACCAATTTTTGGAGGTTATCGTTATCAATTTCAAACAATCTCTCTGCTTTAAAC

QA 3 781 3 781
DS 



CO CL200Contig2 787 3 28 U
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TCTCGCATCCCTGAATCCTGAGATGGCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGA
TATCAAGGTTCAGAAGCTCGTCCTTAACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCAC
CCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCAAG
GTACACTGTGAGGTCATTCGGTATTAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGT
GAGAGGAGACAGGGCAATGCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCT
GTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGCTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGA
TCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCTACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTTGTTCT
TGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCA
ACATAGGGTTACAAAGGATGATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTAT
CCTCAACAAGTCTCAGAACATCACTGGTTGAAGAGTTTTGTTTTGTTTTGTCGTGTTT*G
GCTCTGTTTAAGTTGTTATAATTTGCGATTCTGGATGATGATAAGGCTTTCTTGTTGTGG
TAGAATCCTTTTAAGTACTCTCGAGATATGAACAATTTTTGGAGGTTATCGTTTTCAGTT
TAAACTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV16TF U 1
AF RR1BQ64TF U 21
AF RR1BQ64JQ C 82
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GCTCTGTTT
CAAGTTGTT

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DS 

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GG
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ATTAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAGGGCAATGCAG
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TCTACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAGCGTCCTGGATACCGTGTT
GCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGGGTTACAAAGGATGAT
GCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATC
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GAGATATGAACAATTTTTGGAG**TATCGTTTTCAGTTTAAACTC

QA 3 767 3 767
DS 

RD RR1BQ64JQ 702 0 0
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TGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGGGTTACAAAGGATGA
TGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACAT
CACTGGTTGAAGAGTTTTGTTTTGTTTTGTCGTGTTT*GGCTCTGTTTAAGTTGTTATAA
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CGAGATATGAACAATTTTTGGAGGTTATCGTTTTCAGTTT
TA

QA 1 700 1 700
DS 



AS 3 12

CO CL201Contig1 1175 4 17 U
GGCCCACAAAGATCCCTGTTTCGCAGCAGCATCGCAAGGATTATTCACACACTCTCTCCT
AATGATTTTCTGAATCGTAACTCATCTGTTCTACTCTCGCATCACCTCATGGGTTTCATC
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GTCACCGAGATTGGCGATGAGACTTTCATAATAGCGGCACTGATGGCTATGAGACACCCG
AAAGCTACTGTTTTGTCTGGTGCTCTTTCAGCTTTGTTTGTTATGACCATACTTTCCACT
GGACTTGGTAGGATTGTGCCAAACTTGATTTCGAGGAAGCACACTAATAGCGCTGCTACA
GTTCTCTATGCATTTTTTGGTCTACGACTTCTCTACATTGCTTGGAGGTCATCTGATTCA
AAGTCGAATCAGAAGAAGGAAATGGAGGAAGTTGAGGAGAAGCTTGAGTCAGGCCAAGGG
AAGACACCCTTCCGTCGCTTTTTCTCAAGATTTTGTACCCCAATATTTCTAGAGTCCT*C
ATCTTAACCTTTCTAGCCGAATGGGGAGACCGTAGCCAGATTGCAACAATAGCTTTGGCG
ACGCACAAGAACGCTATAGGAGTGGCGATAGGGGCATCAGTAGGACACACAATTTGTACA
TCGCTGGCGGTTGTAGGAGGAAGCATGTTGGCTTCAAGGATCTCACAACGCACGGTCGCT
ACTGTTGGGGGCTTACTCTTCCTCGGCTTTTCAGTCTCTTCCTATTTCTACCCTCCACTG
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GAAATGTTGAGTTTTAGAGACATCTCTAGTAAAAGTATCTCTGTATAATTTTTCCCCTTT
GATTGTTGTATGGGTTCAATGGCGAAACCAAAGTAATCTAAAGCCAATGTTTTTGCTTCA
AGTGTAACGAAACTAATTAAGGGTGTGATTTACCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E415TF U 6
AF RR1BF13TF U 1
AF RR1BF13JQ C 348
AF RR1A176JQ C 559
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GG
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C

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AAAGCTACTGTTTTGTCTGGTGCTCTTTCAGCTTTGTTTGTTATGACCATACTTTCCACT
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AAGACACCCTTCCGTCGCTTTTTCTCAAGATTTTGTACCCCAATATTTCTAGAGTCCT*C
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DS 

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TCTAGAGTCCT*CATCTTAACCTTTCTAGCCGAATGGGGAGACCGTAGCCAGATTGCAAC
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CACAATTTGTACATCGCTGGCGGTTGTAGGAGGAAGCATGTTGGCTTCAAGGATCTCACA
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CTACCCTCCACTGTAGTTGTTTTGCACTATGCTACATTTCTGCATCCTAAATGTCCTTCT
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TGTTTTTGCT
CC

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DS 

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TCGGCTTTTCAGTCTCTTCCTATTTCTACCCTCCACTGTAGTTGTTTTGCACTATGCTAC
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GTGTGATTTACCC

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DS 



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AAGGGGAAAAATTATACAGAGAGATATTTTTACTTGAGATGTCTCTAAAACTCACTTTTC
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AGCGACCGTGCGTTGTGAGATCCTTGAAGCCAACATGCTTCCTCCTACAACCGCCAGCGA
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CGCCAAAGCTATAGTTGCAATCTGGCTACGGTCTCCCCATTCGGCTAGAAAGGTTAAGAT
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AATCCGTTTCAATTTCTAAATCTGAGAAAGTATCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG89JQ U 1
AF RR1EL52JQ U 1
AF RR1BQ22JQ U 1
AF RR1DG89TF C 342
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GG
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QA 3 652 3 652
DS 

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AA
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DS 

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GCAAGCAAAGGAAAGAAGCACATTTAGAATGCAGAAATGTAGCATAGTGCAAAACAACTA
CAGTGGAGGGTAGAAATAGGAAGAGACTGAAAAGCCGAGGAAGAGTAAGCCCCCAACAGT
AGCGACCGTGCGTTGTGAGATCCTTGAAGCCAACATGCTTCCTTCTACAACCGCCAGCGA
TGTACAAATTGTGTGTCCTACTGATGCCCCTATCGCCACTCCTATAGCGTTCTTGTGCGT
CGCCAAAGCTATTGTTGCAATCTGGCTACGGTCTCCCCATTCGGCTAGAAAGGTTAAGAT
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CCCTTGGCCTGACTCAAGCTTCTCCTCAACTTCCTCCATTTCCTTCTTTTGATTCGACTT
TGAATCAGATGACCTCCAAGCAATGTAGAGAAGTCGTAGACCAAAAAATGCATAGAGAAC
TGTAGCAGCGCTATTAGTGTGCTTCCTCGAAATCAAGTTTGGCACAATCCTACCAAGTCC
AGTGGAAAGTATGGTCATAACAAACAAAGCTGAAAGAGCACCAGACAAAACAGTAGCTTT
CGGGTGTCTCATAGCCATCAGTGCCGCTATTATGAAAGTCTCATCGCCAATCTCGGTGAC
AAGTATCATGGAG

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1DG89TF 774 0 0
CTATAGCGTTCTTGTGCGTCGCCAAAGCTATAGTTGCAATCTGGCTACGGTCTCCCCATT
CGGCTAGAAAGGTTAAGATGAAGGACTCTAGAAA*ATTGGGGTACAAAATCTTGAGAAAA
AGCGACGGAAGGGTGTCTTCCCTTGGC*TGACTCAAGCTTCTCCTCAACTTCCTCCATTT
CTTTCTTCTGATTCGACTTTGAATCAGATGACCTCCAAGCAATGTAGAGAAGTCGTAGAC
CAAAAAATGCATAGAGAACTGTAGCAGCGCTATTGGTGTGCTTCCTCGAAATCAAGTTTG
GCACAATCCTACCAAGGCCAGTGGAAAGTATGGTCATAACAAACAAAGCTGAAAGAGCAC
CAGACAAAACAGTAGCTTTGGGGTGTCGCATAGCCATCAGTGCCGCTATTATGAAAGTCT
CATCGCCAATCTCGGTGACAAGTATCATGGAGAAACTCGAAAACAAAGCATCAAAGACAC
CAGGGCCAGTGCCTTCGAGGTTGTTCAAACCAAGATCGTCACCAGCAGCATCAACTCCGA
TTCGATCAGTGCCAATCATTCCACGACGACCAAGCTCTTTACCAGATCGTTCAGATTCCT
GCGTCTCATTATCAACCCCAGAATCCTGCGCAGAGATGGCGGAAATGAAGATGAAGAAGA
AGACGAGAAGCAGGCGGCGGGTGATGAGACCCATGAGGTGATATGCGAGAGTAGAACAGA
TCTGTGATTGACGACGACGAATCCGTTTCAATTTCTAAATCTGAGAAAGTATCC

QA 1 774 1 774
DS 



CO CL201Contig3 621 4 2 U
GGATTCTTTCTCAGATTTAGAAATTGAAACGTATTCGTCGGTCAATCACAGATCTGTTCT
ACTCTCGCATCACCTCATGGGTTTCATCACCCGCCGCCTGCTTCTCGTCTTCTTCTTCTT
CATCTTCATTTCCGCCATCTCTGCGCAGGATTCTTCTGGGGTTGATAATGAGACGCAGGA
ATCTGAACGATCTGGTAAAGAGCTTGGCCGTCGTGGAATGATTGGCACTGATCGAATCGG
AGTTGATGACAATCTTGGTTTGAACAACCTCGAAGGCACTGGCCCTGGTGTCTTTGATGC
TTTGTTTTCGAGTTTCTCCATGATACTTGTCACCGAGATTGGCGATGAGACTTTCATAAT
AGCGGCACTGATGGCTATGAGACACCCGAAAGCTACTGTTTTGTCTGGTGCTCTTTCAGC
TTTGTTTGTTATGACCATACTTTCCACTGGACTTGG*TAGGATTGTGCCAAACTTGATTT
CGAGGAAGCACACTAATAGCGCTGCTACAGTTCTCTATGCATTTTTTGGTCTACGACTTC
TCTACATTGCTTGGAGGTCATCTGATTCAAAGTCGAATCAAAAGAAGGAAATGGAGGAAG
TTGAGGAGAAGCTTGAGTCAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1A176TF U 135
AF RR1EL52TF U 1
AF RR1BQ22TF U 1
AF RR1E553TF U 1
BS 1 619 RR1BQ22TF
BS 620 621 RR1E553TF

RD RR1A176TF 457 0 0
CCATCTCTGCGCAGGATTCTTCTGGGGTTGATAATGAGACGCAGGAATCTGAACGATCTG
GTAAAGAGCTTGGCCGTCGTGGAATGATTGGCACTGATCGAATCGGAGTTGATGACAATC
TTGGTTTGAACAACCTCGAAGGCACTGGCCCTGGTGTCTTTGATGCTTTGTTTTCGAGTT
TCTCCATGATACTTGTCACCGAGATTGGCGATGAGACTTTCATAATAGCGGCACTGATGG
CTATGAGACACCCGAAAGCTACTGTTTTGTCTGGTGCTCTTTCAGCTTTGTTTGTTATGA
CCATACTTTCCACTGGACTTGGGTAGGATTGTGCCAAACTTGATTTCGAGGAAGCACACT
AATAGCGCTGCTACAGTCC*CTATGCATTTTTTGGCCTACGACTTCTCTAC*TTGCTTGG
AGGTCATCTGATTCAAAGTCGAATCAGAAGAAG
AAAT

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1EL52TF 582 0 0
GGATTCTTTCTCAGATTTAGAAATTGAAACGTATTCGTCGGTCAATCACAGATCTGTTCT
ACTCTCGCATCACCTCATGGGTTTCATCACCCGCCGCCTGCTTCTTGTCTTCTTCTTCTT
CACCTTCATTTCCGCCATCTCTGCGCAGGATTCTTCTGGGGTTGATAATGAGACGCAGGA
ATCTGAACGATCTGGTAAAGAGCTTGGCCGTCGTGGAATGATTGGCACTGATCGAATCGG
AGTTGATGACAATCTTGGTTTGAACAACCTCGAAGGCACTGGCCCTGGTGTCTTTGATGC
TTTGTTTTCGAGTTTCTCCATGATACTTGTCACCGAGATTGGCGATGAGACTTTCATAAT
AGCGGCACTGATGGCTATGAGACACCCGAAAGCTACTGTTTTGTCTGGTGCTCTTTCAGC
TTTGTTTGTTATGACCATACTTTCCACTGGACTTGG*TAGGATTGTGCCAAACTTGATTT
CGAGGAAGCACACTAATAGCGCTGCTACAGTTCTCTATGCATTTTTTGGTCTACGACTTC
TCTACATTGCTTGGAGGTCATCTGATTCAAAGTCGAATCAAA

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1BQ22TF 619 0 0
GGATTCTTTCTCAGATTTAGAAATTGAAACGTATTCGTCGGTCAATCACAGATCTGTTCT
ACTCTCGCATCACCTCATGGGTTTCATCACCCGCCGCCTGCTTCTCGTCTTCTTCTTCTT
CATCTTCATTTCCGCCATCTCTGCGCAGGATTCTTCTGGGGTTGATAATGAGACGCAGGA
ATCTGAACGATCTGGTAAAGAGCTTGGCCGTCGTGGAATGATTGGCACTGATCGAATCGG
AGTTGATGACAATCTTGGTTTGAACAACCTCGAAGGCACTGGCCCTGGTGTCTTTGATGC
TTTGTTTTCGAGTTTCTCCATGATACTTGTCACCGAGATTGGCGATGAGACTTTCATAAT
AGCGGCACTGATGGCTATGAGACACCCGAAAGCTACTGTTTTGTCTGGTGCTCTTTCAGC
TTTGTTTGTTATGACCATACTTTCCACTGGACTTGG*TAGGATTGTGCCAAACTTGATTT
CGAGGAAGCACACTAATAGCGCTGCTACAGTTCTCTATGCATTTTTTGGTCTACGACTTC
TCTACATTGCTTGGAGGTCATCTGATTCAAAGTCGAATCAAAAGAAGGAAATGGAGGAAG
TTGAGGAGAAGCTTGAGTC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1E553TF 621 0 0
GGATTCTTTCTCAGATTTAGAAATTGAAACGTATTCGTCGGTCAATCACAGATCTGTTCT
ACTCTCGCATCACCTCATGGGTTTCATCACCCGCCGCCTGCTTCTCGTCTTCTTCTTCTT
CATCTTCATTTCCGCCATCTCTGCGCAGGATTCTTCTGGGGTTGATAATGAGACGCAGGA
ATCTGAACGATCTGGTAAAGAGCTTGGCCGTCGTGGAATGATTGGCACTGATCGAATCGG
AGTTGATGACAATCTTGGTTTGAACAACCTCGAAGGCACTGGCCCTGGTGTCTTTGATGC
TTTGTTTTCGAGTTTCTCCATGATACTTGTCACCGAGATTGGCGATGAGACTTTCATAAT
AGCGGCACTGATGGCTATGAGACACCCGAAAGCTACTGTTTTGTCTGGTGCTCTTTCAGC
TTTGTTTGTTATGACCATACTTTCCACTGGACTTGG*TAGGATTGTGCCAAACTTGATTT
GGAGGAAGCACACTAATAGCGCTGCTACAGTTCTCTATGCATTTTTTGGTCTACGACTTC
TCTACATTGCTTGGAGGTCATCTGATTCAAAGTCGAATCAAAAGAAGGAAATGGAGGAAG
TTGAGGAGAAGCTTGAGTCAG

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 9

CO CL202Contig1 1014 9 25 U
GGGGCAACAAAGTTTCGTATAAAAGAAGACATAAATTTCGCTGGTTCCTCCTTTGTCTGA
GGTAACCAGAAAAAAAAAACTCATTGTCAAATTTCTTTTCTTTTTTTTCCTTTTGTGGGG
TTCCTTCTTTAATTGCTTCCTCAGACGAGCTCTTGATCTGGTTCACTTATTAGGATCCTG
GAGAGGAGGAAACAACAAACAAAAAAAAACCCCAAAAAAGAAAGAGAGAGAGAAAACAAA
AAAGAATGTCTTTCACAGGAACTACTGACAAATGCAATGCTTGCGATAAGACAGTCTATG
TGATGGACATGTTGTCCATTGAAGGAATGCCTTACCACAAGTCTTGCTTCAAATGCACCC
ATTGCAAAGGCACCCTTGTGATGAGCAACTATTCATCCATGGACGGAGTCTTGTACTGCA
AGACTCATTTTGAGCAACTCTTCAAGGAATCTGGCAATTTCAGCAAAAATTTCCAACCAG
GAAAAACTGAGAAGCCGGAGCAGAATAAGACTCCAAGCAAGATATCTTCAATCTTCTGTG
GAACACAAGACAAGTGTGCTGCTTGTGAGAAAACTGTTTACCCTCTTGAAAAGGTGCAAA
TGGAAGGAGAATGCTTCCACAAGACATGTTTCAAGTGCGCTCACGGTGGCTGCACGCTGA
CTCATTCCTCGTACGCTTCCCTGG*ATGGCGTTCTCTATTGCCGGCATCACTTTAACCAA
CTCTTCCTCGAGAAAGGCAACTACGCTCACGTTCTCCAAGCAGCCAACCACCGTCGCACG
GCCTCAGGCAACACTCTTCCTCCGGAGACCACTGAAGAGGTAGCCGTCGAAGCCAAAGAA
GAGAACGACGTTTCAGAGTCTTGAAAACAAAAATATCTTCCGTTGATCAGTTTGTGAGTG
ATTTGAATTCAATGTTGCGACCAAAGATTTGATTTAATTTGTAATGAGTTATTGTTTCCA
TATGGACATTATTTAATATTTTGTTTTCGTTATTTATACATAATTCACACAGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GM59TF U 115
AF RR1EZ37TF U 1
AF RR1D041TF U 53
AF RR1A954TF U 53
AF RR1A954JQ C 111
AF RR1EJ35JQ C 824
AF RR1GW40TF U 528
AF RR1D041JQ C 307
AF RR1EZ37JQ C 426
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BS 1009 1014 RR1EZ37JQ

RD RR1GM59TF 489 0 0
GTGGGGTTCCTTCTTTAATTGCTTCCTCAGACGAGCTCTTGATCTGATTCACTTATTAGG
ATCCTGGAGAGGAGGAAACAACAAACAAAAAAAAACCCCAAAAAAGAAAGAGAGAGAGAA
AACAAAAAAGAATGTCTTTCACAGGAACTACTGACAAATGCAATGCTTGCGATAAGACAG
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GCACCCATTGCAAAGGCACCCTTGTGATGAGCAACTATTCATCCATGGACGGAGTCTTGT
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AACCAGGAAAAACTGAGAAGCCGGAGCAGAATAAGACTCCAAGCAAGATATCTTCAATCT
TCTGTGGAACACAAGACAAGTGTGCTGCTTGTGAGAAAACTGTTTACCCTCTTGAAAAGG
TGCAAATGG

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TGATGGACATGTTGTCCATTGAAGGAATGCCTTACCACAAGTCTTGCTTCAAATGCACCC
ATTGCAAAGGCACCCTTGTGATGAGCAACTATTCATCCGTGGACGGAGTCTTGTACTGCA
AGACTCATTTTGAGCAACTCTTCAAGGAATCTGGCAATTTCAGCAAAAATTTCCAACCAG
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GAACACAAGACAAGTGTGCTGCTTGTGAGAAAACTGTTTACCCTCTTGAAAAGGTGCAAA
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CTCATTCCTCGTA

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DS 

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GG
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TCTATGTGATGGACATGTTGTCCATTGAAGGAATGCCTTACCACAGGTCTTGCTTCAAAT
GCACCCATTGCAAAGGCACCCTTGTGATGAGCAACTATTCATCCATGGACGGAGTCTTGT
ACTGCAAGACTCATTTTGAGCAACTCTTCAAGGAATCTGGCAATTTCAGCAAAAATTTCC
AACCAGGAAAAACTGAGAAGCCGGAGCAGAATAAGACTCCAAGCAAGATATCTTCAATCT
TCTGTGGAACACAAGACAAGTGTGCTGCTTGTGAGAAAACTGTTTACCCTCTTGAAAAGG
TGCAAATGGAAGGAGAATGCTTCCACAAGACATGTTTCAAGTGCGCTCACGGTGGCTGCA
CGCTGACTCATTCCTCGTACGCTTCCCTGG*ATGGCGTTCTCTATTGCCGGCATCAC

QA 3 659 3 659
DS 

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GG
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GTGGGGTTCCTTCTTTAATTGCTTCCTCAGACGAGCTCTTGATCTGGTTCACTTATTAGG
ATCCTGGAGAGGAGGAAACAACAAACAAAAAAA**CCCCAAAAAAGAAAGAGAGAGAGAA
AACAAAAAAGAATGTCTTTCACAGGAACTACTGACAAATGCAATGCTTGCGATAAGACAG
TCTATGTGATGGACATGTTGTCCATTGAGGGAATGCCTTACCACAAGTCTTGCTTCAAAT
GCACCCATTGCAAAGGCACCCTTGTGATGAGCAACTATTCATCCATGGACGGAGTCTTGT
ACTGCAAGACTCATTTTGAGCAACTCTTCAAGGAATCTGGCAATTTCAGCAAAAATTTCC
AACCAGGAAAAACTGAGAAGCCGGAGCAGAATAAGACTCCAAGCAAGATATCTTCAATCT
TCTGTGGAACACAAGACAAGTGTGCTGCTTGTGAGAAAACTGTTTACCCTCTTGAAAAGG
TGCAAATGGAAGGAGAATGCTTCCACAAGACATGTTTCAAGTGCGCTCACGGTGGCTGCA
CGCTGACTCATTCCTCGTACGCTTCCCTGGGATGGCGTTCTCTATTGCCGGCATCACTTT
AACCAACTCTTCCTCGAGAAAGGCAACTACGCTCACGTTCTCCAAGCAGCCAACCACCGT
CGCACGGCCTCAG*CAACACTCTTCCTCCGGAGACCACTGA*GAGGTAGCCGTCGA*GCC
AAAGA*GAGAACGACGTTTCAGAGTCTTGAAA
CAAAATA

QA 3 814 3 814
DS 

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C
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AGGATCCTGGAGAGGAGGAAACAACAAACAAAAAAA**CCCCAAAAAAGAAAGAGAGAGA
GAAAACAAAAAAGAATGTCTTTCACAGGAACTACTGACAAATGCAATGCTTGCGATAAGA
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AATGCACCCATTGCAAAGGCACCCTTGTGATGAGCAACTATTCATCCATGGACGGAGTCT
TGTACTGCAAGACTCATTTTGAGCAACTCTTCAAGGAATCTGGCAATTTCAGCAAAAATT
TCCAACCAGGAAAAACTGAGAAGCCGGAGCAGAATAAGACTCCAAGCAAGATATCTTCAA
TCTTCTGTGGAACACAAGACAAGTGTGCTGCTTGTGAGAAAACTGTTTACCCTCTTGAAA
AGGTGCAAATGGAAGGAGAATGCTTCCACAAGACATGTTTCAAGTGCGCTCACGGTGGCT
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G
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TTATTGTTTCCATATGGACATTATT

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DS 

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ATTTTGAGCAACTCTTCAAGGAATCTGGCAATTTCAGCAAAAATTTCCAACCAGGAAAAA
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AAGACAAGTGTGCTGCTTGTGAGAAAACTGTTTACCCTCTTGAAAAGGTGCAAATGGAAG
GAGAATGCTTCCACAAGACATGTTTCAAGTGCGCTCACGGTGGCTGCACGCTGACTCATT
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GC

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DS 

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GGAGAATGCTTCCACAAGACATGTTTCAAGTGCGCTCACGGTGGCTGCACGCTGACTCAT
TCCTCGTACGCTTCCCTGG*ATGGCGTTCTCTATTGCCGGCATCACTTTAACCAACTCTT
CCTCGAGAAAGGCAACTACGCTCACGTTTTCCAAGCAGCCAACCACCGTCGCACGGCCTC
AGGCAACACTCTTCCTCCGGAGACCACTGAAGAGGTAGCCGTCGAAGCCAAAGAAGAGAA
CGACGTTTCAGAGTCTTGAAAACAAAAATATCTTCCGTTGATCAGTTTGTGAGTGATTTG
AATTCAATGTTTCGACCAAAGATTTGATTTAATTTGTAATGAGTTATTGTTTCCATATGG
ACATTATTTAATATTTTGTTTTCGTTATTTATACATAATTCACACAGCA

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DS 



AS 2 12

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AAGATCTTGGAGCAAAGCCTTGGTGACTTTGACGGCAATACCACGGATGAACCAAGAAAC
CGGTGGCACATTAAGAAGCGAAGATGGCTGAAATATATGCTCCATTGTCACCTTTGACCC
AATCCTTCCCTTGCTGCCGCTACATTTTTTGTACTCTTCTTCACTAATCGGGGACCTAGA
TTTGCACAACCGTTTCTGATCTACGTACAGTGGCTCTATTTTCCAGCTACCCTCAAACAC
TTTCATGTGCATCACTTTCACTTTCTTATATGTTGCTGTAACTTTTTGATGGTTTTCATC
GATAATTAGATGTATTGGGATAGTCCCATTATACCCAAGTATCTTCCATCTCAAAACCTT
TTCCACTTCCGTGATCTGCCTTGGTCCATCCTTGTTTAAAACCTTTGTTGCTAATGTGTC
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TGGATCAGTGAACAACTCGAAGACGGCTTGAGGAGGAGATCCCAATGTGAAATCTATGTT
TAAATGGCAAATGCCGTTTTTTGTTTTCACCTTCACCTTAGCAGGTGCATCGTTCCATGG
ATGTTTTTTATATTCAGAATTCCAAAGATTGTTTTGCCTCGCCAGTTCTTTCAAGTCATA
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GGCCTTTTCTTTAGGGGTTAAATCAGGATCCCAATACCATGGTCCCTGAATATACCTATC
TTCTTCTGAAACTGAACTAGATTTACCATTCTTAGATCTCTTGGACGTCGTCTGAAGGGG
CTGTTGAATATTCTGATTGATCCAGCCACCAAATCCGGGGAATAAACCCATTTTTATTCC
AAAGTTAATTAGTCTACAAAAACTAATTCTTATCTGATGAGGGCAAGAATATATGACGAT
CTAAAGATTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX71JQ U 81
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AF RR1D011JQ U 7
AF RR1CM17JQ U 1
AF RR1CM75JQ U 124
AF RR1CM75TF C 542
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AF RR1DY13TF C 722
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ATGTC
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TACCTAAATTATATTCTGATTGGTCTATTATTTTTAGGGAGTTGGATGGCTATATATTGA
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CGGCTTCTATTTTTTTTTTGGACTTCTTCCATTACTTTAGCATACACCAGCGGGTCTACC
GTCTTCATTGTGTTCATCGTGATTACATGTTCTCTAAAATCTTGGAGCGAAGCCTTGGTG
ACTTTGACGGCAATACCACGGATGAACCAAAAAACCGGTGGCACATTAAAAAGCGAAAAT
GGCTGAAATATATGCTCCATTGTCACCTTTGACCCAATCCTTCCCTTGCTGCCGCTACAT
TTTTTGTACTCTTCTTCACTAATCGGGGACCTAAATTTGCACAACCGTTTCTGATCTACG
TACAGTGGCTCTATTTTCCAGCTACCCTCAAACACTTTCATGTGCATCACTTTCACTTTC
TTATATGTTGCTGTAAC

QA 6 562 6 562
DS 

RD RR1DY13JQ 582 0 0
AAAATCAATGTTCTGCACTTAATTTTCTTTTCAAATTTGGTCATTTGACAAATTCTCCCT
TACCAAAATTATATTCTGATTGGTCTATTATTTTTAGGGAGTTGGATGGCTATATATTGA
TTATCATTGGAGATAGTCCAAACATTTAATACTCCGATTCTTTTAGTTCAGATTCTTTTT
CGGCTTGTATTTTTTTTT*GGACTTCTTCCATTACTTTAGCATACACCAGCGGGTCTACC
GTCTTCATTGTGTTCATCGTGATTACATGTTCTCTAAGATCTTGGAGCAAAGCCTTGGTG
ACTTTGACGGCAATACCACGGATGAACCAAGAAACCGGTGGCACATTAAGAAGCGAAAAT
GGCTGAAATATATGCTCCATTGTCACCTTTGACCCAATCCTTCCCTTGCTGCCGCTACAT
TTTTTGTACTCTTCTTCACTAATCGGGGACCTAGATTTGCACAACCGTTTCTGATCTACG
TACAGTGGCTCTATTTTCCAGCTACCCTCAAACACTTTCATGTGCATCACTTTCACTTTC
TTATATGTTGCTGTAACTTTTTGATGGTTTTCATCGATAATT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1D011JQ 710 0 0
AAAATTATCTCTATTACTGGCATCTTGAAAAATAGTACCGGATAAAACTTAACATAATTG
TTATAGATTGAATTATGTCAAAATCAATGTTCTGCACTTAATTTTCTTTTCAAATTTGGT
CATTTGACAAATTCTCCCTTACCTAAATTATATTCTGATTGGTCTATTATTTTTAGGGAG
TTGGATGGCTATATATTGATTATCATTGGAGATAGTCCAAACATTTAATACTCCGATTCT
TTTAGTTCAGATTCTTTTTCGGCTTCTATTTTTTTT**GGACTTCTTCCATTACTTTAGC
ATACACCAGCGGGTCTACCGTCTTCATTGTGTTCATCGTGATTACATGTTCTCTAAGATC
TTGGAGCAAAGCCTTGGTGACTTTGACGGCAATACCACGGATGAACCAAGAAACCGGTGG
CACATTAAGAAGCGAAGATGGCTGAAATATATGCTCCATTGTCACCTTTGACCCAATCCT
TCCCTTGCTGCCGCTACATTTTTTGTACTCTTCTTCACTAATCAGGGACCTAGATTTGCA
CAACCGTTTCTGATCTACGTACAGTGGCTCTATTTTCCAGCTACCCTCAAACACTTTCAT
GTGCATCACTTTCACTTTCTTATATGTTGCTGTAACTTTTTGATGGTTTTCATCGATGAT
TAGATGTATTGGGATAGTCCCATTATACCCAAGTATCTTCCATCTCAAA
C

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CM17JQ 756 0 0
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TAATTGTTATGGATTGAATTATGTTAAAATCAATGTTCTGCACTTAATTTTCTTTTCAAA
TTTGGTCATTTGACAAATTCTCCCTTACCAAAATTATATTATGATTGGTCTATTATTTTT
AGGGAGTTGGATGGCTATATATTGATTATCATTGGAGATAGTCCAAACATTTAATACTCC
GATTCTTTTAGTTCAGATTCTTTTTCGGCTTGTATTTTTTTTTTGGACTTCTTCCATTAC
TTTAGCATACACCAGCGGGTCTACCGTCTTCATTGTGTTCATCGTGATTACATGTTCTCT
AAGATCTTGGAGCAAAGCCTTGGTGACTTTGACGGCAATACCACGGATGAACCAAGAAAC
CGGTGGCACATTAAGAAGCGAAGATGGCTGAAATATATGCTCCATTGTCACCTTTGACCC
AATCCTTCCCTTGCTGCCGCTACATTTTTTGTACTCTTCTTCACTAATCGGGGACCTAGA
TTTGCACAACCGTTTCTGATCTACGTACAGTGGCTCTATTTTCCAGCTACCCTCAAACAC
TTTCATGTGCATCACTTTCACTTTCTTATATGTTGCTGTAACTTTTTGATGGTTTTCATC
GATAATTAGATGTATTGGGATAGTCCCATTATACCCAAGCATCTTCCATCTCAAAACCTT
TTCCACTTCCGTGATCTGCCTTGGTCCATCCTTGTT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1CM75JQ 705 0 0
GGTCATTTGACAAATTCTCCCTTACCAAAATTATATTCTGATTGGTCTATTATTTTTAGG
GAGTTAGATGGCTATATATTGATTATCATTGGAGATAGTCCAAACATTTAATACTCCGAT
TCTTTTAGTTCAGATTCTTTTTCGGCTTGTATTTTTTTTT*GGACTTCTTCCATTACTTT
AGCATACACCAGCGGGTCTACCGTCTTCATTGTGTTCATCGTGATTACATGTTCTCTAAG
ATCTTGGAGCAAAGCCTTGGTGACTTCGACGGCAATACCACGGATGAACCAAGAAACCGG
TGGCACATTAAGAAGCGAAGATGGCTGAAATATATGCTCCATTGTCACCTTTGACCCAAT
CCTTCCCTTGCTGCCGCTACATTTTTTGTACTCTTCTTCACTAATCGGGGACCTAGATTT
GCACAACCGTTTCTGATCTACGTACAGTGGCTCTATTTTCCAGCTACCCTCAAACACTTT
CATGTGCATCACTTTCACTTTCTTATATGTTGCTGTAACTTTTTGATGGTTTTCATCGAT
AATTAGATGTATTGGGATAGTCCCATTATACCCAAGTATCTTCCATCTCAAAACCTTTTC
CACTTCCGTGATCTGCCTTGGTCCATCCTTGTTTAAAACCTTTGTTGCTAATGTGTCCAA
ACATGTGCGCCAATTTTTCTTGTACTTGCCCATTGAATGGAAAAA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1CM75TF 741 0 0
ATTTGCACAACG
TTCTGATCTACGTACAGTGGCTCT*TTTTCCAGCTACC*TCAAACACTTTCATGTGCATC
ACTTTCACTTTCTTATATGTTGCTGTA*CTTTTTGATGGTTT*CATCGATAATTAGATGT
ATTGGGATAGTCCCATTATACCCAAGTATCTTCCATCTCAAAACCTTTTCCACTTCCGTG
ATCTGCCTTGGTCCATCCTTGTTTAAAACCTTTGTTGCTAATGTGTCCAAACATGTGCGC
CAATTTTTCTTGTACTTGCCCATTGAATGGAAAAATCCCATATTTCTTGGATCAGTGAAC
AACTCGAAGACGGCTTGAGGAGGAGATCCCAATGTGAAATCTATGTTTAAATGGCAAATG
CCGTTTTTTGTTTTCACCTTCACCTTAGCAGGTGCATCGTTCCATGGATGTTTTTTATAT
TCAGAATTCCAAAGATTGTTTTGCCTCGCCAGTTCTTTCAAGTCATAGTACTTAGGATCG
GTAGCAAGCAGTGGCATAGATCTAACATGGTCTATTTCCAGGGATTCGGCCTTTTCTTTA
GGGGTTAAATCAGGATCCCAATACCATGGTCCCTGAATATACCTATCTTCTTCTGAAACT
GAACTAGATTTACCATTCTTAGATCTCTTGGACGTCGTCTGAAGGGGCTGCTGAATATTC
TGATTGATCCAGCCACCAAATCCGGGGAATAAACCCATTTTTATTCCAAAGTTAATTAGT
CTACAAAAA

QA 13 741 13 741
DS 

RD RR1A291TF 721 0 0
TGATCTACGTACAGTGGCTCTATTTTCCAGCTACCCTCAAACACTTTCATGTGCATCACT
TTCACTTTCTTATATGTTGCTGTAACTTTTTGATGGTTTTCATCGATAATTAGATGTATT
GGGATAGTCCCATTATACCCAAGTATCTTCCATCTCAAAACCTTTTCCACTTCCGTGATC
TGCCTTGGTCCATCCTTGTTTAAAACCTTTGTTGCTAATGTGTCCAAACGTGTGCGCCAA
TTTTTCTTGTACTTGCCCATTGAATGGAAAAATCCCATATTTCTTGGATCAGTGAACAAC
TCGAAGACGGCTTGAGGAGGAGATCCCAATGTGAAATCTATGTTTAAATGGCAAATGCCG
TTTTTTGTTTTCACCTTCACCTTAGCAGGTGCATCGTTCCATGGATGTTTTTTATATTCA
GAATTCCAAAGATTGTTTTGCCTCGCCAGTTCTTTCAAGTCATAGTACTTAGGATCGGTA
GCAAGCAGTGGCATAGATCCAACATGGTCTATTTCCAAGGATTCGGCCTTTTCTTTAGGG
GTTAAATCAGGATCCCAATACCATGGTCCCTGAATATACCTATCTTCTTCTGAAACTGAA
CTAGATTTACCATTCTTAGATCTCTTGGACGTCGTCTGAAGGGGCTGTTGAATATTCTGA
TTGATCCAGCCACCAAATCCGGGGAATAAACCCATTTTTATTCCAAAGTTAATTAGTCTA
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1CM17TF 724 0 0
ATCTACGTACAGTGGCTCTATTT*CCAGCTACC*TCAAACACTT*CATGTGCA*CACTTT
CACTTTCTTATATGTTGCTGTA*CTTTTTGATGGTTT*CATCGATAATTAGATGTATTGG
GATAGTCCCATTATACCCAAGCATCTTCCATCTCAAAACCTTTTCCACTTCCGTGATCTG
CCTTGGTCCATCCTTGTTTAAAACCTTTGTTGCTAATGTGTCCAAACGTGTGCGCCAATT
TTTCTTGTACTTGCCCATTGAATGGAAAAATCCCATATTTCTTGGATCAGTGAACAACTC
GAAGACGGCTTGAGGAGGAGATCCCAATGTGAAATCTATGTTTAAATGGCAAATGCCGTT
TTTTGTTTTCACCTTCACCTTAGCAGGTGCATCGTTCCACGGATGTTTTTTATATTCAGA
ATTCCAAAGATTGTTTTGCCTCGCCAGTTCTTTCAAGTCATAGTACTTAGGATCGGTAGC
AAGCAGTGGCATA*AT**AACATGGTCTATTTCCAAGGATTCGGCCTTTTCTTTAGGGGT
TAAATCAGGATCCCAATACCATGGTCCCTGAATATACCTATCTTCTTCTGAAACTGAACT
AGATTTACCATTCTTAGATCTCTTGGACGTCGTCTGAAGGGGCTGTTGAATATTCTGATT
GATCCAGCCACCAAATCCGGGGAATAAACCCATTTTTATTCCAAAGTTAATTCGTCTACA
AAAA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1DY13TF 611 0 0
TCCACTTCCGTGATCTGC*TTGGTCCATCTTTGTTTAAAACCTTTGTTGCTAATGTGTCC
AAACGTGTGCGCCAATTTTTCTTGTACTTGCCCATTGAATGGAAAAATCCCATATTTCTT
GGATCAGTGAACAACTCGAAGACGGCTTGAGGAGGAGATCCCAATGTGAAATCTATGTTT
AAATGGCAAATGCCGTTTTTTGTTTTCACCTTCACCTTAGCAGGTGCATCGTTCCATGGA
TGTTTTTTATATTCAGAATTCCAAAGATTGTTTTGCCTCGCCAGTTCTTTCAAGTCATAG
TACTTAGGATCGGTAGCAAGCAGTGGCATAGATCTAACATGGTCTATTTCCAAGGATTCG
GCCTTTTCTTTAGGGGTTAAATCAGGATCCCAATACCATGGTCCCTGAATATACCTATCT
TCTTCTGAAACTGAACTAGATTTACCATTCTTAGATCTCTTGGACGTCGTCTGAAGGGGC
TGTTGAATATTCTGATTGATCCAGCCACCAAATCCGGGGAATAAACCCATTTTTATTCCA
AAGTTAATTAGTCTACAAAAACTAATTCTTATCTGATGAGGGCAAGAATATATGACGATC
TAAAGATTGTC

QA 1 611 1 611
DS 



CO CL203Contig2 738 3 6 U
TTTTTGTAGACTAATTAACTTTGGAATAAAAATGGGTTTATTCCCCGGATTTGGTGGCTG
GATCAATCAGAATATTCAACAGCCCCTTAAGACGTCCAAGAGATCTAAGAATGGTAAATC
TAGTTCAGTTTCAGATGAAGATAGGTATATTCAGGGACCATGGTATTGGGATCCTGATTT
AACCCCTAAAGAAAAGGCCGAATCCTTGGAAATAGACCATGTTAGATCTATGCCACTGCT
TGCTACGGATCCTAAGTACTATGACTTGAAAGAACTGGCGAGGCAAAACAATCTTTGGAA
TTCTGAATATAAAAAACATCCATGGAACGATGCACCTGCTAAGGTGAAGGTGAAAACAAA
AAACGGCATTTGCCATTTAAACATAGATTTCACATTGGGATCTCCTCCTCAAGCCGTCTT
CGAGTTGTTCACTGATCCAAGAAATATGGGATCTTTCCATTCAATGGGCAAGTACAAGAA
AAATTGGCGCACACGTTTGGACACATTAGCAACAAAGGTTTTAAACAAGGATGGACCAAG
GCAGATCACGGAAGTGGAAAAGGTTTTGAGATGGAAGATACTTGGGTATAATGGGACTAT
CCCAATACATCTAATCATCGATGAAAACCATCAAAAAGTTACAGCAACATATAAGAAAGT
GAAAGTGATGCACATGAAAGTGTTTGAGGGTAGCTGGAAAATAGAGCCACTGTACGTAGA
TCAGAAGTTGTGCAATCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX71TF U 1
AF RR1D011TF U 1
AF RR1FH81TF U 1
BS 1 90 RR1D011TF
BS 91 91 RR1GX71TF
BS 92 532 RR1D011TF
BS 533 536 RR1FH81TF
BS 537 694 RR1D011TF
BS 695 738 RR1FH81TF

RD RR1GX71TF 194 0 0
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GATCAATCAAAATATTCAACAGCCCCTTAAGACGTCCAAGAGATCTAAGAATGGTAAATC
TAGTTCAGTTTCAGATGAAGATAGGTATATTCACGGACCATGGTATTGGGATCCTGATTT
AACCCCTAAAGAAA

QA 1 194 1 194
DS 

RD RR1D011TF 694 0 0
TTTTTGTAGACTAATTAACTTTGGAATAAAAATGGGTTTATTCCCCGGATTTGGTGGCTG
GATCAATCAGAATATTCAACAGCCCCTTAATACGTCCAAGAGATCTAAGAATGGTAAATC
TAGTTCAGTTTCAGATGAAGATAGGTATATTCAGGGACCATGGTATTGGGATCCTGATTT
AACCCCTAAAGAAAAGGCCGAATCCTTGGAAATAGACCATGTTAGATCTATGCCACTGCT
TGCTACGGATCCTAAGTACTATGACTTGAAAGAACTGGCGAGGCAAAACAATCTTTGGAA
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AAACGGCATTTGCCATTTAAACATAGATTTCACATTGGGATCTCCTCCTCAAGCCGTCTT
CGAGTTGTTCACTGATCCAAGAAATATGGGATCTTTCCATTCAATGGGCAAGTACAAGAA
AAATTGGCGCACACGTTTGGACACATTAGCAACAAAGGTTTTAAACAAGGAT****CAAG
GCAGATCACGGAAGTGGAAAAGGTTTTGAGATGGAAGATACTTGGGTATAATGGGACTAT
CCCAATACATCTAATCATCGATGAAAACCATCAAAAAGTTACAGCAACATATAAGAAAGT
GAAAGTGATGCACATGAAAGTGTTTGAGGGTAGC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1FH81TF 738 0 0
TTTTTGTAGACTAATTAACTTTGGAATAAAAATGGGTTTATTCCCCGGATTTGGTGGCTG
GATCAATCAGAATATTCAACAGCCC*TTAAGACGTCCAAGAGATCTAAGAATGGTAAATC
TAGTTCAGTTTCAGATGAAGATAGGTATATTCAGGGACCATGGTATTGGGATCCTGATTT
AACCCCTAAAGAAAAGGCCGAATCCTTGGAAATAGACCATGTTAGATCTATGCCACTGCT
TGTTACGGATCCTAAGTACTATGACTTGAAAGAACTGGCGAGGCAAAACAATCTTTGGAA
TTCTGAATATAAAAAACATCCATGGAACGATGCACCTGCTAAGGTGAAGGTGAAAACAAA
AAACGGCATTTGCCATTTAAACATAGATTTCACATTGGGATCTCCTCCTCAAGCCGTCTT
CGAGTTGTTCACTGATCCAAGAAATATGGGATCTTTCCATTCAATGGGCAAGTACAAGAA
AAATTGGCGCACACGTTTGGACACATTAGCAACAAAGGTTTTAAACAAGGATGGACCAAG
GCAGATCACGGAAGTGGAAAAGGTTTTGAGATGGAAGATACTTGGGTATAATGGGACTAT
CTCAATACATCTAATCATCGATGAAAACCATCAAAAAGTTACAGCAACATATAAGAAAGT
GAAAGTGATGCACATGAAAGTGTTTGAGGGTAGCTGGAAAATAGAGCCACTGTACGTAGA
TCAGAAGTTGTGCAATCT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 3 10

CO CL204Contig1 884 2 5 U
GGACTGAGTTTAGTGTGTGAGACTGTAGAGTAAAAAAAGAGAGTCAAATAAAAAAACAAA
ATGGTGGGTATGGGTTTGTTCATGTGTATGTTGATGATGGTGTATGTGATTTCCTGTGGT
GAAGCAGCTCCAGGAGCTAAGTTCGAGGATCTTTACCGTTCAAGTTGGGCTATGGATCAT
TGTGTCAACGATGGAGAAGTCACGAAACTCAAGCTTGACAATTTCTCTGGAGCTGGGTTC
GAGTCGAGGAGCAAGTACTTGTTCGGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAACTCGTGGAGGGT
GACTCAGCAGGAACCGTCACTGCTTTCTACATGTCTTCAGAAGGTTTGAACCACAACGAG
TTTGATTTCGAGTTCCTAGGCAACACAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAGACAAACGTC
TACGTGAACGGAGTTGGAAACAGAGAGCAAAGACTCAACCTTTGGTTCGATCCCACCACT
GAGTTCCACACTTACTCTATCCTCTGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAG
ACTCCTATTCGTGTCCACAAGAACCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAA
GCGATGGGAGTGTACAGCTCCATTTGGAATGCAGATGATTGGGCTACTCAAGGAGGTCAT
GTGAAAACAGATTGGAGTCACGCTCCTTTCATTGCTTCTTACAAAGATTTCAAGATTGAT
GCTTGTGAGGTTCCGACAACAACTGACCTAAGCAAGTGTAGTGGAGAAGATCAGAGATTC
TGGTGGGATGAGCCGACTGTGTCTGAGCTTAGCCTTCATCAGAATCATCAGCTTATATGG
GTTCGAGCTAACCATATGATCTATGACTATTGCTATGATGCTGC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E447TF U 4
AF RR1AQ32TF U 1
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BS 38 655 RR1AQ32TF
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BS 657 884 RR1AQ32TF

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GG
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GAGGAGCAAGTACTTGTTCGGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAACTCGTGGAGGGTGACTC
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TTTCGAGTTCCTAGGCAACACAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAGACAAACGTCTACGT
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CCACACTTACTCTATCCTCTGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCC
TATTCGTGTCCACAAGAACCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGAT
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TGAG
TTCC

QA 3 726 3 726
DS 

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GAGTCGAGGAGCAAGTACTTGTTCGGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAACTCGTGGAGGGT
GACTCAGCAGGAACCGTCACTGCTTTCTACATGTCTTCAGAAGGTTTGAACCACAACGAG
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TACGTGAACGGAGTTGGAAACAGAGAGCAAAGACTCAACCTTTGGTTCGATCCCACCACT
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QA 1 884 1 884
DS 



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GTACTTGTTTGGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGACTCAGCAGGAAC
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CACTGATCTAAGCAAGTGTA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C154TF U 3
AF RR1DB40TF U 1
BS 1 62 RR1DB40TF
BS 63 63 RR1C154TF
BS 64 402 RR1DB40TF
BS 403 403 RR1C154TF
BS 404 740 RR1DB40TF

RD RR1C154TF 628 0 0
GG
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TTCATGTGTATGATGATTGTGGTGTGTGTGGTTTCTTGTGGCCAAGCTGCTCCGGGAGCT
AAGTTCGAGGAACTTTACCGCTCAAGCTGGGCTATGGATCATTGTATCAACGATGGGGAA
GTCACAAAACTCAAGCTTGACAACTCCTCTGGAGCTGGGTTTGAATCGAGAAGCAAGTAC
TTGTTTGGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGACTCAGCAGGAACCGTC
ACTGCTTTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGACTTTGAGTTCTTA
GGTAACACAACGGGTGAGCCTTACATAGTCCAGACAAACGTTTATGTGAACGGAGTTGGA
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ATCCTCTGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCCATTCGTGTCCAC
AAGAATCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGACCAAGCCATGGGAGTGTACAGT
TCGATTTGGAACGCAGATGACTGGG
G

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR1DB40TF 740 0 0
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AGCTAAGTTCGAGGAACTTTACCGCTCAAGCTGGGCTATGGATCATTGTATCAACGATGG
GGAAGTCACAAAACTCAAGCTTGACAACTCCTCTGGAGCTGGGTTTGAATCGAGAAGCAA
GTACTTGTTTGGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGACTCAGCAGGAAC
CGTCACTGCTTTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGACTTTGAGTT
CTTAGGTAACACAACGGGTGAGCCTTACATAGTCCAGACAAATGTTTATGTGAACGGAGT
TGGAAACAGAGAGCAAAGACTCAACCTTTGGTTCGATCCCACTACTGAGTTCCACACTTA
CTCTATCCTCTGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCCATTCGTGT
CCACAAGAATCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGACCAAGCCATGGGAGTGTA
CAGTTCGATTTGGAACGCAGATGACTGGGCGACCCAAGGAGGTCTTGTGAAACTGATTGG
AGTCACGCTCCTTTCGTTGCTTCTTACAAGATTTCAAGATTGATGCTTGTGAGTCGACGA
CACTGATCTAAGCAAGTGTA

QA 1 740 1 740
DS 



CO CL204Contig3 983 6 9 U
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AGCTACAACATGTTCTCTTTGATCAAAACAACTTCATGACTAAGTTAAAACACAAAGATC
GACTTTTAAGACTACAAATGGCGATGGTGTTGGCACTCAAGAGGAGTAACAGGAAACCTC
GCAGCATCAAAACAATAATCATAGATTATATGGTTAGCTCGAACCCAAATAAGCTGGTGA
TTCTGATGAAGACTCAACTCAGACACAGTTGGCTCATCCCACCAGAATCTCTGGTCTTCT
CCATTACACTTGCTTAGATCAGTTGTCGTCGGAACCTCACAAGCATCAATCTTGAAATCT
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GCCCAGTCATCTGCGTTCCAAATCGAACTGTACACTCCCATGGCTTGGTCTTTAGCAAAT
GGGATGCCTTTATCTTCAAGATTCTTGTGGACACGAATGGGAGTCTCATCCACCATAAAC
ACAACACTGCGTTTACTCCAGAGGATAGAGTAAGTGTGGAACTCAGTAGTGGGATCGAAC
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ATGTAAGGCTCACCCGTTGTGTTACCTAAGAACTCAAAGTCAAACTCGTTGTGGTTCGAA
CCTTCTGAAGACATGTAGAAAGCAGTGACGGTTCCTGCTGAGTCACCCTCCACGAGCTTA
ATCTGGATAGAGACTTTACCAAACAAGTACTTGCTTCTCGATTCAAACCCAGCTCCAGAG
GAGTTGTCAAGCTTGAGTTTTGTGACTTCCCCATCGTTGATACAATGATCCATAGCCCAG
CTTGAGCGGTAAAGTTCCTCGAACTTAGCTCCTGGAGCAGCTTCGCCACAAGAAACCACA
CACACCACATCATCATACACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH39TF C 1
AF RR1C154JQ U 37
AF RR1DB40JQ U 37
AF RR1AS18JQ U 17
AF RR1AT41JQ U 81
AF RR1AS18TF C 245
BS 1 16 RR1DH39TF
BS 17 148 RR1AS18JQ
BS 149 150 RR1C154JQ
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BS 951 951 RR1AS18TF
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GCAGCATCAAAACAATAATCATAGATTATATGGTTAGCTCGAACCCAAATAAGCTGGTGA
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TTGTAAGAAGCAACGAAAGGAGCGTGACTCCAATCAGTGTTCACAAGACCTCCTTGGGTC
GCCCAGTCATCTGCGTTCCAAATCGAACTGTACACTCCCATGGCTTGGTCTTTAGCAAAT
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ACAACACTGCGTTTACTCCAGAGGATAGAGTAAGTGTGGAACTCAGTAGTGGGATCGAAC
CAAAGGTTGAGTCTTTGCTCTCTGTTTCCAACTCCGTTC
C

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1C154JQ 710 0 0
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TGACTAAGTTAAAACACAAAGATCAACTTTTAAGACTACAAATGGCGATGGTGTTGGCAC
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GCTCGAACCCAAATAAGCTGGTGATTCTGATGAAGACTCAACTCAGACACAGTTGGCTCA
TCCCACCAGAATCTCTGGTCTTCTCCATTACACTTGCTTAGATCAGTTGTCGTCGGAACC
TCACAAGCATCAATCTTGAAATCTTTGTAAGAAGCAACGAAAGGAGCGTGACTCCAATCA
GTTTTCACAAGACCTCCTTGGGTCGCCCAGTCATCTGCGTTCCAAATCGAACTGTACACT
CCCATGGCTTGGTCTTTAGCAAATGGGATGCCTTTATCTTCAAGATTCTTGTGGACACGA
ATGGGAGTCTCATCCACCATAAACACAACACTGCGTTTACTCCAGAGGATAGAGTAAGTG
TGGAACTCAGTAGTGGGATCGAACCAAAGGTTGAGTCTTTGCTCTCTGTTTCCAACTCCG
TTCACATAAACGTTTGTCTGGACTATGTAAGGCTCACCCGTTGTGTTACCTAAGAACTCA
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QA 1 710 1 710
DS 

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TGACTAAGTTAAAACACAAAGATCGACTTTTAAGACTACAAATGGCGATGGTGTTGGCAC
TCAAGAGGAGTAACAGGAAACCTCGCAGCATCAAAACAATAATCATAGATTATATGGTTA
GCTCGAACCCAAATAAGCTGGTGATTCTGATGAAGACTCAACTCAGACACAGTTGGCTCA
TCCCACCAGAATCTCTGGTCTTCTCCATTACACTTGCTTAGATCAGTTGTCGTCGGAACC
TCACAAGCATCAATCTTGAAATCTTTGTAAGAAGCAACGAAAGGAGCGTGACTCCAATCA
GTTTTCACAAGACCTCCTTGGGTCGCCCAGTCATCTGCGTTCCAAATCGAACTGTACACT
CCCATGGCTTGGTCTTTAGCAAATGGGATGCCTTTATCTTCAAGATTCTTGTGGACACGA
ATGGGAGTCTCATCCACCATAAACACAACACTGCGTTTACTCCAGAGGATAGAGTAAGTG
TGGAACTCAGTAGTGGGATCGAACCAAAGGTTGAGTCTTTGCTCTCTGTTTCCAACTCCG
TTCACATAAACATTTGTCTGGACTATGTAAGGCTCACCCGTTGTGTTACCTAAGAACTCA
AAGTCAAACTCGTTGTGGTTCGAACCTTCTGAAGACATGTAGAAAGCAGT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1AS18JQ 824 0 0
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CTTTGATCAAAACAACTTCATGACTAAGTTAAAACACAAAGATCGACTTTTAAGACTACA
AATGGCGATGGT**TGGCACTCAAGAGGAGTAACAGGAAACCTCGCAGCATCAAAACAAT
AATCATAGATTATATGGTTAGCTCGAACCCAAATAAGCTGGTGATTCTGATGAAGACTCA
ACTCAGACACAGTTGGCTCATCCCACCAGAATCTCTGGTCTTCTCCATTACACTTGCTTA
GATCAGTTGTCGTCGGAACCTCACAAGCATCAATCTTGAAATCTTTGTAAGAAGCAACGA
AAGGAGCGTGACTCCAATCAGTTTTCACAAGACCTCCTTGGGTCGCCCAGTCATCTGCGT
TCCAAATCGAACTGTACACTCCCATGGCTTGGTCTTTAGCAAATGGGATGCCTTTATCTT
CAAGATTCTTGTGGACACGAATGGGAGTCTCATCCACCATAAACACAACACTGCGTTTAC
TCCAGAGGATAGAGTAAGTGTGGAACTCAGTAGTGGGATCGAACCAAAGGTTGAGTCTTT
GCTCTCTGTTTCCAACTCCGTTCACATAAACGTTTGTCTGGACTATGTAAGGCTCACCCG
TTGTGTTACCTAAGAACTCAAAGTCAAACTCGTTGTGGTTCGAACCTTCTGAAGACATGT
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TACCAAACAAGTACTTGCTTCTCGATTCAA*CCCAGCTCCAGAG

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DS 

RD RR1AT41JQ 903 0 0
GATCACAACAACTTCATGACTAAGTTAAAACACAAAGATGAACTTTTAAGACTACAAATG
GCGATGGTGTTGGCACTCAAGAGGAGTAACAGGAAACCTCGCAGCATCAAAACAATAATC
ATAGATTATATGGTTAGCTCGAACCCAAATAAGCTGGTGATTCTGATGAAGACTCAACTC
AGACACAGTTGGCTCATCCC**CAGAATCTCTGGTCTTCTCCATTGCACTTGCTTAGATC
AGTTGTCGTCGGGACCTCACAAGCATCAATCTTGAAATCTTTGTAAGAAGCAATGAAAGG
AGCGTGACTCCAATCTGTTTTCACAAGACCTCCTTGGGTCGCCCAGTCATCTGCGTTCCA
GATCGAACTGTACACTCCCATTGCTTGATCTTTAGCAAATGGGATACCTTTATCTTCAAG
ATTCTTGTGGACACGAATGGGAGTCTCATCCACCATAAACACAACACTGCGTTTACTCCA
GAGGATAGAGTAAGTGTGGAACTCAGTGGTGGGATCGAACCAAAGGTTGAGTCTTTGTTC
TCTGTTTCCAACTCCGTTCACATAAACGTTTGTCTGGACTATGTAAGGCTCACCCGTTGT
GTTACCTAAGAACTCGAAGTCAAACTCGTTGTGGTTCGAACCTTCTGAAGACATGTAGAA
AGCAGTGACGGTTCCTGCTGAGTCACCCTCCACGAGCTTAATCTGGATAGAGACTTTACC
AAACAAGTACTTGCTTCTCGATTCAAACCCAGCTCCGGAGGAGTTGTCAAGCTTGAGTTT
TGTGACTTCCCCATCGTTGATACAATGATCCATAGCCCAGCTTGAGCGGTAAAGTTCCTC
GAACTTAGCTCCTGGAGCAGCTTCGCCACA*GAAACCACACACACCACATCATCATACAC
ATG

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DS 

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TACACTTGCTTAGATCAGTTGTCGTCGGAACCTCACAAGCATCAATCTTGAAATCTTTGT
AAGAAGCAACGAAAGGAGCGTGACTCCAATCAGTTTTCACAAGACCTCCTTGGGTCGCCC
AGTCATCTGCGTTCCAAATCGAACTGTACACTCCCATGGCTTGGTCTTTAGCAAATGGGA
TGCCTTTATCTTCAAGATTCTTGTGGACACGAATGGGAGTCTCATCCACCATAAACACAA
CACTGCGTTTACTCCAGAGGATAGAGTAAGTGTGGAACTCAGTAGTGGGATCGAACCAAA
GGTTGAGTCTTTGCTCTCTGTTTCCAACTCCGTTCACATAAACGTTTGTCTGGACTATGT
AAGGCTCACCCGTTGTGTTACCTAAGAACTCAAAGTCAAACTCGTTGTGGTTCGAACCTT
CTGAAGACATGTAGAAAGCAGTGACGGTTCCTGCTGAGTCACCCTCCACGAGCTTAATCT
GGATAGAGACTTTACCAAACAAGTACTTGCTTCTCGATTCAAACCCAGCTCCAGAGGAGT
TGTCAAGCTTGAGTTTTGTGACTTCCCCATCGTTGATACAATGATCCATAGCCCAGCTTG
AGCGGTAAAGTTCCTCGAACTTAGCTCCTGGAGCAGCTTGGCCACAAGAAACCACACACA
CCACA
ATCATCATA

QA 1 725 1 725
DS 



AS 2 12

CO CL205Contig1 836 9 15 U
GGGTCTCATTTGTTCTCCGATTCTCTTTGTGTGTTCCAAGCAGCGAGAGTCGGGAGAGGG
AAATCATCATGGCAGGAAGTAAAGAAGAAGATGTGAAAGATCCGAGAATCCCAAAGATCG
CCTCTTCCATTAGAGTCATCCCCGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAGGACATAA
CGACGCTGCTTCTGGACACTGAGGCCTTTAAGGACACCATTGATATTTTTGTTGAAAGAT
ACAAAGGCAAAGGCATCTCTGTTGTTGCAGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTCATTTTTGGCC
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CTGGGAAGGTAATATCGGAGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATAGAGATGC
ATGTAGGTGCTGTAGAGCCTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGATGACCTCATTGCCACTG
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GTGCTTGCGTGATTGAGTTACCAGTGCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGAGAGACGCCAC
TTTTTATCCTTGTGACCTCTGATGCTGCTTAACAAGCTAAGGAGAAAACCCACCCTAAAG
GACATGATGGGTTTTATTTATTATTGGATATCAAACATGCTATTTTTCGTTGTATTGCTT
TGGGATTTGATGGTCCTTTGTTGTTCTCAGCTTTTATCATAATTCCCTCAGACAAGAAAC
TCGTGCAAAAGAGTGGTCTTATTATTTTTTATCCCATGGTTTTCGCTTGCAGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DI06TF U 1
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AF RR1CO19TF U 7
AF RR1DA86TF U 15
AF RR1H007TF U 17
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RD RR1DI06TF 229 0 0
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AAATCATCATGGCAGGAAGTAA*GAAGAAGATGTGAAAGATCCGAGAATCCCAAAGATCG
CCTCTTCCATTAGAGTCATCTCCGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAG*ACATAA
CGACGCTGCTTCTGGACACTGAGGCCTTTAAGGACACCATTGATATTTT

QA 1 229 1 229
DS 

RD RR1DT70TF 564 0 0
GGA
GATTCTCTTTGTGTGTTC*AAGCAGCGAG**TCGGGAGAGTGAAATCAT***GGCAGGAA
CTAAAGAGGAAGATGTAAAAGATCCGAGAATCCCAAAGATCGCTTCTTCCATTAGAGTCA
TCCCTGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAGGACATAACCACGCTGCTTCTGGACA
CTGAGGCCTTTAAGGACACCATTGATATTTTTGTTGAAAGATACAAAGGCAAAGGCATCT
CTGTTGTTGCAGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTTATTTTTGGCCCTCCTATTGCCTTGGCTA
TTGGTGCCAAATTTGTTCCCATGAGGAAGCCCAAGAAGCTTCCTGGGAAGGTAATATCGG
AGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATAGAGATGCATGTAGGTGCTGTAGAGC
CTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGACGACCTCATTGCCACTGGTGGCACTCTCGCTGCTG
CTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACGATTGCTGAGTGTGCTTGCGTGATTGAGT
TACCTGTGCTCAAGGGAAGGG

QA 4 564 4 564
DS 

RD RR1CO19TF 630 0 0
TTTTTGTT
CTCCGATTCTCTTTGTGTGTTCCAAGCAGCGAGAGTCGGGAGAGGGAAATCATCATGGCA
GGAAGTAAAGAAGAAGATGTGAAAGATCCGAGAATCCCAAAGATCGCCTCTTCCATTAGA
GTCATCCCCGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAGTACATAACGACGCTGCTTCTG
GACACTGAGGCCTTTAAGGACACCATTGATATTTTTGTTGAAAGATACAAAGGCAAAGGC
ATCTCTGTTGTTGCAGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTCACTTTTGGCCCTCCTATTGCCTTG
GCTATTGGTGCCAAATTTGTTCCCATGAGGAAGCCCAAGAAGCTTCCTGGGAAGGTAATA
TCGGAGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATAGAGATGCATGTAGGTGCTGTA
GAGCCTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGATGACCTCATTGCCACTGGTGGCACTCTCGCT
GCTGCTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACGATTGCTGAGTGTGCTTGCGTGATT
GAGTTACCAGTGCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGAGAGACGCCACTTTTTATCCTTGTG
ACCTCTGATGCTGCTTAACAAG

QA 9 630 9 630
DS 

RD RR1DA86TF 623 0 0
GG
CCGATTCTCTTTGTGTGTTCCAAGCAGCGAGAGTCGGGAGAGGGAAATCATCATGGCAGG
AAGTAAAGAAGAAGATGTGAAAGATCCGAGAATCCCAAAGATCGCCTCTTCCATTAGAGT
CATCCCCGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAGGACATAACGACGCTGCTTCTGGA
CACTGAGGCCTTTAAGGACACCATTGATATTTTTGTTGAAAGATACAAAGGCAAAGGCAT
CTCTGTTGTTGCAGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTCATTTTTGGCCCTCCTATTGCCTTGGC
TATTGGTGCCAAATTTGTTCCCATGAGGAAGCCCAAGAAGCTTCCTGGGAAGGTAATATC
GGAGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATAGAGATGCATGTAGGTGCTGTAGA
GCCTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGATGACCTCATTGCCACTGGTGGCACTCTCGCTGC
TGCTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACGATTGCTGAGTGTGCTTGCGTGATTGA
GTTACCAGTGCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGAGAGACGCCACTTTTTATCCTTGTGAC
CTCTGATGCTGCTCAACAAGC

QA 3 623 3 623
DS 

RD RR1H007TF 640 0 0
GG
GATTCTCTTTGTGTGTTCCAAGCAGCGAGAGTCGGGAGAGGGAAATCATCATGGCAGGAA
GTAAAGAAGAAGATGTGAAAGATCCGAGAATCCCAAAGATCGCCTCTTCCATTAGAGTCA
TCCCCGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAGGACATAACGACGCTGCTTCTGGACA
CTGAGGCCTTTAAGGACACCATTGATATTTTTGTTGAAAGATACAAAGGCAAAGGCATCT
CTGTTGTTGCAGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTCATTTTTGGCCCTCCTATTGCCTTGGCTA
TTGGTGCCAAATTTGTTCCCATGAGGAAGCCCAAGAAGCTTCCTGGGAAGGTAATATCGG
AGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATAGAGATGCATGTAGGTGCTGTAGAGC
CTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGATGACCTCATTGCCACTGGTGGCACTCTCGCTGCTG
CTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACGATTGCTGAGTGTGCTTGCGTGATTGAGT
TACCAGTGCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGAGAGACGCCACTTTTTATCCTTGTGACCT
CTGATGCTGCTTAACAAGCTAAAGAGAAAACCCACCCT

QA 3 640 3 640
DS 

RD RR1CO19JQ 786 0 0
CGGGAGAGGGAAATCATCATGGCAGGAAGTAAAGAAGAAGATGTGAAAGATCCGAGAATC
CCAAAGATCGCCTCTTCCATTAGAGTCATCCCCGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTT
CAGTACATAACGACGCTGCTTCTGGACACTGAGGCCTTTAAGGACACCATTGATATTTTT
GTTGAAAGATACAAAGGCAAAGGCATCTCTGTTGTTGCAGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTC
ACTTTTGGCCCTCCTATTGCCTTGGCTATTGGTGCCAAATTTGTTCCCATGAGGAAGCCC
AAGAAGCTTCCTGGGAAGGTAATATCGGAGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAG
ATAGAGATGCATGTAGGTGCTGTAGAGCCTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGATGACCTC
ATTGCCACTGGTGGCACTCTCGCTGCTGCTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACG
ATTGCTGAGTGTGCTTGCGTGATTGAGTTACCAGTGCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGA
GAGACGCCACTTTTTATCCTTGTGACCTCTGATGCTGCTTAACAAGCTAAGGAGAAAACC
CACCCTAAAGGACATGATGGGTTTTATTTATTATTGGATATCAAACATGCTATTTTTCGT
TGTATTGCTTTGGGATTTGATGGTCCTTTGTTGTTCTCAGCTTTTATCATAATTCCCTCA
GACAAGAAACTCGTGCAAAAGAGTGGTCTTATTATTTTTTATCCCATGGTTTTCGCTTGC
AGTCTC

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1H007JQ 443 0 0
TATCGGAGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATAGAGATGCATGTAGGTGCTG
TAGAGCCTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGATGACCTCATTGCCACTGGTGGCACTCTCG
CTGCTGCTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACGATTGCTGAGTGTGCTTGCGTGA
TTGAGTTACCAGTGCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGAGAGACGCCACTTTTTATCCTTG
TGACCTCTGATGCTGCTTAACAAGCTAAGGAGAAAACCCACCCTAAAGGACATGATGGGT
TTTATTTATTATTGGATATCAAACAT*CTATTTTTCGTTGTATTGCTTTGGGGTTTGATG
GTCCTTTGTTGTTTTCAGCTTTTATCATAATTCCCTCAGACAAGAAACTCGTGCAAAAGA
GTGGTCTTATTATTTTTTATCCC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR1DT70JQ 673 0 0
CATGTTTCAGGACATAACCACGCTGCTTCTGGACACTGAGGCCTTTAAGGACACCATTGA
TATTTTTGTTGAAAGATACAAAGGCAAAGGCATCTCTGTTGTTGCAGGTGTTGAAGCAAG
AGGTTTTATTTTTGGCCCTCCTATTGCCTTGGCTATTGGTGCCAAATTTGTTCCCATGAG
GAAGCCCAAGAAGCTTCCTGGGAAGGTAATATCGGAGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAAC
AGATAAGATAGAGATGCATGTAGGTGCTGTAGAGCCTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGA
CGACCTCATTGCCACTGGTGGCACTCTCGCTGCTGCTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGG
AGTGACGATTGCTGAGTGTGCTTGCGTGATTGAGTTACCTGTGCTCAAGGGAAGGGAGAA
GCTAGGAGAGACGCCACTTTTTATCCTTGTGACCTCTGATGCTGCTTAACAAGCTAAGGA
GAAAACCCACCCTAAAGGACATGATGGGTTTTATTTATTATTGGATATCAAACATGCTAT
TTTTCGTTGTATTGCTTTGGGATTTGATGGTCCTTTGTTGTTCTCAGCTTTTATCATAAT
TCCCTCAGACAAGAAACTCGTGCAAAAGAGTGGTCTTATTATTTTTTATCCCATGGTTTT
CGCTTGCAGTCTC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1DA86JQ 670 0 0
CTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAGGACATAACGACGCTGCTTCTGGACACTGAGGC
CTTTAAGGACACCATTGATATTTTTGTTGAAAGATACAAAGGCAAAGGCATCTCTGTTGT
TGCAGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTCATTTTTGGCCCTCCTATTGCCTTGGCTATTGGTGC
CAAATTTGTTCCCATGAGGAAGCCCAAGAAGCTTCCTGGGAAGGTAATATCGGAGGAGTA
TTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATAGAGATGCATGTAGGTGCTGTAGAGCCTGGTGA
GCGTGCTATCATCATTGATGACCTCATTGCCACTGGTGGCACTCTCGCTGCTGCTATCCG
TCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACGATTGCTGAGTGTGCTTGCGTGATTGAGTTACCAGT
GCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGAGAGACGCCACTTTTTATCCTTGTGACCTCTGATGC
TGCTCAACAAGCTAAGGAGAAAACCCACCCTAAAGGACATGATGGGTTTTATTTATTATT
GGATATCAAACATGCTATTTTTCGTTGTATTGCTTTGGGATTTGATGGTCCTTTGTTGTT
CTCAGCTTTTATCATAATTCCCTCAGACAAGAAACTCGTGCAAAAGAGTGGTCTTATTAT
TTTTTATCCC

QA 1 670 1 670
DS 



CO CL205Contig2 807 3 3 U
GGGCCTTCTCTCTCATTTGTTCTCCGATTCTCTTTGTGTGTTCCAAGCAGCGAGAGTCGG
GAGAGTGAAATCATCATGGCAGGAACTAAAGAAGAAGATGTGAAAGATCCGAGAATCCCA
AAGATCGCCTCTTCCATTAGAGTCATCCCCGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAG
GACATAACCACGCTGCTTCTCGACACTGAGGCATTTAAAGACACCATTGATATTTTTGTT
GAAAGATACAAAGGCAAAGGCATCTCTGTTGTTGCTGGTGTTGAAGCAAGAGGATTCATT
TTTGGCCCTCCTATTGCCTTGGCTATTGGTGCCAAATTTGTTCCCATGAGGAAGCCCAGG
AAGCTTCCTGGGAAGGTAATATCGGAGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATA
GAGATGCATGTAGGTGCTGTAGAGCCTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGATGACCTCATT
GCCACTGGTGGCACTCTCGCTGCTGCTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACGATC
GCTGAGTGTGCTTGCGTGATTGAGTTACCTGTGCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGAGAG
ACGCCACTATTTATTCTTGTGACCTCTGATGCTGCTTAACAAGCAAGGAGAAACCACCCT
GAAAGACATGATGGGTTTTATTTATTATTGGGTATAAACATGTTATTTTTCGTTGTATTT
GCTTTGGGATTTGATGATCCGTTGTTGTACTCAGCTTTTATCATAATTGCCTCAGACACG
AAACTCGACCAAAACAGTGGTCTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H783TF U 1
AF RR1DT31TF U 20
AF RR1H783JQ C 71
BS 1 764 RR1H783TF
BS 765 778 RR1DT31TF
BS 779 807 RR1H783JQ

RD RR1H783TF 764 0 0
GGGCCTTCTCTCTCATTTGTTCTCCGATTCTCTTTGTGTGTTCCAAGCAGCGAGAGTCGG
GAGAGTGAAATCATCATGGCAGGAACTAAAGAAGAAGATGTGAAAGATCCGAGAATCCCA
AAGATCGCCTCTTCCATTAGAGTCATCCCCGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAG
GACATAACCACGCTGCTTCTCGACACTGAGGCATTTAAAGACACCATTGATATTTTTGTT
GAAAGATACAAAGGCAAAGGCATCTCTGTTGTTGCTGGTGTTGAAGCAAGAGGATTCATT
TTTGGCCCTCCTATTGCCTTGGCTATTGGTGCCAAATTTGTTCCCATGAGGAAGCCCAGG
AAGCTTCCTGGGAAGGTAATATCGGAGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATA
GAGATGCATGTAGGTGCTGTAGAGCCTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGATGACCTCATT
GCCACTGGTGGCACTCTCGCTGCTGCTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACGATC
GCTGAGTGTGCTTGCGTGATTGAGTTACCTGTGCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGAGAG
ACGCCACTATTTATTCTTGTGACCTCTGATGCTGCTTAACAAGCAAGGAGAAACCACCCT
GAAAGACATGATGGGTTTTATTTATTATTGGGTATAAACATGTTATTTTTCGTTGTATTT
GCTTTGGGATTTGATGATCCGTTGTTGTACTCAGCTTTTATCAT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1DT31TF 774 0 0
GG
CTCCGATTCTCTTTGTGTGTTCCAAGCAGCGAGAGTCGGGAGAGTGAAATCATCATGTCA
GGAACTAAAGAAGAAGATGTGAAAGATCCGAGAATCCCAAAGATCGCCTCTTCCATTAGA
GTCATCCCCGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAGGACATAACCACGCTGCTTCTC
GACACTGAGGCATTTAAAGACACCATTGATATTTTTGTTGAAAGATACAAAGGCAAAGGC
ATCTCTGTTGTTGCTGGTGTTGAAGCAAGAGGATTCATTTTTGGCCCTCCTATTGCCTTG
GCTTTTGGTGCCAAATTTGTTCCCATGAGGAAGCCCAAGAAGCTTCCTGGGAAGGTAATA
TCGGAGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATAGAGATGCATGTAGGTGCTGTA
GAGCCTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGATGACCTCATTGCCACTGGTGGCACTCTCGCT
GCTGCTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACGATCGCTGAGTGTGCTTGCGTGATT
GAGTTACCTGTGCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGAGAGACGCCACTATTTATTCTTGTG
ACCTCTGATGCTGCTTAACAAGCAAGGAGAAACCACCCTGAAAGACATGATGGGTTTTAT
TTATTATTGGGTATAAACATGTTATTTTTCGTTGTATT*GCTTTGGGATTTGATGATCCG
TTGTTGTACTCAGCTTTTATCATAATTGCCTCAGACA
CGAACTCGACCAAAC

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR1H783JQ 737 0 0
TCATCATGGCAGGAACTAAAGAAGAAGATGTGAAAGATCCGAGAATCCCAAAGATCGCCT
CTTCCATTAGAGTCATCCCCGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAGGACATAACCA
CGCTGCTTCTCGACACTGAGGCATTTAAAGACACCATTGATATTTTTGTTGAAAGATACA
AAGGCAAAGGCATCTCTGTTGTTGCTGGTGTTGAAGCAAGAGGATTCATTTTTGGCCCTC
CTATTGCCTTGGCTATTGGTGCCAAATTTGTTCCCATGAGGAAGCCCAGGAAGCTTCCTG
GGAAGGTAATATCGGAGGAGTATTCGTTGGAGTATGGAACAGATAAGATAGAGATGCATG
TAGGTGCTGTAGAGCCTGGTGAGCGTGCTATCATCATTGATGACCTCATTGCCACTGGTG
GCACTCTCGCTGCTGCTATCCGTCTTCTTGAGCGAGTAGGAGTGACGATCGCTGAGTGTG
CTTGCGTGATTGAGTTACCTGTGCTCAAGGGAAGGGAGAAGCTAGGAGAGACGCCACTAT
TTATTCTTGTGACCTCTGATGCTGCTTAACAAGCAAGGAGAAACCACCCTGAAAGACATG
ATGGGTTTTATTTATTATTGGGTATAAACATGTTATTTTTCGTTGTATTTGCTTTGGGAT
TTGATGATCCGTTGTTGTACTCAGCTTTTATCATAATTGCCTCAGACACGAAACTCGACC
AAAACAGTGGTCTTATT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 11

CO CL206Contig1 893 11 12 U
GGATCATCAACTCATCATCATCAAAAACCATCCAACATGCCAAGTAGAAGTTTTGAAGAG
GACAAGGAACAATGGCGAAGTCACTCCTTTGTTCTTCAGCCCTAACCTCATTCTTGTCCT
CCACTCTCTCGTCATCAACTTCTTCCAGGAACAACCAAATCGCATGCTCAGGAAACATCA
AGAACCAGACATCGTCTCTGTCATGGAACAGGCGAGAGTTGTCGCTTGGTTTTATGAGCA
GCTTTCTGGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAGGCCGCGACGCGAATGCAGCGA
TTCTCGAAGCTGATGACGATGAAGAGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAGA
GGATTGAGAGACAGGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGCAAGATC
TTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCAG
GTTTGGTTTTGGGGAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCA
CAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAGTACAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTTTAG
CTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCGTTCGTGT
CATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAGGACAGCTCAAGG
GCATCTGATAGACTGCCTACCA*TTTGTTTACTTTTGT*TTGTAATTTTCTGAAGATTGT
CAACAAAAGAAAGAATATCATTTGAAAGTTATATCCTCTTAACATCTTTGGTTATCATTC
TTTTATACATTTGTTCGTACTTGCCTTGCATTAGCAAATTTTTTTACAGAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
40 55 55 55 55 55 55 40 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 35 65 65 50 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 50 
65 65 65 65 65 65 35 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 
65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 25 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 45 30 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D441TF U 33
AF RR1EL12TF U 1
AF RR1EB64TF U 54
AF RR1DJ91TF U 54
AF RR1BV85JQ C 307
AF RR1BV85TF U 192
AF RR1CM21TF U 185
AF RR1EL12JQ C 224
AF RR1CB90JQ C 123
AF RR1EB64JQ C 247
AF RR1D441JQ C 148
BS 1 669 RR1EL12TF
BS 670 708 RR1DJ91TF
BS 709 709 RR1BV85TF
BS 710 762 RR1DJ91TF
BS 763 763 RR1BV85TF
BS 764 787 RR1DJ91TF
BS 788 788 RR1BV85TF
BS 789 797 RR1DJ91TF
BS 798 804 RR1BV85TF
BS 805 815 RR1CM21TF
BS 816 859 RR1CB90JQ
BS 860 893 RR1D441JQ

RD RR1D441TF 580 0 0
G
AACATGCCAAGTATAAGTTTTGAAGAGGACAAGGAACAATGGCGAAGTCACTCCTTTGTT
CTTCAGCCCTAACCTCATTCTTGTCCTCCACTCTCTCGTCATCAACTTCTTCCAGGAACA
ACCAAATCGCATGCTCAGGAAACATCAAGAACCAGACATCGTCTCTGTCATGGAACAGGC
GAGAGTTGTCGCTTGGTTTTATGAGCAGCTTTCTGGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACA
GAAGAGGCCGCGACGCGAATGCAGCGATTCTCGAAGCTGATGACGATGAAGAGCTTCTGG
AGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAGAGGATTGAGAGACAGGCTGTTCTTAACTCTGCTG
TTAAAGAAAAGGGGTATTTGCAAGATCTTGTTTTCAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCA
TTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCAGGTTTGGTTTTGGGGAATGGCAGTGATACCGAAT
GGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAGTACAG
AGGTGGAAACATTTAATTCATCTTTAGCTTCTCTTGTTA

QA 2 580 2 580
DS 

RD RR1EL12TF 669 0 0
GGATCATCAACTCATCATCATCAAAAACCATCCAACATGCCAAGTAGAAGTTTTGAAGAG
GACAAGGAACAATGGCGAAGTCACTCCTTTGTTCTTCAGCCCTAACCTCATTCTTGTCCT
CCACTCTCTCGTCATCAACTTCTTCCAGGAACAACCAAATCGCATGCTCAGGAAACATCA
AGAACCAGACATCGTCTCTGTCATGGAACAGGCGAGAGTTGTCGCTTGGTTTTATGAGCA
GCTTTCTGGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAGGCCGCGACGCGAATGCAGCGA
TTCTCGAAGCTGATGACGATGAAGAGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAGA
GGATTGAGAGACAGGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGCAAGATC
TTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCAG
GTTTGGTTTTGGGGAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCA
CAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAGTACAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTTTAG
CTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCGTTCGTGT
CATCGGCTA

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DS 

RD RR1EB64TF 653 0 0
G
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TCTCCTCCACTCTCTCTTCATCAACTTCTACCAGGAACAACCAAATCGCATGCTCAGGAA
ACATCAAGAACCAGACATCGTCTCTGTCATGGAACAGACGAGAGTTGTCGCTTGGTTTTA
TAAGCACCTTTCTCGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAAGCCGCGACGCGAATG
CAGCGATTCTCGAAGCTGATGACGATGAGGAGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGA
AAAAGAGGATTGAGAGACAAGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGC
AGGATCTTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCAATTGAGAACAATGATCTACCAG
CTGCAGGTTTGGTTTTGGGAAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGG
CTTTCACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAATACAGAGGTGGAAACATTTAATTCAT
CTCTAGCTTCTCTTGTTACATCGGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCCT
TCGTGTCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTT

QA 2 653 2 653
DS 

RD RR1DJ91TF 744 0 0
G
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TGTCCTCCACTCTCTCGTCATCAACTTCTTCCAGGAACAACCAAATCGCATGCTCAGGAA
ACATCAATAACCAGACATCGTCTCTGTCATGGAACAGGCGAGAGTTGTCGCTTGGTTTTA
TGAGCAGCTTTCTGGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAGGCCGCGACGCGAATG
CAGCGATTCTCGAAGCTGATGACGATGAAGAGTTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGA
AAAAGAGGATTGAGAGACAGGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGC
AAGATCTTGTTTACCATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGAACAATGATCTACCAG
CTGCAGGTTTGGTTTTGGGGAATGGCGGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGG
CTTTCACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAGTACAGAGGTGGAAACATTTAATTCAT
CTTTAGCTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCGT
TCGTGTCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAG*ACAGC
TCAAGGGCATCTGATAGACTGCCTACCA*TTTGTTTACTTTTGT*TTGCAATTTTCTGAA
GATTGTCAACAAA*GAAAGAATA

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DS 

RD RR1BV85JQ 498 0 0
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ACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGAACAATGATTTACCAGCTGCAGGTTTGG
TTTTGGGGAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCACAAAGT
TGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAGTACAGAGGGGGAAACATTCAATTCATCTTTAGCTTTTC
TTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATTTAGAGTCATCGAAGCTCGCGTTCGTGTCATCGG
CTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTTTTTTAGGACAGCTCAAGGGCATTT
GATAGACTGCCTACCA*TTTGTTTACTTTTGT*TTGTAATTTTTTGAAGATTGTCAACAA
AAGAAAGAATATCATTTG

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DS 

RD RR1BV85TF 613 0 0
G
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TTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAGGCCGCGACGCGAATGCAGCGATTCTCGAAGCTG
ATGACGATGAA*AGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAGAGGATTGAGAGAC
AGGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAATAAAAGGGGTATTTGCAAGATCTTGTTTACAATT
TAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCAGGTTTGGTTTTGG
GGAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCACAAAGTTGAGTG
CAAGTCCAGAAGAGAGTACAGAGGTGGAAACATTCAATTCATCTTTAGCTTCTCTTGTTA
CATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCGAAGCTCGCGTTCGTGTCATCGGCTAGTG
CACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAGGACAGCTCAAGGGCATCTGATAGA
CTGCCTACCA*TTTGTTTACTTTTGT*TTGTAATTTTCTGAAGATTGTCAACAAAAGAA*
GAATATCATTTG

QA 2 613 2 613
DS 

RD RR1CM21TF 631 0 0
G
CAGACATCGTCTCTGTCATGGAACAGGCGATAGTTGTCGCTTGGTTTTATGAGCAGCTTT
CTGGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAGGCCGCGACGCGAATGCAGCGATTCTC
GAAGCTGATGACGATGAAGAGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAGAGGATT
GAGAGACAGGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGCAAGATCTTGTT
TACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCAGGTTTG
GTTTTGGGGAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCACAAAG
TTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAGTACAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTTTAGCTTCT
CTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCGTTCGTGTCATCG
GCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAGGACAGCTCAAGGGCATC
TGATAGACTGCCTACCA*TTTGTTTACTTTTGT*TTGTAATTTTCTGAAGATTGTCAACA
AAAGAAAGAATATCATTTGAAAGTTATATC

QA 2 631 2 631
DS 

RD RR1EL12JQ 592 0 0
GCTTGGTTTTATGAGCAGCTTTCTGGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAGGCCG
CGACGCGAATGCAGCGATTCTCGAAGCTGATGACGATGAAGAGCTTCTGGAGAAAGTGAA
GCAAGACCGGAAAAAGAGGATTGAGAGACAGGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAA
GGGGTATTTGCAAGATCTTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGAACAA
TGATCTACCAGCTGCAGGTTTGGTTTTGGGGAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAAC
AGCTAACTTGGCTTTCACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAGTACAGAGGTGGAAAC
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TAAGCTCGCGTTCGTGTCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCT
TTTAGGACAGCTCAAGGGCACCTGATAGACTGCCTACCA*TTTGTTTACTTTTGT*TTGT
AATTTTCTGAAGATTGTCAACAAAAGAAAGAATATCATTTGAAAGTTATA
CC

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DS 

RD RR1CB90JQ 737 0 0
ACTCTCTCGTCATCAACTTCTTCCAGGAACAACCAAATCGCATGCTCAGGAAACATCAAG
AACCAGACATCGTCTCTGTCATGGAACAGGCGAGAGTTGTCGCTTGGTTTTATGAGCAGC
TTTCTGGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAGGCCGCGACGCGAATGCAGCGATT
CTCGAAGCTGATGACGATGAAGAGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAGAGG
ATTGAGAGACAGGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGCAAGATCTT
GTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCAGGT
TTGGTTTTGGGGAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCACA
AAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAGTACAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTTTAGCT
TCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCGTTCGTGTCA
TCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAGGACAGCTCAAGGGC
ATTTGATAGACTGCCTACCA*TTTGTTTACTTTTGT*TTGTAATTTTCTGAAGATTGTCA
ACAAAAGAAAGAATATCATTTGAAAGTTATATCCTCTTAACATCTTTGGTTATCATTCTT
TTATACATTTGTTCGTA

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DS 

RD RR1EB64JQ 596 0 0
TC
GCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAAGCCGCGACGCGAATGCAGCGATTCTCGAA
GCTGATGACGATGAGGAGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAGAGGATTGAG
AGACAAGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGCAGGATCTTGTTTAC
AATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCAATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCAGGTTTGGTT
TTGGGAAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCACAAAGTTG
AGTGCAAGTCCAGAAGAGAATACAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTCTAGCTTCTCTT
GTTACATCGGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCCTTCGTGTCATCGGCT
AGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAGGACAGCTCAAGGGCATCTGA
TAGGCTGCCTACCAATTTGTTTACTTTTGTGTTGTAATTTTCTGAAGATTGTCAACAAAA
GAAAGAATATCCTTTGAAAGTTATATCCTCTTAACATCTTTGGCTATCATTCT
C

QA 3 595 3 595
DS 

RD RR1D441JQ 746 0 0
GGAACAACCAAATCGCATGCTCAGGAAACATCAAGAACCAGACATCGTCTCTGTCATGGA
ACAGGCGAGAGTTGTCGCTTGGTTTTATGAGCAGCTTTCTGGCGGTTGGTCTCGTTGGTA
ACGACAGAAGAGGCCGCGACGCGAATGCAGCGATTCTCGAAGCTGATGACGATGAAGAGC
TTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAGAGGATTGAGAGACAGGCTGTTCTTAACT
CTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGCAAGATCTTGTTTTCAATTTAAGCAAAGTAGGAC
AAGCCATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCAGGTTTGGTTTTGGGGAATGGCAGTGATA
CCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGA
GTACAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTTTAGCTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGA
ACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCGTTCGTGTCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGT
CGAGCTTGACTGGTCTTTTAGGACAGCTCAAGGGCATCTGATAGACTGCCTACCA*TTTG
TTTACTTTTGT*TTGTAATTTTCTGAAGATTGTCAACAAAAGAAAGAATATCATTTGAAA
GTTATATCCTCTTAACATCTTTGGTTATCATTCTTTTATACATTTGTTCGTACTTGCCTT
GCATTAGCAAATTTTTTTACAGAATC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 12

CO CL207Contig1 852 12 24 U
CAAAAAAATGCTTCAGAAATGTTTTACTAACAAGAAAAACAAAACATGTTTCGACTTTTT
CTAATGAAAAAACGTTGTTCCCATAGAAAGATATTATTAAACATCCAACGACCCACGCTA
CAACATATCCAGATAGAAAGTAATAAGATAGAAAGGCTCCTCCATTGCACCTTAGAACAT
CTTGGCAGAATAACGCTTGGTGTGAACAGTGGTTATTGCCCCACAAACAACCATAACATG
TAATGTGCGTCCACCCATTTCACTTCCATCAAGATCCGTCACCTTGTCTTGGGCATCTTC
TCCCTCAACAATAAAATAAACTGAACCCGAGAAAAATTCGAAGTTACTTATCTCTCCGCA
TGAAGAGAAATGTTGACGCATTGCACTCTCAATCTCACTAAGCGAGTTGTCATATCCAGT
AACATTAACGGTAATACGACGGCCTGTAGATTCCGGAAAACGATAAGGCGTAACAATGGC
CTTCCATCCTCCAACGTCAAGTCCACTAAGTAGCAACGCCTTGTCTGCTGCACCTTCTCC
CAAGATATAAACAATAGCACGCCTTGCGAGTCCTTCATCTGTTTCGCGGATAAAAATATC
AGTGACCTGTCCACATGATGACAAGAGTTTTTTCAACGCTCCTTCGACATCATCATGTGG
AAGACTGGTGTCATACCCCGCAACGAAAACCCTCCCAACGTTACGGGTTTTGAATTTGAG
TCGAAGAGTACGAGGGTCGTCCAATGCCAGCCCAATGATCCTCATCCTGGATCTGTCCGT
CAAAGACGAGTCGAGAAGATCGGCTTTGCTTGGTAGGGTATCCATAAGCCGCGATATTTT
TATCAGTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 15 50 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 35 35 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 25 25 25 25 

AF RR1G383JQ U 56
AF RR1GP35JQ U 10
AF RR1CS56JQ U 1
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AF RR1G532JQ U 29
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AF RR1GP35TF C 186
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ACATGTAATGTGCGTC

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DS 

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AAACGTTGTTCCCATAGAAAGATATTATTAAACATCCAACGACTCACGCTACAACATATC
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ACAACGCTTGGTGTGAATAGTGGTTATTGCCCCACAAACAACCATAACATGTAATGTGCG
TCCACCCATTTCACTTCCATCAAGATCCGTCACCTTGTCTTGGGCATCTTCTCCCTCAAC
AATAAAATAAACTGAACCCGAAAAAAATTCGAAGTTACTTATCTCTCCGCATGAAGAGAA
ATGTTGACGCATTGCACTCTCAATCTCACTAAGCGAGTTGTCATATG**GTAACATTAAC
GGTAATACGACGGCCTGTAGATTCCGGAAAACGATAAGGCGTAACAATGGCCTTCCATCC
TCCAACGTCAAGTCCACTAAGTAGCAACGCCTTGTCTGCTGCACCTTCTCCCAAGATATA
AACAATAGCACGCCTTGCGAGTCCTTCATCTGTTTCGCGGATAAAAATATCAGTGACCTG
TCCACATGATGACAAGAGTTTTTTCAACGCTCCTTCGAC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1CS56JQ 701 0 0
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CTAATGAAAAAACGTTGTTCCCATAGAAAGATATTATTAAACATCCAACGACTCACGCTA
CAACATATCCAGATAGAAAGTAATAAGATAGAAAGGCTCCTCCATTGCACCTTAAAACAT
CTTGGCAGAATAACGCTTGGTGTGAACAGTGGTTATTGCCCCACAAACAACCATAACATG
TAATGTGTGTCCACCCATTTCACTTCCATCAAGATCCGTCACCTTGTCTTGGGCATCTTC
TCCCTCAACAATAAAATAAACTGAACCCGAGAAAAATTCGAAGTTACTTATCTCTCCGCA
TGAAGAGAAATGTTGACGCATTGCACTCTCAAACTCACTAAGCGAGTTGTCATATCCAGT
AACATTAACGGTAATACGACGGCCTGTAAATTCCGGAAAACGATAAGGCGTAACAATGGT
CTTCCATCCTCCAACGTCAATTCCACTAAGTAGCAACGCCTTGTCTGCTGCACCTTCTCC
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AGTGACCTGTCCACATGATGACAAGAGTTTTTTCAACGCTCCTTCGACATCATCATGTGG
AAGACTGGTGTCATACCCCGCAACGAAAACCCTCCCAACGT

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DS 

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G
GCTTCAGAAATGTTTTACTAACAAGAAAAACAAAACATGTTTCGACTTTTTCTAATGAAA
AAACGTTGTTCCCATAGAAAGATATTATTAAACATCCAACGACTCACGCTACAACATATC
CAGATAGAAAGTAATAAGATAGAAAGGCTCCTCCATTGCACCTTAAAACATCTTGGCAGA
ATAACGCTTGGTGTGAACAGTGGTTATTGCCCCACAAACAACCATAACATGTAATGTGTG
TCCACCCATTTCACTTCCATCAAGATCCGTCACCTTGTCTTGGGCATCTTCTCCCTCAAC
AATAAAATAAACTGAACCCGAGAAAAATTCGAAGTTACTTATCTCTCCGCATGAAGAGAA
ATGTTGACGCATTGCACTCTCAATCTCACTAAGCGAGTTGTCATATCCAGTAACATTAAC
GGTAATACGACGGCCTGTAGATTCCGGAAAACGATAAGGCGTAACAATGGCCTTCCATCC
TCCAACGTCAATTCCACTAAGTAGCAACGCCTTGTCTGCTGCACCTTCTCCCAAGATATA
AACAATAGCACGCCTTGCGAGTCCTTCATCTGTTTCGTGGATAAAAATATCAGTGACCCG
TCCACATGATGACAAGAGTTTTTTCAACGCTCCTTCGACATCATCATGTGGAAGACTGGT
GGCATACCCC

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DS 

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TAGAAAGGCTCCTCCATTGCACCTTAGAACATCTTGGCAGAATAACGCTTGGTATGAACA
GTGGTTATTGCCCCACAAACAACCATAACATGTAATGTGCGTCCACCCATTTCACTTCCA
TCAAGATCCGTCACCTTGTCTTGGGCATCTTCTCCCTCAACAATAAAATAAACTGAACCC
GAGAAAAATTCGAAGTTACTTATCTCTCCGCATGAAGAGAAATGTTAACGCATTGCACTC
TCAATCTCACTAAGCGAGTTGTCATATCCAGTAACATTAACGGTAATACGACGGCCTGTA
GATTCCGGAAAACGATAAGGCGTAACAATGGCCTTCCATCCTCCAACGTCAAGTCCACTA
AGTAGCAACGCCTTGTCTGCTGCACCTTCTCCCAAGATATAAACAATAGCACGCCTTGCG
AGTCCTTCATCTGTTTCGCGGATAAAAATATCAGTGACCTGTCCACATGATGACAAGAGT
TTTTTCAACGCTCCTTCGACATCATCATGTGGAAGACTGGTGTCATACCCCGCAACGAAA
ACCCTCCCAACGTTACGGGTTTTGAATTTGAGTCGAAGAGTACGAGGGTCGTCCAATGCC
AGCCCAATGACCCTCATCCTGGATCTGTCCGTCAAAGACGAGTCGAGAAG

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DS 

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T
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AATAAGATAGAAAGGCTCCTCCATTGCACCTTAGAACATCTTGGCAGAATAACGCTTGGT
GTGAACAGTGGTTATTGCCCCACAAACAACCATAACATGTAATGTGCGTCCACCCATTTC
ACTTCCATCAAGATCCGTCACCTTGTCTTGGGCATCTTCTCCCTCAACAATAAAATAAAC
TGAACCCGAGAAAAATTCGAAGTTACTTATCTCTCCGCATGAAGAGAAATGTTGACGCAT
TGCACTCTCAATCTCACTAAGCGAGTTGTCATATCCAGTAACATTAACGGTAATACGACG
GCCTGTAGATTTCGGAAAACGATAAGGCGTAACAATGGCCTTCCATCCTCCAACGTCAAG
TCCACTAAGTAGCAACGCCTTGTCTGCTGCACCTTCTCCCAAGATATAAACAATAGCACG
CCTTGCGAGTCCTTCATCTGTTTCGCGGATAAAAATATCAGTGACCTGTCCACATGATGA
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AACGAAAACCCTCCCAACGTTACGGGTTTTGAATTTGAGTCGAAGAGTACGAGGGTCGTC
CAATGCCAGCCCAATGATCCTCATCCTGGATCTGTCCGTCAAAGACGAGTCGAGAA

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GCATCTTCTCCCTCAACAATAAAATAAACTGAACCCGAGAAAAATTCGAAGTTACTTATC
TCTCCGCATGAAGAGAAATGTTGACGCATTGCACTCTCAAACTCACTAAGCGAGTTGTCA
TATCCAGTAACATTAACGGTAATACGACGGCCTGTAGATTCCGGAAAACGATAAGGCGTA
ACAATGGTCTTCCATCCTCCAACGTCAATTCCACTAAGTAGCAACGCCTTGTCTGCTGCA
CCTTCTCCCAAGATATAAACAATAGCACGCCTTGCGAGTCCTTCATCTGTTTCGTGGATA
AAAATATCAGTGACCTGTCCACATGATGACAAGAGTTTTTTCAACGCTCCTTCGACATCA
TCATGTGGAAGACTGGTGTCATACCCCGCAACGAAAACCCTCCCAACGTTACGGGTTTTG
AATTTGAGTCGAAGAGTACGAGGGTCGTCCAATGCCAGCCCAATGATCCTCATCCTGGAT
CTGTCCGTCAA*GACGAGTCGAGAA

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DS 

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GCTCCTCCATTGCAC*TTAGAACATCTTGGCAGAATAACGCTTGGTATGAACAGTGGTTA
TTGCCCCACAAACAACCATAACATGTAATGTGCGTCCACCCATTTCACTTCCATCAAGAT
CCGTCACCTTGTCTTGGGCATCTTCTCCCTCAACAATAAAATAAACTGAACCCGAGAAAA
ATTCGAAGTTACTTATCTCTCCGCATGAAGAGAAATGTTAACGCATTGCACTCTCAATCT
CACTAAGCGAGTTGTCATATCCAGTAACATTAACGGTAATACGACGGCCTGTAGATTCCG
GAAAACGATAAGGCGTAACAATGGCCTTCCATCCTCCAACGTCAAGTCCACTAAGTAGCA
ACGCCTTGTCTGCTGCACCTTCTCCCAAGATATAAACAATAGCACGCCTTGCGAGTCCTT
CATCTGTTTCGCGGATAAAAATATCAGTGACCTGTCCACATGATGACAAGAGTTTTTTCA
ACGCTCCTTCGACATCATCATGTGGAAGACTGGTGTCATACCCCGCAACGAAAACCCTCC
CAACGTTACGGGTTTTGAATTTGAGTCGAAGAGTACGAGGGTCGTCCAATGCCAGCCCAA
TGACCCTCATCCTGGATCTGTCCGTCAAAGACGAGTCGAGAAGATCGGCTTTGCTTGGTA
GGGTATCCATAAGCCGCGATATTTTTATCAGTT

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DS 

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ATCTTCTCCCTCAACAATAAAATAAACTGAACCCGAGAAAAATTCGAAGTTACTTATCTC
TCCGCATGAAGAGAAATGTTAACGCATTGCACTCTCAATCTCACTAAGCGAGTTGTCATA
TCCAGTAACATTAACGGTAATACGACGGCCTGTAGATTCCGGAAAACGATAAGGCGTAAC
AATGGCCTTCCATCCTCCAACGTCAAGTCCACTAAGTAGCAACGCCTTGTCTGCTGCACC
TTCTCCCAAGATATAAACAATAGCACGCCTTGCGAGTCCTTCATCTGTTTCGCGGATAAA
AATATCAGTGACCTGTCCACATGATGACAAGAGTTTTTTCAACGCTCCTTCGACATCATC
ATGTGGAAGACTGGTGTCATACCCCGCAACGAAAACCCTCCCAACGTTACGGGTTTTGAA
TTTGAGTCGAAGAGTACGAGGGTCGTCCAATGCCAGCCCAATGACCCTCATCCTGGATCT
GTCCGTCAAAGACGAGTCGAGAAGATCGGCTTTGCTTGGTAGGGTATCCATAAGCCGCGA
TATTTTTATCAGTTCTCC

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DS 

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CTTCTCCCTCAACAATAAAATAAACTGAACCCGAGAAAAATTCGAAGTTACTTATCTCTC
CGCATGAAGAGAAATGTTGACGCATTGCACTCTCAATCTCACTAAGCGAGTTGTCATATC
CAGTAACATTAACGGTAATACGACGGCCTGTAGATTTCGGAAAACGATAAGGCGTAACAA
TGGCCTTCCATCCTCCAACGTCAAGTCCACTAAGTAGCAACGCCTTGTCTGCTGCACCTT
CTCCCAAGATATAAACAATAGCACGCCTTGCGAGTCCTTCATCTGTTTCGCGGATAAAAA
TATCAGTGACCTGTCCACATGATGACAAGAGTTTTTTCAACGCTCCTTCGACATCATCAT
GTGGAAGACTGGTGTCATACCCCGCAACGAAAACCCTCCCAACGTTACGGGTTTTGAATT
TGAGTCGAAGAGTACGAGGGTCGTCCAATGCCAGCCCAATGATCCTCATCCTGGATCTGT
CCGTCAAAGACGAGTCGAGAAGATCGGCTTTGCTTGGTAGGGTATCCATAAGCCGCGATA
TTTTTATCAGTTCTCC

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DS 

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CTTATCTCTCCGCATGAAGAGAAATGTTGACGCATTGCACTCTCAATCTCACTAAGCGAG
TTGTCATATCCAGTAACATTAACGGTAATACGACGGCCTGTAGATTCCGGAAAACGATAA
GGCGTAACAATGGCCTTCCATCCTCCAACGTCAATTCCACTAAGTAGCAACGCCTTGTCT
GCTGCACCTTCTCCCAAGATATAAACAATAGCACGCCTTGCGAGTCCTTCATCTGTTTCG
TGGATAAAAATATCAGTGACCCGTCCACATGATGACAAGAGTTTTTTCAACGCTCCTTCG
ACATCATCATGTGGAAGACTGGTGGCATACCCCGCGACGAAAACCCTCCCAACGTTACGG
GTTTTGAATTTGAGTCGAAGAGTACGAGGGTCGTCCAATGCCAGCCCAATGATCCTCATC
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DS 

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TGCGTCCACCCATTTCACTTCCATCAAGATCCGTCACCTTGTCTTGGGCATCTTCTCCCT
CAACAATAAAATAAACTGAACCCGAGAAAAATTCGAAGTTACTTATCTCTCCGCATGAAG
AGAAATGTTGACGCATTGCACTCTCAATCTCACTAAGCGAGTTGTCATATG**GTAACAT
TAACGGTAATACGACGGCCTGTAGATTCCGGAAAACGATAAGGCGTAACAATGGCCTTCC
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TATAAACAATAGCACGCCTTGCGAGTCCTTCATCTGTTTCGCGGATAAAAATATCAGTGA
CCTGTCCACATGATGACAAGAGTTTTTTCAACGCTCCTTCGACATCATCATGTGGAAGAC
TGGTGTCATACCCCGCAACGAAAACCCTCCCAACGTTACGGGTTTTGAATTTGAGTCGAA
GAGTACGAGGGTCGTCCAATGCCAGCCCAATGATCCTCATCCTGGATCTGTCCGTCAAAG
ACGAGTCGAGAAGATCGGCTTTGCTTGGTAGGGTATCCATAAGCCGCGATATTTTTATCA
GTTCTCC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 10

CO CL208Contig1 1008 10 17 U
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GGTATCTTTGGAATCCGGATCCAAGATCCAAGTTCCGGAGCCGGTAGAGTCCAAGCCAAG
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CAAAACGAAGGAGACCGACTAGTTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCACCGGAATGGCTAGAC
GGATCGATGATCGGAGACCGTGGATTCGACCCCTTCGGTTTAGGTAAACCGGCTGAGTAT
CTTCAGTACGATTTCGACGGGCTTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCGGGTGAAATC
CTTGGGGTCAGGCAGGAATCGAAGGAGATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAA
GTGTTCGGGATCGAACGTTTCAGAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTT
GGTGTTCTTGGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGG
AAGGTGGAACTGGTGGAAGGTTCGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTCTCCTTGACG
ACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGGTTGGTTACATCGAGTTCCAGCGTAACGCTGAG
CTGGATCCGGAGAAACGTATTTACCCGGGTGGGTATTTTGACCCGTTGGGACTTGCGGCT
GACCCAGCGAAGTTGGATACCTTGAAGCTGGCTGAGATCAAGCACTCTCGTCTCGCCATG
ATCGCATTCCTCATCTTTTCACTTCAGGCGGCCTTTACTGGCAAAGGCCCCATCAGCTTC
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TACAATCATCTAAAACTAAAAATGTATGTTTATCTTAAAGAGGCTGTGATGTACTCTATC
GACCGTGTTAATTCCGAACGAGTTTGTTTATTGTTTTGGTGTTGTTGG


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 15 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV89TF U 1
AF RR1DU58TF U 1
AF RR1EG24TF U 1
AF RR1BG17TF U 4
AF RR1AO49TF U 21
AF RR1BF26TF U 21
AF RR1AO49JQ C 96
AF RR1EG24JQ C 282
AF RR1BG17JQ C 115
AF RR1DV89JQ C 419
BS 1 267 RR1DU58TF
BS 268 268 RR1DV89TF
BS 269 717 RR1DU58TF
BS 718 722 RR1EG24TF
BS 723 741 RR1BG17TF
BS 742 742 RR1AO49TF
BS 743 754 RR1BG17TF
BS 755 755 RR1AO49TF
BS 756 782 RR1BG17TF
BS 783 783 RR1AO49TF
BS 784 807 RR1BG17TF
BS 808 808 RR1AO49JQ
BS 809 812 RR1BG17TF
BS 813 813 RR1AO49JQ
BS 814 826 RR1BG17TF
BS 827 989 RR1AO49JQ
BS 990 1008 RR1DV89JQ

RD RR1DV89TF 659 0 0
GGATC
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CTTTGGAATCCGGATCCAAGATCCAAGTTCCGGAGCCGGTAGAGTCCAAGCCAAGTTCAA
TTTCAGCTTCGGGAAAAAGAAAGCAGCTCCACCGCCGAAGAAAACCAAGCAGGTCCAAAA
CGAAGGAGACCGACTAGTTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCACCGGAATGGCTAGACGGATC
GATGATCGGAGACCGTGGATTCGACCCCTTCGGTTTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCA
GTACGATTTCGACGGGCTTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCGGGTGAAATCCTTGG
GGTCAGGCAGGAATCGAAGGAGATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTGTT
CGGGATCGAACGTTTCAGAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGT
TCTTGGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGGAAGGT
GGAACTGGTGGAAGGTTCGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTCTCCTTGACGACGTT
GATATGGATCGAGGTGTTAGTGGTTGGTTACATCGAGTTCCAGCGTA
CGCTGAG

QA 6 652 6 652
DS 

RD RR1DU58TF 720 0 0
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GGTATCTTTGGAATCCGGATCCAAGATCCAAGTTCCGGAGCCGGTAGAGTCCAAGCCAAG
TTCAATTTCAGCTTCGGGAAAAAGAAAGCAGCTCCACCGCCGAAGAAAACCAAGCAGGTC
CAAAACGAAGGAGACCGACTAGTTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCACCGGAATGGCTAGAC
GGATCGATGATCGGAGACCGTGGATTCTACCCCTTCGGTTTAGGTAAACCGGCTGAGTAT
CTTCAGTACGATTTCGACGGGCTTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCGGGTGAAATC
CTTGGGGTCAGGCAGGAATCGAAGGAGATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAA
GTGTTCGGGATCGAACGTTTCAGAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTT
GGTGTTCTTGGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGG
AAGGTGGAACTGGTGGAAGGTTCGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTCTCCTTGACG
ACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGGTTGGTTACATCGAGTTCCAGCGTAACGCTGAG
CTGGATCCGGAGAAACGTATTTACCCGGGTGGGTATTTTGACCCGTTGGGACTTGCG
CTG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1EG24TF 722 0 0
GGATC
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CTTTGGAATCCGGATCCAAGATCCAAGTTCCGGAGCCGGTAGAGTCCAAGCCAAGTTCAA
TTTCAGCTTCGGGAAAAAGAAAGCAGCTCCACCGCCGAAGAAAACCAAGCAGGTCCAAAA
CGAAGGAGACCGACTAGTTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCACCGGAATGGCTAGACGGATC
GATGATCGGAGACCGTGGATTCGACCCCTTCGGTTTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCA
GTACGATTTCGACGGGCTTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCGGGTGAAATCCTTGG
GGTCAGGCAGGAATCGAAGGAGATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTGTT
CGGGATCGAACGTTTCAGAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGT
TCTTGGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGGAAGGT
GGAACTGGTGGAAGGTTCGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTCTCCTTGACGACGTT
GATATGGATCGAGGTGTTAGTGGTTGGTTACATCGAGTTCCAGCGTAACGCTGAGCTGGA
TCCGGAGAAACGTATTTACCCGGGTGGGTATTTTGACCCGTTGGGACTTGCGGCTGA

QA 6 722 6 722
DS 

RD RR1BG17TF 823 0 0
GG
ACTCGCCAAGCCGAAACAAATCAAAATGGCTACCACCACTGCAGCTGCAGCCTCTGGTAT
CTTTGGAATCCGGATCCAAGATCCAAGTTCCGGAGCCGGTAGAGTCCAAGCCAAGTTCAA
TTTCAGCTTCGGGAAAAAGAAAGCAGCTCCACCGCCGAAGAAAACCAAGCAGGTCCAAAA
CGAAGGAGACCGACTAGTTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCACCGGAATGGCTAGACGGATC
GATGATCGGAGACCGTGGATTCGACCCCTTCGGTTTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCA
GTACGATTTCGACGGGCTTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCGGATGAAATCCTTGG
GGTCAGGCAGGAATCGAAGGAGATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTGTT
CGGGATCGAACGTTTCAGAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGT
TCTTGGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGGAAGGT
GGAACTGGTGGAAGGTTCGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTCTCCTTGACGACGTT
GATATGGATCGAGGTGTTAGCGGTTGGTTACATCGAGTTCCAGCGTAACGCTGAGCTGGA
TCCGGAGAAACGTATTTACCCGGGTGGGTATTTTGACCCGTTGGGACTTGCGGCTGACCC
AGCGAAGTTGGATACCCTGAAGCTGGCTGGGATCAAGCACTCTCGTCTCGCCATGAT*GC
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QA 3 823 3 823
DS 

RD RR1AO49TF 783 0 0
GG
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AAGATCCAAGTTCCGGAGCCGGTAGAGTCCAAGCCAAGTTCAATTTCAGCTTCGGGAAAA
AGAAAGCAGCTCCACCGCCGAAGAAAACCAAGCAGGTCCAAAACGAAGGAGACCGACTAG
TTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCACCGGAATGGCTAGACGGATCGATGATCGGAGACCGTG
GATTCGACCCCTTCGGTTTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCAGTACGATTTCGACGGGC
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AGGAGATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTGTTCGGGATCGAACGTTTCA
GAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGTTCTTGGCGCTCTTGCCG
TCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGGAAGGTGGAACTGGTGGAAGGTT
CGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTCTCCTTGACGACGTTGATATGGATCGAGGTGT
TAGTGGTTGGTTACATCGAGTTCCAGCGTAACGCTGAGCTGGATCCGGAGAAACGTATTT
ACCCGGGTGGGTATTTTGACCCGTTGGGACTTGCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATACCT
TGAAGCTGGCTGAGATCAAGCACTCTCGTCTCGCCATGATCGCATTCCTCATCTTTTCAC
T

QA 3 783 3 783
DS 

RD RR1BF26TF 783 0 0
GT
AAATCAAAATGGCTACCACCACTGCAGCTGCATCCTCTGGTATCTTTGGAATCCGGATCC
AAGATCCAAGTTCCGGAGCCGGTAGAGTCCAAGCCAAGTTCAATTTCAGCTTCGGGAAAA
AGAAAGCAGCTCCACCGCCGAAGAAAACCAAGCAGGTCCAAAACGAAGGAGACCGACTAG
TTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCACCGGAATGGCTAGACGGATCGATGATCGGAGACCGTG
GATTCGACCCCTTCGGTTTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCAGTGCGATTTCGACGGGC
TTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCAGGTGAAATCCTTGGGGTCAGGCAGGAATCGA
AGGAGATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTGTTCGGGATCGAACGTTTCA
GAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGTTCTTGGCGCTCTTGCCG
TCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGGAAGGTGGAACTGGTGGAAGGTT
CGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTCTCCTTGACGACGTTGATATGGATCGAGGTGT
TAGTGGTTGGTTACATCGAGTTCCAGCGTAACGCTGAGCTGGATCCGGAGAAACGTATTT
ACCCGGGTGGGTATTTTGACCCGTTGGGACTTGCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATACCT
TGAAGCTGGCTGAGATCAAGCACTCTCGTCTCGCCATGATCGCATTCCTCATCTTTTCAC
T

QA 3 783 3 783
DS 

RD RR1AO49JQ 894 0 0
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ACCGCCGAAGAAAACCAAGCAGGTCCAAAACGAAGGAGACCGACTAGTTTGGTTCCCCGG
CGCAAACCCACCGGAATGGCTAGACGGATCGATGATCGGAGACCGTGGATTCGACCCCTT
CGGTTTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCAGTACGATTTCGACGGGCTTGACCAAAACCT
CGCCAAGAACGTGGCGGGTGAAATCCTTGGGGTCAGGCAGGAATCTAAGGAGATCAACCC
GACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTGTTCGGGATCGAACGTTTCAGAGAATGCGAGCT
TATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGTTCTTGGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCAC
CGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGGAAGGTGGAACTGGTGGAAGGTTCGTCGTATTTGGG
ACAGCCATTACCATTCTCCTTGACGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGGTTGGTTA
CATCGAGTTCCAGCGTAACGCTGAGCTGGATCCGGAGAAACGTATTTACCCGGGTGGGTA
TTTTGACCCGTTGGGACTTGCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATACCTTGAAGCTGGCTGA
GATCAAGCACTCTCGTCTCGCCATGATCGCATTCCTCATCTTTTCACTTCAGGCGGCCTT
TACTGGCAAAGGCCCCATCAGCTTCCTCGCTACTTTTAGCAGCTAAAATGAGCCTTTCTA
TCTTTGTGTTTCTATGTATGTTTTCTACAATCATCTAAAACTAAAAATGTATGTTTATCT
TAAAGAGGCTGTGATGTACTCTATCGACCGTGTTAATTCCGAACGAGTTTGTTT

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DS 

RD RR1EG24JQ 708 0 0
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GAACGTGGCGGGTGAAATCCTTGGGGTCAGGCAGGAATCGAAGGAGATCAACCCGACGCC
GTTTCAGCCATACACTGAAGTGTTCGGGATCGAACGTTTCAGAGAATGCGAGCTTATCCA
TGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGTTCTTGGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGAT
CGCCTGGCAAGACGCCGGGAAGGTGGAACTGGTGGAAGGTTCGTCGTATTTGGGACAGCC
ATTACCATTCTCCTTGACGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGGTTGGTTACATCGA
GTTCCAGCGTAACGCTGAGCTGGATCCGGAGAAACGTATTTACCCGGGTGGGTATTTTGA
CCCGTTGGGACTTGCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATACCTTGAAGCTGGCTGAGATCAA
GCACTCTCGTCTCGCCATGATCGCATTCCTCATCTTTTCACTTCAGGCGGCCTTTACTGG
CAAAGGCCCCATCAGCTTCCTCGCTACTTTTAGCAGCTAAAATGAGCCTTTCTATCTTTG
TGTTTCTATGTATGTTTTCTACAATCATCTAAAACTAAAAATGTATGTTTATCTTAAAGA
GGCTGTGATGTACTCTATCGACCGTGTTAATTCCGAACGAGTTTGTTT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1BG17JQ 862 0 0
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CTAGACGGATCGATGATCGGAGACCGTGGATTCGACCCCTTCGGTTTAGGTAAACCGGCT
GAGTATCTTCAGTACGATTTCGACGGGCTTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCGGAT
GAAATCCTTGGGGTCAGGCAGGAATCGAAGGAGATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATAC
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ATGCTTGGTGTTCTTGGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGAC
GCCGGGAAGGTGGAACTGGTGGAAGGTTCGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTCTCC
TTGACGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGCGGTTGGTTACATCGAGTTCCAGCGTAAC
GCTGAGCTGGATCCGGAGAAACGTATTTACCCGGGTGGGTATTTTGACCCGTTGGGACTT
GCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATACCCTGAAGCTGGCTGGGATCAAGCACTCTCGTCTC
GCCATGAT*GCATTCCTCATCTTTTCACTTCAGGCGGCCTTTACTGGCAAAGGCCCCATC
AGCTTCCTCGCTACTTTTAGCAGCTAAAATGAGCCTTTCTATCTTTGTGTTTCTATGTAT
GTTTTCTACAATCATCTAAAACTAAAAATGTATGTTTATCTTAAAGAGGCTGTGATGTAC
TCTATCGACCGTGTTAATTCCG

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR1DV89JQ 590 0 0
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TTGGTGTTCTTGGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCG
GGAAGGTGGAACTGGTGGAAGGTTCGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTCTCCTTGA
CGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGGTTGGTTACATCGAGTTCCAGCGTAACGCTG
AGCTGGATCCGGAGAAACGTATTTACCCGGGTGGGTATTTTGACCCGTTGGGACTTGCGG
CTGACCCAGCGAAGTTGGATACCTTGAAGCTGGCTGAGATCAAGCACTCTCGTCTCGCCA
TGATCGCATTCCTCATCTTTTCACTTCAGGCGGCCTTTACTGGCAAAGGCCCCATCAGCT
TCCTCGCTACTTTTAGCAGCTAAAATGAGCCTTTCTATCTTTGTGTTTCTATGTATGTTT
TCTACAATCATCTAAAACTAAAAATGTATGTTTATCTTAAAGAGGCTGTGATGTACTCTA
TCGACCGTGTTAATTCCGAACGAGTTTGTTTATTGTTTTGGTGTTGTTGG

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 12

CO CL209Contig1 729 12 10 U
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AGAGAGGGGAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGAGGTTATCAAGGTGGTTATG
GCTTCCGTTGCCTCCGTAGTCTTTTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCGCTTGTTCAGCC
GTGGCATTAGCCGTATCCACGCCACTTTTCATCATCTTCAGTCCGATTCTCGTACCCGCC
ACTATAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCCACCCTCGGAGCGACG
GGCATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAACCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAGCTCAG
CCATCCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGG
TTAATTGATATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAAGGTAAATCTAAAGGTAAA
AAAGGTAAAGGTAAGAAAAAAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAAAGATAAGAAAAAGGGTAAA
GGTTCACGTAAGGGTTCATCTGATGATGAAAGTTCATAAATGGAAGCTCATATAGGAATT
GTGGTAAATGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAAACACATTGGTCCATGTATT
CCAATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCACCTATTATAATAAAAGGCT
TTGATTAAC


BQ
10 10 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 55 70 55 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 40 40 40 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 55 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 50 50 45 45 45 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 10 10 10 

AF RR1B266JQ C 345
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AF RR1BQ69JQ C 1
AF RR1DX86JQ C 87
AF RR1F051JQ C 59
AF RR1GN73JQ C 3
AF RR1B266TF U 196
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T

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DS 

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DS 

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CCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGGTTAA
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TATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCACCTATTATAATA

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DS 

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AATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCAGCTATTATA
TAAAAGCTTTGATTA

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DS 

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CCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGGTTAA
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DS 

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CATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAACCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAGCTCAGCC
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AATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCACCTATTATAATAAAAG
CTTTGATTAATA

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DS 

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GC
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CATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAACCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAGTTCAGCC
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AATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCACCTATTATAATAAAAGGCTTT
GATT

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DS 

RD RR1DX86JQ 640 0 0
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TTCATATAAAGATAAACACATTGGTCCATGTATTCCAATATTTAGAATACGTTGTGTATT
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DS 

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CCACTATAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCCACCCTCGGAGCGA
CGGGCATGGGTCTCCTCATACGGCTCATTAAGAATCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAGCTC
AGCCATCCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAA
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TTCCAATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCAGCTATTATAATAAAAGG
CTTTGATT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1GN73JQ 724 0 0
GG
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AGGGGAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGAGGTTATCAAGGTGGTTATGGCTT
CCGTTGCCTCCGTAGTCTTTTTAGGCTTCGCCGGTGCAACACTCGCTTGTTCAGCCGTGG
CATTAGCCGTATCCACGCCACTTTTCATCATCCTCAGTCCGATTCTCGTACCCGCCACTA
TAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCCACCCTCGGAGCGACGGGCA
TGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAACCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAGCTCAGCCAT
CCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGGTTAA
T**ATATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAAGGTAAATCTAAAGGTAAAAAAG
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TAAATGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAAACACATTGGTCCATGTATTCCAA
TATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCACCTATTATAATAAAAGGCTTTGA
TT

QA 3 724 3 724
DS 

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G
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TAAAGATAAATTCATATAAAGATAAACACATTGGTCCATGTATTCCAATATTTAGAATAC
GTTGTGTATTCATGAATTTATGCCACCTATTATAATAAAAGGCTTTGATTAAC

QA 2 534 2 534
DS 



AS 1 12

CO CL210Contig1 929 12 15 U
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ATATGATTTGTTCTGTTCAGGGCCGTCTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 10 10 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ84TF U 24
AF RR1CD96TF U 24
AF RR1GP45TF U 1
AF RR1E323TF U 65
AF RR1BG68TF U 1
AF RR1G618TF U 39
AF RR1CD96JQ C 148
AF RR1BG68JQ C 76
AF RR1G618JQ C 216
AF RR1CX59JQ C 285
AF RR1CX59TF U 360
AF RR1GP45JQ C 226
BS 1 67 RR1BG68TF
BS 68 68 RR1CD96TF
BS 69 156 RR1BG68TF
BS 157 157 RR1CD96TF
BS 158 313 RR1BG68TF
BS 314 314 RR1CD96TF
BS 315 619 RR1BG68TF
BS 620 620 RR1CD96TF
BS 621 745 RR1BG68TF
BS 746 746 RR1G618TF
BS 747 784 RR1BG68TF
BS 785 785 RR1G618TF
BS 786 798 RR1BG68TF
BS 799 862 RR1CX59TF
BS 863 929 RR1GP45JQ

RD RR1EZ84TF 109 0 0
GG
ATTTCGCGTTTTGTTGCGTCTTTCGTCAGATCTGCTCCATTTCTGGATAAGCATCTCTCA
TCTTCTTCCCATGGACGTAGGCGG***AGGAGGTGATAGTGGTTCAG

QA 3 109 3 109
DS 

RD RR1CD96TF 606 0 0
GG
ATTTCGCGTTTTGTTGCGTCTTTCGTCAGATCTGCTCCATTTCTGGATAAGCATCTCTCA
TCTTCTTCCCATTGACGTAGGCGG***AGGAGGTGATAGTGGTTCAGTGGCGACCCCGGT
TCAACAGAAAGCACACGAGGCGTGGAGGATCTACCAGCATTACCTCGACAAGACCACGCC
TCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTCGCCTACTGTTTGAGGGT
TTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCTTACGGTCTCGGAATCTACCTCTTGAATCT
CCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCTGGTGGGGGATCTGATGG
ACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGA
GTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAAGGCGTTCTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTT
CTCGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTT
TGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGTACAAGTACATCCC*TTTCA
GCTT

QA 3 606 3 606
DS 

RD RR1GP45TF 617 0 0
GGGCGGATCAAAATCCATTTGCTTCATTTCGCGTTTTGTTGCGTCTTTCGTCAGATCTGC
TCCATTTTTGGATAAGCATCTCTCATCTTCTTCCCATGGACGTAGGCGGCGGAGGAGGTG
ATAGTGGTTCAGTGGCGACCCCGGTTCAACAGAAAGCACACGAGGCGTGGAGGATCTACC
AGCATTACCTCGACAAGACCACGCCTCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTCGTCG
TGGCCCTCGCCTACTGTTTGAGGGTTTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCTTACG
GTCTCGGAATCTACCTCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCG
AGGCTTCTGGTGGGGGATCTGATGGACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAGTTCA
AGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAAGGCGTTCT
GCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCTATCC
TGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGA
TCAAGTACAAGTACATC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1E323TF 552 0 0
TTTT
TGGATAAGCATCTCTCATCTTCTTCCCATGGACGTAGGCGGCGGAGGAGGTGATAGTGGT
TCAGTGGCGACCCCGGTTCAACAGAAAGCACACGAGGCGTGGAGGATCTACCAGCATTAC
CTCGACAAGACCACGCCTCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTC
GCCTACTGTTTGAGGGTTTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCTTACGGTCTCGGA
ATCTACCTCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCT
GGTGGGGGATCTGATGGACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTC
ATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAAGGCGTTCTGCATTGCG
TTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGC
TATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGTAC
AAGTACAT

QA 5 552 5 552
DS 

RD RR1BG68TF 798 0 0
GGGCGGATCAAAATCCATTTGCTTCATTTCGCGTTTTGTTGCGTCTTTCGTCAGATCTGC
TCCATTTTTGGATAAGCATCTCTCATCTTCTTCCCATGGACGTAGGCGGCGGAGGAGGTG
ATAGTGGTTCAGTGGCGACCCCGGTTCAACAGAAAGTACACGAGGCGTGGAGGATCTACC
AGCATTACCTCGACAAGACCACGCCTCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTCGTCG
TGGCCCTCGCCTACTGTTTGAGGGTTTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCTTACG
GTCTCGGAATCTAGCTCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCG
AGGCTGCTGGTGGGGGATCTGATGGACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAGTTCA
AGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAAGGCGTTCT
GCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCTATCC
TGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGA
TCAAGTACAAGTACATCCCCTTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGAAGCGCC
AGCGGCCCACGTAATGCGGACTGATCTGACCAATTTTATGATGAATGTTGGCCATTGCAA
AACAACAAAACATTTGTTTTTTTTTTCTTAGAAAATCATTTGGACTATTTTTACATTTGA
CAAA*GTTATGCAGCTAC

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1G618TF 760 0 0
GG
GCGTCTTTCGTCAGATCTGCTCCATTTCTGGATAAGCATCTCTCATCTTCTTCCCATGGA
CGTAGGCGG***AGGAGGTGATAGTGGTTCAGTGGCGACCCCGGTTCAACAGAAAGCACA
CGAGGCGTGGAGGATCTACCAGCATTACCTCGACAAGACCACGCCTCACGCTACTTACAG
GTGGATCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTCGCCTACTGTTTGAGGGTTTACTACATCCAGGG
ATTCTACATCATCGCTTACAGTCTCGGAATCTACCTCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTT
GTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCTGGTGGGGGATCTGATGGACCTTCGCTTCCTAC
TAGAGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTA
TTCGATGACAAAGGCGTTCTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGT
GCCTGTGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAG
ACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGTACAAGTACATCCC*TTTCAGCTTCGTCAAACAGA
AATATGGTGGACGAAGCGCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGATCTGACCAATTTTATG
ATGAATGTTGGCCATTGCAAA*CAACAAAACATTTGTTTTTTTTT*CTTAGAAA*TCATT
TGGACTATTTTTACATTTGACAAAAGTTATGCAGCTAC

QA 3 760 3 760
DS 

RD RR1CD96JQ 669 0 0
AACAGAAAGCACACGAGGCGTGGAGGATCTACCAGCATTACCTCGACAAGACCACGCCTC
ACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTCGCCTACTGTTTGAGGGTTT
ACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCTTACGGTCTCGGAATCTACCTCTTGAATCTCC
TCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCTGGTGGGGGATTTGATGGAC
CTTCGCTTCCTACTAGAGGCTTTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGT
TCAAGTTTTGGTATTCGATGACAAAGGCGTTTTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCT
CGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTG
TTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGTACAAGTACATCCC*TTTCAGC
TTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGAAGCGCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGATTT
GACCAATTTTATGATGAATGTTGGCCATTGCAAAACAACAAAACATTTGTTTTTTTTT**
TTAGAAAATCATTTGGACTATTTTTACATTTGACAAAAGTTATGCAGCTACAAGGGAAGG
ATTTAGAGG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1BG68JQ 785 0 0
GCATCTCTCATCTTCTTCCCATGGACGTAGGCGGCGGAGGAGGTGATAGTGGTTCAGTGG
CGACCCCGGTTCAACAGAAAGTACACGAGGCGTGGAGGATCTACCAGCATTACCTCGACA
AGACCACGCCTCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTCGCCTACT
GTTTGAGGGTTTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCTTACGGTCTCGGAATCTAGC
TCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCTGGTGGGG
GATCTGATGGACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCC
GTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAAGGCGTTCTGCATTGCGTTTGTGA
TGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGA
TCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGTACAAGTACA
TCCC*TTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGAAGCGCCAGCGGCCCACGTAAT
GCGGACTGATCTGACCAATTTTATGATGAATGTTGGCCATTGCAAAACAACAAAACATTT
GTTTTTTTTTTCTTAGAAAATCATTTGGACTATTTTTACATTTGACAAAAGTTATGCAGC
TACAAGGGAAGGATTTAGAGGAAAAAACAAACAAAAGATGGAATTACAATTTGTTTTAGC
TTA
AC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1G618JQ 663 0 0
TACAGGTGGATCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTCGCCTACTGTTTGAGGGTTTACTACATC
CAGGGATTCTACATCATCGCTTACAGTCTCGGAATCTACCTCTTGAATCTCCTCATCGGG
TTCTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCTGGTGGGGGATCTGATGGACCTTCGCTT
CCTACTAGAGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTC
TGGTATTCGATGACAAAGGCGTTCTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTT
GACGTGCCTGTGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACC
ATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGTACAAGTACATCCC*TTTCAGCTTCGTCAA
ACAGAAATATGGTGGACGAAGCGCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGATCTGACCAATT
TTATGATGAATGTTGGCCATTGCAAAACAACAAAACATTTGTTTTTTTTT*CTTAGAAAA
TCATTTGGACTATTTTTACATTTGACAAAAGTTATGCAGCTACAAGGGAAGGATTTAGAG
GAAAAAACAAACAAAAGATGGAATTAAAATTTGTTTTAGCTTAGCAG
TAATATTGTTCGTTGC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1CX59JQ 587 0 0
G
ACATCATCGCTTACGGTCTCGGAATCTACCTCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTTGTCCC
CTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCTGGTGGGGGATCTGATGGACCTTCGCTTCCTACTAGAG
GCTTTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCGA
TGACAAAGGCGTTCTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGTGCCTG
TGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGCC
AGATCTCCCACATGATCAAGTACAAGTACATCCC*TTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATAT
GGTGGACGAAGCGCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGATCTGACCAATTTTATGATGAA
TGTTGGCCATTGCAAAACAACAAAACATTTGTTTTTTTTT*CTTAGAAAATCATTTGGAC
TATTTTTACATTTGACAAAAGTTATGCAGCTACAAGGGAAGGATTTAGAGGAAAAAACAA
ACAAAAGATGGAATTAAAATTTGTTTTAGCTTAGCAG
AAAAAAAAA

QA 2 578 2 578
DS 

RD RR1CX59TF 503 0 0
GAGGCTGCTGGTGGGGGATCTGATGGACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAGTTC
AAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAAGGCGTTC
TGCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCTATC
CTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATG
ATCAAGTACAAGTACATCCC*TTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGAAGCGC
CAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGATCTGACCAATTTTATGATGAATGTTGGCCATTGCA
AAACAACAAAACATTTGTTTTTTTTT*CTTAGAAAATCATTTGGACTATTTTTACATTTG
ACAAAAGTTATGCAGCTACAAGGGAAGGATTTAGAGGAAAAAACAAACAAAAGATGGAAT
TAAAATTTGTTTTAGCTTAGCAG

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR1GP45JQ 704 0 0
TCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTCGCCTACTGTTTGAGGGTTTACTACATCCAGGGATTCT
ACATCATCGCTTACGGTCTCGGAATCTACCTCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTTGTCCC
CTCTCGTTGATCCCGAGGCTTCTGGTGGGGGATCTGATGGACCTTCGCTTCCTACTAGAG
GCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTTTGGTATTCGA
TGACAAAGGCGTTCTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGTGCCTG
TGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGCC
AGATCTCCCACATGATCAAGTACAAGTACATCCC*TTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATAT
GGTGGACGAAGCGCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGATCTGACCAATTTTATGATGAA
TGTTGGCTATTGCAAAACAACAAAACATTTGTTTTTTTTTTCTTAGAAAATCATTTGGAC
TATTTTTACATTTGACAAAAGTTATGCAGCTACAAGGGAAGGATTTAGAGGAAAAAACAA
ACAAAAGATGGAATTAAAATTTGTTTTAGCTTAGCAGTAATATTGTTCGTTGCAATAGTG
TCACCTTCTATAGTTATATGATTTGTTCTGTTCAGGGCCGTCTC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 3 11

CO CL211Contig1 672 2 3 U
GGAGCTTGGTGCTGCTCAAAACTGCTCTGCCACTTTAAAGGGAAGCCACAAACTCACCAA
AGAAGCTCTTCCAGAAACCAAAGACTGGAGAGAAGATGGTATTGTTAGTCCAGTCAAAGA
ACAGGGCAAATGTGGATCTTGCTGGACTTTCAGTACTACTGGAGCTCTTGAGGCAGCTTA
TCATCATGCATTTGGGAAAGCAATATCTCTCTCTGAGCAACAGCTAGTGGATTGTGCTGG
AGCTTTCAACAACTTTGGCTGCAATGGTGGCCTTCCTTCCCAAGCCTTTGAATACATCAA
ATCCAACGGTTGGTTATGGAATTGAAAAAGGTGTTCCATATTGGCTTATAAAGAACTCAT
GGGGAGCGAGTTGGGGTAACAAAGGTTACTTCAAGATGGAGATGGGGAAGAACATGTGTG
GTATTGCGACATGTGCATCTTACCCGGTTGTGGCCTAGATGATCAGCGAATGTGGTCGCT
CAATGACTAGATTACGTTCACGTTTGCATGTTTATTGGATTGAGACATTATTTCAAAGTT
GGGGGTTGAGAGTGCATAGTGTTTACTATGCTTGTTGTATGTACAATAAGGTCTGTTCAT
ATGTACAATATAATTCAATAAACCACAGACGACAAATTAATAATATATATACATGTTGAA
CTTAAGGACATC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BY07JQ C 1
AF RR1BY07TF U 1
BS 1 2 RR1BY07JQ
BS 3 666 RR1BY07TF
BS 667 672 RR1BY07JQ

RD RR1BY07JQ 672 0 0
GGAGCTTGGTGCTGCTCAAAACTGCTCTGCCACTTTAAAGGGAAGCCACAAACTCACCAA
AGAAGCTCTTCCAGAAACCAAAGACTGGAGAGAAGATGGTATTGTTAGTCCAGTCAAAGA
ACAGGGCAAATGTGGATCTTGCTGGACTTTCAGTACTACTGGAGCTCTTGAGGCAGCTTA
TCATCATGCATTTGGGAAAGCAATATCTCTCTCTGAGCAACAGCTAGTGGATTGTGCTGG
AGCTTTCAACAACTTTGGCTGCAATGGTGGCCTTCCTTCCCAAGCCTTTGAATACATCAA
ATCCAACGGTTGGTTATGGAATTGAAAAAGGTGTTCCATATTGGCTTATAAAGAACTCAT
GGGGAGCGAGTTGGGGTAACAAAGGTTACTTCAAGATGGAGATGGGGAAGAACATGTGTG
GTATTGCGACATGTGCATCTTACCCGGTTGTGGCCTAGATGATCAGCGAATGTGGTCGCT
CAATGACTAGATTACGTTCACGTTTGCATGTTTATTGGATTGAGACATTATTTCAAAGTT
GGGGGTTGAGAGTGCATAGTGTTTACTATGCTTGTTGTATGTACAATAAGGTCTGTTCAT
ATGTACAATATAATTCAATAAACCACAGACGACAAATTAATAATATATATACATGTTGAA
CTTAAGGACATC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1BY07TF 671 0 0
GG
AGCTTGGTGCTGCTCAAAACTGCTCTGCCACTTTAAAGGGAAGCCACAAACTCACCAAAG
AAGCTCTTCCAGAAACCAAAGACTGGAGAGAAGATGGTATTGTTAGTCCAGTCAAAGAAC
AGGGCAAATGTGGATCTTGCTGGACTTTCAGTACTACTGGAGCTCTTGAGGCAGCTTATC
ATCATGCATTTGGGAAAGCAATATCTCTCTCTGAGCAACAGCTAGTGGATTGTGCTGGAG
CTTTCAACAACTTTGGCTGCAATGGTGGCCTTCCTTCCCAAGCCTTTGAATACATCAAAT
CCAACGGTTGGTTATGGAATTGAAAAAGGTGTTCCATATTGGCTTATAAAGAACTCATGG
GGAGCGAGTTGGGGTAACAAAGGTTACTTCAAGATGGAGATGGGGAAGAACATGTGTGGT
ATTGCGACATGTGCATCTTACCCGGTTGTGGCCTAGATGATCAGCGAATGTGGTCGCTCA
ATGACTAGATTACGTTCACGTTTGCATGTTTATTGGATTGAGACATTATTTCAAAGTTGG
GGGTTGAGAGTGCATAGTGTTTACTATGCTTGTTGTATGTACAATAAGGTCTGTTCATAT
GTACAATATAATTCAATAAACCACAGACGACAAATTAATAATATATATACATGTTGAACT
TAAG
ACATC

QA 3 666 3 666
DS 



CO CL211Contig2 1340 4 10 U
GGACTTAAAGCAGCAGCAGCCGAAGCGCTGGGTTGAGAGAGACAAAAAGTAAGCCATGTC
TGTGAAAGCAATTATCGTATCATCGGTGGTTCTGCTGATCCTCGTAGCCGCATCAGCGGA
GGCTTATACAGGATTCGATGAGTCAAACCCGATCCGTATGGTCTCCGACGGTCTTAGGGA
GATAGAAGAATCCATTGTCCAGATCTTAGGACAATCTCGTCACGTTCTATCCTTCGCTCG
CTTCACTCACCAGTATGGGAAAAGGTATGAGAACGCGGAGGAGATAAAGCTCAGATTTTC
GATTTCCAAGGAGAGTCTTGACTTGATCAGATCCACCAACAAGAAAGGCTTGTCTTACAA
ACTTGGCCTCAATCAGTTTGCTGATATGACCTGGGAAGAATTTCAAAGGAGCAAGCTTGG
TGCTGCTCAAAACTGCTCTGCCACTTTAAAGGGAAGCCACAAACTCACCAAAGAAGCTCT
TCCAGAAACCAAAGACTGGAGAGAAGATGGTATTGTTAGTCCAGTCAAAGAACAGGGCAA
ATGTGGATCTTGCTGGACTTTCAGTACTACTGGAGCTCTTGAGGCAGCTTATCATCAAGC
ATTTGGGAAAGCAATATCTCTCTCTGAGCAACAGCTAGTGGATTGTGCTGGAGCTTTCAA
CAACTTTGGCTGCAATGGTGGCCTTCCTTCCCAAGCCTTTGAATACATCAAATCCAACGG
TGGCCTCGACACAGAGGAAGCTTATCCTTACACCGCTAAAAACGGAACCTGCAAATATTC
AGCTGAAAACATCGGTGTACAAGTCCTCGACTCTGTCAACATTACTATGGGTGCTGAAGA
TGAACTGAAGCATGCGGTTGGATTGGTGCGACCAGTAAGCATAGCATTCCAGGTTATACA
CTCGTTCCGGCTTTACGATGGCGGAGTTTATTCTGATAGTAACTGTAATAATACATCAAA
GGATGTGAACCACGCGGTGTTGGCGGTTGGTTATGGAATTGAAAAAGGTGTTCCATATTG
GCTTATAAAGAACTCATGGGGAGCGAGTTGGGGTAACAAAGGTTACTTCAAGATGGAGAT
GGGGAAGAACATGTGTGGTATTGCGACATGTGCATCTTACCCGGTTGTGGCCTAGATGAT
CAGCGAATGTGGTCGCTCAATGACTAGATTACGTTCACGTTTGCATGTTTATTGGATTGA
GACATTATTTCAAAGTTGGGGGTTGAGAGTGCATAGTGTTTACTATGCTTGTTGTATGTA
CAATAAGGTCTGTTCATATGTACAATATAATTCAATAAACCACAGACGACAAATTAATAA
TATATATACATGTTGAACTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1H952TF U 1
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CTAAAA

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TGTATGTACAATAAGGTCTGTTCATATGTACAATATAATTCAATAAACCACAGACGACAA
ATT

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TACCCGGTTGTGGCCTAGATGATCAGCGAATGTGGTCGCTCAATGACTAGATTACGTTCA
CGTTTGCATGTTTATTGGATTGAGACATTATTTCAAAGTTGGGGGTTGAGAGTGCATAGT
GTTTACTATGCTTGTTGTATGTACAATAAGGTCTGTTCATATGTACAATATAATTCAATA
AACCACAGACGACAAATTAATAATATATATACATGTTGAACTT

QA 1 523 1 523
DS 



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25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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AF RR1GR12JQ U 67
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AF RR1GP77JQ U 25
AF RR1GR12TF C 618
AF RR1GQ59TF C 886
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TTTGT
CCCC

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DS 

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DS 

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AA

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TTCC

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TCGGAGACCATACGGATCGGGTTTGACTCGTCGAATCCGATACTCTCCGCCGTCGATACG
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GTCTTTTTTTTTTCCTCGACCAACGCGTCTGCTTTTGCTTCAGTGGTTTTCC

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DS 



AS 1 11

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TAATGATTCTAGTGTTTTTTTATTTATTTTGTTGTACAAAAAAACTTTTTGAATTACCTG
TTGAAAGCGATTTCCCTAAAGAAATCGCTTTCAACGATGTCCAATATCCCTTCCTTTTCC
AAATTTTTTTTACGAATACGCTTTTTCGAGATAGAAGTACGTTTTTTTGGAACTGCCATT
CAAAAATGAAAAAAGTTTTTCAGTGGTATAATTGTATGTCAAAGACATTTATTATTCTAT
TCTTTCGTACTCCATATCGAGTAATTTTTTTCTTTCAAATTTTATTATATATTATTTTTC
AAACAAAACAGACATTCAAAAATTTAAAACCCAACTATTTTTTACCTTTTTCTTGAAAAA
TTTTTTGTATTTAACGTTTTAAATCCGTATGAGAGTGCTCATTTAATTAATCTATACTGT
ATAGATTATATTAGAAAAAATTTTATTAAATTTCTTCACTTCATATGTAAAAAAAAAAAT
ATCGATTATAATACTATTTCTTGAAAAAAAAAGCTCATTTAGTGTACTGGAAGACAATCA
CTAAATTCCATAATTCAATAATAATTCTAAATAATCAAACCCAAATAACTTTTTTTTATA
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AAATTATTGTAATACGGAATTATAATTCACTTTTTTTCTGTATCTGCATAAAATCACAAT
TTTATTTAGTAGTAAAAAAAAAAA*GACAAATCGTTTTTTTACAGTAACTTAGTAATATT
ATTTAATAACTTCTAATTTTTTTGATTTGAATATATATTTCTTTTCAATCAAAGGTTTAT
GAAGGATTATACTAATTCGAAAAAATTTCTATTTAAGTTTGAAATAATGCGCTTTTTTAT
TATCCCCTTTGAAAAAAATATATATATATACAAACCAGTGAATAAGAAATAATAAATTTA
AGAATAAAATAAAAAGGGTTTTTTATTTTATGGAACATACATATCAATATTCATGGATCA
TCCCTTTCATTCCACTCCCAGTACCTATTTTACTCGGAGCTGGACTTCTACTTTTTCCGA
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ATGTATGGTCTTGGACCATAAATAATGAATTTTCTTTTGAGTTCGGTTACTTTATTGATC
CACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATTACAACTGTTGGAATTTTGGTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG34JQ U 1
AF RR1DG34TF C 1
AF RR1H017JQ C 277
AF RR1H017TF U 277
AF RR1AR75JQ U 207
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AF RR1AQ08JQ U 207
AF RR1AQ08TF C 363
AF RR1GR88JQ U 682
AF RR1GR88TF C 682
AF RR1E796TF C 1045
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BS 332 1090 RR1AQ08JQ
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CAAAAATGAAAAAAGTTTTTCAGTGGTATAATTGTATGTCAAAGACATTTATTATTCTAT
TCTTTCGTACTCCATATCGAGTAATTTTTTT
TTTCC

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DS 

RD RR1DG34TF 336 0 0
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TAATGATTCTAGTGTTTTTTTATTTATTTTGTTGTACAAAAAAACTTTTTGAATTACCTG
TTGAAAGCGATTTCCCTAAAGAAATCGCTTTCAACGATGTCCAATATCCCTTCCTTTTCC
AAATTTTTTTTACGAATACGCTTTTTCGAGATAGAAGTACGTTTTTTTGGAACTGCCATT
CAAAAATGAAAAAAGTTTTTCAGTGGTATAATTGTATGTCAAAGACATTTATTATTCTAT
TCTTTCGTACTCCATATCGAGTAATTTTTTT
TTTCC

QA 1 331 1 331
DS 

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G
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C

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DS 

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G
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AATTTTATTATATATTATTTTTCAAACAAAACAGACATTCAAAAATTTAAAACCCAACTA
TTTTTTACCTTTTTCTTGAAAAATTTTTTGTATTTAACGTTTTAAATCCGTATGAGAGTG
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TTCTATTCTTAATATATGTATATAAATTATTGTAATACGGAATTATAATTCACTTTTTTT
CCGTATCTGCATAAAATCACAATTTTATTTAGTAG
C

QA 2 516 2 516
DS 

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TTTTTCTTTCAAATTTTATTATATATTATTTTTCAAACAAAACAGACATTCAAAAATTTA
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TCACTTTTTTTCTGTATCTGCATAAAATCACAATTTTATTTAGTAGT

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DS 

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AATTCACTTTTTTTCTGTATCTGCATAAAATCACAATTTTATTTAGTAGTAAAAAAAAAA
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GATTTC

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DS 

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TTTTTCTTTCAAATTTTATTATATATTATTTTTCAAACAAAACAGACATTCAAAAATTTA
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GTATGAGAGTGCTCATTTAATTAATCTATACTGTATAGATTATATTAGAAAAAATTTTAT
TAAATTTCTTCACTTCATATGTAAAAAAAAAAATATCGATTATAATACTATTTCTTGAAA
AAAAAAGCTCATTTAGTGTACTGGAAGACAATCACTAAATTCCATAATTCAATAATAATT
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GTAAATCTTTGTTCTATTCTTAATATATGTATATAAATTATTGTAATACGGAATTATAAT
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TATACAAACCAGTGAATAAGAAATAATAAATTTAAGAATAAAATAAAAAGGGTTTTTTAT
TTTATGGAACATACATATCAATATTCATGGATCATCCCTTTCAT

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DS 

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TTTTGTATTTAACGTTTTAAATCCGTATGAGAGTGCTCATTTAATTAATCTATACTGTAT
AGATTATATTAGAAAAAATTTTATTAAATTTCTTCACTTCATATGTAAAAAAAAAAATAT
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TTAATAACTTCTAATTTTTTTGATTTGAATATATATTTCTTTTCAATCAAAGGTTTATGA
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AATAAAATAAAAAGGGTTTTTTATTTTATGGAACATACATATCAATATTCATGGATCATC
CCTTTCATTCCACTCCC
C

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DS 

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T*GATTTGAATATATATTTCTTTTCAATCAAAGGTTTATGAAGGATTATACTAATTCGAA
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GTATGTGGACGTTTCTGAATATTTTTTTGTTAAGTATAGTTATGATCTTTTCGCTCTATC
TATCTATTCAACAGATTTTTATAAGTTGCATTCATCAAAATGTATGGTCTTGGACCATAA

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DS 

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ATAATTCACTTTTTTTCTGTATCTGCATAAAATCACAATTTTATTTAGTAGTAAAAAAAA
AA**GACAAATCGTTTTTTTACAGTAACTTAGTAATATTATTTAATAACTTCTAATTTTT
T*GATTTGAATATATATTTCTTTTCAATCAAAGGTTTATGAAGGATTATACTAATTCGAA
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ATATATATACAAACCAGTGAATAAGAAATAATAAATTTAAGAATAAAATAAAAAGGGTTT
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ATAATGAATTTTCTTTTGAGTTCGGTTACTTTATTGATCCACTTACTTCTATTATGTCAA
TATTAATTACAACTGTTGGAATTTTGGTTCC

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DS 

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CTATTCAACAAATTTTTATAAGTTGCATTCATCAAAATGTATGGTCTTGGACCATAAATA
ATGAATTTTCTTTTGAGTTCGGTTACTTTATTGATCCACTTACTTC
C

QA 1 286 1 286
DS 



AS 2 12

CO CL213Contig1 886 10 18 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 30 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 25 50 50 25 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU46TF U 1
AF RR1DT05TF U 6
AF RR1GC78TF U 1
AF RR1FR63TF U 6
AF RR1DT05JQ C 108
AF RR1GC78JQ C 37
AF RR1CU46JQ C 153
AF RR1EU21JQ C 361
AF RR1FR63JQ C 188
AF RR1EU21TF U 159
BS 1 75 RR1CU46TF
BS 76 76 RR1GC78TF
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BS 314 314 RR1GC78TF
BS 315 532 RR1CU46TF
BS 533 533 RR1GC78TF
BS 534 538 RR1CU46TF
BS 539 539 RR1GC78TF
BS 540 645 RR1CU46TF
BS 646 683 RR1GC78TF
BS 684 684 RR1EU21TF
BS 685 712 RR1GC78TF
BS 713 713 RR1EU21TF
BS 714 723 RR1GC78TF
BS 724 724 RR1FR63TF
BS 725 737 RR1GC78TF
BS 738 847 RR1EU21TF
BS 848 886 RR1CU46JQ

RD RR1CU46TF 645 0 0
TTTTTTCAATGACTTCATCAATGGCGTCCTCCTCCCTTTCTCCTGCTACTCAGCTTGGTA
CGAGCAGAGGAGCTACGTTGGCGATGTCGCGTGTGATGTTTGTGAAGCCAACGAGGACGA
ACCATCAGATGTTGAGGAAGGAGAAGATTGGTCTGAGAATTGCTTGTCAAGCAACGAGTA
TACCAGCAGACAACGTTCCGGATATGGAGAAGAGGAAACTTTTGAATCTTCTACTTGTGG
GAGCTCTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTCTTTGCCCCTC
CTGGATCAGGAGGGTGGGGGTGGTGGTACTCCAGCCAAGGATGCACTTGGAAATGATGTC
GTTGCAGCAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGATCGAACATTGACCCAAGGATTG
AAGGGAGATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAAAACTCTAGCGACCTACGGTATA
AACGCAGTGTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCATGGAACAAAGCTGAGAGCAAGTCC
CTATGTCCTTGCCATGGATCACAATACAACGCCCAAGGCAGAGTCGTTAGAGGTCCAGCA
CCATTGTCGCTTGCCTTGGCTCATGCGGATATTGATGATAGTGGA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1DT05TF 639 0 0
GG
AATGACTTCATCAATGGCGTCCTCCTCCCTTTCTCCTGCTACTCAGCTTGGTACGAGCAG
AGGAGCTATGTTGGCGATGTCGCGCGTGATGTTTGTGAAGCCAACGAGGACGAACCATCA
GATGTTGAGGAAGTAGAAGATTGGTCTGAGAATTGCTTGTCAAGCAACGAGTATACCAGC
AGACAACGTTCCGGATATGGAGAAGAGGAAACTTTTGAATCTTCTACTTGTGGGAGCTCT
TTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTCTTTGCCCCTCCTGGATC
AGGAGG*TGGGGGTGGTGGTACTCCAGCCAAGGATGCACTTGGAAATGATGTCGTTGCAG
CAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGATCGAACATTGACCCAAGGATTGAAGGGAG
ATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAAAACTCTAGCGACCTACGGTATAAACGCAG
TGTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCATGGAACAAAGCTGAGAACAAGTTCCTATGTC
CTTGCCATGGATCACAATACAACGCCCAAGGCAGAGTCGTTAGAGGTCCAGCACCATTGT
CGCTTGCCTTGGCTCATGCGGATATTGATGATAGTGG

QA 3 639 3 639
DS 

RD RR1GC78TF 746 0 0
TTTTTTC
AATGACTTCATCAATGGCGTCCTCCTCCCTTTCTCCTGCTACTCAGCTTGGTACGAGCAG
AGGAGCTATGTTGGCGATGTCGCGTGTGATGTTTGTGAAGCCAACGAGGACGAACCATCA
GATGTTGAGGAAGGAGAAGATTGGTCTGAGAATTGCTTGTCAAGCAACGAGTATACCAGC
AGACAACGTTCCGGATATGGAGAAGAGGAAACTTTTGAATCTTCTACTTGTGGGAGCTCT
TTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTCTTTGCCCCTCCTGGATC
AGGAGG*TGGGGGTGGTGGTACTCCAGCCAAGGATGCACTTGGAAATGATGTCGTTGCAG
CAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGATCGAACATTGACCCAAGGATTGAAGGGAG
ATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAAAACTCTAGCGACCTACGGTATAAACGCAG
TTTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCATGGAACAAAGCTGAGAACAAGTTCCTATGTC
CTTGTCGTGGATCACAATACAACGCCCAAGGCAGAGTCGTTAGAGGTCCAGCACCATTGT
CGCTTGCCTTGGCTCATGCGGATATTGATGATAGTGGAAAGGTTCTATTTGTTCCGTGGG
TTGAAACTGACTTCAG*ACTGGTGATGCTCCATGGTGGTCTTAAA*CTCTGCGACA*CTC
TTTTGTGGGA
TACATTTCA

QA 8 737 8 737
DS 

RD RR1FR63TF 735 0 0
GG
AATGACTTCATCAATGGCGTCCTCCTCCCTTTCTCCTGCTACTCAGCTTGGTACGAGCAG
AGGAGCTATGTTGGCGATGTCGCGTGTGATGTTTGTGAAGCCAACGAGGACGAACCATCA
GATGTTGAGGAAGGAGAAGATTGGTCTGAGAATTGCTTGTCAAGCAACGAGTATACCAGC
AGACAACGTTCCGGATATGGAGAAGAGGAAACTTTTGAATCTTCTACTTGTGGGAGCTCT
TTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTCTTTGCCCCTCCTGGATC
AGGAGG*TGGGGGTGGCGGTACTCCAGCCAAGGATGCACTTGGAAATGATGTCGTTGCAG
CAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGATCGAACATTGACCCAAGGATTGAAGGGAG
ATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAAAACTCTAGCGACCTACGGTATAAACGCAG
TGTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCATGGAACAAAGCTGAGAACAAGTTCCTATGTC
CTTGCCATGGATCACAATACAACGCCCAAGGCAGAGTCGTTAGGGGTCCAGCACCATTGT
CGCTTGCCTTGGCTCATGCGGATATTGATGATAGTGGAAAGGTTCTATTTGTTCCGTGGG
TTGAAACTGACTTCAG*ACTGGTGATGCTCCATGGTGGTCTTAAA*CTCTGCGACAACTC
TTTTGTGGGA
TAC

QA 3 732 3 732
DS 

RD RR1DT05JQ 724 0 0
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CAAGCAACGAGTATACCAGCAGACAACGTTCCGGATATGGAGAAGAGGAAACTTTTGAAT
CTTCTACTTGTGGGAGCTCTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACC
TTCTTTGCCCCTCCTGGATCAGGAGG*TGGGGGTGGTGGTACTCCAGCCAAGGATGCACT
TGGAAATGATGTCGTTGCAGCAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGATCGAACATT
GACCCAAGGATTGAAGGGAGATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAAAACTCTAGC
GACCTACGGTATAAACGCAGTGTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCATGGAACAAAGC
TGAGAACAAGTTCCTATGTCCTTGCCATGGATCACAATACAACGCCCAAGGCAGAGTCGT
TAGAGGTCCAGCACCATTGTCGCTTGCCTTGGCTCATGCGGATATTGATGATAGTGGAAA
GGTTCTATTTGTTCCGTGGGTTGAAACTGACTTCAGGACTGGTGATGCTCCATGGTGGTC
TTAAAACTCTGCGACAACTCTTTTGTGGGAATAACATTTCATGGATGTTCTTATAATGTA
AAAGCTGTGTGTAATCATACATTTCATGGCATTTTACTCTGTGAATTCTTGCCTCTTACA
TGA
G

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1GC78JQ 808 0 0
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TGTTTGTGAAGCCAACGAGGACGAACCATCAGATGTTGAGGAAGGAGAAGATTGGTCTGA
GAATTGCTTGTCAAGCAACGAGTATACCAGCAGACAACGTTCCGGATATGGAGAAGAGGA
AACTTTTGAATCTTCTACTTGTGGGAGCTCTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCC
CTTACGCTACCTTCTTTGCCCCTCCTGGATCAGGAGG*TGGGGGTGGTGGTACTCCAGCC
AAGGATGCACTTGGAAATGATGTCGTTGCAGCAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGT
GATCGAACATTGACCCAAGGATTGAAGGGAGATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGAC
AAAACTCTAGCGACCTACGGTATAAACGCAGTTTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCA
TGGAACAAAGCTGAGAACAAGTTCCTATGTCCTTGTCGTGGATCACAATACAACGCCCAA
GGCAGAGTCGTTAGAGGTCCAGCACCATTGTCGCTTGCCTTGGCTCATGCGGATATTGAT
GATAGTGGAAAGGTTCTATTTGTTCCGTGGGTTGAAACTGACTTCAGGACTGGTGATGCT
CCATGGTGGTCTTAAAACTCTGCGACAACTCTTTTGTGGGAATAACATTTCATGGATGTT
CTTATAATGTAAAAGCTGTGTGTAATCATACATTTCATGGCATTTTACTCTGTGAATTCT
TGCCTCTTATATGAATTTTATGTTCA
CT

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1CU46JQ 734 0 0
CTGAGAATTGCTTGTCAAGCAACGAGTATACCAGCAGACAACGTTCCGGATATGGAGAAG
AGGAAACTTTTGAATCTTCTACTTGTGGGAGCTCTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTT
GTCCCTTACGCTACCTTCTTTGCCCCTCCTGGATCAGGAGG*TGGGGGTGGTGGTACTCC
AGCCAAGGATGCACTTGGAAATGATGTCGTTGCAGCAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCC
TGGTGATCGAACATTGACCCAAGGATTGAAGGGAGATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAA
CGACAAAACTCTAGCGACCTACGGTATAAACGCAGTGTGCACTCATCTTGGATGTGTTGT
TCCATGGAACAAAGCTGAGAGCAAGTCCCTATGTCCTTGCCATGGATCACAATACAACGC
CCAAGGCAGAGTCGTTAGAGGTCCAGCACCATTGTCGCTTGCCTTGGCTCATGCGGATAT
TGATGATAGTGGAAAGGTTCTATTTGTTCCGTGGGTTGAAACTGACTTCAGGGCTGGTGA
TGCTCCATGGTGGTCTTAAAACTTTGCGACAACTCTTTTGTGGGAATAACATTTCATGGA
TGTTCTTATAATGTAAAAGCTGTGTGTAATCATACATTTCATGGCATTTTACTCTGTGAA
TTCCTGCCTCTTATATGAATTTTATGTTCATTCACTACTTCCCATGTCTTATGTTTAATT
TCACATGATTTTTT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1EU21JQ 488 0 0
GTTGCAGCAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGATCGAACATTGACCCAAGGATTG
AAGGGAGATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAAAACTCTAGCGACCTACGGTATA
AACGCAGTGTGCACTCATTTTGGATGTGTTGTTCCATGGAACAAAGCTGAGAACAAGTTC
CTATGTCCTTGCCATGGATCACAATACAACGCCCAAGGCAGAGTCGTTAGAGGTCCAGCA
CCATTGTCGCTTGCCTTGGCTCATGCGGATATTGATGATAGTGGAAAGGTTTTATTTGTT
CCGTGGGTTGAAACTGACTTCAGGACTGGTGATGCTCCATGGTGGTTTTAAAACTTTGCG
ACAACTTTTTTGTGGGAATAACATTTCATGGATGTTCTTATAATGTAAAAGCTGTGGGTA
ATCATACATTTCATGGCATTTTACTCTGTGAATTCTTGCCTTTTATATGAATTTTATGTT
CATTCAC
T

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1FR63JQ 668 0 0
AGACAACGTTCCGGATATGGAGAAGAGGAAACTTTTGAATCTTCTACTTGTGGGAGCTCT
TTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTCTTTGCCCCTCCTGGATC
AGGAGG*TGGGGGTGGCGGTACTCCAGCCAAGGATGCACTTGGAAATGATGTCGTTGCAG
CAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGATCGAACATTGACCCAAGGATTGAAGGGAG
ATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAAAACTCTAGCGACCTACGGTATAAACGCAG
TGTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCATGGAACAAAGCTGAGAACAAGTTCCTATGTC
CTTGCCATGGATCACAATACAACGCCCAAGGCAGAGTCGTTAGGGGTCCAGCACCATTGT
CGCTTGCCTTGGCTCATGCGGATATTGATGATAGTGGAAAGGTTCTATTTGTTCCGTGGG
TTGAAACTGACTTCAGGACTGGTGATGCTCCATGGTGGTCTTAAAACTCTGCGACAACTC
TTTTGTGGGAATAACATTTCATGGATGTTCTTATAATGTAAAAGCTGTGTGTAATCATAC
ATTTCATGGCATTTTACTCTGTGAATTCTTGCCTCTTATATGAATTTTATGTTCATTCAC
T
ACTTCCC

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1EU21TF 689 0 0
ATTGCTTGTCAAGCAACGAGTATACCAGCAGACAACGTTCCGGATATGGAGAAGAGGAAA
CTTTTGAATCTTCTACTTGTGGGAGCTCTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCT
TACGCTACCTTCTTTGCCCCTCCTGGATCAGGAGG*TGGGGGTGGTGGTACTCCAGCCAA
GGATGCACTTGGAAATGATGTCGTTGCAGCAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGA
TCGAACATTGACCCAAGGATTGAAGGGAGATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAA
AACTCTAGCGACCTACGGTATAAACGCAGTGTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCATG
GAACAAAGCTGAGAACAAGTTCCTATGTCCTTGCCATGGATCACAATACAACGCCCAAGG
CAGAGTCGTTAGAGGTCCAGCACCATTGTCGCTTGCCTTGGCTCATGCGGATATTGATGA
TAGTGGAAAGGTTCTATTTGTTCCGTGGGTTGAAACTGACTTCAGGACTGGTGATGCTCC
ATGGTGGTCTTAAAACTCTGCGACAACTCTTTTGTGGGAATAACATTTCATGGATGTTCT
TATAATGTAAAAGCTGTGTGTAATCATACATTTCATGGCATTTTACTCTGTGAATTCTTG
CCTCTTATATGAATTTTATGTTCATTCAC

QA 1 689 1 689
DS 



CO CL213Contig2 851 2 2 U
GGTCTTCCTCCTCCTCCTTAACATCAAAAGCTCCATCACCAAAACCCTTTCACATCTTCA
CCTAAAGCTTTCAATGACTTCATCAATGGCGTCCTCCCTTTCTCCTGCTACTCAGCTTGG
TACGAGCAGAAGAGGTATGCTGGCGATGTCGCGTGTGATGTTTGTGAAGCCAACGAGGAC
GAACCATCAGATGTTGAGGAAGGAGAAGATTGGTCTGAGAATTGCTTGCTTTTGAATCTT
CTACTTGTGGGAGCTCTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTC
TTTGCCCCTCCTGGATCAGGAGGCGGGGGTGGTGGTACACCAGCCAAGGATGCACTTGGA
AACGATGTCGTTGCAGCAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGATCGAACATTGACC
CAAGGATTGAAGGGAGATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAAGACTCTAGCGACC
TACGGTATAAACGCAGTGTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCATGGAACAAAGCTGAG
AACAAGTTCCTATGTCCCTGCCATGGATCGCAATACAACGCCCAAGGCAGAGTCGTTAGA
GGTCCAGCACCATTGTCGCTTGCCTTGGCTCACGCGGATATTGATGACAGTGGAAAGGTT
CTATTTGTTCCATGGGTTGAAACTGACTTCAGGACTGGTGATGCTCCATGGTGGTCTTAA
AACTCTGCAACAACTCTTTGTGGGAAGACTTGTTTGGATGTTCTTATAATGTAAAAGCTG
TGTGTAATCATACATTTCGTGGCATTTTACTCTGTGAATTCTTGCCTCTTATATGAATTT
TATGTTCACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB39TF U 1
AF RR1GB39JQ C 213
BS 1 583 RR1GB39TF
BS 584 851 RR1GB39JQ

RD RR1GB39TF 583 0 0
GGTCTTCCTCCTCCTCCTTAACATCAAAAGCTCCATCACCAAAACCCTTTCACATCTTCA
CCTAAAGCTTTCAATGACTTCATCAATGGCGTCCTCCCTTTCTCCTGCTACTCAGCTTGG
TACGAGCAGAAGAGGTATGCTGGCGATGTCGCGTGTGATGTTTGTGAAGCCAACGAGGAC
GAACCATCAGATGTTGAGGAAGGAGAAGATTGGTCTGAGAATTGCTTGCTTTTGAATCTT
CTACTTGTGGGAGCTCTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTC
TTTGCCCCTCCTGGATCAGGAGGCGGGGGTGGTGGTACACCAGCCAAGGATGCACTTGGA
AACGATGTCGTTGCAGCAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGATCGAACATTGACC
CAAGGATTGAAGGGAGATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAAGACTCTAGCGACC
TACGGTATAAACGCAGTGTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCATGGAACAAAGCTGAG
AACAAGTTCCTATGTCCCTGCCATGGATCGCAATACAACGCCC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1GB39JQ 639 0 0
GTCTGAGAATTGCTTG
CTTTTGAATCTTCTACTTGTGGGAGCTCTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCT
TACGCTACCTTCTTTGCCCCTCCTGGATCAGGAGGCGGGGGTGGTGGTACACCAGCCAAG
GATGCACTTGGAAACGATGTCGTTGCAGCAGAATGGCTTAAGACTCATGGTCCTGGTGAT
CGAACATTGACCCAAGGATTGAAGGGAGATCCAACTTACCTAGTTGTGGAGAACGACAAG
ACTCTAGCGACCTACGGTATAAACGCAGTGTGCACTCATCTTGGATGTGTTGTTCCATGG
AACAAAGCTGAGAACAAGTTCCTATGTCCCTGCCATGGATCGCAATACAACGCCCAAGGC
AGAGTCGTTAGAGGTCCAGCACCATTGTCGCTTGCCTTGGCTCACGCGGATATTGATGAC
AGTGGAAAGGTTCTATTTGTTCCATGGGTTGAAACTGACTTCAGGACTGGTGATGCTCCA
TGGTGGTCTTAAAACTCTGCAACAACTCTTTGTGGGAAGACTTGTTTGGATGTTCTTATA
ATGTAAAAGCTGTGTGTAATCATACATTTCGTGGCATTTTACTCTGTGAATTCTTGCCTC
TTATATGAATTTTATGTTCACTC

QA 17 639 17 639
DS 



AS 1 12

CO CL214Contig1 795 12 14 U
GGATCCACAAGAATATCTCAAAGCTGTCGATTTGATCAAATACATCAATCAACAATGGCG
TTCCCTAAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAGCCAGCGGGAAGGATCGTGATG
GAGTTGTACACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAGAACTTCAGAGCTCTGTGCACTGGA
GAGAGGGGAGTGGGACGTAAGGGAAAAGCCCTTCACTTCAAGGGATCTGGCTTCCACAGA
GTGATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGT
GAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCT
GGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGC
ACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGG
TTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGG*ATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCA
GGTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTGAGCTCTCTCTCCCTCTAT
CCTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGT
AGTCAAAAACTTGGTCTCTGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGACAGAGAGAAACTC
GTCAGTCACCCTTATTACCTTACTACCATAAATAATGAGAGCTTTAACAAAGATGAAATT
AGTAATATCTCTTGC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 45 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 45 35 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 40 40 40 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BK10TF U 1
AF RR1CO54TF U 1
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AF RR1CO54JQ C 73
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AF RR1ER56JQ C 77
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AF RR1DI25JQ C 229
AF RR1BK10JQ C 312
BS 1 199 RR1BK10TF
BS 200 200 RR1CO54TF
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BS 498 669 RR1BK10TF
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BS 671 704 RR1CO54TF
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BS 706 715 RR1CO54TF
BS 716 763 RR1EI80TF
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BS 771 781 RR1EI80JQ
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RD RR1BK10TF 669 0 0
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AGTCAAAAA

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DS 

RD RR1CO54TF 715 0 0
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GTGATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGT
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TTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCA
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DS 

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GTGATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGT
GAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCT
GGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGC
ACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGG
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CCTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGT
AGTCAAAAA

QA 1 669 1 669
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DS 

RD RR1ER56TF 731 0 0
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GAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCT
GGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGC
ACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGG
TTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGG*ATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCA
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CCTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGT
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GTCAGCCACCC

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DS 

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ATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATTTGCACCGTGAAAACC
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AAGGCGATGGAGAAGGTGGG*ATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCAGGTGGTTATCGC
CGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATTTGAGCTCTCTCTCCCTCTATCCTCATTTTAAT
TATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTAGTCAAAAACTT
GGTCTCTGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGACAGAGAGAAACTCGTCAGTCACCCT
TATTACCTTACTACCATAAATAATGAGAGCTTTAACAA

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DS 

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G
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GTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGGTAACCTTTCCATGGCCAA
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GGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTTAGACGTGGTGAAGGCGAT
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CTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTAGTCAAAAACTTGGTCTCTG
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TACTACCATAAATAATGAGAGCTTTAAC

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DS 

RD RR1AC54TF 569 0 0
G
GGGAAAAGCCCTTCACTTCAAGGGATCTGGCTTCCACAGAGTGATCCCTAGTTTCATGTG
CCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGTGAGTCCATCTACGGTGATAA
GTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGGTAACCTTTCCATGGCCAA
CGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGCACCGTGAAAACCGATTGGCT
GGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTTAGACGTGGTGAAGGCGAT
GGAGAAGGTGGG*ATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCAGGTGGTTATCGCCGATTGTG
GACAGCTCTCTTAGATGATCTGAGCTCTCTCTCCCTCTATCCTCATTTTAATTATGGCGT
CTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTAGTCAAAAACTTGGTCTCTG
TGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGACAGAGAGAAACTCGTCAGTCACCCTTATTACCT
TACTACCATAAATAATGAGAGCTTTAAC

QA 2 569 2 569
DS 

RD RR1ER56JQ 689 0 0
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AGACTCCGAAGACGGCTGAGAACTTCAGAGCTCTGTGCACTGGAGAGAGGGGAGTGGGAC
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TGTGCCAGGGAAGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGTGAGTCCATCTACGGTG
ATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGGTAACCTTTCCATGG
CCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGCACCGTGAAAACCGATT
GGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTTAGACGTGGTGAAGG
CGATGGAGAAGGTGGG*ATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCAGGTGGTTATCGCCGAT
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GCGTCTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTAGTCAAAAACTTGGTC
TCTGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGACAGAGAGAAACTCGTCAGCCACCCTTATT
ACCTTACTACCATAAATAATGAGAGCTTT

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DS 

RD RR1EI80JQ 636 0 0
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AGGCGATTTCACCGCCGGAACCGGGACAGGAGGTGAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGA
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GGTGGG*ATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCAGGTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGC
TCTCTTAGATGATCTGAGCTCTCTCTCCCTCTATCCTCATTTTAATTATGGCGCCTCCCC
CCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTAGTCAAAAACTTGGTCTCTGTGTTCT
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C

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DS 

RD RR1DI25JQ 555 0 0
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GTGGTGGAAGGGTTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGG*ATCGTCGTCTGGAAA
GCCGTCGAAGCAGGTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTTTCTTAGATGATTTGAGCTCT
CTCTCCCTCTATCCTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTC
GTTTGTATAAGTAGTCAAAAACTTGGTTTCTGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGAC
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AAAGATGAAATTA
GC

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DS 

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CATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTTTTCATCTGCACCGTGAAAAC
CGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTTAGACGTGGT
GAAGGTGATGGAGAAGGTGGG*ATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCAGGTGGTTATCG
CCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTGAGCTCTCTCTCCCTCTATCCTCATTTTAA
TTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTAGTCAAAAACT
TGGTCTCTGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGACAGAGAGAAACTCGTCAGTCACCC
TTATTACCTTACTACCATAAATAATGAGAGCTTTAACAAAGATGAAATTAGTAATATCTC
TTGC

QA 1 484 1 484
DS 



AS 2 9

CO CL215Contig1 982 7 15 U
CGGGGACACAGATAAGTGTTTGACAGATAGTGAGAGAGAGAAGTCTCGATGGCGTCTGTA
GCTTCTTCAACCACTCTCATCTCCTCCTCCACCAGAGCTCTCCCAGCCAAGTCTCCGCTT
CCATCTCCCTCCATCTCTTTCCTTCCAACCCTCTCTTCTCCTCTCCGCTCTGGGTTTTCT
CAACGCTCTTCCCTCACCTCAATCCGCTCCACTTCTCGCCGGAGCTTCGCTGTCAAGGCT
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CTCTTTTTCTACCCTTTGGACTTCACTTTCGTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGT
GACCGGTATGCAGAATTTGAGAAGTTGAACACAGAGGTGTTAGGTGTCTCTGTTGATAGT
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AACTACCCCCTTGTATCAGATGTCACTAAATCAATCTCAAAATCTTTTGGAGTGCTCATC
CATGACCAGGGAATAGCGTTGAGAGGGCTTTTCATAATAGACAAGGAAGGAGTGATCCAA
CATTCAACCATCAACAATCTTGGTATTGGCCGAAGTGTTGATGAGACAATGAGAACCCTT
CAGGCACTACAGTACATCCAGGAGAACCCTGATGAAGTCTGCCCTGCAGGATGGAAACCA
GGGGAGAAGTCAATGAAGCCTGACCCCAAGCTCAGCAAAGAGTATTTTTCAGCTATTTAG
AAATATCTACGAAACCTTTGTTATATGTGAGCTGAGTTTTTTTTCTTTTAAGCGCCGAAC
AATCCGTTGTTTGGATCTCCACTTTGTCCCCCACCCCAGAATCCTTAAAACTTACATTTT
CCATTAATAAAAGTTTATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CD77TF U 1
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AF RR1G552TF U 6
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CAAACCGATGATCTTCCATTGGTTGGAAACAAGGCGCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTG
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CATTCAACCATCAACAATCTTGGTATTGGCCGAAGTGTTGATGAGACA

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DS 

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CCCTGATG

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TCCCTCACCTCAATCCGCTCCACTTCTCGCCGGAGCTTCGCTGTCAAGGCTCAAACCGAT
GATCTTCCATTGGTTGGAAACAAGGCGCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTCGATCAG
GAGTTCATCAAGGTTAAGCTCTCTGAGTACATTGGGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTTTC
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GTCTGCCTGCAGATGGAA

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G
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ACCACTCTCATCTCCTCCTCCACCTGAGCTCTCCCAGCCAAGTCTCCGCTTCCATCTCCC
TCCATCTCTTTCCTTCCAACCCTCTCTTCTCCTCTCCGCTCTGGGTTTTCTCAACGCTCT
TCCCTCACCTCAATCCGCTCCACTTCTCGCCGGAGCTTCGCTGTCAAGGCTCAAACCGAT
GATCTTCCATTGGTTGGAAACAAGGCGCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTCGATCAG
GAGTTCATCAAGGTTAAGCTCTCTGAGTACATTGGGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTTTC
TACCCTTTGGACTTCACTTTCGTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGCGACCGGTAT
GCAGAATTTGAGAAGTTGAACACAGAGGTGTTAGGTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCC
CACCTTGCGTGGGTTCAAACAGACGGAAAATCTGGAGGACTTGGTGATCTCAACTACCCC
CTTGTATCAGATGTCACTAAATCAATCTCAAAATCTTTTGGAGTGCTCATCCATGACCAG
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GTTTTTTTTCTTTTAAGCGCCGAACAATCCGTTGTTTGGATCTCCACTTTGTCCCCCACC
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AACTACCCCCTTGTATCAGATGTCACTAAATCAATCTCAAAATCTTTTGGAGTGCTCATC
CATGACCAGGGAATAGCGTTGGGAGGGCTTTTCATAATAGACAAGGAAGGAGTGATCCAA
CATTCAACCATCAACAATCTTGGTATTGGCCGAAGTGTTGATGAGACAATGAGAACCCTT
CAGGCACTACAGTACATCCAGGAGAACCCTGATGAAGTCTGCCCTGCAGGATGGAAACCA
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CCATTAATAAAAGTTTATCTCC

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DS 

RD RR1GM52JQ 748 0 0
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GATCTCAACTACCCCCTTGTATCAGATGTCACTAAATCAATCTCAAAATCTTTTGGAGTG
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ATTTAGAAATATTTACGAAACCTTTGTTATATGTGAGCTGAGTTTTTTTTCTTTTAAGCG
CCGAACAATCCGTTGTTTGGATCTCCACTTTGTCCCCCACCCCAGAATCCTTAAAACTTA
CATTTTCCATTAATAAAAGTTTATCTCC

QA 1 748 1 748
DS 



CO CL215Contig2 1021 2 2 U
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AGAGGAGAATCGCAAAGTGTTATCAAATGGCTGCGTCGTCTATAGCTTCTTCGACCACTC
TCATCTCCTCCTCCACTCGAGTTTCTCCAGCCAAGTCTTCGCTTCCATCTCCCTCCTCCG
TCTCTTTCCTTCCAACCATCATACCCTCTCCTCTCCGCTGGTTTTGCTCTCCGCTCTTCT
CTCAGCTCCACCTCACGCCGTAGCTTTGCTGTCAAGGCACAGGCCGATGATCTCCCATTG
GTTGGAAACAAGGCTCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTTGATCAGGAGTTCATCAAG
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TTCACTTTCGTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGGTACGCAGAGTTTGAG
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GTTCAGACAGACAGACAATCTGGAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGAT
GTAACTAAATCAATCTCAAAGTCTTTTGGAGTGCTCATCCATGATCAGGGAATAGCACTG
AGAGGGCTTTTCATAATCGACAAGGAAGGAGTGATCCAACATTCCACCATCAACAATCTT
GGTATTGGCCGAAGCGTCGATGAGACTATGAGAACCCTCCAGGCCTTACAGTACATCCAG
GATAACCCTGATGAAGTCTGCCCTGCAGGATGGCAACCCGGTGAGAAGTCAATGAAACCT
GACCCCAAGCTCAGCAAAGAGTACTTCTCAGCTATTTAGAATAGCTACAACCTTTGTTAT
ATGTGAAACGTGAGCAGAGTTTTTATTTTTCTTTCTTCTCTTCTTTTTACTCTGAACAAT
ATCCTTCCACAAAATGTATCAAATCAATTTCTTTACAGTCCCTTTTGTATGATATATCAT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1EX93TF U 1
AF RR1GL09TF U 318
BS 1 631 RR1EX93TF
BS 632 1021 RR1GL09TF

RD RR1EX93TF 631 0 0
GGGAGACACACAACACTACACACAGAGATAAGTGTTTTGTTTGTAGCTCTGAGTAAACAG
AGAGGAGAATCGCAAAGTGTTATCAAATGGCTGCGTCGTCTATAGCTTCTTCGACCACTC
TCATCTCCTCCTCCACTCGAGTTTCTCCAGCCAAGTCTTCGCTTCCATCTCCCTCCTCCG
TCTCTTTCCTTCCAACCATCATACCCTCTCCTCTCCGCTGGTTTTGCTCTCCGCTCTTCT
CTCAGCTCCACCTCACGCCGTAGCTTTGCTGTCAAGGCACAGGCCGATGATCTCCCATTG
GTTGGAAACAAGGCTCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTTGATCAGGAGTTCATCAAG
GTTAAGCTTTCTGAGTACATTGGGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTTTCTACCCTTTGGAC
TTCACTTTCGTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGGTACGCAGAGTTTGAG
AAGTTGAACACAGAAGTGTTAGGTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCCCACCTTGCGTGG
GTTCAGACAGACAGACAATCTGGAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGAT
GTAACTAAATCAATCTCAAAGTCTTTTGGAG

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1GL09TF 704 0 0
G
GATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTTGATCAGGAGTTCATCAAGGTTAAGCTTTCTGAGTAC
ATTGGGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTTTCTACCCTTTGGACTTTACTTTCGTCTGCCCA
ACAGAGATTACTGCCTTCTGTGACCGGTATGCAGAGTTTGAGAAGTTGAACACAGAAGTG
TTAGGTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCCCACCTTGCGTGGGTTCAGACAGACAGACAA
TCTGGAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGATGTAACTAAATCAATCTCA
AAGTCTTTTGGAGTGCTCATCCATGATCAGGGAATAGCACTGAGAGGGCTTTTCATAATC
GACAAGGAAGGAGTGATCCAACATTCCACCATCAACAATCTTGGTATTGGCCGAAGCGTC
GATGAGACTATGAGAACCCTCCAGGCCTTACAGTACATCCAGGATAACCCTGATGAAGTC
TGCCCTGCAGGATGGCAACCCGGTGAGAAGTCAATGAAACCTGACCCCAAGCTCAGCAAA
GAGTACTTCTCAGCTATTTAGAATAGCTACAACCTTTGTTATATGTGAAACGTGAGCAGA
GTTTTTATTTTTCTTTCTTCTCTTCTTTTTACTCTGAACAATATCCTTCCACAAAATGTA
TCAAATCAATTTCTTTACAGTCCCTTTTGTATGATATATCATT

QA 2 704 2 704
DS 



AS 2 12

CO CL216Contig1 1443 9 13 U
GGAATAAGCCTAGAAGAAGTGAAAGAGGCAAATGAAGAAGACAAAGCACGGAGATATATA
ACCGGCCGGAGATCACAACTGAGATTATATTAGTAGTGTGCCGATTAGATCAAACGAAGC
GACAATGGAGCTTCCATTACTCTCTTACACCAACTCAGTCACGTTTTCGCGCACAGGCAT
ATGCTCTTCTTCCTCTTCCTCCTCAACTAGTATTAGAAACTTCCCGGGGAAAAGAATGAG
CTTAGGAATGGGATTCAATAATTCAAGAAGCGTCAAAGCTTCAGCTGGACGGAGCACAGA
AGGAGTGGAGAAGACAGACGGAGGACAGTTCGCGGGTCCTGTCATGGAGGTCACTACACT
TGATCGCGGCTTTGCTAACTCCACGACCGTTGATTTTCCGGTCTGGGACAAAATTGGCGC
CGTGGTTAGACTTACTTACGGGATCGGGGTATATGGAGCAATGGCTGTAGCAGGAAGATT
CATATGTTCAGTTACTGGTATTGACTCATCTGGTGGCTTTGATCCTTCTCTTGATGCTCT
TCTCGCTGGTCTTGGCTATGCTACACCACCCATCATGGCTCTCCTCTTCATACTCGATGA
TGAAGTTGTGAAACTATCACCACATGCTCGAGCCATCAGAGACGTGGAAGATGAGGAACT
AAGAAGCTTTTTCTTCGGAATGTCGCCATGGCAGTTTATACTCATTGTGGCGGCCAGTTC
GATAGGAGAAGAGCTCTTTTACCGTGTTGCTGTACAGGGGGCTCTGTCTGATATATTCTT
GAAAGGA*CACAACTGATGACAGATTCTAGAGGCATGGCCTCTCTGACCGGAGTCTTGCC
TCCATTTGTTCCATTTGCTCAAGCATTTGCAGCTGTGATCACCGCTACTCTCACAGGCTC
ACTCTACTTTCTTGCTGCTTCTCCAAAAGACCCAACATACATTGTTGCCCCGGTTCTAAG
GTCACGCCGCGATGACTTTAAGAAGCTTTTATCTGCTTGGTACGAGAAGAGACAGATGAA
GAAGATTTACTCTCCTCTTCTCGAAGGACTCTTAGCTCTCTACCTCGGTATTGAATGGGT
TCAGACGGACAATATCTTAGCACCGATGATGACGCATGGTATATACTCGACGGTAATATT
AGGGCATGGGCTGTGGAAAATACATGATCACCGTAGAAGGTTAAGTCGGAGGATCGAACG
GCTTAGATCGGAGACCGCTGATGAATATGAACAATTTTAAGATCATCTATAGATTGTAAG
TGGGGGTGGAGGGGTTGGATTTGTGTGTATTTTTTTGGGGTATGGGGTCGTATAGTAATA
ATTAGAGAACTTGGATCTCCATAAAATTTAGAACAGCTGCATATATATACATAGCATATA
GTTGTATTTGTTCCTAGTTGTGAGGTTAAAAATAGCAATAAAGCTTGAGCCTCTCTTATA
CCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 

AF RR1CV28TF U 28
AF RR1CG80TF U 4
AF RR1E874TF U 527
AF RR1BQ21TF U 1
AF RR1FE57TF U 32
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AF RR1CP82TF U 85
AF RR1FE57JQ C 761
AF RR1CV28JQ C 683
BS 1 512 RR1BQ21TF
BS 513 513 RR1CV28TF
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BS 659 679 RR1BQ21TF
BS 680 680 RR1FE57TF
BS 681 721 RR1BQ21TF
BS 722 789 RR1FE57TF
BS 790 790 RR1CN06TF
BS 791 834 RR1FE57TF
BS 835 1443 RR1CV28JQ

RD RR1CV28TF 602 0 0
GCAAAT
GAAGAAGACAAAGCACGGAGATATATAACCGGCCGGAGATCACAACTGAGATTATATTAG
TAGTGTGCCGATTAGATCAAACGAAGCCACAATGGAGCTTCCATTACTCTCTTACACCAA
CTCAGTCACGTTTTCGCGCACAGGCATATGCTCTTC***CTCTTCCTCCTCAACTAGTAT
TAGAGATTTCCCGGGGAAAAGAATGAGCTTAGGAATGGGATTCAATAATTCAAGAAGCGT
CAAAGCTTCAGCTGGACGGAGTACCGAAGGGGTCGAGAAGACAGACGGAGGACAGTTCAC
CGGTCCTGTCATGGAGGTCACTACACTTGATCGCGGCTTTGCTAACTCCACGACCGTTGA
TTTTCCGGTATGGGACAAAATTGGCGCCGTGGTTAGACTTACTTACGGGATCGGGGTATA
TGGAGCAATGGCGGTAGCAGGAAGATTCATATGTTCAGTAACTGGTATTGACTCATCTGG
TGGCTTCGATCCTTCTCTTGATGCTCTTCTCGCTGGTCTTGGCTATGCTACACCACCCAT
CATGGCTCTCCTCTTCATACTCGATGATGAAGTTGTGAAACTATCACCACATGCTC

QA 7 602 7 602
DS 

RD RR1CG80TF 705 0 0
GG
AAGCCTAGAAGAAGTGAAAGAGGCAAATGAAGAAGACAAAGCACGGAGATATATAACCGG
CCGGAGATCACAACTGAGATTATATTAGTAGTGTGCCGATTAGATCAAACGAAGCGACAA
TGGAGCTTCCATTACTCTCTTACACCAACTCAGTCACGTTTTCGCGCACAGGCATATGCT
CTTCTTCCTCTTCCTCCTCAACTAGTATTAGAAACTTCCCGGGGAAAAGAATGAGCTTAG
GAATGGGATTCAATAATTCAAGAAGCGTCAAAGCTTCAGCTGGACGGAGCACAGAAGGAG
TGGAGAAGACAGACGGAGGACAGTTCGCGGGTCCTGTCATGGAGGTCACTACACTTGATC
GCGGCTTTGCTAACTCCACGACCGTTGATTTTCCGGTCTGGGACAAAATTGGCGCCGTGG
TTAGACTTACTTACGGGATCGGGGTATATGGAGCAATGGCTGTAGCAGGAAGATTCATAT
GTTCAGTTACTGGTATTGACTCATCTGGTGGCTTTGATCCTTCTCTTGATGCTCTTTTCG
CTGGTCTTGGCTATGCTACACCACCCATCATGGCTCTCCTCTTCATACTCGATGATGAAG
TTGTGAAACTATCACCACATGCTCGAGCCATCAGAGACGTGGAAGATGAGAA*CTAAGAA
GCTTTTTCTTCGGA*TGTCGCCATGGCAGTTTATACTCATTGT

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR1E874TF 164 0 0
G
CTCTTGATGCTCTTCTCGCTGGTCTTGGCTATGCTACACCACCCATCATGGCTCTCCTCT
TCATACTCGATGATGAAGTTGTGAAACTATCACCACATGCTCGAGCCGTCAGAGACGTGG
AAGATGAGGAACTAAGAAGCTTTTTCTTCGGAATGTCGCC
GTG

QA 2 161 2 161
DS 

RD RR1BQ21TF 721 0 0
GGAATAAGCCTAGAAGAAGTGAAAGAGGCAAATGAAGAAGACAAAGCACGGAGATATATA
ACCGGCCGGAGATCACAACTGAGATTATATTAGTAGTGTGCCGATTAGATCAAACGAAGC
GACAATGGAGCTTCCATTACTCTCTTACACCAACTCAGTCACGTTTTCGCGCACAGGCAT
ATGCTCTTCTTCCTCTTCCTCCTCAACTAGTATTAGAAACTTCCCGGGGAAAAGAATGAG
CTTAGGAATGGGATTCAATAATTCAAGAAGCGTCAAAGCTTCAGCTGGACGGAGCACAGA
AGGAGTGGAGAAGACAGACGGAGGACAGTTCGCGGGTCCTGTCATGGAGGTCACTACACT
TGATCGCGGCTTTGCTAACTCCACGACCGTTGATTTTCCGGTCTGGGACAAAATTGGCGC
CGTGGTTAGACTTACTTACGGGATCGGGGTATATGGAGCAATGGCTGTAGCAGGAAGATT
CATATGTTCAGTTACTGGTATTGACTCATCTGTTGGCTTTGATCCTTCTCTTGATGCTCT
TCTCGCTGGTCTTGGCTATGCTACGCCACCCATCATGGCTCTCCTCTTCATACTCGATGA
TGAAGTTGTGAAACTATCACCACATGCTCGAGCCATCAGAGACGTGGAAGATGAGGA*CT
AAGAAGCTTTTTCTTCGGA*TGTCGCCATGGCAGTTTATACTCATTGTGGCGGCCAGTTC
G

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1FE57TF 805 0 0
GG
GAAGAAGACAAAGCACGGAGATATATAACCGGCCGGAGATCACAACTGAGATTATATTAG
TAGTGTGCCGATTAGATCAAACGAAGCCACAATGGAGCTTCCATTACTCTCTTACACCAA
CTCAGTCACGTTTTCGCGCACAGGCATATGCTCTTC***CTCTTCCTCCTCAACTAGTAT
TAGAGACTTCCCGGGGAAAAGAATGAGCTTAGGAATGGGATTCAATAATTCAAGAAGCGT
CAAAGCTTCAGCTGGACGGAGTACCGAAGGGGTCGAGAAGACAGACGGAGGACAGTTCAC
CGGTCCTGTCATGGAGGTCACTACACTTGATCGCGGCTTTGCTAACTCCACGACCGTTGA
TTTTCCGGTATGGGACAAAATTGGCGCCGTGGTTAGACTTACTTACGGGATCGGGGTATA
TGGAGCAATGGCGGTAGCAGGAAGATTCATATGTTCAGTAACTGGTATTGACTCATCTGG
TGGCTTTGATCCTTCTCTTGATGCTCTTCTCGCTGGTCTTGGCTATGCTACACCACCCAT
CATGGCTCTCCTCTTCATACTCGATGATGAAGTTGTGAAACTATCACCACATGCTCGAGC
CATCAGAGACGTGGAAGATGAGGAACTAAGAAGCTTTTTCTTCGGAATGTCGCCATGGCA
GTTTATACTCATTGTGGCGGCCAGTTCGATAGGAGAAGAGCTCTTTTACCGTGTTGCTGT
ACAGGGGGCTCTGTCTGATATATTCTTGAAAGGA*CGCAACTGATGACAGATTCTAGAGG
CATGGCCTCTCTGACCGGAGT
CT

QA 3 803 3 803
DS 

RD RR1CN06TF 750 0 0
GG
ATATTAGTAGTGTGCCGATTAGATCAAACGAAGCGACAATGGAGCTTCCATTACTCTCTT
ACACCAACTCAGTCACGTTTTCGCGCACAGGCATATGCTCTTCTTCCTCTTCCTCCTCAA
CTAGTATTAGAAACTTCCCGGGGAAAAGAATGAGCTTAGGAATGGGATTCAATAATTCAA
GAAGCGTCAAAGCTTCAGCTGGACGGAGCACAGAAGGAGTGGAGAAGACAGACGGAGGAC
AGTTCGCGGGTCCTGTCATGGAGGTCACTACACTTGATCGCGGCTTTGCTAACTCCACGA
CCGTTGATTTTCCGGTCTGGGACAAAATTGGCGCCGTGGTTAGACTTACTTACGGGATCG
GGGTATATGGAGCAATGGCTGTAGCAGGAAGATTCATATGTTCAGTTACTGGTATTGACT
CATCTGGTGGCTTTGATCCTTCTCTTGATGCTCTTCTCGCTGGTCTTGGCTATGCTACAC
CACCCATCATGGCTCTCCTCTTCATACTCGATGATGAAGTTGTGAAACTATCACCACATG
CTCGAGCCATCAGAGACGTGGAAGATGAGGAACTAAGAAGCTTTTTCTTCGGAATGTCGC
CATGGCAGTTTATACTCATTGTGGCGGCCAGTTCGATAGGAGAAGAGCTCTTTTACCGTG
TTGCTGTACAGGGGGCTCTGTCTGATATATTCTTGAAAGGA*CACAGTTGATGACAGACT
CTAGAG*CATGGCCTCTCTGACCGGAGT

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR1CP82TF 724 0 0
GG
ATATTAGTAGTGTGCCGATTAGATCAAACGAAGCGACAATGGAACTTCCATTACTCTCTT
ACACCAACTCAGTCACGTTTTCGCGCACAGGCATATGCTCTTCTTCCTCTTCCTCCTCAA
CTAGTATTAGAAACTTCCCGGGGAAAAGAATGAGCTTAGGAATGGGATTCAATAATTCAA
GAAGCGTCAAAGCTTCAGTTGGACGGAGCACAGAAGGAGTGGAGAAGACAGACGGAGGAC
AGTTCGCGGGTCCTGTCATGGAGGTCACTACACTTGATCGCGGCTTTGCTAACTCCACGA
CCGTTGATTTTCCGGTCTGGGACAAAATTGGCGCCGTGGTTAGACTTACTTACGGGATCG
GGGTATATGGAGCAATGGCTGTAGCAGGAAGATTCATATGTTCAGTTACTGGTATTGACT
CATCTGGTGGCTTTGATCCTTCTCTTGATGCTCTTCTCGCTGGTCTTGGCTATGCTACAC
CACCCATCATGGCTCTCCTCTTCATACTCGATGATGAAGTTGTGAAACTATCACCACGTG
CTCGAGCCATCAGAGACGTGGAAGATGAGGAACTAAGAAGCTTTTTCTTCGGAATGTCGC
CATGGCAGTTTATACTCATTGTGGCGGCCAGTTCGATAGGAGAAGAGCTCTTTTACCGTG
TTGCTGTACAGGGGGCTCTGTCTGATATATTCTTGAAGGAA*CACAGTTGATGACAGA
CTCT

QA 3 720 3 720
DS 

RD RR1FE57JQ 682 0 0
G
CTCTGTCTGATATATTCTTGAAAGGAACGCAACTGATGACAGATTCTAGAGGCATGGCCT
CTCTGACCGGAGTCTTGCCTCCATTTGTTCCATTTGCTCAAGCATTTGCAGCTGTGATCA
CCGCTACTCTCACAGGCTCACTCTACTTTCTTGCTGCTTCTCCAAAAGACCCAACATACA
TTGTTGCCCCGGTTCTAAGGTCACGCCGCGATGACTTTAAGAAGCTTTTATCTGCTTGGT
ACGAGAAGAGACAGATGAAGAAGATTTACTCTCCTCTTCTCGAAGGACTCTTAGCTCTCT
ACCTCGGTATTGAATGGGTTCAGACGGACAATATCTTAGCACCGATGATGACGCATGGTA
TATACTCGACGGTAATATTAGGGCATGGGCTGTGGAAAATACATGATCACCGTAGAAGGT
TAAGTCGGAGGATCGAACGGCTTAGATCGGAGACCGCTGATGAATATGAACAATTTTAAG
ATCATCTATAGATTGTAAGTGGGGGTGGAGGGGTTGGATTTGTGTGTATTTTTTTGGGGT
ATGGGGTCGTATAGTAATAATTAGAGAACTTGGATCTCCATAAAATTTAGAACAGCTGCA
TATATATACATAGCATATAGTTGTATTTGTTCCTAGTTGTGAGGTTAAAAATAGCAATAA
AGCTTGAGCCTCTCTTA
TACT

QA 2 678 2 678
DS 

RD RR1CV28JQ 761 0 0
TCGCCATGGCAGTTTATACTCATTGTGGCGGCCAGTTCGATAGGAGAAGAGCTCTTTTAC
CGTGTTGCTGTACAGGGGACTCTGTCTGATATATTCTTGAAAGGAACACAACTGATGACA
GATTCTAGAGGCATGGCCTCTCTGACCGGAGTCTTGCCTCCATTTGTTCCATTTGCTCAA
GCATTTGCAGCTGTGATCACCGCTACTCTCACAGGCTCACTCTACTTTCTTGCTGCTTCT
CCAAAAGACCCAACATACATTGTTGCCCCGGTTCTAAGGTCACGCCGCGATGACTTTAAG
AAGCTTTTATCTGCTTGGTACGAGAAGAGACAGATGAAGAAGATTTACTCTCCTCTTCTC
GAAGGACTCTTAGCTCTCTACCTCGGTATTGAATGGGTTCAGACGGACAATATCTTAGCA
CCGATGATGACGCATGGTATATACTCGACGGTAATATTAGGGCATGGGCTGTGGAAAATA
CATGATCACCGTAGAAGGTTAAGTCGGAGGATCGAACGGCTTAGATCGGAGACCGCTGAT
GAATATGAACAATTTTAAGATCATCTATAGATTGTAAGTGGGGGTGGAGGGGTTGGATTT
GTGTGTATTTTTTTGGGGTATGGGGTCGTATAGTAATAATTAGAGAACTTGGATCTCCAT
AAAATTTAGAACAGCTGCATATATATACATAGCATATAGTTGTATTTGTTCCTAGTTGTG
AGGTTAAAAATAGCAATAAAGCTTGAGCCTCTCTTATACCC

QA 1 761 1 761
DS 



CO CL216Contig2 385 3 7 U
GAGTTTAAGAGAGGCTCAAGCTCTATTGCTATTTTTAACCTCACAACTAGGAACAAATAC
AACTATATGCTATGTATATATATGCAGCTGTTCTAAATTTTATGGAGATCTAAGTTCTCT
AATTATTACTATACCACCCCATACCCCAAAAAAATACACACAAATCCAACCGCCCCACCC
CCATACAATCTATAGATGATTTTAAAATTGTTCATTCATCAGCGGTCTCTGATCTAAGCA
GTTCGATCCTCCTACGTAACTTTCTACGGGGATCATGTATTTTCCACAGCCCATGCCCTA
ATATTACCGTCGAGTATATACCATGCGTCATCATCGGTGCTAAAATATTGTCCGTCTGAA
CCCATTCAATACCGAGGTAGAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1BQ21JQ U 32
AF RR1E874JQ U 1
AF RR1CG80JQ U 32
BS 1 75 RR1E874JQ
BS 76 76 RR1BQ21JQ
BS 77 134 RR1E874JQ
BS 135 135 RR1CG80JQ
BS 136 343 RR1E874JQ
BS 344 344 RR1CG80JQ
BS 345 385 RR1E874JQ

RD RR1BQ21JQ 102 0 0
TTTTTAACCTCACAACTAGGAACAAATACAACTATATGCTATGTATATATATGCAGCTGT
TCTAAATTTTATGGAGATTTAAGTTCTCTAATTATTACTATA

QA 1 102 1 102
DS 

RD RR1E874JQ 385 0 0
GAGTTTAAGAGAGGCTCAAGCTCTATTGCTATTTTTAACCTCACAACTAGGAACAAATAC
AACTATATGCTATGTTTATATATGCAGCTGTTCTAAATTTTATGGAGATCTAAGTTCTCT
AATTATTACTATACGACCCCATACCCCAAAAAAATACACACAAATCCAACCGCCCCACCC
CCATACAATCTATAGATGATTTTAAAATTGTTCATTCATCAGCGGTCTCTGATCTAAGCA
GTTCGATCCTCCTACGTAACTTTCTACGGGGATCATGTATTTTCCACAGCCCATGCCCTA
ATATTACCGTCGAGTATATACCATGCGTCATCATCGGTGCTAAGATATTGTCCGTCTGAA
CCCATTCAATACCGAGGTAGAGAGC

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR1CG80JQ 353 0 0
TTTTTAACCTCACAACTAGGAACAAATACCACTATATGCTATGTATATATATGCAGCTGT
*CTAAATTTTATGGAGATCTAAGTTCTCTAATTATTACTATACCACCCCATACCCCAAAA
AAATACACACAAATCCAACCGCCCCACCCCCATACAATCTATAGATGATTTTAAAATTGT
TCATTCATCAGCGGTCTCTGATCTAAGCAGTTCGATCCTCCTACGTAACTTTCTACGGGG
ATCATGTATTTTCCACAGCCCATGCCCTAATATTACCGTCGAGTATATACCATGCGTCAT
CATCGGTGCTAAAATATTGTCCGTCTGAACCCATTCAATACCGAGGTAGA
AAG

QA 1 350 1 350
DS 



AS 1 11

CO CL217Contig1 911 11 9 U
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AATTCTCAAGAACGAGGAACTCAAAAAGTACATCCTTGAAACAATGGCATATCCAAGAGA
GCATGAAGAGCTCAAGAAACTACGAGAAGCTACGGTCCAAAAGTATGGCAATTTAAGCGA
GATGGAGGTACCGGTTGATGAGGGACACTTTCTATCGATGCTTTTAAAAATGATGAACGC
CAAGAACACGCTAGAACTCGGTGTTTTCACGGGCTACTCGTTGCTCGCGACGGCCCTTGC
ATTGCCTGAAGATGGCCGTATTACTGCAATAGATATTGATAAAGAAGCTTACGAGATGGG
TTTAGAGTTCATCAAGAATGCTGGTGTTGATCATAAAATCAACTTCATCCAATCCGATGG
TCTTCAGGCCTTAGACAAGTTGCTGACCGAGAATCCAAAACCGGAGTTTGATTTCGCATT
TGTGGACGCTGATAAACCAAACTACGCTAACGCCCTCGAGAGACTAATGAAGCTGGTGAA
GGTAGGGGGAATAATAGCTTTTGATAACACATTGTGGTTTGGGTTTGTGGCCGAGGAAGA
GGAGACTGTGCCAGTGCACATGAGGGTCAACAGAAAAGCCCTCATGGAGTTGAACAAGCA
GCTCGCTTCTGATCCTCGCATCGAGGTCTCTCAAGTCTCCATTGGTGATGGTGTCACTCT
CTGCAGACGCCTTGTGTGATTGAAAGAGACTCATCCAATGTTCTTGGTTTTTTTACTTAA
AATCAACTTTTTAAGAATATTTTTAATTCTCTCTTGTCTCTTTAATCAAGTTCTTGTTCA
TTCCGTGTTGCGTTTGTGTGTGTGTGT**TGGATTATGCTAAAGAATAAAGATTTGTTCC
TTTTTTCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 40 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1BZ38TF U 48
AF RR1GZ17TFB U 1
AF RR1BB36TF U 7
AF RR1F369TF U 25
AF RR1BI09TF U 7
AF RR1BI09JQ C 7
AF RR1A861TF U 13
AF RR1BZ38JQ C 99
AF RR1GZ17JQ C 673
AF RR1BB36JQ C 217
AF RR1A861JQ C 101
BS 1 176 RR1GZ17TFB
BS 177 177 RR1BB36TF
BS 178 518 RR1GZ17TFB
BS 519 519 RR1BB36TF
BS 520 755 RR1GZ17TFB
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BS 758 788 RR1A861TF
BS 789 831 RR1BI09JQ
BS 832 911 RR1BZ38JQ

RD RR1BZ38TF 625 0 0
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CATATCCAAGAGAGCATGAAGAGCTCAAGAAACTACGAGAAGCTACGGTCCAAAAGTATG
GCAATTTAAGCGAGATGGAGGTACCGGTTGATGAGGGACACTTTCTATCGATGCTTTTAA
AAATGATGAACGCCAAGAACACGCTAGAACTCGGTGTTTTCACGGGCTACTCGTTGCTCG
CGACGGCCCTTGCATTGCCTGAAGATGGTCGTATTACTGCAATAGATATTGATAAAGAAG
CTTACGAGATGGGTTTAGAGTTCATCAAGAATGCTGGTGTTGATCATAAAATCAACTTCA
TCCAATCCGATGGTCTTCAGGCCTTAGACAAGTTGCTGACCGAGAATCCAAAACCGGAGT
TTGATTTCGCATTTGTGGACGCTGATAAACCAAACTACGCTAACGCCCTCGAGAGACTAA
TGAAGCTGGTGAAGGTAGGGGGAATAATAGCTTTTGATAACACATTGTGGTTTGGGTTTG
TGGCCGAGGAAGAGGAGACTGTGCCAGTGCACATGAGGGTCAACAGAAAAGCCCTCATGG
AGTTGAACAAGCAGCTCGCTTCTG
G

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1GZ17TFB 755 0 0
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AATTCTCAAGAACGAGGAACTCAAAAAGTACATCCTTGAAACAATGGCATATCCAAGAGA
GCATGAAGAGCTCAAGAAACTACGAGAAGCTACGGTCCAAAAGTATGGCAATTTAATCGA
GATGGAGGTACCGGTTGATGAGGGACACTTTCTATCGATGCTTTTAAAAATGATGAACGC
CAAGAACACGCTAGAACTCGGTGTTTTCACGGGCTACTCGTTGCTCGCGACGGCCCTTGC
ATTGCCTGAAGATGGCCGTATTACTGCAATAGATATTGATAAAGAAGCTTACGAGATGGG
TTTAGAGTTCATCAAGAATGCTGGTGTTGATCATAAAATCAACTTCATCCAATCCGATGG
TCTTCAGGCCTTAGACAAGTTGCTGACCGAGAATCCAAAACCGGAGTTTGATTTCGCATT
TGTGGACGCTGATAAACCAAACTACGCTAACGCCCTCGGGAGACTAATGAAGCTGGTGAA
GGTAGGGGGAATAATAGCTTTTGATAACACATTGTGGTTTGGGTTTGTGGCCGAGGAAGA
GGAGACTGTGCCAGTGCACATGAGGGTCAACAGAAAAGCCCTCATGGAGTTGAACAAGCA
GCTCGCTTCTGATCCTCGCATCGAGGTCTCTCAAGTCTCCATTGGTGATGGTGTCACTCT
CTGCAGACGCCTTGTGTGATTGAAAGAGACTCATC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1BB36TF 749 0 0
GG
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AGAACGAGGAACTCAAAAAGTACATCCTTGAAACAATGGCATATCCAAGAGAGCATGAAG
AGCTCAAGAAACTACGAGAAGCTACGGTCCAAAAGTATGGCAATTTAAGCGAGATGGAGG
TACCGGTTGATGAGGGACACTTTCTATCGATGCTTTTAAAAATGATGAACGCCAAGAACA
CGCTAGAACTCGGTGTTTTCACGGGCTACTCGTTGCTCGCGACGGCCCTTGCATTGCCTG
AAGATGGCCGTATTACTGCAATAGATATTGATAAAGAAGCTTACGAGATGGGTTTAGAGT
TCATCAAGAATGCTGGTGTTGATCATAAAATCAACTTCATCCAATCCGATGGTCTTCAGG
CCTTAGACAAGTTGCTGACCGAGAATCCAAAACCGGAGTTTGATTTCACATTTGTGGACG
CTGATAAACCAAACTACGCTAACGCCCTCGAGAGACTAATGAAGCTGGTGAAGGTAGGGG
GAATAATAGCTTTTGATAACACATTGTGGTTTGGGTTTGTGGCCGAGGAAGAGGAGACTG
TGCCAGTGCACATGAGGGTCAACAGAAAAGCCCTCATGGAGTTGAACAAGCAGCTCGCTT
CTGATCCTCGCATCGAGGTCTCTCAAGTCTCCATTGGTGATGGTGTCACTCTCTGCAGAC
GCCTTGTGTGATTGAAAGAGACTCATC

QA 3 749 3 749
DS 

RD RR1F369TF 740 0 0
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ACACTTTCTATCGATGCTTTTAAAAATGATGAACGCCAAGAACACGCTAGAACTCGGCGT
TTTCACGGGCTACTCGTTGCTCGCGACGGCCCTTGCATTGCCTGAAGATGGCCGTATTAC
TGCAATAGATATTGATAAAGAAGCTTACGAGATGGGTTTAGAGTTCATCAAGAATGCTGG
TGTTGATCATAAAATCAACTTCATCCAATCCGATGGTCTTCAGGCCTTAGACAAGTTGCT
GACCGAGAATCCAAAACCGGAGTTTGATTTCGCATTTGTGGACGCTGATAAACCAAACTA
CGCTAACACCCTCGAGAGACTAATGAAGCTGGTGAAGGTAGGGGGAATAATAGCTTTTGA
TAACACATTGTGGTTTGGGTTCGTGGCCGAGGAAGAGGAGACTGTGCCAGTGCACATGAG
GGTCAACAGAAAAGCCCTCATGGAGTTGAACAAGCAGCTCGCTTCTGATCCTCGCATCGA
GGTCTCTCAAGTATCCATTGGTGATGGTGTCACTCTCTGCAGACGCCTCGTGTGAACAAA
AGAGACTCATCCA
TGTCTGG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1BI09TF 762 0 0
GG
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AGCTCAAGAAACTACGAGAAGCTACGGTCCAAAAGTATGGCAATTTAAGCGAGATGGAGG
TACCGGTTGATGAGGGACACTTTCTATCGATGCTTTTAAAAATGATGAACGCCAAGAACA
CGCTAGAACTCGGTGTTTTCACGGGCTACTCGCTGCTCGCGACGGCCCTTGCATTGCCTG
AAGATGGCCGTATTACTGCAATAGATATTGATAAAGAAGCTTACGAGATGGGTTTAGAGT
TCATCAAGAATGCTGGTGTTGATCATAAAATCAACTTCATCCAATCCGATGGTCTTCAGG
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CTGATAAACCAAACTACGCTAACGCCCTCGAGAGACTAATGAAGCTGGTGAAGGTAGGGG
GAATAATAGCTTTTGATAACACATTGTGGTTTGGGTTTTTGGCCGAGGAAGAGGAGACTG
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CTGATCCTCGCATCGAGGTCTCTCAAGTCTCCATTGGTGATGGTGTCACTCTCTGCAGAC
GCCTTGTGTGATTGAAAGAGACTCATCCAATGTTCTTGGT

QA 3 762 3 762
DS 

RD RR1BI09JQ 825 0 0
GG
GAAGGCATCACAAGATGGAACCAGATATGGAGAATTTGATTCCGTCCAAAGGAATTCTCA
AGAACGAGGAACTCAAAAAGTACATCCTTGAAACAATGGCATATCCAAGAGAGCATGAAG
AGCTCAAGAAACTACGAGAAGCTACGGTCCAAAAGTATGGCAATTTAAGCGAGATGGAGG
TACCGGTTGATGAGGGACACTTTCTATCGATGCTTTTAAAAATGATGAACGCCAAGAACA
CGCTAGAACTCGGTGTTTTCACGGGCTACTCGCTGCTCGCGACGGCCCTTGCATTGCCTG
AAGATGGCCGTATTACTGCAATAGATATTGATAAAGAAGCTTACGAGATGGGTTTAGAGT
TCATCAAGAATGCTGGTGTTGATCATAAAATCAACTTCATCCAATCCGATGGTCTTCAGG
CCTTAGACAAGTTGCTGACCGAGAATCCAAAACCGGAGTTTGATTTCGCATTTGTGGACG
CTGATAAACCAAACTACGCTAACGCCCTCGAGAGACTAATGAAGCTGGTGAAGGTAGGGG
GAATAATAGCTTTTGATAACACATTGTGGTTTGGGTTTTTGGCCGAGGAAGAGGAGACTG
TGCCAGTGCACATGAGGGTCAACAGAAAAGCCCTCATGGAGTTGAACAAGCAGCTCGCTT
CTGATCCTCGCATCGAGGTCTCTCAAGTCTCCATTGGTGATGGTGTCACTCTCTGCAGAC
GCCTTGTGTGATTGAAAGAGACTCATCCAATGTTCTTGGTTTTTTTACTTAAAATCAACT
TTTTAAGAATATTTTTAATTCTCTCTTGTCTCTTTAATCAAGT

QA 3 825 3 825
DS 

RD RR1A861TF 776 0 0
GG
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AGGAACTCAAAAAGTACATCCTTGAAACAATGGCATATCCAAGAGAGCATGAAGAGCTCA
AGAAACTACGAGAAGCTACGGTCCAAAAGTATGGCAATTTAAGCGAGATGGAGGTACCGG
TTGATGAGGGACACTTTCTATCGATGCTTTTAGAAATGATGAACGCCACGAACACGCTAG
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GCCGTATTACTGCAATAGATATTGATAAAGAAGCTTACGAGATGGGTTTAGAGCTCATCA
AGAATGCTGGTGTTGATCATAAAATCAACTTCATCCAATCCGATGGTCTTCAGGCCTTAG
ACAAGTTGCTGACCGAGAATCCAAAACCGGAGTTTGATTTCGCATTTGTGGACGCTGATA
AACCAAACTACGCTAACGCCCTCGAGAGACTAATGAAGCTGGTGAAGGTAGGGGGAATAA
TAGCTTTTGATAACACATTGTGGTTTGGGTTTGTGGCCGAGGAAGAGGAGACTGTGCCAG
TGCACATGAGGGTCAACAGAAAAGCCCTCATGGAGTTGAACAAGCAGCTCGCTTCTGATC
CTCGCATCGAGGTCTCTCAAGTCTCCATTGGTGATGGTGTCACTCTCTGCAGACGCCTTG
TGTGATTGAAAGAGACTCATCCAATGTTCTTGGTTTTTTTACTTAAAATCAACT

QA 3 776 3 776
DS 

RD RR1BZ38JQ 813 0 0
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TGCTTTTAAAAATGATGAACGCCAAGAACACGCTAGAACTCGGTGTTTTCACGGGCTACT
CGTTGCTCGCGACGGCCCTTGCATTGCCTGAAGATGGTCGTATTACTGCAATAGATATTG
ATAAAGAAGCTTACGAGATGGGTTTAGAGTTCATCAAGAATGCTGGTGTTGATCATAAAA
TCAACTTCATCCAATCCGATGGTCTTCAGGCCTTAGACAAGTTGCTGACCGAGAATCCAA
AACCGGAGTTTGATTTCGCATTTGTGGACGCTGATAAACCAAACTACGCTAACGCCCTCG
AGAGACTAATGAAGCTGGTGAAGGTAGGGGGAATAATAGCTTTTGATAACACATTGTGGT
TTGGGTTTGTGGCCGAGGAAGAGGAGACTGTGCCAGTGCACATGAGGGTCAACAGAAAAG
CCCTCATGGAGTTGAACAAGCAGCTCGCTTCTGGTCCTCGCATCGAGGTCTCTCAAGTCT
CCATTGGTGATGGTGTCACTCTCTGCAGACGCCTTGTGTGATTGAAAGAGACTCATCCAA
TGTTCTTGGTTTTTTTACTTAAAATCAACTTTTTAAGAATATTTTTAATTCTCTCTTGTC
TCTTTAATCAAGTTCTTGTTCATTCCGTGTTGCGTTTGTGTGTGTGTGT**TGGATTATG
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QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1GZ17JQ 235 0 0
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TGTGTGATTGAAAGAGACTCATCCAATGTTCTTGGTTTTTTTACTTAAAATCAACTTTTT
AAGAATATTTTTAATTTTTTCTTGTCTCTTTAATCAAGTTCTTGTTCATTCCGTGTTGCG
TTTGTGTGTGTGTGT**TGGATTATGCTAAAGAATAAAGATTTGTTCCTTTTTT
C

QA 1 234 1 234
DS 

RD RR1BB36JQ 694 0 0
GATGCTTTTAAAAATGATGAACGCCAAGAACACGCTAGAACTCGGTGTTTTCACGGGCTA
CTCGTTGCTCGCGACGGCCCTTGCATTGCCTGAAGATGGCCGTATTACTGCAATAGATAT
TGATAAAGAAGCTTACGAGATGGGTTTAGAGTTCATCAAGAATGCTGGTGTTGATCATAA
AATCAACTTCATCCAATCCGATGGTTTTCAGGCCTTAGACAAGTTGCTGACCGAGAATCC
AAAACCGGAGTTTGATTTCACATTTGTGGACGCTGATAAACCAAACTACGCTAACGCCCT
CGAGAGACTAATGAAGCTGGTGAAGGTAGGGGGAATAATAGCTTTTGATAACACATTGTG
GTTTGGGTTTGTGGCCGAGGAAGAGGAGACTGTGCCAGTGCACATGAGGGTCAACAGAAA
AGCCCTCATGGAGTTGAACAAGCAGCTCGCTTTTGATCCTCGCATCGAGGTCTCTCAAGT
CTCCATTGGTGATGGTGTCACTCTCTGCAGACGCCTTGTGTGATTGAAAGAGACTCATCC
AATGTTCTTGGTTTTTTTACTTAAAATCAACTTTTTAAGAATATTTTTAATTCTCTCTTG
TCTCTTTAATCAAGTTTTTGTTCATTCCGTGTTGCGTTTGTGTGTGTGTGT**TGGATTA
TGCTAAAGAATAAAGATTTGTTCCTTTTTT
CATG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1A861JQ 803 0 0
ACAATGGCATATCCAAGAGAGCATGAAGAGCTCAAGAAACTACGAGAAGCTACGGTCCAA
AAGTATGGCAATTTAAGCGAGATGGAGGTACCGGTTGATGAGGGACACTTTCTATCGATG
CTTTTAGAAATGATGAACGCCACGAACACGCTAGAACTCGGTGTTTTCACGGGCTACTCG
TTGCTCGCGACGGCCCTTGCATTGCCTGAAGATGGCCGTATTACTGCAATAGATATTGAT
AAAGAAGCTTACGAGATGGGTTTAGAGCTCATCAAGAATGCTGGTGTTGATCATAAAATC
AACTTCATCCAATCCGATGGTCTTCAGGCCTTAGACAAGTTGCTGACCGAGAATCCAAAA
CCGGAGTTTGATTTCGCATTTGTGGACGCTGATAAACCAAACTACGCTAACGCCCTCGAG
AGACTAATGAAGCTGGTGAAGGTAGGGGGAATAATAGCTTTTGATAACACATTGTGGTTT
GGGTTTGTGGCCGAGGAAGAGGAGACTGTGCCAGTGCACATGAGGGTCAACAGAAAAGCC
CTCATGGAGTTGAACAAGCAGCTCGCTTCTGATCCTCGCATCGAGGTCTCTCAAGTCTCC
ATTGGTGATGGTGTCACTCTCTGCAGACGCCTTGTGTGATTGAAAGAGACTCATCCAATG
TTCTTGGTTTTTTTACTTAAAATCAACTTTTTAAGAATATTTTTAATTCTCTCTTGCCTC
TTTAATCAAGTTCTTGTTCATTCCGTGTTGCGTTTGTGTGTGTGTGTGTTGGATTATGCT
AAAGAATAAATATTTGTTCCTT
C

QA 1 802 1 802
DS 



AS 2 12

CO CL218Contig1 1180 8 25 U
TCTTCCATCAGGATCAAGAATCATGACAGCAAGCTTAGTCAGAGAGAAGAAAATCAAGAC
CAACGGGATTTGGTTAAACGTTGCTGAGAAAGGAGACGAAGGAGGACCTTTGGTTCTGTT
ACTCCATGGCTTCCCCGAGACGTGGTTCTCCTGGCGTCACCAGATCGATTACTTGTCGAG
CCATGGCTACCACGTGGTCGCTCCAGACCTCAGAGGCTACGGTGACTCCGAGTTTCTTCC
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CTACGGCACTGCTCAGGCTTTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCAGTTATAGGTTGGTC
TCTATGCTTGTTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTC
TCCAAGAGATCCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATA
CATCACTCAGTTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAGGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAA
GACGGTTATGAAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGG
TACAGAGATCATCGATGATCTCGAGATTCCATCGAAGATTCCAGAGTGGATAACCGAAGA
GGAGATTCAGGTTTATGCAGACAAGTTTCAGAGATCTGGATTCACTGGCCCGTTGAATTA
CTACAGAGCCATGGATCTGAACTGGGAGATATTGGCGCCGTGGGAAGGCTCCAAGATCCT
TGTTCCGACAAAGTTTATTGCCGGAGACAAAGACATCGGAGCAAATGAAACGATGGGGTA
TGTGAAGGGAGAGATGTTCAAGAGTCATGTGCCTAACGTTGAGGTTGTAGTAATTGAGGA
TGGTCATCATTTTATCCAGCAAGAGAAGGCTAAACAAGTCTCGGAGGAGATTCTTTTTTT
TTTCAACAAGTTATGTACAACAACAGAGTAAAAAACATCATGGCGTTTTTATGGGCCTTA
TAAAAAGAGACTACTATGTTGCTACAACTAATTAAACTACTAATGTGTATCCAATAATGA
AGCCGATCACTTGGGCAAAATAATGGTTAAATAAAGTGAGAAAGACTGTGTATAGTCGTT
GATATCAAGCATGTGGCTCTTGCTCCATAAGTTTCTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
5 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED34TF U 8
AF RR1EO54TF U 1
AF RR1EU25TF U 5
AF RR1EN61TF U 7
AF RR1AO25TF U 249
AF RR1AO25JQ C 313
AF RR1EO54JQ C 471
AF RR1EN61JQ C 963
BS 1 118 RR1EO54TF
BS 119 119 RR1EU25TF
BS 120 248 RR1EO54TF
BS 249 249 RR1EU25TF
BS 250 427 RR1EO54TF
BS 428 428 RR1EU25TF
BS 429 635 RR1EO54TF
BS 636 636 RR1EU25TF
BS 637 669 RR1EO54TF
BS 670 670 RR1AO25TF
BS 671 681 RR1EO54TF
BS 682 683 RR1EU25TF
BS 684 684 RR1EN61TF
BS 685 685 RR1AO25TF
BS 686 749 RR1EU25TF
BS 750 752 RR1EN61TF
BS 753 927 RR1AO25TF
BS 928 928 RR1AO25JQ
BS 929 957 RR1AO25TF
BS 958 958 RR1AO25JQ
BS 959 960 RR1AO25TF
BS 961 961 RR1AO25JQ
BS 962 1073 RR1AO25TF
BS 1074 1096 RR1AO25JQ
BS 1097 1180 RR1EO54JQ

RD RR1ED34TF 644 0 0
GG
AGGATCAAGAATCATGACAGCAAGCTTAGTCAGAGAGAAGAAAATCAAGACCAACGGGAT
TTGGTTAAACGTTGCTGAGAAAGGAGACGAAGTAGGACCTTTGGTTCTGTTACTCCATGG
CTTCCCCGAGACGTGGTTCTCCTGGCGTCACCAGATCGATTACTTGTCGAGCCATGGCTA
CCACGTGGTCGCTCCAGACCTCAGAGGCTACGGTGACTCCGAGTTTCTTCTGAGCTACGA
GTCTTACACTGTGAGCCACCTTGTTGCTGATGTCATCGGTTTGCTTGATCACTACGGCAC
TGCTCAGGCTTTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCAGTTATAGGTTGGTCTCTATGCTT
GTTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTCTCCAAGAGA
TCCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATACATCACTCA
GTTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAGGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAAGACGGTTAC
GAAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGGTACAGAGAT
CATCGATGATCTCGAGATTCCATCGAAGATTCCAGAGTGGAT

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR1EO54TF 681 0 0
TCTTCCATCAGGATCAAGAATCATGACAGCAAGCTTAGTCAGAGAGAAGAAAATCAAGAC
CAACGGGATTTGGTTAAACGTTGCTGAGAAAGGAGACGAAGGAGGACCTTTGGTTCTGGT
ACTCCATGGCTTCCCCGAGACGTGGTTCTCCTGGCGTCACCAGATCGATTACTTGTCGAG
CCATGGCTACCACGTGGTCGCTCCAGACCTCAGAGGCTACGGTGACTCCGAGTTTCTTCC
GAGCTACGGGTCTTACACTGTGAGCCACCTTGTTGCTGATGTCATCGGTTTGCTTGATCA
CTACGGCACTGCTCAGGCTTTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCAGTTATAGGTTGGTC
TCTATGCTTGTTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTC
TCCAAGAAATCCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATA
CATCACTCAGTTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAGGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAA
GACGGTTATGAAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGG
TACAGAGATCATCGATGATCTCGAGATTCCATCGA*GATTCCAGAGTGGATAACCGAAGA
GGAGATTCACGTTTATGCAGA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1EU25TF 745 0 0
GGATC
AGGATCAAGAATCATGACAGCAAGCTTAGTCAGAGAGAAGAAAATCAAGACCAACGGGAT
TTGGTTAAACGTTGCTGAGAAAGGAGACGAAGGAGGACCTTTGGTTCTGTTACTCCATGG
CTTCCCCGAGACGTGGTTCTCCTGGCGTCACCAGATCGATTACTTGTCGAGCCATGGCTA
CCACGTGGTCGCTCCAGACCTCAGAGGCTACGGTGACTCCGAGTTTCTTCCGAGCTACGA
GTCTTACACTGTGAGCCACCTTGTTGCTGATGTCATCGGTTTGCTTGATCACTACGGCAC
TGCTCAGGCTTTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCAGTTATAGGTTGGTCTCTATGCTT
GTTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTCTCCAAGAGA
TCCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATACATCACTCA
GTTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAGGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAAGACGGTTAT
GAAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGAGTTCATGGTGGCTCCTCCCGGTACAGAGAT
CATCGATGATCTCGAGATTCCATCGAAGATTCCAGAGTGGATAACCGAAGAGGAGATTCA
*GTTTATGCAGACAG*TTTCAGAGATCTGGATTCACTGGCCCGTTGAATTACTACAGAGC
CATGGATCTGAACTGGGAGA

QA 6 745 6 745
DS 

RD RR1EN61TF 747 0 0
GGC
AGGATCAAGAATCATGACAGCAAGCCTAGTCAGAGAGAAGACAATCAAGACCAACGGGAT
TTGGTTAAACGTTGCTGAGAAAGGAGACGAAGGAGGACCTTTGGTTCTGTTACTCCATGG
CTTCCCCGAGACGTGGTTCTCCTGGCGTCACCAGATCGATTACTTGTCGAGCCATGGCTA
CCACGTGGTCGCTCCAGACCTCAGAGGCTACGGTGACTCCGAGTTTCTTCCGAGCTACGA
GTCTTACACTGTGAGCCACCTTGTTGCTGATGTCATCGGTTTGCTTGATCACTACGGCAC
TGCTCAGGCTTTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCAGTTATAGGTTGGTCTCTATGCTT
GTTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTCTCCAAGAGA
TCCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATACATCACTCA
GTTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAGGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAAGACGGTTAT
GAAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGGTACAGAGAT
CATCGATGATCTCGAGATTCCATCGAAGATTCCAGAGTGGATAACCGAAGAGGAGATTCA
*GTTTATGCAGACAAATTTCAGAGATCTGGATTCACTGGCCCGTTGAATTACTACAGAGC
CATGGATCTGAACTGGGAGATAT
G

QA 4 746 4 746
DS 

RD RR1AO25TF 829 0 0
G
GTCTTACACTGTGAGCCACCTTGTTGCTGATGTCATCGGTTTGCTTGATCACTACGGCAC
TGCTCAGGCTTTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCAGTTATAGGTTGGCCTCTATGCTT
GTTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTCTCCAAGAGA
TCCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATACATCACTCA
GTTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAGGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAAGACGGTTAT
GAAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGGTACAGAGAT
CATCGATGATCTCGAGATTCCATCGAAGATTCCAGAGTGGATAACCGAAGAGGAGATTCA
GGTTTATGCAGACAAGTTTCAGAGATCTGGATTCACTGGCCCGTTGAATTACTACAGAGC
CATGGAACTGAACTGGGAGATATTGGCGCCGTGGGAAGGCTCCAAGATCCTTGTTCCGAC
AAAGTTTATTGCCGGAGACAAAGACATCGGAGCAAATGAAACGATGGGGTATGTGAAGGG
AGAGATGTTCAAGAGTCATGTGCCTAACGTTGAGGTTGTAGTAATTGAGGATGGTCATCA
TTTTATCCAGCAAGAGAAAGCTAAACAAGTCTCGGAGGAGATTCTTTTCTTCTTCAACAA
GTTATGTACAACAACAGAGTAAAAAACATCATGGCGTTTTTATGGGCCTTATAAAAAGAG
ACTACTATGTTGCTACAACTAATTAAACTACTAATGTGTATCCA
TAAT

QA 2 825 2 825
DS 

RD RR1AO25JQ 784 0 0
TCAGGCTTTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCAGTTATAGGTTGGCCTCTATGCTTGTT
TAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTCTCCAAGAGATCC
AAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATACATCACTCAGTT
TCAGAAACCTGGAAGAGCTGAGGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAAGACGGTTATGAA
GAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGGTACAGAGATCAT
CGATGATCTCGAGATTCCATCGAAGATTCCAGAGTGGATAACCGAAGAGGAGATTCAGGT
TTATGCAGACAAGTTTCAGAGATCTGGATTCACTGGCCCGTTGAATTACTACAGAGCCAT
GGAACTGAACTGGGAGATATTGGCGCCGTGGGAAGGCTCCAAGATCCTTGTTCCGACAAA
GTTTATTGCCGGAGACAAAGACATCGGAGCAAATGAAACGATGGGGTATGTGAAGGGAGA
GATGTTCAAGAGTCATGTGCCTAACGTTGAGGTTGTAGTAATTGAGGATGGTCATCATTT
TATCCAGCAAGAGAAGGCTAAACAAGTCTCGGAGGAGATTCTTTTTTTTTTCAACAAGTT
ATGTACAACAACAGAGTAAAAAACATCATGGCGTTTTTATGGGCCTTATAAAAAGAGACT
ACTATGTTGCTACAACTAATTAAACTACTAATGTGTATCCAATAATGAAGCCGATCACTT
GGGC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1EO54JQ 710 0 0
ATGGGTTATACATCACTCAGTTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAGGCTGCATTTGCCAAGC
ATGATTGTAAGACGGTTATGAAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGG
CTCCTCCCGGTACAGAGATCATCGATGATCTCGAGATTCCATCGAAGATTCCAGAGTGGA
TAACCGAAGAGGAGATTCAGGTTTATGCAGACAAGTTTCAGAGATCTGGATTCACTGGCC
CGTTGAATTACTACAGAGCCATGGATCTGAACTGGGAGATATTGGCGCCGTGGGAAGGCT
CCAAGATCCTTGTTCCGACAAAGTTTATTGCCGGAGACAAAGACATCGGAGCAAATGAAA
CGATGGGGTATGTGAAGGGAGAGATGTTCAAGAGTCATGTGCCTAACATTGAGGTTGTAG
TAATTGAGGATGGTCATCATTTTATCCAGCAAGAGAAGGCTAAACAAGTCTCGGAGGAGA
TTCTTTTTTTTTTCAACAAGTTATGTACAACAACAGAGTAAAAAACATCATGGCGTTTTT
ATGGGCCTTATAAAAAGAAACTACTATGTTGCTACAACTAATTAAACTACTAATGTGTAT
CCAATAATGAAGCCGATCACTTGGGCAAAATAATGGTTAAATAAAGTGAGAAAGACTGTG
TATAGTCGTTGATATCAAGCATGTGGCTCTTGCTCCATAAGTTTCTACAC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1EN61JQ 188 0 0
TCAACAAGTTATGTACAACAACAGAGTAAAAAACATCATGGCGTTTTTATGGGCCTTATA
AAAAGAAACTACTATGTTGCTACAACTAATTAAACTACTAATGTGTATCCAATAATGAAG
CCGATCACTTGGGCAAAATAATGGTTAAATAAAGTGAGAAAGACTGTGTATAGTCGTTGA
TATCAAGC

QA 1 188 1 188
DS 



CO CL218Contig2 732 4 5 U
AGGGGATCAAGAATCATGACAACAAGCTTAGTGAGAGAGAAGAAG*ATCAAGACCAACGG
GATTTGGTTAAACGTTGCTGAGAAAGGAGACGAAGAAG*GACCTTTGGTTCTGTTACTTC
ATGGCTTCCCCGAGACATGGTTCTCGTGGCGTCACCAGATCGATTTCTTGTCTAGCCATG
GCTACCACGTGGTCGCTCCAGATCTCAGAGGCTACGGTGACTCCGAGTTTCTTCCGAGCT
ACGAGTCTTACACTGTCAGCCACCTTGTCGCTGATGCCATCGGTTTGCTTGATCACTACG
GCACTGCTCAGGCATTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCGGTCATAGGTTGGTCTCTAT
GCTTGTTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTCTCCAA
GAGATCCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATACATCA
CTCAGTTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAAGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAAGACGG
TTATGAAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGGTACAG
AGATCATCGATGATCTCGAGATTCCAACGAAGATTCCAGAGTGGATAACAGAAGAGGAGA
TTCAGTTTATGCAGACAGTTTCAGAGATCTGGATTCACTGGACCGTTGAATTACTACAGA
GCCATGGATCTG


BQ
10 10 10 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX09TF U 4
AF RR1H983TF U 2
AF RR1D916TF U 2
AF RR1G829TF U 1
BS 1 45 RR1G829TF
BS 46 46 RR1FX09TF
BS 47 98 RR1G829TF
BS 99 99 RR1FX09TF
BS 100 732 RR1G829TF

RD RR1FX09TF 611 0 0
GGATCAAGAATCATGACAACAAGCTTAGTGAGAGAGAAGAAG*ATCAAGACCAACGGGAT
TTGGTTAAACGTTGCTGAGAAAGGAGACGAAGAAG*GACCTTTGGTTCTGTTACTTCATG
GCTTCCCCGAGACATGGTTCTCGTGGCGTCACCAGATCGATTTCTTGTCTAGCCATGGCT
ACCACGTGGTCGCTCCAGATCTCAGAGGCTACGGTGACTCCGAGTTTCTTCCGAGCTACG
AGTCTTACACTGTCAGCCACCTTGTCGCTGATGCCATCGGTTTGCTTGATCACTACGGCA
CTGCTCAGGCATTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCGGTCATAGGTTGGTCTCTATGCT
TGTTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTCTCCAAGAG
ATCCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATACATCACTC
AGTTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAAGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAAGACGGTTA
TGAAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGGTACAGAGA
TCATCGATGAT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1H983TF 617 0 0
GGAT
ATCAAGAATCATGACAACAAGCTTAGTGAGAGAGAAGAAG*ATCAAGACCAACGGGATTT
GGTTAAACGTTGCTGAGAAAGGAGACGAAGAAG*GACCTTTGGTTCTGTTACTTCATGGC
TTCCCCGAGACATGGTTCTCGTGGCGTCACCAGATCGATTTCTTATCTAGCCATGGCTAC
CACGTGGTCGCTCCAGATCTCAGAGGCTACGGTGACTCCGAGTTTCTTCCGAGCTACGAG
TCTTACACTGTCAGCCACCTTGTCGCTGATGCCATCGGTTTGCTTGATCACTACGGCACT
GCTCAGGCATTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCGGTCATAGGTTGGTCTCTATGCTTG
TTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTCTCCAAGAGAT
CCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATACATCACTCAG
TTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAAGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAAGACGGTTATG
AAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGGTACAGAGATC
ATCGATGATCTCG

QA 5 617 5 617
DS 

RD RR1D916TF 660 0 0
GGAT
ATCAAGAATCATGACAACAAGCTTAGTGAGAGAGAAGAAG*ATCAAGACCAACGGGATTT
GGTTAAACGTTGCTGAGAAAGGAGACGAAGAAG*GACCTTTGGTTCTGTTACTTCATGGC
TTCCCCGAGACATGGTTCTCGTGGCGTCACCAGATCGATTTCTTGTCTAGCCATGGCTAC
CACGTGGTCGCTCCAGATCTCAGAGGCTACGGTGACTCCGAGTTTCTTCCGAGCTACGAG
TCTTACACTGTCAGCCACCTTGTCGCTGATGCCATCGGTTTGCTTGATCACTACGGCACT
GCTCAGGCATTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCGGTCATAGGTTGGTCTCTATGCTTG
TTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTCTCCAAGAGAT
CCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATACATCACTCAG
TTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAAGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAAGACGGTTATG
AAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGTTACAGAGATC
ATCGATGATCTCGAGATTCCAACGAAGATTCCAGAGTGGATAACAGAAGAGGAGAT

QA 5 660 5 660
DS 

RD RR1G829TF 732 0 0
AGGGGATCAAGAATCATGACAACAAGCTTAGTGAGAGAGAAGAAGTATCAAGACCAACGG
GATTTGGTTAAACGTTGCTGAGAAAGGAGACGAAGAAGAGACCTTTGGTTCTGTTACTTC
ATGGCTTCCCCGAGACATGGTTCTCGTGGCGTCACCAGATCGATTTCTTGTCTAGCCATG
GCTACCACGTGGTCGCTCCAGATCTCAGAGGCTACGGTGACTCCGAGTTTCTTCCGAGCT
ACGAGTCTTACACTGTCAGCCACCTTGTCGCTGATGCCATCGGTTTGCTTGATCACTACG
GCACTGCTCAGGCATTTGTGGCTGGACATGACTGGGGATCGGTCATAGGTTGGTCTCTAT
GCTTGTTTAGACCAGACAGAGTCAAAGGTTTCATAAGTCTCTCTGTTCCGTATTCTCCAA
GAGATCCAAACCTCAAACCTTCAGAGTTTTCCAAAACCTTTGGAGATGGGTTATACATCA
CTCAGTTTCAGAAACCTGGAAGAGCTGAAGCTGCATTTGCCAAGCATGATTGTAAGACGG
TTATGAAGAAGTTCTTGCTAACGACGAGAACAGATTTCATGGTGGCTCCTCCCGGTACAG
AGATCATCGATGATCTCGAGATTCCAACGAAGATTCCAGAGTGGATAACAGAAGAGGAGA
TTCAGTTTATGCAGACAGTTTCAGAGATCTGGATTCACTGGACCGTTGAATTACTACAGA
GCCATGGATCTG

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 11

CO CL219Contig1 808 11 13 U
CGTCTTCAATGTAGTTTATAAATAATTGTACGGTAATATTTGTAGAACAGGATGATGTTG
ACATCTTATTACAGGTAAAAACAAGCAGCAACGAGTGGTAGGTAATAGATGACAGTAAGA
GCAGTGCGAAACTCTTAACTCTCAATGTTGTACATATCAAAAGATTTCGGTATCTCTTAA
TTGTAGAAGCAGCAAGAAGCTTGATTAGGCCTCCTTGACGGCAACAGCCTCTTTGGCAGG
TTCTTCCTTGGCAGCCTCCTTGGCAGGTTCTTCCTTGGCAGCTTCCTCGGTGGCTTCACT
GCTCTTCTCCTTGGCAGGTTCTTCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTCTGGGACTATGAAAGC
TGAGACAGGGAAAGTCCTGGAGAGTGTGGTTGGTGACATAAACGTGATCTTCTCTTTCTC
CTCTGTATAGATCTCACTGATAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTAGACTTGACTCCAGT
GAGCTTCTTGATCTTACCGGTTTGGACCACGGCAGTAACTTCGGTTCCATAGGAGACAAG
CTTATCGATCGCTTCGAACTTGTGGGTGGTGCTCTGTTTCTGCTTCAGCCACACAACACC
TGACTCTCTGTCATACCCAACCTCTTCTATGTCCTTCAAAGGTAGTAAGCCATTGGGCAT
AGAGATTTCCTTGAGGAAGACTTTTATCTTCTCTTGGCACATCTCATCTCCGGTGTACAT
CTCTGCCTTAGCTCTCACCTCCTCTGTGACCGGACCCATCTCTGTTTCTTAGCTCTGTTG
TGGCGGGTTTTAGTTGTGTGTTTTGTCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 
65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 
65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 

AF RR1FB09JQ U 42
AF RR1H458JQ U 1
AF RR1EG62JQ U 42
AF RR1FB09TF C 42
AF RR1FI66JQ U 3
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AF RR1BB39TF C 13
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DS 

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CTGTTTCTTAGCTCTGTT
C

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DS 

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C
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CTTCTCCTTGGCAGGTTCCTCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTCTGGGACTATGAAAGCTGA
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CGGGTTTTAGTTGTG

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GTTGTGTGTTTTGTCC

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ACTTCGGTTCCATAGGAGACAAGCTTATCGATCGCTTCGAGCTTGTGGGTGGTGCTCTGT
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GCC

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CGGTTCCATAGGAGACAAGCTTATCGATCGCTTCGAACTTGTGGGTGGTGCTCTGTTTCT
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G
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CAGCCTCTTTGGCAGGTTCTTCCTTGGCAGCCTCCTTGGCAGGTTCTTCCTTGGCAGCTT
CCTCGGTGGCTTCACTGCTCTTCTCCTTGGCAGGTTCTTCCTTGGCAGGTTCCACTTCCT
CTGGGACTATGAAAGCTGAGACAGGGAAAGTCCTGGAGAGTGTGGTTGGTGACATAAACG
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GTAAGCCATTCGGCATAGAGATTTCCTTGAGGAAGACTTTTATCTTCTCTTGGCACATCT
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DS 

RD RR1BB39TF 796 0 0
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CAAGAAGCTTGATTAGGCCTCCTTGACGGCAACAGCCTCTTTGGCAGGTTCTTCCTTGGC
AGCCTCCTTGGCAGGTTCTTCCTTGGCAGCTTCCTCGGTGGCTTCACTGCTCTTCTCCTT
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CTTACCGGTTTGGACCACGGCAGTAACTTCGGTTCCATAGGAGACAAGCTTATCGATCGC
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GAGGAAGACTTTTATATTCTCTTAGCACATCTCATCTCCGGTGTACATCTCTGCCTTAGC
TCTCACCTCCTCTGTGACCGGACCCATCTCTGTTTCTTAGCTCTGTTGTGGCGGGTTTTA
GTTGTGTGTTTTGTCC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 2 10

CO CL220Contig1 843 4 10 U
CACTGGAAACTTAAATTCTTTTATGAATGATTAAAAAAATCTTTAAACTACATATACCAT
GAAATAGTCTAGTACTGGTATGTAAGCGTCAATCCACACCAGACAAGTCTTTTGGAAAAG
GACACACTTACCACAATACACACACATTGACTACAGTTTTTGCATTACAAACCCATATGC
TTATTATTGGTTTTTATTAAAAGCAGGATTGGACCAAACTGATTCTAAACATCTGAGGTG
AAACGGGCGCTTTCCAAAATATTTGTTGCGTTACCCAAATCAAATCCATCGCGTCTATGG
AACTCTTTAATCTGGTTATGAGGCAGATCTTTGAACTCTAGAAGAACCAAACGTTGAGTG
AACTCAATATATGAAGCTGGGATTGTTTCAGTAACCTCATCTGCAAATTCAACGGTAATC
TTCTCCGAGATGGATGACAGTTGTAATAGTAGACCATCTTGACTCACTTTGAGAATTCCT
CCGTCGTTGTTGAGTTCGAATCTCTTTTCTTCTAGATAATTCTTGATGCTTTTGATGTCA
CTGAATTGGTGTTTGAGTCGATGAACAGAAAATGCAAGATGGTTCATCACGTAGCCGTGG
ATAAGTACCCATGCCGCGAATTCACTCTCTTTGGCAAGTTGCTGGAAGTCGGTGGATGTT
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GGTTTAAGATACTTCCTTATTATCTCCTGTGATTCAGGACTTAGTTCGTCCACAAGAAGC
TCAGCTATAACAAGTCGTGGCAAAGGGCCATTGCCTAGACCATGACCATCATCGGGGACG
TAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1EL25JQ U 2
AF RR1C162JQ U 1
AF RR1CP33JQ U 8
AF RR1B774JQ U 8
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BS 40 325 RR1C162JQ
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BS 498 753 RR1C162JQ
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RD RR1EL25JQ 707 0 0
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DS 

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AACTCAATATATGAAGCTGGGATTGTTTCAGTAACCTCATCTGCAAATTCAACGGTAATC
TTCTCCGAGATGGATGACAGTTGTAATAGTAGACCATCTTGACTCACTTTGAGAATTCCT
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AG
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AA
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ACCACAATACACACACATTGACTACAGTTTTTGCATTACAAACCCATATGCTTATTATTG
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ATCTGGTTATGAGGCAGATCTTTGAACTCTAGAAGAACCAAACGTTGAGTGAACTCAATA
TATGAAGCTGGGATTGTTTCAGTAACCTCATCTGCAAATTCAACGGTAATCTTCTCCGAG
ATGGATGACAGTTGTAATAGTAGACCATCTTGACTCACTTTGAGAATTCCTCCGTCGTTG
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ACAAGTCGTGGCAAAGGGCCATTGCCTAGACCATGACCATCATCGGGGACGTAA

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DS 



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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E901TF U 4
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AF RR1C162TF U 4
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GTATATAACTCTCTCT

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DS 

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G
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DS 

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GGA
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CATGGATTATGGATATAAAGCTGAAGGTGGGCTTGATTTTCCAACGAAGAAACTAAGAGT
TCTCACGTTTTCTCCTCCGGATATTTACGTCCCCGATGATGGTCATGGTCTAGGCAATGG
CCCTTTGTCACGACTTGTTATAGCTGAACTTCTTATGGACGAACTAAGTCCTGAATCACA
GGAGATAATAAGGAAGTATCTTAAACCGCAAGGAGGTAAACAAGCGGTTCTTTCAAGTAC
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AA
GAGATCTACTCACAC

QA 4 725 4 725
DS 

RD RR1EL25TF 725 0 0
GG
GAAATACAATAGAAATAAGAACAACTAAGGCTCAGTTTCTCAGACATAACTCAAAGATCT
TTCTACATATGGGTTCTTTAGACTTGTCCCACGCTTCATCTTTCAAGGGAGGAAGTGAAA
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TTCATCGACTCAAACACCAATTCAGTGACATCAAA*GCATCAAGAATTATCTAGAAGAAA
*GA

QA 3 725 3 725
DS 

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AAAGATCTTTCTACATATGGGTTCTTTAGACTTGTCCCACGCTTCATCTTTCAAGGGAGG
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DS 

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TGGAGGGTTACGGAATAGAATCCTTAACGAGCTTCTTCATGGATTATGGATATAAAGCTG
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ACGAGAATCTCAA*GTGAGTCAGATGGTCTACTAT*ACAACTGTCATCATCTCG

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 11

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CTACCATCAGGATAAATCTGACCCCTTCCCCCATTTCCACCTACGTATATAGGATATTTT
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TGGAATCCGATACATAAATCAGTTAATAAAAGAATCGAAAAAGCTTTAATTGTATCACTT
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TGGATACGATACTCGTTGTGTATCTTGATGAATTGGATCGTTTCTTTGTGGATTCCTAGA
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TCCTCTAATTGTATGAATTTTTCTAGAACACTATTTTCTTGAATATCATTCAAGAAAGTT
TCGCATTGTCTAGTATTCCACCATTAG


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1CN04TF C 1
AF RR1EA14JQ U 1
AF RR1C202JQ U 1
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QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1CN04TF 532 0 0
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QA 1 532 1 532
DS 

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G*CTAATTCAAACCCCTCAGGTAAAATAAGAACAGCTCCCACATTCAAAGCTCCTTTTTT
*ACCATTAGCTAGAACTTGTTTTAGCTGCATATCATAAGGAATTTTAACAACTGCTTCAA
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CAAAAATTGGATATGCACTTGAAATGGATGCCC
CCCCGGCCGT

QA 1 573 1 573
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CAAAAATTGGATATGCACTTGAAATGGATGCCCAAGTTATTATATATATCATGAGTGAGA
CAGATATGGAGCGAGTAATCTC

QA 1 622 1 622
DS 

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ATCGGGGGGGG*CTAATTCAAACCCCTCAGGTAAAATAAGAACAGCTCCCACATTCAAAG
CTCCTTTTTT*ACCATTAGCTAGAACTTGTTTTAGCTGCATATCATAAGGAATTTTAACA
ACTGCTTCAAATACAGTATCAGGAAGTACCGCTTGTGGAACCTCAATATCCACGGGCTTA
CTAGCTAAATGGCAATTGGCACATACAATACGCCCAGTTGCCTCTCGTGGATTTTCATAA
TTCTGCTGGGCAAAAATTGGATATGCACTTGAAATGGATGCCCAAGTTATTATATATAT*
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QA 1 628 1 628
DS 

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QA 1 938 1 938
DS 

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G
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CTCCCACATTCAAAGCTCCTTTTTT*ACCATTAGCTAGAACTTGTTTTAGCTGCATATCA
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T

QA 2 722 2 722
DS 

RD RR1B169TF 814 0 0
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AACCCAAGAATTGAGAAT

QA 17 814 17 814
DS 

RD RR1BY06TF 704 0 0
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TGGATTTTCATAATTCTGCTGGGCAAAAATTGGATATGCACTTGAAATGGATGCCCAAGT
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AAAAAGCTTTAATTGTATCACTTAAATTATATAGGAATTCTTG
C

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1C202TF 668 0 0
CGTGGATTTTCATAATTCTGCTGGGCAAAAATTGGATATGCACTTGAAATGGATGCCCAA
GTTATTATATATATCATGAGTGAGACAGATATGGAGCGAGTAATCTCTTCCCTTATCCAA
GAAAAGGTATTTCTAGTTTGCATGGTCCAATCATTTATCCCGAAAATTTCTACAATAAAG
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CGAAAAAGCTTTAATTGTATCACTTAAATTATATAGGAATTCTTGAACCCAAGAATTGAG
AAT
AAAAA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1B364TF 810 0 0
G
GGTCCAATCATTTATCCCGAAAATTTCTACAATAAAGTTAGGTAGGTCGATAATATACTT
CCCTAGCCACAATTCTGCTATTTACATTTACTGAAAAAAAAAAATTTTTTTTATTGAAAT
ATACAAGGAATCCCTCGTGGGTAAAAAAGAGTAAAGTAAATACGACTTTGATTTGGTTAT
GATGTATAAAGTAAGAAAGAGTAGAATTGGATCAGTGAATCGTTTTTTAGTCATTTATTG
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TAAAAATTGTATCAAGAATGACTGGAAAGGTAGAAACTAGACCAGATAAAATTTGTTCAT
AATGAGCAAACCCAAAATCTTTGTAAATATAACCAATCATTAGTTCCCAACCGTGAGGCG
AATGGAATCCGATACATAAATCAGTTAATAAAAGAATCGAAAAAGCTTTAATTGTATCAC
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TATGGATACGATACTCGTTGTGTATCTTGATGAATTGGATCGTTTCTTTGTGGATTCCTA
GACGAAATTGTTGTAAATCGGTTTCTGGGTATTCCTTTATCATTTCATCCAGCTGGAATA
GTTCCTCTAATTGTATGAATTTTTCTAGAACACTATTTTCTTGAATATCATTCAAGAAAG
TTTCGCATTGTCTAGTATTCCACCATTAG

QA 2 810 2 810
DS 



AS 1 12

CO CL222Contig1 957 12 17 U
GGAATCTCGATTCCCCGATCGAAAACTCAGAGA*AATAATCAAATGGCGGAAGATCTGGT
ACTAGACACGGCGATCAGAGACTGGGTTCTGATCCCTCTCTCCGTAGTGATGGTTCTAAT
CGGTGTTCTACGCTACTTCGTCTCCAAGCTCATGCGTTCGTCTCCCACTCCCGACGCGAA
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CATCCCGCCCAAGTCCTTCCGAGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAATGGATT
GCTACATGTTCCCAAGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTT*CTGATCCCA
ACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTCTCTATGATTATTCCACAGACACTCACTT
ATGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGGTTT*GTGGCAGCCAAAATACCATTTCCACTG
ACTCAGAGGTTCAG*GTCTATGCTACAGAACGGGATTGACTTGAGCACTGTTGATGTTAG
CTATGTCAGCAGCCGCTCATGGTACTTCTTGAACTTGTTCGGATTAAGAGGCTTGTTTAG
TCTCATTCTTGGAGATGAAAATGCTATTGATGATACACAACGAATGATGCAAATGGGTGG
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TCGTGCAGTAGAGAGAGGACATTTGTACTCTGATTTTTTATTTTGTATGATTTTGTTGAA
GTCGTTGTCTGTCTGTAGCATTATTACAAGCTTTACTTTGTTTTAGCTGATCTGGTTATG
CTGGTGCTTGTGATCTGATACTTATTATCTTATAAAACTTCTCAGAGTTTGTTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 0 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 5 
40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 0 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 45 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1E808TF U 1
AF RR1CJ80TF U 11
AF RR1D737TF U 19
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AF RR1BB79TF U 41
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AF RR1E808JQ C 274
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RD RR1E808TF 698 0 0
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CGGTGTCCTACGCTACTTCGTCTCCAAGCTCATGCGTTCGTCTCCCACTCCCGACGCGAA
GATCGTCAAAGAAGGGCAAGTTGTAATCAGGGCTCGGAATCTGAAGGCCGGCGCCAATTT
CATCCCGCCCAAGTCCTTCCGAGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAATGGATT
GCTACATGTTCCCAAGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTT*CTGATCCCA
ACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTCTCTATGATTATTCCACAGACACTCACTT
ATGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGGTTT*GTGGCAGCCAAAATACCATTTCCACTG
ACTCAGAGGTTCAG*GTCTATGCTACAGAACGGGATTGACTTGAGCACTGTTGATGTTAG
CTATGTCAGCAGCCGCTCATGGTACTTCTTGAACTTGTTCGGATTAAGAGGCTTGTTTAG
TCTCATTCTTGGGGATGAAAATGCTATTGATGATACACAACGAATGATGCAAATGGGTGG
TGG*ATTTGGTTTTGATGCATCGAAGAGCTTGGGCGCT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CJ80TF 698 0 0
GGCT
CCGATCGAAAACTCTGAGAAAATAATCAAATGGCGGAAGATCTGGTTCTAGACACGGCGA
TCAGAGACTGGGTTCTGATCCCTCTCTCCGTAGTGATGGTTCTAATCGGTGTTCTCCGCT
ACTTCGTCTCCAAGCTCATGCGTTCGTCTCCCACTCCCGACGCGAAGATCGTCAAAGAAG
GGCAAGTTGTAATCAGGGCTCGGAATCTGAAGGCCGGCGCCAATTTCATCCCGCCCAAGT
CCTTCCGAGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAATGGATTGCTACATGTTCCCA
AGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTT*CTGATCCCAACATGGCCATGGAT
ATGATGAAGAAAAATCTCTCTATGATTATTCCACAGACACTCACTTATGCATGGGTCAAC
TTCTTCTTCTCTGGGTTT*GTGGCAGCCAAAATACCATTTCCACTGACTCAGAGGTTCAG
*GTCTATGCTACAGAACGGGATTGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTCAGCAGCC
GCTCATGGTACTTCTTGAACTTGTTCGGATTAAGAGGCTTGTTTAGTCTCATTCTTGGAG
ATGAAAATGCTATTGATGATACACAACGAATGATGCAAATGGGTGGTGG*ATTTGGTTTT
GATGCATCAAAGAGCTTGGGCGCTGAGAAAGATG

QA 5 698 5 698
DS 

RD RR1D737TF 685 0 0
GGGAAAACTCTGAGAA
AATAATCAAATGGCGGAAGATCTGGTTCTAGACACGGCGATCAGAGACTGGGTTCTGATC
CCTCTCTCCGTAGTGATGGTTCTAATCGGTGTTCTCCGCTACTTCGTCTCCAAGCTCATG
CGTTCGTCTCCCACTCCCGACGCGAAGATCGTCAAAGAAGGGCAAGTTGTAATCAGGGCT
CGGAATCTGAAGGCCGGCGCCAATTTCATCCCGCCCAAGTCCTTCCGAGCTCGTAGATTC
TACTTCAGCAACGAGGAAAATGGACTGCTACATGTTCCCAAGGACCAAGCTCAAAACCCA
CAAGCTCAGATGTTTT*CTGATCCCAACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTCTC
TATGATTATTCCACATACACTCACTTATGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGGTTT*G
TGGCAGCCAAAATACCATTTCCACTGACTCAGAGGTTCAG*GTCTATGCTACAGAACGGG
ATTGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTCAGCAGCCGCTCATGGTACTTCTTGAAC
TTGTTCGGATTAAGAGGCTTGTTTAGTCTCATTCTTGGAGATGAAAATGCTATTGATGAT
ACACAACGAATGATGCAAATGGGTGGTGG*ATTTGGTTTTGATGCATCAAAGAGCTTGGG
CGCTGAGAA

QA 17 685 17 685
DS 

RD RR1AN26TF 820 0 0
GGGATT
CTCCGATCGAAAACTCAGAGA**ATAATCAAATGGCGGAAGATCTGGTACTAGACACGGC
GATCAGAGACTGGGTTCTGATCCCTCTCTCCGTAGTGATGGTTCTAATCGGTGTCCTACG
CTACTTCGTCTCCAAGCTCATGCGTTCGTCTCCCACTCCCGACGCGAAGATCGTCAAAGA
AGGGCAAGTTGTAATCAGGGCTCGGAATCTGAAGGCCGGCGCCAATTTCATCCCGCCCAA
GTCCTTCCGAGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAATGGATTGCTACATGTTCC
CAAGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTT*CTGATCCCAACATGGCCATGG
ATATGATGAAGAAAAATCTCTCTATGATTATTCCACAGACACTCACTTATGCATGGGTCA
ACTTCTTCTTCTCTGGGTTT*GTGGCAGCCAAAATACCATTTCCACTGACTCAGAGGTTC
AG*GTCTATGCTACAGAACGGGATTGACTTGAGTACTGTTGATGTTAGCTATGTCAGCAG
CCGCTCATGGTACTTCTTGAACTTGTTCGGATTAAGAGGCTTGTTTAGTCTCATTCTTGG
AGATGAAAATGCTATTGATGATACACAACGAATGATGCAAATGGGTGGTGG*ATTTGGTT
TTGATGCATCAAAGAGCTTGGGCGCTGAGAAGGATGGTCTCGACATTATTCAACATGAAT
GGGCTTTATCCGGATTCGAGCACCGCGCAGAGTCCGTTTTGAGAAAACTCGTGCAGTAGA
GAGAGGACATTTGTACTCTGATTTTTTATTTTGT

QA 7 820 7 820
DS 

RD RR1BB79TF 824 0 0
CAAATGGCGGAAGATCTGGTTCTAGACACGGCGATCAGAGACTGGGTTCTGATCCCTCTC
TCCGTAGTGATGGTTCTAATCGGTGTTCTCCGCTACTTCGTCTCCAAGCTCATGCGTTCG
TCTCCCACTCCCGACGCGAAGATCGTCAAAGAAGGGCAAGTTGTAATCAGGGCTCGGAAT
CTGAAGGCCGGCGCCAATTTCATCCCGCCCAAGTCCTTCCGAGCTCGGAGATTCTACTTC
AGCAACGAGGAAAATGGATTGCTACATGTTCCCAAGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGCT
CAGATGTTTT*CTGATCCCAACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTCTCTATGAT
TATTCCACAGACACTCACTTATGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGGTTT*GTGGCAG
CCAAAATACCATTTCCACTGACTCAGAGGTTCAG*GTCTATGCTACAGAACGGGATTGAC
TTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTCAGCAGCCGCTCATGGTACTTCTTGAACTTGTTC
GGATTAAGAGGCTTGTTTAGTCTCATTCTTGGAGATGAAAATGCTATTGATGATACACAA
CGAATGATGCAAATGGGTGGTGGGATTTGGTTTTGATGCATCAAAGAGCTTTGGCGCTGA
GAAGGATGGTCTCGACATTATTCAACATGAATGGGCTTTACCCGGATTCGAGCACCGCGC
AGAGTCCGTTTTGAGAAAACTCGTGCAGTAGAGAGAGGACATTTGTACTCTGATTTTTTA
TTTTGTATGATTTTGTTGAAGTCGTTGTCTGTCTGTAGCATTAT

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1AL74TF 831 0 0
GG
AGACACGGCGATCAGAGACTGGGTTCTGATCCCTCTCTCCGTAGTGATGGTTCTAATCGG
TGTTCTCCGCTACTTCGTCTCCAAGCCCATGCGTTCGTCTCCCACTCCCGACGCGAAGAT
CGTCAAAGAAGGGCAAGTTGTAATCAGGGCTCGGAATCTGAAGGCCGGCGCCAATTTCAT
CCCGCCCAAGTCCTTCCGAGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAATGGATTGCT
ACATGTTCCCAAGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTT*CTGATCCCAACA
TGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTCTCTATGATTATTCCACAGACACTCACCTATG
CATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGGTTT*GTGGCAGCCAAAATACCATTTCCACTGACT
CAGAGGTTCAG*GTCTATGCTACAGAACGGGATTGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTA
TGTCAGCAGCCGCTCATGGTACTTCTTGAACTTGTTCGGATTAAGAGGCTTGTTTAGTCT
CATTCTTGGAGATGAAAATGCTATTGATGATACACAACGAATGATGCAAATGGGTGGTGG
*ATTTGGTTTTGATGCATCAAAGAGCTTGGGCGCTGAGAAGGATGGTCTCGACATTATTC
AACATGAATGGGCTTTACCCGGATTCGAGCACCGCGCAGAGTCCGTTTTGAGAAAACTCG
TGCAGTAGAGAGAGGACATTTGTACTCTGATTTTTTATTTTGTATGATTTTGTTGAAGTC
GTTGTCTGTCTGTAGCATTATTACAAGCTTTACTTTGTTTTAGCTGATC

QA 3 831 3 831
DS 

RD RR1B646TF 714 0 0
TCCCGACGCGAAGATCGTCAAAGAAGGGCAAGTTGTAATCAGGGCTCGGAATCTGAAGGC
CGGCGCCAATTTCATCCCGCCCAAGTCCTTCCGAGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGA
GGAAAATGGATTGCTACATGTTCCCAAGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTT
TTTCTGATCCCAACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTCTCTATGATTATTCCAC
AGACACTCACTTATGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGGTTTTGTGGCAGCCAAAATA
CCATTTCCACTGACTCAGAGGTTCAGAGTCTATGCTACAGAACGGGATTGACTTGAGCAC
TGTTGATGTTAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATGGTACTTCTTGAACTTGTTCGGACTAAG
AGGCTTATTTAGTCTCATTCTTGGAGATGAAAATGCTATTGATGATACACAACGAATGAT
GCAAATGGGTGGTGG*ATTTGGTTTTGATGCATCAAAGAGCTTGGGCGCTGAGAAGGATG
GTCTCGACATTATTCAACATGAATGGGCTTTACCCGGATTCGAGCACCGCGCAAAGTCCG
TTTTGAGAAAACTCGTGCAGTAAAGAGACGACATTTGTACCCTGATTTTG*ATTTTGTAT
GATTTGGTTCAAGTCGTTGTCTGTCTGTAGCATTATTACAAGCATTACTTTGTT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1AN26JQ 893 0 0
ATCTGGTACTAGACACGGCGATCAGAGACTGGGTTCTGATCCCTCTCTCCGTAGTGATGG
TTCTAATCGGTGT*CTACGCTACTTCGTCTCCAAGCTCATGCGTTCGTCTCCCACTCCCG
ACGCGAAGATCGTCAAAGAAGGGCAAGTTGTAATCAGGGCTCGGAATCTGAAGGCCGGCG
CCAATTTCATCCCGCCCAAGTCCTTCCGAGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAA
ATGGATTGCTACATGTTCCCAAGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTT*CT
GATCCCAACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTCTCTATGATTATTCCACAGACA
CTCACTTATGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGGTTT*GTGGCAGCCAAAATACCATT
TCCACTGACTCAGAGGTTCAG*GTCTATGCTACAGAACGGGATTGACTTGAGTACTGTTG
ATGTTAGCTATGTCAGCAGCCGCTCATGGTACTTCTTGAACTTGTTCGGATTAAGAGGCT
TGTTTAGTCTCATTCTTGGAGATGAAAATGCTATTGATGATACACAACGAATGATGCAAA
TGGGTGGTGG*ATTTGGTTTTGATGCATCAAAGAGCTTGGGCGCTGAGAAGGATGGTCTC
GACATTATTCAACATGAATGGGCTTTATCCGGATTCGAGCACCGCGCAGAGTCCGTTTTG
AGAAAACTCGTGCAGTAGAGAGAGGACATTTGTACTCTGATTTTTTATTTTGTATGATTT
TGTTGAAGTCGTTGTCTGTCTGTAGCATTATTACAAGCTTTACTTTGTTTTAGCTGATCT
GGTTATGCTGGTGCTTGTGATCTGATACTTATTATCTTATAAAACTTCTCAGA

QA 1 893 1 893
DS 

RD RR1CJ80JQ 644 0 0
CTACTTCAGCAACGAGGAAAATGGATTGCTACATGTTCCCAAGGACCAAGCTCAAAACCC
ACAAGCTCAGATGTTTT*CTGATCCCAACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTCT
CTATGATTATTCCACAGACACTCACTTATGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGGTTT*
GTGGCAGCCAAAATACCATTTCCACTGACTCAGAGGTTCAG*GTCTATGCTACAGAACGG
GATTGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTCAGCAGCCGCTCATGGTACTTCTTGAA
CTTGTTCGGATTAAGAGGCTTGTTTAGTCTCATTCTTGGAGATGAAAATGCTATTGATGA
TACACAACGAATGATGCAAATGGGTGGTGG*ATTTGGTTTTGATGCATCAAAGAGCTTGG
GCGCTGAGAAGGATGGTCTCGACATTATTCAACATGAATGGGCTTTACCCGGATTCGAGC
ACCGCGCAGAGTCCGTTTTGAGAAAACTCGTGCAGTAGAGAGAGGACATTTGTACTCTGA
TTTTTTATTTTGTATGATTTTGTTGAAGTCGTTGTCTGTCTGTAGCATTATTACAAGCTT
TACTTTGTTTTAGCTGATCTGGTTATGCTGGTGCTTGTGATCTG

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1BB79JQ 721 0 0
GGGCTCGGAATCTGAAGGCCGGCGCCAATTTCATCCCGCCCAAGTCCTTCCGAGCTCGGA
GATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAATGGATTGCTACATGTTCCCAAGGACCAAGCTCAAA
ACCCACAAGCTCAGATGTTTT*CTGATCCCAACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAAT
CTCTCTATGATTATTCCACAGACACTCACTTATGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGG
TTT*GTGGCAGCCAAAATACCATTTCCACTGACTCAGAGGTTCAG*GTTTATGCTACAGA
ACGGGATTGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTCAGCAGCCGCTCATGGTACTTCT
TGAACTTGTTCGGATTAAGAGGCTTGTTTAGTCTCATTCTTGGAGATGAAAATGCTATTG
ATGATACACAACGAATGATGCAAATGGGTGGTGG*ATTTGGTTTTGATGCATCAAAGAGC
TTTGGCGCTGAGAAGGATGGTCTCGACATTATTCAACATGAATGGGCTTTACCCGGATTC
GAGCACCGCGCAGAGTCCGTTTTGAGAAAACTCGTGCAGTAGAGAGAGGACATTTGTACT
CTGATTTTTTATTTTGTATGATTTTGTTGAAGTCGTTGTCTGTCTGTAGCATTATTACAA
GCTTTACTTTGTTTTAGCTGATCTGGTTATGCTGGTGCTTGTGATCTGATACTTATTATC
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1E808JQ 684 0 0
CTACTTCAGCAACGAGGAAAATGGATTGCTACATGTTCCCAAGGACCAAGCTCAAAACCC
ACAAGCTCAGATGTTTT*CTGATCCCAACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTCT
CTATGATTATTCCACAGACACTCACTTATGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGGTTT*
GTGGCAGCCAAAATACCATTTCCACTGACTCAGAGGTTCAG*GTCTATGCTACAGAACGG
GATTGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTCAGCAGCCGCTCATGGTACTTCTTGAA
CTTGTTCGGATTAAGAGGCTTGTTTAGTCTCATTCTTGGGGATGAAAATGCTATTGATGA
TACACAACGAATGATGCAAATGGGTGGTGG*ATTTGGTTTTGATGCATCGAAGAGCTTGG
GCGCTGAGAAGGATGGTCTCGACATTATTCAACATGAATGGGCTTTATCCGGATTCGAGC
ACCGCGCAGAGTCCGTTTTGAGAAAACTCGTGCAGTAGAGAGAGGACATTTGTACTCTGA
TTTTTTATTTTGTATGATTTTGTTGAAGTCGTTGTCTGTCTGTAGCATTATTACAAGCTT
TACTTTGTTTTAGCTGATCTGGTTATGCTGGTGCTTGTGATCTGATACTTATTATCTTAT
AAAACTTCTCAGAGTTTGTTTG
GC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1AL74JQ 517 0 0
TTCTCTGGGTTT*GTGGCAGCCAAAATACCATTTCCACTGACTCAGAGGTTCAG*GTTTA
TGCTACAGAACGGGATTGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTCAGCAGCCGCTCAT
GGTACTTCTTGAACTTGTTCGGATTAAGAGGCTTGTTTAGTCTCATTCTTGGAGATGAAA
ATGCTATTGATGATACACAACGAATGATGCAAATGGGTGGTGG*ATTTGGTTTTGATGCA
TCAAAGAGCTTGGGCGCTGAGAAGGATGGTCTCGACATTATTCAACATGAATGGGCTTTA
CCCGGATTCGAGCACCGCGCAGAGTCCGTTTTGAGAAAACTCGTGCAGTAGAGAGAGGAC
ATTTGTACTCTGATTTTTTATTTTGTATGATTTTGTTGAAGTCGTTGTCTGTCTGTAGCA
TTATTACAAGCTTTACTTTGTTTTAGCTGATCTGGTTATGCTGGTGCTTGTGATCTGATA
CTTATTATCTTATAAAACTTCTCAGAGTTTGTTTGTC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 12

CO CL223Contig1 645 12 7 U
GGAAAAACAATCAAATTCAAAAACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCAT
CACATGCCTCCTCATCCTTGCGATCTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTG
TGGGACAGTGTCAAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATT
GCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGA
TCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATAT
CGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTT
CAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTAC
GAACGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTT
TCTATTATATGACTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTA
ATAACGATAAGGAGCTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAG
TACCATCAGGAATAACACTTTGTCTTTCTCCTACATCTAATATGA


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 60 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FM74JQ C 231
AF RR1EL30TF U 1
AF RR1FM61JQ C 1
AF RR1CK10TF U 10
AF RR1AZ70TF U 11
AF RR1EK02TF U 11
AF RR1FM61TF U 1
AF RR1A329JQ C 134
AF RR1A329TF U 134
AF RR1FO46JQ C 1
AF RR1FO46TF U 1
AF RR1EM68TF U 169
BS 1 438 RR1EL30TF
BS 439 439 RR1CK10TF
BS 440 566 RR1EL30TF
BS 567 568 RR1CK10TF
BS 569 629 RR1EL30TF
BS 630 631 RR1FM61TF
BS 632 645 RR1EM68TF

RD RR1FM74JQ 233 0 0
CCACACCGGATCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAG
GCCTCAATATCGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACT
CCATTGGTTTCAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCGGTGTGAAGGAGGCT
AGAGATGTACGAATGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAA

QA 1 233 1 233
DS 

RD RR1EL30TF 629 0 0
GGAAAAACAATCAAATTCAAAAACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCAT
CACATGCCTCCTCATCCTTGCGATCTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTG
TGGGACAGTGTCAAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATT
GCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGA
TCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATAT
CGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTT
CAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTAC
GAACGAATAATCAAAGTTTGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTT
TCTATTATATGACTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTA
ATAACGATAAGGAGCTCTCTCTCTCTCTTTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAG
TACCATCAGGAATAACACTTTGTCTTTCT

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1FM61JQ 631 0 0
GGAAAAACAATCAAATTCAAAAACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCAT
CACATGCCTCCTCATCCTTGCGATCTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTG
TGGGACAGTGTCAAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATT
GCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGA
TCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATAT
CGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACTCCATTGGTTT
CAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTAC
GAACGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTT
TCTATTATATGACTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTA
ATAACGATAAGGAGCTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAG
TACCATCAGGAATAACTCTTTGTCTTTCTCC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1CK10TF 596 0 0
GGA
AAATTCAAAAACAATTAAAACAAAAATTGCGTTTGCTTCAAAGATCATCACATGCCTCCT
CATCCTTGCGATCTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTGTGGGACAGTGTC
AAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATTGCCGTCAAGCTG
CTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGATCGCCGACAAGT
ATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATATCGACCTTGTGGC
CACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTTCAAC*CCAATTG
TGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTACGAACGAATAATC
AAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTTTCTATTATATGA
CTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTAATAACGATAAGG
AGCTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAGTACCA

QA 4 596 4 596
DS 

RD RR1AZ70TF 597 0 0
GG
AAATTCAAAAACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCATCACATGCCTCCT
CATCCTTGCGATCTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTGTGGGACAGTGTC
AAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATTGCCGCCAAGCTG
CTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGATCGCCGACAAGT
ATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATATCGACCTTGTGGC
CACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTTCAACACCAATTG
TGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTACGAACGAATAATC
AAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTTTCTATTATATGA
CTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTAATAACGATAAGG
AGCTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAGTACCATC

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR1EK02TF 596 0 0
GG
AAATTCAAAAACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCATCACATGCCTCCT
CATCCTTGCGATCTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTGTGGGACAGTGTC
AAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATTGCCGCCAAGCTG
CTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGATCGCCGACAAGT
ATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATATCGACCTTGTGGC
CACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTTCAACACCAATTG
TGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTACGAACGAATAATC
AAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTTTCTATTATATGA
CTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTAATAACGATAAGG
AGCTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAGTACCAT

QA 3 596 3 596
DS 

RD RR1FM61TF 637 0 0
GGAAAAACAATCAAATTCAAAAACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCAT
CACATGCCTCCTCATCCTTGCGATCTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTG
TGGGACAGTGTCAAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATT
GCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGA
TCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATAT
CGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACTCCATTGGTTT
CAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTAC
GAACGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTT
TCTATTATATGACTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTA
ATAACGATAAGGAGCTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAG
TACCATCAGGAATAACACTTTGTCTTTCTCC
AAAAAA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1A329JQ 499 0 0
G
GCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATTGCCGTCAAGCTGCT
GTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGATCGCCGACAAGTAT
GTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATATCGACCTTGTGGCCA
CGCTCCCCACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTTCAACACCAATTGTG
ACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTACGAACGAATAATCAA
AGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTTTCTATTATATGACT
TGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTAATAACGATAAGGAG
CTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAGTACCATCAGGAATA
ACACTTTGTCTTTCTC
TT

QA 2 497 2 497
DS 

RD RR1A329TF 499 0 0
G
GCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATTGCCGTCAAGCTGCT
GTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGATCGCCGACAAGTAT
GTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATATCGACCTTGTGGCCA
CGCTCCCCACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTTCAACACCAATTGTG
ACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTACGAACGAATAATCAA
AGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTTTCTATTATATGACT
TGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTAATAACGATAAGGAG
CTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAGTACCATCAGGAATA
ACACTTTGTCTTTCTC
TT

QA 2 497 2 497
DS 

RD RR1FO46JQ 632 0 0
GGAAAAACAATCAAATTCAAAGACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCAT
CACAGGCCTCCTCATCCTTGCGATTTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTG
TGGGACAGTGTCAAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATT
GCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGA
TCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCT*AAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATAT
CGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTT
CAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTAC
GAACGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTT
TCTATTATATGACTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTA
ATAACGATAAGGAGCTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAG
TACCATCAGGAATAACACTTTGTCTTTCTCC
T

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1FO46TF 632 0 0
GGAAAAACAATCAAATTCAAAGACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCAT
CACAGGCCTCCTCATCCTTGCGATCTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTG
TGGGACAGTGTCAAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATT
GCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGA
TCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCT*AAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATAT
CGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTT
CAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTAC
GAACGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTT
TCTATTATATGACTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTA
ATAACGATAAGGAGCTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATGTAAACGTAAAG
TACCATCAGGAATAACACTTTGTCTTTCTCC
T

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1EM68TF 477 0 0
G
GGTGGTCCATTGCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAG
ACCACACCGGATCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAA
GGCCTCAATATCGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATAC
CCCATTGGTTTCAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGC
TAGAGATGTACGAACGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTC
TGCTGCTATTTTCTATTATATGACTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATG
GTAAATAAGTAATAACGATAAGGAGCTCTCTCTCTCT**TTTTCGGCGCTTTGATGTATG
TAAACGTAAAGTACCATCAGGAATAACACTTTGTCTTTCTCTTACATCTAATATGA

QA 2 477 2 477
DS 



AS 1 12

CO CL224Contig1 870 12 14 U
GGAAAAGATGAAAAGCAGTTTCCTCTTCATCGTGGTTCGTTCTCTCTCTCTCCTCAATCT
TCATTCCCTCTCTGATCGCTACTTTCTGCAACGACGACGACGACATGGCCATGCCCGGAG
CCGTTCGCGATGTACCTTCTAACCAGAACAGTGGCGAGGTCGAGAGCCTCGCTCGCTTCG
CTGTCGATGAGCATAACAAGAAAGAGAATGCACTGCTAGAGTTTGGGAGAGTGGTGAAGG
CGAAAGAGCAAGTTGTGGCGGGAACGCTGCACCACCTGACTCTGGAGATCATAGAGGCTG
GGAAGAAGAAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAGCCTTGGTTGAACTTCAAGGAGT
TACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGTGCCTCTACTACCAATACCATCA
CTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAGTCTGGATGGAGGGAAGTTCCTG
GAGATGATCCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGCTGTCAAGACCATACAGCAGAGGT
CTAACTCTTTGTTCCCTTATGAGCTTCAGGAGGTTGTTCATGCTAACGCTGAGGTCACCG
GGGAGGCTGCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGAAGAGAGGAGAGAAGGAGGAGAAGT
TCAAGGTGGAGGTTCACAAGAACCATGAAGGTGTTCTTCATCTCAACCACATGGAGCAAC
ACCATGACTAGTTCTCTTCTCCTCTCCTCTGCTTATGTAATATTTTGACTGTTTGCTTGC
TTTGTAAGATATTTTAACTTCTGATGCAACTACTAAACCCTTAAAATAACATACCAGAAG
GAATAAATTAAAAGTTAGTCTTTGATTCGG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 5 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 40 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 15 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 25 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1GV33TF U 36
AF RR1EK36TF U 34
AF RR1CI56TF U 1
AF RR1DL07JQ C 189
AF RR1EK36JQ C 435
AF RR1EU89TF U 37
AF RR1DL07TF U 33
AF RR1CI56JQ C 2
AF RR1AS85TF U 37
AF RR1AS85JQ C 121
AF RR1GV33JQ C 435
AF RR1EU89JQ C 278
BS 1 33 RR1CI56TF
BS 34 34 RR1CI56JQ
BS 35 38 RR1CI56TF
BS 39 40 RR1GV33TF
BS 41 447 RR1CI56TF
BS 448 448 RR1GV33TF
BS 449 530 RR1CI56TF
BS 531 531 RR1GV33TF
BS 532 658 RR1CI56TF
BS 659 825 RR1AS85TF
BS 826 826 RR1CI56JQ
BS 827 860 RR1AS85TF
BS 861 868 RR1CI56JQ
BS 869 870 RR1AS85JQ

RD RR1GV33TF 530 0 0
GGG
GTTCTCTCTCTCTCCTCAATCTTCATTCCCTCTCTGATCGCTACTTTCTGCAACGACGAC
GACGACATGGCCATGCCCGGAGCCGTTCGCGATGTACCTTCTAACCAGAACAGTGGCGAG
GTCGAGAGCCTCGCTCGCTTCGCTGTCGATGAGCATAACAAGAAAGAGAATGCACTGCTA
GAGTTTGGGAGAGTGGTGAAGGCGAAAGAGCAAGTTGTGGCGGCAACGCTGCACCACCTG
ACTCTGGAGATCATAGAGGCTGGGAAGAAGAAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAG
CCTTGGTTGAACTTCAAGGAGTTACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGT
GCCTCTACTACCAATACCATCACTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAG
TCTGGATGGAGGGAAGTTCCTGGAGATGATCCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGCT
GTCAAGACCATACAGCAGAGGTCTAACTCTTTGTTCTCTTATGAGCT

QA 4 530 4 530
DS 

RD RR1EK36TF 529 0 0
GGGTT
GTTCTCTCTCTCTCCTCAATCTTCATTCCCTCTCTGATCGCTACTTTCTGCAACGACGAC
GACGACATGGCCATGCCCGGAGCCGTTCGCGATGTACCTTCTAACCAGAACAGTGGCGAG
GTCGAGAGCCTCGCTCGCTTCGCTGTCGATGAGCATAACAAGAAAGAGAATGCACTGCTA
GAGTTTGGGAGAGTGGTGAAGGCGAAAGAGCAAGTTGTGGCGGGAACGCTGCACCACCTG
ACTCTGGAGATCATAGAGGCTGGGAAGAAGAAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAG
CCTTGGTTGAACTTCAAGGAGTTACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGT
GCCTCTACTACCAATACCATCACTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAG
TCTGGATGGAGGGAAGTTCCTGGAGATGATCCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGCT
GTCAAGACCATACAGCAGAGGTCTAACTCTTTGTTCCCTTATGA

QA 6 529 6 529
DS 

RD RR1CI56TF 658 0 0
GGAAAAGATGAAAAGCAGTTTCCTCTTCATCGTTGTTCTCTCTCTCTCTCTCCTCAATCT
TCATTCCCTCTCTGATCGCTACTTTCTGCAACGACGACGACGACATGGCCATGCCCGGAG
CCGTTCGCGATGTACCTTCTAACCAGAACAGTGGCGAGGTCGAGAGCCTCGCTCGCTTCG
CTGTCGATGAGCATAACAAGAAAGAGAATGCACTGCTAGAGTTTGGGAGAGTGGTGAAGG
CGAAAGAGCAAGTTGTGGCGGGAACGCTGCACCACCTGACTCTGGAGATCATAGAGGCTG
GGAAGAAGAAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAGCCTTGGTTGAACTTCAAGGAGT
TACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGTGCCTCTACTACCAATACCATCA
CTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGTTGAGCTTGAGTCTGGATGGAGGGAAGTTCCTG
GAGATGATCCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGCTGTCAAGACCATATAGCAGAGGT
CTAACTCTTTGTTCCCTTATGAGCTTCAGGAGGTTGTTCATGCTAACGCTGAGGTCACCG
GGGAGGCTGCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGAAGAGAGGAGAGAAGGAGGAGAA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1DL07JQ 513 0 0
GAGCATAACAAGAAAGAGAATGCACTGCTAGAGTTTGGGAGAGTGGTGAAGGCGAAAGAG
CAAGTTGTGGCGGGAACGCTGCACCACCTGACTCTGGAGATCATAGAGGCTGGGAAGAAG
AAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAGCCTTGGTTGAACTTCAAGGAGTTACAGGAG
TTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGTGCCTCTACTACCAATACCATCACTCCCTCC
GATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAGTCTGGATGGAGGGAAGTTCCTGGAGATGAT
CCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGCTGTCAAGACCATACAGCAGAGGTCTAACTCT
TTGTTCCCTTATGAGCTTCAGGAGGTTGTTCATGCTAATGCTGAGGTCACCGGGGAGGCT
GCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGGAGAGAGGAGAGAAGGAGGAGAAGTTCAAGGTG
GAGGTTCACAAGAACCATGAAGGTGTTTTTCAT

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1EK36JQ 299 0 0
GGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAGTCTGGATGGAGGGAAGTTCCTGGAGATGATCCTGAA
GTGCAGCATGTTGCTGATCATGCTGTCAAGACCATACAGCAGAGGTCTAACTCTTTGTTC
CCTTATGAGCTTCAGGAGGTTGTTCATGCTAACGCTGAGGTCCCCGGGGAGGCTGCAAAG
TACAACATGCTTCTCAAGTTGAAGAGAGGAGAGAAGGAGGAGAAGTTCAAGGTGGAGGTT
CACAAGAACCATGAAGGTGTTTTTCATTTCAACCACATGGAGCAACACCATGACTAGTT

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR1EU89TF 771 0 0
GG
GTTCTCTCTCTCTCCTCAATCTTCATTCCCTCTCTGATCGCTACTTTCTGCAACGACGAC
GACGACATGGCCATGCCCGGAGCCGTTCGCGATGTACCTTCTAACCAGAACAGTGGCGAG
GTCGAGAGCCTCGCTCGCTTCGCTGTCGATGAGCATAACAAGAAAGAGAATGCACTGCTA
GAGTTTGGGAGAGTGGTGAAGGCGAAAGAGCAAGTTGTGGCGGGAACGCTGCACCACCTG
ACTCTGGAGATCATAGAGGCTGGGAAGAAGAAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAG
CCTTGGTTGAACTTCAAGGAGTTACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGT
GCCTCTACTACCAATACCATCACTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAG
TCTGGATGGAGGGAAGTTCCTGGAGATGATCCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGCT
GTCAAGACCATACAGCAGAGGTCTAACTCTTTGTTCCCTTATGAGCTTCAGGAGGTTGTT
CATGCTAACGCTGAGGTCGCCGGGGAGGCTGCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGAAT
AGAGGAGAGAAGGAGGAGAAGTTCAAGGTGGAGGT*CACAAGAACCATGAAG*TGTTCTT
CATCTCAACCACATGGAGCAACACCATGACTAGTTCTCTTCTC*TCTC*TCTGCTTATGT
AATATTT*GACTGTTTGCTTGCTTTGTA*GATATTTTAACTTCTGATGC

QA 3 771 3 771
DS 

RD RR1DL07TF 781 0 0
GGGTTCTC
TCTCTCTCTCTCCTCAATCTTCATTCCCTCTCTGATCGCTACTTTCTGCAACGACGACGA
CGACATGGCCATGCCCGGAGCCGTTCGCGATGTACCTTCTAACCAGAACAGTGGCGAGGT
CGAGAGCCTCGCTCGCTTCGCTGTCGATGAGCATAACAAGAAAGAGAATGCACTGCTAGA
GTTTGGGAGAGTGGTGAAGGCGAAAGAGCAAGTTGTGGCGGGAACGCTGCACCACCTGAC
TCTGGAGATCATAGAGGCTGGGAAGAAGAAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAGCC
TTGGTTGAACTTCAAGGAGTTACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGTGC
CTCTACTACCAATACCATCACTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAGTC
TGGATGGAGGGAAGTTCCTGGAGATGATCCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGCTGT
CAAGACCATACAGCAGAGGTCTAACTCTTTGTTCCCTTATGAGCTTCAGGAGGTTGTTCA
TGCTAATGCTGAGGTCACCGGGGAGGCTGCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGGAGAG
AGGAGAGAAGGAGGAGAAGTTCAAGGTGGAGGTTCACAAGAACCATGAAAGTGTTCTTCA
TCTCA*CCACATGGAGCA*CACCATGACTAGTTCTCTCCTCCTCTCCTCTGCTTATGTA*
TATTTTGACTGTTTGCTTGCTTTGTA*GATATTTTAACTTCTGATGCAACTAC

QA 9 781 9 781
DS 

RD RR1CI56JQ 869 0 0
GAAAAGATGAAAAGCAGTT*CCTCTTCATCGTG**TCTCTCTCTCTCTCTCCTCAATCTT
CATTCCCTCTCTGATCGCTACTTTCTGCAACGACGACGACGACATGGCCATGCCCGGAGC
CGTTCGCGATGTAC*TTCTAACCAGAACAGTGGCGAGGTCGAGAGCCTCGCTCGCTTCGC
TGTCGATGAGCATAACAAGAAAGAGAATGCACTGCTAGAGTTTGGGAGAGTGGTGAAGGC
GAAAGAGCAAGTTGTGGCGGGAACGCTGCACCACCTGACTCTGGAGATCATAGAGGCTGG
GAAGAAGAAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAGCCTTGGTTGAACTTCAAGGAGTT
ACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGTGCCTCTACTACCAATACCATCAC
TCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGTTGAGCTTGAGTCTGGATGGAGGGAAGTTCCTGG
AGATGATCCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGCTGTCAAGACCATATAGCAGAGGTC
TAACTCTTTGTTCCCTTATGAGCTTCAGGAGGTTGTTCATGCTAACGCTGAGGTCACCGG
GGAGGCTGCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGAAGAGAGGAGAGAAGGAGGAGAAGTT
CAAGGTGGAGGTTCACAAGAACCATGAAGGTGTTCTTCATCTCAACCACATGGAGCAACA
CCATGACTAGTTCTCTTCTCCTCTCCTCTGCTTATGTAATATTTTGACTGTTTGCTTGCT
TTGTAAGATATTTTAACTTCTGATGCAACTACTAAACCCTTAAAATAACATACCAGAAGG
AATAAATTAAAAGTTAGTCTTTGATTC
GT

QA 1 867 1 867
DS 

RD RR1AS85TF 832 0 0
GG
GTTCTCTCTCTCTCCTCAATCTTCATTCCCTCTCTGATCGCTACTTTCTGCAACGACGAC
GACGACATGGCCATGCCCGGAGCCGTTCGCGATGTACCTTCTAACCAGAACAGTGGCGAG
GTCGAGAGCCTCGCTCGCTTCGCTGTCGATGAGCATAACAAGAAAGAGAATGCGCTGCTA
GAGTTTGGGAGAGTGGTGAAGGCGAAAGAGCAAGTTGTGGTGGGAACGCTGCACCACCTG
ACTCTGGAGATCATAGAGGCTGGGAAGAAGAAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAG
CCTTGGTTGAACTTCAAGGAGTTACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGT
GCCTCTACTACCAATACCATCACTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAG
TCTGGATGGAGGGAAGTTCCTGGAGATGATCCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGCT
GTCAAGACCATACAGCAGAGGTCTAACTCTTTGTTCCCTTATGAGCTTCAGGGGGTTGTT
CATGCTAACGCTGAGGTCACCGGGGAGGCTGCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGAAG
AGAGGAGAGAAGGAGGAGAAGTTCAAGGTGGAGGTTCACAAGAACCATGAAGGTGTTCTT
CATCTCAACCACATGGAGCAACACCATGACTAGTTCTCTTCTCCTCTCCTCTGCTTATGT
AATATTTTGACTGTTTGCTTGCTTTGTAAGATATTTTAACTTCTGATGCAACTACTAAAC
CCTTAAA*TAACATACCAGAAGGAATAAATTAAAAGTTAGTC
TTTGATTC

QA 3 824 3 824
DS 

RD RR1AS85JQ 750 0 0
CCGTTCGCGATGTACCTTCTAACCAGAACAGTGGCGAGGTCGAGAGCCTCGCTCGCTTCG
CTGTCGATGAGCATAACAAGAAAGAGAATGCGCTGCTAGAGTTTGGGAGAGTGGTGAAGG
CGAAAGAGCAAGTTGTGGTGGGAACGCTGCACCACCTGACTCTGGAGATCATAGAGGCTG
GGAAGAAGAAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAGCCTTGGTTGAACTTCAAGGAGT
TACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGTGCCTCTACTACCAATACCATCA
CTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAGTCTGGATGGAGGGAAGTTCCTG
GAGATGATCCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGCTGTCAAGACCATACAGCAGAGGT
CTAACTCTTTGTTCCCTTATGAGCTTCAGGGGGTTGTTCATGCTAACGCTGAGGTCACCG
GGGAGGCTGCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGAAGAGAGGAGAGAAGGAGGAGAAGT
TCAAGGTGGAGGTTCACAAGAACCATGAAGGTGTTCTTCATCTCAACCACATGGAGCAAC
ACCATGACTAGTTCTCTTCTCCTCTCCTCTGCTTATGTAATATTTTGACTGTTTGCTTGC
TTTGTAAGATATTTTAACTTCTGATGCAACTACTAAACCCTTAAAATAACATACCAGAAG
GAATAAATTAAAAGTTAGTCTTTGATTCGG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1GV33JQ 427 0 0
GGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAGTCTGGATGGAGGGAAGTTCCTGGAGATGATCCTGAA
GTGCAGCATGTTGCTGATCATGCTGTCAAGACCATACAGCAGAGGTCTAACTCTTTGTTT
TCTTATGAGCTTCAGGAGGTTGTTCATGCTAACGCTGAGGTCACCGGGGAGGCTGCAAAG
TACAACATGCTTCTCAAGTTGAAGAGAGGAGAGAAGGAGGAGAAGTTCAAGGTGGAGGTT
CACAAGAACCATGAAGGTGTTTTTCATTTCAACCACATGGAGCAACACCATGACTAGTTT
TCTTCTCCTCTCCTCTGCTTATGTAATATTTTGACTGTTTGCTTGCTTTGTAAGATATTT
TAACTTCTGATGCAACTACTAAACCCTTAAAATAACATACCAGAAGGAATAAATTAAAAG
TTAGTC
C

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR1EU89JQ 572 0 0
GACTCTGGAGATCATAGAGGCTGGGAAGAAGAAGCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAA
GCCTTGGTTGAACTTCAAGGAGTTACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGG
TGCCTCTACTACCAATACCATCACTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGA
GTCTGGATGGAGGGAAGTTCCTGGAGATGATCCTGAAGTGCAGCATGTTGCTGATCATGC
TGTCAAGACCATACAGCAGAGGTCTAACTCTTTGTTCCCTTATGAGCTTCAGGAGGTTGT
TCATGCTAACGCTGAGGTCGCCGGGGAGGCTGCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGAA
TAGAGGAGAGAAGGAGGAGAAGTTCAAGGTGGAGGTTCACAAGAACCATGAAGGTGTTCT
TCATCTCAACCACATGGAGCAACACCATGACTAGTTCTCTTCTCCTCTCCTCTGCTTATG
TAATATTTTGACTGTTTGCTTGCTTTGTAAGATATTTTAACTTCTGATGCAACTACTAAA
CCCTTAAAATAACATACCAGAAGGAATAAAT
C

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 11

CO CL225Contig1 1042 11 12 U
GGGAAGATATTTGTATTTGTGGTGCCAAAGAATCCTTATCTTGAAACCATATATCAACTA
CTCTTCCGTCTACCATCAAGAAGAGCTTCTCATCAGATCGGTTTCCCATGGCTGCAGTCG
CTAACACCGCCGCTATTTTCGCGTCTCCTTCCCAGCCTTTATCTTCTAAACGCAGTCTCT
TGTACAGTTCAACGATTAGTCCACTACAAAGGAGATTTCCAACGAGGAAGCTTGATCTCC
AAGTAAAAGCTGCTGCCACGACTCTTGCCCCCCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTC
CTTCATGGGCAATGTTCGAGATGGGGAGATCTCCAGTGTACTGGAAAACCATGAATGGTC
TTCCTCCAACCGCAGGTGAAAAGTTGAAACTTTTCTATAACCCAGCTGCTACTGAACTCA
CTCCTAACGAGGACTATGGGGTTGCTTTCAACGGAGGTTTTAACCAACCAATCATGTGTG
GTGGGGAACCACGAGCAATGCTTAAAAAA*GATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCATATAC
ACTATGCAGATTTGCATTCCTAAGCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGT
GTCGACTGGGACGGTCCATACAGGCTTCAGTTCCAAGTCCCTAAGAAATGGCAAAACAAA
CCTATTGAGTTCTTCAATGAGGGTCTAGCGAATGAGTTGAGTCAAGATGGAGCCTGCGAG
AGAGCAATATTTCCCGACTCCAACATTGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGCCAACTTG
ACGGTCGAAGGAGGGGATAGATGCAATCTAGATCTCGTTCCTGGGTGTATGGATACAAAT
TCAGAACATTTCAACCCGTTGGCTAATGTTGATGATGGTTCTTGCCCTCTCGAGTTTTCC
GATTCTGATGAATAGAACTGATATATATTCATGTAAATATATAAACACAGATATGTTTAT
ATCAGTGTGAGTTTGAATATGTATACATGTGGTAATTGAATACGATAAATGTCACTTGTT
AGTTTTTGTATAGTTATATAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 45 45 45 40 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ28TF U 1
AF RR1GU20TF U 87
AF RR1GM37TF U 81
AF RR1E205TF U 76
AF RR1CR26TF U 87
AF RR1AN93TF U 116
AF RR1FL44JQ C 512
AF RR1DS89TF U 81
AF RR1BF83TF U 234
AF RR1GM37JQ C 290
AF RR1CR26JQ C 305
BS 1 224 RR1DZ28TF
BS 225 225 RR1E205TF
BS 226 509 RR1DZ28TF
BS 510 510 RR1E205TF
BS 511 609 RR1DZ28TF
BS 610 786 RR1E205TF
BS 787 790 RR1DS89TF
BS 791 793 RR1BF83TF
BS 794 853 RR1DS89TF
BS 854 1014 RR1BF83TF
BS 1015 1035 RR1GM37JQ
BS 1036 1042 RR1CR26JQ

RD RR1DZ28TF 609 0 0
GGGAAGATATTTGTATTTGTGGTGCCAAAGAATCCTTATCTTGAAACCATATATCAACTA
CTCTTCCGTCTACCATCAAGAAGAGCTTCTCATCAGATCGGTTTCCCATGGCTGCAGTCG
CTAACACCGCCGCTATTTTCGCGTCTCCTTCCCAGCCTTTATCTTCTAAACGCAGTCTCT
TGTACAGTTCAACGATTAGTCCACTACAAAGGAGATTTCCAACGGGGAAGCTTGATCTCC
AAGTAAAAGCTGCTGCCACGACTCTTGCCCCCCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTC
CTTCATGGGCAATGTTCGAGATGGGGAGATCTCCAGTGTACTGGAAAACCATGAATGGTC
TTCCTCCAACCGCAGGTGAAAAGTTGAAACTTTTCTATAACCCAGCTGCTACTGAACTCA
CTCCTAACGAGGACTATGGGGTTGCTTTCAACGGAGGTTTTAACCAACCAATCATGTGTG
GTGGGGAACCACGAGCAATGCTTAAAAAAAGATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCATATAC
ACTATGCAGATTTGCATTCCTAAGCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGT
GTCGACTGG

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1GU20TF 533 0 0
GG
CTCATCAGATCGGTTTCCCATGGCTGCAGTCGCTAACACCGCCGCTATTTTCGCGTCTCC
TTCCCAGCCTTTATCTTCTAAACGCAGTCTCTTGTACAGTTCAACGATTAGTCCACTACA
AAGGAGATTTCCAACGAGGAAGCTTGATCTCCAAGTAAAAGCTGCTGCCACGACTCTTGC
CCCCCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGATGGGGAG
ATCTCCAGTGTACTGGAAAACCATGAATGGTCTTCCTCCAACCGCAGGTGAAAAGTTGAA
ACTTTTCTATAACCCAGCTGCTACTGAACTCACTCCTAACGAGGACTATGGGGTTGCTTT
CAACGGAGGTTTTAACCAACCAATCATGTGTGGTGGGGAACCACGAGCAATGCTTAAAAA
A*GATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCATATACACTATACAGATTTGCATTCCTAAGCACG
CTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCGACTGGGACGGTCCAT

QA 3 533 3 533
DS 

RD RR1GM37TF 668 0 0
GG
GAGCTTCTCATCAGATCGGTTTCCCATGGCTGCAGTCGCTAACACCGCCGCTATTTTCGC
GTCTCCTTCCCAGCCTTTATCTTCTAAACGCAGTCTCTTGTACAGTTCAACGATTAGTCC
ACTACAAAGGAGATTTCCAACGAGGAAGCTTGATCTCCAAGTAAAAGCTGCTGCCACGAC
TCTTGCCCCCCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGAT
GGGGAGATCTCCAGTGTACTGGAAAACCATGAATGGTCTTCCTCCAACCGCAGGTGAAAA
GTTGAAACTTTTCTGTAACCCAGCTGCTACTGAACTCACTCCTAACGAGGACTATGGGGT
TGCTTTCAACGGAGGTTTTAACCAACCAATCATGTGTGGTGGGGAACCACGAGCAATGCT
TAAAAAA*GATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCATATACACTATGCAGATTTGCATTCCTA
AGCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCGACTGGGACGGTCCATACA
GGCTTCAGTTCCAAGTCCCTAAGAAATGGCAAAACAAACCTATTGAGTTCTTCAATGAGG
GTCTAGCGAATGAGTTGAGTCAAGATGGAGCCTGCGAGAGAGCAATATTTCCCGACTCCA
CATTGT

QA 3 662 3 662
DS 

RD RR1E205TF 711 0 0
GGAAGAA
GAGCTTCTCATCAGATCGGTTTCCCATGGCTGCAGTCGCTAACACCGCCGCTATTTTCGC
GTCTCCTTCCCAGCCTTTATCTTCTAAACGCGGTCTCTTGTACAGTTCAACGATTAGTCC
ACTACAAAGGAGATTTCCAACGAGGAAGCTTGATCTCCAAGTAAAAGCTGCTGCCACGAC
TCTTGCCCCCCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGAT
GGGGAGATCTCCAGTGTACTGGAAAACCATGAATGGTCTTCCTCCAACCGCAGGTGAAAA
GTTGAAACTTTTCTATAACCCAGCTGCTACTGAACTCACTCCTAACGAGGACTATGGGGT
TGCTTTCAACGGAGGTTTTAACCAACCAATCATGTGTGGTGGGGAACCACGAGCAATGCT
TAAAAAA*GATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCATATACACTATGCAGATTTGCATTCCTA
AGCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCGACTGGGACGGTCCATACA
GGCTTCAGTTCCAAGTCCCTAAGAAATGGCAAAACAAACCTATTGAGTTCTTCAATGAGG
GTCTAGCGAATGAGTTGAGTCAAGATGGAGCCTGCGAGAGAGCAATATTTCCCGACTCCA
ACATTGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGCCAACTTGACGGTC

QA 8 711 8 711
DS 

RD RR1CR26TF 706 0 0
TTCTCATCAGATCGGTTTCCCATGGCTGCAGTCGCTAACACCGCCGCTATTTTCGCGTCT
CCTTCCCAGCCTTTATCTTCTAAACGCAGTCTCTTGTACAGTTCAACGATTAGTCCACTA
CAAAGGAGATTTCCAACGAGGAAGCTTGATCTCCAAGTAAAAGCTGCTGCCACGACTCTT
GCCCCCCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGATGGGG
AGATCTCCAGTGTACTGGAAAACCATGAATGGTCTTCCTCCAACCGCAGGTGAAAAGTTG
AAACTTTTCTATAACCCAGCTGCTACTGAACTCACTCCTAACGAGGACTATGGGGTTGCT
TTCAACGGAGGTTTTAACCAACCAATCATGTGTGGTGGGGAACCACGAGCAATGCTTAAA
AAA*GATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCATATACACTATGCAGATTTGCATTCCTAAGCA
CGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCGACTGGGACGGTCCATACAGGCT
TCAGTTCCAAGTCCCTAAGAAATGGCAAAACAAACCTATTGAGTTCTTCAATGAGGGTCT
AGCGAATGAGTTGAGTCAAGATGGAGCCTGCGAGAGAGCA*TATTTCCCGACTCCA*CAT
TGTTGCGACACG*TGCACA*TGATTGCCA*CTTGACGGTCGAAG
AG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1AN93TF 678 0 0
AGTCGCTAACACCGCCGCTATTTTCGCGTCTCCTTCCCAGCCTTTATCTTCTAAACGCAG
TCTCTTGTACAGTTCAACGATTAGTCCACTACAAAGGAGATTTCCAACGAGGAAGCTTGA
TCTCCAAGTAAAAGCTGCTGCCACGACTCTTGCCCCCCTCGAAGAGATCAAAGAATATAA
GCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGATGGGGAGATCTCCAGTGTACTGGAAAACCATGAA
TGGTCTTCCTCCAACCGCAGGTGAAAAGTTGAAACTTTTCTATAACCCAGCTGCTACTGA
ACTCACTCCTAACGAGGACTATGGGGTTGCTTTCAACGGAGGTTTTAACCAACCAATCAT
GTGTGGTGGGGAACCACGAGCAATGCTTAAAAAA*GATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCA
TATACACTATGCAGATTTGCATTCCTAAGCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCA
ATGGTGTCGACTGGGACGGTCCATACAGGCTTCAGTTCCAAGTCCCTAAGAAATGGCAAA
ACAAACCTATTGAGTTCTTCAATGAGGGTCTAGCGAATGAGTTGAGTCAAGATGGAGCCT
GCGAGAGAGCAATATTTCTCGACTCCAACATTGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGCCA
ACTTGACGGTCGAA
AGGA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1FL44JQ 279 0 0
ATCGAGGAAAAGCCGATTCTCCCATATACACTATGCAGATTTGCATTCCTAAGCACGCTG
TGAATTTGATATTTTCGTTCACCAATGGTGTCGACTGGGACGGTCCATACAGGCTTCAGT
TCCAAGTCCCTAAGAAATGGCAAAACAAACCTATTGAGTTTTTCAATGAGGGTCTAGCGA
ATGAGTTGAGTCAAGATGGAGCCTGGGAGAGAGCAATATTTCCCGACTCCAACATTGTTG
GGACACGGTGCACAATGATTGCCAACTTGACGGTGGAAG

QA 1 279 1 279
DS 

RD RR1DS89TF 776 0 0
GG
GAGCTTCTCATCAGATCGGTTTCCCATGGCTGCAGTCGCTAACACCGCCGCTATTTTCGC
GTCTCCTTCCCAGCCTTTATCTTCTAAACGCAGTCTCTTGTACAGTTCAACGATTAGTCC
ACTACAAAGGAGATTTCCAACGAGGAAGCTTGATCTCCAAGTAAAAACTGCTGCCACGAC
TCTTGCCCCCCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGAT
GGGGAGATCTCCAGTGTACTGGAAAACCATGAATGGTCTTCCTCCAACCGCAGGTGAAAA
GTTGAAACTTTTCTATAACCCAGCTGCTACTGAACTCACTCCTAACGAGGACTATGGGGT
TGCTTTCAACGGAGGTTTTAACCAACCAATCATGTGTGGTGGGGAACCACGAGCAATGCT
TAAAAAA*GATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCATATACACTATGCAGATTTGCATTCCTA
AGCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCGACTGGGACGGTCCATACA
GGCTTCAGTTCCAAGTCCCCAAGAAATGGCAAAACAAACCTATTGAGTTCTTCAATGAGG
GTCTAGCGAATGAGTTGAGTCAAGATGGAGCCTGCGAGAGAGCAATATTTCCCGACTCCA
ACATTGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGCCAACTTGACGGTCGAAGA**GGGATAGAT
GCAATCTAGATCTCGTTCCTGGGTGTATGGATACAAATTCAGAACATTTCA
CCC

QA 3 773 3 773
DS 

RD RR1BF83TF 781 0 0
GATCTCCAAGTAAAAGCTGCTGCCACGACTCTTGCCCCCCTCGAAGAGATCAAAGAATAT
AAGCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGATGGGGAGATCTCCAGTGTACTGGAAAACCATG
AATGGTCTTCCTCCAACCGCAGGTGAAAAGTTGAAACTTTTCTATAACCCAGCTGCTACT
GAACTCACTCCTAACGAGGACTATGGGGTTGCTTTCAACGGAGGTTTTAACCAACCAATC
ATGTGTGGTGGGGAACCACGAGCAATGCTTAAAAAA*GATCGAGGCAAAGCCGATTCTCC
CATATACACTATGCAGATTTGCATTCCTAAGCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCAC
CAATGGTGTCGACTGGGACGGTCCATACAGGCTTCAGTTCCAAGTCCCTAAGAAATGGCA
AAACAAACCTATTGAGTTCTTCAATGAGGGTCTAGCGAATGAGTTGAGTCAAGATGGAGC
CTGCGAGAGAGCAATATTTCCCGACTCCAACATTGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGC
CAACTTGACGGTCGAAGGAGGGGATAGATGCAATCTAGATCTCGTTCCTGGGTGTATGGA
TACAAATTCAGAACATTTCAACCCGTTGGCTAATGTTGATGATGGTTCTTGCCCTCTCGA
GTTTTCCGATTCTGATGAATAGAACTGATATATATTCATGTAAATATATAAACACAGATA
TGTTTATATCAGTGTGAGTTTGAATATGTATACATGTGGTAATTGAATACGATAAATGTC
A

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1GM37JQ 746 0 0
ATATAAGCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGATGGGGAGATCTCCAGTGTACTGGAAAAC
CATGAATGGTCTTCCTCCAACCGCAGGTGAAAAGTTGAAACTTTTCTGTAACCCAGCTGC
TACTGAACTCACTCCTAACGAGGACTATGGGGTTGCTTTCAACGGAGGTTTTAACCAACC
AATCATGTGTGGTGGGGAACCACGAGCAATGCTTAAAAAA*GATCGAGGCAAAGCCGATT
CTCCCATATACACTATGCAGATTTGCATTCCTAAGCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGT
TCACCAATGGTGTCGACTGGGACGGTCCATACAGGCTTCAGTTCCAAGTCCCTAAGAAAT
GGCAAAACAAACCTATTGAGTTCTTCAATGAGGGTCTAGCGAATGAGTTGAGTCAAGATG
GAGCCTGCGAGAGAGCAATATTTCCCGACTCCAACATTGTTGCGACACGGTGCACAATGA
TTGCCAACTTGACGGTCGAAGGAGGGGATAGATGCAATCTAGATCTCGTTCCTGGGTGTA
TGGATACAAATTCAGAACATTTCAACCCGTTGGCTAATGTTGATGATGGTTCTTGCCCTC
TCGAGTTTTCCGATTCTGATGAATAGAACTGATATATATTCATGTAAATATATAAACACC
GATATGTTTATATCAGTGTGAGTTTGAATATGTATACATGTGGTAATTGAATACGATAAA
TGTCACTTGTTAGTTTTTGTATAGTT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1CR26JQ 738 0 0
ATGGGCAATGTTCGAGATGGGGAGATCTCCAGTGTACTGGAAAACCATGAATGGTCTTCC
TCCAACCGCAGGTGAAAAGTTGAAACTTTTCTATAACCCAGCTGCTACTGAACTCACTCC
TAACGAGGACTATGGGGTTGCTTTCAACGGAGGTTTTAACCAACCAATCATGTGTGGTGG
GGAACCACGAGCAATGCTTAAAAAA*GATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCATATACACTA
TGCAGATTTGCATTCCTAAGCACGCTGTGAATTTGATATTTTCGTTCACCAATGGTGTCG
ACTGGGACGGTCCATACAGGCTTCAGTTCCAAGTCCCTAAGAAATGGCAAAACAAACCTA
TTGAGTTTTTCAATGAGGGTCTAGCGAATGAGTTGAGTCAAGATGGAGCCTGCGAGAGAG
CAATATTTCCCGACTCCAACATTGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGCCAACTTGACGG
TCGAAGGAGGGGATAGATGCAATCTAGATCTCGTTCCTGGGTGTATGGATACAAATTCAG
AACATTTCAACCCGTTGGCTAATGTTGATGATGATTCTTGCCCTCTCGAGTTTTCCGATT
TTGATGAATAGAACTGATATATATTCATGTAAATATATAAACACAGATATGTTTATATCA
GTGTGAGTTTGAATATGTATACATGTGGTAATTGAATACGATAAATGTCACTTGTTAGTT
TTTGTATAGTTATATAAG

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 12

CO CL226Contig1 903 12 10 U
GGGCATTATGGTCTCTTTAATTACAATTTACTCATTTATTCTATATAAAAGCTTCCATAC
GTTCTCCATATATATGTCACACAGACAATAAGTCTAAAGCCATCAAATCCATAAACTCTT
GTTTTAAATTTGAAGTTCATCAATGGCAAATCAAGCAGCTGTTGCAGCATTCTTCCTTTT
CGTTTTGGCTGTCTTCTCCAACTTCGAGCTCTCAGCTTCAACCCTTGTCATTGGCAAGGT
CTCTTGCCTTGACTGCCACAGCGATTTCGACTTCTCAGGCGTTAAGTTTCTCCTTAAGTG
CGACGGAGAGAAGAAACCAATAACCGCAATGGCAGCTTCTGACGGAACTTTCCGGTCAGT
GCTTCCAACTACTGACAAAAAACACTCCATGAACTGTCTTGCAAAGATCTTGGGAGGTCC
TGAACAACTTTATGCTCACAAACACAACATGGTCTCTGAACTAGTTAAGTCCAAACACGA
CACCAAGGTTCTTATTACCTCAAACCCACTTTCCTTCTCTCTTTCATGCCCCAAACCAAC
GGGAGATAATGTCGGAAATATGATCGGAGATTCGAAGACTGTTAACTTTCCGGGGACAGG
AGGTTTTGGATTCCCACCTGCTAGCTTCTTTCCTTTCTTACCAATCATTGGCAT*CCCAT
GATTTAATTAAATGTGATTGATAAGACTTGAAAACGTATTTATTCATATATTTAAATTTG
TTGTTATGTGAATCTAAGAGAGCCAAGACAATAATACGGCAAGTTATAAAGTTTTTTGTT
TTGTTTTGTGAGATATTAACTAAGATAAGTTTATGTGATAAAAAATGTTGTTTATTGGCT
TCTTGAAATTTTAGTCCGTTGCTTTGTATCAAGTTTGTGATAATAATAAGATTGGATTAG
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 40 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1FQ34TF U 1
AF RR1FX38TF U 79
AF RR1BA10TF U 100
AF RR1BA10JQ C 177
AF RR1B775JQ C 76
AF RR1BG59TF U 527
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AF RR1F367TF U 80
AF RR1B775TF U 76
AF RR1FQ34JQ C 49
AF RR1AP36JQ C 272
AF RR1F367JQ C 272
BS 1 416 RR1FQ34TF
BS 417 417 RR1FX38TF
BS 418 570 RR1FQ34TF
BS 571 571 RR1FX38TF
BS 572 729 RR1FQ34TF
BS 730 746 RR1FX38TF
BS 747 820 RR1BA10TF
BS 821 888 RR1FQ34JQ
BS 889 889 RR1AP36JQ
BS 890 903 RR1FQ34JQ

RD RR1FQ34TF 729 0 0
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GTTCTCCATATATATGTCACACAGACAATAAGTCTAAAGCCATCAAATCCATAAACTCTT
GTTTTAAATTTGAAGTTCATCAATGGCAAATCAAGCAGCTGTTGCAGCATTCTTCCTTTT
CGTTTTGGCTGTCTTCTCCAACTTCGAGCTCTCAGCTTCAACCCTTGTCATTGGCAAGGT
CTCTTGCCTTGACTGCCACAGCGATTTCGACTTCTCAGGCGTTAAGTTTCTCCTTAAGTG
CGACGGAGAGAAGAAACCAATAACCGCAATGGCAGCTTCTGACGGAACTTTCCGGTCAGT
GCTTCCAACTACTGACAAAAAACACTCCATGAACTGTCTTGCAAAGATCTTGGGAGTTCC
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CACCAAGGTTCTTATTACCTCAAACCCACTTTCCTTCTCTCTTTCATGCCCCAAACCAAC
GGGAGATAATGTCGGAAATATGATCGGAGACTCGAAGACTGTTAACTTTCCGGGGACAGG
AGGTTTTGGATTCCCACCTGCTAGCTTCTTTCCTTTCTTACCAATCATTGGCAT*CCCAT
GATTTAATTAAATGTGATTGATAAGACTTGAAAACGTATTTATTCATATATTTAAATTTG
TTGTTATGT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1FX38TF 668 0 0
AG
ACAGACAATAAGTCTAAAGCCATCAAATCCATAAACTCTTGTTTTAAATTTGAAGTTCAT
CAATGGCAAATCAAGCAGCTGTTGCAGCATTCTTCCTTTTCGTTTTGGCTGTCTTCTCCG
ACTTCGAGCTCTCAGCTTCAACCCTTGTCATTGGCAAGGTCTCTTGCCTTGACTGCCACA
GCGATTTCGACTTCTCAGGCGTTAAGTTTCTCCTTAAGTGCGACGGAGAGAAGAAACCAA
TAACCGCAATGGCAGCTTCTGACGGAACTTTCCGGTCAGTGCTTCCAACTACTGACAAAA
AACACTCCATGAACTGTCTTGCAAAGATCTTGGGAGGTCCTGAACAACTTTATGCTCACA
AACACAACATGGTCTCTGAACTAGTTAAGTCCAAACACGACACCAAGGTTCTTATTACCT
CAAACCCACTTTCCTTCTCTCTTTCATGCCCCAAACCAACGGGAGATAATGTCGGAAATA
TGATCGGAGATTCGAAGACTGTTAACTTTCCGGGGACAGGAGGTTTTGGATTCCCACCTG
CTAGCTTCTTTCCTTTCTTACCAATCATTGGCAT*CCCATGATTTAATTAAATGTGATTG
ATAAGACTTGAAAACGTATTTATTCATATATTTAAATTTGTTGTTATGTGAATCTAAGAG
AGCCAA

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR1BA10TF 721 0 0
GG
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TTGCAGCATTCTTCCTTTTCGTTTTGGCTGTCTTCTCCAACTTCGAGCTCTCAGCTTCAG
CCCTTGTCATTGGCAAGGTCTCTTGCCTTGACTGCCACAGCGATTTCGACTTCTCAGGCG
TTAAGTTTCTCCTTAAGTGCGACGGAGAGAAGAAACCAATAACCGCAATGGCAGCTTCTG
ACGGAACTTTCCGGTCAGTGCTTCCAACTACTGACAAAAAACACTCCATGAACTGTCTTG
TAAAGATCTTGGGAGGTCCTGAACAACTTTATGCTCACAAACACAACATGGTCTCTGAAC
TAGTTAAGTCCAAACACGACACCAAGGTTCTTATTACCTCAAACCCACTTTCCTTCTCTC
TTTCATGCCCCAAACCAACGGGAGATAATGTCGGAAATATGATCGGAGATTCGAAGACTG
TTAACTTTCCGGGGACAGGAGGTTTTGGATTCCCACCTGCTAGCTTCTTTCCTTTCTTAC
CAATCATTGGCAT*CCCATGATTTAATTAAATGTGATTGATAAGACTTGAAAACGTATTT
ATTCATATATTTAAATTTGTTGTTATGTGAATCTAAGAGAGCCAAGACAATAATACGGCA
AGTTATAAAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTGAGATATTAACTAAGATAAGTTTATGTGATA

QA 3 721 3 721
DS 

RD RR1BA10JQ 642 0 0
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AGGTCTCTTGCCTTGACTGCCACAGCGATTTCGACTTCTCAGGCGTTAAGTTTCTCCTTA
AGTGCGACGGAGAGAAGAAACCAATAACCGCAATGGCAGCTTCTGACGGAACTTTCCGGT
CAGTGCTTCCAACTACTGACAAAAAACACTCCATGAACTGTCTTGTAAAGATCTTGGGAG
GTCCTGAACAACTTTATGCTCACAAACACAACATGGTCTCTGAACTAGTTAAGTCCAAAC
ACGACACCAAGGTTCTTATTACCTCAAACCCACTTTCCTTCTCTCTTTCATGCCCCAAAC
CAACGGGAGATAATGTCGGAAATATGATCGGAGATTCGAAGACTGTTAACTTTCCGGGGA
CAGGAGGTTTTGGATTCCCACCTGCTAGCTTCTTTCCTTTCTTACCAATCATTGGCAT*C
CCATGATTTAATTAAATGTGATTGATAAGACTTGAAAACGTATTTATTCATATATTTAAA
TTTGTTGTTATGTGAATCTAAGAGAGCCAAGACAATAATACGGCAAGTTATAAAGTTTTT
TGTTTTGTTTTGTGAGATATTAACTAAGATAAGTTTATGTGA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1B775JQ 744 0 0
GA
CACACAGACAATAAGTCTAAAGCCATCAAATCCATAAACTCTTGTTTTAAATTTGAAGTT
CATCAATGGCAAATCAAGCAGCTGTTGCAGCATTCTTCCTTTTCGTTTTGGCTGTCTTCT
CCAACTTCGAGCTCTCAGCTTCAACCCTTGTCATTGGCAAGGTCTCTTGCCTTGACTGCC
ACAGCGATTTCGACTCCTCAGGCGTTAAGTTTCTCCTTAAGTGCGACGGAGAGAAGAAAC
CAATAACCGCAATGGCAGCTTCTGACGGAACTTTCCGGTCAGTGCTTCCAACTACTGACA
AAAAACACTCCATGAACTGTCTTGCAAAGATCTTGGGAGGTCCTGAACAACTTTATGCTC
ACAAACACAACATGGTCTCTGAACTAGTTAAGTCCAAACACGACACCAAGGTTCTTATTA
CCTCAAACCCACTTTCCTTCTCTCTTTCACGCCCCAAACCAACGGGAGATAATGTCGGAA
ATATGATCGGAGATTCGAAGACTGTTAACTTTCCGGGGACAGGAGGTTTTGGATTCCCAC
CTGCTAGCTTCTTTCCTTTCTTACCAATCATTGGCAT*CCCATGATTTAATTAAATGTGA
TTGATAAGACTTGAAAACGTATTTATTCATATATTTAAATTTGTTGTTATGTGAATCTAA
GAGAGCCAAGACAATAATACGGCAAGTTATAAAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTGAGATATT
AACTAAGATAAGTTTATGTGAT

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1BG59TF 292 0 0
G
GCCCCAAACCAACGGGAGATAATGTCGGAAATATGATCGGAGATTCGAAGACTGTTAACT
TTCCGGGGACAGGAGGTTTTGGATTCCCACCTGCTAGCTTCTTTCCTTTCTTACCAATCA
TTGGCAT*CCCATGATTTAATTAAATGTGATTGATAAGACTTGAAAACGTATTTATTCAT
ATATTTAAATTTGTTGTTATGTGAATCTAAGAGAGCCAAGACAATAATACGACAAGTTAT
AAAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTGAGATATTAACTAAGATAAGTTTATGTGA

QA 2 292 2 292
DS 

RD RR1AP36TF 730 0 0
GGG
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CAATGGCAAATCAAGCAGCTGTTGCAGCATTCTTCCTTTTCGTTTTGGCTGTCTTCTCCA
ACTTCGAGCTCTCAGCTTCAACCCTTGTCATTGGCAAGGTCTCTTGCCTTGACTGCCACA
GCGATTTCGACTTCTCAGGCGTTAAGTTTCTCCTTAAGTGCGACGGAGAGAAGAAACCAA
TAACCGCAATGGCAGCTTCTGACGGAACTTTCCGGTCAGTGCTTCCAACTACTGACAAAA
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AACACAACATGGTCTCTGAACTAGTTAAGTCCAAACACGACACCAAGGTTCTTATTACCT
CAAACCCACTTTCCTTCTCTCTTTCATGCCCCAAACCAACGGGAGATAATGTCGGAAATA
TGATCGGAGATTCGAAGACTGTTAACTTTCCGGGGACAGGAGGTTTTGGATTCCCACCTG
CTAGCTTCTT*CCTTTCTTACCAATCATTGACATTCCCATGATTTAATTAAATGTGATTG
ATAAGACTTGAAAACGTATTTATTCATATATTTAAATTTGTTGTTATGTGAATCTAAGAG
AGCCAAGACAATAATACGGCAAGTTATAAAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTGAGATATTAAC
TAAGATA

QA 4 730 4 730
DS 

RD RR1F367TF 723 0 0
G
ACAGACAATAAGTCTAAAGCCATCAAATCCATAAACTCTTGTTTTAAATTTGAAGTTCAT
CAATGGCAAATCAAGCAGCTGTTGCAGCATTCTTCCTTTTCGTTTTGGCTGTCTTCTCCA
ACTTCGAGCTCTCAGCTTCAACCCTTGTCATTGGCAAGGTCTCTTGCCTTGACTGCCACA
GCGATTTCGACTTCTCAGGCGTTAAGTTTCTCCTTAAGTGCGACGGAGAGAAGAAACCAA
TAACCGCAATGGCAGCTTCTGACGGAACTTTCCGGTCAGTGCTTCCAACTACTGACAAAA
AACACTCCATGAACTGTCTTGCAAAGATCTTGGGAGGTCCTGAACAACTTTATGCTCACA
AACACAACATGGTCTCTGAACTAGTTAAGTCCAAACACGACACCAAGGTTCTTATTACCT
CAAACCCACTTTCCTTCTCTCTTTCATGCCCCAAACCAACGGGAGATAATGTCGGAAATA
TGATCGGAGATTCGAAGACTGTTAACTTTCCGGGGACAGGAGGTTTTGGATTCCCACCTG
CTAGCTTCTTTCCTTTCTTACCAATCATTGGCAT*CCCATGATTTAATTAAATGTGATTG
ATAAGACTTGAAAACGTATTTATTCATATATTTAAATTTGTTGTTATGTGAATCTAAGAG
AGCCAAGACAATAATACGGCAAGTTATAAAGTTTTT*GTTTTGTTTTGTGAGATAT
AACTAA

QA 2 717 2 717
DS 

RD RR1B775TF 744 0 0
GA
CACACAGACAATAAGTCTAAAGCCATCAAATCCATAAACTCTTGTTTTAAATTTGAAGTT
CATCAATGGCAAATCAAGCAGCTGTTGCAGCATTCTTCCTTTTCGTTTTGGCTGTCTTCT
CCAACTTCGAGCTCTCAGCTTCAACCCTTGTCATTGGCAAGGTCTCTTGCCTTGACTGCC
ACAGCGATTTCGACTCCTCAGGCGTTAAGTTTCTCCTTAAGTGCGACGGAGAGAAGAAAC
CAATAACCGCAATGGCAGCTTCTGACGGAACTTTCCGGTCAGTGCTTCCAACTACTGACA
AAAAACACTCCATGAACTGTCTTGCAAAGATCTTGGGAGGTCCTGAACAACTTTATGCTC
ACAAACACAACATGGTCTCTGAACTAGTTAAGTCCAAACACGACACCAAGGTTCTTATTA
CCTCAAACCCACTTTCCTTCTCTCTTTCACGCCCCAAACCAACGGGAGATAATGTCGGAA
ATATGATCGGAGATTCGAAGACTGTTAACTTTCCGGGGACAGGAGGTTTTGGATTCCCAC
CTGCTAGCTTCTTTCCTTTCTTACCAATCATTGGCAT*CCCATGATTTAATTAAATGTGA
TTGATAAGACTTGAAAACGTATTTATTCATATATTTAAATTTGTTGTTATGTGAATCTAA
GAGAGCCAAGACAATAATACGGCAAGTTATAAAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTGAGATATT
AACTAAGATAAGTTTATGTGAT

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1FQ34JQ 855 0 0
AAGCTTCCATACGTTCTCCATATATATGTCACACAGACAATAAGTCTAAAGCCATCAAAT
CCATAAACTCTTGTTTTAAATTTGAAGTTCATCAATGGCAAATCAAGCAGCTGTTGCAGC
ATTCTTCCTTTTCGTTTTGGCTGTCTTCTCCAACTTCGAGCTCTCAGCTTCAACCCTTGT
CATTGGCAAGGTCTCTTGCCTTGACTGCCACAGCGATTTCGACTTCTCAGGCGTTAAGTT
TCTCCTTAAGTGCGACGGAGAGAAGAAACCAATAACCGCAATGGCAGCTTCTGACGGAAC
TTTCCGGTCAGTGCTTCCAACTACTGACAAAAAACACTCCATGAACTGTCTTGCAAAGAT
CTTGGGAGTTCCTGAACAACTTTATGCTCACAAACACAACATGGTCTCTGAACTAGTTAA
GTCCAAACACGACACCAAGGTTCTTATTACCTCAAACCCACTTTCCTTCTCTCTTTCATG
CCCCAAACCAACGGGAGATAATGTCGGAAATATGATCGGAGACTCGAAGACTGTTAACTT
TCCGGGGACAGGAGGTTTTGGATTCCCACCTGCTAGCTTCTTTCCTTTCTTACCAATCAT
TGGCAT*CCCATGATTTAATTAAATGTGATTGATAAGACTTGAAAACGTATTTATTCATA
TATTTAAATTTGTTGTTATGTGAATCTAAGAGAGCCAAGACAATAATACGGCAAGTTATA
AAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTGAGATATTAACTAAGATAAGTTTATGTGATAAAAAATGT
TGTTTATTGGCTTCTTGAAATTTTAGTCCGTTGCTTTGTATCAAGTTTGTGATAATAATA
*GATTGGATTAGTCC

QA 1 855 1 855
DS 

RD RR1AP36JQ 632 0 0
TTCTCAGGCGTTAAGTTTCTCCTTAAGTGCGACGGAGAGAAGAAACCAATAACCGCAATG
GCAGCTTCTGACGGAACTTTCCGGTCAGTGCTTCCAACTACTGACAAAAAACACTCCATG
AACTGTCTTGCAAAGATCTTGGGAGGTCCTGAACAACTTTATGCTCACAAACACAACATG
GTTTCTGAACTAGTTAAGTCCAAACACGACACCAAGGTTCTTATTACCTCAAACCCACTT
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TCGAAGACTGTTAACTTTCCGGGGACAGGAGGTTTTGGATTCCCACCTGCTAGCTT*TTT
CCTTTCTTACCAATCATTGACATTCCCATGATTTAATTAAATGTGATTGATAAGACTTGA
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TAATACGGCAAGTTATAAAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTGAGATATTAATTAAGATAAGTT
TATTTGATAAAAAATGTTGTTTATTGGCTTCTTGAAATTTTAGTCCGTTGCTTTGTATCA
AGTTTGTGATAATAATAAGATTGGATTAGTCC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1F367JQ 632 0 0
TTCTCAGGCGTTAAGTTTCTCCTTAAGTGCGACGGAGAGAAGAAACCAATAACCGCAATG
GCAGCTTCTGACGGAACTTTCCGGTCAGTGCTTCCAACTACTGACAAAAAACACTCCATG
AACTGTCTTGCAAAGATCTTGGGAGGTCCTGAACAACTTTATGCTCACAAACACAACATG
GTCTCTGAACTAGTTAAGTCCAAACACGACACCAAGGTTCTTATTACCTCAAACCCACTT
TCCTTCTTTCTTTCATGCCCCAAACCAACGGGAGATAATGTCGGAAATATGATCGGAGAT
TCGAAGACTGTTAACTTTCCGGGGACAGGAGGTTTTGGATTCCCACCTGCTAGCTTCTTT
CCTTTCTTACCAATCATTGGCAT*CCCATGATTTAATTAAATGTGATTGATAAGACTTGA
AAACGTATTTATTCATATATTTAAATTTGTTGTTATGTGAATCTAAGAGAGCCAAGACAA
TAATACGGCAAGTTATAAAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTGAGATATTAACTAAGATAAGTT
TATGTGATAAAAAATGTTGTTTATTGGCTTCTTGAAATTTTAGTCCGTTGCTTTGTATCA
AGTTTGTGATAATAATAAGATTGGATTAGTCC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 12

CO CL227Contig1 1284 12 30 U
GGCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGGC
ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGGGACACCACCACCCTCTAGCTTG
TCTCTAGATGGATACCATGAGAGATAAGCCAATAAAATTCTCATATTCTGTTTTCTGTTT
GATCATTTTATTATCGGTCTATAACTCCACTGCGGAGCTACGACGGTTGGTCCAACCACC
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CGTCATTTCGACTGGAGATAACTTTTACGATGATGGAATAACAAGTCCATATGATTGTCA
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GGATTTTGACTCTCGATGGGTTTGTTTAAGATCTTACTTGGTTAACGCCGATATCGTCGA
TATTTTCTTCGTGGACACAACACCGTTTGTAGACAAATATTTTGATGAGCCAAAGGACCA
TGTTTATGATTGGAGAGGCGTCCTACCAAGAAACAAGTATCTTAACAATGTCTTAGCGGA
TGTCGATGTGGCCTTGCAAAAATCAGTTGCAAAATGGAAAATAGTGGTAGGTCACCACAC
AATCAAAAGTGCAGGTCACCACGGGATTACGAAAGAGCTTGAGAAACAACTTTTACCTAT
CCTTGAGGCTAATAAAGTTGATCTCTACATAAACGGGCATGATCATTGCTTGGAGCACAT
AAGTAGCATTAACAGTGGAATACAATTTATGACAAGTGGCGGTGGGTCCAAGGCGTGGAA
AGGGGACGTGAATGAGTGGAATCCGCAAGAGATGAGGTTTTACTACGATGGACAAGGATT
CATGTCGATTTATCTATCGGAAGCAGAACTGCGTGTAATTTTTTACGATGGGTATGGTCG
TGTTCTGCATCAATGGAACACTTACAAGGAGGGGATTTATACGGAAATCTAAACGATCTG
ATTACAAAGTTGAGAAACCAAATACTACTATTCATATTAGTAGTTCACTGTTTTTATATT
TGGTGGTGATTTTCATGTGACATAATTATTTTTAATGATGTTATTATCCAGCTAATAAAG
TTTGAGAAAGCGAAATTTACTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 30 30 30 30 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 0 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1FW25TF U 98
AF RR1FT89TF U 1
AF RR1DT79TF U 98
AF RR1FD16TF U 97
AF RR1FD13TF U 98
AF RR1AU19TF U 98
AF RR1AR25TF U 184
AF RR1DT79JQ C 699
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BS 455 670 RR1FT89TF
BS 671 753 RR1FD16TF
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BS 892 911 RR1AU19TF
BS 912 952 RR1AR25TF
BS 953 1084 RR1AU19JQ
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BS 1086 1135 RR1AU19JQ
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TTCTCATATTCTGTTTTCTGTTTGATCATTTTATTATCGGTCTATAACTCCACTGCGGAG
CTACGACGGTTGGTCCAACCACCAAAATCCGATGGTACAC

QA 1 160 1 160
DS 

RD RR1FT89TF 670 0 0
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ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGGGACACCACCACCCTCTAGCTTG
TCTCTAGATGGATACCATGAGAGATAAGCCAATAAAATTCTCATATTCTGTTTTCTGTTT
GATCATTTTATTATCGGTCTATAACTCCACTGCGGAGCTACGACGGTTGGTCCAACCACC
AAAATCCGATGGTACACTCAGTTTTCTAGTTGTCGGCGACTGGGGAAGAAGAGGTTCTTA
TAATCAGTCTCAAGTAGCTCTTCAGATGGGGAAAACAGGAAAGGATTTAAATATCGATTT
CGTCATTTCGACTGGAAATAACTTTTACGATGATGGAATAACAAGTCCATATGATTGTCA
ATTTCAAGATTCTTTTACCAATATTTACACAGCGCCTAGCTTACAAAAGCCATGGTATAA
TGTACTAGGAAATCATGATTATAGAGGTAACGTCGCTGCACAACTCAGTCCGATACTGAA
GGATTTTGACTCTCGATGGGTTTGTTTAAGATCTTACTTGGTTAACGCCGATATCGTCGA
TATTTTCTTCGTGGACACAACACCGTTTGTAGACAAATATTTTGATGAGCCAAAGGACCA
TGTTTATGAT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1DT79TF 651 0 0
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TTCTCATATTCTGTTTTCTGTTTGATCATTTTATTATCGGTCTATAACTCCACTGCGGAG
CTACGACGGTTGGTCCAACCACCAAAATCCGATGGTACACTCAGTTTTCTAGTTGTCGGC
GACTGGGGAAGAAGAGGTTCTTATAATCAGTCTCAAGTAGCTCTTCAGATGGGGAAAACA
GGAAAGGATTTAAATATCGATTTCGTCATTTCGACTGGAGATAACTTTTACGATGATGGA
ATAACAAGTCCATATGATTGTCAATTTCAAGATTCTTTTACCAATATTTACACAGCACCT
AGCTTACAAAAGCCATGGTATAATGTACTAGGAAATCATGATTATAGAGGTAACGTCGCT
GCACAACTCAGTCCGATACTGAAGGATTTTGACTCTCGATGGGTTTGTTTAAGATCTTAC
TTGGTTAACGCCGATATCGTCGATATTTTCTTCGTGGACACAACACCGTTTGTAGACAAA
TATCTTGATGAGCCAAAGGACCATGTTTATGATTGGAGAGGCGTCCTACCAAGAAACAAG
TATCTTAACAATGTCTTAGCGGATGTCGATGTGGCCTTGCAAAA
TCAGTTG

QA 1 644 1 644
DS 

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G
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TTCTCATATTCTGTTTTCTGTTTGATCATTTTATTATCGGTCTATAACTCCACTGCGGAG
CTACGACGGTTGGTCCAACCACCAAAATCCGATGGTACACTCAGTTTTCTAGTTGTCGGC
GACTGGGGAAGAAGAGGTTCTTATAATCAGTCTCAAGTAGCTCTTCAGATGGGGAAAACA
GGAAAGGATTTAAATATCGATTTCGTCATTTCGACTGGAGATAACTTTTACGATGATGGA
ATAACAAGTCCATATGATTGTCAATTTCAAGATTCTTTTACCAATATTTACACAGCACCT
AGCTTACAAAAGCCATGGTATAATGTACTAGGAAATCATGATTATAGAGGTAACGTCGCT
GCACAACTCAGTCCGATACTGAAGGATTTTGACTCTCGATGGGTTTGTTTAAGATCTTAC
TTGGTTAACGCCGATATCGTCGATATTTTCTTCGTGGACACAACACCGTTTGTAGACAAA
TATTTTGATGAGCCAAAGGACCATGTTTATGATTGGAGAGGCGTCCTACCAAGAAACAAG
TATCTTAACAATGTCTTAGCGGATGTCGATGTGGCCTTGCAAAAATCAGTTGCAAA*TGG
AAAATAGTGGTAGGTCACCACACAATCAAAAGTGCAG*TCACCACGGGAT*ACGAAAGAG
CTTGAGAAACA*CTTTTAC*TATCCTTGAG*CTAATAAAGT*GATCTCTACATA

QA 2 775 2 775
DS 

RD RR1FD13TF 773 0 0
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TTCTCATATTCTGTTTTCTGTTTGATCATTTTATTATCGGTCTATAACTCCACTGCGGAG
CTACGACGGTTGGTCCAACCACCAAAATCCGATGGTACACTCAGTTTTCTAGTTGTCGGC
GACTGGGGAAGAAGAGGTTCTTATAATCAGTCTCAAGTAGCTCTTCAGATGGGGAAAACA
GGAAAGGATTTAAATATCGATTTCGTCATTTCGACTGGAGATAACTTTTACGATGATGGA
ATAACAAGTCCATATGATTGTCAATTTCAAGATTCTTTTACCAATATTTACACAGCACCT
AGCTTACAAAAGCCATGGTATAATGTACTAGGAAATCATGATTATAGAGGTAACGTCGCT
GCACAACTCAGTCCGATACTGAAGGATTTTGACTCTCGATGGGTTTGTTTAAGATCTTAC
TTGGTTAACGCCGATATCGTCGATATTTTCTTCGTGGACACAACACCGTTTGTAGACAAA
TATTTTGATGAGCCAAAGGACCATGTTTATGATTGGAGAGGCGTCCTACCAAGAAACAAG
TATCTTAACAATGTCTTAGCGGATGTCGATGTGGCCTTGCAAAAATCAGTCGCAAAATGG
AAAATAGTGGTAGGTCACCACACAATCAAAAGTGCAGATCACCACGGGAT*ACGAAAGAG
CTTGAGAA*CAACTTTTACCTATCCTTGAGGCTAATAAAGTTGATCTCTACAT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1AU19TF 814 0 0
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TTCTCATATTCTGTTTTCTGTTTGATCATTTTATTATCGGTCTATAACTCCACTGCGGAG
CTACGACGGTTGGTCCAACCACCAAAATCCGATGGTACACTCAGTTTTCTAGTTGTCGGC
GACTGGGGAAGAAGAGGTTCTTATAATCAGTCTCAAGTAGCTCTTCAGATGGGGAAAACA
GGAAAGGATTTAAATATCGATTTCGTCATTTCGACTGGAGATAACTTTTACGATGATGGA
ATAACAAGTCCATATGATTGTCAATTTCAAGATTCTTTTACCAATATTTACACAGCACCT
AGCTTACAAAAGCCATGGTATAATGTACTAGGAAATCATGATTATAGAGGTAACGTCGCT
GCACAACTCAGTCCGATACTGAAGGATTTTGACTCTCGATGGGTTTGTTTAAGATCTTAC
TTGGTTAACGCCGATATCGTCGATATTTTCTTCGTGGACACAACACCGTTTGTAGACAAA
TATTTTGATGAGCCAAAGGACCATGTTTATGATTGGAGAGGCGTCCTACCAAGAAACAAG
CATCTTAACAATGTCTTAGCGGATGTCGATGTGGCCTTGCAAAAATCAGTTGCAAAATGG
AAAATAGTGGTATGTCACCACACAATCAAAAGTGCAG*TCACCACGGGATTACGAAAGAG
CTTGAGAAACAACTTTTACCTATCCTTGAG*CTAATAAAGTTGATCTCTACATAAACGGG
CATGATCATTGCTGGGAGCACATAAGTAGCATTA

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1AR25TF 776 0 0
G
ATTTTATTATCGGTCTATAACTCCACTGCGGAGCTACGACGGTTGGTCCAACCACCAAAA
TCCGATGGTACACTCAGTTTTCTAGTTGTCGGCGACTGGGGAAGAAGAGGTTCTTATAAT
CAGTCTCAAGTAGCTCTTCAGATGGGGAAAACAGGAAAGGATTTAAATATCGATTTCGTC
ATTTCGACTGGAGATAACTTTTACGATGATGGAATAACAAGTCCATATGATTGTCAATTT
CAAGATTCTTTTACCAATATTTACACAGCACCTAGCTTACAAAAGCCATGGTATAATG**
****GAAATCATGATTATAGAGGTAACGTCGCTGCACAACTCAGTCCGATACTGAAGGAT
TTTGACTCTCGATGGGTTTGTTTAAGATCTTACTTGGTTAACGCCGATATCGTCGATATT
TTCTTCGTGGACACGGCACCGTTTGTAGACAAATATTTTGATGAGCCAAAGGACCATGTT
TATGATTGGAGAGGCGTCCTACCAAGAAACAAGTATCTTAACAATGTCTTAGCGGATGTC
GATGTGGCCTTGCAAAAATCAGTTGCAAAATGGAAAATAGTGGTAGGTCACCACACAATC
AAAAGTTCAGGTCACCACGGGATTACGAAAGAGCTTGAGAAACAACTTTTACCTATCCTT
GAGGCTAATAAAGTTGATCTCTACATAAACGGGCATGATCATTGCTTGGAGCACATAAGC
AGCATTAACAGTGGAATACAATTTATGACAAGTGGCGGTGGGTCCAAG
CGTGGAA

QA 2 769 2 769
DS 

RD RR1DT79JQ 555 0 0
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AAATAGTGGTAGGTCACCACACAATCAAAAGTGCAGGTCACCACGGGATTACGAAAGAGC
TTGAGAAACAACTTTTACCTATCCTTGAGGCTAATAAAGTTGATCTCTACATAAACGGGC
ATGATCATTGCTTGGAGCACATAAGTAGCATTAACAGTGGAATACAATTTATGACAAGTG
GCGGTGGGTCCAAGGCGTGGAAAGGGGACGTGAATGAGTGGAATCCGCAAGAGATGAGGT
TTTACTACGATGGACAAGGATTCATGTCGATTTATCTATCGGAAGCAGAACTGCGTGTAA
TTTTTTACGATGGGTATGGTCGTGTTCTGCATCAATGGAACACTTACAAGGAGGGGATTT
ATACGGAAATCTAAACGATCTGATTACAAAGTTGAGAAACCAAATACTACTATTCATATT
AGTAGTTCACTGTTTTTATATTTGGTGGTGATTTTCATGTGACATAATTATTTTTAATGA
TGTTATTATCC
GGCT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1AU19JQ 843 0 0
ATATTTACACAGCACCTAGCTTACAAAAGCCATGGTATAATGTACTAGGAAATCATGATT
ATAGAGGTAACGTCGCTGCACAACTCAGTCCGATACTGAAGGATTTTGACTCTCGATGGG
TTTGTTTAAGATCTTACTTGGTTAACGCCGATATCGTCGATATTTTCTTCGTGGACACAA
CACCGTTTGTAGACAAATATTTTGATGAGCCAAAGGACCATGTTTATGATTGGAGAGGCG
TCCTACCAAGAAACAAGCATCTTAACAATGTCTTAGCGGATGTCGATGTGGCCTTGCAAA
AATCAGTTGCAAAATGGAAAATAGTGGTAGGTCACCACACAATCAAAAGTGCAGGTCACC
ACGGGATTACGAAAGAGCTTGAGAAACAACTTTTACCTATCCTTGAGGCTAATAAAGTTG
ATCTCTACATAAACGGGCATGATCATTGCTGGGAGCACATAAGTAGCATTAACAGTGGAA
TACAATTTATGACAAGTGGCGGTGGGTCCACGGCGTGGAAAGGGGACGTGAATGAGTGGA
ATCCGCAAGAGATGAGGTTTTACTACGATGGACAAGGATTCATGTCGATTTATCTATCGG
AAGCAGAACTGCGTGTAATTTTTTACGATGGGTATGGTCGTGTTTTGCATCAATGGAACA
CTTACAAGGAGGGGATTTATACGGAAATCTAAACGGTCTGATTACAAAGTTGAGAAACCA
AATACTACTATTCATATTAGTAGTTCACTGTTTTTATATTTGGTGGTGATTTTCATGTGA
CATAATTATTTTTAATGATGTTATTATCCAGCTAATAAAGTTTGAGAAAGCGAAATTTAC
TCG

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR1AR25JQ 806 0 0
TGGTATAAT
GGAAATCATGATTATAGAGGTAACGTCGCTGCACAACTCAGTCCGATACTGAAGGATTTT
GACTCTCGATGGGTTTGTTTAAGATCTTACTTGGTTAACGCCGATATCGTCGATATTTTC
TTCGTGGACACGGCACCGTTTGTAGACAAATATTTTGATGAGCCAAAGGACCATGTTTAT
GATTGGAGAGGCGTCCTACCAAGAAACAAGTATCTTAACAATGTCTTAGCGGATGTCGAT
GTGGCCTTGCAAAAATCAGTTGCAAAATGGAAAATAGTGGTAGGTCACCACACAATCAAA
AGTTCAGGTCACCACGGGATTACGAAAGAGCTTGAGAAACAACTTTTACCTATCCTTGAG
GCTAATAAAGTTGATCTCTACATAAACGGGCATGATCATTGCTTGGAGCACATAAGCAGC
ATTAACAGTGGAATACAATTTATGACAAGTGGCGGTGGGTCCAAGGCGTGGAAAGGGGAC
GTGAATGAGTGGAATCCGCAAGAGATGAGGTTTTACTACGATGGACAAGGATTCATGTCG
ATTTATCTATCGGAAGCAGAACTGCGTGTAATTTTTTACGATGGGTATGGTCGTGTTCTG
CATCAATGGAACACTTACAAGGAGGGGATTTATACGGAAATCTAAACGATCTGATTACAA
AGTTGAGAAACCAAATACTACTATTCATATTAGTAGTTCACTGTTTTTATATTTGGTGGT
GATTTTCATGTGACATAATTATTTTTAATGATGTTATTATCCAGCTAATAAAGTTTGAGA
AAGCGAAATTTACTCGC

QA 10 806 10 806
DS 

RD RR1FD13JQ 652 0 0
GACAAATATTTTGATGAGCCAAAGGACCATGTTTATGATTGGAGAGGCGTCCTACCAAGA
AACAAGTATCTTAACAATGTCTTAGCGGATGTCGATGTGGCCTTGCAAAAATCAGTCGCA
AAATGGAAAATAGTGGTAGGTCACCACACAATCAAAAGTGCAGATCACCACGGGATTACG
AAAGAGCTTGAGAAACAACTTTTACCTATCCTTGAGGCTAATAAAGTTGATCTCTACATA
AACGGGCATGATCATTGCTTGGAGCACATAAGTAGCATTAACAGTGGAATACAATTTATG
ACAAGTGGCGGTGGGTCCAAGGCGTGGAAAGGGGACGTGAATGAGTGGAATCCGCAAGAG
ATGAGGTTTTACTACGATGGACAAGGATTCATGTCGACTTATCTATCGGAAGCAGAACTG
CGTGTAATTTTTTACGATGGGTATGGTCGTGTTCTGCATCAATGGAACACTTACAAGGAG
GGGATTTATACGGAAATCTAAACGATCTGATTACAAAGTTGAGAAACCAAATACTACTAT
TCATATTAGTAGTTCACTGTTTTTATATTTGGTGGTGATTTTCATGTGACATAATTATTT
TTAATGATGTTATTATCCAGCTAATAAAGTTTGAGAAAGCGAAATTTACTCG

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1FD16JQ 675 0 0
TCGATATTTTCTTCGTGGACACAACACCGTTTGTAGACAAATATTTTGATGAGCCAAAGG
ACCATGTTTATGATTGGAGAGGCGTCCTACCAAGAAACAAGTATCTTAACAATGTCTTAG
CGGATGTCGATGTGGCCTTGCAAAAATCAGTTGCAAAATGGAAAATAGTGGTAGGTCACC
ACACAATCAAAAGTGCAGGTCACCACGGGATTACGAAAGAGCTTGAGAAACAACTTTTAC
CTATCCTTGAGGCTAATAAAGTTGATCTCTACATAAACGGGCATGATCATTGCTTGGAGC
ACATAAGTAGCATTAACATTGGAATACAATTTATGACAAGTGGCGGTGGGTCCAAGGCGT
GGAAAGGGGACGTGAATGAGTGGAATCCGCAAGAGATGAGGTTTTACTACGATGGACAAG
GATTCATGTCGATTTATCTATCGGAAGCAGAACTGCGTGTAATTTTTTACGATGGGTATG
GTCGTGTTCTGCATCAATGGAACACTTACAAGGAGGGGATTTATACGGAAATCTAAACGA
TCTGATTACAAAGTTGAGAAACCAAATACTACTATTCATATTAGTAATTCACTGTTTTTA
TATTTGGTGGTGATTTTCATGTGACATAATTATTTTTAATGATGTTATTATCCAGCTAAT
AAAGTTTGAGAAAGC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 12

CO CL228Contig1 952 12 4 U
GGATTTTCGAAAAAAGAAGAAATTCATTCTATTCGCGTGGTTTTGAGGAGACGAGGAAGG
GAACAAACGCATAACGAAGACGACGATGGGTGAAGCCGTGAAGGATGGAAGAGAAGACGT
GATACAGGCATGGTACATGGATGATAGCCAAGAGGATCAGCGACTTCCTCACCACAAGGA
TCCTAAAGAGTTCATCTCTCTCGACAAACTTGCAGAGCTTGGAGTCCTTAGCTGGAGACT
TGATGCTGATCACTACGAAACCGACGAGGAGTTGAAAAAGATCCGCGACTCTCGTGGTTA
CTCCTACATGGACTTCTGTGAGGTATGCCCTGAGAAGCTTCAAAATTATGAAGAGAAAGT
AAAGAGCTTTTTCGAGGAACATCTTCACACTGATGAAGAGATCCGTTACTGCGTTGCAGG
AAGTGGCTACTTTGATGTGAGGGACCGCAACGAAGCTTGGATCAGAGTTTGGGTGAAGAA
GGGAGGAATGATAGTCTTACCTGCTGGAATTTATCATCGCTTCACCGTGGATTCTGACAA
CTATATCAAGGCAATGCGTCTTTTCGTGGGTGAACCGGTGTGGACACCATACAATCGTCC
ACACGACCATCTTCCTGCAAGGAAAGAATATGTTGATAACTTCGTGAACAAAGCCGTTAA
CGCCTCTGCTTAGAGAGCTCTCTCTCTCCCTCTTGGTTCTAAAGAAACATGATCTATAAA
TAAACTTGGCCTGCAATAAAGAGAGTATGCATGTGGAGAATGATTGCTTTCGTATGCATG
TCTTGTAAACTTAATCACACTCTGTTAAGTCTTTATTTACCATCTTTGCCGTATCCGTTT
TTACGAAAATTTGTATCGACTCAGTTTGATCATATATTTTCCTGCGTACGTTTCTTTGTG
G*******GCAACTAAGGAAAAATAATAAGAGTTGTTTATTGCTGTGTGGAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 
50 50 50 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1HA78TF U 29
AF RR1DZ13TF U 1
AF RR1H053TF U 1
AF RR1FG60TF U 28
AF RR1B257TF U 24
AF RR1GD33TF U 74
AF RR1GQ42TF U 40
AF RR1H053JQ C 191
AF RR1AI13TF U 689
AF RR1FZ12JQ C 283
AF RR1BI28JQ C 631
AF RR1BI28TF U 631
BS 1 627 RR1DZ13TF
BS 628 835 RR1B257TF
BS 836 871 RR1AI13TF
BS 872 952 RR1BI28TF

RD RR1HA78TF 251 0 0
AG
ATTCGCGTGGTTTTGAGGAGACGAGGAAGGGAACAAACGCATAACGAAGACGACGATGGG
TGAAGCCGTGAAGGATGGAAGAGAAGACGTGATACAGGCATGGTACATGGATGATAGCCA
AGAGGATCAGCGACTTCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTCATCTCTCTCGACAAACT
TGCAGAGCTTGGAGTCCTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATCACTACGAAACCGACGAGGA
GTTGAAAAA

QA 3 251 3 251
DS 

RD RR1DZ13TF 627 0 0
GGATTTTCGAAAAAAGAAGAAATTCATTCTATTCGCGTGGTTTTGAGGAGACGAGGAAGG
GAACAAACGCATAACGAAGACGACGATGGGTGAAGCCGTGAAGGATGGAAGAGAAGACGT
GATACAGGCATGGTACATGGATGATAGCCAAGAGGATCAGCGACTTCCTCACCACAAGGA
TCCTAAAGAGTTCATCTCTCTCGACAAACTTGCAGAGCTTGGAGTCCTTAGCTGGAGACT
TGATGCTGATCACTACGAAACCGACGAGGAGTTGAAAAAGATCCGCGACTCTCGTGGTTA
CTCCTACATGGACTTCTGTGAGGTATGCCCTGAGAAGCTTCAAAATTATGAAGAGAAAGT
AAAGAGCTTTTTCGAGGAACATCTTCACACTGATGAAGAGATCCGTTACTGCGTTGCAGG
AAGTGGCTACTTTGATGTGAGGGACCGCAACGAAGCTTGGATCAGAGTTTGGGTGAAGAA
GGGAGGAATGATAGTCTTACCTGCTGGAATTTATCATCGCTTCACCGTGGATTCTGACAA
CTATATCAAGGCAATGCGTCTTTTCGTGGGTGAACCGGTGTGGACACCATACAATCGTCC
ACACGACCATCTTCCTGCAAGGAAAGA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1H053TF 617 0 0
GGATTTTCGAAAAAAGAAGAAATTCATTCTATTCGCGTGGTTTTGAGGAGACGAGGAAGG
GAACAAACGCATAACGAAGACGACGATGGGTGAAGCCGTGAAGGATGGAAGAGAAGACGT
GATTCAGGCATGGTACATGGATGATAGCCAAGAGGATCAGCGACTTCCTCACCACAAGGA
TCCTAAAGAGTTCATCTCTCTCGACAAACTTGCAGAGCTTGGAGTCCTTAGCTGGAGACT
TGATGCTGATCACTACGAAACCGACGAGGAGTTGAAAAAGATCCGCGACTCTCGTGGTTA
CTCCTACATGGACTTCTGTGAGGTATGCCCTGAGAAGCTTCAAAATTATGAAGAGAAAGT
AAAGAGCTTTTTCGAGGAACATCTTCACACTGATGAAGAGATCCGTTACTGCGTTGCAGG
AAGTGGCTACTTTGATGTGAGGGACCGCAACGAAGCTTGGATCAGAGTTTGGGTGAAGAA
GGGAGGAATGATAGTCTTACCTGCTGGAATTTATCATCGCTTCACCGTGGATTCTGACAA
CTATATCAAGGCAATGCGTCTTTTCGTGGGTGAACCGGTGTGGACACCATACAATCGTCC
ACACGACCATCTTCCTG

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1FG60TF 701 0 0
GGG
ATTCGCGTGGTTTTGAGGAGACGAGGAAGGGAACAAACGCATAACGAAGACGACGATGGG
TGAAGCCGTGAAGGATGGAAGAGAAGACGTGATACAGGCATGGTACATGGATGATAGCCA
AGAGGATCAGCGACTTCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTCATCTCTCTCGACAAACT
TGCAGAGCTTGGAGTCCTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATCACTACGAAACCGACGAGGA
GTTGAAAAAGATCCGCGACTCTCGTGGTTACTCCTACATGGACTTCTGTGAGGTATGCCC
TGAGAAGCTTCAAAATTATGAAGAGAAAGTAAAGAGCTTTTTCGAGGAACATCTTCACAC
TGATGAAGAGATCCGTTACTGCGTTGCAGGAAGTGGCTACTTTGATGTGAGGGACCGCAA
CGAAGCTTGGATCAGAGTTTGGGTGAAGAAGGGAGGAATGATAGTCTTACCTGCTGGAAT
TTATCATCGCTTCACCGTGGATTCTGACAACTATATCAAGGCAATGCGTCTTTTCGTGGG
TGAACCGGTGTGGACACCATACAATCGTCCACACGACCATCTTCCTGCAAGGAAAGAATA
TGTTGATAACTTCGTGAACAAAGCCGTTAACGCCTCTGCTTAGAGAGCTCTCTCTCTCCC
TCTTGGTTCTAAAGAAACATGGTCTATAAATAAACTTG

QA 4 701 4 701
DS 

RD RR1B257TF 812 0 0
GGATTCT
ATTCGCGTGGTTTTGAGGAGACGAGGAAGGGAACAAACGCATAACGAAGACGACGATGGG
TGAAGCCGTGAAGGATGGAAGAGAAGACGTGATACAGGCATGGTACATGGATGATAGCCA
AGAGGATCAGCGACTTCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTCATCTCTCTCGACAAACT
TGCAGAGCTTGGAGTCCTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATCACTACGAAACCGACGAGGA
GTTGAAAAAGATCCGCGACTCTCGTGGTTACTCCTACATGGACTTCTGTGAGGTATGCCC
TGAGAAGCTTCAAAATTATGAAGAGAAAGTAAAGAGCTTTTTCGAGGAACATCTTCACAC
TGATGAAGAGATCCGTTACTGCGTTGCAGGAAGTGGCTACTTTGATGTGAGGGACCGCAA
CGAAGCTTGGATCAGAGTTTGGGTGAAGAAGGGAGGAATGATAGTCTTACCTGCTGGAAT
TTATCATCGCTTCACCGTGGATTCTGACAACTATATCAAGGCAATGCGTCTTTTCGTGGG
CGAACCGGTGTGGACACCATACAATCGTCCACACGACCATCTTCCTGCAAGGAAAGAATA
TGTTGATAACTTCGTGAACAAAGCCGTTAACGCCTCTGCTTAGAGAGCTCTCTCTCTCCC
TCTTGGTTCTAAAGAAACATGATCTATAAATAAACTTGGCCTGCAATAAAGAGAGTATGC
ATGTGGAGAATGATTGCTTTCGTATGCATGTCTTGTAAACTTAATCACACTCTGTTAAGT
CTTTATTTACCATCTTTGCCGTATC

QA 8 812 8 812
DS 

RD RR1GD33TF 730 0 0
GG
GAAGACGACGATGGGTGAAGCCGTGAAGGATGGAAGAGAAGACGTGATACAGGCATGGTA
CATGGATGATAGCCAAGAGGATCAGCGACTTCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTCAT
CTCTCTCGACAAACTTGCAGAGCTTGGAGTCCTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATCACTA
CGAAGCCGACGAGGAGTTGAAAAAGATCCGCGACTCTCGTGGTTACTCCTACATGGACTT
CTGTGAGGTATGCCCTGAGAAGCTTCAAAATTATGAAGAGAAAGTAAAGAGCTTTTTCGA
GGAACATCTTCACACTGATGAAGAGATCCGTTACTGCGTTGCAGGAAGTGGCTACTTTGA
TGTGAGGGACCGCAACGAAGCTTGGATCAGAGTTTGGGTGAAGAAGGGAGGAATGATAGT
CTTACCTGCTGGAATTTATCATCGCTTCACCGTGGATTCTGACAACTATATCAAGGCAAT
GCGTCTTTTCGTGGGTGAACCGGTGTGGACACCATACAATCTTCCACACGACCATCTTCC
TGCAAGGAAAGAATATGTTGATAACTTCGTGAACAAAGCCGTTAACGCCTCTGCTTAGAG
AGCTCTCTCTCTCCCTCTTGGTTCTAAAGAAACATGATCTATAAATAAACTTGGCCTGCA
ATAAAGAGAGTATGCATGTGGAGAATGATTGCTTTCGTATGCATGTCTTGTAA*CTTAAT
CACACTCT

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR1GQ42TF 750 0 0
T
TTTTGAGGAGACGAGGAAGGGAACAAACGCATAACGAAGACGACGATGGGTGAAGCCGTG
AAGGATGGAAGAGAAGACGTGATACAGGCATGGTACATGGATGATAGCCAAGAGGATCAG
CGACTTCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTCATCTCTCTCGACAAACTTGCAGAGCTT
GGAGTCCTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATCACTACGAAACCGACGAGGAGTTGAAAAAG
ATCCGCGACTCTCGTGGTTACTCCTACATGGACTTCTGTGAGGTATGCCCTGAGAAGCTT
CAAAATTATGAAGAGAAAGTAAAGAGCTTTTTCGAGGAACATCTTCACACTGATGAAGAG
ATCCGTTACTGCGTTGCAGGAAGTGGCTACTTTGATGTGAGGGACCGCAACGAAGCTTGG
ATCAGAGTTTGGGTGAAGAAGGGAGGAATGATAGTCTTACCTGCTGGAATTTATCATCGC
TTCACCGTGGATTCTGACAACTATATCAAGGCAATGCGTCTTTTCGTGGGTGAACCGGTG
TGGACACCATACAATCGTCCACACGACCATCTTCCTGCAAGGAAAGAATATGTTGATAAC
TTCGTGAACAAAGCCGTTAACGCCTCTGCTTAGAGAGCTCTCTCTCTCCCTCTTGGTTCT
AAAGAAACATGATCTATAAATAAACTTGGCCTGCAT**AAGAGAGTATGCATGTGGAGAA
TGATTGCTTTCGTATGCATGTCT
GTAACT

QA 2 744 2 744
DS 

RD RR1H053JQ 697 0 0
TTCATCTCTCTCGACAAACTTGCAGAGCTTGGAGTCCTTAGCTGGAGACTTGATGCTGAT
CACTACGAAACCGACGAGGAGTTGAAAAAGATCCGCGACTCTCGTGGTTACTCCTACATG
GACTTCTGTGAGGTATGCCCTGAGAAGCTTCAAAATTATGAAGAGAAAGTAAAGAGCTTT
TTCGAGGAACATCTTCACACTGATGAAGAGATCCGTTACTGCGTTGCAGGAAGTGGCTAC
TTTGATGTGAGGGACCGCAACGAAGCTTGGATCAGAGTTTGGGTGAAGAAGGGAGGAATG
ATAGTCTTACCTGCTGGAATTTATCATCGCTTCACCGTGGATTCTGACAACTATATCAAG
GCAATGCGTCTTTTCGTGGGTGAACCGGTGTGGACACCATACAATCGTCCACACGACCAT
CTTCCTGCAAGGAAAGAATATGTTGATAACTTCGTGAACAAAGCCGTTAACGCCTCTGCT
TAGAGAGCTCTCTCTCTCCCTCTTGGTTCTAAAGAAACATGATCTATAAATAAACTTGGC
CTGCAATAAAGAGAGTATGCATGTGGAGAATGATTGCTTTCGTATGCATGTCTTGTAAAC
TTAATCACACTCTGTTAAGTCTTTATTTACCATCTTTGCCGTATCCGTTTTTACGAAAAT
TTGTATCGACTCAGTTTGATCATATATTTTCCTGCGT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1AI13TF 183 0 0
G
CTCTTGGTTCTAAAGAAACATGATCTATAAATAAACTTGGCCTGCAATAAAGAGAGTATG
CATGTGGAGAATGATTGCTTTCGTATGCATGTCTTGTAAACTTAATCACACTCTGTTAAG
TCTTTATTTACCATCTTTGCCGTATCCGTTTTTACGAAAATTTGTATCGACTCAGTTTGA
TC

QA 2 183 2 183
DS 

RD RR1FZ12JQ 670 0 0
CCGCGACTCTCGTGGTTACTCCTACATGGACTTCTGTGAGGTATGCCCTGAGAAGCTTCA
AAATTATGAAGAGAAAGTAAAGAGCTTTTTCGAGGAACATCTTCACACTGATGAATAGAT
CCGTTACTGCGTTGCAGGAAGTGGCTACTTTGATGTGAGGGACCGCAACGAAGCTTGGAT
CAGAGTTTGGGTGAAGAAGGGAGGAATGATAGTCTTACCTGCTGGAATTTATCATCGCTT
CGCCGTGGATTCTGACAACTATATCAAGGCAATGCGTCTTTTCGTGGGTGAACCGGTGTG
GACACCATACAATCGTCCACACGACCATCTTCCTGCAAGGAAAGAATATGTTGATAACTT
CGTGAACAAAGCCGTTAACGCCTCTGCTTAGAGAGCTCTCTCTCTCCCTCTTGGTTCTAA
AGAAACATGATCTATAAATAAACTTGGCCTGCAATAAAGAGAGTATGCATGTGGAGAATG
ATTGCTTTCGTATGCATGTCTTGTAAACTTAATCACACTCTGTTAAGTCTTTATTTACCA
TCTTTGCCGTATCCGTTTTTACGAAAATTTGTATCGACTCAGTTTGATCATATATTTTCC
TGCGTACGTTTCTTTGTGACTTGTGAGCAACTAAGGAAAAATAATAAGAGTTGTTTATTG
CTGTGTGGAT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1BI28JQ 322 0 0
G
GTTGATAACTTCGTGAACAAAGCCGTTAACGCCTCTGCTTAGAGAGCTCTCTCTCTCCCT
CTTGGTTCTAAAGAAACATGATCTATAAATAAACTTGGCCTGCAATAAAGAGAGTATGCA
TGTGGAGAATGATTGCTTTCGTATGCGTGTCTTGTAAACTTAATCACACTCTGTTAAGTC
TTTATTTACCATCTTTGCCGTATCCGTTTTTACGAAAATTTGTATCGACTCAGTTTGATC
ATATATTTTCCTGCGTACGTTTCTTTGTGG*******GCAACTAAGGAAAAATAATAAGA
GTTGTTTATTGCTGTGTGGAT

QA 2 322 2 322
DS 

RD RR1BI28TF 322 0 0
G
GTTGATAACTTCGTGAACAAAGCCGTTAACGCCTCTGCTTAGAGAGCTCTCTCTCTCCCT
CTTGGTTCTAAAGAAACATGATCTATAAATAAACTTGGCCTGCAATAAAGAGAGTATGCA
TGTGGAGAATGATTGCTTTCGTATGCGTGTCTTGTAAACTTAATCACACTCTGTTAAGTC
TTTATTTACCATCTTTGCCGTATCCGTTTTTACGAAAATTTGTATCGACTCAGTTTGATC
ATATATTTTCCTGCGTACGTTTCTTTGTGG*******GCAACTAAGGAAAAATAATAAGA
GTTGTTTATTGCTGTGTGGAT

QA 2 322 2 322
DS 



AS 1 12

CO CL229Contig1 867 12 14 U
GGGACAACACAACTCACTCAAAACCCTAAAACACACCCAAACAAAGCAATCAAAATGAAG
AAACCTTCAGTGACCCCTTTCCTCATCACTCTCCTTTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCAC
GGCAAAGAAGTGGTGAAGGACTCCAACGGGAATCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATACTTC
ATCCAGCCGGTTAAGAGCAACGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACTTCCG
TTTTGTCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTCCCAGTTATC
TTCGGATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAAC
ATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTC
GATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCT
CCAAACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATTCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACC
TCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTC
ACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACT
AAGGCTACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTAC
TAGTGTCAAGATCATGTAATTTAAAAAGCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGGG
TTGAGATAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTGATTTAACAACAAGT
CAAATAAATTTGTGGTTTTCAGCGCTT


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 
60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 30 45 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 
60 30 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL65TF U 1
AF RR1D103TF U 7
AF RR1DH41TF U 1
AF RR1BU75TF U 4
AF RR1D113TF U 4
AF RR1D113JQ C 111
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AF RR1D103JQ C 301
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AF RR1DH41JQ C 208
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BS 111 111 RR1EL65TF
BS 112 663 RR1DH41TF
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BS 706 741 RR1DH41TF
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BS 857 867 RR1BU75JQ

RD RR1EL65TF 638 0 0
GGGAC
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GCCGGTTAAGAGCAACGGTGGTGGTCTTATTCCAGCCGCCATTAACATACTTCCGTTTTG
TCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTCCCAGTTATCTTCGG
ATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCA
GTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGT
TTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAA
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TGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGTGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAA
TGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGT

QA 6 638 6 638
DS 

RD RR1D103TF 652 0 0
GG
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AGTGACCCCTTTCCTCATCACTCTCCTTTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCAAAGA
AGTGGTGAAGGACTCCAACGGGAATCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATACTTCATCCAGCC
GGTTAAGAGCAACGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACTTCCGTTTTGTCC
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TTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCAGTT
CCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGTTTC
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AACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGA
TGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAAGTTGATGATGATGCTA

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DS 

RD RR1DH41TF 741 0 0
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TTTTGTCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTCCCAGTTATC
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ATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTC
GATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCT
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AAG*CTACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAG*ATGTTCCCATTCTAC
TAGTGTCAAGATCATGTAATT

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DS 

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GG
AACACAACTCACTCAAAACCCTAAAACACACCCAAACAAAGCAATCAAAATGAAGAAACC
TTCAGTGACCCCTTTCCTCATCGCTCTCCTTTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCAA
AGAAGTGGTGAAGGACTCCAACGGGAATCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATACTTCATCCA
GCCGGTTAAGAGCAACGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACTTCCGTTTTG
TCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTGCCAACCGGGCCTCCCAGTTATCTTCGG
ATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCA
GTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGT
TTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAA
CAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATTCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATA
TGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAA
TGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAAGTTGATGATGATGCTACTAAG*C
TACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTACTAGTG
TCA

QA 3 725 3 725
DS 

RD RR1D113TF 770 0 0
GG
AACACAACTCACTCAAAACCCTAAAACACACCCAAACAAAGCAATCAAAATGAAGAAACC
TTCAGTGACCCCTTTCCTCATCACTCTCCTTTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCAA
AGAAGTGGTGAAGGACTCCAACGGGAATCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATACTTCATCCA
GCCGGTTAAGAGCAACGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACTTCCGTTTTG
TCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTCCCAGTTATCTTCGG
ATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCA
GTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGT
TTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAA
CAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATTCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATA
TGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAA
TGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACTAAG*C
TACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAG*ATGTTCCCATTCTACTAGTG
TCAAGATCATGTAATTTAAAA*GCCTGAGACTCGTC*ATGGCTAAAAA

QA 3 770 3 770
DS 

RD RR1D113JQ 745 0 0
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CATACTTCCGTTTTGTCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCT
CCCAGTTATCTTCGGATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTAC
CACTATAAACATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTT
ATGGGCAGTCGATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGA
ACGGACGGCTCCAAACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATTCAGGAGCACACACTTACAA
GTTGACCACCTCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACA
GCTACTTGTCACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGA
TGATGCTACTAAGGCTACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTT
CCCATTCTACTAGTGTCAAGATCATGTAATTTAAAAAGCCTGAGACTCGTCCATGGCTAA
AAATAATGGGTTGAGATAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTGATTT
AATAACAAGTCAAATAAATTTGTGG

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DS 

RD RR1BU75JQ 748 0 0
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CATCCAGCCGGTTAAGAGCAACGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACTTCC
GTTTTGTCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTGCCAACCGGGCCTCCCAGTTAT
CTTCGGATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAA
CATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGT
CGATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGC
TCCAAACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATTCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCAC
CTCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGT
CACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTAC
TAAGGCTACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTA
CTAGTGTCAAGATCATGTAATTTAAAAAGCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGG
GTTGAGATAATACCCGCACGCATGGGTGTGTATGTGAACTTTGTTTGATTTAATAACGAG
TCAAATAAATTTGTGGTTTTCAGCGCTT

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DS 

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G
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TACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGAGGCTAAGAC
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ACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTACT*GTGTCAAGATCATGTAAT
TTAAAAAGCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGGGTTGAGATAATACCCGCACGC
ATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTGATTTAACAACAAGTCAAATAAATTTGTGGT
C

QA 2 357 2 357
DS 

RD RR1CJ29TF 358 0 0
G
AGAAAAAGATTCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATATGGAACCGTTGGAAC
TACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGAGGCTAAGAC
CTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACTAAGGCTACTACTCCTTCTTC
ACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTACT*GTGTCAAGATCATGTAAT
TTAAAAAGCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGGGTTGAGATAATACCCGCACGC
ATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTGATTTAACAACAAGTCAAATAAATTTGTGGT
C

QA 2 357 2 357
DS 

RD RR1D103JQ 557 0 0
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ATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTC
GATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCT
CCAAACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATTCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACC
TCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTC
ACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACT
AAGGCTACTACTTTTTTTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTTTGAGGATGTTCCCATTTTAC
TAGTGTCAAGATCATGTAATTTAAAAAGCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGGA
TTGAGATAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTGATTTAACAACAAGT
CAAATAAATTTGTGGTT

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DS 

RD RR1EL65JQ 575 0 0
CCCAGTTATCTTCGGATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTAC
CACTATAAACATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTT
ATGGGCAGTCGATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGA
ACGGACGGCTCCAAACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATTCAGGAGCACACACTTACAA
GTTGACCACCTCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGTGCTTGGTTGAGTGCACCACA
GCTACTTGTCACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGA
TGATGCTACTAAGGCTACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTT
CCCATTCTACTAGTGTCAAGATCATGTAATTTAAAAAGCCTGAGACTCGTCCATGGCTAA
AAATAATGGGTTGAGATAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTGATTT
AATAACAAGTCAAATAAATTTGTGGTT
TTCAGCGC

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1DH41JQ 652 0 0
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CTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTCCCAGTTATCTTCGGATATTATCCACCTTTTGTCGGC
ACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCT
GTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAG
CCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAA
GATTCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCA
GGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTC
GTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACTAAGGCTACTACTTCTTCTTCACGTGTT
GAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTACTAGTGTCAAGATCATGTAATTTAAAAA
GCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGGGTTGAGATAATACCCGCACGCATG**TG
TGTATGTGAACTTTGTTTGATTTAATAACAAGTCAAATAAATTTGTGGTT
AG

QA 1 650 1 650
DS 



AS 2 12

CO CL230Contig1 951 10 13 U
GGGTGATAATAATAGAAAGAAAACCATCATAAATACCATCACCGGATTCACATGATTCCA
CAACTCTTCTGAATCTGTCACTTTCTTTTTTCATGTATCATTGTCTTATTAATTTTTGAA
TTTGTTTTTATTAGAGGTGGTGGAGTATTGAAAGCTATATGTCTTGAAGGGTGTATGTAT
TAATGCCAGAGCCAGTCTTGCTTCTTAGCTTATTGTCAAGTTGTTTTCTTTCTTAGTTAC
TTGACATATAAGGAACAAACGATATGAATAGTGGTTCTTGTTCGTCTTTAATGGATGTGG
GTTATGATCATCATCATCATCATCATCATGGTCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGG
ATGATAATCTTATTGACCGTAAACTCGTAGAGAAGTTGCTCAAGATCTCCTCTTGCAAAG
TTACAACAGCAGAGAATGCGATTAGAGCATTGGAGTATTTGGGTTTGGGAGATCAAAATC
AGCATATTGATACACTGGCCAATAATGATTTGAAGGTTAATCTAATCATCACAGACTATT
GCATGCCAGGGATGACAGGCTTCGAGCTACTAAAGAAGGTGAAG***GAGTCATCATATC
TGAAAGAGGTCCCTGTTGTGATAATGTCTTCAGAGAACATTCCTACTCGCATCAACAAAT
GTTTAGCTAGTGGAGCTCAAATGTTTATGCAGAAGCCTCTGAAACTATCGGATGTTGAGA
AACTTAAATGCCATCTCATGAACTGTAGAAGCTGACCATGAGAGACATCAGACATGTAGT
CCTAACCATAAAATATTTCATTATCTTGGTTCCTTAATTGATTGTGTTACATGTTTTTTT
TGTGTCTTCCGAAAATCAAGTAATGTTTTCAAATAGCAACCTTAAGCTATACGCACACAA
AATAAATGTTCTGAGATGGTGACGATGTCTTCTCTCTTCAACACTAAGCGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 30 0 0 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 45 45 
45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FD42TF U 86
AF RR1CT29TF U 137
AF RR1C716TF U 1
AF RR1C716JQ C 50
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AF RR1FD23TF U 210
AF RR1AD14TF U 92
AF RR1FD42JQ C 132
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AF RR1GJ03TF U 210
BS 1 326 RR1C716TF
BS 327 329 RR1FD42TF
BS 330 703 RR1C716TF
BS 704 704 RR1FD42TF
BS 705 731 RR1C716TF
BS 732 732 RR1FD42TF
BS 733 756 RR1C716TF
BS 757 757 RR1FD42TF
BS 758 781 RR1C716TF
BS 782 840 RR1AD14TF
BS 841 841 RR1GJ03TF
BS 842 868 RR1AD14TF
BS 869 951 RR1GJ03TF

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TTTTTT
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AAGCTATATGTCTTGAAGGGTGTATGTATTAATGCCAGAGCCAGTCTTGCTTCTTAGCTT
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TGGTTCTTGTTCGTCTTTAATGGATGTGGGTTATGATCATCATCATCATCATCATCATGG
TCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTTATTGACCGTAAACTCGTAGA
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GGAGTATTTGGGTTTGGGAGATCAAAATCAGCATATTGATACACTGGCCAATAATGATTT
GAAGGTTAATCTAATCATCACAGACTATTGCATGCCAGGGATGACAGGCTTCGAGCTACT
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GAAGCCTCTGAAACTATCGGATGTTGAGAAACTTAAATGCCATCTCATGAACTGTAGAAG
CTGACCATGAGAGACATCAGACATGTAG

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DS 

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GG
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ATCATCATCATGGTCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTTATTGACC
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TGAACTGTAGAAGCTGACCATGAGAGACA

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DS 

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TTTGTTTTTATTAGAGGTGGTGGAGTATTGAAAGCTATATGTCTTGAAGGGTGTATGTAT
TAATGCCAGAGCCAGTCTTGCTTCTTAGCTTATTGTCAAGTTGTTTTCTTTCTTAGTTAC
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GTTATGATCATCATCATCATCATCAT***GGTCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGG
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GCATGCCAGGGATGACAGGCTTCGAGCTACTAAAGAAGGTGAAG***GAGTCATCATATC
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GTTTAGCTAGTGGAGCTCAAATGTTTATGCAGAAGCCTCTGAA*CTATCGGATGTTGAGA
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C
TAACA

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DS 

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TAATTTTTGAATTTGTTTTTATTAGAGGTGGTGGAGTATTGAAAGCTATATGTCTTGAAG
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TTCTTAGTTACTTGACATATAAGGAACAAACGATATGAATAGTGGTTCTTGTTCGTCTTT
AATGGATGTGGGTTATGATCATCATCATCATCATCAT***GGTCATGAAGAGCTTCATGT
TTTGGCCGTGGATGATAATCTTATTGACCGTAAACTCGTAGAGAAGTTGCTCAAGATCTC
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GTCATCATATCTGAAAGAGGTCCCTGTTGTGATAATGTCTTCAGAGAACATTCCTACTCG
CATCAACAAATGTTTAGCTAGTGGAGCTCAAATGTTTATGCAGAAGCCTCTGAAACTATC
GGATGTTGAGAAACTTAAATGCCATCTCATGAACTGTAGAAGCTGACCATGAGAGACATC
AGACATGTAGTCCTAAC

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TCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTTATTGACCGTAAACTCGTAGA
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GGAGTATTTGGGTTTGGGAGATCAAAATCAGCATATTGATACACTGGCCAATAATGATTT
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CCTTAATTGATTGTGTTACATG
C

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DS 

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GG
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TCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTTATTGACCGTAAACTCGTAGA
GAAGCTGCTCAAGATCTCCTCTTGCAAAGTTACAACAGCAGAGAATGCGATTAGAGCATT
GGAGTATTTGGGTTTGGGAGATCAAAATCAGCATATTGATACACTGGCCAATAATGATTT
GAAGGTTAATCTAATCATCACAGACTATTGCATGCCAGGGATGACAGGCTTCGAGCTACT
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CCTTAATTGATTGTGTTACATG
C

QA 3 624 3 624
DS 

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ATTGTCAAGTTGTTTTCTTTCTTAGTTACTTGACATATAAGGAACAAACGATATGAATAG
TGGTTCTTGTTCGTCTTTAATGGATGTGGGTTATGATCATCATCATCATCATCATCATGG
TCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTTATTGACCGTAAACTCGTAGA
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GGAGTATTTGGGTTTGGGAGATCAAAATCAGCATATTGATACACTGGCCAATAATGATTT
GAAGGTTAATCTAATCATCACAGACTATTGCATGCCAGGGATGACAGGCTTCGAGCTACT
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CTGACCATGAGAGACATCAGACATGTAGTCCTAACCATAAAATATTTCATTATCTTGGTT
CCTTAATTGATTGTGTTACATGTTTTTTT*GTGTCTTCCGAAAATCAAGTAATGTTT
CCA

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DS 

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CCAGTCTTGCTTCTTAGCTTATTGTCAAGTTGTTTTCTTTCTTAGTTACTTGACATATAA
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CATCATCATCATCATCATGGTCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTT
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CCTGTTGTGATAATGTCTTCAGAGAACATTCCTACTCGCATCAACAAATGTTTAGCTAGT
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AATATTTCATTATCTTGGTTCCTTAATTGATTGTGTTACATGTTTTTTTTGTGTCTTCCG
AAAATCAAGTAATGTTT
TC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1AD14JQ 738 0 0
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CAGTCTTGCTTCTTAGCTTATTGTCAAGTTGTTTTCTTTCTTAGTTACTTGACATATAAG
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ATCATCATCATCATCATGGTCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTTA
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ATATTTCATTATCTTGGTTCCTTAATTGATTGTGTTACATGTTTTTTT*GTGTCTTCCGA
AAATCAAGTAATGTTT
CC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1GJ03TF 742 0 0
GG
ATTGTCAGGTTGTTTTCTTCCTTAGTTACTTGACATATAAGGAACAAACGATATGAATAG
TGGTTCTTGTTCGTCTTTAATGGATGTGGGTTATGATCATCATCATCATCATCAT***GG
TCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCCTATTGACCGTAAACTCGTAGA
GAAGTTGCTCAAGATCTCCTCTTGCAAAGTTACAACAGCAGAGAATGCGATTAGAGCATT
GGAGTATTTGGGTTTGGGAGATCAAAATCAGCATATTGATACACTGGCCAATAATGATTT
GAAGGTTAATCTAATCATCACAGACTATTGCATGCCAGGGATGACAGGCTTCGAGCTACT
AAAGAAGGTGAAGCAGGAGTCATCATATCTGAAAGAGGTCCCTGTTGTGATAATGTCTTC
AGAGAACATTCCTACTCGCATCAACAAATGTTTAGCTAGTGGAACTCAAATGTTTATGCA
GAAGCCTCTGAAACTATCGGATGTTGAGAAACTTAAATGCCATCTCATGAACTGTAGAAG
CTGACCATGAGAGACATCAGACATGTAGTCCTAACCATAAAATATTTCATTATCTTGGTT
CCTTAATTGATTGTGTTACATGTTTTTTTTGTGTCTTCCGAAAATCAAGTAATGTTTTCA
AATAGCAACCTTAAGCTATACGCACACAAAATAAATGTTCTGAGATGGTGACGATGTCTT
CTCTCTTCAACACTAAGCGA

QA 3 742 3 742
DS 



CO CL230Contig2 788 2 9 U
CCAAAACATATCATGATTATATTTTCGATACTACAAGTCTAGAAATCGTGCGATACATAC
ACAACAAAAGAAAACTTCAAAAAATCTTGGTTGGTCGGAGCTGGATCAGGTTCCGTCTAA
AAGTAATAAGAAATTGAGACAATAAAGGAAGGAAGGACACATGTAATAAGAATCTCGTTT
TCGGAATTTCGATTGTTTCAAACAGAAACCAAGACCTTTCTTGCGGCACAAGACTCCACA
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TGCAATAATGGCCGCAAAGGAGAAGAGAAGAGAGAGAGAGAAAAAAAACAATAGAAGAGA
ATCCGTGTTATTGCTGTTGCCTGTGGCCTCCATTTTCAATGGTTAGAGGAATAAAGAGAT
GTTCCTTTCTCTCTTGCTATCCATTTATTCTTCGCTTAGTGTTTGAAGAGAGAAGACATC
GTCACCATCTTCAGAACATTTATTTTTGTGTGCGTATAGCTTAAGATTGCTATTTTGAAA
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GATAATGAAATATTTTATGGTTAGGACTACATGCCTGATGTCTCTCATGGTCAGCTTCTA
CAGTTCATGAGATGGCATTTAAGTTTCTCAACATCCGATAGTTTCAGAGGCTTCTGCATA
AACATTTGAGCTCCACTAGCTAAACATTTGTTGATGCGAATAGGAATGTTCTCTGAAGAC
ATTATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ03JQ U 78
AF RR1CT29JQ U 1
BS 1 265 RR1CT29JQ
BS 266 266 RR1GJ03JQ
BS 267 282 RR1CT29JQ
BS 283 283 RR1GJ03JQ
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BS 382 423 RR1CT29JQ
BS 424 424 RR1GJ03JQ
BS 425 788 RR1CT29JQ

RD RR1GJ03JQ 361 0 0
CAAAAAATCTTGGTTGGTCGGAGCTGGATCAGGTTCCGTCTAAAAGTAATAAGAAATTGA
GACAATAAAGGAAGGAAGGACACATGTAATAAGAATCTCGTTTTCGGAATTTCGATTGTT
TCAAACAGAAACCAAGACCTTTCTTGCGGCACAAGACTCCACAGATTCTTACCTCACGCA
GTATCGTAAATCTGATGTGGAATCAAAAACGATGACAATTTTGTGCAATAATGGCCGCAA
AGGAGAAGAGAAGAGAGAGAGAGAAAAAAAACAATAGAAGAGAATCCGTGTTATTGCTGT
TGCCTGTGGCCTCCATTTTCAATGGTTAGAGGAATAAAGAGATGTTCCTTTCTCTCTTGC
T

QA 1 361 1 361
DS 

RD RR1CT29JQ 788 0 0
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ACAACAAAAGAAAACTTCAAAAAATCTTGGTTGGTCGGAGCTGGATCAGGTTCCGTCTAA
AAGTAATAAGAAATTGAGACAATAAAGGAAGGAAGGACACATGTAATAAGAATCTCGTTT
TCGGAATTTCGATTGTTTCAAACAGAAACCAAGACCTTTCTTGCGGCACAAGACTCCACA
GATTCTTACCTCACGCAGTATCGTAGATCTGATGTGGAATCAGAAACGATGACAATTTTG
TGCAATAATGGCCGCAAAGGAGAAGAGAAGAGAGAGAGAGAAAAAAAACAATAGAAGAGA
ATCCGTGTTATTGCTGTTGCGTGTGGCCTCCATTTTCAATGGTTAGAGGAATAAAGAGAT
GTTTCTTTCTCTCTTGCTATCCATTTATTCTTCGCTTAGTGTTTGAAGAGAGAAGACATC
GTCACCATCTTCAGAACATTTATTTTTGTGTGCGTATAGCTTAAGATTGCTATTTTGAAA
ACATTACTTGATTTTCGGAAGACACAAAAAAACATGTAACACAATCAATTAAGGAACCAA
GATAATGAAATATTTTATGGTTAGGACTACATGCCTGATGTCTCTCATGGTCAGCTTCTA
CAGTTCATGAGATGGCATTTAAGTTTCTCAACATCCGATAGTTTCAGAGGCTTCTGCATA
AACATTTGAGCTCCACTAGCTAAACATTTGTTGATGCGAATAGGAATGTTCTCTGAAGAC
ATTATCAC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 2 11

CO CL231Contig1 935 9 9 U
GGAGACAGAACACGACTTTAAAGACGAAGAAAGCAAATCGAAACTGGAGAAGACATATCG
ACGAGTTCCAAGAGAATGACCATTGATAAGGTGGAAGACGAGCCACGAGCTCCCGTCGAA
GGTGGATGCGGTTTTGGCGGCGATAATGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTC
GCCGGAGAAGGTGCTGAGAAACCAATTCAGGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCT
GAGCCAGAAGCTCCAACCATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTT
CGCGTCTTTGATGGGATTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCT
ACTGCTGCTAAATCCATTGAGACAAAGAACTCTACGAACACAAGTCCTGTCGCTTCTCCA
GCACTGAACAGAGCTCTTTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCTCAA
TCATTCCCCGTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATCTACTGCTGATCTACCAATTGCAAGG
AGGCATTCGCTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAACCCT
TACCCTGCTTCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACAATGCCTCTGTTAAGGAGGAG
TATCCGACTGCTTAGCAGAAGATCAACCAACCTTCAAGGCTGTAATAAAGTTTAACGAAT
ATATCATTCCTACTAAGTGAAACGTTATGAACTTATGATAATGTAATCGCCTATGCTCTG
CTTCTGTGTTGTATGATAGTGTCTGTACAGGTTTGTTAGACCTGTTTTATCATTTTACGT
TTTTCTCCAAGTATTATTATTGCAGTGTCCTAAGAGTTTATTCCAGATACAAATTTGTGT
GCAATATTTTAATGGAATCTAAATGTTATTGTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 30 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 
55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1DB31TF U 79
AF RR1BJ74TF U 1
AF RR1GY56TF U 22
AF RR1EK42TF U 18
AF RR1FC23TF U 7
AF RR1BD73TF U 18
AF RR1FT46TF U 199
AF RR1BJ74JQ C 36
AF RR1BD73JQ C 139
BS 1 412 RR1BJ74TF
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BS 414 669 RR1BJ74TF
BS 670 730 RR1FC23TF
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BS 883 934 RR1BJ74JQ
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G
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GCGATAACGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTGAGA
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TCCTTGAGGAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATCCTTACCC

QA 2 527 2 527
DS 

RD RR1BJ74TF 669 0 0
GGAGACAGAACACGACTTTAAAGACGAAGAAAGCAAATCGAAACTGGAGAAGACATATCG
ACGAGTTCCAAGAGAATGACCATTGATAAGGTGGAAGACGAGCCACGAGCTCCCGTCGAA
GGTGGATGCGGTTTTGGCGGCGATAATGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTC
GCCGGAGAAGGTGCTGAGAAACCAATTCAGGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCT
GAGCCAGAAGCTCCAACCATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTT
CGCGTCTTTGATGGGATTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCT
ACTGCTGCTAAATCCATTGAGACAAAGAACTCTACGAACACAAGTCCTGTCGTTTCTCCA
GCACTGAACAGAGCTCTTTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCTCAA
TCATTCCCCGTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATCTACTGCTGATCTACCAATTGCAAGG
AGGCATTCGCTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAACCCT
TACCCTGCTTCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACAATGCCTCTGTTAAGGAGGAG
TATCCGACT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1GY56TF 701 0 0
G
GACGAAGAAAGCAAATCGAAACTGGAGAAGACATATCGACGAGTTCCAGGAGAATGACCA
TGGATAAGGTGGAAGAGGAGCCACGAGCTCCCGTCGAAGGTGGATGCGGTTTTGGCGGCG
ATAACGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTGAGAAAC
CAATTCACGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTCCAACCATCC
GTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGCCTTTGATGGGATTCCAG
CAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTGCTCAATCCATTGAGA
CAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCCTTCTC
TCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCGCAGTCATTCCCCGTTCACCCTATTT
CCTTCTGCAGATCTGCTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGATTCC
TTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATCCTTACCCTGCTTCAGACAAGAAGA
CAGATGTCCCAAGAGACGATGCTTCTGTTAAGGAGGAGTATCCCACTGCTTAGCAGA*GA
TCAACCAACCTTCAAG*CTGTAATAAAGTTTAACGA
TATA

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR1EK42TF 668 0 0
GG
AAAGACGAAGAAAGCAAATCGAAACTGGAGAAGACATATCGACGAGTTCCAAGAGAATGA
CCATTGATAAGGTGGAAGACGAGCCACGAGCTCCCGTCGAAGGTGGATGCGGTTTTGGCG
GCGATAATGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTGAGA
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TCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGATTC
CAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTGCTAAATCCATTG
AGACAAAGAACTCTACGAACACAAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCTTT
CTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCTCAATCATTCCCCGTTCACCCTA
TTTCCTTCTGCAGATCTACTGCTTATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGAT
TCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAACCCTTACCCTGCTTCAGACA*GA
AGACAGATGTCCCAAGAGACGATGCCTCTGTTAAGA**GAGTATCCGACTGCTTAGCAGA
GATCAC

QA 3 662 3 662
DS 

RD RR1FC23TF 752 0 0
G
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CCAAGAGAATGACCATTGATAAGGTGGAAGACGAGCCACGAGCTCCCGTCGAAGGTGGAT
GCGGTTTTGGCGGCGATAATGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAG
AAGGTGCTGAGAAACCAATTCAGGAAGCTGGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGCCAG
AAGCTCCAACCATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGTCT
TTGATGGGATTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTG
CTAAATCCATTGAGACAAAGAACTCTACGAACACAAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGA
ACAGAGCTCTTTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCTCAATCATTCC
CCGTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATCTACTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATT
CGCTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAACCCTTACCCTG
CTTCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACAATGCCTCTGTTAAGGAGGAGTATCCGA
CTGCTTAGCAGAAGATCAACCAACCTTCAAGGCTGTAATAAAGTTTAACGAATATATCAT
TCC*ACTAAGTGAAACGTTATGAACTTATGA

QA 2 752 2 752
DS 

RD RR1BD73TF 866 0 0
GG
AAAGACGAAGAAAGCAAATCGAAACTGGAGAAGACATATCGACGAGTTCCAAGAGAATGA
CCATTGATAAGGTGGAAGACGAGCCACGAGCTCCCGTCGAAGGTGGATGCGGTTTTGGCG
GCGATAATGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTGAGA
AACCAATTCAGGAAGCTAGGTGCATGGATGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTCCAACCA
TCCGTCCCAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGATTC
CAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTGCTAAATCCATTG
AGACAAAGAACTCTACGAACACAAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCTTT
CTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCTCAATCATTCCCCGTTCACCCTA
TTTCCTTCTGCAGATCTACTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGAT
TCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAACCCTTACCCTGCTTCAGACAAGA
AGACAGATGTCCCAAGAGACAATGCCTCTGTTAAGGAGGAGTATCCGACTGCTTAGCAGA
AGATCAACCAACCTTCAAGGCTGTAATAAAGTTTAACGAATATATCATTCCTACTAAGTG
AAACGTTATGAACTTATGATAATGTAATCGCCTATGCTCTGCTTCTGTGTTGTATGATAG
TGTCTGTACAGGTTTGTTAGACCTGTTTTATCATTTTACGTTTTTCTCCAAGTATTATTA
TTGCAGTGTCCTAAGAGTTTATT
C

QA 3 865 3 865
DS 

RD RR1FT46TF 651 0 0
G
AACCAATTCAGGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTCCAACCA
TCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGATTC
CAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTGCTAAATCCATTG
AGACAAAGAACTCTACGAACACAAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCTTT
CTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCTCAATCATTCCCCGTTCACCCTA
TTTCCTTCTGCAGATCTACTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGAT
TCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAACCCTTACCCTGCTTCAGACAAGA
AGACAGATGTCCCAAGAGACAATGCCTCTGTTAAGGAGGAGTATCCGACTGCTTAGCAGA
AGATCAACCAACCTTCAAGGCTGTAATAAAGTTTAACGAATATATCATTCCTACTAAGTG
AAACGTTATGAACTTATGATAATGTAATCGCCTATGCTCTGCTTCTGTGTTGTATGATAG
TGTCTGTACAGGTTTGTTAGACCTGTTTTATCATTTTACGTTTTTCTCCA

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR1BJ74JQ 900 0 0
AATCGAAACTGGAGAAGACATATCGACGAGTTCCAAGAGAATGACCATTGATAAGGTGGA
AGACGAGCCACGAGCTCCCGTCGAAGGTGGATGCGGTTTTGGCGGCGATAATGTCACTGT
ACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTGAGAAACCAATTCAGGAAGC
TAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTCCAACCATCCGTCCTAATCAACT
TACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGATTCCAGCAGACAAGATTCA
AGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTGCTAAATCCATTGAGACAAAGAACTCTAC
GAACACAAGTCCTGTCGTTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCTTTCTCTCTCAAGCACCTC
CAATGCAGCTTCCCCAGCTGCTCAATCATTCCCCGTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATC
TACTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACG
GGACAGATTGGTCAGCAAGAACCCTTACCCTGCTTCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAG
AGACAATGCCTCTGTTAAGGAGGAGTATCCGACTGCTTAGCAGAAGATCAACCAACCTTC
AAGGCTGTAATAAAGTTTAACGAATATATCATTCCTACTAAGTGAAACGTTATGAACTTA
TGATAATGTAATCGCCTATGCTCTGCTTCTGTGTTGTATGATAGTGTCTGTACAGGTTTG
TTAGACCTGTTTTATCATTTTACGTTTTTCTCCAAGTATTATTATTACAGTGTCCTAAGA
GTTTATTCCAGATACAAATTTGTGTGCAATATTTTAATGGAATCTAAATGTTATTGTTG
G

QA 1 899 1 899
DS 

RD RR1BD73JQ 797 0 0
GGCGATAATGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTGAG
AAACCAATTCAGGAAGCTAGGTGCATGGATGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTCCAACC
ATCCGTCCCAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGATT
CCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTGCTAAATCCATT
GAGACAAAGAACTCTACGAACACAAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCTT
TCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCTCAATCATTCCCCGTTCACCCT
ATTTCCTTCTGCAGATCTACTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGA
TTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAACCCTTACCCTGCTTCAGACAAG
AAGACAGATGTCCCAAGAGACAATGCCTCTGTTAAGGAGGAGTATCCGACTGCTTAGCAG
AAGATCAACCAACCTTCAAGGCTGTAATAAAGTTTAACGAATATATCATTCCTACTAAGT
GAAACGTTATGAACTTATGATAATGTAATCGCCTATGCTCTGCTTCTGTGTTGTATGATA
GTGTCTGTACAGGTTTGTTAGACCTGTTTTATCATTTTACGTTTTTCTCCAAGTATTATT
ATTGCAGTGTCCTAAGAGTTTATTCCAGATACAAATTTGTGTGCAATATTTTAATGGAAT
CTAAATGTTATTGTTGT

QA 1 797 1 797
DS 



CO CL231Contig2 503 2 2 U
ACAACAATAACATTTAAATTCCATTAAATGAGTTCAATAACATAACACCATGAGACATTA
GTTAAAATAGACTCTTAGGACACTGCAATAACAATCCTTGGAAAAAAACGTAAAATGATA
AAACAGGTCTAACAAACCTGTACAGACACTATCATACAACACAAAAGCAGCATAAACGAT
TACATTATCATAAGTTCATAACGTTTCACTTAGTAGGGGAATGATATATTCGTTAAACTT
TATTACAGCCTTGAAGGTTGGTTGATCTTCTGCTAAGCAGTGGGATACTCCTCCTTAACA
AAAGCATCGTCTCTTGGGACATCTGTCTTCTTGTCTGAAGCAGGGTAAGGATTCTTGCTG
ACCAATCTGTCCCGTCTCTCCTCAAGGAATCGTTGAAGCGAATGCCTCCTTGCAATTGGT
AAATCAGCAGCAAATCTGCAAAAGGAAATAGGGTGAACGGGGAATGACTGCCCAGCTGGG
GAAGCTGCATTGGAGGTGCTTGA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB31JQ U 1
AF RR1GY56JQ U 1
BS 1 406 RR1DB31JQ
BS 407 503 RR1GY56JQ

RD RR1DB31JQ 406 0 0
ACAACAATAACATTTAAATTCCATTAAATGAGTTCAATAACATAACACCATGAGACATTA
GTTAAAATAGACTCTTAGGACACTGCAATAACAATCCTTGGAAAAAAACGTAAAATGATA
AAACAGGTCTAACAAACCTGTACAGACACTATCATACAACACAAAAGCAGCATAAACGAT
TACATTATCATAAGTTCATAACGTTTCACTTAGTAGGGGAATGATATATTCGTTAAACTT
TATTACAGCCTTGAAGGTTGGTTGATCTTCTGCTAAGCAGTGGGATACTCCTCCTTAACA
AAAGCATCGTCTCTTGGGACATCTGTCTTCTTGTCTGAAGCAGGGTAAGGATTCTTGCTG
ACCAATCTGTCCCGTCTCTCCTCAAGGAATCGTTGAAGCGAATGCC

QA 1 406 1 406
DS 

RD RR1GY56JQ 503 0 0
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GTTAAGATAGACTCTTAGGACACTGCAATAACAATCCTTGGAGAAAAACGTAAAATGATA
AAACAGGTCTAACAAACCTGTACAGACACTATCATACAACACAGAAGCAGCATAGACGAT
TACATTATCATAAGTTCATAACGTTTCACTTGGTAGGGGAATGATATATTCGTTAAACTT
TATTACAGCCTTGAAGGTTGGTTGATCTTCTGCTAAGCAGTGGGATACTCCTCCTTAACA
AAAGCATCGTCTCTTGGGACATCTGTCTTCTTGTCTGAAGCAGGGTAAGGATTCTTGCTG
ACCAATCTGTCCCGTCTCTTCTCAAGGAATCGTTGAAGCGAATGCCTCCTTGCAATTGGT
AAATCAGCAGCAAATCTGCAAAAGGAAATAGGGTGAACGGGGAATGACTGCCCAGCTGGG
GAAGCTGCATTGGAGGTGCTTGA

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 12

CO CL232Contig1 1868 12 24 U
CCTGGAAGTTTCAACCTTCTTGACTATGACAAGAGTCGCGACTATAAACAGACTCGTGAC
TATGGCAGGTCGGTACGCTCTGCTCTCTCGCGACCCCTACTCTAATCAAAAGACTAAAGG
CCCCTACTGAAGTTCGCCAAACTACGACGAGACTTTGGCCTTTTGAAGCGCCAGTAGCGT
AGGTCGACCGTGCCAGGCCGAGTCAGAAAGGCTTTGATGACTCAAGGTTCATATTAGGGA
AAGGAGAGTGAGGGGTTCCTCCGCTCGACTAAAAGGAGAGTCGTCCCGATCATCCAATTC
GCTCCAAGAGAGAGGGATGGTTTTGTAGTCAAAGCAACTTCGTCACTTTCGTGTACCCAT
CGGACGGCAGCCCTTTCGGGGTTTCCTTAGGGACCGATTCACTCTGCGTAGATTGACTGA
ACGCAGAAAGCCTTCCACTGGCAGGCGATCTTGTTTTTCACAGGATTTTTCGTTACTCAC
GTCAGCATTCTCACTTCTGATATCTCCAGGTCTTGTCACCAAAAACCTTCTCCGATTGAC
AGAACGTTCCGCTACTGACACTTGAAAAGCAGCTTTGCAAGGTCTCGTCGCTTCGGTGAA
TCACTTGAGCCCTGATACATTTTCGGTGCCATGGAGCTAGACCAGTGAGCTATTACGCTT
TCTTCAAAGGATGGCTGCTTCCAAGCCCACCTCCTGGTTGTCATCGCTCGATCACTTCCT
TTTCCACTAAGTGATTGCTTAGAGACCTTAGCGTACGATCTGGGCTGTTTCCCTCTCGAC
TTCGGATCTTAGCACCCCAAAAGTCTGTCTGTACAAACGAGAACGGCCTGTATTCGGAGT
TTCCCTGGGGTTGGTAAGGCGAAATGGGGCCACCCTAGCCCATTGAGTGCTCTACCTCGG
GCCATCGACATCATACGCTCTACTGAAATAGATTTCGCGGAAAACCAGCTATATCCGATC
TTGGTTGGCCTTTCACCCCTAGCCACAAGTCATCCCCGTATTTTGCCACATACGTGGGTT
CGGTCCTCCAAGGCCTGTTAGAGCTCTCTTCAACCTGCTCATGGCTAGATCGATCGGTTT
CGGGTCAAATAGGAAGAACTAGAAGATTCCACCTTTGGAAAGCGCCTACACCTAATGGCT
TAAGCCGCTCTTCCCATTTCCTCGCTGACCCATCATGCAAAAGGTACGCCGTTAGAGTGA
GTGCGCTTGACTACTCCTTCGACTGATTGTTCGCATCGGATCTCAGGTTCTCTATTGCAC
TCCCGTCATAGGGTTCTTTTCACCTTTCCCTCACGGTACTTGTACGCTATCGGTCATTGA
GGAATACTTAGGCTTAGAGGGTGGTCCCCCTTTCTCGCGTAAAAGCGATCAGAATTCGAA
CACGCCGCGTTTTACTGGGAAGGATAGAACCATAGGAACGAATCTACAGGGCTATCACCT
TCTTTGGCCAGATCTTCCAACCTTTTCACAATTACAGTTCACAGCGCCCTTTAGGAATCT
GAAAGAAGAGGTACGAAGTAACTCGACTGAAAGAAGAGGGGCTTGCTGGTTTTTCCATCA
TCCAATCCACAAGAAATCGAATGAAACCTGGCGAAAAAGAAGTGAACACTTTGGAACGAA
GCTTCGTCTTTCTTTTTCTTCAAATCCCAAATCCGCTCTCGCTCGCCGCTACTAACGGGG
TCTCGGTTGATTTCCCTTCCTTTAGCTACTTAGATGTTTCAGTTCGCTAAGTTTTCAAAG
TCCAAAGAGCGCAGACTAGCCACGGAGCTTGGATACGGTTTCCCGATCGGAGATCCATGG
ATCACAGACGGTATCTCCCCATGGCCTTTCGCCTCTGAAAGCGTCCTTCCTTCTCAATGC
CCGGGCAT


BQ
10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR1F501JQ U 2
AF RR1F501TF C 2
AF RR1DK61JQ U 1
AF RR1A036JQ U 4
AF RR1EK21JQ U 1
AF RR1A036TF C 104
AF RR1EK21TF C 556
AF RR1DK61TF C 1125
AF RR1AK28JQ U 1641
AF RR1AK28TF C 1641
AF RR1FU39JQ U 1641
AF RR1FU39TF C 1641
BS 1 145 RR1DK61JQ
BS 146 146 RR1EK21JQ
BS 147 205 RR1DK61JQ
BS 206 206 RR1F501JQ
BS 207 300 RR1DK61JQ
BS 301 301 RR1EK21JQ
BS 302 420 RR1DK61JQ
BS 421 458 RR1EK21JQ
BS 459 459 RR1A036JQ
BS 460 479 RR1EK21JQ
BS 480 480 RR1A036JQ
BS 481 679 RR1EK21JQ
BS 680 742 RR1A036TF
BS 743 743 RR1EK21TF
BS 744 806 RR1A036TF
BS 807 1146 RR1EK21TF
BS 1147 1148 RR1DK61TF
BS 1149 1350 RR1EK21TF
BS 1351 1640 RR1DK61TF
BS 1641 1753 RR1AK28JQ
BS 1754 1754 RR1FU39JQ
BS 1755 1827 RR1AK28JQ
BS 1828 1828 RR1FU39JQ
BS 1829 1868 RR1AK28JQ

RD RR1F501JQ 353 0 0
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ATGGCAGGTCGGTACGCTCTGCTCTCTCGCGACCCCTACTCTAATCAAAAGACTAAAGGC
CCCTACTGAAGTTCGCCAAACTACGACGAGACTTTGGCCTTTTGAAGCGCCAGTAGCGTA
GGTCGACCGTGCCAGGCCGAGTCAGAAAGGATTTGATGACTCAAGGTTCATATTAGGGAA
AGGAGAGTGAGGGGTTCCTCCGCTCGACTAAAAGGAGAGTCGTCCCGATCATCCAATTCG
CTCCAAGAGAGAGGGATGGTTTTGTAGTCAAAGCAACTTCGTCACTTTCGTG
C

QA 1 352 1 352
DS 

RD RR1F501TF 353 0 0
CTGGAAGTTTCAACCTTCTTGACTATGACAAGAGTCGCGACTATAAACAGACTCGTGACT
ATGGCAGGTCGGTACGCTCTGCTCTCTCGCGACCCCTACTCTAATCAAAAGACTAAAGGC
CCCTACTGAAGTTCGCCAAACTACGACGAGACTTTGGCCTTTTGAAGCGCCAGTAGCGTA
GGTCGACCGTGCCAGGCCGAGTCAGAAAGGATTTGATGACTCAAGGTTCATATTAGGGAA
AGGAGAGTGAGGGGTTCCTCCGCTCGACTAAAAGGAGAGTCGTCCCGATCATCCAATTCG
CTCCAAGAGAGAGGGATGGTTTTGTAGTCAAAGCAACTTCGTCACTTTCGTG
C

QA 1 352 1 352
DS 

RD RR1DK61JQ 420 0 0
CCTGGAAGTTTCAACCTTCTTGACTATGACAAGAGTCGCGACTATAAACAGACTCGTGAC
TATGGCAGGTCGGTACGCTCTGCTCTCTCGCGACCCCTACTCTAATCAAAAGACTAAAGG
CCCCTACTGAAGTTCGCCAAACTACAACGAGACTTTGGCCTTTTGAAGCGCCAGTAGCGT
AGGTCGACCGTGCCAGGCCGAGTCAAAAAGGCTTTGATGACTCAAGGTTCATATTAGGGA
AAGGAGAGTGAGGGGTTCCTCCGCTCGACTAAAAGGAGAGTCGTCCCGATCATCCAATTC
CCTCCAAGAGAGAGGGATGGTTTTGTAGTCAAAGCAACTTCGTCACTTTCGTGTACCCAT
CGGACGGCAGCCCTTTCGGGGTTTCCTTAGGGACCGATTCACTCTGCGTAGATTGACTGA

QA 1 420 1 420
DS 

RD RR1A036JQ 584 0 0
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GGCAGGTCGGTACGCTCTGCTCTCTCGCGACCCCTACTCTAATCAAAAGACTAAAGGCCC
CTACTGAAGTTCGCCAAACTACGACGAGACTTTGGCCTTTTGAAGCGCCAGTAGCGTAGG
TCGACCGTGCCAGGCCGAGTCAAAAAGGCTTTGATGACTCAAGGTTCATATTAGGGAAAG
GAGAGTGAGGGGTTCCTCCGCTCGACTAAAAGGAGAGTAGTCCCGATCATCCAATTCGCT
CCAAGAGAGAGGGATGGTTTTGTAGTCAAAGCAACTTCGTCACTTTCGTGTACCCATCGG
ACGGCAGCCCTTTCGGGGTTTCCTTAGGGACCGATTCACTCTGCGTAGATTGACTGAACG
CAAAAAGCCTTCCACTGGCAGGCGATCTTGTTTTTCACAGGATTTTTCGTTACTCACGTC
AGCATTCTCACTTCTGATATCTCCAGGTCTTGTCACCAAAAACCTTCTCCGATTGACAGA
ACGTTCCGCTACTGACACTTGAAAAGCAGCTTTGCAAGGTCTCG

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1EK21JQ 679 0 0
C
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ATGGCAGGTCGGTACGCTCTGCTCTCTCGCGACCCCTACTCTAATCAAAAGACTAAAGGC
CCCTACTGAAGTTCGCCAAACTACGACGAGACTTTGGCCTTTTGAAGCGCCAGTAGCGTA
GGTCGACCGTGCCAGGCCGAGTCAAAAAGGCTTTGATGACTCAAGGTTCATATTAGGGAA
AGGAGAGTGAGGGGTTCCTCCGCTCGACTAAAAGGAGAGTCGTCCCGATCATCCAATTCG
CTCCAAGAGAGAGGGATGGTTTTGTAGTCAAAGCAACTTCGTCACTTTCGTGTACCCATC
GGACGGCAGCCCTTTCGGGGTTTCCTTAGGGACCGATTCACTCTGCGTAGATTGACTGAA
CGCAGAAAGCCTTCCACTGGCAGGCGATCTTGTTTTTTACAGGATTTTTCGTTACTCATG
TCAGCATTCTCACTTCTGATATCTCCAGGTCTTGTCACCAAAAACCTTCTCCGATTGACA
GAACGTTCCGCTACTGACACTTGAAAAGCAGCTTTGCAAGGTCTCGTCGCTTCGGTGAAT
CACTTGAGCCCTGATACATTTTCGGTGCCATGGAGCTAGACCAGTGAGCTATTACGCTTT
CTTCAAAGGATGGCTGCT

QA 2 679 2 679
DS 

RD RR1A036TF 704 0 0
AATCAAAAGACTAAAGGCCCCTACTGAAGTTCGCCAAACTACGACGAGACTTTGGCCTTT
TGAAGCGCCAGTAGCGTAGGTCGACCGTGCCAGGCCGAGTCAGAAAGGCTTTGATGACTC
AAGGTTCATATTAGGGAAAGGAGAGTGAGGGGTTCCTCCGCTCGACTAAAAGGAGAGTAG
TCCCGATCATCCAATTCGCTCCAAGAGAGAGGGATGGTTTTGTAGTCAAAGCAACTTCGT
CACTTTCGTGTACCCATCGGACGGCAGCCCTTTCGGGGTTTCCTTAGGGACCGATTCACT
CTGCGTAGATTGACTGAACGCAGAAAGCCTTCCACTGGCAGGCGATCTTGTTTTTCACAG
GATTTTTCGTTACTCACGTCAGCATTCTCACTTCTGATATCTCCAGGTCTTGTCACCAAA
AACCTTCTCCGATTGACAGAACGTTCCGCTACTGACACTTGAAAAGCAGCTTTGCAAGGT
CTCGTCGCTTCGGTGAATCACTTGAGCCCTGATACATTTTCGGTGCCATGGAGCTAGACC
AGTGAGCTATTACGCTTTCTTCAAAGGATGGCTGCTTCCAAGCCCACCTCCTGGTTGTCA
TCGCTCGATCACTTCCTTTTCCACTAAGTGATTGCTTAGGGACCTTAGCGTACGATCTGG
GCTGTTTCCCTCTCGACTTCGGATCTTAGCACCCCAAAAGTCT
C

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DS 

RD RR1EK21TF 796 0 0
ACTGACACTG
AAAGCAGCTTTGCAAGGTCTCGTCGCTTCGGTGA*TCACTTGAGCC*TGATACATTTTCG
GTGCCATG*AGCTAGACCAGTGAGCTATTACGCTTTCTTCAAAGGATGGCTGCTTCCAAG
CCCAC*TCCTGGTTGTCATCGCTCGATCACTTCCTTTTCCACTAAGTGATTGCTTAGAGA
CCTTAGCGTACGATCTGGGCTGTTTCCCTCTCGACTTTGGATCTTAGCACCCCAAAAGTC
TGTCTGTACAAACGAGAACGGCCTGTATTCGGAGTTTCCCTGGGGTTGGTAAGGCGAAAT
GGGGCCACCCTAGCCCATTGAGTGCTCTACCTCGGGCCATCGACATCATACGCTCTACTG
AAATAGATTTCGCGGAAAACCAGCTATATCCGATCTTGGTTGGCCTTTCACCCCTAGCCA
CAAGTCATCCCCGTATTTTGCCACATACGTGGGTTCGGTCCTCCAAGGCCTGTTAGAGCT
CTCTTCAACCTGCTCATGGCTAGATCGATCGGTTTCGGGTCAAATAGGAAGAACTAGAAG
ATTCCACCTTTGGAAAGCGCCTACACCTAATGGCTTAAGCC**TCTTCCCATTTCCTCGC
TGACCCATCATGCAAAAGGTACGCCGTTAGAGTGAGTGCGCTTGACTACTCCTTCGACTG
ATTGTTCGCATCGGATCTCAGGTTCTCTATTGCACTCCCGTCATAGGGTTCTTTTCACCT
TTCCCTCACGGTACTTGTACGCTATCGGTCATTGAGGAATACTTAGGCTTAGAGGGTGGT
CCCCC
C

QA 11 795 11 795
DS 

RD RR1DK61TF 744 0 0
CGCTACA
CTAATGGCTTAAGCCGCTCTTCCCATTTCCTCGCTGACCCATCATGCAAAAGGTACGCCG
TTAGAGTGAGTGCGCTTGACTACTCTTTCGACTGATTGTTCGCATCGGATCTCAGGTTCT
CTATTGCACTCCCGTCATAGGGTTCTTTTCACCTTTCCCTCACGGTACTTGTACGCTATC
GGTCATTGAGGAATACTTAGGCTTAGAGGGTGGTCCCCCTTTCTCGCGTAAAAGCGATCA
GAATTCGAACACGCCGCGTTTTACTGGGAAGGATAGAACCATAGGAACGAATCTACAGGG
CTATCACCTTCTTTGGCCAGATCTTCCAACCTTTTCACAATTACAGTTCACAGCGCCCTT
TAGGAATCTGAAAGAAGAGGTACGAAGTAACTCGACTGAAAGAAGAGGGGCTTGCTGGTT
TTTCCATCATCCAATCCACAAGAAATCGAATGAAACCTGGCGAAAAAGAAGTGAACACTT
TGGAACGAAGCTTCGTCTTTCTTTTTCTTCAAATCCCAAATCCGCTCTCGC*CGCCGCTA
CTAACGGGGTCTCGGTTGATTTCCCTTCCTTTAGCTACTTAGATGTTTCAGTTCGCTAAG
TTTTCAAAGTCCAAAGAGCGCAGACTAGCCACGGAGCTTGGATACGGTTTCCCGATCGGA
GATCCATGGATCACAGACGGTATCTCCCCATGGCCTTTCGCCTCTGAAAGCGTCCTTCCT
TCTCAATGCCCGGGCAT

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DS 

RD RR1AK28JQ 228 0 0
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ATGGCCTCTCGCCTCTGAAAGCGTCCTTCCTTCTCAATGCCCGGGCAT

QA 1 228 1 228
DS 

RD RR1AK28TF 228 0 0
CAAATCCCAAATCCGCTCTCGCTCGCCGCTACTAACGGGGTCTCGGTTGATTTCCCTTCC
TTTAGCTACTTAGATGTTTCAGTTCGCTAAGTTTTCAAAGTCCAAAGAGCGCAGACTAGC
CACGGAGCTTGGATACGGTTTCCCGATCGGAGATCCATGGATCACAGACGGTATCTCCCC
ATGGCCTCTCGCCTCTGAAAGCGTCCTTCCTTCTCAATGCCCGGGCAT

QA 1 228 1 228
DS 

RD RR1FU39JQ 228 0 0
CAAATCCCAAATCCGCTCTCGCTCGCCGCTACTAACGGGGTCTCGGTTGATTTCCCTTCC
TTTAGCTACTTAGATGTTTCAGTTCGCTAAGTTTTCAAAGTCCAAAGAGCGCAGACTAGC
CACGGAGCTTGGATACGGTTTCCCGATCGGAGATCCATGGATCACAGACGGTATCTCCCC
ATGGCCTTTCGCCTCTGAAAGCGTCCTTCCTTCTCAATGCCCGGGCAT

QA 1 228 1 228
DS 

RD RR1FU39TF 228 0 0
CAAATCCCAAATCCGCTCTCGCTCGCCGCTACTAACGGGGTCTCGGTTGATTTCCCTTCC
TTTAGCTACTTAGATGTTTCAGTTCGCTAAGTTTTCAAAGTCCAAAGAGCGCAGACTAGC
CACGGAGCTTGGATACGGTTTCCCGATCGGAGATCCATGGATCACAGACGGTATCTCCCC
ATGGCCTTTCGCCTCTGAAAGCGTCCTTCCTTCTCAATGCCCGGGCAT

QA 1 228 1 228
DS 



AS 1 10

CO CL233Contig1 1015 10 15 U
GGGCAGAGAAAAAAACTAACACACCAAAAACCAACCAAAAGCAAAAGTCTTCGAGTTTTT
TAAAAAA*TGGTGAAGATCGCAGTTGGAAGTTTGGGTGATTCATTCAGTGTTTCATCTCT
GAAGGCTTACTTGTCTGAGTTCATCGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGTGTTGGGTC
TGCTATTCCTTTTGGCAAGATAACCTCTGATGCAGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGC
TATTGCGGTGGCTCACGCCTTCGCGTTGTTTGTCGGAGTTTCGGTTGCAGCTAACATCTC
TGGTGGCCACTTAAACCCAGCCGTGACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACT
GATCACAGGTTTCTTGTACTGGGTTGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCT
CCTTGTCTTCGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCAACCCACGGAGTTGGAGTCGGTTTAGG
AGCGGTCGAAGCTATCGTGATGGAGATCATTGTGACCTTTGCTTTGGTCTACACCGTTTA
CGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGG
TTTCATCGTTGGTGCCAACATCCTAGCTGCTGGTCCATTCAGCGGTGGCTCCATGAACCC
AGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATATACTG
GGTGGGTCCACTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACTTATCTACGGAGACGTGTTCATCGG
TTCTCCTTACGAAGCGGTTGAAACCCGCGAGATCCGAGTTTAAATTAACCGGGTTTTGTG
ATTGATGTTTGCTTGTTGGTTGGTTTGATGGTTGTGTGTTTGCTTGCGCAATGTTTGATG
TCCCTTTTCTTTTAAATTCGTCTGTAGAGAAAAGAGTCATCTCTTGCTAATAATAAGAAA
ATGTAAATTATTCCACTGCCTTAGAGAAAATCTGATAATTTTATGCATAGCAACT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 5 30 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 10 
60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 40 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D275TF U 4
AF RR1GL05TF U 4
AF RR1GY76TF U 1
AF RR1CB25TF U 2
AF RR1B290TF U 16
AF RR1B217TF U 16
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AF RR1B290JQ C 346
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AF RR1CB25JQ C 342
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BS 189 270 RR1GY76TF
BS 271 273 RR1CB25TF
BS 274 764 RR1GY76TF
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BS 784 792 RR1GY76TF
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RD RR1D275TF 783 0 0
G
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AAA*TGGTGAAGATCGCAGTTGGAAGTTTGGGTGATTCATTCAGTGTTTCATCTCTGAAG
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ATTGCTTTTGGCAAGATAACCTCTGATGCAGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATT
GCGGTGGCTCACGCCTTCGCTTTGTTCGTCGGAGTTTCGGTTGCAGCTAACATCTCTGGT
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GTCTTTGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCAACCCACGGAGTTGGAGCCGGTTTAGGAGCG
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ACAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGTAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTT
ATCGTTGGTGCCAACATCCTCGCTGCTGGTCCATTTAGCGGTGGCTCCATGAACCCGGCA
AGGTCGTTCGGACCCGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTACTGGGTG
GGTC*ACTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACTCATCTACG*AGATGTGT
CATCGGTCTCTTA

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DS 

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G
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AAA*TGGTGAAGATCGCAGTTGGAAGTTTGGGTGATTCATTCAGTGTTTCATCTCTGAAG
GCTTACTTGTCTGGGTTCATCGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGTGTTGGGTCTGCT
ATTGCTTTTGGCAAGATAACCTCTGATGCAGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGACTATT
GCGGTGGCTCACGCCTTCGCTTTGTTCGTCGGAGTTTCGGTTGCAGCTAACATCTCTGGT
GGCCACTTAAACCCAGCTGTGACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACTGATC
ACAGGTTTCTTGTACTGGGTTGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGCTGCATGCCTTCTCCTT
GTCTTTGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCAACCCACGGAGCTGGAGCCGGTTTAGGAGCG
GTCGAAGCTATCGTGATGGAGATCATTGTGACCTTTGCTTTGTTCTACACCGTTTACGCC
ACAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTT
ATCGTTGGTGCCAACATCCTCGCTGCTGGTCCATTTAGCGGTGGCTCCATGAACCCGGCA
AGGTCGTTCGGACCCGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTACTGGGTG
GGTCCACTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACT
CATC

QA 2 753 2 753
DS 

RD RR1GY76TF 804 0 0
GGGCAGAGAAAAAAACTAACACACCAAAAACCAACCAAAAGCAAAAGTCTTCGAGTTTTT
TAAAAAA*TGGTGAAGATCGCAGTTGGAAGTTTGGGTGATTCATTCAGTGTTTCATCTCT
GAAGGCTTACTTGTCTGAGTTCATCGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGTGTTGGGTC
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TATTGCGGTGGCTCACGCCTTCGCGTTGTT***CGGAGTTTCGGTTGCAGCTAACATCTC
TGGTGGCCACTTAAACCCAGCCGTGACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACT
GATCACAGGTTTCTTGTACTGGGTTGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCT
CCTTGTCTTCGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCAACCCACGGAGTTGGAGTCGGTTTAGG
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CGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGG
TTTCATCGTTGGTGCCAACATCCTAGCTGCTGGTCCATTCAGCGGTGGCTCCATGAACCC
AGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATATACTG
GGTGGGTCCACTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACTTATCTACG*AGACGTGTTCATCGG
TC*TCCTTACGA
GCGGTGAAACCC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1CB25TF 781 0 0
GGC
AGAGAAAAAAACTAACACACCAAAAACCAACCAAAATCAAAAGTCTTCGAGTTTTTTAAA
AAA*TGGTGAAGATCGCAGTTGGAAGTTTGGGTGATTCATTCAGTGTTTCATCTCTGAAG
GCTTACTTGTCTGAGTTCATCGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGTGTTGGGTCTGCT
ATTGCTTTTGGCAAGATAACCTCTGATGCAGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATT
GCGGTGGCTCACGCCTTCGCGTTGTTTGTCGGAGTTTCGGTTGCAGCTAACATCTCTGGT
GGCCACTTAAACCCAGCCGTGACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACTGATC
ACAGGTTTCTTGTACTGGGTTGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCTCCTT
GTCTTCGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCAACCCACGGAGTTGGAGTCGGTTTAGGAGCG
GTCGAAGCTATCGTGATGGAGATCATTGTGACCTTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCC
ACAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTC
ATCGTTGGTGCCAACATCCTAGCTGCTGGTCCATTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCGGCA
AGGTCGTTCGGACCAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACAA*TCTGGATATACTGGGTG
GGTCCACTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACT*ATCTACG*AGACGTGTTCATCGGTT

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DS 

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AGATAACCTCTGATGCAGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTCACG
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TGATGGAGATCATTGTGACCTTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATC
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ACATCCTAGCTGCTGGTCCATTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGAC
CAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATATACTGAGTGGGTCCACTCGTTG
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GTGATGATGTTTGCTGTG

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DS 

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GG
AACACACCAAAAACCAACCAAAAGCAAAAGTCTTCGAGTTTTTTAAAAAAATGGTGAAGA
TCGCAGTTGGAAGTTTGGGTGATTCATTCAGTGTTTCATCTCTGAAGGCTTACTTGTCTG
AGTTCATCGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGTGTTGGGTCTGCTATTCCTTTTGGCA
AGATAACCTCTGATGCAGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTCACG
CCTTCGCGTTGTTTGTCGGAGTTTCGGTTGCAGCTAACATCTCTGGTGGCCACTTAAACC
CAGCCGTGACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACTGATCACAGGTTTCTTGT
ACTGGGTTGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCTCCTTGTCTTCGTTACCA
ACGGCGAGAGCGTACCAACCCACGGAGTTGGAGTCGGTTTAGGAGCGGTCGAAGCTATCG
TGATGGAGATCATTGTGACCTTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATC
CAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTCATCGTTGGTGCCA
ACATCCTAGCTGCTGGTCCATTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGAC
CAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATATACTGAGTGGGTCCACTCGTTG
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TTGAAACCCGCGAGATCCGAGTTTAAATTAACCGGGTTT*GTGATTGATGTTTGCT

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DS 

RD RR1B217JQ 906 0 0
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ACTTGTCTGAGTTCATCGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGTGTTGGGTCTGCTATTC
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TGGCTCACGCCTTCGCGTTGTTTGTCGGAGTTTCGGTTGCAGCTAACATCTCTGGTGGCC
ACTTAAACCCAGCCGTGACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACTGATCACAG
GTTTCTTGTACTGGGTTGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCTCCTTGTCT
TCGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCAACCCACGGAGTTGGAGTCGGTTTAGGAGCGGTCG
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CTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTCATCG
TTGGTGCCAACATCCTAGCTGCTGGTCCATTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGT
CGTTCGGACCAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATATACTGAGTGGGTC
CACTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACTTATCTACGGAGACGTGTTCATCGGTTCTCCTT
ACGAAGCGGTTGAAACCCGCGAGATCCGAGTTTAAATTAACCGGGTTTTGTGATTGATGT
TTGCTTGTTGGTTGGTTTGATGGTTGTGTGTTTGCTTGCGCAATGTTTGATGTCCCTTTT
CTTTTAAATTCGTCTGTAGAGAAAAGAGTCATCTCTTGCTAATAATAAGAAAATGTAAAT
TATTCC

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DS 

RD RR1B290JQ 629 0 0
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CGTTGCATGCCTTCTCCTTGTCTTCGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCAACCCACGGAGT
TGGAGTCGGTTTAGGAGCGGTCGAAGCTATCGTGATGGAGATCATTGTGACCTTTGCTTT
GGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATCGC
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TGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACA
AATCTGGATATACTGAGTGGGTCCACTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACTTATCTACGG
AGACGTGTTCATCGGTTCTCCTTACGAAGCGGTTGAAACCCGCGAGATCCGAGTTTAAAT
TAACCGGGTTTTGTGATTGATGTTTGCTTGTTGGTTGGTTTGATGGTTGTGTGTTTGCTT
GCGCAATGTTTGATGTCCCTTTTCTTTTAAATTCGTCTGTAGAGAAAAGAGTCATCTCTT
GCTAATAATAAGAAAATGTAAATTATTCC

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DS 

RD RR1GY76JQ 709 0 0
GCGTTGT
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GTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCTCCTTGTCTTCGTTACCAACGGCGAGAGCGTAC
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TGACCTTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGC
TCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTCATCGTTGGTGCCAACATCCTAGCTGCTG
GTCCATTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTATTGTAAGTG
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GACTTATCTACGGAGACGTGTTCATCGGTTCTCCTTACGAAGCGGTTGAAACCCGCGAGA
TCCGAGTTTAAATTAACCGGGTTTTGTGATTGATGTTTGCTTGTTGGTTGGTTTGATGGT
TGTGTGTTTGCTTGCGCAATGTTTGATGTCCCTTTTCTTTTAAATTCGTCTGTAGAGAAA
AGAGTCATCTCTTGCTAATAATAAGAAAATGTAAATTATTCC

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DS 

RD RR1CB25JQ 674 0 0
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CCATCGTTGCATGCCTTCTCCTTGTCTTCGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCAACCCACG
GAGTTGGAGTCGGTTTAGGAGCGGTCGAAGCTATCGTGATGGAGATCATTGTGACCTTTG
CTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCA
TCGCACCTATCGCTATTGGTTTCATCGTTGGTGCCAACATCCTAGCTGCTGGTCCATTCA
GCGGTGGCTCCATGAACCCGGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGT
CACAAATCTGGATATACTGGGTGGGTCCACTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACTTATCT
ACGGAGACGTGTTCATCGGTTCTCCTTACGAAGCGGTTGAAACCCGCGAGATCCGAGTTT
AAATTAACCGGGTTTTGTGATTGATGTTTGCTTGTCGGTTGGTTTGATGGTTGTGTGTTT
GCTTGCGCAATGTTTGATGTCCCTTTTCTTTTAAATTCGTCTGTAGAGAAAAGAGTCATC
TCTTGCTAATAATAAGAAAATGTAAATTATTCCACTGCCTTAGAGAAAATCTGATAATTT
TATGCATAGCAACT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 11

CO CL234Contig1 535 11 12 U
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TTGCTTTCTTTTGTATCGTTTTGGTTTTTTTTGCTACTTTTCATGAATATGTCAATCAAG
CCGATGCAGCAGCACCAACATGCACTAGAGCACTAAATTCTGACTGGTGCTGCAGCTTGA
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GTCTTTGAATTTTTCAAAAACAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTA
AATAATACATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGT
ATCTCGTGGAAGAGCTCAAGTTTTTTTCTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTC
AAGAAATTCATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTT
ATTTTAGTTTAATGATGTAAAGACTCAGATGATTGAATAAAATAAAAATTAATTT


BQ
20 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 15 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB93TF U 2
AF RR1CF93TF U 1
AF RR1C281TF U 1
AF RR1CS78TF U 179
AF RR1DQ65TF U 1
AF RR1G811JQ C 2
AF RR1CQ67TF U 6
AF RR1AE64JQ C 11
AF RR1AE64TF U 11
AF RR1HB93JQ C 2
AF RR1G811TF U 2
BS 1 89 RR1C281TF
BS 90 90 RR1CF93TF
BS 91 260 RR1C281TF
BS 261 261 RR1CF93TF
BS 262 270 RR1C281TF
BS 271 271 RR1CF93TF
BS 272 447 RR1C281TF
BS 448 448 RR1CS78TF
BS 449 474 RR1C281TF
BS 475 521 RR1CQ67TF
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DS 

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TTGCTTTCTTTCGTATCGTTTTGGTTTTTTTTGCTACTTTTCATGAATATGTCAATCAAG
CCGATGCAGCAGCACCAACATGCACTAGAGCACTAAATTCTGACTGGTGCTGCAGCTTGA
AACCAAAACGGTGCCTAGGTAGCAAAGTGGAATGTGACGCAATTTGTAAACCGAGACGCC
GTCTTTGAATTTTTCAAAAACAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTA
AATAATACATAGAAAGTTCTCTACGG

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR1C281TF 474 0 0
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TTGCTTTCTTTTGTATCGTTTTGGTTTTTCTTGCTACTTTTCATGAATATGTCAATCAAG
CCGATGCAGCAGCACCAACATGCACTAGAGCACTAAATTCTGACTGGTGCTGCAGCTTGA
AACCAAAACGGTGCCTAGGTAGCAAAGTGGAATGTGACGCAATTTGTAAACCGAGACGCC
GTCTTTGAATTTTTCAAAAATAAATTTCTACATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTA
AATAATACATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGT
ATCTCGTGGAAGAGCTCAAGTTTTTTTCTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTC
AAGAAATTCATATATGTTTCGGGAAAATAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTT

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DS 

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CCGTCTTTGAATTTTTCAAAAATAAATTTCTACATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATC
TAAATAATACATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTG
GTATCTCGTGGAAGAGCTCAAGTTTTTTTCTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGAT
TCAAGAAATTCATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAA

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DS 

RD RR1DQ65TF 474 0 0
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TTGCTTTCTTTTGTATCGTTTCGGTTTTTCTTGCTGCTTTTCATGAATATGTCAATCAAG
CCGATGCAGCAGCACCAACATGCACTAGAGCACTAAATTCTGACTGGTGCTGCAGCTTGA
AACCAAAACGGTGCCTAGGTAGCAAAGTGGAATGTGACGCAATTTGTAAACCGAAACGCC
GTCTTTGAATTTTTCAAAAATAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTA
AATAATACATAGAAAGTTCTCTACGGGAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAATACGTTGGT
ATCTCGTGGAAGAGCTCAAGTTTTTTTCTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTC
AAGAAATTCATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTT

QA 1 474 1 474
DS 

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ACCAAAACGGTGCCTAGGTAGCAAAGTGGAATGTGACGCAATTTGTAAACCGAGACGCCG
TCTTTGAATTTTTCAAAAACAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTAA
ATAATACATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGTA
TCTCGTGGAAGAGCTCAAGTTTTTTTCTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCA
AGAAATTCATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTTA
TTTTAGTTTAATGATGTAAAGACTCAGATGATTGAATAAAATAAAAATTAATTT

QA 1 534 1 534
DS 

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ACGGTGCCTAGGTAGCAAAGTGGAATGTGACGCAATTTGTAAACCGAAACGCCGTCTTTG
AATTTTTCAAAAATAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTAAATAATA
CATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGTATCTCGT
CGAAGAGCTCAAGTTTTTTTCTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCAAGAAAT
TCATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTTATTTTAG
TTTAATGATGTAAAGACTCAGATGATTGAATAAA
TA

QA 3 516 3 516
DS 

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GG
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GTATCGTTTTGGTTTTTTTTGCTACTTTCCATGAATATGTCAATCAAGCCGATGCAGCAG
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TTCAAAAACAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTAAATAATACATAG
AAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGTATCTCGTGGAAG
AGCTCAAGTTTTTTTCTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCAAGAAATTCATA
TATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTTATTTTAGTTTAA
TGATGTAAAGACTCAAATGATTGAATAAAATAAAAA

QA 3 518 3 518
DS 

RD RR1AE64TF 518 0 0
GG
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GTATCGTTTTGGTTTTTTTTGCTACTTTCCATGAATATGTCAATCAAGCCGATGCAGCAG
CACCAACATGCACTAGAGCACTAAATTCTGACTGGTGCTGCAGCTTGAAACCAAAACGGT
GCCTAGGTAGCAAAGTGGAATGTGACGCAATTTGTAAACCGAGACGCCGTCTTTGAATTT
TTCAAAAACAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTAAATAATACATAG
AAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGTATCTCGTGGAAG
AGCTCAAGTTTTTTTCTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCAAGAAATTCATA
TATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTTATTTTAGTTTAA
TGATGTAAAGACTCAAATGATTGAATAAAATAAAAA

QA 3 518 3 518
DS 

RD RR1HB93JQ 534 0 0
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ATAATACATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTTTGCTAAAAGACGTTGGTA
TCTCGTGGAAGAGCTCAAGTTTTTTTCTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCA
AGAAATTCATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTTA
TTTTAGTTTAATGATGTAAAGACTCAGATGATTGAATAAAATAAAAA
TTAATTT

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DS 

RD RR1G811TF 534 0 0
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TCTTTGAATTTTTCAAAAACAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTAA
ATAATACATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGTA
TCTCGTGGAAGAGCTCAAGTTTTTTTCTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCA
AGAAATTCATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTTA
TTTTAGTTTAATGATGTAAAGACTCAGATGATTGAATAAAATAAAAA
TTAATTT

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 11

CO CL235Contig1 1129 11 5 U
GGCAACACAAACTTTTCTAATCAAGAATAAGCAACACAAACTTTTCTAATCAAGAATGTG
AAGAAATATCACATATAGAAATCTTATTTCAAAAGTTATCATTATTCGTGTATAGAGAAT
CATAGGAAGTGCAAATTCTTTGAAGGGAGAAACAGAGGCTTCTGAGAGATGAAATATGAA
TATAAAACAATTATTCTGCAGGCCCTAGAGAACCATCTTCTTCCTGCTTCAAGGTGTCTT
GACCTTGGGACGTGCAGGGAGTAGCTGATAACAAGAGATAAGAGAGGTGGTAAAACCGAG
AGCGCCAGTGACGCGAGGAGTAACAGTCTTTGGAGCTAACTGAAGCAGACCAATGGCTAC
AACAATGTCTATGCTTGTTTTAACCAAAGCTAGAGTTCTGTCATTGGATTTCTGAAGCTT
AGCACGATACACCTCATCATGCTGCTTTT*CACC*ACCGAGTTCCTTCTCCATCTTCTTG
ATAGATGAAG*AGAGCC*TTCCAA*GCTCACCAA*TCTCGACTGCTGTTGTACAGACAGA
TGATCCAAGCCAGCAGAAAAGTGATATACGTCCAAGCAACTCAGTTCGTTCTTTGTTCTT
GTATATGCCGGATCTACCAAGCCAGACGATTTGATCAAGAAACAAGAAGGTAGACAAGAG
CGCATTCTTGGACTTCCCGAGTAAGACAAGAGGAAGTGGGGTCCCTTTAGGCACAGGGCT
GATTAGACCGTGAAAATCATTGACAAACTTGAAAAGACGAAAGACTTTTCTAGCCAAGCT
GGTGTTTTTATCAACAGTTTGAGCAGTACCAGGCTGCCCACCGCTCAAGAACTTGGAACC
ATATTGTATAGCTCTGCATATCTTATCTCTAGCCTCAGCTTTGTTCAAATACAGAACTAT
AAGAGCTAGCTCGGCTCTGGTCAAATCTAACGTTGTCATCTTCTCTCTTAATGATCTCTA
TTAGGATCCTGTAGATTATACAAAATGAGATCGATTCAGGTTTCCAAGACGCAAACACAC
AAAGGATTAAAAATAGAAAGCTATCGAATTTTCAAGAGAAGGGATCCAGTGCCTTAATAT
ATGGGAAGATCGTGAGCTGTTCTTTCTTATTATGTCATTATCTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 60 60 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 50 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B576TF C 152
AF RR1FS88JQ U 1
AF RR1CG82JQ U 19
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AF RR1FS88TF C 299
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BS 1 701 RR1FS88JQ
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RD RR1B576TF 390 0 0
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ACCCACCGAGTTCCTTCTCCATCTTCTTGATAGATGAAGGAGAGCCCTTCCAAAGCTCAC
CAAATCTCGACTGCTGTTGTACAGACAGAT

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1FS88JQ 701 0 0
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CATAGGAAGTGCAAATTCTTTGAAGGGAGAAACAGAGGCTTCTGAGAGATGAAATATGAA
TATAAAACAATTATTCTGCAGGCCCTAGAGAACCATCTTCTTCCTGCTTCAAGGTGTCTT
GACCTTGGGACGTGCAGGGAGTAGCTGATAACAAGAGATAAGAGAGGTGGTAAAACCGAG
AGCGCCAGTGACGCGAGGAGTAACAGTCTTTGGAGCTAACTGAAGCAGACCAATGGCTAC
AACAATGTCTATGCTTGTTTTAACCAAAGCTAGAGTTCTGTCATTGGATTTCTGAAGCTT
AGCACGATACACCTCATCATGCTGCTTTT*CACC*ACCGAGTTCCTTCTCCATCTTCTTG
ATAGATGAAG*AGAGCC*TTCCAA*GCTCACCAA*TCTCGACTGCTGTTGTACAGACAGA
TGATCCAAGCCAGCAGAAAAGTGATATACGTCCAAGCAACTCAGTTCGTTCTTTGTTCTT
GTATATGCCGGATCTACCAAGCCAGACGATTTGATCAAGAAACAAGAAGGTAGACAAGAG
CGCATTCTTGGACTTCCCGAGTAAGACAAGAGGAAGTGGGG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1CG82JQ 741 0 0
AATCAAGAATAAGCAACACAAACTTTTCTAATCAAGAATGTGAAGAAATATCACATATAG
AAATCTTATTTCAAAAGTTATCACTATTCGTGTATAGAGAATCATAGGAAGTGCAAATTC
TTTGAAGGGAGAAACAGAGGCTTCTGAGAGATGAAATATGAATATAAAACAATTATTCTG
CAGGCCCTAGAGAACCATCTTCTTCCTGCTTCAAGGTGTCTTGACCTTGGGACGTGCAGG
GAGTAGCTGATAACAAGAGATAAGAGAGGTGGTAAAACCGAGAGCGCCAGTGACGCGAGG
AGTAACAGTCTTTGGAGCTAACTGAAGCAGACCAATGGCTACAACAATGTCTATGCTTGT
TTTAACCAAAGCTAGAGTTCTGTCATTGGATTTCTGAAGCTTAGCACGATACACCTCATC
ATGCTGCTTTT*CACC*ACCGAGTTCCTTCTCCATCTTCTTGATAGATGAAG*AGAGCC*
TTCCAA*GCTCACCAA*TCTCGACTGCTGTTGTACAGACAGATGATCCAAGCCAGCAGAA
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AAGCCAGACGATTTGATCAAGAAACAAGAAGGTAGACAAGAGCGCATTCTTGGACTTCCC
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ATTGACAAACTTGAAAAGACG

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G
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TGTATAGAGAATCATAGGAAGTGCAAATTCTTTGAAGGGAGAAACAGAGGCTTCTGAGAG
ATGAAATATGAATATAAAACAATTATTCTGCAGGCCCTAGAGAACCATCTTCTTCCTGCT
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GGTAAAACCGAGAGCGCCAGTGACGCGAGGAGTAACAGTCTTTGGAGCTAACTGAAGCAG
ACCAATGGCTACAACAATGTCTATGCTTGTTTTAACCAAAGCTAGAGTTCTGTCATTGGA
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TCCATCTTCTTGATAGATGAAG*AGAGCC*TTCCAA*GCTCACCAA*TCTCGACTGCTGT
TGTACAGACAGATGATCCAAGCCAGCAGAAAAGTGATATACGTCCAAGCAACTCAGTTCG
TTCTTTGTTCTTGTATATGCCGGATCTACCAAGCCAGACGATTTGATCAAGAAACAAGAA
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AGGCACAGGGCTGATTAGAC

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GAGCGCCAGTGACGCGAGGAGTAACAGTCTTTGGAGCTAACTGAAGCAAACCAATGGCTA
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TGTATATGCCGGATCTACCAAGCCAGACGATTTGATCAAGAAACAAGAAGGTAGACAAGA
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DS 

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ATCATAGGAAGTGCAAATTCTTTGAAGGGAGAAACAGAGGCTTCTGAGAGATGAAATATG
AATATAAAACAATTATTCTGCAGGCCCTAGAGAACCATCTTCTTCCTGCTTCAAGGTGTC
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AGAGCGCCAGTGACGCGAGGAGTAACAGTCTTTGGAGCTAACTGAAGCAGACCAATGGCT
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ATCATAGGAAGTGCAAATTCTTTGAAGGGAGAAACAGAGGCTTCTGAGAGATGAAATGTG
AATATAAAACAATTATTCTGCAGGCCCTAGGGAACCATCTTCTTCCTGCTTCAAGGTGTC
TTGACCTTGGGACGTGCAGGGAGTAGCTGATAACAAGAGATAAGAGAGGTGGTAAAACCG
AGAGCGCCAGTGACGCGAGGAGTAACAGTCTTTGGAGTTAACTGAAGCAGACCAATGGCT
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AGCGCATTCTTGGACTTCCCGAGTAAGACAAGAGGAAGTGGGGTCCCTTTAGGCACAGGG
CTGATTAGACCGTGAAAATCATTGACAAACTTGAAAAGACGAAAGACTTTTCTAGCCAAG
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TT*CACC*ACCGAGTTCCTTCTCCATCTTCTTGATAGATGAAG*AGAGCC*TTCCAA*GC
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CTTGAAAAGACGAAAGACTTTTCTAGCCAAGCTGGTGTTTTTATCAACAGTTTGAGCAGT
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AAAAA

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DS 



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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 10 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 0 45 10 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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GTTTGCTGTTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCA
GAAGGCCTTAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTATGACGGC
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GGTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTA*
TGCATACAGAGGGAACCAGAAAGA

QA 6 689 6 689
DS 

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GGAGATAAGAGATAGTTAAGGGGATAACGTAACATAGCTAGTGAAAGCAGAGCCTTCCGA
AAAAAAAAAAAAA*TGGCTTCGCTCTCAATAGGAATCGCCTTCGCGAATACTGTCCGCAC
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TGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCTTCGTGGAAGGTTAAACGA
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GAAAGAAGCACGAGATTACATGGAGAAAGTACGTGCTTCGGTTCTAAAGTACTTGACG*T
GTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCA*TCTCTAGAATGTTTAC

QA 1 833 1 833
DS 

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CGCGAATACCGTCCGTAAAGTCCCGAGAATTAATACACGAAGGAGCAAAATCTCCTGCGA
ATGGGATCCCAAAGGTATACTAGGACCAGCACAAACTGGCCATATCGCTCGTCTTGAGTT
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AGAGAGAGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCTGA
GCTGATTGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCT
TCGTGGAAGGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCG
GTTTGCTGTTGCAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGGGCTTGAATCACTTCA
GAAAGCCTTAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTATGACGGC
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GGTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTAACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTA*
TGCATACAGAGGGAACCAGAAAGAAGCA*GAGAT*ACATGGAGAA*GTACGTACTTCGGT
TCTAA*GTACTTGACG*TGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1DV20TF 792 0 0
GG
AGAGCCTCCC*AGAAAAAAATAACAATGGCTTCGCTCTCAATAGGAATCGCCTTCGCGAA
TACCGTCCGTAAAGTCCCGAGAATTAATACACGAAGGAGCAAAATCTCCTGCGAATGGGA
TCCCAAAGGTATACTAGGACCAGCACAAACTGGTCATATCGCTCGTCTTGAGTTCAAACG
CAGGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACTCCGTGAAGAGAG
AGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCTGAGCTGAT
TGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCTTCGTGG
AAGGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCGGTTTGC
TGTTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCAGAAAGC
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GAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTAACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAATGCATA
CAGAGGGAACCAGAAAGAAGCA*GAGATTACATGGAGAA*GTACGTGCTTCGGTTCTAA*
GTACTTGACG*TGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAA*GATTTCTCA*TCTCTGGA*TG
TTTACTATGT

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR1AD46TF 869 0 0
GG
AAGCAGAGCCTCCC*AGAAAAAAATAACAATGGCTTCGCTCTCAATAGGAATCGCCTTCG
CGAATACCGTCCGTAAAGTCCCGAGAATTAATACACGAAGGAGCAAAATCTCCTGTGAAT
GGGATCCCAAAGGTATACTAGGACCAGCACAAACTGGCCATATCGCTCGTCTTGAGTTCA
AACGCAGGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACTCCGTGAAG
AGAGAGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCTGAGC
TGATTGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCTTC
GTGGAAGGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCGGT
TTGCTGTTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCAGA
AAGCCTTAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTATGACGGCTA
CAAATAGCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGATATGG
TGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTAACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAATG
CATACAGAGGGAACCAGAAAGAAGCAGGAGATTACATGGAGAAAGTACGTGCTTCGGTTC
TAAAGTACTTGACGGTGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCAATCTCTGG
AATGTTTACTATGTTCGGGTAAAATGTATTTATATTTATTTTGTTGAGTAAAATGTATTT
CTTTTTCCCGAACGAA
AGTTACATCTT

QA 3 858 3 858
DS 

RD RR1DX22TF 450 0 0
G
CGGGCAAATCCGGTTTGCTGTTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCT
TGAATCACTTCAGAAAGCCTTAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGATAAAATGCAAAAGGA
GCTTATGACGGCTACAAATAGCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAAC
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ACGTGCTTCGGTTCTAAAGTACTTGACGGTGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGAT
TTCTCAATCTCTGGAATGTTTACTATGTTCGGGTAAAATGTATTTATATTTATTTTGTTG
AGTAAAATGTATTTCTTTTTCCCGAACGA

QA 2 450 2 450
DS 

RD RR1A965TF 898 0 0
GGAACG
TAGCTAGTGAAAGCAGAGCCTCCC*AGAAAAAAATAACAATGGCTTCGCTCTCAATAGGA
ATCGCCTTCGCGAATACCGTCCGTAAAGTCCCGAGAATTAATACACGAAGGAGCAAAATC
TCCTGCGAATGGGATCCCAAAGGTATACTAGGACCAGCACAAACTGGCCATATCGCTCGT
CTTGAGTTCAAACGCAGGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAA
CTCCGTGAAGAGAGAGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACT
TCCGCTGAGCTGATTGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATC
GCTAGGCTTCGTGGAAGGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGG
CAAATCCGGTTTGCTGTTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAA
TCACTTCAGAAAGCCTTAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTT
ATGACGGCTACAAATAGCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTG
TTGGATATGGTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTAACTCTTCTTGATGAAAAC
ATAGCTAATGCATACAGAGGGAACCAGAAAGAAGCACGAGATTACATGGAGAAAGTACGT
GCTTCGGTTCTAAAGTACTTGACG*TGTAACACATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCT
CAATCTCTGGAATGTTTACTATGTTCGGGTAAA*TGTATTTATATTTATTTTGTTGAGTA
AA*TGTATTTCTTTT*CCCGA*CGAAAGTTT*ACATCTTTAAGGTCATATTT

QA 7 898 7 898
DS 

RD RR1B569JQ 829 0 0
GCGAATACTGTCCGCACAATCCCAAGAATCAATACACGAAGGAGCAAAATCTCCTGCGAA
TGGGATCCGAAAGGTATACTAGGACCAGCACAAACTGGCCATATCGCTCGTCTTGAGTTC
AAACGCAGGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACTCCGTGAA
GAGAGAGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCTGAG
CTGATTGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCTT
CGTGGAAGGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCGG
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ACAAATAGCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGATATG
GTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAAT
GCATACAGAGGGAACCAGAAAGAAGCAGGAGATTACATGGAGAAGGTACGTGCTTCGGTT
CTAAAGTACTTGACGGTGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCAATCTCTA
GAATGTTTACTATGTTCGGGTAAAATGTATTTATATTTATTTTGTTGAGTAAAATGTATT
TCTTTTTCCCGAACGAATGTTTTATATCTTTAAGGTCATATTTTC
TAAG

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR1CT12JQ 730 0 0
GCCATATCGCTCGTCTTGAGTTCAAACGCAGGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAG
CTTTCCAGAAACAACTCCGTGAAGAGAGAGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAG
TTGTACCAGATACTTCCGCTGAGCTGATTGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGA
TTGAATTCGAAATCGCTAGGCTTCGTGGAAGGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTC
GACTTGAAATCGGGCAAATCCGGTTTGCTGTTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGAT
TGATTGAGCTTGAATCACTTCAGAAGGCCTTAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAA
TGCAAAAGGAGCTTATGACGGCTACAAATAGCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATA
TCAAAGCAACATTGTTGGATATGGTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTC
TTCTTGATGAAAACATAGCTAATGCATACAGAGGGAACCAGAAAGAAGCAGGAGATTACA
TGGAGAAGGTACGTGCTTCGGTTCTAAAGTACTTGACGGTGTAACATATGAGTGATGAGT
CTACAAAGATTTCTCAATCTCTAGAATGTTTACTATGTTCGGGTAAAATGTATTTATATT
TATTTTGTTGAGTAAAATGTATTTCTTTTTCCCGAACGAATGTTTTATATCTTTAAGGTC
ATATTTTC
CG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1DV20JQ 810 0 0
AAGTCCCGAGAATTA*TACACGAAGGAGCAAA*TCTC*TGCGAATGGGATCCCAAAGGTA
TACTAGGACCAGCACAAACTGGTCATATCGCTCGTCTTGAGTTCAAACGCAGGATAGAGA
GAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACTCCGTGAAGAGAGAGAGCGTCGTC
AAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCTGAGCTGATTGAGTTCTTTC
TTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCTTCGTGGAAGGTTAAACG
ACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCGGTTTGCTGTTACAAAAA
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GAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTATGACGGCTACAAATAGCTTAACCA
AGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGATATGGTGGAGAAAAACGAGA
TCAACAGATCTTTGTTAACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAATGCATACAGAGGGAACC
AGAAAGAAGCAGGAGATTACATGGAGAAGGTACGTGCTTCGGTTCTAAAGTACTTGACGG
TGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCAATCTCTGGAATGTTTACTATGTT
CGGGTAAAATGTATTTATATTTATTTTGTTGAGTAAAATGTATTTCTTTTTCCCGAACGA
AAGTTTTACATCTTTAAGGTTATATTTTC
T

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1CK01JQ 727 0 0
CTCCGTGAAGAGAGAGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACT
TCCGCTGAGCTGATTGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATC
GCTAGGCTTCGTGGAAGGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGG
CAAATCCGGTTTGCTGTTGCAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGGGCTTGAA
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ATGACGGCTACAAATAGCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTG
TTGGATATGGTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTAACTCTTCTTGATGAAAAC
ATAGCTAATGCATACAGAGGGAACCAGAAAGAAGCAGGAGATTACATGGAGAAGGTACGT
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CAATCTCTGGAATGTTTACTATGTTCGGGTAAAATGTATTTATATTTATTTTGTTGAGTA
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ATTCCGCATATTAGCATGTACCATGTCTCGAAATATCGACTTTCATAAGCTGAGCCCTTT
TTCGTTC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 12

CO CL237Contig1 1529 12 19 U
GGACTAACTCTTTGTGTTGTGAAACCTGACAAATATGTTGGCCACCGGAAGGGTAGAAAA
ACAAAAGGAAATATCCCAAAGTACAAGGCGTGTTGCCAATAAAGGAAAGGCAACTGTGCT
TGCTCTTGGTAAGGCCTTCCCCAGCAATGTAGTCTCTCAAGAGAATCTCGTGGAGGAGTA
TCTCCGTGAAATCAAATGCGATGACCCCTCTATCAAAGAGAAGCTGCAACACTTGTGTAA
AACCACAACTGTGAAGACACGCTACACGGTCATGTCCAGCGAGACGATGCAAAAATACCC
TGAGCTAGCAACGGAGGGTTCCCCAACCATCAAACAGAGGCTTGAGATCGCAAACGAGGC
GGTTGTGCAGATGGCATATGAAGCGAGCTTGGCTTGCATCAAGGAATGGGGAAGGACAGT
GGAAGATATCACTCATCTCGTCTATGTTTCATCCAGTGAGTTCCGTTTGCCCGGGGGTGA
CCTTTACCTCTCGGCACAACTGGGCCTTAGCAACGAGGTGCAGAGGGTGTTGTTTTATTT
TCTGGGATGCTACGGAGGTGTGAGTGGGATGCGCGTGGCCAAGGACATTGCTGAGAACAA
CCCAGGAAGCCGGGTGCTGCTCACCACCTCTGAGACTATGGTTCTTGGGTTCCGTCCCCC
CAACAAAGCTCGCCCTTACGACTTAGTCGGGGCTGCTCTCTTTGGAGACGGAGCAGCTGC
CCTGATCATCGGAGCAGACCCTACAGAGTCAGAAAGTCCCTTCATGGAGCTTCACTATGC
GCTGCAGCAGTTCCTACCAGGAACGCATGGGGTGATTGACGGGCGGTTGTCAGAGGAGGG
CATAAGCTTCAAGCTAGGAAGAGAACTGCCTCAGAAGATCGAAGACAACATAGAGGAGTT
CTGCAAGAAGCTGGTGGCAAAGGCTGGCTCTGGTTCATTGGAGTTGAATGACCTGTTCTG
GGCCGTTCATCCCGGTGGACCGGCCATCCTGAACGGGCTAGAGACGAAACTGAAGCTGAA
ACCAGAGAAGTTGGAATGCAGCAGACAGGCGTTGATGGATTATGGGAACGCAAGCAGCAA
CACCATCTTCTACATAATGGACAAAGTAAGAGGTGAGCTTGAGAACAAAGGCAGAGGTGG
AGAAGAGTGGGGTCTAGGTTTAGCCTTCGGACCGGGAATTACGTTCGAGGGATTTCTCAT
GAGGAGCCTCTAAATGTGGCTATGGACCCGATATATGTGATACAAAAATATTAAAGTACA
TTTACGAAAAGTCTACATGAAACAATGAAGTCTGAAAAATATGCTTATGAATTTAATCTT
TTAACTAATTTATAAAATTTTAAACATTTCTTTTGATAAAATAATTAAACTTATGTAAAT
ATAAATAATTAACAATCAGCTAAATTATTTATAAAACTGAATATTTGCAGTAGATGAAAT
GAAGTAGGTGGAAAAATATAGATTGTAAATCATATTTGTCCATTTGTTAGAGTTAGTTAA
GTACGTTCAAGTAATGTTTGTATTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 5 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW54TF U 279
AF RR1GL41TF U 1
AF RR1GM22TF U 4
AF RR1EX16TF U 17
AF RR1AN50TF U 402
AF RR1CX09TF U 889
AF RR1CX09JQ C 849
AF RR1AN50JQ C 543
AF RR1EX16JQ C 557
AF RR1GM22JQ C 697
AF RR1GL41JQ C 683
AF RR1DW54JQ C 798
BS 1 305 RR1GL41TF
BS 306 308 RR1GM22TF
BS 309 423 RR1GL41TF
BS 424 424 RR1GM22TF
BS 425 606 RR1GL41TF
BS 607 607 RR1EX16TF
BS 608 685 RR1GL41TF
BS 686 710 RR1EX16TF
BS 711 711 RR1AN50TF
BS 712 774 RR1EX16TF
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BS 916 1133 RR1AN50TF
BS 1134 1264 RR1CX09TF
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CCAAGGAATGGGGAAGGACAGTGGAAGATATCACTCATCTCGTCTATGTTTCATCCAGTG
AGTTCCGTTTGCCCGGGGGTGACCTTTACCTCTCGGCACAACTGGGCCTTAGCAACGAGG
TGCAGAGGGTGTTGTTTTATTTTCTGGGATGCTACGGAGGTGTGAGTGGGATGCGCGTGG
CCAAGGACATTGCTGAGAACAACCCAGGAAGCCGGGTACTGCTCACCACCTCTGAGACTA
TGGTTCTTGGGTTCC

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR1GL41TF 685 0 0
GGACTAACTCTTTGTGTTGTGAAACCTGACAAATATGTTGGCCACCGGAAGGGTAGAAAA
ACAAAAGGAAATATCCCAAAGTACAAGGCGTGTTGCCAATAAAGGAAAGGCAACTGTGCT
TGCTCTTGGTAAGGCCTTCCCCAGCAATGTAGTCTCTCAAGAGAATCTCGTGGAGGAGTA
TCTCCGTGAAATCAAATGCGATGACCCCTCTATCAAAGAGAAGCTGCAACACTTGTGTAA
AACCACAACTGTGAAGACACGCTACACGGTCATGTCCAGCGAGACGATGCAAAAATACCC
TGAGC***CAACGGAGGGTTCCCCAACCATCAAACAGAGGCTTGAGATCGCAAACGAGGC
GGTTGTGCAGATGGCATATGAAGCGAGCTTGGCTTGCATCAAGGAATGGGGAAGGACAGT
GGAGGATATCACTCATCTCGTCTATGTTTCATCCAGTGAGTTCCGTTTGCCCGGGGGTGA
CCTTTACCTCTCGGCACAACTGGGCCTTAGCAACGAGGTGCAGAGGGTGTTGTTTTATTT
TCTGGGATGCTACGGAGGTGTGAGTGGGATGCGCGTGGCCAAGGACATTGCTGAGAACAA
CCCAGGGAGCCGGGTGCTGCTCACCACCTCTGAGACTATGGTTCTTGGGTTCCGTCCCCC
CAACAAAGCTCGCCCTTACGACTTA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1GM22TF 681 0 0
GG
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AGGAAATATCCCAAAGTACAAGGCGTGTTGCCAATAAAGGAAAGGCAACTGTGCTTGCTC
TTGGTAAGGCCTTCCCCAGCAATGTAGTCTCTCAAGA**ATCTCGTGGAGGAGTATCTCC
GTGAAATCAAATGCGATGACCCCTCTATCAAAGAGAAGCTGCAACACTTGTGTAAAACCA
CAACTGTGAAGACACGCTACACGGTCATGTCCAGCGAGACGATGCAAAAATACCCTGAGC
TAGCAACGGAGGGTTCCCCAACCATCAAACAGAGGCTTGAGATCGCAAACGAGGCGGTTG
TGCAGATGGCATATGAAGCGAGCTTGGCTTGCATCAAGGAATGGGGAAGGACAGTGGAAG
ATATCACTCATCTCGTCTATGTTTCATCCAGTGAGTTCCGTTTGCCCGGGGGTGACCTTT
ACCTCTCGGCACAACTGGGCCTTAGCAACGAGGTGCAGAGGGTGTTGTTTTATTTTCTGG
GATGCTACGGAAGTGTGAGTGGGATGCGCGTGGCCAAGGACATTGCTGAGAACAACCCAG
GGAGCCGGGTGCTGCTCACCACCTCTGAGACTATGGTTCTTGGGTTCCGTCCCCCCAACA
AAGCTCGCCCTTACGACTT

QA 3 681 3 681
DS 

RD RR1EX16TF 758 0 0
GG
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AAGTACAAGGCGTGTTGCCAATAAAGGAAAGGCAACTGTGCTTGCTCTTGGTAAGGCCTT
CCCCAGCAATGTAGTCTCTCAAGAGAATCTCGTGGAGGAGTATCTCCGTGAAATCAAATG
CGATGACCCCTCTATCAAAGAGAAGCTGCAACACTTGTGTAAAACCACAACTGTGAAGAC
ACGCTACACGGTCATGTCCAGCGAGACGATGCAAAAATACCCTGAGCTAGCAACGGAGGG
TTCCCCAACCATCAAACAGAGGCTTGAGATCGCAAACGAGGCGGTTGTGCAGATGGCATA
TGAAGCGAGCTTGGCTTGCATCAAGGAATGGGGAAGGACAGTGGAAGATATCACTCATCT
CGTCTATGTTTCATCCAGTGAGTTCCGTTTGCCCGGGGGTGACCTTTACCTCTCGGCACA
ACTGGGCCTTAGCAACGAGGTGCAGAGGGTGTTGTTTTATTTTCTGGGATGCTACGGAGG
TGTGAGTGGGATGCGCGTGGCCAAGGACATTGCTGAGAACAACCCAGGAAGCCGGGTGCT
GCTCACCACCTCTGAGACTATGGTTCTTGGGTTCCGTCCCCCCAACAAAGCTCGCCCTTA
CGACTTAGTCGGGGCTGCTCTCTTTGGAGACG*AGCAGCTGCCCTGATCATCGGAGCAGA
CCCTACAGAGTCAGAAAGTCCCTTCATGGAGCTTCA

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DS 

RD RR1AN50TF 732 0 0
G
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CCGTTTGCCCGGGGGTGACCTTTACCTCTCGGCACAACTGGGCCTTAGCAACGAGGTGCA
GAGGGTGTTGTTTTATTTTCTGGGATGCTACGGAGGTGTGAGTGGGATGCGCGTGGCCAA
GGACATTGCTGAGAACAACCCAGGAAGCCGGGTGCTGCTCACCACCTCTGAGACTATGGT
TCTTGGGTTCCGTCCCCCCAACAAAGCTCGCCCTTACGACTTAGTCGGGGCTGCTCTCTT
TGGAGACGGAGCAGCTGCCCTGATCATCGGAGCAGACCCTACAGAGTCAGAAAGTCCCTT
CATGGAGCTTCACTATGCGCTGCAGCAGTTCCTACCAGGAACGCATGGGGTGATTGACGG
GCGGTTGTCAGAGGAGGGCATAAGCTTCAAGCTAGGAAGAGAACTGCCTCAGAAGATCGA
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GTTGAATGACCTGTTCTGGGCCGTTCATCCCGGTGGACCGGCCATCCTGAACGGGCTAGA
GACGAAACTGAAGCTGAAACCAGAGAAGTTGGAATGCAGCAGACAGGCGTTGATGGATTA
TGGGAACGCAAGCAGCAACACCATCTTCTACATAATGGACAAAGTAAGAGGTGAGCTTGA
GAACAAAGGCA

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DS 

RD RR1CX09TF 378 0 0
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TGACCTGTTCTGGGCCGTTCATCCCGGTGGACCGGCCATCCTGAACGGGCTAGAGACAAA
ACTGAAGCTGAAACCAGAGAAGTTGGAATGCAGCAGGCAGGCGTTGATGGATTATGGGAA
CGCAAGCAGCAACACCATCTTCTACATAATGGACAAAGTAAGAGGTGAGCTTGAGAACAA
AGGCAGAGGTGGAGAAGAGTGGGGTCTAGGTTTAGCCTTCGGACCGGGAATTACGTTCGA
GGGATTTCTCATGAGGAGCCTCTAAATGTGGCTATGGACCCGATATATGTGATACAAAAA
TATTAAAGTACATTTA
TG

QA 1 376 1 376
DS 

RD RR1CX09JQ 418 0 0
G
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GCTGGTGGCAAAGGCTGGCTTTGGTTCATTGGAGTTGAATGACCTGTTTTGGGCCGTTCA
TCCCGGTGGACCGGCCATCCTGAACGGGCTAGAGACAAAACTGAAGCTGAAACCAGAGAA
GTTGGAATGCAGCAGGCAGGCGTTGATGGATTATGGGAACGCAAGCAGCAACACCATTTT
TTACATAATGGACAAAGTAAGAGGTGAGCTTGAGAACAAAGGCAGAGGTGGAGAAGAGTG
GGGTCTAGGTTTAGCCTTCGGACCGGGAATTACGTTCGAGGGATTTCTCATGAGGAGCCT
CTAAATGTGGCTATGGACCCGATATATGTGATACAAAAATATTAAAGTACATTTA
TG

QA 2 416 2 416
DS 

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ACAAAGCTCGCCCTTACGACTTAGTCGGGGCTGCTCTCTTTGGAGACGGAGCAGCTGCCC
TGATCATCGGAGCAGACCCTACAGAGTCAGAAAGTCCCTTCATGGAGCTTCACTATGCGC
TGCAGCAGTTCCTACCAGGAACGCATGGGGTGATTGACGGGCGGTTGTCAGAGGAGGGCA
TAAGCTTCAAGCTAGGAAGAGAACTGCCTCAGAAGATCGAAGACAACATAGAGGAGTTCT
GCAAGAAGCTGGCGGCAAAGGCTGGCTCTGGTTCATTGGAGTTGAATGACCTGTTCTGGG
CCGTTCATCCCGGTGGACCGGCCATCCTGAACGGGCTAGAGACGAAACTGAAGCTGAAAC
CAGAGAAGTTGGAATGCAGCAGACAGGCGTTGATGGATTATGGGAACGCAAGCAGCAACA
CCATCTTCTACATAATGGACAAAGTAAGAGGTGAGCTTGAGAACAAAGGCAGAGGTGGAG
AAGAGTGGGGTCTAGGTTTAGCCTTCGGACCGGTAATTACGTTCGATGGATTTCTCATGA
GGAGCCTCTAAATGTGGCTATGGACCCGATATATGCGATACAAAAATATTAAAGTACATT
TACGAAAAGTCTACATGAAACAATGAAGTCTGAAAAATATGCTTATGAATTTAATCTTTT
AACTAATTTATAAAATTTTAAAC

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DS 

RD RR1EX16JQ 770 0 0
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CTGCTCACCACCTCTGAGACTATGGTTCTTGGGTTCCGTCCCCCCAACAAAGCTCGCCCT
TACGACTTAGTCGGGGCTGCTCTCTTTGGAGACGGAGCAGCTGCCCTGATCATCGGAGCA
GACCCTACAGAGTCAGAAAGTCCCTTCATGGAGCTTCACTATGCGCTGCAGCAGTTCCTA
CCAGGAACGCATGGGGTGATTGACGGGCGGTTGTCAGAGGAGGGCATAAGCTTCAAGCTA
GGAAGAGAACTGCCTCAGAAGATCGAAGACAACATAGAGGAGTTTTGCAAGAAGCTGGTG
GCAAAGGCTGGCTCTGGTTCATTGGAGTTGAATGACCTGTTTTGGGCCGTTCATCCCGGT
GGACCGGCCATCCTGAACGGGCTAGAGACGAAACTGAAGCTGAAACCAGAGAAGTTGGAA
TGCAGCAGACAGGCGTTGATGGATTATGGGAATGCAAGCAGCAACACCATTTTCTACATA
ATGGACAAAGTAAGAGGTGAGCTTGAGAACAAAGGCAGAGGTGGAGAAGAGTGGGGTCTA
GGTTTAGCCTTCGGACCGGGAATTACGTTCGAGGGATTTCTCATGAGGAGCCTCTAAATG
TGGCTATGGACCCGATATATGTGATACAAAAATATTAAAGTACATTTACGAAAAGTCTAC
ATGAAACAATGAAGTCTGAAAAATATGCTTATGAATTTAATCTTTTAACT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1GM22JQ 661 0 0
TCTCTTTGGAGACGGAGCAGCTGCCCTGATCATCGGAGCAGACCCTACAGAGTCAGAAAG
TCCCTTCATGGAGCTTCACTATGCGCTGCAGCAGTTCCTACCAGGAACGCATGGGGTGAT
TGACGGGCGGTTGTCAGAGGAGGGCATAAGCTTCAAGCTAGGAAGAGAACTGCCTCAGAA
GATCGAAGACAACATAGAGGAGTTCTGCAAGAAGCTGGTGGCAAAGGCTGGTTCTGGTTC
ATTGGAGTTGAATGACCTGTTTTGGGCCGTTCATCCCGGTGGACCGGCCATCCTGAACGG
GCTAGAGACGAAACTGAAGCTGAAACCAGAGAAGTTGGAATGCAGCAGACAGGCGTTGAT
GGATTATGGGAACGCAAGCAGCAACACCATTTTCTACATAATGGACAAAGTAAGAGGTGA
GCTTGAGAACAAAGGCAGAGGTGGAGAAGAGTGGGGTCTAGGTTTAGCCTTCGGACCGGG
AATTACGTTCGAGGGATTTTTCATGAGGAGCCTCTAAATGTGGCTATGGACCCGATATAT
GTGATACAAAAATATTAAAGTACATTTACGAAAAGTCTACATGAAACAATGAAGTCTGAA
AAATATGCTTATGAATTTAATCTTTTAACTAATTTATAAAATTTTAAACATTTCTTTTGA
C

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1GL41JQ 749 0 0
TTAGTCGGGGCTGCTCTCTTTGGAGACGGAGCAGCTGCCCTGATCATCGGAGCAGACCCT
ACAGAGTCAGAAAGTCCCTTCATGGAGCTTCACTATGCGCTGCAGCAGTTCCTACCAGGA
ACGCATGGGGTGATTGACGGGCGGTTGTCAGAGGAGGGCATAAGCTTCAAGCTAGGAAGA
GAACTTCCTCAGAAGATCGAAGACAACATAGAGGAGTTCTGCAAGAAGCTGGTGGCAAAG
GCTGGCTCTGGTTCATTGGAGTTGAATGACCTGTTCTGGGCCGTTCATCCCGGTGGACCG
GCCATCCTGAACGGGCTAGAGACGAAACTGAAGCTGAAACCAGAGAAGTTGGAATGCAGC
AGACAGGCGTTGATGGATTATGGGAACGCAAGCAGCAACACCATCTTCTACATAATGGAC
AAAGTAAGAGGTGAGCTTGAGAACAAAGGCAGAGGTGGAGAAGAGTGGGGTCTAGGTTTA
GCCTTCGGACCGGGAATTACGTTCGAGGGATTTCTCATGAGGAGCCTCTAAATGTGGCTA
TGGACCCGATATATGTGATACAAAAATATTAAAGTACATTTACGAAAAGTCTACATGAAA
CAATGAAGTCTGAAAAATATGCTTATGAATTTAATCTTTTAACTAATTTATAAAATTTTA
AACATTTCTTTTGATAAAATAATTAAACTTATGTAAATATAAATAATTAACAATCAGCTA
AATTATTTATAAAATTGAATATTTGCAG
C

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1DW54JQ 732 0 0
CAGGAACGCATGGGGTGATTGACGGGCGGTTGTCAGAGGAGGGCATAATCTTCAAGCTAG
GAAGAGAACTGCCTCAGAAGATCGAAGACAACATAGAGGAGTTCTGCAAGAAGCTGGTGG
CAAAGGCTGGCTCTGGTTCATTGGAGTTGAATGACCTGTTCTGGGCCGTTCATCCCGGTG
GACCGGCCATCCTGAACGGGCTAGAGACGAAACTGAAGCTGAAACCAGAGAAGTTGGAAT
GCAGCAGACAGGCGTTGATGGATTATGGGAACGCAAGCAGCAACACCATTTTTTACATAA
TGGACAAAGTAAGAGGTGAGCTTGAGAACAAAGGCAGAGGTGGAGAAGAGTGGGGTCTAG
GTTTAGCCTTCGGACCGGGAATTACGTTCGAGGGATTTCTCATGAGGAGCCTCTAAATGT
GGCTATGGACCCGATATATGTGATACAAAAATATTAAAGTACATTTACGAAAAGTCTACA
TGAAACAATGAAGTCTGAAAAATATGCTTATGAATTTAATCTTTTAACTAATTTATAAAA
TTTTAAACATTCCTTTTGATAAAATAATTAAACTTATGTAAATATAAATAATTAACAATC
AGCTAAATTATTTATAAAACTGAATATTTGCAGTAGATGAAATGAAGTAGGTGGAAAAAT
ATAGATTGTAAATCATATTTGTCCATTTGTTAGAGTTAGTTAAGTACGTTCAAGTAATGT
TTGTATTTTAGC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 11

CO CL238Contig1 621 11 5 U
GGATCCACTCATCAGTAAATCTAAATTAAGAGAGAGAATATATTAAGATGGCATCTTCTA
AAGTATCTTGCATGCTTGTCTCTCTCCTTCTTCTCGTTCTTGGGCTTTCCGATATGGATA
AAGCCCTGGGTGGAATTCAGCTCCCCAAACCTAAACCGTTCTCTCTATTCTCTTCCTCGA
CGTCGGTGGATAAAATGGCCATTGAGAAACTCAACGAATTCTACAAAAGGGCGAAAACCC
CCCAGGAATTGGTGGATATTTGCGTAGATGACGAAGATTGTAAATCGACAATGAATAAGG
CCTATGATTACTTGTTGAAGGCAAAATCCCATCCATCGGATATTTGCGGAAATGACGAAG
ATTGTATTTTGACATTGAAAAATGCCAATTACTACTTGAAGGCAAAATCCCAGCCATCGC
CTTAAAGGTTTTCCAAAGGCAAAAACATATCATTCCACAAATTTCTTGATGAAAAAATAT
TTTCACAAGTTGTCACCATAAATGTAATTCTGAAAATTTCTTGCAAAATAAAAGATATTA
TGATGATGTGTTGTTACAAGTTTTAAGCTATTGTAAGACTGTTTTATTTTAATTTCCTTA
TAAATTATATAATCCCTATGC


BQ
35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 65 65 65 30 65 50 65 65 65 65 65 50 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 
65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 10 10 10 10 10 

AF RR1GP47JQ C 1
AF RR1GP47TF U 1
AF RR1AC46TF U 1
AF RR1AC46JQ C 59
AF RR1D423JQ C 1
AF RR1AR51JQ C 164
AF RR1A695JQ C 5
AF RR1AR51TF U 164
AF RR1C855TF U 100
AF RR1A695TF U 5
AF RR1D423TF U 1
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DS 

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CCCAGGAATTGGTGGATATTTGCGTAGATGACGAAGATTGTAAATCGACAATGAATAAGG
CCAATGATTACTTGTTGAAGGCAAAATCCCATCCATCGGATATTTGCGGAAATGACGAAG
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TTTCACAAGTTGTCACCATAAATGTAATTCTGAAAATTTCTTGCAAAATAAAAGATATTA

QA 1 540 1 540
DS 

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CCCAGGAATTGGTGGATATTTGCGTAGATGACGAAGATTGTAAATCGACAATGAATAAGG
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DS 

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DS 

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CCCAGGAATTGGTGGATATTTGCGTAGATGACGAAGATTGTAAATCGACAATGGATAAGG
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TTTCACAAGTTGTCACCATAAATGTAATTCTGAAAATTTCTTGCAAAATAAAAGATATTA
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DS 

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G
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TATTTTAATTTCCTTATAAATTATATAATCCC
T

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DS 

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GG
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ATATAATCCC
C

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DS 

RD RR1AR51TF 454 0 0
G
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AAAAGGGCGAAAACCCCCCAGGAATTGGTGGATATTTGCGTAGATGACGAAGATTGTAAA
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TGCGGAAATGACGAAGATTGTATTTTGACATTGAAAAATGCCAATTACTACTTGAAGGCA
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CTTGATGAAAAAATATTTTCACAAGTTGTCACCATAAATGTAATTCTGAAAATTTCTTGC
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TATTTTAATTTCCTTATAAATTATATAATCCC
T

QA 2 453 2 453
DS 

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G
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DS 

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GG
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TGGATAAAATGGCCATTGAGAAACTCAACGAATTCTACAAAAGGGCGAAAACCCCCCAGG
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ATATAATCCC
C

QA 3 612 3 612
DS 

RD RR1D423TF 612 0 0
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CCCAGGAATTGGTGGATATTTGCGTAGATGACGAAGATTGTAAATCGACAATGGATAAGG
CCTATGATTACTTGTTGAAGGCAAAATCCCATCCATCGGATATTTGCGGAAATGACGAAG
ATTGTATTTTGACATTGAAAAATGCCAATTACTACTTGAAGGCAAAATCCCAGCCATCGC
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TTTCACAAGTTGTCACCATAAATGTAATTCTGAAAATTTCTTGCAAAATAAAAGATATTA
TGATGATGTGTTGTTACAAGTTTTAAGCTATTGTAAGACTGTTTTATTTTAATTTCCTTA
TAAATTATATAA

QA 1 612 1 612
DS 



AS 2 12

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ATGAATAAAATGTTGTCATAAGCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1AB69JQ C 1
AF RR1AB69TF U 1
BS 1 4 RR1AB69JQ
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BS 564 564 RR1AB69JQ

RD RR1AB69JQ 564 0 0
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GCTGAGTCGAAAGAAAAGAGTCAAAAAGCTTGGGGCTTGACTTAGGCGGGATTGGGGTCG
GTCTGGGCGTTGGATTGGGGATTGGTATTGGCGGCGGGGGGTCAGGCTCTGGTGCTGGTG
CAGGTTCTGGTTCAGGCTCATCATCTAGTTCTAGCTCTAGCTCGTCATCAAGTTCGAGTT
CTAGTGGTTCGGGTGGTCGATCGGGAGCCGGTTCATCTGCTGGTTCATTTGCTGGATCTA
GGGCTGGATCAGGATCTGGTAACTAAATAATTGGTACGATTTATTTCCTACTTAAAGTGT
GAACCAAAAAGTGTGTGTGTTTATGCTGTTGGTTTGTCGTGTGTGTGTGTACGAAGTTGG
ATGAATAAAATGTTGTCATAAGCC

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1AB69TF 564 0 0
GGGT
ATCCAACTAAGTTACACTACAAGCCTACAAACTCAAGACACATTGGTTGGCAAGTCTTTA
CATACCAAATTTCTTTTAAAGGTTTTTACACACGAAGAATTCCAAAATGGCTAGGGTCCA
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AGTCGAAAGAAAAGAGTCAAAAAGCTTGGGGCTTGACTTAGGCGGGATTGGGGTCGGTCT
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CAAAAAGTGTGTGTGTTTATGCTGTTGGTTTGTCGTGTGTGTGTGTACGAAGTTGGATGA
ATAAAATGTTGTCATAAGC
C

QA 5 563 5 563
DS 



CO CL239Contig2 635 10 9 U
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CCTAGGTCAAGCCCCAAGTCCTTTCTTGCGACTCGGCTCTCAGTTAACATAATTAAACTT
GAAATTACTAATAAACCAAGAAGAACTAGACCTTGGACCCTAGCCATTTTGGAATTCTTC
GTGTGTAAGAACCTTTAAAAGAAAGTTGGTATGTAAAGACTTGCCAATCAATGTGTCTTG
AGTTTGTAGGCTTGTAGTGTAACTTAGTTGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR1D030JQ U 45
AF RR1F496JQ U 24
AF RR1GG29JQ U 24
AF RR1F496TF C 1
AF RR1F929JQ U 13
AF RR1F929TF C 13
AF RR1CR53JQ U 67
AF RR1D030TF C 238
AF RR1GG29TF C 355
AF RR1CR53TF C 271
BS 1 12 RR1F496TF
BS 13 23 RR1F929JQ
BS 24 44 RR1F496JQ
BS 45 305 RR1D030JQ
BS 306 487 RR1F496JQ
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BS 489 505 RR1F496JQ
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BS 626 635 RR1CR53JQ

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RD RR1F496JQ 482 0 0
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ATGACGACATTTTATTCATCCAACTTCGTACACACACACACGACAACAAACCAACAACAT
AAACACACACATTTTTT*GGTTCACACTTTAAGTAGGAAATAAATCGTACTAATTATTTA
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AA

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1GG29JQ 482 0 0
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ATGACGACATTTTATTCATCCAACTTCGTACACACACACACGACAACAAACCAACAACAT
AAACACACACATTTTTTTGGTTCACACTTTAAGTAGGAAATAAATCGTACTAATTATTTA
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CGATCGACCACCCGAACCACTAGAACTCGAACTCGATGACGAGCTAGAGCTAGAACTAGA
TGATGAGCCTGAACCAGAACCTGCACCAACACCAGAGCCTGAACCCCCGCCGCCAATACC
AATCCCCAATCCAACGCCCAGACCGACCCCAATCCCACCTAGGTCAAGCCCCAAGTCCTT
TCTTGCGACTCGGCTCTCAGTTAACATAATTAAACTTGAAATTACTAATAAACCAAGAAG
AA

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1F496TF 635 0 0
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ACACGACAACAAACCAACAACATAAACACACACATTTTTT*GGTTCACACTTTAAGTAGG
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DS 

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AAACCAAGAAGAACTAGACCTTGGACCCTAGCCATTTTGGAATTCTTCGTGTGTAAGAAC
CTTTAAAAGAAAGTTGGTATGTAAAGACTTGCCAATCAATGTGTCTTGAGTTTGTAGGCT
TGTAGTGTAACTT
CC

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DS 

RD RR1F929TF 615 0 0
CCAAATTTAAAGATATTATATTACAATTTAGACTTGTATGGAAACATACAGACTCAAACA
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ACCAACAACATAAACACACACATTTTTTTGGTTCACACTTTAAGTAGGAAATAAATCGTA
CTAATTATTTAGTTACCAGATCCTGATCCAGCCCTAGATCCAGCAAATGAACCAGCAGAC
GAACCGGCTCCCGATCGACCACCCGAACCACTAGAACTCGAACTTGATGACGAGCTAGAG
CTAGAACTAGATGATGAGCCTGAACCAGAACCTGCACCAGCACCAGAGCCTGAACCCCCG
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CCCAAGTCCTTTCTTGCGACTCGGCTCTCAGTTAACATAATTAAACTTGAAATTACTAAT
AAACCAAGAAGAACTAGACCTTGGACCCTAGCCATTTTGGAATTCTTCGTGTGTAAGAAC
CTTTAAAAGAAAGTTGGTATGTAAAGACTTGCCAATCAATGTGTCTTGAGTTTGTAGGCT
TGTAGTGTAACTT
CC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1CR53JQ 569 0 0
CG
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ACAAACCAACAACATAAACACACACATTTTTT*GGTTCACACTTTAAGTAGGAAATAAAT
CGTACTAATTATTTAGTTACCAGATCCTGATCCAGCCCTAGATCCAGCAAATGAACCAGC
AGACGAACCGGCTCCCGATCGACCACCCGAACCACTAGAAATCGAACTTGATGACGAGCT
AGAGCTAGAACTAGATGATGAGCCTGAACCAGAACCTGCACCAGCACCAGAGCCTGAACC
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TAATAAACCAAGAAGAACTAGACCTTGGACCCTAGCCATTTTGGAATTCTTCGTGTGTAA
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GGCTTGTAGTGTAACTTAGTTGGATCC

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AAAT
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CTAGGTCAAGCCCCAAGTCCTTTCTTGCGACTCGGCTCTCAGTTGACATAATTAAACTTG
AAATTACTAATAAACCAAGAAGAACTAGACCTTGGACCCTAGCCATTTTGGAATTCTTCG
TGTGTAAGAACCTTTAAAAGAAAGTTGGTATGTAAAGACTTGCCAATCAATGTGTCTTGA
GTTTGTAGGCTTGTAGTGTAACTTAGTTGGATCC

QA 5 398 5 398
DS 

RD RR1GG29TF 281 0 0
CCAGAGCCTGA*CCCCCGCCGCCAATACCAA*CCCCAATCCAACGCCCAGACCGACCCCA
ATCCCACCTAGGTCAAGCCCCAAGTCCTTTCTTGCGACTCGGCTCTCAGTTAACATAATT
AAACTTGAAATTACTAATAAACCAAGAAGAACTAGGCCTTGGACCCTAGCCATTTTGGAA
TTCTTCGTGTGTAAGAACCTTTAAAAGAAAGTTGGCATGTAAAGAATTGCCAATCAATGT
GTCTTGAGTTTGTAGGCTTGTAGTGTAACTTAGTTGGATCC

QA 1 281 1 281
DS 

RD RR1CR53TF 365 0 0
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CCTGAACCAGAACCTGCACCAGCACCAGAGCCTGAACCCCCGCCGCCAATACCAATCCCC
AATCCAACGCCCAGACCGACCCCAATCCCACCTAGGTCAAGCCCCAAGTCCTTTCTTGCG
ACTCGGCTCTCAGTTAACATAATTAAACTTGAAATTACTAATAAACCAAGAAGAACTAGA
CCTTGGACCCTAGCCATTTTGGAATTCTTCGTGTGTAAGAACCTTTAAAAGAAAGTTGGT
ATGTAAAGACTCGCCAATCAATGTGTCTTGAGTTTGTAGGCTTGTAGTGTAACTTAGTTG
GATCC

QA 1 365 1 365
DS 



AS 2 11

CO CL240Contig1 1003 9 10 U
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GGCATCGCCGCCGTCTACCCTTCCCTTCTTTCTTCTTCAAAGTCTAAATTCGCCTCCTCC
GGATTTGCCCTTCCCAACGCCGGGAACGTTGGCCGTATCAGAATGGCTGCTCACTGGATG
CCCGGCGAGCCGCGTCCTGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTTGAC
CCTCTTGGACTTGGAGAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATC
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AAGGAGATCAAGAACGGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAA
TCGGCTTACCCAGGGACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCTGATCCATGG
CACAAAAACATTGGCGATATTGTTATCCCTCTGAACTAGTGGCTTGTAAAAAATTAGTAA
TGTGTCCTATGATGAGCTTCATGTGTATCAAAACTCTCTGTAATGAAAATACAGATTGTG
AAACCTATGATGTTTTGTCTTGGTGATCGACTGCTTCGTGTGAGCTTGAATTCTATGTGG
TTTTACTATTTGTAATATCATATTCCCGATGTTTCATTGAAAC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1A629TF U 3
AF RR1B385TF U 1
AF RR1AH95TF U 14
AF RR1AF34TF U 15
AF RR1H485TF U 119
AF RR1AF34JQ C 58
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AF RR1B385JQ C 261
BS 1 499 RR1B385TF
BS 500 500 RR1A629TF
BS 501 661 RR1B385TF
BS 662 662 RR1AH95TF
BS 663 670 RR1B385TF
BS 671 783 RR1AH95TF
BS 784 827 RR1AF34TF
BS 828 828 RR1H485TF
BS 829 905 RR1AF34JQ
BS 906 1003 RR1A629JQ

RD RR1A629TF 656 0 0
ACTGACAACATCCAACACACACCTCTCCTTCACATCTTTCTTCTTTGTAGTAAAACAGAA
AGGCAGAGGGAAATAGAGATCAGAGGAAGCAATGGCGTCGAACTCGCTCATGAGCTGCGG
CATCGCCGCCGTCTACCCTTCCCTTCTTTCTTCTTCAAAGTCTAAATTCGCCTCCTCCGG
ATTTGCCCTTCCCAACGCCGGGAACGTTGGCCGTATCAGAATGGCTGCTCACTGGATGCC
CGGCGAGCCGCGTCCTGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTTGACCC
TCTTGGACTTGGAGAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATCCA
CTGTAGATGGGCTATGCTTGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGATACGG
AAACTGGGTCAAGGCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACTTGGG
AAACCCAGTCCCATGGGGTACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTATTGC
CTTTGTTGAGCACCAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGAGG
TGCATTTGACCCTCTTGGATACTCCAAAGACCCTAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAG

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1B385TF 670 0 0
GGACTGACAACATCCAACACACACCTCTCCTTCACATCTTTCTTCTTTGTAGTAAAACAG
AAAGGCAGAGGGAAATAGAGATCAGAGGAAGCAATGGCGTCGAACTCGCTCATGAGCTGC
GGCATCGCCGCCGTCTACCCTTCCCTTCTTTCTTCTTCAAAGTCTAAATTCGCCTCCTCC
GGATTTGCCCTTCCCAACGCCGGGAACGTTGGCCGTATCAGAATGGCTGCTCACTGGATG
CCCGGCGAGCCGCGTCCTGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTTGAC
CCTCTTGGACTTGGAGAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATC
CACTGTAGATGGGCTATGCTTGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGATAC
GGAAACTGGGTCAAGGCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACTTG
GGAAACCCAGTCCCATGGG*TACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTATT
GCCTTTGTTGAGCACCAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGA
GGTGCATTTGACCCTCTTGGATACTCCAAAGACCCTAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAGTT
ACGGAGATCA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1AH95TF 770 0 0
GG
AACACACACCTCTCCTTCACATCTTTCTTCTTTGTAGTAAAACAGAAAGGCAGAGGGAAA
TAGAGATCAGAGGGAGCAATGGCGTCGAACTCGCTCATGAGCTGCGGCATCGCCGCCGTC
TACCCTTCCCTTCTTTCTTCTTCAAAGTCTAAATTCGCCTCCTCCGGATTTGCCCTTCCC
AACGCCGGGAACGTTGGCCGTATCAGAATGGCTGCTCACTGGATGCCCGGCGAGCCGCGT
CCTGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTTGACCCTCTTGGACTTGGA
GAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCT
ATGCTTGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGATACGGAAACTGGGTCAAG
GCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACTTGGGAAACCCAGTCCCA
TGGGGTACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTATTGCCTTTGTTGAGCAC
CAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGACCCT
CTTGGATACTCCAAAGACCCTAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAGTTAAGGAGATCAAGAAC
GGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGG
ACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCTGATCCATGGCAC

QA 3 770 3 770
DS 

RD RR1AF34TF 813 0 0
G
AACACACACCTCTCCTTCACATCTTTCTTCTTTGTAGTAAAACAGAAAGGCAGAGGGAAA
TAGAGATCAGAGGAAGCAATGGCGTCGAACTCGCTCATGAGCTGCGGCATCGCCGCCGTC
TACCCTTCCCTTCTTTCTTCTTCAAAGTCTAAATTCGCCTCCTCCGGATTTGCCCTTCCC
AACGCCGGGAACGTTGGCCGTATCAGAATGGCTGCTCACTGGATGCCCGGCGAGCCGCGT
CCTGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTTGACCCTCTTGGACTTGGA
GAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCT
ATGCTTGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGATACGGAAACTGGGTCAAG
GCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACTTGGGAAACCCAGTCCCA
TGGGGTACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTATTGCCTTTGTTGAGCAC
CAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGACCCT
CTTGGATACTCCAAAGACCCTAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAGTTAAGGAGATCAAGAAC
GGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGG
ACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCTGATCCAGGGCACAAAAACATTGGC
GATATTGTTATCCCTCTGAACTAGTGGCTTGT

QA 2 813 2 813
DS 

RD RR1H485TF 710 0 0
GCGGCATCGCCGCCGTCTACCCTTCCCTTCTTTCTTCTTCAAAGTCTAAATTCGCCTCCT
CCGGATTTGCCCTCCCCAACGCCGGGAACGTTGGCCGTATCAGAATGGCTGCTCACTGGA
TGCCCGGCGAGCCGCGTCCAGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCAGGTGACTTTGGATTTG
ACCCTCTTGGACTTGGAGAGGTTCCAGAGAACCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCA
TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGAT
ACGGAAACTGGGTCAAGGCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACT
TGGGCAACCCGGTCCCATGGGGTACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTA
TTGCCTTCGTTGAGCACCAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCTG
GAGGTGCATTTGACCCTCTTGGATACTCCAAAGACCCCAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAG
TTAAGGAGATCAAGAACGGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGC
AATCGGCTTACCCAGGGACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCGGATCCAT
GGCACAAAA*CATTGGCGATATTGTTATCCCTCTGAACTAGTGACTTGTA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1AF34JQ 849 0 0
CAGAAAGGCAGAGGGAAATAGAGATCAGAGGAAGCAATGGCGTCGAACTCGCTCATGAGC
TGCGGCATCGCCCCCGTCTACCCTTCCCTTCTTTCTTCTTCAAAGTCTAAATTCGCCTCC
TCCGGATTTGCCCTTCCCAACGCCGGGAACGTTGGCCGTATCAGAATGGCTGCTCACTGG
ATGCCCGGCGAGCCGCGTCCTGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTT
GACCCTCTTGGACTTGGAGAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTC
ATCCACTGTAGATGGGCTATGCTTGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGA
TACGGAAACTGGGTCAAGGCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTAC
TTGGGAAACCCAGTCCCATGGGGTACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCT
ATTGCCTTTGTTGAGCACCAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCT
GGAGGTGCATTTGACCCTCTTGGATACTCCAAAGACCCTAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAA
GTTAAGGAGATCAAGAACGGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAG
CAATCGGCTTACCCAGGGACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCTGATCCA
GGGCACAAAAACATTGGCGATATTGTTATCCCTCTGAACTAGTGGCTTGTAAAAAATTAG
TAATGTGTCCTATGATGAGCTTCATGTGTATCAAAACTCTCTGTAATGAAAATACAGATT
GTGAAACC
C

QA 1 848 1 848
DS 

RD RR1A629JQ 798 0 0
ACGTTGGCCGTATCAGAATGGCTGCTCACTGGATGCCCGGCGAGCCGCGTCCTGCTTACC
TCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTTGACCCTCTTGGACTTGGAGAGGTTCCAG
AGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTTGCTG
TTCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGATACGGAAACTGGGTCAAGGCTCAAGAAT
GGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACTTGGGAAACCCAGTCCCATGGGGTACTC
TGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTATTGCCTTTGTTGAGCACCAGAGGAGCA
TGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGACCCTCTTGGATACT
CCAAAGACCCTAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAGTTAAGGAGATCAAGAACGGGAGGCTTG
CGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGGACAGGACCAT
TGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCTGATCCATGGCACAAAAACATTGGCGATATTGTTA
TCCCTCTGAACTAGTGGCTTGTAAAAAATTAGTAATGCGTCCTATGATGAGCTTCATGTG
TATCAAAACTCTCTGTAATGAAAATACAGATTGTGAAACCTATGATGTTTTGTCTTGGTG
ATCGACTGCTTCGTGTGAGCTTGAATTCTATGTGGTTTTACTATTTGTAATATCATATTC
CCGATGTTTCATTGAAAC

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1AH95JQ 679 0 0
GAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTTGCT
GTTCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGATACGGAAACTGGGTCAAGGCTCAAGAA
TGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACTTGGGAAACCCAGTCCCATGGGGTACT
CTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTATTGCCTTTGTTGAGCACCAGAGGAGC
ATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGACCCTCTTGGATAC
TCCAAAGACCCTAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAGTTAAGGAGATCAAGAACGGGAGGCTT
GCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGGACAGGACCA
TTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCTGATCCATGGCACAAAAACATTGGCGATATTGTT
ATCCCTCTGAACTAGTGGCTTGTAAAAAATTAGTAATGTGTCCTATGATGAGCTTCATGT
GTATCAAAACTCTCTGTAATGAAAATACAGATTGTGAAACCTATGATGTTTTGTCTTGGT
GATCGACTGCTTCGTGTGAGCTTGAATTCTATGTGGTTTTACTATTTGTAATATCATATT
CCTGATGTTTCATTGAAAC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1B385JQ 713 0 0
TTACCTCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTTGACCCTCTTGGACTTGGAGAGGT
TCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCT
TGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGATACGGAAACTGGGTCAAGGCTCA
AGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACTTGGGAAACCCAGTCCCATGGG*
TACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTATTGCCTTTGTTGAGCACCAGAG
GAGCATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGACCCTCTTGG
ATACTCCAAAGACCCTAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAGTTACGGAGATCAAGAACGGGAG
GCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGGACAGG
ACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCTGATCCATGGCACAAAAACATTGGCGATAT
TGTTATCCCTCTGAACTAGTGGCTTGTAAAAAATTAGTAATGTGTCCTATGATGAGCTTC
ATGTGTATCAAAACTCTCTGTAATGAAAATACAGATTGTGAAACCTATGATGTTTTGTCT
TGGTGATCGACTGCTTCGTGTGAGCTTGAATTCTATGTGGTTTTACTATTTG
C

QA 1 712 1 712
DS 



CO CL240Contig2 428 2 2 U
CCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGACCCTCTTGGATACTCCAAAGACCCC
AAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAGTTAAGGAGATCAAGAACGGGAGGCTTGCGTTGTTGGCC
TTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGGACAGGACCATTGGAGAACTTG
GCTACTCACTTGGCGGATCCATGGCACAAAAACATTGGCGATATTGTTATCCCTCTGAAC
TAGTGACTTGTAAAAAAAATGATAGTAATGTGTCCTATGAGCTGCATGTGTATCAAAACT
CTCTGTAATGAAAAGACAGATTGTGAAACCTATGATGTTTTGTCTTGGTGATCGACTGCT
TCGTGTGAGCTTGAATTCTATGTGATTTTACTATTTGTAATATCATATTCCTGATGTTTC
ATTGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H485JQ C 1
AF RR1A510TF U 90
BS 1 95 RR1H485JQ
BS 96 428 RR1A510TF

RD RR1H485JQ 373 0 0
CCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGACCCTCTTGGATACTCCAAAGACCCC
AAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAGTTAAGGAGATCAAGAACGGGAGGCTTGCGTTGTTGGCC
TTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGGACAGGACCATTGGAGAACTTG
GCTACTCACTTGGCGGATCCATGGCACAAAAACATTGGCGATATTGTTATCCCTTTGAAC
TAGTGACTTGTAAAAAAAATGATAGTAATGTGTCCTATGAGCTGCATGTGTATCAAAACT
CTCTGTAATGAAAAGACAGATTGTGAAACCTATGATGTTTTGTCTTGGTGATCGACTGCT
TCGTGTGAGCTTG

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR1A510TF 339 0 0
CCGGGG
GAACGGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCC
AGGGACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCGGATCCATGGCACAAAAACAT
TGGCGATATTGTTATCCCTCTGAACTAGTGACTTGTAAAAAAAATGATAGTAATGTGTCC
TATGAGCTGCATGTGTATCAAAACTCTCTGTAATGAAAAGACAGATTGTGAAACCTATGA
TGTTTTGTCTTGGTGATCGACTGCTTCGTGTGAGCTTGAATTCTATGTGATTTTACTATT
TGTAATATCATATTCCTGATGTTTCATTGAAAC

QA 7 339 7 339
DS 



AS 1 9

CO CL241Contig1 829 9 14 U
GGAAACAGATTTTGATCGATTCTGGTCACAACTGAGTTGCAACATATTTTGTAGTACACA
GGAAATACAAGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAGCTGTTGG
ATTCGGACAACAATGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGG
GCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATTCTTA
GGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAATGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCT
TCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGACCA
TTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTG
TCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAG
TAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTG
GCGTTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCA
ACGGAGGAGGTGGCAGCTGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGA
GGCTGCTGCTGCTGAGGAGAGAGATGGAGCTTATTTGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAG
GAGAAGAGTAACGGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCGGTTGGCACCGCCACACCCAACGCT
CCGGTGACGCTCCACATTTTCTGAACTGAGTGTGTTTTGATCGAGGCCC


BQ
25 25 25 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 20 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 15 15 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1FW69JQ U 38
AF RR1E080JQ U 1
AF RR1CQ07JQ U 1
AF RR1AW59JQ U 1
AF RR1BG47JQ U 1
AF RR1BG47TF C 4
AF RR1E080TF C 181
AF RR1DQ96TF C 338
AF RR1FW69TF C 489
BS 1 144 RR1AW59JQ
BS 145 145 RR1BG47JQ
BS 146 342 RR1AW59JQ
BS 343 343 RR1BG47JQ
BS 344 547 RR1AW59JQ
BS 548 548 RR1BG47JQ
BS 549 572 RR1AW59JQ
BS 573 573 RR1BG47JQ
BS 574 789 RR1AW59JQ
BS 790 790 RR1BG47JQ
BS 791 798 RR1AW59JQ
BS 799 822 RR1BG47JQ
BS 823 825 RR1E080TF
BS 826 829 RR1DQ96TF

RD RR1FW69JQ 547 0 0
TGCAACATATTTTGTAGTACACAGGAAATACAAGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAAA
GCACTCTAAGACAAAGCTGTTGGATTCGGACAACAATGACAAAAAAAAGTACTACTATGC
TAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGG
GGTATGGCGCCACCCAATTCTTAGGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAGTGAAGGCCA
AGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACT
TCATGAACGTGATCCAGGGACCATTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCC
TTTGAGTGATCTTGGGGGACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAAAAGTCTA
GCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAGTAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTT
CCTCTTCGTCAAGCATGAACTTGGCGTTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTAACTC
CCTTATT

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1E080JQ 585 0 0
GGAAACAGACTTTGATCGATTCTGGTCACAACTGAGTTGCAACATATTTTGTAGTACACA
GGAAATACAAGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAGAGCACTCTAAGACAAAGCTGCTGG
ATTCGGACAACAATGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGG
GCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATTCTTA
GGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAATGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCT
TCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGACCA
TTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTG
TCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAG
TGACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTG
GCGTTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTAACTCCCTTATTA

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1CQ07JQ 736 0 0
GGAAACAGATTTTGATCGATTCTGGTCACAACTGAGTTGCAACATATTTTGTAGTACACA
GGAAATACAAGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAGCTGTTGG
ATTCGGACAACAATGACAAAAAAAGGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGG
GCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATCCTTA
GGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAATGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCT
TCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCGGGGACCA
TTCGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTG
TCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAG
TAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTG
GCGTTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCA
ACGGAGGAGGTGGCAGCGGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGA
GGCTGTTGCTGC***GGAGAGGGATGGAGCTTATTCGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAG
GAGACGAGTAACGGTT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1AW59JQ 798 0 0
GGAAACAGATTTTGATCGATTCTGGTCACAACTGAGTTGCAACATATTTTGTAGTACACA
GGAAATACAAGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAGCTGTTGG
ATTCGGACAACAATGACAAAAAAA*GTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGG
GCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATTCTTA
GGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAATGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCT
TCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGTACGTGATCCAGGGACCA
TTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTG
TCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAG
TAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTG
GCGTTCGTTACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTGACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCA
ACGGAGGAGGTGGCAGCTGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGA
GGCTGCTGCTGCTGAGGAGAGAGATGGAGCTTATTTGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAG
GAGAAGAGTAACGGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCGGTTGGCACCGCCACACCCAACGCT
CCGGTGACGATCCACATT

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1BG47JQ 824 0 0
GGAAACAGATTTTGATCGATTCTGGTCACAACTGAGTTGCAACATATTTTGTAGTACACA
GGAAATACAAGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAGCTGTTGG
ATTCGGACAACAATGACAAAAAAAAGTACTACTACGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGG
GCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATTCTTA
GGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCT
TCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGGCCA
TTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTG
TCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAG
TAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAGCTTG
GCGTTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCA
ACGGAGGAGGTGGCAGCTGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGA
GGCTGCTGCTGCTGAGGAGAGAGATGGAGCTTATTTGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAG
GAGAAGAGTAACGGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCGGTTGGCACCGCCACACCCAACGCT
CCGGTGACGCTCCACATTTTCTGAACTGAGTGTGTTTTGATC
CC

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1BG47TF 821 0 0
AACAGATTTTGATCGATTCTGGTCACAACTGAGTTGCAACATATTTTGTAGTACACAGGA
AATACAAGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAGCTGTTGGATT
CGGACAACAATGACAAAAAAAAGTACTACTACGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGGCA
AGAAGGTTTCCCACCATCCCCGGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATTCTTAGGC
TTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTTCA
AAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGGCCATTG
GTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTGTCG
AGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAGTAA
CGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAGCTTGGCG
TTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCAACG
GAGGAGGTGGCAGCTGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGAGGC
TGCTGCTGCTGAGGAGAGAGATGGAGCTTATTTGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAGGAG
AAGAGTAACGGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCGGTTGGCACCGCCACACCCAACGCTCCG
GTGACGCTCCACATTTTCTGAACTGAGTGTGTTTTGATC
CC

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR1E080TF 649 0 0
GCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATTCTTA
GGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAATGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCT
TCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGACCA
TTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTG
TCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAG
TGACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTG
GCGTTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCA
ACGGAGGAGGTGGCAGCTGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGA
GGCTGCTGCTG***AGGAGAGAGATGGAGCTTATTTGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAG
GAGAAGAGTAACGGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCGGTTGGCACCGCCACACCCAACGCT
CCGGTGACGCTCCACATTTTCTGAACTGAGTGTGTTTTGATCGAG
GCCC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1DQ96TF 492 0 0
TCATGAACGTGATCCAGGGACCATTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCC
TTTGAGTGATCTTGGGGAACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTA
GCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAGTAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTT
CCTCTTCGTCAAGCATGAACTTGGCGTTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTAACTC
CCTTATTATCAGACTGTTGTTCAACGGAGGAGGTGGCAGCTGTTATGAAAGAGGAGGAGG
AGAAATGTGAGGATAGAGACAGAGGCTGCTGCTGCTGAGGAGAGAGATGGAGCTTATTTG
TCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAGGAGAAGAGTAACGGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCGG
TTGGCACCGCCACACCCAACGCTCCGGTGACGCTCCACATTTTCTGAACTGAGTGTGTTT
TGATCGAGGCCC

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1FW69TF 339 0 0
ACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTGGCGTTCGC
TACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCAACGGAGGA
GGTGGCAGCTGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGAGGCTGCTG
CTGCTGAGGAGAGAGATGGAGCTTATTTGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAGGAGAAGAG
TAACGGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCGGTTGGCACCGCCACACCCAACGCTCCGGTGAC
GCTCCACATTTTCTGAACTGAGTGTGTTTTGATC
GAGCC

QA 1 334 1 334
DS 



AS 3 8

CO CL242Contig1 877 2 4 U
GGTAGAAAAGAAGCCAAATAACATTACAGAATCACTAGGCATCGTTTTGCGATTCAGACA
TAAAAGGAGAAACAAGTTTTTGATAGGTAGCAGCAAAGTAGCCCCGATCAGAATATGAGA
GAAAGTGTAGCCATATTACATTACATGTTCTCTGGTTGTTTTTGGTGTCTCTCTATAACC
TGGCCGAAGGACGTGGAGTGTCCCATTCGGTGGTGATGTGGTTACGGGTGATTTCCTTGA
GAGACCTGCACCCACTTAAAGCCATTGTCAGCTCGAACTCATCACGTAGCATTTGAAGCA
CTTTTCTGACTCCAGCCTCTCCTTCAGCAGCAAGTGAGAATACCACTGGTCTTCCAATAA
ATATCCCTGAGGCTCCAAGAGCAAGTGCCTTGAAAACATCTGTGCCACGTCTAACACCAC
CATCCAAGAAGACAGGGATACGTCCTTGTGTCGCTTTGACAACCTCTTCCAGGGCTGAGA
TTGTTGCTGGGACATAGTCAAGCTGGCGAGCTCCATGGTTTGACACAATGATCCCGGCTG
CTCCAGCTTGAACCGCTATCCTTGCATCCTCTCCTGTAATAACACCCTTGACAAGAATCG
GCATTTTGGTAATTGTCTGGAGCCACTGGACATCCTTCCAGCTCAAGGTACGGTCAATTT
GACCAGCAACATATGAAGCCAAGCCAGAGTCATTGGCCTCGTCCATCTTTCCGAGGTCAA
GACCTTCAAAGTTCTTCAATGTCAGGTTTGGAGGCAAAGTAAATCTGTTCTTGATATCAG
ACTCTCTGCGACCTAGCCTTGGGGTGTCTACAGTGAGAGCAATGGCTTTAAACCCTGCTC
TCTCAGCTCTTCTCACCAGCTGCTAAACGACGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW10JQ U 1
AF RR1DH94TF C 250
BS 1 259 RR1DW10JQ
BS 260 260 RR1DH94TF
BS 261 727 RR1DW10JQ
BS 728 877 RR1DH94TF

RD RR1DW10JQ 727 0 0
GGTAGAAAAGAAGCCAAATAACATTACAGAATCACTAGGCATCGTTTTGCGATTCAGACA
TAAAAGGAGAAACAAGTTTTTGATAGGTAGCAGCAAAGTAGCCCCGATCAGAATATGAGA
GAAAGTGTAGCCATATTACATTACATGTTCTCTGGTTGTTTTTGGTGTCTCTCTATAACC
TGGCCGAAGGACGTGGAGTGTCCCATTCGGTGGTGATGTGGTTACGGGTGATTTCCTTGA
GAGACCTGCACCCACTTAACGCCATTGTCAGCTCGAACTCATCACGTAGCATTTGAAGCA
CTTTTCTGACTCCAGCCTCTCCTTCAGCAGCAAGTGAGAATACCACTGGTCTTCCAATAA
ATATCCCTGAGGCTCCAAGAGCAAGTGCCTTGAAAACATCTGTGCCACGTCTAACACCAC
CATCCAAGAAGACAGGGATACGTCCTTGTGTCGCTTTGACAACCTCTTCCAGGGCTGAGA
TTGTTGCTGGGACATAGTCAAGCTGGCGAGCTCCATGGTTTGACACAATGATCCCGGCTG
CTCCAGCTTGAACCGCTATCCTTGCATCCTCTCCTGTAATAACACCCTTGACAAGAATCG
GCATTTTGGTAATTGTCTGGAGCCACTGGACATCCTTCCAGCTCAAGGTACGGTCAATTT
GACCAGCAACATATGAAGCCAAGCCAGAGTCATTGGCCTCGTCCATCTTTCCGAGGTCAA
GACCTTC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1DH94TF 628 0 0
ACCCACTTAAAGCCATTGTCAGCTCGAACTCATCACGTAGCATTTGAAGCACTTTTCTGA
CTCCAGCCTCTCCTTCAGCAGCAAGTGAGAATACCACTGGTCTTCCAATAAATATCCCTG
AGGCTCCAAGAGCAAGTGCCTTGAAAACATCTGTGCCACGTCTAACACCACCATCCAAGA
AGACAGGGATACGTCCTTGTGTCGCTTTGACAACCTCTTCCAGGGCTGAGATTGTTGCTG
GGACATAGTCAAGCTGGCGAGCTCCATGGTTTGACACAATGATCCCGGCTGCTCCAGCTT
GAACCGCTATCCTTGCATCCTCTCCTGTAATAACACCCTTGACAAGAATCGGCATTTTGG
TAATTGTCTGGAGCCACTGGACATCCTTCCAGCTCAAGGTACGGTCAATTTGACCAGCAA
CATATGAAGCCAAGCCAGAGTCATTGGCCTCGTCCATCTTTCCGAGGTCAAGACCTTCAA
AGTTCTTCAATGTCAGGTTTGGAGGCAAAGTAAATCTGTTCTTGATATCAGACTCTCTGC
GACCTAGCCTTGGGGTGTCTACAGTGAGAGCAATGGCTTTAAACCCTGCTCTCTCAGCTC
TTCTCACCAGCTGCTAAACGACGTTCCC

QA 1 628 1 628
DS 



CO CL242Contig2 516 2 10 U
GGAAGGTTTCTTTACCAGTCACAACTTTCATTCTCTCCGGAGAGCTTAGTTCCCCGTCAA
AGAATAACATCTGAAAATGGAGGTCACAAACGTTACCGAGTATGAAGCGATTGCAAAGGA
GAAGTTGCCAAAGATGGTATACGACTACTATGCCTCTGGAGCAGAGGACCAATGGACTCT
TCAGGAGAACCGAAACGCTTTTGCAAGGATCCTCTTTCGTCCACGGATTCTGATTGATGT
GAGCAAGATTGATATGACAACAACCATATTGGGGTTCAAGATCTCCATGCCCATCATGGT
TGCTCCTACTGCCATGCAGAAGATGGCTCACCCGGAAGGAGAATATGCTACGGCTAGAGC
TGCCTCTGCTACTGGAACCATCATGACGCTATCTTCATGGGCTACTTCCAGCGTTGAGGA
AGTTGCTTCCACAGGGCCAGGGATTCGTTTTTTCCAGCTCTATGTATACAAGAACAGGAA
CGTCGTTGAGCAGCTGGTGAGAAGAGCTGAGAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW10TF U 1
AF RR1FT58TF U 35
BS 1 117 RR1DW10TF
BS 118 118 RR1FT58TF
BS 119 171 RR1DW10TF
BS 172 172 RR1FT58TF
BS 173 370 RR1DW10TF
BS 371 371 RR1FT58TF
BS 372 411 RR1DW10TF
BS 412 412 RR1FT58TF
BS 413 480 RR1DW10TF
BS 481 516 RR1FT58TF

RD RR1DW10TF 483 0 0
GGAAGGTTTCTTTACCAGTCACAACTTTCATTCTCTCCGGAGAGCTTAGTTCCCCGTCAA
AGAATAACATCTGAAAATGGAGGTCACAAACGTTACCGAGTATGAAGCGATTGCAAATGA
GAAGTTGCCAAAGATGGTATACGACTACTATGCCTCTGGAGCAGAGGACCAGTGGACTCT
TCAGGAGAACCGAAACGCTTTTGCAAGGATCCTCTTTCGTCCACGGATTCTGATTGATGT
GAGCAAGATTGATATGACAACAACCATATTGGGGTTCAAGATCTCCATGCCCATCATGGT
TGCTCCTACTGCCATGCAGAAGATGGCTCACCCGGAAGGAGAATATGCTACGGCTAGAGC
TGCCTCTGCTGCTGGAACCATCATGACGCTATCTTCATGGGCTACTTCCAGTGTTGAGGA
AGTTGCTTCCACAGGGCCAGGGATTCGTTTTTTCCAGCTCTATGTATACAAGAACAGGAA
CGT

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR1FT58TF 482 0 0
CTCCGGAGAGCTTAGTTCCCCGTCAAAGAATAACATCTGAAAATGGAGGTCACAAACGTT
ACCGAGTATGAAGCGATTGCAAAGGAGAAGTTGCCAAAGATGGTATACTACTACTATGCC
TCTGGAGCAGAGGACCAATGGACTCTTCAGGAGAACCGAAACGCTTTTGCAAGGATCCTC
TTTCGTCCACGGATTCTGATTGATGTGAGCAAGATTGATATGACAACAACCATCTTGGGG
TTCAAGATCTCCATGCCCATCATGGTTGCTCCTACTGCCATGCAGAAGATGGCTCACCCG
GAAGGAGAATATGCTACGGCTAGAGCTGCCTCTGCTACTGGAACCATCATGACGCTATCT
TCATGGGCTACTTCCAGCGTTGAGGAAGTTGCTTCCACAGGGCCAGGGATTCGTTTTTTC
CAGCTCTATGTATACAAGAACAGGAACGTCGTTGAGCAGCTGGTGAGAAGAGCTGAGAGA
GC

QA 1 482 1 482
DS 



CO CL242Contig3 1033 4 30 U
ACAAGGGAATCTCTAGTCATTGTTTTGTGAGTTTTGGATACAACAGAAAAACCATTCTTT
TGAAATAAATAGCCAAAGAGATCAATCAGAAGAATATCAATAGGTTGAATCCATTGTGTA
GCTCTGTGTTGTTGCTATTCTCTGGTTTATTGTCTTTTTCTTCTTTTGTTTGCCTCTCTC
TATAACTTGGGCAAATGGCGTGGAGTCTCCCACTCGGTGATAATGTGGTTCCGAGTGATC
TCACTGAGTGACCTGCACCCACTTAACGCCATGGTTAGCTCGAACTCATCGCGTAACATT
TGAAGCACTTTTCTGACTCCAGCTTCTCCTTCAGCAGCTAGTGAGAACACCACTGGTCTA
CCAATAAATATCCCGG*AAGCTCCAAGTGCAAGTGCCTTGAAGACATCAGTTCCACGTCG
AACACCACCGTCCAAGAAGACAGGAACTCGTCCTTGTGTCGCTTTAACAACCTCTTCAAG
GGCTGAGATTGTTGCTGGGACATAGTCAAGCTGACGAGCTCCATGGTTTGACACAATGAT
CCCTGCTGCTCCAGCTTGAATCGCTATCCTTGCATCTTCTCCTGTAAGAACACCCTTGAC
AAGAATTGGCATGCTGGTGATTGTCTGGAGCCACTGGACGTCCTTCCAGCTCAAGGTACG
GTCAATTTGACCAGCAACATATGAAGCCAAGCCAGAGTCATTGGCCTCGTCCATCTTTCC
GAGGTCAAGACCTTCAAAGTTCTTCAATGTCAAGTTTGGAGGCAAAGTGAATCTGTTCTT
GATATCAGACTCTCTGCGACCTAGCCTTGGGGTGTCTACAGTGAGAGCAATGGCTTTGAA
CCCTGCCTTCTCTGCTCTTCTCACGAGCTGCTCAACCACTTTCCTGTTCTTGTATACATA
GAGCTGGAAGAATCGGATCCCTGGACCTGTGGAAGCAACTTCTTCAACGCTGGAAGTAGC
CCATGAGGAGAGTGTCATGATGGTTCCAGCGGCAGACGCAGCTCTAGCCGTAGCATATTC
ACCTTCAGGATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 0 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E421TF C 178
AF RR1CS37JQ U 172
AF RR1F652JQ U 1
AF RR1CS37TF C 333
BS 1 177 RR1F652JQ
BS 178 178 RR1CS37JQ
BS 179 250 RR1F652JQ
BS 251 251 RR1CS37JQ
BS 252 358 RR1F652JQ
BS 359 359 RR1CS37JQ
BS 360 374 RR1F652JQ
BS 375 375 RR1CS37JQ
BS 376 378 RR1F652JQ
BS 379 379 RR1CS37JQ
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BS 740 800 RR1F652JQ
BS 801 801 RR1CS37JQ
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BS 853 853 RR1CS37TF
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BS 860 874 RR1F652JQ
BS 875 1033 RR1CS37TF

RD RR1E421TF 566 0 0
T
TCTATAACTTGGGCAAATGGCGTGGAGTCTCCCACTCGGTGATAATGTGGTTCCGAGTGA
TCTCACTGAGTGACCTGCACCCACTTAACGCCATGGTTAGCTCGAACTCATCGCGTAACA
TTTGAAGCACTTTTCTGACTCCAGCTTCTCCTTCAGCAGCTAGTGAGAACACCACTGGTC
TACCAATAAATATCCCTG*AGGCTCCAAGTGCAAGTGCCTTGAAGACATCAGTTCCACGT
CGAACACCACCGTCCAAGAAGACAGGAACTCGTCCTTGTGTCGCTTTAACAACCTCTTCA
AGGGCTGAGATTGTTGCTGGGACATAGTCAAGCTGACGAGCTCCATGGTTTGACACAATG
ATCCCTGCTGCTCCAGCTTGAATCGCTATCCTTGCATCTTCTCCTGTAAGAACACCCTTG
ACAAGAATTGGCATGCTGGTGATTGTCTGGAGCCACTGGACGTCCTTCCAGCTCAAGGTA
CGGTCAATTTGACCAGCAACATATGAAGCCAAGCCAGAGTCATTGGCCTCGTCCATCTTT
CCGAGGTCAAGACCTTCAAA
ATTCC

QA 2 561 2 561
DS 

RD RR1CS37JQ 666 0 0
GGC
TCTCTCTATAACTTGGGCAAATGGCGTGGAGTCTCCCACTCGGTGATAATGTGGTTCCGA
GTGGTCTCACTGAGAGACCTGCACCCACTTAGTGCCATGGTTAGCTCGAACTCATCGCGT
AACATTTGAAGCACTTTTCTGACTCCAGCTTCTCCTTCAGCGGCTAGTGAGAACACCACT
GGTCTACCAATGAATATCCCGG*AAGCTCCAAGTGCAAGTGCCTTGAAGACATCAGTTCC
ACGTCGAACACCACCGTCCAAGAAGACAGGAACTCGTCCTTGTGTCGCTTTAACAACCTC
TTCAAGGGCTGAGATTGTTGCTGGGACATAGTCAAGCTGACGAGCTCCATGGTTTGACAC
AATGATCCCTGCTGCTCCAGCTTGAATCGCTATCCTTGCATCTTCTCCTGTAAGAACACC
CTTGACAAGAATTGGCATGCTGGTGATTGTCTGGAGCCACTGGACGTCCTTCCAGCTCAA
GGTACGGTCAATTTGACCAGCAACATATGAAGCCAAGCCAGAGTCATTGGCCTCGTCCAT
CTTTCCGAGGTCAAGACCTTCAAAGTTCTTCAATGTCAAGTTTGGAGGCAAAGTGAATCT
GTTCTTGATATCAGACTCTCTGCGACCTAGCCTTGGGGTGTCTACAGTGAGAGCAATGGC
TTT

QA 4 666 4 666
DS 

RD RR1F652JQ 875 0 0
ACAAGGGAATCTCTAGTCATTGTTTTGTGAGTTTTGGATACAACAGAAAAACCATTCTTT
TGAAATAAATAGCCAAAGAGATCAATCAGAAGAATATCAATAGGTTGAATCCATTGTGTA
GCTCTGTGTTGTTGCTATTCTCTGGTTTATTGTCTTTTTCTTCTTTTGTTTGCCTCTTTC
TATAACTTGGGCAAATGGCGTGGAGTCTCCCACTCGGTGATAATGTGGTTCCGAGTGATC
TCACTGAGTGGCCTGCACCCACTTAACGCCATGGTTAGCTCGAACTCATCGCGTAACATT
TGAAGCACTTTTCTGACTCCAGCTTCTCCTTCAGCAGCTAGTGAGAACACCACTGGTCCA
CCAATAAATATCCCTG*AGGCTCCAAGTGCAAGTGCCTTGAAGACGTCAGTTCCACGTCG
AACACCACCGTCCAAGAAGACAGGAACTCGTCCTTGTGTCGCTTTAACGACCTCTTCAAG
GGCTGAAATTGTTGCTGGGACATAGTCAAGCTGACGAGCTCCATGGTTTGACACAATGAT
CCCTGCTGCTCCAGCTTGAATCGCTATCCTTGCATCTTCTCCTGTAAGAACACCCTTGAC
AAGAATTGGCATGCTGGTGATTGTCTGGAGCCACTGGACGTCCTTCCAGCTCAAGGTACG
GTCAATTTGACCAGCAACATATGAAGCCAAGCCAGAGTCATTGGCCTCGTCCATCTTTCC
GAGGTCAAGACCTTCAAA*TTCTTCAATGTCAAGTTTGGAGGCAAAGTGAATCTGTTCTT
GATATCAGACTCTCTGCGAC*TAGCCTTGGGGTGTCTACAGTGAGAGCA*TGGCTTTGA*
CCCTGCCTTCTC*GCTCT*CTCACGAGCTGCTCA
C

QA 1 874 1 874
DS 

RD RR1CS37TF 701 0 0
AGCG
GCTAGTGAGAACACCACTGGTCTACCAATGAATATCCCGGGAAGCTCCAAGTGCAAGTGC
CTTGAAGACATCAGTTCCACGTCGAACACCACCGTCCAAGAAGACAGGAACTCGTCCTTG
TGTCGCTTTAACAACCTCTTCAAGGGCTGAGATTGTTGCTGGGACATAGTCAAGCTGACG
AGCTCCATGGTTTGACACAATGATCCCTGCTGCTCCAGCTTGAATCGCTATCCTTGCATC
TTCTCCTGTAAGAACACCCTTGACAAGAATTGGCATGCTGGTGATTGTCTGGAGCCACTG
GACGTCCTTCCAGCTCAAGGTACGGTCAATTTGACCAGCAACATATGAAGCCAAGCCAGA
GTCATTGGCCTCGTCCATCTTTCCGAGGTCAAGACCTTCAAAGTTCTTCAATGTCAAGTT
TGGAGGCAAAGTGAATCTGTTCTTGATATCAGACTCTCTGCGACCTAGCCTTGGGGTGTC
TACAGTGAGAGCAATGGCTTTGAACCCTGCCTTCTCTGCTCTTCTCACGAGCTGCTCAAC
CACTTTCCTGTTCTTGTATACATAGAGCTGGAAGAATCGGATCCCTGGACCTGTGGAAGC
AACTTCTTCAACGCTGGAAGTAGCCCATGAGGAGAGTGTCATGATGGTTCCAGCGGCAGA
CGCAGCTCTAGCCGTAGCATATTCACCTTCAGGATGC

QA 5 701 5 701
DS 



AS 1 12

CO CL243Contig1 1098 12 18 U
CCAATCCAATCAATCGCATAAAACTTCTTCAAAGAAAAGATAAAGAGAGAGAGAAAGATG
TCGGCAGAGGAAGAAACCGTTCCAACCAACGTCGAAGAGACGGTGACTGCACCGGCGGCG
AGTGAGAAGAAAGCGAAGAAGACGAAGGAAGCTAAAGCTCCGAAGAAGAAGCCTGCTGCG
AAAGCTCCGAGGAAGAGATCTTCTTCTTCTTCTCACCCAACCTACGAAGAGATGATTAAA
GACGCGATCACGACGTTGAAGGAGAGAACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTG
ATAGAGGAGAAGCAGAAGACGCTTCCTCCCACCTTCAGGAAGCTTCTCCTCGTCAATCTC
AAGAGACTCGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGGCTCCTTCAAGCTCCCCTCC
TCCGCTACTAAATCAACCGCCGTTGCTGCTCCTGCTCCTAAACCGTCTGCTCCGGTTAAG
AAGAAGGCGACCGTTGCTAAACCGAAGGCTGCTAAACCGGCGGCGAAAGGATCCAAGAAG
ACCAAAGCTGCTGTAGCTGTGAAGCCCAAGGCTAAAGTCGTCGCTGCTAAACCTAAACCG
AAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTCCAAGACTAAAGCTATTGCTGCTGCTAAGCCTAAG
GCTAAAGAGAGACCTGCTAAAGCGGCGAGGACTTCGACTAGAACTTCTCCAGGGAAGAAG
AAGGCTGCTCCTCCTGCTAAGAAAGCCGCAGCGGCTGTAACTAAAAAGGCAAAGGCCAAG
GCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGCGAAGGCTGTAAAGTCTCCGGCGAAGAGGGTTTCGACG
AGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAAGATTGGGGTTTAGGGTTAGTGAATTGGGGAGATTGAA
TGAATGAATGAATGAATACATGTGTTGTAATGGTGGTTAGAGCTTCTCTTAGGGGGTAGT
CTTTGTATAATTTGAATCATATCCTTTGAAGAAGCTTTTTGCTTTTTATCTTTGTTTCTG
GTTTCTTCTTGAAACCACCCTTTTGTTCCTTGTTGTAATTTTTGTGTTTGTTTTGAAATT
AAAGCTTCTTACATGGTC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 50 65 60 60 60 60 60 60 60 60 0 
60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 
35 35 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1F642TF U 14
AF RR1EJ11TF U 1
AF RR1DQ43TF U 1
AF RR1BJ42TF U 14
AF RR1EQ17TF U 1
AF RR1GM90TF U 1
AF RR1GM90JQ C 594
AF RR1EJ11JQ C 330
AF RR1DQ43JQ C 409
AF RR1BJ42JQ C 228
AF RR1F642JQ C 468
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BS 1 341 RR1DQ43TF
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BS 343 570 RR1DQ43TF
BS 571 571 RR1EJ11TF
BS 572 659 RR1DQ43TF
BS 660 660 RR1BJ42JQ
BS 661 680 RR1DQ43TF
BS 681 681 RR1EQ17TF
BS 682 702 RR1DQ43TF
BS 703 723 RR1EQ17TF
BS 724 724 RR1BJ42JQ
BS 725 735 RR1EQ17TF
BS 736 759 RR1GM90TF
BS 760 917 RR1BJ42JQ
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GG
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AGATCTTCTTCTTCTTCTCACCCAACCTACGAAGAGATGATTAAAGACGCGATCACGACG
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ACCGCCGTTGCTGCTCCTGCTCCTAAACCGTCTGCTCCGGTTAAGAAGAAGGCGACCGTT
GCTAAACC

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DS 

RD RR1EJ11TF 651 0 0
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DS 

RD RR1DQ43TF 714 0 0
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GACGCGATCACGACGTTGAAGGAGAGAACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTG
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AAGAAGGCGACCGTTGCTAAACCGAAGGCTGCTAAACCGGCGGCGAAAGGATCCAAGAAG
ACCAAAGCTGCTGTAGCTGTGAAGCCCAAG*CTAAAGTCGTCGCTGCTAAACCTAAACCG
AAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTCCAAGACTAAAGCTATTGCTGCTGCTAAGCCTAA*
GCTAAAGAGAGACCTGCTAA*GCGGCGAGGACTTCGACTAGA
CTTCTCAGGGAG

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DS 

RD RR1BJ42TF 705 0 0
GG
GCATAAAACTTCTTCAAAGAAAAGATAAAGAGAGAGAGAAAGATGTCGGCAGAGGAAGAA
ACCGTTCCAACCAACGTCGTAGAGACGGTGACTGCACCGGCGGCGAGTGAGAAGAAAGCG
AAGAAGACGAAGGAAGCTAAAGCTCCGAAGAAGAAGCCTGCTGCGAAAGCTCCGAGGAAG
AGATCTTCTTCTTCTTCTCACCCAACCTACGAAGAGATGATTAAAGACGCGATCACGACG
TTGAAGGAGAGAACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTGATAGAGGAGAAGCAG
AAGACGCTTCCTCCCACCTTCAGGAAGCTTCTCCTCGTCAATCTCAAGAGACTCGTCGCT
TCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGGCTCCTTCAAGCTCCCCTCCTCCGCTACTAAATCA
ACCGCCGTTGCTGCTCCTGCTCCTAAACCGTCTGCTCCGGTTAAGAAGAAGGCGACCGTT
GCTAAACCGAAGGCTGCTAAACCGGCGGCGAAAGGATCCAAGAAGACCAAAGCTGCTGTA
GCTGTGAAGCCCAAGGCTAAAGTCGTCGCTGCTAAACCTAAACCGAAGACGAAGACAGTG
GCTGCTGTGTCCAAGACTAAAGCTATTGCTGCTGCTAAGCCTAAAGCTAAAAAGAGACCT
GCTAAAGCGGCGAGGACTTCGACTAGAACTTCTCCAGGGAAGA

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DS 

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AAAGCTCCGAGGAAGAGATCTTCTTCTTCTTCTCACCCAACCTACGAAGAGATGATTAAA
GACGCGATCACGACGTTGAAGGAGAGAACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTG
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AAGAGACTCGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGGCTCCTTCAAGCTCCCCTCC
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AAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTCCAAGACTAAAGCTATTGCTGTTGCTAAGCCTAA*
GCTAAAGAGAGACCTGCTAAAGCGGCGAGGACTTCGACTAGAACTTCTCCAGGGAAGAAG
AAG*CTGCTCCTCCT
ACT

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DS 

RD RR1GM90TF 760 0 0
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AGTGAGAAGAAAGCTAAGAAGACGAAGGAAGCTAAAGCTCCGAAGAAGAAGCCTGCTGCG
AAAGCTCCGAGGAAGAGATCTTCTTCTTCTTCTCACCCAACCTACGAAGAGATGATTAAA
GACGCGATCACGACGTTGAAGGAGAGAACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTG
ATAGAGGAGAAGCAGAAGACGCTTCCTCCCACCTTCAGGAAGCTTCTCCTCGTCAATCTC
AAGAGACTCGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGGCTCCTTCAAGCTCCCCTCC
TCCGCTACTAAATCAACCGCCGTTGCTGCTCCTGCTCCTAAACCGTCTGCTCCGGTTAAG
AAGAAGGCGACCGTTGCTAAACCGAAGGCTGCTAAACCGGCGGCGAAAGGATCCAAGAAG
ACCAAAGCTGCTGTAGCTGTGAAGCCCAAGGCTAAAGTCGTCGCTGCTAAACCTAAACCG
AAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTCCAAGACTAAAGCTATTGCTGCTGCTAAGCCTAAC
GCTAAAGAGAGACCTGCTAAAGCGGCGAGGACTTCGACTAGAACTTCTCCAGGGAAGAAG
A*G*CTGCTCCTCCTGCTAAGAAAGCCGCAGCGGCTGTA
C

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1GM90JQ 344 0 0
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GCCTAAGGCTAAAGAGAGACCTGCTAAAGCGGGGAGGACTTCGACTAGAACTTTTCCAGG
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TTTGACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAAGATTGGGGTTTAGGGTTAGTGAATTGGGGA
GATTGAATGAATGAATGAATGAATACATGTGTTGTAATGG
GGGT

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR1EJ11JQ 746 0 0
CCA
CTTCAGGAATCTTCTCCTCGTCAATCTCAAGAGACTCGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAA
AGTCAAAGGCTCCTTCAAGCTCCCCTCCTCCGCTACTAAATCAACCGCCGTTGCTGCTCC
TGCTCCTAAACCGTCTGCTCCGGTTAAGAAGAAGGCGACCGTTGCTAAACCGAAGGCTGC
TAAACCGGCGGCGAAAGGATCCAAGAAGACCAAAGCTGCTGTAGCTGTGAAGCCCAAGGC
TAAAGTCGTCGCTGCTAAACCTAAACCGAAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTCCAAGAC
TAAAGCTATTGCTGCTGCTAAGCCTAAGGCTAAAGAGAGACCTGCTAAAGCGGCGAGGAC
TTCGACTAGAACTTCTCCAGGGAAGAAGAAGGCTGCTCCTCCTGCTAAGAAAGCCGCAGC
GGCTGTAACTAAAAAGGCAAAGGCCAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGCGAAGGCTGT
AAAGTCTCCGGCGAAGAGGGTTTCGACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAAGATTGGGGT
TTAGGGTTAGTGAATTGGGGAGATTGAATGAATGAATGAATGAATACATGTGTTGTAATG
GTGGTTAGAGCTTCTCTTAGGGGGTAGTCTTTGTATAATTTGAATCATATCCTTTGAAGA
AGCTTTTTGCTTTTTATCTTTGTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCCCCCTTTTGTTCCTTG
TTGTAATTTTTGTGTTTGTTT
CG

QA 4 744 4 744
DS 

RD RR1DQ43JQ 667 0 0
AAGCTCCCCTCCTCCGCTACTAAATCAACCGCCGTTGCTGCTCCTGCTCCTAAACCGTCT
GCTCCGGTTAAGAAGAAGGCGACCGTTGCTAAACCGAAGGCTGCTAAACCGGCGGCGAAA
GGATCCAAGAAGACCAAAGCTGCTGTAGCTGTGAAGCCCAAGGCTAAAGTCGTCGCTGCT
AAACCTAAACCGAAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTCCAAGACTAAAGCTATTGCTGCT
GCTAAGCCTAAGGCTAAAGAGAGACCTGCTAAAGCGGCGAGGACTTCGACTAGAACTTCT
CCAGGGAAGAAGAAGGCTGCTCCTCCTGCTAAGAAAGCCGCAGCGGCTGTAACTAAAAAG
GCAAAGGCCAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGCGAAGGCTGTAAAGTCTCCGGCGAAG
AGGGTTTCGACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAAGATTGGGGTTTAGGGTTAGTGAATT
GGGGAGATTGAATGAATGAATGAATGAATACATGTGTTGTAATGGTGGTTAGAGCTTCTC
TTAGGGGGTAGTCTTTGTATAATTTGAATCATATCCTTTGAAGAAGCTTTTTGCTTTTTA
TCTTTGTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCACCCTTTTGTTCCTTGTTGTAATTTTTGTGTT
TGTTT
CG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1BJ42JQ 871 0 0
AGAGATGATTAAAGACGCGATCACGACGTTGAAGGAGAGAACCGGATCTAGCCAATACGC
GATTCAGAAGTTGATAGAGGAGAAGCAGAAGACGCTTCCTCCCACCTTCAGGAAGCTTCT
CCTCGTCAATCTCAAGAGACTCGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGGCTCCTT
CAAGCTCCCCTCCTCCGCTACTAAATCAACCGCCGTTGCTGCTCCTGCTCCTAAACCGTC
TGCTCCGGTTAAGAAGAAGGCGACCGTTGCTAAACCGAAGGCTGCTAAACCGGCGGCGAA
AGGATCCAAGAAGACCAAAGCTGCTGTAGCTGTGAAGCCCAAGGCTAAAGTCGTCGCTGC
TAAACCTAAACCGAAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTCCAAGACTAAAGCTATTGCTGC
TGCTAAGCCTAAGGCTAAAAAGAGACCTGCTAAAGCGGCGAGGACTTCGACTAGAACTTC
TCCAGGGAAGAAGAAGGCTGCTCCTCCTGCTAAGAAAGCCGCAGCGGCTGTAACTAAAAA
GGCAAAGGCCAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGCGAAGGCTGTAAAGTCTCCGGCGAA
GAGGGTTTCGACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAAGATTGGGGTTTAGGGTTAGTGAAT
TGGGGAGATTGAATGAATGAATGAATGAATGCATGTGTTGTAATGGTGGTTAGAGCTTCT
CTTAGGGGGTAGTCTTTGTATAATTTGAATCATATCCTTTGAAGAAGCTTTTTGCTTTTT
ATCTTTGTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCCCCCTTTTGTTCCTTGTTGTAATTTTTGTGT
TTGTTTTGAAATTAAAGCTTCTTACATGGTC

QA 1 871 1 871
DS 

RD RR1F642JQ 631 0 0
TGCTCCGGTTAAGAAGAAGGCGACCGTTGCTAAACCGAAGGCTGCTAAACCGGCGGCGAA
AGGATCCAAGAAGACCAAAGCTGCTGTAGCTGTGAAGCCCAAGGCTAAAGTCGTCGCTGC
TAAACCTAAACCGAAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTCCAAGACTAAAGCTATTGCTGC
TGCTAAGCCTAAGGCTAAAAAGAGACCTGCTAAAGCGGCGAGGACTTCGACTAGAACTTC
TCCAGGGAAGAAGAAGGCTGCTCCTCCTGCTAAGAAAGCCGCAGCGGCTGTAACTAAAAA
GGCAAAGGCCAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGCGAAGGCTGTAAAGTCTCCGGCGAA
GAGGGTTTCGACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAAGATTGGGGTTTAGGGTTAGTGAAT
TGGGGAGATTGAATGAATGAATGAATGAATGCATGTGTTGTAATGGTGGTTAGAGCTTCT
CTTAGGGGGTAGTCTTTGTATAATTTGAATCATATCCTTTGAAGAAGCTTTTTGCTTTTT
ATCTTTGTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCACCCTTTTGTTCCTTGTTGTAATTTTTGTGT
TTGTTTTGAAATTAAAGCTTCTTACATGGT
C

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1G229JQ 758 0 0
AAGCTTCTCCTCGTCAATCTCAAGAGACTCGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAA
GGCTCCTTCAAGCTCCCCTCCTCCGCTACTAAATCAACCGCCGTTGCTGCTCCTGCTCCT
AAACCGTCTGCTCCGGTTAAGAAGAAGGCGACCGTTGCTAAACCGAAGGCTGCTAAACCG
GCGGCGAAAGGATCCAAGAAGACCAAAGCTGCTGTAGCTGTGAAGCCCAAGGCTAAAGTC
GTCGCTGCTAAACCTAAACCGAAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTCCAAGACTAAAGCT
ATTGCTGCTGCTAAGCCTAAGGCTAAAGAGAGACCTGCTAAAGCGGCGAGGACTTCGACT
AGAACTTCTCCAGGGAAGAAGAAGGCTGCTCCTCCTGCTAAGAAAGCCGCAGCGGCTGTA
ACTAAAAAGGCAAAGGCCAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGCGAAGGCTGTAAAGTCT
CCGGCGAAGAGGGTTTCGACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAAGATTGGGGTTTAGGGT
TAGTGAATTGGGGAGATTGAATGAATGAATGAATGAATACATGTGTTGTAATGGTGGTTA
GAGCTTCTCTTAGGGGGTAGTCTTTGTATAATTTGAATCATATCCTTTGAAGAAGCTTTT
TGCTTTTTATCTTTGTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCACCCTTTTGTTCCTTGTTGTAAT
TTTTGTGTTTGTTTTGAAATTAAAGCTTCTTACATGGT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 10

CO CL244Contig1 926 10 27 U
GGAGTCTCCTTCCTCCTCCTCCTATAAAACTCCGCCACTCGTCCCTTCTCTTCTCCGGAT
CCCATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACATCCAAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACAATCA
CCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGCCACCATGCGGGTTCTCG
CTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGCTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCGGTT
CTCACAAGCAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAG
ACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCAATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACA
GTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGG
TCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGC
GTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACC*ACCGATCCAGCCGCTGTCCAGGAGCTAGAA
GGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTC
GCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTCCACCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATG
GGTACCGACTCCAAGGAGCTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTGCCGAGTGGGTCAAGAAG
ATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTAAGGTCGTTGACCTCCAGAAGCAGTAACCAACGAGG
CTTTTGTTTCATTTTAAATAAAATGATTGTACCTCTCTGTGTGTTTTGTGTTAGTATTGT
AATCTTCTTTTCACTTTCTTACCCTTTTCCTCTGTTTGTGTGTTTGTTGGGTCGTCGTTT
ATGTGCAATAAAACAACATTCTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 
60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 15 55 55 55 55 50 50 50 50 50 35 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1B155JQ C 201
AF RR1D856TF U 1
AF RR1GK57TF U 57
AF RR1EH23TF U 57
AF RR1B155TF U 57
AF RR1AH28TF U 212
AF RR1D856JQ C 206
AF RR1EH23JQ C 260
AF RR1GK57JQ C 283
AF RR1AH28JQ C 212
BS 1 56 RR1D856TF
BS 57 58 RR1GK57TF
BS 59 169 RR1D856TF
BS 170 170 RR1GK57TF
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BS 579 579 RR1GK57TF
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BS 886 921 RR1D856JQ
BS 922 926 RR1AH28JQ

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GAGTCACGAGCCATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTT
ATGTGCCCAGGGTGCAACAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGT
CAACAGTTTGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTT
GGCATGACCCACCGATCCAGCCGCTGTCCAAGAGCTCGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTT
GGATATCTACGAGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTT
GGCTGATCTCC

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR1D856TF 694 0 0
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CCCATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACATCCAAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACAATCA
CCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGCCACCATACGGGTTCTCG
CTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGCTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCGGTT
CTCACAAGCAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAG
ACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCAATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACA
GTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGG
TCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGC
GTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACC*ACCGATCCAGCCGCTGTCCAGGAGCTAGAA
GGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCAAGACTCTCCAAATCTGAGTTCCTC
GCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTCCACCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATG
GGTACCGACTCCAAG*AGCTCTTTGAGTCTCGCC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1GK57TF 614 0 0
GGATCCCATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACATCCAAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACA
ATCACCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGCCACCATGCGGGTT
CTCGCTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGCTGATCCCCGTCGACATGAGAGCC
GGTTCTCACAAGCAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTC
CAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCAATCACAGAGTACATAGCGGATGAA
TACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACC
AAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTC
GAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACC*ACCGATCCAGCCGCTGTCCAGGAGCT
AGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTT
CCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTCCACCACCTCCCTGTCATCCACTACTT
GATGGGTACCGACT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1EH23TF 686 0 0
GGATCCCATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACATCCAAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACA
ATCACCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCAGGTCCACCGCCACCATGCGGGTT
CTCGCTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGCTGATCCCCGTCGACATGAGAGCC
GGTGCTCACAAGCAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTC
CAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCCATCACAGAGTACATAGCGGATGAA
TACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAACAAAGTCAAGGCAATCACC
AAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTTGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTC
GAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACC*ACCGATCCAGCCGCTGTCCAAGAGCT
CGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTT
CCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTCCACCACCTCCCTGTCATCCACTACTT
GATGGGTACTGACTCCAAGGACCTCTTTGAGTCTCGCCCTAA*GTTGCCGAGTGGGTCAA
GAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1B155TF 826 0 0
GGATCCCATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACATCCAAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACA
ATCACCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGCCACCATGCGGGTT
CTCGCTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGCTGATCCCCGTCGACATGAGAGCC
GGTGCTCACAAGCAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTC
CAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCCATCACAGAGTACATAGCGGATGAA
TACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAACAAAGTCAAGGCAATCACC
AAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTTGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTC
GAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACC*ACCGATCCAGCCGCTGTCCAAGAGCT
CGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTT
CCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTCCACCACCTCCCTGTCATCCACTACTT
GATGGGTACTGACTCCAAGGACCTCTTTGAGTCTCGCCCTAAAGTTGCCGAGTGGGTCAA
GAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTAAAGTCGTTGACCTCCAGAAGCAGTGATGAAC
GAGGCTTTTGTTTCATTT*AAATAAAATGATTGTACCTCT**GTGTGTTTTGTGCTAGTA
TTGTAATCTTCTTTTCACTTTCTTACCCTTTTCCTCTGTTTGTGTG

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR1AH28TF 674 0 0
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CCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGC
AATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGG
GTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTCGA
CCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACC*A
CCGATCCAGCCGCTGTCCAGGAGCTAGAAGGTAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACG
AGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTCC
ACCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGTACCGACTCCAAGGAGCTCTTTGAGTCTC
GCCCTAAGGTTGCCGAGTGGGTCAAGAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTAAGGTCG
TTGACCTCCAGAAGCAGTAACCAACGAGGCTTTTGTTTCATTTTAAATAAAATGATTGTA
CCTCTCTGTGTGTTT*GTGTTAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTTCTTACCCTTTTCCT
CTGTTTGTGTGTTT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1D856JQ 721 0 0
CTTCGAGCTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCGGTTCTCACAAGCAGGAGCCTTTCGTTTC
CCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTC
ACGAGCAATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTG
CCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACA
GTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCAT
GACC*ACCGATCCAGCCGCTGTCCAGGAGCTAGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATA
TTTACGAGGCAAGACTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTG
ATCTCCACCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGTACCGACTCCAAGGAGCTCTTTG
AGTCTCGCCCTAAGGTTGCCGAGTGGGTCAAGAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTA
AGGTCGTTGACCTCCAGAAGCAGTAACCAACGAGGCTTTTGTTTCATTTTAAATAAAATG
ATTGTACCTCTCTGTGTGTTTTGTGTTAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTTCTTACCCT
TTTCCTCTGTTTGTGTGTTTGTTGGGTCGTCGTTTATGTGCAATAAAACAACATTC
TGATT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1EH23JQ 664 0 0
CGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATT
TGAGTCACGAGCCATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCT
TATGTGCCCAGGGTGCAACAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGG
TCAACAGTTTGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTT
TGGCATGACC*ACCGATCCAGCCGCTGTCCAAGAGCTCGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCT
TGGATATCTACGAGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTT
TGGCTGATCTCCACCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGTACTGACTCCAAGGACC
TCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTGCCGAGTGGGTCAAGAAGATCACTGCCAGGCCTGCTT
GGGCTAAGGTCGTTGACCTCCAGAAGCAGTGATGAACGAGGCTTTTGTTTCATTT*AAAT
AAAATGATTGTACCTCT**GTGTGTTTTGTGCTAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTTCT
TACCCTTTTCCTCTGTTTGTGTGTTTGTTGGGTCGTCGTTTATGTGCAATAAAACAACAT
TC
CG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1GK57JQ 650 0 0
AAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCAATCACAGAGT
ACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAAAAAAG
TCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCT
CCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACC*ACCGATCCAGCC
GCTGTCCAGGAGCTAGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATTTACGAGGCAAGGCTC
TCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTCCACCACCTCCCT
GTCATCCACTACTTGATGGGTACCGACTCCAAGGAGCTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTT
GCCGAGTGGGTCAAGAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTAAGGTCGTTGACCTCCAG
AAGCAGTAACCAACGAGGCTTTTGTTTCATTTTAAATAAAATGATTGTACCTCTCTGTGT
GTTTTGTGTTAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTTCTTACCCTTTTCCTCTGTTTGTGTG
TTTGTTGGGTCGTCGTTTATGTGCAATAAAACAAC
ATTCTGATTATACCC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1AH28JQ 715 0 0
GCTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCGGTTCTCACAAGCAGGAGCTTTTCGTTTCCCTCAA
CCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGC
AATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGG
GTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTCGA
CCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACC*A
CCGATCCAGCCGCTGTCCAGGAGCTAGAAGGTAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACG
AGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTCC
ACCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGTACCGACTCCAAGGAGCTCTTTGAGTCTC
GCCCTAAGGTTGCCGAGTGGGTCAAGAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTAAGGTCG
TTGACCTCCAGAAGCAGTAACCAACGAGGCTTTTGTTTCATTTTAAATAAAATGATTGTA
CCTCTCTGTGTGTTT*GTGTTAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTTCTTACCCTTTTCCT
CTGTTTGTGTGTTTGTTGGGTCGTCGTTTATGTGCAATAAAACAACATTCTGATT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 2 11

CO CL245Contig1 776 2 7 U
GGTGATCAGTGTTTGTTTGTTGTTTGTTTTGGGTGAAATTGAGAAAAAAAAAATGAGCGG
AGCGGGGAAGAAAGTGGCGGAAGTGGCGTTCAAAGCGTCGAGGACGATAGATTGGGAAGG
GATGGCGAAGGTCCTTGTCACCGACGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGCGC
CCTCGATGAGGTCAACACCCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCAGAACCCATTGA
TTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGGCTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTA
TGACAGCATTGAGATTCCTAAGTACGTGGACAATGTTACCCCTGAGTACAAGCCCAAGTT
TGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACG
TCTAGAGAAAGAAATTGTTGATGTTCAAGAGATAAGCAAAAAGTTCAGCACCATGACTGC
AGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAA
CGACTACTGGGGATACTGATCATGTTTTCTTCTATCTCCGGCTTGGAAATGAAACCCTCT
TCTGTTTCTCTTGCTTTTTTTTTATGTGATTTTGTGAGAGTCAACCATAATATAATAAGG
ACACTCCATTTACTTTGTTGAGATATTCATTGGAGATCCAGTGAGACAATGACGATAAAC
CCATTTGGTTTCAGTGTCATATAATTGTTTCGTTTCTTTCTAAAGAGAATAATAAG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A260JQ C 1
AF RR1A260TF U 2
BS 1 4 RR1A260JQ
BS 5 52 RR1A260TF
BS 53 53 RR1A260JQ
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BS 595 763 RR1A260TF
BS 764 776 RR1A260JQ

RD RR1A260JQ 776 0 0
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GATGGCGAAGGTCCTTGTCACCGACGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGCGC
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TGACAGCATTGAGATTCCTAAGTACGTGGACAATGTTACCCCTGAGTACAAGCCCAAGTT
TGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTTTGAACG
TCTAGAGAAAGAAATTGTTGATGTTCAAGAGATAAGCAAAAAGTTCAGCACCATGACTGC
AGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAA
CGACTACTGGGGATACTGATCATGTTTTCTTCTATCTCCGGCTTGGAAATGAAACCCTCT
TCTGTTTCTCTTGCTTTTTTTTTATGTGATTTTGTGAGAGTCAACCATAATATAATAAGG
ACACTCCATTTACTTTGTTGAGATATTCATTGGAGATCCAGTGAGACAATGACGATAAAC
CCATTTGGTTTCAGTGTCATATAATTGTTTCGTTTCTTTCTAAAGAGAATAATAAG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1A260TF 762 0 0
GTG
ATCAGTGTTTGTTTGTTGTTTGTTTTGGGTGAAATTGAGAAAAAAAAA*TGAGCGGAGCG
GGGAAGAAAGTGGCGGAAGTGGCGTTCAAAGCGTCGAGGACGATAGATTGGGAAGGGATG
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GATGAGGTCAACACCCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCAGAACCCATTGATTGG
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AGCATTGAGATTCCTAAGTACGTGGACAATGTTACCCCTGAGTACAAGCCCAAGTTTGAT
GCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTA
GAGAAAGAAATTGTTGATGTTCAAGAGATAAGCAAAAAGTTCAGCACCATGACTGCAGAT
GAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGAC
TACTGGGGATACTGATCATGTTTTCTTCTATCTCCGGCTTGGAAATGAA*CCCTCTTCTG
TTTCTCTTGCTTTTTTTTTATGTGATTTTGTGAGAGTCAACCATAATATAATAAGGACAC
TCCATTTACTTTGTTGAGATATTCATTGGAGATCCAGTGAGACAATGACGATAAACCCAT
TTGGTTTCAGTGTCATATAATTGTTTCGTTTCTTTCTAA

QA 4 762 4 762
DS 



CO CL245Contig2 809 9 29 U
GGCCCCTTCATTGGTCGGATCGGACGACGTTTACATCTTCTTCTTCCTCCTCCTCTTCGC
AGCATTTCATCAGGGTGAGAAAAAAAATGAGCGGAGCCGGTAAGAAAATAGCGGATGTGG
CATTCAAAGCGTCGAGGACAATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGACG
AGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTCAGCTCC
AGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTG
GGTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTCG
TGGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAG
AAGCAGAACAGAAATCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTTGAGAAAGAAATT*GTTGATGTC
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CTTCTTGTATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTCTCTCTCTT
TCTTTTGCTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCAGCTGTTGAGATTCATTGGAGACCC
AATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGCAGTGCATGTCC*GGATTTGTATGACGACTC
TAAAGCGGACAAAAAGAATTTTGCCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 5 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 40 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 50 35 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B079JQ C 208
AF RR1FK21JQ C 412
AF RR1ES23TF U 44
AF RR1AR82TF U 1
AF RR1B079TF U 21
AF RR1A139TF U 64
AF RR1A139JQ C 82
AF RR1FK21TF U 66
AF RR1ES23JQ C 235
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RD RR1B079JQ 417 0 0
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ATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCCCCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAA
ATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTGCTTTTTGTATTTTCGGCCTGTGAA

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR1FK21JQ 191 0 0
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GTTGATGTCCAGGAGATAAGCAAAAAGTTCAGCCCCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAG
AAGCCCCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATAC
TGATCATTGCT

QA 1 191 1 191
DS 

RD RR1ES23TF 671 0 0
GGCCTCCTCCTCTTCGCA
GCATTTCATCAGGGTGA**AAAAAAATGAGCGGAGCCGGTAAGAAAATAGCGGATGTGGC
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GGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTCAGCTCCA
GACCAAGTTCAGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGG
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GGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTCGGTGGAACTGAAAGA
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TTCTTGTATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTTTCTCTCTTT
CTTTTACTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCGGCTGTTGAGATTCATTGG

QA 19 671 19 671
DS 

RD RR1AR82TF 756 0 0
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AGCATTTCATCAGGGTGA**AAAAAAATGAGCGGAGCCGGTAAGAAAATAGCGGATGTGG
CATTCAAAGCGTCGAGGACAATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGACG
AGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTCAGCTCC
AGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTG
GGTCTGGCATTGTCGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTCG
TGGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAGAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAG
AAGCAGAACATAAATCGCTCAAGCAGTCTGAACGTCTGGAGGAAGAAATT*GTTGATGTC
CAGGAGATTAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCA
GAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTG
CTTCTTGTATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTTTCTCTCTT
TCTTTTACTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCGGCTGTTGAGATTCATTGGAGACCC
AATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGCAGTGCA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1B079TF 736 0 0
G
GGACGACGTTTACATCTTCTTCTTCCTCCTCCTCTTCGCA***TTTCATCAGGGTGAGAA
AAAAAATGAGCGGAGCCGGTAAGAAAATAGCGGATGTGGCATTCAAAGCGTCGAGGACAA
TAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGACGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTA
ACCTCCGTCGTGCTTTCGTTGAGGTTAACACTCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGC
CTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGGGTCTGGCATTGTTGACATGT
ACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTCGTGGACACTGTTACTCCTGAAT
ACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAATCGCTCA
AGGAGTCTGAACGTCTTGAGAAAGAAATT*GTTGATGTCCAGGAGATAAGCAAAAAGCTC
AGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGAT
GATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTGCTTCTTGTATCTTCGGCCTGT
GAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTCTCTCTCTTTCTTTTGCTGTGATTTTGTGA
TAATAAGTACACTCAGCTGTTGAGATTCATTGGAGACCCAATGAGACAATGACGATAAAC
CCATTTGGCAGTGCA

QA 2 736 2 736
DS 

RD RR1A139TF 741 0 0
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TCAAAGCGTCGAGGACAATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGACGAGG
CTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTTAGCTCCAGA
CCAAGTTCAGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGGGT
CTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTCGTGG
ACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAG
CAGAACAGAAATCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTTGAGAAAGAAATTTGTTGATGTCCAG
GAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAA
CTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTGCTT
CTTGTATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTCTCTCTCTTTCT
TTTGCTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCAGCTGTTGAGATTCATTGGAGACCCAAT
GAGACAATGACGATAAACCCATTTGGCAGTGCATGTCCCGGATTTGTATGACGACTCTAA
*GCGGACAAA
GAGAATTTTGC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1A139JQ 721 0 0
AAAAAATGAGCGGAGCCGGTAAGAAAATAGCGGATGTGGCATTCAAAGCGTCGAGGACAA
TAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGACGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTA
ACCTCCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGC
CTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGGGTCTGGCATTGTTGACATGT
ACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTCGTGGACACTGTTACTCCTGAAT
ACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAATCGCTCA
AGGAGTCTGAACGTCTTGAGAAAGAAATT*GTTGATGTCCAGGAGATAAGCAAAAAGCTC
AGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGAT
GATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTGCTTCTTGTATCTTCGGCCTGT
GAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTCTCTCTCTTTCTTTTGCTGTGATTTTGTGA
TAATAAGTACACTCAGCTGTTGAGATTCATTGGAGACCCAATGAGACAATGACGATAAAC
CCATTTGGCAGTGCATGTCC*GGATTTGTATGACGACTCTAAAGCGGACAAA
GAGAATTTT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1FK21TF 734 0 0
GGCATCAGGGTGA
GAAAAAAAATGAGCGGAGCCGGTAAGAAAATAGCGGATGTGGCATTCAAAGCGTCGAGGA
CAATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGACGAGGCTCGAAGAGAGTTCT
CTAACCTCCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGG
AGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAGAGGGTATTGGGTCTGGCATTGTTGACA
TGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTCGTGGACACTGTTACTCCTG
AATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAATCGC
TCAAGGAGTCTGAACGTCTTGAGAAAGAAATT*GTTGATGTCCAGGAGATAAGCAAAAAG
CTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTT
GATGATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTGCTTCTTGTATCTTCGGCC
TGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTCTCTCTCTTTCTTTTGCTGTGATTTTG
TGATAATAAGTACACTCAGCTGTTGAGATTCATTGGAGACCCAATGAGACAATGACGATA
AACCCATTTGGCAGTGCATGTCC*GGATTTGTATGACGACTCTAA*GCGGACAAA
AGAATT

QA 14 728 14 728
DS 

RD RR1ES23JQ 575 0 0
AGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGG
GTATTGGGTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCA
AGTTCGTGGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTCGGTGGAAC
TGAAAGAAGCAGAACATAAATCGCTCAAGCAGTTTGAACGTCTGGAGAAAGAAGTT*GTT
GATGTCCAGGAGATTAGCAAAAAGCTCAGCCCCATGACTACAGATGAGTACTTTGAGAAG
CACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTACCGGGGATACTGA
TCATTGCTTCTTGTATTTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTTTC
TTTCTTTCTTTTACTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCGGCTGTTGAGATTCATTGG
AGACCCAATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGCAGTGCATGTCC*GGATTTGTATGA
CGACTCTAAAGCGGACAAAAAGAATTTTGCCTCTT

QA 1 575 1 575
DS 



AS 2 8

CO CL246Contig1 983 3 9 U
GGGACTCTAGAAGCTGTAGTAAAATAAAAGTAGAGACGGTATCATATTATTAAATTCTCC
GTCTGAGATTACTCCTCCTCTGTGTCCGTCGCCGCCGAGATCAGTAGATCGATACACAGA
GATGGCTATGTCTCAGGTGGTGAACACGTACCCGCTTTCGAACTACAGCTTCGGAACTAA
AGAACCGAAGCTCGAAAAGGACACCTCCGTCGCCGACCGTCTCGCTCGTATGAAAATCAA
CTATATGAAAGAGGGCATGAGGACTAGCGTTGATGCGATTCTGCTGGTACAAGAACACAA
CCATCCTCACATACTTCTCCTGCAAATTGGGAACACATTCTGCAAACTTCCTGGTGGTCG
CCTGAAGCCTGGAGAAAATGAAGTTGAAGGCCTGAAAAGAAAGTTGACTAGTAAGCTTGG
AGGCAATTCGGCTGGTCTTGTACCTGACTGGAAGGTAGGAGAATGTGTCGCGACATGGTG
GCGTCCAAACTTTGAAACCATGATGTACCCGTATTGCCCTCCTCACATAACCAAGCCAAA
GGAATGCAAGAGACTCTACATTGTTCACTTGTCTGAGAAAGAGTACTTTGCAGTGCCCAA
AAACTTGAAGCTCTTGGCTGTTCCTTTGTTCGAACTCTATGACAATGTTCAGAGATATGG
ACCTGTTATATCAACCATTCCTCAACAGCTATCCAGATTCCATTTCAACATGATTAGTTC
ATAATCCGACTTGGTATTCAAGAACAAAGAAACCTATCCGATGGTAAAGTTACTTAGGCA
CAGTAGAGAGCTGTCGCTACTTGACCTTATAGACTTGTTTGGTTCATTCAAGTTTCAGCA
CACAAGAAGACTATTGATCTTGTATTTTCAAACGCATTAGTCATTGTTCGATTAACGGCT
GTCTTGTTGAATGATACTTTTTATGTTTGTGGTATGTATGAAACAGAACAAGCTAGGCCA
TGCTAAAACTTATTTGTTGGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM59TF U 1
AF RR1FG89TF U 13
AF RR1DM59JQ C 366
BS 1 75 RR1DM59TF
BS 76 78 RR1FG89TF
BS 79 684 RR1DM59TF
BS 685 685 RR1FG89TF
BS 686 704 RR1DM59TF
BS 705 707 RR1FG89TF
BS 708 708 RR1DM59JQ
BS 709 720 RR1FG89TF
BS 721 983 RR1DM59JQ

RD RR1DM59TF 704 0 0
GGGACTCTAGAAGCTGTAGTAAAATAAAAGTAGAGACGGTATCATATTATTAAATTCTCC
GTCTGAGATTACTCC***TCTGTGTCCGTCGCCGCCGAGATCAGTAGATCGATACACAGA
GATGGCTATGTCTCAGGTGGTGAACACGTACCCGCTTTCGAACTACAGCTTCGGAACTAA
AGAACCGAAGCTCGAAAAGGACACCTCCGTCGCCGACCGTCTCGCTCGTATGAAAATCAA
CTATATGAAAGAGGGCATGAGGACTAGCGTTGATGCGATTCTGCTGGTACAAGAACACAA
CCATCCTCACATACTTCTCCTGCAAATTGGGAACACATTCTGCAAACTTCCTGGTGGTCG
CCTGAAGCCTGGAGAAAATGAAGTTGAAGGCCTGAAAAGAAAGTTGACTAGTAAGCTTGG
AGGCAATTCGGCTGGTCTTGTACCTGACTGGAAGGTAGGAGAATGTGTCGCGACATGGTG
GCGTCCAAACTTTGAAACCATGATGTACCCGTATTGCCCTCCTCACATAACCAAGCCAAA
GGAATGCAAGAGACTCTACATTGTTCACTTGTCTGAGAAAGAGTACTTTGCAGTGCCCAA
AAACTTGAAGCTCTTGGCTGTTCCTTTGTTCGAACTCTATGACAATGTTCAGAGATATGG
ACCTGTTATATCAACCATTCCTCA*CAGCTATCCAGATTCCATT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1FG89TF 720 0 0
GGAAGCTGTAGTA
AAAAGTAGAGACGGTATCATATTATTAAATTCTCCGTCTGAGATTACTCCTCCTCTGTGT
CCGTCGCCGCCGAGATCAGTAGATCGATACACAGAGATGGCTATGTCTCAGGTGGTGAAC
ACGTACCCGCTTTCGAACTACAGCTTCGGAACTAAAGAACCGAAGCTCGAAAAGGACACC
TCCGTCGCCTACCGTCTCGCTCGTATGAAAATCAACTATATGAAAGAGGGCATGAGGACT
AGCGTTGATGCGATTCTGCTGGTACAAGAACACAACCATCCTCACATACTTCTCCTGCAA
ATTGGGAACACATTCTGCAAACTTCCTGGTGGTCGCCTGAAGCCTGGAGAAAATGAAGTT
GAAGGCCTGAAAAGAAAGTTGACTAGTAAGCTTGGAGGCAATTCGGCTGGTCTTGTACCT
GACTGGAAGGTAGGAGAATGTGTCGCGACATGGTGGCGTCCAAACTTTGAAACCATGATG
TACCCTTAATGCCCTCCTCACATTACGAAGCCCAAGGAATGCAAGAGACTCTACATTGTT
CACTTGTCTGAGAAAGAGTACTTTGCAGTGCCCAAAAACTTGAAGCTCTTGGCTGTTCCT
TTGTTCGAACTCTATGACAATGTTCAGAGATATGGACCTGTTATATCAACCATTCCTCAA
CAGCTATCCTGATTCCATTTCA*CATGATTAGTTC
ATAATCCGACTT

QA 14 708 14 708
DS 

RD RR1DM59JQ 618 0 0
AGCCTGGAGAAAATGAAGTTGAAGGCCTGAAAAGAAAGTTGACTAGTAAGCTTGGAGGCA
ATTCGGCTGGTCTTGTACCTGACTGGAAGGTAGGAGAATGTGTCGCGACATGGTGGCGTC
CAAACTTTGAAACCATGATGTACCCGTATTGCCCTCCTCACATAACCAAGCCAAAGGAAT
GCAAGAGACTCTACATTGTTCACTTGTCTGAGAAAGAGTACTTTGCAGTGCCCAAAAACT
TGAAGCTCTTGGCTGTTCCTTTGTTCGAACTCTATGACAATGTTCAGAGATATGGACCTG
TTATATCAACCATTCCTCAACAGCTATCCAGATTCCATTTCAACATGATTAGTTCATAAT
CCGACTTGGTATTCAAGAACAAAGAAACCTATCCGATGGTAAAGTTACTTAGGCACAGTA
GAGAGCTGTCGCTACTTGACCTTATAGACTTGTTTGGTTCATTCAAGTTTCAGCACACAA
GAAGACTATTGATCTTGTATTTTCAAACGCATTAGTCATTGTTCGATTAACGGCTGTCTT
GTTGAATGATACTTTTTATGTTTGTGGTATGTATGAAACAGAACAAGCTAGGCCATGCTA
AAACTTATTTGTTGGATC

QA 1 618 1 618
DS 



CO CL246Contig2 860 5 13 U
GGAATAGTCCCATAAGATTTGCTGATTAACAAACATATAGCTAAGCGTAATGATCCAACA
ATGTAGTTTTAACATGTCCTAGTTTGTGTTTCATATATTCATAGCACTAAAGTAAAAAAA
AAGTCAAACACATGTTTCACGGGTAGACAAGACATTAGCCAAATAAGGAAGAACTTTTTG
TCCTGAAACTTGAATGAAACGGTTCCTCATAATCCCAACAAGTCTAATGTAACAAACCCA
C*ACGCATCATCCAGAAGTCGGTTCTCTAAAACTGGTAGCTATATCTCTCTACCGTGCCT
AATTGACCTTGATCATCTGATAGGTTTCTTGTTCTTGAACAGTGAGTAGAATCACGAACT
AATCATGTTGAAATGGAATCTGGATAGCTGTTGAGGAATGGTCGATATAACTGGTCCATA
TCTCTGAACATTGTCATAGAGTTCAAACAAAGGGACGGCCAAGAGTTTCAAGTTTTTGGG
CACTGCAAAGTACTCTTTCTCAGACAAGTGAACAATGTAGAGTCTCTTGCATTCCTTTGG
TTTCGTGATGTGAGGAGGGCAATACGGGTACATCATGGTTTCAAAGTTTGGACGCCACCA
TGTCGCAACACATTCTCCTACCTTCCAGTCAGGTACAAAACCAGCCGAATTGCCTCCAAG
CTTACTGGTCAACTTTCTCTTCAGTCCTTCGACTTCGTTTTCTCCAGGCTTTAGACGTCC
ACCTGGAAGTTTGCAGAACGTGTTACCAATTTGCAGGAGAAGTATATGAGGATGGTTGTG
TTCTTGTACCAGAAGAATCCCTTCAACGCTAGTCCTCATGCCCTCTTTCATATAGTTGAC
TTTCATACGAGCGAGTCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR41JQ U 1
AF RR1A258TF C 26
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AF RR1A258JQ U 89
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ATGTAGTTTTAACATGTCCTAGTTTGTGTTTCATATATTCATAGCACTAAAGTAAAAAAA
AAGTCAAACACATGTTTCACGGGTAGACAAGACATTAGCCAAATAAGGAAGAACTTTTTG
TCCTGAAACTTGAATGAAACGGTTCCTCATAATCCCAACAAGTCTAATGTAACAAACCCA
C*ACGCATCATCCAGAAGTCGGTTCTCTAAAACTGGTAGCTATATCTCTCTACCGTGCCT
AATTGACCTTGATCATCTGATAGGTTTCTTGTTCTCGAACAGTGAGTAAAATCACGAACT
AATCATGTTGAAATGGAATCTGGATAGCTGTTGAGGAATGGTCGATATAACTGGTCCATA
TCTCTGAACATTGTCATAGAGTTCAAACAAAGGGACGGCCAAGAGTTTCAAGTTTTTGGG
CACTGCAAAGTACTCTTTCTCAGACAAGTGAACAATGTAGAGTCTCTTGCATTCCTTTGG
TTTCGTGATGTGTGGAGGGCAATACGGGTACATCATGGTTTCAAAGTTTGGACGCCACCA
TGTCGCAACACATTCTCCTACC

QA 1 622 1 622
DS 

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GTGTTTCATATATTCATAGCACTAAAGTAAAAAAAAAGTCAAACACATGTTTCACGGGTA
GACAAGACATTAGCCAAATAAGGAAGAACTTTTTGTCCTGAAACTTGAATGAAACGGTTC
CTCATAATCCCAACAAGTCTAATGTAACAAACCCACCACGCATCATCCAGAAGTCGGTTC
TCTAAAACTGGTAGCTATATCTCTCTACCGTGCCTAATTGACCTTGATCATCTGATAGGT
TTCTTGTTCTTGAACAGTGAGTAGAATCACGAACTAATCATGTTGAAATGGAATCTGGAT
AGCTGTTGAGGAATGGTCGATATAACTGGTCCATATCTCTGAACATTGTCATAGAGTTCA
AACAAAGGGACGGCCAAGAGTTTCAAGTTTTTGGGCACTGCAAAGTACTCTTTCTCAGAC
AAGTGAACAATGTAGAGTCTCTTGCATTCCTTTGGTTTCGTGATGTGAGGAGGGCAATAC
GGGTACATCATGGTTTCAAAGTTTGGACGCCACCATGTCGCAACACATTCTCCTACCTTC
CAGTCAGGTACAAAACCAGCCGAATTGCCTCCAAGCTTACTGGTCAACTTTCTCTTCAGT
CCTTCGACTTCGTTTTCTCCAGGCTTTAGACGTCCACCTGGAAGT

QA 1 705 1 705
DS 

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CACTAAAGTAAAAAAAAAGTCAAACACATGTTTCACGGGTAGACAAGACATTAGCCAAAT
AAGGAAGAACTTTTTGTCCTGAAACTTGAATGAAACGGTTCCTCATAATCCCAACAAGTC
TAATGTAACAAACCCAC*ACGCATCATCCAGAAGTCGGTTCTCTAAGACTGGTAGCTATA
TCTCTCTACCGTGCCTAATTGACCTTGATCATCTGATAGGTTTCTTGTTCTTGAACAGTG
AGTAGAATCACGAACTAATCATGTTGAAATGGAATCTGGATAGCTGTTGAGGAATGGTCG
ATATAACTGGTCCATATCTCTGAACATTGTCATAGAGTTCAAACAAAGGGACGGCCAAGA
GTTTCAAGTTTTTGGGCACTGCAAAGTACTCTTTCTCAGACAAGTGAACAATGTAGAGTC
TCTTGCATTCCTTTGGTTTCGTGATGTGAGGAGGGCAATACGGGTACATCATGGTTTCAA
AGTTTGGACGCCACCATGTCGCAACACATTCTCCTGCCTTCCAGTCAAGTACAAAACCAG
CCGAATTGCCTCCAAGCTTACTGGTCAACTTTCTCTTCAGTCCTTCGACTTCGTTTTCTC
CAGGCTTTAGGCGTCCACCTGGAAGTTTGCAGAACGTGTTACCAATT

QA 1 707 1 707
DS 

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AAGACATTAGCCAAATAAGGAAAAACTTTTTGTCCTGAAACTTGAATGAAACGGTTCCTC
ATAATCCCAACAAGTCTAATGTAACAAACCCAC*ACGCATCATCCAAAAGTCGGTTCTCT
AAAACTGGTAGCTATATCTCTCTACCGTGCCTAATTGACCTTGATCATCTGATAGGTTTC
TTGTTCTTGAACAGTGAGTAAAATCACGAACTAATCATGTTGAAATGGAATCTGGATAGC
TGTTGAGGAATGGTCGATATAACTGGTCCATATCTCTGAACATTGTCATAAAGTTCAAAC
AAAGGGACGGCCAAAAGTTTCAAGTTTTTGGGCACTGCAAAGTACTCTTTCTCAAACAAG
TGAACAATGTAAAGTCTCTTGCATTCCTTTGGTTTCGTGATGTGAGGAGGGCAATACGGG
TACATCATGGTTTCAAAGTTTGGACGCCACCATGTCGCAACACATTCTCCTACCTTCCAG
TCAGGTACAAAACCAGCCGAATTGCCTCCAAGCTTACTGGTCAACTTTCTCTTCAGTCCT
TCGACTTCGTTTTCTCCAGGCTTTAGACGTCCACCTGGAAGTTTG

QA 1 645 1 645
DS 

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AACATGTCCTAGTTTGTGTTTCATATATTCATAGCACTAAAGTAAAAAAAAAGTCAAACA
CATGTTTCACGGGTAGACAAGACATTAGCCAAATAAGGAAGAACTTTTTGTCCTGAAACT
TGAATGAAACGGTTCCTCATAATCCCAACAAGTCTAATGTAACAAACCCAC*ACGCATCA
TCCAGAAGTCGGTTCTCTAAAACTGGTAGCTATATCTCTCTACCGTGCCTAATTGACCTT
GATCATCTGATAGGTTTCTTGTTCTTGAACAGTGAGTAGAATCACGAACTAATCATGTTG
AAATGGAATCTGGATAGCTGTTGAGGAATGGTCGATATAACTGGTCCATATCTCTGAACA
TTGTCATAGAGTTCAAACAAAGGGACGGCCAAGAGTTTCAAGTTTTTGGGCACTGCAAAG
TACTCTTTCTCAGACAAGTGAACAATGTAGAGTCTCTTGCATTCCTTTGGTTTCGTGATG
TGGGGAGGGCAATACGGGTACATCATGGTTTCAAAGTTTGGACGCCACCATGTCGCAACA
CATTCTCCTACCTTCCAGTCAGGTACAAAACCAGCCGAATTGCCTCCAAGCTTACTGGTC
AACTTTCTCTTCAGTCCTTCGACTTCGTTTTCTCCAGGCTTTAGGCGTCCACCTGGAAGT
TTGCAGAACGTGTTACCAATTTGCAGGAGAAGTATATGAGGATGGTTGTGTTCTTGTACC
AGAAGAATCCCTTCAACGCTAGTCCTCATGCCCTCTTTCATATAGTTGACTTTCATACGA
GCGAGTCTGT

QA 1 790 1 790
DS 



AS 2 11

CO CL247Contig1 1298 9 8 U
GGAAGCGCGGCTTCTGTAAAGCTCCGTCGCCGTATCCGAAGCTCAAAAAGCTTCATCAAT
GGCGTCCCTTGTCCTACCTTCATCTAAACTTCTCCTCCATAGTCGAACCCAACACAATGT
CCAACCATTTCTTCTCCCTCGCTCCTCCCCTAAAACACCATTCTTCATCTCCTCACCGTC
TTTCCGTCGTCAACACTCTACTTGCTCCTCAGCTTCCAAGAACCCATCGGAAGCTCTCAC
GGCGGAGAAGACGACTGAGAACAAGAAACAGCCGGAGAAGAAGCATTTGAGCGAGGAGGA
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GTTGCCGTGGATGCTCGCCGTCCCGTTAACTTACGCCGGCGCCACTCTCGTCACTGCCGT
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CTTTGAGCTCAAGGCACTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACATGGAGGAGATCTTGCGGAA
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TACAGGTGAAGAGGCAGAGAAGCTGAGGATACAGGCGCTTGCTGAAGCTGGAGACTTGGA
CTCACTTGAGAAAATGGTGGAGTTTGAGAAAGCGGCTGATTCTTCTTCTTCGGATAGAGA
AGATTCAAATGAAGAAGATGATTCCACTACTATTCCTTAAGATACATGTTCAAGAAACCA
CAACTTCAATACTAATAAAAAATACTTTTCCAAATGTTTTTTTGTTTCTTCTGATTTTTA
CTCAATCACAAACGTTTGTATCCAACCAACTAAACTCTGTCTAATGTGTAGAACAACAAT
ACAAATTGTGGCTAATATATAAATGAAAAGTTGAAACC


BQ
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30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW47TF U 1
AF RR1G585TF U 1
AF RR1C189TF U 1
AF RR1EU49TF U 496
AF RR1EU49JQ C 715
AF RR1DW47JQ C 539
AF RR1G585JQ C 718
AF RR1DE45TF U 586
AF RR1DE45JQ C 1007
BS 1 746 RR1C189TF
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BS 765 766 RR1DE45TF
BS 767 966 RR1EU49TF
BS 967 967 RR1DE45TF
BS 968 1119 RR1EU49TF
BS 1120 1288 RR1DE45TF
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RD RR1DW47TF 659 0 0
GG
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CGTCCCTTGTCCTACCTTCATCTAAACTTCTCCTCCATAGTCGAACCCAACACAATGTCC
AACCATTTCTTCTCCCTCGCTCCTCCCCTAAAACACCATTCTTCATCTCCTCACCGTCTT
TCCGTCGTCAACACTCTACTTGTTCCTCAGCTTCCAAGAACCCATCGGAAGCTCTCACGG
CGGAGAAGACGACTGAGAACAAGAAACAGCCGGAGAAGAAGCATTTGAGCGAGGAGGAAG
AAGCAGAAGAGGAAATAGAGGAGGATATGCTGTGGATTCAAGAGAAGGCGTTAGAGCTAG
TCCAGTTCACTGGTTCAGTTGCTCAGGCGCTTCCAGGTCCCCGAGTTGGAAGCACCAAGT
TGCCGTGGATGCTCGCCGTCCCGTTAACTTACGCCGGCGCCACTCTCGTCACTGCCGTCG
TCAAAACCGTTAATAACTTCTCTTCTCCTAACGCACAACGCAAGAAACTAGTGAATCAGA
ATGCAATGCTGTGTAGATCTATCGACGAGCTGTTACAGAGAGAAAGCACTGTGAGTAGCT
TTGAGCTCAAG*CACTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACATGGAGGAGATCTTGCGGA

QA 3 659 3 659
DS 

RD RR1G585TF 710 0 0
GG
AAGCGCGGCTTCTGTAAAGCTCCGTCGCCGTATCCGAAGCTCAAAAAGCTTCATCAATGG
CGTCCCTTGTCCTACCTTCATCTAAACTTCTCCTCCATAGTCGAACCCAACACAATGTCC
AACCATTTCTTCTCCCTCGCTCCTCCCCTAAAACACCATTCTTCATCTCCTCACCGTCTT
TCCGTCGTCAACACTCTACTTGCTCCTCAGCTTCCAAGAACCCATCGGAAGCTCTCACGG
CGGAGAAGACGACTGAGAACAAGAAACAGCCGGAGAAGAAACATTTGAGCGAGGAGGAAG
AAGCAGAAGAGGAAATAGAGGAGGATATGCTGTGGATTCAAGAGAAGGCGTTAGAGCTAG
TCCAGTTCACTGGTTCAGTGGCTCAGGCGCTTCCAGGTCCCCGAGTTGGAAGCACCAAGT
TGCCGTGGATGCTCGCCGTCCCGTTAACTTACGCCGGCGCCACTCTCGTCACTGCCGTCG
TCAAAACCGTTAATAACTTCTCTTCTCCTAACGCACAACGCAAGAA*CTAGTGAATCAGA
ATGCAATGCTGTGTAGATCTATCGACGAGCTGTTACAGAGAGAAGGCACTGTGAGTAGCT
TTGAGCTCAAG*CACTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACATGGAGGAGATCTTGCGGAAGT
ACATTCACTACGCGTTGAATGAGAAACCGTTTAATCCTGACCTTGTTG

QA 3 710 3 710
DS 

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GGAAGCGCGGCTTCTGTAAAGCTCCGTCGCCGTATCCGAAGCTCAAAAAGCTTCATCAAT
GGCGTCCCTTGTCCTACCTTCATCTAAACTTCTCCTCCATAGTCGAACCCAACACAATGT
CCAACCATTTCTTCTCCCTCGCTCCTCCCCTAAAACACCATTCTTCATCTCCTCACCGTC
TTTCCGTCGTCAACACTCTACTTGCTCCTCAGCTTCCAAGAACCCATCGGAAGCTCTCAC
GGCGGAGAAGACGACTGAGAACAAGAAACAGCCGGAGAAGAAGCATTTGAGCGAGGAGGA
AGAAGCAGAAGAGGAAATAGAGGAGGATATGCTGTGGATTCAAGAGAAGGCGTTAGAGCT
AGTCCAGTTCACTGGTTCAGTGGCTCAGGCGCTTCCAGGTCCCCGAGTTGGAAGCACCAA
GTTGCCGTGGATGCTCGCCGTCCCGTTAACTTACGCCGGCGCCACTCTCGTCACTGCCGT
CGTCAAAACCGTTAATAACTTCTCTTCTCCTAACGCACAACGCAAGAAACTAGTGAATCA
GAATGCAATGCTGTGTAGATCTATCGACGAGCTGTTACAGAGAGAAGGCACTGTGAGTAG
CTTTGAGCTCAAGGCACTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACATGGAGGAGATCTTGCGGAA
GTACATTCACTACGCGTTGAATGAGAAACCGTTTAATCCTGACCTTGTTGCAAGTCTTAT
ACATCTCAGAAGAGCTTCTGGTTTGA
TGAGTCT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1EU49TF 624 0 0
G
AACTTCTCTTCTCCTAACGCACAACGCAAGAAACT**TGAATCAGAATGCAATGCTGTGT
AGATCTATCGACGAGCTGTTACAGAGAGAAGGCACTGTGAGTAGCTTTGAGCTCAAGGCA
CTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACATGGAGGAGATCTTGCGGAAGTACATTCACTACGCG
TTGAATGAGAAACCGTTTAATCCTGACCTTGTTGCAAGTCTTATACATCTCAGAAGAGCT
TCTGGTTTGAATGAGTCTCAGATTCCTG**GTTTTAAATGAGATCTCCCGTGGTATTGTT
AAAGACAAAGGTCCTGTTGTGATGAATAAGCAGGGGTTTACAGAGAAAGGTTTCAAGAGA
AAACTAGCCGTGCAGACGCTTTTTGGAAAGATATACTATCTTTCCGAGCTTCCTGACTTC
TGCTTAAAAGACAATTCCTTGGTTGTCAAGGAAATATTCGGAGTTACAGGCGAAGAGGCA
GAGAAGCTGAGGATACAGGCGCTTGCTGAAGCTGGAGACTTGGACTCACTTGAGAAAATG
GTGGAGTTTGAGAAAGCGGCTGATTCTTCTTCTTCGGATAGAGAAGATTCAAATGAAGAA
GATGATTCCACTACTATTCCTTA

QA 2 624 2 624
DS 

RD RR1EU49JQ 448 0 0
TCTTATACATCTCAGAAGAGCTTCTGGTTTGAATGAGTCTCAGATTCCTG**GTTTTAAA
TGAGATCTCCCGTGGTATTGTTAAAGACAAAGGTCCTGTTGTGATGAATAAGCAGGGGTT
TACAGAGAAAGGTTTCAAGAGAAAACTAGCCGTGCAGACGCTTTTTGGAAAGATATACTA
TCTTTCCGAGCTTCCTGACTTCTGCTTAAAAGACAATTCCTTGGTTGTCAAGGAAATATT
CGGAGTTACAGGCGAAGAGGCAGAGAAGCTGAGGATACAGGCGCTTGCTGAAGCTGGAGA
CTTGGACTCACTTGAGAAAATGGTGGAGTTTGAGAAAGCGGCTGATTCTTTTTCTTCGGA
TAGAGAAGATTCAAATGAAGAAGATGATTCCACTACTATTCCTTAAGATACATGTTCAAG
AAACCACAACTTCAATACTAATAAAAAA

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR1DW47JQ 760 0 0
CAGAATGCAATGCTGTGTAGATCTATCGACGAGCTGTTACAGAGAGAAGGCACTGTGAGT
AGCTTTGAGCTCAAGGCACTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACATGGAGGAGATCTTGCGG
AAGTACATTCACTACGCGTTGAATGAGAAACCGTTTAATCCTGACCTTGTTGCAAGTCTT
ATACATCTCAGAAGAGCTTCTGGTTTGAATTAGTCTCAGATTCCTGAGGTTTTAAATGAG
ATCTCCCGTGGTATTGTTGAAGACAAAGGTCCTGTTGTGATGAATAAGCAGGGGTTTACA
GAGAAAGGTTTCAAGAGAAAACTAGCCGTGCAGACGCTTTTTGGAAAGATATACTATCTT
TCCGAGCTTCCTGACTTCTGCTTAAAAGACAATTCCTTGGTTGTCAAGGAAATATTCGGA
GTTACAGGTGAAGAGGCAGAGAAGCTGAGGATACAGGCGCTTGCTGAAGCTGGAGACTTG
GACTCACTTGAGAAAATGGTGGAGTTTGAGAAAGCGGCTGATTCTTCTTCTTCGGATAGA
GAAGATTCAAATGAAGAAGATGATTCCACTACTATTCCTTAAGATACATGTTCAAGAAAC
CACAACTTCAATACTAATAAAAAATACTTTTCCAAATGTTTTTTTGTTTCTTCTGATTTT
TACTCAATCACAAACGTTTGTATCCAACCAACTAAACTCTGTCTAATGTGTAGAACAACA
ATACAAATTGTGGCTAATATATAAATGAAAAGTTGAAACC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1G585JQ 581 0 0
TATACATCTCAGAAGAGCTTCTGGTTTGAATGAGTCTCAGATTCCTGAGGTTTTAAATGA
GATCTCCCGTGGTATTGTTAAAGACAAAGGTCCTGTTGTGCTGAATAAGCAGGGGTTTAC
AGAGAAAGGTTTCAAGAGAAAACTAGCCGTGCAGACGCTTTTTGGAAAGATATACTATCT
TTCCGAGCTTCCTGACTTCTGCTTAAAAGACAATTCCTTGGTTGTCAAGGAAATATTCGG
AGTTACAGGTGAAGAGGCAGAGAAGCTGAGGATACAGGCGCTTGCTGAAGCTGGAGACTT
GGACTCACTTGAGAAAATGGTGGAGTTTGAGAAAGCGGCTGATTCTTCTTCTTCGGATAG
AGAAGATTCAAATGAAGAAGATGATTCCACTACTATTCCTTAAGATACATGTTCAAGAAA
CCACAACTTCAATACTAATAAAAAATACTTTTCCAAATGTTTTTTTGTTTCTTCTGATTT
TTACTCAATCACAAACGTTTGTATCCAACCAACTAAACTCTGTCTAATGTGTAGAACAAC
AATACAAATTGTGGCTAATATATAAATGAAA
AGTTGAAACC

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DS 

RD RR1DE45TF 711 0 0
AGGCACTGTGAGTAGCTTTGAGCTCAAGGCACTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACGTGGA
GGAGATCTTGCGGAAGTACATTCACTACGCGTTGAATGAGAAACCGTTTAATCCTGACCT
TGTTGCAAGTCTTATACATCTCAGAAGAGCTTCTGGTTTGAATGAGTCTCAGATTCCTGA
GGTTTTAAATGAGATCTCCCGTGGTATTGTTAAAGACAAAGGTCCTGTTGTGATGAATAA
GCAGGGGTTTACAGAGAAAGGTTTCAAGAGAAAACTAGCCGTGCAGACGCTTTTTGGAAA
GATATACTATCTTTCCGAGCTTCCTGACTTCTGCTTAAAAGACAATTCCTTGGTTGTCAA
GGAAATATTCGGAGTTACAGGTGAAGAGGCAGAGAAGCTGAGGGTACAGGCGCTTGCTGA
AGCTGGAGACTTGGACTCACTTGAGAAAATGGTGGGGTTTGAGAAAGCGGCTGATTCTTC
TTCTTCGGATAGAGAAGATTCAAATGAAGAAGATGATTCCACTACTATTCCTTAAGATAC
ATGTTCAAGAAACCACAACTTCAATACTAATAAAAAATACTTTTCCAAATGTTTTTTTGT
TTCTTCTGATTTTTACTCAATCACAAACGTTTGTATCCAACCAACTAAACTCTGTCTAAT
GTGTAGAACAACAATACAAATTGTGGCTAATATATAAATGAAA
GTTGAAAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1DE45JQ 258 0 0
GCTGGAGACTTGGACTCACTTGAGAAAATGGTGGGGTTTGAGAAAGCGGCTGATTCTTCT
TCTTCGGATAGAGAAGATTCAAATGAAGAAGATGATTCCACTACTATTCCTTAAGATACA
TGTTCAAGAAACCACAACTTCAATACTAATAAAAAATACTTTTCCAAATGTTTTTTTGTT
TCTTCTGATTTTTACTCAATCACAAACGTTTGTATCCAACCAACTAAACTCTGTCTAATG
TGTAGAACAACAATACAA

QA 1 258 1 258
DS 



CO CL247Contig2 1327 2 4 U
GGGATAAGCGCGGCTTCTGTAAAGCTCCGTCGCCGTATCCGAAGCTCAAAAAGCTTCATC
AATGGCGTCTCTTGTCCTACCTTCATCTAAACTTCTCCTCCATAGTCGAACCCAACACAA
TGTCCAACCATTTCTTCTCCATCGCTCCTCCCCTAAAACACCATTCTTCATCTCCTCACC
GTCTTTCCGTCGTCAACACTCTACTTGCTCCTCAGCTTCCAAGAACCCATCGGAAGCTCT
CACGGCGGAGAAGACGACTGAGAACAAGAAACAGCCGGAGAAGAAGCATTTGAGCGAGGA
GGAAGAAGCAGAAGAGGAAATAGAGGAGGATATGTTGTGGATTCAAGAGAAGGCGTTAGA
GCTAGCCCAGTTCACTGGTTCGGTGGCTCAGGCGCTTCCAGGTCCCCGAGTCGGTAGCAC
CAAGCTGCCGTGGATGCTCGCCGTCCCGTTAACTTACGCCTGCGCCACTTTAGCCACTGC
TGTCGTCAAAACCGTTAATAACTTCTCTTCTCCTAACGCACAACGCAAGAAACTAGTGAA
TCAGAATGCGATGTTGTGTAGATCAATCGACGAGATGTCACAGAGAGAAGGTACTGTGAG
TAGCTTTGAGCTCAAGGCACTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACATGGAGGAGATATTACG
GAAGTACATTCATTACGCGTTGAATGAGAAACCGTTTAATCCCGACCTTGTTGCGAATCT
CATTCATCTCAGAAGAGCTTCTGGTTTGAACGAGTCTCAGATGCCTGAGGTTTTAAATGA
GATCTCCCGTGGTATTGTTAAAGACAAAGGTCCTGTTGTGATGAATAAGCAGGGGTTTAC
AGAGAAAGGTTTCAAGAGAAAACTAGCCGTGCAGACGCTTTTTGGAAAAATTTACTATCT
TTCCGAGCTTCCTGACTTCTGCTTAAAAGACAATCCCTTGGTTGTCAAGGAAATATTCGG
AGTTACAGATGAAGAGGCAGAGAAGCTGAGGATGCAGGCGCTTGCTGAAGCTGGAGACTT
GGACTCACTTGAGAAAATGGTGGAGTTTGAGAAAGCGGCTGATTCTTCTTCTTCGGATAG
AGAAGACTCAAATGAAGAAGATGACTCCATTACTTCTTCTTAAGATTATCTGTTCAAGAA
TCAAACATCAATACTAAGATTTTTAAAAGTGTCTTTTTTTTGTCTACTTAATCACAAGTC
GTTCATACAGGACGTCTGTATAGCTAACTAGATTGTCTTTTGATATGATTAAAGACTGTA
ATAGAAATTCTAAGATGAAGCGCAACAATGCGAGTTGTGGCTTATACTCGATAAATTAAT
AAATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA36TF U 1
AF RR1EA36JQ C 554
BS 1 616 RR1EA36TF
BS 617 617 RR1EA36JQ
BS 618 654 RR1EA36TF
BS 655 1327 RR1EA36JQ

RD RR1EA36TF 655 0 0
GGGATAAGCGCGGCTTCTGTAAAGCTCCGTCGCCGTATCCGAAGCTCAAAAAGCTTCATC
AATGGCGTCTCTTGTCCTACCTTCATCTAAACTTCTCCTCCATAGTCGAACCCAACACAA
TGTCCAACCATTTCTTCTCCATCGCTCCTCCCCTAAAACACCATTCTTCATCTCCTCACC
GTCTTTCCGTCGTCAACACTCTACTTGCTCCTCAGCTTCCAAGAACCCATCGGAAGCTCT
CACGGCGGAGAAGACGACTGAGAACAAGAAACAGCCGGAGAAGAAGCATTTGAGCGAGGA
GGAAGAAGCAGAAGAGGAAATAGAGGAGGATATGTTGTGGATTCAAGAGAAGGCGTTAGA
GCTAGCCCAGTTCACTGGTTCGGTGGCTCAGGCGCTTCCAGGTCCCCGAGTCGGTAGCAC
CAAGCTGCCGTGGATGCTCGCCGTCCCGTTAACTTACGCCTGCGCCACTTTAGCCACTGC
TGTCGTCAAAACCGTTAATAACTTCTCTTCTCCTAACGCACAACGCAAGAAACTAGTGAA
TCAGAATGCGATGTTGTGTAGATCAATCGACGAGATGTCACAGAGAGAAGGTACTGTGAG
TAGCTTTGAGCTCAAG*CACTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACATGGAGGAGAT
A

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1EA36JQ 774 0 0
T
TGTGTAGATCAATCGACGAGATGTCACAGAGAGAAGGTACTGTGAGTAGCTTTGAGCTCA
AGGCACTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACATGGAGGAGATATTACGGAAGTACATTCATT
ACGCGTTGAATGAGAAACCGTTTAATCCCGACCTTGTTGCGAATCTCATTCATCTCAGAA
GAGCTTCTGGTTTGAACGAGTCTCAGATGCCTGAGGTTTTAAATGAGATCTCCCGTGGTA
TTGTTAAAGACAAAGGTCCTGTTGTGATGAATAAGCAGGGGTTTACAGAGAAAGGTTTCA
AGAGAAAACTAGCCGTGCAGACGCTTTTTGGAAAAATTTACTATCTTTCCGAGCTTCCTG
ACTTCTGCTTAAAAGACAATCCCTTGGTTGTCAAGGAAATATTCGGAGTTACAGATGAAG
AGGCAGAGAAGCTGAGGATGCAGGCGCTTGCTGAAGCTGGAGACTTGGACTCACTTGAGA
AAATGGTGGAGTTTGAGAAAGCGGCTGATTCTTCTTCTTCGGATAGAGAAGACTCAAATG
AAGAAGATGACTCCATTACTTCTTCTTAAGATTATCTGTTCAAGAATCAAACATCAATAC
TAAGATTTTTAAAAGTGTCTTTTTTTTGTCTACTTAATCACAAGTCGTTCATACAGGACG
TCTGTATAGCTAACTAGATTGTCTTTTGATATGATTAAAGACTGTAATAGAAATTCTAAG
ATGAAGCGCAACAATGCGAGTTGTGGCTTATACTCGATAAATTAATAAATACT

QA 2 774 2 774
DS 



AS 3 12

CO CL248Contig1 666 3 1 U
GGTATTTGTGACTTTGCCATGGCGGAGGAATTCGGTTGCGTTGATTTTCTAGGAGGAGAT
GATGATCTGTTCTCCGATATCGATCTTTCACTTTTCACTGAAACTCCTACAGCGTGTGAT
TTGATTCGGTCTTCACCGGAGTCTGGAAACTCGTGGATCGGAGACATAGAGAGCCAACTG
ATGAACGACGAGGACAATCAGAACTTTCAGGAGTTGGATCAGCAATCGGTTTCGGAGTTT
TTAGCGGATATATTCGCCGATGATCCCACTAGCGATTCCGTTGATTTGGTGACTGGTAAA
GTTGTACCAACGGAAGGATTTGTCAACGGAAAGGGACCAGAAGGCTCCGATGATGATGCT
GGGAAGGGGAAAGCAGTTGAGAAGAACTCTGGAAGTGAGAATCAGGATGAAGCTAAGGTG
GAAAGCGAGATATCAGGAGACGATGATGCTATGGCCAAGAAACTAAGAAGGAGGGTAAGA
AACAGAGATGCGGCTGTGAGATCGAGAGAGAGGAAGAAGGAATATGTGACCGATCTTGAG
AAGAAAAGTAAGTATCTCGAAAGAGAATGCATGAGACTGGGAAGGATGCTTGATTGCTTT
GTTGCGGAAAACCATTCTCTTCGTCTATGTTTGCAAAAGGGTAGTGGTGGAATTCTTCCA
TGATGA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1E040TF U 1
AF RR1DW74TF U 1
AF RR1C168TF U 1
BS 1 666 RR1C168TF

RD RR1E040TF 341 0 0
GGTATTTGTGACTTTGCCATGGCGGAGGAATTCGGTTGCGTTGATTTACTAGGAGGAGAT
GATGATCTGTTCTCCGATATCGATCTTTCACTTTTCACTGAAACTCCTACAGCGTGTGAT
TTGATTCGGTCTTCACCGGAGTCTGGAAACTCGTGGATCGGAGACATAGAGAGCCAACTG
ATGAACGACGAGGACAATCAGAACTTTCAGGAGTTGGATCAGCAATCGGTTTCGGAGTTT
TTAGCGGATATATTCGCCGATGATCCCACTGGCGATTCCGTTGATTTGGTGACTGGTAAA
GTTGTACCAACGGAAGGATTTGTCAACGGAAAGGGACCAGA

QA 1 341 1 341
DS 

RD RR1DW74TF 514 0 0
GGTATTTGTGACTTTGCCATGGCGGAGGAATTCGGTTGCGTTGATTTTCTAGGAGGAGAT
GATGATCTGTTCTCCGATATCGATCTTTCACTTTTCACTGAAACTCCTACAGCGTGTGAT
TTGATTCGGTCTTCACCGGAGTCTGGAAACTCGTGGATCGGAGACATAGAGAGCCAACTG
ATGAACGACGAGGACAATCAGAACTTTCAGGAGTTGGATCAGCAATCGGTTTCGGAGTTT
TTAGCGGATATATTCGCCGATGATCCCACTAGCGATTCCGTTGATTTGGTGACTGGTAAA
GTTGTACCAACGGAAGGATTTGTCAACGGAAAGGGACCAGAAGGCTCCGATGATGATGCT
GGGAAGGGGAAAGCAGTTGAGAAGAACTCTGGAAGTGAGAATCAGGATGAAGCTAAGGTG
GAAAGCGAGATATCAGGAGACGATGATGCTATGGCCAAGAAACTAAGAAGGAGGGTAAGA
AACAGAGATGCGGCTGTGAGATCGAGAGAGAGGA

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1C168TF 666 0 0
GGTATTTGTGACTTTGCCATGGCGGAGGAATTCGGTTGCGTTGATTTTCTAGGAGGAGAT
GATGATCTGTTCTCCGATATCGATCTTTCACTTTTCACTGAAACTCCTACAGCGTGTGAT
TTGATTCGGTCTTCACCGGAGTCTGGAAACTCGTGGATCGGAGACATAGAGAGCCAACTG
ATGAACGACGAGGACAATCAGAACTTTCAGGAGTTGGATCAGCAATCGGTTTCGGAGTTT
TTAGCGGATATATTCGCCGATGATCCCACTAGCGATTCCGTTGATTTGGTGACTGGTAAA
GTTGTACCAACGGAAGGATTTGTCAACGGAAAGGGACCAGAAGGCTCCGATGATGATGCT
GGGAAGGGGAAAGCAGTTGAGAAGAACTCTGGAAGTGAGAATCAGGATGAAGCTAAGGTG
GAAAGCGAGATATCAGGAGACGATGATGCTATGGCCAAGAAACTAAGAAGGAGGGTAAGA
AACAGAGATGCGGCTGTGAGATCGAGAGAGAGGAAGAAGGAATATGTGACCGATCTTGAG
AAGAAAAGTAAGTATCTCGAAAGAGAATGCATGAGACTGGGAAGGATGCTTGATTGCTTT
GTTGCGGAAAACCATTCTCTTCGTCTATGTTTGCAAAAGGGTAGTGGTGGAATTCTTCCA
TGATGA

QA 1 666 1 666
DS 



CO CL248Contig2 843 7 9 U
GGGGTCTTAGACGCAGAAATATTATTAGGTAAATTTCATGAGTTGAATAGAAACCATCCA
AAAACCATGAGAAACCCACATTGACTGTTAACTGACAGAGCGAAAATACAAAACCAGAAA
GGACTACTAAGACACTCATCTACAACTCAAACGGGAAAAAAACAACATTTAGAAGCTTAA
GAGAATAAGAGGCGCAAGGTGTCACGCCACAAGTATACATACTTGGTGTTTCATCCGAGG
CCTTGAACCCTTACATCTCCGACTCTTCCCTGCATAATTATTAGACAGTTTGTTACTCTC
TAGCCCGCTTAGAACCAGATTTTCTGACCCGTGGGCTTCCACCGGAAGGAAGCAAGTCTC
TGGTTGGGGGG*CAGAGGGAGGAATGGGCAAATGATGTCTCCCAGATACCAAAGCAGGGA
ACCCAACAGCAGGGATTCCAACAAGAGCACAGCAGACTCCTGCCTTGTCATCATGGAAGC
ATTTCCACC***ACCCTTTTGCAAACACAGACGAAGAGAATGGTTTTCCGCAACAAAGCA
ATCAAGCATCCTTCCCAGTCTCATGCATTCTCTTTCGAGATACTTACTTTTCTTCTCAAG
ATCGGTCACATATTCCTTCTTCCTCTCTCTCGATCTCACAGCCGCATCTCTGTTTCTTAC
CCTCCTTCTTCGTTTCTTGGCCATAGCATCATCGTCTCCTGATATCTCGCTTTCCACCTT
AGCTTCATCCTGATTCTCACTTCCAGAATCATTCAACTTCTTCTCAACTGCTTTCCCTTT
CCCAGCATCATCATCGGAGCCTTCTGGTCCCTTTCCGTTGACAATCCTTCCGTTGGTACA
CTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 5 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 5 20 5 20 5 5 20 20 20 
20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA85TF C 9
AF RR1E238JQ U 70
AF RR1CZ01JQ U 1
AF RR1E079TF C 116
AF RR1E040JQ U 12
AF RR1DW74JQ U 27
AF RR1C168JQ U 27
BS 1 371 RR1CZ01JQ
BS 372 372 RR1E238JQ
BS 373 660 RR1CZ01JQ
BS 661 661 RR1E040JQ
BS 662 770 RR1CZ01JQ
BS 771 775 RR1E040JQ
BS 776 776 RR1DW74JQ
BS 777 794 RR1E040JQ
BS 795 843 RR1C168JQ

RD RR1CA85TF 229 0 0
AGA
CGCAGAAATATTATTAGGTAAATTTCATGAGTTGAATAGAAACCATCCAAAAACCATGAG
AAACCCACATTGACTGTTAACTGACAGAGCGAAAATACAAAACCAGAAAGGACTACTAAG
ACACTCATCTACAACTCAAACGGGAAAAAAACAACATTTAGAAGCTTAAGAGAATAAGAG
GCGCAAGGTGTCACGCCACAAGTATACATACTTGGTGTTTCATCC
C

QA 4 228 4 228
DS 

RD RR1E238JQ 446 0 0
AGAAACCCACATTGACTGTTAACTGACAGAGCGAAAATACAAAACCAGAAAGGACTACTA
AGGCACTCATCTACAACTCAAACGGGAAAAAAACAACATTTAGAAGCTTAAGAAAATAAG
AGGCGCAAGGTGTCACGCCACAAGTATACATACTTGGTGTTTCATCTGAGGCCTTGAACC
CTTACATCTCCGACTCTTCCCTGCATAATTATTAAACAGTTTGTTACTCTCTAGCCCGCT
TAAAACCAGATTTTCTGACCCGTGGGCTTCCACCGGAAGGAAGCAAGTCTCTGGTTGGGG
GG*CAGAGGGAGGAATGGGCAAATGATGTCTCCCAGATACCAAAGCAGGGAACCCAACAG
CAGGGATTCCAACAAGAGCACAGCAGACTCCTGCCTTGTCATCATGGAAGCATTTCCACC
***ACCCTTTTGCAAACACAGACGAA

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR1CZ01JQ 770 0 0
GGGGTCTTAGACGCAGAAATATTATTAGGTAAATTTCATGAGTTGAATAGAAACCATCCA
AAAACCATGAGAAACCCACATTGACTGTTAACTGACAGAGCGAAAATACAAAACCAGAAA
GGACTACTAAGACACTCATCTACAACTCAAACGGGAAAAAAACAACATTTAGAAGCTTAA
GAGAATAAGAGGCGCAAGGTGTCACGCCACAAGTATACATACTTGGTGTTTCATCCGAGG
CCTTGAACCCTTACATCTCCGACTCTTCCCTGCATAATTATTAGACAGTTTGTTACTCTC
TAGCCCGCTTAGAACCAGATTTTCTGACCCGTGGGCTTCCACCGGAAGGAAGCAAGTCTC
TGGTTGGGGGGGCAGAGGGAGGAATGGGCAAATGATGTCTCCCAGATACCAAAGCAGGGA
ACCCAACAGCAGGGATTCCAACAAGAGCACAGCAGACTCCTGCCTTGTCATCATGGAAGC
ATTTCCACC***ACCCTTTTGCAAACACAGACGAAGAGAATGGTTTTCCGCAACAAAGCA
ATCAAGCATCCTTCCCAGTCTCATGCATTCTCTTTCGAGATACTTACTTTTCTTCTCAAG
ATCGGTCACATATTCCTTCTTCCTCTCTCTCGATCTCACAGCCGCATCTCTGTTTCTTAC
TCTCCTTCTTCGTTTCTTGGCCATAGCATCATCGTCTCCTGATATCTCGCTTTCCACCTT
AGCTTCATCCTGATTCTCACTTCCAGAATCATTCAACTTCTTCTCAACTG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1E079TF 656 0 0
AGAAAGGACTACTAAGACACTCATCTACAACTCAAACGAGAAAAAAACAACATTTAGAAG
CTTAAGAGAATAAGAGGCGCAAGGTGTCACGCCACAAGTATACATACTTGGTGTTTCATC
CGAGGCCTTGAACCCTTACATCTCCGACTCTTCCCTGCATAATTATTAGACAGTTTGTTA
CTCTCTAGCCCGCTTAGAACCAGATTTTCTGACCCGTGGGCTTCCACCGGAAGGAAGCAA
GTCTCTGGTTGGGGGGGCAGAGGGAGGAATGGGCAAATGATGTCTCCCAGATACCAAAGC
AGGGAACCCAACAGCAGGGATTCCAACAAGAGCACAGCAGACTCCTGCCTTGTCATCATG
GAAGCATTTCCACC***ACCCTTTTGCAAACACAGACGAAGAGAATGGTTTTCCGCAACA
AAGCAATCAAGCATCCTTCCCAGTCTCATGCATTCTCTTTCGAGATACTTACTTTTCTTC
TCAAGATCGGTCACATATTCCTTCTTCCTCTCTCTCGATCTCACAGCCGCATCTCTGTTT
CTTACTCTCCTTCTTCGTTTCTTGGCCATAGCATCATCGTCTCCTGATATCTCGCTTTCC
ACCTTAGCTTCATCCTGATTCTCACTTCCAGAATCATTCAACTTCTTCTCAACTG
C

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1E040JQ 783 0 0
CGCAGAAATATTATTAGGTAAATTTCATGAGTTGAATAGAAACCATCCAAAAACCATGAG
AAACCCACATTGACTGTTAACTGACAGAGCGAAAATACAAAACCAGAAAGGACTACTAAG
ACACTCATCTACAACTCAAACGGGGAAAAAACAACATTTAGAAGCTTAAGAGAATAAGAG
GCGCAAGGTGTCACGCCACAAGTATACATACTTGGTGTTTCATCCGAGGCCTTGAACCCT
TACATCTCCGACTCTTCCCTGCATAATTATTAGACAGTTTGTTACTCTCTAGCCCGCTTA
GAACCAGCTTTTCTGACCCGTCGGCTTCCACTGGAAGGAAGCAAATCTTTGGTTGGGG**
*CAGAGGGAGGAATGGGCAAATGATGTCTCCCAGATACCAAAGCAGGGAACCCAACAGCA
GGGATTCCAACAAGAGCACAGCAGACTCCTGCCTTGTCATCATGGAAGCATTTCCACCAC
TACCCTTTTGCAAACATAGACGAAGAGAATGGTTTTCCGCAACAAAGCAATCAAGCATCC
TTCCCAGTCTCATGCATTCTCTTTCGAGATACTTACTTTTCTTCTCAAGATCGGTCACAT
ATTCCTTCTTCCTCTCTCTCGATCTCACAGCCGCATCTCTGTTTCTTACCCTCCTTCTTC
GTTTCTTGGCCATAGCATCATCGTCTCCTGATATCTCGCTTTCCACCTTAGCTTCATCCT
GATTCTCACTTCCAGAGT*********TCTTCTCAACTGCTTTCTCTTTCCCAGCATCAT
CAT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1DW74JQ 759 0 0
C
GGTAAATTTCATGAGTTGAATAGAAACCATCCAAAAACCATGAGAAACCCACATTGACTG
TTAACTGACAGAGCGAAAATACAAAACCAGAAAGGACTACTAAGACACTCATCTACAACT
CAAACGGGGAAAAAACAACATTTAGAAGCTTAAGAGAATAAGAGGCGCAAGGTGTCACGC
CACAAGTATACATACTTGGTGTTTCATCCGAGGCCTTGAACCCTTACATCTCCGACTCTT
CCCTGCATAATTATTAGACAGTTTGTTACTCTCTAGCCCGCTTAGAACCAGCTTTTCTGA
CCCGTCGGCTTCCACTGGAAGGAAGCAAATCTTTGGTTGGGG***CAGAGGGAGGAATGG
GCAAATGATGTCCCCCAGATACCAAAGCAGGGAACCCAACAGCAGGGATTCCAACAAGAG
CACAGCAGACTCCTGCCTTGTCATCATGGAAGAATTTCCACCACTACCCTTTTGCAAACA
TAGACGAAGAGAATGGTTTTCCGCAACAAAGCAATCAAGCATCCTTCCCAGTCTCATGCA
TTCTCTTTCGAGATACTTACTTTTCTTCTCAAGATCGGTCACATATTCCTTCTTCCTCTC
TCTCGATCTCACAGCCGCATCTCTGTTTCTTACCCTCCTTCTTAGTTTCTTGGCCATAGC
ATCATCGTCTCCTGATATCTCGCTTTCCACCTTAGCTTCATCCTGATTCTCACTTCCAGA
GT*********TCTTCTCAACTGCTTTCCCCTTCCCAG

QA 2 759 2 759
DS 

RD RR1C168JQ 817 0 0
C
GGTAAATTTCATGAGTTGAATAGAAACCATCCAAAAACCATGAGAAACCCACATTGACTG
TTAACTGACAGAGCGAAAATACAAAACCAGAAAGGACTACTAAGACACTCATCTACAACT
CAAACGGGGAAAAAACAACATTTAGAAGCTTAAGAGAATAAGAGGCGCAAGGTGTCACGC
CACAAGTATACATACTTGGTGTTTCATCCGAGGCCTTGAACCCTTACATCTCCGACTCTT
CCCTGCATAATTATTAGACAGTTTGTTACTCTCTAGCCCGCTTAGAACCAGCTTTTCTGA
CCCGTCGGCTTCCACTGGAAGGAAGCAAATCTTTGGTTGGGG***CAGAGGGAGGAATGG
GCAAATGATGTCCCCCAGATACCAAAGCAGGGAACCCAACAGCAGGGATTCCAACAAGAG
CACAGCAGACTCCTGCCTTGTCATCATGGAAGAATTTCCACCACTACCCTTTTGCAAACA
TAGACGAAGAGAATGGTTTTCCGCAACAAAGCAATCAAGCATCCTTCCCAGTCTCATGCA
TTCTCTTTCGAGATACTTACTTTTCTTCTCAAGATCGGTCACATATTCCTTCTTCCTCTC
TCTCGATCTCACAGCCGCATCTCTGTTTCTTACCCTCCTTCTTAGTTTCTTGGCCATAGC
ATCATCGTCTCCTGATATCTCGCTTTCCACCTTAGCTTCATCCTGATTCTCACTTCCAGA
GT*********TCTTCTCAACTGCTTTCCCTT**CCAGCATCATCATCGGAGCCTTCTGG
TCCCTTTCCGTTGACAATCCTTCCGTTGGTACACTT

QA 2 817 2 817
DS 



CO CL248Contig3 641 2 6 U
GGTATTTGTGACTTTGCCATGGCGGAGGAATTAGGTTGCGTTGATTTTCTAGGAGGAGAT
GATGATCTATTCTCCGATATCGATCTTTCACTTTTCACTAAAACTCCTATAGCGTGTGAT
TTGATTCGGTCTTCACCGGATTCTGGAAACTCGTGGATCGGAGACATAGAGAGCCAACTG
ATGAACGATGAGGACAATCAGAACTTTCAGGAGTTGGATCAGCAATCGGTTTCGGAGTTT
TTAGCGGATATATTCGCCGATGATCCCACTAGCGATTCCGTTGATTTGGCGACTGGTAAA
GTTGTACCAACGGAAGGATTTGTCAACGGAAAGGGACCAGAAGGCTCCGATGATGCCGGG
AAGGAGAAAGCAGTTGAGAAGAAGTTGAATGATTCTGGAAGTGAGAATCAGGATGAAGCT
AAGGTGGAAAGCGAGATATCAGGAGACGATGATGCTATGGCCAAGAAACGAAGAAGGAGA
GTAAGAAACAGAGATGCGGCTGTGAGATCGAGAGAGAGGAAGAAGGAATATGTGACCGAT
CTTGAGAAGAAAAGTAAGTATCTCGAAAGAGAATGCATGAGACTGGGAAGGATGCTTGAT
TGCTTTGTTGCGGAAAACCATTCTCTTCGTCTGTGTTTGCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1CZ01TF U 1
AF RR1E238TF U 1
BS 1 38 RR1CZ01TF
BS 39 39 RR1E238TF
BS 40 99 RR1CZ01TF
BS 100 100 RR1E238TF
BS 101 638 RR1CZ01TF
BS 639 641 RR1E238TF

RD RR1CZ01TF 638 0 0
GGTATTTGTGACTTTGCCATGGCGGAGGAATTAGGTTGTGTTGATTTTCTAGGAGGAGAT
GATGATCTATTCTCCGATATCGATCTTTCACTTTTCACTGAAACTCCTATAGCGTGTGAT
TTGATTCGGTCTTCACCGGATTCTGGAAACTCGTGGATCGGAGACATAGAGAGCCAACTG
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TTAGCGGATATATTCGCCGATGATCCCACTAGCGATTCCGTTGATTTGGCGACTGGTAAA
GTTGTACCAACGGAAGGATTTGTCAACGGAAAGGGACCAGAAGGCTCCGATGATGCCGGG
AAGGAGAAAGCAGTTGAGAAGAAGTTGAATGATTCTGGAAGTGAGAATCAGGATGAAGCT
AAGGTGGAAAGCGAGATATCAGGAGACGATGATGCTATGGCCAAGAAACGAAGAAGGAGA
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TGCTTTGTTGCGGAAAACCATTCTCTTCGTCTGTGTTT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1E238TF 641 0 0
GGTATTTGTGACTTTGCCATGGCGGAGGAATTAGGTTGCGTTGATTTTCTAGGAGGAGAT
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TTGATTCGGTCTTCACCGGATTCTGGAAACTCGTGGATCGGAGACATAGAGAGCCAACTG
ATGAACGATGAGGACAATCAGAACTTTCAGGAGTTGGATCAGCAATCGGTTTCGGAGTTT
TTAGCGGATATATTCGCCGATGATCCCACTAGCGATTCCGTTGATTTGGTGACTGGTAAA
GTTGTACCAACGGAAGGATTTGTCAACGGAAAGGGACCAGAAGGCTCCGATGATGCCGGG
AAGGAGAAAGCAGTTGAGAAGAAGTTGAATGATTCTGGAAGTGAGAATCAGGATGAAGCT
AAGGTGGAAAGCGAGATATCAGGAGACGATGATGCTATGGCCAAGAAACGAAGAAGGAGA
GTAAGAAACAGAGATGCGGCTGTGAGATCGAGAGAGAGGAAGAAGGAATATGTGACCGAT
CTTGAGAAGAAAAGTAAGTATCTCGAAAGAGAATGCATGAGACTGGGAAGGATGCTTGAT
TGCTTTGTTGCGGAAAACCATTCTCTTCGTCTGTGTTTGCA

QA 1 641 1 641
DS 



AS 2 11

CO CL249Contig1 969 4 9 U
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TACTTCCGGCATCTCTGCTAACCATTTCTTGAGGAACAAGAACCCTCTGGCTCAGCCCAA
AGTTCACCATCTCTTCCTCTCCGGAAACTCACCGGTTACTCTACCATCTCGAAGACCATC
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AGTGAAGCCAAAGGTTGAAGACGGTATCTTCGGAACGTCTGGTGGGATAGGATTCACGAA
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TGAGGCGTTGACTGGGAAAGGGATATTAGCACAGCTGAATTTGGAGACAGGAATACCGAT
TTACGAAGCAGAGCCATTGCTTCTCTTCTTCATATTGTTCACTCTGTTGGGTGCCATTGG
AGCTCTTGGAGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCACCGGACTCGAGAAAGCCGT
CATTCCTCCCGGCAAGGGCGTTCGCTCTGCCCTCGGTCTCAAAGAACAAGATCCATTGTT
TGGGTTCACGAAGGCGAACGAGTTGTTCGTAGGAAGGTTGGCACAGTTGGGAATAGCATT
TTCACTGATTGGGGAGATTATTACCGGGAAAGGAGCATTGGCTCAACTCAACATTGAGAC
TGGTATTCCAATTCAAGATATCGAACCACTCGTCCTCTTAAACGTTGCTTTCTTCTTCTT
TGCTGCCATTAATCCTGGTAATGGAAAGTTCATTACTGATGATGGTGAAGAAAGCTAAAC
TCTTTATGTACTTTCGAGTA**TAGTAGTTTGGGAGATCATTATCATGTTGAGACAAAAG
GAAATGGACAATTCAAACTATTGTAAAACTTAAATCCTTTTGTTTTAACTTGCTTTTTTC
TGATTAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AS17TF U 1
AF RR1DG46TF U 167
AF RR1B396JQ C 144
AF RR1AS17JQ C 147
BS 1 688 RR1AS17TF
BS 689 689 RR1DG46TF
BS 690 828 RR1AS17TF
BS 829 829 RR1DG46TF
BS 830 882 RR1AS17TF
BS 883 913 RR1B396JQ
BS 914 914 RR1AS17JQ
BS 915 952 RR1B396JQ
BS 953 969 RR1AS17JQ

RD RR1AS17TF 882 0 0
CTCAGACGCAACAAGCAGCTTGTTGCAACACACAAAAAAAATGGCTCAAACCATGCTGCT
TACTTCCGGCATCTCTGCTAACCATTTCTTGAGGAACAAGAACCCTCTGGCTCAGCCCAA
AGTTCACCATCTCTTCCTCTCCGGAAACTCACCGGTTACTCTACCATCTCGAAGACCATC
GTTGGTTCCTCTCGCTATCTTCAAACCCAAAACCAAAGCTGCTCCCAAAAAGGTTGAGAA
AGTGAAGCCAAAGGTTGAAGACGGTATCTTCGGAACGTCTGGTGGGATAGGATTCACGAA
GCAGAACGAGCTCTTTGTGGGTCGTGTTGCTATGATCGGTTTCGCCGCATCGTTGCTAGG
TGAGGCGTTGACTGGGAAAGGGATATTAGCACAGCTGAATTTGGAGACAGGAATACCGAT
TTACGAAGCAGAGCCATTGCTTCTCTTCTTCATATTGTTCACTCTGTTGGGTGCCATTGG
AGCTCTTGGAGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCACCGGACTCGAGAAAGCCGT
CATTCCTCCCGGCAAGGGCGTTCGCTCTGCCCTCGGTCTCAAAGAACAAGATCCATTGTT
TGGGTTCACGAAGGCGAACGAGTTGTTCGTAGGAAGGTTGGCACAGTTGGGAATAGCATT
TTCACTGATTGGGGAGATTATTACCGGGGAAGGAGCATTGGCTCAACTCAACATTGAGAC
TGGTATTCCAATTCAAGATATCGAACCACTCGTCCTCTTAAACGTTGCTTTCTTCTTCTT
TGCTGCCATTAATCCTGGTAATGGAAAGTTCATTACTGATGATGGTGA*GAAAGCTAAAC
TCTTTATGTACTTTCGAGTA**TAGTAGTTTGGGAGATCATT

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DS 

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G
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AAAAGGTTGAGAAAGTGAAGCCAAAGGTTGAAGACGGTATCTTCGGAACGTCTGGTGGGA
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CAT*GTTGCTAGGTGAGGCGTCGACTGGGAAAGGGATATTAGCACAGCCGAATTTGGAGA
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TGGGTGCCATTGGAGCTCTTGGAGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCACCGGAC
TCGAGAAAGCCGTCATTCCTCCCGGCAAGGGCGTTCGCTCTGCCCTCGGTCTCAAAGAAC
AAGGTCCATTGTTTGGGTTCACGAAGGCGAACGAGTTGTTCGTAGGAAGGTTGGCACAGT
TGGGAATAGCATTTTCACTGATTGGGGAGATTATTACCGGGAAAGGAGCATTGGCTCAAC
TCAACATTGAGACTGGTATTCCAATTCAAGATATCGAACCACTCGTCCTCTTAAACGTTG
CTTTCTTCTTCTTTGCTGCCATTAATCCTGGTAATGGAAAGTTCATTACTGATGATGGTG
AAGAAAGCTAAACTCTTTATGTACTTTCGAGT
TATTAGTAG

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DS 

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TACTGATGATGGTGAAGAGAGCTAAACTCTTTATGTACTTTCGAGT***TAGTAGTTTGG
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ATCCTTTTGTTTTAACTTG
CTTTTTTCTGATTC

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DS 

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CTCACCG
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CAAAGCTGCTCCCAAAAAGGTTGAGAAAGTGAAGCCAAAGGTTGAAGACGGTATCTTCGG
AACGTCTGGTGGGATAGGATTCACGAAGCAGAACGAGCTCTTTGTGGGTCGTGTTGCTAT
GATCGGTTTCGCCGCATCGTTGCTAGGTGAGGCGTTGACTGGGAAAGGGATATTAGCACA
GCTGAATTTGGAGACAGGAATACCGATTTACGAAGCAGAGCCATTGCTTCTCTTCTTCAT
ATTGTTCACTCTGTTGGGTGCCATTGGAGCTCTTGGAGACAGAGGAAAATTCGTCGACGA
TCCTCCCACCGGACTCGAGAAAGCCGTCATTCCTCCCGGCAAGGGCGTTCGCTCTGCCCT
CGGTCTCAAAGAACAAGATCCATTGTTTGGGTTCACGAAGGCGAACGAGTTGTTCGTAGG
AAGGTTGGCACAGTTGGGAATAGCATTTTCACTGATTGGGGAGATTATTACCGGGGAAGG
AGCATTGGCTCAACTCAACATTGAGACTGGTATTCCAATTCAAGATATCGAACCACTCGT
CCTCTTAAACGTTGCTTTCTTCTTCTTTGCTGCCATTAATCCTGGTAATGGAAAGTTCAT
TACTGATGATGGTGAAGAAAGCTAAACTCTTTATGTACTTTCGAGTTATTAGTAGTTTGG
GAGATCATTATCATGTTGAGACAAA*GGAAATGGACAATTCAAACTATTGTAATACTTAA
ATCCTTTTGTTTTAACTTGCTTTTTTCTGATTAAAG

QA 8 823 8 823
DS 



CO CL249Contig2 1006 7 9 U
GGACTGATCCTTTCTTTCATCTTCAGACGCTGCAAGCAGCACACCACACAAAATACAAAA
TGGCTCAAACCATGCTGCTTACTTCAGGCGTCTCTGCAAACACTTTTTTAAGGAACAAGA
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TACCATCTCGAAGACCATCATTAGTTCCTCTCGCCATCTTCAAACCCAAAACCAAAGCTG
CTCCCAAAAAGGTTGAGAAGGTGAAGCCAAAGGTTGAAGACGGTATTTTCGGAACATCTG
GTGGGATAGGTTTCACGAAGCAGAACGAGCTCTTTGTGGGTCGTGTTGCTATGATCGGTT
TCGCTGCATCGTTGCTGGGTGAGGCGTTGACAGGGAAAGGTATATTAGCACAGTTGAATC
TGGAGACAGGGATACCGATTTACGAAGCAGAGCCATTGCTTCTCTTCTTCATATTGTTCA
CTCTGTTGGGTGCTATCGGAGCTCTTGGGGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCA
CCGGACTTGAGAAAGCCGTCATTCCTCCCGGCAAAGGCGTCCGATCTGCCCTCGGTCTTA
AAGAACAAGGTCCATTGTTTGGGTTCACGAAGGCAAACGAGTTGTTCGTAGGAAGATTGG
CACAGTTGGGAATAGCATTTTCATTGATAGGAGAGATTATAACCGGGAAAGGAGCATTGG
CTCAACTCAACATTGAGACTGGTATTCCAATTCAAGATATCGAACCCCTCGTCCTCTTAA
ACGTTGCTTTCTTCTTCTTTGCAGCCATTAATCCTGGTAATGGAAAGTTCATTACTGATG
ATGGTGAAGAAAGCTAAACTATTTATGTACTTAAAATTTGTAGTTTGTGAGCCCTCTTCA
TGTTGAGACAAAATGAAATGGGCAGCTTAAACTGTTGTAATTCTTAAATCCTCTTGTTTT
AACTTGAGTATTCAGATTACATGGGTGATTGGTTGGGCTTTATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1FD19TF U 8
AF RR1BR31TF U 1
AF RR1BO23TF U 1
AF RR1G267JQ C 145
AF RR1EL83TF U 366
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AF RR1BR31JQ C 801
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RD RR1FD19TF 640 0 0
GG
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QA 3 640 3 640
DS 

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CTCAGCCCAAAGTTCACCATCTCTTCCTCTCGGGAAACTCTCATGTTATTCTACCATCTC
GAAGACCATCATTAGTTCCTCTCGCCATCTTCAAACCCAAAACCAAAGCTGCTCCCAAAA
AGGTTGAGAAGGTGAAGCCAAAGGTTGAAGACGGTATTTTCGGAACATCTGGTGGGATAG
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GGATACCGATTTACGAAGCAGAGCCATTGCTTCTCTTCTTCATATTGTTCACTCTGTTGG
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AGAAAGCCGTCATTCCTCCCGGCAAAGGCGTCCGATCTGCCCTCGGTCTTAAAGAACAAG
GTCCATTGTTTGGGTTCACGAA*GCAAACGAGTTGTTCGTATGAAGATTGGCACAGTTGG
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QA 10 696 10 696
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TACCATCTCGAAGACCATCATTAGTTCCTCTCGCCATCTTCAAACCCAAAACCAAAGCTG
CTCCCAAAAAGGTTGAGAAGGTGAAGCCAAAGGTTGAAGACGGTATTTTCGGAACATCTG
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CTCTGTTGGGTGCTATCGGAGCTCTTGGGGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCA
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QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1G267JQ 842 0 0
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TTCCTCTCGCCATCTTCAAACCCAAAACCAAAGCTGCTCCCAAAAAGGTTGAGAAGGTGA
AGCCAAAGGTTGAAGACGGTATTTTCGGAACATCCGGTGGGATAGGTTTCACGAAGCAGA
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TTGGGGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCACCGGACTTGAGAAAGCCGTCATTC
CTCCCGGCAAAGGCGTCCGATCTGCCCTCGGTCTTAAAGAACAAGGTCCATTTTTTGGGT
TCACGAAGGCAAACGAGTTGTTCGTAGGAAGATTGGTACAGTTGGGAATAGCATTTTCAT
TGATAGGAGAGATTATAACCGGGAAAGGAGCATTGGCTCAACTCAACATTGAGACTGGTA
TTCCAATTCAAGATATCGAACCCCTCGTCCTCTTAAACGTTGCTTTCTTCTTCTTTGCAG
CCATTAATCCTGGTAATGGAAAGTTCATTACTGATGATGGTGAAGAAAGCTAAACTATTT
ATGTACTTAAAATTTGTAGTTTGTGAGCCCTCTTCATGTTGAGACAAAATGAAATGGGCA
GCTTAAACTGTTGTAATTCTTAAATCCTCTTGTTTTAACTTGAGTATTCAGATTACATGG
G
C

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DS 

RD RR1EL83TF 636 0 0
AGGG
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GTGCTATCGGAGCTCTTGGGGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCACCGGACTTG
AGAAAGCCGTCATTCCTCCCGGCAAAGGCGTCCGATCTGCCCTCGGTCTTAAAGAACAAG
GTCCATTGTTTGGGTTCACGAAGGCAAACGAGTTGTTCGTAGGAAGATTGGCACAGTTGG
GAATAGCATTTTCATTGATAGGAGAGATTATAACCGGGAAAGGAGCATTGGCTCAACTCA
ACATTGAGACTGGTATTCCAATTCAAGATATCGAACCCCTCGTCCTCTTAAACGTTGCTT
TCTTCTTCTTTGCAGCCATTAATCCTGGTAATGGAAAGTTCATTACTGATGATGGTGAAG
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AAAATGAAATGGGCAGCTTAAACTGTTGTAATTCTTAAATCCTCTTGTTTTAACTTGAGT
ATTCAGATTACATGGGTGATTGGTTGGGCTTT

QA 5 636 5 636
DS 

RD RR1AY95TF 268 0 0
GG
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TGCAGCCATTAATCCTGGTAATGGAAAGTTCATTACTGATGATGGTGAAGAAAGCTAAAC
TATTTATGTACTTAAAATTTGTAGTTTGTGAGCCCTCTTCATGTTGAGACAAAATGAAAT
GGGCAGCTTAAACTGTTGTAATTCTTAAATCCTCTTGTTTTAACTTGAGTATTCAGATTA
CATGGGTGATTGGTTGGGCTTT
ATCT

QA 3 264 3 264
DS 

RD RR1BR31JQ 206 0 0
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ATTTATGTACTTAAAATTTGTAGTTTGTGACCCCTCTTCATGTTGAGACAAAATGAAATG
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ATGGGGGATTGGTTGGGCTTTATCTC

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DS 



AS 1 12

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CTGAGATACTTAGTCGCGTAACTCTCAGCTCAGAGATTCTTTTCCTCCCACACAAGTTTC
GAATCCTACAGCGATGGATCTCAATCTCGATGCTCCGCACTCTATGGGAACAACCATCAT
CGGCGTCACTTACAACGGAGGCGTCGTCCTCGGAGCCGACTCACGTACCAGCACCGGCAT
GTACGTAGCGAATCGAGCTTCAGACAAGATCACACAGCTCACCGACAATGTCTACGTCTG
CCGTTCTGGATCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTACGTCCGCTACTTCCTTCA
CCAGCATACAATTCAGCTGGGACAGCCTGCGACTGTTAAGGTTTCTGCAAACCTCATTAG
GATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAAACTGGCCTCATAGTTGGTGGCTGGGA
TAAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTCCACTTGGTGGAACTGTAGTTGAGCAACC
GTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGGGTTCTTTGATCAGGCCTGGAA
AGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCGCTAGCCAT
CGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGAGTTGTACGAACTGTCATAATAAACTCAGAGGGAGT
GACCAGAAACTTCTACCCTGGAGATAAGTTGCAGCTATGGCACGAGGAGTTGGAGCCCCA
GAACTCCTTGTTAGACATCCTCAACGCTGCTGGTCCTGAACCAATGGCTATGTGATTCAT
CATTCTCTCACTCTGTTAAACAAATGTTTAGATGTTTCTCTACATTCACCGAAGTCGTAT
TTTAAACTCTGTTTGATGTTCTTTTAAATTGACCAGATCTTTCTTCACTTAAATGGATAT
CATGTTTGTTTATTGTTATGGTTCTAATTTATGTGTCCCG


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 30 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 
40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1A159JQ C 304
AF RR1GP34TF U 2
AF RR1FW22TF U 2
AF RR1EU34TF U 2
AF RR1ER66TF U 1
AF RR1EH63TF U 2
AF RR1CD16TF U 51
AF RR1EU34JQ C 213
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AF RR1ER66JQ C 164
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BS 527 527 RR1FW22TF
BS 528 772 RR1ER66TF
BS 773 775 RR1EH63TF
BS 776 776 RR1CD16TF
BS 777 778 RR1EH63TF
BS 779 779 RR1CD16TF
BS 780 803 RR1EH63TF
BS 804 804 RR1CD16TF
BS 805 813 RR1EH63TF
BS 814 819 RR1CD16TF
BS 820 820 RR1CD16JQ
BS 821 836 RR1CD16TF
BS 837 837 RR1CD16JQ
BS 838 843 RR1CD16TF
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BS 845 859 RR1CD16TF
BS 860 1000 RR1CD16JQ

RD RR1A159JQ 215 0 0
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GCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAAACTGGCCTCATAGTTGGTGGGTGGGATAA
GTATGAAGGCGGGAAGATATACGGGATTCCACTTG

QA 1 215 1 215
DS 

RD RR1GP34TF 587 0 0
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TACGTAGCGAATCGAGCTTCAGACAAGATCACACAGCTCACCGACAATGTCCACGTCTGC
CGTTCTGGATCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTACGTCCGCTACTTCCTTCAC
CAGCATACAATTCAGCTGGGACAGCCTGCGACTGTTAAGGTTTCTGCAAACCTCATTAGG
ATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAAACTGGCCTCATAGTTGGTGGCTGGGAT
AAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTCCACTTGGTGGAACTGTAGTTGAGCAACCG
TTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGGGTTCTTTGA

QA 1 587 1 587
DS 

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TGAGATACTTAGTCGCGTAACTCTCAGCTCAGAGATTCTTTTCCTCCCACACAAGTTTCG
AATCCTACAGCGATGGATCTCAATCTCGATGCTCCGCACTCTATGGGAACAACCATCATC
GGCGTCACTTACAACGGAGGCGTCGTCCTCGGAGCCGACTCACGTACCAGCACCGGCATG
TACGTAGCGAATCGAGCTTCAGACAAGATCACACAGCTCACCGACAATGTCTACGTCTGC
CGTTCTGGATCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTACGTCCGCTACTTCCTTCAC
CAGCATACAATTCAGCTGGGACAGCCTGCGACTGTTAAGGTTTCTGCAAACCTCATTAGG
ATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAAACTGGCCTCATAGTTGGTGGCTGGGAT
AAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTCCACTTGGTGGAACTGTAGTTGAGCAACCG
TTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGGGTTCTTTGATCGGGCCTGGAAA
GAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAACTTGTTGTGA

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DS 

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TGAGATACTTAGTCGCGTAACTCTCAGCTCAGAGATTCTTTTCCTCCCACACAAGTTTCG
AATCCTACAGCGATGGATCTCAATCTCGATGCTCCGCACTCTATGGGAACAACCATCATC
GGCGTCACTTACAACGGAGGCGTCGTCCTCGGAGCCGACTCACGTACCAGCACCGGCATG
TACGTAGCGAATCGAGCTTCAGACAAGATCACACAGCTCACCGACAATGTCTACGTCTGC
CGTTCTGGATCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTACGTCCGCTACTTCCTTCAC
CAGCATACAATTCAGCTGGGACAGCCTGCGACTGTTAAGGTTTCTGCAAACCTCATTAGG
ATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAAACTGGCCTCATAGTTGGTGGCTGGGAT
AAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTCCACTTGGTGGAACTGTAGTTGAGCAACCG
TTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGGGTTCTTTGATCAGGCCTGGAAA
GAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCGCTAGCCATC
GCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGAGTTGTACGAACTGTCATAATAAAC

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DS 

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CTGAGATACTTAGTCGCGTAACTCTCAGCTCAGAGATTCTTTTCCTCCCACACAAGTTTC
GAATCCTACAGCGATGGATCTCAATCTCGATGCTCCGCACTCTATGGGAACAACCATCAT
CGGCGTCACTTACAACGGAGGCGTCGTCCTCGGAGCCGACTCACGTACCAGCACCGGCAT
GTACGTAGCGAATCGAGCTTCAGACAAGATCACACAGCTCACCGACAATGTCTACGTCTG
CCGTTCTGGATCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTACGTCCGCTACTTCCTTCA
CCAGCATACAATTCAGCTGGGACAGCCTGCGACTGTTAAGGTTTCTGCAAACCTCATTAG
GATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAAACTGGCCTCATAGTTGGTGGCTGGGA
TAAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTCCACTTGGTGGAACTATAGTTGAGCAACC
GTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGGGTTCTTTGATCAGGCCTGGAA
AGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCGCTAGCCAT
CGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGAGTTGTACGAACTGTCATAATAAACTCAGAGGGAGT
GACCAGAAACTTCTACCCTGGAGATAAGTTGCAGCTATGGCACGAGGAGTTG
A

QA 1 772 1 772
DS 

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TGAGATACTTAGTCGCGTAACTCTCAGCTCAGAGATTCTTTTCCTCCCACACAAGTTTCG
AATCCTACAGCGATGGATCTCAATCTCGATGCTCCGCACTCTATGGGAACAACCATCATC
GGCGTCACTTACAACGGAGGCGTCGTCCTCGGAGCCGACTCACGTACCAGCACCGGCATG
TACGTAGCGAATCGAGCTTCAGACAAGATCACACAGCTCACCGACAATGTCTACGTCTGC
CGTTCTGTATCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTACGTCCGCTACTTCCTTCAC
CAGCATACAATTCAGCTGGGACAGCCTGCGACTGTTAAGGTTTCTGCAAACCTCATTAGG
ATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAAACTGGCCTCATAGTTGGTGGCTGGGAT
AAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGACTCCACTTGGTGGAACTGTAGTTGAGCAACCG
TTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGGGTTCTTTGATCAGGCCTGGAAA
GAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAACTTGTTGTGGAGGCGGTTTCGCTAGCCATC
GCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGAGTTGTACGAACTGTCATAATAAACTCAGAGGGAGTG
ACCAGAAACTTCTACCCTGGAGATA*GTTGCAGCTATGGCACGAGGAGTTGGAGTCC*AG
AACTCCTTGTTAGACATCCTCA*CGCTGCTGG

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1CD16TF 824 0 0
GG
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CAAGTTTCGAATCCTACAGCGATGGATCTCAATCTCGATGCTCCGCACTCTATGGGAACA
ACCATCATCGGCGTCACTTACAACGGAGGCGTCGTCCTCGGAGCCGACTCACGTACCAGC
ACCGGCATGTACGTAGCGAATCGAGCTTCAGACAAGATCACACAGCTCACCGACAATGTC
TACGTCTGCCGTTCTGGATCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTACGTCCGCTAC
TTCCTTCACCAGCATACAATTCAGCTGGGACAGCCTGCGACTGTTAAGGTTTCTGCAAAC
CTCATTAGGATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAACCTGGCCTCATAGTTGGT
GGCTGGGATAAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTCCACTTGGTGGAACTGTAGTT
GAGCAACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGGGTTCTTTGATCAG
GCCTGGAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCG
CTAGCCATCGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGAGTTGTACGAACTGTCATAATAAACTCA
GAGGGAGTGACCAGAAACTTCTACCCTGGAGATAAGTTGCAGCTATGGCACGAGGAGTTG
GAGCCCCAGAACTCCTTGTTAGACATCCTCAACGCTGCTGGTCCTGA*CCAATGGCTATG
TGAT*CATCAT*CTCTCACTCTGTTAA
CAAATGTTAGATGTT

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DS 

RD RR1EU34JQ 738 0 0
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CACAGCTCACCGACAATGTCTACGTCTGCCGTTCTGGATCGGCTGCTGATTCTCAGGTTG
TCTCTGACTACGTCCGCTACTTCCTTCACCAGCATACAATTCAGCTGGGACAGCCTGCGA
CTGTTAAGGTTTCTGCAAACCTCATTAGGATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGC
AAACTGGCCTCATAGTTGGTGGCTGGGATAAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTC
CACTTGGTGGAACTGTAGTTGAGCAACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATC
TTTACGGGTTCTTTGATCAGGCCTGGAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAAC
TTGTTGTGAAGGCGGTTTCGCTAGCCATCGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGAGTTGTAC
GAACTGTCATAATAAACTCAGGGGGAGTGACCAGAAACTTCTACCCTGGAGATAAGTTGC
AGCTATGGCACGAGGAGTTGGAGCCCCAGAACTCCTTGTTAGACATCCTCAACGCTGCTG
GTCCTGAACCAATGGCTATGTGATTCATCATTCTCTCACTCTGTTAAACAAATGTTTAGA
TGTTTCTCTACATTCACCGAAGTCGTATTTTAAACTCTGTTTGATGTTCTTTTAAATTGA
CCAGATCTTTCTTCAC
GC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1CD16JQ 841 0 0
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CTCACGTACCAGCACCGGCATGTACGTAGCGAATCGAGCTTCAGACAAGATCACACAGCT
CACCGACAATGTCTACGTCTGCCGTTCTGGATCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGA
CTACGTCCGCTACTTCCTTCACCAGCATACAATTCAGCTGGGACAGCCTGCGACTGTTAA
GGTTTCTGCAAACCTCATTAGGATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAACCTGG
CCTCATAGTTGGTGGCTGGGATAAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTCCACTTGG
TGGAACTGTAGTTGAGCAACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGG
GTTCTTTGATCAGGCCTGGAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAACTTGTTGT
GAAGGCGGTTTCGCTAGCCATCGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGAGTTGTACGAACTGT
CATAATAAACTCAGAGGGAGTGACCAGAAACTTCTACCCTGGAGATAAGTTGCAGCTATG
GCACGAGGAGTTGGAGCCCCAGAACTCCTTGTTAGACATCCTCAACGCTGCTGGTCCTGA
ACCAATGGCTATGTGATTCATCATTCTCTCACTCTGTTAAACAAATGTTTAGATGTTTCT
CTACATTCACCGAAGTCGTATTTTAAACTCTGTTTGATGTTCTTTTAAATTGACCAGATC
TTTCTTCACTTAAATGGATATCATGTTTGTTTATTGTTATGGTTCTAATTTATGTGTCCC
G

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR1FW22JQ 627 0 0
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CTGCAAACCTCATTAGGATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAAACTGGCCTCA
TAGTTGGTGGCTGGGATAAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTCCACTTGGTGGAA
CTGTAGTTGAGCAACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGGGTTCT
TTGATCGGGCCTGGAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAACTTGTTGTGAAGG
CGGTTTCGCTAGCCATCGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGAGTTGTGCGAACTGTCATAA
TAAACTCAGAGGGAGTGACCAGAAACTTCTACCCTGGAGATAAGTTGCAGCTATGGCACG
AGGAGTTGGAGCCCCAGAACTCCTTGTTAGACATCCTCAACGCTGCTGGTCCTGAACCAA
TGGCTATGTGATTCATCATTCTCTCACTCTGTTAAACAAATGTTTAGATGTTTCTCTACA
TTCACCGAAGTCGTATTTTAAACTCTGTTTGATGTTCTTTTAAATTGACCAGATCTTTCT
TCACTTAAATGGATATCATGTTTGTTT

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1GP34JQ 641 0 0
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GGATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAAACTGGCCTCATAGTTGGTGGCTGGG
ATAAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTCCACTTGGTGGAACTGTAGTTGAGCAAC
CGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGGGTTCTTTGATCAGGCCTGGA
AAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCGCTAGCCA
TCGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGAGTTGTACGAACTGTCATAATAAACTCAGAGGGAG
TGACCAGAAACTTCTACCCTGGAGATAAGTTGCAGCTATGGCACGAGGAGTTGGAGCCCC
AGAACTCCTTGTTAGACATCCTCAACGCTGCTGGTCCTGAACCAATGGCTATGTGATTCA
TCATTCTCTCACTCTGTTAAACAAATGTTTAGATGTTTCTCTACATTCACCGAAGTCGTA
TTTTAAACTCTGTTTGATGTTCTTTTAAATTGACCAGATCTTTCTTCACTTAAATGGATA
TCATGTTTGTTTATTGTTATGGTTCTAATTTATGTGTCC
TC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1ER66JQ 808 0 0
ATGGGAACAACCATCATCGGCGTCACTTACAACGGAGGCGTCGTCCTCG*AGCCGACTCA
CGTACCAGCACCGGCATGTACGTAGCGAATCGAGCTTCAGACAAGATCACACAGCTCACC
GACAATGTCTACGTCTGCCGTTCTGGATCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTAC
GTCCGCTACTTCCTTCACCAGCATACAATTCAGCTGGGACAGCCTGCGACTGTTAAGGTT
TCTGCAAACCTCATTAGGATGCTCGCTTACAATAACAAGAACATGCTGCAAACTGGCCTC
ATAGTTGGTGGCTGGGATAAGTATGAAGGCGGGAAGATCTACGGGATTCCACTTGGTGGA
ACTATAGTTGAGCAACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTATCTTTACGGGTTC
TTTGATCAGGCCTGGAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCTGAGCAACTTGTTGTGAAG
GCGGTTTCGCTAGCCATCGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGAGTTGTACGAACTGTCATA
ATAAACTCAGAGGGAGTGACCAGAAACTTCTACCCTGGAGATAAGTTGCAGCTATGGCAC
GAGGAGTTGGAGCCCCAGAACTCCTTGTTAGACATCCTCAACGCTGCTGGTCCTGAACCA
ATGGCTATGTGATTCATCATTCTCTCACTCTGTTAAACAAATGTTTAGATGTTTCTCTAC
ATTCACCGAAGTCGTATTTTAAACTCTGTTTGATGTTCTTTTAAATTGACCAGATCTTTC
TTCACTTAAATGGATATCATGTTTGTTT

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 10

CO CL251Contig1 400 10 9 U
GGATCACAACACAGCACAGATACACAAAATATTAAAATCTTTCTTCATACATCAAAGAGA
CGCAAGTAATGGAGTCAATGAAGATGATGGTTGTTTTCATGGTCGTTGCAGTGGCTTTCT
CAGCCGTAGGACAAGCGGCGGCTGCCACCGTGGAAGCTCCAGCTCCAAGTCCAACCTCTG
ATGCTGCCATGTTCGTACCGGCATTGTTTGCATCTGTTGTTGCTTTGGCATCAGGTCTTC
TCTTTTGAGTCAAAACAAATATTTCATTTTTCTCCATTAGTTTTATTGTTTCGTTCATGA
GTTTGTGTGTGATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAATGTAACCAT
CTGTTTCTATATTATATCATCATTCATCAGACTGTTTATG


BQ
50 50 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 30 60 45 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 
55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR1CJ70JQ C 1
AF RR1A979JQ C 1
AF RR1BE32JQ C 1
AF RR1BE32TF U 1
AF RR1CC08JQ C -2
AF RR1CC08TF U -2
AF RR1CJ70TF U 1
AF RR1FS35TF U 1
AF RR1D221TF U 1
AF RR1A979TF U 1
BS 1 63 RR1BE32TF
BS 64 64 RR1CC08TF
BS 65 183 RR1BE32TF
BS 184 184 RR1CC08TF
BS 185 197 RR1BE32TF
BS 198 198 RR1CC08TF
BS 199 386 RR1BE32TF
BS 387 388 RR1CC08TF
BS 389 400 RR1CJ70TF

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ATGCTGCCATGTTCGTACCGGCATTGTTTGCATCTGTTGTTGCTTTGGCATCAGG

QA 1 235 1 235
DS 

RD RR1A979JQ 400 0 0
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CGCAAGTAATGGAGTCAATGAAGATGATGGTTGTTTTCATGGTCGTTGCAGTGGCTTTTT
CAGCCGTAGGACAAGCGGCGGCTGCCACCGTGGAAGCTCCAGCTCCAAGTCCAACCTCTG
ATGCTGCCATGTTCGTACCGGCATTGTTTGCATCTGTTGTTGCTTTGGCATCAGGTCTTC
TCTTTTGAGTCAAAACAAATATTTCATTTTTCTCCATTAGTTTTATTGTTTCGTTCATGA
GTTTGTGTGTAATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAATGTAACCAT
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QA 1 400 1 400
DS 

RD RR1BE32JQ 387 0 0
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TCTTTTGAGTCAAAACAAATATTTCATTTTTCTCCATTAGTTTTATTGTTTCGTTCATGA
GTTTGTGTGTGATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAATGTAACCAT
CTGTTTCTATATTATATCATCATTCAC

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR1BE32TF 387 0 0
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CGCGAGTAATGGAGTCAATGAAGATGATGGTTGTTTTCATGGTCGTTGCAGTGGCTTTCT
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TCTTTTGAGTCAAAACAAATATTTCATTTTTCTCCATTAGTTTTATTGTTTCGTTCATGA
GTTTGTGTGTGATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAATGTAACCAT
CTGTTTCTATATTATATCATCATTCAC

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR1CC08JQ 391 0 0
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GCCGTAGGACAAGCGGCGGCTGCCACCGTGGAAGCTCCAGCTCCAAGTCCAACCTCTGAT
GCTGCCGTGTTCGTACCGGCATTGTTTGCATCTGTTGTTGCTTTGGCATCAGGTCTTCTC
TCTTGAGTCAAAACAAATATTTCATTTTTCTCCATTAGTTTTATTGTTTCGTTCATGAGT
TTGTGTGTGATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAATGTAACCATCT
GTTTCTATATTATATCATCATTCATC

QA 6 391 6 391
DS 

RD RR1CC08TF 391 0 0
GGATC
ATCACAATACAGCACAGATACACAAAATATTAAAATCTTTCTTCATACATCAAAGAGACG
CAAGTAATGGAGTCAATGAAGATGATGGTTGTTTTCATGGTCGTTGCAGTGGCTTTCTCA
GCCGTAGGACAAGCGGCGGCTGCCACCGTGGAAGCTCCAGCTCCAAGTCCAACCTCTGAT
GCTGCCGTGTTCGTACCGGCATTGTTTGCATCTGTTGTTGCTTTGGCATCAGGTCTTCTC
TCTTGAGTCAAAACAAATATTTCATTTTTCTCCATTAGTTTTATTGTTTCGTTCATGAGT
TTGTGTGTGATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAATGTAACCATCT
GTTTCTATATTATATCATCATTCATC

QA 6 391 6 391
DS 

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GTTTGTGTGTGATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAATGTAACCAT
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QA 1 400 1 400
DS 

RD RR1FS35TF 400 0 0
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GTTTGTGTGTGATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAATGTAACCAT
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QA 1 400 1 400
DS 

RD RR1D221TF 400 0 0
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GTTTGTGTGTGATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAATGTAACCAT
CTGTTTCTATATTATATCATCATTCATCAGACTGTTTATG

QA 1 400 1 400
DS 

RD RR1A979TF 400 0 0
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TCTTTTGAGTCAAAACAAATATTTCATTTTTCTCCATTAGTTTTATTGTTTCGTTCATGA
GTTTGTGTGTAATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAATGTAACCAT
CTGTTTCTATATTATATCATCATTCACCAGACTGTTTATG

QA 1 400 1 400
DS 



AS 1 12

CO CL252Contig1 776 12 5 U
GGGTCACATCGTGTTTTCATCCTTATCAACTTGAGCGAGTTGCAGATATTTTCTCAGGCC
AACAAGATCTAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTT
CTACGCTAAACCCCAACGCACCTCTCTTCGTTCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATT
TTTCTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCA
GCCAGCACCAGGGAGCTGATGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAG
CTGATCTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATGTCTTTGAACCTGAGT
TTGATCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCATCTTCTGAGTTTGGTT
TAGGGAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTG
TTGAACCGGCCAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCAC
GAAACATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGG*TTTGTGTTAACTAGGCAGAGTATGTTGTAT
CTTTAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCTTTCCCCCAAGAGAGAAGC
TGTAACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAAACTTGTTATCACAAAAAATGT
AAAAACATAAAAAAATTGTATAATTTGAAGAGTAATGAGAAATAGCCTTTCGCACC


BQ
30 30 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 25 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1B625TF U 1
AF RR1E321TF U 4
AF RR1B625JQ C 1
AF RR1FZ70TF U 1
AF RR1CM39TF U 1
AF RR1GY78TF U 4
AF RR1A380TF U -1
AF RR1E321JQ C 56
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AF RR1A380JQ C 411
AF RR1EU10JQ C 502
AF RR1EU10TF U 502
BS 1 645 RR1B625TF
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BS 774 776 RR1EU10JQ

RD RR1B625TF 645 0 0
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AACAAGATCTAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTT
CTACGCTAAACCCCAACGCACCTCTCTTCGTTCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATT
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GCCAGCACCAGGGAGCTGATGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAG
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TTGATCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCATCTTCTGAGTTTGGTT
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CTTTAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCTTTC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1E321TF 631 0 0
GG
ACATCGTGTTTTCATCCTTATCAACTTGAGCGAGTTGCAGATATTTTCTCGGGCCAACAA
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CCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCAGCCAG
CACCAGGGAGCTGATGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAGCTGAT
CTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATTGAAGATGTCTTCCAAGCTGAGTTTGAT
CATCATCAAGGATACATTGGGCAACAAATGTATCAGGCATCTTCTGAGTTTGGTTTAGGG
AAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTGTTGAA
CCGGCCAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAG*TTGCTCCACGAAAC
ATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGG*TTTGTGTTAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTTA
GCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTAT

QA 3 631 3 631
DS 

RD RR1B625JQ 711 0 0
GGGTCACATCGTGTTTTCATCCTTATCAACTTGAGCGAGTTGCAGATATTTTCTCAGGCC
AACAAGATCTAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTT
CTACGCTAAACCCCAACGCACCTCTCTTCGTTCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATT
TTTCTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCA
GCCAGCACCAGGGAGCTGATGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAG
CTGATCTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATGTCTTTGAACCTGAGT
TTGATCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCATCTTCTGAGTTTGGTT
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CTTTAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCTTTCCCCCAAGAGAGAAGC
TGTAACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAAACTTGTTATC
GC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1FZ70TF 700 0 0
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AACAAGATCTAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTT
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TTTCTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCA
GCCAGCACCAGGGAGCTGATGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAG
CTGATCTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATGTCTTTGAACCTGAGT
TTGATCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCATCTTCTGAGTCTGGTT
TAGGGAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTG
TTGAACCGGCCAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCAC
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CTTTAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCTTTCCCCCAAGAGAGAAGC
TGTAACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAAA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1CM39TF 732 0 0
GGGTCACATCGTGTTTTCATCCTTATCAACTTGAGCGAGTTGCAGATATTTTCTCAGGCC
AACAAGATCTAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTT
CTACGCTAAACCCCAACGCACCTCTCCTCGTTCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATT
TTTCTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCA
GCCAACACCAGGGAGCTGATGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAG
CTGATCTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATGTCTTTGAACCTGAGT
TTGATCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCATCTTCTGAGTTTGGTT
TAGGGAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTG
TTGAACCGGCCAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCAC
GAAACATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGG*TTTGTGTTAACTAGGCAGAGTATGTTGTAT
CTTTAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCTTTCCCCCAAGAGAGAAGC
TGTAACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAA*CTTGTTATCACAAAAA
TGTAAAACATAAAAAA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1GY78TF 729 0 0
GG
ACATCGTGTTTTCATCCTTATCAACTTGAGCGAGTTGCAGATATTTTCTCAGGCCAACAA
GATCTAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTACG
CTAAACCCCAACGCACCTCTCTTCGTTCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATTTTTCT
CCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCAGCCAG
CACCAGGGAGCTGATGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAGCTGAT
CTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATGTCTTTGAACCTGAGTTTGAT
CATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCATCTTCTGAGTTTGGTTTAGGG
GAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTGTTGAA
CCGGCCAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCACGAAAC
ATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGGGTTTGTGTTAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTTA
GCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTCCTGCTTTCCCC*AAGAGAGAAGCTGTAA
CTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAA*CTTGTTATCACAAAAA
TGTAAAACATAAAAAA

QA 3 713 3 713
DS 

RD RR1A380TF 713 0 0
GGTC
GTCACATCGTGTTTTCATCCTTATCAACTTGAGCGAGTTGCAGATATTTTCTCAGGCCAA
CAAGATCTAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCT
ACGCTAAACCCCAACGCACCTCTCTTCGTTCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATTTT
TCTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCAGC
CAGCACCAGGGAGCTGATGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAGCT
GATCTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATGTCTTTGAACCTGAGTTT
GATCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCATCTTCTGAGTTTGGTTTA
GGGAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTGTT
GAACCGGCCAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCACGA
AACATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGG*TTTGTGTTAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCT
TTAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCTTTCCCCCAAGAGAGAAGCTG
TAACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAAACTTGTTATCAC

QA 5 713 5 713
DS 

RD RR1E321JQ 656 0 0
G
GGCCAACAAGATCTAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGA
CGTTCTACGCTAAACCCCAACGCACCTCTCTTCGTTCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAA
GATTTCTCTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGG
ATCAGCCAGCACCAGGGAGCTGATGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGAT
GTAGCTGATCTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATTGAAGATGTCTTCCAAGCT
GAGTTTGATCATCATCAAGGATACATTGGGCAACAAATGTATCAGGCATCTTCTGAGTTT
GGTTTAGGGAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCG
ATTGTTGAACCGGCCAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCT
CCACGAAACATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGG*TTTGTGTTAACTAGGCAGAGTATGTT
GTATCTTTAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCTTTCCCCCAAGAGAG
AAGCTGTAACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAA*CTTGTTATCAC

QA 2 656 2 656
DS 

RD RR1FZ70JQ 434 0 0
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GCATCTTCTGAGTCTGGTTTAGGGAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAAC
AGGAGCCCTAGGTCGATTGTTGAACCGGCCAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGA
AACCAGAAGGTTGCTCCACGAAACATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGG*TTTGTGTTAAC
TAGGCAGAGTATGTTGTATCTTTAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGC
TTTCCCCCAAGAGAGAAGCTGTAACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAAAC
TTGTTATCACAAAAAATGTAAAAACATAAAAAAATTGTATAATTTGAAGAGTAATGAGAA
ATAGCCTTTCGC
AC

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR1A380JQ 365 0 0
GAGTTTGGTTTAGGGAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCT
AGGTCGATTGTTGAACCGGCCAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAG
GTTGCTCCACGAAACATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGG*TTTGTGTTAACTAGGCAGAG
TATGTTGTATCTTTAGCCCCCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCTTTCCCCCA
AGAGAGAAGCTGTAACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAAACTTGTTATCA
CAAAAAATGTAAAAACATAAAAAAATTGTATAATTTGAAGAGTAATGAGAAATAGCCTTT
CGC
GC

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR1EU10JQ 275 0 0
G
GAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCACGAAACATCCACCAGCCTCGTTG
AAGTGGG*TTTGTGTTAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTTAGCCACCTGTACCTTTGT
AATTTTTAGTATTTTCTGCTTTCCCCCAAGAGAGAAGCTGTAACTTCTTTGTATCTTTAT
GATGTTCAGTCTCAAAAACTTGTTATCACAAAAAATGTAAAAACATAAAAAAATTGTATA
ATTTGAAGAGTAATGAGAAATAGCCTTTCGCACC

QA 2 275 2 275
DS 

RD RR1EU10TF 275 0 0
G
GAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCACGAAACATCCACCAGCCTCGTTG
AAGTGGG*TTTGTGTTAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTTAGCCACCTGTACCTTTGT
AATTTTTAGTATTTTCTGCTTTCCCCCAAGAGAGAAGCTGTAACTTCTTTGTATCTTTAT
GATGTTCAGTCTCAAAAACTTGTTATCACAAAAAATGTAAAAACATAAAAAAATTGTATA
ATTTGAAGAGTAATGAGAAATAGCCTTTCGC
ACC

QA 2 272 2 272
DS 



AS 3 12

CO CL253Contig1 762 4 22 U
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ATTAGTTGGCGGAATGTGGTCGTCGTCTTTGGTTCTGGAGAGGGGTCGTAAGGAGACGAG
GGATTTTGGTGGTGTTAAGGAAGAAGATTCTTGGATAGATTTGTATTTACCAGAAAGAGC
TAGAGGTTATGCTAAGCTTGCTCGTTTGGATAAACCTATTGGTACTTGGTTGCTTGCTTG
GCCTTGTATGTGGTCAATTGCGTTGGCTGCTGATCCTGGGAGCCTTCCAAGTTTTAAAAT
GATGGGTTTGTTTGGTTGCGGAGCAATACTTCTTAGAGGTGCTGGCTGTACTATTAATGA
TCTACTTGATCAGGACATTGATACAAAGGTTGATCGTACAAGATTAAGACCTATAGCCAG
TGGTCTTTTAACACCATTCCAAGGGCTTAAATTTCTAGCCCTACAGTTGCTTTTAGGCTT
AGGGATTCTTCTCCAACTTAACAATTACAGCCGTGTGTTAGGGGCTTCCTCTTTGTTCCT
TGTCTTCTCCTACCCACTTATGAAGAGGTTTACATTTTGGCCTCAAGCATTTTTAGGGTT
GACCATAAACTGGGGAGCATTGTTAGGATGGGCTGCAGTTAAAGGAAGCGTAGAGCCAGC
TGTTGTACTCCCTCTTTATCTCTCAGAGATCTGCTGGACCCTTGTTTATGATACTATTTA
TGCACATCAGACAAAGATGATGATGTGAAGGTGGTGTGAATC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 0 25 25 25 25 25 0 25 0 0 0 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 5 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX89TF U 1
AF RR1G707TF U 1
AF RR1C821TF U 1
AF RR1EH45TF U 1
BS 1 41 RR1C821TF
BS 42 42 RR1EH45TF
BS 43 43 RR1C821TF
BS 44 44 RR1EH45TF
BS 45 59 RR1C821TF
BS 60 60 RR1EH45TF
BS 61 349 RR1C821TF
BS 350 350 RR1DX89TF
BS 351 448 RR1C821TF
BS 449 449 RR1EH45TF
BS 450 450 RR1C821TF
BS 451 451 RR1EH45TF
BS 452 456 RR1C821TF
BS 457 457 RR1EH45TF
BS 458 585 RR1C821TF
BS 586 586 RR1EH45TF
BS 587 686 RR1C821TF
BS 687 687 RR1EH45TF
BS 688 731 RR1C821TF
BS 732 732 RR1EH45TF
BS 733 746 RR1C821TF
BS 747 762 RR1EH45TF

RD RR1DX89TF 583 0 0
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QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1G707TF 592 0 0
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ATTAGTTGGCGGAATGTGGTCGTCGTCTTTGGTTCTGGAGAGGGGTCGTAAGGAGACGAG
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GCCTTGTATGTGGTCAATTGCGTTGGCTGCTGATCCTGGGAGCCTTCCAAGTTTTAAAAT
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TCTGCTTGATCAGGACATTGATACAAAGGTTGATCGTACAAGATTAAGACCTATAGCCAG
TGGTCTTTTGACACCATTCCAAGGGCTTAAATTTCTAGTGTTACAGTTGCTTTTAGGCTT
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QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1C821TF 746 0 0
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ATTAGTTGGCGGAATGTGGTCGTCGTCTTTGGTTCTGGAGAGGGGTCGTAAGGAGACGAG
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GCCTTGTATGTGGTCAATTGCGTTGGCTGCTGATCCTGGGAGCCTTCCAAGTTTTAAAAT
GATGGGTTTGTTTGGTTGCGGAGCAATACTTCTTAGAGGTGCTGGCTGTGCTATTAATGA
TCTACTTGATCAGGACATTGATACAAAGGTTGATCGTACAAGATTAAGACCTATAGCCAG
TGGTCTTTTAACACCATTCCAAGGGCTTCAGTTTCTTGCCCTACAGTTGCTTTTAGGCTT
AGGGATTCTTCTCCAACTTAACAATTACAGCCGTGTGTTAGGGGCTTCCTCTTTGTTCCT
TGTCTTCTCCTACCCACTTATGAAGAGGTTTACATTTTGGCCTCAGGCATTTTTAGGGTT
GACCATAAACTGGGGAGCATTGTTAGGATGGGCTGCAGTTAAAGGAAGCGTAGAGCCAGC
TGTTGTACTCCCTCTTTATCTCTCAGGGATCTGCTGGACCCTTGTTTATGATACTATTTA
TGCACATCAGATAAAGATGATGATGT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1EH45TF 762 0 0
GGACATCAACCCTTTGTGTAAGCATACTCTATGGAATAACCATAACCACCAAGCTAATAG
ATTAGTTGGCGGAATGTGGTCGTCGTCTTTGGTTCTGGAGAGGGGTCGTAAGGAGACGAG
GGATTTTGGTGGTGTTAAGGAAGAAGATTCTTGGATAGATTTGTATTTACCAGAAAGAGC
TAGAGGTTATGCTAAGCTTGCTCGTTTTGATAAACCTATTGGTACTTGGTTGCTTGCTTG
GCCTTGTATGTGGTCAATTGCGTTGGCTGCTGATCCTGGGAGCCTTCCAAGTTTTAAAAT
GATGGGTTTGTTTGGTTGCGGAGCTATACTTCTTAGAGGTGCTGGCTGTACTATTAATGA
TCTGCTTGATCAGGACATTGATACAAAGGTTGATCGTACAAGATTAAGACCTATAGCCAG
TGGTCTTTTGACACCATTCCAAGGGCTTAAATTTCTAGTGTTACAGTTGCTTTTAGGCTT
AGGGATTCTTCTCCAACTTAACAATTACAGCCGTGTGTTAGGGGCTTCCTCTTTGTTCCT
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GACCATAAACTGGGGAGCATTGTTAGGATGGGCTGCAGTTAAAGGAAGCGTAGAGCCAGC
TGTTGTTCTCCCTCTTTATCTCTCAGA*ATCTGCTGGACTCTTGTTTATGATACTATTTA
TGCACATCAGACAAAGATGATGATGTGAAGGTGGTGTGAATC

QA 1 762 1 762
DS 



CO CL253Contig2 1030 4 9 U
CAATGAGAAAAATGTGAAATTTTATAATTTATGTATTATCCTTACAAAGAGACGACCAAT
TCAATCTTTTGCATTTTGAGATTGAGATTGAAATTAAAATAAAATTATTACTGGGATTTA
ATCCTGTAATTTACAAATAATTGATACTGTTACGGACGTTAACTATTTATAAAAACCAAA
AGAGAAAAGCCTCTGGTCTGACTAGAAGGGTTACTTGGTCGACAATATGAACAAAGACAT
GAAATCCCAAAACAACAGTCCTTATTAACAGAAGAGAAGAGTCAAAGTTTTTCAGCTTAT
ATCTGACAATAGCTTTTCGGATCCTGAAGGAACAGCTTCACTCTGTGTACTGTCAGAACA
GCTTCATCAAGAGAGAGAGAAAGATCTCTATTGAAAAGTTCTTCCAAGTACAACTCCGCT
AAATATAATAGCACCAAACCACTTGTTTGACACAAATTTTCTACTGCAGTCAGCGCCAGA
TGATAAGTCAGCTGTCCCTATTTGCCATCCTAACTGTCCCAACGCAGCCACCAGCGATGT
GTAGTATTGCCACCCAAGATCTGCACTCAGTCCAGAAAGTGCGAGCAACCCCATGGATGC
TGCGCCAAACCCAGTTAGCCAAAGCTTTGTATTCTCACCGAACCTAAGAGCCGTCGACTT
CACACCAACCTTCACATCATCATCTTTATCCTGATGTGCATAAATAGTATCATAAACAAG
GGTCCAGCAGATCCCTGAGAGATAAAGAGGGAGTACAACAGCTGGCTCTACGCTTCCTTT
AACTGCAGCCCATCCTAACAATGCTCCCCAGTTTATGGTCAACCCTAAAAATGCCTGAGG
CCAAAATGTAAACCTCTTCATAAGTGGGTAGGAGAAGACAAAGAACAAAGAGGAAGCCCC
TAACACACGGCTGTAATTGTTAAGTTGGAGAAGAATCCCTAAGCCTAAAAGCAACTGTAG
GGCAAGAAACTGAAGCCCTTGGAATGGTGTTAAAAGACCACTGGCTATAGGTCTTAATCT
TGTACGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 10 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C821JQ U 144
AF RR1DX89JQ U 1
AF RR1B073JQ U 108
AF RR1B073TF C 293
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ATCCTGTAATTTACAAATAATTGATACTGTTACGGACGTTAACTATTTATAAAAACCAAA
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DS 

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TGAACAAAGGCATGAAATCCCAAAACAACAGTCCTTATTAACAGAAGAGAAGAGTCAAAG
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GCCTGAGGCCAAAATGTAAACCTCTTCATAAGTGGGTAGGAGAAGACAAGGAACAAAGAG
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CTTAATCTTGTACGATCC

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DS 



CO CL253Contig3 818 4 7 U
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TCGGATCCTGAAGGAACAGCTTTACTCTGTGCACTCTCAGAACAGCTTCATCAAGAGAGA
GAGATCTCTATTGAAAAGTTCTTCCAAGTACAACTCCGCTAAATATAATAGCACCAAACC
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CTGCACTCAGTCCAGAAAGTGCGAGCAACCCCATGGATGCTGTGCCAAATCCAGTGAGCC
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CATCTTTGTCCTGATGTGCATAAATAGTATCATAAACAAGAGTCCAGCAGATTCCTGAGA
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GCTCCCCAGTTTATGGTCAACCCTAAAATGCTTGAGGC


BQ
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AF RR1G707JQ U 1
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AF RR1BV29JQ U 28
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DS 

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GATCCTGAAGGAACAGCTTTACTCTGTGCACTCTCAGAACAGCTTCGTCAAGAGAGAGAG
ATCTCTATTGAAAAGTTCTTCCAAGTACAACTCCGCTAAATATAATAGCACCAAACCACT
TGTTTGACACAAATTTTCTACTGCAGTCAGCGCCAGATGATAAGTCAGCTGTCCCTATTT
GCCATCCTAACTGTCCCAACGCAGCCACCAATGATGCGTAGTATTGCCACCCAAGATCTG
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DS 

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AATAAAATTATTACTGGGATTTAATCAATTTACAAATAATTGATACTGTTACGTATGTTA
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TGTGCACTCTCAGAACAGCTTCATCAAGAGAGAGAGATCTCTATTGAAAAGTTCTTCCAA
GTACAACTCCGCTAAATATAATAGCACCAAACCACTTGTTTGACACAAATTTTCTACTGC
AGTCAGCGCCAGATGATAAGTCAGCTGTCCCTATTTGCCATCCTAACTGTCCCAACGCAG
CCACCAATGATGCGTAGTATTGCCACCCAAGATCTGCACTCAGTCCAGAAAGTGCGAGCA
ACCCCATGGATGCTGTGCCAAATCCAGTGAGCCAAAGCTTTGTATTCTCACCGAACCTAA
GAGCCGTCGATTTCACACCAACCTTCACATCATCATCTTTGTCCTGATGTGCATAAATAG
TATCATAAACAAGAGTCCAGCAGATTCCTGAGAGATAAAGAGGGAGAACAACAGCTGGCT
CTACGCTTCCTTTAACTGCAGCCATCCTAACATGCTCCCCAGTTTATGGTCAACCCTAAA
ATGCTTGAGGC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 12

CO CL254Contig1 1166 12 24 U
AACCTCCTCGAACTTTAGACGACTTAATCATATTTCAATCCATAACAGTTTGATATTTCT
TATTGAATTCAAACCTTAACACACATACATACATACATACACATATGTTTATTATCTTTC
ACAGCATTATAATCAATTAGAGTTCACATAACGGCAATCCTTCCTTATCTCCCCTTGATC
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GTAACCATTGTCCGCAGCCATCTTGGCCACAAAAGGTGCCGTCCTCGGGTCACTGGCTAG
CTCATCATCGATGACAAGGAGCCCTTTTTGAGCCATGATGTTCTTGTAATACATGTTGTC
CACAACCATGGGAGTCTCACGGTCATTACGGGAGTATAAGACTGCGTTCGGGTCCGGGTT
TGGACTTGGGCAACGCTTTTTCAAGTAAAGGGCGTAATTTGGGTCGAGAGTCGGGTCAAT
CGTTGGGTATAGCCGGTGCACTAGATTAACGCAATGGACCCTACCAACGGAGTGAGCACC
TAAGAGCGCAACGGTGGCTTCAACATCGATACCGATGGAGTTGAAGTTTGAGAGAACAGA
GGAGATAGAGTCATTGTGGTTAGGAACTAGAGTCTGAACATCATTCAAGTAGCTTCCTCT
ACTGTCTCTCCTTCCTGTCTTGATCATATCTATCTTTGGCCCTTTCAACATGACAATACC
ATCTCTAGCAGAGAGAGCAACAATATCAGCGCAAGAGACTGTGCCAGGACATTCTTTCTC
GAGTGCGTCTTTGATAAACTTAACGTACTTAAAGTTTCTCATACCAAAACTCCTCGTCGA
CTTTTGCTCAGATTCCACACCACTTGTTGTCTCAAGTAGTAGTGACGCATCACACGACTT
GACGACGCAGTCATGGAAGAGATTACGGAGCCAAGAGACGGCTGTGTTGCCGTGTTTGTA
GTAAAGCGTTTCCACTTGTTGCCTGATTATCTCTTCCGCTCTCGGACAACTCTCTCTGTA
ATAATTCATCTCCAGTTCCGCATTTCCGATATGGAAGATGGAAAATAACTGTAATAACAG
ACAAAAGAAGGCTAAACGACAGAAGGGCATCTTCGCACTCGCCATCTCTCTCTTTCTTTT
TCTCTACTTTGTTGATTGGGTGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 
40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
35 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 10 10 10 10 10 

AF RR1EX05JQ U 57
AF RR1A995JQ U 36
AF RR1AF11JQ U 36
AF RR1ET41JQ U 1
AF RR1ED12JQ U 17
AF RR1A816JQ U 36
AF RR1A816TF C 332
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AF RR1EX05TF C 363
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BS 1144 1166 RR1A816TF

RD RR1EX05JQ 154 0 0
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TTTCACAGCATTATAATCAATTAAAGTTCACATAACGGCAATCCTTCCTTATCTCCCCTT
GATCACCGGTAAAAGGGTTGGTCTCGGACAA
AAA

QA 1 151 1 151
DS 

RD RR1A995JQ 660 0 0
CG
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TACACATATGTTTATTATCTTTCACAGCATTATAATCAATTAAAGTTCACATAACGGCAA
TCCTTCCTTATCTCCCCTTGATCACCGGTAAGAGGGTTGGTCTCGGACAAGAGCCTGACA
CCGCGTGAGAATTGCTCATGGAAGTAACCATTGTCCGCAGCCATCTTGGCCACAAAAGGT
GCCGTCCTCGGGTCACTGGCTAGCTCATCATCGATGACAAGGAGCCCTTTTTGAGCCATG
ATGTTCTTGTAATACATGTTGTCCACAACCATGGGAGTCTCACGGTCATTACGGGAGTAT
AAGACTGCGTTCGGGTCCGGGTTTGGACTTGGGCAACGCTTTTTCAAGTAAAGGGCGTAA
TTTGGGTCGAGAGTCGGGTCAATCGTTGGGTATAGCCGGTGCACTAGATTAACGCAATGG
ACCCTACCAACGGAGTGAGCACCTAAGAGCGCAACGGTGGCTTCAACATCGATACCGATG
GAGTTGAAGTTTGAGAGAACAGAGGAGATAGAGTCATTGTGGTTAGGAACTAGAGTCTGA
ACATCATTCAAGTAGCTTCCTCTACTGTCTCTCCTTCCTGTCTTGATCATATCTATCT

QA 3 660 3 660
DS 

RD RR1AF11JQ 710 0 0
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CATACACATATGTTTATTATCTTTCACAGCATTATAATCAATTAGAGTTCACATAACGGC
AATCCTTCCTTATCTCCCCTTGATCACCGGTAAGAGGGTTGGTCTCGGACAAGAGCCTGA
CACCGCGTGAGAATTGCTCATGGAAGTAACCATTGTCCGCAGCCATCTTGGCCACAAAAG
GTGCCGTCCTCGGGTCACTGGCTAGCTCATCATCGATGACAAGGAGCCCTTTTTGAGCCA
TGATGTTCTTGTAATACATGTTGTCCACAACCATGGGAGTCTCACGGTCATTACGGGAGT
ATAAGACTGCGTTCGGGTCCGGGTTTGGACTTGGGCAACGCTTTTTCAAGTAAAGGGCGT
AATTTGGGTCGAGAGTCGGGTCAATCGTTGGGTATAGCCGGTGCACTAGATTAACGCAAT
GGACCCTACCAACGGAGTGAGCACCTAAGAGCGCAACGGTGGCTTCAACATCGATACCGA
TGGAGTTGAAGTTTGAGAGAACAGAGGAGATAGAGTCATTGTGGTTAGGAACTAGAGTCT
GAACATCATTCAAGTAGCTTCCTCTACTGTCTCTCCTTCCTGTCTTGATCATATCTATCT
TTGACCCTTTCAACATGACAATACCATCTCTAGCAGAGAGAGCAACAATA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1ET41JQ 849 0 0
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TATTGAATTCAAACCTTAACACACATACATACATACATACACATATGTTTATTATCTTTC
ACAGCATTATAATCAATTAGAGTTCACATAACGGCAATCCTTCCTTATCTCCCCTTGATC
ACCGGTAAGAGGGTTGGTCTCGGACAAGAGCCTGACACCGCGTGAGAATTGCTCATGGAA
GTAACCATTGTCCGCAGCCATCTTGGCCACAAAAGGTGCCGTCCTCGGGTCACTGGCTAG
CTCATCATCGATGACAAGGAGCCCTTTTTGAGCCATGATGTTCTTGTAATACATGTTGTC
CACAACCATGGGAGTCTCACGGTCACTACGGAAGTATAAGACTGCGTTCGGGTCCGGGTT
TGGACTAGGGCAACGCTTTTTCAAGTAAAGGGCGTAATTTGGGTCGAGAGTCGGGTCAAT
CGTTGGGTATAGCCGGTGCACTAGATTAACGCAATGGACCCTACCAACGGAGTGAGCACC
TAAGAGCGCAACGGTGGCTTCAACATCGATACCGATGGAGTTGAAGTTTGAGAGAACAGA
GGAGATAGAGTCATTGTGGTTAGGAACTAGAGTCTGAACATCATTCAAGTAGCTTCCTCT
ACTGTCTCTCCTTCCTGTCTTGATCATAGCTATCTTTGGTCCTTTCAACATGACAATACC
ATCTCTAGCAGAGAGAGCAACAATATCAGCGCAAGAGACTGTGTCAGGACATTCTTTCTC
GAGTGCGTCTTTGATAAACTTAACGTACTTAAAGTTTCTCATACCAAA*CTCCTCGTCGA
CTTTTGCTC

QA 1 849 1 849
DS 

RD RR1ED12JQ 880 0 0
G
GACGACTTAATCATATTTCAATCCATAACAGTTTGATATTTCTTATTGAATTCAAACCTT
AACACACATACATACATACATACACATATGTTTATTATCTTTCACAGCATTATAATCAAT
TAGAGTTCACATAACGGCAATCCTTCCTTATCTCCCCTTGATCACCGGTAAGAGGGTTGG
TCTCGGACAAGAGCCTGACACCGCGTGAGAATTGCTCATGGAAGTAACCATTGTCCGCAG
CCATCTTGGCCACAAAAGGTGCCGTCCTCGGGTCACTGGCTAGCTCATCATCGATGACAA
GGAGCCCTTTTTGAGCCATGATGTTCTTGTAATACATGTTGTCCACAACCATGGGAGTCT
CACGGTCATTACGGGAGTATAAGACTGCGTTCGGGTCCGGGTTTGGACTTGGGCAACGCT
TTTTCAAGTAAAGGGCGTAATTTGGGTCGAGAGTCGGGTCAATCGTTGGGTATAGCCGGT
GCACTAGATTAACGCAATGGACCCTACCAACGGAGTGAGCACCTAAGAGCGCAACGGTGG
CTTCAACATCGATACCGATGGAGTTGAAGTTTGAGAGAACAGAGGAGATAGAGTCATTGT
GGTTAGGAACTAGAGTCTGAACATCATTCAAGTAGCTTCCTCTGCTGTCTCTACTTCCTG
TCTTGATCATATCTATCTTTGGCCCTTTCAACATGACAATACCATCTCTAGCAGAGAGAG
CAACAATATCAGCGCAAGAGACTGTGCCAGGACATTCTTTCTCGAGTGCGTCTTTGATAA
GCTTAACGTACTTAAAGTTTCTCATACCAAAACTCCTCGTCGACTTTTGCTCAGATTCCA
CACCACTTGTTGTCTCA*GTAGTAGTGACGCATCACACG

QA 2 880 2 880
DS 

RD RR1A816JQ 888 0 0
CAATCCATAACAGTTTGATATTTCTTATTGAATTCAAACCTTAACACACATACATACATA
CATACACATATGTTTATTATCTTTCACAGCATTATAATCAATTAGAGTTCACATAACGGC
AATCCTTCCTTATCTCCCCTTGATCACCGGTAAGAGGGTTGGTCTCGGACAAGAGCCTGA
CACCGCGTGAGAATTGCTCATGGAAGTAACCATTGTCCGCAGCCATCTTGGCCACAAAAG
GTGCCGTCC*CGGGTCACTGGCTAGCTCATCATCGATGACAAGGAGCCCTTTTTGAGCCA
TGATGTTCTTGTAATACATGTTGTCCACAACCATGGGAGTCTCACGGTCATTACGGGAGT
ATAAGACTGCGTTCGGGTCCGGGTTTGGACTTGGGCAACGCTTTTTCAAGTAAAGGGCGT
AATTTGGGTCGAGAGTCGGGTCAATCGTTGGGTATAGCCGGTGCACTAGATTAACGCAAT
GGACCCTACCAACGGAGTGAGCACCTAAGAGCGCAACGGTGGCTTCAACATCGATACCGA
TGGAGTTGAAGTTTGAGAGAACAGAGGAGATAGAGTCATTGTGGTTAGGAACTAGAGTCT
GAACATCATTCAAGTAGCTTCCTCTACTGTCTCTCCTTCCTGTCTTGATCATATCTATCT
TTGGCCCTTTCAACATGACAATACCATCTCTAGCAGAGAGAGCAACAATATCAGCGCAAG
AGACTGTGCCAGGACATTCTTTCTCGAGTGCGTCTTTGATAAACTTAACGTACTTAAAGT
TTCTCATACCAAAACTCCTCGTCGACTTTTGCTCAGATTCCGCACCACTTGTTGTCTCAA
GTAGTAGTGACGCATCACACGACTTGACGACGCAGTCATGGAAGAGAT

QA 1 888 1 888
DS 

RD RR1A816TF 835 0 0
GAGCCATGATGTC
TGTAATACATGT*GTCCACAACCATGGGAGTCTCACGGTCATTACGGGAGTATAAGACTG
CGTTCGGGTCCGGGTTTGGACTTGGGCAACGCTTTTTCAAGTAAAGGGCGTAATTTGGGT
CGAGAGTCGGGTCAATCGTTGGGTATAGCCGGTGCACTAGATTAACGCAATGGACCCTAC
CAACGGAGTGAGCACCTAAGAGCGCAACGGTGGCTTCAACATCGATACCGATGGAGTTGA
AGTTTGAGAGAACAGAGGAGATAGAGTCATTGTGGTTAGGAACTAGAGTCTGAACATCAT
TCAAGTAGCTTCCTCTACTGTCTCTCCTTCCTGTCTTGATCATATCTATCTTTGGCCCTT
TCAACATGACAATACCATCTCTAGCAGAGAGAGCAACAATATCAGCGCAAGAGACTGTGC
CAGGACATTCTTTCTCGAGTGCGTCTTTGATAAACTTAACGTACTTAAAGTTTCTCATAC
CAAAACTCCTCGTCGACTTTTGCTCAGATTCCGCACCACTTGTTGTCTCAAGTAGTAGTG
ACGCATCACACGACTTGACGACGCAGTCATGGAAGAGATTACGGAGCCAAGAGACGGCTG
TGTTGCCGTGTT*GTAGTAAAGCGTTTCCACTTGTTGCCTGATTATCTCTTCCGCTCTCG
GACAACTCTCTCTGTAATAATTCATCTCCAGTTCCGCATTTCCGATATGGAAGATGGAAA
ATAACTGTAATAACAGACAAAAGAAGGCTAAACGACAGAAGGGCATCTTCGCACTCGCCA
TCTCTCTCTTTCTTTTTC*CTACTTTGTTGATTGGGTGTCCC

QA 14 835 14 835
DS 

RD RR1ET41TF 739 0 0
CTA
GGGCAACGCTTTT*CAAGTAAAGGGCGTAATTTGGGTCGAGAGTCGGGTCAATCGTTGGG
TATAGCCGGTGCACTAGATTAACGCAATGGACCCTACCAACGGAGTGAGCACCTAAGAGC
GCAACGGTGGCTTCAACATCGATACCGATGGAGTTGAAGTTTGAGAGAACAGAGGAGATA
GAGTCATTGTGGTTAGGAACTAGAGTCTGAACATCATTCAAGTAGCTTCCTCTACTGTCT
CTCCTTCCTGTCTTGATCATAGCTATCTTTGGTCCTTTCAACATGACAATACCATCTCTA
GCAGAGAGAGCAACAATATCAGCGCAAGAGACTGTGTCAGGACATTCTTTCTCGAGTGCG
TCTTTGATAAACTTAACGTACTTAAAGTTTCTCATACCAAA*CTCCTCGTCGACTTTTGC
TCAGATTCCACACCACTTGTTGTCTCAAGTAGTAGTGACGCATCACACGACTTGACGACG
CAGTCATGGAAGAGATTACGGAGCCAAGAGACGGCTGTGTTGCCGTGTTTGTAGTAAAGC
GTTTCCACTTGTTGCCTGATTATCTCTTCCGCTCTCGGACAACTCTCTCTGTAATAATTC
ATCTCCAGTTCCGCATTTCCGATATGGAAGATGGAAAATAACTGTAATAACAGACAAAAG
AAGGCTAAACGACAGAAGGGCATCTTCGCACTCGCCATCTCTCTCTTTCTTTTTCTCTAC
TTTGTTGATTGGGT
CC

QA 4 737 4 737
DS 

RD RR1ED12TF 749 0 0
CGGGTTTGGACTTGGGCAACGCTTTT*CAAGTAAAGGGCGTAATTTGGGTCGAGAGTCGG
GTCAATCGTTGGGTATAGCCGGTGCACTAGATTAACGCAATGGACCCTACCAACGGAGTG
AGCACCTAAGAGCGCAACGGTGGCTTCAACATCGATACCGATGGAGTTGAAGTTTGAGAG
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CC

QA 1 716 1 716
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AS 1 12

CO CL255Contig1 1978 12 11 U
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BQ
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 30 45 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1G901TF U 1
AF RR1G901JQ C 564
AF RR1GN62JQ U 1217
AF RR1DS46JQ U 1201
AF RR1G181JQ U 1217
AF RR1DD26JQ U 1228
AF RR1DD26TF C 1228
AF RR1BB88JQ U 1231
AF RR1DS46TF C 1238
AF RR1G181TF C 1302
AF RR1GN62TF C 1332
AF RR1BB88TF C 1301
BS 1 743 RR1G901TF
BS 744 1200 RR1G901JQ
BS 1201 1597 RR1DS46JQ
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BS 1599 1750 RR1DS46JQ
BS 1751 1890 RR1G181JQ
BS 1891 1932 RR1BB88JQ
BS 1933 1933 RR1DS46TF
BS 1934 1942 RR1DD26TF
BS 1943 1943 RR1DS46TF
BS 1944 1978 RR1DD26TF

RD RR1G901TF 743 0 0
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TTTCACGGATCAATCAGGTCATTACTTGATAAAGAACCATCTGGTGGCCTAATCAGATCT
CACTTGTATCCCTTCATCACAGACTATTTAAATGATCTTTTTGTTGGGAAGAAACTTCAG
TTACCTTCCTTTCGTGAAACTTTGGAAGAGCGTGGTACGGTTCAGATGCTTACATTAGCA
AGAGATGCTGCACTTGAAGTTCAGTCTCTTGTGGGAGTGCTAGATTCATGTGCTGGGACC
CTTCGATGCCACTCTCTGATTCTATTTCATGACCTACTGGTGTCAACAACTCTCTCACCT
GATGATACTGTCTACTTGTTCACATATTCGGTCATGAGATTGACCTCAAACGCGCTATCT
TCCGGCACGAGTTCCTGGTCATATCTACGCAAGGGAACCAGTTTATCACAAACATCTTCT
AGATCTACCTCCTCTCCGCAACTTCTTGTTTCAACTGATTCACTCCCTTCGGGAAATGGT
AATGGCGCAGCAGGTCGTGTTATCAGGCCGTTACAGCACAATAAGTGGTCAAATGGGAAA
GACGGGTTTCTTGTAACCGATATCTGGGGCAAAGATGCGACGCCAACGATCTGGCTGCGG
CAGACACAGGAGAGAGTTCACCTTTTAGTTTATCAACACAAATGTCTCACCTTGGTTCTT
CTGGTGCCTACCATGGCCATTGT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1G901JQ 758 0 0
CAGGCCGTTACAGCACAATAAGTGGTCAAATGGGAAAGACGGGTTTCTTGTAACCGATAT
CTGGGGCAAAGATGCGACGCCAACGATCTGGCTGCGGCAGACACAGGAGAGAGTTCACCT
TTTAGTTTATCAACACAAATGTCTCACCTTGGTTCTTCTGGTGCCTACCATGGCCATTGT
TAACGGAGAGCTAGACATCTCATTCGTGAAGCACCAAGTTATTGAAAACGCATCGGCGAA
AATCTTGAAGGTGGAAGAGAAGCTGTCAAAAGGATGGGGCGGTGAGAACGCTTACCATGT
TAGCGGTTACCGTTACTTGCTAGTTGATAATGACACGGAAGTTTCCAGAGCTTCTCCGTC
CGGAAAGGTAGCAACGTTAGCGAAGGAGACGTTACTTGCAGTAAACAAGCTAAGGGAAAC
AGTGGACGCAGAAAAGAGCCGCACGAAGGAAGAGAAAGACATGGAGATATGCATCAGAGC
GAAGAACAACGCGTGGGCCATCGCTCGTCTGACGAGAGGGAAAGAGCTTTACATGGCTTT
AGAGAAAGCAAGTGACACTCTTCTTGATGCTACAGACTCTGTCCAAAGTTTCAGCAACAG
GTACTGCAACGGAACATTCTCCATGGACTAGAACTCTGTAATCTTATCTTTTTGGAGTTA
TATTGAGATGATTTTCATTTAAGCTTAAGGTTGAGATTTACAATGACAGAGAGAAATGAC
TTTTTATTTACATTTTTATTCACGAGACAGTTTCATG
C

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1GN62JQ 144 0 0
GC
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ATGACTTTTTATTTACATTTTTATTCACGAGACAGTTTCATGTATTTACATCAGTCTCTA
TGTTGGTTATTTATATGCCTTC

QA 3 144 3 144
DS 

RD RR1DS46JQ 550 0 0
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TTACAATGACAGAGAGAAATGACTTTTTATTTACATTTTTATTCACGAGACAGTTTCATG
TATTTACATCAGTCTCTATGTTGGTTATTTATATGCCTTCGAATCATCTTCTTCAAGCGT
AAGGATTGACGTGAGAGGAGTAGTCTCTGGTTCCTGCACCTTCCCATCCCATCCATTCTT
CCCACGTGTCACAATCTGGATCATTCATTCCGTTGAATCCCTCGTCATACACATCAAATG
GCTCAAATTCCTCTGTTCCCTCCATCTGATTCTTTATTTGCTTCAACACAATATCGTAAG
CTTCGTTGATTGTCTGAAACTGTACTCCACAGTTGCTCCCTCTACAAACATCAGGATGAT
ACTTTTTGGCGAGTTGTCTGAAAGCTTGCTTGACCTCGTATTCCGATGAATCGGGTCGGA
TCTGAAGTGTTTTATAAGGATCCATTACTGAAGACGAAGAACAGACGACTCGTGTTCTGT
TAAGCATCTT

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1G181JQ 674 0 0
GC
AGTTATATTGAGATGATTTTCATCTAAGCTTAAGGGTGAGATTTACAATGACAGAGAGAA
ATGACTTTTTATTTACATTTTTATTCACGAGACAGTTTCATGTATTTACATCAGTCTCTA
TGTTGGTTATTTATATGCCTTCGAATCATCTTCTTCAAGCGTAAGGATTGACGTGAGAGG
AGTAGTCTCTGGTTCCTGCACCTTCCCATCCCATCCATTCTTCCCACGTGTCACAATCCG
GATCATTCATTCCGTTGAATCCCTCGTCATACACATCAAATGGCTCAAATTACTCTGTTC
CCTCCATCTGATTCTTTATTTGCTTCAACACAATATCGTAAGCTTCGTTGATTGTCTGAA
ACTGTACTCCACAGTTGCTTCCTCTACAAACATCAGGATGATACTTTTTGGCGAGTTGTC
TGAAAGCTTGCTTGACCTCGTATTCCGATGAATCGGGTCGGATCTGAAGTGTTTTATAAG
GATCCATTACTGAAGACGAAGAACAGACGACTCGTGTTCTGTTAAGCATCTTCGTGTCTT
TTCTTCTGCTGTTCTTCAATCGAAACGATGAAGAAGATGATGAAAAGGAAGATCCGGATA
AACCCGAGAACCCGTTTCCTCCGATCGTTAAAGCAATAGTCATGTTTTGAAGACACAAAA
AGGTGGTGGTGG

QA 3 674 3 674
DS 

RD RR1DD26JQ 660 0 0
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TATTTACATTTTTATTCACGAGACAGTTTCATGTATTTACATCAGTCTCTATGTTGGTTA
TTTATATGCCTTCGAATCATCTTCTTCAAGCGTAAGGATTGACGTGAGAGGAGTAGTCTC
TGGTTCCTGCACCTTCCCATCCCATCCATTCTTCCCACGTGTCACAATCTGGATCATTCA
TTCCGTTGAATCCCTCGTCATACACATCAAATGGCTCAAATTCCTCTGTTCCCTCCATCT
GATTCTTTATTTGCTTCAACACAATATCGTAAGCTTCGTTGATTGTCTGAAACTGTACTC
CACAGTTGCTTCCTCTACAAACATCAGGATGATACTTTTTGGCGAGTTGTCTGAAAGCTT
GCTTGACCTCGTATTCCGATGAATCGGGTCGGATCTGAAGTGTTTTATAAGGATCCATTA
CTGAAGACGAAGAACAGACGACTCGTGTTCTGTTAAGCATCTTCGTGTCTTTTCTTCTGC
TGTTCTTCAATCGAAACGATGAAGAAGATGATGAAAAGGAAGATCCGGATAAACCCGAGA
ACCCGTTTCCTCCGATCGTTAAAGCAATAGTCATGTTTTGAAGACACAAAAAGGTGGTGG

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DS 

RD RR1DD26TF 751 0 0
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*ATTTACATTTTTATTCACGAGACAGTTTCATGTATT*ACATCAGTCTCTATGTTGGTTA
TTTATATGCCTTCGAATCATCTTCTTCAAGCGTAAGGATTGACGTGAGAGGAGTAGTCTC
TGGTTCCTGCACCTTCCCATCCCATCCATTCTTCCCACGTGTCACAATCTGGATCATTCA
TTCCGTTGAATCCCTCGTCATACACATCAAATGGCTCAAATTCCTCTGTTCCCTCCATCT
GATTCTTTATTTGCTTCAACACAATATCGTAAGCTTCGTTGATTGTCTGAAACTGTACTC
CACAGTTGCTTCCTCTACAAACATCAGGATGATACTTTTTGGCGAGTTGTCTGAAAGCTT
GCTTGACCTCGTATTCCGATGAATCGGGTCGGATCTGAAGTGTTTTATAAGGATCCATTA
CTGAAGACGAAGAACAGACGACTCGTGTTCTGTTAAGCATCTTCGTGTCTTTTCTTCTGC
TGTTCTTCAATCGAAACGATGAAGAAGATGATGAAAAGGAAGATCCGGATAAACCCGAGA
ACCCGTTTCCTCCGATCGTTAAAGCAATAGTCATGTTTTGAAGACACAAAAAGGTGGTGG
TAG***AAAGTAAAAATGACTTCTAGAAAGACTTTTTTTTTTTTTTGGTGATTCAGGTAA
ATTAGAGAGAGTTCAATAATTGGAATCGTCC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1BB88JQ 704 0 0
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TTACATTTTTATTCACGAGACAGTTTCATGTATTTACATCAGTCTCTATGTTGGTTATTT
ATATGCCTTCGAATCATCTTCTTCAAGCGTAAGGATTGACGTGAGAGGAGTAGTCTCTGG
TTCCTGCACCTTCCCATCCCATCCATTCTTCCCACGTGTCACAATCTGGATCATTCATTC
CGTTGAATCCCTCGTCATACACATCAAATGGCTCAAATTCCTCTGTTCCCTCCATCTGAT
TCTTTATTTGCTTCAACACAATATCGTAAGCTTCAT*GATTGTCTGAAACTGTACTCCAC
AGTTGCTTCCTCTACAAACATCAGGATGATACTTTTTGGCGAGTTGTCTGAAAGCTTGCT
TGACCTCGTATTCCGATGAATCGGGTCGGATCTGAAGTGTTTTATAAGGATCCATTACTG
AAGACGAAGAACAGACGACTCGTGTTCTGTTAAGCATCTTCGTGTCTTTTCTTCTGCTGT
TCTTCAGTCGAAACGATGAAGAAGATGATGAAAACGAAGATCCGGATAAACCCGAGAACC
CGTTTCCTCCGATCGTTAAAGCAATAGTCATGTTTTGAGGACACAAAAAGGTGGTGGTGG
TAGAAAGTAAAAATGACTTCTAGAAAGACTTTTTTTTTTTTT
TG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1DS46TF 741 0 0
TTCA
TTAAGCTTAAGGTTGAGATTTACAATGACAGAGAGAAATGACTTTTTATTTACATTTTTA
TTCACGAGACAGTTTCATGTATTTACATCAGTCTCTATGTTGGTTATTTATATGCCTTCG
AATCATCTTCTTCAAGCGTAAGGATTGACGTGAGAGGAGTAGTCTCTGGTTCCTGCACCT
TCCCATCCCATCCATTCTTCCCACGTGTCACAATCTGGATCATTCATTCCGTTGAATCCC
TCGTCATACACATCAAATGGCTCAAATTCCTCTGTTCCCTCCATCTGATTCTTTATTTGC
TTCAACACAATATCGTAAGCTTCGTTGATTGTCTGAAACTGTACTCCACAGTTGCTCCCT
CTACAAACATCAGGATGATACTTTTTGGCGAGTTGTCTGAAAGCTTGCTTGACCTCGTAT
TCCGATGAATCGGGTCGGATCTGAAGTGTTTTATAAGGATCCATTACTGAAGACGAAGAA
CAGACGACTCGTGTTCTGTTAAGCATCTTCGTGTCTTTTCTTCTGCTGTTCTTCAATCGA
AACGATGAAGAAGATGATGAAAAGGAAGATCCGGATAAACCCGAGAACCCGTTTCCTCCG
ATCGTTAAAGCAATAGTCATGTTTTGAAGACACAAAAAGGTGGTGGTGGTAGAAAGTAAA
AATGACTTCTAGAAAGACTTTTTTTTTT****GGTGATTCAAGTAAATTAGAGAGAGTTC
AATAATTGGAATCGTCC

QA 5 741 5 741
DS 

RD RR1G181TF 677 0 0
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AATCATCTTCTTCAAGCGTAAGGATTGACGTGAGAGGAGTAGTCTCTGGTTCCTGCACCT
TCCCATCCCATCCATTCTTCCCACGTGTCACAATCCGGATCATTCATTCCGTTGAATCCC
TCGTCATACACATCAAATGGCTCAAATTACTCTGTTCCCTCCATCTGATTCTTTATTTGC
TTCAACACAATATCGTAAGCTTCGTTGATTGTCTGAAACTGTACTCCACAGTTGCTTCCT
CTACAAACATCAGGATGATACTTTTTGGCGAGTTGTCTGAAAGCTTGCTTGACCTCGTAT
TCCGATGAATCGGGTCGGATCTGAAGTGTTTTATAAGGATCCATTACTGAAGACGAAGAA
CAGACGACTCGTGTTCTGTTAAGCATCTTCGTGTCTTTTCTTCTGCTGTTCTTCAATCGA
AACGATGAAGAAGATGATGAAAAGGAAGATCCGGATAAACCCGAGAACCCGTTTCCTCCG
ATCGTTAAAGCAATAGTCATGTTTTGAAGACACAAAAAGGTGGTGGTGGTAGAAAGTAAA
AATGACTTCTAGAAAGACTTTTTTTTTTTTT*GGTGATTCAAGTAAATTAGAGAGAGTTC
AATAATTGGAATCGTCC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1GN62TF 647 0 0
GTCTCTATGTTGGTTATTTATATGCCTTCGAATCATCTTCTTCAAGCGTAAGGATTGACG
TGAGAGGAGTAGTCTCTGGTTCCTGCACCTTCCCATCCCATCCATTCTTCCCACGTGTCA
CAATCCGGATCATTCATTCCGTTGAATCCCTCGTCATACACATCAAATGGCTCAAATTAC
TCTGTTCCCTCCATCTGATTCTTTATTTGCTTCAACACAATATCGTAAGCTTCGTTGATT
GTCTGAAACTGTACTCCACAGTTGCTTCCTCTACAAACATCAGGATGATACTTTTTGGCG
AGTTGTCTGAAAGCTTGCTTGACCTCGTATTCCGATGAATCGGGTCGGATCTGAAGTGTT
TTATAAGGATCCATTACTGAAGACGAAGAACAGACGACTCGTGTTCTGTTAAGCATCTTC
GTGTCTTTTCTTCTGCTGTTCTTCAATCGAAACGATGAAGAAGATGATGAAAAGGAAGAT
CCGGATAAACCCGAGAACCCGTTTCCTCCGATCGTTAAAGCAATAGTCATGTTTTGAAGA
CACAAAAAGGTGGTGGTGGTAGAAAGTAAAAATGACTTCTAGAAAGACTTTTTTTTTTTT
T*GGTGATTCAAGTAAATTAGAGAGAGTTCAATAATTGGAATCGTCC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1BB88TF 678 0 0
ATTCACGAGACAGTTTCATGTATTTACATCAGTCTCTATGTTGGTTATTTATATGCCTTC
GAATCATCTTCTTCAAGCGTAAGGATTGACGTGAGAGGAGTAGTCTCTGGTTCCTGCACC
TTCCCATCCCATCCATTCTTCCCACGTGTCACAATCTGGATCATTCATTCCGTTGAATCC
CTCGTCATACACATCAAATGGCTCAAATTCCTCTGTTCCCTCCATCTGATTCTTTATTTG
CTTCAACACAATATCGTAAGCTTCAT*GATTGTCTGAAACTGTACTCCACAGTTGCTTCC
TCTACAAACATCAGGATGATACTTTTTGGCGAGTTGTCTGAAAGCTTGCTTGACCTCGTA
TTCCGATGAATCGGGTCGGATCTGAAGTGTTTTATAAGGATCCATTACTGAAGACGAAGA
ACAGACGACTCGTGTTCTGTTAAGCATCTTCGTGTCTTTTCTTCTGCTGTTCTTCAGTCG
AAACGATGAAGAAGATGATGAAAACGAAGATCCGGATAAACCCGAGAACCCGTTTCCTCC
GATCGTTAAAGCAATAGTCATGTTTTGAGGACACAAAAAGGTGGTGGTGGTAGAAAGTAA
AAATGACTTCTAGAAAGACTTTTTTTTTTTTTTGGTGATTCAAGTAAATTAGAGAGAGTT
CAATAATTGGAATCGTCC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 9

CO CL256Contig1 818 9 11 U
AAAATAAAACACTTCTTTTTTTTATAATAAAACAGTTCTACAATAGCTTAAAAACTTGTA
ACAACATATCATCATACCATCATCACAAGTGGCATAATATCTTTTATTTTGCAAAAAAAT
TTCAGAATTACATTTATGGTGACAACTTGTGAAAATATTTTTTCATCAAGAAATTTGTGG
AATCATATGCTTTCGCCTTTGGAAAACCTTTAAGGCGGTAGAGGGGATTTTGCCTTCGCC
TCTTTCACAAGCCTTTTACATTCGTCGTCATTTTTCTCGCATTCCGACGATGGAGGGGGC
GGAGGTATAGCGCCCATCAAGTCCTGGATCTTTTTCACCCATTCTGATGCCTTCTTCGGA
TTTTTTTTCACCCATTCCAACACATTCGGGTTTTTTTTCATCCATTCCGACGTCTTTTTC
GGGTTTTGTTTCACCCATTCCGACAAAATTTCCGACGTCTTTTTCGGGTTTTTTTT*CAC
CCATTCCAACAGCTTCGGGTTTGACACCGTCGGGTTTTTTTTCATGAATTCCAACACCTT
CGGGTTTGCCATCAAATCCGGCACCTTCGGCATCACCCCTACCAACCCATTCGGTTTACG
GAACAAAACACGCTTAGTAGTAACAGCGAGACGTCGGTCTGTCGTCACTTGATCATGATG
ATCAGTCACTTTAAGTTTGCGGTTGCGGAGCTGAAATGGTTCACCCAGGGCTTTATCCAT
ATCGGAAAGTACAAGAACGAGAAGAAGGAGAGAGACAAGCATGCAAGATACTTTAGAAGA
TGCCATCTCTCTTTCTTAATTTACTGATGAGTGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 15 45 
45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 35 35 35 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 10 10 10 10 

AF RR1DU25JQ U 108
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AF RR1H180JQ U 1
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AF RR1B121TF C 24
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BS 1 236 RR1H180JQ
BS 237 237 RR1DU25JQ
BS 238 487 RR1H180JQ
BS 488 488 RR1DU25JQ
BS 489 685 RR1H180JQ
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AAGAAATTTGTGGAATCATATGCTTTCGCCTTTGGAAAACCTTTAAGGCGGTAGAGGGGA
TTTTGCCTTCGCCTCTTTCACAAGCCTTTTACATTCGTCGTCATTTTTCTCGCATTCCGA
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ATTCCAACACCTTCGGGTTTGCCATCAAATCCGGCACCTTCGGCATCACCCCTACCAACC
CATTCGGTTTACGGAACAAAACACGCTTA

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DS 

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ACAAGTGGCATAATATCTTTTATTTTGCAAAAAAATTTCAAAATTACATTTATGGTGACA
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TGGATCTTTTTCACCCATTCTGATGCCTTCTTCGGATTTTTTTTCACCCATTCCAACACA
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CACCGTCGGGTTTTTTTTCATGAATTCCAACACCTTCGGGTTTGCCATCAAATCCGGCAC
CTTCGGCATCACCCCTACCAACCCATTCGGTTTACGGAACAAAACACGCTT

QA 1 591 1 591
DS 

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AAAATAAAACACTTCTTTTTTTTATAATAAAACAGTTCTACAATAGCTTAAAAACTTGTA
ACAACATATCATCATACCATCATCACAAGTGGCATAATATCTTTTATTTTGCAAAAAAAT
TTCAGAATTACATTTATGGTGACAACTTGTGAAAATATTTTTTCATCAAGAAATTTGTGG
AATCATATGCTTTCGCCTTTGGAAAACCTTTAAGGCGGTAGAGGGGATTTTGCCTTTGCC
TCTTTCACAAGCCTTTTACATTCGTCGTCATTTTTCTCGCATTCCGACGATGGAGGGGGC
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TTTTTTTTCACCCATTCCAACACATTCGGGTTTTTTTTCATCCATTCCGACGTCTTTTTC
GGGTTTTGTTTCACCCATTCCGACAAAATTTCCGACGTCTTTTTCGGGTTTTTTTT*CAC
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CGGGTTTGCCATCAAATCCGGCACCTTCGGCATCACCCCTACCAACCCATTCGGTTTACG
GAACAAAACACGCTTAGTAGTAACAGCGAGACGTCGGTCTGTCGTCACTTGATCATGATG
ATCAGTCACTTTAAGTTTGCGGTTG

QA 1 685 1 685
DS 

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A
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ACAAGTGGCATAATATCTTTTATTTTGCAAAAAA*TTTCAAAATTACATTTATGGTGACA
ACTTGTGAAAATATTTTTTCATCAAGAAATTTGTCGAATCATATGCTTTCGCCTTTGGAA
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TCGTCATTTTTCTCGCATTCCGACGATGGAGGGGGCGGAGGTATAGCGCCCATCAAGTCC
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*TTCGGCATCACCCCTACCAACCCATTCGGTTTACGGAACAAAACACGCTTAGTAGTAAC
AGCGAGACGTCGGTCTGTCGTCACTTGATCATGATGATCAG
C

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR1B121TF 643 0 0
A
TAATAAAACAGTTCTACAATAGCTTAAAAACTTGTAACAACATATCATCATACCATCATC
ACAAGTGGCATAATATCTTTTATTTTGCAAAAAA*TTTCAGAATTACATTTATGGTGACA
ACTTGTGAAAATATTTTTTCATCAAGAAATTTGTCGAATCATATGCTTTCGCCTTTGGAA
AACCTTTAAGGCGGTAGAGGGGATTTTGCCTTCGCCTCTTTCACAAGCCTTTTACATTCG
TCGTCATTTTTCTCGCATTCCGACGATGGAGGGGGCGGAGGTATAGCGCCCATCAAGTCC
TGGATCTTTTTCACCCATTCTGATGCCTTCTTCGGATTTTTTT*CACCCATTCCAACACA
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AAAATTTCCGACGTCTTTTTCGGGTTTTTTTT*CACCCATTCCAACGGCTTCGGGTTTGA
CACCGTCGGGTTTTTTTTCATGAATTCCAACACCTTCGGGTTTGCCATCAAATCCGGCAC
*TTCGGCATCACCCCTACCAACCCATTCGGTTTACGGAACAAAACACGCTTAGTAGTAAC
AGCGAGACGTCGGTCTGTCGTCACTTGATCATGATGATCAG
C

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR1BP83JQ 650 0 0
G
GTGGCATAATATCTTTTATTTTGCAAAAAAATTTCAGAATTACATTTATGGTGACAACTT
GTGAAAATATTTTTTCATCAAGAAATTTGTGGAATCATATGCTTTCGCCTCTGGAAAACC
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GGCATCACCCCTACCAACCCATTCGGTTTACGGAACAAAACACGCTTAGTAGTAACAGCG
AGACGTCGGTCTGTCGTCACTTGATCATGATGATCAGTCACTTTAAGTTTGCGGTTGCGG
AGCTGAAATGGTTCACCCAGGGCTTTATCCATATCGGAAAGTACAAGAA

QA 2 650 2 650
DS 

RD RR1BP83TF 697 0 0
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TGGAATCATATGCTTTCGCCTCTGGAAAACCTTTAAGGCGGTAGAGGGGATTTTGCCTTC
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GGCGGAGGTATAGCGCCCATCAAGTCCTGGATCTTTTTCACCCATTCTGATGCCTTCTTC
GGATTTTTTTTCACCCATTCCAACACATTCGGGTTTTTTT*CATCCATTCCGACGTCTTT
TTCGGGTTTTGTTTCACCCATTCCGACAAAATTTCCGGCGTCTTTTTCGGGTTTTTTTT*
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AGATGCCATCTCTCTTTCTTAATTTACTGATGAGT
CC

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DS 

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TTTTTCACCCATTCTGATGCCTTCTTCGGATTTTTTTTCACCCATTCCAACACATTCGGG
TTTTTTTTCATCCATTCCGACGTCTTTTTCGGGTTTTGTTTCACCCATTCCGAAAAGATT
TCCGACGTCTTTTTCGGGTTTTTTTT*CACCCATTCCAACAGCTTCGGGTTTGACACCGT
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GTGG
CC

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DS 

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TTTTTTTTCATCCATTCCGACGTCTTTTTCGGGTTTTGTTTCACCCATTCCGACAAAATT
TCCGACGTCTTTTTCGGGTTTTTTTTTCACCCATTCCAACAGCTTCGGGTTTGACACCGT
CGGGTTTTTTTTCATGAATTCCAACACCTTCGGGTTTGCCATCAAATCCGGCACCTTCGG
CATCACCCCTACCAACCCATTCGGTTTACGGAACAAAACACGCTTAGTAGTAACAGCGAG
ACGTCGGTCTGTCGTCACTTGATCATGATGATCAGTCA***TAAGTTTGCGGTTGCGGAG
CTGAAATGGTTCACCCAGGGCTTTATCCATATCGGAAAGTACAAGAACGAGAAGAAGGAG
AGAGACAAGCATGCAAGATACTTTAGAAGATGCCACCTCTCTTTCTTAATTTACTGATGA
GTGGATCC

QA 1 488 1 488
DS 



AS 2 11

CO CL257Contig1 1153 9 10 U
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TAAAGTACAAAAATCTCAAATAGTTTAAAAGAAAAAGTTAAATATCGCTCATGATAAAAC
ACAGCCTAAAGATCACTTCTCACTTGAAAAGGGAAATACAACAATACATCTGTTTGTAAC
TGTATGTATCCACACAAACTTTTGCTGTCGTGTAAACCTCCTCTTATCTTAGTTTTCTTA
AACCTTGAATTCATGGACGTGGAACCATTTCGTGGATGACCATTTGTTTCCTTTCACCAC
TGGGCATCCACCGTGCAAACTGGAAGGGTCTAGAGAGGCATCAGGTCTCATGTTCCAGAA
AAGTAAAGCATCTCTCTTCTTTGGTAGAACAGAGAGTCCTTCTTTGCCACATTTCGAGAG
CTGGTCCCACCATGGGACTGCACTAATGTTTCCTTTTGCTGCTGGGAACACGGTCTCGCC
ACCATCATCAACATCCGATAGGTACATAAGAACAGTGGCTATTCGTTGTCCTCCGTTCTT
GGTGTTGAACTCATCTAAGAAATAATCATAGTGAGGCTCATACTTCTGTCCAACTTGGTA
GTGAAGAACCTGAAGACCTTCTCCATTTTCAACGGGAATGAAGGTGAAATCAGAAATCCT
TTGCTCAATCCTCTCGACAACTTGGTCATGTCCTCTTTTAAGAAAAGTCCCAGAGCTAGT
CCTTACTCTGCTATCTTTGCTGCCACCGGTTTTCTCATCGACCACAGTTGACTTAACCAT
GTTGGGTTTAGCGAGGCTGATGAGGTGCTCACATTCTTCATTGGTCAAGAAATTGTGGTA
AACAACAGCTCTAGGCTCCCACGATATCACTTCAACCCAACGCTCTCCGTTCCCTTCCTC
CTACTCTCCTCCATAACTCTCATCCTGGCTCTTCCGCACAATGTTGGTCAAATCGTTGGG
CTTGGAAGAGTTTCTGTTGGCATTGGGAAGCGACAAGATCCCCAGACCAAGAAGTATCAT
AAGCACCACCAGCAGACCGATCAGCACCGTGAACGCTTGTGTCGATCGCGGTGCTGATTT
TCGCGGTTGGTAACGAAGGTTGTTCTTCGATTTCGCCGCCATGTTATTTGATTTTTGTTT
CTCTCTCAAGATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DF67JQ U 18
AF RR1DE60JQ U 1
AF RR1AL88JQ U 23
AF RR1CT11JQ U 1
AF RR1AG21JQ U 1
AF RR1DE60TF C 225
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AF RR1AL88TF C 407
AF RR1CT11TF C 404
BS 1 144 RR1AG21JQ
BS 145 145 RR1DE60JQ
BS 146 357 RR1AG21JQ
BS 358 358 RR1DE60JQ
BS 359 393 RR1AG21JQ
BS 394 394 RR1DE60JQ
BS 395 558 RR1AG21JQ
BS 559 559 RR1DE60JQ
BS 560 893 RR1AG21JQ
BS 894 1153 RR1AG21TF

RD RR1DF67JQ 372 0 0
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AAATAGTTTAAAAGAAAAAGTTAAATATCGCTCATGATAAAACACAGCCTAAAGATCACT
TCTCACTTGAAAAGGGAAATACAACAATACATCTGTTTGTAACTGTATGTATCCACACAA
ACTTTTGCTGTCGTGTAAACCTCCTCTTATCTTAGTTTTCTTAAACCTTGAATTCATGGA
CGTGGAACCATTTCGTGGATGACCATTTGTTTCCTTTCACCACTGGGCATCCACCGTGCA
AACTGGAAGGGTCTAGAGAGGCATCAGGTCTCATGTTCCAGAAAAGTAAAGCATCTCTCT
TCTTTGGTAGAA

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR1DE60JQ 589 0 0
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TAAAGTACAAAAATCTCAAATAGTTTAAAAGAAAAAGTTAAATATCGCTCATGATAAAAC
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TGTATGTATCCACACAAACTTTTGCTGTCGTGTAAACCTCCTCTTATCTTAGTTTTCTTA
AACCTTGAATTCATGGACGTGGAACCGTTTCGTGGATGACCATTTGTTTCCTTTCACCAC
TGGGCATCCACCGTGCAAACTGGAAGGGTCTAGAGAGGCATCAGGTCTCATGTTCCAGAA
AAGTAAAGCATCTCTCTTCTTTGGTAGAACAGAGAGTCCTTCTTTGCCGCATTTCGAGAG
CTGGTCCCACCATGGGACTGCACTAATGTTTCCTTTTGCTGCTGGGAACACGGTCTCGCC
ACCATCATCAACATCCGATAGGTACATAAGAACAGTGGCTATTCGTTGTCCTCCGTTCTT
GGTGTTGAACTCATCTAAGAAATAATCATAGTGAGGCTCATACTTCTGT

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1AL88JQ 673 0 0
C
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TTTAAAAGAAAAAGTTAAATATCGCTCATGATAAAACACAGCCTAAAGATCACTTCTCAC
TTGAAAAGGGAAATACAACAATACATCTGTTTGTAACTGTATGTATCCACACAAACTTTT
GCTGTCGTGTAAACCTCCTCTTATCTTATTTTTCTTAAACCTTGAATTCATGGACGTGGA
ACCATTTCGTGGATGACCATTTGTTTCCTTTCACCACTGGGCATCCACCGTGCAAACTGG
AAGGGTCTAGAGAGGCATCAGGTCTCATGTTCCAAAAAAGTAAAGCATCTCTCTTCTTTG
GTAGAACAGAGAGTCCTTCTTTGCCACATTTCGAGAGCTGGTCCCACCATGGGACTGCAC
TAATGTTTCCTTTTGCTGCTGGGAACACGGTCTCGCCACCATCATCAACATCCGATAGGT
ACATAAGAACAGTGGCTATTCGTTGTCCTCCGTTCTTGGTGTTGAACTCATCTAAGAAAT
AATCATAGTGAGGCTCATACTTCTGTCCAACTTGGTAGTGAAGAACCTGAAGACCTTCTC
CATTTTCAACGGGAATGAAGGTGAAATCAGAAATCCTTTGCTCAATCCTCTCGACAACTT
GGTCATGTCCTC

QA 2 673 2 673
DS 

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TAAAGTACAAAAATCTCAAATAGTTTAAAAAAAAAAGTTAAATATCGCTCATGATAAAAC
ACAGCCTAAAGATCACTTCTCACTCGAAAAGGGAAATACAACAATACATCTGTTTGTAAC
TGTATGTATCCACACAAACTTTTGCTGTCGTGTAAACCTCCTCTTATCTTAGTTTTCTTA
AACCTTGAATTCATGGACGTGGAACCATTTCGTGGATGACCATTTGTTTCCTTTCACCAC
TGGGCATCCACCGTGCAAACTGGAAGGGTCTAGAGAGGCATCAGGTCTCATGTTCCAAAA
AAGTAAAGCATCTCTCTTCTTTGGTAGAACAGAAAGTCCTTCTTTGCCACATTTCGAGAG
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GGTGTTGAACTCATCTAAGAAATAATCATAGTGAGGCTCATACTTCTGTCCAACTTGGTA
GTGAAGAACCTGAAGACCTTCTCCATTTTCAACGGGAATGAAGGTGAAATCAGAAATCCT
TTGCTCAATCCTCT

QA 1 674 1 674
DS 

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GCCAGTCTTAAACCAGTGCGTGGTTGTATTAAATTATTGAAGTTATAAAAACAGAACATG
TAAAGTACAAAAATCTCAAATAGTTTAAAAGAAAAAGTTAAATATCGCTCATGATAAAAC
ACAGCCTAAAGATCACTTCTCACTCGAAAAGGGAAATACAACAATACATCTGTTTGTAAC
TGTATGTATCCACACAAACTTTTGCTGTCGTGTAAACCTCCTCTTATCTTAGTTTTCTTA
AACCTTGAATTCATGGACGTGGAACCATTTCGTGGATGACCATTTGTTTCCTTTCACCAC
TGGGCATCCACCGTGCAAACTGGAAGGGTCTAGAGAGGCATCAGGTCTCATGTTCCAAAA
AAGTAAAGCATCTCTCTTCTTTGGTAGAACAGAAAGTCCTTCTTTGCCACATTTCGAGAG
CTGGTCCCACCATGGGACTGCACTAATGTTTCCTTTTGCTGCTGGGAACACGGTCTCGCC
ACCATCATCAACATCCGATAGGTACATAAGAACAGTGGCTATTCGTTGTCCTCCGTTCTT
GGTGTTGAACTCATCTAAAAAATAATCATAGTGAGGCTCATACTTCTGTCCAACTTGGTA
GTGAAGAACCTGAAGACCTTCTCCATTTTCAACGGGAATGAAGGTGAAATCAGAAATCCT
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CCTTACTCTGCTATCTTTGCTGCCACCGGTTTTCTCATCGACCACAGTTGACTTAACCAT
GTTGGGTTTAGCGAGGCTGATGAGGTGCTCACATTCTTCATTGGTCAAGAAATTGTGGTA
AACAACAGCTCTAGGCTCCCACGATATCACTTCAACCCAACGCTCTCCGTTCC

QA 1 893 1 893
DS 

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TGTTTCCTTTCACCACTGGGCATCCACCGTGCAAACTGGAAGGGTCTAGAGAGGCATCAG
GTCTCATGTTCCAGAAAAGTAAAGCATCTCTCTTCTTTGGTAGAACAGAGAGTCCTTCTT
TGCCGCATTTCGAGAGCTGGTCCCACCATGGGACTGCACTAATGTTTCCTTTTGCTGCTG
GGAACACGGTCTCGCCACCATCATCAACATCCGATAGGTACATAAGAACAGTGGCTATTC
GTTGTCCTCCGTTCTTGGTGTTGAACTCATCTAAGAAATAATCATAGTGAGGCTCATACT
TCTGTCCAACTTGGTAGTGAAGAACCTGAAGACCTTCTCCATTTTCAACGGGAATGAAGG
TGAAATCAGAAATCCTTTGCTCAATCCTCTCGACAACTTGGTCATGTCCTCTTTTAAGAA
AAGTCCCAGAGCTAGTCCTTACTCTGCTATCTTTGCTGCCACCGGTTTTCTCATCGACCA
CAGTTGACTTAACCATGTTGGGTTTAGCGAGGCTGATGAGGTGCTCACATTCTTCATTGG
TCAAGAAATTGTGGTAAACAACAGCTCTAGGCTCCCAC
C

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1AG21TF 840 0 0
TGCAAACTGGAAGGGTCTAGAGAGGCATCAGGTCTCATGTTCCAGAAAAGTAAAGCATCT
CTCT*CTTTGGTAGAACAGAGAGTCCTTCTTTGCCACATTTCGAGAGCTGGTCCCACCAT
GGGACTGCACTAATGTTTCCTTTTGCTGCTGGGAACACGGTCTCGCCACCATCATCAACA
TCCGATAGGTACATAAGAACAGTGGCTATTCGTTGTCCTCCGTTCTTGGTGTTGAACTCA
TCTAAGAAATAATCATAGTGAGGCTCATACTTCTGTCCAACTTGGTAGTGAAGAACCTGA
AGACCTTCTCCATTTTCAACGGGAATGAAGGTGAAATCAGAAATCCTTTGCTCAATCCTC
TCGACAACTTGGTCATGTCCTCTTTTAAGAAAAGTCCCAGAGCTAGTCCTTACTCTGCTA
TCTTTGCTGCCACCGGTTTTCTCATCGACCACAGTTGACTTAACCATGTTGGGTTTAGCG
AGGCTGATGAGGTGCTCACATTCTTCATTGGTCAAGAAATTGTGGTAAACAACAGCTCTA
GGCTCCCACGATATCACTTCAACCCAACGCTCTCCGTTCCCTTCCTCCTACTCTCCTCCA
TAACTCTCATCCTGGCTCTTCCGCACAATGTTGGTCAAATCGTTGGGCTTGGAAGAGTTT
CTGTTGGCATTGGGAAGCGACAAGATCCCCAGACCAAGAAGTATCATAAGCACCACCAGC
AGACCGATCAGCACCGTGAACGCTTGTGTCGATCGCGGTGCTGATTTTCGCGGTTGGTAA
CGAAGGTTGTTCTTCGATTTCGCCGCCATGTTATTTGATTTTTGTTTCTCTCTCAAGATC

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR1AL88TF 743 0 0
CCACATTTCGAGAGCTGGTCCCACCATGGGACTGCACTAATGTTTCCTTTTGCTGCTGGG
AACACGGTCTCGCCACCATCATCAACATCCGATAGGTACATAAGAACAGTGGCTATTCGT
TGTCCTCCGTTCTTGGTGTTGAACTCATCTAAGAAATAATCATAGTGAGGCTCATACTTC
TGTCCAACTTGGTAGTGAAGAACCTGAAGACCTTCTCCATTTTCAACGGGAATGAAGGTG
AAATCAGAAATCCTTTGCTCAATCCTCTCGACAACTTGGTCATGTCCTCTTTTAAGAAAA
GTCCCAGAGCTAGTCCTTACTCTGCTATCTTTGCTGCCACCGGTTTTCTCATCGACCACA
GTTGACTTAACCATGTTGGGTTTAGCGAGGCTGATGAGGTGCTCACATTCTTCATTGGTC
AAGAAATTGTGGTAAACAACAGCTCTAGGCTCCCACGATATCACTTCAACCCAACGCTCT
CCGTTCCCTTCCTCCTCCTCTCCTCCATAACTCTCATCCTGGCTCTTCCGCACAATGTTG
GTCAAATCGTTGGGCTTGGAAGAGTTTCTGTTGGCATTGGGAAGCGACAAGATCCCCAGA
CCAAGAAGTATCATAAGCACCACCAGCAGACCGATCAGCACCGTGAACGCTTGTGTCGAT
CGCGATGCTGATTTTCGCGGTTGGTAACGAAGGTTGTTCTTCGATTTCGCCGCCATGTTA
TTTGATTTTTGTTTCTCTCTC
CC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1CT11TF 750 0 0
TTGCCACATTTCGAGAGCTGGTCCCACCATGGGACTGCACTAATGTTTC*TTTTGCTGCT
GGGAACACGGTCTCGCCACCATCATCAACATCCGATAGGTACATAAGAACAGTGGCTATT
CGTTGTCCTCCGTTCTTGGTGTTGAACTCATCTAAGAAATAATCATAGTGAGGCTCATAC
TTCTGTCCAACTTGGTAGTGAAGAACCTGAAGACCTTCTCCATTTTCAACGGGAATGAAG
GTGAAATCAGAAATCCTTTGCTCAATCCTCTCGACAACTTGGTCATGTCCTCTTTTAAGA
AAAGTCCCAGAGCTAGTCCTTACTCTGCTATCTTTGCTGCCACCGGTTTTCTCATCGACC
ACAGTTGACTTAACCATGTTGGGTTTAGCGAGGCTGATGAGGTGCTCACATTCTTCATTG
GTCAAGAAATTGTGGTAAACAACAGCTCTAGGCTCCCACGATATCACTTCAACCCAACGC
TCTCCGTTCCCTTCCTCCTACTCTCCTCCATAACTCTCATCCTGGCTCTTCCGCACAATG
TTGGTCAAATCGTTGGGCTTGGAAGAGTTTCTGTTGGCATTGGGAAGCGACAAGATCCCC
AGACCAAGAAGTATCATAAGCACCACCAGCAGACCGATCAGCACCGTGAACGCTTGTGTC
GATCGCGGTGCTGATTTTCGCGGTTGGTAACGAAGGTTGTTCTTCGATTTCGCCGCCATG
TTATTTGATTTTTGTTTCTCTCTCAAGATC

QA 1 750 1 750
DS 



CO CL257Contig2 1215 2 2 U
GGAGATCTTGAGAGAGAAACAAAAATCAAATAACATGGCGGCGAAATCGAAGAACAACCT
TCGTTACCAACCGCGAAAATCAGCATCGCGATCGACACGAGCGTTCACGGTGCTGATCGG
TCTGCTGGTGGTGCTTATGATACTTCTTGGTCTGGGGATCTTGTCGCTTCCCAATGCCAA
CAGAAACTCTTCCAAGCCCAACGATTTGACCAACATTGTGCGGAAGAGCCAGGATGAGAG
TTATGGAGGAGAGGAGGAGGAAGGGAACGGAGAGCGTTGGGTTGAAGTGATATCGTGGGA
GCCTAGAGCTGTTGTTTACCACAATTTCTTGACCAATGAAGAATGTGAGCACCTCATCAG
CCTCGCTAAACCCAACATGGTTAAGTCAACTGTGGTCGATGAGAAAACCGGTGGCAGCAA
AGATAGCAGAGTAAGGACTAGCTCTGGGACTTTTCTTAAAAGAGGACATGACCAAGTTGT
CGAGAGGATTGAGCAAAGGATTTCTGATTTCACCTTCATTCCCGTTGAAAATGGAGAAGG
TCTTCAGGTTCTTCACTACCAAGTTGGACAGAAGTATGAGCCTCACTATGATTATTTCTT
AGATGAGTTCAACACCAAGAACGGAGGACAACGAATAGCCACTGTTCTTATGTACCTGTA
AGTAACCAAAAAGAATCTCATAATCCCTTTCTTTAGCTTAGGGATATTTCCCTTGTGTGT
TTTTTTGACGCAATACATTAGATCGGATGTTGATGATGGTGGCGAGACCGTGTTCCCAGC
AGCAAAAGGAAACATTAGTGCAGTCCCATGGTGGGACCAGCTCTCGAAATGTGGCAAAGA
AGGACTTTCTGTTCTACCAAAGAAGAGAGATGCTTTACTTTTCTGGAACATGAGACCTGA
TGCCTCTCTAGACCCTTCCAGTTTGCGCGGTGGATGCCCAGTGGTGAAAGGAAACAAATG
GTCATCCACGAAATGGTTCCACGTCCATGAATTCAAGGTTTAAGAAAACTAAGATAAGAG
GAGGTTTACACGACAGCAAAAGTTTGTGTGGATACATACAGTTACAAACAGATGTATTGT
TGTATTTCCCTTTTCAAGTGAGAAGTGATCTTTAGGCTGTGTTTTATCATGAGCGATATT
TAACTTTTTCTTTTAAACTATTTGAGATTTTTGTACTTTACATGTTCTGTTTTTATAACT
TCAATAATTTAATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G951TF U 1
AF RR1G951JQ C 422
BS 1 732 RR1G951TF
BS 733 1215 RR1G951JQ

RD RR1G951TF 737 0 0
GGAGATCTTGAGAGAGAAACAAAAATCAAATAACATGGCGGCGAAATCGAAGAACAACCT
TCGTTACCAACCGCGAAAATCAGCATCGCGATCGACACGAGCGTTCACGGTGCTGATCGG
TCTGCTGGTGGTGCTTATGATACTTCTTGGTCTGGGGATCTTGTCGCTTCCCAATGCCAA
CAGAAACTCTTCCAAGCCCAACGATTTGACCAACATTGTGCGGAAGAGCCAGGATGAGAG
TTATGGAGGAGAGGAGGAGGAAGGGAACGGAGAGCGTTGGGTTGAAGTGATATCGTGGGA
GCCTAGAGCTGTTGTTTACCACAATTTCTTGACCAATGAAGAATGTGAGCACCTCATCAG
CCTCGCTAAACCCAACATGGTTAAGTCAACTGTGGTCGATGAGAAAACCGGTGGCAGCAA
AGATAGCAGAGTAAGGACTAGCTCTGGGACTTTTCTTAAAAGAGGACATGACCAAGTTGT
CGAGAGGATTGAGCAAAGGATTTCTGATTTCACCTTCATTCCCGTTGAAAATGGAGAAGG
TCTTCAGGTTCTTCACTACCAAGTTGGACAGAAGTATGAGCCTCACTATGATTATTTCTT
AGATGAGTTCAACACCAAGAACGGAGGACAACGAATAGCCACTGTTCTTATGTACCTGTA
AGTAACCAAAAAGAATCTCATAATCCCTTTCTTTAGCTTAGGGATATTTCCCTTGTGTGT
TTTTTTGACGCA
TACAT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1G951JQ 794 0 0
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GAGAGGATTGAGCAAAGGATTTCTGATTTCACCTTCATTCCCGTTGAAAATGGAGAAGGT
CTTCAGGTTCTTCACTACCAAGTTGGACAGAAGTATGAGCCTCACTATGATTATTTCTTA
GATGAGTTCAACACCAAGAACGGAGGACAACGAATAGCCACTGTTCTTATGTACCTGTAA
GTAACCAAAAAGAATCTCATAATCCCTTTCTTTAGCTTAGGGATATTTCC*TTGTGTGTT
TTTTTGACGCAATACATTAGATCGGATGTTGATGATGGTGGCGAGACCGTGTTCCCAGCA
GCAAAAGGAAACATTAGTGCAGTCCCATGGTGGGACCAGCTCTCGAAATGTGGCAAAGAA
GGACTTTCTGTTCTACCAAAGAAGAGAGATGCTTTACTTTTCTGGAACATGAGACCTGAT
GCCTCTCTAGACCCTTCCAGTTTGCGCGGTGGATGCCCAGTGGTGAAAGGAAACAAATGG
TCATCCACGAAATGGTTCCACGTCCATGAATTCAAGGTTTAAGAAAACTAAGATAAGAGG
AGGTTTACACGACAGCAAAAGTTTGTGTGGATACATACAGTTACAAACAGATGTATTGTT
GTATTTCCCTTTTCAAGTGAGAAGTGATCTTTAGGCTGTGTTTTATCATGAGCGATATTT
AACTTTTTCTTTTAAACTATTTGAGATTTTTGTACTTTACATGTTCTGTTTTTATAACTT
CAATAATTTAATAC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 11

CO CL258Contig1 886 11 12 U
GGAGAATAGAATTGAGAAAAAAAATGGCGATGGTATCAGCAGCAGCAGGAGGAAGCGCTA
GTCTGGTGAGAGCTGCATTAGATACGAAGCCTAAGCTCCCCCTCCGATACAATCCCAATG
CGCCGCGTAACGTCAAGAGAAACCCTAATTCTACCTCTTCTTTCGTCCCACCTCCTTCTT
CTCCGGCGACAGTCTTAACAACAACGGGAACAAGCGTCTCCTCCGTTTCTGATTTGCTCA
AACGTCCCGCAAGCAAAGAAGAAGAGGTTGGTGGTGATTATGAGAAATGGTTTCCAAGTC
CACCGAAAGTGGGTAAGCCTAGATCCGTCTTCAATGCTGCCTCCCTTGCTTACATTGGCG
ACTCCATCTACGAGATATATGCTCGTCGCCATTTTCTATTCCCTCCACTTAGTATTGAAG
AATACAACGACCGTGTTCGAGCAGTGGTCCGATGCGAAGCACAATATGCTTTGCTTCACA
AGCTCCTTGATGAGGATTTCTTAACTAAAGCTGAAAGAGAGATCCTTCGGTGGGGAAAAA
ACGTTGGCTCGGTTAAAACAAGGTCAACTAGGCGAGCTGGTGTTGCGGTCTATAACAAGG
CCTCATCACTGGAAACTCTTATTGGCTATTTGTATCTAGCAAACGGCAAGAGATTAGAAG
AAATAATGCAGAAGCTGGGATTCTCAAGTGGTTCTTCAACAGAGATAATGGTCAAGGAGG
CAAAGCACAAACTATCAGCTTTAAAATAAAACTTTTATACGTATATAGCTGTATCGTTGA
AAATGTTCAAAAACATTGATTCGACTTCATCAAAAACGTTACTGAGTTTTGGTGATGTTT
TGTTTTAACTTTTAACTAAGTCCTAAGAGAGAGTGTTTTGGTGAGG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 35 35 50 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

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BS 79 216 RR1AI45TF
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A

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A

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A

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T

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CACCGAAAGTGGGTAAGCCTAGATCCGTCTTCAATGCTGCCTCCCTTGCTTACATTGGCG
ACTCCATCTACGAGATATATGCTCGTCGCCATTTTCTATTCCCTCCACTTAGTATTGAAG
AATACAACGACCGTGTTCGAGCAGTGGTCCGATGCGAAGCACAATATGCTTTGCTTCACA
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ACGTTGGCTCGGTTAAAACAAGGTCAACTAGGCGAGCTGGTGTTGCGGTCTATAACAAGG
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T
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CCTAGATCCGTCTTCAATGCTGCCTCCCTTGCTTACATTGGCGACTCCATCTACGAGATA
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CTTATTGGCTATTTGTATCTAGCAAACGGCAAGAGATTAGAAGAAATAATGCAGAAGCTG
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TATGAGAAATGGTTTCCAAGTCCACCGAAAGTGGGTAAGCCTAGATCCGTCTTCAATGCT
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ACGAGATATATGCTCGTCGCCATTTTCTATTCCCTCCACTTAGTATTGAAGAATACAACG
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CGGTTAAAACAAGGTCAACTAGGCGAGCTGGTGTTGCGGTCTATAACAAGGCCTCATCAC
TGGAAACTCTTATTGGCTATTTGTATCTAGCAAACGGCAAGAGCTTAGAAGAAATAATGC
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TTGCTTCACAAGCTCCTTGATGAGGATTTCTTAACTAAAGCTGAAAGAGAGATCCTTCGG
TGGGGAAAAAACGTTGGCTCGGTTAAAACAAGGTCAACTAGGCGAGCTGGTGTTGCGGTC
TATAACAAGGCCTCATCACTGGAAACTCTTATTGGCTATTTGTATCTAGCAAACGGCAAG
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GTATCGTTGAAAATGTTCAAAAACATTGATTCGACTTCATCAAAAACGTTACTGAGTTTT
GGTGATGTTTTGTTTTAACTTTTAACTAAGTCCTAAGAGAGAGTGTTTTGGTGAGG

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 8

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 35 
35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 30 15 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 

AF RR1CQ49JQ U 1
AF RR1DM76JQ U 56
AF RR1A392JQ U 10
AF RR1AT27JQ U 45
AF RR1DM76TF C 180
AF RR1A392TF C 179
AF RR1CQ49TF C 265
AF RR1AT27TF C 240
BS 1 172 RR1CQ49JQ
BS 173 173 RR1A392JQ
BS 174 418 RR1CQ49JQ
BS 419 480 RR1A392JQ
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BS 482 762 RR1A392JQ
BS 763 812 RR1AT27JQ
BS 813 930 RR1DM76TF

RD RR1CQ49JQ 418 0 0
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TATTAGTACGTTTATTATTTTACAGAAATCACATCAAAGAACAAAAGTAACTCTTCTTCT
TCGTCCTTTCATTAACTAGAGTTTGCTAAAGACCAATTAGCTTCACTTCCCCGCCTCGGA
ATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCCACATATAACCCCTTCA
CTATCAATCCTCTGCATCGCCTTCATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATCAAACCA
CTCTCACTGTGAAACATACACCC*TGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTG
CTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACGGACCCATCTGCAGCTATCCCCCAA

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR1DM76JQ 430 0 0
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CTTCTTCGTCCTTTCATTAACTAGAGTTTGCTAA*GACCAATTAGCTTCACTTCCCCTCC
TCGGAATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCCACATATAACCC
CTTCACTATCAATCCTCTGCATCGCCTTAATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATCA
AACCACTCTCACTGTGAAACATACACCC*TGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACAT
CCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACGGACCCATCTGCAGCTATCCCC
CAATACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCAAGAGCGGCGAAAACAGAGGAGGTCTGAGTA
TCGTAGACGA

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR1A392JQ 753 0 0
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GTTTATTATTTTACAGAAATCACATCAAAGAACAAAAGTAACTCTTCTTCTTCGTCCTTT
CATTAACTAGAGTTTGCTAAAGACCAATTAGCTTCACTTCCCCTCCTCGGAATGCTATTG
ATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCCACATATAACCCCTTCACTATCAATC
CTCTGCATCGCCTTCATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATCAAACCACTCTCACTG
TGAAACATACACCC*TGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTGCTTAATAAT
CTTGATATCATCAGACATAACAACGGACCCATCTGCAGCTATCCCCCAATACAAACTCTC
TGCTCCATCAGATCCAAGAGCGGCGAAAACAGAGGAGGTCTGAGTATCGTAAACGACAAA
AGCAAAACTTCCATCGAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGCCACGGTCACG
TAGTGTTCGGTACGCTTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTCCAGATAAACC
GTACTGCTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTCAACGCTCCAAGAAACACACAGTAGATTCC
ATCGATGCCACTAAACATCCTTGGACGGTTAGAGTTTTCTGGGCGGGCGAAAGCGAGGAC
AGCGGAGTCGCCGAAGCTCATGGAGAAAGCAGA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1AT27JQ 768 0 0
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AAGTAACTCTTCTTCTTCGTCCTTTCATTAACTAGAGTTTGCTAAAGACCAATTAGCTTC
ACTTCCCCTCCTCGGAATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCC
ACATATAACCCCTTCACTATCAATCCTCTGCATCGCCTTCATCTTATTCTTCGGATGCTC
AAAACTCATCAAACCACTCTCACTGTGAAACATACACCC*TGTTGGAAAAGGAGCAAATG
ACTTAGCACATCCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACGGACCCATCTG
CAGCTATCCCCCAATACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCAAGAGCGGCGAAAACAGAGG
AGGTCTGAGTATCGTAGACGACAAAAGCAAAACTTCCATCGAGACCTCTGAGAACTTGAT
CAGCTGGGTAAGGGCCACGGTCACGTAGTGTTCGGTACGCTTCGATCACAAACATGGCTT
CGTTTGAGGATTTTCCAGATAAACCGTACTGCTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTCAACG
CTCCAAGAAACGCACAGTAGATTCCATCGATGCCACTAAACATCCTTGGACGGTTAGAGT
TTTCTGGGCGGGCGAAAGCGAGGACAGCGGAGTCGCCGAAGCTCATGGAGAAAGCAGAGT
CTGGATGGTTTGAAAGGAAGTCAGAGAGAGTTTCTCCCGGAAGTTTTG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1DM76TF 751 0 0
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ACTATCA*TCCTCTGCATCGCTT**ATCTTAT*CTTCGGATGCTCAAAACTCATCAAACC
ACTCTCACTGTGAAACATACACCC*TGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTT
GCTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACGGACCCATCTGCAGCTATCCCCCAAT
ACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCAAGAGCGGCGAAAACAGAGGAGGTCTGAGTATCGT
AGACGACAAAAGCAAAACTTCCATCGAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGC
CACGGTCACGTAGTGTTCGGTACGCTTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTC
CAGATAAACCGTACTGCTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTCAACGCTCCAAGAAACACAC
AGTAGATTCCATCGATGCCACTAAACATCCTTGGACGGTTAGAGTTTTCTGGGCGGGCGA
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GGCTGTTTAGCTCTTCCGGTGGATGAGCAAACGTCTTTTGAAAAATAGCCAACATTTTTT
CTTCTTGTTGAATCTTCTGTGTTTAGTATCC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1A392TF 752 0 0
CGGAATGCTATGATC
TGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCCACATATAACCCCTTCACTATCAATC*TCT
GCATCGC*TTCATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATCAAACCACTCTCACTGTGAA
ACATACACCCCTGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTGCTTAATAATCTTG
ATATCATCAGACATAACAACGGACCCATCTGCAGCTATCCCCCAATACAAACTCTCTGCT
CCATCAGATCCAAGAGCGGCGAAAACAGAGGAGGTCTGAGTATCGTAGACGACAAAAGCA
AAACTTCCATCGAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGCCACGGTCACGTAGT
GTTCGGTACGCTTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTCCAGATAAACCGTAC
TGCTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTCAACGCTCCAAGAAACACACAGTAGATTCCATCG
ATGCCACTAAACATCCTTGGACGGTTAGAGTTTTCTGGGCGGGCGAAAGCGAGGACAGCG
GAGTCGCCGAAGCTCATGGAGAAAGCAGAGTCTGGATGGTTTGAAAGGAAGTCAGAGAGA
GTTTCTCCCGGAAGTTTTGGGGTTTTGCCGGAAAGGTTTGAAGCCGGGCTGTTTAGCTCT
TCCGGTGGATGAGCAAACGTCTTTTGAAAAATAGCCAACATTTTTTCTTCTTGTTGAATC
TTCTGTGTTTAGTATCC

QA 16 752 16 752
DS 

RD RR1CQ49TF 666 0 0
ATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATCAAACCACTCTCACTGTGAAACATACACCC*
TGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCAGA
CATAACAACGGACCCATCTGCAGCTATCCCCCAATACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCC
AAGAGCGGCGAAAACAGAGGAGGTCTGAGTATCGTAGACGACAAAAGCAAAACTTCCATC
GAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGCCACGGTCACGTAGTGTTCGGTACGC
TTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTCCAGATAAACCGTACTGCTTGTTCAA
GTCGCATAGGTTGTTCAACGCTCCAAGAAACACACAGTAGATTCCATCGATGCCACTAAA
CATCCTTGGACGGTTAGAGTTTTCTGGGTGGGCGAAAGCGAGGACAGCGGAGTCGCCGAA
GCTCATGGAGAAAGCAGAGTCTGGATGGTTTGAAAGGAAGTCAGAGAGAGTTTCTCCCGG
AAGTTTTGGGGTTTTGCCGGAAAGGTTTGAAGCCGGGCTGTTTAGCTCTTCCGGTGGATG
AGCAAACGTCTTTTGAAAAATAGCCAACATTTTTTCTTCTTGTTGAATCTTCTGTGTTTA
GTATCC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1AT27TF 693 0 0
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ACTCTCACTGTGAAACATACACCC*TGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTT
GCTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACGGACCCATCTGCAGCTATCCCCCAAT
ACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCAAGAGCGGCGAAAACAGAGGAGGTCTGAGTATCGT
AGACGACAAAAGCAAAACTTCCATCGAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGC
CACGGTCACGTAGTGTTCGGTACGCTTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTC
CAGATAAACCGTACTGCTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTCAACGCTCCAAGAAACGCAC
AGTAGATTCCATCGATGCCACTAAACATCCTTGGACGGTTAGAGTTTTCTGGGCGGGCGA
AAGCGAGGACAGCGGAGTCGCCGAAGCTCATGGAGAAAGCAGAGTCTGGATGGTTTGAAA
GGAAGTCAGAGAGAGTTTCTCCCGGAAGTTTTGGGGTTTTGCCGGAAAGGTTTGAAGCCG
GGCTGTTTAGCTCTTCCGGTGGATGAGCAAACGTCTTTTGAAAAATAGCCAACATTTTTT
CTTCTTGTTGAATCTTCTGTGTTTAGTAT
ATCC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 11

CO CL260Contig1 870 11 12 U
GTTTTAAGGGAAAATGAAAATAATCATACCATAAAAATACCTTTGAAATCATAATATACA
ACACATAACAAGGAAAGCTGAAATCAACAAAGGAAATAATAAAAAAGCCAACAAACTTCC
AACAACACAAAAGCAAAAGATGATCATCATTCAACACAATAACACATCATCATCATCATC
ATCATGATTCATATCTTTAATGATCATCCTTATCCTTCTTTTCCTCCTCTACAGTCTTGG
GATGGTAGCCTGGAAGCTTCTCCTTAATCTTCTCCAAGATCCCTTTCTTCTCCGCCGGAT
GCGCTTCCTCCACCGGAGGAGCAACAACCGGTGCTGGTGGAGCATCTTCAGGCTTCTTTC
CGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTCAGCTTATCCATAAACCCTTTTTTC*TCCTCCTCCTCT
GTCTTCACCTCTCCTTCACTAGTTACCTTCTTCTTGTCCTTCTTCTTCTTCCTCTTCACA
CCATCTTCGCCTTCTTCCTCGCTCGAGGAGCTTGAAGAGCTGTCGCTGCGGTGAAGCTTC
TCGAGGAGACTATGATGCTTCTTCTCTTCTTCTTCTTCCTCGTGTTTAACCTCAGGCGCC
GGCTCTGAGACGTGAACCTTTTGCTCAAACTCAGACGCTATGGCGGTCTCCTCTGGTTTT
GTTTCATCTTTCTTCTTCCCCAAGAAATCGAACAGTCCACGATCTGTAACCTCTGTGGCC
CCTGCTGATGATTCCTCCGACGCCACCTTTGGCACCTCAACGTTCTTGGTTTCCTCTGCC
ATAGTTATCGAAAAAAGTTTTCTTTGCTCTGCTGATGAGAATACGAAACGATCAAATGTA
TACTTGAGATGATTTGTAAGAGACGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 35 35 35 35 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 20 35 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BT89TF C 13
AF RR1HB72JQ U 28
AF RR1HB72TF C 28
AF RR1B471JQ U 24
AF RR1AW95JQ U 1
AF RR1DC69JQ U 16
AF RR1C111JQ U 19
AF RR1FS66JQ U 28
AF RR1AW95TF C 218
AF RR1DC69TF C 300
AF RR1C111TF C 221
BS 1 170 RR1AW95JQ
BS 171 171 RR1DC69JQ
BS 172 241 RR1AW95JQ
BS 242 242 RR1DC69JQ
BS 243 317 RR1AW95JQ
BS 318 319 RR1DC69JQ
BS 320 406 RR1AW95JQ
BS 407 407 RR1DC69JQ
BS 408 693 RR1AW95JQ
BS 694 755 RR1DC69JQ
BS 756 787 RR1FS66JQ
BS 788 870 RR1AW95TF

RD RR1BT89TF 263 0 0
AATGAAAA
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AAATCAACAAAGGAAATAATAAAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGA
TGATCATCATTCAACACAATAACACATCATCATCATCATCATCATGATTCATATCTTTAA
TGATCATCCTTATCCTTCTTTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTAGCCTGGAAGCTTC
TCCTTAATCTTCTCC

QA 9 263 9 263
DS 

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G
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AAAGGAAATAATAAAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGATGATCATC
ATTCAACACAATAACACATCATCATCATCATCATCATGATTCATATCTTTAATGATCATC
CTTATCCTTCTTTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTAGCCTGGAAGCTTCTCCTTAAT
CTTCTCCAAGATCCCTTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTTCCTCCACCGGAGGAGCAACAAC
CGGTGCTGGTGGAGCATCTTCAGGCTTCTTTCCGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTC
C

QA 2 356 2 356
DS 

RD RR1HB72TF 357 0 0
G
CCATAAAAATACCTTTGAAATCATAATATACAACACATAACAAGGAAAGCTGAAATCAAC
AAAGGAAATAATAAAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGATGATCATC
ATTCAACACAATAACACATCATCATCATCATCATCATGATTCATATCTTTAATGATCATC
CTTATCCTTCTTTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTAGCCTGGAAGCTTCTCCTTAAT
CTTCTCCAAGATCCCTTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTTCCTCCACCGGAGGAGCAACAAC
CGGTGCTGGTGGAGCATCTTCAGGCTTCTTTCCGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTC
C

QA 2 356 2 356
DS 

RD RR1B471JQ 560 0 0
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TCAACAAAGGAAATAATAAAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGATGA
TCATCATTCAACACAATAA*ACATCATCATCATCATCATCATGATTCATATCTTTAATGA
TCATCCTTATCCTTCTTTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTAGCCTGGAAGCTTCTCC
TTAATCTTCTCCAAGATCCCTTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTTCCTCCACCGGAGGAGCA
ACAACCGGTGCTGGTGGAGCATCTTCAGGCTTCTTTCCGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTC
AGCTTATCCATAAACCCTTTTTTTCTCCTCCTCCTCTGTCTTCACCTCTCCTTCACTAGT
TACCTTCTTCTTGTCCTTCTTCTTCTTCCTCTTCACACCATCTTCGCCTTCTTCCTCGCT
CGAGGAGCTTGAAGAGCTGTCGCTGCGGTGAAGCTTCTCGAGGAGACTATGATGCTTCTT
CTCTTCTTCTTCTTCCTCG
C

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1AW95JQ 693 0 0
GTTTTAAGGGAAAATGAAAATAATCATACCATAAAAATACCTTTGAAATCATAATATACA
ACACATAACAAGGAAAGCTGAAATCAACAAAGGAAATAATAAAAAAGCCAACAAACTTCC
AACAACACAAAAGCAAAAGATGATCATCATTCAACACAATAACACATCATAATCATCATC
ATCATGATTCATATCTTTAATGATCATCCTTATCCTTCTTTTCCTCCTCTACAGTCTTGG
GGTGGTAGCCTGGAAGCTTCTCCTTAATCTTCTCCAAGATCCCTTTCTTCTCCGCCGGAT
GCGCTTCCTCCACCGGAAAAGCAACAACCGGTGCTGGTGGAGCATCTTCAGGCTTCTTTC
CGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTCAGCTTATCCATAAACCCTTTTTTT*TCCTCCTCCTCT
GTCTTCACCTCTCCTTCACTAGTTACCTTCTTCTTGTCCTTCTTCTTCTTCCTCTTCACA
CCATCTTCGCCTTCTTCCTCGCTCGAGGAGCTTGAAGAGCTGTCGCTGCGGTGAAGCTTC
TCGAGGAGACTATGATGCTTCTTCTCTTCTTCTTCTTCCTCGTGTTTAACCTCAGGCGCC
GGCTCTGAGACGTGAACCTTTTGCTCAAACTCAGACGCTATGGCGGTCTCCTCTGGTTTT
GTTTCATCTTTCTTCTTCCCCAAGAAATCGAAC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1DC69JQ 740 0 0
GAAAA
TAATCATACCATAAAAATACCTTTGAAATCATAATATACAACACATAACAAGGAAAGCTG
AAATCAACAAAGGAAATAATAAAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGA
TGATCATCATTCAACACAATAACACATCATCATCATCATCATCATGATTCATATCTTTAA
TGATCATCCTTATCCTTCTTTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTAGCCTGGAAGCTTC
TCCTTAATCTTCTCCAAGATCCCTTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTTCCTCCACCGGAGGA
GCAACAACCGGTGCTGGTGGAGCATCTTCAGGCTTCTTTCCGTGTCCAGGAAGCTTCTCC
TTCAGCTTATCCATAAACCCTTTTTTC*TCCTCCTCCTCTGTCTTCACCTCTCCTTCACT
AGTTACCTTCTTCTTGTCCTTCTTCTTCTTCCTCTTCACACCATCTTCGCCTTCTTCCTC
GCTCGAGGAGCTTGAAGAGCTGTCGCTGCGGTGAAGCTTCTCGAGGAGACTATGATGCTT
CTTCTCTTCTTCTTCTTCCTCGTGTTTAACCTCAGGCGCCGGCTCTGAGACGTGAACCTT
TTGCTCAAACTCAGACGCTATGGCGGTCTCCTCTGGTTTTGTTTCATCTTTCTTCTTCCC
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CGCCACCTTTGGCAC

QA 6 740 6 740
DS 

RD RR1C111JQ 716 0 0
GG
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AAATCAACAAAGGAAATAATAAAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGA
TGATCATCATTCAACACAATAACACATCATCATCATCATCATCATGATTCATATCTTTAA
TGATCATCCTTATCCTTCTTTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTAGCCTGGAAGCTTC
TCCTTAATCTTCTCCAAGATCCCTTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTTCCTCCACCGGAGGA
GCAACAACCGGTGCTGGTGGAGCATCTTCAGGCTTCT**CCGTGTCCAGGAAGCTTCTCC
TTCAGCTTATCCATAAACCCTTTTTTC*TCCTCCTCCTCTGTCTTCACCTCTCCTTCACT
AGTTACCTTCTTCTTGTCCTTCTTCTTCTTCCTCTTCACACCATCTTCGCCTCCTTCCTC
GCTCGAGGAGCTTGAAGAGCTGTCGCTGCGGTGAAGCTTCTCGAGGAGACTATGATGCTT
CTTCTCTTCTTCTTCTTCCTCGTGTTTAACCTCAGGCGCCGGCTCTGAGACGTGAACCTT
TTGCTCAAACTCAGACGCTATGGAGGTCTCCTCTGGTTTTGTTTCATCTTTCTTCTTCCC
CAAGAAATCGAACAGTCCACGATCTGTAACCTCTGTGGCCCCTGCTGATGATTC

QA 3 716 3 716
DS 

RD RR1FS66JQ 760 0 0
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CAAAGGAAATAATAAAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGATGATCAT
CATTCAACACAATAACACATCAT***CATCATCATCATGATTCATATCTTTAATGATCAT
CCTTATCCTTCTTTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTAGCCTGGAAGCTTCTCCTTAA
TCTTCTCCAAGGTCCCTTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTTCCTCCACCGGAGGAGCAACAA
CCGGTGCTGGTGGAGCATCTTCAGGCTTCTTTCCGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTCAGCT
TGTCCATAAACCCTTTTTTC*TCCTCCTCCTCTGTCTTCACCTCTCCTTCACTAGTTACC
TTCTTCTTGTCCTTCTTCTTCTTCCTCTTCACACCATCTTCGCCTTCTTCCTCGCTCGAG
GAGCTTGAAGAGCTGTCGCTGCGGTGAAGCTTCTCGAGGAGACTATGATGCTTCTTCTCT
TCTTCTTCTTCCTCGTGTTTAACCTCAGGCGCCGGCTCTGAGACGTGAACCTTTTGCTCA
AACTCAGACGCTATGGCGGTCTCCTCTGGTTTTGTTTCATCTTTCTTCTTCCCCAAGAAA
TCGAACAGTCCACGATCTGTAACCTCTGTGGCCCCTGCTGATGATTCCTCCGACGCCACC
TTTGGCACCTCAACGTTCTTGGTTTCCTCTGCCATAGTTA

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1AW95TF 653 0 0
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GATCCCTTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTTCCTCCACCGGAGAAGCAACAACCGGTGCTGG
TGGAGCATCTTCAGGCTTCTTTCCGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTCAGCTTATCCATAAA
CCCTTTTTTT*TCCTCCTCCTCTGTCTTCACCTCTCCTTCACTAGTTACCTTCTTCTTGT
CCTTCTTCTTCTTCCTCTTCACACCATCTTCGCCTTCTTCCTCGCTCGAGGAGCTTGAAG
AGCTGTCGCTGCGGTGAAGCTTCTCGAGGAGACTATGATGCTTCTTCTCTTCTTCTTCTT
CCTCGTGTTTAACCTCAGGCGCCGGCTCTGAGACGTGAACCTTTTGCTCAAACTCAGACG
CTATGGCGGTCTCCTCTGGTTTTGTTTCATCTTTCTTCTTCCCCAAGAAATCGAACAGTC
CACGATCTGTAACCTCTGTGGCCCCTGCTGATGATTCCTCCGACGCCACCTTTGGCACCT
CAACGTTCTTGGTTTCCTCTGCCATAGTTATCGAAAAAAGTTTTCTTTGCTCTGCTGATG
AGAATACGAAACGATCAAATGTATACTTGAGATGATTTGTAAGAGACGAATCC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1DC69TF 571 0 0
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CCGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTCAGCTTATCCATAAACCCTTTTTTC*TCCTCCTCCTC
TGTCTTCACCTCTCCTTCACTAGTTACCTTCTTCTTGTCCTTCTTCTTCTTCCTCTTCAC
ACCATCTTCGCCTTCTTCCTCGCTCGAGGAGCTTGAAGAGCTGTCGCTGCGGTGAAGCTT
CTCGAGGAGACTATGATGCTTCTTCTCTTCTTCTTCTTCCTCGTGTTTAACCTCAGGCGC
CGGCTCTGAGACGTGAACCTTTTGCTCAAACTCAGACGCTATGGCGGTCTCCTCTGGTTT
TGTTTCATCTTTCTTCTTCCCCAAGAAATCGAACAGTCCACGATCTGTAACCTCTGTGGC
CCCTGCTGATGATTCCTCCGACGCCACCTTTGGCACCTCAACGTTCTTGGTTTCCTCTGC
CATAGTTATCGAAAAAAGTTTTCTTTGCTCTGCTGATGAGAATACGAAACGATCAAATGT
ATACTTGAGATGATTTGTAAGAGACGAATCC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1C111TF 650 0 0
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CCCTTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTTCCTCCACCGGAGGAGCAACAACCGGTGCTGGTGG
AGCATCTTCAGGCTTCT**CCGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTCAGCTTATCCATAAACCC
TTTTTTC*TCCTCCTCCTCTGTCTTCACCTCTCCTTCACTAGTTACCTTCTTCTTGTCCT
TCTTCTTCTTCCTCTTCACACCATCTTCGCCTCCTTCCTCGCTCGAGGAGCTTGAAGAGC
TGTCGCTGCGGTGAAGCTTCTCGAGGAGACTATGATGCTTCTTCTCTTCTTCTTCTTCCT
CGTGTTTAACCTCAGGCGCCGGCTCTGAGACGTGAACCTTTTGCTCAAACTCAGACGCTA
TGGAGGTCTCCTCTGGTTTTGTTTCATCTTTCTTCTTCCCCAAGAAATCGAACAGTCCAC
GATCTGTAACCTCTGTGGCCCCTGCTGATGATTCCTCCGACGCCACCTTTGGCACCTCAA
CGTTCTTGGTTTCCTCTGCCATAGTTATCGAAAAAAGTTTTCTTTGCTCTGCTGATGAGA
ATACGAAACGATCAAATGTATACTTGAGATGATTTGTAAGAGACGAATCC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 11

CO CL261Contig1 942 11 9 U
GGGATATCAAACATAAAAGTCAGCAAAACAAAGGCATATTCCTCTTCTCTTCATAAGCCT
TAATTTCTAAATATTCAGATTCAAAGATCTCCATGGCTATCCACAAGATCTTCTTCGCTT
CACTTCTAATCTGCTTACTGTTCCAAATTAGTCATGGTGCTACCAAAGAAAGGCTCTTCT
CTGACCTGGAGAAAGGTGCACTTGAGGTCACCGCTACACCCAGCCGAGAAGGCGTTTTGG
ATGCCGGAATTGACAAGTTGAGCATTACATGGAAGCTAAGCTCGACAGCTACAAAAGAGG
CTGAATTTACGACCATCAAAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTAAGCCAAGTTGACCGAC
CATGGCGCAAGACAGAAAATGAGCTCTTCAAGGATAAAAGCTGCCCACACAAGATTATTA
CCAGGCCCTATGATAAATCCCCTCAATCATTTGAATATACCCTAGAACGCGACATCCCAA
CGGGGACCTACTTCGTTCGCGCCTACGCAGTTGATGCCAAAGGCCATGAAGTTGCTTTTG
GACAGAGCACGGACGAGGCAAAGTCAACCAAGCTCTTCAGTGTTCAGGCTATCAGTGGTC
GCCACAAGTCCTTGGATATTGCCTCCGTCTGCTTCAGCGTGTTCTCCGTCCTGGCTCTTC
TTGTCTTCTTTGTCAACGAGAAGAGGAAAGCCAAGATAGAGCAGAGCAAATGAGTTGTTT
ACTTTGCGTAATTGGGAAGTTGAGCAAAACCGCGTTGACTTTGAATTTATCTTTTTCTTT
TATCCGCTGCTTTTGTTTTGATGCTTACCTCTTCTTCCTTTGTACTTCTAATAATTTCAA
GATCAATGTGGTTAATAGGAACATGTGTGGTGTTTGATAATATACTTTGTATTTGCGAAA
TTGCAAGGAGATGAAACAATAAATGTTTGACGTGTGAGCCTG


BQ
10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1GE91TF U 2
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AF RR1DT15TF U 4
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BS 1 399 RR1E949TF
BS 400 400 RR1A515TF
BS 401 658 RR1E949TF
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RD RR1GE91TF 552 0 0
GGAT
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TCTAAATATTCAGATTCAAAGATCTCCATGGCTATCCACAAGATCTTCTTCGCTTCACTT
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CGCAAGACAGAAAATGAGCTCTTCAAGGATAAAAGCTGCCCACACAAGATTATTACCAGG
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ACCTACTTCGTTCGCGCCTACGCAGTTGATGCCAAAGGCCATGAAGTTGCTTTTGGACAG
AGCACGGA

QA 5 552 5 552
DS 

RD RR1E949TF 658 0 0
GGGATATCAAACATAAAAGTCAGCAAAACAAAGGCATATTCCTCTTCTCTTCATAAGCCT
TAATTTCTAAATATTCAGATTCAAAGATCTCCATGGCTATCCACAAGATCTTCTTCGCTT
CACTTCTAATCTGCTTACTGTTCCAAATTAGTCATGGTGCTACCAAAGAAAGGCTCTTCT
CTGACCTGGAGAAAGGTGCACTTGAGGTCACCGCTACACCCAGCCGAGAAGGCGTTTTGG
ATGCCGGAATTGACAAGTTGAGCATTACATGGAAGCTAAGCTCGACAGCTACAAAAGAGG
CTGAATTTACGACCATCAAAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTAAGCCAAGTTGACCGAC
CATGGCGCAAGACAGAAAATGAGCTCTTCAAGGATAAAATCTGCCCACACAAGATTATTA
CCAGGCCCTATGATAAATCCCCTCAATCATTTGAATATACCCTAGAACGCGACATCCCAA
CGGGGACCTACTTCGTTCGCGCCTACGCAGTTGATGCCAAAGGCCATGAAGTTGCTTTTG
GACAGAGCACGGACGAGGCAAAGTCAACCAAGCTCTTCAGTGTTCAGGCTATCAGTGGTC
GCCACAAGTCCTTGGATATTGCCTCCGTCTGCTTCAGCGTGTTCTCCGTCCTGGCTCT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1DT15TF 679 0 0
GG
ATCAAACATAAAAGTCAGCAAAACAAAGGCATATTCCTCTTCTCTTCATAAGCCTTAATT
TCTAAATATTCAGATTCAAAGATCTCCATGGCTATCCACAAGATCTTCTTCGCTTCACTT
CTAATCTGCTTACTGTTCCAAATTAGTCATGGTGCTACCAAAGAAAGGCTCTTCTCTGAC
CTGGAGAAAGGTGCACTTGAGGTCACCGCTACACCCAGCCGAGAAGGCGTTTTGGATGCC
GGAATTGACAAGTTGAGCATTACATGGAAGCTAAGCTCGACAGCTACAAAAGAGGCTGAA
TTTACGACCATCAAAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTAAGCCAAGTTGACCGACCATGG
CGCAAGACAGAAAATGAGCTCTTCAAGGATAAAAGCTGCCCACACAAGATTATTACCAGG
CCCTATGATAAATCCCCTCAATCATTTGAATATACCCTAGAACGCGACATCCCAACGGGG
ACCTACTTCGTTCGCGCCTACGCAGTTGATGCCAAAGGCCATGAAGTTGCTTTTGGACAG
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AAGTCCTTGGATATTGCCTCCGTCTGCTTCAGCGTGTTCTCCGTCCTGGCTCTTCTTGTC
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GG
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GGAT
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GG
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GCGTAATTGGGAAGTTGAGCAAA*CCGCGTTGACTTTGAATTTATCT

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TCCACAAGATCTTCTTCGCTTCACTTCTAATCTGCTTACTGTTCCAAATTAGTCATGGTG
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CG

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DS 



AS 1 11

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GTGGTTGCAGCCGTGAAATACGGTGGACCAATGGACGTAGCACGTCATGTGCTACGATCA
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GACACTTCGAGCTTAGGACAAGGGTCATTGATCATGGCTGGTGGTGTCGCTGGTGCATCC
TATTGGGGGTTTGTGTACCCAACCGATGTTGTGAAGAGTGTTCTTCAAGTTGATGATTAT
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GG
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DS 

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TTGATGAAAT

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DS 

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AGG
ATTCTGAGATCCATTCAATATCGATTGCCCTCTCTCTAGTCAATCCCTGATGGCGGATGC
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TTTGTACAAAGGCATGGGAGCTCCTCTTGCAACCGTTGCTGCCTTCAACGCGGTTCTGTT
CACCGTGAGAGGTCAGATGGAAGGGATGTTTAGGTCTGAACCTGGTGTTCCTTTGACCAT
TAGTCAACAGTTTGTGTGCGGTGCGGGTGCTGGTTTCGCAGTCTCGTTCCTTGCTTGTCC
TACCGAGTTGATCAAATGCAGGTTGCAAGCACAAGGTGCATTAGCTGGTGCCTCTACCAC
AGGCTCAGTGGTTGCAGCCGTGAAATACGGTGGACCAATGGACGCAGCACGTCATGTGCT
ACGATCAGAAGGTGGAGCTCGAGGTCTATTCAAAGGTTTATTCCCTACATTTGCCCGTGA
AGTTCCCGGGAACGCGACAATGTTTGCAGCCTACGAAGGTTTCAAGAGGTTTTTAGCCGG
TGGTTCAGACACTTCGAGCTT

QA 4 684 4 684
DS 

RD RR1FV33TF 586 0 0
G
GGCTCAGCTCATTGTTGGTCACCCTTTCGACACCATCAAGGTCAAACTTCAGAGCCAACC
TGCTCCAGCACCTGGACAGCAACCCATGTACACGGGCGCAATCGATGCGGTTAAAAAGAC
CGTTGCTGCTGAAGGACCTAAAGGTTTGTACAAAGGTATGGGAGCTCCTCTTGCAACCGT
TGCTGCCTTCAACGCGGTTCTGTTCACCGTGAGAGGTCAGATGGAAGGGATGTTTAGGTC
TGAACCTGGTGTTCCTTTGACCATTAGTCAACAGTTTGTGTGCGGTGCGGGTGCTGGTTT
CGCTGTCTCGTTCCTTGCTTGTCCTACCGAGTTGATCAAATGCAGGTTGCAAGCACAAGG
TGCATTAGCTGGTGCCTCTACCACAGGCTCAGTGGTTGCAGCCGTGAAATACGGTGGACC
AATGGACGTAGCACGTCATGTGCTACGATCAGAAGGTGGAGCTCGAGGTCTATTCAAAGG
TTTATTCCCTACATTTGCCCGTGAAGTTCCCGGGAACGCGACAATGTTTGCAGCCTACGA
AGGTTTCAAGAGGTTTTTAGCCGGTGGTTCAGACACTTCGAGCTT

QA 2 586 2 586
DS 

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GG
GATCCATTCAATATCGATTGCCCTCTCTCTAGTCAATCCCTGATGGCGGATGCAGCGAAA
GATTTAGCTTCAGGGACTGTCGGAGGAACGGCTCAGCTCATTGTTGGTCACCCTTTCGAC
ACCATCAAGGTCAAACTTCAGAGCCAACCTGCTCCAGCACCTGGACAGCAACCCATGTAC
ACGGGCGCAATCGGTGCGGTTAAAAAGACCGTTGCTGCTGAAGGACCTAAAGGTTTGTAC
AAAGGTATGGGAGCTCCTCTTGCAACCGTTGCTGCCTTCAACGCGGTTCTGTTCACCGTG
AGAGGTCAGATGGAAGGGATGTTTAGGTCTGAACCTGGTGTTCCTTTGACCATTAGTCAA
CAGTTTGTGTGCGGTGCGGGTGCTGGTTTCGCTGTCTCGTTCCTTGCTTGTCCTACCGAG
TTGATCAAATGCAGGTTGCAAGCACAAGGTGCATTAGCTGGTGCCTCTACCACAGGCTCA
GTGGTTGCAGCCGTGAAATACGGTGGACCAATGGACGTAGCACGTCATGTGCTACGATCA
GAAGGTGGAGCTCGAGGTCTATTCAAAGGTTTATTCCCTACATTTGCCCGTGAAGTTCCC
GGGAACGCGACAATGTTTGCAGCCTACGAAGGTTTCAAGAGGTTTTTAGCCGGTGGTTCA
GACACTTCGAGCTTAG*ACAAGGGTCATTGATCATGGCTGGTGGTGTCGCTGGTGCATCC
TATTGGGGGTTTGTGTACCCAACCGATGTTGTGAAGAGTGTTCTTCAAGTTGATGATTAT

QA 3 782 3 782
DS 

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GG
AATATCGATTGCCCTCTCTCTAGTCAATCCCTGATGGCGGATGCAGCGAAAGATTTAGCT
TCAGGGACTGTCGGAGGAGCGGCTCAGCTCATTGTTGGTCACCCTTTCGACACCATCAAG
GTCAAACTTCAGAGCCAACCTGCTCCAGCACCTGGACAGCAACCCATGTACACGGGCGCA
ATCGATGCGGTTAAAAAGACCGTTGCTGCTGAAGGACCTAAAGGTTTGTACAAAGGTATG
GGAGCTCCTCTTGCAACCGTTGCTGCCTTCAACGCGGTTCTGTTCACCGTGAGAGGTCAG
ATGGAAGGGATGTTTAGGTCTGAACCTGGTGTTCCTTTGACCATTAGTCAACAGTTTGTG
TGCGGTGCGGGTGCTGGTTTCGCTGTCTCGTTCCTTGCTTGTCCTACCGAGTTGATCAAA
TGCAGGTTGCAAGCACAAGGTGCATTAGCTGGTGCCTCTACCACAGGCTCAGTGGTTGCA
GCCGTGAAATACGGTGGACCAATGGACGTAGCACGTCATGTGCTACGATCAGAAGGTGGA
GCTCGAGGTCTATTCAAAGGTTTATTCCCTACATTTGCCCGTGAAGTTCCCGGGAACGCG
ACAATGTTTGCAGCCTACGAAGGTTTCAAGAGGTTTTTAGCCGGTGGTTCAGACACTTCG
AGCTTAG*ACAAGGGTCATTGATCATGGCTGGTGGTGTCGCTGGTGCATCCTATTGGGGG
TT*GTGTACC*AACCGATGTTGTGAAGAGTGTTCTTCAAGTTGATGATTATAGAAACCCT
AAGTATGCGGGT*CGATGGATGCTT

QA 3 807 3 807
DS 

RD RR1FM86JQ 224 0 0
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GCTGGTGCATCCTATTGGGGGTTTGTGTACCCAACCGATGTTGTGAAGAGTGTTTTTCAA
GTTGATGATTATAGAAACCCTAAGTATGCGGGTTCGATGGATGCTTTTAGGAAGATTTTG
AAAGCTGAAGGAGTTAAAGGTTTGTATAAAGGGTTTGG
CCCCCC

QA 1 218 1 218
DS 

RD RR1FR49JQ 734 0 0
AACGCGGTTCTGTTCACCGTGAGAGGTCAGATGGAAGGGATGTTTAGGTCTGAACCTGGT
GTTCCTTTGACCATTAGTCAACAGTTTGTGTGCGGTGCGGGTGCTGGTTTCGCTGTCTCG
TTCCTTGCTTGTCCTACCGAGTTGATCAAATGCAGGTTGCAAGCACAAGGTGCATTAGCT
GGTGCCTCTACCACAGGCTCAGTGGTTGCAGCCGTGAAATACGGTGGACCAATGGACGTA
GCACGTCATGTGCTACGATCAGAAGGTGGAGCTCGAGGTCTATTCAAAGGTTTATTCCCT
ACATTTGCCCGTGAAGTTCCCGGGAACGCGACAATGTTTGCAGCCTACGAAGGTTTCAAG
AGGTTTTTAGCCGGTGGTTCAGACACTTCGAGCTTAGGACGAGGGTCATTGATCATGGCT
GGTGGTGTCGCTGGTGCATCCTATTGGGGGTTTGTGTACCCAACCGATGTTGTGAAGAGT
GTTCTTCAAGTTGATGATTATAGAAACCCTAAGTATGCGGGTTCGATGGATGCTTTTAGG
AAGATTTTGAAAGCTGAAGGAGTTAAAGGTTTGTATAAAGGGTTTGGTCCAGCCATGGCT
AGGAGTGTCCCTGCTAATGCTGCTTGCTTCTTGGCTTATGAGATGACAAGGTCTAGCTTG
GGATAAACCGGTTTGGTTTGGGTTTTAACTGTTGGTTCGATTTGTTGTTGTTCTATTTGG
TTAACCTTTCGGCT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1FV33JQ 651 0 0
GTTTGTGTGCGGTGCGGGTGCTGGTTTCGCTGTCTCGTTCCTTGCTTGTCCTACCGAGTT
GATCAAATGCAGGTTGCAAGCACAAGGTGCATTAGCTGGTGCCTCTACCACAGGCTCAGT
GGTTGCAGCCGTGAAATACGGTGGACCAATGGACGTAGCACGTCATGTGCTACGATCAGA
AGGTGGAGCTCGAGGTCTATTCAAAGGTTTATTCCCTACATTTGCCCGTGAAGTTCCCGG
GAACGCGACAATGTTTGCAGCCTACGAAGGTTTCAAGAGGTTTTTAGCCGGTGGTTCAGA
CACTTCGAGCTTAGGACAAGGGTCATTGATCATGGCTGGTGGTGTCGCTGGTGCATCCTA
TTGGGGGTTTGTGTACCCAACCGATGTTGTGAAGAGTGTTCTTCAAGTTGATGATTATAG
AAACCCTAAGTATGCGGGTTCGATGGATGCTTTTAGGAAGATTTTGAAAGCTGAAGGAGT
TAAAGGTTTGTATAAAGGGTTTGGTCCAGCCATGGCTAGGAGTGTCCCTGCTAATGCTGC
TTGCTTCTTGGCTTATGAGATGACAAGGTCTAGCTTGGGATAAACCGGTTTGGTTTGGGT
TTTAACTGTTGGTTCGATTTGTTGTTGTTCTATTTGGTTAACCTTTCGGCT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1FB15JQ 761 0 0
AGAGGTCAGATGGAAGGGATGTTTAGGTCTGAACCTGGTGTTCCTTTGACCATTAGTCAA
CAGTTTGTGTGCGGTGCGGGTGCTGGTTTCGCTGTCTCGTTCCTTGCTTGTCCTACCGAG
TTGATCAAATGCAGGTTGCAAGCACAAGGTGCATTAGCTGGTGCCTCTACCACAGGCTCA
GTGGTTGCAGCCGTGAAATACGGTGGACCAATGGACGTAGCACGTCATGTGCTACGATCA
GAAGGTGGAGCTCGAGGTCTATTCAAAGGTTTATTCCCTACATTTGCCCGTGAAGTTCCC
GGGAACGCGACAATGTTTGCAGCCTACGAAGGTTTCAAGAGGTTTTTAGCCGGTGGTTCA
GACACTTCGAGCTTAGGACAAGGGTCATTGATCATGGCTGGTGGTGTCGCTGGTGCATCC
TATTGGGGGTTTGTGTACCCAACCGATGTTGTGAAGAGTGTTCTTCAAGTTGATGATTAT
AGAAACCCTAAGTATGCGGGTTCGATGGATGCTTTTAGGAAGATTTTGAAAGCTGAAGGA
GTTAAAGGTTTGTATAAAGGGTTTGGTCCAGCCATGGCTAGGAGTGTCCCTGCTATTGCT
GCTTGCTTCTTGGCTTATGAGATGACAAGGTCTAGCTTGGGATAAACCGGTTTGGTTTGG
GTTTTAACTGTTGGTTCGATTTGTTGTTGTTCCATTTGGTTAACCTTTCGGCTATTAAAT
GATTCTTTTTAATTTTAAGAAAAAAATCATCATCTTTTTAC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 11

CO CL263Contig1 642 11 4 U
GGAACAACAACGAGATAAGTCTTTATTATTTGTTGGTCTGAGAAACATGGCGTCTTTAGC
AACCGTCGCCGCCGTTCAACCCTCCACCGCCATCAAAGGACTCGGAGGAAGCTCTCTGGC
CGGAGCTAAGCTCTTTATCAAGCCTTCTCGGCAAAGCTTCAAACCCCAATCCTCAAGAGC
TGGTGCCGTGGTTGCTAAGTATGGAGACAAAAGTGTGTACTTTGATTTAGAAGATTTGGG
TAACACAACAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGACGCTCCTTCTCCTTATAACCCACT
TCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGAGGTTTGCTTCTCAA
GTTCTTGATTCTTGGAGGTGGCTCCTTGCTCACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGA
TGTTCTTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTAGGGGCAAGCT
TTAAATTAGGTTTCTAAATTCCTTCAGAAACTTTCTACCCAATTATGTGAACCCTTTTTA
ATGATTTATGTATATGGTTCTGTGTTCATTCCTTTGTAAGCTTGTGAATTATGAGAATCA
GTTACGACGAATCAATGAAGATTGTCTTTCAAGTCTGCTACA


BQ
50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 60 60 45 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A969TF U 1
AF RR1B579TF U 1
AF RR1CZ77TF U 43
AF RR1DC91JQ C 37
AF RR1BC67JQ C 1
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AF RR1BQ42TF U 1
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ATGATTTATGTAT

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TCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGAGGTTTGCTTCTCAA
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TTAAATTAGGTTTCTAAATTCCTTCAGAAACTTTCTACCCAATTATGTGAACCCTTTTTA
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GTTACGACGAATCAATGAAGATTGTCTTTCAAGTCTGCTACA

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DS 

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TGATTTAGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGACGCTCC
TTCTCCTTATAACCCACTTCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAA
GAGAGGTTTGCTTCTCAAGTTCTTGATTCTTGGAGGTGGCTCCTTGCTCACTTATGTCAG
TGCTTCCTCGACCGGTGATGTTCTTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCT
CGGTCCTAGGGGCAAGCTTTAAATTAGGTTTCTAAATTCCTTCAGAAACTTTCTACCCAA
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QA 1 586 1 586
DS 

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GTACTTTGATTTAGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGA
CGCTCCTTCTCCTTATAACCCACTTCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTT
CACAAAGAGAGGTTTGCTTCTCAAGTTCTTGATTCTTGGAGGTGGCTCCTTGCTCACTTA
TGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGATGTTCTTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAAGAGAAGCC
TAAGCTCGGTCCTAGGGGCAAGCTTTAAATTAGGTTTCTAAATTCCTTCAGAAACTTTCT
ACCCAATTATGTGAACCCTTTTTAATGATTTATGTATATGGTTCTGTGTTCATTCCTTTG
TAAGCTTGTGAATTATGAGAATCAGTTACGACGAATCAATGAAGATTGTCTTTCAAGTCT
GC

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DS 

RD RR1BC67JQ 613 0 0
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TAACACAACAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGACGCTCCTTCTCCTTATAACCCACT
TCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGAGGTTTGCTTCTCAA
GTTCTTGATTCTTGGAGGTGGCTCCTTGCTCACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGA
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GTTACGACGAATC

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DS 

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TCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGAGGTTTGCTTCTCAA
GTTCTTGATTCTTGGAGGTGGCTCCTTGCTCACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGA
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GTTACGACGAATC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1BQ42JQ 613 0 0
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TAACACAACAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGACGCTCCTTCTCCTTATAACCCACT
TCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGAGGTTTGCTTCTCAA
GTTCTTGATTCTTGGAGGTGGCTCCTTGCTCACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGA
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GTTACGACGAATC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1BQ42TF 613 0 0
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TAACACAACAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGACGCTCCTTCTCCTTATAACCCACT
TCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGAGGTTTGCTTCTCAA
GTTCTTGATTCTTGGAGGTGGCTCCTTGCTCACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGA
TGTTCTTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTAGGGGCAAGCT
TTAAATTAGGTTTCTAAATTCCTTCAGAAACTTTCTACCCAATTATGTGAACCCTTTTTA
ATGATTTATGTATATGGTTCTGTGTTCATTCCTTTGTAAGCTTGTGAATTATGAGAATCA
GTTACGACGAATC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1DC91TF 635 0 0
GG
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AGCTCTTTATCAAGCCTTCTCGGCAAAGCTTCAAACCCCAATCCTCAAGAGCTGGTGCCG
TGGTTGCTAAGTATGGAGACAAAAGTGTGTACTTTGATTTAGAAGATTTGGGTAACACAA
CAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGACGCTCCTTCTCCTTATAACCCACTTCAGAGCA
AGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGAGGTTTGCTTCTCAAGTTCTTGA
TTCTTGGAGGTGGCTCCTTGCTCACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGATGTTCTTC
CTATCAAGAGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTAGGGGCAAGCTTTAAATTA
GGTTTCTAAATTCCTTCAGAAACTTTCTACCCAATTATGTGAACCCTTTTTAATGATTTA
TGTATATGGTTCTGTGTTCATTCCTTTGTAAGCTTGTGAATTATGAGAATCAGTTACGAC
GAATCAATGAAGATTGTCTTTCAAGTCT
GCAAA

QA 3 630 3 630
DS 

RD RR1F592TF 636 0 0
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TAACACAACAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGACGCTCCTTCTCCTTATAACCCACT
TCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGAGGTTTGCTTCTCAA
GTTCTTGATTCTTGGAGGTGGCTCCTTGCTCACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGA
TGTTCTTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTAGGGGCAAGCT
TTAAATTAGGTTTCTAAATTCCTTCAGAAACTTTCTACCCAATTATGTGAACCCTTTTTA
ATGATTTATGTATATGGTTCTGTGTTCATTCCTTTGTAAGCTTGTGAATTATGAGAATCA
GTTACGACGAATCAATGAAGATTGTCTTTCAAGTCT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1F713TF 611 0 0
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AACCGTCGCCGCCGTTCAACCCTCCACCGCCATCAAAGGACTCGGAGGAAGCTCTCTGGC
CGGAGCTAAGCTCTTTATCAAGCCTTCTCGGCAAAGCTTCAAACCCCAATCCTCAAGAGC
TGGTGCCGTGGTTGCTAAGTATGGAGACAAAAGTGTGTACTTTGATTTAGAAGATTTGGG
TAACACAACAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGACGCTCCTTCTCCTTATAACCCACT
TCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGAGGTTTGCTTCTCAA
GTTCTTGATTCTTGGAGGTGGCTCCTTGCTCACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGA
TGTTCTTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTAGGGGCAAGCT
TTAAATTAGGTTTCTAAATTCCTTCAGAAACTTTCTACCCAATTATGTGAACCCTTTTTA
ATGATTTATGTATATGGTTCTGTGTTCATTCCTTTGTAAGCTTGTGAATTATGAGAATCA
GTTACGACGAA

QA 1 611 1 611
DS 



AS 2 11

CO CL264Contig1 818 5 12 U
GGTGGATGAAGAGGAAAGGTTAGGTAGAAAACGCGAAGCACGCAAGGGGGTGGTCTGACA
TAATAATAATATGCTCTCACTCACTTAGGCTAAGAATCTATCCATCTGCCTACGGATTAG
GGTTTCCATCGATTTCAATCTCTTCCTTGGGCTTCAGAGATTCTCATCGTCTCCGTCTTT
ATATATAACACACAATACACATTCTTTGTGTTTGTTTCTTATCTTGTGAGGAGCTGCGAT
AAGAAGGTCTTTCCGTTCAGATAAAAATCGATGGATTCGCAGATGCTCGTGGCGCTTGGT
CTATCCCTTGTGGGTGGATTGAGTACTTCTTTAGGTGCGCTTTTCGTAGTTCTTAGTGAG
ACTCCCAATATGAAGATGCTTGGACTTCTTCAGGGTTTTGCGGCAGGTCTGATGTTGAGC
ATATCCTTCCTGGATTTGGCTCATAATGCTATCAACTCTATTGGCTTCTTGAAAGGCAAT
CTCTGGTTTTTCGGTGGTGTGATATTCTTTGCCTGTATTGCCAAATTCATACCCGAACCA
ACACTCGGTCCTTCTACTGATGTGAAAA*GAAGAAAGAAAAATGGAGACGAGGGAGGTAA
GGATATGGCGAAGAAGCATCGCCGCCAAGTCTTATACAGTGGAATTGTTACAGCTATTGG
AATAAGCTTGCACAATTTTCCAGAAGGGATGGCCGTGTTTCTCGGATCAATTAAGGCATG
CGAGTTGGTGTTAATCTGGCTTTGGCAATCGCTTTACATAACATTCCCGAGGGTGTTGCG
GTTGCACTTCCTATATATTTTGCAACAGAGAGCAAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA84TF U 1
AF RR1E461TF U 6
AF RR1CP08TF U 3
AF RR1GY17TF U 98
AF RR1E774TF U 224
BS 1 492 RR1DA84TF
BS 493 661 RR1CP08TF
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BS 686 709 RR1CP08TF
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BS 785 818 RR1E774TF

RD RR1DA84TF 492 0 0
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TAATAATAATATGCTCTCACTCACTTAGGCTAAGAATCTATCCATCTGCCTACGGATTAG
GGTTTCCATCGATTTCAATCTCTTCCTTGGGCTTCAGAGATTCTCATCGTCTCCGTCTTT
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AAGAAGGTCTTTCCGTTCAGATAAAAATCGATGGATTCGCAGATGCTCGTGGCGCTTGGT
CTATCCCTTGTGGGTGGATTGAGTACTTCTTTAGGTGCGCTTTTCGTAGTTCTTAGTGAG
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ATATCCTTCCTGGATTTGGCTCATAATGCTATCAACTCTATTGGCTTCTTGAAAGGCAAT
CTCTGGTTTTTC

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1E461TF 652 0 0
GG
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AATATGCTCTCACTCACTTAGGCTAAGAATCTATCCATCTGCCTACGGATTAGGGTTTCC
ATCGATTTCAATCTCTTCCTTGGGCTTCAGAGATTCTCATCGTCTCCGTCTTTATATATA
ACACACAATACACATTCTTTGTGTTTGTTTCTTATCTTGTGAGGAGCAGCGATAAGAAGG
TCTTTCCGTTCAGATAAAAATCGATGGATTCGCAGATGCTCGTGGCGCTTGGTCTATCCC
TTGTGGGTGGATTGAGTACTTCTTTAGGTGCGCTTTTCGTAGTTCTTAGTGAGACTCCCA
ATATGAAGATGCTTGGACTTCTTCAGGGTTTTGCGGCAGGTCTGATGTTGAGCATATCCT
TCCTGGATTTGGCTCATAATGCTATCAACTCTATTGGCTTCTTGGAAGGCAATCTCTGGT
TTTTCGGTGGTGTGATATTCTTTGCCTGTATTGCCAAATTCATACCCGAACCAACACTCG
GTCCTTCTACTGATGTGAAAAAGAAGAAAGAAAAATGGAGACGAGGGAGGTAAGGATATA
ATGAAGAAGCATTGCCGCCAAGTCTTATACAGTGGAATTGTTACAGCTAT

QA 3 652 3 652
DS 

RD RR1CP08TF 709 0 0
GGGAT
GAAGAGGAAAGGTTAGGTAGAAAACGCGAAGCACGCAAGGGGGTGGTCTGACATAATAAT
AATATGCTCTCACTCACTTAGGCTAAGAATCT*TCCATCTGCCTACGGATTAGGGTTTCC
ATCGATTTCAATCTCTTCCTTGGGCTTCAGAGATTCTCATCGTCTCCGTCTTTATATATA
ACACACAATACACATTCTTTGTGTTTGTTTCTTATCTTGTGAGGAGCTGCGATAAGAAGG
TCTTTCCGTTCAGATAAAAATCGATGGATTCGCAGATGCTCGTGGCGCTTGGTCTATCCC
TTGTGGGTGGATTGAGTACTTCTTTTGGTGCGCTTTTCGTAGTTCTTAGTGAGACTCCCA
ATATGAAGATGCTTGGACTTCTTCAGGGTTTTGCGGCAGGTCTGATGTTGAGCATATCCT
TCCTGGATTTGGCTCATAATGCTATCAACTCTATTGGCTTCTTGAAAGGCAATCTCTGGT
TTTTCGGTGGTGTGATATTCTTTGCCTGTATTGCCAAATTCATACCCGAACCAACACTCG
GTCCTTCTACTGATGTGAAAA*GAAGAAAGAAAAATGGAGACGAGGGAGGTAAGGATATG
GCGAAGAAGCATCGCCGCCAAGTCTTATACAGTGGAATTGTTACAGCTATTGGA*TAAGC
TTGCACA*TTTTCCAGA*GGGATGGCCGTGTTTCTCGGATCA
TT

QA 6 707 6 707
DS 

RD RR1GY17TF 687 0 0
GGA
TCCATCTGCCTACGGATTAGGGTTTCCATCGATTTCAATCTCTTCCTTGGGCTTCAGAGA
TTCTCATCGTCTCCGTCTTTATATATAACACACAATACACATTCTTTGTGTTTCTTTCTT
ATCTTGTGAGGAGCTGCGATAAGAAGGTCTTTCCGTTCAGATAAAAATCGATGGATTCGC
AGATGCTCGTGGCGCTTGGTCTATCCCTTGTGGGTGGATTGAGTACTTCTTTAGGTGCGC
TTTTCGTAGTTCTTAGTGAGACTCCCAATATGAAGATGCTTGGACTTCTTCAGGGTTTTG
CGGCAGGTCTGATGTTGAGCATATCCTTCCTGGATTTGGCTCATAATGCTATCAACTCTA
TTGGCTTCTTGAAAGGCAATCTCTGGTTTTTCGGTGGTGTGATATTCTTTGCCTGTATTG
CCAAATTCATACCCGAACCAACACTCGGTCCTTCTACTGATGTGAAA*****GAAAGAAA
AATGGAGACGAGGGAGGTAAGGATATGGCGAAGAAGCATCGCCGCCAAGTCTTATACAGT
GGAATTGTTACAGCTATTGGAATAAGCTTGCACAATTTTCCAGAAGGGATGGCCGTGTTT
CTCGGATCAATTAAGGCATTCGAGTTGGTGTTAATCTGGCTTTGGCAATCGCTTTACATA
ACATTCCCGAGGGTGTTGCGGTTG

QA 4 687 4 687
DS 

RD RR1E774TF 595 0 0
GG
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CTCGTGGCGCTTGGTCTATCCCTTGTGGGTGGATTGAGTACTTCTTTAGGTGCGCTTTTC
GTAGTTCTTAGTGAGACTCCCAATATGAAGATGCTTGGACTTCTTCAGGGTTTTGCGGCA
GGTCTGATGTTGAGCATATCCTTCCTGGATTTGGCTCATAATGCTATCAACTCTAAGGGC
TTCTTGAAAGGCAATCTCTGGTTTTTCGGTGGTGTAATATTCTTTGCCTGTATTGCCAAA
TTCATACCCGAACCAACACTCGGTCCTTCTACTGATGTGAAAA*GAAGAAAGAAAAATGG
AGACGAGGGAGGTAAGGATATGGCGAAGAAGCATCGCCGCCAAGTCTTATACAGTGGAAT
TGTTACAGCTATTGGAATA*GCTTGCACAATTTTCCAGAAGGGATGGCCGTGCTTCTCGG
ATCAATTAAGGCATGCGAGTTGGTGTTAATCTGGCTTTGGCAATCGCTTTACATAACATT
CCCGAGGGTGTTGCGGTTGCACTTCCTATATATTTTGCAACAGAGAGCAAATG

QA 3 595 3 595
DS 



CO CL264Contig2 788 6 11 U
CGGTAAAGATTAACTCTTAAATAAGATGTTAAAAAGGAGATTATTCCTTTGAATTAAAAA
CGAATACTCAATTGTTTACAGATCCTATTGATTTCACAGATACAAAGAGACTATACTCCA
GAGACTGATTCATGTCTTTCAGGAGGAATTATTGCACACATGACATTTACTTAAACTTAC
TAGGTCATTGAGTCAGGCAAACTCAGCTCCAGAAAGTAAAGACTTGCAGACATACAAGCC
ATACCGACAAACACAGCTTTTACAGCTTGTTTCTGTCCAGCATAATCAAATGCCAAAGGG
AGCATTTCGTGCAAAGTTAGGAATGCCATGATTCCACCAACTGCTCCCAACAATCCTTCA
AGGATTTCTGGACTCAAGCTGCTCGGGAATAGATAAGCCACGATAATAACACCTAGAGGC
TCAGCTAATCCAGAGAGTGTTGCCAATTTGAATGCCTGCCATTTGCTCTCTGTTGCAAAA
TATATAGGAAGTGCAACCGCAACACCCTCGGGAATGTTATGTAAAGCGATTGCCAAAGCC
AGATTAACACCAACTCGCATGCCCTTAATTGATCCGAGAAACACGGCCATCCCTTCTGGA
AAATTGTGCAAGCTTATTCCAATAGCTGTAACAATTCCACTGTATAAGACTTGGCGGCGA
TGCTTCTTCGCCATATCCTTACCTCCCTCGTCTCCATTTTTCTTTCTTCTTTTCACATCA
GTAGAAGGACCGAGTGTTGGTTCGGGTATGAATTTGGCAATACAGGCAAAGAATATCACA
CCACCGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AB89JQ U 269
AF RR1E461JQ U 23
AF RR1EV25TF C 49
AF RR1CP08JQ U 23
AF RR1E774JQ U 31
AF RR1GY17JQ U 1
BS 1 208 RR1GY17JQ
BS 209 209 RR1CP08JQ
BS 210 265 RR1GY17JQ
BS 266 266 RR1CP08JQ
BS 267 557 RR1GY17JQ
BS 558 558 RR1AB89JQ
BS 559 708 RR1GY17JQ
BS 709 712 RR1CP08JQ
BS 713 727 RR1GY17JQ
BS 728 728 RR1CP08JQ
BS 729 788 RR1GY17JQ

RD RR1AB89JQ 335 0 0
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TGATTCCACCAACTGCTCCCAACAATCCCTCAAGGATTTCTGGACTCAAGCTGCTCGGGA
ATAGATAAGCCACGATAATAACACCTAGAGGCTCAGCTAATCCAGAGAGTGTTGCCAATT
TGAATGCCTGCCATTTGCTCTCTGTTGCAAAATATATAGGAAGTGCAACCGCAACGCCCT
CGGGAATGTTATGTAAAGCGATTGCCAAAGCCAGATTAACACCAACTCGCATGCCCTTAA
TTGATCCGAGAAACACGGCCATCCCTTCTGGAAAA

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1E461JQ 622 0 0
AAA
ATGTTAAAAAGGAGATTATTCCTTTGAATTAAAAACGAATACTCAATTGTTTACAGATCC
TATTGATTTCACAGATACAAAGAGACTATACTCCAAAAACTGATTCATGTCTTTCAGGAG
GAATTATTGCACACATGACATTTACTTAAACTTACTAGGTCATTGAGTCAGGCAAACTCA
GCTCCAGAAAGTAAAGACTTGCAAACATACAAGCCATACCGACAAACACAGCTTTTACAG
CTTGTTT*TGTCCAGCATAATCAAATGCCAAAGGGAGCATTTCGTGCAAAGTTAGGAATG
CCATGATTCCACCAACTGCTCCCAACAATCCTTCAAGGATTTCTGGACTCAAGCTGCTCG
GGAATAGATAAGCCACGATAATAACACCTAAAGGCTCAGCTAATCCAAAAAGTGTTGCCA
ATTTGAATGCCTGCCATTTGCTCTCTGTCGCAAAATATATAGGAAGTGCAACCGCAACAC
CCTCGGGAATGTTATGTAAAGCGATTGCCAAAGCCAGATTAACACCAACTCGCATGCCCT
TAATTGATCCGAGAAACACGGCCATCCCTTCTGGAAAATTGTGCAAGCTTATTCCAATAG
CTGTAACAATTCCACTGTA

QA 4 622 4 622
DS 

RD RR1EV25TF 715 0 0
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GACTATACTCCAGAGACTGATTAATGTCTTTCAGGAGGAATTATTGCACACATGACATTT
ACTTAAACTTACTAGGTCATTGAGTCAGGCAAACTCAGCTCCAGAAAGTAAAGACTTGCA
GACATACAAGCCATACCGACAAACACAGCTTTTACAGCTTGTTTCTGTCCAGCATAATCA
AATGCCAAAGGGAGCATTTCGTGCAAAGTTAGGAATGCCATGATTCCACCAACTGCTCCC
AACAATCCTTCAAGGATTTCTGGACTCAAGCTGCTCGGGAATAGATAAGCCACGATAATA
ACACCTAGAGGCTCAGCTAATCCAGAGAGTGTTGCCAATTTGAATGCCTGCCATTTGCTC
TCTGTTGCAAAATATATAGGAAGTGCAACCGCAACACCCTCGGGAATGTTATGTAAAGCG
ATTGCCAAAGCCAGATTAACACCAACTCGCATGCCCTTAATTGATCCGAGAAACACGGCC
ATCCCTTCTGGAAAATTGTGCAAGCTTATTCCAATAGCTGTAACAATTCCACTGTATAAG
ACTTGGCGGCGATGCTTCTTCGCCATATCCTTACCTCCCTCGTCTCCATTTTTCTTTCTT
CTTTTCACATCAGTAGAAGGACCGAGTGTTGGTTCGGGTATGAATTTGGCAATAC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1CP08JQ 739 0 0
GAG
ATGTTAAAAAGGAGATTATTCCTTTGAATTAAAAACGAATACTCAATTGTTTACAGATCC
TATTGATTTCACAGATACAAAGAGACTATACTCCAGAGACTGATTCATGTCTTTCAGGAG
GAATTATTGCACACATGACATTTACTTAAACTTACTAGGTCATTGAGTCAGGCAAACTCA
GCTCCAGAAAGTAAAGACTTGCAGACATACAAGCCATACCGACAAACACAGCTTTTACAG
CTTGTTTCTGTCCAGCATAATCAAATGCCAAAGGGAGCATTTCGTGCAAAGTTAGGAATG
CCATGATTCCACCAACTGCTCCCAACAATCCTTCAAGGATTTCTGGACTCAAGCTGCTCG
GGAATAGATAAGCCACGATAATAACACCTAGAGGCTCAGCTAATCCAGAGAGTGTTGCCA
ATTTGAATGCCTGCCATTTGCTCTCTGTTGCAAAATATATAGGAAGTGCAACCGCAACAC
CCTCGGGAATGTTATGTAAAGCGATTGCCAAAGCCAGATTAACACCAACTCGCATGCCCT
TAATTGATCCGAGAAACACGGCCATCCCTTCTGGAAAATTGTGCAAGCTTATTCCAATAG
CTGTAACAATTCCACTGTATAAGACTTGGCGGCGATGCTTCTTCGCCATATCCTTACCTC
CCTCGTCTCCATTTTTCTTTCTTCTTTTCACATCAGTAGAAGGACCGAGTGTTGGTTCGG
GTATGAATTTGGCAAT

QA 4 739 4 739
DS 

RD RR1E774JQ 696 0 0
AAAAAGGAGATTATTCCTTTGAATTAAAAACGAATACTCAATTGTTTACAGATCCTATTG
ATTTCACAGATACAAAGAGACTATACTCCGGAGACTGATTCATGTCTTTCAGGAGGAATT
ATTGCACACATGACATTTACTTAAACTTACTAGGTCATTGAGTCAGGCAAACTCAGCTCC
AGAAAGTAAAGACTTGCAGACATACAAGCCATACCGACAAACACAGCTTTTACAGCTTGT
TTCTGTCCAGCATAATCAAATGCCAAAGGGAGCATTTCGTGCAAAGTTAGGAATGCCATG
ATTCCACCAACTGCTCCCAACAATCCTTCAAGGATTTCTGGACTCAAGCTGCTCGGGAAT
AGATAAGCCACGATAATAACACCTAGAGGCTCAGCTAATCCAGAGAGTGTTGCCAATTTG
AATGCCTGCCATTTGCTCTCTGTTGCAAAATATATAGGAAGTGCAACCGCAACACCCTCG
GGAATGTTATGTAAAGCGATTGCCAAAGCCAGATTAACACCAACTCGCATGCCCTTAATT
GATCCGAGAAGCACGGCCATCCCTTCTGGAAAATTGTGCAAGCT*ATTCCAATAGCTGTA
ACAATTCCACTGTATAAGACTTGGCGGCGATGCTTCTTCGCCATATCCTTACCTCCCTCG
TCTCCATTTTTCTTTCTTCTTTTCACATCAGTAGAA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1GY17JQ 788 0 0
CGGTAAAGATTAACTCTTAAATAAGATGTTAAAAAGGAGATTATTCCTTTGAATTAAAAA
CGAATACTCAATTGTTTACAGATCCTATTGATTTCACAGATACAAAGAGACTATACTCCA
GAGACTGATTCATGTCTTTCAGGAGGAATTATTGCACACATGACATTTACTTAAACTTAC
TAGGTCATTGAGTCAGGCAAACTCAGCTTCAGAAAGTAAAGACTTGCAGACATACAAGCC
ATACCGACAAACACAGCTTTTACAGTTTGTTTCTGTCCAGCATAATCAAATGCCAAAGGG
AGCATTTCGTGCAAAGTTAGGAATGCCATGATTCCACCAACTGCTCCCAACAATCCTTCA
AGGATTTCTGGACTCAAGCTGCTCGGGAATAGATAAGCCACGATAATAACACCTAGAGGC
TCAGCTAATCCAGAGAGTGTTGCCAATTTGAATGCCTGCCATTTGCTCTCTGTTGCAAAA
TATATAGGAAGTGCAACCGCAACACCCTCGGGAATGTTATGTAAAGCGATTGCCAAAGCC
AGATTAACACCAACTCGAATGCCCTTAATTGATCCGAGAAACACGGCCATCCCTTCTGGA
AAATTGTGCAAGCTTATTCCAATAGCTGTAACAATTCCACTGTATAAGACTTGGCGGCGA
TGCTTCTTCGCCATATCCTTACCTCCCTCGTCTCCATTTTTCTTTCTT****TCACATCA
GTAGAAG*ACCGAGTGTTGGTTCGGGTATGAATTTGGCAATACAGGCAAAGAATATCACA
CCACCGAA

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 11

CO CL265Contig1 780 11 8 U
GGCCTCCGTCGACAGCACAAGCCATGGGTATCGATCTTATCGCGGGAGGTAAGAGCAAGA
AGACCAAAAGGACTGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTCAAGCTAT
ACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTT
TTATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCGTGGAGTTCATGAACG
GCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATG
AGATTCCTGCTATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTG
AGAAAGCTGGTGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTC
AGAACACGGTTCTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTC
CTGCTCCTGGTGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTCTAAGGGAAGGAAGT
TTGAGAAAGCTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGATTCAAGGTCTAAGAAGTCTCTCTCT
GCTGTTTCGACGGGTGTTATTTTGTGTTATGGTTGCTTCTTTCAGTGTAGCAATTTTGCT
AGTGAACTCGTGTTGTTCCTCTTTGCCTGTTCCAGACATTGTTTTAAGTTATCTGTCTAC
TTTCGTTCTAAACGACAGTTGAATGTTTTGCTTAATAACATTTTAAAAATTTACTGCCAC


BQ
10 10 10 35 35 35 35 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 20 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 10 10 

AF RR1DW78TF U 2
AF RR1DH20TF U 1
AF RR1AY11TF U 6
AF RR1G882TF U 6
AF RR1AH03JQ C 1
AF RR1DW78JQ C 126
AF RR1AY11JQ C 131
AF RR1B318JQ C 11
AF RR1B318TF U 2
AF RR1AH03TF U 1
AF RR1DH20JQ C 126
BS 1 3 RR1AH03JQ
BS 4 548 RR1DH20TF
BS 549 549 RR1AY11TF
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BS 779 780 RR1DH20JQ

RD RR1DW78TF 525 0 0
GG
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CCAAAAGGACTGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTCAAGTTATACC
GGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTTTTA
TGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCGTGGAGTTCATGAACGGTA
AGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATGAGA
TTCCTGCTATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTGAGA
AAGCTGGTGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTCAGA
ACACGGTTCTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCTG
CTCCTGGTGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCC
TATGTCAGTCTA

QA 3 513 3 513
DS 

RD RR1DH20TF 575 0 0
GTC
CTCCGTCGACAGCACAAGCCATGGGTATCGATCTTATCGCGGGAGGTAAGAGCAAGAAGA
CCAAAAGGACTGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTCAAGCTATACC
GGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTTTTA
TGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCGTGGAGTTCATGAACGGCA
AGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATGAGA
TTCCTGCTATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTGAGA
AAGCTGGTGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTCAGA
ACACGGTTCTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCTG
CTCCTGGTGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTCTAAGGGAAGGAAGTTTG
AGAAATCTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGA

QA 4 575 4 575
DS 

RD RR1AY11TF 643 0 0
GG
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AAGGACTGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTCAAGCTATACCGGTT
TTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTTTTATGAG
CAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCATGGAGTTCATGAACGGTAAGGA
TGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATGAGATTCC
TGCTATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTGA*AAAGC
TGGTGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTCAGAACAC
GGTTCTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCTGCTCC
TGGTGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTCTAAGGGAAGGAAGTTTGAGAA
AGCTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGATTCAAGGTCTAAGAAGTCTCTCTCTGCTGTTT
CGACGGGTGTTATTTTGTGTTATGGTTGCTTCTTTCAGTGT

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR1G882TF 669 0 0
GG
GTCGACAGCACAAGCCATGGGTATCGATCTTATCGCGGGAGGTAAGAGCAAGAAGACCAA
AAGGACTGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTCAAGCTATACCGGTT
TTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTTTTATGAG
CAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCGTGGAGTTCATGAACGGCAAGGA
TGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATGAGATTCC
TGCTATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTGAGAAAGC
TGGTGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTCAGAACAC
GGTTCTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCTGCTCC
TGGTGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTCTAAGGGAAGGAAGTTTGAGAA
AGCTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGATTCAAG*TCTAAGAAGTCTCTCTCTGCTGTTT
CGACGGGTGTTATTTTGTGTTATGGTTGCTTCTTTCAGTGTAGCAATTTTGCTAGTGAAC
TCGTGTT

QA 3 669 3 669
DS 

RD RR1AH03JQ 778 0 0
GGCCTCCGTCGACAGCACAAGCCATGGGTATCGATCTTATCGCGGGAGGTAAGAGCAAGA
AGACCAAAAGGACTGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTCAAGCTAT
ACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGTAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTT
TTATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCGTGGAGTTCATGAACG
GCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATG
AGATTCCTGCTATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTG
AGAAAGCTGGTGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTC
AGAACACGGTTCTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTC
CTGCTCCTGGTGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTCTAAGGGAAGGAAGT
TTGAGAAAGCTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGATTCAAGGTCTAAGAAGTCTCTCTCT
GCTGTTTCGACGGGTGTTATTTTGTGTTATGGTTGCTTCTTTCAGTGTAGCAATTTTGCT
AGTGAACTCGCGTTGTTCCTCTTTGCCTGTTCCAGACATTGTTTTAAGTTATCTGTCTAC
TTTCGTTCTAAACGACAGTTGAATGTTTTGCTTAATAACATTTTAAAAATTTACTGCC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1DW78JQ 652 0 0
TTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTTTTATG
AGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCGTGGAGTTCATGAACGGTAAG
GATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATGAGATT
CCTGCTATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTGAGAAA
GCTGGTGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTCAGAAC
ACGGTTTTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCTGCT
CCTGGTGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTCTAAGGGAAGGAAGTTTGAG
AAAGCTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGATTCAAGGTCTAAGAAGTCTCTTTCTGCTGT
TTCGACGGGTGTTATTTTGTGTTATGGTTGCTTCTTTCAGTGTAGCAATTTTGCTAGTGA
ACTCGTGTTGTTCCTCTTTGCCTGTTCCAGACATTGTTTTAAGTTATCTGTCTACTTTCG
TTCTAAACGACAGTTGAATGTTTTGCTTAATAACATTTTAAAAATTTACTGC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1AY11JQ 634 0 0
GGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTTTTATGAGCAA
AGTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCATGGAGTTCATGAACGGTAAGGATGG
TAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATGAGATTCCTGC
TATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTGA*AAAGCTGG
TGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTCAGAACACGGT
TTTTTTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCTGCTCCTGG
TGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTTTAAGGGAAGGAAGTTTGAGAAAGC
TAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGATTCAAGGTTTAAGAAGTCTCTTTTTGCTGTTTCGA
CGGGTGTTATTTTGTGTTATGGTTGCTTCTTTCAGTGTAGCAATTTTGCTAGTGAACTCG
TGTTGTTCCTCTTTGCCTGTTCCAGACATTGTTTTAAGTTATCTGTCTACTTTCGTTTTA
AACGACAGTTGAATGTTTTGCTTAATAACATTTT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1B318JQ 768 0 0
GACAGCACAAGCCATGGGTATCGATCTTATCACGGGAGGTAAGAGCAAGAAGACCAAAAG
GACTGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTCAAGCTATACCGGTTTTT
GGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTTTTATGAGCAA
ATTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCGTGGAGTTCATGAACGGCAAGGATGG
TAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATGAGATTCCTGC
TATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTGAGAAAGCTGG
TGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTCAGTACACGGT
TCTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCTGCTCCTGG
TGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTCTAAGGGAAGGAAGTTTGAGAAAGC
TAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGATTCAAGGTCTAAGAAGTCTCTCTCTGCTGTTTCGA
CGGGTGTTATTTTGTGTTATGGTTGCTTCTTTCAGTGTAGCAATTTTGCTAGTGAACTCG
TGTTGTTCCTCTTTGCCTGTTCCAGACATTGTTTTAAGTTATCTGTCTACTTTCGTTCTA
AACGACAGTTGAATGTTTTGCTTAATAACATTTTAAAAATTTACTGCC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1B318TF 777 0 0
GG
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CCAAAAGGACTGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTCAAGCTATACC
GGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTTTTA
TGAGCAAATTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCGTGGAGTTCATGAACGGCA
AGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATGAGA
TTCCTGCTATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTGAGA
AAGCTGGTGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTCAGT
ACACGGTTCTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCTG
CTCCTGGTGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTCTAAGGGAAGGAAGTTTG
AGAAAGCTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGATTCAAGGTCTAAGAAGTCTCTCTCTGCT
GTTTCGACGGGTGTTATTTTGTGTTATGGTTGCTTCTTTCAGTGTAGCAATTTTGCTAGT
GAACTCGTGTTGTTCCTCTTTGCCTGTTCCAGACATTGTTTTAAGTTATCTGTCTACTTT
CGTTCTAAACGACAGTTGAATGTTTTGCTTAATAACATTTTAAAAATTTACTGCC

QA 3 777 3 777
DS 

RD RR1AH03TF 766 0 0
GGC
CTCCGTCGACAGCACAAGCCATGGGTATCGATCTTATCGCGGGAGGTAAGAGCAAGAAGA
CCAAAAGGACTGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTCAAGCTATACC
GGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGTAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTTTTA
TGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCGTGGAGTTCATGAACGGCA
AGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATGAGA
TTCCTGCTATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTGAGA
AAGCTGGTGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTCAGA
ACACGGTTCTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCTG
CTCCTGGTGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTCTAAGGGAAGGAAGTTTG
AGAAAGCTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGATTCAAGGTCTAAGAAGTCTCTCTCTGCT
GTTTCGACGGGTGTTATTTTGTGTTATGGTTGCTTCTTTCAGTGTAGCAATTTTGCTAGT
GAACTCGCGTTGTTCCTCTTTGCCTGTTCCAGACATTGTTTTAAGTTATCTGTCTACTTT
CGTTCTAAACGACAGTTGAATGTTTTGCTTAATAACATTTTAA

QA 4 766 4 766
DS 

RD RR1DH20JQ 655 0 0
TTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATCCTTAAGAGGCTTTTTATG
AGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCCCTCTCCAAGCTCGTGGAGTTCATGAACGGCAAG
GATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACGATAACTGATGATTTGAGAGTTCATGAGATT
CCTGCTATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACCGAGAGAGCTAGGGCTAGAATTGAGAAA
GCTGGTGGAGAGTGCTTAACATTCGACCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCATTGGGTCAGAAC
ACGGTTCTTCTTAGAGGACCAAAGAACTCTCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCTGCT
CCTGGTGTGCCGCACAGCCACTCCAAGCCCTATGTCAGGTCTAAGGGAAGGAAGTTTGAG
AAATCTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGATTCAAGGTCTAAGAAGTCTCTCTCTGCTGT
TTCGACGGGTGTTATTTTGTGTTATGGTTGCTTCTTTCAGTGTAGCAATTTTGCTAGTGA
ACTCTTGTTGTTCCTCTTTGCCTGTTCCAGACATTGTTTTAAGTTATCTGTCTACTTTCG
TTCTAAACGACAGTTGAATGTTTTGCTAAATAACATTTTAAAAATTTACTGCCAC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 10

CO CL266Contig1 856 10 8 U
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GTCTCAAAAACTTTAAATAGAAAAGGGTAAATAAAAACCCAAACATAAAGGATAATAATA
AGTTTGCAT**TATCAATTGGTCCAAAGAAATCAAAACTACAAACCCATATGAGAAGTGA
ACAGAAAGCTACGACTATATCACTCTTCCACACCATACTCTCTTCATTCTTCAACAGCGA
TCTTGCCCTTCTCGCTCACGTAAATACCATCAAGAAACTTTCTGATATCCTTCTTCTTCA
CATGGCATTTCTGGTTGATCAAAGCGCATGAGCGTGAAACTAGCTCGATATCATTTCCTT
CAAGAGTAATCTCATCCTTAACCTTCTCAGACCGAACAATGGTAACACCATCCAACATAT
CAACCTTCCTGACCTTCTTCTCCCCAAGGAAGTTACGGATCTCAATAGACTTGTTGTCAC
CGGAGATTGAAGCATTGATAGGGAAATGAGCATACACAAACCTCATCTTGTAAAGGAAAC
CCTGTGTGACACCGGCGATGAGATTGCTGACGTGGCTCAGAGCGGTCCTGATGGAAGCAC
TGGCTTTGCGGGATCCGAACCACGAATCGATCTTGAGCTGTCGCTTGCCGGTGACGGCGT
CTGTGATGAGCTGGAAATCGAGGTTGAGATGCTTGAAATCACGAGTGAGTTTCCCGCGTG
GGCCTTCTACTTCGATCACCTTGGCGTGGACCTTGATCACGACGCCTTCGGGGATGTCCA
TCGTCTCGGATGACAAGATCGTCTTCATCTTTCTTGAGAGCGACGGCGGCGAGTTTCGGT
GTGGAGTTTAGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 40 55 40 40 40 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 45 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1DK48JQ U 58
AF RR1GQ80JQ U 110
AF RR1GQ80TF C 110
AF RR1GD69JQ U 1
AF RR1C258JQ U 60
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AF RR1C258TF C 73
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AF RR1GE01TF C 381
BS 1 311 RR1GD69JQ
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BS 841 856 RR1BA20TF

RD RR1DK48JQ 609 0 0
CTA
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CAACCTTCCTGACCTTCTTCTCCCCAAGGAAGTTACGGATCTCAATAGACTTGTTGTCAC
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CTGTGA

QA 4 609 4 609
DS 

RD RR1GQ80JQ 608 0 0
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CTTGTTGTCACCGGAGATTGAAGCATTGATAGGGAAATGAGCATACACAAACCTCATCTT
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GGTGACGGCGTCTGTGATGAGCTGGAAATCGAGGTTGAGATGCTTGAAATCACGAGTGAG
TTTCCCGC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1GQ80TF 608 0 0
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CTTCTTCTTCACATGGCATTTCTGGTTGATCAAAGCGCATGAGCGTGAAACTAGCTCGAT
ATCATTTCCTTCAAGAGTAATCTCATCCTTAACCTTCTCAGACCGAACAATGGTAACACC
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CTTGTTGTCACCGGAGATTGAAGCATTGATAGGGAAATGAGCATACACAAACCTCATCTT
GTAAAGGAAACCCTGTGTGACACCGGCGATGAGATTGCTGACGTGGCTCAGAGCGGTCCT
GATGGAAGCACTGGCTTTGCGGGATCCGAACCACGAATCGATCTTGAGCTGTCGCTTGCC
GGTGACGGCGTCTGTGATGAGCTGGAAATCGAGGTTGAGATGCTTGAAATCACGAGTGAG
TTTCCCGC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1GD69JQ 766 0 0
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AGTTTGCAT**TATCAATTGGTCCAAAGAAATCAAAACTACAAACCCATATGAGAAGTGA
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TCTTGCCCTTCTCGCTCACGTAAATACCATCAAGAAACTTTCTGATATCCTTCTTCTTCA
CATGGCATTTCCGGTTGATCAAAGCGCATGAGCGTGAAACTAGCTCGATATCATTTCCTT
CAAGAGTAATCTCATCCTTAACCTTCTCAGACCGAACAATGGTAACACCATCCAACATAT
CAACCTTCCTGACCTTCTTCTCCCCAAGGAAGTTACGGATCTCAATAGACTTGTTGTCAC
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CTGTGATGAGCTGGAAATCGAGGTTGAGATGCTTGAAATCACGAGTGAGTTTCCCGCGTG
GGCCTTCTACTTCGATCACCTTGGCGTGGACCTTGATCACGACGCC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1C258JQ 762 0 0
G
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TCTTGCCCTTCTCGCTCACGTAAATACCATCAAGAAACTTTCTGATATCCTTCTTCTTCA
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CAACCTTCCTGACCTTCTTCTCCCCAAGGAAGTTACGGATCTCAATAGACTTGTTGTCAC
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GGCCTTCTACTTCGATCACCTTGGCGTGGACCTTGATCACGACGCCTTCGGGGATGTCCA
TCGTCTCGGATGACAAGATCGTCTTCATCTTTCTTGAGAGC

QA 2 762 2 762
DS 

RD RR1GE01JQ 762 0 0
A
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TCTTGCCCTTCTCGCTCACGTAAATACCATCAAGAAACTTTCTGATATCCTTCTTCTTCA
CATGGCATTTCTGGTTGATCAAAGCGCATGAGCGTGAAACTAGCTCGATATCATTTCCTT
CAAGAGTAATCTCATCCTTAACCTTCTCAGACCGAACAATGGTAACACCATCCAACATAT
CAACCTTCCTGACCTTCTTCTCCCCAAGGAAGTTACGGATCTCAATAGACTTGTTGTCAC
CGGAGATTGAAGCATTGATAGGGAAATGAGCATACACAAACCTCATCTTGTAAAGGAAAC
CCTGTGTGACACCGGCGATGAGATTGCTGACGTGGCTCAGAGCGGTCCTGATGGAAGCAC
TGGCTTTGCGGGATCCGAACCACGAATCGATCTTGAGCTGTCGCTTGCCGGTGACGGCGT
CTGTGATGAGCTGGAAATCGAGGTTGAGATGCTTGAAATCACGAGTGAGTTTCCCGCGTG
GGCCTTCTACTTCGATCACCTTGGCGTGGACCTTGATCACGACGCCTTCGGGGATGTCCA
TCGTCTCGGATGACAAGATCGTCTTCATCTTTCTTGAGAGC

QA 2 762 2 762
DS 

RD RR1C258TF 770 0 0
TTAAATAGAAAAGGGTAAATAAAA*CCCAAACATAAAGGATAATAATAAGTTTGCAT**T
ATCAATTGGTCCAAAGAAATCAAAACTACAAACCCATATGAGAAGTGAACAGAAAGCTAC
GACTATATCACTCTTCCACACCATACTCTCTTCATTCTTCAACAGCGATCTTGCCCTTCT
CGCTCACGTAAATACCATCAAGAAACTTTCTGATATCCTTCTTCTTCACATGGCATTTCT
GGTTGATCAAAGCGCATGAGCGTGAAACTAGCTCGATATCATTTCCTTCAAGAGTAATCT
CATCCTTAACCTTCTCAGACCGAACAATGGTAACACCATCCAACATATCAACCTTCCTGA
CCTTCTTCTCCCCAAGGAAGTTACGGATCTCAATAGACTTGTTGTCACCGGAGATTGAAG
CATTGATAGGGAAATGAGCATACACAAACCTCATCTTGTAAAGGAAACCCTGTGTGACAC
CGGCGATGAGATTGCTGACGTGGCTCAGAGCGGTCCTGATGGAAGCACTGGCTTTGCGGG
ATCCGAACCACGAATCGATCTTGAGCTGTCGCTTGCCGGTGACGGCGTCTGTGATGAGCT
GGAAATCGAGGTTGAGATGCTTGAAATCACGAGTGAGTTTCCCGCGTGGGCCTTCTACTT
CGATCACCTTGGCGTGGACCTTGATCACGACGCCTTCGGGGATGTCCATCGTCTCGGATG
ACAAGATCGTCTTCATCTTTCTTGAGAGCGACGGCGGCGAGTTTCGGT
CC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1BA20TF 767 0 0
AATAAAAACCCAAACATAAAGGATAATAATAAGTTTGCAT**TATCAATTGGTCCAAAGA
AATCAAAACTACAAACCCATATGAGAAGTGAACAGAAAGCTACGACTATATCACTCTTCC
ACACCATACTCTCTTCATTCTTCAACAGCGATCTTGCCCTTCTCGCTCACGTAAATACCA
TCAAGAAACTTTCTGATATCCTTCTTCTTCACATGGCATTTCTGGTTGATCAAAGCGCAT
GAGCGTGAAACTAGCTCGATATCATT*CCTTCAAGAGTAATCTCATCCTTAACCTTCTCA
GACCGAACAATGGTAACACCATTCAACATATCAACCTTCCTGACCTTCTTCTCCCCAAGG
AAGTTACGGATCTCAATAGACTTGTTGTAACCGGAGATTGAAGCATTGATAGGGAAATGA
GCATACACAAACCTCATCTTGTAAAGGAAACCCTGTGTGACACCGGCGATGAGATTGCTG
ACGTGGCTCAGAGCGGTCCTGATGGAAGCACTGGCTTTGCGGGATCCGAACCACGAATCG
ATCTTGAGCTGTCGCTTGCCGGTGACGGCGTCTGTGATGAGCTGGAAATCGAGGTTGAGA
TGCTTGAAATCACGAGTGAGTTTCCCGCGTGGGCCTTCTACTTCGATCACCTTGGCGTGG
ACCTTGATCACGACGCCTTCGGGGATGTCCATCGTCTCGGATGACAAGATCGTCTTCATC
TTTCTTGAGAGCGACGGCGGCGAGTTTCGGTGTGGAGTTTAGGGTCC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1GD69TF 754 0 0
ACATAAAGGATAATAATAAGTTTGCAT**TATCAATTGGTCCAAAGAAATCAAAACTACA
AACCCATATGAGAAGTGAACAGAAAGCTACGACTATATCACTCT*CCACACCATACTCTC
TTCATTCTTCAACAGCGATCTTGCCCTTCTCGCTCACGTAAATACCATCAAGAAACTTTC
TGATATCCTTCTTCTTCACATGGCATTTCCGGTTGATCAAAGCGCATGAGCGTGAAACTA
GCTCGATATCATTTCCTTCAAGAGTAATCTCATCCTTAACCTTCTCAGACCGAACAATGG
TAACACCATCCAACATATCAACCTTCCTGACCTTCTTCTCCCCAAGGAAGTTACGGATCT
CAATAGACTTGTTGTCACCGGAGATTGAAGCATTGATAGGGAAATGAGCATACACAAACC
TCATCTTGTAAAGGAAACCCTGTGTGACACCGGCGATGAGATTGCTGACGTGGCCCAGAG
CGGTCCTGATGGAAGCACTGGCTTTGCGGGATCCGAACCACGAATCGATCTTGAGCTGTC
GCTTGCCGGTGACGGCGTCTGTGATGAGCTGGAAATCGAGGTTGAGATGCTTGAAATCAC
GAGTGAGTTTCCCGCGTGGGCCTTCTACTTCGATCACCTTGGCGTGGACCTTGATCACGA
CGCCTTCGGGGATGTCCATCGTCTCGGATGACAAGATCGTCTTCATCTTTCTTGAGAGCG
ACGGCGGCGAGTTTCGGTGTGGAGTTTAGGGT
CC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1GE01TF 476 0 0
ACCTTCTCAGACCGAACAATGGTAACACCATCCAACATATCAACCTTCCTGACCTTCTTC
TCCCCAAGGAAGTTACGGATCTCAATAGACTTGTTGTCACCGGAGATTGAAGCATTGATA
GGGAAATGAGCATACACAAACCTCATCTTGTAAAGGAAACCCTGTGTGACACCGGCGATG
AGATTGCTGACGTGGCTCAGAGCGGTCCTGATGGAAGCACTGGCTTTGCGGGATCCGAAC
CACGAATCGATCTTGAGCTGTCGCTTGCCGGTGACGGCGTCTGTGATGAGCTGGAAATCG
AGGTTGAGATGCTTGAAATCACGAGTGAGTTTCCCGCGTGGGCCTTCTACTTCGATCACC
TTGGCGTGGACCTTGATCACGACGCCTTCGGGGATGTCCATCGTCTCGGATGACAAGATC
GTCTTCATCTTTCTTGAGAGCGACGGCGGCGAGTTTCGGTGTGGAGTTTAGGGT
CC

QA 1 474 1 474
DS 



AS 2 11

CO CL267Contig1 990 8 15 U
GGGCCACTGAACACTCTCTCTCGATCTATCTTCCTAAAGCTCTCTCTCTCTCGTGATCAT
CGTTGACAAAAAGATGGCCAGAAAGTTCTTCGTCGGAGGCAACTGGAAATGCAACGGAAC
TGTTGAGGAGGTGAAGAAGATTGTGAACACTCTTAACGAAGCTCAAGTACCTTCCCAGGA
TGTCGTTGAGGTTGTGCTTAGCCCTCCATATGTGTTTCTTCCTCTTGTTAAGAGCATTTT
GAGGCCTGACTTCC*ATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCCTTCA
CTGGTGAAGTGAGTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATCCTTGGTC
ACTCTGAAAGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCT
ATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAG
AGGCTGGGTCGACCATGGATGTTGTGGCCGCTCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGTGTGC
CGAACTGGTCAAATGTGGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGG
TCGCTAGCCCAGCTCAAGCTCAGGAAGTACACGATGAGCTTAGGAAATGGCTTGCAAAGA
ACGTGAGTGATGATGTTGCCGCTACAACCCGCATCATATACGGAGGATCCGTCAATGGTG
GTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGTCAGGCCGATGTTGATGGTTTCTTGGTCGGTGGTGCTT
CTCTAAAGCCCGAGTTTATCGACATCATCAAGGCTGCCGAGGTGAAGAAAAGTGCTTAAT
GAGTTTCACTAAGCAATATAGCTTCCTTTTGCTTTTTTTCCAGTCTCAGCTCTGAATTTT
AAAAATGAATAAGTTGATACAGTATTATTGTGATACTCTTTGGTTCATGTGTATGTTTTC
TTGAGAAGGCAAACAATCATTTTCTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EQ65TF U 4
AF RR1FR02TF U 1
AF RR1AO90TF U 4
AF RR1BH46TF U 4
AF RR1A873TF U 11
AF RR1BH46JQ C 174
AF RR1A873JQ C 181
AF RR1EQ65JQ C 363
BS 1 141 RR1FR02TF
BS 142 142 RR1AO90TF
BS 143 623 RR1FR02TF
BS 624 624 RR1AO90TF
BS 625 657 RR1FR02TF
BS 658 658 RR1AO90TF
BS 659 679 RR1FR02TF
BS 680 680 RR1AO90TF
BS 681 698 RR1FR02TF
BS 699 731 RR1AO90TF
BS 732 738 RR1BH46TF
BS 739 742 RR1A873TF
BS 743 957 RR1BH46JQ
BS 958 958 RR1A873JQ
BS 959 990 RR1BH46JQ

RD RR1EQ65TF 616 0 0
GG
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CTGACTTCC*ATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCCTTCACTGGT
GAAGTGAGTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCT
GAAAGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCA
CTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAGAGGCT
GGGTCGACCATGGATGTTGTGGCCGCTCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGTGTGCCGAAC
TGGTCAAATGTGGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCT
AGCCCAGCTCAAGC

QA 3 616 3 616
DS 

RD RR1FR02TF 698 0 0
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CGTTGACAAAAAGATGGCCAGAAAGTTCTTCGTCGGAGGCAACTGGAAATGCAACGGAAC
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TGTCGTTGAGGTTGTGCTTAGCCCTCCATATGTGTTTCTTCCTCTTGTTAAGAGCATTTT
GAGGCCTGACTTCC*ATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCCTTCA
CTGGTGAAGTGAGTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATCCTTGGTC
ACTCTGAAAGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCT
ATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAG
AGGCTGGGTCGACCATGGATGTTGTGGCCGCTCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGTGTGC
CGAACTGGTCAAATGTGGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGG
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ACGTGAGTGATGATGTTGC*GCTACAACCCGCATCATA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1AO90TF 731 0 0
GG
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AGGAGGTGAAGAAGATTGTGAACACTCTTAACGAAGCTCAAGTACCTTCCCAGGATGTCG
TTGAGGTTGTGCTTAGCCCTCCATATGTGTTTCTTCCTCTTGTTAAGAGCGTTTTGAGGC
CCGACTTTC*ATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCCTTCACTGGT
GAAGTGAGTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCT
GAAAGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCA
CTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAGAGGCT
GGGTCGACCATGGATGTTGTGGCCGCTCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGTGTGCCGAAC
TGGTCAAATGTGGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCT
AGCCCAGCTCAAGCTCAGGAAGTACACGATGAGCTTAGGAAATGGCTTGCAAAGAACGTG
AGTGATGATGTTGCCGCTACAACCCACATCATATACGGAGGATCCGTCAATGGTGGTAAC
TGCAAG
AGC

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR1BH46TF 738 0 0
GG
ACTGAACACTCTCTCTCGATCTATCTTCCTAAAGCTCTCTCTCTCTCGTGATCATCGTTG
ACAAAAAGATGGCCAGAAAGTTCTTCGTCGGAGGCAACTGGAAATGCAACGGAACTGTTG
AGGAGGTGAAGAAGATTGTGAACACTCTTAACGAAGCTCAAGTACCTTCCCAGGATGTCG
TTGAGGTTGTGCTTAGCCCTCCATATGTGTTTCTTCCTCTTGTTAAGAGCATTTTGAGGC
CTGACTTCC*ATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCCTTCACTGGT
GAAGTGAGTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCT
GAAAGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCA
CTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGCGAGACTCTTGAGCAGCGAGAGGCT
GGGTCGACCATGGATGTTGTGGCCGCTCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGTGTGCCGAAC
TGGTCAAATGTGGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCT
AGCCCAGCTCAAGCTCAGGAAGTACACGATGAGCTTATGAAATGGCTTGCAAAGAACGTG
AGTGATGGTGTTGCCGCTACAACCCGCATCATATACGGAGGATCCGTCAATGGTGGTAAC
TGCAAGGAGCTAG
TGG

QA 3 735 3 735
DS 

RD RR1A873TF 732 0 0
GG
ACTCTCTCTCGGTCTATCTTCCTAAAGCTCTCTCTC**TCGTGATCATCGTTGACAAAA*
GATGGCCAGAAAGTTCTTCGTCGGAGGCAACTGGAAATGCAACGGAACTGTTGAGGAGGT
GAAGTAGATTGTGAACACTCTTAACGAAGCTCAAGTACCTTCCCAGGATGTCGTTGAGGT
TGTGCTTAGCCCTCCATATGTGTTTCCTCCTCTTGTTAAGAGCATTTTGAGGCCTGACTT
CC*ATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCCTTCACTGGTGAAGTGA
GTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGA
GGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTC
AAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAGAGGCTGGGTCGA
CCATGGATGTTGTGGCCGCTCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGTGTGCCGAACTGGTCAA
ATGTGGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGCCCAG
CTCAAGCTCAGGAAGTACACGATGAGCTTAGGAAATGGCTTGCAAAGAACGTGAGTGATG
ATGTTGCCGCTACAACCCGCATCATATACGGAGGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGG
AGCTAGGTGG

QA 3 732 3 732
DS 

RD RR1BH46JQ 817 0 0
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GCATTTTGAGGCCTGACTTCCCATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGT
GCCTTCACTGGTGAAGTGAGTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATC
CTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAG
GTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGCGAGACTCTTGAG
CAGCGAGAGGCTGGGTCGACCATGGATGTTGTGGCCGCTCAGACTAAAGCTATTGCTGAT
CGTGTGCCGAACTGGTCAAATGTGGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACC
GGAAAGGTCGCTAGCCCAGCTCAAGCTCAGGAAGTACACGATGAGCTTAGGAAATGGCTT
GCAAAGAACGTGAGTGATGGTGTTGCCGCTACAACCCGCATCATATACGGAGGATCCGTC
AATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGTCAGGCCGATGTTGATGGTTTCTTGGTCGGT
GGTGCTTCTCTAAAGCCCGAGTTTATCGACATCATCAAGGCTGCCGAGGTGAAGAAAAGT
GCTTAATGAGTTTCACTAAGCAATATAGCTTCCTTTTGCTTTTTTTCCAGTCTCAGCTCT
GAATTTTAAAAATGAATAAGTTGATACAGTATTATTGTGATACTCTTTGGTTCATGTGTA
TGTTCTCTTGAGAAGGCAAACAATCATTTTCTTCACC

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1A873JQ 810 0 0
TGTCGTTGAGGTTGTGCTTAGCCCTCCATATGTGTTTCCTCCTCTTGTTAAGAGCATTTT
GAGGCCTGACTTCC*ATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCCTTCA
CTGGTGAAGTGAGTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATCCTTGGTC
ACTCTGAAAGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCT
ATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAG
AGGCTGGGTCGACCATGGATGTTGTGGCCGCTCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGTGTGC
CGAACTGGTCAAATGTGGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGG
TCGCTAGCCCAGCTCAAGCTCAGGAAGTACACGATGAGCTTAGGAAATGGCTTGCAAAGA
ACGTGAGTGATGATGTTGCCGCTACAACCCGCATCATATACGGAGGATCCGTCAATGGTG
GTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGTCAGGCCGATGTTGATGGTTTCTTGGTCGGTGGTGCTT
CTCTAAAGCCCGAGTTTATCGACATCATCAAGGCTGCCGAGGTGAAGAAAAGTGCTTAAT
GAGTTTCACTAAGCAATATAGCTTCCTTTTGCTTTTTTTCCAGTCTCAGCTCTGAATTTT
AAAAATGAATAAGTTGATACAGTATTATTGTGATACTCTTTGGTTCATGTGTATGTTTTC
TTGAGAAGGCAAACAATCATTTTCTTCACC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1EQ65JQ 628 0 0
TCTGAAAGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCTAT
GCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAGAG
GCTGGGTCGACCATGGATGTTGTGGCCGCTCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGTGTGCCG
AACTGGTCAAATGTGGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTC
GCTAGCCCAGCTCAAGCTCAGGAAGTACACGATGAGCTTAGGAAATGGCTTGCAAAGAAC
GTGAGTGATGATGTTGCCGCTACAACCCGCATCATATACGGAGGATCCGTCAATGGTGGT
AACTGCAGGGAGCTAGGTGGTCAGGCCGATGTTGATGGTTTCTTGGTCGGTGGTGCTTCT
CTAAAGCCCGAGTTTATCGACATCATCAAGGCTGCCGAGGTGAAGAAAAGTGCTTAATGA
GTTTCACTAAGCAATATAGCTTCCTTTTGCTTTTTTTCCAGTCTCAGCTCTGAATTTTAA
AAATGAATAAGTTGATACAGTATTATTGTGATACTCTTTGGTTCATGTGTATGTTTTCTT
GAGAAGGCAAACAATCATTTTCTTCACC

QA 1 628 1 628
DS 



CO CL267Contig2 758 3 29 U
GGACACTGAACACACACACACACACACGCGATCTACCTTCAATCATCGTCGTCACTGTGA
CTACTAAAGCGTTTGTTTCTCGTGATCATCGTTGAGAAAGATGGCTAGAAAATTCTTCGT
CGGAGGCAACTGGAAATGCAACGGAACTGGTGAGGAGGTGAAGAAGATTGTGAGCACTCT
TAACGAAGCTCAAGTACCTTCACAGGATGTCGTTGAGGTTCTGGTTAGCCCTCCATATGT
GTTTCTTCCTCTGGTTAAGAGCACATTGAGGTCTGACTTCCATGTTGCTGCACAAAATTG
CTGGGTGAAGAAAGGAGGTGCCTTCACTGGTGAAGTGAGTGCGGAGATGCTTGTGAACTT
GGACATCCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAA
CGAGTTTGTCGGAGACAAGGTGGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATTGCATG
TGTTGGTGAGACTCTTGAACAGCGAGAGGCTGGGTCTACCATGGATGTTGTGGCTGCCCA
GACTAAAGCTATTGCTGATCGCGTGTCCAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAGCC
AGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGCCCAGCTCAAGCTCAGAAGTACATAAT
GAGCTGAGGAAATGGCTTGCAAATAACGTGAGTGACGATGTTGCTGCTACAACCCGCATC
ATTTATGGAGATCCGTGAATGGTGGTAACCGCAAGGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F294TF U 4
AF RR1EC52TF U 5
AF RR1FZ58TF U 1
BS 1 27 RR1FZ58TF
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BS 54 54 RR1F294TF
BS 55 111 RR1FZ58TF
BS 112 112 RR1F294TF
BS 113 173 RR1FZ58TF
BS 174 174 RR1F294TF
BS 175 220 RR1FZ58TF
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BS 223 223 RR1F294TF
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BS 328 328 RR1F294TF
BS 329 441 RR1FZ58TF
BS 442 442 RR1F294TF
BS 443 498 RR1FZ58TF
BS 499 499 RR1F294TF
BS 500 758 RR1FZ58TF

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TGC

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GGACTGA
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TTTGTTTCTCGTGATCATCGTTGAGAAAGATGGCTAGAAAATTCTTCGTCGGAGGCAACT
GGAAATGCAACGGAACTGGTGAGGAGGTGAAGAAGATTGTGAGCACTCTTAACGAAGCTC
AAGTACCTTCACAGGATGTCGTTGAGGTTCTGGTTAGCCCTCCATATGTGTTTCTTCCTC
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GGGTTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCG
GAGACAAGGTGGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATTGCATGTGTTGGTGAGA
CTCTTTAACAGCGAGAGGCTGGGTCTACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACTAAAGCTA
TTGCTGATCGCGTGTCCAACTGGTCAAGTGTTGTCATAGCCTATGA
GCC

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DS 

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CTACTAAAGCGTTTGTTTCTCGTGATCATCGTTGAGAAAGATGGCTAGAAAGTTCTTCGT
CGGAGGCAACTGGAAATGCAACGGAACTGGTGAGGAGGTGAAGAAGATTGTGAACACTCT
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CTGGGTGAAGGAAGGAGGTGCCTTCACCGGTGAAGTGAGTGCGGAGATGCTTGTGAACTT
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TGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAGAGGCTGGGTCTACCATGGATGTTGTGGCTGCCCA
GACTAAAGCTATTGCTGATCGCGTGTCCAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAGCC
AGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGCCCAGCTCAAGCTCAGAAGTACATAAT
GAGCTGAGGAAATGGCTTGCAAATAACGTGAGTGACGATGTTGCTGCTACAACCCGCATC
ATTTATGGAGATCCGTGAATGGTGGTAACCGCAAGGAG

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 11

CO CL268Contig1 927 11 12 U
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ACAGATGGTCCGGTTCATCCGGCAAGAGGCTGACGAGAAAGCTAACGAGATCTCAATCTC
TGCTGAGGAGGAATTCAACATAGAGAAACTTCAGCTTCTTGAGAATGCCAAGCGTAAGCT
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GGTGGTGCTGGCGTCTCAAGATGGAAAGATTGTCTGCGAGAACACTTTAGACGCACGTCT
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TGACGAAGAGAATAAACTAATAATGCCATTTCCATGTCAACTTCTAGAAATTTTATTTAA
GAAATCACATTGCAAGATTTGTTTACG


BQ
30 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 
65 50 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 
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65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 20 50 50 
50 25 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU11TF U 3
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GGGT
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QA 5 646 5 646
DS 

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GGTGGTGCTGGC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1DI08TF 715 0 0
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QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1C067TF 767 0 0
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AGACGTTGCCTTCAGACAGAAGCTTCCCCAGATCCGGACACGCCTCGTTGGAGCTCCCGA
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ACAGATGGTCCGGTTCATCCGGCAAGAGGCTGACGAGAAAGCTAACGAGATCTCAATCTC
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ACAGTATGCAGACAAAGCCAAAGTCGCGTCTCCTAAGATCACAATCGACGAAAAAGTGTT
CCTCCCTCCACCTCCTAACCCTAAGCTCCCTGACTCCCATGACCCCCACTGCTCGGGCGG
GGTGGTGCTGGCGTCTCAAGATGGAAAGATTGTCTGCGAGAACACTTTAGACGCACGTCT
AGACGTTGCCCTCAGACAGAAGCTTCCCCAGATCCGGACACGCCTCGTTGGAGCTCCTGA
A*TCTCA*GAGCATGATACTAC

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ACAGATGGTCCGGTTCATCCGGCAAGAGGCTGACGAGAAAGCTAACGAGATCTCAATCTC
TGCTGAGGAGGAATTCAACATAGAGAAACTTCAGCTTCTTGAGAATGCCAAGCGTAAGCT
CCGTCAAGATTATGACCGCAAGCTCAAGCAGGTCGATATCCGCAAGCGCATCGACTACTC
GACGCAGCTGAATGCAAGTAGGATTAAGTACCTTCAAGCACAAGATGACGTTGTCACCTC
CATGAAAGACTCTGCGGCTAAGGATCTCCTTCGTGTTTCCAACGACAAGAACGCATACAA
GGAACTTCTCAAGGCTCTCATCGTTGAGAGTTTGCTGCGGCTGAAAGAGCCATCAGTGCT
GCTGAGATGCAGAGAGATGGACAAGAGGGTTGTTGAATCCATCATTGAGGATGCTAAGAA
ACAGTATGCAGACAAAGCCAAAGTCGCGTCTCCTAAGATCACAATCGACGAAAAAGTGTT
CCTCCCTCCACCTCCTAACCCTAAGCTCCCTGACTCCCATGACCCCCACTGCTCGGGCGG
GGTGGTGCTGGCGTCTCAAGATGGAAAGATTGTCTGCGAGAACACTTTAGACGCACGTCT
AGACGTTGCCTTCAGACAGAAGCTTCCCCAGATCCGGACACGCCTCGTTGGAGCTCCTGA
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QA 1 767 1 767
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AAGATTATGACCGCAAGCTCAAGCAGGTCGATATCCGCAAGCGCATCGACTACTCGACGC
AGCTGAATGCAAGTAGGATTAAGTACCTTCAAGCACAAGATGACGTTGTCACCTCCATGA
AAGACTCTGCGGCTAAGGATCTCCTTCGTGTCTCCAACGACAAGAACGCGTACAAGAAGC
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ATGCAGAAAAAGCCAAAGTCAGGTCTCCTAAGATCACAATTGACGAAAAAGTGTTCCTCC
CTCCACCTCCTAACCCTAAGCTCCCTGACTCCCATGACCCTCATTGCTCGGGCGGGGTGG
TGCTGGCGTCTCAAGATGGAAAGATTGTCTGCGAGAACACTTTAGACGCACGTCTAGACG
TTGCCTTCAGACAGAAGCTTCCCCAGATCCGGACACGCCTCGTTGGAGCTCCTGAAATCT
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QA 1 771 1 771
DS 

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ATGACCGCAAGCTCAAGCAGGTCGATATCCGCAAGCGCATCGACTACTCGACGCAGCTGG
ATGCAAGTAGGATTAAGTACCTTCAAGCACAAGATGACGTTGTCACCTCCATGAAAGACT
CTGCGGCTAAGGATCTCCTTCGTGTTTCCAACGACAAGAACGCATACAAGAAACTTCTCA
AGGCTCTCATCGTTGAGAGTTTGCTGCGGCTGAAAGAGCCATCAGTGCTGCTGAGATGCA
GAGAGATGGACAAGAGGGTTGTTGAATCCATCATTGAGGATGCTAAGAAACAGTATGCAG
ACAAAGCCAAAGTCGCGTCTCCTAAGATCACAATCGACGAAAAAGTGTTCCTCCCTCCAC
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CGTCTCAAGATGGAAAGATTGTCTGCGAGAACACTTTAGACGCACGTCTAGACGTTGCCT
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TAAAAAGGATCATCACATTTTTTTTAAACATGTCTAATTATTTTCATCTTGACGAAGAGA
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ATGTC

QA 1 742 1 742
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ATGGAAAGATTGTCTGCGAGAACACTTTAGACGCACGTCTAGACGTTGCCTTCAGACAGA
AGCTTCCCCAGATCCGGACACGCCTCGTTGGAGCTCCCGAAATCTCAAGAGCATGATACT
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TCATCACATTTTTTTTAAACATGTCTAATTATTTTCATCTTGACGAAGAGAATAAACTAA
TAATGCCATTTCC

QA 1 553 1 553
DS 

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AAGATGACGTTGTCACCTCCATGAAAGACTCTGCGGCTAAGGATCTCCTTCGTGTCTCCA
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TCATTGAGGATGCTAAGAGACAGTATGCAGAAAAAGCCAAAGTCAGGTCTCCTAAGATCA
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QA 1 712 1 712
DS 

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TCTCATCGTTGAGAGTTTGCTGCGGCTGAAAGAGCCATCAGTGCTGCTGAGATGCGGAGA
GATGGACAAGAGGGTTGTTGAATCCATCATTGAGGATGCTAAGAAACAGTATGCAGACAA
AGCCAAAGTCGCGTCTCCTAAGATCACAATCGACGAAAAAGTGTTCCTCCCTCCACCTCC
TAACCCTAAGCTCCCTGACTCCCATGACCCCCACTGCTCGGGCGGGGTGGTGCTGGCGTC
TCAAGATGGAAAGATTGTTTGCGAGAACACTTTAGACGCACGTCTAGACGTTGCCTTCAG
ACAGAAGCTTCCCCAGATCCGGACACGCTTCGTTGGAGCTCCTGAAATCTCAAGAGCATG
ATACTACCAAACCAAGCTTGCTTACTCTCTTGCTTAAGCCCCTTAATAAGTGACATTAAA
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GATTTGTTTACG

QA 1 612 1 612
DS 



AS 2 11

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AGAGGAAGAGGAACCAAACATCAAACAACAATGGCTGTCTCAACAATCTACTCAACACAA
GCTCTTAACTCAACTCATTTCTTAACCTCTTCCCCTTCTTCCCCCTCCTCCTCCTCAAAA
CAAGTCTTCTTCTACCGTCGTCAAACCAACCGTAGATTCAACACCATCATCACTTGCGCC
GCACAACAAACCGTCGTGATCGGACTCGCTGCCGACTCCGGATGCGGCAAAAGTACTTTC
ATGCGGAGGCTGACAAGTGTCTTCGGTGGAGCCGCCGAGCCGCCGAAAGGAGGGAACCCT
GACTCCAACACACTCATCAGTGACATGACCACCGTGATCTGTCTCGATGATTACCATTCT
TTGGACAGAACCGGTCGCAAAGAGAAAGGAGTCACTGCTTTGGACCCACGCGCCAATGAC
TTTGATCTCATGTATGAGCAAGTCAAAGCTCTTAAGAGTGGTATCGCCGTCGAGAAACCT
ATTTATAATCACGTCACTGGACTTCTTGACGCACCTGAGCTTATTCAGCCTCCCAAGATT
CTCGTCATCGAAGGTCTTCATCCAATGTTTGATGAGAGAGTAAGAGACCTGTTGGACTTC
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GCTGAGAGAGGTCACAGTTTAGAGAGCATCAAAGCGAGTATCGAAGCACGAAAGCCCGAT
TTCGATGCATTCATCGACCCGCAAAAGCAGTACGCGGATGCGGTAATAGAAGTGCTTCCA
ACGCAGTTGATTCCAGATGACAATGAAGGCAAAGTGTTGAGAGTGAGGCTGATAATGAAG
GAAGGTGTTAAGTACTTCAGCCCGGTTTACCTATTCGATGAAGGTTCTACCATCTCGTGG
ATCC*TTGTGGTCGCAAACTCACCTGCTCGTACCCTGGCATCAAGTTCAACTACCAACCT
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GACGAGCTAATATACGTGGAGAGCCATCTGAGCAACCTCTCGACCAAATTCTACGGTGAA
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TTCCAGACCATTGTTGGATTGAAGATTAGAGATCTCTATGAGCAGCTCATTGCCAACAAA
GCCACTGCTCCTTCAGAAGCTGCTAAAGCCTAAAGCAAATATAAGCAAAACAGAACGCGT
CGATAAACCCATTGGTTGTTTCTACTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 15 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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BS 161 163 RR1FZ43TF
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BS 364 364 RR1FZ43TF
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BS 1473 1498 RR1B883JQ
BS 1499 1510 RR1GK51JQ

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AAACAACAATGGCTGTCTCAACAATCTACTCAACACAAGCTCTTAACTCAACTCATTTCT
TAACCTCTTCCCCTTCTTCCCCCTCCTCCTCCTCAAAACAAGTCTTCTTCTACCGTCGTC
AAACCAACCGTAGATTCAACACCATCATCACTTGCGCCGCACAACAAACCGTCGTGATCG
GACTCGCTGCCGACTCCGGATGCGGCAAAAGTACTTTCATGCGGAGGCTGACAAGTGTCT
TCGGTGGAGCCGCCGAGCCGCCGAAAGGAGGGAACCCTGACTCCAACACACTCATCAGTG
ACATGACCACCGTGATCTGTCTCGATGATTACCATTCTTTGGACAGAACCGGTCGCAAAG
AGAAAGGAGTCACTGCTTTGGACCCACGCGCCAATGACTTTGATCTCATGTATGAGCAAG
TCAAAGCTCTTAAGAGTGGTATCGCCGTCGAGAAGCCTATTTATAATCACGTCACTGGAC
TTCTTGACGCACCTGAGCTTATTCAGCCTCCCAAGATTCTCATCATCGAAGGTCTTCATC
CAATGTTTGATGAGAGAGTAAGAGACCTGTTGGACTTCAGTATCTACCTAGACATTAGCA
GTGAGGTCAAATTTGCT

QA 1 677 1 677
DS 

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TCCTCATCACTTAAAACAGAGTGCTTAGGCGGAGAAGAAGAGGAAGAGGAACCAAACATC
AAACAACAATGGCTGTCTCAACAATCTACTCAACACAAGCTCTTAACTCAACTCATTTCT
TAACCTCTTCCCCTTCTTCCCCCTCCTCCTCCTCAAAACAAGTCTTCTTCTACCGTCGTC
AAACCAACCGTAGATTCAACACCATCATCACTTGCGCCGCACAACAAACCGTCGTGATCG
GACTCGCTGCCGACTCCGGATGCGGCAAAAGTACTTTCATGCGGAGGCTGACAAGTGTCT
TCGGTGGAGCCGCCGAGCCGCCGAAAGGAGGGAACCCTGACTCCAACACACTCATCAGTG
ACATGACCACCGTGATCTGTCTCGATGATTACCATTCTTTGGACAGAACCGGTCGCAAAG
AGAAAGGAGTCACTGCTTTGGACCCACGCGCCAATGACTTTGATCTCATGTATGAGCAAG
TCAAAGCTCTTAAGAGTGGTATCGCCGTCGAGAAGCCTATTTATAATCACGTCACTGGAC
TTCTTGACGCACCTGAGCTTATTCAGCCTCCCAAGATTCTCATCATCGAAG*TCTTCATC
CAATGTTTGATGAGAGAGTAAGAGACCTGTTGGACTTCAGTATCTACCTAGACATTAGCA
GTGAGGTCA

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DS 

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AGAAGAAGAGGAACCAAACATCAAACAACAATGGCTGTCTCAACAATCTACTCAACACAA
GCTCTTAACTCAACTCATTTCTTAACCTCTTCCCCTTCTT***CCTCCTCCTCCTCAAAA
CAAGTCTTCTTCTACCGTCGTCAAACCAACCGTAGATTCAACACCATCATCACTTGCGCC
GCACAACAAACCGTCGTGATCGGACTCGCTGCCGACTCCGGATGCGGCAAAAGTACTTTC
ATGCGGAGGCTGACAAGTGTCTTCGGTGGAGCCGCCGAGCCGCCGAAAGGAGGGAACCCT
GACCCCAACACACTCATCAGTGACATGACCACCGTGATCTGTCTCGATGATTACCATTCT
TTGGACAGAACCGGTCGCAAAGAGAAAGGAGTCACTGCTTTGGACCCACGCGCCAATGAC
TTTGATCTCATGTATGAGCAAGTCAAAGCTCTTAAGAGTGGTATCGCCGTCGAGAAACCT
ATTTATAATCACGTCACTGGACTTCTTGACGCACCTGAGCTTATTCAGCCTCCCAAGATT
CTCGTCATCGAAGGTCTTCATCCAATGTTTGATGAGAGAGTAAGAGACCTGTTGGACTTC
AGTATCTACCTAGACATTAGCAATGAGGTCAAATTTGCTTGGAAAATCCAGAGGGACATG
GCTGAGAGAGGTCACAGTTTAGAGAGCATCAAAGCGAGTATCGAAGCACGAAAGCCCGAT
TTCGATGCATTCATCGACCCGCAAAAGCAGTACGCGGATGCGGTAAT

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1B883TF 794 0 0
GGA
AAACATCAAACAACAATGGCTGTCTCAACAATCTACTCAAC*CAAGCTCTTAACTCAACT
CATTTCTTAACCTCTTCCCCTTCTT***CCTCCTCCTCCTCAAAACAAGTCTTCTTCTAC
CGTCGTCAAACCAACCGTAGATTCAACACCATCATCACTTGCGCCGCACAACAAACCGTC
GTGATCGGACTCGCTGCCGACTCCGGATGCGGCAAAAGTACTTTCATGCGGAGGCTGACA
AGTGTCTTCGGTGGAGCCGCCGAGCCGCCGAAAGGAGGGAACCCTGACTCCAACACACTC
ATCAGTGACATGACCACCGTGATCTGTCTCGATGATTACCATTCTTTGGACAGAACCGGT
CGCAAAGAGAAAGGAGTCACTGCTTTGGACCCACGCGCCAATGACTTTGATCTCATGTAT
GAGCAAGTCAAAGCTCTTAAGAGTGGTATCGCCGTCGAGAAACCTATTTATAATCACGTC
ACTGGACTTCTTGACGCACCTGAGCTTATTCAGCCTCCCAAGATTCTCGTCATCGAAGGT
CTTCATCCAATGTTTGATGAGAGAGTAAGAGACCTGTTGGACTTCAGTATCTACCTAGAC
ATTAGCAATGAGATCAAATTTGCTTGGAAAATCCAGAGGGACATGGCTGAGAGAGGTCAC
AGTTTAGAGAGCATCAAAGCGAGTATCGAAGCACGAAAGCCCGATTTCGATGCATTCATC
GACCCGCAAAAGCAGTACGCGGATGCGGTAATAGAAGTGCTTCCAACGCAGTTGATTCCA
GATGACAATGA

QA 4 794 4 794
DS 

RD RR1GK51TF 760 0 0
GG
ATAATCACGTCACTGGACTTCTTGACGCACCTGAGCTCATTCAGCCTCCCAAGATTCTCG
TCATCGAAGGTCTTCATCCAATGTTTGATGAGAGAGTAAGAGACCTGTTGGACTTCAGTA
TCTACCTAGACATTAGCAATGAGGTCAAATTTGCTTGGAAAATCCAGAGGGACATGGCTG
AGAGAGGTCACAGTTTAGAGAGCATCAAAGCGAGTATCGAAGCACGAAAGCCCGATTTCG
ATGCATTCATCGACCCGCAAAAGCAGTACGCGGATGTGGTAATAGAAGTGCTTCCAACGC
AGTTGATTCCAGATGACAATGAAGGCAAAGTGTTGAGAGTGAGGCTGATAATGAAGGAAG
GTGTTAAGTACTTCAGCCCGGTTTACCTATTCGATGAAGGTTCTACCATCTCGTGGATCC
*TTGTGGTCGCAAACTCACCTGCTCGTACCCTGGCATCAAGTTCAACTACCAACCTGATT
CCTACTTCGACAATGAGGTTTCGGTTGTGGAGATGGATGGGCAATTCGATAGACTTGACG
AGCTAATATACGTGGAGAGCCATCTGAGCAACCTCTCGACCAAATTCTACGGTGAAGTGA
CTCAACAAATGCTCAAACATGCTGACTTCCCTGGTAGCAACAATGGAACTGGTCTTTTCC
AGACCATTGTTGGATTGAAGATTAGAGATCTCTATGAGCAGCTCATTGCCAACAAAGCCA
CTGCTCCTTCAGAAGCTGCTAAAGCCTAAAGCAA
TATA

QA 3 756 3 756
DS 

RD RR1B289JQ 828 0 0
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ATCCAGAGGGACATGGCTGAGAGAGGTCACAGTTTAGAGAGCATCAAAGCGAGTATCGAA
GCACGAAAGCCCGATTTCGATGCATTCATCGACCCGCAAAAGCAGTACGCGGATGCGGTA
ATAGAAGTGCTTCCAACGCAGTTGATTCCAGATGACAATGAAGGCAAAGTGTTGAGAGTG
AGGCTGATAATGAAGGAAGGTGTTAAGTACTTCAGCCCGGTTTACCTATTCGATGAAGGT
TCTACCATCTCGTGGATCCCTTGTGGTCGCAAACTCACCTGCTCGTACCCTGGCATCAAG
TTCAACTACCAACCTGATTCCTACTTCGACAATGAGGTTTCGGTTGTGGAGATGGATGGG
CAATTCGATAGACTTGACGAGCTAATATACGTGGAGAGCCATCTGAGCAACCTCTCGACC
AAATTCTACGGTGAAGTGACTCAACAAATGCTCAAACATGCTGACTTCCCTGGTAGCAAC
AATGGAACTGGTCTTTTCCAGACCATTGTTGGATTGAAGATTAGAGATCTCTATGAGCAG
CTCATTGCCAACAAAGCCACTGCTCCTTCAGAAGCTGCTAAAGCCTAAAGCAAATATAAG
CAAAACAGAACGCGTCGATAAACCCATTGGTTGTTTCTACTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC
TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT****GTTTCCCGCGGATTTTCATGGCGAAAAGGACGG
TGTTGCTTGTTTTGTAATTTGTGTGGAGATATAAAAAGAAAAGCCCG
C

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DS 

RD RR1B883JQ 822 0 0
TTAGCAATGAGATCAAATTTGCTTGGAAAATCCAGAGGGACATGGCTGAGAGAGGTCACA
GTTTAGAGAGCATCAAAGCGAGTATCGAAGCACGAAAGCCCGATTTCGATGCATTCATCG
ACCCGCAAAAGCAGTACGCGGATGCGGTAATAGAAGTGCTTCCAACGCAGTTGATTCCAG
ATGACAATGAAGGCAAAGTGTTGAGAGTGAGGCTGATAATGAAGGAAGGTGTTAAGTACT
TCAGCCCGGTTTACCTATTCGATGAAGGTTCTACCATCTCGTGGATCCCTTGTGGTCGCA
AACTCACCTGCTCGTACCCTGGCATCAAGTTCAACTACCAACCTGATTCCTACTTCGACA
ATGAGGTTTCGGTTGTGGAGATGGATGGGCAATTCGATAGACTTGACGAGCTAATATACG
TGGAGAGCCATCTGAGCAACCTCTCGACCAAATTCTACGGTGAAGTGACTCAACAAGTGC
TCAAACATGCTGACTTCCCTGGTAGCAACAATGGAACTGGTCTTTTCCAGACCATTGTTG
GATTGAAGATTGGAGATCTCTATGAGCAGCTCATTGCCAACAAAGCCACTGCTCCTTCAG
AAGCTGCTAAAGCCTAAAGCAAATATAAGCAAAACAGAACGCGTCGATAAACCCATTGGT
TGTTTCTACTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTGTTT
CCCGCGGATTTTCATGGCGAAAAGGACGGTGTTGCTTGTTTTGTAATTTGTGTGGAGATA
TAAAAAGAAAAGCCCGTAATGTAGAGAATTTATTAGCAGAGC

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1GK51JQ 561 0 0
CCATCTCGTGGATCC*TTGTGGTCGCAAACTCACCTGCTCGTACCCTGGCATCAAGTTCA
ACTACCAACCTGATTCCTACTTCGACAATGAGGTTTCGGTTGTGGAGATGGATGGGCAAT
TCGATAGACTTGACGAGCTAATATACGTGGAGAGCCATTTGAGCAACCTTTCGACCAAAT
TTTACGGTGAAGTGACTCAACAAATGCTCAAACATGCTGACTTCCCTGGTAGCAACAATG
GAACTGGTTTTTTCCAGACCATTGTTGGATTGAAGATTAGAGATCTTTATGAGCAGCTCA
TTGCCAACAAAGCCACTGCTCCTTCAGAAGCTGCTAAAGCCTAAAGCAAATATAAGCAAA
ACAGAACGCGTCGATAAACCCATTGGTTGTTTTTACTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC
TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTGTTTCCCGCGGATTTTCATGGCGAAAAGGACGGTGTT
GCTTGTTTTGTAATTTGTGTGGAGATATAAAAAGAAAAGCCCGTAATGTAGAGAATTTAT
TAGCAGAGCAAAAGTTTTTTT

QA 1 561 1 561
DS 



CO CL269Contig2 1112 3 9 U
GTGACTCCAACACACTCATCAGTGACATGACCACTGTGATCTGTCTCGACGATTACCATT
CCTTAGACAGAACCGGTCGCAAAGAGAAAGGAGTCACTGCTTTGGACCCACGCGCCAATG
ACTTTGATCTCATGTATGAGCAAGTCAAAGCTCTTAAGAGTGGTATCGCCGTCGAGAAAC
CCATTTATAATCACGTCGCTGGACTTCTTGACGCGCCTGAACTCATTCAGCCTCCCAAGA
TTCTCGTCATCGAAGGTCTTCATCCGATGTCTGATGAGAGGGTAAGAGACTTATTGGACT
TCAGTATCTACCTAGACATTAGCAATGAGGTCAAATTCGCTTGGAAGATTCAGAGGGACA
TGGCTGAAAGAGGTCACAGCTTAGAGAGCATCAAGGCGAGTATCGAAGCACGAAAGCCTG
ACTTCGATGCATTCATTGACCCACAAAAGCAGTACGCGGACGCGGTGATAGAAGTGCTTC
CAACACAGCTGATTCCAGATGACAATGAAGGCAAAGTGTTGAGAGTGAGATTGATAATGA
AGGAAGGTGTCAAGTACTTTAGCCCCGTTTACCTATTTGATGAAGGTTCAACCATCTCGT
GGATCCCTTGCGGTCGCAAACTCACCTGCTCCTACCCTGGCATCAAGTTCGACTATGCAC
CTGATTCCTACTTCGACCATGAGGTTTCGGTTGTGGAGATGGATGGGCAGTTTGATAGAC
TGGACGAGCTGATTTACGTGGAGAGCCATCTGAGCAACCTATCGACCAAATTCTACTGTG
AAGTTACTCAACAGATGCTCAAACATGCTGATTTCCCTGGTAGCAACAATGGAACAGGTC
TTTTCCAGACCATTGTTGGATTGAAGATCAGAGATCTCTATGAGCAGCTCATTGCCAACA
AAGCCACTGCTCCTGCAGAAGCTGCCAAAGCCTAAAACGGAAGGCAAAATAGAACCCGTC
TATAAACCAAACCCCTTTGCAGTTTCTTCTTCCCTCTCTTTCTTTTTATGGATTTTTCAT
GGCGAAAAGGACTATTTTTGCTTTGGTTTGTAATTTATGTGGAGATAGTAACAGAAAATT
CTCTAAAGTAGAGAAGCTAATAATAGCAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CV12TF U 1
AF RR1CV12JQ C 411
AF RR1CQ57TF U 877
BS 1 682 RR1CV12TF
BS 683 683 RR1CV12JQ
BS 684 783 RR1CV12TF
BS 784 877 RR1CV12JQ
BS 878 992 RR1CQ57TF
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BS 994 1096 RR1CQ57TF
BS 1097 1097 RR1CV12JQ
BS 1098 1112 RR1CQ57TF

RD RR1CV12TF 783 0 0
GTGACTCCAACACACTCATCAGTGACATGACCACTGTGATCTGTCTCGACGATTACCATT
CCTTAGACAGAACCGGTCGCAAAGAGAAAGGAGTCACTGCTTTGGACCCACGCGCCAATG
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CCATTTATAATCACGTCGCTGGACTTCTTGACGCGCCTGAACTCATTCAGCCTCCCAAGA
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TCAGTATCTACCTAGACATTAGCAATGAGGTCAAATTCGCTTGGAAGATTCAGAGGGACA
TGGCTGAAAGAGGTCACAGCTTAGAGAGCATCAAGGCGAGTATCGAAGCACGAAAGCCTG
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CAACACAGCTGATTCCAGATGACAATGAAGGCAAAGTGTTGAGAGTGAGATTGATAATGA
AGGAAGGTGTCAAGTACTTTAGCCCCGTTTACCTATTTGATGAAGGTTCAACCATCTCGT
GGATCCCTTGCGGTCGCAAACTCACCTGCTCCTACCCTGGCATCAAGTTCGACTATGCAC
CTGATTCCTACTTCGACCATGATGTTTCGGTTGTGGAGATGGATGGGCAGTTTGATAGAC
TGGACGAGCTGATTTACGTGGAGAGCCATCTGAGCAACCTATCGACCAAATTCTACTGTG
AAG

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1CV12JQ 702 0 0
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GAAGTGCTTCCAACACAGCTGATTCCAGATGACAATGAAGGCAAAGTGTTGAGAGTGAGA
TTGATAATGAAGGAAGGTGTCAAGTACTTTAGCCCCGTTTACCTATTTGATGAAGGTTCA
ACCATCTCGTGGATCCCTTGCGGTCGCAAACTCACCTGCTCCTACCCTGGCATCAAGTTC
GACTATGCACCTGATTCCTACTTCGACCATGAGGTTTCGGTTGTGGAGATGGATGGGCAG
TTTGATAGACTGGACGAGCTGATTTACGTGGAGAGCCATCTGAGCAACCTATCGACCAAA
TTCTACTGTGAAGTTACTCAACAGATGCTCAAACATGCTGATTTCCCTGGTAGCAACAAT
GGAACAGGTCTTTTCCAGACCATTGTTGGATTGAAGATCAGAGATCTCTATGAGCAGCTC
ATTGCCAACAAAGCCACTGCTCCTGCAGAAGCTGCTAAAGCCTAAAACGGAAGGCAAAAT
AGAACCCGTCTATAAACCAAACCCCTTTGCAGTTTCTTCTTCCCTCTCTTTCTTTTTATG
GATTTTTCATGGCGAAAAGGACTATTTTTGCTTTGGTTTGTAATTTATGTGGAGATGGTA
ACAGAAAATTCTCTAAAGTAGAGAAGCTAATAATAGCAAAGC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1CQ57TF 236 0 0
G
CTATGAGCAGCTCATTGCCAACAAAGCCACTGCTCCTGCAGAAGCTGCCAAAGCCTAAAA
CGGAAGGCAAAATAGAACCCGTCTATAAACCAAACCCCTTTGCAGTTTCTTCTTCTCTCT
CTTTCTTTTTATGGATTTTTCATGGCGAAAAGGACTATTTTTGCTTTGGTTTGTAATTTA
TGTGGAGATAGTAACAGAAAATTCTCTAAAGTAGAGAAGTTAATAATAGCAAAGC

QA 2 236 2 236
DS 



AS 1 11

CO CL270Contig1 1015 11 17 U
ACGAAATCGACGAGGTTGAAGAGAAAAAAAGAAAAAGAGATAGCAAAATGGAATGGAAGA
AGTGGTACTTAGACGTGATTCTTGTGCCATTAGCTCTTGTGATGATGCTTTGTTACCACA
TCTACTTATCCTTCATGGTTCGGACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCTC
GCGGCCGCCGACTCTGGATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAA
CGGTACAAACACTCCGTAACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCC
TCCTCTGTGCCGGTTTAGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAA
ACGACGCCGTTTATGGTGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTC
TCACAATCTTCATCTTTTCTTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAG
TCGCCATGCTCGTTAACATCCCTAACTTACACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCA
CGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACA
GGTTGTTCTACGCAGGGTTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCT
TGAGCGTTTTGGTGATGATGCTTACTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACA
ATAAAGAGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGACTCCAAACGGTGGTG
GTGATGATGCATAATACAATTCCATATGTGAAATTTTGGAAAACAATATGAAAATGATAA
TATACACATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATCTATCATCGCCTAAATAGTTAAACATG
GTGATTTTAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAATGCATGTCATTACAAGAACTGA
GCTCGAGTTTTATTATTTACTATAGTGAATCAGTACTGTAGATCGTAAATTTAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 
55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 20 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1AU88TF U 23
AF RR1CG46TF U 22
AF RR1FD64TF U 7
AF RR1GW80TF U 11
AF RR1CX21TF U 80
AF RR1AZ19TF U 1
AF RR1FD64JQ C 219
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AF RR1AZ19JQ C 235
AF RR1AU88JQ C 307
AF RR1GW80JQ C 521
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BS 376 376 RR1FD64TF
BS 377 654 RR1AZ19TF
BS 655 655 RR1FD64TF
BS 656 689 RR1AZ19TF
BS 690 690 RR1FD64TF
BS 691 819 RR1AZ19TF
BS 820 820 RR1CX21JQ
BS 821 825 RR1AZ19TF
BS 826 826 RR1CX21JQ
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BS 840 840 RR1CX21JQ
BS 841 856 RR1AZ19TF
BS 857 974 RR1CX21JQ
BS 975 1015 RR1AZ19JQ

RD RR1AU88TF 620 0 0
GAAAAAAAGAAAAAGAGATAGCAAAATGGAATGGAAGAAGTGGTACTTAGACGTGATTCT
TGTGCCATTAGCTCCTGTGATGATGCTTTGTTACCACATCTACTTATCCTTCATGGTTCG
GACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCTCGCGGCCGCCGACTCTGGATTTT
CGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAACGGTACAAACACTCCGTAACAT
AGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGTGCCGGTTTAGCCGC
AGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGGTGCTCA
TGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTTTTCTTT
CTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTGACCAAGTCGCCATGCTCGTTAACATCCC
TAACTTACACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTT
GTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGTTCTACGCAGGGTTTTC
TCTGATGTTATGGATCTTTG

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1CG46TF 708 0 0
GA
AAAAAAAGAAAAAGAGATAGCAAAATGGAATGGAAGAAGTGGTACTTAGACGTGATTCTT
GTGCCATTAGCTCTTGTGATGATGCTTTGTTACCACATCTACTTATCCTTCATGGTTCGG
ACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCTCGCGGCCGCCGACTCTGGATTTCC
GCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAACGGTACAAACACTCCGTAACATA
GTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGTGCCGGTTTAGCCGCA
GTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGGTGCTCAT
**AGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTTTTCTTTC
TTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAACATCCCT
AACTTACACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTG
TTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGTTCTACGCAGGGTTTTCT
CTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCGTTTTGGTGATGATGCTT
ACTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCA
CATAAAGAGAAC

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR1FD64TF 760 0 0
GGGAC
GAGGTTGAAGAGAAAAAAAGAAAAAGAGATAGCAAAATGGAATGGAAGAAGTGGTACTTA
GACGTGATTCTTGTGCCATTAGCTCTTGTGATGATGCTTTGTTACCACATCTACTTATCC
TTCGTGGTTCGGACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCTCGCGGCCGCCGA
CTCTGGATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAACGGTACAAACA
CTCCGTAACATAGTAATGGGAGCTACACCGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGTGCC
GGTTTAGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTT
TATGGTGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTC
ATCTTTTCTTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTC
GTTAACATCCCTAACTTACACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTAC
GTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGTTCTAC
GCAGGGTTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCGTTTTG
GTGATGATGCTTACTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAGAGAA*
CAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGAC

QA 6 760 6 760
DS 

RD RR1GW80TF 752 0 0
G
GAGGTTGAAGAGAAAAAAAGAAAAAGAGATAGCAAAATGGAATGGAAGAAGTGGTACTTA
GACGTGATTCTTGTGCCATTAGCTCTTGTGATGATGCTTTGTTACCACATCTACTTATCC
TTCATGGTTCGGACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCTCGCGGCCGCCGA
CTCTGGATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAACGGTACAAACA
CTCCGTAACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGTGCC
GGTTTAGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTT
TATGGTGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTC
ATCTTTTCTTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTC
GTTAACATCCCTAACTTACACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTAC
GTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGTTCTAC
GCAGGGTTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCGTTTTG
GTGATGATGCTTACTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAGAGAA*
CAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTG

QA 2 752 2 752
DS 

RD RR1CX21TF 646 0 0
TCTTGTGCCATTAGCTCTTGTGATGATGCTTTGTTACCACATCTACTTATCCTTCATGGT
TCGGACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCTCGCGGCCGCCGACTCTGGAT
TTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAACGGTACAAACACTCCGTAA
CATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCCACGACCTGCATCCTCCTCTGTGCCGGTTTAGC
CGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGGTGC
TCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTTTTC
TTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAACAT
CCCTAACTTACACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAGCGA
GTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGTTCTACGCAGGGTT
TTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCGTTTTGGTGATGAT
GCTTACTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAA
G

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1AZ19TF 860 0 0
ACGAAATCGACGAGGTTGAAGAGAAAAAAAGAAAAAGAGATAGCAAAATGGAATGGAAGA
AGTGGTACTTAGACGTGATTCTTGTGCCATTAGCTCTTGTGATGATGCTTTGTTACCACA
TCTACTTATCCTTCATGGTTCGGACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCTC
GCGGCCGCCGACTCTGGATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAA
CGGTACAAACACTCCGTAACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCC
TCCTCTGTGCCGGTTTAGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAA
ACGACGCCGTTTATGATGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTC
TCACAATCTTCATCTTTTCTTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAG
TCGCCATGCTCGTTAACATCCCTAACTTACACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCA
CGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACA
GGTTGTTCTACGCAGGGTTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGCGTTCT
TGAGCGTTTTGGTGATGATGCTTACTCTT*ATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACA
ATAAAGAGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGACTCCAAACGGTGGTG
GTGATGATGCATAATACAATTCCATATGTGAAATTTTGGGAAACA*TATGAAA*TGATA*
TATACACATTTTTCAA
TGTG

QA 1 856 1 856
DS 

RD RR1FD64JQ 733 0 0
AATCAGAAGATGAACATTTTAACGGTACAAACACTCCGTAACATAGTAATGGGAGCTACA
CCGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGTGCCGGTTTAGCCGCAGTCATAAGCAGCACT
TACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGGTGCTCATGGAGATATCGCCATA
GCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTTTTCTTTCTTCTCTCATTCTCTC
TCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAACATCCCTAACTTACACCCTAAT
CCTTTTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTC
TTTTTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGTTTTACGCAGGGTTTTTTTTGATGTTATGGATC
TTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCGTTTTGGTGATGATGCTTACTCTTTATCACGTG
GATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAGAGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCC
TTTGAGACTCCAAACGGTGGTGGTGATGATGCATAATACAATTCCATATGTGAAATTTTG
GAAAACAATATGAAAATGATAATATACACATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATCTATC
ATCGCCTAAATAGTTAAACATGGTGATTTTAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAA
TGCATGTCATTAC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1CX21JQ 777 0 0
ATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAACGGTACAAACACTCCGT
AACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCCACGACCTGCATCCTCCTCTGTGCCGGTTTA
GCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGGT
GCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTTT
TCTTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAAC
ATCCCTAACTTACACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAGC
GAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGTTCTACGCAGGG
TTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCGTTTTGGTGATG
ATGCTTACTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAGAGAAACAACGT
ATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGACTCCAAACGGTGGTGGTGATGATGCATAATAC
AATTCCATATGTGAAATTTTGGAAAACAATATGAAAATGATAATATACACATTTTTCAAA
TGTGAAAATGGTATATCTATCATCGCCTAAATAGTTAAACATGGTGATTTTAAGTATCAC
TACTTATTTTGTTATTCATAATGCATGTCATTACAAGAACTGAGCTCGAGTTTTATT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1AZ19JQ 781 0 0
TTTTAACGGTACAAACACTCCGTAACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCT
GCATCCTCCTCTGTGCCGGTTTAGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGC
CCCTAAACGACGCCGTTTATGATGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAA
CGATTCTCACAATCTTCATCTTTTCTTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTA
ACCAAGTCGCCATGCTCGTTAACATCCCTAACTTACACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGT
TCCTCACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAG
GCAACAGGTTGTTCTACGCAGGGTTTTTTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCG
CGTTCTTGAGCGTTTTGGTGATGATGCTTACTCTT*ATCACGTGGATTTTGTGTCACTCG
GCAACAATAAAGAGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGACTCCAAACG
GTGGTGGTGATGATGCATAATACAATTCCATATGTGAAATTTTGGAAAACAATATGAAAA
TGATAATATACACATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATCTATCCTCGCCTAAATAGTTA
AACATGGTGATTTTAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAATGCATGTCATTACAAG
AACTGAGCTCGAGTTTTATTATTTACTATAGTGAATCAGTACTGTAGATCGTAAATTTAA
C

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1AU88JQ 706 0 0
GTGCCGGTTTAGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACG
CCGTTTATGGTGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAA
TCTTCATCTTTTCTTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTGACCAAGTCGCCA
TGCTCGTTAACATCCCTAACTTACACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTG
AGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGT
TCTACGCAGGGTTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCG
TTTTGGTGATGATGCTTACTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAG
AGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGACTCCAAACGGTGGTGGTGATG
ATGCATAATACAATTCCATATGTGAAATTTTGGAAAACAATATGAAAATGATAATATACA
CATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATCTATCATCGCCTAAATAGTTAAACATGGTGATT
TTAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAATGCATGTCATTACAAGAACTGAGCTCGA
GTTTTATTATTTACTATAGTGAATCAGTACTGTAGATCGTAAATTT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1GW80JQ 492 0 0
TTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTT
TCTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGTTTTACGCAGGGTTTTTTCTGATGTTATGGATCTT
TGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCGTTTTGGTGATGATGCTTACTCTTTATCACGTGGA
TTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAGAGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTC
TGAGACTCCAAACGGTGGTGGTGATGATGCATAATACAATTCCATGTGTGAAATTTTGGA
AAACAATATGAAAATGATAATATACACATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATCTATCAT
CGCCTAAATAGTTAAACATGGTGATTTTAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAATG
CATGTCATTACAAGAACTGAGCTCGAGTTTTATTATTTACTATAGTGAATCAGTACTGTA
GATCGTAAATTT

QA 1 492 1 492
DS 



AS 1 11

CO CL271Contig1 822 11 4 U
ATCATGGCAAAGCATTTTATTAACATCCAGCCAAGACAATATCATTACAAAGAAACCTAA
AACTTATTCCAAAACAACTAGGTGAGATTTCATATTAATTCTTCTGATATGTATTGAATA
GTGGGAACTAGCTTTGACACAACATAAACAAACCAGCAAGAAATATCATTATAATA*GGT
AGATCCATATTTTTAGGCGTTTGAAATTCACGTCTTATGCTAAAACAAAAAGAAAGTAAA
CCATAGCAACAAAACACAACAAATCATGAAACAAGATCATCCACGGAAATGAATATCACG
ACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATGTTTTTAAACTCTTGTCATGTGAAACTGATCTAG
TGCTCTTTGACAGGTGCAGATTTTGGTGGAGGAGGAAGGTTCTCGACTGTAACAGTGAGC
TTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTTCCGTCAAGTAGATAGTACTGTTTGGTGACATTG
AGAGGGACAATGTCTCTCCCAGCTCCACGTGTATAGTTTCGGATCGGATGGTCGGAGATA
CATCTCTCGTAGTCGGTCTTGTTTACTTCAAGAATGTTGTGTTGGTCTCTGTAGTACACG
AAATAGAGCCAATCTCCAAGGTAGAAATGCTTTCCCTGAACCCAGGTGGTATAGTCGATG
TTTGGATTCCAAAACTTTTTGTCGCCAACTAAATACTTCTTTGCCGTCACTTCCGGCACC
GGCGCTGCCACTAGAAAAGCAAGTACTGCTGCCGCAATCAACACCGTGAATCTCGCCATC
TTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCCTCTAGTGGACTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 20 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
40 65 65 65 65 65 65 0 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 
65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 5 20 50 50 50 45 45 45 30 45 45 45 45 35 35 35 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF48JQ U 190
AF RR1D964JQ U 147
AF RR1BX92JQ U 150
AF RR1BE92JQ U 1
AF RR1GF48TF C 222
AF RR1D964TF C 158
AF RR1BE92TF C 41
AF RR1E868JQ U 147
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AF RR1EP08TF C 148
AF RR1E868TF C 147
BS 1 488 RR1BE92JQ
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BS 490 810 RR1BE92JQ
BS 811 822 RR1E868JQ

RD RR1GF48JQ 497 0 0
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CAAAACACAACAAATCATGAAACAAGATCATCCACGGAAATGAATATCACGACAAGAGAG
GCAAACAATCAACTGATGTTTTTAAACTCTTGTCATGTGAAACTGATCTAGTGCTCTTTG
ACAGGTGCAGATTTTGGTGGAGGAGGAAGGTTCTCGACTGTAACAGTGAGCTTCATGCCT
TTAAAACAACCACCCCTTCCGTCAAGTAAATAGTACTGTTTGGTGACATTGAGAGGGACG
ATGTCTCTCCCAGCTCCACGTGTGTAGTTTCGGATCGGATGGTCGGAGATACATCTCTCG
TAGTCGGTCTTGTTTACTTCAAGAATGTTGTGTTGGTCTCTGTAGTACACAAAATAGAGC
CAATCTCCAAGGTAGAAATGCTTTCCCTGAACCCAGGTGTTATAGTTGATGTTTGGATTC
CAAAACTTTTTGTCGCC

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1D964JQ 580 0 0
A
ACAAACCAGCAAGAAATATCATTATCATATGGTAAATCCATATTTTTAGGCGTTTGAAAT
TCATGTCTTATGCTAAAACAAAAAGAAAGTAAACCATAGCAACAAAACACAACAAATCAT
GAAACAAGATCATCCACGGAAATGAATATCACGACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATG
TTTTTAAACTCTTGTCATGTGAAACTGATCTAGTGCTCTTTGACAGGTGCAAATTTTGGT
GGAGGAGGAAGGTTCTCGACTGTAACAGTGAGCTTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTT
CCGTCAAGTAAATAGTACTGTTTGGTGACATTGAAAGGGACAATGTCTCTCCCAGCTCCA
CGTGTATAGTTTCGGATCGGATGGTCGGAAATACATCTCTCGTAGTCGGTCTTGTTTACT
TCAAAAATGTTGTGTTGGTCTCTGTAGTACACGAAATAAAGCCAATCTCCAAGGTAGAAA
TGCTTTCCCTGAACCCAGGTGGTATAGTCGATGTTTGGATTCCAAAACCTTTTGTCGCCA
ACTAAATACTTCTTTGCCGTCACTTCCGGCACCGGCGCT

QA 2 580 2 580
DS 

RD RR1BX92JQ 589 0 0
AAACCAGCAAGAAATATCATTATCATATGGTAGATCCATATTTTTAGGCGTTTGAAATTC
ATGTCTTATGCTAAAACAAAAAGAAAGTAAACCATAGCAACAAAACACAACAAATCATGA
AACAAGATCATCCACGGAAATGAATATCACGACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATGTT
TTTAAACTCTCGTCATGTGAAACTGATCTAGTGCTCTTTGACAGGTGCAAATTTTGGTGG
AGGAGGAAGGTTCTCGACTGTAACAGTGAGCTTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTTCC
GTCAAGTAAATAGTACTGCTTGGTGACATTGAAAGGGACGATGTCTCTCCCAGCTCCACG
TGTATAGTTTCGGATCGGATGGTCGGAAATACATCTCTCGTAGTCGGTCTTATT*ACTTC
AAGAATGTTGTGTTGGTCTCTGTAGTACACAAAATAGAGCCAATCACCAAGGTAGAAATG
CTTTCCCTGAACCCAGGTGTTATAGTTGATGTTTGGATTCCAAAACTTTTTGTCGCCAAC
TAAATACTTCTTTGCCGTCACTTCCGGCACCGGCGCTGCCACTAGAAAA

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1BE92JQ 810 0 0
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GTGGGAACTAGCTTTGACACAACATAAACAAACCAGCAAGAAATATCATTATAATA*GGT
AGATCCATATTTTTAGGCGTTTGAAATTCACGTCTTATGCTAAAACAAAAAGAAAGTAAA
CCATAGCAACAAAACACAACAAATCATGAAACAAGATCATCCACGGAAATGAATATCACG
ACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATGTTTTTAAACTCTTGTCATGTGAAACTGATCTAG
TGCTCTTTGACAGGTGCAGATTTTGGTGGAGGAGGAAGGTTCTCGACTGTAACAGTGAGC
TTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTTCCGTCAAGTAGATAGTACTGTTTGGTGACATTG
AGAGGGACTATGTCTCTCCCAGCTCCACGTGTATAGTTTCGGATCGGATGGTCGGAGATA
CATCTCTCGTAGTCGGTCTTGTTTACTTCAAGAATGTTGTGTTGGTCTCTGTAGTACACG
AAATAGAGCCAATCTCCAAGGTAGAAATGCTTTCCCTGAACCCAGGTGGTATAGTCGATG
TTTGGATTCCAAAACTTTTTGTCGCCAACTAAATACTTCTTTGCCGTCACTTCCGGCACC
GGCGCTGCCACTAGAAAAGCAAGTACTGCTGCCGCAATCAACACCGTGAATCTCGCCATC
TTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCCTC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1GF48TF 585 0 0
AAAACAAAAAGAAAGTAAACCATAGCAACAAAACACAACAAATCATGAAACAAGATCATC
CACGGAAATGAATATCACGACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATGTTTTTAAACTCTTG
TCATGTGAAACTGATCTAGTGCTCTTTGACAGGTGCAGATTTTGGTGGAGGAGGAAGGTT
CTCGACTGTAACAGTGAGCTTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTTCCGTCAAGTAGATA
GTACTGTTTGGTGACATTGAGAGGGACGATGTCTCTCCCAGCTCCACGTGTGTAGTTTCG
GATCGGATGGTCGGAGATACATCTCTCGTAGTCGGTCTTGTTTACTTCAAGAATGTTGTG
TTGGTCTCTGTAGTACACAAAATAGAGCCAATCTCCAAGGTAGAAATGCTTTCCCTGAAC
CCAGGTGTTATAGTTGATGTTTGGATTCCAAAACTTTTTGTCGCCAACTAAATACTTCTT
TGCCGTCACTTCCGGCACCGGCGCTGCCACTAGAAAAGCAAGTACTGCTGCCGCAATCAA
CACCGTGAATCTCGCCATCTTTTCTCTCTCTCTGTCTC
CTCTCCC

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1D964TF 666 0 0
AAGAAATATCATTATCATATGGTAGATCCATATTTTTAGGCGTTTGAAATTCATGTCTTA
TGCTAAAACAAAAAGAAAGTAAACCATAGCAACAAAACACAACAAATCATGAAACAAGAT
CATCCACGGAAATGAATATCACGACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATGTTTTTAAACT
CTTGTCATGTGAAACTGATCTAGTGCTCTTTGACAGGTGCAGATTTTGGTGGAGGAGGAA
GGTTCTCGACTGTAACAGTGAGCTTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTTCCGTCAAGTA
GATAGTACTGTTTGGTGACATTGAGAGGGACAATGTCTCTCCCAGCTCCACGTGTATAGT
TTCGGATCGGATGGTCGGAGATACATCTCTCGTAGTCGGTCTTGTTTACTTCAAGAATGT
TGTGTTGGTCTCTGTAGTACACGAAATAGAGCCAATCTCCAAGGTAGAAATGCTTTCCCT
GAACCCAGGTGGTATAGTCGATGTTTGGATTCCAAAACCTTTTGTCGCCAACTAAATACT
TCTTTGCCGTCACTTCCGGCACCGGCGCTGCCACTAGTAAAGCAAGTACTGCTGCCGCAA
TCAACACCGTGAATCTCGCCATCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTGTCTCCTCTCC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1BE92TF 782 0 0
ATCATTACAAAGAAAC*TAAAACTTATTCCAAAACAACTAGGTGAGATTTCATATTAATT
CTTCTGATATGTATTGAATAGTGGGAACTAGCTTTGACACAACATAAACAAACCAGCAAG
AAATATCATTATAATA*GGTAGATCCATATTTTTAGGCGTTTGAAATTCACGTCTTATGC
TAAAACAAAAAGAAAGTAAACCATAGCAACAAAACACAACAAATCATGAAACAAGATCAT
CCACGGAAATGAATATCACGACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATGTTTTTAAACTCTT
GTCATGTGAAACTGATCTAGTGCTCTTTGACAGGTGCAGATTTTGGTGGAGGAGGAAGGT
TCTCGACTGTAACAGTGAGCTTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTTCCGTCAAGTAGAT
AGTACTGTTTGGTGACATTGAGAGGGACTATGTCTCTCCCAGCTCCACGTGTATAGTTTC
GGATCGGATGGTCGGAGATACATCTCTCGTAGTCGGTCTTGTTTACTTCAAGAATGTTGT
GTTGGTCTCTGTAGTACACGAAATAGAGCCAATCTCCAAGGTAGAAATGCTTTCCCTGAA
CCCAGGTGGTATAGTCGATGTTTGGATTCCAAAACTTTTTGTCGCCAACTAAATACTTCT
TTGCCGTCACTTCCGGCACCGGCGCTGCCACTAGAAAAGCAAGTACTGCTGCCGCAATCA
ACACCGTGAATCTCGCCATCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTC
CTCTAGTGGACTTCC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1E868JQ 676 0 0
G
ACAAACCAGCAAGAAATATCATTATAATA*GGTAGATCCATATTTTTAGGCGTTTGAAAT
TCACGTCTTATGCTAAAACAAAAAGAAAGTAAACCATAGCAACAAAACACAACAAATCAT
GAAACAAGATCATCCACGGAAATGAATATCACGACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATG
TTTTTAAACTCTTGTCATGTGAAACTGATCTAGTGCTCTTTGACAGGTGCAGATTTTGGT
GGAGGAGGAAGGTTCTCGACTGTAACAGTGAGCTTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTT
CCGTCAAGTAGATAGTACTGTTTGGTGACATTGAGAGGGACAATGTCTCTCCCAGCTCCA
CGTGTATAGTTTCGGATCGGATGGTCGGAGATACATCTCTCGTAGTCGGTCTTGTTTACT
TCAAGAATGTTGTGTTGGTCTCTGTAGTACACGAAATAGAGCCAATCTCCAAGGTAGAAA
TGCTTTCCCTGAACCCAGGTGGTATAGTCGATGTTTGGATTCCAAAACTTTTTGTCACCA
ACTAAATACTTCTTTGCCGTCACTTCCGGCACCGGCGCTGCCACTAGAAAAGCAAGTACT
GCTGCCGCAATCAACACCGTGAATCTCGCCATCTTTTCTCTCTCTATCTCTCTCTGTCTC
CTCTAGTGGACTTCC

QA 2 676 2 676
DS 

RD RR1EP08JQ 669 0 0
CT
AAACCAGCAAGAAATATCATTATAATA*GGTAGATCCATATTTTTAGGCGTTTGAAATTC
ACGTCTTATGCTAAAACAAAAAGAAAGTAAACCATAGCAACAAAACACAACAAATCATGA
AACAAGATCATCCACGGAAATGAATATCACGACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATGTT
TTTAAACTCTTGTCATGTGAAACTGATCTAGTGCTCTTTGACAGGTGCAGATTTTGGTGG
AGGAGGAAGGTTCTCGACTGTAACAGTGAGCTTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTTCC
GTCAAGTAAATAGTACTGTTTGGTGACATTGAGAGGGACAATGTCTCTCCCAGCTCCACG
TGTATAGTTTCGGATCGGATGGTCGGAGATACATCTCTCGTAGTCGGTCTTGTTTACTTC
AAGAATGTTGTGTTGGTCTCTGTAGTACACGAAATAGAGCCAATCTCCAAGGTAGAAATG
CTTTCCCTGAACCCAGGTGGTATAGTCGATGTTTGGATTCCAAAACTTTTTGTCGCCAAC
TAAATACTTCTTTGCCGTCACTTCCGGCACCGGCGCTGCCACTAGAAAAGCAAGTACTGC
TGCCGCAATCAACACCGTGAATCTCGCCATCTTTTCTCTCTCTCT**CTCTCTGTCTCCT
CTAGT
CC

QA 3 667 3 667
DS 

RD RR1EP08TF 669 0 0
CT
AAACCAGCAAGAAATATCATTATAATA*GGTAGATCCATATTTTTAGGCGTTTGAAATTC
ACGTCTTATGCTAAAACAAAAAGAAAGTAAACCATAGCAACAAAACACAACAAATCATGA
AACAAGATCATCCACGGAAATGAATATCACGACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATGTT
TTTAAACTCTTGTCATGTGAAACTGATCTAGTGCTCTTTGACAGGTGCAGATTTTGGTGG
AGGAGGAAGGTTCTCGACTGTAACAGTGAGCTTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTTCC
GTCAAGTAGATAGTACTGTTTGGTGACATTGAGAGGGACAATGTCTCTCCCAGCTCCACG
TGTATAGTTTCGGATCGGATGGTCGGAGATACATCTCTCGTAGTCGGTCTTGTTTACTTC
AAGAATGTTGTGTTGGTCTCTGTAGTACACGAAATAGAGCCAATCTCCAAGGTAGAAATG
CTTTCCCTGAACCCAGGTGGTATAGTCGATGTTTGGATTCCAAAACTTTTTGTCGCCAAC
TAAATACTTCTTTGCCGTCACTTCCGGCACCGGCGCTGCCACTAGAAAAGCAAGTACTGC
TGCCGCAATCAACACCGTGAATCTCGCCATCTTTTCTCTCTCTCT**CTCTCTGTCTCCT
CTAGT
CC

QA 3 667 3 667
DS 

RD RR1E868TF 676 0 0
G
ACAAACCAGCAAGAAATATCATTATAATA*GGTAGATCCATATTTTTAGGCGTTTGAAAT
TCACGTCTTATGCTAAAACAAAAAGAAAGTAAACCATAGCAACAAAACACAACAAATCAT
GAAACAAGATCATCCACGGAAATGAATATCACGACAAGAGAGGCAAACAATCAACTGATG
TTTTTAAACTCTTGTCATGTGAAACTGATCTAGTGCTCTTTGACAGGTGCAGATTTTGGT
GGAGGAGGAAGGTTCTCGACTGTAACAGTGAGCTTCATGCCTTTAAAACAACCACCCCTT
CCGTCAAGTAGATAGTACTGTTTGGTGACATTGAGAGGGACAATGTCTCTCCCAGCTCCA
CGTGTATAGTTTCGGATCGGATGGTCGGAGATACATCTCTCGTAGTCGGTCTTGTTTACT
TCAAGAATGTTGTGTTGGTCTCTGTAGTACACGAAATAGAGCCAATCTCCAAGGTAGAAA
TGCTTTCCCTGAACCCAGGTGGTATAGTCGATGTTTGGATTCCAAAACTTTTTGTCACCA
ACTAAATACTTCTTTGCCGTCACTTCCGGCACCGGCGCTGCCACTAGAAAAGCAAGTACT
GCTGCCGCAATCAACACCGTGAATCTCGCCATCTTTTCTCTCTCTATCTCTCTCTGTCTC
CTCTAGT
GGACTTCC

QA 2 668 2 668
DS 



AS 1 10

CO CL272Contig1 868 10 7 U
GGGGGATCTAACAAGAAGAAAACAGTAAGCACTTCCAAAGAAAATCAATTATGGCAACAA
TGAAGCAATCTCTTGTTCTTTCCATATTAATACTACTATCATCATCATTTGCACCAATCC
ATGCCCGCAACAAACCACATCCGGCAAACTCTCCCCC*ACCGGTAGCAACTCCATCGCCG
GGACCATCAAATTCTGATTGCTCGAGCGTTATATTTGGCATGATGGATTGTCTCTCGTAC
CTTACCCCTGGATCAAATGATACTAAGCCCACGAAAGCGTGTTGCGGGGGAATCCAATCT
GTTGTACAATATAATCCTGATTGTGTTTGCATCGGCTTAGCGAGTAGCAAAGATATGGGT
ATTGCAGTGAATAACACAAGAGCTCTTGCCATGCCTACGATTTGCAAGCTCCCCGTTCTT
CCTCCCCATTGTACTATACTGGACGCGCCGAGTGCATCTACTCCTGGTATGTCTTCAGTT
TCTCCTTCTGCTGTAACACCTATGACTCCACCGTCTTCAGCCCAGTCACCCACATCTTCT
CCAACTTTGGCTGACTCGCCGGGCATGACTGCACCACCTCCCTCGAGTTCTGGCACCAAC
CACCTCTCAGTTTCAACATTGACCTTCGTTTTCATATATTTCTTCTATAACTTACATTTT
GGCTTTTTCTAATTAATTTCAGCTTTCACGTTTCCATATATTTTTCTACTGAATTTTTTT
TCTTCTACTGAATTGGACATTATATGTTCGTGATTTCAAGACCGATGCTGTTTTTAATTT
GATGTTCTTTGTTAATCAAATTAATATATATTTTTTTAAATCATGCAACATTGATATAGA
TCTGCTGGGATTTTGTCGTTAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA11TF U -3
AF RR1DE13TF U 2
AF RR1CD44TF U 2
AF RR1B403TF U 1
AF RR1H520TF U 2
AF RR1B403JQ C 64
AF RR1CD44JQ C 123
AF RR1DE13JQ C 161
AF RR1DA11JQ C 208
AF RR1EF17TF U 243
BS 1 153 RR1B403TF
BS 154 154 RR1CD44TF
BS 155 757 RR1B403TF
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BS 759 759 RR1EF17TF
BS 760 773 RR1H520TF
BS 774 868 RR1EF17TF

RD RR1DA11TF 506 0 0
GGAAATCAA
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CAATCTCTTGTTCTTTCCATATTAATACTACTATCATCATCATTTGCACCAATCCATGCC
CGCAACAAACCACATCCGGCAAACTCTCCCCC*ACCGGTAGCAACTCCAGCGCCGGGACC
ATCAAATTCTGATTGCTCGAGCGTTATATTTGGCATGATGGATTGTCTCTCGTACCTTAC
CCCTGGATCAAATGATACTAAGCCCACGAAAGCGTGTTGCGGGGGAATCCAATCTGTTGT
ACAATATAATCCTGATTGTGTTTGCATCGGCTTAGCGAGTAGCAAAGATATGGGTATTGC
AGTGAATAACACAAGAGCTCTTGCCATGCCTACGATTTGCAGGCTCCCCGTTCTTCCTCC
CCATTGTACTATACTGGACGCGCCGAGTGCATCTACTCCTGGTATGTCTCCAGTTTCTCC
TTCTGCTGTAACACCTA

QA 10 506 10 506
DS 

RD RR1DE13TF 629 0 0
GGA
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GCAATCTCTTGTTCTTTCCATATTAATACTACTATCATCATCATTTGCACCAATCCGTGC
CCGCAACAAACCACATCCGGCAAACTCTCCCCC*ACCGGTAGCAACTCCAGCGCCGGGAC
CATCAAATTCTGATTGCTCGAGCGTTATATTTGGCATGATGGATTGTCTCTCGTACCTTA
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TACAATATAATCCTGATTGTGTTTGCATCGGCTTAGCGAGTAGCAAAGATATGGGTATTG
CAGTGAATAACACAAGAGCTCTTGCCATGCCTACGATTTGCAAGCTCCCCGTTCTTCCTC
CCCATTGTACTATACTGGACGCGCCGAGTGCATCTACTCCTGGTATGTCTTCAGTTTCTC
CTTCTGCTGTAACACCTATGACTCCACCGTCTTCAGCCCAGTCACCCACATCTTCTCCAA
CTTTGGCTGACTCGCCGGGCATGACTGCACCACCTCCCTCGAGTTCTGGCACCAACCACC
TCTCAGTTTCAACATTGACCTTCGTT

QA 4 629 4 629
DS 

RD RR1CD44TF 668 0 0
GGA
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GCAATCTCTTGTTCTTTCCATATTAATACTACTATCATCATCATTTGCACCAATCCATGC
CCGCAACAAACCACATCCGGCAAACTCTCCCCC*ACCGGTAGCAACTCCATCGCCGGGAC
CATCAAATTCTGATTGCTCGAGCGTTATATTTGGCATGATGGATTGTCTCTCGTACCTTA
CCCCTGGATCAAATGATACTAAGCCCACGAAAGCGTGTTGCGGGGGAATCCAATCTGTTG
TACAATATAATCCTGATTGTGTTTGCATCGGCTTAGCGAGTAGCAAAGATATGGGTATTG
CAGTGAATAACACAAGAGCTCTTGCCATGCCTACGATTTGCAAGCTCCCCGTTCTTCCTC
CCCATTGTACTATACTGGACGCGCCGAGTGCATCTACTCCTGGTATGTCTTCAGTTTCTC
CTTCTGCTGTAACACCTATGACTCCACCGTCTTCAGCCCAGTCACCCACATCTTCTCCAA
CTTTGGCTGACTCGCCGGGCATGACTGCACCACCTCCCTCGAGTTCTGGCACCAACCACC
TCTCAGTTTCAACATTGACCTTCGTTTTCATATATTTCTTCTATAACTTACATTTTGGCT
TTTTC

QA 4 668 4 668
DS 

RD RR1B403TF 757 0 0
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TGAAGCAATCTCTTGTTCTTTCCATATTAATACTACTATCATCATCATTTGCACCAATCC
ATGCCCGCAACAAACCACATCCGGCAAACTCTCTCCC*ACCGGTAGCAACTCCATCGCCG
GGACCATCAAATTCTGATTGCTCGAGCGTTATATTTGGCATGATGGATTGTCTCTCGTAC
CTTACCCCTGGATCAAATGATACTAAGCCCACGAAAGCGTGTTGCGGGGGAATCCAATCT
GTTGTACAATATAATCCTGATTGTGTTTGCATCGGCTTAGCGAGTAGCAAAGATATGGGT
ATTGCAGTGAATAACACAAGAGCTCTTGCCATGCCTACGATTTGCAAGCTCCCCGTTCTT
CCTCCCCATTGTACTATACTGGACGCGCCGAGTGCATCTACTCCTGGTATGTCTTCAGTT
TCTCCTTCTGCTGTAACACCTATGACTCCACCGTCTTCAGCCCAGTCACCCACATCTTCT
CCAACTTTGGCTGACTCGCCGGGCATGACTGCACCACCTCCCTCGAGTTCTGGCACCAAC
CACCTCTCAGTTTCAACATTGACCTTCGTTTTCATATATTTCTTCTATAACTTACATTTT
GGCTTTTTCTAATTAATTTCAGCTTTCACGTTTCCATATATTTTTCTACTGAATTTTTTT
TCTTCTACTGAATTGGACATTATATGTTCGTGATTTC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1H520TF 772 0 0
GGA
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GCAATCTCTTGTTCTTTCCATATTAATACTACTATCATCATCATTTGCACCAATCCATGC
CCGCAACAAACCACATCCGGCAAACTCTCCCCC*ACCGGTAGCAACTCCATCGCCGGGAC
CATCAAATTCTGATTGCTCGAGCGTTATATTTGGCATGATGGATTGTCTCTCGTACCTTA
CCCCTGGATCAAATGATACTAAGCCCACGAAAGCGTGTTGCGGGGGAATCCAATCTGTTG
TACAATATAATCCTGATTGTGTTTGCATCGGCTTAGCGAGTAGCAAAGATATGGGTATTG
CAGTGAATAACACAAGAGCTCTTGCCATGCCTACGATTTGCAAGCTCCCCGTTCTTCCTC
CCCATTGTACTATACTGGACGCGCCGAGTGCATCTACTCCTGGTATGTCTTCAGTTTCTC
CTTCTGCTGTAACACCTATGACTCCACCGTCTTCAGCCCAGTCACCCACATCTTCTCCAA
CTTTGGCTGACTCGCCGGGCATGACTGCACCACCTCCCTCGAGTTCTGGCACCAACCACC
TCTCAGTTTCAACATTGACCTTCGTTTTCATATATTTCTTCTATAACTTACATTTTGGCT
TTTTCTAATTAATTTCAGCTTTCACGTTTCCATATATTTTTCTACTGAATTTTTTT*CTT
CTACTGAATTGGACATTATATGTTCGTGATTTCA*GACCGATGCTGTTT

QA 4 772 4 772
DS 

RD RR1B403JQ 694 0 0
AGCAATCTCTTGTTCTTTCCATATTAATACTACTATCATCATCATTTGCACCAATCCATG
CCCGCAACAAACCACATCCGGCAAACTCTCTCCC*ACCGGTAGCAACTCCATCGCCGGGA
CCATCAAATTCTGATTGCTCGAGCGTTATATTTGGCATGATGGATTGTCTCTCGTACCTT
ACCCTTGGATCAAATGATATTAAGCCCAGGAAAGCGTGTTGCGGGGGAATCCAATCTGTT
GTACAATATAATCCTGATTGTGTTTGCATCGGCTTAGCGAGTAGCAAAGATATGGGTATT
GCAGTGAATAACACAAGAGCTCTTGCCATGCCTACGATTTGCAAGCTCCCCGTTCTTCCT
CCCCATTGTACTATACTGGACGCGCCGAGTGCATCTACTCCTGGTATGTCTTCAGTTTCT
CCTTCTGCTGTAACACCTATGACTCCACCGTCTTCAGCCCAGTCACCCACATCTTCTCCA
ACTTTGGCTGACTCGCCGGGCATGACTGCACCACCTCCCTCGAGTTCTGGCACCAACCAC
CTCTCAGTTTCAACATTGACCTTCGTTTTCATATATTTTTTCTATAACTTACATTTTGGC
TTTTTCTAATTAATTTCAGCTTTCACGTTTCCATATATTTTTTTACTGAATTTTTTTTCT
TTTACTGAATTGGACATTATATGTTCGTGATTTC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1CD44JQ 720 0 0
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ACCATCAAATTCTGATTGCTCGAGCGTTATATTTGGCATGATGGATTGTCTCTCGTACCT
TACCCCTGGATCAAATGATACTAAGCCCACGAAAGCGTGTTGCGGGGGAATCCAATCTGT
TGTACAATATAATCCTGATTGTGTTTGCATCGGCTTAGCGAGTAGCAAAGATATGGGTAT
TGCAGTGAATAACACAAGAGCTCTTGCCATGCCTACGATTTGCAAGCTCCCCGTTCTTCC
TCCCCATTGTACTATACTGGACGCGCCGAGTGCATCTACTCCTGGTATGTCTTCAGTTTC
TCCTTCTGCTGTAACACCTATGACTCCACCGTCTTCAGCCCAGTCACCCACATCTTCTCC
AACTTTGGCTGACTCGCCGGGCATGACTGCACCACCTCCCTCGAGTTCTGGCACCAACCA
CCTCTCAGTTTCAACATTGACCTTCGTTTTCATATATTTCTTCTATAACTTACATTTTGG
CTTTTTTTAATTAATTTCAGCTTTCACGTTTCCATATATTTTTCTACTGAATTTTTTTTC
TTCTACTGAATTGGACATTATATGTTCGTGATTTCAAGACCGATGCTGTTTTTAATTTGA
TGTTCTTTGTTAATCAAATTAATATATATTTTTTTAAATCATGCAACATTGATATAGA
AA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1DE13JQ 667 0 0
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TGATGGATTGTCTCTCGTACCTTACCCCTGGATCAAATGATACTAAGCCCACGAAAGCGT
GTTGCGGGGGAATCCAATCTGTTGTACAATATAATCCTGATTGTGTTTGCATCGGCTTAG
CGAGTAGCAAAGATATGGGTATTGCAGTGAATAACACAAGAGCTCTTGCCATGCCTACGA
TTTGCAAGCTCCCCGTTCTTCCTCCCCATTGTACTATACTGGACGCGCCGAGTGCATCTA
CTCCTGGTATGTCTTCAGTTTCTCCTTCTGCTGTAACACCTATGACTCCACCGTCTTCAG
CCCAGTCACCCACATCTTCTCCAACTTTGGCTGACTCGCCGGGCATGACTGCACCACCTC
CCTCGAGTTCTGGCACCAACCACCTCTCAGTTTCAACATTGACCTTCGTTTTCATATATT
TCTTCTATAACTTACATTTTGGCTTTTTCTAATTAATTTCAGCTTTCACGTTTCCATATA
TTTTTTTACTGAATTTTTTTTCTTCTACTGAATTGGACATTATATGTCCGTGATTTCAAG
ACCGATGCTGTTTTTAATTTGATGTTCTTTGTTAATCAAATTAATATATATTTTTTTAAA
TCATGC
T

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1DA11JQ 610 0 0
GTTATATTTGGCATGATGGATTGTCTCTCGTACCTTACCCCTGGATCAAATGATACTAAG
CCCACGAAAGCGTGTTGCGGGGGAATCCAATCTGTTGTACAATATAATCCTGATTGTGTT
TGCATCGGCTTAGCGAGTAGCAAAGATATGGGTATTGCAGTGAATAACACAAGAGCTCTT
GCCATGCCTACGATTTGCAGGCTCCCCGTTCTTCCTCCCCATTGTACTATACTGGACGCG
CCGAGTGCATCTACTCCTGGTATGTCTCCAGTTTCTCCTTCTGCTGTAACACCTATGACT
CCACCGTCTTCAGCCCAGTCACCCACATCTTCTCCAACTTTGGCTGACTCGCCGGGCATG
ACTGCACCACCTCCCTCGAGTTCTGGCACCAACCACCTCTCAGTTTCAACATTGACTTTC
GTTTTCATATATTTCTTCTATAACTTACATTTTGGCTTTTTCTAATTAATTTCAGCTTTC
ACGTTTCCATATATTTTTTTACTGAATTTTTTTTCTTCTACTGAATTGGACATTATATGT
TCGTGATTTCAAGACCGATGCTGTTCTTAATTTGATGTTCTTTGTTAATCAAATTAATAT
ATATTTTTTT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1EF17TF 626 0 0
G
ACCCCTGGATCAAATGATACTAAGCCCACGAAAGCGTGTTGCGGGGGAATCCAATCTGTT
GTACAATATAATCCTGATTGTGTTTGCATCGGCTTAGCGAGTAGCAAAGATATGGGTATT
GCAGTGAATAACACAAGAGCTCTTGCCATGCCTACGATTTGCAAGCTCCCCGTTCTTCCT
CCCCATTGTACTATACTGGACGCGCCGAGTGCATCTACTCCTGGTATGTCTTCAGTTTCT
CCTTCTGCTGTAACACCTATGACTCCACCGTCTTCAGCCCAGTCACCCACATCTTCTCCA
ACTTTGGCTGACTCGCCGGGCATGACTGCACCACCTCCCTCGAGTTCTGGCACCAACCAC
CTCTCAGTTTCAACATTGACCTTCGTTTTCATATATTTCTTCTATAACTTACATTTTGGC
TTTTTCTAATTAATTTCAGCTTTCACGTTTCCATATATTTTTCTACTGAATTTTTTTTCT
TCTACTGAATTGGACATTATATGTTCGTGATTTCAAGACCGATGCTGTTTTTAATTTGAT
GTTCTTTGTTAATCAAATTAATATATATTTTTTTAAATCATGCAACATTGATATAGATCT
GCTGGGATTTTGTCGTTAAAAAAAA

QA 2 626 2 626
DS 



AS 1 11

CO CL273Contig1 752 11 6 U
GGCTCACAACGATCGGATCAAAGAATCACATCCATCTCTTTTGACAATTGAAACTAGTGA
AAAATGGGGATAATCAGAAAGAAACACGATAAAAAATCCCGAAGGCCGTCGTTTAAGAGT
GTTTTAACCTCAGTACTAGCTACACAAGCCGCAATATTCCTCTTATTGCTCGCCGGTGTA
TCCCTCGCTGGCACAGCCGTCGCATTTATTGCCACCATGCCGCTATTCATAGTATTCAGT
CCGGTTCTCGTACCAGCGGGTATTGCCACTGGTTTACTGGCTACGGGTTTAGCAGCCACC
GGTAGCACCGGTGCAATGGCTGTCTCCCTCATCCTGTGGCTCTTCAAGCGAGCAACGGGC
AAGGAGCCGCCAAAAATCATGACAAAAATCTTGAGAAAGGTGTTTCCGGGTGGAGGTACT
AGTCATGCAGCTAAACTGGCAGCAAAACCAGAAGCCGAGACAGCAGCCTCACCAGCGGCC
GCACCAGCAGCCTCACCAGCAGCCGCACCGAGTACATGAAAAGAACCGGTGGGTATAAGC
AAAGGATGATAGATAAACAATCCAACTTTTAAAAATAAATGATAATTATTACGTGGGGAT
GGAAGTTAAATTTTCAGATATTATTATACTAACGGATATCGTGGTACAAAATAGTAACAA
ATGTAAGCATTTTTATTGTATAACATTTTAAGAAGGAAGCGATGTATCGTTGATGTTAAC
CCTATTCAAGTTCAACAATGTTATTCTGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 
60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 30 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS65TF U 21
AF RR1E130TF U 1
AF RR1CJ66TF U 18
AF RR1G065TF U 18
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AF RR1CJ66JQ C 203
AF RR1BL28JQ C 11
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AF RR1AJ07TF U 18
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TCCAACTTTTAAAAA

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DS 

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GTTTTAACCTCAGTACTAGCTACACAAGCCGCAATATTCCTCTTATTGCTCGCCGGTGTA
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AAAA

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DS 

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GGCTGTTTCCCTCATCCTGTGGCTCTTCAAGCGAGCAACGGGCAAGGAGCCGCCAAAAAT
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GTATAAC

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DS 

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GTATAACATTTTA

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DS 

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DS 

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ATTATACTAACGGATATCGTGGTACAAAATAGTAACAAATGTAAGCATTTTTATTGTATA
ACATTTTAAGAAGGAAGGGATG

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DS 

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DS 

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CGGGTTTAGCAGCCACCGGTAGCACCGGTGCAATGGCTGTCTCCCTCATCCTGTGGCTCT
TCAAGCGAGCAACGGGCAAGGAGCCGCCAAAAATCATGACAAAAATCTTGAGAAAGGTGT
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CTGATTC

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ATGTTATT
TTG

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AT

QA 1 722 1 722
DS 

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ATGTTATT
CTGATTC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 11

CO CL274Contig1 1183 11 17 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 40 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1G248TF U 124
AF RR1CM01TF U 1
AF RR1ET75TF U 124
AF RR1DV39TF U 143
AF RR1AZ46TF U 143
AF RR1A893TF U 162
AF RR1G248JQ C 451
AF RR1AZ46JQ C 350
AF RR1A893JQ C 406
AF RR1DV39JQ C 528
AF RR1CM01JQ C 458
BS 1 457 RR1CM01TF
BS 458 458 RR1ET75TF
BS 459 673 RR1CM01TF
BS 674 674 RR1ET75TF
BS 675 692 RR1CM01TF
BS 693 693 RR1ET75TF
BS 694 718 RR1CM01TF
BS 719 719 RR1ET75TF
BS 720 729 RR1CM01TF
BS 730 730 RR1ET75TF
BS 731 747 RR1CM01TF
BS 748 758 RR1ET75TF
BS 759 759 RR1AZ46TF
BS 760 858 RR1ET75TF
BS 859 953 RR1AZ46TF
BS 954 1178 RR1AZ46JQ
BS 1179 1183 RR1A893JQ

RD RR1G248TF 565 0 0
GG
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TAGAATCAAAACAAAGCTTCTTCTTCTTCTTGGTTTGAGATGGCATCCTCTGGTGCGGTT
TCAGGAGCTACTACTGTCTCTTCCTTCTTCACCAAAACCTCTTCAGTTTCAAACCCATCT
CCCAAACTTCAGTCCTCGTCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTGTGTTTCATGGAGTT
TCGTTGGGAGATTCGAAGAGGAGTGTATCAGAGACCTTCGCTGTATCCGACCGAAAGATC
GGTGTGTTATTAAACGGGTCGAGAAGATTCCAAGTCAAAGCGAGGACAGCAGCTTCGAAA
ACCATAGAGGTTGAAGTGGACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGGACAGAAGCAAGGTGGT
GGAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAGGAGGTGGGAACGCAGCAAAAGCTGGGCTTAAATCT
GGAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGTTTCTTTGGAGATGAGCTTTGGCCTGCTGATAAG
TTGGGTTTTACTAAAACCGCTAT

QA 3 565 3 565
DS 

RD RR1CM01TF 749 0 0
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ATCCCTTTGCAAGGCTTTCACACATCCACTAAAAAATAAAAAACCTTCTCTTTACTCTTT
GCTTCATCTCAAAAAACGCATGCAACAACAACACCATCGAAGTCCATCCATCTTCACGTA
TTAACTAGAATCAAAACAAAGCTTCTTCTTCTTCTTGGTTTGAGATGGCATCCTCTGGTG
CGGTTTCAGGAGCTACTACTGTCTCTTCCTTCTTCACCAAAACCTCTTCGGTTTCAAACC
CATCTCCCAAACTTCAGTCCTCGTCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTGTGTTTCATG
GAGTTTCGTTGGGAGATTCGAAGAGGAGTGTATCAGAGACCTTCGCTGTATCCGACCGAA
AGATCGGTGTGTTATTAAACGGGTCGAGAAGATTCCAGGTCAAAGCGAGGACAGCAGCTT
CGAAAACCATAGAGGTTGAAGTGGACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGGACAGAAGCAAG
GTGGTGGAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAGGAGGTGGGAACGCAGCAAAAGCTGGGCTTA
AATCTGGAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGTTTCTTTGGAGATGAGCTTTGGCCTGCTG
ATAAGTTGGGTTTCACTAAAACCGCTATTCAG*CCAAACCTGATTCTGTCTACTTTGT*G
TCAGCAGAG*TGCAGAAGTTGATGTGA
GA

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DS 

RD RR1ET75TF 735 0 0
GG
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TAGAATCGAAACAAAGCTTCTTCTTCTTCTTGGTTTGAGATGGCATCCTCTGGTGCGGTT
TCAGGAGCTACTACTGTCTCTTCCTTCTTCACCAAAACCTCTTCAGTTTCAAACCCATCT
CCCAAACTTCAGTCCTCGTCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTGTGTTTCATGGAGTT
TCGTTGGGAGATTCGAAGAGGAGTGTATCAGAGACCTTCGCTGTATCCGACCGAAAGATC
GGTGTGTTATTAAACGGGTCGAGAAGATTCCAAGTCAAAGCGAGGACAGCAGCTTCGAAA
ACCATAGAGGTTGAAGTGGACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGGACAGAAGCAAGGTGGT
GGAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAGGAGGTGGGAACGCAGCAAAAGCTGGGCTTAAATCT
GGAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGTTTCTTTGGAGATGAGCTTTGGCCTGCTGATAAG
TTGGGTTTTACTAAAACCGCTATTCAGGCCAAACCTGATTCTGTCTACTTTGTTGTCAGC
AGAGGTGCAGAAGTTGATGTGAAGAAGCTAAATGAGCGTCCAGCTCCTCCTCGGTTTGGA
AGAAAGTTAACCGAGACTCAGAAGACAAGAGCTACTCACATTTGTCTTGATTGTGGATTC
ATATACACTTTAC

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DS 

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G
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TCTTCTTCTTCTTGGTTTGAGAAGGCATCCTCTGGTGCGGTTTCAGGAGCTACTACTGTC
TCTTCCTTCTTCACCAAAACCTCTTCGGTTTCAAACCCATCTCCCAAACTTCAGTCCTCG
TCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTGTGTTTCATGGAGTTTCGTTGGGAGATTCGAAG
AGGAGTGTATCAGAGACCTTCGCTGTATCCGACCGAAAGATCGGTGTGTTATTAAACGGG
TCGAGAAGATTCCAAGTCAAAGCGAGGACAGCAGCTTCGAAAACCATAGAGGTTGAAGTG
GACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGGGCAGAAGCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCACTGGT
GTGGAAGGAGGTGGGAACGCAGCAAAAGCTGGGCTTAAATCTGGAGATCAAGTTCTGTAC
ACAAGCAGTTTCTTTGGAGATGAGCTTTGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAAAACC
GCTATTCAGGCCAAACCTGATTCTGTCTACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGTTGAT
GTGAAGAAGCTAAATAAGCGTCCAGCTCCTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTTAACCGAGACT
CAGAAGACAAGAGCTACTCACATTTGTCTTGATTGTGGATTCATATACACTTT

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DS 

RD RR1AZ46TF 815 0 0
G
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TCTTCTTCTTCTTGGTTTGAGATGGCATCCTCTGGTGCGGTTTCAGGAGCTACTACTGTC
TCTTCCTTCTTCACCAAAACCTCTTCGGTTTCAAACCCATCTCCCAAACTTCAGTCCTCG
TCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTGTGTTTCATGGAGTTTCGTTGGGAGATTCGAAG
AGGAGTGTATCAGAGACCTTCGCTGTATCCGACCGAAAGATCGGTGTGTTATTAAACGGG
TCGAGAAGATTCCAAGTCAAAGCGAGGACAGCAGCTTCGAAAACCATAGAGGTTGAAGTG
GACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGGACAGAAGCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCACTGGT
GTGGAAGGAGGTGGGAACGCAGCAAAAGCTGGGCTTAAATCTGGAGATCAAGTTCTGTAC
ACAAGCAGTTTCTTTGGAGATGAGCTTTGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAAAACC
GCTATTCAGGCCAAACCTGATTCTGTCTACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAGGTTGAT
GTGAAGAAGCTAAATAAGCGTCCAGCTCCTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTTAACCGAGACT
CAGAAGACAAGAGCTACTCACATTTGCCTTGATTGTGGATTCATATACACTTTACCAAAA
CCTTTTGATGAACAGCCGGATACATACGTATGTCCTCAATGTATAGCACCAAAGAAAAGG
TTTGCGAGGTACGACGTGAACACAGGGAAG
CCAT

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DS 

RD RR1A893TF 783 0 0
GG
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GATGGCATCCTCTGGTGCGGTTTCAGGAGCTACTACTGTCTCTTCCTTCTTCACCAAAAC
CTCTTCGGTTTCAAACCCATCTCCCAAACTTCAGTCCTCGTCTCCTCTTCTCTTTCCCCA
GAAAACTGTGTTTCATGGAGTTTCGTTGGGAGATTCGAAGAGGAGTGTATCAGAGACCTT
CGCTGTATCCGACCGAAAGATCGGTGTGTTATTAAACGGGTCGAGAAGATTCCAAGTCAA
AGCGAGGACAGCAGCTTCGAAAACCATAGAGGTTGAAATGGACAAGCCTTTGGGTCTGAC
TCTTGGACAGAATCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAGGAGGTGGGAACGC
AGCAAAAGCTGGGCTTAAATCTGGAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGTTTCTTTGGAGA
TGAGCTTTGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAAAACCGCTATTCAGGCCAAACCTGA
TTCTGTCTACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGTTGATGTGAAGAAGCTAAATAAGCG
TCCAGCTCCTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTTAACCGAGACTCAGAAGACAAGAGCTACTCA
CATTTGTCTTGATTGTGGATTCATATACACTTTACCAAAACCTTTTGATGAACAGCCGGA
TACATACGTATGTCCTCAATGTATAGCACCAAAGAAAAGGTTTGCGAGGTACGACGTGAA
C

QA 3 783 3 783
DS 

RD RR1G248JQ 690 0 0
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CTTTGGGTCTGACTCTTGGACAGAAGCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAG
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GTTTCTTTGGAGATGAGCTTTGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAAAACCGCTATTC
AGGCCAAACCTGATTCTGTCTACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGTTGATGTGAAGA
AGCTAAATAAGCGTCCAGCTCCTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTTAACCGAGACTCAGAAGA
CAAGAGCTACTCACATTTGTCTTGATTGTGGATTCATATACACTTTACCAAAACCTTTTG
ATGAACAGCCTGATACATACGTATGTCCTCAATGTATAGCACCAAAGAAAAGGTCTGCGA
GGTACGACGTGAACACAGGGAAGGCCATAGGAGGAGGACTGCCTCCGATCGGTGTTATCG
TTGGCTTATTGGCCGGTCTTGGAGCTGTTGGAGCTCTGCTTGTGTATGGTCTTCAGTGAT
ATTTTATAGAACTTGTATAAATTGTCTATCAAACAAGTCCCTAGTTAAGTTTTGTGATTC
CAAACCAAGAATGAATGTTGATGACTTGAT

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DS 

RD RR1AZ46JQ 829 0 0
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ATCCGACCGAAAGATCGGTGTGTTATTAAACGGGTCGAGAAGATTCCAAGTCAAAGCGAG
GACAGCAGCTTCGAAAACCATAGAGGTTGAAGTGGACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGG
ACAGAAGCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAGGAGGTGGGAACGCAGCAAA
AGCTGGGCTTAAATCTGGAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGTTTCTTTGGAGATGAGCT
TTGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAAAACCGCTATTCAGGCCAAACCTGATTCTGT
CTACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAGGTTGATGTGAAGAAGCTAAATAAGCGTCCAGC
TCCTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTTAACCGAGACTCAGAAGACAAGAGCTACTCACATTTG
CCTTGATTGTGGATTCATATACACTTTACCAAAACCTTTTGATGAACAGCCGGATACATA
CGTATGTCCTCAATGTATAGCACCAAAGAAAAGGTTTGCGAGGTACGACGTGAACACAGG
GAAGGCCATAGGAGGAGGACTGCCTCCGATCGGTGTTATCGTTGGCTTATTGGCCGGTCT
TGGAGCTGTTGGAGCTCTGCTTGTGTATGGTCTTCAGTGATATTTTATAGAACTTGTATA
AATTGTCTATCAAACAAGTCCCTAGTTAAGTTTTGTGATTCCAAACCAAGAATGAATGTT
GATGACTTGATGACATCAACTTGAGAATTTAATTCAGTTATTTTATGTT

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DS 

RD RR1A893JQ 778 0 0
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CGAGGACAGCAGCTTCGAAAACCATAGAGGTTGAAATGGACAAGCCTTTGGGTCTGACTC
TTGGACAGAATCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAGGAGGTGGGAACGCAG
CAAAAGCTGGGCTTAAATCTGGAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGTTTCTTTGGAGATG
AGCTTTGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAAAACCGCTATTCAGGCCAAACCTGATT
CTGTCTACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGTTGATGTGAAGAAGCTAAATAAGCGTC
CAGCTCCTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTTAACCGAGACTCAGAAGACAAGAGCTACTCACA
TTTGTCTTGATTGTGGATTCATATACACTTTACCAAAACCTTTTGATGAACAGCCGGATA
CATACGTATGTCCTCAATGTATAGCACCAAAGAAAAGGTTTGCGAGGTACGACGTGAACA
CAGGGAAGGCCATAGGAGGAGGACTGCCTCCGATCGGTGTTATCGTTGGCTTATTGGCCG
GTCTTGGAGCTGTTGGAGCTCTGCTTGTGTATGGTCTTCAGTGATATTTTATAGAACTTG
TATAAATTGTCTATCAAACAAGTCCCTAGTTAAGTTTTGTGATTCCAAACCAAGAATGAA
TGTTGATGACTTGATGACATCAACTTGAGAATTTAATTCAGTTATTTTATGTTGATCC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1DV39JQ 656 0 0
GGG
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GCTGGGCTTAAATCTGGAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGTTTCTTTGGAGATGAGCTT
TGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAAAACCGCTATTCAGGCCAAACCTGATTCTGTC
TACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGTTGATGTGAAGAAGCTAAATAAGCGTCCAGCT
CCTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTTAACCGAGACTCAGAAGACAAGAGCTACTCACATTTGT
CTTGATTGTGGATTCATATACACTTTACCAAAACCTTTTGATGAACAGCCGGATACATAC
GTATGTCCTCAATGTATAGCACCAAAGAAAAGGTTTGCGAGGTACGACGTGAACACAGGG
AAGGCCATAGGAGGAGGACTGCCTCCGATCGGTGTTATCGTTGGCTTATTGGCCGGTCTT
GGAGCTGTTGGAGCTCTGCTTGTGTATGGTCTTCAGTGATATTTTATAGAACTTGTATAA
ATTGTCTATCAAACAAGTCCCTAGTTAAGTTTTGTGATTCCAAACCAAGAATGAATGTTG
ATGACTTGATGACATCAACTTGAGAATTTAATTCAGTTATTTTATGTT
GATTC

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DS 

RD RR1CM01JQ 688 0 0
G
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CTGACTCTTGGACAGAAGCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAGGAGGTGGG
AACGCAGCAAAAGCTGGGCTTAAATCTGGAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGTTTCTTT
GGAGATGAGCTTTGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTCACTAAAACCGCTATTCAGGCCAAA
CCTGATTCTGTTTACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGTTGATGTGAAGAAGCTAAAT
AAGCGTCCAGCTCCTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTTAACCGAGACTCAGAAGACAAGAGCT
ACTCACATTTGTCTTGATTGTGGATTCATATACACTTTACCAAAACCTTTTGATGAACAG
CCGGATACATACGTATGTCCTCAATGTATAGCACCAAAGAAAAGGTTTGCGAGGTACGAC
GTGAACACAGGGAAGGCCATAGGAGGAGGACTGCCTCCGATCGGTGTTATCGTTGGCTTA
TTGGCCGGCCTTGGAGCTGTTGGAGCTCTGCTTGTGTATGGTCTTCAGTGATATTTTATA
GAACTTGTATAAATTGTCTATCAAACAAGTCCCTAGTTAAGTTTTGTGATTCCAAACCAA
GAATGAATGTTGATGACTTGATGACAT

QA 2 688 2 688
DS 



AS 2 10

CO CL275Contig1 892 2 10 U
AAGGAATGATGACTCCGACACAGTACTACAGGCTCACAACTTCTCCAACAATCCCTTCCT
ATTTACCATTCTGCCACCCACCTCGATTTCTTCCTCCGCCTTCTTTTCACAAGAACCCGA
ACCTCGCTTCGAGTTCCCGAGAAAAACCTAGATTCTCACCTTCCTTTGCGTGCTTTGCAT
CATCATCATCATCATCATCATCTTCTCCAATGGCTACTCCGACGCAGAGCAGCGAGACCA
AACCTTTCTCTGTCCTTTTCGTCTGTCTGGGTAACATCTGTCGGAGCCCCGCAGCTGAAG
GCGTCTTCAGAGACATCGTCAAAAAGAGAGGCCTCGACTCCAATTTCATCATTGATTCCG
CCGGAACCATCGATTATCACGAGGGGAACATGGCAGATCCAAGGATGAGAAGTGCGGCGA
AACGTCGTGGAGTTGAGATAACGTCGTTATCTAGACCGATAAAGGCATCTGATTTCAGGG
AGTTTGATCTCATTCTCGCCATGGATGAGCAGAACAAAGAGGACATATTGGAGGCTTACA
ATGTGTGGAAAGCCAGAGGAAATTACCCACCTGATGCTGATAAAAAGGTGAAGCTCATGT
GTTCGTATTGCAAGAAACACAATGACAAGGTAGTGCCGGACCCGTATTATGGTGGTGCTC
AAGGTTTTGAGAAGGTATTGGACTTGCTTGAAGATGCATGCGAGTCGTTGCTGGATAGTA
TCACGGCTGAAAATTGAAATTGCAAAGCTTTCAAAGTCCTGATTCCTGACACAAACTTTA
TGTGTTTGATTGAAACTGATGTTATTAAATTTTTAAGACATTTTCAGTGATGCCAAACAG
CGTGAGGAAATGGTGTGAAGCTCGAATCTTGTTGAATGTTTTTTTTAAGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CM16TF U 1
AF RR1CM16JQ C 313
BS 1 561 RR1CM16TF
BS 562 562 RR1CM16JQ
BS 563 663 RR1CM16TF
BS 664 664 RR1CM16JQ
BS 665 674 RR1CM16TF
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BS 693 721 RR1CM16TF
BS 722 892 RR1CM16JQ

RD RR1CM16TF 721 0 0
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CATCATCATCATCATCATCATCTTCTCCAATGGCTACTCCGACGCAGAGCAGCGAGACCA
AACCTTTCTCTGTCCTTTTCGTCTGTCTGGGTAACATCTGTCGGAGCCCCGCAGCTGAAG
GCGTCTTCAGAGACATCGTCAAAAAGAGAGGCCTCGACTCCAATTTCATCATTGATTCCG
CCGGAACCATCGATTATCACGAGGGGAACATGGCAGATCCAAGGATGAGAAGTGCGGCGA
AACGTCGTGGAGTTGAGATAACGTCGTTATCTAGACCGATAAAGGCATCTGATTTCAGGG
AGTTTGATCTCATTCTCGCCATGGATGAGCAGAACAAAGAGGACATATTGGAGGCTTACA
ATGTGTGGAAAGCCAGAGGAA*TTACCCACCTGATGCTGATAAAAAGGTGAAGCTCATGT
GTTCGTATTGCAAGAAACACAATGACAAGGTAGTGCCGGACCCGTATTATGGTGGTGCTC
AAG*TTTTGAGAAG*TATTGGACTTGCTTGA*GATGCATGCGAGTCGTTGCTGGATAGTA
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1CM16JQ 580 0 0
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TTGAGATAACGTCGTTATTTAGACCGATAAAGGCATTTGATTTCAGGGAGTTTGATTTCA
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CCAGAGGAAATTACCCCCCTGATGCTGATAAAAAGGTGAAGCTCATGTGTTCGTATTGCA
AGAAACACAATGACAAGGTAGTGCCGGACCCGTATTATGGTGGTGCTCAAGGTTTTGAGA
AGGTATTGGACTTGCTTGAAGATGCATGCGAGTCGTTGCTGGATAGTATCACGGCTGAAA
ATTGAAATTGCAAAGCTTTCAAAGTCCTGATTCCTGACACAAACTTTATGTGTTTGATTG
AAACTGATGTTATTAAATTTTTAAGACATTTTCAGTGATGCCAAACAGCGTGAGGAAATG
GTGTGAAGCTCGAATCTTGTTGAATGTTTTTTTTAAGAAA

QA 1 580 1 580
DS 



CO CL275Contig2 968 8 25 U
GGACGTTTATCCAAAAAAAAATCTCCAGGCCAGGGGCAAGGAATGATGACTCCGACACAG
TACTACAGGCTCACAACTTCTCTAACAATCCCTTCCTATTTACCATCCTGCCACCCACCT
CGATTTCTTCCTCCGCCTTCTTCTCACAACAACCCGAACCTCGTTTCGAGTTCCCGAGAA
AAACCCAGATTCTTACCTTCCTTTGCGTGCTTTGCATCATCATCATCATCTTCTCCAATG
GCTACTCCGACGCAGAGCAGCGAGACC*AAACCTTTCTCCGTCCTTTTCGTATGTCTGGG
TAACATCTGTCGGAGCCCAGCAGCCGAAGGCGTCTTCAGAGACATCGTCAAAAAGAGAGG
CCTCGACTCCAGTTTCATCATTGATTCCGCCGGAACCATCGATTATCACGAGGGGAATAT
GGCAGATCCAAGGATGAGAAGCGCTGCGAAACGTCGTGGAGTTGAGATAACATCATTATC
TAGACCGATAAAGGCATCTGATTTCAGGGAGTTTGATCTCATTCTCGCCATGGATGAGCA
GAACAAAGAGGATATATTGGAGGCTTACAATGTGTGGAAAGCCAGAGGCAATTACCCACC
TGATGCTGATAAAAAGGTGAAGCTCATGTGTTCGTATTGCAAGAAACACAATGACAAGGT
AGTGCCGGACCCGTATTATGGTGGTGCTCAAGGTTTTGAGAAGGTATTGGACTTGCTTGA
AGATGCATGCGAGTCGTTGCTGGACAGTATCACGGCTGAAAATTGAAATTGCAAAGCTCT
CAAAGTCCTGATTCCTGACACAAACTCTATGTGTCTGATTGAAACTGATGTTATTAAATT
TTTAAGACATCTTCAGTGATGCCAAACAGCGTGAGAAAATGGTGTGAAGCTCGAATCTTG
TTGAATGTTTTCTTTAAGAAAACCTTGTTAGATCACACGCTCATTTTTAAAGCATCTCAT
ACCCGTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY68TF U 1
AF RR1FW89TF U 1
AF RR1FM66TF U 25
AF RR1C208TF U 36
AF RR1GQ16TF U 133
AF RR1DY68JQ C 142
AF RR1FW89JQ C 253
AF RR1FM66JQ C 163
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RD RR1DY68TF 253 0 0
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AAACCCAGATTCTTACCTTCCTTTGCGTGCTTTGCATCATCATCATCATCTTCTCCAATG
GCTACTCCGACGC

QA 1 253 1 253
DS 

RD RR1FW89TF 558 0 0
GGACGTTTATCCAAAAAAAAATCTCCAGGCCAGGGGCAAGGAATGATGACTCCGACACAG
TACTACAGGCTCACAACTTCTCTAACAATCCCTTCCTATTTACCATCCTGCCACCCACCT
CGATTTCTTCCTCCGCCTTCTTCTCACAACAACCCGAACCTCGTTTCGAGTTCCCGAGAA
AAACCCAGATTCTTACCTTCCTTTGCGTGCTTTGCATCATCATCATCATCTTCTCCAATG
GCTACTCCGACGCAGAGCAGCGAGACC*AAACCTTTCTCCGTCCTTTTCGTATGTCTGGG
TAACATCTGTCGGAGCCCAGCAGCCGAAGGCGTCTTCAGAGACATCGTCAAAAAGAGAGG
CCTCGACTCCAGTTTCATCATTGATTCCGCCGGAACCATCGATTATCACGAGGGGAATAT
GGCAGATCCAAGGATGAGAAGCGCTGCGAAACGTCGTGGAGTTGAGATAACATCATTATC
TAGACCGATAAAGGCATCTGATTTCAGGGAGTTTGATCTCATTCTCGCCATGGATGAGCA
GAACAAAGAGGATATATT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1FM66TF 676 0 0
GG
AGGCCCGGGGCAAGGAATGATGACTCCGACACAGTACTACAGGCTCACAACTTCTCTAAC
AATCCCTTCCTATTTACCATCCTGCCACCCACCTCGATTTCTTCCTCCGCCTTCTTCTCA
CAACAACCCGAACCTCGTTTCGAGTTCCCGAGAAAAACCCAGATTCTTACCTTCCTTTGC
GTGCTTTGCATCATCATCATCATCTTCTCCAATGGCTACTCCGACGCAGAGCAGCGAGAC
C*AAACCTTTCTCCGTCCTTTTCGTATGTCTGGGTAACATCTGTCGGAGCCCAGCAGCCG
AAGGCGTCTTCAGAGACATCGTCAAAAAGAGAGGCCTCGACTCCAGTTTCATCATTGATT
CCGCCGGAACCATCGATTATCACGAGGGGAATATGGCAGATCCAAGGATGAGAAGCGCTG
CGAAACGTCGTGGAGTTGAGATAACATCATTATCTAGACCGATAAAGGCATCTGATTTCA
GGGAGTTTGATCTCATTCTCGCCATGGATGAGCAGAACAAAGAGGATATATTGGAGGCTT
ACAATGTGTGGAAAGCCAGAGGCAATTACCCACCTGATGCTGATAAAAAGGTGAAGCTCA
TGTGTTCGTATTGCAAGAAACACAATGACAAGGTAGTGCCGGACCCGTATTATGGTGGTG
CTCAAG
TTTTGAGA

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR1C208TF 804 0 0
GG
AAGGAATGATGACTCCGACACAGTACTACAGGCTCACAACTTCTCTAACAATCCCTTCCT
ATTTACCATCCTGCCACCCACCTCGATTTCTTCCTCCGCCTTCTTCTCACAACAACCCGA
ACCTCGTTTCGAGTTCCCGAGAAAAACCCAGATTCTTACCTTCCTTTGCGTGCTTTGCAT
CATCATCATCATCTTCTCCAATGGCTACTCCGACGCAGAGCAGCGAGACC*AAACCTTTC
TCCGTCCTTTTCGTATGTCTGGGTAACATCTGTCGGAGCCCAGCAGCCGAAGGCGTCTTC
AGAGACATCGTCAAAAAGAGAGGCCTCGACTCCAGTTTCATCATTGATTCCGCCGGAACC
ATCGATTATCACGAGGGGAATATGGCAGATCCAAGGATGAGAAGCGCTGCGAAACGTCGT
GGAGTTGAGATAACATCATTATCTAGACCGATAAAGGCATCTGATTTCAGGGAGTTTGAT
CTCATTCTCGCCATGGATGAGCAGAACAAAGAGGATATATTGGAGGCTTACAATGTGTGG
AAAGCCAGAGGCAATTACCCACCTGATGCTGATAAAAAGGTGAAGCTCATGTGTTCGTAT
TGCAAGAAACACAATGACAAGGTAGTGCCGGACCCGTATTATGGTGGTGCTCAAGGTTTT
GAGAAG*TATTGGACTTGCTTGAAGATGCATGCGAGTCGTTGCTGGACAGTATCACGGCT
GAAAATTGAA*TTGCAA*GCTCTCAAAGTCCTGAT*CCTGACACAA*CTCTATGTGTCTG
ATTGAAACTGATGT
ATAAATTT

QA 3 796 3 796
DS 

RD RR1GQ16TF 776 0 0
GG
GCCTTCTTCTCACAACAACCCGAACCTCGTTTCGAGTTCCCGAGAAAAACCCAGATTCTT
ACCTTCCTTTGCGTGCTTTGCATCATCATCATCATCTTCTCCAATGGCTACTCCGACGCA
GAGCAGCGAGACC*AAACCTTTCTCCGTCCTTTTCGTATGTCTGGGTAACATCTGTCGGA
GCCCAGCAGCCGAAGGCGTCTTCAGAGACATCGTCAAAAAGAGAGGCCTCGACTCCAGTT
TCATCATTGATTCCGCCGGAACCATCGATTATCACGAGGGGAATATGGCAGATCCAAGGA
TGAGAAGCGCTGCGAAACGTCGTGGAGTTGAGATAACATCATTATCTAGACCGATAAAGG
CATCTGATTTCAGGGAGTTTGATCTCATTCTCGCCATGGATGAGCAGAACAAAGAGGATA
TATTGGAGGCTTACAATGTGTGGAAAGCCAGAGGCAATTACCCACCTGATGCTGATAAAA
AGGTGAAGCTCATGTGTTCGTATTGCAAGAAACACAATGACAAGGTAGTGCCGGACCCGT
ATTATGGTGGTGCTCAAGGTTTTGAGAAGGTATTGGACTTGCTTGAAGATGCATGCGAGT
CGTTGCTGGACAGTATCACGGCTGAAAATTGAAATTGCAAAGCTCTCAAAGTCCTGATTC
CTGACACAAACTCTATGTGTCTGATTGAA*CTGATGTTATTAAATTTTTA*GACATCTTC
AGTGATGCCAA*CAGCGTGAGAAA*TGGTGTGAAGCTCGA*TCTTGTTGA
TGTT

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR1DY68JQ 793 0 0
TCTCACAACAACCCGAACCTCGTTTCGAGTTCCCGAGAAAAACCCAGATTCTTAC*TTCC
TTTGCGTGCTTTGCATCATCATCATCATCTTCTCCAATGGCTACTCCGACGCAGAGCAGC
GAGACC*AAACCTTTCTCCGTCCTTTTCGTATGTCTGGGTAACATCTGTCGGAGCCCAGC
AGCCGAAGGCGTCTTCAGAGACATCGTCAAAAAGAGAGGCCTCGACTCCAGTTTCATCAT
TGATTCCTCCGGAACCATCGATTATCACGAGGGGAATATGGCAGATCCAAGGATGAGAAG
CGCTGCGAAACGTCGTGGAGTTGAGATAACATCATTATCTAGACCGATAAAGGCATCTGA
TTTCAGGGAGTTTGATCTCATTCTCGCCATGGATGAGCAGAACAAAGAGGATATATTGGA
GGCTTACAATGTGTGGAAAGCCAGAGGCAATTACCCACCTGATGCTGATAAAAAGGTGAA
GCTCATGTGTTCGTATTGCAAGAAACACAATGACAAGGTAGTGCCGGACCCGTATTATGG
TGGTGCTCAAGGTTTTGGGAAGGTATTGGACTTGCTTGAAGATGCATGCGAGTCGTTGCT
GGACAGTATCACGGCTGAAAATTGAAATTGCAAAGCTCTCAAAGTCCTGATTCCTGACAC
AAACTCTATGTGTCTGATTGAAACTGATGTTATTAAATTTTTAAGACATCTTCAGTGATG
CCAAACAGCGTGAGAAAATGGTGTGAAGCTCGAATCTTGTTGAATGTTTTCTTTAAGAAA
ACCTTGTTAGA
CC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1FW89JQ 682 0 0
CAGAGCAGCGAGACCCAAACCTTTCTCCGTCCTTTTCGTATGTCTGGGTAACATCTGTCG
GAGCCCAGCAGCCGAAGGCGTCTTCAGAGACATCGTCAAAAAGAGAGGCCTCGACTCCAG
TTTCATCATTGATTCCGCCGGAACCATCGATTATCACGAGGGGAATATGGCAGATCCAAG
GATGAGAAGCGCTGCGAAACGTCGTGGAGTTGAGATAACATCATTATCTAGACCGATAAA
GGCATCTGATTTCAGGGAGTTTGATCTCATTCTCGCCATGGATGAGCAGAACAAAGAGGA
TATATTGGAGGCTTACAATGTGTGGAAAGCCAGAGGCAATTACCCACCTGATGCTGATAA
AAAGGTGAAGCTCATGTGTTCGTATTGCAAGAAACACAATGACAAGGTAGTGCCGGACCC
GTATTATGGTGGTGCTCAAGGTTTTGAGAAGGTATTGGACTTGCTTGAAGATGCATGCGA
GTCGTTGCTGGACAGTATCACGGCTGAAAATTGAAATTGCAAAGCTCTCAAAGTCCTGAT
TCCTGACACAAACTCTATGTGTCTGATTGAAACTGATGTTATTAAATTTTTAAGACATCT
TCAGTGATGCCAAACAGCGTGAGAAAATGGTGTGAAGCTCGAATCTTGTTGAATGTTTTC
TTTAAGAAAACCTTGTTAGA
CC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1FM66JQ 806 0 0
TCGTTCGAG
TCCCGAGAAAAACCCAGATTCTTAC*TTCCTTTGCGTGCTTTGCATCATCATCATCATCT
TCTCCAATGGCTACTCCGACGCAGAGCAGCGAGACC*AAACCTTTCTCCGTCCTTTTCGT
ATGTCTGGGTAACATCTGTCGGAGCCCAGCAGCCGAAGGCGTCTTCAGAGACATCGTCAA
AAAGAGAGGCCTCGACTCCAGTTTCATCATTGATTCCGCCGGAACCATCGATTATCACGA
GGGGAATATGGCAGATCCAAGGATGAGAAGCGCTGCGAAACGTCGTGGAGTTGAGATAAC
ATCATTATCTAGACCGATAAAGGCATCTGATTTCAGGGAGTTTGATCTCATTCTCGCCAT
GGATGAGCAGAACAAAGAGGATATATTGGAGGCTTACAATGTGTGGAAAGCCAGAGGCAA
TTACCCACCTGATGCTGATAAAAAGGTGAAGCTCATGTGTTCGTATTGCAAGAAACACAA
TGACAAGGTAGTGCCGGACCCGTATTATGGTGGTGCTCAAGGTTTTGAGAAGGTATTGGA
CTTGCTTGAAGATGCATGCTAGTCGTTGCTGGACAGTATCACGGCTGAAAATTGAAATTG
CAAAGCTCTCAAAGTCCTGATTCCTGACACAAACTCTATGTGTCTGATTGAAACTGATGT
TATTAAATTTTTAAGACATCTTCAGTGATGCCAAACAGCGTGAGAAAATGGTGTGAAGCT
CGAATCTTGTTGAATGTTTTCTTTAAGAAAACCTTGTTAGATCACACGCTCATTTTTAAA
GCATCTCATACCCGTTC

QA 10 806 10 806
DS 



AS 1 11

CO CL276Contig1 1019 11 35 U
GGAGAGCATAAGCTAAGTGTACAAACATTTTGTAACTATACCAAGTTCTTTTTTCGAGCA
ACTAACTATACCAGTTCTAATTCTAAATACATATATAAATACAAACCACATGCTTTAGCT
CTCTAACACACATACATCTCCTCCATCCATCACACAACAAGTAAGATAAAAA*GAAACCT
TTTCACCAATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCACGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCAGGA
GAATATGCGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCT
GGGTAATCCTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCT
TCAACCTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAA
ACCGAAACTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACAGGA
ACCAGCAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACA
GTGTTTGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCG
CTCTCGGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCG
TGAGGTGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATA
CTTTTATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAGAAAATATCGTTAAGT
ACACTGTGGACTACCAATGCAGTGTCGACGTTTAGATGACGGTGAAATGGGATACAGCTC
TGACGCCGTTAAGTTTGCTTTTTTTTCTTTATTCACTCGTTTTTCTGCTACTCTTTGCTT
CTGTATCGTTTAATTTGTCTACTTTTATCATTATCTCGTAAACTATACCACTCATGCCAT
TACAGTGTCGCTAAATTATTTTAAATGAACAATAACTTACATGTCAGGTAATTTTGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 40 65 50 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 40 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 25 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 20 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH47TF U 126
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AF RR1DP18TF U 120
AF RR1GP63TF U 125
AF RR1E794TF U 125
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AF RR1GP63JQ C 466
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AF RR1E794JQ C 183
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BS 899 908 RR1BX89TF
BS 909 1003 RR1E794JQ
BS 1004 1019 RR1DP18JQ

RD RR1DH47TF 647 0 0
GG
ACACATACATCTCCTCCATCCATCCCACAAGAAGTAAGATAAAAAAGAAACCTTTTCACC
AATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCACGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCAGGAGAATATG
CGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGAGTAAT
CCTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAACCT
CACGCAACCTAACATCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAACCGAAA
CTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACAGGAACCAGCA
AATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACAGTGTTTG
GTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCGCTCTCTG
AGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCGTGAGGTG
GAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATACTTTTAT
CAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAGAAAATAT

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR1EY76TF 809 0 0
GGAGAGCATAAGCTAAGTGTACAAACATTTTGTAACTATACCAAGTTCTTTTTTCGAGCA
ACTAACTATACCAGTTCTAATTCTAAATACATATATAAATACAAACCACATGCTTTAGCT
CTCTATCACACATACATCTCCTCCATCCATCCCACAAGAAGTAAGATAAAAAAGAAACCT
TTTCACCAATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCACGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCAGGA
GAATATGCGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCT
GGGTAATCCTCCAGCCGACAAAGCCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCT
TCAACCTCACGCAACCTAACATCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAA
ACCGAAACTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACAGGA
ACCAGCAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACA
GTGTTTGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAATGCCGTCG
CTCTCGGAGACGAGCGGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCG
TGAGGTGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCGTA
CTTTTATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAGAAA*TATCGTTAAGT
ACACTGTGGACAATCAATGCAGTGTCGAC

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1DP18TF 706 0 0
GGGATC
ACACACATACATCTCCTCCATCCATCACACAACAAGTAAGATAAAAA*GAAACCTTTTCA
CCAATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCACGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCAGGAGAATA
TGCGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGGGTA
ATCCTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAAC
CTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAACCGA
AACTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACAGGAACCAG
CAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACAGTGTT
TGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCGCTCTC
GGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCGTGAGG
TGGAAAGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATACTTTT
ATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAGAAA*TATCGTTAAGTACACT
GTGGACTACCAATGCAGTGTCGACGTTTAGATGACG
TGAA

QA 7 702 7 702
DS 

RD RR1GP63TF 681 0 0
G
ACACACATACATCTCCTCCATCCATCACACAACAAGTAAGATAAAAA*GAAGCCTTTTCA
CCAATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCACGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCAGGAGAATA
TGCGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGGGTA
ATCCTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAAC
CTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAACCGA
AACTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACAGGAACCAG
CAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACAGTGTT
TGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCGCTCTC
GGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCGTGAGG
TGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATACTTTT
ATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAGAAAATATCGTTAAGTACACT
GTGGACTACCAATGCAGTGT

QA 2 681 2 681
DS 

RD RR1E794TF 773 0 0
G
ACACACATACATCTCCTCCATCCATCACACAACAAGTAAGATAAAAA*GAAACCTTTTCA
CCAATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCACGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCAGGAGAATA
TGCGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGGGTA
ATCCTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAAC
CTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAACCGA
AACTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACAGGAACCAG
CAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACAGTGTT
TGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCGCTCTC
GGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCGTGAGG
TGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATACTTTT
ATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGA*AAAATATCGTTAAGTACACT
GTGGACTACCAATGCAGTGTCG*CGTTTAGATGACG*TGAAATGGGATACAGCTCTGACG
CCGTTAAGTTTGCTTTTTTT*CTTTATTCACTCGTTTT*CTGCTACTCTTTG

QA 2 773 2 773
DS 

RD RR1BX89TF 785 0 0
GG
ACACACATACATCTCCTCCATCCATCACACAACAAGTAAGATAAAAA*GAAACCTTTTCA
CCAATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCACGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCAGGAGAATA
TGCGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGGGTA
ATCCTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAAC
CTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAACCGA
AACTCCAGGATCGGAATCTACAACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACAGGAACCAG
CAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACAGTGTT
TGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCGCTCTC
GGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCGTGAGG
TGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCGTACTTTT
ATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAGAAAATATCGTTAAGTACACT
GTGGACTACCAATGCAGTGTCGACGTTTAGATGACG*TGAAATGGGATACAGCTCTGACG
CCGTTAAGTTTGCTTTTTTT*CTTTATTCACTCGTTTTTCTGCTACTCTTGC*TTCTGTA
TCG

QA 3 785 3 785
DS 

RD RR1BX89JQ 586 0 0
TTCGCCTTCAACCTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTT
ATACGAAACCGAAACTCCAGGATCGGAATCTACAACGACCGTCTTCACGTTTACGCCACT
TACAGGAACCAGCAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAA
GAAGACAGTGTTTGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAAC
GCCGTCGCTCTCGGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGAC
GGGCGCGTGAGGTGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGT
TGTCGTACTTTTATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAGAAAATATC
GTTAAGTACACTGTGGACTACCAATGCAGTGTCGACGTTTAGATGACGGTGAAATGGGAT
ACAGCTCTGACGCCGTTAAGTTTGCTTTTTTTTCTTTATTCACTCGTTTTTCTGCTACTC
TTTGCTTCTGTATCGTTTAATTTGTCTACTTTTATCATTATCTCG
C

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1GP63JQ 493 0 0
ACGCCACTTACAGGAACCAGCAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAG
GCCATAAAGAAGACAGTGTTTGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTC
CTTATAACGCCGTCGCTTTCGGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATAC
GCGCTGACGGGCGCGTGAGGTGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTC
ATGTTCGTTGTCATACTTTTATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAG
AAAATATCGTTAAGTACACTGTGGACTACCAATGCAGTGTCGACGTTTAGATGACGGTGA
AATGGGATACAGCTCTGACGCCGTTAAGTTTGCTTTTTTTTCTTTATTCACTCGTTTTTC
TGCTACTCTTTGCTTCTGTATCGTTTAATTTGTCTACTTTTATCATTATCTCGTAAACTA
TACCACT
CATGCC

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1DH47JQ 601 0 0
CCTTCAACCTCACGCAACCTAACATCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATAC
GAAACCGAAACTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACA
GGAACCAGCAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAG
ACAGTGTTTGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCG
TCGCTTTTTGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGACGGGC
GCGTGAGGTGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTC
ATACTTTTATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAGAAAATATCGTTA
AGTACACTGTGGACAATCAATGCAGTGTCGACGTTTAGATGACGACGAAATGGGATACAG
CTCTGACGCCGTTAAGTTTGCTTTTTTT*CTTTATTCACTCGTTTTTCTGCTACTCTTTG
CTTCTGTATCGTTTACTTTGTCTACTTTTATCTTTATCTCGTAAACTATACCACT
TATGAC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1E794JQ 824 0 0
TCACCAATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCACGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCAGGAGA
ATATGCGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGG
GTAATCCTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTC
AACCTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAAC
CGAAACTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACAGGAAC
CAGCAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACAGT
GTTTGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCGCT
CTCGGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCGTG
AGGTGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATACT
TTTATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGA*AAAATATCGTTAAGTAC
ACTGTGGACTACCAATGCAGTGTCGGCGTTTAGATGACGGTGAAATGGGATACAGCTCTG
ACGCCGTTAAGTTTGCTTTTTTTTCTTTATTCACTCGTTTTTCTGCTACTCTTTGCTTCT
GTATCGTTTAATTTGTCTACTTTTATCATTATCTCGTAAACTATACCACTCATGCCATTA
CAGTGTCGCTAAATTATTTTAAATGAACAATAACTTACATG
CCG

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1DP18JQ 666 0 0
TTCGCCTTCAACCTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTT
ATACGAAACCGAAACTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACT
TACAGGAACCAGCAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAA
GAAGACAGTGTTTGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAAC
GCCGTCGCTCTCGGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGAC
GGGCGCGTGAGGTGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGT
TGTCATACTTTTATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAGAAAATATC
GTTAAGTACACTGTGGACTACCAATGCAGTGTCGACGTTTAGATGACGGTGAAATGGGAT
ACAGCTCTGACGCCGTTAAGTTTGCTTTTTTTTCTTTATTCACTCGTTTTTCTGCTACTC
TTTGCTTCTGTATCGTTTAATTTGTCTACTTTTATCATTATCTCGTAAACTATACCACTC
ATGCCATTACAGTGTCGCTAAATTATTTTAAATGAACAATAACTTACATGTCAGGTAATT
TTGTGG

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 10

CO CL277Contig1 890 10 11 U
GTCAACATTCGTTTCATTAAACGAGAGCCCAATGGGCTATTACACAAACTGGAGTACAAA
GAAATCAGTAAACCCAACACAAACTGCAATATACTTAACATAATATTTTACACGTGCAGG
TTGGAAGATACTAGTCTGCTACGTGGCAGTATCTGGTGCATAAGTGAGACACGTATCAAC
ACCACCGCCCTTTGCTCAACCACCACTGACTCCGTCGCGAGGAAGAGACTACCGGCGGCA
ACTCACACCTAACGCCAGCCACTGTAACTTCTTAGGTTGCTTAGATCTTGTACTCCAATT
TCCTTTCACGTTAGCCAAGATCAATTAACCGGAGGGACCCATGACTCGCCGTACTTAAAA
CAGAGGACATTTAGATCGGGTTGAAGACAGAGATACTTTGCCGGACCGTTATAAACGCCG
GCTCTGCTGAATCCCTTTCAACGTGACCTAATAAATCCATCGAACTCACCATCTTTTAAG
CAGAGATGCTTTACCGTAAACCAAAATGGCTAATCTAAATCGGTAAAGACTGATTCTCGT
TGAAAAGCGGCTAAGTTGATTCGGTGAAACAGGGTATCCAGTCAATAGATCAACGGGATT
GAAGTGATAAACGGTGAAAGGTTAGACAACACACGCACACCGCAAAAGTCGCCTAGCGAA
TTTATTATCCACAACTGGAAAGAAAAGTCTGATGACCGGAATATACAATCGGACAAGCCG
AAAACAGATCCGAACTAAGTCGGAGTAAAACAAAAA********AGGGGGTGGCGACCGG
TGGCAAAGATGCTCACCGGCCACCGAACTCGATCTGCGATTGAGAAGAACTAGAGAGAAG
TTGGAGCTTCTAGAGAGAGAATATTTTATTTGCAAATATTATAGTTCTCC


BQ
10 10 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ86JQ U 1
AF RR1EI59JQ U 1
AF RR1D106JQ U 1
AF RR1FA12JQ U 1
AF RR1CG30JQ U 19
AF RR1B208TF C 4
AF RR1D106TF C 195
AF RR1CG30TF C 131
AF RR1FA12TF C 149
AF RR1DQ86TF C 111
BS 1 160 RR1D106JQ
BS 161 161 RR1DQ86JQ
BS 162 464 RR1D106JQ
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BS 466 495 RR1D106JQ
BS 496 496 RR1DQ86JQ
BS 497 566 RR1D106JQ
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BS 742 754 RR1FA12JQ
BS 755 890 RR1B208TF

RD RR1DQ86JQ 712 0 0
GC
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AATCAGTAAACCCAACACAAACTGCAATATACTTAACATAATATTTTACACGTGCAGGTT
GGAAGATACTAGTTTGCTACGTGGCAGTATCTGGTGCATAAGTGAGACACGTATCAACAC
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TAACACCTAACGCCAGCCACTGTAACTTCTTAGGTTGCTTAGATCTTGTACTCCAATTTC
CTTTCACGTTATCCAAGATCAATTAACCGGAGGGACCCATGACTCGCCGTACTTAAAACA
GAGGACATTTAGATCGGGTTGAAGACAGAGATACTTTGCCGGACCGTTATAAACGCCGGC
TCTGCTGAATCCCTTTCAACGTGACCTAATAAATCCATCGAACTCACCATCTTTTAAGCA
TAGATGCTTTACCGTAAACCAAAATGGCTAATCTAAATCGGTAAAGACTGATTCTCGTTG
AAAAGCGGCTAAGTTGATTCGGTGAAACAGGGTATCCAGTCAATAGATCAACGGGATTGA
AGTGATAAACGGTGAAAGGTTAGACAACACACGCACACCGCAAAAGTCGCCTAGCGAATT
TATTATCCACAACTGGAAAGAAAAGTCTGATGACCGGAATATACAATCGG

QA 3 712 3 712
DS 

RD RR1EI59JQ 717 0 0
GT
CAACATTCGTTTCATTAAACGAGAGCCCAATGGGCTATTACACAAACTGGAGTACAAAGA
AATCAGTAAACCCAACACAAACTGCAATATACTTAACATAATATTTTACACGTGCAGGTT
GGAAGATACTAGTCTGCTACGTGGCAGTATCTGGTGCAGAAGTGAGACACGTATCAACAC
CACCGCCCTTTGCTCAACCACCACTGACTCCGTCGCGAGGAAGAGACTACCGGCGGCAAC
TCACACCTAACGCCAGCCACTGTAACTTCTTAGGTTGCTTAAATCTTGTACTCCAATTTC
CTTTCACGTTAGCCAAGATCAATTAACCGGAGGGACCCATGACTCGCCGTACTTAAAACA
GAGGACATTTAGATCGGGTTGAAGACAGAGATACTTTGCCGGACCGTTATAAACGCCGGC
TCTGCTGAATCCCTTTCAACGTGACCTAATAAATCCATCGAATTCACCATCTTTTAAGCA
GAGATGCTTTACCTTAAACCAAAATGGCTAATCTAAATCGGTAAAGACTGATTCTCGTTG
AAAAGCGGCTAAGTTGATTCGGTGAAACAGGGTATCCAGTCAATAGATCAACGGGATTGA
AGTGATAAACGGTGAAAGGTTAGACAACACACGCACACCGCAAAAGTCGCCTAGCGAATT
TATTATCCACAACTGGAAAGAAAAGTCTGATGACCGGAATATACAATCGGACAAG

QA 3 717 3 717
DS 

RD RR1D106JQ 741 0 0
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GAAATCAGTAAACCCAACACAAACTGCAATATACTTAACATAATATTTTACACGTGCAGG
TTGGAAGATACTAGTCTGCTACGTGGCAGTATCTGGTGCAGAAGTGAGACACGTATCAAC
ACCACCGCCCTTTGCTCAACCACCACTGACTCCGTCGCGAGGAAGAGACTACCGGCGGCA
ACTCACACCTAACGCCAGCCACTGTAACTTCTTAGGTTGCTTAGATCTTGTACTCCAATT
TCCTTTCACGTTAGCCAAGATCAATTAACCGGAGGGACCCATGACTCGCCGTACTTAAAA
CAGAGGACATTTAGATCGGGTTGAAGACAGAGATACTTTGCCGGACCGTTATAAACGCCG
GCTCTGCTGAATCCCTTTCAACGTGACCTAATAAATCCATCGAATTCACCATCTTTTAAG
CAGAGATGCTTTACCTTAAACCAAAATGGCTAATCTAAATCGGTAAAGACTGATTCTCGT
TGAAAAGCGGCTAAGTTGATTCGGTGGAACAGGGTATCCAGTCAATAGATCAACGGGATT
GAAGTGATAAACGGTGAAAGGTTAGACAACACACGCACACCGCAAAAGTCGCCTAGCGAA
TTTATTATCCACAACTGGAAAGAAAAGTCTGATGACCGGAATATACAATCGGACAAGCCG
AAAACAGATCCGAACTAAGTC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1FA12JQ 754 0 0
GC
CAACATTCGTTTCATTAAACGAGAGCCCAATGGGCTATTACACAAACTGGAGTACAAAGA
AATCAGTAAACCCAACACAAACTGCAATATACTTAACATAATATTTTACACGTGCAGGTT
GGAAGATACTAGTTTGCTACGTGGCAGTATCTGGTGCATAAGTGAGACACGTATCAACAC
CACCGCCCTTTGCTCAACCACCACTGACTCCGTCGCGAGGAAGAGACTACCGGCGGCAAC
TCACACCTAACGCCAGCCACTGTAACTTCTTAGGTTGCTTAGATCTTGTACTCCAATTTC
CTTTCACGTTATCCAAGATCAATTAACCGGAGGGACCCATGACTCGCCGTACTTAAAACA
GAGGACATTTAGATCGGGTTGAAGACAGAGATACTTTGCCGGACCGTTATAAACGCCGGC
TCTGCTGAATCCCTTTCAACGTGACCTAATAAATCCATCGAACTCACCATCTTTTAAGCA
TAGATGCTTTACCGTAAACCAAAATGGCTAATCTAAATCGGTAAAGACTGATTCTCGTTG
AAAAGCGGCTAAGTTGATTCGGTGAAACAGGGTATCCAGTCAATAGATCAACGGGATTGA
AGTGATAAACGGTGAAAGGTTAGACAACACACGCACACCGCAAAAGTCGCCTAGCGAATT
TATTATCCACAACTGGAAAGAAAAGTCTGATGACCGGAATATACAATCGGACAAGCCGAA
AACAGATCC*AACTAAGTCGGAGTAAAACAAA

QA 3 754 3 754
DS 

RD RR1CG30JQ 727 0 0
AAACGAGAGCCCAATGGGCTATTACACAAACTGGAGTACAAAGAAATCAGTAAACCCAAC
ACAAACTGCAATATACTTAACATAATATTTTACACGTGCAGGTTGGAAGATACTAGTCTG
CTACGTGGCAGTATCTGGTGCAGAAGTGAGACACGTATCAACACCACCGCCCTTTGCTCA
ACCACCACTGACTCCGTCGCGAGGAAGAGACTACCGGCGGCAACTCACACCTAACGCCAG
CCACTGTAACTTCTTAGGTTGCTTAGATCTTGTACTCCAATTTCCTTTCACGTTAGCCAA
GATCAATTAACCGGAGGGACCCATGACTCGCCGTACTTAAAACAGAGGACATTTAGATCG
GGTTGAAGACAGAGATACTTTGCCGGACCGTTATAAACGCCGGCTCTGCTGAATCCCATT
CAACGTGACCTAATAAATCCATCGAATTCACCATCTTTTAAGCAGAGATGCTTTACCTTA
AACCAAAATGGCTAATCTAA*TCGGTAAAGACTGATTCTCGTTGAAAAGCGGCTAAGTTG
ATTCGGTGAAACAGGGTATCCAGTCAATAGATCAACGGGATTGAAGTGATAAACGGTGAA
AGGTTAGGCAACACACGCACACCGCAAAAGTCGCCTAGCGAATTTATTATCCACAACTGG
AAAGAAAAGTCTGATGACCGGAATATACAATCGGACAAGCCGAAAACAGATCCGAACTAA
GTCGGAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1B208TF 887 0 0
AACATTCGTTTCATTAAACGAGAGCCCAATGGGCTATTACACAAACTGGAGTACAAAGAA
ATCAGTAAACCCAACACAAACTGCAATATACTTAACATAATATTTTACACGTGCAGGTTG
GAAGATACTAGTTTGCTACGTGGCAGTATCTGGTGCATAAGTGAGACACGTATCAACACC
ACCGCC*TTTGCTCAACCACCACTGACTCCGTCGCGAGGAAGAGACTACCGGCGGCAACT
CACACCTAACGCCAGCCACTGTAACTTCTTAGGTTGCTTAGATCTTGTACTCCAATTTCC
TTTCACGTTATCCAAGATCAATTAACCGGAGGGACCCATGACTCGCCGTACTTAAAACAG
AGGACATTTAGATCGGGTTGAAGACAGAGATACTTTGCCGGACCGTTATAAACGCCGGCT
CTGCTGAATCCCTTTCAACGTGACCTAATAAATCCATCGAACTCACCATCTTTTAAGCAT
AGATGCTTTACCGTAAACCAAAATGGCTAATCTAAATCGGTAAAGACTGATTCTCGTTGA
AAAGCGGCTAAGTTGATTCGGTGAAACAGGGTATCCAGTCAATAGATCAACGGGATTGAA
GTGATAAACGGTGAAAGGTTAGACAACACACGCACACCGCAAAAGTCGCCTAGCGAATTT
ATTATCCACAACTGGAAAGAAAAGTCTGATGACCGGAATATACAATCGGACAAGCCGAAA
ACAGATCCGAACTAAGTCGGAGTAAAACAAAAA********AGGGGGTGGCGACCGGTGG
CAAAGATGCTCACCGGCCACCGAACTCGATCTGCGATTGAGAAGAACTAGAGAGAAGTTG
GAGCTTCTAGAGAGAGAATATTTTATTTGCAAATATTATAGTTCTCC

QA 1 887 1 887
DS 

RD RR1D106TF 688 0 0
CTCAACCACCACTGACTCCGTCGCGAGGAAGAGACTACCGGCGGCAACTCACACCTAACG
CCAGCCACTGTAACTTCTTAGGTTGCTTAGATCTTGTACTCCAATTTCCTTTCACGTTAG
CCAAGATCAATTAACCGGAGGGACCCATGACTCGCCGTACTTAAAACAGAGGACATTTAG
ATCGGGTTGAAGACAGAGATACTTTGCCGGACCGTTATAAACGCCGGCTCTGCTGAATCC
CTTTCAACGTGACCTAATAAATCCATCGAATTCACCATCTTTTAAGCAGAGATGCTTTAC
CTTAAACCAAAATGGCTAATCTAAATCGGTAAAGACTGATTCTCGTTGAAAAGCGGCTAA
GTTGATTCGGTGGAACAGGGTATCCAGTCAATAGATCAACGGGATTGAAGTGATAAACGG
TGAAAGGTTAGACAACACACGCACACCGCAAAAGTCGCCTAGCGAATTTATTATCCACAA
CTGGAAAGAAAAGTCTGATGACCGGAATATACAATCGGACAAGCCGAAAACAGATCCGAA
CTAAGTCGGAGTAAAACAAAAAAAACAAAAAGGGGGTGGCGACCGGTGGCAAAGATGCTC
ACCGGCCACCGAACTCGATCTGCGATTGAGAAGAACTAGAGAGAAGTTGGAGTTTCTAGA
GAGAGAATATTTTATTT
TAATACAATCC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1CG30TF 729 0 0
CTAGTCTGCTACGTGGCAGTATCTGGTGCAGAAGTGAGACACGTATCAACACCACCGCCC
TTTGCTCAACCACCACTGACTC*GTCGCGAGGAAGAGACTACCGGCGGCAACTCACACCT
AACGCCAGCCACTGTAACTTCTTAGGTTGCTTAGATCTTGTACTCCAATTTCCTTTCACG
TTAGCCAAGATCAATTAACCGGAGGGACCCATGACTCGCCGTACTTAAAACAGAGGACAT
TTAGATCGGGTTGAAGACAGAGATACTTTGCCGGACCGTTATAAACGCCGGCTCTGCTGA
ATCCCATTCAACGTGACCTAATAAATCCATCGAATTCACCATCTTTTAAGCAGAGATGCT
TTACCTTAAACCAAAATGGCTAATCTAA*TCGGTAAAGACTGATTCTCGTTGAAAAGCGG
CTAAGTTGATTCGGTGAAACAGGGTATCCAGTCAATAGATCAACGGGATTGAAGTGATAA
ACGGTGAAAGGTTAGGCAACACACGCACACCGCAAAAGTCGCCTAGCGAATTTATTATCC
ACAACTGGAAAGAAAAGTCTGATGACCGGAATATACAATCGGACAAGCCGAAAACAGATC
CGAACTAAGTCGGAGTAAAACAAAAAAAACAAAAAGGGGGTGGCGACCGGTGGCAAAGAT
GCTCACCGGCCACCGAACTCGATCTGCGATTGAGAAGAACTAGAGAGAAGTTGGAGCTTC
TAGAGAGAG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1FA12TF 736 0 0
GTATCTGGTGCATAAGTGAGACACGTATCAACACCACCGCCCTTTGCTCAACCACCACTG
ACTCCGTCGCGAGGAAGAGACTACCGGCGGCAACTCACACCTAACGCCAGCCACTGTAAC
TTCTTAGGTTGCTTAGATCTTGTACTCCAATTTCCTTTCACGTTATCCAAGATCAATTAA
CCGGAGGGACCCATGACTCGCCGTACTTAAAACAGAGGACATTTAGATCGGGTTGAAGAC
AGAGATACTTTGCCGGACCGTTATAAACGCCGGCTCTGCTGAATCCCTTTCAACGTGACC
TAATAAATCCATCGAACTCACCATCTTTTAAGCATAGATGCTTTACCGTAAACCAAAATG
GCTAATCTAAATCGGTAAAGACTGATTCTCGTTGAAAAGCGGCTAAGTTGATTCGGTGAA
ACAGGGTATCCAGTCAATAGATCAACGGGATTGAAGTGATAAACGGTGAAAGGTTAGACA
ACACACGCACACCGCAAAAGTCGCCTAGCGAATTTATTATCCACAACTGGAAAGAAAAGT
CTGATGACCGGAATATACAATCGGACAAGCCGAAAACAGATCC*AACTAAGTCGGAGTAA
AACAAAAA********AGGGGGTGGCGACCGGTGGCAAAGATGCTCACCGGCCACCGAAC
TCGATCTGCGATTGAGAAGAACTAGAGAGAAGTTGGAGCTTCTAGAGAGAGAATATTTTA
TTT
GCAAATATTATCC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1DQ86TF 774 0 0
CACGTGCAGGT*GGAAGATACTAGTTTGCTACGTGGCAGTATCTG*TGCATAAGTGAGAC
ACGTATCAACACCACCGCCCTTTGCTCAACCACCACTGACTCCGTCGCGAGGAAGAGACT
ACCGGCGGCAACTAACACCTAACGCCAGCCACTGTAACTTCTTAGGTTGCTTAGATCTTG
TACTCCAATTTCCTTTCACGTTATCCAAGATCAATTAACCGGAGGGACCCATGACTCGCC
GTACTTAAAACAGAGGACATTTAGATCGGGTTGAAGACAGAGATACTTTGCCGGACCGTT
ATAAACGCCGGCTCTGCTGAATCCCTTTCAACGTGACCTAATAAATCCATCGAACTCACC
ATCTTTTAAGCATAGATGCTTTACCGTAAACCAAAATGGCTAATCTAAATCGGTAAAGAC
TGATTCTCGTTGAAAAGCGGCTAAGTTGATTCGGTGAAACAGGGTATCCAGTCAATAGAT
CAACGGGATTGAAGTGATAAACGGTGAAAGGTTAGACAACACACGCACACCGCAAAAGTC
GCCTAGCGAATTTATTATCCACAACTGGAAAGAAAAGTCTGATGACCGGAATATACAATC
GGACAAGCCGAAAACAGATCCGAACTAAGTCGGAGTAAAACAAAAA********AGGGGG
TGGCGACCGGTGGCAAAGATGCTCACCGGCCACCGAACTCGATCTGCGATTGAGAAGAAC
TAGAGAGAAGTTGGAGCTTCTAGAGAGAGAATATTTTATTT
GCAAATATTATCC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 11

CO CL278Contig1 805 11 8 U
GGGGGGGGTCATTCATATCAAACAGCCAACCAAAACTAAACATCTCTCTCTCCACCACTC
AAATTTCTCTCTCGCTACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTTACCCGCG
TGTTTTCTCTCCCGATCACTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCCG
CTCTGCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTT*CGGTGACTCAG
TCAGCTAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGC
GAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTCAGAATGG
CAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGT
GGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAG
TTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATA
CGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGA
GCTGTCCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTAACTAAAC
AAAACAAAAAAAAA*CAAATTTCACTCATGTCTTCTGTGTTGTATAATTCTTCATAAGGT
CTCTTTTGACTATTTATGTTTCCATTTGCACACTTGTCTTGTTTAGTATTATAAAAAAAA
AAGAATAACGAACAATAATTACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 45 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 45 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 45 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D274TF U 12
AF RR1GG35TF U 1
AF RR1A662JQ C 15
AF RR1A662TF U 15
AF RR1G258TF U 40
AF RR1D274JQ C 186
AF RR1CU23TF U 15
AF RR1G258JQ C 350
AF RR1CU23JQ C 147
AF RR1AU18JQ C 51
AF RR1AU18TF U 51
BS 1 602 RR1GG35TF
BS 603 603 RR1A662TF
BS 604 606 RR1GG35TF
BS 607 607 RR1A662TF
BS 608 625 RR1GG35TF
BS 626 660 RR1A662TF
BS 661 714 RR1CU23TF
BS 715 805 RR1AU18TF

RD RR1D274TF 579 0 0
GGGAT
ATCAAACAGCCAACCAAAACTAAACATCTCTCTCTCCACCACTCAAATTTCTCTCTCGCT
ACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTTACCCGCGTGTTTTCTCTCCCGAT
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ATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTT*CGGTGACTCAGTCAGCTAGCTTTGGTA
CGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGCGGTAGAATCGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCA
CTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTCG
AGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGA
TTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAA
TCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAGCGTTCCCACGG
TGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAG

QA 6 579 6 579
DS 

RD RR1GG35TF 625 0 0
GGGGGGGGTCATTCATATCAAACAGCCAACCAAAACTAAACATCTCTCTCTCCACCACTC
AAATTTCTCTCTCGCTACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTTACCCGCG
TGTTTTCTCTCCCGATCACTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCCG
CTCTGCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTT*CGGTGACTCAG
TCAGCTAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGC
GAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTCAGAATGG
CAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGT
GGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAG
TTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATA
CGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGA
GCCGTCTCTAAAGAGACGTTGGAGA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1A662JQ 646 0 0
GG
ATCAAACAGCCAACCAAAACTAAACATCTCTCTCTCCACCACTCAAATTTCTCTCTCGCT
ACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTTACCCGCGTGTTTTCTCTCCCGAT
CATTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCCGCTCTGCGGATTCCGGA
ATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTT*CGGTGACTCAGTCAGCTAGCTTTGGTA
CGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCA
CTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTCG
AGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGA
TTCACCCCATTGTCGACCAACTGGCCAAAGATTTCACAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAA
TCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAGCGTTCCCACGG
TGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGA
CGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTAACTAAAC

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR1A662TF 646 0 0
GG
ATCAAACAGCCAACCAAAACTAAACATCTCTCTCTCCACCACTCAAATTTCTCTCTCGCT
ACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTTACCCGCGTGTTTTCTCTCCCGAT
CATTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCCGCTCTGCGGATTCCGGA
ATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTT*CGGTGACTCAGTCAGCTAGCTTTGGTA
CGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCA
CTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTCG
AGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGA
TTCACCCCATTGTCGACCAACTGGCCAAAGATTTCACAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAA
TCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAGCGTTCCCACGG
TGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGA
CGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTAACTAAAC

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR1G258TF 618 0 0
GG
ATCTCTCTCTCCACCACTCAAATTTCTCTCTCGCTACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGAT
TCAGTCACCGTTACCCGCGTGTTTTCTCTCCCGATCACTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCA
AAGGTTCCGTCAGTTTCCGCTCTGCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGA
CGGAGTT*CGGTGACTCAGTCAGCTAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCG
CGGTGGTAGAATCGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAA
CATCTCTGATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGA
GTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGC
CAAAGATTTCGCAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACAC
AGCCAACCGTTACGGTATACGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGTGAGAA
GAAAGATAGTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATT
CGTGGTCGAGTAACTA

QA 3 618 3 618
DS 

RD RR1D274JQ 471 0 0
CGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTT*CGGTGACTCAGTCAGC
TAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGCGGTAGAATCGTCTGCGAGGC
TCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTCAGAATGGCAAAC
ACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGTGGACC
TTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAGTTCAA
ATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAG
CGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGAGCTGT
CCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTAACT

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1CU23TF 700 0 0
GG
ATCAAACAGCCAACCAAAACTAAACATCTCTCTCTCCACCACTCAAATTTCTCTCTCGCT
ACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTTACCCGCGTGTTTTCTCTCCCGAT
CACTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCCGCTCTGCGGATTCCGGA
ATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTT*CGGTGACTCAGTCAGCTAGCTTTGGTA
CGAATCTCGGATCCCGATCTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCA
CTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTCG
AGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGA
TTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAA
TCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAGCGTCCCCACGG
TGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGA
CGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTAACTAAACAAAACAAAAAAAAA*C
AAATTTCACTCATGTCTTCTGTGTTGTATAATTCTTCA

QA 3 700 3 700
DS 

RD RR1G258JQ 423 0 0
ATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGG
CACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATT
TCGCAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACC
GTTACGGTATACGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATA
GTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCG
AGTAACTAAACAAAACAAAAAAAAAACAAATTTCACTCATGTCTTCTGTGTTGTATAATT
CTTCATAAGGTCTCTTTTGACTATTTATGTTTCCATTTGCACACTTGTCTTGTTTAGTAT
TAT

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR1CU23JQ 597 0 0
ATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCCGCTCTGCGGATTCCGGAATTCAGAGGT
TTGAAAGCTTCCCGACGGAGTT*CGGTGACTCAGTCAGCTAGCTTTGGTACGAATCTCGG
ATCCCGATCTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGC
CGTGGAAGTGCCAAACATTTCTGATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGT
ACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGATTCACCCCAT
TGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAATCAACACCGA
CGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAGCGTCCCCACGGTGATCATATT
CAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGACGTTGGAGAA
AACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTAACTAAACAAAACAAAAAAAAAACAAATTTCACT
CATGTCTTCTGTGTTGTATAATTCTTCATAAGGTCTCTTTTGACTATTTATGTTTCC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1AU18JQ 755 0 0
GGG
ACCACTCAAATTTCTCTCTCGCTACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTT
ACCCGCGTGTTTTCTCTCCCGATCACTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCA
GTTTCCGCTCTGCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCCTCCCGACGGAGTTTCGGT
GACTCAGTCAGCTAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAAT
CGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATTTCTGATTC
AGAATGGCAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACC
ATGGTGTGGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGC
AGGCAAGTTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTA
CGGTATACGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTAT
CATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTA
ACTAAACAAAACAAAAAAAG**CAAATTTCACTCATGTCTTCTGTGTTGTATAATTCTTC
ATAAGGTCTCTTTTGACTATTTATGTTTCCATTTGCACACTTGTCTTGTTTAGTATTATA
AAAAAAAAAGAATAACGAACAATAATTACTCC

QA 4 755 4 755
DS 

RD RR1AU18TF 755 0 0
GGG
ACCACTCAAATTTCTCTCTCGCTACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTT
ACCCGCGTGTTTTCTCTCCCGATCACTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCA
GTTTCCGCTCTGCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCCTCCCGACGGAGTTTCGGT
GACTCAGTCAGCTAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAAT
CGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTC
AGAATGGCAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACC
ATGGTGTGGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGC
AGGCAAGTTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTA
CGGTATACGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTAT
CATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTA
ACTAAACAAAACAAAAAAAG**CAAATTTCACTCATGTCTTCTGTGTTGTATAATTCTTC
ATAAGGTCTCTTTTGACTATTTATGTTTCCATTTGCACACTTGTCTTGTTTAGTATTATA
AAAAAAAAAGAATAACGAACAATAATTACTCC

QA 4 755 4 755
DS 



AS 1 11

CO CL279Contig1 817 11 10 U
GGCCCCTCACGTCGCTGCGTCTCTCTCCCGCAATCTCTAGATAGATTCGTGAGCGATTTA
AAAAAAAAACAAAAAAACAAATAAAGCGACCATGTTGGTGTACACCGATCTTCTCACCGG
TGATGAGCTTCTCTCTGACTCTTTCCCATACAAGGAGATTGAGAATGGTATTCTCTGGGA
AGTTGAAGGAAAGTGGACTACCAAGGGATGCGTAGAGGTTAACATCGGTGCCAACCCATC
TGCTGAAGAAGGTGGTGAGGACGAGGGTGTTGACGACTCTGTTGAAAAGGTTGTTGACAT
TGTCGACACCTTCAGACTTCAGGAGCAGCCTACTTACGACAAGAAGGGCTTCATTGCCTA
TATCAAGAAGTACATCAAGCTTTTGACTCCCAAGCTCACCCCGGAGCAGCAAGAAGAGTT
CAAGAAGGGTATTGAGGGAGCTACCAAGTTTTTGCTCCCCAAGCTCAAGGACTTCCAATT
CTTTGTTGGGGAGGGCATGCACGATGACAGCACTATTGTCTTTGCTTACTACAAGGAGGG
TGCAACTAACCCAACATTTTTGTACTTTGCACATGGTTTGAAGGAAGTCAAGTGCTGAGT
GAGAGAGAAGCTCTTGTCGGGTTTTACTATGGTCGGGTCGCAGCGACTCTCTTTAAGTTT
ATGTGTCTTTTTATGTGTTCTGTGTTTCGTCGTCCCCCTATTAAAATTGTCTACCAGTTT
GGTCTTTCTTGTGTCTTGTGTTGTTTGGAGATTGTTCAAGTTATATGATCCCGAATACAA
TGGTTTATCAATTACTAATAGTTGAATTTTGATCGCC


BQ
35 35 35 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 55 55 55 55 55 10 10 60 60 60 60 60 15 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1F645TF U 2
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AF RR1CW87TF U 1
AF RR1FB11TF U 3
AF RR1B123JQ C 1
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AF RR1F645JQ C 65
AF RR1CW87JQ C 70
AF RR1AT14JQ C 177
BS 1 32 RR1CW87TF
BS 33 33 RR1BW22TF
BS 34 257 RR1CW87TF
BS 258 258 RR1BW22TF
BS 259 774 RR1CW87TF
BS 775 779 RR1BW22TF
BS 780 780 RR1AT14TF
BS 781 793 RR1BW22TF
BS 794 814 RR1AT14TF
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ATGTGTCTTTTTATGTGTTCTGTGTTTCGTCGTCCCCCTATTAAAATTGTCTACCAGTTT
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TGGTTTATCAATT

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GAAGAAGGTGGTGAGGACGAGGGTGTTGACGACTCTGTTGAAAAGGTTGTTGACATTGTC
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AAGGGTATTGAGGGAGCTACCAAGTTTTTGCTCCCCAAGCTCAAGGACTTCCAATTCTTT
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C

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GCTCTTGTCGGGTTTTACTATGGTCGGGTCGCAGCGACTCTCTTTAAGTTTATGTGTCTT
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AATTAC
T

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DS 

RD RR1AT14JQ 641 0 0
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QA 1 641 1 641
DS 



AS 2 11

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TAGATTTGTTGGTCCTTGATGCTTGGATATGATTTGATGGTTTAAAATTAAAGAAAGTGT
GCATTCTCAGTTTCAGACAACAGAGAAAGGACATGCACACTTTTCTGAT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FU36TF U 27
AF RR1GX14TF U 4
AF RR1AU41TF U 53
AF RR1EF30TF U 1
AF RR1BK50TF U 35
AF RR1B244TF U 367
AF RR1AU41JQ C 277
AF RR1BK50JQ C 193
AF RR1EF30JQ C 284
BS 1 720 RR1EF30TF
BS 721 721 RR1BK50TF
BS 722 731 RR1EF30TF
BS 732 732 RR1BK50TF
BS 733 759 RR1EF30TF
BS 760 760 RR1B244TF
BS 761 769 RR1BK50TF
BS 770 770 RR1B244TF
BS 771 790 RR1BK50TF
BS 791 791 RR1B244TF
BS 792 797 RR1BK50TF
BS 798 798 RR1B244TF
BS 799 819 RR1BK50TF
BS 820 870 RR1B244TF
BS 871 1009 RR1BK50JQ

RD RR1FU36TF 667 0 0
GGGGA
GAAGGAAAGACATTCTGATTCTTATCTTTCTAAAAAATGTTTCTCCGGTCGCAGAAGCTA
TGGACGGTGGTGGCCTTCATGATCCTAGTGATTTCATCGCGTGTAGCACACTCGCTTCAC
TTCGATCTGCACTCTGGTCGGACAAAGTGCATCGCGGAAGACATCAAGAGCAATTCGATG
ACTGTCGGAAAGTACAGCGTCGATAACCCTCACGAAGGCCACGATTTGCCTCAATCTCAC
AAGATCTCCGTCAAGGTGACGTCAAGCAACGGGAACGCGTACCATCACGCGGATCAAGTG
GCGTCTGGGCAGTTCGCGTTCTCGGCAGTGGAAGCAGGGGACTACATGGCGTGTTTCTCC
GCCGTTGATCATAAGCCTGAGGTGACTCTTAGCATTGATTTTGAGTGGAGGACGGGTGTT
CAATCCAAGAGCTGGGCTACTGTTGCCAAGAAGAGCCAAGTCGAAACCATGGAGTTTGAT
GTGAAGAGCCTTCTTGATACTGTCAACTCGATTCATGAAGAGATGTTTTACCTTAGAGAA
AGGGAAGAGCAAATGCAAGATTTGAACCGGTCTACAAACACTAAAATGGCATGGTTGAGT
TTACTCTCTTTGTTCGTCTGCATAGGAGTGGCAGCAATGCAGTATGTACACTTGAAGACT
TT

QA 6 667 6 667
DS 

RD RR1GX14TF 714 0 0
GG
AAAGACCGACGGGCGACGACGAAGGAGAAGGAAAGACATTCTGATTCTTATCTTTCTAAA
AAATGTTTCTCCGGTCGCAGAAGCTATGGACGGTGGTGGCCTTCATGATCCTAGTGATTT
CATCGCGTGTAGCACACTCGCTTCACTTCGATCTGCACTCTGGTCGGACAAAGTGCATCG
CGGAAGACATCAAGAGCAATTCGATGACTGTCGGAAAGTACAGCGTCGATAACCCTCACG
AAGGCCACGATTTGCCTCAATCTCACAAGATCTCCGTCAAGGTGACGTCAAGCAACGGGA
ACGCGTGCCATCACGCGGATCAAGTGGCGTCTGGGCAGTTCGCGTTCTCGGCAGTGGAAG
CAGGGGACTACATGGCGTGTTTCTCCGCCGTTGATCATAAGCCTGAGGTGACTCTTAGCA
TTGATTTTGAGTGGAGGACGGGTGTTCAATCCAAGAGCTGGGCTACTGTTGCCAAGAAGA
GCCAAGTCGAAACCATGGAGTTTGATGTGAAGAGCCTTCTTGATACTGTCAACTCGATTC
ATGAAGAGATGTTTTACCTTAGAGAAAGGGAAGAGCAAATGCAAGATTTGAACCGGTCTA
CAAACACTAAAATGGCATGGTTGAGTTTACTCTCTTTGTTCGTCTGCATAGGAGTGGCAG
CAATGCAGTATGTACACTTGAAGACTTTTTTCGAGAAGAAGAAAGTCATCTA

QA 3 714 3 714
DS 

RD RR1AU41TF 661 0 0
TTATCTTTCTAAAAAATGTTTCTCCGGTCGCAGAAGCTATGGACGGTGGTGGCCTTCATG
ATCCTAGTGATTTCATCGCGTGTAGCACACTCGCTTCACTTCGATCTGCACTCTGGTCGG
ACAAAGTGCATCGCGGAAGACATCAAGAGCAATTCGATGACTGTCGGAAAGTACAGCGTC
GATAACCCTCACGAAGGCCACGATTTGCCTCAATCTCACAAGATCTCCGTCAAGGTGACG
TCAAGCAACGGGAACGCGTACCATCACGCGGATCAAGTGGCGTCTGGGCAGTTCGCGTTC
TCGGCAGTGGAAGCAGGGGACTACATGGCGTGTTTCTCCGCCGCTGATCATAAGCCTGAG
GTGACTCTTAGCATTGATTTTGAGTGGAGGACGGGTGTTCAATCCAAGAGCTGGGCTACT
GTTGCCAAGAAGAGCCAAGTCGAAACCATGGAGTTTGATGTGAAGAGCCTTCTTGATACT
GTCAACTCGATTCATGAAGAGATGTTTTACCTTAGAGAAAGGGAAGAGCAAATGCAAGAT
TTGAACCGGTCTACAAACACTAAAATGGCATGGTTGAGTTTACTCTCTTTGTTCGTCTGC
ATAGGAGTGGCAGCAATGCAGTATGTATACTTGAAGACTTTTTTCGAGAAGAAGAAAGTC
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1EF30TF 763 0 0
GGAACAAAGACCGACGGGCGACGACGAAGGAGAAGGAAAGACATTCTGATTCTTATCTTT
CTAAAAAATGTTTCTCCGGTCGCAGAAGCTATGGACGGTGGTGGCCTTCATGATCCTAGT
GATTTCATCGCGTGTAGCACACTCGCTTCACTTCGATCTGCACTCTGGTCGGACAAAGTG
CATCGCGGAAGACATCAAGAGCAATTCGATGACTGTCGGAAAGTACAGCGTCGATAACCC
TCACGAAGGCCACGATTTGCCTCAATCTCACAAGATCTCCGTCAAGGTGACGTCAAGCAA
CGGGAACGCGTACCATCACGCGGATCAAGTGGCGTCTGGGCAGTTCGCGTTCTCGGCAGT
GGAAGCAGGGGACTACATGGCGTGTTTCTCCGCCGTTGATCATAAGCCTGAGGTGACTCT
TAGCATTGATTTTGAGTGGAGGACGGGTGTTCAATCCAAGAGCTGGGCTACTGTTGCCAA
GAAGAGCCAAGTCGAAACCATGGAGTTTGATGTGAAGAGCCTTCTTGATACTGTCAACTC
GATTCATGAAGAGATGTTTTACCTTAGAGAAAGGGAAGAGCAAATGCAAGATTTGAACCG
GTCTACAAACACTAAAATGGCATGGTTGAGTTTACTCTCTTTGTTCGTCTGCATAGGAGT
GGCAGCAATGCAGTATGTACACTTGAAGACTTTTTTCGAGAAGAAGAAAGTCATCTAAAG
*TTTATTATAG*CAGTCAAGTCAGTCACACACGCTCTCA
TCTA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1BK50TF 785 0 0
GGAAAGACATTCTGATTCTTATCTTTCTAAAAAATGTTTCTCCGGTCGCAGAAGCTATGG
ACGGTGGTGGCCTTCATGATCCTAGTGATTTCATCGCGTGTAGCACACTCGCTTCACTTC
GATCTGCACTCTGGTCGGACAAAGTGCATCGCGGAAGACATCAAGAGCAATTCGATGACT
GTCGGAAAGTACAGCGTCGATAACCCTCACGAAGGCCACGATTTGCCTCAATCTCACAAG
ATCTCCGTCAAGGTGACGTCAAGCAACGGGAACGCGTACCATCACGCGGATCAAGTGGCG
TCTGGGCAGTTCGCGTTCTCGGCAGTGGAAGCAGGGGACTACATGGCGTGTTTCTCCGCC
GTTGATCATAAGCCTGAGGTGACTCTTAGCATTGATTTTGAGTGGAGGACGGGTGTTCAA
TCCAAGAGCTGGGCTACTGTTGCCAAGAAGAGCCAAGTCGAAACCATGGAGTTTGATGTG
AAGAGCCTTCTTGATACTGTCAACTCGATTCATGAAGAGATGTTTTACCTTAGAGAAAGG
GAAGAGCAAATGCAAGATTTGAACCGGTCTACAAACACTAAAATGGCATGGTTGAGTTTA
CTCTCTTTGTTCGTCTGCATAGGAGTGGCAGCAATGCAGTATGTACACTTGAAGACTTTT
TTCGAGAAGAAGAAAGTCATCTAAAGGTTTATTATAGGCAGTCAAGTCAGTCACACACGC
TCTCA*TCTACTCTT*TTTCTTTGGATGTTGTATAT*AGTTCA*TGCCTCTGCTGCAAGC
ATGTT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1B244TF 504 0 0
G
GGGGACTACATGGCGTGTTTCTCCGCCGTTGATCATAAGCCTGAGGTGACTCTTAGCATT
GATTTTGAGTGGAGGACGGGTGTTCAATCCAAGAGCTGGGCTACTGTTGCCAAGAAGAGC
CAAGTCGAAACCATGGAGTTTGATGTGAAGAGCCTTCTTGATACTGTCAACTCGATTCAT
GAAGAGATGTTTTACCTTAGAGAAAGGGAAGAGCAAATGCAAGATTTGAACCGGTCTACA
AGCACTAAAATGGCATGGTTGAGTTTACTCTCTTTGTTCGTCTGCATAGGAGTGGCAGCA
ATGCAGTATGTACACTTGAAGACTTTTTTCGAGAAGAAGAAAGTCATCTAAAGGTTTATT
ATAGGCAGTCAAGTCAGTCACACACGCTCTCAATCTACTCTTCTTTCTTTGGATGTTGTA
TATTAGTTCAATGCCTCTGCTGCAAGCATGTTTCTCTTGAGACTTGGGACTTTTTTAATT
TATGTGGCAGTATTTGTCCTTTT

QA 2 504 2 504
DS 

RD RR1AU41JQ 590 0 0
CTCCGTCAAGGTGACGTCAAGCAACGGGAACGCGTACCATCACGCGGATCAAGTGGCGTC
TGGGCAGTTCGCGTTCTCGGCAGTGGAAGCAGGGGACTACATGGCGTGTTTTTCCGCCGC
TGATCATAAGCCTGAGGTGACTCTTAGCATTGATTTTGAGTGGAGGACGGGTGTTCAATC
CAAGAGCTGGGCTACTGTTGCCAAGAAGAGCCAAGTCGAAACCATGGAGTTTGATGTGAA
GAGCCTTCTTGATACTGTCAACTCGATTCATGAAGAGATGTTTTACCTTAGAGAAAGGGA
AGAGCAAATGCAAGATTTGAACCGGTCTACAAACACTAAAATGGCATGGTTGAGTTTACT
CTCTTTGTTCGTCTGCATAGGAGTGGCAGCAATGCAGTATGTATACTTGAAGACTTTTTT
CGAGAAGAAGAAAGTCATCTAAAGGTTTATTATAGGCAGTCAAGTCAGTCACACACGCTC
TCAATCTACTCTTCTTTCTTTGGATGTTGTATATTAGTTCAATGCCTCTGCTGCAAGCAT
GTTTCTCTTGAGACTTGGGACTTTTTTAATTTATGTGGCAGTATTTGTCC

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1BK50JQ 817 0 0
CATCAAGAGCAAT*CGATGACTGTCGGAAAGTACAGCGTCGATAACCCTCACGAAGGCCA
CGATTTGCCTCAATCTCACAAGATCTCCGTCAAGGTGACGTCAAGCAACGGGAACGCGTA
CCATCACGCGGATCAAGTGGCGTCTGGGCAGTTCGCGTTCTCGGCAGTGGAAGCAGGGGA
CTACATGGCGTGTTTCTCCGCCGTTGATCATAAGCCTGAGGTGACTCTTAGCATTGATTT
TGAGTGGAGGACGGGTGTTCAATCCAAGAGCTGGGCTACTGTTGCCAAGAAGAGCCAAGT
CGAAACCATGGAGTTTGATGTGAAGAGCCTTCTTGATACTGTCAACTCGATTCATGAAGA
GATGTTTTACCTTAGAGAAAGGGAAGAGCAAATGCAAGATTTGAACCGGTCTACAAACAC
TAAAATGGCATGGTTGAGTTTACTCTCTTTGTTCGTCTGCATAGGAGTGGCAGCAATGCA
GTATGTACACTTGAAGACTTTTTTCGAGAAGAAGAAAGTCATCTAAAGGTTTATTATAGG
CAGTCAAGTCAGTCACACACGCTCTCAATCTACTCTTCTTTCTTTGGATGTTGTATATTA
GTTCAATGCCTCTGCTGCAAGCATGTTTCTCTTGAGACTTGGGACTTTTTTAATTTATGT
GGCAGTATTTGTCCTTTTTCTTGGAGATGGGTTTAGTTTTTTATTGTTTAGATTTGTTGG
TCCTTGATGCTTGGATATGATTTGATGGTTTAAAATTAAAGAAAGTGTGCATTCTCAGTT
TCAGACAACAGAGAAAGGACATGCACACTTTTCTGAT

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1EF30JQ 726 0 0
AAGGTGACGTCAAGCAACGGGAACGCGTACCATCACGCGGATCAAGTGGCGTCTGGGCAG
TTCGCGTTCTCGGCAGTGGAAGCAGGGGACTACATGGCGTGTTTCTCCGCCGTTGATCAT
AAGCCTGAGGTGACTCTTAGCATTGATTTTGAGTGGAGGACGGGTGTTCAATCCAAGAGC
TGGGCTACTGTTGCCAAGAAGAGCCAAGTCGAAACCATGGAGTTTGATGTGAAGAGCCTT
CTTGATACTGTCAACTCGATTCATGAAGAGATGTTTTACCTTAGAGAAAGGGAAGAGCAA
ATGCAAGATTTGAACCGGTCTACAAACACTAAAATGGCATGGTTGAGTTTACTCTCTTTG
TTCGTCTGCATAGGAGTGGCAGCAATGCAGTATGTACACTTGAAGACTTTTTTCGAGAAG
AAGAAAGTCATCTAAAGGTTTATTATAGGCAGTCAAGTCAGTCACACACGCTCTCAATCT
ACTCTTCTTTCTTTGGATGTTGTATATTAGTTCAATGCCTCTGCTGCAAGCATGTTTCTC
TTGAGACTTGGGACTTTTTTAATTTATGTGGCAGTATTTGTCCTTTTTCTTGGAGATGGG
TTTAGTTTTTTATTGTTTAGATTTGTTGGTCCTTGATGCTTGGATATGATTTGATGGTTT
AAAATTAAAGAAAGTGTGCATTCTCAGTTTCAGACAACAGAGAAAGGACATGTACACTTT
TCTGAT

QA 1 726 1 726
DS 



CO CL280Contig2 890 2 2 U
GGGAAGGAAAGACATTCTGATTCTTATCTTTCTAAAAAATGTTTCTCCGGTCGCAGAAGC
TATGGACGGTGGTGGCCTTCATGATCCTAGTGATTTCATCGCGTGTAGCACACTCGCTTC
ACTTCGATCTGCACTCTGGTCGGACAAAGTGCATCGCGGAAGACATCAAGAGCAATTCGA
TGACTGTCGGAAAGTACAGCGTCGATAACCCTCACGAAGGCCACGATTTGCCTCAATCTC
ACAAGATCAAGTGGCGTCTGGGCTGTTCGCGTTCTCGGCAGTGGAAGCAGGGGACTACAT
GGCGTGTTTCTCCGCCGTTGATCATAAGCCTGAGGTGACTCTTAGCATTGATTTTGAGTG
GAGGACGGGTGTTCAATCCAAGAGCTGGGCTACTGTTGCCAAGAAGAGCCAAGTCGAAAC
CATGGAGTTTGATGTGAAGAGCCTTCTTGATACTGTCAACTCGATTCATGAAGAGATGTT
TTACCTTAGAGAAAGGGGAGAGCAAATGCAAGATTTGAACCGGTCTACAAACACTAAAAT
GGCATGGTTGAGTTTACTCTCTTTGTTCGTCTGCATAGGAGTGGCAGCAATGCAGTATGT
ACACTTGAAGACTTTTTTCGAGAAGAAGAAAGTCATCTAAAGGTTTATTATAGGCAGTCA
AGTCAGTCACACACGCTCTCAATCTACTCTTCTTTCTTTGGATGTTGTATATTAGTTCAA
TGCCTCTGCTGCAAGCATGTTTCTCTTGAGACTTGGGACCTTTTTAATTTATGTGGCAGT
ATTTGTCCTTTTTCTTGGAGATGGGTTTAGTTTTTTATTGTTTAGATTTGTTGGTCCTTG
ATGCTTGGATATGATTTGATGGTTTAAAATTAAAGAAAGTGTGCATTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP17TF U 1
AF RR1EP17JQ C 60
BS 1 748 RR1EP17TF
BS 749 890 RR1EP17JQ

RD RR1EP17TF 748 0 0
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ACTTCGATCTGCACTCTGGTCGGACAAAGTGCATCGCGGAAGACATCAAGAGCAATTCGA
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ACAAGATCAAGTGGCGTCTGGGCTGTTCGCGTTCTCGGCAGTGGAAGCAGGGGACTACAT
GGCGTGTTTCTCCGCCGTTGATCATAAGCCTGAGGTGACTCTTAGCATTGATTTTGAGTG
GAGGACGGGTGTTCAATCCAAGAGCTGGGCTACTGTTGCCAAGAAGAGCCAAGTCGAAAC
CATGGAGTTTGATGTGAAGAGCCTTCTTGATACTGTCAACTCGATTCATGAAGAGATGTT
TTACCTTAGAGAAAGGGGAGAGCAAATGCAAGATTTGAACCGGTCTACAAACACTAAAAT
GGCATGGTTGAGTTTACTCTCTTTGTTCGTCTGCATAGGAGTGGCAGCAATGCAGTATGT
ACACTTGAAGACTTTTTTCGAGAAGAAGAAAGTCATCTAAAGGTTTATTATAGGCAGTCA
AGTCAGTCACACACGCTCTCAATCTACTCTTCTTTCTTTGGATGTTGTATATTAGTTCAA
TGCCTCTGCTGCAAGCATGTTTCTCTTG

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1EP17JQ 831 0 0
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CACTTCGATCTGCACTCTGGTCGGACAAAGTGCATCGCGGAAGACATCAAGAGCAATTCG
ATGACTGTCGGAAAGTACAGCGTCGATAACCCTCACGAAGGCCACGATTTGCCTCAATCT
CACAAGATCAAGTGGCGTCTGGGCTGTTCGCGTTCTCGGCAGTGGAAGCAGGGGACTACA
TGGCGTGTTTCTCCGCCGTTGATCATAAGCCTGAGGTGACTCTTAGCATTGATTTTGAGT
GGAGGACGGGTGTTCAATCCAAGAGCTGGGCTACTGTTGCCAAGAAGAGCCAAGTCGAAA
CCATGGAGTTTGATGTGAAGAGCCTTCTTGATACTGTCAACTCGATTCATGAAGAGATGT
TTTACCTTAGAGAAAGGGGAGAGCAAATGCAAGATTTGAACCGGTCTACAAACACTAAAA
TGGCATGGTTGAGTTTACTCTCTTTGTTCGTCTGCATAGGAGTGGCAGCAATGCAGTATG
TACACTTGAAGACTTTTTTCGAGAAGAAGAAAGTCATCTAAAGGTTTATTATAGGCAGTC
AAGTCAGTCACACACGCTCTCAATCTACTCTTCTTTCTTTGGATGTTGTATATTAGTTCA
ATGCCTCTGCTGCAAGCATGTTTCTCTTGAGACTTGGGACCTTTTTAATTTATGTGGCAG
TATTTGTCCTTTTTCTTGGAGATGGGTTTAGTTTTTTATTGTTTAGATTTGTTGGTCCTT
GATGCTTGGATATGATTTGATGGTTTAAAATTAAAGAAAGTGTGCATTCCT

QA 1 831 1 831
DS 



AS 3 11

CO CL281Contig1 805 2 10 U
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CGATAACTTCTAGCCGCGAGAGGAAACGAGGAGTTCCATGGACAGAGGAAGAGCACAAGC
TGTTCTTACTTGGGCTGCAGAAAGTAGGGAAAGGAGATTGGAAAGGAATATCTAAAAACT
TTGTCAAGAGCAGGACGTCTACACAAGTAGCTAGTCACGCTCAGAAGTACTTCCTCCGGC
GAAGTAATCTCAACCGTCGCCGGCGAAGATCTAGCCTTTTCGACATGACAACTGACACGG
TCATGCCCATGAAAGAAGATCAAGTGCTTGTACAGGAGAACACACCACAACAGGAAGTCA
ACAACTTCTCTGTACACCCGGTTATGCAAGTGTTTCCAATATCTAGTGATAATGCATCAG
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TTCAAGCAAGACCTGAACCGATCCCACTCAGCCTCACACTAGCCTCATCTAATCTCAACG
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CCCAGAAAGTTGAATCTGTAACACACCTTGTTTGTTTCTCTGTTGTACAGATAGGTCTTG
AGATTTTCTATGTATTTGGCTGAAGAGACCTGTGTCAAAAGAAGAATAATAGACAGAGAA
GTTTGGTTTTTTAGGGTTTCATCATCATCTTTGGTTTTTTTTTCCTTCCATGCTTGGGAG
TTGTTGTAATACTACTTATCTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1CL24TF U 1
AF RR1CL24JQ C 7
BS 1 735 RR1CL24TF
BS 736 736 RR1CL24JQ
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RD RR1CL24TF 805 0 0
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TTCAAGCAAGACCTGAACCGATCCCACTCAGCCTCACACTAGCCTCATCTAATCTCAACG
AGCTTTCTTCCTCAAGGCACTCAGCATTCAACACGATTGGAGTCGCTTAGAGAAACCCCT
CCCAGAAAGTTGAATCTGTAACACACCTTGTTTGTTTCTCTGTTGTACAGATAGGTCTTG
AGATTTTCTATGTATTTGGCTGAAGAGACCTGTGTCAAAAGAAGAATAATAGACAGAGAA
GTTTGGTTTTTTAGG*TTTCATCATCATCTTTG**TTTTTTTTCCTTC*ATGCTTGGGAG
TTGTTGTA*TACTACTTATCT
GGTC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1CL24JQ 799 0 0
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TACTTGGGCTGCAGAAAGTAGGGAAAGGAGATTGGAAAGGAATATCTAAAAACTTTGTCA
AGAGCAGGACGTCTACACAAGTAGCTAGTCACGCTCAGAAGTACTTCCTCCGGCGAAGTA
ATCTCAACCGTCGCCGGCGAAGATCTAGCCTTTTCGACATGACAACTGACACGGTCATGC
CCATGAAAGAAGATCAAGTGCTTGTACAGGAGAACACACCACAACAGGAAGTCAACAACT
TCTCTGTACACCCGGTTATGCAAGTGTTTCCAATATCTAGTGATAATGCATCAGGGACTC
AATCTTATGGACATCTTTCTTCCTCTAACCTAATCAACTTGGTCCCATATACTTTTCAAG
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CTTCCTCAAGGCACTCAGCATTCAACACGATTGGAGTCGCTTAGAGAAACCCCTCCCAGA
AGGTTGAATCTGTAACACACCTTGTTTGTTTCTCTGTTGTACAGATAGGTCTTGAGATTT
TCTATGTATTTGGCTGAAGAGACCTGTGTCAAAAGAAGAATAATAGACAGAGAAGTTTGG
TTTTTTAGGGTTTCATCATCATCTTTTGTTTTTTTTTCCTTCCATGCTTGGGAGTTGTTG
TAATACTACTTATCTGGTC

QA 1 799 1 799
DS 



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BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1E379JQ U 1
AF RR1CP72JQ U 4
BS 1 133 RR1E379JQ
BS 134 138 RR1CP72JQ

RD RR1E379JQ 133 0 0
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ATGTGAGGCTGAATGAAATCGGTTCAGGCCTTGCTTGAAAAGTATATGGGACCAAGTTGA
TTAGGTTAAAGGA

QA 1 133 1 133
DS 

RD RR1CP72JQ 135 0 0
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GGTTAAAGGAAAAAA

QA 1 135 1 135
DS 



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GGACCACCACTCCATTACCATTTCCTCTGTACTTTAGATCCCTTAACGTTGTAAGAAAGA
AAACACCGGGGAAATAACATGGCGGATGGTAGTAGTAGTTGTACGTCGGAGTCCACCGTC
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ATGAGGAAGAGTGTGAGTTTGAACAACTTGTCAGAGTACGAGCAGACGGAGGAGATCCCA
AAGATCATCGCCGAGGATGAGAAGAACAAAACCTCCTCTGGTTACGCTTCCGCGGACGAC
GCTGTTCCGATAACTTCTAGCCGCGAGAGGAAACGAGGAGTTCCGTGGACAGAGGAAGAG
CACAAGCTGTTCTTGCTTGGGCTGCAGAAAGTAGGGAAAGGAGATTGGAAAGGAATATCT
AAAAACTTTGTCAAGAGCAGGACGTCTACACAAGTAGCTAGTCACGCTCAGAAGTACTTC
CTCCGGCGAAGTAATCTCAACCGTCGCCGGCGAAGATCTAGCCTCTTCGACATGACAACT
GACACGGTCATGCCCATGAAAGAAGATCAAGTGCTTGTACAGGAGAACACACCACAACAG
GAAGTAAACAACTTCTCTGTACACCCGGTTATGCAAGTGTTTCCAATTGGTGATAATGCA
TCAGGGACTCAATCTTATGGACATCTTTCTTCCTCTAACCTAATCAACTTGGTCCCATAT
ACTTTTCAAGCAAGGCCTGAACCGATCTCACTCAGCCTCACATTAGCCTCATCTAATCTC
AATGAGCCTTCTTCCTCAAGGCACTCAGCATTCAACACGG*TTGGAGTCGCTTAGAGAAA
CCCCTCCAAAAGGTTGAATCTGCAACACACCTTGTTTGTTTCTCTGTTGTACAGATAGGT
CTTGAGATTTTCTATGTATTTGGCTGAAGAGACCTGTGTCAAAAGAAGAATAATAGACAG
AGAAGTTTGTTTTTTTAGGGTTTCATCATCATCTTTTGTTTTTTTTCCTTCCATGCTTGG
GAGTTGTTGTAATACTACTTATCTAGTCATTCGTGTGGATCTATATCAAAACCATATTAA
CGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 20 35 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 

AF RR1HB04TF U 1
AF RR1CP72TF U 205
AF RR1AB38TF U 155
AF RR1E379TF U 205
AF RR1F964TF U 258
AF RR1F964JQ C 530
AF RR1HB04JQ C 616
BS 1 218 RR1HB04TF
BS 219 219 RR1AB38TF
BS 220 332 RR1HB04TF
BS 333 333 RR1AB38TF
BS 334 570 RR1HB04TF
BS 571 571 RR1AB38TF
BS 572 586 RR1HB04TF
BS 587 820 RR1AB38TF
BS 821 821 RR1CP72TF
BS 822 854 RR1AB38TF
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BS 856 918 RR1AB38TF
BS 919 919 RR1E379TF
BS 920 943 RR1AB38TF
BS 944 946 RR1E379TF
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BS 950 952 RR1F964TF
BS 953 973 RR1AB38TF
BS 974 979 RR1F964TF
BS 980 980 RR1F964JQ
BS 981 1005 RR1F964TF
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BS 1012 1012 RR1F964JQ
BS 1013 1031 RR1F964TF
BS 1032 1032 RR1F964JQ
BS 1033 1065 RR1F964TF
BS 1066 1083 RR1F964JQ

RD RR1HB04TF 586 0 0
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AAACACCGGGGAAATAACATGGCGGATGGTAGTAGTAGTTGTACGTCGGAGTCCACCGTC
GACGGAAGCTGCATCAGTAGAGAGATCATGCTGTTCGGTGTGAGGGTGGTTCTTGATCCG
ATGAGGAAGAGTGTGAGTTTGAACAACTTGTCAGAGTATGAGCAGACGGAGGAGATCCCA
AAGATCATCGCCGAGGATGAGAAGAACAAAACCTCCTCTGGTTACGCTTCCGCGGACGAC
GCTGTTCCGATAACTTCTAGCCGCGAGAGGAAGCGAGGAGTTCCGTGGACAGAGGAAGAG
CACAAGCTGTTCTTGCTTGGGCTGCAGAAAGTAGGGAAAGGAGATTGGAAAGGAATATCT
AAAAACTTTGTCAAGAGCAGGACGTCTACACAAGTAGCTAGTCACGCTCAGAAGTACTTC
CTCCGGCGAAGTAATCTCAACCGTCGCCGGCGAAGATCTAGCCTCTTCGACATGACAACT
GACACGGTCATGCCCATGAAAGAAGATCAATTGCTTGTACAGGAGA

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1CP72TF 644 0 0
G
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AGAAAGTAGGGAAAGGAGATTGGAAAGGAATATCTAAAAACTTTGTCAAGAGCAGGACGT
CTACACAAGTAGCTAGTCACGCTCAGAAGTACTTCCTCCGGCGAAGTAATCTCAACCGTC
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ATCAAGTGCTTGTACAGGAGAACACACCACAACAGGAAGTAAACAACTTCTCTGTACACC
CGGTTATGCAAGTGTTTCCAATTGGTGATAATGCATCAGGGACTCAATCTTATGGACATC
TTTCTTCCTCTAACCTAATCAACTTGGTCCCATATACTTTTCAAGCAAGGCCTGAACCGA
TCTCACTCAGCCTCACATTAGCCTCATCTAATCTCAATGAGCCTTCTTCCTCAAG*CACT
CAGCATTCAACACGG*TTGGAGTCGCTTAGAGAAACCCCTCCA

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DS 

RD RR1AB38TF 819 0 0
G
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AGGAGTTCCGTGGACAGAGGAAGAGCACAAGCTGTTCTTGCTTGGGCTGCAGAAAGTAGG
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AGCTAGTCACGCTCAGAAGTACTTCCTCCGGCGAAGTAACCTCAACCGTCGCCGGCGAAG
ATCTAGCCTCTTCGACATGACAACTGACACGGTCATGCCCATGAAAGAAGATCAAGTGCT
TGTACAGGAGAACACACCACAACAGGAAGTAAACAACTTCTCTGTACACCCGGTTATGCA
AGTGTTTCCAATTGGTGATAATGCATCAGGGACTCAATCTTATGGACATCTTTCTTCCTC
TAACCTAATCAACTTGGTCCCATATACTTTTCAAGCAAGGCCTGAACCGATCTCACTCAG
CCTCACATTAGCCTCATCTAATCTCAATGAGCCTTCTTCCTCAAGGCACTCAGCATTCAA
CACGGGTTGGAGTCGCTTAGAGAAACCCCTCCAAAAGGTCGAATCTGCAACACACCTTGT
TTGTTTCTCTGTTGTACAGATAGGTCTTGAGATTTTCTATGTACTTGGCTGAAGAGACCT
GTGTCAAAG**AGAT**ATAGACAGAGAAGTTTGTTTT

QA 2 819 2 819
DS 

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G
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ACAAAACCTCCTCTGGTTACGCTTCCGCGGACGACGCTGTTCCGATAACTTCTAGCCGCG
AGAGGAAACGAGGAGTTCCGTGGACAGAGGAAGAGCACAAGCTGTTCTTGCTTGGGCTGC
AGAAAGTAGGGAAAGGAGATTGGAAAGGAATATCTAAAAACTTTGTCAAGAGCAGGACGT
CTACACAAGTAGCTAGTCACGCTCAGAAGTACTTCCTCCGGCGAAGTAATCTCAACCGTC
GCCGGCGAAGATCTAGCCTCTTCGACATGACAACTGACACGGTCATGCCCATGAAAGAAG
ATCAAGTGCTTGTACAGGAGAACACACCACAACAGGAAGTAAACAACTTCTCTGTACACC
CGGTTATGCAAGTGTTTCCAATTGGTGATAATGCATCAGGGACTCAATCTTATGGACATC
TTTCTTCCTCTAACCTAATCAACTTGGTCCCATATACTTTTCAAGCAAGGCCTGAACCGA
TCTCACTCAGCCTCACATTAGCCTCATCTAATCTCAATGAGCCTTCTTCCTCAAGGCACT
CAGCATTCAACACGG*TTGGAGTCGCTTAGAGAAACCCCTCCAAAAGGTTGAATCTGCAA
CACACCTTGTTTGTTTCTCTGTTGTACAGATAGGTCTTGAGATTTTTTATGTATTTGGCT
GAAGAGACCTGTGTCAAAAGAAGAT**ATAGACAGAGAAGTTTGTTTT

QA 2 769 2 769
DS 

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G
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AGCCGCGAGAGGAAACGAGGAGTTCCGTGGACAGAGGAAGAGCACAAGCTGTTCTTGCTT
GGGCTGCAGAAAGTAGGGAAAGGAGATTGGAAAGGAATATCTAAAAACTTTGTCAAGAGC
AGGACGTCTACACAAGTAGCTAGTCACGCTCAGAAGTACTTCCTCCGGCGAAGTAATCTC
AACCGTCGCCGGCGAAGATCTAGCCTCTTCGACATGACAACTGACACGGTCATGCCCATG
AAAGAAGATCAAGTGCTTGTACAGGAGAACACACCACAACAGGAAGTAAACAACTTCTCT
GTACACCCGGTTATGCAAGTGTTTCCAATTGGTGATAATGCATCAGGGACTCAATCTTAT
GGACATCTTTCTTCCTCTAACCTAATCAACTTGGTCCCATATACTTTTCAAGCAAGGCCT
GAACCGATCTCACTCAGCCTCACATTAGCCTCATCTAATCTCAATGAGCCTTCTTCTTCA
AGGCACTCAGCATTCAACACGG*TTGGAGTCGCTTAGAGAAACCCCTCCAGAAGGTTGAA
TCTGCAACACACCTTGTTTGTTTCTCTGCTGTACAGATAGGTCTTGAGATTTTCTATGTA
TTTGGCTGAAGAGACCTGTGTCAAAAGAAGAATAATAGACAGAGAAGTTTGTTTTTTTAG
G*TTTCATCATCATCTTTTGTTTTTTT*CCTTC*ATGCTTGGGAGTTGTTGTA*TACTAC
TTATCTAGTCATTCGTGTGGATCTATA

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DS 

RD RR1F964JQ 554 0 0
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CACCACAACAGGAAGTAAACAACTTCTCTGTACACCCGGTTATGCAAGTGTTTCCAATTG
GTGATAATGCATCAGGGACTCAATCTTATGGACATCTTTCTTCCTCTAACCTAATCAACT
TGGTCCCATATACTTTTCAAGCAAGGCCTGAACCGATCTCACTCAGCCTCACATTAGCCT
CATCTAATCTCAATGAGCCTTTTTCTTCAAGGCACTCAGCATTCAACACGG*TTGGAGTC
GCTTAGAGAAACCCCTCCAGAAGGTTGAATCTGCAACACACCTTGTTTGTTTTTCTGCTG
TACAGATAGGTCTTGAGATTTTCTATGTATTTGGCTGAAGAGACCTGTGTCAAAAGAAGA
ATAATAGACAGAGAAGTTTGTTTTTTTAGGGTTTCATCATCATCTTTTGTTTTTTTTCCT
TCCATGCTTGGGAGTTGTTGTAATACTACTTATCTAGTCATTCGTGTGGATCTATATCAA
AACCATATTAACGC

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DS 

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TATGGACATCTTTTTTCCTCTAACCTAATCAACTTGGTCCCATATACTTTTCAAGCAAGG
CCTGAACCGATCTCACTCAGCCTCACATTAGCCTCATTTAATTTCAATGAGCCTTTTTCC
TCAAGGCACTCAGCATTCAACACGG*TTGGAGTCGCTTAGAGAAACCCCTCCAAAAGGTT
GAATTTGCAACACACCTTGTTTGTTTTTTTGTTGTACAGATAGGTCTTGAGATTTTTTAT
GTATTTGGCTGAAGAGACCTGTGTCAAAAGAATAATAATAGACAGAGAAGTTTGTTTTTT
TAGGGTTTCATCATCATTTTTTGTTTTTTTTCCTTCCATGCTTGGGAGTTGTTGTAATAC
TACTTATCTGGTCATTCGTGTGGATCTATATCAAAACCATATTAACG

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 11

CO CL282Contig1 418 11 2 U
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AGAAAAATGGCGGGAAAAGTGTGTATGGTGATGGCACTTATCATGATAGGGTGTGTTTTA
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TTCACAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATAACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTG
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ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACGATAAATTTTCTGATC


BQ
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60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 

AF RR1CG52TF U 1
AF RR1F337JQ C 3
AF RR1F337TF U 3
AF RR1GC24TF U 3
AF RR1FZ02JQ C 1
AF RR1FZ02TF U 1
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AF RR1GN52TF U 1
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BS 418 418 RR1GH33TF

RD RR1CG52TF 418 0 0
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ACCAAGTGTGGTCTCCCAAAACGTCCTTCTAAACCAACATCATCTCCATCACCTTCTACC
ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACGATAAATTTTCTGAT
T

QA 1 417 1 417
DS 

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TG
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AAATGGCGGGAAAAGTGTGTATGGTGATGGCACTTATCATGATAGGGTGTGTTTTACAAG
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CAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATAACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTGACCA
AGTGTGGTCTCCCAAAACGTCCTTCTAAACCAACATCATCTCCATCACCTTCTACCACCG
CTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATCTTTA
TGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACG

QA 3 401 3 401
DS 

RD RR1F337TF 401 0 0
TG
ACATCTCAAATCTATCAATAACTAAATAAAACACAAGTCCTAATAAACCTGTAAAGAGAA
AAATGGCGGGAAAAGTGTGTATGGTGATGGCACTTATCATGATAGGGTGTGTTTTACAAG
CATGCAATGGAGCCAATGTTGACGAGGCCAAGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGCCTCA
CAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATAACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTGACCA
AGTGTGGTCTCCCAAAACGTCCTTCTAAACCAACATCATCTCCATCACCTTCTACCACCG
CTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATCTTTA
TGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACG

QA 3 401 3 401
DS 

RD RR1GC24TF 401 0 0
GG
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AAATGGCGGGAAAAGTGTGTATGGTGATGGCACTTATCATGATAGGGTGTGTTTTACAAG
CATGCAATGGAGCCAATGTTGACGAGGCCAAGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGCTTCA
CAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATAACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTGACCA
AGTGTGGTCTCCCAAAACGTCCTTCTAAACCAACATCATCTCCATCACCTTCTACCACCG
CTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATCTTTA
TGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACG

QA 3 401 3 401
DS 

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TTCACAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATAACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTG
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ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACG

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DS 

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CAAGCATGCAATGGAGCCAATGTTGACGAGGCCAAGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGC
TTCACAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATAACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTG
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ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACG

QA 1 403 1 403
DS 

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CAAGCATGCAATGGAGCCAATGTTGACGAGGCCAAGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGC
TTCACAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATAACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTG
ACCAAGTGTGGTCTCCCAAAACGTCCTTCTAAACCAACATCATCTCCATCACCTTCTACC
ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACGATAAATTTTCTGAT
T

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DS 

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AGAAAAATGGCGGGAAAAGTGTGTATGGTGATGGCACTTATCATGATGGGGTGTGTTTTA
CAAGCATGCAATGGAGCCAATGTTGACGAGGCCAAGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGC
TTCACAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATAACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTG
ACCAAGTGTGGTCTCCCAAAACGTCCTTCTAAACCAACATCATCTCCATCACCTTCTACC
ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACGATAAATTTTCTGATC

QA 1 418 1 418
DS 

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CAAGCATGCAATGGAGCCAATGTTGACGAGGCCAAGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGC
TTCACAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATAACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTG
ACCAAGTGTGGTCTCCCAAAACGTCCTTCTAAACCAACATCATCTCCATCACCTTCTACC
ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACGATAAATTTTCTGATC

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR1GN52TF 418 0 0
GGGCACATCTCAAATCTATCAATAACTAAATAAAACACAAGTCCTAATAAACCTGTAAAG
AGAAAAATGGCGGGAAAAGTGTGTATGGTGATGGCACTTATCATGATGGGGTGTGTTTTA
CAAGCATGCAATGGAGCCAATGTTGACGAGGCCAAGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGC
TTCACAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATAACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTG
ACCAAGTGTGGTCTCCCAAAACGTCCTTCTAAACCAACATCATCTCCATCACCTTCTACC
ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATACGATAAATTTTCTGATC

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR1GH33JQ 324 0 0
CACTTATCATGATGGGGTGTGTTTTACAAGCATGCAATGGAGCCAATGTTGACGAGGCCA
AGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGCTTCACAGCCTGTTCCATAGCATGTGGCAAACATA
ACAAACCTTGTTACGACGGATGTTTGACCAAGTGTGGTCTCCCAAAACGTCCTTCTAAAC
CAACATCATCTCCATCACCTTCTACCACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTT
GTCTCTTTATTGCTAAGGATGTCATCTTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAG
AATTATACGATAAATTTTCTGATC

QA 1 324 1 324
DS 



AS 1 11

CO CL283Contig1 825 11 19 U
GGGAGCCTAAAACAGAGCGAGAGAGAGTTGAGCAAGAAAGTGAGGAGAAGATGAAGACGA
TCCTTTCTTCCGAGACGATGGACATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCTAAGG
TGATCGAAGTCGAAGGACCTCGCGGCAAACTCGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCG
ATTTCCAGC***TCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGT
GGTTCGGATCTCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGACAACC
TCATCACTGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTC
CCATCAACGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGG
AGAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAG
TTAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTCTCAAGATCATGCGCTC
TTATCAACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCT
ATGTTAGCGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATACGTCTCCTTCATCTT
TTGAATGTTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAAATCTCACCGGTGTTGCAAAACTCGGCTTAT
CCCTTGTCTTTTTGTTCGAGATTTTTATTTACTTTATGCAGAAGTTTTTGGAGACACAAT
TTGCTAGTCCTTTTACCTATTTCACTCTTTTGAATCTTCCTTTTT


BQ
25 30 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 5 65 65 65 65 35 65 50 5 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 5 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FU95TF U -3
AF RR1E283TF U 1
AF RR1B342JQ C 248
AF RR1D932TF U 1
AF RR1FU95JQ C 67
AF RR1EP53TF U 2
AF RR1AG03TF U 1
AF RR1E283JQ C 211
AF RR1B342TF U 1
AF RR1AG03JQ C 10
AF RR1D932JQ C 71
BS 1 185 RR1AG03TF
BS 186 186 RR1E283TF
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BS 814 825 RR1D932JQ

RD RR1FU95TF 515 0 0
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TTCCAGC***TCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGG
TTCGGATCTCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGACAACCTC
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AACAACGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAG
AAGAAGGTGAGGAAGGCAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTT
AAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGA

QA 7 515 7 515
DS 

RD RR1E283TF 576 0 0
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ATTTCCAGC***TCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGT
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AGAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAG
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TTATCAACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATA

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1B342JQ 444 0 0
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TGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAA
CGCTTCCATCGGCGGTGAAGGCAAGTTTATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAA
GGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTTTGAGAAAGTTAAGGA
TGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTCTCAAGATCATGCGCTCTTATCAA
CCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATTTATGTTAG
CGAGAAGAGCAAAATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATACGTCTCCTTCATCTTTTGAATG
TTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAAA

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR1D932TF 686 0 0
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ATTTCCAGC***TCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGT
GGTTCGGATCTCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGACAACC
TCATCACTGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTC
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AGAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAG
TTAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTCTCAAGATCATGCGCTC
TTATCAACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCT
ATGTTAGCGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATACGTCTCCTTCATCTT
TTGAATGTTTAGTTTGTTTT
CAGACC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1FU95JQ 690 0 0
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AAGTCGAAGGACCTCGCGGCAAACTCGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTTCC
AGC***TCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGGTTCG
GATCTCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGACAACCTCATCA
CCGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCAACA
ACGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGA
AGGTGAGGAAGGCAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGG
ATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTCTTATCA
ACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCTATGTTA
GCGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGGCAAATATGTCTCCTTCATCTTTTGAAT
GTTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAAATCTCACCGGTGTTGCAAAACTCGGCTTATCCCTTG
TCTTTTTGTTCGAGATTTTTATTTACTTTA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1EP53TF 761 0 0
GGAGCCTAAAACAGAGCGAGAGAGAGTTGAGCAAGAACGTGAGGAGAAGATGAAGGCGAT
CCTTTCTTCCGAGACGATGGATATCCCCGAAGGCATTACCATCAAAGTTAACGCTAAGGT
GATCGAAGTCGAAGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGA
TTTCCAGC***TCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTG
GTTCGGATCTCGCAAATCAAGTGCATCCGTCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGACAACCT
CATCACTGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCC
CATCAACGCTTCCATCGGCGGTGAAGGCAAGTCTATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGA
GAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGT
TAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTCTCAAGATCATGCGCTCT
TATCAACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCTA
TGTTAGCGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATACGTCTCCTTCATCTTT
TGAATGTTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAAATCTCACCGGTGTTGCA*AACTCGGCTTATC
CCTTGTCTTTT*GTTCGTGATTTTTATTTACTTT
TGCAGAA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1AG03TF 807 0 0
GGGAGCCTAAAACAGAGCGAGAGAGAGTTGAGCAAGAAAGTGAGGAGAAGATGAAGACGA
TCCTTTCTTCCGAGACGATGGACATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCTAAGG
TGATCGAAGTCGAAGGACCTCGCGGCAAACTCGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCG
ATTTCAAGCATCTCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGT
GGTTCGGAGCTCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGACAACC
TCATCACCGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTC
CCATCAACGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGG
AGAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAG
TTAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTC
TTATCAACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCT
ATGTTAGCGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATATGTCTCCTTCATCTT
TTGAATGTTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAAATCTCGCCGGTGTTGCAAAACTCGGCTTAT
CCCTTGTCTTTTTGTTCGAGATTTTTATTTACTTTATGCAGAAGTTTTTGGAGACACAAT
TTGCTAGTCCTTTTACCTATTTCACT
T

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1E283JQ 593 0 0
CCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGGTTCGGATCTCGCAAATCAAGTGCATCCA
TCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGACAACCTCATCACTGGTGTCACCATAGGGTTCAGGT
ACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAACGCTTCCATCGGCGGTGACAGCA
AGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGG
ATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATG
ACATTGAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTCTTATCAACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGA
AGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCTATGTTAGCGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAG
AGGAATAGACAAATATGTCTCCTTCATCTTTTGAATGTTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAA
ATCTCACCGGTGTTGCAAAACTCGGCTTATCCCTTGTCTTTTTGTTCGAGATTTTTATTT
ACTTTATGCAGAAGTTTTTGGAGACACAATTTGCTAGTCCTTTTACCTATTTC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1B342TF 820 0 0
GGGAGCCTAAAACAGAGCGAGAGAGAGTTGAGCAAGAACGTGAGGAGAAGATGAAGACGA
TCCTTTCTTCCGAGACGATGGATATCCCCGAAGGCATTACCATCAAAGTTAACGCTAAGG
TGATCGAAGTCGAAGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCG
ATTTCCAGC***TCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGT
GGTTCGGATCTCGCAAATCAGGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGACAACC
TCATCACTGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTC
CCATCAACGCTTCCATCGGCGGTGAAGGCAAGTCTATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGG
AGAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAG
TTAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTCTCAAGATCATGCGCTC
TTATCAACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCT
ATGTTAGCGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATACGTCTCCTTCATCTT
TTGAATGTTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAAATCTCACCGGTGTTGCAGAACTCGGCTTAT
CCCTTGTCTTTTTGTTCGTGATTTTTATTTACTTT*TGCAGAAGTTTTTGGAGACACAAT
TTGCTAGTCCTTTTACCTATTTCACTCTTTTGA
TCTTCCT

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1AG03JQ 798 0 0
AAACAGAGCGAGAGAGAGTTGAGCAAGAAAGTGAGGAGAAGATGAAGACGATCCTTTCTT
CCGAGACGATGGACATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCTAAGGTGATCGAAG
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TTTTGTTCGAGATTTTTATTTACTTTATGCAGAAGTTTTTGGAGACACAATTTGCTAGTC
CTTTTACCTATTTCACT
T

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1D932JQ 755 0 0
CGAGACGATGGATATCCCCGAAGGCATTACCATCAAAGTTAACGCTAAGGTGATCGAAGT
CGAAGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTTCCAGC*
**TCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGGTTCGGATC
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TGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAACGC
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GAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGA
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TTTGTTCGTGATTTTTATTTACTTT*TGCAGAAGTTTTTGGAGACACAATTTGCTAGTCC
TTTTACCTATTTCACTCTTTTGAATCTTCCTTTTT

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 10

CO CL284Contig1 1209 10 18 U
GTATAAATAAGAAATAGCTTTATTAAATTATTTGTTTTTCCTTGTTTGATTCGAAGCACA
ACGAATACTTATATAGTACACAACAGATCATAAAATAAACTGAGCAGAGACAGTTCCTTG
ATCAACCCCTCAACGAATACTTCTTCCCAGTGAAAGCTTGGAACTTTGGCTCTTCTTTCT
TCTCCTCTTCCTCTTGTTTTGTCTCTTTCCCAGCTCCAACCTTTGGAGCTTCTTTTGGGG
CACGGTTTGCGTTGCCCCCAAACAC*AAGCTTTCCTTGAGCCTGTCGAGCAGCTTTCTCT
GAGCTACTACTTGCTACAGATGCCTGTCCATTGCCATTAGCAACAGCTGGCTGTTTATCT
TTTGAGCTAGAGGAAGAAGAAGAAGATGCTGGTGGCGGCTCATAGGAAAGAGGTCTCCCA
TCTAACCGTCTTCCAGATCCCGTGAAAGGGTTGAACTTTGGTTCAGGTTCAGGCACAACT
TCCTCAGCTTTTGCCGG*ACCCTT*AGCTGCAGCAGGTGCTGTTTTGGGACGTTCAGGCT
CCTTGTAATCAAGGGGAGGTGCAAAATCAACCTCACAGTCTGTTTCTATGATGCTGATTC
CATTAGCAGGCTTTGTCTCAACTATATCTATAAAGTACTTCTTATTGTTGTATGGAACCA
TGATGCTATCCCCAGTGGTTAGGCATGAGTAGTTCCTCAAAGCAGTCTCCAAGATGGCTT
TCGGATTAGATATATCCAGGAAGTCCGTAGTGTGCGGCTGTAGTTTAACATAGGTTCCTT
TTGGAAGAGTGACATTTCTAACTCTCACAATGTCTCCTTCTTGCAGCAGCAGATTCTGCA
TCATCCAATATGGCATGTAAATCATGCCTTCTTCAGCAATGAACTCAAGGACTCCACAGT
GTGAAACACGTTCGATTCCAGCATTACGAAGCTCAAACAGCATAGGATAGTCAATATGCA
AAGAGGCGAGACGGTCAAGAGCTGATGGTGGCATTATAATCTTGTCACCACTTTCAATTT
GAGGCTTGTCGATAAAAGATGCAGGATAGCACCGGTAACTCTGCTCAAAGGTGGTTCCAG
GGTAATGGTATCCATCGAAAAACATAGTTTAGGTGGTAGATAAATAACGCAGAGAAGAAC
CAACTTCCAACCTGTGAGAGAGAAGAGAGAGAGAGAGA**ACAATTGATGGAACTCAACA
CGGAAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 40 40 40 40 20 40 40 40 
40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 40 40 15 40 40 15 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1DY04JQ U 1
AF RR1F255JQ U 9
AF RR1AN64JQ U 113
AF RR1FY72JQ U 17
AF RR1F255TF C 48
AF RR1FY72TF C 123
AF RR1ES45JQ U 17
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AF RR1ES45TF C 502
AF RR1DY04TF C 546
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BS 91 373 RR1DY04JQ
BS 374 375 RR1F255JQ
BS 376 376 RR1ES45JQ
BS 377 378 RR1F255JQ
BS 379 379 RR1ES45JQ
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BS 1112 1209 RR1AN64TF

RD RR1DY04JQ 373 0 0
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ACGAATACTTATATAGTACACAACAGATCGTAAAATAAACTGAGCAGAGACAGTTCCTTG
ATCAACCCCTCAACGAATACTTCTTCCCAGTGAAAGCTTGGAACTTTGGCTCTTCTTTCT
TCTCCTCTTCCTCTTGTTTTGTCTCTTTCCCAGCTCCAACCTTTGGAGCTTCTTTTGGGG
CACGGTTTGCGTTGCCCCCAAACAC*AAGCTTTCCTTGAGCCTGTCGAGCAGCTTTCTCT
GAGCTACTACTTGCTACAGATGCCTGTCCATTGCCATTAGCAACAGCTGGCTGTTTATCT
TTTGAGCTAGAGG

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR1F255JQ 587 0 0
AAGC
AATAGCTTTATTAAATTATTTGTTTTTCCTTGTTTGATTCGAAGCACAACGAATACTTAT
ATAGTACACAACAGATCATAAAATAAACTGAGCAAAAACAGTTCCTTGATCAACCCCTCA
ACGAATACTTCTTCCCAGTGAAAGCTTGGAACTTTGGCTCTTCTTTCTTCTCCTCTTCCT
CTTGTTTTGTCTCTTTCCCAGCGCCAACCTTTGGAGCTTCTTTTGGGGCACGGTTTGCGT
TGCCCCCAAACAC*AAGCTTTCCTTGAGCCTGTCGAGCAGCTTTCTCTGAGCTACTACTT
GCTACAGATGCCTGTCCATTGCCATTAGCAACAGCTGGCTGTTTATCTTTTGAGCTAAAG
GAAAAAAAAAAAAATGCTGGTGGCGGCTCATAGGAAAGAGGTCTCCCATCTAACCGTCTT
CCAAATCCCGTGAAAGGGTTGAACTTTGGTTCAGGTTCAGGCACAACTTCCTCAGCTTTT
GCCGG*ACCCTT*AGCTGCAGCAGGTGCTGTTTTGGGACGTTCAGGCTCCTTGTAATCAA
GGGGAGGTGCAAAATCAACCTCACAGTCTGTTTCTATGATGCT

QA 5 587 5 587
DS 

RD RR1AN64JQ 575 0 0
GTTCCTTGATCAACCCCTCAACGAATACTTCTTCCCAGTGAAAGCTTGGAACTTTGGCTC
TTCTTTCTTCTCCTCTTCCTCTTGTTTTGTCTCTTTCCCAGCTCCAACCTTTGGAGCTTC
TTTTGGGGCACGGTTTGCGTTGCCCCCAAACAA*AAGCTTTCCTTGAGCCTGTCGAGCAG
CTTTCTCTGGGCTACTACTTGCTACAGATGCCTGTCCATTGCCATTAGCAACAGCTGACT
GTTTATCTTTTGAGCTAAAGGAAAAAAAAAAAAATGCTGGTGGCGGTTCATAGGAAAGAG
GTCTCCCATCTAACCGTCTTCCAGATCCCGTGAAAGGGTTGAACTTTGGTTCAGGTTCAG
GCACAACTTCCTCAGCTTTTGCCGG*ACCCTT*AGCTGCAGCAGGTGCTGTTTTGGGACG
TTCAGGCTCCTTGTAATCAAGGGGAGGTGCAAAATCAACCTCACAGTCTGTTTCTATGAT
GCTGATTCCATTAGCAGGCTTTGTCTCAACTATATCTATAAAGTACTTCTTATTGTTGTA
TGGAACCATGATGCTATCCCCAGTGGTTAGGCATG

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1FY72JQ 705 0 0
GCTTTATTAAATTATTTGTTTTTCCTTGTTTGATTCGAAGCACAACGAATACTTATATAG
TACACAACAGATCATAAAATAAACTGAGCAGAGACAGTTCCTTGATCAACCCCTCAACGA
ATACTTCTTCCCAGTGAAAGCTTGGAACTTTGGCTCTTCTCTCTTCTCCTCTTCCTCTTG
TTTTGTCTCTTTCCCAGCTCCAACCTTTGGAGCTTCTTTTGGGGCACGGTTTGCGTTGCC
CCCAAACAC*AAGCTTTCCTTGAGCCTGTCGAGCAGCTTTCTCTGAGCTACTACTTGCTA
CAGATGCCTGTCCATTGCCATTAGCAACAGCTGGCTGTTTATCTTTTGAGCTAGAGGAAG
AAGAAGAAGATGCTGGTGGCGGCTCATAGGAAAGAGGTCTCCCATCTAACCGTCTTCCAG
ATCCCGTGAAAGGGTTGAACTTTGGTTCAGGTTCAGGCACAACTTCCTCAGCTTTTGCCG
G*ACCCTT*AGCTGCAGCAGGTGCTGTTTTGGGACGTTCAGGCTCCTTGTAATCAAGGGG
AGGTGCAAAATCAACCTCACAGTCTGTTCCTATGATGCTGATTCCATTAGCAGGCTTTGT
CTCAACTATATCTATAAAGTACTTCTTATTGTTGTATGGAACCATGATACTATCCCCAGT
GGTTAGGCATGAGTAGTTCCTCAAAGCAGTCTCCAAGATGGCTTT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1F255TF 726 0 0
TGA
TCGAAGCACAACGAATACTTATATAGTACACAACAGATCATAAAATAAACTGAGCAGAGA
CAGTTC*TTGATCAACCCCTCAACGAATACTTCTTCCCAGTGAAAGCTTGGAACTTTGGC
TCTTCTTTCTTCTCCTCTTCCTCTTGTTTTGTCTCTTTCCCAGCGCCAACCTTTGGAGCT
TCTTTTGGGGCACGGTTTGCGTTGCCCCCAAACAC*AAGCTTTCCTTGAGCCTGTCGAGC
AGCTTTCTCTGAGCTACTACTTGCTACAGATGCCTGTCCATTGCCATTAGCAACAGCTGG
CTGTTTATCTTTTGAGCTAGAGGAAGAAGAAGAAGATGCTGGTGGCGGCTCATAGGAAAG
AGGTCTCCCATCTAACCGTCTTCCAGATCCCGTGAAAGGGTTGAACTTTGGTTCAGGTTC
AGGCACAACTTCCTCAGCTTTTGCCGG*ACCCTT*AGCTGCAGCAGGTGCTGTTTTGGGA
CGTTCAGGCTCCTTGTAATCAAGGGGAGGTGCAAAATCAACCTCACAGTCTGTTTCTATG
ATGCTGATTCCATTAGCAGGCTTTGTCTCAACTATATCTATAAAGTACTTCTTATTGTTG
TATGGAACCATGATGCTATCCCCAGTGGTTAGGCATGAGTAGTTCCTCAAAGCAGTCTCC
AAGATGGCTTTCGGATTAGATATATCCAGGAAGTCCGTAGTGTGCGGCTGTAGTTTAACA
TA
C

QA 4 725 4 725
DS 

RD RR1FY72TF 651 0 0
CAACCCCTCAACGAATACTTCTTCCCAGTGAAAGCTTGGAACTTTGGCTCTTCTCTCTTC
TCCTCTTCCTCTTGTTTTGTCTCTT*CCCAGCTCCAACCTTTGGAGCTTCTTTTGGGGCA
CGGTTTGCGTTGCCCCCAAACACCAAGCTTTCCTTGAGCCTGTCGAGCAGCTTTCTCTGA
GCTACTACTTGCTACAGATGCCTGTCCATTGCCATTAGCAACAGCTGGCTGTTTATCTTT
TGAGCTAGAGGAAGAAGAAGAAGATGCTGGTGGCGGCTCATAGGAAAGAGGTCTCCCATC
TAACCGTCTTCCAGATCCCGTGAAAGGGTTGAACTTTGGTTCAGGTTCAGGCACAACTTC
CTCAGCTTTTGCCGG*ACCCTT*AGCTGCAGCAGGTGCTGTTTTGGGACGTTCAGGCTCC
TTGTAATCAAGGGGAGGTGCAAAATCAACCTCACAGTCTGTTCCTATGATGCTGATTCCA
TTAGCAGGCTTTGTCTCAACTATATCTATAAAGTACTTCTTATTGTTGTATGGAACCATG
ATACTATCCCCAGTGGTTAGGCATGAGTAGTTCCTCAAAGCAGTCTCCAAGATGGCTTTC
GGATTAGATATATCCAGGAAGTCCGTAGTGTGCGGCTGTAGTTTAAC
CCCT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1ES45JQ 798 0 0
GCTTTATTAAATTATTTGTTTTTCCTTGTTTGATTCGAAGCACAACGAATACTTATATAG
TACACAACAGATCATAAAATAAACTGAGCAGAGACAGTTCCTTGATCAACCCCTCAACGA
ATACTTCTTCCCAGTGAAAGCTTGGAACTTTGGCTCTTCTTTCTTCTCCTCTTCCTCCTG
TTTTGTCTCTTTCCCAGCTCCAACCTTTGAAGCTTCTTTTGGGGCACGGTTTGCGTTGCC
CCCAAACAC*AAGCTTTCCTTGAGCCTGTCGAGCAGCTTTCTCTGAGCTACTACTTGCTA
CAGATGCCTGTCCATTGCCATTAGCAACAGCTGGCTGTTTATCTTTTGAGCTAGAGGAAG
AAGAAGAAGATGCTGGTGGCGGCTCATAGGAAAGAGGTCTCCCATCTAACCGTCTTCCAG
ATCCCGTGAAAGGGTTGAACTTTGGTTCAGGTTCAGGCACAACTTCCTCAGCTTTTGCCG
G*ACCCTT*AGCTGCAGCAGGTGCTGTTTTGGGACGTTCAGGCTCCTTGTAATCAAGGGG
AGGTGCAAAATCAACCTCACAGTCTGTTTCTATGATGCTGATTCCATTAGCAGGCTTTGT
CTCAACTATATCTATAAAGTACTTCTTATTGTTGTATGGAACCATGATGCTATCCCCAGT
GGTTAGGCATGAGTAGTTCCTCAAAGCAGTCTCCAAGATGGCTTTCGGATTAGATATATC
CAGGAAGTCCGTAGTGTGCGGCTGTAGTTTAACATAGGTTCCTTTTGGAAGAGTGACATT
TCTAACTCTCACAATGTC

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1AN64TF 739 0 0
AGGCACAACTTCCTCAGCTTTTGCCGGGACCCTTTAGCTGCAGCAGGTGCTGTTTTGGGA
CGTTCAGGCTCCTTGTAATCAAGGGGAGGTGCAAAATCAACCTCACAGTCTGTTTCTATG
ATGCTGATTCCATTAGCAGGCTTTGTCTCAACTATATCTATAAAGTACTTCTTATTGTTG
TATGGAACCATGATGCTATCCCCAGTGGTTAGGCATGAGTAGTTCCTCAAAGCAGTCTCC
AAGATGGCTTTCGGATTAGATATATCCAGGAAGTCCGTAGTGTGCGGCTGTAGTTTAACA
TAGGTTCCTTTTGGAAGAGTGACATTTCTAACTCTCACAATGTCTCCTTCTTGCAGCAGC
AGATTCTGCATCATCCAATATGGCATGTAAATCATGCCTTCTTCAGCAATGAACTCAAGG
ACTCCACAGTGTGAAACACGTTCGATTCCAGCATTACGAAGCTCAAACAGCATAGGATAG
TCAATATGCAAAGAGGCGAGACGGTCAAGAGCTGATGGTGGCATTATAATCTTGTCACCA
CTTTCAATTTGAGGCTTGTCGATAAAAGATGCAGGATAGCACCGGTAACTCTGCTCAAAG
GTGGTTCCAGGGTAATGGTATCCATCGAAAAACATAGTTTGGGTGGTAGATAAATAACGC
AGAGAAGAACCAACTTCCAACCTGTGAGAGAGAAGAGAGAGAGAGAGA**ACAATTGATG
GAACTCAACACGGAAGCCC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1ES45TF 708 0 0
CTT*AGCTGCAGCAGGTGCTGTTTTGGGACGTTCAGGCTC*TTGTAATCAAGGGGAGGTG
CAAAATCAACCTCACAGTCTGTTTCTATGATGCTGATTCCATTAGCAGGCTTTGTCTCAA
CTATATCTATAAAGTACTTCTTATTGTTGTATGGAACCATGATGCTATCCCCAGTGGTTA
GGCATGAGTAGTTCCTCAAAGCAGTCTCCAAGATGGCTTTCGGATTAGATATATCCAGGA
AGTCCGTAGTGTGCGGCTGTAGTTTAACATAGGTTCCTTTTGGAAGAGTGACATTTCTAA
CTCTCACAATGTCTCCTTCTTGCAGCAGCAGATTCTGCATCATCCAATATGGCATGTAAA
TCATGCCTTCTTCAGCAATGAACTCAAGGACTCCACAGTGTGAAACACGTTCGATTCCAG
CATTACGAAGCTCAAACAGCATAGGATAGTCAATATGCAAAGAGGCGAGACGGTCAAGAG
CTGATGGTGGCATTATAATCTTGTCACCACTTTCAATTTGAGGCTTGTCGATAAAAGATG
CAGGATAGCACCGGTAACTCTGCTCAAAGGTGGTTCCAGGGTAATGGTATCCATCGAAAA
ACATAGTTTAGGTGGTAGATAAATAACGCAGAGAAGAACCAACTTCCAACCTGTGAGAGA
GAAGAGAGAGAGAGAGA**ACAATTGATGGAACTCAACAC
GGAAGCCC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1DY04TF 660 0 0
TAATCAAGGGGAGGTGCAAAATCA*CCTCACAGTCTGTTTCTATGATGCTGATTCCATTA
GCAGGCTTTGTCTCAACTATATCTATAAAGTACTTCTTATTGTTGTATGGAACCATGATG
CTATCCCCAGTGGTTAGGCATGAGTAGTTCCTCAAAGCAGTCTCCAAGATGGCTTTCGGA
TTAGATATATCCAGGAAGTCCGTAGTGTGCGGCTGTAGTTTAACATAGGTTCCTTTTGGA
AGAGTGACATTTCTAACTCTCACAATGTCTCCTTCTTGCAGCAGCAGATTCTGCATCATC
CAATATGGCATGTAAATCATGCCTTCTTCAGCAATGAACTCAAGGACTCCACAGTGTGAA
ACACGTTCGATTCCAGCATTACGAAGCTCAAACAGCATAGGATAGTCAATATGCAAAGAG
GCGAGACGGTCAAGAGCTGATGGTGGCATTATAATCTTGTCACCACTTTCAATTTGAGGC
TTGTCGATAAAAGATGCAGGATAGCACCGGTAACTCTGCTCAAAGGTGGTTCCAGGGTAA
TGGTATCCATCGAAAAACATAGTTTAGGTGGTAGATAAATAACGCAGAGAAGAACCAACT
TCCAACCTGTGAGAGAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAACAATTGATGGAACTCAACAC
GGCC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 11

CO CL285Contig1 1148 11 44 U
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AGAAAAGCTTTAGAGCTCCGGTTAGTAATGGCGGGATTGGCAATTTCACCTCCTCTCAGT
CTCACCTTCTCTTCTCGAACAAGAAACGCTAAACCCACTTCGTATCTATCTCACAATCAA
AGAAATCTTACAAGGCGTATAGTTTCTGCGCTTCCGAGTCCTTATGGTGATTCATTGAAA
GCTGGACTTTCCAGTAATGTCTCCGGCAACAAGGATCCTCGTAGCATTGATCCAAGATTT
GGAGTGATAGAGGCGAAGAAAGGAAACCCGCCTGTAATGCCATCAGTGATGACACCTGGA
GGACCTTTGGACCTATCTTCTGTGTTATTCCGCAACCGCATAATCTTCATCGGACAACCA
ATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGTGTCATATCTCAGCTTGTTACCCTCGCTTCTATTGAT
GATAAATCCGACATCTTGATATACTTGAATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTGTTA
GCAATCTATGACTGTATGTCTTGGATAAAGCCTAAAGTTGGAACAGTAGCGTTTGGAGTA
GCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCTTGCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAATG
CCAAACACTCGTGTCATGATACATCAACCTCAAACTGGATGCGGAGGACATGTGGAGGAT
GTGAGGAGACAGGTGAATGAAGCCATTGAAGCACGACAAAAAATTGACAGGATGTATGCA
GCTTTCACTGGACAACCTCTTGAGACAGTGCAGCAGTACACCGAAAGAGATCGTTTCTTA
TCCGCTTTTGAGGCGCTTGAGTTCGGCCTTATCGATGGTCTACTGGAAACAGAATACTAA
AGCAACGTGCAAGACAATGCATAGATGCAGCTTCATTGCATGTTCAAACCCTTTCCATTT
CAATTGAATATGAACATTGCTTGTTTACTATATTCAGTTATGTAATCAAATCATATGCAA
ATGCAATGGCCAATGCGTCTA*TGTTGTTTGGATAGCAATTCTTTTTAACATTATTACTG
TTTTTGTCAGAACAAAATGTGAACAAATTTGCAATAATGATGGTGGCTGCACTGAATTAG
TAGCTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 0 25 25 0 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 
25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 10 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 20 50 50 50 50 25 
50 50 50 50 50 30 45 45 30 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1FD68TF U 25
AF RR1H445TF U 1
AF RR1BK29TF U 25
AF RR1F439TF U 207
AF RR1AX35TF U 26
AF RR1F439JQ C 226
AF RR1AX35JQ C 379
AF RR1FD68JQ C 268
AF RR1CV57JQ C 281
AF RR1H445JQ C 841
AF RR1DP25TF U 966
BS 1 51 RR1H445TF
BS 52 52 RR1FD68TF
BS 53 70 RR1H445TF
BS 71 71 RR1FD68TF
BS 72 75 RR1H445TF
BS 76 76 RR1FD68TF
BS 77 82 RR1H445TF
BS 83 83 RR1FD68TF
BS 84 167 RR1H445TF
BS 168 168 RR1FD68TF
BS 169 195 RR1H445TF
BS 196 196 RR1FD68TF
BS 197 227 RR1H445TF
BS 228 228 RR1FD68TF
BS 229 243 RR1H445TF
BS 244 244 RR1FD68TF
BS 245 266 RR1H445TF
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BS 268 317 RR1H445TF
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BS 980 1002 RR1DP25TF
BS 1003 1003 RR1F439JQ
BS 1004 1148 RR1DP25TF

RD RR1FD68TF 679 0 0
GG
ATCCACGCCCGAACCTGAAAAAATTCCGACACAGAGAAAAGCTTTAGAGCTCTGGTTAGT
AATGGCGGGATTGGCAATTTCACCTCCTCTCAGTCTCACCTTCTCTTCTCGAACAAGAAA
CGCTAAACCCACTTCGTATCTATCTCACAATCAAAGAAATCTTACAAGGCGTATAGTTTC
TGCTCTTCCGGGTCCTTATGGTGATTCATTGAAATCTGGACTTTCCAGTAATGTCTCCGG
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ATTCCGCAACCGCATAATCTTCATCGGACAACCAATCA*CGCACAGGTTGCTCAGCGTGT
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GAATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTGTTAGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGAT
AAAGCCTAAAGTTGGAACAGTAGCGTTTGGAGTAGCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCT
TGCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAATGCCAAACACTCGTGTCATGATACATCA
ACCTCAAACTGGATGCG

QA 3 679 3 679
DS 

RD RR1H445TF 733 0 0
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AGAAAAGCTT*AGAGTTCCGGT*AGTAATGGCGGGATTGGCAATTTCACCTCCTCTCAGT
CTCACCTTCTCTTCTCGAACAAGAAACGCTAAACCCACTTCGTATCTGTCTCACAATCAA
AGAAATCTTACAAGGGGTATAGTTTCTGCGCTTCCGAGTCCTTATGGCGATTCATTGAAA
GCTAGACTTTCCAGTAATGTCTCCGGTAACAAGGATCCTCGTAGCATTGATCCAAGATTT
GGAGTGATAGAGGCGAAAAAAGGAAACCCGCCTGTAATGCCAGCAGTGATGACACCTGGA
GGACCTTTGGACCTATCTTCTGTGTTATTCCGCAACCGCATCATCTTCATCGGACAACCA
ATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGTGTCATATCTCAGCTTGTTACCCTCGCTTCTATTGAT
GATAAATCCGACATCTTGATATACTTGAATTGTCCGGGGGGCAGCACCTACTCCGTCTTA
GCAATCTATGACTGTATGTCTTGGATAAAGCCTAAAGTTGGAACAGTAGCGTTTGGAGTA
GCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCTTGCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAATG
CCAAACACTCGTGTCATGATACATCAACCTCAA*CTGGATGCGGAGGACATGTGGAGGAC
GTGAGAAGACAG
T

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1BK29TF 702 0 0
GG
ATCCACCCCCGAACCTGAAAAAATTTCGACACAGAGAAAAGCTT*AGAGTTCCGGT*AGT
AATGGCGGGATTGGCAATTTCACCTCCTCTCAGTCTCACCTTCT*TTCTCGAACAAGAAA
CGCTAAGCCCACTTCGTATCTGTCTCACAATCAAAGAAATCTTACAAGGGGTATAGTTTC
TGCGCTTCCGAGTCCTTATGGCGATTCATTGAAAGCTGGACTTTCCAGTAATGTCTCCGG
TAACAAGGATCCTCGTAGCATTGATCCAAGATTTGGAGTGATAGAGGCGAAAAAAGGAAA
CCCGCCTGTAATGCCAGCAGTGATGACACCTGGAGGACCTTTGGACCTATCTTCTGTGTT
ATTCCGCAACCGCATCATCTTCATCGGACAACCAATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGTGT
CATATCTCAGCTTGTTACCCTCGCTTCTATTGATGATAAATCCGACATCTTGATATACTT
GAATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTCTTAGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGAT
AAAGCCTAAAGTTGGAACAGTAGCGTTTGGAGTAGCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCT
TGCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAATGCCAAACACTCGTGTCATGATACATCA
ACCTCAAACTGGATGCGGAGGACATTTGGAGGACGTGAG
A

QA 3 701 3 701
DS 

RD RR1F439TF 552 0 0
GGCT
CTTCCGAGTCCTTATGGTGATTCATTGAAAGCTGGACTTTCCAGTAATGTCTCCGGCAAC
AAGGATCCTCGTAGCATTGATCCAAGATTTGGAGTGATAGAGGCGAAGAAAGGAAACCCG
CCTGTAATGCCATCAGTGATGACCCCGGGAGGACCTTTGGACCTATCTTCTGTGTTATTC
CGCAACCGCATAATCTTCATCGGACAACCAATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGAGTCATA
TCTCAGCTTGTTACCCTCGCCTCTATTGATGATAAATCCGACATCTTGATATACTTGAAT
TGTCCGGGAGGCAGTACCTACTCCGTGTTAGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGATAAAG
CCTAAAGTAGGAACAGTAGCGTTTGGAGTAGCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCTTGCT
GGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAATGCCAAACACTCGTGTCATGATTCATCAACCT
CAAACTGGATGCGGAGGACATGTGGAGGATGTGAGGAGACAGGTGAATGAAGCCATTGAA
GCACGACA

QA 5 552 5 552
DS 

RD RR1AX35TF 774 0 0
G
ATCCACGCCCGAACCTGAAAAAATTCCGACACAGAGAAAAGCTTTAGAGCTCTGGTTAGT
AATGGCGGGATTGGCAATTTCACCTCCTCTCAGTCTCACCTTCTCTTCTCGAACAAGAAA
CGCTAAACCCACTTCGTATCTATCTCACAATCAAAGAAATCTTACAAGGCGTATAGTTTC
TGCTCTTCCGAGTCCTTATGGTGATTCATTGAAAGCTGGACTTTCCAGTAATGTCTCCGG
CAACAAGGATCCTCGTAGCATTGATCCAAGATTTGGAGTGATAGAGGCGAAGAAAGGAAA
CCCGCCTGTAATGCCATCAGTGATGACACCTGGAGGACCTTTGGACCTTTCTTCTGTGTT
ATTCCGCAACCGCATAATCTTCATCGGACAACCAATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGTGT
CATATCTCAGCTTGTCACCCTCGCTTCTATTGATGATAAATCCGACATCTTGATATACTT
GAATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTGTTAGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGAT
AAAGCCTAAAGTTGGTACAGTAGCGTTTGGAGTAGCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCT
TGCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAATGCCAAACACTCGTGTCATGATACATCA
ACCTCAAACTGGATGCGGAGGACATGTG*AGGATGTGAGGAGACAGGTGAATGAAGCCAT
TGAAGCACGACAAAAAATTGACAGGATGTATGCAGCTTTCACTGGACAACCTC

QA 2 774 2 774
DS 

RD RR1F439JQ 829 0 0
ATGGTGATCA
TGAAAGCTGGACTTTCCAGTAATGTCTCCGGCAACAAGGATCCTCGTAGCAT*GATCCAA
GATTTGGAGTGATAGAGGCGAAGAAAGGAAACCCGCCTGTAATGCCATCAGTGATGACCC
CGGGAGGACCTTTGGACCTATCTTCTGTGTTATTCCGCAACCGCATAATCTTCATCGGAC
AACCAATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGAGTCATATCTCAGCTTGTTACCCTCGCCTCTA
TTGATGATAAATCCGACATCTTGATATACTTGAATTGTCCGGGAGGCAGTACCTACTCCG
TGTTAGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGATAAAGCCTAAAGTAGGAACAGTAGCGTTTG
GAGTAGCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCTTGCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATG
CAATGCCAAACACTCGTGTCATGATTCATCAACCTCAAACTGGATGCGGAGGACATGTGG
AGGATGTGAGGAGACAGGTGAATGAAGCCATTGAAGCACGACAAAAAATTGACAGGATGT
ATGCAGCTTTCACTGGACAACCTCTTGAGACAGTGCAGCAGTACACCGAAAGAGATCGTT
TCTTATCCGCTTTTGAGGCGCTTGAGTTCGGCTTTATCGATGGTCTACTGGAAACAGAAT
ACTAAAGCAACGTGCAAGACAATGCATAGATGCAGCTTCATTGCATGTTCAAACCCTTTC
CATTTCAATTGAATATGAACATTGCTTGTTTACTATATTCAGTTATGTAATCAAATCATA
TGCAAATGCAATGGCCAATGCGTCTAATGTTG
TTTGGAT

QA 11 822 11 822
DS 

RD RR1AX35JQ 669 0 0
TCTGTGTTATTCCGCAACCGCATAATCTTCATCGGACAACCAATCAACGCACAGGTTGCT
CAGCGTGTCATATCTCAGCTTGTCACCCTCGCTTCTATTGATGATAAATCCGACATCTTG
ATATACTTGAATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTGTTAGCAATCTATGACTGTATG
TCTTGGATAAAGCCTAAAGTTGGTACAGTAGCGTTTGGAGTAGCAGCGAGTCAAGGAGCA
CTTCTTCTTGCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAATGCCAAACACTCGTGTCATG
ATACATCAACCTCAAACTGGATGCGGAGGACATGTG*AGGATGTGAGGAGACAGGTGAAT
GAAGCCATTGAAGCACGACAAAAAATTGACAGGATGTATGCAGCTTTCACTGGACAACCT
CTTGAGACAGTGCAGCAGTACACCGAAAGAGATCGTTTTTTATCCGCTTTTGAGGCGCTT
GAGTTCGGCCTTATCGATGGTTTACTGGAAACAGAATACTAAAGCAACGTGCAAGACAAT
GCATAGATGCAGCTTCATTGCATGTTCAAACCCTTTCCATTTCAATTGAATATGAACATT
GCTTGTTTACTATATTCAGTTATGTAATCAAATCATATGCAAATGCAATGGCCAATGCGT
CTA
ATGTTG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1FD68JQ 773 0 0
AACAAGGATCCTCGTAGCATTGATCCAAGATTTGGAGTGATAGAGGCGAAGAAAGGAAAC
CCGCCTGTAATGCCATCAGTGATGACACCTGGAGGACCTTTGGACCTTTCTTCTGTGTTA
TTCCGCAACCGCATAATCTTCATCGGACAACCAATCA*CGCACAGGTTGCTCAGCGTGTC
ATATCTCAGCTTGTTACCCTCGCTTCTATTGATGATAAATCCGACATCTTGATATACTTG
AATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTGTTAGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGATA
AAGCCTAAAGTTGGAACAGTAGCGTTTGGAGTAGCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCTT
GCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAATGCCAAACACTCGTGTCATGATACATCAA
CCTCAAACTGGATGCGGAGGACATGTGGAGGATGTGAGGAGGCAGGTGAATGAAGCCATT
GAAGCACGACAAAAAATTGACAGGATGTATGCAGCTTTCACTGGACAACCTCTTGAGACA
GTGCAGCAGTACACCGAAAGAGATCGTTTCTTATCCGCTTCTGAGGCGCTTGAGTTCGGC
CTTATCGATGGTCTACTGGAAACAGAATACTAAAGCAACGTGCAAGGCAATGCATAGATG
CAGCTTCATTGCATGTTCAAACCCTTTCCATTTCAATTGAATATGAACATTGCTTGTTTA
CTATATTCAGTTATGTAATCAAATCATATGCAAATGCAATGGCCAATGCGTC
C

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1CV57JQ 767 0 0
GTAGCATTGATCCAAGATTTGGAGTGATAGAGGCGAAGAAAGGAAACCCGCCTGTAATGC
CATCAGTGATGACCCCGGGAAGACCTTTGGACCTATCTTCTGTGTTATTCCGCAACCGCA
TAATCTTCATCGGACAACCAATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGAGTCATATCTCAGCTTG
TTACCCTCGCTTCTATTGATGATAAATCCGACATCTTGATATACTTGAATTGTCCGGGAG
GCAGCACCTACTCCGTGTTAGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGATAAAGCCTAAAGTAG
GAACAGTAGCGTTTGGAGTAACAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCTTGCTGGAGGTGAGA
AAGGGATGCGCTATGCAATGCCAAACACTCGTGTCATGATTCATCAACCTCAAACTGGAT
GCGGAGGACATGTGGAGGATGTGAGGAGACAGGTGAATGAAGCCATTGAAGCACGACAAA
AAATTGACAGGATGTATGCAGCTTTCACTGGACAACCTCTTGAGACAGTGCAGCAGTACA
CCGAAAGAGATCGTTTTTTATCCGCTTTTGAGGCGCTTGAGTTCGGCCTTATCGATGGTC
TACTGGAAACAGAATACTAAAGCAACGTGCAAGACAATGCATAGATGCAGCTTCATTGCA
TGTCCAAACCCTTTCCATTTCAATTGAATATGAACATTGCTTGTTTACTATATTCAGTTA
TGTAATCAAATCATATGCAAATGCAATGGCCAATGCGTCTA
ATGTTG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1H445JQ 304 0 0
TCCGCTTCTGAGGCGCTTGAGTTCGGCCTTATCGATGGTCTACTGGAAACAGAATACTGA
AGCAACGTGCAAGACAATGCATAGATGCAGCTTCATTGCATGTTCAAACCCTTTCCATTT
CAATTGAATATGAACATTACTTGTTTACTATATTCAGTTATGCAATCAAATCATATGCAA
ATGCAATGGCCAATGCGTCTA*TGTTGTTTGGATAGCAATTCTTTTTAACATTATTACTG
TTTTTGTCAGAACAAAATGTGAACAAATTTGCAATAATGATGGTGGCTGCACTGAATTAG
TAGC

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR1DP25TF 183 0 0
GAATATGAACATTACTTGTTTACTATATTCAGTTATGCAATCAAATCATATGCAAATGCA
ATGGCCAATGCGTCTA*TGTTGTTTGGATAGCAATTCTTTTTAACATTATTACTGTTTTT
GTCAGAACAAAATGTGAACAAATTTGCAATAATGATGGTGGCTGCACTGAATTAGTAGCT
CCT

QA 1 183 1 183
DS 



AS 1 11

CO CL286Contig1 749 11 17 U
GGAACATTCATTTCCTCTTCATCATATTTGAAGAAAACATACACAAATAAATTTTCTTGC
AAAGTTCTATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGA
GAGAGCAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCT
TCTAGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGG
AAGAGTTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCTTACGAACATTTCTT
TGAAGCCACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTG
TTGTATGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTTGTGGGTGCCGATTGT
GGAGATGAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAAT
CGGCAAGTCTTTTCACGTTACCGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGCAACTACTACTT
GGAGAATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTT*G
GTTGCCTTTGTTTTTATTTTAATAGGTGTACTCTTGTAAGGTTGCTTCATTGCAATTACT
GAATTTTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATTTGAAATGCAATGGACAATTTAT
AATGGAAGTCGATAAAAATAAATTTAACC


BQ
10 10 10 30 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 20 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 20 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AE39JQ C 1
AF RR1B902TF U 22
AF RR1AE39TF U 1
AF RR1BB04JQ C 2
AF RR1BR18JQ C 37
AF RR1BR18TF U 37
AF RR1C566JQ C 2
AF RR1C566TF U 2
AF RR1BB04TF U 2
AF RR1AM42JQ C 4
AF RR1AM42TF U 4
BS 1 3 RR1AE39JQ
BS 4 23 RR1AE39TF
BS 24 106 RR1B902TF
BS 107 107 RR1AE39TF
BS 108 528 RR1B902TF
BS 529 529 RR1BR18TF
BS 530 625 RR1B902TF
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BS 645 645 RR1AE39TF
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BS 667 676 RR1B902TF
BS 677 700 RR1AE39TF
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BS 707 720 RR1BB04TF
BS 721 749 RR1AM42TF

RD RR1AE39JQ 700 0 0
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AAAGTTCTATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGA
GAGAGCAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCT
TCTAGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGG
AAGAGTTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCTTACGAACATTTCTT
TGAAGCCACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTG
TTGTATGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTTGTGGGTGCCGATTGT
GGAGATGAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAAT
CGGCAAGTCTTTTCACGTTACCGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGTAACTACTACTT
GGAGAATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTT*G
GTTGCCTTTGTTTTTATTTTAATAGTTGTACTCTTGTAAGGTTGCTTCATTGCAATTACT
GAATTCTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATTTG

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1B902TF 655 0 0
GG
ATATTTGAAGAAAACATACACAAATAAATTTTCTTGCAAAGTTCTATACTCTCGCGATCA
AAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTGTTGGTTGAAGGAGAGAGAGCAGGAGCTGAGATCGTGT
ATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCTAGAGGAGCTAGGGTTTCCAA
AAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTTAGAGCCACCGGTTTCG
TGTGGATGAAGCAAAACACTCCTTACGAACATTTCTTTGAAGCCACCAACACTCGCGTTT
CTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTGTATGAAGAAGATGACAGGCG
TGAAGAGTAAGCAGATGTTTTTGTGGGTGCCGATTGTGGAGATGAGTATGGAGGAGCCTA
CAAGCAAGAAAATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGGCAAGTCTTTTCACGTTACCG
CATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGTAACTACTACTTGGAGAATCCTAAAAAATAAATCG
TTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTT*GGTTGCCTTTGTTTTTATTTTAAT
AGTTGTACTCTTGTAAGGTTGTTTCATTGCAATTACTGAATTCTTATTTTTAT

QA 3 655 3 655
DS 

RD RR1AE39TF 700 0 0
GGA
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AGCAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCT
AGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAG
AGTTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCTTACGAACATTTCTTTGA
AGCCACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTG
TATGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTTGTGGGTGCCGATTGTGGA
GATGAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGG
CAAGTCTTTTCACGTTACCGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGTAACTACTACTTGGA
GAATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTT*GGTT
GCCTTTGTTTTTATTTTAATAGTTGTACTCTTGTAAGGTTGCTTCATTGCAATTACTGAA
TTCTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATTTG

QA 4 700 4 700
DS 

RD RR1BB04JQ 710 0 0
GG
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GTTCTATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTG*TGGTTGAAGGAGAGGG
AGCAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCT
AGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAG
AGTTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCTTACGAACATTTCTTTGA
AGCCACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTG
TATGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTTGTGGGTGCCGATTGTGGA
GATTAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGG
CAAGTCTTT*CACGTTACCGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGTAACTACTACTTGGA
GAATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTT*GGTT
GCCTTTGTTTTTATTTTAATAGTTGTACTCTTGTAAGGTTGCTTCATTGCAATTACTGAA
TTCTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATTTGAAATGCAATGG

QA 3 710 3 710
DS 

RD RR1BR18JQ 670 0 0
GG
ATACACAAATAAATTTTCTTGCAAAGTTCTATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGA
AAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGAGAGAGCAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGT
GTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCTAGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTT
TGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAA
ACACTCCTTACGAACATTTCTTTGAAGCCACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGG
TCACCGCCTATATCGACAAGTGTTGTATGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAACAGA
TGTTTTTGTGGGTGCCGATTGTGGAGATGAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTT
ACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGGCAAGTCTTTTCACGTTACCGCATTCATGGACGAGG
AAGAGAAACGCAACTACTACTTGGAGAATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTA
TTATTAATTTATTATATTTT*GGTTGCCTTTGTTTTTATTTTAATAGGTGTACTCTTGTA
AGGTTGCTTCATTGCAATTACTGAATTTTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATT
TGAAATGC

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR1BR18TF 670 0 0
GG
ATACACAAATAAATTTTCTTGCAAAGTTCTATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGA
AAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGAGAGAGCAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGT
GTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCTAGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTT
TGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAA
ACACTCCTTACGAACATTTCTTTGAAGCCACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGG
TCACCGCCTATATCGACAAGTGTTGTATGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAACAGA
TGTTTTTGTGGGTGCCGATTGTGGAGATGAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTT
ACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGGCAAGTCTTTTCACGTTACCGCATTCATGGACGAGG
AAGAGAAACGCAACTACTACTTGGAGAATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTA
TTATTAATTTATTATATTTT*GGTTGCCTTTGTTTTTATTTTAATAGGTGTACTCTTGTA
AGGTTGCTTCATTGCAATTACTGAATTTTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATT
TGAAATGC

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR1C566JQ 705 0 0
GAAT
ATTCATTTCCTCTTCATCATATTTGAAGAAAACATACACAAATAAATTTTCTTGCAAAGT
TCTATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGAGAGAG
CAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCTAG
AGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAG
TTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCTTACGAACATTTCTTTGAAG
CCACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTGTA
TGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTTGTGGGTGCCGATTGTGGAGA
TGAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGGCA
AGTCTTTTCACGTTACCGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGCAACTACTACTTGGAGA
ATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTT*GGTTTC
CTTTGTTTTTATTTTAATAGGTGTACTCTTGTAAGGTTGCTTCATTGCAATTACTGAATT
TTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATTTGAAATGC

QA 5 705 5 705
DS 

RD RR1C566TF 705 0 0
GAAT
ATTCATTTCCTCTTCATCATATTTGAAGAAAACATACACAAATAAATTTTCTTGCAAAGT
TCTATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGAGAGAG
CAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCTAG
AGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAG
TTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCTTACGAACATTTCTTTGAAG
CCACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTGTA
TGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTTGTGGGTGCCGATTGTGGAGA
TGAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGGCA
AGTCTTTTCACGTTACCGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGCAACTACTACTTGGAGA
ATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTT*GGTTTC
CTTTGTTTTTATTTTAATAGGTGTACTCTTGTAAGGTTGCTTCATTGCAATTACTGAATT
TTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATTTGAAATGC

QA 5 705 5 705
DS 

RD RR1BB04TF 719 0 0
GG
ACATTCATTTCCTCTTCATCATATTTGAAGAAAACATACACAAATAAATTTTCTTGCAAA
GTTCTATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTG*TGGTTGAAGGAGAGGG
AGCAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCT
AGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAG
AGTTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCTTACGAACATTTCTTTGA
AGCCACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTG
TATGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTTGTGGGTGCCGATTGTGGA
GATTAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGG
CAAGTCTTT*CACGTTACCGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGTAACTACTACTTGGA
GAATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTT*GGTT
GCCTTTGTTTTTATTTTAATAGTTGTACTCTTGTAAGGTTGCTTCATTGCAATTACTGAA
TTCTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATTTGAAATGCAATGGACAATTTAT

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR1AM42JQ 746 0 0
GG
ATTCATTTCCTCTTCATCATATTTGAAGAAAACATACACAAATAAATTTTCTCGCAAAGT
TCTATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGAGAGAG
CAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCTAG
AGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAG
TTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCTTACGAACATTTCTTTGAAG
CCACCAACACTCGCGTTTCTTCCGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTGTA
TGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTTGTGGGTGCCGATTGTGGAGA
TGAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGGCA
AGTCTTTTCACGTTACCGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGCAACTACTACTTGGAGA
ATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTT*GGTTCC
CTTTGTTTTTATTTTAATAGGTGTACTCTTGTAAGGTTGCTTCATTGCAATTACTGAATT
TTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATTTGAAATGCAATGGACAATTTATAATGG
AAGTCGATAAAAATAAATTTAACC

QA 3 746 3 746
DS 

RD RR1AM42TF 746 0 0
GG
ATTCATTTCCTCTTCATCATATTTGAAGAAAACATACACAAATAAATTTTCTCGCAAAGT
TCTATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGAGAGAG
CAGGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCTAG
AGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAG
TTAGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCTTACGAACATTTCTTTGAAG
CCACCAACACTCGCGTTTCTTCCGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTGTA
TGAAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTTGTGGGTGCCGATTGTGGAGA
TGAGTATGGAGGAGCCTACAAGCAAGAAAATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGGCA
AGTCTTTTCACGTTACCGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGCAACTACTACTTGGAGA
ATCCTAAAAAATAAATCGTTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTTTGGTTGC
CTTTGTTTTTATTTTAATAGGTGTACTCTTGTAAGGTTGCTTCATTGCAATTACTGAATT
TTTATTTTTATGATTATAAAGTGAAATAAGATTTGAAATGCAATGGACAATTTATAATGG
AAGTCGATAAAAATAAATTTAACC

QA 3 746 3 746
DS 



AS 1 11

CO CL287Contig1 779 11 13 U
CGACTAAAAACCATTGTTTTCCGATTAATAACTTAAGAATCTTGCAACAGAGATGAGAAG
TAGAAAGAAAAGTAATCAGGTAACGAAAAACACAGAACAATATAACGAAACATAAGACTT
AAATAGAGTCGCTGCGACCGACCACAGTACCCCAACGAGAGCTTGTCTCACTTAGCACTT
GACCTCCTTCAAACCATGTCCGAAGTACAAAAATGTAGGGTTAGTAGCACCCTCCTTGTA
GTAAGCAAAGACCACAGTGCTGTCATCGTGCATGCTCTCCCCAACAAAGAACTGGAAGTC
CTTGAGCTTGGGAAGCAAGTACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCAGCTTG
CTGTTCCTCGTTGAGCTTGGGGGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATGTAGGCGATGAA
CCCCTTCTTGTCGTAGGTAGGTTGCTCCTGGAGCCTGAAGGTGTCGACAATGTCAACAAC
CTTCTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAGAGGGGTTGGC
ACCAATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTCCATTTTCCTTCGACTTCCCAGAGAAT
ACCATTCTCAATCTCCTTGTAAGGGAAAGAGTCAGACAGAAGCTCATCACCGGTGAGAAG
ATCAGTGTACACCAACATGGTCGCTTTATTGAATTATTCTCTCTCT****CTCCGATCGA
TGGGGAACAAAAAACGAATCTGTGAAGGTTGCGGGAGAGAGACGCAGCGACGAGGGGCC


BQ
10 10 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 15 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 
65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 0 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 30 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B802JQ U 1
AF RR1B802TF C 1
AF RR1CU85JQ U 1
AF RR1CU85TF C 51
AF RR1FQ81JQ U 1
AF RR1FQ81TF C 18
AF RR1FM25JQ U 1
AF RR1A729TF C 3
AF RR1CQ06TF C 52
AF RR1A729JQ U 3
AF RR1CQ06JQ U 3
BS 1 222 RR1B802JQ
BS 223 223 RR1CU85JQ
BS 224 333 RR1B802JQ
BS 334 334 RR1CU85JQ
BS 335 483 RR1B802JQ
BS 484 484 RR1CU85JQ
BS 485 612 RR1B802JQ
BS 613 614 RR1CU85JQ
BS 615 626 RR1B802JQ
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BS 749 763 RR1CU85JQ
BS 764 779 RR1FM25JQ

RD RR1B802JQ 628 0 0
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CTTGAGCTTGGGAAGCAAGTACTTGGTAGCTCCATCAATACCCTTCTTGAACTCAGCTTG
CTGTTCCTCGTTGAGCTTGGGGGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATGTAGGCGATGAA
CCCCTTCTTGTCGTAGGTAGGTTGCTCCTGGAGCCTGAAGGTGTCGACAATGTCAACAAC
CTTTTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAGAGGGGTTGGC
ACCAATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTCCATTTTCCTTCGACTTCCCAGAGAAT
ACCATTCTCAATTCCCTTGTAAGGGA
CC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1B802TF 628 0 0
CG
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CCTCCTTCAAACCATGTCCGAAGTACAAAAATGTAGGGTTGGTAGCACCCTCCTTGTAGT
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CCTTCTTGTCGTAGGTAGGTTGCTCCTGGAGCCTGAAGGTGTCGACAATGTCAACAACCT
TTTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAGAGGGGTTGGCAC
CAATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTCCATTTTCCTTCGACTTCCCAGAGAATAC
CATTCTCAATTCCCTTGTAAGGGA
CC

QA 3 626 3 626
DS 

RD RR1CU85JQ 763 0 0
CA
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CCTCCTTCAAACCATGTCCGAAGTACAAAAATGTAGGGTTAGTAGCACCCTCCTTGTAGT
AAGCAAAGACCACAGTGCTGTCATCGTGCATGCTCTCCCCAACAAAGAACTGGAAGTCCT
TGAGCTTGGGAAGCAAGTACTTGGTAGCCCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCAGCTTGCT
GTTCCTCGTTGAGCTTGGGGGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATGTAGGCGATGAACC
CCTTCTTGTCGTAGGTAGGTTGCTCCTGGAGCCTGAAGGTGTCGACAATGTCAACAACCT
TCTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAGAGGGGTTAGCAC
CAATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTCCATTTTCCTTCGACTTCCCAGAGAATAC
CATTCTCAATCTCCTTGTAAGGGAAAGAGTCAGACAGAAGCTCATCACCGGTGAGAAGAT
CAGTGTACACCAACATGGTCGCTTTATTGAATTATTCTCTCTCT****CTCCGATCGATG
GGGAACAAAAAACGAATCTGTGAAG*TTGCGGGAGAGAGAC

QA 3 763 3 763
DS 

RD RR1CU85TF 713 0 0
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CTTAGCACTTGACCTCCTTCAAACCATGTCCGAAGTACAAAAATGTAGGGTTAGTAGCAC
CCTCCTTGTAGTAAGCAAAGACCACAGTGCTGTCATCGTGCATGCTCTCCCCAACAAAGA
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TGTCAACAACCTTCTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAG
AGGGGTTAGCACCAATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTCCATTTTCCTTCGACTT
CCCAGAGAATACCATTCTCAATCTCCTTGTAAGGGAAAGAGTCAGACAGAAGCTCATCAC
CGGTGAGAAGATCAGTGTACACCAACATGGTCGCTTTATTGAATTATTCTCTCTCT****
CTCCGATCGATGGGGAACAAAAAACGAATCTGTGAAGGTTGCGGGAGAGAGAC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1FQ81JQ 763 0 0
CG
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ATAGAGTCGCTGCGACCGACCACAGTACCCCAACGAGAGCTTGTCTCACTTAGCACTTGA
CCTCCTTCAAACCATGTCCGAAGTACAAAAATGTAGGGTTAGTAGCACCCTCCTTGTAGT
AAGCAAAGACCACAGTGCTGTCATCGTGCATGCTCTCCCCAACAAAGAACTGGAAGTCCT
TGAGCTTGGGAAGCAAGTACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCAGCTTGCT
GTTCCTCGTTGAGCTTGGGGGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATGTAGGCGATGAACC
CCTTCTTGTCGTAGGTAGGTTGCTCCTGGAGCCTGAAGGTGTCGACAATGTCAACAACCT
TCTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAGAGGGGTTGGCAC
CAATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTTCATTTTCCTTCGACTTCCCAGAGAATAC
CATTCTCAATCTCCTTGTAAGGGAAAGAGTCAGACAGAAGCTCATCACCGGTGAGAAGAT
CAGTGTACACCAACATGGTCGCTTTATTGAATTATTCTCTCTCT****CTCCGATCGATG
GGGAACAAAAAACGAATCTGTGAAG*TTGCGGGAGAGAGAC

QA 3 763 3 763
DS 

RD RR1FQ81TF 746 0 0
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AGGTAACGAAAAACACAGAACAATATAACGAAACATAAGACTTAAATAGAGTCGCTGCGA
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TGCTGTCATCGTGCATGCTCTCCCCAACAAAGAACTGGAAGTCCTTGAGCTTGGGAAGCA
AGTACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCAGCTTGCTGTTCCTCGTTGAGCT
TGGGGGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATGTAGGCGATGAACCCCTTCTTGTCGTAGG
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CAGATCCCTGGGTTGTTCATTTTCCTTCGACTTCCCAGAGAATACCATTCTCAATCTCCT
TGTAAGGGAAAGAGTCAGACAGAAGCTCATCACCGGTGAGAAGATCAGTGTACACCAACA
TGGTCGCTTTATTGAATTATTCTCTCTCT****CTCCGATCGATGGGGAACAAAAAACGA
ATCTGTGAAGGTTGCGGGAGAGAGAC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1FM25JQ 779 0 0
CA
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ATAGAGTCGCTGCGACCGACCACAGTACCCCAACGAGAGCTTGTCTCACTTAGCACTCGA
CCTCCTTCAAACCATGTCCGAAGTACAAAAATGTAGGGTTAGTAGCACCCTCCTTGTAGT
AAGCAAAGACCACAGTGCTGTCATCGTGCATGCTCTCCCCAACAAAGAACTGGAAGTCCT
TGAGCTTGGGAAGCGAGTACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCAGCTTGCT
GTTCCTCGTTGAGCTTGGGGGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATGTAGGCGATGAACC
CCTTCTTGTCGTAGGTAGGTTGCTCCTGGAGCCTGAAGGTGTCGACAATGTCAACAACCT
TCTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAGAGGGGTTGGCAC
CAATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTCCATTTTCCTTCGACTTCCCAGAGAATAC
CATTCTCAATCTCCTTGTAAGGGAAAGAGTCAGACAGAAGCTCATCACCGGTGAGAAGAT
CAGTGTACACCAACATGGTCGCTTTATTGAATTATTCTCTCTC********CGATCGATG
GGGAACAAAAAACGAATCTGCGAAGGTTGCGGGAGAGAGACGCAGCGACGAGGGGCC

QA 3 779 3 779
DS 

RD RR1A729TF 771 0 0
G
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AAAGAAAAGTAATCAGGTAACGAAAAACACAGAACAATATAACGAAACATAAGACTTAAA
TAGAGTCGCTGCGACCGACCACAGTACCCCAACGAGAGCTTGTCTCACTTAGCACTTGAC
CTCCTTCAAACCATGTCCGAAGTACAAAAATGTAGGGTTAGTAGCACCCTCCTTGTAGTA
AGCAAAGACCACAGTGCTGTCATCGTGCATGCTCTCCCCAACAAAGAACTGGAAGTCCTT
GAGCTTGGGAAGCAAGTACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCAGCTTGCTG
TTCCTCGTTGAGCTTGGGGGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATGTAGGCGATGAACCC
CTTCTTGTCGTAGGTAGGTTGCTCCTGGAGCCTGAAGGTGTCGACAATGTCGACAACCTT
CTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAGAGGGGTTGGCACC
AATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTCCATTTTCCTTCGACTTCCCAGAGAATACC
ATTCTCAATCTCCTTGTAAGGGAAAGAGTCAGACAGAAGCTCATCACCGGTGAGAAGATC
AGTGTACACCAACATGGTCGCTTTATTGAATTATTCTCTCTCTCTCTCTCCGATCGATGG
GGAA*AAAAAACGAATCTGTGAAGGTTGCGGGAGAGAGACGCAGCGAC
CC

QA 2 769 2 769
DS 

RD RR1CQ06TF 722 0 0
A
GTGAGAAGTAGAAAGAAAAGTAATCAGGTAACGAAAAACACAGAACAATATAACGAAACA
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TAGCACTTGACCTCCTTCAAACCATGTCCGAAGTACAAAAATGTAGGGTTAGTAGCACCC
TCCTTGTAGTAAGCAAAGACCACAGTGCTGTCATCGTGCATGCTCTCCCCAACAAAGAAC
TGGAAGTCCTTGAGCTTGGGAAGCAAGTACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAAC
TCAGCTTGCTGTTCCTCGTTGAGCTTGGGGGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATGTAG
GCGATGAACCCCTTCTTGTCGTAGGTAGGTTGCTCCTGGAGCCTGAAGGTGTCGACAATG
TCGACAACCTTCTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAGAG
GGGTTGGCACCAATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTCCATTTTCCTTCGACTTCC
CAGAGAATACCATTCTCAATCTCCTTGTAAGGGAAAGAGTCAGACAGAAGCTCATCACCG
GTGAGAAGATCAGTGTACACCAACATGGTCGCTTTATTGAATTATTCTCTCTCTCTCTCT
CCGATCGATGGGGAA*AAAAAACGAATCTGTGAAGGTTGCGGGAGAGAGACGCAGCGAC
CC

QA 2 720 2 720
DS 

RD RR1A729JQ 763 0 0
G
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AAAGAAAAGTAATCAGGTAACGAAAAACACAGAACAATATAACGAAACATAAGACTTAAA
TAGAGTCGCTGCGACCGACCACAGTACCCCAACGAGAGCTTGTCTCACTTAGCACTTGAC
CTCCTTCAAACCATGTCCGAAGTACAAAAATGTAGGGTTAGTAGCACCCTCCTTGTAGTA
AGCAAAGACCACAGTGCTGTCATCGTGCATGCTCTCCCCAACAAAGAACTGGAAGTCCTT
GAGCTTGGGAAGCAAGTACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCAGCTTGCTG
TTCCTCGTTGAGCTTGGGGGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATGTAGGCGATGAACCC
CTTCTTGTCGTAGGTAGGTTGCTCCTGGAGCCTGAAGGTGTCGACAATGTCGACAACCTT
CTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAGAGGGGTTGGCACC
AATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTCCATTTTCCTTCGACTTCCCAGAGAATACC
ATTCTCAATCTCCTTGTAAGGGAAAGAGTCAGACAGAAGCTCATCACCGGTGAGAAGATC
AGTGTACACCAACATGGTCGCTTTATTGAATTATTCTCTCTCTCTCTCTCCGATCGATGG
GGAA*AAAAAACGAATCTGTGAAGGTTGCGGGAGAGAGACGC

QA 2 763 2 763
DS 

RD RR1CQ06JQ 730 0 0
G
CTAAAAACCATTGTTTTCCGATTAATAACTTAAGAATCTTGCAACAGAGGTGAGAAGTAG
AAAGAAAAGTAATCAGGTAACGAAAAACACAGAACAATATAACGAAACATAAGACTTAAA
TAGAGTCGCTGCGACCGACCACAGTACCCCAACGAGAGCTTGTCTCACTTAGCACTTGAC
CTCCTTCAAACCATGTCCGAAGTACAAAAATGTAGGGTTAGTAGCACCCTCCTTGTAGTA
AGCAAAGACCACAGTGCTGTCATCGTGCATGCTCTCCCCAACAAAGAACTGGAAGTCCTT
GAGCTTGGGAAGCAAGTACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCAGCTTGCTG
TTCCTCGTTGAGCTTGGGGGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATGTAGGCGATGAACCC
CTTCTTGTCGTAGGTAGGTTGCTCCTGGAGCCTGAAGGTGTCGACAATGTCGACAACCTT
CTGAACAGTGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCGGCAGAGGGGTTGGCACC
AATGTTAACCTCTACAGATCCCTGGGTTGTCCATTTTCCTTCGACTTCCCAGAGAATACC
ATTCTCAATCTCCTTGTAAGGGAAAGAGTCAGACAGAAGCTCATCACCGGTGAGAAGATC
AGTGTACACCAACATGGTCGCTTTATTGAATTATTCTCTCTCTCTCTCTCCGATCGATGG
GGAAAAAAA

QA 2 730 2 730
DS 



AS 1 11

CO CL288Contig1 1188 11 39 U
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TGTACGACCAAAACGATCACCACACACACACATAAAAGAACAGGCAACCTGATTGAACTT
GTGCTGAAGACTTCGAAACCATGTCTTGTCTGGGTAGGATCTTGTCTGTTTCCTACCCAC
CTGATCCGTACGGCTCCCGTTTTTCAGTGTCGAAGCTGTCTTCACTTAGGCCAAATCGAA
GGCTGAGATGGCGTTTCACGGCCTTGGACTCAGACTCTTCCTCTCTCGATTCTGACTCCT
CCGACAAATTCGCTGCCGGCTTTTGTATCATAGAAGGACCTGAAACAGTACAGGACTTTG
CCAAAATGCAATTGCAAGAGATTCAAGATAACATTAGAAGCCGACGAAACAAGATCTTCT
TGCACATGGAAGAGGTACGGAGGCTAAGAATACAACAAAGGATTAGAAACACAGAGCTTG
GCATCGTAGACGAAGAGCAAGAACACGAGTTACCTAACTTCCCGTCTTTTATCCCGTTCT
TACCTCCATTGACTGCTGCCAATTTGAGAGTGTATTACGCAACTTGCTTCTCACTCATCG
CTGGGATCATCCTATTTGGTGGCCTACTAGCTCCTACTCTAGAGCTGAAGCTAGGTATAG
GAGGCACGTCATATAAAGATTTCATTCAAAGCCTTCATCTACCTATGCAATTGAGTCAAG
TAGACCCAATAGTAGCGTCCTTCTCCGGAGGAGCTGTTGGTGTGATCTCAGCTTTGATGG
TAGTTGAAGTCAACAACGTGAAGCAGCAAGAGCACAAGAGATGCAAATACTGTCTAGGAA
CTGGGTATCTAGCATGTGCTCGTTGCTCTAGCACAGGTGCTCTTATTGTAGCTGAACCGG
TCTCAGCTATTGCTGGAGGGAATCATTCTGTGTCAACATCCAAAACCGAAAGATGTTCAA
ACTGTTCTGGTGCTGGAAAGGTGATGTGTCCGACATGTCTGCGCACAGGGATGGCTATGG
CTAGCGAGCACGACCCTCGTATCGATCCTTTCCTTTGATTCCACTTCTCCAAGAAATCTA
TTTGTCCTTGTAACTTAAACATTGTATGTACTGATGAATAAATGAGAACTGTATCCTTTC
ATCTGTATATACACACAAAATGAAGTTGTTATATAATTGTTATGAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 30 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 15 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 30 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 40 25 40 
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TGCACATGGAAGAGGTACGGAGGCTAAGAATACAACAAAGGATTAGAAACACAGAGCTTG
GGATCGTAGACGAAGAGCAAGAACACGAGTTACCTAACTTCCCATCCTTTATCCCGTTCT
TGCCTCCATTGACTGCTGCCAATTTGAGAGTGTATTACGCAACTTGCTTCTCACTCATCG
CTGGGATCATCCTATTTGGT

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GG
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TCAGTGTCGAAGCTGTCTTCACTTAGGCCAAATCGAAGGCTGAGATGGCGTTTCACGGCC
TTGGACTCAGACTCTTCCTCTCTCGATTCTGACTCCTCCGACAAATTCGCTGCCGGCTTT
TGTATCATAGAAGGACCTGAAACAGTACAGGACTTTGCCAAAATGCAATTGCAAGAGATT
CAAGATAACATTAGAAGCCGACGAAACAAGATCTTCTTGCACATGGAAGAGGTACGGAGG
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TTGAGAGTGTATTACGCAACTTGCTTCTCACTCATCGCTGGGATCATCCTATTTGGTGGC
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TCCGGAGGAGCTGTTGGTGTGATCTCAGCTTT

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CTCCGACAAATTCGCTGCCGGCTTTTGTATCATAGAAGGACCTGAAACAGTACAGGACTT
TGCCAAAATGCAATTGCAAGAGATTCAAGATAACATTAGAAGCCGACGAAACAAGATCTT
CTTGCACATGGAAGAGGTACGGAGGCTAAGAATACAACAAAGGATTAGAAACACAGAGCT
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CTTACCTCCATTGACTGCTGCCAATTTGAGAGTGTATTACGCAACTTGCTTCTCACTCAT
CGCTGGGATCATCCTATTTGGTGGCCTACTAGCTCCTACTCTAGAGCTGAAGCTAGGTAT
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AGTAGACCCAATAGTAGCGTCCTTCTCCGGAGGAGTTGTTGGTGTGATCTCAGCTTTGAT
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A*CTGGGTATCTAGCATGTGCTCG

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TCTTGTCTGGGTAGGATCTTGTCTGTTTCCTACCCACCTGATCCGTACGGCTCCCGTTTT
TCAGTGTCGAAGCTGTCTTCACTTAGGCCAAATCGAAGGCTGAGATGGCGTTTCACGGCC
TTGGACTCAGACTCTTCCTCTCTCGATTCTGACTCCTCCGACAAATTCGCTGCCGGCTTT
TGTATCATAGAAGGACCTGAAACAGTACAGGACTTTGCCAAAATGCAATTGCAAGAGATT
CAAGATAACATTAGAAGCCGACGAAACAAGATCTTCTTGCACATGGAAGAGGTACGGAGG
CTAAGAATACAACAAAGGATTAGAAACACAGAGCTTGGCATCGTAGACGAAGAGCAATAA
CACGAGGTACCTAACTTCCCGTCTTTTATCCCGTTCTTACCTCCATTGACTGCTGCCAAT
TTGAGAGTGTATTACGCAACTTGCTTCTCACTCATCGCTGGGATCATCCTATTTGGTGGC
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CCGACAAATTCGCTGCCGGCTTTTGTATCATAGAAGGACCTGAAACAGTACAGGACTTTG
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DS 

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TTGCAAGAGATTCAAAATAACATTAGAAGCCGACGAAACAAGATCTTCTTGCACATGGAA
GAGGTACGGAGGCTAAGAATACAACAAAGGATTAGAAACACAGAGCTTGGCATCGTAGAC
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ACTGCTGCCAATTTGAGAGTGTATTACGCAACTTGCTTCTCACTCATCGCTGGGATCATC
CTATTTGGTGGCCTACTAGCTCCTACTCTAGAGCTGAAGCTAGGTATAGGAGGCACGTCA
TATAAAGATTTCATTCAAAGCCTTCATCTACCTATGCAATTGAGTCAAGTAGACCCAATA
GTAGCGTCCTTCTCCGGAGGAGCTGTTGGTGTGATCTCAGCTTTGATGGTAGTTGAAGTC
AACAACGTGAAGCAGCAAGAGCACAAGAGATGCAAATACTGTCTAGGAACTGGGTATCTA
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GCTGGAGGGAATCATTCTGTGTCAACATCCAAAACCGAAAGATGT

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DS 

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CATTGACTGCTGCCAATTTGAGAGTGTATTACGCAACTTGCTTCTCACTCATCGCTGGGA
TCATCCTATTTGGTGGCCTACTAGCTCCTACTCTAGAGCTGAAGCTAGGTATAGGAGGCA
CGTCATATAAAGATTTCATTCAAAGCCTTCATCTACCTATGCAATTGAGTCAAGTAGACC
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AAGTCAACAACGTGAAGCAGCAAGAGCACAAGAGATGCAAATACTGTCTAGGAACTGGGT
ATCTAGCATGTGCTCGTTGCTCTAGCACAGGCGCTCTTATTGTAGCTGAACCGGTTTCAG
CTATTGCTGGAGGGAATCATTCTGTGTCAACATCCAAAACCGAAAGATGTTCAAACTGTT
CTGGTGCTGGAAAGGTGATGTGTCCGACATGTCTGTGCACAGGGATGGCTATGGCTAGCG
AGCACGACCCTCGTATCGATCCTTTCCTTTGATTCCACTTCTCCAAGAAATCTATTTGTC
CTTGTAACTTAAACATTGTATGTACTGATGAATAAATGAGAACTGTA
CC

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DS 

RD RR1AS34JQ 854 0 0
AAGGA
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GCCGACGAAACAAGATCTTCTTGCACATGGAAGAGGTACGGAGGCTAAGAATACAACAAA
GGATTAGAAACACAGAGCTTGGCATCGTAGACGAAGAGCAAGAACACGAGTTACCTAACT
TCCCGTCTTTTATCCCGTTCTTACCTCCATTGACTGCTGCCAATTTGAGAGTGTATTACG
CAACTTGCTTCTCACTCATCGCTGGGATCATCCTATTTGGTGGCCTACTAGCTCCTACTC
TAGAGCTGAAGCTAGGTATAGGAGGCACGTCATATAAAGATTTCATTCAAAGCCTTCATC
TACCTATGCAATTGAGTCAAGTAGACCCAATAGTAGCGTCCTTCTCCGGAGGAGCTGTTG
GTGTGATCTCAGCTTTGATGGTAGTTGAAGTCAACAACGTGAAGCAGCAAGAGCACAAGA
GATGCAAATACTGTCTAGGAACTGGGTATCTAGCATGTGCTCGTTGCTCTAGCACAGGTG
CTCTTATTGTAGCTGAACCGGTCTCAGCTATAGCTGGAGGGAATCATTCTGTGTCAACAT
CCAAAACCGAAAGATGTTCAAACTGTTCTGGTGCTGGAAAGGTGATGTGTCCGACATGTC
TGCGCACAGGGATGGCTATGGCTAGCGAGCACGACCCTCGTATCGATCCTTTCCTTTGAT
TCCACTTCTCCAAGAAATCTATTTGTCCTTGTAACTTAAACATTGTATGTACTGATGAAT
AAATGAGAACTGTATCCTTTCATCTGTATATACACACAAAATGAAGTTGTTATATAATTG
TTATGAGAT

QA 6 854 6 854
DS 

RD RR1H322JQ 628 0 0
TTCCCATCCTTTATCCCGTTCTTGCCTCCATTGACTGCTGCCAATTTGAGAGTGTATTAC
GCAACTTGCTTCTCACTCATCGCTGGGATCATCCTATTTGGTGGCCTACTAGCTCCTACT
CTAGAGCTGAAGCTAGGTATAGGAGGCACGTCATATAAAGATTTCATTCAAAGCCTTCAT
CTACCTATGCAATTGAGTCAAGTAGACCCAATAGTAGCGTCCTTCTCCGGAGGAGCTGTT
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AGATGCAAATACTGTTTAGGAACTGGGTATCTAGCATGTGCTCGTTGCTCTAGCACAGGT
GCTCTTATTGTAGCTGAACCAGTTTCAGCTATTGCTGGAGGGAATCATTCTGTGTCAACA
TCCAAAACCGAAAGATGTTCAAACTGTTTTGGTGCTGGAAAGGTGATGTGTCCGACATGT
CTGTGCACAGGTACGGCTATGGCTAGCGAGCACGACCCTCGTATCGATCCTTTCCTTTGA
TTCCACTTCTCCAAGAAATCTATTTGTCCTTGTAACTTAAACATTGTATGTACTGATGAA
TAAATGAGAACTGTATCCTTTCATCTGT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1BU35JQ 773 0 0
AAACAAGATCTTCTTGCACATGGAAGAGGTACGGAGGCTAAGAATACAACAAAGGATTAG
AAACACAGAGCTTGGCATCGTAGACGAAGAGCAATAACACGAGGTACCTAACTTCCCGTC
TTTTATCCCGTTCTTACCTCCATTGACTGCTGCCAATTTGAGAGTGTATTACGCAACTTG
CTTCTCACTCATCGCTGGGATCATCCTATTTGGTGGCCTACTAGCTCCTACTCTAGAGCT
GAAGCTAGGTATAGGAGGCACGTCATATAAAGATTTCATTCAAAGCCTTCATCTACCTAT
GCAATTGAGTCAAGTAGACCCAATAGTAGCGTCCTTTTCCGGAGGAGCTGTTGGTGTGAT
TTCAGCTTTGATGGTAGTTGAAGTCAACAACGTGAAGCAGCAAGAGCACAAGAGATGCAA
ATACTGTCTAGGAACTGGGTATCTAGCATGTGCTCGTTGCTCTAGCACAGGTGCTCTTAT
TGTAGCTGAACCGGTTTCAGCTATTGCTGGAGGGAATCATTCTGTGTCAACATCCAAAAC
CGAAAGATGTTCAAACTGTTCTGGTGCTGGAAAGGTGATGTGTCCGACATGTCTGCGCAC
AGGGATGGCTATGGCTAGCGAGCACGACCCCCGTATCGATCCTTTCCTTTGATTCCACTT
CTCCAAGAAATCTATTTGTCCTTGTAACTTAAACATTGTATGTACTGATGGATAAATGAG
AACTGTATCCTTTCATCTGTATATACACCCAAAATGAAGTTGTTATATAATTG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1AH89JQ 772 0 0
GATCTTCTTGCACATGGAAGAGGTACGGAGGCTAAGAATACAACAAAGGATTAGAAACAC
AGAGCTTGGCATCGTAGACGAAGAGCAATAACACGAGGTACCTAACTTCCCGTCTTTTAT
CCCGTTCTTACCTCCATTGACTGCTGCCAATTTGAGAGTGTATTACGCAACTTGCTTCTC
ACTCATCGCTGGGATCATCCTATTTGGTGGCCTACTAGCTCCTACTCTAGAGCTGAAGCT
AGGTATAGGAGGCACGTCATATAAAGATTTCATTCAAAGCCTTCATCTACCTATGCAATT
GAGTCAAGTAGACCCAATAGTAGCGTCCTTCTCCGGAGGAGCTGTTGGTGTGATCTCAGC
TTTGATGGTAGTTGAAGTCAACAACGTGAAGCAGCAAGAGCACAAGAGATGCAAATACTG
TCTAGGAACTGGGTATTTAGCATGTGCTCGTTGCTCTAGCACAGGTGCTCTTATTGTAGC
TGAACCGGTCTCAGCTATTGCTGGAGGGAATCATTCTGTGTCAACATCCAAAACCGAAAG
ATGTTCAAACTGTTCTGGTGCTGGAAAGGTGATGTGTCCGACATGTCTGCGCACAGGGAT
GGCTATGGCTAGCGAGCACGACCCCCGTATCGATCCTTTCCTTTGATTCCACTTCTCCAA
GAAATCTATTTGTCCTTGTAACTTAAACATTGTATGTACTGATGGATAAATGAGAACTGT
ATCCTTTCATCTGTATATACACACAAAATGAAGTTGTTATATAATTG
TTATG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 11

CO CL289Contig1 811 11 15 U
TTTTTTCTCATTTAAACTAAAAAGGTCTAAATCAAATAAATAAAATGGCGGGTCGCGACA
TTTTCCAGCTGCGTTTCGCGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTAT
CCAGCCAAGTCGCGGAGGCATCGCGTATGATGAACATATGCTCTCACACTCCGTATCCAT
CTCTGTGCCAGCCTTTGGTGAAGCGTGAAACGAACCCAAGAAGAGCCACACACAAAACCA
TACAGGCTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCG
GTAACCAAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTTTATAATTTGGCAA
GCGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGG
CTGTGTCTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGG
TTCAAAATTCAGCGGTTGATTTGAGGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACAT
TGATTAGATGATAAACTAACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTC
TTCTAAATGAAAAAAGAGAACAAAAAAATCGAACTAATGAAAAACAGGGTTTTTCTTTGT
TGTTTTTATTTCGGGGAGCTGTTTGTTGATCATCATTCGTCGTGTAAACGCCACTGGGTA
TAATTAATTATATTTATCTTATGTAATTAATTGCTATTAGATTATTTTTTCTTGTGGTAA
TTTCAATGATATGATAACTTTTCGAAATTTC


BQ
10 30 30 30 30 35 45 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 35 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 25 0 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FL19TF U 1
AF RR1DS06TF U 1
AF RR1AN85TF U 7
AF RR1DS06JQ C 101
AF RR1AN85JQ C 79
AF RR1AU67JQ C 169
AF RR1FL19JQ C 6
AF RR1AU67TF U 7
AF RR1BZ07TF U 8
AF RR1EG39TF U 1
AF RR1BZ07JQ C 2
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BS 141 141 RR1EG39TF
BS 142 627 RR1DS06TF
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BS 629 644 RR1DS06TF
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BS 770 770 RR1DS06JQ
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BS 780 780 RR1BZ07JQ
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BS 786 786 RR1BZ07JQ
BS 787 799 RR1EG39TF
BS 800 811 RR1BZ07JQ

RD RR1FL19TF 579 0 0
T
TTTTTCTCATTTAAACTAAAAAGGTCTAAATCAAATAAATAAAATGGCGGGTCGCGACAT
TTTCCAGCTGCGTTTCGCGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTATC
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TCTGTGCCAGCCTTTGGTGAAGCGTGAAACGAACCCAAGAAGAGCCACACACAAAACCAT
ACAGGCTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCGG
TAACCAAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTTTATAATTTGGCAAG
CGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGGC
TGTGTCTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGGT
TCAAAATTCAGCGGTTGATTTGAGGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACATT
GATTAGATGATAAACCAACAAACATTTGTTACTTTCTC

QA 2 579 2 579
DS 

RD RR1DS06TF 644 0 0
TTTTTTCTCATTTAAACTAAAAAGGTCTAAATCAAATAAATAAAATGGCGGGTCGCGACA
TTTTCCAGCTGCGTTTCGCGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTAT
CCAGCCAAGTCGCGGAGGCACCGCGTATGATGAACATATGCTCTCACACTCCGTATCCAT
CTCTGTGCCAGCCTTTGGTGAAGCGTGAAACGAACCCAAGAAGAGCCACACACAAAACCA
TACAGGCTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCG
GTAACCAAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTTTATAATTTGGCAA
GCGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGG
CTGTGTCTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGG
TTCAAAATTCAGCGGTTGATTTGAGGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACAT
TGATTAGATGATAAACTAACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTC
TTCTAAATGAAAAAAGAGAACAAAAAA*TCGAACTAATGAAAAA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1AN85TF 603 0 0
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AGCTGCGTTTCGCGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTATCCAGCC
AAGTCGCGGAGGCATCGCGTATGATGAACATATGCTCTCACACTCCGTATCCATCTCTGT
GCCAGCCTTTGGTGAAGCGCGAAACGAACCCAAGAAGAGCCACACACAAAACCATACAGG
CTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCGGTAACC
AAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTTTATAATTTGGCAAGCGCGA
GGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGGCTGTGT
CTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGGTTCAAA
ATTCAGCGGTTGATTTGAGGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACATTGATTA
GATGATAAACTAACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTCTTCTAA
ATG

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1DS06JQ 688 0 0
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AAGAGCCACACACAAAACCATACAGGCTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGA
AGCGGCCAGGTACAAAAGCGGTAACCAAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGA
TGCGCTTTATAATTTGGCAAGCGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGAT
GAACATGTTTTTAACTGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGA
CAAGGGTCAGGTTAATACGGTTCAAAATTCAGCGGTTGATTTGAGGAAAACTGGCAGCAA
TTGCTTGACGTTGTCTACATTGATTAGATGATAAACTAACAAACATTTGTTACTTTCTCC
AAAAAATACTAATTAATTTCTTCTAAATGAAAAAAGAGAACAAAAAAATCGAACTAATGA
AAAACAGGGTTTTTCTTTGTTGTTTTTATTTCGGGGAGCTGTTTGTTGATCATCATTCGT
CGTGTAAACGCCACTGGGTATAATTAATTATATTTATCTTATGTAATTAATTGCTATTAG
ATTATTTTTTCTTGTGGTA
ATTTCAACG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1AN85JQ 700 0 0
CGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTATCCAGCCAAGTCGCGGAGG
CATCGCGTATGATGAACATATGCTCTCACACTCCGTATCCATCTCTGTGCCAGCCTTTGG
TGAAGCGCGAAACGAACCCAAGAAGAGCCACACACAAAACCATACAGGCTTTGGAGGCTA
AGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCGGTAACCAAGAGATCACGA
CATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTTTATAATTTGGCAAGCGCGAGGAAGAGTATAA
GGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGGCTGTGTCTGATTACGGTG
TATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGGTTCAAAATTCAGCGGTTG
ATTTGAGGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACATTGATTAGATGATAAACTA
ACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTCTTCTAAATGAAAAAAGAG
AACAAAAAAATCGAACTAATGAAAAACAGGGTTTCTCTTTGTTGTTTTTATTTCGGGGAG
CTGTTTGTTGATCATCATTCGTCGTGTAAACGCCACTGGGTATAATTAATTATATTTATC
TTATGTAATTAATTGCTATTAGATTATTTTTTCTTGTGGT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1AU67JQ 610 0 0
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CACACAAAACCATACAGGCTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCA
GGTACAAAAGCGGTAACCAAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTTT
ATAATTTGGCAAGCGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGT
TTTTAACTGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTC
AGGTTAATACGGTTCAAAATTCAGCGGTTGATTTGAAGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGA
CGTTGTCTACATTGATTAGATGATAAACTAACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATA
CTAATTAATTTCTTCTAAATGAAAAAAGAGAACAAAAAAATCGAACTAATGAAAAACAGG
GTTTCTCTTTGTTGTTTTTATTTCGGGGAGCTGTTTGTTGATCATCATTCGTCGTGTAAA
CGCCACTGGGTATAATTAATTATATTTATCTTATGTAATTAATTGCTATTAGATTATTTT
TTCTTGTGGT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1FL19JQ 739 0 0
TCTCATTTAAACTAAAAAGGTCTAAATCAAATAAATAAAATGGCGGGTCGCGACATTTTC
CAGCTGCGTTTCGCGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTATCCAGC
CAAGTCGCGGAGGCATCGCGTATGATGAACATATGCTCTCACACTCCGTATCCATCTCTG
TGCCAGCCTTTGGTGAAGCGTGAAACGAACCCAAGAAGAGCCACACACAAAACCATACAG
GCTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCGGTAAC
CAAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTTTATAATTTGGCAAGCGCG
AGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGGCTGTG
TCTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGGTTCAA
AATTCAGCGGTTGATTTGAGGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACATTGATT
AGATGATAAACCAACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTCTTCTA
AATGAAAAAAGAGAACAAAAAAATCGAACTAATGAAAAACAGGGTTTTTCTTTGTTGTTT
TTATTTCGGGGAGCTGTTTGTTGATCATCATTCGTCGTGTAAACGCCACTGGGTATAATT
AATTATATTTATCTTATG
G

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1AU67TF 762 0 0
CTCATTTAAACTAAAAAGGTCTAAATCAAATAAATAAAATGGCGGGTCGCGACATTTTCC
AGCTGCGTTTCGCGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTATCCAGCC
AAGTCGCGGAGGCATCGCGTATGATGAACATATGCTCTCACACTCCGTATCCATCTCTGT
GCCAGTCTTTGGTGAAGCGCGAAACGAACCCAAGAAGAGCCACACACAAAACCATACAGG
CTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCGGTAACC
AAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTTTATAATTTGGCAAGCGCGA
GGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGGCTGTGT
CTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGGTTCAAA
ATTCAGCGGTTGATTTGAAGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACATTGATTA
GATGATAAACTAACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTCTTCTAA
ATGAAAAAAGAGAACAAAAAAATCGAACTAATGAAAAACAGGGTTTCTCTTTGTTGTTTT
TATTTCGGGGAGCTGTTTGTTGATCATCATTCGTCGTGTAAACGCCACTGGGTATAATTA
ATTATATTTATCTTATGTAATTAATTGCTATTAGATTATTTT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1BZ07TF 757 0 0
TCATTTAAACTAAAAAGGTCTAAATCAAATAAATAAAATGGCGGGTCGCGACATTTTCCA
GCTGCGTTTCGCGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTATCCAGCCA
AGTCGCGGAGGCATCGCGTATGATGAACATATGCTCTCACACTCCGTATCCATCTCTGTG
CCAGCCTTTGGTGAAGCGTGAAACGAACCCAAGAAGAGCCACACACAAAACCATACAGGC
TTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCGGTAGCCA
AGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTCTATAATTTGGCAAGCGCGAG
GAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGGCTGTGTC
TGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGGTTCAAAA
TTCAGCGGTTGATTTGAGGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACATTGATTAG
ATGATAAACTAACAAACATTTGTTACCTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTCTTCTAAA
TGAAAAAAGAGAACAAAAAA*TCGAACTAATGAAAAACACGGTTTTTCTTTGTTGTTTTT
ATTTCGGGGAGCTGTTTGTTGATCATCATTCGTCGTGTAAACGCCACTGGGTATAATTAA
TTATATTTATCTTATGTAATTAATTGCTATTAGATTA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1EG39TF 799 0 0
T
TTTTTCTCATTTAGACTAAAAAGGTCTAAATCAAATAAATAAAATGGCGGGTCGCGACAT
TTTCCAGCTGCGTTTCGCGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTATC
CAGCCAAGTCGCGGAGGCATCGCGTATGATGAACATATGCTCTCACACTCCGTATCCATC
TCTGTGCCAGCCTTTGGTGAAGCGTGAAACGAACCCAAGAAGAGCCACACACAAAACCAT
ACAGGCTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCGG
TAACCAAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTTTATAATTTGGCAAG
CGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGGC
TGTGTCTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGGT
TCAAAATTCAGCGGTTGATTTGAGGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACATT
GATTAGATGATAAACTAACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTCT
TCTAAATGAAAAAAGAGAACAAAAAAATCGAACTAATGAAAAACAGGGTTTTTCTTTGTT
GTTTTTATTTCGGGGAGCTGTTTGTTGATCATCATTCGTCGTGTAA*CGCCACTGGGTAT
AATTAATTATATTTATCTTATGTAATTAATTGCTATTAGATTATTTTT*CTTGTGGTA*T
TTCA*TGATATGATAACT

QA 2 799 2 799
DS 

RD RR1BZ07JQ 810 0 0
TTTTTCTCATTTAAACTAAAAAGGTCTAAATCAAATAAATAAAATGGCGGGTCGCGACAT
TT*CCAGCTGCGTTTCGCGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTATC
CAGCCAAGTCGCGGAGGCATCGCGTATGATGAACATATGCTCTCACACTCCGTATCCATC
TCTGTGCCAGCCTTTGGTGAAGCGTGAAACGAACCCAAGAAGAGCCACACACAAAACCAT
ACAGGCTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCGG
TAGCCAAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTCTATAATTTGGCAAG
CGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGGC
TGTGTCTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGGT
TCAAAATTCAGCGGTTGATTTGAGGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACATT
GATTAGATGATAAACTAACAAACATTTGTTACCTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTCT
TCTAAATGAAAAAAGAGAACAAAAAAATCGAACTAATGAAAAACAGGGTTTTTCTTTGTT
GTTTTTATTTCGGGGAGCTGTTTGTTGATCATCATTCGTCGTGTAAACGCCACTGGGTAT
AATTAATTATATTTATCTTATGTAATTAATTGCTATTAGATTATTTTTTCTTGTGGTAAT
TTCAATGATATGATAACTTTTCGAAATTTC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 2 10

CO CL290Contig1 764 4 4 U
GGGGATCAAAGTCTCTCTACCCAATATTTGATTACGTCTTGGATGTAATTTGTAAAAATA
CACTCGGAAAGAACAATACATTGGTTTCGGGAATGCAAGTGATCATAATAATAAGTATCT
CTTAGATTAATATAGTAGTATAAAGTAAAGCAACAAGAAGAGAAAGACTAGGGAGTGGAG
AGGACAAGGACATTAAAGAGGGAAGAGGAGGCGAGAAAGATGAAGGAGAGCAAGACTAGG
AGGAGGGAGAGGGCGACGTGATTGCAGAAAGAAGAAAGGGTCTTGCAGAAGTCTGGGAGA
GGAGTGTGTTTGATGCCGGTTTTGTTGAGGTTTGTTACTCCAATAGCGGCTGATCCAGCG
CTCATTATCAAATAGCTGAAGACCTGATCGAAGATGAAGCAAAGCCAAGCTTGGGAACGG
GAGGGTGTGATGGGTGATCCAGTGAGGAGCCTGTAAATTCCCAGACAGAGGTGGACCAGG
GAGTAGAGAATGGTCACCGTGCATGCCCCCACCACATACTGGTAGGAGGGAGAGAAAGAC
CACTTGGAGTTGAGAGTGAGCGGCAAGCCATAGATGTGAGCTACACCCTCCTCTTTTGCC
ATCAGCATTACCGCCATAGCAGTGGCTGAAGCAGCCAAGCAGCCTCCTCTGAGGGACACC
TGAACCCCCTCCCTCCTCCTCCTCCTTTTTTCCTCCTCTCCATTTCTGTTCATTCGATCT
ACCTTTTTAACTTTTCTTTTTCTCTGCTCTCTACTCTAATCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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CC

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TTTAACTTTTCTTTTTCTCTGC

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DS 



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AAGTGGTTATAAAAATAAGTATCTCTTAGATTAATATAGTATAAAGTAAAGCAACAAGAA
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TCC


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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 

AF RR1GH23TF U 1
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AF RR1B374JQ C 34
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AF RR1E563TF C 1262
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CGGCAGTGGCGGCGATGAATACACGGAAAGGGGACTTGTTCAATCTGAATCCGAACAGCA
GCATCGGGAAGAAGAAGCGTGATCGGGCTTCGGTTTCTTACGATCCGAAAAGGAAGCTTC
CGGTTCTCCTTTTTGATGTTATGGACACCATCGTCCGTGATCCATTCTACCAAGATATTC
CAGCCTTCTTCCGAATGCCGATGAAGGAACTACTCGAGTGCAAGCACCCCACCGCCTGGA
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AGAGGGACTTTGATTTGGAAGGGCTGAAGGATTGCATTAGATCAGGATACTCTTACTTAG
ATGGAATGCAAGAGCTTCTGCAAACTTTGAGTGCTGACAACTTTGAGATACATGCTTTCA
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CATGGACTTTTTGTTCCTGTCATACAGGAAAGAGAAAGCCTGATCCTGAGTTCTATCTCG
AGGTTGTGGAACATCTCGGTGTTGAACCTTGCGACTGTGTATTTATTGAT

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DS 

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GGAT
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TGTTCAATCTGAATCCGAACAGCAGCATCGGGAAGAAGAAGCGTGATCGGGCTTCGGTTT
CTTACGATCCGAAAAGGAAGCTTCCGGTTCTCCTTTTCGATGTTATGGACACCATCGTCC
GTGATCCATTCTACCAAGATATTCCAGCCTTCTTCCGAATGCCGATGAAGGAACTACTCG
AGTGCAAGCACCCCACCGCCTGGATCGAATTCGAAAAGGGATTGATCGACGAGGAGGAGC
TAGCAAGAAAGTTCTTCATTGATAAGAGGGACTTTGATTTGGAAGGGCTGAAGGATTTCA
TTAGATCAGGATACTCTTACTTAGATGGAATGCAAGAGCTTCTCCAAACTTTGAGTGCTG
ACAACTTCGAGATTCATGCTTTCACCAACTACCCCATCTGGTATAAAATGATCGAAGACA
AGTTGAAGCTTTCAGCCTACTTGTCATGGACTTTTTGTTCCTGTCATACAGGAAAGAGAA
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GGA
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TGTTCAATCTGAATCCGAACAGCAGCATCGGGAAGAAGAAGCGTGATCGGGCTTCGGTTT
CTTACGATCCGAAAAGGAAGCTTCCGGTTCTCCTTTTCGATGTTATGGACACCATCGTCC
GTGATCCATTCTACCAAGATATTCCAGCCTTCTTCCGAATGCCGATGAAGGAACTACTCG
AGTGCAAGCACCCCACCGCCTGGATCGAATTCGAAAAGGGATTGATCGACGAGGAGGAGC
TAGCAAGAAAGTTCTTCATTGATAAGAGGGACTTTGATTTGGAAGGGCTGAAGGATTTCA
TTAGATCAGGATACTCTTACTTAGATGGAATGCAAGAGCTTCTCCAAACTTTGAGTGCTG
ACAACTTCGAGATTCATGCTTTCACCAACTACCCCATCTGGTATAAAATGATCGAAGACA
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ACAATACATTTGTTTCGAGAATCCAAGTGATTATAAAAATAAGTATCTCTTAGA
CT

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DS 

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CGAAA
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TGATGCCGGTTTTGTTGAGGTTTGTTACTCCAATAGCGGCTGATCCAGCGCTCATTATCA
AATAGCTGAAGAGCTGATCGAAGATAAAGCAAAGCCAAGCTTGGGAGCGGGAGGGTGTGA
TGGGTGATCCAGTGAAGAGCCTGTAAATTCCTAGACAGAGGTGGACCAGGGAGTAGAGAA
TGGTCACCGTGCATGCCCCCACCACATACTGGTAGGAGGGAGAGAAAGACCACTTGGAGT
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CCCTCCTCCTCCTCCTTTTTTCCTCTCCATTTCTGTTCATTCGATCTACCTTTTTAACTT
TTTTTTTTCTCTGCTTCTACTCTAATCTATCC

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DS 

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CC

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DS 

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TAATATAGTATAAAGTAAAGCAACAAGAACATAAAGACTAGGGAGTGGAGAGCACAAGGA
CATTAAAGAGGGAAGAGGAGGCGAGAAAGATGAAGGAGAGCAAGACTAGGAGGAGGGAGA
GAGCGACGTGATTGCAGAAAGAAGAAAGGGTCTTGCAGAAGTCAGGGAGAGGAGTGTGTT
TGATGCCGGTTTTGTTGAGGTTTGTTACTCCAATAGCGGCTGATCCAGCGCTCATTATCA
AATAGCTGAAGAGCTGATCGAAGATAAAGCAAAGCCAAGCTTGGGAGCGGGAGGGTGTGA
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TGAGAGTGAGCGGGAAGCCATAGACGTAAGCTACACCCTCCTCTTTTGCCATCAGCATTA
CCGCCATAGCAGTGGCTGAAGCAGCCAAGCAGCCTCCTCTGAGGGACACCTGAACCCCCT
CCCTCCTCCTCCTCCTTTTTTCCTCTCCATTTCTGTTCATTCGATCTACCTTTTTAACTT
TTTTTTTTCTCTGCTTCTACTCTAATCTAT
CC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 7

CO CL291Contig1 1187 7 13 U
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GGTTATTGCTTAATTTATTATAAGTTTTAATGGAACCAACAAAAACATACTAATTAAAAG
AACACCAAAGTACGATGTTTAAATCCGGTTTGGCTCAAATGCATTCTCAGACGTTTATGA
AACCTTTCTCCTTCAAGGACTCGACTGTCTCCTTGATGCTAACTTCCAAGGGTATGTAGT
CTATGCCAAGGCTCTTTATTTTCTCCTTGGACACTTGATAAGTCGGAACATACGGATTCT
CATCCGCACAACTTTCAGGGAGTTGTACATTTGGGTAAAGCTGACGCAGAATGTTCACAA
TCTCAGAGTGGTGAAGGACTCTCTCAACCATACAGTAACGTCCGTTAGCTGAAGGGATCT
CATAAGCTTGGATGTGCGCATTGGCTACGTCCTTTACATTAACCCATCCAAAAGTTGAGT
TGGAGAATGTCTTGGCACCATTTATAAAGTTTAATATAGCAGCAGCACTCGTGTTCAGAG
TTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGGTTGATGGTAACAATGTCCAAGCCTT
TCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTCTTGGAGAGAACATACCACA
TCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAACCAAGTTTCATCGACGGTCACATCAG
GTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTGCCATGG*AGGAGGTAACAACAACCCTT
TTGACAGAAGATGCTTTGGTGCACGAGTTCAAAACGTTAAGTGTTCCCTTGACAGCAGGT
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ACACCTTCGCATCCATCAACAGCAGAGTCGAACGATCCTTGTTCCAAAAGATCTGCTTTG
AACAAGTGAAGTCTCTCCTTCGCACCTTCCAACGAAACCAAGTGTTGTGTCTTTCTCGGA
TCACTGGGGTCACGGACGGATGCCTTGACGGTGTAGCCACGGCTAAGGAGGAACTTGACA
ATCCAAGAAGCGATGTAACCTGATGCTCCTGTTACACACACCACTTTACCTTCACCACTC
TTTGCCATTTTTTCTCTTTAGATTTAGATTCGTGTGTCTGTGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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BS 840 882 RR1B938JQ
BS 883 992 RR1B938TF
BS 993 993 RR1AI91TF
BS 994 1165 RR1B938TF
BS 1166 1187 RR1AI91TF

RD RR1CB18JQ 190 0 0
TCAAATGCATTCTCAGACGTTAATGAAACCTTTCTCCTTCAAGGACTCAACTGTCTCCTT
GATGCTAACTTCCAAGGGTATGTAGTCAATGCCAAGGGTCTTTATTTTCTCCTTGGACAC
TTGATAAGTAGGAACATACGGATTCTCATCCGCACAACTTTCAGGGAGTTGGAAAATTGG
GTAAAGCTGA

QA 1 190 1 190
DS 

RD RR1DN56JQ 679 0 0
GG
TGAAATCAATTCTAATAAACTGAAAGAAATGTCACGAGATTACAAAGGTTATTGCTTAAT
TTATTATAAGTTTTAATGGAACCAACAAAAACATACTAATTAAAAGAACACCAAAGTACG
ATGTTTAAATCCGGTTTGGCTCAAATGCATTCTCAGACGTTTATGAAACCTTTCTCCTTC
AAGGACTCGACTGTCTCCTTGATGCTAACTTCCAAGGGTATGTAGTCTATGCCAAGGCTC
TTTATTTTCTCCTTGGACACTTGATAAGTCGGAACATACGGATTCTCATCCGCACAACTT
TCAGGGAGTTGTACATTTGGGTAAAGCTGACGCAGAATGTTCACAATCTCAGAGTGGTGA
AGGACTCTCTCAACCATACAGTAACGTCCGTTAGCTGAAGGGATCTCATAAGCTTGGATG
TGCGCATTGGCTACGTCCTTTACATTAACCCATCCAAAAGTTGAGTTGGAGAATGTCTTG
GCACCATTTATAAAGTTTAATATAGCAGCAGCACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGA
GGACCGATCACCATCGCCGGGTTGATGGTAACAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAAT
TTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTCTTGGAGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTG
CAAATCTCGGGATCAGA

QA 3 679 3 679
DS 

RD RR1AI91JQ 822 0 0
GA
TGAAATCAATTCTAATAAACTGAAAGAAATGTCACGAGATTACAAAGGTTATTGCTTAAT
TTATTATAAGTTTTAATGGAACCAACAAAAACATACTAATTAAAAGAACACCAAAGTACG
ATGTTTAAATCCGGTTTGGCTCAAATGCATTCTCAGACGTTTATGAAACCTTTCTCCTTC
AAGGACTCGACTGTCTCCTTGATGCTAACTTCCAAGGGTATGTAGTCTATGCCAAGGCTC
TTTATTTTCTCCTTGGACACTTGATAAGTCGGAACATACGGATTCTCATCCGCACAACTT
TCAGGGAGTTGTACATTTGGGTAAAGCTGACGCAGAATGTTCACAATCTCAGAGTGGTGA
AGGACTCTCTCAACCATACAGTAACGTCCGTTAGCTGAAGGGATCTCATAAGCTTGGATG
TGCGCATTGGCTACGTCCTTTACATTAACCCATCCAAAAGTTGAGTTGGAGAATGTCTTG
GCACCATTTATAAAGTTTAATATAGCAGCAGCACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGA
GGACCGATCACCATCGCCGGGTTGATGGTAACAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAAT
TTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTCTTGGAGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTG
CAAATCTCGGGATCAGAGAACCAAGTTTCATCGACGGTCACATCAGGTGTGCGTGGTTTT
TCATTGTAAGCAACGGCTGCCATGG*AGGAGGTAACAACAACCCTTTTGACAGAAGATGC
TTTGGTGCACGAGTTCAAAACGTTAAGTGTTCCCTTGACA

QA 3 822 3 822
DS 

RD RR1B938JQ 882 0 0
GAAAACCATGATGATGAAATCAATTCTAATAAACTGAAAGAAATGTCACGAGATTACAAA
GGTTATTGCTTAATTTATTATAAGTTTTAATGGAACCAACAAAAACATGCTAATTAAAAG
AACACCAAAGTACGATGTTTAAATCCGGTTTGGCTCAAATGCATTCTCAGACGTTTATGA
AACCTTTCTCCTTCAAGGACTCGACTGTCTCCTTGATGCTAACTTCCAAGGGTATGTAGT
CTATGCCAAGGCTCTTTATTTTCTCCTTGGACACTTGATAAGTCGGAACATACGGACTCT
CATCCGCACAACTTTCAGGGAGTTGTACATTTGGGTAAAGCTGACGCAGAATGTTCACAA
TCTCAGAGTGGTGAAGGACTCTCTCAACCATACAGTAACGTCCGTTAGCTGAAGGGATCT
CATAAGCTTGGATGTGCGCATTGGCTACGTCCTTTACATTAACCCATCCAAAAGTTGAGT
TGGAGAATGTCTTGGCACCATTTATAAAGTTTAATATAGCAGCAGCACTCGTGTTCAGAG
TTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGGTTGATGGTAACAATGTCCAAGCCTT
TCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTCTTGGAGAGAACATACCACA
TCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAACCAAGTTTCATCGACGGTCACATCAG
GTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTGCCATGGGAGGAGGTAACAACAACCCTT
TTGACAGAAGATGCTTTGGTGCACGAGTTCAAAACGTTAAGTGTTCCCTTGACAGCAG*T
TCAATAAGTTCAGCCTGCGGGTCTTTGACATCATGATAAAAC

QA 1 882 1 882
DS 

RD RR1B938TF 866 0 0
TCAGGGAGTGTACATT
GGTAAAGCTGACGCAGAATGT*CACAATCTCAGAGTG*TGAAGGACTCTCTCAACCATAC
AGTAACGTCCGTTAGCTGAAGGGATCTCATAAGCTTGGATGTGCGCATTGGCTACGTCCT
TTACATTAACCCATCCAAAAGTTGAGTTGGAGAATGTCTTGGCACCATTTATAAAGTTTA
ATATAGCAGCAGCACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCG
GGTTGATGGTAACAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGG
CCAAGGTCTTGGAGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGA
ACCAAGTTTCATCGACGGTCACATCAGGTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTG
CCATGG*AGGAGGTAACAACAACCCTTTTGACAGAAGATGCTTTGGTGCACGAGTTCAAA
ACGTTAAGTGTTCCCTTGACAGCAGGTTCAATAAGTTCAGCCTGCGGGTCTTTGACATCA
TGATAAAACGGGGAAGCAGTGTGGAAAACACCTTCGCATCCATCAACAGCAGAGTCGAAC
GATCCTTGTTCCAAAAGATCTGCTTTGAACAAGTGAAGTCTCTCCTTCGCACCTTCCAAA
GAAACCAAGTGTTGTGTCTTTCTCGGATCACTGGGGTCACGGACGGATGCCTTGACGGTG
TAGCCACGGCTAAGGAGGAACTTGACAATCCAAGAAGCGATGTAACCTGATGCTCCTGTT
ACACACACCACTTTACCTTCACCACTCTTTGCCATTTTTTCTCTTTAGATTT
AGATTCGTGTGTCTGTCC

QA 17 848 17 848
DS 

RD RR1AI91TF 824 0 0
CAGAGTGGTGAAGGACTCTCTCAACCATACAGTAACGTCCGTTAGCTGAAGGGATCTCAT
AAGCTTGGATGTGCGCATGGGCTACGTCCTTTACATTAACCCATCCAAAAGTTGAGTTGG
AGAATGTCTTGGCACCATTTATAAAGTTTAATATAGCAGCAGCACTCGTGTTCAGAGTTG
GCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGGTTGATGGTAACAATGTCCAAGCCTTTCT
CTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTCTTGGAGAGAACATACCACATCT
TTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAACCAAGTTTCATCGACGGTCACATCAGGTG
TGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTGCCATGG*AGGAGGTAACAACAACCCTTTTG
ACAGAAGATGCTTTGGTGCACGAGTTCAAAACGTTAAGTGTTCCCTTGACAGCAGGTTCA
ATAAGTTCAGCCTGCGGGTCTTTGACATCATGATAAAACGGGGAAGCAGTGTGGAAAACA
CCTTCGCATCCATCAACAGCAGAGTCGAACGATCCTTGTTCCAAAAGATCTGCTTTGAAC
AAGTGAAGTCTCTCCTTCGCACCTTCCAACGAAACCAAGTGTTGTGTCTTTCTCGGATCA
CTGGGGTCACGGACGGATGCCTTGACGGTGTAGCCACGGCTAAGGAGGAACTTGACAATC
CAAGAAGCGATGTAACCTGATGCTCCTGTTACACACACCACTTTACCTTCACCACTCTTT
GCCATTTTTTCTCTTTAGATTTAGATTCGTGTGTCTGTGTGTCC

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1DN56TF 784 0 0
CGTCCG
TAGCTGAAGGGATCTCATAAGCTTGGATGTGCGCATTGGCTACGTCCTTTACATTAACCC
ATCCAAAAGTTGAGTTGGAGA*TGTCTTGGCACCATTTATAAAGTTTAATATAGCAGCAG
CACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGGTTGATGGTAA
CAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTCTTGG
AGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAACCAAGTTTCAT
CGACGGTCACATCAGGTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTGCCATGG*AGGAG
GTAACAACAACCCTTTTGACAGAAGATGCTTTGGTGCACGAGTTCAAAACGTTAAGTGTT
CCCTTGACAGCAGGTTCAATAAGTTCAGCCTGCGGGTCTTTGACATCATGATAAAACGGG
GAAGCAGTGTGGAAAACACCTTCGCATCCATCAACAGCAGAGTCGAACGATCCTTGTTCC
AAAAGATCTGCTTTGAACAAGTGAAGTCTCTCCTTCACACCTTCCAACGAAACCAAGTGT
TGTGTCTTTCTCGGATCACTGGGGTCACGGACGGATGCCTTGACGGTGTAGCCACGGCTA
AGGAGGAACTTGACAATCCAAGAAGCGATGTAACCTGATGCTCCTGTTACACACACCACT
TTACCTTCACCACTCTTTGCCATTTTTTCTCTTTAGATTT
AGATTCGTGTGTCTGTCC

QA 7 766 7 766
DS 



AS 2 10

CO CL292Contig1 1149 5 12 U
AATCGATAATTCTCTGTGAATGATGGCTTATTCTGTGAACATTCAATCTTATGATATGTT
AAAAGCACAAATAACTTTTAGGAGTTTCAACTTCAAAAAAACAAAACAATTTTCAGCTGC
GGTAGTCGATACCAAAATAATCATACGCGATAAACAGTTTTTTTTGTATGTTTACTAACA
ATCTTCTATATTTTCTAAAAATTATGTATTCAACAACATAGTTCTCTCTCGCTTTGATGG
CTTATTCTGAGGGAGGCCCTGCCTGTCGTAAAGAAAAAGCCATGTCCTGAAGCAAGTTGA
GCATTTTTTTGGAGGTTTTGATGGTGAACCCACGGATGAACCAAGAAAGCGGAGGTAGAT
TAAATGGAGGATATGGCTGGAAGTATTGGTTTATTATAAGTTTTGACCCAATCCTTCCTT
*GGCCACCGCTACATTTTTTGTATTCTTCTGGACTCTTTGGTAACCTCTTTTTGCACAAC
CGTTCTTGATCTACATATATAGGCTCCACTTTAAAGTTGCCGTGGAACTCTTTCATCAAT
ATTACTTTCTCTTTCTTATATTTTGTCGTAAGATCTTTTCTGTTTTCTTCCATAGTTAGA
TGTATCGGGATAGATATAGTCGTCAGCGAAAGGAAGTTATAAGCCATAGCTTTCTCTACC
ATGACGACCCGCTTCGGACCATTCTCCTTCAGAACCTTTCTTGATGTGTTTTTCATTAGG
AAACGCCACTTCTCCATATCGAAAAACGGATCGCTTTCAGTCATCACGTAGTAGACAATA
TTAGGAGTCGTTCCCACGGTCAATTCTATGTTCATATGGTAAAGACCCTTCTTATTTGTC
ATCTTGATCTTGGGAGGTGCATTATGCCATGGATGCTTCTTCTCTGCTTCATGCCAAAGT
CCCTCTTGTCTCGTGTCCTCTTTTTCATCATAATACACCACCTCCTCCTCCTCCTTCTTC
TTAGTAGTGTCTTTCTCTGACTCCGACTTAGATTCGCCATTTTCAGATCTCTGGGACTCG
GCCTTAAGAGGCTGTTGACTGTTCAAATTGATCCAGCTACCAAATCCAGTGAACACACCC
ATTTTATATTCGAAAGTTTAGCCTACTAAAACTGATTAGAGCAAAAGTAAATGACGATCT
AAAGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN19JQ U 1
AF RR1D866JQ U 116
AF RR1AX59JQ U 64
AF RR1AX59TF C 313
AF RR1D866TF C 468
BS 1 419 RR1CN19JQ
BS 420 420 RR1AX59JQ
BS 421 643 RR1CN19JQ
BS 644 644 RR1AX59JQ
BS 645 714 RR1CN19JQ
BS 715 735 RR1AX59JQ
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BS 737 852 RR1AX59JQ
BS 853 859 RR1AX59TF
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BS 861 1128 RR1AX59TF
BS 1129 1149 RR1D866TF

RD RR1CN19JQ 724 0 0
AATCGATAATTCTCTGTGAATGATGGCTTATTCTGTGAACATTCAATCTTATGATATGTT
AAAAGCACAAATAACTTTTAGGAGTTTCAACTTCAAAAAAACAAAACAATTTTCAGCTGC
GGTAGTCGATACCAAAATAATCATACGCGATAAACAGTTTTTTTTGTATGTTTACTAACA
ATCTTCTATATTTTCTAAAAATTATGTATTCAACAACATAGTTCTCTCTCGCTTTGATGG
CTTATTCTGAGGGAGGCCCTGCCTGTCGTAAAGAAAAAGCCATGTCCTGAAGCAAGTTGA
GCATTTTTTTGGAGGTTTTGATGGTGAACCCACGGATGAACCAAGAAAGCGGAGGTAGAT
TAAATGGAGGATATGGCTGGAAGTATTGGTTTATTATAAGTTTTGACCCAATCCTTCCTC
*GGCCACCGCTACATTTTTTGTATTCTTCTGGACTCTTTGGTAACCTCTTTTTGCACAAC
CGTTCTTGATCTACATATATAGGCTCCACTTTAAAGTTGCCGTGGAACTCTTTCATCAAT
ATTACTTTCTCTTTCTTATATTTTGTCGTAAGATCTTTTCTGTTTTCTTCCATAGTTAGA
TGTATCGGGATAGATATAGTCGTCAGCGAAAGGAAGTTATAAGTCATAGCTTTCTCTACC
ATGACGACCCGCTTCGGACCATTCTCCTTCAGAACCTTTCTTGATGTGTTTTTC
TTGATCTTGG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1D866JQ 679 0 0
GCTGCGGTAGTCGATACCAAAATAATCATACGCGATAAACAGTTTTTTT*GTATGTTTAC
TAACAATCTTCTATATTTTCTAAAAATTATGTATTCAACAACATAGTTCTCTCTCGCTTT
GATGGCTTATTCTGAGGGAGGCCCTGCCTGTCGTAAAGAAAAAGCCATGTCCTGAAGCAA
GTTGAGCATTTTTTTGGAGGTTTTGATGGTGAACCCACGGATGAACCAAGAAAGCGGAGG
TAGATTAAATGGAGGATATGGCTGGAAGTATTGGTTTATTATAAGTTTTGACCCAATCCT
TCCTT*GGCCACCGCTACATTTTTTGTATTCTTCTGGACTCTTTGGTAACCTCTTTTTGC
ACAACCGTTCTTGATCTACATATATAGGCTCCACTTTAAAGTTGCCGTGGAACTCTTTCA
TCAATATTACTTTCTCTTTCTTATATTTTGTCGTAAGATCTTTTCTGTTTTCTTCCATAG
TTAGATGTATCGGGATAGATATAGTCGTCAGCGAAAGGAAGTTATAAGCCATAGCTTTCT
CTACCATGACGACCCGCTTCGGACCATTCTCCTTCAGAACCTTTCTTGATGTGTTTTTCA
TTAGGAAACGCCACTTCTCCATATCGAAAAACGGATCGCTTTCAGTCATCACGTAGTAGA
CAATATTAGGAGTCGTTCC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1AX59JQ 789 0 0
AGCACAAATAACTTTTAGGAGTTTCAACTTCAAAAAAACAAAACAATTTTCAGCTGCGGT
AGTCGATACCAAAATAATCATACGCGATAAACAGTTTTTTTTGTATGTTTACTAACAATC
TTCTATATTTTCTAAAAATTATGTATTCAACAACATAGTTCTCTCTCGTTTTGATGGCTT
ATTCTGAGGGAGGCCCTGCCTGTCGTAAAGAAAAAGCCATGTCCTGAAGCAAGTTGGGCA
TTTTTTTGGAGGTTTTGATGGTGAACCCACGGATGAACCAAGAAAGCGGAGGTAGATTAA
ATGGAGGATATGGCTGGAAGTATTGGTTTATTATAAGTTTTGACCCAATCCTTCCTT*GG
CCACCGCTACATTTTTTGTATTCTTCTGGACTCTTTGGTAACCTCTTTTTGCACAACCGT
TCTTGATCTACATATATAGGCTCCACTTTAAAGTTGCCGTGGAACTCTTTCGTCAATATT
ACTTTCTCTTTCTTATATTTTGTCGTAAGATCTTTTCTGTTTTCTTCCATAGTTAGATGT
ATCGGGATAGATATAGTCGTCAGCGAAAGGAAGTTATAAGCCATAGCTTTCTCTACCATG
ACGACCCGCTTCGGACCATTCTCCTTCAGAACCTTTCTTGATGTGTTTTTCATTAGGAAA
CGCCACTTCTCCCTATCGAAAAACGGATCGCTTTCAGTCATCACGTAGTAGACAATATTA
GGAGTCGTTCCCACGGTCAATTCTATGTTCATATGGTAAAGACCCTTCTTATTTGTCATC
TTGATCTTG

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1AX59TF 818 0 0
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ATGGCTGGAAGTATTGGTTTATTATAAGTTTTGACCCAATCCTTCCTTTGGCCACCGCTA
CATTTTTTGTATTCTTCTGGACTCTTTGGTAACCTCTTTTTGCACAACCGTTCTTGATCT
ACATATATAGGCTCCACTTTAAAGTTGCCGTGGAACTCTTTCGTCAATATTACTTTCTCT
TTCTTATATTTTGTCGTAAGATCTTTTCTGTTTTCTTCCATAGTTAGATGTATCGGGATA
GATATAGTCGTCAGCGAAAGGAAGTTATAAGCCATAGCTTTCTCTACCATGACGACCCGC
TTCGGACCATTCTCCTTCAGAACCTTTCTTGATGTGTTTTTCATTAGGAAACGCCACTTC
TCCCTATCGAAAAACGGATCGCTTTCAGTCATCACGTAGTAGACAATATTAGGAGTCGTT
CCCACGGTCAATTCTATGTTCATATGGTAAAGACCCTTCTTATTTGTCATCTTGATCTTG
GGAGGTGTATTATGCCATGGATGCTTCTTCTCTGCTTCATGCCAAAGTCCCTCTTGTCTC
GTGTCCTCTTTTTCATCATAATACACCACCTCCTCCTCCTCCTTCTTCTTAGTAGTGTCT
TTCTCTGACTCCGACTTAGATTCGCCATTTTCAGATCTCTGGGACTCGGCCTTAAGAGGC
TGTTGACTGTTCAAATTGATCCAGCTACCAAATCCAGTGAACACACCCATTTTATATTCG
AAAGTTTAGCCTACTAAAACTGATTAGAGCAAAAGT
CC

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1D866TF 682 0 0
TC
TTTTGCACAACCGTTCTTGATCTACATATATAGGCTCCACTTTAAAGTTGCCGTGGAACT
CTTTCATCAATATTACTTTCTCTTTCTTATATTTTGTCGTAAGATCTTTTCTGTTTTCTT
CCATAGTTAGATGTATCGGGATAGATATAGTCGTCAGCGAAAGGAAGTTATAAGCCATAG
CTTTCTCTACCATGACGACCCGCTTCGGACCATTCTCCTTCAGAACCTTTCTTGATGTGT
TTTTCATTAGGAAACGCCACTTCTCCATATCGAAAAACGGATCGCTTTCAGTCATCACGT
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TCTTATTTGTCATCTTGATCTTGGGAGGTGCATTATGCCATGGATGCTTCTTCTCTGCTT
CATGCCAAAGTCCCTCTTGTCTCGTGTCCTCTTTTTCATCATAATACACCACCTCCTCCT
CCTCCTTCTTCTTAGTAGTGTCTTTCTCTGACTCCGACTTAGATTCGCCATTTTCAGATC
TCTGGGACTCGGCCTTAAGAGGCTGTTGACTGTTCAAATTGATCCAGCTACCAAATCCAG
TGAACACACCCATTTTATATTCGAAAGTTTAGCCTACTAAAACTGATTAGAGCAAAAGTA
AATGACGATCTAAAGCTTCC

QA 3 682 3 682
DS 



CO CL292Contig2 1169 5 9 U
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AGCCCTTCATCTTGTGATATGTTAAATCACAAATAATTTTTTAGTAGTTTCAACTTCAGA
AAACAATATTAGCTGCGGTACGTAGTCGATACCAAGATAATCGCTAATACGCGGTAAACG
GCTTTTGTATGTTTGACGACAATCTTCTATAGTTCTATATTTTTCAAAAA*TCATGTAAT
TGAATAATCTCTTTCTCACTCGCTTTGATGATTTCTTCTGAGGGTGGCTTTGCATTTCGT
ACAATCGAAGCCATCTCCTGAAGCGCGCTGAGCAGCTTTTTGGAGGTTTCGATGGTGATC
CCACGGATGAACCAAGAAAGCGGCGGTATATTAAATGGAGGATGTGGCTCGAAGTAGTGG
TTTATTGTAAGCTTTGACGCAACCCTTCCTCGGCCACCACTACATTTTTTATATTCTTCT
GGACTCTTTGGTGACTTCTTTTTGCACAGCCGTTCTTGATCTACATATACAGGCTCCACT
TTATAGTTGCCGTGGAACTCTTTCATCAACATTACTTTCCCTTTCTTATATTTTGTCGTA
AGATCTTTTCTGTTTTCTACCATAGTTAGATGTATCGGGATGGATATAGTCGTCAGCGAA
AGGAATTTATAAGCTACAGCTTTCTCCACCATGATGTCCCGCCTCGGACCATTCTCCTTC
AAAACCTTTCTTGATGTGTTTCTCATTAGGTCGCGCCACTTATCATAATCGAAAAACGGA
CCGCCTTTTGGTTCAATCATCAATCC*GTAGAGTGTATCAGGAGCTGTTCCCACGGTCAA
TTCTATGTTCATATGGTAAAGACCCTTTTTATTTGTCACCTTGATCTTGGGACGGGGATT
ATGCCACGGATGCTTCTTCTCTGCTTCATACCAAAGCCCTTGTTGTCTGATCGAATCTCT
ATAATCATAATATATCACATCCTTCTTCTTCTTCTTAAAATGAGCATTATTAGTGTCTTT
CTCTGACGCGGACTTGGATTCGACATTTTCAGATCTCTTGGACTCGGCATTAGGAGACTC
TTGATTGTTCTGATTGACCCAGGCACAAAATCCAGGGAATACACCCATTTCTATTGGAAA
GTTTAGCATACCAAAACTGATGAGAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1DL88JQ U 1
AF RR1DE77JQ U 155
AF RR1B808JQ U 102
AF RR1DL88TF C 468
AF RR1B808TF C 484
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BS 1108 1169 RR1DL88TF

RD RR1DL88JQ 456 0 0
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AGCCCTTCATCTTGTGATATGTTAAATCACAAATAATTTTTTAGTAGTTTCAACTTCAGA
AAACAATATTAGCTGCGGTACGTAGTCGATACCAAGATAATCGCTAATACGCGGTAAACG
GCTTTTGTATGTTTGACGACAATCTTCTATAGTTCTATATTTTTCAAAAA*TCATGTAAT
TGAATAATCTCTTTCTCACTCGCTTTGATGATTTCTTCTGAGGGTGGCTTTGCATTTCGT
ACAATCGAAGCCATCTCCTGAAGCGCGCTGAGCAGCTTTTTGGAGGTTTCGATGGTGATC
CCACGGATGAACCAAGAAAGCGGCGGTATATTAAATGGAGGATGTGGCTCGAAGTAGTGG
TTTATTGTAAGCTTTGACGCAACCCTTCCTCGGCCA

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1DE77JQ 431 0 0
C
GATAATCGCTAATACGCGGTAAACGGCTTTTGTATGTTTGACGACAATCTTCTATAGTTC
TATATTTTTCAAAAA*TCATGTAATTGAATAATCTCTTTCTCACTCGCTTTGATGATTTC
TTCTGAGGGTGGCTTTGCATTTCGCACAATCGAAGCCATCTCCTGAAGCGCGCTGAGCAG
CTTTTTGGAGGTTTCGATGGTGATCCCACGGATGAACCAAGAAAGCGGCGGTATATTAAA
TGGAGGATATGGCTCGAAGTAGTGGTTTATTGTAAGCTTTGACGCAACCCTTCCTCGGCC
ACCACTACATTTTTTATATTCTTCTGGACTCTTTGGTGACTTCTTTTTGCACAGCCGTTC
TTGATCTACATATATAGGCTCCACTTTATAGTTGCCGTGGAACTCTTTCATCAACATTAC
TTTCCCTTTC

QA 2 431 2 431
DS 

RD RR1B808JQ 839 0 0
TAGTAGTTTCAACTTCAGAAAACAATATTAGCTGCGGTACGTAGTCGATACCAAGATAAT
CGCTAATACGCGGTAAACGGCTTTTGTATGTTTGACGACAATCTTCTATAGTTCTATATT
TTTCAAAAAATCATGTAATTGAATAATCTCTTTCTCACTCGCTTTGATGATTTCTTCTGA
GGGTGGCTTTGCATTTCGTACAATCGAAGCCATCTCCTGAAGCGCGCTGAGCAGCTTTTT
GGAGGTTTCGATGGTGATCCCACGGATGAACCAAGAAAGCGGCGGTATATTAAATGGAGG
ATGTGGCTCGAAGTAGTGGTTTATTGTAAGCTTTGACGCAACCCTTCCTCGGCCACCACT
ACATTTTTTATATTCTTCTGGACTATTTGGTGACTTCTTTTTGCACAGCCGTTCTTGATC
TACATATACAGGCTCCACTTTATAGTTGCCGTGGAACTCTTTCATCAACATTACTTTCCC
TTTCTTATATTTTGTCGTAAGATCTTTTCTGTTTTCTACCATAGTTAGATGTATCGGGAT
GGATATAGTCGTCAGCGAAAGGAATTTATAAGCTACAGCTTTCTCCACCATGATGTCCCG
CCTCGGACCATTCTCCTTCAAAACCTTTCTTGATGTGTTTCTCATTAGGTCGCGCCACTT
ATCATAATCGAAAAACGGACCGCCTTTTGGTTCAATCATCAATCCCGTAGAGTGTATCAG
GAGCTGTTCCCACGGTCAATTCTATGTTCATATGGTAAAGACCCTTTTTATTTGTCACCT
TGATCTTGGGACGGGGATTATGCCACGGATGCTTCTTCTCTGCTTCATACCAAAG
CCCT

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR1DL88TF 702 0 0
TTTTTATATC
TCTGGACTCTTTGGTGACTTCTTTT*GCACAGCCGTTCTTGATCTACATATATAGGCTCC
ACTTTATAGTTGCCGTGGAACTCTTTCATCAACATTACTTTCCCTTTCTTATATTTTGTC
GTAAGATCTTTTCTGTTTTCTACCATAGTTAGATGTATCGGGATGGATATAGTCGTCAGC
GAAAGGAATTTATAAGCTACAGCTTTCTCCACCATGATGTCCCGCCTCGGACCATTCTCC
TTCAAAACCTTTCTTGATGTGTTTCTCATTAGGTCGCGCCACTTATCATAATCGAAAAAC
GGACCGCCTTTTGGTTCAATCATCAATCC*GTAGAGTGTATCAGGAGCTGTTCCCACGGT
CAATTCTATGTTCATATGGTAAAGACCCTTTTTATTTGTCACCTTGATCTTGGGACGGGG
ATTATGCCACGGATGCTTCTTCTCTGCTTCATACCAAAGCCCTTGTTGTCTGATCGAATC
TCTATAATCATAATATATCACATCCTTCTTCTTCTTCTTAAAATGAGCATTATTAGTGTC
TTTCTCTGACGCGGACTTGGATTCGACATTTTCAGATCTCTTGGACTCGGCATTAGGAGA
CTCTTGATTGTTCTGATTGACCCAGGCACCAAATCCAGGGAATACACCCATTTCTATTGG
AAAGTTTAGCATACCAAAACTGATGAGAGCCC

QA 11 702 11 702
DS 

RD RR1B808TF 683 0 0
CTA
TTTGGTGACTTCTTTTTGCACAGCCGTTCTTGATCTACATATACAGGCTCCACTTTATAG
TTGCCGTGGAACTCTTTCATCAACATTACTTTCCCTTTCTTATATTTTGTCGTAAGATCT
TTTCTGTTTTCTACCATAGTTAGATGTATCGGGATGGATATAGTCGTCAGCGAAAGGAAT
TTATAAGCTACAGCTTTCTCCACCATGATGTCCCGCCTCGGACCATTCTCCTTCAAAACC
TTTCTTGATGTGTTTCTCATTAGGTCGCGCCACTTATCATAATCGAAAAACGGACCGCCT
TTTGGTTCAATCATCAATCC*GTAGAGTGTATCAGGAGCTGTTCCCACGGTCAATTCTAT
GTTCATATGGTAAAGACCCTTTTTATTTGTCACCTTGATCTTGGGACGGGGATTATGCCA
CGGATGCTTCTTCTCTGCTTCATACCAAAGCCCTTGTTGTCTGATCGAATCTCTATAATC
ATAATATATCACATCCTTCTTCTTCTTCTTAAAATGAGCATTATTAGTGTCTTTCTCTGA
CGCGGACTTGGATTCGACATTTTCAGATCTCTTGGACTCGGCATTAGGAGACTCTTGATT
GTTCTGATTGACCCAGGCACAAAATCCAGGGAATACACCCATTTCTATTGGAAAGTTTAG
CATACCAAAACTGATGAGAG

QA 4 683 4 683
DS 



AS 1 10

CO CL293Contig1 1254 10 24 U
GGATCAACTTACAAAGTACAAACATCTAGTTACCCTAATGGCTCTCTCTTCTCCCACAAG
AATCCTCTGTTTTGCTCTTGCCTTATCTGCTGCATCTCTCTCTTTCGCTGCTTCCCACGA
CTTCTCCATCGTCGGATACTCCCCCGAGGATTTGGAGTCTCATGACAAACTCATAGAACT
CTTCGAAAACTGGATCTCCAACTTCGAGAAAGCCTACGAAACCGTTGAAGAGAAGTTGCG
TAGGTTCGAAGTATTCAAAGATAACCTAAAACACATCGATGAAACCAACAAGAAAGCGAA
AAGCTACTGGCTTGGTCTCAACGAGTTTGCAGATTTGAGCCACGAAGAGTTCAAGAACAA
GTACTTAGGGCTCAAGACTGATATAGCGAGACGCCAAGATGAAAGATCTTACCAAGAGTT
CTCTTATAAGAACGTTGACGTTGAGGCTTTGCCTAAATCTGTTGACTGGAGAAAGAAAGG
AGCCGTGAGCTACGTCAAGAACCAGGGCTCTTGCGGAAGTTGTTGGGCGTTTTCGACAGT
AGCTGCAGTGGAAGGTATAAACAAGATTGTGACAGGAAACTTGACAACATTGTCTGAACA
AGAACTCATAGACTGTGACACAACTTACAACAATGGGTGCAACGGTGGTCTCATGGACTA
TGCTTTTGAGTACATTGTCAAGAACGGAGGCCTTCGCAAGGAAGAGGATTATCCTTACTC
CATGGAAGAAGGAACTTGCGAGACGCAAAAGGATGAATCTGAAATGGTGACTATCAGTGG
GCACCAAGATGTACCTAGGAACGATGAGAAAAGTCTCTTGAAGGCATTGGCTCATCAACC
TCTTAGTGTCGCCATTGATGCTTCTGGTAGAGAGTTCCAGTTCTATAGTGGTGGTGTCTT
TGATGGACGGTGCGGGGTCGATTTGGACCACGGTGTGGCTGCGGTTGGGTACGGATCAAG
CAAGGGTTCGGATTACATCATTGTGAAGAATTCTTGGGGACCAACATGGGGAGAGAAAGG
TTACATTAGGATGAAGAGGAACACTGGAAAACCAGAGGGTCTCTGTGGAATCAATAAGAT
GGCTTCTTTCCCCACCAAAACTAAATAATGAAATTATTCTATCTTATCTGTATTTGATCA
TTATCAATATGAATGTTGTCATGAAATTGTAATATTAATTATGTTCTCTTTTGATTTATG
ATTAGAAATATTTTAACAACTGAATACAAAAGGATGATTTTTTTATAAAGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 25 55 55 55 55 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1EQ68TF U 2
AF RR1A571TF U 1
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AAACTGGATCTCCAACTTCGAGAAAGCCTACGAAACC

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CTTCGAAAACTGGATCTCCAACTTCGAGAAAGCCTACGAAACCGTTGAAGAGAAGTTTCG
TAGGTTCGAAGTTTTCAAAGATAACCTAAAACACATCGATGAAACCAACAAGAAAGCGAA
AAGCTACTGGCTTGGTCTCAACGAGTTTGCAAATTTGAGCCACGAAGAGTTCAAGAACAA
GTACTTAGGGCTCAAGACTGATATAGCGAGACGCCAAGATGAAAGATCTTACCAAGAGTT
CTCCTATAAGAACGTTGACTTTGAGGCTTTGCCTAAATCTGTTGACTGGAGAAAGAAAGG
AGCCGTGAGCTACGTCAAGAACCAGGGCTCTTGCGGAAGTTGCTGGGCGTTTTCGACAGT
AGCTGCAGTGGAAGGTATAAACAAGATTGTGACAGGAAACTTGACAACATTGTCTG

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CTGTTTTGCTCTTGCCTTATCTGCTGCATCTCTCTCTTTCGCTGCTTCCCACGACTTCTC
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AAACTGGATCTCCAACTTCGAGAAAGCTTACGAAACCGTTGAAGAGAAGTTGCGTAGGTT
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CTGGCTTGGTCTCGACGAGTTTGCAGATTTGAGCCACGAAGAGTTCAAGAACAAGTACTT
AGGGCTCAAGACTGATATAGCGAGACGCCAAGATGAAAGATCTTACCAAGAGTTCTCTTA
TAAGAACGTTGACGTTGAGGCTTTGCCTAAATCTGTTGACTGGAGAAAGAAAGGAGCCGT
GAGCTACGTCAAGAACCAGGGCTCTTGCGGAAGTTGTTGGGCGTTTTCGACAGTAGCTGC
AGTGGAAGGTATAAACAAGATTGTGACAGGAAACTTGACAACATTGTCTGAACAAGAACT
CATAGACTGTGACACAACTTACAACAATGG
TGC

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DS 

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CTGTTTTGCTCTTGCCTTATCTGCTGCATCTCTCTCTTTCGCTGCTTCCCACGACTTCTC
CATTGTTGGATACTCCCCTGAGGACTTGGAGTCTCATGACAAACTCATAGAACTCTTCGA
AAACTGGATCTCCAACTTCGAGAAAGCTTACGAAACCGTTGAAGAGAAGTTGCGTAGGTT
CGAAGTATTCAAAGATAACCTAAAACACATCGATGAAACCAACAAGAAAGCGAAAAGCTA
CTGGCTTGGTCTCAACGAGTTTGCAGATTTGAGCCACGAAGAGTTCAAGAACAAGTACTT
AGGGCTCAAGACTGATATAGCGAGACGCCAAGATGAAAGATCCTACCAAGAGTTCTCTTA
TAAGAACGTTGACGTTGAGGCTTTGCCTAAATCTGTTGACTGGAGAAAGAAAGGAGCCGT
GAGCTACGTCAAGAACCAGGGCTCTTGCGGAAGTTGTTGGGCGTTTTCGACAGTAGCTGC
AGTGGAAGGTATAAACAAGATTGTGACAGGAAACTTGACAACATTGTCTGAACAAGAACT
CATAGACTGTGACACAACTTACAACAATGGGTGCAACGGTGGTCTCATGGACTATGCTTT
TGAGTACATTGTCAAGAACGGAG
CCTT

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AAGTACAAACATCTAGTTACCCTAATGGCTCTCTCTTCTCCCACAAGAATCCTCTGTTTT
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GGATACTCCCCCGAGGATTTGGAGTCTCATGACAAACTCATAGAACTCTTCGAAAACTGG
ATCTCCAACTTCGAGAAAGCCTACGAAACCGTTGAAGAGAAGTTTCGTAGGTTCGAAGTT
TTCAAAGATAACCTAAAACACATCGATGAAACCAACAAGAAAGCGAAAAGCTACTGGCTT
GGTCTCAACGAGTTTGCAGATTTGAGCCACGAAGAGTTCAAGAACAAGTACTTAGGGCTC
AAGACTGATATAGCGAGACGCCAAGATGAAAGATCTTACCAAGAGTTCTCTTATAAGAAC
GTTGACGTTGAGGCTTTGCCTAAATCTGTTGACTGGAGAAAGAAAGGAGCCGTGAGCTAC
GTCAAGAACCAAGGCTCTTGCGGAAGTTGTTGGGCGTTTTCGACAGTAGCTGCAGTGGAA
GGTATAAACAAGATTGTGACGGGAAACTTGACAACACTATCTGAACAAGAACTCATAGAT
TGTGACACAACTTACAACAATGGGTGCAACGGTGGTCTCATGGACTATGCTTTTGAGTAC
ATTGTCAAGAACGGAGGCCTTCGCAAGGAAGAGGATTATCCTTACTCCATGGAAGAAGGA
ACTTGCGAGACGCAAA

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G
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GTAGCTGCAGTGGAAGGTATAAACAAGATTGTGACAGGAAACTTGACAACATTGTCTGAA
CAAGAACTCATAGACTGTGACACAACTTACAACAATGGGTGCAACGGTGGTCTCATGGAC
TATGCTTTTGAGTACATTGTCAAGAACGGAGGCCTTCGCAAGGAAGAGGATTATCCTTAC
CCCATGGAAGAAGGAACTTGCGAGACGCAAAAGGATGAATCTGAAATGGTGACTATCAGT
GGGCACCAAGATGTACCTAGGAACGATGAGAAAAGTCTCTTGAAGGCATTGGCTCATCAA
CCTCTTAGTGTCGCCATTGATGCTTCTGGTAGAGAGTTCCAGTTCCATAGTGGTGGTGTC
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AGCAAGGGTTCGGATTACATCATTGTGAAGAATTCTTGGGGACCAACATGGGGAGAGAAA
GGTTACATTAGGATGAAGAGGAACACTGGAAAACCAGAGGGTCTCTGTGGAATCA

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DS 

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CTTACCAAGAGTTCTCTTATAAGAACGTTGACGTTGAGGCTTTGCCTAAATCTGTTGACT
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CGTTTTCGACAGTAGCTGCAGTGGAAGGTATAAACAAGATTGTGACGGGAAACTTGACAA
CACTATCTGAACAAGAACTCATAGATTGTGACACAACTTACAACAATGGGTGCAACGGTG
GTCTCATGGACTATGCTTTTGAGTACATTGTCAAGAACGGAGGCCTTCGCAAGGAAGAGG
ATTATCCTTACTCCATGGAAGAAGGAACTTGCGAGACGCAAAAGGATGAATTTGAAATGG
TGACTATCAGTGGGCACCAAGATTTACCTAGGAACGATGAGAAAAGTCTCTTGAAGGCAT
TGGCTCATCAACCTCTCAGTGTTGCTATTGATGCCTCTGGTAGAGAGTTCCAGTTCTATA
GTGGTGGTGTCTTTGATGGACGGTGCGGGGTCGATTTGGACCACGGTGTGGCTGCGGTTG
GGTACGGA**AAGCAAGGGTTCGGATTACATCATTGTGAAGAATTCTTGGGGACCAACAT
GGGGAGAGAAAGGTTACATTAGGATGAAGAGGAACACTGGAAAACCAGAGGGTCTCTGTG
GAATCAATAAGATGGCTTCTTTCCCCACCAAAACTAAATAATGAAATTATTCTATCTTAT
CTGTATTTGATCATTATCAATATGAATGTTGTCATGAAATTGTAATATTGATTATGTTCT
CTTTTG

QA 1 846 1 846
DS 

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TGTCTGAACAAGAACTCATAGACTGTGACACAACTTACAACAATGGGTGCAACGGTGGTC
TCATGGACTATGCTTTTGAGTACATTGTCAAGAACGGAGGCCTTCGCAAGGAAGAGGATT
ATCCTTACTCCATGGAAGAAGGAACTTGCGAGACGCAAAAGGATGAATCTGAAATGGTGA
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CTCATCAACCTCTTAGTGTCGCCATTGATGCTTCTGGTAGAGAGTTCCAGTTCTATAGTG
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ACGGATCAAGCAAGGGTTCGGATTACATCATTGTGAAGAATTCTTGGGGACCAACATGGG
GAGAGAAAGGTTACATTAGGATGAAGAGGAACACTGGAAAACCAGAGGGTCTCTGTGGAA
TCAATAAGATGGCTTCTTTCCCCACCAAAACTAAATAATGAAATTATTCTATCTTATCTG
TATTTGATCATTATCAATATGAATGTTGTCATGAAATTGT

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DS 

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GTGACACAACTTACAACAATGG*TGCAACGGTGGTCTCATGGACTATGCTTTTGAGTACA
TTGTCAAGAACGGAGGCCTTCGCAAGGAAGAGGATTATCCTTACTCCATGGAGGAAGGAA
CTTGCGAGACGCAAAAGGATGAATCTGAAATGGTGACTATCAGTGGGCACCAAGATGTAC
CTAGGAACGATGAGAAAAGTCTCTTGAAGGCATTGGCTCATCAACCTCTTAGTGTCGCCA
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GGGTCGATTTGGACCACGGTGTGGCTGCGGTTGGGTACGGATCAAGCAAGGGTTCGGATT
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CCAAAACTAAATAATGAAATTATTCTATCTTATCTGTATTTGATCATTATCAATATGAAT
GTTGTCATGAAATTGTAATATTAATTATGTTCTCTTTTGATTTATGATTAGAAATATTTT
AACAACTGAATACAAAAGGATGATTTTTTTATAAAGAAGC

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DS 

RD RR1FV72JQ 708 0 0
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AACAAGAACTCATAGACTGTGACACAACTTACAACAATGGGTGCAACGGTGGTCTCATGG
ACTATGCTTTTGAGTATATTGTCGAGAACGGAGGCCTTCGCAAGGAAGAGGATTATCCTT
ACTCCATGGAAGAAGGAACTTGCGAGACGCAAAAGGATGAATCTGAAATGGTGACTATCA
GTGGGCACCAAGATGTACCTAGGAACGATGAGAAAAGTTTCTTGAAGGCATTGGCTCATC
AACCTCTCAGTGTTGCTATTGATGCCTTTGGTAGAGAGTTCCAGTTCTATAGTGGTGGTG
TCTTTGATGGACGGTGCGGGGTCGATTTGGACCACGGTGTGGCTGCGGTTGGGTACGGAT
CAAGCAAGGGTTCGGATTACATCATTGTGAAGAATTCTTGGGGACCAACATGGGGAGAGA
AAGGTTACATTAGGATGAAGAGGAACACTGGAAAACCAGAGAGTCTCTGTGGAATCAATA
AGATGGCTTCTTTCCCCATCAAAACTAAATAATGAAATTATTCTATTTTATCTGTATTTG
ATCATTATCAATATGAATGTTGTCATGAAATTGTAATATTAATTATGTTCTCTTTTGATT
TATGATTAGAAATATTTTAACAACTGAATACAAAAGGATGATTTTTTT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 11

CO CL294Contig1 708 11 6 U
GGACCAATCAAAAAACTCTTAATGGCAGCCATGAACTCAAGTGTTCTCACCTGCAGCTAC
GCAATCTCTGGTGCTGGCTCAGTAGAGCTAAACCAGAAAGTGAGTTCATCAGTCGGGTTT
GGTCAGAAGAAACAGACGTTTCCTGTGATCAAAGCTCAACGAGCTGGTGGTGATGATGTT
GATGGGTCTAATGGAAGAAGATCAGCCATGGTGTTCTTAGCGGCTACACTCTTCTCCTCT
GCTGCTGTGTCTGCTTCTGCTAATGCTAGCGTCTTCGATGAATACCTCGAGAAGAGCAAG
GCCAACAAAGAACTGAACGATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCCAACTTTGCGAGA
GCATTCACTGTCCAATTCGGAAGCTGCAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGTTGCCAAGAT
CTCGCCAAGCAAAAGAAAGTCCCATTCATCTCTGAAGATTTGGCGTTGGAATGCGAAGGC
AAAGACAAGTACAAGTGTGGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGAAGAAGTCTGTTTGTT
GTTTGTTATTCATTCTTATATAAACCCACCCCCAACAACAATGTATCTCCCTTTATCCAT
CAAAATTTTCATGTCCCATTTGAATCTATCAAAGTTATCCTCTCATTAGGGATTATGAAA
GATTATTATGCACACATAGATAGATCAACTTTGGATAAGAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 50 50 50 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G706TF U 0
AF RR1C192JQ C 1
AF RR1DJ51TF U 19
AF RR1CW86JQ C 23
AF RR1CW86TF U 23
AF RR1FG16JQ C 19
AF RR1FG16TF U 19
AF RR1G374TF U 3
AF RR1C192TF U 1
AF RR1DH09TF U 19
AF RR1DH09JQ C 235
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DS 

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G
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CC

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G
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ACCCACCCCCAACAACAATGTATCTCCCTTTATCCATCAAAATTT
CC

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GCTAATGCTAGCGTCTTCGATGAATACCTCGAGAAGAACAAGGCCAACAAAGAACTGAAC
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ATTATG

QA 6 651 6 651
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AAGCTGCAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGTTACCAAGATCTCGCCAAGCAAAAGAAAGT
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***********AAGTTATCCTCTCATTAGGGATTATGAAAGATTATTATGCACACATAGA
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ATCCATCAAAATTTTCA********************AAGTTATCCTCTCATTAGGGATT
ATGAAAGATTATTATGCACACATAGATAGATCAACTTTGGAT

QA 1 462 1 462
DS 



AS 1 11

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BQ
10 10 10 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 50 65 65 65 65 65 65 65 
50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 
65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ51TF U 4
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AF RR1FP55TF U 3
AF RR1EH36TF U 1
AF RR1DZ51JQ C 4
AF RR1F308JQ C 4
AF RR1F308TF U 4
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AF RR1BF18TF U 3
AF RR1F735JQ C 115
AF RR1FP55JQ C 3
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BS 182 182 RR1FP55TF
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BS 332 332 RR1FP55TF
BS 333 366 RR1DZ51TF
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TCTGGCTCATGTGATGCACTCCATTTGC*TTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTA
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TT

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C

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GAGAAATAATAAACT

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C

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DS 

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DS 

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DS 

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AC

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DS 

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GGA
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CATCAGACCGAGATGTTGTTATCAAAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTGTAAACA
GAGAAATAATAAACTAGTAGAATAACAAATTTTACTT
ACG

QA 4 640 4 640
DS 



AS 2 11

CO CL296Contig1 1319 8 31 U
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CTGTATTAATCAAGATACTGTGGTTTGCCTTTGTTGCATCATAAAAGTGTTGGACTGGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 0 35 35 20 35 35 35 35 35 35 0 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1FJ14TF U 1
AF RR1CX78TF U 100
AF RR1FN05TF U 1
AF RR1B607TF U 13
AF RR1HB24TF U 984
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AF RR1HB24JQ C 984
AF RR1CD72TF U 711
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BS 645 682 RR1FN05TF
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BS 686 696 RR1FN05TF
BS 697 697 RR1B607TF
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BS 754 984 RR1CD72TF
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CTCGTTGGCCTCGAAATCCCTTCAGTTCGATTCCGACGTCACCCTTATCGATCCGAAGGA
GTACTTTGAGATCACATGGGCGAGTCTGAGGTCCATGGTGGAGCCTTCTTTTGCGGAAAG
GACGTTGATCAACCACAAAAAGTACCTTCAAAACGGCCGTGTTGTGACTTCTCCAGCTGT
CAATATCACCAACTCTCAAGTAGTCACGGCCGATGGGCTTGTCTTTGGATATGATTATCT
TGTGATTGCTACAGGTCACAACGACGTGCTTCCCAAAACCAGACCAGAGAAGCTTTCACA
ATACCAATCCGAATATGAGAAGATCAAGTCTTCTGAGTCAGTTCTGATTGTTGGTGGAGG
ACCCTCGGGCGTCGAGCTCGCCGCTGAGATTGCAGTCGATTTCCCGGAGAAGAAGGTTAC
TTTAGTACACAATGGACCGAGGTTATTGGAGTTTGTTGGTCAAAAAGCTGCAGACAAAGC
ATTTGACTGACTGAAA*CGAAGAAAGTTGAAGT*ATACTGAATC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1CX78TF 545 0 0
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CACCCTTATCGATCCGAAGGAGTACTTTGAGATCACATGGGCGAGTCTGAGGTCCATGGT
GGAGCCTTCTTTTGCGGAAAGGACGTTGATCAACCACAAAAAGTACCTTCAAAACGGCCG
TGTTGTGACTTCTCCAGCTGTCAATATCACCAACTCTCAAGTAGTCACGGCCGATGGGCT
TGTCTTTGGATATGATTATCTTGTGATTGCTACAGGTCACAACGACGTGCTTCCCAAAAC
CAGACCAGAGAAGCTTTCACAATACCAATCCGAATATGAGAAGATCAAGTCTTCTGAGTC
AGTTCTGATTGTTGGTGGAGGACCCTCGGGCGTCGAGCTCGCCGCTGAGATTGCAGTCGA
TTTCCCGGAGAAGAAGGTTACTTTAGTACACAATGGACCGAGGTTATTGGAGTTTGTTGG
TCAAAAAGCTGCAGACAAAGCATTTGACTGGCTGAAA*CGAAGAAAGTTGAAGTGATACT
GAATC

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1FN05TF 705 0 0
GGAATCGAACAAACATTAGAAAACGTTTTATCTGGAATCCAAATCGATAAAAATGGAAAG
AACAGAATCAGAATCAGGAAATGGGCGGAGGGTGGTTGTTATCGGCGGCGGAATCGCCGG
CTCGTTGGCCTCGAAATCCCTTCAGTTCGATTCCGACGTCACCCTTATCGATCCGAAGGA
GTACTTTGAGATCACATGGGCGAGTCTGAGGTCCATGGTGGAGCCTTCTTTTGCGGAAAG
GACGTTGATCAACCACAACAAGTACCTTCAAAACGGCCGTGTTGTGACTTCTCCAGCTGT
CAATATCACCAACTCTCAAGTAGTCACGGCCGATGGGCTTGTCTTTGGATATGATTATCT
TGTGATTACTACAGGTCACAACGACGTGCTTCCCAAAACCAGACCAGAGAAGCTTTCACA
ATACCAATCCGAATATGAGAAGATCAAGTCTTCTGAGTCAGTTCTGATTGCTGGTGGAGG
ACCCTCGGGCGTCGAGCTCGCCGCTGAGATTGCAGTCGATTTCCCGGAGAAGAAGGTTAC
TTTAGTACACAATGGACCGAGGTTATTGGAGTTTGTTGGTCAAAAAGCTGCAGACAAAGC
ATTTGACTGGCTGAAAACGAAGAAAGTTGAAGTGATACTGAATCAAAGGGTGGACCTAAG
TTCAGCTTCAGACGGAGATAAACT*TACCGAACATCGGGAGGAGA

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DS 

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GGGAACAAACATTATTC
ATCTGGAATCCTAATCGATAAAAATGGAAAGAACAGAATCCGAATCAGGAAATGGGCGGA
GGGTGGTGGTTATCGGCGGCGGAATCGCCGGCTCGTTGGCCTCCAAATCCCTTCAGTTCG
ATTCCGACGTCACCCTTATCGATCCGAAGGAATACTTTGAGATCACATGGGCAAGTTTGA
GGTCCATGGTGGAGCCTTCTTTTGCGGAAAGAACGTTGATCAACCACAAAAAGTACCTTC
AAAACGGCCGTGTTGTTACTTCTCCAGCTGTCGATATCACCAACTCTCAAGTGGTCACGG
CCGATGGGCTTGTCTTCGGATATGATTATCTTGTCATTGCTACAGGTCACAACGATGTGC
TTCCCAAAACCAGACCAGAGAAGCTTTCCCAATACCAATCGGAATATGAGAAGATCAAGT
CTTCTGAGTCAGTTCTGATTGCTGGTGGAGGACCCTCGGGCGTCGAGCTCGCCGCTGAGA
TTGCAGTCGATTTCCCAGAGAAGAAGGTTACTCTAGTACACAATGGACCAAGGCTATTGG
AGTTTGTTGGTCAAAAAGCTGCAGACAAAGCATTTGATTGGCTGAAAGCAAAGAAAGTTG
AAGTGATACTGAATCAAAGGGTGGACCTAAGTTCAGCTTCAGACGGAGATAAAAACTACC
GAACATCAGGAGGAGAAACGATACACGCGGATTGCTATTTCCTCTGCACCGGCAAGCCTT
TGGC

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DS 

RD RR1HB24TF 259 0 0
G
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CCCTTTCATGACAGTCTCGGGCTGCGTGCCTGGTTTGCTCAAATCTAAGGATCTGTTCGT
GGGGAAGACAAGGAAGGCAAGAGGTCTGGATCCTAATATCGTGGATTGAAATATTTGTGT
TTTTTATCAAGTTTGTTCATTGATGAGGATTTTTGTGCAGACGCATTTGGTCTTTTGATC
AGTTTCATGTTTGTTGTG

QA 2 259 2 259
DS 

RD RR1B607JQ 902 0 0
C
CAATACCAATCGGAATATGAGAAGATCAAGTCTTCTGAGTCAGTTCTGATTGCTGGTGGA
GGACCCTCGGGCGTCGAGCTCGCCGCTGAGATTGCAGTCGATTTCCCAGAGAAGAAGGTT
ACTCTAGTACACAATGGACCAAGGCTATTGGAGTTTGTTGGTCAAAAAGCTGCAGACAAA
GCATTTGATTGGCTGAAAGCAAAGAAAGTTGAAGTGATACTGAATCAAAGGGTGGACCTA
AGTTCAGCTTCAGACGGAGATAAAAACTACCGAACATCAGGAGGAGAAACGATACACGCG
GATTGCTATTTCCTCTGCACCGGCAAGCCTTTGGCTTCGGAATGGCTGAAAGGAACTGTG
CTGAAAGATGGTTTGGACGGTAAAGGAAGGCTGATGGTCGACGAGTACTTGAGGGTGAAG
GGTCGCAAGAATGTATTCGCGATTGGAGATATCACTGGCGTCCCTGAGATGAAACAAGGA
TACATCGCTGAGAAACATGCCTCTGTGGCTGCGAAGAACATAAAGCTGTTGATGTCCGGT
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GGAAGAAAGGACTCGGTGGCTCAGTTCCCTTTCATGACAGTCTCGGGCTGCGTGCCTGGT
TTGCTCAAATCTAAGGATCTGTTCGTGGGGAAGACGAGGAAGGCAAGAGGTCTGGATCCT
AATATCGTGGATTGAAATATTTGTGTTTTTTATCAAGTTTGTTCATTGATGAGGATTTTT
GTGCAGACGCATTTGGTCTTTTGATCAGTTTCATGTTTGTTGTGTGTTGATTTGGTTTCG
CTCTGTATTAATCAAGATACTGTGGTTTGCCTTTGTTGCATCATAAAAGTGTTGGACTGG
G

QA 2 902 2 902
DS 

RD RR1HB24JQ 335 0 0
G
CAAGCCAGGCTCCGATATTGCCATAATATCTTTGGGAAGAAAGGACTCGGTGGCTCAGTT
CCCTTTCATGACAGTCTCGGGCTGCGTGCCTGGTTTGCTCAAATCTAAGGATCTGTTCGT
GGGGAAGACAAGGAAGGCAAGAGGTCTGGATCCTAATATCGTGGATTGAAATATTTGTGT
TTTTTATCAAGTTTGTTCATTGATGAGGATTTTTGTGCAGACGCATTTGGTCTTTTGATC
AGTTTCATGTTTGTTGTGTGTTGATTTGGTTTCGCTCTGTATTAATCAAGATACTGTGGT
TTGCCTTTGTTGCATCATAAAAGTATTGGACTG
G

QA 2 334 2 334
DS 

RD RR1CD72TF 608 0 0
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GAACTGTGCTGAAAGATGGTTTGGACGGTAAAGGAAGGCCGATGGTCGACGAGTACTTGA
GGGTGAAGGGTCGCAAGAATGTATTCGCGATTGGAGATATCACTGACGTCCCTGAGATGA
AACAAGGATACATCGCTGAGAAACATGCCTCTGTGGCTGCGAAGAACATAAAGCTGTTGA
TGTCCGGTGGGAACGAGAAGAAGCTGTCGAGCTACAAGCCAGGCTCCGATATTGCCATAA
TATCTTTGGGAAGAAAGGACTCGGTGGCTCAGTTCCCTTTCATGACAGTCTCGGGCTGCG
TGCCTGGTTTGCTCAAATCTAAGGATCTGTTCGTGGGGAAGACGAGGAAGGCAAGAGGTC
TGGATCCTAATATCGTGGATTGAAATATTTGTGTTTTTTATCAAGTTTGTTCATTGATGA
GGATTTTTGTGCAGACGCATTTGGTCTTTTGATCAGTTTCATGTTTGTTGTGTGTTGATT
TGGTTTCGCTCTGTATTAATCAAGATACTGTGGTTTGCCTTTGTTGCATCATAAAAGTGT
TGGACTG
A

QA 1 607 1 607
DS 



CO CL296Contig2 842 3 5 U
GATGCAACAAAGGCAAACCACAGTATCTTGATTAACACATAGCGAAACAAAAATCAACAC
ACAACAAACATGAAATTGATCTAAAGACCAAATGCGTCTGCACAAGAATCCTCATCAATG
AACAAACTTGATAAACACACAAATATTTCAATCCACAATATTAGGATCCAGACCTCTTGC
CTTCCTCGTCTTCCCCACAAACAGATCCTTAGATTTGAGCAAACCAGGCACGCAGCCCGA
GACTGTCATGAAAGGGAACTGAGCCACCGAGTCCTTTCTTCCCAACGATATTATGGCAAT
ATCGGAACCTGGCTTGTAGCTCGACAGCTTCTTCTCGTTCCCACCGGACATCAACAGCTT
T*ATGTTCTTT*GCAGCCACAGAGGCATGTTTCTCAGCGATGTATCCTTGTTTCATCTCA
GGGACATCAGTGATATCTCCAATCGCGAATACATTCTTGCGACCTTTCACCCTCAAGTAC
TCGTCGACCATCAGCCTTCCTTTACCATCCAAACCATCTTTCAGCACAGTTTCTTTTAGC
CATTCTGAAGCCAAAGGCTTTCCCGTGCAGAGGAAATAGCAATCCGCGTGTACCGTTTCT
CCTCCCGATGTTCGGTAAGTTTTATCTCCGCCTGAAGCTGAACTTAGGTCCACCCTTTGA
TTCAGTATCACTTCAACTTTCTTCGTTTTCAGCCAGTCAAATGCTTTGTCTGCAGCTTTT
TGACCAACAAACTCCAATAACCTCGGTCCATTGTGTACTAAAGTAACCTTCTTCTCCGGG
AAATCGACTGCAATCTCAGCGGCGAGCTCGACGCCCGAGGGTCCTCCACCAGCAATCAGA
CT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX78JQ U 219
AF RR1FJ14JQ U 4
AF RR1FN05JQ U 1
BS 1 157 RR1FN05JQ
BS 158 158 RR1FJ14JQ
BS 159 630 RR1FN05JQ
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BS 632 842 RR1FN05JQ

RD RR1CX78JQ 301 0 0
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TCCCACCGGACATCAACAGCTTTTATGTTCTTTTGAAGCCACAGAGGCATGTTTCTCAGC
GATGTATCCTTGTTTCATCTCAGGGACATCAGTGATATCTCCAATCGCGAATACATTCTT
GCGACCTTTCACCCTCAAGTACTCGTCGACCATCAGCCTTCCTTTACCATCCAAACCATC
T

QA 1 301 1 301
DS 

RD RR1FJ14JQ 771 0 0
GT
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AAACATGAAATTGGTCTAAAGACCAAATGCGTCTGCACAAGAATCCTCATCAATGAACAA
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TCGTCTTCCCCACAAACAGATCCTTAGATTTGAGCAAACCAGGCACGCAGCCCGAGACTG
TCATGAAAGGGAACTGAGCCACCGAGTCCTTTCTTCCCAACGATATTATGGCAATATCGG
AACCTGGCTTGTAGCTCGACAGCTTCTTCTCGTTCCCACCGGACATCAACAGCTTT*ATG
TTCTTT*GCAGCCACAGAGGCATGTTTCTCAGCGATGTATCCTTGTTTCATCTCAGGGAC
ATCAGTGATATCTCCAATCGCGAATACATTCTTGCGACCTTTCACCCTCAAGTACTCGTC
GACCATCAGCCTTCCTTTACCATCCAAACCATCTTTCAGCACAGTTTCTTTTAGCCATTC
TGAAGCCAAAGGCTTTCCCGTGCAGAGGAAATAGCAATCCGCGTGTACCGTTTCTCCTCC
CGATGTTCGGTAAGTTTTATCTCCGCCTGAAGCTGAACTTAGGTCCACCCTTTGATTCAG
TAT*ACTTCAACTTTCTTCGTTTTCAGTCAGTCAAATGCTTTGTCTGCAGCTTTTTGACC
AACAAACTCCAATAACCTCGGTCCATTGTGTACTAAAGTAACCTTCTTC

QA 3 771 3 771
DS 

RD RR1FN05JQ 842 0 0
GATGCAACAAAGGCAAACCACAGTATCTTGATTAACACATAGCGAAACAAAAATCAACAC
ACAACAAACATGAAATTGATCTAAAGACCAAATGCGTCTGCACAAGAATCCTCATCAATG
AACAAACTTGATAAACACACAAATATTTCAATCCACAGTATTAGGATCCAGACCTCTTGC
CTTCCTCGTCTTCCCCACAAACAGATCCTTAGATTTGAGCAAACCAGGCACGCAGCCCGA
GACTGTCATGAAAGGGAACTGAGCCACCGAGTCCTTTCTTCCCAACGATATTATGGCAAT
ATCGGAACCTGGCTTGTAGCTCGACAGCTTCTTCTCGTTCCCACCGGACATCAACAGCTT
T*ATGTTCTTT*GCAGCCACAGAGGCATGTTTCTCAGCGATGTATCCTTGTTTCATCTCA
GGGACATCAGTGATATCTCCAATCGCGAATACATTCTTGCGACCTTTCACCCTCAAGTAC
TCGTCGACCATCAGCCTTCCTTTACCATCCAAACCATCTTTCAGCACAGTTTCTTTTAGC
CATTCTGAAGCCAAAGGCTTTCCCGTGCAGAGGAAATAGCAATCCGCGTGTACCGTTTCT
CCTCCCGATGTTCGGTAAGTTTTATCTCCGTCTGAAGCTGAACTTAGGTCCACCCTTTGA
TTCAGTATCACTTCAACTTTCTTCGTTTTCAGCCAGTCAAATGCTTTGTCTGCAGCTTTT
TGACCAACAAACTCCAATAACCTCGGTCCATTGTGTACTAAAGTAACCTTCTTCTCCGGG
AAATCGACTGCAATCTCAGCGGCGAGCTCGACGCCCGAGGGTCCTCCACCAGCAATCAGA
CT

QA 1 842 1 842
DS 



AS 1 11

CO CL297Contig1 884 11 5 U
GGGTCCAGCTCTCTACCTCTTACAGTCTCGTCGTCGCCGAAGAAGAAGAAGATCGAAACA
CAATTTCGTTGAGCTCCTCCACTGAATCTCTCCGTCTCTCGTCTCTTCGAATCCTAAAGG
GTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAGAGGACGGCCCTAT
GATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGGACTATCTACGGAACCAT
TTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCTCTTCCGGGACTCAT
CAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCTGCCATTGGAGGCGTTTA
CATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGAGAGATTTTTTCAATGGTGC
TGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCATCCCAAC
AGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTGATTGACTCTGGAGGTCA
GACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCCTGTCGAGAAAACAGC
TCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGTTAATAAAAGCTCCTGAGAT
CATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCTGAGAGGTGTGAAATCATAA
AAGCTCTTTTGTTCTTTGTTTCCTCCTGTTTTTATGGAGGGTGACTTGCATCTTTTTGCT
TGAAATGTTGAATGTAAGAAACGTTACAGTTCTAAGTATCTGATATGTGTTTACTTCTTG
TTATTCTCAACTTGGATACTTTATCTGAATGTTTAATGGATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 35 35 40 40 40 40 55 55 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 35 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F440TF U 53
AF RR1AY35TF U 45
AF RR1ET58TF U 1
AF RR1C396TF U 53
AF RR1F946TF U 53
AF RR1F250TF U 50
AF RR1A906JQ C 45
AF RR1A906TF U 45
AF RR1F250JQ C 86
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AF RR1F440JQ C 55
BS 1 716 RR1ET58TF
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GG
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TGGTGCTGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCAT
CCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTGATTGACTCTGG
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QA 3 501 3 501
DS 

RD RR1AY35TF 558 0 0
GGG
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CGAATCCTAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAG
AGGACGGCCCTATGATTAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGGACTA
TCTACGGAACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCTC
TTCCGGGACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCTGCCA
TTGGAGGCGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGTAAGAGAGATT
TTTTCAATGGTGCTGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATAGAGCAA
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ACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCCTG
TCGAGAAAACAGCTC

QA 4 558 4 558
DS 

RD RR1ET58TF 716 0 0
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GATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGGACTATCTACGGAACCAT
TTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCTCTTCCGGGACTCAT
CAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCTGCCATTGGAGGCGTTTA
CATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGAGAGATTTTTTCAATGGTGC
TGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCATCCCAAC
AGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTGATTGACTCTGGAGGTCA
GACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCCTGTCGAGAAAACAGC
TCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGTTAATAAAAGCTCCTGAGAT
CATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCTGAGAGGTGTGAAATC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1C396TF 650 0 0
GG
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TAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAGAGGACGG
CCCTATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGGACTATCTACGG
AACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCTCTACCGGG
ACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCTGCCATTGGAGG
CGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGAGAGATTTTTTCAA
TGGTGCTGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCAT
CCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTGATTGACTCTGG
AGGTCAGACCATAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCCTGGCGAGAA
AACAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGTTAATAAAAGCTCC
TGAGATCATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCTG

QA 3 650 3 650
DS 

RD RR1F946TF 703 0 0
GG
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TAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAGAGGACGG
CCCTATGATGAATACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGGACTATCTACGG
AACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCTCTTCCGGG
ACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCTGCCATTGGAGG
CGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGAGAGATTTTTTCAA
TGGTGCTGTTGGTGGGTTTGTTACTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCAT
CCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTGATTGACTCTGG
AGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCGGAGAGTATTATCCTTACACCCCTGTCGAGAA
AACAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGTTAATAAAAGCTCC
TGAGATCATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCTGAGAGGTGTGAAA
TCATAAAAGCTCTTTTGTTCTTTGTTTCCTCCTGTTTTTAT

QA 3 703 3 703
DS 

RD RR1F250TF 705 0 0
G
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ATCCTAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAGAGG
ACGGCCCTATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGGACTATCT
ACGGAACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCTCTTC
CGGGACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCTGCCATTG
GAGGCGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGAGAGATTTTT
TCAATGGTGCTGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATAGAGCAAGGA
GCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTGATTGACT
CTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCCTGTCG
AGAAAACAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGTTAATAAAAG
CTCCTGAGATCATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCTGAGAGGTGT
GAAATCATAAAAGCTCTTTTGTTCTTTGTTTCCTCCTGTTTT
AT

QA 2 703 2 703
DS 

RD RR1A906JQ 788 0 0
GGA
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CGAATCCTAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAG
AGGACGGCCCTATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGGACTA
TCTACGGAACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCTC
TTCCGGGACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCTGCCA
TTGGAGGCGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGAGAGATT
TTTTCAATGGTGCTGTTGGTGGGTT*GTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTAGCTATAGAGCAA
GGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCGACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTGATTG
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TCGAGAAAACAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGTTAATAA
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TGTGAAATCATAAAAGCTCTTTTGTTCTTTGTTTCCTCCTGTTTTTATGGAGGGTGACTT
GCATCTTTTTGCTTGAAATGTTGAATGTAAGAAACGTTACAGTTCTAAGTATCTGATATG
TGTTT

QA 4 788 4 788
DS 

RD RR1A906TF 787 0 0
GGA
GAAGATCGAAACACAATTTCGTTGAGCTCCTCCACTGAATCTCTCCGTCTCTCGTCTCTT
CGAATCCTAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAG
AGGACGGCCCTATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGGACTA
TCTACGGAACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCTC
TTCCGGGACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCTGCCA
TTGGAGGCGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGAGAGATT
TTTTCAATGGTGCTGTTGGTGGGTT*GTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTAGCTATAGAGCAA
GGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCGACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTGATTG
ACCCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCCTG
TCGAGAAAACAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGTTAATAA
AAGCTCCTGAGATCATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCTGAGAGG
TGTGAAATCATAAAAGCTCTTTTGTTCTTTGTTTCCTCCTGTTTTTATGGAGGGTGACTT
GCATCTTTTTGCTTGAAATGTTGAATGTAAGAAACGTTACAGTTCTAAGTATCTGATATG
TGTT

QA 4 787 4 787
DS 

RD RR1F250JQ 751 0 0
ATCTCTCCGTCTCTCGTCTCTTCGAATCCTAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCT
GAGATGAGGTACTTGGAAGAAGAGGACGGCCCTATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTC
ACTGGCTTCGCAGCCGGGACTATCTACGGAACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCG
AGAGTGGAGAGGAACGTGGCTCTTCCGGGACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACC
CACGGGCTCACTTTTGCTGCCATTGGAGGCGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAG
AGTTATAGAGGCAAGAGAGATTTTTTCAATGGTGCTGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCT
TCTGTGCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTA
GCTGTTACCTCTGCTTTGATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCAGA
GAGTATTATCCTTACACCCCTGTCGAGAAAACAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTT
ATGGTGAGACTGAAGTTAATAAAAGCTCCTGAGATCATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGT
TTTGTTTGCTGTATCTGAGAGGTGTGAAATCATAAAAGCTCTTTTGTTCTTTGTTTCCTC
CTGTTTTTATGGAGGGTGACTTGCATCTTTTTGCTTGAAATGTTGAATGTAAGAAACGTT
ACAGTTCTAAGTATCTGATATGTGTTT
ACTC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1AY35JQ 831 0 0
AAGATCGAAACACAATTTCGTTGAGCTCCTCCACTGAATCTCTCCGTCTCTCGTCTCTTC
GAATCCTAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAGA
GGACGGCCCTATGATTAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGGACTAT
CTACGGAACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCTCT
TCCGGGACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCTGCCAT
TGGAGGCGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGTAAGAGAGATTT
TTTCAATGGTGCTGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATAGAGCAAG
GAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTGATTGA
CTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCCTGT
CGAGAAAACAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGTTAATAAA
AGCTCCTGAGATCATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCTGAGAGGT
GTGAAATCATAAAAGCTCTTTTGTTCTTTGTTTCCTCCTGTTTTTATGGAGGGTGACTTG
CATCTTTTTGCTTGAAATGTTGAATGTAAGAAACGTTACAGTTCTAAGTATCTGATATGT
GTTTACTTCTTGTTATTCTCAACTTGGATACTTTATCTGAATGTTTAAT
AG

QA 1 829 1 829
DS 

RD RR1F440JQ 830 0 0
GG
AACACAATTTCGT*GAGCTCCTCCACTGAATCTCTCCGTCTCTCGTCTCTTCGAATCCTA
AAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAGAGGACGGCC
CTATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGGACTATCTACGGAA
CCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCTCTTCCGGGAC
TCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCTGCCATTGGAGGCG
TTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGAGAGATTTTTTCAATG
GTGCTGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCATCC
CAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTGATTGACTCTGGAG
GTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCCTGTCGAGAAAA
CAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGTTAATAAAAGCTCCTG
AGATCATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCTGAGAGGTGTGAAATC
ATAAAAGCTCTTTTGTTCTTTGTTTCCTCCTGTTTTTATGGAGGGTGACTTGCGTCTTTT
TGCTTGAAATGTTGAATGTAAGAAACGTTACAGTTCTAAGTATCTGATATGTGTTTACTT
CTTGTTATTCTCAACTTGGATACTTTATCTGAATGTTTAATGGATTTG

QA 3 830 3 830
DS 



AS 3 11

CO CL298Contig1 946 2 8 U
GGACAATAGCCTATCACAATTTCAGAAAAAAAAGCTTACTTTCCTGAGAAACCGAGTTCC
ATCGAAAATGGGTCGAATCAGTTTAGTGGTTTGTGATCTGGTTCTGACGTTCATGTGGAT
ATGGGCAGGAGTTCTGGTCAACATCTTAGTCCACGGAGTACTTGGGTTCAGCCGGAAAGA
TACGACCGGCGATATCGTCCGTTATCTATTCTCCGTCATCTCCATGTTCGTCTTCGCTTT
CCTTCAGAAACTCACCAAAGGTGGACTCTACAACCCTTTGACCGCTTTGGCTTCTGGCGT
CTCCGGTGGCTTCCGCAGTTTCATCTTCTCCGTCGTGGTTCGCATCCCCGTTGAGGTGAT
GGGATCAGTCCTTGCGGTTAAACATATCATTCACGTTTTCCCTGAGATTGGAAAAGGACC
AAAACTAAACGTAGCAATCCATCACGGCGCTTTAACGGAAGGGATACTAACCTTTTTCAT
AGTAATGCTCTCACTGGGACTTACAAGGAAGATCCCAGGAAGTTTCTTCATGAAGACTTG
GATTGCTAGTATTGCTAAGTTGACTCTTCATGTTCTTGGATCTGATTTAACCGGTGGATG
CATGAACCCAGCTGCTGTGATGGGATGGGCTTATGCACGAGGTGAACACATAACAAAGGA
GCATTTACTTGTGTATTGGCTTGGACCTGTCAAGGCTACTTTGCTCGCTGTTTGGTTCTT
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CTTATACAATGTGCAATGCGATTGATAACAGTATTTGGTTTATTAC


BQ
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AF RR1B679TF U 1
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GCATTTACTTGTGTATTGGCTTGGACCTGTCAAGGCTACTTTGCTCGCTGTTTGGTTCTT
CAATGTTGTGTTTAAGCCTCTCACCGAAGAACAACAAGAAAACCTAAG*CTAAATCTGAA
TGAGTAATGAGGTCAGACCTCTACA*CACACACGAAGAGTGATATTGTTGTATCCAGGGA
TGATTTCGTTGTAGCAA*CTCAGTTGTAT

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DS 

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AAAAGGACCAAAACTAAACGTAGCAATCCATCACGGCGCTTTAACGGAAGGGATACTAAC
CTTTTTCATAGTAATGCTCTCACTGGGACTTACAAGGAAGATCCCAGGAAGTTTCTTCAT
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CGGTGGATGCATGAACCCAGCTGCTGTGATGGGATGGGCTTATGCACGAGGTGAACACAT
AACAAAGGAGCATTTACTTGTGTATTGGCTTGGACCTGTCAAGGCTACTTTGCTCGCTGT
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ATCCAGGGATGATTTCGTTGTAGCAAACTCAGTTGTATCAATCAGTTCAATAAAATTGTG
AATTCTGGCCTTATACAATGTGCAATGCGATTGATAACAGTATTTGGTTTATTAC

QA 1 895 1 895
DS 



CO CL298Contig2 1371 5 31 U
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CCAATTCGCATCTCCAAAGCTCACCAACTCGAGGACATGCCTCACCAGCCGACGTTTCTC
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GACCATGTACCTCAACGATTGTCAAAGAACTGATTTCTACGAGGGTATTGGGTTAAACAC
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CAATGAGAAGCTGATGGCTGTAGGACAAACTGATGATCCTTCCTTTGTCAAGAACCTCAA
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GCATTGTCAAGTCTTATGAGTTTATGGATGGTTTTTGATTTCTTGTAGTTGAATGATCAA
AACTGAGAAACCTCTTTTTATTTGTAATAAACCAAATACTTTTACAGTTTT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E343TF U 1
AF RR1E142TF U 322
AF RR1ES49TF U 498
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CCAATTCGCATCTCCAAAGCTCACCAACTCGAGGACATGCCTCACCAGCCGACGTTTCTC
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GTCCAAGAAGGGCACGAAGAAGGAGATTAACGAGTCGCTTCTGACACCGAGGTTCTACAC
TACGGACTTCGAGGAGATGGAGCAGCTTTTCAACACGGAGATCAACAAGAACCTTAACGA
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CGTTGAGTTTCTTGAGCGGTCTTGTACTGCAGAGTTCTCCGGTTTCCTTCTCTACAAGGA
GCTTGGTAGAAGGCTCAAGAAAACAAACCCTGTTGTGGCTGAGATCTTCTCTCTTATGTC
CAGAGATGAAGCAAGACATGCCGGGTTCTTGAACAAGGGTTTGTCTGATTTCAACTTGGC
TCTTGACTTGGGTTTCTTGACAAAGGCAAGGAAATACACTTTCTTCAAACCCAAGTTCAT
CTTCTACGCCACTTACTTGTCCGAGAAAATCGGGTACTGGAGATACATCACAATCTACAG
ACACCTCAAGCAAAACCCTGAGTTTCAGTGTTACCCTATCTTCAAGTACTTTGAGA*CTG
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DS 

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GCAA
GAGTTTAAGACTGATTACAATCAGACACATTTCGTGAGGAACAAGGAGTTCAAAGAAGCA
GCGGACAAGTTGCAGGGTCCTCTAAGACAGATCTTCGTTGAGTTTCTTGAGCGGTCTTGT
ACTGCAGAGTTCTCCGGTTTCCTTCTCTACAAGGAGCTTGGTAGAAGGCTCAAGAAAACA
AACCCTGTTGTGGCTGAGATCTTCTCTCTTATGTCCAGAGACGAAGCAAGACATGCCGGG
TTCTTGAACAAGGGTTTGTCTGATTTCAACTTGGCTCTTGACTTGGGTTTCTTGACAAAG
GCAAGGAAATACACTTTCTTCAAACCCAAGTTCATCTTCTACGCCACTTACTTGTCCGAG
AAAATCGGGTACTGGAGATACATCACAATCTACAGACACCTCAAGCAAAACCCTGAGTTT
CAGTGTTACCCTATCTTCAAGTACTTTGAGAACTGGTGCCAAGACGAGAACCGTCATGGA
GATTTCTTCTCTGCTTTGATGAAAGCTCAGCCTCAGTTCCTCAATGACTGGCAAGCCAAG
CTCTGGTCTCGTTTCTTCTGCCTCTCGGTTTATGTGACCATGTACCTCAACGATTGTCAA
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ATTGAGACAAACCGGAC*ACGGCAAGGATATTCCCAGCTGTGTTGGATGTTGAGAACCCT
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CAAACTGATGATCCTTC*TTTGTCAAGA

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DS 

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G
GAAAACAAACCCTGTTGTGGCTGAGATCTTCTCTCTTATGTCCAGAGATGAAGCAAGACA
TGCCGGGTTCTTGAACAAGGGTTTGTCTGATTTCAACTTGGCTCTTGACTTGGGTTTCTT
GACAAAGGCAAGGAAATACACTTTCTTCAAACCCAAGTTCATCTTTTACGCCACTTACTT
GTCCGAGAAAATCGGGTACTGGAGATACATCACAATCTACAGACACCTCAAGCAAAACCC
TGAGTTTCAGTGTTACCCTATCTTCAAGTACTTTGAGAACTGGTGCCAAGACGAGAACCG
TCATGGAGATTTCTTCTCTGCTTTGATGAAAGCTCAGCCTCAGTTCCTCAATGACTGGCA
AGCCGAGCTCTGGTCTCGTTTCTTCTGCCTCTCGGTTTATGTGACCATGTACCTCAACGA
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TGGCCTAGTCTCTGAGATCTTGGCTACTTATCTCATGCC

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DS 

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GTACTGGAGATACATCACAATCTACAGACACCTCAAGCAAAACCCTGAGTTTCAGTGTTA
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CTCTGCTTTGATGAAAGCTCAGCCTCAGTTCCTCAATGACTGGCAAGCCAAGCTCTGGTC
TCGTTTCTTCTGCCTCTCGGTTTATGTGACCATGTACCTCAACGATTGTCAAAGAACTGA
TTTCTACGAGGGTATTGGGTTAAACACCAAGGAGTTTGACATGCACGTCATCATTGAGAC
AAACCGGACCACGGCAAGGATATTCCCAGCTGTGTTGGATGTTGAGAACCCTGAGTTCAA
GAGGAAGCTAGATAGAATGGTTGTGATCAATGAGAAGCTGATGGCTGTAGGACAAACTGA
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TTTGATTTCTTGTAGTTGAATGATCAAAGCTGAGAAACCTCTTTTTATTTGTAATAAACC
AAATACTTTTAC
T

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DS 

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TTTTTTT
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GGTATTGGGTTAAACACCAAGTAGTTTGACATGCACGTCATCATTGAGACAAACCGGACC
ACGGCAAGGATATTCCCAGCTGTGTTGGATGTTGAGAACCCTGAGTTCAAGAGGAAGCTA
GATAGAATGGTTGTGATCAATGAGAAGCTGATGGCTGTAGGACAAACTGATGATCCTTCC
TTTGTCAAGAACCTCAAGAGGATTCCTCTCATTGCTGGTTTAGTTTTTGAGATCTTGGCT
GCTTATCTCATGCCTCCTGTTGAGTCTGGATCTGTTGATTTCGCCGAGTTTGAGCCTAAT
CTTGTCTATTAGTTGCTGCATTGTCAAGTCTTATGAGTTTATGGATGGTTTTTGATTTTT
TGTAGTTGAATGATCAAAACTGAGAAACCTCTTTTTATTTGTAATAAACCAAATACTTTT
ACAGTTTT

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DS 



CO CL298Contig3 1099 4 7 U
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TTTCGTGAGGAACAAGGAGTTTAAAGAAGCTGCTGACAAGTTGCAGGGACCTCTCAGACA
GATCTTTGTCGAGTTTCTTGAGCGGTCTTGTACTGCTGAGTTCTCTGGTTTCCTTCTCTA
CAAGGAGCTTGGCAGAAGACTCAAGAAAACAAACCCAGTAATGGCTGAGATCTTCTCTCT
TATGTCCAGAGATGAAGCAAGACATGCCGGGTTCTTGAACAAGGGTTTGTCTGATTTCAA
CTTGGCTCTTGACTTGGGTTTCCTGACAAAGGCAAGGAAGTACACTTTCTTCAAACCCAA
GTTCATCTTCTACGCCACTTACTTATCCGAGAAAATCGGTTACTGGAGGTACATCACAAT
CTACAGACACCTCAAGCAGAACCCTGAGTTCCAATGTTACCCTATCTTCAAGTACTTTGA
AAACTGGTGCCAAGACGAGAACCGCCACGGAGATTTCTTCTCTGCTTTGATGAAAGCTCA
GCCTCAGTTCCTTAATGACTGGCAAGCCAAACTCTGGTCTCGTTTCTTCTGCCTCTCGGT
TTATGTGACAATGTACCTCAACGATTGTCAGAGAACTTATTTCTACGAGGGTATTGGGTT
AAACACAAAGGAGTTTGATATGCACGTCATCATCGAGACAAACCGAACAACGGCAAGAAT
ATTCCCGGCTGTGCTAGATGTTGAGAACCCTGAGTTCAAGAGGAAACTGGATAGAATGGT
TGTGATCAATGAGAAGCTGATGGCTGTAGGACAAACCGATGATCCTTCCTTCGTCAAGAA
CCTCAAGAGGATTCCTCTCATTGCTGGTTTAGTCTCAGAGATCTTGGCTGCTTATCTCAT
GCCTCCTGTTGAGTCTGGCTCTGTTGATTTTGCTGAGTTTGAGCCTAATCTTGTCTATTA
GTAGCTGCCATTGTCAAGTTCTTGGTTTCTTGTATCTGAATGATTGAAACTGAGACATCT
TTTTTTTCTTTTGCAATAAACCAAATACTGTTATCAATCGCATTGCACATTGTATAAAGC
CAGAATTCACATTTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR47TF U 1
AF RR1FR47JQ C 521
AF RR1DJ08TF U 411
AF RR1CA75TF U 457
BS 1 645 RR1FR47TF
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RD RR1FR47TF 645 0 0
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TTTCGTGAGGAACAAGGAGTTTAAAGAAGCTGCTGACAAGTTGCAGGGACCTCTCAGACA
GATCTTTGTCGAGTTTCTTGAGCGGTCTTGTACTGCTGAGTTCTCTGGTTTCCTTCTCTA
CAAGGAGCTTGGCAGAAGACTCAAGAAAACAAACCCAGTAATGGCTGAGATCTTCTCTCT
TATGTCCAGAGATGAAGCAAGACATGCCGGGTTCTTGAACAAGGGTTTGTCTGATTTCAA
CTTGGCTCTTGACTTGGGTTTCCTGACAAAGGCAAGGAAGTACACTTTCTTCAAACCCAA
GTTCATCTTCTACGCCACTTACTTATCCGAGAAAATCGGTTACTGGAGGTACATCACAAT
CTACAGACACCTCAAGCAGAACCCTGAGTTCCAATGTTACCCTATCTTCAAGTACTTTGA
AAACTGGTGCCAAGACGAGAACCGCCACGGAGATTTCTTCTCTGCTTTGATGAAAGCTCA
GCCTCAGTTCCTTAATGACTGGCAAGCCAAACTCTGGTCTCGTTTCTTCTGCCTCTCGGT
TTATGTGACAATGTACCTCAACGATTGTCAGAGAACTTATTTCTA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1FR47JQ 480 0 0
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CGTTTCTTCTGCCTCTCGGTTTATGTGACAATGTACCTCAACGATTGTCAGAGAACTTAT
TTCTACGAGGGTATTGGGTTAAACACAAAGGAGTTTGATATGCACGTCATCATCGAGACA
AACCGAACAACGGCAAGAATATTCCCGGCTGTGCTAGATGTTGAGAACCCTGAGTTCAAG
AGGAAACTGGATAGAATGGTTGTGATCAATGAGAAGCTGATGGCTGTAGGACAAACCGAT
GATCCTTCCTTCGTCAAGAACCTCAAGAGGATTCCTCTCATTGCTGGTTTAGTCTCAGAG
ATCTTGGCTGCTTATCTCATGCCTCCTGTTGAGTCTGGCTCTGTTGATTTTGCTGAGTTT
GAGCCTAATCTTGTCTATTAGTAGCTGCCATTGTCAAGTTCTTGGTTTCTTGTATCTGAA

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR1DJ08TF 630 0 0
G
CATCACAATCTACAGACACCTCAAGCAGAACCCTTAGTTCCAATGTTACCCTATCTTCAA
GTACTTTGAAAACTGGTGCCAAGACGAGAACCGCCACGGAGATTTCTTCTCTGCTTTGAT
GAAAGCTCAGCCTCAGTTCCTTAATGACTGGCAAGCCAAACTCTGGTCTCGTTTCTTCTG
CCTCTCGGTTTATGTGACAATGTACCTCAACGATTGTCAGAGAACTGATTTCTACGAGGG
TATTGGGTTAAACACAAAGGAGTTTGATATGCACGTCATCATCGAGACAAACCGAACAAC
GGCAAGAATATTCCCGGCTGTGCTAGATGTTGAGAACCCTGAGTTCAAGAGGAAACTGGA
TAGAATGGCTGTGATCAATGAGAAGCTGATGGCTGTAGGACAAACCGATGATCCTTCCTT
CGTCAAGAACCTCAAGAGGATTCCTCTCATTGCT**TTTAGTCTCAGAGATCTTGGCTGC
TTATCTCATGCCTCCTGTTGAGTCTGGCTCTGTTGATTTTGCTGAGTTTGAGCCTAATCT
TGTCTATTAGTAGCTGCCATTGTCAAGTTCTTGGTTTCTTGTATCTGAATGATTGAAACT
GAGACATCTTTTTTTT
TTGCATAAACCAA

QA 2 617 2 617
DS 

RD RR1CA75TF 643 0 0
G
TACCCTATCTTCAAGTACTTTGAAAACTGGTGCCAAGACGAGAACCGCCACGGAGATTTC
TTCTCTGCTTTGATGAAAGCTCAGCCTCAGTTCCTTAATGACTGGCAAGCCAAACTCTGG
TCTCGTTTTTTCTGCCTCTCGGTTTATGTGACAATGTACCTTAACGATTGTCAAAGAACT
GATTTCTACGAGGGTATTGGGTTAAACACAAAGGAGTTTGATATGCACGTCATCATCGAG
ACAAACCGAACCACGGCAAGAATATTCCCGGCTGTGCTGGATGTTGAGAACCCTGAGTTC
AAGAGGAAACTGGATAGAATGGTTGTGATCAATGAGAAGCTGATGGCTGTAGGACAAACC
GATGATCCTTCCTTCGTCAAGAACCTCAAGAGGATTCCTCTCATTGCTGGTTTAGTCTCA
GAGATCTTGGCTGCTTATCTCATGCCTCCTGTTGAGTCTGGCTCTGTTGATTTTGCTGAG
TTTGAGCCTAATCTTGTCTATTAGTAGCTGCCATTGTCAAGTTCTTGGTTTCTTGTATCT
GAATGATTGAAACTGAGACCTCTTTTTTTTCTTTTGCAATAAACCAAATACTGTTATCAA
TCGCATTGCACATTGTATAAAGCCAGAATTCACATTTTTATT

QA 2 643 2 643
DS 



AS 2 5

CO CL299Contig1 1185 2 2 U
CAATCAACAAGTCAAGAACATCATGAGTTTTTTAACAAAGTCTTAGCAAAGTGATCATCT
CTTAATAGTACAACAACACTAAGGAAACAAAAACACCAAGACAGAGCAAAAAGCAGGCTT
TTTTTGATCCTCTATTTTGCTTCAAATCTGCAAAGCATCAGCGATGGATCCCGCGAGGCT
CAAGACCTCGAAAGGAGCTTTGTTTCCTATGGATTTAACCGTCTGTGGACAAAAATCTGT
GATCCAAAAGTAGGCAAACGCTTCTTCTACTCCGTTGTTCTTGTGAGTGAAACGCTCCCA
GGAGCTATTAGGGAAAACACCATGAGTTACATAAGCACTCACCTTCCCTGCTCCATGAGC
TGCCAATACTTTCTGGCACTCGATGAGTGTACCACCAAACTGCACAAAATCATCAACGAT
GACAACGTGGCAACCAGCAGGGTTACCTTCCTTCAGCCTCACTATTCTCTTGTCCCCTTC
ACGAACCTTTGTGCACACCACCGTGGGGTACTGATCCAACAGCTTGTGGAAACGCTTCCA
GGCTCCATCATCAGGAAACGCAACTATGATTTTCTCAGTTTCAGGAAGCTGTTGGAGACG
TTTCGTCAACAAAGGGATCCCAGTCTCAAACAAAGGAAGAACCTGATCAGCAAAGTAGAA
CCTTTCCTGAAGAGCGTGAATGTCATAGATGACCACACTAGTGGGACCACCACGCGAGAT
GGGGATGTTAGAGACAATCCTAGCCATGGTGAAAGCAGTAGCTACATCACCTTCCTCTTC
CATCCTCTCAAAGGAGCCAGTGGGGAAGAAAGGCAACACCAAGGTGAAGGAGGCTACAAA
CAAGCGTGGCAGCAAGTAGATGACAGAGATCTGCTCAAAGATAACCGCAGGAGAGCTGAA
CGAAGCGAGGAATGCAACGTGCTGGCCTCTGATTTCATGTGCGTTGTTGATGAACAGATT
TGGGAATCCATCAGCAAAGCTCCTCCAGTTGATGGATTGAAGAGTGATGTGGTCAGATTC
GGCGGCGATGTTGCGAGCGAGTTCTTCACACTCTAAGCAGTAAAAGAGATGAACTTTCTT
CTTCTGTAGTTCAGACACGATGGCGTCTTTACAAATCTGGTTCTCCTCCATGATGTTGTT
GTTGGCTGCGTTCTCAGACATTGAGACCGAACAAGAAGAGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW02JQ U 1
AF RR1CB77TF C 508
BS 1 594 RR1CW02JQ
BS 595 1185 RR1CB77TF

RD RR1CW02JQ 594 0 0
CAATCAACAAGTCAAGAACATCATGAGTTTTTTAACAAAGTCTTAGCAAAGTGATCATCT
CTTAATAGTACAACAACACTAAGGAAACAAAAACACCAAGACAGAGCAAAAAGCAGGCTT
TTTTTGATCCTCTATTTTGCTTCAAATCTGCAAAGCATCAGCGATGGATCCCGCGAGGCT
CAAGACCTCGAAAGGAGCTTTGTTTCCTATGGATTTAACCGTCTGTGGACAAAAATCTGT
GATCCAAAAGTAGGCAAACGCTTCTTCTACTCCGTTGTTCTTGTGAGTGAAACGCTCCCA
GGAGCTATTAGGGAAAACACCATGAGTTACATAAGCACTCACCTTCCCTGCTCCATGAGC
TGCCAATACTTTCTGGCACTCGATGAGTGTACCACCAAACTGCACAAAATCATCAACGAT
GACAACGTGGCAACCAGCAGGGTTACCTTCCTTCAGCCTCACTATTCTCTTGTCCCCTTC
ACGAACCTTTGTGCACACCACCGTGGGGTACTGATCCAACAGCTTGTGGAAACGCTTCCA
GGCTCCATCATCAGGAAACGCAACTATGATTTTCTCAGTTTCAGGAAGCTGTTG

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1CB77TF 678 0 0
GTACTGATCCAACAGCTTGTGGAAACGCTTCCAGGCTCCATCATCAGGAAACGCAACTAT
GATTT*CTCAGTTTCAGGAAGCTGTTGGAGACGTTTCGTCAACAAAGGGATCCCAGTCTC
AAACAAAGGAAGAACCTGATCAGCAAAGTAGAACCTTTCCTGAAGAGCGTGAATGTCATA
GATGACCACACTAGTGGGACCACCACGCGAGATGGGGATGTTAGAGACAATCCTAGCCAT
GGTGAAAGCAGTAGCTACATCACCTTCCTCTTCCATCCTCTCAAAGGAGCCAGTGGGGAA
GAAAGGCAACACCAAGGTGAAGGAGGCTACAAACAAGCGTGGCAGCAAGTAGATGACAGA
GATCTGCTCAAAGATAACCGCAGGAGAGCTGAACGAAGCGAGGAATGCAACGTGCTGGCC
TCTGATTTCATGTGCGTTGTTGATGAACAGATTTGGGAATCCATCAGCAAAGCTCCTCCA
GTTGATGGATTGAAGAGTGATGTGGTCAGATTCGGCGGCGATGTTGCGAGCGAGTTCTTC
ACACTCTAAGCAGTAAAAGAGATGAACTTTCTTCTTCTGTAGTTCAGACACGATGGCGTC
TTTACAAATCTGGTTCTCCTCCATGATGTTGTTGTTGGCTGCGTTCTCAGACATTGAGAC
CGAACAAGAAGAGTCTCC

QA 1 678 1 678
DS 



CO CL299Contig2 1160 3 26 U
AGGAACGGCGTCAATGTCTGAGAACGCAGCCAACAACAACAACAACAACATGGAGAAGAA
CCTGATTTGTAAAGAAGCCATCGTGTCTGAACTACAGAAGAAAAAAGTCCATCTCTTTTA
CTGCTTAGAGTGTGAAGAACTAGCTCGCAACATCGCCTCTGAATCTGATCACATCACTCT
CCAATCCATCAACTGGAGGAGTTTTGCAGATGGGTTCCCAAATCTGTTTATTAACAACGC
ACATGAGATACGAGGACAGCACGTTGCCTTCCTTGCTTCGTTCAGCTCTCCTGCGGTTAT
ATTTGAGCAGATCTCTGTCATTTACTTGCTCCCTCGCTTGTTTGTTGCGTCCTTCACCTT
GGTGTTGCCTTTCTTCCCCACTGGCTCCTTTGAGAGAATGGAAGAGGAAGGAGACGTAGC
TACTGCTTTCACCATGGCTAGGATTGTCTCTAACATCCCCATCTCGCGTGGTAGTCCGAC
TAGTGTAGTCATCTATGACATCCACGCCCTACAGGAAAGGTTCTACTTTGCTGATCAGGT
TCTTCCTTTGTTTGAGACTGGTATCCCCTTGTTGACCAAACGTCTTCAACAACTTCCTGA
AACTGACAAAATCATAGTTGCATTTCCAGATGATGGAGCCTGGAAGCGTTTCCACAAGCT
GTTGGACCAGTATCCCACGGTGGTTTGCACAAAGGTTCGTGAAGGTGATAAGAGAATAGT
CAGGCTGAAGGAAGGGAACCCCGCTGGTTGCCACGTTGTCATCGTTGATGATCTTGTGCA
ATCTGGTGGTACACTCATTGAATGCCAGAAAGTATTGGCAGCTCATGGAGCTGCGAAGGT
GAGTGCTTATGTAACTCACGGTGTCTTCCCAAAGAGCTCCTGGGAGCGTTTCACTCACAA
GAACAATGGATCAGAGGAAGCGTTCGCATACTTTTGGATCACGGATTCTTGTCCACAGAC
GGTTAAGTCCATAGGAAACAAGGCACCTTTTGAAGTCTTGAGCCTCGCAGGATCCATTGC
TGATGCTTTGCAGATTTGAAACAAATACCTTGCTGGTCTTGGTTGGTTGTTTCGCCTTGG
TGTTGTACTCTTAAGAGATGTTACCTAGATTATCAATTTATGAAATAATCATCTCACTTT
TGCTGAGAGACAGATTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM52TF U 39
AF RR1H084TF U 1
AF RR1H084JQ C 621
BS 1 102 RR1H084TF
BS 103 103 RR1DM52TF
BS 104 207 RR1H084TF
BS 208 208 RR1DM52TF
BS 209 267 RR1H084TF
BS 268 268 RR1DM52TF
BS 269 300 RR1H084TF
BS 301 301 RR1DM52TF
BS 302 396 RR1H084TF
BS 397 397 RR1DM52TF
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BS 415 415 RR1DM52TF
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BS 592 592 RR1DM52TF
BS 593 606 RR1H084TF
BS 607 607 RR1DM52TF
BS 608 723 RR1H084TF
BS 724 724 RR1H084JQ
BS 725 735 RR1H084TF
BS 736 1160 RR1H084JQ

RD RR1DM52TF 654 0 0
GG
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AAAAAAGTCCATCTCTTTTACTGCTTAGAGTGTGAAGAACTAGCTCGCAACATCGCCTCT
GAATCTGATCACATCACTCTTCAATCCATCAACTGGAGGAGTTTTGCAGATGGGTTCCCA
AATCTTTTTATTAACAACGCACATGAGATCCGTGGACAGCACGTTGCCTTCCTTGCTTCG
TTCAGTTCTCCTGCGGTTATATTTGAGCAGATCTCTGTCATTTACTTGCTCCCTCGCTTG
TTTGTTGCGTCCTTCACCTTGGTGTTGCCTTTCTTCCCCACTGGCTCCTTTGAGAGAATG
GAAGAGGAAGGAGACGTAGCTACTGCTTTCACCATGGCTAGGATTGTCTCTAACATCCCC
ATCTCGCGTGGTAGTCCGACTAGTGTAGTCATCTATGACATCCACGCCCTACAGGAAAGG
TTCTACTTTGCTGATCAGGTTCTTCCTTTGTTTGAGACTGGTATCCCCTTGTTGACCAAA
CGTCTTCAGCAACTTCCTGAAACTGACAAGATCATAGTTGCATTTCCGGATGATGGAGCC
TGGAAGCGTTTCCACAAGCTGTTGGATCAGTATCCCACGGTGGTGTGCACAA

QA 3 654 3 654
DS 

RD RR1H084TF 743 0 0
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CTGCTTAGAGTGTGAAGAACTAGCTCGCAACATCGCCTCTGAATCTGATCACATCACTCT
CCAATCCATCAACTGGAGGAGTTTTGCTGATGGGTTCCCAAATCTGTTTATTAACAACGC
ACATGAGATACGAGGACAGCACGTTGCTTTCCTTGCTTCGTTCAGCTCTCCTGCGGTTAT
CTTTGAGCAGATCTCTGTCATTTACTTGCTCCCTCGCTTGTTTGTTGCGTCCTTCACCTT
GGTGTTGCCTTTCTTCCCCACTGGCTCCTTTGAGAGGATGGAAGAGGAAGGAGATGTAGC
TACTGCTTTCACCATGGCTAGGATTGTGTCTAACATCCCCATTTCGCGTGGTGGTCCGAC
TAGTGTAGTCATCTATGACATCCACGCCCTACAGGAAAGGTTCTACTTTGCTGATCAGGT
TCTTCCTTTGTTTGAGACTGGTATCCCCTTGTTGACCAAACGTCTTCAACAGCTTCCTGA
AACTGAGAAAATCATAGTTGCATTTCCAGATGATGGAGCCTGGAAGCGTTTCCACAAGCT
GTTGGACCAGTATCCCACGGTGGTTTGCACAAAGGTTCGTGAAGGTGATAAGAGAATAGT
CAG*CTGAAGGAAGG
AACCCCGC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1H084JQ 540 0 0
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TGGTTTGCACAAAGGTTCGTGAAGGTGATAAGAGAATAGTCAGGCTGAAGGAAGGGAACC
CCGCTGGTTGCCACGTTGTCATCGTTGATGATCTTGTGCAATCTGGTGGTACACTCATTG
AATGCCAGAAAGTATTGGCAGCTCATGGAGCTGCGAAGGTGAGTGCTTATGTAACTCACG
GTGTCTTCCCAAAGAGCTCCTGGGAGCGTTTCACTCACAAGAACAATGGATCAGAGGAAG
CGTTCGCATACTTTTGGATCACGGATTCTTGTCCACAGACGGTTAAGTCCATAGGAAACA
AGGCACCTTTTGAAGTCTTGAGCCTCGCAGGATCCATTGCTGATGCTTTGCAGATTTGAA
ACAAATACCTTGCTGGTCTTGGTTGGTTGTTTCGCCTTGGTGTTGTACTCTTAAGAGATG
TTACCTAGATTATCAATTTATGAAATAATCATCTCACTTTTGCTGAGAGACAGATTGTTG

QA 1 540 1 540
DS 



AS 2 11

CO CL300Contig1 954 3 14 U
TTTTTGTGCTCTCAAGTAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTGTATTCGAGATTCA
GCTGTCAAAACCCTAACCAGCGCCATAGCTTAGCGAGGTTCCCTGATTGAGAGGGCGAGA
ACAAGAGAATCGTCTCTCTCGATTTTCTGGTTAATCGTCGTTTTTTCTTCAGGAGTAAAG
TAAGCTATGGCGATGTTAGGTGCACAGCAAGTTCAAACAGCAGCTTGTACTCCAGATCTT
GTTGGGAATGCATTTGTGCATCAGTATTACCACATTTTGCATCACTCCCCTCAGCATGTT
CACCGATTTTACCAAGACATTAGCAAGTTAGGCCGCCCTGAAGATAATAATGGTACAATG
AGCATCACTTCTACCTTGCAAGGTATTGACAAGAAGATACTGGCACTTGGAGATGGTGTA
ATCGGTGCCGAGATTGCAACTGTTGACACACAAGACTCTTACGGCGGTGGTTTTCTCCTA
CTGGTGACTGGGTATCTGACGGGGAAAGATGGTGTGAGGAGGACGTTTACTCAGACCTTC
TTCCTTGCTCCACAGGAGAATGGATACTTTGTTTTGAATGATATGTTCCGATACATTGAT
GAAGCCACAATCGTGAATAACATCCAAGTTCCTGTCAACGTTCACCAGGATCCACCTGCT
ACTCAAGACATTCCAGTTCAGGAGACATATGTCCAAGAGAATCATGCTGTTGAGCAGTCT
GATGTGTTGTCGAAGAGCATTAATGGTCCTGAAGTGTTCGCTCCCACTGAAGAGGAACTG
ATATCAGTGACAGAAGACGCTCCTGCGCCTGGAATAGTTCATGAAGCTCCAATTGATGTT
CAGAAGTTGGAGAGTCTGATTCTAGACCGGCGAAGTTCCAAAGATATCTTATGCATCCAT
TGTGATGGTTATGAAGAGATGCTGCACCGATGTCTGCTTCGAGACTCCACTAGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H203TF U 1
AF RR1C060TF U 1
AF RR1B865TF U 121
BS 1 213 RR1C060TF
BS 214 215 RR1H203TF
BS 216 216 RR1C060TF
BS 217 217 RR1H203TF
BS 218 572 RR1C060TF
BS 573 573 RR1H203TF
BS 574 609 RR1C060TF
BS 610 610 RR1H203TF
BS 611 651 RR1C060TF
BS 652 652 RR1H203TF
BS 653 679 RR1C060TF
BS 680 680 RR1B865TF
BS 681 729 RR1C060TF
BS 730 954 RR1B865TF

RD RR1H203TF 677 0 0
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GCTCAAGACATTCCAGT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1C060TF 729 0 0
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GATGTGTTG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1B865TF 834 0 0
ACAAGAGAATCGTCTCTCTCGATTTTCTGGTTAATCGTCGTTTTTTCTTCAGGAGTAAAG
TAAGCTATGGCGATGTTAGGTGCACAGCAAGTTCAAACAGCAGCTTGTACTCCAGATCTT
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CACCGATTTTACCAAGACATTAGCAAGTTAGGCCGCCCTGAAGATAATAATGGTACAATG
AGCATCACTTCTACCTTGCAAGGTATTGACAAGAAGATACTGGCACTTGGAGATGGTGTA
ATCGGTGCCGAGATTGCAACTGTTGACACACAAGACTCTTACGGCGGTGGTTTTCTCCTA
CTGGTGACTGGGTATCTGACGGGGAAAGATGGTGTGAGGAGGACGTTTACTCAGACCTTC
TTCCTTGCTCCACAGGAGAATGGATACTTTGTTTTGAATGATATGTTCCGATACATTGAT
GAAGCCACAATCGTGAATAACATCCAAGTTCCTGTCAACGTTCACCAGAATCCACCTGCT
ACTCAAGACATTCCAGTTCAGGAGACATATGTCCAAGAGAATCATGCTGTTGAGCAGTCT
GATGTGTTGTCGAAGAGCATTAATGGTCCTGAAGTGTTCGCTCCCACTGAAGAGGAACTG
ATATCAGTGACAGAAGACGCTCCTGCGCCTGGAATAGTTCATGAAGCTCCAATTGATGTT
CAGAAGTTGGAGAGTCTGATTCTAGACCGGCGAAGTTCCAAAGATATCTTATGCATCCAT
TGTGATGGTTATGAAGAGATGCTGCACCGATGTCTGCTTCGAGACTCCACTAGG

QA 1 834 1 834
DS 



CO CL300Contig2 1060 8 5 U
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AGACGAACAAGAGCTGCCGAAACTTTATCTGCCTCATAGAATTTGTAACTCCAATTACCA
AAATGGGGGATGCAGGGAAACGAGAATAATAGCTATTTTTTTAGTCACAGCTCTAAAAGC
CTATACTCCCTAAAACAATACGAGCCTCTTTTTTTGGGGGGTTGAAACGCAAATTTACGC
AGTGAGAGACACGAGAGGAGCATCCACAGGTTTTGTAGCTCCGTTTGCATCTATTCCGCC
ACCAGCACCACGTCTTACACGTCTCGGAAACCCACCACCGTCACCATTTGCTCTGTTTGC
ATATCCTCCTCTATTGTTTCCCCTGTTGTTACCATACCCGTTGAATTCGTTCCGGCCTCT
TCCACCTCCAAAGCTCCCACGACCCCTTCCACCTTCGTTTCTGTAGCCTGCGCCTACACC
AAA*CGTTGAGCGTCCTCTATTATTCCCTCATGCCGTCGATCGTTTTTCCTCGATAACTA
CGTTCTGCCCACCGAGTATGATAGGTGATGCCTCGATTGCGCTTTGCATGGAACTCGCGG
ATTCAAACTCAACAAAGCCAAAA*CAGAATCCCTTCTGGCTTCTTACTTGAATTCCGTTG
GTCCTAATAACTCCAAACTTCTGGAACTCATTCTCGAGCAAAGCTGGTGTTGCATCAAGG
GGCAAGCCCTTTAGATAGATGGATGGACCTGGAGCTCTTTCATTGTCTTGATCGTTCCCA
TTTACAGCTACATTTGCTCTTGAATCTGATTTCTCAGACAACGGTGTTGGTAGAGGGACA
TGAGTGGCTTGATCTTCTTGTCTCTTTGGTTCCACTACCTTAGTTGGAGTTCTCGAAGCA
GACATCGGTGCAGCATTCTCTTTCATAACCATCACAATGGATGCATAAGATCTCTTTGGA
ACTTCGCCGGTCCTAGAATCAGACTCTCCAACCTTCTGAACATCAATTGGAGCTTCATGA
ACTATTCCAGGCGCAGGAGCGTCTTCTGTCACTGATATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1G833JQ U 1
AF RR1G833TF C 1
AF RR1AN41JQ U 26
AF RR1B865JQ U 76
AF RR1BV15JQ U 26
AF RR1C060JQ U 91
AF RR1AN41TF C 216
AF RR1BV15TF C 458
BS 1 503 RR1G833JQ
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RD RR1G833JQ 503 0 0
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TCCACCTCCAAAGCTCCCACGACCCCTTCCACCTTCGTTTCTGTAGCCTGCGCCTACACC
AAA*CGTTGAGCGTCCTCTATTA

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR1G833TF 535 0 0
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AGACGAACAAGAGCTGCCGAAACTTTATCTGCCTCATAGAATTTGTAACTCCAATTACCA
AAATGGGGGATGCAGGGAAACGAGAATAATAGCTATTTTTTTAGTCACAGCTCTAAAAGC
CTATACTCCCTAAAACAATACGAGCCTCTTTTTTTGGGGGGTTGAAACGCAAATTTACGC
AGTGAGAGACACGAGAGGAGCATCCACAGGTTTTGTAGCTCCGTTTGCATCTATTCCGCC
ACCAGCACCACGTCTTACACGTCTCGGAAACCCACCACCGTCACCATTTGCTCTGTTTGC
ATATCCTCCTCTATTGTTTCCCCTGTTGTTACCATACCCGTTGAATTCGTTCCGGCCTCT
TCCACCTCCAAAGCTCCCACGACCCCTTCCACCTTCGTTTCTGTAGCCTGCGCCTACACC
AAA*CGTTGAGCGTCCTCTATTATTCCCTCTTGCCGTCGATCGTTTTTCCTCGA
C

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1AN41JQ 791 0 0
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CTCTTTTTTTGGGGGGTTGAAACGCAAATTTACGCAGTGAGAGACACGAGAGGAGCATCC
ACAGGTTTTGTAGCTCCGTTTGCATCTATTCCGCCACCAGCACCACGTCTTACACGTCTC
GGAAACCCACCACCGTCACCATTTGCTCTGTTTGCATATCCTCTTCTATTGTTTCCCCTG
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CTTCCACCTTCGTTTCTGTAGCCTGCGCCTACACCAAA*CGTTGAGCGTCCTCTATTATT
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GACCTGGAGCTCTTTCATTGTCTTGATCGTTCCCATTTACAGCTACATTTGCTCTTGAAT
CTGATTTCTCA

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1B865JQ 721 0 0
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AGGAGCATCCACAGGTTTTGTAGCTCCGTTTGCATCTATTCCGCCACCAGCACCACGTCT
TACACGTCTCGGAAACCCACCACCGTCACCATTTGCTCTGTTTGCATATCCTCCTCTATT
GTTTCCCCTGTTGTTACCATACCCGTTGAATTCGTTCCGGCCTCTTCCACCTCCAAAGCT
CCCACGACCCCTTCCACCTTCGTTTCTGTAGCCTGCGCCTACACCAAA*CGTTGAGCGTC
CTCTATTATTCCCTCTTGCCGTCGATCGTTTTTCCTCGATAACTACGTTCTGCCCACCGA
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AACTTCTGGAACTCATTCTCGAGCAAAGCTGGTGTTGCATCAAGGGGCAAGCCCTTTAGA
TAGATGGATGGACCTGGAGCTCTTTCATTGTCTTGATCGTTCCCATTTACAGCTACATTT
G

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1BV15JQ 795 0 0
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TATCTGCCTCATAGAATTTGTAACTCCAATTACCAAAATGGGGGATGCAGGGAAACGAGA
ATAATAGCTATTTTTTTAGTCACAGCTCTAAAAGCCTATACTCCCTAAAACAATACGAGC
CTCTTTTTTTGGGGGGTTGAAACGCAAATTTACGCAGTGAGAGACACGAGAGGAGCATCC
ACAGGTTTTGTAGCTCCGTTTGCATCTATTCCGCCACCAGCACCACGTCTTACACGTCTC
GGAAACCCACCACCGTCACCATTTGCTCTGTTTGCATATCCTCTTCTATTGTTTCCCCTG
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CTTCCACCTTCGTTTCTGTAGCCTGCGCCTACACCAAA*CGTTGAGCGTCCTCTATTATT
CCCTCATGCCGTCGATCGTTTTTCCTCGATAACTACGTTCTGCCCACCGAGTATGATAGG
TGATGCCTCGATTGCGCTTTGCATGGAACTCGCGGATTCAAACTCAACAAAGCCAAAA*C
AGAATCCCTTCTGGCTTCTTACTTGAATTCCGTTGGTCCTAATAACTCCAAACTTCTGGA
ACTCATTCTCGAGCAAAGCTGGTGTTGCATCAAGGGGCAAGCCCTTTAGATAGATGGATG
GACCTGGAGCTCTTTCATTGTCTTGATCGTTCC*ATTTACAGCTACATTTGCTCTTGAAT
CTGATTTCTCAGACA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1C060JQ 757 0 0
A
CCTCATAGAATTTGTAACTCCAATTACCAAAATGGGGGATGCTGGGAAACGAGAATAATA
GCTATTTTTTTAGTCACAGCTCTAAAAGCCTATACTCCCTAAAACAATACGAGCCTCTTT
TTTTGGGGGGTTGAAACGCAAATTTACGCAGTGAGAGACACGAGAGGAGCATCCACAGGT
TTTGTAGCTCCGT**GCATCTATTCCGCCACCAGCACCACGTCTTACACGTCTCGGAAAC
CCACCACCGTCACCATTTGCTCTGTTTGCATATCCTCCTCTATTGTTTCCCCTGTTGTTA
CCATACCCGTTGAATTCGTTCCGGCCTCTTCCACCTCCAAAGCTCCCACGACCCCTTCCA
CCTTCGTTTCTGTAGCCTGCACCTACACCAAA*CGTTGAGCGTCCTCTATTATTCCCTCT
TGCCGTCGACCGTTTTTCCTCGATAACTACGTTCTGCCCACCGAGTATGATAGGTGATGC
CTCGATTGCGCTTTGCATGGAACTCGCGGATTCAAACTCAACAAAGCCAAAA*CAGAATC
CCTTCTGGCTTCTTACTTGAATTCCGTTGGTCCTAATAACTCCAAACTTCTGGAACTCAT
TCTCGAGCAAAGCTGGTGTTGCATCAAGGGGCAAGCCCTTTAGATAGATGGATGGACCTG
GAGCTCTTTCATTGTCTTGATCGTTCCCATTTACAGCTACATTTGCTCTTGAATCTGATT
TCTCAGACAACGGTGTTGGTAGAGGGACATGAGTGG

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR1AN41TF 845 0 0
T
GGGGGGTGAAACGCAAATTTACGCAGTGAGAGACACGAGAGGAGCATCCACAGGTTT*GT
AGCTCCGTTTGCATCTATTCCGCCACCAGCACCACGTCTTACACGTCTCGGAAACCCACC
ACCGTCACCATTTGCTCTGTTTGCATATCCTCTTCTATTGTTTCCCCTGTTGTTACCATA
CCCGTTGAATTCGTTCCGGCCTCTTCCACCTCCAAAGCTCCTACGACCCCTTCCACCTTC
GTTTCTGTAGCCTGCGCCTACACCAAA*CGTTGAGCGTCCTCTATTATTCCCTCATGCCG
TCGATCGTTTTTCCTCGATAACTACGTTCTGCCCACCGAGTATGATAGGTGATGCCTCGA
TTGCGCTTTGCATGGAACTCGCGGATTCAAACTCAACAAAGCCAAAA*CAGAATCCCTTC
TGGCTTCTTACTTGAATTCCGTTGGTCCTAATAACTCCAAACTTCTGGAACTCATTCTCG
AGCAAAGCTGGTGTTGCATCAAGGGGCAAGCCCTTTAGATAGATGGATGGACCTGGAGCT
CTTTCATTGTCTTGATCGTTCCCATTTACAGCTACATTTGCTCTTGAATCTGATTTCTCA
GACAACGGTGTTGGTAGAGGGACATGAGTGGCTTGATCTTCTTGTCTCTTTGGTTCCACT
ACCTTAGTTGGAGTTCTCGAAGCAGACATCGGTGCAGCATTCTCTTTCATAACCATCACA
ATGGATGCATAAGATCTCTTTGGAACTTCGCCGGTCCTAGAATCAGACTCTCCAACCTTC
TGAACATCAATTGGAGCTTCATGAACTATTCCAGGCGCAGGAGCGTCTTCTGTCACTGAT
ATCC

QA 2 845 2 845
DS 

RD RR1BV15TF 603 0 0
TTTCTGTAGCCTGCGCCTACACCAAAACGTTGAGCGTCCTCTATTATTCCCTCATGCCGT
CGATCGTTTTTCCTCGATAACTACGTTCTGCCCACCGAGTATGATAGGTGATGCCTCGAT
TGCGCTTTGCATGGAACTCGCGGATTCAAACTCAACAAAGCCAAAAACAGAATCCCTTCT
GGCTTCTTACTTGAATTCCGTTGGTCCTAATAACTCCAAACTTCTGGAACTCATTCTCGA
GCAAAGCTGGTGTTGCATCAAGGGGCAAGCCCTTTAGATAGATGGATGGACCTGGAGCTC
TTTCATTGTCTTGATCGTTCCCATTTACAGCTACATTTGCTCTTGAATCTGATTTCTCAG
ACAACGGTGTTGGTAGAGGGACATGAGTGGCTTGATCTTCTTGTCTCTTTGGTTCCACTA
CCTTAGTTGGAGTTCTCGAAGCAGACATCGGTGCAGCATTCTCTTTCATAACCATCACAA
TGGATGCATAAGATCTCTTTGGAACTTCGCCGGTCCTAGAATCAGACTCTCCAACCTTCT
GAACATCAATTGGAGCTTCATGAACTATTCCAGGCGCAGGAGCGTCTTCTGTCACTGATA
TC
C

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 11

CO CL301Contig1 743 11 11 U
GGGATCTGCCTCTCTCTCAGTTTACCAGAACCCTAGTTTCGAAGCTTTACTCCCCAGAAA
TGGCTTTCCGCAAAAGTCTCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTCAGACCGGTA
ATGTTCCAGTTCAGTCCATGCTCGGTTCTCTCCGGTACATGTCTACCAAGCTCTTCGTCG
GTGGTCTCTCGTGGGGTACTGACGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTG
AAGTGATCGATTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGTCAAGGGGTTTTGGAT
TTGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGG
AACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGAACAAGTGCTCCAAGGG
CTTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCT
ACGGTGGAGGTGGTGATGGTGG*TGGTTACTAAACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAGAAGA
ATTGATCTCTCTGTTTGTTTTGG**ACTTCCGTTTGTTGTTTTAAAAATTAAATCGAGTC
TGGTGTTTGTACCAAAACCTAATTAGGATTTGTTTAAACTCTTAGTCACTACTCTTATCT
AAGAGACGCCTTTTCACTCCGTTTGTGTTTGCTTCAAATATTATTGCCCGTTAATAAAAA
CCCCTGAGGAAAGCTGAATTGAG


BQ
10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 55 55 55 55 55 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 30 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 5 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F778TF U 2
AF RR1GZ29TFB U 2
AF RR1GT16TF U 1
AF RR1FB34TF U 2
AF RR1CA67TF U 2
AF RR1F778JQ C 2
AF RR1FB34JQ C 2
AF RR1EW90TF U 57
AF RR1GZ29JQ C 154
AF RR1EW90JQ C 22
AF RR1GT16JQ C 49
BS 1 136 RR1GT16TF
BS 137 137 RR1CA67TF
BS 138 588 RR1GT16TF
BS 589 616 RR1CA67TF
BS 617 617 RR1EW90TF
BS 618 697 RR1CA67TF
BS 698 698 RR1F778JQ
BS 699 711 RR1CA67TF
BS 712 714 RR1EW90TF
BS 715 729 RR1EW90JQ
BS 730 743 RR1GT16JQ

RD RR1F778TF 262 0 0
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GGCTT*CTGCAAAAGTCTCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTCAGACCGGTAA
TGTTCCCGTTCAGTCCATGCTCGGTTCTCTCCGCTACATGTCTACCAAGCTTTTTGTCGG
TGGTCTCTCATGGGGTACTGACGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGA
AGTG*TCGATTCTAAGG
CATCG

QA 1 257 1 257
DS 

RD RR1GZ29TFB 498 0 0
GGATCTGCCTCTCTCTCAGTTTACCAGAACCCTAGTTTCGAAGCTTTACTCCCCAGAAAT
GGCTTTCCGCAAAAGTCTCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTCAGACCGGTAA
TGTTCCAGTTCAGTCTATGCTCGGTTCTCTCTGGTACATGTCTACCAAGCTCTTCGTCGG
TGGTCTCTCGTGGGGTACTGACGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGA
AGTGATCGATTCTAAGGTCGTCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGTCAAGGGGTTTTGGATT
TGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGGA
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TTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGTGGTTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTA
CGGTGGAGGTGGTGATGG

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1GT16TF 588 0 0
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TTGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGG
AACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGAACAAGTGCTCCAAGGG
CTTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCT
ACGGTGGAGGTGGTGATGGTGG*TGGTTACTAAACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAGAAGA
ATTGATCTCTCTGTTTGTTTTGG**ACTTCCGTTTGTTGTTTTAAAAA

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DS 

RD RR1FB34TF 621 0 0
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TGGTCTCTCATGGGGTACTGACGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGA
AGTGATCGATTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGTCAAGGGGTTTTGGATT
TGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCCAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGGA
ACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCAAGGGC
TTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTA
CGGTGGAGGTGGTGATGGTGG*TGGTTACTAAACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAGAAGAA
TTGATCTCTCTGTTTGTTTTGGGGACTTCCGTTTGTTGTTTTAAAAATTAAATCGAGTCT
GGTGTTTGTACCAAA*CCTAA

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DS 

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TGGTCTCTCATGGGGTACTGACGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGA
AGTGATCGATTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGTCAAGGGGTTTTGGATT
TGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGGA
ACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCAAGGGC
TTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTA
CGGTGGAGGTGGTGATGGGGGGTGGTTACTAAACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAGAAGAA
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GGTGTTTGTACCAAA*CCTAATTAGGATTTGTTTAAACTCTTAGTCACTACTCTTATCTA
AGAGACGCCTTTTCACTCCGTTTGTGTTTGCTTCAA*TATTATTGCCCGT

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DS 

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TGGTCTCTCATGGGGTACTGACGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGA
AGTGATCGATTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGTCAAGGGGTTTTGGATT
TGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGGA
ACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCAAGGGC
TTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTA
CGGTGGAGGTGGTGATGGTGG*TGGTTACTAAACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAGAAGAA
TTGATCTCTCTGTTTGTTTTGGGGACTTCCGTTTGTTGTTTTAAAAATTAAATCGAGTCT
GGTGTTTGTACCAAA*CCTAATTAGGATTTGTTTAAACTCTTAGTCACTACTTTTATCTA
AGAGACGCCTTTTCACTCCGTTTGTGTTTGCTTCAAATATTATTGCCCGTTAA
TAAAAAC

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DS 

RD RR1FB34JQ 678 0 0
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GGCTTTCTGCAAAAGTCTCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTCAGACCGGTAA
TGTTCCCGTTCAGTCCATGCTCGGTTCTCTCCGCTACATGTCTACCAAGCTTTTTGTCGG
TGGTCTCTCATGGGGTACTGACGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGA
AGTGATCGATTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGTCAAGGGGTTTTGGATT
TGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCCAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGGA
ACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCAAGGGC
TTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTA
CGGTGGAGGTGGTGATGGTGG*TGGTTACTAAACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAGAAGAA
TTGATCTCTCTGTTTGTTTTGGGGACTTCCGTTTGTTGTTTTAAAAATTAAATCGAGTCT
GGTGTTTGTACCAAA*CCTAATTAGGATTTGTTTAAACTCTTAGTCACTACTCTTATCTA
AGAGACGCCTTTTCACTC

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DS 

RD RR1EW90TF 658 0 0
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GTCGGTGGTCTCTCGTGGGGTACTGACGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTT
GGTGAAGTGATCGATTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGTCAAGGGGTTTT
GGATTTGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGA
AAGGAACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGAACAAGTGCTCCA
AGGGCTTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGT
GGCTACGGTGGAGGTGGTGATGGTGG*TGGTTACTAAACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAG
AAGAATTGATCTCTCTGTTTGTTTTGG**ACTTCCGTTTGTTGTTTTAAAAATTAAATCG
AGTCTGGTGTTTGTACCAAAACCTAATTAGGATTTGTTTAAACTCTTAGTCACTACTCTT
ATCTAAGAGACGCCTTTTCACTCCGTTTGTGTTTGCTTCAA*TATTATTGCCCGTTAA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1GZ29JQ 527 0 0
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CTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGGAACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTG
CCAACGATAGAACAAGTGCTCCAAGGGCTTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTG
GTGGTTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGATGGTGG*TGGTTACTAA
ACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAGAAGAATTGATCTCTCTGTTTGTTTTGG**ACTTCCGT
TTGTTGTTTTAAAAATTAAATCGAGTCTGGTGTTTGTACCAAAACCTAATTAGGATTTGT
TTAAACTCTTAGTCACTACTCTTATCTAAGAGACGCCTTTTCACTCC

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1EW90JQ 708 0 0
GG
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GGTTCTCTCCGGTACATGTCTACCAAGCTCTTCGTCGGTGGTCTCTCGTGGGGTACTGAC
GACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGAAGTGATCGATTCTAAGGTCATC
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GCTGCTAATGCTGCCATTTTTGAGATGGACGGAAAGGAACTGAATGGACGCAACATCCGA
GTGAATGTTGCCAACGATAGAACAAGTGCTCCAAGGGCTTATGGAGGTGGTGGTGGCTAC
GGTGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGATGGTGG*
TGGTTACTAAACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAGAAGAATTGATCTCTCTGTTTGTTTTGG
**ACTTCCGTTTGTTGTTTTAAAAATTAAATCGAGTCTGGTGTTTGTACCAAAACCTAAT
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TGTGTTTGCTTCAAATATTATTGCCCGTTAATAAAAACCCCTGAGG

QA 3 708 3 708
DS 

RD RR1GT16JQ 695 0 0
CTC
CCCCAGAAATGGCTTTCCGCAAAAGTCTCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTC
AGACCGGTAATGTTCCAGTTCAGTCTATGCTCGGTTCTCTCCGGTACATGTCTACCAAGC
TCTTCGTCGGTGGTCTCTCGTGGGGTACTGACGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCA
ACTTTGGTGAAGTGATCGATTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGTCAAGGG
GTTTTGGATTTGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGG
ACGGAAAGGAACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGAACAAGTG
CTCCAAGGGCTTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTG
GTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGATGGTGG*TGGTTACTAAACAGAGGAGCTTCTTGTG
AAAAGAAGAATTGATCTCTCTGTTTGTTTTGG**ACTTCCGTTTGTTGTTTTAAAAATTA
AATCGAGTCTGGTGTTTGTACCAAAACCTAATTAGGATTTGTTTAAACTCTTAGTCACTA
CTCTTATCTAAGAGACGCCTTTTCACTCCGTTTGTTTTTGCTTCAAATATTATTGCCCGT
TAATAAAAACCCCTGAGGAAAGCTGAATTGAG

QA 4 695 4 695
DS 



AS 2 8

CO CL302Contig1 804 4 7 U
ACCATAGAAAAAAATGTTTGTTATTATTAATTTTTCTCTTAGTTCAGCTCCATCAATTTT
CCGGGAAAACACAAGAAAATATAAACAAATCAGCTCAACTGAACATGATGAACTACTACC
ACTGTCCAAAGCAGCGAATCCGATCAACCAAGATAATGGGCAACATAGTCATTTGGTCAA
AA*CACTGACCATGTTCAGGAGGA***TAGAAGTGGATGGAACTTACTTATTTTACTTCT
TAGAGCTAGGCTCCAAGTTCATCTCTTGGAGGTTAAGCAACAGATCATTGGAGCTTAGGT
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TCAGAGTTATGAATGCCTGATTGTTTGCAATAGCTTGTCCGATAAGCTGAGCACTTTTAG
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ACTTAGCACGTTCAGCGTCCTGAGCAGCGACTTGTTTTGCCTCGATTGCAGCGGTGAACT
CTTTGCCAAATGTGAGAGTCGTGATGGAGACATCATCAAGAGCGATGTCGAAGTTCGAAG
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GGCTTGCATTGTACTGAGCCACCACAGCTTTTAGGGTTTCATGGATGATGGAAGGAAGAA
CCCTTTCACTGTAATTCTCGCCTAGGGTTCGGTAAATATGAGGAAAACGGTCACCCATGG
GACGAGTGAGAACCCTAAGTCCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1A909JQ U 6
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AA*CACTGACCATGTTCAGGAGGA***TAGAAGTGGATGGAACTTACTTATTTTACTTCT
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AGACCTTGTTAGCTGATTGTGCAATGGTCTGAGCAATCTCTCTCGCAGCTTCAATCTTTC
TCAGAGTTATGAATGCCTGATTGTTTGCAATAGCTTGTCCGATAAGCTGAGCACTTTTAG
CTTCTCCCTCCG****GATGACTGCACTTCTCTTGTCTTGCTCGGCTTTCTCCACAATGA
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GGCTTGCATTGTACTGAGCCACCACAGCTTTTAGGGT

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DS 

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GACCATGTTTAGGAGGAGGATAGAAGTGGATGGAACTTACTTATTTTACTTCTTAGAGCT
AGGATCCAAGTTCATCTCTTGGAGGTTAAGCAACAGATCATTGGAGCTTAGGTAGACCTT
GTTAGCTGATTGTGCAATGGTCTGAGCAATCTCTCTCGCAGCTTCAATCTTTCTCAGAGT
TATGAATGCCTGATTGTTTGCAATAGCTTGTCCGATAAGCTGAGCACTTTTAGCTTCTCC
CTCCGCACGGATAACCGCACTTCTCTTGTCTTGCTCAGCTTTCTCCACAATGAACTTAGC
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ATTGTACTGAGCCACCACAGCTTTTAGGGTTTCATGGA

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DS 

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G
AAAAAAATGTTTGTTATTATTAATTTTTCTCTTAGTTCAGCTCCATCAATTTTCCGGGAA
AACACAAGAAAATATAAACAAATCAGCTCAACTGAACATGATGAACTACTACCACTGTCC
AAAGCAGCGAATCCGATCAACCAAGATAATGGGCAACATAGTCATTTGGTCAAAA*CACT
GACCATGTTCAGGAGGA***TAGAAGTGGATGGAACTTACTTATTTTACTTCTTAGAGCT
AGGCTCCAAGTTCATCTCTTGGAGGTTAAGCAACAGATCATTGGAGCTTAGGTAGACCTT
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TATGAATGCCTGATTGTTTGCAATAGCTTGTCCGATAAGCTGAGCACTTTTAGCTTCTCC
CTCCGCACGGATGACTGCACTTCTCTTGTCTTGCTCGGCTTTCTCCACAATGAACTTAGC
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ATTGTACT

QA 2 669 2 669
DS 

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GG
AAAAAAATGTTTGTTATTATTAATTTTTCTCTTAGTTCAGCTCCATCAATTTTCCGGGAA
AACACAAGAAAATATAAACAAATCAGCTCAACTGAACATGATGAACTACTACCACTGTCC
AAAGCAGCGAATCCGATCAACCAAGATAATGGGCAACATAGTCATTTGGTCAAAA*CACT
GACCATGTTCAGGAGGA***TAGAAGTGGATGGAACTTACTTATTTTACTTCTTAGAGCT
AGGCTCCAAGTTCATCTCTTGGAGGTTAAGCAACAGATCATTGGAGCTTAGGTAGACCTT
GTTAGCTGATTGTGCAATGGTCTGAGCAATCTCTCTCGCAGCTTCAATCTTTCTCAGAGT
TATGAATGCCTGATTGTTTGCAATAGCTTGTCCGATAAGCTGAGCACTTTTAGCTTCTCC
CTCCGCACGGATGACTGCACTTCTCTTGTCTTGCTCGGCTTTCTCCACAATGAACTTAGC
ACGTTCAGCGTCCTGAGCAGCGACTTGTTTTGCCTCGATTGCAGCGGTGAACTCTTTGCC
AAATGTGAGAGTCGTGATGGAGACATCATCAAGAGCGATGTCGAAGTTCGAAGCTCTCTC
AGTCAGGATCTTGCGTATCTCTCTGCTCACAGCTTCTCTCTGGGTGATCAGCTGGCTTGC
ATTGTACTGAGCCACCACAGCTTTT*GGGTTTCATGGATGATGGAAGGAAGAACCCTTTC
ACTGTAATTCTCGCCTAGGGTTCGGTAAATATGAGGAAAACGGTCACCCATGGGACGAGT
GAGAACCCTAAGTCCAA

QA 3 799 3 799
DS 



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TAAACCCTGACATCGCCGGTGACCTAGAGCTGAGCTAAAGGTCTTAAGAAATGAGTTTCA
ACAAAGTGCCCAACGTCCCTGGATCTCCAGCTCTCTCTGCACTTCTTAAGGTCAGCGTTA
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ATTTTATGTTGCCATGGTTTGAGAGGCCAATAATCTATGACGTCCGTGCACGACCCTATC
TTGTGGAGAGCACCACTGGTAGTCATGACCTTCAGATGGTGAAAGTTGGACTTAGGGTTC
TCACTCGTCCCATGGGTGACCGTTTGCCTCATATTTACCGAACCCTAGGCGAGAATTACA
GTGAAAGGGTTCTTCCTTCCATCATCCATGAAACCCTAAAAGCTGTGGTGGCTCAGTACA
ATGCAAGCCAGCTGATCACCCAGAGAGAAGCTGTGAGCAGAGAGATACGCAAGATCCTGA
CTGAGAGAGCTTCGAACTTCGACATCGCTCTTGATGATGTCTCCATCACGACTCTCACAT
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GAGAAGCTAAAGTGCTCACTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR95TF U 1
AF RR1A909TF U 7
AF RR1F311TF U 9
AF RR1CE15TF U 86
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TCACTCGTCCCATGGGTGACCGTTTGCCTCATATTTACCGAACCCTAGGCGAGAATTACA
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CTGAGAGAGCTT

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DS 

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GGGC
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GCCATGGTTTGAGAGGCCAATAATCTATGACGTCCGTGCACGACCCTATCTTGTGGAGAG
CACCACTGGTAGTCATGACCTTCAGATGGTGAAAGTTGGACTTAGGGTTCTCACTCGTCC
CATGGGTGACCGTTTTCCTCATATTTACCGAACCCTAGGCGAGAATTACAGTGAAAGGGT
TCTTCCTTCCATCATCCATGAAACCC*AAAAGCTGTGGTGGCTCAGTACAATGCAAGCCA
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DS 

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GG
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CATCGCCGGTGACCTAGAGCTGAGCTAAAGGTCTTAAGAAATGAGTTTCAACAAAGTGCC
CAACGTCCCTGGATCTCCAGCTCTCTCTGCACTTCTTAAGGTCAGCGTTATTGGTGGGCT
CGGTGTCTATGCTTTGACTAATAGCCTGTACAATGTTGAGGGTGGACATCGTGCTGTCAT
GTTCAACCGATTGACTGGTATCAAGGAAAAGGTTTACCCGGAAGGAACGCATTTTATGTT
GCCATGGTTTGAGAGGCCAATAATCTATGACGTCCGTGCACGACCCTATCTTGTGGAGAG
CACCACTGGTAGTCATGACCTTCAGATGGTGAAAGTTGGACTTAGGGTTCTCACTCGTCC
CATGGGTGACCGTTTGCCTCATATTTACCGAACCCTAGGCGAGAATTACAGTGAAAGGGT
TCTTCCTTCCATCATCCATGAAACCCTAAAAGCTGTGGTGGCTCAGTACAATGCAAGCCA
GCTGATCACCCAGAGAGAAGCTGTGAGCAGAGAGATACGCAAGATCCTGACTGAGAGAGC
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ATTGTGGAGAAAGCCG

QA 3 738 3 738
DS 

RD RR1CE15TF 718 0 0
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TGCGCTTCTTAAGGTCAGCGTTATTGGTGGGCTCGGTGTCTATGCTTTGACTAATAGCCT
GTACAATGTTGAGGGGGGACATCGTGCTGTCATGTTCAACCGATTGACTGGTATCAAGGA
AAAGGTTTACCCGGAAGGAACACATTTCATGTTGCCATGGTTTGAGAGGCCAATAATCTA
TGACGTCCGTGCACGACCCTATCTTGTGGAGAGCACCACTGGTAGTCATGACCTTCAGAT
GGTGAAAGTTGGACTTAGGGTTCTCACTCGTCCCATGGGTGACCGTTTGCCTCATATTTA
CCGAACCCTAGGCGAGAATTACAGTGAAAGGGTTCTTCCTTCCATCATCCATGAAACCCT
AAAAGCTGTGGTGGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTGATCACCCAGAGAGAAGCTGTGAG
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GAAGTGCGGTTATCCGTGCGGAGGAGAAGCTAAAGTGCTCACTTAT

QA 13 718 13 718
DS 



AS 1 10

CO CL303Contig1 1005 10 6 U
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GTAATATATTCTAAGAAAAAAAAA*TCTCTAACACAAGAGAAGAAAGAAGAGGTAGTAGC
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AAATGGAGGGGGTTTATTTCTTAGCATAGGTGATGTGCATAGGGGTTTGGTGAATGGTGA
AACCTTCAAGACCGTGCATAGCAGCGGTAGACTGCATCTCGTCAGCAAACTCAACGAAAG
CAATACCAGGCTTGGCTGCAACCATCCTAACCTCCTTGAAGCCATGGTAATTGCCGAAGA
GTTCCTGAAGCCTCTCAGGAGTTGTGTCGTGAGGAAGGTGTTGGACAAAGAGGATGTTGT
TTGGGGGTGCGGGTGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCA**CCACCACCACCACC
ACCAGGGTATGGTACTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGG
GATGGGCATACGTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTTTTCTTACCACCTTTCTCCTC
GTGTCGCTTTCGTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGA
TTTCGTTTTAGCAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTT
GGAAATAGCATTGGAAGCAGATTCAGGATTGTCGAACACAACCCAAGCTTGCCCTTTGTG
CTTCAATGTCTTAAACGCCAACACCTCCACTATCTTCCCGTACTGCGAGAACACCGCATT
TAGCGACTTCTTCAGCTCATCGAGCTTGACTTTTTCGTTGAGATTATTGATGTAAATCGT
CTGGTTTGGAGAAGACACCTCCGATCCAGCTTTATTTGCTGCTGCCGCTGCCGCCTCCTC
CTGCTCCTGCATCATCATCATCTCCATTCTTCTCTAACCCTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC33JQ U 8
AF RR1F364JQ U 1
AF RR1DM16JQ U 8
AF RR1BC64JQ U 12
AF RR1BS17JQ U 28
AF RR1BS17TF C 486
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AF RR1F364TF C 485
AF RR1DC33TF C 383
AF RR1DM16TF C 485
BS 1 284 RR1F364JQ
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BS 698 828 RR1BC64JQ
BS 829 1005 RR1BC64TF

RD RR1DC33JQ 620 0 0
CGGT
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TAAGAAAAAAAAA*TCTCTAACACAAGAGAAGAAAGAAGAGGTAGTAGCATTGACAGATA
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GTTTATTTCTTAGCATAGGTGATGTGCATAGGGGTTTGGTGAATGGTGAAACCTTCAAGA
CCGTGCATAGCAGCGGTAGACTGCATCTCGTCAGCAAACTCAACGAAAGCAATACCAGGC
TTGGCTGCAACCATCCTAACCTCCTTGAAGCCATGGTAATTGCCGAAGAGTTCCTGAAGC
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GGTGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCA**CCACCACCACCACCACCAGGGTATG
GTACTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGGGATGGGCATAC
GTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTCTTCTTACCACCTTTCTCCTCGTGTCGCTTTC
GTTTCTCGCGAGGAAC

QA 5 620 5 620
DS 

RD RR1F364JQ 696 0 0
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GTAATATATTCTAAGAAAAAAAAA*TCTCTAACACAAGAGAAGAAAGAAGAGGTAGTAGC
ATTGACAGATACAAAGACAGATGCAGGGAGATAATAATAGTAGCACCACACCAAAATCCA
AAATGGAGGGGGTTTATTTCTTAGCATAGGTGATGTGCATAGGGGTTTGGTGAATGGTGA
AACCTTCAAGACCGTGCATAGCAGCGGTAGACTGCATCTCGTCAACAAACTCAACGAAAG
CAATACCAGGCTTGGCTGCAACCATCCTAACCTCCTTGAAGCCATGGTAATTGCCGAAGA
GTTCCTGAAGCCTCTCAGGAGTTGTGTCGTGAGGAAGGTGTTGGACAAAGAGGATGTTGT
TTGGGGGTGCGGGTGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCA**CCACCACCACCACC
ACCAGGGTATGGTACTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGG
GATGGGCATACGTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTTTTCTTACCACCTTTCTCCTC
GTGTCGCTTTCGTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGA
TTTCGTTTTAGCAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1DM16JQ 690 0 0
CGGT
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TAAGAAAAAAAAA*TCTCTAACACAAGAGAAGAAAGAAGAGGTAGTAGCATTGACAGATA
CAAAGACAGATGCAGGGAGATAATAATAGTAGCACCACACCAAAATCCAAAATGGAGGGG
GTTTATTTCTTAGCATAGGTGATGTGCATAGGGGTTTGGTGAATGGTGAAACCTTCAAGA
CCGTGCATAGCAGCGGTAGACTGCATCTCGTCAGCAAACTCAACGAAAGCAATACCAGGC
TTGGCTGCAACCATCCTAACCTCCTTGAAGCCATGGTAATTGCCGAAAAGTTCCTGAAGC
CTCTCAGGAGTTGTGTCGTGAGGAAGGTGTTGGACAAAGAGGATGTTGTTTGGGGGTGCG
GGTGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCA**CCACCACCACCACCACCAGGGTATG
GTACTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGGGATGGGCATAC
GTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTCTTCTTACCACCTTTCTCCTCGTGTCGCTTTC
GTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTCGTTTTAG
CAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTCG

QA 5 690 5 690
DS 

RD RR1BC64JQ 817 0 0
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TAAGAAAAAAAAAATCTCTAACACAAGAGAAGAAAGAAGAGGTAGTAGCATTGACAGATA
CAAAGACAGATGCAGGGAGATAATAATAGTAGCACCACACCAAAATCCAAAATGGAGGGG
GTTTATTTCTTAGCATAGGTGATGTGCATAGGGGTTTGGTGAATGGTGAAACCTTCAAGA
CCGTGCATAGCAGCGGTAGACTGCATCTCGTCAGCAAACTCAACGAAAGCAATACCAGGC
TTGGCTGCAACCATCCTAACCTCCTTGAAGCCATGGTAATTGCCGAAGAGTTCCTGAAGC
CTCTCAGGAGTTGTGTCGTGAGGAAGGTGTTGGACAAAGAGGATGTTGTTTGGGGGTGCG
GGCGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCA**CCACCACCACCACCACCAGGGTATG
GTACTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGGGATGGGCATAC
GTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTTTTCTTACCACCTTTCTCCTCGTGTCGCTTTC
GTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTCGGTTTAG
CAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTTGGAAATAGCAT
TGGAAGCAGATTCAGGATTGTCGAACACAACCCAAGCTTGCCCTTTGTGCTTCAATGTCT
TAAACGCCAACACCTCCACTATCTTCCCGTACTGCGA

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DS 

RD RR1BS17JQ 787 0 0
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TCTAACACAAGAGAAGAAAGAAGAGGTAGTAGCATTGACAGATACAAAGACAGATGCAGG
GAGATAATAATAGTAGCACCACACCAAAATCCAAAATGGAGGGGGTTTATTTCTTAGCAT
AGGTGATGTGCATAGGGGTTTGGTGAATGGTGAAACCTTCAAGACCGTGCATAGCAGCGG
TAGACTGCATCTCGTCAGCAAACTCAACGAAAGCAATACCAGGCTTGGCTGCAACCATCC
TAACCTCCTTGAAGCCATGGTAATTGCCGAAAAGTTCCTGAAGCCTCTCAGGAGTTGTGT
CGTGAGGAAGGTGCTGGACAAAGAGGATGTTGTTTGGGGGTGCGGGTGCCTCGGGAAGAT
TGCTTTTGACACCACCA**CCGCCACCACCACCACCAGGGTATGGTACTCGCGAAAGAGG
AGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGGGATGGGCATACGTGTATTATCATGGTG
CTGCTCTTTCCTTTTCTTACCACCTTTCTCCTCGTGTCGCTTTCGTTTCTCGCGAGGAAC
AAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTCGTTTTAGCAAATTGTATTCTCAT
GGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTTGGAAATAGCATTGGAAGCAGATTCAGG
ATTGTCGAACACAACCCAAGCTTGCCCTTTGTGCTTCAATGTCTTAAACGCCAACACCTC
CACTATC

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DS 

RD RR1BS17TF 344 0 0
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GCATACGTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCCTTTTCTTACCACCTTTCTCCTCGTGTC
GCTTTCGTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTCG
TTTTAGCAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTTGGAAA
TAGCATTGGAAGCAGATTCAGGATTGTCGAACACAACCCAAGCTTGCCCTTTGTGCTTCA
ATGTCTTAAACGCCAACACCTCCACTATCTTCCCGTACTGCGAG

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DS 

RD RR1BC64TF 780 0 0
G
TTGGTGAATGGTGAA*CCTTCAAGACCGTGCATAGCAGCGGTAGACTGCATCTCGTCAGC
AAACTCAACGAAAGCAATACCAGGCTTGGCTGCAACCATCCTAACCTCCTTGAAGCCATG
GTAATTGCCGAAGAGTTCCTGAAGCCTCTCAGGAGTTGTGTCGTGAGGAAGGTGTTGGAC
AAAGAGGATGTTGTTTGGGGGTGCGGGCGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCCAC
CCACCACCACCACCACCAGGGTATGGTACTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACA
CCAGGATATGGTGGGATGGGCATACGTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTTTTCTTA
CCACCTTTCTCCTCGTGTCGCTTTCGTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTG
GCAATAACATCTGATTTCGGTTTAGCAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGG
AATCCATTCATCTTGGAAATAGCATTGGAAGCAGATTCAGGATTGTCGAACACAACCCAA
GCTTGCCCTTTGTGCTTCAATGTCTTAAACGCCAACACCTCCACTATCTTCCCGTACTGC
GAGAACACCGCATTTAGCGACTTCTTCAGCTCATCGAGCTTGACTTTTTCGTTGAGATTA
TTGATGTAAATCGTCTGGTTTGGAGAAGACACCTCCGATCCAGCTTTATTTGCTGCTGCC
GCTGCCGCCTCCTCCTGCTCCTGCATCATCATCATCTCCATTCTTCTCTAACCCTCCCC

QA 2 780 2 780
DS 

RD RR1F364TF 514 0 0
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GGCATACGTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTTTTCTTACCACCTTTCTCCTCGTGT
CGCTTTCGTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTC
GTTTTAGCAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTTGGAA
ATAGCATTGGAAGCAGATTCAGGATTGTCGAACACAACCCAAGCTTGCCCTTTGTGCTTC
AATGTCTTAAACGCCAACACCTCCACTATCTTCCCGTACTGCGAGAACACCGCATTTAGC
GACTTCTTCAGCTCATCGAGCTTGACTTTTTCGTTGAGATTATTGATGTAAATCGTCTGG
TTTGGAGAAGACACCTCCGATCCAGCTTTATTTGCTGCTGCCACTGCCGCCTCCTCCTGC
TCCTGCATCATCATCATCTCCATTCTTCTCT
CGC

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DS 

RD RR1DC33TF 599 0 0
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AAGATTGCTTTTGACACCACCC*CCCACCACCACCACCACCAGGGTATGGTACTTGCGAA
AGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGGGATGGGCATACGTGTATTATCA
TGGTGCTGCTCTTTCTTCTTCTTACCACCTTTCTCCTCGTGTCGCTTTCGTTTCTCGCGA
GGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTCGTTTTAGCAAATTGTATT
CTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTTGGAAATAGCATTGGAAGCAGAT
TCAGGATTGTCGAACACAACCCAAGCTTGCCCTTTGTGCTTCAATGTCTTAAACGCCAAC
ACCTCCACTATCTTCCCGTACTGCGAGAACACCGCATTTAGCGACTTCTTCAGCTCATCG
AGCTTGACTTTTTCGTTGAGATTATTGATGTAAATCGTCTGGTTTGGAGAAGACACCTCC
GATCCAGCTTTATTTGCTGCTGCCGCTGCCGCCTCCTCCTGCTCCTGCATCATCATC
CC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1DM16TF 497 0 0
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GGCATACGTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTCTTCTTACCACCTTTCTCCTCGTGT
CGCTTTCGTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTC
GTTTTAGCAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTTGGAA
ATAGCATTGGAAGCAGATTCAGGATTGTCGAACACAACCCAAGCTTGCCCTTTGTGCTTC
AATGTCTTAAACGCCAACACCTCCACTATCTTCCCGTACTGCGAGAACACCGCATTTAGC
GACTTCTTCAGCTCATCGAGCTTGACTTTTTCGTTGAGATTATTGATGTAAATCGTCTGG
TTTGGAGAAGACACCTCCGATCCAGCTTTATTTGCTGCTGCCGCTGCCGCCTCCTCCTGC
TCCTGCATCATCATC
CC

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 6

CO CL304Contig1 1433 6 21 U
TTTTTACTTTTGATGATAATCTGAAAGAAACACGGCAAAGCTGATTGTGGTTCTAGTCAT
ATAAGAACAACGCCTTTCTTATCTTTCCTCGAAATTTCTCTGACCGCCCCTCTCCAGTTT
ATTGTCCTTTGATTTTGCGAAACACTTGTATCAGGCGAATCCCAGTTTCGTTCTTCTTCA
CTTTAGTTGAAACTTTATAAGATGGCACGTCCACAAGACCCTCCACGCGGTTTCTTCCCT
TTTGGAAACCCCTTCAAGAACCTCTCTTCCAAGAACCCCCTACTATCCTCTAAGCTTCTC
TCCCTCTTGAACACTTTCGAGACCAACTTAGCTTCTTCCATCTCAAAGCTTGTCCCCAAG
GAAAAGTCCCAAATCCTCACTCTTTCATGGATGAGTCAAGCTATGGTTTCTCTTTGCCAG
ACCCACGATGCTATCAAGACTCTTATAACCGCTATTGAGCTTCCTGTCTCTGACTGGGAG
GACAAGTGGGTCGATGTCTACCTAGACATCAGCGTCAAGCTCCTCGACCTCTGCAACGCC
TTCAGCTCTGAGCTTAGCCGCCTCAACCAAGGCCATCTCTTTCTCCAGTTTGCTTTGCAT
AACTTGGACACGAACGCTCCTCAGAATCTTTCCAAAGCTCAATCGTCCCTCGACTCCTGG
AAGCGACACATCGTTTCCAAGAACCCGAGGTTGGAAAGCTGTCATTCAATCCTGACCAGC
CTTGTTCAGACCTTGAATCTCCCCAAGGTGAAAAACTCTGCCAAAGGAAAAGTCCTGATG
CGTGCTCTTTACGGTGTCAAGGTCAAGACTTTGTACATTTCTGGTGTTTTCGCTGCTGCC
TTCTCAGGTTCATCGCAGAACCTGTTGTACGTTACGGTCTCAAACGATCTTCCATGGGCA
CCATCCTTCATGCAAATGCAGAACACGATGAACGCAGAGATCAAGAGCATCTTTTTATCT
GACGGTTTAACCGTTATGAAAGAGCTCGAGGCTGTTGATTCAGGTGTTAAGGAACTTGCT
CCTGCGATCCAACAAGGGTCAATAGATCCCATCGTGCTGCAGCCATTGAAGGACTCGGTC
ACGGAGTTAACGAGTGGGATAGACCTTGTTTCCAAGAAGGTGGATTGCTTCTTCAAGATT
CTCTTGTCGGGGAGAGACACTTTGCTGGAGAACCTCAGGTCGATGGGCGCATCAACGGTA
CTGCAGACAACATCACCAAAAAAGGCTGCTGGAAAAAAGCAGAGAGGATTCTGATAAAGT
GGTATTGTGTGAATAGATGGTACTGTAAGTGTTCCATCTTGGTCGTCAATGTATTATTAT
TAGGTGCTTGTTATATTGTGGTCGTTTGTAAGAGACGTAATCAAGCTATTACTATTTGTA
TAAGAAAAAGGTTTTATCAACTTATCTATAAAGCTATTATATAATAGTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CTTTAGTTGAAACTTTATAAGATGGCACGTCCACAAGACCCTCCACGCGGTTTCTTCCCT
TTTGGAAACCCCTTTAAGAACCTCTCTTCCAAGAACCCTCTACTATCCTCTAAGCTTCTC
TCCCTCTTGAACACTTTCGAGACCAACTTATCTTCTTCCATCTCAAAGCTTGTCCCCAAG
GAAAAGTCCCAAATCCTCACTCTTTCATGGATGAGTCAAGCTATGGTTTCTCTTTGCCAG
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TTCAGCTCTGAGCTTAGCCGCCTCAACCAAGGCCATCTCTTTCTCCAGTTTGCTTTGCAT
AATTTGGACACCAACGCTCCTCAGAATCTTTCCAAAGCTCAATCGTCCCTCGACAGCTGG
AAGCGACACATCGTTTCCAA

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DS 

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CACTTTAGTTGAAACTTTATAAGATGGCACGTCCACAAGACCCTCCACGCGGTTTCTTCC
CTTTTGGAAACCCTTTCAAGAACCTCTCTTCCAAGAACCCCGTACTATCCTCTAAGCTTC
TCTCCCTCTTGAACACTTTCGAGACCAACTTAGCTTCTTCCATCTCAAAGCTTGTCCCTA
CGGAAAAGTCCCAAATCCTCACTCTTTCATGGATGAGTCAAGCTATGGTTTCTCTTTGCC
AGACCCACGATGCTATCAAGACTCTTATAACCGCTATTGAGCTTCCTGTCTCTGACTGGG
GGGACAAGTGGGTCGATGTCTACCTAGACATCAGCGTCAAGCTCCTTGACCTCTGCAACG
CCTTTAGCTCTGAGCTTAGCCGCCTCAACCAAGGCCATCTCTTTCTCCAGTTTGCTTTGC
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TCAGGTGTTAAGGAACTTGCTCCTGCGATCCAACAAGGGTCAATAGATCCCATCGTGCTG
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TT

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GAAAAAGGTTTTATC
T

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G
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CCTGTTGTACGTTACGGTCTCAAACGATCTTCCATGGGCACCATCCTTCATGCAAATGCA
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AGAGCTCGAGGCTGTTGATTCAGGTGTTAAGGAACTTGCTCCTGCGATCCAACAAGGGTC
AATAGATCCCATCGTGCTGCAGCCATTGAAGGACTCGGTCACGGAGTTAACGAGTGGGAT
AGACCTTGTTTCCAAGAAGGTGGATTGCTTCTTCAAGATTCTCTTGTCGGGGAGAGACAC
TTTGCTGGAGAACCTCAGGTCGATGGGCGCATCAACGGTACTGCAGACAACATCACCAAA
AAAGGCTGCTGGAAAAAAGCAGAGAGGATTCTGATAAAGTGGTATTGTGTGAATAGATGG
TACTGTAAGTGTTCCATCTTGGTCGTCAATGTATTATTATTAGGTGCTTGTTATATTGTG
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CTTATCTATAAAGCTATTATATAATAGTGTTCC

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DS 



AS 1 10

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GAGGAACTGTGCATAATGTTTTGTTTTGAGCCTCTCAATCTTTGTTCTTCGATTTCTCCA
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TTTCAGTAAATATCTCCCAAGGGACATCTCCAACAAGCATCCAGTCACCATCTTTGTCTT
CATAAGTAAGCACAAACTCTGATCCGTGAAGAAGATCCTTCAACTTCACCTCACTCATTC
TTTCCTTCCCATGAGCTCCATGAAGTCCACATTGACCGAGAGTGAAGCAGCTGAACATCT
TCTCAAGTGCAGAAGACAAGTGTTGATAGCATGTGTAGGTTCCCAAATCAACTTTCCTCA
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CAACCTCATTAGTGTTCTTTGAAGTAGAAGAAGCCATTGTGTTCTTCCTGTAGGATCTGA
TTGGAGGCCAACCAACAACCTGTGCCTTGGCAGCAGGTGCATTGTTGGAGCCACTCTTAG
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TCTTCTTGTCAGCATTGGGAAGGGTTGAGCTGTCAACAGAGGAGCAATCAGACAAACCGA
AGTAGTTGCGTTCCTTCAGACCAGGTGATGTACCCAAACCCTCCTTGTCCACACTTTCCA
ATCGATAAGACATGAGATCTCTTAGTTTCCACACAACTTGTCTTTTTATCTGGAGAGAGA
AGACGGAACACAGTAGAAGATCAAACTAACGAAGAGAGAGAGAGAGAGA**AAGTGCACG
AACGAAATCAGGAGAGAGAAGGGAAGCAGAGGTCAAGGTCCATCCATGGAAAATGATATC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 20 20 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1CV37JQ U 1
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AF RR1CQ38JQ U 72
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CAGAAGACAAGTGTTGATAGCATGTGTAGGTTCCCAAATCAACTTTCCTCAGATAGGGAG
CACCATCCATGCTCACCTTCACAAACAGAGCGCCAAGACCAGGTTTCCCATCAACCTCAT
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AACCAACAACCTGTGCCTTGGCAGCAGGTGCATTGTTGGAGCCACTCTTAGCAAGATATC
CTCTTTTGTTGCCAGAAGCAGCATGGTCTTTGCAAGGGAGCAGCGGGAAGAGAAGTTTCT
CA

QA 1 782 1 782
DS 

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GATGATAAAGAGTTTTCAAACACACATCAGTTTAAGAAGACTGAAACATTGGAGGAACTG
TGCATAATGTTTTGTTTTGAGCCTCTCAATCTTTGTTCTTCGATTTCTCCACTGCACTTG
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ATATCTCCCAAGGGACATCTCCAACAAGCATCCAGTCACCATCTTTGTCTTCATAAGTAA
GCACAAACTCTGATCCGTGAAGAAGATCCTTCAACTTCACCTCACTCATTCTTTCCTTCC
CATGAGCTCCATGAAGTCCACATTGACCGAGAGTGAAGCAGCTGAACATCTTCTCAAGTG
CAGAAGACAAGTGTTGATAGCATGTGTAGGTTCCCAAATCAACTTTCCTCAGATAGGGAG
CACCATCCATGCTCACCTTCACAAACAGAGCGCCAAGACCAGGTTTCCCATCAACCTCAT
TAGTGTTCTTTGAAGTAGAAGAGGCCATTGTGTTCTTCCTGTAGGATCTGATTGGAGGCC
AACCAACAACCTGTGCCTTGGCAGCAGGTGCATTGTTGGAGCCACTCTTAGCAAGATATC
CTCTTTTGTTGCCAGAAGCAGCATGGTCTTTGCAAGGGAGCAGCGGGAAGAGAAGTTTCT
CATCAGGAGTTCTTGGACTCAGCAAACCGAAATCAGTTTCTCTCTGAGGAGACTGAGAG

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CATAATGTTTTGTTTTGAGCCTCTCAATCTTTGTTCTTCGATTTCTCCACTGCACTTGGA
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ATCTCCCAAGGGACATCTCCAACAAGCATCCAGTCACCATCTTTGTCTTCATAAGTAAGC
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GTGTTCTTTGAAGTAGAAGAAGCCATTGTGTTCTTCCTGTAGGATCTGATTGGAGGCCAA
CCAACAACCTGTGCCTTGGCAGCAGGTGCATTGTTGGAGCCACTCTTAGCAAGATATCCT
CTTTTGTTGCCAGAAGCAGCATGGTATTTGCAAGGGAGCAGCGGGAAGAGAAGTTTCTCA
TCAGGAGTTCTTGGAATCAGCAAACCGAAATCAGTTTCTCTCTGAGGAGACTGAGAGTCA
G**AGAC*TAGCCTTAGCTCTGTAGCTTTGAAGTTGATGAGGCTGCTGCTCT
CTGTCA

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AGAGAGAAGACGGAACACAGTAGAAGATCAAACTAACGAAGAGAGAGAGAGAGAGA**AA
GTGCACGAACGAAATCAGGAGAGAGAAGGGAAGCAGAGGTCAAGGTCCATCCATGGAAAA
TGATAT

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GTGCATTGTTGGAGCCACTCTTAGCAAGATATCCTCTTTTGTTGCCAGAAGCAGCATGGT
CTTTGCAAGGGAGCAGCGGGAAGAGAAGTTTCTCATCAGGAGTTCTTGGACTCAGCAAAC
CGAAATCAGTTTCTCTCTGAGGAGACTGAGAGTCAGGAAGACCTAGCCTTAGCTCTGTAG
CTTTGAAGTTGATGAGGCTGCTGCTCTTCTTGTCAGCATTGGGAAGGGTTGAGCTGTCAA
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AACCCTCCTTGTCCACACTTTCCAATCGATAAGACATGAGATCTCTTAGTTTCCACACAA
CTTGTCTTTTTATATGGAGAGAGAAGACGGAACACAGTAGAAGATCAAACTAACGAAGAG
AGAGAGAGAGAGAGAAAGTGCACGAACGAAATCAGGAGAGAGAAGGGAAGCAGAGGTCAA
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DS 

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ACCAACAACCTGTGCCTTGGCAGCAGGTGCATTGTTGGAGCCACTCTTAGCAAGATATCC
TCTTTTGTTGCCAGAAGCAGCATGGTCTTTGCAAGGGAGCAGCGGGAAGAGAAGTTTCTC
ATCAGGAGTTCTTGGACTCAGCAAACCGAAATCAGTTTCTCTCTGAGGAGACTGAGAGTC
AGGAAGACCTAGCCTTAGCTCTGTAGCTTTGAAGTTGATGAGGCTGCTGCTCTTCTTGTC
AGCATTGGGAAGGGTTGAGCTGTCAACAGAGGAGCAATCAGACAAACCGAAGTAGTTGCG
TTCCTTCAGACCAGGTGATGTACCCAAACCCTCCTTGTCCACACTTTCCAATCGATAAGA
CATGAGATCTCTTAGTTTCCACACAACTTGTCTTTTTATCTGGAGAGAGAAGACGGAACA
CAGTAGAAGATCAAACTAACGAAGAGAGAGAGAGAGAGA**AAGTGCACGAACGAAATCA
GGAGAGAGAAGGGAAGCAGAGGTCAAGGTCCATCCAT
CC

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TCTTCTTGTCAGCATTGGGAAGGGTTGAGCTGTCAACAGAGGAGCAATCAGACAAACCGA
AGTAGTTGCGTTCCTTCAGACCAGGTGATGTACCCAAACCCTCCTTGTCCACACTTTCCA
ATCGATAAGACATGAGATCTCTTAGTTTCCACACAACTTGTCTTTTTATCTGGAGAGAGA
AGACGGAACACAGTAGAAGATCAAACTAACGAAGAGAGAGAGAGAGAGA**AAGTGCACG
AACGAAATCAGGAGAGAGAAGGGAAGCAGAGGTCAAGGTCCATCCATGGAAAATGATAT
CC

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DS 

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CCTGTAGGATCTGATTGGAGGCCAACCAACAACCTGTGCCTTGGCAGCAGGTGCATTGTT
GGAGCCACTCTTAGCAAGATATCCTCTTTTGTTGCCAGAAGCAGCATGGTCTTTGCAAGG
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GATGAGGCTGCTGCTCTTCTTGTCAGCATTGGGAAGGGTTGAGCTGTCAACAGAGGAGCA
ATCAGACAAGCCGAAGTAGTTGCGTTCCTTCAGACCAGGTGATGTACCCAAACCCTCCTT
GTCCACACTTTCCAATCGATAAGACATGAGATCTCTTAGTTTCCACACAACTTGTCTTTT
TATCTGGAGAGAGAAGACGGAACACAGTAGAAGATCAAACTAACGAAGAGAGAGAGAGAG
AGA**AAGTGCACGAACGAAATCAGGAGAGAGAAGGGAAGCAGAGGTCAAGGTCCATCCA
TGGAAAATGATATCC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 2 10

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CTGATAATACAGTTTTGATCGATTTGTTCCAATTTTATGAGATTATTTAATTATTCTTAC
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AGAAACATAAAGCCCTCAAAGACGACCAAGAAAAACCTCCCACACGATTAGTTCTCTCTG
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TCTTCTTCGACCTTGTTCTCCTTCATCAGCTGAGATAATCTCTCGGCAAGACTCAACCTA
GCCCCAGGAGACACACCCTTCTTTCCTATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAGCAAT
TTATTCTCGATCACGGCTTTTCCGGTTTTAGGAATATGATCGTCTTTGGAAAAGGCAATC
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TCCTTGAAGACTTCCAAGAACCTCTCCACAGCTTTAGCTTCAGCGTCTGTGTAGATACCT
AGCGATTTCCAAATCGCCACACAGTTCTCCGTTACTTTCTCCGAATATTGATGTCCCGTT
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AAGAAGGGGACGGATTCCGTTAACTCCTCTGTCGTTTTGCCTTTCCACTTAACGGAAAGT
GACGGGACGGCGACAGGAGCTAGATAAACTCCGATGACCGTGAAGATCACGAATTTTCCG
TGTATGTCCAAACCTCGCACGCCTGCGCCACCGAGGAAGAGGGGAGGGGAGGAAGCCGGT
GAGATGACTGAGGGTGGAAAAGTAACGCAGTCTACTTGAAGTTTGGTGACGGAGGGTAAC
GGTGACGGACAGTGGGAAGAAGACATTGTTTGAGTTTGGGGTTAGGTTTGAATGTTTGAT
GGCCTAGTAATGATGTAAGAGAAGAGGGAGGAGGTAGGTAGCAATAGTTGCGATACGAGT
CCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 20 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1DU76JQ U 1
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AF RR1CF71JQ U 89
AF RR1F582JQ U 89
AF RR1F582TF C 308
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BS 334 521 RR1DU76JQ
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CTGATAATACAGTTTTGATCGATTTGTTCCAATTTTATGAGATTATTTAATTATTCTTAC
GAGTAGAAGCAAATAAACACATGTG*****AGATGTGAAATAAACAACATGATTAGATAT
AGAAACATAAAGCCCTCAAAGACGACCAAGAAAAACCTCCCACACGATTAGTTCTCTCTG
GCCAACTTATCTCCAAGGGAGAGATCGTTAGCTTCATCTTGATTATCAGTCTTTGTTGCA
TCTTCTTCGACCTTGTTCTCCTTCATCAGCTGTGATAATCTCTCGGCAAGACTCAACCTA
GCCCCAGGAGACACACCCTTCTTTCCTATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAGCAAT
TTATTCTCGATCACGGCTTTTCCGGTTTTAGGAATATGATCGTCTTTGGAAAAGGCAATC
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DS 

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AC
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CGATTTGTTCCAATTTTATGAGATTATTTAATTATTCTTACGAGTAGAAGCAAATAAACA
CATGTG*****AGATGTGAAATAAACAACATGATTAGATATAGAAACATAAAGCCCTCAA
AGACGACCAAGAAAAACCTCCCACACGATTAGTTCTCTCTGGCCAACTTATCTCCAAGGG
AGAGATCGTTAGCTTCATCTTGATTATCAGTCTTTGTTGCATCTTCTTCGACCTTGTTCT
CCTTCATCAGCTGAGATAATCTCTCGGCAAGACTCAACCTAGCCCCAGGAGACACACCCT
TCTTTCCTATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAGCAATTTATTCTCGATCACGGCTT
TTCCGGTTTTAGGAATATGATCGTCTTTGGAAAAGGCAATCGTGAGAGACCCGTTAGGGG
AGAGAGCAAAGAGGATCGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTGGTCCTTGAAGACTTCCAAGA
ACCTCTCCACAGCTTTAGCTTCAGCGTCTGTGTAGATACCTAGCGATTTCCAAATCGCCA
CACAGTTCTCCGTTACTTTCTCCGAATATTGATGTCCCGTTAACGGCAGTTT

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AGAAAAACCTCCCACACGATCAGTTCTCTTTGGCCAACTTATCTCCAAGGGAGAGATCGT
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GCTTAGATAATCTCTCGGCAAGACTCAGCCTAGCCCCAGGAGACACACCCTTCTTTCCTA
TGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAGCAATTTATTCTCGATCACGGCTTTTCCGGTTT
TAGGAATATGATCGTCTTTGGAAAAGGCAATCGTGAGAGACCCGTTAGGGGAGAGAGCAA
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CGGTTACTTTCTCCGAATATTGATGTCCCGTTAGCGGCAGTTTCATCGTCACCTTAATAA
ACTTTTCAAACGAACCTGTGACAATTTCACGGAAGAAGGGGACGGATTCCGTTAACTCCT
CTGTCGTTTTGCCTTTCCACTTAACGGAAAGTGACGGGACGGCGACAGGAGCTAGATAAA
CTCCGATGA

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DS 

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CG
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AGATGTGAAATAAACAACATGATTAGATATAGAAACATAAAGCCCTCAAAGACGACCAAG
AAAAACCTCCCACACGATTAGTTCTCTCTGGCCAACTTATCTCCAAGGGAGAGATCGTTA
GCTTCATCTTGATTATCAGTCTTTGTTGCATCTTCTTCGACCTTGTTCTCCTTCATCAGC
TGAGATAATCTCTCGGCAAGACTCAACCTAGCCCCAGGAGACACACCCTTCTTTCCTATG
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GTTACTTTCTCCGAATATTGATGTCCCGTTAACGGCAGTTTCATCGTCACCTTAATAAAC
TTTTCAAACGAACCTGTGACAATTTCACGGAAGAAGGGGACGGATTCCGTTAACTCCTCT
GTCGTTTTGCCTTTCCACTTAACGGAAAGTGACGGGACGGCGACAGGAGCTAGATAAACT
CCGATGACCGTGAAGATCACGAATTTTCCGTGTATGTCCAAACCTCGCACGCCTGCGCCA
C

QA 3 783 3 783
DS 

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TCGA
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CACGGCTTTTCCGGTTTTAGGAATATGATCGTCTTTGGAAAAGGCAATCGTGAGAGACCC
GTTAGGGGAGAGAGCAAAGAGGATCGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTGGTCCTTGAAGAC
TTCCAAGAACCTCTCCA**GCTTTAGCTTCAGCGTCTGTGTAGATACCTAGCGATTTCCA
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CATCGTCACCTTAATAAACTTTTCAAACGAACCTGTGACAATTTCACGGAAGAAGGGGAC
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ACCTCGCACGCCTGCGCCACCGAGGAAGAGGGGAGGGGAGGAAGCCGGTGAGATGACTGA
GGGTGGAAAAGTAACGCAGTCTACTTGAAGTTTGGTGACGGAGGGTAACGGTGACGGACA
GTGGGAAGAAGACATTGTTTGAGTTT
CC

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DS 

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AGAG*****AGGATCGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTGGTCCTTGAAGACTTCCAAGAAC
CTCTCCACAGCTTTAGCTTCAGCGTCTGTGTAGATACCTAGCGATTTCCAAATCGCCACA
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GTAACGCAGTCTACTTGAAGTTTGGTGACGGAGGGTAACGGTGACGGACAATGGGAAGAA
GACATGGTTTGAGTTTGGGGTTAGGTTTGAATGTTTGATGGCCTAGTAATGAT
CC

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A
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CACACCCTTCTTTCCTATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAGCAATTTATTCTCGAT
CACGGCTTTTCCGGTTTTAGGAATATGATCGTCTTTGGAAAAGGCAATCGTGAGAGACCC
GTTAGGGGAGAGAGCAAAGAGGATCGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTGGTCCTTGAAGAC
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AATCGCCACACAGTTCTCCGTTACTTTCTCCGAATATTGATGTCCCGTTAACGGCAGTTT
CATCGTCACCTTAATAAACTTTTCAAACGAACCTGTGACAATTTCACGGAAGAAGGGGAC
GGATTCCGTTAACTCCTCTGTCGTTGTGCCTTTCCACTTAACGGAAAGTGACGGGACGGC
GACAGGAGCTAGATAAACTCCGATGACCGTGAAGGTCACGAATTTTCCGTGTATGTCCAA
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GGGTGGAAAAGTAACGCAGTCTACTTGAAGTTTGGTGACGGAGGGTAACGGTGACGGACA
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RD RR1DY66TF 623 0 0
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TCCGAATATTGATGTCCCGTTAACGGCAGTTTCATCGTCACCTTAATAAACTTTTCAAAC
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AGTTTGGTGACGGAGGGTAACGGTGACGGACAGTGGGAAGAAGACATTGTTTGAGTTTGG
GGTTAGGTTTGAATGTTTGATGGCCTAGTAATGATGTAAGAGAAGAGGGAGGAGGTAGGT
AGCAATAGTTGCGATACGAGTCC

QA 1 623 1 623
DS 



CO CL306Contig2 1189 2 8 U
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AACATTCAAACCTAACCCCAAACTCAAACAATGTCTTCTTCCCACTGTCCGTCACCGTTA
CCCTCCGTCACCAAACTTCAAGTAGACTGCGTTACTTTTCCACCCTCAGTCATCTCACCG
GCTTCCTCCCCTCCCCTCTTCCTCGGTGGCGCAGGTACGAAAACGTTTGTCTTCTTCTGT
TTTTTTTGTTTAATCTTTGATTTTTTGTTGTTGCTGTTGTTGTTGTTATTGCTAACTTAT
GCAGGCGTGCGAGGTTTGGACATACACGGAAAATTCGTGATCTTCACGGTCATCGGAGTT
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GAGTTAACGGAATCCGTCCCCTTCTTTCGTGAAATTGTCACAGGTTCGTTTGAAAAGTTT
ATTAAGGTGACGATGAAACTGCCGCTAACGGGACATCAATATTCGGAGAAAGTAACCGAG
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GAGAGGTTCTTGGAAGTCTTCAAGGACCAAACGTTCCCTCCTGGTGCTTCGATCCTCTTT
GCTCTCTCCCCTAACGGGTCTCTCACGATTGCCTTTTCCAAAGACGATCATATTCCTAAA
ACCGGAAAAGCCGTGATCGAGAATAAATTGCTGGCAGAGGCAGTTCTTGAATCGATCATA
GGAAAGAAGGGTGTGTCTCCTGGGGCTAGGCTGAGTCTTGCCGAGAGATTATCTAAGCTG
ATGAAGGAGAACAAGGTCGAAGAAGATGCAACAAAGACTGATAATCAAGATGAAGCTAAC
GATCTCTCCCTTGGAGATAAGTTGGCCAAAGAGAACTGATCGTGTGGGAGGTTTTTCTTG
GTCGTCTTTGAGGGCTTTATGTTTCTATATCTAATCATGTTGTTTAGTTCACATCTCACA
TCACATGTTTTTATTTGCTTCTACTCGTAAGAATAATTAAATAATCGCATAAAATTGGAA
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TTATCTGATGATGGATAGTTGAAATCAAATCCACTTAGTTATTAAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DU76TF U 1
AF RR1DJ54JQ C 497
BS 1 504 RR1DU76TF
BS 505 505 RR1DJ54JQ
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RD RR1DU76TF 777 0 0
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AACATTCAAACCTAACCCCAAACTCAAACAATGTCTTCTTCCCACTGTCCGTCACCGTTA
CCCTCCGTCACCAAACTTCAAGTAGACTGCGTTACTTTTCCACCCTCAGTCATCTCACCG
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GCAGGCGTGCGAGGTTTGGACATACACGGAAAATTCGTGATCTTCACGGTCATCGGAGTT
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GCTCTCTCCCCTAACGGGTCTCTCACGATTGCCTTTTCCAAAGACGATCATATTCCTAAA
ACCGGAAAAGCCGTGATCGAGAATAAATTGCTGGCAGAG*CAGTTCTTGAATCGATC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1DJ54JQ 693 0 0
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GGAAATCGCTAGGTATCTACACAGACGCTGAAGCTAAAGCTGTGGAGAGGTTCTTGGAAG
TCTTCAAGGACCAAACGTTCCCTCCTGGTGCTTCGATCCTCT*****CTCTCCCCTAACG
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CTCCTGGGGCTAGGCTGAGTCTTGCCGAGAGATTATCTAAGCTGATGAAGGAGAACAAGG
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ATAAGTTGGCCAAAGAGAACTGATCGTGTGGGAGGTTTTTCTTGGTCGTCTTTGAGGGCT
TTATGTTTCTATATCTAATCATGTTGTTTAGTTCACATCTCACATCACATGTTTTTATTT
GCTTCTACTCGTAAGAATAATTAAATAATCGCATAAAATTGGAACAAATCGATCAAAACT
GTATTATCAGTGATGTTGATTCTATAAATTATGAACACAACCGATTATCTGATGATGGAT
AGTTGAAATCAAATCCACTTAGTTATTAAAGCC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 9

CO CL307Contig1 921 9 7 U
GAGTGTTATTTTCTTCTGGCTTGCACACAAAACCGACTTTTTCTCGGACAAGTTTGGTGT
GAGGTCCATCAGAGACAACAACAATGAGCTAATGGGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTAT
CATTAGTCAGGCTCTCATCTTTGTCACAAGATCAAGGAGTTGGTCCTTTGTTGAACGTCC
TGGAGTGTTACTGATGGTTGCTTTTGTCGTTGCACAACTGGTTGCTACTTTGATTGCTGT
GTACGCCAACTGGGAGTTTGCAAAGGTTAAGGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGAGTGAT
CTGGATATACAGTATTGTAACATACGTCCCACAGGACATTTTCAAGTTTGCCATTAGATA
CATCTTGAGTGGAAAGGCTTGGCTCAACTTGTTTGAGAACAGGGTTGCTTTAACTAACAA
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CGGCTTGCAGCCAAAAGAACCTGTTAACATCATTCCTGAGCAAGGAGGTTACAGAGAGTT
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TTTATATTTGGCATTTTACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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AF RR1BD11TF U 1
AF RR1BD11JQ C 145
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AF RR1BK83TF U 331
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GAGGTCCATCAGAGACAACAACAATGAGCTAATGGGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTAT
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TCCTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTG

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DS 

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G
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RD RR1BK83TF 575 0 0
G
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CTTATTCTTCACCACAATCTTAAGGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGTTT
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AACCTCCTTTAGAAGAATCAAGACATGCTTTTAT

QA 2 575 2 575
DS 

RD RR1EP75JQ 698 0 0
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TAAGGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGAGTGATCTGGATATACAGTATTGTAACATACGT
CCCACAGGACATTTTCAAGTTTGCCATTAGATACATCTTGAGTGGAAAGGCTTGGCTCAA
CTTGTTTGAGAACAGGGTTGCTTTAACTAACAAGAAAGATTTTGGAAAAGAAGAGAGGGA
GGCTCAATGGGCAGTTGCTCAGAGAACACTTCACGGCTTGCAGCCAAAAGAACCTGTTAA
CATCATTCCTGAGCAAGGAGGTTACAGAGAGTTGTTTGAGATTGCAGAGCAAGCCAAGAA
GAGAGCTGAGATCGCTAGGCTTAGGGAGCTGCACACACTCAAGGGACATGTTGAATCGGT
CGTGAAGCTAAAGGGTTTGGACATTGAAACTCCCGGACACTACACTGTTTAAGTCGCAAG
CAAAGAAAAAGAAATACCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTGT
TTTTTTTATTCTTCACCACAATCTTAAGGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTT
GTTTATTTCCATAACTCTTCCCCCATTCCTATTGTTAGTGTTCTTGTTTTTTTGATATGT
AACCAACCTCCTTTAGAAGAATCAAGACATGCTTTTAT

QA 1 698 1 698
DS 

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G
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GGAGGTTACAGAGAGTTGTCTGAGATTGCAGAGCAAGCCAAGAAGAGAGCTGAGATCGCT
AGGCTTAGGGAGCTGCACACACTCAAGGGACATGTTGAATCAGTCGTGAAGCTAAAGGGT
TTGGACATTGAAACTCCCGGACACTACACTGTCTAAGTCGCAAGCAAAGAAAAAGAAATA
CCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTGTTTTTCTTATTCTTCAC
CACAATCTTAAGGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGTTTATTTCCATAACT
CTTCCCCCATTCCTATTGTTAGTGTTCTTGTTTCTCTGATATGTAACCAACCTCCTTTAG
AAGAATCAAGACATGCTTTTAT

QA 2 443 2 443
DS 

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G
ACTGTCTAAGTCGCAAGCAAAGAAAAAGAAATACCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTA
TCCCATCTTGTTTTTGTTTTTCTTATTCTTCACCACAATCTTAAGGTTATTGTTTGCATA
GGGAGAGAGAGATCTTTGTTTATTTCCATAACTCTTCCCCCATTCCTATTGTTAGTGTTC
TTGTTTCTCTGATATGTAACCAACCTCCTTTAGAAGAATCAAGACATGCTTTT
G

QA 2 234 2 234
DS 

RD RR1AQ76TF 443 0 0
G
GCTCAGAGAACACTTCACGGCTTGCAGCCAAAAGAACCTGTTAACATCATTCCTGAGCAA
GGAGGTTACAGAGAGTTGTCTGAGATTGCAGAGCAAGCCAAGAAGAGAGCTGAGATCGCT
AGGCTTAGGGAGCTGCACACACTCAAGGGACATGTTGAATCAGTCGTGAAGCTAAAGGGT
TTGGACATTGAAACTCCCGGACACTACACTGTCTAAGTCGCAAGCAAAGAAAAAGAAATA
CCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTGTTTTTCTTATTCTTCAC
CACAATCTTAAGGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGTTTATTTCCATAACT
CTTCCCCCATTCCTATTGTTAGTGTTCTTGTTTCTCTGATATGTAACCAACCTCCTTTAG
AAGAATCAAGACATGCTTTTAT

QA 2 443 2 443
DS 

RD RR1HB48TF 320 0 0
G
CACTCAAGGGACATGTTGAATCAGTCGTGAAGCTAAAGGGTTTGGACATTGAAACTCCCG
GACACTACACTGTCTAAGTCGCAAGCAAAGAAAAAGAAATACCAAACATGTGATTTGATC
CTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTGTTTTTCTTATTCTTCACCACAATCTTAAGGTTATTG
TTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGTTTATTTCCATAACTCTTCCCCCATTCCTATTGT
TAGTGTTCTTGTTTCTCTGATATGTAACCAACCTCCTTTAGAAGAATCAAGACATGCTTT
TATATTTGGCATTTTACTC

QA 2 320 2 320
DS 



AS 2 6

CO CL308Contig1 1210 3 7 U
GGACCAGTCACCACCACAAAACTTGAGCATCCATAAATAGATCTGAATCTAGACTATCTC
AAATCTCAGATTCATCATCATCATCGTCATGGCTGGCTCTAAAAACTACGATGGAATCCT
TCTGGGAATGGGAAACCCTCTCCTCGATATCTCTGCTGTTGTAGACGAGGATTTTCTCAC
CAAATACGACGTGAAGTTGAACAATGCGATTCTCGCTGAGGAGAAACATTTGCCCATGTA
TGAAGAGATGAGTAGCAAGTTCAATGTTGAATACATTGCCGGAGGTGCTACTCAGAACTC
AATCAAAGTGGCTCAGTGGATGCTTCAAATTCCTGGGGCAACCAGTTACATGGGCTCCAT
TGGAAAGGACAAATACGGTGAGGCTATGAAGAAGGATGCTACTGCTGCTGGTCTCAATGT
TCACTACTATGAAGATGAGTCTGCACCTACTGGAACTTGTGGTGTCTGTGTTGTTGGTGG
AGAAAGGTCTCTTATTGCTAATCTCTCTGCTGCTAACTGCTACAAGGTTGACCACCTCAA
GAAGCCTGAAAACTGGGCTCTAGTTGAGAAGGCCAAGTTCTACTACATTGCTGGATTCTT
CCTCACTGTATCCCCTGAATCCATTCAGTTGGTATCTGAGCATGCTGCTGCTAACAACAA
GGTCTTCACAATGAACCTCTCTGCTCCCTTCATCTGTGAATTTTTCAAAGATGCGCAG*A
GAAGTTCTTGCCGTACATGGACTTTGTTTTTGGCAACGAGACAGAGGCAATAACCTTCTC
CAGAGTTCATGGCTGGGAGACAGAAGATGTAGAGCAAATAGCCATCAAGATTTCACAGCT
TCCCAAGGCCACAGGAACATACAAGAGGACCACCGTGATTACACAAGGGGCAGACCCAGT
GGTCGTTGCTAAAGATGGAAAGGTGACGAAATACCCTGTGATCCCTCTCCCAAAGGAGAA
GCTTGTTGACACCAACGGTGCAGGTGATGCATTTGTGGGAGGATTCATGTCACAGTTGGT
GAAAGAGAAGTCCATTGAGGAATGCGTGAAAGCCGGATGCTACGCGTCCAACGTGGTGAT
CCAAAGATCTGGCTGCACCTACCCTGAGAAGCCAGACTTCAACTAAGTTATTGGTCCATG
CTCAGTTTTGTGATATCTTGTTCCAAATAAAAACAATTATCTCTTAACGATTATTTATTG
CTCGAGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH42TF U 1
AF RR1GE43TF U 93
AF RR1GE43JQ C 432
BS 1 661 RR1CH42TF
BS 662 662 RR1GE43TF
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BS 706 742 RR1CH42TF
BS 743 762 RR1GE43TF
BS 763 1210 RR1GE43JQ

RD RR1CH42TF 744 0 0
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AAATCTCAGATTCATCATCATCATCGTCATGGCTGGCTCTAAAAACTACGATGGAATCCT
TCTGGGAATGGGAAACCCTCTCCTCGATATCTCTGCTGTTGTAGACGAGGATTTTCTCAC
CAAATACGACGTGAAGTTGAACAATGCGATTCTCGCTGAGGAGAAACATTTGCCCATGTA
TGAAGAGATGAGTAGCAAGTTCAATGTTGAATACATTGCCGGAGGTGCTACTCAGAACTC
AATCAAAGTGGCTCAGTGGATGCTTCAAATTCCTGGGGCAACCAGTTACATGGGCTCCAT
TGGAAAGGACAAATACGGTGAGGCTATGAAGAAGGATGCTACTGCTGCTGGTCTCAATGT
TCACTACTATGAAGATGAGTCTGCACCTACTGGAACTTGTGGTGTCTGTGTTGTTGGTGG
AGAAAGGTCTCTTATTGCTAATCTCTCTGCTGCTAACTGCTACAAGGTTGACCACCTCAA
GAAGCCTGAAAACTGGGCTCTAGTTGAGAAGGCCAAGTTCTACTACATTGCTGGATTCTT
CCTCACTGTATCCCCTGAATCCATTCAGTTGGTATCTGAGCATGCTGCTGCTAACAACAA
G*TCTTCACAATGAACCTCTCTGCTCCCTTCATCTGTGAATTTT*CAAAGATGCGCAG*A
GAAGTTCTTGCCGTACATGGAC
CT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1GE43TF 670 0 0
CTGGCT
CTAAAAACTACGATGGAATCCTTCTGGGAATGGGAAACCCTCTCCTCGATATCTCTGCTG
TTGTAGACGAGGATTTTCTCACCAAATACGACGTGAAGTTGAACAATGCGATTCTCGCTG
AGGAGAAACATTTGCCCATGTATGAAGAGATGAGTAGCAAGTTCAATGTTGAATACATTG
CCGGAGGTGCTACTCAGAACTCAATCAAAGTGGCTCAGTGGATGCTTCAAATTCCTGGGG
CAACCAGTTACATGGGCTCCATTGGAAAGGACAAATACGGTGAGGCTATGAAGAAGGATG
CTACTGCTGCTGGTCTCAATGTTCACTACTATGAAGATGAGTCTGCACCTACTGGAACTT
GTGGTGTCTGTGTTGTTGGTGGAGAAAGGTCTCTTATTGCTAATCTCTCTGCTGCTAACT
GCTACAAGGGTGACCACCTCAAGAAGCCTGAAAACTGGGCTCTAGTTGAGAAGGCCAAGT
TCTACTACATTGCTGGATTCTTCCTCACTGTATCCCCTGAATCCATTCAGTTGGTATCTG
AGCATGCTGCTGCTAACAACAAGGTCTTCACAATGAACCTCTCTGCTCCCTTCATCTGTG
AATTTTTCAAAGATGCGCAG*AGAAGTTCTTGCCGTACATGGACTTTGTTTTTGGCAACG
AGAC

QA 7 670 7 670
DS 

RD RR1GE43JQ 779 0 0
AAGATGAGTCTGCAC*TACTGGAACTTGTGGTGTCTGTGTTGTTGGTGGAGAAAGGTCTC
TTATTGCTAATCTCTCTGCTGCTAACTGCTACAAGGTTGACCACCTCAAGAAGCCTGAAA
ACTGGGCTCTAGTTGAGAAGGCCAAGTTCTACTACATTGCTGGATTCTTCCTCACTGTAT
CCCCTGAATCCATTCAGTTGGTATCTGAGCATGCTGCTGCTAACAACAAGGTCTTCACAA
TGAACCTCTCTGCTCCCTTCATCTGTGAATTTTTCAAAGATGCGCAGGAGAAGTTCTTGC
CGTACATGGACTTTGTTTTTGGCAACGAGACAGAGGCAATAACCTTCTCCAGAGTTCATG
GCTGGGAGACAGAAGATGTAGAGCAAATAGCCATCAAGATTTCACAGCTTCCCAAGGCCA
CAGGAACATACAAGAGGACCACCGTGATTACACAAGGGGCAGACCCAGTGGTCGTTGCTA
AAGATGGAAAGGTGACGAAATACCCTGTGATCCCTCTCCCAAAGGAGAAGCTTGTTGACA
CCAACGGTGCAGGTGATGCATTTGTGGGAGGATTCATGTCACAGTTGGTGAAAGAGAAGT
CCATTGAGGAATGCGTGAAAGCCGGATGCTACGCGTCCAACGTGGTGATCCAAAGATCTG
GCTGCACCTACCCTGAGAAGCCAGACTTCAACTAAGTTATTGGTCCATGCTCAGTTTTGT
GATATCTTGTTCCAAATAAAAACAATTATCTCTTAACGATTATTTATTGCTCGAGTGTT

QA 1 779 1 779
DS 



CO CL308Contig2 1284 3 15 U
AAAGAGCAAGATATGATTTTTCTCAACCGATCTTAAATTATCAATGATTATGGTAATAAA
AGGGTGATAAACAAACCAAAAAGAAAAGCCAAAAAGATAACACTCAGGCAATAATCGTTG
AGAGTATGTTGAATCAAAGATGCTTGTTTTTATTTGGAAGATATCACAAAAACAAAGGAT
GGCTCAGTGTGGATTTAGTTGAAGTCGGGCTTCTCAGGGTAAGTGCAGCCAGATCTTTGG
ATCACCACGTTTGACGCGTAACATCCGGCCTTCACGCACTCCTCAATCGACTTCTCTTTC
ACCAACTGCGACATGAATCCTCCAACAAATGCATCACCTGCACCGTTGGTGTCAACAAGC
TTCTCCTTTGGGAGAGGGATGACTGGGTACTTCGTCACCTTTCCATCTTCAGCAACAACC
ACTGGGTCTGCCCCCTGTGTAATCACTGTTGTCCTCTTGTATGTTCCTGTGGCCTTGGGC
AACTGTGAAATCTTGATGGCTATTTGTTCCACATCTTCGGTCTCCCAGCCATGAACCTTT
GGAGAAGGTTCTTGCCTCTGTCTCATTGCCAAAAACAAAGTCCATGTACGGCAAGAACTT
CTCCTGCGCATCTTTGAAGAATTCACAGATGAATGGAGCAGAGAGGTTCATTGTGAACAC
CTTGTTGTTAGCAGCAGCGTGCTCAGATACCAACTGAATGGATTCGGGGGACACTGTGAG
GAAGAATCCAGCAATGTAGTAGAACTTGGCCTTCTCAACCCAAAGCCCAGTTTTCAGGCT
TCTTAAGGTGCTCAAACCTTGTAGCAGTTAGCAGCTGAAAAGATTAGCAATAAGCGACCT
CTCTCCCACCAACAAACACAGACACCGCAAGTTCCAGTAGGTGCAGACTCATCCTCGTAG
TAGTGAACATTGAGACCAGCAGCAGTAGCATCCTTCTTCATAGCCTCACCATATTTGTCC
TTTCCAAATGGAACCCATGTAACTGGTTGCCCCAGGAAATTTGAAGCATCCACTGAGCCA
CTTTGATTGAGTTCTGAGTAGCACCTCCGGCAATGTATTCAACAGTGAACTTGCTACTCA
TCTCATCATACATGGGCAAATGTTTCTCCTCGGCGAGAATAGCATTGTTCAACTTGACGT
CGTACTTGGTGAGAAATGCCTCGTCGACGACGGCAGAGATGTCGAAGAGTGGGTTCCCCA
TTCCGAGAAGGATTCCATCGTAGTTGTTAGTGGAAGCCATTTCGATGAATCTGAGAAGAG
ACGTTTAGATTCAGTTCTGATGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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DS 



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BQ
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GAGTATCTTCTATCTTCTCGAGCTCTTAATGGCTACCAAGTAACTCAAGAGAATCACATT
CGTTGGTCTCAGACTCCAGATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAAA
GAAGAAATAAAAGTGGAAATCGAAGATTCCATCTACTTAATCATACGCACGGAGACTACG
GAAAGATCCCCGGAGCCACCGGTCAGGAGTTTCAAAAGGAAATTCCGGTTACCGGAATCG
ATAGATATAACCGGGATATCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTGTTGACTGTGACTGTACCA
AAGGTGGTTTTGAGAAGGAGGAGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCTT
CAAGTT*TTGCAAGAGCTGCTTAAACAAAGCTACTCTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTGA
TGTTACTGAAAGTCTTCCTTCTTGCAAGAGCTGCTTAATAAATAGCTTTTGTTTCTTCCT
ATTTTT*AATAGGAGTTTGATCTT

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DS 

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TCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTGTTGACTGTGACTGTACCAAAGGTGGTTTTGAGAAGG
AGGAGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCTTCAAGTTCTTGCAAGAGCT
GCTTAAACAAAGCTACTCTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTACTGAAAGTCTTCC
TTCTTGCAAGAGCTGCTTAATGAGTAGCTTTTGTTTCTTCCTATTTTTTAATAGGAGTTT
GATCT

QA 1 305 1 305
DS 

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TTCTCGAGCTCTTAATGGCTACCAAGTTACTCAAGAGAATCATATTCGTTGGTCTCAGAC
TCCAGATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAAAGAAGAAACAAAAGT
GGAAATCGAAGATTCCATCTACTTAATCATACGCACGGAGACTACGGAAAGATCCCCGGA
ACCACCGGTCAGGAGTTTCAAAAGGAAATTCCGGTTACCGGAATCGATAGATATAACCGG
GATAGCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTGTTGACTGTGACTGTACCAAAGGTGGTTTTGAG
AAGGAGGAGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCTTCAAGTTCTTGCAAG
AGCTGCTTAAACAAAGCTACTCTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTACTGAAAGTC
TTCCTTCTTGCAAGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTCCTATTTTTTAATAGGA
GTTTGATCTTTGCTTC

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DS 

RD RR1DK92TF 556 0 0
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TTCTCGAGCTCTTAATGGCTACCAAGTTACTCAAGAGAATCATATTCGTTGGTCTCAGAC
TCCAGATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAAAGAAGAAACAAAAGT
GGAAATCGAAGATTCCATCTACTTAATCATACGCACGGAGACTACGGAAAGATCCCCGGA
ACCACCGGTCAGGAGTTTCAAAAGGAAATTCCGGTTACCGGAATCGATAGATATAACCGG
GATAGCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTGTTGACTGTGACTGTACCAAAGGTGGTTTTGAG
AAGGAGGAGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCTTCAAGTTCTTGCAAG
AGCTGCTTAAACAAAGCTACTCTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTACTGAAAGTC
TTCCTTCTTGCAAGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTCCTATTTTTTAATAGGA
GTTTGATCTTTGCTTC

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1H088TF 608 0 0
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GAGTATCTTCTATCTTCTCGAGCTCTTAATGGCTACCAAGTTACTCAAGAGAATCATATT
CGTTGGTCTCAGACTCCAGATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAAA
GAAGAAACAAAAGTGGAAATCGAAGATTCCATCTACTTAATCATACGCACGGAGACTACG
GAAAGATCCCCGGAACCACCGGTCAGGAGTTTCAAAAGGAAATTCCGGTTACCGGAATCG
ATAGATATAACCGGGATATCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTGTTGACTGTGACTGTACCA
AAGGTGGTTTTGAGAAGGAGGAGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCTT
CAAGTTCTTGCAAGAGCTGCTTAAACAAAGCTACTCTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTGA
TGTTACTGAAAGTCTTCCTTCTTGCAAGAGCTGCTTAATGAGTAGCTTTTGTTTCTTCCT
ATTTTTTAATAGGAGTTTGATCTTTGCTTCACAAGTCTGGTTTCTAATCTTTTTTCCTGG
TA
AAAAAA

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1H753TF 601 0 0
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TTCTCGAGCTCTTAATGGCTACCAAGTTACTCAAGAGAATCATATTCGTTGGTCTCAGAC
TCCAGATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAAAGAAGAAGCAAAAGT
GGAAATCGAAGATTCCATCTACTTAATCATACGCACGGAGACTACGGAAAGATCCCCGGA
ACCACCGGTCAGGAGTTTCAAAAGGAAATTCCGGTTACCGGAATCGATAGATATAACCGG
GATATCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTGTTGACTGTGACTGTACCAAAGGTGGTTTTGAG
AAGGAGGAGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCTTCAAGTTCTTGCAAG
AGCTGCTTAAACAAAGCTACTCTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTACTGAAAGTC
TTCCTTCTTGCAAGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTCCTATTTTTTAATAGGA
GTTTGATCTTTGCTTCACAAGTCTGGTTTCTAATCTTTTTTCCTGGTACTTAACC
GGTCTA

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DS 

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TAGG
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GATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAAAGAAGAAATAAAAGTGGAA
ATCGAAGATTCCATCTACTTAATCATACGCACGGAGACTACGGAAAGATCCCCGGAACCA
CCGGTCAGGAGTTTCAAAAGGAAATTCCGGTTACCGGAATCGATAGATATAACCGGGATA
TCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTGTTGACTGTGACTGTACCAAAGGTGGTTTTGAGAAGG
AGGAGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCTTCAAGTTCTTGCAAGAGCT
GCTTAAACAAAGCTACTCTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTACTGAAAGTCTTCC
TTCTTGCAAGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTCCTATTTTT*AATAGGAGTTT
GATCTTTTCTTCACAAGTCTGGTTTCTAATTTTTTTTCCTGGTACTTAACCTTTATAGAC
AGTTTATCTACTAATCCAAATCCTAAGTTTATGCCTTCA

QA 5 643 5 643
DS 

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TAGAGAGAAAAAAATGGACTTTCAGAGGATTCAAATGACACCATGGGAGTATCTTCTATC
TTCTCGAGCTCTTAATGGCTACCAAGTAACTCAAGAGAATCACATTCGTTGGTCTCAGAC
TCCAGATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAAAGAAGAAATAAAAGT
GGAAATCGAAGATTCCATCTACTTAATCATACGCACGGAGACTACGGAAAGATCCCCGGA
ACCACCGGTCAGGAGTTTCAAAAGGAAATTCCGGTTACCGGAATCGATAGATATAACCGG
GATATCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTGTTGACTGTGACTGTACCAAAGGTGGTTTTGAG
AAGGAGGAGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCTTCAAGTTCTTGCAAG
AGCTGCTTAAACAAAGCTACTCTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTACTGAAAGTC
TTCCTTCTTGCAAGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTCCTATTTTT*AATAGGA
GTTTGATCTTTTCTTCACAAGTCTGGTTTCTAATTTTTTTTCCTGGTACTTAACCTTTAT
AGACAGTTTATCTACTAATCCAAATCCTAAGTTTATGCCTTCAAAAGGAAAGGGAAAGAA
AAATGGTTACATAAG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1AR64TF 675 0 0
TAGAGAGAAAAAAATGGACTTTCAGAGGATTCAAATGACACCATGGGAGTATCTTCTATC
TTCTCGAGCTCTTAATGGCTACCAAGTAACTCAAGAGAATCACATTCGTTGGTCTCAGAC
TCCAGATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAAAGAAGAAATAAAAGT
GGAAATCGAAGATTCCATCTACTTAATCATACGCACGGAGACTACGGAAAGATCCCCGGA
ACCACCGGTCAGGAGTTTCAAAAGGAAATTCCGGTTACCGGAATCGATAGATATAACCGG
GATATCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTGTTGACTGTGACTGTACCAAAGGTGGTTTTGAG
AAGGAGGAGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCTTCAAGTTCTTGCAAG
AGCTGCTTAAACAAAGCTACTCTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTACTGAAAGTC
TTCCTTCTTGCAAGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTCCTATTTTT*AATAGGA
GTTTGATCTTTTCTTCACAAGTCTGGTTTCTAATTTTTTTTCCTGGTACTTAACCTTTAT
AGACAGTTTATCTACTAATCCAAATCCTAAGTTTATGCCTTCAAAAGGAAAGGGAAAGAA
AAATGGTTACATAAG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1AU61JQ 746 0 0
TAGG
GAGAAAAAAATGGACTTTCAGAGGATTCAAATGACACCATGGGAGTATCTTCTATCTTCT
CGAGCTCTTAATGGCTACCAAGTAACTCAAGAGAATCACATTCGTTGGTCTCAGACTCCA
GATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAAAGAAGAAATAAAAGTGGAA
ATCGAAGATTCCATCTACTTAATCATACGCACGGAGACTACGGAAAGATCCCCGGAACCA
CCGGTCAGGAGTTTCAAAAGGAAATTCCGGTTACCGGAATCGATAGATATAACCGGGATA
TCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTGTTGACTGTGACTGTACCAAAGGTGGTTTTGAGAAGG
AGGAGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCTTCAAGTTCTTGCAAGAGCT
GCTTAAACAAAGCTACTCTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTGATGTTACTGAAAGTCTTCC
TTCTTGCAAGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTCCTATTTTT*AATAGGAGTTT
GATCTTTTCTTCACAAGTCTGGTTTCTAATTTTTTTTCCTGGTACTTAACCTTTATAGAC
AGTTTATCTACTAATCCAAATCCTAAGTTTATGCCTTCAAAAGGAAAGGGAAAGAAAAAT
GGTTACATAAGAATTGTTTGATCTCCTTATTACTTGGTTTAAATTGGTAATGTAAACCTA
AACCCAAAATTGCTAGATTTCT

QA 5 746 5 746
DS 



AS 1 10

CO CL310Contig1 674 10 7 U
GAAGAAAACAAAACACAGAGAGCTAGAGAGAGAGAGAGA**ATTAGAACAATGGCGGCTA
ATTCAATCTGTTCGTCTTTATCAGTGCATTCCATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTG
CAGCAAGAACCATAACCTCAAAGAAGGGCACAACAAGTGGACAGGTGAAGCTGCTGACAA
GAGTCGAGCAGCTCAAGCTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGTCTTTTATCCTTAGCCG
AGAAATCAGGTTTCTCTCTCTCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGG
AGTTCGGCGTTTTGTCCGCCGCCACGAACCCCGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGA
GCATCGGTTTACTCCTACTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAAGATTACTCTT
GGCAAGTGGTGGTTCAGCTCGTCGTGGCTCTCGTCTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTT
TTGCTGCTTCTGGTTTTGTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTGACCCCGGTTATTTCGAT
TTTTGTTTAAACCGGGTTGGGTTTTTGTATCGGATTCGCTCGTGTATTTGAATCTAAATT
GCTTTAAGCTCATTTCAATGTTTATGTAAATGTTTATGAGGCCCATTAATAATTAAGCCT
GTTCCTAGGCCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 25 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 25 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL19TF U 4
AF RR1EB14TF U 8
AF RR1EH87TF U 1
AF RR1ET05TF U 4
AF RR1ET05JQ C 116
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AF RR1E841JQ C 397
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DS 

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GG
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GTTCGTCTTTATCAGTGCATTCCATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTGCAGCAAGAA
CCATAACCTCAAAGAAGGGCACAACAAGTGGACAGGTGAAGCTGCTGACAAGAGTCGAGC
AGCTCAAGCTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGTCTTTTATCCTTGGCCGAGAAATCAG
GTTTCTCTCTCTCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGGAGTTCGGCG
TTTTGTCCGCCGCCACGAACCCCGAAACGCCTGTAACGCTGTTCACCCTGAGCATCGGTT
TACTCCTACTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAAGATTACTCTTGGCAAGTGG
TGGTTCAGCTCGTCGTGGCTCTCGTCTCTGTCCTCGGTGGCTTTGCTGCTTTTGCTGCTT
CTGGTTTTGTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTGACCCCGGTTATT

QA 3 528 3 528
DS 

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ATTCAATCTGTTCGTCTTTATCAGTGCATTCCATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTG
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GAGTCGAGCAGCTCAAGCTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGTCTTTTATCCTTAGCCG
AGAAATCAGGTTTCTCTCTCTCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGG
AGTTCGGCGTTTTGTCCGCCGCCACGAACCCCGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGA
GCATCGGTTTACTCCTACTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAAGATTACTCTT
GGCAAGTGGTGGTTCAGCTCGTCGTGGCTCTCGTCTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTT
TTGCTGCTTCTGGTTTTGTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTGACCCCGGTTATTTCGAT
TTTTGTTTAAACCGGGTTGGGTTTTTGTATCGGATTCGCTCGTGTATTTGAATCTAAATT
GCTTTAAGCTCATTTCAATGTTTATGTAAATGTTTAT

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DS 

RD RR1ET05TF 634 0 0
GGAAAC
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GTTCGTCTTTATCAGTGCATTCCATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTGCAGCAAGAA
CCATAACCTCAAAGAAGGGCACAACAAGTGGACAGGTGAAGCTGCTGACAAGAGTCGAGC
AGCTCAAGCTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGTCTTTTATCCTTAGCCGAGAAATCAG
GTTTCTCTCTCTCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGGAGTTCGGCG
TTTTGTCCGCCGCCACGAACCCCGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGAGCATCGGTT
TACTCCTACTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAAGATTACTCTTGGCAAGTGG
TGGTTCAGCTCGTCGTGGCTCTCGTCTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTTTTGCTGCTT
CTGGTTTTGTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTGACCCCGGTTATTTCGATTTTTGTTTA
AACCGGGTTGGGTTTTTGTATCGGATTCGCTCGTGTATTTGAATCTAAATTGCTTTAAGC
TCATTTCAATGTTTATGTAAATGTTTAT

QA 7 634 7 634
DS 

RD RR1ET05JQ 529 0 0
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GACAAGAGTCGAGCAGCTCAAGCTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGTCTTTTATCCTT
AGCCGAGAAATCAGGTTTCTCTCTCTCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGC
CGAGGAGTTCGGCGTTTTGTCCGCCGCCACGAACCCCGAAACGCCTGGAACGCTGTTCAC
CCTGAGCATCGGTTTACTCCTACTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAAGATTA
CTCTTGGCAAGTGGTGGTTCAGCTCGTCGTGGCTTTCGTCTCTGTCCTCGGTGGCTCTGC
TGCTTTTGCTGCTTCTGGTTTTGTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTGACCCCGGTTATT
TCGATTTTTGTTTAAACCGGGTTGGGTTTTTGTATCGGATTCGCTCGTGTATTTGAATCT
AAATTGCTTTAAGCTCATTTCAATGTTTATGTAAATGTTTATGAGGCCC

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1GN39JQ 615 0 0
GG
GAGAGAGAGAATTAGAACAATGGCGGCTAATTCAATCTGTTCGTCTTTATCAGTGCATTC
CATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTGCAGCAAGAACCATAACCTCAAAGAAGGGCAC
AACAAGTGGACAGGTGAAGCTGCTGACAAGAGTCGAGCAGCTCAAGCTTCTGACCAAAGC
CGAAAAGGCTGGTCTTTTATCCTTAGCCGAGAAATCAGGTTTCTCTCTCTCCACCATCGA
GCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGGGGTTCGGCGTTTTGTCCGCCGCCACGAACCC
CGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGAGCATCGGTTTACTCCTACTCGGACCGGTTTT
CGTCTACTTGGTCCCTGAAGATTACTCTTGGCAAGTGGTGGTTCAGCTCGTCGTGGCTCT
CGTCTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTTTTGCTGCTTCTGGTTTTGTCTCCAATTTGCA
GAAATCTGATTGACCCCGGTTATTTCGATTTTTGTTTAAACCGGGTTGGGTTTTTGTATC
GGATTCGCTCGTGTATTTGAATCTAAATTGCTTTAAGCTCATTTCAATGTTTATGTAAAT
GTTTATGAGGCCC

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR1GN39TF 615 0 0
GG
GAGAGAGAGAATTAGAACAATGGCGGCTAATTCAATCTGTTCGTCTTTATCAGTGCATTC
CATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTGCAGCAAGAACCATAACCTCAAAGAAGGGCAC
AACAAGTGGACAGGTGAAGCTGCTGACAAGAGTCGAGCAGCTCAAGCTTCTGACCAAAGC
CGAAAAGGCTGGTCTTTTATCCTTAGCCGAGAAATCAGGTTTCTCTCTCTCCACCATCGA
GCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGGGGTTCGGCGTTTTGTCCGCCGCCACGAACCC
CGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGAGCATCGGTTTACTCCTACTCGGACCGGTTTT
CGTCTACTTGGTCCCTGAAGATTACTCTTGGCAAGTGGTGGTTCAGCTCGTCGTGGCTCT
CGTCTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTTTTGCTGCTTCTGGTTTTGTCTCCAATTTGCA
GAAATCTGATTGACCCCGGTTATTTCGATTTTTGTTTAAACCGGGTTGGGTTTTTGTATC
GGATTCGCTCGTGTATTTGAATCTAAATTGCTTTAAGCTCATTTCAATGTTTATGTAAAT
GTTTATGAGGCCC

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR1FO28JQ 665 0 0
GG
AAAACACAGAGAGCTAGAGAGAGAGAGAGA**ATTAGAACAATGGCGGCTAATTCAATCT
GTTCGTCTTTATCAGTGCATTCCATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTGCAGCAAGAA
CCATAACCTCAAAGAAGGGCACAACAAGTGGACAGGTGAAGCTGCTGACAAGAGTCGAGC
AGCTCAAGCTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGTCTTTTATCCTTAGCCGATAAATCAG
GTTTCTCTCTCTCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGGAGTTCGGCG
TTTTGTCCGCCGCCACGAACCCCGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGAGCATCGGTT
TACTCCTACTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAAGATTACTCTTGGCAAGTGG
TGGTTCAGCTCGTCGTGGCTCTCGTCTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTTTTGCTGCTT
CTGGTTTTGTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTGACCCCGGTTATTTCGATTTTTGTTTA
AACCGGGTTGGGTTTTTGTATCGGATTCGCTCGTGTATTTGAATCTAAATTGCTTTAAGC
TCATTTCAATGTTTATGTAAATGTTTATGAGGCCCATTAATAATTAAGCCTGTTCCTAG
GCCC

QA 3 661 3 661
DS 

RD RR1FO28TF 657 0 0
GG
AAAACACAGAGAGCTAGAGAGAGAGAGAGA**ATTAGAACAATGGCGGCTAATTCAATCT
GTTCGTCTTTATCAGTGCATTCCATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTGCAGCAAGAA
CCATAACCTCAAAGAAGGGCACAACAAGTGGACAGGTGAAGCTGCTGACAAGAGTCGAGC
AGCTCAAGCTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGTCTTTTATCCTTAGCCGATAAATCAG
GTTTCTCTCTCTCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGGAGTTCGGCG
TTTTGTCCGCCGCCACGAACCCCGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGAGCATCGGTT
TACTCCTACTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAAGATTACTCTTGGCAAGTGG
TGGTTCAGCTCGTCGTGGCTCTCGTCTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTTTTGCTGCTT
CTGGTTTTGTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTGACCCCGGTTATTTCGATTTTTGTTTA
AACCGGGTTGGGTTTTTGTATCGGATTCGCTCGTGTATTTGAATCTAAATTGCTTTAAGC
TCATTTCAATGTTTATGTAAATGTTTATGAG*CCCATTAATAATTAAGCCTGTTC

QA 3 657 3 657
DS 

RD RR1E841JQ 278 0 0
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CTGTCCTCGGTGGTTCTGCTGCTTTTGCTGCTTCTGGTTTTGTCTCCAATTTGCAGAAAT
CTGATTGACCCCGGTTATTTCGATTTTTGTTTAAACCGGGTTGGGTTTTTGTATCGGATT
CGCTCGTGTATTTGAATCTAAATTGCTTTAAGCTCATTTCAATGTTTATGTAAATGTTTA
TGAGGCCCATTAATAATTAAGCCTGTTCCTAGGCCCAT

QA 1 278 1 278
DS 



AS 1 11

CO CL311Contig1 522 11 6 U
TTTTTTATTAAAAAAAAAAA*TACATCACCTTTCCTTTAAGATTATAAAACCATTATCAA
TTCATTTTTGTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTAT
CTTCATCATTCTTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAA*GATCTGTA
ATCAACGACATATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTA
AGTGCGTTGAGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGTACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAA
ACGATGTGACTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAA
ATATGATGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTT
TCTTTAATAGAAAAAACTATAATATTTTTT*ATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAG
TTGACATATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTATTTTGGAAA


BQ
30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 
35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 45 45 45 45 10 10 10 

AF RR1F194JQ C 145
AF RR1F282TF U 1
AF RR1FA69TF U 1
AF RR1AX61JQ C 144
AF RR1CF69TF U 190
AF RR1AX61TF U 144
AF RR1F282JQ C 132
AF RR1B628JQ C 7
AF RR1FW80JQ C 1
AF RR1FW80TF U 1
AF RR1AJ92TF U 7
BS 1 396 RR1F282TF
BS 397 397 RR1CF69TF
BS 398 472 RR1F282TF
BS 473 473 RR1FA69TF
BS 474 519 RR1F282TF
BS 520 522 RR1FA69TF

RD RR1F194JQ 115 0 0
GAA
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ATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTAAGTGCGTTGAGAGACACGG

QA 4 115 4 115
DS 

RD RR1F282TF 519 0 0
TTTTTTATTAAAAAAAAAAA*TACATCACCTTTCCTTTAAGATTATAAAACCATTATCAA
TTCATTTTTGTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTAT
CTTCATCATTCTTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAA*GATCTGTA
ATCAACGACATATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTA
AGTGCGTTGAGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGTACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAA
ACGATGTGACTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAA
ATATGATGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTT*CACATTTTTGCTATATTGTTTTT
TCTTTAATAGAAAAAACTATAATATTTTTT*ATTGGGAGCCTTGTAATAAAGGATTGAAG
TTGACATATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTATTTTGG

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1FA69TF 522 0 0
TTTTTTATTAAAAAAAAAAAATACATCACCTTTCCTTTAAGATTATAAAACCATTATCAA
TTCATTTTTGTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTAT
CTTCATCATTCTTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAA*GATCTGTA
ATCAACGACATATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTA
AGTGCGTTGAGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGTACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAA
ACGATGTGACTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAA
ATATGATGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTT*CACATTTTTGCTATATTGTTTTT
TCTTTAATAGAAAAAACTATAATATTTTTT*ATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAG
TTGACATATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTATTTTGGAAA

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1AX61JQ 373 0 0
G
GATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAA*GATCTGTAATCAACGACATATCCCTTTAGCCA
AAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTAAGTGCGTTGAGAGACACGGAACTA
ATGGGAAGGGCACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAAACGATGTGACTTGCTTTTGCGGAA
CTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAATATGATGCTAAATCATGATATCT
TTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTTTCTTTAATAGAAAAAACTATAATA
TTTTTT*ATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTGACATATAATTATAAATAAAGT
AAATGTTTGTT
C

QA 2 372 2 372
DS 

RD RR1CF69TF 327 0 0
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AGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGCACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAA*CGATGTGA
CTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAATATGATGC
TAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTTTCTTTAATA
GAAAAAACTATAATATTTTTT*ATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTGACATAT
AATTATAAATAAAGTAAATGTTTGTT
T

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR1AX61TF 373 0 0
G
GATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAA*GATCTGTAATCAACGACATATCCCTTTAGCCA
AAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTAAGTGCGTTGAGAGACACGGAACTA
ATGGGAAGGGCACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAAACGATGTGACTTGCTTTTGCGGAA
CTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAATATGATGCTAAATCATGATATCT
TTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTTTCTTTAATAGAAAAAACTATAATA
TTTTTT*ATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTGACATATAATTATAAATAAAGT
AAATGTTTGTT
C

QA 2 372 2 372
DS 

RD RR1F282JQ 388 0 0
TTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAA*GATCTGTAATCAACGACAT
ATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTAAGTGCGTTGAG
AGACACGGAACTAATGGGAAGGGTACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAAACGATGTGACT
TGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAATATGATGCTA
AATCATGATATCTTTGAAGTTTTTT*CACATTTTTGCTATATTGTTTTTTCTTTAATAGA
AAAAACTATAATATTTTTT*ATTGGGAGCCTTGTAATAAAGGATTGAAGTTGACATATAA
TTATAAATAAAGTAAATGTTTATTTTGG

QA 1 388 1 388
DS 

RD RR1B628JQ 513 0 0
ATTA
AAAAAAAATAATACATCACCTTTCCTTTAAGATTATAAAACCATTATCAATTCATTTTTG
TCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTATTTTCATCATT
CTTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAA*GATCTGTAATCAACGACA
TATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTTAGTGCGTTGA
GAGACACGGAACT**TGGGAAGGGCACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAAACGATGTGAC
TTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAATATGATGCT
AAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTT*CACATTTTTGCTATATTGTTTTTTTTTTAATAG
AAAAAACTATAATATTTTTT*ATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTGACATATA
ATTATAAATAAAGTAAATGTTTGTTTTGG

QA 5 513 5 513
DS 

RD RR1FW80JQ 522 0 0
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TTCATTTTTGTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTAT
CTTCATCATTCTCGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAAAGATCTGTA
ATCAACGACATATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTA
AGCGCGTTGAGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGTACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAA
ACGATGTGACTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAA
ATATGATGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTT
TCTTTAATAGAAAAAACTATAATATTTTTT*ATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAG
TTGACATATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTATTTTGG
ATT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1FW80TF 522 0 0
TTTTTTATTAAAAAAAAAAA*TACATCACCTTTCCTTTAAGATTATAAAACCATTATCAA
TTCATTTTTGTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTAT
CTTCATCATTCTCGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAAAGATCTGTA
ATCAACGACATATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTA
AGCGCGTTGAGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGTACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAA
ACGATGTGACTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAA
ATATGATGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTT
TCTTTAATAGAAAAAACTATAATATTTTTT*ATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAG
TTGACATATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTATTTTGG
ATT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1AJ92TF 513 0 0
ATTAAAAAAAAAAA*TACATCACCTTTCCTTTAAGATTATAAAACCATTATCAATTCATT
TTTGTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTATCTTCAT
CATTCTTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAA*GATCTGTAATCAAC
GACATATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTAAGTGCG
TTGAGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGTACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAAACGATG
TGACTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAATATGA
TGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTT*CACATTTTTGCTATATTGTTTTTTCTTTA
ATAGAAAAAACTATAATATTTTTTTATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTGACA
TATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTATTTTGG

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 8

CO CL312Contig1 1974 8 12 U
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GTGAAAGTCAACGCAGCAACCAAGTCTCTCGAAAAATGGCTTCGCATGACCATGATCATC
ACCATCACCATCACGAGGAAGGCCACAAGAAACAGGAGGGCGGCTGCGGTGGAGACACGT
CTTGGGTAGGACCGGACGGGAGGGTTTACCATAGCCACGATGGACTCGCACCGCACTCAC
ACGAACCCATCTACTCTCCTGGTTACTTCAGCCGCCGAGCTCCTCCTCTTAACGACCGTA
ACTTCTCTGAGAGAGCTTTCACCGTCGGTATTGGCGGTCCTGTTGGCACAGGGAAAACAG
CATTGATGCTTGCTCTTTGTAGAGTCTTGAGGGACAAGTACAGTCTTGCAGCTGTGACGA
ATGATATATTCACCAAAGAGGACGGTGAGTTTCTGGTGAAGCATGGGGCTCTTCCTGAGG
AAAGGATCAGGGCCGTTGAAACCGGTGGATGTCCACACGCAGCCATCCGTGAAGACATCA
GTATCAACTTGGGTCCTCTCGAGGAGTTATCGAACTTGTTCAAGACTGATTTGCTTCTTT
GTGAATCTGGTGGAGATAATCTAACTGCTAATTTCAGCAGGGAGCTAGCTGACTATATCA
TCTACATCATCGATGTATCGGCTGGTGATAAAATACCACGTAAAGGCGGTCCTGGCATCA
CGCAAGCTGATCTTCTGGTGATAAACAAGACAGACCTCGCAGCAGCTGTTGGGGCTGACT
TATCTGTCATGGAGCGTGATGCACTGCGCATGCGTGATGGTGGTCCATTCGTCTTTGCTC
AGGTGAAGCATGGGCTTGGGGTTGAGGAAATAGTCAACCATGTCATGAACTCATGGGAGC
AAGCAACCGGGAACAAGCGCCACTAATGGGTTCTTAAGCCCCCCAGAAAAAAAAACTGAA
TAAAACTATCTCGAACTTGGTTTATGTTTCGAAGCTTATGTAATCTCTGTTTGTTGTTAT
TGTTGCACTCAAGACAGTAAAGAGAAATAAGTGTTTTTGTAATAGAGCATGAGACTCATT
AGTCATTACATTGTGATTCTAGTCAATGTCCTCCTTTAACAGAAGCAAAGAGATCCTTGT
AGGAACGTTTCGGAGCATCAGCACTAGCAACAATCTCCACAACCTTGAAAGAAGACGATT
CCTCCTCAAGCAAAGCTTCCACCGCAACTTCCGCCACAAGGTCTCTCGATATGCTCCCTC
CAGACAAAGTATCCTCAGGCTCCATGACTACATTCCCCGAAGGAGGATCGTTCTTAAGAC
CACCAGGTCTAACTATAGTATAGTTAATCCCAGACCTCTTGATATACTTCTCGGCTTGAA
GCTTGGCGACGAGAGTGAGTCCAAAAACGTTGAGGAAGATGTACGCAGGGTTTAAAATCT
GTCCCACGGCAGCTCCGTTCACCAAGATAGAGCTCACGAGAACGAACCTGTTCACCTCTT
GTTTCTTACACGCGTCCACAAGGTTCACAGTTCCGTAGTTATCGATCTTCCAAGGAGCGA
AGAGATCGAACCCGGGACGGAAACCAGTAGCGCAGATCACGGCTTGTGAGTCGTCGCCTA
TGGCTTCTGCTAGCTTCTCTGAGCCTTCTGTCACGTCTGCTTTAACGAAGTGAAGAGAAG
GGTCTTGTCTGAAAGATGTTTTTGTTTTGTCTACGTCACGGACACCTGCTTTGACGGCGA
ATCCACGGGATAAGAGCTGTTCAACGATCCTCTTCCCGGTTTGTCCCGTGGCTCCAGCGA
CGAATACCTTCTTCTTGGACGCGTTTGCGTCACCGCTTTCCATCTTGATGGAAGTGAAGG
AACGAGAAGAGTTGGTGTTCTTGGTGAAGACGAAAGAAGAAGATGAAGAGTAGAAGACAG
CTGAAGAGGAGGAATGTCTGAGAAGGAGCAGAGATGTTGTCATCATCGACCGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO65TF U 37
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AF RR1GO65JQ C 221
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AF RR1A153TF C 1209
BS 1 47 RR1F436TF
BS 48 48 RR1GO65TF
BS 49 729 RR1F436TF
BS 730 927 RR1GO65JQ
BS 928 1039 RR1F436JQ
BS 1040 1446 RR1BQ76JQ
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BS 1800 1974 RR1A153TF

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GG
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GCTTCGCATGACCATGATCATCACCATCACCATCACGAGGAAGGCCACAAGAAACAGGAG
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GATGGACTCGCACCGCACTCACACGAACCCATCTACTCTCCTGGTTACTTCAGCCGCCGA
GCTCCTCCTCTTAACGACCGTAACTTCTCTGAGAGAGCTTTCACCGTCGGTATTGGCGGT
CCTGTTGGCACAGGGAAAACAGCATTGATGCTTGCTCTTTGTAGAGTCTTGAGGGACAAG
TACAGTCTTGCAGCTGTGACGAATGATATATTCACCAAAGAGGACGGTGAGTTTCTGGTG
AAGCATGGGGCTCTTCCTGAGGAAAGGA

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DS 

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GTGAAAGTCAACGCAGCAACCAAGTCTCTCGAAAAATGGCTTCGCATGACCATGATCATC
ACCATCACCATCACGAGGAAGGCCACAAGAAACAGGAGGGCGGCTGCGGTGGAGACACGT
CTTGGGTAGGACCGGACGGGAGGGTTTACCATAGCCACGATGGACTCGCACCGCACTCAC
ACGAACCCATCTACTCTCCTGGTTACTTCAGCCGCCGAGCTCCTCCTCTTAACGACCGTA
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CATTGATGCTTGCTCTTTGTAGAGTCTTGAGGGACAAGTACAGTCTTGCAGCTGTGACGA
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AAAGGATCAGGGCCGTTGAAACCGGTGGATGTCCACACGCAGCCATCCGTGAAGACATCA
GTATCAACTTGGGTCCTCTCGAGGAGTTATCGAACTTGTTCAAGACTGATTTGCTTCTTT
GTGAATCTGGTGGAGATAATCTAACTGCTAATTTCAGCAGGGAGCTAGCTGACTATATCA
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CGCAAGCTG
GT

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DS 

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TCCTCCTCTTAACGACCGTAACTTCTCTGAGAGAGCTTTCACCGTCGGTATTGGCGGTCC
TGTTGGCACAGGGAAAACAGCATTGATGCTTGCTCTTTGTAGAGTCTTGAGGGACAAGTA
CAGTCTTGCAGCTGTGACGAATGATATATTCACCAAAGAGGACGGTGAGTTTCTGGTGAA
GCATGGGGCTCTTCCTGAGGAAAGGATCAGGGCCGTTGAAACCGGTGGATGTCCACACGC
AGCCATCCGTGAAGACATCAGTATCAACTTGGGTCCTCTCGAGGAGTTATCGAACTTGTT
CAAGACTGATTTGCTTCTTTGTGAATCTGGTGGAGATAATCTAGCTGCTAATTTCAGCAG
GGAGCTAGCTGACTATATCATCTACATCATCGATGTATCGGCTGGTGATAAAATACCACG
TAAAGGCGGTCCTGGCATCACGCAAGCTGATCTTCTGGTGATAAACAAGACAGACCTCGC
AGCAGCTGTTGGGGCTGACTTATCTGTCATGGAGCGTGATGCACTGCGCATGCGTGATGG
TGGTCCATTCGTCTTTGCTCAGGTGAAGCATGGGCTTGGGGTTGAGGAAATAGTCAACCA
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GGGTTCTTAAGCCCCCCAG

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DS 

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TATATTCACCAAAGAGGACGGTGAGTTTCTGGTGAAGCATGGGGCTCTTCCTGAGGAAAG
GATCAGGGCCGTTGAAACCGGTGGATGTCCACACGCAGCCATCCGTGAAGACATCAGTAT
CAACTTGGGTCCTCTCGAGGAGTTATCGAACTTGTTCAAGACTGATTTGCTTCTTTGTGA
ATCTGGTGGAGATAATCTAACTGCTAATTTCAGCAGGGAGCTAGCTGACTATATCATCTA
CATCATCGATGTATCGGCTGGTGATAAAATACCACGTAAAGGCGGTCCTGGCATCACGCA
AGCTGGTCTTCTGGTGATAAACAAGACAGACCTTGCAGCAGCTGTTGGGGCTGACTTATC
TGTCATGGAGCGTGATGCACTGCGCATGCGTGATGGTGGTCCATTCGTCTTTGCTCAGGT
GAAGCATGGGCTTGGGGTTGAGGAAATAGTCAACCATGTCATGAACTCATGGGAGCAAGC
AACCGGGAACAAGCGCCACTAATGGGTTCTTAAGCCCCCCAGAAAAAAAAACTGAATAAA
ACTATCTCGAACTTGGTTTATGTTTCGAAGCTTATGTAATCTCTGTTTGTTGTTATTGTT
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ATTACATTGTGATTCT

QA 1 736 1 736
DS 

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CACCGCAACTTCCGCCACAAGGTCTCTCGATATGCTCCCTCCAGACAAAGTATCCTCAGG
CTCCATGACTACATTCCCCGAAGGAGGATCGTTCTTAAGACCACCAGGTCTAACTATAGT
ATAGTTAATCCCAGACCTCTTGATATACTTCTCGGCTTGAAGCTTGGCGACGAGAGTGAG
TCCAAAAACGTTGAGGAAGATGTACGCAGGGTTTAAAATCTGTCCCATGGCAGCTCCGTT
CACCAAGATAGAGCTCACGAGAACGAACCTGTTCACCTTTTGTTTCTTACACGCGTCCAC
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GAAACCAGTAGCGCAGATCACGGCTTGTGAGTCGTCGCCTATGGCTTC
C

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TAGTCAATGTCCTCCTTTAACAGAAGCAAAGAGATCCTTGTAGGAACGTTTCGGAGCATC
AGCACTAGCAACAATCTCCACAACCTTGAAAGAAGACGATTCCTCCTCAAGCAAAGCTTC
CACCGCAACTTCCGCCACAAGGTCTCTCGATATGCTCCCTCCAGACAAAGTATCCTCAGG
CTCCATGACTACATTCCCCGAAGGAGGATCGTTCTTAAGACCACCAGGTCTAACTATAGT
ATAGTTAATCCCAGACCTCTTGATATACTTCTCGGCTTGAAGCTTGGCGACGAGAGTGAG
TCCAAAAACGTTGAGGAAGATGTACGCAGGGTTTAAAATCTGTCCCATGGCAGCTCCGTT
CACCAAGATAGAGCTCACGAGAACGAACCTGTTCACCTTTTGTTTCTTACACGCGTCCAC
AAGGTTCACAGTTCCGTAGTTATCGATCTTCCAAGGAGCGAAGAGATCGAACCCGGGACG
GAAACCAGTAGCGCAGATCACGGCTTGTGAGTCGTCGCCTATGGCTTC
C

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1A153JQ 761 0 0
AG
AGAGAAATAAGTGTTTTTGTAATAGAGCATGAGACTCATTAGTCATTACATTGTGATTCT
AGTCAATGTCCTCCTTTAACAGAAGCAAAGAGATCCTTGTAGGAACGTTTCGGGGCATCA
GCACTAGCAACAATCTCCACAACCTTGAAAGAAGACGATTCCTCCTCAAGCAAAGCTTCC
ACCGCAACTTCCGCCACAAGGTCTCTCGATATGTTTCCTCCAGACAAAGTATCCTCAGGC
TTCATGACTACATTCCCCGAAGGAGGATCGTTCTTAAGACCACCAGGTCTAACTATAGTA
TAGTTAATCCCAGACCTCTTGATATACTTCTTGGCTTGAAGCTTGGCGACGAGAGTGAGT
CCAAAAACGTTGAGGAAGATGTACGCAGGGTTTAAAATCTGTCCCACGGCAGCTCCGTTC
ACCAAGATAGAGCTCACGAGAACGAACCTGTTCACCTCTTGTTTCTTACACGCGTCCACA
AGGTTCACAGTTCCGTAGTTATCGATCTTCCAAGGAGCGAAGAGATCGAACCCGGGACGG
AAACCAGTAGCGCAGATCACGGCTTGTGAGTCGTCGCCTATGGCTTCTGCTAGCTTCTCT
GAGCCTTCTGTCACGTCTGCTTTAACGAAGTGAAGAGAAGGGTCTTGTCTGAAAGATGTT
TTTGTTTTGTCTACGTCACGGACACCTGCTTTGACGGCGAATCCACGGGATAAGAGCTGT
TCAACGATCCTCTTCCCGGTTTGTCCCGTGGCTCCAGCG

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DS 

RD RR1A153TF 766 0 0
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GTATCCTCAGGCTTCATGACTACATTCCCCGAAGGAGGATCGTTCTTAAGACCACCAGGT
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ACGAGAGTGAGTCCAAAAACGTTGAGGAAGATGTACGCAGGGTTTAAAATCTGTCCCACG
GCAGCTCCGTTCACCAAGATAGAGCTCACGAGAACGAACCTGTTCACCTCTTGTTTCTTA
CACGCGTCCACAAGGTTCACAGTTCCGTAGTTATCGATCTTCCAAGGAGCGAAGAGATCG
AACCCGGGACGGAAACCAGTAGCGCAGATCACGGCTTGTGAGTCGTCGCCTATGGCTTCT
GCTAGCTTCTCTGAGCCTTCTGTCACGTCTGCTTTAACGAAGTGAAGAGAAGGGTCTTGT
CTGAAAGATGTTTTTGTTTTGTCTACGTCACGGACACCTGCTTTGACGGCGAATCCACGG
GATAAGAGCTGTTCAACGATCCTCTTCCCGGTTTGTCCCGTGGCTCCAGCGACGAATACC
TTCTTCTTGGACGCGTTTGCGTCACCGCTTTCCATCTTGATGGAAGTGAAGGAACGAGAA
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GAGGAATGTCTGAGAAGGAGCAGAGATGTTGTCATCATCGACCGAC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 3 11

CO CL313Contig1 592 4 5 U
AACTACAAACGATTTTATTATGACAGCCACGAAAGATAACAACTCAAACGCAATGACATT
ACATAATCAAACTTTATTCTCATAATTTGGCCTCTTAATCAATCCTGGCCTTCTCTAAAA
GTCACTTACATCATTATTCATTACAAACACACCACGATGGTTTTCGTACTCATAAAAACA
CATAACTGCATATATGGGGGGGGTTAAAACATTACCGACTTTTAGTGGCCGGGCTGTGTC
TGAACAGCTTCTCCGGCATATGAACAACACCTTGAGCAGCCACGGTAACTTCTGTAGCAG
CAGCCATGGCGGCAGTAACCTCCTCCTCGGCCTCCTCCGTTGTATCCTCCTCCTCCGTTG
TAACCTCCCCCTCCGTTGTAACCTCCATTGCCACCGCGGCCACCACCACCATATTGGTCA
TGGTCAGGTTGTAAGGTATCCTTACTCTCTGACTTCAATGACTGCTCTTCGGATGTCGCG
GCAACTTCTGAGATGACGAAAAGAATTGCAAAGAGACCCAACAAAACTAATGCCTTGGAA
GCCATTTTCAACTTGTTTATAATATTTTGTTGTATGGAGAAGTGATGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AH65JQ U 33
AF RR1BT83JQ U 152
AF RR1AH65TF C 1
AF RR1BT83TF C 9
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BS 151 151 RR1AH65TF
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BS 296 592 RR1AH65TF

RD RR1AH65JQ 263 0 0
AAAAA
AACAACTCAAACGCAATGACATTACATAATCAAACTTTATTCTCATAATTTGGCCTCTTA
ATCAATCCTGGCCTTCTCTAAAAGTCACTTACATCATTATTCATTACAAACACCCCACGA
TGGTTTTCGTACTCATAAAAACACATAACTGCATATATGGGGGGGGTTAAAACATTACCG
ACTTTTAGTGGCCGGGCTGTGTCTGAACAGCTTCTCCGGCATATGAACAACACCTTGAGC
AGCCACGGTAACTTCTGT

QA 6 263 6 263
DS 

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TTACCGACTTTTAGTGGCCGGGCTGTGTCTGAACAGCTTCTCCGGCATATGAACAACACC
TTGAGCAGCC

QA 1 130 1 130
DS 

RD RR1AH65TF 592 0 0
AACTACAAACGATTTTATTATGACAGCCACGAAAGATAACAACTCAAACGCAATGACATT
ACATAATCAAACTTTATTCTCATAATTTGGCCTCTTAATCAATCCTGGCCTTCTCTAAAA
GTCACTTACATCATTATTCATTACAAACACACCACGATGGTTTTCGTACTCATAAAGACA
CATAACTGCATATATGGTGGTGGTTAATACATTACCGACTTTTAGTGGCCGGGCTGTGTC
TGAACAGCTTCTCCGGCATATGAGCAACACCTTGAGCAGCCACGGTAACTTCTGTAGCAG
CAGCCATGGCGGCAGTAACCTCCTCCTCGGCCTCCTCCGTTGTATCCTCCTCCTCCGTTG
TAACCTCCCCCTCCGTTGTAACCTCCATTGCCACCGCGGCCACCACCACCATATTGGTCA
TGGTCAGGTTGTAAGGTATCCTTACTCTCTGACTTCAATGACTGCTCTTCGGATGTCGCG
GCAACTTCTGAGATGACGAAAAGAATTGCAAAGAGACCCAACAAAACTAATGCCTTGGAA
GCCATTTTCAACTTGTTTATAATATTTTGTTGTATGGAGAAGTGATGAATCC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1BT83TF 584 0 0
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AAACTTTATTCTCATAATTTGGCCTCTTAATCAATCCTGGCCTTCTCTAAAAGTCACTTA
CATCATTATTCATTACAAACACACCACGATGGTTTTCGTACTCATAAAGACACATAACTG
CATATATGGTGGTGGTTAATACATTACCGACTTTTAGTGGCCGGGCTGTGTCTGAACAGC
TTCTCCGGCATATGAGCAACACCTTGAGCAGCCACGGTAACTTCTGTAGCAGCAGCCATG
GCGGCAGTAACCTCCTCCTCGGCCTCCTCCGTTGTATCCTCCTCCTCCGTTGTAACCTCC
CCCTCCGTTGTAACCTCCATTGCCACCGCGGCCACCACCACCATATTGGTCATGGTCAGG
TTGTAAGGTATCCTTACTCTCTGACTTCAATGACTGCTCTTCGGATGTCGCGGCAACTTC
TGAGATGACGAAAAGAATTGCAAAGAGACCCAACAAAACTAATGCCTTGGAAGCCATTTT
CAACTTGTTTATAATATTTTGTTGTATGGAGAAGTGAT
GAATCC

QA 1 578 1 578
DS 



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CATTAGTTTTGTTGGGTCTCTTTGCAATTCTTTTCGTCATCTCAGAAGTTGCCGCGACAT
CCGAAGAGCAGTCATTGAAGTCAGAGAGTAAGGATACCTTACAACCTGACCATGACCAAT
ATGGTGGTGGTGGTCGCGGTGGCAATGGAGGTTACAACGGAGGGGGAGGTTACAACGGAG
GAGGAGGATACAATGGAGGCGGAGGATACAACGGAGGAGGACACAATGGAGGAGGAGGAT
ACAACGGAGGAGGACACAATGGAGGAGGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGAGGAGGTT
ACTGCCGCCATGGCTGCTGCTACAGAGGTTACCGTGGCTGCTCAAGGTGTTGCTCATATG
CCGGAGAAGCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTCGGTAATGTATTAACCACCAC
CATATATGCAGTTATGTGTCTTTATGTGTACGAAAACCATCGTGGTGTGTTTGTAATGAA
TAATGATGTAAGTGACTTTTAGAGAAGGCCAGGATTGGTTAAGAGGCCAAATTATGAGGA
TAAAGTTTGATTATGTAATGTCATTGCGTTTGAGTTGTGATCTTTCGTGGCTGTCATAAT
AAAATCGTTTGTAGTTTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 

AF RR1GT08TF U 1
AF RR1GT08JQ C 16
AF RR1F468TF U 283
BS 1 680 RR1GT08TF

RD RR1GT08TF 680 0 0
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CATTAGTTTTGTTGGGTCTCTTTGCAATTCTTTTCGTCATCTCAGAAGTTGCCGCGACAT
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ATGGTGGTGGTGGTCGCGGTGGCAATGGAGGTTACAACGGAGGGGGAGGTTACAACGGAG
GAGGAGGATACAATGGAGGCGGAGGATACAACGGAGGAGGACACAATGGAGGAGGAGGAT
ACAACGGAGGAGGACACAATGGAGGAGGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGAGGAGGTT
ACTGCCGCCATGGCTGCTGCTACAGAGGTTACCGTGGCTGCTCAAGGTGTTGCTCATATG
CCGGAGAAGCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTCGGTAATGTATTAACCACCAC
CATATATGCAGTTATGTGTCTTTATGTGTACGAAAACCATCGTGGTGTGTTTGTAATGAA
TAATGATGTAAGTGACTTTTAGAGAAGGCCAGGATTGGTTAAGAGGCCAAATTATGAGGA
TAAAGTTTGATTATGTAATGTCATTGCGTTTGAGTTGTGATCTTTCGTGGCTGTCATAAT
AAAATCGTTTGTAGTTTATG

QA 1 680 1 680
DS 

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TGAAGTCAGAGAGTAAGGATACCTTACAACCTGACCATGACCAATATGGTGGTGGTGGTC
GCGGTGGCAATGGAGGTTACAACGGAGGGGGAGGTTACAACGGAGGAGGAGGATACAATG
GAGGCGGAGGATACAACGGAGGAGGACACAATGGAGGAGGAGGATACAACGGAGGAGGAC
ACAATGGAGGAGGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGAGGAGGTTACTGCCGCCATGGCT
GCTGCTACAGAGGTTACCGTGGCTGCTCAAGGTGTTGCTCATATGCCGGAGAAGCTGTTC
AGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTCGGTAATGTATTAACCACCACCATATATGCAGTTAT
GTGTCTTTATGTGTACGAAAACCATCGTGGTGTGTTTGTAATGAATAATGATGTAAGTGA
CTTTTAGAGAAGGCCAGGATTGGTTAAGAGGCCAAATTATGAGGATAAAGTTTGATTATG
TAATGTCATTGCGTTTGAGTTGTGATCTTTCGTGGCTGTCATAATAAAATCGTTTGTAGT
TTATG

QA 1 665 1 665
DS 

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GGGAGTTGA
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GCTCATATGCCGGAGAAGCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTCGGTAATGTATT
AACCACCACCATATATGCAGTTATGTGTCTTTATGAGTACGAAAACCATCGTG*TGTGTT
TGTAATGAATAATGATGTAAGTGACTTTTAGAGAAGGCCAGGATTGATTAAGAGGCCAAA
TTATGAGAATAAAGTTTGATTATGTAATGTCATTGCGTTTGAGTTGTTATCTTTCGTGGC
TGTCATAATAAAATCGTTTGTAGTTT

QA 10 395 10 395
DS 



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TTTTTTTTTATCATAAACTACAAACGATTTTATTATGACAGCCACGAAAGATAACAACTC
AAACGCAATGACATTACATAATCAAACTTTATTCTCATAATTTGACCTCTTAATCAATCC
TGGCCTTCTCTAAAAGTCACTTACATCATTATTCATTACAAACACACCACGATGGTTTTC
GTACTCATAAAGACACATAACTGCATATATGGTGGTGGCTAATACATTACCGACTTTTAG
TGGCCGGGCTGTGTCTGAACAGCTTCTCCGGCATATGAGCAACACCTTGAGCAGCCACGG
TAACCTCTGTAGCAGCAGCCATGGCGGCAGTAACCTCCCCCTCCGTTGTAACCTCCATTG
CCAACGCGGCCACCACCACCATATTGGTCGTGGTCAGGTTGTAAGGTATCCTTACTCTCT
GACTTCAATGACTGCTCTTCGGATGTCGCGGCAACTTCTGAGATGACGAAAAGAATTGCA
AAGAGACCCAACAAAACTAATGCCTTGGAAGCCATTTTCAACTTGTTTATAATATTTTGT
TGTATGGAGAAGTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1BQ34JQ U 10
AF RR1BQ34TF C 10
AF RR1H779TF C 1
AF RR1H779JQ U 10
BS 1 10 RR1H779TF
BS 11 218 RR1BQ34JQ
BS 219 219 RR1H779JQ
BS 220 220 RR1BQ34JQ
BS 221 222 RR1H779JQ
BS 223 253 RR1BQ34JQ
BS 254 558 RR1H779JQ

RD RR1BQ34JQ 245 0 0
G
TCATAAACTACAAACGATTTTATTATGACAGCCACGAAAGATAACAACTCAAACGCAATG
ACATTACATAATCAAACTTTATTCTCATAATTTGACCTCTTAATCAATCCTGGCCTTCTC
TAAAAGTCACTTACATCATTATTCATTACAAACACACCACGATGGTTTTCGTACTCATAA
AGACACATAACTGCATATATGGTGGTGGTT**TACATTACCGACTTTTAGTGGCCGGGCT
GTG
C

QA 2 244 2 244
DS 

RD RR1BQ34TF 245 0 0
G
TCATAAACTACAAACGATTTTATTATGACAGCCACGAAAGATAACAACTCAAACGCAATG
ACATTACATAATCAAACTTTATTCTCATAATTTGACCTCTTAATCAATCCTGGCCTTCTC
TAAAAGTCACTTACATCATTATTCATTACAAACACACCACGATGGTTTTCGTACTCATAA
AGACACATAACTGCATATATGGTGGTGGTT**TACATTACCGACTTTTAGTGGCCGGGCT
GTG
C

QA 2 244 2 244
DS 

RD RR1H779TF 558 0 0
TTTTTTTTTATCATAAACTACAAACGATTTTATTATGACAGCCACGAAAGATAACAACTC
AAACGCAATGACATTACATAATCAAACTTTATTCTCATAATTTGGCCTCTTAATCAATCC
TGGCCTTCTCTAAAAGTCACTTACATCATTATTCATTACAAACACACCACGATGGTTTTC
GTACTCATAAAGACACATAACTGCATATATGGTGGTGGCTAATACATTACCGACTTTTAG
TGGCCGGGCTGTGTCTGAACAGCTTCTCCGGCATATGAGCAACACCTTGAGCAGCCACGG
TAACCTCTGTAGCAGCAGCCATGGCGGCAGTAACCTCCCCCTCCGTTGTAACCTCCATTG
CCAACGCGGCCACCACCACCATATTGGTCGTGGTCAGGTTGTAAGGTATCCTTACTCTCT
GACTTCAATGACTGCTCTTCGGATGTCGCGGCAACTTCTGAGATGACGAAAAGAATTGCA
AAGAGACCCAACAAAACTAATGCCTTGGAAGCCATTTTCAACTTGTTTATAATATTTTGT
TGTATGGAGAAGTGAT
CC

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1H779JQ 549 0 0
A
TCATAAACTACAAACGATTTTATTATGACAGCCACGAAAGATAACAACTCAAACGCAATG
ACATTACATAATCAAACTTTATTCTCATAATTTGGCCTCTTAATCAATCCTGGCCTTCTC
TAAAAGTCACTTACATCATTATTCATTACAAACACACCACGATGGTTTTCGTACTCATAA
AGACACATAACTGCATATATGGTGGTGGCTAATACATTACCGACTTTTAGTGGCCGGGCT
GTGTCTGAACAGCTTCTCCGGCATATGAGCAACACCTTGAGCAGCCACGGTAACCTCTGT
AGCAGCAGCCATGGCGGCAGTAACCTCCCCCTCCGTTGTAACCTCCATTGCCAACGCGGC
CACCACCACCATATTGGTCGTGGTCAGGTTGTAAGGTATCCTTACTCTCTGACTTCAATG
ACTGCTCTTCGGATGTCGCGGCAACTTCTGAGATGACGAAAAGAATTGCAAAGAGACCCA
ACAAAACTAATGCCTTGGAAGCCATTTTCAACTTGTTTATAATATTTTGTTGTATGGAGA
AGTGATCC

QA 2 549 2 549
DS 



AS 2 10

CO CL314Contig1 805 2 2 U
GCATCCTATTTGTGACATTTCTTGCTCTTTCTTCTTCATCTCGAGCAGCAGATGTGACAG
AGACTGCGTTCCATTACAAAAAAGGAGAACTAGCCGATCCATCGAAATGGAGCATGATCA
AGAAAGAATGGGAAATTTGTGGGACTGGGAAGAGGCAATCACCAATAGATCTTTCTCCAG
AAATAGCTCGCCTAGTTCACAATTCTACAAAGCTTATTCAGACATATTACAAACCAGTAG
AAGCTACTCTTAAGAACCGTGGACACGACATCATGGTGTCATGGGATGACGACGCAGGGA
AGATTGTGATAAATAATACTGACTATCAATTGGTTCAAAGCCATTGGCACGCACCTTCAG
AGCATCTCCTCAATGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAAG
AAGGACACTTAGCAGTTATAGGACATCCAAAAGACTTCGGATGGGATCTTACAAAATTCT
ACGAATATAGTGGATCTCTCACTACTCCTCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGACCATCA
TCAACAAGGTGGGGACTGTTTCACATGAGCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTCGCCGCG
GTGGTTACGAGGATAACGCAAGACCCGCTCAACCGCTGAATGACCGTGTGGTTTATCTAA
ACGAACAGCATACCAGATCAACTCCAAGCTCCCAAGGACAAATTGATATAAATTAATTTT
GAAGATGTTTGTGGATTGGCTGCTCCTCCATTACTAATTATATTTTACAACATGAATTTA
CAAATTTATATATTTTCCAGTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AF61TF U 1
AF RR1AF61JQ C 38
BS 1 676 RR1AF61TF
BS 677 805 RR1AF61JQ

RD RR1AF61TF 676 0 0
GCATCCTATTTGTGACATTTCTTGCTCTTTCTTCTTCATCTCGAGCAGCAGATGTGACAG
AGACTGCGTTCCATTACAAAAAAGGAGAACTAGCCGATCCATCGAAATGGAGCATGATCA
AGAAAGAATGGGAAATTTGTGGGACTGGGAAGAGGCAATCACCAATAGATCTTTCTCCAG
AAATAGCTCGCCTAGTTCACAATTCTACAAAGCTTATTCAGACATATTACAAACCAGTAG
AAGCTACTCTTAAGAACCGTGGACACGACATCATGGTGTCATGGGATGACGACGCAGGGA
AGATTGTGATAAATAATACTGACTATCAATTGGTTCAAAGCCATTGGCACGCACCTTCAG
AGCATCTCCTCAATGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAAG
AAGGACACTTAGCAGTTATAGGACATCCAAAAGACTTCGGATGGGATCTTACAAAATTCT
ACGAATATAGTGGATCTCTCACTACTCCTCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGACCATCA
TCAACAAGGTGGGGACTGTTTCACATGAGCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTCGCCGCG
GTGGTTACGAGGATAACGCAAGACCCGCTCAACCGCTGAATGACCGTGTGGTTTATCTAA
ACGAACAGCATACCAG

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1AF61JQ 768 0 0
ATCTCGAGCAGCAGATGTGACAGAGACTGCGTTCCATTACAAAAAAGGAGAACTAGCCGA
TCCATCGAAATGGAGCATGATCAAGAAAGAATGGGAAATTTGTGGGACTGGGAAGAGGCA
ATCACCAATAGATCTTTCTCCAGAAATAGCTCGCCTAGTTCACAATTCTACAAAGCTTAT
TCAGACATATTACAAACCAGTAGAAGCTACTCTTAAGAACCGTGGACACGACATCATGGT
GTCATGGGATGACGACGCAGGGAAGATTGTGATAAATAATACTGACTATCAATTGGTTCA
AAGCCATTGGCACGCACCTTCAGAGCATCTCCTCAATGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACT
TCACATGGTACATAAAAGTGAAGAAGGACACTTAGCAGTTATAGGACATCCAAAAGACTT
CGGATGGGATCTTACAAAATTCTACGAATATAGTGGATCTCTCACTACTCCTCCTTGCAC
GGAAGATGTCATCTGGACCATCATCAACAAGGTGGGGACTGTTTCACATGAGCAAATTAA
AGTATTAGTCGATGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGATAACGCAAGACCCGCTCAACCGCT
GAATGACCGTGTGGTTTATCTAAACGAACAGCATACCAGATCAACTCCAAGCTCCCAAGG
ACAAATTGATATAAATTAATTTTGAAGATGTTTGTGGATTGGCTGCTCCTCCATTACTAA
TTATATTTTACAACATGAATTTACAAATTTATATATTTTCCAGTTACT

QA 1 768 1 768
DS 



CO CL314Contig2 1113 8 15 U
GATACATAAGTTTGAGAAGAAGAAGAAAAAACATAAGATGAGCAACATTATCATCCTATT
TGTGACATTTCTTGCTCTTTCTTCTTCATCTCGAGCAGCAGATGTGACAGAGACTGCGTT
CCATTACAAAAAAGGAGAACTAGCCGATCCATCGAAATGGAGCATGATCAAGAAAGAATG
GGAAATTTGTGGGACTGGGAAGAGGCAATCACCAATAGATCTTTCTCCAGAAATAGCTCG
CCTAGTTCACAATTCTACAAAGCTTATTCAGACATATTACAAACCAGTAGAAGCTACTCT
TAAGAACCGTGGACACGACATCATGGTGTCATGGGATGACGACGCAGGGAAGATTGTGAT
AAATAATACTGACTATCAATTGGTTCAAAGCCATTGGCACGCACCTTCAGAGCATCTCCT
CAATGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAAGAAGGACACTT
AGCAGTTATAGGAGTTCTCTTCCGAAAAGGAGAGCCGAATGCTTTCATTTCAAGGATAAT
GGAAAAGATCAATTCGATCGCAAACATCCAAGATGGAGAGGCCACCATAGGAAGGCTACA
TCCAAAAGACTTCGGATGGGATCTTACAAAATTCTACGAATATAGTGGATCTCTCACTAC
TCCTCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGACCATCATCAACAAGGTGGGGACTGTTTCACA
TGAGCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGATAACGCAAGACC
CGCTCAACCGCTGAATGACCGTGTGGTTTATCTAAACGAACAGCATACCAGATCAACTCC
AAGCTCCCAAGGACAAATTGATATAAATTAATTTTGAAGATGTTTGTGGATTGGCTGCTC
CTCCATTACTAATTATATTTTACAACATGAATTTACAAATTTATATATTTTCCAGTTACT
AAAAAACATGTAAATATGTTGTTGCTTAAAAGTTAAAAACAAAGCAAAGTGCTATATGCA
TAATATATATGTAATGTAACAAACAAGATGTAATATTAATCAACCAAAACATGAGTTGTT
GGATTCTTTTATACCACAATATTCATTTGTTTT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 
40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
0 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AH69TF U 1
AF RR1AH82TF U 1
AF RR1AA51TF U 2
AF RR1EA92TF U 579
AF RR1AA51JQ C 299
AF RR1CL37JQ C 410
AF RR1AH69JQ C 503
AF RR1AH82JQ C 657
BS 1 538 RR1AH69TF
BS 539 539 RR1AA51TF
BS 540 543 RR1AH69TF
BS 544 544 RR1AA51TF
BS 545 831 RR1AH69TF
BS 832 851 RR1AA51TF
BS 852 852 RR1EA92TF
BS 853 856 RR1AA51TF
BS 857 857 RR1EA92TF
BS 858 877 RR1AA51TF
BS 878 882 RR1EA92TF
BS 883 883 RR1AA51JQ
BS 884 1080 RR1EA92TF
BS 1081 1095 RR1AA51JQ
BS 1096 1113 RR1AH69JQ

RD RR1AH69TF 831 0 0
GATACATAAGTTTGAGAAGAAGAAGAAAAAACATAAGATGAGCAACATTATCATCCTATT
TGTGACATTTCTTGCTCTTTCTTCTTCATCTCGAGCAGCAGATGTGACAGAGACTGCGTT
CCATTACAAAAAAGGAGAACTAGCCGATCCATCGAAATGGAGCATGATCAAGAAAGAATG
GGAAATTTGTGGGACTGGGAAGAGGCAATCACCAATAGATCTTTCTCCAGAAATAGCTCG
CCTAGTTCACAATTCTACAAAGCTTATTCAGACATATTACAAACCAGTAGAAGCTACTCT
TAAGAACCGTGGACACGACATCATGGTGTCATGGGATGACGACGCAGGGAAGATTGTGAT
AAATAATACTGACTATCAATTGGTTCAAAGCCATTGGCACGCACCTTCAGAGCATCTCCT
CAATGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAAGAAGGACACTT
AGCAGTTATAGGAGTTCTCTTCCGAAAAGGAGAGCCGAATGCTTTCATTTCAAGGATAGT
GGAGAAGATCAATTCGATCGCAAACATCCAAGATGGAGAGGCCACCATAGGAAGGCTACA
TCCAAAAGACTTCGGATGGGATCTTACAAAATTCTACGAATATAGTGGATCTCTCACTAC
TCCTCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGACCATCATCAACAAGGTGGGGACTGTTTCACA
TGAGCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGATAACGCAAGACC
CGCTCAACCGCTGAATGACCGTGTGGTTTATCTAAACGAACAGCATACCAG

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR1AH82TF 794 0 0
GAT
ACATAAGTTTGAGAAGAAGAAGAAAAAACATAAGATGAGCAACATTATCATCCTATTTGT
GACATTTCTTGCTCTTTCTTCTTCATCTCGAGCAGCAGATGTGACAGAGACTGCGTTCCA
TTACAAAAAAGGAGAACTAGCCGATCCATCGAAATGGAGCATGATCAAGAAAGAATGGGA
AATTTGTGGGACTGGGAAGAGGCAATCACCAATAGATCTTTCTCCAGAAATAGCTCGCCT
AGTTCACAATTCTACAAAGCTTATTCAGACATATTACAAACCAGTAGAAGCTACTCTTAA
GAACCGTGGACACGACATCATGGTGTCATGGGATGACGACGCAGGGAAGATTGTGATAAA
TAATACTGACTATCAATTGGTTCAAAGCCATTGGCACGCACCTTCAGAGCATCTCCTCAA
TGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAAGAAGGACACTTAGC
AGTTATAGGAGTTCTCTTCCGAAAAGGAGAGCCGAATGCTTTCATTTCAAGGATAGTGGA
GAAGATCAATTCGATCGCAAACATCCAAGATGGAGAGGCCACCATAGGAAGGCTACATCC
AAAAGACTTCGGATGGGATCTTACAAAATTCTACGAATATAGTGGATCTCTCACTACTCC
TCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGACCATCATCAACAAGGTGGGGACTGTTTCACATGA
GCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGATAACGCAAGACCCGC
TCAACCGCTGA

QA 4 794 4 794
DS 

RD RR1AA51TF 882 0 0
GG
ACATAAGTTTGAGAAGAAGAAGAAAAAACATAAGATGAGCAACATTATCATCCTATTTGT
GACATTTCTTGCTCTTTCTTCTTCATCTCGAGCAGCAGATGTGACAGAGACTGCGTTCCA
TTACAAAAAAGGAGAACTAGCCGATCCATCGAAATGGAGCATGATCAAGAAAGAATGGGA
AATTTGTGGGACTGGGAAGAGGCAATCACCAATAGATCTTTCTCCAGAAATAGCTCGCCT
AGTTCACAATTCTACAAAGCTTATTCAGACATATTACAAACCAGTAGAAGCTACTCTTAA
GAACCGTGGACACGACATCATGGTGTCATGGGATGACGACGCAGGGAAGATTGTGATAAA
TAATACTGACTATCAATTGGTTCAAAGCCATTGGCACGCACCTTCAGAGCATCTCCTCAA
TGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAAGAAGGACACTTAGC
AGTTATAGGAGTTCTCTTCCGAAAAGGAGAGCCGAATGCTTTCATTTCAAGGATAATGGA
AAAGATCAATTCGATCGCAAACATCCAAGATGGAGAGGCCACCATAGGAAGGCTACATCC
AAAAGACTTCGGATGGGATCTTACAAAATTCTACGAATATAGTGGATCTCTCACTACTCC
TCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGACCATCATCAACAAAGTGGGGACTGTTTCACATGA
GCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGATAACGCAAGACCCGC
TCAACCGCTGAATGACCGTGTGGTTTATCTAAACGAACAGCATACCAGATCAACTCCAAG
CTCCCAAG*ACAA*TTGATATAAATTAATTTTGA
GATGTT

QA 3 876 3 876
DS 

RD RR1EA92TF 504 0 0
G
GGCCACCATAGGAAGGCTACATCCAAAAGACTTCGGATGGGATCTTACAAAATTCTACGA
ATATAGTGGATCTCTCACTACTCCTCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGACCATCATCAA
CAAGGTGGGGACTGTTTCACATGAGCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTCGCCGCGGTGG
TTACGAGGATAACGCAAGACCCGCTCAACCGCTGAATGACCGTGTGGTTTATCTAAACGA
ACAGCATACCAGATCAACTCCAAGCTCCCAAGGACAAATTGATATAAATTAATTTTGAAG
ATGCTTGTGGATTGGCTGCTCCTCCATTACTAATTATATTTTACAACATGAATTTACAAA
TTTATATATTTTCCAGTTACTAAAAAACATGTAAATATGTTGTTGCTTAAAAGTTAAAAA
CAAAGCAAAGTGCTATATGCATAATATATATGTAATGTAACAAACAAGATGTAATATTAA
TCAACCAAAACATGAGTTGTT
TG

QA 2 502 2 502
DS 

RD RR1AA51JQ 797 0 0
CTTAAGAACCGTGGACACGACATCATGGTGTCATGGGATGACGACGCAGGGAAGATTGTG
ATAAATAATACTGACTATCAATTGGTTCAAAGCCATTGGCACGCACCTTCAGAGCATCTC
CTCAATGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAAGAAGGACAC
TTAGCAGTTATAGGAGTTCTCTTCCGAAAAGGAGAGCCGAATGCTTTCATTTCAAGGATA
ATGGAAAAGATCAATTCGATCGCAAACATCCAAGATGGAGAGGCCACCATAGGAAGGCTA
CATCCAAAAGACTTCGGATGGGATCTTACAAAATTCTACGAATATAGTGGATCTCTCACT
ACTCCTCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGACCATCATCAACAAGGTGGGGACTGTTTCA
CATGAGCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGATAACGCAAGA
CCCGCTCAACCGCTGAATGACCGTGTGGTTTATCTAAACGAACAGCATACCAGATCAACT
CCAAGCTCCCAAGGACAAATTGATATAAATTAATTTTGAAGATGTTTGTGGATTGGCTGC
TCCTCCATTACTAATTATATTTTACAACATGAATTTACAAATTTATATATTTTCCAGTTA
CTAAAAAACATGTAAATATGTTGTTGCTTAAAAGTTAAAAACAAAGCAAAGTGCTATATG
CATAATATATATGTAATGTAACAAACAAGATGTAATATTAATCAACCAAAACATGAGTTG
TTGGATTCTTTTATACC

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1CL37JQ 686 0 0
GAGCATCTCCTCAATGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAA
GAAGGACACTTAGCAGTTATAGGAGTTCTCTTCCGAAAAGGAGAGCCGAATGCTTTCATT
TCAAGGATAATGGAAAAGATCAATTCGATCGCAAACATCCAAGATGGAGAGGCCACCATA
GGAAGGCTACATCCAAAAGACTTCGGATGGGATCTTACAAAATTCTACGAATATAGTGGA
TCTCTCACTACTCCTCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGACCATCATCAACAAGGTGGGG
ACTGTTTCACATGAGCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGAT
AACGCAAGACCCGCTCAACCGCTGAATGACCGTGTGGTTTATCTAAACGAACAGCATACC
AGATCAACTCCAAGCTCCCAAGGACAAATTGATATAAATTAATTTTGAAGATGTTTGTGG
ATTGGCTGCTCCTCCATTACTAATTATATTTTACAACATGAATTTACAAATTTATATATT
TTCCAGTTACTAAAAAACATGTAAATATGTTGTTGCTTAAAAGTTAAAAACAAAGCAAAG
TGCTATATGCATAATATATATGTAATGTAACAAACAAGATGTAATATTAATCAACCAAAA
CATGAGTTGTTGGATTCTTTTATACC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1AH69JQ 611 0 0
CGAAAAGGAGAGCCGAATGCTTTCATTTCAAGGATAGTGGAGAAGATCAATTCGATCGCA
AACATCCAAGATGGAGAGGCCACCATAGGAAGGCTACATCCAAAAGACTTCGGATGGGAT
TTTACAAAATTTTACGAATATAGTGGATCTCTCACTACTCCTCCTTGCACGGAAGATGTC
ATTTGGACCATCATCAACAAGGTGGGGACTGTTTCACATGAGCAAATTAAAGTATTAGTC
GATGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGATAACGCAAGACCCGCTCAACCGCTGAATGACCGT
GTGGTTTATTTAAACGAACAGCATACCAGATCAACTCCAAGCTCCCAAGGACAAATTGAT
ATAAATTAATTTTGAAGATGTTTGTGGATTGGCTGCTCCTCCATTACTAATTATATTTTA
CAACATGAATTTACAAATTTATATATTTTCCAGTTACTAAAAAACATGTAAATATGTTGT
TGCTTAAAAGTTAAAAACAAAGCAAAGTGCTATATGCATAATATATATGTAATGTAACAA
ACAAGATGTAATATTAATCAACCAAAACATGAGTTGTTTGATTTTTTTATACCACAATAT
TCATTTGTTTT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1AH82JQ 457 0 0
CTACTCCTCCTTGCACGGAAGATGTCATTTGGACCATCATCAACAAGGTGGGGACTGTTT
CACATGAGCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGATAACGCAA
GACCCGCTCAACCGCTGAATGACCGTGTGGTTTATTTAAACGAACAGCATACCAGATCAA
CTCCAAGCTCCCAAGGACAAATTGATATAAATTAATTTTGAAGATGTTTGTGGATTGGCT
GCTCCTCCATTACTAATTATATTTTACAACATGAATTTACAAATTTATATATTTTCCAGT
TACTAAAAAACATGTAAATATGTTGTTGCTTAAAAGTTAAAAACAAAGCAAAGTGCTATA
TGCATAATATATATGTAATGTAACAAACAAGATGTAATATTAATCAACCAAAACATGAGT
TGTTTGATTTTTTTATACCACAATATTCATTTGTTTT

QA 1 457 1 457
DS 



AS 2 11

CO CL315Contig1 470 2 9 U
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ATAAAATCAGGAAATTAATATCAAAATCATCCAATTGATTTGTTCATAATGCGTTTGCTC
TTTAAGGACATCCACTTATTATTATAGCTGCCATGGCCGTTGATACATAGTCCTCTTTTC
AGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAAAAAAAGGGACACCCAAATCAACATTACATT
TAAAAGGTAGTTGTTTGGAATTGTCATCGTTGATTCCAGGGATTGTGTTAAACACACTCT
TCAAGCATTGACAAGCTGTTTGCCTATCTGCCTTCCCAGGCGCAGCGGCTTTTAAACTGC
TAAGCCCGCCACAACACTGTTGAAAGGGGTTTCCTCCAAATCTTAAATAAAACAAACATG
GTGCTAAAAACATGTTTACCTGCGAACATGATATAGCTTCTCCCTCGTGA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DL15JQ U 3
AF RR1D610JQ U 1
BS 1 7 RR1D610JQ
BS 8 8 RR1DL15JQ
BS 9 34 RR1D610JQ
BS 35 35 RR1DL15JQ
BS 36 64 RR1D610JQ
BS 65 65 RR1DL15JQ
BS 66 72 RR1D610JQ
BS 73 73 RR1DL15JQ
BS 74 470 RR1D610JQ

RD RR1DL15JQ 164 0 0
AAATGGGGGAATTTTCACACTTTATTTGCCAAAAACTATATGATTACATGTATAAAGTAT
AAAATCAGGAAATTAATATCAAAATCCTCCAATTGATTTGTTCATAATGCGTTTGCTCTT
TAAGGACATCCACTTATTATTATAGCTGCCATGGCCGTTGA
AAC

QA 1 161 1 161
DS 

RD RR1D610JQ 470 0 0
ATAAATGTGGGAATTTTCACACTTTATTTGCCAAGAACTATATGATTACATGTATAAAGT
ATAAGATCAGGAGATTAATATCAAAATCATCCAATTGATTTGTTCATAATGCGTTTGCTC
TTTAAGGACATCCACTTATTATTATAGCTGCCATGGCCGTTGATACATAGTCCTCTTTTC
AGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAAAAAAAGGGACACCCAAATCAACATTACATT
TAAAAGGTAGTTGTTTGGAATTGTCATCGTTGATTCCAGGGATTGTGTTAAACACACTCT
TCAAGCATTGACAAGCTGTTTGCCTATCTGCCTTCCCAGGCGCAGCGGCTTTTAAACTGC
TAAGCCCGCCACAACACTGTTGAAAGGGGTTTCCTCCAAATCTTAAATAAAACAAACATG
GTGCTAAAAACATGTTTACCTGCGAACATGATATAGCTTCTCCCTCGTGA

QA 1 470 1 470
DS 



CO CL315Contig2 712 9 1 U
GGATCAAAGAAAAACACACATCAAAACGATATTATCAAACACAAAGTTTTGAAGTAAGAG
ATGAGGAACATTACTTCTAAAACAAGCAACATGTTAATGTTTGTCGCCATACTTTTAGCG
GTGATTGCGTATCACGAGGGAGAAGCTATATCATGTTCGCAGGTAAACATGTTCTTAGCA
CCATGTTTGTCTTATCTAAGATCTGGAGGAAACCCCTCTCAACAGTGTTGTGGCGGGCTT
AGCAGTCTAAAAGCCGCTGCGCCTGGGAAGGCAGATAGGCAAACAGCTTGTCAATGCTTG
AAGAGTGTGTCTAACACAATCCCTGGAATCAACGATGACAATTCCAAACAACTACCTTCT
AAATGTAATGTTGATCTGGGTGTCCCTTTCTCTAAGAGCGTGGACTGTAACAGCATAAAC
TGAAAAGAGGACTATGTATCAACGGCCATGGCAGCTATAATAATAAGTGGATGTCCTTAA
AGAGCAAACGCATTATGAACAAATCAATTGGATGATTCTGATATTAATCTCCTGATCTTA
TACTTTATACATGTAATCATATAGTTCTTGGCAAATAAAGTGTGAAAATTCCCACATTTA
TATATTCCTCAATCTCCTAGAACGCAGTATCAAAAAGATTCTGGTATCAGTCTCACATTA
CAAGAATATGTTCAAAGATTCATGACGTTTGACAGAGTTGTAGTCATATTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 35 35 35 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW72JQ C 213
AF RR1AF56JQ C 192
AF RR1DL15TF U 14
AF RR1GW72TF U 19
AF RR1AQ29TF U 19
AF RR1AF56TF U 15
AF RR1B450TF U 14
AF RR1D610TF U 19
AF RR1GG91TF U 1
BS 1 712 RR1GG91TF

RD RR1GW72JQ 383 0 0
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DS 

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GG
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DS 

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QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1AF56TF 584 0 0
G
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DS 

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GG
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TCTAAAACAAGCAACATGTTAATGTTTGTCGCCATACTTTTAGCGGTGATTGCGTATCAC
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CTAAGATCTGGAGGAAACCCCTCTCAACAGTGTTGTGGCGGGCTTAGCAGTCTAAAAGCC
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ACAATCCCTGGAATCAACGATGACAATTCCAAACAACTACCTTCTAAATGTAATGTTGAT
CTGGGTGTCCCTTTCTCTAAGAGCGTGGACTGTAACAGCATAAACTGAAAAGAGGACTAT
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TGAACAAATCAATTGGATGATTCTGATATTAATCTCCTGATCTTATACTTTATACATGTA
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G

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DS 

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AGATCTGGAGGAAACCCCTCTCAACAGTGTTGTGGCGGGCTTAGCAGTCTAAAAGCCGCT
GCGCCTGGGAAGGCAGATAGGCAAACAGCTTGTCAATGCTTGAAGAGTGTGTCTAACACA
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TCAACGGCCATGGCAGCTATAATAATAAGTGGATGTCCTTAAAGAGCAAACGCATTATGA
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AAGAGTGTGTCTAACACAATCCCTGGAATCAACGATGACAATTCCAAACAACTACCTTCT
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AS 1 11

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AACC


BQ
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60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 15 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 50 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 
60 55 55 55 55 55 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR1FI59TF U 1
AF RR1B538TF U 1
AF RR1BK62TF U 1
AF RR1B585TF U 1
AF RR1GK55TF U 2
AF RR1CM58TF U 1
AF RR1G750JQ C 1
AF RR1G750TF U 1
AF RR1FI76TF U 252
AF RR1A892JQ C 5
AF RR1A892TF U 5
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RD RR1G750TF 461 0 0
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CT

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DS 

RD RR1FI76TF 195 0 0
G
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TATATGCCTATTGA

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GG
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TACCTTCTAATATCTTTTTTGTTTTATATGAATAACACATGTTTATTTGGAAACCAACAT
ATACAATATATGCCTATTGACTAATTTTTTTTGTTATTCAGATACATTTAATAAAACC

QA 3 480 3 480
DS 

RD RR1A892TF 480 0 0
GG
ATCAAATAATAAATCTAAAATAAAATAAAAATAAACGTGTATATAGAAAAATATCACAAA
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QA 3 480 3 480
DS 



AS 2 9

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AAGTTGTACCCGCTTATCGTAGGTTGCGTCGCATCAAGCCCGACGACCTTAAAACTGGCG
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TATCCACAGGCGACCAAGTAAGAGATTTCAAAAAATATTTGAAGAAACTAAAGAATGCGA
CGAAAAATAAGAAAGAAATGAAATACATAATTTCAAACGCAGTGTTTCTTATTTCTGAAG
GAGATAACGACATTGGATACTTCGCGACTCCCGCTCGTCTACGATTACAATCCAAAGATA
CATACACAAGTAACATGG*TTTTTTGGACAAAAACATTCCTACAAGATTTATACGATCTT
GGAGCGAGAAAATTCGCGGTGATGGGAGCGATTCCGGTAGGATGAATAAAGTTTCGGAAG
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BQ
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10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 1 667 1 667
DS 

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AGCGAGAAAATTCGCGGTGATGGGAGCGATT

QA 5 635 5 635
DS 

RD RR1A568TF 743 0 0
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GAAAGAAATGAAATACATAATTTCAAACGCAGTGTTTCTTATTTCTGAAGGAGATAACGA
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TGTTTACGTCGACATGTACG
CTC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1A568JQ 699 0 0
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AAGGAGATAACGACATTGGATACTTCGCGACTCCCGCTCGTCTACGATTACAATCCAAAG
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CTTGGAGCGAGAAAATTCGCGGTGATGGGAGCGATTCCGGTAGGATGAATAAAGTTTCGG
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AAGGTGCAAAGTTTGTTTACGTCGACATGTACGGCTCTCTTATGGATCTTATCAGCCATC
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TACCATGCCTAAACCCGGATGAGTACGTATTCTATGACTTCGCTCACCCCACCATGAGAG
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AGTTTCTTGTATCTTACCATCTTTAATTTTAATATTCATGTAACAGGCGACAATATCATA
CATGACGATATATATTCGTAGTGTAAAGAATGTATGATCCAATGATGTATAATTGTATTG
TCCTCTCTTTTATAATGTCACCTGACAAACGCGTTTATC

QA 1 699 1 699
DS 



CO CL317Contig2 1249 5 15 U
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TTTATTGGCTTTCATCAGCGGCCGGACAAAACAAATCCTTTTCTGCAGTTTTTGCTTTCG
GAGATTCAATACTAGATACTGGTAACAATAATCGTCTTCTTACTGTATTCAAGGGAAATT
ACTGGCCATATGGTTGGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGGCAGATTTGGAAATGGGA
GAGTTTTCACCGATATGGTTGCTCAAGGGTTGGGGTTGAAAA*GAGTTGTACCCGCTTAT
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GGTTCAGGAATCGACGATCTTACATCTAGAATACATAGAGTCTTATCGACAGAGGACCAG
GTAAGAGATTTCAAAAAATATTTGAAGCAACTAAAAAATGGGACGAAAAATAAGAAAGAG
ATGAAAAATATAATTTCAAACGCGGTGTTTCTTATTTCTGAAGGAAATAACGATATTGCA
TACTTCGTGACTCCCGCTCGTCTACGATTACAATCCAAAGATACATACACAAGTAACATG
GTTTTTTGGACAAAAACATTCCTACAAGATTTATACGATCTTGGAGCGAGAAAATTCGCG
GTGATGGGAGCGATTCCGGTAGGATGCTTGCCTTTCCATCGCTTCATATTTGGTGGAGTA
TTTGCATGGTGTAACTTCATGATGAATAAAATTTCGGAAGACTTCAACACAAAATTGCGG
AAAGCTCTTATTGGTTACGAAGTAGAAGAATGTTTTAAAGGTGCAAAGTTTGTTTACGTC
GACATGTACGGCTTTATTATGAATCTTATCAACCATCCTAAGGTCTTTGGGTTTACAGAA
GCGAAAAGATCGTGTTGTTGTATGGTGACATCGATAATACCATGCCGAAACCCGGATGAG
TACGTATTCTATGACTTTGCTCACCCCACCATGAAAGCCTATGAAGTAATATCTAAACCT
CTTATCTATCAGATGAGGAAAGGCCTTGCATGATTTAGTTTCTTGTTTCTTACCATGATT
AATTTTAATATTCACGTAACAGGCGACAATATCATACATGACGATATGTATTCTTAGTGT
TAAGAATGTATGATCCATCAGTTCAAAAAAAAAGAATGTATGATCCAATCATGTATAATT
GTATTGTCCTTTCTTTTATAATGTCACGGCACAAACGCGTTTGTCAACG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GW36TF U 1
AF RR1ER39JQ C 1
AF RR1ER39TF U 1
AF RR1EA22TF U 3
AF RR1GW36JQ C 564
BS 1 2 RR1ER39JQ
BS 3 118 RR1GW36TF
BS 119 119 RR1ER39TF
BS 120 224 RR1GW36TF
BS 225 225 RR1ER39TF
BS 226 282 RR1GW36TF
BS 283 283 RR1ER39TF
BS 284 350 RR1GW36TF
BS 351 452 RR1ER39TF
BS 453 591 RR1EA22TF
BS 592 592 RR1GW36JQ
BS 593 678 RR1EA22TF
BS 679 679 RR1GW36JQ
BS 680 750 RR1EA22TF
BS 751 1249 RR1GW36JQ

RD RR1GW36TF 351 0 0
GG
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TATTGGCTTTCATCAGCGGCCGGACAAAACAAATCCTTTTCTGCAGTTTTTGCTTTTGGA
GATTCAATACTAGATACTGGTAACAATAATCGTCTTCTTACTGTATTCAAGGGAAATTAC
TGGCCATATGGTTGGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGGCGGATTTGGAAATGGGAGA
GTTTTCACCGATATGGTTGCTCAAGGGTTGGGGTTGAAAAAGAGTTGTACCCGCTTATCG
TAGGATGCGTCGCATCAAGCGCAACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTT
T

QA 3 350 3 350
DS 

RD RR1ER39JQ 452 0 0
GGGTGAACTTAATAGTCGATATGTTTAGGGAAAATATATTGGTCTTGACATTATTTTCCA
TTTATTGGCTTTCATCAGCGGCCGGACAAAACAAATCCTTTTCTGCAGTTTTTGCTTTCG
GAGATTCAATACTAGATACTGGTAACAATAATCGTCTTCTTACTGTATTCAAGGGAAATT
ACTGGCCATATGGTTGGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGGCAGATTTGGAAATGGGA
GAGTTTTCACCGATATGGTTGCTCAAGGGTTGGGGTTGAAAA*GAGTTGTACCCGCTTAT
CGTAGGATGCGTCGCATCAAGCGCAACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTTCGCATCAGGT
GGTTCAGGAATCGACGATCTTACATCTAGAATACATAGAGTCTTATCGACAGAGGACCAG
GTAAGAGATTTCAAAAAATATTTGAAGCAACT

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR1ER39TF 452 0 0
GG
GTGAACTTAATAGTCGATATGTTTAGGGAAAATATATTGGTCTTGACATTATTTTCCATT
TATTGGCTTTCATCAGCGGCCGGACAAAACAAATCCTTTTCTGCAGTTTTTGCTTTCGGA
GATTCAATACTAGATACTGGTAACAATAATCGTCTTCTTACTGTATTCAAGGGAAATTAC
TGGCCATATGGTTGGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGGCAGATTTGGAAATGGGAGA
GTTTTCACCGATATGGTTGCTCAAGGGTTGGGGTTGAAAA*GAGTTGTACCCGCTTATCG
TAGGATGCGTCGCATCAAGCGCAACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTTCGCATCAGGTGG
TTCAGGAATCGACGATCTTACATCTAGAATACATAGAGTCTTATCGACAGAGGACCAGGT
AAGAGATTTCAAAAAATATTTGAAGCAACT

QA 3 452 3 452
DS 

RD RR1EA22TF 752 0 0
GG
GAACTTAATAGTCGATATGTTTAGGGAAAATATATTGGTCTTGACATTATTTTCCATTTA
TTGGCTTTCATCAGCGGCTGGACAAAACAAATCCTTTTCTGCAGTTTTTGCTTTTGGAGA
TTCAATACTAGATACTGGTAACAATAATCGTCTTCTTACTCTATTCAAGGGAAATTACTG
GCCATATGGTTGGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGGCAGATTTGGAAATGGAAGAGT
TTTCACCGATATGGTTGCTCAAGGGTTGGGGTTGAAAA*GAGTTGTACCCGCTTATCGTA
GGACGCGTCGCATCAAGCGCAACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTTCGCATCAGGTGGTT
CAGGAATCGACGATCTTACATCTAGAATACATAGAGTCTTATCGACAGAGGACCAAGTAA
GAGATTTCAAAAAATATTTGAAGCAACTAAAAAATGGGACGAAAAATAAGAAAGAGATGA
AAAATATAATTTCAAACGCGGTGTTTCTTATTTCTGAAGGAAATAACGATATTGCATACT
TCGTGACTCCCGCTCGTCTACGATTACAATCCAAAGATACATACACAGGTAACATGGTTT
TTTGGACAAAAACATTCCTACAAGATTTATACGATCTTGGAGCGAGAAAATTCGCGGTGA
TGGGAGCGATTCCG*TAGGATGCTTGCCTTTCCATCGCTTCATATTTGGTGGAGTATTTG
CATGGTGTAACTTCATGATGAATAAA
ATTT

QA 3 748 3 748
DS 

RD RR1GW36JQ 686 0 0
ACGATTACAATCCAAAGATACATACACAAGTAACATGGTTTTTTGGACAAAAACATTCCT
ACAAGATTTATACGATCTTGGAGCGAGAAAATTCGCGGTGATGGGAGCTATTCCGGTAGG
ATGCTTGCCTTTCCATCGCTTCATATTTGGTGGAGTATTTGCATGGTGTAACTTCATGAT
GAATAAAATTTCGGAAGACTTCAACACAAAATTGCGGAAAGCTCTTATTGGTTACGAAGT
AGAAGAATGTTTTAAAGGTGCAAAGTTTGTTTACGTCGACATGTACGGCTTTATTATGAA
TCTTATCAACCATCCTAAGGTCTTTGGGTTTACAGAAGCGAAAAGATCGTGTTGTTGTAT
GGTGACATCGATAATACCATGCCGAAACCCGGATGAGTACGTATTCTATGACTTTGCTCA
CCCCACCATGAAAGCCTATGAAGTAATATCTAAACCTCTTATCTATCAGATGAGGAAAGG
CCTTGCATGATTTAGTTTCTTGTTTCTTACCATGATTAATTTTAATATTCACGTAACAGG
CGACAATATCATACATGACGATATGTATTCTTAGTGTTAAGAATGTATGATCCATCAGTT
CAAAAAAAAAGAATGTATGATCCAATCATGTATAATTGTATTGTCCTTTCTTTTATAATG
TCACGGCACAAACGCGTTTGTCAACG

QA 1 686 1 686
DS 



AS 3 10

CO CL318Contig1 512 2 2 U
GTCCAATTTCAGGAATGCATGGGAAAGCATGAATGAAGAAGATGAGCACGTGGACGAATA
TGGCCTCGGGCAAAGAGAGAGTTTGGGAGAAGCTATAAAGGCTGTCATCGATCTTCTTGG
CATGCAGCCTTGTGAGGGGACGGAGGCAGTTCCGAGCAATGCAAGGTCGCACACTTGCTT
ACTGTCAGGTGTGTACATAGGGAACGTGAAAGTGTTAGTGAGGGCACAGTTTGGGATGGA
CAGTTCAAAGGAGATTGCCTGCAGCAAGAAACATAGGTTTCCTAATCTCGGAGGGGAAAG
CAGCAAATCGTTGGATGCATTTGTGAGTTTAATTACAGAATGAACACTAATTTTTCCTAT
ATTTATTTATGTCCAAAATTCGTCCTCACGTGTATGCGTGTTATGACATTTCTTGTGTCG
AAATGTATTTGTGTATTGAGCAAATGCAGAAGACAAAGTATGGTCATAACTAGAGGTGGG
CATTTTATCCGTGAAATTTGATTCGATTCGTT


BQ
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AF RR1B929JQ C 1
AF RR1B929TF U 1
BS 1 1 RR1B929JQ
BS 2 512 RR1B929TF

RD RR1B929JQ 512 0 0
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TGGCCTCGGGCAAAGAGAGAGTTTGGGAGAAGCTATAAAGGCTGTCATCGATCTTCTTGG
CATGCAGCCTTGTGAGGGGACGGAGGCAGTTCCGAGCAATGCAAGGTCGCACACTTGCTT
ACTGTCAGGTGTGTACATAGGGAACGTGAAAGTGTTAGTGAGGGCACAGTTTGGGATGGA
CAGTTCAAAGGAGATTGCCTGCAGCAAGAAACATAGGTTTCCTAATCTCGGAGGGGAAAG
CAGCAAATCGTTGGATGCATTTGTGAGTTTAATTACAGAATGAACACTAATTTTTCCTAT
ATTTATTTATGTCCAAAATTCGTCCTCACGTGTATGCGTGTTATGACATTTCTTGTGTCG
AAATGTATTTGTGTATTGAGCAAATGCAGAAGACAAAGTATGGTCATAACTAGAGGTGGG
CATTTTATCCGTGAAATTTGATTCGATTCGTT

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1B929TF 512 0 0
G
TCCAATTTCAGGAATGCATGGGAAAGCATGAATGAAGAAGATGAGCACGTGGACGAATAT
GGCCTCGGGCAAAGAGAGAGTTTGGGAGAAGCTATAAAGGCTGTCATCGATCTTCTTGGC
ATGCAGCCTTGTGAGGGGACGGAGGCAGTTCCGAGCAATGCAAGGTCGCACACTTGCTTA
CTGTCAGGTGTGTACATAGGGAACGTGAAAGTGTTAGTGAGGGCACAGTTTGGGATGGAC
AGTTCAAAGGAGATTGCCTGCAGCAAGAAACATAGGTTTCCTAATCTCGGAGGGGAAAGC
AGCAAATCGTTGGATGCATTTGTGAGTTTAATTACAGAATGAACACTAATTTTTCCTATA
TTTATTTATGTCCAAAATTCGTCCTCACGTGTATGCGTGTTATGACATTTCTTGTGTCGA
AATGTATTTGTGTATTGAGCAAATGCAGAAGACAAAGTATGGTCATAACTAGAGGTGGGC
ATTTTATCCGTGAAATTTGATTCGATTCGTT

QA 2 512 2 512
DS 



CO CL318Contig2 1148 5 22 U
GAAGGAAGTAAAATCCCAGCCCCCTGCAGAGAAGAAAGCCCAAGGTAAAAAGGCCACTGG
TCTCGGTGCGCCACCAGCTGCACCTGCTTCTGGTTTTGAAGGGTATGAAAGACTTCTCTC
CTCTATTCCAGAGTTTGCCGCCTTTGGAAAACTTTTCAAGTCTTCTTCACCTGTGGAGCT
AACTGAAGCAGAAACAGAATACGCCGTCAATGTTGTTAAGCATATATTCGACAATCATGT
GGTGTTTCAGTACAACTGCACTAACACAATACCGGAGCAGTTGTTGGAGAGGGTCAATGT
CATAGTAGATGCTTCAGAAGCAGAGGAGTTCAGTGAAGTAACTTCAAAGGCCTTAAACTC
GCTTCCTTATGATTCGCCTGGTCAAGCCTTTGTTGCTTTTGAGAAGCCAGCAGGTGTTCC
TGCTGTTGGAAAGCTTTCCAACACATTGACTTTTGTTGTTAAGGAGGTTGACCCAAGCAC
AGGGGAAGCAGAGGATGATGGGGTGGAAGATGAGTACCAGCTGGAGGATCTTGAGGTTGT
ATCTGCGGATTACATGGTGAAAGTGAGCGTCTCCAATTTCAGGAATGCATGGGAAAGCAT
GAATGAAGAAGATGAGCACGTGGACGAATATGGCCTCGGGCAAAGAGAGAGTTTGGGAGA
AGCTATAAAGGCTGTCATCGATCTTCTTGGCATGCAGCCTTGTGAGGGGACGGAGGCAGT
TCCGAGCAATGCAAGGTCGCACACTTGCTTACTGTCAGGTGTGTACATAGGGAACGTGAA
AGTGTTAGTGAGGGCACAGTTTGGGATGGACAGTTCAAAGGAGATTGCAATGAAACTGGC
GGTTAGAGCAGAGAATGTCTCTGTCGCTGAGGCCATTCACGAAATTGTTGCCAACGGCTA
AAACTTTTGAGGGATCATCACCTCTCACGTATCTACTTCAAGTACGTAAGAGCGGTATTA
TAAGTAGTACGAGACCAGAAATAAACAAAGAGATTTCTTCATGTTGCTAAAGATCATCAC
TTACCCAACCTCATAGTTTGAATCTTTTTCATTTAAATAGTATATTACCTTGTTTTTCTT
CTACATTATTACTGTCAGAGACTTGAGTTTTTTCCTTTTATTGATCTATTGGTCTTCAAG
TTTCATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D777TF U 273
AF RR1BJ92TF U 1
AF RR1DP31TF U 273
AF RR1D777JQ C 392
AF RR1DP31JQ C 579
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BS 548 758 RR1BJ92TF
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GG
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GTTGTTAAGGAGGTTGACCCAAGCACAGGGGAAGCAGAGGATGATGGGGTGGAAGATGAG
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CAGCCTTGTGAGGGGACGGAGGCAGTTCCGAGCAATGCAAGGTCGCACACTTGCTTACTG

QA 3 482 3 482
DS 

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CTCTATTCCAGAGTTTGCCGCCTTTGGAAAACTTTTCAAGTCTTCTTCACCTGTGGAGCT
AACTGAAGCAGAAACAGAATACGCCGTCAATGTTGTTAAGCATATATTCGACAATCATGT
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TGCTGTTGGAAAGTTTTCCAACACATTGACTTTTGTTGTTAAGGAGGTTGACCCAAGCAC
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AGCTATAAAGGCTGTCATCGATCTTCTTGGCATGCAGCCTTGTGAGGGGACGGAGGCAGT
TCCGAGCAATGCAAGGTCGCACACTTGCTTACTGTCAG*TGTGTACATAGGGAACGTGAA
AGTGTTAGTGAGGGCACAGTTTGG*ATGGACAGTT

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DS 

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GG
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GAAGTAACTTCAAAGGCCTTAAACTCGCTTCCTTATGATTCGCCTGGTCAAGCCTTTGTT
GCTTTTGAGAAGCCAGCAGGTGTTCCTGCTGTTGGAAAGTTTTCCAACACATTGACTTTT
GTTGTTAAGGAGGTTGACCCAAGCACAGGGGAAGCAGAGGATGATGGGGTGGAAGATGAG
TACCAGCTGGAGGATCTTGAGGTTGTATCTGCAGATTACATGGTGAAAGTGAGCGTCTCC
AATTTCAGGAATGCATGGGAAAGCATGAATGAAGAAGATGAGCACGTGGACGAATATGGC
CTCGGGCAAAGAGAGAGTTTGGGAGAAGCTATAAAGGCTGTCATCGATCTTCTTGGCATG
CAGCCTTGTGAGGGGACGGAGGCAGTTCCGAGCAATGCAAGGTCGCACACTTGCTTACTG
TCAGGTGTGTACATAGGGAACGTGAAAGTGTTAGTGAGGGCACAGTTTGGGATGGACAGT
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ATTCACGAAATTGTTGCCAACGGCTAAAACTTCTGAGGGATCATCACCTCTCACGTATCT
ACTTCAAGTACGTAAGAGCGGTATTATA*GTAGTACGAGAC

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DS 

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GAGTACCAGCTGGAGGATCTTGAGGTTGTATCTGCGGATTACATGGTGAAAGTGAGCGTC
TCCAATTTCAGGAATGCATGGGAAAGCATGAATGAAGAAGATGAGCACGTGGACGTATAT
GGCCTCGGGCAAAGAGAGAGTTTGGGAGAAGCTATAAAGGCTGTCATCGATCTTCTTGGC
ATGCAGCCTTGTGAGGGGACGGAGGCAGTTCCGAGCAATGCAAGGTCGCACACTTGCTTA
CTGTCAGGTGTGTACATAGGGAACGTGAAAGTGTTAGTGAGGGCACAGTTTGGGATGGAC
AGTTCAAAGGAGATTGCAATGAAACTGGCGGTTAGAGCAGAGGATGTCTCTGTCGCTGAG
GCCATTCACGAAATTGTTGCCAACGGCTAAAACTTTTGAGGGATCATCACCTCTCACGTA
TCTACTTCAAGTACGTAAGAGCGGTATTATAAGTAGTACGAGACCAGAAATAAACAAAGA
GATTTCTTCATGTTGCTAAAGATCATCACTTACCCAACCTCATAGTTTGAATCTTTTTCA
TTTAAATAGTATATTACCTTGTTTTTCTTCTACATTATTACTGTCAGAGACTTGAGTTTT
TTCCTTTTATTG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1DP31JQ 570 0 0
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GGCAAAGAGAGAGTTTGGGAGAAGCTATAAAGGCTGTCATCGATCTTCTTGGCATGCAGC
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CAAGTACGTAAGAGCGGTATTATAAGTAGTACGAGACCAGAAATAAACAAAGAGATTTCT
TCATGTTGCTAAAGATCATCACTTACCCAACCTCATAGTTTGAATCTTTTTCATTTAAAT
AGTATATTACCTTGTTTTTCTTCTACATTATTACTGTCAGAGACTTGAGTTTTTTCCTTT
TATTGATCTATTGGTCTTCAAGTTTCATGG

QA 1 570 1 570
DS 



CO CL318Contig3 1005 3 6 U
CCACTGGTCTCGGTGCGCCACCAGCCGCACCTACTTCTGGATTTGATGGCTATGAAAGAC
TTCTCTCATCTATTCCTGAGTTTGCGGCTTTTGGAAAACTTTTCAAGTCTTCTTCACCTG
TGGAGCTAACTGAAGCAGAAACAGAATACGCCGTCAATGTTGTCAAGCATATCTTTGACA
ATCATGTGGTGTTTCAGTACAACTGCACTAACACAATACCAGAGCAGTTGTTGGAGAGGG
TCAATGTCATTGTAGATGCTTCAGAAGCAGAGGAATTCAGTGAATTAACTTCAAAGGCCC
TGAACTCACTTCCTTATGATTCGCCTGGTCAAGCCTTTGCTGCTTTTGAGAAGCCAGCAG
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AAAGCATGAACGAAGAAGATGAGCACGTAGGCGAATATGGGTTTGGCCAGAGAGAGACTT
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AGACAGTTCCGAGCAATGCAAGGTCACACACTTGCTTATTGTCAGGTGTGTACGTAGGGA
ACGTGAAAGTGTTAGTGAGGGCACAGTTTGGGATGGACAGTTCAAGGGAGATTGCAATGA
AACTGGCGGTTAGAGCAGAGGACGTCTCTGTCGCTGAGGCAATTCATGAGATTGTTGCCA
ACGGCTAAAACTCTGATGGATCCACCTTTCAAGTATCTACCACCACCAAAGAGTTTGTTA
TTCTTATAAGTACCAGACCAAAAATAAACAAGACTTTTCTTCATCTATTTTGATTTGAAT
AGTATATTAGTACTTCTTTTGTCTACATTACTATGTCAAATACTG


BQ
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AF RR1CS30TF U 1
AF RR1AB44JQ C 636
AF RR1AB44TF U 158
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BS 526 643 RR1AB44TF
BS 644 644 RR1AB44JQ
BS 645 1005 RR1AB44TF

RD RR1CS30TF 525 0 0
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TGGAGCTAACTGAAGCAGAAACAGAATACGCCGTCAATGTTGTCAAGCATATCTTTGACA
ATCATGTGGTGTTTCAGTACAACTGCACTAACACAATACCAGAGCAGTTGTTGGAGAGGG
TCAATGTCATTGTAGATGCTTCAGAAGCAGAGGAATTCAGTGAATTAACTTCAAAGGCCC
TGAACTCACTTCCTTATGATTCGCCTGGTCAAGCCTTTGCTGCTTTTGAGAAGCCAGCAG
GTGTCCCTGCAGTTGGAAAGTTTTCTAACACATTAACTTTTGTTGTTAAGGAGGTTGACC
CAAGCACTGGTGAAGCAGAGGACGATGGGGTAGAAGATGAGTACCAGCTGGAGGATCTTG
AGGTTCTAGCTGCAGATTACATGGTGAAAGTGGGTGTCTCCAATT

QA 1 525 1 525
DS 

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TTATTGTCAGGTGTGTACGTAGGGAACGTGAAAGTGTTAGTGAGGGCCCAGTTTGGGATG
GACAGTTCAAGGGAGATTGCAATGAAACTGGCGGTTAGAGCAGAGGACGTTTCTGTCGCT
GAGGCAATTCATGAGATTGTTGCCAACGGCTAAAACTTTGATGGATCCCCCTTTCAAGTA
TCTAC

QA 1 245 1 245
DS 

RD RR1AB44TF 848 0 0
G
GTTGTCAAGCATATCTTTGACAATCATGTGGTGTTTCAGTACAACTGCACTAACACAATA
CCAGAGCAGTTGTTGGAGAGGGTCAATGTCATTGTAGATGCTTCAGAAGCAGAGGAATTC
AGTGAATTAACTTCAAAGGCCCTGAACTCACTTCCTTATGATTCGCCTGGTCAAGTCTTT
GTTGCTTTTGAGAAGCCAGCAGGTGTCCCTGCAGTTGGAAAGTTTTCTAACACATTAACT
TTTGTTGTTAAGGAGGTTGACCCAAGCACAGGTGAAGCAGAGGACGATGGGGTAGAAGAT
GAGTACCAGCTGGAGGATCTTGAGGTTCTAGCTGCAGATTACATGGTGAAGGTGGGTGTC
TCCAATTTCAGTAATGCGTGGGAAAGCATGAACGAAGAAGATGAGCACGTAGGCGAATAT
GGGTTTGGCCAGAGAGAGACTTTAGGAGAAGCTATAAAGGCTGTCATCGATCTTCTTGGC
ATGCAGCCTTGTGAGGGGACGGAGACAGTTCCGAGCAATGCAAGGTCACACACTTGCTTA
TTGTCAGGTGTGTACGTAGGGAACGTGAAAGTGTTAGTGAGGGCACAGTTTGGGATGGAC
AGTTCAAGGGAGATTGCAATGAAACTGGCGGTTAGAGCAGAGGACGTCTCTGTCGCTGAG
GCAATTCATGAGATTGTTGCCAACGGCTAAAACTCTGATGGATCCACCTTTCAAGTATCT
ACCACCACCAAAGAGTTTGTTATTCTTATAAGTACCAGACCAAAAATAAACAAGACTTTT
CTTCATCTATTTTGATTTGAATAGTATATTAGTACTTCTTTTGTCTACATTACTATGTCA
AATACTG

QA 2 848 2 848
DS 



AS 2 9

CO CL319Contig1 1522 7 8 U
CCTTGTCGCGCCACGCACACTTCTATTCTTTAATCAAGATAAATTAATTTACACACAAAA
ATCAGACACTGACTCACACTAATCAACTACTATTACACGCTGTCCACACATAACTACAAA
GTACATTAGTTTACTAAAGTGCCCTTCCTTCTTACAGTAATCAGTTCTTCTACTACACTA
CTTACTTATAATCCACGGTGTCTGTCGGCGCTAAGTTTCCGGCGGATAATTCGATTCCAA
GATTCACTTATTCAGGAAAAACTTAACAGTAATACCAAATTAAGAAACACGGTTTTAAAT
CTAAAAAGAGTACATAGGACTGACCAAGCATGATTAAAAAGCCCATAAAAAAACAAAAAT
TAAAACAAACTGAGATCGACAGATACTCCTATTAAGAAATAGGTTTCCGGCAGAGAATCA
TATGCATCGGAGAGAAAATTTCAGTTTCGCCTCCTCTGGACAAGAAATCAGCGGTCTTAA
ACAACATCTCGTGAACATCAACGGTTCCTTTAGGCGCAACTCCGACAGCAGACAAAACCT
GAACCACAATGTGGTTCCTCCAGTAAGCGAGCCGACCCATCTTAAGCCTAGTCCACCACG
GCTCAGCAGGCGGAGCCGCCAGATCCTTCTCCTTGACAACTTCGAACCCAACCTTCTTCG
CTGTCTCGGCTATGTCGGAATAAGCCCTAAGCCCAGGAAGCGCGTCTCCTCTCTCGATCC
CTTGGATGACCTCCACGTGTTCCTCATTCTCCGCGTTGAACTTATCGGTCGTGACCCACT
CGTACGACACGTAGAGAGATCCGGGCTTCAACACTCTGTAGATCTCCGCGTAGACTTCTT
CAAGCTTCGGCGCGTGACACGTCGCTTCGATCGAGTACGCGCCGTCGAATGTGTTGTCAT
CGAACGGCATCTGGAGGAAGTTGCCGCACACGACCTCGCAGAGCGCGTCGAGTCCCGCTT
TCCTGTTGTGGTCACGCGCTCTCTTGACTTGATACTCGTTGATCGTGATCCCCACGACGT
TGGCTCGCGAGTGAGATGCAATCGCGCGCATCGGACCTCCTACGCCGCATCCGACGTCGA
GGATCTTTTGGCCCGGTTTCACTTGGATCAGATCTACGGCCATCTCTTCGTGGAGGCGCG
TGGCGTCACGGTGGGATTTGCCACGGATGGAAGGGGAGAAGTGGAAGGACTGTCCCCATC
CCCACTCGTAGATGTCGGTGACGAGGTTGTAGAACGTGTCGACAAAATCGGGGACTTTCT
CGGCGGTTTCGATCTCTTTGGGACGGCGGAAGAAAGACCAGTACTGTTTGTAGTTGTCTT
GAACTTTCTCAGCGGAGATGGAGCCGCCTGATAGATCCAAGGCTCGTTTGCCTTTACGCT
CGGCTGGTCCAAGTACGCAGAGGAACCAGTAGATACCGCCGGCTACGAGAGCTCCGGTGA
AGAAAAGTGCTACACTGTCCATTATTTTTTTAAGGGAGAGAGAGAGAGAGGCAGAGACGG
TCTCGTTATTACTGGTAGACCC


BQ
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AF RR1EA12JQ U 350
AF RR1AG25JQ U 1
AF RR1AG25TF C 1
AF RR1F401JQ U 254
AF RR1F401TF C 254
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AF RR1FY27TF C 918
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BS 556 1018 RR1FY27JQ
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RD RR1EA12JQ 178 0 0
AAAACAAAAATTAAAACAAACTGAGATCGACAGATACTCCTATTAAGAAATAGGTTTCCG
GCAGAGAATCATATGCATCGGAGAGAAAATTTCAGTTTCGCCTCCTCTGGACAAGAAATC
ATCGGTCTTAAACAACATCTCGTGAACATCAACGGTTCCCTTAGGCGCAACTCCGACA

QA 1 178 1 178
DS 

RD RR1AG25JQ 555 0 0
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ATCAGACACTGACTCACACTAATCAACTACTATTACACGCTGTCCACACATAACTACAAA
GTACATTAGTTTACTAAAGTGCCCTTCCTTCTTACAGTAATCAGTTCTTCTACTACACTA
CTTACTTATAATCCACGGTGTCTGTCGGCGCTAAGTTTCCGGCGGATAATTCGATTCCAA
GATTCACTTATTCAGGAAAAACTTAACAGTAATACCAAATTAAGAAACACGGTTTTAAAT
CTAAAAAGAGTACATAGGACTGACCAAGCATGATTAAAAAGCCCATAAAAAAACAAAAAT
TAAAACAAACTGAGATCGACAGATACTCCTATTAAGAAATAGGTTTCCGGCAGAGAATCA
TATGCATCGGAGAGAAAATTTCAGTTTCGCCTCCTCTGGACAAGAAATCGGCGGTCTTAA
ACAACATCTCGTGAACATCGACGGTTCCTTTAGGCGCAACTCCGACAGCAGACAAAACCT
GAACCACAATGTGG
C

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR1AG25TF 555 0 0
CCTTGTCGCGCCACGCACACTTCTATTCTTTAATCAAGATAAATTAATTTACACACAAAA
ATCAGACACTGACTCACACTAATCAACTACTATTACACGCTGTCCACACATAACTACAAA
GTACATTAGTTTACTAAAGTGCCCTTCCTTCTTACAGTAATCAGTTCTTCTACTACACTA
CTTACTTATAATCCACGGTGTCTGTCGGCGCTAAGTTTCCGGCGGATAATTCGATTCCAA
GATTCACTTATTCAGGAAAAACTTAACAGTAATACCAAATTAAGAAACACGGTTTTAAAT
CTAAAAAGAGTACATAGGACTGACCAAGCATGATTAAAAAGCCCATAAAAAAACAAAAAT
TAAAACAAACTGAGATCGACAGATACTCCTATTAAGAAATAGGTTTCCGGCAGAGAATCA
TATGCATCGGAGAGAAAATTTCAGTTTCGCCTCCTCTGGACAAGAAATCGGCGGTCTTAA
ACAACATCTCGTGAACATCGACGGTTCCTTTAGGCGCAACTCCGACAGCAGACAAAACCT
GAACCACAATGTGG
C

QA 1 554 1 554
DS 

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AT
GAAAAACTTAACAGTAATACCAAATTAAGAAACACGGTTTTAAATCTAAAAAGAGTACAT
AGGACTGACCAAGCATGATTAAAAAGCCCATAAAAAAACAAAAATTAAAACAAACTGAGA
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AAATTTCAGTTTCGCCTCCTCTGGACAAGAAATCAGCGGTCTTAAACAACATCTCGTGAA
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TCCTCCAGTAAGCGAGCCGACCCATCTTAAGCCTAGTCCACCACGGCTCAGCAGGCGGAG
CCGCCAGATCCTTCTCCTTGACAACTTCGAACCCAACCTTCTTCGCTGTCTCGGCTATGT
CGGAATAAGCCCTAAGCCCAGGAAGCGCGTCTCCTCTCTCGATCCCTTGGATGACCTCCA
CGTGTTCCTCATTCTCCGCGTTGAACTTATCGGTCGTGACCCACTCGTACGACACGTAGA
GAGATCCGGGCTTCAACAC
C

QA 3 561 3 561
DS 

RD RR1F401TF 562 0 0
AT
GAAAAACTTAACAGTAATACCAAATTAAGAAACACGGTTTTAAATCTAAAAAGAGTACAT
AGGACTGACCAAGCATGATTAAAAAGCCCATAAAAAAACAAAAATTAAAACAAACTGAGA
TCGACAGATACTCCTATTAAGAAATAGGTTTCCGGCAGAGAATCATATGCATCGGAGAGA
AAATTTCAGTTTCGCCTCCTCTGGACAAGAAATCAGCGGTCTTAAACAACATCTCGTGAA
CATCAACGGTTCCTTTAGGCGCAACTCCGACAGCAGACAAAACCTGAACCACAATGTGGT
TCCTCCAGTAAGCGAGCCGACCCATCTTAAGCCTAGTCCACCACGGCTCAGCAGGCGGAG
CCGCCAGATCCTTCTCCTTGACAACTTCGAACCCAACCTTCTTCGCTGTCTCGGCTATGT
CGGAATAAGCCCTAAGCCCAGGAAGCGCGTCTCCTCTCTCGATCCCTTGGATGACCTCCA
CGTGTTCCTCATTCTCCGCGTTGAACTTATCGGTCGTGACCCACTCGTACGACACGTAGA
GAGATCCGGGCTTCAACAC
C

QA 3 561 3 561
DS 

RD RR1FY27JQ 787 0 0
C
GATTCCAAGATTCACTCATTCAGGAAAAACTTAACAGTAATACCAAATTAAGAAACACGG
TTTTAAATCTAAAAAGAGTACATAGGACTGACCAAGCATGATTAAAAAGCCCATAAAAAA
ACAAAAATTAAAACAAACTGAGATCGACAGATACTCCTATTAAGAAATAGGTTTCCGGCA
GAGAATCATATGCATCAGAGAGAAAATTTCAGTTTCGCCTCCTCTGGACAAGAAATCAGC
GGTCTTAAACAACATCTCGTGAACATCAACGGTTCCTTTAGGCGCAACTCCGACAGCAGA
CAAAACCTGAACCACAATGTGGCTCCTCCAGTAAGCGAGCCGACCCATCTTAAGCCTAGT
CCACCACGGCTCAGCAGGCGGAGCCGCCAGATCCTTCTCCTTGACAACTTCGAACCCAAC
CTTCTTCGCTGTCTCGGCTATGTCGGAATAAGCCCTAAGCCCAGGAAGCGCGTCTCCTCT
CTCGATCCCTTGGATGACCTCCACGTGTTCCTCATTCTCCGCGTTGAACTTATCGGTCGT
GACCCACTCGTACGACACGTAGAGAGATCCGGGCTTCAACACTCTGTAGATCTCCGCGTA
GACTTCTTCAAGCTTCGGCGCGTGACACGTCGCTTCGATCGAGTACGCGCCGTCGAATGT
GTTGTCATCGAACGGCATCTGGAGGAAGTTGCCGCACACGACCTCGCAGAGCGCGTCGAG
TCCCGCTTTCCTGTTGTGGTCACGCGCTCTCTTGACTTGATACTCGTTGATCGTGATCCC
CACGAC

QA 2 787 2 787
DS 

RD RR1FY27TF 605 0 0
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GCTCTCTTGACTTGATACTCGTTGATCGTGATCCCCACGACGTTGGCTCGCGAGTGAGAT
GCAATCGCGCGCATCGGACCTCCTACGCCGCATCCGACGTCGAGGATCTTTTGGCCCGGT
TTCACTTGGATCAGATCTACGGCCATCTCTTCGTGGAGGCGCGTGGCGTCACGGTGGGAT
TTGCCACGGATGGAAGGGGAGAAGTGGAAGGACTGTCCCCATCCCCACTCGTAGATGTCG
GTGACGAGGTTGTAGAACGTGTCGACAAAATCGGGGACTTTCTCGGCGGTTTCGATCTCT
TTGGGACGGCGGAAGAAAGACCAGTACTGTTTGTAGTTGTCTTGAACTTTCTCAGCGGAG
ATGGAGCCGCCTGATAGATCCAAGGCTCGTTTGCCTTTACGCTCGGCTGGTCCAAGTACG
CAGAGGAACCAGTAGATACCGCCGGCTACGAGAGCTCCGGTGAAGAAAAGTGCTACACTG
TCCATTATTTTTTTAAGGGAGAGAGAGAGAGAGGCAGAGACGGTCTCGTTATTACTGGTA
GACCC

QA 1 605 1 605
DS 



CO CL319Contig2 732 2 9 U
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CACTCTTCTTCACCGGTGCTCTCGTAGCCGGCGGTATCTACTGGTTTCTCTGCGTACTCG
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AGAAAGTAGAAGACAACTACAAACAGTACTGGTCTTTCTTCCGCCGCCCCAAAGAGATCG
AAACCGCCGAGAAAGTCCCAGACTTCGTCGACACGTTCTACAACCTCGTCACCGACATCT
ACGAGTGGGGATGGGGACAGTCCTTCCACTTCTCCCCTTCCATACGTGGCAAATCCCACC
ACGACGCCACGCGCCTCCACGAAGAGATGGCCGTAGATCTGATCCAAGTGAAACCGGGCC
AAAAGATCCTAGACGTCGGATGCGGTGTCGGAGGTCCGATGCGCGCGATTGCATCTCACT
CGCGAGCCAACGTCGTGGGGATCACAATCAACGAGTATCAGGTCAAGAGAGCGCGTGACC
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TGTCGTACGAGT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G373TF U 1
AF RR1BF09TF U 1
BS 1 33 RR1BF09TF
BS 34 35 RR1G373TF
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BS 571 571 RR1G373TF
BS 572 732 RR1BF09TF

RD RR1G373TF 587 0 0
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QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1BF09TF 732 0 0
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CACTCTTCTTCACCGGTGCTCTCGTGGCCGGCGGTATCTACTGGTTTCTCTGCGTACTCG
GACCAGCCGAGCGCAAAGGCAAACGAGCCTTGGATCTATCGGGCGGCTCCATCTCCGCCG
AGAAAGTAGAAGACAACTACAAACAGTACTGGTCTTTCTTCCGCCGCCCCAAAGAGATCG
AAACCGCCGAGAAAGTCCCAGACTTCGTCGACACGTTCTACAACCTCGTCACCGACATCT
ACGAGTGGGGATGGGGACAGTCCTTCCACTTCTCCCCTTCCATACGTGGCAAATCCCACC
GCGACGCCACGCGCCTCCACGAAGAGATGGCCGTAGATCTGATCCAAGTGAAACCGGGCC
AAAAGATCCTAGACGTCGGATGCGGTGTCGGAGGTCCGATGCGCGCGATTGCATCTCACT
CGCGAGCCAACGTCGTGGGGATCACAATCAACGAGTATCAGGTCAAGAGAGCGCGTGACC
ACAACAGGAAAGCGGGACTCGACGCGCTCTGCGAGGTCGTGTGCGGCAACTTCCTCCAGA
TGCCGTTCGATGATAACACCTTCGATGGCGCGTACTCGATCGAAGCGACTTGTCACGCGC
CGAAGCTCGAAGAAGTCTACGCGGAGATCTACAGGGTGTTGAAGCCCGGATCTCTATACG
TGTCGTACGAGT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 3 10

CO CL320Contig1 1155 5 23 U
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CTGGAAACACTGGAATCCTCAATCTCATCCCCCTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATAT
TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGTGAGGAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTC
CTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCGCCAATTGATGCGGTTGTCCAACCTGGTAACACTGGTC
TCGATCCATCTCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGG
GAACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGTGACAAGGTCGGTTCTT
CCGAGACTGCCCTTCTAGCCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTCTCGTACGGTCTTGTTGTCC
AGTCTGTTTACGACAATGGCTCTGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTCGATCTTACGGAAGATG
ACCTTGTCCAGAAGTTTGCCGCTGGTATCTCCATGGTCACTTCCTTGGCGCTAGCTATCT
CTTACCCTACCCTTGCTGCTGCTCCCCATATGTTCATCAATGCTTACAAGAACGCATTGG
CTATCTCAGTTGCCACTGAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTTAA
AGGATCCTAGCAAGTTCGCTGTTGCTGCAGCGGCTGTATCTGCCGATGCAGGTGGTGGGG
CTTCGGCTGGAGCTGCCAAGCTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGGTCGAGGAATCAGATGAAG
AAGACTACGGTGGTTTCGATATGTTCGGTGATGAGTAGATCCGTTTGTTATATCTCTCCC
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CGAACTTCGAGTTGTTTTGTTAGTCTTGGCTCTTTAATTTCCCAAGTGTTATATCACTCT
TTATATAGCAAGAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 5 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A152TF U 1
AF RR1BO86TF U 136
AF RR1FN38JQ C 388
AF RR1FN38TF U 388
AF RR1A152JQ C 586
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BS 681 831 RR1BO86TF
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BS 847 856 RR1BO86TF
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RD RR1A152TF 680 0 0
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CCGACAACGTCGGGTCGACCCAGCTCCAGAACATCAGGAAAGGTCTTCGTGGTGACTCGG
TGGTTCTCATGGGTAAGAACACTATGATGAAGCGTTCCGTTAAGATTCACGCCGAGAACA
CTGGAAACACTGGAATCCTCAATCTCATCCCCCTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATAT
TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGTGAGGAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTC
CTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCGCCAATTGATGCGGTTGTCCAACCTGGTAACACTGGTC
TCGATCCATCTCAGACATCTTTCTTCCAGGTTTTGAACATCCCAACTAAGATTAACAAGG
GAACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGTGACAAGGTCGGTTCTT
CTGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTCTCTTACGGTCTTGTTGTCC
AGTCTGTTTACGACAATGGCTCTGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTCGATCTTACAGAAGATG
AC*TTGTCCAGAAGTTTGCCGCTGGTATCTCCATGGTCACTTCCTTGGCGCTAGCTATCT
CTTACCCTACCCTTGCTGCT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1BO86TF 721 0 0
G
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CCTCAATCTCATGCCCC*CCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTTACCAAGGGTGACCT
CAAGGAAGTGAGTGAGGAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTGGGTTT
GGTTGCGCCAATTGATGTGGTTGTCCAACCTGGTAACACTGGTCTCGATCCATCTCAGAC
ATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGAACAGTCGAAATCAT
CACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGTGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCTGCCCTTCT
AGCCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTCTCGTACGGTCTTGTTGTCCAGTCTGTTTACGACAA
TGGCTCTGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTCGATCTTACGGAAGATGACCTTGTCCAGAAGTT
TGCCGCTGGTATCTCTATGGTCACTTCCTTGGCGCTAGCTATCTCTTACCCTACCCTTGC
TGCTGCTCCCCATATGTTCATCAATGCTTACAAGAACGCATTGGCTATCTCAGTTGCCAC
TGAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTTAAAGGATCCTAGCAAGTT
CGCTGTTGCTGCAGCGGCTGTATCTGCCGATGCAG*TGGTGGGGCTTCG*CTGGAGCTGC

QA 2 721 2 721
DS 

RD RR1FN38JQ 762 0 0
G
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GCTCATCAAGCAAGGTGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGACTGCCCTTCTAGCCAAGCTCGG
CATCAGGCCGTTCTCGTACGGTCTTGTTGTCCAGTCTGTTTACGACAATGGCTCTGTCTT
CAGCCCAGAGGTTCTCGATCTTACGGAAGATGACCTTGTCCAGAAGTTTGCCGCTGGTAT
CTCCATGGTCACTTCCTTGGCGCTAGCTATCTCTTACCCTACCCTTGCTGCTGCTCCCCA
TATGTTCATCAATGCTTACAAGAACGCATTGGCTATCTCAGTTGCCACTGAGTACACTTT
CCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTTAAAGGATCCTAGCAAGTTCGCTGTTGCTGC
AGCGGCTGTATCTGCCGATGCAGGTGGTGGGGCTTCGGCTGGAGCTGCCAAGCTAGAGGA
GAAGAAGGAAGTGGTCGAGGAATCAGATGAAGAAGACTACGGTGGTTTCGATATGTTCGG
TGATGAGTAGATCCGTTTGTTATATCTCTCCCGAGTTCCACCTTTTTTGTCGTTGCTATA
AGTGCTGCTTCGTTTGTAGTATGATGACTTGTGTTTTCTTGATTTTGTCCATTTCAGATT
TGTGCTATTTTCTTTCTAGTTTGAATATGTTTCGAACTTCGAGTTGTTTTGTTAGTCTTG
GCTCTTTAATTTCCCAAGTGTTATATCACTCTTTATATAGC

QA 2 762 2 762
DS 

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G
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GCTCATCAAGCAAGGTGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGACTGCCCTTCTAGCCAAGCTCGG
CATCAGGCCGTTCTCGTACGGTCTTGTTGTCCAGTCTGTTTACGACAATGGCTCTGTCTT
CAGCCCAGAGGTTCTCGATCTTACGGAAGATGACCTTGTCCAGAAGTTTGCCGCTGGTAT
CTCCATGGTCACTTCCTTGGCGCTAGCTATCTCTTACCCTACCCTTGCTGCTGCTCCCCA
TATGTTCATCAATGCTTACAAGAACGCATTGGCTATCTCAGTTGCCACTGAGTACACTTT
CCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTTAAAGGATCCTAGCAAGTTCGCTGTTGCTGC
AGCGGCTGTATCTGCCGATGCAGGTGGTGGGGCTTCGGCTGGAGCTGCCAAGCTAGAGGA
GAAGAAGGAAGTGGTCGAGGAATCAGATGAAGAAGACTACGGTGGTTTCGATATGTTCGG
TGATGAGTAGATCCGTTTGTTATATCTCTCCCGAGTTCCACCTTTTTTGTCGTTGCTATA
AGTGCTGCTTCGTTTGTAGTATGATGACTTGTGTTTTCTTGATTTTGTCCATTTCAGATT
TGTGCTATTTTCTTTCTAGTTTGAATATGTTTCGAACTTCGAGTTGTTTTGTTAGTCTTG
GCTCTTTAATTTCCCAAGTGTTATATCACTCTTTATATAGCAAGAAA

QA 2 768 2 768
DS 

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TGGCGCTAGCTATTTCTTACCCTACCCTTGCTGCTGCTCCGCATATGTTCATCAATGCCT
ACAAGAACGCATTGGCTATTTCAGTTGCCACCGAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGG
TCAAGGAGTACTTGAAGGATCCTAGCAAGTTTGCTGTTGCTGCAGCGGCTGTATCTGCCG
ATGCAGGTGGTGGGGCTTCGGCTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGGTTG
AGGAATCAGATGAAGAAGACTACGGTGGTTTCGATATTTTCGGTGATGAGTAGATCCGTT
TGTTATATCTCTCCCGAGTTCCACCTTTTTTGTCGTTGCTATAAGTGCTGCTTCGTTTGT
AGTATGATGACTTGTGTTTTCTTGATTTTGTCCATTTCAGATTTGTGCTATTGTCTTTTT
AGTTTGAATATGTTTCGAACTTGGAGTTGTTTTGTTAGTCTTGGCTCTTTAATTTCCCAA
GTGTTATATCACTCTT

QA 1 556 1 556
DS 



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CTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAG
GAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATAGAT
GTGGTTGTCCAGCCTGGAAACACCGGTTTAGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTT
CTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGTACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTC
ATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAACTTGGAATC
ACGCCGTTTTCATACGGTCTTGTTGTCCAGAAGTTTGCTGCTGGCATCTCCATGGTCACT
TCCTTGGCTCTAGCCATCTCTTACCCTACACTCGCTGCCGCCCCGCATATGTTCATCAAC
GCCTACAAGAATGCATTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE86TF U 1
AF RR1GQ52TF U 1
AF RR1BU86TF U 35
BS 1 600 RR1GE86TF
BS 601 738 RR1BU86TF

RD RR1GE86TF 600 0 0
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GAGTTCACTCAGATCCTTGTCGTCGCAGCCGACAACGTCGGATCGACTCAGCTGCAGAAC
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CTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAG
GAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATAGAT
GTGGTTGTCCAGCCTGGAAACACCGGTTTAGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTT
CTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGTACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTC
ATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAACTTGGAATC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1GQ52TF 555 0 0
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AAGGCAACAAAGGCGGAGAAGAAGATCGCTTACGACGCGAAGCTATGTCAACTCATCGAC
GAGTTCACTCAGATCCTTGTCGTCGCAGCCGACAACGTCGGATCGACTCAGCTGCAGAAC
ATCAGGAAGGGACTTCGTGGAGACTCAGTGGTTCTCATGGGGAAGAACACCATGATGAAG
CGTTCGGTTAAGATTCACGCTGAGAATACCGGAAACACTGGAATCCTCAATCTCATGCCC
CTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAG
GAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATAGAT
GTGGTTGTCCAGCCTGGAAACACCGGTTTAGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTT
CTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGTACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTC
ATCAAGCAAAGCGAC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1BU86TF 704 0 0
GG
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GCGAAGCTATGTCAACTCATCGACGAGTTCACTCAGATCCTTGTCGTCGCAGCCGACAAC
GTCGGATCGACTCAGCTGCAGAACATCAGGAAGGGACTTCGTGGAGACTCAGTGGTTCTC
ATGGGGAAGAACACCATGATGAAGCGTTCGGTTAAGATTCACGCTGAGAATACCGGAAAC
ACTGGAATCCTCAATCTCATGCCCCTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCAAG
GGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAGGAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGT
GTTGGTTTGGTTGCCCCAATAGATGTGGTTGTCCAGCCTGGAAACACCGGTTTAGATCCA
TCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTGACAAGGGTACAGTC
GAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCC
GCCCTTCTAGCCAAACTTGGAATCACGCCGTTTTCATACGGTCTTGTTGTCCAGAAGTTT
GCTGCTGGCATCTCCATGGTCACTTCCTTGGCTCTAGCCATCTCTTACCCTACACTCGCT
GCCGCCCCGCATATGTTCATCAACGCCTACAAGAATGCATTG

QA 3 704 3 704
DS 



CO CL320Contig3 736 2 15 U
AAATCTGAATCTGTCAAAATCAAGAACATTGAAAACATCGTTTGTAAAGAAGCAACACTT
GTGTAGCATCGACAAAAACATAACCCCGATAGATATATTTTTAATCTATTCATCACCGAA
CATATCGAAACCACCGTAGTCTTCTTCATCTGATTCCTCAACAACTTCCTTCTTCTCCTC
TACCTTGGCAGCTCCACCTGAAGCACCACCACCTGCATCCGCAAACACCGCCCCTACAGC
AACAGCAAACTTGCTAGGATCCTTCAAGTACTCCTTGACCTTCTCTGCTTGGGGGAAAGT
GTACTCAGTGGCAATAAAAATAGCCAATGCATTCTTGTAGGCGTTGATGAACATATGCGG
GGCGGCAGCGAGTGTAGGGTAAAAAATGGCTAGAGCCAAGGAAGTGACCATGGAGATACC
AGCAGCAAACTTCTGGACAAGGTCGTCTTCTGTCAGATCAAGAACCTCTGGGCTGAAGAC
TGAGCCATTGTCGTAAACCGACTGGACAACAAGACCGTATGAAAACGGCCTGATTCCAAG
TTTGGCTAGAAGGGCGGCCTCGGAAGAACCGACCTTGTCGCCTTGCTTGATGAGCTCAAC
AGGGGTGATGATTTCGACTGTACCCTTGTTAATCTTAGTTGGGATGTTAAGAACCTGGAA
GAAAGATGTCTGGGATGGATCTAAACCGGTGTTTCCAGGCTGGACAACCACATCTATTGG
GGCAACCAAACCAACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU86JQ U 56
AF RR1GQ52JQ U 1
BS 1 85 RR1GQ52JQ
BS 86 86 RR1BU86JQ
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BS 384 736 RR1GQ52JQ

RD RR1BU86JQ 385 0 0
CACC
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GGGCGGCAGCGAGTGTAGGGTAAAAAATGGCTAGAGCCAAGGAAGTGACCATGGAGATGC
CAGCAGCAAACTTCTGGACAA

QA 5 385 5 385
DS 

RD RR1GQ52JQ 736 0 0
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GTGTAGCATCGACAAAAACATAACCTCGATAGATATATTTTTAATCTATTCATCACCGAA
CATATCGAAACCACCGTAGTCTTCTTCATCTGATTCCTCAACAACTTCCTTCTTCTCCTC
TACCTTGGCAGCTCCACCTGAAGCACCACCACCTGCATCCGCAGACACCGCCGCTACAGC
AACAGCAAACTTGCTAGGATCCTTCAAGTACTCCTTGACCTTCTCTGCTTGTGGGAAAGT
GTACTCAGTGGCAATAGAGATAGCCAATGCATTCTTGTAGGCGTTGATGAACATATGCGG
GGCGGCAGCGAGTGTAGGGTAAGAAATGGCTAGAGCCAAGGAAGTGACCATGGAGATACC
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AGGGGTGATGATTTCGACTGTACCCTTGTTAATCTTAGTTGGGATGTTAAGAACCTGGAA
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GGCAACCAAACCAACA

QA 1 736 1 736
DS 



AS 2 7

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CATATTCAAGATTCATGGAAAGTTTTTTTCAGAATCTCCGGGGGATTTTATTAAGCTCAG
AACTCACGGTCAGGGAAGAGAATGGGAGCAACGAGTGACCAGATGAAGAGACCAGCAGTG
GCCCAGCTGGTGACAACACGGACCCACACAGACGGCCACCCTACATCCACCAGCTTCCCA
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GAGAAGATGATGTGGAAGAACGCGTACGAGTACGTCACTGGCTTCTTCTGCTCTTTCGCT
TCTTTCTCTTCTGCTTTCCCGTCTAGTGGAAGCAGAGGCTTCCCTGCGCGGGGAGAATCA
GGAGGGGAGAGAAGGGTAGTGGAAGAACCAGCACGAACCGCGGAATAAACGACAGAGAGA
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AGACCATTGCATTCGTAATCTCTAGGTTCACTTGCAAGTCCACTGTAACAGAGGTACATG
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BQ
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AF RR1E322JQ U 2
AF RR1AW28JQ U 1
BS 1 733 RR1AW28JQ

RD RR1E322JQ 586 0 0
A
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CCAGCTGGTGACAACACGGACCCACACAGACGGCCACCCTACATCCACCAGCTTCCCACT
TTCACCAACCGAAGTTGACCAACCAGTTAAGAGCATCGCAGAGTACATGCTCGCGAGGGA
GAAGATGATGTGGAAGAACGCGTACGAGTACGTCACTGGCTTCTTCTGCTCTTTCGCTTC
TTTCTCTTCTGCTTTCCCGTCTAGTGGAAGCAGAGGCTTCCCTGCGCGGGGAGAATCAGG
AGGGGAGAGAAGGGTAGTGGAAGAACCAGCACGAACCGCGGAATAAACGACAGAGAGAAC
AGTTGTGAGTAACCCAATGGTCATAGTGCCTGTTGAGACAGCTTT

QA 2 586 2 586
DS 

RD RR1AW28JQ 733 0 0
GAGGAGAAAGCAAATATTTATATTTATATTTATTTTACAAATGAACCAACAAAGGCCATC
GTGAGAAGATAGCAGCACAGGAGAGACTGTATTATAGTCGAAAGATAGATGCTTTTTTTA
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AACTCACGGTCAGGGAAGAGAATGGGAGCAACGAGTGACCAGATGAAGAGACCAGCAGTG
GCCCAGCTGGTGACAACACGGACCCACACAGACGGCCACCCTACATCCACCAGCTTCCCA
CTTTCACCAACCGAAGTTGACCAACCAGTTAAGAGCATCGCAGAGTACATGCTCGCGAGG
GAGAAGATGATGTGGAAGAACGCGTACGAGTACGTCACTGGCTTCTTCTGCTCTTTCGCT
TCTTTCTCTTCTGCTTTCCCGTCTAGTGGAAGCAGAGGCTTCCCTGCGCGGGGAGAATCA
GGAGGGGAGAGAAGGGTAGTGGAAGAACCAGCACGAACCGCGGAATAAACGACAGAGAGA
ACAGTTGTGAGTAACCCAATGGTCATAGTGCCTGTTGAGACAGCTTTCGAGTGTTTGTGG
AGACCATTGCATTCGTAATCTCTAGGTTCACTTGCAAGTCCACTGTAACAGAGGTACATG
CAGTAGAAAGATATAACTGATGCTGGTAAAATGCTTCCACCGACGGCGGGATGCAAGACT
ACAACGGCGAAGA

QA 1 733 1 733
DS 



CO CL321Contig2 1489 5 20 U
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TCTTTGCACTTTCCTTAATCGTTTCGTGGATTCTCCGTGAGGTTGCTGCTCCTCTCATGG
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TGAAAGTAATCTGCTGGTTCATACTGGTCATCTTGATGTTCTTCGTTCCTAATGAAGTCA
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TGCTTCTTTTGGATTTCGTTCATGGGTGGAATGACACATGGGTTGGCTACGACGAGCAGT
TCTGCTATGCTGCGTTGCTAGTAGTTTCTCTTGTATGTTACTTGGCAACTTTCGTCTTCT
CTGGACTTCTCTTCCATTGGTTTACTCCATCTGGACATGACTGTGGTCTCAACACTTTCT
TCATCGTCATGACTTTGATATTCGTATTCGTCTTCGCCGTTGTAGTCTTGCATCCCGCCG
TCGGTGGAAGCATTTTACCAGCATCAGTTATATCTTTCTACTGCATGTACCTCTGTTACA
GTGGACTTGCAAGTGAACCCAGAGATTACGAATGCAATGGTCTCCATAAACACTCCAAAG
CTGTCTCAACAGGCACTATGACCATTGGGTTACTCACAACTGTTCTCTCTGTCGTTTATT
CCGCTGTTCGTGCTGGTTCTTCCACTACCCTTCTCTCCCCTCCTGATTCTCCCCGCGCAG
GGAAGCCTCTGCTTCCACTAGATGGGAAAGCAGAAGAGAAAGAAGAGAAAGAGGAGAAGA
AGCCAGTGACATACTCGTACGCATTCTTCCACATCATCTTCTCCCTCGCGAGCATGTACT
CTGTGATGCTCTTAACCGGTTGGTCAACTTCGGTTGGTGAAAGTGGGAAGCTGGTGGATG
TAGGGTGGCCTTCTGTGTGGGTCCGTGTTGTCACCAGCTGGGCCACTGCTGGTCTCTCCA
TCTGGTCACTCGTCGCTCCGATTCTCTTCCCTGACCGTGAGTTCTGAGCCTAATAAAATC
CACCGGAGATTCTGAGAAAAACTTTCCATGAATCTTGAATATGTAAAAAAAAGAAAAAGA
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TGTTGGTCTATATGTAAAATAAATATAAATATAAATATTTGCGTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 
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AF RR1E322TF U 1
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AF RR1F156TF U 714
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TCTTTGCACTTTCCTTAATCGTTTCGTGGATTCTCCGTGAGGTTGCTGCTCCTCTCATGG
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TCTGCTATGCTGCGTTGCTAGTAGTTTCTCTTGTATGTTACTTGGCAACTTTCGTCTTCT
C

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DS 

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G
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AGTCAATGTCGAAGTTTGGTGCTGGATTTTTTCTTCTCGTACAAGTTGTGCTTCTTTTGG
ATTTCGTTCATGGGTGGAATGACACATGGGTTGGCTACGACGAGCAGTTCTGCTATGCTG
CGTTGCTAGTAGTTTCTCTTGTATGTTACTTGGCAACTTTCGTCTTCTCTGGACTTCTCT
TCCATTGGTTTACTCCATCTGGACATGACTGTGGTCTCAACACTTTCTTCATCGTCATGA
CTTTGATATTCGTATTCGTCTTCGCCGTTGTAGTCTTGCATCCCGCCGTCGGTGGAAGCA
TTTTACCAGCATCAGTTATATCTTTCTACTGCATGTACCTCTGTTACAGTGGACTTGCAA
GTGAACCTAGAGATTACGAATGCAATGGTCTCCACAAACACTCGAAAGCTGTCTCAACAG
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TTCCACTAGACGGGAAAGCAGA
GAGAAA

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GCTTT
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CGTCGGTGGAAGCATTTTACCAGCATCAGTTATATCTTTCTACTGCATGTACCTCTGTTA
CAGTGGACTTGCAAGTGAACCCAGAGATTACGAATGCAATGGTCTCCATAAACACCCCAA
AGCTGTCTCAACAGGCACTATGACCATTGGGTTACTCACAACTGTTCTCTCTGTCGTTTA
TTCCGCTGTTCGTGCTGGTTCTTCCACTACCCTTCTCTCCCCTCCTGATTCTCCCCGCGC
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CTCTGTGATGCTCTTAACCGGTTG

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CGTCGGTGGAAGCATTTTACCAGCATCAGTTGTATCTTTCTACTGCATGTACCTCTGTTA
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AGCTGTCTCAACAGGCACTATGACCATTGGGTTACTCACAACTGTTCTCTCTGTCGTTTA
TTCCGCTGTTCGTGCTGGTTCTTCCACTACCCTTCTCTCCCCTCCTGATTCTCCCCGCGC
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CATCTGGTCACTCGTCGCTCCGATTCTCTTCCCTGACCGTGAGTTCTGAGCCTAATAAAA
TCCACCGGAGATTCTGAGAAAAACTTTCCATGAATCTTGAATATGTAAAAAAA*GAAAAA
GGATCTATCTTTCGACTATAATACAGTCTATCCTGTGCTGCTATCTTCTCACGCATGGCC
TTTGTTGGTCTATATGTAAAATAAATATAAATATAAATATTTGCGTTCTCC

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DS 

RD RR1F156JQ 607 0 0
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GCAGGGAAGCCTCTGCTTCCACTAGATGGGAAAGCAGAAGAGAAAGAAGAGAAAGAGGAG
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GATGTAGGGTGGCCTTCTGTGTGGGTCCGTGTTGTCACCAGCTGGGCCACTGCTGGTCTC
TTCATCTGGTCACTCGTCGCTCCGATTCTCTTCCCTGACCGTGAGTTCTGAGCCTAATAA
AATCCACCGGAGATTTTGAGAAAAACTTTCCATGAATCTTGAATATGTAAAAAAAAGAAA
AAGAATCTATCTTTCGACTATAATACAGTCTATCCTGTGCTGCTATCTTCTCACGCATGG
CCTTTGTTGGTCTATATGTAAAATAAATATAAATATAAATATTTGCGTTCTCC

QA 15 607 15 607
DS 



AS 1 11

CO CL322Contig1 878 11 11 U
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CTTCTTCTCTTCTAGAGCCATGGCCGCCGCCGTAGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCA
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CATTAGTCTTGTTGACTACATTGGTGTTCAGCCTGCAAAACACGCCACCTTTGTCCCCCA
CACTGCTGGGAGATACTCTGTCAAGAGGTTCAGGAAAGCTCAGTGCCCTATTGTCGAGAG
GCTCACTAACTCCCTCATGATGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAG
GATCATCAAGCACGCCATGGAGATTATCCACCTCTTGACTGACGCCAACCCTATTCAAGT
TATCATTGATGCCATTGTTAACAGTGGTCCACGTGAAGATGCGACCAGGATCGGGTCTGC
TGGTGTGGTCAGGAGACAGGCCGTTGATATCTCTCCTCTGAGACGTGTGAACCAAGCCAT
CTTCTTGCTCACCACTGGTGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGA
GTGCCTCGCTGATGAGCTCATCAATGCTGCTAAAGGATCTTCCAACAGTTATGCCATCAA
GAAGAAAGATGAGATCGAGAGAGTTGCTAAGGCCAACCGTTAAGGGTTCTTCCTTAGTTT
TTTTGCATTATTATCTCAAATAAGCTTTTGTGCTGTTTTCGTTAGCTTTTGATAATGTTA
AAGAATATTTCTCCCATCTTTTAATGAAGTTTTTGACGCTTTAATCGACTTTGGGATCTT
GACCAGACAGATTCATATTTATGAGTATTTTCATTTAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 
30 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW03TF U 1
AF RR1D811TF U 9
AF RR1DH68TF U 1
AF RR1G956TF U 17
AF RR1EV07JQ C 264
AF RR1D811JQ C 131
AF RR1EV07TF U 264
AF RR1DH68JQ C 217
AF RR1DW03JQ C 136
AF RR1AE34TF U 34
AF RR1AE34JQ C 65
BS 1 88 RR1DH68TF
BS 89 89 RR1DW03TF
BS 90 129 RR1DH68TF
BS 130 130 RR1DW03TF
BS 131 329 RR1DH68TF
BS 330 330 RR1DW03TF
BS 331 691 RR1DH68TF
BS 692 692 RR1AE34TF
BS 693 738 RR1G956TF
BS 739 864 RR1AE34TF
BS 865 878 RR1AE34JQ

RD RR1DW03TF 384 0 0
GGAGGGTTTTGATTCTTCATTTCGAGAGCTACCTTATTCGAGCCGCGGCTACAAAGTTAC
CTTCTTCTCTTCTAGAGCCATGGCCGCCGCCGTAGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCA
GCTTACCAACGAGGTCAAGCTCTTCAACCGTTGGAGCTTTGACGACGTCTCGGTCACGGA
CATTAGTCTTGTTGACTACATTGGTGTTCAGCCTGCAAAACACGCCACCTTTGTCCCCCA
CACTGCTGGAAGATACTCTGTCAAGGGGTTCAGGAAGGCTCAGTGCCCTATTGTCGAGAG
GCTCACTAACTCCCTCATGATGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAG
AATCATCAAGCACGCCATGGAGAT

QA 1 384 1 384
DS 

RD RR1D811TF 566 0 0
GG
GATTCTTCATTTTGAGAGCTACCTTCTTCGAGCCGCGGCTACAAAGTTACCTTCTTCTCT
TCTAGAGCCATGGCCGCCACCGTAGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCAGCTTACCAAT
GAGGTCAAGCTCTTCAACCGTTGGAGCTTTGACGACGTCTCGGTCACAGACATTAGTCTT
GTTGACTACATTGGTGTTCAGCCTGCAAAACACGCCACCTTTGTCCCCCACACTGCTGGG
AGATACTCTGTCAAGAGGTTCAGGAAAGCTCAGTGCCCCATTGTCGAGAGGCTCACTAAC
TCCCTCATGATGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAGGATCATCAAG
CACGCCATGGAGATTATCCACCTCTTGACTGACGCCAACCCTATTCAAGTTATCATTGAT
GCCATTGTTAACAGTGGTCCACGTGAAGATGCGACCAGGATCGGGTCTGCTGGTGTGGTC
AGGAGACAGGCCGTTGATATCTCTCCTCTGAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTCTTGCTC
ACCACTGGTGCACGTGAAGCTGCC

QA 3 566 3 566
DS 

RD RR1DH68TF 697 0 0
GGAGGGTTTTGATTCTTCATTTTGAGAGCTACCTTCTTCGAGCCGCGGCTACAAAGTTAC
CTTCTTCTCTTCTAGAGCCATGGCCGCCACCGTAGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCA
GCTTACCAATGAGGTCAAGCTCTTCAACCGTTGGAGCTTTGACGACGTCTCGGTCACAGA
CATTAGTCTTGTTGACTACATTGGTGTTCAGCCTGCAAAACACGCCACCTTTGTCCCCCA
CACTGCTGGGAGATACTCTGTCAAGAGGTTCAGGAAAGCTCAGTGCCCTATTGTCGAGAG
GCTCACTAACTCCCTCATGATGCACGGGATGAACAACGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAG
GATCATCAAGCACGCCATGGAGATTATCCACCTCTTGACTGACGCCAACCCTATTCAAGT
TATCATTGATGCCATTGTTAACAGTGGTCCACGTGAAGATGCGACCAGGATCGGGTCTGC
TGGTGTGGTCAGGAGACAGGCCGTTGATATCTCTCCTCTGAGACGTGTGAACCAAGCCAT
CTTCTTGCTCACCACTGGTGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGA
GTGCCTCGCTGATGAGCTCATCAATGCTGCTAAAGGATCTTCCAACAGTTATGCCATCAA
GAAGAAAGATGAGATCGAGAGAGTTGCTAAG
CCAACC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1G956TF 722 0 0
GG
ATTTTGAGAGCTACCTTCTTCGAGCCGCGGCTACAAAGTTACCTTCTTCTCTTCTAGAGC
CATGGCCGCCACCGTAGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCAGCTTACCAATGAGGTCAA
GCTCTTCAACCGTTGGAGCTTTGACGACGTCTCGGTCACAGACATTAGTCTTGTTGACTA
CATTGGTGTTCAGCCTGCAAAACACGCCACCTTTGTCCCCCACACTGCTGGGAGATACTC
TGTCAAGAGGTTCAGGAAAGCTCAGTGCCCTATTGTCGAGAGGCTCACTAACTCCCTCAT
GATGCACGGGAGGAACAACTGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAGGATCATCAAGCACGCCAT
GGAGATTATCCACCTCTTGACTGACGCCAACCCTATTCAAGTTATCATTGATGCCATTGT
TAACAGTGGTCCACGTGAAGATGCGACCAGGATCGGGTCTGCTGGTGTGGTCAGGAGACA
GGCCGTTGATATCTCTCCTCTGAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTCTTGCTCACCACTGG
TGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGCCTCGCTGATGAGCT
CATCAATGCTGCTAAAGGATCTTCCAACAGTTATGCCATCAAGAAGAAAGATGAGATCGA
GATAGTTGCTAAG*CCAACCGTTAAGGGTTCTTCCTTAGTTTTTTTGCATTATTATCTCA

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR1EV07JQ 517 0 0
G
GAGGTTCAGGAAAGCTCAGTGCCCTATTGTCGAGAGGCTCACTAACTCCCTCATGATGCA
CGGGAGGAACAACGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAGGATCATCAAGCACGCCATGGAGAT
TATCCACCTCTTGACTGACGCCAACCCTATTCAAGTTATCATTGATGCCATTGTTAACAG
TGGTCCACGTGAAGATGCGACCAGGATCGGGTCTGCCGGTGTGGTCAGGAGACAGGCCGT
TGATATCTCTCCTCTGAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTCTTGCTCACCACTGGTGCACG
TGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGCCTCGCTGATGAGCTCATCAA
TGCTGCTAAAGGATCTTCCAACAGCTATGCCATCAAGAAGAAAGATGAGATCGAGAGAGT
TGCTAAGGCCAACCGTTAAGGGTTCTTCCTTAGTTTTTTTGCATTATTATCTCAAATAAG
CTTTTGTGCTGTTTTCGTTAGCTTTTGATAATGTTA

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DS 

RD RR1D811JQ 697 0 0
GAGGTCAAGCTCTTCAACCGTTGGAGCTTTGACGACGTCTCGGTCACAGACATTAGTCTT
GTTGACTACATTGGTGTTCAGCCTGCAAAACACGCCACCTTTGTCCCCCACACTGCTGGG
AGATACTCTGTCAAGAGGTTCAGGAAAGCTCAGTGCCCCATTGTCGAGAGGCTCACTAAC
TCCCTCATGATGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAGGATCATCAAG
CACGCCATGGAGATTATCCACCTCTTGACTGACGCCAACCCTATTCAAGTTATCATTGAT
GCCATTGTTAACAGTGGTCCACGTGAAGATGCGACCAGGATCGGGTCTGCTGGTGTGGTC
AGGAGACAGGCCGTTGATATCTCTCCTTTGAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTCTTGCTC
ACCACTGGTGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGCCTCGCT
GATGGGCTCATCAATGCTGCTAAAGGATCTTCCAACAGCTATGCCATCAAGAAGAAAGAT
GAGATCGAGAGAGTTGCTAAGGCCAACCGTTAAGGGTTCTTCCTTAGTTTTTTTTCATTA
TTATCTCAAATAAGCTTTTGTGCTGTTTTCGTTAGCTTTTGATAATGTTAAAGAATATTT
CTCCCATCTTTTAATGAAGTTTTTGACGCTTTAATCG

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DS 

RD RR1EV07TF 545 0 0
G
GAGGTTCAGGAAAGCTCAGTGCCCTATTGTCGAGAGGCTCACTAACTCCCTCATGATGCA
CGGGAGGAACAACGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAGGATCATCAAGCACGCCATGGAGAT
TATCCACCTCTTGACTGACGCCAACCCTATTCAAGTTATCATTGATGCCATTGTTAACAG
TGGTCCACGTGAAGATGCGACCAGGATCGGGTCTGCCGGTGTGGTCAGGAGACAGGCCGT
TGATATCTCTCCTCTGAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTCTTGCTCACCACTGGTGCACG
TGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGCCTCGCTGATGAGCTCATCAA
TGCTGCTAAAGGATCTTCCAACAGCTATGCCATCAAGAAGAAAGATGAGATCGAGAGAGT
TGCTAAGGCCAACCGTTAAGGGTTCTTCCTTAGTTTTTTTGCATTATTATCTCAAATAAG
CTTTTGTGCTGTTTTCGTTAGCTTTTGATAATGTTAAAGAATATTTCTCCCATCTTTTAA
TGAA

QA 2 545 2 545
DS 

RD RR1DH68JQ 592 0 0
AAAACACGCCACCTTTGTCCCCCACACTGCTGGGAGATACTCTGTCAAGAGGTTCAGGAA
AGCTCAGTGCCCTATTGTCGAGAGGCTCACTAACTCCCTCATGATGCACGGGATGAACAA
CGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAGGATCATCAAGCACGCCATGGAGATTATCCACCTCTT
GACTGACGCCAACCCTATTCAAGTTATCATTGATGCCATTGTTAACAGTGGTCCACGTGA
AGATGCGACCAGGATCGGGTCTGCTGGTGTGGTCAGGAGACAGGCCGTTGATATCTCTCC
TCTGAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTCTTGCTCACCACTGGTGCACGTGAAGCTGCCTT
CAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGCCTCGCTGATGAGCTCATCAATGCTGCTAAAGG
ATCTTCCAACAGTTATGCCATCAAGAAGAAAGATGAGATCGAGAGAGTTGCTAAGGCCAA
CCGTTAAGGGTTCTTCCTTAGTTTTTTTGCATTATTATCTCAAATAAGCTTTTGTGCTGT
TTTCTTTAGCTTTTGATAATGTTAAAGAATATTTCCCCCATCTTTTAATGAA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1DW03JQ 673 0 0
CAAGCTCTTCAACCGTTGGAGCTTTGACGACGTCTCGGTCACGGACATTAGTCTTGTTGA
CTACATTGGTGTTCAGCCTGCAAAACACGCCACCTTTGTCCCCCACACTGCTGGAAGATA
CTCTGTCAAGGGGTTCAGGAAGGCTCAGTGCCCTATTGTCGAGAGGCTCACTAACTCCCT
CATGATGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAGAATCATCAAGCACGC
CATGGAGATTATCCACCTCTTGACTGATGCCAACCCTATTCAAGTTATCATTGATGCCAT
TGTTAACAGTGGTCCACGTGAAGATGCGACCAGGATCGGATCTGCTGGTGTGGTGAGGAG
ACAGGCCGTTGATATCTCTCCTCTGAGACGTGTTAACCAAGCCATCTTCTTGCTCACCAC
TGGTGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGCCTCGCTGATGA
GCTCATCAATGCTGCTAAAGGATCTTCCAACAGTTATGCCATCAAGAAGAAAGATGAGAT
CGAGAGAGTTGCTAAGGCCAACCGTTAAGGGTTCTTCCTTAGTTTTTTTGCATTATTATC
TCAAATAAGCTTTTGTGCTGTTTTCGTTAGCTTTTGATAATGTTAAAGAATATTTCTCCC
ATCTTTTAATGAA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1AE34TF 831 0 0
GGA
TTCGAGCCGCGGCTACAAAGTTACCTTCTTCTCTTCTAGAGCCATGGCCGCCGCCGTAGA
AATCGACGCTGAGATTCAGCAGCAGCTTACCAACGAGGTCAAGCTCTTCAACCGTTGGAG
CTTTGACGACGTCTCGGTCACGGACATTAGTCTTGTTGACTACATTGGTGTTCAGCCTGC
AAAACACGCCACCTTTGTCCCCCACACTGCTGGAAGATACTCTGTCAAGAGGTTCAGGAA
GGCTCAGTGCCCTATTGTCGAGAGGCTCACTAACTCCCTCATGATGCACGGGAGGAACAA
CGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAGAATCATCAAGCACGCCATGGAGATTATCCACCTCTT
GACTGATGCCAACCCTATCCAAGTTATCATTGATGCCATTGTTAACAGTGGTCCACGTGA
AGATGCGACCAGGATCGGATCTGCTGGTGTGGTGAGGAGACAGGCCGTTGATATCTCTCC
TCTGAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTCTTGCTCACCACTGGTGCACGTGAAGCTGCCTT
CAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGCCTCGCTGATGAGCTCATCAATGCTGCTAAAGG
ATCTTCCAACAGTTATGCCATCAAGAAGAAAGATGAGATCGAGAGAGTTGCTAAGGCCAA
CCGTTAAGGGTTCTTCCTTAGTTTTTTTGCATTATTATCTCAAATAAGCTTTTGTGCTGT
TTTCGTTAGCTTTTGATAATGTTAAAGAATATTTCTCCCATCTTTTAATGAAGTTTTTGA
CGCTTTAATCGACTTTGGGATCTTGACCAGACAGATTCATATTTATGA

QA 4 831 4 831
DS 

RD RR1AE34JQ 814 0 0
TTCTCTTCTAGAGCCATGGCCGCCGCCGTAGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCAGCTT
ACCAACGAGGTCAAGCTCTTCAACCGTTGGAGCTTTGACGACGTCTCGGTCACGGACATT
AGTCTTGTTGACTACATTGGTGTTCAGCCTGCAAAACACGCCACCTTTGTCCCCCACACT
GCTGGAAGATACTCTGTCAAGAGGTTCAGGAAGGCTCAGTGCCCTATTGTCGAGAGGCTC
ACTAACTCCCTCATGATGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAGTTGATGGCTGTCAGAATC
ATCAAGCACGCCATGGAGATTATCCACCTCTTGACTGATGCCAACCCTATCCAAGTTATC
ATTGATGCCATTGTTAACAGTGGTCCACGTGAAGATGCGACCAGGATCGGATCTGCTGGT
GTGGTGAGGAGACAGGCCGTTGATATCTCTCCTCTGAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTC
TTGCTCACCACTGGTGCACGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGC
CTCGCTGATGAGCTCATCAATGCTGCTAAAGGATCTTCCAACAGTTATGCCATCAAGAAG
AAAGATGAGATCGAGAGAGTTGCTAAGGCCAACCGTTAAGGGTTCTTCCTTAGTTTTTTT
GCATTATTATCTCAAATAAGCTTTTGTGCTGTTTTCGTTAGCTTTTGATAATGTTAAAGA
ATATTTCTCCCATCTTTTAATGAAGTTTTTGACGCTTTAATCGACTTTGGGATCTTGACC
AGACAGATTCATATTTATGAGTATTTTCATTTAC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 3 10

CO CL323Contig1 909 2 8 U
GGATAAAGTCTCTACTCTTTTGCGCCTCTCTTTGGTGAGTCCGAAGTCGCTGTCTCCACC
TTCCTTTCCATGGCAGGGTCTTTCTCCTTCGTATGTCGCGTGTACCTCACTCTCTACAAC
TGGATCGTCTTTGCTGGATGGGCTCAAGTTTTGTACTTTGCGGTAAAGACGTTGAAGGAA
ACGGGACATGAAAATGTTTACGAGGCCGTTGAGAAGCCTCTCCAGCTTGCTCAGACCTCG
CTGTTCTCGAGATTCTTCATGGATTAGTAGGTCTGGTCAGATCTCCTGTTTCTGCTACTC
TGCCACAGATAGGTTCAAGGCTGTTTCTCACTTGGGGCATCCTATACAGTTTTCCAGAGG
TCCAATCACATTTTCTTGTTGCGTCGCTGGTCATAAGCTGGTCTATCACGGAGATTATCC
GCTACTCCTTCTTTGGACTTAAGGAAGCTCTAGGCTTTGCACCTTCATGGCACTTGTGGC
TCAGATACAGCAGCTTCTTAGTGTTATATCCGACCGGTATCACCAGTGAAGTAGGTCTTA
TCTACCTTGCCTTACCACACATCAAGACGTCTGAGATGTACAGCGTGAGGATGCCTAACA
CATTGAACTTCTCATTCGACTTCTTCTACGCAACCATACTCGTTCTTGCAATCTATGTCC
CAGGTAGTCCGCACATGTACAGGTACATGCTTGGTCAGCGTAAGAGAGCTCTCTCCAAAT
CCAAGAGGGAATAAAAAAAGCTTATAGAGAGACCAAGGCTCGCTCATCAGCTGCTTGTCT
TCTCTTGCCTAGTTTATTTCATTTACTTCCCTTTGTTAGACTCTTTACGTCTTTCGTCTT
CTGGACTACTCAGTTAAGAGTACTGTAATGTTTCTAAGATTTAATACGAAAAGTAACGTC
TCCTTCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ44TF U 1
AF RR1BQ44JQ C 93
BS 1 730 RR1BQ44TF
BS 731 733 RR1BQ44JQ
BS 734 780 RR1BQ44TF
BS 781 781 RR1BQ44JQ
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BS 796 809 RR1BQ44TF
BS 810 909 RR1BQ44JQ

RD RR1BQ44TF 809 0 0
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TTCCTTTCCATGGCAGGGTCTTTCTCCTTCGTATGTCGCGTGTACCTCACTCTCTACAAC
TGGATCGTCTTTGCTGGATGGGCTCAAGTTTTGTACTTTGCGGTAAAGACGTTGAAGGAA
ACGGGACATGAAAATGTTTACGAGGCCGTTGAGAAGCCTCTCCAGCTTGCTCAGACCTCG
CTGTTCTCGAGATTCTTCATGGATTAGTAGGTCTGGTCAGATCTCCTGTTTCTGCTACTC
TGCCACAGATAGGTTCAAGGCTGTTTCTCACTTGGGGCATCCTATACAGTTTTCCAGAGG
TCCAATCACATTTTCTTGTTGCGTCGCTGGTCATAAGCTGGTCTATCACGGAGATTATCC
GCTACTCCTTCTTTGGACTTAAGGAAGCTCTAGGCTTTGCACCTTCATGGCACTTGTGGC
TCAGATACAGCAGCTTCTTAGTGTTATATCCGACCGGTATCACCAGTGAAGTAGGTCTTA
TCTACCTTGCCTTACCACACATCAAGACGTCTGAGATGTACAGCGTGAGGATGCCTAACA
CATTGAACTTCTCATTCGACTTCTTCTACGCAACCATACTCGTTCTTGCAATCTATGTCC
CAGGTAGTCCGCACATGTACAGGTACATGCTTGGTCAGCGTAAGAGAGCTCTCTCCAAAT
CCAAGAGGGAT**AAAAAAGCTTATAGAGAGACCAAGGCTCGCTCATCAGCTGCTTGTCT
*CTCTTGCCTAGTT*ATTTCATTTACTTC

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1BQ44JQ 817 0 0
AT
GTCGCGTGTACCTCACTCTCTACAACTGGATCGTCTT*GCTGGATGGGCTCAAGTTTTGT
ACTTTGCGGTAAAGACGTTGAAGGAAACGGGACATGAAAATGTTTACGAGGCCGTTGAGA
AGCCTCTCCAGCTTGCTCAGACCTCGCTGTTCTCGAGATTCTTCATGGATTAGTAGGTCT
GGTCAGATCTCCTGTTTCTGCTACTCTGCCACAGATAGGTTCAAGGCTGTTTCTCACTTG
GGGCATCCTATACAGTTTTCCAGAGGTCCAATCACATTTTCTTGTTGCGTCGCTGGTCAT
AAGCTGGTCTATCACGGAGATTATCCGCTACTCCTTCTTTGGACTTAAGGAAGCTTTAGG
CTTTGCACCTTCATGGCACTTGTGGCTCAGATACAGCAGCTTCTTAGTGTTATATCCGAC
CGGTATCACCAGTGAAGTAGGTTTTATCTACCTTGCCTTACCACACATCAAGACGTTTGA
GATGTACAGCGTGAGGATGCCTAACACATTGAACTTTTCATTCGACTTTTTTTACGCAAC
CATACTCGTTCTTGCAATCTATGTCCCAGGTAGTCCGCACATGTACAGGTACATGCTTGG
TCAGCGTAAGAGAGCTCTCTCCAAATCCAAGAGGGAATAAAAAAAGCTTATAGAGAGACC
AAGGCTCGCTCATCAGCTGCTTGTCTTCTCTTGCCTAGTTTATTTCATTTACTTCCCTTT
GTTAGACTCTTTACGTCTTTCGTCTTCTGGACTACTCAGTTAAGAGTACTGTAATGTTTC
TAAGATTTAATACGAAAAGTAACGTCTCCTTCTCG

QA 3 817 3 817
DS 



CO CL323Contig2 901 3 9 U
GGGACATAAAGTCTTTACTCTTTCGCTCTCTCTTTGGTGAGTCCGAAGTCGCTTTCTCCA
CCTTCCTTCCATGGCAGGGTCTTTCTCCTTCCTACGTCGCGTGTACCTCACTCTCCACAA
CTGGATCGTCTTTGCTGGATGGACTCAAGTTTTGTACTTTGCGGTAAAGACATTGAAGGA
GACGGGACATGAAAATGTCTACGTCGCCGTCGAGAAGCCTCTCCAGCTTGCTCAGACCGC
CGCTGTTCTCGAGATTTTTCATGGATTAGTAGGTTTGGTCAGATCTCCTGTCTCTGCTAC
TCTGCCGCAGATAGGTTCAAGGCTGTTTCTCACTTGGGGCATCCTATACAGTCTTCCAGA
GGTCCAATCACATTTTCTTGTTGCGTCGCTGGTCATAAGCTGGTCTATCACGGAGATTAT
CCGATACTCCTTCTTTGGACTTAAGGAAGCTCTAGGCTTTGCACCTTCATGGCACTTGTG
GCTCAGATACAGCAGCTTTTTAGTACTATATCCTACCGGTATCACCAGTGAAGTAGGTCT
TATCTACCTTGCCTTACCACACATCAAGACGTCTGAGATGTACAGCGTTAGGATGCCTAA
CACATTAAACTTCTCATTCGACTTCTTCTACGCAACAATACTTGTCCTTGCAATCTATGT
CCCTGGTAGCCCGCACATGTACAGGTACATGCTTGGTCAGCGTAAGAGAGCTCTCTCCAA
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TTGCCTGGTTTATTTCATGTACTTCCCTTTGTTAGACTCTTTACGTCTTTCTTCTTCTGT
ACTACTCAACTAAGAGTAATGTAATGTTTTAAGATTAATACGAAAAGTAACGTCTCCTTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 

AF RR1CG06TF U 1
AF RR1G559TF U 36
AF RR1G559JQ C 309
BS 1 115 RR1CG06TF
BS 116 116 RR1G559TF
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GACGGGACATGAAAATGTCTACG
TC

QA 1 203 1 203
DS 

RD RR1G559TF 697 0 0
GGG
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TCAGATCTCCTGTCTCTGCTACTCTGCCGCAGATAGGTTCAAGGCTGTTTCTCACTTGGG
GCATCCTATACAGTCTTCCAGAGGTCCAATCACATTTTCTTGTTGCGTCGCTGGTCATAA
GCTGGTCTATCACGGAGATTATCCGATACTCCTTCTTTGGACTTAAGGAAGCTCTAGGCT
TTGCACCTTCATGGCACTTGTGGCTCAGATACAGCAGCTTTTTAGTACTATATCCTACCG
GTATCACCAGTGAAGTAGGTCTTATCTACCTTGCCTTACCACACATCAAGACGTCTGAGA
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TACTTGTCCTTGCAATCTATGTCCCTGGTAGCCCGCACATGTACAG*TACATGCTTGGTC
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GAGGATA

QA 4 690 4 690
DS 

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ACAGCAGCTTTTTAGTACTATATCCTACCGGTATCACCAGTGAAGTAGGTCTTATCTACC
TTGCCTTACCACACATCAAGACGTCTGAGATGTACAGCGTTAGGATGCCTAACACATTAA
ACTTCTCATTCGACTTCTTCTACGCAACAATACTTGTCCTTGCAATCTATGTCCCTGGTA
GCCCGCACATGTACAGGTACATGCTTGGTCAGCGTAAGAGAGCTCTCTCCAAATCCAAGA
GGGAATAAAAAGCTTATAGAGAGACCAAGGCTCGCCCATCAACTGTCTTCTATTGCCTGG
TTTATTTCATGTACTTCCCTTTGTTAGACTCTTTACGTCTTTCTTCTTCTGTACTACTCA
ACTAAGAGTAATGTAATGTTTTAAGATTAATACGAAAAGTAACGTCTCCTTCC

QA 1 593 1 593
DS 



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TACCTCACTCTCTACAACTGGATCGTCTTTGCTGGATGGGCTCAGGTTTTGTACTTTGCG
GTAAAGACGTTGAAGGAAACGGGACATGAAAATGTCTATGATGCTGTGGAGAAGCCTCTC
CAGCTTGCTCAGACTGCCGCTGTCCTCTAGATTCTTCATGGTTTAGTAGGTTTGGTCAGA
TCTCCTGTTTCTGCAACTCTGCCACAGATTGGCTCAAGGCTGTTTCTCACTTGGGGCATC
CTATACAGCTTCCCAGAGGTCCAATCACATTTTCTTGTTGCCTCGCTGGTCATAAGCTGG
TCTATCACGGAGATTATTCGCTACTCCTTCTTTGGTTTCAAGGAAGCTCTAGGCTTTGCA
CCTTCATGGCACTTGTGGCTCAGATACAGCAGCTTTTTAGTGCTATACCCGACCGGTATC
ACCAGTGAAGTAGGTCTTATCTACCTTGCCTTACCACACATCAAGACGTCTGAGATGTAC
GGCGTTAGGATGCCTAACACATTGAACTTCTCATTCGACTTCTTCTATGCAACCATACTC
GTCCTTGCTATCTATGTCCCAGGTAGTCCACACATGTACAGGTACATGCTTGGTCAGCGT
AAGAGAGCTCTCTCCAAATCTAAGAGGGAATAAAAAAAATCTTACAGAGAGGATACCAAA
AGCTCATCAACTAATTTTCTTCTCTTGTGTGGTTCTTTCATTATACTTTCCTTTGTTACA
CTTGGTATTTCTTTTTCTTTAGTTCCTTGGAGATTATTTAAATTTATGCGGGTTACTACT
ATATTAATTATAACTAGCTTTTGATCTGCGTGGATGTTTATCCTTTTTAATCATAAATTT
TTAACTTTTGAAAATTTGTTAAATTTAAAGTTTCTTATACTCATTATGTTATAGATTCTT
ATACTCACT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX40TF U 2
AF RR1G936TF U 1
AF RR1EX29TF U 1
AF RR1DX40JQ C 119
AF RR1EX29JQ C 216
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BS 778 789 RR1EX29TF
BS 790 864 RR1DX40JQ
BS 865 969 RR1EX29JQ

RD RR1DX40TF 332 0 0
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ACCTCACTCTCTACAACTGGATCGTCTTTGCTGGATGGGCTCAGGTTTTGTACTTTGCGG
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AGCTTGCTCAGACTGCCGCTGTCCTCTAGATTCTTCATGGTTTAGTAGGTTTGGTCAGAT
CTCCTGTTTCTGCAACTCTGCCACAGATTGGCTCAAGGCTGTTCCTCACTTGGGGCATCC
TATACAGCTTCCCAGAGGTCCAATCAC
TTTTC

QA 1 327 1 327
DS 

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G
GATCTCTAATCTATTCTCCACTTTCCATGGCGTCGTTTCTCTCCATCATTCGTCGAGTGT
ACCTCACTCTCTACAACTGGATCGTCTTTGCTGGATGGGCTCAGGTTTTGTACTTTGCGG
TAAAGACGTTGAAGGAAACGGGACATGAAA*TGTCTATGATGCTGTGGAGAAGCCTCTCC
AGCTTGCTCAGACTGCCGCTGTCCTCGAGATTCTTCATGGTTTAGTAGGTTTGGTCAGAT
CTCCTGTTTCTGCAACTCTGCCACAGATTGGCTCAAGGCTGTTTCTCACTTGGGGCATCC
TATACAGCTTCCCAGAGGTCCAATCACATTTTCTTGTTGCCTCGCTGGTCATAAGCTGGT
CTATCACGGAGATTATTCGCTACTCCTTCTTTGGTTTCAAGGAAGCTCTAGGCTTTGCAC
CTTCATGGCACTTGTGGCTCAGATACAGCAGCTTTTTAGTGCTATACCCGACCGGTATCA
CCAGTGAAGTAGGTCTTATCTACCTTGCCTTACCACACATCAAGACGTCTGAGATTTACG
GCGTTAGGATGCCTAACACAT

QA 2 562 2 562
DS 

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TACCTCACTCTCTACAACTGGATCGTCTTTGCTGGATGGGCTCAGGTTTTGTACTTTGCG
GTAAAGACGTTGAAGGAAACGGGACATGAAAATGTCTATGATGCTGTGGAGAAGCCTCTC
CAGCTTGCTCAGACTGCCGCTGTCCTCGAGATTCTTCATGGTTTAGTAGGTTTGGTCAGA
TCTCCTGTTTCTGCAACTCTGCCACAGATTGGCTCAAGGCTGTTTCTCACTTGGGGCATC
CTATACAGCTTCCCAGAGGTCCAATCACATTTTCTTGTTGCCTCGCTGGTCATAAGCTGG
TCTATCACGGAGATTATTCGCTACTCCTTCTTTGGTTTCAAGGAAGCTCTAGGCTTTGCA
CCTTCATGGCACTTGTGGCTCAGATACAGCAGCTTTTTAGTGCTATACCCGACCGGTATC
ACCAGTGAAGTAGGTCTTATCTACCTTGCCTTACCACACATCAAGACGTCTGAGATGTAC
GGCGTTAGGATGCCTAACACATTGAACTTCTCATTCGACTTCTTCTATGCAACCATACTC
GTCCTTGCTATCTATGTCCCAGGTAGTCCACACATGTACAGGTACATGCTTGGTCAGCGT
AAGAGAGCTCTCTCCAAATCTAAGAGGGAATAAAAAAA*TCTTACAGAGAGGATACCAAA
AGCTCATCAACTAATTT*CTTCTCTTGTGTGGTTCTTTCATTATACTTTCCTTTGT*ACA
CTTGGTATT
CTT

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DS 

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TCCAGCTTGCTCAGACTGCCGCTGTCCTCTAGATTCTTCATGGTTTAGTAGGTTTGGTCA
GATCTCCTGTTTCTGCAACTCTGCCACAGATTGGCTCAAGGCTGTTCCTCACTTGGGGCA
TCCTATACAGCTTCCCAGAGGTCCAATCACATTTTCTTGTTGCCTCGCTGGTCATAAGCT
GGTCTATCACGGAGATTATTCGCTACTCCTTCCTTGGTTTCAAGGAAGCTCTAGGCTTTG
CACCTTCATGGCACTTGTGGCTCAGATACAGCAGCTTTTTAGTGCTATTC**GACCGGTA
TCACCAGTGAAGTAGGTCTTATCTACCTTGCCTTACCACACATCAAGACGTCTGAGATGT
ACGGCGTTAGGATGCCTAACACATTGAACTTCTCATTCGACTTCTTCTATGCAACCATAC
TCGTCCTTGCTATCTATGTCCCAGGTAGTCCACACATGTACAGGTACATGCTTGGTCAGC
GTAAGAGAGCTCTCTCCAAATCTAAGAGGGAATAAAAAAAATCTTACAGAGAGGATACCA
AAAGCTCATCAACTGATTTTCTTCTCTTGTGTGGTTCTTTCATTATACTTTCCTTTGTTA
CACTTGGTATTTCTTTTTCTTTAGTTCCTTGGAGATTATTTAAATTTATGCGGGTTACTA
CTATATTAATTATAACTAGCTTTTGA
CC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1EX29JQ 754 0 0
TCATGGTTTAGTAGGTTTGGTCAGATCTCCTGTTTCTGCAACTCTGCCACAGATTGGCTC
AAGGCTGTTTCTCACTTGGGGCATCCTATACAGCTTCCCAGAGGTCCAATCACATTTTCT
TGTTGCCTCGCTGGTCATAAGCTGGTCTATCACGGAGATTATTCGCTACTCCTTCTTTGG
TTTCAAGGAAGCTCTAGGCTTTGCACCTTCATGGCACTTGTGGCTCAGATACAGCAGCTT
TTTAGTGCTATACCCGACCGGTATCACCAGTGAAGTAGGTCTTATCTACCTTGCCTTACC
ACACATCAAGACGTCTGAGATGTACGGCGTTAGGATGCCTAACACATTGAACTTCTCATT
CGACTTCTTCTATGCAACCATACTCGTCCTTGCTATCTATGTCCCAGGTAGTCCACACAT
GTACAGGTACATGCTTGGTCAGCGTAAGAGAGCTCTCTCCAAATCTAAGAGGGAATAAAA
AAAATCTTACAGAGAGGATACCAAAAGCTCATCAACTAATTTTCTTCTCTTGTGTGGTTC
TTTCATTATACTTTCCTTTGTTACACTTGGTATTTCTTTTTCTTTAGTTCCTTGGAGATT
ATTTAAATTTATGCGGGTTACTACTATATTAATTATAACTAGCTTTTGATCTGCGTGGAT
GTTTATCCTTTTTAATCATAAATTTTTAACTTTTGAAAATTTGTTAAATTTAAAGTTTCT
TATACTCATTATGTTATAGATTCTTATACTCACT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 11

CO CL324Contig1 932 11 36 U
GGGTTAAAAGAGAAACTTTGGGACGAATCCCCGTTGAAATAATTCTCTCTCTTCTCTATT
TTCTCTCCCTTCTCTCTAAAATCTTCTGATCTCAGATCTTAATCTCTGTTCATCGGCTCC
GGTGGCTCTTTTAGCACCGGAGCCGGTATCCCTTTCTTATGTCCTTTTCGGTTGGTTGTT
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CTTTATGGTGATTGTTTCTAATCTTGATCTGCATGGCCTTGTTCTCCGTGATTTCTTTGG
ATCTTGTCGGATTCGATCCTTCCTAATCTTGTTCTCGTGAGATTGGTTTGTTCGGTCAAG
ATCGTAACCGCTCCTTGTCATTACCAATGGGATCTGGTCGTGATCTCGCTCCTTTGACTC
GCTTCTCATTAGGCACTCCACCGTCGCTCCCTGTCGACTTCGCCGTTCGGAAGTTTGATC
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ATTCACTATAGGTGGGTTACGTTATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTGTCAAAGGCCGGG
AGGATTAAGGTTGATTTCTGCGATTGGGTTTGAACTTCATCATTTGGACTGCAGCTGCTC
GTTTATCTTTGTTATGTCGTTTCATTTCCCCTGTGTTTAGTTTTACTTTGTCCTCTGTTT
CTATCTTGTTTCTCTTTGATAGGGCTTAGTTTCCAGAAGCACTTGTTGCTTGTTGGCCTA
GTTTCCAGAAGTACTCTGTTACTTGCTGGTTTTGTATCTTACAACCGCATTCCACCTTGT
ATCTCGTCTTGTTAAATATAATTTCAGTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 30 30 30 15 15 30 30 15 30 15 15 30 15 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1H549TF U 1
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AF RR1AY85TF U 21
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AF RR1AY85JQ C 181
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AF RR1H549JQ C 196
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TTCTCTCCCTTCTCTCTAAAATTTTCTGTTCTCAGATCTTAATCTCTGTTCATCGGCTCC
GGTGGCTCTTTTAGCACCGGAGCCGGTATCCCTTTCTTATGTCCTTTTCGGTTGGTTGTT
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TAGTTCAATTCAGTTTTCCTTTGCATGCACACCGTTTGATCTCAGTTTTAACAGTGATGT
CTTTATGGTGATTGTTTCTAATCTTGATCTGCATGGCCTTGTTCTCCGTGGTTTCTTTGG
ATCTTGCCGGATTTGATCCTTCCTAATCTTGTTCTCGTGAGATTGGTTTGTTCGGTCAAG
ATCGTAACCGCTCCATGTCATTACCAATGGGATCTGGTCGTGATCTCGCTCCTTTGACTC
GCTTCTCATTAGGCGCTCCACCGTCGCTCTCTGTCGACTTCGCCGTTCGGAAGTTTGATC
TCGAACCGTAATCGGTTCTTTCCTTCCGGTTTGGAAGCCATGCTTGATTATTCTACGCTT
ATTCACTATAGGTGGG

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1BA31TF 630 0 0
GGACGAATCCCCGTTGAAATAATTCTCTCTCTTCTCTATTTTCTCTCCCTTCTCTCTAAA
ATCTTCTGATCTCAGATCTTAATCTCTGTCCATCGGCTCCGGTGGCTCTTTTAGCACCGG
AGCCGGTATCCCTTTCTTATGTCCTTTTCGGTTGGTTGTTTGTTTTGTAAGGGGATTTTG
TTGTTTCGACGCAGAGTCATTCGGTGATGCTTTCGATCTGTAGTTCAATTCAGTTTTCCT
TTGCATGCACACCGTTTGATCTCAGTTTTAACAGTGATGTCTTTATGGTGATTGTTTCTA
ATCTTGATCTGCATGGCCTTGTTCTCCGTGATTTCTTTGGATCTTGTCGGATTCGATCCT
TCCTAATCTTGTTCTCGTGAGATTGGTTTGTTCGGTCAAGATCGTAACCGCTCCTTGTCA
TTACCAATGGGATCGGGTCGTGATCTCGCTCCTTTGACTCGCTTCTCATTAGGCACTCCA
CCGTCGCTCCCTGTCGACTTCGCCGTTCGGAAGTTTGATCTCGAACCGTAATCGGTTCTT
TCCTTCCGGTTTGGAAGCCATGCTTGATTATTCTACGCTTATTCACTATAGGCGGGTTAC
GTTATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTGTC

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DS 

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ATCTTCTGATCTCAGGTCTTAATCTCTGTTCATCGGCTCCGGTGGCTCTTTTAGCACCGG
AGCCGGTATCCCTTTCTTATGTCCTTTTCGGTTGGTTGTTTGTTTTGTAAGGGGATTTTG
TTGTTTCGACGCAGAGTCATTCGGTGATGCTTTCGATCTGTAGTTCAATTCAGTTTTCCT
TTGCATGCACACCGTTTGATCTCAGTTTTAACAGTGATGTCTTTATGGTGATTGTTTCTA
ATCTTGATCTGCATGGCCTTGTTCTCCGTGATTTCTTTGGATCTTGTCGGATTCGATCCT
TCCTAATCTTGTTCTCGTGAGATTGGTTTGTTCGGTCAAGATCGTAACCGCTCCTTGTCA
TTACCAATGGGATCTGGTCGTGATCTCGCTCCTTTGACTCGCTTCTCATTAGGCACTCCA
CCGTCGCTCCCTGTCGACTTCGCCGTTCGGAAGTTTGATCTCGAACCGTAATCGGTTCTT
TCCTTCCGGTTTGGAAGCCATGCTTGATTATTCTACGCTTATTCACTATAGGTGGGTTAC
GTTATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTG

QA 1 628 1 628
DS 

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GGACGAATCCCCGTTGAAATAATTCTCTCTCTTCTCTATTTTCCCTCCCTTCTCTCTAAA
ATCTTCTGATCTCAGATCTTAATCTCTGTTCATCGGCTCCGGTGGCTCTTTTAGCACCGG
AGCCGGTATCCCTTTCTTATGTCCTTTTCGGTTGGTTGTTTGTTTTGTAAGGGGATTTTG
TTGTTTCGACGCAGAGTCATTCGGTGATGCTTTCGATCTGTAGTTCAAGTCAGTTTTCCT
TTGCATGCACACCGTTTGATCTCAGTTTTAACAGTGATGTCTTTATGGTGATTGTTTCTA
ATCTTGATCTGCATGGCCTTGTTCTCCGTGATTTCTTTGGATCTTGTCGGATTCGATCCT
TCCTAATCTTGTTCTCGTGAGATTGGTTTGTTCGGTCAAGATCGTAACCGCTCCTTGTCA
TTACCAATGGGATCTGGTCGTGATCTCGCTCCTTTGACTCGCTTCTCATTAGGCACTCCA
CCGTCGCTCCCTGTCGACTTCGCCGTTCGGAAGTTTGATCTCGAACCGTAATCGGTTCTT
TCCTTCCGGTTTGGAAGCCATGCTTGATTATTCTACGCTTATTCACTATAGGTGGGTTAC
GTTATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTGTCAAAGGCCGGGAG

QA 1 642 1 642
DS 

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GGACGAATCCCCGTTGAAATAATTCTCTCTCTTCTCTATTTTCTCTCCCTTCTCTCTAAA
ATCTTCTGATCTCAGATCTTAATCTCTGTTCATCGGCTCCGGTGGCTCTTTTAGCACCGG
AGCCGGTATCCCTTTCTTATGTCCTTTTCGGTTGGTTGTTTGTTTTGTAAGGGGATTTTG
TTGTTTCGACGCAGAGTCATTCGGTGATGCTTTCGATCTGTAGTTCAATTCAGTTTTCCT
TTGCACGCACACCGTTTGATCTCAGTTTTAACAGTGATGTCTTTATGGTGATTGTTTCTA
ATCTTGATCTGCATGGCCTTGTTCTCCGTGATTTCTTTGGATCTTGTCGGATTCGATCCT
TCCTAATCTTGTTCTCGTGAGATTGGTTTGTTCGGTCAAGATCGTAACCGCTCCTTGTCA
TTACCAATGGGAT*TGGTCGTGATCTCGCTCCTTTGACTCGCTTCTCATTAGGCACTCCA
CCGTCGCTCCCTGTCGACTTCGCCGTTCGGAAGTTTGATCTCGAACCGTAATCGGTTCTT
TCCTTCCGGTTTGGAAGCCATGCTTGATTATTCTACGCTTATTCACTATAGGTGGGTTAC
GTTATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTGTCAAAGGCCGGGAGGATTAATGTTGATTTCTG
CGATTGGGTTTGAACTTCATCATTTGGACTGCAGCTGCTCGTTTATCTTTGTTATGTCGT
TTCATTTCCCCTGTGTTTAGTTTTACTTTGTCCTCTGTTTCTATCTTGTTTCTCTTTGAT
AGGGC

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DS 

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G
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CACCGTCGCTCCCTGTCGACTTCGCCGTTCGGAAGTTTGATCTCGAACCGTAATCGGTTC
TTTCCTTTCGGTTTGGAAGCCATGCTTGATTATTCTACGCTTATTCACTATAGGTGGGTT
ACGTTATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTGTCAAAGGCCGGGAGGATTAAGGTTGATTTC
TGCGATTGGGTTTGAACTTCATCATTTGGACTGCAGCTGCTCGTTTATCTTTGTTATGTC
GTTTCATTTCCCCTGTGTTTAGTTTTACTTTGTCCTCTGTTTCTATCTTGTTTCTCTTTG
ATAGGGCTT
TGTTGTTGT

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DS 

RD RR1EV05TF 379 0 0
G
CATTACCAATGGGATCTGGTCGTGATCTCGCTCCTTTGACTCGCTTCTCATTAGGCACTC
CACCGTCGCTCCCTGTCGACTTCGCCGTTCGGAAGTTTGATCTCGAACCGTAATCGGTTC
TTTCCTTTCGGTTTGGAAGCCATGCTTGATTATTCTACGCTTATTCACTATAGGTGGGTT
ACGTTATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTGTCAAAGGCCGGGAGGATTAAGGTTGATTTC
TGCGATTGGGTTTGAACTTCATCATTTGGACTGCAGCTGCTCGTTTATCTTTGTTATGTC
GTTTCATTTCCCCTGTGTTTAGTTTTACTTTGTCCTCTGTTTCTATCTTGTTTCTCTTTG
ATAGGGCTT
TGTTGTTGT

QA 2 370 2 370
DS 

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TAGTTCAATTCAGTTTTCCTTTGCATGCACACCGTTTGATCTCAGTTTTAACAGTGATGT
CTTTATGGTGATTGTTTCTAATCTTGATCTGCATGGCCTTGTTCTCCGTGATTTCTTTGG
ATCTTGTCGGATTCGATCCTTCCTAATCTTGTTCTCGTGAGATTGGTTTGTTCGGTCAAG
ATCGTAACCGCTCCTTGTCATTACCAATGGGATCTGGTCGTGATCTCGCTCCTTTGACTC
GCTTCTCATTAGGCACTCCACCGTCGCTCCCTGTCGACTTCGCCGTTCGGAAGTTTGATC
TCGAACCGTAATCGGTTCTTTCCTTCCGGTTTGGAAGCCATGCTTGATTATTCTACGCTT
ATTCACTATAGGTGGGTTACGTTATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTGTCAAAGGCCGGG
AGGATTAAGGTTGATTTCTGCGATTGGGTTTGAACTTCATCATTTGGACTGCAGCTGCTC
GTTTATCTTTGTTATGTCGTTTCATTTCCCCTGTGTTTAGTTTTACTTTGTCCTCTGTTT
CTATCTTGTTTCTCTTTGATAGGGCTTAGTTTCCAGAAGTACTTGTTGCTTGCTGGCCTA
GTTTCCAGAAGTACTC*GTTACTTGCTGGCTTTGTATCTTACAACCGCATTCCCCCTTGT
ATCTCGTCTTGTTAAATATAATTTCAGTGTTT

QA 1 752 1 752
DS 

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G
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GGAGGATTAAGGTTGATTTCTGCGATTGGGTTTGAACTTCATCATTTAGACTGCAGCTGT
TCGTTTATCTTTGTTATGTCGTTTCATTTCTCCTGTGTTTAGTTTTACTTTGTCCTCTGT
TTCTATCTTGTTTCCCTTTGATAGGGCTTAGTTTCCAGAAGCACTTGTTGCTTGTTGGCC
TAGTTTCCAGAAGTACTCTGTTACTTGCTGGTTTTGTATCTTACAACCGCATTCCACCTT
GTATCTCGTCTTGTTAAATATAATTTCAGTGT
TT

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DS 

RD RR1DB67TF 335 0 0
G
TTATTCACTATAGGTGGGTTACGTTATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTGTCAAAGGCCG
GGAGGATTAAGGTTGATTTCTGCGATTGGGTTTGAACTTCATCATTTAGACTGCAGCTGT
TCGTTTATCTTTGTTATGTCGTTTCATTTCTCCTGTGTTTAGTTTTACTTTGTCCTCTGT
TTCTATCTTGTTTCCCTTTGATAGGGCTTAGTTTCCAGAAGCACTTGTTGCTTGTTGGCC
TAGTTTCCAGAAGTACTCTGTTACTTGCTGGTTTTGTATCTTACAACCGCATTCCACCTT
GTATCTCGTCTTGTTAAATATAATTTCAGTGT
TT

QA 2 333 2 333
DS 

RD RR1H549JQ 737 0 0
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TTCCTTTGCATGCACACCGTTTGATCTCAGTTTTAACAGTGATGTCTTTATGGTGATTGT
TTCTAATCTTGATCTGCATGGCCTTGTTCTCCGTGGTTTCTTTGGATCTTGCCGGATTTG
ATCCTTCCTAATCTTGTTCTCGTGAGATTGGTTTGTTCGGTCAAGATCGTAACCGCTCCA
TGTCATTACCAATGGGATCTGGTCGTGATCTCGCTCCTTTGACTCGCTTCTCATTAGGCG
CTCCACCGTCGCTCTCTGTCGACTTCGCCGTTCGGAAGTTTGATCTCGAACCGTAATCGG
TTCTTTCCTTCCGGTTTGGAAGCCATGCTTGATTATTCTACGCTTATTCACTATAGGTGG
GTTACGTTATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTGTCAAAGGCCGGGAGGATTAAGGTTGAT
TTCTGCGATTGGGTTTGAACTTCATCATTTAGACTGCAGCTGTTCGTTTATCTTTGTTAT
GTCGTTTCATTTCTCCTGTGTTTAGTTTTACTTTGTCCTCTGTTTCTATCTTGTTTCCCT
TTGATAGGGCTTAGTTTCCAGAAGCACTTGTTGCTTGTTGGCCTAGTTTCCAGAAGTACT
CTGTTACTTGCTGGTTTTGTATCTTACAACCGCATTCCACCTTGTATCTCGTCTTGTTAA
ATATAATTTCAGTGT
CT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 2 11

CO CL325Contig1 1150 7 19 U
GGGGCATGTCCTAACTGCGACAAAGAGATGACCATGACGACGACAAGGGAGGAGAAACCA
TCTTCCGATGGCCGAGGAGGTTGGGGTTTCTTCAAGATCCCGTTTCGAAACTCTAGCGGC
CTCGGAAACGCAGCATCAAGTGCCGCCGCCACGTCTTCTTCTTCTTCTACTACATCTTCT
CATCTCCATAACCACCACCAACATCATCATCATCACCACCATCATCATCATCAGCTTGGC
TATAACGGGCCCCACGGTGACGGATCGGGTCAAAACCAACACCCGACTCCTTCTCCTTCG
GTATCATCGGTAGCTAAGTCGTTTCTCCCTACGAAACGTAGATTGAAGCTTGATCCGTCG
GAGAAACTCTATTTTCCTTATGAGCCTGGGAAGCAAGTGAGAAGCGCTATTAAAATTAAA
AATACCAGCAAATCACATGTAGCCTTTAAGTTTCAAACAACAGCGCCGAAGAGTTGCTTT
ATGCGTCCACCGGGTGCTATTCTTGCTCCGGGAGAGACTATCATCGCCACTGTGTTCAAA
TTTGTTGAGCCTCCCGAGAATAATGAGAAGCCGATGGATCAAAGGAGCAGAGTTAAGTTT
AAAATCATGAGCCTGAAGGTGAAAGGTCCAATGGACTATGTTCCTGAGCTGTTTGATGAG
CAAAAGGATGATGTGTCCAAGGAGCAAATATTGCGTGTAATTTTCCTGGATCCAGAGCGC
CCCAACCCTGCACTGGAGAAACTGAAGCGCCAGTTAGCTGAAGCAGATGCAGCAGTGGAG
GCAAGAAAGAAACCACCAGAGGAAACAGGTCCAAAGATGATCGGAGAAGGACTTGTAATC
GATGAATGGAAGGAGCGCCGAGAGAGATATCTTGCACAGCAACAAGGCGAAGGAGTTGAC
TCTGTCTAAGAACTTAAAAAGATCCTTCTCAGGACAACAAACAAAAACTAAGTGTGTGCT
TGTGAAGAAAGAAGAAAAAGAAGAGACCAAGATATTAAATTTTCTCTACTAACTTCCTCA
TTCATAATGCAATCTTAAGGATCATCTTGGTAAAAAAAAATGAAACATTTTCATGTAAAA
AAAAAA*CTTGGGGGGGTTTGTAATGAATTGTTCATGTTGAAAAGACTAATAAAATGTGA
CACTTAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1AF35TF U 1
AF RR1GE28TF U 130
AF RR1DL01TF U 195
AF RR1GE28JQ C 375
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AF RR1DL01JQ C 503
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RD RR1AF35TF 785 0 0
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TCTTCCGATGGCCGAGGAGGTTGGGGTTTCTTCAAGATCCCGTTTCGAAACTCTAGCGGC
CTCGGAAACGCAGCATCAAGTGCCGCCGCCACGTCTTCTTCTTCTTCTACTACATCTTCT
CATCTCCATAACCACCACCAACATCATCATCATCACCACCATCATCATCATCAGCTTGGC
TATAACGGGCCCCACGGTGACGGATCGGGTCAAAACCAACACCCGACTCCTTCTCCTTCG
GTATCATCGGTAGTTAAGTCGTTTCTCCCTACGAAACGTAGATTGAAGCTTGATCCGTCG
GAGAAACTCTATTTTCCTTATGAGCCTGGGAAGCAAGTGAGAAGCGCTATTAAAATTAAA
AATACCAGCAAATCACATGTAGCCTTTAAGTTTCAAACAACAGCGCCGAAGAGTTGCTTT
ATGCGTCCACCGGGTGCTATTCTTGCTCCGGGAGAGACTATCATCGCCACTGTGTTCAAA
TTTGTTGAGCCTCCCGAGAATAATGAGAAGCCGATGGATCAAAGGAGCAGAGTTAAGTTT
AAAATCATGAGCCTGAAGGTGAGAGGTCCAATGGACTATGTTCCTGAGCGGTTTGATGAG
CAAAAGGATGATGTGTCCAAG*AGCAAATATTGCGTGTAATTTTCCTGGATCCAGCGCGC
CCCAACCCTGCACTGGAGAAACTGAAGCGTCAGTTAGCTGAAGCAGATGCAGCAGTGGAG
GCAAG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1GE28TF 656 0 0
GG
AGCATCAAGTGCCGCCGCCACGTCTTCTTCTTCTTCTACTACATCTTCTCATCTCCATAA
CCACCACCAACATCATCATCATCACCACCATCATCATCATCAGCTTGGCTATAACGGGCC
CCACGGTGACGGATCGGGTCAAAACCAACACCCGACTCCTTCTCCTTCGGTATCATCGGT
AGCTAAGTCGTTTCTCCCTACGAAACGTAGATTGAAGCTTGATCCGTCGGAGAAACTCTA
TTTTCCTTATGAGCCTGGGAAGCAAGTGAGAAGCGCTATTAAAATTAAAAATACCAGCAA
ATCACATGTAGCCTTTAAGTTTCAAACAACAGCGCCGAAGAGTTGCTTTATGCGTCCACC
GGGTGCTATTCTTGCTCCGGGAGAGACTATCATCGCCACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCC
TCCCGAGAATAATGAGAAGCCGATGGATCAAAGGAGCAGAGTTAAGTTTAAAATCATGAG
CCTGAAGGTGAAGGGTCCAATGGACTATGTTCCTGAGCTGTTTGATGAGCAAAAGGATGA
TGTGTCCAAGGAGCAAATATTGCGTGCAATTTTCCTGGATCCAGAGCGCCCCAACCCTGC
ACTGGAGAAACTGAAGCGCCAGTTAGCTGAAGCAGATGCAGCAGTGGAGGCAAG

QA 3 656 3 656
DS 

RD RR1DL01TF 688 0 0
G
CACCAACATCATCATCACCACCACCACCATCATCATCAGCTTGGCTATAACGGGCCCCAC
GGTGACGGATCGGGTCAAAACCAACACCCGACTCCTTCTCCTTCGGTATCATCTGTAGCT
AAGTCGTTTCTGCCTACGAAACGCAGATTGAAGCTTGATCCGTCGGAGAAACTCTATTTT
CCTTATGAGCCTGGGAAGCAAGTGAGAAGCGCTATTAAAATTAAAAATACCAGCAAATCA
CATGCAGCCTTTAAGTTTCAAACAACAGCGCCGAAGAGTTGCTTTATGCGTCCACCGGGT
GCTATTCTTGCTCCGGGAGAGACTATCATCGCCACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCCTCCC
GAGAATAATGAGAAGCCGATGGATCAAAGGAGCAGAGTTAAGTTTAAAATCATGAGCCTG
AAGGTGAAAGGTCCAATGGACTATGTTCCTGAGCTGTTTGATGAGCAAAAGGATGATGTG
TCCAAGGAGCAAATATTGCGTGTAATTTTCCTGGATCCAGAGCGCCCCAACCCTGCACTG
GAGAAACTGAAGCGCCAGTTAGCTGAAGCAGATGCAGCAGTGGAGGCAAGAAAGAAACCA
CCAGAGGAAACAGGTCCAAAGATGATCGGAGAAGGACTTGTAATCGATGAATGGAAG*AG
CGCCGAGAGAGATATCTTGCACAGCAA

QA 2 688 2 688
DS 

RD RR1GE28JQ 754 0 0
TTCC
TATGAGCCTGGGAAGCAAGTGAGAAGCGCTATTAAAATTAAAAATACCAGCAAATCACAT
GTAGCCTTTAAGTTTCAAACAACAGCGCCGAAGAGTTGCTTTATGCGTCCACCGGGTGCT
ATTCTTGCTCCGGGAGAGACTATCATCGCCACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCCTCCCGAG
AATAATGAGAAGCCGATGGATCAAAGGAGCAGAGTTAAGTTTAAAATCATGAGCCTGAAG
GTGAAGGGTCCAATGGACTATGTTCCTGAGCTGTTTGATGAGCAAAAGGATGATGTGTCC
AAGGAGCAAATATTGCGTGCAATTTTCCTGGATCCAGAGCGCCCCAACCCTGCACTGGAG
AAACTGAAGCGCCAGTTAGCTGAAGCAGATGCAGCAGTGGAGGCAAGAAAGAAACCACCA
GAGGAAACAGGTCCAAAGATGATCGGAGAAGGACTTGTAATCGATGAATGGAAGGAGCGC
CGAGAGAGATATCTTGCACAGCAACAAGGCGAAGGAGTTGACTCTGTCTAAGAACTTAAA
AAGATCCTTCTCAGGACAACAAACAAAAACTAAGTGTGTGCTTGTGAAGAAAGAAGAAAA
AGAAGAGACCAAGATATTAAATTTTCTCTACTAACTTCCTCATTCATAATGCAATCTTAA
GGATCATCTTGGTAAAAAAAAATGAAACATTTTCATGTAAAAAAAAAA*CTTGGGGGGGT
TTGTAATGAATTGTTCATGTTGAAAAGACT

QA 5 754 5 754
DS 

RD RR1AF35JQ 770 0 0
TGAGCCTGGGAAGCAAGTGAGAAGCGCTATTAAAATTAAAAATACCAGCAAATCACATGT
AGCCTTTAAGTTTCAAACAACAGCGCCGAAGAGTTGCTTTATGCGTCCACCGGGTGCTAT
TCTTGCTCCGGGAGAGACTATCATCGCCACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCCTCCCGAGAA
TAATGAGAAGCCGATGGATCAAAGGAGCAGAGTTAAGTTTAAAATCATGAGCCTGAAGGT
GAGAGGTCCAATGGACTATGTTCCTGAGCGGTTTGATGAGCAAAAGGATGATGTGTCCAA
GGAGCAAATATTGCGTGTAATTTTCCTGGATCCAGCGCGCCCCAACCCTGCACTGGAGAA
ACTGAAGCGTCAGTTAGCTGAAGCAGATGCAGCAGTGGAGGCAAGAAAGAAACCACCAGA
GGAAACAGGTCCAAAGATGATCGGAGAAGGACTTGTAATCGATGAATGGAAGGAGCGCCG
AGAGAGATATCTTGCACAGCAACAAGGCGAAGGAGTTGACTCTGTCTAAGAACTTAAAAA
GATCCTTCTCAGGACAACAAACAAAAACTAAGTGTGTGCTTGTGAAGAAAGAAGAAAAAG
AAGAGACCAAGATATTAAATTTTCTCTACTAACTTCCTCATTCATAATGCAATCTTAAGG
ATCATCTTGGTAAAAAAAAATGAAACATTTTCATGTAAAAAAAAAAACTTGGGGGGGTTT
GTAATGAATTGTTCATGTTGAAAAGACTAATAAAATGTGACACTTAAAAG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1HA50TF 158 0 0
G
AAGATATTAAATTTTCTCTACTAACTTCCTCATTCATAATGCAATCTTAAGGATCATCTT
GGTAAAAAAAAATGAAACATTTTCATGTAAAAAAAAAA*CTTGGGGGGGTTTGTAATGAA
TTGTTCATGTTGAAAAGACTAATAAAATGTGACACTT

QA 2 158 2 158
DS 

RD RR1DL01JQ 643 0 0
TTGCTCCGGGAGAGACTATCATCGCCACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCCTCCCGAGAATA
ATGAGAAGCCGATGGATCAAAGGAGCAGAGTTAAGTTTAAAATCATGAGCCTGAAGGTGA
AAGGTCCAATGGACTATGTTCCTGAGCTGTTTGATGAGCAAAAGGATGATGTGTCCAAGG
AGCAAATATTGCGTGTAATTTTCCTGGATCCAGAGCGCCCCAACCCTGCACTGGAGAAAC
TGAAGCGCCAGTTAGCTGAAGCAGATGCAGCAGTGGAGGCAAGAAAGAAACCACCAGAGG
AAACAGGTCCAAAGATGATCGGAGAAGGACTTGTAATCGATGAATGGAAGGAGCGCCGAG
AGAGATATCTTGCACAGCAACAAGGCGAAGGAGTTGACTCTGTTTAAGAACTTAAAAAGA
TCCTTTTCAGGACAACAAACAAAAACTAAGTGTGTGCTTGTGAAGAAAGAAGAAAAAGAA
GAGACCAAGATATTAAATTTTCTCTACTAACTTCCTCATTCATAATGCAATCTTAAGGAT
CATCTTGGTAAAAAAAAA*GAAACATTTTCATGTAAAAAAAAA**CTTGGGGGGGTTTGT
AATGAATTGTTCATGTTGAAAAGACTAATAAAATGTGACACTT

QA 1 643 1 643
DS 



CO CL325Contig2 982 4 8 U
AGGGTACATCTTCTCATCTCCATAACCACCACCAACACCAACATCATCACCATCATCACC
ACCATCATCATCAGCTTGGCTATAACGGGCCCCACGGTGATGGATCGGGTCAAAATCAAC
ACCCGACTCCTTCTCCTTCGGTATCATCGGTAGCTAAGTCGTTTCTGCCTACGAAACGTA
GATTGAAGCTTGATCCGTCGGAGAAACTCTATTTTCCTTATGAGCCTGGAAAGCAAGTGA
GGAGCGCTATTAAGATTAAAAATACCAGCAAATCACATGTAGCCTTTAAGTTTCAAACAA
CTGCACCGAAGAGTTGCTTTATGCGTCCACCGGGTGCTATTCTTGCTCCTGGAGAGACTA
TTATCGCCACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCCTCCTGAGAATAATGAGAAGCCAATGGATC
AAAGGAGCAGAGTTAAGTTTAAGATCATGAGCCTGAAGGTGAAAGGTCCAATGGACTATG
TGCCTGAGCTGTTCGATGAGCAAAAGGATGATGTGTCTAAGGAGCAAATATTGCGTGTTA
TCTTTCTGGACCCAGAACGCCCCAACCCTGCACTGGAGAAACTGAAGCGCCAGTTAGCAG
AAGCGGATGCAGCAGTGGAGGCAAGAAAGAAACCACCAGAGGAAACAGGTCCAAAGATGA
TTGGAGAAGGACTTGTAATCGATGAATGGAAGGAGCGCAGAGAGAGATATCTTGCACAGC
AACAAGGCGAAGGAGTTGACTCTGTTTAAGAACTAAGAAGATCCCTTCTCAGGACAAAAG
AAAAACAAGTGTGTGCTTGTGAAGAAAGAAGAAAGAAGAAGAGACCAAGATATTAAATTT
TCTCTACTAACTTCCTCATTCATAATGCAATCTTAAGGATCATGTTGGTAAAAAAAAAGA
AAAACAAAGAACGAAACTTTTTTCATGTAAAAAAAAAACTGGGGGGCTTGTTAATGAATT
GTTCATGGTAAGACTTGAACTT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G636TF U 4
AF RR1G933TF U 1
AF RR1G636JQ C 330
AF RR1G933JQ C 349
BS 1 648 RR1G933TF
BS 649 649 RR1G636JQ
BS 650 668 RR1G933TF
BS 669 669 RR1G636JQ
BS 670 691 RR1G933TF
BS 692 692 RR1G636JQ
BS 693 722 RR1G933TF
BS 723 982 RR1G636JQ

RD RR1G636TF 623 0 0
GTACATCTTCTCATCTCCATAACCACCACCAACACCAACATCATCACCATCATCACCACC
ATCATCATCAGCTTGGCTATAACGGGCCCCACGGTGATGGATCGGGTCAAAATCAACACC
CGACTCCTTCTCCTTCGGTATCATCGGTAGCTAAGTCGTTTCTGCCTACGAAACGTAGAT
TGAAGCTTGATCCGTCGGAGAAACTCTATTTTCCTTATGAGCCTGGAAAGCAAGTGAGGA
GCGCTATTAAGATTAAAAATACCAGCAAATCACATGTAGCCTTTAAGTTTCAAACAACTG
CACCGAAGAGTTGCTTTATGCGTCCACCGGGTGCTATTCTTGCTCCTGGAGAGACTATTA
TCGCCACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCCTCCTGAGAATAATGAGAAGCCAATGGATCAAA
GGAGCAGAGTTAAGTTTAAGATCATGAGCCTGAAGGTGAAAGGTCCAATGGACTATGTGC
CTGAGCTGTTCGATGAGCAAAAGGATGATGTGTCTAAGGAGCAAATATTGCGTGTTATCT
TTCTGGACCCAGAACGCCCCAACCCTGCACTGGAGAAACTGAAGCGCCAGTTAGCAGAAG
CGGATGCAGCAGTGGAGGCAAGA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1G933TF 722 0 0
AGGGTACATCTTCTCATCTCCATAACCACCACCAACACCAACATCATCACCATCATCACC
ACCATCATCATCAGCTTGGCTATAACGGGCCCCACGGTGATGGATCGGGTCAAAATCAAC
ACCCGACTCCTTCTCCTTCGGTATCATCGGTAGCTAAGTCGTTTCTGCCTACGAAACGTA
GATTGAAGCTTGATCCGTCGGAGAAACTCTATTTTCCTTATGAGCCTGGAAAGCAAGTGA
GGAGCGCTATTAAGATTAAAAATACCAGCAAATCACATGTAGCCTTTAAGTTTCAAACAA
CTGCACCGAAGAGTTGCTTTATGCGTCCACCGGGTGCTATTCTTGCTCCTGGAGAGACTA
TTATCGCCACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCCTCCTGAGAATAATGAGAAGCCAATGGATC
AAAGGAGCAGAGTTAAGTTTAAGATCATGAGCCTGAAGGTGAAAGGTCCAATGGACTATG
TGCCTGAGCTGTTCGATGAGCAAAAGGATGATGTGTCTAAGGAGCAAATATTGCGTGTTA
TCTTTCTGGACCCAGAACGCCCCAACCCTGCACTGGAGAAACTGAAGCGCCAGTTAGCAG
AAGCGGATGCAGCAGTGGAGGCAAGAAAGAAACCACCAGAGGAAACAG*TCCAAAGATGA
TTGGAGAAAGACTTGTAATCGATGAATGGAAAGAGCGCAGAGAGAGATATCTTGCACAGC
AA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1G636JQ 653 0 0
CCGGGTGCTATTCTTGCTCCTGGAGAGACTATTATCGCCACTGTGTTCAAATTTGTTGAG
CCTCCTGAGAATAATGAGAAGCCAATGGATCAAAGGAGCAGAGTTAAGTTTAAGATCATG
AGCCTGAAGGTGAAAGGTCCAATGGACTATGTGCCTGAGCTGTTCGATGAGCAAAAGGAT
GATGTGTCTAAGGAGCAAATATTGCGTGTTATCTTTCTGGACCCAGAACGCCCCAACCCT
GCACTGGAGAAACTGAAGCGCCAGTTAGCAGAAGCGGATGCAGCAGTGGAGGCAAGAAAG
AAACCACCAGAGGAAACAGGTCCAAAGATGATTGGAGAAGGACTTGTAATCGATGAATGG
AAGGAGCGCAGAGAGAGATATCTTGCACAGCAACAAGGCGAAGGAGTTGACTCTGTTTAA
GAACTAAGAAGATCCCTTCTCAGGACAAAAGAAAAACAAGTGTGTGCTTGTGAAGAAAGA
AGAAAGAAGAAGAGACCAAGATATTAAATTTTCTCTACTAACTTCCTCATTCATAATGCA
ATCTTAAGGATCATGTTGGTAAAAAAAAAGAAAAACAAAGAACGAAACTTTTTTCATGTA
AAAAAAAAACTGGGGGGCTTGTTAATGAATTGTTCATGGTAAGACTTGAACTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1G933JQ 634 0 0
CTGGAGAGACTATTATCGCCACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCCTCCTGAGAATAATGAGA
AGCCAATGGATCAAAGGAGCAGAGTTAAGTTTAAGATCATGAGCCTGAAGGTGAAAGGTC
CAATGGACTATGTGCCTGAGCTGTTCGATGAGCAAAAGGATGATGTGTTTAAGGAGCAAA
TATTGCGTGTTATCTTTCTGGACCCAGAACGCCCCAACCCTGCACTGGAGAAACTGAAGC
GCCAGTTAGCAGAAGCGGATGCAGCAGTGGAGGCAAGAAAGAAACCACCAGAGGAAACAG
GTCCAAAGATGATTGGAGAAGGACTTGTAATCGATGAATGGAAGGAGCGCAGAGAGAGAT
ATCTTGCACAGCAACAAGGCGAAGGAGTTGACTCTGTTTAAGAACTAAGAAGATCCCTTC
TCAGGACAAAAGAAAAACAAGTGTGTGCTTGTGAAGAAAGAAGAAAGAAGAAGAGACCAA
GATATTAAATTTTCTCTACTAACTTCCTCATTCATAATGCAATCTTAAGGATCATGTTGG
TAAAAAAAAAGAAAAACAAAGAACGAAACTTTTTTCATGTAAAAAAAAAACTGGGGGGCT
TGTTAATGAATTGTTCATGGTAAGACTTGAACTT

QA 1 634 1 634
DS 



AS 2 8

CO CL326Contig1 917 2 6 U
GGGCCGTAAACTTCAGAAGACGAAAGAACATCACAATCCACCATGGGACGTGTCATCAGA
GCTCAACGTAAGGGAGCTGGTTCCGTCTTCAAGTCCCACACTCACCACCGCAAGGGCCCT
GCCAAGTTCAGGAGCCTCGACTTCGGCGAGAGGAACGGTTACCTCAAGGGTGTCGTCACG
GAGATCATCCACGATCCAGGACGTGGTGCTCCGTTAGCCCGCGTCGCCTTCCGTCATCCT
TTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCGAGGGTATGTACACCGGACAG
TTTCTGTACTGCGGTAAGAAGGCCACTCTCGTTGTCGGAAATGTTCTTCCTCTCAGATCT
ATCCCTGAGGGAGCTGTTGTCTGCAACGTCGAGCACCATGTCGGTGATCGTGATTTCACA
CAACCCTGACAACGACACGACCAGGGTTAAGTTGCCATCTGGATCGAAGAAGATTGTCCC
AAGTGGATGCAGGGCTATGATTGGTCAAGTTGCTGGAGGAGGAAGGACAGAGAAGCCAAT
GCTCAAGGCGGGTAACGCGTACCACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTGCTGGCCTAAGGT
TCGTGGTGTGGCTATGAACCCTGTTGAGCATCCTCACGGAGGAGGTAACCATCAGCATAT
CGGTCACGCCAGTACCGTTCGTCGTGATGCACCCCCTGGGCAAAAGGTTGGTCTTATTGC
TGCAAGGAGAACTGGTCGTCTCAGAGGTCAAGCTGCTGCTCTTGCTTCCAAGCAAGAATA
AGGAGAAGAGGATTGAAGATGATGAATCTGTTCACTTTTGTTTTTGGGTTTTTGCTGAGA
CCTTGTTTTGATATTTTAAGATTTGCTATAATGTTATTTGCGACCTTTCTCTATCAAGTA
GAATCTATGTTTTCGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AQ64TF U 1
AF RR1AQ64JQ C 94
BS 1 597 RR1AQ64TF
BS 598 598 RR1AQ64JQ
BS 599 644 RR1AQ64TF
BS 645 645 RR1AQ64JQ
BS 646 702 RR1AQ64TF
BS 703 917 RR1AQ64JQ

RD RR1AQ64TF 702 0 0
GGGCCGTAAACTTCAGAAGACGAAAGAACATCACAATCCACCATGGGACGTGTCATCAGA
GCTCAACGTAAGGGAGCTGGTTCCGTCTTCAAGTCCCACACTCACCACCGCAAGGGCCCT
GCCAAGTTCAGGAGCCTCGACTTCGGCGAGAGGAACGGTTACCTCAAGGGTGTCGTCACG
GAGATCATCCACGATCCAGGACGTGGTGCTCCGTTAGCCCGCGTCGCCTTCCGTCATCCT
TTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCGAGGGTATGTACACCGGACAG
TTTCTGTACTGCGGTAAGAAGGCCACTCTCGTTGTCGGAAATGTTCTTCCTCTCAGATCT
ATCCCTGAGGGAGCTGTTGTCTGCAACGTCGAGCACCATGTCGGTGATCGTGATTTCACA
CAACCCTGACAACGACACGACCAGGGTTAAGTTGCCATCTGGATCGAAGAAGATTGTCCC
AAGTGGATGCAGGGCTATGATTGGTCAAGTTGCTGGAGGAGGAAGGACAGAGAAGCCAAT
GCTCAAGGCGGGTAACGCGTACCACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTGCTGGCCTAATGT
TCGTGGTGTGGCTATGAACCCTGTTGAGCATCCTCACGGAGGAG*TAACCATCAGCATAT
CGGTCACGCCAGTACCGTTCGTCGTGATGCACCCCCTGGGCA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1AQ64JQ 824 0 0
TCCCACACTCACCACCGCAAGGGCCCTGCCAAGTTCAGGAGCCTCGACTTCGGCGAGAGG
AACGGTTACCTCAAGGGTGTCGTCACGGAGATCATCCACGATCCAGGACGTGGTGCTCCG
TTAGCCCGCGTCGCCTTCCGTCATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTC
GCCGCCGAGGGTATGTACACCGGACAGTTTCTGTACTGCGGTAAGAAGGCCACTCTCGTT
GTCGGAAATGTTCTTCCTCTCAGATCTATCCCTGAGGGAGCTGTTGTCTGCAACGTCGAG
CACCATGTCGGTGATCGTGATTTCACACAACCCTGACAACGACACGACCAGGGTTAAGTT
GCCATCTGGATCGAAGAAGATTGTCCCAAGTGGATGCAGGGCTATGATTGGTCAAGTTGC
TGGAGGAGGAAGGACAGAGAAGCCAATGCTCAAGGCGGGTAACGCGTACCACAAGTACCG
TGTGAAGAGGAACTGCTGGCCTAAGGTTCGTGGTGTGGCTATGAACCCTGTTGAGCATCC
TCACGGAGGAGGTAACCATCAGCATATCGGTCACGCCAGTACCGTTCGTCGTGATGCACC
CCCTGGGCAAAAGGTTGGTCTTATTGCTGCAAGGAGAACTGGTCGTCTCAGAGGTCAAGC
TGCTGCTCTTGCTTCCAAGCAAGAATAAGGAGAAGAGGATTGAAGATGATGAATCTGTTC
ACTTTTGTTTTTGGGTTTTTGCTGAGACCTTGTTTTGATATTTTAAGATTTGCTATAATG
TTATTTGCGACCTTTCTCTATCAAGTAGAATCTATGTTTTCGGC

QA 1 824 1 824
DS 



CO CL326Contig2 957 6 17 U
GGGCCGTAAACTTCAGAAGACGAAAGAACATCACAATCCACCATGGGACGTGTCATCAGA
GCTCAACGTAAGGGAGCTAGTTCCGTCTTCAAGTCCCACACTCACCACCGCAAGGGCCCC
GCCAAGTTCAGGAGCCTCGACTTCGGCGAGAGGAACGGTTACCTCAAGGGTGTCGTCACG
GAGATCATCCACGATCCAGGACGTGGTGCTCCGTTAGCCCGCGTCGCCTTCCGTCATCCT
TTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCGAGGGTATGTACACCGGACAG
TTTCTGTACTGCGGTAAGAAGGCCACTCTCGTTGTCGGAAATGTTCTTCCTCTCAGATCT
ATCCCTGAGGGAGCTGTTGTCTGCAACGTCGAGCACCATGTCGGTGATCGTGGTGTGCTC
GCTAGAGCTTCTGGGGATTACGCTATCGTGATTTCACACAACCCTGACAACGACACGACC
AGGGTTAAGTTGCCATCTGGATCGAAGAAGATTGTCCCAAGTGGATGCAGGGCTATGATT
GGTCAAGTTGCTGGAGGAGGAAGGACAGAGAAGCCAATGCTCAAGGCGGGTAACGCGTAC
CACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTGCTGGCCTAAGGTTCGTGGTGTGGCTATGAACCCT
GTTGAGCATCCTCACGGAGGAGGTAACCATCAGCATATCGGTCACGCCAGTACCGTTCGT
CGTGATGCACCCCCTGGGCAAAAGGTTGGTCTTATTGCTGCAAGGAGAACTGGTCGTCTC
AGAGGTCAAGCTGCTGCTCTTGCTTCCAAGCAAGAATAAGGAGAAGAGGATTGAAGATGA
TGAATCTGTTCACTTTTGTTTTTGGGTTTTTGCT***GAGACCTTGTTTTGATATTTTAA
GATTTGCTATAATGTTATTTGCGACCTTTCTCTATCAAGTAGAATCTATGTTTTCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DN12TF U 24
AF RR1CR57TF U 1
AF RR1CF22TF U 122
AF RR1CR57JQ C 160
AF RR1CF22JQ C 212
AF RR1DN12JQ C 234
BS 1 119 RR1CR57TF
BS 120 120 RR1DN12TF
BS 121 286 RR1CR57TF
BS 287 287 RR1DN12TF
BS 288 358 RR1CR57TF
BS 359 359 RR1DN12TF
BS 360 682 RR1CR57TF
BS 683 683 RR1CR57JQ
BS 684 685 RR1CR57TF
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BS 747 934 RR1CR57JQ
BS 935 957 RR1CF22JQ

RD RR1DN12TF 407 0 0
AAGAACATCACAATCCA
CCATGGGACGTGTCATCAGAGCTCAACGTAAGGGAGCTGGTTCCGTCTTCAAGTCCCACA
CTCACCACCGCAAGGGCCCCGCCAAGTTCAGGAGCCTCGACTTCTGCGAGAGGAACGTTT
ACCTCAAGGGTGTCGTCACGGAGATCATCCACGATCCAGGACGTGGTGCTCCGTTAGCCC
GCGTCGCCTTCCGTCATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCG
AGGGCATGTACACCGGACAGTTCTTGTACTGCGGTAAGAAGGCCACTCTCGTTGTCGGAA
ATGTTCTTCCTCTCAGATCTATCCCTGAGGGAGCTGTTGTCTGCAACGTCGAGCACCATG
TCGGTGATCGTGGTGTGCTCGCTAGAGCTT

QA 18 407 18 407
DS 

RD RR1CR57TF 747 0 0
GGGCCGTAAACTTCAGAAGACGAAAGAACATCACAATCCACCATGGGACGTGTCATCAGA
GCTCAACGTAAGGGAGCTAGTTCCGTCTTCAAGTCCCACACTCACCACCGCAAGGGCCCT
GCCAAGTTCAGGAGCCTCGACTTCGGCGAGAGGAACGGTTACCTCAAGGGTGTCGTCACG
GAGATCATCCACGATCCAGGACGTGGTGCTCCGTTAGCCCGCGTCGCCTTCCGTCATCCT
TTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCGAGGGTACGTACACCGGACAG
TTTCTGTACTGCGGTAAGAAGGCCACTCTCGTTGTCGGAAATGTTCTTCCTCTCAGATTT
ATCCCTGAGGGAGCTGTTGTCTGCAACGTCGAGCACCATGTCGGTGATCGTGGTGTGCTC
GCTAGAGCTTCTGGGGATTACGCTATCGTGATTTCACACAACCCTGACAACGACACGACC
AGGGTTAAGTTGCCATCTGGATCGAAGAAGATTGTCCCAAGTGGATGCAGGGCTATGATT
GGTCAAGTTGCTGGAGGAGGAAGGACAGAGAAGCCAATGCTCAAGGCGGGTAACGCGTAC
CACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTGCTGGCCTAAGGTTCGTGGTGTGGCTATGAACCCT
GTTGAGCATCCTCACGGAGGAG*TA*CCATCAGCATATCGGTCACGCCAGTACCGTTCGT
CGTGATGTACCCC*TGGGCAAAAGGT
G

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1CF22TF 624 0 0
CCAAGTTCAGGAGCCTCGACTTCGGCGAGAGGAACGGTTACCTCAAGGGTGTCGTCACGG
AGATCATCCACGATCCAGGACGTGGTGCTCCGTTAGCCCGCGTCGCCTTCCGTCATCCTT
TCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCGAGGGTATGTACACCGGACAGT
TTCTGTACTGCGGTAAGAAGGCCACTCTCGTTGTCGGAAATGTTCTTCCTCTCAGATCTA
TCCCTGAGGGAGCTGTTGTCTGCAACGTCGAGCACCATGTCGGTGATCGTGGTGTGCTCG
CTAGAGCTTCTGGGGATTACGCTATCGTGATTTCACACAACCCTGACAACGACACGACCA
GGGTTAAGTTGCCACCTGGATCGAAGAAGATTGTCCCAAGTGGATGCAGGGCTATGATTG
GTCAAGTTGCTGGAGGAGGAAGGACAGAGAAGCCAATGCTCAAGGCGGGTAACGCGTACC
ACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTGCTGGCCTAAG*TTCGTGGTGTGGCTATGAACCCTG
TTGAGCATCCTCACGGAGGAG*TAACCATCAGCATATCGGTCACGCCAGTACCGTTCGTC
GTGATGCACCCC*TGGGCAAAAG
T

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1CR57JQ 778 0 0
GTA
CTCAAGGGTGTCGTCACGGAGATCATCCACGATC*AGGACGTG*TGCTCCGTTAGCCCGC
GTCGCCCTCCGTCATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCGAG
GGTACGTACACCGGACAGTTTCTGTACTGCGGTAAGAAGGCCACTCTCGTTGTCGGAAAT
GTTCTTCCTCTCAGATTTATCCCTGAGGGAGCTGTTGTCTGCAACGTCGAGCACCATGTC
GGTGATCGTGGTGTGCTCGCTAGAGCTTCTGGGGATTACGCTATCGTGATTTCACACAAC
CCTGACAACGACACGACCAGGGTTAAGTTGCCATCTGGATCGAAGAAGATTGTCCCAAGT
GGATGCAGGGCTATGATTGGTCAAGTTGCTGGAGGAGGAAGGACAGAGAAGCCAATGCTC
AAGGCGGGTAACGCGTACCACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTGCTGGCCTAAGGTTCGT
GGTGTGGCTATGAACCCTGTTGAGCATCCTCACGGAGGAGGTAACCATCAGCATATCGGT
CACGCCAGTACCGTTCGTCGTGATGTACCCCCTGGGCAAAAGGTTGGTCTTATTGCTGCA
AGGAGAACTGGTCGTCTCAGAGGTCAAGCTGCTGCTCTTGCTTCCAAGCAAGAATAAGGA
GAAGAGGATTGAAGATGATGAATCTGTTCACTTTTGTTTTTGGGTTTTTGCT***GAGAC
CTTGTTTTGATATTTTAAGATTTGCTATAATGTTATTTGCGACCTTTCTCTA
CCG

QA 4 775 4 775
DS 

RD RR1CF22JQ 746 0 0
CGTTAGCCCGCGTCGCCTTCCGTCATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCG
TCGCCGCCGAGGGTATGTACACCGGACAGTTTCTGTACTGCGGTAAGAAGGCCACTCTCG
TTGTCGGAAATGTTCTTCCTCTCAGATCTATCCCTGAGGGAGCTGTTGTCTGCAACGTCG
AGCACCATGTCGGTGATCGTGGTGTGCTCGCTAGAGCTTCTGGGGATTACGCTATCGTGA
TTTCACACAACCCTGACAACGACACGACCAGGGTTAAGTTGCCACCTGGATCGAAGAAGA
TTGTCCCAAGTGGATGCAGGGCTATGATTGGTCAAGTTGCTGGAGGAGGAAGGACAGAGA
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TTATTGCTGCAAGGAGAACTGGTCGTCTCAGAGGTCAAGCTGCTGCTCTTGCTTCCAAGC
AAGAATAAGGAGAAGAGGATTGAAGATGATGAATCTGTTCACTTTTGTTTTTGGGTTTTT
GCT***GAGACCTTGTTTTGATATTTTAAGATTTGCTATAATGTTATTTGCGACCTTTCT
CTATCAAGTAGAATCTATGTTTTCGG

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DS 

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CGGACAGTTCTTGTACTGCGGTAAGAAGGCCACTCTCGTTGTCGGAAATGTTCTTCCTCT
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AAGATGATGAATCTGTTCACTTTTGTTTTTTGGTTTTTGCTACTGAGACCTTGTTTTGAT
ACTTTAAGATTTGCTATAATGTTATTTGAGACCTTTCTC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 11

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AGAATGTGTTTTATGATGATGATTATGGTTGCTGTGGCCATTAACATGGTTGCTAGTGAT
CCAATTGCACCGTGTTACTTTATATTTGGTGACTCTTTGGTTGATAATGGCAATAATAAT
CAGCTTAATTCACTAGCTAGAGCCAATTACTTTCCTTATGGTATTGATTTCTCTTTCGGT
CCAACCGGTCGGTTTAGCAACGGCAAAACTACTGTCGATGTTATCACTGAGCTTTTGGGT
TTCGACGACTACATTACACCATATGCAGCGGCGAGAGGAGAAGACATCCTCCGTGGAGTC
AACTATGCTTCTGCTGCTGCCGGAATCCGAGAAGAAACAGGCAGACAATTGGGAGGTAGA
ATAGCGTTTGCAGGTCAGGTAGCAAATCACGTGAACACAGTGTCACAAGTAGTGAACATA
CTCGGCGATGAGAACCAAGCCTCCAGTTACCTCAGCAAATGCATTTACTCTATCGGCTTA
GGCAGTAACGATTACCTCAACAACTACTTCATGCCCACTTTCTACTCTACCGGTAACCAG
TTCTCTCCTGAATCCTTTAGCGACGATCTCATCGCCCGTTACACCGAGCAACTCCGGATA
TTGTATAACAATGGAGCAAGGAAGTTTGCGTTAATAGGAGTCGGAGCTATTGGCTGCAGC
CCGAACGAGCTAGCTCAGAACAGTAGAGATGGGAGAACATGTGACGAAAGGATCAACTCT
GCGAACAGAATTTTCAACAGCAAGCTCATATCAATGGTCGACAACTTTAACCAAAACACT
CCTGATGCTAAGTTCACTTACATAAACGCATACGGCATCTTCCAAGACATCGTTACAAAC
CCTGCTCGCTACGGGTTTACAGTGACAAATGCAGGGTGTT*GTGGAGTTGGGAGGAATAA
TGGACAGATAACTTGTCTTCCTGGTCAAGCTCCATGTTTGAATAGGAATGAGTATGTGTT
TTGGG*ATGCGTTTCATCCTGGTGAAGCTGCTAATGTTATCATCGGAACAAGATCGTTTA
AGCGAGAAGCTGCTTCTGATGCTCATCCTTATGATATTCAGCAGCTAGCAACTCTCTAAG
TTGAGAGTGACAAGAAAGATAAGAAACTTGTTGTTTTGCTTGTATAAGTGTTTTGATAAT
GGTAACTGAGTTTGGACTCATGAAGAGAAAGTGATGTGTGTGATGTGATAAGTGTTTATG
TAAGGATTTTGAGCTACAGTTTATCTTTTATATTTTTCTTTCTATTATAAATTTGATTAT
TTCATTTTCTAATTTAGTTACATTATTTCTAATGAATCTACAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 25 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 20 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D362TF U 1
AF RR1HA86TF U 1
AF RR1AM34TF U 1
AF RR1FZ34TF U 328
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GGAGA
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TAATTCACTAACTAGAGCCAATTACTTTCCTTATGGTATTGATTTCTCTTTTGGTCCAAC
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TAACGATTACCTCAACAACTATTTCATGCCCACTTTCTACTCTACCGGTAACCAGTTCTC
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GTGTTTTATGATGATGATTATGGTTGCTGTGGCCATTAACATGGTTGCTAGTGATCCAAT
TGCACCGTGTTACTTTATATTTGGTGACTCTTTGGTTGATAATGGCAATAATAATCAGCT
TAATTCACTAGCTAGAGCCAATTACTTTCCTTATGGTATTGATTTCTCTTTCGGTCCAAC
CGGTCGGTTTAGCAACGGCAAAACTACTGTCGATGTTATCACTGAGCTTTTGGGTTTCGA
CGACTACATTACACCATATGCAGCGGCGAGAGGAGAAGACATCCTCCGTGGAGTCAACTA
TGCTTCTTCTGCTGCCGGAATCCGAGAAGAAACAGGCAGACAATTGGGAGGTAGAATAGC
GTTTGCAGGTCAGGTAGCAAATCACGTGAACACAGTGTCACAAGTAGTGAACATACTCGG
CGATGAGAACCAAGCCTCCAGTTACCTCAGCAAATGCATTTACTCTATCGGCTTAGGCAG
TAACGATTACCTCAACAACTACTTCATGCCCACTTTCTACTCTACCGGTAACCAGTTCTC
TCCTGAATCCTTTAGCGACGATCTCATCGCCCGTTACACCGAGCAACTCCCGATATTGTA
TAACAATGGAGCAAGGAAGTTTGCGTTA

QA 6 693 6 693
DS 

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AGAATGTGTTTTATGATGATGATTATGGTTGCTGTGGCCATTAACATGGTTGCTAGTGAT
CCAATTGCACCGTGTTACTTTATATTTGGTGACTCTTTGGTTGATAATGGCAATAATAAT
CAGCTTAATTCACTAGCTAGAGCCAATTACTTTCCTTATGGTATTGATTTCTCTTTCGGT
CCAACCGGTCGGTTTAGCAACGGCAAAACTACTGTCGATGTTATCACTGAGCTTTTGGGT
TTCGACGACTACATTACACCATATGCAGCGGCGAGAGGAGAAGACATCCTCCGTGGAGTC
AACTATGCTTCTGCTGCTGCCGGAATCCGAGAAGAAACAGGCAGACAATTGGGAGGTAGA
ATAGCGTTTGCAGGTCAGGTAGCAAATCACGTGAACACAGTGTCACAAGTAGTGAACATA
CTCGGCGATGAGAACCAAGCCTCCAGTTACCTCAGCAAATGCATTTACTCTATCGGCTTA
GGCAGTAACGATTACCTCAACAACTACTTCATGCCCACTTTCTACTCTACCGGTAACCAG
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TTGTATAACAATGGAGCAAGGAAGTTTGCGTTAATAGGAGTCGGAGCTATTGGCTGCAGC
CCGAACGAGCTAGCTCAGA*CAGTAGAGATGGGAGAACATGTGACGAAAGGATCAACTCT
GCGAACAGA

QA 1 789 1 789
DS 

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CGAGAAGAAACAGGTAGACAATTGGGAGGTAGAATAGCGTTTGCAGGTCAGGTAGCAAAT
CACGTGAACACAGTGTCACAAGTAGTGAACATACTCGGTGATGAGAACCAAGCCTCCAGT
TACCTCAGCAAATGCATTTACTCTATCGGCTTAGGCAGTAACGATTACCTCAACAACTAT
TTCATGCCCACTTTCTACTCTACCGGTAACCAGTTCTCTCCTGAATCCTTTAGCGACGAT
CTCATCGCCCGTTACACCGAGCAACTCCGGATATTGTATAACAATGGAGCAAGGAAGTTT
GCGTTAATAGGAGTCGGAGCTATTGGCTGCAGCCCGAACGAGCTAGCTCAGAACAGTAGA
GATGGGAGAACATGTGACGAAAGGATCAACTCGGCGAACAGAATCTTCAACAGCAAGCTC
ATATCAATGGTCGACAACTTTAACCAAAACACTCCTGATGCTAAGTTCACTTACATAAAC
GCATACGGCATCTTCCAAGACATCGTTACAAACCCTGCTCGCTACGGGTTTACAGTGACA
AATGCAGGGTGTTTGTGGAGTTGGGAGGAACAATGGACAGATAACTTGTCTTCCGGGTCA
AGCTCCATGTTTGAATAGGAATGAGTATGTGTTTTGGG*ATGCGTTTCATCCTGGTGAA

QA 1 719 1 719
DS 

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G
AGGCAGACAATTGGGAGGTAGAATAGCGTTTGCAGGTCAGGTAGCAAATCACGTGAACAC
AGTGTCACAAGTAGTGAACATACTCGGCGATGAGAACCAAGCCTCCAGTTACCTCAGCAA
ATGCATTTACTCTATCGGCTTAGGCAGTAACGATTACCTCAACAACTACTTCATGCCCAC
TTTCTACTCTACCGGTAACCAGTTCCCTCCTGAATCCTTTAGCGACGATCTCATCGCCCG
TTACACCGAGCAACTCCGGATATTGTATAACAATGGAGCAAGGAAGTTTGCGTTAATAGG
AGTCGGAGCTATTGGCTGCAGCCCGAACGAGCTAGCTCAGAACAGTAGAGATGGGAGAAC
ATGTGACGAAAGGATCAACTCTGCGAACAGAATTTTCAACAGCAAGCTCATATCAATGGT
CGACAACTTTAACCAAAACACTCCTGATGCTAAGTTCACTTACATAAACGCATACGGCAT
CTTCCAAGACATCGTTACAAACCCTGCTCACTACGGGTTTACAGTGACAAATGCAGGGTG
TT*GTGGAGTTGGGAGGAATAATGGACAGATAACTTGTCTTCCTGGTCAAGCTCCATGTT
TGAATAGGAATGAGTATGTGTTTTGGGGATGCGTTTCATCCTGGTGAAGCTGCTAATGTT
ATCATCGGAACAAGATCGTTT

QA 2 682 2 682
DS 

RD RR1EU51TF 606 0 0
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ACAGTAGAGATGGGAGAACATGTGACGAAAGGATCAACTCTGCGAACAGAATTTTCAACA
GCAAGCTCATATCAATGGTCGACAACTTTAACCAAAACACTCCTGATGCTAAGTTCACTT
ACATAAACGCATACGGCATCTTCCAAGACATCGTTACAAACCCTGCTCGCTACGGGTTTA
CAGTGACAAATGCAGGGTGTT*GTGGAGTTGGGAGGAATAATGGACAGATAACTTGTCTT
CCTGGTCAAGCTCCATGTTTGAATAGGAATGAGTATGTGTTTTGGG*ATGCGTTTCATCC
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TGCTCATCCTTATGATATTCAGCAGCTAGCAACTCTCTAAGTTGAGAGTGACAAGAAAGA
TAAGAAACTTGTTGTTTTGCTTGTATAAGTGTTTTGATAATGGTAACTGAGTTTGGACTC
ATGAAGAGAAAGTGATGTGTGTGATGTGATAAGTGTTTATGTAAAGATTTTGAGCTACAG
TTTA
AA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1EU51JQ 603 0 0
GGAAGTTTGCGTTAATAGGAGTCGGAGCTATTGGCTGCAGCCCGAACGAGCTAGCTCAGA
ACAGTAGAGATGGGAGAACATGTGACGAAAGGATCAACTCTGCGAACAGAATTTTCAACA
GCAAGCTCATATCAATGGTCGACAACTTTAACCAAAACACTCCTGATGCTAAGTTCACTT
ACATAAACGCATACGGCATCTTCCAAGACATCGTTACAAACCCTGCTCGCTACGGGTTTA
CAGTGACAAATGCAGGGTGTT*GTGGAGTTGGGAGGAATAATGGACAGATAACTTGTCTT
CCTGGTCAAGCTCCATGTTTGAATAGGAATGAGTATGTGTTTTGGG*ATGCGTTTCATCC
TGGTGAAGCTGCTAATGTTATCATCGGAACAAGATCGTTTAAGCGAGAAGCTGCTTCTGA
TGCTCATCCTTATGATATTCAGCAGCTAGCAACTCTCTAAGTTGAGAGTGACAAGAAAGA
TAAGAAACTTGTTGTTTTGCTTGTATAAGTGTTTTGATAATGGTAACTGAGTTTGGACTC
ATGAAGAGAAAGTGATGTGTGTGATGTGATAAGTGTTTATGTAAGGATTTTGAGCTACAG
TTT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1D362JQ 651 0 0
TCTCATCGCCCGTTACACCGAGCAACTCCGGATATTGTATAACAATGGAGCAAGGAAGTT
TGCGTTAATAAGAGTCGGAGCTATTGGCTGCAGCCCGAACGAGCTAGCCCAGAACAGTAG
AGATGGGAGAACATGTGACGAAAGGATCAACTCGGCGAACAGAATCTTCAACAGCAAGCT
CATATCAATGGTCGACAACTTTAACCAAAACACTCCTGATGCTAAGTTCACTTACATAAA
CGCATACGGCATCTTCCAAGACATCGTTACAAACCCTGCTCGCTACGGGTTTACAGTGAC
AAATGCAGGGTGTT*GTGGAGTTGGGAGGAACAATGGACAGATAATTTGTCTTCCGGGTC
AAGCTCCATGTTTGAATAGGAATGAGTATGTGTTTTGGG*ATGCGTTTCATCCTGGTGAA
GCTGCTAATGTTATCATCGGAACAAGATCGTTTAAACGAGAAGCTGCTTCTGATGCTCAT
CCTTATGATATTCAGCAGCTAGCAACTCTTTAAGTTGAGAGTGACAAGAAAGATAAGAAA
CTTGTTGTTTTGCTTGTATAAGTGTTTTGATAATGGTAACTGAGTTTGGACTCATGAAGA
GAAAGTGATGTGTGTGATGTGATAAGTGTTTACGTAAGGATTTTGAGCTAC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1AM34JQ 806 0 0
TTACTCTATCGGCTTAGGCAGTAACGATTACCTCAACAACTACTTCATGCCCACTTTCTA
CTCTACCGGTAACCAGTTCTCTCCTGAATCCTTTAGCGACGATCTCATCGCCCGTTACAC
CGAGCAACTCCGGATATTGTATAACAATGGAGCAAGGAAGTTTGCGTTAATAGGAGTCGG
AGCTATTGGCTGCAGCCCGAACGAGCTAGCTCAGAACAGTAGAGATGGGAGAACATGTGA
CGAAAGGATCAACTCTGCGAACAGAATTTTCAACAGCAAGCTCATATCAATGGTCGACAA
CTTTAACCAAAACACTCCTGATGCTAAGTTCACTTACATAAACGCATACGGCATCTTCCA
AGACATCGTTACAAACCCTGCTCGCTACGGGTTTACAGTGACAAATGCAGGGTGTT*GTG
GAGTTGGGAGGAATAATGGACAGATAACTTGTCTTCCTGGTCAAGCTCCATGTTTGAATA
GGAATGAGTATGTGTTTTGGG*ATGCGTTTCATCCTGGTGAAGCTGCTAATGTTATCATC
GGAACAAGATCGTTTAAGCGAGAAGCTGCTTCTGATGCTCATCCTTATGATATTCAGCAG
CTAGCAACTCTCTAAGTTGAGAGTGACAAGAAAGATAAGAAACTTGTTGTTTTGCTTGTA
TAAGTGTTTTGATAATGGTAACTGAGTTTGGACTCATGAAGAGAAAGTGATGTGTGTGAT
GTGATAAGTGTTTATGTAAGGATTTTGAGCTACTGTTTATCTTTTATATTTTTCTTTCTA
TTATAAATTTGATTATTTCATTTTC
C

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1G994JQ 621 0 0
TTGGCTGCAGCCCGAACGAGCTAGCTCAGAACAGTAGAGATGGGAGAACATGTGACGAAA
GGATCAACTCTGCGAACAGAATTTTCAACAGCAAGCTCATATCAATGGTCGACAACTTTA
ACCAAAACACTCCTGATGCTAAGTTCACTTACATAAACGCATACGGCATCTTCCAAGACA
TCGTTACAAACCCTGCTCACTACGGGTTTACAGTGACAAATGCAGGGTGTT*GTGGAGTT
GGGAGGAATAATGGACAGATAACTTGTCTTCCTGGTCAAGCTCCATGTTTGAATAGGAAT
GAGTATGTGTTTTGGG*ATGCGTTTCATCCTGGTGAAGCTGCTAATGTTATCATCGGAAC
AAGATCGTTTAAGCGAGAAGCTGCTTTTGATGCTCATCCTTATGATATTCAGCAGCTAGC
AACTCTTTAAGTTGAGAGTGACAAGAAAGATAAGAAACTTGTTGTTTTGCTTGTATAAGT
GTTTTGATAATGGTAACTGAGTTTGGACTCATGAAGAGAAAGTGATGTGTGTGATGTGAT
AAGTGTTTATGTAAGGATTTTGAGCTACAGTTTATCTTTTATATTTTTCTTTCTATTATA
AATTTGATTATTTCATTTTC
G

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1HA86JQ 515 0 0
TTCACTTACATAAACGCATACGGCATCTTCCAAGACATCGTTACAAACCCTGCTCGCTAC
GGGTTTACAGTGACAAATGCAGGGTGTT*GTGGAGTTGGGAGGAATAATGGACAGATAAC
TTGTCTTCCTGGTCAAGCTCCATGTTTGAATAGAAATGAGTATGTGTTTTTGGGATGCGT
TTCATCCTGGTGAAGCTGCTAATGTTATCATCGGAACAAGATCGTTTAAGCGGGAAGCTG
CTTCTGATGCTCATCCTTATGATATTCAGCAGCTAGCAACTCTCTAAGTTGAGAGTGACA
AGAAAGATAAGAAACTTGTTGTTTTGCTTGTATAAGTGTTTTGATAATGGTAACTGAGTT
TGGACTCATGAAGAGAAAGTGATGTGTGTGATGTGATAAGTGTTTATGTAAGGATTTTGA
GCTACAGTTTATCTTTTATATTTTTCTTTCTATTATAAATTTGATTATTTCATTTTCTAA
TTTAGTTACATTATTTCTAATGAATCTACAATTCC

QA 1 515 1 515
DS 



AS 2 8

CO CL328Contig1 712 3 7 U
GGGCTCTCTCTCGAAGAAAGGCAAAACACAGTTTGGGTCAAAACTTTCCATTTTATTACA
CAGAAACAAAATTTCGTAGATCGTTAAAAGAAGGAAACCAAATCCCCTCTCTCCCCCAAT
TCAATTCAAGCTTTTCGTCCTTCGTCAGATCTGATCCCCCCCCTCGATTCATCCGCCATT
TTTCGAAAGGGGTGTTGATTGGTGCTGCTAAATCGGGAAAGAAAAATGGCGAGTAGGATG
GATCAGGAATACGATTATTTGTTTAAGATCGTGTTGATCGGAGACTCGGGTGTGGGGAAA
TCGAACATCTTGTCCAGATTCACGAGGAATGAGTTTTGCTTGGAATCCAAATCCACCATC
GGTGTCGAATTCGCCACCAGAACTACTCAGGTGGAAGGAAAGACGATCAAAGCTCAGATC
TGGGACACTGCAGGCCAGGAGAGGTACAGAGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGCGCG
GTGGGTGCACTCCTTGTCTACGACATCACCAAGAGGCAGACATTTGACAACGCCC*TGAG
GTGGCTCCGCGAACTCAGAGACCATGCTGATTCCAACATCGTCATCATGATGGCTGGGAA
CAAATCCGATCTCAACCACCTGAGATCCGTTGCTGAGGAGGATGGTCAGAACCTGGCCGA
GAAGAAGTCTCTCTTTCCTCGAGACGTCTGCCCTCGAGCCACAACGTGGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BT15TF U 1
AF RR1FV83TF U 83
AF RR1H094TF U 58
BS 1 515 RR1BT15TF
BS 516 516 RR1FV83TF
BS 517 535 RR1BT15TF
BS 536 536 RR1FV83TF
BS 537 614 RR1BT15TF
BS 615 615 RR1FV83TF
BS 616 712 RR1BT15TF

RD RR1BT15TF 712 0 0
GGGCTCTCTCTCGAAGAAAGGCAAAACACAGTTTGGGTCAAAACTTTCCATTTTATTACA
CAGAAACAAAATTTCGTAGATCGTTAAAAGAAGGAAACCAAATCCCCTCTCTCCCCCAAT
TCAATTCAAGCTTTTCGTCCTTCGTCAGATCTGATCCCCCCCCTCGATTCATCCGCCATT
TTTCGAAAGGGGTGTTGATTGGTGCTGCTAAATCGGGAAAGAAAAATGGCGAGTAGGATG
GATCAGGAATACGATTATTTGTTTAAGATCGTGTTGATCGGAGACTCGGGTGTGGGGAAA
TCGAACATCTTGTCCAGATTCACGAGGAATGAGTTTTGCTTGGAATCCAAATCCACCATC
GGTGTCGAATTCGCCACCAGAACTACTCAGGTGGAAGGAAAGACGATCAAAGCTCAGATC
TGGGACACTGCAGGCCAGGAGAGGTACAGAGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGCGCG
GTGGGTGCACTCCTTGTCTACGACATCACCAAGAGTCAGACATTTGACAACGCCCCTGAG
GTGGCTCCGCGAACTCAGAGACCATGCTGATTCCAACATCGTCATCATGATGGCTGGGAA
CAAATCCGATCTCA*CCACCTGAGATCCGTTGCTGAGGAGGATGGTCAGAACCTGGCCGA
GAAGAAGTCTCTCTTTCCTCGAGACGTCTGCCCTCGAGCCACAACGTGGAGA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1FV83TF 580 0 0
GGA
AAAAGAAGGAAACCAAATCCCCTCTCTCCCCCAATTCAATTCAAGCTTTTCGTCCTTCGT
CAGATCTGATCCCCCCCCTCGATTCATCCGCCATTTTTCGAAAGGGGTGTTGATTGGTGC
TGCTAAATCGGGAAAGAAAAATGGCGAGTAGGATGGATCAGGAATACGATTATTTGTTTA
AGATCGTGTTGATCGGAGACTCGGGTGTGGGGAAATCGAACATCTTGTCCAGATTCACGA
GGAATGAGTTTTGCTTGGAATCCAAATCCACCATCGGTGTCGAATCCGCCACCAGAACTA
CTCAGGTGGAAGGAAAGACGATCAAAGCTCAGATCTGGGACACTGCAGGCCAGGAGAGGT
ACAGAGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGCGCGGTGGGTGCACTCCTTGTCTACGACA
TCACCAAGAGGCAGACATTTGACAACGCCC*TGAGGTGGCTCCGCGAACTCAGAGACCAT
GCTGATTCCAACATCGTCATCATGATGGCTGGGAACAAATCCGATCTCAACCACCTGAGA
TCCGTTGCTGAGGAGGATGGTCAGAACCTGGCCGAGA

QA 4 580 4 580
DS 

RD RR1H094TF 605 0 0
GG
ACAGAAACAAAATTTCGTAGATCGTTAAAAGAAGGAAACCAAATCCCCTCTCTCCCCCAA
TTCAATTCAAGCTTTTCGTCCTTCGTCAGATCTGATCCCCCCCCTCGATTCATCCGCCAT
TTTTCGAAAGGGGTGTTGATTGGTGCTGCTAAATCGGGAAAGAAAAATGGCGAGTAGGAT
GGATCAGGAATACGATTATTTGTTTAAGATCGTGTTGATCGGAGACTCGGGTGTGGGGAA
ATCGAACATCTTGTCCAGATTCACGAGGAATGAGTTTTGCTTGGAATCCAAATCCACCAT
CGGTGTCGAATTCGCCACCAGAACTACTCGGGTGGAAGGAAAGACGATCAAAGCTCAGAT
CTGGGACACTGCAGGCCAGGAGAGGTACAGAGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGCGC
GGTGGGTGCACTCCTTGTCTACGACATCACCAAGAGGCAGACATTTGACAACGCCC*TGA
GGTGGCTCCGCGAACTCAGAGACCATGCTGATTTCAACATCGTCATCATGATGGCTGGGA
ACAAATCCGATCTCAACCACCTGAGATCCGTTGCTGAGGAGGATGGTCAGAACCTGGCCG
AGA

QA 3 605 3 605
DS 



CO CL328Contig2 1062 5 33 U
GAGTTTGGGTCAAAACTTTCCATTTTATTACACAGAAACAAAATTTCGTAGATCGTTAAA
AGAAGGAAACCAAATCCCCTCTCTCCCCAATTCAATTCAAGCTT**CGTCCATCGTCAGA
TCTGATCCCCTCCCTCGATTCATCCGCCATTCTTCGAAAGGGGTGTTGATTGGTGCTGCT
AAATCGGGAAAGGAAAAATGGCGAGTAGGATGGATCAGGAATACGATTATTTGTTTAAGA
TCGTGTTGATCGGAGACTCGGGTGTGGGGAAATCGAACATCTTGTCCAGATTCACGAGGA
ATGAGTTTTGCTTGGAATCCAAATCCACCATCGGTGTCGAATTCGCCACCAGAACTACTC
AGGTGGAAGGAAAGACGATCAAAGCTCAGATCTGGGACACTGCAGGCCAGGAGAGGTACA
GAGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGCGCGGTGGGTGCACTCCTTGTCTACGACATCA
CCAAGAGGCAGACATTTGACAACGCCCTGAGGTGGCTCCGCGAACTCAGAGACCATGCTG
ATTCCAACATCGTCATCATGATGGCTGGGAACAAATCCGATCTCAACCACCTGAGATCCG
TTGCTGAGGAGGATGGTCAGAACCTGGCCGAGAAGGAAGGTCTCTCTTTCCTCGAGACGT
CTGCCCTCGAAGCCACAAACGTGGAGAAAGCGTTTCAGACCATCTTGGGAGAGATCTACC
ACATCATAAGCAAGAAGGCACTGGCTGCACAAGAAGCAGCTGCAGCTAACTCCGCGATTC
CGGGGCAGGGAACTACGATTAACGTCGATGACACGTCTGGAGGCGTGAAACGAGGTTGCT
GCTCTACCTAAAACGAAACGGTAATAATATATGTTTTCTGGCTTATTATCCCAAGATTCA
AAACTTTTGTTTTCTGGCTTATTCCTTATCCCAAGATTCGAACTTTTGTTTTCATTGACT
CATCTTTCATTTCAACTTTTGGCTCATGCAAGACCATGTAGAATACTTGTCAACTTACTC
TGTTTTTTATTTTTTTATGTGCTCTTCGGCTGTGTTCATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D739TF U 1
AF RR1FK40TF U 56
AF RR1FC21TF U 85
AF RR1BT15JQ C 237
AF RR1H094JQ C 473
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ATTCCAACATCGTCATCATGATGGCTGGGAACAAATCCGATCTCAACCACTTGAGATCCG
TTGC

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DS 

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GG
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AGATCGTGTTGATCGGAGACTCGGGTGTGGGAAAATCGAACATCTTGTCCAGATTCACGA
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ACCACATCATAAGCAA

QA 3 678 3 678
DS 

RD RR1FC21TF 699 0 0
AGGG
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ATTTTTCGAAAGGGGTGTTGATTGGTGCTGCTAAATCGGGAAAG*AAAAATGGCGAGTAG
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TGG

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DS 

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AGGAATGAGTTTTGCTTGGAATCCAAATCCACCATCGGTGTCGAATTCGCCACCAGAACT
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TACAGAGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGCGCGGTGGGTGCACTCCTTGTCTACGAC
ATCACCAAGAGTCAGACATTTGACAACGCCCTGAGGTGGCTCCGCGAACTCAGAGACCAT
GCTGATTCCAACATCGTCATCATGATGGCTGGGAACAAATCCGATCTCAACCACCTGAGA
TCCGTTGCTGAGGAGGATGGTCAGAACCTGGCCGAGAAGGAAGGTCTCTCTTTCCTCGAG
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TACCACATCATAAGCAAGAAGGCACTGGCTGCACAAGAAGCAGCTGCAGCTAACTCCGCG
ATTCCGGGGCAGGGAACTACGATTAACGTCGATGACACGTCTGGAGGCGTGAAACGAGGT
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ACTCTGTTTTTTATTTTTTTATGTGC

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DS 

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CGCGATTCCGGGGCAGGGAACTACGATTAACGTCGATGACACGTCTGGAGGCGTGAAACG
AGGTTGCTGCTCTACCTAAAACGAAATGGTAATAATATATGTTTTCTGGCTTATTATCCC
AAGATTCAAAACTTTTGTTTTCTGGCTTATTCCTTATCCCAAGATTCGAACTTTTGTTTT
CATTGACTCATCTTTCATTTCAACTTTTGGCTCATGCAAGACCATGTAGAATACTTGTCA
ACTTACTCTGTTTTTTATTTTTTTATGTGCTCTTCGGCTGTGTTCATTTT

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 11

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TCCCTATTCC


BQ
45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 10 10 10 10 10 

AF RR1BY46JQ C 1
AF RR1CT68TF U 365
AF RR1CP21TF U 1
AF RR1DC45TF U 1
AF RR1B617JQ C 1
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AF RR1BF60JQ C -3
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QA 1 589 1 589
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TCCC
C

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C

QA 1 469 1 469
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RD RR1B617TF 605 0 0
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TCCC
C

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1BN67JQ 610 0 0
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GCTTCTAACTTGGAGAACAACTATTGGTTAATTTATACGAAGGCAATCGTATTAATTTGA
GATGATCAAATTAATTTCCTTGTTATTTATTTAGTATTGTTATTTATTTAGTCTGTTATT
GGTTTTGTAATTGATTTTAACCCAATGATGTTATGATCAAATAAATATAAATATCTTTGT
TCCCTATTCC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1BF60TF 613 0 0
GAACCC
AAGAGATCCAACTCCAAATAAAATTAAATATATAAATAAAATAAATTGAACTCCTATCGA
GGATTTCTTTTATAAATTTATTTATTTAATTTATTTGGAAGATAAAAAATAATTAGTAAT
AATACGAGGATGTCTAAAAATGTCAAAGTGTTTGTTTCTCTAGTTCTTGTAGTGTTCTTG
GCTCTTGCAGCAACCAATATTGAAGCAAGATACATAAATTATGGTGATCTTAATGGTGGA
GATCACGCTTTGGCTTGCGATAAAGCGAATCCTGGTTCCTGCAAGAAGCAAGAAGTCAAT
CATTACCGCAGAGGATGCGAGACGGAAGAACGTTGCCGTGGATCTCGTTGATTTATACAG
ATGATAACCGAAGCTCATGCATCAAATTAGTTTCCTGATTATTATAATATATTGACAGGC
TTCTAACTTGGAGAACAACTATTGGTTAATTTATACGAAGGCAATCATATTAATTTGAGA
TGATCAAATTAATTTCCTTGTTATTTATTTAGTATTGTTATTTATTTAGTCTGTTATTGG
TTTTATAATTGATTTTAACCCAATGATGTTATGATCAAATAAATATAAATATCTTTGTTC
CCT
AAAA

QA 7 609 7 609
DS 

RD RR1BF60JQ 609 0 0
GAACCC
AAGAGATCCAACTCCAAATAAAATTAAATATATAAATAAAATAAATTGAACTCCTATCGA
GGATTTCTTTTATAAATTTATTTATTTAATTTATTTGGAAGATAAAAAATAATTAGTAAT
AATACGAGGATGTCTAAAAATGTCAAAGTGTTTGTTTCTCTAGTTCTTGTAGTGTTCTTG
GCTCTTGCAGCAACCAATATTGAAGCAAGATACATAAATTATGGTGATCTTAATGGTGGA
GATCACGCTTTGGCTTGCGATAAAGCGAATCCTGGTTCCTGCAAGAAGCAAGAAGTCAAT
CATTACCGCAGAGGATGCGAGACGGAAGAACGTTGCCGTGGATCTCGTTGATTTATACAG
ATGATAACCGAAGCTCATGCATCAAATTAGTTTCCTGATTATTATAATATATTGACAGGC
TTCTAACTTGGAGAACAACTATTGGTTAATTTATACGAAGGCAATCATATTAATTTGAGA
TGATCAAATTAATTTCCTTGTTATTTATTTAGTATTGTTATTTATTTAGTCTGTTATTGG
TTTTATAATTGATTTTAACCCAATGATGTTATGATCAAATAAATATAAATATCTTTGTTC
CCT

QA 7 609 7 609
DS 

RD RR1CM13TF 605 0 0
GGAAGAGATCCAACTCCAAATAAAATTAAATATATAAATAAAATAAATTGAACTCCTATC
CAGGATTTCTTTTATAAATTTATTTATTTAATTTATTTGGAAGATAAAAAATAATTAGTA
ATAATACGAGGATGTCTAAAAATGTCAAAGTGTTTGTTTCTCTAGTTCTTGTAGTGTTCT
TGGCTCTTGCAGCAACCAATATTGAAGCAAGATACATAAATTATGGTGATCTTAATGGTG
GAGATCACGCTTTGGCTTGCGATAAAGCAAATCCTGGTACCTGCAAGAAGCAAGAAGTCA
ATCATTACCGCAGAGGATGCGAGACGGAAGAACGTTGCCGTGGATCTCGTTGATTTATAC
AGATGATAACCGAAGCTCATGCATCAAATTAGTTTCCTGATTATTATAATATATTGACAG
GCTTCTAACTTGGAGAACAACTATTGGTTAATTTATACGAAGGCAATCGTATTAATTTGA
GATGATCAAATTAATTTCCTTGTTATTTATTTAGTATTGTTATTTATTTAGTCTGTTATT
GGTTTTGTAATTGATTTTAACCCAATGATGTTATGATCAAATAAATATAAATATCTTTGT
TCCCT

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 10

CO CL330Contig1 617 10 3 U
GGACCCCCAAAAAACATTCCTACAAGTTTCTATGGCTCCTAAGGCTCTTGCAGTTACAGC
TCTCCTTCTCACACTTAATCTTCTTTTCTTCAGTTTTGTAACTTCCACAAAATGTCCACC
AACTACTCCTAAAACCCCAAAATCTCCAAAGAAGGCCCCGGCGGTTAAACCCACTTGTCC
TACCGACACACTTAAGCTCGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGT
TGGTTCTCCACCAAAGACCCCTTGTTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGCTAACCTTGAAGC
TGCAGTTTGTCTTTGCACCGCTCTTAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCC
TGTCGATCTGAGCTTGTTATTGAACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGG*CTTCCAAT
GTGCTTGAAGAGATTTTGAAAAGATAAATCTCTTGGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCT
ATTGTTATTTTGTTTGTGAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAAT
GGGTTTTAATGTGAGGGTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATGTAATATCTTAATAAT
GTAAATGTGTGGTTGAT


BQ
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
10 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX06TF U 1
AF RR1DX06JQ C 84
AF RR1BS65JQ C 205
AF RR1BS65TF U 378
AF RR1DZ03JQ C 1
AF RR1DZ03TF U 1
AF RR1BE37TF U 1
AF RR1H194TF U 16
AF RR1ED68JQ C 1
AF RR1ED68TF U 1
BS 1 287 RR1BE37TF
BS 288 288 RR1H194TF
BS 289 617 RR1BE37TF

RD RR1DX06TF 232 0 0
GGCA
CCCCAAAAAACATTCCTAAAAGTTTCTATGGCTCCTAAGGCTCTTGCAGTTACAGCTCTT
CTTCTCACACTTAATCTTCTTTTCTTCAGTTTTGTAACTTCCACAAAATGTCCACCAACT
ACTCCTAAAACCCCAAAATCTCCAAAGAAGCCCCCGGTGGTTAAACCCACTTGTCCTACC
GACACACTTAAGCTCGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTATTTAAC

QA 5 232 5 232
DS 

RD RR1DX06JQ 448 0 0
TTTTCTTCAGTTTTGTAACTTCCACAAAATGTCCACCAACTACTCCTAAAACCCCAAAAT
CTCCAAAGAAGCCCCCGGTGGTTAAACCCACTTGTCCTACCGACACACTTAAGCTCGGTG
TTTGCGCAGACCTATTGGGCTTATTTAACGTTCTTGTTGGTTCTCCACCAAAGACCCCTT
GTTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGCTAACCTTGAAGCTGCAGTTTGTCTTTGCACCGCTC
TTAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCCCGTCGATCTGAGCTTGTTATTGA
ACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGG*CTTCCAATGTGCTTGAAGAGATTTCAAAAAG
ATAAATCTCTTCGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCTATTGTTATTTTGTTTGTGAGAAA
AATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTC

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR1BS65JQ 381 0 0
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TTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGCTAACCTTGAAGCTGCAGTTTGTCTTTGCACCGCTTT
TAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCCCGTCGATTTGAGCTTGTTATTGAA
CTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGG*CTTCCAATGTGCTTGAAGAGATTTCAAAAAGA
TAAATCTCTTCGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCTATTGTTATTTTGTTTGTGAGAAAA
ATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAATGGGTTTTAATGTGAGGGTTGAACT
TGTTAATGAAATCGTTTAATG

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR1BS65TF 208 0 0
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AAAAAGATAAATCTCTTCGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCTATTGTTATTTTGTTTGT
GAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAATGGGTTTTAATGTGAGGG
TTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATG

QA 1 208 1 208
DS 

RD RR1DZ03JQ 575 0 0
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AACTACTCCTAAAACCCCAAAATCTCCAAAGAAGGCCCCGGCGGTTAAACCCACTTGTCC
TACCGACACACTTAAGCTCGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGT
TGGTTCTCCGCCAAAGACCCCTTGTTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGCTAACCTTGAAGC
TGCAGTTTGTCTTTGCACCGCTCTTAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCC
TGTCGATCTGAGCTTGTTATTGAACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGG*CTTCCAAT
GTGCTTGAAGAGATTTTGAAAAGATAAATCTCTTGGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCT
ATTGTTATTTTGTTTGTGAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAAT
GGGTTTTAATGTGAGGGTTGAACTTGTTAATGAAA

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1DZ03TF 598 0 0
GGACCCCCAAAAAACATTCCTACAAGTTTCTATGGCTCCTAAGGCTCTTGCAGTTACAGC
TCTCCTTCTCACACTTAATCTTCTTTTCTTCAGTTTTGTAACTTCCACAAAATGTCCACC
AACTACTCCTAAAACCCCAAAATCTCCAAAGAAGGCCCCGGCGGTTAAACCCACTTGTCC
TACCGACACACTTAAGCTCGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGT
TGGTTCTCCGCCAAAGACCCCTTGTTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGCTAACCTTGAAGC
TGCAGTTTGTCTTTGCACCGCTCTTAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCC
TGTCGATCTGAGCTTGTTATTGAACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGG*CTTCCAAT
GTGCTTGAAGAGATTTTGAAAAGATAAATCTCTTGGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCT
ATTGTTATTTTGTTTGTGAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAAT
GGGTTTTAATGTGAGGGTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATGTAATA
AAAAAAAA

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1BE37TF 617 0 0
GGACCCCCAAAAAACATTCCTACAAGTTTCTATGGCTCCTAAGGCTCTTGCAGTTACAGC
TCTCCTTCTCACACTTAATCTTCTTTTCTTCAGTTTTGTAACTTCCACAAAATGTCCACC
AACTACTCCTAAAACCCCAAAATCTCCAAAGAAGGCCCCGGCGGTTAAACCCACTTGTCC
TACCGACACACTTAAGCTCGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGT
TGGTTCTCCACCAAAGACCCCTTGTTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGTTAACCTTGAAGC
TGCAGTTTGTCTTTGCACCGCTCTTAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCC
TGTCGATCTGAGCTTGTTATTGAACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGG*CTTCCAAT
GTGCTTGAAGAGATTTTGAAAAGATAAATCTCTTGGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCT
ATTGTTATTTTGTTTGTGAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAAT
GGGTTTTAATGTGAGGGTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATGTAATATCTTAATAAT
GTAAATGTGTGGTTGAT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1H194TF 607 0 0
ATTCCTAAAAGTTTCTATGGCTCCTAAGGCCCTTGCAGTTACAGCTCTTCTTCTCACACT
TAATCTTCTTTTCTTCAGTTTTGTAACTTCCACAAAATGTCCACCAACTACTCCTAAAAC
CCCAAAATCTCCAAAGAAGCCCCCGGCGGTTAAACCCACTTGTCCTACCGACACACTTAA
GCTCGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGTTGGTTCTCCACCAAA
GACCCCTTGTTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGCTAACCTTGAAGCTGCAGTTTGTCTTTG
CACCGCTCTTAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCCCGTCGATCTGAGCTT
GTTATTGAACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGG*CTTCCAATGTGCTTGAAGAGATT
TCAAAAAGATAAATCTCTTCGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCTATTGTTATTTTGTTT
GTGAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAATGGGTTTTAATGTGAG
GGTTGAACTTGTTAATGAAATTGTTTAATGTAATATCTTAATAATGTAAATGTG
CGGTTGATAAAAA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1ED68JQ 617 0 0
GGACCCCCAAAAAACATTCCTACAAGTTTCTATGGCTCCTAAGGCTCTTGCAGTTACAGC
TCTCCTTCTCACACTTAATCTTCTTTTCTTCAGTTTTGTAACTTCCACAAAATGTCCACC
AACTACTCCTAAAACCCCAAAATCTCCAAAGAAGGCCCCGGCGGTTAAACCCACTTGTCC
TACCGACACACTTAAGCTCGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGT
TGGTTCTCCACCAAAGACCCCTTGTTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGCTAACCTTGAAGC
TGCAGTTTGTCTTTGCACCGCTCTTAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCC
TGTCGATCTGAGCTTGTTATTGAACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGG*CTTCCAAT
GTGCTTGAAGAGATTTTGAAAAGATAAATCTCTTGGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCT
ATTGTTATTTTGTTTGTGAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAAT
GGGTTTTAATGTGAGGGTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATGTAATATCTTAATAAT
GTAAATGTG
TAGTTGAC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1ED68TF 617 0 0
GGACCCCCAAAAAACATTCCTACAAGTTTCTATGGCTCCTAAGGCTCTTGCAGTTACAGC
TCTCCTTCTCACACTTAATCTTCTTTTCTTCAGTTTTGTAACTTCCACAAAATGTCCACC
AACTACTCCTAAAACCCCAAAATCTCCAAAGAAGGCCCCGGCGGTTAAACCCACTTGTCC
TACCGACACACTTAAGCTCGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGT
TGGTTCTCCACCAAAGACCCCTTGTTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGCTAACCTTGAAGC
TGCAGTTTGTCTTTGCACCGCTCTTAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCC
TGTCGATCTGAGCTTGTTATTGAACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGG*CTTCCAAT
GTGCTTGAAGAGATTTTGAAAAGATAAATCTCTTGGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCT
ATTGTTATTTTGTTTGTGAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAAT
GGGTTTTAATGTGAGGGTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATGTAATATCTTAATAAT
GTAAATGTG
TAGTTGAC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 2 10

CO CL331Contig1 1006 7 16 U
GGACTTCTCACTTCTGCAACTTTATCCACTCGGAGCCTCGACCATGGCATCTCCTTCACT
TCTGCACTCTTCAGCTTCGTCGTTTCACTGCCGTTTCCCATCGCTAGCAATTCCAACCTC
CGCACCTCCTCCGCCTCAGAGGAACTTGTTGAAAGTCTCGGCGTCGGGAACAGTGCTGGT
GGAGAAATCTGAGTCGGAGAAAGTGCAGCGCCTCAAAAGCGCTTACCTCGAGAGAATCAT
TCCCGCCCTCAAAGATGAGTTCAAATACATCAACATTCACCAGGTTCCAAAGGTACAGAA
GATTGTGGTGAATTGTGGAATAGGAGATGCAGCGCAGAACGACAAAGGATTGGAGGCAGC
AATGAAAGACATAGCGCTTATAACAGGGCAGAAGCCTGTCAAGACAAGAGCTAGAGCTTC
CATTGCTACTTTCAAGATTAGGGAAGATCAACCTCTTGGGATTGCCGTCACTCTCAGAGG
AGACGTGATGTACTCGTTCCTGGACCGTCTGATCAATTTAGCACTGCCAAGAACAAGAGA
CTTCCAAGGTGTGAGTCCGAGTAGCTTTGATGGCAACGGAAACTACAGCATTGGTGTTAA
AGACCAAAGCGTTTTCCCTGAAATCAGGTTTGATGCGATAGGG*AAAGCGAGAGGAATGG
*ATGTATGCATAAGCACAACGGCAAAAACAGATGACGAAGGACAGAGACTGTTGGCTCTG
ATGGGAATGCCTTTCAGGGAAGGAAGCAGCGCCAACACAGGAGGGGCGATAGTGAGGAAG
AAGAAACTTAAGTCTCATCATTTTGATGCTAAAAGCAAAGGCAAGGGAAAGAGATGAATG
AAAGAAAGATGATTTTCATTTGTATTTGTCTTCATGTATGTTGATGGATTAATCTAAATG
ATTTTGTTTTAACGCCATGTTATATTACTCCTCCCTTGTGATAGTGTTTGTTAATCCTCT
CTCTGATAAAACAAATCCAATTTGGAATGAGTCATTGAATCTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G777TF U 8
AF RR1H883TF U 8
AF RR1E309TF U 1
AF RR1AL36TF U 8
AF RR1AL36JQ C 252
AF RR1G777JQ C 508
AF RR1E309JQ C 517
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BS 152 183 RR1E309TF
BS 184 184 RR1AL36TF
BS 185 464 RR1E309TF
BS 465 465 RR1AL36TF
BS 466 519 RR1E309TF
BS 520 521 RR1AL36TF
BS 522 602 RR1E309TF
BS 603 643 RR1AL36TF
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BS 994 1006 RR1G777JQ

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GG
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DS 

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GG
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TTCAGCTTCGTCGTTTCACTGCCGTTTCCCATCTCTAGCAATTCCAACCTCCGCACCTCC
TCCGCCTCAGAGGAACTTGTTGAAAGTCTCGGCGTCGGGAACAGTGCTGGTGGAGAAATC
TGAGTCGGAGAAAGTGCAGCGCCTCAAAAGCGCTTACCTCGAGAGAATCATTCCCGCCCT
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QA 3 536 3 536
DS 

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GGAAAAATCTGAGTCGGAGAAAGTGCAGCGCCTCAAAAGCGCTTACCTCGAGAGAATCAT
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AG

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DS 

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GG
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TTCAGCTTCGTCGTTTCACTGCCGTTTCCCATCGCTAGCAATTCCAACCTCCGCACCTCC
TCCGC*TCAGAGGAACTTGTTGAAAGTCTCGGCGTCGGGAACAGTGCTGGTGGAGAAATC
TGAGTCGGAGAAAGTGCAGCGCCTCAAAAGCGCTTACCTCGAGAGAATCATTCCCGCCCT
CAAAGATGAGTTCAAATACATCAACATTCACCAGGTTCCAAAGGTACAGAAGATTGTGGT
GAATTGTGGAATAGGAGATGCAGCGCAGAACGACAAAGGATTGGAGGCAGCAATGAAAGA
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TTTCAAGATTAGGGAAGATCAACCTCTTGGGATTGCCGTCACTCTCAGAGGAGACGTGAT
GTACTCGTTCCTGGACCGTCTGATCAATTTAGCACTGCCAAGAACAAGAGACTTCCAAGG
TGTGAGTCCGAGTAGCTTTGATGGCAACGGAAACTACAGCATCGGTGTTAAAGACCAAAG
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CCTTT

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DS 

RD RR1AL36JQ 742 0 0
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TCAAGATTAGGGAAGATCAACCTCTTGGGATTGCCGTCACTCTCAGAGGAGACGTGATGT
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TTTCAGGGAAGGAAGCAGCGCCAACACAGGAGGGGCGATAGTGAGGAAGAAGAAACTTAA
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ATTTTCATTTGTATTTGTCTTCATGTATGTTGATGGATTAATCTAAATGATTTTGTTTTA
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DS 

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DS 

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TTTTT
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T

QA 6 477 6 477
DS 



CO CL331Contig2 941 3 18 U
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AAACAAAATCATTTAAATTAATCCATCAACATACATGAAAACAAATACAACAAACACAAA
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CTTAAGTTTCTTCTTCCTCACAGGCCCCCCCCCTGTGTTGGCGCTGCTTCCTTCCCTGAA
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TATGCATACATCCATTCCTCTTGCTTTCCCTATCGCATCAAACCTGATTTCGGGGAAAAC
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ACCTTGGAAATCTCTTGTTCTTGGCAGTGCTAAATTGATCAGACGGTCCAGGAACGAGTA
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AC61JQ U 6
AF RR1EI48JQ U 1
AF RR1AC61TF C 239
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BS 610 610 RR1AC61TF
BS 611 802 RR1EI48JQ
BS 803 941 RR1AC61TF

RD RR1AC61JQ 378 0 0
CAAAA
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ATTTAAATTAATCCATCAACATACATGAAAACAAATACAACAAACACAAATGAAAATGTG
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TTCTTCCTCACAGGCCCCCCCCCTGTGTTGGCGCTGCTTCCTTCCCTGAAAGGGATTCCC
ATCAAAACCAGCAGTCTCTGTCCTTCGTCATCTGTTTTAACCGTTGTGCTTATGCATACA
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TTGACACCAATGC

QA 6 378 6 378
DS 

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AAACAAAATCATTTAGATTAATCCATCAACATACATGAAGACAAATACAACAAACACAAA
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CTTAAGTTTCTTCTTCCTCACAGGCGCCCCCCCTGTGTTGGCGCTGCTTCCTTCCCTGAA
AGGCATTCCCATCAGAGCCAGCAGTCTCTGTCCTTCGTCATCTGTTTTAGCCGTTGTGCT
TATGCATACATCCATTCCTCTTGCTTTCCCTATCGCATCAAACCTGATTTCAGGGAAAAC
GCTTTGGTCCTTGACACCAATGCTGTAGTTTCCGTTGCCATCAAAGCTACTGGGACTCAC
ACCTTGGAAATCTCTTGTTCTTGGCAGTGCTAAATTGATCAGACGGTCCAGGAACGAGTA
CATCACGTCTCCTCTGAGAGTGACGGCGATCCCAAGAGGTTGATCTTCCCTAATCTTGAA
AGTAGCAATGGAAGCTCTAGCTCTTGTCTTGACAGGCTTCTGCCCTGTTATCAGCGCTAT
GTCTTTCATTGCTGCCTCCAATCCTTTGTCGTTCTGCGCTGCATCTCCTATTCCACAATT
CACCACAATCTTCTGAACCTTTGGAACCTGGTGAATGTTGATGTATTTGAACTCATCTTT
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TGATTTCTCCACCAGCACTGTT

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DS 

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CTTATGCATACATCCATTCCTCTTGCTTTCCCTATCGCATCAAACCTGATTTCGGGGAAA
ACGCTTTGGTCTTTGACACCAATGCTGTAGTTTCCGTTGCCATCAAAGCTACTGGGACTC
ACACCTTGGAAATCTCTTGTTCTTGGCAGTGCTAAATTGATCAGACGGTCCAGGAACGAG
TACATCACGTCTCCTCTGAGAGTGACGGCGATCCCAAGAGGTTGATCTTCCCTAATCTTG
AAAGTAGCAATGGAAGCTCTAGCTCTTGTCTTGACAGGCTTCTGCCCTGTTATAAGCGCT
ATGTCTTTCATCGCTGCCTCCAATCCTTTGTCGTTCTGCGCTGCATCTCCTATTCCACAA
TTCACCACAATCTTCTGAACCTTTGGAACCTGGTGAATGTTGATGTATTTGAACTCATCT
TTGAGGGCGGGGATGATTCTCTCGAGGTAAGCGGTTTTGAGGCGCTGCACTTTCTCCGCC
TCTGATTTCTCCACCAGCACTGTTCCCGACGCCGAGACTTTCAACAAGTTCCTCTGAGGC
GGAGGTGCGGAGGTTGGAATTGCTAGCGATGGGAAACGGCAGTGAAACGACGAAGCTGAG
GAGTGCAGAAGTGAAGGAGATGCCATGGTCGAGGCTCGGCTCC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 2 9

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TTAAGATCCTCGACAGTTTCATAGAGACAGGAGACGATTGTGTTTCAGTCGGTCGTGGTT
CCAACAATGTAACCGTCGAACGTGTGATTTGTGGTCCTGGACACGGCCTAAGTGTTGGTA
GTCTTGGTAAGTACCCCAACGAGGAGGACGTTAGCGGCATTCACTTTAGGAACTGCACAA
TGAGAAATACCGACAATGGTCTTAGAATCAAGAGTTGGGGTGGTTCGTCACCAAGCAAGG
CTATTGACATTCATTTCGAAGATATTATCATGGAAAACGTCAAGAACCCAATCATCATTG
ACCAAAACTATGGTTCAAGAGGCGGAGAGTCAAGAGTTGCCATAAGCGATGTGTTGTTCA
AGAACGTGAGAGGAACAACAATTACAAAAGATTTTGTTCAGTTCATGTGCAGCAAATCGG
TACCGTGTAAAGGAGTCAGAGTCGACAATGTGAACCTAAAATTCGTAGGCCACGTAGGAG
GACACCAGTCGTCGTCAGGTGG*TTTGATCGGATCTCTTTGTAATAACGTCAATCTTATC
TTTGGTGGAAAGGTTAACTTCCCTCTGTGTCCAAAATAATATTTTTGGTCAAAATAATAT
AATAAAGGAAGAAAAAAA*TCAAAAGTTCCCACAAACATTTGTTTTGTTTGTGG*ATTAG
TTTGGAAAATTTATCAACATGACAATTGGAATATTTGACTTTTGATAATGTTGTTTTTCC
TAACTTGTTCTGTTTTTTTTTTTTACTTTTTTTCCTGAGTTTGGGTAATGTATAATAAAC
AGACCCTTCGGCTGGTTGTTTCCGGTTAGAAATTTGGTCAGTGTATAATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 0 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 30 15 15 
15 15 15 0 15 15 0 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO03JQ C 15
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DS 

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AATAAAGGAAGAAAAAA**TCAAAAGTTCCCACAAACATTTGTTTTGTTTGTGGGATTAG
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DS 

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GG
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CCTAACTTTTTTGTT

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DS 

RD RR1EP22TF 350 0 0
GT
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GTCAGGTGG*TTTGATCGGATCTCTTTGTAATAACGTCAATCTTATCTTTGGTGGAAAGG
TTAACTTCCCTCTGTGTCCAAAATAATATTTTTGGTCTAAATAATATAATAAAGGAAGAA
AAAAAATCAAAAGTTCCCACAAACATTTGTTTTGTTTGTGG*ATTAGTTTGGAAAATTTA
TCAACATGACAATTGGAATATTTGACTTTTGATAATGTTGTTTTTCCT

QA 3 350 3 350
DS 

RD RR1BP51JQ 770 0 0
G
GACAGGAGACGATTGTGTTTCAGTCGGTCGTGGTTCCAACAATGTAACCGTCGAACGTGT
GATTTGTGGTCCTGGACACGGCCTAAGTTTTGGTAGTCTTGGTAAGTACCCCAACGAGGA
GGACGTTAGCGGCATTCACTTTAGGAACTGCACAATGAGAAATACCGACAATGGTCTTAG
AATCAAGAGTTGGGGTGGTTCGTCACCAAGCAAGGCTATTGACATTCATTTCGAAGATAT
TATCATGGAAAACGTCAAGAACCCAATCATCATTGACCAAAACTATGGTTCAAGAGGCGG
AGAGTCAAGAGTTGCCATAAGCGATGTGTTGTTCAAGAACGTGAGAGGAACAACAATTAC
AAAAGATTTTGTTCAGTTCATGTGCAGCAAATCGGTACCGTGTAAAGGAGTCAGAGTCGA
CAATGTGAACCTAAAATTCGTAGGCCACGTAGGAGGACACCAGCCGTCGTCAGGTGG*TT
TGATCGGATCTCTTTGTAATAACGTCAATTTTATCTTTGGTGGAAAGGTTAACTTCCCTC
TGTGTCCAAAATAATATTTTTGGTCAAAATAATATAATAAAGGAAGAAAAAAA*TCAAAA
GTTCCCACAAACATTTGTTTTGTTTGTGG*ATTAGTTTGGAAAATTTATCAACATTACAA
TTGGAATATTTGACTTTTGATAATGTTGTTTTTCCTAACTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTA
CTTTTTTTCCTGAGTTTGGGTAATGTATAATAAACAGACTCTTCGGC
CC

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DS 

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TTCGTCACCAAGCAAGGCTATTGACATTCATTTCGAAGATATTATCATGGAAAACGTCAA
GAACCCAATCATCATTGACCAAAACTATGGTTCAAGAGGCGGAGAGTCAAGAGTTGCCAT
AAGCGATGTGTTGTTCAAGAACGTGAGAGGAACAACAATTACAAAAGATTTTGTTCAGTT
CATGTGCAGCAAATCGGTACCGTGTCAAGGGGTCAGAGTCGACAATGTGAACCTAAAATT
CGTAGGCCACGTAGGAGGACACCAGTCGTCGTCAGGTGG*TTTGATCGGATCTCTTTGTA
ATAACGTCAATTTTATCTTTGGTGGAAAGGTTAACTTCCCTCTGTGTCCAAAATAATATT
TTTGGTCAAAATAATATAATAAAGGAAGAAAAAAA*TCAAAAGTTCCCACAAACATTTGT
TTTGTTTGTGG*ATTAGTTTGGAAAATTTATCAACATGACAATTGGAATATTTGACTTTT
GATAATGTTGTTTTTCCTAACTTGTTCT****TTTTTTTTTACTTTTTTTC*TGAGTTTG
GGTAATGTATAATAAATAGACCCTTCGGCTGGTTGTTTCCGGTTAGAAATTTGGTCAGTG
TATAATCCT

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DS 



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GTTCATTAATTATAATGGCCTTGGTATTGGGTTCTTGCGTGGCCAATGGTGAATATCTCG
GAGGCGGCCGTGAACTTACCGGAAACCCCACCGTCTTTGATATAACTCACTTTGGAGCAG
TGGGAGATGGCCGCACCAATACTTTCAAGGCGTTTTTGAAAGCATGGATCCAAGTGTGTG
CAAGTCCTGTACCAGCAACGCTACTAGTCCCTAAAGGAAATTTCTTGGCTGGTCCAATTA
TTTTCGCTGGTCCATGCAAGAGCCACGTGACCGTCAACGTTCAAGGCACGATCAGTGCTA
CAACAAGCGGATTCGCAACCCCTGAATGGATCTTATTCGAGCGTGTCGACAATGTCCACC
TCACCGGACCTGGCACAATTCACGGCAGAGGTGAAGCCGTATGGGCAACAGATGGTTGTG
GCAAAAAGTTTAAATGCAATCTTCCCCCAACGTCTCTAAAATTCAGAAACATAGTAAATC
TTGAAGTCAGCGGTATTAGCTCGGTCAACGCAAAGGCCTTCCACATGTTCTTGGTGAAAA
CCGTGAATGTCAACATCCACAACATTAAGATTATCGCCCCTGCCGAAAGTCCAACACTGA
TGGTATCCATTTGAGCATGCCGATAACGTTAGATCCTCGACAGTTTCA


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ40TF U 2
AF RR1GO03TF U 1
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QA 1 706 1 706
DS 

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TGGTATCCATTTGAGCATGCCGATAACGTTAGATCCTCGACAGTTTCA

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 10

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BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

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GG
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QA 1 689 1 689
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QA 1 720 1 720
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ATTTT

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TTTTCAAAGTTTTCTTGTGTGTTTTATCTCTTTAAATTCAAGTTCGTCTGCCACTCTGAT
TTTTATTTTAATGGTTTCTGTGTTG
C

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DS 

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GCTCGTCTTGACTTAGCCAGCGGTGGTGTCATTCCTCTTCACACTCATCCCGGTGCTT*C
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AATTCAAGTTCGCCTGCCATTCTGATTT

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GCAGTGACTCCGGCCTTTGCTCCTGCGTTCGCAGGCACCAATGGACTTGGCGTCTCAATG
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ACAAAGTTTACTTGAAGACTCTCGAGAAAGGTGATTCTATGGTGTTCCCTCAAGGGCTTC
TTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAGGGTCCTGCATTGGCTTTTGTTGCTTTTGGAAACT
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AATTCAAGTTCGTCTGCCATTCTGATTTTTATTTTAATGGTTTC

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DS 

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CCAAAGGGTCCCCAAAGCCCATCAGGATACTCTTGCAAGAACCCTGACCAGGTCACCGAG
AATGACTTCGCATTCTCTGGTCTAGGCAAAGCTGGAAACACTTCCAACATCATTAA*GCT
GCAGTGACTCCGGCCTTTGCTCCTGCGTTCGCAGGCACCAATGGACTTGGCGTCTCAATG
GCCCGTCTTGACTTAGCCAGCGGTGGTGTCATTCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCTT*C
GGAAGTTCTT*GTAGTCGTACAAGGAACCATTT*GCGCTGGATTT*ATCTCC*TCTGCTA
ACAAAGTTTACTTGAAGACTCTCGAGAAAGGTGATTCTATGGTGTTCCCTCAAGGGCTTC
TTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAGGGTCCTGCATTGGCTTTTGTTGCTTTTGGAAACT
CCTCTCCGGGGCTCCAGATTCTATCGTTTGCTTTGTTTGCAAATGACTTGCCTCCAGAAC
TTGTTGAAGCCACTACGTTCCTTAGCGATGCGGAGGTTAAGAAGCTTAAGGGTGTGCTTG
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AATTCAAGTTCGTCTGCCATTCTGATTTTTATTTTAATGGTTTCTGTGTTGTTATTGATT
TCAGTGCTTCATTTATAATCACTTCGGCTTGAACT

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DS 

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CGTTCCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAGGGTCCTGCATTGGCTT
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TCTGTGTTGTTATTGATTTCAGTGCTTCATTTATAATCACTTTGGCT
CC

QA 1 647 1 647
DS 

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TGGAAACACTTCCAACATCATTAAAGCTGCAGTGACTCCGGCCTTTGCTCCTGCGTTCGC
AGGCACCAATGGACTTGGCGTCTCAATGGCTCGTCTTGACTTAGCCAGCGGTGGTGTCAT
TCCTCTTCACACTCATCCCGGTGCTT*CGGAAGTTCTT*GTAGTCGTACAAGGAACCATT
T*GCGCTGGATTT*ATCTCC*TCTGCTAACAAAGTTTACTTGAAGACTCTCGAGAAAGGT
GATTCTATGGTGTTCCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAGGGTCCT
GCATTGGCTTTTGTTGCTTTTGGAAGCTCCTCTCCGGGGCTCCAGATTCTATCGTTTGCT
TTGTTTGCAAATGACTTGCCTTCAGAACTTGTTGAAGCCACTACGTTCCTTAGCGATGCG
GAGGTTAAGAAGCTTAAGGGTGTGCTTGGAGGAACTAATTAAGCTTCTCTTTTGTTTTCA
AAGTTTTCTTGTGTGTTTTATCTCTTTAAATTCAAGTTCGTCTGCCATTCTGATTTTTAT
TTTAATGGTTTCTGTGTTGTTATTGATTTCAGTGCTTCATTTATAATCACTTTGGCT
TG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 10

CO CL334Contig1 802 10 8 U
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TTTGATCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAA
GGACACAAATGGAAACCCACTTAAGAGTCAGACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAAA
CAAGAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGG
TATTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATC
TTCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTC
GATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAA
GAACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAA
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AGGTATTGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAA
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AAGTTGAATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGA
TGTAATAAAAAGTTAAGGTCTT


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 45 45 45 45 45 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

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TTT

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AACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAA
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C

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1CB85JQ 730 0 0
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TGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGATGTAATAAAAA
GTTAAGG
TCG

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DS 

RD RR1D143JQ 679 0 0
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ATTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCT
TCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCG
ATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAG
AACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAA
TATGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAA
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AATGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTG
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AGTTGAATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGAT
GTAATAAAAAGTTAAGG
CC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1CO59JQ 731 0 0
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GCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTTTGACAAGAACTATGTAA
CCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAATATGGAAAAG
ATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAAGGTATTGGTG
CGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAATAATGATAAAA
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GTCTTAGGATGTTCCCTTCATTTTGAGTTATACTTCGATGTTGTTTAATAAGTTGAATTA
TGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGATGTAATAAAAA
GTTAAGGTCTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1DY94JQ 728 0 0
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GTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGGTATTTCCCAAACAC
TCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCTTCCCAAAATGGTG
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CTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTTTGACAAGAACTATGTAACCA
CTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAATATGGAAAAGATG
AAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAAGGTATTGGTGCGA
CCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAATAATGATAAAAATG
TTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTGTTTGCGAAGGGTC
TTAGGATGTTCCCTTCATTTTGAGTTATACTTCGATGTTGTTTAATAAGTTGAATTATGT
AAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCCTTTGGTTTGATGTAATAAAAAGTT
AAGG
TCTT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 10

CO CL335Contig1 963 10 11 U
GGATTCCTTCCGTCTTTAATAGATCGCAGTAGGAGCAAAGAAAGGGTTTAGTGAATCTAA
AGGTCGAGAGAAAGATGAGCAGAGGAAGCGGCGCAGGATACGATCGTCACATCACGATCT
TCTCACCGGAAGGTCGTCTCTTCCAAGTCGAATATGCATTCAAAGCCGTCAAAGCAGCAG
GAATCACCTCCATCGGTGTTCGCGGAAAAGATTCAGTATGCGTCGTCACCCAGAAGAAAG
TTCCCGACAAGCTTCTAGATCAGTCAAGCGTATCTCACCTTTTCCCTGTCACTAAGTACC
TTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGATTCAAGGTCTTTGGTCACACAAGCAAGGA
ATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGCCTGCCGACATCCTTGCTA
AATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAGACCTCTTGGAG
TAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGACGAAGAGAGAGGACCCCTGCTTTACAAGTGTGACC
CTGCTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCAGGTATGAAAGAGCAAGAAGCAA
TCAATTTCTTGGAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACAGTGC
AGACTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGCAACTGAGATTG
AGGTTGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGATCG
AGGAGCATTTGACTGCCATTAGCGAACGTGACTGATCACTTCGAAATCAGACTTTGCAAT
CTCTTCCTTTTGCTTTCATTATCTTTCTAAGAACATTCACATCTCATAGAAACTTGTTTC
CGTCTGTGTTATGAATCTTGTGGTCTCCATTTGAACCTTCTGCTTTCTCAGATCCTCTTT
TAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 30 45 45 45 30 45 45 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 

AF RR1FY59TF U 36
AF RR1D917TF U 1
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QA 13 541 13 541
DS 

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QA 1 655 1 655
DS 

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TCTCACCGGAAGGTCGTCTCTTCCAAGTCGAATATGCATTCAAAGCCGTCAAAGCAGCAG
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QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1AQ94TF 730 0 0
GGGGGTTTA
TTAGTGAATCTAAAGGTCGAGAGAAAGATGAGCAGAGGAAGCGGCGCAGGATACGATCGT
CACATCACGATCTTCTCACCGGAAGGTCGTCTCTTCCAAGTCGAATATGCATTCAAAGCC
GTCAAAGCAGCTGGAATCACCTCCATCGGCGTTCGCGGAAAAGATTCAGTATGCGTCGTC
ACCCAGAAGAAAGTTCCCGACAAGCTTCTAGATCAGTCAAGCGTATCTCACCTTTTCCCT
GTCACTAAGTACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGATTCAAGGTCCTTGGTC
ACACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGCCTGCC
GACATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTACATG
AGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGACGAAGAGAGAGGACCCCTGCTT
TACAAGTGTGACCCTGCTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCAGGTATGAAA
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GATGAAACAGTGCAGACTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAG
GCAACTGAGATTGAGGTTGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAA
A

QA 10 730 10 730
DS 

RD RR1EV21TF 721 0 0
GG
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CATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAG
ACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGACGAAGAGAGAGGACCCCTGCTTTA
CAAGTGTGACCCTGCTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCAGGTATGAAAGA
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TGAAACAGTGCAGACTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGC
AACTGAGATTGAGGTTGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCTCTTGAA
C

QA 3 720 3 720
DS 

RD RR1AQ94JQ 854 0 0
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TCAGTATGCGTCGTCACCCAGAAGAAAGTTCCCGACAAGCTTCTAGATCAGTCAAGCGTA
TCTCACCTTTTCCCTGTCACTAAGTACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGAT
TCAAGGTCCTTGGTCACACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGA
TACGAGATGCCTGCCGACATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACT
CAACATGCTTACATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGACGAAGAG
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CAAGAAGACTTCAAGGCAACTGAGATTGAGGTTGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGATC
TTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGATCGATGAGCATTTGACTGCCATTAGCGAACGTGAC
TGATCACTTCGAAATCAGACTTTGCAATCTCTTCCTTTTGCTTTCATTATCTTTCTAAGA
ACATTCACATCTCATAGAAACTTGTTTCCGTCTGTGTTATGAATCTTGTGGTCTCCATTT
GAACCTTCTGCTT
T

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR1FY59JQ 708 0 0
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ACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGATTCAAGGTCCTTGGTCACACAAGCAA
GGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGCCTGCCGACATCCTTG
CTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAGACCTCTTG
GAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGACGAAGAGAGAGGACCCCTGCTTTACAAGTGTG
ACCCTGCTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCAGGTATGAAAGAGCAAGAAG
CAATCAATTTCTTGGAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACAG
TGCAGACTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGCAACTGAGA
TTGAGGTTGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGA
TCGAGGAGCATTTGACTGCCATTAGCGAACGTGACTGATCACTTCGAAATTAGACTTTGC
AATCTCTTCCTTTTGCTTTCATTATCTTTCTAAGAACATTCACATCTCATAGAAACTTGT
TTCCGTCTGTGTTATGAATCTTGTGGTCTCCATTTGAACCTTCTGCTT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1EV21JQ 815 0 0
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CATCGGTGTTCGCGGAAAAGATTCAGTATGCGTCGTCACCCAGAAGAAAGTTCCCGACAA
GCTTCTAGATCAGTCAAGCGTATCTCACCTTTTCCCTGTCACTAAGTACCTTGGCTTGTT
AGCCACTGGCATGACAGCTGATTCAAGGTCTTTGGTCACACAAGCAAGGAATGAGGCAGC
TGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGCCTGCCGACATCCTTGCTAAATGGATTGC
AGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCAT
GGTGCTGGGTATGGACGAAGAGAGAGGACCCCTGCTTTACAAGTGTGACCCTGCTGGACA
CTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCAGGTATGAAAGAGCAAGAAGCAATCAATTTCTT
GGAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACAGTGCAGACTGCCAT
ATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGCAACTGAGATTGAGGTTGGAGT
TGTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGATCGAGGAGCATTT
GACTGCCATTAGCGAACGTGACTGATCACTTCGAAATCAGACTTTGCAATCTCTTCCTTT
TGCTTTCATTATCTTTCTAAGAACATTCACATCTCATAGAAACTTGTTTCCGTCTGCGTT
ATGAATCTTGTGGTCTCCATTTGAACCTTCTGCT
C

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1E149JQ 588 0 0
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GACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATG
GTGCTGGGTATGGACGAAGAGAGAGTACCCCTGCTTTACAAGTGTGACCCTGCTGGACAC
TTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCAGGTATGAAAGAGCAAGAGGCAATCAATTTCTTG
GAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACAGTGCAGACTGCCATA
TTTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGCAACTGAGATTGAGGTTGGAGTT
GTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGATCGAGGAGCATTTG
ACTGCCATTAGCGAACGTGACTGATCACTTCGAAATCAGACTTTGCAATCTCTTCCTTTT
GCTTTCATTATCTTTCTAAGAACATTCACATTTCATAGAAACTTGTTTCCGTCTGTGTTA
TGAATCTTGTGGTCTCCATTTGAACCTTCTGCTTTTTCAGATCCTCTT

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1D917JQ 681 0 0
TCCCTGTCACTAAGTACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGATTCAAGGTCTT
TGGTCACACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGC
CTGCCGACATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTT
ACATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCTATGGTGCTGGGTATGGACGAAGAGAGAGGACCCC
TGCTTTACAAGTGTGACCCTGCTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCAGGTA
TGAAAGAGCAAGAAGCAATCAATTTCTTGGAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCA
CTTATGATGAAACAGTGCAGACTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACT
TCAAGGCAACTGAGATTGAGGTTGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCCC
TTAAAACGGAGGAGATCGAGGAGCATTTGACTGCCATTAGCGAACGTGACTGATCACTTC
GAAATCAGACTTTGCAATCTCTTCCTTTTGCTTTCACTATCTTTCTAAGAACATTCACAT
CTCATAGAAACTTGTTTCCGTCTGTGTTATGAATCTTGTGGTCTCCATTTGAACCTTCTG
CTTTCTCAGATCCTCTTTTAT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 2 11

CO CL336Contig1 703 6 8 U
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CGATAAATCAGATCCTCGAAACGCTACTCCTCGAATCAGGTCTCAGTTTCTCTGTCGTTT
GCCCATCAGATCAACAAAGTTTCATGTCTGAACTTGATTCCCAGGTCCCTACTGCCTTCG
ACCCGTTTGCTGATGTTGATGCTGAGGACTCAGGTGCGGGAACAAAGGAGTACGTCCACA
TACGTGTCCAGCAGCGGAATGGTAGAAAAAGCTTGACAACAGTCCAGGGGCTGAAGAAAG
AGTATAGTTACAGCAAGATACTTAAGGACCTCAAGAAGGAGTTTTGTTGCAACGGAACTG
TGGTTCAAGACTCTGAACTCGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGCGACCAGAGGAAGAACG
TATCCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGCCTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTT
TCTGAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAGGCCGTTTGCTACATTCTGCTCTAGTGGATC
ATTACTGTTATCCTCCCTGTTCCAAAACATTTCTTCAACTTTCATCTTTGATCAATTGTT
ACTGTTTTTTTTT*ATATTCGCAATATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTGC
TTTTGCCACTTCTTTAATATGAAAATTTTAAGAAATCTTCATT


BQ
10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC13JQ C 1
AF RR1AH41JQ C 151
AF RR1BF76JQ C 2
AF RR1CC13TF U 1
AF RR1BF76TF U 2
AF RR1AH41TF U 2
BS 1 3 RR1CC13JQ
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BS 695 696 RR1AH41TF
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RD RR1CC13JQ 703 0 0
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CGATAAATCAGATCCTCGAAACGCTACTCCTCGAATTAGGTCTCAGTTTCTCTGTCGTTT
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ACCCGTTTGCTGATGTTGATGCTGAGGACTCAGGTGCGGGAACAAAGGAGTACGTCCACA
TACGTGTCCAGCAGCGGAATGGTAGAAAAAGCTTGACAACAGTCCAGGGGCTGAAGAAAG
AGTATAGTTACAGCAAGATACTTAAGGACCTCAAGAAGGAGTTTTGTTGCAACGGAACTG
TGGTTCAAGACTCTGAACTCGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGCGACCAGAGGAAGAACG
TATCCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGCCTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTT
TTTGAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAGGCCGTTTGCTACATTCTGCTCTAGTGGATC
ATTACTGTTATCCTCCCTGTTCCAAAACATTTCTTCAACTTTCATCTTTGATCAATTGTT
ACTGTTTTTTTTT*ATATTCGCAATATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTGC
TTTTGCCACTTCTTTAATATGAAAATTTTAAGAAATCTTCATT

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DS 

RD RR1AH41JQ 549 0 0
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TCAAGAAGGAGTTTTGTTGCAACGGAACTGTGGTTCAAGACTTTGAACTCGGACAGGTTA
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TGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTTTGAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAG
GCCGTTTGCTACATTTTGCTTTAGTGGATCATTACTGTTATCCTCCCTGTTCCAAAACAT
TTTTTCAACTTTCATTTTTGATCAATTGTTACTGTTTTTTTTT*ATATTCGCAATATGAT
ACTAAGAGACTACCATTTTATGTACTTTGCTTTTGCCACTTCTTTAATATGAAAATTTTA
AGAAAT
TTT

QA 1 546 1 546
DS 

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GG
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ATAGTTACAGCAAGATACTTAAGGACCTCAAGAAGGAGTTTTGTTGCAACGGAACTGTGG
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CCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGCCTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTTT
GAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAGGCCGTTTGCTACATTTTGCTCTAGTGGATCATT
ACTGTTATCCTCCCTGTTCCAAAACATTTTTTCAACTTTCATCTTTGATCAATTGTTACT
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TGCCACTTCTTTAAT

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DS 

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GGC
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GAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAGGCCGTTTGCTACATTCTGCTCTAGTGGATCATT
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GTTTTTTTTTTATATTCGCAATATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTGCTTT
TGCCACTTCTTTAATATGAAAATTTTAAGAA
TCTTCATTA

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DS 

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GG
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CATCAGATCAACAAAGTTTCATGTCTGAACTTGATTCCCAGGTCCCTACTGCCTTCGACC
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GAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAGGCCGTTTGCTACATTCTGCTCTAGTGGATCATT
ACTGTTATCCTCCCTGTTCCAAAACATTTCTTCAACTTTCATCTTTGATCAATTGTTACT
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TGCCACTTCTTTAAT

QA 3 677 3 677
DS 

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GG
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TAAATCAGATCCTCGAAACGCTACTCCTCGAATCAGGTCTCAGTTTCTCTGTCGTTTGCC
CATCAGATCAACAAAGTTTCATGTCTGAACTTGATTCCCAGGTCCCTACTGCCTTCGACC
CGTTTGCTGATGTTGATGCTGAGGACTCAGGCGCGGGAACAAAGGAGTACGTCCACATAC
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ATAGTTACAGCAAGATACTTAAGGACCTCAAGAAGGAGTTTTGTTGCAACGGAACTGTGG
TTCAAGACTCTGAACTCGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGCGACCAGAGGAAGAACGTAT
CCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGCCTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTCT
GAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAGGCCGTTTGCTACATTCTGCTCTAGTGGATCATT
ACTGTTATCCTCCCTGTTCCAAAACATTTCTTCAACTTTCATCTTTGATCAATTGTTACT
GTTTTTTTTT*ATATTCGCAATATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTGCTTT
TGCCACTTCTTTAATATGAAAATTTTAAGAAAT
C

QA 3 695 3 695
DS 



CO CL336Contig2 688 5 3 U
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TCGAAACGCTACTCCTCGAATCAGGTCTCAGTTTCTCTGTCGTTTGCCCATCAGATCAAC
AAAGTTTCATGTCTGAACTTGATTCCCAGGTCCCTACTGCCTTCGACCCGTTTGCTGATG
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GGAATGGTAGAAAAAGCTTGACAACAGTCCAGGGGCTGAAGAAAGAGTATAGTTACAGCA
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TCCAGGCTGGACTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTCTGAGCTGCTTGTG
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TATTCGCATTGGTATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTGGGTTTGCCACTTC
TTTAATATGAAAATTTTAAAAAATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB53JQ C 221
AF RR1EM63TF U 1
AF RR1FB53TF U 1
AF RR1EH17TF U 3
AF RR1EH17JQ C 33
BS 1 664 RR1EM63TF
BS 665 679 RR1EH17TF
BS 680 688 RR1EH17JQ

RD RR1FB53JQ 290 0 0
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GAACGTTTCCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGACTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCA
TGGTTTTTGAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAAAGCCGTTTGCTACAT

QA 1 290 1 290
DS 

RD RR1EM63TF 668 0 0
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AACTCGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGCGACCAGAGGAAGAACGTCTCCACGTTCCTAG
TCCAGGCTGGACTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTCTGAGCTGCTTGTG
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CCCGTTCCAAAATATTTCTTCAACTTTCATCTTTGATCACTTGTTGCTGTGTTTTTTTTC
TATTCGCATTGGTATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTGGGTTTGCCACTTC
TTTA
TATG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1FB53TF 676 0 0
GACCGAG
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CAAAATATTTCTTCAACTTTCATCTTTGATCACTTGTTGCTGTGTTTTTTTTCTATTCGC
ATTGGTATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTGGGTTTGCCACTTCTTTA
TATGAAATTTTA

QA 8 664 8 664
DS 

RD RR1EH17TF 685 0 0
GGGAA
ACAGAAGTTGCATACTTTATCCGAATCTTCTCTTCTCCCGATAAATCAGATCCTCGAAAC
GCTACTCCTCGAATCAGGTCTCAGTTTCTCTGTCGTTTGCCCATCAGATCAACAAAGTTT
CATGTCTGAACTTGATTCCCAGGTCCCTACTGCCTTCGACCCGTTTGCTGATGTTGATGC
TGAGGACTCAGGTGCGGGAACAAAGGAGTACGTCCACATACGTGTCCAGCAGCGGAATGG
TAGAAAAAGCTTGACAACAGTCCAGGGGCTGAAGAAAGAGTATAGTTACAGCAAGATACT
TAAGGACCTCAAGAAGGAGTTTTGTTGCAACGGAACTGTGGTTCAAGACTCTGAACTCGG
ACAGGTTATTCAGCTTCAAGGCGACCAGAGGAAGAACGTCTCCACGTTCCTAGTCCAGGC
TGGACTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTCTGAGCTGCTTGTGTTACATT
TCCCCTAAAGCCGTTTGCTACATTCTGCTCTAGTGGATCCTCACTGTTATCCTCCCGTTC
CAAAATATTTCTTCAACTTTCATCTTTGATCACTTGTTGCTGTGTTTTTTTTCTATTCGC
ATTGGTATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTGGGTTTGCCACTTCTTTAATA
TGAAAATTTTAA
AAATCTCC

QA 6 677 6 677
DS 

RD RR1EH17JQ 656 0 0
TCTTCTCTTCTCCCGATAAATCAGATCCTCGAAACGCTACTCCTCGAATCAGGTCTCAGT
TTCTCTGTCGTTTGCCCATCAGATCAACAAAGTTTCATGTCTGAACTTGATTCCCAGGTC
CCTACTGCCTTCGACCCGTTTGCTGATGTTGATGCTGAGGACTCAGGTGCGGGAACAAAG
GAGTACGTCCACATACGTGTCCAGCAGCGGAATGGTAGAAAAAGCTTGACAACAGTCCAG
GGGCTGAAGAAAGAGTATAGTTACAGCAAGATACTTAAGGACCTCAAGAAGGAGTTTTGT
TGCAACGGAACTGTGGTTCAAGACTCTGAACTCGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGCGAC
CAGAGGAAGAACGTCTCCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGACTTGTGAAGAAGGACAACATC
AAGATCCATGGTTTCTGAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAAAGCCGTTTGCTACATTC
TGCTCTAGTGGATCCTCACTGTTATCCTCCCGTTCCAAAATATTTCTTCAACTTTCATCT
TTGATCACTTGTTGCTGTGTTTTTTTTCTATTCGCATTGGTATGATACTAAGAGACTACC
ATCTTATGTACTTTGGGTTTGCCACTTCTTTAATATGAAAATTTTAAAAAATCTCC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 11

CO CL337Contig1 699 11 13 U
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GATCTTCTTCGTCAAAAGAATCGAGCAATGAAAGGAGGTAAATCAAAGGCGGATACCAAG
AGCTCTAAGCTCGCTGTGAACAAGAAGCCTGCAAAGGCAAGCAAAGCGGCGGCTAAGGAT
CCTAACAAACCAAAGAGGCCTTCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAGGATTTCCGTCAG
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CAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACACTGAGAAGGCTCCCTACGTTGCTAAGGCTGACAAC
CGCAAAGTCGAGTATGAGAAGAACATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCCA
AAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTAATGATGAGGATGATGCC
GATGATGGGAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAGTTTAGTAGCATAATATAGGACGC
TGCAAGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTTT
AAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGAG
ATTTGCAGCTCAATATTAAACCATTTAGCTTTTTTTTTC


BQ
40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 
65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1GS91TF U 1
AF RR1CW84JQ C 1
AF RR1BS50JQ C 1
AF RR1CW84TF U 1
AF RR1BS50TF U 1
AF RR1CW70JQ C 1
AF RR1FC92JQ C 176
AF RR1FC92TF U 176
AF RR1AY17JQ C 41
AF RR1AY17TF U 41
AF RR1CW70TF U 5
BS 1 469 RR1GS91TF
BS 470 470 RR1CW84TF
BS 471 538 RR1GS91TF
BS 539 539 RR1CW84TF
BS 540 552 RR1GS91TF
BS 553 553 RR1CW84TF
BS 554 606 RR1GS91TF
BS 607 661 RR1CW84TF
BS 662 671 RR1BS50TF
BS 672 675 RR1FC92TF
BS 676 689 RR1AY17TF
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BS 698 699 RR1CW70JQ

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TGCAAGGATCTCGAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTTT
AAATGG

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1CW84JQ 644 0 0
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AAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1BS50JQ 671 0 0
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AAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGAG
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QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1CW84TF 669 0 0
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CGCAAAGTCGAGTATGAGAAGAACATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCCA
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GATGATGGGAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAGTTTAGTAGCATAATATAGGACGC
TGCAAGTATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTTT
AAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGAG
A
AAAAAAAA

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1BS50TF 671 0 0
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CGCAAAGTCGAGTATGAGAAGAACATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCCA
AAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTAATGATGAGGATGATGCC
GATGATGGGAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAGTTTAGTAGCATAATATAGGACGC
TGCAAGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTTT
AAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGAG
ATTTGCAGCTC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1CW70JQ 699 0 0
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CAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACACTGAGAAGGCTCCCTACGTTGCTAAGGCTGACAAC
CGCAAAGTCGAGTATGAGAAGAACATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCCA
AAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTAATGATGAGGATGATGCC
GATGATGGGAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAGTTTAGTAGCATAATATAGGACGC
TGCAAGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTTT
AAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGAG
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QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1FC92JQ 502 0 0
G
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AGAGATTTGCAGCTCAATA
CC

QA 2 500 2 500
DS 

RD RR1FC92TF 502 0 0
G
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TCAGACTTACAAGAAGGATCATCCCAATAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGAAAAGCTGG
TGGACAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACACTGAGAAGGCTCCCTACGTTGCTAAGGCTGA
CAACCGCAAAGTCGAGTATGAGAAGAACATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGG
TCCAAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTAATGATGAGGATGA
TGCCGATGATGAGAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAGTTTAGTAGCATAATATAGG
ACGCTGCAAGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTATTCTCTTATAATGTTAACGAAGTTG
TTTTAAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATG
AGAGATTTGCAGCTCAATA
CC

QA 2 500 2 500
DS 

RD RR1AY17JQ 649 0 0
GGA
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CAAGGGCGGATACCAAGAGCTCTAAGCTCGCTGTGAACAAGAAGCCTGCAAAGGCAAGCA
AAGCGGCGGCTAAGGATCCTAACAAACCAAAGAGGCCTTCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCA
TGGAGGATTTCCGTCAGACTTACAAGAAGGATCATCCCAATAACAAATCTGTTGCTGCTG
TTGGAAAAGCTGGTGGACAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACACTGAGAAGGCTCCCTACG
TTGCTAAGGCTGACAACCGCAAAGTCGAGTATGAGAATAACATGAAAGCCTACAACAAGA
AGCTGGAGGAAGGTCCAAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTA
ATGATGAGGATGATGCCGATGATGGGAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAGTTTAGT
AGCATAATATAGGACGCTGCAAGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAAT
GTTAACGAAGTTGTTTTAAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAA
AGCGAGTGTAATGAGAGATTTGCAGCTCAATATTAAACCATTTAGC

QA 4 649 4 649
DS 

RD RR1AY17TF 649 0 0
GGA
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CAAGGGCGGATACCAAGAGCTCTAAGCTCGCTGTGAACAAGAAGCCTGCAAAGGCAAGCA
AAGCGGCGGCTAAGGATCCTAACAAACCAAAGAGGCCTTCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCA
TGGAGGATTTCCGTCAGACTTACAAGAAGGATCATCCCAATAACAAATCTGTTGCTGCTG
TTGGAAAAGCTGGTGGACAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACACTGAGAAGGCTCCCTACG
TTGCTAAGGCTGACAACCGCAAAGTCGAGTATGAGAATAACATGAAAGCCTACAACAAGA
AGCTGGAGGAAGGTCCAAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTA
ATGATGAGGATGATGCCGATGATGGGAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAGTTTAGT
AGCATAATATAGGACGCTGCAAGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAAT
GTTAACGAAGTTGTTTTAAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAA
AGCGAGTGTAATGAGAGATTTGCAGCTCAATATTAAACCATTTAGC

QA 4 649 4 649
DS 

RD RR1CW70TF 694 0 0
AAACACGTAGCAGCAGCTCATTCCTCTCTCTCTCTCTATTTTCAAACCCTACGAGAGATC
TTCTTCGTCAAAAGAATCGAGCAATGAAAGGAGGTAAATCAAAGGCGGATACCAAGAGCT
CTAAGCTCGCTGTGAACAAGAAGCCTGCAAAGGCAAGCAAAGCGGCGGCTAAGGATCCTA
ACAAACCAAAGAGGCCTTCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAGGATTTCCGTCAGACTT
ACAAGAAGGATCATCCCAATAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGAAAAGCTGGTGGACAAA
AGTGGAAATCCTTGTCTGACACTGAGAAGGCTCCCTACGTTGCTAAGGCTGACAACCGCA
AAGTCGAGTATGAGAAGAACATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCCAAAGG
AGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTAATGATGAGGATGATGCCGATG
ATGGGAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAGTTTAGTAGCATAATATAGGACGCTGCA
AGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTTTAAAT
GGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGAGATTT
GCAGCTCAATATTAAACCATTTAGCTTTTTTTT
C

QA 1 693 1 693
DS 



AS 2 11

CO CL338Contig1 1042 9 6 U
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CAGATTCTTCGTTCCTCTGTTTCTCCTACGTGCTCGAAACCCTTGTTTCGATCATCATCT
AGCTTATCATCATCCTCCATCGTTTCTGCTCCTTTCGCCAGATTAAAATCCAATTCCCTA
ATCTCTAGACCTCGTGTTGTTCTCGCGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCTGATCCCGTC
ACTGAGTACAGAGAAGATATCGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATTTTTACTGCATCA
GGCCAGCCCGTGAAGTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATG*********GAGTTTCT
GCTGTTGTGCTTTTGAGGCATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAACTTGCTACTGCATTG
AGAGAGGCGAAACCGCGGTTTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGA
ACGCCTGATAAGGCTCGTATACTTGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTAC
GCCGATCCTGAGCGCAAGGCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACT
TTCTTCAACCCAGCTAGTAAAAAAATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCA
AAGAACTACACCATAAAAGCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGCGTGTTGCAACAGGGAGGT
ACGTTTGTTTTCAGAGGCAAGAAGCTCTTGTATGGTCGAAAAGACGAAGGTACTGGTGAT
CATCCATCTCTAGGTGATGTTCTCAATGTCTGCTGCACAACCCAAGCCACTGTTGCTTGA
ACATTGGTTTAAAGTCTCTCTGGTCTGGTTTAATGCTTACATCACTGTAATAATTGTAGC
TATTAATACATGTTTTTACGCGTTAATAAATTATAAATAGTATACATTTGAACCACACAA
GTTTATAGTGTAAAGATAAGATAATAGTTTGGTATGTAATTGGAGTAATTTGTTTTGATT
GTCTTTTTCAGTAGTGCGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1H736TF U 1
AF RR1G520TF U 5
AF RR1CO57TF U 1
AF RR1CO57JQ C 195
AF RR1H736JQ C 416
AF RR1B383TF U 454
AF RR1G520JQ C 241
AF RR1D566TF U 453
AF RR1FN04TF U 454
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BS 626 706 RR1CO57TF
BS 707 1042 RR1D566TF

RD RR1H736TF 581 0 0
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GAACAATGGCGAGTCTCTCTGTACGAACTCCAAGTTCCATTCAGATTCTTCGTTCCTCTG
TTTCTCTTACGTGCTCGAAACCCTTGTTTCGATCATCATCTAGCTTATCATCATCCTCCA
TCGTTTCTGCTCCTTTCGCCAGATTAAAATCCAATTCCCTAATCTCTAGACCTCGTGTTG
TTCTCGCGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCTGATCCCGTCACTGAGTACAGAGAAGATA
TCGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATTTTTACTGCATCAGGCCAGCCCGTGAAGTTCA
GCAATCTCTTGGATCAGAACGATGTATATATAGGAGTTTCTGCTGTTGTGCTTTTGAGGC
ATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAACTTGCTACTGCATTGAGAGAGGCGAAACCGCGGT
TTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGAACGCCTGATAAGGCTCGTA
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CGTATGATGTTCTTGGTTTATA

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DS 

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TTTCTCCTACGTGCTCGAAACCCTTGTTTCGATCATCATCTAGCTTATCATCATCCTCCA
TCGTTTCTGCTCCTTTCGCCAGATTAAAATCCAATTCCCTAATCTCTAGACCTCGTGTTG
TTCTCACGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCTGATCCCGTCACTGAGTACAAAGAAGATA
TCGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATTTTTACTGCATCAGGCCAGCCCGTGAAGTTCA
GCAATCTCTTGGATCAGAACGATG*********GAGTTTCTGCTGTTGTGCTTTTGAGGC
ATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAACTTGCTACTGCATTGAGAGAGGCGAAACCGCGGT
TTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGAACGCCTGATAAGGCTCGTA
TACTTGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTACGCCGATCCTGAGCGCAAGG
CGTATGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACTTTCTTCAACCCAGCTAG

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DS 

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AGCTTATCATCATCCTCCATCGTTTCTGCTCCTTTCGCCAGATTAAAATCCAATTCCCTA
ATCTCTAGACCTCGTGTTGTTCTCGCGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCTGATCCCGTC
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GGCCAGCCCGTGAAGTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATG*********GAGTTTCT
GCTGTTGTGCTTTTGAGGCATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAACTTGCTACTGCATTG
AGAGAGGCGAAACCGCGGTTTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGA
ACGCCTGATAAGGCTCGTATACTTGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTAC
GCCGATCCTGAGCGCAAGGCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTATGGTTTAGGCCGTACT
TTCTTCAACCCAGCTAGTAAAAAA*TCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCA
AAGAACTACACCATAAAAGCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGCGTGT
GC

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DS 

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AGATATCGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATTTTTACTGCATCAGGCCAGCCCGTGAA
GTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATG*********GAGTTTCTGCTGTTGTGCTTTT
GAGGCATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAACTTGCTACTGCATTGAGAGAGGCGAAACC
GCGGTTTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGAACGCCTGATAAGGC
TCGTATACTTGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTACGCCGATCCTGAGCG
CAAGGCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTATGGTTTAGGCCGTACTTTCTTCAACCCAGC
TAGTAAAAAAATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACTACACCAT
AAAAGCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGCGTGTTGCAACAGGGAGGTACGTTTGTTTTCAG
AGGCAAGAAGCTCTTGTATGGTCGAAAAGACGAAGGTACTGGTGATCATCCATCTCTAGG
TGATGTTCTCAATGTCTGCTGCACAACCCAAGCCACTGTTGCTTGAACATTGGTTTAAAG
TCTCTCTGGTCTGGTTTAATGCTTACATCACTGTAATAATTGTAGCTATTAATACATGTT
TTTACGCGTTAATAAATTATAAATAGTATACATTTGAACC

QA 1 760 1 760
DS 

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TTGGAACGCCTGATAAGGCTCGTATACTTGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTC
TTTACGCCGATCCTGAGCGCAAGGCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTAGGCC
GTACTTTCTTCAACCCAGGTAGTAAAAAAATCTCCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAG
CTGCAAAGAACTACACCATAAAAGCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGCGTGTTACAACAGG
GAGGTACGTTTGTTTTCAGAGGCAAGAAGCTCTTGTATGGTCGAAAAGACGAAGGTACTG
GTGATCATCCATCTCTAGGTGATGTTCTCAATGTTTGCTGCACAACCCAAGCCACTGTTG
CTTGAACATTGGTTTAAAGTCTTTCTGGTCTGGTTTAATGCTTACATCACTGTAATAATT
GTAGCTATTAATACATGTTTTTACGCGTTAATAAATTATAAATAGTATACATTTGAACCA
CACAAGTTTATAGTGTAAAGATAAGATAATAGTTTGGTATGTAATTGGAGTAATTTGTTT
TG
G

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DS 

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GGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACTTTCTTCAACCCAGCTAGTAAAAAAATCTTCTCA
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GGTCGAAAAGACGAAGGTACTGGTGATCATCCATCTCTAGGTGATGTTCTCAATGTCTGC
TGCACAACCCAAGCCACTGTTGCTTGAACATTGGTTTAAAGTCTCTCTGGTCTGGTTTAA
TGCTTACATCACTGTAATAATTGTAGCTATTAATACATGTTTTTACGCGTTAATAAATTA
TAAATAGTATACATTTGAACCACACAAGTTTATAGTGTAAAGATAAGATAATAGTTTGGT
AT

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1G520JQ 783 0 0
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GGCCAGCCCGTGAAGTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATG*********GAGTTTCT
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AGAGAGGCGAAACCGCGGTTTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGA
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GCCGATCCTGAGCGCAAGGCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACT
TTCTTCAACCCAGCTAGTAAAAAAATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCA
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TATTAATACATGTTTTTACGCGTTAATAAATTATAAATAGTATACATTTGAACCACACAA
GTTTATAGTGTAAAGATAAGATAATAGTTTGGTATGTAATTGGAGTAATTTGTTTTGATT
G
AC

QA 1 781 1 781
DS 

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ACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACTACACCATAAAAGCCACTCCTGAAGA
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TGGTCGAAAAGACGAAGGTACTGGTGATCATCCATCTCTAGGTGATGTTCTCAATGTCTG
CTGCACAACCCAAGCCACTGTTGCTTGAACATTGGTTTAAAGTCTCTCTGGTCTGGTTTA
ATGCTTACATCACTGTAATAATTGTAGCTATTAATACATGTTTTTACGCGTTAATAAATT
ATAAATAGTATACATTTGAACCACACAAGTTTATAGTGTAAAGATAAGATAATAGTTTGG
TATGTAATTGGAGTAATTTGTTTTGATTGTCTTTTTCAGTAGTGCGTTTG

QA 1 590 1 590
DS 

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GGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACTTTCTTCAACCCAGCTAGTAAAAAAATCTTCTCA
CGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACTACACCATAAAAGCCACTCCTGAAGAC
AGAAGCAGCGTGTTGCAACAGGGAGGTACGTTTGTTTTCAGAGGCAAGAAGCTCTTGTAT
GGTCGAAAAGACGAAGGTACTGGTGATCATCCATCTCTAGGTGATGTTCTCAATGTCTGC
TGCACAACCCAAGCCACTGTTGCTTGAACATTGGTTTAAAGTCTCTCTGGTCTGGTTTAA
TGCTTACATCACTGTAATAATTGTAGCTATTAATACATGCTTTTACGCGTTAATAAATTA
TAAATAGTATACATTTGGACCACACAAGTTTATAGTTTAAAGATAAGATTATAGTTTGGT
ATGTAATTGGAGTAATTTGTTTTGATTGTCTTTTTCAGTAGTGCGTT

QA 1 587 1 587
DS 



CO CL338Contig2 1029 2 2 U
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AGTTCCATTCAGCTTCTTCGTACCTCTGTTTCTCCTATGCGCTCGAAACCCTTGTTTCGA
TCATCATCTAGCTTATCATCATCCTCCATCGTTTCTGCTCCTTTCGCCAGATCAAAATCC
AATTCCCGAATCTCTAGACCTCGTGTTGTTCTCGCGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCT
GATCCCGTCACTGAGTACAGAGAAGATATTGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATCTTT
ACTGCTTCAGGCCAGCCCGTGAAGTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATGGAGTTTCT
GCTGTTGTGCTTTTGAGGCATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAGCTTGCCACTGCATTG
AGAGAGGCGAAACCACGGTTTGATGCGGCTGGTGTTAAACTGGTTGCGGTTGGTGTTGGA
ACTCCTGATAAGGCTCGTATACTTGCATCTCGGTTGCCTTTTCCAATGGAATGTCTTTAC
GCCGATCCTGAGCGCAAGGCATATGATGTTCTTGGATTATACTACGGATTAGGCCGCACT
TTCTTCAACCCAGCTAGCACTAAGGTCTTCTCAAGATTTGACGAGATACGAGAAGCTACG
AAGAACTACACCATACAAGCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGTGTGTTGCAACAGGGAGGT
ACGTTTGTTTTCAGAGGCAAGAAGCTCTTGTATGGTCGAAAAGACGAAGGTACTGGTGAT
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ACATTGGTTTAAAGTCCCTCTGGTTTGGTTTAATGCTTTCATCACTGTATAATTGTAGCT
ATTAATATATGTTTTAAAGATGATAATAAATTATAAATAGTATACATTTGAACCACACAA
GTTTATACTGTAAAGATAAGACAATAGTTTGGTATGTAATTTTGGTCATTTGTTTTGATT
GTCTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA19TF U 1
AF RR1GA19JQ C 533
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GATCCCGTCACTGAGTACAGAGAAGATATTGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATCTTT
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GCTGTTGTGCTTTTGAGGCATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAGCTTGCCACTGCATTG
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DS 

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CCACACAAGTTTATACTGTAAAGATAAGACAATAGTTTGGTATGTAATTTTGGTCATTTG
TTTTGATTGTCTTTTCC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 2 10

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CACCTCAAGCGGGTTTATCTCACTTTGTGCTGTGCCCTTGTTGCCTCTGCCTCTCGAGCT
TACCTCCACGTGCTCTGGAACATCGGTGGTCTTCTCACAACCATTGCATGCTGTGGAAGC
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GGAGCAGCGATGCTGGCAAGGCGCAGAGGGTATCTCTACCTCGGAGGCCTTCTCTCATCT
GGCTTGTCTATGCTGATGTGGCTTCAGTTTGCCTCTTCCATCTTTGGTGGCTCTGCCTCT
ATCTTTAAGTTCGAGCTCTACTTTGGGCTCTTGATCTTTGTGGGATACATGGTGGTGGAT
ACCCAAGAGATTATAGAGAAGGCACATCTAGGGGACATGGACTATGTGAAACATGCGTTG
ACCCTTTTCACCGATTTTGTTGCTGTGTTTGTCCGTGTTCTCATCATAATGCTGAAGAAC
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AGGAAGTCTAATAAGAGTGTTGGGGGTGTTTTGGTGTTTTTATGATTTGGTGTTTTTATG
ATTAGGACGTACTTTGGTTTGCGTATTCCTCTTATTGCACAAGATTGTAAATGGATCAAC
TAGTTTTCGCTTTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ES95TF U 5
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GG
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GAGATTATA

QA 3 671 3 671
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GATCCAAGCATCCTTATCACTGCGTTCGTCGGAACTGCGATAGCGTTTGTCTGTTTCTCA
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GGCTTGTCTATGCTGATGTGGCTTCAGTTTGCCTCTTCCATCTTTGGTGGCTCTGCCTCT
ATCTTTAAGTTCGAGCTCTACTTTGGGCTCTTGATCTTTGTGGGATACATGGTGGTGGAT
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ACCCTTTTCACTGATTTTGTTGCTGTGTTTGTCCGTGTTCTCATCATAATGCTGAAGAAC
TCGGCAGATAAA

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DS 

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G
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AGCGTTTGTCTGTTTCTCAGGAGCAGCGATGCTGGCAAGGCGCAGAGAGTATCTCTACCT
CGGAGGCCTTCTCTCATCTGGCTTGTCTATGCTGATGTGGCTTCAGTTTGCCTCTTCCAT
CTTTGGTGGCTCTGCCTCTATCTTTAAGTTCGAGCTCTACTTTGGGCTCTTGATCTTTGT
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CTATGTGAAACATGCGTTGACCCTTTTCACCGATTTTGTTGCTGTGTTTGTCCGTGTTCT
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AGAGACTT

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DS 

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TC
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ATCACTGCGTTCGTCGGAACTGCGATAGTGTTTGTCTGTTTCTCAGGAGCAGCGATGCTG
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ATGTGGCTTCAGTTTGCCTCTTCCATCTTTGGTGGCTCTGCCTCTATCTTTAAGTTCGAG
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GAGAAGAAGAAGA***GGAGAAACTGAGAGACTTAAAAAGTGACAAGGAAGTCTAATAAG
AGTGTTGGGGGTGTTTTGGTGTTTTTATGATTTGGTGTTTTTATGATTAGGACGTACTTT
GGTTTGCGTATTCCTCTTATTGCACAAGATTGTAAATGGATCAACTAGTTTTCGCTTTTA
TCC

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DS 



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TTAAACAGTAGAGGAAAAACCTTGAAGATTAGTTAAGTGAACGAGAGTAAAGATAAAAAC
GAAAACTAGTTGATCCATTTACAATCTTGTGCAATATGAGGAATACGCAAACCAAAGTAC
GTCCTAATCATAAAAACACCAAAGCTTTCACATGTGTTTGTAACACCCCAACTCTTATTC
GATTTTTAAGTCTCTCAGTTTCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCTCTTTATCTGCCGAG
TTCTTCAGCATTATGATGAGAATACGAACAAACACAGCAACAAAATCGGTGAAAAGGGTC
AACGCATGTTTCACATAGTCCATGTCCCCTAGATGTGCCTTCTCTATAATCTCTTGTGTG
TCCACCACCATGTACCCCACAAAGATCAAGAGTCCAAAGTAGAGCTCGAACTTAAAGATA
GAGGCAGAACCACCAAAGATGGAAGAGGCAAACTGAAGCCACATCAGCATAGACAAGCCA
GATGAGAGAAGGCCTCCGAGGTAGAGATACTCTCTGCGCCTTGCCAGCATCGCCGCTCCT
GAGAAACAGACAAACGCTATCGCAGTTCCGACGAACGCAGTGATAAGGATGCTTGGATCA
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TTCTGGACGGAGGGAGAGATCTGATGGAGGTTCTTGAGAGAATCATAGCTCCAGCTTCTG
CTACCTGGTTGTGAATCGAAGAAGGACGAGAACGAATCCATATCGCCTTTTTTTTGTTTT
CTTTTGCTTCGTGAGAGAGAGAATCAATGTTGAGAGAAACTATTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

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GTCCCTCAGTTTCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCTCTTTATCTGCCGAGTTCTTCAGC
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TTCACATAGTCCATGTCCCCTAGATGTGCCTTCTCTATAATCTCTTGTGTGTCCACCACC
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GC

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CAAAATCGGTGAAAAGGGTCAACGCATGTTTCACATAGTCCATGTCCCCTAGATGTGCTT
TCTCTATAATCTCTTGTGTGTCCACCACCGTGTACCCCACAAAGATCAAGAGTCCAAAGT
AGAGCTCGAACTTAAAGATAGAGGCAGAACCACCAAAGATGGAAGAGGCAAACTGAAGCC
ACATCAGCATAGACAAGCCAGATGAGAGAAGGCCTCCGAGGTAGAGATACTCTCTGCGCC
TTGCCAGCATCGCCGCTCCTGAGAAACAGACAAACGCTATCGCAGTTCCGACGAACGCAG
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TCC

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GCCAGATCATGCTTCCACAGCATGCAATGGTTGTGAGAATGCCACCGATGTTCCACAGCA
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GCCAGCATCGCCGCTCCTGAGAAACAGACAAACGCTATCGCAGTTCCGACGAACGCAGTG
ATAAGGATGCTTGGATCAAAATCAACAGCCACTTTGATCAAGGGGCCAACAGAAGCACCT
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TCGCCTTTTTTTTGTTTTCTTTTGCTTCGTGAGAGAGAGAATCAATGTTGAGAGAAACTA
TTAT
CC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 2 10

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CTCCGACAATGGCTACTTTCCTAACAGCTGTTGTTTCAATCAAACCCACACTCTTCTCAT
TCCACTCCGAGTCCTCCACCTCTTTGCAATCTCAAACCAATGCATTCGCTCTCAAAACCA
AAGCCTTTCCTTCTGTCCCCACAGCCATCTCTCTTCCACGGACCTCCAGGATGAGACTCA
TCCCTCGCGCCACGACGGAGACGGAAGAAAAACCCGCTTTGGACCCTAACGCAGAATCCT
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E692TF U 1
AF RR1BI73TF U 5
AF RR1BI73JQ C 144
AF RR1A925TF U 481
AF RR1E692JQ C 776
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BS 356 574 RR1E692TF
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CTCCGACAATGGCTACTTTCCTAACAGCTGTTGTTTCAATCAAACCCACACTCTTCTCAT
TCCACTCCGAGTCCTCCACCTCTTTGCAATCTCAAACCAATGCATTCGCTCTCAAAACCA
AAGCCTTTCCTTCTGTCCCCACAGCCATCTCTCTTCCACGGACCTCCAGGATGAGACTCA
TCCCTCGCGCCACGACGGAGACGGAAGAAAAACCCGCTTTGGACCCTAACGCAGAATCCT
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CTATAGAATTATCATCATCATCGTCTCCTGATTTGTCGCTGCTTCAGTCTGAAGATGCAG
CTTTTGTGGATAGTCCTT

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DS 

RD RR1BI73TF 683 0 0
GG
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CAATGGCTACTTTCCTAACAGCTGTTGTTTCAATCAAACCCACACTCTTCTCATTTCACT
CCGAGTCCTCCACCTCTTTGCAATCTCAAACCAATGCATTCGCTCTCAAAACCAAAGCCT
TTCCTTCTGTCCCCACAGCCATCTCTCTTCCACGGACCTCCAGGATGAGACTCATCCCTC
GCGCCACGACGGAGACGGAAGAAAAACCCGCTTTGGACCCTAACGCAGAATCCTCAAGAC
GCGTCTACATCGGAAACATACCAAGAACCGTAACTAACGAACAGCTCACCAAACTCGTCG
AAGAACACGGCGCCGTTGAACAAGTCCAGGTGATGTATGATAAGTACTCAGGAAGAAGCC
GTAGGTTTGGTTTCGCTACAATGAAATCAGTTGAAGATGCCAATGCTGTCATTGAGAAGT
TGAACGGCACTACAATTGAAGGACGTGAGGTGAAGGTTAATATTACAGAGAAGCCTATAG
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TGGATAGTCCTTACAAAGTGTATGTAGGGAATCTAGCAAAGAGTGTTACTAAAGAGATGC
TTGAGAGTTTGTTTTCTGAGA

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DS 

RD RR1BI73JQ 849 0 0
TTGCAATCTCAAA
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CTTTGGACCCTAACGCAGAATCCTCAAGACGCGTCTACATCGGAAACATACCAAGAACCG
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TGATGTATGATAAGTACTCAGGAAGAAGCCGTAGGTTTGGTTTCGCTACAATGAAATCAG
TTGAAGATGCCAATGCTGTCATTGAGAAGTTGAACGGCACTACAATTGAAGGACGTGAGG
TGAAGGTTAATATTACAGAGAAGCCTATAGAATTATCATCATCATCGTCTCCTGATTTAT
CGCTGCTTCAGTCTGAAGATGCAGCTTTTGTGGATAGTCCTTACAAAGTGTATGTAGGGA
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TTCTGAGTGCTAAGGTTTCGAGAGTGCCTGGTACTTCCAAATCTACTGGGTTTGGGTTTG
TTACGTTTTCTTCTGATGAAGATGTCGATGCTGCTATTTTGGCTCTTAACAACTCTTTGC
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TCATTATCTTTGTAATCATTCTAAGTTGAGAAAAAAAAATGAAAACATCAAAGTTT

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G
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TTTTGTGGATAGTCCTTACAAAGTGTATGTAGGGAATCTAGCAAAGAGTGTTACTAAAGA
GATGCTTGAGAGTTTGTTTTCTGAGAAAGGGAAAGTTCTGAGTGCTAAGGTTTCGAGAGT
GCCTGGTACTTCCAAATCTACTGGGTTTGGGTTTGTTACGTTTTCTTCTGATGAAGATGT
CGATGCTGCTATTTTGGCTCTTAACAACTCTTTGCTGGAAGGACAGAAGATACGGGTGAA
CAAGGCGTAGTGTGTGAGAGAGGGCGAGTCTTTTGGCAGAATCGTTTTTGTGTTGTATTG
AGGGGTTTGTAATGCAAAACATTTAGAGCATAGTATCATTATCTTTGTAATCATTCTAAG
TTGAGAAAAAAAAATGAAAACATTAAAGTTTATTTCG

QA 2 518 2 518
DS 

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GGTGAACAAGGGGTAGTGTGTGAGAGAGGGGGAGTCTTTTGGCAGAATCGTTTTTGTGTT
GTATTGAGGAGTTTGTAATGCAAAACATTTAGAGCATAGTATCATTAACTTTGTAATCAT
TTTAAGTTGAGAAAAAAAAATGAAAACATTAAAGTTT
ATTTC

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DS 



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TAAATGTTTTGCATTACAAACTCCTCAAATACAATACAAAAAAAAA*GATTCTGCCAAAA
GACTCGCCCTCTCTCTCACTGTCACACACACACACAC**TAGGCCTTATTCACCCGAATC
TTCTGTCCTTCCAGCAAAGAATTGTTAAGAGCCACGATAGCAGCTTCGACATCTTCATCA
GAAGAAAACGTAACAAACCCAAACCCAGTAGATTTCGAAGTACCAGGCACTCTCGAAACC
TTAGCACTCAGAACTTTGCCTTTCTCAGAAAACAAACTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACA
CTCTTTGCCAGATTCCCTACATACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCTGCATCTTCA
GACTGAAGCAGCGACAAATCAGGAGACGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTA
ATATTAACCTTCACCTCACGTCCTTCAATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATCACAGCA
TTGGCATCTTCAACTGATTTCATAGTAGCGAAACCAAACCTACGGCTTCTTCCTGAGTAC
TTATCATACATCACCTGGACTTGTTCAACGGCGCCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGC
TGTTCGTTAGTTACGGTTCTTGGTATGTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCG
TTAGGGTCCAAAGCGGGTTTTTCTTCCGTCTCCATCGTTGCGCGAGGGATGAATCTCGTT
CTGGAGGTCCGTGGAAGAGAGATGGGTCTGGGGACAGAAGGAAAGGCTTTGGCTTTGAGA
GCGAATGCATTGGCTTTGAGAGCGAATGCACTGGTCTGAGATTGCAAAGAGGTGGAGGAC
TCGGAGTGGAATGAGAAGAGTGTGGGTTTGATTGAAACAACAGCTGTTAGGAAAGTAGCC
ATTGTCGGACAAGGAAGGAAGGAGATAATAATGGGGGAAAAGAGAAGAAGGTGTTGTGTT
GTGTTGTGTTGTGTTGTGTGCTATCAATC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A976JQ U 6
AF RR1FS69JQ U 1
AF RR1A560JQ U 34
AF RR1A560TF C 262
AF RR1FS69TF C 277
BS 1 106 RR1FS69JQ
BS 107 107 RR1A976JQ
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BS 739 819 RR1A560JQ
BS 820 998 RR1A560TF
BS 999 1049 RR1FS69TF

RD RR1A976JQ 238 0 0
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GCCCTCTCTCTCACTGTCACACACACACACAC**TAGGCCTTATTCACCCGAATCTTCTG
TCCTTCCAGCAAAAAATTGTTAAAAGCCACGATAGCAGCTTCGACATCTTCATCAGAA

QA 1 238 1 238
DS 

RD RR1FS69JQ 738 0 0
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TAAATGTTTTGCATTACAAACTCCTCAAATACAATACAAAAAAAAAAGATTCTGCCAAAA
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GACTGAAGCAGCGACAAATCAGGAGACGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTA
ATATTAACCTTCACCTCACGTCCTTCAATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATCACAGCA
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TTATCATACATCACCTGGACTTGTTCAACGGCGCCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGC
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TTAGGGTCCAAAGCGGGT

QA 1 738 1 738
DS 

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ATACAAAAAAAAA*GATTCTGCCAAAAGACTCGCCCTCTCTCTCACTGTCACACACACAC
ACACACTAGGCCTTATTCACCCGAATCTTCTGTCCTTCCAGCAAAGAATTGTTAAGAGCC
ACGATAGCAGCTTCGACATCTTCATCAGAAGAAAACGTAACAAACCCAAACCCAGTAGAT
TTCGAAGTACCAGGCACTCTCGAAACCTTAGCACTCAGAACTTTGCCTTTCTCAGAAAAC
AAACTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCCAGATTCCCTACATACACTTTGTAA
GGACTATCCACAAAAGCTGCATCTTCAGACTGAAGCAGCGACAAATCAGGAGACGATGAT
GATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCTTCACCTCACGTCCTTCAATTGTA
GTGCCGTTCAACTTCTCAATCACAGCATTGGCATCTTCAACTGATTTCATAGTAGCGAAA
CCAAACCTACGGCTTCTTCCTGAGTACTTATCATACATCACCTGGACTTGTTCAACGGCG
CCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGCTGTTCGTTAGTTACGGTTCTTGGTATGTTTCCG
ATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCGTTAGGGTCCAAAGCGGGTTTTTCTTCCGTCTCC
ATCGTTGCGCGAGGGATGAATCTCGTTCTGGAGGTCCGTGGAAGAGAGATGGGTCTGGGG
ACAGAA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1A560TF 739 0 0
AACCCAGTAGATTTCGAAGTACCAGGCACTCTCGAAACTTTAGCACTCAGAACTTTGCCT
TTCTCAGAAAACAAACTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCCAGATTCCCTACA
TACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCTGCATCTTCAGACTGAAGCAGCGACAAATCA
GGAGACGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCTTCACCTCACGT
CCTTCAATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATCACAGCATTGGCATCTTCAACTGATTTC
ATAGTAGCGAAACCAAACCTACGGCTTCTTCCTGAGTACTTATCATACATCACCTGGACT
TGTTCAACGGCGCCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGCTGTTCGTTAGTTACGGTTCTT
GGTATGTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCGTTAGGGTCCAAAGCGGGTTTT
TCTTCCGTCTCCATCGTTGCGCGAGGGATGAATCTCGTTCTGGAGGTCCGTGGAAGAGAG
ATGGGTCTGGGGACAGAAGGAAAGGCTTTGGCTTTGAGAGCGAATGCATTGGCTTTGAGA
GCGAATGCACTGGTCTGAGATTGCAAAGAGGTGGAGGACTCGGAGTGGAATGAGAAGAGT
GTGGGTTTGATTGAAACAACAGCTGTTAGGAAAGTAGCCATTGTCGGACAAGGAAGGAAG
GAGATAATAATGGGGGA
CC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1FS69TF 773 0 0
GAAGTACCAG*CACTCTCGAAAC*TTAGCACTCAGAACTTTGC*TTTCTCAGAAAACAAA
CTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCCAGAT*CCCTACATACACTTTGTAAGGA
CTATCCACAAAAGCTGCATCTTCAGACTGAAGCAGCGACAAATCAGGAGACGATGATGAT
GATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCTTCACCTCACGTCCTTCAATTGTAGTG
CCGTTCAACTTCTCAATCACAGCATTGGCATCTTCAACTGATTTCATAGTAGCGAAACCA
AACCTACGGCTTCTTCCTGAGTACTTATCATACATCACCTGGACTTGTTCAACGGCGCCG
TGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGCTGTTCGTTAGTTACGGTTCTTGGTATGTTTCCGATG
TAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCGTTAGGGTCCAAAGCGGGTTTTTCTTCCGTCTCCATC
GTTGCGCGAGGGATGAATCTCGTTCTGGAGGTCCGTGGAAGAGAGATGGGTCTGGGGACA
GAAGGAAAGGCTTTGGCTTTGAGAGCGAATGCATTGGCTTTGAGAGCGAATGCATTGGTC
TGAGATTGCAAAGAGGTGGAGGACTCGGAGTGGAATGAGACGAGTGTGGGTTTGATTGAA
ACAACAGCTGTTAGGAAAGTAGCCATTGTCGGACAAGGAAGGAAGGAGATAATAATGGGG
GAAAAGAGAAGAAGGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTGCTATCAATC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 9

CO CL341Contig1 1131 9 48 U
GGAGATTTCGGAAGTAAACCAAAGCTTCTTCTTCAATCTCATAGCCTCACGTCGTCGCCG
GACTTGTAGCTTGTGCTTTGGTAGAAGATGACGCTATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATT
CTCACCTTCGGTCCACACGCCGTCTACTACTCCGCCACTCCATTATCTGAGTATGACACT
CTTGGAACCTCCGTGAAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAGCCCTGGTTAAGCTTGTT
TGCTTGGCAACTTTTCTGCAAGTCTCTGAAACTGAAGTATTTGATCCTTACCAGGAAGCA
CTGAAAGCAATGATTGGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGTTG
ACACACAGGAACATCTCCCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTCGGCCTTGGATGGGCATTT
GCGGATTCTGTTTTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTC
ACCTGGGATTATGTTTTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCAAATCTGGTGTTTACGATATCT
TTAGCTGCGCTAGGTTCATTGATGTGGCTGCGCAAGAACAAGCCAAAGACTCTGATCCCC
ATCATATACACGTGTGCAGTGATCATCGCGACAATGCCTTCAATCACGAGCTATCTAAGG
AGAGTCATGGGATGGCATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTTGAGCTAATGACTTCTCTGGTT
ATGGCTTTCATCAGCTGTCAACTCTTCATTCTTTGTCAGAGACCGTCTTTGTGATTCCAC
TCCTATCGAGATTCTAAACTCACTTGAACTGCTCTTTTGGCAGAAGAGAGCTTTATGTTT
ATGGGTAACTCTTGAGACCTTGTTTTTTGGTTGCTTGAAACTTTTGTTCTTTACATTGTA
GAAGAATATTGAACCACATATTCAAGAGATCCTTACACTCGAGGTCTCTCTTGTAAGGAA
TCAACAAGACCTTATAAACGTCAAGAGCGTTCATCAAATCTAGAGTAGGGATAGGCGTTT
GGATATAAATATTTTATTTCTAATTATATGATCTTAAAATATGTATAAAATCACTATAAA
TATTTTAAATGAAATAAAAGATGTAAAATAGGGTAAGTATACTGTATACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 15 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 30 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 50 50 50 50 25 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT75TF U 10
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AF RR1F904TF U 14
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AF RR1CT75JQ C 343
AF RR1BQ07JQ C 413
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BS 794 821 RR1BQ62TF
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BS 971 995 RR1A963JQ
BS 996 1131 RR1BQ07JQ

RD RR1CT75TF 645 0 0
GGAAGT
AAACCAAAGCTTCTTCTTCAATCTCATAGCCTCACGTCGTCGCCGGACTTGTAGCTTGTG
CTTTGGTAGAAGATGACGCTATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACCTTCGGTCCA
CACGCCGTCTACTACTCCGCCACTCCACTATCTGAGTATGACACTCTTGGAACCTCCGTG
AAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAGCCCTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGCAACTTTT
CTGCAAGTCTCTGAAACTGAAGTATTTGATCCT*ACCAGGAAGCACTGAAAGCAATGATT
GGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGTTGACACACAGGAACATC
TCCCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTCGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTTTTG
CATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACCTGGGATTATGTT
TTACAAGGGTTTGAAGCCAATGCAAATCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCGCTAGGT
TCATTGATGTGGCTGCGCAAGAACAAGCCAAAGGCTCTGATCCCCATCATATACACGTGT
GCAGTGATCATCGCGACAATGCCTTCAATCACGAGCTAT

QA 7 645 7 645
DS 

RD RR1BQ07TF 640 0 0
CATAGCCTCACGTCGTCGCCGGACTTGTAGCTTGTGCTTTGGTAGAAGATGACGCTATTT
CACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACCTTCGGTCCACACGCCGTCTACTACTCCGCCACT
CCATTATCTGAGTATGACACTCTTGGAACCTCCGTGAAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCT
ACAGCCCTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGCAACTTTTCTGCAAGTCTCTGAAACTGAAGTA
TTTGATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGCAATGATTGGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTC
TACTTTGCTCTGGCTCAGTTGACACACAGGAACATCTCCCAAAACCATAAGTTTCAAGCT
GTCGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTTTTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTT
GGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACCTGGGATTATGTTTTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCA
AATCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCGCTAGGTTCATTGATGTGGCTGCGCAAGAAC
AAGCCAAAGACTCTGATCCCCATCATATACACGTGTGCAGTGATCATCGCGACAATGCCT
TCAATCACGAGCTATCTAAGGAGAGTCATGGGATGGCATT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1C378TF 733 0 0
GGAGATTTCGGAAGTAAACCAAAGCTTCTTCTTCAATCTCATAGCCTCACATCGTCGCCG
GACTTGTAGCTTGTGCTTTGGTGGAAGATGACGCTATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATT
CTCACCTTCGGTCCCCACGCCGTCTACTACTCCGCCACTCCATTATCTGAGTATGACACT
CTTGGAACCTCCGTGAAGGCTTCTGTTGTTTACCTCGCTACAGCACTGGTTAAGCTTGTT
TGCTTGGCAACTTTTCTGCAAGTCTCTGAGACTGAGGTATTTGATCCTTACCAGGAAGCA
CTGAAAGCAATGATTGGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGCTG
ACACACAGGAACATCTCCCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTTGGCCTTGGATGGGCATTT
GCGGATTCTGTTTTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTC
ACTTGGGATTATGTTTTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCAAATCTGGTGTTTACGATATCT
TTAGCTGCGCTAGGATCGTTGATGTGGCTACGCAAGAACGAGCCAAAGACTCTGATCCCC
ATCATATACACGTGTGCAGTGATCATCGCTACAATGCCTTCAATCACGAGCTATCTAAG*
AGAGTCATGGGATGGCATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTTGAGCTCATGACTTCTCTGGTA
*TGGCTTTCATCA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1BQ62TF 808 0 0
GG
AAACCAAAGCTTCTTCTTCAATCTCATAGCCTCACATCGTCGCCGGACTTGTAGCTTGTG
CTTTGGTGGAAGATGACGCTATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACCTTCGGTCCC
CACGCCGTCTACTACTCCGCCACTCCATTATCTGAGTATGACACTCTTGGAACCTCCGTG
AAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAGCACTGGTTA*GCTTGTTTGCTTGGCAACTTTT
CTGCAAGTCTCTGAGACTGAAGTATTTGATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGCAATGATT
GGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGCTGACACACAGGAACATC
TCCCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTTGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTTTTG
CATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACTTGGGATTATGTT
TTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCAAATCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCGCTAGGA
TCGTTGATGCGGCTACGCAAGAACAAGCCAAAGACTCTGATCCCCATCATATACACGTGT
GCAGTGATCATCGCTACAATGCCTTCAATCACGAGCTATCTAAGGAGAGTCATGGGATGG
CATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTTGAGCTCATGACTTCTCTGGTAATGGCTTTCATCAGC
TGTCAACTCTTCATTCTTTGTCAGAGACCGTCTTTGTGATTCCACTCCTTTCGAGAGACT
AAACTCACTTGAACTGCTCTTTTGGC

QA 3 808 3 808
DS 

RD RR1F904TF 788 0 0
GG
AAACCAAAGCTTCTTCTTCAATCTCATAGCCTCACGTCGTCGCCGGACTTGTAGCTTGTG
CTTTGGTAGAAGATGACGCTATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACCTTCGGTCCA
CACGCCGTCTACTACTCCGCCACCCCATTATCTGAGTATGACACTCTTGGAACCTCCGTG
AAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAGCCCTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGCAACTTTT
CTGCAAGTCTCTGCAACTGAAGTATTTGATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGCAATGATT
GGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGTTGACACACAGGAACATC
TCCCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTCGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTTTTG
CATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACCTGGGATTATGTT
TTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCAAATCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCGCTAGGT
TCATTGATGTGGCTGCGCAAGAACAAGCCAAAGACTCTGATCCCCATCATATACACGTGT
GCAGTGATCATCGCGACAATGCCTTCAATCACGAGCTATCTAAG*AGAGTCATGGGATGG
CATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTTGAGCTAATGACTTCTCTGGTTATGGCTTTCATCAGC
TGTCAACTCTTCATTCTTTGTCAGAGACCGTCTTTGTGATTCCACTCCTATCGAGATTCT
AAACTC

QA 3 788 3 788
DS 

RD RR1F904JQ 783 0 0
ACC
CCATTATCTGAGTATGACACTCTTGGAACCTCCGTGAAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCT
ACAGCCCTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGCAACTTTTCTGCAAGTCTCTGCAACTGAAGTA
TTTGATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGCAATGATTGGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTC
TACTTTGCTCTGGCTCAGTTGACACACAGGAACATCTCCCAAAACCATAAGTTTCAAGCT
GTCGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTTTTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTT
GGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACCTGGGATTATGTTTTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCA
AATCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCGCTAGGTTCATTGATGTGGCTGCGCAAGAAC
AAGCCAAAGACTCTGATCCCCATCATATACACGTGTGCAGTGATCATCGCGACAATGCCT
TCAATCACGAGCTATCTAAGGAGAGTCATGGGATGGCATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTT
GAGCTAATGACTTCTCTGGTTATGGCTTTCATCAGCTGTCAACTCTTCATTCTTTGTCAG
AGACCGTCTTTGTGATTCCACTCCTATCGAGATTCTAAACTCACTTGAACTGCTCTTTTG
GCAGAAGAGAGCTTTATGTTTATGGGTAACTCTTGAGACCTTGTTTTTTGGTTGCTTGAA
ACTTTTGTTCTTTACATTGTAGAAGAATATTGAACCACATATTCAAGAGATCCTTACACT

QA 4 783 4 783
DS 

RD RR1A963JQ 680 0 0
GGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGTTGACACACAGGAACATC
TCCCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTCGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTTTTG
CATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACCTGGGATTATGTT
TTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCAAATCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCGCTAGGT
TCATTGATGTGGCTGCGCAAGAACAAGCCAAAGACTCTGATCCCCATCATATACACGTGT
GCAGTGATCATCGCGACAATGCCTTCAATCACGAGCTATTTAAGGAGAGTCATGGGATGG
CATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTTGAGCTGATGACTTCTCTGGTTATGGCTTTCATCAGC
TGTCAACTTTTCATTCTTTGTCAGAGACCGTCTTTGTGATTCCACTCCTATCGAGATTCT
AAACTCACTTGAACTGCTCTTTTGGCAGAAGAGAGCTTTATGTTTATGGGTAACTCTTGA
GACCTTGTTTTTTGGTTGCTTGAAACTTTTGTTCTTTACATTGTAGAAGAATATTGAACC
ACATATTCAAGAGATCCTTACACTCGAGGTCTCTCTTGTAAGGAATCAACAAGAGCTTAT
AAACGTCAAGAGCGTTCATC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1CT75JQ 629 0 0
TTTGTTCTGGCTCAGTTGACACACAGGAACATCTCCCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTC
GGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTTTTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGT
GCTCGAGGACTTGAGTTCACCTGGGATTATGTTTTACAAGGGTTTGAAGCCAATGCAAAT
CTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCGCTAGGTTCATTGATGTGGCTGCGCAAGAACAAG
CCAAAGGCTCTGATCCCCATCATATACACGTGTGCAGTGATCATCGCGACAATGCCTTCA
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CTGATGACTTCTCTGGTTATGGCTTTCATCAGCTGTCAACTCTTCATTCTTTGTCAGAGA
CCGTCTTTGTGATTCCACTCCTATCGAGATTCTAAACTCACTTGAACTGCTCTTTTGGCA
GAAGAGAGCTTTATGTTTATGGGTAACTCTTGAGACCTTGTTTTTTGGTTGCTTGAAACT
TTTGTTCTTTACATTGTAGAAGAATATTGAACCACATATTCAAGAGATCCTTACACTCGA
GGTCTCTCTTGTAAGGAATCAACAAGA
GC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1BQ07JQ 719 0 0
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CGATATCTTTAGCTGCGCTAGGTTCATTGATGTGGCTGCGCAAGAACAAGCCAAAGACTC
TGATCCCCATCATATACACGTGTGCAGTGATCATCGCGACAATGCCTTCAATCACGAGCT
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CTCTGGTTATGGCTTTCATCAGCTGTCAACTCTTCATTCTTTGTCAGAGACCGTCTTTGT
GATTCCACTCCTATCGAGATTCTAAACTCACTTGAACTGCTCTTTTGGCAGAAGAGAGCT
TTATGTTTATGGGTAACTCTTGAGACCTTGTTTTTTGGTTGCTTGAAACTTTTGTTCTTT
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AGGCGTTTGGATATAAATATTTTATTTCTAATTATATGATCTTAAAATATGTATAAAATC
ACTATAAATATTTTAAATGAAATAAAAGATGTAAAATAGGGTAAGTATACTGTATACAC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 11

CO CL342Contig1 1128 11 28 U
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TTTGCTTACTTTATTTTCTTGTAATGGCTTCCTCCCCGATCAACTGCCTCATTTTCGATT
TGGATGACACATTATACCCTCTGAAAACGGGAATAGCTCCAGCCGTCAAGAAAAACATCG
ACGATTTTCTAATGGAGAAGTTTGGATTCTCTGAAAGTAAAGCTTCAAGCCTAAGAGTTG
AACTCTTCAAGACTTATGGAAGTACTCTCGCTGGTCTCAGGGCATTAGGTCACGATGTTC
ATCCTGATGAATATCACAGTGTCGTGCACGGAAGGTTGCCGTATGGTTCGATCCAACCTA
ACAGCAAACTACGAAACCTTCTGAACAAAATCAAACAGAGAAAAATCATTTTCACGAATT
CAGACAGGAACCATGCGATGAAGGTTCTTGAGAGATTGGGTTTAGAAGATTGTTTCGAAG
AGATAATCTGTTTCGAGACAATGAACCCGAATTTATTCGGGCCAACAACCCGACCCGATG
AGCATCCCGTCGTGCTCAAGCCTTCGTTGACCGCGATGGATGTGTGCATTCGTATCGCCA
ACGTTGACCC*TCGCCG*GGCGGTATTTTTGGATGATAATGTCCACAATATTACCGCCGG
TAAATCTGTGGGGCTTCACACAAT*CCTGGTGGGAAGATCAGAAAAGACTAAAGATGCGG
ATTATGCAGTGGAGAGTGTAACTGATATAGCTACAGCGGTACCGGATATTTGGGCGACGG
CTACGAGCGGATGCGATGACGGCGGTGAGAGGATCAGACGGAGCAAGAGTGAGCTTGAAG
GTATGGCTTCAATCACAGCCGTCGGTGCGTGACGTGCGAATCGTGGCCGTTGGATATTTT
AACGTTTAGTGG*TTGGGATTGCACAGATGGCGTTAAATGTCTAAAATGCATGTGAATAA
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GCAACGACGATGTTAATGTATGATGACAGTGACGATGTGTACATTTCGTTTCTTTTAATC
AAATGTATAAAAATAATTTTCGAATAAGACTTAAGATTTATCGTTTCT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 45 45 45 45 45 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 45 30 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1G670TF U 1
AF RR1FI36TF U 1
AF RR1EF83TF U 2
AF RR1BS63TF U 474
AF RR1G670JQ C 670
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AF RR1BS63JQ C 313
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AF RR1EF83JQ C 480
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AF RR1EL13TF U 819
BS 1 78 RR1FI36TF
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BS 378 378 RR1G670TF
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BS 685 695 RR1EF83TF
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BS 900 900 RR1A608TF
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BS 913 913 RR1A608TF
BS 914 954 RR1BS63TF
BS 955 976 RR1A608TF
BS 977 978 RR1EL13TF
BS 979 988 RR1A608TF
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BS 990 1024 RR1A608TF
BS 1025 1025 RR1EL13TF
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BS 1128 1128 RR1EF83JQ

RD RR1G670TF 614 0 0
G
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TTGCTTACTTTATTTTCTTGTAATGGCTTCCTCCCCGATCAACTGCCTCATTTTCGATTT
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CGTTGACCC*TCG

QA 2 614 2 614
DS 

RD RR1FI36TF 684 0 0
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TTTGCTTACTTTATTTTCCTGTAATGGCTTCCTCCCCGATCAACTGCCTCATTTTCGATT
TGGATGACACATTATACCCTCTGAAAACGGGAATAGCTCCAGCCGTCAAGAAAAACATCG
ACGATTTTCTAATGGAGAAGTTTGGATTCTCTGAAAGTAAAGCTTCAAGCCTAAGAGTTG
AACTCTTCAAGACTTATGGAAGTACTCTCGCTGGTCTCAGGGCATTAGGTCACGATGTTC
ATCCTGATGAATATCACAGTGTCGTGCACGGAAGGTTGCCGTATGGTTCGATCCAACCTA
ACAGCAAACTACGAAACATTCTGAACAAAATCAAACAGAGAAAAATCATTTTCACGAATT
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AGATAATCTGTTTCGAGACAATGAACCCGAATTTATTCGGGCCAACAACCCGACCCGATG
AGCATCCCGTCGTGCTCAAGCCTTCGTTGACCGCGATGGATGTGTGCATTCGTATCGCCA
ACGTTGACCC*TCGCCG*GGCGGTATTTTTGGATGATAATGTCCACAATATTACCGCCGG
TAAATCTGTGGGGCTTCACACAAT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1EF83TF 723 0 0
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TTGCTTACTTTATTTTCTTGTAATGGCTTCCTCCCCGATCAACTGCCTCATTTTCGATTT
GGATGACACATTATACCCTCTGAAAACGGGAATAGCTCCAGCCGTCAAGAAAAACATCGA
CGGTTTTCTAATGGAGAAGTTTGGATTCTCTGAAAGTAAAGCTTCAAGCCTAAGAGTTGA
ACTCTTCAAGACTTATGGAAGTACTCCCGCTGGTCTCAGGGCATTAGGTCACGATGTTCA
TCCTGATGAATATCACAGTGTCGTGCACGGAAGGTTGCCGTATGGTTCGATCCAACCTAA
CAGCAAACTACGAAACCTTCTGAACAAAATCAAACAGAGAAAAATCATTTTCACGAATTC
AGACAGGAACCATGCGATGAAGGTTCTTGAGAGATTGGGTTTAGAAGACTGTTTCGAAGA
GATAATCTGTTTCGAGACAATGAACCCGAATTTATTCGGGCCAACAACCCGACCCGATGA
GCATCCCGTCGTGCTCAAGCCTTCGTTGACCGCGATGGATGTGTGCATTCGTATCGCCAA
CGTTGACCC*TCGCCG*GGCGGTATTTTTGGATGATAATGTCCACAATATTACCGCCGGT
AAATCTGTGGGGCTTCACACAAT*CCTGGTGGGA*GATCAGAAA*GACTAAAGATGCGGA
T
AT

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1BS63TF 481 0 0
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CCCGATGAGCATCCCGTCGTGCTCAAGCCTTCGTTGACCGCGATGGATGTGTGCATTCGT
ATCGCCAACGTTGACCCCTCGCCGAGGCGGTATTTTTGGATGATAATGTCCACAATATTA
CCGCCGGTAAATCTGTGGGGCTTCACACAATTCCTGGTGGGAAGATCAGAAAAGACTAAA
GATGCGGATTATGCAGTGGAGAGTGTAACTGATATAGCTACAGCGGTACCGGATATTTGG
GCGACGGCTACGAGCGGATGCGATGACGGCGGTGAGAGGATCAGACGGAGCAAGAGTGAG
CTTGAAGGTATGGCTTCAATCACAGCCGTCG*TGCGTGACGTGCGAATCGTGGCCGTTGG
ATATTT*AACGTTTAGTGGGTTGGGATTGCACAGATGGCGTTAAATGTCTAAAATGCATG
T

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1G670JQ 284 0 0
GGGGCTTCACACAAT*CCTGGTGGGAAGATCAGAAAAGACTAAAGATGCGGATTATGCAG
TGGAGAGTGTAACTGATATAGCTACAGCGGTACCGGATATTTGGGGGACGGCTACGAGCG
GATGCGATGACGGCGGTGAGAGGATCAGACGGAGCAAGAGTGAGCTTGAAGGTATGGCTT
CAATCACAGCCGTCGGTGCGTGACGTGGGAATCGTGGCCGTTGGATATTTTAACGTTTAG
TGG*TTGGGATTGCACAGATGGGGTTAAATGTTTAAAATG
GGTG

QA 1 280 1 280
DS 

RD RR1A608TF 737 0 0
AACCTAACAGCAAACTAAGAAACCTTCTGAACAAAATCAAACAGAGAAAAATCATTTTCA
CGAACTCAGACAGGAGCCATGCGATGAAGGTTCTTGAGAGATTGGGTTTAGAAGATTGTT
TCGAAGAGATAATATGTTTCGAGACAATGAACCCGAATTTATTCGGGCCAACAACCCGAC
CCGATGAGCATCCCGTCGTGCTCAAGCCTTCGTTGACCGCGATGGATGTATGCATTCGTA
TCGCCAACGTTGACCC*TCGCCG*GGCGGTGTTTTTGGATGATAATGTCCACAATATCAC
CGCGGGTAAATCTGTGGGGCTTCGCACAAT*CCTGGTGGGAAGATCAGAAAAGACTAAAG
ATGCGGATTATGCAGTGGAGAGTGTAACTGATATAGCTGCAGCGGTGCCGGATATTTGGT
CGACGGCTACGAGCGGATGTGATGACGGCGGTGAGAGGATCAGACGGAGCAAGAGTGAGC
TTGAAGGTATGGCTTCAATCACAGCCGTCGGTGCGTGACGTGCCAATCGTGGCCGTTGGA
TATTTTAACGTTTAGTGG*TTGGGATTGCACAGATGGCGTTAAATGTCTAAAATGCATGT
GAATAAAATAATAGAGGTGGTGAGGGATATTAATGTTCATCCCATCTGGACACCAAATGT
GAATACGCAATGACGATGTTAATGTATGATGACAATGACGATGTGTACATTTCGTTTCTT
T
ATCAATGTATAAAATA

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1BS63JQ 776 0 0
ATCACAGTGTCGTGCACGGAAGGTTGCCGTATGGTTCGATCCAACCTAACAGCAAACTAC
GAAACCTTCTGAACAAAATCAAACAGAGAAAAATCATTTTCACGAATTCAGACAGGAACC
ATGCGATGAAGGTTCTTGAGAGATTGGGTTTAGAAGATTGTTTCGAAGAGATAATCTGTT
TCGAGACAATGAACCCGAATTTATTCGGGCCAACAACCCGACCCGATGAGCATCCCGTCG
TGCTCAAGCCTTCGTTGACCGCGATGGATGTGTGCATTCGTATCGCCAACGTTGACCC*T
CGCCG*GGCGGTATTTTTGGATGATAATGTCCACAATATTACCGCCGGTAAATCTGTGGG
GCTTCACACAAT*CCTGGTGGGAAGATCAGAAAAGACTAAAGATGCGGATTATGCAGTGG
AGAGTGTAACTGATATAGCTACAGCGGTACCGGATATTTGGGCGACGGCTACGAGCGGAT
GCGATGACGGCGGTGAGAGGATCAGACGGAGCAAGAGTGAGCTTGAAGGTATGGCTTCAA
TCACAGCCGTCGGTGCGTGACGTGCGAATCGTGGCCGTTGGATATTTTAACGTTTAGTGG
*TTGGGATTGCACAGATGGCGTTAAATGTCTAAAATGCATGTGAATAAAATAATAGAGGT
GGTGGAGGATATTAATATTCATCCCATCTGGACACCAAATGTGAATACGCAACGACGATG
TTAATGTATGATGACAGTGACGATGTGTACATTTCGTTTCTTTTAATCAAATGTAT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1FI36JQ 710 0 0
TTCTGAACAAAATCAAACAGAGAAAAATCATTTTCACGAATTCAGACAGGAACCATGCGA
TGAAGGTTCTTGAGAGATTGGGTTTAGAAGATTGTTTCGAAGAGATAATCTGTTTCGAGA
CAATGAACCCGAATTTATTCGGGCCAACAACCCGACCCGATGAGCATCCCGTCGTGCTCA
AGCCTTCGTTGACCGCGATGGATGTGTGCATTCGTATCGCCAACGTTGACCC*TCGCCG*
GGCGGTATTTTTGGATGATAATGTCCACAATATTACCGCCGGTAAATCTGTGGGGCTTCA
CACAAT*CCTGGTGGGAAGATCAGAAAAGACTAAAGATGCGGATTATGCAGTGGAGAGTG
TAACTGATATAGCTACAGCGGTACCGGATATTTGGGCGACGGCTACGAGCGGATGCGATG
ACGGCGGTGAGAGGATCAGACGGAGCAAGAGTGAGCTTGAAGGTACGGCTTCAATCACAG
CCGTCGGTGCGTGACGTGCGAATCGTGGCCGTTGGATATTTTAACGTTTAGTGG*TTGGG
ATTGCACAGATGGCGTTAAATGTCTAAAATGCGTGTGAATAAAATAATAGAGGTGGTGGA
GGATATTAATATTCATCCCATCTGGACACCAAATGTGAATACGCAACGACGATGTTAATG
TATGATGACAGTGACGATGTGTACATTTCGTTTCTTTTAATCAAATGTAT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1EF83JQ 649 0 0
GAGATAATCTGTTTCGAGACAATGAACCCGAATTTATTCGGGCCAACAACCCGACCCGAT
GAGCATCCCGTCGTGCTCAAGCCTTCGTTGACCGCGATGGATGTGTGCATTCGTATCGCC
AACGTTGACCC*TCGCCG*GGCGGTATTTTTGGATGATAATGTCCACAATATTACCGCCG
GTAAATCTGTGGGGCTTCACACAAT*CCTGGTGGGAAGATCAGAAAAGACTAAAGATGCG
GATTATGCAGTGGAGAGTGTAACTGATATAGCTACAGCGGTACCGGATATTTGGGCGACG
GCTACGAGCGGATGCGATGACGGCGGTGAGAGGATCAGACGGAGCAAGAGTGAGCTTGAA
GGTATGGCTTCAATCACAGCCGTCGGTGCGTGACGTGCGAATCGTGGCCGTTGGATATTT
TAACGTTTAGTGG*TTGGGATTGCACAGATGGCGTTAAATGTTTAAAATGCATGTGAATA
AAATAATAGAGGTGGTGGAGGATATTAATATTCATCCCATCTGGACACCAAATGTGAATA
CGCAACGACGATGTTAATGTATGATGACAGTGACGATGTGTACATTTCGTTTCTTTTAAT
CAAATGTATAAAAATAATTTTCGAATAAGACTTAAGATTTATCGTTTCT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1EL13JQ 309 0 0
G
GGAGCAAGAGTGAGCTTGAAGGTATGGCTTCAATCACAGCCGTCGGTGCGTGACGTGCGA
ATCGTGGCCGTTGGATATTTTAACGTTTAGTGG*TTGGGATTGCACAGATGGCGTTAAAT
GTCTAAAATGCATGTGAATAAAATAATAGAGGTGGTGGAGGATATTAATATTCATCCCAT
CTGGACACCAAATGTGAATACGCAACGACGATGTTAATGTATGATGACAGTGACGATGTG
TACATTTCGTTTCTTTTAATCAAATGTATAAAAATAATTTTCGAATAAGACTTAAGATTT
ATCGTTTC

QA 2 309 2 309
DS 

RD RR1EL13TF 309 0 0
G
GGAGCAAGAGTGAGCTTGAAGGTATGGCTTCAATCACAGCCGTCGGTGCGTGACGTGCGA
ATCGTGGCCGTTGGATATTTTAACGTTTAGTGG*TTGGGATTGCACAGATGGCGTTAAAT
GTCTAAAATGCATGTGAATAAAATAATAGAGGTGGTGGAGGATATTAATATTCATCCCAT
CTGGACACCAAATGTGAATACGCAACGACGATGTTAATGTATGATGACAGTGACGATGTG
TACATTTCGTTTCTTTTAATCAAATGTATAAAAATAATTTTCGAATAAGACTTAAGATTT
ATCGTTTC

QA 2 309 2 309
DS 



AS 1 9

CO CL343Contig1 866 9 13 U
GGAGAACTGATATAGGGAAGAAAGAAGAAGAAAGAAAAGATGGTGTTGACAATCTATGCG
CCTTTATTCGCATCTTCCAAAAGAGCTGTGGTGACTTTAGTGGAGAAGGGAGTAGAGTTC
GAGACTGTCAATGTTGATCTCTTGAAAGGAGAGCAGAGGCAGCCTGAGTATATTGCCATT
CAGCCTTTCGGTAAGATCCCTGTGCTCGTCGACGGTGACTACAAAATCTTTGAGTCGCGT
GCCATCATGAGGTACATAGCAGAGAAATACAGATCACAAGGACCAGACTTGTTGGGAAAG
ACAATTGAAGAGAGGGGACAAGTGGAGCAATGGCTTGACGTGGAAGCAACAAGCTACCAT
CCACCACTACTAGCACTAACGCTGAACATTGTCTTTGCACCACTCATGGGCCTTCCTGCT
GATGAGAAAGTTATAAAAGAGAGTGAAGAGAAGCTTGCTGAAGTGCTTGACGTGTACGAA
GCACAGCTTTCAAAGAACGAATACTTGGCTGGAGATTTCGTGAGTCTAGCTGATTTGGCT
CACCTTCCCTTCACCGAGTACCTTGTGGGTGCTATTGGGAAGGCTTATATGATCAAAGAT
AGGAAGCATGTGAGCGCGTGGTGGGATAAGATTAGTAACCGTGCCGCGTGGAAGGAAGTT
TCTGAGAAATACGCATTGCCGGTTTAGGAAGAAAAAAACAATGAGATGTGGTTTGTTTGT
TGTTGTGATTTTGATTTGGGTTTGTGTGAGGCTTTGTGTACTGTGTGGGTTGTCTGGTTT
CAGTTCAGTGTCTTTTGGTTCTAATAAAAACTCTGTTTTATAAATATCAAAGGTTGTAAT
AAAAGAATCCTTCCTTTGTCAGACAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DS21TF U 1
AF RR1CT58TF U 1
AF RR1EH26TF U 6
AF RR1E556TF U 10
AF RR1E556JQ C 31
AF RR1DT66TF U 46
AF RR1DT66JQ C 234
AF RR1CT58JQ C 180
AF RR1DS21JQ C 272
BS 1 637 RR1CT58TF
BS 638 638 RR1EH26TF
BS 639 650 RR1CT58TF
BS 651 678 RR1EH26TF
BS 679 687 RR1DT66TF
BS 688 688 RR1E556JQ
BS 689 692 RR1DT66TF
BS 693 693 RR1CT58JQ
BS 694 750 RR1DT66TF
BS 751 751 RR1E556JQ
BS 752 787 RR1DT66TF
BS 788 821 RR1E556JQ
BS 822 866 RR1CT58JQ

RD RR1DS21TF 592 0 0
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CCTTTATTCGCATCTTCCAAAAGAGCTGTGGTGACTTTAGTGGAGAAGGGAGTAGAGTTC
GAGACTGTCAATGTTGATCTCTTGAAAGGAGAGCAGAGGCAGCCTGAGTATATTGCCATT
CAGCCTTTCGGTAAGATCCCTGTGCTCGTCGACGGTGACTACAAAATCTTTGAGTCGCGT
GCCATCATGAGGTACATAGCAGAGAAATACAGATCACAAGGACCAGACTTGTTGGGAAAG
ACAATTGAAGAGAGGGGACAAGTGGAGCAATGGCTTGACGTGGAAGCAACAAGCTACCAT
CCACCACTACTAGCACTAACGCTGAACATTGTCTTTGCACCACTCATGGGCCTTCCTGCT
GATGAGAAAGTTATAAAAGAGAGTGAAGAGAAGCTTGCTGAAGTGCTTGACGTGTACGAA
GCACAGCTTTCAAAGAACGAATACTTGGCTGGAGATTTCGTGAGTCCAGCTGATTTGGCT
CACCTTCCCTTCACCGAGTACCTTGTGGGTGCTATTGGGAAAGCTTATATGA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1CT58TF 650 0 0
GGAGAACTGATATAGGGAAGAAAGAAGAAGAAAGAAAAGATGGTGTTGACAATCTATGCG
CCTTTATTCGCATCTTCCAAAAGAGCTGTGGTGACTTTAGTGGAGAAGGGAGTAGAGTTC
GAGACTGTCAATGTTGATCTCTTGAAAGGAGAGCAGAGGCAGCCTGAGTATATTGCCATT
CAGCCTTTCGGTAAGATCCCTGTGCTCGTCGACGGTGACTACAAAATCTTTGAGTCGCGT
GCCATCATGAGGTACATAGCAGAGAAATACAGATCACAAGGACCAGACTTGTTGGGAAAG
ACAATTGAAGAGAGGGGACAAGTGGAGCAATGGCTTGACGTGGAAGCAACAAGCTACCAT
CCACCACTACTAGCACTAACGCTGAACATTGTCTTTGCACCACTCATGGGCCTTCCTGCT
GATGAGAAAGTTATAAAAGAGAGTGAAGAGAAGCTTGCTGAAGTGCTTGACGTGTACGAA
GCACAGCTTTCAAAGAACGAATACTTGGCTGGAGATTTCGTGAGTCTAGCTGATTTGGCT
CACCTTCCCTTCACCGAGTACCTTGTGGGTGCTATTGGGAAGGCTTATATGATCAAAGAT
AGGAAGCATGTGAGCGCGTGGTGGGATAAGATTAGTA*CCGTGCCGCGTG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1EH26TF 673 0 0
GGAGTGAAGAAAGAAG
AAGAAGAAGAAAGAAAAGATGGTGTTGACAATCTATGCGCCTTTATTCGCATCTTCCAAG
AGAGCTGTGGTGACGTTAGTGGAGAAGGGAGTAGAGTTCGAGACTGTCAATGTCGATCTC
TTGAAAGGAGAGCAGAGGCAGCCTGAGTATATTGCCATTCAGCCCTTCGGTAAGATCCCT
GTGCTCGTCGACGGTGACTACAAAATCTTTGAGTCGCGTGCCATCATTAGGTACATAGCA
GAGAAATACAGATCACAAGGGCCAGACTTGTTGGGAAAGACAATTGAAGAGAGGGGACAG
GTGGAACAATGGCTTGACGTGGAAGCAACAAGCTACCATCCACCACTACTAGCACTAACG
CTGAACATTGTCTTTGCACCACTCATGGGCCTTCCTGCTGATGAGAAAGTTATAAAAGAG
AGTGAAGAGAAGCTTGCTGAAGTGCTTGACGTGTACGAAGCACAGCTTTCGAAGAACGAA
TACTTGGCTGGAGATTTCGTGAGTCTAGCTGATTTGGCTCACCTTCCCTTCACCGGGTAC
CTCGTGGGTGCTATTGGGAAGGCTTATATGATCAAAGATAGGAAGCATGTGAGCGCGTGG
TGGGATAAGATTAGTAACCGTGCTGCGTGGAAGGAAGTTTCTGAGAAATACGCATTG

QA 17 673 17 673
DS 

RD RR1E556TF 668 0 0
GGATAGGGAAGA
AAGAGGAAGAAAGAAAAGATGGTGTTGACAATCTATGCGCCTTTATTCGCATCTTCCAAA
AGAGCTGTGGTGACTTTAGTGGAGAAGGGAGTAGAGTTCGAGACTGTCAATGTTGATCTC
TTGAAAGGAGAGCAGAGGCAGCCTGAGTATATTGCCATTCAGCCTTTCGGTAAGATCCCT
GTGCTCGTCGACGGTGACTACAAAATCTTTGAGTCGCGTGCCATCATGAGGTACATAGCA
GAGAAATACAGATCACAAGGACCAGACTTGTTGGGAAAGACAATTGAAGAGAGGGGACAA
GTGGAGCAATGGCTTGACGTGGAAGCAACAAGCTACCATCCACCGCTACTAGCACTAACG
CTGAACATTGTCTTTGCACCACTCATGGGCCTTCCTGCTGATGAGAAAGTTATAAAAGAG
AGTGAAGAGAAGCTTGCTGAAGTGCTTGACGTGTACGAAGCACAGCTTTCAAAGAACGAA
TACTTGGCTGGAGATTTCGTGAGTCTAGCTGATTTGGCTCACCTTCCCTTCACCGAGTAC
CTTGTGGGTGCTATTGGGAAGGCTTATATGATCAAAGATAGGAAGCATGTGAGCGCGTGG
TGGGATAAGATTAGTAACCGTGCCGCGTGGAAGGAAGTTTCTGAGAAATACGCATT

QA 13 668 13 668
DS 

RD RR1E556JQ 791 0 0
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GTGACTTTAGTGGAGAAGGGAGTAGAGTTCGAGACTGTCAATGTTGATCTCTTGAAAGGA
GAGCAGAGGCAGCCTGAGTATATTGCCATTCAGCCTTTCGGTAAGATCCCTGTGCTCGTC
GACGGTGACTACAAAATCTTTGAGTCGCGTGCCATCATGAGGTACATAGCAGAGAAATAC
AGATCACAAGGACCAGACTTGTTGGGAAAGACAATTGAAGAGAGGGGACAAGTGGAGCAA
TGGCTTGACGTGGAAGCAACAAGCTACCATCCACCGCTACTAGCACTAACGCTGAACATT
GTCTTTGCACCACTCATGGGCCTTCCTGCTGATGAGAAAGTTATAAAAGAGAGTGAAGAG
AAGCTTGCTGAAGTGCTTGACGTGTACGAAGCACAGCTTTCAAAGAACGAATACTTGGCT
GGAGATTTCGTGAGTCTAGCTGATTTGGCTCACCTTCCCTTCACCGAGTACCTTGTGGGT
GCTATTGGGAAGGCTTATATGATCAAAGATAGGAAGCATGTGAGCGCGTGGTGGGATAAG
ATTAGTAACCGTGCCGCGTGGAAGGAAGTTTTTGAGAAATACGCATTGCCGGTTTAGGAA
GACAAAAACAATGAGATGTGGTTTGTTTGTTGTTGTGATTTTGATTTGGGTTTGTGTGAG
GCTTTGTGTACTGTGTGGGTTGTCTGGTTTCAGTTCAGTGTCTTTTGGTTCTAATAAAAA
CTCTGTTTTAT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1DT66TF 759 0 0
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AAGGGAGTAGAGTTCGAGACTGTCAATGTTGATCTCTTGAAAGGAGAGCAGAGGCAGCCT
GAGTATATTGCCATTCAGCCTTTCGGTAAGATCCCTGTGCTCGTCGACGGTGACTACAAA
ATCTTTGAGTCGCGTGCCATCATGAGGTACATAGCAGAGAAATACAGATCACAAGGACCA
GACTTGTTGGGAAAGACAATTGAAGAGAGGGGACAAGTGGAGCAGTGGCTTGACGTGGAA
GCAACAAGCTACCATCCACCACTACTAGCACTAACGCTGAACATTGTCTTTGCACCACTC
ATGGGCCTTCCTGCTGATGAGAAAGTTATAAAAGAGAGTGAAGAGAAGCTTGCTGAAGTG
CTTGACGTGTACGAAGCACAGCTTTCAAAGAACGAATACTTGGCTGGAGATTTCGTGAGT
CTAGCTGATTTGGCTCACCTTCCCTTCACCGAGTACCTTGTGGGTGCTATTGGGAAGGCT
TATATGATCAAAGATAGGAAGCATGTGAGCGCGTGGTGGGATAAGATTAGTAACCGTGCC
GCGTGGAAG*AAGTTTCTGAGAAATACGCATTGCCGGTTTAG*AAGA*AAAAACAATGAG
ATGTGGTTTGTTTGTTGTTGTGATTTTGATTTGGGTTTGTGTGAG*CTTTGTGTACTGTG
TGGGTTGTCTGGTTTCAGTTCA
TGTCTTTGTTTCTAATA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1DT66JQ 588 0 0
GTCGCGTGCCATCATGAGGTACATAGCAGAGAAATACAGATCACAAGGACCAGACTTGTT
GGGAAAGACAATTGAAGAGAGGGGACAAGTGGAGCAGTGGCTTGACGTGGAAGCAACAAG
CTACCATCCACCACTACTAGCACTAACGCTGAACATTGTCTTTGCACCACTCATGGGCCT
TCCTGCTGATGAGAAAGTTATAAAAGAGAGTGAAGAGAAGCTTGCTGAAGTGCTTGACGT
GTACGAAGCACAGCTTTCAAAGAACGAATACTTGGCTGGAGATTTCGTGAGTCTAGCTGA
TTTGGCTCACCTTCCCTTCACCGAGTACCTTGTGGGTGCTATTGGGAAGGCTTATATGAT
CAAAGATAGGAAGCATGTGAGCGCGTGGTGGGATAAGATTAGTAACCGTGCCGCGTGGAA
GGAAGTTTCTGAGAAATACGCATTGCCGGTTTAGGAAGAAAAAAACAATGAGATGTGGTT
TGTTTGTTGTTGTGATTTTGATTTGGGTTTGTGTGAGGCTTTGTGTACTGTGTGGGTTGT
CTGGTTTCAGTTCAGTGTCTTTTGTTTCTAATAAAAACTCTGTTTTAT

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1CT58JQ 687 0 0
TCAGCCTTTCGGTAAGATCCCTGTGCTCGTCGACGGTGACTACAAAATCTTTGAGTCGCG
TGCCATCATGAGGTACATAGCAGAGAAATACAGATCACAAGGACCAGACTTGTTGGGAAA
GACAATTGAAGAGAGGGGACAAGTGGAGCAATGGCTTGACGTGGAAGCAACAAGCTACCA
TCCACCACTACTAGCACTAACGCTGAACATTGTCTTTGCACCACTCATGGGCCTTCCTGC
TGATGAGAAAGTTATAAAAGAGAGTGAAGAGAAGCTTGCTGAAGTGCTTGACGTGTACGA
AGCACAGCTTTCAAAGAACGAATACTTGGCTGGAGATTTCGTGAGTCTAGCTGATTTGGC
TCACCTTCCCTTCACCGAGTACCTTGTGGGTGCTATTGGGAAGGCTTATATGATCAAAGA
TAGGAAGCATGTGAGCGCGTGGTGGGATAAGATTAGTAACCGTGCCGCGTGGAAGGAAGT
TTTTGAGAAATACGCATTGCCGGTTTAGGAAGAAAAAAACAATGAGATGTGGTTTGTTTG
TTGTTGTGATTTTGATTTGGGTTTGTGTGAGGCTTTGTGTACTGTGTGGGTTGTCTGGTT
TCAGTTCAGTGTCTTTTGGTTCTAATAAAAACTCTGTTTTATAAATATCAAAGGTTGTAA
TAAAAGAATCCTTCCTTTGTCAGACAG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1DS21JQ 595 0 0
GATCACAAGGACCAGACTTGTTGGGAAAGACAATTGAAGAGAGGGGACAAGTGGAGCAAT
GGCTTGACGTGGAAGCAACAAGCTACCATCCACCACTACTAGCACTAACGCTGAACATTG
TCTTTGCACCACTCATGGGCCTTCCTGCTGATGAGAAAGTTATAAAAGAGAGTGAAGAGA
AGCTTGCTGAAGTGCTTGACGTGTACGAAGCACAGCTTTCAAAGAACGAATACTTGGCTG
GAGATTTCGTGAGTCCAGCTGATTTGGCTCACCTTCCCTTCACCGAGTACCTTGTGGGTG
CTATTGGGAAGGCTTATATGATCAAAGATAGGAAGCATGTGAGCGCGTGGTGGGATAAGA
TTAGTAACCGTGCCGCGTGGAAGGAAGTTTTTGAGAAATACGCATTGCCGGTTTAGGAAG
AAAAAAACAATGAGATGTGGTTTGTTTGTTGTTGTGATTTTGATTTGGGTTTGTGTGAGG
CTTTGTGTACTGTGTGGGTTGTCTGGTTTCAGTTCAGTGTCTTTTGGTTCTAATAAAAAC
TCTGTTTTATAAATATCAAAGGTTGTAATAAAAGAATCCTTCCTTTGTCAGACAG

QA 1 595 1 595
DS 



AS 2 10

CO CL344Contig1 1313 5 4 U
GGCACGACTCCTAGCTTTCTCTCAATCTCATCGACATCTCTCTCTCGTAATCTCCAACTT
CGAAATGGCTGACAAGAAGATTAAGATCGGAATCAACGGTTTCGGAAGAATCGGTCGTTT
GGTGGCTAGAGTTATCCTTCAGAGGAACGATGTTGAGCTCGTCGCTGTTAACGATCCCTT
CATCACCACCGAGTACATGACATACATGTTTAAGTATGACAGTGTTCACGGACAGTGGAA
GCACAACGAGCTCAAGGTGAAGGATGAGAAAACACTTCTCTTCGGTGAGAAGCCTGTCAC
TGTTTTCGGCATCAGGAACCCTGAGGATATCCCATGGGGTGAGGCAGGAGCTGACTTTGT
TGTTGAATCCACTGGTGTCTTCACTGACAAGGACAAGGCTGCTGCTCACTTGAAGGGTGG
TGCCAAGAAAGTTGTCATCTCTGCCCCAAGCAAAGATGCTCCCATGTTTGTCGTTGGTGT
CAACGAGCATGAGTACAAATCTGATCTCAACATTGTTTCCAACGCCAGTTGCACCACTAA
CTGTCTTGCTCCACTTGCCAAGGTTATCAACGACAGGTTTGGAATTGTCGAGGGACTCAT
GACCACCGTCCACTCTATCACTGCTACTCAGAAGACTGTTGATGGTCCATCAATGAA*GG
ACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATCCCCAGCAGCACCGGAGCTGCCA
AGGCTGTCGGAAAGGTGCTTCCACAGCTCAACGGAAAGTTGACCGGAATGTCCTTCCGTG
TTCCCACCGTTGATGTTTCAGTCGTTGACCTCACGGTTAGACTCGAGAAGGCTGCAACCT
ACGACGAAATCAAGAAGGCTATCAAGGAGGAATCTGAGGGCAAGCTAAAGGGAATCCTTG
GTTACACCGAGGATGATGTTGTCTCAACCGACTTCGTTGGTGACAACAGGTCGAGCATCT
TTGACGCAAAGGCTGGAATCGCGTTGAGTGACAACTTTGTGAAGCTGGTGTCGTGGTATG
ACAACGAATGGGGTTACAGTACCCGTGTGGTCGACTTGATTATCCACATGTCCAAGGCCT
AAAGCTCTCAAGATCTACGATGATGTAATGGTGTCGTAATTTGTCGTTTTTCGAATAAGA
TTTCTTTGGGATATGAGACCCTTTTTTTTTCTTTGGCTTTTTCTTCATGTCACGTGATGA
GAAGTTTGTAAACCGGTTGTTGTTTTTCTACTCAAGGCCTTTGATGCATTCATGTTTTAT
CAAGATTTGAATCCTATCTTCATCTAAACCTTATAATTCGTATATTAAATGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
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AF RR1B387TF U 2
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GGCTGACAAGAAGATTAAGATCGGAATCAACGGTTTCGGAAGAATCGGTCGTTTGGTGGC
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CACCGAGTACATGACATACATGTTTAAGTATGACAGTGTTCACGGACAGTGGAAGCACAA
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CGGCATCAGGAACCCTGAGGATATCCCATGGGGTGAGGCAGGAGCTGACTTTGTTGTTGA
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GAAAGTTGTCATCTCTGCCCCAAGCAAAGATGCTCCCATGTTTGTCGTTGGTGTCAACGA
GCATGAGTACAAATCTGATCTCAACATTGTTTCCAACGCCAGTTGCACCACTAACTGTCT
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GGTGGCTAGAGTTATCCTTCAGAGGAACGATGTTGAGCTCGTCGCTGTTAACGATCCCTT
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TGTTGAATCCACTGGTGTCTTCACTGACAAGGACAAGGCTGCTGCTCACTTGAAGGGTGG
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TCTACTCAAGGCCTTTGATGCATTCATGTTTTATCAAGATTTGAATCCTATCTTCATCTA
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AATTGTCGAGGGACTCATGACCACCGTCCACTCTATCACTGCTACTCAGAAGACTGTTGA
TGGTCCATCAATGAA*GGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATCCCCA
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TCCACATGTCCAAGGCCTAAAGCTCTCAAGATCTACGATGATGTAATGGTGTCGTAATTT
GTCGTTTTTCGAATAAGATTTCTTTGGGATATGAGACCCTTTTTTTTTCTTTGGCTTTTT
CTTCATGTCACGTGATGAGAAGTTTGTAAACCGGTTGTTGTTTTTCTACTCAAGGCCTTT
GATGCATTCATGTTTTATCAAGATTTGAATCCTATCTTCATCTAAACCTTATAATTCGTA
TATTAAATGTC

QA 1 791 1 791
DS 



CO CL344Contig2 735 5 6 U
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ACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCATTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCTGCCA
AGGCTGTCGGAAAGGTGCTTCCACAGCTCAACGGAAAGTTGACCGGAATGTCCTTCCGTG
TTCCCACCGTTGATGTCTCAGTTGTTGACCTCACGGTTAGACTCGAGAAAGCTGCAACCT
ACGACGATATCAAGAAGGCTATCAAGGAGGAATCTGAAGGCAAGCTTAAGGGAATCCTTG
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TCGACGCAAAGGCTGGAATCGCTTTGAGTGACAACTTCGTGAAGCTGGTGTCGTGGTATG
ACAACGAATGGGGTTACAGCACCCGTGTGGTCGACTTGATCGTCCACATGTCCAAGTGCT
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AATGGTTTAAATTTGTCGTTTTTGAATAAAATTTTATTGGGATTTTAATCTCTTTTTTTC
AGTTTAAGCGAATCTCCCTCAAGAGTTTGTGAAGAGGAACTTTTATGTTTGGCTTTTGAT
AATATTAAGTTGTGTTTTATCAGGAATCTAAAACGTTTCGTATGATCATAACATAGTACA
ATGTTTTGGTACAAC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1G683JQ C 1
AF RR1C626JQ C 361
AF RR1C626TF U 361
AF RR1AW61TF U 316
AF RR1BN54TF U 316
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BS 674 674 RR1C626TF
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ACGACGATATCAAGAAGGCTATCAAGGAGGAATCTGAAGGCAAGCTTAAGGGAATCCTTG
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G
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DS 

RD RR1C626TF 324 0 0
G
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CAACGAATGGGGTTACAGCACCCGTGTGGTCGACTTGATCGTCCACATGTCCAAGTGCTA
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ATGGTTTAAATTTGTCGTTTTTGAATAAAATTTTATTGGGATTTTAATCTCTTTTTTTCA
GTTTAAGCGAATCTCCCTCAAGAGTTTGTGAAGAGGAACTTTTATGTTTGGCTTTTGATA
ATATTAAGTTGTGTTTTATCAGG

QA 2 324 2 324
DS 

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DS 

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AAGAGTTTGTGAAGAGGAACTTTTATGTTTGGCTTTTGATAATATTAAGTTGTTTTTTAT
CAGGAATCTAAAACGTTTCGTATGATCATAACATAGTACAATGTTTTGGTAC

QA 6 417 6 417
DS 



AS 2 10

CO CL345Contig1 976 8 35 U
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GTCTTTTCAAAACTCACCAACGCCTATTGCTTAGTCGCTATTGGAGGCTCTGAGAACTTC
TACAGTGCTTTTGAGTCGGAGTTAGCTGATGTTATCCCTATCGTTAAAACCTCTATTGGT
GGAACACGAATCATTGGTCGTCTTTGTGCTGGAAACAAGAATGGCCTTCTTGTGCCCCAT
ACAACTACTGACCAAGAGCTTCAGCACTTGAGGAACAGTCTACCTGATTCAGTTGTTGTC
CAGAGAATCGAGGAACGTCTGTCTGCTCTTGGAAATTGCATTGCCTGCAATGACCATGTT
GCTCTTGCTCACACCGATCTTGACAAGGAAACTGAGGAAATAATAGCAGATGTTCTTGGT
GTTGAAGTTTTCCGTCAGACCATTGCAGGCAACATTCTTGTGGGCAGTTACTGTGCCTTG
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CTCTCTGTTATAGACAGCATCTTCAAGCTAAGGGAAGCCCAGCCCAGCTCCATTGTCGAC
GAGATGAGGAAGTCTCTGATCGATACCTACGTTTAAATTTTGCTTTGTTTGGATGACATT
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AATCAAACAATCTTTT


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 0 20 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 5 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 35 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 20 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 30 30 30 15 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1EO03TF U 1
AF RR1BU87TF U 1
AF RR1B592TF U 1
AF RR1BR91TF U 1
AF RR1B544TF U 164
AF RR1BU87JQ C 182
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CTCTCTGT
AT

QA 1 728 1 728
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TCCAACAGAGGTGGAATTGTCCATCCTCACACCTCAGTGGAAGACTTGGACGAACTATCA
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CT

QA 1 722 1 722
DS 

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ACAACTACTGACCAAGAGCTTCAGCACTTGAGGAACAGTCTACCTGATTCAGTTGTTGTC
CAGAGAATCGAGGAACGTCTGTCTGCTCTTGGAAATTGCATTGCCTGCAATGAC*ATGTT
GCTCTTGCTCACACCGATCTTGACAAGGAAACTGAGGAAATAATAGCAGATGTTCTTGGT
GTTGAAGTCTTCCGTCAGACCATTGCAGGCAACATTCTTGTGGGCAGTTACTGTGCCTTA
TCCAACAGAGGTGGAATTGTCCATCCTCACACCTCAGTGGAAGACTTGGACGAACTATCA
ACACTTCTTCAAGTCCCTCTGGTTGCAGGAACCGTGAACCGTGGTAGTGAAGTCATAGGC
GCTGGTATGACGGTGAATGACTGGACTGCTTTCTGCGGGTCAGACACAACCGCAACAGAG
CTCTCTGTTATAGACAGCATCTTCAAGCTAAGG*AAGCCCAACCCAGCTCCATTGTCGAC
GAGA

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1BR91TF 800 0 0
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GTAGCTTTCTCTTCCTCAATGGCCACTCGTCTTCAGTTTGAGAACAACTGTGAAGTTGGT
GTCTTTTCAAAACTCACCAACGCCTATTGCTTAGTCGCTATTGGAGGCTCTGAGAACTTC
TACAGTGCTTTTGAGTCGGAGTTAGCTGATGTTATCCCTATCGTTAAAACCTCTATTGGT
GGAACACGAATCATTGGTCGTCTTTGTGCTGGAAACAAGAATGGCCTTCTTGTGCCCCAT
ACAACTACTGACCAAGAGCTTCAGCACTTGAGGAACAGTCTACCTGATTCAGTTGTTGTC
CAGAGAATCGAGGAACGTCTGTCTGCTCTTGGTAATTGCATTGCCTGCAATGACCATGTT
GCTCTTGCTCACACCGATCTTGACAAGGAAGCTGAGGAGATAATAGCAGATGTTCTCGGT
GTTGAAGTTTTCCGTCAGATAATTGCAGGCAACATTCTTGTGGGCAGTTACTGTACCTTG
TCCAACAGAGGTGGAATTGTCCATCCTCACACCTCAGTGGAAGACTTGGACGAACTATCA
ACACTTCTTCAAGTCCCTCTAGTTGCAG*AACCGTGAACCGTGGTAGTGAAGTCATAG*C
GCTGGTATGACGGT*AATGACTGGACTGCTTTCTGCGGGTCAGACACA*CCGCA*CAGAG
CTCTCTGT*AT*GACAGCATCTTCAAGCTAAGG*AGGCC*AGCCCAGCTCCAT*GTCGAC
GAGATGAGGAAGTCTCTGAT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1B544TF 726 0 0
GAGGCTCTGAGAACTTCTACAGTGCTTTTGAGTCGGAGTTAGCTGATGTTATCCCTATCG
TTAAAACCTCTATTGGTGGAACACGAATCATTGGTCGTCTTTGTGCTGGAAACAAGAATG
GCCTTCTTGTGTCCCATACAACTACTGACCAAGAGCTTCAGCACTTGAGGAACAGTCTAC
CTGATTCAGTTGTTGTCCAGAGAATCGAGGAACGTCTGTCTGCTCTTGGGAATTGCATTG
CCTGCAATGACCATGTTGCTCTTGCTCACACCGATCTTGACAAGGAAACTGAGGAAATAA
TAGCAGATGTTCTTGGTGTTGAAGTCTTCCGTCAGACCATTGCAGGCAACATTCTTGTGG
GCAGTTACTGTGCCTTATCCAACAGAGGTGGAATTGTCCATCCTCACACCTCAGTGGAAG
ACTTGGACGAACTATCAACACTTCTTCAAGTCCCTCTGGTTGCAGGAACCGTGAACCGTG
GTAGTGAAGTCATAGGCGCTGGTATGACGGTGAATGACTGGACTGCTTTCTGCGGGTCAG
ACACAACCGCAACAGAGCTCTCTGTTATAGACAGCATCTTCAAGCTAAGGGAAGCCCAAC
CCAGCTCCATTGTCGACGAGATGAGGAAGTCTTTGATCGATACCTACGTTTAAATTTTGC
TTTGTTTGGATGACAT*ACACAAGAACATCATCCCATGAATGTCTCAATGTCATAAAATT
TTCATC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1BU87JQ 795 0 0
TACAGTGC
TTTGAGTCGGAGTTAGCTGATGT*ATCCCTATCGTTAAAACCTCTATTGGTGGAACACGA
ATCATTGGTCGTCTTTGTGCTGGAAACAAGAATGGCCTTCTTGTGCCCCATACAACTACT
GACCAAGAGCTTCAGCACTTGAGGAACAGTCTACCTGATTCAGTTGTTGTCCAGAGAATC
GAGGAACGTCTGTCTGCTCTTGGTAATTGCATTGCCTGCAATGACCATGTTGCTCTTGCT
CACACCGATCTTGACAAGGAAACTGAGGAGATAATAGCAGATGTTCTCGGTGTTGAAGTT
TTCCGTCAGACAATTGCAGGCAACATTCTTGTGGGCAGTTACTGTGCCTTGTCCAACAGA
GGTGGAATTGTCCATCCTCACACCTCAGTGGAAGACTTGGACGAACTATCAACACTTCTT
CAAGTCCCTCTAGTTGCAGGAACCGTGAACCGTGGTAGTGAAGTCATAGGCGCTGGTATG
ACGGTTAATGACTGGACTGCTTTCTGCGGGTCAGACACAACCGCAACAGAGCTCTCTGTT
ATTGACAGCATCTTCAAGCTAAGGGAAGCCCAGCCCAGCTCCATTGTCGACGAGATGAGG
AAGTCTCTGATCGATACCTACGTTTAAATTTTGCTTTGTTTGGATGACATTACACAAGAA
CATCATCCAACGAATGTCGCGATGCCATAAAACTTTCATCTTTTTGTGGTCTTTTAAGCT
CCTGAATGAAACATCTCTTTACGTTTTGTTGAATCTTATCCATGAAAAAAAAATCAAACA
ATCTTTT

QA 9 795 9 795
DS 



CO CL345Contig2 680 2 4 U
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GTTCTTGTGTATGTCATCCAAACAAAGCAAAATTTAAACGTAGGTATCGATCAAAGACTT
CCTCATCTCGTCGACAATGGAGCTGGGTTGGGCTTCCCTTAGCTTGAAGATGCTGTCTAT
AACAGAGAGCTCTGTTGCGGTTGTGTCTGACCCGCAAAAAGCAGTCCAGTCATTCACCGT
CATACCAGCGCCTATGACTTCACTACCACGGTTCACGGTTCCTGCAACCAGAGGGACTTG
AAGAAGTGTTGATAGTTCGTCCAAGTCTTCCACTGAGGTGTGAGGATGGACAATTCCACC
TCTGTTGGATAAGGCACAGTAACTGCCCACAAGAATGTTGCCTGCAATGGTCTGACGGAA
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GATTCTCTGGACAACAACTGAATCAGGCAGACTGTTCCTCAAGTGCTGAAGCTCTTGGTC
AGTAGTTGTATGGGGCACAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1EO03JQ U 1
AF RR1ER14JQ U 1
BS 1 627 RR1EO03JQ
BS 628 628 RR1ER14JQ
BS 629 679 RR1EO03JQ
BS 680 680 RR1ER14JQ

RD RR1EO03JQ 679 0 0
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QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1ER14JQ 680 0 0
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CATTCAGGAGACCACAAAAAGATGAAAATTTTATGACATTTGAGACATTCATGGGATGAT
GTTCTTGTGTATGTCATCCAAACAAAGCAAAATTTAAACGTAGGTATCGATCAAAGACTT
CCTCATCTCGTCGACAATGGAGCTGGGTTGGGCTTCCCTTAGCTTGAAGATGCTGTCTAT
AACAGAGAGCTCTGTTGCGGTTGTGTCTGACCCGCAGAAAGCAGTCCAGTCATTCACCGT
CATACCAGCGCCTATGACTTCACTACCACGGTTCACGGTTCCT*CAACCAGAGGGACTTG
AAGAAGTGTTGATAGTTCGTCCAAGTCTTCCACTGAGGTGTGAGGATGGACAATTCCACC
TCTGTTGGATAAGGCACAGTAACTGCCCACAAGAATGTTGCCTGCAATGGTCTGACGGAA
GACTTCAACACCAAGAACATCTGCTATTATTTCCTCAGTTTCCTTGTCAAGATCGGTGTG
AGCAAGAGCAACATGGTCATTGCAGGCAATGCAATTTCCAAGAGCAGACAGACGTTCCTC
GATTCTCTGGACAACAACTGAATCAGGCAGACTGTTCCTCAAGTGCTGAAGCTCTTGGTC
AGTAGTTGTATGGGGCACAA

QA 1 680 1 680
DS 



AS 2 10

CO CL346Contig1 740 8 8 U
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CCGCTGCTGTTGTTACCTCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGA
AGTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAA
GCAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTG
AGACCCTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACC
TTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACC
GTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTC
CCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAG
AGTACCCTAACGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCA
TCAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCA
CATAATAATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTC
TGTTTCTCAGACATTCTATATCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTAATTTCTA
TATTGCTTCTTCGTCTTGGC


BQ
10 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW68TF U 2
AF RR1FT73TF U 5
AF RR1D993TF U 1
AF RR1D993JQ C 63
AF RR1ER20TF U 1
AF RR1FT73JQ C 5
AF RR1GK62TF U 1
AF RR1DW68JQ C 2
BS 1 30 RR1D993TF
BS 31 31 RR1ER20TF
BS 32 478 RR1D993TF
BS 479 479 RR1ER20TF
BS 480 692 RR1D993TF
BS 693 693 RR1D993JQ
BS 694 733 RR1D993TF
BS 734 740 RR1DW68JQ

RD RR1DW68TF 525 0 0
GAAGTAAGTTAAGAGAAAAGAAGAAGAAGTAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTTTCCTC
CGCTGCTGTTGTTACCTCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAA
GTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAG
CAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGA
GACCCTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCT
TCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCG
TGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACTATGTGGAAACTTCC
CTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGA
GTACCCTAACGCCTTCATCAG*ATCATCGGATTTGACAACAACCG

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1FT73TF 617 0 0
GG
AAGTTAAGAGAAAAGAAGAAGAAGTAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTTTCCTCCGCTG
CTGTTGTTACCTCACCCGCCCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCAT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAACG
GAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCC
TCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
ACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTGT
TCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTACC
CTAACGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACATAAT
AATAATCCCTGCTCA

QA 3 617 3 617
DS 

RD RR1D993TF 736 0 0
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AGACCCTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACC
TTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACC
GTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTC
CCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAGG
AGTACCCTAACGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCA
TCAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCA
CATAATAATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTC
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TATTGCTTCTTCG
CAA

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DS 

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ACCCTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTT
CTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGT
GAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCC
TTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAGGAG
TACCCTAACGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATC
AGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACA
TAATAATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTG
TTTTTCAGACATTCTATATCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTAATTTCTATA
TTGCTTCTTCG
C

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DS 

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G
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GTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAG
CAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGA
GACCCTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCT
TCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCG
TGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCC
CTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGA
GTACCCTAACGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCAT
CAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCAC
ATAATAATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCT
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ATTGCTTCTTC

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DS 

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GG
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CTGTTGTTACCTCACCCGCCCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCAT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAACG
GAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCC
TCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGC
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TCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTACC
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TCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACATAAT
AATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTGTTTC
TCAGACATTCTATATCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTAATTTCTATATTGC
T

QA 3 723 3 723
DS 

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G
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CAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGA
GACCCTCTCTTACCTTCCCGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCT
TCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCG
TGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCC
CTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGA
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CAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCAC
ATAATAATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCT
GTTTCTCAGACATTCTATATCGGATTGTCAA*TGTCTGATTGTGAACATGTAATTTCTAT
ATTGC

QA 2 726 2 726
DS 

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CGCTGCTGTTGTTACCTCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAA
GTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAG
CAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGA
GACCCTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCT
TTTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCG
TGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACTATGTGGAAACTTCC
CTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGA
GTACCCTAACGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCAT
CAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCAC
ATAATAATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCT
GTTTCTCATACATTCTATATCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTAATTTCTAT
ATTGCTTCTTCGTCTTGGC

QA 1 739 1 739
DS 



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TTGACAATCCGATATAGAATGTCTGAGAAACAGAAATCCAAAGGGGAACGAAAACAGAAT
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TCCGATGATCCTGATGAAGGCGTTAGGGTACTCTTTTTTGCATTCTTGGACTTCCTTCAA
CACTTGAGCAGAGTCAGTGCATCCGAACAAGGGAAGTTTCCACATTGTCCAGTACCGTCC
ATCATAGTATCCGGGTGTGCTTCCGTGCTCACGGTACACAAATCCGTGCTCCAACTCGAA
TTCAACACAAGGAATCCACTTGTTGCGGAGAAGGTAGTCGACTTCCTTAGCCAACTCAAC
ATCGGAAAGGTCAGGAAGGTAAGAGAGGGTCTCAAACTTCTTCTTTCCAATTGGCGGCCA
CACCTTCATGCAGCTAACTCTTCCTCCGTTGCTTGCAATGGAAGTAATGTCGTTGTTTGC
TTTGCGGGTGACTGGGAATGCAGCGGATGAGGTAACAACAGCAGCGGAGGAAAGCATAGA
GGAAGCCATTACTACTACTTCTTCTTCTTTTCTCTTAACTTACTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EY66TF C 1
AF RR1EY66JQ U 26
BS 1 25 RR1EY66TF
BS 26 707 RR1EY66JQ

RD RR1EY66TF 707 0 0
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QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1EY66JQ 682 0 0
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TGCTCACGGTACACAAATCCGTGCTCCAACTCGAATTCAACACAAGGAATCCACTTGTTG
CGGAGAAGGTAGTCGACTTCCTTAGCCAACTCAACATCGGAAAGGTCAGGAAGGTAAGAG
AGGGTCTCAAACTTCTTCTTTCCAATTGGCGGCCACACCTTCATGCAGCTAACTCTTCCT
CCGTTGCTTGCAATGGAAGTAATGTCGTTGTTTGCTTTGCGGGTGACTGGGAATGCAGCG
GATGAGGTAACAACAGCAGCGGAGGAAAGCATAGAGGAAGCCATTACTACTACTTCTTCT
TCTTTTCTCTTAACTTACTTCC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 11

CO CL347Contig1 1283 11 19 U
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GCTCTTCTCCTGCGCCAAGGATCACACTCCCACTCTCTGGTACGCCGATAACGGCGAACG
CCATGGAACCTTCCGTGGTCACAACGGTGCCGTTTGGTGTTGCGATGTCTCGAGGGACTC
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TGATTCTCACTTCATTACTGGTTCACTTGACAAGACTGCAAAGCTGTGGGACATGAGGAC
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CCTTCTTGACCATGTTGTGCTTGGTGGTGGTCAAGATGCATCAGCTGTTACAACCACTGA
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TGGTGTGAAAGGTCATTTTGGACCTATAAATGCTTTGGCATTCAACCCTGATGGAAAGAG
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CAACATCAGGATTTAGATCCTTTTTTACAACAAGTCTCTTAATCCGCATTTTGTTTCTGT
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TTACAAGTTACAAACCTGCGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1FZ48TF U 86
AF RR1DL95TF U 48
AF RR1FX02TF U 48
AF RR1FH87TF U 1
AF RR1C102TF U 69
AF RR1BW96TF U 48
AF RR1FH87JQ C 430
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AF RR1FZ48JQ C 560
AF RR1BW96JQ C 512
AF RR1C102JQ C 560
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BS 69 69 RR1BW96TF
BS 70 87 RR1FH87TF
BS 88 88 RR1BW96TF
BS 89 182 RR1FH87TF
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BS 184 744 RR1FH87TF
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BS 1281 1283 RR1C102JQ

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TTGACGTTCCTCAGGTACAACAGAGATGGAGACATGCTCTTCTCCTGCGCCAAGGATCAC
ACTCCCACTCTCTGGTACGCCGATAACGGCGAACGCCATGGAACCTTCCGTGGTCACAAC
GGTGCCGTTTGGTGTTGCGATGTCTCGAGGGACTCGTTGACGTTGATAACCGGAAGTGCT
GATCAGACTGCGAAGCTGTGGGATGTGAAAACCGGACAACAGTTGTTCAGTTTCAAGTTT
GGTTCTCCCGCGAGGTCTGTTGATTTTTCTCTTGGAGATAAGCTTGCTGTGATCACCACT
GATCCCTTCATGGAGCGTACTTCTGCTATTCATGTCAAACGCATCGCTGAAGATCCTGC

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DS 

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GG
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GATGGAGACATGCTCTTCTCCTGCGCCAAGGATCACACTCCCACTCTCTGGTACGCCGAT
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TCGAGGGACTCGTTGACGTTGATAACCGGAAGTGCTGATCAGACTGCGAAGCTGTGGGAT
GTGAAAACCGGACAACAGTTGTTCAGTTTCAAGTTTGGTTCTCCCGCGAGGTCTGTTGAT
TTTTCTCTTGGAGATAAGCTTGCTGTGATCACCACTGATCCCTTCATGGAGCGTACTTCT
GCTATTCATGTCAAACGCATCGCTGAAGATCCTGCAGACCAGGTTAGTGAGTCTGTGCTT
GTCCTTGAGAGCCCTAATGGGAGGAAGAGGATAAACAGAGCTGTTTGGGGACCATTGAAT
CAAACCATTGTTAGTGGTGGTGAAGATGCTGTGCTCAG*ATCTGGGATGCTGAGACTGGA
AAATTG

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DS 

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GG
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ATGAGGCCGATACTGATGAAGGGACACGAACGTCCGTTGACGTTCCTCAGGTACAACAGA
GATGGAGACATGCTCTTCTCCTGCGCCAAGGATCACACTCCCACTTTCTGGTACGCCGAT
AACGGCGAACGCCATGGAACCTTCCGTGGTCACAACGGTGCCGTTTGGTGTTGCGATGTC
TCGAGGGACTCGTTGACGTTGATAACCGGAAGTGCTGATCAGACTGCGAAGCTGTGGGAT
GTGAAAACCGGACAACAGTTGTTCAGTTTCAAGTTTGGTTCTCCCGCGAGGTCTGTTGAT
TTTTCTCTTGGAGATAAGCTTGCTGTGATCACCACTGATCCCTTCATGGAGCGTACTTCT
GCTATTCATGTCAAACGCATCGCTGAAGATCCTGCAGACCAGGTTAGTGAGTCTGTGCTT
GTCCTTGAGAGCCCTAATGGGAGGAAGAGGATAAACAGAGCTGTTTGGGGACCATTGAAT
CAAACCATTGTTAGTGGTGGTGAAGATGCTGTGCTCAG*ATCTGGGATGCTGAGACTGGA
AAATTGCTCAAGGAGTCAGATGCGGAGGTGGGGCATA

QA 3 639 3 639
DS 

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GCCCTTCTCCTGCGCCAAGGATCACACTCCCACTCTCTGGTACGCCGATAACGGCGAACG
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AGATAAGCTTGCTGTGATCACCACTGATCCCTTCATGGAGCGTACTTCTGCTATTCATGT
CAAACGCATCGCTGAAGATCCTGCAGACCAGGTTAGTGAGTCTGTGCTTGTCCTTGAGAG
CCCTAATGGGAGGAAGAGGATAAACAGAGCTGTTTGGGGACCATTGAATCAAACCATTGT
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DS 

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G
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CTGCGCCAAGGATCACACTCCCACTCTCTGGTACGCCGATAACGGCGAACGCCATGGAAC
CTTCCGTGGTCACAACGGTGCCGTTTGGTGTTGCGATGTCTCGAGGGACTCGTTGACGTT
GATAACCGGAAGTGCTGATCAGACTGCGAAGCTGTGGGATGTGAAAACCGGACAACAGTT
GTTCAGTTTCAAGTTTGGTTCTCCCGCGAGGTCGGTTGATTTTTCTCTTGGAGATAAGCT
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TGAAGATGCTGTGCTCAGGATCTGGGATGCTGAGACTGGAAAATTGCTCAAGGAGTCAGA
TGCGGAAGTGGGGCATAAGAACACAATCACGTCGCTCACTAAAGCAGCTGATGATTCTCA
CTTCATTACTGGTTCACTTGACAAGACTGCAAAGCTGTGGGACA

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DS 

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GG
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ATGAGGCCGATACTGATGAAGGGACACGAACGTCCGTTGACGTTCCTCAGGTACAACAGA
GATGGAGACATGCTCTTCTCCTGCGCCAAGGATCACACTCCCACTCTCTGGTACGCCGAT
AACGGCGAACGCCATGGAACCTTCCGTGGTCACAACGGTGCCGTTTGGTGTTGCGATGTC
TCGAGGGACTCGTTGACGTTGATAACCGGAAGTGCTGATCAGACTGCGAAGCTGTGGGAT
GTGAAAACCGGACAACAGTTGTTCAGTTTCAAGTTTGGTTCTCCCGCGAGGTCTGTTGAT
TTTTCTCTTGGAGATAAGCTTGCTGTGATCACCACTGATCCCTTCATGGAGCGTACTTCT
GCTATTCATGTCAAACGCATCGCTGAAGATCCTGCAGACCAGGTTAGTGAGTCTGTGCTT
GTCCTTGAGAGCCCTAATGGGAGGAAGAGGATAAACAGAGCTGTTTGGGGACCATTGAAT
CAAGCCATTGTTAGTGGTGGTGAAGATGCTGTGCTCAGGATCTGGGATGCTGAGACTGGA
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DS 

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CGCTGAAGATCCTGCAGACCAGGTTAGTGAGTCTGTGCTTGTCCTTGAGAGCCCTAATGG
GAGGAAGAGGATAAACAGAGCTGTTTGGGGACCATTGAATCAAACCATTGTTAGTGGTGG
TGAAGATGCTGTGCTCAGGATCTGGGATGCTGAGACTGGAAAATTGCTCAAGGAGTCAGA
TGCGGAAGTGGGGCATAAGAACACAATCACGTCGCTCACTAAAGCAGCTGATGATTCTCA
CTTCATTACTGGTTCACTTGACAGGACTGCAAAGCTGTGGGACATGAGGACGTTGACTCT
TCTCAAGACTTACGTTTCAGGGGTGCCTGTAAATGCCGTCTCCATGTCTCCCCTTCTTGA
CCATGTTGTGCTTGGTGGTGGTCAAGATGCATCAGCTGTTACAACCACTGATCATCGTGC
TGGGAAGTTCGAGGCTAAGTTTTATGACAAGATTCTGCAAGAGGAGATTGGTGGTGTGAA
AGGTCATTTTGGACCTATAAATGCTTTGGCACTCAACCCTGATGGAAAGAGTTTCTCAAG
TGGAGGTGAAGATGGATACGTCAGATTGCATCACTTTGACTCTGATTACTTCAACATCAG
GATTTAGATCCTTTTTTACAACAAGTCTCTTAATCCGCATTTTGTTTCTGTCTCTTTTCT
GGATTATAAATGTTGTTTTTCCCTACTATCAATACTTTAATGGTGCTGAGATATGAAGTG
TTTGAATTTTGGATCGAATCCTTAGATTTTGTAC

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DS 

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TGTGCTTGTCCTTGAGAGCCCTAATGGGAGGAAGAGGATAAACAGAGCTGTTTGGGGACC
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GCTCACTAAAGCAGCTGATGATTCTCACTTCATTACTGGTTCACTTGACAAGACTGCAAA
GCTGTGGGACATGAGGACGTTGACTCTTCTCAAGACTTACGTTTCAGGGGTGCCTGTAAA
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TCTGCAAGAGGAGATTGGTGGTGTGAAAGGTCATTTTGGACCTATAAATGCTTTGGCATT
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TCCGCATTTTGTTTCTGTCTCTTTTCTGGATTATAAATGTTGTTTTTCCCTACTATCAAT
ACTTTAATGGTGCTGAGATATG

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DS 

RD RR1FZ48JQ 666 0 0
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GAGGCTAAGTTTTATGACAAGATTTTGCAAGAGGAGATTGGTGGTGTGAAAGGTCATTTT
GGACCTATAAATGCTTTGGCATTCAACCCTGATGGAAAGAGTTTCTCAAGTGGAGGTGAA
GATGGATACGTCAGATTGCATCACTTTGACTCTGATTATTTCAACATCAGGATTTAGATC
CTTTTTTACAACAAGTCTCTTAATCCGCATTTTGTTTCTGTCTCTTTTCTGGATTATAAA
TGTTGTTTTTCCCTACTATCAATACTTTAATGGTGCTGAGATATGAAGTGTTTGAATTTT
GGATCG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1BW96JQ 769 0 0
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GTTTGGGGACCATTGAATCAAGCCATTGTTAGTGGTGGTGAAGATGCTGTGCTCAGGATC
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ACAATCACGTCGCTCACTAAAGCAGCTGATGATTCTCACTTCATTACTGGTTCACTTGAC
AAGACTGCAAAGCTGTGGGGCATGAGGACGTTGACTCTTCTCAAGACTTACGTTTCAGGG
GTGCCTGTAAATGCCGTCTCCATGTCTCCCCTTCTTGACCATGTTGTGCTTGGTGGTGGT
CAAGATGCATCAGCTGTTACAACCACTGATCATCGTGCTGGGAAGTTCGAGGCTAAGTTT
TATGACAAGATTCTGCAAGAGGAGATTGGTGGTGTGAAAGGTCATTTTGGACCTATAAAT
GCTTTGGCATTCAACCCTGATGGAAAGAGTTTCTCAAGTGGAGGTGAAGATGGATACGTC
AGATTGCATCACTTTGACTCTGATTACTTCAACATCAGGATTTAGATCCTTTTTTACAAC
AAGTCTCTTAATCCGCATTTTGTTTCTGTCTCTTTTCTGGATTATAAATGTTGTTTTTCC
CTACTATCAATACTTTAATGGTGCTGAGATATGAAGTGTTTGAATTTTGGATCGAATCCT
TAGATTTTGTACATTTCATACTTTTTGAATTACAAGTTACAAACCTGCG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1C102JQ 724 0 0
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GTGCTCAGGATCTGGGATGCTGAGACTGGAAAATTGCTCAAGGAGTCAGATGCGGAAGTG
GGGCATAAGAACACAATCACGTCGCTCACTAAAGCAGCTGATGATTCTCACTTCATTACT
GGTTCACTTGACAAGACTGCAAAGCTGTGGGACATGAGGACGTTGACTCTTCTCAAGACT
TACGTTTCAGGGGTGCCTGTAAATGCCGTCTCCATGTCTCCCCTTCTTGACCATGTTGTG
CTTGGTGGTGGTCAAGATGCATCAGCTGTTACAACCACTGATCATCGTGCTGGGAAGTTC
GAGGCTAAGTTTTATGACAAGATTCTGCAAGAGGAGATTGGTGGTGTGAAAGGTCATTTT
GGACCTATAAATGCTTTGGCATTCAACCCTGATGGAAAGAGTTTCTCAAGTGGAGGTGAA
GATGGATACGTCAGATTGCATCACTTTGACTCTGATTACTTCAACATCAGGATTTAGATC
CTTTTTTACAACAAGTCTCTTAATCCGCATTTTGTTTCTGTCTCTTTTCTGGATTATAAA
TGTTGTTTTTCCCTACTATCAATACTTTAATGGTGCTGAGATATGAAGTGTTTGAATTTT
GGATCGAATCCTTAGATTTTGTACATTTCATACTTTTTGAATTACAAGTTACAAACCTGC
GACC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 2 10

CO CL348Contig1 780 6 7 U
GGCCACTCTACAACTCACATTGCATATCCTTTCTCTATATATTACTTCACCTAAACCACT
ATTCACAACACAAACGCACACATAACCATGGCCTCTTCAGGAGCCTTCCTTTTGCTCACA
TTGTCTATGGTTTTAGTTCATTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATGATGGCTCCTTCTGGC
TCCATGTCCATGCCGCCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGACTCCACCA
CCTATGCCAATGATGACTCCCCCACCTATGCCTATGGCTCCACCGCCTATGCCTATTGCT
CCTCCACCTATGGCTATGGCACCACCACCTATGTCCATGGCAACACCACCTATGTCCATG
ACTCCATCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTCCTATGGCCCCAAGTCCAGAAACAATC
CCTGATATGGCTTCACCACCTATGATGCCAGGAATGGATTCTTCTCCTTCTCCGGGACCT
ATGCCACCCGCAACGTCCTCGCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAAGAAACGACGTCGTA
GCACTTTCGTTCCTTATTGCAGCTCATTTGCTTCTCGTTTGAGATTATTATCAAACTGGT
CAACATCGTGTTCGTGTAATTTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATTAGTTTTCGTCGGTT
TATCATATTTGAGTTTGTGTTTGATATGTACGGTTCAGACATTTGTTTTTAATAAGTTTT
ATCATTGACTCTAGTTGATGTATGTGATGTAAATTCATTTTTATCCAATTTTTCACAGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1B741TF U 1
AF RR1B741JQ C 1
AF RR1B358TF U 65
AF RR1EL34TF U 65
AF RR1B358JQ C 168
AF RR1DS26TF U 558
BS 1 251 RR1B741TF
BS 252 252 RR1B358TF
BS 253 577 RR1B741TF
BS 578 578 RR1B358TF
BS 579 688 RR1B741TF
BS 689 777 RR1B358TF
BS 778 780 RR1B358JQ

RD RR1B741TF 688 0 0
GGCCACTCTACAACTCACATTGCATATCCTTTCTCTATATATTACTTCACCTAAACCACT
ATTCACAACACAAACGCACACATAACCATGGCCTCTTCAGGAGCCTTCCTTTTGCTCACA
TTGTCTATGGTTTTAGTTCATTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATGATGGCTCCTTCTGGC
TCCATGTCCATGCCGCCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGACTCCACCA
CCTATGCCAATTATGACTCCCCCACCTATGCCTATGGCTCCACCGCCTATGCCTATTGCT
CCTCCACCTATGGCTATGGCACCACCACCTATGTCCATGGCAACACCACCTATGTCCATG
ACTCCATCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTCCTATGGCCCCAAGTCCAGAAACAATC
CCTGATATGGCTTCACCACCTATGATGCCAGGAATGGATTCTTCTCCTTCTCCGGGACCT
ATGCCACCCGCAACGTCCTCGCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAAGAAACGACGTCGTA
GCACTTTCGTTCCTTATTGCAGCTCATTTGCTTCTCGCTTGAGATTATTATCAAACTGGT
CAACATCGTGTTCGTGTAATTTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATTAGTTTTCGTCGGTT
TATCATATTTGAGTTTGTGTTTGATATG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1B741JQ 750 0 0
GGCCACTCTACAACTCACATTGCATATCCTTTCTCTATATATTACTTCACCTAAACCACT
ATTCACAACACAAACGCACACATAACCATGGCCTCTTCAGGAGCCTTCCTTTTGCTCACA
TTGTCTATGGTTTTAGTTCATTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATGATGGCTCCTTCTGGC
TCCATGTCCATGCCGCCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGACTCCACCA
CCTATGCCAATTATGACTCCCCCACCTATGCCTATGGCTCCACCGCCTATGCCTATTGCT
CCTCCACCTATGGCTATGGCACCACCACCTATGTCCATGGCAACACCACCTATGTCCATG
ACTCCATCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTCCTATGGCCCCAAGTCCAGAAACAATC
CCTGATATGGCTTCACCACCTATGATGCCAGGAATGGATTCTTCTCCTTCTCCGGGACCT
ATGCCACCCGCAACGTCCTCGCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAAGAAACGACGTCGTA
GCACTTTCGTTCCTTATTGCAGCTCATTTGCTTCTCGCTTGAGATTATTATCAAACTGGT
CAACATCGTGTTCGTGTAATTTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATTAGTTTTCGTCGGTT
TATCATATTTGAGTTTGTGTTTGATATGTACGGTTCAGACATTTGTTTTTAATAAGTTTT
ATCATTGACTCTAGTTGATGTATGTGATGT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1B358TF 713 0 0
GG
AACACAAACACACACATAACCATGGCCTCTTCAGGAGCCTTCCTTTTGCTCACATTGTCT
ATGGTTTTAGTTCATTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATGATGGCTCCTTCTGGCTCCATG
TCCATGCCGCCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGACTCCACCACCTATG
CCAATGATGACTCCCCCACCTATGCCTATGGCTCCACCGCCTATGCCTATTGCTCCTCCA
CCTATGGCTATGGCACCACCACCTATGTCCATGGCAACACCACCTATGTCCATGACTCCA
TCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTCCTATGGCCCCAAGTCCAGAAACAATCCCTGAT
ATGGCTTCACCACCTATGATGCCAGGAATGGATTCTTCTCCTTCTCCGGGACCTATGCCA
CCCGCAACGTCCTCGCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAAGAAACGACGTCGTAGCACTT
TCGTTCCCTATTGCAGCTCATTTGCTTCTCGTTTGAGATTATTATCAAACTGGTCAACAT
CGTGTTCGTGTAATTTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATTAGTTTTCGTCGGTTTATCAT
ATTTGAGTTTGTGTTTGATATGTACGGTTCAGACATTTGTTTTTAATAAGTTTTATCATT
GACTCTAGTTGATGTATGTGATGTAAATTCATTTTTATCCAATTTTTCACA

QA 3 713 3 713
DS 

RD RR1EL34TF 695 0 0
GG
AACACAAACACACACATAACCATGGCCTCTTCAGGAGCCTTCCTTTTGCTCACATTGTCT
ATGGTTTTAGTTCATTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATGATGGCTCCTTCTGGCTCCATG
TCCATGCCGCCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGACTCCACCACCTATG
CCAATGATGACTCCCCCACCTATGCCTATGGCTCCACCGCCTATGCCCATTGCTCCTCCA
CCTATGGCTATGGCATCATCACCTATGTCCATGGCAACACCACCTATGTCCATGACTCCA
TCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTCCTATGGCCCCAAGTCCAGAAACAATCCCTGAT
ATGGCTTCACCACCTATGATGCCAGGAATGGATTCTTCTCCTTCTCCGGGACCTATGCCA
CCCGCAACGTCCTCGCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAAGAAACGACGTCGTAGCACTT
TCGTTCCTTATTGCAGCTCATTTGCT***CGTTTGAGATTATTATCAAACTGGTCAACAT
CGTGTTCGTGTAATTTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATTAGTTTTCGTCGGTTTATCAT
ATTTGAGTTTGTGTTTGATATGTACGGTTCAGACATTTGTTTTTAATAAGTTTTATCATT
GACTCTAGTTGATGTATGTGATGTAAATTCATT

QA 3 695 3 695
DS 

RD RR1B358JQ 613 0 0
GGCTCCTTCTGGCTCCATGTCCATGCCGCCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAAT
GATGACTCCACCACCTATGCCAATGATGACTCCCCCACCTATGCCTATGGCTCCACCGCC
TATGCCTATTGCTCCTCCACCTATGGCTATGGCACCACCACCTATGTCCATGGCAACACC
ACCTATGTCCATGACTCCATCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTCCTATGGCCCCAAG
TCCAGAAACAATCCCTGATATGGCTTCACCACCTATGATGCCAGGAATGGATTTTTCTCC
TTTTCCGGGACCTATGCCACCCGCAACGTCCTCGCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAAG
AAACGACGTCGTAGCACTTTCGTTCCCTATTGCAGCTCATTTGCTTCTCGTTTGAGATTA
TTATCAAACTGGTCAACATCGTGTTCGTGTAATTTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATTA
GTTTTCGTCGGTTTATCATATTTGAGTTTGTGTTTGATATGTACGGTTCAGACATTTGTT
TTTAATAAGTTTTATCATTGACTCTAGTTGATGTATGTGATGTAAATTCATTTTTATCCA
ATTTTTCACAGAC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1DS26TF 175 0 0
G
GCAGCTCATTTGCTTCTCGTTTGAGATTATTATCAAACTGGTCAACATCGTGTTCGTGTA
ATTTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATTAGTTTTCGTCGGTTTATCATATTTGAGTTTGT
GTTTGATATGTACGGTTCAGACATTTGTTTTTAATAAGTTTTATCATTGACTC
G

QA 2 174 2 174
DS 



CO CL348Contig2 836 4 10 U
GGACTTTTCTCGCTCGCTCTTTGAAAATTCTCACATCTCTCTCTCTTTCTATATATCACT
TTACATAGACCACTATCCAGCACCCCCAACACCCCTTTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCAT
GATGGCTTCTTCACAAGCCCTCCTTTTGCTCACACTGTCTATGGTGTTAATCCCCTTCTC
TTTAGCTCAATCTCCCATGATGGCTCCTTCTGGCTCAATGTCCATGCCACCAATGCCTAG
CGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGACTCCACCACCTATGCCTATGATAACTCCACCACC
TATGCCCATGGCGCCACCACCTATGATGACTCCACCACCTATGCCTATGGCACCACCACC
TATGCCCATGACTCCACCACCTATGCCTATGGCTCCACCGCCAATGTCCATGGCTACACC
ACCTATGACGCCAATGACTCCATCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTACTCCTATGAG
CCCAGGCCCTAGCCCAGCAACTGTCCCCGATATGGCTTCGCCACCGATGCCACCAGCAAT
GGAATCTTCTCCTTCTCCGGGACCGGGACCCATGCCACCGGCTACGGCCTCGCCGGGGGA
TTCCGGAGCTTTCAATGTAAGAATCGACGCCGTGGCACTTTCTTTCCTCGTTGCAACCCA
TTTGTTCCTCGTTTGAGATTATTACTGAGCGTCGTTTTCGTGTAATTTACTTTAATTATT
CTTCGAGCCATAGTTTTCATCGTTTTATCATATTTGAATTTGTGTTTGATATGTACGATT
CAGACATTTGTTTGCTTTATCAATCTATCGTTGACTCTAGTTGGTGTATGCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ68TF U 1
AF RR1D982TF U 80
AF RR1DZ68JQ C 178
AF RR1D982JQ C 212
BS 1 288 RR1DZ68TF
BS 289 289 RR1D982TF
BS 290 306 RR1DZ68TF
BS 307 307 RR1D982TF
BS 308 344 RR1DZ68TF
BS 345 732 RR1D982TF
BS 733 757 RR1DZ68JQ
BS 758 758 RR1D982JQ
BS 759 777 RR1DZ68JQ
BS 778 836 RR1D982JQ

RD RR1DZ68TF 344 0 0
GGACTTTTCTCGCTCGCTCTTTGAAAATTCTCACATCTCTCTCTCTTTCTATATATCACT
TTACATAGACCACTATCCAGCACCCCCAACACCCCTTTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCAT
GATGGCTTCTTCACAAGCCCTCCTTTTGCTCACACTGTCTATGGTGTTAATCCCCTTCTC
TTTAGCTCAATCTCCCATGATGGCTCCTTCTGGCTCAATGTCCATGCCACCAATGCCTAG
CGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGACTCCACCACCTATGCCTATGATGACTCCACCACC
TATGCCTATGGCGCCACCACCTATGATGACTCCACCACCTATGC

QA 1 344 1 344
DS 

RD RR1D982TF 653 0 0
GG
ACCCCCAACACCCCTTTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATGATGGCTTCTTCACAAGCCCT
CCTTTTGCTCACACTGTCTATGGTGTTAATCCCCTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATGAT
GGCTCCTTCTGGCTCAATGTCCATGCCACCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAAT
GATGACTCCACCACCTATGCCTATGATAACTCCACCACCTATGCCCATGGCGCCACCACC
TATGATGACTCCACCACCTATGCCTATGGCACCACCACCTATGCCCATGACTCCACCACC
TATGCCTATGGCTCCACCGCCAATGTCCATGGCTACACCACCTATGACGCCAATGACTCC
ATCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTACTCCTATGAGCCCAGGCCCTAGCCCAGCAAC
TGTCCCCGATATGGCTTCGCCACCGATGCCACCAGCAATGGAATCTTCTCCTTCTCCGGG
ACCGGGACCCATGCCACCGGCTACGGCCTCGCCGGGGGATTCCGGAGCTTTCAATGTAAG
AATCGACGCCGTGGCACTTTCTTTCCTCGTTGCAACCCATTTGTTCCTCGTTTGAGATTA
TTACTGAGCGTCGTTTTCGTGTAATTTACTTTAATTATTCTTCGAGCCATA

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR1DZ68JQ 600 0 0
CTCTTTAGCTCAATCTCCCATGATGGCTCCTTCTGGCTCAATGTCCATGCCACCAATGCC
TAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGACTCCACCACCTATGCCTATGATGACTCCACC
ACCTATGCCTATGGCGCCACCACCTATGATGACTCCACCACCTATGCCTATGGCACCACC
ACCTATGCCCATGACTCCACCACCTATGCCTATGGCTCCACCGCCAATGTCCATGGCTAC
ACCACCTATGACGCCAATGACTCCATCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTACTCCTAT
GAGCCCAGGCCCTAGCCCAGCAACTGTCCCCGATATGGCTTCGCCACCGATGCCACCAGC
AATGGAATCTTCTCCTTCTCCGGGACCGGGACCCATGCCACCGGCTACGGCCTCGCCGGG
GGATTCCGGAGCTTTCAATGTAAGAATCGACGCCGTGGCACTTTCTTTCCTCGTTGCAGC
CCATTTGCTCCTCGTTTGAGATTATTACTGAGCGTCGTTTTCGTGTAATTTACTTTAATT
ATTCTTCGAGCCATAGTTTTCATCGTTTTATCATATTTGAGTTTGTGTTTGATATGTACG

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1D982JQ 625 0 0
GGCTCAATGTCCATGCCACCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGACTCCA
CCACCTATGCCTATGATAACTCCACCACCTATGCCCATGGCGCCACCACCTATGATGACT
CCACCACCTATGCCTATGGCACCACCACCTATGCCCATGACTCCACCACCTATGCCTATG
GCTCCACCGCCAATGTCCATGGCTACACCACCTATGACGCCAATGACTCCATCTTCAAGC
CCAATGAGCCCACCAACTACTCCTATGAGCCCAGGCCCTAGCCCAGCAACTGTCCCCGAT
ATGGCTTCGCCACCGATGCCACCAGCAATGGAATCTTCTCCTTCTCCGGGACCGGGACCC
ATGCCACCGGCTACGGCCTCGCCGGGGGATTCCGGAGCTTTCAATGTAAGAATCGACGCC
GTGGCACTTTCTTTCCTCGTTGCAACCCATTTGTTCCTCGTTTGAGATTATTACTGAGCG
TCGTTTTCGTGTAATTTACTTTAATTATTCTTCGAGCCATAGTTTTCATCGTTTTATCAT
ATTTGAATTTGTGTTTGATATGTACGATTCAGACATTTGTTTGCTTTATCAATCTATCGT
TGACTCTAGTTGGTGTATGCGATCC

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 10

CO CL349Contig1 761 10 12 U
GGGAAGGAAGGAACTGAGGAACAGATCTGAAGA*AGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTT
GGTAATGGATTCGCTATCGTTGCGGCGGATACATCGGCAGTACACAGCATCCTTGTCCAC
AAGAACAACGAGGACAAGATCATGCTCCTTGACTCTCACAAGCTCATCGCTGCAAGCGGC
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TTATGTTTTTTTTGTGTACTTATCTGACATTTGCTTTGATGTTTGAACTTGGAAAATTAG
TTACTGTTTTAAACTTTGAATTGAAAACGTTTCTACTTGCG


BQ
30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 10 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

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AF RR1FN91JQ C 2
AF RR1AN27TF U 1
BS 1 393 RR1FN91TF
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TTATGTTTT

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DS 

RD RR1DA94TF 703 0 0
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GA
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GAGCTTTCGGTTACGGCTCCTATTTCTCCCTCTCCACCATGGACAGGCACTTCCGCAGCG
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DS 

RD RR1GX22JQ 642 0 0
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GCTAACTTCACCCGTGGTGAGCTCGCCACTGCTTTGCGAAAGAACCCGTACCCTGTGAAC
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GCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCTTTCGGTTACGGCTCCTATTTCTCCCTCTCC
ACCATGGACAGGCACTTCCGCAGCGACATGTCTGTTGACGAAGCCATCGAGTTGGTCGAC
AAGTGCATACTCGAGATCAGGTCCAGGCTGGTCATTGCCCCACCCAACTTTGTGATCAAG
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ACTGCTGCTGTCTAAAACTCTCTCTTATGTTTTTTTTGTGTACTTATCTGACATTTGCTT
TGATGTTTGAACTTGGAAAATTAGTTACTGTTTTAAAC
CTTG

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DS 

RD RR1DA94JQ 683 0 0
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TTGACCACCGCTGCTGCTGCTAACTTCACCCGTGGTGAGCTCGCCACTGCTTTGCGAAAG
AACCCGTACTCTGTGAACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAAGAAGCAGGGGCATCTCTT
TACTACATCGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCTTTCGGTTACGGC
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CCCAACTTTGTGATCAAGATCGTCGACAAGGATGGAGCTCGCGAGCACGCTTGGCGTCAG
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C

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GA
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TACTGTTTTAAAC
CTTG

QA 3 735 3 735
DS 

RD RR1FN91JQ 760 0 0
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AGAACAACGAGGACAAGATCATGCTCCTTGACTCTCACAAGCTCATCGCTGCAAGCGGCG
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TATGTTTTTTT*GTGTACTTATCTGACATTTGCTTTGATGTTTGAACTTGGAAAATTAGT
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C

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DS 

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GGAGCTTTCGGTTACGGCTCCTACTTCTCCCTCTCCACCATGGACAGGCACTTCCGCAGC
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G

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 10

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AAATCAACTCAGCTCCGCTAGTTTCCAAGCATCACAGCGTCGATGTCAATAACATTGCAC
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AACTTTCTGGCGCTATGTGCAAGTGGCTATTACGATGGGACTATCTTTCACAGGAACATC
AAAGGCTTCATGATCCAAGGCGGAGACCCAACCGGTACAGGGAAAGGAGGAACTAGCATC
TGGGGAAAGAAATTCAATGACGAGATTCGTGACTCCCTTAAGCACAATGCAAGAGGGATG
CTGTCGATGGCAAACAGTGGCCCAAACACAAATGGAAGCCAGTTCTTCCTTACCTATGCC
AAACAACCTCATCTCAATGGATTATACACCATCTTTGGCAAAGTCATCCATGGCTTCGAA
GTGCTTGACATTATGGAAAAGACTCAAACAGGTGCGGGAGATAGGCCGCTTGCTGAGATA
AGGCTAAACCGTGTTACAATCCACGCCAATCCACTTGCTGCTTAATAAGTCACAATGCCG
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TTTTCTTTTTTTATTATCACTGACTGTGATCATCGAGATTAGAAATCCATCATGTCCTGA
GAGAGAGAGTTCCAAAGTTCTAGAAAAGTGACCATCAAAAGGCGATGTAAAAAAAAAAAA
AGTGACCATCAAAAGAATAATTATTGTGTAATAAAAAAAATGAAATTTGGCGTGGGCCAT
C


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 20 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1A101TF U 24
AF RR1BG63TF U 1
AF RR1G254TF U 24
AF RR1DP57TF U 3
AF RR1AO40TF U 18
AF RR1DJ63TF U 137
AF RR1DP57JQ C 44
AF RR1AO40JQ C 229
AF RR1DV16TF U 296
AF RR1BG63JQ C 155
BS 1 604 RR1BG63TF
BS 605 671 RR1DP57TF
BS 672 672 RR1AO40TF
BS 673 727 RR1DP57TF
BS 728 729 RR1AO40TF
BS 730 761 RR1DP57TF
BS 762 768 RR1AO40TF
BS 769 780 RR1DV16TF
BS 781 781 RR1BG63JQ
BS 782 820 RR1DV16TF
BS 821 841 RR1BG63JQ

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GG
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CAAGCATCACAGCGTCGATGTCAATAACATTGCACACGAATCTGGGGGATATAAAGTGCG
AGATCTTCTGTGACGAGGTTCCAAAGAGTGCCGAGAA

QA 3 159 3 159
DS 

RD RR1BG63TF 604 0 0
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AAATCAACTCAGCTCCGCTAGTTTCCAAGCATCACAGCGTCGATGTCAATAACATTGCAC
ACGAATCTGGGGGATATAAAGTGCGAGATCTTCTGTGACGAGGTTCCAAAGAGTGCCGAG
AACTTTCTGGCGCTATGTGCAAGTGGCTATTACGATGGGACTATCTTTCACAGGAACATC
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TGGGGAAAGAAATTCAATGACGAGATTCGTGACTCCCTTAAGCACAATGCAAGAGGGATG
CTGTCGATGGCAAACAGTGGCCCAAACACAAATGGAAGCCAGTTCTTCCTTACCTATGCC
AAACAACCTCATCTCAATGGATTATACACCATCTTTGGCAAAGTCATCCATGGCTTCGAA
GTGCTTGACATTATGGAAAAGACTCAAACAGGTGCGGGAGATAGGCCGCTTGCTGAGATA
AGGCTAAACCGTGTTACAATCCACGCCAATCCACTTGCTGCTTAATAAGTCACAATGCCG
CTGC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1G254TF 613 0 0
GG
AAAGCAGCATAGACGCGAGAGAAGGAAGAGGTAGGAAATCAACTCAGCTCCGCTAGTTTC
CAAGCATCACAGCGTCGATGTCAATAACATTGCACACGAATCTGGGGGATATAAAGTGCG
AGATCTTCTGTGACGAGGTTCCAAAGAGTGCCGAGAACTTTCTGGCGCTATGTGCAAGTG
GCTATTACGATGGGACTATCTTTCACAGGAACATCAAAGGCTTCATGATCCAAGGCGGAG
ACCCAACCGGTACAGGGAAAGGAGGAACTAGCATCTGGGGAAAGAAATTCAATGACGAGA
TTCGTGACTCCCTTAAGCACAATGCAAGAGGGATGCTGTCGATGGCAAACAGTGGCCCAA
ACACAAATGGAAGCCAGTTCTTCCTTACCTATGCCAAACAACCTCATCTCAATGGATTAT
ACACCATCTTTGGCAAAGTCATCCATGGCTTCGAAGTGCTTGACATTATGGAAAAGACTC
AAACAGGTGCGGGAGATAGGCCGCTTGCTGAGATAAGGCTAAACCGTGTTACAATCCACG
CCAATCCACTTGCTGCTTAATAAGTCACAATGCCGCTGCCGCAGAGCTGAACCAAAGCCC
TATTCGTTTT
A

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DS 

RD RR1DP57TF 767 0 0
GG
AGAAAAATCTGGAACAAAAACAAAGCAGCATAGACGCGAGAGAAGGAAGAGGTAGGAAAT
CAACTCAGCTCCGCTAGTTTCCAAGCATCACAGCGTCGATGTCAATAACATTGCACACGA
ATCTGGGGGATATAAAGTGCGAGATCTTCTGTGACGAGGTTCCAAAGAGTGCCGAGAACT
TTCTGGCGCTATGTGCAAGTGGCTATTACGATGGGACTATCTTTCACAGGAACATCAAAG
GCTTCATGATCCAAGGCGGAGACCCAACCGGTACAGGGAAAGGAGGAACTAGCATCTGGG
GAAAGAAATTCAATGACGAGATT*GTGACTCCCTCAAGCACGATGCAAGAGGGATGCTGT
CGATGGCAAACAGTGGCCCAAACACAGATGGAAGCCAGTTCTTCCTTACCTATGCCAAAC
AACCTCATCTCAATGGATTATACACCATCTTTGGCAAAGTCATCCATGGCTTCGAAGTGC
TTGACATTATGGAAAAGACTCAAACAGGTGCGGGAGATAGGCCGCTTGCTGAGATAAGGC
TAAACCGTGTTACAATCCACGCCAATCCACTTGCTGCTTAATAAGTCACAATGCCGCTGC
CGCAGAGCTGAACCAAAGCCCTATTCGTTTTTACCTATTAAAAAGTTTGTACTGTGTTTT
CTTTTTT*ATTATCACTGACTGTGATCATCGAGATTAGAAATCCATCATGTCCTGAGAGA
GAG**TTCCAAAGTTCTAGAAAAGTGACCATCAAAAG
CGATGTAA

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR1AO40TF 751 0 0
GGAAAAAC
AAAGCAGCATAGACGCGAGAGAAGGAAGAGGTAGGAAATCAACTCAGCTCCGCTAGTTTC
CAAGCATCACAGCGTCGATGTCAATAACATTGCACACGAATCTGGGGGATATAAAGTGCG
AGATCTTCTGTGACGAGGTTCCAAAGAGTGCCGAGAACTTTCTGGCGCTATGTGCAAGTG
GCTATTACGATGGGACTATCTTTCACAGGAACATCAAAGGCTTCATGATCCAAGGCGGAG
ACCCAACCGGTACAGGGAAAGGAGGAACTAGCATCTGGGGAAAGAAATTCAATGACGAGA
TTCGTGACTCCCTTAAGCACAATGCAAGAGGGATGCTGTCGATGGCAAACAGTGGCCCAA
ACACAAATGGAAGCCAGTTCTTCCTTACCTATGCCAAACAACCTCATCTCAATGGATTAT
ACACCATCTTTGGCAAAGTCATCCATGGCTTCGAAGTGCTTGACATTATGGAAAAGACTC
AAACAGGTGCGGGAGATAGGCCGCTTGCTGAGATAAGGCTAAACCGTGTTACAATCCACG
CCAATCCACTTGCTGCTTAATAAGTCACAATGCCGCTGCCGCAGAGCTGAACCAAAGCCC
TATTCGTTTTTACCTATTAAAAAGTTTGTACTGTGTTTTCTTTTTTTATTATCACTGACT
GTGATCATCGAGATTAGAAATCCATCATGTCCTGAGAGAGAGAGTTCCAAAGTTCTAGAA
AAGTGACCATCAAAAGGCGATGT

QA 9 751 9 751
DS 

RD RR1DJ63TF 621 0 0
G
AAAGTGCGAGATCTTCTGTGACGAGGTTCCAAAGAGTGCCGAGAACTTTCTGGCGCTATG
TGCAAGTGGCTATTACGATGGGACTATCTTTCACAGGAACATCAAAGGCTTCATGATCCA
AGGCGGAGACCCAACCGGTACAGGGAAAGGAGGAACTAGCATCTGGGGAAAGAAATTCAA
TGACGAGATTCGTGACTCCCTTAAGCACAATGCAAGAGGGATGCTGTCGATGGCAAACAG
TGGCCCAAACACAAATGGAAGCCAGTTCTTCCTTACCTATGCCAAACAACCTCATCTCAA
TGGATTATACACCATCTTTGGCAAAGTCATCCATGGCTTCGAAGTGCTTGACATTATGGA
AAAGACTCAAACAGGTGCGGGAGATAGGCCGCTTGCTGAGATAAGGCTAAACCGTGTTAC
AATCCACGCCAATCCACTTGCTGCTTAATAAGTCACAATGCCGCTGCCGCAGAGCTGAAC
CAAAGCCCTATTCGTTTTTACCTATTAAAAAGTTTGTACTGTGTTTTCTTTTTTTATTAT
CACTGACTGTGATCATCGAGATTAGAAATCCATCATGTCCTGAGAGAGAGAGTTCCAAAG
TTCTAGAAAAGTGACCATCA

QA 2 621 2 621
DS 

RD RR1DP57JQ 725 0 0
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TGTCAATAACATTGCACACGAATCTGGGGGATATAAAGTGCGAGATCTTCTGTGACGAGG
TTCCAAAGAGTGCCGAGAACTTTCTGGCGCTATGTGCAAGTGGCTATTACGATGGGACTA
TCTTTCACAGGAACATCAAAGGCTTCATGATCCAAGGCGGAGACCCAACCGGTACAGGGA
AAGGAGGAACTAGCATCTGGGGAAAGAAATTCAATGACGAGATT*GTGACTCCCTCAAGC
ACGATGCAAGAGGGATGCTGTCGATGGCAAACAGTGGCCCAAACACAGATGGAAGCCAGT
TCTTCCTTACCTATGCCAAACAACCTCATCTCAATGGATTATACACCATCTTTGGCAAAG
TCATCCATGGCTTCGAAGTGCTTGACATTATGGAAAAGACTCAAACAGGTGCGGGAGATA
GGCCGCTTGCTGAGATAAGGCTAAACCGTGTTACAATCCACGCCAATCCACTTGCTGCTT
AATAAGTCACAATGCCGCTGCCGCAGAGCTGAACCAAAGCCCTATTCGTTTTTACCTATT
AAAAAGTTTGTACTGTGTTTTCTTTTTTTATTATCACTGACTGTGATCATCGAGATTAGA
AATCCATCATGTCCTGAGAGAGAG**TTCCAAAGTTCTAGAAAAGTGACCATCAAAAGGC
GATGT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1AO40JQ 540 0 0
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GGAACTAGCATTTGGGGAAAGAAATTCAATGACGAGATTCGTGACTCCCTTAAGCACAAT
GCAAGAGGGATGCTGTGGATGGCAAACAGTGGCCCAAACACAAATGGAAGCCAGTTTTTC
CTTACCTATGCCAAACAACCTCATTTCAATGGATTATACACCATTTTTGGCAAAGTCATC
CATGGCTTCGAAGTGCTTGACATTATGGAAAAGACTCAAACAGGTGCGGGAGATAGGCCG
CTTGCTGAGATAAGGCTAAACCGTGTTACAATCCACGCCAATCCACTTGCTGCTTAATAA
GTCACAATGCCGCTGCCGCAGAGCTGAACCAAAGCCCTATTCGTTTTTACCTATTAAAAA
GTTTGTACTGTGTTTTTTTTTTTTATTATCACTGACTGTGATCATCGAGATTAGAAATCC
ATCATGTCCTGAGAGAGAGAGTTCCAAAGTTTTAGAAAAGTGACCATCAAAAGGGGATGT

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1DV16TF 525 0 0
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GGATGCTGTCGATGGCAAACAGTGGCCCAAACACAAATGGAAGCCAGTTCTTCCTTACCT
ATGCCAAACAACCTCATCTCAATGGATTATACACCATCTTTGGCAAAGTCATCCATGGCT
TCGAAGTGCTTGACATTATGGAAAAGACTCAAACAGGTGCGGGAGATAGGCCGCTTGCTG
AGATAAGGCTAAACCGTGTTACAATCCACGCCAATCCACTTGCTGCTTAATAAGTCACAA
TGCCGCTGCCGCAGAGCTGAACCAAAGCCCTATTCGTTTTTACCTATTAAAAAGTTTGTA
CTGTGTTTTCTTTTTTTATTATCACTGACTGTGATCATCGAGATTAGAAATCCATCATGT
CCTGAGAGAGAGAGTTCCAAAGTTCTAGAAAAGTGACCATCAAAAGGCGATGTAAAAAAA
AAAAA*GTGACCATCAAAAGAATAATTATTGTGTAATAAAAAAAA

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1BG63JQ 687 0 0
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ATGGGACTATCTTTCACAGGAACATCAAAGGCTTCATGATCCAAGGCGGAGACCCAACCG
GTACAGGGAAAGGAGGAACTAGCATCTGGGGAAAGAAATTCAATGACGAGATTCGTGACT
CCCTTAAGCACAATGCAAGAGGGATGCTGTCGATGGCAAACAGTGGCCCAAACACAAATG
GAAGCCAGTTTTTCCTTACCTATGCCAAACAACCTCATCTCAATGGATTATACACCATCT
TTGGCAAAGTCATCCATGGCTTCGAAGTGCTTGACATTATGGAAAAGACTCAAACAGGTG
CGGGAGATAGGCCGCTTGCTGAGATAAGGCTAAACCGTGTTACAATCCACGCCAATCCAC
TTGCTGCTTAATAAGTCACAATGCCGCTGCCGCAGAGCTGAACCAAAGCCCTATTCGTTT
TTACCTATTAAAAAGTTTGTACTGTGTTTTCTTTTTTTATTATCACTGACTGTGATCATC
GAGATTAGAAATCCATCATGTCCTGAGAGAGAGAGTTCCAAAGTTCTAGAAAAGTGACCA
TCAAAAGGCGATGTAAAAAAAAAAAAAGTGACCATCAAAAGAATAATTATTGTGTAATAA
AAAAAATGAAATTTGGCGTGGGCCATC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 2 9

CO CL351Contig1 603 3 1 U
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GGCCTCAAAAGACCAATTAGGTCTATGCAGGTGGAACTACACGATCCGGTCAGTGAATCT
ACGTATCCGAAACAATGTGAGATCCGCTACTCAGGCAAACAGGCTCTCTTCCTCATCCAC
CACCGTCCTTGCTTCCGGTAAGGATGGTGAGAAGGCAAAAGCAAGCTGAGGAGTCTCTCA
GGACAGTCATGTACTTGAGCTGTTGGGGTCCTAATTGATGAAGACAGATTTAAGATTTTT
TATTATCTTTGCCATATATAGATTGATTCGGATAGGTTGTATCTATGTCGGTGAAATCGA
AAGCCTAAGAACCTTAAATAGACGCTATGAGTCTTGGGGTTTTGATGGATTGTTTTGGGG
ATGCAATTAATGACGGATTCGAATTGTACAGAATGTAGAGATGAATATAGAGGTTTATGT
TCATGTTACTGGAAATGACAGAAGCTGTAAGCTCGGTAATCACATAATCTATTATTGTTT
GGG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR1GN08TF U 1
AF RR1B996JQ C 1
AF RR1B996TF U 1
BS 1 603 RR1B996TF

RD RR1GN08TF 544 0 0
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AAGCCTAAGAACCTTAAATAGACGCTATGAGTCTTGGGGTTTTGATGGATTGTTTTGGGG
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TCAT

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1B996JQ 603 0 0
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GGACAGTCATGTACTTGAGCTGTTGGGGTCCTAATTGATGAAGACAGATTTAAGATTTTT
TATTATCTTTGCCATATATAGATTGATTCGGATAGGTTGTATCTATGTCGGTGAAATCGA
AAGCCTAAGAACCTTAAATAGACGCTATGAGTCTTGGGGTTTTGATGGATTGTTTTGGGG
ATGCAATTAATGACGGATTCGAATTGTACAGAATGTAGAGATGAATATAGAGGTTTATGT
TCATGTTACTGGAAATGACAGAAGCTGTAAGCTCGGTAATCACATAATCTATTATTGTTT
GGG

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1B996TF 603 0 0
GGATCGACAACTTTCACAAAGTAATTCTCAATTTAGAAACAAAACACAAAGCTAAGAGGG
AGAAAAGATGAGTTCAAGGAGCAAATCGTGGTTAGTGGCAGCAACCATTGGAGCTGTGGG
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ACGTATCCGAAACAATGTGAGATCCGCTACTCAGGCAAACAGGCTCTCTTCCTCATCCAC
CACCGTCCTTGCTTCCGGTAAGGATGGTGAGAAGGCAAAAGCAAGCTGAGGAGTCTCTCA
GGACAGTCATGTACTTGAGCTGTTGGGGTCCTAATTGATGAAGACAGATTTAAGATTTTT
TATTATCTTTGCCATATATAGATTGATTCGGATAGGTTGTATCTATGTCGGTGAAATCGA
AAGCCTAAGAACCTTAAATAGACGCTATGAGTCTTGGGGTTTTGATGGATTGTTTTGGGG
ATGCAATTAATGACGGATTCGAATTGTACAGAATGTAGAGATGAATATAGAGGTTTATGT
TCATGTTACTGGAAATGACAGAAGCTGTAAGCTCGGTAATCACATAATCTATTATTGTTT
GGG

QA 1 603 1 603
DS 



CO CL351Contig2 573 6 2 U
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ATTGCATCCCCAAAACAATCAATCAAAACCCCAAGACTCATAGCGTCTATTTAAGGTTCT
TAGGCTTTCGATTTCACCGACAGATACAACCTATCCGAACCAATCTATATATGGCAAAGA
TAATAAGAAATCTTAAATCTGTCTTCATCAATTAGGACCCCAACAGCTCAAGTACATGAC
CGTCCTGAGAGACTCCTCGGCTTGCTTGGCCTTGTCACCATCCTTACCGGCGGCAACGGC
GGCGGCGGACGAAGAAGAGAACCTGCTCGTCTGAGCAGCGGATCGCACGTTGTTTCGGAT
ACGTTGATTCACCGATCGGATCATGTAATTCCACCTGCATAGTCCTAGTTGGTCTTTGGA
GGCCTCCACAGCTCCAATGGTTGCTGCCACTAACCACGCTTTGCTCCTTGAACTCATTTT
TTCTCTCTGTTTTTTTTTT**GCTTAATTGTAGAAACTCTTAGCTTTGTGTTTTGTTTGT
AAATGGAGAATGCTTTGTGAAAGTTGTTGTTCC


BQ
20 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1FX88JQ U 6
AF RR1DV61JQ U 2
AF RR1GD71JQ U 1
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AF RR1FX88TF C -2
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BS 572 573 RR1DV61TF

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CGGACGAAGAA

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DS 

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TCTCTCTGTTTTTTTTTT
TTGCTTAA

QA 1 498 1 498
DS 

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TTCTCTCTGTTTTTTTTTT**GCTTAATTGTAGAAACTCTTAGCTTTGTGTTTTGTTTGT
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CC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1GD71TF 573 0 0
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CC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1DV61TF 572 0 0
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AGGCTTTCGATTTCACCGACAGATACAACCTATCCGAACCAATCTATATATGGCAAAGAT
AATAAGAAATCTTAAATCTGTCTTCATCAATTAGGACCCCAACAGCTCAAGTACATGACC
GTCCTGAGAGACTCCTCGGCTTGCTTGGCCTTGTCACCATCCTTACCGGCGGCAACGGCG
GCGGCGGACGAAGAAGAGAACCTGCTCGTCTGAGCAGCGGATCGCACGTTGTTTCGGATA
CGTTGATTCACCGATCGGATCATGTAATTCCACCTGCATAGTCCTAGTTGGTCTTTGGAG
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TCTCTCTGTTTTTTTTTTTTGCTTAATTGCAGAAACTCTTAGCTTTGTGTTTTGTTTGTA
AATGGAGAATGCTTTGTGAAAGTTGTTGTTCC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1FX88TF 576 0 0
TTTTTTT
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GCGGACGAAGAAGAGAACCTGCTCGTCTGAGCAGCGGATCGCACGTTGTTTCGGATACGT
TGATTCACCGATCGGATCATGTAATTCCACCTGCATAGTCCTAGTTGGTCTTTGGAGGCC
TCCACAGCTCCAATGGTTGCTGCCACTAACCACGCTTTGCTCCTTGAACTCATTTTTTCT
CTCTGTTTTTTTTTTT*GCTTAATTGCAGAAACTCTTAGCTTTGTGTTTTGTTTGTAAAT
GGAGAATGCTTTGTGAAAGTTGTTGTT
GC

QA 8 574 8 574
DS 



AS 2 10

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TTGTTGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

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TCTCAGTTTTTGAAAATCCCAATCACGCTCTTCTCCAGAAAAAAAAAGAAAGTAAGGGTT
TTAACAATGGCGAGAAGACCGGAAGAAGAATACGACAACTTGTTTAAAGTGGTTCTCATC
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CGT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1CL30TF 743 0 0
GGG
ATCCCAATCACGCTCTTCTCCAGAAAAAAAAAGAAAGTAAGGGTTTTAACAATGGCGAGA
AGACCGGAAGAAGAATACGACTACTTGTTTAAAGTGGTTCTCATCGGAGACTCCGGTGTT
GGCAAGTCGAATCTCCTCTCTAGATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTGGAATCCAAATCT
ACCATCGGTGCCGAATTCGCTACTCGTACTCTCCAAGTGGAAGGAAGGACTGTGAAAGCT
CAGATATGGGACACGGCTGGGCAAGAACGATACAGAGCCATAACCAGCGCCTACTACAGA
GGTGCCCTTGGTGCTCTCTTGGTTTACGACGTCACTAAACCAACAACGTTCGAGAACGTT
AGCCGGTGGTTGAAAGAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTCATCATGTTGATC
GGAAACAAGACGGATCTGAAGCATCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGAGCTTC
GCCGAGAAAGAAGGCTTGTCTTTCATCGAGACGTCGGCTCTCGAGGCGCTGAACGTGGAG
AAGGCCTTTCAGACTATTCTCTCGGAGATCTACAGGATCATCAGCAAGAA*TCGATATCT
TCGGACCAGGCAGATGCAAATGGTA*CGTCAGGGAAG*TCAAACAATCGATGTCGCTGCT
GCCTCTTCTGA*TCAAACACTAAGAAGC*TTGTTGCTCT*CTTCCTGAA**GGGCTTATC
ACACTTCGA
GCCATATCTAT

QA 4 732 4 732
DS 

RD RR1CJ96TF 749 0 0
GG
AATCACGCTCTTCTCCAGAAAAAAAA*GAAAGTAAGGGTTTTAACAATGGCGAGAAGACC
GGAAGAAGAATACGACTACTTGTTTAAAGTGGTTCTCATCGGAGACTCCGGTGTTGGCAA
GTCGAATCTCCTCTCTAGATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTGGAATCCAAATCTACCAT
CGGTGTCGAATTCGCTACTCGTACTCTCCAAGTGGAAGGAAGGACTGTGAAAGCTCAGAT
ATGGGACACGGCTGGGCAAGAACGATACAGAGCCATAACCAGCGCCTACTACAGAGGTGC
CCTTGGTGCTCTCTTGGTTTACGACGTCACTAAACCAACAACGTTCGAGAACGTTAGCCG
GTGGTTGAAAGAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTCATCATGTTGATCGGAAA
CAAGACGGATCTGAAGCATCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGATCTTCGCCGA
GAAAGAAGGCTTGTCTTTCATCGAGACGTCGGCTCTCGAGGCGCTGAACGTGGAGAAGGC
CTTTCAGACTATTCTCTCGGAGATCTACAGGATCATCAGCAAGAAATCGATATCTTCGGA
CCAGGCAGATGCAAATGGTAACGTCAGGGAAGGTCAAACAATCGATGTCGCTGCTGCCTC
TTCTGAATCAAACACTAAGAAGCCTTGTTGCTCTTCTTCCTGAA**GGGCTTATCACACT
TCGAAGCCAATATCTATGTATT
CCTTT

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1CL30JQ 822 0 0
GGGATCCC
AATCACGCTCT*CTCCAGAAAAAAAAAGAAAGTAAGGGTTT*AACAATGGCGAGAAGACC
GGAAGAAGAATACGACTACTTGTTTAAAGTGGTTCTCATCGGAGACTCCGGTGTTGGCAA
GTCGAATCTCCTCTCTAGATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTGGAATCCAAATCTACCAT
CGGTGCCGAATTCGCTACTCGTACTCTCCAAGTGGAAGGAAGGACTGTGAAAGCTCAGAT
ATGGGACACGGCTGGGCAAGAACGATACAGAGCCATAACCAGCGCCTACTACAGAGGTGC
CCTTGGTGCTCTCTTGGTTTACGACGTCACTAAACCAACAACGTTCGAGAACGTTAGCCG
GTGGTTGAAAGAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTCATCATGTTGATCGGAAA
CAAGACGGATCTGAAGCATCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGAGCTTCGCCGA
GAAAGAAGGCTTGTCTTTCATCGAGACGTCGGCTCTCGAGGCGCTGAACGTGGAGAAGGC
CTTTCAGACTATTCTCTCGGAGATCTACAGGATCATCAGCAAGAAATCGATATCTTCGGA
CCAGGCAGATGCAAATGGTAACGTCAGGGAAGGTCAAACAATCGATGTCGCTGCTGCCTC
TTCTGAATCAAACACTAAGAAGCCTTGTTGCTCTTCTTCCTGAAAGGGGCTTATCACACT
TCGAAGCCAATATCTATGTATTTCCTTTTACGGCTTGCTTGCATTGTAATATAACTCAAG
GATCATTCCTATATGAATTGTGAAATTCAAA
TGC

QA 9 819 9 819
DS 

RD RR1CJ96JQ 746 0 0
TTAAAGTGGTTCTCATCGGAGACTCCGGTGTTGGCAAGTCGAATCTCCTCTCTAGATTCA
CTCGCGACGAGTTCTGCTTGGAATCCAAATCTACCATCGGTGTCGAATTCGCTACTCGTA
CTCTCCAAGTGGAAGGAAGGACTGTGAAAGCTCAGATATGGGACACGGCTGGGCAAGAAC
GATACAGAGCCATAACCAGCGCCTACTACAGAGGTGCCCTTGGTGCTCTCTTGGTTTACG
ACGTCACTAAACCAACAACGTTCGAGAACGTTAGCCGGTGGTTGAAAGAGCTCAGAGACC
ATGCGGATTCCAACATCGTCATCATGTTGATCGGAAACAAGACGGATTTGAAGCATTTCA
GAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGATTTTCGCCGAGAAAGAAGGCTTGTCTTTCATCG
AGACGTCGGCTCTCGAGGCGCTGAACGTGGAGAAGGCCTTTCAGACTATTCTCTCGGAGA
TCTACAGGATCATCAGCAAGAAATCGATATTTTCGGACCAGGCAGATGCAAATGGTAACG
TCAGGGAAGGTCAAACAATCGATGTCGCTGCTGCCTTTTTTGAATCAAACACTAAGAAGC
CTTGTTGCTTTTCTTCCTGAAAGGGGCTTATCACACTTCGAAGCCAATATCTATGTATTT
CCTTTTACGGCTTGCTTGCATTGTAATATAACTCAAGGATCATTCCCATATGAATTGTGA
AATTCAAATGCAAGCAATTGTTGTCT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1C256JQ 727 0 0
GACTCCGGTGTTGGCAAGTCGAATCTCCTCTCTAGATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTG
GAATCCAAATCTACCATCGGTGTCGAATTCGCTACTCGTACTCTCCAAGTTGAAGGAAGG
ACTGTGAAAGCTCAGATATGGGACACGGCTGGGCAAGAACGATACAGAGCCATAACCAGC
GCCTACTACAGAGGTGCCCTTGGTGCTCTCTTGGTTTACGACGTCACTAAACCAACAACG
TTCGAGAACGTTAGCCGGTGGTTGAAAGAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTC
ATCATGCTGATCGGAAACAAGACGGATCTGAAGCATCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGAT
GCTCAGAGCTTCGCCGAGAAAGAAGGCTTGTCTTTCATCGAGACGTCGGCTCTCGAGGCG
CTGAACGTGGAGAAGGCCTTTCAGACTATTCTCTCGGAGATCTACAGGATCATCATCAAG
AAATCGATATCTTCGGACCAGGCAGATGCAAATGGTAACGTCAGGGAAGGTCAAACAATC
GATGTCGCTGCTGCCTCTTCTGAATCAAACACTAAGAAGCCTTGTTGCTCTTCTTCCTGA
AAGGGGCTTATCACACTTCGAAGCCAATATCTATGTATTTCCTTTTACGGCTTGCTTGCA
TTGTAATATAACTCAAGGATCATTCCTATATGAATTGTGAAATTCAAATGCAAGCAATTG
TTGTCTC

QA 1 727 1 727
DS 



CO CL352Contig2 832 4 7 U
GGGAAAATCCCAATCACGCTCTTCTCCAGAAAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAGGGTTTTAA
CAATGACGAGAAGACCGGAAGAAGAGTACGACTACTTGTTTAAAGTGGTTCTCATCGGAG
ACTCCGGTGTCGGCAAGTCGAATCTCCTCTCTAGATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTGG
AATCCAAATCTACCATCGGTGTCGAATTCGCTACTCGCACTCTCCAAGTGGAAGGAAGGA
CTGTGAAAGCGCAGATATGGGACACGGCTGGGCAAGAACGATACAGAGCCATAACCAGCG
CCTACTACAGAGGTGCGCTCGGTGCTCTCTTGGTCTACGACGTCACGAAACCAACAACGT
TCGAGAACGTTAGCAGGTGGTTGAAAGAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTGA
TCATGTTGATCGGAAACAAGACGGACCTGAAGCATCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATG
CTCAGAGCTTCGCCGAGAAAGAAGGCTTGTCTTTCATCGAGACATCGGCTCTCGAGGCGC
TGAACGTGGAGAAGGCCTTTCAGACGATTCTCTCTGAGATTTACAGGATCATCAGCAAGA
AATCGATATCTTCGGACCAGGCAGATGCAAATGGTAACGTCAGGGAAGGTCAAACAATCG
ATGTCGCTGCTGCCTCTTCTGAATCAAACACTAAGAAGCCTTGTTGCTCTTCTTCCTGAA
AGGGCTTATCTCACTTCGAAGCCAATATCTATGTATCTCCTTTTTACGCCTAGCTTGCGC
TGTGTAATATAACTCAAGGATCATTCCTATATGAATCGTGAAATTCAAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE28TF U 1
AF RR1BF59TF U 21
AF RR1BF59JQ C 83
AF RR1DE28JQ C 336
BS 1 162 RR1DE28TF
BS 163 163 RR1BF59TF
BS 164 553 RR1DE28TF
BS 554 554 RR1BF59TF
BS 555 610 RR1DE28TF
BS 611 762 RR1BF59TF
BS 763 832 RR1BF59JQ

RD RR1DE28TF 610 0 0
GGGAAAATCCCAATCACGCTCTTCTCCAGAAAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAGGGTTTTAA
CAATGACGAGAAGACCGGAAGAAGAGTACGACTACTTGTTTAAAGTGGTTCTCATCGGAG
ACTCCGGTGTCGGCAAGTCGAATCTCCTCTCTAGATTCACTCCCGACGAGTTCTGCTTGG
AATCCAAATCTACCATCGGTGTCGAATTCGCTACTCGCACTCTCCAAGTGGAAGGAAGGA
CTGTGAAAGCGCAGATATGGGACACGGCTGGGCAAGAACGATACAGAGCCATAACCAGCG
CCTACTACAGAGGTGCGCTCGGTGCTCTCTTGGTCTACGACGTCACGAAACCAACAACGT
TCGAGAACGTTAGCAGGTGGTTGAAAGAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTGA
TCATGTTGATCGGAAACAAGACGGACCTGAAGCATCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATG
CTCAGAGCTTCGCCGAGAAAGAAGGCTTGTCTTTCATCGAGACATCGGCTCTCGAGGCGC
TGAACGTGGAGAAAGCCTTTCAGACGATTCTCTCTGAGATTTACAGGATCATCAGCAAGA
AATCGATATC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1BF59TF 742 0 0
GCTTCTCCAGAAAA
AAAAGAAAAAAAAGAAAGGGTTTTAACAATGGCGAGAAGACCGGAAGAAGAGTACGACTA
CTTGTTTAAAGTGGTTCTCATCGGAGACTCCGGTGTCGGCAAGTCGAATCTCCTCTCTAG
ATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTGGAATCCAAATCTACCATCGGTGTCGAATTCGCTAC
TCGCACTCTCCAAGTGGAAGGAAGGACTGTGAAAGCGCAGATATGGGACACGGCTGGGCA
AGAACGATACAGAGCCATAACCAGCGCCTACTACAGAGGTGCGCTCGGTGCTCTCTTGGT
CTACGACGTCACGAAACCAACAACGTTCGAGAACGTTAGCAGGTGGTTGAAAGAGCTCAG
AGACCATGCGGATTCCAACATCGTGATCATGTTGATCGGAAACAAGACGGACCTGAAGCA
TCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGAGCTTCGCCGAGAAAGAAGGCTTGTCTTT
CATCGAGACATCGGCTCTCGAGGCGCTGAACGTGGAGAAGGCCTTTCAGACGATTCTCTC
TGAGATTTACAGGATCATCAGCAAGAAATCGATATCTTCGGACCAGGCAGATGCAAATGG
TAACGTCAGGGAAGGTCAAACAATCGATGTCGCTGCTGCCTCTTCTGAATCAAACACTAA
GAAGCCTTGTTGCTCTTCTTCCTGAAAGGGCTTATCTCACTTCGAAGCCAATATCTATGT
ATCTCCTT

QA 15 742 15 742
DS 

RD RR1BF59JQ 750 0 0
AGAG
TACGACTACTTGTTTAAAGTGGTTCTCATCGGAGACTCCGGTGTCGGCAAGTCGAATCTC
CTCTCTAGATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTGGAATCCAAATCTACCATCGGTGTCGAA
TTCGCTACTCGCACTCTCCAAGTGGAAGGAAGGACTGTGAAAGCGCAGATATGGGACACG
GCTGGGCAAGAACGATACAGAGCCATAACCAGCGCCTACTACAGAGGTGCGCTCGGTGCT
CTCTTGGTCTACGACGTCACGAAACCAACAACGTTCGAGAACGTTAGCAGGTGGTTGAAA
GAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTGATCATGTTGATCGGAAACAAGACGGAC
CTGAAGCATCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGAGCTTCGCCGAGAAAGAAGGC
TTGTCTTTCATCGAGACATCGGCTCTCGAGGCGCTGAACGTGGAGAAGGCCTTTCAGACG
ATTCTCTCTGAGATTTACAGGATCATCAGCAAGAAATCGATATCTTCGGACCAGGCAGAT
GCAAATGGTAACGTCAGGGAAGGTCAAACAATCGATGTCGCTGCTGCCTCTTCTGAATCA
AACACTAAGAAGCCTTGTTGCTCTTCTTCCTGAAAGGGCTTATCTCACTTCGAAGCCAAT
ATCTATGTATCTCCTTTTTACGCCTAGCTTGCGCTGTGTAATATAACTCAAGGATCATTC
CTATATGAATCGTGAAATTCAAAAGC

QA 5 750 5 750
DS 

RD RR1DE28JQ 491 0 0
TACGACGTCACGAAACCAACAACGTTCGAGAACGTTAGCAGGTGGTTGAAAGAGCTCAGA
GACCATGCGGATTCCAACATCGTGATCATGTTGATCGGAAACAAGACGGACCTGAAGCAT
TTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGAGCTTCGCCGAGAAAGAAGGCTTGTCTTTC
ATCGAGACATCGGCTCTCGAGGCGCTGAACGTGGAGAAGGCCTTTCAGACGATTCTTTCT
GAGATTTACAGGATCATCAGCAAGAAATCGATATCTTCGGACCAGGCAGATGCAAATGGT
AACGTCAGGGAAGGTCAAACAATCGATGTCGCTGCTGCCTCTTCTGAATCAAACACTAAG
AAGCCTTGTTGCTCTTCTTCCTGAAAGGGCTTATCTCACTTCGAAGCCAATATCTATGTA
TCTCCTTTTTACGCCTAGCTTGCGCTGTGTAATATAACTCAAGGATCATTCCTATATGAA
TCGTGAAATTC

QA 1 491 1 491
DS 



AS 1 10

CO CL353Contig1 1356 10 14 U
AGGACATTACTGGAAACCCCAGAGCTCTTAGGAGGTTGAGGACAGCCTGTGAGAGGGCAA
AGAGGACTCTTTCCTCCACTGCTCAGACCACCATCGAGACTGACTCTCTCTTTGAGGGAA
TTGATTTCTACTCTGCACTCACCCGTGCTAGATTCGAGGAGCTCAACATGGATCTCTTTA
GGAAGTGCATGGAGCCAGTAGAGAAGTGTCTCCGTGATGCTAAGATGGACAAGAGCACCG
TCCACGATGTTGTCCTTGTCGGTGGCTCCACCCGTATTCCCAAGGTTCAGCAATTGCTTC
AGGACTTCTTCAACGGCAAAGAGCTTTGCAAGTCTATTAACCCTGACGAGGCTGTTGCTT
ACGGTGCTGCTGTCCAGGGTGCTATTCTCAGCGGTGAAGGAAACGAGAAGGTCCAAGATC
TTCTCTTGCTTGATGTCACACCTCTCTCACTCGGTCTTGAAACCGCCGGTGGTGTCATGA
CCACTTTGATCGCAAGGAACACCACCATTCCCACCAAAAAGGAGCAGGTGTTCTCAACCT
ACTCAGACAACCAGCCAGGTGTGTTGATCCAGGTGTTCGAGGGGGAGAGAGCCAGAACCA
AGGACAACAACCTCCTCGGGAAGTTTGAACTCTCTGGAATCCCTCCAGCCCCACGTGGTG
TCCCTCAGATCACTGTCTGCTTTGACATTGACGCCAATGGTATCCTCAACGTGTCTGCTG
AGGACAAGACCACCGGACAGAAGAACAAGATCACCATCACCAACGACAAGGGTCGTTTGT
CCAAGGACGATATTGAGAAGATGGTCCAGGAGGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGACGAGG
AGCACAAGAAGAAGGTGGAAGCCAAGAACGCTCTCGAGAACTACGCTTACAACATGAGGA
ACACCATCCAGGACGAGAAGATTGGTGAGAAGCTACCGGCTGCAGACAAGAAGAAGATCG
AGGACTCGATTGAGCAGGCGATTCAGTGGCTAGAGAATAACCAGTTGGGTGAGGCTGATG
AGTTCGAAGACAAGATGAAGGAGTTGGAGAGCATCTGCAACCCAATCATTGCCAAGATGT
ACCAAGGAGCTGGCGGTGAAGCTGCAGGGATGGACGATGATGCTCCTCCTGCCTCAGGCG
GTGCTGGCCCTAAGATCGAAGAGGTCGACTAATCTGCTGATTCCTGACGTCTCTCTATCT
ATTTCACTGCTTATTTCGATTTCTTAAGAACTTTTCTATGTTGGGCCTTTTTGATAGGCC
CGTTTTGCTATTATTTTTGTTACAACTTTTTGAACTCTGGATTTTCTGTCCAGCTATGAT
GACGGATAAGTAAAACGTTTTGGCCTTTCCTATCTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 10 10 10 10 10 

AF RR1H335TF U 1
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AF RR1AN14TF U 487
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AF RR1D264TF U 1058
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AF RR1EL76TF U 1015
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BS 101 184 RR1BJ93TF
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BS 1134 1350 RR1D264TF
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AGAGGACTCTTTCCTCCACTGCTCAGACCACCATCGAGACTGACTCTCTCTTTGAGGGAA
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AGTACTTCTTCAACGGCAAAGAGCTTTGCAAGTCTATTAACCCTGACGAGGCTGTTGCTT
ACGGTGCTGCTGTCCAGGGTGCTATTCTCAGCGGTGAAGGAAACGAGAAGGTCCAAGATC
TTCTCTTGCTTGATGTCACACCTCTCTCACTCGGTCTTGAAACCGCCGGTGGTGTCATGA
CCACTTTGATCGCAAGG

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DS 

RD RR1BJ93TF 598 0 0
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AGAGGACTCTTTCCTCCACTGCTCAGACCACCATCGAGATTGACTCTCTCTTTGAGGGAA
TTGATTTCTACTCTGCACTCACCCGTGCTAGATTCGAGGAGCTCAACATGGATCTCTTTA
GGAATTGCATGGAGCCAGTAGAGAAGTGTCTCCGTGATGCTAAGATGGACAAGAGCACCG
TCCACGATGTTGTCCTTGTCGGTGGCTCCACCCGTATTCCCAAGGTTCAGCAATTGCTTC
AGGACTTCTTCAACGGCAAAGAGCTTTGCAAGTCTATTAACCCTGACGAGGCTGTTGCTT
ACGGTGCTGCTGTCCATGGTGCTATTCTCAGCGGTGAAGGAAACGAGAAGGTCCAAGATC
TTCTCTTGCTTGATGTCACACCTCTCTCACTCGGTCTTGAAACCGCCGGTGGTGTCATGA
CCACTTTGATCGCAAGGAACACCACCATTCCCACCAAAAAGGAGCAGGTGTTCTCAACCT
ACTCAGACAACCAGCCAGGTGTGTTGATCCAGGTGTTCGAGGGGGAGAGAGCCAGAAC

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DS 

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G
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CAACCAGCCAGGTGTGTTGATCCAGGTGTTCGAGGGGGAGAGAGCCAGAACCAAGGACAA
CAACCTCCTCGGGAAGTTTGAGCTCTCTGGAATCCCTCCAGCCCCACTTGGTGTCCCTCA
GATCACTGTCTGCTTTGACATTGACGCCAATGGTATCCTCAACGTGTCTGCTGAGGACAA
GACCACCGGACAGAAGAACAAGATCACCATCACCAACGACAAGGGTCGTTTGTCCAAGGA
CGATATTGAGAAGATGGTCCAGGAGGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGACGAGGAGCACAA
GAAGAAGGTGGAAGCCAAGAACGCTCTCGAGAACTACGCTTACAACATGAGGAACACCAT
CCAGGACGAGAAGATTGGTGAGAAGCTACCGGCTGCAGACAAGAAGAAGATCGAGGACTC
GATTGAGCAGGCGATTCAGTGGCTAGAGAATAACCAGTTGGGTGAGGCTGATGAGTTCGA
AGACAAGATGAAGGAGTTGGAGAGCATCTGCAACCCAATCATTGCCAAGATGTACCAAGG
AGCTGGCGGTGAAGCTGCAGGGATGGACGATGATGCTCCTCCTGCC

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DS 

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ACAACAACCTCCTCGGGAAGTTTGAACTCTCTGGAATCCCTCCAGCCCCACGTGGTGTCC
CTCAGATCACTGTCTGCTTTGACATTGACGCCAATGGTATCCTCAACGTGTCTGCTGAGG
ACAAGACCACCGGACAGAAGAACAAGATCACCATCACCAACGACAAGGGTCGTTTGTCCA
AGGACGATATTGAGAAGATGGTCCAGGAGGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGACGAGGAGC
ACAAGAAGAAGGTGGAAGCCAAGAACGCTCTCGAGAACTACGCTTACAACATGAGGAACA
CCATCCAGGACGAGAAGATTGGTGAGAAGCTACCGGCTGCAGACAAGAAGAAGATCGAGG
ACTCGATTGAGCAGGCGATTCAGTGGCTAGAGAATAACCAGTTGGGTGAGGCTGATGAGT
TCGAAGACAAGATGAAGGAGTTGGAGAGCATCCGCAACCCAATCATTGCCAAGATGTACC
AAGGAGCTGGCGGTGAAGCTGCAGGGATGGACGATGATGCTCCTCCTGCCTCAGGCGGTG
CTGGCCCTAAGATCGAAGAGGTCGACTAATCTGCTGATTCCTGACGTCTCTCTATCTATT
TCACTGCTTATTTCGATTTCTTAAGAACTTTTCTATGTTGGGCCTTTTTGATAGGCCCGT
TTTGCTATTATTTTTGTTACAACTTTTTGAACTCTGGATTTTCTGTCCAGCTATGATGAC
GGATAAGTAAAACGTTTTGGCCTTTCC

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G
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GATGCTCCTCCTGCCTCAGGCGGTGCTGGCCCTAAGATCGAAGAGGTCGACTAATCTGCT
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TGTTGGGCCTTTTTGATAGGCCCGTTTTGCTATTATTTTTGTTACAACTTTTTGAACTCT
GGATTTTCTGTCCAGCTATGATGACGGATAAGTAAAACGTTTTGGCCTTTCC

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DS 

RD RR1D264TF 293 0 0
G
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GATGCTCCTCCTGCCTCAGGCGGTGCTGGCCCTAAGATCGAAGAGGTCGACTAATCTGCT
GATTCCTGACGTCTCTCTATCTATTTCACTGCTTATTTCGATTTCTTAAGAACTTTTCTA
TGTTGGGCCTTTTTGATAGGCCCGTTTTGCTATTATTTTTGTTACAACTTTTTGAACTCT
GGATTTTCTGTCCAGCTATGATGACGGATAAGTAAAACGTTTTGGCCTTTCC

QA 2 293 2 293
DS 

RD RR1H335JQ 694 0 0
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TCTATTTCACTGCTTATTTCGATTTCTTAAGAACTTTTCTATGTTGGGCCTTTTTGATAG
GCCCGTTTTGCTATTATTTTTGTTACAACTTTTTGAACTCTGGATTTTCTGTCCAGCTAT
GATGACGGATAAGTAAAACGTTTTGGCCTTTCCT

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DS 

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AACATGAGGAACACCATCCAGGACGAGAAGATTGGTGAGAAGCTACCGGCTGCAGACAAG
AAGAAGATCGAGGACTCGATTGAGCAGGCGATTCAGTGGCTAGAGAATAACCAGTTGGGT
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TATCTATTTCACTGCTTATTTCGATTTCTTAAGAACTTTTCTATGTTGGGCCTTTTTGAT
AGGCCCGTTTTGCTATTATTTTTGTTACAACTTTTTGAATTCTGGATTTTCTGTCCAGCT
ATGATGACGGATAAGTAAAACGTTTTGGCCTTTCCTATCTT

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DS 

RD RR1EL76TF 337 0 0
G
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GATGTACCAAGGAGCTGGCGGTGAAGCTGCAGGGATGGACGATGATGCTCCTCCTGCCTC
AGGCGGTGCTGGCCCTAAGATCGAAGAGGTCGACTAATCTGCTGATTCCTGACGTCTCTC
TATCTATTTCACTGCTTATTTCGATTTCTTAAGAACTTTTCTATGTTGGGCCTTTTTGAT
AGGCCCGTTTTGCTATTATTTTTGTTACAACTTTTTGAACTCTGGATTTTCTTTCCAGCT
ATGATGACGGATAAGTAAAACGTTTTGGCCTTTCCT

QA 2 337 2 337
DS 



AS 2 10

CO CL354Contig1 1005 8 5 U
AAAAAACGTTTTCGCACCTTTACATTGGTATTGGTACACAAAGAATTTTTTTTTT*ATAA
CCTAACCTAGTGTATTCATATTTCAATTATAAGTTCCGAAATATAGCCTATTTTTTATGT
TTTAAATAGAGGATATTATCCTATTTCAATAACCACTTATTAGTCATTACTAAGAAACAC
TCTAGTATTGATATTTAGTCATTTTCAAATCCCTTTTATTCGTTTTAATAGTCGAAAAAA
AAAATAGAAAAAACTAGATATAGATATATAGATATTCTCATATTCATGTACTACTTATCC
TTAGAGAATACCAGATGAAATAGAACGATTTGAGAAAAGGATATAATGAAATTTTTTTCT
GTGATTGGTTCTTCTGATAGAAAAAAGAATCTGTTTTATTTGACCGAGAGGGCCAAGAAA
CTAAAAAACAATTAATTGTAAAAACAAATAAAGATATATTATAGAATAAAAAAAAAA**G
AAACAAAGAAAAATTTCTTATTCGAAGCGCCTCGTGATCGTCAACCAATTCTGTGCTTCA
ATATAATTACCAGGAGTAAGCGTTATAGCCTGTTTCCAATACTCGGCGGCTTGAGCAAAC
CAAGCCTCCGCCATTTCAGAATCTCCTTGTTGAATGGCCTGTTCTCCACGGTCGGAATAG
GCGGGTCAATTCCCTCCCTGAGAACCGTACTTGAGAGTTTCCTACCTCATACGGCTCGAC
AACCAACTCTTTTGTTTTGGTGTACCAGTTTTTTCACTTTAACCTACTTTAACTTTATAT
CTAATTGAATGTCTAATTGAATGAGATTTCTTATAGATATTCATTCGGTTTTTCTTGGAT
TAAACAAAAGAGAGTAATTACATGAGTTTCAAACTTTCGTTTTGATTTAATTAATATATT
AATTAATCTAATAAGTTTTATCTTTTCTCCTACCTTCAGAAAAAAAAGGCATGTCCACTG
TTATTAGATATTAGAATTTTCTGAAAGGTAACTATCCCGCTTTCC


BQ
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX27JQ C 1
AF RR1DX27TF U 1
AF RR1AN45JQ U 1
AF RR1AN45TF C 1
AF RR1FW84JQ U 62
AF RR1FE15JQ U 1
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AF RR1FW84TF C 352
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QA 1 234 1 234
DS 

RD RR1DX27TF 234 0 0
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TCTAGTATTGATATTTAGTCATTTTCAAATCCCTTTTATTCGTTTTAATAGTCG

QA 1 234 1 234
DS 

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TTTAAATAGAGGATATTATCCTATTTCAATAACCACTTATTAGTCATTACTAAGAAACAC
TCTAGTATTGATATTTAGTCATTTTCAAATCCCTTTTATTCGTTTTAATAGTCGAAAAAA
AAAATAGAAAAAACTAGATATAGATATATAGATATTCTCATATTCATGTACTACTTATCC
TTAGAGAATACCAGATGAAATAGAAC
C

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR1AN45TF 327 0 0
AAAAAACGTTTTCGCACCTTTACATTGGTATTGGTACACAAAGAATTTTTTTTTTTATAA
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TCTAGTATTGATATTTAGTCATTTTCAAATCCCTTTTATTCGTTTTAATAGTCGAAAAAA
AAAATAGAAAAAACTAGATATAGATATATAGATATTCTCATATTCATGTACTACTTATCC
TTAGAGAATACCAGATGAAATAGAAC
C

QA 1 326 1 326
DS 

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TTAAATAGAGGATATTATCCTATTTCAATAACCACTTATTAGTCATTACTAAGAAACACT
CTAGTATTGATATTTAGTCATTTTCAAATCCCTTTTATTCGTTTTAATAGACGAAAAAAA
AA*TAGAAAAAACTAGATATAGATATATAGATATTCTCATATTCATGTACTACTTATCCT
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TGATTGGTTCTTCT

QA 1 314 1 314
DS 

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CCTAACCTAGTGTATTCATATTTCAATTATAAGTTCCGAAATATAGCCTATTTTTTATGT
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TCTAGTATTGATATTTAGTCATTTTCAAATCCCTTTTATTCGTTTTAATAGTCGAAAAAA
AAA*TAGAAAAAACTAGATATAGATATATAGATATTCTCATATTCATGTACTACTTATCC
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GTGATTGGTTCTTCTGATAGAAAAAAGAATCTGTTTTATTTGACCGAGAGGGCCAAGAAA
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GCGGGTCAATTCCCTCCCTGAGAACCGTACTTGAGAGTTTCCTACCT

QA 1 707 1 707
DS 

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TCTAGTATTGATATTTAGTCATTTTCAAATCCCTTTTATTCGTTTTAATAGTCGAAAAAA
AAA*TAGAAAAAACTAGATATAGATATATAGATATTCTCATATTCATGTACTACCTATCC
TTAGAGAATACCAGATGAAATAGAACGATTTGAGAAAAGGATATAATGAAATTTTTTTCT
GTGATTGGTTCTTCTGATAGAAAAAAGAATCTGTTTTATTTGACCGAGAGGGCCAAGAAA
CTAAAAAACAATTAATTGTAAAAACAAATAAAGATATATTATAGAATAAAAAAAAAA**G
AAACAAAGAAAAATTTCTTATTCGAAGCGCCTCGTGATCGTCAACCAATTCTGTGCTTCA
ATATAATTACCAGGAGTAAGCGTTATAGCCTGTTTCCAATACTCGGCGGCTTGAGCAAAC
CAAGCCTCCGCCATTTCAGAATCTCCTTGTTGAATGGCCTGTTCTCCACGGTCGGAATAG
GCGGGTCAATTCCCTCCCTGAGAACCGTACTTGAGAGTTTCCTACCTCATACGGCTCGAC
AACCAACTCTTTTGTTTTGGTGTACCAGTTTTTTCACTTTAACCTACTTTAACTTTATAT
CTAATTGAATGTC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1FW84TF 654 0 0
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GCCAAGAAACTAAAAAACAATTAATTGTAAAAACAAATAAAGATATATTATAGAATAAAA
AAAAAG**GAAACAAAGAAAAATTTCTTATTCGAAGCGCCTCGTGATCGTCAACCAATTC
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TGAGCAAACCAAGCCTCCGCCATTTCAGAATCTCCTTGTTGAATGGCCTGTTCTCCACGG
TCGGAATAGGCGGGTCAATTCCCTCCCTGAGAACCGTACTTGAGAGTTTCCTACCTCATA
CGGCTCGACAACCAACTCTTTTGTTTTGGTGTACCAGTTTTTTCACTTTAACCTACTTTA
ACTTTATATCTAATTGAATGTCTAATTGAATGAGATTTCTTATAGATATTCATTCGGTTT
TTCTTGGATTAAACAAAAGAGAGTAATTACATGAGTTTCAAACTTTCGTTTTGATTTAAT
TAATATATTAATTAATCTAATAAGTTTTATCTTTTCTCCTACCTTCAGAAAAAAAAGGCA
TGTCCACTGTTATTAGATATTAGAATTTTCTGAAAGGTAACTATCCCGCTTTCC

QA 1 654 1 654
DS 



CO CL354Contig2 803 2 9 U
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AAAGGTTTTGGACCGATACAACAAGAGCTGTTTATTTATATCATAATATGAGATAAATCT
TAGGAATCTACTTATGTAATAGAGTGGATCCCCTAAGGTATTGAGCAGCGGTGTAGCATC
AGATCCTAAAGACAGTAAGTCTTTTTCTTTTTTATGAAGTATGAAAAAAAGTCTTTTTCA
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TCTAATAACAGTGGACATGCCTTTTTTTTCTGAAGGTAGGAGAAAAGATAAAACTTATTA
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TTTGTTTAATCCAAGAAAAACCGAATGAATATCTATAAGAAATCTCATTCAATTAGACAT
TCAATTAGATATAAAGTTAAAGTAGGTTAAAGTGAAAAAACTGGTACACCAAAACAAAAG
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GAGCTTGGTTTGCTCAAGCCGCCGAGTATTGGAAACAGCTATAACGCTTACTCCTGGTAT
TATATTGAAGCACAGAATTGGTTGACGATCACGAGCGCTTCGAATAAGAAATTTTCTTTG
TTTCTTTTTTTTATCTATAATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FE15TF U 6
AF RR1EX45TF U 1
BS 1 643 RR1EX45TF
BS 644 644 RR1FE15TF
BS 645 689 RR1EX45TF
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RD RR1FE15TF 766 0 0
G
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QA 2 766 2 766
DS 

RD RR1EX45TF 803 0 0
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AGATCCTAAAGACAGTAAGTCTTTTTCTTTTTTATGAAGTATGAAAAAAAGTCTTTTTCA
ACGATTCTATATAAATTTATATATGAAAGCGGGATAGTTACCTTTCAGAAAATTCTAATA
TCTAATAACAGTGGACATGCCTTTTTTTTCTGAAGGTAGGAGAAAAGATAAAACTTATTA
GATTAATTAATATATTAATTAAATCAAAACGAAAGTTTGAAACTCATGTAATTACTCTCT
TTTGTTTAATCCAAGAAAAACCGAATGAATATCTATAAGAAATCTCATTCAATTAGACAT
TCAATTAGATATAAAGTTAAAGTAGGTTAAAGTGAAAAAACTGGTACACCAAAACAAAAG
AGTTGGTTGTCGAGCCGTATGAGGTAGGAAACTCTCAAGTACGGTTCTCAGGGAGGGAAT
TGACCCGCCTATTCCGACCGTGGAGAACAGGCCATTCAACAAG*AGATTCTGAAATGGCG
GAGCTTGGTTTGCTCAAGCCGCCGAGTAT*GGAAACAGCTATA*CGCTTACTCCTGGTAT
TATATTGAAGCACAGAATTGGTTGACGATCACGAGCGCTTCGA**TAGAAATTTTCTTTG
TTTCTTTTTTTTATCTATAATAT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 9

CO CL355Contig1 1144 9 11 U
CCGACCAAACTAAACCGATTATTATTATTTATTTTATTTTTTTCTAAACCCATTATTATT
GCACTTAACATCCCAGTAATCTATAAATCCGACAAAGCTCAGTAAGACAGTTCATCAAGT
GTATCTTACAATCACGACAAGCTCGAACACACAAGAAAGCTCAGTAATAATTTCAAATGA
TGTAGTCCGACCATTCCGAGATAAACGAAGTGTGATCCATCGTCTCTCCCGGACACTCCT
CATCATGAATCGTCGGTTTCTCTTTTCCTCCGACGAGTCTCGCCGGATTCCCAACCGCCG
TAGCTCGTGGAGGGATGTCGATCAGAACAACAGATCCGGCACCTACTTTAGCTCCTGCTC
CGATCTTGACGTTCCCGAGAATAGTCGCTCCAGCTCCGATCAAGCAACCGTCGCCGATCT
TGGGATGTCTGTCTCCGCATGCTTTACCTGTTCCACCGAGCGTCACGTGGTGGAGGATCG
AAACGTTGTTCCCTATCACAGCTGTTTCTCCGATGACGACTCCGGTTGCGTGATCGAGAA
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GATACGATGTGCCTGAATCGCTAAGAAGCCCTTGTAATTGAGAAGGCAACGGGAGAAGGA
GATACACGCCGGGTCACGAACGCGAGCAGCACGGAGATCCGCGACGGTGGCGTTGCGGAG
AGAAGGATCGGAGGTGAACGTGTTCAAGAACAGATCGTAAAGAAGCGTCGAGAGAAGCGT
CGACGAGCATAGCTTGTTTCCTAGATGAAACGAGATCGACCGCTCGAGAGACGAGTGAGA
AAGAATCGTCGAGTAGAGGTAGCTAGCTAACGCCGGCTCCGCCTCAGCGTCGCGGCGAGC
TTCCGCCTTGATCTGTGTCCATAATCCCGCAGCTTCCGCATCCGCCGCAGCCGCGGCAAT
CGCAGCTGCAGCTTCGGCAGATTGAGCATCGTTGGACTGTTTGTCTTTTGAGGGAGATTG
ATGTTGGAGCTCTCCGGCCGGCGGCATCTTGACGGACGGCGATAATAACAATTATGTGTC
CCCC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 15 15 45 15 45 15 15 15 45 
15 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D833JQ U 12
AF RR1D833TF C 12
AF RR1ER26JQ U 1
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AF RR1FG06TF C 1
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AF RR1FX43TF C 239
AF RR1ER26TF C 452
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BS 114 445 RR1ER26JQ
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BS 817 1144 RR1ER26TF

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T
C

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AG
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CAGTAATCTATAAATCCGACAAAGCTCAGTAAGACAGTTCATCAAGTGTATCTTACAATC
ACGACAAGCTCGAACACACAAGAAAGCTCAGTAATAATTTCAAATGATGTAGTCCGACCA
TTCCGAGATAAACGAAGTGTGATCCATCGTCTCTCCCGGACACTCCTCATCATGAATCGT
CGGTCTCTCTTTTCCTCCGACGAGTCTCGCCGGATTCCCAACCGCCGTAGCTCGTGGAGG
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CCCGAGAATAGTCGCTCCAGCTCCGATCAAGCAACCGTCGCCGATCTTGGGATGTCTGTC
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T
C

QA 3 483 3 483
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TATCTTACAATCACGACAAGCTCGAACACACAAGAAAGCTCAGTAATAATTTCAAATGAT
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GGGATGTCTGTCTCCGCAAGCTTTACCTGTTCCACCGAGCGTCACGTGGTGGAGGATCGA
AACGTTGTTCACTATCACAGCTGTTTCTCCGATGACGACTCCAGTTGCGTGATCGAGAAG
TATCCCTTTCCCGATCTTCGCTGCCGGATGGATATCGACGGCGATAATAACAATTATGTG
TCCCCC

QA 2 607 2 607
DS 

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A
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GGGATGTCTGTCTCCGCATGCTTTACCTGTTCCACCGAGCGTCACGTGGTGGAGGATCGA
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TATCCCTTTCCCGATCTTCGCTGCCGGATGAATATCGACGGCGA*****ACACCTCGGAG
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DS 

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GGACACTCCTCATCATGAATCGTCGGTTTCTCTTTTCCTCCGACGAGTCTCGCCGGATTC
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GCTCCTGCTCCGATCTTGACGTTCCCGAGAATAGTCGCTCCAGCTCCGATCAAGCAACCG
TCGCCGATCTTGGGATGTCTGTCTCCGCAAGCTTTACCTGTTCCACCGAGCGTCACGTGG
TGGAGGATCGAAACGTTGTTCCCTATCACAACTGTTTCTCCGATGACGACTCCAGTTGCG
TGATCGAGAAGTATCCCTTTCCCGATCTTCGCTGCCGGATGGATATCGACGGCGA*****
ACACCTCGGAGATACGCGAGTGGAGAGCTAAGGCTAGTGGCTTCCGCGTTTGAGTCCATA
GCTTGTGTGAGATACGATGTGCCTGAATCGCTAAGAAGCCCTTG

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DS 

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CTTGGGATGTCTGTCTCCGCATGCTTTACCTGTTCCACCGAGCGTCACGTGGTGGAGGAT
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C

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DS 

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TTGTAATTGAGAAGGCAACGGGAGAAGGAGATACACGCCGGGTCACGAACGCGAGCAGCA
CGGAGATCCGCGACGGTGGCGTTGCGGAGAGAAGGATCGGAGGTGAACGTGTTCAAGAAC
AGATCGTAAAGAAGCGTCGAGAGAAGCGTCGACGAGCATAGCTTGTTTCCTAGATGAAAC
GAGATCGACCGCTCGAGAGACGAGTGAGAAAGAATCGTCGAGTAGAGGTAGCTAGCTAAC
GCCGGCTCCGCCTCAGCGTCGCGGCGAGCTTCCGCCTTGATCTGTGTCCATAATCCCGCA
GCTTCCGCATCCGCCGCAGCCGCGGCAATCGCAGCTGCAGCTTCGGCAGATTGAGCATCG
TTGGACTGTTTGTCTTTTGAGGGAGATTGATGTTGGAGCTCTCCGGCCGGCGGCATCTTG
ACGGACGGCGATAATAACAATTATGTGTCCCCC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 3 8

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TCAGGAAAGACCTCGTAAACTCAAGCAAAGAACACATCTAATACCATATGAAAACAAAAG
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CATAAAACTGAAGAATTTGTTTCCCTTTTTAAGTGGCCTGAGGATGAGAAGCGATAAAAT
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ATTCTTCCTCCAATGCCATCACAACTTCCACACTGTCCAAACTGTCTAACCCTAGATCGT
TGTGGAAATGGGCTTTCGGTGTTACCTTTGAGGGATCGACTCTTTGGAAGTTTTTGACGA
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AGAAATGACGAATAAGGACGGAGAAAGGCAGTGCTGCTTCTCTAGCGCCGATTGTTGTAG
GGTTTAGTAGCGATGGATTGACGTTGACTCTAAGGTATCGAAGCAGAGCATTTCTAGCAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EQ15JQ U 7
AF RR1EW80JQ U 7
AF RR1EW80TF C 1
AF RR1EQ15TF C 7
BS 1 6 RR1EW80TF
BS 7 278 RR1EQ15JQ
BS 279 280 RR1EW80JQ
BS 281 566 RR1EQ15JQ
BS 567 567 RR1EW80JQ
BS 568 581 RR1EQ15JQ
BS 582 590 RR1EW80JQ
BS 591 595 RR1EW80TF
BS 596 596 RR1EQ15TF
BS 597 635 RR1EW80TF

RD RR1EQ15JQ 575 0 0
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CAAAAAAAGTATGTTTGTTTCTGAACTTCTTATTGGGCACAGAAGGCATGATGGCATAAA
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CTTGATCGACGGACTGGATCTTGTCAGCTTCA**ATCAGGGATCTCAAATTTGAATTCTT
CCTCCAATGCCATCACAACTTCCACACTGTCCAAACTGTCTAACCCTAGATCGTTGTGGA
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GACGAATAAGGACGGAGAAAGGCAGTGCTGCTTCTCTAGCGCCGATTGTTGTAGGGTTTA
GTAGCGATGGATTGACGTTG*CTCTAAGGTATCGA

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1EW80JQ 584 0 0
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AAGACCTCGTAAACTCAAGCAAAGAACACATCTAATACCATATGAAAACAAAAGTAGAGC
CAAAAAAAGTATGTTTGTTTCTGAACTTCTTATTGGGCACAGAAGGCATGATGGCATAAC
ACTGAAGAATTTGTTTCCCTTTTTAAGTGGCCTGAGGATGAGAAGCGATAAAATCAACGG
CTTGATCGACGGACTGGATCTTGTCAGCTTCATTATCAGGGATCTCAAATTTGAATTCTT
CCTCCAATGCCATCACAACTTCCACACTGTCCAAACTGTCTAACCCTAGATCGTTGTGGA
AATGGGCTTTCGGTGTTACCTTTGAGGGATCGACTCTTTGGAAGTTTTTGACGACAGAGA
TAACGCGATCTGTGACGTCAGATTTGTCTAGAAAAGATCCTCTTACTTCCTCCGAGAAAT
GACGAATAAGGACGGAGAAAGGCAGTGCTGCTTCTCTAGCGCCGATTGTTGTAGGGTTTA
GTAGCGATGGATTGACGTTGACTCTAAGGTATCGAAGCAGAGCA

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1EW80TF 635 0 0
TTTTTTGCAACGAGTCTCAGATGCATTATTCATCAAAAGATTGTCAAGAACAACAAAGTT
TCAGGAAAGACCTCGTAAACTCAAGCAAAGAACACATCTAATACCATATGAAAACAAAAG
TAGAGCCAAAAAAAGTATGTTTGTTTCTGAACTTCTTATTGGGCACAGAAGGCATGATGG
CATAACACTGAAGAATTTGTTTCCCTTTTTAAGTGGCCTGAGGATGAGAAGCGATAAAAT
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ATTCTTCCTCCAATGCCATCACAACTTCCACACTGTCCAAACTGTCTAACCCTAGATCGT
TGTGGAAATGGGCTTTCGGTGTTACCTTTGAGGGATCGACTCTTTGGAAGTTTTTGACGA
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AGAAATGACGAATAAGGACGGAGAAAGGCAGTGCTGCTTCTCTAGCGCCGATTGTTGTAG
GGTTTAGTAGCGATGGATTGACGTTGACTCTAAGGTATCGAAGCAGAGCATTTCTCGCAG
CCATCGCTATGTGTTTGCAGAAGAATGAAATGAAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1EQ15TF 624 0 0
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AAGACCTCGTAAACTCAAGCAAAGAACACATCTAATACCATATGAAAACAAAAGTAGAGC
CAAAAAAAGTATGTTTGTTTCTGAACTTCTTATTGGGCACAGAAGGCATGATGGCATAAA
ACTGAAGAATTTGTTTCCCTTTTTAAGTGGCCTGAGGATGAGAAGCGATAAAATCAACGG
CTTGATCGACGGACTGGATCTTGTCAGCTTCA**ATCAGGGATCTCAAATTTGAATTCTT
CCTCCAATGCCATCACAACTTCCACACTGTCCAAACTGTCTAACCCTAGATCGTTGTGGA
AATGGGCTTTCGGTGTTACCTTTGAGGGATCGACTCTTTGGAAGTTTTTGACGACAGAGA
TAACGCGATCTGTGACGTCAGATTTGTCTAGAAAAGATCCTCTTACTTCCTCCGAGAAAT
GACGAATAAGGACGGAGAAAGGCAGTGCTGCTTCTCTAGCGCCGATTGTTGTAGGGTTTA
GTAGCGATGGATTGACGTTG*CTCTAAGGTATCGAAGCAGAGCATTTCTAGCCGCCATCG
CTATGTGTTTGCAGAAGAA
TGACC

QA 1 619 1 619
DS 



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GGGATTCAAAGTGTTAAGCATAGATCTCCTCTTGTCCGAGACTCACTTTCCTTCTTTTGA
ATCTGGGGTTTTTTCGATTATGGTTCGATCAGTCCTCACTATTTTCTTCTGTTATATTGT
TTCGATTTGGTAGATTGCCTGTTTCTGTATCAATGGGTCTCGATTACGGTTTCAGAGATG
TTACCCACAGAACCCACAGCAGATCCAACAATCCATTTATCAAAGGATTGGCCGTGGCTC
TAAGTGACTCGGAATCCCCACAGGTTTATACATATTAACCCTTATCTCTGTAATTAAGAA
GAAAAGCTCGATGCTTTTGGTCTATGTGTTGAAACTTTTGATTTTTTCTTCTGATTTAAT
ATATGTTCTTTTGTTTCTTCTCTTCTACTCATCTGTTTATTGATTTGTTTTTGTTTGTTT
CTAGATCAGCAAAAATGGTATTGCGATAACCTTGCAGGTGGTCGTGTGACAACCGAGAGA
GCAAGACGACAGAGTAGATGGAGTTGGTATAGAGGTGAGGTAAGAGAGACAGATAAGAAG
TTTCGATGGTGGTGGAAGAGCACAGATTGATGGAGTTGGTTGACGGCGGCGAAGAGTGGT
GTAGAGAGTCGATCCCTCAAAGGTAACACCGAAAGCCCATTTCCACAACGATCTCGGGTT
AGACAGTTTGGACAGTGTGGAAGTTGTGATGGCATTGGAGGAAGAATTCAAATTTGAGAT
CCCTGATAATGAAGCTGACAAGATCCAGTCCGTCGATCAAGCTGTTGATTTTATCGCTTC
TCATCCTCAGGCCACTTAAAAAGGGAAACAAATTCTTCAGTGTTATGCCATCATGCCTTC
TGTGCCCAATAAGAAGTTCAGAAACAAACATATTTTTTTTGGCTCTACTTTTGTTTTCAT
ATGGTATTAGATGTGTTCTTTGCTTGAGTTTACGAGGTCTTTCCTGAAACTTTGTTGTTC
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ATGCTTGTATAACAAGAGTCGTAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY08TF U 1
AF RR1EY08JQ C 354
BS 1 488 RR1EY08TF
BS 489 1108 RR1EY08JQ

RD RR1EY08TF 488 0 0
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ATCTGGGGTTTTTTCGATTATGGTTCGATCAGTCCTCACTATTTTCTTCTGTTATATTGT
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GAAAAGCTCGATGCTTTTGGTCTATGTGTTGAAACTTTTGATTTTTTCTTCTGATTTAAT
ATATGTTCTTTTGTTTCTTCTCTTCTACTCATCTGTTTATTGATTTGTTTTTGTTTGTTT
CTAGATCAGCAAAAATGGTATTGCGATAACCTTGCAGGTGGTCGTGTGACAACCGAGAGA
GCAAGACG

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1EY08JQ 755 0 0
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TTTGTTTCTAGATCAGCAAAAATGGTATTGCGATAACCTTGCAGGTGGTCGTGTGACAAC
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GAGTGGTGTAGAGAGTCGATCCCTCAAAGGTAACACCGAAAGCCCATTTCCACAACGATC
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TTGAGATCCCTGATAATGAAGCTGACAAGATCCAGTCCGTCGATCAAGCTGTTGATTTTA
TCGCTTCTCATCCTCAGGCCACTTAAAAAGGGAAACAAATTCTTCAGTGTTATGCCATCA
TGCCTTCTGTGCCCAATAAGAAGTTCAGAAACAAACATATTTTTTTTGGCTCTACTTTTG
TTTTCATATGGTATTAGATGTGTTCTTTGCTTGAGTTTACGAGGTCTTTCCTGAAACTTT
GTTGTTCTTGACAATCTTTTGATGAATAATGCATCTGAGACTCGTTGCATTTGAGGATCC
GTGAAATGTCGAGGCATTGTCTCTCGTAAGAGAGAAACCAAATCTATTTTCTTTTGTCAC
TGGTAAGATGCTTGTATAACAAGAGTCGTAGTTCC

QA 1 755 1 755
DS 



CO CL356Contig3 591 2 3 U
TTTCTTCTGCAACACATAGCGATGGCGGCGAGAAATGCTCTGCTTCGATACCTTAGAGTC
AACGTCAATCCATCACTACTAAACCCCACAACAATCGGCGCTAGAGAAGCAGCACTGCCT
TTCGCCGTCCTTCTTCGTCGTTTCTCGGAGGAAGTTAGAGGATCGTTTCTAGACAAATCT
GATGTCACAGATCGCGTTATCTCCGTCGTCAAAAACTTCCAGAGAGTCGATCCCTCAAAG
GTAACACCGAAAGCCCATTTCCACAACGATCTCGGGTTAGACAGTTTGGACAGTGTGGAA
GTTGTGATGGCATTGGAGGAAGAATTCAAATTTGAGATCCCTGATAATGAAGCTGACAAG
ATCCAGTCCGTCGATCAAGCTGTTGATTTTATCGCTTCTCATCCTCAGGCCACTTAAAAA
GGGAAACAAATTCTTCAGTGTTATGCCATCATGCCTTCTGTGCCCAATAAGAAGTTCAGA
AACAAACATATTTTTTTTGGCTCTACTTTTGTTTTCATATGGTATTAGATGTGTTCTTTG
CTTGAGTTTACGAGGTCCTTCCTGAACTTTGTTGTTCTTGACATCTTTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA08TF U 1
AF RR1GG10TF U 8
BS 1 557 RR1FA08TF
BS 558 558 RR1GG10TF
BS 559 591 RR1FA08TF

RD RR1FA08TF 591 0 0
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AACAAACATATTTTTTTTGGCTCTACTTTTGTTTTCATATGGTATTAGATGTGTTCTTTG
CTTGAGTTTACGAGGTCTTTCCTGAACTTTGTTGTTCTTGACATCTTTTGA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1GG10TF 555 0 0
TGC
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CATCACTACTAAACCCCACAACAATCGGCGCTAGAGAAGCAGCACTGCCTTTCGCCGTCC
TTCTTCGTCGTTTCTCGGAGGAAGTTAGAGGATCGTTTCTAGACAAATCTGATGTCACAG
ATCGCGTTATCTCCGTTGTCAAAAACTTCCAGAGAGTCGATCCCTCAAAGGTAACACCGA
AAGCCCATTTCCACAACGATCTCGGGTTAGACAGTTTGGACAGTGTGGAAGTTGTGATGG
CATTGGAGGAAGAATTCAAATTTGAGATCCCTGATAATGAAGCTGACAAGATCCAGTCCG
TCGATCAAGCTGTTGATTTTATCGCTTCTCATCCTCAGGCCACTTAAAAAGGGAAACAAA
TTCTTCAGTGTTATGCCATCATGCCTTCTGTGCCCAATAAGAAGTTCAGAAACAAACATA
TTTTTTTTGGCTCTACTTTTGTTTTCATATGGTATTAGATGTGTTCTTTGCTTGAGTTTA
CGAGGTCCTTCC

QA 4 555 4 555
DS 



AS 1 9

CO CL357Contig1 742 9 9 U
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TCTGGCTGTGGCTGGCCTGCTTTTTTCGACGCTATTCCCGGTGCCATTAAACAAACTCTG
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GTTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCCACGGCTAAAGATGAGCGTCACTGCGTCAACAGTGTT
TCTCTTAAGTTTAATCCTTCCGAAACTTCCTCCTGCTAAATCGGTGTATATCGATCCATT
TATTGTTTGGACCAATTCACCTTTTTAGAGAGAATTCAAAAATCGAGTCTGTTGTTTCAA
GAATAAATTTGTTTTTCTGCTAAAATTTGGTGTGTTTTTTTTTTT*GAAAGCTGGTTTTC
TAAAATTTGGTGTGTTTCATGAATAAATTGTACCTTTGCCGAGTACTGATGAAGCTTTTT
GGTTAATAATACGGACTTATAT


BQ
10 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 25 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR1DY75TF U 39
AF RR1GN04JQ C 2
AF RR1GN04TF U 2
AF RR1AH37TF U 1
AF RR1DY75JQ C 321
AF RR1AN43JQ C 1
AF RR1AY03JQ C 165
AF RR1AY03TF U -3
AF RR1AN43TF U 1
BS 1 252 RR1AH37TF
BS 253 253 RR1GN04TF
BS 254 399 RR1AH37TF
BS 400 400 RR1GN04TF
BS 401 644 RR1AH37TF
BS 645 645 RR1AY03TF
BS 646 701 RR1AH37TF
BS 702 741 RR1AY03TF
BS 742 742 RR1AN43JQ

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ATATAATAAACTGTT

QA 1 195 1 195
DS 

RD RR1GN04JQ 606 0 0
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TCAGGGAAAAGGGCACAGAAGCCCGATTCAAAGGAGAATATAATAAACTGTTCGACGAAG
GAACGTATGCGTGTGCTGGCTGTGCAACTCCTCTTTATAGGTCCACCACCAAGTTCGACT
CTGGCTGTGGCTGGCCTGCTTTTTTCGACGCTATTCCCGGTGCCATTAAACAAACTCTGG
AGCCAGATGGGAGAAGAGTTGAGATCACATGCGCAAAATGTGATGGACATTTAGGTCATG
TTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCCACGGCTAAAGATGAGCGTCACTGCGTCAACAGTGTTT
CTCTTAAGTTTAATCCTTCCGAAACTTCCTCCTGCTAAATCGGTGTATATCGATCCATTT
ATTGTTTGGACCAATTCACCTTTTTAGAGAGAATTCAAAAATCGAGTCTGTTGTTTCAAG
AATAAA

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1GN04TF 606 0 0
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TCAGGGAAAAGGGCACAGAAGCCCGATTCAAAGGAGAATATAATAAACTGTTCGACGAAG
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TTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCCACGGCTAAAGATGAGCGTCACTGCGTCAACAGTGTTT
CTCTTAAGTTTAATCCTTCCGAAACTTCCTCCTGCTAAATCGGTGTATATCGATCCATTT
ATTGTTTGGACCAATTCACCTTTTTAGAGAGAATTCAAAAATCGAGTCTGTTGTTTCAAG
AATAAA

QA 1 606 1 606
DS 

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GCCTCTTCTTATCAAGTTATCATGGCAACGACAGCAACATTGGCAGCTCCATTAACTGGA
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CTCAGGGAAAAGGGCACAGAAGCCCGATTCAAAGGAGAATATAATAAACTGTTCGACGAA
GGAACGTATGCGCGTGCTGGCTGTGCAACTCCTCTTTATAAGTCCACCACCAAGTTCGAC
TCTGGCTGTGGCTGGCCTGCTTTTTTCGACGCTATTCCCGGTGCCATTAAACAAACTCTG
GAGCCAGATGGGAGAAGAGTTGAGATCACATGCGCAAAACGTGATGGACATTTAGGTCAT
GTTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCCACGGCTAAAGATGAGCGTCACTGCGTCAACAGTGTT
TCTCTTAAGTTTAATCCTTCCGAAACTTCCTCCTGCTAAATCGGTGTATATCGATCCATT
TATTGTTTGGACCAATTCACCTTTTTAGAGAGAATTCAAAAATCGAGTCTGTTGTTTCAA
GAATAAATTTGTTTTTCTGCTAAAATTTGGTGTGTTTTTTTTTT**GAAAGCTGGTTTTC
TAAAATTTGGTGTGTTTCATGAATAAATTGTACCTTTGCCG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1DY75JQ 380 0 0
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CCCCACGGCTAAAGATGAGCGTCACTGCGTCAACAGTGTTTTTCTTAAGTTTAATCCTTC
CGAAACTTCCTCCTGCTAAATCGGTGTATATCGATCCATTTATTGTTTGGACCAATTCAC
CTTTTTAGAGAGAATTCAAAAATCGAGTCTGTTGTTTCAAGAATAAATTTGTTTTTCTGC
TAAAATTTGGTGTGTTTTTTTTTT**GAAAGCTGGTTTTCTAAAATTTGGTGTGTTTCAT
GAATAAATTGTACCTTTG
AC

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR1AN43JQ 742 0 0
G
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CCTCTTCTTATCAAGTTATCATGGCAACGACAGCAACATTGGCAGCTCCATTAACTGGAT
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TCAGGGAAAAGGGCACAGAAGCCCGATTCAAAGGAGAATATAATAAACTGTTCGACGAAG
GAACGTATGCGTGTGCTGGCTGTGCAACTCCTCTTTATAAGTCCACCACCAAGTTCGACT
CTGGCTGTGGCTGGCCTGCTTTTTTCGACGCTATTCCTGGTGCCATTAAACAAACTCTGG
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TTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCCACGGCTAAAGATGAGCGTCACCGCGTCAACAGTGTTT
CTCTTAAGTTTAATCCTTCCGAAACTTCCTCCTGCTAAATCGGTGTATATCGATCCATTT
ATTGTTTGGACCAATTCACCTTTTTAGAGAGAATTCAAAAATCGAGTCTGTTGTTTCAAG
AATAAATTTGTTTTTCTGCTAAAATTTGGTGTGTTTTTTTTTTT*GAAAGCTGGTTTTCT
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GTTAATAATACGGACTTATAT

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DS 

RD RR1AY03JQ 578 0 0
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CATTAAACAAACTTTGGAGCCAGATGGGAGAAGAGTTGAGATCACATGCGCAAAATGTGA
TGGACATTTAGGTCATGTTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCCACGGCTAAAGATGAGCGTCA
CTGCGTCAACAGTGTTTTTTTTAAGTTTAATCCTTCCGAAACTTCCTCCTGCTAAATCGG
TGTATATCGATCCATTTATTGTTTGGACCAATTCCCCTTTTTAGAGAGAATTCAAAAATC
GAGTTTGTTGTTTCAAGAATAAATTTGTTTTTTTGTTAAAATTTGGTGTGTTTTTTTTTT
TTGAAAGCTGGTTTTTTAAAATTTGGTGTGTTTCATGAATAAATTGTACCTTTGCCGAGT
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T

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1AY03TF 745 0 0
GGACTC
ACTCAAAAATCAATTCTTCATTTCTTAGAAATCAGAACATCTCTCTGTCGCCTTAAAAGC
CTCTTCTTATCAAGTTATCATGGCAACGACAGCAACATTGGCAGCTCCATTAACTGGATC
TGTCCAAAAACCAGATGATGAGTGGCGTGCGGTTCTGTCTCCTGAACAATTTAGAGTTCT
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TGGCTGTGGCTGGCCTGCTTTTTTCGACGCTATTCCCGGTGCCATTAAACAAACTCTGGA
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TTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCCACGGCTAAAGATGAGCGTCACTGCGTCAACAGTGTTTC
TCTTAAGTTTAATCCTTCCGAAACTTCCTCCTGCTAAATCGGTGTATATCGATCCATTTA
TTGTTTGGACCAATTCACCTTTTTAGAGAGAATTCAAAAATCGAGTCTGTTGTTTCAAGA
ATAAATTTGTTTTTCTGCTAAAATTTGGTGTGTTTTTTTTTTTTGAAAGCTGGTTTTCTA
AAATTTGGTGTGTTTCATGAATAAATTGTACCTTTGCCGAGTACTGATGAAGCTTTTTGG
TTAATAATACGGACTTATA

QA 7 745 7 745
DS 

RD RR1AN43TF 742 0 0
G
GACTCAAAAATCAATTCTTCATTTCTTAGAAATCAGAACATCTCTCTGTCGCCTTAAAAG
CCTCTTCTTATCAAGTTATCATGGCAACGACAGCAACATTGGCAGCTCCATTAACTGGAT
CTGCCCAAAAACCAGATGATGAGTGGCGTGCGGTTCTGTCTCCTGAACAATTTAGAGTTC
TCAGGGAAAAGGGCACAGAAGCCCGATTCAAAGGAGAATATAATAAACTGTTCGACGAAG
GAACGTATGCGTGTGCTGGCTGTGCAACTCCTCTTTATAAGTCCACCACCAAGTTCGACT
CTGGCTGTGGCTGGCCTGCTTTTTTCGACGCTATTCCTGGTGCCATTAAACAAACTCTGG
AGCCAGATGGGAGAAGAGTTGAGATCACATGCGCAAAATGTGATGGACATTTAGGTCATG
TTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCCACGGCTAAAGATGAGCGTCACCGCGTCAACAGTGTTT
CTCTTAAGTTTAATCCTTCCGAAACTTCCTCCTGCTAAATCGGTGTATATCGATCCATTT
ATTGTTTGGACCAATTCACCTTTTTAGAGAGAATTCAAAAATCGAGTCTGTTGTTTCAAG
AATAAATTTGTTTTTCTGCTAAAATTTGGTGTGTTTTTTTTTTT*GAAAGCTGGTTTTCT
AAAATTTGGTGTGTTTCATGAATAAATTGTACCTTTGCCGAGTACTGATGAAGCTTTTTG
GTTAATAATACGGACTTATA
T

QA 2 741 2 741
DS 



AS 1 10

CO CL358Contig1 730 10 12 U
AGTAGTCACAAACTTTAGATATTGTCTGAAAAAAACACAATTGTCTAACAAAAATCCGAT
TATGAAAGAGACGAAGAAGCAACAACACAATAGGATCAAGTTCAACGACACAGACAATGT
TCTTAAACCTTGAAACCACGGCTCTTCCTCTTTCCTCTGGCCTTCTCGAACTTCCTTCCC
TTGGACCGAACATACGGCTTCGAGTGACTGTGTGGCACACCAGGTGCGGGACCAAAATGC
TTAACAGCCTCACGTGAGTTCTTAGGTCCTCTAAGAAGAACAGTGTTCTGTCCCAAAGGA
GCTCTGAGAGCAAGCTGGTCAAAGGTTAAGCATTCACCACCAGCTTTCTCAATGCGAGCT
CTGGCTCTCTCTGTGAACCTCAACGCTGTAACCTTGATAGCTGGGATCTCGTGTACTCTC
AAATCATCGGTGATGGTTCCAACCAAGACAGCAATCTTATCTTCCTTGCCAGCCATGAAC
TCGACGAGTCTAGATAGAGAAAGAGGAGCTTTGTTGACTTTGCTCATGAAAAGCCTCTTC
AAGATCACTGCATTGAACTTGCTCTGAGTTCTCCTCACCAGAAACCGGTAAAGCTTGACA
GTGAGCTTGAGGTAGACATCGTCAGACTTAGGAGCTGTCCTTTTGGTCTTCTTGCTCTTA
CCTCCAGCGATCAAATCGATACCCATTGTAGCCTCCGGGGATGTGGTGCCGCCGCTGTCG
AAGCTTCTCC


BQ
10 10 10 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 
55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 
45 45 45 45 35 30 30 30 30 30 

AF RR1DY06JQ U 4
AF RR1CG78JQ U -8
AF RR1CG78TF C 134
AF RR1EH08TF C 1
AF RR1EX42TF C -2
AF RR1EH08JQ U -8
AF RR1DY06TF C 181
AF RR1ET73TF C 134
AF RR1EX42JQ U 4
AF RR1ET73JQ U -8
BS 1 3 RR1EH08TF
BS 4 120 RR1DY06JQ
BS 121 121 RR1CG78JQ
BS 122 474 RR1DY06JQ
BS 475 475 RR1CG78JQ
BS 476 487 RR1DY06JQ
BS 488 597 RR1CG78JQ
BS 598 598 RR1EH08JQ
BS 599 603 RR1CG78JQ
BS 604 604 RR1EH08JQ
BS 605 719 RR1CG78JQ
BS 720 730 RR1EH08JQ

RD RR1DY06JQ 484 0 0
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TAAACCTTGAAACCACGGCTCTTCCTCTTTCCTCTGGCCTTCTCGAACTTCCTTCCCTTG
GACCGAACATACGGCTTCGAGTGACTGTGTGGCACACCAGGTGCGGGACCAAAATGCTTA
ACAGCCTCACGTGAGTTCTTAGGTCCTCTAAGAAGAACAGTGTTCTGTCCCAAAGGAGCT
CTGAGAGCAAGCTGGTCAAAGGTTAAGCATTCACCACCAGCTTTCTCAATGCGAGCTCTG
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TCATCGGTGATGGTTCCAACCAAGACAGCAATCTTATCTTCCTTGCCAGCCGTGAACTCG
ACGA

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR1CG78JQ 730 0 0
GAGCTCAACAGTA
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AAACCTTGAAACCACGGCTCTTCCTCTTTCCTCTGGCCTTCTCGAACTTCCTTCCCTTGG
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CATCGGTGATGGTTCCAACCAAGACAGCAATCTTATCTTCCTTGCCAGCCATGAACTCGA
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CC

QA 14 728 14 728
DS 

RD RR1CG78TF 588 0 0
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GTGAGTTCTTAGGTCCTCTAAGAAGAACAGTGTTCTGTCCCAAAGGAGCTCTGAGAGCAA
GCTGGTCAAAGGTTAAGCATTCACCACCAGCTTTCTCAATGCGAGCTCTGGCTCTCTCTG
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TGGTTCCAACCAAGACAGCAATCTTATCTTCCTTGCCAGCCATGAACTCGACGAGTCTAG
ATAGAGAAAGAGGAGCTTTGTTGACTTTGCTCATGAAAAGCCTCTTCAAGATCACTGCAT
TGAACTTGCTCTGAGTTCTCCTCACCAGAAACCGGTAAAGCTTGGCAGTGGGCTTGAGGT
AGACATCGTCAGACTTAGGAGCTGTCCTTTTGGTCTTCTTGCTCTTACCTCCAGCGATCA
AATCGATACCCATTGTAGCCTCCGGGGATGTGGTGCCGCCGCTGTC
CC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1EH08TF 730 0 0
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TCTTAAACCTTGAAACCACGGCTCTTCCTCTTTCCTCTGGCCTTCTCGAACTTCCTTCCC
TTGGACCGAACATACGGCTTCGAGTGACTGTGTGGCACACCAGGTGCGGGACCAAAATGC
TTAACAGCCTCACGTGAGTTCTTAGGTCCTCTAAGAAGAACAGTGTTCTGTCCCAAAGGA
GCTCTGAGAGCAAGCTGGTCAAAGGTTAAGCATTCACCACCAGCTTTCTCAATGCGAGCT
CTGGCTCTCTCTGTGAACCTCAACGCTGTAACCTTGATAGCTGGGATCTCGTGTACTCTC
AAATCATCGGTGATGGTTCCAACCAAGACAGCAATCTTATCTTCCTTGCCAGCCATGAAC
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GTGAGCTTGAGGTAGACATCGTCAGACTTAGGAGCTGTCCTTTTGGTCTTCTTGCTCTTA
CCTCCAGCGATCAAATCGATACCCATTGTAGCCTCCGGGGATGTGGTGCCGCCGCTGTCG
AAGCTTCTCC

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DS 

RD RR1EX42TF 729 0 0
TTTTTTG
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AAACCTTGAAACCACGGCTCTTCCTCTTTCCTCTGGCCTTCTCGAACTTCCTTCCCTTGG
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TGAGAGCAAGCTGGTCAAAGGTTAAGCATTCACCACCAGCTTTCTCAATGCGAGCTCTGG
CTCTCTCTGTGAACCTCAACGCTGTAACCTTGATAGCTGGGATCTCGTGTACTCTCAAAT
CATCGGTGATGGTTCCAACCAAGACAGCTATCTTATCTTCCTTGCCAGCCATGAACTCGA
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TCACTGCATTGAACTTGCTCTGAGTTCTCCTCACCAGAAACCGGTAAAGCTTGACAGTGA
GCTTGAGGTAGACATCGTCAGACTTAGGAGCTGTCCTTTTGGTCTTCTTGCTCTTACCTC
CAGCGATCAAATCGATACCCATTGTAGCCTCCGGGGATGTGGTGCCGCCGCTGTCGAAGC
CC

QA 8 727 8 727
DS 

RD RR1EH08JQ 739 0 0
AAGCTCAACAGTA
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AAACCTTGAAACCACGGCTCTTCCTCTTTCCTCTGGCCTTCTCGAACTTCCTTCCCTTGG
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CAGCCTCACGTGAGTTCTTAGGTCCTCTAAGAAGAACAGTGTTCTGTCCCAAAGGAGCTC
TGAGAGCAAGCTGGTCAAAGGTTAAGCATTCACCACCAGCTTTCTCAATGCGAGCTCTGG
CTCTCTCTGTGAACCTCAACGCTGTAACCTTGATAGCTGGGATCTCGTGTACTCTCAAAT
CATCGGTGATGGTTCCAACCAAGACAGCAATCTTATCTTCCTTGCCAGCCATGAACTCGA
CGAGTCTAGATAGAGAAAGAGGAGCTTTGTTGACTTTGCTCATGAAAAGCCTCTTCAAGA
TCACTGCATTGAACTTGCTCTGAGTTCTCCTCACCAGAAACCGGTAAAGCTTGACAGTGA
GCTTGAGGTAGACATCGTCAGACTTAGGAGCTGTCCTTTTGGTCTTCTTGCTCTTACCTC
CAGCGATCAAATCGATACCCATTGTAGCCTCCGGGGATGTGGTGCCGCCGCTGTCGAAGC
TTCTCC

QA 14 739 14 739
DS 

RD RR1DY06TF 553 0 0
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TTAACAGCCTCACGTGAGTTCTTAGGTCCTCTAAGAAGAACAGTGTTCTGTCCCAAAGGA
GCTCTGAGAGCAAGCTGGTCAAAGGTTAAGCATTCACCACCAGCTTTCTCAATGCGAGCT
CTGGCTCTCTCTGTGAACCTCAACGCTGTAACCTTGATAGCTGGGATCTCGTGTACTCTC
AAATCATCGGTGATGGTTCCAACCAAGACAGCAATCTTATCTTCCTTGCCAGCCGTGAAC
TCGACGAGTCTAGATAGAGAAAGAGGAGCTTTGTTGACCTTGCTCATGAAAAGCCTCTTC
AAGATCACTGCATTGAACTTGCTCTGAGTTCTCCTCACCAGAAACCGGTAAAGCTTGACA
GTGAGCTTGAGGTAGACATCGTCAGACTTAGGAGCTGTCCTTTTGGTCTTCTTGCTCTTA
CCTCCAGCGATCAAATCGATACCCATTGTAGCCTCCGGGGATGTGGTGCCGCCGCTGTCG
AAGCT
CCTGCCCC

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1ET73TF 597 0 0
AACCACGGCTCTTCCTCTTTCCTCTGGCCTTCTCGAACTTCCTTCCCTTGGACCGAACAT
ACGGCTTCGAGTGACTGTGTGGCACACCAGGTGCGGGACCAAAATGCTTAACAGCCTCAC
GTGAGTTCTTAGGTCCTCTAAGAAGAACAGTGTTCTGTCCCAAAGGAGCTCTGAGAGCAA
GCTGGTCAAAGGTTAAGCATTCACCACCAGCTTTCTCAATGCGAGCTCTGGCTCTCTCTG
TGAACCTCAACGCTGTAACCTTGATAGCTGGGATCTCGTGTACTCTCAAATCATCGGTGA
TGGTTCCAACCAAGACAGCAATCTTATCTTCCTTGCCAGCCATGAACTCGACGAGTCTAG
ATAGAGAAAGAGGAGCTTTGTTGACTTTGCTCATGAAAAGCCTCTTCAAGATCACTGCAT
TGAACTTGCTCTGAGTTCTCCTCACCAGAAACCGGTAAAGCTTGACAGTGAGCTTGAGGT
AGACATCGTCAGACTTAGGAGCTGTCCTTTTGGTCTTCTTGCTCTTACCTCCAGCGATCA
AATCGATACCCATTGTAGCCTCCGGGGATGTGGTGCCGCCGCTGTCGAAGCTTCTCC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1EX42JQ 723 0 0
G
GTCACAAACTTTAGATATTGTCTGAAAAAAACACAATTGTCTAACAAAAATCCGATTATG
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AAACCTTGAAACCACGGCTCTTCCTCTTTCCTCTGGCCTTCTCGAACTTCCTTCCCTTGG
ACCGAACATACGGCTTCGAGTGACTGTGTGGCACACCAGGTGCGGGACCAAAATGCTTAA
CAGCCTCACGTGAGTTCTTAGGTCCTCTAAGAAGAACAGTGTTCTGTCCCAAAGGAGCTC
TGAGAGCAAGCTGGTCAAAGGTTAAGCATTCACCACCAGCTTTCTCAATGCGAGCTCTGG
CTCTCTCTGTGAACCTCAACGCTGTAACCTTGATAGCTGGGATCTCGTGTACTCTCAAAT
CATCGGTGATGGTTCCAACCAAGACAGCTATCTTATCTTCCTTGCCAGCCATGAACTCGA
CGAGTCTAGATAGAGAAAGAGGAGCTTTGTTGACTTTGCTCATGAAAAGACTCTTCAAGA
TCACTGCATTGAACTTGCTCTGAGTTCTCCTCACCAGAAACCGGTAAAGCTTGACAGTGA
GCTTGAGGTAGACATCGTCAGACTTAGGAGCTGTCCTTTTGGTCTTCTTGCTCTTACCTC
CAGCGATCAAATCGATACCCATTGTAGCCTCCGGGGATGTGGTGCCGCCGCTGTCGAAGC
CC

QA 2 721 2 721
DS 

RD RR1ET73JQ 739 0 0
AAGCTCAACAGTA
GTCACAAACTTTAGATATTGTCTGAAAAAAACACAATTGTCTAACAAAAATCCGATTATG
AAAGAGACGAAGAAGCAACAACACAATAGGATCAAGTTCAACGACACAGACAATGTTCTT
AAACCTTGAAACCACGGCTCTTCCTCTTTCCTCTGGCCTTCTCGAACTTCCTTCCCTTGG
ACCGAACATACGGCTTCGAGTGACTGTGTGGCACACCAGGTGCGGGACCAAAATGCTTAA
CAGCCTCACGTGAGTTCTTAGGTCCTCTAAGAAGAACAGTGTTCTGTCCCAAAGGAGCTC
TGAGAGCAAGCTGGTCAAAGGTTAAGCATTCACCACCAGCTTTCTCAATGCGAGCTCTGG
CTCTCTCTGTGAACCTCAACGCTGTAACCTTGATAGCTGGGATCTCGTGTACTCTCAAAT
CATCGGTGATGGTTCCAACCAAGACAGCAATCTTATCTTCCTTGCCAGCCATGAACTCGA
CGAGTCTAGATAGAGAAAGAGGAGCTTTGTTGACTTTGCTCATGAAAAGCCTCTTCAAGA
TCACTGCATTGAACTTGCTCTGAGTTCTCCTCACCAGAAACCGGTAAAGCTTGACAGTGA
GCTTGAGGTAGACATCGTCAGACTTAGGAGCTGTCCTTTTGGTCTTCTTGCTCTTACCTC
CAGCGATCAAATCGATACCCATTGTAGCCTCCGGGGATGTGGTGCCGCCGCTGTCGAAGC
TTCTCC

QA 14 739 14 739
DS 



AS 2 10

CO CL359Contig1 608 6 8 U
GGAACCATCAAACTATCAAGTTTAAATTCAAAAGAAGTAACAATATCACAAATAACAATA
TGTCGTCATCACAGTTTGCTATATTTTGCATAATCTTGATTGCTTTATTTCCTCTTCACG
AATTTGTCGATGGCCAAGGTCTTCAAGCGGGCAACGCTGCTACAACTTGTGCACCAGAAA
AATGCCCCGACATTGGAGCCAAAGATAACACTTGCTATTGTTGTCCCTACAAAAAGAAGA
AGGAGAACACATGTTATGCGACCAAAGAATTATGTACACGTTTGTGCAAAAAATCATAAG
TTATCTCAAGAACCTACATCAGGGATTTATTAAATCCTAAAAACCTGTGTTATTTAATAC
TTCCTAATATTTATTTTCGTTTTAAATGAATAAAACATGCTTATTTAGAGTCCAGAAAAT
ACGATTTTATGCATATTATATTTGTGTTTAAGACTTTCATATTCTATGTAATGCATCTAA
GTTAAACTTGTTTTTTTCTCATTTTCGTTTTGATTTGCTATTAATTTCCTTAATATTACT
TCGGGTTAATAGATAACAATAAAAATTTAAAATTCATAATTTTTATGGTAAACAGTATAT
TTTTTTCT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EX63JQ C 1
AF RR1A966JQ C 28
AF RR1A966TF U 28
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AF RR1E734JQ C 1
AF RR1E734TF U 1
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AAGACTTTCATATTCTATGTAATGCATCTAAGTTAAACTTG
CT

QA 3 463 3 463
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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

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G
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G

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TTAAACT

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 10

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BQ
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 25 55 55 55 55 55 25 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 0 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DT57TF U 2
AF RR1DT57JQ C 207
AF RR1FG90JQ C 1
AF RR1BR51JQ C 2
AF RR1BR51TF U 2
AF RR1GF64TF U 1
AF RR1FG90TF U 1
AF RR1CY33TF U 2
AF RR1GF64JQ C 1
AF RR1CY33JQ C 42
BS 1 1 RR1GF64JQ
BS 2 343 RR1DT57TF
BS 344 344 RR1BR51TF
BS 345 638 RR1DT57TF
BS 639 641 RR1BR51TF
BS 642 642 RR1CY33TF
BS 643 677 RR1BR51TF
BS 678 685 RR1GF64TF
BS 686 686 RR1GF64JQ
BS 687 687 RR1CY33TF
BS 688 690 RR1GF64JQ
BS 691 752 RR1CY33TF
BS 753 814 RR1GF64JQ

RD RR1DT57TF 637 0 0
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ACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCGGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCTC
AACGTCTAGCTGAAACCGCACTCACTGTGACCGTTAGCCAGGCCCAGTCTACGAAAGTCT
TCGTCTCACGCTTGGCCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACGAGTGGTTCAAGCCATTAGGG
ACTGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTGA
AGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAGA
CTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGGA
TCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAA
CCAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCTTTTGCAAA

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DS 

RD RR1DT57JQ 471 0 0
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TGTGACCGTTAGCCAGGCCCAGTCTACGAAAGTCTTCGTCTCACGCTTGGCCCGTTTCAA
GGGTCTCAAGAAACGAGTGGTTCAAGCCATTAGGGACTGCATCGAGGAGATCAGTGACAC
GGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTGAAGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCG
AGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAGACTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAA
TGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGGATCATGGATGGGCGGATCAAGAACTC
GGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAACCAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAA
CGCTTTTGCAAAAAAATACTAGTAACTAATACACGTAACTTTTCTATGT
CC

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR1FG90JQ 675 0 0
GGC
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TTTCTATTCCTCTTCTTATCTACGACGATGGATCTCACCACGGCGTCCTCCGCCGCAGCT
TCAGGAACTTCCAAACGTGCAGTAAACTTCATTCAAGCCTCTTGCAAATCCACCACCTAC
CCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCGGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCTCAA
CGTCTAGCTGAAACCGCACTCACTGTGACCGTTAGCCAGGCCCAGTCTACGAAAGTCTTC
GTCTCACGCTTGGCCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGGGAC
TGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTGAAG
ATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAGACT
TGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGGATC
ATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAACC
AGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCTTTTGCAAAAAAATACTAGTAACTAATACACGTA
ACTTTTCTATG
C

QA 4 674 4 674
DS 

RD RR1BR51JQ 676 0 0
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TCTTTCTATTCCTCTTCTTATCTACGACGATGGATCTCACCACGGCGTCCTCCGCCGCAG
CTTCAGGAACTTCCAAACGTGCAGTAAACTTCATTCAAGCCTCTTGCAAATCCACCACCT
ACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCGGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCTC
AACGTCTAGCTGAAACCGCACTCACTGTTACCGTTAGCCAGGCCCAGTCTACGAAAGTCT
TCGTCTCACGCTTGGCCCGTTTCAAGGGTTTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGGG
ACTGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTGA
AGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAGA
CTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGGTTCGCGCGTAGGA
TCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAA
CCAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCTTTTGCAAAAAAATACTAGTAACTAATACACG
TAACTTTTCTATGTTC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1BR51TF 676 0 0
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TCTTTCTATTCCTCTTCTTATCTACGACGATGGATCTCACCACGGCGTCCTCCGCCGCAG
CTTCAGGAACTTCCAAACGTGCAGTAAACTTCATTCAAGCCTCTTGCAAATCCACCACCT
ACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCGGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCTC
AACGTCTAGCTGAAACCGCACTCACTGTTACCGTTAGCCAGGCCCAGTCTACGAAAGTCT
TCGTCTCACGCTTGGCCCGTTTCAAGGGTTTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGGG
ACTGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTGA
AGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAGA
CTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGGTTCGCGCGTAGGA
TCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAA
CCAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCTTTTGCAAAAAA*TACTAGTAACTAATACACG
TAACTTTTCTATGTTC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1GF64TF 685 0 0
G
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CTTCAGGAACTTCCAAACGTGCAGTAAACTTCATTCAAGCCTCTTGCAAATCCACCACCT
ACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCGGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCTC
AACGTCTAGCTGAAACCGCACTCACTGTTACCGTTAGCCAGGCCCAGTCTACGAAAGTCT
TCGTCTCACGCTTGGCCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGGG
ACTGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTGA
AGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAGA
CTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGGA
TCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAA
CCAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCTTTTGCAAAAAA*TACTAGTAACTAATACACG
TAACTTTTCTATGTTCAAAAAAAA

QA 2 685 2 685
DS 

RD RR1FG90TF 676 0 0
GGC
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TTTCTATTCCTCTTCTTATCTACGACGATGGATCTCACCACGGCGTCCTCCGCCGCAGCT
TCAGGAACTTCCAAACGTGCAGTAAACTTCATTCAAGCCTCTTGCAAATCCACCACCTAC
CCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCGGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCTCAA
CGTCTAGCTGAAACCGCACTCACTGTGACCGTTAGCCAGGCCCAGTCTACGAAAGTCTTC
GTCTCACGCTTGGCCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGGGAC
TGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTGAAG
ATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAGACT
TGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGGATC
ATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAACC
AGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCTTTTGCAAAAAA*TACTAGTAACTAATACACGTA
ACTTTTCTATG
CA

QA 4 674 4 674
DS 

RD RR1CY33TF 751 0 0
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CTTCAGGAACTTCCAAACGTGCAGTAAACTTCATTCAAGCCTCTTGCAAATCCACCACCT
ACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCGGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCTC
AACGTCTAGCTGAAACCGCACTCACTGTGACCGTTAGTCAGGCCCAGTCTACGAAAGTCT
TCGTCTCACGCTTGGCCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGGG
ACTGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTGT
AGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAGA
CTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGGA
TCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAA
CCAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCTTTTGCAAAAAAATACTAGTAACTAATACACG
TAACTTTTCTATGTTCAAAAAAAAGA***AAAAAAATCTTTTCTATGTTTTTACATGTAA
TGTAAGCTATGAATGTGTTGAAGCTTGAAAG

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DS 

RD RR1GF64JQ 814 0 0
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GCTTCAGGAACTTCCAAACGTGCAGTAAACTTCATTCAAGCCTCTTGCAAATCCACCACC
TACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCGGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCT
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TTCGTCTCACGCTTGGCCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGG
GACTGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTG
AAGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAG
ACTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGG
ATCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGA
ACCAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCTTTTGCAAAAAAATACTAGTAACTAATACAC
GTAACTTTTCTATGTTCAAAAAAAAAAGAAAAAAAAATCTTTTCTATGTTTTTACATGTA
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AATCCGAAGCTTTTTTAATAGTTTAAAACTTTCT

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DS 

RD RR1CY33JQ 773 0 0
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CTCCATCCAAACAAGCCCTCAACGTCTAGCTGAAACCGCACTCACTGTGACCGTTAGTCA
GGCCCAGTCTACGAAAGTCTTCGTCTCACGCTTGGCCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACG
AGAGGTTCAAGCCATTAGGGACTGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGAC
CAAGTCCGTCCAAGAAGTGTAGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTT
CCACATGAGCAATGCTCAGACTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTC
CGATGGATTCGCGCGTAGGATCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGAT
CGTGAATTTGGGCAGAGGAACCAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCTTTTGCAAAAAA
ATACTAGTAACTAATACACGTAACTTTTCTATGTTCAAAAAAAA*AGAAAAAAAAATCTT
TTCTATGTTTTTACATGTAATGTAAGCTATGAATGTGTTGAAGCTTGAAAGGAATAATGA
TTCCTAAATTATTTCGTGCAATCCGAAGCTTTTTTAATAGTTTAAAACTTTCT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 10

CO CL361Contig1 1128 10 12 U
CCTTTAAGCTCAAGCCGCTTCTCTCCATCTCTCTCTCTCTACATTTCTCTAATATCTGAA
ATGGCGAGAGTGTTGCGTGTGGCGAGATCCTCCTCCCTCTTTAGCTTCGGGAGCAGATCC
TACTCAGCCGAAGCTAGCCACGCGTCCTCTCCTTCTCCTCCAACGTTTCTTAACAGCGGT
GGAGCTCGCAGGGACGTAACCAAGGAGAGAAACGTGCAGTGGGTGTTTCTCGGCTGTCCC
GGTGTCGGAAAAGGCACTTACGCTAGCAGACTCTCGACTCTTCTCGGTGTTCCTCACATC
GCCACCGGAGATCTCGTCCGCGAGGAGCTTTCTTCTTCCGGTCCTCTCTCCCAACAGCTA
AAAGAGATTGTAAACCAGGGGAAACTGGTTTCGGATGAGATCATAGTGAACCTATTATCA
AAGAGACTCGAGGCTGGTGAAGCCAAAGGTGAATCTGGTTTCATTCTTGACGGCTTTCCT
CGAACCATGAGACAAGCTGAAATACTAGGAGATGTCATTGACATCGATCTGGTGGTGAAC
TTGAAGCTACCTGAGGAGGTTTTGGTTGACAAGTGTCTAGGCAGGAGAACATGCGATCAG
TGCGGTAAAGGTTTCAACATAGCTCACATCAACTTAAAGGGAGAGAATGGGAAACCAGGG
ATCAGCATGGATCCACTTCTACCTCCACCTCAGTGCATGTCAAAGCTCATCACTCGTGCT
GATGATACCGAAGAGGTTGTTAAAGCTAGGCTTCGTATTTACAATGAAACCAGCCAGCCT
CTTGAAGGGTACTACCGTAGCAAGGGAAAGCTGATGGAGTTTGACTTACCTGGAGGCATC
CCTGAGTCATGGCCAAGGCTATTAGAAGCCTTGAGGCTTGATGATTACGAGGAGAAACAA
TCTGCCGCGGCATAAGTTCACACTTCACCACCGGTATTTATTTATATAATTCTTTGCATG
TGGAAGACATGTGCCTAATCAGTTTTGTGTGTTGGAAATAAAAGAAAAACCTTAGATTGT
TTTTTTTTTATTGCCTCAGTTCAGAATAATAATCATACACACTTTTACACTGCTTTGTTT
CACATCAGGTTTTGATTATTAATTGTTGGAATGTGATCACGATTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT28TF U 48
AF RR1FK90TF U 1
AF RR1H585TF U 23
AF RR1BG12TF U 35
AF RR1B393TF U 25
AF RR1B393JQ C 329
AF RR1ET25JQ C 941
AF RR1BG12JQ C 329
AF RR1ET25TF U 351
AF RR1H585JQ C 420
BS 1 172 RR1FK90TF
BS 173 173 RR1H585TF
BS 174 517 RR1FK90TF
BS 518 518 RR1H585TF
BS 519 727 RR1FK90TF
BS 728 737 RR1H585TF
BS 738 738 RR1B393TF
BS 739 747 RR1H585TF
BS 748 783 RR1B393TF
BS 784 1099 RR1ET25TF
BS 1100 1119 RR1BG12JQ
BS 1120 1128 RR1H585JQ

RD RR1CT28TF 611 0 0
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CGGGAGCAGATCCTACTCAGCCGAAGCTAGCCACGCGTCCTCTCCTTCTCCTCCAACGTT
TCTTAACAGCGGTGGAGCTCGCAGGGACGTAACCAAGGAGAGAAACGTGCAGTGGGTGTT
TCTCGGCTGTCCCGGTGTCGGAAAAGGCACTTACGCTAGCAGACTCTCGACTCTTCTCGG
TGTTCCTCACATCGCCACCGGAGATCTCGTCCGCGAGGAGCTTTCTTCTTCCGGTCCTCT
CTCCCAACAGCTAAAAGAGATTGTAAACCAGGGGAAACTGGTTTCGGATGAGATCATAGT
GAACCTATTATCAAAGAGACTCGAGGCTGGTGAAGCCAAAGGTGAATCTGGTTTCATTCT
TGACGGCTTTCCTCGAACCATGAGACAAGCTGAAATACTAGGAGATGTCATTGACATCGA
TCTGGTGGTGAACTTGAAGCTACCTGAGGAGGTTTTGGTTGACAAGTGTCTAGGCAGGAG
AACATGCGATCAGTGCGGTAAAGGTTTCAACATAGCTCACATCAACTTAAAGGGAGAGAA
TGGGAAACCAG

QA 1 611 1 611
DS 

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CCTTTAAGCTCAAGCCGCTTCTCTCCATCTCTCTCTCTCTACATTTCTCTAATATCTGAA
ATGGCGAGAGTGTTGCGTGTGGCGAGATCCTCCTCCCTCTTTAGCTTCGGGAGCAGATCC
TACTCAGCCGAAGCTAGCCACGCGTCCTCTCCTTCTCCTCCAACGTTTCTTAGCAGCGGT
GGAGCTCGCAGGGACGTAACCAAGGAGAGAAACGTGCAGTGGGTGTTTCTCGGCTGTCCC
GGTGTCGGAAAAGGCACTTACGCTAGCAGACTCTCGACTCTTCTCGGTGTTCCTCACATC
GCCACCGGAGATCTCGTCCGCGAGGAGCTTTCTTCTTCCGGTCCTCTCTCCCAACAGCTA
AAAGAGATTGTAAACCAGGGGAAACTGGTTTCGGATGAGATCATAGTGAACCTATTATCA
AAGAGACTCGAGGCTGGTGAAGCCAAAGGTGAATCTGGTTTCATTCTTGACGGCTTTCCT
CGAACCATGAGACAAGCTGAAATACTAGGAGATGTCACTGACATCGATCTGGTGGTGAAC
TTGAAGCTACCTGAGGAGGTTTTGGTTGACAAGTGTCTAGGCAGGAGAACATGCGATCAG
TGCGGTAAAGGTTTCAACATAGCTCACATCAACTTAAAGGGAGAGAATGGGAAACCAGGG
ATCAGCATGGATCCACTTCTACCTCCACCTCAGTGCATGTCAAAGCTCATCACTCGTGCT
GATGATA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1H585TF 725 0 0
GGATC
TCTCTCTCTCTCTACATTTCTCTAATATCTGAAATGGCGAGAGTGTTGCGTGTGGCGAGA
TCCTCCTCCCTCTTTAGCTTCGGGAGCAGATCCTACTCAGCCGAAGCTAGCCACGCGTCC
TCTCCTTCTCCTCCAACGTTTCTTAACAGCGGTGGAGCTCGCAGGGACGTAACCAAGGAG
AGAAACGTGCAGTGGGTGTTTCTCGGCTGTCCCGGTGTCGGAAAAGGCACTTACGCTAGC
AGACTCTCGACTCTTCTCGGTGTTCCTCACATCGCCACCGGAGATCTCGTCCGCGAGGAG
CTTTCTTCTTCCGGTCCTCTCTCCCAACAGCTAAAAGAGATTGTAAACCAGGGGAAACTG
GTTTCGGATGAGATCATAGTGAACCTATTATCAAAGAGACTCGAGGCTGGTGAAGCCAAA
GGTGAATCTGGTTTCATTCTTGACGGCTTTCCTCGAACCATGAGACAAGCTGAAATACTA
GGAGATGTCATTGACATCGATCTGGTGGTGAACTTGAAGCTACCTGAGGAGGTTTTGGTT
GACAAGTGTCTAGGCAGGAGAACATGCGATCAGTGCGGTAAAGGTTTCAACATAGCTCAC
ATCAACTTAA*GGGAGAGAATGGGAAACCAGGGATCAGCATGGATCCACTTCTACCTCCA
CCTCAGTGCATGTCAAAGCTCATCACTCGTGCTGATGATACCGAAGAGGT*GTTAAAGCT

QA 6 725 6 725
DS 

RD RR1BG12TF 736 0 0
GG
CTCTACATTTCTCTAATATCTGAAATGGCGAGAGTGTTGCGTGTGGCGAGATCCTCCTCC
CTCTTTAGCTTCGGGAGCAGATCCTACTCAGCCGAAGCTAGCCACGCGTCCTCTCCTTCT
CCTCCAACGTTTCTTAACAGCGGTGGAGCTCGCAGGGACGTAACCAAGGAGAGAAACGTG
CGGTGGGTGTTTCTCGGCTGTCCCGGTGTCGGAAAAGGCACTTACGCCAGCAGACTCTCG
ACTCTTCTCGGTGTTCCTCACATCGCCACCGGAGATCTCGTCCGCGAGGAGCTTTCTTCT
TCCGGTCCTCTCTCCCAACAGCTAAAAGAGATTGTAAACCAGGGGAAACTGGTTTCGGAT
GAGATCATAGTGAACCTATTATCAAAGAGACTCGAGGCTGGTGAAGCCAAAGGTGAATCT
GGTTTCATTCTTGACGGCTTTCCTCGAACCATGAGACAAGCTGAAATACTAGGAGATGTC
ATTGACATCGATCTGGTGGTGAACTTGAAGCTACCTGAGGAGGTTTTGGTTGACAAGTGT
CTAGGCAGGAGAACATGCGATCAGTGCGGTAAAGGTTTCAACATAGCTCACATCAACTTA
AAGGGAGAGAATGGGAAACCAGGGATCAGCATGGATCCACTTCTACCTCCACCTCAGTGC
ATGTCAAAGCTCATCACTCGTGCTGATGATACCGAAGAGGTTGTTAAAGCTAGGCTTCGT
ATTTACAATGAAAC

QA 3 736 3 736
DS 

RD RR1B393TF 759 0 0
GGA
TCTCTCTCTCTCTACATTTCTCTAATATCTGAAATGGCGAGAGTGTTGCGTGTGGCGAGA
TCCTCCTCCCTCTTTAGCTTCGGGAGCAGATCCTACTCAGCCGAAGCTAGCCACGCGTCC
TCTCCTTCTCCTCCAACGTTTCTTAACAGCGGTGGAGCTCGCAGGGACGTAACCAAGGAG
AGAAACGTGCAGTGGGTGTTTCTCGGCTGTCCCGGTGTCGGAAAAGGCACTTACGCTAGC
AGACTCTCGACTCTTCTCGGTGTTCCTCACATCGCCACCGGAGATCTCGTCCGCGAGGAG
CTTTCTTCTTCCGGTCCTCTCTCCCAACAGCTAAAAGAGATTGTAAACCAGGGGAAACTG
GTTTCGGATGAGATCATAGTGAACCTATTATCAAAGAGACTCGAGGCTGGTGAAGCCAAA
GGTGAATCTGGTTTCATTCTTGACGGCTTTCCTCGAACCATGAGACAAGCTGAAATACTA
GGAGATGTCATTGACATCGATCTGGTGGTGAACTTGAAGCTACCTGAGGAGGTTTTGGTT
GACAAGTGTCTAGGCAGGAGAACATGCGATCAGTGCGGTAAAGGTTTCAACATAGCTCAC
ATCAACTTAAAGGGAGAGAATGGGAAACCAGGGATCAGCATGGATCCACTTCTACCTCCA
CCTCAGTGCATGTCAAAGCTCATCACTCGTGCTGATGATACCGAAGAGGTTGTTAAAGCT
AGGCTTCGTATTTACAATGAAACCAGCCAGCCTCTT

QA 4 759 4 759
DS 

RD RR1B393JQ 745 0 0
TTTCTTCTTCCGGTCCTCTCTCCCAACAGCTAAAAGAGATTGTAAACCAGGGGAAACTGG
TTTCGGATGAGATCATAGTGAACCTATTATCAAAGAGACTCGAGGCTGGTGAAGCCAAAG
GTGAATCTGGTTTCATTCTTGACGGCTTTCCTCGAACCATGAGACAAGCTGAAATACTAG
GAGATGTCATTGACATCGATCTGGTGGTGAACTTGAAGCTACCTGAGGAGGTTTTGGTTG
ACAAGTGTCTAGGCAGGAGAACATGCGATCAGTGCGGTAAAGGTTTCAACATAGCTCACA
TCAACTTAAAGGGAGAGAATGGGAAACCAGGGATCAGCATGGATCCACTTCTACCTCCAC
CTCAGTGCATGTCAAAGCTCATCACTCGTGCTGATGATACCGAAGAGGTTGTTAAAGCTA
GGCTTCGTATTTACAATGAAACCAGCCAGCCTCTTGAAGGGTACTACTGTAGCAAGGGAA
AGCTGATGGAGTTTGACTTACCTGGAGGCATCCCTGAGTCATGGCCAAGGCTATTAGAAG
CCTTGAGGCTTGATGATTACGAGGAGAAACAATCTGCCGCGGCATAAGTTCACACTTCAC
CACCGGTATTTATTTATATAATTCTTTGCATGTGGAAGACATGTGCCTAATCAGTTTTGT
GTGTTGGAAATAAAAGAAAAACCTTAGATTGTTTTTTTTT*ATTGCCTCAGTTCAGAATA
ATAATCATACACACTTTTACACTGC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1ET25JQ 127 0 0
TTTATATAATTCTTTGCATGTGGAAGACATGTGCCTAATCAGTTTTGTGTGTTGGAAATA
AAAGAAAAACCTTAGATTGTTTTTTTTTTATTGCCTCAGTTCAGAATAATAATCATACAC
ACTTTTA

QA 1 127 1 127
DS 

RD RR1BG12JQ 793 0 0
TTTCTTCTTCCGGTCCTCTCTCCCAACAGCTAAAAGAGATTGTAAACCAGGGGAAACTGG
TTTCGGATGAGATCATAGTGAACCTATTATCAAAGAGACTCGAGGCTGGTGAAGCCAAAG
GTGAATCTGGTTTCATTCTTGACGGCTTTCCTCGAACCATGAGACAAGCTGAAATACTAG
GAGATGTCATTGACATCGATCTGGTGGTGAACTTGAAGCTACCTGAGGAGGTTTTGGTTG
ACAAGTGTCTAGGCAGGAGAACATGCGATCAGTGCGGTAAAGGTTTCAACATAGCTCACA
TCAACTTAAAGGGAGAGAATGGGAAACCAGGGATCAGCATGGATCCACTTCTACCTCCAC
CTCAGTGCATGTCAAAGCTCATCACTCGTGCTGATGATACCGAAGAGGTTGTTAAAGCTA
GGCTTCGTATTTACAATGAAACCAGCCAGCCTCTTGAAGGGTACTACCGTAGCAAGGGAA
AGCTGATGGAGTTTGACTTACCTGGAGGCATCCCTGAGTCATGGCCAAGGCTATTAGAAG
CCTTGAGGCTTGATGATTACGAGGAGAAACAATCTGCCGCGGCATAAGTTCACACTTCAC
CACCGGTATTTATTTATATAATTCTTTGCATGTGGAAGACATGTGCCTAATCAGTTTTGT
GTGTTGGAAATAAAAGAAAAACCTTAGATTGTTTTTTTTTTATTGCCTCAGTTCAGAATA
ATAATCATACACACTTTTACACTGCTTTGTTTCACATCAGGTTTTGATTATTAATTGTTG
GAATGTGATCA
TG

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1ET25TF 749 0 0
G
CAACAGCTAAAAGAGATTGTAAACCAGGGGAAACTGGTTTCGGATAAGATCATAGTGAAC
CTATTATCAAAGAGACTCGAGGCTGGTGAAGCCAAAGGTGAATCTGGTTTCATTCTTGAC
GGCTTTCCTCGAACCATGAGACAAGCTGAAATACTAGGAGATGTCATTGACATCGATCTG
GTGGTGAACTTGAAGCTACCTGAGGAGGTTTTGGTTGACAAGTGTCTAGGCAGGAGAACA
TGCGATCAGTGCGGTAAAGGTTTCAACATAGCTCACATCAACTTAAAGGGAGAGAATGGG
AAACCAGGGATCAGCATGGATCCACTTCTACCTCCACCTCAGTGCATGTCAAAGCTCATC
ACTCGTGCTGATGATACCGAAGAGGTTGTTAAAGCTAGGCTTCGTATTTACAATGAAACC
AGCCAGCCTCTTGAAGGGTACTACCGTAGCAAGGGAAAGCTGATGGAGTTTGACTTACCT
GGAGGCATCCCTGAGTCATGGCCAAGGCTATTAGAAGCCTTGAGGCTTGATGATTACGAG
GAGAAACAATCTGCCGCGGCATAAGTTCACACTTCACCACCGGTATTTATTTATATAATT
CTTTGCATGTGGAAGACATGTGCCTAATCAGTTTTGTGTGTTGGAAATAAAAGAAAAACC
TTAGATTGTTTTTTTTTTATTGCCTCAGTTCAGAATAATAATCATACACACTTTTACACT
GCTTTGTTTCACATCAGGTTTTGATTAT

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DS 

RD RR1H585JQ 709 0 0
AAAGAGACTCGAGGCTGGTGAAGCCAAAGGTGAATCTGGTTTCATTCTTGACGGCTTTCC
TCGAACCATGAGACAAGCTGAAATACTAGGAGATGTCATTGACATCGATCTGGTGGTGAA
CTTGAAGCTACCTGAGGAGGTTTTGGTTGACAAGTGTCTAGGCAGGAGAACATGCGATCA
GTGCGGTAAAGGTTTCAACATAGCTCACATCAACTTAA*GGGAGAGAATGGGAAACCAGG
GATCAGCATGGATCCACTTCTACCTCCACCTCAGTGCATGTCAAAGCTCATCACTCGTGC
TGATGATACCGAAGAGGTTGTTAAAGCTAGGCTTCGTATTTACAATGAAACCAGCCAGCC
TCTTGAAGGGTACTACCGTAGCAAGGGAAAGCTGATGGAGTTTGACTTACCTGGAGGCAT
CCCTGAGTCATGGCCAAGGCTATTAGAAGCCTTGAGGCTTGATGATTACGAGGAGAAACA
ATCTGCCGCGGCATAAGTTCACACTTCACCACCGGTATTTATTTATATAATTCTTTGCAT
GTGGAAGACATGTGCCTAATCAGTTTTGTGTGTTGGAAATAAAAGAAAAACCTTAGATTG
TTTTTTTT**ATTGCCTCAGTTCAGAATAATAATCATACACACTTTTACACTGCTTTGTT
TCACATCAGGTTTTGATTATTAATTGTTGGAATGTGATCACGATTGTTT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 8

CO CL362Contig1 1254 8 19 U
GGAACCAAGGCTGCAGTTTGTGCAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATATCATTTCAGAAT
CATTTTGTTCTTGAAGACAATCCTAAAGCTTTTCCCTTTCTTTATTTTCTTGCACAATAA
AGCTCACTGAGCTATTTCTTGTTTATGTCTCAATAAGCTCTTTGAGCATTCAATCTCTAT
TGTTTTGAGATTGTTATCATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCATGGGTTTAACTTGACT
CTTCTACAGCTCCTGCTCAAGCTAACAAGTTCATCTATGTTTTTTTGAAGACCCAAGCAA
AGTGGGTTTGAAGAAATCTCAGTCACGTGACTGTTGTCTTATTTACATAATATCAGAGTC
TCCTTTTCTTGGTGACGACGAGAGGCAGAGACGCCGTAACGGCTAAAGGTGCGACCTTTG
AGTTCGTGAGAGCAACAAGGTCTCAACGAAAATCAAGATGTGAAAGGTAACGCTTATGTC
CTCTCTTTATAGACATACCATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTTGAGAAGAACAGCTGTT
TTAGATTTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATATTTATGGGT
TAATAGCTGCAAATTTCTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGTATATT*GCCAAAGAGAAAG
GCATAATGGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTAGCAGAGAGTAAAAAGGA
TTCTTTAGTTGTGGAAGAAGACTCACATTCATTATGAGACAGCTTAGGGGAGTTAAACGA
GGTAAAGAAACCCGGACTCTTCGTGAGATAAATAGGCTACAAAGATAGACCTGAATAGAT
CGCACACTATTGACTGATCTTATGGTGAAGTGAAGAAATTGACTACTTCAAATGAACACT
TCCAGCTCTCGTTCCTTTACCAAGCTGCTGCACTTGAGCTTCCAAACTTAGTTCCGCACC
CTACACTAAGTTTGCAGGGGAGTATTAGAGCACAAGCCCAAACCATTGAAGTCAAGCCCA
AAACCCATGTAGTCTAGGTTTTCTATCAATTGATATAAATAGATGTCTAAGGTCATTGTA
GTAGATAACCAAGGCTGCGGTTTGTGCAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATATCATTTCA
GAATCATTTTGTTCTTGAAGACAATCCTAAAGCTTTTCCCTTTCTTTATTTTTTGCACAA
TAAAGCTCACTGAGCTATTTCTTGTTTATGTCTCAATAAGCTCTTTGAGCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL75TF U 6
AF RR1E416TF U 1
AF RR1H207TF U 5
AF RR1AO54TF U 377
AF RR1H207JQ C 413
AF RR1E416JQ C 420
AF RR1EW12TF U 986
AF RR1DR39JQ C 702
BS 1 119 RR1E416TF
BS 120 120 RR1H207TF
BS 121 193 RR1E416TF
BS 194 194 RR1H207TF
BS 195 714 RR1E416TF
BS 715 1022 RR1AO54TF
BS 1023 1023 RR1EW12TF
BS 1024 1029 RR1AO54TF
BS 1030 1030 RR1EW12TF
BS 1031 1037 RR1AO54TF
BS 1038 1038 RR1EW12TF
BS 1039 1071 RR1AO54TF
BS 1072 1072 RR1EW12TF
BS 1073 1089 RR1AO54TF
BS 1090 1092 RR1EW12TF
BS 1093 1093 RR1H207JQ
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G
AAGGCTGCAGTTTGTGCAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATATCATTTCAGAATCATTTT
GTTCTTGAAGACAATCCTAAAGCTTTTCCCTTTCTTTATTTTCTTGCACAATAAAGCTCA
CTGAGCTATTTCTTGTTTATGTCTCAATAAGCTCTTTGAGCATTCAATCTCTATTGTTTT
GAGATTGTTATCATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCATGGGTTTAACTTGACTCTTCTA
CAGCTCCTGCTCAAGCTAACAAGTTCATCTATGTTTTTTTGAAGACCCAAGCGAAGTGGG
TTTGAAGAAATCTCAGTCACGTGACTGTTGTCTTATTTACATAATATCAGAGTC

QA 2 355 2 355
DS 

RD RR1E416TF 714 0 0
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CATTTTGTTCTTGAAGACAATCCTAAAGCTTTTCCCTTTCTTTATTTTCTTGCACAATAG
AGCTCACTGAGCTATTTCTTGTTTATGTCTCAATAAGCTCTTTGAGCATTCAATCTCTAT
TGTTTTGAGATTGCTATCATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCATGGGTTTAACTTGACT
CTTCTACAGCTCCTGCTCAAGCTAACAAGTTCATCTATGTTTTTTTGAAGACCCAAGCAA
AGTGGGTTTGAAGAAATCTCAGTCACGTGACTGTTGTCTTATTTACATAATATCAGAGTC
TCCTTTTCTTGGTGACGACGAGAGGCAGAGACGCCGTAACGGCTAAAGGTGCGACCTTTG
AGTTCGTGAGAGCAACAAGGTCTCAACGAAAATCAAGATGTGAAAGGTAACGCTTATGTC
CTCTCTTTATAGACATACCATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTTGAGAAGAACAGCTGTT
TTAGATTTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATATTTATGGGT
TAATAGCTGCAAATTTCTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGTATATT*GCCAAAGAGAAAG
GCATAATGGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTAGCAGAGAGTAA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1H207TF 699 0 0
GG
AAGGCTGCAGTTTGTGCAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATATCATTTCAGAATCATTTT
GTTCTTGAAGACAATCCTAAAGCTTTTCCCTTTCTTTATTTTCTTGCACAATAAAGCTCA
CTGAGCTATTTCTTGTTTATGTCTCAATAAGCTCTTTGAGCATTCAATCTCTATTGTTTT
GAGATTGTTATCATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCATGGGTTTAACTTGACTCTTCTA
CAGCTCCTGCTCAAGCTAACAAGTTCATCTATGTTTTTTTGAAGACCCAAGCAAAGTGGG
TTTGAAGAAATCTCAGTCACGTGACTGTTGTCTTATTTACATAATATCAGAGTCTCCTTT
TCTTGGTGACGACGAGAGGCAGAGACGCCGTAACGGCTAAAGGTGCGACCTTTGAGTTCG
TGAGAGCAACAAGGTCTCAACGAAAATCAAGATGTGAAAGGTAACGCTTATGTCCTCTCT
TTATGGACATGCCATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTTGAGAAGAACAGCTGTTTTAGAT
TTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATATTTATGGGTTAATAG
CTGCAAATTTCTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGTATATT*GCCAAAGAGAAAG*CATAA
TGGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTA

QA 3 699 3 699
DS 

RD RR1AO54TF 717 0 0
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AAGGTCTCAACGAAAATCAAGATGTGAAAGGTAACGCTTATGTCCTCTCTTTATAGACAT
ACCATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTTGAGAAGAACAGCTGTTTTAGATTTAGAAGTAT
GGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATATTTATGGGTTAATAGCTGCAAATTT
CTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGTATATTTGCCAAAGAGAAAGGCATAATGGTAGAAGC
AGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTAGCAGAGAGTAAAAAGGATTCTTTAGTTGTGGAA
GAAGACTCACATTCATTATGAGACAGCTTAGGGGAGTTAAACGAGGTAAAGAAACCCGGA
CTCTTCGTGAGATAAATAGGCTACAAAGATAGACCTGAATAGATCGCACACTATTGACTG
ATCTTATGGTGAAGTGAAGAAATTGACTACTTCAAATGAACACTTCCAGCTCTCGTTCCT
TTACCAAGCTGCTGCACTTGAGCTTCCAAACTTAGTTCCGCACCCTACACTAAGTTTGCA
GGGGAGTATTAGAGCACAAGCCCAAACCATTGAAGTCAAGCCCAAA*CCCATGCAGTCTA
G*TTTTCTATCAATTGATATAAATAGATGTCTAAG*TCATTGTAGTAGATAAC
AAAG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1H207JQ 720 0 0
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CTTATGTCCTCTCTTTATGGACATGCCATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTTGAGAAGAA
CAGCTGTTTTAGATTTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATAT
TTATGGGTTAATAGCTGCAAATTTCTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGTATATT*GCCAA
AGAGAAAGGCATAATGGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTAGCAGAGAGT
AAAAAGGATTCTTTAGTTGTGGAAGAAGACTCACATTCATTATGAGACAGCTTAGGGGAG
TTAAACGAGGTAAAGAAACCCGGACTCTTCGTGAGATAAATAGGCTACAAAGATAGACCT
GAATAGATCGCACACTATTGACTGATCTTATGGTGAAGTGAAGAAATTGACTACTTCAAA
TGAACACTTCCAGCTCTCGTTCCTTTACCAAGCTGCTGCACTTGAGCTTCCAAACTTAGT
TCCGCACCCTACACTAAGTTTGCAGGGGAGTATTAGAGCACAAGCCCAAACCATTGAAGT
CAAGCCCAAAACCCATGTAGTCTAGGTTTTCTATCAATTGATATAAATAGATGTCTAAGG
TCATTGTAGTAGATAACCAAGGCTGCGGTTTGTGCAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1E416JQ 735 0 0
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CCTCTCTTTATAGACATACCATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTTGAGAAGAACAGCTGT
TTTAGATTTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATATTTATGGG
TTAATAGCTGCAAATTTCTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGTATATT*GCCAAAGAGAAA
GGCATAATGGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTAGCAGAGAGTAAAAAGG
ATTCTTTAGTTGTGGAAGAAGACTCACATTCATTATGAGACAGCTTAGGGGAGTTAAACG
AGGTAAAGAAACCCGGACTCTTCGTGAGATAAATAGGCTACAAAGATAGACCTGAATAGA
TCGCACACTATTGACTGATCTTATGGTGAAGTGAAGAAATTGACTACTTCAAATGAACAC
TTCCAGCTCTCGTTCCTTTACCAAGCTGCTGCACTTGAGCTTCCAAACTTAGTTCCGCAC
CCTACACTAAGTTTGCAGGGGAGTATTAGAGCACAAGCCCAAACCATTGAAGTCAAGCCC
AAAACCCATGTAGTCTAGGTTTTCTATCAATTGATATAAATAGATGTCTAAGGTCATTGT
AGTAGATAACCAAGGCTGCGGTTTGTGCAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATATCATTTC
AGAATCATTTTG
TTC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1EW12TF 156 0 0
G
AGAGCACAAGCCCAAACCATTGAAGTCAAGCCCAAAACCCATGTAGTCTAGGTTTTCTAT
CAATTGATATAAATAGATGTCTAAGGTCATTGTAGTAGATAACCAATGCTGCGGTTTGTG
CAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATATCATTTCAG

QA 2 156 2 156
DS 

RD RR1DR39JQ 553 0 0
TAGCAGAGAGTAAAAAGGATTCTTTAGTTGTGGAAGAAGACTCACATTCATTATGAGACA
GCTTAGGGGAGTTAAACGAGGTAAAGAAACCCGGACTCTTCGTGAGATAAATAGGCTACA
AAGATAGACCTGAATAGATCGCACACTATTGACTGATCTTATGGTGAAGTGAAGAAATTG
ACTACTTCAAATGAACGCTTCCAGCTCTCGTTCCTTTACCAAGCTGCTGCACTTGAGCTT
CCAAACTTAGTTCCGCACCCTACACTAAGTTTGCAGGGGAGTATTAGAGCACAAGCCCAA
ACCATTGAAGTCAAGCCCAAAACCCATGTAGTCTAGGTTTTCTATCAATTGATATAAATA
GATGTCTAAGGTCATTGTAGTAGATAACCAAGGCTGCGGTTTGTGCAGCCAAAACCTTAT
CTTTATGAATATCATTTCAGAATCATTTTGTTCTTGAAGACAATCCTAAAGCTTTTCCCT
TTCTTTATTTTTTGCACAATAAAGCTCACTGAGCTATTTCTTGTTTATGTCTCAATAAGC
TCTTTGAGCATCC

QA 1 553 1 553
DS 



AS 2 9

CO CL363Contig1 1048 4 11 U
GGGAAATCGAACGAATCGGGGAAGAGAAGAGATGGCTGAGGAACACAAACACGACGAATC
TGTGACGGCGCCGGAGCCAGCTGTGGAGATCGTGGAGAGGGACTCGTTGATGGATAAGAT
AACGGAGAAGATCCACCACGGTGGCGATTCCTCTTCGTCGTCTTCATCCTCCGACGACGA
GGACGATAAGAAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGCCGGAGTCTCCGTCTTCTGTGAAATCGAA
AGTTTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTGCATAAGGTTCTCGGCGGTGGAAAGCC
GGCGGATATATTCATGTGGAAGGACAAGAAGATGTCTGGTGGTGTGCTTGGTGGTGCTAC
AGCCGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCACTTTGCTTTGCCACGT
GATGATTGTTGTGCTTGCTGTGTTGTTTCTTTGGTCTAATGCAACCATGTTCATCAACAA
GTCGCCGCCAAAGATACCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTATCCTTCAGCTCGCATC
TGGGCTCAGAATCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGCTTCTGG*CC
GGGATCTCAAGAAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTATCCATCATGGGCG
GCTGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTACTCTTCACGATTCCTC
TTGTATACGACAAGTACGAAGACAAGGTCGACCCGTTAGGTGAGAAAGCAATGATCGAGA
TCAAGAAGCAGTATGCAGTGTTGGACGAGAAGGTGTTGAGCAAGATCCCAATGGGCCCGT
TGAAGAACAAGAAGAAAGATTAGGGTTTACAAAATGGTGATCGTGTTCGTCAGATAGCAA
GAAAAAAGGGTGTTGTGAAATGGTGTTGAAGCTTTATGTTAGATCGTTTAATATGTTATG
TGAATGAACGTGGATTTTCCTCGCTTTGTTTTTTTTTCGTTTATGCCATTGTTGGTGAAC
GTGGAAGGGATGCAATTAGTGTTGGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO57TF U 1
AF RR1F063TF U 1
AF RR1E963TF U 178
AF RR1DM13JQ C 325
BS 1 638 RR1BO57TF
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BS 640 674 RR1BO57TF
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BS 710 713 RR1E963TF
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BS 726 742 RR1E963TF
BS 743 1048 RR1DM13JQ

RD RR1BO57TF 709 0 0
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TGTGACGGCGCCGGAGCCAGCTGTGGAGATCGTGGAGAGGGACTCGTTGATGGATAAGAT
AACGGAGAAGATCCACCACGGTGGCGATTCCTCTTCGTCGTCTTCATCCTCCGACGACGA
GGACGATAAGAAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGCCGGAGTCTCCGTCTTCTGTGAAATCGAA
AGTTTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTGCATAAGGTTCTCGGCGGTGGAAAGCC
GGCGGATATATTCATGTGGAAGGACAAGAAGATGTCTGGTGGTGTGCTTGGTGGTGCTAC
AGCCGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCACTTTGCTTTGCCACGT
GATGATTGTTGTGCTTGCTGTGTTGTTTCTTTGGTCTAATGCAACCATGTTCATCAACAA
GTCGCCGCCAAAGATACCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTATCCTTCAGCTCGCATC
TGGGCTCAGAATCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGCTTCTGG*CC
GGGATCTCAAGAAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGCGGGTTCTATCCATCATGGGCG
GCTGGTTCAATTTCCTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTACTCTT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1F063TF 709 0 0
GGGAAATCGAA
CGAATCGGGGAAGAGAAGAGATGGCTGAGGAACACAAACACGACGAATCTGTGACGGCGC
CGGAGCCAGCTGTGGAGATCGTGGAGAGGGACTCGTTGATGGATAAGATAACGGAGAAGA
TCCACCACGGTGGCGATTCCTCTTCGTCGTCTTCATCCTCCGACGACGAGGACGATAAGA
AGAAGAAGAAGGAGAAGAAGCCGGAGTCTCCGTCTTCTGTGAAATCGAAAGTTTACCGCT
TGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTGCATAAGGTTCTCGGCGGTGGAAAGCCGGCGGATATAT
TCATGTGGAAGGACAAGAAGATGTCTGGTGGTGTGCTTGGTGGTGCTACAGCCGCGTGGG
TTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCACTTTGCTTTGCCACGTGATGATTGTTG
TGCTTGCTGTGTTGTTTCTTTGGTCTAATGCAACCATGTTCATCAACAAGTCGCCGCCAA
AGATACCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTATCCTTCAGCTCGCATCTGGGCTCAGAA
TCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGCTTCTGGGCCGGGATCTCAAG
AAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGCGGGTTCTATCCATCATGGGCGGCTGGTTCAAT
TTCCTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTACTCTT

QA 12 709 12 709
DS 

RD RR1E963TF 565 0 0
GGAGGACGATAAG
AAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGCCGGAGTCTCCGTCTTCTGTGAAATCGAAAGTTTACCGC
TTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTGCATAAGGTTCTCGGCGGTGGAAATCCGGCGGATATA
TTCATGTGGAAGGACAAGAAGATGTCTGGTGGTGTGCTTGGTGGTGCTACAGCCGCGTGG
GTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCACTTTGCTTTGCCACGTGATGATTGTT
GTGCTTGCTGTGTTGTTTCTTTGGTCTAATGCAACCATGTTCATCAACAAGTCGCCGCCA
AAGATACCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTATCCTTCAGCTCGCATCTGGGCTCAGA
ATCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGCTTCTGG*CCGGGATCTCAA
GAAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTATCCATCATGGGCGGCTGGTTCAA
TTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTACTCTTCACGGTTCCTCTTGTGTACGA
CAAGTACGAAGA

QA 14 565 14 565
DS 

RD RR1DM13JQ 724 0 0
CAAGAAGATGTCAGGTGGTGTGCTTGGTGGTGCTACAGCCGCGTGGGTTCTGTTTGAGTT
GATGGAGTACCATCTTCTCACTTTGCTTTGCCACGTCATGATTGTTGTGCTCGCTGTGTT
GTTTCTTTGGTCTAATGCAACCACGTTCATCAACAAGTCGCCGCCAAAGATTCCTGAAGT
TCATATCCCTGAAGAGCCTATCCTTCAGCTTGCATCTGGGCTCAGAATCGAGATCAACCG
TGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGCTTCTGG*CAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTGTG
CTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTATCCATCATGGGCGGCTGGTTCAATTTCTTGACATTGG
CATACATAGCTCTTGTGCTGCTCTTCACGATTCCTCTTGTATACGACAAGTACGAAGACA
AGGTCGACCCGTTAGGTGAGAAAGCAATGATCGAGATCAAGAAGCAGTATGCAGTGTTGG
ACGAGAAGGTGTTGAGCAAGATCCCAATGGGCCCGTTGAAGAACAAGAAGAAAGATTAGG
GTTTACAAAATGGTGATCGTGTTCGTCAGATAGCAAGAAAAAAGGGTGTTGTGAAATGGT
GTTGAAGCTTTATGTTAGATCGTTTAATATGTTATGTGAATGAACGTGGATTTTCCTCGC
TTTGTTTTTTTTTCGTTTATGCCATTGTTGGTGAACGTGGAAGGGATGCAATTAGTGTTG
GGTT

QA 1 724 1 724
DS 



CO CL363Contig2 1116 5 7 U
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AGGTTTAGAGAGAAAAAA*GAACCAACACTAATCGTATCCCTTCCACGTTCACCAACAAT
GGCATAAACAAAAAGACACAAAACGAGGAAAATCCACGTTCATTCACATAACATATTAAA
AGATCTAACATAAAGCTTCAACAAACACCATTTCACAACACCCTTTTTCTTGCTATCTGA
CGAACTCCATCACCATTTTGTAAACCCTAATCTTTCTTCTTGTTCTTCAACGGGCCCATT
GGGATCTTGCTCAACACCTTCTCGTCCAACACTGCATACTGCTTCTTGATCTCGATCATT
GCTTTCTCACCTAACGGGTCGACCTTGTCTTCGTACTTGTCGTACACAAGAGGAACCGTG
AAGAGTAGCACAAGAGCTATGTATGCCAATGTCAAGAAATTGAACCAGCCGCCCATGATG
GATAGAACCCACAAGCCGGCTATAGCACAGAGGAATTTCTTGAGATCCCGGCCAGAAGCA
ATCTCACGAAGAGAGGAGAGTCCACGGTTGATCTCGATTCTGAGCCCAGATGCGAGCTGA
AGGATAGGCTCCTCAGGGATATGAACTTCAGGTATCTTTGGCGGCGACTTGTTGATGAAC
ATGGTTGCATTAGACCAAAGAAACAACACAGCAAGCACAACAATCATCACGTGGCAAAGC
AAAGTGAGAAGATGGTACTCCATCAACTCAAACAGAACCCACGCGGCTGTAGCACCACCA
AGCACACCACCAGACATCTTCTTATCCTTCCACATGAATATATCCGCCGGCTTTCCACCG
CCGAGAACCTTATGAACGGGCTTCTCCCTTCCGAACAAGCGGTAGACTTTTGATTTCACA
GAAGACAGAGACTCCGGCTTCTTCTTCTTCTTCTTATCGTCCTCGTCATCAGACGATGAA
GACGACGAAGAGGAATCGCCACCGTGGTGGATCTTCTCCGTTATCTTATCCATCAACGAG
TCCCTCTCCACGATCTCCACAGCCGGCTCCGGAGCCGTCACAGATTCGTCGTGTTTGTGT
TCCTCAGCCATCTCTTCTCTTCTCCGATTCGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD35TF C 9
AF RR1GY16JQ U 1
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AF RR1BO57JQ U 35
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ATCACCATTTTGTAAACCCTAATCTTTCTTCTTGTTCTTCAACGGGCCCATTGGGGTCTT
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ACCTAACGGGTCGACCTTGTCTTCGTACTTGTCGTACACAAGAGGAACCGTGAAGAGTAG
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C

QA 1 481 1 481
DS 

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AGGTTTAGAGAGAAAAAA*GAACCAACACTAATCGTATCCCTTCCACGTTCACCAACAAT
GGCATAAACAAAAAGACACAAAACGAGGAAAATCCACGTTCATTCACATAACATATTAAA
AGATCTAACATAAAGCTTCAACAAACACCACTTCACAACACCCTTTTTCTTGCTATCTGA
CGAACTCCATCACCATTTTGTAAACCCTAATCTTTCTTCTTGTTCTTCAACGGGCCCATT
GGGATCTTGCTCAACACCTTCTCGTCCAACACTGCATACTGCTTCTTGATCTCGATCATT
GCTTTCTCACCTAACGGGTCGACCTTGTCTTCGTACTTGTCGTACACAAGAGGAACCGTG
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ATCTCACGAAGAGAGG

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1E963JQ 624 0 0
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TTCTTCAACGGGCCCATTGGGATCTTGCTCAACACCTTCTCGTCCATCACTGCATACTGC
TTCTTGATCTCGATCATTGCTTTCTCACCTAACGGGTCGACCTTGTCTTCGTACTTGTCG
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AACCAGCCGCCCATGATGGATAGAACCCACAAGCCGGCTATAGCACAGAGGAATTTCTTG
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AGCCCAGATGCGAGCTGAAGGATAGGCTCCTCAGGGATATGAACTTCAGGTATCTTTGGC
GGCGACTTGTTGATGAACATGGTT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1BO57JQ 774 0 0
GCAAAATTGAATATTCAAATGGTTATAGGTTTAGAGAGAAAAAAAGAACCAACACTAATC
GTATCCCTTCCACGTTCACCAACAATGGCATAAACAAAAAGACACAAAACGAGGAAAATC
CACGTTCATTCACATAACATATTAAAAGATCTAACATAAAGCTTCAACAAACACCATTTC
ACAACACCCTTTTTCTTGCTATCTGACGAACTCCATCACCATTTTGTAAACCCTAATCTT
TCTTCTTGTTCTTCAACGGGCCCATTGGGATCTTGCTCAACACCTTCTCGTCCAACACTG
CATACTGCTTCTTGATCTCGATCATTGCTTTCTCACCTAACGGGTCGACCTTGTCTTCGT
ACTTGTCGTACACAAGAGGAACCGTGAAGAGTAGCACAAGAGCTATGTATGCCAATGTCA
GGAAATTGAACCAGCCGCCCATGATGGATAGAACCCGCAAGCCGGCTATAGCACAGAGGA
ATTTCTTGAGATCCCGGCCAGAAGCAATCTCACGAAGAGAGGAGAGTCCACGGTTGATCT
CGATTCTGAGCCCAGATGCGAGCTGAAGGATAGGCTCCTCAGGGATATGAACTTCAGGTA
TCTTTGGCGGCGACTTGTTGATGAACATGGTTGCATTAGACCAAAGAAACAACACAGCAA
GCACAACAATCATCACGTGGCAAAGCAAAGTGAGAAGATGGTACTCCATCAACTCAAACA
GAACCCACGCGGCTGTAGCACCACCAAGCACACCACCAGACATCTTCTTGTCCT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1GY16TF 801 0 0
CA
CTTCTCGTCCA*CACTGCATACTGCTC**TGATCTCGATCATTGCTTTCTCAC*TAACGG
GTCGAC*TTGTCTTCGTACTTGTCGTACACAAGAGGAAC*GTGAAGAGTAGCACAAGAGC
TATGTATGCCAATGTCAAGAAATTGAACCAGCCGCCCATGATGGATAGAACCCACAAGCC
GGCTATAGCACAGAGGAATTTCTTGAGATCCCGGCCAGAAGCAATCTCACGAAGAGAGGA
GAGCCCACGGTTGATCTCGATTCTGAGCCCAGATGAGAGCTGAAGGATAGGCTCCTCAGG
GATATGAACTTCAGGTATCTTTGGCGGCGACTTGTTGATGAACATGGTTGCATTAGACCA
AAGAAACAACACGGCAAGCACAACAATCATCACGTGGCAAAGCAAAGTGAGAAGATGGTA
CTCCATCAACTCAAACAGAACCCACGCGGCTGTAGCACCACCAAGCACACCACCAGACAT
CTTCTTATCCTTCCACATGAATATATCCGCCGGCTTTCCACCGCCGAGAACCTTATGAAC
GGGCTTCTCCCTTCCGAACAAGCGGTAGACTTTTGATTTCACAGAAGACAGAGACTCCGG
CTTCTTCTTCTTCTTCTTATCGTCCTCGTCATCAGACGATGAAGACGACGAAGAGGAATC
GCCACCGTGGTGGATCTTCTCCGTTATCTTATCCATCAACGAGTCCCTCTCCACGATCTC
CACAGCCGGCTCCGGAGCCGTCACAGATTCGTCGTGTTTGTGTTCCTCAGCCATCTCTTC
TCTTCTCCGATTCGTTCCC

QA 3 801 3 801
DS 



AS 1 10

CO CL364Contig1 1237 10 31 U
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GGTGCTAGACCGGTTGCTGATGGTCTTGGGAGAGTGAACCGGGTTGAGCCTGTGAGCTTG
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CTGTTTATTAATCAGATGAATCTTCTTGACAGAGCGATCAAGATGGTGGCTGAGCTAGAC
GAGCCAGTTGAGATGAACTACGTGAGGAAACACGCCATGGAGCAAGCAGCAACGCTCGGC
GTTGATATCAGAGAGGCAGCTACAAGAGTTTTCTCAAACGCTTCGGGGTCATACTCGGCA
AACATCAGTCTCGCTGTTGAGAACTCTTCATGGAACGACGAGCAACAGCTTCAGGACATG
TACTTGAGCCGCAAATCGTTTGCGTTTGACAGCGATGCTCCTGGAGCAGGGATGGCTGAG
AAGAAGGAGGTCTTTCAGATGGCTCTTATGACTGCAGAAGTCACGTTTCAGAACCTCGAT
TCTTCCGAGATTTCGTTGACCGACGTGAGCCATTACTTTGACTCTGACCCGACAAACTTG
GTTCAGAGTTTGAGGAAAGACAAGAAGAAGCCTAGCGCTTACATTGCTGATACAACAACC
GCAAACGCACAGGTGAGGTCACTGTCTGAGACAGTGAGGCTGGACGCAAGAACAAAGCTG
CTGAACCCAAAGTGGTACGAAGGAATGATGTCAAGCGGATACGAAGGTGTTCGTGAGATA
GAGAAGAGACTGACAAACACTGTGGGATGGAGTGCAACCTCAGGTCAAGTAGACAACTGG
GTCTACGAAGAGGCCAACACGACTTTCATCAAAGACGAGGAGATGCTTAACCGTCTCATG
AACACTAATCCAAACTCCTTCAGGAAGATGATCCAGACGTTCTTGGAAGCCAATGGTCGT
GGCTACTGGGAGACTTCGGAGGACAACATCGAGAAGCTCAAGGACTTGTACTCTCAGGTC
GAAGACAAGATTGAAGGGATCGATCGATAGATAAACAATGTGAAGCATATTTTTT*AAAG
TAAATGGAAACAAACTGCATTGATGTTTTATTTTTCAAACAATGACATCATCTCTATGTG
AATAAGAGAATGTTTTTGCTGACATTTTCTGACTTTATATGAATGTTGTGGAGCTTTTAA
TTCTAAGCCTAAGAGGCAGTATATGATGTTCTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1HA19TF U 1
AF RR1DU64TF U 130
AF RR1FX49TF U 277
AF RR1G549TF U 277
AF RR1HA19JQ C 805
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AF RR1FV96TF U 786
BS 1 318 RR1HA19TF
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BS 320 398 RR1HA19TF
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BS 400 560 RR1HA19TF
BS 561 561 RR1FX49TF
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BS 684 684 RR1FX49TF
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BS 796 804 RR1DU64TF
BS 805 806 RR1FX49TF
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BS 853 853 RR1FX49TF
BS 854 869 RR1DU64TF
BS 870 904 RR1FX49TF
BS 905 923 RR1G549TF
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BS 925 965 RR1G549TF
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BS 1060 1237 RR1FV96TF

RD RR1HA19TF 622 0 0
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GGTGCTAGACCGGTTGCTGATGGTCTTGGGAGAGTGAACCGGGTTGAGCCTGTGAGCTTG
GAAGAGCTTGGAAGGCCGAGGATTGATGTCGTTGTTAACTGCTCAGGAGTCTTCCGTGAT
CTGTTTATTAATCAGATGAATCTTCTTGACAGAGCGATCAAGATGGTGGCTGAGCTAGAC
GAGCCAGTTGAGATGAACTACGTGAGGAAACACGCCATGGAGCAAGCAGCAACGCTCGGC
GTTGATATCAGAGAGGCATCTACAAGAGTTTTCTCAAACGCTTCGGGGTCATACTCGGCA
AACATCAGTCTCGCTGTTGAGAACTCTTCATGGAACGATGAGCAACAGCTTCAGGACATG
TACTTGAGCCGCAAATCGTTTGCGTTTGACAGCGATGCTCCTGGAGCAGGGATGGCTGAG
AAGAAGGAGGTCTTTCAGATGGCTCTTATGACTGCAGAAGTCACGTTTCAGAACCTCGAT
TCTTCCGAGATTTCGTTGACGGACGTGAGCCATTACTTTGACTCTGACCCGACAAACTTG
GTTCAGAGTTTGAGGAAAGACA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1DU64TF 740 0 0
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AATCAGATGAATCTTCTTGACAGAGCGATCAAGATGGTGGCTGAGCTAGACGAGCCAGTT
GAGATGAACTACGTGAGGAAACACGCCATGGAGTAAGCAGCAACGCTCGGCGTTGATATC
AGAGAGGCAGCTACAAGAGTTTTCTCAAACGCTTCGGGGTCATACTCGGCAAACATCAGT
CTCGCTGTTGAGAACTCTTCATGGAACGATGAGCAACAGCTTCAGGACATGTACTTGAGC
CGCAAATCGTTTGCGTTTGACAGCGATGCTCCTGGAGCAGGGATGGCTGAGAAGAAGGAG
GTCTTTCAGATGGCTCTTATGACTGCAGAAGTCACGTTTCAGAACCTCGATTCTTCCGAG
ATTTCGTTGACGGACGTGAGCCATTACTTTGACTCTGACCCGACAAACTTGGTTCAGAGT
TTGAGGAAAGACAAGAAGAAGCCTAGCGCTTACATTGCTGATACAACAACCGCAAACGCA
CAGGTGAGGTCACTATCTGAGACCGTGAGGCTGGACGCAAGAACAAAGCTGCTGAACCCA
AAGTGGTACGAAGGAATGATGTCAAGCGGATACGAAAGTGTTCGTGAGATAGAGAAGAGA
CTGACCAACACTGTGT*ATGGAGTGCAACCTCGGGTCAAGTAGACA*CTGGGTCTACGAA
GAG*CCAACACGACTTTCAT

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DS 

RD RR1FX49TF 628 0 0
GG
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CGAGCAACAGCTTCAGGACATGTACTTGAGCCGCAAATCGTTTGCGTTTGACAGCGATGC
TCCTGGAGCAGGGATGGCTGAGAAGAAGGAGGTCTTTCAGATGGCTCTTATGACTGCAGA
AGTCACGTTTCAGAACCTCGATTCTTCCGAGATTTCGTTGACCGACGTGAGCCATTACTT
TGACTCTGACCCGACAAACTTGGTTCAGAGTTTGAGGAAAGACAAGAAGAAGCCTAGCGC
TTACATTGCTGATACAACAACCGCAAACGCACAGGTGAGGTCACTGTCTGAGACAGTGAG
GCTGGACGCAAGAACAAAGCTGCTGAACCCAAAGTGGTACGAAGGAATGATGTCAAGCGG
ATACGAAGGTGTTCGTGAGATAGAGAAGAGACTGACAAACACTGTGGGATGGAGTGCAAC
CTCAGGTCAAGTAGACAACTGGGTCTACGAAGAGGCCAACACGACTTTCATCAAAGACGA
GGAGATGCTTAACCGTCTCATGAACA

QA 3 628 3 628
DS 

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GG
GGAGCAAGCAGCAACGCTCGGCGTTGATATCAGAGAGGCAGCTACAAGAGTTTTCTCAAA
CGCTTCGTGGTCATACTCGGCAAACATCAGTCTCGCTGTTGAGAATTCTTCATGGAACGA
CGAGCAACAGCTTCAGGACATGTACTTGAGCCGCAAATCGTTTGCGTTTGACAGCGATGC
TCCTGGAGCAGGGATGGCTGAGAAGAAGGAGGTCTTTCAGATGGCTCTTATGACTGCAGA
AGTCACGTTTCAGAACCTCGATTCTTCCGAGATTTCGTTGACCGACGTGAGCCATTACTT
TGACTCTGACCCGACAAACTTGGTTCAGAGTTTGAGGAAAGACAAGAAGAAGCCTAGCGC
TTACATTGCTGATACAACAACCGCAAACGCACAGGTGAGGTCACTGTCTGAGACAGTGAG
GCTGGACGCAAGAACAAAGCTGCTGAACCCAAAGTGGTACGAAGGAATGATGTCAAGCGG
ATACGAAGGTGTTCGTGAGATAGAGAAGAGACTGACAAACACTGTGGGATGGAGTGCAAC
CTCAGGTCAAGTAGACAACTGGGTCTACGAAGAGGCCAACACGACTTTCATCAAAGACGA
GGAGATGCTTAACCGTCTCATGAACACTAATCCAAACTCCTTCAG*AAGATGATCCAGAC
GTTCTTGGAAGCCAATGGTCGTGGCTA

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR1HA19JQ 305 0 0
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TTCATCAAAGACGAGGAGATGCTTAACCGTCTCATGAACACTAATCCAAACTCCTTCAGG
AAGATGATCCAGACGTTCTTGGAAGCCAATGGTCGTGGCTACTGGGAGACTTCGGAGGAC
AACATCGAGAAGCTCAAGGACTTGTACTCTCAGGTCGAAGACAAGATTGAAGGGATCGAT
CGATAGATAAACAATGTGAAGCATATTTTTTTAAAGTAAATGGAAACAAACTGCATTGAT
GTTTT

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR1FX49JQ 684 0 0
GAGAAGAAGGAGGTCTTTCAGATGGCTCTTATGACTGCAGAAGTCACGTTTCAGAACCTC
GATTCTTCCGAGATTTCGTTGACCGACGTGAGCCATTACTTTGACTCTGACCCGACAAAC
TTGGTTCAGAGTTTGAGGAAAGACAAGAAGAAGCCTAGCGCTTACATTGCTGATACAACA
ACCGCAAACGCACAGGTGAGGTCACTGTCTGAGACAGTGAGGCTGGACGCAAGAACAAAG
CTGCTGAACCCAAAGTGGTACGAAGGAATGATGTCAAGCGGATACGAAGGTGTTCGTGAG
ATAGAGAAGAGACTGACAAACACTGTGGGATGGAGTGCAACCTCAGGTCAAGTAGACAAC
TGGGTCTACGAAGAGGCCAACACGACTTTCATCAAAGACGAGGAGATGCTTAACCGTCTC
ATGAACACTAATCCAAACTCCTTCAGGAAGATGATCCAGACGTTCTTGGAAGCCAATGGT
CGTGGCTACTGGGAGACTTCGGAGGACAACATCGAGAAGCTCAAGGACTTGTACTCTCAG
GTCGAAGACAAGATTGAAGGGATCGATCGATAGATAAACAATGTGAAGCATATTTTTT*A
AAGTAAATGGAAACAAACTGCATTGATGTTTTATTTTTCAAACAATGACATCATCTCTAT
GTGAATAAGAGAATGTTTTTGCTG

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DS 

RD RR1G549JQ 665 0 0
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TGACCGACGTGAGCCATTACTTTGACTCTGACCCGACAAACTTGGTTCAGAGTTTGAGGA
AAGACAAGAAGAAGCCTAGCGCTTACATTGCTGATACAACAACCGCAAACGCACAGGTGA
GGTCACTGTCTGAGACAGTGAGGCTGGACGCAAGAACAAAGCTGCTGAACCCAAAGTGGT
ACGAAGGAATGATGTCAAGCGGATACGAAGGTGTTCGTGAGATAGAGAAGAGACTGACAA
ACACTGTGGGATGGAGTGCAACCTCAGGTCAAGTAGACAACTGGGTCTACGAAGAGGCCA
ACACGACTTTCATCAAAGACGAGGAGATGCTTAACCGTCTCATGAACACTAATCCAAACT
CCTTCAGGAAGATGATCCAGACGTTCTTGGAAGCCAATGGTCGTGGCTACTGGGAGACTT
CGGAGGACAACATCGAGAAGCTCAAGGACTTGTACTCTCAGGTCGAAGACAAGATTGAAG
GGATCGATCGATAGATAAACAATGTGAAGCATATTTTTT*AAAGTAAATGGAAACAAACT
GCATTGATGTTTTATTTTTCAAACAATGACATCATCTCTATGTGAATAAGAGAATGTTTT
TGCTG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1DU64JQ 638 0 0
TCTGACCCGACAAACTTGGTTCAGAGTTTGAGGAAAGACAAGAAGAAGCCTAGCGCTTAC
ATTGCTGATACAACAACCGCAAACGCACAGGTGAGGTCACTATCTGAGACCGTGAGGCTG
GACGCAAGAACAAAGCTGCTGAACCCAAAGTGGTACGAAGGAATGATGTCAAGCGGATAC
GAAGGTGTTCGTGAGATAGAGAAGAGACTGACCAACACTGTGT*ATGGAGTGCAACCTCG
GGTCAAGTAGACAACTGGGTCTACGAAGAGGCCAACACGACTTTCATCAAAGACGAGGAG
ATGCTTAACCGTCTCATGAACACTAATCCAAACTCCTTCAGGAAGATGATCCAGACGTTC
TTGGAAGCCAATGGTCGTGGCTACTGGGAGACTTCGGAGGACAACATCGAGAAGCTCAAG
GACTTGTACTCTCAGGCCGAAGACAAGATTGAAGGGATCGATCGATAGATAAACAATGTG
AAGCATATTTTTTTAAAGTAAATGGAAACAAACTGCATTGATGTTTTATTTTTCAAACAA
TGACATCATCTCTATGTGAATAAGAGAATGTTTTTGCTGACATTTTCTGACTTTATATGA
ATGTTGTGGAGCTTTTAATTCTAAGCCTAAGAGGCAG
C

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1FV96JQ 452 0 0
GAGACTGACCAACACTGTGGGATGGAGTGCAACCTCAGGTCAAGTAGACAACTGGGTCTA
CGAAGAGGCCAACACGACTTTCATCAAAGACGAGGAGATGCTTAACCGTCTCATGAACAC
TAATCCAAACTCCTTCAGGAAGATGATCCAGACGTTCTTGGAAGCCAATGGTCGTGGCTA
CTGGGAGACTTCGGAGGACAACATCGAGAAGCTCAAGGACTTGTACTCTCAGGTCGAAGA
CAAGATTGAAGGGATCGATCGATAGATAAACAACGTGAAGCATATTTTTT*AAAGTAAAT
GGAAACAAACTGCATTGATGTTTTATTTTTCAAACAATGACATCATCTCTATGTGAATAA
GAGAATGTTTTTGCTGACATTTTCTGACTTTATATGAATGTTGTGGAGCTTTTAATTCTA
AGCCTAAGAGGCAGTATATGATGTTCTTTTTC

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR1FV96TF 452 0 0
GAGACTGACCAACACTGTGGGATGGAGTGCAACCTCAGGTCAAGTAGACAACTGGGTCTA
CGAAGAGGCCAACACGACTTTCATCAAAGACGAGGAGATGCTTAACCGTCTCATGAACAC
TAATCCAAACTCCTTCAGGAAGATGATCCAGACGTTCTTGGAAGCCAATGGTCGTGGCTA
CTGGGAGACTTCGGAGGACAACATCGAGAAGCTCAAGGACTTGTACTCTCAGGTCGAAGA
CAAGATTGAAGGGATCGATCGATAGATAAACAACGTGAAGCATATTTTTT*AAAGTAAAT
GGAAACAAACTGCATTGATGTTTTATTTTTCAAACAATGACATCATCTCTATGTGAATAA
GAGAATGTTTTTGCTGACATTTTCTGACTTTATATGAATGTTGTGGAGCTTTTAATTCTA
AGCCTAAGAGGCAGTATATGATGTTCTTTTTC

QA 1 452 1 452
DS 



AS 1 10

CO CL365Contig1 962 10 17 U
CATGCAAATTTCTAATTTTTATTTTTGAAAATATAATCTCATCCCGCGCAAGACGCAAAT
GACTCATTTACTTAAACTGAAATTTCAGTCATCCCACAACCACAAGTTGAAATTTCGTAT
TCCTCTTATTACATTCGTGATGAGAAGAATTCACATTCAATTGCTCTCTATTTTTTT*CA
TCATCATCACTAACTACAAACCAAAATTATGGAAAAACTAAAACAATCTCAAAAGAGAAG
TCAAACCAAACC*AATACCCAATTATATGTCAAACCAAACC*AATACCAAACTAAACCAA
CAAATCCAAGTACAGATCTTCAGAAACATGGCAGATGGTTGTGGTAGTGGTGATGATGGT
AGTTGTGCCCGTTACCGTGATGACTGTGACGGCGATGAGTCTCCTCGTCGATAATCTCCT
GAACATGCTTAAACTCATCGACGCGGCAAGGAATCGTAATCGGGCCCGCGTGTTTGAATC
CGTACTCTTCTTCAGCTTCTTTCAAGAGACTCAAAAACAGAGGATGGCTCAAGAACATCA
AAGGAACCACGAATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCTTCGTGTCCCACCATGATCGCGA
CACAGCCTTTCGGAACATAATGATGGTTATGATGATGGTGTATGTGTAGATGGGGAACAT
GAAAGTGGAACTTGAACACCATCTGGCTCTGACTCTGTTTTGGACTCTGTTTCTGTTCTT
CTTGATCTTCAAAACCCATTAAAAAGATCGAATCTTTCTTATAGATTGAATGAAACGCGC
AACGGAGATAAAGCAGAGGTTGATGTTAGAAGACGGAGATAGAAAAGGGCCAAGGATCGA
CGGCAGAAGAGATAGTAAGGAGAAAGATGGAAAGAGATGAGTCGGTGAGAGATGTGGGGA
TGTTGCTCATGATAGGCTAAGCATATATGTATATGAGGTTTCTTTTTTGGTTTTGTGAAT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 50 50 50 35 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1GQ75JQ U 27
AF RR1BM69JQ U 1
AF RR1GS43JQ U 192
AF RR1FU27JQ U 109
AF RR1A122JQ U 106
AF RR1GS43TF C 423
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BS 1 177 RR1BM69JQ
BS 178 178 RR1GQ75JQ
BS 179 265 RR1BM69JQ
BS 266 266 RR1GQ75JQ
BS 267 322 RR1BM69JQ
BS 323 323 RR1A122JQ
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BS 335 507 RR1BM69JQ
BS 508 508 RR1GQ75JQ
BS 509 517 RR1BM69JQ
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BS 519 794 RR1BM69JQ
BS 795 882 RR1A122JQ
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BS 884 889 RR1A122JQ
BS 890 962 RR1A122TF

RD RR1GQ75JQ 719 0 0
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AGTCATCCCACAACCACAAGTTGAAATTTCGTATTCCTCTTATTACATTCGTGATGAGAA
GAATTCACATTCAATTGCTCTCTATTTTTTT*CATCATCATCACTAACTACAAACCAAAA
TTATGGAAAAACTAAAACAATCTCAAAAGAGAAGTCAAACCAAACC*AATACCCAATTAT
ATGTCAAACCAAACC*AATACCAAACTAAACCAACAAATCCAAGTACAGATCTTCAAAAA
CATGGCAAATGGTTGTGGTAGTGGTGATGATGGTAGTTGTGCCCGTTACCGTGATGACTG
TGACGGCGATGAGTCTCCTCGTCGATAATCTCCTGAACATGCTTAAACTCATCGACGCGG
CAAGGAATCGTAATCGGGCCCGCGTGTTTGAATCCGTACTCTTCTTCAGCTTCTTTCAAG
AGACTCAAAAACAGAGGATGGCTCAAGAACATCAAAGGAACCACGAATCTGTGTAGACCT
TCTTCATCTCCTTCGTGTCCCACCATGATCGCGACACAGCCTTTCGGAACATAATGATGG
TTATGATGATGGTGTATGTGTAGATGGGGAACATGAAAGTGGAACTTGAACGCCATCTGG
CTCTGACTCTGTTTTGGACTCTGTTTCTGTTCTTCTTGATCTTCAAAACCCATTAAAAA

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1BM69JQ 794 0 0
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GACTCATTTACTTAAACTGAAATTTCAGTCATCCCACAACCACAAGTTGAAATTTCGTAT
TCCTCTTATTACATTCGTGATGAGAAGAATTCACATTCAATTGCTCTCTATTTTTTTTCA
TCATCATCACTAACTACAAACCAAAATTATGGAAAAACTAAAACAATCTCAAAAGAGAAG
TCAAACCAAACC*AATACCCAATTACATGTCAAACCAAACC*AATACCAAACTAAACCAA
CAAATCCAAGTACAGATCTTCAAAAACATGGCAAATGGTTGTGGTAGTGGTGATGATGGT
AGTTGTGCCCGTTACCGTGATGACTGTGACGGCGATGAGTCTCCTCGTCGATAATCTCCT
GAACATGCTTAAACTCATCGACGCGGCAAGGAATCGTAATCGGGCCCGCGTGTTTGAATC
CGTACTCTTCTTCAGCTTCTTTCAAGAAACTCAAAAAAAGAGGATGGCTCAAGAACATCA
AAGGAACCACGAATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCTTCGTGTCCCACCATGATCGCGA
CACAGCCTTTCGGAACATAATGATGGTTATGATGATGGTGTATGTGTAGATGGGGAACAT
GAAAGTGGAACTTGAACACCATCTGGCTCTGACTCTGTTTTGGACTCTGTTTCTGTTCTT
CTTGATCTTCAAAACCCATTAAAAAGATCGAATCTTTCTTATAGATTGAATGAAACGCGC
AACGGAGATAAAGC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1GS43JQ 624 0 0
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C*AATACCCAATTATATGTCAAACCAAACC*AATACCAAACTAAACCAACAAATCCAAGT
ACAGATCTTCAGAAACATGGCAGATGGTTGTGGTAGTGGTGATGATGGTAGTTGTGCCCG
TTACCGTGATGACTGTGACGGCGATGAGTCTCCTCGTCGATAATCTCCTGAACATGCTTA
AACTCATCGACGCGGCAAGGAATCGTAATCGGGCCCGCGTGTTTGAATCCGTACTCTTCT
TCAGCTTCTTTCAAGAGACTCAAAAACAGAGGATGGCTCAAGAACATCAAAGGAACCACG
AATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCTTCGTGTCCCACCATGATCGCGACACAGCCTTTC
GGAACATAATGATGGTTATGATGATGGTGTATGTGTAGATGGGGAACATGAAAGTGGAAC
TTGAACACCATCTGGCTCTGACTCTGTTTTGGACTCTGTTTCTGTTCTTCTTGATCTTCA
AAACCCATTAAAAAGATCGAATCTTTCTTATAGATTGAATGAAACGCGCAACGGAGATAA
AGCAGAGGTTGATGTTAGAAGACG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1FU27JQ 680 0 0
GG
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AAAAGAGAAGTCAAACCAAACC*AATACCCAATTATATGTCAAACCAAACC*AATACCAA
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TGATGATGGTAGTTGTGCCCGTTACCGTGATGACTGTGACGGCGATGAGTCTCCTCGTCG
ATAATCTCCTGAACATGCTTAAACTCATCGACGCGGCAAGGAATCGTAATCGGGCCCGCG
TGTTTGAATCCGTACTCTTCTTCAGCTTCTTTCAAAAGACTCAAAAACAGAGGATGGCTC
AAGAACATCAAAGGAACCACGAATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCTTCGTGTCCCACC
ATGATCGCGACACAGCCTTTCGGAACATAATGATGGTTATGATGATGGTGTATGTGTAGA
TGGGGAACATGAAAGTGGAACTTGAACACCATCTGGCTCTGACTCTGTTTTGGACTCTGT
TTCTGTTCTTCTTGATCTTCAAAACCCATTAAAAAGATCGAATCTTTCTTATAGATTGAA
TGAAACGCGCAACGGAGA

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DS 

RD RR1A122JQ 784 0 0
GTTGA
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TTTTTTT*CATCATCATCACTAACTACAAACCAAAATTATGGAAAAACTAAAACAATCTC
AAAAGA**AGTCAAACCAAACC*AATACCCAATTATATGTCAAACCAAACC*AATACCAA
ACTAAACCAACAAATCCAAGTACAGATCTTCAGAAACATGGCAGATGGTTGTGGTAGTGG
TGATGATGGTAGTTGTGCCCGTTACCGTGATGACTGTGACGGCGATGAGTCTCCTCGTCG
ATAATCTCCTGAACATGCTTAAACTCATCGACGCGGCAAGGAATCGTAATCGGGCCCGCG
TGTTTGAATCCGTACTCTTCTTCAGCTTCTTTCAAGAGACTCAAAAACAGAGGATGGCTC
AAGAACATCAAAGGAACCACGAATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCTTCGTGTCCCACC
ATGATCGCGACACAGCCTTTCGGAACATAATGATGGTTATGATGATGGTGTATGTGTAGA
TGGGGAACATGAAAGTGGAACTTGAACACCATCTGGCTCTGACTCTGTTTTGGACTCTGT
TTCTGTTCTTCTTGATCTTCAAAACCCATTAAAAAGATCGAATCTTTCTTATAGATTGAA
TGAAACGCGCAACGGAGATAAAGCAGAGGTTGATGTTAGAAGACGGAGATAGAAAAGGGC
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DS 

RD RR1GS43TF 489 0 0
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TACTCTTCTTCAGCTTCTTTCAAGAGACTCAAAAACAGAGGATGGCTCAAGAACATCAAA
GGAACCACGAATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCTTCGTGTCCCACCATGATCGCGACA
CAGCCTTTCGGAACATAATGATGGTTATGATGATGGTGTATGTGTAGATGGGGAACATGA
AAGTGGAACTTGAACACCATCTGGCTCTGACTCTGTTTTGGACTCTGTTTCTGTTCTTCT
TGATCTTCAAAACCCATTAAAAAGATCGAATCTTTCTTATAGATTGAATGAAACGCGCAA
CGGAGATAAAGCAGAGGTTGATGTTAGAAGACGGAGATAGAAAAGGGCCAAGGATCGACG
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TTGCTCAT
C

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DS 

RD RR1A122TF 775 0 0
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AAACCCAATACCCAATTATATGTCAAACCAAACCCAATACCAAACTAAACCAACAAATCC
AAGTACAGATCTTCAGAAACATGGCAGATGGTTGTGGTAGTGGTGATGATGGTAGTTGTG
CCCGTTACCGTGATGACTGTGACGGCGATGAGTCTCCTCGTCGATAATCTCCTGAACATG
CTTAAACTCATCGACGCGGCAAGGAATCGTAATCGGGCCCGCGTGTTTGAATCCGTACTC
TTCTTCAGCTTCTTTCAAGAGACTCAAAAACAGAGGATGGCTCAAGAACATCAAAGGAAC
CACGAATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCTTCGTGTCCCACCATGATCGCGACACAGCC
TTTCGGAACATAATGATGGTTATGATGATGGTGTATGTGTAGATGGGGAACATGAAAGTG
GAACTTGAACACCATCTGGCTCTGACTCTGTTTTGGACTCTGTTTCTGTTCTTCTTGATC
TTCAAAACCCATTAAAAAGATCGAATCTTTCTTATAGATTGAATGAAACGCGCAACGGAG
ATAAAGCAGAGGTTGATGTTAGAAGACGGAGATAGAAAAGGGCCAAGGATCGACGGCAGA
AGAGATAGTAAGGAGAAAGATGGAAAGAGATGAGTAGGTGAGAGATGTGGGGATGTTGCT
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DS 

RD RR1GQ75TF 667 0 0
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ATGGTAGTTGTGCCCGTTACCGTGATGACTGTGACGGCGATGAGTCTCCTCGTCGATAAT
CTCCTGAACATGCTTAAACTCATCGACGCGGCAAGGAATCGTAATCGGGCCCGCGTGTTT
GAATCCGTACTCTTCTTCAGCTTCTTTCAAGAGACTCAAAAACAGAGGATGGCTCAAGAA
CATCAAAGGAACCACGAATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCTTCGTGTCCCACCATGAT
CGCGACACAGCCTTTCGGAACATAATGATGGTTATGATGATGGTGTATGTGTAGATGGGG
AACATGAAAGTGGAACTTGAACGCCATCTGGCTCTGACTCTGTTTTGGACTCTGTTTCTG
TTCTTCTTGATCTTCAAAACCCATTAAAAAGATCGAATCTTTCTTATAGATTGAATGAAA
CGCGCAACGGAGATAA*GCAGAGGTTGATGTTAGAAGACGGAGATAGAAAAGGGCCAAGG
ATCGACGGCAGAAGAGATAGTAAGGAGAAAGATGGAAAGAGATGAGTCGGTGAGAGATGT
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TGAATCC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1BM69TF 746 0 0
AACT
AAACAATCTCAAAAGAGAAGTCAAACCAAACC*AATACCCAATTACATGTCAAACCAAAC
C*AATACCAAACTAAACCAACAAATCCAAGTACAGATCTTCAGAAACATGGCAGATGGTT
GTGGTAGTGGTGATGATGGTAGTTGTGCCCGTTACCGTGATGACTGTGACGGCGATGAGT
CTCCTCGTCGATAATCTCCTGAACATGCTTAAACTCATCGACGCGGCAAGGAATCGTAAT
CGGGCCCGCGTGTTTGAATCCGTACTCTTCTTCAGCTTCTTTCAAGAGACTCAAAAAAAG
AGGATGGCTCAAGAACATCAAAGGAACCACGAATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCTTC
GTGTCCCACCATGATCGCGACACAGCCTTTCGGAACATAATGATGGTTATGATGATGGTG
TATGTGTAGATGGGGAACATGAAAGTGGAACTTGAACACCATCTGGCTCTGACTCTGTTT
TGGACTCTGTTTCTGTTCTTCTTGATCTTCAAAACCCATTAAAAAGATCGAATCTTTCTT
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AGAAAAGGGCCAAGGATCGACGGCAGAAGAGATAGTAAGGAGAAAGATGGAAAGAGATGA
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TCTTTTTTGGTTTTGTGAATCC

QA 5 746 5 746
DS 

RD RR1FU27TF 710 0 0
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CAGATCTTCGGAAACATGGCAGATGGTTGTGGTAGTGGTGATGATGGTAGTTGTGCCCGT
TACCGTGATGACTGTGACGGCGATGAGTCTCCTCGTCGATAATCTCCTGAACATGCTTAA
ACTCATCGACGCGGCAAGGAATCGTAATCGGGCCCGCGTGTTTGAATCCGTACTCTTCTT
CAGCTTCTTTCAAAAGACTCAAAAACAGAGGATGGCTCAAGAACATCAAAGGAACCACGA
ATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCTTCGTGTCCCACCATGATCGCGACACAGCCTTTCG
GAACATAATGATGGTTATGATGATGGTGTATGTGTAGATGGGGAACATGAAAGTGGAACT
TGAACACCATCTGGCTCTGACTCTGTTTTGGACTCTGTTTCTGTTCTTCTTGATCTTCAA
AACCCATTAAAAAGATCGAATCTTTCTTATAGATTGAATGAAACGCGCAACGGAGATAAA
GCAGAGGTTGATGTTAGAAGACGGAGATAGAAAAGGGCCAAGGATCGACGGCAGAAGAGA
TAGTAAGGAGAAAGATGGAAAGAGATGAGTCGGTGAGAGATGTGGGGATGTTGCTCATGA
TAGGCTAAGCATATATGTATATGAAGTTTCTTTTTTGGTTTTGTGAATCC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 2 9

CO CL366Contig1 481 5 7 U
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ATGCCCCAACGCCAAAGATAAAAATAAGACTTGCTTTTGTTGTCCCTCCAATAACAGGTG
TTACGCGACCAAAGATACATGTGCAGGTTGGTGTGGCAAACAATAAGTTATCTTGAGAAC
CTACATCAAGGATTTAAGAAAATCTGAATAACCATTTTATTTAATTCTTCCTAATATCTA
CTTTTGTTTTATATGAATAAAACATGCTCATCTGGAGCCCAACAAATACAATGTATGTCT
ACTGTATTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTCTATCATATGTAATGCGAATAAATTAAACT
T


BQ
30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E720JQ C 1
AF RR1BQ38TF U 5
AF RR1CN34TF U 1
AF RR1E720TF U 1
AF RR1C040TF U 1
BS 1 36 RR1C040TF
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BS 38 108 RR1C040TF
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BS 150 150 RR1E720TF
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RD RR1E720JQ 472 0 0
GGAACCATCAAACCAACAAGCTTAAATTCAAAAAAA*GTTAATAATAAACGTGTGTATTG
TAAGAATATCACAAAGAACAAAATGTCGTCATCACAGTTCGCTATTTTTTGCATCATCTT
GATTGCTTTATTTCCTCTTCACGAATTTGCCGATGGTCAAGGAACTTGCAAACAAACCCC
ATGCCCCAACGCCAAAGATAAAAATAAGACTTGCTTTTGTTGTCCCTCCAATAACAGGTG
TTACGCGACCAAAGATACATGTGCAGGTTGGTGTGGCAAACAATAAGTTATTTTGAGAAC
CTACATCAAGGATTTAAGAAAATTTGAATAACCATTTTATTTAATTTTTCCTAATATTTA
CTTTTGTTTTATATGAATAAAACATGCTCATTTGGAGCCCAACAAATACAATGTATGTTT
ACTGTATTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTTTATCATATGTAATGGGAATAA

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1BQ38TF 468 0 0
GG
ATCAAACCAACAAGCTTAAATTCAAAAAAA*GTTAATAATAAACGTGTGTATTGTAAGAA
TATCACAAAGAACAAAATGTCGTCATCACAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCTTGATTGC
TTTATTTCCTCTTCACGAATTTGTCGATGGTCAAGGAACGTGCAGACAAACCCCATGCCC
CAACGCCAAAGATAAAAATAAGACTTGCTTTTGTTGTCCCTCCAATAACAGGTGTTACGC
GACCAAAGATACATGTGCAGGTTGGTGTGGCAAACAATAAGTTATCTTGAGAACCTACAT
CAAGGATTTAAGAAAATCTGAATAACCATTTTATTTAATTCTTCCTAATATCTACTTTTG
TTTTATATGAATAAAACATGCTCATCTGGAGCCCAACAAATACAATGTATGTCTACTGTA
TTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTCTATCATATGTAATGCGAATAA

QA 3 468 3 468
DS 

RD RR1CN34TF 472 0 0
GGAACCATCAAACCAACAAGCTTAAATTCAAAAAAA*GTTAATAATAAACGTGTGTATTG
TAAGAATATCACAAAGAACAAAATGTCGTCATCACAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCTT
GATTGCTTTATTTCCTCTTCACGAATTTGTCGATGGTCAAGGAACTTGCAAACAAACCCC
ATGCCCCAACGCCAAAGATAAAAATAAGACTTGCTTTTGTTGTCCCTCCAATAACAGGTG
TTACGCGACCAAAGATACATGTGCAGGTTGGTGTGGCAAACAATAAGTTATCTTGAGAAC
CTACATCAAGGATTTAA**AAATCTGAATAACCATTTTATTTAATTCTTCCTAATATCTA
CTTTTGTTTTATATGAATAAAACATGCTCATCTGGAGCCCAACAAATACAATGTATGTCT
ACTGTATTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTCTATCATATGTAATGCGAATAA

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1E720TF 472 0 0
GGAACCATCAAACCAACAAGCTTAAATTCAAAAAAA*GTTAATAATAAACGTGTGTATTG
TAAGAATATCACAAAGAACAAAATGTCGTCATCACAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCTT
GATTGCTTTATTTCCTCTTCACGAATTTGCCGATGGTCAAGGAACTTGCAAACAAACCCC
ATGCCCCAACGCCAAAGATAAAAATAAGACTTGCTTTTGTTGTCCCTCCAATAACAGGTG
TTACGCGACCAAAGATACATGTGCAGGTTGGTGTGGCAAACAATAAGTTATCTTGAGAAC
CTACATCAAGGATTTAAGAAAATCTGAATAACCATTTTATTTAATTCTTCCTAATATCTA
CTTTTGTTTTATATGAATAAAACATGCTCATCTGGAGCCCAACAAATACAATGTATGTCT
ACTGTATTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTCTATCATATGTAATGCGAATAA

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1C040TF 481 0 0
GGAACCATCAAACCAACAAGCTTAAATTCAAAAAAAAGTTAATAATAAACGTGTGTATTG
TAAGAATATCACAAAGAACAAAATGTCGTCATCACAGTTCGCTATCTTCTGCATCATCTT
GATTGCTTTATTTCCTCTTCACGAATTTGTCGATGGTCAAGGAACTTGCAAACAAACCCC
ATGCCCCAACGCCAAAGATAAAAATAAGACTTGCTTTTGTTGTCCCTCCAATAACAGGTG
TTACGCGACCAAAGATACATGTGCAGGTTGGTGTGGCAAACAATAAGTTATCTTGAGAAC
CTACATCAAGGATTTAAGAAAATCTGAATAACCATTTTATTTAATTCTTCCTAATATCTA
CTTTTGTTTTATATGAATAAAACATGCTCATCTGGAGCCCAACAAATACAATGTATGTCT
ACTGTATTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTCTATCATATGTAATGCGAATAAATTAAACT
T

QA 1 481 1 481
DS 



CO CL366Contig2 460 4 2 U
ATTTATTCGCATTACATATGATAGAATATGAAAGTTTCTATACACAAATACAGTAGACAT
ACATTGTATTTGTTGGGCTCCAGATGAGCATGTTTTATTCATATAAAACAAAAGTAGATA
TTAGGAAGAATTAAATAAAATGGTTATTCAGATTTTCTTAAATCCTTGATGTAGGTTCTC
AAGATAACTTATTGTTTGCCACACCAACCTGAACATGTATCTTTGGTCGCGTAACACCTG
TTATTGGAGGGACAACAAAAGCAAGTCTTATTTTTATCTTTGGCGTTGGGGCATGGGTAA
CCGTTGGCGGATGCGGGGGGTTGTTGTTGTTGTTGGTTCGGGTAAGGATACGGGTATAGA
TACCCAGTGGCGGGTCTAGAGTTCGGGTCTTGCTGCTGCATAGCTCTTTGATTTAGGGAT
TCGGAGAGACTCGAGAATCTTTTGGATTTTTCCGAAGGCC


BQ
10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1FY43TF C 1
AF RR1FY43JQ U 3
AF RR1G983JQ U 3
AF RR1G983TF C 3
BS 1 2 RR1FY43TF
BS 3 460 RR1FY43JQ

RD RR1FY43TF 460 0 0
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ACATTGTATTTGTTGGGCTCCAGATGAGCATGTTTTATTCATATAAAACAAAAGTAGATA
TTAGGAAGAATTAAATAAAATGGTTATTCAGATTTTCTTAAATCCTTGATGTAGGTTCTC
AAGATAACTTATTGTTTGCCACACCACCCTGAACATGTATCTTTGGTCGCGTAACACCTG
TTATTGGAGGGACAACAAAAGCAAGTCTTATTTTTATCTTTGGCGTTGGGGCATGGGTAA
CCGTTGGCGGATGCGGGGGGTTGTTGTTGTTGTTGGTTCGGGTAAGGATACGGGTATAGA
TACCCAGTGGCGGGTCTAGAGTTCGGGTCTTGCTGCTGCATAGCTCTTTGATTTAGGGAT
TCGGAGAGACTCGAGAATCTTTTGGATTTTTCCGAAGGCC

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR1FY43JQ 458 0 0
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ATTGTATTTGTTGGGCTCCAGATGAGCATGTTTTATTCATATAAAACAAAAGTAGATATT
AGGAAGAATTAAATAAAATGGTTATTCAGATTTTCTTAAATCCTTGATGTAGGTTCTCAA
GATAACTTATTGTTTGCCACACCAACCTGAACATGTATCTTTGGTCGCGTAACACCTGTT
ATTGGAGGGACAACAAAAGCAAGTCTTATTTTTATCTTTGGCGTTGGGGCATGGGTAACC
GTTGGCGGATGCGGGGGGTTGTTGTTGTTGTTGGTTCGGGTAAGGATACGGGTATAGATA
CCCAGTGGCGGGTCTAGAGTTCGGGTCTTGCTGCTGCATAGCTCTTTGATTTAGGGATTC
GGAGAGACTCGAGAATCTTTTGGATTTTTCCGAAGGCC

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR1G983JQ 458 0 0
TTATTCGCATTACATATGATAGAATATGAAAGTTTCTATACACAAATACAGTAGACATAC
ATTGTATTTGTTGGGCTCCAGATGAGCATGTTTTATTCATATAAAACAAAAGTAGATATT
AGGAAGAATTAAATAAAATGGTTATTCAGATTTTCTTAAATCCTTGATGTAGGTTCTCAA
GATAACTTATTGTTTGCCACACCAACCTGAACATGTATCTTTGGTCGCGTAACACCTGTT
ATTGGAGGGACAACAAAAGCAAGTCTTATTTTTATCTTTGGCGTTGGGGCATGGGTAACC
GTTGGCGGATGCGGGGGGTTGTTGTTGTTGTTGGTTCGGGTAAGGATACGGGTATAGATA
CCCAGTGGCGGGTCTAGAGTTCGGGTCTTGCTGCTGCATAGCTCTTTGATTTAGGGATTC
GGAAAGACTCGAGAATCTTTTGGATTTTTCCGAAGGCC

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR1G983TF 458 0 0
TTATTCGCATTACATATGATAGAATATGAAAGTTTCTATACACAAATACAGTAGACATAC
ATTGTATTTGTTGGGCTCCAGATGAGCATGTTTTATTCATATAAAACAAAAGTAGATATT
AGGAAGAATTAAATAAAATGGTTATTCAGATTTTCTTAAATCCTTGATGTAGGTTCTCAA
GATAACTTATTGTTTGCCACACCAACCTGAACATGTATCTTTGGTCGCGTAACACCTGTT
ATTGGAGGGACAACAAAAGCAAGTCTTATTTTTATCTTTGGCGTTGGGGCATGGGTAACC
GTTGGCGGATGCGGGGGGTTGTTGTTGTTGTTGGTTCGGGTAAGGATACGGGTATAGATA
CCCAGTGGCGGGTCTAGAGTTCGGGTCTTGCTGCTGCATAGCTCTTTGATTTAGGGATTC
GGAGAGACTCGAGAATCTTTTGGATTTTTCCGAAGGCC

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 10

CO CL367Contig1 870 10 9 U
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GCTCAAGCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTTGGCCAGACCAAAGGCTCCACGTTCA
ACCCTCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCC*AAATACACTATGGGCAATGATCTT
TGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAG
CCGGTCTGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGC
AACCCAAACCTAGTCCATGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTA
ATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGAC
TTGTACCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTC
GCTGAGCTCAAGGTGAAGGAGATCAAGAATGGAAGGTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGC
TTCTTTGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCCTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTT
GATAACCCTGTTGCTAACAATGCTTGGGCTTTCGCAACAAAGTTTGTACCTGGAGCTTGA
TTTGATGTAATCCTTTGAAATGATATGAAC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 10 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 35 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR1AP89JQ C 292
AF RR1DZ56TF U 1
AF RR1GT61TF U 1
AF RR1AP79TF U 1
AF RR1C081TF U 1
AF RR1C081JQ C 121
AF RR1CF19JQ C 451
AF RR1CF19TF U 211
AF RR1DZ56JQ C 133
AF RR1AP79JQ C 141
BS 1 487 RR1AP79TF
BS 488 488 RR1GT61TF
BS 489 623 RR1AP79TF
BS 624 624 RR1C081TF
BS 625 669 RR1AP79TF
BS 670 670 RR1C081TF
BS 671 852 RR1CF19TF
BS 853 853 RR1C081JQ
BS 854 870 RR1CF19TF

RD RR1AP89JQ 132 0 0
GCAGACCCTGAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCA
ATGTTGGGGGCACTAG*TTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGAC
TTCAAGGA
TCCG

QA 1 128 1 128
DS 

RD RR1DZ56TF 456 0 0
CACCACAGAGAAAATCAACGCTCAAAATCTCAGAGAGAGCAATGGCATCAACATTCACAA
GCTCAAGCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTTGGCCAGACCAAAGGCTCCACGTTCA
ACCCTCTTCGTGATGTCGTCTCTCTCGGAACTCCC*AAATACACTATGGGCAATGATCTT
TGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTT*CCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAG
CCGGTCTGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCT

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1GT61TF 547 0 0
CACCACAGAGAAAATCAACGCTCAAAATCTCAGAGAGAGCAATGGCATCAACATTCACAA
GCTCAAGCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTTGGCCAGACCAAAGGCTCCACGTTCA
ACCCTCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCC*AAATACACTATGGGCAATGATCTT
TGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAG
CCGGTCTGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGC
AACCCAAACCTAGTCCATGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTA
ATGGGAT

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1AP79TF 669 0 0
CACCACAGAGAAAATCAACGCTCAAAATCTCAGAGAGAGCAATGGCATCAACATTCACAA
GCTCAAGCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTTGGCCAGACCAAAGGCTCCACGTTCA
ACCCTCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCC*AAATACACTATGGGCAATGATCTT
TGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAG
CCGGTCTGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGC
AACCCAAGCCTAGTCCATGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTA
ATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGAC
TTGTACCCAGGCGGGCAATACTTCGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTC
GCTGAGCTC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1C081TF 670 0 0
CACCACAGAGAAAATCAACGCTCAAAATCTCAGAGAGAGCAATGGCATCAACATTCACAA
GCTCAAGCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTTGGCCAGACCAAAGGCTCCACGTTCA
ACCCTCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCC*AAATACACTATGGGCAATGATCTT
TGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAG
CCGGTCTGGTCCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGC
AACCCAAACCTAGTCCATGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTA
ATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGAC
TTGTACCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTC
GCTGAGCTCA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1C081JQ 750 0 0
ACCCTCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCC*AAATACACTATGGGCAATGATCTT
TGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAG
CCGGTCTGGTCCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGC
AACCCAAACCTAGTCCATGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTA
ATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGAC
TTGTACCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTC
GCTGAGCTCAAGGTGAAGGAGATCAAGAATGGAAGGTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGC
TTCTTTGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCCTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTT
GATAACCCTGTTGCTAACAATGCTTGGGCTTTCGCAACAAAGTTTGTACCTGGAGCTTGA
TTTGATGTAATCCTTTGAAATGATATGAAC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1CF19JQ 420 0 0
TTTTT
TGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGCAACCCAAACCTAGTCCATGCCCAAAGCATTTTAGC
CGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTAATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCT
TGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGACTTGTACCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGG
TCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTCGCTGAGCTCAAGGTGAAGGAGATCAAGAATGGAAG
GTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGCTTCTTTGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCC
CTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTTGATAACCCTGTTGCTAACAATGCTTGGGCTTTCGC
AACAAAGTTTGTACCTGGAGCTTGATTTGATGTAATCTTTTGAAATGATATGAAC

QA 6 420 6 420
DS 

RD RR1CF19TF 660 0 0
GGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTACCTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGT
TGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCTGAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAG
GTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGAGCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTT
CAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAGCCGGTCTGGTTCAAAGCCGGTTTACAAATC
TTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGCAACCCAAACCTAGTCCATGCCCAAAGCATT
TTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTAATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAAC
GGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGACTTGTACCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCA
CTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTCGCTGAGCTCAAGGTGAAGGAGATCAAGAAT
GGAAGGTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGCTTCTTTGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAG
GGTCCCTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTTGATAACCCTGTTGCTAACAATGCTTGGGCT
TTCGCAACAAAGTTTGTACCTGGAGCTTGATTTGATGTAATCTTTTGAAATGATATGAAC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1DZ56JQ 738 0 0
ATGTCGTCTCTCTCGGAACTCCC*AAATACACTATGGGCAATGATCTTTGGTACGGACCA
GACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTT*CCGTCCAAACCCCGTCTTACCTCACCGGAGAG
TTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCTGAAGCCTTTGCC
AAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGAGCACTAGGTTGC
ATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAGCCGGTCTGGTTC
AAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGCAACCCAAACCTA
GTCCATGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTAATGGGATTAGTT
GAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGACTTGTACCCAGGC
GGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTCGCTGAGCTCAAG
GTGAAGGAGATCAAGAATGGAAGGTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGCTTCTTTGTTCAA
GCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCCTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTTGATAACCCTGTT
GCTAACAATGCTTGGGCTTTCGCAACAAAGTTTGTACCTGGAGCTTGATTTGATGTAATC
CTTTGAAATGATATGAAC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1AP79JQ 730 0 0
TCTCTCGGAACTCCCCAAATACACTATGGGCAATGATCTTTGGTACGGACCAGACAGAGT
GAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTACCTCACCGGAGAGTTTCCCGG
CGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCTGAAGCCTTTGCCAAGAACAG
AGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGAGCACTAGGTTGCATAACCCC
TGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAGCCGGTTTGGTTCAAAGCCGG
TTCACAAATTTTTTTTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGCAACCCAAGCCTAGTCCATGC
CCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTAATGGGATTAGTTGAAGGTTT
CCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGACTTGTACCCAGGCGGGCAATA
CTTCGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTCGCTGAGCTCAAGGTGAAGGA
GATCAAGAATGGAAGGTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGCTTCTTTGTTCAAGCCATTGT
TACTGGAAAGGGTCCCTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTTGATAACCCTGTTGCTAATAA
TGCTTGGGCTTTCGCAACAAAGTTTGTACCTGGAGCTTGATTTGATGTAATCCTTTGAAA
TGATATGAAC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 10

CO CL368Contig1 749 10 14 U
GGGATTTCCACCGCACTGCCTCCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCAC
CAGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTAC
CGGATGAAGCTCTGGGCCACCAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTG
AGGAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTT
GAGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACT
GGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAG
ATGTACACCGAGATGGCGTCCAGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAG
ACCGCGACCGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGT
AAGATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACC
ACTTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATTTGGGTGAAGTTTATTCTATCTG
CTGCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTTTTTTTAGGCATTTCCATGGAACTAAA
CTCGACTTTTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACTTCATGCTTATGGAAAACACTTTTT
GTTTCTTAATTTATATGTTATCTTTTTTT


BQ
40 40 45 45 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 45 0 60 60 55 55 50 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC42TF U 1
AF RR1CM59TF U -2
AF RR1G792TF U 1
AF RR1AJ04JQ C 1
AF RR1AJ04TF U 1
AF RR1G247TF U 1
AF RR1CU25TF U 8
AF RR1FC42JQ C 1
AF RR1CM59JQ C 5
AF RR1CU25JQ C 26
BS 1 47 RR1FC42TF
BS 48 48 RR1CM59TF
BS 49 514 RR1FC42TF
BS 515 515 RR1CM59TF
BS 516 570 RR1FC42TF
BS 571 571 RR1CM59TF
BS 572 631 RR1FC42TF
BS 632 632 RR1CM59TF
BS 633 637 RR1FC42TF
BS 638 690 RR1AJ04TF
BS 691 691 RR1G247TF
BS 692 713 RR1AJ04TF
BS 714 723 RR1FC42JQ
BS 724 749 RR1CU25JQ

RD RR1FC42TF 637 0 0
GGGATTTCCACCGCACTGCCTCCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCTTTCAGGTTTCAC
CAGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTAC
CGGATGAAGCTCTGGGCCACCAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTG
AGGAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTT
GAGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACT
GGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAG
ATGTACACCGAGATGGCGTCCAGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAG
ACCGCGACCGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGT
AAGATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGTAAGGTGATACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACC
ACTTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTTTGTAATTTGGGTGAAGTTTATTCTATCTG
CTGCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGCTTTTT

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1CM59TF 637 0 0
GGCCT
GATTTCCACCGCACTGCCTCCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCA
GTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCG
GATGAAGCTCTGGGCCACCAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGAG
GAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGA
GAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGG
ATACCACAACATGTACAAGGAGCACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAGAT
GTACACCGAGATGGCGTCCAGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAGAC
CGCGACCGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGTAA
GATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACCAC
TTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATTTGGGTGAAGTTTATTCTATCTGCT
GCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTT

QA 6 637 6 637
DS 

RD RR1G792TF 636 0 0
GGGATTTCCACCGCACTGCCTCCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCAC
CAGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTAC
CGGATGAAGCTCTGGGCCACCAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTG
AGGAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTT
GAGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACT
GGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTTAACGGTGCCGTTGAGCAG
ATGTACACCGAGATGGCGTCCAGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGGTCATCAAG
ACCGCGACCGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGT
AAGATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACC
ACTTACAAAGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATTTGGGTGAAGTTTATTCTATCTG
CTGCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTTTT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1AJ04JQ 713 0 0
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CAGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTAC
CGGATGAAGCTCTGGGCCACCAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTG
AGGAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTT
GAGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACT
GGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAG
ATGTACACCGAGATGGCGTCCAGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAG
ACCGCGACCGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGT
AAGATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGTAAGGTGATACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACC
ACTTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTTTGTAATTTGGGTGAAGTTTATTCTATCTG
CTGCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGCTTTTTTTAGGCATTTCCATGGAACTAAA
CTCGACTTTTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTATTACTTCATGCTTATGGAAAAC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1AJ04TF 713 0 0
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CAGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTAC
CGGATGAAGCTCTGGGCCACCAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTG
AGGAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTT
GAGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACT
GGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAG
ATGTACACCGAGATGGCGTCCAGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAG
ACCGCGACCGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGT
AAGATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGTAAGGTGATACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACC
ACTTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTTTGTAATTTGGGTGAAGTTTATTCTATCTG
CTGCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGCTTTTTTTAGGCATTTCCATGGAACTAAA
CTCGACTTTTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTATTACTTCATGCTTATGGAAAAC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1G247TF 705 0 0
GGGATTTCCACCGCACTGCCTCCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCAC
CAGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTAC
CGGATGAAGCTCTGGGCCACCAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTG
AGGAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTT
GAGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACT
GGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTTAACGGTGCCGTTGAGCAG
ATGTACACCGAGATGGCGTCCAGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGGTCATCAAG
ACCGCGACCGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGT
AAGATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACC
ACTTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATTTGGGTGAAGTTTATTCTATCTG
CTGCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTTTTTTTAG*CATTTCCATGGAACTAAA
CTCGACTTTTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACTTCATGCTTA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1CU25TF 702 0 0
GG
ACCGCACTGCCTCCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCATTACCAG
GTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCGGATGAAG
CTCTGGGCCACCAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGAGGAAGCTC
AAGAAA***AAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGAGAAGAAC
CCGACAACGATCGAGAACTTTGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATACCAC
AACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAGATGTACACC
GAGATGGCGTCCAGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAGACCGCGACC
GTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGTAAGATCAAG
TTCCCCTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACCACTTACAAG
GCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATCTGGGTGAAGTTTATTCTATCTGCTGCTGCTT
TCGCTCTTCTCGGATATTTTG**TTTTTTTAGGCATTTCCATGGAACTAAACTCGACTTT
*CTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACTTCATGCTTATGGA

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR1FC42JQ 723 0 0
GGGATTTCCACCGCACTGCCTCCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCTTTCAGGTTTCAC
CAGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTAC
CGGATGAAGCTCTGGGCCACCAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTG
AGGAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTT
GAGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACT
GGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAG
ATGTACACCGAGATGGCGTCCAGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAG
ACCGCGACCGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGT
AAGATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGTAAGGTGATACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACC
ACTTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTTTGTAATTTGGGTGAAGTTTATTCTATCTG
CTGCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGCTTTTTTTAGGCATTTCCATGGAACTAAA
CTCGACTTTTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTATTACTTCATGCTTATGGAAAACACTTTTT
GTT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1CM59JQ 723 0 0
TTTCCACCGCACTGCCTCCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCAGT
ACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCGGA
TGAAGCTCTGGGCCACCAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGAGGA
AGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGAGA
AGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGAT
ACCACAACATGTACAAGGAGCACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAGATGT
ACACCGAGATGGCGTCCAGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAGACCG
CGACCGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGTAAGA
TCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACCACTT
ACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATTTGGGTGAAGTTTATTCTATCTGCTGC
TGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTTTTTTTAGGCATTTCCATGGAACTAAACTCG
ACTTTTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACTTCATGCTTATGGAAAACACTTTTTGTT
TCTC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1CU25JQ 724 0 0
CCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCATTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTC
TCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCGGATGAAGCTCTGGGCCACCAACG
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TTCTTGTTACTTCATGCTTATGGAAAACACTTTTTGTTTCTTAATTTATATGTTATCTTT
TTTT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 10

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CAAATTTTCACTTCTCAAAAAAAA


BQ
50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 10 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AP52JQ C 1
AF RR1AP52TF U 1
AF RR1FE47TF U 1
AF RR1FM92TF U 1
AF RR1G569TF U 3
AF RR1FE47JQ C 1
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AF RR1GY96JQ C 150
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C

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C

QA 1 569 1 569
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DS 

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GTTTTTTTTTT**TAATTGTTTTTGGTTCAAGGTTTCGTTTAGAAAATGTGACTGCCAAA
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DS 



AS 2 8

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ATCAAGAGAGAGAGAGAGATAGACTGAATGTTTTTTGGTTAATTTTGTTTATTTTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR44JQ U 50
AF RR1A829JQ U 1
AF RR1A829TF C 1
AF RR1EE88JQ U 53
AF RR1FR44TF C 254
BS 1 563 RR1A829JQ
BS 564 564 RR1FR44JQ
BS 565 737 RR1A829JQ
BS 738 759 RR1EE88JQ
BS 760 760 RR1FR44TF
BS 761 792 RR1EE88JQ
BS 793 898 RR1FR44TF

RD RR1FR44JQ 595 0 0
CAT
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AAAGACCTTTGAGACTAATGGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACCGGC
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CTTGTTTCCAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTCTCAGTGGAT
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CTGAAACGTTCTTGACCTGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTCC

QA 4 595 4 595
DS 

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AGCAGCAGTCATGGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGTTTC
CAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTCTCAGTGGATACAACCTT
CTGTGAAGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACGAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTA
ACGGTCGATTTCATTGAGCCATTGCTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCAGTGACATC
ATAGGTGACAATGATGCCATGAGATCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACG
TTCTTGACCTGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTCCCATCCTGTTCGACTGT
ACGGATTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAATCATCAGC
AAATCTTAGAAGCAAGC
C

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1A829TF 738 0 0
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GAATAGCAAAGCTATAAAATGAAGGGAAAAAAAAAAGATTCAACTGAGTTGTCACAACTG
GAAAAGTCACATGCAATGGGAAACAAATGATTATAATGGTGTAATGATCCAAAAAGACCT
TTGAGACTAATGGAATCAAGATGAGTAACAGCCTGATTGCTGGTTCACCGGCTGTCCGCG
AATCTGGACCGTCGGTGGTTTGGCACCTCCGGATGGTTGGCTAGCCATCCTGGTCTTAAT
AGCAGCAGTCATGGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGTTTC
CAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTCTCAGTGGATACAACCTT
CTGTGAAGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACGAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTA
ACGGTCGATTTCATTGAGCCATTGCTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCAGTGACATC
ATAGGTGACAATGATGCCATGAGATCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACG
TTCTTGACCTGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTCCCATCCTGTTCGACTGT
ACGGATTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAATCATCAGC
AAATCTTAGAAGCAAGC
C

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1EE88JQ 741 0 0
CGGACAAAGAATAGCAAAGCTATAAAATGAAGGGAAAAAAAAAGGATTCAACTGAGTTGT
CACAACTGGAAAAGTCACATGCAATGGGAAACAAATGATTATAATGGTGTAATGATCCAA
AAAGACCTTTGAGACTAATGGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACCGGC
TGTCCGCGAATCTGGACCGTCGGTGGTTTGGCACCTCCGGATGGTTGGCTAGCCATCCTG
GTCTTAATAGCAGCAGTCATGGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCA
CTTGTTTCCAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTCTCAGTGGAT
ACAACCTTCTGTGAAGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACGAGTAGCTTGTTCACATTCTCA
CTGGCGTAACGGTCGATTTCATTGAGCCATTGCTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCA
GTGACATCATAGGTGACAATGATGCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTC
CTGAAACGTTCTTGACCTGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTCCCATCCTGT
TCGACTGTACGGATTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAA
TCATCAGCAAATCTTAGAAGCAAGCATGATTTTCCAACACCAGAGTCGCCGATAAGCAAA
AGCTTGAACAGATAGTCATA
C

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1FR44TF 645 0 0
GGTGGTTTGGCACCTCCGGATGGTTGGCTAGCCATCCTGGTCTTAATAGCAGCAGTCATG
GCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGTTTCCAAGAAAGGGATC
CCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTCTCAGTGGATACAACCTTCTGTGAAGTGAGA
TCGTTTTTGTTCCCAACGAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTAACGGTCGATTTCA
TTGAGCCATTGCTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCAGTGACATCATAGGTGACAATG
ATGCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACGTTCTTGACCTGCT
GTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTCCCATCCTGTTCGACTGTACGGATTTTAAAG
TCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAATCATCAGCAAATCTTAGAAGC
AAGCATGATTTTCCAACACCAGAGTCACCGATAAGCAAAAGCTTGAACAGATAGTCATAC
TCAGGATTCATGGCGAACTATCGTTATCTAGATCGATCTCACAACGTATCAAGAGAGAGA
GAGAGATAGACTGAATGTTTTTTGGTTAATTTTGTTTATTTTCCC

QA 1 645 1 645
DS 



CO CL370Contig2 910 3 22 U
GGAAAGGTTTGTCTGCTTTATTTGCATAAATGGTCTTTCACTATAGAATTTATGGGTTTC
AAACTTCGAAATACATCAGAAAAAGAAGAGAAAAGCTATAAAACGGAAGGAAAAGAAAGT
TGTCAATTGGAGAAGTCTTACATGCAATGCAAACAAATGATTATAATGGTGTGTTATGAT
CCAAATAGACTTCTTGAGACTAATAGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCA
CTGGCTGTCCGCGAATATTGACCGTCGGTGGCTTGGCACCTCCAGCTGGTTGGCTAGCCA
TTCTGGTCTTAATAGCAGCAGTCATGGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTT
TGGCACTTGTTTCCAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTTTCAG
TGGATACAACCTTCTGCGATGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACCAGTAGCTTGTTCACAT
TCTCACTGGCGTAACGGTCGATTTCATTCAGCCATTGTTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTT
GGTCCGTGACGTCATAGGTGACAATGATCCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGA
TAGTCCTGAAACGTTCTTGGCCTGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTTCCGT
CTTGTTCAACGGTGCGGATTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGT
AAGAATCATCAGCAAACCTTAGAAGCAAGCAAGATTTACCAACACCAGAGTCACCAATAA
GCAAAAGCTTGAACAGATAGTCATATTCGGGATTCATGGTTGTAGATCGATCTCCAACGT
ATCCAAAGAGAATCTCGCGGTAAACGGAAATCCGGCGGTAGTAATCTCTCAGCGATCTTC
TTCGTAGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP88JQ U 24
AF RR1BM51JQ U 1
AF RR1GP88TF C 141
BS 1 63 RR1BM51JQ
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BS 758 910 RR1GP88TF

RD RR1GP88JQ 610 0 0
GCATAAATGGTCTTTCACTATAGAATTTATGGGTTTCAAACTTCGAAATACATCAGAAAA
AGAAGAGAAAAGCTATAAAACGGAAGGAAAAGAAAGTTGTCAATTGGAGAAGTCTTACAT
GCAATGCAAACAAATGATTATAATGGTGTGTTATGATCCAAATAGACTTCTTGAGACTAA
TAGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACTGGCTGTCCGCGAATATTGACC
GTCGGTGGCTTGGCACCTCCAGCTGGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTTAATAGCAGCAGTC
ATGGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTGGCACTTGTTTCCAAGAAAGGG
ATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTTTCAGTGGATACAACCTTCTGCGATGTG
AGATCGTTTTTGTTTCCAACCAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTAACGGTCGATT
TCATTCAGCCATTGTTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCCGTGACGTCATAGGTGACA
ATGATCCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACGTTCTTGGCCT
GCTGTGTCCC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1BM51JQ 757 0 0
GGAAAGGTTTGTCTGCTTTATTTGCATAAATGGTCTTTCACTATAGAATTTATGGGTTTC
AAAGTTCGAAATACATCAGAAAAAGAAGAGAAAAGCTATAAAACGGAAGGAAAAGAAAGT
TGTCAATTGGAGAAGTCTTACATGCAATGCAAACAAATGATTATAATGGTGTGTTATGAT
CCAAAGAGACTTCTTGAGACTAATAGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCA
CTGGCTGTCCGCGAATATTGACCGTAGGTGGCTTGGCACCTCTAGCTGGTTGGCTAGCCA
TTCTGGTCTTAATAGCAGCAGTCATAGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTT
TAGCACTTGTTTCCAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTCTCAG
TGGATACAACCTTCTGTGAAGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACCAGTAGCTTGTTCACAT
TCTCACTGGCGTATCGGTCGATTTCATTCAGCCATTGTTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTT
GGTCCGTGACGTCATAGGTGACAATGATCCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGA
TAGTCCTGAAACGTTCTTGGCCTGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTTCCGT
CTTGTTCAACGGTGCGGATTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGT
AAGAATCATCAGCAAACCTTAGAAGCAAGCAAGATTT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1GP88TF 770 0 0
CATGCA
ATGCAAACAAATGATTATAATGGTGTGT*ATGATCCAAATAGACTTCTTGAGACTAATAG
AATCAAGATGAGCAACAGC*TGATTGCTGGTTCACTGGCTGTCCGCGAATATTGAC*GTC
GGTGGCTTGGCACCTCCAGCTGGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTTAATAGCAGCAGTCATG
GCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTGGCACTTGTTTCCAAGAAAGGGATC
CCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTTTCAGTGGATACAACCTTCTGCGATGTGAGA
TCGTTTTTGTTCCCAACCAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTAACGGTCGATTTCA
TTCAGCCATTGTTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCCGTGACGTCATAGGTGACAATG
ATCCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACGTTCTTGGCCTGCT
GTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTTCCGTCTTGTTCAACTGTGCGGATTTTAAAG
TCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAATCATCAGCAAACCTTAGAAGC
AAGCAAGATTTACCAACACCAGAGTCACCAATAAGCAAAAGCTTGAACAGATAGTCATAT
TCGGGATTCATGGTTGTAGATCGATCTCCAACGTATCCAAAGAGAATCTCGCGGTAAACG
GAAATCCGGCGGTAGTAATCTCTCAGCGATCTTCTTCGTAGGCC

QA 7 770 7 770
DS 



AS 1 10

CO CL371Contig1 672 10 11 U
GGATATCTCACAAAAAAATATCCCAAAAAAA*TATGAATAAATTCATAGTGTTTCTGTTT
GCTATTAAAATATGTTTTGTATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTATAGACCTCAAG
AACGAACTCGGCGCAGGTGTGATGCTCGAAATCCATTGTAAATCTGACGATCCAACCAGA
GATTTGGGGAGAGTCTCTATAAAATTCAATGACAAAATGGGTTATGGATTCTGGCCTCTT
GTTGAACGAAGACGCAGAACTATATATAGATGTGATCTATGGCATACGATTCCGAAAAGT
CCGGCACATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTGCCGGGGGC
TCGAATAGTAGATGTGGTCAATACCGTGAATGGGTTGCCAGACCTGATGGGATTTACTTC
AGAAGAAATGCTAATAGCCCATATGAACGTAGAAACGACTATCAATGGTTTACACTAAGA
TTTTAAATAAGTTTTTTCTCTTATAACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTTGATTCTTT
GTATTTGTAAATAACTAATCCCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGTAGCAAA
AAATGTAATAAAATGTGAGATTATTAAATGATTATAGATACTCCATCCGTTTCAAAATGA
TATATATTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 20 55 30 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ96TF U 114
AF RR1A051JQ C 1
AF RR1F121TF U 18
AF RR1FT78TF U 92
AF RR1A051TF U 8
AF RR1H005JQ C 190
AF RR1F121JQ C 201
AF RR1FZ96JQ C 201
AF RR1H005TF U 190
AF RR1C531TF U 1
BS 1 7 RR1A051JQ
BS 8 24 RR1A051TF
BS 25 105 RR1F121TF
BS 106 106 RR1FT78TF
BS 107 113 RR1F121TF
BS 114 117 RR1FZ96TF
BS 118 118 RR1F121TF
BS 119 217 RR1FZ96TF
BS 218 602 RR1F121TF
BS 603 659 RR1A051TF
BS 660 672 RR1C531TF

RD RR1FZ96TF 104 0 0
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AACCAGAGATTTGGGGAGAGTCTCTATAAAATTCAATGACAAAA

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DS 

RD RR1A051JQ 659 0 0
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CCGGCACATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTGCCGGGGGC
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AGAAGAAATGCTAATAGCCCATATGAACGTAGAAACGACTATCAATGGTTTACACTAAGA
TTTTAAATAAGTTTTT*CTCTTATAACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTTGATTCTTT
GTATTTGTAAATAACTAATCCCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGTAGCAAA
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QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1F121TF 585 0 0
GGATCCC
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AACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTTGATTCTTTGTATTTGTAAATAACTAATCCCTA
AGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGTAGCAAAAA

QA 8 585 8 585
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GTGATCTATGGCATACGATTCCGAAAAGTCCGGCACATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTG
TTAATAAGCTTGAAGCATTTGCCGGGAGCTCGAATAGTAGATGTGGTCAATACCGTGAAT
GGGTTGCCAGACCCGATGGGATTTACTTTAGAAGAAATGCTAATAGCCCATATGAACGTA
GAAGCGACTATCAATGGTTTACACTAAGATTTTAAATAAGTTTTTTCTCTTATAACTTAA
AAAGGAATATTTATGTAAGTTGATTCTTTGTATTTGTAAATAACTAATCCCTAAGTTGTA
TTAATAATGTGCTACAAATATGTAGCAAAAA

QA 1 511 1 511
DS 

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QA 1 652 1 652
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G
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AAATGTGAGATTATTAAATGATTATAGATAC

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DS 

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CCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGTAGCAAAAAATGTAATAAAATGTGAGA
TTATTAAATGATT

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR1FZ96JQ 425 0 0
AAAATTCAATGACAAAATGGGTTATGGATTTTGGCCTCTTGTTGAACGAAGACGCAGAAC
TATATATAGATGTGATTTATGGCATACGATTCCGAAAAGTCCGGCACATCCTCGCGGCGG
AATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTGCCGGGGGCTCGAATAGTAGATGTGGTCA
ATATCGTGAATGGGTTGCCAGACCTGATGGGATTTACTTCAGAAGAAATGCTAATAGCCC
ATATGAACGTAGAAACGACTATCAATGGTTTACACTAAGATTTTAAATAAGTTTTTTTTT
TTTTAACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTTGATTTTTTGTATTTGTAAATAACTAATC
CCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGTAGCAAAAAATGTAATAAAATGTGGGA
TT
TTT

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR1H005TF 452 0 0
G
GAGTCTCTATAAAATTCAATGACAAAATGGGTTATGGATTCTGGCCTCTTGTTGAACGAA
GACGCAGAACTATATATAGATGTGATCTATGGCATACGATTCCGAAAAGTCCGGCACATC
CTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTGCCGGGGGCTTGAATAGTA
GATGTGGTCAATACCTTGAATGGGTTGCCAGACCTGATGGGATTTACTTCAGAAGAAATG
CTAATAGCCCATATGAACGTAGAAACGACCATCAATGGTTTACACTAAGATTTTAAATAA
GTTTTTTCTCTTATAACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTTGATTCTTTGTATTTGTAA
ATAACTAATCCCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGTAGCAAAAAATGTAATA
AAATGTGAGATTATTAAATGATTATAGATAC

QA 2 452 2 452
DS 

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GGATATC
TCACAAAAAAATATCCCAAAAAAAATATGAATAAATTCATAGTGTTTCTGTTTGCTATTA
AAATATGTTTTGTATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTATAGACCTCAAGAACGAAC
CCGGCGCAGGTGTGATGCTCGAAATCCATTGTAAATCTGACGATCCAACCAGAGATTTGT
GGAGAGTCTCTATAAAATTCAATGACAAAATGGGTTATGGATTCTGGCCTCTTGTTGAAC
GAAGACTCAGAACTATATATAGATGTGATCTATGGCATACGATTCCGAAAAGTCCGGCAC
ATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTACCGGGGGCTCGAATA
GTAGATGTGGTCAATACCGTGAATGGGTTGCCAGACCTGATGGGATTTACTTTAGAAGAA
ATGCTAATAGCCCATATGAACGTAGAAACGACTATCAATGGTTTACACTAAGATTTTAAA
TAAGTTTTTTCTCTTATAACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTTGATTCTTTGTATTTG
TAAATAACTAATCCCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGTAGCAAAAAATGTA
ATAAAATGTGAGATTATTAAATGATTATAGATACTCCATCCGTTTCAAAATGATATATAT
TTTAG

QA 8 672 8 672
DS 



AS 1 10

CO CL372Contig1 587 10 5 U
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TTTTTGTATCATCAAGATGTGTTTTTCAGTTTATCTAAAGTATGTGTCAATTTTAAATCG
ACTATATTCATTTCATTATAGAATACTTAAATAAATCTCTATGCCCG


BQ
45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BI51JQ C 1
AF RR1AM95JQ C 1
AF RR1BI51TF U 1
AF RR1AM95TF U 1
AF RR1EI92TF U 1
AF RR1BS21JQ C 1
AF RR1AM67JQ C 4
AF RR1AM67TF U 4
AF RR1BS21TF U 1
AF RR1CY46TF U 73
BS 1 441 RR1BI51TF
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RD RR1BI51JQ 209 0 0
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QA 1 209 1 209
DS 

RD RR1AM95JQ 512 0 0
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QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1BI51TF 512 0 0
GGAGCAGAAGACGGCACACAAGCTTCACCGGAGATAGATCAGAGGAGCGAAAATGGTGAA
CATTCCGAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAGGAATGCAAGAAGCATACCTTGCA
CAAGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCTGCTCAAGGGAAGCGTCGTTA
TGACCGTAAGCAATCCGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCTAA
GACGACGAAGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAGCACTTTTCTCAGCA
CTCCATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACATC
ACTTTTCTAAGCTGGTCTCGTCTTAAGCTTTACAAGTTTTGTACTTCGTTGGATCTTTGA
TTTCATCTGTTTTAGCTCTCGCATACGATTGTTTCTCATCTTTGCCTGTTAACTCTTATG
TTTTTGTATCATCAAGATGTGTTTTTCAGTTT

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1AM95TF 512 0 0
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CAAGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCTGCTCAAGGGAAGCGTCGTTA
TGACCGTAAGCAATCCGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCTAA
GACGACGAAGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAGCACTTTTCTCAGCA
CTCCATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACATC
ACTTTTCTAAGCTGGTCTCGTCTTAAGCTTTACAAGTTTTGTACTTCGTTGGATCTTTGA
TTTCATCTGTTTTAGCTCTCGTATACGATTGTTTCTCATCTTTGCCTGTTAACTCTTATG
TTTTTGTATCATCAAGATGTGTTTTTCAGTTT

QA 1 512 1 512
DS 

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CATTCCGAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAGGAATGCAAGAAGCATACCTTGCA
CAAGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGCCTCGCTGCTCAAGGGAAGCGTCGTTA
TGACCGTAAGCAATCCGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCTAA
GACGACGAAGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAGCACTTTTCTCAGCA
CTCCATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACATC
ACTTTTCTAAGCTGGTCTCGTCTTAAGCTTTACAAGTTTTGTACTTCGTTGGATCTTTGA
TTTCATCTGTTTTAGCTCTCGTATACGATTGTTTCTCATCTTTGCCTGTTAACTCTTATG
TTTTTGTATCATCAAGATGTGTTTTTCAGTTTATCTAAAGTATGTGTCAATTT

QA 1 533 1 533
DS 

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CATTCCGAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAGGAATGCAAGAAGCATACCTTGCA
CAAGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCTGCTCAAGGGAAGCGTCGTTA
TGACCGTAAGCAATCCGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTCCCACAAGAAGGCTAA
GACGACGAAGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAGCACTTTTCTCAGCA
CTCCATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACATC
ACTTTTTTAAGCTGGTCTCGTCTTAAGCTTTACAAGTTTTGTGCTTCGTTGGATCTTTGA
TTTCATCTGTTTTAGCTCTCGTATACGATTGTTTCTCATCTTTGCCTGTTAACTCTTATG
TTTTTGTATCATCAAGATGTGTTTTTCAGTTTATCTAAAGTATGTGTCAATTTTAAATCG
ACTATATTCATTTCATTATAGAATACTTAAATAAATCTCTATGCCCG

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1AM67JQ 542 0 0
GG
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CGAAGATAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAGGAATGCAAGAAGCATACCTTGCACAAGG
TTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCTGCTCAAGGGAAGCGTCGTTATGACC
GTAAGCAATCCGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCTAAGACGA
CGAAGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAGCACTTTTCTCAGCACTCCA
TCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGGTCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACATCACTTT
TCTAAGCTGGTCTCGTCTTAAGCTTTACAAGTTTTGTACTTCGTTGGATCTTTGATTTCA
TCTGTTTTAGCTCTCGTATACGATTGTTTCTCATCTTTGCCTGTTAACTCTTATGTTTTT
GTATCATCAAGATGTGTTTTTCAGTTTATCTAAAGTATGTGTCAATTTTAAATCGACTAT

QA 3 542 3 542
DS 

RD RR1AM67TF 542 0 0
GG
AGAAGACGGCACACAAGCTTCACCGGAGATAGATCAGAGGAGCGAAAATGGTGAACATTC
CGAAGATAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAGGAATGCAAGAAGCATACCTTGCACAAGG
TTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCTGCTCAAGGGAAGCGTCGTTATGACC
GTAAGCAATCCGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCTAAGACGA
CGAAGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAGCACTTTTCTCAGCACTCCA
TCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGGTCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACATCACTTT
TCTAAGCTGGTCTCGTCTTAAGCTTTACAAGTTTTGTACTTCGTTGGATCTTTGATTTCA
TCTGTTTTAGCTCTCGTATACGATTGTTTCTCATCTTTGCCTGTTAACTCTTATGTTTTT
GTATCATCAAGATGTGTTTTTCAGTTTATCTAAAGTATGTGTCAATTTTAAATCGACTAT

QA 3 542 3 542
DS 

RD RR1BS21TF 587 0 0
GGAGCAGAAGACGGCACACAAGCTTCACCGGAGATAGATCAGAGGAGCGAAAATGGTGAA
CATTCCGAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAGGAATGCAAGAAGCATACCTTGCA
CAAGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCTGCTCAAGGGAAGCGTCGTTA
TGACCGTAAGCAATCCGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTCCCACAAGAAGGCTAA
GACGACGAAGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAGCACTTTTCTCAGCA
CTCCATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACATC
ACTTTTCTAAGCTGGTCTCGTCTTAAGCTTTACAAGTTTTGTGCTTCGTTGGATCTTTGA
TTTCATCTGTTTTAGCTCTCGTATACGATTGTTTCTCATCTTTGCCTGTTAACTCTTATG
TTTTTGTATCATCAAGATGTGTTTTTCAGTTTATCTAAAGTATGTGTCAATTTTAAATCG
ACTATATTCATTTCATTATAGAATACTTAAATAAATCTCTATGCCCG

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1CY46TF 492 0 0
AAAGAAGACATACTGCAAGAACAAGGAATGCAAGAAGCATACCTTGCACAAGGTTACCCA
ATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCTGCTCAAGGGAAGCGTCGTTATGACCGTAAGCA
ATCCGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCTAAGACGACGAAGAA
GATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAGCACTTTTCTCAGCACTCCATCAAGAG
GTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACATCACTTTTCTAAGC
TGGTCTCGTCTTAAGCTTTACAAGTTTTGTACTTCGTTGGATCTTTGATTTCATCTGTTT
TAGCTCTCGTATACGATTGTTTCTCATCTTTGCCTGTTAACTCTTATGTTTTTGTATCAT
CAAGATGTGTTTTTCAGTTTATCTAAAGTATGTGTCAATTTTAAATCGACTATATTCATT
TCATTATAGAAT

QA 1 492 1 492
DS 



AS 1 10

CO CL373Contig1 649 10 9 U
GGAGGTATCGCCGACGAGTTAACTGGTAACAAAGATCTCACAATGGAGCAAACTTTCATC
ATGATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGCCTGATCGGTGAAATCATCTGCAGATTCGAA
AAGAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGATGATCACTGTGGACCGTCCTTTCGCTGAG
AAACACTACCAAGACTTGTCTGCCAAGCCATTCTTCAACGGCCTTGTTGATTACATCATC
TCCGGACCAGTCGTTGCTATGATCTGGGAGGGGAAGAATGTTGTCTTGACAGGAAGAAAG
ATCATTGGAGCGACCAACCCCGCTGCTTCCGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTATGCT
ATCGACATTGGCAGGAACGTGATCCATGGGAGTGACTCCGTGGAGAGTGCTAACAAGGAA
GCTGCGTTGTGGTTCCCTGACGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCATTCTTGGATC
TACGAATGATTCTATCGTGTGTGGTTGTTTTGTTACCTTTTTTTGTTCCTTCGGTTATGA
AACTCAAAACATGTTTGTTCTGGCTTTGTTACTTCTGCCTTCTTTCGTGGTAATCTATGA
AGACCTATCTTCTGTCTTTTATTTTCATATATAATAAGTTTCCTTGAGT


BQ
30 30 40 40 40 40 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 10 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR1C765JQ C 263
AF RR1GJ12TF U 1
AF RR1B827JQ C 1
AF RR1B827TF U 1
AF RR1C765TF U 1
AF RR1E893JQ C -5
AF RR1E893TF U -5
AF RR1DO76JQ C 30
AF RR1DO76TF U 5
AF RR1A314TF U 411
BS 1 240 RR1B827TF
BS 241 241 RR1C765TF
BS 242 370 RR1B827TF
BS 371 371 RR1C765TF
BS 372 525 RR1B827TF
BS 526 526 RR1C765TF
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BS 615 648 RR1C765TF
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RD RR1C765JQ 140 0 0
TT
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GCTTCCGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTATGCTATCGACATTGGCAGGAACGTGATC
CATGGGAGGGACTCCGTG

QA 3 140 3 140
DS 

RD RR1GJ12TF 568 0 0
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ATCATTGGAGCGACCAACCCCGCTGCTTCCGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTATGCT
ATCGACATTGGCAGTA*CGTGATCCATGGGAGTGACTCCGTGGAGAGTGCTAACAAGGAA
GCTGCGTTGTGGTTCCCTGACGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCATTCTTGGATC
TACGAATGATTCTATCGTGTGTGGTTGTTTTGTTACCTTTTTTTGTTCCTTCGGTTATGA
AACTCAAAACATGTTTGTTCTGGCTTTG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1B827JQ 616 0 0
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ATGATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGCCTGATCGGTGAAATCATCTGCAGATTCGAA
AAGAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGATGATCACTGTGGACCGTCCTTTCGCTGAG
AAACACTACCAAGACTTGTCTGCCAAGCCATTCTTCAACGGCCTTGTTGATTACATCATC
CCCGGACCAGTCGTTGCTATGATCTGGGAGGGGAAGAATGTTGTCTTGACAGGAAGAAAG
ATCATTGGAGCGACCAACCCCGCTGCTTCCGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTATGCT
ATCGACATTGACAGGAACGTGATCCATGGGAGTGACTCCGTGGAGAGTGCTAACAAGGAA
GCTGCGTTGTGGTTCCCTGACGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCATTCTTGGATC
TACGAATGATTCTATCGTGTGTGGTTGTTTTGTTACCTTTTTTTGCTCCTTCGGTTATGA
AACTCAAAACATGTTTGTTCTGGCTTTGTTACTTCTGCCTTCTTTCGTGGTAATCTATGA
AGACCTATCTTCTG
CC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1B827TF 616 0 0
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ATGATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGCCTGATCGGTGAAATCATCTGCAGATTCGAA
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AAACACTACCAAGACTTGTCTGCCAAGCCATTCTTCAACGGCCTTGTTGATTACATCATC
CCCGGACCAGTCGTTGCTATGATCTGGGAGGGGAAGAATGTTGTCTTGACAGGAAGAAAG
ATCATTGGAGCGACCAACCCCGCTGCTTCCGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTATGCT
ATCGACATTGACAGGAACGTGATCCATGGGAGTGACTCCGTGGAGAGTGCTAACAAGGAA
GCTGCGTTGTGGTTCCCTGACGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCATTCTTGGATC
TACGAATGATTCTATCGTGTGTGGTTGTTTTGTTACCTTTTTTTGCTCCTTCGGTTATGA
AACTCAAAACATGTTTGTTCTGGCTTTGTTACTTCTGCCTTCTTTCGTGGTAATCTATGA
AGACCTATCTTCTG
CC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1C765TF 649 0 0
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ATGATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGCCTGATTGGTGAAATCATCTGCAGATTCGAA
AAGAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGATGATCACTGTTGACCGTCCTTTCGCTGAG
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TCCGGACCAGTCGTTGCTATGATCTGGGAGGGGAAGAATGTTGTCTTGACAGGAAGAAAG
ATCATTGGAGCGACCAACCCCGCTGCTTCCGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTATGCT
ATCGACATTGGCAGGAACGTGATCCATGGGAGTGACTCCGTGGAGAGTGCTAACAAGGAA
GCTGCGTTGTGGTTCCCTGACGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCATTCTTGGATC
TACGAATGATTCTATCGTGTGTGGTTGTTTTGTTACCTTTTTTTGTTCCTTCGGTTATGA
AACTCAAAACATGTTTGTTCTGGCTTTGTTACTTCTGCCTTCTTTCGTGGTAATCTATGA
AGACCTATCTTCTGTCTTTTATTTTCATATATAATAAGTTTCCTTGAG
T

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1E893JQ 624 0 0
GGGCGTCT
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GAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGATGATCACTGTGGACCGTCCTTTCGCTGAGAA
ACACTACCAAGACTTGTCTGCCAAGCCATTCTTCAACGGCCTTGTTGATTACATCATCTC
CGGACCAGTCGTTGCTATGATCTGGGAGGGGAAGAATGTTGTCTTGACAGGAAGAAAGAT
CATTGGAGCGACCAACCCCGCTGCTTCCGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTATGCTAT
CGACATTGGCAGGAACGTGATCCATGGGAGTGACTCCGTGGAGAGTGCTAACAAGGAAGC
TGCGTTGTGGTTCCCTGACGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCATTCTTGGATTTA
CGAATGATTCTATCGTGTGTGGTTGTTTTGTTACCTTTTTTTGTTCCTTCGGTTATGAAA
CTCAAAACATGTTTGTTCTGGCTTTGTTACTTCTGCCTTCTTTCGTGGTAATCTATGAAG
ACCTATCTTCTGTC
CT

QA 9 622 9 622
DS 

RD RR1E893TF 624 0 0
GGGCGTCT
AGGTATCGCCGACGAGTTAACTGGTAACAAAGATCTCACAATGGAGCAAACTTTCATCAT
GATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGCCTGATCGGTGAAATCATCTGCAGATTCGAAAA
GAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGATGATCACTGTGGACCGTCCTTTCGCTGAGAA
ACACTACCAAGACTTGTCTGCCAAGCCATTCTTCAACGGCCTTGTTGATTACATCATCTC
CGGACCAGTCGTTGCTATGATCTGGGAGGGGAAGAATGTTGTCTTGACAGGAAGAAAGAT
CATTGGAGCGACCAACCCCGCTGCTTCCGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTATGCTAT
CGACATTGGCAGGAACGTGATCCATGGGAGTGACTCCGTGGAGAGTGCTAACAAGGAAGC
TGCGTTGTGGTTCCCTGACGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCATTCTTGGATCTA
CGAATGATTCTATCGTGTGTGGTTGTTTTGTTACCTTTTTTTGTTCCTTCGGTTATGAAA
CTCAAAACATGTTTGTTCTGGCTTTGTTACTTCTGCCTTCTTTCGTGGTAATCTATGAAG
ACCTATCTTCTGTC
CT

QA 9 622 9 622
DS 

RD RR1DO76JQ 620 0 0
CAAAGATCTTACAATGGAGCAAACTTTCATCATGATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGG
CCTTATTGGTGAAATCATCTGCAGATTCGAAAAGAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAA
GATGATCACTGTTGACCGTCCCTTCGCTGAGAAACACTACCAAGACTTGTCTGCCAAGCC
ATTCTTCAACGGCCTTGTTGATTACATCATCTCCGGACCAGTCGTTGCTATGATCTGGGA
GGGGAAGAATGTTGTCTTGACAGGAAGAAAGATCATTGGAGCGACCAACCCCGCTGCTTC
CGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTATGCTATCGACATTGGCAGGAACGTGATCCATGG
GAGTGACTCCGTGGAGAGTGCTAACAAGGAAGCTGCGTTGCGGTTCCCTGACGGACCTGT
GAACTGGCAGAGCAGCCTTCATTCTTGGATCTACGAATGATTCTATCGTGTGTGGTTGTT
TTGTTACCTTTTTTTGTTCCTTCGGTTATGAAACTCAAAACATGTTTGTTCTGGCTTTGT
TACTTCTGCCTTCTTTCGTGGTAATCTATGAAGACCTATCTTCTGTCTTTTATTTTCATA
TATAATAAGTTTCCTTGAG
C

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1DO76TF 645 0 0
GGC
TCGCCGACGAGTGAACTGTTAACAAAGATCTTACAATGGAGCAAACTTTCATCATGATCA
AGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGCCTTATTGGTGAAATCATCTGCAGATTCGAAAAGAAGG
GTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGATGATCACTGTTGACCGTCCCTTCGCTGAGAAACACT
ACCAAGACTTGTCTGCCAAGCCATTCTTCAACGGCCTTGTTGATTACATCATCTCCGGAC
CAGTCGTTGCTATGATCTGGGAGGGGAAGAATGTTGTCTTGACAGGAAGAAAGATCATTG
GAGCGACCAACCCCGCTGCTTCCGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTATGCTATCGACA
TTGGCAGGAACGTGATCCATGGGAGTGACTCCGTGGAGAGTGCTAACAAGGAAGCTGCGT
TGCGGTTCCCTGACGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCATTCTTGGATCTACGAAT
GATTCTATCGTGTGTGGTTGTTTTGTTACCTTTTTTTGTTCCTTCGGTTATGAAACTCAA
AACATGTTTGTTCTGGCTTTGTTACTTCTGCCTTCTTTCGTGGTAATCTATGAAGACCTA
TCTTCTGTCTTTTATTTTCATATATAATAAGTTTCCTTGAG
C

QA 4 644 4 644
DS 

RD RR1A314TF 239 0 0
G
AACAAGGAAGCTGCGTTGTGGTTCCCTGACGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCAT
TCTTGGATCTACGAATGATTCTATCGTGTGTGGTTGTTTTGTTACCTTTTTTTGTTCCTT
CGGTTATGAAACTCAAAACATGTTTGTTCTGGCTTTGTTACTTCTGCCTTCTTTCGTGGT
AATCTATGAAGACCTATCTTCTGTCTTTTATTTTCACATATAATAAGTTTCCTTGAGT

QA 2 239 2 239
DS 



AS 2 10

CO CL374Contig1 504 2 2 U
GGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGCTGTGACAAAACTGTCTATCCTATTGAGAAGGTG
TCGGTGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACGGAGGCTGCACG
ATAAGTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCATCATATT
CAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGGAGACAATGCCGCC
GCCCCCAAGGACAAAGACGTTGCTGCTTAAAAAAGTTTCAATCTCTCAGGATGATTTTGA
CCATGGAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACATAACATATACT
ATTGGTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTTTTTGTTGTTGTTGTTATCTTTCATGT
TGTTTCTTTTGGGAACTTATGTTCACTCTTTGTTGGGCTTCTTGAGATGAAACAAGAAAA
TAGAGAAATAATGAATGTTTGCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AW48JQ C 1
AF RR1AW48TF U 1
BS 1 502 RR1AW48TF
BS 503 504 RR1AW48JQ

RD RR1AW48JQ 504 0 0
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TCGGTGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACGGAGGCTGCACG
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CAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGGAGACAATGCCGCC
GCCCCCAAGGACAAAGACGTTGCTGCTTAAAAAAGTTTCAATCTCTCAGGATGATTTTGA
CCATGGAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACATAACATATACT
ATTGGTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTTTTTGTTGTTGTTGTTATCTTTCATGT
TGTTTCTTTTGGGAACTTATGTTCACTCTTTGTTGGGCTTCTTGAGATGAAACAAGAAAA
TAGAGAAATAATGAATGTTTGCCC

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR1AW48TF 504 0 0
GGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGCTGTGACAAAACTGTCTATCCTATTGAGAAGGTG
TCGGTGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACGGAGGCTGCACG
ATAAGTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCATCATATT
CAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGGAGACAATGCCGCC
GCCCCCAAGGACAAAGACGTTGCTGCTTAAAAAAGTTTCAATCTCTCAGGATGATTTTGA
CCATGGAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACATAACATATACT
ATTGGTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTTTTTGTTGTTGTTGTTATCTTTCATGT
TGTTTCTTTTGGGAACTTATGTTCACTCTTTGTTGGGCTTCTTGAGATGAAACAAGAAAA
TAGAGAAATAATGAATGTTTGC
CC

QA 1 502 1 502
DS 



CO CL374Contig2 914 8 18 U
GGATCTTTATTTCATCTTCTTCTTACAAGAAACAGAACACACACAAAATGGCGTTCGCAG
GAACAACCCAGAAATGCATGGCTTGTGACAAAACCGTGTACCTCGTGGACAAGTTAACCG
CTGATAACCGGGTCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGTCACCATTGCAAAGGAACTCTCA
AGCTTAGCAATTACAACTCATTTGAAGGAGTTCTCTATTGCAGACCACATTTCGATCAAA
ACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAAAGCTTCGAAGGAACACCAAAGATTGGGAAAC
CTGATAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCAAAGTGTCGAATATGTTTGGTG
GAACTCGAGAGAAATGCGTTGGCTGCGACAAAACTGTCTATCCTATTGAGAAGGTGTCGG
TGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACGGAGGCTGCACGATAA
GTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCACCATATCCAGC
TTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAACTCGAAGGAGGA***GACAATGCCGCCGCCA
AGGACAAAGACGTCGCTGCTTAAACAGTTCAATCAATCTCTCTGGATGATTTTGACCATG
GAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACATAACATATACTATT*G
GTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTCTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTCTTTCATGTT
GTTTCTTTTGGGAACTTATGTTCACTCTTT*GTTGGGTTTCTTGAGATAAAACAAGAAAA
TAGAGAAATAATGGATGTTTGCTTATGATACACATAAGTTCATATAATTTAATTTTCATG
AAGAGCATTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY41TF U 37
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AF RR1ER15TF U 1
AF RR1A338TF U 37
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BS 760 802 RR1A338TF
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BS 811 811 RR1A338JQ
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GG
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TACCTCGTGGACAAGTTAACCGCTGATAACTGGGTCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGT
CACCATTGCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAATTACAACTCATTTGAAGGAGTTCTCTAT
TGCAGACCACATTTCGATCAAAACTTCAAGAGAACTGGAA*TCTTGAGAAAAG*TTCGAA
GGAACACCAAAG*TTGGGAAACCT

QA 3 266 3 266
DS 

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TCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGTCACCATTGCAAAGGAACTCTCAAGCTTACCAATT
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TGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCAAAGTGTCGAATATGTTTGGTGGAACTCGAGAGA
AATGCGTTGGCTGCGACAAAACTGTCTATCCTATTGAGAAGGTGTCGGTGAATGGAACAT
TGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACGGAGGCTGCACGATAAGTCCTTCGAACT
ACATAGCTCA

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR1ER15TF 729 0 0
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GAACAACCCAGAAATGCATGGCTTGTGACAAAACCGTGTACCTCGTGGACAAGTTAACCG
CTGATAACCGGGTCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGTCACCATTGCAAAGGAACTCTCA
AGCTTAGCAATTACAACTCATTTGAAGGAGTTCTCTATTGCAGACCACATTTCGATCAAA
ACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAAAGCTTCGAAGGAACACCAAAGATTGGGAAAC
CTGATAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCAAAGTGTCGAATATGTTTGGTG
GAACTCGAGAGAAATGCGTTGGCTGCGACAAAACTGTCTATCCTATTGAGAAGGTGTCGG
TGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACGGAGGCTGCACGATAA
GTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCACCATATCCAGC
TTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAACTCGAAGGAGGA***GACAATGCCGCCGCCA
*GGACAAAGACGTCGCTGCTTAAACAGTTCAATCAATCTCTCTGGATGATTTTGACCATG
GAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACATA*CATATACTATT*G
GTTTTGTTT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1A338TF 812 0 0
GG
ACACACAAAATGGCGTTCGCAGGAACAACCCAGAAATGCATGGCTTGTGACAAAACCGTG
TACCTCGTGGACAAGTTAACCGCTGATAACCGGGTCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGT
CACCATTGCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAATTACAACTCATTTGAAGGAGTTCTCTAT
TGCAGACCACATTTCGATCAAAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAAAGCTTCGAA
GGGACACCAAAGATTGGGAAACCTGATAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACC
AAAGTGTCGAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGCTGCGACAAAACTGTC
TATCCTATTGAGAAGGTGTCGGTGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGT
ACACACGGAGGCTGCACGATAAGTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTAT
TGCAAGCATCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCTCGAAGGA
GGAGGAGACAATGCCGCCGCCAAGGACAAAGACGTCGCTGCTTAAACAGTTCAATCAATC
TCTCTGGATGATTTTGACCATGGAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGA
TCCACATAACATATACTATTTGGTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTCTTTTTGGT
GGTTGTTGTTGTCTTTCATGTTGTTTCTTTTGGGAACTTATGTTTACTCTTTTGTTGGGT
TTCTTGAGATGAAACAAGAAAATAGAGAAA

QA 3 812 3 812
DS 

RD RR1A338JQ 795 0 0
TGGACAAGTTAACCGCTGATAACCGGGTCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGTCACCATT
GCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAATTACAACTCATTTGAAGGAGTTCTCTATTGCAGAC
CACATTTCGATCAAAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAAAGCTTCGAAGGGACAC
CAAAGATTGGGAAACCTGATAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCAAAGTGT
CGAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGCTGCGACAAAACTGTCTATCCTA
TTGAGAAGGTGTCGGTGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACG
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ATCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGGAG
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ATGATTTTGACCATGGAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACAT
AACATATACTATT*GGTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTCTTTTTTGTTGTTGTT
GTTGTCTTTCATGTTGTTTCTTTTGGGAACTTATGTTTACTCTTT*GTTGGGTTTCTTGA
GATGAAACAAGAAAATAGAGAAATAATGGATGTTTGCTTATGATACACATAAGTTCATAT
AATTTAATTTTCATG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1DY41JQ 464 0 0
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GAGGCTGCACGATAAGTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGC
ATCACCATATCCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAACTCGAAGGAGGA***G
ACAATGCCGCCGCCAAGGACAAAGACGTCGCTGCTTAAACAGTTCAATCAATCTCTCTGG
ATGATTTTGACCATGGAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACAT
AACATATACTATT*GGTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTCTTTTTTGTTGTTGTT
GTTGTCTTTCATGTTGTTTCTTTTGGGAACTTATGTTCACTCTTT*GTTGGGTTTCTTGA
GATAAAACAAGAAAATAGAGAAATAATGGATGTTTGCTTATG
AT

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1ER15JQ 588 0 0
GAACACCAAAGATTGGGAAACCTGATAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCA
AAGTGTCGAATATGTTTGGTGGAACTCGAGAGAAATGCGTTGGCTGCGACAAAACTGTCT
ATCCTATTGAGAAGGTGTCGGTGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTA
CACACGGAGGCTGCACGATAAGTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATT
GCAAGCATCACCATATCCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAACTCGAAGGAG
GA***GACAATGCCGCCGCCAAGGACAAAGACGTCGCTGCTTAAACAGTTCAATCAATCT
CTCTGGATGATTTTGACCATGGAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGAT
CCACATAACATATACTATT*GGTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTCTTTTTTGTT
GTTGTTGTTGTCTTTCATGTTGTTTCTTTTGGGAACTTATGTTCACTCTTT*GTTGGGTT
TCTTGAGATAAAACAAGAAAATAGAGAAATAATGGATGTTTGCTTATG

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1C136JQ 710 0 0
AAGGAGTTCTCTATTGCAGGCCACATTTCGATCAAAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTG
AGAAAAGCTTCGAAGGAACACCAAAGATTGGGAAACCTGATAGACCTTTGGAGGGAGAGA
GACCTGCTGGGACCAAAGTGTCGAATATGTTTGGTGGAACTCGAGAGAAATGCGTTGGCT
GCGACAAAACTGTCTATCCTATTGAGAAGGTGTCGGTGAATGGAACATTGTACCACAAGA
GCTGTTTCAAGTGTACACACGGAGGCTGCACGATAAGTCCTTCGAACTACATAGCTCACG
AGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCACCATATCCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGA
GCCAACTCGAAGGAGGA***GACAATGCCGCCGCCAAGGACAAAGACGTCGCTGCTTAAA
CAGTTCAATCAATCTCTCTGGATGATTTTGACCATGGAAGAACCACCACTATAGTGTCTC
TCTCTACTTCTCGATCCACATAACATATACTATC*GGTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATG
TTCTTCTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTCTTTCATGTTGTTTCTTTTGGGAACTTATGTTCA
CTCTTT*GTTGGGTTTCTTGAGATAAAACAAGAAAATAGAGAAATAATGGATGTTTGCTT
ATGATACACATAAGTTCATATAATTTAATTTTCATGAAGAGCATTTCTTC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 10

CO CL375Contig1 444 10 11 U
GGAGAAAACCAAAAAAGAAAAATAAGTTATTTTCTAATTATTTTTTTGGAAGACAACATC
ATGAACAGCGGATGGAGAGGAATTGCAGTATGTTGCCTCTTAACAATTTTGGTTTTAACC
ACTGCTTTTGTTATCGGAGTCGACTCTGTTGGAGAAGCTTCTCATGCCACTCCGATGGAA
TTTCGTAAATGTTGGAACTCTGGCAAAAAAGGGTGCCAAATGCACTCCCGCCCGGTGCTT
GGAGGTTATAAAGAGTGCTGGTGCATCCGTGCATAGATAAATGATCATTTTAGCGTATAG
TAATAAATTCTACAAGGAAACTTACTAGTTACTAGTTATTACAATAAAATACATCATAAT
TTATTTCGTTAAGTTAAGACTAATGTTTTAAGTCTTTTTAAAAAATAAATATGTTCCATA
CAATAAAATGTTCATATCTAAATT


BQ
50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 20 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1G378TF U 1
AF RR1H986TF U 3
AF RR1EV69JQ C 1
AF RR1DV75TF U 1
AF RR1E807JQ C 1
AF RR1H158JQ C 1
AF RR1H158TF U 1
AF RR1EV69TF U 1
AF RR1H986JQ C 71
AF RR1E807TF U 1
BS 1 158 RR1DV75TF
BS 159 159 RR1G378TF
BS 160 241 RR1DV75TF
BS 242 242 RR1H158TF
BS 243 315 RR1DV75TF
BS 316 316 RR1H158TF
BS 317 367 RR1DV75TF
BS 368 368 RR1H158TF
BS 369 421 RR1DV75TF
BS 422 424 RR1H158TF
BS 425 444 RR1EV69TF

RD RR1G378TF 192 0 0
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TTTCGTAA
TGTG

QA 1 188 1 188
DS 

RD RR1H986TF 194 0 0
G
GAAAACCAAAAAAGAAAAATAAGTTATTTTCTAATTATTTTTTTGGAAGACAACATCATG
AACAGCGGATGGAGAGGAATTGCAGTATGTTGCCTCTTAACAATTTTGGTTTTAACCACT
GCTTTTGTTATCGGAGTCGACTCTGTTGGAGAAGCTTCTCATGCCACTCCGATGGAATTT
CGTAAATGTTGGA

QA 2 194 2 194
DS 

RD RR1EV69JQ 336 0 0
GGAGAAAACCAAAAAAGAAAAATAAGTTATTTTCTAATTATTTTTT*GGAAGACAACATC
ATGAACAGCGGATGGAGAGGAATTGCAGTATGTTGCCTCTTAACAATTTTGGTTTTAACC
ACTGCTTTTGTTATCGGAGTCGACTCTGTTGGAGAAGCTTCTCATGCCACTCCGATGGAA
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TAATAAATTCTACAAGGAAACTTACTAGTTACTAGT

QA 1 336 1 336
DS 

RD RR1DV75TF 421 0 0
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ACTGCTTTTGTTATCGGAGTCGACTCTGTTGGAGAAGCCTCTCATGCCACTCCGATGGAA
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GAAGGTTATAAAGAGTGCTGGTGCATCCGTGCATAGATAAATGATCATTTTAGCGTATAG
TAATAAATTCTACAATGAAACTTACTAGTTACTAGTTATTACAATAAAATACATCATAAT
TTATTTC*TTAAGTTAAGACTAATGTTTTAAGTCTTTTTAAAAAATAAATATGTTCCATA
C

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1E807JQ 444 0 0
GGAGAAAACCAAAAAAGAAAAATAAGTTATTTTCTAATTATTTTTTTG*AAGACAACATC
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TTTCGTAAATGTTGGAACTCTGGCAAAAAAGGGTGCCAAATGCACTCCCGCCCGGTGCTT
GGAGGTTATAAAGAGTGCTGGTGCATCCGTGCATAGATAAATGATCATTTTAGCGTATAG
TAATAAATTCTACAAGGAAACTTACTAGTTACTAGTTATTACAATAAAATACATCATAAT
TTATTTCGTTAAGTTAAGACTAATGTTTTAAGTCTTTTTAAAAAATAAATATGTTCCATA
CAATAAAATGTTCATATCTAAATT

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR1H158JQ 425 0 0
GGAGAAAACCAAAAAAGAAAAATAAGTTATTTTCTAATTATTTTTTTGGAAGACAACATC
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GGAGGTTATAAAGAGTGCTGGTGCATCCGTGCATAGATAAATGATCATTTTAGCGTATAG
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TTATTTCGTTAAGTTAAGACTAATGTTTTAAGTCTTTTTAAAAAATAAATATGTTCCATA
CAAT
C

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR1H158TF 425 0 0
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GGAGGTTATAAAGAGTGCTGGTGCATCCGTGCATAGATAAATGATCATTTTAGCGTATAG
TAATAAATTCTACAAGGAAACTTACTAGTTACTAGTTATTACAATAAAATACATCATAAT
TTATTTCGTTAAGTTAAGACTAATGTTTTAAGTCTTTTTAAAAAATAAATATGTTCCATA
CAAT
C

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR1EV69TF 444 0 0
GGAGAAAACCAAAAAAGAAAAATAAGTTATTTTCTAATTATTTTTT*GGAAGACAACATC
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GGAGGTTATAAAGAGTGCTGGTGCATCCGTGCATAGATAAATGATCATTTTAGCGTATAG
TAATAAATTCTACAAGGAAACTTACTAGTTACTAGTTATTACAATAAAATACATCATAAT
TTATTTCGTTAAGTTAAGACTAATGTTTTAAGTCTTTTTAAAAAATAAATATGTTCCATA
CAATAAAATGTTCATATCTAAATT

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR1H986JQ 374 0 0
GATGGAGAGGAATTGCAGTATGTTGCCTCTTAACAATTTTGGTTTTAACCACTGCTTTTG
TTATCGGAGTCGACTCTGTTGGAGAAGCTTCTCATGCCACTCCGATGGAATTTCGTAAAT
GTTGGAACTCTGGCAAAAAAGGGTGCCAAATGCACTCCCGCCCGGTGCTTGGAGGTTATA
AAGAGTGCTGGTGCATCCGTGCATAGATAAATGATCATTTTAGCGTATAGTAATAAATTC
TACAAGGAAACTTACTAGTTACTAGTTATTACAATAAAATACATCATAATTTATTTCGTT
AAGTTAAGACTAATGTTTTAAGTCTTTTTAAAAAATAAATATGTTCCATACAATAAAATG
TTCATATCTAAATT

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR1E807TF 444 0 0
GGAGAAAACCAAAAAAGAAAAATAAGTTATTTTCTAATTATTTTTTTG*AAGACAACATC
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ACTGCTTTTGTTATCGGAGTCGACTCTGTTGGAGAAGCTTCTCATGCCACTCCGATGGAA
TTTCGTAAATGTTGGAACTCTGGCAAAAAAGGGTGCCAAATGCACTCCCGCCCGGTGCTT
GGAGGTTATAAAGAGTGCTGGTGCATCCGTGCATAGATAAATGATCATTTTAGCGTATAG
TAATAAATTCTACAAGGAAACTTACTAGTTACTAGTTATTACAATAAAATACATCATAAT
TTATTTCGTTAAGTTAAGACTAATGTTTTAAGTCTTTTTAAAAAATAAATATGTTCCATA
CAATAAAATGTTCATATCTAAATT

QA 1 444 1 444
DS 



AS 2 8

CO CL376Contig1 871 6 10 U
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TGTCGGCGTCTTCGCTATGCCTATCGAACTCTCCCGTTTGCACTCACTCTCTTCCTAAAG
TCTCGTCCCAGCCACTCCTCTCTTTCTCCCGTTCCCTCAGGCCATTCGTTTCGAAGTCCA
AACCATTGGCCTCGCAGCAGAAGAAGAAGAGAGAGAGCTCTGTGGTGGTGAAAGCACAGG
CTCTTGATTTCTCAGGCACTTTCTTTGAAGGTGGATTCGGCTCCGACGATGACCCTTCTT
CCTCTTCCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACAAACCCGAACCTCAGTGCCCGCCTGGTCTCC
GACAGTACGAGACAATGGCCGTCTTGAGACCCGACATGTCTGAAGATGAGCGCCTTGGTC
TCACCCAGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGGCTGGGGGTGGAATGTATGTGGAAGTATTCA
ACAGAGGAGTGATTCCATTGGCTTACAGCATCAGGAAGAAGAACAAAGCAGGAGAGACTA
ACACTTACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACTTACTTCACCAAACCCGAATCCATCA
CTCCCCTCGAGTCCGTTCTCACTGCCGATGACGACGTTATCCGATCTTCTTCCTTCAAGA
TCAAGAAGAGGAAGTACAACTGAAACAGACACCATCAACAATATTGTGTGTGGTGAATGC
ATGTGACTAAAGTTGGATTCTTTTTGTATTATCTATCTGGTTCTGTGTCTATGTATCTTC
TTGTGAAATGCTCTGTGTTTCAAGTGTGAGAAACACGCAAACTTTGAGAAACTTCCATAG
TATATGCTTTTTAAAAACAAATTATTAACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1F529JQ C 306
AF RR1F529TF U 34
AF RR1AL65TF U 1
AF RR1EG54TF U 41
AF RR1EG54JQ C 119
AF RR1AL65JQ C 127
BS 1 192 RR1AL65TF
BS 193 193 RR1F529TF
BS 194 801 RR1AL65TF
BS 802 802 RR1EG54TF
BS 803 812 RR1AL65TF
BS 813 813 RR1EG54JQ
BS 814 833 RR1AL65TF
BS 834 851 RR1EG54TF
BS 852 869 RR1EG54JQ
BS 870 871 RR1AL65JQ

RD RR1F529JQ 344 0 0
TCCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACAAACCCGAACCTCAGTGCCCGCCTGGTTTCCGACAG
TACGAGACAATGGCCGTCTTGAGACCCGACATGTCTGAAGATGAGCGCCTTGGTCTCACC
CAGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGGCTGGGGGTGGAATGTATGTGGAAGTATTCAACAGA
GGAGTGATTCCATTGGCTTACAGCATCAGGAAGAAGAACAAAGCAGGAGAGACTAACACT
TACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACTTACTTCACCAAACCCGAATCCATCACTCCC
CTCGAGTCCGTTCTCACTGCCGATGACGACGTTATCCGAT
TTTC

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR1F529TF 585 0 0
GGAAGCTCTC
ATCTCATATAACAACAATGTCGGCGTCTTCGCTATGCCTATCGAACTCTCCCGTTTGCAC
TCACTCTCTTCCTAAAGTCTCGTCCC***CACTCCTCTCTTTCTCCCGTTCCCTCAGGCC
ATTCGTTTCGAAGTCCAAACCATTGGCCTCGCAGCAGAAGAAGAAGAGAGAGAGCTCTGT
GGTGGTGAAAGCACAGGCTCTTGATTTCTCAGGCACTTTCTTTGAAGGTGGATTCGGCTC
CGACGATGACCCTTCTTCCTCTTCCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACAAACCCGAACCTCA
GTGCCCGCCTGGTCTCCGACAGTACGAGACAATGGCCGTCTTGAGACCCGACATGTCTGA
AGATGAGCGCCTTGGTCTCACCCAGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGGCTGGGGGTGGAAT
GTATGTGGAAGTATTCAACAGAGGAGTGATTCCATTGGCTTACAGCATCAGGAAGAAGAA
CAAAGCAGGAGAGACTAACACTTACCTGGATGGTGTCTACCTTCTCTTCACTTACTTCAC
CAAACCCGAATCCATCACTCCCCTCGAGTCCGTTC

QA 11 585 11 585
DS 

RD RR1AL65TF 833 0 0
GGGACCTCCATCGTCTCCTCTTTGCTTTCTCTGACAAGCTCTCATCTCATATAACAACAA
TGTCGGCGTCTTCGCTATGCCTATCGAACTCTCCCGTTTGCACTCACTCTCTTCCTAAAG
TCTCGTCCCAGCCACTCCTCTCTTTCTCCCGTTCCCTCAGGCCATTCGTTTCGAAGTCCA
AACCATTGGCCTAGCAGCAGAAGAAGAAGAGAGAGAGCTCTGTGGTGGTGAAAGCACAGG
CTCTTGATTTCTCAGGCACTTTCTTTGAAGGTGGATTCGGCTCCGACGATGACCCTTCTT
CCTCTTCCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACAAACCCGAACCTCAGTGCCCGCCTGGTCTCC
GACAGTACGAGACAATGGCCGTCTTGAGACCCGACATGTCTGAAGATGAGCGCCTTGGTC
TCACCCAGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGGCTGGGGGTGGAATGTATGTGGAAGTATTCA
ACAGAGGAGTGATTCCATTGGCTTACAGCATCAGGAAGAAGAACAAAGCAGGAGAGACTA
ACACTTACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACTTACTTCACCAAACCCGAATCCATCA
CTCCCCTCGAGTCCGTTCTCACTGCCGATGACGACGTTATCCGATCTTCTTCCTTCAAGA
TCAAGAAGAGGAAGTACAACTGAAACAGACACCATCAACAATATTGTGTGTGGTGAATGC
ATGTGACTAAAGTTGGATTCTTTTTGTATTATCTATCTGGTTCTGTGTCTATGTATCTTC
TTGTGAAATGCTCTGTGTTTCGAGTGTGAGAA*CACGCAAACTTTGAGAAACT

QA 1 833 1 833
DS 

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GGG
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TCACTCTCTTCCTAAAGTCTCGTCCCAGCCACTCCTCTCTTTCTCCCGTTCCCTCAGGCC
ATTCGTTTCGAAGTCCAAACCATTGGCCTCGCAGCAGAAGAAGAAGAGAGAGAGCTCTGT
GGTGGTGAAAGCACAGGCTCTTGATTTCTCAGGCACTTTCTTTGAAGGTGGATTCGGCTC
CGACGATGACCCTTCTTCCTCTTCCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACAAACCCGAACCTCA
GTGCCCGCCTGGTCTCCGACAGTACGAGACAATGGCCGTCTTGAGACCCGACATGTCTGA
AGATGAGCGCCTTGGTCTCATCCAGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGGCTGGGGGTGGAAT
GTATGTGGAAGTATTCAACAGAGGAGTGATTCCATTGGCTTACAGCATCAGGAAGAAGAA
CAAAGCAGGAGAGACTAACACTTACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACTTACTTCAC
CAAACCCGAATCCATCACTCCCCTCGAGTCCGTTCCCACTGCCGATGACGACGTTATCCG
ATCTTCTTCCTTCAAGATCAAGAAGAGGAAGTACAACTGAAACAGACACCATCAACAATA
TTGTGTGTGGTGAATGCATGTGACTAAAGTTGGATTCTTTTTGTATTATTTATCTGGTTC
TGTGTCTATGTATCTTCTTGTGAAATGCTCTGTGTTTCAAGTGTGAGAA*CACGCAAACT
TTGAGAAACTTCCATAGTATATGCTTTT
AAAACAAATA

QA 4 811 4 811
DS 

RD RR1EG54JQ 753 0 0
A
GTCTCGTCCCAGCCACTCCTCTCTTTCTCCCGTTCCCTCAGGCCATTCGTTTCGAAGTCC
AAACCATTGGCCTCGCAGCAGAAGAAGAAGAGAGAGAGCTCTGTGGTGGTGAAAGCACAG
GCTCTTGATTTCTCAGGCACTTTCTTTGAAGGTGGATTCGGCTCCGACGATGACCCTTCT
TCCTCTTCCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACAAACCCGAACCTCAGTGCCCGCCTGGTCTC
CGACAGTACGAGACAATGGCCGTCTTGAGACCCGACATGTCTGAAGATGAGCGCCTTGGT
CTCATCCAGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGGCTGGGGGTGGAATGTATGTGGAAGTATTC
AACAGAGGAGTGATTCCATTGGCTTACAGCATCAGGAAGAAGAACAAAGCAGGAGAGACT
AACACTTACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACTTACTTCACCAAACCCGAATCCATC
ACTCCCCTCGAGTCCGTTCCCACTGCCGATGACGACGTTATCCGATCTTCTTCCTTCAAG
ATCAAGAAGAGGAAGTACAACTGAAACAGACACCATCAACAATATTGTGTGTGGTGAATG
CATGTGACTAAAGTTGGATTCTTTTTGTATTATTTATCTGGTTCTGTGTCTATGTATCTT
CTTGTGAAATGCTCTGTGTTTCAAGTGTGAGAAACACGCAAACTTTGAGAAACTTCCATA
GTATATGCTTTTTAAAAACAAATTATTAAC
TC

QA 2 751 2 751
DS 

RD RR1AL65JQ 745 0 0
CCCAGCCACTCCTCTCTTTCTCCCGTTCCCTCAGGCCATTCGTTTCGAAGTCCAAACCAT
TGGCCTAGCAGCAGAAGAAGAAGAGAGAGAGCTCTGTGGTGGTGAAAGCACAGGCTCTTG
ATTTCTCAGGCACTTTCTTTGAAGGTGGATTCGGCTCCGACGATGACCCTTCTTCCTCTT
CCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACAAACCCGAACCTCAGTGCCCGCCTGGTCTCCGACAGT
ACGAGACAATGGCCGTCTTGAGACCCGACATGTCTGAAGATGAGCGCCTTGGTCTCACCC
AGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGGCTGGGGGTGGAATGTATGTGGAAGTATTCAACAGAG
GAGTGATTCCATTGGCTTACAGCATCAGGAAGAAGAACAAAGCAGGAGAGACTAACACTT
ACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACTTACTTCACCAAACCCGAATCCATCACTCCCC
TCGAGTCCGTTCTCACTGCCGATGAGGACGTTATCCGATCTTCTTCCTTCAAGATCAAGA
AGAGGAAGTACAACTGAAACAGACACCATCAACAATATTGTGTGTGGTGAATGCATGTGA
CTAAAGTTGGATTCTTTTTGTATTATCTATCTGGTTCTGTGTCTATGTATCTTCTTGTGA
AATGCTCTGTGTTTCGAGTGTGAGAAACACGCAAACTTTGAGAAACTTCCATAGTATATG
CTTTTTAAAAACAAATTATTAACGC

QA 1 745 1 745
DS 



CO CL376Contig2 890 2 4 U
GGCTGACAAGCTCTCATCTCATATAACCAACAATGGCGGCGTCTTCGCTATGCCTATCGA
ACTCTCCCGTTTGCACTCACTCTCTTCCTAATGTCTCGACCCAGCCACTCCTCTCTTTCT
CTCGTTCCCTCAGGCCATTCGTTTCCAAGTCCAAACCTATTGCCTCGCAGCGGAAGAAGA
GAGAGAGCTCTGTGGTGGTGAAAGCACAGGCTCTTGATTTCTCAGGCACTTTCTTTGAAG
GTGGATTCGGCTCCGACGATGACCCTTCTTCCCCTTCCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACA
AACCCGAACCCCAGTGCCCACCTGGTCTTCGACAGTACGAGACAATGGCCGTCTTGAGAC
CCGACATGTCTGAAGATGAGCGCCTTGGTCTCACCCAGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGG
CTGGGGGTGGAATGTATGTGGAAGTATTCAACAGAGGAGTGATTCCATTGGCTTACAGCA
TCAGGAAGAAGAACAAAGCAGGAGAGACTAACACTTACCTGGATGGTATCTACCTTCTCT
TCACTTACTTCACCAAACCCGAATCCATCACTCCCCTCGAGTCCGTTCTCACTGCCGATG
ACGACGTTATCCGATCTTCTTCCTTCAAGATCAAGAAGAGGAAGTACAACTGAACCAGAC
AACATCAACAATATTGTGTGTGGTGAATGCATGTGACTAAAGTTGGATTCTTTTTTATTC
ATTTATGTGTTTCTTTCCAACAAAACTTACAAAAGTAAATCTATCTTTATTTGGTTGTGT
GTTCGTGTATCTTTTTCTTTTTGTGAAATGCTCTGTTTTCATGTGTTACAGAGTGTGAGA
AACTCTAATGCAAAATTTGAGAAGCATGCATGATATATATATGCTTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ11TF U 1
AF RR1CZ11JQ C 295
BS 1 715 RR1CZ11TF
BS 716 716 RR1CZ11JQ
BS 717 749 RR1CZ11TF
BS 750 890 RR1CZ11JQ

RD RR1CZ11TF 749 0 0
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TCACTTACTTCACCAAACCCGAATCCATCACTCCCCTCGAGTCCGTTCTCACTGCCGATG
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ATTTATGTGTTTCTTTCCAACAAAACTTA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1CZ11JQ 596 0 0
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TGAGACCCGACATGTCTGAAGATGAGCGCCTTGGTCTCACCCAGAAGTACGAAGAGTTGC
TTGTGGCTGGGGGTGGAATGTATGTGGAAGTATTCAACAGAGGAGTGATTCCATTGGCTT
ACAGCATCAGGAAGAAGAACAAAGCAGGAGAGACTAACACTTACCTGGATGGTATCTACC
TTCTCTTCACTTACTTCACCAAACCCGAATCCATCACTCCCCTCGAGTCCGTTCTCACTG
CCGATGACGACGTTATCCGATCTTCTTCCTTCAAGATCAAGAAGAGGAAGTACAACTGAA
CCAGACAACATCAACAATATTGTGTGTGGTGAATGCATGTGACTAAAGTTGGATTCTTTT
TTATTCATTTATGTGTTTCTTTCCAACAAAACTTACAAAAGTAAATCTATCTTTATTTGG
TTGTGTGTTCGTGTATCTTTTTCTTTTTGTGAAATGCTCTGTTTTCATGTGTTACAGAGT
GTGAGAAACTCTAATGCAAAATTTGAGAAGCATGCATGATATATATATGCTTCTAC

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 10

CO CL377Contig1 1271 10 37 U
GGAACACAAAATCCACCACTGTATCCCTCACAAAACCCATAAGCAAGCTCCATTTTCTTC
ACACATTCTCTCTCTCTCTCACACATCAGAAACAAGAAATGGGAGGAGTTTCTTTCCTCT
CCACTGTTCCCTCCTTCACCAACATCAACAATCGTCAACATCTCACACTCTCTTCTTCTC
ATCGCTCTGTTCTCATTCGATGTTGCAAGATCGATCCTCAAGTTTCCGACAACACTTTAT
CATTTCACCGGCGGGATGTTCTCAAACTCGCCGGCACTGCCCTCGGAATGGAACTAACAG
GTAACGGCTTCATTAACCATGTGGGCGATGCAAAAGCTGCTGATTTGAATCAGCGCAGGC
AGCGATCCGAGTTTCAATCAAAGATCAAGCTTTCACTTTCCAAAGCGGTTAAGGCTAAAC
CGGAGCTTGTACCTTCTTTACTAACTCTAGCTCTTAATGATGCTATGACTTATGATAAGG
CTACAAAATCCGGTGGAGCCAATGGATCCATACGGTTCAGCTCTGAGATAAGCAGAGCAG
AGAACGCTGGGCTTTCTGATGGGCTAGCTCTCATAGAGGAAGCCAAGAAGGAGATTGACT
CGTTCTCAAAGGGTGGACCTATTTCATATGCAGATCTCATTCAACTCGCAGGGCAATCAG
CGGTGAAGGCAACATTTTTAGCATCAGCAATACGTAAATGCGGTGGAAATGAAGAGAAAG
GGAACTTACTCTACACAGCATATGGTTCAAGTGGTCAGTGGGCTTTGTTTGATAGACAAT
TTGGAAGGAGTGATGCAACAGAGGCTGATCCAGAA*GGGAGGATCCCATTATGGGGAAAA
GCAACTGTGCAAGAGATGAAAGATAAGTTCATTGCCATTGGATTGGGTCCTCGTCAGTTA
GCTGTAATGTCTGCATTCTTGGGTCCTGATCAAGCCGCAACAGAAGAGCTCTTAGCTAGC
GACCCGCAAGTTGCACCATGGGTTCAGAAGTACCAACGTAGCCGTGAAACTGTATCTCAG
ACAGATTACGAGGTTGATCTGATAACTGCATTGACAAAGCTAAGTGGTCTAGGGCAGCAA
ATCAACTATGAGGCATATACATATCCTGTCGAGCGGATCAATCTAAGCAAACTCAAGCTA
TGAGCATAAGCGTGACAACAAGTTTTAAGTCATTGTACACTATGTATAACTTGAGCAAAC
TTGAACTCGTTAATATATCCAAGATTTTTCTTGAAATTCAAATGAAAAAAAAATAGCTAA
AAAGGCTAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 25 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN24TF U 1
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AF RR1H079TF U 39
AF RR1AH59TF U 59
AF RR1AY39TF U 85
AF RR1AY39JQ C 338
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AF RR1EJ55TF U 547
AF RR1AN24JQ C 454
AF RR1H079JQ C 733
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BS 91 91 RR1H079TF
BS 92 125 RR1AN24TF
BS 126 126 RR1H079TF
BS 127 564 RR1AN24TF
BS 565 565 RR1H079TF
BS 566 685 RR1AN24TF
BS 686 686 RR1H079TF
BS 687 716 RR1AN24TF
BS 717 748 RR1H079TF
BS 749 749 RR1G020TF
BS 750 778 RR1H079TF
BS 779 779 RR1AH59TF
BS 780 787 RR1H079TF
BS 788 788 RR1AH59TF
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BS 969 1203 RR1EJ55TF
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BS 1234 1258 RR1AY39JQ
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RD RR1AN24TF 716 0 0
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ACACATTCTCTCTCTCTCTCACACATCAGAGACAAGAAATGGGAGGAGTTTCTTTCCTCT
CCACTATTCCCTCCTTCACCAACATCAACAATCGTCAACATCTCACACTCTCTTCTTCTC
ATCGCTCTGTTCTCATTCGATGTTGCAAGATCGATCCTCAAGTTTCCGACAACACTTTAT
CATTTCACCGGCGGGATGTTCTCAAACTCGCCGGCACTGCCCTCGGAATGGAACTAACAG
GTAACGGCTTCATTAACCATGTGGGCGATGCAAAAGCTGCTGATTTGAATCAGCGCAGGC
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AGAACGCTGGGCTTTCTGATGGGCAAGCTCTCATAGAGGAAGCCAAGAAGGAGATTGACT
CGTTCTCAAAGGGTGGACCTATTTCATATGCAGATCTCATTCAACTCGCAGGGCAATCAG
CGGTGAAGGCAACATTTTTAGCATCTGCAATACGTAAATGCGGTGGAAATGAAGAG

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DS 

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TTCCCTCCTTCACCAACATCAACAATCGTCAACATCTCACACTCTCTTCTTCTCATCGCT
CTGTTCTCATTCGATGTTGCAAGATCGATCCTCAAGTTTCCGACAACACTTTATCATTTC
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GCTTCATTAACCATGTGGGCGATGCAAAAGCTGCTGATTTGAATCAGCGCAGGCAGCGAT
CCGAGTTTCAATCAAAGATCAAGCTTTCACTTTCCAAAGCGGTTAAGGCTAAACCGGAGC
TTGTACCTTCTTTACTAACTCTAGCTCTTAATGATGCTATGACTTATGATAAGGCTACAA
AATCCGGTGGAGCCAATGGATCCATACGGTTCAGCTCTGAGATAAGCAGAGCAGAGAACG
CTGGGCTTTCTGGTGGGCTAGCTCTCATAGAGGAAGCCAAGAAGGAGATTGACTCGTTCT
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AGGCAACATTTTTAGCATCAGCAATACGTAAATGCGGTGGAAATGAAGAGAAAGGGAACT
TACTCTACACAGCATATGGCTCAAG

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DS 

RD RR1H079TF 807 0 0
GG
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TCTCACACTCTCTTCTTCTCATCGCTCTGTTCTCATTCGATGTTGCAAGATCGATCCTCA
AGTTTCCGACAACACTTTATCATTTCACCGGCGGGATGTTCTCAAACTCGCCGGCACTGC
CCTCGGAATGGAACTAACAGGTAACGGCTTCATTAACCATGTGGGCGATGCAAAAGCTGC
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CAAAGCGGTTAAGGCTAAACCGGAGCTTGTACCTTCTTTACTAACTCTAGCTCTTAATGA
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AGCCAAGAAGGAGATTGACTCGTTCTCAAAGGGTGGACCTATTTCATATGCAGATCTCAT
TCAACTCGCAGGGCAATCAGCGGTGAAGGCAACATTTTTAGCATCAGCAATACGTAAATG
CGGTGGAAATGAAGAGAAAGGGAACTTACTCTACACAGCATATGGTTCTAGTGGTCAGTG
GGCTTTGTTTGATAGACA*TTTGGAAG*AGTGATGCA*CAGAG*CTGATC*AGAA**GGA
GGATCCCATTATGGG
AAAGCACTGT

QA 3 797 3 797
DS 

RD RR1AH59TF 818 0 0
GGACACAT
TCTCTCTCTCTCTCACACGTCAGAAACAAGAAATGGGAGGAGTTTCTTTCCTCTCCACTG
TTCCCTCCTTCACCAACATCAACAATCGTCAACATCTCACACTCTCTTCTTCTCATCGCT
CTGTTCTCATTCGATGTTGCAAGATCGATCCTCAAGTTTCCGACAACACTTTATCATTTC
ACCGGCGGGATGTTCTCAAACTCGCCGGCACTGCCCTCGGAATGGAACTAACAGGTAACG
GCTTCATTAACCATGTGGGCGATGCAAAAGCTGCTGATTTGAATCAGCGCAGGCAGCGAT
CCGAGTTTCAATCAAAGATCAAGCTTTCACTTTCCAAAGCGGTTAAGGCTAAACCGGAGC
TTGTACCTTCTTTACTAACTCTAGCTCTTAATGATGCTATGACTTATGATAAGGCTACAA
AATCCGGTGGAGCCAATGGATCCATACGGTTCAGCTCTGAGATAAGCAGAGCAGAGAACG
CTGGGCTTTCTGATGGGCTAGCTCTCATAGAGGAAGCCAAGAAGGAGATTGACTCGTTCT
CAAAGGGTGGACCTATTTCACATGCAGATCTCATTCAACTCGCAGGGCAATCAGCGGTGA
AGGCAACATTTTTAGCATCAGCAATACGTAAATGCGGTGGAAATGAAGAGAAAGGGAACT
TACTCTACACAGCATATGGTTCAAGTGGTCAGTGGGCTTTGTTTGATAGACAATTTGGAA
GGAGTGATGCAACAGAGGCTGATCCAGAAAGGGAGGATCCCATTATGGGGAAAAGCAACT
GTGCAAGAGATGAAAGATAAGTTCATTGCC

QA 9 818 9 818
DS 

RD RR1AY39TF 897 0 0
GCATCAGAAACA
AAATGGGAGGAGTTTCTTTCCTCTCCACTGTTCCCTCCTTCACCAACATCAACAATCGTC
AACATCTCACACTCTCTTCTTCTCATCGCTCTGTTCTCATTCGATGTTGCAAGATCGATC
CTCAAGTTTCCGACAACACTTTATCATTTCACCGGCGGGATGTTCTCAAACTCGCCGGCA
CTGCCCTCGGAATGGAACTAACAGGTAACGGCTTCATTAACCATGTGGGCGATGCAAAAG
CTGCTGATTTGAATCAGCGCAGGCAGCGATCCGAGTTTCAATCAAAGATCAAGCTTTCAC
TTTCCAA*GCGGTTAAGGCTAAACCGGAGCTTGTACCTTCTTTACTAACTCTAGCTCTTA
ATGATGCTATGACTTATGATAAGGCTACAAAATCCGGTGGAGCCAATGGATCCATACGGT
TCAGCTCTGAGATAAGCAGAGCAGAGAACGCTGGGCTTTCTGATGGGCTAGCTCTCATAG
AGGAAGCCAAGAAGGAGATTGACTCGTTCTCAAAGGGTGGACCTATTTCATATGCAGATC
TCATTCAACTCGCAGGGCAATCAGCGGTGAAGGCAACATTTTTAGCATCAGCAATACGTA
AATGCGGTGGAAATGAAGAGAAAGGGAACTTACTCTACACAGCATATGGTTCAAGTGGTC
AGTGGGCTTTGTTTGATAGACAATTTGGAAAGAGTGATGCAACAGAGGCTGATCCAGAAA
GGGAGGATCCCATTATGGGGAAAAGCAACTGTGCAAGAGATGAAAGATAAGTTCATTGCC
ATTGGATTGGGTCCTCGTCAGTTAGCTGTAATGTCTGCATTCTTGGGTCCTGATCA*GCC
GCA*CAGA*GAGCTCTTAGCTAGCGACCCGCA
GTGCACATGGGTC

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DS 

RD RR1AY39JQ 921 0 0
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TTCCAA*GCGGTTAAGGCTAAACCGGAGCTTGTAC*TTCTTTACTAACTCTAGCTCTTAA
TGATGCTATGACTTATGATAAGGCTACAAAATCCGGTGGAGCCAATGGATCCATACGGTT
CAGCTCTGAGATAAGCAGAGCAGAGAACGCTGGGCTTTCTGATGGGCTAGCTCTCATAGA
GGAAGCCAAGAAGGAGATTGACTCGTTCTCAAAGGGTGGACCTATTTCATATGCAGATCT
CATTCAACTCGCAGGGCAATCAGCGGTGAAGGCAACATTTTTAGCATCAGCAATACGTAA
ATGCGGTGGAAATGAAGAGAAAGGGAACTTACTCTACACAGCATATGGTTCAAGTGGTCA
GTGGGCTTTGTTTGATAGACAATTTGGAAGGAGTGATGCAACAGAGGCTGATCCAGAA*G
GGAGGATCCCATTATGGGGAAAAGCAACTGTGCAAGAGATGAAAGATAAGTTCATTGCCA
TTGGATTGGGTCCTCGTCAGTTAGCTGTAATGTCTGCATTCTTGGGTCCTGATCAAGCCG
CAACAGAAGAGCTCTTAGCTAGCGACCCGCAAGTTGCACCATGGGTTCAGAAGTACCAAC
GTAGCCGTGAAACTGTATTTCAGACAGATTACGAGGTTGATCTGATAACTGCATTGACAA
AGCTAAGTGGTTTAGGGCAGCAAATCAACTATGAGGCATATACATATCCTGTCGAGCGGA
TCAATTTAAGCAAACTCAAGCTATGAGCATAAGCGTGACAACAAGTTTTAAGTCATTGTA
CACTATGTATAACTTGAGCAAACTTGAACTCGTTAATATATCCAAGATTTTTCTTGAAAT
TCAAATGAAAAAAAAATAGCT

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DS 

RD RR1EJ55JQ 687 0 0
GG
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CTCTACACAGCATATGGTTCAAGTGGTCAGTGGGCTTTGTTTGATAGACAATTTGGAAGG
AGTGATGCAACAGAGGCTGATCCAGAA*GGGAGGATCCCATTATGAGGAAAAGCAACTGT
GCAAGAGATGAAAGATAAGTTCATTGCCATTGGATTGGGTCCTCGTCAGTTAGCTGTAAT
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CGAGGTTGATCTGATAACTGCATTGACAAAGCTAAGTGGTCTAGGGCAGCAAATCAACTA
TGAGGCATATACATATCCTGTCGAGCGGATCAATCTAAGCAAACTCAAGCTATGAGCATA
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QA 3 687 3 687
DS 

RD RR1EJ55TF 687 0 0
GG
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AAGGGTGGACCTATTTCATATGCAGATCTCATTCAACTCGCAGGGCAATCAGCGGTGAAG
GCAACATTTTTAGCATCAGCAATACGTAAATGCGGTGGAAATGAAGAGAAAGGGAACTTA
CTCTACACAGCATATGGTTCAAGTGGTCAGTGGGCTTTGTTTGATAGACAATTTGGAAGG
AGTGATGCAACAGAGGCTGATCCAGAA*GGGAGGATCCCATTATGAGGAAAAGCAACTGT
GCAAGAGATGAAAGATAAGTTCATTGCCATTGGATTGGGTCCTCGTCAGTTAGCTGTAAT
GTCTGCATTCTTGGGTCCTGATCAAGCCGCAACAGAAGAGCTCTTAGCTAGCGACCCGCA
AGTTGCACCATGGGTTCAGAAGTACCAACGTAGCCGTGAAACTGTATCTCAGACAGATTA
CGAGGTTGATCTGATAACTGCATTGACAAAGCTAAGTGGTCTAGGGCAGCAAATCAACTA
TGAGGCATATACATATCCTGTCGAGCGGATCAATCTAAGCAAACTCAAGCTATGAGCATA
AGCGTGACAACAAGTTTTAAGTCATTGTACACTATGTATAACTTGAGCAAACTTGGACTC
GTTAATATATCCAAGATTTTTCTTG

QA 3 687 3 687
DS 

RD RR1AN24JQ 779 0 0
TTAATGATGCTATGACTTATGATAAGGCTACAAAATCCGGTGGAGCCAATGGATCCATAC
GGTTCAGCTCTGAGATAAGCAGAGCAGAGAACGCTGGGCTTTCTGATGGGCAAGCTCTCA
TAGAGGAAGCCAAGAAGGAGATTGACTCGTTCTCAAAGGGTGGACCTATTTCATATGCAG
ATCTCATTCAACTCGCAGGGCAATCAGCGGTGAAGGCAACATTTTTAGCATCTGCAATAC
GTAAATGCGGTGGAAATGAAGAGAAAGGGAACTTACTCTACACAGCATATGGTTCAAGTG
GTCAGTGGGCTTTGTTTGATAGACAATTTGGAAGGAGTGATGCAACAGAGGCTGATCCAG
AA*GGGAGGATCCCATTATGGGGAAAAGCAACTGTGCAAGAGATGGAAGATAAGTTCATT
ACCATTGGATTGGGTCCTCGTCAGTTAGCTGTAATGTCTGCATTCTTGGGTCCTGATCAA
GCCGCAACAGAAGAGCTCTTAGCTAGCGACCCGCAAGTTGCACCATGGGTTCAGAAGTAC
CAACGTAGCCGTGAAACTGTATCTCAGACGGATTACGAGGTTGATCTGATAACTGCATTG
ACAAAGCTAAGTGGTCTAGGGCAGCAAATCAACTATGAGGCATATACATATCCTGTCGAG
CGGATCAATCTAAGCAAACTCAAGCTATGAGCATAAGCGTGACAACAAGTTTTAAGTCAT
TGTACACTATGTATAACTTGAGCAAACTTGAACTCGTTAATATATCCAAGATTTTTCTT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1H079JQ 539 0 0
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ATGCAACAGAGGCTGATCCAGAA*GGGAGGATCCCATTATGGGGAAAAGCAACTGTGCAA
GAGATGAAAGATAAGTTCATTGCCATTGGATTGGGTCCTCGTCAGTTAGCTGTAATGTCT
GCATTCTTGGGTCCTGATCAAGCCGCAACAGAAGAGCTTTTAGCTAGCGACCCGCAAGTT
GCACCATGGGTTCAGAAGTACCAACGTAGCCGTGAAACTGTATTTCAGACAGATTACGAG
GTTGATTTGATAACTGCATTGACAAAGCTAAGTGGTTTAGGGCAGCAAATCAACTATGAG
GCATATACATATCCTGTCGAGCGGATCAATTTAAGCAAACTCAAGCTATGAGCATAAGCG
TGACAACAAGTTTTAAGTCATTGTACACTATGTATAACTTGAGCAAACTTGAACTCGTTA
ATATATCCAAGATTTTTCTTGAAATTCAAATGAAAAAAAAATAGCTAAAAAGGCTAGAT

QA 1 539 1 539
DS 



AS 2 10

CO CL378Contig1 1342 7 22 U
CTGTTAATGGTTTATCTATTAGTTCTTACATAAACCACAACTGTAAACACTTAAAGTACT
ATAATCTCAAATCGTTATTCAAGTGCAAGCATACATGAAGCATAGAACAACTACAAAACA
CACATATCAATGACTAATGACACAGTAAATTAAAACACCTATAACACAATGAATAAAATC
ATAATACATACATAAGCCTAAAAGATAATCAAACTGGAAAAAGAATCCAAAATTGCATAG
AAGTAGAACAACCAAGTATAGAAAGAAAAGTGAAACTAGGCGTCTTGGTGATGCTGTCTA
GTGGTGCTAGTGGTACCATTGACGCCATTAGAGTACTTGTTTGAAATTGGTGCAGCAACT
GTGTTTCCTCCACGGTTCTTACGGCGAAAAACGATAAACCAAGTAAGTGGCTCAAGAATC
ACAACGCAAGCACCAAGAAAAATGAGAATTCCAATATAAGCCCATCGCCATTTATCTTCT
GGATCCAAGATATCGAATCCTTTAAAGATGTTAATAATGGATAGGATAATTGTTGTGTAT
CCCACTGTGTGATGATACACATTCCAGTAGAATCGATACTTGTGGTCTGGTTTAGGCCTT
AGAAGAAGAGCAAAGACTTGAAGTGTAGCGAAAGTAAAAAGTGCGATCCCAAGATTACGA
TGGGTTGAGTATGATGTGCCTGGTGAATCGTTGCCAAGCTTGATTCCGGTGGCCCAACCG
GCAACACCAATGGCATAGCCGGAGACTTGGAACACGATGTGGAGGTAGAACCATGTTGGG
GCGGTGAAAACTTTCATGTACCGAGCCATCATTGCTCCCATTGGCAATAGCACTCCCCAG
CTTACCGCATTTAGTATCCCGTGTGTATTTCTCCTCCTCAGCCTGCTACCAGAACCTCCT
CCACTAGCCGATGATTGACCTGTCCTGAAATCGATCCTACCTATCGATCTCATATTATCT
CCTGTTCCTTGATGAACCTGAGGAATACCATTAGCGACCGGACCTTCTTGCCAAACCTGG
TTGGTCATGACCAAATTGGGTTAAGCCCCCAAGCAATCCATGAAGAAGAGGAAGTTCCCG
GGTGGCGATAAGCGATTGAAACGGTGCCGTTTTGTTCGTTGAAGTTCCAGTGCAGGAATG
AGCCAAGGGCCGGGAGAGGAGAACAAGAGGTGAAAGCGATGTTATTGGCGAAGCTGTGGG
TATCACAACCTGATTGGCCGTTCACATTTAAGACAAGGAGGATTGTCCAAACAGCAAACA
GAGATACCTTTGCAGTCTTTGTTCGGTCCATTTATTTCTCTCCACGTTCCTGAATTTTGT
GTTCTGTTTCGAAAGTTGGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 5 40 40 25 
40 40 5 40 40 25 40 40 40 5 5 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BK51JQ U 1
AF RR1FU34JQ U 58
AF RR1EE62JQ U 132
AF RR1A391JQ U 154
AF RR1GL65JQ U 132
AF RR1A391TF C 182
AF RR1EE62TF C 651
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ATAATCTCAAATCGTTATTCAAGTGCAAGCATACATGAAGCATAGAACAACTACAAAACA
CACATATCAATGACTAATGACACAGTAAATTAAAACACCTATAACACAATGAATAAAATC
ATAATACATACATAAGCCTAAAAGATAATCAAACTGGAAAAAGAATCCAAAATCGCATAG
AACTAGAAC***CAAGTATAGAAAGAAAAGTGAAACTAGGCGTCTTGGTGATGCTGTCTA
GTGGTGCTAGTGGTACCATTGACGCCATTAGAGTACTTGTTTGAAATCGGTGCAGCAACT
GTGTTTCCTCCACGGTTCTTACGGCGAAAAACGATAAACCAAGTAAGTGGCTCAAGAATC
ACAACGCAAGCACCAAGAAAAATGAAAATTCCAATATAAGCCCATCGCCATTTATCTTCT
GGATCCAAGATATCGAATCCTTTAAAGATGTTAATAATGGATAGGATAATTGTTGTGTAT
CCCACTGTGTGATGATACACATTCCAGTAGAATCGGTACTTGTGGTCTGGTTTAGGCCTT

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1FU34JQ 758 0 0
G
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CACACATATCAATGACTAATGACACAGTAAATTAAAACACCTATAACACAATGAATAAAA
TCATAATACATACATAAGCCTAAAAGATAATCAAACTGGAAAAAGAATCCAAAATTGCAT
AAAACTAGAAC***CAAGTATAGAAAGAAAAGTGAAACTAGGCGTCTTGGTGATGCTGTC
TAGTGGTGCTAGTGGTACCATTGACGCCATTAGAGTACTTGTTTGAAATCGGTGCAGCAA
CTGTGTTTCCTCCACGGTTCTTACGGCGAAAAACGATAAACCAAGTAAGTGGCCCAAGAA
TCACAACGCAAGCACCAAGAAAAATGAGAATTCCAATATAAGCCCATCGCCATTTACCTT
CTGGATCCAAGATATCGAATCCTTTAAAGATGTTAATAATGGATAGGATAATTGTTGTGT
ATCCCACTGTGTGATGATACACATTCCAGTAGAATCGATACTTGTGGTCTGGTTTAGGCC
TTAGAAGAAGAGCAAAGACTTGAAGTGTAGCGAAAGTGAAAAGTGCGATCCCAAGATTAC
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CGGCAACACCAATGGCATAGCCGGAGACTTGGAACACGATGTGGAGGTAGAACCATGTTG
GGGCGGTGAAAACTTTCATGTACCGAGCCATCATTGC

QA 2 758 2 758
DS 

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GGTACCATTGACGCCATTAGAGTACTTGTTTGAAATTGGTGCAGCAACTGTGTTTCCTCC
ACGGTTCTTACGGCGAAGAACGATAAACCAAGTAAGTGGCTCAAGAATCACAACGCAAGC
ACCAAGAAAAATGAGAATTCCAATATAAGCCCATCGCCATTTATCTTCTGGATCCAAGAT
ATCGAATCCTTTAAAGATGTTAATAATGGATAGGATAATTGTTGTGTATCCCACTGTGTG
ATGATACACATTCCAGTAGAATCGATACTTGTGGTCTGGTTTAGGCCTTAGAAGAAGAGC
AAAGACTTGAAGTGTAGCGAAAGTAAAAAGTGCGATCCCAAGATTACGATGGGTTGAGTA
TGATGTGCCTGGTGAATCGTTGCCAAGCTTGATTCCGGTGGCCCAACCGGCAACACCAAT
GGCATAGCCGGAGACTTGGAACACGATGTGGAGGTAGAACCATGTTGGGGCGGTGAAGAC
TTTCATGTACCGAGCCATCATTGCTCCCATTGGCAATAGCACTCC

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DS 

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CTGGAAAAAGAATCCAAAATTGCGTAGAAGTAAAACAACCAAGTATAGAAAGAAAAGTGA
AACTAGGCGTCTTGGTGATGCTGTCTAGTGGTGCTAGTGGTACCATTGACGCCATTAGAG
TACTTGTTTGAAATTGGTGCACCAACTGTGTTTCCTCCACGGTTCTTACGGCGAAAAACG
ATAAACCAAGTAAGTGGCTCAAGAATCACAACGCAAGCACCAAGAAAAATGAGAATTCCA
ATATAAGCCCATCGCCATTTATCTTCTGGATCCAAGATATCGAATCCTTTAAAGATGTTA
ATAATGGATAGGATAATTGTTGTGTATCCCACTGTGTGATGATACACATTCCAGTAAAAT
CGATACTTGTGGTCTGGTTTAGGCCTTAAAAGAAGAGCAAAGACTTGAAGTGTAGCGAAA
GTAAAAAGTGCGATCCCAAGATTACGATGGGTTGAGTATGATGTGCCTGGTGAATCGTTG
CCAAGCTTGATTCCGGTGGCCCAACCGGCAACACCAATGGCATAGCCGGAGACTTGGAAC
ACGATGTGGAGGTAGAACCATGTTGGGGCGGTGAAAACTTTCATGTACCGAGCCATCATT
GCTCCCATTGGCAATAGCACTCCCCAGCTTACCGCA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1GL65JQ 823 0 0
GACTAATGACACAGTAAATTAAAACACCTATAACACAATGAATAAAATCATAATACATAC
ATAAGCCTAAAAGATAATCAAACTGGAAAAAGAATCCAAAATTGCATAGAACTAGAAC**
*CAAGTATAGAAAGAAAAGTGAAACTAGGCGTCTTGGTGATGCTGTCTAGTGGTGCTAGT
GGTACCATTGACGCCATTAGAGTACTTGTTTGAAATCGGTGCAGCAACTGTGTTTCCTCC
ACGGTTCTTACGGCGAAAAACGATAAACCAAGTAAGTGGCTCAAGAATCACAACGCAAGC
ACCAAGAAAAATGAGAATTCCAATATAAGCCCATCGCCATTTATCTTCTGGATCCAAGAT
ATCGAATCCTTTAAAGATGTTAATAATGGATAGGATAATTGTTGTGTATCCCACTGTGTG
ATGATACACATTCCAGTAGAATCGATACTTGTGGTCTGGTTTAGGCCTTAGAAGAAGAGC
AAAGACTTGAAGTGTAGCGAAAGTGAAAAGTGCGATCCCAAGATTACGATGGGTTGAGTA
TGATGTGCCTGGTGAATCGTTGCCAAGCTTGATTCCGGTGGCCCAACCGGCAACACCAAT
GGCATAGCCGGAGACTTGGAACACGATGTGGAGGTAGAACCATGTTGGGGCGGTGAAAAC
TTTCATGTACCGAGCCATCATTGCTCCCATTGGCAGTAGCACTCCCCAGCTTACCGCATT
TAGTATCCCGTGTGTATTTCTCCTCCTCAGCCTGCTACCAGAACCTCCTCCACTAGCCGA
TGATTGACCTGTCCTGAAATCGATCCTACCTATCGATCTCATA

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR1A391TF 805 0 0
CATAATACATACATAG
CTAAAAGATAATCAAACTGGAAAAAGAATCCAAAATTGCGTAGAAGTAGAACAACCAAGT
ATAGAAAGAAAAGTGAAACTAGGCGTCTTGGTGATGCTGTCTAGTGGTGCTAGTGGTACC
ATTGACGCCATTAGAGTACTTGTTTGAAATTGGTGCAGCAACTGTGTTTCCTCCACGGTT
CTTACGGCGAAGAACGATAAACCAAGTAAGTGGCTCAAGAATCACAACGCAAGCACCAAG
AAAAATGAGAATTCCAATATAAGCCCATCGCCATTTATCTTCTGGATCCAAGATATCGAA
TCCTTTAAAGATGTTAATAATGGATAGGATAATTGTTGTGTATCCCACTGTGTGATGATA
CACATTCCAGTAGAATCGATACTTGTGGTCTGGTTTAGGCCTTAGAAGAAGAGCAAAGAC
TTGAAGTGTAGCGAAAGTAAAAAGTGCGATCCCAAGATTACGATGGGTTGAGTATGATGT
GCCTGGTGAATCGTTGCCAAGCTTGATTCCGGTGGCCCAACCGGCAACACCAATGGCATA
GCCGGAGACTTGGAACACGATGTGGAGGTAGAACCATGTTGGGGCGGTGAAAACTTTCAT
GTACCGAGCCATCATTGCTCCCATTGGCAATAGCACTCCCCAGCTTACCGCATTTAGTAT
CCCGTGTGTATTTCTCCTCCTCAGCCTGCTACCAGAACCTCCTCCACTAGCCGATGATTG
ACCTGTCCTGAAATCGATCCTACCTATCGATCTCATATTATCTCCTGTTCTTTGATGAAC
CTGAGGAA
C

QA 17 804 17 804
DS 

RD RR1EE62TF 692 0 0
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GGCCCAACCGGCAACACCAATGGCATAGCCGGAGACTTGGAACACGATGTGGAGGTAGAA
CCATGTTGGGGCGGTGAAGACTTTCATGTACCGAGCCATCATTGCTCCCATTGGCAATAG
CACTCCCCAGCTTACCGCATTTAGTATCCCGTGTGTATTTCTCCTCCTCAGCCTGCTACC
AGAACCTCCTCCACTAGCCGATGATTGACCTGTCCTGAAATCGATCCTACCTATCGATCT
CATATTATCTCCTGTTCCTTGATGAACCTGAGGAATACCATTAGCGACCGGACCTTCTTG
CCAAACCTGGTTGGTCATGACCAAATTGGGTTAAGCCCCCAAGCAATCCATGAAGAAGAG
GAAGTTCCCGGGTGGCGATAAGCGATTGAAACGGTGCCGTTTTGTTCGTTGAAGTTCCAG
TGCAGGAATGAGCCAAGGGCCGGGAGAGGAGAACAAGAGGTGAAAGCGATGTTATTGGCG
AAGCTGTGGGTATCACAACCTGATTGGCCGTTCACATTTAAGACAAGGAGGATTGTCCAA
ACAGCAAACAGAGATACCTTTGCAGTCTTTGTTCGGTCCATTTATTTCTCTCCACGTTCC
TGAATTTTGTGTTCTGTTTCGAAAGTTGGATC

QA 1 692 1 692
DS 



CO CL378Contig2 799 3 8 U
GATCCAACTTTCGAAACAGAACACAAAATTCAGGAACGTAGAGAGAAAAAAATGGACCGA
ACAAAGACTGCAAAGGTATCTCTGTTTGCTGTTTGGACAATCCTCCTTGTCTTAAATGTG
AACGGCCAATCAGGTTGTGATACCCACAGCTTCGCCAATAACATCGCTTTCACCTCTTGC
TCTCCCCTCCCGGCCCTTGGCTCATTCCTTCACTGGAACTTCAACGAACAAAACAGCACC
GTTTCAATCGCTTTTCGCCACCCAGGAACTTCCTCTTCTTCATGGATTGCTTGGGGGCTT
AACCCAAGTGGGCCTCAGATGTCCGGGACACAAGCTCTTGTCGCCTTCACCAATTCTAGT
GGACAGTTCCAAGCCTACACCTCTTCGGTCGATGGGTACGGCACCCAGCTAACACGTGGA
GACCTTAGTTTTGGGGTCAGCCTCGTTTCCACGACTCTCGTCAACGGAGAGGCTACCATC
TTTGCGACTCTTGAGTTACCGGCCAATTTGGTCATGACCAACCAGGTTTGGCAAGAAGGT
CCGGTCGCTAATGGTATTCCTCAGGTTCATCAAAGAACAGGAGATAATATGAGATCGATA
GGTAGGATCGATTTCAGGACAGGTCAATCATCGGCTAGTGGAGGAGGTTCTGGTAGCAGC
TGAGGAGGAGAAATACACACGGGATACTAAATGCGGTAAGCTGGGGAGTGCTACTGCCAA
TGGGAGCATGATGGCTCGGTACATGAAAGTTTTCACCGCCCCAACATGGTTCTACCTCCA
CATCGTGTTCAAGTCTCCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TCTCCCCTCCCGGCCCTTGGCTCATTCCTTCACTGGAACTTCAACGAACAAAACAGCACC
GTTTCAATCGCTTTTCGCCACCCAGGAACTTCCTCTTCTTCATGGATTGCTTGGGGGCTT
AACCCAAGTGGGCCTCAGATGTCCGGGACACAAGCTCTTGTCGCCTTCACCAATTCTAGT
GGACAGTTCCAAGCCTACACCTCTTCGGTCGATGGGTACGGCACCCAGCTAACACGTGGA
GACCTTAGTTTTGGGGTCAGCCTCGTTTCCACGACTCTCGTCAACGGAGAGGCTACCATC
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CCCCAACATGGTTCTACCTCCACATCGTGTTCAAGTCTCCG

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 9

CO CL379Contig1 1032 9 37 U
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CACTGTTCTGTTCTTGAAACATCCGTTCCAAGGGGCGACGACTTTCTTTGATGAGTGAAA
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GACCTGGAGCTCCGGCGATCTTCAATGTGGTTATTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCA
AATACGAACTTGACAAAAAGACAGGACTCATCAAGGTTGATCGTATTCTATATTCATCGG
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TAGATGTGCTAGTCATCATGCAGGAACCTGTTCTTCCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAG
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TTACG******CTGAGTACATTCTTCACACCCTGAGGAGATAAAACAAGAACATTCCTGC
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CCCCTACTACGATTTGATTTTTCACTTGTATTGTAATCTTTTATCCATTTAAAGTTTCGA
TTTAGTTCCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 35 50 50 
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45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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10 10 10 10 

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CGTGTATCCTCATAACTATGGTTTTATCCCCCGCACATTATGTGAAGACAATGACCCTTT
AGATGTGCTAGTCATCATGCAGGAACCTGTTCTTCCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAGC
TATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCGGTTTG
TGTTGATGATCCTGAGTATAAGCATTACACTGACATAAAAGAACTTCCACCGCATCGTCT
CTCAGAAATCCGGCGATTCTTT*GAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTG
TAAATGATTTTCTACCTAATGGTCCTGCC*GTT

QA 5 637 5 637
DS 

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AGGGACGCGCTTTACTGTTTTCTTTGCCTCATTAGTTGTCTTTCGCCATACTTTCCGCAA
CACTGTTCCGTTCTTGAAACATCCGTTCCAAGGGGCGACGACTTTCTTTGATGAGTGAAA
AAATGAAAGAGAATCAATCTGACAAGCTTCAGAGAACAGCTCCACGTTTGAACGAGAGGA
TACTCTCATCTTTATCAAGGAGATCGGTTGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCG
GACCTGGAGCTCCGGCGATCTTCAATGTGGTTATTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCA
AATACGAACTTGACAAAAAGGCAGGACTCATCAAGGTTGATCGTATTCTATATTCATCGG
TCGTGTATCCTCATAACTATGGTTTTGTCCCCCGCACATTATGTGAAGACAATGACCCTT
TAGATGTGCTAGTCATCATGCAGGAACCTGTTCTTCCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAG
CTATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCGGTTT
GTGTTGATGATCCTGAGTATAAGCATTACACTGACATAAAAGAACTTCCACCGCATCGTC
TCTCAGAAATCCGGCGATTCTTT*GAAGATTACAAGAAGAATTAGAACAAGGAAGTCGCT
GTAAATGATTTTCTACCTAATGGTCCTGCC*GTTGAAGCCATTCAATACTCAATGTAACG
TTTCTTATTATCTCCTTAGAATTTTCTTATTC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1A017TF 756 0 0
GG
ACTGTTCTGTTCTTGAAACATCCGTTCCAAGGGGCGACGACTTTCTTTGATGAGTGAAAA
AATGAAAGAGAATCAATCTGACAAGCTTCAGAGAACAGCTCCACGTTTGAACGAGAGGAT
ACTCTCATCTTTATCAAGGAGATCGGTTGCTGCTCATCCTTGGCATGATCTTGAAATCGG
ACCTGGAGCTCCGGCGATCTTCAATGTGGTTATTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAA
ATACGAACTTGACAAAAAGACAGGACTCATCAAGGTTGATCGTATTCTATATTCATCGGT
CGTGTATCCTCATAACTATGGTTTTATCCCCCGCACATTATGTGAAGACAATGACCCTTT
AGATGTGCTAGTCATCATGCAGGAACCTGTTCTTCCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAGC
TATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCGGTTTG
TGTTGATGATCCTGAGTATAAGCATTACACTGACATAAAAGAACTTCCACCGCATCGTCT
CTCAGAAATCCGGCGATTCTTTTGAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTG
TAAATGATTTTCTACCTAATGGTCCTGCCCGTTGAAGCCATTCAATACTCAATGGACCTT
TACG******CTGAGTACATTCTTCACACCCTGAGGAGATAAAACAAGAACATTCCTGCC
AAATTTTTGCTCTGCCAATCTCAGATTTT
TGTAG

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR1A415TF 764 0 0
GGGACAATTCT
GTTCTTGAAACATCCGTTCCAAGGGGCGACGACTTTCTTTGATGAGTGAAAAAATGAAAG
AGAATCAATCTGACAAGCTTCAGAGAACAGCTCCACGTTTGAACGAGAGGATACTCTCAT
CTTTATCAAGGAGATCGGTTGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTGGAG
CTCCGGCGATCTTCAATGTGGTTATTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATACGAAC
TTGACAAAAAGACAGGACTCATCAAGGTTGATCGTATTCTATATTCATCGGTCGTGTATC
CTCATAACTATGGTTT*ATCCCCCGCACATTATGTGAAGACAATGACCCTTTAGATGTGC
TAGTCATCATGCAGGAACCTGTTCTTCCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAGCTATTGGAT
TAATGCCTATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCGGTTTGTGTTGATG
ATCCTGAGTATAAGCATTACACTGACATAAAAGAACTTCCACCGCATCGTCTCTCAGAAA
TCCGGCGATTCTTT*GAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGAT
TTTCTACCTAATGGTCCTGCC*GTTGAAGCCATTCAATACTCAATGGACCTTTACG****
**CTGAGTACATTCTTCACACCCTGAGGAGATAAAACAAGAACATTCCTGCCAAATTTTT
GCTCTGCCAATCTCAGATTTTGTAGCAGAGGAA

QA 12 764 12 764
DS 

RD RR1A415JQ 860 0 0
GAGAATCAATCTGACAAGCTTCAGAGAACAGCTCCACGTTTGAACGAGAGGATACTCTCA
TCTTTATCAAGGAGATCGGTTGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTGGA
GCTCCGGCGATCTTCAATGTGGTTATTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATACGAA
CTTGACAAAAAGACAGGACTCATCAAGGTTGATCGTATTCTATATTCATCGGTCGTGTAT
CCTCATAACTATGGTTT*ATCCCCCGCACATTATGTGAAGACAATGACCCTTTAGATGTG
CTAGTCATCATGCAGGAACCTGTTCTTCCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAGCTATTGGA
TTAATGCCTATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCGGTTTGTGTTGAT
GATCCTGAGTATAAGCATTACACTGACATAAAAGAACTTCCACCGCATCGTCTCTCAGAA
ATCCGGCGATTCTTT*GAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGA
TTTTCTACCTAATGGTCCTGCC*GTTGAAGCCATTCAATACTCAATGGACCTTTACG***
***CTGAGTACATTCTTCACACCCTGAGGAGATAAAACAAGAACATTCCTGCCAAATTTT
TGCTCTGCCAATCTCAGATTTTGTAGCAGAGGAAAAAGAAAACAAAACAAGAATTTGTCT
GATATTTGGATTTTGAATAAGCACGTGTTCCTGACACTGTTCTAATACTTTGCTTCGTAG
CTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTCTCTTCTGGAGATCTGTTGTCTGAACATTAACCCCTACT
ACGATTTGATTTTTCACTTG

QA 1 860 1 860
DS 

RD RR1ED41JQ 738 0 0
GAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATACGAACTTGACAAAAAGACAGGACTCATCAAG
GTTGATCGTATTCTATATTCATCGGTCGTGTATCCTCATAACTATGGTTTTATCCCCCGC
ACATTATGTGAAGACAATGACCCTTTAGATGTGCTAGTCATCATGCAGGAACCTGTTCTT
CCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAGCTATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGGGAGAA
AAAGATGACAAGATCATTGCGGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTATAAGCATTACACTGAC
ATAAAAGAACTTCCACCGCATCGTCTTTCAGAAATCCGGCGATTCTTT*GAAGATTACAA
GAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGATTTTCTACCTAATGGTCCTGCC*GTTG
AAGCCATTCAATACTCAATGGACCTTTACG******CTGATTACATTCTTCACACCCTGA
GGAGATAAAACAAGAACATTCCTGCCAAATTTTTGTTCTGCCAATCTCAGATTTTGTAGC
AGAGGAAAAAGAAAACAAAACAAGAATTTGTCTGATATTTGGATTTTGAATAAGCACGTG
CTCCTGACACTGTTCTAATACTCTGCTTCGTAGCTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTCTCTTC
TGGAGATCTGCTGTCTGAACATTAACCCCTACTACGATTTGATTTTTCACTTGTATTGTA
ATCTTTTATCCATTTA
GC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1A017JQ 771 0 0
TCAATGTGGTTATTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATACGAACTTGACAAAAAGA
CAGGACTCATCAAGGTTGATCGTATTCTATATTCATCGGTCGTGTATCCTCATAACTATG
GTTTTATCCCCCGCACATTATGTGAAGACAATGACCCTTTAGATGTGCTAGTCATCATGC
AGGAACCTGTTCTTCCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAGCTATTGGATTAATGCCTATGA
TTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCGGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTATA
AGCATTACACTGACATAAAAGAACTTCCACCGCATCGTCTCTCAGAAATCCGGCGATTCT
TT*GAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGATTTTCTACCTAAT
GGTCCTGCC*GTTGAAGCCATTCAATACTCAATGGACCTTTACG******CTGAGTACAT
TCTTCACACCCTGAGGAGATAAAACAAGAACATTCCTGCCAAATTTTTGCTCTGCCAATC
TCAGATTTTGTAGCAGAGGAAAAAGAAAACAAAACAAGAATTTGTCTGATATTTGGATTT
TGAATAAGCACGTGTTCCTGACACTGTTCTAATACTCTGCTTCGTAGCTTGTTGTTGTTG
TTGTT***CTCTTCTGGAGATCTGTTGTCTGAACATTAACCCCTACTACGATTTGATTTT
TCACTTGTATTGTAATCTTTTATCCATTTAAAGTTTCGATTTAGTTCCAAC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1F112JQ 505 0 0
G
AGATCATTGCGGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTATAAGCATTACACTGACATAAAAGAAC
TTCCACCGCATCGTCTCTCAGAAATCCGGCGATTCTTT*GAAGATTACAAGAAGAATGAG
AACAAGGAAGTTGCTGTAAATGATTTTCTACCTAATGGTCCTGCC*GTTGAAGCCATTCA
ATACTCAATGGACCTTTACG******CTGAGTACATTCTTCACACCCTGAGGAGATAAAA
CAAGAACATTCCTGCCAAATTTTTGCTCTGCCAATCTCAGATTTTGTAGCAGAGGAAAAA
GAAAACAAAACAAGAATTTGTCTGATATTTGGATTTTGAATAAGCACGTGTTCCTGACAC
TGTTCTAATACTCTGCTTCGTAGCTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTCTCTTCTGGAGATCTG
TTGTCTGAACATTAACCCCTACTACGATTTGATTTTTCACTTGTATTGTAATCTTTTATC
CATTTAAAGTTTCGATTTAGTT
GC

QA 2 503 2 503
DS 

RD RR1F112TF 505 0 0
G
AGATCATTGCGGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTATAAGCATTACACTGACATAAAAGAAC
TTCCACCGCATCGTCTCTCAGAAATCCGGCGATTCTTT*GAAGATTACAAGAAGAATGAG
AACAAGGAAGTTGCTGTAAATGATTTTCTACCTAATGGTCCTGCC*GTTGAAGCCATTCA
ATACTCAATGGACCTTTACG******CTGAGTACATTCTTCACACCCTGAGGAGATAAAA
CAAGAACATTCCTGCCAAATTTTTGCTCTGCCAATCTCAGATTTTGTAGCAGAGGAAAAA
GAAAACAAAACAAGAATTTGTCTGATATTTGGATTTTGAATAAGCACGTGTTCCTGACAC
TGTTCTAATACTCTGCTTCGTAGCTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTCTCTTCTGGAGATCTG
TTGTCTGAACATTAACCCCTACTACGATTTGATTTTTCACTTGTATTGTAATCTTTTATC
CATTTAAAGTTTCGATTTAGTT
GC

QA 2 503 2 503
DS 



AS 2 10

CO CL380Contig1 536 8 8 U
GGACATCATCACACACAAAACAACCAATCAAAGCATCAAGATTAAGTTCTAAGCAAAAAG
AGAGAGAAAAAGAAAATGTCAGACAAGCAAAACCTAAGCTACCAAGCCGGGCAAGCCACT
GGCCAGACTAAGGAGAAGGCAAGTGGTCTTATGGACAAGGCCAAAGATGCTGCTGCTTCA
GCTCAAGACTCCATGCAACATGCTGGACAGCAGATGAAGCAGAAGGCACAAGGAGCTGCT
GATGTGGTCAAGGACAAAACTGGCCTGAACAAGAACCATTGACAACTTTCAATTTTAATT
TCTAATATATCCTCCTCTCTTTTGAGTTATTTAATAAAGTTGGAAGTGTTTTTTTT*GGG
TAATTTTGGAAGGGGTTTTAATTTATATATTTAATAAATTTTGTTAAAAAAATATTTAAT
AAATTTGGGAGGGTTTTTAATTCTCATTCCTGATGTTTCTGATGTTATTTCCCTGATTTT
TATGTAATTTTCTCCATATAAAATATCTGTTTTTTTTTAATTGTGAACATTATTAC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 0 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 15 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN16TF U 1
AF RR1CJ25JQ C 1
AF RR1C676JQ C 6
AF RR1C676TF U 6
AF RR1CJ25TF U 1
AF RR1G004JQ C 1
AF RR1BV96TF U 10
AF RR1F610TF U 265
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TCTAATATATCCTCCTCTCTTTTGAGTTATTTAATAAAGTTGGAAGTGTTTTTTT**GGG
TAATTTTGGAAGGGGTTTTAATTTATATATTTAATAGATTTTGTTAAAAAAATATTTAAT
AAATTTGGGAGGGTTTTTAATTCTC

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1CJ25JQ 517 0 0
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GGCCAGACTAAGGAGAAGGCAAGTGGTCTTATGGACAAGGCCAAAGATGCTGCTGCTTCA
GCTCAAGACTCCATGCAACATGCTGGACAGCAGATGAAGCAGAAGGCACAAGGAGCTGCT
GATGTGGTCAAGGACAAAACTGGCCTGAACAAGAACCATTGACAACTTTCGGTTTTAATT
TCTAATATATCCTCCTCTTTTTTGAGTTATTTAATAAATTTGGAAGTGTTTTTTTTTGGG
TAATTTTGGAAGGGGTTTTAATTTATATATTTAATAAATTTTGTTAAAAAAATATTTAAT
AAATTTGGGAGGGTTTTTAATTCTCATCCCTGATGTTTCTGATGTTATTTCCCTGATTTT
TATGTAATTTTCTCCATATAAAATATCTGTTTTTTTT

QA 1 517 1 517
DS 

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GG
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TCAAGGACAAAACTGGCCTGAACAAGAACCATTGACAACTTTCAGTTTTAATTTTTAATA
TATCCTCCTCTTTTTTGAGTTATTTAATAAATTTGGAAGTGTTTTTTTT*GGGTAATTTT
GGAAGGGGTTTTAATTTATATATTTAATAAATTTTGTTAAAAAAATATTTAATAAATTTG
GGAGGGTTTTTAATTCTCATTCCTGATGTTTCTGATGTTATTTCCCTGATTTTTATGTAA
TTTTCTCCATATAAAATATCTGTTTTTTT

QA 3 511 3 511
DS 

RD RR1C676TF 511 0 0
GG
ATCACACACAAAACAACCAATCAAAGCATCAAGATTAAGTTCTAAGCAAAAAGAGAGAGA
AAAAGAAAATGTCAGACAAGCAAAACCTAAGCTACCAAGCCGGGCAAGCCACTGGCCAGA
CTAAGGAGAAGGCAAGTGGTCTTATGGACAAGGCCAAAGATGCTGCTGCTTCAGCTCAAG
ACTCCATGCAACATGCTGGACAGCAGATGAAGCAGAAGGCACAAGGAGCTGCTGATGTGG
TCAAGGACAAAACTGGCCTGAACAAGAACCATTGACAACTTTCAGTTTTAATTTCTAATA
TATCCTCCTCTTTTTTGAGTTATTTAATAAATTTGGAAGTGTTTTTTTT*GGGTAATTTT
GGAAGGGGTTTTAATTTATATATTTAATAAATTTTGTTAAAAAAATATTTAATAAATTTG
GGAGGGTTTTTAATTCTCATTCCTGATGTTTCTGATGTTATTTCCCTGATTTTTATGTAA
TTTTCTCCATATAAAATATCTGTTTTTTT

QA 3 511 3 511
DS 

RD RR1CJ25TF 517 0 0
GGACATCATCACACACAAAACAACCAATCAAAGCATCAAGATTAAGTTCTAAGCAAAAAG
AGAGAGAAAAAGAAAATGTCGGACAAGCAAAACCTAAGCTACCAAGCCGGGCAAGCCACT
GGCCAGACTAAGGAGAAGGCAAGTGGTCTTATGGACAAGGCCAAAGATGCTGCTGCTTCA
GCTCAAGACTCCATGCAACATGCTGGACAGCAGATGAAGCAGAAGGCACAAGGAGCTGCT
GATGTGGTCAAGGACAAAACTGGCCTGAACAAGAACCATTGACAACTTTCGGTTTTAATT
TCTAATATATCCTCCTCTTTTTTGAGTTATTTAATAAATTTGGAAGTGTTTTTTTTTGGG
TAATTTTGGAAGGGGTTTTAATTTATATATTTAATAAATTTTGTTAAAAAAATATTTAAT
AAATTTGGGAGGGTTTTTAATTCTCATCCCTGATGTTTCTGATGTTATTTCCCTGATTTT
TATGTAATTTTCTCCATATAAAATATCTGTTTTTTTT

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR1G004JQ 536 0 0
GGACATCATCACACACAAAACAACCAATCAAAGCATCAAGATTAAGTTCTAAGCAAAAAG
AGAGAGAAAAAGAAAGTGTCAGACAAGCAAAACCTAAGCTACCGAGCCGGGCAAGCCACT
GGCCAGACTAAGGAGAAGGCAAGTGGTTTTATGGACAAGGCCAAAGATGCTGCTGCTTCA
GCTCAAGACTCCATGCAACATGCTGGACAGCAGATGAAGCAGAAGGCACAAGGAGCTGCT
GATGTGGTCAAGGACAAAACTGGCCTGAACAAGAACCGTTGACAACTTTCAATTTTAATT
TCTAATATATCCTCCTCTCTTTTGAGTTATTTAATAAAGTTGGAAGTGTTTTTTT**GGG
TAATTTTGGAAGGGGTTTTAATTTATATATTTAATAGATTTTGTTAAAAAAATATTTAAT
AAATTTGGGAGGGTTTTTAATTCTCATTCCTGCTGTTTCTGATGTTATTTCCCTGATTTT
TATGTAATTTTCTCCATATAAAATATCTGTTTTTTTTTAATTGTGAACATTATTAC

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1BV96TF 509 0 0
G
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AGGAGAAGGCAAGTGGTCTTATGGACAAGGCCAAAGATGCTGCTGCTTCAGCTCAAGACT
CCATGCAACATGCTGGACAGCAGATGAAGCAGAAGGCACAAGGAGCTGCTGATGTGGTCA
AGGACAAAACTGGCCTGAACAAGAACCATTGACAACTTTCAATTTTAATTTCTAATATAT
CCTCCTCTCTTTTGAGTTATTTAATAAAGTTGGAAGTGTTTTTTT**GGGTAATTTTGGA
AGGGGTTTTAATTTATATATTTAATAGATTTTGTTAAAAAAATATTTAATAAATTTGGGA
GGGTTTTTAATTCTCATTCCTGCTGTTTCTGATGTTATTTCCCTGATTTTTATGTAATTT
TCTCCATATAAAATATCTGTTTTTTTT
T

QA 2 508 2 508
DS 

RD RR1F610TF 252 0 0
G
TGAACAAGAACCATTGACAACTTTCAATTTTAATTTCTAATATATCCTCCTCTCTTTTGA
GTTATTTAATAAAGTTGGAAGTGTTTTTTT**GGGTAATTTTGGAAGGGGTTTTAATTTA
TATATTTAATAGATTTTGTTAAAAAAATATTTAATAAATTTGGGAGGGTTTTTAATTCTC
ATTCCTGCTGTTTCTGATGTTATTTCCCTGATTTTTATGCAATTTTCTCCATATAAAATA
TCTGTTTTTTT

QA 2 252 2 252
DS 



CO CL380Contig2 455 2 4 U
AACAGCAGGAATGAGAATTAAAAACCCCCCCAAATTTATTAAATATTTTTTTAACAAAAT
CTATTAAATATATAAATTAAAACCCCTTCCAAAATTACCCAAAAAAACACTTCCAACTTT
ATTAAATAACTCAAAAGAGAGGAGGATATATTAAAAATTAAAATTGAAAGTTGTCAATGG
TTCTTGTTCAGGCCAGTTTTGTCCTTGACCACATCAGCAGCTCCTTGTGCCTTCTGCTTC
ATCTGCTGTCCAGCATGTTGCATGGAGTCTTGAGCTGAAGCAGCAGCATCTTTGGCCTTG
TCCATAAAACCACTTGCCTTCTCCTTAGTCTGGCCAGTGGCTTGCCCGGCTTGGTAGCTT
AGGTTTTGCTTGTCTGACATTTTCTTTTTCTCTCTCTTTTTGCTTAAAACTTAATCTTGA
TGCTTTGATTGGTTGTTTTGTGTGTGATGATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F610JQ U 1
AF RR1EN16JQ U 13
BS 1 37 RR1F610JQ
BS 38 38 RR1EN16JQ
BS 39 190 RR1F610JQ
BS 191 455 RR1EN16JQ

RD RR1F610JQ 191 0 0
AACAGCAGGAATGAGAATTAAAAACCCCCCCAAATTTTTTAAATATTTTTTTAACAAAAT
CTATTAAATATATAAATTAAAACCCCTTCCAAAATTACCCAAAAAAACACTTCCAACTTT
ATTAAATAACTCAAAAGAGAGGAGGATATATTAAAAATTAAAATTGAAAGTTGTCAATGG
TTCTTGTTCA
C

QA 1 190 1 190
DS 

RD RR1EN16JQ 443 0 0
GAGAATTAAAAACCCTCCCAAATTTATTAAATATTTTTTTAACAAAATCTATTAAATATA
TAAATTAAAACCCCTTCCAAAATTACCCAAAAAAACACTTCCAACTTTATTAAATAACTC
AAAAGAGAGGAGGATATATTAAAAATTAAAATTGAAAGTTGTCAATGGTTCTTGTTCAGG
CCAGTTTTGTCCTTGACCACATCAGCAGCTCCTTGTGCCTTCTGCTTCATCTGCTGTCCA
GCATGTTGCATGGAGTCTTGAGCTGAAGCAGCAGCATCTTTGGCCTTGTCCATAAAACCA
CTTGCCTTCTCCTTAGTCTGGCCAGTGGCTTGCCCGGCTTGGTAGCTTAGGTTTTGCTTG
TCTGACATTTTCTTTTTCTCTCTCTTTTTGCTTAAAACTTAATCTTGATGCTTTGATTGG
TTGTTTTGTGTGTGATGATGTCC

QA 1 443 1 443
DS 



AS 2 10

CO CL381Contig1 460 4 5 U
GGGCTTTAGAACATTTGGTGGAGGAAGAAGGCGAAGATGGGAAAGCAGCCGGTGAAATTG
AAGGCGGTGGTTTACGCGTTATCGCCGTTTCAGCAGAAGATCATGACCGGTCTATGGAAG
GATCTACCTGAGAAGATCCACCACAAGGTCTCAGAGAATTGGATCAGCACTATTCTCCTC
CTCGCTCCGGTCATCGGAACCTACTCGTATGCTCAACACTACATAGAAAAGGAGAAGCTG
GAGCACAGGTTCTAGTCATGGAGATGTTCTGACCACACAAGAATACCATTTCTTTCTTTA
TTTTTCAGTTTCCAAAAACACTTTTGAATGCTTCCTTGCGTTTCTTGTTGAATAAATATG
TTTATTTGTAACAATGCCCTGAAGGTTTGATCTCCAGAATGCAATTGCCGAAGGGCAATT
TAGTTTGATGAATAAAGTTTCTGAAAGACATTGTCTAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 

AF RR1CO76JQ C 1
AF RR1CO76TF U 1
AF RR1AB05JQ C 8
AF RR1AB05TF U 8
BS 1 7 RR1CO76JQ
BS 8 171 RR1CO76TF
BS 172 172 RR1AB05TF
BS 173 456 RR1CO76TF
BS 457 460 RR1AB05TF

RD RR1CO76JQ 410 0 0
GGGCTTTAGAACATTTGGTGGAGGAAGAAGGCGAAGATGGGAAAGCAGCCGGTGAAATTG
AAGGCGGTGGTTTACGCGTTATCGCCGTTTCAGCAGAAGATCATGACCGGTCTATGGAAG
GATCTACCTGAGAAGATCCACCACAAGGTTTCAGAGAATTGGATCAGCACTGTTTTCCTC
CTCGCTCCGGTCATCGGAACCTACTCGTATGCTCAACACTACATAGAAAAGGAGAAGCTG
GAGCACAGGTTCTAGTCATGGAGATGTTCTGACCCCCCAAGAATACCATTTCTTTCTTTA
TTTTTCAGTTTCCAAAAACACTTTTGAATGCTTCCTTGCGTTTCTTGTTGAATAAATATG
TTTATTTGTAACAATGCCCTGAAGGTTTGATTTCCAGAATGCAATTGCCG

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR1CO76TF 456 0 0
GGGCTCT
AGAACATTTGGTGGAGGAAGAAGGCGAAGATGGGAAAGCAGCCGGTGAAATTGAAGGCGG
TGGTTTACGCGTTATCGCCGTTTCAGCAGAAGATCATGACCGGTCTATGGAAGGATCTAC
CTGAGAAGATCCACCACAAGGTCTCAGAGAATTGGATCAGCACTGTTCTCCTCCTCGCTC
CGGTCATCGGAACCTACTCGTATGCTCAACACTACATAGAAAAGGAGAAGCTGGAGCACA
GGTTCTAGTCATGGAGATGTTCTGACCACACAAGAATACCATTTCTTTCTTTATTTTTCA
GTTTCCAAAAACACTTTTGAATGCTTCCTTGCGTTTCTTGTTGAATAAATATGTTTATTT
GTAACAATGCCCTGAAGGTTTGATCTCCAGAATGCAATTGCCGAAGGGCAATTTAGTTTG
ATGAATAAAGTTTCTGAAAGACATTGTCT

QA 8 456 8 456
DS 

RD RR1AB05JQ 453 0 0
G
GAACATTTGGTGGAGGAAGAAGGCGAAGATGGGAAAGCAGCCGGTGAAATTGAAGGCGGT
GGTTTACGCGTTATCGCCGTTTCAGCAGAAGATCATGACCGGTCTATGGAAGGATCTACC
TGAGAAGATCCACCACAAGGTCTCAGAGAATTGGATCAGCACTATTCTCCTCCTCGCTCC
GGTCATCGGAACCTACTCGTATGCTCAACACTACATAGAAAAGGAGAAGCTGGAGCACAG
GTTCTAGTCATGGAGATGTTCTGACCACACAAGAATACCATTTCTTTCTTTATTTTTCAG
TTTCCAAAAACACTTTTGAATGCTTCCTTGCGTTTCTTGTTGAATAAATATGTTTATTTG
TAACAATGCCCTGAAGGTTTGATCTCCAGAATGCAATTGCCGAAGGGCAATTTAGTTTGA
TGAATAAAGTTTCTGAAAGACATTGTCTAAAT

QA 2 453 2 453
DS 

RD RR1AB05TF 453 0 0
G
GAACATTTGGTGGAGGAAGAAGGCGAAGATGGGAAAGCAGCCGGTGAAATTGAAGGCGGT
GGTTTACGCGTTATCGCCGTTTCAGCAGAAGATCATGACCGGTCTATGGAAGGATCTACC
TGAGAAGATCCACCACAAGGTCTCAGAGAATTGGATCAGCACTATTCTCCTCCTCGCTCC
GGTCATCGGAACCTACTCGTATGCTCAACACTACATAGAAAAGGAGAAGCTGGAGCACAG
GTTCTAGTCATGGAGATGTTCTGACCACACAAGAATACCATTTCTTTCTTTATTTTTCAG
TTTCCAAAAACACTTTTGAATGCTTCCTTGCGTTTCTTGTTGAATAAATATGTTTATTTG
TAACAATGCCCTGAAGGTTTGATCTCCAGAATGCAATTGCCGAAGGGCAATTTAGTTTGA
TGAATAAAGTTTCTGAAAGACATTGTCTAAAT

QA 2 453 2 453
DS 



CO CL381Contig2 462 6 5 U
AGGGATTTAGACAATGTCTTTCAGAAACTTTATTCATCAAACTAAATTGCTCTTCGGCAA
TTGCATTCTGGAGATCAAACCTTCAGGGCATTGTTACAAATAAACATATTTATTCAACAA
GAAACGCAAGGAAGCATTCAAAAGTGTTTTTTGGAAACTGAAAAATAAAGAAAGAAATGG
TATTCTTGTGTGGTCAGAACATCTCCATGATTAGAACCTGTGCTCCAGCTTCTCCTTTTC
TATGTAGTGTTGAGCATACGAGTAGGTTCCGATGACCGGAGCGAGTAGGAGAATAGTGCT
GATCCAATTCTCCGAGACCTTGTGGTGGATCTTCTCAGGTAGATCCTTCCATAGACCGGT
CATGATCTTCTGCTGAAACGGCGACAACGCGTAAACCACGGCCTTCAATTTCACAGGCTG
CTTTCCCATCTTCGCCGCCTTCCTCCACCAAATGTTCTCTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 

AF RR1DV08JQ U 1
AF RR1DV08TF C 1
AF RR1CA56TF C 22
AF RR1CA56JQ U 70
AF RR1EM71JQ U 152
AF RR1EM71TF C 152
BS 1 235 RR1DV08JQ
BS 236 236 RR1CA56JQ
BS 237 373 RR1DV08JQ
BS 374 374 RR1CA56JQ
BS 375 462 RR1DV08JQ

RD RR1DV08JQ 462 0 0
AGGGATTTAGACAATGTCTTTCAGAAACTTTATTCATCAAACTAAATTGCTCTTCGGCAA
TTGCATTCTGGAGATCAAACCTTCAGGGCATTGTTACAAATAAACATATTTATTCAACAA
GAAACGCAAGGAAGCATTCAAAAGTGTTTTTTGGAAACTGAAAAATAAAGAAAGAAATGG
TATTCTTGTGTGGTCAGAACATCTCCATGATTAGAACCTGTGCTCCAGCTTCTCCGTTTC
TATGTAGTGTTGAGCATACGAGTAGGTTCCGATGACCGGAGCGAGTAGGAGAATAGTGCT
GATCCAATTCTCCGAGACCTTGTGGTGGATCTTCTCAGGTAGATCCTTCCATAGACCGGT
CATGATCTTCTGCCGAAACGGCGACAACGCGTAAACCACGGCCTTCAATTTCACAGGCTG
CTTTCCCATCTTCGCCGCCTTCCTCCACCAAATGTTCTCTCC

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1DV08TF 462 0 0
AGGG
ATTTAGACAATGTCTTTCAGAAACTTTATTCATCAAACTAAATTGCTCTTCGGCAATTGC
ATTCTGGAGATCAAACCTTCAGGGCATTGTTACAAATAAACATATTTATTCAACAAGAAA
CGCAAGGAAGCATTCAAAAGTGTTTTTTGGAAACTGAAAAATAAAGAAAGAAATGGTATT
CTTGTGTGGTCAGAACATCTCCATGATTAGAACCTGTGCTCCAGCTTCTCCGTTTCTATG
TAGTGTTGAGCATACGAGTAGGTTCCGATGACCGGAGCGAGTAGGAGAATAGTGCTGATC
CAATTCTCCGAGACCTTGTGGTGGATCTTCTCAGGTAGATCCTTCCATAGACCGGTCATG
ATCTTCTGCCGAAACGGCGACAACGCGTAAACCACGGCCTTCAATTTCACAGGCTGCTTT
CCCATCTTCGCCGCCTTCCTCCACCAAATGTTCTCTCC

QA 5 462 5 462
DS 

RD RR1CA56TF 441 0 0
CAGAAACTTTATTCATCAAACTAAATTGCTCTTCGGCAATTGCATTCTGGAGATCAAACC
TTCAGGGCATTGTTACAAATAAACATATTTATTCAACAAGAAACGCAAGGAAGCATTCAA
AAGTGTTTTT*GGAAACCGAAAAATAAAGAAAGAAATGGTATTCTTGTGTGGTCAGAACA
TCTCCATGATTAGAACCTGTGCTCCAGCTTCTCCTTTTCTATGTAGTGTTGAGCATACGA
GTAGGTTCCGATGACCGGAGCGAGTAGGAGAATAGTGCTGATCCAATTCTCCGAGACCTT
GTGGTGGATCTTCTCAGGTAGATCCTTCCATAGACCGGTCATGATCTTCTGCTGAAACGG
CGACAACGCGTAAACCACGGCCTTCAATTTCACAGGCTGCTTTCCCATCTTCGCCGCCTT
CCTCCACCAAATGTTCTCTCC

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR1CA56JQ 393 0 0
GGAGATCAAACCTTCAGGGCATTGTTACAAATAAACATATTTATTCAACAAGAAACGCAA
GGAAGCATTCAAAAGTGTTTTT*GGAAACCGAAAAATAAAGAAAGAAATGGTATTCTTGT
GTGGTCAGAACATCTCCATGATTAGAACCTGTGCTCCAGCTTCTCCTTTTCTATGTAGTG
TTGAGCATACGAGTAGGTTCCGATGACCGGAGCGAGTAGGAGAATAGTGCTGATCCAATT
CTCCGAGACCTTGTGGTGGATCTTCTCAGGTAGATCCTTCCATAGACCGGTCATGATCTT
CTGCTGAAACGGCGACAACGCGTAAACCACGGCCTTCAATTTCACAGGCTGCTTTCCCAT
CTTCGCCGCCTTCCTCCACCAAATGTTCTCTCC

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR1EM71JQ 311 0 0
C
GGAAACTGAAAAATAAAGAAAGAAATGGTATTCTTGTGTGGTCAGAACATCTCCATGATT
AGAACCTGTGCTCCAGCTTCTCCTTTTCTATGTAGTGTTGAGCATACGAGTAGGTTCCGA
TGACCGGAGCGAGTAGGAGAATAGTGCTGATCCAATTCTCCGAGAACTTGTGGTGGATCT
TCTCAGGTAGATCCTTCCATAGACCGGTCATGATCTTCTGCTGAAACGGCGACAACGCGT
AAACCACGGCCTTCAATTTCACAGGCTGCTTTCCCATCTTCGCCGCCTTCCTCCACCAAA
TGTTCTCTCC

QA 2 311 2 311
DS 

RD RR1EM71TF 311 0 0
C
GGAAACTGAAAAATAAAGAAAGAAATGGTATTCTTGTGTGGTCAGAACATCTCCATGATT
AGAACCTGTGCTCCAGCTTCTCCTTTTCTATGTAGTGTTGAGCATACGAGTAGGTTCCGA
TGACCGGAGCGAGTAGGAGAATAGTGCTGATCCAATTCTCCGAGAACTTGTGGTGGATCT
TCTCAGGTAGATCCTTCCATAGACCGGTCATGATCTTCTGCTGAAACGGCGACAACGCGT
AAACCACGGCCTTCAATTTCACAGGCTGCTTTCCCATCTTCGCCGCCTTCCTCCACCAAA
TGTTCTCTCC

QA 2 311 2 311
DS 



AS 1 7

CO CL382Contig1 1284 7 12 U
GTAACACTTTTAGTTTTATAAAAGAGAAATTGTATACAACACAGTATTGAAGAGAGTCTT
CTTTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAACATGAAACAAAACAAAAGAAACCAAACT
CGTTTGAGGTCTGGTTTTGGATCATATCTTGGCGAAGTCAACGGTCTTCTTTCCATCATG
TGCTTTCTTGAAGAAGTACCTGACATAATCAGAGTACACAACGTCTTTATAAATCGGTTC
CTCACCCTTTGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCAC
AAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCT
CTTGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAAAGGATCC
GGGAACCGGTGGCACGTGGACCCAGTTCCCTGAGGATAGGGAACGAACGTGGAGGCCACC
GATTTGGTCTTGTAAGAGAATGGTGAGGGAAGAGACGTCTGAGTGGCGACCAACGCCAAC
GGTTAAGTCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGGATTGAGCCCAT
GAAGAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTCTTTCCTAAATACTC
TAGAAGCTTCCTCACCATTGTCTTTGACTTGTTCATGTACTCTAGAGCTTCATTCTTGCA
AACATCAGGCCAAAACTGTTCAGCTTCAGCTTCGGACACAAAGAAGAGACTGAGGTAATC
TTTCCACTCGAGAGCTTTCTCAGCCCGAGGACTGAAACTAGTACCAAACCTAACATTGGT
CGAAAGAGAGTTCTCCTTTGTGTACTTGCTCTTCTCCTCAACAGGAAGATTAAAGAACCT
GTGAGTGGCGGCCTTCACGTTTTCAAGAACATCCAAAGGAACTCCATGGTTGATCACTTG
AAAGAAACCCCATTTCTCAGCAGCGTCACAGATAGCTTCAGCTATTTTGTGCTCGTCGGG
GTTCGACATGTCGATGACTGGTATAGCCTCGTCTGTCTCGTTGACGAACTTGTTGATGAG
ACGCTCTTCGAATGGTTGAATGTATTGGTCTGGAAGAGCTTTGATTCCTGTCTCTGATAA
ACCCTTTACGCCATTGCCTTTGTTGACCACGAACTCGGTTACTTCAGCTGGGTCTGCGAA
CTGTGCCATGGAGAGTGTTGGAGCCATTTGTGTTGAAAACTTGGAATAAAGGTTTGGAGC
TTTGGATTTGGATTGTGTTGTGGC


BQ
10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA02JQ U 1
AF RR1GA02TF C 1
AF RR1DC63JQ U 85
AF RR1DC63TF C 70
AF RR1E853JQ U 1
AF RR1BR76JQ U 1
AF RR1E853TF C 513
BS 1 497 RR1BR76JQ
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AGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAAAGGATC*GG
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C

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TTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAACATGAAACAAAACAAAAGAAACCAAACTCG
TTTGAGGTCTGGTTTTGGATCATATCTTGGCGAAGTCAACGGTCTTCTTTCCATCATGTG
CTTTCTTGAAGAAGTACCTGACATAATCAGAGTACACAACGTCTTTATAAATCAGTTCCT
CACCCTTTGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCACAA
AGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCTCT
AGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAAAGGATC*GG
GAACCGGTGGCACGTGGACCCAGTTCCCTGAGGATAGGGAACGAACGTGGA

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DS 

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TATCTTGGCGAAATCAACGGTCTTCTTTCCATCATGTGCTTTCTTGAAGAAGTACCTGAC
ATAATCAGAGTACACAACGTCTTTATAAATCGGTTCCTCACCCTTTGCGACCACCTCAGG
GAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCACAAAGATAGGAACCGAAATTCTGTT
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CTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAAAGGATCCGGGAACCGGTGGCAAGTGGACCCA
GTTCCCTG

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DS 

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TGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCACAAAGATAGG
AACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCTCTTGTAACG
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TGGCAAGTGGACCCAGTTCCCTGAGGATAGGGAACGAACGTGGAGGCCACCGATTTGGTC
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AGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGGATTGAGCCCATGAAGAGTGA
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TTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAACATGAAACAAAACAAAAGAAACCAAACTCG
TTTGAGGTCTGGTTTTGGATCATATCTTGGCGAAGTCAACGGTCTTCTTTCCATCATGTG
CTTTCTTGAAGAAGTACCTGACATAATCAGAGTACACAACGTCTTTATAAATCGGTTCCT
CACCCTTTGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCACAA
AGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCTCT
TGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAAAGGATCCGG
GAACCGGTGGCACGTGGACCCAGTTCCCTGAGGATAGGGAACGAACGTGGAGGCCACCGA
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TTAAGTCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGGATTGAGCCCATGA
AGAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTCTTTCCTAAATACTCTA
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C

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DS 

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CTTTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAACATGAAACAAAACAAAAGAAACCAAACT
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CTCACCCTTTGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCAC
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CTTGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAAAGGATCC
GGGAACCGGTGGCACGTGGACCCAGTTCCCTGAGGATAGGGAACGAACGTGGAGGCCACC
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GGTTAAGTCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGGATTGAGCCCAT
GAAGAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTCTTTCCTAAATACTC
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TTTCCACTCGAGAGCTTTCTCAGCCCGAGGACTGAAACTAGTAC
AAA

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DS 

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AGTTGAGGTTGACTCGGATTGAGCCCATGAAGAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTT
TCACGTTGAGATTCTTTCCTAAATACTCTAGAAGCTTCCTCACCATTGTCTTTGACTTGT
TCATGTACTCTAGAGCTTCATTCTTGCAAACATCAGGCCAAAACTGTTCAGCTTCAGCTT
CGGACACAAAGAAGAGACTGAGGTAATCTTTCCACTCGGGAGCTTTCTCAGCCCGAGGAC
TGAAACTAGTACCAAACCTAACATTGGTCGAAAGAGAGTTCTCCTTTGTGTACTTGCTCT
TCTCCTCAACAGGAAGATTAAAGAACCTGTGAGTGGCGGCCTTCACGTTTTCAAGAACAT
CCAAAGGAACTCCATGGTTGATCACTTGAAAGAAACCCCATTTCTCAGCAGCGTCACAGA
TAGCTTCAGCTATTTTGTGCTCGTCGGGGTTCGACATGTCGATGACTGGTATAGCCTCGT
CTGTCTCGTTGACGAACTTGTTGATGAGACGCTCTTCGAATGGTTGAATGTATTGGTCTG
GAAGAGCTTTGATTCCTGTCTCTGATAAACCCTTTACGCCATTGCCTTTGTTGACCACGA
ACTCGGTTACTTCAGCTGGGTCTGCGAACTGTGCCATGGAGAGTGTTGGAGCCATTTGTG
TTGAAAACTTGGAATAAAGGTTTGGAGCTTTGGATTTGGATTGTGTTGTGGC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 10

CO CL383Contig1 427 10 3 U
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ACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTG
GAGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTG
AGATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGG
CTAATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTCTAAGCGATATTTTCAGATTTAT
ATTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTA
TGTTTTTTTTCATTATGTTTTCATTTCATGTATGATATATTGAAGAATTATCCATTCATT
AGTGTTT


BQ
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CO56JQ C 2
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BS 414 427 RR1CO56TF

RD RR1CO56JQ 240 0 0
GGGACCAATCGAAGAAACATTTAAAACAATGTCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACGA
CCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTGG
AGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTGA
GATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGGACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGGC

QA 1 240 1 240
DS 

RD RR1GB64JQ 374 0 0
GGGGACCAATCGAAGAAACATTTAAAACAATGTTTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACG
ACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATTTTTTCCACCGAACTTG
GAGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTG
AGATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGTACCAAGAGTTTTTTGATTTCGCTAAGG
CTAATCGGGGTTTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTTTAAGCGATATTTTCAGATTTAT
ATTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTA
TGTTTTTTTTCATT

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR1GB64TF 374 0 0
GGGGACCAATCGAAGAAACATTTAAAACAATGTCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACG
ACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTG
GAGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTG
AGATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGG
CTAATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTCTAAGCGATATTTTCAGATTTAT
ATTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTA
TGTTTTTTTTCATT

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR1GW49TF 374 0 0
GGGGACCAATCGAAGAAACATTTAAAACAATGTCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACG
ACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTG
GAGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTG
AGATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGG
CTAATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTCTAAGCGATATTTTCAGATTTAT
ATTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTA
TGTTTTTTTTCATT

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR1GW49JQ 374 0 0
GGGGACCAATCGAAGAAACATTTAAAACAATGTTTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACG
ACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATTTTTTCCACCGAACTTG
GAGATGCTTTCAAGAACCTTGGCTTTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTG
AGATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATTGTACCAAGAGTTTTTTGATTTCGCTAAGG
CTAATCGGGGTTTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTTTAAGCGATATTTTCAGATTTAT
ATTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTA
TGTTTTTTTTCATT

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR1AE80TF 416 0 0
GGGACCAATCGAAGAAACATTTAAAACAATGTCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACGA
CCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTGG
AGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTGA
GATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGGC
TAATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTCTAAGCGATATTTTCAGATTTATA
TTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTAT
GTTTTTTTTCATTATGTTTTCATTTCATGTATGATATATTGAAGAATTATCC
ATTC

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1AO72JQ 414 0 0
GGCC
GACCAATCGAAGAAACATTTAAAACAATGTCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACGACC
GTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTGGAG
ATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTGAGA
TTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGGCTA
ATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTTTAAGCGATATTTTCAGATTTATATT
GATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTATGT
TTTTTTTCATTATGTTTTCATTTCATGTATGATATATTGAAGAATTATCC

QA 5 414 5 414
DS 

RD RR1AO72TF 414 0 0
GGCC
GACCAATCGAAGAAACATTTAAAACAATGTCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACGACC
GTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTGGAG
ATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTGAGA
TTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGGCTA
ATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTCTAAGCGATATTTTCAGATTTATATT
GATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTATGT
TTTTTTTCATTATGTTTTCATTTCATGTATGATATATTGAAGAATTATCC

QA 5 414 5 414
DS 

RD RR1CO56TF 426 0 0
GGGACCAATCGAAGAAACATTTAAAACAATGTCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACGA
CCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTGG
AGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTGA
GATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGGACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGGC
TAATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAGATT**CTAAGCGATATTTTCAGATTTATA
TTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTAT
GTTTTTTTTCATTATGTTTTCATTTCATGTATGATATATTGAAGAATTATCCATTCATTA
GTGTTT

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR1BB23TF 248 0 0
GAGATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAG
GCTAATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTCTAAGCGATATTTTCAGATTTA
TATTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGT
ATGTTTTTTTTCATTATGTTTTCATTTCATGTATGATATATTGAAGAATTATCCATTCAT
TAGTGTTT

QA 1 248 1 248
DS 



AS 1 10

CO CL384Contig1 405 10 8 U
GGGAGGAACTGAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAA
CCAGCCATGGGCAAAGTTCACGGGTCATTGGCACGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACA
CCGAAGGTAGCGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTT
CAGCACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAAC
TCTTCCGAGAAGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTTCTATTT
TGTAACCTTCGGGATGTTTTCTCTGTTTGTTTTAAGTTATGTTTCTTTGGAACTTGTGTT
GTGTAACTCTATGCAATGAAATAGGACCATTTACTTTTCCATCTG


BQ
40 40 40 40 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP32TF U 4
AF RR1E494JQ C 1
AF RR1E494TF U 1
AF RR1CD14JQ C 1
AF RR1F902TF U 1
AF RR1CD14TF U 1
AF RR1G510TF U 1
AF RR1D388JQ C 3
AF RR1GP96TF U 9
AF RR1D388TF U 3
BS 1 4 RR1E494TF
BS 5 92 RR1GP32TF
BS 93 93 RR1E494TF
BS 94 284 RR1GP32TF
BS 285 348 RR1E494TF
BS 349 396 RR1F902TF
BS 397 399 RR1CD14TF
BS 400 405 RR1G510TF

RD RR1GP32TF 281 0 0
G
GGAACTGAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAACCAG
CCATGGGCAAAGTTCACGGGTCATTGGCGCGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACACCGA
AGGTAGCGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTTCAGC
ACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAACTCTT
CCGAGAAGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCT

QA 2 281 2 281
DS 

RD RR1E494JQ 350 0 0
GGGAGGAACTGAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAA
CCAGCCATGGGCAAAGTTCACGGGTCATTGGCACGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACA
CCGAAGGTAGCGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTT
CAGCACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAAC
TCTTCCGAGAAGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTTCTATTT
TGTAACCTTCGGGATGTTTTCTCTGTTTGTTTTAAGTTATGTTTCTTT
AG

QA 1 348 1 348
DS 

RD RR1E494TF 350 0 0
GGGAGGAACTGAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAA
CCAGCCATGGGCAAAGTTCACGGGTCATTGGCACGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACA
CCGAAGGTAGCGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTT
CAGCACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAAC
TCTTCCGAGAAGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTTCTATTT
TGTAACCTTCGGGATGTTTTCTCTGTTTGTTTTAAGTTATGTTTCTTT
AG

QA 1 348 1 348
DS 

RD RR1CD14JQ 399 0 0
GGGAGGAACTGAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAA
CCAGCCATGGGCAAAGTTCACGGGTCATTGGCACGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACA
CCGAAGGTAGCGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTT
CAGCACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAAC
TCTTCCGAGAAGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTGCTATTT
TGTAACCTTCGGGATGTTTTCTCTGTTTGTTTTAAGTTATGTTTCTTTGGAACTTGTGTT
GTGTAACTCTATGCAATGAAATAGGACCATTTACTTTTC

QA 1 399 1 399
DS 

RD RR1F902TF 396 0 0
GGGAGGAACTGAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAA
CCAGCCATGGGCAAAGTTCACGGGTCATTGGCACGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACA
CCGAAGGTAGCGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTT
CAGCACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAAC
TCTTCCGAGAAGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTGCTATTT
TGTAACCTTCGGGATGTTTTCTCTGTTTGTTTTAAGTTATGTTTCTTTGGAACTTGTGTT
GTGTAACTCTATGCAATGAAATAGGACCATTTACTT

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR1CD14TF 399 0 0
GGGAGGAACTGAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAA
CCAGCCATGGGCAAAGTTCACGGGTCATTGGCACGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACA
CCGAAGGTAGCGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTT
CAGCACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAAC
TCTTCCGAGAAGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTGCTATTT
TGTAACCTTCGGGATGTTTTCTCTGTTTGTTTTAAGTTATGTTTCTTTGGAACTTGTGTT
GTGTAACTCTATGCAATGAAATAGGACCATTTACTTTTC

QA 1 399 1 399
DS 

RD RR1G510TF 405 0 0
GGGAGGAACTGAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAA
CCAGCCATGGGCAAAGTTCACGGGTCATTGGCACGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACA
CCGAAGGTAGCGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTT
CAGCACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAAC
TCTTCCGAGAAGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTGCTATTT
TGTAACCTTCGGGATGTTTTCTCTGTTTGTTTTAAGTTATGTTTCTTTGGAACTTGTGTT
GTGTAACTCTATGCAATGAAATAGGACCATTTACTTTTCCATCTG

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR1D388JQ 398 0 0
GG
GGAACTGAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAACCAG
CCATGGGCAAAGTTCACGGGTCATTGGCACGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACACCGA
AGGTAGCGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTTCAGC
ACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAACTCTT
CCGAGAAGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTTCTATTTTGTA
ACCTTCGGGATGTTTTCTCTGTTTGTTTTAAGTTATGTTTCTTTGGAACTTGTGTTGTGT
AACTCTATGCAATGAAATAGGACCATTTACTTTTC
C

QA 3 397 3 397
DS 

RD RR1GP96TF 391 0 0
GG
GAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAACCAGCCATGG
GCAAAGTTCACGGGTCATTGGCACGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACACCGAAGGTAG
CGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTTCAGCACAATC
GCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAACTCTTCCGAGA
AGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTTCTATTTTGTAACCTTC
GGGATGTTTTCTCTGTTTGTTTTAAGTTATGTTTCTTTGGAACTTGTGTTGTGTAACTCT
ATGCAATGAAATAGGACCATTTACTTTTC

QA 3 391 3 391
DS 

RD RR1D388TF 398 0 0
GG
GGAACTGAGATTAAGCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAAACGCAGAAAAGCGAACCAG
CCATGGGCAAAGTTCACGGGTCATTGGCACGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACACCGA
AGGTAGCGAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCTAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTTCAGC
ACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAACTCTT
CCGAGAAGTAGAAGGATAGATTTGCTTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTTCTATTTTGTA
ACCTTCGGGATGTTTTCTCTGTTTGTTTTAAGTTATGTTTCTTTGGAACTTGTGTTGTGT
AACTCTATGCAATGAAATAGGACCATTTACTTTTC
C

QA 3 397 3 397
DS 



AS 1 10

CO CL385Contig1 1099 10 11 U
GGTACCTTATACCAACCACTCACTTGTCTGCGTTTTTTTGTGAGCCGTTACAGAGATGGA
ATCAATCGGAGTCCTGATGATGTGCCCCATGAACGCCTACCTCGAGAACGAGCTTCAGAA
GCGCTACAACCTCCACCGCTTCTGGACTTGTCCGGAGAAACCCACGTTTCTCGAAACTCA
TCGTAACTCCATCCGAGCCATCGTTGGAAACGCTTCTGCGGGAGCCGACGCGCAGCTCAT
CGACGATCTCCCCAAGCTCGAGATTATCTCCAGCTTCAGCGTCGGCCTCGACAAGATCGA
TTTGGGGAAATGCAAGGAAAAAGGGATCCGAGTCACCAACACTCCCGACGTCTTGACGGA
AGACGTGGCGGATCTGGCGATTGGGCTTATCCTGGCTCTACTCCGACGCCTGTGTCAGTG
CGATCGCTATGTGAAGAGCGGCAAGTGGAAGTACGGTGATTTCAAACTCACTACTAAGTT
TAGTGGAAAGTCTGTGGGCATCATCGGTCTCGGTAGAATTGGGACAGCCATCGCAAAGAG
GGCACAAGGCTTCAGCTGCCCGATTAATTACTACTCGAGAACAGAGAAGCCTGACGTAGG
CTACAAGTATTACCCAACCGTGGTTGAGCTTGCTCAGAACTCTGACATCCTCGTGGTGGC
GTGTCCATTGACTGACGAGACCAGACACATTGTGAACCGGCAGGTGATGGATGCGTTGGG
TCCAAAGGGCGTGGTGATAAACATAGGGCGTGGGCCACATGTTGATGAGAAAGAGCTAGT
GAAAGCTCTGACGGAAGGGCGCCTAGGTGGAGCCGGGCTGGATGTGTTCGAGGAGGAGCC
GCATGTGCCTGAGGAGCTCTTTGGACTTGAAAATGTGGTTCTGCTTCCTCACGTTGGGAG
TGGCACTGTGGAGACACGGAATGCAATGGCGGATCTTGTGGTTGGTAACTTGGAAGCGCA
TTTTGCTGGGAAACCACTTCTGACCCAGGTGGTCTGAGTGATTTCTTGTCCTTTTTTTAC
CTTTGTTATGATGTTGATAAACTAATACTGGAAAGGTTCATTTCTCTTCCAAATAAAAAA
TGGCACTGTTGTGATCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 15 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 50 50 50 
50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1F689TF U 1
AF RR1EO01TF U 33
AF RR1BN41TF U 33
AF RR1CY86TF U 40
AF RR1BG30TF U 373
AF RR1BN41JQ C 241
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AF RR1F689JQ C 360
AF RR1CY86JQ C 310
AF RR1EO01JQ C 414
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BS 95 95 RR1BN41TF
BS 96 240 RR1F689TF
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BS 242 595 RR1F689TF
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BS 704 704 RR1EO01TF
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BS 779 1068 RR1BG30TF
BS 1069 1099 RR1BN41JQ

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GCGCTACAACCTCCACCGCTTCTGGACTTGTCCGGAGAAACCCACGTTTCTCGAAACTCA
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DS 

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TCCGACGCCTGTGTCAGTGCGATCGCTATGTGAAGAGCGGCAAGTGGAAGTACGGTGATT
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CTGACATCCTCGTGGTGGCGTGTCCATTGACTGACGAGACCAGACACATTGTGAACCGGC
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CCACGTTTCTCGAAACTCATCGTAACTCCATCCGAGCCATCGTTGGAAACGCTTCTGCGG
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CTGACATCCTCGTGGTGGCGTGTCCATTGACTGACGAGACCAGACACATTGTGAACCGGC
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DS 

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GG
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CCACGTTTCTCGAAACTCATCGTAACTCCATCCGAGCCATCGTTGGAAACGCTTCTGCGG
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TCGGCCTCGACAAGATCGATTTGGGGAAATGCAAGGAAAAAGGGATCCGAGTCACCAACA
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TCCGACGCCTGTGTCAGTGCGATCGCTATGTGAAGAGCGGCAAGTGGAAGTACGGTGATT
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CTGACATCCTCGTGGTGGCGTGTCCATTGACTGACGAGACCAGACACATTGTGAACCGGC
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TTGATGAGAAAGAGCTA

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DS 

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G
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GAGCTCTTTGGACTTGAAAATGTGGTTCTGCTTCCTCACGTTGGGAGTGGCACTGTGGAG
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DS 

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CGATCGCTATGTGAAGAGCGGCAAGTGGAAGTACGGTGATTTCAAACTCACTACTAAGTT
TAGTGGAAAGTCTGTGGGCATCATCGGTCTCGGTAGAATTGGGACAGCCATCGCAAAGAG
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GCATGTGCCTGAGGAGCTCTTTGGACTTGAAAATGTGGTTCTGCTTCCTCACGTTGGGAG
TGGCACTGTGGAGACACGGAATGCAATGGCGGATCTTGTGGTTGGTAACTTGGAAGCGCA
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CTTTGTTATGATGTTGATAAACTAATACTGGAAAGGTTCATTTCTCTTCCAAATAAAAAA
TGGCACTGTTGTGATCTAC

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DS 

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GGGTCCAAAGGGCGTGGTGATAAACATAGGGCGTGGGCCACATGTTGATGAGAAAGAGCT
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GCCGCATGTGCCTGAGGAGCTCTTTGGACTTGAAAATGTGGTTCTGCTTCCTCACGTTGG
GAGTGGCACTGTGGAGACACGGAATGCAATGGCGGATCTTGTGGTTGGTAACTTGGAAGC
GCATTTTGCTGGGAAACCACTTCTGACCCAGGTGGTCTGAGTGATTTCTTGTCCTTTTTT
TACCTTTGTTATGATGTTGATAAACTAATACTGGAAAGGTTCATTTTTCTTCCAAATAAA
AAATGGCACTGTTGTGATC
C

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TTAGTGGAAAGTCTGTGGGCATCATCGGTCTCGGTAGAATTGGGACAGCCATCGCAAAGA
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CGCATGTGCCTGAGGAGCTCTTTGGACTTGAAAATGTGGTTTTGCTTCCTCACGTTGGGA
GTGGCACTGTGGAGACACGGAATGCAATGGCGGATCTTGTGGTTGGTAACTTGGAAGCGC
ATTTTGCTGGGAAACCACTTCTGACCCAGGTGGTCTGAGTGATTTCTTGTCCTTTTTTTA
CCTTTGTTATGATGTTGATAAACTAATACTGGAAAGGTTCATTTTTCTTCCAAATAAAAA
ATGGCACTGTTGTGATC
T

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DS 

RD RR1CY86JQ 787 0 0
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GGATCTGGCGATTGGGCTTATCCTGGCTCTACTCCGACGCCTGTGTCAGTGCGATCGCTA
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GACTGACGAGACCAGACACATTGTGAACCGGCAGGTGATGGATGCGTTGGGTCCAAAGGG
CGTGGTGATAAACATAGGGCGTGGGCCACATGTTGATGAGAAAGAGCTAGTGAAAGCTCT
GACGGAAGGGCGCCTAGGTGGAGCCGGGCTGGATGTGTTCGAGGAGGAGCCGCATGTGCC
TGAGGAGCTCTTTGGACTTGAAAATGTGGTTCTGCTTCCTCACGTTGGGAGTGGCACTGT
GGAGGCACGGAATGCAATGGCGGATCTTGTGGTTGGTAACTTGGAAGCGCATTTTGCTGG
GAAACCACTTCTGACCCAGGTGGTCTGAGTGATTTCTTGTCCTTTTTTTACCTTTGTTAT
GATGTTGATAAACTAATACTGGAAAGGTTCATTTCTCTTCCAAATAAAAAATGGCACTGT
TGTGATC

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DS 

RD RR1EO01JQ 683 0 0
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CTAAGTTTAGTGGAAAGTCTGTGGGCATCATCGGTCTCGGTAGAATTGGGACAGCCATCG
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CGTTGGGTCCAAAGGGCGTGGTGATAATCATAGGACGTGGGCCACATGTTGATGAGAAAG
AGCTAGTGAAAGCTCTGACGGAAGGGCGCCTAGGTGTAGCCGGGCTGGATGTGTTCGAGG
AGGAGCCGCATGTGCCTGAGGAGCTCTTTGGACTTGAAAATGTGGTTCTGCTTCCTCACG
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AAGCGCATTTTGCTGGGAAACCACTTCTGACCCAGGTGGTCTGAGTGATTTCTTGTCCTT
TTTT*ACCTTTGTTATGATGTTGATAAACTAATACTGGAAAGGTTCATTTCTCTTCCAAA
TAAAAAATGGCACTGTTGTGATC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 6

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AATGATCAGAAATTCAGAATAACCAAAACTCAAATATCCTTAAAATCATGGATTAACCAA
ATCAAAACACTAACAAAGAGTGCTGAGTCTGTACATAAACATTACATTACTAATACTTCA
TTCAGATTCGACATTTCTACTTCTTCTCCTTCCTCGCCAATCTTACATAGCTTATAAAAG
AGACGGAAAAGATATGAAGAAACAGTACCAGAATCTCTTATGCTTCAAATGTCTAAATTC
TCCAACTGAATGTTGCTCTTAAGAGGCACATAATCACCAAGATAGCCACCAAGATGATCA
TACAAAGCCGTCTTATCAATCGCCTGATGATGATAACTCTTGCAAACATAATAAAACACA
CTCTGAACCAGCAAACCCACAAGATTCACAACCACGAGAAAACCAACAAGCAAACCACCA
ACAAGAGTCCTAGTCAAAGTCCCATACTTCCCTCCACCATGAACCACCATCGATCCAAAA
GTAACTCCGATCAACCCACAGAGCAAAAGGTAAACAAAGACCAACCCCATAGCCATCTTA
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TACAGAACAGCGATCAACAGTCCGGCAATAACCGCTAAGCCTACGCTGTTCATGTCCAGA
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GCAACCCAGAGGAAAGTGATCAAGAGTCGTTTAAAGACTTTGGGGATGGCGGAGATGGTG
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BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY49JQ U 239
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AF RR1AV34TF C 551
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CAC

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DS 

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ATCAAAACACTAACAAAGAGTGCTGAGTCTGTACATAAACATTACATTACTAATACTTCA
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TCCAACTGAATGTTGCTCTTAAGAGGCACATAATCACCAAGATAGCCACCAAGATGATCA
TACAAAGCCGTCTTATCAATCGCCTGATGATGATAACTCTTGCAAACATAATAAAACACA
CTCTGAACCAACAAACCCACAGGATTCACAACCACGAGAAAACCAACAAGCAAACCACCA
ACAAGAGTCCTAGTCAAAGTCCCATACTTCCCTCCACCATGAACCGCCATCGATCCAAAA
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ACCTTCCCTTTGAGAAGCTCATAAGCTTTTCTCATGGCAGCGAGTCCATAAACAGGCTCA
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TTATGCTTCAAATGTCTAAATTCTCCAACTGAACGTTGCTCTTAAGAGGCACATAATCAC
CAAGATAGCCACCAAGATGATCACACAAAGCCGTCTTATCAATCGCCTGATGATGATAAC
TCTTGCAAACATAATAAAACACACTCTGAACCAGCAAACCCACAAGATTCACAACCAAGA
GAAAACCAACAAGCAAACCACCAACAAGAGTCCTAGTCAAAGTCCCATACTTCCCTCCAC
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AGATTCGACATTTCTACTTCTTCTCCTTCCTCGCCAATCTTACATAGCCTATAAAAGAGA
CGGAAAAGATATGAAGAAACAGTACCAGAATCTCTTATGCTTCAAATGTCTAAATTCTCC
AACTGAATGTTGCTCTTAAGAGGCACATAATCACCAAGATAGCCACCAAGATGATCATAC
AAAGCCGTCTTATCAATCGCCTGATGATGATAACTCTTGCAAACATAATAAAACACACTC
TGAACCAGCAAACCCACAAGATTCACAACCACGAGAAAACCAACAAGCAAACCACCAACA
AGAGTCCTAGTCAAAGTCCCATACTTCCCTCCACCATGAACCACCATCGATCCAAAAGTA
ACTCCGATCAACCCACAGAGCAAAAGGTAAACAAAGACCAACCCCATAGCCATCTTAACC
TTCCCTTTGAGAAGCTCATAAGCTTTTCTCATGGCAGCGAGTCCATAAACAGGCTCAAGA
ACAGAGATCACGCTACCTAGATGCCATAATGCAGTGAAATAGACATGGACACCGAAGTAC
AGAACAGCGATCAACAGTCCGGCAATAACCGCTAAGCCTACGCTGTTCATGTCCAGAGCT
ACG

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DS 

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CC

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DS 

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G
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GCGAACATCAAGAGAGCAACCCAGAGGAAAGTGATCAAGAGTCGTTTAAAGACTTTGGGG
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GAGATGGATTCTTGGAGGAGTTGAGGAATCGTCAAGAACTGGAGCTCTTCTGGCTGGAGA
TCCATGGCGGGTTGGTGGAGATCTGGTGAGAGCTAGAGAGAGAGAGAGAAAACAGAGGAG
AGATGATTATACACCGACGGGTCAATCC

QA 2 569 2 569
DS 



AS 1 9

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CACCATACTCTTACTCTACGTTACACCAATATAATATCAAAACAGATAAAAATCAAAAAC
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GCCCTTTGTAAGTTTTTGGTTATAAAACCATTAACCAAGCGCAACGGCCGCTACTTGCAA
CTGCCTTTTGCTCAAGCTGAGGTTGTTTTGGTGGTGGTTTCAGTAGCGGAGGAGCCTTCC
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TTGTGAGGGTCATCCTCTGTGTTTGGTCTGAACTCTATCTTTGCGTTTGGGTCTATCGTC
TCTTGAACCACCTTAGCAAGCTCGAGCATGGTGAATTCACCAGGGTTACCCAGGTTAAAT
GGCCCGACGTGTTCTCCTTCCATCAATCTCATCAAACCTTCAACCAGATCAGAGACAAAC
TGGAAACTTCGTGTCTGCTTCCCATCACCATAAACAGTCAATGGCTCTTTCCTTAGTGCC
TGCGCAACAAAGTTGCTGACAACACGACCATCATCAATACACATTCTTGGACCGTAGGTG
TTAAATATCCTAGCAATCCTGACCTCAACATTGGCTCCACGGTGATAGTCCATGGCAAGC
GTCTCTGCCGTACGCTTTCCTTCGTCGTAGCAACTACGAACACCAATAGGATTAACGTTG
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AGCTCGAAATTAGGGTTACCGAAATAATGCATCACGTTCTCTTTACTCCCCGTGAAGAAA
TTGTCGACGACGATCACCGTGTCCCCTCTCTCAATCAGCCGATCCACCAGATGCGATCCC
ACGAACCCCGCCCCC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FX66JQ U 4
AF RR1G421JQ U 4
AF RR1EI46JQ U 1
AF RR1EE45JQ U 48
AF RR1A753JQ U 3
AF RR1A753TF C 199
AF RR1EI46TF C 385
AF RR1FX66TF C 619
AF RR1G421TF C 656
BS 1 18 RR1EI46JQ
BS 19 19 RR1FX66JQ
BS 20 476 RR1EI46JQ
BS 477 477 RR1A753JQ
BS 478 717 RR1EI46JQ
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BS 719 743 RR1EI46JQ
BS 744 781 RR1A753JQ
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BS 1000 1041 RR1EI46TF
BS 1042 1215 RR1FX66TF

RD RR1FX66JQ 302 0 0
G
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ATACTCTTACTCTACGTTACACCAATATAATATCAAAACAGATAAAAATCAAAAACAAAA
TAATTTTGAAGAAACGAAGCTCTCTTCTCTCCACATTGTAGCTGCAAGCAAGCATTGCCC
TTTGTAAGTTTTTGGTTATAAAACCATTAACCAAGCGCAACGGCCGCTACTTGCAACTGC
CTTTTGCTCAAGCTGAGGTTGTTTTGGTGGTGGTTTCAGTAGCGGAGGAGCCTTCCTTCC
T

QA 2 302 2 302
DS 

RD RR1G421JQ 585 0 0
G
GCAAAAGACAAGTACTTCTTAAACTGTAGTGAGGTCCATGAATATAGTAAAAAGGCCACC
ATACTCTTACTCTACGTTACACCAATATAATATCAAAACAGATAAAAATCAAAAACAAAA
TAATTTTGAAGAAACGAAGCTCTCTTCTCTCCACATTGTAGCTGCAAGCAAGCATTGCCC
TTTGTAAGTTTTTGGTTATAAAACCATTAACCAAGCGCAACGGCCGCTACTTGCAACTGC
CTTTTGCTCAAGCTGAGGTTGTTTTGGTGGTGGTTTCAGTAGCGGAGGAGCCTTCCTTCC
TGTCACCAAAGACACGTTGACGGAAGTCTTTGACCATGAGAGGGAGTCCCTGACGAAAAA
ACACCTTTGGTTCCCATCCTAAAAGCTCTTTGGCCTTTGTGATGTCAGGCTTTCTCTTGT
GAGGGTCATCCTCTGTGTTTGGTCTGAACTCT*TCTTTGCGTTTGGGTCTATCGTCTCTT
GAACCACCTTAGCAAGCTCGAGCATGGTGAATTCACCAGGGTTACC*AGGTTAAATGGCC
CGACGTGTTCTCCTTCCATCAATCTCATCAAACCTTCAACCAGA

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR1EI46JQ 743 0 0
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CACCATACTCTTACTCTACGTTACACCAATATAATATCAAAACAGATAAAAATCAAAAAC
AAAATAATTTTGAAGAAACGAAGCTCTCTTCTCTCCACATTGTAGCTGCAAGCAAGCATT
GCCCTTTGTAAGTTTTTGGTTATAAAACCATTAACCAAGCGCAACGGCCGCTACTTGCAA
CTGCCTTTTGCTCAAGCTGAGGTTGTTTTGGTGGTGGTTTCAGTAGCGGAGGAGCCTTCC
TTCCTGTCACCAAAGACACGTTGACGGAAGTCTTTGACCATGAGAGGGAGTCCCTGACGA
AGAGACACCTTTGGTTCCCATCCTAAAAGCTCTTTGGCCTTTGTGATGTCAGGCTTTCTC
TTGTGAGGGTCATCCTCTGTGTTTGGTCTGAACTCTATCTTTGCGTTTGGGTCTATAGTC
TCTTGAACCACCTTAGCAAGCTCGAGCATGGTGAATTCACCAGGGTTACCCAGGTTAAAT
GGCCCGACGTGTTCTCCTTCCATCAATCTCATCAAACCTTCAACCAGATCAGAGACAAAC
TGGAAACTTCGTGTCTGCTTCCCATCACCATAAACAGTCAATGGCTCTTTCCTTAGTGCC
TGCGCAACAAAGTTGCTGACAACACGACCATCATCAATACACATTCTTGGACCGTAG*TG
TTAAATATCCTAGCAATCCTGAC

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DS 

RD RR1EE45JQ 797 0 0
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AAAAATCAAAAACAAAATAATTTTGAAGAAACGAAGCTCTCTTCTCTCCACATTGTAGCT
GCAAGCAAGCATTGCCCTTTGTAAGTTTTTGGTTATAAAACCATTAACCAAGCGCAACGG
CCGCTACTTGCAACTGCCTTTTGCTCAAGCTGAGGTTGTTTTGGTGGTGGTTTCAGTAGC
GGAGGAGCCTTCCTTCCTGTCACCAAAGACACGTTGACGGAAGTCTTTGACCATGAGAGG
GAGTCCCTGACGAAGAGACACCTTTGGTTCCCATCCTAAAAGCTCTTTGGCCTTTGTGAT
GTCAGGCTTTCTCTTGTGAGGGTCATCCTCTGTGTTTGGTCTGAACTCTATCTTTGCGTT
TGGGTCTATCGTCTCTTGAACCACCTTAGCAAGCTCGAGCATAGTGAATTCACCAGGGTT
ACCCAGGTTAAATGGCCCGACGTGTTCTCCTTCCATCAATCTCATCAAACCTTCAACCAG
ATCAGAGACAAACTGGAAGCTTCGTGTCTGCTTCCCATCACCATAAACAGTCAATGGCTC
TTTCCTTAGTGCCTGCGCAACAAAGTTGCTGACAACACGACCATCATCAATACACATTCT
TGGACCGTAGGTGTTAAATATCCTAGCAATCCTGACCTCAACATTGGCTCCACGGTGATA
GTCCATGGCAAGCGTCTCTGCCGTACGCTTTCCTTCGTCGTAGCAACTACGAACACCAAT
AGGAT*AACGTTGCCCC

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1A753JQ 932 0 0
CT
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ATACTCTTACTCTACGTTACACCAATATAATATCAAAACAGATAAAAATCAAAAACAAAA
TAATTTTGAAGAAACGAAGCTCTCTTCTCTCCACATTGTAGCTGCAAGCAAGCATTGCCC
TTTGTAAGTTTTTGGTTATAAAACCATTAACCAAGCGCAACGGCCGCTACTTGCAACTGC
CTTTTGCTCAAGCTGAGGTTGTTTTGGTGGTGGTTTCAGTAGCGGAGGAGCCTTCCTTCC
TGTCACCAAAGACACGTTGACGGAAGTCTTTGACCATGAGAGGGAGTCCCTGACGAAGAG
ACACCTTTGGTTCCCATCCTAAAAGCTCTTTGGCCTTTGTGATGTCAGGCTTTCTCTTGT
GAGGGTCATCCTCTGTGTTTGGTCTGAACTCTACCTTTGCGTTTGGGTCTATCGTCTCTT
GAACCACCTTAGCAAGCTCGAGCATGGTGAATTCACCAGGGTTACCCAGGTTAAATGGCC
CGACGTGTTCTCCTTCCATCAATCTCATCAAACCTTCAACCAGATCAGAGACAAACTGGA
AACTTCGTGTCTGCTTCCCATCACCATAAACAGTCAATGGCTCTTTCCTTAGTGCCTGCG
CAACAAAGTTGCTGACAACACGACCATCATCAACACACATTCTTGGACCGTAGGTGTTAA
ATATCCTAGCAATCCTGACCTCAACATTGGCTCCACGGTGATAGTCCATGGCAAGCGCCT
CTGCCGTACGCTTTCCTTCGTCGTAGCAACTACGAACACCAATAGGATTAACGTTGCCCC
AGTAAGTCTCAACCTGAGGATGCTGAAGAGGATCACCGTAGACCTCACTCGTACTCGTCA
GTAGAAACCTAGCACCCACTCTCTTCGC
AA

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DS 

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GAGGTTGTTTTGGTGGTGGTTTCAGTAGCGGAGGAGCCTTCCTTCCTGTCACCAAAGACA
CGTTGACGGAAGTCTTTGACCATGAGAGGGAGTCC*TGACGAAGAGACACCTTTGGTTCC
CATCCTAAAAGCTCTTTGGCCTTTGTGATGTCAGGCTTTCTCTTGTGAGGGTCATCCTCT
GTGTTTGGTCTGAACTCTACCTTTGCGTTTGGGTCTATCGTCTCTTGAACCACCTTAGCA
AGCTCGAGCATGGTGAATTCACCAGGGTTACCCAGGTTAAATGGCCCGACGTGTTCTCCT
TCCATCAATCTCATCAAACCTTCAACCAGATCAGAGACAAACTGGAAACTTCGTGTCTGC
TTCCCATCACCATAAACAGTCAATGGCTCTTTCCTTAGTGCCTGCGCAACAAAGTTGCTG
ACAACACGACCATCATCAACACACATTCTTGGACCGTAGGTGTTAAATATCCTAGCAATC
CTGACCTCAACATTGGCTCCACGGTGATAGTCCATGGCAAGCGCCTCTGCCGTACGCTTT
CCTTCGTCGTAGCAACTACGAACACCAATAGGATTAACGTTGCCCCAGTAAGTCTCAACC
TGAGGATGCTGAAGAGGATCACCGTAGACCTCACTCGTACTCGTCAGTAGAAACCTAGCA
CCCACTCTCTTCGCCAAACCAAGCATGTTCAACGTCCCAACCACATTCGTCTTGATAGTC
TTGACGGGATTGAATTTATAA
C

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1EI46TF 658 0 0
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GGTCTGAACTCTATCTTTGCGTTTGGGTCTATAGTCTCTTGAACCACCTTAGCAAGCTCG
AGCATGGTGAATTCACCAGGGTTACCCAGGTTAAATGGCCCGACGTGTTCTCCTTCCATC
AATCTCATCAAACCTTCAACCAGATCAGAGACAAACTGGAAACTTCGTGTCTGCTTCCCA
TCACCATAAACAGTCAATGGCTCTTTCCTTAGTGCCTGCGCAACAAAGTTGCTGACAACA
CGACCATCATCAATACACATTCTTGGACCGTAGGTGTTAAATATCCTAGCAATCCTGACC
TCAACATTGGCTCCACGGTGATAGTCCATGGCAAGCGTCTCTGCCGTACGCTTTCCTTCG
TCGTAGCAACTACGAACACCAATAGGATTAACGTTGCCCCAGTAAGTCTCAACCTGAGGA
TGCTGAAGAGGATCACCGTAGACCTCACTCGTACTCGTCAGTAGAAACCTAGCACCCACT
CTCTTCGCCAAACCAAGCATGTTCAACGTCCCAACCACATTCGTCTTGATAGTCTTGACG
GGATTGAATTTATAATGAACAGGGGAAGCAGGACACGCCAAGTGATAGATCTGATCC
C

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DS 

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ACAACACGACCATCATCAATACACATTCTTGGACCGTAGGTGTTAAATATCCTAGCAATC
CTGACCTCAACATTGGCTCCACGGTGATAGTCCATGGCAAGCGTCTCTGCCGTACGCTTT
CCTTCGTCGTAGCAACTACGAACACCAATAGGATTAACGTTGCCCCAGTAAGTCTCAACC
TGAGGATGCTGAAGAGGATCACCGTAGACCTCACTCGTACTCGTCAGTAGAAACCTAGCA
CCCACTCTCTTCGCCAAACCAAGCATGTTCAACGTCCCAACCACATTCGTCTTGATAGTC
TTGACGGGATTGAATTTATAATGAACAGGGGAAGCAGGACACGCCAAGTGATAGATCTGA
TCCACCTCAAGAAGGATCGGCTCGACGACGTCGTGTCGTATGAGCTCGAAATTAGGGTTA
CCGAAATAATGCATCACGTTCTCTTTACTCCCCGTGAAGAAATTGTCGACGACGATCACC
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DS 

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AGGTGTTAAATATCCTAGCAATCCTGACCTCAACATTGGCTCCACGGTGATAGTCCATGG
CAAGCGTCTCTGCCGTACGCTTTCCTTCGTCGTAGCAACTACGAACACCAATAGGATTAA
CGTTGCCCCAGTAAGTCTCAACCTGAGGATGCTGAAGAGGATCACCGTAGACCTCACTCG
TACTCGTCAGTAGAAACCTAGCACCCACTCTCTTCGCCAAACCAAGCATGTTCAACGTCC
CAACCACATTCGTCTTGATAGTCTTGACGGGATTGAATTTATAATGAACAGGGGAAGCAG
GACACGCCAAGTGATAGATCTGATCCACCTCAAGAAGGATCGGCTCGACGACGTCGTGTC
GTATGAGCTCGAAATTAGGGTTACCGAAATAATGCATCACGTTCTCTTTACTCCCCGTGA
AGAAATTGTCGACGACGATCACCGTGTCCCCTCTCTCAATCAGCCGATCCACCAGATGCG
ATCCCACGAACCCCGCCCCC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 2 10

CO CL388Contig1 875 5 9 U
AATTGATCAAACTTAATTAATATTTGATATATCTTTCCCATGCATACTAGATTCATTTCA
GCGAAGCTGTTAATACCCCTTATTTTTGTCATTATTTGGGAGCACATAACTTCACAATCT
TTTTCCAAACAACTGATTTAAAACATGAAAACATACACTTGGTTGAGAAGTCTCCTATTC
TCTTTTCTTTTAAAGTCGTGCTAACGCTGAAATATCGATTGGATAAACGTCGTCAGACGA
TTGCGCATTGTAAGATCGTTGTGCTATGATCGTGTTCGCACGATCCGTTGGATGAAATGC
ATCCCAAAACACGTACTCATCTCTGTTCGGACACGGGGCTTGTCCTGGTAGACATGTAAG
CTGACCTCCATTCCTTCCAACTCCGCAACACGCAGCGTTCGTTACCCTAAACCCATAAGC
AGAGGGATTGGCGATTATGTCCTGGAAAACGCCATAAGCATTAATGTATGTAAACCTAGC
ATCAGAGTGGTCGCTGTTGAGCTGTTGGACCATGGACTTAAGCCTGCTGTTGAAGATTCT
GTTGGCCGAGTTGATACGTTCCACGCAAGTTGTTCCATCGGGGCTGCCCTGTGCAAGGGA
GTTCGGGCTACACCCGATGGCTCCCACTCCTACCAGTGCAAACTTTCTAGCGCCATAGTT
GTATAGGGCATTGAGCTGGTCTCTGTAACGATTGATAAGATCATCAGCATATTGTTCGGG
GGTGTACTGTCTGCTAGTGGAGTAGAATTGAGGCATGAAGTAGTTATTAAGATAGTCATT
GCTTCCCAAACCGACAGAGTAAATGCACTGCCTGAGGTAATCAACTGCACTATTTTCATC
TACAAGAATTTGTACCACTTGTGACACTGTGTTCA


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT66JQ U 1
AF RR1GB48JQ U 5
AF RR1GZ16JQ U 1
AF RR1EE92JQ U 125
AF RR1CT81JQ U 141
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BS 53 53 RR1GZ16JQ
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BS 468 468 RR1GZ16JQ
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TCTTTTCTTTTAAAGTCGTGCTAACGCTGAAATATCGATTGGATAAACGTCGTCAGACGA
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GTATAGGGCATTGAGCTGGTCTCTGTAAC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1GB48JQ 708 0 0
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AGCTGTTAATACCCCTTATTTTTGTCATTATTTGGGAGCACATAACTTCACAATCTTTTT
CCAAACAACTGATTTAAAACATGAAAACATACACTTGGTTGAGAAGTCTCCTATTCTCTT
TTCTTTTAAAGTCGTGCTAACGCTGAAATATCGATTGGATAAACGTCGTCAGACGATTGC
GCATTGTAAGATCGTTGTGCTATGATCGTGTTCGCACGATCCGTTGGATGAAATGCATCC
CAAAACACGTACTCATCTCTGTTCGGACACGGGGCTTGTCCTGGTAGACATGTAAGCTGA
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GGATTGGCGATTATGTCCTGGAAAACGCCATAAGCATTAATGTATGTAAACCTAGCATCA
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DS 

RD RR1GZ16JQ 831 0 0
AATT
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CCAAACAACTGATTTAAAACATGAAAACATACACTTGGTTGAGAAGTCTCCTATTCTCTT
TTCTTTTAAAGTCGTACTAACGCTGAAATATCGATTGGATAAACGTCGTCAGACGATTGC
GCATTGTAAGATCGTTGTGCTATGATCGTGTTCGCACGATCCGTTGGATGAAATGCATCC
CAAAACACGTACTCATCTCTGTTCGGACACGGGGCTTGTCCTGGTAGACATGTAAGCTGA
CCTCCATTCCTTCCAACTCCGCAACACGCAGCGTTCGTTACCCTAAACCCATAAGCAGAG
GGATTGGCGATTATGTCCTGGAAAACGCCATAAGCATTAATGTATGTAAACCTAGCATCA
AAGTGGTCGCTGTTGAGCTGTTGGACCATGGACTTAAGCCTGCTGTTGAAAATTCTGTTG
GCCGAGTTGATACGTTCCACGCAAGTTGTTCCATCGGGGCTGCCCTGTGCAAGGGAGTTC
GGGCTACACCCGATGGCTCCCACTCCTACCAGTGCAAACTTTCTAGCGCCATAGTTGTAT
AGGGCATTGAGCTGGCCTCTGTAACGATTGATAAGATCATCAGCATATTGTTCGGGGGTG
TACTGTCTGCTAGTGGAGTAGAATTGAGGCATGAAGTAGTTATTAAGATAGTCATTGCTT
CCCAAACCGACAGAGTAAATGCACTGCCTGAG
TATCAGCTGCACTAT

QA 5 816 5 816
DS 

RD RR1EE92JQ 708 0 0
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TTCTTTTAAAGTCGTGCTAACGCTGAAATATCGATTGGATAAACGTCGTCAGACGATTGC
GCATTGTAAGATCGTTGTGCTATGATCGTGTTCGCACGATCCGTTGGATGAAATGCATCC
CAAAACACGTACTCATCTCTGTTCGGACACGGGGCTTGTCCTGGTAGACATGTAAGCTGA
CCTCCATTCCTTCCAACTCCGCAACACGCAGCGTTCGTTACCCTAAACCCATAAGCAGAG
GGATTGGCGATTATGTCCTGGAAAACGCCATAAGCATTAATGTATGTAAACCTAGCATCA
GAGTGGTCGCTGTTGAGCTGTTGGACCATGGACTTAAGCCTGCTGTTGAAGATTCTGTTG
GCCGAGTTGATACGTTCCACGCAAGTTGTTCCATCGGGGCTGCCCTGTGCAAGGGAGTTC
GGGCTACACCCGATGGCTCCCACTCCTACCAGTGCAAACTTTCTAGCGCCATAGTTGTAT
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TACTGTCTGCTAGTGGAGTAGAATTGAGGCATGAAGTAGTTATTAAGATAGTCATTGCTT
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GTAATCAGCTGCACTA

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DS 

RD RR1CT81JQ 735 0 0
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GTGCTATGATCGTGTTCGCACGATCCGTTGGATGAAATGCATCCCAAAACACGTACTCAT
CTCTGTTCGGACACGGGGCTTGTCCTGGTAGACATGTAAGCTGACCTCCATTCCTTCCAA
CTCCGCAACACGCAGCGTTCGTTACCCTAAACCCATAAGCAGAGGGATTGGCGATTATGT
CCTGGAAAACGCCATAAGCATTAATGTATGTAAACCTAGCATCAAAGTGGTCGCTGTTGA
GCTGTTGGACCATGGACTTAAGCCTGCTGTTGAAAATTCTGTTGGCCGAGTTGATACGTT
CCACGCAAGTTGTTCCATCGGGGCTGCCCTGTGCAAGGGAGTTCGGGCTACACC*GATGG
CTCCCACTCCTACCAGTGCAAACTTTCTAGCGCCATAGTTGTATAGGGCATTGAGCTGGT
CTCTGTAACGATTGATAAGATCATCAGCATATTGTTCGGGGGTGTACTGTCTGCTAGTGG
AGTAGAATTGAGGCATGAAGTAGTTATTAAGATAGTCATTGCTTCCCAAACCGACAGAGT
AAATGCACTGCCTGAGGTAATCAACTGCACTATTTTCATCTACAAGAATTTGTACCACTT
GTGACACTGTGTTCA

QA 1 735 1 735
DS 



CO CL388Contig2 731 5 9 U
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TACATTGTGTTATACAATACATAAAAATCAATCCCTAAGTATTTTTGTTTTGGTTGTGAT
CGATGGAGAGTTACTTGAAGAAATGGTGCTTAGTTTCTATGTTAGTTTTGTATTTGGGTT
TAAGGTTTAAAGTAAAAGCAGAGCCTCAAGTTCCATGTTATTTCATCTTTGGTGATTCTT
TGGTTGATAATGGAAACAACAATCGTCTTGCCTCTATTGCAAGAGCTGATTATTACCCTT
ACGGCATTGATTTGGGTCGCCCAACCGGCCGCTTTTCCAACGGAAAAACTACCGTTGACG
AGATAGCTGAGCTACTTGGATTTGATAACTACATTCCCGCGTATAGTGATGTTAGTGGCG
AGCAGATACTTCAAGGAGTCAACTACGCATCTGCAGCTGCGGGAATCAGAGAAGAAACCG
GTCAACAATTGGGACAAAGGATAACATTTAGTGGACAGGTCCAGAATTATCTGAACACAG
TGTCACAAGTGGTACAAATTCTTGGAGATGAAAATAGTGCAGCTGATTACCTCAG*CAGT
GCATTTACTCTGTCGGTTTGGGAAGCAATGACTATCTTAATAACTACTTCATGCCTCAAT
TCTACTCCACTAGCAGACAGTACACCCCCGACATATGCTGATGATCTTATCAATCGTTAC
AGAGACAGCTC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT66TF U 179
AF RR1GZ16TFB U 1
AF RR1GB48TF U 1
AF RR1EE92TF U 1
AF RR1CT81TF U 1
BS 1 15 RR1CT81TF
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RD RR1CT66TF 413 0 0
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CGAGCAGATACTTCAAGGAGTCAACTACGCATCTGCAGTTGCGGGAATCAGAGAAGAAAC
CGGTCAACAATTGGGACAAAGGATAACATTTAGTGGACAGGTCCAGAATTATCTGAACAC
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QA 1 413 1 413
DS 

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TAAGGTTTAAAGTAAAAGCAGAGCCTCAAGTTCCATGTTATTTCATCTTTGGTGATTCTT
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QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1GB48TF 620 0 0
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CGATGGAGAGTTACTTGAAGAAATGGTGCTTAGTTTCTATGTTAGTTTTGTATTTGGGTT
TAAGGTTTAAAGTAAAAGCAGAGCCTCAAGTTCCATGTTATTTCATCTTTGGTGATTCTT
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GCATTTACTCTGTCGGTTTG

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1EE92TF 607 0 0
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AGATAGCTGAGCTACTTGGATTTGATAACTACATTCCCGCGTATAGTGATGTTAGTGGCG
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GCATTTA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1CT81TF 731 0 0
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CGATGGAGAGTTACTTGAAGAAATGGTGCTTAGTTTCTATGTTAGTTTTGTATTTGGGTT
TAAGGTTTAAAGTAAAAGCAGAGCCTCAAGTTCCATGTTATTTCATCTTTGGTGATTCTT
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ACGGCATTGATTTGGGTCGCCCAACCGGCCGCTTTTCCAACGGAAAAACTACCGTTGACG
AGATAGCTGAGCTACTTGGATTTGATAACTACATTCCCGCGTATAGTGATGTTAGTGGCG
AGCAGATACTTCAAGGAGTCAACTACGCATCTGCAGCTGCGGGAATCAGAGAAGAAACCG
GTCAACAATTGGGACAAAGGATAACATTTAGTGGACAGGTCCAGAATTATCTGAACACAG
TGTCACAAGTGGTACAAATTCTTGTAGATGAAAATAGTGCAGTTGATTACCTCAGGCAGT
GCATTTACTCTGTCGGTTTGGGAAGCAATGACTATCTTAATAACTACTTCATGCCTCAAT
TCTACTCCACTAGCAGACAGTACACCCCCGACATATGCTGATGATCTTATCAATCGTTAC
AGAGACAGCTC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 2 9

CO CL389Contig1 1013 7 4 U
ACCTTAATCCGTTCTTGCAACATTTTATTTAATGCAAATAATAAACCGATCCAATTAAGT
ACCGGTACAATGTCAAACCAAAAACAAACAAGAAGGTGTACTAGTGAACCGTTCTTGTAA
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ATCATCACCCCGGATTTTCCTTTTCCATGGATAGATATCCGTTTCTTGAAGAGTCCCTTC
CCAACAAACGCTTCCGCAATGATGAGACGGTCAGGATCTAGTCCATGGTTATGAGAAGCA
TTAGCTCGGGCGGCGTGGATAACCCGGTACACGGTATGGGAAGCCCGTTTAACTGTGACT
TGCAGTTGCATCAGAGCATCTTCAACGCGCATACCGCGGACTAGCGCTGCAACTAGGTTG
ACCTTCTTAGGACTCTGCTTAATGGCCTTAAGTACAGCCTGCACTTTCTTACGCTTAGGG
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CTGTTCGTCACTCTTCTCGCAACTTGACGAATTAACTGTAGATTCCTCTGCCAACCCGCC
ATTGTTTTTCCTGAGAGAAAACCTCTTCTGTGAAAATGAGCGACTCAGAGTCC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW10JQ U 1
AF RR1G543JQ U 1
AF RR1GH16JQ U 1
AF RR1B442JQ U 1
AF RR1B442TF C 319
AF RR1FW10TF C 337
AF RR1GH16TF C 384
BS 1 765 RR1B442JQ
BS 766 949 RR1B442TF
BS 950 1006 RR1FW10TF
BS 1007 1013 RR1GH16TF

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A
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TGGCTTTAGTGCCTCTACGGTTCCAGATTGAAGTTGTCTCAATGAGCTTGAAGGGGACAA
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CAGCTTCTTCCTCTGGAGTCGTCTCTCTAACTACGACAGTTAGACGACACTCGGGTCTTA
TCATCACCCCGGATTTTCCTTTTCCATGGATAGATATCCGTTTCTTGAAGAGTCCCTTCC
CAACAAA

QA 2 428 2 428
DS 

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A
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CCGGTACAATGTCAAACCAAAAACAAACAAGAAGGTGTACTAGTGAACCGTTCTTGTAAA
CCATCGGGGAACGAAGACACTAGCGAGATTGAGATGGTACCAACTCTGAGGAACGATGAT
TGGCTTTAGTGCCTCTACGGTTCCAGATTGAAGTTGTCTCAATGAGCTTGAAGGGGACAA
GCCTCCTCTCCCGCTTGCTTAGCTTCTTCTTGCAGTTGTGAACCTTGAGCTTGGCAATCT
CAGCTTCTTCCTCTGGAGTCGTCTCTCTAACTACGACAGTTAGACGACACTCGGGTCTTA
TCATCACCCCGGATTTTCCTTTTCCATGGATAGATATCCGTTTCTTGAAGAGTCCCTTCC
CAACAAACGCTTCCGCAATGATGAGACGGTCAGGATCTAGTCCATGGTTATGAGAAGCAT
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GCAGTTGCA

QA 2 550 2 550
DS 

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G
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CCGGTACAATGTCAAACCAAAAACAAACAAGAAGGTGTACTAGTGAACCGTTCTTGTAAA
CCATCGGGGAACGAAGACACTAGCGAGATTGAGATGGTACCAACTCTGAGGAACGATGAT
TGGCTTTAGTGCCTCTACGGTTCCAGATTGAAGTTGTCTCAATGAGCTTGAAGGGGACAA
GCCTCCTCTCCCGCTTGCTTAGCTTCTTCTTGCAGTTGTGAACCTTGAGCTTGGCAATCT
CAGCTTCTTCCTCTGGAGTCGTCTCTCTAACTACGACAGTTAGACGACACTCGGGTCTTA
TCATCACCCCGGATTTTCCTTTTCCATGGATAGATATCCGTTTCTTGAAGAGTCCCTTCC
CAACAAACGCTTCCGCAATGATGAGACAGTCAGGATCTAGTCCATGGTTATGAGAAGCAT
TAGCTCGGGCGGCGTGGATAACCCGGTACACGGTATGGGAAGCCCGTTTAACTGTGACTT
GCAGTTGCATCAGAGCATCTTCAACGCGCATACCGCGGACTAGCGCTGCAACTAGGTTGA
C

QA 2 602 2 602
DS 

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ACCATCGGGGAACGAAGACACTAGCGAGATTGAGATGGTACCAACTCTGAGGAACGATGA
TTGGCTTTAGTGCCTCTACGGTTCCAGATTGAAGTTGTCTCAATGAGCTTGAAGGGGACA
AGCCTCCTCTCCCGCTTGCTTAGCTTCTTCTTGCAGTTGTGAACCTTGAGCTTGGCAATC
TCAGCTTCTTCCTCTGGAGTCGTCTCTCTAACTACGACAGTTAGACGACACTCGGGTCTT
ATCATCACCCCGGATTTTCCTTTTCCATGGATAGATATCCGTTTCTTGAAGAGTCCCTTC
CCAACAAACGCTTCCGCAATGATGAGACGGTCAGGATCTAGTCCATGGTTATGAGAAGCA
TTAGCTCGGGCGGCGTGGATAACCCGGTACACGGTATGGGAAGCCCGTTTAACTGTGACT
TGCAGTTGCATCAGAGCATCTTCAACGCGCATACCGCGGACTAGCGCTGCAACTAGGTTG
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ATAATCTTCTGCTCATCCTCTTCTTGTTTCCCAGTACCCAACAGAGCTGGAGATGACAAA
GGTGATGAAACAGACTCTTCACCAGCCTTGAGTTTTCTTGACGTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1B442TF 631 0 0
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CCTTTTCCATGGATAGATATCCGTTTCTTGAAGAGTCCCTTCCCAACAAACGCTTCCGCA
ATGATGAGACGGTCAGGATCTAGTCCATGGTTATGAGAAGCATTAGCTCGGGCGGCGTGG
ATAACCCGGTACACGGTATGGGAAGCCCGTTTAACTGTGACTTGCAGTTGCATCAGAGCA
TCTTCAACGCGCATACCGCGGACTAGCGCTGCAACTAGGTTGACCTTCTTAGGACTCTGC
TTAATGGCCTTAAGTACAGCCTGCACTTTCTTACGCTTAGGGATAATCTTCTGCTCATCC
TCTTCTTGTTTCCCAGTACCCAACAGAGCTGGAGATGACAAAGGTGATGAAACAGACTCT
TCACCAGCCTTGAGTTTTCTTGACGTCGAAATCCCCACTTGCTGTAGATAATGATGCAGT
GGTGTTGAGGTGTAGGTTGGTCTCAGGAGACCCTGCAAGTAACCTTTTGAGAAAGGGGAT
TCCAAAATCCGGGATGAAGAGTAATTGGCTTTCGAAACGTTACTGTTCGTCACTCTTCTC
GCAACTTGACGAATTAACTGTAGATTCCTCT

QA 1 631 1 631
DS 

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ATCCGTTTCTTGAAGAGTCCCTTCCCAACAAACGCTTCCGCAATGATGAGACGGTCAGGA
TCTAGTCCATGGTTATGAGAAGCATTAGCTCGGGCGGCGTGGATAACCCGGTACACGGTA
TGGGAAGCCCGTTTAACTGTGACTTGCAGTTGCATCAGAGCATCTTCAACGCGCATACCG
CGGACTAGCGCTGCAACTAGGTTGACCTTCTTAGGACTCTGCTTAATGGCCTTGAGTACA
GCCTGCACTTTCTTACGCTTAGGGATAATCTTCTGCTCATCCTCTTCTTGTTTCCCAGTA
TCCAACAGAGCTGGAGATGACAAAGGCGATGAAACAGGCTCTTCACCAGCCTTGAGTTTT
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GGTCTCAGGAGACCCTGCAAGTAACCTTTTGAGAAAGGGGATTCCAAAATCCGGGATGAA
GAGTAATTGGCTTTCGAAACATTACTGTTCGTCACTCTTCTCGCAACTTGACGAATTAAC
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TGAGCGACTC
CC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1GH16TF 630 0 0
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GAGACAGTCAGGATCTAGTCCATGGTTATGAGAAGCATTAGCTCGGGCGGCGTGGATAAC
CCGGTACACGGTATGGGAAGCCCGTTTAACTGTGACTTGCAGTTGCATCAGAGCATCTTC
AACGCGCATACCGCGGACTAGCGCTGCAACTAGGTTGACCTTCTTAGGACTCTGCTTAAT
GGCCTTGAGTACAGCCTGCACTTTCTTACGCTTAGGGATAATCTTCTGCTCATCCTCTTC
TTGTTTCCCAGTACCCAACAGAGCTGGAGATGACAAAGGTGATGAAACAGGCTCTTCACC
AGCCTTGAGTTTTCTTGACGTCGAAATCCCCACTTGCTGTAGATAATGATGCAGTGGTGT
TGAGGTGTAGGTTGGTCTCAGGAGACCCTGCAAGTAACCTTTTGAGAAAGGGGATTCCAA
AATCCGGGATGAAGAGTAATTGGCTTTCGAAACGTTACTGTTCGTCACTCTTCTCGCAAC
TTGACGAATTAACTGTAGATTCCTCTGCCAACCCGCCATTGTTTTTCCTGAGAGAAAACC
TCTTCTGTGAAAATGAGCGACTCAGAGTCC

QA 1 630 1 630
DS 



CO CL389Contig2 815 2 10 U
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TGCGAGAAGAGTGACGAACAGTAACGCTTCGAGAGCCAATTACTCTTCAGCTCGTAGTTT
GGAATCCCCTTTCTCAAAAGGTGAATGCTTTTTTGCTCATTTGCTCATCTGACTCCATAT
GTGTGATTTGTTATGGGATAGTGTTGTGTTTTTGTGTTTCAGGTTACTTGCAGGGCCTGT
TGAGACCAACCTACACCTCAACACCACTGCATCATTATCTACAGCAAGTGGGGATTTCGA
CGTCAAGAAAACTCAAGGCTGGTGAAGAGCCTGTTTCATCACCTTTGTCATCTCCAGCTC
TGTTGGGCACTGGAAAAGAAGAAGAAGAAGAGCACAAGATTATCCCTAAGCGTAAGAAAG
TGCAGGCTGTACTCAAGGCCATTAAGCAGAGTCCTAAGAAGGTCAACCTAGTTGCAGCGC
TAGTACGTGGTATGCGCGTTGAAGATGCTCTGATGCAACTGCAAGTCACTGTTAAACGGG
CTTCCCATACCGTGTACCGGGTTATCCACGCCGCCCGAGCTAATGCTTCTCATAACCATG
GACTAGATCCTGACCGTCTCATCATTGCGGAAGCGTTTGTTGGGAAGGGACTGTTCAAGA
AACGGATATCTATCCATGGAAAAGGAAAATCCGGGGTGATGATAAGACCCGAGTGTCGTC
TAACTGTCGTAGTTAGAGAGACGACTCCAGAGGAAGAAGCTGAGATTGCCAAGCTCAAGG
TTCACAACTGCAAGAAGAAGCTAAGCAAGCGAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G304TF U 1
AF RR1DA46TF U 178
BS 1 242 RR1G304TF
BS 243 243 RR1DA46TF
BS 244 475 RR1G304TF
BS 476 476 RR1DA46TF
BS 477 494 RR1G304TF
BS 495 495 RR1DA46TF
BS 496 657 RR1G304TF
BS 658 658 RR1DA46TF
BS 659 673 RR1G304TF
BS 674 815 RR1DA46TF

RD RR1G304TF 673 0 0
TTTTTTCTCAGGAAAAACAATGGCGGGTTGGCAGAGGAATGTACAGTTAATTCGTCAAGT
TGCGAGAAGAGTGACGAACAGTAACGCTTCGAGAGCCAATTACTCTTCAGCTCGTAGTTT
GGAATCCCCTTTCTCAAAAGGTGAATGCTTTTTTGCTCATTTGCTCATCTGACTCCATAT
GTGTGATTTGTTATGGGATAGTGTTGTGTTTTTGTGTTTCAGGTTACTTGCAGGGCCTGT
TGGGACCAACCTACACCTCAACACCACTGCATCATTATCTACAGCAAGTGGGGATTTCGA
CGTCAAGAAAACTCAAGGCTGGTGAAGAGCCTGTTTCATCACCTTTGTCATCTCCAGCTC
TGTTGGGCACTGGAAAAGAAGAAGAAGAAGAGCACAAGATTATCCCTAAGCGTAAGAAAG
TGCAGGCTGTACTCAAGGCCATTAAGCAGAGTCCTAAGAAGGTCAACCTAGTTGCGGCGC
TAGTACGTGGTATGTGCGTTGAAGATGCTCTGATGCAACTGCAAGTCACTGTTAAACGGG
CTTCCCATACCGTGTACCGGGTTATCCACGCCGCCCGAGCTAATGCTTCTCATAACCATG
GACTAGATCCTGACCGTCTCATCATTGCGGAAGCGTTTGTTGGGAAGGGACTGTTCA*GA
AACGGATATCTAT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1DA46TF 638 0 0
G
ATGTGTGATTTGTTATGGGATAGTGTTGTGTTTTTGTGTTTCAGGTTACTTGCAGGGTCT
GTTGAGACCAACCTACACCTCAACACCACTGCATCATTATCTACAGCAAGTGGGGATTTC
GACGTCAAGAAAACTCAAGGCTGGTGAAGAGTCTGTTTCATCACCTTTGTCATCTCCAGC
TCTGTTGGGCACTGGAAAAGAAGAAGAAGAAGAGCACAC**TTATCCCTAAGCGTAAGAA
AGTGCAGGCTGTACTCAAGGCCATTAAGCAGAGTCCTAAGAAGGTCAACCTAGTTGCAGC
GCTAGTACGTGGTATGCGCGTTGAAGATGCTCTGATGCAACTGCAAGTCACTGTTAAACG
GGCTTCCCATACCGTGTACCGGGTTATCCACGCCGCCCGAGCTAATGCTTCTCATAGCCA
TGGACTAGATCCTGACCGTCTCATCATTGCGGAAGCGTTTGTTGGGAAGGGACTGTTCAA
GAAACGGATATCTATCCATGGAAAAGGAAAATCCGGGGTGATGATAAGACCCGAGTGTCG
TCTAACTGTCGTAGTTAGAGAGACGACTCCAGAGGAAGAAGCTGAGATTGCCAAGCTCAA
GGTTCACAACTGCAAGAAGAAGCTAAGCAAGCGAGAG

QA 2 638 2 638
DS 



AS 1 10

CO CL390Contig1 666 10 6 U
GGGCAACGAAAAAGAAACGCGAATAGGCTTTGTTCTAACTCTCCACACTGCAACATGACT
TTCAAGCGCAGGAACGGTGGAAGGAACAAGCACAACCGTGGTCATGTGAACCCCATCAGG
TGTTCCAACTGCGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAGGTTCATCGTCAGG
AACATCGTTGAACAGGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTCTACGATGGTTAC
ACTCTCCCGAAGTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCTCATGTGCTATCCACTCTCAC
GTCGTGAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTC
AGACGCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGT
GGTGCCCCTGCTGCTGCTCGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAAATCAAAAATCTTT
ATATTCTAGTTTCACTCTCAGGGTTGCCTAGAATTTTTGAAGATGCTTTCTACATTTGGT
TAAAAGATAATTTCGTCATGTGGACCTTTGAATGCTTTGAGACTATTTATCAGTTTGTTT
TGACATTTGGCGTTTCTTCTTTTTTTGTTCTCGCAAATCAATTCTTGCAATAGAAGTATT
GAGTGA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 35 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1E625TF U 324
AF RR1G845TF U 1
AF RR1G845JQ C 37
AF RR1F528TF U 12
AF RR1A745JQ C 12
AF RR1E625JQ C 324
AF RR1A745TF U 12
AF RR1F528JQ C 12
AF RR1FY13TF U 107
AF RR1F187TF U 3
BS 1 20 RR1G845TF
BS 21 21 RR1F528TF
BS 22 279 RR1G845TF
BS 280 280 RR1F528TF
BS 281 610 RR1G845TF
BS 611 666 RR1F187TF

RD RR1E625TF 120 0 0
G
AACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAGACGCAAGGAGGATGCTCCCAAG
CCTGGACAACCTGGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGTGGTGCCCCTGCTGCTGCTCGTGC

QA 2 120 2 120
DS 

RD RR1G845TF 620 0 0
GGGCAACGAAAAAGAAACGCAAATAGGCTTTGTTCTAACTCTCCACACTGCAACATGACT
TTCAAGCGCAGGAACGGTGGAAGGAACAAGCACAACCGTGGTCATGTGAACCCCATCAGG
TGTTCCAACTGCGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAGGTTCATCGTCAGG
AACATCGTTGAACAGGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTCTACGATGGTTAC
ACTCTCCCGAAGTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCCCATGTGCTATCCACTCTCAC
GTCGTGAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTC
AGACGCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGT
GGTGCCCCTGCTGCTGCTCGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAAATCAAAAATCTTT
ATATTCTAGTTTCACTCTCAGGGTTGCCTAGAATTTTTGAAGATGCTTTCTACATTTGGT
TAAAAGATAATTTCGTCATGTGGACCTTTGAATGCTTTGAGACTATTTATCAGTTTGTTT
TGACATTTGG
GCGTTTCTTC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1G845JQ 583 0 0
AACTCTCCACACTGCAACATGACTTTCAAGCGCAGGAACGGTGGAAGGAACAAGCACAAC
CGTGGTCATGTGAACCCCATCAGGTGTTCCAACTGCGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAG
GCGATCAAGAGGTTCATCGTCAGGAACATCGTTGAACAGGCTGCCATCAGAGATGTTCAA
GAAGCCAGTGTTTACGATGGTTACACTCTCCCGAAGTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGT
GTCCCATGTGCTATCCACTCTCACGTCGTGAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTT
CGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAGACGCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCTGGACAACCT
GGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGTGGTGCCCCTGCTGCTGCTCGTGCTTAAAGACTGCAA
GAAGCTGGCAAATCAAAAATCTTTATATTCTAGTTTCACTCTCAGGGTTGCCTAGAATTT
TTGAAGATGCTTTCTACATTTGGTTAAAAGATAATTTCGTCATGTGGACCTTTGAATGCT
TTGAGACTATTTATCAGTTTGTTTTGACATTTGG
CGTTTTTTC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1F528TF 598 0 0
AAGAAACGCGAATAGGCTTTGTTCTAACTCTCCACACTGCAACATGACTTTCAAGCGCAG
GAACGGTGGAAGGAACAAGCACAACCGTGGTCATGTGAACCCCATCAGGTGTTCCAACTG
CGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAGGTTCATCGTCAGGAACATCGTTGA
ACAGGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTCTACGATGGTTACACTCTCCCGAA
GTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCTCATGTGCTATCCACTCTCACGTCGTGAGAGT
CCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAGACGCAAGGA
GGATGCTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGTGGTGCCCCTGC
TGCTGCTCGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAAATCAAAAATCTTTATATTCTAGTT
TCACTCTCAGGGTTGCCTAGAATTTTTGAAGATGCTTTCTACATTTGGTTAAAAGATAAT
TTCGTCATGTGGACCTTTGAATGCTTTGAGACTATTTATCAGTTTGTTTTGACA
AAAA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1A745JQ 593 0 0
AAGAAACGCGAATAGGCTTTGTTCTAACTCTCCACACTGCAACATGACTTTCAAGCGCAG
GAACGGTGGAAGGAACAAGCACAACCGTGGTCATGTGAACCCCATCAGGTGTTCCAACTG
CGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAGGTTCATCGTCAGGAACATCGTTGA
ACAGGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTCTACGATGGTTACACTCTCCCGAA
GTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCTCATGTGCTATCCACTCTCACGTCGTGAGAGT
CCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAGACGCAAGGA
GGATGCTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGTGGTGCCCCTGC
TGCTGCTCGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAAATCAAAAATCTTTATATTCTAGTT
TCACTCTCAGGGTTGCCTAGAATTTTTGAAGATGCTTTCTACATTTGGTTAAAAGATAAT
TTCGTCATGTGGACCTTTGAATGCTTTGAGACTATTTATCAGTTTGTTTTGAC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1E625JQ 281 0 0
G
AACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAGACGCAAGGAGGATGCTCCCAAG
CCTGGACAACCTGGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGTGGTGCCCCTGCTGCTGCTCGTGCT
TAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAAATCAAAAATCTTTATATTCTAGTTTCACTCTCAGGGT
TGCCTAGAATTTTTGGAGATGCTTTCTACATTTGGTTAAAAGATAATTTCGTCATGTGGA
CCTTTGAATGCTTTGAGACTATTTATCAGTTTGTTTTGAC

QA 2 281 2 281
DS 

RD RR1A745TF 593 0 0
AAGAAACGCGAATAGGCTTTGTTCTAACTCTCCACACTGCAACATGACTTTCAAGCGCAG
GAACGGTGGAAGGAACAAGCACAACCGTGGTCATGTGAACCCCATCAGGTGTTCCAACTG
CGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAGGTTCATCGTCAGGAACATCGTTGA
ACAGGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTCTACGATGGTTACACTCTCCCGAA
GTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCTCATGTGCTATCCACTCTCACGTCGTGAGAGT
CCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAGACGCAAGGA
GGATGCTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGTGGTGCCCCTGC
TGCTGCTCGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAAATCAAAAATCTTTATATTCTAGTT
TCACTCTCAGGGTTGCCTAGAATTTTTGAAGATGCTTTCTACATTTGGTTAAAAGATAAT
TTCGTCATGTGGACCTTTGAATGCTTTGAGACTATTTATCAGTTTGTTTTGAC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1F528JQ 593 0 0
AAGAAACGCGAATAGGCTTTGTTCTAACTCTCCACACTGCAACATGACTTTCAAGCGCAG
GAACGGTGGAAGGAACAAGCACAACCGTGGTCATGTGAACCCCATCAGGTGTTCCAACTG
CGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAGGTTCATCGTCAGGAACATCGTTGA
ACAGGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTCTACGATGGTTACACTCTCCCGAA
GTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCTCATGTGCTATCCACTCTCACGTCGTGAGAGT
CCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAGACGCAAGGA
GGATGCTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGTGGTGCCCCTGC
TGCTGCTCGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAAATCAAAAATCTTTATATTCTAGTT
TCACTCTCAGGGTTGCCTAGAATTTTTGAAGATGCTTTCTACATTTGGTTAAAAGATAAT
TTCGTCATGTGGACCTTTGAATGCTTTGAGACTATTTATCAGTTTGTTTTGAC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1FY13TF 516 0 0
G
GAACCCCATCAGGTGCTCCAACTGCGTGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAG
GTTCATCGTCAGGAACATCGTTGAACAAGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGT
CTACGATGGTTACACTCTCCCGAAGTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCTCATGTGC
TATCCACTCTCACGTCGTGAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACC
TCCACGTTTTGTCAGACGCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCTGGACAGCCTGGTCAGGCCGC
TCGCCCTGCTGGTGGTGCCCCTGCTGCTGCTCGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAA
CTCAAAAATCTTTATATTCTAGTTTCAGTCTCAGGGTTGTTTAGAATTTTTGAAGATGCT
TTCTATATTTGGTTTAAAGATAATTTCGTCATGTCTACCTTTGAATGCTTGGAGACTATT
TATCAGTTTGTTTTGACATTTGGCGTTT
CTTCTTT

QA 2 509 2 509
DS 

RD RR1F187TF 664 0 0
GG
AACGAAAAAGAAACGCGAATAGGCTTTGTTCTAACTCTCCACACTGCAACATGACTTTCA
AGCGCAGGAACGGTGGAAGGAACAAGCACAACCGTGGTCATGTGAACCCCATCAGGTGCT
CCAACTGCGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAGGTTCATCGTGAGGAACA
TCGTTGAACAAGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTCTACGATGGTTACACTC
TCCCGAAGTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCCCATGTGCTATCCACTCTCACGTCG
TGAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAGAC
GCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCTGGACAGCCTGGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGTGGTG
CCCCTGCTGCTGCTCGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAACTCAAAAATCTTTATAT
TCTAGTTTCAGTCTCAGGGTTGTCTAGAATTTTTGAAGATGCTTTCTACATTTGGTTTAA
AGATAATTTCGTCATGTCTACCTTTGAATGCTTGGAGACTATTTATCAGTTTGTTTTGAC
ATTTGGCGTTTCTTCTTTTTTTGTTCTCGCAAATCAATTCTTGCAATAGAAGTATTGAGT
GA

QA 3 664 3 664
DS 



AS 2 8

CO CL391Contig1 1047 5 9 U
ACCTTGGTAGAACTACAACTTTTCTTTTGAACAACGGTAGAACTACAACTTAATATAGTC
AATTTTTGATAAAAATAACGACGTGGAATCCAACTAATTGAAATTGGACCCTAGAAAACG
AAAAAAAAATTAAGAAAGTGGTACTACATAACACTGTTACAACCGGTCGTGTTCTTGGTC
CAGGCTACAACTTGGTCTCTATAAAACCCAACTTGTTTCGTCATGTCGCAATCTCATCCA
CCTCCGAGTTAAAGACAAAACTTGGAAACGTGGTCGTTATGTCTCTCAGATATGGAAGAG
TCATGATTTTAAGCAAAGATGGGTTTTTGATCACGAAATCGCTCCACTCTGTCTTACCAA
TCTTCCCATCCCGATCAACATCTGCGTCCTCAAATGTCTGATCGAGTATCACTTCTATGG
TATCATCAGCTAGTTTAATTTCAGATTCGCAAAGAAGTGCAATCAACATTTGCTTCACCT
CTTGACGTTCAATGAAGCCCGTGCAGTCCATGTCGTATAGCCTAAAGGTAAAGTCTGTTT
TCTCCTCTAGAGAAGCATTAGGATGGAAAACATTGAGTGATCTCACAAAGTCTCCAAAAT
CAATTACACCTTTTCGCTTAACATCAAACAAATCAAATATCCTATTGGCAAACAAGTTTT
CCTTCTTTCTGTTCTTGAACAAAGCAAGTTGAAACTCTTCCTTGTTGATCAAGCCATCGT
CAACAACTGAGCTGCTTATGCTCTTGAATAACTCGTACAATGCTTCAACCTCACTAACGC
TGAAAGCAGTCTCAGAGGCAAGCTTCACAGGGTTCTCATGACCAGGAAACTCTCTCGCAG
CAGTGGAATGTAAACAGCCCATTTACTTACAGATAACGAGTAAAAACCGAAGAAGAAGCT
TATTGATTCGATGAATAGAATCGCTGATTCAACGAGTTCTGTTCTGAGACAGTAAAGCTT
GTTGTTTGCTAATGTCACTTCCCGTCGTCATAATCATCATTACAATCACCGAGAGAACGG
CTCGGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1AX92JQ U 1
AF RR1CK62JQ U 2
AF RR1AX92TF C 203
AF RR1CK62TF C 259
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ATTTTTGATAAAAATAACGACGTGGAATCCAACTAATTGAAATTGGACCCTAGAAAACGA
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AGGCTACAACTTGGTCTCTATAAA*CCCAACTTGTTTCGTCATGTCGCAATCTCATCCAC
CTCCGAGTTAAAGACAAAACTTGGAAACGTGGTCGTTATGTCTCTCAAATATGGAAGAGT
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CTTCCCATCCCGATCAACATCTGCGTCCTCAAATGTCTGATCGAGTATCACTTCTATGGT
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T
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TCTGTTCTGAGACAGTAAAGCTTGTTGTTTGCTGATGTCACTTCCCGTCGTCATAATCAT
CATTACAATCACCGAGAGAACGGCTCGGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
GC

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DS 



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AGTTAATCTCAGCCGTCGGATTATTCATCTGCCTTCTCTCGACTACAGATCTTCGTCGTC
TCTCGAAAAAGCCCCTTTCCCCTCTTTCTCACCCCGCCGGCGAGCCCTTCCCTCGGAGGT
AGGGTTCTGTTGAATACGTGTTAGATTCTGAAGATGCGTGTGACGACGATGATGGATTGG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C958TF U 11
AF RR1GE92TF U 1
AF RR1GE92JQ C 515
BS 1 35 RR1GE92TF
BS 36 36 RR1C958TF
BS 37 688 RR1GE92TF
BS 689 689 RR1GE92JQ
BS 690 731 RR1GE92TF
BS 732 732 RR1GE92JQ
BS 733 740 RR1GE92TF
BS 741 741 RR1GE92JQ
BS 742 755 RR1GE92TF
BS 756 1329 RR1GE92JQ

RD RR1C958TF 683 0 0
TCTGTCGAACCAAACAGAAAAAAAAAATAGAAGCCCAGTAATATATGCACAGTTAATCTC
AGCCGTCGGATTATTCATCTGCCTTCTCTCGACTACAGATCTTCGTCGTCTCTCGAAAAA
GCCCCTTTCCCCTCTTTCTCACCCCGCCGGCGAGCCCTTCCCTCGGAGGTAGGGTTCTGT
TGAATACGTGTTAGATTCTGAAGATGCGTGTGACGACGATGATGGATTGGGGAGTAATCT
CAGCTTTGAAATCGTTGAATTAGCGAATCTAATCAATCGTAGCAGTAGTAGTAAGCTTCT
TCGTCGTCTTCTAGGGCTTTACTTGAGTCATCTGTAAATGGGCTGTTTACATTCCACGGC
TGCGAGAGAGTATCAGGGACATGAGAACCCTGTCAAGCTAGCTTCTGAGACTGCTTTTAG
TGTGAGTGAGGTTGAAGCATTATACGAGTTATTCAAGAGCATAAGCAGCTCGGTTGTTGA
CGATGGCTTGATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCTTTGTTCAAGAACAGAAAGAAGGA
AAATTTGTTTGCCAATAGGATATTTGATTTGTTTGATGTTAAACGAAAAGGTGTCATTGA
TTTTGGAGACTTTGTGAGATCACTCAATGTATTCCACCCTAATGCTTCTCTAGAGGAGAA
A*CAGATTTCACGTTTAG
CTTTA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1GE92TF 774 0 0
GGGGGCCCCCTCTGTCGAACCAAACAGAAAAAAAATATAGAAGCCCAGTAATATATGCAC
AGTTAATCTCAGCCGTCGGATTATTCATCTGCCTTCTCTCGACTACAGATCTTCGTCGTC
TCTCGAAAAAGCCCCTTTCCCCTCTTTCTCACCCCGCCGGCGAGCCCTTCCCTCGGAGGT
AGGGTTCTGTTGAATACGTGTTAGATTCTGAAGATGCGTGTGACGACGATGATGGATTGG
GGAGTAATCTCAGCTTTGAAATCGTTGAATTAGCGAATCTAATCAATCGTAGCAGTAGTA
GTAAGCTTCTTCGTCGTCTTCTAGGGCTTTACTTGAGTCATCTGTAAATGGGCTGTTTAC
ATTCCACGGCTGCGAGAGAGTATCAGGGACATGAGAACCCTGTCAAGCTAGCTTCTGAGA
CTGCTTTTAGTGTGAGTGAGGTTGAAGCATTATACGAGTTATTCAAGAGCATAAGCAGCT
CGGTTGTTGACGATGGCTTGATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCTTTGTTCAAGAACA
GAAAGAAGGAAAATTTGTTTGCCAATAGGATATTTGATTTGTTTGATGTTAAACGAAAAG
GTGTCATTGATTTTGGAGACTTTGTGAGATCACTCAATGTATTCCACCCTAATGCTTCTC
TAGAGGAGAAA*CAGATTTCACGTTTAG*CTTTACGACATGGACTGCACGGGCTACATTG
AACGCCAAGAG*TGAAGCAA*TGCTGATTGCCCTT
ATGTCTGGAGATCTCATAT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1GE92JQ 815 0 0
GTTTCAACTTGCTTTGTTCAAGAACAGAAAGAAGGAAAATTTGTTTGCCAATAGGATATT
TGATTTGTTTGATGTTAAACGAAAAGGTGTCATTGATTTTGGAGACTTTGTGAGATCACT
CAATGTATTCCACCCTAATGCTTCTCTAGAGGAGAAAACAGATTTCACGTTTAGGCTTTA
CGACATGGACTGCACGGGCTACATTGAACGCCAAGAGGTGAAGCAAATGCTGATTGCCCT
TATGTCTGGAGATTCTCAATATGTTACTCGATCAAGTACAAGTTTTGGGCTGTGGGTTCT
GCTTGACGCTGCAAAACGCGAGTGGTCCAAGCATGTCTACGTGTTACCACCTTCCTGGGA
GGTTGTGGTTGCAGAGGCGACCATGGGCATTACAGAGACGACCATGTGCATTGCTGGAAT
GGTTGGTACCAATGAGATCTTCTTGTCCCCGCGCTACCAAAACGTGCCTTACTATCTCAT
CTACTTCAACGTGGAGAGAAAGACCATCACACAAGTTGGAATCCAAGGACTGGAAGCGTT
TCAGGGTAAGAGTTTCCACACCTATCTCAACTACGTTCAGAATGTGAAGCTTCTTTAAGC
AACTTTATAAGTGAGAGACAAGACAAGTGTAGTTTTCATTTTGTGTGTGTTTCATTTTCT
TCTAGCATCTTACCTGTTGTGGATGATATATAGTAGGTAATCTTCTTGTTACAGACTCTT
TACGAATGTAGATACTAATCCAAAAACAGAGAAGTTTAGAATGTGATCTTTCAATGTTGT
GATAGAGAGAGAGAGAGTAAGAGTTTCTACTTTCT

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 10

CO CL392Contig1 678 10 7 U
AGGGCCGGCAAGGTAGAGAGAGAGAGTGAGAGACGACACCATGGTTAAGTTTCTGAAGCA
GAACAAAGCTGTGATCCTCCTCCAAGGTCGTTATGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCG
TTCATTCGACGACGGCAACCGCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCGCCGGGCTCAA
GAAGTATCCGAGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAG
AGTCAAGTGTTTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTT
GGACGTGGATCTGAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGT
GGCGGCTCTTAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAG
GTGGTTCTTCACCAAGCTCAGGTTCTGAGAAATGAGTTTT*TCTTTTTATCTTTTGTAAT
GGAATTTACGGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTG
TTGGTTTGAAAGATTTTGCCTTTTTT*AACATTTATCATCATTTGCTTAGCTTGAATTTT
CAAGATTTACAGTGCTGGATTGGTAGTGAAATGTGCTTGTCTGAATTTGTGTTTCATTGC
CAACTGTTATGAATCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 15 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 45 60 45 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CQ35TF U 1
AF RR1EC11JQ C 225
AF RR1EC11TF U 225
AF RR1DO58JQ C 8
AF RR1DO58TF U 8
AF RR1FS23JQ C 2
AF RR1FS23TF U 2
AF RR1EL18TF U 8
AF RR1D716JQ C 362
AF RR1D716TF U 12
BS 1 169 RR1CQ35TF
BS 170 170 RR1DO58TF
BS 171 560 RR1CQ35TF
BS 561 561 RR1FS23TF
BS 562 580 RR1CQ35TF
BS 581 607 RR1FS23TF
BS 608 678 RR1D716TF

RD RR1CQ35TF 580 0 0
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GAACAAAGCTGTGATCCTCCTCCAAGGTCGTTATGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCG
TTCATTCGACGACGGCAACCGCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCACCGGGCTCAA
GAAGTATCCGAGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAG
AGTCAAGTGTTTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTT
GGACGTGGATCTGAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGT
GGCGGCTCTTAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAG
GTGGTTCTTCACCAAGCTCAGGTTCTGAGAAATGAGTTTT*TCTTTTTATCTTTTGTAAT
GGAATTTACGGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTG
TTGGTTTGAAAGATTTTGCCCTTTTT*AACATTTATCATC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1EC11JQ 324 0 0
G
GGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAGTGTTTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCC
TACTCGTTACACGTTGGACGTGGATCTGAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTC
GAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCTTAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAA
GACCGGTAAGAACAGGTGGTTCTTCACCAAGCTCAGGTTCTGGGAAATGAGTTTT*TCTT
TTTATCTTTTGTAATGGAATTTACGGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGAT
CGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTG

QA 2 324 2 324
DS 

RD RR1EC11TF 324 0 0
G
GGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAGTGTTTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCC
TACTCGTTACACGTTGGACGTGGATCTGAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTC
GAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCTTAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAA
GACCGGTAAGAACAGGTGGTTCTTCACCAAGCTCAGGTTCTGGGAAATGAGTTTT*TCTT
TTTATCTTTTGTAATGGAATTTACGGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGAT
CGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTG

QA 2 324 2 324
DS 

RD RR1DO58JQ 541 0 0
GG
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GAGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAGTG
TTTCATCAAGGTCGTGGACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGA
TCTGAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCT
TAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCAGTAAGAACAGGTGGTTCTT
CACCAAGCTCAGGTTCTGAGAAATGAGTTTT*TCTTTTTATCTTTTGTAATGGAATTTAC
GGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTG

QA 3 541 3 541
DS 

RD RR1DO58TF 541 0 0
GG
AAGGTAGAGAGAGAAAGTGAGAGACGACACCATGGTTAAGTTTCTGAAGCAGAGCAAAGC
TGTGATTCTCCTCCAAGGTCGTTATGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGTTCATTCGA
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TTTCATCAAGGTCGTGGACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGA
TCTGAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCT
TAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCAGTAAGAACAGGTGGTTCTT
CACCAAGCTCAGGTTCTGAGAAATGAGTTTT*TCTTTTTATCTTTTGTAATGGAATTTAC
GGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTG

QA 3 541 3 541
DS 

RD RR1FS23JQ 607 0 0
GGGCCGGC
AAGGTAGAGAGAGAGAGTGAGAGACGACACCATGGTTAAGTTTCTGAAGCAGAACAAAGC
TGTGATCCTCCTCCAAGGTCGTTATGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGTTCATTCGA
CGACGGCAACCGCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCGCCGGGCTCAAGAAGTATCC
GAGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAGTG
TTTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGGCGTGGA
TCTGAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCT
TAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAGGTGGTTCTT
CACCAAGCTCAGGTTTTGAGAAATGAGTTTT*TCTTTTTATCTTTTGTAATGGAATTTAC
GGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTGA
AAGATTTTGCCTTTTTT*AACATTTATCATCATTTGCTTAGCTTGAATTTTCAAGATT
C

QA 9 606 9 606
DS 

RD RR1FS23TF 607 0 0
GGGCCGGC
AAGGTAGAGAGAGAGAGTGAGAGACGACACCATGGTTAAGTTTCTGAAGCAGAACAAAGC
TGTGATCCTCCTCCAAGGTCGTTATGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGTTCATTCGA
CGACGGCAACCGCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCGCCGGGCTCAAGAAGTATCC
GAGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAGTG
TTTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGGCGTGGA
TCTGAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCT
TAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAGGTGGTTCTT
CACCAAGCTCAGGTTCTGAGAAATGAGTTTT*TCTTTTTATCTTTTGTAATGGAATTTAC
GGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTGA
AAGATTTTGCCTTTTTT*AACATTTATCATCATTTGCTTAGCTTGAATTTTCAAGATT
C

QA 9 606 9 606
DS 

RD RR1EL18TF 597 0 0
GG
AAGGTAGAGAGAGAGAGTGAGAGACGACACCATGGTTAAGTTTCTGAAGCAGAACAAAGC
TGTGATCCTCCTCCAAGGTCGTAATGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCTGTTCATTCGA
CGACGGCAACCGCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCGCCGGGCTCAAGAAGTATCC
GAGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAGTG
TTTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGA
TCTGAAGGAGGTTGCTACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCT
TAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACTGGTAAGAACAGGTGGTTCTT
CACCAAGCTCAGGTTCTGAGAAATGAGTTTT*TCTTTTTATCTTTTGTAATGGAATTTAC
GGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTGA
AAGATTTTGCCTTTTTT*AACATTTATCATCATTTGCTTAGCTTGAATTTTCAAG

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR1D716JQ 275 0 0
GCGGCTTTTAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAGG
TGGTTTTTCCCCAAGCTCAGGTTTTGAGAAATGAGTTTTCTTTTTTTTTTTTCTGTAATG
GAATTTACGGATTACTTTTGTAGTTTTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTGT
TGGTTTGAAAGATTTTGCCTTTTTTTAACATTTATCATCATTTGCTTAGCTTGAATTTTC
AAGATTTACAGTGCTGGATTGGTAGTGAAATGTGC

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR1D716TF 667 0 0
GGAAGGT
AGAGAGAGAGAGAGACGACGCCATGGTTAAGTTTCTGAAGCAGAACAAAGCTGTGATCCT
CCTCCAAGGTCGTTACGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGTTCCTTCGACGACGGCAA
CCGCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCGCCGGGCTCAAGAAGTATCCGAGCAAGCT
CATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAGTGTTTCATCAA
GGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGATCTGAAGGA
GGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCTTAAGGAAGC
TAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAGGTGGTTCTTCACCAAGCT
CAGGTTCTGAGAAATGAGTTTTCTTTTTTTATCTTCTGTAATGGAATTTACGGATTACTT
TTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTGAAAGATTTTG
CCTTTTTTTAACATTTATCATCATTTGCTTAGCTTGAATTTTCAAGATTTACAGTGCTGG
ATTGGTAGTGAAATGTGCTTGTCTGAATTTGTGTTTCATTGCCAACTGTTATGAATCAAA

QA 8 667 8 667
DS 



AS 1 10

CO CL393Contig1 746 10 3 U
GGAAGCGCCTCAACCTCACCGCCTTCTTGAGCTACCTCATCCCGTCGAGCTAATCTTCTC
TCTCAGAAGCGTGAGTAATGAGGAAGCTCAAGTACCATGAGAAGAAGGTTCTGAAGAAAG
TTAATTTCCTGGAATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACGGGTCGTT
ACCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA**TATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCA
GAAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGAC
TGATAACCTTCTGGAGAAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGC
TTTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTTCTGTAGGCGTAGGTTATCAACTGTGCTGGT
TCACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCAAGGACACAT
TCGTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACATGGAAGA
TTTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACAATGACAA
GTTGGATGATTACGACATGATGCTTGCTTAACTCTCTCTATTTGTCTTGCTTCTCAAAAG
TGTAAACCTTTTTTCTCTATTGCCAAACTATATGTTTTCATTACTTATCAAACCTTTTGC
AACAGATTTAAGACCAAAGCTTTTTT


BQ
10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 30 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 
35 35 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1DI71TF U 1
AF RR1CV96TF U -6
AF RR1E373TF U -6
AF RR1EB88TF U -6
AF RR1AK88TF U 1
AF RR1CV96JQ C 174
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AF RR1DF66TF U 1
AF RR1EB88JQ C 140
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BS 722 722 RR1DF66TF
BS 723 746 RR1AK88TF

RD RR1DI71TF 485 0 0
G
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CCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA**TATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAG
AAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGACT
GATAACCTTCTGGAGAAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGCT
TTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTTCTGTAGGCGTAGGTTATCAACTGTGCTGGTT
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CGTG

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DS 

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CACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA**TATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAGA
ATCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGACTG
ATAACCTTCTGGAGGAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGCTT
TAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTTCTGTAGGCGTATGTTATCAACTGTGCTGGTTC
ACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCAAGGACACATTC
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TCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACAATGACAAGT
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TAAACCTTTTTTCTC

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DS 

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GGAGGGTTT
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TCAGAAGCGTGAGTAATGAGGAAGCTCAAGTACCATGAGAAGAAGGTTCTGAAGAAAGTT
AATTTCCTGGAATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCACGAAAACCTCATCACGGGTCGTTAC
CACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAAAATATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAGA
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ATAACCTTCTGGAGAAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGCTT
TAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTTCTGTAGGCGTAGGTTATCAACTGTGCTGGTTC
ACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCAAGGACACATTC
GTGTAGGACCAGACACTATCACTTATCCAGCCTTCTTAGTAACACGGAACATGGAAGATT
TCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACAATGACAAGT
TGGATGATTACGACATGATGCTTGCTTAACTCTCTCTATTTGTCTTGCTTCTCAAAAGTG
TAAACCTTTTT*CTCTATTACCAAACTATATGTTTT

QA 10 705 10 705
DS 

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GGAGGGTTT
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AATTTCCTGGAATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACGGGTCGTTAC
CACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA**TATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAGA
AGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGACTG
ATAACCTTCTGGAGAAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGCTT
TAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTTCTGTAGGCGTAGGTTATCAACTGTGCTGGTTC
ACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGTAAGGACACATTC
GTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACATGGAAGATT
TCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACAATGACAAGT
TGGATGATTACGACATGATGCTTGCTTAACTCTCTCTATTTGTCTTGCTTCTCAAA*GTG
TAAACCTTTTTTCTCTATTGCCAAACTATATGTTTTCATTACTTATCAA
CCTTTGCACAGATTT

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DS 

RD RR1AK88TF 746 0 0
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TCTCAGAAGCGTGAGTAATGAGGAAGCTCAAGTACCATGAGAAGAAGGTTCTGAAGAAAG
TTAATTTCCTGGAATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACGGGTCGTT
ACCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA**TATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCA
GAAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGAC
TGATAACCTTCTGGAGAAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGC
TTTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTTCTGTAGGCGTAGGTTATCAACTGTGCTGGT
TCACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCAAGGACACAT
TCGTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACATGGAAGA
TTTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACAATGACAA
GTTGGATGATTACGACATGATGCTTGCTTAACTCTCTCTATTTGTCTTGCTTCTCAAAAG
TGTAAACCTTTTTTCTCTATTGCCAAACTATATGTTTTCATTACTTATCAAACCTTTTGC
AGCAGATTTAAGACCAAAGCTTTTTT

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DS 

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TGGTTCAGAATCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTC
AGATGACTGATAACCTTCTGGAGGAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAA
GCTTGGCTTTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTTCTGTAGGCGTATGTTATCAACTG
TGCTGGTTCACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCAAG
GACACATTCGTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACA
TGGAAGATTTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACA
ATGACAAGTTGGATGATTACGACATGATGCTTGCTTAACTCTCTCTATTTGTCTTGCTTC
TCAAAAGTGTAAACCTTTTTTCTCTATTGCCAAACTATATGTTTTCATTACTTATCAAAC
CTTTTGCAACA
C

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DS 

RD RR1DI71JQ 634 0 0
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GGGTCGTTACCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA**TATTCAGGATTGAGTAGG
ATGGTTCAGAAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATT
CAGATGACTGATAACCTTCTGGAGAAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAA
AGCTTGGCTTTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTTCTGTAGGCGTAGGTTATCAACT
GTGCTGGTTCACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCAA
GGACACATTCGTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAAC
ATGGAAGATTTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTAC
AATGACAAGTTGGATAATTACGACATGATGCTTGCTTAACTCTCTCTATTTGTCTTGCTT
CTCAAAAGTGTAAACCTTTTTTCTCTATTGCCAAACTATATGTTTTCATTACTTATCAAA
CCTTTTGCAACAGATTTAAGACCAAAGCTTTTT
T

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1DN14TF 735 0 0
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CTCAGAAGCGTGAGTAATGAGGAAGCTCAAGTACCATGAGAAGAAGGTTCTGAAGAAAGT
TAATTTCCTGGAATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACGGGTCGTTA
CCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA**TATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAG
AAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATCCAGATGACT
GATAACCTTCTGGAGAAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGCT
TTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTTCTGTAGGCGCAGGTTATCAACTGTGCTGGTT
CACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGTAAGGACACATT
CGTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACATGGAAGAT
TTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACAATGACAAG
TTGGATGATTACGACATGATGCTTGCTTAACTCTCTCTATTTGTCTTGCTTCTCAAGAGT
GTAAACCTTTTTTCTCTATTGCCAAACTATATGTTTTCATTACTTATCAAACCTTTTGCA
CAGATTTAGACCAAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1DF66TF 745 0 0
G
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CTCAGAAGCGTGAGTAATGAGGAAGCTCAAGTACCATGAGAAGAAGGTTCTGAAGAAAGT
TAATTTCCTGGAATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACGGGTCGTTA
CCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA**TATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAG
AAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGACT
GATAACCTTCTGGAGAAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGCT
TTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTTCTGTAGGCGTAGGTTATCAACTGTGCTGGTT
CACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGTAAGGACACATT
CGTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACATGGAAGAT
TTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACAATGACAAG
TTGGATGATTACGACATGATGCTTGCTTAACTCTCTCTATTTGTCTTGCTTCTCAAAAGT
GTAAACCTTTTTTCTCTATTGCCAAACTATATGTTTTCATTACTTATCAAACCTTTTGCA
ACAGATTTA*GACCAAA
GCTTTTT

QA 2 738 2 738
DS 

RD RR1EB88JQ 590 0 0
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CGACTACAAAAAA**TATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAGAAGCTGACGAATGTATTG
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CTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGCTTTAACTGATCGGTTATCA
GTTTCCTCCTTCTGTAGGCGTAGGTTATCAACTGTGCTGGTTCACCTCAAGTACGCAGAG
CACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGTAAGGACACATTCGTGTAGGACCAGACACT
ATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACATGGAAGATTTCATCACTTGGGTTGAT
TCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACAATGACAAGTTGGATGATTACGACATG
ATGCTTGCTTAACTCTCTCTATTTGTCTTGCTTCTCAAAAGTGTAAACCTTTTTTCTCTA
TTGCCAAACTATATGTTTTCATTACTTATCAAACCTTTTGCAACAGATTT

QA 1 590 1 590
DS 



AS 2 10

CO CL394Contig1 1572 7 11 U
AAACAAAGTATAATCTCATATATTGTATAACAATGTCAGAACCTGTAATGATAAATATTT
CAGGTTCCGCAGTGAAAATGATAGATGTAAGTTAACGTTACTACATATTTTGCACATCAC
TTTTATTCTTTTAACGTAAAGAAAGTTCATATGCAATGGAACTAAAGTTTGTTCATAGCA
TCCATATTTAACTTGAACTTAACCATTGCATCTCTTGGCAATGTCATGACCACTTTAACT
CCACCTTCCATCGATGGATCTAACTTAGAAGGTCTCAAGATCATTCCTATATGCATCGCA
CTCTCCCTCTGAGTCAACGGCCTCAGATTCACAGGCTCGTTCCAACCAAAATCCATCGAT
CCAAACCAACCAATATTCCTCCAGTCCGTCAAGAAGAACACACCGTCACTCACACCTTCG
AATTTTGCATCGTCTCTCATCAGTCTCTCTCCGTTGCTCAGCTCCTCCTCTATATACCCT
TTGTCATAGGCCGTTTTCTTGGCTTTCTTGACACGCTTTGCGATGTCGGAGATGGATGAT
TCCTCGAGTTCTCTGACGGTTAACTCGACGTACACGTCTATGTACGCGTTACCGTAGTAT
CCTTGAGGAAGTGGCGGATCTAGAACATGTCGGATCCCAACAGCTACGGCAAGGACAGTG
ATCCCGTCCGGGTTTAGTTTAAGGGCTCGAGATCTTGCCTTCCATATGCAAGAACTAAGT
ACTTCATAAGTGGTGAAACACTCTTCAGGGAACTCGCATTCTCTCATCAAGGAATCTTTA
CGCCTCTTTATGTTCACAGCTTGAATATTTATTATCTCTGTGACCAGATCAGAAGTTGGC
ATGTACGGTGAGGTGGCCAAAAGACTAGCAATGTGGCCACCGGGTACTTTGGCCGGTTCA
CTATCAATTTTCCCAACAAGCCGCTCCCTCTGCCACACCGGCACCACCGATGGTTCACTC
TTTCCTGCAGCGAACTCGGTTAAAGCATGGATGATCTGAGCCACACCAAATCCATCACAC
ACAACATGCGTCAATGCAGTGCCAATGGTAAACCCTCCACAAGCAAACTTGGTCACTTGC
AAAGCTAGAGGATGATAACAAAAGTCAGTATCATAGTCAATTTCAATCTCAGGCACAAGA
CGCAAAGCAACTTCATCATCAAGCTTTTCCAAATAGTCTAGAGAAGTGAGGTCTAGTGAT
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CTCTCTCCTCTCACTAGCTTGCCTGAAAGTGGATAATAATACACAAGAAGCTCGGACAAA
GCTTTCCTAATTAGAGTGACAGGATCGTTTTTATTATGTTCATTGGCTTTGTAAACATAA
ATGGTCGCGTACATGTCTTCATTGAGAACATCGCTGTCTAAAGTAGAAAGGGATAGGACT
TCACGAGGAGTGTGCTTTGAGGGCGTGACGAGCTCAGTTTGTTTCATTTCGAGTAATAGA
GGAAGGTTCCGTGTTGTTTGGTTTGACATCTTATACCAAGTTTATGAATGTAAAACAAAT
ATCAAATCAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FX80JQ U 41
AF RR1G703JQ U 1
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AF RR1AL46JQ U 1
AF RR1AL46TF C 504
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BS 745 1317 RR1AL46TF
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ATTTTGCACATCACTTTTATTCTTTTAACGTAAAGAAAGTTCATATGCAATGGAACTAAA
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CTATATGCATCGCAC

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CAGGTTCCGCAGTGAAAATGATAGATGTAAGTTAACGTTACTACATATTTTGCACATCAC
TTTTATTCTTTTAACGTAAAGAAAGTTCATATGCAATGGAACTAAAGTTTGTTCATAGCA
TCCATATTTAACTTGAACTTAACCATTGCATCTCTTGGCAATGTCATGACCACTTTAACT
CCACCTTCCATCGATGGATCTAACTTAAAAGGTCTCAAGATCATTCCTATATGCATCGCA
CTCTCCCTCTGAGTCAACGGCCTCAGATTCACAGGCTCGTTCCAACCAAAATCCATCGAT
CCAAACCAACCAATATTCCTCCAGTCCGTCAAGAAGAACACACCGTCACTCACACCTTCG
AATTTTGCATCGTCTCTCATCAGTCTCTCTCCGTTGCTCAGTTCCTCCTCTATATACCCT
TTGTCATAGGCCGTTTTCTTGGCTTTCTTGA

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DS 

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TGTTCATAGCATCCATATTTAACTTGAACTTAACCATTGCATCTCTTGGCAATGTCATGA
CCACTTTAACTCCACCTTCCATCGATGGATCTAACTTAGAAGGTCTCAAGATCATTCCTA
TATGCATCGCACTCTCCCTCTGAGTCAACGGCCTCAGATTCACAGGCTCGTTCCAACCAA
AATCCATCGATCCAAACCAACCAATATTCCTCCAGTCCGTCAAGAAGAACGCACCGTCAC
TCACACCTTCGAATTTTGCATCGTCTCTCATCAGTCTCTCTCCGTTGCTCAGCTCCTCCT
CTATATACCCTTTGTCATAGGCCGTTTTCTTGGCTTTCTTGACGCGCTTTGCGATGTCGG
AGATGGATGATTCCTCGAGTTCTCTGACGGTTAACTCGACGTACACGTCTATGTACGCGT
TACCGTAGTATCCTTGAGGAAGTGGCGGATCTAGAACATGTCGGATCCCAAC

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CAGGTTCCGCAGTGAAAATGATAGATGTAAGTTAACGTTATTACATATTTTGCATATCAC
TTTTATTCTTTTAACGTAAAGAAAGTTCATATGCAATGGAACTAAAGTTTGTTCATAGCA
TCCATATTTAACTTGAACTTAACCATTGCATCTCTTGGCAATGTCATGACCACTTTAACT
CCACCTTCCATCGATGGATCTAACTTAGAAGGTCTCAAGATCATTCCTATATGCATCGCA
CTCTCCCTCTGAGTCAACGGCCTCAGATTCACCGGCTCGTTCCAACCAAAATCCATCGAT
CCAAACCAACCAATATTCCTCCAGTCCGTCAAGAAGAACACACCGTCACTCACACCTTCG
AATTTTGCATCGTCTCTCATCAGTCTCTCTCCGTTGCTCAGCTCCTCCTCTATATACCCT
TTGTCATAGGCCGTTTTCTTGGCTTTCTTGACACGCTTTGCGATGTCGGAGATGGATGAT
TCCTCGAGTTCTCTGACGGTTAACTCGACGTACACGTCTATGTACGCGTTACCGTAGTAT
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ACTTCATAAGTGGTGAAACACTCT

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CTTTC
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GAGATCTTGCCTTCCATATGCAAGAACTAAGTACTTCATAAGTGGTGAAACACTCTTCAG
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TTATTATCTCTGTGACCAGATCAGAAGTTGGCATGTACGGTGAGGTGGCCAAAAGACTAG
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TCTGCCACACCGGCACCACCGATGGTTCACTCTTTCCTGCAGCGAACTCGGTTAAAGCAT
GGATGATCTGAGCCACACCAAATCCATCACACACAACATGCGTCAATGCAGTGCCAATGG
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TATCATAGTCAATTTCAATCTCAGGCACAAGACGCAAAGCAACTTCATCATCAAGCTTTT
CCAAATAGTCTAGAGAAGTGAGGTCTAGTGATGCCGTTGCGACGGTGAATGGGACTCCCT
CGCCCTGGCAAACTAGCTGAGGCTTTCGGCCACTCTCTCCTCTCACTAGCTTGCCTGAAA
GTGGATAATAATACACAAGAAGCTCGGAC
C

QA 6 814 6 814
DS 

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TACTTTGGCCGGTTCACTATCAATTTTCCCAACAAGCCGCTCCCTCTGCCACACCGGCAC
CACCGATGGTTCACTCTTTCCTGCAGCGAACTCGGTTAAAGCATGGATGATCTGAGCCAC
ACCAAATCCATCACACACAACATGCGTCAATGCAGTGCCAATGGTAAACCCTCCACAAGC
AAACTTGGTCACTTGCAAAGCTAGAGGATGATAACAAAAGTCAGTATCATAGTCAATTTC
AATCTCAGGCACAAGACGCAAAGCAACTTCATCATCAAGCTTTTCCAAATAGTCTAGAGA
AGTGAGGTCTAGTGATGCCGTTGCGACGGTGAATGGGACTCCCTCGCCCTGGCAAACTAG
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GGCTTTGTAAACATAAATGGTCGCGTACATGTCTTCATTGAGAACATCGCTGTCTAAAGT
AGAAAGGGATAGGACTTCACGAGGAGTGTGCTTTGAGGGCGTGACGAGTTCAGTTTGTTT
CATTTCGAGTAATAGAGGAAGGTTCCGTGTTGTTTGGTTTGACATCTTATACCAAGTTTA
TGAATGTAAAACAAATATCAAATCAACC

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DS 

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GATCTGAGCCACACCAAATCCATCACACACAACATGCGTCAATGCAGTGCCAATGGTAAA
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ATAGTCAATTTCAATCTCAGGCACAAGACGCAAAGCAACTTCATCATCAAGCTTTTCCAA
ATAGTCTAGAGAAGTGAGGTCTAGTGATGCCGTAGCGACGGTGAATGGGACTCCCTCGCC
CCGGCAAACTAGCTGAGGCTTTCGGCCACTCTCTCCTCTCACTAGCTTGCCTGAAAGTA*
ATAATAATACACAAGAAGCTCGGACAAAGCTTTCCTAATTAGAGTGACAGGATCGTTTTT
ATTATGTTCATTGGCTTTGTAAACATAAATGGTCGCGTACATGTCTTCATTGAGAACATC
GCTGTCTAAAGTAGAAAGGGATAGGACTTCACGAGGAGTGTGCTTTGAGGGTGTGACGAG
CTCAGTTTGTTTCATTTCGAGTAATAGAGGAAGGTTCCGTGTTGTTTGGTTTGACATCTT
ATACCAAGTTTATGAATGTAAAACAAATATCAAATC
CC

QA 1 636 1 636
DS 



CO CL394Contig2 868 3 4 U
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ACCTCACCGTACATGCCAACTACTGATCTGGTCACAGAGATAATAAACATTCAGGCTGTG
AATATAAAGAGGCTAAAAGACACTCTGATGAGAGAATGCGAGTTCCCTGAAGAGTGTTTC
ACCACATACGAAGTACTTAGTTCTTGCATATGGAAAGCAAGGTCTCGAGCCCTTAAACTA
AACCCTGACGGGATCACTGTCCTTGCCGTAGCTGTTGGGATCCGACATGTTCTAGATCCA
CCACTTCCTCAAGGATACTACGGTAACGCGTACATAGACGTGTATGTCGAGTTAACAGTC
AGAGAACTCGAACAATCATCGATCTCTGATATCGCAAAGCGCGTCAAGAAAGCCAAGAAA
ACAGCCTACGACAAGGGGTATATAGAGGAGGAGCTTAGTAACGGAGAGAGACTGATGAGG
GATGATGCCAAATTCGAAGGTGTGAGTGACGGTGTGTTTTTCTTGACGGATTGGAGGAAT
ATTGGTTGGTTCGGATCGATGGATTTTGGTTGGAACGAGCCTGTGAATCTGAGGCCGTTG
ACTCAGAGGGAGAGCGCGATGCATATAGGAATGATCTTGAGACCTTCTAAGTTAGATCCA
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AAGTTAAATATGGATGCTATGAACAAACTTTAGTTCCATTGCATATGAACTTTCTTTACG
TTAAAAGAATAAAAGTGATATGCAAAATATGTAATAATGTTAACTTACATCTATCATTTT
CACTGCGGAACCTGAAATATTTATCATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GR14TF U 1
AF RR1AE68JQ C 470
AF RR1AE68TF U 89
BS 1 305 RR1GR14TF
BS 306 671 RR1AE68TF
BS 672 672 RR1AE68JQ
BS 673 868 RR1AE68TF

RD RR1GR14TF 305 0 0
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ACCTCACCGTACATGCCAACTACTGATCTGGTCACAGAGATAATAAACATTCAGGCTGTG
AATATAAAGAGGCTAAAAGACACTCTGATGAGAGAATGCGAGTTCCCTGAAGAGTGTTTC
ACCACATACGAAGTACTTAGTTCTTGCATATGGAAAGCAAGGTCTCGAGCCCTTAAACTA
AACCCTGACGGGATCACTGTCCTTGCCGTAGCTGTTGGGATCCGACATGTTCTAGATCCA
CCACT

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR1AE68JQ 264 0 0
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ATTGGAGGAATATTGGTTGGTTTGGATCGATGGATTTTGGTTGGAACGAGCCTGTGAATT
TGAGGCCGTTGACTCAGAGGGAGAGCGGGATGCATATAGGAATGATTTTGAGACCTTTTA
AGTTAGATCCATCGATGGAAGGGGGAGTTAAAGTGGTCATGACATTGCCAAGAGATGCAA
TGGTTAAGTTCAAGTTAAATATGG

QA 1 264 1 264
DS 

RD RR1AE68TF 780 0 0
G
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GAGAGAATGCGAGTTCCCTGAAGAGTGTTTCACCACATACGAAGTACTTAGTTCTTGCAT
ATGGAAAGCAAGGTCTCGAGCCCTTAAACTAAACCCTGACGGGATCACTGTCCTTGCCGT
AGCTGTTGGGATCCGACATGTTCTAGATCCACCACTTCCTCAAGGATACTACGGTAACGC
GTACATAGACGTGTATGTCGAGTTAACAGTCAGAGAACTCGAACAATCATCGATCTCTGA
TATCGCAAAGCGCGTCAAGAAAGCCAAGAAAACAGCCTACGACAAGGGGTATATAGAGGA
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CGGTGTGTTTTTCTTGACGGATTGGAGGAATATTGGTTGGTTCGGATCGATGGATTTTGG
TTGGAACGAGCCTGTGAATCTGAGGCCGTTGACTCAGAGGGAGAGCGCGATGCATATAGG
AATGATCTTGAGACCTTCTAAGTTAGATCCATCGATGGAAGGTGGAGTTAAAGTGGTCAT
GACATTGCCAAGAGATGCAATGGTTAAGTTCAAGTTAAATATGGATGCTATGAACAAACT
TTAGTTCCATTGCATATGAACTTTCTTTACGTTAAAAGAATAAAAGTGATATGCAAAATA
TGTAATAATGTTAACTTACATCTATCATTTTCACTGCGGAACCTGAAATATTTATCATT

QA 2 780 2 780
DS 



AS 1 8

CO CL395Contig1 1355 8 18 U
GGACACAGACATTAAACAAGCCAAAGACAAACTCCAGAAGAAAACAAAAATGGCTTCAAC
TTCAACATTTCTCATGAAAACAATCTTCCTCGTACTCATTTTTCTCTCTTATACAATCTC
TCCGGCAACTTCAACAGCGCCCCAAGACTGCGCAAGCGAGTCAGCGAACCCATGCGTCAA
CAAGGCTAAAGCTATGCCTCTCAAAATCATAGCAATCGCAGCAATCCTAGTCGCAAGCAT
GATTGGTGTTGGTGCTCCTCTCTTTAGCCATTCCGTGCCATTCCTTCAACCCGACGGGAA
CATTTTCACGATCGTTAAATGTTTCGCCTCAGGGATTATCCTCGGAACTGGTTTTATGCA
CGTCTTGCCTGATTCTTTCCAGATGCTGTCTTCACAATGCCTCGAAGAGAACCCGTGGCA
CAAATTTCCTTTCTCCGGGTTTCTTGCTATGTTGTCCGGTCTAATCACTTTAGTCATCGA
TTCCATGGCTACGAGCATTTATACTAGCAAGAACGCAGTTGGAATCGTACCACATGGTCA
TGGTCACGGCCCTGGAAATGATGTTACCTTACCCACAAAAGATGGAGATTTCGCGAGTGC
ACAACTCTTGAGATATCGAGTCATTGCTATGGTACTGGAACTTGGAATCATAGTTCACTC
TGTAGTCATTGGACTATCTCTAGGAGCAACAAGTGACACTTGCACCATTAAAGGACTCAT
CGCAGCTCTTTGCTTCCATCAAATGTTCGAAGGCATGGGTCTTGGTGGTTGCATCCTCCA
GGCTGAGTATACGAACTTGAAAAAGTTTCTTATGGCGTTCTTTTTTGCGGTGACAACGCC
TTTTGGAATAGCCTTAGGGATCGCTCTTTCGACCATCTACAGAGACAATAGTCCCTCTGC
ATTGGTAACTGTTGGATTGCTCAATGCATGCTCCGCAGGATTGCTCATCTACATGGCGCT
TGTGGACCTTCTTGCGGCAGAGTTCATGGGACCAAAGCTTCAAGGTAGCATCAAAATGCA
GATCAAGTGTTTCATTGCAGCTCTTCTTGGGTGCGGTGGCATGTCGATCATCGCCAAATG
GGCTTAACTAATTCCACTGATAGTACTGCAGAATTGAAGTCATGTGGATTTCGTTGTCGA
ACCTAAAAGACCTTATTAGGTTTAAGTCTCGACTCTTTAATCGTGTTTTTTCCCTTTACA
AGATATACTTGGTATCTATCATATTTAACGTCTTTTAATATATATGTATTGTGGTTGGTT
CAACAAGTCTTTCCTTTTGTTTACGGGGTAATAATTAATTCTTGTCGCGCGTATAATGTT
TTCTCATGTCATTTAAATAAATAAGACTCTTTTTC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 15 15 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ31TFB U 1
AF RR1H269TF U 3
AF RR1EA80TF U 6
AF RR1EK62TF U 1
AF RR1EK62JQ C 574
AF RR1BM64TF U 956
AF RR1GZ31JQ C 750
AF RR1EA80JQ C 666
BS 1 74 RR1EK62TF
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BS 76 132 RR1EK62TF
BS 133 133 RR1H269TF
BS 134 688 RR1EK62TF
BS 689 689 RR1EA80TF
BS 690 742 RR1EK62TF
BS 743 743 RR1EK62JQ
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BS 753 753 RR1EK62JQ
BS 754 794 RR1EK62TF
BS 795 832 RR1EK62JQ
BS 833 833 RR1EA80JQ
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BS 956 1213 RR1BM64TF
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BS 1215 1269 RR1BM64TF
BS 1270 1355 RR1EA80JQ

RD RR1GZ31TFB 570 0 0
GGACAC
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ATTTCTCATGAAAACAATCTTCCTCGTACTCATTTTTCTCTCTTATACAATCTCTCCGGC
AACTTCAACAGCGCCCCAAGACTGCGCAAGCGAGTCAGCGAACCCATGCGTCAACAAGGC
TAAAGCTATGCCTCTCAAAATCATAGCAATCGCAGCAATCCTAGTCGCAAGCATGATTGG
TGTTGGTGCTCCTCTCTTTAGCCATTCCGTGCCATTCCTTCAACCCGACGGGAACATTTT
CACGATCGTTAAATGTTTCGCCTCAGGGATTATCCTCGGAACTGGTTTTATGCACGTCTT
GCCTGATTCTTTCCAGATGCTGTCTTCACAATGCCTCGAAGAGAACCCGTGGCACAAATT
TCCTTTCTCCGGGTTTCTTGCTATGTTGTCCGGTCTAATCACTTTAGTCATCGATTCCAT
GGCTACGAGCATTTATACTAGCAAGAACGCAGTTGGAATCGTACCACATGGTCATGGTCA
*GGCCCTGGAAATGATGTTGCCTT

QA 7 570 7 570
DS 

RD RR1H269TF 608 0 0
GGGC
AGACATTAAACAAGCCAAAGACAAACTCCAGAAGAAAACAAAAATGGCTTCAACTTCAAC
ATTTCTCATGAAAACAATCTTCCTTGTACTCATTTTTCTCTCTTATACAATCTCTCCGGC
AATTTCAACAGCCCCCCAAGACTGCGCAAGCGAGTCAGCGAACCCATGCGTCAACAAGGC
TAAAGCTTTGCCTCTCAAAATCATAGCAATCGCAGCAATCCTAGTCGCAAGCATGATTGG
TGTTGGTGCTCCTCTCTTTAGCCGTTCCGTGCCATTCCTTCAACCCGACGGGAACATTTT
CACGATCGTTAAATGTTTCGCCTCAGGGATTATCCTCGGAACCGGTTTTATGCACGTCTT
GCCTGATTCTTTCGAGATGTTGTCTTCACAATGCCTGGAAGAGAACCCGTGGCACAAATT
TCCTTTCTCCGGGTTTCTTGCTATGTTGTCCGGTCTAATCACTTTAGTCATCGATTCCAT
GGCTACGAGCATTTATACTATCAAGAACGCAGTTGGAATCTTACCACATGGTCATGGTCA
CGGCCCTGGAAATGATGTTACCTTACCACTAAAAG*TGGAGATTCCCCGAGTGCACAACT
CTTG

QA 5 608 5 608
DS 

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G
AGACATTAAACAAGCCAAAGACAAACTCCAGAAGAAAACAAAAATGGCTTCAACTTCAAC
ATTTCTCATGAAAACAATCTTCCTCGTACTCATTTTTCTCTCTTATACAATCTCTCCGGC
AACTTCAACAGCGCCCCAAGACTGCGCAAGCGAGTCAGCGAACCCATGCGTCAACAAGGC
TAAAGCTATGCCTCTCAAAATCATAGCAATCGCAGCAATCCTAGTCGCAAGCATGATTGG
TGTTGGTGCTCCTCTCTTTAGCCATTCCGTGCCATTCCTTCAACCCGACGGGAACATTTT
CACGATCGTTAAATGTTTCGCCTCAGGGATTATCCTCGGAACTGGTTTTATGCACGTCTT
GCCTGATTCTTTCCAGATGCTGTCTTCACAATGCCTCGAAGAGAACCCGTGGCACAAATT
TCCTTTCTCCGGGTTTCTTGCTATGTTGTCCGGTCTAATCACTTTAGTCATCGATTCCAT
GGCTACGAGCATTTATACTAGCAAGAACGCAGTTGGAATCGTACCACATGGTCATGGTCA
CGGCCCTGGAAATGATGTTACCTTACCCACAAAAGATGGAGATTTCGCGAGTGCACAACT
CTTGAGATATCGAGTCATTGCTATGGTACTGGAACTTGGAATCATAGTTCACTCTGTAGT
CATTGGACTATCTCTAGGAGCAACAAGTGACACTTGCACCATTAAAGGACTCATCGCAGC
TCTTTGCTTCCATCAA
ATGTTCAAAG

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DS 

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TTCAACATTTCTCACGAAAACAATCTTCCTCGTACTCATTTTTCTCTCTTATACAATCTC
TCCGGCAACTTCGACAGCGCCCCAAGACTGCGCAAGCGAGTCAGCGAACCCATGCGTCAA
CAAGGCTAAAGCTATGCCTCTCAAAATCATAGCAATCGCAGCAATCCTAGTCGCAAGCAT
GATTGGTGTTGGTGCTCCTCTCTTTAGCCATTCCGTGCCATTCCTTCAACCCGACGGGAA
CATTTTCACGATCGTTAAATGTTTCGCCTCAGGGATTATCCTCGGAACTGGTTTTATGCA
CGTCTTGCCTGATTCTTTCCAGATGCTGTCTTCACAATGCCTCGAAGAGAACCCGTGGCA
CAAATTTCCTTTCTCCGGGTTTCTTGCTATGTTGTCCGGTCTAATCACTTTAGTCATCGA
TTCCATGGCTACGAGCATTTATACTAGCAAGAACGCAGTTGGAATCGTACCACATGGTCA
TGGTCACGGCCCTGGAAATGATGTTACCTTACCCACAAAAGATGGAGATTTCGCGAGTGC
ACAACTCTTGAGATATCGAGTCATTGCTATGGTACTGGAACTTGGAATCATAGTTCACTC
TGTAGTCATTGGACTATCTCTAGGAGCA*CAAGTGACACTTGCACCATTAAAGGACTCAT
CGCAGCTCTTTGCTTCCATCAA*TGTTCGAAG*CATGGGTCTTGGTGGTTGCATCCTCCA
GGCTGAGTATACGA
C

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1EK62JQ 668 0 0
CACAAAAGATGGAGATTTCGCGAGTGCACAACTCTTGAGATATCGAGTCATTGCTATGGT
ACTGGAACTTGGAATCATAGTTCACTCTGTAGTCATTGGACTATCTCTAGGAGCAACAAG
TGACACTTGCACCATTAAAGGACTCATCGCAGCTCTTTGCTTCCATCAAATGTTCGAAGG
CATGGGTCTTGGTGGTTGCATCCTCCAGGCTGAGTATACGAACTTGAAAAAGTTTCTTAT
GGCGTTCTTTTTTGCGGTGGCAACGCCTTTTGGAATAGCCTTAGGGATCGCTCTTTCGAC
CATCTACAGAGACAATAGTCCCTCTGCATTGGTAACTGTTGGATTGCTCAATGCATGCTC
CGCAGGATTGCTCATCTACATGGCGCTTGTGGACCTTCTTGCGGCAGAGTTCATGGGACC
AAAGCTTCAAGGTAGCATCAAAATGCAGATCAAGTGTTTCATTGCAGCTCTTCTTGGGTG
CGGTGGCATGTCGATCATCGCCAAATGGGCTTAACTAATTCCACTGATAGTACTGCAGAA
TTGAAGTCATGTGGATTTCGTTGTCGAACCTAAAAGACCTTATTAGGTTTAAGTCTCGAC
TCTTTAATCGTGTTTTTTCCCTTTACAAGATATACTTGGTATCTATCATATTTAACGTCT
TTTAATAT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1BM64TF 314 0 0
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ATGCAGATCAAGTGTTTCATTGCAGCTCTTCTTGGGTGCGGTGGCATGTCGATCATCGCC
AAATGGGCTTAACTAATTCCACTGATAGTACTGCAGAATTGAAGTCATGTGGATTTCGTT
GTCGAACCTAAAAGACCTTATTAGGTTTAAGTCTCGACTCTTTAATCGTGTTTTTTCCCT
TTACAAGATATACTTGGTGTCTATCATATTTAACGTCTTTTAATATATATGTATTGTGGT
TGGTTCAACAAGTC

QA 1 314 1 314
DS 

RD RR1GZ31JQ 540 0 0
AA
GGCATGGGTCTTGGTGGTTGCATCCTCCAGGCTGAGTATACGAACTTGAAAAAGTTTCTT
ATGGCGTTCTTTTTTGCGGTGACAACGCCTTTTGGAATAGCCTTAGGGATCGCTCTTTCG
ACCATCTACAGAGACAATAGTCCCTCTGCATTGGTAACTGTTGGATTGCTCAATGCATGC
TCCGCAGGATTGCTCATCTACATGGCGCTTGTGGACCTTCTTGCGGCAGAGTTCATGGGA
CCAAAGCTTCAAGGTAGCATCAAAATGCAGATCAAGTGTTTCATCGCAGCTCTTCTTGGG
TGCGGTGGCATGTCGATCATCGCCAAATGGGCTTAACTAATTCCACTGATAGTACTGCAG
AATTGAAGTCATGTGGATTTCGTTGTCGAACCTAAAAGACCTTATTAGGTTTAAGTCTCG
ACTCTTTAATCGTGTTTTTTCCCTTTACAAGATATACTTGGTATCTATCATATTTAACGT
CTTTTAATATATATGTATTGTGGTTGGTTCAACAAGTCTTTCCTTTTGTTTACGGGGT

QA 3 540 3 540
DS 

RD RR1EA80JQ 690 0 0
TCATTGGACTATCTCTAGGAGCAACAAGTGACACTTGCACCATTAAAGGACTCATCGCAG
CTCTTTGCTTCCATCAAATGTTCAAAGGCATGGGTCTTGGTGGTTGCATCCTCCAGGCTG
AGTATACGAACTTGAAAAAGTTTCTTATGGCGTTCTTTTTTGCGGTGACAACGCCTTTTG
GAATAGCCTTAGGGATCGCTCTTTCGACCATCTACAGAGACAATAGTCCCTCTGCATTGG
TAACTGTTGGATTGCTCAATGCATGCTCCGCAGGATTGCTCATCTACATGGCGCTTGTGG
ACCTTCTTGCGGCAGAGTTCATGGGACCAAAGCTTCAAGGTAGCATCAAAATGCGGATCA
AGTGTTTCATTGCAGCTCTTCTTGGGTGCGGTGGCATGTCGATCATCGCCAAATGGGCTT
AACTAATTCCACTGATAGTACTGCAGAATTGAAGTCATGTGGATTTCGTTGTCGAACCTA
AAAGACCTTATTAGGTTTAAGTCTCGACTCTTTAATCGTGTTTTTTCCCTTTACAAGATA
TACTTGGTATCTATCATATTTAACGTCTTTTAATATATATGTATTGTGGTTGGTTCAACA
AGTCTTTCCTTTTGTTTACGGGGTAATAATTAATTCTTGTCGCGCGTATAATGTTTTCTC
ATGTCATTTAAATAAATAAGACTCTTTTTC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 2 10

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TCAAGTGGAAGCTACCAAAGGCAACAAGAAGAGTCGTCGTCAGTGTTGCAGATCGTCAGA
ACTCAAACTTCCGATGGAGGAAAGTAACAACAGGCAGAGCAAATGTTGCGGCGGAAGCAT
CTAGAGTTCCGACATCAGTACCGGTGAGAGTTGCGCGTGAGCTAGCTCAAGCAGGATACA
AATATCTCGACGTGAGGACACCGGACGAGTTCAGTATCGGACATCCGTCTAGAGCTATTA
ACGTGCCTTACATGTACAGAGTCGGATCAGGAATGGTTAAGAACCCGAGTTTTCTAAGGC
AGGTCTCGTCTCATTTCAGGAAACACGACGAGATCATCATCGGTTGTGAGAGCGGGGAAA
GATCTCTCATGGCTTCCACTGAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATTG
CTGGAGGGTACGTAGCCTGGACAGAGAATGAACTACCAGTAGAAGAGTGAAAACAAAAAA
CATGAACCTATCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGTTTATGTTTCAACACAAGTG
TTTGTGTATGTCAATGGCACTACCAAATGATATAAGTTTCATTTGGAACAAAAATCTCAT
AGCC


BQ
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR1BA40TF U 190
AF RR1D575JQ C 1
AF RR1D575TF U 1
AF RR1C735TF U 3
AF RR1BU66TF U 1
AF RR1BU66JQ C 81
BS 1 589 RR1BU66TF
BS 590 590 RR1BA40TF
BS 591 724 RR1BU66TF

RD RR1BA40TF 519 0 0
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ACATGTACAGAGTCGGATCAGGGATGGTTAAGAACCCGAGTTTTCTAAGGCAGGTCTCGT
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TGGCTTCCACTGAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATTGCTGGAGGGT
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AA

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DS 

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QA 1 706 1 706
DS 

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CTAGAGTTCCGACATCAGTACCGGTGAGAGTTGCGCGTGAGCTAGCTCAAGCAGGATACA
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GATCTCTCATGGCTTCCACTGAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATTG
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CATGAACCTATCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGTTTATGTTTCAACACAAGTG
TTTGTGTATGTCAATGGCACTAC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1C735TF 702 0 0
GG
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AAACTTCCGATGGAGGAAAGTAACAACAGGCAGAGCAAATGTTGCGGCGGAAGCATCTAG
AGTTCCGACATCAGTACCGGTGAGAGTTGCGCGTGAGCTAGCTCAAGCAGGATACAAATA
TCTCGACGTGAGGACACCGGACGAGTTCAGTATCGGACATCCGTCTAGAGCTATTAACGT
GCCTTACATGTACAGAGTCGGATCAGGAATGGTTAAGAACCCGAGTTTTCTAAGGCAGGT
CTCGTCTCATTTCAGGAAACACGACGAGATCATCATCGGTTGTGAGAGCGGGGAAAGATC
TCTCATGGCTTCCACTGAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATTGCTGG
AGGGTACGTAGCCTGGACAGAGAATGAACTACCAGTAGAAGAGTGAAAACAAAAAACATG
AACCTATCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGTTTATGTTTCAACACAAGTGTTTG
TGTATGTCAATGGCACTACCAAATGATATAAGTTTCATTT

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR1BU66TF 724 0 0
GGATAACTCAAAATATCTACGAACACAAGAAGAAAAAAATGGAATCTACTTTAAACACAA
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TCAAGTGGAAGCTACCAAAGGCAACAAGAAGAGTCGTCGTCAGTGTTGCAGATCGTCAGA
ACTCAAACTTCCGATGGAGGAAAGTAACAACAGGCAGAGCAAATGTTGCGGCGGAAGCAT
CTAGAGTTCCGACATCAGTACCGGTGAGAGTTGCGCGTGAGCTAGCTCAAGCAGGATACA
AATATCTCGACGTGAGGACACCGGACGAGTTCAGTATCGGACATCCGTCTAGAGCTATTA
ACGTGCCTTACATGTACAGAGTCGGATCAGGAATGGTTAAGAACCCGAGTTTTCTAAGGC
AGGTCTCGTCTCATTTCAGGAAACACGACGAGATCATCATCGGTTGTGAGAGCGGGGAAA
GATCTCTCATGGCTTCCACTGAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATTG
CTGGAGGGTACGTAGCCTGGACAGAGAATGAACTACCAGTAGAAGAGTGCAAACAAAAAA
CATGAACCTATCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGTTTATGTTTCAACACAAGTG
TTTGTGTATGTCAATGGCACTACCAAATGATATAAGTTTCATTTGGAACAAAAATCTCAT
AGCC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1BU66JQ 644 0 0
TCATCGGTTATATCTCCACCTCTACAAGTGTGTGAATCTTTCAAGTGGAAGCTACCAAAG
GCAACAAGAAGAGTCGTCGTCAGTGTTGCAGATCGTCAGAACTCAAACTTCCGATGGAGG
AAAGTAACAACAGGCAGAGCAAATGTTGCGGCGGAAGCATCTAGAGTTCCGACATCAGTA
CCGGTGAGAGTTGCGCGTGAGCTAGCTCAAGCAGGATACAAATATCTCGACGTGAGGACA
CCGGACGAGTTCAGTATCGGACATCCGTCTAGAGCTATTAACGTGCCTTACATGTACAGA
GTCGGATCAGGAATGGTTAAGAACCCGAGTTTTTTAAGGCAGGTCTCGTCTCATTTCAGG
AAACACGACGAGATCATCATCGGTTGTGAGAGCGGGGAAAGATCTCTCATGGCTTCCACT
GAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATTGCTGGAGGGTACGTAGCCTGG
ACAGAGAATGAACTACCAGTAGAAGAGTGCAAACAAAAAACATGAACCTATCCGTTTGTA
AATTTGCAAATAAATAATTGTTTATGTTTCAACACAAGTGTTTGTGTATGTCAATGGCAC
TACCAAATGATATAAGTTTCATTTGGAACAAAAATCTCATAGCC

QA 1 644 1 644
DS 



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TTCAAGTGGAAGCTACCAAAGGCAACAAGAAGAGTCGTTAGTGTTGCAGATCGTCAGAAC
TCAAACTTCCGATGGAGGAAAGTAACAACAGGCAGAGCAAATGTTGCGGCGGAAGCAGCA
GCTAGAGTTCCGACATCAGTACCGGTGAGAGTTGCGCGTGAGCTAGCTCAAGCAGGATAC
AAACATCTTGACGTCAGGACACCGGACTAGTTCAGTATCGGACATCCGTCTAGAGCTATT
AACGTGCCTTACATGTACAGAGTCGGGTCAGGAATGGTTAAGAACCCGAGTTTTCTAAGG
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AGATCTCTCATGGCTTCCACTGAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATT
GCTGGAGGATACGTTGCCTGGACAGAGAATGAACTACCAGTAGAAGAGTGAAAACAAAAA
AAAACATGGACCTATCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGTATATGTTTCAACACA
AGTGTTTGTGTATGTCAATGGCACTACCAAATGATATAAGTTTCATTTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D590JQ C 341
AF RR1D590TF U 30
AF RR1C491TF U 1
AF RR1C491JQ C 1
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BS 605 645 RR1C491TF
BS 646 710 RR1C491JQ

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DS 

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CTACCAGTAGAAGAGTG

QA 5 561 5 561
DS 

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AAA*CATGGACCTATCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGT
ATA

QA 1 645 1 645
DS 

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TTCAAGTGGAAGCTACCAAAGGCAACAAGAAGAGTCGTTAGTGTTGCAGATCGTCAGAAC
TCAAACTTCCGATGGAGGAAAGTAACAACAGGCAGAGCAAATGTTGCGGCGGAAGCAGCA
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AACGTGCCTTACATGTACAGAGTCGGGTCAGGAATGGTTAAGAACCCGAGTTTTTTAAGG
CAGGTATCGTCTCATTTCAGGAAACACGACGAGATCATCATCGGTTGTGAGAGCGGAGAA
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GCTGGAGGATACGTTGCCTGGACAGAGAATGAACTACCAGTAGAAGAGTGAAAACAAAAA
AAAACATGGACCTATCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGTATATGTTTCAACACA
AGTGTTTGTGTATGTCAATGGCACTACCAAATGATATAAGTTTCATTTGG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 10

CO CL397Contig1 896 10 50 U
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TCCTCTCCTCCTCATCGCCGCGGTGCTTCTCTCAACGGAGACATCAGCTCAGCCGGCAGC
ACCAGCTCCAGGCCCTGCTGGTCCTATCAACCTCACGGCAATCCTCGAAAAAGGCGGTCA
ATTCACTACTTTCATGCATCTTTTGAAAATCACTCAAATCGGTAGCCAAGTGGACACTCA
AGTCAACAGTTCATCCGAAGGCATGACCGTGTTCGCTCCAACGGACAATGCTTTCCAAAA
CCTCAAAGCCGGAACTCTAAACAAGTTGAGCGCAGACGAACAAGTCAAACTCATTCTCTA
CCACGTCAGCCCCAAATTCTACACTTTGGACGATCTCCTCTCCGTGAGTAACCCGGTTAG
GACTCAAGCTTCCGGCCGTGACAACGGTGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTGAAGCTAA
CCAAGTCAATGTCTCAACCGGTTACGTGGAGACACGTGTCAGCAATGCGTTGAGATCACA
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GCACAAGCTTTCCCCGATCGCTCCTGCCCCTAAATCTCCGACCACTGGGGTTTCCGATGA
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AATATAATTGTGATCGTTGCATTGTATTTGTTTCTGATGATTCTATCCGGTTTGGGTTAT
GAAATTTGTTCATTAAATTCCATGAAATGAAATGTGAGATTATTGATCTACTACAC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 5 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
20 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1AN57TF U 2
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CACAAGCTTTCCCCGATCGCTCCTGCCCCTAAATCTCCGACCACTGGGGTTTCCGATGAC
AACACCAACTCCACTAAAAAGGCTCCTGCGTCGGCAGATAAGTCAGCATCTGGTG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1A124TF 674 0 0
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TTCACTACTTTCATGCATCTTTTGAAAATCACTCAAATCGGTAGCCAAGTGGACACTCAA
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CGTCCTCTCGCGGTGTATGTTGTCGACATGGTTTTGTTGCCTGGTGAGATGTTCGGAGAG
CACAAGCTTTCCCCGATCGCTCCTGCCCCTAAATCTCCGACCACTGGGGTTTCCGATGAC
AACACCAACTCCAC

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1AN57TF 677 0 0
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CCTCTCCTCCTCATCGCCGCCGTGATTCTCTCAACGGAGATATCTGCTCAGCCGGCAGCA
CCAGCTCCAGGCCCTGCTGGTCTTATCAACCTCACGGCAATCCTAGAAAAAGGCGGTCAA
TTCACTACTTTCATGCATCTTTTGAAAATCACTCAAATCGGTAGCCAAGTGGACACTCAA
GTCAACAGTTCATCCGAAGGCATGACCGTGTTCGCTCCAACGGACAATGCTTTTCAAAAC
CTCAAAGCCGGAACTCTTAACAAGTTGAGCGCAGACGAACAAGTCAAGCTCATTCTCTAC
CACGTCAGCCCTAAATTCTACACTTTGGACGATCTCCTCTCCGTGAGTAACCCGGTTAGG
ACTCAAGCTTCCGACCGTGACAACGGTGTTTACGGTCTTAACTTCACCGGTGAAGCTAAC
CAAGTCAATGTTTCAACCGGTTACGTGGAGACACGTGTCAGCAATGCGTTGAGATCACAA
CGTCCTCTCGCGGTGTATGTTGTGGACATGGTTTTGTTGCCTGGTGAGATGTTCGGAGAG
CACAAGCTTTCCCCGATCGCTCCTGCCCCTAAATCTCCGACCACTGGGGTTTCCGATGAC
AACACCAACTCCACTAA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1CE25TF 728 0 0
GGGACTCTTCAGAGATTAAGTAAACAACCTAGCAATGGCTATCACCCGTCTAACTCTAGC
TCCTCTCCTCCTCATCGCCGCCGTGATTCTCTCAACGGAGATATCTGCTCAGCCGGCAGC
ACCAGCTCCAGGCCCTGCTGGTCCTATCAACCTCACGGCAATCCTAGAAAAAGGCGGTCA
ATTCACTACTTTCATGCATCTTTTGAAAATCACTCAAATCGGTGGCCAAGTGGACACTCA
AGTCAACAGTTCATCCGAAGGCATGACCGTGTTCGCTCCAACGGACAATGCTTTTCAAAA
CCTCAAAGCCGGAACTCTTAACAAGTTGAGCGCAGACGAACAAGTCAAGCCCATTCTCTA
CCACGTCAGCCCTAAATTCTACACTTTGGACGATCTCCTCTCCGTGAGTAACCCGGTTAG
GACTCAAGCTTCCGGCCGTGACAACGGTGTTTACGGTCTTAACTTCACCGGTGAAGCTAA
CCAAGTCAATGTTTCAACCGGTTACGTGGAGACACGTGTCAGCAATGCGTTGAGATCACA
ACGTCCTCTCGCGGTGTATGTTGTGGACATGGTTTTGTTGCCTGGTGAGATGTTCGGAGA
GCACAAGCTTTCCCCGATCGCTCCTGCCCCTAAATCTCCGACCACTGGGGTTTCCGATGA
CAACACCAACTCCACTAAAAAG*CTCCTGCGTCGGCAGATAAGTCAGCATCTGGTGAGAG
GAGAGTTG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1E404TF 592 0 0
G
CTCGAAAAAGGCGGTCAATTCACTACTTTCATGCATCTTTTGAAAATCACTCAAATCGGT
AGCCAAGTGGACACTCAAGTCAACAGTTCATCCGAAGGCATGACCGTGTTCGCTCCAACG
GACAATGCTTTCCAAAACCTCAAAGCCGGAACTCTAAACAAGTTGAGCGCAGACGAACAA
GTCAAACTCATTCTCTACCACGTCAGCCCCAAATTCTACACTTTGGACGATCTCCTCTCC
GTGAGTAACCCGGTTAGGACTCAAGCTTCCGGCCGTGACAACGGTGTTTACGGACTTAAC
TTCACCGGTGAAGCTAACCAAGTCAATGTCTCAACCGGTTACGTGTAGACACGTGTCAGC
AATGCGTTGAGATCACAGCGTCCTCTCGCGGTGTATGTTGTCGACATGGTTTTGTTGCCT
GGTGAGATGTTCGGAGAGCACAAGCTTTCCCCGATCGCTCCTGCCCCTAAATCTCCGACC
ACTGGGGTTTCCGATGACAACACCAACTCCACTAAAAAGGCTCCTGCGTCGGCAGATAAG
TCAGCATCTGGTGAGAGGAGAGTTGGACTACGGTTTGGTTTTGGACTTGTT

QA 2 592 2 592
DS 

RD RR1CF61TF 785 0 0
G
CTCATCGCCGCGGTGCTTCTCTCAACGGAGACATCAGCTCAGCCGGCAGCACCAGCTCCA
AGCCCTGCTGGTCCTATCAACCTCACGGCAATCCTCGAAAAAGGCGGTCAATTCACTACT
TTCACGCATCTTTTGAAAATCACTCAAATCGGTAGCCAAGTGGCCACTCAAGTCAACAGT
TCATCCGAAGGCATGACCGTGTTCGCTCCAACGGACAATGCTTTCCAAAACCTCAAAGCC
GGAACTCTAAACAAGTTGAGCGCAGACGAACAAGTCAAACTCATTCTCTACCACGTCAGC
CCCAAATTCTACACTTTGGACGATCTCCTCTCCGTGAGTAACCCGGTTAGGACTCAAGCT
TCCGGCCGTGACAACGGTGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTGAAGCTAACCAAGTCAAT
GTCTCAACCGGTTACGTGGAGACACGTGTCGGCAATGCGTTGAGATCACAGCGTCCTCTC
GCGGTGTATGTTGTCGACATGGTTTTGTTGCCTGGTGAGATGTTCGGAGAGCACAAGCTT
TCCCCGATCGCTCCTGCCCCTAAATCTCCGACCACTGGGGTTTCCGATGACAACACCAAC
TCCACTAAAAAG*CTCCTGCGTCGGCAGATAAGTCAGCATCTGGTGAGAGGAGAGTTGGA
CTAGGGTT*GGTTTTGGACTTGTTATCTTGTGTT*GAAGTTTATCTTCTGA*TATAATTG
TGATCGTTGCATTGTATTTGTTTCTGATGATTCTATCCG*TTTGGGTTATGAAATTTGTT
CATT

QA 2 785 2 785
DS 

RD RR1B875TF 795 0 0
G
CGGAGACATCAGCTCAGCCGGCAGCACCAGCTCCAGGCCCTGCTGGTCCTATCAACCTCA
CGGCAATCCTCGAAAAAGGCGGTCAATTCACTACTTTCATGCATCTTTTGAAAATCACTC
AAATCGGTAGCCAAGTGGACACTCAAGTCAACAGTTCATCCGAAGGCATGACCGTGTTCG
CTCCAACGGACAATGCTTTCCAAAACCTCAAAGCCGGAACTCTAAACAAGTTGAGCGCAG
ACGAACAAGTCAAACTCATTCTCTACCACGTCAGCC**AAATTCTACACTTTGGACGATC
TCCTCTCCGTGAGTAACCCGGTTAGGACTCAAGCTTCCGGCCGTGACAACGGTGTTTACG
GACTTAACTTCACTGGTGAAGCTAACCAAGTCAATGTCTCAACCGGTTACGTGGAGACAC
GTGTCAGCAATGCGTTGAGATCACAGCGTCCTCTCGCGGTGTATGTTGTCGACATGGTTT
TGTTGCCTGGTGAGATGTTCGGAGAGCACAAGCTTTCCCCGATCGCTCCTGCCCCTAAAT
CTCCGACCACTGGGGTTTCCGATGACAACACCAACTCCACTAAAAAGGCTCCTGCGTCGG
CAGATAAGTCAGCATCTGGTGAGAGGAGAGTTGGACTAGGGTTTGGTTTTGGACTTGTTA
TCTTGTGTTTGAAGTTTATCTTCTGAATATAATTGTGATCGTTGCATTGTATTTGTTTCT
GATGATTCTATCCGGTTTGGGTTATGAAATTTGTTCATTAAATTCCATGAAATGAAATGT
GAGATTATTGATC
T

QA 2 794 2 794
DS 

RD RR1A124JQ 742 0 0
CAACCTCACGGCAATCCTCGAAAAAGGCGGTCAATTCACTACTTTCATGCATCTTTTGAA
AATCACTCAAATCGGTAGCCAAGTGGACACTCAAGTCAACAGTTCATCCGAAGGCATGAC
CGTGTTCGCTCCAACGGACAATGCTTTCCAAAACCTCAAAGCCGGAACTCTAAACAAGTT
GAGCGCAGACGAACAAGTCAAACTCATTCTCTACCACGTCAGCCCCAAATTCTACACTTT
GGACGATCTCCTCTCCGTGAGTAACCCGGTTAGGACTCAAGCTTCCGGCCGTGACAACGG
TGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTGAAGCTAACCAAGTCAATGTCTCAACCGGTTACGT
GGAGACACGTGTCAGCAATGCGTTGAGATCACAGCGTCCTCTCGCGGTGTATGTTGTCGA
CATGGTTTTGTTGCCTGGTGAGATGTTCGGAGAGCACAAGCTTTCCCCGATCGCTCCTGC
CCCTAAATCTCCGACCACTGGGGTTTCCGATGACAACACCAACTCCACTAAAAAGGCTCC
TGCGTCGGCAGATAAGTCAGCATCTGGTGAGAGGAGAGTTGGACTAGGGTTTGGTTTTGG
ACTTGTTATCTTGTGTTTGAAGTTTATCTTCTGAATATAATTGTGATCGTTGCATTGTAT
TTGTTTCTGATGATTCTATCCGGTTTGGGTTATGAAATTTGTTCATTAAATTCCATGAAA
TGAAATGTGAGATTATTGATC
C

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1CE25JQ 741 0 0
AACCTCACGGCAATCCTAGAAAAAGGCGGTCAATTCACTACTTTCATGCATCTTTTGAAA
ATCACTCAAATCGGTGGCCAAGTGGACACTCAAGTCAACAGTTCATCCGAAGGCATGACC
GTGTTCGCTCCAACGGACAATGCTTTTCAAAACCTCAAAGCCGGAACTCTTAACAAGTTG
AGCGCAGACGAACAAGTCAAGCCCATTCTCTACCACGTCAGCCCTAAATTCTACACTTTG
GACGATCTCCTCTCCGTGAGTAACCCGGTTAGGACTCAAGCTTCCGGCCGTGACAACGGT
GTTTACGGTCTTAACTTCACCGGTGAAGCTAACCAAGTCAATGTTTCAACCGGTTACGTG
GAGACACGTGTCAGCAATGCGTTGAGATCACAACGTCCTCTCGCGGTGTATGTTGTGGAC
ATGGTTTTGTTGCCTGGTGAGATGTTCGGAGAGCACAAGCTTTCCCCGATCGCTCCTGCC
CCTAAATCTCCGACCACTGGGGTTTCCGATGACAACACCAACTCCACTAAAAAGGCTCCT
GCGTCGGCAGATAAGTCAGCATCTGGTGAGAGGAGAGTTGGACTAGGGTTTGGTTTTGGA
CTTGTTGTCTTGTGTTTGAAGTTTATCTTCTGAATAT***TGTGATCGTTGCATTGTATT
TGTTTCTGATGATTCTATCCGGTTTGGATTATGAAATTTGTTCATTAAATTCCATGAAAT
GAAATGTGAGATTATTGATC
C

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1E404JQ 662 0 0
CACTCAAGTCAACAGTTCATCCGAAGGCATGACCGTGTTCGCTCCAACGGACAATGCTTT
CCAAAACCTCAAAGCCGGAACTCTAAACAAGTTGAGCGCAGACGAACAAGTCAAACTCAT
TCTCTACCACGTCAGCCCCAAATTCTACACTTTGGACGATCTCCTCTCCGTGAGTAACCC
GGTTAGGACTCAAGCTTCCGGCCGTGACAACGGTGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTGA
AGCTAACCAAGTCAATGTCTCAACCGGTTACGTGTAGACACGTGTCAGCAATGCGTTGAG
ATCACAGCGTCCTCTCGCGGTGTATGTTGTCGACATGGTTTTGTTGCCTGGTGAGATGTT
CGGAGAGCACAAGCTTTCCCCGATCGCTCCTGCCCCTAAATCTCCGACCACTGGGGTTTC
CGATGACAACACCAACTCCACTAAAAAGGCTCCTGCGTCGGCAGATAAGTCAGCATCTGG
TGAGAGGAGAGTTGGACTAGGGTTTGGTTTTGGACTTGTTATCTTGTGTTTGAAGTTTAT
CTTCTGAATATAATTGTGATCGTTGCATTGTATTTGTTTCTGATGATTCTATCCGGTTTG
GGTTATGAAATTTGTTCATTAAATTCCATGAAATGAAATGTGAGATTATTGATCTACTAC
AC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 9

CO CL398Contig1 741 9 12 U
GGAGCGCAGTCGCAGCCGGACGAAGAACGTTCTCAGAGAAAGCAAACTCCGTTAACAAAC
GTCGGCATGGGGCGACTCCACTCTAAAGGGAAGGGAATCTCAGCATCTGCTTTGCCGTAC
AAGCGTTCACCCCCGAGTTGGCTCAAGACAACCTCTCAGGATGTTGATGAGTCCATTTGC
AAGTTTGCAAAGAAGGGTTTGACTCCGTCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCAC
GGTATCCCACAGGTGAAGAGTGTTACTGGAAACAAGATTTTGAGAATCTTGAAAGCTCAT
GGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTTTACCACCTGATCAAGAAAGCTGTTGCCATC
CGCAAGCATCTTGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGACTCCAAGTTCAGGTTGATTCTTGTG
GAGAGCAGAATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCTCCCGTC
TGGAAGTATGAATCTACAACCGCAAGCACTCTTGTCGCTTAGGGAATCATAGAGTTGGGC
AAAGTCCTTGATGAACTACAATTTCATTGCTGCATTGCAAACTCAATTTCTACGTCAATG
GATTTTGTATCTGTTTTTTAGTTCTTCTGATGAGTTACAGTTATAATACGATTTTGGATT
AAAGAGAGTACTCTTGTTCATGTTATCCTTCAGTTTTGACTTTAAATCCGTGTTGAAGCC
TCTAATCTTTATTTCGGTTGC


BQ
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1H904TF U 1
AF RR1D428TF U 1
AF RR1FR95JQ C 102
AF RR1FR95TF U 6
AF RR1GL76TF U 1
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AF RR1FZ46JQ C 1
AF RR1G684JQ C 111
AF RR1FZ46TF U 1
BS 1 114 RR1D428TF
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QA 1 581 1 581
DS 

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QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1FR95JQ 581 0 0
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TGTTGATGAGTCCATTTGCAAGTTTGCAAAGAAGGGTTTGACTCCGTCTCAGATTGGTGT
CATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCACAGGTGAAGAGTGTTACTGGAAACAAGATTTT
GAGAATCTTGAAAGCTCATGGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTTTACCACCTGAT
CAAGAAAGCTGTTGCCATCCGCAAGCATCTTGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGACTCCAA
GTTCAGGTTGATTCTTGTGGAGAGCAGAATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGAC
CAAGAAGCTCCCTCCCGTCTGGAAGTATGAATCTACAACCGCAAGCACTCTTGTCGCTTA
GGGAATCATAGAGTTGGGCAAAGTCCTTGATGAACTACAATTTCATTGCTGCATTGCAAA
CTCAATTTCTATGTCAATGGATTTTGTATCTGTTTTTTAGTTCTTCTGATGAGTTACAGT
TATAATACGATTTTGGATTAAAGAGAGTACTCTTGTTTATG

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1FR95TF 677 0 0
GG
AGTCGCAGCCGGACGAAGAACGTTCTCAGAGAAAGCAAACTCCGTTAACAAACGTCGGCA
TGGGGCGACTCCACTCTAAAGGGAAGGGAATCTCAGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGTT
CACCCCCGAGTTGGCTCAAGACAACCTCTCAGGATGTTGATGAGTCCATTTGCAAGTTTG
CAAAGAAGGGTTTGACTCCGTCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCC
CACAGGTGAAGAGTGTTACTGGAAACAAGATTTTGAGAATCTTGAAAGCTCATGGTCTTG
CTCCTGAGATCCCTGAGGATCTTTACCACCTGATCAAGAAAGCTGTTGCCATCCGCAAGC
ATCTTGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGACTCCAAGTTCAGGTTGATTCTTGTGGAGAGCA
GAATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCTCCCGTCTGGAAGT
ATGAATCTACAACCGCAAGCACTCTTGTCGCTTAGGGAATCATAGAGTTGGGCAAAGTCC
TTGATGAACTACAATTTCATTGCTGCATTGCAAACTCAATTTCTATGTCAATGGATTTTG
TATCTGTTTTTTAGTTCTTCTGATGAGTTACAGTTATAATACGATTTTGGATTAAAGAGA
GTACTCTTGTTTATG

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR1GL76TF 698 0 0
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AAGTTTGCAAAGAAGGGTTTGACTCCGTCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCAC
GGTATCCCACAGGTGAAGAGTGTTACTGGAAACAAGATTTTGAGAATCTTGAAAGCTCAT
GGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTTTACCACCTGATCAAGAAAGCTGTTGCCATC
CGCAAGCATCTTGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGACTCCAAGTTCAGGTTGATTCTTGTG
GAGAGCAGAATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCTCCCGTC
TGGAAGTATGAATCTACAACCGCAAGCACTCTTGTCGCTTAGGGAATCATAGAGTTGGGC
AAAGTCCTTGATGAACTACAATTTCATTGCTGCATTGCAAACTCAATTTCTATGTCAATG
GATTTTGTATCTGTTTTTTAGTTCTTCTGATGAGTTACAGTTATAATACGATTTTGGATT
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QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1G684TF 683 0 0
GGAGCGCAGTCGCAGCCGGACGAAGAACGTTCTCAGAGAAAGCAAACTCCGTTAACAAAC
GTCGGCATGGGGCGACTCCACTCTAAAGGGAAGGGAATCTCAGCATCTGCTTTGCCGTAC
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AAGTTTGCAAAGAAGGGTTTGACTCCGTCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCAC
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GGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTTTACCACCTGATCAAGAAAGCTGTTGCCATC
CGCAAGCATCTTGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGACTCCAAGTTCGGGTTGATTCTTGTG
GAGAGCAGAATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCTCCCGTC
TGGAAGTATGAATCTACAACCGCAAGCACTCTTGTCGCTTAGGGAATCATAGAGTTGGGC
AAAGTCCTTGATGAACTACAATTTCATTGCTGCATTGCAAACTCAATTTCTACGTCAATG
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AAAGAGAGTACTCTTGTTCATGT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1FZ46JQ 741 0 0
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GTCGGCATGGGGCGACTCCACTCTAAAGGGAAGGGAATCTCAGCATCTGCTTTGCCGTAC
AAGCGTTCACCCCCGAGTTGGCTCAAGACAACCTCTCAGGATGTTGATGAGTCCATTTGC
AAGTTTGCAAAGAAGGGTTTGACTCCGTCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCAC
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GGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTTTACCACCTGATCAAGAAAGCTGTTGCCATC
CGCAAGCATCTTGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGACTCCAAGTTCGGGTTGATTCTTGTG
GAGAGCAGAATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCTCCCGTC
TGGAAGTATGAATCTACAACCGCAAGCACTCTTGTCGCTTAGGGAATCATAGAGTTGGGC
AAAGTCCTTGATGAACTACAATTTCATTGCTGCATTGCAAACTCAATTTCTACGTCAATG
GATTTTGTATCTGTTTTTTAGTTCTTCTGATGAGTTACAGTTATAATACGATTTTGGATT
AAAGAGAGTACTCTTGTTCATGTTATCCTTCAGTTTTGACTTTAAATCCGTGTTGAAGCC
TCTAATCTTTATTTCGGTTGC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1G684JQ 631 0 0
TTTGCCGTACAAGCGTTCACCCCCGAGTTGGCTCAAGACAACCTCTCAGGATGTTGATGA
GTCCATTTGCAAGTTTGCAAAGAAGGGTTTGACTCCGTCTCAGATTGGTGTCATTCTTCG
TGACTCTCACGGTATCCCACAGGTGAAGAGTGTTACTGGAAACAAGATTTTGAGAATCTT
GAAAGCTCATGGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTTTACCACCTGATCAAGAAAGC
TGTTGCCATCCGCAAGCATCTTGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGACTCCAAGTTCGGGTT
GATTCTTGTGGAGAGCAGAATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCT
CCCTCCCGTCTGGAAGTATGAATCTACAACCGCAAGCACTCTTGTCGCTTAGGGAATCAT
AGAGTTGGGCAAAGTCCTTGATGAACTACAATTTCATTGCTGCATTGCAAACTCAATTTT
TACGTCAATGGATTTTGTATCTGTTTTTTAGTTCTTCTGATGAGTTACAGTTATAATACG
ATTTTGGATTAAAGAGAGTACTCTTGTTCATGTTATCCTTCAGTTTTGACTTTAAATCCG
TGTTGAAGCCTCTAATCTTTATTTCGGTTGC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1FZ46TF 731 0 0
GGAGCGCAGTCGCAGCCGGACGAAGAACGTTCTCAGAGAAAGCAAACTCCGTTAACAAAC
GTCGGCATGGGGCGACTCCACTCTAAAGGGAAGGGAATCTCAGCATCTGCTTTGCCGTAC
AAGCGTTCACCCCCGAGTTGGCTCAAGACAACCTCTCAGGATGTTGATGAGTCCATTTGC
AAGTTTGCAAAGAAGGGTTTGACTCCGTCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCAC
GGTATCCCACAGGTGAAGAGTGTTACTGGAAACAAGATTTTGAGAATCTTGAAAGCTCAT
GGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTTTACCACCTGATCAAGAAAGCTGTTGCCATC
CGCAAGCATCTTGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGACTCCAAGTTCGGGTTGATTCTTGTG
GAGAGCAGAATCCACCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCTCCCGTC
TGGAAGTATGAATCTACAACCGCAAGCACTCTTGTCGCTTAGGGAATCATAGAGTTGGGC
AAAGTCCTTGATGAACTACAATTTCATTGCTGCATTGCAAACTCAATTTCTACGTCAATG
GATTTTGTATCTGTTTTTTAGTTCTTCTGATGAGTTACAGTTATAATACGATTTTGGATT
AAAGAGAGTACTCTTGTTCATGTTATCCTTCAGTTTTGACTTTAAATCCGTGTTGA*GCC
TCTAATCTTTA

QA 1 731 1 731
DS 



AS 2 9

CO CL399Contig1 482 5 9 U
TCTCTCTTCTTCATTATTTCATTATAAAGATCAAATTCATCTTTAGGAGTTTCGGGTCCA
CCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCGCAGTCCT
TCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCTTGATATG
CTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACGTGATCGT
ATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAGCTTGAGA
TTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACTAAATAAG
CTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTCATGCCAA
TTTCATAGAATGACTTTTGACTATTGCACTGCATCACATGAATACTGACTCTTTTGTATT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1AR95TF U 1
AF RR1DK04JQ C 82
AF RR1DK04TF U 82
AF RR1DB55JQ C 54
AF RR1DB55TF U 54
BS 1 53 RR1AR95TF
BS 54 55 RR1DB55TF
BS 56 67 RR1AR95TF
BS 68 68 RR1DB55TF
BS 69 143 RR1AR95TF
BS 144 144 RR1DK04TF
BS 145 243 RR1AR95TF
BS 244 386 RR1DK04TF
BS 387 482 RR1DB55TF

RD RR1AR95TF 243 0 0
TCTCTCTTCTTCATTATTTCATTATAAAGATCAAATTCATCTTTAGGAGTTTCTTGTCCA
CCTTTGATAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCGCAGTCCT
TCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCCCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCTTGATATG
CTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACGTGATCGT
ATT

QA 1 243 1 243
DS 

RD RR1DK04JQ 305 0 0
CAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCGCAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTG
CCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCTTGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGG
CTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACGTGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGA
AACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAGCTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAAT
GTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACTAAATAAGCTGCTATGCAATCTCATCAGT
TTCCT

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR1DK04TF 305 0 0
CAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCGCAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTG
CCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCTTGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGG
CTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACGTGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGA
AACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAGCTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAAT
GTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACTAAATAAGCTGCTATGCAATCTCATCAGT
TTCCT

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR1DB55JQ 381 0 0
GGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCG
CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACG
TGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACT
AAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTC
ATGCCAATTTCATAG
AATGAC

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR1DB55TF 429 0 0
GGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCG
CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACG
TGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACT
AAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTC
ATGCCAATTTCATAGAATGACTTTTGACTATTGCACTGCATCACATGAATACTGACTCTT
TTGTATTCC

QA 1 429 1 429
DS 



CO CL399Contig2 382 4 3 U
GGGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATC
GCAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTC
TTGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTAGGCTACATCCCAGGGATAATATATGCTATTTAC
GTGATCGTGTTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCA
GCTTGAGACTATCTGCTGGTCCATTCAATGTCTTTGAAACTGTTTTACTTATGTAATGTA
ACCACTAAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCGGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATT
CAAGTCATGCCAATTTCATAGG


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 

AF RR1CW74JQ C 1
AF RR1CW74TF U 1
AF RR1AE13TF U 2
AF RR1DN55TF U 2
BS 1 1 RR1CW74JQ
BS 2 381 RR1CW74TF
BS 382 382 RR1CW74JQ

RD RR1CW74JQ 382 0 0
GGGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTTTGCGAGATCTTGATC
GCAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTC
TTGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTAGGCTACATCCCAGGGATAATATATGCTATTTAC
GTGATCGTGTTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCA
GCTTGAGACTATCTGCTGGTCCATTCAATGTCTTTGAAACTGTTTTACTTATGTAATGTA
ACCACTAAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCGGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATT
CAAGTCATGCCAATTTCATAGG

QA 1 382 1 382
DS 

RD RR1CW74TF 382 0 0
G
GGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCG
CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTAGGCTACATCCCAGGGATAATATATGCTATTTACG
TGATCGTGTTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGACTATCTGCTGGTCCATTCAATGTCTTTGAAACTGTTTTACTTATGTAATGTAA
CCACTAAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCGGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTC
AAGTCATGCCAATTTCATAG
G

QA 2 381 2 381
DS 

RD RR1AE13TF 380 0 0
GGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCG
CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTAGGCTACATCCCAGGGATAATATATGCTATTTACG
TGATCGTGTTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGACTATCTGCTGGTCCATTCAATGTCTTTGAAACTGTTTTACTTATGTAATGTAA
CCACTAAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCGGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTC
AAGTCATGCCAATTTCATAG

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR1DN55TF 378 0 0
GGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCG
CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTAGGCTACATCCCAGGGATAATATATGCTATTTACG
TGATCGTGTTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGACTATCTGCTGGTCCATTCAATGTCTTTGAAACTGTTTTACTTATGTAATGTAA
CCACTAAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCGGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTC
AAGTCATGCCAATTTCAT

QA 1 378 1 378
DS 



AS 1 10

CO CL400Contig1 734 10 8 U
GGACGAACCATTAAACTCAGCAGCTAATAAACAATTAAACAAATTCTTTAAGAGATTCTC
AGAACACCACAAGAAAAACATGAAACATGGAATGTGTTCACTGCTGCTGCTTACAGTTTC
AGTGGCAGTGATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCT
TATAAGCATGGCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTCTACTACTCCTTCCCAGCA
GTGTTGCAATCAGTTGGCTAATGCTGTCAGGTCGTCTCCTGAGTGTTTGTGTGAGGTTCC
CAAAGGTGGAGGTCCCCAGCTTGGGATCAATGTTAGTCAAACACAAGCTCTTGCTTTGCC
TAAAGCTTGTAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGG
ATTATCAAACATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCTGATGGGAATTCTATCAAGCT
CTCATTCCCTCTTCTCGCCATCCTATCCACAGCTTCCTACATTATATGCTCAAAATACTG
ACCTTTTTCGTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAG
TCTCTATTGAATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGC
CCTACTTTCTGAGTGATATCGACAAATAGTGTGTTGTATCTACGGCCTTTAGGCAATAAA
CATTACTTTTTAGG


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 45 60 55 55 55 40 55 55 50 50 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1DP51TF U 1
AF RR1EU08TF U 491
AF RR1DU55JQ C 281
AF RR1DU55TF U 70
AF RR1CB61TF U 8
AF RR1AV05TF U 2
AF RR1E761TF U 1
AF RR1CB61JQ C 457
AF RR1E761JQ C 1
AF RR1AV05JQ C 2
BS 1 15 RR1DP51TF
BS 16 16 RR1CB61TF
BS 17 110 RR1DP51TF
BS 111 111 RR1DU55TF
BS 112 671 RR1DP51TF
BS 672 683 RR1EU08TF
BS 684 729 RR1E761JQ
BS 730 734 RR1AV05JQ

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AGAACACCACAAGAAAAACATGAAACATGGAATGTGTTCACTGCTGCTGCCTACAGTTTC
AGTGGCAGTGATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCT
TATAAGCATGGCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTCTACTACTCCTTCCCAGCA
GTGTTGCAATCAGTTGGCTAATGCTGTCAGGTCGTCTCCTGAGTGTTTGTGTGAGGTTCC
CAAAGGTGGAGGTCCCCAGCTTGGGATCAATGTTAGTCAAACACAAGCTCTTGCTTTGCC
TAAAGCTTGTAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGG
ATTATCAAACATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCTGATGGGAATTCTATCAAGCT
CTCATTCCCTCTTCTCGCCATCCTATCCACAGCTTCCTACATTATATGCTCAAAATACTG
ACCTTTTTCGTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAG
TCTCTATTGAATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGC
CCTACTTTCTG

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DS 

RD RR1EU08TF 193 0 0
AGG
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GAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAGTCTCTATTGAATA
TGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGCCCTGCTTTCTGAG
TGATATCGAC

QA 4 193 4 193
DS 

RD RR1DU55JQ 395 0 0
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ACACAAGCTCTTGCTTTGCCTAAAGCTTGTAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGC
AATGTTAATTCGCATGCAGGATTATCAAACATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCT
GATGGGAATTCTATCAAGCTCTCATTCCCTCTTCTCGCCATCCTATCCACAGCTTCCTAC
ATTATATGCTCAAAATACTGACCTTTTTCGTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTG
ATAGGCATATTCTTTACTAGTCTCTATTGAATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATG
TATTTTGTGCTTTATAAAGCCCTACTTTCTGAG
GC

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR1DU55TF 612 0 0
G
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ATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCTTATAAGCATG
GCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTCTACTACTCCTTCCCAGCATTGTTGCAAT
CAGTTGGCTAATGCTGTCAGGTCGTCTCCTGAGTGTTTGTGTGAGGTTCCCAAAGGTGGA
GGTCCCCAGCTTGGGATCAATGTTAGTCAAACACAAGCTCTTGCTTTGCCTAAAGCTTGT
AATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGGATTATCAAAC
ATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCTGATGGGAATTCTATCAAGCTCTCATTCCCT
CTTCTCGCCATCCTATCCACAGCTTCCTACATTATATGCTCAAAATACTGACCTTTTTCG
TTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAGTCTCTATTGA
ATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGCCCTACTTTCT
GAG
GCAAAAAA

QA 2 604 2 604
DS 

RD RR1CB61TF 668 0 0
GG
ATTAAACTCAGCAGCTAATAAACAATTAAACAAATTCTTTAAGAGATTCTCAGAACACCA
CAAGAAAAACATGAAACATGGAATGTGTTCACTGCTGCTGCTTACAGTTTCAGTGGCAGT
GATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCTTATAAGCAT
GGCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTCTACTACTCCTTCCCAGCAGTGTTGCAA
TCAGTTGGCTAATGCTGTCAGGTCGTCTCCTGAGTGTTTGTGTGAGGTTCCCAAAGGTGG
AGGTCCCCAGCTTGGGATCAATGTTAGTCAAACACAAGCTCTTGCTTTGCCTAAAGCTTG
TAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGGATTATCAAA
CATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCTGATGGGAATTCTATCAAGCTCTCATTCCC
TCTTCTCGCCATCCTATCCACAGCTTCCTACATTATATGCTCAAAATACTGACCTTTTTC
GTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAGTCTCTATTG
AATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGCCCTACTTTC
TGAG
CC

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR1AV05TF 672 0 0
GACGAACCATTAAACTCAGCAGCTAATAAACAATTAAACAAATTCTTTAAGAGATTCTCA
GAACACCACAAGAAAAACATGAAACATGGAATGTGTTCACTGCTGCTGCTTACAGTTTCA
GTGGCAGTGATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCTT
ATAAGCATGGCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTCTACTACTCCTTCCCAGCAG
TGTTGCAATCAGTTGGCTAATGCTGTCAGGTCGTCTCCTGAGTGTTTGTGTGAGGTTCCC
AAAGGTGGAGGTCCCCAGCTTGGGATCAATGTTAGTCAAACACAAGCTCTTGCTTTGCCT
AAAGCTTGTAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGGA
TTATCAAACATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCTGATGGGAATTCTATCAAGCTC
TCATTCCCTCTTCTCGCCATCCTATCCACAGCTTCCTACATTATATGCTCAAAATACTGA
CCTTTTTCGTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAGT
CTCTATTGAATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGCC
CTACTTTCTGAG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1E761TF 685 0 0
G
GACGAACCATTAAACTCAGCAGCTAATAAACAATTAAACAAATTCTTTAAGAGATTCTCA
GAACACCACAAGAAAAACATGAAACATGGAATGTGTTCACTGCTGCTGCTTACAGTTTCA
GTGGCAGTGATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCTT
ATAAGCATGGCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTCTACTACTCCTTCCTAGCAG
TGTTGCAATCAGTTGGCTAATGCTGTCAGGTCGTCTCCTGAGTGTTTGTGTGAGGTTCCC
AAAGGTGGAGGTCCCCAGCTTGGGATCAATGTTAGTCAAACACAAGCTCTTGCTTTGCCT
AAAGCTTGTAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGGA
TTATCAAACATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCTGATGGGAATTCTATCAAGCTC
TCATTCCCTCTCCTCGCCATCCTATCCACAGCTTCCTACATTATATGCTCAAAATACTGA
CCTTTTTCGTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAGT
CTCTATTGAATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGCC
CTACTTTCTGAGTGATATCGAC
AA

QA 2 683 2 683
DS 

RD RR1CB61JQ 209 0 0
GTT
TGATGGGAATTCTATCAAGCTCTCATTCCCTCTTCTCGCCATCCTATCCACAGCTTCCTA
CATTATATGCTCAAAATACTGACCTTTTTCGTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTT
GATAGGCATATTCTTTACTAGTCTCTATTGAATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTAT
GTATTTTGTGCTTTATAAAGCCCTAC

QA 4 209 4 209
DS 

RD RR1E761JQ 734 0 0
G
GACGAACCATTAAACTCAGCAGCTAATAAACAATTAAACAAATTCTTTAAGAGATTCTCA
GAACACCACAAGAAAAACATGAAACATGGAATGTGTTCACTGCTGCTGCTTACAGTTTCA
GTGGCAGTGATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCTT
ATAAGCATGGCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTCTACTACTCCTTCCTAGCAG
TGTTGCAATCAGTTGGCTAATGCTGTCAGGTCGTCTCCTGAGTGTTTGTGTGAGGTTCCC
AAAGGTGGAGGTCCCCAGCTTGGGATCAATGTTAGTCAAACACAAGCTCTTGCTTTGCCT
AAAGCTTGTAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGGA
TTATCAAACATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCTGATGGGAATTCTATCAAGCTC
TCATTCCCTCTCCTCGCCATCCTATCCACAGCTTCCTACATTATATGCTCAAAATACTGA
CCTTTTTCGTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAGT
CTCTATTGAATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGCC
CTACTTTCTGAGTGATATCGACAAATAGTGTGTTGTATCTACGGCCTTTAGGCAATAAAC
ATTACTTT
CTAGC

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR1AV05JQ 733 0 0
GACGAACCATTAAACTCAGCAGCTAATAAACAATTAAACAAATTCTTTAAGAGATTCTCA
GAACACCACAAGAAAAACATGAAACATGGAATGTGTTCACTGCTGCTGCTTACAGTTTCA
GTGGCAGTGATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCTT
ATAAGCATGGCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTTTACTACTCCTTCCCAGCAG
TGTTGCAATCAGTTGGCTAATGCTGTCAGGTCGTTTCCTGAGTGTTTGTGTGAGGTTCCC
AAAGGTGGAGGTCCCCAGCTTGGGATCAATGTTAGTCAAACACAAGCTCTTGCTTTGCCT
AAAGCTTGTAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGGA
TTATCAAACATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTTTGATGGGAATTCTATCAAGCTC
TCATTCCCTCTTCTCGCCATCCTATCCACAGCTTCCTACATTATATGCTCAAAATACTGA
CCTTTTTCGTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAGT
CTCTATTGAATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGCC
CTACTTTTTGAGTGATATCGACAAATAGTGTGTTGTATTTACGGCCTTTAGGCAATAAAC
ATTACTTTTTAGG

QA 1 733 1 733
DS 



AS 2 10

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AAAAGTCCTCAAACCACAACTCATATTTTATTTGGTTACTCTCAGGTAAAAGCAAGATTA
ATGCAACGGATCAATGACTTGACCAATAAACAGAATCACTCCTGTTATGTTCTCCATGAC
CACCAACAGAAACGGATGGTCCGCCACAAAATCTATAATCTCTTCCTCCACAGCCAAAGA
CCTTAGCTTTATTACTGCAGCTGACGCAGCTGCAGCTTCAGTTCCTTCTTCATTCACCTC
AATACACGCTTTATGGAAAATGCTTGATACCGTTAGATTCTTCCCCATCTCTGGAGACTC
AACCATCTCAGTCAGTCCATCTTCACCAGAAAAGGGTGAAGTCAGTCCCAATCCTTTCAA
AACATCCGAAGCTTCCAACCCGAAAGAAAACTTAAACTTGGGGATCTTGAACTCGCCCAC
CTTAACTTGTCCGCGTGGAATATGGCTATCCAAGAACCCAGGATTGGAAACTATCTTATC
GAGAA


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 

AF RR1GZ90JQ U 4
AF RR1CK20JQ U 1
AF RR1FR50JQ U 4
BS 1 435 RR1CK20JQ
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BS 448 448 RR1FR50JQ
BS 449 545 RR1CK20JQ

RD RR1GZ90JQ 384 0 0
GT
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TCCTCAAACCACAACTCATATTTTATTTGGTTACTCTCAGGTAAAAGCAAGATTAATGCA
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ACAGAAACGGATGGTCCGCCACAAAATCTATAATCTCTTCCTCCACAGCCAAAGACCTTA
GCTTTATTACTGCAGCTGACGCAGCTGCAGCTTCAGTTCCTTCTTCATTCACCTCAATAC
ACGCTTTATGGAAAATGCTTGATACCGTTAGATTCTTCCCCATCTCTGGAGACTCAACCA
TCTCAGTCAGTCCATCTTCACC

QA 3 384 3 384
DS 

RD RR1CK20JQ 545 0 0
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AAAAGTCCTCAAACCACAACTCATATTTTATTTGGTTACTCTCAGGTAAAAGCAAGATTA
ATGCAACGGATCAATGACTTGACCAATAAACAGAATCACTCCTGTTATGTTCTCCATGAC
CACCAACAGAAACGGATGGTCCGCCACAAAATCTATAATCTCTTCCTCCACAGCCAAAGA
CCTTAGCTTTATTACTGCAGCTGACGCAGCTGCAGCTTCAGTTCCTTCTTCATTCACCTC
AATACACGCTTTATGGAAAATGCTTGATACCGTTAGATTCTTCCCCATCTCTGGAGACTC
AACCATCTCAGTCAGTCCATCTTCACCAGAAAAGGGTGAAGTCAGTCCCAATCCTTTCAA
AACATCCGAAGCTTCGAACCCGAAAGAGAACTTAAACTTGGGGATCTTGAACTCGCCCAC
CTTAACTTGTCCGCGTGGAATATGGCTATCCAAGAACCCAGGATTGGAAACTATCTTATC
GAGAA

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1FR50JQ 542 0 0
GT
GAAAAAGAAAGTATTTATTATTAATTATTGCACACATCAAAGTTAAAAGCAGGAAAAAAG
TCCTCAAACCACAACCCATATTTTATTTGGTTACTCTCAGGTAAAAGCAAGATTAATGCA
ACGGATCAATGACTTGACCAATAAACAGAATCACTCCTGTTATGTTCTCCATGACCACCA
ACAGAAACGGATGGTCCGCCACAAAATCTATAATCTCTTCCTCCACAGCCAAAGACCTTA
GCTTTATTACTGCAGCTGCCGCAGCTGCAGCTTCAGTTCCTTCTTCATTCACCTCAATAC
ACGCTTTATGGAAAATGCTTGATACCGTTAGATTCTTCCCCATCTCTGGAGACTCAACCA
TCTCAGTCAGTCCATCTTCACCAGAAAAGGGTGAAGTCAGTCCCAATCCTTTCAAAACAT
CCGAAGCTTCCAACCCGAAAGAAAACTTAAACTTGGGGATCTTGAACTCGCCCACCTTAA
CTTGTCTGCGTGGAATATGGCTATCCAAGAACCCAGGATTGGAAACTATCTTATCGAGAA

QA 3 542 3 542
DS 



CO CL401Contig2 1386 7 42 U
GGATCAAAATAAATACATCTCAGTCGTCTTCTTCTAAAATTCGTTGCTAGTAAATTGATC
GACCAGTCACCACCTCGACCAGCGAAAATGGACGTGCGCCAATCAATCTCACTGCAAAAC
CATGTCTCCATGAGCCTCGCCAAGAACGTGATCTCCACCGTCTCTAAACCCTCCAACGTC
ATCTTCTCCCCGGTATCGATCAACGTCGTCCTCGGCATAATCGCCGCCGGATCCACCGGC
GCAACCAAAGACCAGATCCTCTCTTTCCTCAACTTCCCTTCGATCGATCATCTCAACACC
TTCTCCTCCGATATCGTCTCCGCCGTCCTCGCCGACGGCAGCGCTAACGGCGGACCTAAA
CTCTCGGCGGCTAACGGCGTCTGGATCGATAAGTCTCTGTCCTTCAAACCTTCCTTCAAG
CAGCTCTTGGATGGTTCTTACAAAGCTGCTTCTAACCAAGCAGATTTTCAGACAAAGGCT
GTGGAAGTGATTGCTGAAGTGAATTCATGGGCTGAAAAGGAGACGAATGGTCTCATCACT
GAGGTTCTACCCGAAGGATCAGCAGACAGTATGACCAAACTGATATTTGCAAATGCTTTG
TATTTCAAGGGAACATGGAACGAGAAGTTCGACGAATCGCTGA**GAAGACGGAGACTTT
CACCTTCTCGACGGTAGTTCCAAAGTGACTGCTCCGTTTATGACCAGCAAGAAGAAACAG
TACGTGAGTGCTTATGATGGTTTCAAAGTGTTGGGGCTTCCTTACTTACAAGGACAGGAT
AAGAGACAGTTCTCGATGTACTTGTATCTCCCAGATGCAAACAACGGTTTGACTGATCTT
CTCGATAAGATAGTTTCCAATCCTGGGTTCTTGGATAGCCACATTCCACGCAGACAAGTT
AAGGTCGGCGAGCTCAAGATCCCCAAGTTTAAGTTCTCTTTCGGGTTCGAAGCTTCGGAT
GTTTTGAAAGGACTGGGACTGACTTCACCCTTCTCTGGTGAAGATGGTCTGACTGAGATG
GTTGAGTCTCCAGAGATGGGGAAGAATCTAAAGGTACCAAGAATTTTCCACAAAGCGCGT
ATTGAGGTGAATTAAGAAGGAACTGAAGCTGCTGCTGCGTCAGCTGCAGTAATAAAGCTA
AGGTCTTTGGCTGTGGAGGAAGAGATTATAGATTTTGTGGCGGACTATCCGTTTCTGTTG
GTGGTCATGGAGAACATAACAGGAGTGATTCTGTTTATTGGTCAAGTCATTGATCCGTTG
CATTGATCTTGCTTTTACCTGAGAGTAATCAAATAAAATGTGAGTTGTGGTTTGAGGACT
TTTTTCCTGCTACATCCTTTGTTTAACTTTGATGTGTGCAATAATAATACATACTTTCTT
TTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 35 35 35 35 20 
35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

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AF RR1A867TF U 778
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ATCTTCTCCCCGGTATCGATCAACGTCGTCCTCGGCATAATCGCCGCCGGATCCACCGGC
GCAACCAAAGACCAGGTCCTCTCTTTCCTCAACTTCCCTTCGATCGATCATCTCAACACC
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CAGCTCTTGGATGGTTCTTACAAAGCTGCTTCTAACCAAGCTGATTTTCAGACAAAGGCT
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CTCCCCGGTATCGATCAACGTCGTCCTCGGCATAATCGCCGCCGGATCCACCGGCGCAAC
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CTCCGATATCGTCTCCGCCGTCCTCGCCGACGGCAGCGCTAACGGCGGACCTAAACTCTC
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CTCCCCGGTATCGATCAACGTCGTCCTCGGCATAATCGCCGCCGGATCCACCGGCGCAAC
CAAAGACCAGATCCTCTCTTTCCTCAACTTCCCTTCGATCGATCATCTCAACACCTTCTC
CTCCGATGTCGTCTCCGCCGTCCTCGCC*ACGGCAGCGCTAACGGCGGACCTAAACTCTC
GGCGGCTAACGGCGTCTGGATCGATAAGTCTCTGTCCTTCAAACCTTCCTTCAAGCAGCT
CTTGGATGGTTCTTACAAAGCTGCTTCTAACCAAGCTGATTTTCAGACAAAGGCTGTGGA
AGTGATTGCTGAAGTGAATTCATGGGCTGAAAAGGAGACGAATGGTCTCATCACTGAGGT
TCTACCCGAAGGATCAGCAGACAGTATGACCAAACTGATATTTGCAAATGCTTTGTATTT
CAAGGGAACATGGAACGAGAAGTTCGACGAATCGCTGACGGAAGACGGAGACTTTCACCT
TCTCGACG*TAGTTCCAAAGTGACTGCTCCGTTTATGAC*AGCAAGAAGAAACAGTACGT
GAGTGCTTATGATGGTTTCAA*GTGTTGGGGCT*CCTTACTTACA**GACAGGATA*GAG
ACAGT*CTCGATGTACTTGTATCTC
AGATGCAACACGGT

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DS 

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G
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CAACCAAAGACCAGATCCTCTCTTTCCTCAACTTCCCTTCGATCGATCATCTCAACACCT
TCTCCTCCGATATCGTCTCCGCCGTCCTCGCCGACGGCAGCGCTAACGGCGGACCTAAAC
TCTCGGCGGCTAACGGCGTCTGGATCGATAAGTCTCTGTCCTTCAAACCTTCCTTCAAGC
AGCTCTTGGATGGTTCTTACAAAGCTGCTTCTAACCAAGCAGATTTTCAGACAAAGGCTG
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AGGTTCTACCCGAAGGATCAGCAGACAGTATGACCAAACTGATATTTGCAAATGCTTTGT
ATTTCAAGGGAACATGGAACGAGAAGTTCGACGAATCGCTGA**GAAGACGGAGACTTTC
ACCTTCTCGACGGTAGTTCCAAAGTGACTGCTCCGTTTATGACCAGCAAGAAGAAACAGT
ACGTGAGTGCTTATGATGGTTTCAAAGTGTTGGGGCTTCCTTACTTACAAGGACAGGATA
AGAGACAGTTCTCGATGTACTTGTATCTCCCAGATGCAAACAACGGTTTGTCTGATCTTC
TCGATAAGATCGTTTCCAATCCTGGGTTCTTGGATAGCCATATTCCACGCAGACAAGTTA
AGGTGGGCGAGTTCAAGATCCCCAAGTTTAAGTTCTCTTTCGGGT*CGAAGCTTCG*ATG
TTTTGAAAGGAT*GGGACTGACT*CACCCTTCTCTGGTGA
GA

QA 2 821 2 821
DS 

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AACGAGAAGTTCGACGAATCGCTGA**GAAGACGGAGACTTTCACCTTCTCGACGGTAGT
TCCAAAGTGACTGCTCCGTTTATGACCAGCAAGAAGAAACAGTACGTGAGTGCTTATGAT
GGTTTCAAAGTGTTGGGGCTTCCTTACTTACAAGGACAGGATAAGAGACAGTTCTCGATG
TACTTGTATCTCCCAGATGCAAACAACGGTTTGTCTGATCTTCTCGATAAGATCGTTTCC
AATCCTGGGTTCTTGGATAGCCATATTCCACGCAGACAAGTTAAGGTGGGCGAGTTCAAG
ATCCCCAAGTTTAAGTTCTCTTTCGGGTTCGAAGCTTCGGATGTTTTGAAAGGATTGGGA
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GGGAAGAATCTAACGGTATCAAGCATTTTCCATAAAGCGTGTATTGAGGTGAATGAAGAA
GGAACTGAAGCTGCAGCTGCGTCAGCTGCAGTAATAAAGCTAAGGTCTTTGGCTGTGGAG
GAAGAGATTATAGATTTTGTGGCGGACCATCCGTTTCTGTTGGTGGTCATGGAGAACATA
ACAGGAGTGATTCTGTTTATTGGTCAAGTCATTGATCCGTTGCATTAATCTTGCTTTTAC
CTGAGAGTAACCAAATAAAATATGAGTTGTGGTTTGAGGACT

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GATGTTTTGAAAGGACTGGGACTGACTTCACCCTTCTCTGGTGAAGATGGTCTGACTGAG
ATGGTTGAGTCTCCAGAGATGGGGAAGAATCTAAAGGTACCAAGAATTTTCCACAAAGCG
CGTATTGAGGTGAATTAAGAAGGAACTGAAGCTGCTGCTGCGTCAGCTGCAGTAATAAAG
CTAAGGTCTTTGGCTGTGGAGGAAGAGATTATAGATTTTGTGGCGGACTATCCGTTTCTG
TTGGTGGTCATGGAGAACATAACAGGAGTGATTCTGTTTATTGGTCAAGTCATTGATCCG
TTGCATTGATCTTGCTTTTACCTGAGAGTAATCAAATAAAATGTGAGTTGTGGTTTGAGG
ACTTTTTTCCTGCTACATCCTTTGTTTAACTTTGATGTGTGCAATAATAATACATACTTT
CTTTTTCAC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 10

CO CL402Contig1 1425 10 11 U
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CCGTTCTTTGCCTCCGGGGTTGTGAGCCAGCATGAGGCAGTCCATGTGGACAACTTCTTT
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GTTGTCTGGGAGTGCTTCATAACAATTCTTGAGAAATTTCAAACAGTGTTGGTCACTCCA
ATCATGACATATCCACTTCATGAAGATGGCATCTGCTTTAGGGACATTCACAAACATATC
TCCGCCAATGTGTTCAATACCAGGATAGGAAATAGCTTCCTCGATGACATGAGGGAGATC
ATAGAGGATCCCCTTGATGTATGGGTGCTTGGAGACAATCATACGGAGAGTAACTCCAAT
GCCACCACCAACATCAACCAACGAAGATAATCCCTCAAAGCCTTTGTATATCTCTAGAAT
CTTGGTCATGACTATCGTCGTGTGGTTGGACATTCCACTGTTGAACACCTTGTTGAACCT
CGGATCAGACCCTTGGTACTCGAAAGCGCCCATACCAAATGCCCTGTTGAATGGAATCCC
ACCTTCAAGAACTGCATCTTTCAAATGATACCAGCTCTCCATGAAGACCCTGTCTCTGTT
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TAAGACGGAGTAAGCCGCAAGCAACCTAAGGATCCGGTCAACCATGACTGGAGCATCAGG
GTTTTTGGTCGAAAGATAAGAAGCTACCTCCGAGGGAGACAGTTGACTGCCAGGGAGAGC
GACATTCTTGGATATGATCTCGAGCAGGTCGAGCTCCAGGGCTGATGTCAGAACCATCGG
AAGCACGGTGGCACCAGCGAGCTGCATAGCAAAGAGGTTGGCTTCTTCGTCGGAGATTTT
AGCCGGAGTAATCTGTGTTTCAGCCAAAGATCCCATTATGACTCTGTGTTTTGATTTGAC
GTTTTTGGTCTCTGATTTGAGAATGTTGTGATGACTGATGAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

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ACAGCTTAAACAAGTAAACAACGACGATAGTGGCCTCACAAGCCAGAGAAACAACATATA
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GAAAATGTTCCATGGATATTTGTACTTATTAGGATCATATCTTCTTGAGGAACTCGAAGA
TGTGAGTACCATAGGCTCTGCAGACAACTTGAAAGCCTTGGAAGCCAGAACCTCTGGCTA
ATGCTTCAAACTCCTTCTCAGTCCGTTCTTTGCCTCCGGGGTTGTGAGCCAGCATGAGGC
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TCAAACAGTGTTGGTCACTCCAATCATGACATATCCACTTCATGAAGATGGCATCTGCTT
TAGGGACATTCACAAACATATCTCCGCCAATGTGTTCAATACCAGGATAGGAAATAGCTT
CCTCGATGACATGAGGGAGAACATAGAGGATCCCCTTGATGTATGGGTGCTTGGAGACAA
TCATACGGAGAGTAAC

QA 1 676 1 676
DS 

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DS 

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CCGTTCTTTGCCTCCGGGGTTGTGAGCCAGCATGAGGCAGTCCATGTGGACAACTTCTTT
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ATCATGACATATCCACTTCATGAAGATGGCATCTGCTTTAGGGACATTCACAAACATATC
TCCGCCAATGTGTTCAATACCAGGATAGGAAATAGCTTCCTCGAGGACATGAGGGAGATC
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GCCACCACCAACATCAACCAACGAAGATAATCCCTCAAAGCCTTTGTATATCTCTAGAAT
CTTGGTCATGACTATCGTCGTGTGGTTGGACATTCCACTGTT

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DS 

RD RR1E485JQ 846 0 0
C
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ACATCAAAAACAGCTTAAACAAGTAAACAACGACGATAGTGGCCTCACAAGCCAGAGAAA
CAACATATATGCAGAACAGGATAACACCGGAAATGTAAAAAAAA*TATCTGGACGCAAAA
AATCGAGAAGAAAATGTTCCATGGATATTTGTACTTATTAGGCTCATATCTTCTTGAGGA
ACTCGAAGATGTGAGTACCATAGGCTCTGCAGACAACTTGAAAGCCTTGGAAGCCAGAAC
CTCTGGCTA*TGCTTCAAACTCCTTCTCAGTCCGTTCTTTGCCTCCGGGGTTGTGAGCCA
GCATGAGGCAGTCCATGTGGACAACTTCTTTCGTCATGAGGCTTGAGTCTGGCAACACCG
GAAGCATTGATTCCGCCACTATCACTTTCCCGTTGTCTGGGAGTGCTTCATAACAATTCT
TGAGAAATTTCAAACAGTGTTGGTCACTCCAATCATGACATATCCACTTCATGAAGATGG
CATCTGCTTTAGGGACATTCACAAACATATCTCCGCCAATGTGTTCAATACCAGGATAGG
AA*TAGCTTCCTCGATGACATGAGGGAGATCATAGAGGATCCCCTTGATGTATGGGTGCT
TGGAGACAATCATACGGAGAGTAACTCCAATGCCACCACCAACATCAACCAACGAAGATA
ATCCCTCAAAGCCTTTGTATATCTCTAGAATCTTGGTCATGACTATCGTCGTGTGGTTGG
ACATTCCACTGTTGAACACCTTGTTGAACCTCGGATCAGACCCTTGGTACTCGAAAGCGC
CCATA

QA 2 846 2 846
DS 

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ACAAAGAAATGCATTTTCCAACAACATCAAAAACAGCTTAAACAAGTAAACAACGACGAT
AGTGGCCTCACAAGCCAGAGAAACAACATATATGCAGAACAGGATAACACTGGAAATGTA
GAAAAAA*TATCTGGACGCAAAAAATCGAGAAGAAAATGTTCCATGGATATTTGTACTTA
TTAGGCTCATATCTTCTTGAGGAACTCGAAGATGTGAGTACCATAGGCTCTGCAGACAAC
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GAGGCTTGAGTCTGGCAACACCGGAAGCATTGATTCCGCCACTATCACTTTCCCGTTGTC
TGGGAGTGCTTCATAACAATTCTTGAGAAATTTCAAACAGTGTTGGTCACTCCAATCATG
ACATATCCACTTCATGAAGATGGCATCTGCTTTAGGGACATTCACAAACATATCTCCGCC
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ACCAACATCAACCAACGAAGATAATCCCTCAAAGCCTTTGTATATCTCTAGAATCTTGGT
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AGACCCTTGGTACTCGAAAGCGCCCATATCAAATGCCCTGTTGAATGGAATCCCACCT

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ACCAACATCAACCAACGAAGATAATCCCTCAAAGCCTTTGTATATCTCTAGAATCTTGGT
CATGACTATCGTCGTGTGGTTGGACATTCCACTGTTGAACACCTTGTTGAACCTCGGATC
AGACCCTTGGTACTCGAAAGCGCCCATACCAAATGCCCTGTTGAATGGAATCCCACCTTC
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ACAGAGTGCATCGAGTGCAACTCCGTCTTCGTTCTTAATAAGGTACTTGCATACCGGTCC
AAGTCCGTACAGACGTTCCACGCCGCCATCGGGAAGCTTACGGACAGAGCAGGTTAAGAC
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GGTCGAAAGATAAGAAGCTACCTCCGAGGGAGACAG
C

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TAAGGTACTTGCATACCGGTCCAAGTCCGTACAGACGTTCCACGCCGCCATCGGGAAGCT
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TGACTGGAGCATCAGGGTTTTTGGTCGAAAGATAAGAAGCTACCTCCGAGGGAGACAGTT
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ATGTCAGAACCATCGGAAGCACGGTGGCACCAGCGAGCTGCATAGCAAAGAGGTTGGCTT
CTTCGTCGGAGATTTTAGCCGGAGTAATCTGTGTTTCAGCCAAAGATCCCATTATGACTC
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C

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ACCATCGGAAGCACGGTGGCACCAGCGAGCTGCATAGCAAAGAGGTTGGCTTCTTCGTCG
GAGATTTTAGCCCGAGTAATCTGTGTTTCAGCCAAAGATCCCATTATGACTCTGTGTTTT
GATTTGACGTTTTTGGTCTCTGATTTGAGAATGTTGTGATGACTGATGAGTCC

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DS 

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ACTGTTGAACACCTTGTTGAACCTCGGATCAGACCCTTGGTACTCGAAAGCGCCCATACC
AAATGCCCTGTTGAATGGAATCCCACCTTCAAGAACTGCATCTTTCAAATGATACCAGCT
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GGGAAGCTTACGGACAGAGCAGGTTAAGACGGAGTAAGCCGCAAGCAACCTAAGGATCCG
GTCAACCATGACTGGAGCATCAGGGTTTTTGGTCGAAAGATAAGAAGCTACCTCCGAGGG
AGACAGTTGACTGCCAGGGAGAGCGACATTCTTGGATATGATCTCGAGCAGGTCGAGCTC
CAGGGCTGATGTCAGAACCATCGGAAGCACGGTGGCACCAGCGAGCTGCATAGCAAAGAG
GTTGGCTTCTTCGTCGGAGATTTTAGCCGGAGTAATCTGTGTTTCAGCCAAAGATCCCAT
TATGACTCTGTGTTTTGATTTGACGTTTTTGGTCTCTGATTTGAGAATGTTGTGATGACT
GATGAGTCC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 10

CO CL403Contig1 1181 10 18 U
GAGACCAATCTTCCCACTTCAAAAGTCTTCACTCGTCACTTCACTTCACAAACAATCTCT
GAATCTCTCTCTCTCTCTCAAAATCAAATGACGACACTCTTAGGGTTCTCTCATACCAAG
TTACCCCACTGCAACGTCTCTATCACTTCTCCAACATGCTCATCTTCCTCCACGGTGGTC
TCAATGGTGGGGAGACGCTCCGATTCAAAGACTCTCCGGTCAGGCTTCCTCGGCCGTATC
ACTCACCATGATCGCCTACCCTCGACTGGTCGGAGAAGCTCGTCCGCAGTGAAAATGTCG
TGGGACGGTTCTCTCGCTTCCGTCAAGCTGATCATCCAAGGCAAAAACCTCGAGTTATCA
GAGGCAATCAAGCAGCATGTTGAGGACAAAGTAGGAAAAGCTGTTCAGAAGCACAGTCAT
CTCGTCAGAGAAGTTGATGTGAGACTCTCTGTTCGAGGTGGAGAGTTTGGTAAAGGACCC
AAGATCCGTAGATGCGAGGTAACACTGTTTACAAAGAAGCATGGTGTTGTGCGCGGTGAG
GAAGATGCTGAGACGGTATACGCTTGTATCGACTTGGTTTCAACGATAATACAGAGGAAG
CTGAGGAAGATCAAGGAGAAGGACTCTGACCATGGAAGGCACATGAAAGGTTTCAACAGG
TCGAAGGTGAGAGAGCCTGTGATTGAGCCCGTTGTGGAGGATCCTGAGGACGTTGCTGGA
GAAGGAGAAGAGGATGATTTGGTCAAGGAGATTGTGCGTACCAAGTACTTTGAGATGCCA
CCATTGACCGTCTCTGAGGCAGTGGAGCAGCTGGAGTTAGTAGCTCATGATTTTTACGGC
TTCCAGAATGAAGAAACCGGTGAGATAAATATAGTGTACAAGAGAAAAGAAGGAGGGTAC
GGTTTGATAATCCCTAAGAAAGATGGCAAGGCTGAGAAAGTTGATCCGCTTCCAACGGAG
CAATTGAATGAGCACTCTTTTGCTGAGTAGACTTGTGTGTCTGTCTCAGAACCAAAACTG
ATCTTACTTCTCTCCCTACAGATGGTTTGCATGTATAAGGGTTCTTGAGAGAAAACAGTG
AAAGAACTTGAATCTGTTATGGTTCAGGAAACAGTGTACATAATAATAAAAGGCTAGAGA
ATTTTTTTTTAAATGATTCTGTTTTACTCTATTTGAGGTAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 5 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU33TF U 1
AF RR1GX58TF U 1
AF RR1F352TF U 59
AF RR1AX43TF U 47
AF RR1AT37TF U 67
AF RR1AT37JQ C 627
AF RR1F352JQ C 297
AF RR1GU33JQ C 509
AF RR1GX58JQ C 356
AF RR1AX43JQ C 393
BS 1 266 RR1GU33TF
BS 267 267 RR1AX43TF
BS 268 553 RR1GU33TF
BS 554 554 RR1AX43TF
BS 555 558 RR1GU33TF
BS 559 637 RR1GX58TF
BS 638 638 RR1AX43TF
BS 639 645 RR1GX58TF
BS 646 723 RR1AX43TF
BS 724 724 RR1F352JQ
BS 725 728 RR1AX43TF
BS 729 798 RR1AT37TF
BS 799 799 RR1F352JQ
BS 800 833 RR1AT37TF
BS 834 903 RR1F352JQ
BS 904 904 RR1GU33JQ
BS 905 1150 RR1F352JQ
BS 1151 1181 RR1AX43JQ

RD RR1GU33TF 558 0 0
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GAAGATGCTGAGATGGTA

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1GX58TF 645 0 0
GAGACCAATCTTCCCACTTCAAAAGTCTTCACTCGTCACTTCACTTCACAAACAATCTCT
GAATCTCTCTCTCTCTCTCAAAATCAAATGACGACACTCTTAGGGTTCTCTCATACCAAG
TTACCCCACTGCAACGTCTCTATCACTTCTCCAACATGCTCATCTTCCTCCACGGTGGTC
TCAATGGTGGGGAGACGCTCCGATTCAAAGACTCTCCGGTCAGGCTTCCTCGGCCGTATC
ACTCACCATGATCGCCTACCCTCGACCGGTCGGAGAAGCTCGTCCGCAGTGAAAATGTCG
TGGGACGGTTCTCTCGCTTCCGTCAAGCTGATCATCCAAGGCAAAAACCTCGAGTTATCA
GAGGCAATCAAGCAGCATGTTGAGGACAAAGTAGGAAAAGCTGTTCAGAAGCACAGTCAT
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AAGATCCGTAGATGCGAGGTAACACTGTTTACAAAGAAGCATGGTGTTGTGCGCGGTGAG
GAAGATGCTGAGATGGTATACGCTTGTATCGACTTGGTTTCAACGATAATACAGAGGAAG
CTGAGGAAGATCAAGGAGAAGGACTCTGACCATGGAAAGCACATG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1F352TF 562 0 0
GG
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TTACCCCACTGCAACGTCTCTATCACTTCTCCAACATGCTCATCTTCCTCCACGGTGGTC
TCAATGGTGGGGAGACGCTCCGATTCAAAGACTCTCCGGTCAGGCTTCCTCGGCCGTATC
ACTCACCATGATCGCCTACCCTCGACTGGTCGGAGAAGCTCGTCCGCAGTGAAAATGTCG
TGGGACGGTTCTCTCGCTTCCGTCAAGCTGATCATCCAAGGCAAAAACCTCGAGTTATCA
GAGGCAATCAAGCAGCATGTTGAGGACAAAGTAGGAAAAGCTGTTCAGAAGCACAGTCAT
CTCGTCAGAGAAGTTGATGTGAGACTCTCTGTTCGAGGTGGAGAGTTTGGTAAAGGACCC
AAGATCCGTAGATGCGAGGTAACACTGTTTACAAAGAAGCATGGTGTTGTGCGCGGTGAG
GAAGATGCTGAGACGGTATACGCTTGTATCGACTTGGTTTCAACGATAATACAGAGGAAG
CTGAGGAAGATCAAAGAGAA

QA 3 562 3 562
DS 

RD RR1AX43TF 682 0 0
GGA
AAACAATCTCTGAATCTCTCTCTCTCTCTCAAAATCAAATGACGACACTCTTAGGGTTCT
CTCATACCAAGTTACCCCACTGCAACGTCTCTATCACTTCTCCAACATGCTCATCTTCCT
CCACGGTGGTCTCAATGGTGGGGAGACGCTCCGATTCAAAGACTCTCCGGTCAGGCTTCC
TCGGCCGTATCACTCACCATGATCGCCTACCCTCGACTGGTCGGAGAAGCTCGTCCGCAG
TGAAAATGTCGTGGGACGGTTCTCTCGCTTCCGTCAAGCTGATCATCCAAGGCAAAAACC
TCGAGTTATCAGAGGCAATCAAGCAGCATGTTGAGGACAAAGTAGGAAAAGCTGTTCAGA
AGCACAGTCATCTCGTCAGAGAAGTTGATGTGAGACTCTCTGTTCGAGGTGGAGAGTTTG
GTAAAGGACCCAAGATCCGTAGATGCGAGGTAACACTGTTTACAAAGAAGCATGGTGTTG
TGCGCGGTGAGGAAGATGCTGAGACGGTATACGCTTGTATCGACTTGGTTTCAACGATAA
TACAGAGGAAGCTGAGGAAGATCAAGGAGAAGGACTCTGACCATGGAAGGCACATGAAAG
GTTTCAACAGGTCGAAGGTGAGAGAGCCTGTGATTGAGCCCGTTGTGGAGGATCCTGAGG
ACGTTGCTGGAGAAAGAGA

QA 4 682 4 682
DS 

RD RR1AT37TF 769 0 0
CTCTCTCTCTCTCAAAATCAAATGACGACACTCTTAGGGTTCTCTCATACCAAGTTACCC
CACTGCAACGTCTCTATCACTTCTCCAACATGCTCATCTTCCTCCACGGTGGTCTCAATG
GTGGGGAGACGCTCCGATTCAAAGACTCTCCGGTCAGGCTTCCTCGGCCGTATCACTCAC
CATGATCGCCTACCCTCGACTGGTCGGAGAAGCTCGTCCGCAGTGAAAATGTCGTGGGAC
GGTTCTCTCGCTTCCGTCAAGCTGATCATCCAAGGCAAAAACCTCGAGTTATCAGAGGCA
ATCAAGCAGCATGTTGAGGACAAAGTAGGAAAAGCTGTTCAGAAGCACAGTCATCTCGTC
AGAGAAGTTGATGTGAGACTCTCTGTTCGAGGTGGAGAGTTTGGTAAAGGACCCAAGATC
CGTAGATGCGAGGTAACACTGTTTACAAAGAAGCATGGTGTTGTGCGCGGTGAGGAAGAT
GCTGAGACGGTATACGCTTGTATCGACTTGGTTTCAACGATAATACAGAGGAAGCTGAGG
AAGATCAAGGAGAAGGACTCTGACCATGGAAGGCACATGAAAGGTTTCAACAGGTCGAAG
GTGAGAGAGCCTGTGATTGAGCCCGTTGAGGAGGATCCTGAGGACGTTGCTGGAGAAAGA
GAAGAGGATGATTTGGTCAAGGAGATTGTGCGTACCAAGTACTTTGAGATGCCACCATTG
ACCGTCTCTGAG*CAGTGGAGCAGCTGGAGTTAGTAGCTCATGATTT
CT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1AT37JQ 355 0 0
TGACCATGGAAGGCACATGAAAGGTTTCAACAGGTTGAAGGTGAGAGAGCCTGTGATTGA
GCCCGTTGAGGAGGATCCTGAGGACGTTGCTGGAGAAGGAGAAGAGGATGATTTGGTCAA
GGAGATTGTGCGTACCAAGTACTTTGAGATGCCCCCATTGACCGTTTTTGAGGCAGTGGA
GCAGCTGGAGTTAGTAGCTCATGATTTTTACGGCTTCCAGAATGAAGAAACCGGTGAGAT
AAATATAGTGTACAAGAGAAAAGAAGGAGGGTACGGTTTGATAATCCCTAAGAAAGATGG
CAAGGCTGAGAAAGTTGATCCGCTTCCAACGGAGCAATTGAATGAGCACTTTTTT

QA 1 355 1 355
DS 

RD RR1F352JQ 854 0 0
GTCGTGGGACGGT*CTCTCGCTTC*GTCAAGCTGATCATCCAAGGCAAAA*CCTCGAGTT
ATCAGAGGCAATCAAGCAGCATGTTGAGGACAAAGTAGGAAAAGCTGTTCAGAAGCACAG
TCATCTCGTCAGAGAAGTTGATGTGAGACTCTCTGTTCGAGGTGGAGAGTTTGGTAAAGG
ACCCAAGATCCGTAGATGCGAGGTAACACTGTTTACAAAGAAGCATGGTGTTGTGCGCGG
TGAGGAAGATGCTGAGACGGTATACGCTTGTATCGACTTGGTTTCAACGATAATACAGAG
GAAGCTGAGGAAGATCAAGGAGAAGGACTCTGACCATGGAAGGCACATGAAAGGTTTCAA
CAGGTCGAAGGTGAGAGAGCCTGTGATTGAGCCCGTTGTGGAGGATCCTGAGGACGTTGC
TGGAGAAGGAGAAGAGGATGATTTGGTCAAGGAGATTGTGCGTACCAAGTACTTTGAGAT
GCCACCATTGACCGTCTCTGAGGCAGTGGAGCAGCTGGAGTTAGTAGCTCATGATTTTTA
CGGCTTCCAGAATGAAGAAACCGGTGAGATAAATATAGTGTACAAGAGAAAAGAAGGAGG
GTACGGTCTGATAATCCCTAAGAAAGATGGCAAGGCTGAGAAAGTTGATCCGCTTCCAAC
GGAGCAATTGAATGAGCACTCTTTTGCTGAGTAGACTTGTGTGTCTGTCTCAGAACCAAA
ACTGATCTTACTTCTCTCCCTACAGATGGTTTGCATGTATAAGGGTTCTTGAGAGAAAAC
AGTGAAAGAACTTGAATCTGTTATGGTTCAGGAAACAGTGTACATAATAATAAAAGGCTA
GAGAATTTTTTTTT

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR1GU33JQ 642 0 0
TTACAAAGAAGCATGGTGTTGTGCGCGGTGAGGAAGATGCTGAGATGGTATACGCTTGTA
TCGACTTGGTTTCAACGATAATACAGAGGAAGCTGAGGAAGATCAAGGAGAAGGACTCTG
ACCATGGAAGGCACATGAAAGGTTTCAACAGGTCGAAGGTGAGAGAGCCTGTGATTGAGC
CCGTTGTGGAGGATCCTGAGGACGTTGCTGGAGAAGGAGAAGAGGATGATTTGGTCAAGG
AGATTGTGCGTACCAAGTACTTTGAGATGCCACCATTGACCGTCTCTGAGGCAGTGGAGC
AGCTGGAGTTAGTAGCTCATGATTTTTACGGCTTCCAGAATGAAGAAACCGGTGAGATAA
ATATAGTGTACAAGAGAAAAGAAGGAGGGTACGGTTTGATAATCCCTAAGAAAGATGGCA
AGGCTGAGAAAGTTGATCCGCTTCCAACGGAGCAATTGAATGAGCACTCTTTTGCTGAGT
AGACTTGTGTGTCTGTCTCAGAACCAAAACTGATCTTACTTCTCTCCCTACAGATGGTTT
GCATGTATAAGGGTTCTTGAGAGAAAACAGTGAAAGAACTTGAATCTGTTATGTTTCAGG
AAACAGTTTACATAATAATAAAAGGCTAGAGAATTTTTTTTT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1GX58JQ 795 0 0
TATCAGAGGCAATCAAGCAGCATGTTGAGGACAAAGTAGGAAAAGCTGTTCAGAAGCACA
GTCATCTCGTCAGAGAAGTTGATGTGAGACTCTCTGTTCGAGGTGGAGAGTTTGGTAAAG
GACCCAAGATCCGTAGATGCGAGGTAACACTGTTTACAAAGAAGCATGGTGTTGTGCGCG
GTGAGGAAGATGCTGAGATGGTATACGCTTGTATCGACTTGGTTTCAACGATAATACAGA
GGAAGCTGAGGAAGATCAAGGAGAAGGACTCTGACCATGGAAGGCACATGAAAGGTTTCA
ACAGGTCGAAGGTGAGAGAGCCTGTGATTGAGCCCGTTGTGGAGGATCCTGAGGACGTTG
CTGGAGAAGGAGAAGAGGATGATTTGGTCAAGGAGATTGTGCGTACCAAGTACTTTGAGA
TGCCACCATTGACCGTTTTTGAGGCAGTGGAGCAGCTGGAGTTAGTAGCTCATGATTTTT
ACGGCTTCCAGAATGAAGAAACCGGTGAGATAAATATAGTGTACAAGAGAAAAGAAGGAG
GGTACGGTCTGATAATCCCTAAGAAAGATGGCAAGGCTGAGAAAGTTGATCCGCTTCCAA
CGGAGCAATTGAATGAGCACTCTTTTGCTGAGTAGACTTGTGTGTCTGTCTCAGAACCAA
AACTGATCTTACTTCTCTCCCTACAGATGGTTTGCATGTATAAGGGTTCTTGAGAGAAAA
CAGTGAAAGAACTTGAATCTGTTATGTTTCAGGAAACAGTTTACATAATAATAAAAGGCT
AGAGAATTTTTTTTT

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1AX43JQ 789 0 0
AGGAAAAGCTGTTCAGAAGCACAGTCATCTCGTCAGAGAAGTTGATGTGAGACTCTCTGT
TCGAGGTGGAGAGTTTGGTAAAGGACCCAAGATCCGTAGATGCGAGGTAACACTGTTTAC
AAAGAAGCATGGTGTTGTGCGCGGTGAGGAAGATGCTGAGACGGTATACGCTTGTATCGA
CTTGGTTTCAACGATAATACAGAGGAAGCTGAGGAAGATCAAGGAGAAGGACTCTGACCA
TGGAAGGCACATGAAAGGTTTCAACAGGTCGAAGGTGAGAGAGCCTGTGATTGAGCCCGT
TGTGGAGGATCCTGAGGACGTTGCTGGAGAAGGAGAAGAGGATGGTTTGGTCAAGGAGAT
TGTGCGTACCAAGTACTTTGAGATGCCACCATTGACCGTCTTTGAGGCAGTGGAGCAGCT
GGAGTTAGTAGCTCATGATTTTTACGGCTTCCAGAATGAAGAAACCGGTGAGATAAATAT
AGTGTACAAGAGAAAAGAAGGAGGGTACGGTTTGATAATCCCTAAGAAAGATGGCAAGGC
TGAGAAAGTTGATCCGCTTCCAACGGAGCAATTGAATGAGCACTCTTTTGCTGAGTAGAC
TTGTGTGTCTGTCTCAGAACCAAAACTGATCTTACTTCTCTCCCTACAGATGGTTTGCAT
GTATAAGGGTTCTTGAGAGAAAACAGTGAAAGAACTTGAATCTGTTATGGTTCAGGAAAC
AGTGTACATAATAATAAAAGGCTAGAGAATTTTTTTTTAAATGATTCTGTTTTACTCTAT
TTGAGGTAG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 3 9

CO CL404Contig1 1100 5 12 U
GGAGGATAAAAAAAAACAAAAGCTGAAGAAAGGAAGCAATGGTATCTATTCTGCGGTCAG
TGGCAACGACTACAGCCGCCGTAGCCGCCGCGTCTGCGATTCCAATCGCGATCGCCTTCT
CCTCCTCGTCTTCTTCCTCTACCAAATCCCAATCTCCCAATCTCTCCTTCTCCTCCCGGT
CGTCTCCACGTCGTTTGGGTCTCTCACGAAGTTTCGCTAGCTCTCCGATGACGACCGTCC
CCGTTTCCGATCGTAATCTCCCTCAGGAGGATCGAGTCGTCATGTCTCAGCTTCTTACTG
AGTTCATGGTCGATATGAAGTGTGACGGTTGTGTTAACGCCGTGAAGAACAAGTTAGAAA
CTGTTGAAGGAATTAAGAAAGTGGAGGTGGATTTGGCTAACCAAGTTGTGAGGATACTTG
GATCTTCTCCTGTTAAGACTATGACTCAAGCTTTGGAGCTAACCGGTCGTAAAGCTCGTT
TGATTGGCCAAGGTGTTCCTCAAGATTTCTTGGTCTCTGCTGCAGTGGCGGAGTTCAAAG
GTCCAGACATCTTTGGGGTGGTAAGGTTTGCTCAGGTCAGTATGGAGCTTGCGAGAATCG
AAGCCAACTTTACTGGTTTGTCTCCCGGGAAACACAGCTGGTGTATCAACGAGTATGGTG
ATCTCACAAACGGAGCAGCCAGCACCGGGAACTTGTACAACCCACTTCAAGATCATACCA
ACACAGAGCCATTGGGGGACCTGGGAACACTAGAGGCAGACCAGAGCGGAGAGGCGTTTT
GCACGGGAAAGAAAGAGAAGCTCAAGGTTGCGGATCTAATAGGCCGAGCCGTGGTGGTCT
ACAAGACAGAGGATAAGAACTCAGGCCCCGGATTGACAGCTGCAGTGATTGCTAGAAGCG
CAGGAGTTGGAGAAAACTACAAGAAGCTTTGTACTTGTGATGGTACTGTCATTTGGGAAG
CTACAAACAGCGATTTCGTTAAGGTTTAATAACCAATAAAGCTATTATTGACACTGCGTT
ACGTGTTGTATCCATGTTAAGACTTTGTTTTGGATCAAAATCAAGACCTGTCTTGAAACA
AATAAAAGCTTCTTGTATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT80TF U 1
AF RR1E917TF U 43
AF RR1GC52JQ C 419
AF RR1GC52TF U 419
AF RR1E917JQ C 387
BS 1 132 RR1DT80TF
BS 133 134 RR1E917TF
BS 135 209 RR1DT80TF
BS 210 210 RR1E917TF
BS 211 374 RR1DT80TF
BS 375 375 RR1E917TF
BS 376 678 RR1DT80TF
BS 679 755 RR1E917TF
BS 756 756 RR1GC52TF
BS 757 768 RR1E917TF
BS 769 1068 RR1GC52TF
BS 1069 1100 RR1E917JQ

RD RR1DT80TF 678 0 0
GGAGGATAAAAAAAAACAAAAGCTGAAGAAAGGAAGCAATGGTATCTATTCTGCGGTCAG
TGGCAACGACTACAGCCGCCGTAGCCGCCGCGTCTGCGATTCCAATCGCGATCGCCTTCT
CCTCCTCGTCTT**TCCTCTACCAAATCCCAATCTCCCAATCTCTCCTTCTCCTCCCGGT
CGTCTCCACGTCGTTTGGGTCTCTCACGATGTTTCGCTAGCTCTCCGATGACGACCGTCC
CCGTTTCCGATCGTAATCTCCCTCAGGAGGATCGAGTCGTCATGTCTCAGCTTCTTACTG
AGTTCATGGTCGATATGAAGTGTGACGGTTGTGTTAACGCCGTGAAGAACAAGTTAGAAA
CTGTTGAAGGAATTGAGAAAGTGGAGGTGGATTTGGCTAACCAAGTTGTGAGGATACTTG
GATCTTCTCCTGTTAAGACTATGACTCAAGCTTTGGAGCTAACCGGTCGTAAAGCTCGTT
TGATTGGCCAAGGTGTTCCTCAAGATTTCTTGGTCTCTGCTGCAGTGGCGGAGTTCAAAG
GTCCAGACATCTTTGGGGTGGTAAGGTTTGCTCAGGTCAGTATGGAGCTTGCGAGAATCG
AAGCCAACTTTACTGGTTTGTCTCCCGGGAAACACAGCTGGTGTATCAACGAGTATGGTG
ATCTCACAAACGGAGCAG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1E917TF 726 0 0
TATCTATTTTGCGGTCAGTGGCAACGACTACAGCCGCCGTAGCCGCCGCGTCTGCGATTC
CAATCGCGATCGCCTTCTCCTCCTCGTCTTCTTCCTCTACCAAATCCCAATCTCCCAATC
TCTCCTTCTCCTCCCGGTCGTCTCCACGTCGTTTGGGTCTCTCACGAAGTTTCGCTAGCT
CTCCGATGACGACCGTCCCCGTTTCCGATCGTAATCTCCCTCAGGAGGATCGAGTCGTCA
TGTCTCAGCTTCTTACTGAGTTCATGGTCGATATGAAGTGTGACGGTTGTGTTAACGCCG
TGAAGAACAAGTTAGAAACTGTTGAAGGAATTAAGAAAGTGGAGGTGGATTTGGCTAACC
AAGTTGTGAGGATACTTGGATCTTCTCCTGTTAAGACTATGACTCAAGCTTTGGAGCTAA
CCGGTCGTAAAGCTCGTTTGATTGGCCAAGGTGTTCCTCAAGATTTCTTGGTCTCTGCTG
CAGTGGCGGAGTTCAAAGGTCCAGACATCTTTGGGGTGGTAAGGTTTGCTCAGGTCAGTA
TGGAGCTTGCGAGAATCGAAGCCAACTTTACTGGTTTGTCTCCCGGGAAACACAGCTGGT
GTATCAACGAGTATGGTGATCTCACAAACGGAGCAGCCAGCACCGGGAACTTGTACAACC
CACTTCAAGATCATACCAACACAGAGCCATTGGGGGACCTGGGAACACTAGAG*CAGACC
AGAGCG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1GC52JQ 657 0 0
G
GGATCTTCTCCTGTTAAGACTATGACTCAAGCTTTGGAGCTAACCGGTCGTAAAGCTCGT
TTGATTGGCCAAGGTGTTCCTCAAGATTTCTTGGTCTCTGCTGCAGTGGCGGAGTTCAAA
GGTCCAGACATCTTTGGGGTGGTAAGGTTTGCTCAGGTCAGTATGGAGCTTGCGAGAATC
GAAGCCAACTTTACTGGTTTGTCTCCCGGGAAACACAGCTGGTGTATCAACGAGTATGGT
GATCTCACAAACGGAGCGGCCAGCACCGGGAACTTGTACAACCCACTTCAAGATCATACC
AACACAGAGCCATTGGGGGACCTGGGAACACTAGAGGCAGACCAGAGCGGAGAGGCGTTT
TGCACGGGAAAGAAAGAGAAGCTCAAGGTTGCGGATCTAATAGGCCGAGCCGTGGTGGTC
TACAAGACAGAGGATAAGAACTCAGGCCCCGGATTGACAGCTGCAGTGATTGCTAGAAGC
GCAGGAGTTGGAGAAAACTACAAGAAGCTTTGTACTTGTGATGGTACTGTCATTTGGGAA
GCTACAAACAGCGATTTCGTTAAGGTTTAATAACCAATAAAGCTATTATTGACACTGCGT
TACGTGTTGTATCCATGTTAAGACTTTGTTTTGGATCAAAATCAAGACC
TGTCTTG

QA 2 650 2 650
DS 

RD RR1GC52TF 657 0 0
G
GGATCTTCTCCTGTTAAGACTATGACTCAAGCTTTGGAGCTAACCGGTCGTAAAGCTCGT
TTGATTGGCCAAGGTGTTCCTCAAGATTTCTTGGTCTCTGCTGCAGTGGCGGAGTTCAAA
GGTCCAGACATCTTTGGGGTGGTAAGGTTTGCTCAGGTCAGTATGGAGCTTGCGAGAATC
GAAGCCAACTTTACTGGTTTGTCTCCCGGGAAACACAGCTGGTGTATCAACGAGTATGGT
GATCTCACAAACGGAGCGGCCAGCACCGGGAACTTGTACAACCCACTTCAAGATCATACC
AACACAGAGCCATTGGGGGACCTGGGAACACTAGAGGCAGACCAGAGCGGAGAGGCGTTT
TGCACGGGAAAGAAAGAGAAGCTCAAGGTTGCGGATCTAATAGGCCGAGCCGTGGTGGTC
TACAAGACAGAGGATAAGAACTCAGGCCCCGGATTGACAGCTGCAGTGATTGCTAGAAGC
GCAGGAGTTGGAGAAAACTACAAGAAGCTTTGTACTTGTGATGGTACTGTCATTTGGGAA
GCTACAAACAGCGATTTCGTTAAGGTTTAATAACCAATAAAGCTATTATTGACACTGCGT
TACGTGTTGTATCCATGTTAAGACTTTGTTTTGGATCAAAATCAAGACC
TGTCTTG

QA 2 650 2 650
DS 

RD RR1E917JQ 714 0 0
GTGGATTTGGCTAACCAAGTTGTGAGGATACTTGGATCTTCTCCTGTTAAGACTATGACT
CAAGCTTTGGAGCTAACCGGTCGTAAAGCTCGTTTGATTGGCCAAGGTGTTCCTCAAGAT
TTCTTGGTCTCTGCTGCAGTGGCGGAGTTCAAAGGTCCAGACATCTTTGGGGTGGTAAGG
TTTGCTCAGGTCAGTATGGAGCTTGCGAGAATCGAAGCCAACTTTACTGGTTTGTCTCCC
GGGAAACACAGCTGGTGTATCAACGAGTATGGTGATCTCACAAACGGAGCAGCCAGCACC
GGGAACTTGTACAACCCACTTCAAGATCATACCAACACAGAGCCATTGGGGGACCTGGGA
ACACTAGAGGCAGACCAGAGCGGAGAGGCGTTTTACACGGGAAAGAAAGAGAAGCTCAAG
GTTGCAGATTTAATAGGCCGAGCCGTGGTGGTCTACAAGACAGAGGATAAGAACTCAGGC
CCCGGATTGACAGCTGCAGTGATTGCTAGAAGCGCAGGAGTTGGAGAAAACTACAAGAAG
CTTTGTACTTGTGATGGTACTGTCATTTGGGAAGCTACAAACAGCGATTTCGTTAAGGTT
TAATAACCAATAAAGCTATTATTGACACTGCGTTACGTGTTGTATCCATGTTAAGACTTT
GTTTTGGATCAAAATCAAGACCTGTCTTGAAACAAATAAAAGCTTCTTGTATTG

QA 1 714 1 714
DS 



CO CL404Contig2 490 2 2 U
GGGTTTGTCTCCCGGAAAACACAGCTGGTGTATCAACGAGTATGGTGATCTCACGAACGG
AGCAGCCAGCACCGGGAACTTGTACAATCCACTTCAAGATCATACCAACACAGAGCCATT
GGGGGACCTGGGAACACTAGAGGCAGATCAGAGTGGAGAGGCGTTTTACACGGGAAAGAA
AGAGAAGCTCAAGGTTGCGGATCTAATAGGCCGAGCCGTGGTGGTCTACAAGACAGAGGA
TAAGAACTCAGGCCCGGGATTGACAGCTGCAGTGATTGCTAGAAGCGCAGGAGTTGGAGA
AAACTACAAGAAGCTTTGTACTTGTGATGGTACTGTCATTTGGGAAGCTACAAACAGCGA
TTTCGTTAAGGTTTAATAACCAATAAAGATATTATTGCACTACGTTACGTGTTGTATCCA
CTTTAAGACTTTGCTTTGGATCAAAATCAAGACCGTCTTGAAAAAAAATAAAAGCTTCTT
GTATTGTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG94TF U 1
AF RR1FF03TF U 113
BS 1 454 RR1GG94TF
BS 455 490 RR1FF03TF

RD RR1GG94TF 460 0 0
GGGTTTGTCTCCCGGAAAACACAGCTGGTGTATCAACGAGTATGGTGATCTCACGAACGG
AGCAGCCAGCACCGGGAACTTGTACAATCCACTTCAAGATCATACCAACACAGAGCCATT
GGGGGACCTGGGAACACTAGAGGCAGATCAGAGTGGAGAGGCGTTTTACACGGGAAAGAA
AGAGAAGCTCAAGGTTGCGGATCTAATAGGCCGAGCCGTGGTGGTCTACAAGACAGAGGA
TAAGAACTCAGGCCCGGGATTGACAGCTGCAGTGATTGCTAGAAGCGCAGGAGTTGGAGA
AAACTACAAGAAGCTTTGTACTTGTGATGGTACTGTCATTTGGGAAGCTACAAACAGCGA
TTTCGTTAAGGTTTAATAACCAATAAAGATATTATTGCACTACGTTACGTGTTGTATCCA
CTTTAAGACTTTGCTTTGGATCAAAATCAAGACC
GTCTTG

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR1FF03TF 378 0 0
AG
GCCATTGGGGGACCTGGGAACACTAGAGGCAGATCAGAGTGGAGAGGCGTTTTACACGGG
AAAGAAAGAGAAGCTCAAGGTTGCGGATCTAATAGGCCGAGCCGTGGTGGTCTACAAGAC
AGAGGATAAGAACTCAGGCCCGGGATTGACAGCTGCAGTGATTGCTAGAAGCGCGGGAGT
TGGAGAAAACTACAAGAAGCTTTGTACTTGTGATGGTACTGTCATTTGGGAAGCTACAAA
CAGCGATTTCGTTAAGGTTTAATAACCAATAAAGATATTATTGCACTACGTTACGTGTTG
TATCCACTTTAAGACTTTGCTTTGGATCAAAATCAAGACCGTCTTGAAAAAAAATAAAAG
CTTCTTGTATTGTACC

QA 3 378 3 378
DS 



CO CL404Contig3 677 2 4 U
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AGTGGATACAACACGTAACGTAATAGTGTCAATAATATCTTTATTGGTTATTAAACCTTA
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TAATTTTCTCCAACTCCTGCGCTTCTAGCAATCACTGCAGCTGTCAATCCGGGGCCTGAG
TTCTTATCCTCTGTCTTGTAAACCACCACGGCTCGGCCTATTAAATCCGCAACCTTGAGC
TTATCTTTCTTTCCCGTGTAAAACGCCTCTCCGCTCTGGTCCGCCTCTTCTAGTGTTCCC
AGGTCCCCCAATGGCTCTGTGTTGGTAAAATCTTGAAGTGGGTTGTACAAGTTCCCAGTG
CTGGCTGCTCCGTTTGTGAGATCACCATACTCGTTGATACACCAGCTGTGTTTCCCGGGA
GACAAATCAGTAAAGTTGGCTTCGATTCTCGCAAGCTCCATACTGACCTGAGCAAATCTC
ACCACTCCAAAGATGTCTGGACCTTTGAACTCCGCCACTGCAGCCGAGACCAAGAAATCT
TGAGGAACACCTTGGCCAATCAAACGAGCTTACGACCGGTTTGCTCCAGAGCTTGGGTCA
TAGCCTTAACAGGGGAA


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW44JQ U 1
AF RR1AT25TF C 3
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BS 24 24 RR1AT25TF
BS 25 477 RR1GW44JQ
BS 478 677 RR1AT25TF

RD RR1GW44JQ 477 0 0
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QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1AT25TF 675 0 0
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TGGATACAACACGTAACGTAGTAGTGTCAATAATATCTTTATTGGTTATTAAACCTTAAC
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CTTATCCTCTGTCTTGTAGACCACCACGGCTCGGCCTATTAGATCCGCAACCTTGAGCTT
CTCTTTCTTTCCCGTGTAAAACGCCTCTCCGCTCTGGTCCGCCTCTTCTAGTGTTCCCAG
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CACTCCAAAGATGTCTGGACCTTTGAACTCCGCCACTGCAGCCGAGACCAAGAAATCTTG
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GCCTTAACAGGGGAA

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 9

CO CL405Contig1 688 9 8 U
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AAAAAGAAACTATATTAAGCTCAAAAAA


BQ
45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 0 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 5 35 35 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG68JQ C 1
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AF RR1CB35TF U 1
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AF RR1G835JQ C 5
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BS 631 636 RR1AD76TF
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QA 1 555 1 555
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TC

QA 1 636 1 636
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QA 1 613 1 613
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G

QA 1 613 1 613
DS 

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QA 1 618 1 618
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QA 1 618 1 618
DS 

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GG
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AAAACATGGGAAGCGATACAGAAGCAGAGAAGTCGATTCAAAAGGAGAAGAAGAAGGTCA
TCTCTCTTGCTCCTATCGCTAAACCTCTCGCCGGGAAAAAGCTCCAGAAGAGGACATTCA
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AGAGCATAAGACGTGGTCAGAAAGGAATATGTGTTATAGCTGGAAACATATCTCCCATCG
ATGTGATTACCCATGTTCCAATCTTGTGTGAGGAAGCTGGTATTCCTTACGTCTACGTTC
CATCAAAAGAGGATCTTGCGCAAGCCGGTGCTACAAAACGACCAACTTGCTGTGTCTTGG
TCATGCTTAAACCTGCAAAAGGAGAGCTAAGTGCAGAGGATCTCGAAAAGTTGAAGTCAG
ACTACGAGCAAGTCGCTGATGATGTTAAAGAGCTTTCATCATCTGTAATCTGAATCAGAA
AACACACGAACATGTGGTTCTACTTATTTGGTTTGTTGCTTAATGAATATGATGAGATTT
TAAAGCCTGGGAAAATGCTTATTGTATTTGCCAAACTAACAAAACCAAACAACCAAAAAG
AAACTATATTAAGCTC

QA 3 678 3 678
DS 

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GG
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AAAACATGGGAAGCGATACAGAAGCAGAGAAGTCGATTCAAAAGGAGAAGAAGAAGGTCA
TCTCTCTTGCTCCTATCGCTAAACCTCTCGCCGGGAAAAAGCTCCAGAAGAGGACATTCA
AGCTCATTCAAAAAGCTGCTGGAAAGAAGTGTCTGAAGAGAGGCGTTAAAGAAGTGGTTA
AGAGCATAAGACGTGGTCAGAAAGGAATATGTGTTATAGCTGGAAACATATCTCCCATCG
ATGTGATTACCCATGTTCCAATCTTGTGTGAGGAAGCTGGTATTCCTTACGTCTACGTTC
CATCAAAAGAGGATCTTGCGCAAGCCGGTGCTACAAAACGACCAACTTGCTGTGTCTTGG
TCATGCTTAAACCTGCAAAAGGAGAGCTAAGTGCAGAGGATCTCGAAAAGTTGAAGTCAG
ACTACGAGCAAGTCGCTGATGATGTTAAAGAGCTTTCATCATCTGTAATCTGAATCAGAA
AACACACGAACATGTGGTTCTACTTATTTGGTTTGTTGCTTAATGAATATGATGAGATTT
TAAAGCCTGGGAAAATGCTTATTGTATTTGCCAAACTAACAAAACCAAACAACCAAAAAG
AAACTATATTAAGCTCAAAAAA

QA 3 684 3 684
DS 



AS 2 10

CO CL406Contig1 840 2 2 U
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AGAGAGAGTTTCAATGTGGCGATCGTGAACCCTAACTTTTGTGCACCGTACCCGGTAGAA
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AACGGCAATCTCCTTTTCAAAGTCAAAGAGCCAATGTTTAGTCTCTCCGACAAAAGGATC
TTACTCGACGCATCAGACACTCCAATTTTGACTTTGAAAGAAAATAAGGTGAGTCTTCAC
GATAGGTGGCAAGTGTTTAGAGGAAAGAGTACAGACCAAAATGATTTGGTATACACATTG
AAAAGATCGTCGATGTTTCAGTTGATTAAGCCAAAGCTAGATGTTTTCTTAGCTCCTAAT
AAGGAAATGGAGGAATGTGACTTCCATGTCAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCCTCTACC
ATCTATGCTGGAAAATCTGACGTAATTGTTGCACAGATGCACAAGAAACATACCGCGCAG
AGCATATTGATAGGGAAGAGTAATTTCTCGGTTACGGTGTATCCGAATGTTGATTATGCG
TTTATAGTCTCTCTCATTGTAATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCCGGAGAGTAA
ACACAATTTTCTTGTGAATGATTCTTGATATTTCTTTTGCTACATTTTAGATGGTGTTTT
AAATTAGTTATTATGTTTCATAATAATTCTCATTTTAAATTTTTTATTTTGTTTCAAAAT
AAATGTCATTCTACAATTCTAATGTAATTTTGTACATTAAATCTATGTTTTACCCTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC28TF U 1
AF RR1GC28JQ C 19
BS 1 748 RR1GC28TF
BS 749 840 RR1GC28JQ

RD RR1GC28TF 752 0 0
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AGAGAGAGTTTCAATGTGGCGATCGTGAACCCTAACTTTTGTGCACCGTACCCGGTAGAA
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ACACAATTTTCTTGTGAATGATTCTTGATATTTCTTTTGCTACATTTTAGATGGTGTTTT
AAATTAGTTATTATGTTTCATAATAATT
CTCA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1GC28JQ 822 0 0
AATCATC
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TGAACCCTAACTTTTGTGCACCGTACCCGGTAGAATGGGGAATCGTACGAAAGGTGATGA
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AAGAGCCAATGTTTAGTCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTCGACGCATCAGACACTCCAA
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AGAGTACAGACCAAAATGATTTGGTATACACATTGAAAAGATCGTCGATGTTTCAGTTGA
TTAAGCCAAAGCTAGATGTTTTTTTAGCTCCTAATAAGGAAATGGAGGAATGTGACTTCC
ATGTCAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCCTCTACCATCTATGCTGGAAAATCTGACGTAA
TTGTTGCACAGATGCACAAGAAACATACCGCGCAGAGCATATTGATAGGGAAGAGTAATT
TCTCGGTTACGGTGTATCCGAATGTTGATTATGCGTTTATAGTCTCTCTCATTGTAATTC
TCGATGACATTAACCGAGAAGATTCCGGAGAGTAAACACAATTTTCTTGTGAATGATTCT
TGATATTTCTTTTGCTACATTTTAGATGGTGTTTTAAATTAGTTATTATGTTTCATAATA
ATTCTCATTTTAAATTTTTTATTTTGTTTCAAAATAAATGTCATTCTACAATTCTAATGT
AATTTTGTACATTAAATCTATGTTTTACCCTTTTG

QA 8 822 8 822
DS 



CO CL406Contig2 834 8 3 U
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AGTTTCAATATGGCGATCGTGAACCCTAACTTTTGTGCACCGTACCCGGTAGAATTGGGA
ATCGTACGAAAGGTGATGACAATCACAGATGGTAACTTCGCTGTCACAGACGTCAACGGC
AATCTCCTTTTCAAAGTCAAAGAACCAATGTTTAGTCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTC
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GCTGGAAAATCTGACGTCATTGTTGCACAGATGCACAAGAAACATACCGCGCAGAGCATA
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GTTTCTCTCATTGTAATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGGAGAGTAAACACAA
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CTTATTATTTTCATAATAATTGTCATTTTAGTTTTTTTTATTTTGTTTCAAATTAAATGT
CATTCTACAATTTTAATGTAATTTTATACATTAAATATACTTTTTATCCTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX06TF U 2
AF RR1H658TF U 1
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AF RR1FW03TF U 2
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RD RR1FX06TF 697 0 0
GACA
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CAATATGGCGATCGTGAACCCTAACTTTTGTGCACCGTACCCGGTAGAATTGGGAATCGT
ACGAAAGGTGATGACAATCACAGATGGTAACTTCGCTGTCACAGCCGTCAACGGCAATCT
CCTTTTCAAAGTCAAAGAACCAATGTTTAGTCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTCGGCGC
ATCAGACACTCCAATTTTGACTTTGAAAGAAAATAAGGTGAGTCTTCACGATAGGTGGCA
AGTGTTTAGAGGAAAGAGTACAGACCAAAATGATTTGGTATACACATTGAAACGATCGTC
GATGTTTCAGCTGATTAAGCCAAAGCTAGATGTTTTCTTGGCTCCTAATAAGGAAATGAA
GGAATGCGACTTCCATGTCAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCCTCTACCATCTATGCTGG
AAAATCTGACGTCATTGTTGCACAGATGCACAAGAAACATACCGCGCAGAGCATATTGAT
AGGGAAGAGTAATTTCTCAGTTACGGTTTATCCGAATGTTGATTATGCGTTTATAGTTTC
TCTCATTGTAATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGGAGAGTAAACACAATTTTC
TTGTGAATGATTCTTGATATTCCTTTTGCTACA

QA 5 697 5 697
DS 

RD RR1H658TF 764 0 0
GGACGCAATCTCATTCTTAATCATCTTATACAACAATCAGAAAGAAGAAGAAAAAGAGAG
AGTTTCAATATGGCGATCGTGAACCCTAACTTTTGTGCACCGTACCCGGTAGAATTGGGA
ATCGTACGAAAGGTGATGACAATCACAGATGGTAACTTCGCTGTCACAGACGTCAACGGC
AATCTCCTTTTCAAAGTCAAAGAACCAATGTTTAGTCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTC
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TCGTCGATGTTTCAGCTGATTAAGCCAAAGCTAGATGTTTTCTTGGCTCCTAATAAGGAA
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TTTTCTTGTGAATGATTCTTGATATTCCTTTTGCTACATTTTAGATGGTGTTTTAAATTA
CTTATTATTTTCATAATAATTGTCATTTTAGTTTTTTT
ATTTGT

QA 1 758 1 758
DS 

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GG
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QA 5 758 5 758
DS 

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ATTTTGTTTCAAATTAAATGTCATTCTACAATTTTAATGTAATTTTATACATTAAATATA
CTTTTTATCCTTTTG

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DS 

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AATCACAGATGGTAACTTCGCTGTCACAGACGTCAACGGCAATCTCCTTTTCAAAGTCAA
AGAACCAATGTTTAGTCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTCGACGCATCAGACACTCCAAT
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ATTTTATACATTAAAT
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CATT
TATGCTGGAAAATCTGACGTCATTGTTGCACAGATGCACAAGAAACATACCGCGCAGAGC
ATATTGATAGGGAAGAGTAATTTCTCAGTTACGGTTTATCCGAATGTTGATTATGCGTTT
ATAGTTTCTCTCATTGTAATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGGAGAGTAAACA
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TTACTTATTATTTTCATAATAATTGTCATTTTAGTTTTTTTTATTTTGTTTCAAATTAAA
TGTC

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DS 

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CACAGACGTCAACGGCAATCTCCTTTTCAAAGTCAAAGAACCAATGTTTAGTCTCTCCGA
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ATACACATTGAAACGATCGTCGATGTTTCAGCTGATTAAGCCAAAGCTAGATGTTTTCTT
GGCTCCTAATAAGGAAATGAAGGAATGCGACTTCCATGTCAAAGGAAGTTGGATCGACCG
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TGATTATGCGTTTATAGTTTCTCTCATTGTAATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTC
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ATGGTGTTTTAAATTACTTATTATTTTCATAATAATTGTCATTTTAGTTTTTTTTATTTT
GTTTCAAATTAAATGTC

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DS 



AS 2 10

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

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A
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QA 2 506 2 506
DS 

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ATCGCCCATCTTAACCATAGCCCTTACAAAATCGCGGCAAAAGGCGTTCAGACTACGACT
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GATATCAAGAGTGGCTTCATTGTTGTCGCTAGAGCCAGAGTCAGCCGAACAGCTCCTTTG
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GACGC

QA 1 785 1 785
DS 

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G
TCATGATCTCTGTTATATTATGTTTTTATTAATGTAGATGTATATTTAAACAGGTGACGT
AGAAAACACGTAAAAATAGTATAACACAAAACACGTAAGAGATTCAATTGGGTCTGCGAC
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TCATTGTTGTCGCTAGAGCCAGAGTCAGC*GAACAGCTCCTTTGTCTAGACAAGGCGAAA
GAAAGTTCGATGTTGTTGCTTTCGTTGTAGATACGGTCTCTAAAAGTGACGCATCTAGCT
TGTCCAATAGTGTGTGCGCCAGAGAGGGCGACCATGTCGCGTGAGGATAAACCTTGTGCT
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ATTCTCTCTTTTTGCTTCTTTGTTTGTTTTTGGAGTTAGACC

QA 1 762 1 762
DS 

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CTTTTTGCTTCTTTGTTTGTTTTTGGAGTT
CC

QA 1 690 1 690
DS 



CO CL407Contig2 1218 3 5 U
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GACAAAATCAAGTCCAGAGTTGAGAGACGATGCCCAGGCGTCGTCTCATGCGCAGACATT
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CTTGGAAGAAGAGATTCCACCACGGCGAGCTTCGCAACCGCCAATTCAGGCGTTATACCT
CCTCCAACATCTACTCTCGATAACCTCATCAACCGTTTTAGAGCACAAGGTTTATCCTCA
CGCGACATGGTCGCCCTCTCTGGTGCACACACTATTGGACAAGCTAGATGCGTCACTTTT
AGAGACCGTATCTACAACGAAAGCAACAACATCGAACTTTCTTTCGCCTTGTCTAGACAA
AGGAGCTGTTCGGCTGACTCTGGCTCTAGCGACAACAATGAAACCACTCTTGATATCCAC
TCTCCCGGAAGGTTTGACATCAACTACTACAGACAGCTTTTCAACCACAGGGGTTTACTC
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CGTAGTCTGAACGCCTTTTACCGCGATTTTGTGAGGGCTATGGTTAAGATGGGCGATATC
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TCTTACGTGTTTTGTGTTATACTATTTTTACGTGTTTTTTACGTCACCTGTTTAAATATA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES25TF U 1
AF RR1AZ18TF U 6
AF RR1E453JQ C 622
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RD RR1ES25TF 751 0 0
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GACAAAATCAAGTCCAGAGTTGAGAGACGATGCCCAGGCGTCGTCTCATGCGCAGACATT
CTCGCTATCACTGCCCGCGACTCTGTCCTCCTCTTGGACGGGCCAGGTTGGAGCGTCAAA
CTTGGAAGAAGAGATTCCACCACGGCGAGCTTCGCAACCGCCAATTCAGGCGTTATACCT
CCTCCAACATCTACTCTCGATAACCTCATCAACCGTTTTAGAGCACAAGGTTTATCCTCA
CGCGACATGGTCGCCCTCTCTGGTGCACACACTATTGGACAAGCTAGATGCGTCACTTTT
AGAGACCGTATCTACAACGAAAGCAACAACATCGAACTTTCTTTCGCCTTGTCTAGACAA
AGGAGCTGTTCGGCTGACTCTGGCTCTAGCG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1AZ18TF 780 0 0
GG
AACTCCAAAAACAAACAAAGAAGCAAAGAGAAATGGAGTTATGCAATGAGCAGAGAACTA
TGTTAATTGTGTTGTTGATTGTAATAATGTGGAGCTGTTGTTACAGCCACGCCCAGCTGA
GCAGTGACTTCTACAAGCAAAGCTGTCCCTCATTGTTTTATGTGGTGAGACGCGAGGTAC
AGCGAGCGGTGACCAGGGAGCGCCGCATGGCTGCTTCTCTCCTCCGGTTATTCTTTCACT
ACTGTTTTGTCAATGGGTGTGACGGATCAATATTGTTGGACGACACTCCCTCATCAATGG
GAGAGAAAACGGCAGGCCCAAACAATAACTCTGTGAGGGGATTTGACGTGGTTGACAAAA
TCAAGTCCAGAGTTGAGAGACGATGCCCAGGCGTCGTCTCATGCGCAGACATTCTCGCTA
TCACTGCCCGCGACTCTGTCCTCCTC*************GTTGGAGCGTCAAACTTGGAA
GAAGAGATTCCACCACGGCGAGCTTCGCAACCGCCAATTCAGGCGTTATACCTCCTCCAA
CATCTACTCTCGATAACCTCATCAACCGTTTTAGAGCACAAGGTTTATCCTCACGCGACA
TGGTCGCCCTCTCTGGTGCACACACTATTGGACAAGCTAGATGCATCACTTTTAGAGACC
GTATCTACAACGAAAGCAACAACATCGAACTTTCTTTCGCCTTGTCTAGACAAAGGAGCT
GTTCGGCTGACTCTGGCTCTAGCGACAACAATGAAGCCACTCTTGATATCCACTCTCC

QA 3 780 3 780
DS 

RD RR1E453JQ 597 0 0
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AGCAACAACATCGAACTTTCTTTCGCCTTGTCTAGACAAAGGAGCTGTTCGGCTGACTCT
GGCTCTAGCGACAACAATGAAACCACTCTTGATATCCACTCTCCCGGAAGGTTTGACATC
AACTACTACAGACAGCTTTTCAACCACAGGGGTTTACTCACTTCGGACCAAGTTCTTTAC
AGCGGCGGTTCAACTGACTCGCTTGTCGTGTTTTATAGTCGTAGTCTGAACGCCTTTTAC
CGCGATTTTGTGAGGGCTATGGTTAAGATGGGCGATATCAAACCACTCACTGGATCCAAT
GGTGAGATCCGTAACAACTGTCGCAGACCCAATTGAATCTCTTACGTGTTTTGTGTTATA
CTATTTTTACGTGTTTTTTACGTCACCTGTTTAAATATACATCTACATTAATAAAAACAT
AATATAACAGAGATCATGATAAAAGTTTGTAGCAATGCAGTTTCATTTACGTTTCCGTCT
CTTTTCAGTTGTCACATTGGCTCCAAAATACTATGAGAAAAATGCATTACCACTGCT

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 9

CO CL408Contig1 1341 9 14 U
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TACTCTCACTCGTTAATTTTAATCGATCTGGAGAAAATGGTGAACAAGCAATTGTCTTTG
CACGTTGTGGGTCTGACTGTTTTGGTGGTCTTCTTGTCATGTTTTGTAAATTACAGTGTC
TCTAAACAGATCAAAACCTATAAGCTCACCAGAGGAAAGTTGTCTGTTACATTCACTAAC
TATGGTGCTGTCATGACCTCTCTTCTTCTCCCAGACAGACATGGAAAGCAAGACGATGTT
GTTCTTGGATTTGATACTGTTGATGCTTACAAGAATGATACAACTTATTTTGGGGCAATT
GTGGGGAGAGTGGCTAATAGAATTGGAGGTGCTAAGTTCAAGCTGAATGGTCAATTGTAC
AAGACCGATCCCAACGAAGGCCATAACACACTTCATGGTGGATCAAAGGGATTCAGCGAT
GTGATTTGGTCTGTCGAAAACTACGTTCCCACTAGCCACGTCACTTTCAAATACCATAGC
TTCGACGGTGAAGAAGGATTCCCCGGGAACGTGACGGTGATGGTGACATACATGTTGATC
GGAGAAAACGAACTCGCTTTGAAAATGGAGGCAAAGCCACTCAACAAACCCACACCGATC
AACTTAGCCCTCCACACATACTGGAACCTCCACGGCCACAACTCCGGCGACATCCTCTCC
CACAAAATCCAGCTTCTCGCCAAGAAAATAACTCCCGTCGACGAAGAACTCATCCCCACC
GGCGAAATCACCTCGATCGAAGGAACTCCTTACGACTTCCTCGAGCCCCGCGAGATCGGT
GGCCGGATCCACGAGTTACCCGGCGGCTACGACATCAACTACGTCATCGAGGGAAAGGCC
GGGAAGCATCTGAGGAAAACCGCTGTCGTGTCGGAAGAAGTTACTGGGAGGAAGATGGAG
CTGTGGTCGAACCAGCCAGGTGTTCAGTTCTACACGAGTAATCAGCTGAAAAGTGTTGTC
GGGAAAGGGAACGCGGTTTATAAGAAGTACGCAGGGTTGTGTCTGGAGACGCAAGGGTTT
CCAGATTCCGTGAACCACAAGAATTTTCCGTCGCAGATTGTGAACCCTGGAGAGAGCTAC
TTGCATGTTATGCTCTTTAGGTTCACTGCTCATTGATTCCTTTTTCTTTTGTATATTTGC
TTGCTTTTGGGTTTTAAGGTTTACTGTTCACGATGAGTAATAATTTGAATGATTAGTATC
ATGCATTGATTTCGTAAGGAATAAGAGGGAATATGTTGGAATCATGAATGATATCTGAAT
AAAAGAGGTTGAGATTGAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR93TF U 1
AF RR1FO32TF U 5
AF RR1BR35JQ C 1138
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AF RR1FO32JQ C 493
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AF RR1FR93JQ C 623
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BS 975 1229 RR1FO08TF
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BS 1231 1260 RR1FO08TF
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TCTAAACAGATCAAAACCTATAAGCTCACCAGAGGAAAGTTGTCTGTTACATTCACTAAC
TATGGTGCTGTCATGACCTCTCTTCTTCTCCCAGACAGACATGGAAAGCAAGACGATGTT
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GTGGGGAGAGTGGCTAATAGAATTGGAGGTGCTAAGTTCAAGCTGAATGGTCAATTGTAC
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GG
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GGATTTGATACTGTTGATGCTTACAAGAATGATACAACTTATTTTGGGGCAATTGTGGGG
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GATCCCAACGAAGGCCATAACACACTTCATGGTGGATCAAAGGGATTCAGCGATGTGATT
TGGTCTGTCGAAAACTACGTTCCCACTAGCCACGTCACTTTCAAATACCATAGCTTCGAC
GGTGAAGAAGGATTCCCCGGGAACGTGACGGTGATGGTGACATACATGTTGATCGGAGAA
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DS 

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CTTTAGGTTCACTGCTCATTGATTCCTTTTTCTTTTGTATATTTGCTTGCTTTTGGGTTT
TAAGGTTTACTGTTCTCGATGAGTAATAATTTGAATGATTAGTATC

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RD RR1AO33JQ 680 0 0
G
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TTGGGTTTTAAGGTTTACTGTTCACGATGAGTAATAATTTGAATGATTAGTATCATGCGT
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DS 

RD RR1AO33TF 680 0 0
G
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AACCTCCACGGCCACAACTCCGGCGACATCCTCTCCCACAAAATCCAGCTTCTCGCCAAG
AAAATAACTCCCGTCGACGAAGAACTCATCCCCACCGGCGAAATCACCTCGATCGAAGGA
ACTCCTTACGACTTCCTCGAGCCCCGCGAGATCGGTGGCCGGATCCACGAGTTACCCGGC
GGCTACGACATCAACTACGTCATCGAGGGAAAGGCCGGGAAGCATCTGAGGAAAACCGCT
GTCGTGTCGGAAGAAGTTACTGGGAGGAAGATGGAGCTGTGGTCGAACCAGCCAGGTGTT
CAGTTCTACACGAGTAATCAGCTGAAAAGTGTTGTCGGGAAAGGGAACGCGGTTTATAAG
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GAGGGAATATGTTGGAATC

QA 2 680 2 680
DS 

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AGAAAATAACTCCCGTCGACGAAGAACTCATCCCCACCGGCGAAATCACCTCGATCGAAG
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ACTGTTCGCGATGAGTAATAATTTGAATGATTAGTATCATGCATTGATTTCGTAAGGAAT
AAGAGGGAATATGTTGGAATCATGAATGATATCTGAATAAAAGAGGTTGAGATTGAGGC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 10

CO CL409Contig1 1020 10 5 U
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TCTTCTCTCACTTCCACACTCGCTTTATCCACGAACAAAGTACAAAATGCAAGAGGAACG
TTCTCATCACGTGTAGGTGGAAGAACGAGCGAGCGTTTGGTGGTGGTTCGTGCGGGCAAA
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TCTCCTCCCGAATGGCTCGATGGCAGTCTTCCTGGTGATTTCGGTTTTGATCCTCTTGGT
CTAGGGTCTGATCCGGAAACCCTCAGATGGTTTGCACAAGCTGAGCTCATACATAGCCGG
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GATGTTGGTTACCCGGGAGGTTTATGGTTTGACCCGATGATGTGGGGG*AGAGGTTCTCC
TGATCCGGTCATGGTTATGAGGACTAAAGAGATTAAAAACGGACGGCTCGCAATGCTTGC
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CATGGCTCATCTCGCTGATCCTGGTCACTGCAACGTCTTCTCAGCATTTACATCACAATG
ATCACATTGATGGAGATTACTTTGCGGCGAATATAATTTTCAATGATGTTATAACCTTGG
TGTATAGTATCAGTTACGTATTTAATTATTTGTCTATTGTCGTTTTATAAAGAGACCAAA
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 10 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1D794TF U 18
AF RR1GQ49TF U 1
AF RR1GW75TF U 24
AF RR1BE48TF U 20
AF RR1H040TF U 21
AF RR1BH76TF U 1
AF RR1GW75JQ C 613
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AF RR1H040JQ C 347
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BS 650 849 RR1BH76TF
BS 850 1019 RR1BH76JQ
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GGCAGTCTTCCTGGTGATTTCGGTTTTGATCCTCTTGGTCTAGGGTCTGATCCGGAAACC
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GGTATCTTAATACCGGAATGTCTGGAGCGGTTAGGTTTCATCGAGAATTACTCGTGGTAC
GATGCAGGGTCACGCGAGTATTTCGCGGATTCCACTACCTTATTTGTGGTCCAATTAGTG
TTAATGGGGTGGGCTGA

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DS 

RD RR1GQ49TF 516 0 0
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TCTTCTCTCACTTCCACACTCGCTTTATCCACGAACAAAGTACAAAATGCAAGAGGAACG
TTCTCATCACGTGTAGGTGGAAGAACGAGCGAGCGTTTGGTGGTGGTTCGTGCGGGCAAA
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TCTCCTCCCGAATGGCTCGATGGCAGTCTTCCTGGTGATTTCGGTTTTGATCCTCTTGGT
CTAGGGTCTGATCCGGAAACCCTCAGATGGTTTGCACAAGCTGAGCTCATACATAGCCGG
TGGGCCATGCTAGCAGTAACCGGTATCTTAATACCGGAATGTCTGGAGCGGTTAGGTTTC
ATCGAGAATTACTCGTGGTACGATGCAGGGTCACGCGAGTATTTCGCGGGTTCCACTACC
TTATTTGTGGTCCAATTAGTGTTAATGGGGTGGGCT

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1GW75TF 676 0 0
GGG
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ATCCACGAACAAAGTACAAAATGCAAGAGGAACGTTCTCATCACGTGTAGGTGGAAGAAC
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TCCTCCTGACCGTCCTATGTGGTTCCCCGGTACTTCTCCTCCCGAATGGCTCGATGGCAG
TCTTCCTGGTGATTTCGGTTTTGATCCTCTTGGTCTAGGGTCTGATCCGGAAACCCTCAG
ATGGTTTGCACAAGCTGAGCTCATACATAGCCGGTGGGCCATGCTAGCAGTAACCGGTAT
CTTAATACCGGAATGTCTGGAGCGGTTAGGTTTCATCGAGAATTACTCGTGGTACGATGC
AGGGTCACGCGAGTATTTCGCGGATTCCACTACCTTATTTGTGGTCCAATTAGTGTTAAT
GGGGTGGGCTGAAGGTAGACGTTGGGCTGATTTTATCAAACCGGGTTCGGTTGTCATAGA
ACCTCAGTATCCGCACAAGGTGAATCCTAAACCAGATGTTGGTTACCCGGGAGGTTTATG
GTTTGACCCGATGATGTGGGGG*AGAGGTTCTCCTGATCCGGTCATGGTTATGAGGACTA
AAGAGATTAAAAA

QA 4 676 4 676
DS 

RD RR1BE48TF 715 0 0
GG
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GCTTTATCCACGAACAAAGTACAAAATGCAAGAGGAACGTTCTCATCACGTGTAGGTGGA
AGAACGAGCGAGCGTTTGGTGGTGGTTCGTGCGGGCAAAGAAGTTTCTAGTGTCTGTGAA
CCACTTCCTCCTGACCGTCCTATGTGGTTCCCCGGTACTTCTCCTCCCGAATGGCTCGAT
GGCAGTCTTCCTGGTGATTTCGGTTTTGATCCTCTTGGTCTAGGGTCTGATCCGGAAACC
CTCAGATGGTTTGCACAAGCTGAGCTCATACATAGCCGGTGGGCCATGCTAGCAGTAACC
GGTATCTTAATACCGGAATGTCTGGAGCGGTTAGGTTTCATCGAGAATTACTCGTGGTAC
GATGCAGGGTCACGCGAGTATTTCGCGGATTCCACTACCTTATTTGTGGTCCAATTAGTG
TTAATGGGGTGGGCTGAAGGTAGACGTTGGGCTGATTTTATCAAACCGGGTTCGGTTGAC
ATAGAACCTCAGTATCCGCACAAGGTGAATCCTAAACCAGATGTTGGTTACCCGGGAGGT
TTATGGTTTGACCCGATAATGTGGGGG*AGAGGTTCTCCTGATCCGGTCATGGTTATGAG
GACTAAAGAGATTAAAAACGGACGGCTCGCAATGCTTGCTTTTGTTGGATTTT

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR1H040TF 802 0 0
G
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GCTTTATCCACGAACAAAGTACAAAATGCAAGAGGAACGTTCTCATCACGTGTAGGTGGA
AGAACGAGCGAGCGTTTGGTGGTGGTTCGTGCGGGCAAAGAAGTTTCTAGTGTCTGTGAA
CCACTTCCTCCTGACCGTCCTATGTGGTTCCCCGGTACTTCTCCTCCCGAATGGCTCGAT
GGCAGTCTTCCTGGTGATTTCGGTTTTGATCCTCTTGGTCTAGGGTCTGATCCGGAAACC
CTCAGATGGTTTGCACAAGCTGAGCTCATACATAGCCGGTGGGCCATGCTAGCAGTAACC
GGTATCTTAATACCGGAATGTCTGGAGCGGTTAGGTTTCATCGAGAATTACTCGTGGTAC
GATGCAGGGTCACGCGAGTATTTCGCGGATTCCACTACCTTATTTGTGGTCCAATTAGTG
TTAATGGGGTGGGCTGAAGGTAGACGTTGGGCTGATTTTATCAAACCGGGTTCGGTTGAC
ATAGAACCTCAGTATCCGCACAAGGTGAATCCTAAACCAGATGTTGGTTACCCGGGAGGT
TTATGGTTTGACCCGATGATGTGGGGG*AGAGGTTCTCCTGATCCGGTCATGGTTATGAG
GACTAAAGAGAT*AAAAACGGACG*CTCGCAATGCTTGCTTTTGTTGGATTTG**TTTCA
AGCTAACTACAGTGCTAGTCAAGATC*AATTGAGA*TCTCACG*CTCATCTCGCTGATC*
TGGTCACTGCA
CGTCTCTCAG

QA 2 792 2 792
DS 

RD RR1BH76TF 853 0 0
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TCTTCTCTCACTTCCACACTCGCTTTATCCACGAACAAAGTACAAAATGCAAGAGGAACG
TTCTCATCACGTGTAGGTGGAAGAACGAGCGAGCGTTTGGTGGTGGTTCGTGCGGGCAAA
GAAGTTTCTAGTGTCTGTGAACCACTTCCTCCTGACCGTCCTATGTGGTTCCCCGGTACT
TCTCCTCCCGAATGGCTCGATGGCAGTCTTCCTGGTGATTTCGGTTTTGATCCTCTTGGT
CTAGGGTCTGATCCGGAAACCCTCAGATGGTTTGCACAAGCTGAGCTCATACATAGCCGG
TGGGCCATGCTAGCAGTAACCGGTATCTTAATACCGGAATGTCTGGAGCGGTTAGGTTTC
ATCGAGAATTACTCGTGGTACGATGCAGGGTCACGCGAGTATTTCGCGGATTCCACTACC
TTATTTGTGGTCCAATTAGTGTTAATGGGGTGGGCTGAAGGTAGACGTTGGGCTGATTTT
ATCAAACCGGGTTCGGTTGACATAGAACCTCAGTATCCGCACAAGGTGAATCCTAAACCA
GATGTTGGTTACCCGGGAGGTTTATGGTTTGACCCGATGATGTGGGGGGAGAGGTTCTCC
TGATCCGGTCATGGTTATGAGGACTAAAGAGATTAAAAACGGACGGCTCGCAATGCTTGC
TTTTGTTGGATTTTGTTTTCAAGCTAACTACAGTGCTAGTCAAGATCCAATTGAGAATCT
CATGGCTCATCTCGCTGATCCTGGTCACTGCAACGTCTTCTCAGCATTTACATCACAATG
ATCACATTG
GATG

QA 1 849 1 849
DS 

RD RR1GW75JQ 272 0 0
CCGGGAGGTTTATGGTTTGACCCGATGATGTGGGGG*AGAGGTTTTCCTGATCCGGTCAT
GGTTATGAGGACTAAAGAGATTAAAAACGGACGGCTCGCAATGCTTGCTTTTGTTGGATT
TTGTTTTCAAGCTAACTACAGTGCTAGTCAAGATCCAATTGAGAATCTCATGGCTCATCT
CGCTGATCCTGGTCACTGCAACGTCTTCTCAGCATTTACATCACAATGATCACATTGATG
GAGATTACTTTGCGGCGAATATAATTTTCAAT

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR1BE48JQ 711 0 0
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TTTTGATCCTCTTGGTCTAGGGTCTGATCCGGAAACCCTCAGATGGTTTGCACAAGCTGA
GCTCATACATAGCCGGTGGGCCATGCTAGCAGTAACCGGTATCTTAATACCGGAATGTCT
GGAGCGGTTAGGTTTCATCGAGAATTACTCGTGGTACGATGCAGGGTCACGCGAGTATTT
CGCGGATTCCACTACCTTATTTGTGGTCCAATTAGTGTTAATGGGGTGGGCTGAAGGTAG
ACGTTGGGCTGATTTTATCAAACCGGGTTCGGTTGACATAGAACCTCAGTATCCGCACAA
GGTGAATCCTAAACCAGATGTTGGTTACCCGGGAGGTTTATGGTTTGACCCGATAATGTG
GGGG*AGAGGTTCTCCTGATCCGGTCATGGTTATGAGGACTAAAGAGATTAAAAACGGAC
GGCTCGCAATGCTTGCTTTTGTTGGATTTTGTTTTCAAGCTAACTACAGTGCTAGTCAAG
ATCCAATTGAGAATCTCATGGCTCATCTCGCTGATCCTGGTCACTGCAACGTCTTCTCAG
CATTTACATCACAATGATCACATTGATGGAGATTACTTTGCGGCGAATATAATTTTCAAT
GATGTTATAACCTTGGTGTATAGTATCAGTTACGGATTTAATTATTTGTC
C

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1BH76JQ 804 0 0
CCGTCCTATGTGGTTCCCCGGTACTTCTCCTCCCGAATGGCTCGATGGCAGTCTTCCTGG
TGATTTCGGTTTTGATCCTCTTGGTCTAGGGTCTGATCCGGAAACCCTCAGATGGTTTGC
ACAAGCTGAGCTCATACATAGCCGGTGGGCCATGCTAGCAGTAACCGGTATCTTAATACC
GGAATGTCTGGAGCGGTTAGGTTTCATCGAGAATTACTCGTGGTACGATGCAGGGTCACG
CGAGTATTTCGCGGATTCCACTACCTTATTTGTGGTCCAATTAGTGTTAATGGGGTGGGC
TGAAGGTAGACGTTGGGCTGATTTTATCAAACCGGGTTCGGTTGACATAGAACCTCAGTA
TCCGCACAAGGTGAATCCTAAACCAGATGTTGGTTACCCGGGAGGTTTATGGTTTGACCC
GATGATGTGGGGG*AGAGGTTCTCCTGATCCGGTCATGGTTATGAGGACTAAAGAGATTA
AAAACGGACGGCTCGCAATGCTTGCTTTTGTTGGATTTTGTTTTCAAGCTAACTACAGTG
CTAGTCAAGATCCAATTGAGAATCTCATGGCTCATCTCGCTGATCCTGGTCACTGCAACG
TCTTCTCAGCATTTACATCACAATGATCACATTGATGGAGATTACTTTGCGGCGAATATA
ATTTTCAATGATGTTATAACCTTGGTGTATAGTATCAGTTACGTATTTAATTATTTGTCT
ATTGTCGTTTTATAAAGAGACCAAATTCAAGACATGTTAGTTAAGTTATTGCACTTATGA
TATATGAAAATTCATTTCTTCTTC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1H040JQ 674 0 0
TCATACATAGCCGGTGGGCCATGCTAGCAGTAACCGGTATCTTAATACCGGAATGTCTGG
AGCGGTTAGGTTTCATCGAGAATTACTCGTGGTACGATGCAGGGTCACGCGAGTATTTCG
CGGATTCCACTACCTTATTTGTGGTCCAATTAGTGTTAATGGGGTGGGCTGAAGGTAGAC
GTTGGGCTGATTTTATCAAACCGGGTTCGGTTGACATAGAACCTCAGTATCCGCACAAGG
TGAATCCTAAACCAGATGTTGGTTACCCGGGAGGTTTATGGTTTGACCCGATGATGTGGG
GG*AGAGGTTCTCCTGATCCGGTCATGGTTATGAGGACTAAAGAGATTAAAAACGGACGG
CTCGCAATGCTTGCTTTTGTTGGATTTTGTTTTCAAGCTAACTACAGTGCTAGTCAAGAT
CCAATTGAGAATCTCACGGCTCATCTCGCTGATCCTGGTCACTGCAACGTCTTCTCAGCA
TTTACATCACAATGATCACATTGATGGAGATTACTTTGCGGCGAATATAATTTTCAATGA
TGTTATAACCTTGGTGTATAGTATCAGTTACGTATTTAATTATTTGTCTATTGTCGTTTT
ATAAAGAGACCAAATTCAAGACATGTTAGTTAAGTTATTGCACTTATGATATATGAAAAT
TCATTTCTTCTTCC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 9

CO CL410Contig1 1684 9 32 U
GGAAAATCATCCAATTCATTCCTCGCAAAAAAAAAAAAAATTTCCTTATAAAAAAATCAA
AAAGAAAAGAATAATGGCAAGAGCTCATCTATTGTTATGCTTGGCCCTTCTATTTGCATC
TGTAACCCTTTTTGACGTGGCTTCAGCTTTTCTGAAGCTAAAGCCATCTTTGCCTCAGAT
TGAAGATCCGAAGACGGTGGGTGATGTGGAAGAATACACTGTTCAAGTAGTGATGGTATT
TGTGGGGGACCTCGAGAAAGAATGTCCTAAAACAAGCAAATTCAAAGCGTTCTTCGACAA
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TGCCGACATGAAGGCCAAAGAAGCAGGCATCCTCAAAACCATCGCATCTTTTGCTATTGG
AAAGATAAAGAGGGAAATTCAAGAGGAGAAACAGGAAGCTATCGAAACCTTTTAAGTTTA
TGAAATCCTTGGCTGGTAGAATTTTGGGTGGCCGCAAGAAAGAAGAGAAAACAACCACGG
CACTAACAGCTGAACAGCTGAAAGAAATCAAAGATGGGATCTTGAAGTGGCAGACTACGA
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AAAAACCAGAAGCTGGTTCAAACCCTGGAGCTGGAACTCCCTCTCAAGATACAAACAATG
AATCCGAAGATACCACAAACGCTGCGTCTACTGCAACTGCAACTCAAAGTACTAGCCAGA
CCAAGGAGGCCACAGTGACAGAAGTCGAGACTCAGACTTCCCAACAAGTTATGACATTCA
TAATGAACCTAGAGAAGAAGAGTCCGCAGAAGGAGGAATACAAGCAATTTTTCGAGAAAC
TAAAGAGTACCATGACAGGAAAGGTTTCTTCTCCAAAGAAAAAAGGAGGCTTGTTCGCTA
TGATCAAAGGTGCTGTTGGAAAAATAGGTGATGCCATGCAATTTATTCGTTCAAGACTTG
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ATATGGAAGAGCTAGATGCAATCTACGCTAAAATTGTAGCCGAAAATCAAAACAAGAAAG
GAGGAGCAATGACATGCACACCAGAACAACAAGCACAGATTAAGACGACAATCACCAAGT
GGGAACAAGTCACAACCCAATTCGTTGAGGTTGCTATTAAGAGTGAAACTTCAACATCTA
CTTCTACATCATCCTCCACGGGAACAGCCAAGGCAAATTGAACTGAAGCTAAGGTGTAAC
TTCACCAATATGGCAAAACTAGTAACCAATAGCTAATAATTTAGAGATTTTTATTTTTGA
TTGCAAATAAAACAAACATCGGTGTAGGCTAGCAATATATCTATTGACCGACCTATGCAA
AAGAATAACTATGTATAAGTATATATAGACTGTAAGCATTCTATATGCTAACATCCAAAA
GTGATGATTAGTGAAAAGAAAAATTTTGTGGTAATTTTTTCTCTATTTTCTGAATAAATT
TAGC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1GO60TF U 1
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TGAAGATCCGAAGACGGTGGGTGATGTGGAAGAATACACTGTTCAAGTAGTGATGGTATT
TGTGGGGGACCTCGAGAAAGAATGTCCTAAAACAAGCAAATTCAAAGCGTTCTTCGACAA
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TGCCGACATGAAGGCCAAAGAAGCAGGCATCCTCAAAACCATCGCATCTTTTGCTATTGG
AAAGATAAAGAGGGAAATTCAAGAGGAGAAACAGGAAGCTATCGAAACCTTTTAAGTTTA
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CACTAACAGCTGAACAGCTGAAAGAAATCAAAGATGGGATCTTGAAGTGGCAGACTACGA
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CCACTGGAAG

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GTAACCCTTTTTGACGTGGCTTCAGCTTTTCTGAAGCTAAAGCCATCTTTGCCTCAGATT
GAAGATCCGAAGACGGTGGGTGATGTGGAAGAATACACTGTTCAAGTAGTGATGGTATTT
GTGGGGGACCTCGAGAAAGAATGTCCTAAAACAAGCAAATTCAAAGCGTTCTTCGACAAA
CTCAGAGGATTTGCCAAGTATGTTTGCCCACTAAAAATATTTGGCAAAAAAAAAGATGAT
GCCGACATGAAGGCCAAAGAAGCAGGCATCCTCAAAACCATCGCATCTTTTGCTATTGGA
AAGATAAAGAGGGAAATTCAAGAGGAGAAACAGGAAGCTATCGAAACCTTTTAAGTTTAT
GAAATCCTTGGCTGGTAGAATTTTGGGTGGCCGCAAGAAAGAAGAGAAAACAACCACGGC
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TGTTAAGATCACAAACACTATGGTAGTTAGCACCTCAACCAGCGAAAGCTCTGAAACTAC
CACTGGAAGCTCTGAATCTACCACTGGAGGTTCTTCGGGTCCTAAT

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G
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CGAAGATACCACAAACGCTGCGTCTACTGCAACTGCAACTCAAAGTACTAGCCAGACCAA
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GAACCTAGAGAAGAAGAGTCCGCAGAAGGAGGAATACAAGCAATTTTTCGAGAAACTAAA
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G
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DS 

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DS 

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G
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TAACCAATAGCTAATAATTTAGAGATTTTTATTTTTGATTGCAAATAAAACAAACATCGG
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ATATAGACTGTAAGCATTCTATATGCTAACATCCAAA
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G
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CCTCCACGGGAACAGCCAAGGCAAATTGAACTGAAGCTAAGGTGTAACTTCACCAATATG
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CAAACATCGGTGTAGGCTAGCAATATATCTATTGACCGACCTATGCAAAAGAATAACTAT
GTATAAGTATATATAGACTGTAAGCATTCTATATGCTAACATCCAAAAGTGATGATTAGT
GAAAAGAAAAATTTTGTGGTAATTTTTTCTCTATTTTCTGAA

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DS 

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CTGTTGGAAAAATAGGTGGTGCCATGCAATTTATTCGTTCAAGACTTGCAAACAAATCAG
CAGAAGTAAAGAAGTCAATGGAAACTTACCAAGCAGAAGTGATAAAGAATATGGAAGAGC
TAGATGCAATTTACGCTAAAATTGTAGCCGAAAATCAAAACAA**AAGGAGGAGCAATGA
CATGCACACCAGAACAACAAGCACAGATTAAGACGACAATCACCAAGTGGGAACAAGTCA
CAACCCAATTCGTTGAGGTTGCTATTAAGAGTGAAACTTCAACATCTACTTTTACATCAT
CCTCCACGGGAACAGCCAAGGCAAATTGAACTGAAGCTAAGGTGTAACTTCACCAATATG
GCAAAACTAGTAACCAATAGCTAATAATTTAGAGATTTTTATTTTTGATTGTAAATAAAA
CAAACATCGGTGTAGGCTAGCAATATATCTATTGACCGACCTATGCAAAAGAATAACTAT
GTATAAGTATATATAGACTGTAAGCATTCTATATGCTAACATCCAAAAGTGATGATTAGT
GAAAAGAAAAATTTTGTGGTAAT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1CN57JQ 714 0 0
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CATGACAGGAAAGGTTTCTTCTCCAAAGAAAAAAGGAGGCTTGTTCGCTATGATCAAAGG
TGCTGTTGGAAAAATAGGTGATGCCATGCAATTTATTCGTTCAAGACTTGCAAACAAATC
AGCAGAAGTAAAGAAGTCAATGGAAACTTACCAAGCAGAAGTGATAAAGAATATGGAAGA
GCTAGATGCAATTTACGCTAAAATTGTAGCCGAAAATCAAAACAAGAAAGGAGGAGCAAT
GACATGCACACCAGAACAACAAGCACAGATTAAGACGACAATCACCAAGTGGGAACAAGT
CACAACCCAATTCGTTGAGGTTGCTATTAAGAGTGAAACTTCAACATCTACTTTTACATC
ATCCTCCACGGGAACAGCCAAGGCAAATTGAACTGAAGCTAAGGTGTAACTTCACCAATA
TGGCGAAACTAGTAACCAATAGTTAATAATTTAGAGATTTTTATTTTTGATTGCAAATAA
AACAAACATCGGTGTAGGCTAGCAATATATCTATTGACCGACCTATGCAAAAGAATAACT
ATGTATAAGTATATGTAGACTGTAAGCATTCTATATGCTAACATCCAAAAGTGATGATTA
GTGAAAAGAAAAATTTTGTGGTAATTTTTTCTCTATTTTCTGAATAAATTTAGC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 8

CO CL411Contig1 913 8 8 U
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GGAAGAAGAACGATTCTTTATCCGGAAATTCAATGGCGGTTTCTTCTGTAACTTCGTTCA
TATTACCCTCTTTCGTCAGTCCTACCTCGTCTACCAGACAGAAAGTCTCTCTGCTTCCAT
CTTCTTCTTCGTCTACTCATGGCGGCATTGGCTCCTGCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCT
CGTTTACGAAGAAGGTCTTGGCAGCTCCCGAGACCCTAACTCCAGAAACCCTCGAAGAAC
CCGCCTCTGATGACTTCTCCGAGGTTCCGAGCTCTTCCTCAATAAGTGTAGACGCAGATA
AGATGGCGCCAAAGCAAAAGATTAGGATAAAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTCATTG
AGGACTCATGCAAGCAGATACTCGACGCTGCCAGGAACACCAATGCCAAGACGATGGGTC
CTGTTCCCTTGCCAACCAAGAAGCGTATCTACTGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACA
AGGATGCAAGGTTCCATTTTGAGATCAGGACCCACCAGCGGATGATTGATATTCTCTACC
CGACTGCTCAGACCATCGACTCCTTGATGCAGCTGGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGG
AAGTCAAGCTCTGAAACTTCAATGAGGCGACGGGCCCTTGCATTGCATGAACAGACTGTT
CCTGATAGAATTGGTAAACCATGTATCATCCTTTTGAAAGACTATGTAATGAATATTATC
AGCAAAGCTGGACTCTTTTAGACAATCTTTGTTCTTAGTTAATGGACAGATCTGCAAGTA
AGCAAAGTTCAAAGAAATCTTTTGTGTGTGTATACTAATTGTTTTGCCGTCACTGCTATA
CTTTTTCTCTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 30 30 30 45 45 30 30 30 
30 45 45 30 45 30 45 30 30 30 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G136TF U 21
AF RR1CZ19TF U 393
AF RR1FA58TF U 1
AF RR1AS09JQ C 26
AF RR1FA58JQ C 150
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AF RR1DI86JQ C 231
BS 1 666 RR1FA58TF
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BS 853 883 RR1G136JQ
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RD RR1G136TF 476 0 0
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TTGGCTCCCGCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCTCGTTTACGAAGAAGGTCTTGGCAGCTC
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CGAGCTCTTCCTCAATAAGTGTAGACGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAAAAGATTAGGA
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CTGCCAGGAACACCAATGCCAAGACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAAC

QA 8 476 8 476
DS 

RD RR1CZ19TF 182 0 0
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AGGAACACCAATGACAAGACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAACCAAGAAGCGTATCTAC
TGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACAAGGATGCAAGGTTCCATTTTGAGATCATGACC
CA

QA 1 182 1 182
DS 

RD RR1FA58TF 688 0 0
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GGAAGAAGAACGATTCTTTATCCGGAAATTCAATGGCGGTTTCTTCTGTAACTTCGTTCA
TATTACCCTCTTTCGTCAGTCCTACCTCGTCTACCAGACAGAAAGTCTCTCTGCTTCCAT
CTTCTTCTTCGTCTACTCATGGCGGCATTGGCTCCTGCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCT
CGTTTACGAAGAAGGTCTTGGCAGCTCCCGAGACCCTAACTCCAGAAACCCTCGAAGAAC
CCGCCTCTGATGACTTCTCCGAGGTTCCGAGCTCTTCCTCAATAAGTGTAGACGCAGATA
AGATGGCGCCAAAGCAAAAGATTAGGATAAAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTCATTG
AGGACTCATGCAAGCAGATACTCGACGCTGCCAGGAACACCAATGCCAAGACGATGGGTC
CTGTTCCCTTGCCAACCAAGAAGCGTATCTACTGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACA
AGGATGCAAGGTTCCATTTTGAGATCAGGACCCACCAGCGGATGATTGATATTCTCTACC
CGACTGCTCAGACCATCGACTCCTTGATGCAGCTGGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGG
AAGTCA*GCTCTGAAACTTCAATGAGGC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1AS09JQ 829 0 0
GG
AAACCACATCCTTGTGAAGAAGCGTTAATAGGAGGAAGAAGAACGATTCTTTATCCGGAA
ATTCAATGGCGGTTTCTTCTGTAACTTCGTTCATATTACCCTCTTTCGTCAGTCCTACCT
CGTCTACCGGACAGAAAGTCTCTCTGCTTCCATCTTCTTCTTCGTCTACTCATGGCGGCA
TTGGCTCCTGCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCTCGTTTACGAAGAAGGTCTTGGCAGCTC
CCGAGACCCTAACTCCAGAAACCCTCGAAGAACCCGCCTCTGATGACTTCTCCGAGGTTC
CGAGCTCTTCCTCAATAAGTGTAGACGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAAAAGATTAGGA
TAAAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTCATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTCGACG
CTGCCAGGAACACCAATGCCAATACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAACCAAGAAGCGTA
TCTACTGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACAAGGATGCAAGGTTCCATTTTGAGATCA
GGACCCCCCAGCGGATGATTGATATTCTCTACCCGACTGCTCAGGCCATCGACTCCTTGA
TGCAGCTGGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGGAAGTCAAGCTCTGAAACTTCAATGAGG
CGACGGGCCCTTGCATTGCATGAACAGACTGTTCCTGATAGAATTGGTAAACCATGTTTC
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TTTGTTCTTAGTTAATGGACAGATCTGCAAGTAAGCAAAGTTCAA
AG

QA 3 827 3 827
DS 

RD RR1FA58JQ 701 0 0
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GGCTCCTGCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCTCGTTTACGAAGAAGGTCTTGGCAGCTCCC
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AGCTCTTCCTCAATAAGTGTAGACGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAAAAGATTAGGATA
AAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTCATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTCGACGCT
GCCAGGAACACCAATGCCAAGACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAACCAAGAAGCGTATC
TACTGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACAAGGATGCAAGGTTCCATTTTGAGATCAGG
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ACGGGCCCTTGCATTGCATGAACAGACTGTTCCTGATAGAATTGGTAAACCATGTATCAT
CCTTTTGAAAGACTATGTAATGAATATTATCAGCAAAGCTGGACTCTTTTAGACAATCTT
TGTTCTTAGTTAATGGACAGATCTGCAAGTAAGCAAAGTTC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1AS09TF 757 0 0
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GCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCTCGTTTACGAAGAAGGTCTTGGCAGCTCCCGAGACCC
TAACTCCAGAAACCCTCGAAGAACCCGCCTCTGATGACTTCTCCGAGGTTCCGAGCTCTT
CCTCAATAAGTGTAGACGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAAAAGATTAGGATAAAGCTTA
GATCATACTGGGTGCCTCTCATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTCGACGCTGCCAGGA
ACACCAATGCCAATACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAACCAAGAAGCGTATCTACTGTG
TTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACAAGGATGCAAGGTTCCATTTTGAGATCAGGACCCACC
AGCGGATGATTGATATTCTCTACCCGACTGCTCAGGCCATCGACTCCTTGATGCAGCTGG
ATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGGAAGTCAAGCTCTGAAACTTCAATGAGGCGACGGGCC
CTTGCATTGCATGAACAGACTGTTCCTGATAGAATTGGTAAACCATGTTTCATCCTTTTG
AAAGACTATGTAATGAATATTATCAGCAAAGCTGGACTCTTTTAGACAATCTTTGTTCTT
AGTTAATGGACAGATCTGCAAGTAAGCAAAGTTCAA
G

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1G136JQ 734 0 0
TCTACCAGACAGAAAGTCTCTCTGCTTCCATCTTCTTCTTCGTCTACTCATGGCGGCATT
GGCTCCCGCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCTCGTTTACGAAGAAGGTCTTGGCAGCTCCC
GAGACCCTAACTCCAGAAACCCTCGAAGAACCCGCCTCTGATGACTTCTCCGAGGTTCCG
AGCTCTTCCTCAATAAGTGTAGACGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAAAAGATTAGGATA
AAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTCATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTCGACGCT
GCCAGGAACACCAATGCCAAGACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAACCAAGAAGCGTATT
TACTGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACAAGGATGCAAGGTTCCATTTTGAGATCAGG
ACCCACCAGCGGATGATTGATATTCTCTACCCGACTGCTCAGACCATCGACTCCTTGATG
CAGCTGGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGGAAGTCAAGCTCTGAAACTTCAATGAGGCG
ACGGGCCCTTGCATTGCATGAACAGACTGTTCCTGATAGAATTGGTAAACCATGTATCAT
CCTTTTGAAAGACTATGTAATGAATATTATCAGCAAAGCTGGACTCTTTTAGACAATCTT
TGTTCTTAGTTAATGGACAGATCTGCAAGTAAGCAAAGTTCAAAGAAATCTTTTGTGTGT
GTATACTAATTGTT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1DI86JQ 683 0 0
CCAGACAGAAAGTCT*CTCTGC**GTCTTGGCAGCTCCCGAGACCCTAACTCCAGAAACC
CTCGAAGAACCCGCCTCTGATGACTTCTCCGAGGTTCCGAGCTCTTCCTCAATAAGTGTA
GACGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAAAAGATTAGGATAAAGCTTAGATCATACTGGGTG
CCTCTCATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTCGACGCTGCCAGGAACACCAATGCCAAG
ACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAACCAAGAAGCGTATCTACTGTGTTCTCAAGTCTCCC
CACGTCCACAAGGATGCAAGGTTCCATTTTGAGATCAGGACCCACCAGCGGATGATTGAT
ATTCTCTACCCGACTGCTCAGACCATCGACTCCTTGATGCAGCTGGATCTTCCTGCTGGT
GTTGATGTGGAAGTCAAGCTCTGAAACTTCAATGAGGCGACGGGCCCTTGCATTGCATGA
ACAGACTGTTCCTGATAGAATTGGTAAACCATGTATCATCCTTTTGAAAGACTATGTAAT
GAATATTATCAGCAAAGCTGGACTCTTTTAGACAATCTTTGTTCTTAGTTAATGGACAGA
TCTGCAAGTAAGCAAAGTTCAAAGAAATCTTTTGTGTGTGTATACTAATTGTTTTGCCGT
CACTGCTATACTTTTTCTCTCGT

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 9

CO CL412Contig1 1147 9 7 U
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TCCTTTCAAAATATTATTATTCACAGCTCTCCTCGCGGCGGCGTTTTCAGCCTCCACCGC
TGACTTCAACAGCGACGTCAACGTGGCTTGGGGAAACGGCCGTGGGAAGATACTCAGCAA
CGGCCAGCTTCTTACTCTCACCTTAGACAAATCATCTGGTTCTGGTTTTCAATCCAAAAC
AGAGTATTTGTTCGGTAAGATTGATATGCAGATTAAGCTTGTTCCTGGTAACTCAGCAGG
CACAGTCACAACTTTCTATTTGAAGTCTGAAGGAACGACTTGGGATGAGATTGATTTTGA
GTTCTTGGGTAATATGAGTGGAGATCCTTATACTCTACACACCAACGTTTACACTCAAGG
TAAAGGTGACAAAGAGCAACAGTT*CCATCTCTGGTTCGACCCAACAGCCAATTT*CCAC
ACTTACTCAATCCTCTGGAACCCTCAAAGAATCATACTAACTGTTGATAACACGCCAATT
AGAGAGTTTAAGAACTCGGAGTCTCTCGGTGTCTTGTTTCCAAAGAGCAAGCCGATGAGG
ATGTACGCAAGTTTATGGAACGCAGACGATTGGGCAACTAGAGGCGGTCTGGTTAAAACG
GATTGGTCCAAAGCTCCATTCACCGCTTCTTACAGGAACATTAAGATCGACGGGTGTGCT
CATTCAAACGGAAGGTCGTCTTGTACCACGACGAAACCAAGCTCTAATTGGTACACTCAA
GAAATGGATTCAACGAGCCAAGCTAGACTCAGATGGGTTCAGAAGAACTACATGATCTAC
AATTACTGTACGGATACTAAGAGGTTTCCACAGGGAATCCCTCGGGAATGTGCAACAAGG
TCGTAGAAACTCTTAAGGGATCATAAACATTTTATCTATTTATCCTCCTCCTCCTCTGCT
TTCTTTTTCTTCTATATGTATAATGCTCTCCTTCCTCTTTTGTCAATTGTGTTCGATTCT
TTCGATTGTATATCTTTGTCCAATAAAGCAAATTAAAGGTCTGCCTATATATATGCTAAG
ATGTCAATGTTTTTTTTTCTTGTGAAATAATTTTTATGAAAATGATAGTTATTTATTCTT
TCAGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR1CY57TF U 172
AF RR1C978TF U 27
AF RR1H774TF U 1
AF RR1DO60TF U 170
AF RR1H774JQ C 287
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AF RR1AB75TF U 496
BS 1 695 RR1H774TF
BS 696 696 RR1DO60TF
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BS 790 1147 RR1AB75TF

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TGATTTTGAGTTCTTGGGTAATATGAGTGGAGATCCTTATACTCTACGCACCAACGTTTA
CACTCAAGGTAAAGGTGACAAAGAGCAACAGTTTCCATCTCTGGTTCGACCCAACAGCCA
ATTTTCCACACTTACTCAATCCTCTGGAACCCTCAAAGAATCATACTAACTGTTGATAAC
ACGCCAATTAGAGAGTTTAAGAACTCGG

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DS 

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G
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TCTCCTCGCGGCGGCTTTTTCAGCCTCCACCGCTGACTTCAACAGCGACGTCAACGTGGC
TTGGGGAAACGGCCGTGGGAAGATACTCAGCAACGGCCAGCTTCTTACTCTCACCTTAGA
CAAATCATCTGGTTCTGGTTTTCAATCCAAAACAGAGTATTTGTTCGGTAAGATTGATAT
GCAGATTAAGCTTGTTCCTGGTAACTCAGCAGACACAGTCACAACTTTCTATTTGAAGTC
TGAAGGAACGACTTGGGATGAGATTGATTTTGAGTTCTTGGGTAATATGAGTGGAGATCC
TTATACTCTACACACCAACGTTTACACTCAAGGTAAAGGTGACAAAGAGCAACAGTT*CC
ATCTCTGGTTCGACCCAACAGCCAATTT*CCACACTTACTCAATCCTCTGGAACCCTCAA
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TCCTTTCAAAATATTATTATTCACAGCTCTCCTCGCGGCGGCGTTTTCAGCCTCCACCGC
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CGGCCAGCTTCTTACTCTCACCTTAGACAAATCATCTGGTTCTGGTTTTCAATCCAAAAC
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TAAAGGTGACAAAGAGCAACAGTT*CCATCTCTGGTTCGACCCAACAGCCAATTT*CCAC
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AGAGAGTTTAAGAACTCGGAGTCTCTCGGTGTCTTGTTTCCAAAGAGCAAGCCGATGAGG
ATGTACGCAAGTTTATGGAACGCAGACGATTGGGCAACTAGAGGCGGTCTGGTTAAAACG
GATTGGTCCAAAGCTCCATTCACCGCTTCTTACAG*AACATTAAGATCGACGGGTGTGCT
CATTCAAA

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DS 

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GT
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ATCCGAAACAGAGTATTTGTTCGGTAAGATTGATATGCAGATTAAGCTTGTTCCTGGTAA
CTCAGCAGGCACAGTCACAACTTTCTATTTGAAGTCTGAAGGAACGACTTGGGATGAGAT
TGATTTTGAGTTCTTGGGTAATATGAGTGGAGATCCTTATACTCTACACACCAACGTTTA
CACTCAAGGTAAAGGTGACAAAGAGCAACAGTT*CCATCTCTGGTTCGACCCAACAGCCA
ATTT*CCACACTTACTCAATCCTCTGGAACCCTCAAAGAATCATACTAACTGTTGATAAC
ACGCCAATTAGAGAGTTTAAGAACTCGGAGTCTCTCGGTGTCTTGTTTCCAAAGAGCAAG
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GTTAAAACGGATTGGTCCAAAGCTCCATTCACCGCTTCTTACAGGAACATTAAGATCGAC
GGGTGTGCTCATTCAAACGGAAGGTCGTCTTGTACCACGACGAAACCAAGCTCTAATTGG
TACACTCA*GAAATGGAT

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DS 

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TGGT
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TTGATTTTGAGTTCTTGGGTAATATGAGTGGAGATCCTTATACTCTACACACCAACGTTT
ACACTCAAGGTAAAGGTGACAAAGAGCAACAGTT*CCATCTCTGGTTCGACCCAACAGCC
AATTT*CCACACTTACTCAATCCTCTGGAACCCTCAAAGAATCATACTAACTGTTGATAA
CACGCCAATTAGAGAGTTTAAGAACTCGGAGTCTCTCGGTGTCTTGTTTCCAAAGAGCAA
GCCGATGAGGATGTACGCAAGTTTATGGAACGCAGACGATTGGGCAACTAGAGGCGGTCT
GGTTAAAACGGATTGGTCCAAAGCTCCATTCACCGCTTCTTACAGGAACATTAAGATCGA
CGGGTGTGCTCATTCAAACGGAAGGTCGTCTTGTACCACGACGAAACCAAGCTCTAATTG
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CTCCTCTGCTTTCTTTTTCTTCTATATGTATAATGCTCTCCTTCCTCTTTTGTCAATTGC
GTTCGATTCTTTCGATTGTATATCTTTGTCCAACAAAGCAAATTAAAGGTCTGCCTATAT

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GG
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ATAATGCTCTCCTCCCTCTTTTGTCAATTGTGTTCGATTCTTTCGATTGTATATCTTTGT
CCAATAAAGCAAATTAAAGGTCTGCCTAT

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DS 

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GTCTTGTACCACGACGAAACCAAGCTCTAATTGGTACACTCAAGAAATGGATTCAACGAG
CCAAGCTAGACTCAGATGGGTTCAGAAGAACTACATGATCTACAATTACTGTACGGATAC
TAAGAGGTTTCCACAGGGAATCCCTCGGGAATGTGCAACAAGGTCGTAGAAACTCTTAAG
GGATCATAAACATTTTATCTATTTATCCTCCTCCTCCTCTGCTTTCTTTTTCTTCTATAT
GTATAATGCTCTCCTTCCTCTTTTGTCAATTGTGTTCGATTCTTTCGATTGTATATCTTT
GTCCAATAAAGCAAATTAAAGGTCTGC

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DS 

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G
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GGAACGCAGACGATTGGGCAACTAGAGGCGGTCTGGTTAAAACGGATTGGTCCAAAGCTC
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GGGATCATAAACATTTTATCTATTTATCCTCCTCCTCCTCTGCTTTCTTTTTTTTCTATA
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TGTCCAATAAAGCAAATTAAAGGTCTGCCTATATATATGCTAAGATGTCAATGTTTTTTT
TTCTTGTGAAATAATTTTTATGAAAATGATAGTTATTTATTCTTTCAGATG

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DS 

RD RR1AB75TF 652 0 0
G
GGAACCCTCAAAGAATCATACTAACTGTTGATAACACGCCAATTAGAGAGTTTAAGAACT
CGGAGTCTCTCGGTGTCTTGTTTCCAAAGAGCAAGCCGATGAGGATGTACGCAAGTTTAT
GGAACGCAGACGATTGGGCAACTAGAGGCGGTCTGGTTAAAACGGATTGGTCCAAAGCTC
CATTCACCGCTTCTTACAGGAACATTAAGATCGACGGGTGTGCTCATTCAAACGGAAGGT
CGTCTTGTACCACGACGAAACCAAGCTCTAATTGGTACACTCAAGAAATGGATTCAACGA
GCCAAGCTAGACTCAGATGGGTTCAGAAGAACTACATGATCTACAATTACTGTACGGATA
CTAAGAGGTTTCCACAGGGAATCCCTCGGGAATGTGCAACAAGGTCGTAGAAACTCTTAA
GGGATCATAAACATTTTATCTATTTATCCTCCTCCTCCTCTGCTTTCTTTTTCTTCTATA
TGTATAATGCTCTCCTTCCTCTTTTGTCAATTGTGTTCGATTCTTTCGATTGTATATCTT
TGTCCAATAAAGCAAATTAAAGGTCTGCCTATATATATGCTAAGATGTCAATGTTTTTTT
TTCTTGTGAAATAATTTTTATGAAAATGATAGTTATTTATTCTTTCAGATG

QA 2 652 2 652
DS 



AS 1 10

CO CL413Contig1 1043 10 17 U
GGAGAGAAAGAGCACAAAAAAAAAATCTCAATTTCTCACTACTGTTTTTGGTCGGAAAAG
AGAATCGATTCCGATCAATAAAGCAGAAGAGACAGAGAGAAAGAAGAAGAAAGTATCTCT
CTTTTTTTGTTTTCTCCGAAGTCAGGTGAGAGAGAGAAGAAGAAACGTT*TGAGTTCCGA
TGAGTTCTGGAGGAGGAGGAATCGTGGCGGGACCAACAGCAGCATCAGCAGCTCCTGCAA
GCGGCGGTGGAAACGTGGAGTGGCACGTGAGACCACCCAACCCTAAAAACCCAGTCGTCT
TCTTCGACGTCTCTATTGGTGGTATCCCCGCCGGTCGTATCAAGATGGAGCTTTTCGCCG
ACATTGCCCCCAAAACTGCTGAAAACTTCAGGCAGTTCTGTACTGGTGAACTCAGAAAGG
CTGGGAAGCCACTTGGTTACAAAGAATGTCAGTTTCACAGAGTCATCAAGGATTTTATGA
TTCAAAGTGGTGATTTTCTTAAGAATGATGGGAGTGGATGCATGTCAATCTATGGCCACC
AGTTCCATGATGAGAATTTTACTGCCAAACATACTGGTCCTGGATTGCTCTCCATGGCAA
ATAGTGGGCCAGACACTAATGGTTGCCAGTTCTTCATCAGCTGTGCAAAATGCGAGTGGC
TTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG*AGAGTGCTGGGAGATGGGTTATTGGTGGTGCGG
AAGATTGAGAACGTGGCTGTTGGACCAAACAACCGTCCTAAGCTTGCTGTTGTTATTACA
GAGTGTGGGGAGATGTGAGAAATGCTTTTAGCCATGAGATGACTTGAAGAACATTGTCTT
CTGAAGGAGGAATGTAGTGTGAGGCCAAAGCTTTAATTTATAGTTGTAAACGTTACGCAT
ATGTGACTTAAGCTTAAACATTTTGTCATTTAGTTTTCTTTTTCTTTCACTTTGGTTGCT
GGTCAACATTTCCGAAAGCAAAAGCCGCTTGTAAACTTTGGTTTTGGAGATCATTCATTG
TGAGTGAAAATGAGCTATTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GK47TF U 122
AF RR1EL59TF U 1
AF RR1EB91TF U 122
AF RR1EV76TF U 55
AF RR1A382TF U 61
AF RR1FB54TF U 83
AF RR1FB54JQ C 863
AF RR1EL59JQ C 759
AF RR1EV76JQ C 310
AF RR1EB91JQ C 361
BS 1 355 RR1EL59TF
BS 356 356 RR1EV76TF
BS 357 478 RR1EL59TF
BS 479 479 RR1EV76TF
BS 480 614 RR1EL59TF
BS 615 615 RR1EV76TF
BS 616 643 RR1EL59TF
BS 644 644 RR1EV76TF
BS 645 768 RR1EL59TF
BS 769 807 RR1EV76TF
BS 808 827 RR1A382TF
BS 828 846 RR1FB54TF
BS 847 847 RR1EV76JQ
BS 848 851 RR1FB54TF
BS 852 852 RR1EV76JQ
BS 853 889 RR1FB54TF
BS 890 1043 RR1EV76JQ

RD RR1GK47TF 573 0 0
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TAGTTCTGGAGGAGGAGGAATCGTGGCGGGACCAACAGCAGCATCAGCAGCTCCTGCAAG
CGGCGGTGGAAACGTGGAGTGGCACGTGAGACCACCCAACCCTAAAAACCCAGTCGTCTT
CTTCGACGTCTCTATTGGTGGTATCCCCGCCGGTCGTATCAAGATGGAGCTTTTCGCCGA
CATTGCCCCCAAAACTGCTGAAAACTTCAGGCAGTTCTGTACTGGTGAACTCAGAAAGGC
TGGGAAGCCACTTGGTTACAAAGAATGTCAGTTTCACAGAGTCATCAAGGATTTTATGAT
TCAAAGTGGTGATTTTCTTAAGAATGATGGGAGTGGATGCATGTCAATCTATGGCCACCA
GTTCCATGATGAGAATTTTACTGCCAAACATACTGGTCCTGGATTGCTCTCCATGGCAAA
TAGTGGGCCAGACACTAATGGTTGCCAGTTCTTCATCAGCTGTGCAAAATGCGAGTGGCT
TGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG*AGAGTGC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1EL59TF 768 0 0
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CTTTTTTTGTTTTCTCCGAAGTCAGGTGAGAGAGAGAAGAAGAAACGTT*TGAGTTCCGA
TGAGTTCTGGAGGAGGAGGAATCGTGGCGGGACCAACAGCAGCATCAGCAGCTCCTGCAA
GCGGCGGTGGAAACGTGGAGTGGCACGTGAGACCACCCAACCCTAAAAACCCAGTCGTCT
TCTTCGACGTCTCTATTGGTGGTATCCCCGCCGGTCGTATCAAGATGGAGCTTTTTGCCG
ACATTGCCCCCAAAACTGCTGAAAACTTCAGGCAGTTCTGTACTGGTGAACTCAGAAAGG
CTGGGAAGCCACTTGGTTACAAAGAATGTCAGTTTCACAGAGTCATCAAGGATTTTATTA
TTCAAAGTGGTGATTTTCTTAAGAATGATGGGAGTGGATGCATGTCAATCTATGGCCACC
AGTTCCATGATGAGAATTTTACTGCCAAACATACTGGTCCTGGATTGCTCTCCATGGCAA
ATAGTGGGCCAGACGCTAATGGTTGCCAGTTCTTCATCAGCTGCGCAAAATGCGAGTGGC
TTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG*AGAGTGCTGGGAGATGGGTTATTGGTGGTGCGG
AAGATTGAGAACGTGGCTGTTGGACCAAACAACCGTCCTAAGCTTGCT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1EB91TF 657 0 0
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GAGTTCTGGAGGAGGAGGAATCGTGGCGGGACCAACAGCAGCATCAGCAGCTCCTACAAG
CGGCGGTGGAAACGTGGAGTGGCACGTGAGACCACCCAACCCTAAAAACCCAGTCGTCTT
CTTCGACGTCTCTATTGGTGGTATCCCCGCCGGTCGTATCAAGATGGAGCTTTTCGCCGA
CATTGCCCCCAAAACTGCTGAAAACTTCAGGCAGTTCTGTACTGGTGAACTCAGAAAGGC
GGGGAAGCCACTTGGTTACAAAGAATGTCAGTTTCACAGAGTCATCAAGGATTTTATGAT
TCAAAGTGGTGATTTTCTTAAGAATGATGGGAGTGGATGCATGTCAATCTATGGCCACCA
GTTCCATGATGAGAATTTTACTGCCAAACATACTGGTCCTGGATTGCTCTCCATGGCAAA
TAGTGGGCCAGACACTAATGGTTGCCAGTTCTTCATCAGCTGTGCAAAATGCGAGTGGCT
TGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG*AGAGTGCTGGGAGATGGGTTATTGGTGGTGCGGA
AGATTGAGAACGTGGCTGTTGGACCAAACAACCGTCCTAAGCTTGCTGTTGTTATTA

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DS 

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GGAAAGA
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TTTTTTTGTTTTCTCCGAAGTCAGGTGAGAGAGAGAAGAAGAAACGTT*TGAGTTCCGAT
GAGTTCTGGAGGAGGAGGAATCGTGGCGGGACCAACAGCAGCATCAGCAGCTCCTGCAAG
CGGCGGTGGAAACGTGGAGTGGCACGTGAGACTACCCAACCCTAAAAACCCAGTCGTCTT
CTTCGACGTCTCTATTGGTGGTATCCCCGCCGGTCGTATCAAGATGGAGCTTTTCGCCGA
CATTGCCCCCAAAACTGCTGAAAACTTCAGGCAGTTCTGTACTGGTGAACTCAGAAAGGC
TGGGAAGCCACTTGGTTACAAAGAATGTCAGTTTCACAGAGTCATCAAGGATTTTATGAT
TCAAAGTGGTGATTTTCTTAAGAATGATGGGAGTGGATGCATGTCAATCTATGGCCACCA
GTTCCATGATGAGAATTTTACTGCCAAACATACTGGTCCTGGATTGCTCTCCATGGCAAA
TAGTGGGCCAGACACTAATGGTTGCCAGTTCTTCATCAGCTGTGCAAAATGCGAGTGGCT
TGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG*AGAGTGCTGGGAGATGGGTTATTGGTGGTGCGGA
AGATTGAGAACGTGGCTGTTGGAC*AAACAACCGTCCTAAGCTTGCTGTTGTTATTACAG
AGTGTGGGGAGATGTGAGAAATGCTT

QA 8 753 8 753
DS 

RD RR1A382TF 767 0 0
G
GAATCGATTCCGATCAATAAAGCAGAAGAGACAGAGAGAAAGAAGAAGAAAGTATCTCTC
TTTTTTTGTTTTCTCCGAAGTCAGGTGAGATAGAGAAGAAGAAACGTAATCGATTCCGAT
GAGCTCTGGAGGAGGAGGAATCGTGGCGGGACCAACAGCAGCATCAGCAGCTCCTGCAAG
CGGCGGTGGAAACGTGGAGTGGCTCGTGAGACCACCCAACCCTAAAAACCCAGTCGTCTT
CTTCGACGTCTCTATTGGTGGTATCCCCGCCGGTCGTATCAAGATGGAGCTTTTCGCCGA
CATTGCCCCCAAAACTGCTGAAAACTTCAGGCAGTTCTGTACTGGTGAACTCAGAAAGGC
TGGGAAGTCACTTGGTTACAAAGAATGTCAGTTTCACAGAGTCATCAAGGATTTTATGAT
TCAAAGTGGTGATTTTCTTAAGAATGATGGGAGTGGATGCATGTCAATCTATGGCCACCA
GTTCCATGATGAGAATTTTACTGCCAAACATACTGGTCCTGGATTGCTCTCCATGGCAAA
TAGTGGGCCAGACACTAATGGTTGCCAGTTCTTCATCAGCTGTGCAAAATGCGAGTGGCT
TGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG*AGAGTGCTGGGAGATGGGTTATTGGTGGTGCGGA
AGATTGAGAACGTGGCTGTTGGACCAAACAACCGTCCTAAGCTTGCTGTTGTTATTACAG
AGTGTGGGGAGATGTGAGAAATGCTTTTAGCCATGAGATGACTTGA

QA 2 767 2 767
DS 

RD RR1FB54TF 810 0 0
GG
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GGTGAGAGAGAGAAGAAGAAACGTT*TGAGTTCCGATGAGTTCTGGAGGAGGAGGAATCG
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ACGTGAGACCACCCAACCCTAAAAACCCAGTCGTCTTCTTCGACGTCTCTATTGGTGGTA
TCCCCGCCGGTCGTATCAAGATGGAGCTTTTCGCCGACATTGCCCCCAAAACTGCTGAAA
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AATGTCAGTTTCACAGAGTCATCAAGGATTTTATGATTCAAAGTGGTGATTTTCTTAAGA
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GCCAGTTTTTCATCAGCTGTGCAAAATGCGAGTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTG
GGGAGAGTGCTGGGAGATGGGTTATTGGTGGTGCGGAAGATTGAGAACGTGGCTGTTGGA
CCAAACAACCGTCCTAAGCTTGCTGTTGTTATTACAGAGTGTGGGGAGATGTGAGAAATG
CTTTTAGCCATGAGATGACTTGAAGAACATTGTCTTCTGAAG*AGGA*TGTAGTGTGAGG
CCAAAGCTTTAATTTATAGTTGTAA
CGT

QA 3 807 3 807
DS 

RD RR1FB54JQ 164 0 0
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TTGTCATTTAGTTTTTTTTTTTTTTCACTTTGGTTGGTGGTCAACATTTCCGAAAGCAAA
AGCCGCTTGTAAACTTTGGTTTTGGGGATCATTCATTG
GGGGGG

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DS 

RD RR1EL59JQ 248 0 0
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ATGACTTGAAGAACATTGTCTTCTGAAGGAGGAATGTAGTGTGAGGCCAAAGCTTTAATT
TATAGTTGTAAACGTTACGCATATGTGACTTAAGCTTAAACATTTTGTCATTTAGTTTTC
TTTTTCTTTCACTTTGATTGCTGGTCAACATTTCCGAAAGCAAAAGCCGCTTGTAAACTT
TGGTTTTG

QA 1 248 1 248
DS 

RD RR1EV76JQ 734 0 0
TCTCTATTGGTGGTATCCCCGCCGGTCGTATCAAGATGGAGCTTTTCGCCGACATTGCCC
CCAAAACTGCTGAAAACTTCAGGCAGTTCTGTACTGGTGAACTCAGAAAGGCTGGGAAGC
CACTTGGTTACAAAGAATGTCAGTTTCACAGAGTCATCAAGGATTTTATGATTCAAAGTG
GTGATTTTCTTAAGAATGATGGGAGTGGATGCATGTCAATCTATGGCCACCAGTTCCATG
ATGAGAATTTTACTGCCAAACATACTGGTCCTGGATTGCTCTCCATGGCAAATAGTGGGC
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AGCATGTTGTCTTTGGG*AGAGTGCTGGGAGATGGGTTATTGGTGGTGCGGAAGATTGAG
AACGTGGCTGTTGGACCAAACAACCGTCCTAAGCTTGCTGTTGTTATTACAGAGTGTGGG
GAGATGTGAGAAATGCTTTTAGCCATGAGATGACTTGAAGAACATTGTCTTTTGAAGGAG
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AAGCTTAAACATTTTGTCATTTAGTTTTCTTTTTCTTTCACTTTGGTTGCTGGTCAACAT
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ATGAGCTATTTTAT

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DS 

RD RR1EB91JQ 683 0 0
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CGGGGAAGCCACTTGGTTACAAAGAATGTCAGTTTCACAGAGTCATCAAGGATTTTATGA
TTCAAAGTGGTGATTTTCTTAAGAATGATGGGAGTGGATGCATGTCAATCTATGGCCACC
AGTTCCATGATGAGAATTTTACTGCCAAACATACTGGTCCTGGATTGCTCTCCATGGCAA
ATAGTGGGCCAGACACTAATGGTTGCCAGTTCTTCATCAGCTGTGCAAAATGCGAGTGGC
TTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG*AGAGTGCTGGGAGATGGGTTATTGGTGGTGCGG
AAGATTGAGAACGTGGCTGTTGGACCAAACAACCGTCCTAAGCTTGCTGTTGTTATTACA
GAGTGTGGGGAGATGTGAGAAATGCTTTTAGCCATGAGATGACTTGAAGAACATTGTCTT
CTGAAGGAGGAATGTAGTGTGAGGCCAAAGCTTTAATTTATAGTTGTAAACGTTACGCAT
ATGTGACTTAAGCTTAAACATTTTGTCATTTAGTCTTCTTTTTCTTTCACTTTGGTTGCT
GGTCAACATTTCCGAAAGCAAAAGCCGCTTGTAAACTTTGGTTTTGGAGATCATTCATTG
TGAGTGAAAATGAGCTATTTTAT

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 8

CO CL414Contig1 871 8 24 U
GGATCACATCCAGTACCAGTTACAACAAAGAAAATAAATTACTCATCTCTGCTCTATAGT
TTGAAATACATTTGTCTTTTGTAATCCTAAAAACATGGCAATCCTCAGGAACAAAAACAT
AACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTCTCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAATGCTCAGCT
TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTAT
CTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGT
CACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
AGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGT
CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGT
TTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGC
ATGAATAAGGTCTACATAATAATTAAGGCGTATGTCTTTATCTTTCAAAGTATTGTTGTT
GTAACTTCCTTTTACCCACGTTTAATTTGCATTTGTAATGCTGTAACGACATGTGATAAA
ATAATATGAAAAAAACTTCCTTTATTGAAGT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 20 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H511TF U 1
AF RR1AD34TF U 1
AF RR1C462TF U 1
AF RR1C580TF U 1
AF RR1C709TF U 1
AF RR1AD34JQ C 81
AF RR1C462JQ C 170
AF RR1H511JQ C 260
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BS 215 263 RR1AD34TF
BS 264 264 RR1C462TF
BS 265 565 RR1AD34TF
BS 566 566 RR1C462TF
BS 567 728 RR1AD34TF
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BS 760 760 RR1C709TF
BS 761 772 RR1C580TF
BS 773 783 RR1C709TF
BS 784 784 RR1AD34JQ
BS 785 817 RR1C709TF
BS 818 818 RR1AD34JQ
BS 819 825 RR1C709TF
BS 826 826 RR1AD34JQ
BS 827 839 RR1C709TF
BS 840 854 RR1AD34JQ
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TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTT**TGGCAGTATTACTAGTAT
CTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGT
CACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCGGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCACGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
AGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGT
CCCAA

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DS 

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CTTTAATATCCAAGGTCTTCTTATGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGT
CACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
AGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCCTCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGT
CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGT
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ATGAATAAAGTCTACATAATAAT

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DS 

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TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTAT
CTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGT
CACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
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CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
AGCCACTTCCAGCAACGGTCCCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGT
CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTCGATCACGTACGGTGTGT
TTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGC
ATGA

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TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTAT
CTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGT
CACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCACGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
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CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGT
TTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGC
ATGAATAA*GTCTACATAATAATTAG*GCGTATGTCTTT*TCTTTCAAAGTA

QA 1 772 1 772
DS 

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AACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTCTCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAATGCTCAGCT
TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTAT
CTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGT
CACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
AGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGT
CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGT
TTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGC
ATGAATAATGTCTACATAATAATTAACGCGTATGTCTTTATCTTTCAA*GTATTGTTGTT
GTA*CTTCCTTTTACCCACGTTTAATTTGCATTTGTA*TGCTGTA*CGACATGTGATAA

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DS 

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TGTGTCTCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAATGCTCAGCTTGGTGGTCTTGGTGGTCTTG
GCGGGCTTCTTGG*GGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTATCTTTAATATCCAAGGTCTTC
TTATGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGTCACTTCCGTTCCTCCTCCTT
TCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAATGTTTCAAGTACGACTACGA
ACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTATCTTTTCTCCTTCAACACTCC
TCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCACCAGCTGCAACGCCAGCCTTC
CTGCCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTAGCTCTACTCGGAGCCACTTCCAGCAACGGTT
TCAGCCTCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGTCCCAAATCCCTTTGGCCTCG
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GTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGCATGAATAAGGTCTACATAAT
AATTAAGGCGTATGTCTTTATCTTTCAAAGTATTGTTGTTGTAACTTCCTTTTACCCACG
TTTAATTTGCATTTGTAATGCTGTAACGACATGTGATAAAATAATATGAAAAAA
CTTCCTTGCC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1C462JQ 681 0 0
AATGCTCAGCTTGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGT
ATTACTAGTATCTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCT
ACCAATAACGTCACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGC
GCTGGGCAAAATGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACT
ATGGGCACTATCTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACG
ACCCCTCTCACCAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTA
GCTCTACTCGGAGCCACTTCCAGCAACGGTCCCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTC
TTTAGCGTCGTCCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTCGATCAC
GTACGGTGTGTTTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCT
TGCCTATGCGCATGAATAAGGTCTACATAATAATTAAGGCGTATGTCTTTATCTTTCAAA
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CATGTGATAAAATAATATGAA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1H511JQ 612 0 0
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TTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCGGTGCGCTGGGCAAAATGTTTCAAGTACGACTACG
AACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTATCTTTTCTCCTTCAACACTC
CTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCACCAGCTGCAACGCCAGCCTT
CCTGCCGGTGGATTACTCACGGCACCTTTAGCTTTACTCGGAGCCACTTCCAGCAACGGT
CTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGTCCCAAATCCCTTTGGCCTC
GTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGTTTCCCTTCTGTTTGTTTTA
CGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGCATGAATAAGGTCTACATAA
TAATTAAGGCGTATGTCTTTATCTTTCAAAGTATTGTTGTTGTAACTTCCTTTTACCCAC
GTTTAATTTGCATTTGTAATGCTGTAACGACATGTGATAAAATAATATGAAAAAAACTTC
CTTTATTGAAGT

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 10

CO CL415Contig1 1001 10 5 U
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CTGAGTTTATTGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGCGTTGGCTCAGCTATCGCTTTTG
GCAAGCTAACCTCCGATGCCGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTC
ACGCGTTTGCCTTGTTTGTTGGTGTTTCCATTGCGGCTAACATCTCTGGTGGTCACCTTA
ACCCTGCCGTGACTCTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCT
TATACTGGATCGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTTA
CCAACGGCGGGAGCGTACCAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTA
TCGTGATGGAGATCGTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTG
ATCCAAAGAAGGGATCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTG
CCAACATCCTCGCTGCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCG
GACCAGCTGTTGTCAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTATTGGGTGGGTCCACTCG
TTGGGGGTGCACTTGCTGGACTCATCTACGGTGATGTGTTCATTGGTTCTTACCAAGAAG
TTTAAACCCGCGAGATCCAAGTTTGGTTAAACGGATTTGTGATTTCTTGATGTTGGCTTT
GATTTTGTGTTTGATTGTGTATGTTTGATGTCTATGCCTGCGTCTCTACAAGATGCATGT
AGAGAAAAAGTTGTCTTAAAAAAAAAGAAGAAGTTATATCTTGTTAATAATAAAAAGATG
TAAATATACTTTCCACTTTATATGGCAAAACTGAATCAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DY32TF U 4
AF RR1G619TF U 6
AF RR1C893TF U 3
AF RR1GE84TF U 19
AF RR1G484TF U 6
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AF RR1C893JQ C 247
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AF RR1GE84JQ C 308
AF RR1G619JQ C 308
BS 1 843 RR1AF03TF
BS 844 906 RR1C893JQ
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RD RR1DY32TF 411 0 0
GGAACAGA
AAAAAAAGTGTTAACAACCAAATTCTTGGAGTAAAAAAAAGCATGGTGAAGATCGAAGTT
GGAAGTGTGGGTGACTCGTTCAGTGTTGCATCTCTAAAGGCTTACTTGTCTGAGTTTATT
GCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGCGTTGGCTCAGCTATCGCTTTTGGCAAGCTAACC
TCCGATGCCGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTCACGCGTTTGCC
TTGTTTGTTGGTGTTTCCATTGCGGCTAACATCTCTGGTGGTCACCTTAACCCTGCCGTG
ACTCTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAA*CATAACACTGATTACTG*TTTCTTATACTGGATC
GCTCA*TGTCTTG*CTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCT

QA 9 411 9 411
DS 

RD RR1G619TF 643 0 0
GGACAG
AAAAAAAGTGTTAACAACCAAATTCTTGGAGTAAAAAAAAGCATGGTGAAGATCGAAGTT
GGAAGTGTGGGTGACTCGTTCAGTGTTGCATCTCTAAAGGCTTACTTGTCTGAGTTTATT
GCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGCGTTGGCTCAGCTACCGCTTTTGGCAAGCTAACC
TCCGATGCCGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTCACGCGTTTGCC
TTGTTTGTTGGTGTTTCCATTGCGGCTAACATCTCTGGTGGTCACCTTAACCCTGCCGTG
ACTCTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCTTATACTGGATC
GCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTTACCAACGGCGAG
AGCGTACCAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTATCGTGATGGAG
ATCGTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAG
GGATCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTGCCAACATCCTC
GCTGCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAG

QA 7 643 7 643
DS 

RD RR1C893TF 694 0 0
GGAACAGAA
AAAAAAAGTGTTAACAACCAAATTCTTGGAGTAAAAAAAAACGTGGTGAAGATCGAAGTT
GGAAGTGTGGGTGACTCGTTCAGTGTTGCATCTCTAAAGGCTTACTTGTCTGAGTTTATT
GCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGCGTTGGCTCAGCTATCGCTTTTGGCAAGCTAACC
TCCGACGCCGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTCACGCGTTTGCC
TTGTTTGTTGGTGTTTCCATTGCGGCTAACATCTCTGGTGGTCACCTTAACCCTGCCGTG
ACTCTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCTTATACTGGATC
GCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTTACCAACGGCGGG
AGCGTACCAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTATCGTGATGGAG
ATCGTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAG
GGATCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTGCCAACATCCTC
GCTGCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAG*TCGT*CGGACCAGCTGTT
GTCAGTGGAGACTTGTCACAAATCT

QA 10 694 10 694
DS 

RD RR1GE84TF 677 0 0
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TGGGTGACTCGTTCAGTGTTGCATCTCTAAAGGCTTACTTGTCTGAGTTTATTGCAACTC
TTATCTTTGTATTCGCTGGCGTTGGCTCAGCTATCGCTTTTGGCAAGCTAACCTCCGATG
CCGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTCACGCGTTTGCCTTGTTTG
TTGGTGTTTCCATTGCGGCTAACATCTCTGGTGGTCACCTTAACCCTGCCGTGACTCTCG
GTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCTTATACTGGATCGCTCAGT
GTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTTACCAACGGCGGGAGCGTAC
CAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTATCGTGATGGAGATCGTTG
TGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAGGGATCGC
TTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTGCCAACATCCTCGCTGCTG
GTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTGTTGTCAGTG
GAGACTTGTCACAAATC

QA 1 677 1 677
DS 

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GGACAG
AAAAAAAGTGTTAACAACCAAATTCTTGGAGTAAAAAAAAGCATGGTGAAGATCGAAGTT
GGAAGTGTGGGTGACTCGTTCAGTGTTGCATCTCTAAAGGCTTACTTGTCTGAGTTTATT
GCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGCGTTGGCTCAGCTACCGCTTTTGGCAAGCTAACC
TCCGATGCCGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTCACGCGTTTGCC
TTGTTTGTTGGTGTTTCCATTGCGGCTAACATCTCTGGTGGTCACCTTAACCCTGCCGTG
ACTCTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCTTATACTGGATC
GCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTTACCAACGGCGAG
AGCGTACCAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTATCGTGATGGAG
ATCGTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAG
GGATCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTGCCAACATCCTC
GCTGCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTGTT
GTCAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTATTGGGTGGGT

QA 7 708 7 708
DS 

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AGATCGAAGTTGGAAGTGTGGGTGACTCGTTCAGTGTTGCATCTCTAAAGGCTTACTTGT
CTGAGTTTATTGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGCGTTGGCTCAGCTATCGCTTTTG
GCAAGCTAACCTCCGATGCCGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTC
ACGCGTTTGCCTTGTTTGTTGGTGTTTCCATTGCGGCTAACATCTCTGGTGGTCACCTTA
ACCCTGCCGTGACTCTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCT
TATACTGGATCGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTTA
CCAACGGCGGGAGCGTACCAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTA
TCGTGATGGAGATCGTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTG
ATCCAAAGAAGGGATCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTG
CCAACATCCTCGCTGCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCG
GACCAGCTGTTGTCAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTATTGGGTGGGTCCACTCG
TTGGGGGTGCACTTGCTGGACTCATCTACGGTGATGTGTTCATTGGTTCTTACCAAGAAG
TTTAAACCCGCGAGATCCAAGTTTGGTTAAACGGATTTGTGATTTCTTGATGTTGGCTTT
GAT

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR1C893JQ 697 0 0
TTGCCTTGTTTGTTGGTGTTTCCATTGCGGCTAACATCTCTGGTGGTCACCTTAACCCTG
CCGTGACTCTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCTTATACT
GGATCGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTTACCAACG
GCGGGAGCGTACCAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTATCGTGA
TGGAGATCGTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAA
AGAAGGGATCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTGCCAACA
TCCTCGCTGCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAG
CTGTTGTCAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTATTGGGTGGGTCCACTCGTTGGGG
GTGCACTTGCTGGACTCATCTACGGTGATGTGTTCATTGGTTCTTACCAAGAAGTTTAAA
CCCGCGAGATCCAAGTTTGGTTAAACGGATTTGTGATTTCTTGATGTTGGCTTTGATTTT
GTGTTTGATTGTGTATGTTTGATGTCTATGCCTGCGTCTCTACAAGATGCATGTAGAGAA
GAAGTTGTCTTAAAAAAAAAGAAGAAGTTATATCTTG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1G484JQ 747 0 0
TTTGTTGGTGTTTCCATTGCGGCTAACATCTCTGGTGGTCACCTTAACCCTGCCGTGACT
CTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCTTATACTGGATCGCT
CAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTTACCAACGGCGAGAGC
GTACCAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTATCGTGATGGAGATC
GTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAGGGA
TCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTGCCAACATCCTCGCT
GCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTGTTGTC
AGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTATTGGGTGGGTCCACTCGTTGGGGGTGCACTT
GCTGGACTCATCTACGGTGATGTGTTCATTGGTTCTTACCAAGAAGTTTAAACCCGCGAG
ATC*AAGTTTGGTTAAACGGATTTGTGATTTCTTGATGTTGGCTTTGATTTTGTGTTTGA
TTGTGTATGTTTGATGTCTATGCCTGCGTCTCTACAAGATGCATGTAGAGAAAAAGTTGT
CTTAAAAAAAA*GAAGAAGTTATATCTTGTTAATAATAAAAAGATGTAAATATACTTTCC
ACTTTATATGGCAAAACTGAATCAGCT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1GE84JQ 654 0 0
CGTGACTCTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCTTATACTG
GATCGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTTACCAACGG
CGGGAGCGTACCAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTATCGTGAT
GGAGATCGTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAA
GAAGGGATCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTGCCAACAT
CCTCGCTGCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGC
TGTTGTCAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTATTGGGTGGGTCCACTCGTTGGGGG
TGCACTTGCTGGACTCATCTACGGTGATGTGTTCATTGGTTCTTACCAAGAAGTTTAAAC
CCGCGAGATCCAAGTTTGGTTAAACGGATTTGTGATTTCTTGATGTTGGCTTTGATTTTG
TGTTTGATTGTGTATGTTTGATGTCTATGCCTGCGTCTCTACAAGATACATGTAGAGAAA
AAGTTGTCTTAAAAAAAAAGAAGAAGTTATATCTTGTTAATAATAAAAAGATGT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1G619JQ 694 0 0
CGTGACTCTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCTTATACTG
GATCGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTTACCAACGG
CGAGAGCGTACCAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTATCGTGAT
GGAGATCGTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAA
GAAGGGATCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTGCCAACAT
CCTCGCTGCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGC
TGTTGTCAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTATTGGGTGGGTCCACTCGTTGGGGG
TGCACTTGCTGGACTCATCTACGGTGATGTGTTCATTGGTTCTTACCAAGAAGTTTAAAC
CCGCGAGATC*AAGTTTGGTTAAACGGATTTGTGATTTCTTGATGTTGGCTTTGATTTTG
TGTTTGATTGTGTATGTTTGATGTCTATGCCTGCGTCTCTACAAGATGCATGTAGAGAAA
AAGTTGTCTTAAAAAAAA*GAAGAAGTTATATCTTGTTAATAATAAAAAGATGTAAATAT
ACTTTCCACTTTATATGGCAAAACTGAATCAGCT

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 9

CO CL416Contig1 903 9 11 U
TTAACAGAGAAACTCTAATTAAGAGGCAACCATGGGTATATCTCGTGACTCAATCCACAA
GAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTACGAGATGGG
AAGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTGTCAAGCAACAAGACTGTTAGAAGAATCCGTGTTCG
TGGAGGCAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGACACTGGTAACTACTCTTGGGGAAG
TGAGGCAGTTACCCGCAAGACCAGAGTCCTTGATGTTGTTTACAACGCCTCCAACAACGA
GCTTGTCCGTACAAAGACGCTAGTCAAGAGCGCCATTGTTCAGGTGGATGCCGCGCCATT
CAAGCAGTGGTATCTCCAGCACTATGGTGTCGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAATGCTGC
TTCCGCTGCCAAGAAGGAAACTGAGGATGGTGAAGAAGCAGCTCCAGCTGCTGCTGCTGC
TGCTGCTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCACGTGCTGAGAAAGATTGAGAGCCGTCA
AGAGGGACGAAGTCTTGATTCCCACATTGAGGAGCAGTTTGCGAGCGGTCGTTTGTTGGC
TTGCATCTCATCAAGGCCCGGCCAGTGCGGACGTGCTGATGGATACATTCTGGAAGGTAA
AGATCTGGAATTCTACCAGAAGAAGATCCAGAAGAAGAAGGGAAAGGGTGCTGCTTAAAA
GCTTGTTCTTT*GCCTGAAACCTTTTTGTTTTCTTTATACATGCTGTTTTGAGGTTTCAG
TTTGTAATACTGTGTGAGAACTTATGTTTTTGGATTAGCTTAATTCGTATTTCTTAGTAC
TTCCATCAGTTATTATTGTACAATGGTTTGAGATATCTATTTTCATGGTTTCCCTTTATT
ACT


BQ
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 25 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 30 30 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1GW14TF U 1
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AF RR1EV75TF U 1
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RD RR1GW14TF 347 0 0
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GAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTACGAGATGGG
AAGGCAGCCAGCCAACACCAAGTTGTCCAGCAACAAGACGGTCAGAAGAATCCGTGTTCG
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QA 1 347 1 347
DS 

RD RR1GY41TF 466 0 0
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GAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTACGAGATGGG
AAGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTGTCAAGCAACAAGACTGTTAGAAGAATCCGTGTTCG
TGGAGGCAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGACACTGGTAACTACTCTTGGGGAAG
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GCTTGTCCGTACAAAGACGCTAGTCAAGAGCGCCATTGTTCAGGTGGATGCCGCGCCATT
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TTCCGCTGCCAAGAAGGAAACTGAGGATGGTGAAGAAGCAGCTCCA

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1F533TF 430 0 0
G
GAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTACGAGATGGG
AAGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTGTCAAGCAACAAGACTGTTAGAAGAATCCGTGTTCG
TGGAGGCAACGTCAAGTGGCGTGCGTCGAGGCTCGACACTGGTAACTACTCTTGGGGAAG
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TTCCGCTGCCAAGAAGGAAACTGAGGATGGTGAAGAAGCAGCTCCAGCTGCTGCTGCTGC
TGCTGCTCC

QA 2 430 2 430
DS 

RD RR1EV75TF 610 0 0
TTAACAGAGAAACTCTCATTAAGAAGCAACCATGGGTATATCTCGTGACTCAATCCACAA
GAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTACGAGATGGG
AAGGCAGCCAGCCAACACCAAGTTGTCCAGCAACAAGACGGTCAGAAGAATCCGTGTTCG
TGGAGGCAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGATACTGGTAACTACTCTTGGGGAAG
TGAGGCTGTTACCCGCAAGACCAGAGTTCTTGATGTTGTCTACAACGCCTCCAACAACGA
GCTTGTCCGTACAAAGACGCTAGTCAAGAGTGCTATTGCTCAGGTGGATGCTGCTCCTTT
CAAGCAGTGGTATCTCCAGCACTATGGTGTCGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAATGCTGC
TTCCGCTGCCAAGAAGGAAGCATAGGATGGTGAAGAAGCAGCTCCAGCTGCTGCTGCTGC
TGCT***CCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCACGTGCTGAGAAAGATTGAGAGCCGTCA
AGAGGGACGAAGTCTTGATTCCCACATTGAGGACCAGTTTGCGAGCGGTCGTTTGTTGGC
CTGCATCTCA

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1D421TF 610 0 0
TAACAGAGAAACTCTAATTAAGAGGCAACCATGGGTATATCTCGTGACTCAATCCACAAG
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AGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTGTCAAGCAACAAGACTGTTAGAAGAATCCGTGTTCGT
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GAGGCAGTTACCCGCAAGACCAGAGTCCTTGATGTTGTTTACAACGCCTCCAACAACGAG
CTTGTCCGTACAAAGACGCTAGTCAAGAGCGCCATTGTTCAGGTGGATGCCGCGCCATTC
AAGCAGTGGTATCTCCAGCACTATGGTGTCGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAATGCTGCT
TCCGCTGCCAAGAAGGAAACTGAGGATGGTGAAGAAGCAGCTCCAGCTGCTGCTGCTGCT
GCTGCTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCACGTGCTGAGAAAGATTGAGAGCCGTCAA
GAGGGACGAAGTCTTGATTCCCACATTGAGGAGCAGTTTGCGAGCGGTCGTTTGTTGGCT
TGCATCTCAT

QA 1 610 1 610
DS 

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AAGGCAGCCAGCCAACGCCAAGCTGTCAAGCAACAAGACTGTTAGAAGAATCCGTGTTCG
TGGAGGCAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGACACTGGTAACTACTCTTGGGGAAG
TGAGGCAGTTACCCGCAAGACCAGAGTCCTTGATGTTGTTTACAACGCCTCCAACAACGA
GCTTGTCCGTACAAAGACGCTAGTCAAGAGCGCCATTGTTCAGGTGGATGCCGCGCCATT
CAAGCAGTGGTATCTCCAGCACTATGGTGTCGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAATGCTGC
TTCCGCTGCCAAGAAGGAAACTGAGGATGGTGAAGAAGCAGCTCCAGCTGCTGCTGCTGC
TGCTGCTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCACGTGCTGAGAAAGATTGAGAGCCGTCA
AGAGGGACGAAGTCTTGATTCCCACATTGAGGAGCAGTTTGCGAGCGGTCGTTTGTTGGC
TTGCATCTCATCAAGGCCCGGCCAGTGCGGACGTGCTGATGGATACATTCTGGAAG*TAA
AGATCTGGAATTCTACCAGAAGA
GATC

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DS 

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TTACAGAGAACTCT
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GCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTACGAGATGGGAAGGCAGCCAGCCAACG
CCAAGCTGTCAAGCAACAAGACTGTTAGAAGAATCCGTGTTCGTGGAGGCAACGTCAAGT
GGCGTGCGTTGAGGCTCGACACTGGTAACTACTCTTGGGGAAGTGAGGCAGTTACCCGCA
AGACCAGAGTCCTTGATGTTGTTTACAACGCCTCCAACAACGAGCTTGTCCGTACAAAGA
CGCTAGTCAAGAGCGCCATTGTTCAGGTGGATGCCGCGCCATTCAAGCAGTGGTATCTCC
AGCACTATGGTGTCGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAATGCTGCTTCCGCTGCCAAGAAGG
AAACTGAGGATGGTGAAGAAGCAGCTCCAGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGAGGAGG
TGAAGAAGAGCAACCACGTGCTGAGAAAGATTGAGAGCCGTCAAGAGGGACGAAGTCTTG
ATTCCCACATTGAGGAGCAGTTTGCGAGCGGTCGTTTGTTGGCTTGCATCTCATCAAGGC
CCGGCCAGTGCGGACGTGCTGATGGATACATTCTGGAAGGTAAAGATCTGGAATTCTACC
AGAAGAAGATCCAGAAGAAGAAGGGAAAGGGTGCTGCTTAAAAGCTTGTTCTTTTGCCTG
AAACCTTTTTGTTTTCTTTATACATGCTGTTTTGAGGTTTCAGTTTGTAATACTGCGTGA
GAACTTATGTTTTTGGATTAGCTTAATTCGTATTTCTTAGTAC
TTCC

QA 15 837 15 837
DS 

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CAGCTCCA
GCTGCTGCTGCTGCTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCACGTGCTGAGAAAGATTGAG
AGCCGTCAGGAGGGACGAAGTCTTGATTCCCACATTGAGGAGCAGTTTGCGAGCGGTCGT
TTGTTGGCTTGCATTTCATCAAGGCCCGGCCAGTGCGGACGTGCTGATGGATACATTCTG
GAAGGTAAAGAGCTGGAATTCTACCAGAAGAAGATCCAGAAGAAGAAGGGAAAGGGTGCT
GCTTAAAAGCTTGTTCTTT*GCCTGAAACCTTTTTGTTTTCTTTATACATGCTGTTTTGA
GGTTTCAGTTTGTAATACTGTGTGAGAACTTATGTTTTTGGATTAGCTTAATTCGTATTT
CTTAGTACTTCCATCAGTTATTATTGTACAATGGTTTGAGATATCTATTTTCATGG
C

QA 9 424 9 424
DS 

RD RR1D421JQ 721 0 0
GAGGCAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGACACTGGTAACTACTCTTGGGGAAGTG
AGGCAGTTACCCGCAAGACCAGAGTCCTTGATGTTGTTTACAACGCCTCCAACAACGAGC
TTGTCCGTACAAAGACGCTAGTCAAGAGCGCCATTGTTCAGGTGGATGCCGCGCCATTCA
AGCAGTGGTATCTCCAGCACTATGGTGTCGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAATGCTGCTT
CCGCTGCCAAGAAGGAAACTGAGGATGGTGAAGAAGCAGCTCCAGCTGCTGCTGCTGCTG
CTGCTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCACGTGCTGAGAAAGATTGAGAGCCGTCAAG
AGGGACGAAGTCTTGATTCCCACATTGAGGAGCAGTTTGCGAGCGGTCGTTTGTTGGCTT
GCATCTCATCAAGGCCCGGCCAGTGCGGACGTGCTGATGGATACATTCTGGAAGGTAAAG
AGCTGGAATTCTACCAGAAGAAGATCCAGAAGAAGAAGGGAAAGGGTGCTGCTTAAAAGC
TTGTTCTTT*GCCTGAAACCTTTTTGTTTTTTTTATACATGCTGTTTTGAGGTTTCAGTT
TGTAATACTGTGTGAGAACTTATGTTTTTGGATTAGCTTAATTCGTATTTCTTAGTACTT
CCATCAGTTATTATTGTACAATGGTTTGAGATATCTATTTTCATGGTTTCCCTTTATTAC
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 2 9

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TTAAGTTTTACTTTATCTAA*TGGCTTCCAATCCAGACAAGAATCTGTCTCCTTCAGATG
ATAAGCCGGAAACGACGGAGGAGAACCAGAGTCCTAAACCGGAATCAGAGAAGAAGAGTC
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ATTTAAATGCTTTTGATTTCTCTAATATGGCTGGTATCCTCAACGACCCAAGCATCAGAG
AATTGGCTGAGCAGATTGCTAAAGATCCTGCCTTTAACCAGTTGGCTGAGCAGCTTCAGA
GATCTATTCCAAACGCAGCTCAAGGTGGAGGTGGAGGAGG*TGAAGGTGGTTTCCCTAAC
ATTGATCCGGAACAGTATATCAATACGATGCAGCAGGTTATGCATAACCCTGAGTTTCAG
ACTATGGCTGAGCGTCTTGGTCAAGCCTTAGTGCAGGATCCACAAATGTCTCCTTTCTTG
GAGGCCTTCTCAAACCCTGAAACAGCAGAGCATTTTACTGAGCGTATGGCGCGGATGAAA
CAAGATCCTGAGTTGAAACCTATACTTGATGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATG
ATGAAGTACTGGAATGATAAAGATGTGCTGAAAA*GCTGGGTGAAGCAATGGGTATGCCT
ATTGCTGGCTTGCAGACCAAGCTGCTTCAGCTGAACCTGCCGAGGTAGCAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK07TF U 1
AF RR1GJ27TF U 30
AF RR1EW24TF U 35
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QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1GJ27TF 707 0 0
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QA 9 700 9 700
DS 

RD RR1EW24TF 697 0 0
TCA
TCATCATATCTCTTTGGTTGGGTTTAAGTTTTACTTTATCTAA*TGGCTTCCAATCCAGA
CAAGAATCTGTCTCCTTCAGATGATAAGCCGGAAACGACGGAGGAGAACCAGAGTCCTAA
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TTCATCAGCTAACCCTGTTATGAATTTAAATGCTTTTGATTTCTCTAATATGGCTGGTAT
CCTCAACGACCCAAGCATCAGAGAATTGGCTGAGCAGATTGCTAAAGATCCTGCCTTTAA
CCAGTTGGCTGAGCAGCTTCAGAGATCTATTCCAAACGCAGCTCAAGGTGGAGGTGGAGG
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ATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAAGTACTGGAATGATAAAGATGTGCTGAAAAAGC
TGGGTGAAGCAATGGGTATGCCTATTGCTGGC
AT

QA 4 695 4 695
DS 



CO CL417Contig2 1302 6 11 U
ACAGATCATAAATCAAAACTTCGATTGCTTTTTTTTTTCTTTATTGACTTTAAATGAAAA
TCAAAAACATCACAAATTTGAGACTAATAAAACACAAATGTAACTGAAAGAGGTCATACG
AAAAGTCTGTCAACATCTTCGAGACACCAACACAAGACAAATCATTCAAAGACAATTATG
ATCTTAGAGCTTCTTTTGACACACGCTCAAAGGAAAGCATCTTTTTCGAGCAGCTTCACC
ACCTCGAGCTGGTTGTTGAGCTTAGCCACATCAATGGGTGTCTTCTCGTCTAGGTTTTGC
AGAGTCACTGCTGCACCATTCTCAAGGAGAAGGCTAACACACTCTTTCCTCCCGTAACCA
GCAGCGTAATGCAGAGGTGTGTTCTTGTTTTTGCCAACAGCGTTAACACTTGCTCCAGCA
TCGATAAGAACTTGAGCACATTTCAACTCGCCGTATCAACACGCAAAATGCAGTGCTGTC
**TCCTTCAGAATCTTCTTCATCTTTGTTACCACCAGATTCCAAAGCGGTTTTCAAACCC
TCAACATCACCAAGACTGGCCGTTTGATGAACAATAGACTCTTCTTCTTCTTCTTC***A
GCCACCTCGGGTTCAGCTGAAGGAGTCTGGTCAGGCAAGCCAGCAACAGGCATACCCATT
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CCACCAGCATCAATCTCATCAAGTATAGGTTTCAACTCTGGATCTTCTTTCAACTGTGCC
ATACGCTCAGTAAAGTTCTCAGCCGTTTCAGGGTTTGAGAAAGCATCCAAAAAGGGAGAC
ATTTGTGGATCCTTGACTAAGGCGTTACCAAGTCGCTCAGCCATGGTTTGAAACTCGGGG
TTATGCATAACCTGTTGCATTGTGCTGACATACTGTTGTGGATCAATGTTAGGGAAACCT
CCTGCTCCTCCCTCAGCTGCGTTTGGGATAGATCTCTGAAGCTGCTCAGCCAACTGGTTA
AAGGCAGGATCTTTAGCAATCTGCTCCGCCAATTCTCTGATGCTTGGATCGTTGAGGATA
CTAGCCATGTTTGAGAAATCAAAAGCATTGAAATTCAAGCCAGCAGGGTTAGGTGATGAA
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TTCGATTCGGTTTTCTCATCTGAAGGAATCAGCGGGTTTTTCTCTGGATTCGAAGCCATT
AGATCAAACTTAAACCCCGAGAAGACAACGTTGTGGTGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB15JQ U 46
AF RR1FS45JQ U 1
AF RR1A688JQ U 39
AF RR1A688TF C 436
AF RR1FS45TF C 634
AF RR1HB15TF C 613
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BS 714 828 RR1A688JQ
BS 829 1302 RR1A688TF

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TCGTCTAGGTTTTGCAAAGTCACTGCTGCACCATTCTCAAGGAGAAAGCTAACACACTCT
TTCCTCCCGTAACCAGCAGCGTAATGCAGAGGTGTGTTCTTGTTT

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DS 

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DS 

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CTTTATT
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GAAAGAGGTCATACGAAAAGTCTGTCAACATCTTCGAGACACCAACACAAGACAAATCAT
TCAAAGACAATTATGATCTTAGAGCTTCTTTTGACACACGCTCAAAGGAAAGCATCTTTT
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TCGTCTAGGTTTTGCAGAGTCACTGCTGCACCATTCTCAAGGAGAAGGCTAACACACTCT
TTCCTCCCGTAACCAGCAGCGTAATGCAGAGGTGTGTTCTTGTTTTTGTCAACAGCGTTA
ACACTTGCTCCAGCATCGATAAGAACTTGAGCACATTTCAACTCGCCGTATCAACACGCA
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TCTTCTTCTTC***AGCCACCTCGGGTTCAGCTGAAGGAGTCTGGTCAGGCAAGCCAGCA
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TCTTTCAACTGTGCCATACGCTCAGTAAAGTTCTCAGCCGTTTCAGGGTTTGAGAAAGCA
TCC

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DS 

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TCAACTCTGGATCTTCTTTCAACTGTGCCATACGCTCAGTAAAGTTCTCAGCCGTTTCAG
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DS 

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T
CC

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DS 

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TTTTTCAGCACATCTTTATCATTCCAGTACTTCATCATGGCAGAAGGACCACCAGCATCA
ATCTCATCAAGTATAGGTTTCAACTCTGGATCTTCTTTCAACTGTGCCATACGCTCAGTA
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TTGACTAAGGCGTTACCAAGTCGCTCAGCCATGGTTTGAAACTCGGGGTTATGCATAACC
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TTAGCAATCTGCTCCGCCAATTCTCTG***CTTGGATCGTTGAGGATACTAGCCATGTTT
GAGAAATCAAAAGCATTGAAATTCAAGCCAGCAGGGTTAGGTGATGAAGGTGAACTCCCA
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TTCTCATCTGAAGGAATCAGCGGGTTTTTCTCTGGATTCGAAGCCATTAGATCAAACTTA
AACCCCGAGAAGACAACGTTGT
GGTCC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 3 10

CO CL418Contig1 728 6 4 U
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TTCTTTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1G348TF U 1
AF RR1F759TF U 1
AF RR1G939TF U 1
AF RR1F759JQ C 39
AF RR1H929JQ C 223
AF RR1H929TF U 44
BS 1 648 RR1F759TF
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TCCCCGACAATGATTGCAGATACGCTGTTTACGACTTTGATTTCGTCACCTCTGAGAATT
GCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCGTCGCTTGGTCTCCATCGACTTCTAGAATAAGGGCGA
AGATGCTA

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR1F759TF 648 0 0
TTTTTCTATATAAAAATTTACCCTTTTTAATATATATTCTTTCTTATACTTCTCTTCTTC
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AGCTTCAGAGGAAGAAGACTCACCGCTACGTCGTCTTCAAGATCGATGAGCTCAAAAATC
AAGTGGTGGTTGAGAAAACAGGAAACCCGGCAGAGAGCTACGACGACTTCTTAGCTTCTC
TCCCCGACAATGATTGCAGATACGCTGTTTACGACTTTGATTTCGTCACCTCTGAGAATT
GCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCGTCGCTTGGTCTCCATCGACTTCTAGAATAAGGGCGA
AGATGCTATACGCGACATCTAAAGAGAGGTTTAGGAGAGAGCTTCAAGGGATTCACTACG
AGATTCAAGCTACTGATCCTACTGAGGTTGATCTTGATGTCCTTCGCGAACGAGCAAACT
GAGGGATATTTGTGTTCTATATTTAAGAAAAATACTTTTTATGGTGTAATGTAATGAAAA
TAATCAGTCGGATTTCTCGTATTCTCGTGGGTGCATTTTTGTAACCAC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1G939TF 715 0 0
TTTTTCTATATAAAAATTTACCCTTTTTAATATATATTCTTTCTTATACTTCTCTTCTTC
TCTCAAACCCGAGTCTTGTCTGAAGAAAGCAGAATCAATCCATGTCTTTCCGAGGACTTA
GCAAGCCAAATGCGACATCTGGAATGGGTGTTGCGGATCAGAGCAAGACCACATACCACG
AGCTTCAGAGGAAGAAGACTCACCGCTACGTCGTCTTCAAGATCGATGAGCTCAAAAATC
AAGTGGTGGTTGAGAAAACAGGAAACCCGGCAGAGAGCTACGACGACTTCTTAGCTTCTC
TCCCCGACAATGATTGCAGATACGCTGTTTACGACTTTGATTTCGTCACCTCTGAGAATT
GCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCGTCGCTTGGTCTCCATCGACTTCTAGAATAAGGGCGA
AGATGCTATACACGACATCTAAAGAGAGGTTTAGGAGAGAGCTTCAAGGGATTCACTACG
AGATTCAAGCTACTGATCCTACTGAGGTTGATCTTGATGTCCTTCGCGAACGAGCAAACT
GAGGGATATTTGTGTTCTATATTTAAGAAAAATACTTTTTATGGTGTAATGTAATGAAAA
TAATCAGTCGGATTTCTCGTATTCTCGTGGGTGCATTTTTGTAACCACAGTTTCTTCTTG
TTCTATGGACAAGTGTATTAAACTCAGTTGATGTTTCAGATTACTCATCTATAAA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1F759JQ 690 0 0
CTTTCTTATACTTCTCTTCTTCTCTCAAACCCGAGTCTTGTCTGAAGAAAGCAGAATCAA
TCCATGTCTTTCCGAGGACTTAGCAAGCCAAATGCGACATCTGGAATGGGTGTTGCGGAT
CAGAGCAAGACCACATACCACGAGCTTCAGAGGAAGAAGACTCACCGCTACGTCGTCTTC
AAGATCGATGAGCTCAAAAATCAAGTGGTGGTTGAGAAAACAGGAAACCCGGCAGAGAGC
TACGACGACTTCTTAGCTTCTCTCCCCGACAATGATTGCAGATACGCTGTTTACGACTTT
GATTTCGTCACCTCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCGTCGCTTGGTCTCCA
TCGACTTCTAGAATAAGGGCGAAGATGCTATACGCGACATCTAAAGAGAGGTTTAGGAGA
GAGCTTCAAGGGATTCACTACGAGATTCAAGCTACTGATCCTACTGAGGTTGATCTTGAT
GTCCTTCGCGAACGAGCAAACTGAGGGATATTTGTGTTCTATATTTAAGAAAAATACTTT
TTATGGTGTAATGTAATGAAAATAATCAGTCGGATTTCTCGTATTCTCGTGGGTGCATTT
TTGTAACCACAGTTTCTTCTTGTTCTATGGACAAGTGTATTAAACTCAGTTGATGTTTCA
GATTACTCATCTATAAACAAGCTTCTTTGC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1H929JQ 506 0 0
TCGATGAGTTCAAAAATCAAGTGGTGGTTGAGAAAACAGGAAACCCGGCAGAGAGCTACG
ACGACTTCTTAGCTTCTCTCCCCGACAATGATTGCAGATACGCTGTTTACGACTTTGATT
TCGTCACCTCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAAATCTTTTTCGTCGCTTGGTCTCCATCGA
CTTCTAGAATAAGGGCGAAGATGCTATACGCGACATCTAAAGAGAGGTTTAGGAGAGAGC
TTCAAGGGATTCACTACGAGATTCAAGCTACTGATC*TACTGAGGTTGATCTTGATGTCC
TTCGCGAACGAGCAAACTGAGGGATATTTGTGTTCTATATTTAAGAAAAATACTTTTTAT
GGTGTAATGTAATGAAAATAATCAGTCGGATTTCTCGTATTCTCGTGGGTGCATTTTTGT
AACCACAGTTTCTTCTTGTTCTATGGACAAGTGTATTAAACTCAGTTGATGTTTCAGATT
ACTCATCTATAAACAAGCTTCTTTG
C

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1H929TF 685 0 0
GG
ATACTTCTCTTCTTCTCTCAAACCCGAGTCTTGTCTGAAGAAAGCAGAATCAATCCATGT
CTTTCCGAGGACTTAGCAAGCCAAATGCGACATCTGGAATGGGTGTTGCGGATCAGAGCA
AGACCACATACCACGAGCTTCAGAGGAAGAAGACTCACCGCTACGTCGTCTTCAAGATCG
ATGAGTTCAAAAATCAAGTGGTGGTTGAGAAAACAGGAAACCCGGCAGAGAGCTACGACG
ACTTCTTAGCTTCTCTCCCCGACAATGATTGCAGATACGCTGTTTACGACTTTGATTTCG
TCACCTCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCGTCGCTTGGTCTCCATCGACTT
CTAGAATAAGGGCGAAGATGCTATACGCGACATCTAAAGAGAGGTTTAGGAGAGAGCTTC
AAGGGATTCACTACGAGATTCAAGCTACTGATC*TACTGAGGTTGATCTTGATGTCCTTC
GCGAACGAGCAAACTGAGGGATATTTGTGTTCTATATTTAAGAAAAATACTTTTTATGGT
GTAATGTAATGAAAATAATCAGTCGGATTTCTCGTATTCTCGTGGGTGCATTTTTGTAAC
CACAGTTTCTTCTTGTTCTATGGACAAGTGTATTAAACTCAGTTGATGTTTCAGATTACT
CATCTATAAACAAGCTTCTTTG
C

QA 3 684 3 684
DS 



CO CL418Contig2 247 2 5 U
ACAAAAAAGCTTGTTTATAGATGAGTAATCTGAAACATCAACTGAGTTTAATACACTTGT
CCATAAAACAAAAAAAAACTGGGGTTACAAAAATGCCCCCCCGAAAATACGAAAAATCCG
ACTGATTATTTTCATTACATTACACCATAAAAAGTATTTTTCTTAAATATAAAACACAAA
TATCCCTCAGTTTGCTCGTTCGCGAAGGACATCAAAATCAACCTCAGTAGGATCAGTAGC
TTGAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G939JQ U 27
AF RR1G348JQ U 1
BS 1 54 RR1G348JQ
BS 55 55 RR1G939JQ
BS 56 71 RR1G348JQ
BS 72 72 RR1G939JQ
BS 73 247 RR1G348JQ

RD RR1G939JQ 197 0 0
AATCTGAAACATCAACTGAGTTTAATACACTTGTCCATAAAACAAAAAAAAACTGGGGTT
ACAAAAATGCCCCCCCGAAAATACGAAAAATCCGACTGATTATTTTCATTACATTACACC
ATAAAAAGTATTTTTCTTAAATATAAAACACAAATATCCCTCAGTTTGCTCGTTCGCGAA
GGACATCAAAATCAACC

QA 1 197 1 197
DS 

RD RR1G348JQ 247 0 0
ACAAAAAAGCTTGTTTATAGATGAGTAATCTGAAACATCAACTGAGTTTAATACCCTTGT
CCATAAAACAAGAAAAAACTGGGGTTACAAAAATGCCCCCCCGAAAATACGAAAAATCCG
ACTGATTATTTTCATTACATTACACCATAAAAAGTATTTTTCTTAAATATAAAACACAAA
TATCCCTCAGTTTGCTCGTTCGCGAAGGACATCAAAATCAACCTCAGTAGGATCAGTAGC
TTGAATC

QA 1 247 1 247
DS 



CO CL418Contig3 681 2 2 U
GGATACTTCTCTTCTTCTTCTTCGTCTCTCAAACCCGAGTCTTGTCTGAAAAGCAGAATC
AATCCATGTCTTTCCGAGGACTTAGCAAGCCAAATGCAACATCTGGAATGGGTGTTGCGG
ATCAGAGCAAGACCACATACCACGAGCTCCAGAGGAAGAAGACTCACCGCTACGTCGTCT
TCAAGATCGATGAGCTCAAAAACCAAGTGGTGGTTGAGAAAACAGGGAACCCAGCAGAGA
GCTACGACGACTTCTTGGCTTCTCTCCTCGACAATGATTGCAGATACGCTGTTTACGACT
TTGATTTCGTCACCTCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCGTCGCATGGTCTC
CATCGACATCTAGAATAAGGGCGAAGATGCTATACGCGACATCTAAAGAGAGGTTTAGGA
GAGAGCTTCAAGGGATTCACTACGAGATTCAAGCTACTGATCCTACTGAGGTTGGTCTTG
ATGTCCTTCGCGAACGAGCCAACTGAAGGGATATATTTGTTCTCTCTATTTAAGAAAAAT
ACTCTTTATGGTGTAATGTAATGAAAATAATCATTCGGATTTCTCGTATTTCTCGTGGGT
GCATTTGTGTAACCACAGTTTCTTGTTCTATGGACAAGTGTATTATTAAACTCCAGTTGA
TGTTTCAGATTACTCATCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H059TF U 1
AF RR1H059JQ C 345
BS 1 624 RR1H059TF
BS 625 681 RR1H059JQ

RD RR1H059TF 632 0 0
GGATACTTCTCTTCTTCTTCTTCGTCTCTCAAACCCGAGTCTTGTCTGAAAAGCAGAATC
AATCCATGTCTTTCCGAGGACTTAGCAAGCCAAATGCAACATCTGGAATGGGTGTTGCGG
ATCAGAGCAAGACCACATACCACGAGCTCCAGAGGAAGAAGACTCACCGCTACGTCGTCT
TCAAGATCGATGAGCTCAAAAACCAAGTGGTGGTTGAGAAAACAGGGAACCCAGCAGAGA
GCTACGACGACTTCTTGGCTTCTCTCCTCGACAATGATTGCAGATACGCTGTTTACGACT
TTGATTTCGTCACCTCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCGTCGCATGGTCTC
CATCGACATCTAGAATAAGGGCGAAGATGCTATACGCGACATCTAAAGAGAGGTTTAGGA
GAGAGCTTCAAGGGATTCACTACGAGATTCAAGCTACTGATCCTACTGAGGTTGGTCTTG
ATGTCCTTCGCGAACGAGCCAACTGAAGGGATATATTTGTTCTCTCTATTTAAGAAAAAT
ACTCTTTATGGTGTAATGTAATGAAAATAATCATTCGGATTTCTCGTATTTCTCGTGGGT
GCATTTGTGTAACCACAGTTTCTT
GTTCTATG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1H059JQ 337 0 0
TTCGTCGCATGGTCTCCATCGACATCTAGAATAAGGGCGAAGATGCTATACGCGACATCT
AAAGAGAGGTTTAGGAGAGAGCTTCAAGGGATTCACTACGAGATTCAAGCTACTGATCCT
ACTGAGGTTGGTCTTGATGTCCTTCGCGAACGAGCCAACTGAAGGGATATATTTGTTCTC
TCTATTTAAGAAAAATACTCTTTATGGTGTAATGTAATGAAAATAATCATTCGGATTTCT
CGTATTTCTCGTGGGTGCATTTGTGTAACCACAGTTTCTTGTTCTATGGACAAGTGTATT
ATTAAACTCCAGTTGATGTTTCAGATTACTCATCTAT

QA 1 337 1 337
DS 



AS 1 10

CO CL419Contig1 1075 10 12 U
GGATCTGTAAGTTCTTTTCTTCATTGAGATTTTCTCTCCAAATTCAAAAACCAGAATCAA
AGAATCGAAATGTTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAGCGAATAGCCCCGAAGCACTGCAG
AGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTAGCGAGTCAA
TTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCT
TACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATC
TTCTGCGTCTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTG
AGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGT
GGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTC
TTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTC
TTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAG
AAAGGTTGCTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGA
GGATTGAGGAGCTACGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGC
TCAGGAGAGGTGTGTGGTGCCACCTTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACC
ACCGGCATGCCTAGAGTCGAGAGCTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAAT
GTTTACCGAAATTTCAAAGCTCAAGCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATCTCT
GAGACTTTACTTTACCAATGTTGTTTCTCTGTTTCCGTTTGCGTTTCTCGGATTCAAATA
AAAAAAAATAAGATTTTTTTTCATCATTTGTTTTAGGTTTGAAGACTTGGATATAGTCTT
CAAAATTTATCTTCTATTCTTCACTTATTAGTGAGATTTAAGATTTTCTTAAAGA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 40 55 55 55 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM92TF U 1
AF RR1FW63TF U 1
AF RR1CE18TF U 1
AF RR1F963TF U 37
AF RR1BG41TF U 1
AF RR1BZ59JQ C 486
AF RR1BZ59TF U 486
AF RR1BG41JQ C 204
AF RR1F963JQ C 333
AF RR1CE18JQ C 341
BS 1 522 RR1BG41TF
BS 523 523 RR1EM92TF
BS 524 617 RR1BG41TF
BS 618 618 RR1CE18TF
BS 619 724 RR1BG41TF
BS 725 725 RR1BZ59TF
BS 726 750 RR1BG41TF
BS 751 751 RR1BZ59TF
BS 752 846 RR1BG41TF
BS 847 983 RR1BZ59TF
BS 984 1060 RR1BG41JQ
BS 1061 1075 RR1F963JQ

RD RR1EM92TF 566 0 0
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TTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCATAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCT
TACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATC
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AGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTGATCGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGT
GGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTTGTCAGAGATTTCCATGGAAACTTTGCCTTCATCCTC
TTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTC
TTCTGGGGTACTGATGCTGAAAGTCA

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1FW63TF 558 0 0
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AGAATCGAAATGTTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAGCGAATAGCCCCGAAGCACTGCAG
AGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTAGCGAGTCAA
TTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCT
TACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATC
TTCTGCGTCTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTG
AGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGT
GGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTC
TTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTACTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTC
TTCTGGGGTACTGATGCT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1CE18TF 634 0 0
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AGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTAGCGAGTCAA
TTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCT
TACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATC
TTCTGCGTCTTTAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTG
AGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGT
GGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTC
TTCGATGACACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTC
TTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAG
AAAGGTTGCTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCCTA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1F963TF 684 0 0
G
CCAAATTCAAAAACCAGAATCAAAGAATCGAAATGTTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAG
CGAATAGCCCCGAAGCACTGCAGAGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGA
AAGAAGGATATCTAGCGAGTCAATTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCC
TCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCTTACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGAT
TGTTTGCGGTTGTGGATGACATCT*CTGCGTCTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGT
TTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTGAGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGG
CTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCC
ATGGAAACTTCGCCTTCAACCTCTTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTG
ATGCTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCT
CTGATGACACTGCCGTTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAG
GTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCTACGAGCACCCGAAGAACCAGCTTA
AGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGC

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DS 

RD RR1BG41TF 852 0 0
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AGAATCGAAATGTTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAGCGAATAGCCCCGAAGCACTGCAG
AGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTAGCGAGTCAA
TTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCT
TACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATC
TTCTGCGTCTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTG
AGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGT
GGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTC
TTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTAACGGTACTGTGCCCTTC
TTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAG
AAAGGTTGCTCCAAATCCTACAGTCCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGA
GGATTGAGGAGCTACGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGC
TCAG*AGAGGTGTGTGGTGCCACCTTTCAG*TTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACC
ACCGGCATGCCTAGAGTCGAGAGCTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAAT
GTTTAC
GAAATT

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DS 

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G
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AGGAGCTACGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGGA
GAGGTGTGTGGTGCCACCTTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACCACCGGC
ATGCCTAGAGTCGAGAGCTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAATGTTTAC
CGAAATTTCAAAGCTCAAGCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATTTCTGAGACT
TTACTTTACCAATGTTGTTTCTCTGTTTCCGTTTGCGTTTTTCGGATTC

QA 2 470 2 470
DS 

RD RR1BZ59TF 500 0 0
G
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GGTACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGT
TGCTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTG
AGGAGCTACGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGGA
GAGGTGTGTGGTGCCACCTTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACCACCGGC
ATGCCTAGAGTCGAGAGCTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAATGTTTAC
CGAAATTTCAAAGCTCAAGCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATCTCTGAGACT
TTACTTTACCAATGTTGTTTCTCTGTTTCCGTTTGCGTTTCTCGGATTCAAATAAAAAAA
AATAAGATTTTTTTTCA
CC

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DS 

RD RR1BG41JQ 857 0 0
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TCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATCTTCTGCGTCTTCAGAGGACACAT
TGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTGAGCAAAGTCACAAACGAGGCCAT
CATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCGTCGACAAAGT
CGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGGCACCAACAAAACCGT
CTTCACTGCTGCTGATGCTAACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTGATGCTGAAGG
TCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAAATCCTACAG
TCCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCTACGAGCACCC
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CTTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACCACCGGCATGCCTAGAGTCGAGAG
CTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAATGTTTACCGAAATTTCAAAGCTCA
AGCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATCTCTGAGACTTTACTTTACCAATGTTG
TTTCTCTGTTTCCGTTTGCGTTTCTCGGATTCAAATAAAAAAAAATAAGATTTTTTTTCA
TCATTTGTTTTAGGTTTGAAGACTTGGATATAGTCTTCAAAATTTATCTTCTATTCTTCA
CTTATTAGTGAGATTTA

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR1F963JQ 743 0 0
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TGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGA
CTTCCATGGAAACTTCGCCTTCAACCTCTTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGC
TGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCACCTTGT
TCTCTCTGATGACACTGCCGTTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCC
TAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCTACGAGCACCCGAAGAACCA
GCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGGAGAGGTGTGTGGTGTCACCTTTCAGGT
TGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACCACCGGCATGCCTAGAGTCGAGAGCTCCCAAAA
CTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAATGTTTACCGAAATTTCAAAGCTCAAGCAGAGAC
GAGACTTTGTTTCGTTTGATATATCTCTGAGACTTTACTTTACCAATGTTGTTTCTCTGT
TTCCGTTTGCGTTTCTCGGATTCAAATAAAAAAAAATAAGATTTTTTTTCATCATTTGTT
TTAGGTTTGAAGACTTGGATATAGTCTTCAAAATTTATCTTCTATTCTTCACTTATTAGT
GAGATTTAAGATTTTCTTAAAGA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1CE18JQ 727 0 0
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ACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATG
GAAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGACACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATG
CTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCCCCTTGTTCTCTCTG
ATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAGGTT
GCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCTACGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGC
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GTCATATCTAAACCGGAAATGTTTACCGAGATTTCAAAGCTCAAGCAGAGACGAGACTTT
GTTTCGTTTGATATATCTCTGAGACTTTACTTTACCAATGTTGTTTCTCTGTTTCCGTTT
GCGTTTCTCGGATTCAAATAAAAAAAAATAAGATTTTTTTTCATCATTTGTTTTAGGTTT
GAAGACTTGGATATAGTCTTCAAAATTTATCTTCTATTCTTCACTTATTAGTGAGATTTA
AGATTTT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 2 10

CO CL420Contig1 701 2 5 U
GGGCAAAGGATACAGAAGGAAAAAGAAATGGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCGCAC
TCGCTCTCACTCATATGCAACTGGACGAAATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTATTTCT
CTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGT
GGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGGCATT
GGCCGAACCAGGGCTCGCCAGATTCTCGTTGATCTTCAGATGGAGAACAAAATCACCAAA
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CGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACCGC
AGGACTCTTAAGGGCAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCA
CAACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTTTTTATTTT
GTCTAGTTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTCGGTTTGAATCGC
GAGTCATGTAAAAGTTCAAAACTAATACCGTTCCAGCAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1BY09JQ C 1
AF RR1BY09TF U 45
BS 1 44 RR1BY09JQ
BS 45 680 RR1BY09TF
BS 681 681 RR1BY09JQ
BS 682 700 RR1BY09TF
BS 701 701 RR1BY09JQ

RD RR1BY09JQ 701 0 0
GGGCAAAGGATACAGAAGGAAAAAGAAATGGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCGCAC
TCGCTCTCACTCATATGCAACTGGACGAAATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTATTTCT
CTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGT
GGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGGCATT
GGCCGAACCAGGGCTCGCCAGATTCTCGTTGATCTTCAGATGGAGAACAAAATCACCAAA
GACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATCGAG
GGTGATCTGAGGAGATTCAACGCGCCTGCTATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATGTTAC
CGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACCGC
AGGACTCTTAAGGGCAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCA
CAACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTTTTTATTTT
GTCTAGTTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTCGGTTTGAATCGC
GAGTCATGTAAAAGTTCAAAACTAATACCGTTCCAGCAGAC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1BY09TF 657 0 0
GATGCCCGTAGCGCACTCGCTCTCACTCATATGCAACTGGACGAAATCGAATCCTCTCAC
TCGCAACACTATTTCTCTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAG
ATGTGCTCGTGTTGGTGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCA
GTACATTCACGGCATTGGCCGAACCAGGGCTCGCCAGATTCTCGTTGATCTTCAGATGGA
GAACAAAATCACCAAAGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCTTCGTGATGAAGTCTC
CAAGTATATGATCGAGGGTGATCTGAGGAGATTCAACGCGCCTGCTATAAAGAGACTGAA
GGAGATCCAATGTTACCGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAG
AACCAAGAACAACCGCAGGACTCTTAAGGGCAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAA
AGTTTCCAAGTAACCACAACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATAC
TCCTTTTTTTTATTTTGTCTAGTTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATA
CTTCGGTTTGAATCGCGAGTCATGTAAAAGTTCAAA*CTAATACCGTTCCAGCAGA
C

QA 1 656 1 656
DS 



CO CL420Contig2 722 8 10 U
GGGTCGCAAAGGATACAGAAGAAAAAAGAAATGGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCG
CACTCGCTCTCACTCATATGCAACTGGACGAAATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTATT
TCTCTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTT
GGTGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGGC
ATTGGACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGTTGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCACC
AAAGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATC
GAGGGTGATCTGAGGAGATTCAACGCGCTTGCTATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATGT
TACCGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAAC
TGCAGGACTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAA
CCTACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTTTATTTTG
TCTAGTTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTTGGTTTGAATCGCG
CGAGTCATGTAAAAGTTCAAAACTAATACCGTTCCAGCAGATAATGTCAAAGATGATCAG
CT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 

AF RR1G006TF U 23
AF RR1BN06JQ C 31
AF RR1BN06TF U 31
AF RR1GU14TF U 1
AF RR1G006JQ C 119
AF RR1EM24JQ C 99
AF RR1EM24TF U 101
AF RR1GC75TF U 4
BS 1 414 RR1GU14TF
BS 415 415 RR1G006TF
BS 416 619 RR1GU14TF
BS 620 620 RR1GC75TF
BS 621 648 RR1GU14TF
BS 649 649 RR1GC75TF
BS 650 703 RR1GU14TF
BS 704 704 RR1GC75TF
BS 705 720 RR1GU14TF
BS 721 722 RR1GC75TF

RD RR1G006TF 421 0 0
AAAAAGAAATGGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCGCACTCGCTCTCACTCATATGCA
ACTGGACGAAATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTATTTCTCTCCCACCTTCAAACGCTC
CCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGTGGTATGGAGATTCCGAGTA
ACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGGCATTGGACGAACTAGGGCTCGCC
AGATCCTCGTTGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCACCAAAGACATGGCTGAGGAAGAGC
TCATCGTGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATCGAGGGTGATCTGAGGAGATTCA
ACGCGCTTGCTATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATGTTACCGTGGGGTAAGGCACATCC
A

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1BN06JQ 586 0 0
GG
GGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCGCACTCGCTCTCACTCATATGCAACTGGACGAA
ATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTATTTCTCTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCA
GAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGTGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGAT
TGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGGCATTGGACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGT
TGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCACCAAAGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCT
TCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATCGAGGGTGATCTGAGGAGATTCAACGCGCTTGC
TATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATGTTACCGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCC
ATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACTGCAGGACTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTAT
TGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCTACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGG
TGTTCTGTAATACTCCTTTTTTATTTTGTCTAGTTTCTCTGTTT

QA 3 586 3 586
DS 

RD RR1BN06TF 586 0 0
GG
GGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCGCACTCGCTCTCACTCATATGCAACTGGACGAA
ATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTATTTCTCTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCA
GAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGTGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGAT
TGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGGCATTGGACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGT
TGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCACCAAAGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCT
TCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATCGAGGGTGATCTGAGGAGATTCAACGCGCTTGC
TATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATGTTACCGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCC
ATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACTGCAGGACTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTAT
TGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCTACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGG
TGTTCTGTAATACTCCTTTTTTATTTTGTCTAGTTTCTCTGTTT

QA 3 586 3 586
DS 

RD RR1GU14TF 720 0 0
GGGTCGCAAAGGATACAGAAGAAAAAAGAAATGGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCG
CACTCGCTCTCACTCATATGCAACTGGACGAAATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTATT
TCTCTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTT
GGTGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGGC
ATTGGACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGTTGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCACC
AAAGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATC
GAGGGTGATCTGAGGAGATTCAACGCGCTTGCTATAAAGAGACTGAAGGAGATCTAATGT
TACCGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAAC
TGCAGGACTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAA
CCTACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTTTATTTTG
TCTAGTTTCTCTGTTTAAA*TGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTTG*TTTGAATCGCG
CGAGTCATGTAAAAGTTCAAAACTAATACCGTTCCAGCAGATA*TGTCAAAGATGATCAG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1G006JQ 590 0 0
TTTT
TCTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTTTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGG
TGGTATGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTTTTTTCAGTACATTCACGGCAT
TGGACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGTTGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCACCAA
AGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATCGA
GGGTGATTTGAGGAGATTCAACGCGCTTGCTATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATGTTA
CCGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCGTGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACTG
CAGGACTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGGAGAAAGTTTCCAAGTAACC
TACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTTTATTTTGTC
TAATTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTTGGTTTGAATCGCGCG
AGTCATGTAAAAGTTCAAAACTAATACCGTTCCAGCAGA
TAATGTC

QA 5 583 5 583
DS 

RD RR1EM24JQ 580 0 0
TCCTCTCACTCGCAACACTATTTCTCTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCT
AAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGTGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATA
CTCTCTTCAGTACATTCACGGCATTGGACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGTTGATCT
CCAGATGGAGAACAAAATCACCAAAGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCTTCGTGA
TGAAGTCTCCAAGTATATGATCGAGGGTGATCTTAGGAGATTCAACGCGCTTGCTATAAA
GAGACTGAAGGAGATCCAATGTTACCGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCG
TGGACAGAGAACCAAGAACAACTGCAGGGCTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGG
CAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCTACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTAGTGTTCT
GTAATACTCCTTTTTTATTTTGTCTAGTTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCC
TGATACTTTGGTTTGAATCGCGCGAGTCATGTAAAAGTTC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1EM24TF 578 0 0
CTCTCACTCGCAACACTATTTCTCTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAA
GCATCAGATGTGCTCGTGTTGGTGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACT
CTCTTCAGTACATTCACGGCATTGGACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGTTGATCTCC
AGATGGAGAACAAAATCACCAAAGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCTTCGTGATG
AAGTCTCCAAGTATATGATCGAGGGTGATCTTAGGAGATTCAACGCGCTTGCTATAAAGA
GACTGAAGGAGATCCAATGTTACCGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTG
GACAGAGAACCAAGAACAACTGCAGGGCTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCA
AGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCTACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTAGTGTTCTGT
AATACTCCTTTTTTATTTTGTCTAGTTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTG
ATACTTTGGTTTGAATCGCGCGAGTCATGTAAAAGTTC

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1GC75TF 719 0 0
GG
GCAAAGGATACAGAAGAAAAAAGAAATGGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCGCACTC
GCTCTCACTCATATGCAACTGGACGAAATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTATTTCTCT
CCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGTGG
TGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGGCATTGG
ACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGTTGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCACCAAAGA
CATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATCGAGGG
TGATCTGAGGAGATTCAACGCGCTTGCTATAA*GAGACTGAAGGAGATCCAATGTTACCG
TGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACTGCAG
GACTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCTAC
CTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTTTATTTTGTCTAG
TTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTTGGTTTGAATCGCGCGAGT
CATGTAAAAGTTCAAAACTAATACCATTCCAGCAGATAATGTCAAAGATGATCAGCT

QA 3 719 3 719
DS 



AS 1 10

CO CL421Contig1 998 10 32 U
GGATTGTCATATCCGCTCCGTTCCCAATTTGTGTGTCGAGAGAGAGAGAGAGAGATATCT
AGGGTTTGTACGATTCTCCAGCGACGATGCTAAGCGACGATTTCACGGCGAAACGAGCTG
CGGCCGAGGAGGAATCGGACTCTTCTGTCTCGAAAAAGCAGAAGTTGGAAGATGAAGACG
ACGACGACGACACAAGCATGGAAGAGGATAGCGATACCGACAGCGGACGCGCATGGTCTG
TCGACACTGAAGAAGAAGAAGACGAAGGAGTGGTGAGATCTCCTAGGATTAATTACTTAA
ACTTCCCAGAACCGGAACCGGAGTGGGATAAGGACAGCTTCGATGGTTACGAGTTCTACA
ACCCCGAGGACCGTAAAAGCTTCTCCGACGACGAGGAGTACAAAGTGTTCCGCGACTTTA
AGATCCAGGCCTGGAAGAATCGGGGTTTTTATGAACAAGATCCCTTCAGGTCCATCTTCC
CCCTTACTGATCTGGAAGAACCTTGGATTGACATGACCACAAGGGAATATTTGGAGTCTA
TTGCCTCCTTATGTGTTAAGAAACTCAACGAGGAGAAGAATAAGACCGTGGAATTGGTAA
GCATCGTTAGAGGCAATATGAAAGTAGGAGATGGTTGGAAGCTGTACATCACCTTTATGG
CTCGAGAGTATACCAATGGTCCTCTCGTGGAGTATCAAGCCAAGGCTATGGATTTTGGAG
CAAAACCTCCCTTTCCCATCCTCTGCCGACCAGCTTCTCCCAAATCCTAATCTGTGACCT
GCATAGATTTGGTATGCTGGTGGTAGTTCTACGAGGACCAAGATCATAATGTATTAAAAT
GAGTCTTTTATGATTAAGCCGAGTCCCAGATGGATTTAGGTTGTATTAATGTTATCTATG
TCTTTTGCGTTGAGACTTATGGATTTAATATTATGGATCTTAATGATGGTTGTTATATTA
TGTTTGATGTTTATTTTATATTCTTGGATGTGGACGAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 
35 35 50 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 30 20 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB73TF U 1
AF RR1F772TF U 1
AF RR1BG09TF U 35
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AF RR1A817TF U 58
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BS 716 716 RR1BG09TF
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BS 747 747 RR1A817TF
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BS 761 761 RR1A817TF
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BS 780 789 RR1F866TF
BS 790 790 RR1A817TF
BS 791 805 RR1F866TF
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BS 881 926 RR1BZ88TF
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RD RR1EB73TF 670 0 0
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AGGGTTTGTACGATTCTCCAGCGACGATGCTAAGCGACGATTTCACGGCGAAACGAGCTG
CGGCCGAGGAGGAATCGGACTCTTCTGTCTCGAAAAAGCAGAAGTTGGAAGATGAAGACG
ACGACGACGACACAAGCATGGAAGAGGATAGCGATACCGACAGCGGACGCGCATGGTCTG
TCGACACTGAAGAAGAAGAAGACGAAGGAGTGGTGAGATCTCCTAGGATTAATTACTTAA
ACTTCCCAGAACCGGAACCGGAGTGGGATAAGGACAGCTTCGATGGTTACGAGTTCTACA
ACCCCGAGGACCGTAAAAGCTTCTCCGACGACGAGGAGTACAAAGTGTTCCGCGACTTTA
AGATCCAGGCCTGGAAGAATCGGGGTTTTTATGAACAAGATCCCTTCAGGTCCATCTTCC
CCCTTACTGATCTGGAAGAACCTTGGATTGACATGACCACAAGGGAATATTTGGAGTCTA
TTGCCTCCTTATGTGTTAAGAAACTCAACGAGGAGAAGAATAAGACCGTGGAATTGGTAA
GCATCGTTAGAGGCAATATGAAAGTAGGAGATGGTTGGAAGCTGTACATCACCTTTATGG
CTCGAGAGTA

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DS 

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AGGGTTTGTACGATTCTCCAGCGACGATGCTAAGCGACGATTTCACGGCGAAACGAGCTA
CGGCCGAGGAGGAATCGGACTCTTCTGTCTCGAAAAAGCAGAAGTTGGAAGATGAAGACG
ACGACGACGACACAAGCATGGAAGAGGATAGCGATACCGACATCGGACGCGCATGGTCTG
TCGACACTGAAGAAGAAGAAGACGAAGGAGTGGTGAGATCTCCTAGGATTAATTACTTAA
ACTTCCCAGAACCGGAACCGGAGTGGGATAAGGACAGCTTCGATGGTTACGAGTTCTACA
ACCCCGAGGACCGTAAAAGCTTCTCCGACGACGAGGAGTACAAAGTGTTCCGCGACTTTA
AGATCCAGGCCTGGAAGAATCGGGGTTTTTATGAACAAGATCCCTTCAGGTCCATCTTCC
CCCTTACTGATCTGGAAGAACCTTGGATTGACATGACCACAAGGGAATATTTGGAGTCTA
TTGCCTCCTTATGTGTTAAGAAACTCAACGAGGAGAAGAATAAGACCGTGGAATTGGTAA
GCATCGTTAGAGGCAATATGAAAGTAGGAGATGGTTGGAAGCTGTACATCACCTTTATGG
CTCGAGAGTATACCAATGGTCCTCTCGTGGAGTATCAAGC

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DS 

RD RR1BG09TF 689 0 0
GGAGAGA
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TTCACGGCGAAACGAGCTGCGGCCGAGGAGGAATCGGACTCTTCTGTCTCGAAAAAGCAG
AAGTTGGAAGATGAAGACGACGACGACGACACAAGCATGGAAGAGGATAGCGATACCGAC
AGCGGACGCGCATGGTCTGTCGACACTGAAGAAGAAGAAGACGAAGGAGTGGTGAGATCT
CCTAGGATTAATTACTTAAACTTCCCAGAACCGGAACCGGAGTGGGATAAGGACAGCTTC
GATGGTTACGAGTTCTACAACCCCGAGGACCGTAAAAGCTTCTCCGACGACGAGGAGTAC
AAAGTGTTCCGCGACTTTAAGATCCAGGCCTGGAAGAATCGGGGTTTTTATGAACAAGAT
CCCTTCAGGTCCATCTTCCCCCTTACTGATCTGGAAGAACCTTGGATTGACATGACCACA
AGGGAATATTTGGAGTCTATTGCCTCCTTATGTGTTAAGAAACTCAACGAGGAGAAGAAT
AAGACCGTGGAATTGGTAAGCATCGTTAGAGGCAATATGAAAGTAGGAGATGGTTGGAAG
CTGTACATCACCTTTATGGCTCGAGAGTATACCAATGGTCCTCTCGTGGAGTATCAAGCC
AAGGCTATGGATTTTGGAGCAA

QA 8 689 8 689
DS 

RD RR1F866TF 805 0 0
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AGGGTTTGTACGATTCTCCAGCGACGATGCTAAGCGACGATTTCACGGCGAAACGAGCTG
CGGCCGAGGAGGAATCGGACTCTTCTGTCTCGAAAAAGCAGAAGTTGGAAGATGAAGACG
ACGACGACGACACAAGCATGTAAGAGGATAGCGATACCGACAGCGGACGCGCATGGTCTG
TCGACACTGAAGAAGAAGAAGACGAAGGAGTGGTGAGATCTCCTAGGATTAATTACTTAA
ACTTCCCAGAACCGGAACCGGAGTGGGATAAGGACAGCTTCGATGGTTACGAGTTCTACA
ACCCCGAGGACCGTAAAAGCTTCTCCGACGACGAGGAGTACGAAGTGTTCCGCGACTTTA
AGATCCAGGCCTGGAAGAATCGGGGTTTTTATGAACAAGATCCCTTCAGGTCCATCTTCC
CCCTTACTGATCTGGAAGAACCTTGGATTGACATGACCACAAGGGAATATTTGGAGTCTA
TTGCCTCCTTATGTGTTAAGAAACTCAACGAGGAGAAGA*TAAGACCGTGGAATTGGTAA
GCATCGTTAGAGGCAATATGAAAGTAG*AGATGGTTGGAAGCTGTACATCACCTTTATGG
CTCGAGAGTATACCAATGGTCCTCTTGTGGAGCATCAAGCCAAG*CTATGGATTT*GGAG
CAAAAC*TCCCTTTCCCATC*TCTGC*GAC*AGCT*CTCC*AAATCCTAATCTGTGAC*T
GCATAGATT*GGTATGCTGGTGGTA

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DS 

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GGAG
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GGCCGAGGAGGAATCGGACTCTTCTGTCTCGAAAAAGTAGAGGTTGGAAGATGAAGACGA
CGACGACGACACAAGCATGGAAGAGGATAGCGATACCGACAGCGGACGCGCATGGTCTGT
CGACACTGAAGAAGAAGAAGACGAAGGAGTGGTGAGATCTCCTAGGATTAATTACTTAAA
CTTCCCAGAACCGGAACCGGAGTGGGATAAGGACAGCTTCGATGGTTACGAGTTCTACAA
CCCCGAGGACCGTAAAAGCTTCTCCGACGACGAGGAGTACAAAGTGTTCCGCGACTTTAA
GATCCAGGCCTGGAAGAATCGGGGTTTTTATGAACAAGATCCCTTCAGGTCCATCTTCCC
CCTTACTGATCTGGAAGAACCTTGGATTGACATGACCACAAGGGAATATTTGGAGTCTAT
TGCCTCCTTATGTGTTAAGAAACTCAACGAGGAGAAGAATAAGACCGTGGAATTGGTAAG
CATCGTTAGAGGCAATATGAAAGTAGGAGATGGTTGGAAGCTGTACATCACCTTTATGGC
TCGAGAGTATACCAATGGTCCTCTCGTGGAGTATCAAGCCAAGGCTATGGATTTTGGAGC
AAAACCTCCCTTTCCCATCCTCTGCCGACCAGCTTCTCCCAAATCCTAATCTGTGACCTG
CATAGATTTGGTATGCTGGTGGTAGTTCTACGAGGACCAAGATCATAATGTATTAAAATG
AGTCTTTTATGATTAAGCCGAGTCCC

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DS 

RD RR1BZ88TF 754 0 0
G
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TGGTCTGTCGACACTGAAGAAGAAGAAGACGAAGGAGTGGTGAGATCTCCTAGGATTAAT
TACTTAAACTTCCCAGAACCGGAACCGGAGTGGGATAAGGACAGCTTCGATGGTTACGAG
TTCTACAACCCCGAGGACCGTAAAAGCTTCTCCGACGACGAGGAGTACAAAGTGTTCCGC
GACTTTAAGATCCAGGCCTGGAAGAATCGGGGTTTTTATGAACAAGATCCCTTCAGGTCC
ATCTTCCCCCTTACTGATCTGGAAGAACCTTGGATTGACATGACCACAAGGGAATATTTG
GAGTCTATTGCCTCCTTATGTGTTAAGAAACTCAACGAGGAGAAGAATAAGACCGTGGAA
TTGGTAAGCATCGTTAGAGGCAATATGAAAGTAGGAGATGGTTGGAAGCTGTACATCACC
TTTATGGCTCGAGAGTATACCAATGGTCCTCTCGTGGAGTATCAAGCCAAGGCTATGGAT
TTTGGAACAAAACCTCCCTTTCCCATCCTCTGCCGACCAGCTTCTCCCAAATCCTAATCT
GTGACCTGCATAGATTTGGTATGCTGGTGGTAGTTCTACGAGGACCAAGATCATAATGTA
TTAAAATGAGTCTTTTATGATTAAGCCGAGTCCCAGATGGATTTAG*TTGTATTAATGTT
ATCTATGTCTTTTGCGTTGAGACTTATGGATTT

QA 2 754 2 754
DS 

RD RR1D931TF 716 0 0
G
ACTGAAGAAGAAGAAGACGAAGGAGTGGTGAGATCTCCTAGGATTAATTACTTAAACTTC
CCAGAACCGGAACCGGAGTGGGATAAGGACAGCTTCGATGGTTACGAGTTCTACAACCCC
GAGGACCGTAAAAGCTTCTCCGACGACGAGGAGTACAAAGTGTTCCGCGACTTTAAGATC
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ACTGATCTGGAAGAACCTTGGATTGACATGACCACAAGGGAATATTTGGAGTCTATTGCC
TCCTTATGTGTTAAGAAACTCAACGAGGAGAAGAATAAGACCGTGGAATTGGTAAGCATC
GTTAGAGGCAATATGAAAGTAGGAGATGGTTGGAAGCTGTACATCACCTTTATGGCTCGA
GAGTATACCAATGGTCCTCTCGTGGAGTATCAAGCCAAGGCCATGGATTTTGGAGCAAAA
CCTCCCTTTCCCATCCTCTGCCGACCAGCTTCTCCCAAATCCTAATCTGTGACCTGCATA
GATTTGGTATGCTGGTGGTAGTTCTACGAGGACCAAGATCATAATGTATTAAAATGAGTC
TTTTATGATTAAGCCGAGTCCCAGATGGATTTAG*TTGTATTAATGTTATCTATGTCTTT
TGCGTTGAGACTTATGGATTAA*TATTATGGATCTTAATGATGGTTGTTA
CAAAA

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR1D931JQ 668 0 0
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ACGAGTTCTACAACCCCGAGGACCGTAAAAGCTTCTCCGACGACGAGGAGTACAAAGTGT
TCCGCGACTTTAAGATCCAGGCCTGGAAGAATCGGGGTTTTTATGAACAAGATCCCTTCA
GGTCCATCTTCCCCCTTACTGATCTGGAAGAACCTTGGATTGACATGACCACAAGGGAAT
ATTTGGAGTCTATTGCCTCCTTATGTGTTAAGAAACTCAACGAGGAGAAGAATAAGACCG
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TCACCTTTATGGCTCGAGAGTATACCAATGGTCCTCTCGTGGAGTATCAAGCCAAGGCCA
TGGATTTTGGAGCAAAACCTCCCTTTCCCATCTTCTGCCGACCAGCTTTTCCCAAATCCT
AATCTGTGACCTGCATAGATTTGGTATGCTGGTGGTAGTTCTACGAGGACCAAGATCATA
ATGTATTAAAATGAGTCTTTTATGATTAAGCCGAGTCCCAGATGGATTTAGGTTGTATTA
ATGTTATCTATGTCTTTTGCGTTGAGACTTATGGATTTAATATTATGGATCTTAATGATG
GTTGTTA
C

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DS 

RD RR1F772JQ 708 0 0
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AAGGACAGCTTCGATGGTTACGAGTTCTACAACCCCGAGGACCGTAAAAGCTTCTCCGAC
GACGAGGAGTACAAAGTGTTCCGCGACTTTAAGATCCAGGCCTGGAAGAATCGGGGTTTT
TATGAACAAGATCCCTTCAGGTCCATCTTCCCCCTTACTGATCTGGAAGAACCTTGGATT
GACATGACCACAAGGGAATATTTGGAGTCTATTGCCTCCTTATGTGTTAAGAAACTCAAC
GAGGAGAAGAATAAGACCGTGGAATTGGTAAGCATCGTTAGAGGCAATATGAAAGTAGGA
GATGGTTGGAAGCTGTACATCACCTTTATGGCTCGAGAGTATACCAATGGTCCTCTCGTG
GAGTATCAAGCCAAGGCTATGGATTTTGGAGCAAAACCTCCCTTTCCCATCCTCTGCCGA
CCAGCTTCTCCCAAATCCTAATCTGTGACCTGCATAGATTTGGTATGCTGGTGGTAGTTT
TACGAGGACCAAGATCATAATGTATTAAAATGAGTCTTCTATGATTAAGCCGAGTCCCAG
ATGGATTTAGGTTGTATTAATGTTATCTATGTCTTTTGCGTTGAGACTTATGGATTTAAT
ATTATGGATCTTAATGATGGTTGTTATATTATGTTTGATGTTTATTTT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1EB73JQ 652 0 0
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GTTCCGCGACTTTAAGATCCAGGCCTGGAAGAATCGGGGTTTTTATGAACAAGATCCCTT
CAGGTCCATCTTCCCCCTTACTGATCTGGAAGAACCTTGGATTGACATGACCACAAGGGA
ATATTTGGAGTCTATTGCCTCCTTATGTGTTAAGAAACTCAACGAGGAGAAGAATAAGAC
CGTGGAATTGGTAAGCATCGTTAGAGGCAATATGAAAGTAGGAGATGGTTGGAAGCTGTA
CATCACCTTTATGGCTCGAGAGTATACCAATGGTCCTCTCGTGGAGTATCAAGCCAAGGC
TATGGATTTTGGAGTGAAACCTCCCTTTCCCATCCTTTGCCGACCAGCTTTTCCCAAATC
CTAATTTGTGACCTGCATAGATTTGGTATGCTGGTGGTAGTTCTACGAGGACCAAGATCA
TAATGTATTAAAATGAGTCTTTTATGATTAAGCCGAGTCCCAGATGGATTTAGGTTGTAT
TAATGTTATCTATGTCTTTTGCGTTGAGACTTATGGATTTAATATTATGGATCTTAATGA
TGGTTGTTATATTATGTTTGATGTTTATTTTATATTCTTGGATGTGGACGAT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 10

CO CL422Contig1 943 10 14 U
GAGAGAGAGAAAGAAAAAATGGGAAGAGGGAGAGTAGAGTTGAAGAGGATAGAGAACAAG
ATCAATAGGCAAGTGACGTTTGCAAAAAGAAGGAATGGTGTTTTGAAGAAAGCATACGAG
CTTTCCGTTCTATGTGATGCAGAGGTTGCTCTCATCATCTTCTCTAATAGAGGAAAACTG
TACGAGTTTTGCAGTAACTCGAGCAGCACGCTTAAGACATTGGAGAGGTACCAAAAGTGC
AACTACGGACCGCCAGAGCCCAATGTGCCTTCAAGAGAAGCCTTAGCAG***AACTTAGT
AGCCAGCAGGAGTATCTCAAGCTTAAGGAGCGTTACGACGCCTTACAGAGAACCCAAAGG
AATCTATTGGGAGAAGATCTTGGACCACTTAGTACAAAGGAGCTTGAGTCACTTGAGAGA
CAGCTTGATTCTTCTTTGAAGCAGATCAGAGCTCTCAGGACACAGTTCATGCTCGACCAG
CTCAATGATCTCCAGAGTAAGGAGCGCATGCTTAATGAGACAAATAAATCTCTAAGGCTC
AGGTTAGCTGATGGGTATCAGATGCCATTCCAACTCAACCCGAACCAAGAAGAAGATGTT
GTTGACTTTGGGCGTCATCAACCACAACAACAAGCTTTCTTCCAGCCTTTGGAATACGAA
CCCATTTTTCAAATCGGGTACCATCAGGGGCAACAGCAAGATCATGGAATGGGAGCAGGA
CCAAGTGAGAATAATTACATGTTGGGTTGGTTACCTTTCGACACCAACTCTATTTGAAAC
TTTCTTCATATATATATTTTTTGACATTTTTATATCAAAACTTTCTCCTAGGTCCCCTAT
TAGGCTACATGAATAACTACCTCTCTCTATATTTGTGTAGCGTGCATGTTTGTGTGTGTG
TAATGTTTATTATGATGCTCTTCTATATTTCAATAAGTTTTTC


BQ
10 10 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 20 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 45 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

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BS 220 220 RR1DD11TF
BS 221 717 RR1A007TF
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BS 719 730 RR1A007TF
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BS 845 866 RR1A007TF
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RD RR1DD11TF 537 0 0
GGA
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DS 

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GGAAA
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DS 

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GAG
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CAGCAGGAGTATCTCAAGCTTAAGGAGCGTTACGACGCCTTACAGAGAACCCAAAGGAAT
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ATTTTTCAAATCGGGTACCA

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DS 

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DS 

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DS 

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DS 

RD RR1AD40JQ 813 0 0
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DS 

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TGATGCTCTTCTATATTTCAATAAGTTTTTC

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DS 

RD RR1EJ64JQ 642 0 0
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QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1DQ14JQ 671 0 0
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QA 1 671 1 671
DS 



AS 2 10

CO CL423Contig1 837 5 33 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 5 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX24TF U 7
AF RR1EV09TF U 4
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AF RR1A302TF U 1
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GG
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DS 

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TTCGAACCGTGTCGACGCTAGCTTTCCTCCCTATGGAATGACTGTCGGAGAAGCTACTGG
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CATCCCTCCGATTCTCAAAGGCACTGCGGACTTCTCTCACGGAGCCAATTTCGCCATCGC
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CTACATCGGCTCTGATGATTACTTGAGCTTCGCCAAGAATAATCCCAATCCATCTGATGA
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TTACGGGTCTGGAGGTAGGAAGTTCGCGTTCCAGAACTTAGCACCATTAGGTTGCTTACC
AGCCGTAAAACAAGCAAACGGAAACGT

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DS 

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CCTCTTCTGTCTCTCCTTCTTCTCACTTCTCCTTCTTCACTTCCCAACCGTCTCCCTCGC
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TTCGAACCGTGTCGACGCTAGCTTTCCTCCCTATGGAATGACTGTCGGAGAAGCTACTGG
ACGGTGGTCCGATGGTCGTATCGTCCCAGACTATCTCGCTAATTTCACGGGTATTCCTCA
CATCCCTCCGATTCTCAAGGGCACTGCGGACTTCTCTCACGGAGCCAATTTCGCCATCGC
CGACGCCACCGTCCTCGGCTCCCCTCCGGAGACGTTGACTTTCTCACAACAAGTGATCAA
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CTACATCGGCTCTGATGATTACTTGAGCTTCGCCAAGAATAATCCCAATCCATCTGATGA
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TTACGGGTCTGGAGGTAGGAAGTTCGCGTTCCAGAACTTAGCACCATTAG*TTGCTCACC
AGCCGTAAA
CAAGCAA

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DS 

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CCAGACGCTCCTCGTCTTCGGCGACGGTCTTTACGACGCCGGCAACAAACAGTTCGTCTC
TTCGAACCGTGTCGACGCTAGCTTTCCTCCCTATGGAATGACTGTCGGAGAAGCTACTGG
ACGGTGGTCCGATGGTCGTATCGTTCCCGACTATCTCGCTAGTTTCATGGGTATTCCTCA
CATCCCTCCAATTCTCAAGGGCACGGCGGACTTCTCTCACGGAGCTAACTTCGCCATTGC
CGACGCCACCGTCCTCGGCTCCCCTCCGGAGACGTTGACTTTCTCACAACAAGTGATCAA
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CTACATCGGCTCTGATGATTACTTGAGCTTCGCCAAGAATAATCCCAATCCATCTGATGA
TCAGAAACAAGCTTTTGTAAATCGAGTCATCACTGCTATAGAAGCAGAACTCAAGGTGAT
TTACGGGTCTGGAGGTAGGAAGTTCGCGTTCCAGAACTTAGCACCATTAGGTTGCTTACC
AGCCGTGAAACAAGCCAACGGAAACGTTCACGAATGCGTGAGGTTGCCTTCGGAGATGGC
GGATTTGCATAACAAGAAGCTGTTGCAGCTCTTGGTT

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DS 

RD RR1A302TF 837 0 0
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AAACCTCACCTCTTCTCTCTCTCCTTCTTCTCACTTCTCCTTCTCCACATCCCCACCGTC
TCCTTCGCCCAGACGCTCTTCGTCTTCGGCGACGGTCTTTACGACGCCGGCAACAAACAG
TTCGTCTCTTCGAACCGTGTCGACGCTAGCTTTCCTCCCTATGGAATGACTGTCGGAGAA
GCTACTGGACGGTGGTCCGATGGTCGTATCGTTCCCGACTATCTCGCTAGTTTCATGGGT
ATTCCTCACATCCCTCCAATTCTCAAGGGCACGGCGGACTTCTCTCACGGAGCTAACTTC
GCCATTGCCGACGCCACCGTCCTCGGCTCCCCTCCGGAGACGTTGACTTTCTCACAACAA
GTGATCAAGTTCTCGGACAGCAAGAACAAGTGGTCAGCTCAAGCCCGTTCTGAAGCTGTC
TACTTGTTCTACATCGGCTCTGATGATTACTTGAGCTTCGCCAAGAATAATCCCAATCCA
TCTGATGATCAGAAACAAGCTTTTGTAAATCGAGTCATCACTGCTATAGAAGCAGAACTC
AAGGTGATTTACGGGTCTGGAGGTAGGAAGTTCGCGTTCCAGAACTTAGCACCATTAGGT
TGCTTACCAGCCGTGAAACAAGCCAACGGAAACGTTCAGGAATGCGTGAGGTTGCCTTCG
GAGATGGCGGATTTGCATAACAAGAAGCTGTTGCAGCTCTGGGTGAGCTTTCAGACAACT
CAGTGGCTTCCAGTACTCGTTTTACGACTTCTATAGCTCGATCCAACACAGAGTTAT

QA 1 837 1 837
DS 



CO CL423Contig2 939 5 5 U
AAATAAAATTTAATTATTATTTATGAATTTAGAGCTCAGAGTTATACTCCCAAAAGCTCT
AAATCCGAATAAAGTCAAACCGAACCGACCAAACAACAACGTCCATGTAATTTATGCAAA
ACGAACACTCAAACAGATGTCTCGGTCTGTCTTTATTTATTTTTAGTACAATAGCTCCTT
TTTAAGCTTTGATCACATCGTGGTAACACAATCTCAAATGAGGAAGGAGACAGCCTTGTC
AACTAGAGAAAGCCATTGATTCTCCATCTCCGACTGCATCTTGATATCATAAAGGCTCTC
TATTTTGATCTGCTTCGGGCTCACTGCAGCCATGGCTTCCTGTATCTCAGCCAACGTGAC
TGTAACATTCAGAGGAAGGAAAAGAAGCTCCCTGAGATTGTTCGGTCCAACCACTTCCGG
ATCGGCTCCCCACATCAAATGGCCAACCTGAAGGTTCCCTTCTTGCGTCAAATGCTTACC
GTCAAAGAAGAAATAATCTCCAGGCTTAGTGCACACATTGTTAGTCGAACAACTGGTTCC
ATTGACAGACCCGGTTCCACAACAAGCTGCCATTCCCGTCTCAAATGTGTAGGTCTTGGA
ATTGATAACTCTGTGTTGGATCGAGCTATAGAAGTCGTAAAACGAGTACTGGAAGCCACT
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CTCCGAAGGCAACCTCACGCATTCCTGAACGTTTCCGTTTGCTTGTTTCACGGCTGGTAA
GCAACCTAATGGTGCTAAGTTCTGGAACGCGAACTTCCTACCTCCAGACCCGTAAATCAC
CTTGAGTTCTGCTTCTATAGCAGTGATGACTCGATTTACAAAAGCTTGTTTCTGATCATC
AGATGGATTGGGATTATTCTTGGCGAAGCTCAAGTAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 5 30 5 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 5 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX15JQ U 1
AF RR1EV09JQ U 90
AF RR1EO30JQ U 166
AF RR1BX24JQ U 94
AF RR1A302JQ U 93
BS 1 216 RR1BX15JQ
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BS 218 723 RR1BX15JQ
BS 724 768 RR1EV09JQ
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RD RR1BX15JQ 723 0 0
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AAATCCGAATAAAGTCAAACCGAACCGACCAAACAACAACGTCCATGTAATTTATGCAAA
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TATTTTGATCTGCTTCGGGCTCACTGCAGCCATGGCTTCCTGTATCTCAGCCAACGTGAC
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ATCGGCTCCCCACATCAAATGGCCAACCTGAAGGTTCCCTTCTTGCGTCAAATGCTTACC
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ATTGATAACTCTGTGTTGGATCGAGCTATAGAAGTCGTAAAACGAGTACTGGAAGCCACT
TAGTTGTCTTGAAAGCTCAACCAATAGCTGCAACAGCTTCTTGTTGTGCAAATCCGCCAT
CTC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1EV09JQ 679 0 0
CAAAC
AACAACGTCCGTGTAATTTATGCAAAACGAACACTCAAACAGATGTCTCGGTCTGTCTTT
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CAAATGAGGAAGGAGACAGCCTTGTCAACCAGAGAAAGCCATTGATTCTCCATCTCCGAC
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CCGTTTGCTTGTTT

QA 6 679 6 679
DS 

RD RR1EO30JQ 558 0 0
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GGAGACAGCCTTGTCAACTAGAGAAAGCCATTGATTCTCCATCTCCGACTGCATCTTGAT
ATCATAAAGGCTCTCTATTTTGATCTGCTTCGGGCTAACTGCAGCCATGGCTTCCTGTAT
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TCCAACCACTACCGGATCAGCTCCCCACATCAAATGGCCAACCTGAAGGTTCCCTTCTTG
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TGTGTAGGTCTTGGAATTGATAACTCTGTGTTGGATCGAGCTATAAAAGTCGTAAAACGA
GTACTGGAAGCCACTGAGTTGTCTTGAAAGCTCAACCAAGAGCTGCAACAGCTTCTTGTT
ATGCAAATCCGCCATCTC

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1BX24JQ 806 0 0
C
AACAACGTCCATGTAATTTATGCAAAACGAACACTCAAACAGATGTCTCGGTCTGTCTTT
ATTTATTTTTAGTACAATAGCTCCTTTTTAAGCTTTGATCACATCGTGGTAACACAATCT
CAGATGAGGAAGGAGACAGCCTTGTCAACTAGAGAAAGCCATTGATTCTCCATCTCCGAC
TGCATCTTGATATCATAAAGGCTCTCTATTTTGATCTGCTTCGGGCTCACTGCAGCCATG
GCTTCCTGTATCTCAGCCAACGTGACTGTAACATTCAGAGGAAGGAAAAGAAGCTCCCTG
AGATTGTTCGGTCCAACCACTTCCGGATCGGCTCCCCACATCAAATGGCCAACCTGAAGG
TTCCCTTCTTGCGTCAAGTGCTTACCGTCAAAGAAGAGATAATCTCCAGGCTTAGTGCAC
ACATTGTTAGTCGAACAACTGGTTCCATTGACAGGCCCGGTTCCACAACAAGCTGCCATT
CCCGTCTCAAATGTGTAGGTCTTGGAATTGATAACTCTGTGTTGGATCGAGCTATAGAAG
TCGTAAAACGAGTACTGGAAGCCACTTAGTTGTCTTGAAAGCTCAACCAATAGCTGCAAC
AGCTTCTTGTTGTGCAAATCCGCCATCTCCGAAGGCAACCTCACGCATTCCTGAACGTTT
CCGTTTGCTTGTTTTACGGCTGGTAAGCAACCTAATGGTGCTAAGTTCTGGAACGCGAAC
TTCCTACCTCCAGACCCGTAAATCACCTTGAGTTCTGCTTCTATAGCAGTGATGACTCGA
TTTACAAAAGCTTGTTTCTGATCAT

QA 2 806 2 806
DS 

RD RR1A302JQ 847 0 0
CG
AACAACGTCCATGTAATTTATGCAAAACGAACACTCAAACAGATGTCTCGGTCTGTCTTT
ATTTATTTTTAGTACAATAACTCCTTTTTAAGCTTTGATCACATCGTGGTAACACAATCT
TAAATGAGGAGGGAGACAGCCTTGTCAACTAGAGAAAGCCATTGATTCTCCATCTCCGAC
TGCATCTTGATATCATAAAGGCTCTCTATTTTGATCTGCTTCGGGCTCACTGCAGCCATG
GCTTCCTGTATCTCAGCTAACATGACTGAAGTATTCAGAGGAAGGACAAGAAGCTCCCTG
AGATTGTTCGGTCCAACCACTACCGGATCAGCTCCCCACATCAAATGGCCAACCTGAAGG
TTCCCTTCTTGCGTCAAATGCTTACCGTCAAAGAAAAAATAATCTCCAGGCTTAGTGCAT
ACGTTGTTAGTCGAACAACTGGTTCCATTGACAGACCCGGTTCCACAACAAGCTGCCATT
CCTGTCTCAAATGTGTAGGTCTTGGAATTGATAACTCTGTGTTGGATCGAGCTATAAAAG
TCGTAAAACGAGTACTGGAAGCCACTGAGTTGTCTTGAAAGCTCAACCAAGAGCTGCAAC
AGCTTCTTGTTATGCAAATCCGCCATCTCCGAAGGCAACCTCACGCATTCCTGAACGTTT
CCGTTGGCTTGTTTCACGGCTGGTAAGCAACCTAATGGTGCTAAGTTCTGGAACGCGAAC
TTCCTACCTCCAGACCCGTAAATCACCTTGAGTTCTGCTTCTATAGCAGTGATGACTCGA
TTTACAAAAGCTTGTTTCTGATCATCAGATGGATTGGGATTATTCTTGGCGAAGCTCAAG
TAATC

QA 3 847 3 847
DS 



AS 1 10

CO CL424Contig1 713 10 7 U
GGATACAGTTGTGTCTTCCTGAATTCTCTAATCTCTTGATCAAATGGGGAGCGAGGAAGT
CGTGGTGGTTGGAGGGGAGAGAGCAGGAGCTGCGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTA
CAAGAAGTCGGTGGAGCTTCTAGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAA
GAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTTAGAGCCACGGGTTTCGTGTGGATGAAACAAAGCAC
TCCTTACGAACATTTCTTCGAAGCCACCAAGACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCAC
CGCATATGTCGACAAGGGTTGTATGAAGAAGATGACAGGGGTGAAGAGTAAGCAGATGTT
AATGTGGGTACCGATTGTGGAGATGACTTTGAAGGAGCCAAAGAGCGAGAAGATCTACTT
CAAAACTCCGATGGGACTCGGCAAGGCTTATCATGTTACCTTATACATGGATGAGGAAGA
GAAACGCAACTTTTACTTGGAGAATCCCAAAAAA*TAAAACATTTTATTATGATAAATAA
ATTATATTTCCGGTTGCTTTTGATATGTTTCTGTTTTCACTCTTATCAGGTTGCTTTCTA
TGCCATTACTAAAAAAATTATGTTGACAATTATGAAAAGAAGTAAAATTCGTTTTGTGAT
GCAATGGTTATAATTTGTAATTGAAATCGATAAAGAAAAATAATTTCAGTTTC


BQ
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 30 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 20 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FU91TF U 19
AF RR1D579TF U -2
AF RR1CK28TF U 1
AF RR1GJ76JQ C 304
AF RR1GJ76TF U 1
AF RR1FI30JQ C 1
AF RR1FI30TF U 1
AF RR1CK28JQ C 23
AF RR1C292TF U -3
AF RR1C292JQ C 23
BS 1 415 RR1CK28TF
BS 416 416 RR1FU91TF
BS 417 674 RR1CK28TF
BS 675 675 RR1C292TF
BS 676 691 RR1CK28TF
BS 692 699 RR1C292TF
BS 700 713 RR1FI30JQ

RD RR1FU91TF 567 0 0
GG
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GAGCAGGAGCTGCGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAAGTCGGTGGAGCTTC
TAGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAA
GAGTTAGAGCCACGGGTTTCGTGTGGATGAAACAAAGCACTCCTTACGAACATCTCTTCG
AAGCCACCAAGACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCATATGTCGACAAGGGTT
GTATGAAGAAGATGACAGGGGTGAAGAGTAAGCAGATGTTAATGTGGGTACCGATTGTGT
AGATGACTTTGAAGGAGCCAAAGAGCGAGAAGATCTACTTCAAAACTCCGATGGGACTCG
GCAATGCTTATCATGTTACCTTATACATGGATGAGGAAGAGAAACGCAACTTTTACTTGG
AGAATCCCAAAAAA*TAAAACATTTTATTATGATAAATAAATTATATTTCCGGTTGCTTT
TGATATGTTTCTGTTTTCACTCTTA

QA 3 567 3 567
DS 

RD RR1D579TF 588 0 0
GGGAC
ATACAGTTGTGTCTTCCTGAATTCTCTAATCTCTTGATCAAATGGGGAGCGAGGAAGTCG
CGGTGGTTGGAGGGGAGAGAGCAGGAGCTGCGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACA
AGAAGTCGGTGGAGCTTCTAGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGA
ACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTTAGAGCCACGGGTTTCGTGTGGATGAAACAAAGCACTC
CTTACGAACATTTCTTCGAAGCCACCAAGACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCG
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TGTGGGTACCGATTGTGGAGATGACTTTGAAGGAGCCAAAGAGCGAGAAGATCTACTTCA
AAACTCCGATGGGACTCGGCAAGGCTTATCATGTTGCCTTATACATGGATGAGGAAGAGA
AACGCAACTTTTACTTGGAGAATCCCCAAAAA*TAAAACATTTTATTATGATAAATAAAT
TATATTTCCGGTTGCTTTTGATATGTTTCTGTTTTCACTCTTA

QA 6 588 6 588
DS 

RD RR1CK28TF 691 0 0
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CGTGGTGGTTGGAGGGGAGAGAGCAGGAGCTGCGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTA
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CGCATATGTCGACAAGGGTTGTATGAAGAAGATGACAGGGGTGAAGAGTAAGCAGATGTT
AATGTGGGTACCGATTGTGGAGATGACTTTGAAGGAGCCAAAGAGCGAGAAGATCCACTT
CAAAACTCCGATGGGACTCGGCAAGGCTTATCATGTTACCTTATACATGGATGAGGAAGA
GAAACGCAACTTTTACTTGGAGAATCCCAAAAAA*TAAAACATTTTATTATGATAAATAA
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TGCCATTACTAAAAAAATTATGTTGACAATTATGAAAAGAAGTAAAATTCGTTTTGTGAT
GCAATGGTTATAATCTGTAATTGAAATCGAT

QA 1 691 1 691
DS 

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GTGGGTACCGATTGTGGAGATGACTTTGAAGGAGCCAAAGAGCGAGAAGATTTACTTCAA
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ACGCAACTTTTACTTGGAGAATCCCAAAAAA*TAAAACATTTTATTATGATAAATAAATT
ATATTTCCGGTTGCTTTTGATATGTTTCTGTTTTCACTCTTATCAGGTTGCTTTCTATGC
CATTACTAAAGAAATTATGTTGACAATTATGAAATGAAGTAAAATTCGTTTTGTGATGC

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR1GJ76TF 662 0 0
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CGCATATGTCGACAAGGGTTGTATGAAGAAGATGACAGGGGTGAAGAGTAAGCAGATGTT
AATGTGGGTACCGATTGTGGAGATGACTTTGAAGGAGCCAAAGAGCGAGAAGATCTACTT
CAAAACTCCGATGGGACTCGGCAAGGCTTATCATGTTACCTTATACATGGATGAGGAAGA
GAAACGCAACTTTTACTTGGAGAATCCCAAAAAA*TAAAACATTTTATTATGATAAATAA
ATTATATTTCCGGTTGCTTTTGATATGTTTCTGTTTTCACTCTTATCAGGTTGCTTTCTA
TGCCATTACTAAAGAAATTATGTTGACAATTATGAAATGAAGTAAAATTCGTTTTGTGAT
GC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1FI30JQ 713 0 0
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CGTGGTGGTTGGAGGGGAGAGAGCAGGAGCTGCGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTA
CAAGAAGTCGGTGGAGCTTCTAGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAA
GAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTTAGAGCCACGGGTTTCGTGTGGATGAAACAAAGCAC
TCCTTACGAACATTTCTTCGAAGCCACCAAGACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCAC
CGCATATGTCGACAAGGGTTGTATGAAGAAGATGACAGGGGTGAAGAGTAAGCAGATGTT
AATGTGGGTACCGATTGTGGAGATGACTTTGAAGGAGCCAAAGAGCGAGAAGATCTACTT
CAAAACTCCGATGGGACTCGGCAAGGCTTATCATGTTACCTTATACATGGATGAGGAAGA
GAAACGCAACTTTTACTTGGAGAATCCCAAAAAAATAAAACATTTTATTATGATAAATAA
ATTATATTTCCGGTTGCTTTTGATATGTTTCTGTTTTCACTCTTATCAGGTTGCTTTTTA
TGCCATTACTAAAAAAATTATGTTGACAATTATGAAAAGAAGTAAAATTCGTTTTGTGAT
GCAATGGTTATAATTTGTAATTGGAATCGATAAAGAAAAATAATTTCAGTTTC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1FI30TF 667 0 0
GGATACAGTTGTGTCTTCCTGAATTCTCTAATCTCTTGATCAAATGGGGAGCGAGGAAGT
CGTGGTGGTTGGAGGGGAGAGAGCAGGAGCTGCGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTA
CAAGAAGTCGGTGGAGCTTCTAGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAA
GAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTTAGAGCCACGGGTTTCGTGTGGATGAAACAAAGCAC
TCCTTACGAACATTTCTTCGAAGCCACCAAGACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCAC
CGCATATGTCGACAAGGGTTGTATGAAGAAGATGACAGGGGTGAAGAGTAAGCAGATGTT
AATGTGGGTACCGATTGTGGAGATGACTTTGAAGGAGCCAAAGAGCGAGAAGATCTACTT
CAAAACTCCGATGGGACTCGGCAAGGCTTATCATGTTACCTTATACATGGATGAGGAAGA
GAAACGCAACTTTTACTTGGAGAATCCCAAAAAAATAAAACATTTTATTATGATAAATAA
ATTATATTTCCGGTTGCTTTTGATATGTTTCTGTTTTCACTCTTATCAGGTTGCTTTCTA
TGCCATTACTAAA*AAATTATGTTGACAATTATGAAA*GAAGTAAAATTCGTTTTGTGAT
GCAATGG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1CK28JQ 669 0 0
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GCAGGAGCTGCGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAAGTCGGTGGAGCTTCTA
GAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGA
GTTAGAGCCACGGGTTTCGTGTGGATGAAACAAAGCACTCCTTACGAACATTTCTTCGAA
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ATGAAGAAGATGACAGGGGTGAAGAGTAAGCAGATGTTAATGTGGGTACCGATTGTGGAG
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AAGGCTTATCATGTTACCTTATACATGGATGAGGAAGAGAAACGCAACTTTTACTTGGAG
AATCCCAAAAAA*TAAAACATTTTATTATGATAAATAAATTATATTTCCGGTTGCTTTTG
ATATGTTTCTGTTTTCACTCTTATCAGGTTGCTTTTTATGCCATTACTAAAAAAATTATG
TTGACAATTATGAAAAGAAGTAAAATTCGTTTTGTGATGCAATGGTTATAATCTGTAATT
GAAATCGAT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1C292TF 709 0 0
GGGGAC
ATACAGTTGTGTCTTCCTGAATTCTCTAATCTCTTGATCAAATGGGGAGCGAGGAAGTCG
TGGTGGTTGGAGGGGAGAGAGCAGGAGCTGCGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACA
AGAAGTCGGTGGAGCTTCTAGAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGA
ACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTTAGAGCCACGGGTTTCGTGTGGATGAAACAAAGCACTC
CTTACGAACATTTCTTCGAAGCCACCAAGACTCGCGTTTCTTACGCGGTTGAGGTCACCG
CATATGTCGACAAGGGTTGTATGAAGAAGATGACAGGGGTGAAGAGTAAGCAGATGTTAA
TGTGGGTACCGATTGTGGAGATGACTTTGAAGGAGCCAAAGAGCGAGAAGATCTACTTCA
AAACTCCGATGGGACTCGGCAAGGCTTATCATGTTACCTTATACATGGATGAGGAAGAGA
AACGCAACTTTTACTTGGAGAATCCCAAAAAA*TAAAACATTTTATTATTATAAATAAAT
TATATTTCCGGTTGCTTTTGATATGTTTCTGTTTTCACTCTTATCAGGTTGCTTTCCATG
CCATTACTAAAAAAATTATGTTGACAATTATGAAAAGAAGTAAAATTCGTTTTGTGATGC
AATGGTTATAATTTGTAATTGAAATCGATAAAGAAAA
TAATTT

QA 7 703 7 703
DS 

RD RR1C292JQ 691 0 0
ATTCTCTAATCTCTTGATCAAATGGGGAGCGAGGAAGTCGTGGTGGTTGGAGGGGAGAGA
GCAGGAGCTGCGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAAGTCGGTGGAGCTTCTA
GAGGAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTGATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGA
GTTAGAGCCACGGGTTTCGTGTGGATGAAACAAAGCACTCCTTACGAACATTTCTTCGAA
GCCACCAAGACTCGCGTTTCTTACGCGGTTGAGGTCACCGCATATGTCGACAAGGGTTGT
ATGAAGAAGATGACAGGGGTGAAGAGTAAGCAGATGTTAATGTGGGTACCGATTGTGGAG
ATGACTTTGAAGGAGCCAAAGAGCGAGAAGATCTACTTCAAAACTCCGATGGGACTCGGC
AAGGCTTATCATGTTACCTTATACATGGATGAGGAAGAGAAACGCAACTTTTACTTGGAG
AATCCCAAAAAA*TAAAACATTTTATTATTATAAATAAATTATATTTCCGGTTGCTTTTG
ATATGTTTCTGTTTTCACTCTTATCAGGTTGCTTTCCATGCCATTACTAAAAAAATTATG
TTGACAATTATGAAAAGAAGTAAAATTCGTTTTGTGATGCAATGGTTATAATTTGTAATT
GAAATCGATAAAGAAAAATAATTTCAGTTTC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 9

CO CL425Contig1 878 9 6 U
GGGTTCAAACATCATTTGCAGACTGTCTCTCTCTTTTTTCCTCTCTCATCTGCCTTGTTA
AAAAAGAAAAAAAAAA*GAACATGGCTGCTTTTGAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATA
CAGGAGCATCTCTTGGAAGACTTTTTGGTTGCTGATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTT
AATGCTTCTTTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAA
CAAGAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATCCGGACTCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTG
GAAGTGGAATCATCTACATCAACGGGAATTTCAGAGCAGAATTCATCACCACATGAGACT
GATCAGAGTGTCTCAGCCAGGAAAAAA*CAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA
GAACAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGGCCGTGGGGGAAA*TTTGCAGCAGAGAT
TCGGGATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGATTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGA
TGCCGCAAGAGCATATGACTGTGCAGCTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAA
CTTCCCTCTAGACGCTGGCAAATATGAAGCTCCCGTGAATTCAGGACGGAAGAGGAAGAG
AAGTGATGTGCAGGAGGAGCTCCAAAGAAGTCAGAGCAATTCATCTTCATCGTCAAGTGA
TGGAGGAACGACTTGTGAATGATTAATTTAACATTTAAAAGTGTGTGCAGTTTCATTGTG
CAAGTTAATTGTACAGAAGAAGTGAAGTATAGGTTAGTGTGCTAAGAACTCTTGCAACAA
ATTTGTATGAATGTTCTGTTTCTTAAGTTCTTGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 15 30 30 15 40 40 40 40 40 15 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G661TF U 34
AF RR1G193TF U 34
AF RR1EB35TF U 1
AF RR1CF14TF U 34
AF RR1CR30TF U 34
AF RR1CR30JQ C 65
AF RR1EB35JQ C 103
AF RR1CF14JQ C 183
AF RR1G661JQ C 430
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GATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAATGCTTCTTTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATA
GAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATCCGGAC
TCGTTC

QA 1 246 1 246
DS 

RD RR1G193TF 542 0 0
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GAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATACAGGAGCATCTCTTGGAAGACTTTTTGGTTGCT
GATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAATGCTTCTTTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATA
GAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTGAACAAGAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATCCGGAC
TCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTGGAAGTGGAATCATCTACATCAACGGGAATTTCA
GAGCAGAATTCATCACCGCATGAGACTGATCAGAGTGTCTCAGCCAGGAAAAAAACAGAG
AGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGG
CCGTGGGGGAAA*TTTGCAGCAGAGATTCGGGATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGATTTG
GCTAGGGACATTTGAAAGTAACGTTGATGCCGCAAGAGCATATGACTGTGCAGCTTTCAA
GC

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1EB35TF 601 0 0
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AAAAAGAAAAAAAAAA*GAACATGGCTGCTTTTGAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATA
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AATGCTTCTTTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAA
CAAGAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATCCGGACTCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTG
GAAGTGGAATCATCT*CATCAACGGGAATTTCAGAGCAGAATTCATCACCACATGAGACT
GATCAGAGTGTCTCAGCCAGGAAAAAA*CAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA
GAACAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGGCCGTGGGGGAAA*TTTGCAGCAGAGAT
TCGGGATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGATTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGA
TGCCGCAAGAGCATATGACTGTGCAGCTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAA
C

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DS 

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GAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATACAGGAGCATCTCTTGGAAGACTTTTTGGTTGCT
GATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAATGCTTCTTTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATA
GAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATCCGGAC
TCGTTCGTCAAAGAGTTTT*ACAAGTGGAAGTGGAATCATCTACATCAACGGGAATTTCA
GAGCAGAATTCATCACCACATGAGACTGATCAGAGTGTCTCAGCCAGGAAAAAA*CAGAG
AGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGG
CCGTGGGGGAAA*TTTGCAGCAGAGATTCGGGATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGATTTG
GCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAGAGCATATGACTGTGCAGCTTTCAA
GCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCCCTCTAGACGCTGGCAAATATGAAGCTCC
CGTGAAT

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DS 

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GAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATACAGGAGCATCTCTTGGAAGACTTTTTGGTTGCT
GATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAATGCTTCTTTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATA
GAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATCCGGAC
TCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTGGAAGTGGAATCATCTACATCAACGGGAATTTCA
GAGCAGAATTCATCACCACATGAGACTGATCAGAGTGTCTCAGCCAGGAAAAAAACAGAG
AGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGG
CCGTGGGGGAAAATTTGCAGCAGAGATTCGGGATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGATTTG
GCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAGAGCATATGACTGTGCAGCTTTCAA
GCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCCCTCTAGACGCTGGCAAATATGAAGCTCC
CGTGAATT

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DS 

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AAAAG
AAAAAAAAGAACATGGCTGCTTT*GAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATACAGGAGCAT
CTCTTGGAAGACTTTT*GGTTGCTGATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAATGCTTCT
TTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCC
GATTCTCCGGTTCTTGATCCGGACTCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTGGAAGTGGAA
TCATCTACATCAACGGGAATTTCAGAGCAGAATTCATCACCACATGAGACTGATCAGAGT
GTCTCAGCCAGGAAAAAAACAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGG
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AATGTTCTGTTTCTTAAGTTCTTGTTTCC

QA 6 814 6 814
DS 

RD RR1EB35JQ 763 0 0
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ATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATCCGGACTCGTTCGTC
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TCATCACCACATGAGACTGATCAGAGTGTCTCAGCCAGGAAAAAA*CAGAGAGGTTCGAA
GAACAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGGCCGTGGGGG
AAA*TTTGCAGCAGAGATTCGGGATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGATTTGGCTAGGGAC
GTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAGAGCATATGACTGTGCAGCTTTCAAGCTCAGGGG
AAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCCCTCTAGACGCTGGCAAATATGAAGCTCCCGTGAATTC
AGGACGGAAGAGGAAGAGAAGTGATGTGCAGGAGGAGCTCCAAAGAAGTCAGAGCAATTC
ATCTTCATCGTCAAGTGATGGAGGAACGACTTGTGAATGATTAATTTAACATTTAAAAGT
GTGTGCAGTTTCATTGTGCAAGTTAATTGTACAGAAGAAGTGAAGTATAGGTTAGTGTGC
TAAGAACTCTTGCAACAAATTTGTATGAATGTTCTGTTTCTT
C

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1CF14JQ 696 0 0
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AGAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATCCGGACTCGTTCGTCAAAGAGTTTT*ACAAGTGGA
AGTGGAATCATCTACATCAACGGGAATTTCAGAGCAGAATTCATCACCACATGAGACTGA
TCAGAGTGTTTCAGCCAGGAAAAAA*CAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGA
ACAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGGCCGTGGGGGAAA*TTTGCAGCAGAGATTC
GGGATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGATTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATG
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GAGGAACGACTTGTGAATGATTAATTTAACATTTAAAAGTGTGTGCAGTTTCATTGTGCA
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TTGTATGAATGTTCTGTTTCTTAAGTTCTTGTTTCC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1G661JQ 413 0 0
CACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGGCCGTGGGGGAAA*TTTGCAGCAGAGATTCGGGATCC
GGCAAAGAAAGGATTTCGGATTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAG
AGCATGTGACTGTGCAGCTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCCCTCT
AGACGCTGGCAAATATGAAGCTCCCGTGAATTCAGGACGGAAGAGGAAGAGAAGTGATGT
GCAGGAGGAGCTCCAAAGAAGTCAGAGCAATTCATTTTCATCGTCAAGTGATGGAGGAAC
GACTTGTGAATGATTAATTTAACATTTAAAAGTGTGTGCAGTTTCATTGTGCAAGTTAAT
TGTACAGAAGAAGTGAAGTATAGGTTAGTGTGCTAAGAACTCTTGCAACAAAT

QA 1 413 1 413
DS 



AS 1 10

CO CL426Contig1 809 10 9 U
GGATAGTTAGGTTGACACCTTTGAAGGTGCCGCGGCGACCCAATCAATCCTAACTCTCTT
TTATTTAAAAGCTTTAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGAGATTTACG
ATGTCAACACCAGCGAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAAGATCCT
CCTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAACGCTGTTATC
TTCGGTCCAGATGATACGCCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTTCAATTCACA
GAGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAAC
ATCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTAT
GATGTGGCAGCGATTCTCACATCTATCCAGTCACTGCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCG
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GTTAAGGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGACTAATTTGTCACACCCCAGTTTGTA
ATATTTGAAGTGGAGGCCTGTCAAATTGGTTAAAAACAGTTTGTTTGTTACATGCCTCCA
GTTCAGTATATGTAATGTAATTGACTTATGTAATGTATTACATTTTCCTGATAAGACAAT
CTTGCTTGCTTCTAAGTTGTGTGTGTGTGTGTAACTATTTTAAGAATCTTGTCCATGTTC
ATCAAGAGCACCACCATTGCCCTTTGCTC


BQ
30 30 35 35 35 35 35 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 45 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H668TF U 8
AF RR1CJ22JQ C 1
AF RR1CJ22TF U 1
AF RR1E968JQ C 54
AF RR1E968TF U 1
AF RR1H668JQ C -4
AF RR1EH75TF U 1
AF RR1EH75JQ C 22
AF RR1AQ31JQ C 50
AF RR1AQ31TF U 50
BS 1 112 RR1CJ22TF
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BS 114 173 RR1CJ22TF
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BS 734 752 RR1EH75TF
BS 753 809 RR1AQ31TF

RD RR1H668TF 248 0 0
TAGGTTGACACCTTTGAAGGTGCCGCGGCGACCCAATCAATCCTAACTCTCTTTTATTTA
AAAGCTTTAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGAGATTTACGATGTCAA
CACCAGCGAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAAGATCCTCCTGCCG
GTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAACGCTGT*ATCTTCGGTC
CAGATGAT

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DS 

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TTATTTAAAAGCTTTAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGATATTTACG
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CCTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAACGCTGTTATC
TTCGGTCCAGATGATACGCCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACCCTTCAATTCACA
GAGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAAC
ATCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTAT
GATGTGGCAGCGATTCTCACATCTATCCAGTCACTGCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCG
CCTGCGAACTCAGAAGCTGCTCGCTTATTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAACAGACGT
GTTAAGGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGACTAATTTGTCCCACCCCAGTTTGTA
ATATTTGAAGTGGAGGCCTGTCAAATTGGTTAAAAA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1CJ22TF 733 0 0
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TTATTTAAAAGCTTTAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGATATTTACG
ATGTCAACACCAGCGAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAGGATCCT
CCTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAACGCTGTTATC
TTCGGTCCAGATGATACGCCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACCCTTCAATTCACA
GAGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAAC
ATCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTAT
GATGTGGCAGCGATTCTCACATCTATCCAGTCACTGCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCG
CCTGCGAACTCAGAAGCTGCTCGCTTATTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAACAGACGT
GTTAAGGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGACTAATTTGTCACACCCCAGTTTGTA
ATATTTGAAGTGGAGGCCTGTCAAATTGGTTAAAAACAGTTTGTTTGTTACATGCCTCCA
GTTCAGTATATGTAATGTAATTGACTTATGTAATGTATTACATTTTCCTGATAAGACAAT
CTTGCTTGCTTCT

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DS 

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ATTTACGATGTCAACACCAGCGAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCA
AGATCCTCCTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAACGT
TGTTATCTTCGGTCCAGATGATACGCCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTTCA
ATTCACAGAGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCA
CCCAAACATCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCC
TATCTATGATGTGGCAGCGATTCTCACATCTATCCAGTCACTGCTCTGTGATCCCAACCC
AAACTCGCCTGCGAACTCAGAAGCTGCTCGCTTATTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAA
CAGACGTGTTAAGGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGACTAATTTGTCACACCCCA
GTTTGTAATATTTGAAGTGGAGGCCTGTCAAATTGGTTAAAAACAGTTTGTTTGTTACAT
GCCTCCAGTTCAGTATATGTAATGTAATTGACTTATGTAATGTATTACATTTTCCTGATA
AGACAATCTTGCTTGCTTCT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1E968TF 733 0 0
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TTATTTAAAAGCTTTAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGAGATTTACG
ATGTCAACACCAGCGAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAAGATCCT
CCTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAACGTTGTTATC
TTCGGTCCAGATGATACGCCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTTCAATTCACA
GAGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAAC
ATCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTAT
GATGTGGCAGCGATTCTCACATCTATCCAGTCACTGCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCG
CCTGCGAACTCAGAAGCTGCTCGCTTATTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAACAGACGT
GTTAAGGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGACTAATTTGTCACACCCCAGTTTGTA
ATATTTGAAGTGGAGGCCTGTCAAATTGGTTAAAAACAGTTTGTTTGTTACATGCCTCCA
GTTCAGTATATGTAATGTAATTGACTTATGTAATGTATTACATTTTCCTGATAAGACAAT
CTTGCTTGCTTCT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1H668JQ 738 0 0
TTAATGC
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ATTTAAAAGCTTTAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGAGATTTACGAT
GTCAACACCAGCGAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAAGATCCTCC
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CGGTCCAGATGATACGCCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTTCAATTCACAGA
GGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAACAT
CTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATTTATGA
TGTGGCAGCGATTCTCACATCTATCCAGTCACTGCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCGCC
TGCGAACTCAGAAGCTGCTCGCTTATTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAACAGACGTGT
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ATTTGAAGTGGAGGCCTGTCAAATTGGTTAAAAACAGTTTGTTTGTTACATGCCTCCAGT
TCAGTATATGTAATGTAATTGACTTATGTAATGTATTACATTTTCCTGATAAGACAATCT
TGCTTGCTTCT

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DS 

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TTATTTAAAAGCTTTAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGAGATTTACG
ATGTCAACACCAGCGAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAAGATCCT
CCTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAACGCTGTTATC
TTCGGTCCAGATGATACGCCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTTCAATTCACA
GAGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAAC
ATCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTAT
GATGTGGCAGCGATTCTCACATCTATCCAGTCACCGCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCG
CCTGCGAACTCAGAAGCTGCTCGCTTATTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAACAGACGT
GTTAAGGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGACTAATTTGTCACACCCCAGTTTGTA
ATATTTGAAGTGGAGGCCTGTCAAATTGGTTAAAAACAGTTTGTTTGTTACATGCCTCCA
GTTCAGTATATGTAATGTAATTGACTTATGTAATGTATTACATTTTCCTGATAAGACAAT
CTTGCTTGCTTCTAAGTTGTGTGTGTGTGTGT
GTGTAACTATTTT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1EH75JQ 744 0 0
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CCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAACATCTATGCAGATGGGAGTATC
TGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTATGATGTGGCAGCGATTCTCACA
TCTATCCAGTCACCGCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCGCCTGCGAACTCAGAAGCTGCT
CGCTTATTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAACAGACGTGTTAAGGAGATTGTCGAACAG
AGCTGGACCGCTGACTAATTTGTCACACCCCAGTTTGTAATATTTGAAGTGGAGGCCTGT
CAAATTGGTTAAAAACAGTTTGTTTGTTACATGCCTCCAGTTCAGTATATGTAATGTAAT
TGACTTATGTAATGTATTACATTTTCCTGATAAGACAATCTTGCTTGCTTCTAAGTTGTG
TGTGTGTGTGT
GTGTAACTATTTT

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DS 

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GA
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QA 3 760 3 760
DS 

RD RR1AQ31TF 760 0 0
GA
AACTCTCTTTTATTTAAAAGCTTTAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTG
AGATTTACGATGTCAACACCAGCGAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAG
CAAGATCCTCCTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAAC
GCTGTTATCTTCGGTCCAGATGATACGCCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTT
CAATTCACAGAGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTT
CACCCAAACATCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGT
CCTATCTATGATGTGGCAGCGATTCTCACATCTATCCAGTCACTGCTCTGTGATCCCAAC
CCAAACTCGCCTGCGAACTCAGAAGCTGCTCGCTTATTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTAC
AACAGACGTGTTAAGGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGACTAATTTGTCACACCC
CAGTTTGTAATATTTGAAGTGGAGGCCTGTCAAATTGGTTAAAAACAGTTTGTTTGTTAC
ATGCCTCCAGTTCAGTATATGTAATGTAATTGACTTATGTAATGTATTACATTTTCCTGA
TAAGACAATCTTGCTTGCTTCTAAGTTGTGTGTGTGTGTGTAACTATTTTAAGAATCTTG
TCCATGTTCATCAAGAGCACCACCATTGCCCTTTGCTC

QA 3 760 3 760
DS 



AS 1 10

CO CL427Contig1 1256 10 30 U
GGGAAACAAACAAACAAACAAAAATCATCAGAAAAAATGAATAAACTTCTCTTGATCTTT
CTCTCTTCCTTTCTCGTTATCCAATCCGTTCACGGGTTCGATTACCACGACAGTGAACTA
GAGAGCGAAGAGAGCTTATCAAATCTCTACGACAGATGGAGGAGCCACCACTCTGTTCCT
AGGAGCCTACATGAAAGGGAAAAGAGATTCAACGTATTCAGACACAATGTGATGCATGTT
CACAACACCAACAAGAAGAACAACCCCTTCACGCTTAAGCTCAACAAGTTTGCAGACTTA
ACGATTGAAGAATTCAAGAGTGCCTACACCGGATCAAACATCAAACATCACAGAATGTTT
CAAG*GACCGAAACATGGCTCGAAAGGGTTCATGTATGAGAATTCAACCCGACTTCCGAC
CTCGGT*TGACTGGAGAGAGAAAG*GTGCTGTCACTGAAGTCAAGAATCAAGGAAAG*TG
TGGAAGTTGCTGGGCATTTTCTACAGTTGCAGCCGTTGAAGGAATCAACCAGATCAAGAC
GAACAAGCTAGTCTCACTGTCTGAACAGGAACTAGTGGATTGTGATACTAAACAGAACCA
AGGTTGTAACGGAGGCCTCATGGATATTGCATTTGAATTCATCAAGAAGAACGGTGGAAT
CACCACCGAGGATAACTATCCCTACGAAGGTATTGATGGAAAATGCGATGCTTCAAAGGA
TAATGGTGAGATTGTGACGATTGACGGGTACGAGGATGTACCCGAAAACGATGAAGATTT
TCTTCTGAAAGCTGTTGCAAACCAACCTGTATCTGTTGCAATTGATGCTGGAAGTTCAAA
TTTTCAGTTTTATTCAAAGGGAGTGTTTACGGGATATTGTGGAACAGAGCTGAACCACGG
TGTGGCAGCGGTTGGGTACGGATCAAACTCAAAAGGGAGAAAGTATTGGATAGTGAGAAA
CTCATGGGGACCTGAATGGGGAGAGGGAGGCTATATAAAACTCGAGAGAGGGATTGATGA
TCCCGAAGGAAAATGTGGTATTGCGATGGAGGCCTCGTACCCGGTCAAGCTCTCGTCTTC
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AAACCATACAAATGGTCATCCAACTCCTTACCAGTTCATGTTTTTTAAGCTTTGTCTGCA
TGGTTTGATATTGACGTTTGGTTTTAAATTTGAATAAAACGGTCTCGTGGTTTTTC


BQ
10 25 25 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1GT83TF U 2
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BS 690 690 RR1GT83JQ
BS 691 702 RR1GA38TF
BS 703 703 RR1FD17TF
BS 704 720 RR1GA38TF
BS 721 721 RR1GT83JQ
BS 722 746 RR1FD17TF
BS 747 779 RR1GT83JQ
BS 780 780 RR1FD17JQ
BS 781 1151 RR1GT83JQ
BS 1152 1152 RR1FD17JQ
BS 1153 1162 RR1GT83JQ
BS 1163 1163 RR1FD17JQ
BS 1164 1184 RR1GT83JQ
BS 1185 1185 RR1FD17JQ
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BS 1234 1253 RR1FD17JQ
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TCTCTTCCTTTCTCGTTATCCAATCCGTTCACGGGTTCGATTACCACGACAGTGAACTAG
AGAGCGAAGAGAGCTTATCAAATCTCTACGACAGATGGAGGAGCCACCACTCTGTTCCTT
GGAGCCTACATGAAAGGGAAAAGAGATTCAACGTATTCAGACACAATGTGATGCATGTTC
ACAACACCAACAAGAAGAACAACCCCTTCACACTTAGGCTCAACAAGTTTGCAGACTTAA
CGATTGAAGAATTCAAGGGTGCCTACACCGGATCAAACATCAAACATCACAGAATGTTTC
AAG*GACCGAAACATGGCTCGAAAGGGTTCATGTATGAGAATTCAACCCGACTTCCGACC
TCGGT*TGACTGGAGAGAGAAAG*GTGCTGTCACTGAAGTCAAGAATCAAGGAAAG*TGT
GGAAGTTGCTGGGCATTTTCTACAGTTGCAGCCGTTGAAGGAATCAACCAGATCAAGACG
AACAAGCTAGTCTCACTGTCTGAACAGGAACTAGTGGATTGTGATACT

QA 1 588 1 588
DS 

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GGAAAG
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TCCTTTCTCGTTATCCAATCCGTTCACGGGTTCGATTACCACGACAGTGAACTAGAGAGC
GAAGAGAGCTTATCAAATCTCTACGACAGATGGAGGAGCCACCACTCTGTTCCTAGGAGC
CTACATGAAAGGGAAAAGAGATTCAACGTATTCAGACACAATGTGATGCATGTTCACAAC
ACCAACAAGAAGAACAACCCCTTCACGCTTAAGCTCAACAAGTTTGCAGACTTAACGATT
GAAGAATTCAAGAGTGCCTACACCGGATCAAACATCAAACATCACAGAATGTTTCAAG*G
ACCGAAACATGGCTCGAAAGGGTTCATGTATGAGAATTCAACCCGACTTCCGACCTCGGT
*TGACTGGAGAGAGAAAG*GTGCTGTCACTGAAGTCAAGAATCAAGGAAAG*TGTGGAAG
TTGCTGGGCATTTTCTACAGTTGCAGCCGTTGAAGGAATCAACCAGATCAAGACGAACAA
GCTAGTCTCACTGTCTGAACAGGAACTAGTGGATTGTGATACTAAACAGAAC

QA 7 598 7 598
DS 

RD RR1GA38TF 720 0 0
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CTCTCTTCCTTTCTCGTTATCCAATCCGTTCACGGGTTCGATTACCACGACAGTGAACTA
GAGAGCGAAGAGAGCTTATCAAATCTCTACGACAGATGGAGGAGCCACCACTCTGTTCCT
AGGAGCCTACATGAAAGGGAAAAGAGATTCAACGTATTCAGACACAATGTGATGCATGTT
CACAACACCAACAAGAAGAACAACCCCTTCACGCTTAAGCTCAACAAGTTAGCAGACTTA
ACGATTGAAGAATTCAAGAGTGCCTACACCGGATCAAACATCAAACATCACAGAATGTTT
CAAGAGACCGAAACATGGCTCGAAAGGGTTCATGTATGAGAATTCAACCCGACTTCCGAC
CTCGGTGTGACTGGAGAGAGAAAGAGTGCTGTCACTGAAGTCAAGAATCAAGGAAAGGTG
TGGAAGTTGCTGGGCATTTTCTACAGTTGCAGCCGTTGAAGGAATCAACCAGATCAAGAC
GAACAAGCTAGTCTCACTGTCTGAACAGGAACTAGTGGATTGTGATACTAAACAGAACCA
AGGTTGTAACGGAGGCCTCATGGATATTGCATTTGAATTCATCAAGAAGAACGGTGGAAT
CACCACCGAGGATAACTATCCCTACGAAG*TATTGATGGAAA*TGCGATGCTTCAAAGGA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1CV21TF 683 0 0
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TCTCTTCCTTTCTCGTTATCCAATCCGTTCACGGGTTCGATTACCACGACAGTGAACTAG
AGAGCGAAGAGAGCTTATCAAATCTCTACGACAGATGGAGGAGCCACCACTCTGTTCCTA
GGAGCCTACATGAAAGGGAAAAGAGATTCAACGTATTCAGACACAATGTGATGCATGTTC
ACAACACCAACAAGAAGAACAACCCCTTCACGCTTAAGCTCAACAAGTTTGCAGACTTAA
CGATTGAAGAATTCAAGAGTGCCTACACCGGATCAAACATCAAACATCACAGAATGTTTC
AAG*GACCGAAACATGGCTCGAAAGGGTTCATGTATGAGAATTCAACCCGACTTCCGACC
TCGGT*TGACTGGAGAGAGAAAG*GTGCTGTCACTGAAGTCAAGAATCAAGGAAAG*TGT
GGAAGTTGCTGGGCATTTTCTACAGTTGCAGCCGTTGAAGGAATCAACCAGATCAAGACG
AACAAGCTAGTCTCACTGTCTGAACAGGAACTAGTGGATTGTGATACTAAACAGAACCAA
GGTTGTAACGGAGGCCTCATGGATATTGCATTTGAATTCATCAAGAAGAACGGTGGAATC
ACCACCGAGGATAACTATCCCTA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1CT59TF 685 0 0
GGA
AAACAAACAAACAAACAAAAATCATCAGAAAAAATGAATAAACTTCTCTTGATCTTTCTC
TCTTCCTTTCTCGTTATCCAATCCGTTCACGGGTTCGATTACCACGACAGTGAACTAGAG
AGCGAAGAGAGCTTATCAAATCTCTACGACAGATGGAGGAGCCACCACTCTGTTCCTAGG
AGCCTACATGAAAGGGAAAAGAGATTCAACGTATTCAGACACAATGTGATGCATGTTCAC
AACACCAACAAGAAGAACAACCCTTTCACGCTTAAGCTCAACAAGTTTGCAGACTTAACG
ATTGAAGAATTCAAGAGTGCCTACACCGGATCAAACATCAAACATCACAGAATGTTTCAA
G*GACCGAAACATGGCTCGAAAGGGTTCATGTATGAGAATTCAACCCGACTTCCGACCTC
GGT*TGACTGGAGAGAGAAAG*GTGCTGTCACTGAAGTCAAGAATCAAGGAAAG*TGTGG
AAGTTGCTGGGCATTTTCTACAGTTGCAGCCGTTGAAGGAATCAACCAGATCAAGACGAA
CAAGCTAGTCTCACTGTCTGAACAGGAACTAGTGGATTGTGATACTAAACAGAACCAAGG
TTGTAACGGAGGCCTCATGGATATTGCATTTGAATTCATCAAGAAGAACGGTGGAATCAC
CACCGAGGATAACTATCCCTAC

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DS 

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TCTCTTCCTTTCTCGTTATCCAATCCGTTCACGGGTTCGATTACCACGACAGTGAACTAG
AGAGCGAAGAGAGCTTATCAAATCTCTACGACAGATGGAGGAGCCACCACTCTGTTCCTA
GGAGCCTACATGAAAGGGAAAAGAGATTCAACGTATTCAGACACAATGTGATGCATGTTC
ACAACACCAACAAGAAGAACAACCCCTTCACGCTTAAGCTCAACAAGTTTGCAGACTTAA
CGATTGAAGAATTCAAGAGTGCCTACACCGGATCAAACATCAAACATCACAGAATGTTTC
AAG*GACCGAAACATGGCTCGAAAGGGTTCATGTATGAGAATTCAACCCGACTTCCGACC
TCGGT*TGACTGGAGAGAGAAAG*GTGCTGTCACTGAAGTCAAGAATCAAGGAAAG*TGT
GGAAGTTGCTGGACATTTTCTACAGTTGCAGCCGTTGAAGGAATCAACCAGATCAAGACG
AACAAGCTAGTCTCACTGTCTGAACAGGAACTAGTGGATTGTGATACTAAACAGAACCAA
AGTTGTAACGGAGGCCTCATGGATATTGCATTTGAATTCATCAAGAAGAACGGTGGAATC
ACCACCGAGGATAACTATCCCTACGAAG*TATTGATGGAAAATGCGATGCTTCAAAGAT*
AATGGTGAGATTGTGACGATTGACG

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DS 

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TTGACGGGTACGAGGATGTACCCGAAAACGCTGAAGATTTTTTTTTGAAAGCTGTTGCAA
ACCAACCTGTATTTGTTGCAATTGATGCTGGAAGTTCAAATTTTCAGTTTTATTCAAAGG
GAGTGTTTACGGGATATTGTGGAACAGAGCTGAACCACGGTGTGGCAGCGGTTGGGTACG
GATCAAACTCAAAAGGGAGGAAGTATTGGATAGTGAGAAACTCATGGGGACCTGAATGGG
GAGAGGGAGGCTATATAAAACTCGAGAGAGGGATTGATGATCCCGAAGGAAAATGTGGTA
TTGCGATGGAGGCCTCGTACCCGGTCAAGC

QA 1 450 1 450
DS 

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AACAGGAACTAGTGGATTGTGATACTAAACAGAACCAAGGTTGTAACGGAGGCCTCATGG
ATATTGCATTTGAATTCATCAAGAAGAACGGTGGAATCACCACCGAGGATAACTATCCCT
ACGAAGGTATTGATGGAAAATGCGATGCTTCAAAGGATAATGGTGAGATTGTGACGATTG
ACGGGTACGAGGATGTACCCGAAAACGATGAAGATTCTCTTCTGAAAGCTGTTGCAAACC
AACCTGTATCTGTTGCAATTGATGCTGGAAGTTCAAATTTTCAGTTTTATTCAAAGGGAG
TGTTTACGGGATATTGTGGAACAGAGCTGAACCACGGTGTGGCAGCGGTTGGGTACGGAT
CAAACTCAAAAGGGAGAAAGTATTGGATAGTGAGAAACTCATGGGGACCTGAATGGGGAG
AGGGAGGCTATATAAAACTCGAGAGAGGGATTGATGATCCCGAAGGAAAATGTGGTATTG
CGATGGAGGCCTCGTACCCGGTCAAGCTCTCGTCTTCTAATCCAGATGAAGATGATGATG
TCAAAGATGAGCTCTAGATATGTGTACACATCGTGTAAAACCATACAAGTGGTCATCCAG
CTCCTTACCAGTTCATGTTTTCTAAGCTTTGTCTGCATGGTTTGATATTGACGTTTGGTT
TTAAATTTGA
G

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1FD17JQ 665 0 0
ACAGAACCAAGGTTGTAACGGAGGCCTCATGGATATTGCATTTGAATTCATCAAGAAGAA
CGGTGGAATCACCACCGAGGATAACTATCCCTACGAAGGTATTGATGGAAAATGCGATGC
TTCAAAGGATAATGGTGAGATTGTGACGATTGACGGGTACGAGGATGTACCCGAAAACGA
TGAAGATTTTCTTCTGAAAGCTGTTGCAAACCAACCTGTATCTGTTGCAATTGATGCTGG
AAGTTCAAATTTTCAGTTTTATTCAAAGGGAGTGTTTACGGGATATTGTGGAACAGAGCT
GAACCACGGCGTGGCAGCGGTTGGGTACGGATCAAACTCAAAAGGGAGAAAGTATTGGAT
AGTGAGAAACTCATGGGGACCTGAATGGGGAGAGGGAGGCTATATAAAACTCGAGAGAGG
GATTGATGATCCCGAAGGAAAATGTGGTATTGCGATGGAGGCCTCGTACCCGGTCAAGCT
CTCGTCTTCTAATCCAGATGAAGATGATGATGTCAAAGATGAGCTCTAGATATGTGTACA
CATCGTGTAAAACCATACAAATGGTCATCCAACTCCTTACCAGTTCATGTTTTTTAAGCT
TTGTCTGCATGGTTTGATATTGACGTTTGGTTTTAAATTTGAATAAAACGGTCTCGTGGT
TT
CCC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1CT59JQ 340 0 0
TACGAATCAAACTCAAAAGGGAGAAAGTATTGGATAGTGAGAAACTCATGGGGACCTGAA
TGGGGAGAGGGAGGCTATATAAAACTCGAGAGAGGGATTGATGATCCCGAAGGAAAATGT
GGTATTGCGATGGAGGCCTCGTACCCGGTCAAGCTCTCGTCTTCTAATCCAGATGAAGAT
GATGATGTCAAAGATGAGCTCTAGATATGTGTACACATCGTGTAAAACCATACAAATGGT
CATCCAACTCCTTACCAGTTCATGTTTTTTAAGCTTTGTCTGCATGGTTTGATATTGACG
TTTGGTTTTAAATTTGAATAAAACGGTCTCGTGGTTTTTC

QA 1 340 1 340
DS 



AS 1 10

CO CL428Contig1 1071 10 18 U
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GACCAAAAGCATTCAATGGAGAGAGTGAATCAAACGTTCTTCTTATCTCATGGCTCTCCT
ACATTGAGCATTGACGATAGCTTGGAAGCGAGACAGTTCTTCAAGTCATGGAAGGACAAA
GTTTTGCCACAGAAACCCAAATCGATCCTGATCATCTCCGCACATTGGGACACAAAAGTT
CCAACCGTCAACACCGTTCTCCGCAATTCCACAATCCACGACTTCTATGGCTTCCCTGAT
CCCATGTACAAGCTGAAATATGAAGCACCAGGAGCTATTGAATTAGGGAAGAGAGTAAAA
GAATTGTTAATGGGAGAAGGAGGAATGACACGTGTTGATGAAGATAAGAACAGAGGACTT
GATCATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCAGGGGCGGATATACCTATTTGC
CAACTCTCTGTTCAATCATCTCAAAATGGGACTTACCATTACAACATGGGCAAAGCATTG
GCTCCATTGAAAGACGAAGGTGTTCTCATCATTGGATCAGGAAGTGCTACTCACAACTTG
AGGAAGCTTGACTTTAATATTGCTAATGGCTCAGCTGTTCCTTGGGCTTTGGCTTTTGAT
CACTGGCTCAGAGATTCTCTGCTTCAAGGAAGATATGGAGATGTAAATGATTGGGAAGAG
AAAGCTCCAAATGCGAAAATGGCGCATCCATGGCCTGAGCATTTTTACCCGCTACACGTT
GCATTGGGTGCAGCAGGAGGTGATGCAAAGGCAGAGCAAATTCACACGAGTTGGCAGCTT
GGTACTCTGTCTTATTCTTCTTATAGCTTCACTACTCCCCTTTGAAAACATTTTCATGAC
TATCTCCTTCACTTGTCGTGTGTGTCTACTTTTAATGTAAACTTGTCTATTTCATCTATC
TTCAATAACTCAGATCCTTGTATGCAAA*TAAAAAAAAACATCTTTGTGATATGCAATGA
CGAGAAGAAAACTAATTTGTAAATGGTTTCTTTATACCTTATTGGATTGCG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 40 55 55 55 55 50 50 50 50 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ64TF U 1
AF RR1C494TF U 2
AF RR1H355TF U 2
AF RR1AV41TF U 31
AF RR1AV41JQ C 251
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AF RR1FH07TF U 349
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RD RR1CJ64TF 696 0 0
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ACATTGAGCATTGACGATAGCTTGGAAGCGAGACAGTTCTTCAAGTCATGGAAGGATAAA
GTTTTGCCACAGAAACCCAAATCGATCCTGATCATCTCCGCACATTGGGACACAAAAGTT
CCAACCGTCAACACCGTTCTCCGCAATTCCACAATCCACGACTTCTATGGCTTCCCTGAT
CCCATGTATAAGCTGAAATATGAAGCACCAGGAGCTATTGAATTAGGGAAGAGAGTAAAA
GAATTGTTAATGGGAGAAGGAGGAATGACACGTGTTGATGAAGATAAGAACAGAGGACTT
GATCATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCAGGGGCGGATATACCTATTTGC
CAACTCTCTGTTCAATCATCTCAAAATGGGACTTACCATTACAACATGGGCAAAGCATTG
GCTCCATTGAAAGACGAAGGTGTTCTCATCATTGGATCAGGAAGTGCTACTCACAACTTG
AGGAAGCTTGACTTTAATATTGCTAATGGCTCAGCTGTTCCTTGGGCTTTGGCTTTTGAT
CACTGGCTCAGAGATTCTCTGCTTCAAG
AGATATGG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1C494TF 788 0 0
GGG
AAACCTTAAGAGTTGGTTGGTGAAACGTTTGAAACAGAGAGCAAGAATCAAGATTTGACC
AAAAGCATTCAATGGAGAGAGTGAATCAAACGTTCTTCTTATCTCATGGCTCTCCTACAT
TGAGCATTGACGATAGCTTGGAAGCGAGACAGTTCTTCAAGTCATGGAAGGACAAAGTTT
TGCCACAGAAACCCAAATCGATCCTGATCATCTCCGCACATTGGGACACAAAAGTTCCAA
CCGTCAACACCGTTCTCCGCAATTCCACAATCCACGACTTCTATGGCTTCCCTGATCCCA
TGTACAAGCTGAAATATGAAGCACCAGGAGCTATTGAATTAGGGAAGAGAGTAAAAGAAT
TGTTAATGGGAGAAGGAGGAATGACACGTGTTGATGAAGATAAGAACAGAGGACTTGATC
ATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCAGGGGCGGATATACCTATTTGCCAAC
TCTCTGTTCAATCATCTCAAAATGGGACTTACCATTACAACATGGGCAAAGCATTGGCTC
CATTGAAAGACGAAGGTGTTCTCATCATTGGATCAGGAAGTGCTACTCACAACTTGAGGA
AGCTTGACTTTAATATTGCTAATGGCTCAGCTGTTCCTTGGGCTTTGGCTTTTGATCACT
GGCTCAGAGATTCTCTGCTTCAAG*AAGATATGGAGATGTAAATGATTGGGAAGAGAAAG
CTCCAAATGCGAAAATGGCGCATCCATGGCCTGAGCATTTTTACCCGCTACACGTTGCAT
TGGGT

QA 4 788 4 788
DS 

RD RR1H355TF 822 0 0
GGG
AAACCTTAAGAGTTGGTTGGTGAAACGTTTGAAACAGAGAGCAAGAATCAAGATTTGACC
AAAAGCATTCAATGGAGAGAGTGAATCAAACGTTCTTCTTATCTCATGGCTCTCCTACAT
TGAGCATTGACGATAGCTTGGAAGCGAGACAGTTCTTCAAGTCATGGAAGGACAAAGTTT
TGCCACAGAAACCCAAATCGATCCTGATCATCTCCGCACATTGGGACACAAAAGTTCCAA
CCGTCAACACCGTTCTCCGCAATTCCACAATCCACGACTTCTATGGCTTCCCTGATCCCA
TGTACAAGCTGAAATATGAAGCACCAGGAGCTATTGAATTAGGGAAGAGAGTAAAAGAAT
TTTTAATGGGAGAAGGAGGAATGACACGTGTTGATGAAGATAAGAACAGAGGACTTGATC
ATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCAGGGGCGGATATACCTATTTGCCAAC
TCTCTGTTCAATCATCTCAAAATGGGACTTACCATTACAACATGGGCAAAGCATTGGCTC
CATTGAAAGACGAAGGTGTTCTCATCATTGGATCAGGAAGTGCTACTCACAACTTGAGGA
AGTTTGACTTTAATATTGCTAATGGCTCAGCTGTTCCTTGGGCTTTGGCTTTTGATCACT
GGCTCAGAGATTCTCTGCTTCAAG*AAGATATGGAGATGTAAATGATTGGGA*GAGAA*G
CTCCAAATGCGAAA*TGGCGCATCCATGGCCTGAGCATTTTA**CCGCTACACGTTGCAT
*GGGTGCAGCAGG*GGTGATGCAAAG*CAGAGCAAAT
CA

QA 4 820 4 820
DS 

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GTTTGAAACAGAGAGCAAGAATCAAGATTTGACCAAAAGCATTCAATGGAGAGAGTGAAT
CAAACGTTCTTCTTATCTCATGGCTCTCCTACATTAAGCATTGACGATAGCTTGGAAGTG
AGACAGTTCTTCAAGTCATGGAAGGACAAAGTTTTGCCACAGAAACCCAAATCGATCCTG
ATCATCTCCGCACATTGGGACACAAAAGTTCCAACCGTCAACACCGTTCTCCGCAATTCC
ACAATCCACGACTTCTATGGCTTCCCTGATCCCATGTACAAGCTGAAATATGAAGCACCA
GGAGCTATTGAATTAGGGAAGAGAGTAAAAGAATTGTTAATGGGAGAAGGAGGAATGACA
CGTGTTGATGAAGATAAGAACAGAGGACTTGATCATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTG
ATGTATCCAGGGGCGGATATACCTATTTGCCAACTCTCTGTTCAATCATCTCAAAATGGG
ACTTACCATTACAACATGGGCAAAGCATTGGCTCCATTGAAAGACGAAGGTGTTCTCATC
ATTGGATCAGGAAGTGCTACTCACAACTTGAGGAAGCTTGACTTTAATATTGCTAATGGC
TCAGCTGTTCCTTGGGCTTTGGCTTTTGATCACTGGCTCAGAGATTCTCTGCTTCAAGGA
AGATATGGAGATGTAAATGATTGGGAAGAGAAAGCTCCAAATGCGAAAATGGCGCATCCA
TGGCCTGAGCATTTTTACCCGCTACACGTTGCATTGGGTGCAG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1AV41JQ 765 0 0
ACACCGTTTTCCGCAATTCCACAATCCACGACTTCTATGGCTTCCCTGATCCCATGTACA
AGCTGAAATATGAAGCACCAGGAGCTATTGAATTAGGGAAGAGAGTAAAAGAATTGTTAA
TGGGAGAAGGAGGAATGACACGTGTTGATGAAGATAAGAACAGAGGACTTGATCATGGAG
CTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCAGGGGCGGATATACCTATTTGCCAACTCTCTG
TTCAATCATCTCAAAATGGGACTTACCATTACAACATGGGCAAAGCATTGGCTCCATTGA
AAGACGAAGGTGTTCTCATCATTGGATCAGGAAGTGCTACTCACAACTTGAGGAAGCTTG
ACTTTAATATTGCTAATGGCTCAGCTGTTCCTTGGGCTTTGGCTTTTGATCACTGGCTCA
GAGATTTTCTGCTTCAAGGAAGATATGGAGATGTAAATGATTGGGAAGAGAAAGCTCCAA
ATGCGAAAATGGCGCATCCATGGCCTGAGCATTTTTACCCGCTACACGTTGCATTGGGTG
CAGCAGGAGGTGATGCAAAGGCAGAGCAAATTCACACGAGTTGGCAGCTTGGTACTCTGT
CTTATTCTTCTTATAGCTTCACTACTCCCCTTTGAAAACATTTTCATGACTATCTCCTTC
ACTTGTCGTGTGTGTCTACTTTTAATGTAAACTTGTCTATTTCATCTATCTTCAATAACT
CAGATCCTTGTATGCAAA*TAAAAAAAAACATCTTTGTGATAT
AC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1H355JQ 703 0 0
TTCTATGGCTTCCCTGATCCCATGTACAAGCTGAAATATGAAGCACCAGGAGCTATTGAA
TTAGGGAAGAGAGTAAAAGAATTTTTAATGGGAGAAGGAGGAATGACACGTGTTGATGAA
GATAAGAACAGAGGACTTGATCATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCAGGG
GCGGATATACCTATTTGCCAACTCTCTGTTCAATCATCTCAAAATGGGACTTACCATTAC
AACATGGGCAAAGCATTGGCTCCATTGAAAGACGAAGGTGTTTTCATCATTGGATCAGGA
AGTGCTACTCACAACTTGAGGAAGTTTGACTTTAATATTGCTAATGGTTCAGCTGTTCCT
TGGGCTTTGGCTTTTGATCACTGGCTCAGAGATTTTCTGCTTCAAGGAAGATATGGAGAT
GTAAATGATTGGGAAGAGAAAGCTCCAAATGCGAAAATGGCGCATCCATGGCCTGAGCAT
TTTTACCCGCTACACGTTGCATTGGGTGCAGCAGGAGGTGATGCAAAGGCAGAGCAAATT
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TGAAAACATTTTCATGACTATCTCCTTCACTTGTCGTGTGTGTCTACTTTTAATGTAAAC
TTGTCTATTTCATCTATCTTCAATAACTCAGATTCTTGTATGC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1C494JQ 829 0 0
TCATCTCCGCACATTGGGACACAAAAGTTCCA*CCGTCAACACCGTTCTCCGCAATTCCA
CAATCCACGACTTCTATGGCTTCCCTGATCCCATGTACAAGCTGAAATATGAAGCACCAG
GAGCTATTGAATTAGGGAAGAGAGTAAAAGAATTGTTAATGGGAGAAGGAGGAATGACAC
GTGTTGATGAAGATAAGAACAGAGGACTTGATCATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGA
TGTATCCAGGGGCGGATATACCTATTTGCCAACTCTCTGTTCAATCATCTCAAAATGGGA
CTTACCATTACAACATGGGCAAAGCATTGGCTCCATTGAAAGACGAAGGTGTTCTCATCA
TTGGATCAGGAAGTGCTACTCACAACTTGAGGAAGCTTGACTTTAATATTGCTAATGGCT
CAGCTGTTCCTTGGGCTTTGGCTTTTGATCACTGGCTCAGAGATTCTCTGCTTCAAGGAA
GATATGGAGATGTAAATGATTGGGAAGAGAAAGCTCCAAATGCGAAAATGGCGCATCCAT
GGCCTGAGCATTTTTACCCGCTACACGTTGCATTGGGTGCAGCAGGAGGTGATGCAAAGG
CAGAGCAAATTCACACGAGTTGGCAGCTTGGTACTCTGTCTTATTCTTCTTATAGCTTCA
CTACTCCCCTTTGAAAACATTTTCATGACTATCTCCTTCACTTGTCGTGTGTGTCTACTT
TTAATGTAAACTTGTCTATTTCATCTATCTTCAATAACTCAGATCCTTGTATGCAAA*TA
AAAAAAA*CATCTTTGTGATATGCAATGACGAGA
AGAAAACTAATTTGC

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1FH07JQ 692 0 0
AAGAGAGTAAAAGAATTGTTAATGGGAGAAGGAGGAATGACACGTGTTGATGAAGATAAG
AACAGAGGACTTGATCATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCAGGGGCGGAT
ATACCTATTTGCCAACTCTCTGTTCAATCATCTCAAAATGGGACTTACCATTACAACATG
GGCAAAGCATTGGCTCCATTGAAAGACGAAGGTGTTCTCATCATTGGATCAGGAAGTGCT
ACTCACAACTTGAGGAAGCTTGACTTTAATATTGCTAATGGCTCAGCTGTTCCTTGGGCT
TTGGCTTTTGATCACTGGCTCAGAGATTCTCTGCTTCAAGGAAGATATGGAGATGTAAAT
GATTGGGAAGAGAAAGCTCCAAATGCGAAAATGGCGCATCCATGGCCTGAGCATTTTTAC
CCGCTACACGTTGCATTGGGTGCAGCAGGAGGTGATGCAAAGGCAGAGCAAATTCACACG
AGTTGGCAGCTTGGTACTCTGTCTTATTCTTCTTATAGCTTCACTACTCCCCTTTGAAAA
CATTTTCATGACTATCTCCTTCACTTGTCGTGTGTGTCTACTTTTAATGTAAACTTGTCT
ATTTCATCTATCTTCAATAACTCAGATCCTTGTATGCAAA*TAAAAAAAAACATCTTTGT
GATATGCAATGACGAGA
AGAAAACTAATTTGG

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1CJ64JQ 778 0 0
T
CCTGATCCCATGTATA*GCTGAAATATGAAGCACCAGGAGCTATTGAATTAGGGAAGAGA
GTAAAAGAATTGTTAATGGGAGAAGGAGGAATGACACGTGTTGATGAAGATAAGAACAGA
GGACTTGATCATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCAGGGGCGGATATACCT
ATTTGCCAACTCTCTGTTCAATCATCTCAAAATGGGACTTACCATTACAACATGGGCAAA
GCATTGGCTCCATTGAAAGACGAAGGTGTTCTCATCATTGGATCAGGAAGTGCTACTCAC
AACTTGAGGAAGCTTGACTTTAATATTGCTAATGGCTCAGCTGTTCCTTGGGCTTTGGCT
TTTGATCACTGGCTCAGAGATTCTCTGCTTCAAGGAAGATATGGAGATGTAAATGATTGG
GAAGAGAAAGCTCCAAATGCGAAAATGGCGCATCCATGGCCTGGGCATTTTTACTCGCTA
CACGTTACATTGGGTGCAGCAGGAGGTGATGCAAAGGCAGAGCAAATTCACACGAGTTGG
CAGCTTG*TACTCTGTCTTATTCTTCTTATAGCTTCACTACTCCCCTTTGAAAACATTTT
CATGACTATCTCCTCCACTTGTCGTGTGTGTCTACTTTTAATGTAAACTTGTCTATTTCA
TCTATCTTCAATAACTCAGATCCTTGTATGCAAAATAAAAAAAAACATCTTTGTGATATG
CAATGACGAGAAGAAAACTAATTTGTAAATGGTTTCTTTATACCTTATTGGATTGCG

QA 2 778 2 778
DS 

RD RR1FH07TF 695 0 0
AAGAGAGTAAAAGAATTGTTAATGGGAGAAGGAGGAATGACACGTGTTGATGAAGATAAG
AACAGAGGACTTGATCATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCAGGGGCGGAT
ATACCTATTTGCCAACTCTCTGTTCAATCATCTCAAAATGGGACTTACCATTACAACATG
GGCAAAGCATTGGCTCCATTGAAAGACGAAGGTGTTCTCATCATTGGATCAGGAAGTGCT
ACTCACAACTTGAGGAAGCTTGACTTTAATATTGCTAATGGCTCAGCTGTTCCTTGGGCT
TTGGCTTTTGATCACTGGCTCAGAGATTCTCTGCTTCAAGGAAGATATGGAGATGTAAAT
GATTGGGAAGAGAAAGCTCCAAATGCGAAAATGGCGCATCCATGGCCTGAGCATTTTTAC
CCGCTACACGTTGCATTGGGTGCAGCAGGAGGTGATGCAAAGGCAGAGCAAATTCACACG
AGTTGGCAGCTTGGTACTCTGTCTTATTCTTCTTATAGCTTCACTACTCCCCTTTGAAAA
CATTTTCATGACTATCTCCTTCACTTGTCGTGTGTGTCTACTTTTAATGTAAACTTGTCT
ATTTCATCTATCTTCAATAACTCAGATCCTTGTATGCAAA*TAAAAAAAA*CATCTTTGT
GATATGCAATGACGAGA
GAAACTAATTTGGAAAAA

QA 1 677 1 677
DS 



AS 3 10

CO CL429Contig1 934 4 5 U
GGGTTGTAGTGACAGTTTCTATCGGAGAAGATGAAGTTCAACGTCGCGAATCCGACTACT
GGTTGCCAGAAGAAGCTTGAGATCGATGACGACCAGAAGCTCCGTGCTTTTTATGACAAG
AGGCTCTCTCAGGAAGTTAGCGGAGATGCTTTGGGCGAGGAATTCAAGGGGTACGTCTTC
AAGATCATGGGAGGATGTGACAAACAAGGTTTCCCAATGAAACAGGGAGTTCTCACCCCT
GGTCGTGTCCGCCTTTTGCTTCACCGAGGTACTCCTTGCTTCAGAGGACATGGAAGGAGG
ACTGGAGAGAGGAGAAGAAAGTCTGTCCGTGGTTGCATTGTCAGCCAAGACCTTTCTGTG
CTTAACTTGGTCATTGTCAAGAAGGGTGAGAAGGATCTTCCCGGGCTTACCGATACCGAG
AAGCCAAGGATGAGGGGACCTAAGAGAGCTTCTAAGATCCGCAAACTGTTTAACCTCACC
AAGGATGATGATGTGAGGAAGTATGTCAACACTTACCGCCGCAAATTCACCAACAAGAAA
GGTAAGGAAGTGAGCAAAGCCCCCAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCTTTGACACTTCAG
AGGAAGAGAGCTAGAATTGCCGACAAGAAGAAGAGGATCGCTAAGGCTAACTCTGATGCA
GCTGAGTACCAGAAGCTTCTTGCCTCGAGACTCAAGGAGCAGCGTGATCGCCGTAGTGAA
AGCTTGGCCAAGAAGAGATCTAGACTCTCATCTGCTGCCGCCAAGCCCATTGCTGCTTAA
AAACACCTTCATGATTAAGAGATTCCTTCTTTCCCTAGTTTGTTTCTCATCGTATTAAGT
TTCTCGAAAGACAAAAAAACACCATTTTGAACGTCTCTTTCTGTGTTTCTGCTTTGTGCC
TCCTTATATTATATCAAAGTTTTGAACTTAACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BH83TF U 1
AF RR1AK94TF U 4
AF RR1BH83JQ C 164
AF RR1AK94JQ C 206
BS 1 669 RR1BH83TF
BS 670 670 RR1AK94TF
BS 671 828 RR1BH83TF
BS 829 852 RR1AK94TF
BS 853 934 RR1BH83JQ

RD RR1BH83TF 828 0 0
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GGTTGCCAGAAGAAGCTTGAGATCGATGACGACCAGAAGCTCCGTGCTTTTTATGACAAG
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AAGATCATGGGAGGATGTGACAAACAAGGTTTCCCAATGAAACAGGGAGTTCTCACCCCT
GGTCGTGTCCGCCTTTTGCTTCACCGAGGTACTCCTTGCTTCAGAGGACATGGAAGGAGG
ACTGGAGAGAGGAGAAGAAAGTCTGTCCGTGGTTGCATTGTCAGCCAAGACCTTTCTGTG
CTTAACTTGGTCATTGTCAAGAAGGGTGAGAAGGATCTTCCCGGGCTTACCGATACCGAG
AAGCCAAGGATGAGGGGACCTAAGAGAGCTTCTAAGATCCGCAAACTGTTTAACCTCACC
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GGTAAGGAAGTGAGCAAAGCCCCCAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCTTTGACACTTCAG
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GCTGAGTACTAGAAGCTTCTTGCCTCGAGACTCAAGGAGCAGCGTGATCGCCGTAGTGAA
AGCTTGGCCAAGAAGAGATCTAGACTCTCATCTGCTGCCGCCAAGCCCATTGCTGCTTAA
AAACACCTTCATGATTAAGAGATTCCTTCTTTCCCTAGTTTGTTTCTC

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1AK94TF 849 0 0
GGG
TAGTGACAGTTTCTATCGGAGAAGATGAAGTTCAACGTCGCGAATCCGACTACTGGTTGC
CAGAAGAAGCTTGAGATCGATGACGACCAGAAGCTCCGTGCTTTTTATGACAAGAGGCTC
TCTCAGGAAGTTAGCGGAGATGCTTTGGGCGAGGAATTCAAGGGGTACGTCTTCAAGATC
ATAGGAGGATGTGACAAACAAGGTTTCCCAATGAAACAGGGAGTTCTCACCCCTGGTCGT
GTCCGCCTTTTGCTTCACCGAGGTACTCCTTGCTTCAGAGGACATGGAAGGAGGACTGGA
GAGAGGAGAAGAAAGTCTGTCCGTGGTTGCATTGTCAGCCAAGACCTTTCTGTGCTTAAC
TTGGTCATTGTCAAGAAGGGTGAGAAGGATCTTCCCGGGCTTACCGATACCGAGAAGCCA
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GAAGTGAGCAAAGCCCCCAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCTTTGACACTTCAGAGGAAG
AGAGCTAGAATTGCCGACAAGAAGAAGAGGATCGCTAAGGCTAACTCTGATGCAGCTGAG
TACCAGAAGCTTCTTGCCTCGAGACTCAAGGAGCAGCGTGATCGCCGTAGTGAAAGCTTG
GCCAAGAAGAGATCTAGACTCTCATCTGCTGCCGCCAAGCCCATTGCTGCTTAAAA*CAC
CTTCATGATTAAGAGATCCCTTCTTTCCCTAGTTTGTTTCTCATCGTATTAAGTTTCTCG
AAAGAC

QA 4 849 4 849
DS 

RD RR1BH83JQ 771 0 0
TCAAGGGGTACGTCTTCAAGATCATGGGAGGATGTGACAAACAAGGTTTCCCAATGAAAC
AGGGAGTTCTCACCCCTGGTCGTGTCCGCCTTTTGCTTCACCGAGGTACTCCTTGCTTCA
GAGGACATGGAAGGAGGACTGGAGAGAGGAGAAGAAAGTCTGTCCGTGGTTGCATTGTCA
GCCAAGACCTTTCTGTGCTTAACTTGGTCATTGTCAAGAAGGGTGAGAAGGATCTTCCCG
GGCTTACCGATACCGAGAAGCCAAGGATGAGGGGACCTAAGAGAGCTTCTAAGATCCGCA
AACTGTTTAACCTCACCAAGGATGATGATGTGAGGAAGTATGTCAACACTTACCGCCGCA
AATTCACCAACAAGAAAGGTAAGGAAGTGAGCAAAGCCCCCAAGATCCAGAGGCTTGTGA
CTCCTTTGACACTTCAGAGGAAGAGAGCTAGAATTGCCGACAAGAAGAAGAGGATCGCTA
AGGCTAACTCTGATGCAGCTGAGTACTAGAAGCTTCTTGCCTCGAGACTCAAGGAGCAGC
GTGATCGCCGTAGTGAAAGCTTGGCCAAGAAGAGATCTAGACTCTCATCTGCTGCCGCCA
AGCCCATTGCTGCTTAAAAACACCTTCATGATTAAGAGATTCCTTCTTTCCCTAGTTTGT
TTCTCATCGTATTAAGTTTCTCGAAAGACAAAAAAACACCATTTTGAACGTCTCTTTCTG
TGTTTCTGCTTTGTGCCTCCTTATATTATATCAAAGTTTTGAACTTAACTG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1AK94JQ 724 0 0
AAGGTTTCCCAATGAAACAGGGAGTTCTCACCCCTGGTCGTGTCCGCCTTTTGCTTCACC
GAGGTACTCCTTGCTTCAGAGGACATGGAAGGAGGACTGGAGAGAGGAGAAGAAAGTCTG
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CTTCTTTCCCTAGTTTGTTTCTCATCGTATTAAGTTTCTCGAAAGACAAAAAAACACCAT
TTTGAACGTCTCTTTCTGTGTTTCTGCTTTGTGCCTCCTTATATTATATCAAAGTTTTGA
ACT
C

QA 1 723 1 723
DS 



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GTCAGGAAGTACGTCAACACTTACCGCCGCAAATTCACTAACAAGAAAGGTAAGGAAGTG
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AAGCTTCTTGCCTCCAGGCTCAAGGAGCAGCGTGATCGCCGTAGTGAAAGTTTGGCCAAG
AAGAGGTCTAGGCTCTCTTCCGCTGCCGCTAAGCCCGTTGCTGCTTAAAAACCCATTCCA
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ACTCCGTTTTGAACGTCTTTTTTTTTTTGGTTTCTGCTTTGTCTTAGCTCTTTAACCTTT
CTATTATATTAAAGTTTTTGAACTTGTTTGCCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C750JQ C 1
AF RR1C750TF U 1
BS 1 1 RR1C750JQ
BS 2 505 RR1C750TF
BS 506 513 RR1C750JQ

RD RR1C750JQ 513 0 0
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GTCAGGAAGTACGTCAACACTTACCGCCGCAAATTCACTAACAAGAAAGGTAAGGAAGTG
AGCAAAGCCCCCAAAATCCAGAGGCTTGTGACTCCTTTGACACTTCAGAGGAAGATAGCT
AGAATTGCCGACAAGAAGAAGAGAATCGCCAAGGCTAACTCTGATGCTGCTGAGTACCAG
AAGCTTCTTGCCTCCAGGCTCAAGGAGCAGCGTGATCGCCGTAGTGAAAGTTTGGCCAAG
AAGAGGTCTAGGCTTTCTTCCGCTGCCGCTAAGCCCGTTGCTGCTTAAAAACCCATTCCA
ATCATCAAAAGACTTCGTTCTCTCTCTTTGTCTGTTTCTGCGTCGTATTTGGACATGTAA
ACTCCGTTTTGAACGTCTTTTTTTTTTTGGTTTCTGCTTTGTCTTAGCTCTTTAACCTTT
CTATTATATTAAAGTTTTTGAACTTGTTTGCCC

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1C750TF 513 0 0
G
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TCAGGAAGTACGTCAACACTTACCGCCGCAAATTCACTAACAAGAAAGGTAAGGAAGTGA
GCAAAGCCCCCAAAATCCAGAGGCTTGTGACTCCTTTGACACTTCAGAGGAAGATAGCTA
GAATTGCCGACAAGAAGAAGAGAATCGCCAAGGCTAACTCTGATGCTGCTGAGTACCAGA
AGCTTCTTGCCTCCAGGCTCAAGGAGCAGCGTGATCGCCGTAGTGAAAGTTTGGCCAAGA
AGAGGTCTAGGCTCTCTTCCGCTGCCGCTAAGCCCGTTGCTGCTTAAAAACCCATTCCAA
TCATCAAAAGACTTCGTTCTCTCTCTTTGTCTGTTTCTGCGTCGTATTTGGACATGTAAA
CTCCGTTTTGAACGTCTTTTTTTTTTTGGTTTCTGCTTTGTCTTAGCTCTTTAACCTTTC
TATTATATTAAAGTTTTTGAACTT
GTTTGCCC

QA 2 505 2 505
DS 



CO CL429Contig3 1015 4 4 U
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CGCAAGAAGCTGTTAGTGGCAGTTTCAATCGGAGAAGATGAAGTTCAACGTCGCGAATCC
TACCACTGGTTGCCAGAAGAAGCTCGAGATCGACGATGACCAAAAGCTGCGTGCTTTTTA
CGACAAGAGGCTCTCTCAGGAAGTTAGCGGAGATGCTTTGGGCGAGGAATTCAAGGGGTA
CGTCTTCAAGATCATGGGAGGTTGCGACAAGCAAGGTTTCCCAATGAAACAGGGAGTTCT
CACCCCTGGTCGTGTCCGCCTTTTACTTCACCGAGGTACTCCTTGCTTCAGAGGACACGG
AAGAAGGACTGGAGAGAGGAGAAGAAAGTCTGTCCGTGGTTGCATTGTCAGCCAAGACCT
TTCTGTTCTTAACTTGGTCATTGTCAAGAAGGGTGAGAAGGATCTCCCCGGGCTTACCGA
CACCGAGAAGCCAAGGATGAGAGGTCCCAAGAGGGCATCCAAGATCCGCAAGTTGTTCAA
CCTCACTAAGGATGATGATGTTAGGAAGTATGTCAACACTTACCGCCGCAAATTCACTAA
CAAGAAAGGTAAGGAAGTGAGCAAAGCCCCCAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCTTTGAC
ACTTCAGAGGAAGAGAGCTAGAATTGCCGACAAGAAGAAGAGAATCGCCAAGGCTAACTC
TGATGCCGCTGAGTACCAGAAGCTTCTCGCCTCCAGGCTTAAGGAGCAGCGTGATCGCCG
TAGTGAAAGTTTGGCCAAGAAGAGGTCTAGGCTCTCTTCCGCTGCCGCTAACTAAGCCCG
TTGCTGCGTAAAACCTATTCCATCATCAAGACACTTCGTTCTCTCTCTTAGTCTGTTTCT
GCCTTTTATTGGGACATGTAAACGCCGTTTTGAACGTCTCTCTTTTTTTTGGTTTCTGCT
TTGTCTTAGCTCTTAAACCTTTCTATTATATCAAAGTTTTTGAACTTGTTTGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO03TF U 1
AF RR1AJ43TF U 9
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AF RR1FO03JQ C 233
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TACCACTGGTTGCCAGAAGAAGCTCGAGATCGACGATGACCAAAAGCTGCGTGCTTTTTA
CGACAAGAGGCTCTCTCAGGAAGTTAGCGGAGATGCTTTGGGCGAGGAATTCAAGGGGTA
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TTCTGTTCTTAACTTGGTCATTGTCAAGAAGGGTGAGAAGGATCTCCCCGGGCTTACCGA
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ACTTCAGAGGAAGAGAGCTAGAATTGCCGACAAGAAGAAGAGAATCGCCAAGGCTAACTC
TGATGCCGCTGAGTACCAGAAGCTTCTCGC
T

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1AJ43TF 792 0 0
GG
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TGCCAGAAGAAGCTCGAGATCGACGATGACCAAAAGCTGCGTGCTTTTTACGACAAGAGG
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CGTGTCCGCCTTTTACTTCACCGAGGTACTCCTTGCTTCAGAGGACACGGAAGAAGGACT
GGAGAGAGGAGAAGAAAGTCTGTCCGTGGTTGCATTGTCAGCCAAGACCTTTCTGTTCTT
AACTTGGTCATTGTCAAGAAGGGTGAGAAGGATCTCCCCGGGCTTACCGACACCGAGAAG
CCAAGGATGAGAGGTCCCAAGAGGGCATCCAAGATCCGCAAGTTGTTCAACCTCACTAAG
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AAGGAAGTGAGCAAAGCCCCCAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCTTTGACACTTCAGAGG
AAGAGAGCTAGAATTGCCGACAAGAAGAAGAGAATCGCCAAGGCTAACTCTGATGCCGCT
GAGTACCAGAAGCTTCTCGCCTCCAGGCTTAAGGAGCAGCGTGATCGCCGTAGTGAAAGT
TTGGCCAAGA

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR1AJ43JQ 789 0 0
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ATGAAACAGGGAGTTCTCACCCCTGGTCGTGTCCGCCTTTTACTTCACCGAGGTACTCCT
TGCTTCAGAGGACACGGAAGAAGGACTGGAGAGAGGAGAAGAAAGTCTGTCCGTGGTTGC
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GCCGCTAACTAAGCCCGTTGCTGCGTAAAACCTATTCCATCATCAAGACACTTCGTTCTC
TCTCTTAGTCTGTTTCTGCCTTTTATTGGGACATGTAAACGCCGTTTTGAACGTCTCTCT
TTTTTTTGGTTTCTGCTTTGTCTTAGCTCTTAAACCTTTCTATTATATCAAAGTTTTTGA
ACTT
AAAAG

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1FO03JQ 783 0 0
AAGGGGTACGTCTTCAAGATCATGGGAGGTTGCGACAAGCAAGGTTTCCCAATGAAACAG
GGAGTTCTCACCCCTGGTCGTGTCCGCCTTTTACTTCACCGAGGTACTCCTTGCTTCAGA
GGACACGGAAGAAGGACTGGAGAGAGGAGAAGAAAGTCTGTCCGTGGTTGCATTGTCAGC
CAAGACCTTTCTGTTCTTAACTTGGTCATTGTCAAGAAGGGTGAGAAGGATCTCCCCGGG
CTTACCGACACCGAGAAGCCAAGGATGAGAGGTCCCAAGAGGGCATCCAAGATCCGCAAG
TTGTTCAACCTCACTAAGGATGATGATGTTAGGAAGTATGTCAACACTTACCGCCGCAAA
TTCACTAACAAGAAAGGTAAGGAAGTGAGCAAAGCCCCCAAGATCCAGAGGCTTGTGACT
CCTTTGACACTTCAGAGGAAGAGAGCTAGAATTGCCGACAAGAAGAAGAGAATCGCCAAG
GCTAACTCTGATGCCGCTGAGTACCAGAAGCTTCTCGCCTCCAGGCTTAAGGAGCAGCGT
GATCGCCGTAGTGAAAGTTTGGCCAAGAAGAGGTCTAGGCTCTCTTCCGCTGCCGCTAAC
TAAGCCCGTTGCTGTGTAAAACCTATTCCATCATCAAGACACTTCGTTCTCTCTCTTAGT
CTGTTTCTGCGTTTTATTGGGACATGTAAACGCCGTTTTGAACGTCTCTCTTTTTTTTGG
TTTCTGCTTTGTCTTAGCTCTTAAACCTTTCTATTATATCAAAGTTTTTGAACTTGTTTG
CTC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 9

CO CL430Contig1 1176 9 10 U
GCCTTTCTAACCAACAACAACGTTGAACAGAAATATTTTTATAACGGGTCTTTAGAAAAA
AAAACTTCCGTAAAACGTACACAACAACTTTATAATACATATAACCATAACCCTCATTGT
TCAACTTATTGAGCATATATGCTTTTCAGGTATGGAACTTACAAGGTGGCTTGAGGAAAG
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TCCTTGAACTTGGGACCATGTATGTATTCCTTCGCACCCGGAAAATAGTAGACCAGATCC
TGGTCCCCAATCACAAATTTTGTAGGTACCTGGATTTTGCATCCTACCCATGGACCCAAC
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CCAATCATGTCCGACCACAAACACTTTATCTTCGGTTAAAGCGGATATGACAGCGATCAG
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GTAACCGCGTAAGTCAGGAGCGACGGCGCGGTAACCGAGAGCAGCGAGTCCGGGGATCTG
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CATATGTTGTTTCCTTGGTGTTGTTTCAGTGACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1EM39TF C 7
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TGG

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C

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TCCGTAAAACGTACACAACAACTTTATAATACATATAACCATAACCCTCATTGTTCAACT
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TAGAATTTGGAGATGAAGTCAACGATAATTTGGAGGATCTCTTGTGGCTTCTCTTGGTTA
ATGAAGTGAGCAACCCCCTCCATGACCACAGGCTCTTCGAGCAAAGGAACATCTTCCTTG
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CCAATCACAAATTTTGTAGGTACCTGGATT
C

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1FW29JQ 663 0 0
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GCC

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DS 

RD RR1AD32JQ 666 0 0
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GAAAATAGTAAACCAAATCCTGGTCCCCAATCACAAATTTTGTAGGTACCTGGATTTTGC
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CACCAGTGTAACCTTTCTCTTGAAACTTGCTAACATAGTAAGCAACATCTTCCTCCGTTA
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TCGCCA

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TTCAGGTATGGAACTTACAAGGTGGCTTGAGGAAAGCAAGACTAGAATTTGGAGATGAAG
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CGGTAGTAATTAACTCCACCAGTGTAACCTTTCTCTTGAAACTTGCTAACATAGTAAGCA
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TACTCTCTCAATCCCAACCTCTGAAATCTCAGCTTCTATTTCTCCCACTTCCTGAAACCT
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ATCTTT

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GGATCGCCACC*GTATGTCTACGCCGTTACCTCTTATCTTTCGGTGCTCCATATGTTGTT
TCCTTGGTGTTGTTTCAGTGACTCC

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CGTTAGCCATGACGGTAAAGGAATAGTTTCGTCTTTAGGTCCCCCAAAAGCTTTTATCCT
TGGGCAAAATAAGCGGTCGAGGTGTTCTATATGTGAGTATCTTCCTCACTACTCTCTCAA
TCCCAACCTCTGAAATCTCAGCTTCTATTTCTCCCACTTCCTGAAACCTGCACATGTAGA
AATCGTCGCCATAGAACTTACGCAGCGCGTCAAGAGGTTTAACGGTAGAATCTTTAGGAC
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CGAGAGCAGCGAGTCCGGGGATCTGGTGACGCCATGAGTACCAAAGAGTAGGGAATCCAT
GGATGAGGAGGACTACAGGGCCATCGGAAGGGCCTTGGATCGCCACGTGTATGTCTACGC
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CC

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CCGTTACCTCTTATCTTTCGGTGCTCCATATGTTGTTTCCTTGGT
CC

QA 1 345 1 345
DS 



AS 2 10

CO CL431Contig1 825 5 10 U
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GATGAGTTTGAATCTAATCGGAGCATTCAAAGGCTTATCCCTCTCTTCAACCTCGTCCTT
CCTCAGAGGCGATTTGATTCTAAACCCTAAAACCTCCTTCACTGTGACTCTCCCTTTGGA
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TACAAAGAGGCTTTGTTTCAAAGGTCCAAGAGTTGTTGTGTGTGTCCAACTCAAACGTCA
CTTTTGTCAAATTGAGTTCAACCCTTCGGATTTTATCCTAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D978TF U 1
AF RR1H695TF U 1
AF RR1BS30TF U 47
AF RR1BS30JQ C 81
AF RR1H695JQ C 180
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BS 206 206 RR1H695TF
BS 207 356 RR1D978TF
BS 357 357 RR1H695TF
BS 358 527 RR1D978TF
BS 528 528 RR1H695TF
BS 529 669 RR1D978TF
BS 670 680 RR1H695TF
BS 681 720 RR1BS30TF
BS 721 825 RR1BS30JQ

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AGTCGCTAAACCAGGGGCCATCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGTTCCATGCTG*AAA
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CGAGAAGTTTGGTCCTGACAGGAAGAAGATTAGTGTGTACCCAAGGGAAGTTGTGCCAGA
GAATCCCAACAGTTACAGAGCAAGAAAGAGGGAAGCTTTTAGAGTGCTAAGGGAGAAGAA
GAAGGCCAGACGCGAGAACTACACTTACACACTTCCTACCCCTCAGCTTGTTCTTGCATC
TGCTGCGGTCGACGATGAGGAAACCAATACCGATTGCTGAATATCAAATGTGAATCTGTC
TTTGTCCTC

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DS 

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AAAAAAAAACCCTAACCTCTCGTAGCAATGGCGATTGCAACATCGATGAGTTTGAATCTA
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ATTCTAAACCCTAAAACCTCCTTCACTGTGACTCTCCCTTTGGAAAAACTCCAAGCTCCG
ATTCCATTGACGATTGAATCCGCGCACAAGAAAGGAGCTGGGAGTACTAAGAACGGTCGT
GATTCTCCGGGACAAAGACTCGGCGTCAAGATTTACGGTGACCAAGTCGCTAAACCAGGG
GCCATCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGTTCCATGCTGGAAAGAACGTTGGGATTGGT
AAAGATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATGGATTAGTCAAGTTCGAGAAGTTTGGTCCT
GACAGGAAGAAGATTAGTGTGTACCCAAGGGAAGTTGTGCCAGAGAATCCCAACAGTTAC
AGAGCAAGAAAGAGGGAAGCTTTTAGAGTGCAAAGGGAGAAGAAGAAGGCCAGACGCGAG
AACTACACTTACACACTTCCTACCCCTCAGCTTGTTCTTGCATCTGCTGCGGTCGACGAT
GAGGAAACCAATACCGATTGCTGAATATCAAATGTGAATCTGTCTTTGTCCTCTCTTTTA
TGTT
GTTA

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DS 

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GAAGTTGTGCCAGAGAATCCCAACAGTTACAGAGCAAGAAAGAGGGAAGCTTTTAGAGTG
CAAAGGGAGAAGAAGAAGGCCAGACGCGAGAACTACACTTACACACTTCCTACCCCTCAG
CTTGTTCTTGCATCTGCTGCGGTCGACGATGAGGAAACCAATACCGATTGCTGAATATCA
AATGTGAATCTGTCTTTGTCCTCTCTTTTATGTTTGTTTAGTCTTTGTTTATGATCATTT
TCCCTTTGCTAATT

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TAAACCCTAAAACCTCCTTCACTGTGACTCTCCCTTTGGAAAAACTCCAAGCTCCGATTC
CATTGACGATTGAATCCGCGCACAAGAAAGGAGCTGGGAGTACTAAGAACGGTCGTGATT
CTCCGGGACAAAGACTCGGCGTCAAGATTTACGGTGACCAAGTCGCTAAACCAGGGGCCA
TCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGTTCCATGCTGGAAAGAACGTTGGGATTGGTAAGG
ATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATGGATTAGTCAAGTTCGAGAAGTTTGGTCCTGACA
GGAAGAAGATTAGTGTGTACCCAAGGGAAGTTGTGCCAGAGAATCCCAACAGTTACAGAG
CAAGAAAGAGGGAAGCTTTTAGAGTGCAAAGGGAGAAGAAGAAGGCCAGACGCGAGAACT
ACACTTACACACTTCCTACCCCTCAGCTTGTTCTTGCATCTGCTGCGGTCGACGATGAGG
AAACCAATACCGATTGCTGAATATCAAATGTGAATCTGTCTTTGTCCTCTCTTTTATGTT
TGTTTAGTCTTTGTTTATGATCATTTTCCCTTTGCTAATTTACAAAGAGGCTTTGTTTCA
AAGGTCCAAGAGTTGTTGTGTGTGTCCAACTCAAACGTCACTTTTGTCAAATTGAGTTCA
ACCCTTCGGATTTTATCCTAAAAAA

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DS 

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AAGTCGCTAAACCAGGGGCCATCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGTTCCATGCTGGAA
AGAACGTTGGGATTGGTAAAGATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATGGATTAGTCAAGT
TCGAGAAGTTTGGTCCTGACAGGAAGAAGATTAGTGTGTACCCAAGGGAAGTTGTGCCAG
AGAATCCCAACAGTTACAGAGCAAGAAAGAGGGAAGCTTTTAGAGTGCAAAGGGAGAAGA
AGAAGGCCAGACGCGAGAACTACACTTACACACTTCCTACCCCTCAGCTTGTTCTTGCAT
CTGCTGCGGTCGACGATGAGGAAACCAATACCGATTGCTGAATATCAAATGTGAATCTGT
CTTTGTCCTCTCTTTTATGTTTGTTTAGTCTTTGTTTATGATCATTTTCCCTTTGCTAAT
TTACAAAGAGGCTTTGTTTCAAAGGTCCAAGAGTTGTTGTGTGTGTCCAACTCAAACGTC
ACTTTTGTCAAATTGAGTTCAAGCCTTCGGATTT
TATCCT

QA 1 634 1 634
DS 



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CCTCATCGTTCCTTAGAGGCGATTTGATTTTAAACCCTAAAACCTCCTTCACTGTTGTGA
CTCTCCCTTTGGAAAAACTCCAAGCTCCGATTCCATTGACGATTGAATCCACGCACAAGA
AAGGAGCTGGGAGTACTAAGAACGGTCGTGATTCTCCGGGACAAAGACTCGGCGTCAAGA
TTTACGGTGACCAAGTCGCTAAACCAGGGGCCATCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGT
TCCATGCTGGAAAGAACGTTGGGATTGGTAAAGATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATG
GACTTGTCAAGTTCGAGAAGTTTGGTCCTGACAGGAAGAAGATTAGTGTGTACCCAAGGG
AAGTTGTGCCAGAGAATCCCAACAGTTACAGAGCAAGAAAGAGGGAAGCTTTTAGAGTGC
AAAGGGAGAAGAAGAAGGCCAGACGCGAGAACTACACTTACACACTTCCTACCCCTCAGC
TTGTGCTTGCATCTGCTGCGATTGATGATGAGGAAACCAATCCCGATTGCTGAAAATCAT
ATGTGAATCTGTCTTTGTCCTCTCGTTATGTTTAGTCTTTGTTTATGATCATTTTCCCTT
TGCTAATTTACAAAGAGGCTTTGTTTCAATGGTCCAAGAGTTGTTGTATGTGTCCAACTC
AAAACCTCGCTTTTGTCAAATTGAGTTCACGCCTTCGGATTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1E513TF U 2
AF RR1GA10TF U 2
AF RR1DM39TF U 1
AF RR1E513JQ C 224
AF RR1DM39JQ C 274
BS 1 30 RR1DM39TF
BS 31 32 RR1E513TF
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BS 232 620 RR1DM39TF
BS 621 809 RR1E513JQ
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CCATGCTGGAAAGAACGTTGGGATTGGTAAAGATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATGG
ACTTGTCAAGTTCGAGAAGTTTGGTCCTGACAGGAAGAAGATTAGTGTGTA

QA 1 471 1 471
DS 

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TGCAACATCGATGAGTTTGAATCTAATCGGAGCATTCAAAGGCTTATCCCTCTCTTCAAC
CTCATCGTTCCTTAGAGGCGATTTGATTTTAAACCCTAAAACCTCCTTCACTGTTGTGAC
TCTCCCTTTGGAAAAACTCCAAGCTCCGATTCCATTGACGATTGAATCCGCGCACAAGAA
AGGGGCTGGGAGTACTAAGAACGGTCGTGATTCTCCGGGACAAAGACTCGGCGTCAAGAT
TTACGGTGACCAAGTCGCTAAACCAGGGGCCATCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGTT
CCATGCTGGAAAGAACGTTGGGATTGGTAAAGATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATGG
ACTTGTCAAGTTCGAGAAGTTTGGTCCTGACAGGAAGAAGATTACTGTGTACCCAAGGGA
AGTTGTGCCAGAGAATCCCAACAGTTACAGAGCAAGAAAGGGGGAAGCTTTTAGAGTGCA
AAGGGAGAAGAAG

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1DM39TF 629 0 0
GGGAGTTATCTTCTTCATCCTCACAAAAAA***AACCCTAGCTTCTCTTAGCAATGGCGA
TTGCAACATCGATGAGTTTGAATCTAATCGGAGCATTCAAAGGCTTATCCCTCTCTTCAA
CCTCATCGTTCCTTAGAGGCGATTTGATTTTAAACCCTAAAACCTCCTTCACTGTTGTGA
CTCTCCCTTTGGAAAAACTCCAAGCTCCGATTCCATTGACGATTGAATCCGCGCACAAGA
AAGGAGCTGGGAGTACTAAGAACGGTCGTGATTCTCCGGGACAAAGACTCGGCGTCAAGA
TTTACGGTGACCAAGTCGCTAAACCAGGGGCCATCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGT
TCCATGCTGGAAAGAACGTTGGGATTGGTAAAGATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATG
GACTTGTCAAGTTCGAGAAGTTTGGTCCTGACAGGAAGAAGATTAGTGTGTACCCAAGGG
AAGTTGTGCCAGAGAATCCCAACAGTTACAGAGCAAGAAAGAGGGAAGCTTTTAGAGTGC
AAAGGGAGAAGAAGAAGGCCAGACGCGAGAACTACACTTACACACTTCCTACCCCTCAGC
TTGTGCTTGCATCTGCTGCG
ATTGATGAT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1E513JQ 590 0 0
TGAATCCACGCACAAGAAAGGAGCTGGGAGTACTAAGAACGGTCGTGATTCTCCGGGACA
AAGACTCGGCGTCAAGATTTACGGTGACCAAGTCGTTAAACCAGGGGCCATCATCGTTCG
TCAACGTGGCATTAAGTTCCATGCTGGAAAGAACGTTGGGATTGGTAAAGATCATACCAT
CTTTTCTTTAATCGATGGACTTGTCAAGTTCGAGAAGTTTGGTCCTGACAGGAAGAAGAT
TAGTGTGTACCCAAGGGAAGTTGTGCCAGAGAATCCCAACAGTTACAGAGCAAGAAAGAG
GGAAGCTTTTAGAGTGCAAAGGGAGAAGAAGAAGGCCAGACGCGAGAACTACACTTACAC
ACTTCCTACCCCTCAGCTTGTGCTTGCATCTGCTGCGATTGATGATGAGGAAACCAATCC
CGATTGCTGAAAATCATATGTGAATCTGTCTTTGTCCTCTCGTTATGTTTAGTCTTTGTT
TATGATCATTTTCCCTTTGCTAATTTACAAAGAGGCTTTGTTTCAATGGTCCAAGAGTTG
TTGTATGTGTCCAACTCAAAACCTCGCTTTTGTCAAATTGAGTTCA
CGCC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1DM39JQ 549 0 0
CTCCGGGACAAAGACTCGGCGTCAAGATTTACGGTGACCAAGTCGCTAAACCAGGGGCCA
TCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGTTCCATGCTGGAAAGAACGTTGGGATTGGTAAAG
ATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATGGACTTGTCAAGTTCGAGAAGTTTGGTCCTGACA
GGAAGAAGATTAGTGTGTACCCAAGGGAAGTTGTGCCAGAGAATCCCAACAGTTACAGAG
CAAGAAAGAGGGAAGCTTTTAGAGTGCAAAGGGAGAAGAAGAAGGCCAGACGCGAGAACT
ACACTTACACACTTCCTACCCCTCAGCTTGTGCTTGCATCTGCTGCGATTGATGATGAGG
AAACCAATCCCGATTGCTGAAAATCATATGTGAATCTGTCTTTGTCCTCTCGTTATGTTT
AGTCTTTGTTTATGATCATTTTCCCTTTGCTAATTTACAAAGAGGCTTTGTTTCAATGGT
CCAAGAGTTGTTGTATGTGTCCAACTCAAAACCTCGCTTTTGTCAAATTGAGTTCACGCC
TTCGGATTT

QA 1 549 1 549
DS 



AS 3 10

CO CL432Contig1 946 3 10 U
GGTAAAAACTGTATCATATTTATTGTCAAATGAAGAAATTTACCAGCCTGTGTTAAAAGA
GTGTTCAAGTGGTAACCCACTGTGGGTGGATTTAGTGGAGAAACAAAGCAACACATCTGA
ACTCAGAGCCTTTATAGCCAATCATTCACACAACGAAGGTTTGGACGAAAATGATAACTT
TGTTTAAGTAGTTTTGGCTTGAACATAAGCAAAGTGTCGGAATCTGAATCTGTACAAAAG
AAAAAAATCTTTCAAGTGAGATCATCCTCGTCGAGATCATCACCAGCATTCATCTGAACT
GCAGTGACATCTCCTGTGGGTAGCTTTCTCGCCAACTTGATGATCGCATGATCCAAATTG
TTGACAGTGCTTGAACACGCCACTTTCTTGATTTCTTCGATGTCACCTTCATTATAGGCT
GTGAGCAGTCTGCTAGCAGTTCGGTTCTGATCACTCTTCAGAAAAGCATCAATCTGAGAA
CAATCGTTGTAGCACTTTTCAGCCTGCTTCAAATCATGGCCATACAGATATACAATGATT
GCACTAAGATATGCCTTACACTGGCTATTTGTGGCGTCACACTTGTCAGCTGCTACACCC
AATCTTAAGAAAAAGGTTGCAGCATCTGTGAACTTCTCAAGCTTTATGTAAACACTAGCA
CAAGCACGATACAGATCAAAGGCCATCTGGTCCCTTCCATCTTCTTCAAGAATTTCACAA
GCATCGGTGTACAGTTGGATGGCATCTTCAGGTTTGACTTCTTCCAAAGCACGAGCAGCC
TTTCCAAGAGCATCTGATGCGGGTTGTGCCCTTCCACACTCAACATACAGCTCAGACGCC
TTTCTATAAAAATCAGCAACTTCGTTCCAGATACTTAGCTTCTGCGCTAGGGCAGCGGCA
GACTCCATATGCTTTGCAGCATCCCAGGGAGAAGATTGCATCTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C944JQ U 250
AF RR1FI73JQ U 1
AF RR1EU02JQ U 108
BS 1 244 RR1FI73JQ
BS 245 245 RR1EU02JQ
BS 246 470 RR1FI73JQ
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BS 753 777 RR1FI73JQ
BS 778 946 RR1EU02JQ

RD RR1C944JQ 261 0 0
T
TTCAAGTGAGAACATCCTCGTCGAGAACATCACCAGCATTCATCTGAACTGCAGTGACAT
CTCCTGTGGGTAGCTTTCTCGCCAACTTGATGATCGCATGATCCAAATTGTTGACAGTGC
TTGAACACGCCACTTTCTTGATTTCTTCGATGTCACCTTCATTATAGGCTGTGAGCAGTC
TGCTAGCAGTTCGGTTCTGAACACTCTTCAGAAAAGCATCAATCTGAGAACAATCGTTGT
AGCACTTTTCAGACTGCTTC

QA 2 261 2 261
DS 

RD RR1FI73JQ 777 0 0
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TGTTTAAGTAGTTTTGGCTTGAACATAAGCAAAGTGTCGGAATCTGAATCTGTACAAAAG
AAAAGAATCTTTCAAGTGAGATCATCCTCGTCGAGATCATCACCAGCATTCATCTGAACT
GCAGTGACATCTCCTGTGGGTAGCTTTCTCGCCAACTTGATGATCGCATGATCCAAATTG
TTGACAGTGCTTGAACACGCCACTTTCTTGATTTCTTCGATGTCACCTTCATTATAGGCT
GTGAGCAGTCTGCTAGCAGTTCGGTTCTGATCACTCTTCAGAAAAGCATCGATCTGAGAA
CAATCGTTGTAGCACTTTTCAGCCTGCTTCAGATCATGGCCATACAGATATACAATGATT
GCACTAAGATATGCCTTACACTGGCTATTTGTGGCGTCACACTTGTCAGCTGCTACACCC
AATCTTAAGAAAAAGGTTGCAGCATCTGTGAACTTCTCAAGCTTTATGTAAACACTAGCA
CAAGCACGATACAGATCAAAGGCCATCTGGTCCCTTCCATCTTCTTCAAGAATTTCACAA
GCATCGGTGTACAGTTGGATGGCATCTTCAG*TTTGACTTCTTCCAAAGCACGAGCA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1EU02JQ 839 0 0
CCA
ACACATCTGAACTCAGAGCCTTTATAGCCAATCATTCACACAACGAAGGTTTGGACGAAA
ATGATAACTTTGTTTAAGTAGTTTTGGCTTGAACATAAGCAAAGTGTCGGAATCTGAATC
TGTACAAAAGAAAAAAATCTTTCAAGTGAGATCATCCTCGTCGAGATCATCACCAGCATT
CATCTGAACTGCAGTGACATCTCCTGTGGGTAGCTTTCTCGCCAACTTGATGATCGCATG
ATCCAAATTGTTGACAGTGCTTGAACACGCCACTTTCTTGATTTCTTCGATGTCACCTTC
ATTATAGGCTGTGAGCAGTCTGCTAGCAGTTCGGTTCTGATCACTCTTCAAAAAAGCATC
AATCCGAGAACAATCGTTGTAGCACTTTTCAGCCTGCTTCAAATCATGGCCATACAGATA
TACAATGATTGCACTAAGATATGCCTTACACTGGCTATTTGTGGCGTCACACTTGTCAGC
TGCTACACCCAATCTTAAGAAAAAGGTTGCAGCATCTGTGAACTTCTCAAGCTTTATGTA
AACACTAGCACAAGCACGATACAGATCAAAGGCCATCTGGTCCCTTCCATCTTCTTCAAG
AATTTCACAAGCATCGGTGTACAGTTGGATGGCATCTTCAGGTTTGACTTCTTCCAAAGC
ACGAGCAGCCTTTCCAAGAGCATCTGATGCGGGTTGTGCCCTTCCACACTCAACATACAG
CTCAGACGCCTTTCTATAAAAATCAGCAACTTCGTTCCAGATACTTAGCTTCTGCGCTAG
GGCAGCGGCAGACTCCATATGCTTTGCAGCATCCCAGGGAGAAGATTGCATCTCTG

QA 4 839 4 839
DS 



CO CL432Contig2 854 5 6 U
TTTTTTTTGCTAAAGAAAGAACCTTTGATCTGAGAGAGTGGGAGCGGCGATTGTAGAATT
GGAGAGTCGATCTCTGAGTTTGCTAAATCGCAGGGAGAGACGTTTACTGAGATTGAGGCG
AAGTCATCATGTCTTCGGATCCTGAAAAGATGATGTCCAAAGCCGACAAGATGACAAAAC
TCACGCTTACAAGGTGGAGTGCTGACTGGAGAGGTGCTACTGAGTTGTATGAGCAAGCAG
CAAATGGCTTTAGGGCGTCAAACAAATATGAAAAAGCTAAAGTGGCTCTCGAGAAAGCTT
CCAAAGGACAAGAGATGCAATCTTCTCCCTGGGATGCTGCAAAGCATATGGAGTCTGCC*
GCTGCCC*TAGCGCAGAAGCTAAGTATCTGGAACGAAGTT*GCTGATTTTTATAGAAAGG
CGTCTGAGCTGTATGTTGAGTGTGGAAGGGCACAACCCGCATCAGATGCTCTTGGAAAGG
CTGCTCGTGCTTTGGAAGAAGTCAAACCTGAAGATGCCATCCAACTGTACACCGATGCTT
GTGAAATTCTTGAAGAAGATGGAAGGGACCAGATGGCCTTTGATCTGTATCGTGCTTGTG
CTAGTGTTTACATAAAGCTTGAGAAGTTCACAGATGCTGCAACCTTTTTCTTAAGATTGG
GTGTAGCAGCTGACAAGTGTGACGCCACAAATAGCCAGTGTAA*GCATATCTTAGTGCAA
TCATTGTATATCTGTATGGCCATGATCTGAAGCAG*CTGAAAGTGCTACAACGATTGTTC
TCAGATCGATGCTTTTCTGAGAGTGATCAGAACCGACTGCTAGCAGACTGCTCACAGCCT
ATAATGAAGTGACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT67TF U 75
AF RR1FW41TF U 19
AF RR1C944TF U 52
AF RR1FI73TF U 1
AF RR1EU02TF U 53
BS 1 108 RR1FI73TF
BS 109 109 RR1FW41TF
BS 110 719 RR1FI73TF
BS 720 720 RR1C944TF
BS 721 792 RR1FI73TF
BS 793 854 RR1EU02TF

RD RR1AT67TF 351 0 0
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TCGGATCCTGAAAAGATGATGTCCAAAGCCGACAAGATGACAAAACTCACGCTTACTAGG
TGGAGTGCTGACTGGAGAGGTGCTACTGAGTTGTATGAGCAAGCAGCAAATGGCTTCAGG
GCATCAAGCAAATATGAAAAAGCTAAAGTGGCTCTCGAGAAAGCTTCCAAAGGACAAGAG
ATGCAATCTTCTCCCTGGGATGCTGCAAAGCATATGGAGTCTGCCCGCTGCCCCTAGCGC
AGAAGCTAAGTATCTGGAACGAAGTTTGCTGATTTTTATAGAAAGGCGTCT

QA 1 351 1 351
DS 

RD RR1FW41TF 600 0 0
GG
ACCTTTGATCTGAGAGAGTGGGAGCGGCGATTGTAGAATTGGAGAGTCGATCTCTGAGTT
AGCTAAATCGCAGGGAGGGACGTTTACTGAGATTGAGGCGAAGTCATCATGTCTTCGGAT
CCTGAAAAGATGATGTCCAAAGCCGACAAGATGACAAAACTCACGCTTACTAGGTGGAGT
GCTGACTGTAGAGGTGCTACTGAGTTGTATGAGCAAGCAGCAAATGGCTTCAGGGCATCA
AGCAAATATGAAAAAGCTAAAGTGGCTCTCGAGAAAGCTTCCAAAGGACAAGAGATGCAA
TCTTCTCCCTGGGATGCTGCAAAGCATATGGAGTCTGCC*GCTGCCC*TAGCGCAGAAGC
TAAGTATCTGGAACGAAGTT*GCTGATTTTTATAGAAAGGCGTCTGAGCTGTATGTTGAG
TGTGGAAGGGCACAACCCGCATCAGATGCTCTTGGAAAGGCTGCTCGTGCTTTGGAAGAA
GTCAAACCTGAAGATGCCATCCAACTGTACACCGATGCTTGTGAAATTCTTGAAGAAGAT
GGAAGGGACCAGATGGCTTTTGATCTGTACCGTGCTTGTGCTAGTGTTTACATAAA
AC

QA 3 598 3 598
DS 

RD RR1C944TF 717 0 0
GGGG
GAATTGGAGAGTCGATCTCTGAGTTTGCTAAATCGCAGGGAGAGACGTTTACTGAGATTG
AGGCGAAGTCATCATGTCTTCGGATCCTGAAAAGATGATGTCCAAAGCCGACAAGATGAC
AAAACTCACGCTTACAAGGTGGAGTGCTGACTGGAGAGGTGCTACTGAGTTGTATGAGCA
AGCAGCAAATGGCTTTAGGGCGTCAAACAAATATGAAAAAGCTAAAGTGGCTCTCGAGAA
AGCTTCCAAAGGACAAGAGATGCAATCTTCTCCCTGGGATG*TGCAAAGCATATGGAGTC
TGCC*GCTGCCC*TAGCGCAGAAGCTAAGTATCTGGAACGAAGTT*GCTGATTTTTATAG
AAAGGCGTCTGAGCTGTATGTTGAGTGTGGAAGGGCACAACCCGCATCAGATGCTCTTGG
AAAGGCTGCTCGTGCTTTGGAAGAAGTCAAACCTGAAGATGCCATCCAACTGTACACCGA
TGCTTGTGAAATTCTTGAAGAAGATGGAAGGGACCAGATGGCCTTTTATCTGTATCGTGC
TTGTGCTAGTGTTTACATAAAGCTTGAGAAGTTCACAGATGCTGCAACCTTTTTCTTAAG
ATTGGGTGTAGCAGCTGACAAGTGTGACGCCACAAATAGCCAGTGTAAAGCATATCTTAG
TGCAATCATTGTATATCTGTATGGCCATGATCTGAAGCAGTCTGAAA
GTGCTA

QA 5 711 5 711
DS 

RD RR1FI73TF 792 0 0
TTTTTTTTGCTAAAGAAAGAACCTTTGATCTGAGAGAGTGGGAGCGGCGATTGTAGAATT
GGAGAGTCGATCTCTGAGTTTGCTAAATCGCAGGGAGAGACGTTTACTTAGATTGAGGCG
AAGTCATCATGTCTTCGGATCCTGAAAAGATGATGTCCAAAGCCGACAAGATGACAAAAC
TCACGCTTACAAGGTGGAGTGCTGACTGGAGAGGTGCTACTGAGTTGTATGAGCAAGCAG
CAAATGGCTTTAGGGCGTCAAACAAATATGAAAAAGCTAAAGTGGCTCTCGAGAAAGCTT
CCAAAGGACAAGAGATGCAATCTTCTCCCTGGGATGCTGCAAAGCATATGGAGTCTGCC*
GCTGCCC*TAGCGCAGAAGCTAAGTATCTGGAACGAAGTT*GCTGATTTTTATAGAAAGG
CGTCTGAGCTGTATGTTGAGTGTGGAAGGGCACAACCCGCATCAGATGCTCTTGGAAAGG
CTGCTCGTGCTTTGGAAGAAGTCAAACCTGAAGATGCCATCCAACTGTACACCGATGCTT
GTGAAATTCTTGAAGAAGATGGAAGGGACCAGATGGCCTTTGATCTGTATCGTGCTTGTG
CTAGTGTTTACATAAAGCTTGAGAAGTTCACAGATGCTGCAACCTTTTTCTTAAGATTGG
GTGTAGCAGCTGACAAGTGTGACGCCACAAATAGCCAGTGTAA*GCATATCTTAGTGCA*
TCATTGTATATCTGTATGGCCATGATCTGAAGCAG*CTGAAAGTGCTACAACGATTGTTC
TCAGATCGATGC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1EU02TF 802 0 0
GGA
GAATTGGAGAGTCGATCTCTGAGTTTGCTAAATCGCAGGGAGAGACGTTTACTGAGATTG
AGGCGAAGTCATCATGTCTTCGGATCCTGAAAAGATGATGTCCAAAGCCGACAAGATGAC
AAAACTCACGCTTACAAGGTGGAGTGCTGACTGGAGAGGTGCTACTGAGTTGTATGAGCA
AGCAGCAAATGGCTTTAGGGCGTCAAACAAATATGAAAAAGCTAAAGTGGCTCTCGAGAA
AGCTTCCAAAGGACAAGAGATGCAATCTTCTCCCTGGGATGCTGCAAAGCATATGGAGTC
TGCC*GCTGCCC*TAGCGCAGAAGCTAAGTATCTGGAACGAAGTT*GCTGATTTTTATAG
AAAGGCGTCTGAGCTGTATGTTGAGTGTGGAAGGGCACAACCCGCATCAGATGCTCTTGG
AAAGGCTGCTCGTGCTTTGGAAGAAGTCAAACCTGAAGATGCCATCCAACTGTACACCGA
TGCTTGTGAAATTCTTGAAGAAGATGGAAGGGACCAGATGGCCTTTGATCTGTATCGTGC
TTGTGCTAGTGTTTACATAAAGCTTGAGAAGTTCACAGATGCTGCAACCTTTTTCTTAAG
ATTGGGTGTAGCAGCTGACAAGTGTGACGCCACAAATAGCCAGTGTAA*GCATATCTTAG
TGCAATCATTGTATATCTGTATGGCCATGATCTGAAGCAG*CTGAAAGTGCTACAACGAT
TGTTCTCGGATTGATGCTTTTCTGAGAGTGATCAGAACCGACTGCTAGCAGACTGCTCAC
AGCCTATAATGAAGTGACA

QA 4 802 4 802
DS 



CO CL432Contig3 746 2 3 U
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ACTAAAATGATAACTTTGTTTTAAGTAGTTTGGCTTGAACATAAGCAAAGTGTAGGAATC
TGAAATCTGTACAAAGAGAAGAATCTTCAAGTGAGATCATCCTCGTCGAGATCATCACCA
GCATTCATCTGAACTGCAGTGACATCTCCTGTGGGTAGCTTTCTCGCCAACTTGATGATC
GCATGATCCAAATTGTTGACAGTGCTTGAACACGCCACTTTCTTGATTTCTTCGATGTCA
CCTTCATTATAGGCTGTGAGCAGTCTGCTAGCAGTTCGGTTCTGATCACTCTTCAGAAAA
GCATCAATCTGAGAACAATCGTTGTAGCATTTTTCAGCCTGCTTCAGGTCATGGCCATAC
AGATATACAATGATTGCACTAAGAAATGCCTTACACTGGCTATTTGTGGCGTCACACTTG
TCAGCTGCTACACCCAATCTTAAGAAAAAGGTTGCAGCATCTGCGAACTTCTCGAGTTTT
ATGTAAACACTAGCACAAGCACGGTACAGATCAAAAGCCATCTGGTCCCTTCCATCTTCT
TCAAGAATTTCACAAGCATCGGTGTACAGTTGGATGGCATCTTCAGGTTTGACTTCTTCC
AAAGCACGAGCAGCCTTTCCAAGAGCATCTGATGCGGGTTGTGCCCTTCCACACTCAACA
TACAGCTCAGACGCCTTTCTATAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT67JQ U 11
AF RR1FW41JQ U 1
BS 1 279 RR1FW41JQ
BS 280 281 RR1AT67JQ
BS 282 746 RR1FW41JQ

RD RR1AT67JQ 677 0 0
GG
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ACTTTGTTTTAAGTAGTTTGGCTTGAACATAAGCAAAGTGTAGGAATCTGAAATCTGTAC
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ATTGCACTAAGATATGCCTTACACTGGCTATTTGTGGCGTCACACTTGTCAGCTGCTACA
CCCAATCTTGAGAAAAAGGTTGCAGCATCTGCGAACTTCTCGAGTTTTATGTAAACACTA
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CAAGCATCGGTGTACAGTTGGATGGCATCTTCAGGTTTGACTTCTTCCAAAGCACGAGCA
GCCTTTCCAAGAGCA

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR1FW41JQ 746 0 0
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ACTAAAATGATAACTTTGTTTTAAGTAGTTTGGCTTGAACATAAGCAAAGTGTAGGAATC
TGAAATCTGTACAAAGAGAAGAATCTTCAAGTGAGATCATCCTCGTCGAGATCATCACCA
GCATTCATCTGAACTGCAGTGACATCTCCTGTGGGTAGCTTTCTCGCCAACTTGATGATC
GCATGATCCAAATTGTTGACAGTGCTTGAACACGCCACT**CTTGATTTCTTCGATGTCA
CCTTCATTATAGGCTGTGAGCAGTCTGCTAGCAGTTCGGTTCTGATCACTCTTCAGAAAA
GCATCAATCTGAGAACAATCGTTGTAGCATTTTTCAGCCTGCTTCAGGTCATGGCCATAC
AGATATACAATGATTGCACTAAGAAATGCCTTACACTGGCTATTTGTGGCGTCACACTTG
TCAGCTGCTACACCCAATCTTAAGAAAAAGGTTGCAGCATCTGCGAACTTCTCGAGTTTT
ATGTAAACACTAGCACAAGCACGGTACAGATCAAAAGCCATCTGGTCCCTTCCATCTTCT
TCAAGAATTTCACAAGCATCGGTGTACAGTTGGATGGCATCTTCAGGTTTGACTTCTTCC
AAAGCACGAGCAGCCTTTCCAAGAGCATCTGATGCGGGTTGTGCCCTTCCACACTCAACA
TACAGCTCAGACGCCTTTCTATAAAA

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 8

CO CL433Contig1 893 8 31 U
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GATGGGAACTAAACACAATGTTATTAAGCATAGAAACATAAAAATCTCCCACAGGATCAG
TTTTCTTTGGCCAGGGAGAGATCGTTAGCTTCCTCTTGATCAGTCTTTGTTGCATCTTCT
TCGACCTTATTCTCCTTCATCAGCTGAGCCAATCTCTCGGCAACACTCAACCTAGCCCCA
GGAGACACACCGTTCTTTCCAATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAACAACTTATTT
TCGATCACCGCTTTTCCCGTTTCAGGAATGCTATCATCTTTCGAAAACGCAACCGTAAGA
GAGCCTTCAGGGGAGAGAGCGAAGAGGATGGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTCGTCCTTG
AAGACATCCAAGAACCTCTCCACTGCTTTAGCTTCAGAGTCTGTGTAAATCCCTAACGAT
TTCCATATCGCCACACAGTTCTCCGTTACTTTCTCTGAATATTGCTGTCCCGTTAACGGC
AGCTTCATCGTCACTTTAATGAATTTCTCAAACGAACCTGTGACGATTTCACGGAAGAAA
GGGACGGATTCCGTTAGTTCCTCTGTCGTTTTACCTTCCCACTTAACGGAGAGTGACGGT
ACAGAGACAGGATCTAGGTAAACTCCGATGACGGTGAAGATCACAAACTTTCCTTGAATT
TCCAAACCTCGCACACCTGCGCCACCGAGGAAGAGAGGGTTGGAGGAAGCCGGTGAGATG
ACGGACGGTGGAAAAGTAACGGAATCAACTTGAAGTTTCGGGGCGGTGGGTAACGGTGAC
GGACAGTCGGAAGAAGACATGGTTTGAGTTGGGATTAGGTTTGAATATTTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 35 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1DN65JQ U 1
AF RR1H205JQ U 1
AF RR1F221JQ U 59
AF RR1E718JQ U 59
AF RR1D703JQ U 66
AF RR1D703TF C 235
AF RR1E718TF C 236
AF RR1F221TF C 236
BS 1 73 RR1DN65JQ
BS 74 74 RR1H205JQ
BS 75 92 RR1DN65JQ
BS 93 93 RR1H205JQ
BS 94 139 RR1DN65JQ
BS 140 140 RR1H205JQ
BS 141 182 RR1DN65JQ
BS 183 183 RR1H205JQ
BS 184 224 RR1DN65JQ
BS 225 225 RR1E718JQ
BS 226 243 RR1DN65JQ
BS 244 244 RR1H205JQ
BS 245 308 RR1DN65JQ
BS 309 309 RR1E718JQ
BS 310 361 RR1DN65JQ
BS 362 362 RR1H205JQ
BS 363 368 RR1DN65JQ
BS 369 369 RR1E718JQ
BS 370 422 RR1DN65JQ
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BS 454 574 RR1H205JQ
BS 575 575 RR1E718JQ
BS 576 673 RR1H205JQ
BS 674 794 RR1E718JQ
BS 795 795 RR1D703TF
BS 796 819 RR1E718JQ
BS 820 881 RR1D703TF
BS 882 893 RR1E718TF

RD RR1DN65JQ 422 0 0
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GATGGGAACTAAATACAATGTTATTAAGCATAAAAACATAAAAATCTCCCACAGGATCAG
TTTTCTTTGGCCAGGGAGAAATCGTTAGCTTCCTCTTGATCAGTCTTTGTTGCATCTTCT
TCAACCTTATTCTCCTTCATCAGCTGAGCCAATCTCTCGGCAACCCTCAACCTAGCCCCA
GGAAACACACCGTTCTTTCCAATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAACAACTTATTT
TCGATCACTGCTTTTCCCGTTTCAGGAATGCTATCATCTTTCGAAAACGCAACCGTAAGA
GGGCCTTCGGGGGAGAGAGCGAAGAGGATGGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTCGTCCTTG
AA

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR1H205JQ 673 0 0
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GATGGGAACTAAACACAATGTTATTAAGCATAGAAACATAAAAATCTCCCACAGGATCAG
TTTTCTTTGGCCAGGGAGAGATCGTTAGCTTCCTCTTGATCAGTCTTTGTTGCATCTTCT
TCGACCTTATTCTCCTTCATCAGCTGAGCCAATCTCTCGGCAACCCTCAACCTAGCCCCA
GGAGACACACCGTTCTTTCCAATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAACAACTTATTT
TCGATCACTGCTTTTCCCGTTTCAGGAATGCTATCATCTTTCGAAAACGCAACCGTAAGA
GAGCCTTCGGGGGAGAGAGCGAAGAGGATGGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTCGTCCTTG
AAGACTTCCAAGAACCTCTCCACTGCTTTAGCCTCAGAGTCTGTGTAAATCCCTAACGAT
TTCCATATCGCCACACAGTTCTCCGTTACTTTCTCTGAATATTGCTGTCCCGTTAACGGC
AGCTTCATCGTCACTTTAATGAATTTCTCAAACGCACCTGTGACGATTTCACGGAAGAAA
GGGACGGATTCCGTTAGTTCCTCTGTCGTTTTACCTTCCCACTTAACGGAGAGTGACGGT
ACAGAGACAGGAT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1F221JQ 646 0 0
GCGATGGGAACTAAACACAATGTTATTAAGCATAGAAACATAAAAATCTCCCACAGGATC
AGTTTTCTTTGGCCAGGGAGAGATCGTTAGCTTCCTCTTGATCAGTCTTTGTTGCATCTT
CTTCGACCTTATTCTCCTTCATCAGCTGAGCCAATCTCTCGGCAACACTCAACCTAGCCC
CAGGAGACACACCGTTCTTTCCAATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAACAACTTAT
TTTCGATCACCGCTTT*CCCGTTTCAGGAATGCTATCATCTTTCGAAAACGCAACCGTAA
GAGAGCCTTCAGGGGAGAGAGCGAAGAGGATGGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTCGTCCT
TGAAGACATCCAAGAACCTCTCCACTGCTTTAGCTTCAGAGTCTGTGTAAATCCCTAACG
ATTTCCATATCGCCACACAGTTCTCCGTTACTTTCTCTGAATATTGCTGTCCCGTTAACG
GCAGCTTCATCGTCACTTTAATGAATTTCTCAAACGAACCTGTGACGATTTCACGGAAGA
AAGGGACGGATTCCGTTAGTTCCTCTGTCGTTTTACCTTCCCACTTAACGGAGAGTGACG
GTACAGAGACAGGATCTAGGTAAACTCCGATGACGGTGAAGATCAC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1E718JQ 761 0 0
GCGATGGGAACTAAACACAATGTTATTAAGCATAGAAACATAAAAATCTCCCACAGGATC
AGTTTTCTTTGGCCAGGGAGAGATCGTTAGCTTCCTCTTGATCAGTCTTTGTTGCATCTT
CTTCGACCTTATTCTCCTTCATCAGCTGAGCCAATCTCTCGGCAACACTCAACCTAGCCC
CAGGAGACACACCGTTCTTTCCAATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAACAACTTAT
TTTCGATCACCGCTTT*CCCGTTTCAGGAATGCTATCATCTTTCGAAAACGCAACCGTAA
GAGAGCCTTCAGGGGAGAGAGCGAAGAGGATGGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTCGTCCT
TGAAGACATCCAAGAACCTCTCCACTGCTTTAGCTTCAGAGTCTGTGTAAATCCCTAACG
ATTTCCATATCGCCACACAGTTCTCCGTTACTTTCTCTGAATATTGCTGTCCCGTTAACG
GCAGCTTCATCGTCACTTTAATGAATTTCTCAAACGAACCTGTGACGATTTCACGGAAGA
AAGGGACGGATTCCGTTAGTTCCTCTGTCGTTTTACCTTCCCACTTAACGGAGAGTGACG
GTACAGAGACAGGATCTAGGTAAACTCCGATGACGGTGAAGATCACAAACTTTCCTTGAA
TTTCCAAACCTCGCACACCTGCGCCACCGAGGAAGAGAGGGTTGGAGGAAGCCGGTGAGA
TGACGGACGGTGGAAA*GTAACGGAATCAACTTGAAGTTTC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1D703JQ 724 0 0
GAACTAAACACAATGTTATTAAGCATAGAAACATAAAAATCTCCCACAGGATCAGTTTTC
TTTGGCCAGGGAGAGATCGTTAGCTTCCTCTTGATCAGTCTTTGTTGCATCTTCTTCGAC
CTTATTCTCCTTCATCAGCTGAGCCAATCTCTCAGCAACACTCAACCTAGCCCCAGGAGA
CACACCGTTCTTTCCAATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAACAACTTATTTTCGAT
CACCGCTTTTCCCGTTTCAGGAATGCTATCATCTTTCGAAAACGCAACCGTAAGAGAGCC
TTCAGGGGAGAGAGCGAAGAGGATGGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTCGTCCTTGAAGAC
ATCCAAGAACCTCTCCACTGCTTTAGCTTCAGAGTCTGTGTAAATCCCTAACGATTTCCA
TATCGCCACACAGTTCTCCGTTACTTTCTCTGAATATTGCTGTCCCGTTAACGGCAGCTT
CATCGTCACTTTAATGAATTTCTCAAACGAACCTGTGACGATTTCACGGAAGAAAGGGAC
GGATTCCGTTAGTTCCTCTGTCGTTTTACCTTCCCACTTAACGGAGAGTGACGGTACAGA
GACAGGATCTAGGTAAACTCCGATGACGGTGAAGATCACAAACTTTCCTTGAATTTCCAA
ACCTCGCACACCTGCGCCACCGAGGAAGAGAGGGTTGGAGGAAGCCGGTGAGATGACGGA
CGGT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1D703TF 647 0 0
GCCCCAGGAGACACACCGTTCTTTCCAATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAACAAC
TTATTTTCGATCACCGCTTTTCCCGTTTCAGGAATGCTATCATCTTTCGAAAACGCAACC
GTAAGAGAGCCTTCAGGGGAGAGAGCGAAGAGGATGGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTCG
TCCTTGAAGACATCCAAGAACCTCTCCACTGCTTTAGCTTCAGAGTCTGTGTAAATCCCT
AACGATTTCCATATCGCCACACAGTTCTCCGTTACTTTCTCTGAATATTGCTGTCCCGTT
AACGGCAGCTTCATCGTCACTTTAATGAATTTCTCAAACGAACCTGTGACGATTTCACGG
AAGAAAGGGACGGATTCCGTTAGTTCCTCTGTCGTTTTACCTTCCCACTTAACGGAGAGT
GACGGTACAGAGACAGGATCTAGGTAAACTCCGATGACGGTGAAGATCACAAACTTTCCT
TGAATTTCCAAACCTCGCACACCTGCGCCACCGAGGAAGAGAGGGTTGGAGGAAGCCGGT
GAGATGACGGACGGTGGAAAAGTAACGGAATCAACTTGAAGTTTCGGGGCGGTGGGTAAC
GGTGACGGACAGTCGGAAGAAGACATGGTTTGAGTTGGGATTAGGTT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1E718TF 658 0 0
CCCCAGGAGACACACCGTTCTTTCCAATGATCGATTCAAGAACTGC*TCTGCCAACAACT
TATTTTCGATCACCGCTTT*CCCGTTTCAGGAATGCTATCATCTTTCGAAAACGCAACTG
TAAGAGAGCTTTCAGGGGAGAGAGCGAAGAGGATGGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTCGT
CCTTGAAGACATCCAAGAACCTCTCCACTGCTTTAGCTTCAGAGTCTGTGTAAATCCCTA
ACGATTTCCATATCGCCACACAGTTCTCCGTTACTTTCTCTGAATATTGCTGTCCCGTTA
ACGGCAGCTTCATCGTCACTTTAATGAATTTCTCAAACGAACCTGTGACGATTTCACGGA
AGAAAGGGACGGATTCCGTTAGTTCCTCTGTCGTTTTACCTTCCCACTTAACGGAGAGTG
ACGGTACAGAGACAGGATCTAGGTAAACTCCGATGACGGTGAAGATCACAAACTTTCCTT
GAATTTCCAAACCTCGCACACCTGCGCCACCGAGGAAGAGAGGGTTGGAGGAAGCCGGTG
AGATGACGGACGGTGGAAAAGTAACGGAATCAACTTGAAGTTTCGGGGCGGTGGGTAACG
GTGACGGACAGTCGGAAGAAGACATGGTTTGAGTTGGGATTAGGTTTGAATATTTTCC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1F221TF 658 0 0
CCCCAGGAGACACACCGTTCTTTCCAATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAACAACT
TATTTTCGATCACCGCTTT*CCCGTTTCAGGAATGCTATCATCTTTCGAAAACGCAACCG
TAAGAGAGCCTTCAGGGGAGAGAGCGAAGAGGATGGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTCGT
CCTTGAAGACATCCAAGAACCTCTCCACTGCTTTAGCTTCAGAGTCTGTGTAAATCCCTA
ACGATTTCCATATCGCCACACAGTTCTCCGTTACTTTCTCTGAATATTGCTGTCCCGTTA
ACGGCAGCTTCATCGTCACTTTAATGAATTTCTCAAACGAACCTGTGACGATTTCACGGA
AGAAAGGGACGGATTCCGTTAGTTCCTCTGTCGTTTTACCTTCCCACTTAACGGAGAGTG
ACGGTACAGAGACAGGATCTAGGTAAACTCCGATGACGGTGAAGATCACAAACTTTCCTT
GAATTTCCAAACCTCGCACACCTGCGCCACCGAGGAAGAGAGGGTTGGAGGAAGCCGGTG
AGATGACGGACGGTGGAAAAGTAACGGAATCAACTTGAAGTTTCGGGGCGGTGGGTAACG
GTGACGGACAGTCGGAAGAAGACATGGTTTGAGTTGGGATTAGGTTTGAATATTTT
CC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 2 10

CO CL434Contig1 645 2 2 U
GAGAGAGAAATTAAACAAAACGAAAAAAAAAATAGAGAGGTATTACCAGTGAAGCGAGAT
GGGCTGCATCGGTCTTATCGATTCAGCCAGTATCAATATTTACCGGCCGGTGCTTACAAG
AACATCAAACAAACCCTACACGAGAAGAGGACTATCGATGGCTGCGATTCGAGCTGAGTC
AATGGCTACTGAAAAATTAGGGATCTTTATCGAGAAGAATCCTCCCGAGTCCAAACTCAC
CCAACTAGGTGTTCGTAGTTGGCCCAAGTGGGGTTGTCCTCCAAGCAAGTTTCCATGGAC
TTACGATGCAAAGGAGACTTGTTTTCTGCTAGAAGGGAAAGTGAAAGTTTACCCTAATGG
ATCCGATGAAGGCGTGGAGATCGAAGCAGGAGACTTTGTTGTTTTCCCTAAAGGAATGAG
TTGCACTTGGGACGTCTCTGTTGCAGTTGATAAGCACTACCAATTCGAGTGAATGGCTAT
TTACTTCTGCTCCTCATATTGGTGATATGTTTGATATATCTTCACTGTCTTTGTATGTTG
TGGATACTTAATTTTGTGTCATGTATCAGTATCACTCTATGCATTGCTGGGATTTGTTTG
CTCCGATATCTAAGTAATTTTTGCGTTATTTAAGACTTTTTAAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1BR15JQ C 1
AF RR1BR15TF U 1
BS 1 641 RR1BR15TF
BS 642 645 RR1BR15JQ

RD RR1BR15JQ 645 0 0
GAGAGAGAAATTAAACAAAACGAAAAAAAAAATAGAGAGGTATTACCAGTGAAGCGAGAT
GGGCTGCATCGGTCTTATCGATTCAGCCAGTATCAATATTTACCGGCCGGTGCTTACAAG
AACATCAAACAAACCCTACACGAGAAGAGGACTATCGATGGCTGCGATTCGAGCTGAGTC
AATGGCTACTGAAAAATTAGGGATCTTTATCGAGAAGAATCCTCCCGAGTCCAAACTCAC
CCAACTAGGTGTTCGTAGTTGGCCCAAGTGGGGTTGTCCTCCAAGCAAGTTTCCATGGAC
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ATCCGATGAAGGCGTGGAGATCGAAGCAGGAGACTTTGTTGTTTTCCCTAAAGGAATGAG
TTGCACTTGGGACGTCTCTGTTGCAGTTGATAAGCACTACCAATTCGAGTGAATGGCTAT
TTACTTCTGCTCCTCATATTGGTGATATGTTTGATATATCTTCACTGTCTTTGTATGTTG
TGGATACTTAATTTTGTGTCATGTATCAGTATCACTCTATGCATTGCTGGGATTTGTTTG
CTCCGATATCTAAGTAATTTTTGCGTTATTTAAGACTTTTTAAGG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1BR15TF 641 0 0
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GGGCTGCATCGGTCTTATCGATTCAGCCAGTATCAATATTTACCGGCCGGTGCTTACAAG
AACATCAAACAAACCCTACACGAGAAGAGGACTATCGATGGCTGCGATTCGAGCTGAGTC
AATGGCTACTGAAAAATTAGGGATCTTTATCGAGAAGAATCCTCCCGAGTCCAAACTCAC
CCAACTAGGTGTTCGTAGTTGGCCCAAGTGGGGTTGTCCTCCAAGCAAGTTTCCATGGAC
TTACGATGCAAAGGAGACTTGTTTTCTGCTAGAAGGGAAAGTGAAAGTTTACCCTAATGG
ATCCGATGAAGGCGTGGAGATCGAAGCAGGAGACTTTGTTGTTTTCCCTAAAGGAATGAG
TTGCACTTGGGACGTCTCTGTTGCAGTTGATAAGCACTACCAATTCGAGTGAATGGCTAT
TTACTTCTGCTCCTCATATTGGTGATATGTTTGATATATCTTCACTGTCTTTGTATGTTG
TGGATACTTAATTTTGTGTCATGTATCAGTATCACTCTATGCATTGCTGGGATTTGTTTG
CTCCGATATCTAAGTAATTTTTGCGTTATTTAAGACTTTTT

QA 1 641 1 641
DS 



CO CL434Contig2 651 8 11 U
GGAAAACAAAAACGAAAAAAAAAAAATAGAGAGGTATTACCAGAGAAGCAAGATGGGCTG
CATTGGTCTTATCGATTCAGCCAGTATCAATATTTACCGGCCGGTGCCTACAAGAAAATC
AAACAAACCCTACACGAGAAGAAGACTATCGATGGCTGCGAGTCGAGCTGAGTCAATGGC
TACTGAAAAACTAGGGATCTTTATCGAGAAGAATCCTCCCGAGTCCAAACTCACCCAACT
AGGCGTTCGTAATTGGCCCAAGTGGGGTTGTCCTCCAAGCAAGTTTCCATGGACTTACGA
TGCAAAGGAGACTTGTTTTCTGCTAGAAGGGAAAGTGAAAGTTTACCCTAATGGATCCGA
TGAAGGCGTGGAGATCGAAGCAGGCGACTTTGTTGTTTTCCCTAAAGGAATGAGTTGCAC
TTGGGACGTCTCTGTTGCAGTTGATAAGCACTACCAATTCGAGTGAATGGCTATTTACTT
CTGCTCCGCGTATTGGTGATATGTTTGATATATCTTCACTGTCTTTGTATGTTGTGGATA
CTTAATATAGAAGTTCTTTTGCGTTATTTAAGACTTTTTAAGGACTTTGTGCATGACATG
TCCCAGGATAAAGCACATAAAGAAAATCAGAGTTCAGATTTGTTCATTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM03JQ C 5
AF RR1ED11TF U 3
AF RR1DM03TF U 5
AF RR1FL08JQ C 1
AF RR1AH40JQ C 37
AF RR1AH40TF U 37
AF RR1FL08TF U 1
AF RR1CQ22TF U 34
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CTTTATCGAGAAGAATCCTCCCGAGTCCAAACTCACCCAACTAGGCGTTCGTAATTGGCC
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TTTGCTAGAAGGGAAAGTGAAAGTTTACCCTAATGGATCCGATGAAGGCGTGGAGATCGA
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AGTTGATAAGCACTACCAATTCGAGTGAATGGCTATTTACTTTTGCTCCGCGTATTGGTG
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TTGCGTT

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CCAAGTGGGGTTGTCCTCCAAGCAAGTTTCCATGGACTTACGATGCAAAGGAGACTTGTT
TTCTGCTAGAAGGGAAAGTGAAAGTTTACCCTAATGGATCCGATGAAGGCGTGGAGATCG
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TTTGCG

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AAAAAAAATAGAGAGGTATTACCAGAGAAGCAAGATGGGTTGCATTGGTCTTATCGATTC
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AAGAAGACTATCGATGGCTGCGAGTCGAGCTGAGTCAATGGCTACTGAAAAACTAGGGAT
CTTTATCGAGAAGAATCCTCCCGAGTCCAAACTCACCCAACTAGGCGTTCGTAATTGGCC
CAAGTGGGGTTGTCCTCCAAGCAAGTTTCCATGGACTTACGATGCAAAGGAGACTTGTTT
TCTGCTAGAAGGGAAAGTGAAAGTTTACCCTAATGGATCCGATGAAGGCGTGGAGATCGA
AGCAGGCGACTTTGTTGTTTTCCCTAAAGGAATGAGTTGCACTTGGGACGTCTCTGTTGC
AGTTGATAAGCACTACCAATTCGAGTGAATGGCTATTTACTTCTGCTCCGCGTATTGGTG
ATATGTTTGATATATCTTCACTGTCTTTGTATGTTGTGGATACTTAATATAGAAGTTCTT
TTGCGTT

QA 15 561 15 561
DS 

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CATTGGTCTTATCGATTCAGCCAGTATCAATATTTACCGGCCGGTGCCTACAAGAAAATC
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TACTGAAAAACTAGGGATCTTTATCGAGAAGAATCCTCCCGAGTCCAAACTCACCCAACT
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CTGCTCCGCGTATTGGTGATATGTTTGATATATCTTCACTGTCTTTGTATGTTGTGGATA
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TTTGTTC

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TCCCTAAAGGAATGAGTTGCACTTGGGACGTCTCTGTTGCAGTTGATAAGCACTACCAAT
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CTGTCTTTGTATGTTGTGGATACTTAATATAGAAGTTCTTTTGCGTTATTTAAGACTTTT
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CGAGTCGAGCTGAGTCAATGGCTACTGAAAAACTAGGGATCTTTATCGAGAAGAATCCTC
CCGAGTCCAAACTCACCCAACTAGGCGTTCGTAATTGGCCCAAGTGGGGTTGTCCTCCAA
GCAAGTTTCCATGGACTTACGATGCAAAGGAGACTTGTTTTCTGCTAGAAGGGAAAGTGA
AAGTTTACCCTAATGGATCCGATGAAGGCGTGGAGATCGAAGCAGGCGACTTTGTTGTTT
TCCCTAAAGGAATGAGTTGCACTTGGGACGTCTCTGTTGCAGTTGATAAGCACTACCAAT
TCGAGTGAATGGCTATTTACTTCTGCTCCGCGTATTGGTGATATGTTTGATATATCTTCA
CTGTCTTTGTATGTTGTGGATACTTAATATAGAAGTTCTTTTGCGTTATTTAAGACTTTT
TAAGGACTTTGTGCATGACATGTCCCAGGATAAAGCACATAAAG

QA 3 586 3 586
DS 

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TCAGCCAGTATCAATATTTACCGGCCGGTGCCTACAAGAAAATCAAACAAACCCTACACG
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ATCTTTATCGAGAAGAATCCTCCCGAGTCCAAACTCACCCAACTAGGCGTTCGTAATTGG
CCCAAGTGGGGTTGTCCTCCAAGCAAGTTTCCATGGACTTACGATGCAAAGGAGACTTGT
TTTCTGCTAGAAGGGAAAGTGAAAGTTTACCCTAATGGATCCGATGAAGGCGTGGAGATC
GAAGCAGGCGACTTTGTTGTTTTCCCTAAAGGAATGAGTTGCACTTGGGACGTCTCTGTT
GCAGTTGATAAGCACTACCAATTCGAGTGAATGGCTATTTACTTCTGCTCCGCGTATTGG
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TTTTGCGTTATTTAAGACTTTTTAAGGACTTTGTGCATGACATGTCCCAGGATAAAGCAC
ATAAAGAAAATCAGAGTTCAGA

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GG
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CTCCCGAGTCCAAACTCACCCAACTAGGCGTTCGTAATTGGCCCAAGTGGG*TTGTCCTC
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TTTTCCCTAAAGGAATGAGTTGCACTTGGGACGTCTCTGTTGCAGTTGATAAGCACTACC
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TCACTGTCTTTGTATGTTGTGGATACTTAATATAGAAGTTCTTTTGCGTTATTTAAGACT
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AGATTTGTTCATTATG

QA 3 618 3 618
DS 



AS 1 9

CO CL435Contig1 1081 9 21 U
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AATTGAGCAAGTTCGGACATAAGAAGAGCACTAGACAAAAGAAGACTACTCTTGATACTG
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CGAAAACCGACACTAGCAACAGTATAATCCACGCTGGCAATCCCTGCTTCTTGTTCTTCC
TCCTCTCCTTCAATCCACCATCTGAGTCCTCCTTTGTTGTGTCGACTGTTTTCTCCGACT
CTGCTTTGGCATTGCTCTCTTGAGGAGACTCTGGTGCGGTCTGCTGCGTTTGCTCGGCTA
GTTGCTGCTGGTTGTACTTCTCTACGTACTCTGGAAACAGCTTTCTGAATGCTGGGGTTT
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CACTTCCAGTTGTCGGACTAGTATCCATCATAAATGAGAGAAGCCCTGTAAGTATGCTTG
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TCTTTTGTGTAATGAATCGACCATTTGGTGTAGTCATTGTAATTCCAGGTGGCTTGTAAG
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CACTTCCTTCCAGCACATAATGCCACTCGAGAATGTCATTTGGGGAAGGACGAGCAACAA
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C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1GV84JQ U 12
AF RR1EE19JQ U 42
AF RR1BD93JQ U 191
AF RR1BM77JQ U 1
AF RR1BZ91JQ U 32
AF RR1BD93TF C 369
AF RR1BG23TF C 394
AF RR1BM77TF C 394
AF RR1BZ91TF C 420
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BS 175 175 RR1GV84JQ
BS 176 408 RR1BM77JQ
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BS 410 421 RR1BM77JQ
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BS 781 1004 RR1BD93TF
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TTATGTAATATATGGCCTTTAAAAACACAAACCACGAGAAGGGGGGCTAAATTGAGCAAG
TTCGGACATAAGAAGAGCACTAGACAAAAGAAGACTACTCTTGATACTGAAGGGCAGAGA
AAGAGAGAGAGAGGGAGGAGAGAGATTTTATCCGAAGAGTCAACATCCATTTCTATGTTT
TGTTACATAGAAAATCACAGTTGAAGCAGAGGCAGCGCCATTACAACCCCGAAAACCGAC
ACTAGCAACAGTATAATCCACGCTGGCAATCCCTGCTTCTTGTTCTTCCTCCTCTCCTTC
AATCCACCATCTGAGTCCTCCTTTGTTGTGTCGACTGTTTTCTCCGACTCTGCTTTGGCA
TTGCTCTCT

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DS 

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AACCATATACTATACAAATTAGTTCCAAACTTATGTAATATATGGCCTTTAAAAACACAA
ACCACGAGAAGGGGGGCTAAATTGAGCAAGTTCGGACATAAGAAGAGCACTAGACAAAAG
AAGACTACTCTTGATACTGAAGGGCAGAGAAAGAGAGAGAGAGGGAGGAGAGAGATTTTA
TCCGAAGAGTCAACATCCATTTCTATGTTTTGTTACATAGAAAATCACAGTTGAAGCAGA
GGCAGCGCCATTACAACCCCGAAAACCGACACTAACAACAGTATAATCCACGCTGGCAAT
CCCTGCTTCTTGTTCTTCCTCCTCTCCTTCAATCCACCATCTGAGTCCTCCTTTGTTGTG
TCGACTGTTTTCTCCGACTCTGCTTTGGCATTGCTCTCTTGAGGAGACTCTGGTGCGGTC
TGCTGCGTTTGCTCGGCTAGTTGCTGCTGGTTGTACTTCTCTACGTACTCTGGAAACAGC
TTTCTGAATGCTGGGGTTTTACAATTGAATGCGAGA

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1BD93JQ 516 0 0
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TTGTTACATAGAAAATCACAGTTGAGGCAGAGGCAGCGCCATTACAACCCCGAAAACCGA
CACTAGCAACAGTATAATCCACGCTGGCAATCCCTGCTTCTTGTTCTTCCTCCTCTCCTT
CAATCCACCATCTGAGTCCTCCTTTGTTGTGTCGACTGTTTTCTCCGACTCTGCTTTGGC
ATTGCTCTCTTGAGGAGACTCTGGTGCGGTCTGCTGCGTTTGCTCGGCTAGTTGCTGCTG
GTTGTACTTCTCTACGTACTCTGGAAACAGCTTTCTGAATGCTGGGGTTTTACAATTGAA
TGCGAGAGATGACTTAGCCAACCGTTGTTTCTCAGCTACAGTGGTGTTCACACTTCCAGT
TGTCGGACTAGTATCCATCATAAATGAGAGAAGCCCTGTAAGTATGCTTGACGCAGACCA
CATTGGATTCCAGCTTTCTGGATGAAAATCACTCAT

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1BM77JQ 787 0 0
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TAGTTCCAGACTTATGTAATATATGGCCTTTAAAAACACAAACCACGAGAAGGGGGGCTA
AATTGAGCAAGTTCGGACATAAGAAGAGCACTAGACAAAAGAAGACTACTCCTGGTACTG
AAGGGCAGAGAAAGAGAGAGAGAGGGAGGAGAGAGATTTTATCCGAAGAGTCAACATCCA
TTTCTATGTTTTGTTACATAGAAAATCACAGTTGAAGCAGAGGCAGCGCCATTACAACCC
CGAAAACCGACACTAGCAACAGTATAATCCACGCTGGCAATCCCTGCTTCTTGTTCTTCC
TCCTCTCCTTCAATCCACCATCTGAGTCCTCCTTTGTTGTGTCGACTGGTTTCTCCGACT
CGGCTTTGGCATTGCTCTCTTGAGGAGACTCTGGTGCGGTCTGCTGCGTTTGCTCGGCTA
GTTGCTGCTGGTTGTACTTCTCTACGTACTCTGGAAACAGCTTTCTGAATGCTGGGGTTT
TACAATTGAATGCGAGAGATGACTTAGCCAACCGTTGTTTCTCAGCTACAGTGGTGTTCA
CACTTCCAGTTGTCGGACTAGTATCCATCATAAATGAGAGAAGCCCTGTAAGTATGCTCG
ACACAGACCACATTGGATTCCAGCTTTCTGGATGAAAATCACTCATAGACAAACAGATCT
TCTTTTGTGTA*TGAATCGACCATTTGGTGTAGTCATTGTAATTCCAGGTGGCTTGTAAG
ATACTCG

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DS 

RD RR1BZ91JQ 745 0 0
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AAAAACACAAACCACGAGAAGGGGGGCTAAATTGAGCAAGTTCGGACATAAAAAGAGCAC
TAGACAAAAGAAGACTACTCTTGATACTGAAGGGCAAAAAAAGAGAGAGAGAGGGAGGAG
AGAGATTTTATCCGAAGAGTCAACATCCATTTCTATGTTTTGTTACATAAAAAATCACAG
TTGAAGCAAAGGCAGCGCCATTACAACCCCGAAAACCGACACTAGCAACAGTATAATCCA
CGCTGGCAATCCCTGCTTCTTGTTCTTCCTCCTCTCCTTCAATCCACCATCTGAGTCCTC
CTTTGTTGTGTCGACTGTTTTCTCCGACTCTGCTTTGGCATTGCTCTCTTGAGGAGACTC
TGGTGCGGTCTGCTGCGTTTGCTCGGCTAGTTGCTGCTGGCTGTACTTCTCTACGTACTC
TGGAAACAGCTTTCTGAATGCTGGGGTTTTACAATTGAATGCGAAAGATGACTTAGCCAA
CCGTTGTTTCTCAGCTACAGTGGTGTTCACACTTCCAGTTGTCGGACTAGTATCCATCAT
AAATGAGAGGAGCCCTGTAAGTATGCTTGACACAGACCACATTGGATTCCAGCTTTCTGG
ATGAAAATCACTCATAGACAAACAGATCTTCTTTTGTGTAATGAATCGACCATTTGGTGT
AGTCATTGTAATTCCAGGTGGCTTG

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DS 

RD RR1BD93TF 692 0 0
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GCATTGCTCTCTTGAGGAGACTCTGGTGCGGTCTGCTGCGTTTGCTCGGCTAGTTGCTGC
TGGTTGTACTTCTCTACGTACTCTGGAAACAGCTTTCTGAATGCTGGGGTTTTACAATTG
AATGCGAGAGATGACTTAGCCAACCGTTGTTTCTCAGCTACAGTGGTGTTCACACTTCCA
GTTGTCGGACTAGTATCCATCATAAATGAGAGAAGCCCTGTAAGTATGCTTGACGCAGAC
CACATTGGATTCCAGCTTTCTGGATGAAAATCACTCATAGACAAACAGATCTTCTCTTGT
GTAATGAATCGACCGTTTGGTGTAGTCATTGTAATTCCAGGTGGCTTGTAAGGATACTCG
GGAGGGAACTTGATCTTTCCATAGTAAAATCCACCAGCAAAAGGTGTTCCATCACTTCCT
TCCAGCACATAATGCCACTCGAGAATGTCATTTGGGGAAGGACGAGCAACAACATGGGAG
ACTGGTTCCTTGCAAAGTGCTCTATATTCCTTTTGAAGACGTTTTATACAAGCCTTTTCT
GCCATCTAGTTATGGAGTGTAAGAGAACAACTGCAGTT***TGATCGAATTTTGTCGAGG
AGGATTCGCTGTCTCGTTGATTTCAC
TTTCCC

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DS 

RD RR1BG23TF 667 0 0
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GTGCGGTCTGCTGCGTTTGCTCGGCTAGTTGCTGCTGGTTGTACTTCTCTACGTACTCTG
GAAAAAGCTTTCTGAATGCTGGGGTTTTACAATTGAATGCGAGAGATGACTTAGCCAACC
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GAAAATCACTCATAGACAAACAGATCTTCTTTTGTGTAATGAATCGACCATTTGGTGTAG
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AAAATCCACCAGCAAAAGGTGTTCCATCACTTCCTTCCAGCACATAATGCCACTCGAGAA
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ATTCCTTTTGAAGACGTTTTATACAAGCCTTTTCTGCCATCTAGTTATGGAGTGTAAGAG
AACAACTGCAGCTGCTTGATCGAATTTTGTCGAGGAGGATTCGCTGTCTCGTTGATTTCA
C
TTTCCC

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DS 

RD RR1BM77TF 663 0 0
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GTGCGGTCTGCTGCGTTTGCTCGGCTAGTTGCTGCTGGTTGTACTTCTCTACGTACTCTG
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GTTGTTTCTCAGCTACAGTGGTGTTCACACTTCCAGTTGTCGGACTAGTATCCATCATAA
ATGAGAGAAGCCCTGTAAGTATGCTCGACACAGACCACATTGGATTCCAGCTTTCTGGAT
GAAAATCACTCATAGACAAACAGATCTTCTTTTGTGTAATGAATCGACCATTTGGTGTAG
TCATTGTAATTCCAGGTGGCTTGTAAGGATACTCGGGAGGGAACTTGATCTTTCCATAGT
AAAATCCACCAGCAAAAGGTGTTCCATTACTTCCTTCCTGCACATAATGCCACTCGAGAA
TGTCATTTGGGGAAGGACGAGCAACAACATGGGAGACTGGTTCCTTGCAAAGTGCTCTAT
ATTCCTTTTGAAGACGTTTTATACAAGCCTTTTCTGCCATCTAGTTATGGAGTGTAAGAG
AACAACTGCAGCTGCTTGATCGAATTTTGTCGAGGAGGATTCGCTGTCTCGTTGACTTCA
C
CC

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1BZ91TF 662 0 0
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AGTTGCTGCTGGCTGTACTTCTCTACGTACTCTGGAAACAGCTTTCTGAATGCTGGGGTT
TTACAATTGAATGCGAAAGATGACTTAGCCAACCGTTGTTTCTCAGCTACAGTGGTGTTC
ACACTTCCAGTTGTCGGACTAGTATCCATCATAAATGAGAGGAGCCCTGTAAGTATGCTT
GACACAGACCACATTGGATTCCAGCTTTCTGGATGAAAATCACTCATAGACAAACAGATC
TTCTTTTGTGTAATGAATCGACCATTTGGTGTAGTCATTGTAATTCCAGGTGGCTTGTAA
GGATACTCGGGAGGGAACTTGATCTTTCCATAGTAAAATCCACCAGCAAAAGGTGTTCCA
TCACTTCCTTCCAGCACATAATGCCACTCGAGAATGTCATTTGGGGAAGGACGAGCAACA
ACATGGGAGACTGGTTCCTTGCAAAGTGCTCTATATTCCTTTTGAAGACGTTTTATACAA
GCCTTTTCTGCCATCTAGTTATGGAGTGTAAGAGAACAACTGCAGCT***TGATCGAATT
TTGTCGAGGAGGATTCGCTGTCTCGTTGATTTCACTTTCTCTTTCTCCTCTGCCGGGTAG
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 10

CO CL436Contig1 933 10 17 U
GGGTTCAAGCCGCCTCAAACGCAGAGGAAGGCTTTCCTCTGCTTCACCTTTCAGGTTCAG
AGATTCGTCAACTGAGATAAACTCAAGATGAGTAAGCTTCAGAGCGAGGCTCTTAGAGAA
GCCATCACGACCATCAAGGGCAAATCCGAGGAGAAGAAGCGTAACTTTACGGAGACGGTT
GAGCTTCAGATTGGTCTGAAGAACTATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCT
GTCAAGCTCCCGCACATTCCTCGCCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAG
CATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGGGACTAGATTCTATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAG
CTCAACAA*GAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGC
TTCTGAGTCTGTCATCAAGCAGATTCCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAAGCAGG
AAAGTTCCCAACACTGGTGAGTCACCAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAA
AGCGACTGTGAAGTTCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTCGGTAACCT
TTCCATGGAAGAGAAGCAGCTCTTCCAGAATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTC
GCTCTTGAAGAAGAATTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACC
ACCACAGAGAATCTTTTGAGTTCTCGACTCCTGTCATCTTGGAACT***TTTGCTTTGTG
GTTTTTGTTTGCTTCAGAGATCTTGAGTTATGGTTTTGTTTGATATTAGCAGAACTGAGG
TGTTAGTTTGCTTTTTGTTAAGACATTATAATATGCAATGTTGGATTCTACAATATCGAC
TCTCCGATTCAGTTTTATCTTATCTATTCCGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 35 50 5 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 25 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 20 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B028JQ C 51
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AF RR1DB85TF U 1
AF RR1EC84TF U 26
AF RR1AS13TF U 26
AF RR1B028TF U 26
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AF RR1AS13JQ C 55
AF RR1DB85JQ C 215
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BS 28 345 RR1DB85TF
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BS 347 671 RR1DB85TF
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RD RR1B028JQ 344 0 0
TCAGGTTCAGAGATTCGTCAACTGAGATAGACTCAAGATGAGTAAGCTTCAGAGCGAGGC
TCTTAGAGAACCCATCACGACCATCAAGGGCAAATCC*AGGAGAAGAAGCGTAACTTTAC
GGAGACGGTTGAGCTTCAGATTGGTCTGAAGAACTATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTT
CAGTGGATCTGTCGAGCTCCCGCACATTCCTCGCCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGG
AGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGGGACTAGATTCTATGGATGTTGAGGC
TTTGAAAAAGCTCAACAAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTT

QA 1 344 1 344
DS 

RD RR1GT81TF 450 0 0
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AGATGAGTAAGCTTCAGAGCGAGGCTCTTAGAGAAGCCATCACGACCATCAAGGGCAAAT
CTGAGGAGAAGAAGCGTAACTTTACGGAGACGGTTGAGCTTCAGATTGGTCTGAAGAACT
ATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCTGTCAAGCTCCCGCACATTCCTCGCC
CTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGG
GACTAGATTCTATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAA*GAACAAGAAGCTTGTT
AAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCATCAAGCAGATT
CCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAA

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR1DB85TF 671 0 0
GGGTTCAAGCCGCCTCAAACGCAGAGTAAGGCTTTCCTCTGCTTCACCTTTCAGGTTCAG
AGATTCGTCAACTGAGATAAACTCAAGATGAGTAAGCTTCAGAGCGAGGCTCTTAGAGAA
GCCATCACGACCATCAAGGGCAAATCCGAGGAGAAGAAGCGTAACTTTACGGAGACGGTT
GAGCTTCAGATTGGTCTGAAGAACTATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCT
GTCAAGCTCCCGCACATTCCTCGCCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAG
CATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGGGACTAGATTCTATGGATGTTTAGGCTTTGAAAAAG
CTCAACAA*GAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGC
TTCTGAGTCTGTCATCAAGCAGATTCCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAAGCAGG
AAAGTTCCCAACACTGGTGAGTCACCAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAA
AGCGACTGTGAAGTTCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTCGGTAACCT
TTCCATGGAAGAGAAGCAGCTCTTCCAGAATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTC
GCTCTTGAAGA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1EC84TF 737 0 0
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AGATGAGTAAGCTTCAGAGCGAGGCTCTTAGAGAAGCCATCACGACCATCAAGGGCAAAT
CCGAGGAGAAGAAGCGTAACTTTACGGAGACGGTTGAGCTTCAGATTGGTCTGAAGAACT
ATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCTGTCAAGCTCCCGCACATTCCTCGCC
CTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGG
GACTAGATTCTATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAA*GAACAAGAAGCTTGTT
AAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCATCAAGCAGATT
CCCCGTCTTCCTGGTCCTGGTCTTAACAAAGCAGGAAAGTTCCCAACACTGGTGAGTCAC
CAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAAAGCGACTGTGAAGTTCCAGTTGAAG
AAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTCGGTAACCTTTCCATGGAAGAGAAGCAGCTCTTC
CAGAATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTCGCTCTTTAAGAAGAATTGGCAAAAC
GTGAG*TGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCACAGAGAATCTTTT*AGTCCTC
GACTC*TGTCATCTTGG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1AS13TF 806 0 0
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AGATGAGTAAGCTTCAGAGCGAGGCTCTTAGAGAAGCCATCACGACCATCAAGGGCAAAT
CTGAGGAGAAGAAGCGTAACTTTACCGAGACGGTCGAGCTTCAGATTGGTCTGAAGAACT
ATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCTGTCAAGCTCCCGCACATCCCTCGCC
CTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGG
GACTAGACTCTATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAGGCTCAACAA*GAACAAGAAGCTTGTT
AAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCATCAAGCAGATT
CCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAA*GCAGGAAAGTTCCCAACACTGGTGAGTCAC
CAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAAAGCGACAGTCAAGTTCCAGTTGAAG
AAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTTGGTAACCTTTCCATGGAAGAGAAGCATCTCTTT
CAGAATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTCGCTCTTGAAGAAGAATTGGCAAAAC
GTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCACAGAGAATCTTTTGAGTTCTC
GACTCCTGTCATCTTGGAACTCCTTTTGCTTTGTGGTTTTTGTTTGCTTCAGAGATCTTG
AGCTATGGTCTTGTTTGATATTAGCA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1B028TF 808 0 0
GGAAGGCTTTCCTCTGCTTCACCTTTCAGGTTCAGAGATTCGTCAACTGAGATAGACTCA
AGATGAGTAAGCTTCAGAGCGAGGCTCTTAGAGAACCCATCACGACCATCAAGGGCAAAT
CC*AGGAGAAGAAGCGTAACTTTACGGAGACGGTTGAGCTTCAGATTGGTCTGAAGAACT
ATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCTGTCGAGCTCCCGCACATTCCTCGCC
CTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGG
GACTAGATTCTATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAA*GAACAAGAAGCTTGTT
AAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCATCAAGCAGATT
CCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAAGCAGGAAAGTTCCCAACACTGGTGAGTCAC
CAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAAAGCGACTGTGAATTTCCAGTTGAAG
AAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTCGGTAACCTTTCCATGGAAGAGAAGCAGCTCTTC
CAGAATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTCGCTCTTGAAGAAGAATTGGCAAAAC
GTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCACAGAGAATCTTTTGAGTTCTC
GACTCCTGTCATCTTGGAACT***TTTGCTTTGTGGTTTTTGTTTGCTTCAGAGATCTTG
AGTTATGGTTTTGTTTGATATTAGCAGA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1EC84JQ 817 0 0
AGATAAACTCAAGATGAGTAAGCTTCAGAGCGAGGCTCTTAGAGAAGCCATCACGACCAT
CAAGGGCAAATCCGAGGAGAAGAAGCGTAACTTTACGGAGACGGTTGAGCTTCAGATTGG
TCTGAAGAACTATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCTGTCAAGCTCCCGCA
CATTCCTCGCCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGC
TGAGAAGATGGGACTAGATTCTATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAA*GAACA
AGAAGCTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCA
TCAAGCAGATTCCCCGTCTTCCTGGTCCTGGTCTTAACAAAGCAGGAAAGTTCCCAACAC
TGGTGAGTCACCAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAAAGCGACTGTGAAGT
TCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTCGGTAACCTTTCCATGGAAGAGA
AGCAGCTCTTCCAGAATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTCGCTCTTTAAGAAGA
ATTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCACAGAGAATCT
TTTTAGTCCTCGACTCCTGTCATCTTGGAACT***TTTGCTTTGTGGTTTTTGTTTGCTT
CAGAGATCTTGAGTTATGGTTTTGTTTGATATTAGCAGAACTGAGGTGTTAGTTTGCTTT
TTGTTAAGACATTATAATATGCAATGTTGGATT
CTAC

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1GT81JQ 755 0 0
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TCTGAAGAACTATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCTGTCAAGCTCCCGCA
CATTCCTCGCCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGC
TGAGAAGATGGGACTAGATTCTATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAA*GAACA
AGAAGCTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCA
TCAAGCAGATTCCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAAGCAGGAAAGTTCCCAACAC
TGGTGAGTCACCAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAAAGCGACTGTGAAGT
TCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTCGGTAACCTTTCCATGGAAGAGA
AGCAGCTCTTCCAGAATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTCGCTCTTGAAGAAGA
ATTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCACAGAGAATCT
TTTGAGTTCTCGACTCCTGTCATCTTGGAACT***TTTGCTTTGTGGTTTTTGTTTGCTT
CAGAGATCTTGAGTTATGGTTTTGTTTGATATTAGCAGAACTGAGGTGTTAGTTTGCTTT
TTGTTAAGACATTATAATATGCAATGTTGGATT
CT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1AS13JQ 848 0 0
GTTCAGAGATTCGTCAACTGAGA*AAACTCAAGATGAGTAAGCTTCAGAGCGAGGCTCTT
AGAGAAGCCATCACGACCATCAAGGGCAAATCTGAGGAGAAGAAGCGTAACTTTACCGAG
ACGGTCGAGCTTCAGATTGGTCTGAAGAACTATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGT
GGATCTGTCAAGCTCCCGCACATCCCTCGCCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGAT
GCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGGGACTAGACTCTATGGATGTTGAGGCTTTG
AAAAGGCTCAACAA*GAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTT
CTTGGCTTCTGAGTCTGTCATCAAGCAGATTCCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAA
*GCAGGAAAGTTCCCAACACTGGTGAGTCACCAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGA
GACCAAAGCGACAGTCAAGTTCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTTGG
TAACCTTTCCATGGAAGAGAAGCATCTCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCT
TGTCTCGCTCTTGAAGAAGAATTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCAT
GGGACCACCACAGAGAATCTTTTGAGTTCTCGACTCCTGTCATCTTGGAACTCCTTTTGC
TTTGTGGTTTTTGTTTGCTTCAGAGATCTTGAGCTATGGTCTTGTTTGATATTAGCAGAA
CTGAGGTGTTAGTTTGCTTTTTGTTAAGACATTATAATATGCAATGTTGGATTTTACAAT
ATCGACT
G

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1DB85JQ 719 0 0
AAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCTGTCAAGCTCCCGCACATTCCTCGCCCTAAGATGA
AGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGGGACTAGATT
CTATGGATGTTTAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAA*GAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTT
GCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCATCAAGCAGATTCCCCGTCTT
CTTGGTCCTGGTCTTAACAAAGCAGGAAAGTTCCCAACACTGGTGAGTCACCAAGAGTCG
TTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAAAGCGACTGTGAAGTTCCAGTTGAAGAAGGTTCTG
TGTATGGGTGTTGCTGTCGGTAACCTTTCCATGGAAGAGAAGCAGCTCTTCCAGAATGTT
CAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTCGCTCTTGAAGAAGAATTGGCAAAACGTGAGGTGT
TTGTACTTGAAGAACACCATGGGACCACCACAGAGAATCTTTTGAGTTCTCGACTCCTGT
CATCTTGGAACT***TTTGCTTTGTGGTTTTTGTTTGCTTCAGAGATCTTGAGTTATGGT
TTTGTTTGATATTAGCAGAACTGAGGTGTTAGTTTGCTTTTTGTTAAGACATTATAATAT
GCAATGTTGGATTCTACAATATCGACTCTCCGATTCAGTTTTATCTTATCTATTCCGTG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 10

CO CL437Contig1 935 10 10 U
GGAAACACGATCGTGGTTGATTTGGGAATTTAGGTTTTTTTTTTCTACCGAAGATGACGA
CTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAGGTAACGAGCAGGGTGGTGCTCGTA
TCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATTCCTCTCGCGATGTCGCCGCTCACACTACTCTAAAGC
CAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGC
TTGAGGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAG
ATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGA
TTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATGTT*GATATCAAAACTGATGATGAT
AGTGATGACGAAAGT*GATGATGATGACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAA*C
TCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAGCAGA
TGGAGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACA
ATAGTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCAAGAATC
AGGCTCGTGGTGAAATGAAAGCACCTAAGCGCTTCATCAATGATACAATAAGGAACGACT
TCCACAGAAAATTCCTGCACAGATACATGAAGTGATTGAACAAGTGTTGTTACTTGTCTG
TATGATGAATGATCTATAAGGCTTTTATTCC*GTCTCTTGTACTAATACAGAAGCCAACC
AACAACTGTTTTATGTTTGATGTTTTATGTCAAAAGCTCATGCACTTGACTTCAATGCTA
TTTCTTAAATTTCTACGAAGCCCCTAATTCATCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 10 0 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 35 50 20 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BT18TF U 385
AF RR1AL67TF U 1
AF RR1EP20TF U 36
AF RR1ES55TF U 45
AF RR1H688TF U 1
AF RR1AZ33TF U 1
AF RR1AL67JQ C 135
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AF RR1BT18JQ C 267
AF RR1DQ54TF U 657
BS 1 163 RR1AL67TF
BS 164 164 RR1AZ33TF
BS 165 391 RR1AL67TF
BS 392 392 RR1AZ33TF
BS 393 658 RR1AL67TF
BS 659 811 RR1AZ33TF
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BS 829 913 RR1DQ54TF
BS 914 935 RR1ES55JQ

RD RR1BT18TF 120 0 0
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TGACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAAACTCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAG

QA 1 120 1 120
DS 

RD RR1AL67TF 658 0 0
GGAAACACGATCGTGGTTGATTTGGGAATTTAGGTTTTTTTTTTCTACCGAAGATGACGA
CTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAGGTAACGAGCAGGGTGGTGCTCGTA
TCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATTCCTCTCGCGATGTCGCCGCGCACACTACTCTAAAGC
CAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGC
TTGAGGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAG
ATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGA
TTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCCGATGTT*GATATCAAAACTGATGATGAT
AGTGATGACGAAAGT*GATGATGATGACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAA*C
TCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAGCAGA
TGGAGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACA
ATAGTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCAAGAA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1EP20TF 622 0 0
T
TTTTTTTTCTACCGAAGATGACGACTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAG
GTAACGAGCAGGGTGGTGCTCGTATCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATTCGTCTCGCGATG
TCGCCGCTCGCACGACTCTAAAGCCGAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGG
AGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGCTTGAGGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAG
ACAAATCTTTTAGTGATGATAGAGATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTACTTCTGGAAGGAT
CTAAAAGGGACCCTGAAGATCGGATTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATG
TT*GATATCAAAAGTGATGATGATAGTGATGACGAAAGT*GATGATGACGACGAGGACGA
CACTGAAGCTCTCATGGCTGAA*CTCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGC
TCAGGAAGGAAAAGCGGCAGCAGATGGAGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCA
AAGGAAACCCACTGCTCAATAACAATACTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGG
ATGATGATGTGGTGTTCAAGA

QA 2 622 2 622
DS 

RD RR1ES55TF 614 0 0
GG
ACCGAAGATGACGACTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAGGTAACGAGCA
GGGTGGTGCTCGTATCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATTCCTCTCGCGATGTCGCCGCTCA
CACTACTCTAAAGCCAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAGAAGAA
TCTCCGTGATGAGCTTGAGGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCTTA
CAATGATGATAGAGATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGAGA
CCCTGAAGATCGGATTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATGTT*GATATCA
AAACTGATGATGATAGTGATGACGAAAGT*GATGATGATGACGAGGACGACACCGAAGCT
CTCATGGCTGAA*CTCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGA
AAAGCAGAAACAGATGGAGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCC
ACTGCTTAATAACAATAGTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGACGT
GGTATTCAAGAA

QA 3 614 3 614
DS 

RD RR1H688TF 658 0 0
GGAAACACGATCGTGGTTGATTTGGGAATTTAGGTTTTTTTTT*CTACCGAAGATGACGA
CTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAGGTAACGAGCAGGGTGGTGCTCGTA
TCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATTCCTCTCGCGATGTCGCCGCTCACACTACTCTAAAGC
CAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGC
TTGAGGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAG
ATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGGTCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGA
TTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATGTT*GATATCAAAACTGATGATGAT
AGTGATGACGAAAGT*GATGATGATGACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAA*C
TCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAGCAGA
TGGAGGAACTAAACGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACA
ATAGTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCAAGAA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1AZ33TF 828 0 0
GGAAACACGATCGTGGTTGATTTGGGAATTTAGGTTTTTTTT**CTACCGAAGATGACGA
CTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAGGTAACGAGCAGGGTGGTGCTCGTA
TCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATTCCTCTCGCGATGTCGCCGCTCACACTACTCTAAAGC
CAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGC
TTGAGGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAG
ATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGA
TTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATGTT*GATATCAAAACTGATGATGAT
AGTGATGACGAAAGT*GATGATGATGACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAA*C
TCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAGCAGA
TGGAGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACA
ATAGTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCGAGAATC
AGGCTCGTGGTGAAATGAAAGCACCTAAGCGCTTCATCAATGATACAATAAGGAACGACT
TCCACAGAAAATTCCTGCACAGATACATGAAGTGATTGAACAAGTGTTGTTACTTGTCTG
TATGATGAATGATCTATAAGGCTTTTATTCCCGTCTCTTGTACTAATA

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1AL67JQ 759 0 0
CAGAAGTATTCCTCTCGCGATGTCGCCGCGCACACTACTCTAAAGCCAAGGAGGGAAGGG
CAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGCTTGAGGAGCGTGAG
AGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAGATCGCAGGAGAGGG
AATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGATTGTTCCTCGCAGT
GTAGATGCTGATGATTCCGATGTT*GATATCAAAACTGATGATGATAGTGATGACGAAAG
T*GATGATGATGACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAA*CTCGACCAGATTAAG
AAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAGCAGATGGAGGAGCTAAAC
GCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACAATAGTCCAACCTCG
TTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCAAGAATCAGGCTCGTGGTGAA
ATGAAAGCACCTAAGCGCTTCATCAATGATACAATAAGGAACGACTTCCACAGAAAATTC
CTGCACAGATACATGAAGTGATTGAACAAGTGTTGTTACTTGTCTGTATGATGAATGATC
TATAAGGCTTTTATTCC*GTCTCTTGTACTAATACAGAAGCCAACCAACAACTGTTTTAT
GTTTGATGTTTTATGTCAAAAGCTCATGCACTTGACT
AC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1ES55JQ 809 0 0
GGAG
CTCTCAGAAGTAT*CCTCTCGCGATGTCGCCGCTCACACTACTCTAAAGCCAAGGAGGGA
AGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGCTTGAGGAGCG
TGAGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAGATCGCAGGAG
AGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGATTGTTCCTCG
CAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATGTT*GATATCAAAACTGATGATGATAGTGATGACG
AAAGT*GATGATGATGACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAA*CTCGACCAGAT
TAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAACAGATGGAGGAGCT
AAACGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACAATAGTCCAAC
CTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGACGTGGTATTCAAGAATCAGGCTCGTGG
TGAAATGAAAGCACCTAAGCGCTTCATCAATGATACAATAAGGAACGACTTCCACAGAAA
ATTCCTGCACAGATACATGAAGTGATTGAACAAGTGTTGTTACTTGTCTGTATGATGAAT
GATCTATAAGGCTTTTATTCC*GTCTCTTGTACTAATACAGAAGCCAACCAACAACTGTT
TTATGTTTGATGTTTTATGTCAAAAGCTCATGCACTTGACTTCAATGCTATTTCTTAAAT
TTCTACGAAGCCCCTAATTCATCTC

QA 5 809 5 809
DS 

RD RR1BT18JQ 648 0 0
TCTTCCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAGATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTC
CTGGAAGGATTTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGATTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGAT
GATTCTGATGTT*GATATCAAAACTGATGATGATAGTGATGACGAAAGT*GATGATGATG
ACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAA*CTCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTG
GAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAGAGCAGAAGCAGATGGAGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAA
GAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACAATAGTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAA
AGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCAAGAATCAGGCTCGTGGTGAAATGAAAGCACCT
AAGCGCTTCATCAATGATACAATAAGGAACGACTTCCACAGAAAATTCCTGCACAGATAC
ATGAAGTGATTGAACAAGTGTTGTTACTTGTCTGTATGATGAATGATCTATAAGGCTTTT
ATTCC*GTCTCTTGTACTAATACAGAAGCCAACCAACAACTGTTTTATGTTTGATGTTTT
ATGTCAAAAGCTCATGCACTTGACTTCAATGCTATTTCTTAAATTTC
C

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1DQ54TF 257 0 0
G
ATCAGGCTCGTGGTGAAATGAAAGCACCTAAGCGCTTCATCAATGATACAATAAGGAACG
ACTTCCACAGAAAATTCCTGCACAGATACATGAAGTGATTGAACAAGTGTTGTTACTTGT
CTGTATGATGAATGATCTATAAGGCTTTTATTCC*GTCTCTTGTACTAATACAGAAGCCA
ACCAACAACTGTTTTATGTTTGATGTTTTATGTCAAAAGCTCATGCACTTGACTTCAATG
CTATTTCTTAAATTTC

QA 2 257 2 257
DS 



AS 3 10

CO CL438Contig1 625 4 1 U
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GGTATGAAACCCATCACCGGTGTCAGCCGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATG
TTCGTCATATCAAAACCTGATGTCTTCAAGAGCCCAGCATCAGACACATACGTAATCTTC
GGAGAGGCCAAGATCGAAGATCTGAGCTCTCAGATGCAGTCGCAAGCTGCGGAGCAGTTC
AAGGCGCCGGATCTCAGCAACGTGATCAAGGGCGAATCGTCGTCGTCCAGCGCTGCTGCG
GTGGTGCAGGATGACGATGGTGAGGAAGTCGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGATATT
GAGTTGGTGATGACACAAGCAGGTGTGCCCAGGCCAAGGGCCGTGAAGGCTCTCAAGGCT
GCTGATGGAGATATCGTCTCTGCCATCATGGAGCTTACCACCTAAAACCAAAAACCTTTT
CCAACTTTAGATGTGGTTTTAACTTGAGTTATATGTGTCCCAGAGATTTTCAAGTTTTTG
TTTCTATCTTGAAGCGATTTTCAATGTTGTATCAGTATTACAGTTTGGTTTGTTATTCAA
TTATCAAGCGTCAGTGGTGAGTTTC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1B523JQ C 1
AF RR1B523TF U 1
AF RR1B737JQ C 1
AF RR1B737TF U 1
BS 1 625 RR1B523TF

RD RR1B523JQ 625 0 0
GGAGGAAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGCCGCAAAGCCATGCTCAAGCTC
GGTATGAAACCCATCACCGGTGTCAGCCGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATG
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GGAGAGGCCAAGATCGAAGATCTGAGCTCTCAGATGCAGTCGCAAGCTGCGGAGCAGTTC
AAGGCGCCGGATTTCAGCAACGTGATCAAGGGCGAATCGTCGTCGTCCAGCGCTGCTGCG
GTGGTGCAGGATGACGATGGTGAGGAAGTCGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGATATT
GAGTTGGTGATGACACAAGCAGGTGTGCCCAGGCCAAGGGCCGTGAAGGCTCTCAAGGCT
GCTGATGGAGATATCGTCTCTGCCATCATGGAGCTTACCACCTAAAACCAAAAACCTTTT
CCAACTTTAGATGTGGTTTTAACTTGAGTTATATGTGTCCCAGAGATTTTCAAGTTTTTG
TTTCTATCTTGAAGCGATTTTCAATGTTGTATCAGTATTACAGTTTGGTTTGTTATTCAA
TTATCAAGCGTCAGTGGTGAGTTTC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1B523TF 625 0 0
GGAGGAAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGCCGCAAAGCCATGCTCAAGCTC
GGTATGAAACCCATCACCGGTGTCAGCCGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATG
TTCGTCATATCAAAACCTGATGTCTTCAAGAGCCCAGCATCAGACACATACGTAATCTTC
GGAGAGGCCAAGATCGAAGATCTGAGCTCTCAGATGCAGTCGCAAGCTGCGGAGCAGTTC
AAGGCGCCGGATCTCAGCAACGTGATCAAGGGCGAATCGTCGTCGTCCAGCGCTGCTGCG
GTGGTGCAGGATGACGATGGTGAGGAAGTCGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGATATT
GAGTTGGTGATGACACAAGCAGGTGTGCCCAGGCCAAGGGCCGTGAAGGCTCTCAAGGCT
GCTGATGGAGATATCGTCTCTGCCATCATGGAGCTTACCACCTAAAACCAAAAACCTTTT
CCAACTTTAGATGTGGTTTTAACTTGAGTTATATGTGTCCCAGAGATTTTCAAGTTTTTG
TTTCTATCTTGAAGCGATTTTCAATGTTGTATCAGTATTACAGTTTGGTTTGTTATTCAA
TTATCAAGCGTCAGTGGTGAGTTTC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1B737JQ 625 0 0
GGAGGAAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGCCGCAAAGCCATGCTCAAGCTC
GGTATGAAACCCATCACCGGTGTCAGCCGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATG
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GGAGAGGCCAAGATCGAAGATCTGAGCTCTCAGATGCAGTCGCAAGCTGCGGAGCAGTTC
AAGGCGCCGGATCTCAGCAACGTGATCAAGGGCGAATCGTCGTCGTCCAGCGCTGCTGCG
GTGGTGCAGGATGACGATGGTGAGGAAGTCGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGATATT
GAGTTGGTGATGACACAAGCAGGTGTGCCCAGGCCAAGGGCCGTGAAGGCTCTCAAGGCT
GCTGATGGAGATATCGTCTCTGCCATCATGGAGCTTACCACCTAAAACCAAAAACCTTTT
CCAACTTTAGATGTGGTTTTAACTTGAGTTATATGTGTCCCAGAGATTTTCAAGTTTTTG
TTTCTATCTTGAAGCGATTTTCAATGTTGTATCAGTATTACAGTTTGGTTTGTTATTCAA
TTATCAAGCGTCAGTGGTGAGTTTC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1B737TF 625 0 0
GGAGGAAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGCCGCAAAGCCATGCTCAAGCTC
GGTATGAAACCCATCACCGGTGTCAGCCGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATG
TTCGTCATATCAAAACCTGATGTCTTCAAGAGCCCAGCATCAGACACATACGTAATCTTC
GGAGAGGCCAAGATCGAAGATCTGAGCTCTCAGATGCAGTCGCAAGCTGCGGAGCAGTTC
AAGGCGCCGGATCTCAGCAACGTGATCAAGGGCGAATCGTCGTCGTCCAGCGCTGCTGCG
GTGGTGCAGGATGACGATGGTGAGGAAGTCGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGATATT
GAGTTGGTGATGACACAAGCAGGTGTGCCCAGGCCAAGGGCCGTGAAGGCTCTCAAGGCT
GCTGATGGAGATATCGTCTCTGCCATCATGGAGCTTACCACCTAAAACCAAAAACCTTTT
CCAACTTTAGATGTGGTTTTAACTTGAGTTATATGTGTCCCAGAGATTTTCAAGTTTTTG
TTTCTATCTTGAAGCGATTTTCAATGTTGTATCAGTATTACAGTTTGGTTTGTTATTCAA
TTATCAAGCGTCAGTGGTGAGTTTC

QA 1 625 1 625
DS 



CO CL438Contig2 679 2 2 U
GTCTTTCTCTCTCTTCTTCAATGGACACATAGCAATCATGACTACCGAAGAGAAAGAGAT
CCTCGCCGCCAAATTGGAAGAACAAAAGATCGATCTCGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGA
TGAGGATGACTCCGACGATGATAAAGATGATGATGATGATGCGGAGGGGCAAGATGGAGA
GGGAGGAGGAAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATACG
TAATCTTCGGAGAGGCCAAGATCGAAGACCTGAGCTCTCAGATGCAGTCGCAAGCTGCGG
AGCAGTTCAAGGCTCCGGATCTCAGCAAGGTGATCAAGGGCGAATCTTCGTCGTCCACCG
CTGCTGCAGTGGTGCAGGATGATGATGATGAGGAAGTCGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAA
AGGACATTGAGTTGGTGATGACGCAAGCAGGTGTGCCTAGGCCAAGGGCCGTGAAGGCTC
TCAAGGCTGCTGATGGAGATATCGTCTCTGCCATCATGGAGCTTATCACCTAAACCAAAA
ATGTTTTCCAACTTTAGATGTGGTTTTAACATGAGTTATATGTGTCCCAGAGATTTTCAA
AAGGTTTCGCAAGGTTTTTGTTTCTATCTTGAAGTGATTTTCAATGTTGTATCAGTATTA
TAGTTTGGTTTGTTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H975TF U 1
AF RR1H975JQ C 347
BS 1 669 RR1H975TF
BS 670 679 RR1H975JQ

RD RR1H975TF 669 0 0
GTCTTTCTCTCTCTTCTTCAATGGACACATAGCAATCATGACTACCGAAGAGAAAGAGAT
CCTCGCCGCCAAATTGGAAGAACAAAAGATCGATCTCGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGA
TGAGGATGACTCCGACGATGATAAAGATGATGATGATGATGCGGAGGGGCAAGATGGAGA
GGGAGGAGGAAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATACG
TAATCTTCGGAGAGGCCAAGATCGAAGACCTGAGCTCTCAGATGCAGTCGCAAGCTGCGG
AGCAGTTCAAGGCTCCGGATCTCAGCAAGGTGATCAAGGGCGAATCTTCGTCGTCCACCG
CTGCTGCAGTGGTGCAGGATGATGATGATGAGGAAGTCGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAA
AGGACATTGAGTTGGTGATGACGCAAGCAGGTGTGCCTAGGCCAAGGGCCGTGAAGGCTC
TCAAGGCTGCTGATGGAGATATCGTCTCTGCCATCATGGAGCTTATCACCTAAACCAAAA
ATGTTTTCCAACTTTAGATGTGGTTTTAACATGAGTTATATGTGTCCCAGAGATTTTCAA
AAGGTTTCGCAAGGTTTTTGTTTCTATCTTGAAGTGATTTTCAATGTTGTATCAGTATTA
TAGTTTGGT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1H975JQ 333 0 0
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AGGTGTTGAGCCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACGCAAGCAGGTGTGCCTAGGCCAAG
GGCCGTGAAGGCTCTCAAGGCTGCTGATGGAGATATCGTTTCTGCCATCATGGAGCTTAT
CACCTAAACCAAAAATGTTTTCCAACTTTAGATGTGGTTTTAACATGAGTTATATGTGTC
CCAGAGATTTTCAAAAGGTTTCGCAAGGTTTTTGTTTCTATCTTGAAGTGATTTTCAATG
TTGTATCAGTATTATAGTTTGGTTTGTTATTCC

QA 1 333 1 333
DS 



CO CL438Contig3 838 4 7 U
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TGACTACCGAAGAGAAAGAGATCCTCGCCGCCAAATTGGAAGAACAAAGGATCGATCTTG
ATAAGCCTGAAGTTGAGGACGATGAGGATGACTCCGACGATGATAAAGATGATGATGATG
ATGCGGAGGGGCAAGATGGAGAGGGAGGAGGAAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGA
AGAGCCGCAAAGCCATGCTCAAGCTCGGCATGAAACCCATCACTGGTGTCAGCCGTGTCA
CCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCGAAACCCGATGTGTTCAAGAGCC
CGGCTTCAGACACATACGTAATCTTCGGAGAGGCCAAGATCGAAGACCTGAGCTCTCAGA
TGCAGTCGCAAGCTGCGGAGCAGTTCAAGGCTCCGGATCTCAGCAAGGTGATCAAGGGCG
AATCTTCGTCGTCCACCGCTGCTGCAGTGGTGCAGGATGATGATGATGAGGAAGTCGACG
AGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACGCAAGCAGGTGTGCCTAGGC
CAAGGGCCGTGAAGGCTCTCAAGGCTGCTGATGGAGATATCGTCTCTGCCATCATGGAGC
TTACCACCAAAACCAAAAAATGTTTTCCAACTTTAGATGTGGTTTTAACATGAGTTATAT
GTGTCCCAGAGATTTTCAAAAGGTTTCGCAAGGTTTTTGTTTCTATCTTGAAGTGATTTT
CAATGTTGTATCAGTATTATAGTTTGGTTTGTTATTCCATTATCAAGCGTCGGTGGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA23TF U 1
AF RR1B602JQ C 33
AF RR1B602TF U 33
AF RR1HA23JQ C 119
BS 1 108 RR1HA23TF
BS 109 109 RR1B602TF
BS 110 562 RR1HA23TF
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BS 743 743 RR1B602JQ
BS 744 769 RR1B602TF
BS 770 838 RR1HA23JQ

RD RR1HA23TF 562 0 0
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AATCTTCGTCGTCCACCGCTGCTGCAGTGGTGCAGGATGATGATGATGAGGAAGTCGACG
AGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGA

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1B602JQ 737 0 0
GG
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ATCGAAACCCGATGTGTTCAAGAGCCCGGCTTCAGACACATACGTAATCTTCGGAGAGGC
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TTTTGTTTCTATCTT

QA 3 737 3 737
DS 

RD RR1B602TF 737 0 0
GG
CTTCTTCAATAGACACATAGCAATCATGACTACCGAAGAGAAAGAGATCCTCGCCGCCAA
ATTGGAAGAACAAAGGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGATGAGGATGACTC
CGACGATGATAAAGATGATGATGATGATGCGGAGGGGCAAGATGGAGAGGGAGGAGGAAA
GTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGATCCGCAAAGCCATGCTCAAGCTCGGTATGAA
ACCCGTCACTGGTGTCAGCCGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCAT
ATCGAAACCCGATGTGTTCAAGAGCCCGGCTTCAGACACATACGTAATCTTCGGAGAGGC
CAAGATCGAAGACCTGAGCTCTCAGATGCAGTCGCAAGCTGCGGAGCAGTTCAAGGCTCC
GGATCTCAGCAAGGTGATCAAGGGCGAATCTTCGTCGTCCACCGCTGCTGCAGTGGTGCA
GGATGATGATGATGAGGAAGTCGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGACATTGAGTTGGT
GATGACGCAAGCAGGTGTGCCTAGGCCAAGGGCCGTGAAGGCTCTCAAGGCTGCTGATGG
AGATATCGTCTCTGCCATCATGGAGCTTACCACCAAAACCAAAAAATGTTTTCCAACTTT
AGATGTGGTTTTAACATGAGTTATATGTGTCCCAGAGATTTTCAAAAG*TTTCGCAAGGT
TTTTGTTTCTATCTT

QA 3 737 3 737
DS 

RD RR1HA23JQ 720 0 0
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TGATGCGGAGGGGCAAGATGGAGAGGGAGGAGGAAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAA
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CACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCGAAACCCGATGTGTTCAAGAG
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CGAATTTTCGTCGTCCACCGCTGCTGCAGTGGTGCAGGATGATGATGATGAGGAAGTCGA
CGAGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACGCAAGCAGGTGTGCCTAG
GCCAAGGGCCGTGAAGGCTCTCAAGGCTGCTGATGGAGATATCGTCTCTGCCATCATGGA
GCTTACCACCTAAACCAAAAAATGTTTTCCAACTTTAGATGTGGTTTTAACATGAGTTAT
ATGTGTCCCAGAGATTTTCAAAAGGTTTCGCAAGGTTTTTGTTTCTATCTTGAAGTGATT
TTCAATGTTGTATCAGTATTATAGTTTGGTTTGTTATTCCATTATCAAGCGTCGGTGGAG

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 9

CO CL439Contig1 655 9 9 U
GGGAGGTATCGCCGACGAGTAACAGCATCAAAAAAAA*GAATCGACAATGGAGCAAACTT
TCATCATGATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGTCTGGTCGGTCAAATCATCTGCAGGT
TCGAGCAGAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGCTGATCACAGTTGACCGTCCTTTTG
CTGAGAAGCACTACCAAGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTTCAGTGGCCTTGTTGATTACA
TAATCTCTGGTCCAGTCGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAAGAACGTTGTGTTGACGGGAA
GGAAGATCATTGGAGCAACCAACCCTGCAGCTTCTGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATT
TTGCAATTGACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGACTCTGTTGATAGCGCTAACA
AAGAATGTGCGTTGTGGTTCCCTGATGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCACTCTT
GGATCTACGAATGATTCTATCGTTTTTGTGATTCAAATCATGTTTCTCCACTGTTATTGC
TGTTATCTCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTGAAGTTTGAATCTTAAAACAT
GACTTTGTTTTTTTTTTGTGTGGGGTTTTTTTTACTCGAGTCTTATATTCTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 45 40 40 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1F694TF U 1
AF RR1DH61TF U 2
AF RR1FS77TF U 2
AF RR1DH61JQ C 41
AF RR1DH42TF U 6
AF RR1DH42JQ C 17
AF RR1BS38TF U 470
AF RR1DM31JQ C 100
AF RR1DM31TF U 100
BS 1 37 RR1F694TF
BS 38 38 RR1FS77TF
BS 39 609 RR1F694TF
BS 610 612 RR1DH61TF
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BS 621 652 RR1DH42TF
BS 653 655 RR1DH42JQ

RD RR1F694TF 609 0 0
GGGAGGTATCGCCGACGAGTAACAGCATCAAAAAAAAAGAATCGACAATGGAGCAAACTT
TCATCATGATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGTCTGGTCGGTCAAATCATCTGCAGGT
TCGAGCAGAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGCTGATCACAGTTGACCGTCCTTTTG
CTGAGAAGCACTACCAAGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTTCAGTGGCCTTGTTGATTACA
TAATCTCTGGTCCAGTCGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAAGAACGTTGTGTTGACGGGAA
GGAAGATCATTGGAGCAACCAACCCTGCAGCTTCTGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATT
TTGCAATTGACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGACTCTGTTGATAGCGCTAACA
AAGAATGTGCGTTGTGGTTCCCTGATGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCACTCTT
GGATCTACGAATGATTCTATCGTTTTTGTGATTCAAATCATGTTTCTCCACTGTTATTGC
TGTTATCTCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTGAAGTTTGAATCTTAAAACAT
GACTTTGTT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1DH61TF 611 0 0
GGAGGT
ATCGCCGACGAGTAACAGCATCAAAAAAAAAGAATCGACAATGGAGCAAACTTTCATCAT
GATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGTCTGGTCGGTCAAATCATCTGCAGGTTCGAGCA
GAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGCTGATCACAGTTGACCGTCCTTTTGCTGAGAA
GCACTACCAAGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTTCAGTGGCCTTGTTGATTACATAATCTC
TGGTCCAGTCGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAAGAACGTTGTGTTGACGGGAAGGAAGAT
CATTGGAGCAACCAACCCTGCAGCTTCTGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTTTGCAAT
TGACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGACTCTGTTGATAGCGCTAACAAAGAATG
TGCGTTGTGGTCCCCTGATGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCACTCTTGGATCTA
CGAATGATTCTATCGTTTTTATGATTCAAATCATGTTTCTCCACTGTTATTGCTGTTATC
TCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTGAAGTTTGAATCTTAAAACATGACTTTG
TTTTT

QA 7 611 7 611
DS 

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GGAGGT
ATCGCCGACGAGTAACAGCATCAAAAAAAA*GAATCGACAATGGAGCAAACTTTCATCAT
GATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGTCTGGTCGGTCAAATCATCTGCAGGTTCGAGCA
GAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGCTGATCACAGTTGACCGTCCTTTTGCTGAGAA
GCACTACCAAGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTTCAGTGGCCTTGTTGATTACATAATCTC
TGGTCCAGTCGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAAGAACGTTGTGTTGACGGGAAGGAAGAT
CATTGGAGCAACCAACCCTGCAGCTTCTGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTTTGCAAT
TGACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGACTCTGTTGATAGCGCTAACAAAGAATG
TGCGTTGTGGTTCCCTGATGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCACTCTTGGATCTA
CGAATGATTCTATCGTTTTTGTGATTCAAATCATGTTTCTCCACTGTTATTGCTGTTATC
TCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTGAAGTTTGAATCTTAAAACATGACTTTG
TTTTTTTTGTGTG
GGG

QA 7 619 7 619
DS 

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CGGTCAAATCATCTGCAGGTTCGAGCAGAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGCTGAT
CACAGTTGACCGTCCTTTTGCTGAGAAGCACTACCAAGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTT
CAGTGGCCTTGTTGATTACATAATCTCTGGTCCAGTCGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAA
GAACGTTGTGTTGACGGGAAGGAAGATCATTGGAGCAACCAACCCTGCAGCTTTTGAACC
AGGAACCATCCGTGGGGATTTTGCAATTGACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGA
CTCTGTTGATAGCGCTAACAAAGAATGTGCGTTGTGGTCCCCTGATGGACCTGTGAACTG
GCAGAGCAGCCTTCACTCTTGGATCTACGAATGATTCTATCGTTTTTATGATTCAAATCA
TGTTTCTCCACTGTTATTGCTGTTATCTCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTG
AAGTTTGAATCTTAAAACATGACTTTGTTTTTTT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1DH42TF 650 0 0
GG
ATCGCCGACGAGTAACAGCATCAAAAAAAA*GAATCGACAATGGAGCAAACTTTCATCAT
GATCAAGCCCGACGGCGTCCAGAGGGGTCTGGTCGGTCAAATCATCTGCAGGTTCGAGCA
GAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGCTGATCACAGTTGACCGTCCTTTTGCTGAGAA
GCACTACCAAGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTTCAGTGGCCTTGTTGATTACATAATCTC
TGGTCCAGTCGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAAGAACGTTGTGTTGACGGGAAGGAAGAT
CATTGGAGCAACCAACCCTGCAGCTTCTGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTTTGCAAT
TGACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGACTCTGTTGATAGCGCTAACAAAGAATG
TGCGTTGTGGTTCCCTGATGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCACTCTTGGATCTA
CGAATGATTCTATCGTTTTTGTGATTCAAATCATGTTTCTCCACTGTTATTGCTGTTATC
TCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTGAAGTTTGAATCTTAAAACATGACTTTG
TTTTTTTTTTGTGTGGGGTTTTTTTTACTCGAGTCTTATATTCTC
TTT

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR1DH42JQ 639 0 0
GAGTAACAGCATCAAAAAAAA*GAATCGACAATGGAGCAAACTTTCATCATGATCAAGCC
CGACGGCGTCCAGAGGGGTCTGGTCGGTCAAATCATCTGCAGGTTCGAGCAGAAGGGTTT
CACTTTGAAAGGTCTAAAGCTGATCACAGTTGACCGTCCTTTTGCTGAGAAGCACTACCA
AGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTTCAGTGGCCTTGTTGATTACATAATCTCTGGTCCAGT
CGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAAGAACGTTGTGTTGACGGGAAGGAAGATCATTGGAGC
AACCAACCCTGCAGCTTCTGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTTTGCAATTGACATTGG
CAGGAACATTATCCATGGTAGTGACTCTGTTGATAGCGCTAACAAAGAATGTGCGTTGTG
GTTCCCTGATGGACCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCACTCTTGGATCTACGAATGATT
CTATCGTTTTTGTGATTCAAATCATGTTTCTCCACTGTTATTGCTGTTATCTCTGTTGCT
TTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTGAAGTTTGAATCTTAAAACATGACTTTGTTTTTTTTT
TGTGTGGGGTTTTTTTTACTCGAGTCTTATATTCTCTTT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1BS38TF 142 0 0
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ACTGTTATTGCTGTTATCTCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTGAAGTTTGAA
TCTTAAAACATGACTTTGTTTT

QA 1 142 1 142
DS 

RD RR1DM31JQ 553 0 0
G
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CACAGTTGACCGTCCTTTTGCTGAGAAGCACTACCAAGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTT
CAGTGGCCTTGTTGATTACATAATCTCTGGTCCAGTCGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAA
GAACGTTGTGTTGACGGGAAGGAAGATCATTGGAGCAACCAACCCTGCAGCTTCTGAACC
AGGAACCATCCGTGGGGATTTTGCAATTGACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGA
CTCTGTTGATAGCGCTAACAAAGAATGTGCGTTGTGGTTCCCTGATGGACCTGTGAACTG
GCAGAGCAGCCTTCACTCTTGGATCTACGAATGATTCTATCGTTTTTGTGATTCAAATCA
TGTTTCTCCACTGTTATTGCTGTGATCTCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTG
AAGTTTGAATCTTAAAACATGACTTTGTTTTTTTTTTGTGTGGGGTTTTTTTTACTCGAG
TCTTATATTCTC

QA 2 553 2 553
DS 

RD RR1DM31TF 553 0 0
G
CGGTCAAATCATCTGCAGGTTCGAGCAGAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGCTGAT
CACAGTTGACCGTCCTTTTGCTGAGAAGCACTACCAAGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTT
CAGTGGCCTTGTTGATTACATAATCTCTGGTCCAGTCGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAA
GAACGTTGTGTTGACGGGAAGGAAGATCATTGGAGCAACCAACCCTGCAGCTTCTGAACC
AGGAACCATCCGTGGGGATTTTGCAATTGACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGA
CTCTGTTGATAGCGCTAACAAAGAATGTGCGTTGTGGTTCCCTGATGGACCTGTGAACTG
GCAGAGCAGCCTTCACTCTTGGATCTACGAATGATTCTATCGTTTTTGTGATTCAAATCA
TGTTTCTCCACTGTTATTGCTGTGATCTCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTG
AAGTTTGAATCTTAAAACATGACTTTGTTTTTTTTTTGTGTGGGGTTTTTTTTACTCGAG
TCTTATATTCTC

QA 2 553 2 553
DS 



AS 2 9

CO CL440Contig1 992 6 5 U
GGACAATCTGAGATCTTTAGCCGTAGCAGAGCAATGGCTGGAGCAGAGCAACTCCAAAGA
TGGAGCCTTCAAGTCAAGACTGCACTTGTAACCGGTGGAACCAAAGGCATTGGACATGCT
GTGGTAGAGGAACTTGCAGGATTTGGAGCCATAATACATACTTGCGCCAGAGACGAATCT
CAGCTTAACGAGTGTATAAGCCAATGGCAAAAGAAAGGGTTTCAAGTCACAGGTTCAGTC
TGTGACGTCACTTCTAGAACAGACAGAGAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATGTTT
GGCGGGAAGCTAGATATCCTTGTAAACAATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACAGTG
GATCATACAGCAGAAGACTTTTCATTTCACATCTCGACCAACTTAGAATCTGCTTTCCAT
CTAAGCCAGCTTTCACACCCCTTGCTTAAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTCATG
TCCTCTGTTGCTGGAGTTGTATCGCTTAGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACAAAAGGG
GCTATGAATCAGCTAGCAAGGAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGGGCT
AATGCTGTGGCTCCTGCTGTCATCGCAACTGATCTGGCTAAAGCTGTGTATGATGAAGAG
TTTAAGAAGGCTGTGATATCTAGAAAGCCGTTGGGGCGTTTTGGGGAGCCTGAAGAGGTT
GCCTCACTTGTGGCTTTTCTATGTATGCCTGCAGCTTCTTACATAACTGGTCAGACCATT
TGTGTCGATGGAGGTCTCTCTGTCAATGGCTTCTCGTATCAGTCACATGGTTAAAATCCA
ATGCTCCAAATAAATTAAAAACTTCAAATTTTTACAAATAAGTTTCAGTGTCTAGAAACA
GAATTTGTATGTTCACTATGTTTCTCGTTATCATATTGGGCTAATTCACCAATATATAAG
ACAGAACGAATCTCTCCTCTGATCAGTACATA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1BD66TF U 1
AF RR1EO11TF U 2
AF RR1FF30JQ C 258
AF RR1FF30TF U 258
AF RR1BD66JQ C 147
AF RR1EO11JQ C 201
BS 1 258 RR1BD66TF
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BS 666 895 RR1FF30TF
BS 896 992 RR1BD66JQ

RD RR1BD66TF 665 0 0
GGACAATCTGAGATCTTTAGCCGTAGCAGAGCAATGGCTGGAGCAGAGCAACTCCAAAGA
TGGAGCCTTCAAGTCAAGACTGCACTTGTAACCGGTGGAACCAAAGGCATTGGACATGCT
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TGTGACGTCACTTCTAGAGCAGACAGAGAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATGTTT
GGCGGGAAGCTAGATATCCTTGTAAACAATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACAGTG
GATCATACAGCAGAAGACTTTTCATTTCACATCTCGACCAACTTAGAATCTGCTTTCCAT
CTAAGCCAGCTTTCACACCCCTTGCTTAAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTCATG
TCCTCTGTTGCTGGAGTTGTATCGCTTAGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACAAAAGGG
GCTATGAATCAGCTAGCAAGGAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGGGCT
AATGCTGTGGCTCCTGCTGTCATCGCAACTGATCTGGCTAAAGCTGTGTATGATGAAGAG
TTTAA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1EO11TF 663 0 0
GG
CAATCTGAGATCTTTAGCCGTAGCAGAGCAATGGCTGGAGCAGAGCAACTCCAAAGATGG
AGCCTTCAAGTCAAGACTGCACTTGTAACCGGTGGAACCAAAGGCATTGGACATGCTGTG
GTAGAGGAACTTGCAGGATTTGGAGCCATAATACATACTTGCGCCAGAGACGAATCTCAG
CCTAACGAGTGTATAAGCCAATGGCAAAAGAAAGGGTTTCAAGTCACAGGTTCAGTCTGT
GACGTCACTTCTAGAACAGACAGAGAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATGTTTGGC
GGGAAGCTAGATATCCTTGTAAACAATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACAGTGGAT
CATACAGCAGAAGACTTTTCATTTCACATCTCGACCAACTTAGAATCTGCTTTCCATCTA
AGCCAGCTTTCACACCCCTTGCTTAAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTCATGTCC
TCTGTTGCTGGAGTTGTATCGCTTAGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACAAAAGGGGCT
ATGAATCAGCTAGCAAGGAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGGGCTAAT
GCTGTGGCTCCTGCTGTCATCGCAACTGATCTGGCTAAAGCTGTGTATGATGAAGAGTTT
A

QA 3 663 3 663
DS 

RD RR1FF30JQ 638 0 0
G
ACAGACAGAGAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATGTTTGGCGGGAAGCTAGATATC
CTTGTAAACAATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACAGTGGATCATACAGCAGAAGAC
TTTTCATTTCACATCTCGACCAACTTAGAATCTGCTTTCCATTTAAGCCAGCTTTCACAC
CCCTTGCTTAAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTCATGTCCTCTGTTGCTGGAGTT
GTATCGCTTAGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACGAAAGGGGCTATGAATCAGCTAGCA
AGGAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGGGCTAATGCTGTGGCTCCTGCT
GTCATCGCAACTGATCTGGCTAAAACTGTGTATGATGAAGAGTTTAAGAAGGCTGTGATA
TCTAGAAAGCCGTTGGGGCGTTTTGGGGAGCCTGAAGAGGTTGCCTCACTTGTGGCTTTT
CTATGTATGCCTGCAGCTTCTTACATAACTGGTCAGACCATTTGTGTCGATGGAGGTCTC
TCTGTCAATGGCTTCTCGTATCAGTCACATGGTTAAAATCCAATGCTCCAAATAAATTAA
AAACTTCAAATTTTTACAAATAAGTTTCAGTGTCTAG

QA 2 638 2 638
DS 

RD RR1FF30TF 638 0 0
G
ACAGACAGAGAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATGTTTGGCGGGAAGCTAGATATC
CTTGTAAACAATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACAGTGGATCATACAGCAGAAGAC
TTTTCATTTCACATCTCGACCAACTTAGAATCTGCTTTCCATCTAAGCCAGCTTTCACAC
CCCTTGCTTAAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTCATGTCCTCTGTTGCTGGAGTT
GTATCGCTTAGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACGAAAGGGGCTATGAATCAGCTAGCA
AGGAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGGGCTAATGCTGTGGCTCCTGCT
GTCATCGCAACTGATCTGGCTAAAACTGTGTATGATGAAGAGTTTAAGAAGGCTGTGATA
TCTAGAAAGCCGTTGGGGCGTTTTGGGGAGCCTGAAGAGGTTGCCTCACTTGTGGCTTTT
CTATGTATGCCTGCAGCTTCTTACATAACTGGTCAGACCATTTGTGTCGATGGAGGTCTC
TCTGTCAATGGCTTCTCGTATCAGTCACATGGTTAAAATCCAATGCTCCAAATAAATTAA
AAACTTCAAATTTTTACAAATAAGTTTCAGTGTCTAG

QA 2 638 2 638
DS 

RD RR1BD66JQ 846 0 0
AGCCATAATACATACTTGCGCCAGAGACGAATCTCAGCTTAACGAGTGTATAAGCCAATG
GCAAAAGAAAGGGTTTCAAGTCACAGGTTCAGTCTGTGACGTCACTTCTAGAGCAGACAG
AGAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATGTTTGGCGGGAAGCTAGATATCCTTGTAAA
CAATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACAGTGGATCATACAGCAGAAGACTTTTCATT
TCACATCTCGACCAACTTAGAATCTGCTTTCCATCTAAGCCAGCTTTCACACCCCTTGCT
TAAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTCATGTCCTCTGTTGCTGAAGTTGTATCGCT
TAGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACAAAAGGGGCTATGAATCAGCTAGCAAGGAATTT
GGCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGGGCTAATGCTGTGGCTCCTGCTGTCATCGC
AACTGATCTGGCTAAAGCTGTGTATGATGAAGAGTTTAAGAAGGCTGTGATATCTAGAAA
GCCGTTGGGGCGTTTTGGGGAGCCTGAAGAGGTTGCCTCACTTGTGGCTTTTCTATGTAT
GCCTGCAGCTTCTTACATAACTGGTCAGACCATTTGTGTCGATGGAGGTCTCTCTGTCAA
TGGCTTCTCGTATCAGCCACATGGTTAAAATCCAATGCTCCAAATAAATTAAAAACTTCA
AATTTTTACAAATAAGTTTCAGTGTCTAGAAACAGAATTTGTATGTTCACTATGTTTCTC
GTTATCATATTGGGCTAATTCACCAATATATAAGACAGAACGAATCTCTCCTCTGATCAG
TACATA

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR1EO11JQ 787 0 0
CCAATGGCAAAAGAAAGGGTTTCAAGTCACAGGTTCAGTCTGTGACGTCACTTCTAGAAC
AGACAGAGAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATGTTTGGCGGGAAGCTAGATATCCT
TGTAAACAATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACAGTGGATCATACAGCAGAAGACTT
TTCATTTCACATCTCGACCAACTTAGAATCTGCTTTCCATCTAAGCCAGCTTTCACACCC
CTTGCTTAAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTCATGTCCTCTGTTGCTGGAGTTGT
ATCGCTTAGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACAAAAGGGGCTATGAATCAGCTAGCAAG
GAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGGGCTAATGCTGTGGCTCCTGCTGT
CATCGCAACTGATCTGGCTAAAGCTGTGTATGATGAAGAGTTTAAGAAGGCTGTGATATC
TAGAAAGCCGTTGGGGCGTTTTGGGGAGCCTGAAGAGGTTGCCTCACTTGTGGCTTTTCT
ATGTATGCCTGCAGCTTCTTACATAACTGGTCAGACCATTTGTGTCGATGGAGGTCTCTC
TGTCAATGGCTTCTCGTATCAGCCACATGGTTAAAATCCAATGCTCCAAATAAATTAAAA
ACTTCAAATTTTTACAAATAAGTTTCAGTGTCTAGAAACAGAATTTGTATGTTCACTATG
TTTCTCGTTATCATATTGGGCTAATTCACCAATATATAAGACAGAACGAATCTCTCCTCT
GATCAGT

QA 1 787 1 787
DS 



CO CL440Contig2 693 3 5 U
TATGTACTGATCAGAGGAGAGATTCGTTCTGTCTTATATATTGGTGAATTAGCCCAATAT
GATAACGAGAAACATAGTGAACATACAAATTCTGTTTCTAGACACTGAAACTTATTTGTA
AAAATTTGAAGTTTTTAATTTATTTGGAGCATTGGATTTTAACCATGTGGCTGATACGAG
AAGCCATTGACAGAGAGACCTCCATCAACACAAATGGTCTGACCAGTTATGTAAGAAGCT
GCAGGCATACATAGAAAAGCCACAAGTGAGGCAACCTCTTCAGGCTCCCCAAAACGCCCC
AACGGCTTTCTAGATATCACAGCCTTCTTAAACTCTTCATCATACACAGCTTTAGCCAGA
TCAGTTGCGATGACAGCAGGAGCCACGGCATTAGCCCTAATGCCATCACTAGCCCATTCG
CATGCCAAATTCCTTGCTAGCTGATTCATAGCCCCTATGTTGACACTCACACACATTTCA
AAAGTTTAATTTTTTTTTCATTAATTTGAATAAAATTAAAGAAAGAGTTCTTAAATACAA
CTAACTAAGCCAACATAACCTTAAGCAAATACTGAACCCCCCAAAAAAAAATTAAACCAC
ATATAGCAGCATATTGTAAAATTTAATAGCACATTTAAGTCTCTCAATATTCAAAAACTA
ACCTATTTGAACCTCTAGTAGGTTTTAAGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET09JQ U 132
AF RR1ET09TF C 97
AF RR1DT44JQ U 1
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BS 207 207 RR1ET09JQ
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BS 388 693 RR1DT44JQ

RD RR1ET09JQ 331 0 0
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TAGAAAAGCCACAAGTGAGGCAACCTCTTCAGGCTCCCCAAAACGCCCCAACGGCTTTCT
AGATATCACAGCCTTCTTAAACTCTTCATCATACACAGCTTTAGCCAGATCAGTTGCGAT
GACAGCAGGAGCCACGGCATTAGCCCTAATGCCATCACTAGCCCATTCGCATGCCAAATT
CCTTGCTAGCTGATTCATAGCCCCTATGTT
C

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DS 

RD RR1ET09TF 366 0 0
A
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TTTAACCATGTGGCTGATACGAGAAGCCATTGACAGAGAGACCTCCATCAACACAAATGG
TCTGACCAGTTATGTAAGAAGCTGCAGGCATACATAGAAAAGCCACAAGTGAGGCAACCT
CTTCAGGCTCCCCAAAACGCCCCAACGGCTTTCTAGATATCACAGCCTTCTTAAACTCTT
CATCATACACAGCTTTAGCCAGATCAGTTGCGATGACAGCAGGAGCCACGGCATTAGCCC
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TGTT
C

QA 2 365 2 365
DS 

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AAAATTTGAAGTTTTTAATTTATTTGGAGCATTGGATTTTAACCATGTGGCTGATACGAG
AAGCCATTGACAGAGAGACCTCCATCGACACAAATGGTCTGACCAGTTATGTAAGAAGCT
GCAGGCATACATAGAAAAGCCACAAGTGAGGCAACCTCTTCAGGCTCCCCAAAACGCCCC
AACGGCTTTCTAGATATCACAGCCTTCTTAAACTCTTCATCATACACAGCTTTAGCCAGA
TCAGTTGCGATGACAGCAGGAGCCACAGCATTAGCCCTAATGCCATCACTAGCCCATTCG
CATGCCAAATTCCTTGCTAGCTGATTCATAGCCCCTATGTTGACACTCACACACATTTCA
AAAGTTTAATTTTTTTTTCATTAATTTGAATAAAATTAAAGAAAGAGTTCTTAAATACAA
CTAACTAAGCCAACATAACCTTAAGCAAATACTGAACCCCCCAAAAAAAAATTAAACCAC
ATATAGCAGCATATTGTAAAATTTAATAGCACATTTAAGTCTCTCAATATTCAAAAACTA
ACCTATTTGAACCTCTAGTAGGTTTTAAGTATT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 9

CO CL441Contig1 853 9 16 U
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GTGAAGCTTTTGGGAATATGGGCGAGCCCTTTCAGCCGTCGGATCGAGATGGCTCTCAAA
CTCAAAGGCATACCGTACGATTACGTTGAAGAAATACTAGAGCACAAAAGCCCTTTGCTT
CTTGCACTCAACCCTATCCACAAGAAGGTCCCTGTTCTTGTCCACAATGGCAAAACCATT
CTCGAGTCTCAAGTGATTCTTCAATACATCGATGAGACTTGGAAACAGAATCCAATTCTC
CCTGAAGATCCTTACGAGAGATCCAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAACAG
ATTATCACTGCGGGTTTTGTATCAATGGCAAGAGCAGACGAGAAAGGAAGAGAGGCTTTG
GCGGAGCAGACAAGAGAACTGATTGTGAATCTGGAGAAGGAACTTGTCGGAAAAGATTTC
TTCGGCGGTAAGAGTGTCGGGTTCTT*GGATTTAGTTGCCGGAAGTATGATTCC*GTTTT
GTTTGGAGAGAGGTTGGGAAGGAATGGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTTTCCAG
AATACAGCAGATGGGTGAAGAACTTGGAG*AAGGTTGAGGCTGTGAAAGATTGTATTCCT
CCAAGAGAGAAACATGTTGAACACATGAATTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCGCTTAG
TCGGAAGTCATATTTGGTTCTGTGTTTCAATGTTTTTAAGTTACTGTCATGTTTGAACTT
TGAACCTTGTTATCTGTTATTGTTTCTCAAAAAGCTTATCTTTATTCTTCTAATAAACAA
ATTCATCTTATTA


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 40 40 40 40 
25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1EO34TF U 1
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AF RR1FU20TF U 481
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AF RR1FG04JQ C 4
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TGGAG*AAG*TTGAGGCTGTGAAAGATTGTATTCCTCCAAGAGAGAAACATGTTGAACAC
ATGAATTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCG

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GTTTGGAGAGAGGTTGGGAAGGAATGGGATTGAAAGTGATTTCGGAGGAGAAGTTTCCAG
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CCAAGAGAGAAACATGTTGAACACATGAATTATATGGGGGAAAGAATCA

QA 1 229 1 229
DS 

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GG
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AGCTTTTGGGAATATGGGCGAGCCCTTTCAGCCGTCGGATCGAGATGGCTCTCAAACTCA
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A*GTCATATTTGGTTCTGTGTTC**ATGTTTT*AAGTTACTGTCATGTTTGA
CTTTGAC

QA 3 774 3 774
DS 

RD RR1FG04JQ 828 0 0
G
AACACATTTCTAGG*GACAGATAGAAATAAAACAAGTAATGGCGGAGAAAGAAGAAGTGA
AGCTTTTGGGAATATGGGCGAGCCCTTTCAGCCGTCGGATCGAGATGGCTCTCAAACTCA
AAGGCATACCGTGCGATTACGTTGAAGAAATACTAGGGCACAAAAGCCCTTTGCTTCTTG
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AGTCTCAAGTGATTCTTCAATACATCGATGAGACTTGGAAACAGAATCCAATTCTCCCTG
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GGAGAGAGGTTGGGAAGGAATGGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTTTCCAGAATA
CAGCAGATGGGTGAAGAACTTGGAG*AAGGTTGAGGCTGTGAAAGATTGTATTCCTCCAA
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AAGTCATATTTGGTTCTGTGTTTCAATGTTTTTAAGTTACTGTCATGTTTGAACTTTGAA
CCTTGTTATCTGTTATTGTTTCTCAAAAGGCTTATCTTTTTTCTTCT

QA 2 828 2 828
DS 

RD RR1FU20JQ 562 0 0
TCTCAAGTGATTCTTCAATACATCGATGAGACTTGGAAACAGAATCCAATTCTCCCTGAA
GATCCTTACGAGAGATCCAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAACAGATTATC
ACTGCGGGTTTTGTATCAATGGCAAGAGCAGACGAGAAAGGAAGAGAGGCTTTGGCGGAG
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GTCATATTTGGTTCTGTGTTTCAATGTTTTTAAGTTACTGTCATGTTTGAACTTTGAACC
TTGTTATCTGTTAT
TGTTTCCC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR1CQ44TF 597 0 0
CACAAGAAGGTCCCTGTTCTTGTCCACAATGGCAAAACCATTCTCGAGTCTCAAGTGATT
CTTCAATACATCGATGAGACTTGGAAACAGAATCCAATTCTCCCTGAAGATCCTTACGAG
AGATCCAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAACAGATTATCACTGCGGGTTTT
GTATCAATGGCAAGAGCAGACGAGAA*GGAAGAGAGGCTTTGGCGGAGCAGACAAGAGAA
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GGGTTCTT*GGATTTAGTTGCCGGAAGTATGATTCC*GTTTTGTTTGGAGAGAGGTTGGG
AAGGAATGGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTTTCCAGAATACAGCAGATGGGTGA
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GAACACATGAATTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCGCTTAGTCGGAAGTCATATTTGGT
TCTGTGTTTCAATGTTTTTAAGTTACTGTCATGTTTGAACTTTGAACCTTGTTATCT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1BL63JQ 752 0 0
GGATCGAGATGGCTCTCAAACTCAAAGGCATACCGTACGATTACGTTGAGGAAATACTAG
AGCACAAAAGCCCTTTGCCTCTTGCACTCAACCCTATCCACAAGAAGGTCCCTGTTCTTG
TCCACAATGGCAAAACCATTCTCGAGTCTCAAGTGATTCTTCAATACATCGATGAGACTT
GGAAACAGAATCCAATTCTCCCTGAAGATCCTTACGAGAGATCCAAGGCTCGATTCTTAG
CTAAACTCGTCGATGAACAGATTATCACTGCGGGTTTTGTATCAATGGCAAGAGCAGACG
AGAAAGGAAGAGAGGCTTTGGCGGAGCAGACAAGAGAACTGATTATGAATCTGGAGAAGG
AACTTGTCGGAAAAGATTTCTTCGGCGGTAAGAGTGTCGGGTTCTT*GGATTTAGTTGCC
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AAAGAATCAGATCCGCTTAGTCGAAAGTCATATTTGGTTCTGTGTTTCAATGTTTTTAAG
TTACTGTCATGTTTGAACTTTGAACCTTGTTATCTGTTAT*GTTTCTCAAAAAGCTTATC
TTTATTCTTCTAATAAACAAATTCATCTTATT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1A276JQ 558 0 0
TTCTCCCTGAAGATCCTTACGAGAGATCCAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATG
AACAGATTATCACTGCGGGTTTTGTATCAATGGCAAGAGCAGACGA*AAAGGAAGAGAGG
CTTTGGCGGAGCAGACAAGAGAACTGATTGTGAATCTGGAGAAGGAACTTGTCGGAAAAG
ATTTCTTCGGCGGTAAGAGTGTCGGGTTCTT*GGATTTAGTTGCCGGGAGTATGATTCC*
GTTTTGTTTGGAGAGAGGTTGGGAAGGAATTGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTT
TCCAGAATACGGCAGATGGGTGAAGAACTTGGAG*AAGGTTGAGGCTGTGAAAGATTGTA
TTCCTCCAAGAGAGAAACATGTTGAACACATGAATTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCG
CTTAGTCGGAAGTCATATTTGGTTCTGTGTTTCAATGTTTTTAAGTTACTGTCATGTTTG
AACTTTGAACCTTGTTATCTGTTATTGTTTCTCAAAAAGCTTATCTTTATTCTTCTAATA
AACAAATTCATCTTATTA

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 10

CO CL442Contig1 1039 10 34 U
GGATTTTGACCAACCAACATTCATACGCAAACGACCAATTCGAACGGATCTGCTTGTGAT
TGATACCTTCTTCTTCTCCTCCAAGCCAGAGCCTGCGATTCATTAAGTTGCTCTATTGTT
CTTAGAAATAGGAATCAAATGGGACCAAAAGCTGGAACGTTGGTTATTATCTTGCTGCTG
GGTTTGACCTTGCTTTCTGACGCTAGGTCTTTCCTTCACTCTTCCCTAGACTCAGAGGAA
GTATCAAAGAACGAAAAGGTTTGCACTCTGTGTGAGGAGTATGTTAACGTTGCTATAACC
TACCTTGAGAAAAACGAAACACAAGCACAGGTTATCGAGGACCTTCATGAGCGGTGCTCC
CATATGCGCGGTTTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTGGTTGACTACTACGTCCCTCTTTTC
TTCATACAACTCGAGTCGTTTCAACCTGAAGATTTCTGCAAGAGGATGAATCTTTGTGAC
AAAGTGGCAGCTCTTGTGGAAGAAGCCCGTCAGGATAGCTGCGCTGTATGCCACAAGACT
GTTTCAGATATTCTCATCAAACTCCAAGATCCTGACACTCAGTTGGATATAGTTGAGCTA
CTTCTCAAGGGATGCAAATCGTTCAAGAACTACGAGAAGAAGTGCAAGAAGTTTGTGTTC
GAGTATGGACCTCTGATCCTGGTTAATGCAAACGATTTCCTTGTTAAAAATGACGTCTGC
ACACTCTTACGCGCGTGTCCAGCGGCAGAGGAAATGGTTAAAAGGCAGCCCGGGTCGGCT
GATTCTTGAATGTTAATAAAAAAAGATGGTTTTCGGGAATACAACTGCTGTGTGTTGTGA
AAGAACAGTTGCAGACTTTGTGACTGTCTGTCTGTCTGTGTGGACTTAGACACATTCCAT
TCCGTAAACATTTCTGTGCGTTTGTGTAAATAATGATTGCTACAGTTGTACCTCTATAAT
AAAAAACGATTGTATCCTATTTTATCCCTTTTCAGGTTCTTAACATCATGCTCAAGAACA
ATGTGGAGGAGGGCACTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 50 45 60 60 45 60 60 45 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 45 60 60 45 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 45 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D284TF U 1
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AF RR1H542TF U 35
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AF RR1CO55JQ C 230
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AF RR1B993JQ C 193
AF RR1AM71JQ C 350
AF RR1AM71TF U 350
AF RR1H542JQ C 350
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BS 244 264 RR1D284TF
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BS 300 344 RR1D284TF
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BS 975 1039 RR1H542JQ

RD RR1D284TF 497 0 0
GGATTTTGACCAACCAACATTCATACGCAAACGACCAATTCGAACGGATCTGCTTGTGAT
TGATACCTTCTTCTTCTCCTCCAAGCCAGAGCCTGCGATTCATTAAGTTGCTCTATTGTT
CTTAGAAATAGGAATCAAATGGGACCAAAAGCTGGAACGTTGGTTATTATCTTGCTGCTG
GGTTTGACCTTGCTTTCTGACGCTAGGTCTTTCCTTCACTCTTCCCTAGACTCAGAGGAA
GTTTCAAAGAACGAAAAGGTTTGCGCTCTGTGTGAGGAGTATGTTAACGTTGCTATCAGC
TACCTTGAGAAAAACGAAACACAAGCACAGGTTATCGAGGACCTCCATGATCGCTGTTCC
CATATGCGCGGTTTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTGGTTGACTACTATGTTCCCCTTTTC
TTCATACAACTCGAGTCGTTTCAACCTGAAGATTTCTGCAAGAGGATGAATCTTTGTGAC
AAAGTGGCAGCTCTTGT

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1CO55TF 686 0 0
GGA
ACCAACATTCATACGCAAACGACCAATTCGAACGGATCTGCTTGTGATTGATACCTTCTT
CTTCTCCTCCAAGCCAGAGCCTGCGATTCATTAAGTTGCTCTATTGTTCTTAGAAATAGG
AATCAAATGGGACCAAAAGCTGGAACGTTGGTTATTATCTTGCTGCTGGGTTTGACCTTG
CTTTCTGACGCTAGGTCTTTCCTTCACTCTTCCCTAGACTCAGAGGAAGTATCAAAGAAC
GAAAAGGTTTGCACTCTGTGTGAGGAGTATGTTAACGTTGCTATAACCTACCTTGAGAAA
AACGAAACACAAGCACAGGTTATCAAGGACCTTCATGAGCGGTGCTCCCATATGCGCGGT
TTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTGGTTGACTACTACGTCCCTCTTTTCTTCATACAACTC
GAGTCGTTTCAACCTGAAGATTTCTGCAAGAGGATGAATCTTTGTGACAAAGTGGCAGCT
CTTGTGGAAGAAGCCCGTCAGGATAGCTGCGCTGTATGCCACAAGACTGTTTCAGATATT
CTCATCAAACTCCAATATCCTGACACTCAGTTGGATATAGTTGAGCTACTTCTCAAGGGA
TGCAAATCGTTCAAGAACTACGAGAAGA*GTGCAAGAAGTT*GTGTTCGAGTATGGACCT
CTGATCCTGGTTA
TGCAACGATT

QA 4 676 4 676
DS 

RD RR1H542TF 711 0 0
GG
AATTCGAACGGATCTGCTTGTGATTGATACCTTCTTCTTCCCCTCCAAGCCAGAGCCTGC
GATTCATTAAGTTGCTCTATTGTTCTTAGAAATAGGAATCAAATGGGACCAAAAGCTGGA
ACGTTGGTTATTATCTTGCTGCTGGGTTTGACCTTGCTTTCTGACGCTAGGTCTTTCCTT
CACTCTTCCCTAGACTCAGAGGAAGTATCAAAGAACGAAAAGGTTTGCACTCTGTGTGAG
GAGTATGTTAACGTTGCTATAACCTACCTTGAGAAGAACGAAACACAAGCACAGGTTATC
GAGGACCTTCATGAGCGGTGCTCCCATATGCGCGGTTTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTG
GTTGACTACTACGTCCCTCTTTTCTTCATACAACTCGAGTCGTTTCAACCTGAAGATTTC
TGCAAGAGGATGAATCTTTGTGACAAAGTGGCAGCTCTTGTGGAAGAAGCCCGTCAGGAT
AGCTGCGCTGTATGCCACAAGACTGTTTCAGATATTCTCATCAAACTCCAAGATCCTGAC
ACTCAGTTGGATATAGTTGAGCTACTTCTCAAGGGATGCAAATCGTTCAAGAACTACGAG
AAGAAGTGCAAGAAGTTTGTGTTCGAGTATGGACCTCTGATCCTGGTTA*TGCAAACGAT
TTCCTTGTTAAAAATGACGTCTGCACACTCTTACGC*CGTGTCCAGCGG

QA 3 711 3 711
DS 

RD RR1B993TF 811 0 0
GG
ACCAACATTCATACGCAAACGACCAATTCGAACGGATCTGCTTGTGATTGATACCTTCTT
CTTCTCCTCCAAGCCAGAGCCTGCGATTCATTAAGTTGCTCTATTGTTCTTAGAAATAGG
AATCAAATGGGACCAAAAGCTGGAACGTTGGTTATTATCTTGCTGCTGGGTTTGACCTTG
CTTTCTGACGCTAGGTCTTTCCTTCACTCTTCCCTAGACTCAGAGGAAGTATCAAAGAAC
GAAAAGGTTTGCACTCTGTGTGAGGAGTATGTTAACGTTGCTATAACCTACCTTGAGAAA
AACGAAACACAAGCACAGGTTATCGAGGACCTTCATGAGCGGTGCTCCCATATGCGCGGT
TTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTGGTTGACTACTACGTCCCTCTTTTCTTCATACAACTC
GAGTCGTTTCAACCTGAAGATTTCTGCAAGAGGATGAATCTTTGTGACAAAGTGGCAGCT
CTTGTGGAAGAAGCCCGTCAGGATAGCTGCGCTGTATGCCACAAGACTGTTTCAGATATT
CTCATCAAACTCCAAGATCCTGACACTCAGTTGGATATAGTTGAGCTACTTCTCAAGGGA
TGCAAATCGTTCAAGAACTACGAGAAGAAGTGCAAGAAGTTTGTGTTCGAGTATGGACCT
CTGATCCTGGTTAATGCAAACGATTTCCTTGTTAAAAATGACGTCTGCACACTCTTACGC
GCGTGTCCAGCGGCAGAGGAAATGGTTAAAAGGCAGCCCGGGTCGGCTGATTCTTGAATG
TTAATAAAAAAAGATGGTTTTCGGGA
TAC

QA 3 808 3 808
DS 

RD RR1CO55JQ 616 0 0
ACTCAGAGGAAGTATCAAAGAACGAAAAGGTTTGCACTCTGTGTGAGGAGTATGTTAACG
TTGCTATAACCTACCTTGAGAAAAACGAAACACAAGCACAGGTTATCAAGGACCTTCATG
AGCGGTGCTCCCATATGCGCGGTTTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTGGTTGACTACTACG
TCCCTCTTTTCTTCATACAACTCGAGTCGTTTCAACCTGAAGATTTCTGCAAGAGGATGA
ATCTTTGTGACAAAGTGGCAGCTCTTGTGGAAGAAGCCCGTCAGGATAGCTGCGCTGTAT
GCCACAAGACTGTTTCAGATATTCTCATCAAACTCCAATATCCTGACACTCAGTTGGATA
TAGTTGAGCTACTTCTCAAGGGATGCAAATCGTTCAAGAACTACGAGAAGAAGTGCAAGA
AGTTTGTGTTCGAGTATGGACCTCTGATCCTGGTTAATGCAAACGATTTCCTTGTTAAAA
ATGACGTCTGCACACTCTTACGCGCGTGTCCAGCGGCAGAGGAAATGGTTAAAAGGCAGC
CCGGGTCGGCTGATTCTTGAATGTTAATAAAAAAAGATGGTTTTCGGGAATACAACTGCT
GTGTGTTGTGAAAGAA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1AJ13TF 845 0 0
GG
AAGTTGCTCTATTGTTCTTAGAAATAGGAATCAAATGGGACCAAAAGCTGGAACGTTGGT
TATTATCTTGCTGCTGGGTTTGACCTTGCTTTCTGACGCTAGGTCTTTCCTTCACTCTTC
CCTAGACTCAGAGGAAGTATCAAAGAACGAAAAGGTTTGCACTCTGTGTGAGGAGTATGT
TAACGTTGCTATAACCTACCTTGAGAAAAACGAAACACAAGCACAGGTTATCGAGGACCT
TCATGAGCGGTGCTCCCATATGCGCGGTTTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTGGTTGACTA
CTACGTCCCTCTTTTCTTCATACAACTCGAGTCGTTTTAACCTGAAGATTTCTGCAAGAG
GATGAATCTTTGTGACAAAGTGGCAGCTCTTGTGGAAGAAGCCCGTCAGGATAGCTGCGC
TGTATGCCACAAGACTGTTTCAGATATTCTCATCAAACTCCAAGATCCTGACACTCAGTT
GGATATAGTTGAGCTACTTCTCAAGGGATGCAAATCGTTCAAGAACTACGAGAAGAAGTG
CAAGAAGTTTGTGTTCGAGTATGGACCTCTGATCCTGGTTAATGCAAACGATTTCCTTGT
TAAAAATGACGTCTGCACACTCTTACGCGCGTGTCCGGCGGCAGAGGAAATGGTTAAAAG
GCAGCCCGGGTCGGCTGATTCTTGAATGTTAATAAAAAAAGATGGTTTTCGGGAATACAA
CTGCTGTGTGTTGTGAAAGAACAGTTGCAGACTTTGTGACTGTCTGTCTGTCTGTGTGGA
CTTAGACACATTCCATTCCGTAAACATTTCTGTGCGTTTGTGTAAATAATGATTGCTACA
GTT

QA 3 845 3 845
DS 

RD RR1B993JQ 784 0 0
CTTTCTGACGCTAGGTCTTTCCTTCACTCTTCCCTAGACTCAGAGGAAGTATCAAAGAAC
GAAAAGGTTTGCACTCTGTGTGAGGAGTATGTTAACGTTGCTATAACCTACCTTGAGAAA
AACGAAACACAAGCACAGGTTATCGAGGACCTTCATGAGCGGTGCTCCCATATGCGCGGT
TTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTGGTTGACTACTACGTCCCTCTTTTCTTCATACAACTC
GAGTCGTTTCACCCTGAAGATTTCTGCAAGAGGATGAATCTTTGTGACAAAGTGGCAGCT
CTTGTGGAAGAAGCCCGTCAGGATAGCTGCGCTGTATGCCACAAGACTGTTTCAGATATT
CTCATCAAACTCCAAGATCCTGACACTCAGTTGGATATAGTTGAGCTACTTCTCAAGGGA
TGCAAATCGTTCAAGAACTACGAGAAGAAGTGCAAGAAGTTTGTGTTCGAGTATGGACCT
CTGATCCTGGTTAATGCAAACGATTTCCTTGTTAAAAATGACGTCTGCACACTCTTACGC
GCGTGTCCAGCGGCAGAGGAAATGGTTAAAAGGCAGCCCGGGTCGGCTGATTCTTGAATG
TTAATAAAAAAAGATGGTTTTCGGGAATACAACTGCTGTGTGTTGTGAAAGAACAGTTGC
AGACTTTGTGACTGTCTGTCTGTCTGTGTGGACTTAGACACATTCCATTCCGTAAACATT
TCTGTGCGTTTGTGTAAATAATGATTGCTACAGTTGTACCTCTATAATAAAAAACGATTG
TA
CC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1AM71JQ 628 0 0
G
GCGGTGCTCCCATATGCGCGGTTTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTGGTTGACTACTACGT
CCCTCTTTTCTTCATACAACTCGAGTCGTTTCAACCCGAAGATTTCTGCAAGAGGATGAA
TCTTTGTGACAAAGTGGCAGCTCTTGTGGAAGAAGCCCGTCAGGATAGCTGCGCTGTATG
CCACAAGACTGTTTCAGGTATTCTCATCAAACTCCAAGATCCTGACACTCAGTTGGATAT
AGTTGAGCTACTTCTCAAGGGATGCAAATCGTTCAAGAACTACGAGAAGAAGTGCAAGAA
GTTTGTGTTCGAGTATGGACCCCTGATCCTGGTTAATGCAAACGATTTCCTTGTTAAAAA
TGACGTCTGCACACTCTTACGCGCGTGTCCAGCGGCAGAGGAAATGGTTAAAAGGCAGCC
CGGGTCGGCTGATTCTTGAATGTTAATAAAAAAAGATGGTTTTCGGGAATACAACTGCTG
TGTGTTGTGAAAGAACAGTTGCAGACTTTGTGACTGTCTGTCTGTCTGTGTGGACTTAGA
CACATTCCATTCCGTAAACATTTCTGTGCGTTTGTGTAAATAATGATTGCTACAGTTGTA
CCTCTATAATAAAAAACGATTGTA
TCC

QA 2 625 2 625
DS 

RD RR1AM71TF 628 0 0
G
GCGGTGCTCCCATATGCGCGGTTTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTGGTTGACTACTACGT
CCCTCTTTTCTTCATACAACTCGAGTCGTTTCAACCCGAAGATTTCTGCAAGAGGATGAA
TCTTTGTGACAAAGTGGCAGCTCTTGTGGAAGAAGCCCGTCAGGATAGCTGCGCTGTATG
CCACAAGACTGTTTCAGGTATTCTCATCAAACTCCAAGATCCTGACACTCAGTTGGATAT
AGTTGAGCTACTTCTCAAGGGATGCAAATCGTTCAAGAACTACGAGAAGAAGTGCAAGAA
GTTTGTGTTCGAGTATGGACCCCTGATCCTGGTTAATGCAAACGATTTCCTTGTTAAAAA
TGACGTCTGCACACTCTTACGCGCGTGTCCAGCGGCAGAGGAAATGGTTAAAAGGCAGCC
CGGGTCGGCTGATTCTTGAATGTTAATAAAAAAAGATGGTTTTCGGGAATACAACTGCTG
TGTGTTGTGAAAGAACAGTTGCAGACTTTGTGACTGTCTGTCTGTCTGTGTGGACTTAGA
CACATTCCATTCCGTAAACATTTCTGTGCGTTTGTGTAAATAATGATTGCTACAGTTGTA
CCTCTATAATAAAAAACGATTGTA
TCC

QA 2 625 2 625
DS 

RD RR1H542JQ 690 0 0
AGCGGTGCTCCCATATGCGCGGTTTTGCACAGCAGTGCGTAACTTTGGTTGACTACTACG
TCCCTCTTTTCTTCATACAACTCGAGTCGTTTCAACCTGAAGATTTCTGCAAGAGGATGA
ATCTTTGTGACAAAGTGGCAGCTCTTGTGGAAGAAGCCCGTCAGGATAGCTGCGCTGTAT
GCCACAAGACTGTTTCAGATATTCTCATCAAACTCCAAGATCCTGACACTCAGTTGGATA
TAGTTGAGCTACTTCTCAAGGGATGCAAATCGTTCAAGAACTACGAGAAGAAGTGCAAGA
AGTTTGTGTTCGAGTATGGACCTCTGATCCTGGTTAATGCAAACGATTTCCTTGTTAAAA
ATGACGTCTGCACACTCTTACGC*CGTGTCCAGCGGCAGAGGAAATGGTTAAAAGGCAGC
CCGGGTCGGCTGATTCTTGAATGTTAATAAAAAAAGATGGTTTTCGGGAATACAACTGCT
GTGTGTTGTGAAAGAACAGTTGCAGACTTTGTGACTGTCTGTCTGTCTGTGTGGACTTAG
ACACATTCCATTCCGTAAACATTTCTGTGCGTTTGTGTAAATAATGATTGCTACAGTTGT
ACCTCTATAATAAAAAACGATTGTATCCTATTTTATCCCTTTTCAGGTTCTTAACATCAT
GCTCAAGAACAATGTGGAGGAGGGCACTGC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 10

CO CL443Contig1 680 10 13 U
GGACATCCAACAGCAAAACACAAGCTTAGAAACACAAAGCAACTAA*GTCTCCTTCTTAT
CTTCTTCTCACAAAAAAGAAA*GCAAAAGACAATGGCTTCGGCTCTGAAGTTCTTCACAT
GCCTTGTTTTGACGGTGTGCATAGTTGCATCAGTTGATGCAGCAATCTCCTGTGGCACAG
TGGGGAGTAGCTTGGCTCCATGTGCCGGCTACCTAGTGAACGGCGGGGCGGTGCCAGCTC
CATGCTGCGCAGGAGTTTCAAAATTGAACAGTATGGCTAAAACCACACCGGACCGCCAAC
AAGCATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCCTCTAGCC
TTCCTGGAAAGTGCCGTGTTAGCATTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAACTGCGACA
CCGTCAAGTGAAGTGGGAACTCATATATAATCGTGAAGATGAACAGTATGGTCTAGCATA
AATAAAAGAGGGTCTATCTACGTTGACCTCAGCGTGTCCTAGTTTGTCTGGTTTTTATTT
GGTCGTTGAAAAGTTTGCCATGTTACTTTGTAATCTTTTGCTTCTTATTGTGTCTTAGTT
ATGTTTAAGATATGATAATATTACCTTATTAATCATCTTCTCTTTATATATTTTCTCCAA
TATTTAATCATAAAAAAAAA


BQ
25 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 
55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 50 50 50 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ81TF U 1
AF RR1E813TF U 1
AF RR1EK14TF U 1
AF RR1DZ81JQ C 52
AF RR1E813JQ C 56
AF RR1AA05JQ C 3
AF RR1AA05TF U 3
AF RR1AU11TF U 2
AF RR1H506TF U 1
AF RR1H506JQ C 294
BS 1 148 RR1DZ81TF
BS 149 149 RR1E813TF
BS 150 470 RR1DZ81TF
BS 471 540 RR1E813TF
BS 541 541 RR1EK14TF
BS 542 545 RR1E813TF
BS 546 546 RR1EK14TF
BS 547 587 RR1E813TF
BS 588 588 RR1EK14TF
BS 589 623 RR1E813TF
BS 624 624 RR1EK14TF
BS 625 634 RR1E813TF
BS 635 680 RR1H506TF

RD RR1DZ81TF 470 0 0
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CTTCTTCTCACAAAAAAGAAA*GCAAAAGACAATGGCTTCGGCTCTGAAGTTCTTCACAT
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TGGGGAGTAGCTTGGCTCCATGTGCCGGCTACCTAGTGAACGGCGGGGCGGTGCCAGCTC
CATGCTGCGCAGGAGTTTCAAAATTGAACAGTATGGCTAAAACCACACCGGACCGCCAAC
AAGCATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCCTCTAGCC
TTCCTGGAAAGTGCCGTGTTAGCATTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAACTGCGACA
CCGTCAAGTGAAGTGGGAACTCATATATAATCGTGAAGATGAACAGTATG

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1E813TF 647 0 0
GGACATCCAACAGCAAAACACAAGCTTAGAAACACAAAGCAACTAAAGTCTCCTTCTTAT
CTTCTTCTCACAAAAAAAAAAAGCAAAAGACAATGGCTTCGGTTCTGAAGTTCTTCACAT
GCCTTGTTTTGACGGTGTGCATAGTTGCATCAGTTGATGCAGCAATCTCATGTGGCACAG
TGGGGAGTAGCTTGGCTCCATGTGCCGGCTACTTAGTGAACGGCGGGGCGGTGCCAGCTC
CATGCTGCGCCGGAGTTTCAAAATTGAACAGTATGGCTAAAACCACACCGGACCGCCAAC
AAGCATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCCTCTAGCC
TTCCTGGAAAGTGCCGTGTTAGCATTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAACTGCGACA
CCGTCAAGTGAAGTGGGAACTCATATATCATCGTGAAGATGAACAGTATTGTCTAGCATA
AATAAAAGAGGGTCTATCTACGTTGACCTCAGCGTGTCCTAGTTTGTCTGGTTTTTATTT
CGTCGATGAAAAGTTTGCCATGTTACTTTGTAATCTTTTGCTTCTTACTGTGTCTTAGTT
ATGTTTAAGATATGATAATATTATCTTATTAATC
TCATCTTCTCTTT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1EK14TF 648 0 0
GGACATCCAACAGCAAAACACAAGCTTAGAAACACAAAGCAACTAA*GTCTCCTTCTTAT
CTTCTTCTCACAAAAAAGAAA*GCAAAAGACAATGGCTTCGGCTCTGAAGTTCTTCACAT
GCCTTGTTTTGACGGTGTGCATAGTTGCATCAGTTGATGCAGCAATCTCCTGTGGCACAG
TGGGGAGTAGCTTGGCTCCATGTGCCGGCTACCTAGTGAACGGCGGGGCGGTGCCAGCTC
CATGCTGCGCAGGAGTTTGAAAATTGAACAGTATGGCTAAAACCACACCGGACCGCCAAC
AAGCATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCCTCTAGCC
TTCCTGGAAAGTGCCGTGTTAGCATTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAACTGCGACA
CCGTCAAGTGAAGTGGGAACTCATATATAATCGTGAAGATGAACAGTATGGTCTAGCATA
AATAAAAGAGGGTCTATCTACGTTGACCTCAGCGTGTCTTAGTTTGTCTGGTTTTTATTT
GGTCGTTGAAAAGTTTGCCATGTTACTTTGTAATCTTTTGCTTCTTATTGTGTCTTAGTT
ATGTTTAAGATACGATAATATTACCTTATTAATC
ATCTTCTCTTTTCT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1DZ81JQ 589 0 0
CT
TTCTTATCTTCTTCTCACAAAAAAGAAA*GCAAAAGACAATGGCTTCGGCTCTGAAGTTC
TTCACATGCCTTGTTTTGACGGTGTGCATAGTTGCGTCAGTTGATGCAGCAATCTCCTGT
GGCACAGTGGGGAGTAGCTTGGCTCCATGTGCCGGCTACCTAGTGAACGGCGGGGCGGTG
CCAGCTCCATGCTGCGCAGGAGTTTCAAAATTGACCAGTATGGCTAAAACCACACCGGAC
CGCCAACAAGCATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCC
TCTAGCCTTCCTGGAAAGTGCCGTGTTAGCATTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAAC
TGCGACACCGTCAAGTGAAGTGGGAACTCATATATAATCGTGAAGATGAACAGTATGGTC
TAGCATAAATAAAAGAGGGTCTATCTACGTTGACCTCAGCGTGTCCTAGTTTGTCTGGTT
TTTATTTGGTCGTTGAAAAGTTTGCCATGTTACTTTGTAATCTTTTGCTTCTTATTGTGT
CTTAGTTATGTTTAAGATATGATAATATTACCTTATTAATCATCTTC

QA 3 589 3 589
DS 

RD RR1E813JQ 592 0 0
CTTATCTTCTTCTCACAAAAAAAAAAAGCAAAAGACAATGGCTTCGGTTCTGAAGTTCTT
CACATGCCTTGTTTTGACGGTGTGCATAGTTGCATCAGTTGATGCAGCAATCTCATGTGG
CACAGTGGGGAGTAGCTTGGCTCCATGTGCCGGCTACTTAGTGAACGGCGGGGCGGTGCC
AGCTCCATGCTGCGCCGGAGTTTCAAAATTGAACAGTATGGCTAAAACCACACCGGACCG
CCAACAAGCATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCCTC
TAGCCTTCCTGGAAAGTGCCGTGTTAGCATTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAACTG
CGACACCGTCAAGTGAAGTGGGAACTCATATATCATCGTGAAGATGAACAGTATTGTCTA
GCATAAATAAAAGAGGGTCTATCTACGTTGACCTCAGCGTGTCCTAGTTTGTCTGGTTTT
TATTTCGTCGATGAAAAGTTTGCCATGTTACTTTGTAATCTTTTGCTTCTTACTGTGTCT
TAGTTATGTTTAAGATATGATAATATTATCTTATTAATC
TCATCTTCTCTTT

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1AA05JQ 628 0 0
GG
ATCCAACAGCAAAACACAAGCTTAGAAACACAAAGCAACTAA*GTCTCCTTCTTATCTTC
TTCTCACAAAAAAGAAA*GCAAAAGACAATGGCTTCGGCTCTGAAGTTCTTCACATGCCT
TGTTTTGACGGTGTGCATAGTTGCATCAGTTGATGCAGCAATCTCCTGTGGCACAGTGGG
GAGTAGCTTGGCTCCATGTGCCGGCTACCTAGCGAACGGCGGGGCGGTGCCAGCTCCATG
CTGCGCAGGAGTTTCAAAATTGAACAGTATGGCTAAAACCACACCGGACCGCCAACAAGC
ATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCCTCTAGCCTTCC
TGGAAAGTGCCGTGTTAGCACTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAACTGCGACACCGT
CAAGTGAAGTGGGAACTCATATATAATCGTGAAGATGAACAGTATGGTCTAGCATAAATA
AAAGAGGGTCTATCTACGTTGACCTCAGCGTGTCCTAGTTTGTCTGGTTTTTATTTGGTC
GTTGAAAAGTTTGCCATGTTACTTTGTAATCTTTTGCTTCTTATTGTGTCTTAGTTATGT
TTAAGATATGATAATATTACCTTATT

QA 3 628 3 628
DS 

RD RR1AA05TF 628 0 0
GG
ATCCAACAGCAAAACACAAGCTTAGAAACACAAAGCAACTAA*GTCTCCTTCTTATCTTC
TTCTCACAAAAAAGAAA*GCAAAAGACAATGGCTTCGGCTCTGAAGTTCTTCACATGCCT
TGTTTTGACGGTGTGCATAGTTGCATCAGTTGATGCAGCAATCTCCTGTGGCACAGTGGG
GAGTAGCTTGGCTCCATGTGCCGGCTACCTAGCGAACGGCGGGGCGGTGCCAGCTCCATG
CTGCGCAGGAGTTTCAAAATTGAACAGTATGGCTAAAACCACACCGGACCGCCAACAAGC
ATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCCTCTAGCCTTCC
TGGAAAGTGCCGTGTTAGCACTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAACTGCGACACCGT
CAAGTGAAGTGGGAACTCATATATAATCGTGAAGATGAACAGTATGGTCTAGCATAAATA
AAAGAGGGTCTATCTACGTTGACCTCAGCGTGTCCTAGTTTGTCTGGTTTTTATTTGGTC
GTTGAAAAGTTTGCCATGTTACTTTGTAATCTTTTGCTTCTTATTGTGTCTTAGTTATGT
TTAAGATATGATAATATTACCTTATT

QA 3 628 3 628
DS 

RD RR1AU11TF 626 0 0
GACATCCAACAGCAAAACACAAGCTTAGAAACACAAAGCAACTAA*GTCTCCTTCTTATC
TTCTTCTCACAAAAAAGAAA*GCAAAAGACAATGGCTTCGGCTCTGAAGTTCTTCACATG
CCTTGTTTTGACGGTGTGCATAGTTGCATCAGTTGATGCAGCAATCTCCTGTGGCACAGT
GGGGAGTAGCTTGGCTCCATGTGCCGGCTACCTAGTGAACGGCGGGGCGGTGCCAGCTCC
ATGCTGCGCAGGAGTTTCAAAATTGAACAGTATGGCTAAAACCACACCGGACCGCCAACA
AGCATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCCTCTAGCCT
TCCTGGAAAGTGCCGTGTTAGCATTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAACTGCGACAC
CGTCAAGTGAAGTGGGAACTCATATATAATCGTGAAGATGAACAGTATGGTCTAGCATAA
ATAAAAGAGGGTCTATCTACGTTGACCTCAGCGTGTCCTAGTTTGTCTGGTTTTTATTTG
GTCGTTGAAAAGTTTGCCATGTTACTTTGTAATCTTTTGCTTCTTATTGTGTCTTAGTTA
TGTTTAAGATATGATAATATTACCTT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1H506TF 680 0 0
GGACATCCAACAGCAAAACACAAGCTTAGAAACACAAAGCAACTAA*GTCTCCTTCTTAT
CTTCTTCTCACAAAAAAGAAA*GCAAAAGACAATGGCTTCGGCTCTGAAGTTCTTCACAT
GCCTTGTTTTGACGGTGTGCATAGTTGCATCAGTTGATGTAGCAATCTCCTGTGGCACAG
TGGGGAGTAGCTTGGCTCCATGTGCCGGCTACCTAGTGAACGGCGGGGCGGTGCCAGCTC
CATGCTGCGCAGGAGTTTCAAAATTGAACAGTATGGCTAAAACCACACCGGACCGCCAAC
AAGCATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCCTCTAGCC
TTCCTGGAAAGTGCCGTGTTAGCATTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAACTGCGACA
CCGTCAAGTGAAGTGGGAACTCATATATAATCGCGAAGATGAACAGTATGGTCTAGCATA
AATAAAAGAGGGTCTATCTACGTTGACCTCAGCGTGTCCTAGTTTGTCTGGTTTTTATTT
GGTCGTTGAAAAGTTTGCCATGTTACTTTGTAATCTTTTGCTTCTTATTGTGTCTTAGTT
ATGTTTAAGATATGATAATATTACCTTATTAATCATCTTCTCTTTATATATTTTCTCCAA
TATTTAATCATAAAAAAAAA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1H506JQ 378 0 0
CGCCAACAAGCATGTAAATGCCTAAAGGCCGCTGCAAAGGGCATCAATCCAAGTCTAGCC
TCTAGCCTTCCTGGAAAGTGCCGTGTTAGCATTCCCTATCCCATCTCCATGAACACTAAC
TGCGACACCGTCAAGTGAAGTGGGAACTCATATATAATCGCGAAGATGAACAGTATGGTC
TAGCATAAATAAAAGAGGGTCTATCTACGTTGACCTCAGCGTGTCCTAGTTTGTCTGGTT
TTTATTTGGTCGTTGAAAAGTTTGCCATGTTACTTTGTAATCTTTTGCTTCTTATTGTGT
CTTAGTTATGTTTAAGATATGATAATATTACCTTATTAATCATCTTCTCTTTATATATTT
TCTCCAATATTTAATCAT

QA 1 378 1 378
DS 



AS 2 10

CO CL444Contig1 868 2 6 U
GGCACATTCCTCTCACGAAAAGTCACTCAAGCAACAAAAGAAAAAGCGAAATCAAACAAA
AATAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCCGGACCTCAGCCTGAC
CGTGGCCTTACCCGCCTCCGAAAGATCACTACCCAGCCCATTAATATCAGAGGAGAAGGA
AGCAACAAGATGGTGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGATGGTAGTGAGCCCCGGTACTCCA
ACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGTCTTTAAT
CCTGGAAGCAACCTCGCCACAAGAGCCATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACCAACCCAC
CCAAATTCTCCATCCGTCTACGACTGCGATGATAACGAAGCTCAAAGGAAGGAACACGTG
GCACTGTGTTTAGTGGGCGCGTGGATTAAATGAAAAACAATAAAACATTACTCTGTTTTA
CCATATCAACCACCTTCCTTTATTGTGCATATATGGTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGC
CAGCACCGTTAAAAGCGAGTCAGAGGGAGTGGCACAAGTGGGTGATATAAATATGGTGTC
TAGATCTACCTTCACGAGTTCACGTGTCTGTTTTGCTTGTGTACATAACTGTCTTCCACC
TATGCAATAAGTTGTCACGTTGTTAACTTTCCACTTTGGGCTGTGTTTTGCAAGTTTTCC
TTTGTGTGTTTTGTACTTGTAACTTGCAAGTGACGGGTTTGAACCAAAAAAAAGCTTGCA
AGTGACGGCTGAATCTTCACTGTCCCGTTGGATTTTGGTTGTGAAAATGCCTCTGCTTTT
TTTAGTGCTAATAAGATCTTGTTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK09TF U 1
AF RR1CK09JQ C 113
BS 1 731 RR1CK09TF
BS 732 732 RR1CK09JQ
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BS 764 772 RR1CK09TF
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RD RR1CK09TF 772 0 0
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ACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGTCTTTAAT
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CCAAATTCTCCATCCGTCTACGACTGCGATGATAACGAAGCTCAAAGGAAGGAACACGTG
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QA 1 772 1 772
DS 

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CTGTTTTACCATATCAACCACCTTCCTTTATTGTGCATATATGGTTGTACAGCGGCGAGT
CAAGGAGCCAGCACCGTTAAAAGCGAGTCAGAGGGAGTGGCACAAGTGGGTGATATAAAT
ATGGTGTCTAGATCTACCTTCACGAGTTCACGTGTCTGTTTTGCTTGTGTACATAACTGT
CTTCCACCTATGCAATAAGTTGTCACGTTGTTAACTTTCCACTTTGGGCTGTGTTTTGCA
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AGCTTGCAAGTGACGGCTGAATCTTCACTGTCCCGTTGGATTTTGGTTGTGAAAATGCCT
CTGCTTTTTTTAGTGCTAATAAGATCTTGTTTATAT

QA 1 756 1 756
DS 



CO CL444Contig2 747 8 4 U
AGGGGACTCCACATTCCTCTCACGAAAAGTCACTCAAGCAACAAAAGAAAAAGCGAAATC
AAACAAAAATAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCCGGACCTCA
GCCTGACCGTGGCCTTACCCGCCTCCGAAAGATCACTACCCAGCCCATTAATATCAGAGG
AGAAGGAAGCAACAAGATGGTGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGATGGTAGTGAGCCCCGG
TACTCCAACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGT
CTTTAATCCTGGAAGCAACCTCGCCACAAGAGCCATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACC
AACCCACCCAAATTCTCCATCCGTCTACGACTGGTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGCCA
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T*GTGTGTTTTGTACTTGTAACTTGCAAGTGACGGGTTTGAACCAAAAAAAAGCTTGCAA
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TTAGTGCTAATAAGATCTTGTTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1DJ23TF U 234
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AF RR1GA46TF U 1
AF RR1DQ92JQ C 82
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ATAAACCAACCCACCCAAATTCTCCATCCGTCTACAACTGGTTGTACAGCGG

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DS 

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GGACTC
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TACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGTCTTTAATCC
TGGAAGCAACCTCGCCACAAGAGCCATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACCAACCCACCC
AAATTCTCCATCCGTCTACGACTGGTTGTACAGCGGCTAGTCAAGGAGCCAGCACCGTTA
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DS 

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GGGC
CACATTCCTCTCACGAAAAGTCACTCAAGCAACAAAAGAAAAAGCGAAATCAAACAAAAA
TAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCCGGACCTCAGCCTGACCG
TGGCCTTACCCGCCTCCGAAAGATCACTACCCAGCCCATTAATATCAGAGGAGAAGGAAG
CAACAAGATGGTGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGATGGTAGTGAGCCCCGGTACTCCAAC
TACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGTCTTTAATCC
TGGAAGCAACCTCGCCACAAGAGCCATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACCAACCCACCC
AAATTCTCCATCCGTCTACGACTGGTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGCCAGCACCGTTA
AAAGCGAGTCAGAGGGAGTGACACAAGTGGGTGATATAAATATGGTGTCTAGATCTACCT
TCACGAGTTCACGTGTCTGTTTTGCTTGTATACATAACTGTCTTCCACCTATGCAATAAG
TTGTCACGTTGTTAACTTTCCACTTTGGGCTGTG

QA 5 578 5 578
DS 

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G
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CATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACCAACCCACCCAAATTCTCCATCCGTCTACGACTG
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GGGTTTGAACC

QA 2 432 2 432
DS 

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AAACAAAAATAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCCGGACCTCA
GCCTGACCGTGGCCTTACCCGCCTCCGAAAGATCACTACCCAGCCCATTAATATCAGAGG
AGAAGGAAGCAACAAGATGGTGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGATGGTAGTGAGCCCCGG
TACTCCAACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGT
CTTTAATCCTGGAAGCAACCTCGCCACAAGAGCCATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACC
AACCCACCCAAATTCTCCATCCGTCTACGACTGGTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGCCA
GCACCGTTAAAAGCGAGTCAGAGGGAGTGACACAAGTGGGTGATATAAATATGGTGTCTA
GATCTACCTTCACGAGTTCACGTGTCTGTTTTGCTTGTGTACATAACTGTCTTCCACCTA
TGCAATAAGTTGTCACGTTGTTAACTTTCCACTTTGGGCTGTGTTTTGCAAGTTTTCCTT
TTGTGTGTTTTGTACTTGTAACTTGCAAGTGACGGGTTTGAACCAAAAAAAAGCTTGCAA
GTGACGGCTGAATCTTCACTGTCCCGTTGGATTTTGGTTGTGAAAATGCCTCT

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DS 

RD RR1DQ92JQ 666 0 0
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GCTTAGGTCGTTGACTATGCCGATGGTAGTGAGCCCCGGTACTCCAACTACTCCGACCAC
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CGCCACAAGAGCCATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACCAACCCACCCAAATTCTCCATC
CGTCTACGACTGGTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGCCAGCACCGTTAAAAGCGAGTCAG
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TAACTTTCCACTTTGGGCTGTGTTTTGCAAGTTTTCCTTT*GTGTGTTTTGTACTTGTAA
CTTGCAAGTGACGGGTTTGAACCAAAAAAAAGCTTGCAAGTGACGGCTGAATCTTCACTG
TCCCGTTGGATTTTGGTTGTGAAAATGCCTCTGCTTTTTTTAGTGCTAATAAGATCTTGT
TTATA
T

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1DJ23JQ 594 0 0
CACTACCCAGCCCATTAATATCAGAGGAGAAGGAAGCAACAAGATGGTGCTTAGGTCGTT
GACTATGCCGATGGTAGTGAGCCCCGGTACTCCAACTACTCCGACCACTCCGACAACGCC
ACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGTCTTTAATCCTGGAAGCAACCTCGCCACAAGAGC
CATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACCAACCCACCCAAATTCTCCATCCGTTTACGACTG
GTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGCCAGCACCGTTAAAAGCGAGTCAGAGGGAGTGACAC
AAGTGGGTGATATAAATATGGTGTCTAGATCTACCTTCACGAGTTCACGTGTCTGTTTTG
CTTGTGTACATAACTGTCTTCCACCTATGCAATAAGTTGTCACGTTGTTAACTTTCCACT
TTGGGCTGTGTTTTGCAAGTTTTCCTTT*GTGTGTTTTGTACTTGTAACTTGCAAGTGAC
GGGTTTGAACCAAAAAAAAGCTTGCAAGTGACGGCTGAATCTTCACTGTCCCGTTGGATT
TTGGTTGTGAAAATGCCTCTGCTTTTTTTAGTGCTAATAAGATCTTGTTTATA
C

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1AE35TF 482 0 0
GG
AACGCCACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGTCTTTAATCCTGGAAGCAACCTCGCCAC
AAGAGCCATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACCAACCCACCCAAATTCTCCATCCGTCTA
CGACTGGTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGCCAGCACCGTTAAAAGCGAGTCAGAGGGAG
TGACACAAGTGGGTGATATAAATATGGTGTCTAGATCTACCTTCACGAGTTCACGTGTCT
GTTTTGCTTGTGTACATAACTGTCTTCCACCTATGCAATAAGTTGTCACGTTGTTAACTT
TCCACTTTGGGCTGTGTTTTGCAAGTTTTCCTTT*GTGTGTTTTGTACTTGTAACTTGCA
AGTGACGGGTTTGAACCAAAAAAAAGCTTGCAAGTGACGGCTGAATCTTCACTGTCCCGT
TGGATTTTGGTTGTGAAAATGCCTCTGCTTTTTTTAGTGCTAATAAGATCTTGTTTATAT

QA 3 482 3 482
DS 



AS 1 8

CO CL445Contig1 745 8 8 U
GGATCGAGTGGGTAAGAAGAGAAACAGAAACAGAAACAGAGATATGGCGAATTCAATCTG
CTTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTACCTTTTGCCTCCTTCAGTCTCCCGGACAAAGTGT
TAAGCCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTCAAGACTTGCAA
ATCCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCAT
AGTTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGG
TGTGAATTTGACTGATCATTTTAATGGTCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTG
CAGAGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTT
CTTGAGCACCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAAAATTGGGATCTTTGT
GCTATATTATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTTTTCTTTCTCTATCAATGCTGAA
TGTGTTGCTTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTTTTCTTTCATGTC
TCTCTCACATTTCATGTTCTTCATCTCCCTGTCTCTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAA
CCAAAACGGTCATAAAGATTGTTATCGTAACTACTTTTTAAGATCATGCGGAGTGTGAAT
ATGTATGCTCTCGACTCATTTCAAT


BQ
10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK61TF U 2
AF RR1AT74TF U 1
AF RR1CL95JQ C 134
AF RR1EQ93JQ C 162
AF RR1CL95TF U 15
AF RR1DS73TF U -2
AF RR1FK61JQ C 2
AF RR1AT74JQ C 1
BS 1 1 RR1AT74JQ
BS 2 43 RR1AT74TF
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RD RR1FK61TF 200 0 0
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TTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTACCTTTTGCCTCCTTCAGTCTCCCGGACAAAGTGTT
AAGCCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAAAAGAGTGAAGTGTTCAAGACTTGCAAA
TCCAAAAGCTTCGAGATTCA

QA 1 200 1 200
DS 

RD RR1AT74TF 646 0 0
G
GATCGAGTGGGTAAGAAGAGAAACAGAAACAGAAACAGAGATGTGGCGAATTCAATCTGC
TTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTACCTTTTGCCTCCTTCAGTCTCCCGGACAAAGTGTT
AAGCCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTCAAGACTTGCAAA
TCCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCATA
GTTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGGT
GTGAATTTGACTGATCATTTTAATGGTCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTGC
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TTGAGCACCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAAAATTGGGATCTTTGTG
CTATATTATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTTTTCTTTCTCTATCAATGCTGAAT
GTGTTGCTTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTTTTCTTTCATGTCT
CTCTCACATTTCATGTTCTTCATCTCCCTATCTCTCTCTCATGTC

QA 2 646 2 646
DS 

RD RR1CL95JQ 572 0 0
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TGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGGTGTGAATTTGACT
GATCATTTTAATGGTCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTGCAGAGGTAAAAAG
GAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTTCTTGAGCACCTTC
GATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAAAATTGGGATCTTTGTGCTATATTATTAT
CCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTTTTCTTTCTCTATCAATGCTGAATGTGTTGCTTTTT
CTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTTTTTTTTCATGTCTCTCTCACATTTC
ATGTTCTTCATCTCCCTGTCTCTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCAT
AAAGATTGTTATCGTAACTACTTTTTAAGA
TC

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DS 

RD RR1EQ93JQ 544 0 0
AAGTGTTCAAGACTTGCAAATCCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGA
CTCCTAAAGTCAGCAGCATAGTTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTT
CACAATGCAAAGGAGGTGGTGTGAATTTGACTGATCATTTTAATGGTCAGTTTAAAGCTG
GTGGCCTCTGTTGGCTTTGCAGAGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAG
CTGGTTTCATTGGTGGTTTCTTGAGCACCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCCTCTTCAA
AAAAAATTGGGATCTTTGTGCTATATTATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTTTTC
TTTCTCTATCAATGCTGAATGTGTTGCTTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTT
GTTGTTTTTTTTTCATGTCTCTCTCACATTTCATGTTCTTCATCTCCCTGTCTCTCTCTC
ATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCATAAAGATTGTTATCGTAACTACTTTTTAA
GA
CC

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1CL95TF 691 0 0
AGGAC
AGAAACAGAAACAGAAACAGAGATATGGCGAATTCAATCTGCTTCTTCTCTTCTCCTCCT
CCTCCTACCTTTTGCCTCCTTCAGTCTCCCGGACAAAGTCTTAAGCCTCCTCTCTTCTTC
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CAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCATAGTTTGTCAAAAGTGTGAA
GGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGGTGTGAATTTGACTGATCAT
TTTAATGGTCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTGCAGAGGTAAAAAGGAGGTT
TTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTTCTTGAGCACCTTCGATGAG
TAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAAAATTGGGATCTTTGTGCTATATTATTATCCATTC
AAAAACGTCAGAAGAAGTTTTCTTTCTCTATCAATGCTGAATGTGTTGCTTTTTCTTGTT
GAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTTTTTTTTCATGTCTCTCTCACATTTCATGTTC
TTCATCTCCCTGTCTCTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCATAAAGAT
TGTTATCGTAACTACTTTTTAAGA
TC

QA 6 689 6 689
DS 

RD RR1DS73TF 707 0 0
GGGTT
ATCGAGTGGGTAAGAAGAGAAACAGAAACAGAAACAGAAATATGGCGAATTCAATCTGCT
TCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTACCTTTTGTCTCCTTCAGTCTCCCGGACAAAGTGTTA
AGCCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTCAAGACTTGCAAAT
CCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCATAG
TTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGGTG
TGAATTTGACTGATCATTTTAATGGTCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTGCA
GAGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTTCT
TGAGCACCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAAA*TTGGGATCTTTGTGC
TATATTATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTTTTCTTTCTCTACCAATGCTGAATG
TGTTGCTTTTTCTTGTTGAACCCTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTTTTCTTTCATGTCTC
TCTCACATTTCATGTTCTTCATCTCCCTGTCTCTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACC
AAAACGGTCATAAAGATTGTTATCGTAACTACTTTTTAAGA
A

QA 6 706 6 706
DS 

RD RR1FK61JQ 695 0 0
GATCGAGTGGGTAAGAAGAGAAACAGAAACAGAAACAGAGATATGGCGAATTCAATCTGC
TTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTACCTTTTGCCTCCTTCAGTCTCCCGGACAAAGTGTT
AAGCCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTCAAGACTTGCAAA
TCCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCATA
GTTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGGT
GTGAATTTGACTGATCATTTTAATGGTCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTGC
AGAGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTTC
TTGAGCACCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAAAATTGGGATCTTTGTG
CTATATTATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAAAAGTTTTCTTTCTCTATCAATGCTGAAT
GTGTTGCTTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTTTTCTTTCATGTCT
CTCTCACATTTCATGTTCTTCATCTCCCTGTCTCTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAAC
CAAAACGGTCATAAAGATTGTTATCGTAACTACTT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1AT74JQ 745 0 0
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CTTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTACCTTTTGCCTCCTTCAGTCTCCCGGACAAAGTGT
TAAGCCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTCAAGACTTGCAA
ATCCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCAT
AGTTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGG
TGTGAATTTGACTGATCATTTTAATGGTCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTG
CAGAGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTT
CTTGAGCACCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAAAATTGGGATCTTTGT
GCTATATTATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTTTTCTTTCTCTATCAATGCTGAA
TGTGTTGCTTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTTTTCTTTCATGTC
TCTCTCACATTTCATGTTCTTCATCTCCCTATCTCTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAA
CCAAAACGGTCATAAAGATTGTTATCGTAACTACTTTTTAAGATCATGCGGAGTGTGAAT
ATGTATGCTCTCGACTCATTTCAAT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 10

CO CL446Contig1 1154 10 13 U
GGGAGCAACCCCAAACTGATTAATTTCTTTCCCCCAAATCTCATTAGTGTCTTCTCTCTC
TGTCTAGGTTTCGATTAGGGGATTAGGGTTTCTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCAATTGGA
TTCTTGAACTCGGATTCGTTCTTCATCTCCCTCCCCATCGACAACCATGACTGAGTATTG
GGTAAGCCAAGGGAAGAAGTGGTGCGAGTTCTGTAAGATATGGACTCAGAACAACGCGAC
AAGTATCAGAAACCATGAGCTTGGTAAACATCACCGTGAATGTGTCGAGAAGAAGCTCAC
TGATATGCGTGAGAAGAGCGCTGCTAAAGACAAAGAGCTCAAGAAAAACGAGAAACTCCT
TCAACAGATCGAAGCTAAAGCAACTCGTAGCTATCAGAAAGACGTAGCAACTGCTCATGA
AGTTGCCAAAGCAAACGGTGCACCTGAGGATGGTACACACGATTGGGTTCTTGACGCTGC
TTCGGGCTATTATTACAACCAGATCAATGGTCTCCACTATGATTCAAAGTCTGGATTCTA
TTACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGTAACACAAGACGAGGCTTACGCTGCGGTTAAAAC
TTCATCAGCTAAAGACACTAAAATGCCTCTCGTTAAAAAGCCTGTGCCTTCTTCGGAAGC
TGGACCAAGTACCGCGAAGCCACCTGGGAGGGTTGTCTCTGCTACTTTAAACCCGAAAAG
AAATGTGAAAGGAGCTGCCTCATCTGTTGAGATTGGCAACAACAAGAGAAAGAGAATAGA
TGAGAAACCCAAGAAAGTATCTGCAGAAGAGAAAGCTGCGTTGAGGGCGAGAGAAGCTGC
TAGGAAACGAGTTGAAGACAGAGAAAAATCATTGCTTGGCCTTTACAACAGACCCTTTTG
ATTAGAAACCATTGATTGATACTCTGTAACAGAGAACAGCAATGCTCCAGTTTATTCGGT
TATTCCTTCAAAACGTTTAATCCAAAACCTTGGTACTTTTGGGAAGATTAGTCTTCTTGT
TCCAAATTGATCATTTCCTCTTTGTTGTGCATTTCATTTTGTGGTCAGAGAGAGTTTCAA
CTTTGAATACGGCTTGTGCCTTTAAGAAAAAAATGTATCAAATTTAATAAAATCAAACAA
ATGTTTTCAAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 25 40 40 
40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F139TF U 54
AF RR1HB53TF U 1
AF RR1FM90TF U 40
AF RR1G757TF U 41
AF RR1GK31TF U 34
AF RR1F139JQ C 823
AF RR1FM90JQ C 279
AF RR1HB53JQ C 756
AF RR1G757JQ C 448
AF RR1GK31JQ C 662
BS 1 638 RR1HB53TF
BS 639 639 RR1GK31TF
BS 640 680 RR1HB53TF
BS 681 753 RR1GK31TF
BS 754 754 RR1FM90JQ
BS 755 775 RR1GK31TF
BS 776 776 RR1FM90JQ
BS 777 821 RR1GK31TF
BS 822 889 RR1FM90JQ
BS 890 890 RR1G757JQ
BS 891 1030 RR1FM90JQ
BS 1031 1148 RR1G757JQ
BS 1149 1154 RR1GK31JQ

RD RR1F139TF 586 0 0
GG
CTCTCTGTCTAGGTTTCGATTAGGGGATTAGGGTTTCTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCAA
TTGGATTCTTGAACTCGGATTCGTTCTTCATCTCCCTCCCCATCGACAACCATGACTGAG
TATTGGGTAAGCCAAGGGAAGAAGTGGTGCGAGTTCTGTAAGATATGGACTCAGAACAAC
GCGACAAGTATCAGAAACCATGAGCTTGGTAAACATCACCGTGAATGTGTCGAGAAGAAG
CTCACTGATGTGCGTGAGAAGAGCACTGCTAAAGACAAAGAGCTCAAGAAAAACGAGAAA
CTCCTTCAACAGATCGAAGCTAAAGCAACTCGTAGCTATCAGAAAGACGTAGCAACTGCT
CATGAAGTTGCCAAAGCAAACGGTGCACCTGAGGATGGTACACACGATTGGGTTCTTGAC
GCTGCTTCGGGCTATTATTACAACCAGATCAATAGTCTCCACTATGATTCAAAGTCTGGA
TTCTATTACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGTAACACAAGACGAGGCTTACGCTGCGGTT
AAAACTTCATCAGCTAAAGACACTAAAATGCCTCTCGTTAAAAA

QA 3 586 3 586
DS 

RD RR1HB53TF 680 0 0
GGGAGCAACCCCAAACTGATTAATTTCTTTCCCCCAAATCTCATTAGTGTCTTCTCTCTC
TGTCTAGGTTTCGATTAGGGGATTAGGGTTTCTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCAATTGGA
TTCTTGAACTCGGATTCGTTCTTCATCTCCCTCCCCATCGACAACCATGACTGAGTATTG
GGTAAGCCAAGGGAAGAAGTGGTGCGAGTTCTGTAAGATATGGACTCAGAACAACGCGAC
AAGTATCAGAAACCATGAGCTTGGTAAACATCACCGTGAATGTGTCGAGAAGAAGCTCAC
TGATATGCGTGAGAAGAGCGCTGCTAAAGACAAAGAGCTCAAGAAAAACGAGAAACTCCT
TCAACAGATCGAAGCTAAAGCAACTCGTAGCTATCAGAAAGACGTAGCAACTGCTCATGA
AGTTGCCAAAGCAAACGGTGCACCTGAGGATGGTACACACGATTGGGTTCTTGACGCTGC
TTCGGGCTATTATTACAACCAGATCAATGGTCTCCACTATGATTCAAAGTCTGGATTCTA
TTACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGTAACACAAGACGAGGCTTACGCTGCGGTTAAAAC
TTCATCAGCTAAAGACACTAAAATGCCTCTCGTTAAAA*GCCTGTGCCTTCTTCGGAAGC
TGGACCAAGTACCGCGAAGC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1FM90TF 647 0 0
GGG
ATTAGTGTCTTCTCTCTCTGTCTAGGTTTCGATTAGGGGATTAGGGTTTCTAATCTCTCT
CTCTCTCTCTCAATTGGATTCTTGAACTCGGATTCGTTCTTCATCTCCCTCCCCATCGAC
AACCATGACTGAGTATTGGGTAAGCCAAGGGAAGAAGTGGTGCGAGTTCTGTAAGATATG
GACTCAGAACAACGCGACAAGTATCAGAAACCATGAGCTTGGTAAACATCACCGTGAATG
TGTCGAGAAGAAGCTCACTGATATGCGTGAGAAGAGCGCTGCTAAAGACAAAGAGCTCAA
GAAAAACGAGAAACTCCTTCAACAGATCGAAGCTAAAGCAACTCGTAGCTATCAGAAAGA
CGTAGCAACTGCTCATGAAGTTGCCAAAGCAAACGGTGCACCTGAGGATGGTACACACGA
TTGGGTTCTTGACGCTGCTTCGGGCTATTATTACAACCAGATCAATGGTCTCCACTATGA
TTCAAAGTCTGGATTCTATTACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGTAACACAAGACGAGGC
TTACGCTGCGGTTAAAACTTCATCAGCTAAAGACACTAAAATGCCTCTCGTTAAAAAGCC
TGTGCCTTCTTCGGAAGCTGGACCAAGTACCGCGAAGCCACCTG

QA 4 647 4 647
DS 

RD RR1G757TF 644 0 0
GG
ATTAGTGTCTTCTCTCTCTGTCTAGGTTTCGATTAGGGGATTAGGGTTTCTAATCTCTCT
CTCTCTCTCTCAATTGGATTCTTGAACTCGGATTCGTTCTTCATCTCCCTCCCCATCGAC
AACCATGACTGAGTATTGGGTAAGCCAAGGGAAGAAGTGGTGCGAGTTCTGTAAGATATG
GACTCAGAACAACGCGACAAGTATCAGAAACCATGAGCTTGGTAAACATCACCGTGAATG
TGTCGAGAAGAAGCTCACTGATATGCGTGAGAAGAGCGCTGCTAAAGACAAAGAGCTCAA
GAAAAACGAGAAACTCCTTCAACAGATCGAAGCTAAAGCAACTCGTAGCTATCAGAAAGA
CGTAGCAACTGCTCATGAAGTTGCCAAAGCAAACGGTGCACCTGAGGATGGTACACACGA
TTGGGTTCTTGACGCTGCTTCGGGCTATTATTACAACCAGATCAATGGTCTCCACTATGA
TTCAAAGTCTGGATTCTATTACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGTAACACAAGACGAGGC
TTACGCTGCGGTTAAAACTTCATCAGCTAAAGACACTAAAATGCCTCTCGTTAAAAAGCC
TGTGCCTTCTTCGGA*GCTGGACCAAGTACCGCGAAGCCACC

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR1GK31TF 788 0 0
GGAAATCTC
ATTAGTGTCTTCTCTCTCTGTCTAGGTTTCGATTAGGGGATTAGGGTTTCTAATCTCTCT
CTCTCTCTCTCAATTGGATTCTTGAACTCGGATTCGTTCTTCATCTCCCTCCCCATCGAC
AACCATGACTGAGTATTGGGTAAGCCAAGGGAAGAAGTGGTGCGAGTTCTGTAAGATATG
GACTCAGAACAACGCGACAAGTATCAGAAACCATGAGCTTGGTAAACATCACCGTGAATG
TGTCGAGAAGAAGCTCACTGATATGCGTGAGAAGAGCGCTGCTAAAGACAAAGAGCTCAA
GAAAAACGAGAAACTCCTTCAACAGATCGAAGCTAAAGCAGCTCGTAGCTATCAGAAAGA
CGTAGCAACTGCTCATGAAGTTGCCAAAGCAAACGGTGCACCTGAGGATGGTACACACGA
TTGGGTTCTTGACGCTGCTTCGGGCTATTATTACAACCAGATCAATGGTCTCCACTATGA
TTCAAAGTCTGGATTCTATTACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGTAACACAAGACGAGGC
TTACGCTGCGGTTAAAACTTCATCAGCTAAAGACACTAAAATGCCTCTCGTTAAAAAGCC
TGTGCCTTCTTCGTAAGCTGGACCAAGTACCGCGAAGCCACCTGGGAGGGTTGTCTCTGC
TACTTTAAACCCGAAAAGAAATGTGAAAGGAGCTGCCTCATCTGTTGAGAT*GGCAACAA
CAAGAGAAAGAGA*TAGATGAGAAACCCAAGAAAGTATCTGCAGAAGAGAAAGCTGCGT

QA 10 788 10 788
DS 

RD RR1F139JQ 182 0 0
GAGGGGGAGAGAAGCTGCTAGGAAACGAGTTGAAGACAGAGAAAAATCATTGCTTGGCCT
TTACAACAGACCCTTTTGATTAGAAACCATTGATTGATATTTTGTAACAGAGAACAGCAA
TGCTCCAGTTTATTTGGTTATTCCTTCAAAACGTTTAATCCAAAACCTTGGTACTTTTGG
G
G

QA 1 181 1 181
DS 

RD RR1FM90JQ 754 0 0
AATGTGTCGAGAAGAAGCTCACTGATATGCGTGAGAAGAGCGCTGCTAAAGACAAAGAGC
TCAAGAAAAACGAGAAACTCCTTCAACAGATCGAAGCTAAAGCAACTCGTAGCTATCAGA
AAGACGTAGCAACTGCTCATGAAGTTGCCAAAGCAAACGGTGCACCTGAGGATGGTACAC
ACGATTGGGTTCTTGACGCTGCTTCGGGCTATTATTACAACCAGATCAATGGTCTCCACT
ATGATTCAAAGTCTGGATTCTATTACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGTAACACAAGACG
AGGCTTACGCTGCGGTTAAAACTTCATCAGCTAAAGACACTAAAATGCCTCTCGTTAAAA
AGCCTGTGCCTTTTTCGGAAGCTGGACCAAGTACCGGGAAGCCACCTGGGAGGGTTGTTT
TTGCTACTTTAAACCCGAAAAGAAATGTGAAAGGAGCTGCCTCATCTGTTGAGATTGGCA
ACAACAAGAGAAAGAGAATAGATGAGAAACCCAAGAAAGTATCTGCAGAAGAGAAAGCTG
CGTTGAGGGCGAGAGAAGCTGCTAGGAAACGAGTTGAAGACAGAGAAAAATCATTGCTTG
GCCTTTACAACGGACCCTTTTGATTAGAAACCATTGATTGATACTCTGTAACAGAGAACA
GCAATGCTCCAGTTTATTCGGTTATTCCTTCAAAACGTTTAATCCAAAACCTTGGTACTT
TTGGGAAGATTAGTCTTCTTGTTCCAAATTGA
CC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1HB53JQ 268 0 0
GCAACAACAAGAGAAAGAGAATAGATGAGAAACCCAAGAAAGTATCTGCAGAAGAGAAAG
CTGCGTTGAGGGCGAGAGAAGCTGCTAGGAAACGAGTTGAAGACAGAGAAAAATCATTGC
TTGGCCTTTACAACAGACCCTTTTGATTAGAAACCATTGATTGATACTCTGTAACAGAGA
ACAGCAATGCTCCAGTTTATTCGGTTATTCCTTCAAAACGTTTAATCCAAAACCTTGGTA
CTTTTGGGAAGATTAGTCTTCTTGTT
AC

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR1G757JQ 701 0 0
GGATGGTACACACGATTGGGTTCTTGACGCTGCTTCGGGCTATTATTACAACCAGATCAA
TGGTCTCCACTATGATTCAAAGTCTGGATTCTATTACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGT
AACACAAGACGAGGCTTACGCTGCGGTTAAAACTTCATCAGCTAAAGACACTAAAATGCC
TCTCGTTAAAAAGCCTGTGCCTTCTTCGGAAGCTGGACCAAGTACCGCGAAGCCACCTGG
GAGGGTTGTCTCTGCTACTTTAAACCCGAAAAGAAATGTGAAAGGAGCTGCCTCATCTGT
TGAGATTGGCAACAACAAGAGAAAGAGAATAGATGAGAAACCCAAGAAAGTATCTGCAGA
AGAGAAAGCTGCGTTGAGGGCGAGAGAAGCTGCTAGGAAACGAGTTGAAGACAGAGAAAA
ATCATTGCTTGGCCTTTACAACAGACCCTTTTGATTAGAAACTATTGATTGATACTCTGT
AACAGAGAACAGCAATGCTCCAGTTTATTCGGTTATTCCTTCAAAACGTTTAATCCAAAA
CCTTGGTACTTTTGGGAAGATTAGTCTTCTTGTTCCAAATTGATCATTTCCTCTTTGTTG
TGCATTTCATTTTGTGGTCAGAGAGAGTTTCAACTTTGAATACGGCTTGTGCCTTTAAGA
AAAAAATGTATCAAATTTAATAAAATCAAACAAATGTTTTC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1GK31JQ 493 0 0
GGACCAAGTACCGCGAAGCCACCTGGGAGGGTTGTTTCTGCTACTTTAAACCCGAAAAGA
AATGTGAAAGGAGCTGCCTCATCTGTTGAGATTGGCAACAACAAGAGAAAGAGAATAGAT
GAGAAACCCAAGAAAGTATCTGCAGAAGAGAAAGCTGCGTTGAGGGCGAGAGAAGCTGCT
AGGAAACGAGTTGAAGACAGAGAAAAATCATTGCTTGGCCTTTACAACAGACCCTTTTGA
TTAGAAACCATTGATTGATACTCTGTAACAGAGAACAGCAATGCTCCAGTTTATTCGGTT
ATTCCTTCAAAACGTTTAATCCAAAACCTTGGTACTTTTGGGAAGATTAGTCTTCTTGTT
CCAAATTGATCATTTCCTCTTTGTTGTGCATTTCATTTTGTGGTCAGAGAGAGTTTCAAC
TTTGAATACGGCTTGTGCCTTTAAGAAAAAAATGTATCAAATTTAATAAAATCAAACAAA
TGTTTTCAAGAGC

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 10

CO CL447Contig1 488 10 4 U
GGACAAAGCAAAACAACAAAAAAAA*CACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTCA
AGCTTTTTTT*CCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAG
ACCCAGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGC
TACAAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGT
GGCTCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCT
AAAATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTA
ATATGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTG
TGTGATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTACATATTAC
TTTCAGTT


BQ
35 35 35 5 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 45 45 35 35 30 30 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1BH45JQ C 1
AF RR1BH45TF U 1
AF RR1B910TF U 3
AF RR1E965TF U 1
AF RR1GQ78TF U 4
AF RR1FC36TF U 1
AF RR1D251JQ C 3
AF RR1D251TF U 3
AF RR1A754TF U 2
AF RR1DS85TF U 1
BS 1 289 RR1BH45TF
BS 290 290 RR1DS85TF
BS 291 477 RR1BH45TF
BS 478 488 RR1DS85TF

RD RR1BH45JQ 478 0 0
GGACAAAGCAAAACAACAAAAAAAA*CACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTCA
AGCTTTTTTT*CCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAG
ACCCAGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGC
TACAAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGT
GGCTCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAA*TAAAGCTCCT
AAAATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTA
ATATGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTG
TGTGATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTACATAT
C

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1BH45TF 478 0 0
GGACAAAGCAAAACAACAAAAAAAA*CACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTCA
AGCTTTTTTT*CCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAG
ACCCAGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGC
TACAAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGT
GGCTCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAA*TAAAGCTCCT
AAAATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTA
ATATGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTG
TGTGATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTACATAT
C

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1B910TF 469 0 0
G
GAAAGCAAAACAGCAAAAAAAA*CACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTCAAGC
TTTTTTT*CCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAGACC
CAGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGCTAC
AAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGGC
TCTAGCTGCAGTTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCTAAA
ATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAATA
TGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTGTGT
GATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCT

QA 2 469 2 469
DS 

RD RR1E965TF 471 0 0
GGACAAAGCAAAACAACAAAAAAAA*CACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTCA
AGCTTTTTTTTCCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAG
ACCCAGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGC
TACAAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGT
GGCTCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCT
AAAATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTA
ATATGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCCTATTACTTACTTTCTGGCATGGTG
TGTGATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCT

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1GQ78TF 482 0 0
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QA 1 474 1 474
DS 

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DS 

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G
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DS 

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G
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GATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTAC

QA 2 471 2 471
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DS 



AS 1 10

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ATATCCTCCTCATGCATATCCTCCTCATGGATATCCTTCTAATGCATATCCACCTAATGC
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GT03JQ C 1
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AACAAACCAGAGGAGGAT

QA 1 198 1 198
DS 

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G
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GAAGAAGCGGCTGAGAAGAA
AGA

QA 2 801 2 801
DS 

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TGTACATGCACTGTGAAGGCTGTGCAAGAAAAGTCCGCCGTTGCCTCAAAGGTTTCGAAG
GAGTGGAAGATGTGATGACTGATTGTAAAGCGGGTAAAGTGGTGGTGAAGGGAGAAAAAG
CTGACCCATTGAAAGTATTGGCCAGAGTTCAAAAGAAGACCCACCGTGAAGTGGTGCTTA
TTTCTCCTATTCCTCCGCCATCTCAGCCACCAGAGAAGAAAGCGGAGGAGGAGAAGCCCA
AAGTGGAGGAAAAGAAAGTGGAGCCTCCCGTAGTGGTTACGGTGGTCCTCAAGGTTCACA
TGCATTGCGAAGCTTGTGCGACGGAGATCAAGAAACGGATCATGAGAATGAAAGGAGTGG
AATCTGCTGAATCCGATTTGAAAGCTTCTGAAGTGACGGTGAAAGGAGTGTTTGAACCGC
AAAAGCTCGTAGAACACATTTACAAGCGGACTGGAAAACATGCTGCAATTATGAAAATTG
AT

QA 1 542 1 542
DS 

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GG
ACCACCGCAAGAGATTATTCTCAAGGTGTACATGCACTGTGAAGGCTGTGCAAGAAAAGT
CCGCCGTTGCCTCAAAGGTTTCGAAGGAGTGGAAGATGTGATGACTGATTGTAAAGCGGG
TAAAGTGGTGGTGAAGGGAGAAAAAGCTGACCCATTGAAAGTATTGGCCAGAGTTCAAAA
GAAGACCCACCGTGAAGTGGTGCTTATTTCTCCTATTCCTCCGCCATCTCAGCCACCAGA
GAAGAAAGCGGAGGAGGAGAAGCCCAAAGTGGAGGAAAAGAAAGTGGAGCCTCCCGTAGT
GGTTACGGTGGTCCTCAAGGTTCACATGCATTGCGAAGCTTGTGCGACGGAGATCAAGAA
ACGGATCATGAGAATGAAAGGAGTGGAATCTGCTGAATCCGATTTGAAAGCTTCTGAAGT
GACGGTGAAAGGAGTGTTTGAACCGCAAAAGCTCGTAGAACACATTTACAAGCGGACTGG
AAAACATGCTGCAATTATGAAAATTGATCCACCACCACCACCGCCACCTGAAGAAGCGGC
TGAGGAGAAGGAAGAAGGGAAAGGAGAAAATGACGGTGGAGAGTCCAAAGGCGAGGAAAG
GGAAGGACGAGAATGCAAAGACTGATGAAGAGAAGAAA

QA 3 640 3 640
DS 

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GAACACATTTACAAGCGGACTGGAAAACATGCTGCAATTATGAAAATTGATCCACCACCA
CCACCGCCACCTGAAGAAGCGGCTGAGAAGAAGGAAGAAGGGAAAGGAGAAAATGACGGT
GGAGAGTCCAAAGGCGAGGAA*GGGAAGGACGAGAAAGCAAAGACTGATGAAGAGAAGAA
AGAAGGTGACGGCAGCAAAGGAGAAGGTGAAGCCGGGGGAAATGGCGGTGGTAGCGAGGA
*GAGGGAAAAGTTGTGGAGGTGAAGAAGATAGAGAATCCATATTACTCCTATTATTACCA
GCCGCCACGTGTGGCAATGCCGCCTCATGCTTATCCACCGCATGCATATCCTCCTTATGC
ATATCCTTTTAGTGCATATCCTCCAAATGCATATCCTTTTAATGCATATCCTCCTCATGC
ATATCCTCCTCATGGATATCCTTTTAATGCATATCCACCTAATGCATATAGCCCTCAGAT
ATTCAGCGACGAGAATCCAAACTCATGTTCCATTATGTAACAAAGAAACTGCGAATGCTA
AAGAGTATATGGAAAATATTTTGAAC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1GE31JQ 669 0 0
CGATTTGAAAGCTTCTGAAGTGACGGTGAAAGGAGTGTTTGAACCGCAAAAGCTCGTAGA
ACACATTTACAAGCGGACTGGAAAACATGCTGCAATTATGAAAATTGATCCACCACCACC
ACCGCCACCTGAAGAAGCGGCTGAGGAGAAGGAAGAAGGGAAAGGAGAAAATGACGGTGG
AGAGTCCAAAGGCGAGGAA*GGGAAGGACGAGAATGCAAAGACTGATGAAGAGAAGAAAG
AAGGTGACGGCAGCAAAGGAGAAGGTGAAGCCGGGGGAAATGGCGGTGGTAGCGAGGAAG
AGGGAAAAGTTGTGGAG*TGAAGAAGATAGAGAATCCATATTACTCCTATTATTACCAGC
CGCCACGCGTGGCAATGCCGCCTCATGCTTATCCACCGCATGCATATCCTCCTTATGCAT
ATCCTTTTAGTGCATATCCTCCAAATGCATATCCTTTTAATGCATATCCTCCTCATGCAT
ATCCTCCTCATGGACATCCTTTTAATGCATATCCACCTAATGCATATAGCCCTCAGATAT
TCAGCGACGAGAATCCAAACGCATGTTCCATTATGTAACAAAGAAACTGCGAATGCTAAA
GAGTATATGGAAAATATTTTGAACAATTTGATTAAGCAGATACATGCGGCCTTTGCTGCC
T
CTCTTTGC

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DS 

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TTCTGAAGTGACGGTGAAAGGAGTGTTTGAACCGCAAAAGCTCGTAGAACACATTTACAA
GCGGACTGGAAAACATGCTGCAATTATGAAAATTGATCCACCACCACCACCGCCACCTGA
AGAAGCGGCTGAGAAGAAGGAAGAAGGGAAAGGAGAAAATGACGGTGGAGAGTCCAAAGG
CGAGGAA*GGGAAGGACGAGAAAGCAAAGACTGATGAAGAGAAGAAAGAAGGTGACGGCA
GCAAAGGAGAAGGTGAAGCCGGGGGAAATGGCGGTGGTAGCGAGGAAGAGGGAAAAGTTG
TGGAGGTGAAGAAGATAGAGAATCCATATTACTCCTATTATTACCAGCCGCCACGTGTGG
CAATGCCGCCTCATGCTTATCCACCGCATGCATATCCTCCTTATGCATATCCTTCTAGTG
CATATCCTCCAAATGCATATCCTTTTAATGCATATCCTCCTCATGCATATCCTCCTCATG
GATATCCTTCTAATGCATATCCACCTAATGCATATAGCCCTCAGATATTCAGCGACGAGA
ATCCAAACGCATGTTCCATTATGTAACAAAGAAACTGCGAATGCTAAAGAGTATATGGAA
AATATTTTGAACAATTTGATTAAGCAGATACATGCGGCCTTTGCTGCCTCTCTTTGCATG
TGGTTTTCTTTTTACTGTGATTACTCAGTAATTACTGGTTATTTTAAAGGCTATAACCAT
AATCAAATCAG

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DS 

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ATGCCCG
GGCTGAGAAGAAGGAAGAAGGGAAAGGAGAAAATGACGGTGGAGAGTCCAAAGGCGAGGA
A*GGGAAGGACGAGAAAGCAAAGACTGATGAAGAGAAGAAAGAAGGTGACGGCAGCAAAG
GAGAAGGTGAAGCCGGGGGAAATGGCGGTGGTAGCGAGGAAGAGGGAAAAGTTGTGGAGG
TGAAGAAGATAGAGAATCCATATTACTCCTATTATTACCAGCCGCCACGTGTGGCAATGC
CGCCTCACGCTTATCCACCGCATGCATATCCTCCTTATGCATATCCTTTTAGTGCATATC
CTCCAAATGCATATCCTTTTAATGCATATCCTCCTCATGCATATCCTCCTCATGGATATC
CTTTTAATGCATATCCACCTAATGCATATAGCCCTCAGATATTCAGGGACGAGAATCCAA
ACGCATGTTCCATTATGTAACAAAGAAACTGGGAATGCTAAAGAGTATATGGAAAATATT
TTGAACAATTTGATTAAGCAGATACATGCGGCCTTTGCTGCCTTTTTTTGCATGTGGTTT
TTTTTTTACTGTGATTACTCAGTAATTACTGGTTATTTTAAAGGCTATAACCATAATCAA
ATCAGAAAAGTTTATATTACAAATTCAATTTAGTATGTCGTTCATAAAA
A

QA 8 656 8 656
DS 

RD RR1FM28TF 705 0 0
ATGCCCG
GGCTGAGAAGAAGGAAGAAGGGAAAGGAGAAAATGACGGTGGAGAGTCCAAAGGCGAGGA
A*GGGAAGGACGAGAAAGCAAAGACTGATGAAGAGAAGAAAGAAGGTGACGGCAGCAAAG
GAGAAGGTGAAGCCGGGGGAAATGGCGGTGGTAGCGAGGAAGAGGGAAAAGTTGTGGAGG
TGAAGAAGATAGAGAATCCATATTACTCCTATTATTACCAGCCGCCACGTGTGGCAATGC
CGCCTCACGCTTATCCACCGCATGCATATCCTCCTTATGCATATCCTTCTAGTGCATATC
CTCCAAATGCATATCCTTCTAATGCATATCCTCCTCATGCATATCCTCCTCATGGATATC
CTTCTAATGCATATCCACCTAATGCATATAGCCCTCAGATATTCAGCGACGAGAATCCAA
ACGCATGTTCCATTATGTAACAAAGAAACTGCGAATGCTAAAGAGTATATGGAAAATATT
TTGAACAATTTGATTAAGCAGATACATGCGGCCTTTGCTGCCTCTCTTTGCATGTGGTTT
TCTTTTTACTGTGATTACTCAGTAATTACTGGTTATTTTAAAGGCTATAACCATAATCAA
ATCAGAAAAGTTTATATTACAAATTCAATTTAGTATGTCGTTCATAAAATATGTAAAAGC
AGTCTTCGGGAATAAATAATTAAGTACGTTCCAAAAAA

QA 8 705 8 705
DS 



AS 1 10

CO CL449Contig1 1425 10 17 U
GCATCAACTTTATAATGTTTTAATAACAGCTCATGCTTTTTTAATGATCTTTTTTTATGG
TTATGCCGGCGATGATAGGTGGATTTGGTAATTGGTTTGTTCCGATTCCGATAGGTGCAC
CTGACATGGCATTTCCACGATTAAATAATATTTCATTCTGGTTGTTGCCACCAAGTCTCT
TGCTCCTATTAAGCTCAGCCTTAGTAGAAGTAGGTAGCGGCACTGGGTGGACGGTCTATC
CGCCCTTAAGTGGTATTACCAGTCATTCTGGAGGAGCAGTTGATTTAGCAATTTTTAGTC
TTCATCTATCTGGTGTTTCATCCATTTTAGGTTCTATCAATTTTATAACAACTATCTTCA
ACATGCGTGGACCTGGAATGACTATGCATAGATTACCCCTATTTGTGTGGTCCGTTCTAG
TGACAGCATTCCTACTTTTATTATCACTCCCGGTACTGGCAGGGGCAATTACCATGTTAT
TAACCGATCGAAACTTTAATACAACCTTTTTTGATCCCGCTGGAGGGGGAGACCCAATTT
TATACCAGCATCTCTTTTGGTTCTTCGGTCATCCAGAGGTGTATATCCTCATTCTGCCTG
GATTCGGTATCATAAGTCACATCGTTTCGACTTTTTCGGGAAAACCGGTCTTCGGGTATC
TAGGCATGGTTTATGCCATGATCAGTATTGGTGTCTTAGGATTTCTTGTTTGGGCTCATC
ATATGTTTACTGTGGGCTTAGACGTAGATACCCGTGCCTACTTCACCGCAGCTACCATGA
TCATAGCTGTCCCCACTGGAATCAAAATCTTTAGTTGGATCGCTACCATGTGGGGGGGTT
CGATACAATACAAAACACCCATGTTATTTGCTGTAGGATTTATCTTTTTGTTCACCATAG
GAGGACTCACTGGAATAGTCCTGGCAAATTCAGGGCTAGACATTGCTCTACATGATACTT
ATTATGTGGTTGCACATTTCCATTATGTACTTTCTATGGGAGCCGTTTTTGCTTTATTTG
CAGGATTTTACTATTGGGTGGGTAAAATCTTTGGTCGGACATACCCTGAAACTTTAGGTC
AAATCCATTTTTGGATCACTTTTTTCGGGGTTAATTTGACCTTCTTTCCTATGCATTTCT
TAGGGCTTTCAGGTATGCCACGTCGTATTCCAGATTATCCAGATGCTTACGCTGGATGGA
ATGCCCTTTCCAGTTTTGGCTCTTATATATCCGTAGTTGGGATTTGTTGTTTCTTCGTGG
TCGTAACAATCACTTTAAGCAGTGGAAATAACAAAAGATGTGCTCCAAGTCCTTGGGCTC
TTGAACTTAATTCAACTACACTGGAATGGATGGTACAAAGTCCTCCTGCTTTTCATACTT
TTGGAGAACTTCCAGCTATCAAGGAGACGAAAAGCTATGCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F016TF U 1
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AF RR1GJ55JQ C 1160
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AF RR1B603JQ C 637
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RD RR1F016TF 652 0 0
GCATCAACTTTATAATGTTTTAATAACAGCTCATGCTTTTTTAATGATCTTTTTTTATGG
TTATGCCGGCGATGATAGGTGGATTTGGTAATTGGTTTGTTCCGATTCCGATAGGTGCAC
CTGACATGGCATTTCCACGATTAAATAATATTTCATTCTGGTTGTTGCCACCAAGTCTCT
TGCTCCTATTAAGCTCAGCCTTAGTAGAAGTAGGTAGCGGCACTGGGTGGACGGTCTATC
CGCCCTTAAGTGGTATTACCAGTCATTCTGGAGGAGCAGTTGATTTAGCAATTTTTAGTC
TTCATCTATCTGGTGTTTCATCCATTTTAGGTTCTATCAATTTTATAACAACTATCTTCA
ACATGCGTGGACCTGGAATGACTATGCATAGATTACCCCTATTTGTGTGGTCCGTTCTAG
TGACAGCATTCCTACTTTTATTATCACTCCCGGTACTGGCAGGGTCAATTACCATGTTAT
TAACCGATCGAAACTTTAATACAACCTTTTTTGATCCCGCTGGAGGGGGAGACCCAATTT
TATACCAGCATCTCTTTTGGTTCTTCGGTCATCCAGAGGTGTATATCCTCATTCTGCCTG
GATTCTGTATCATAAGTCATATCGTTTCGACTTTTTCGGGAAAACCGGTCTT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1B603TF 720 0 0
G
AGGTTCTATCAATTTTATAACAACTATCTTCAACATGCGTGGACCTGGAATGACTATGCA
TAGATTACCTCTATTTGTGTGGTCCGTTCTAGTGACAGCATTCCTACTTTTATTATCACT
CCCGGTACTGGCAGGGGCAATTACCATGTTATTAACCGATCGAAACTTTAATACAACCTT
TTTTGATCCCGCTGGAGGGGGAGACCCAATTTTATACCAGCATCTCTTTTGGTTCTTCGG
TCATCCAGAGGTGTATATTCTCATTCTGCCTGGATTCGGTATCATAAGTCACATCGTTTC
GACTTTTTCGGGAAAACCGGTCTTCGGGTATCTAGGCATGGTTTATGCCATGATCAGTAT
TGGTGTCTTAGGATTTCTTGTTTGGGCTCATCATATGTTTACTGTGGGCTTAGACGTAGA
TACCCGTGCCTACTTCACCGCAGCTACCATGATCATAGCTGTCCCCACTGGAATCAAAAT
CTTTAGTTGGATCGCTACCATGTGGGGGGGTTCGATACAATACAAAACACCCATGTTATT
TGCTGTAGGATTTATCTTTTTGTTCACCATAGGAGGACTCACTGGAATAGTCCTGGCAAA
TTCAGGGCTAGACATTGCTCTACATGATACTTATTATGTGGTTGCACATTTCCATTACGT
ACTTTCTATGGGAGCCGTTTTTGCTTTATTTGCAGGATTTTACTATTGGGTGGGTAAAA

QA 2 720 2 720
DS 

RD RR1GJ55JQ 197 0 0
G
CGTCGTATTCCAGATTATCCAGATGCTTACGCTGGATGGAATGCCCTTTCCAGTTTTGGC
TCTTATATATCCGTAGTCGGGATTTGTTGTTTCTTCGTGGTCGTAACAATCACTTTAAGC
AGTGGAAATAACAAAAGATGTGCTCCAAGTCCTTGGGCTCTTGAACTTAATTCAACTACA
CTGGAATGGATGGTA
T

QA 2 196 2 196
DS 

RD RR1GJ55TF 197 0 0
G
CGTCGTATTCCAGATTATCCAGATGCTTACGCTGGATGGAATGCCCTTTCCAGTTTTGGC
TCTTATATATCCGTAGTCGGGATTTGTTGTTTCTTCGTGGTCGTAACAATCACTTTAAGC
AGTGGAAATAACAAAAGATGTGCTCCAAGTCCTTGGGCTCTTGAACTTAATTCAACTACA
CTGGAATGGATGGTA
T

QA 2 196 2 196
DS 

RD RR1B603JQ 773 0 0
CGGGAAAACCGGTCTTCGGGTATCTAGGCATGGTTTATGCCATGATCAGTATTGGTGTCT
TAGGATTTCTTGTTTGGGCTCATCATATGTTTACTGTGGGCTTAGACGTAGATACCCGTG
CCTACTTCACCGCAGCTACCATGATCATAGCTGTCCCCACTGGAATCAAAATCTTTAGTT
GGATCGCTACCATGTGGGGGGGTTCGATACAATACAAAACACCCATGTTATTTGCTGTAG
GATTTATCTTTTTGTTCACCATAGGAGGACTCACTGGAATAGTCCTGGCAAATTCAGGGC
TAGACATTGCTCTACATGATACTTATTATGTGGTTGCACATTTCCATTACGTACTTTCTA
TGGGAGCCGTTTTTGCTTTATTTGCAGGATTTTACTATTGGGTGGGTAAAATCTTTGGTC
GGACATACCCTGAAACTTTAGGTCAAATCCATTTTTGGATCACTTTTTTCGGGGTTAATT
TGACCTTCTTTCCTATGCATTTCTTAGGGCTTTCAGGTATGCCACGTCGTATTCCAGATT
ATCCAGATGCTTACGCTGGATGGAATGCCCTTTCCAGTTTTGGCTCTTATATATCCTTAG
TTGGGATTTGTTGTTTCTTCGTGGTCGTAACAATCACTTTAAGCAGTGGAAATAACAAAA
GATGTGCTCCAAGTCCTTGGGCTCTTGAACTTAATTCAACTACACTGGAATGGATGGTAC
AAAGTCCTCCTGCTTTTCATACTTTTGGAGAACTTCCAGCTATCAAGGAGACG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1F016JQ 748 0 0
ATGCCATGATCAGTATTGGTGTCTTAGGATTTCTTGTTTGGGCTCATCATATGTTTACTG
TGGGCTTAGACGTAGATACCCGTGCCTACTTCACCGCAGCTACCATGATCATAGCTGTCC
CCACTGGAATCAAAATCTTTAGTTGGATCGCTACCATGTGGGGGGGTTCGATACAATACA
AAACACCCATGTTATTTGCTGTAGGATTTATCTTTTTGTTCACCATAGGAGGACTCACTG
GAATAGTCCTGGCAAATTCAGGGCTAGACATTGCTCTACATGATACTTATTATGTGGTTG
CACATTTCCATTATGTACTTTCTATGGGAGCCGTTTTTGCTTTATTTGCAGGATTTTACT
ATTGGGTGGGTAAAATCTTTGGTCGGACATACCCTGAAACTTTAGGTCAAATCCATTTTT
GGATCACTTTTTTCGGGGTTAATTTGACCTTCTTTCCTATGCATTTCTTAGGGCTTTCAG
GTATGCCACGTCGTATTCCAGATTATCCAGATGCTTACGCTGGATGGAATGCCCTTTCCA
GTTTTGGCTCTTATATATCCGTAGTTGGGATTTGTTGTTTCTTCGTGGTCGTAACAATCA
CTTTAAGCAGTGGAAATAACAAAAGATGTGCTCCAAGTCCTTGGGCTCTTGAACTTAATT
CAACTACACTGGAATGGATGGTACAAAGTCCTCCTGCTTTTCATACTTTTGGAGAACTTC
CAGCTATCAAGGAGACGAAAAGCTATG
T

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1GS36JQ 225 0 0
GCTTACGCTGGATGGAATGCCCTTTCCAGTTTTGGCTCTTATATATCCGTAGTTGGGATT
TGTTGTTTCTTCGTGGTCGTAACAATCACTTTAAGCAGTGGAAATAACGAAAGATGTGCT
CCAAGTCCTTGGGCTCTTGAACTTAATTCAACTACACTGGAATGGATGGTACAAAGTCCT
CCTGCTTTTCATACTTTTGGAGAACTTCCAGCTATCAAGGAGACG

QA 1 225 1 225
DS 

RD RR1GS36TF 225 0 0
GCTTACGCTGGATGGAATGCCCTTTCCAGTTTTGGCTCTTATATATCCGTAGTTGGGATT
TGTTGTTTCTTCGTGGTCGTAACAATCACTTTAAGCAGTGGAAATAACGAAAGATGTGCT
CCAAGTCCTTGGGCTCTTGAACTTAATTCAACTACACTGGAATGGATGGTACAAAGTCCT
CCTGCTTTTCATACTTTTGGAGAACTTCCAGCTATCAAGGAGACG

QA 1 225 1 225
DS 

RD RR1CF44JQ 512 0 0
G
ATAGTCCTGGCAAATTCAGGGCTAGACATTGCTCTACATGATACTTATTATGTGGTTGCA
CATTTCCATTATGTACTTTCTATGGGAGCCGTTTTTGCTTTATTTGCAGGATTTTACTAT
TGGGTGGGTAAAATCTTTGGTCGGACATACCCTGAAACTTTAGGTCAAATCCATTTTTGG
ATCACTTTTTTCGGGGTTAATTTGACCTTCTTTCCTATGCATTTCTTAGGGCTTTCAGGT
ATGCCACGTCGTATTCCAGATTATCCAGATGCTTACGCTGGATGGAATGCCCTTTCCAGT
TTTGGCTCTTATATATCCGTAGTTGGGATTTGTCGTTTCTTCGTGGTCGTAACAATCACT
TTAAGCAGTGGAAATAACAAAAGATGTGCTCCAAGTCCTTGGGCTCTTGAACTTAATTCA
ACTACACTGGAATGGATGGTACAAAGTCCTCCTGCTTTTCATACTTTTGGAGAACTTCCA
GCTATCAAGGAGACGAAAAGCTATGCAAAAA

QA 2 512 2 512
DS 

RD RR1CF44TF 489 0 0
AGGGCTAGACATTGCTCTACATGATACTTATTATGTGGTTGCACATTTCCATTATGTACT
TTCTATGGGAGCCGTTTTTGCTTTATTTGCAGGATTTTACTATTGGGTGGGTAAAATCTT
TGGTCGGACATACCCTGAAACTTTAGGTCAAATCCATTTTTGGATCACTTTTTTCGGGGT
TAATTTGACCTTCTTTCCTATGCATTTCTTAGGGCTTTCAGGTATGCCACGTCGTATTCC
AGATTATCCAGATGCTTACGCTGGATGGAATGCCCTTTCCAGTTTTGGCTCTTATATATC
CGTAGTTGGGATTTGTCGTTTCTTCGTGGTCGTAACAATCACTTTAAGCAGTGGAAATAA
CAAAAGATGTGCTCCAAGTCCTTGGGCTCTTGAACTTAATTCAACTACACTGGAATGGAT
GGTACAAAGTCCTCCTGCTTTTCATACTTTTGGAGAACTTCCAGCTATCAAGGAGACGAA
AAGCTATG
C

QA 1 488 1 488
DS 



AS 1 9

CO CL450Contig1 1087 9 13 U
GCTCAAATTGAAATTACATTAAAACATAAAAGTTTTACAACAACCCATACATAGACACCA
AAGCCGGCAGAACACAGATATGTCTCCGGAAGCTACAACCCATACAAGGGTACCAAAGCC
GGCGGAACACAGATATATCCCCGGAAACTACAATCCAACAAAGGAAAACTAATACACCAC
CTATCTTAAAGAACAACCATGGTACTGCAACCATAAGGTCAGGATTAAATTGAATAGCCC
CAAAGAGAAAACAAGACATCAAAACTGAGCCGGATCAGAATCAACATCTGAAAAGAAAGA
ACGCCAGGTAGATAGACCCTCTGGACCGAAGACATTTGCGAAACAACAGCAAACTCCACA
ACCATAAGGAAGAAGGAAACAGCCTAAAGCTGAAAATCCTTTGACAAACTTTCACCCGTT
GCTGCAGAAAGAGCTTAGAAATCAACTCCAACAACTAATCAACTACAAGAAGAGAAACTG
CTGCAAAGGAGCCAACCCAAAGAAAAAGGCGAAGCGGAGACGAACTGGAAACGGGACCAA
GAGCCACCCCTGGACTCAACAAGAAGAACCCGAGCCCAATCCAAATATCACTCGGCGAAA
ACAAGAAACAGAACGAGAGTTGTCGAAAGACCAACAATGTCGTCAGCGAATGCCCTGTAC
CGCCTCCCGCGGCTACACGCTCCGTCAAAAGATCCCC*GATCTCCAATCTGGCGCCAGAC
ACATAATTGAACCCAACTCTCCCAACCACCTTGAAACTCCCGAGACCGGAACTAAAGACA
GCTCCACCACAACCTTTCAACTTGAGCTAGAGAACCATAACCACCCGAAGCCCGAAGACT
TACACCGCGCTAGGTACTCGTACTCCAAAACAACAAATCAAACCCCTCGATGAACCTCCT
GAGACCTAACGGAACCACCGACCAAAACCACAAACAAAACCTAGCTTAAACTAAAGAGAA
GGAGGAGATCCTCCCTCACGTAGCGGCGGTGAGGAGCACGGCCAACCACGGAGGGAGATC
GGCAACTATGGAGTTTTCTTTTTCTTTTCTCCCTTGAGCAGCGGAGGTTTTCTTTTTCTT
TGTGTCC


BQ
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 10 

AF RR1DW73JQ U 1
AF RR1CT84JQ U 1
AF RR1BZ51JQ U 1
AF RR1F108JQ U 1
AF RR1B138JQ U 1
AF RR1CT84TF C 386
AF RR1F108TF C 476
AF RR1DW73TF C 481
AF RR1B138TF C 403
BS 1 165 RR1B138JQ
BS 166 166 RR1DW73JQ
BS 167 199 RR1B138JQ
BS 200 200 RR1DW73JQ
BS 201 218 RR1B138JQ
BS 219 219 RR1CT84JQ
BS 220 256 RR1B138JQ
BS 257 257 RR1DW73JQ
BS 258 580 RR1B138JQ
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BS 863 1086 RR1CT84TF
BS 1087 1087 RR1B138TF

RD RR1DW73JQ 507 0 0
GCTCAAATTGAAATTACATTAAAACATAAAAGTTTTACAACAACCCATACATAGACACCA
AAGCCGGCAGAACACAGATATGTCTCCGGAAGCTACAACCCATACAAGGGTACCAAAGCC
GGCGGAACACAGATATATCCCCGGAAACTACAATCCAACAAAGGAAAACTAATACACCAC
CTATCTTAAAGAACAACCATGGTACTGCAACCATAAGGGCAGGATTAAATTGAATAGTCC
CAAAGAGAAAACAAGACATCAAAACTGAGCCGGATCAGAATCAACATCTGAAAAGAAAGA
ACGCCAGGTAGATAGACCCTCTGGACCGAAGACATTTGCGAAACAACAGCAAACTCCACA
ACCATAAGGAAGAAGGAAACAGCCTAAAGCTGAAAATCCTTTGACAAACTTTCACCCGTT
GCTGCAGAAAGAGCTTAAAAATCAACTCCAACAACTAATCAACTACAAGAAGAGAAACTG
CTGCAAAGGAGCCAACCCAAAGAAAAA

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1CT84JQ 639 0 0
GCTCAAATTGAAATTACATTAAAACATAAAAGTTTTACAACAACCCATACATAGACACCA
AAGCCGGCAGAACACAGATATGTCTCCGGAAGCTACAACCCATACAAGGGTACCAAAGCC
GGCGGAACACAGATATATCCCCGGAAACTACAATCCAACAAAGGAAAACTAATACACCAC
CTATCTTAAAGAACAACCATGGTACTGCAACCATAAGGTCAGGATTAAATTGAATAGCCC
CAAAGAGAAAACAAGACATCAAAACTGAGCCGGATCAGAATCAACATCTGAAAAGAAAGA
ACGCCAGGTAGATAGACCCTCTGGACCGAAGACATTTGCGAAACAACAGCAAACTCCACA
ACCATAAGGAAGAAGGAAACAGCCTAAAGCTGAAAATCCTTTGACAAACTTTCACCCGTT
GCTGCAGAAAGAGCTTAGAAATCAACTCCAACAACTAATCAACTACAAGAAGAGAAACTG
CTGCAAAGGAGCCAACCCAAAGAAAAAGGCGAAGCGGAGACGAACTGGAAACGGGACCAA
GAGCCACCCCTGGACTCAACAAGAAGAACCCGAGCCCAATCCAAATATCACTCGGCGAAA
ACAAGAAACAGAACGAGAGTTGTCGAAAGACCAACAATG

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1BZ51JQ 706 0 0
A
CTCAAATTGAAATTACATTAAAACATAAAAGTTTTACAACAACCCATACATAGACACCAA
AGCCGGCAGAACACAGATATGTCTCCGGAAGCTACAACCCATACAAGGGTACCAAAGCCG
GCGGAACACAGATATATCCCCGGAAACTACAATCCAACAAAGGAAAACTAATACACCACC
TATCTTAAAGAACAACCATGGTACTGCAACCATAAGGTCAGGATTAAATTGAATAGCCCC
AAAGAGAAAACAAGACATCAAAACTGAGCCGGATCAGAATCAACATCTGAAAAGAAAGAA
CGCCAGGTAGATAGACCCTCTGGACCGAAGACATTTGCGAAACAACAGCAAACTCCACAA
CCATAAGGAAGAAGGAAACAGCCTAAAGCTGAAAATCCTTTGACAAACTTTCACCCGTTG
CTGCAGAAAGAGCTTAAAAATCAACTCCAACAACTAATCAACTACAAGAAGAGAAACTGC
TGCAAAGGAGCCAACCCAAAGAAAAAGGCGAAGCGGAAACGAACTGGAAACGGGACCAAG
AGCCACCCCTGGACTCAACAAGAAGAACCCGAGCCCAATCCAAATATCACTCGGCGAAAA
CAAGAAACAGAACGAGAGTTGTCGAAAGACCAACAATGTCGTCAGCGAATGCCCTGTACC
GCCTCCCGCGGCTACACGCTCCGTCAAAAGATCCCC*GATCTCCA

QA 2 706 2 706
DS 

RD RR1F108JQ 730 0 0
GCTCAAATTGAAATTACATTAAAACATAAAAGTTCTACAACAACCCATACATAGACACCA
AAGCCGGCAGAACACAGATATGTCTCCGGAAGCTACAACCCATACAAGGGTACCAAAGCC
GGCGGAACACAGATATATCCCCGGAAACTACAATCCAACAAAGGAAAACTAATACACCAC
CTATCTTAAAGAACAACCATGGTACTGCAACCATAAGGTCAGGATTAAATTGAATAGCCC
CAAAGAGAAAACAAGACATCAAAACTGAGCCGGATCAGAATCAACATCTGAAAAGAAAGA
ACGCCAGGTAGATAGACCCTCTGGACCGAAGACATTTGCGAAACAACAGCAAACTCCACA
ACCATAAGGAAGAGGGAAACAGCCTAAAGCTGAAAATCCTTTGACAAACTTTCACCCGTT
GCTGCAGAAAGAGCTTAGAAATCAACTCCAACAACTAATCAACTACAAGAAGAGAAACTG
CTGCAAAGGAGCCAACCCAAAGAAAAAGGCGAAGCGGAGACGAACTGGAAACGGGACCAA
GAGCCACCCCTGGACTCAACAAGAAGAACCCGAGCCCAATCCAAATATCACTCGGCGAAA
ACAAGAAACAGAACGAGAGTTGTCGAAAGACCAACAATGTCGTCAGCGAATGCCCTGTAC
CGCCTCCCGCGGCTACACGCTCCGTCAAAAGATCCCC*GATCTCCAATCTGGCGCCAGAC
ACATAATTGA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1B138JQ 862 0 0
GCTCAAATTGAAATTACATTAAAACATAAAAGTTTTACAACAACCCATACATAGACACCA
AAGCCGGCAGAACACAGATATGTCTCCGGAAGCTACAACCCATACAAGGGTACCAAAGCC
GGCGGAACACAGATATATCCCCGGAAACTACAATCCAACAAAGGAGAACTAATACACCAC
CTATCTTAAAGAACAACCACGGTACTGCAACCATAAGGCCAGGATTAAATTGAATAGCCC
CAAAGAGAAAACAAGAAATCAAAACTGAGCCGGATCAGAATCAACATCTGAAAAGAAAGA
ACGCCAGGTAGATAGACCCTCTGGACCGAAGACATTTGCGAAACAACAGCAAACTCCACA
ACCATAAGGAAGAAGGAAACAGCCTAAAGCTGAAAATCCTTTGACAAACTTTCACCCGTT
GCTGCAGAAAGAGCTTAGAAATCAACTCCAACAACTAATCAACTACAAGAAGAGAAACTG
CTGCAAAGGAGCCAACCCAAAGAAAAAGGCGAAGCGGAGACGAACTGGAAACGGGACCAA
GAGCCACCCCTGGACTCAACAAGAAGAACCCGAGCCCAATTCAAATATCACTCGGCGAAA
ACAAGAAACAGAACGAGAGTTGTCGAAAGACCAACAATGTCGTCAGCGAATGCCCTGTAC
CGCCTCCCGCGGCTACACGCTCCGTCAAAAGATCCCC*GATCTCCAATCTGGCGCCAGAC
ACATAATTGAACCCAACTCTCCCAACCACCTTGAAACTCCCGAGACCGGAACTAAAGACA
GCTCCACCACAACCTTTCAACTTGAGCTAGAGAACCATAACCACCCGAAGCCCGAAGACT
TACACCGCGCTAGGTACTCGTA

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR1CT84TF 702 0 0
AAAGCTGAAAATCCTTTGACAAACTTTCACCCGTTGCTGCAGAAAGAGCTTAGAAATCAA
CTCCAACAACTAATCAACTACAAGAAGAGAAACTGCTGCAAAGGAGCCAACCCAAAGAAA
AAGGCGAAGCGGAGACGAACTGGAAACGGGACCAAGAGCCACCCCTGGACTCAACAAGAA
GAACCCGAGCCCAATCCAAATATCACTCGGCGAAAACAAGAAACAGAACGAGAGTTGTCG
AAAGACCAACAATGTCGTCAGCGAATGCCCTGTACCGCCTCCCGCGGCTACACGCTCCGT
CAAAAGATCCCC*GATCTCCAATCTGGCGCCAGACACATAATTGAACCCAACTCTCCCAA
CCACCTTGAAACTCCCGAGACCGGAACTAAAGACAGCTCCACCACAACCTTTCAACTTGA
GCTAGAGAACCATAACCACCCGAAGCCCGAAGACTTACACCGCGCTAGGTACTCGTACTC
CAAAACAACAAATCAAACCCCTCGATGAACCTCCTGAGACCTAACGGAACCACCGACCAA
AACCACAAACAAAACCTAGCTTAAACTAAAGAGAAGGAGGAGATCCTCCCTCACGTAGCG
GCGGTGAGGAGCACGGCCAACCACGGAGGGAGATCGGCAACTATGGAGTTTTCTTTTTCT
TTTCTCCCTTGAGCAGCGGAGGTTTTCTTTTTCTTTGTGTC
C

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1F108TF 615 0 0
AACTGCTGCAAAG*AGCCAACCCAAAGAAAA*GGCGAAGCGGAGACGAACTGGAAACGGG
ACCAAGAGCCACCCCTGGACTCAACAAGAAGAACCCGAGCCCAATCCAAATATCACTCGG
CGAAAACAAGAAACAGAACGAGAGTTGTCGAAAGACCAACAATGTCGTCAGCGAATGCCC
TGTACCGCCTCCCGCGGCTACACGCTCCGTCAAAAGATCCCCCGATCTCCAATCTGGCGC
CAGACACATAATTGAACCCAACTCTCCCAACCACCTTGAAACTCCCGAGACCGGAACTAA
AGACAGCTCCACCACAACCTTTCAACTTGAGCTAGAGAACCATAACCACCCGAAGCCCGA
AGACTTACACCGCGCTAGGTACTCGTACTCCAAAACAACAAATCAAACCCCTCGATGAAC
CTCCTGAGACCTAACGGAACCACCGACCAAAACCACAAACAAAACCTAGCTTAAACTAAA
GAGAAGGAGGAGATCCTCCCTCACGTAGCGGCGGTGAGGAGCACGGCCAACCACGGAGGG
AGATCGGCAACTATGGAGTTTTCTTTTTCTTTTCTCCCTTGAGCAGCGGAGGTTTTCTTT
TTCTTTGTGT
AATCC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1DW73TF 606 0 0
CTGCAAAGGAGCCAACCCAAAGAAAAAGGCGAAGCGGAGACGAACTGGAAACGGGACCAA
GAGCCACCCCTGGACTCAACAAGAAGAACCCGAGCCCAATCCAAATATCACTCGGCGAAA
ACAAGAAACAGAACGAGAGTTGTCGAAAGACCAACAATGTCGTCAGCGAATGCCCTGTAC
CGCCTCCCGCGGCTACACGCTCCGTCAAAAGATCCCC*GATCTCCAATCTGGCGCCAGAC
ACATAATTGAACCCAACTCTCCCAACCACCTTGAAACTCCCGAGACCGGAACTAAAGACA
GCTCCACCACAACCTTTCAACTTGAGCTAGAGAACCATAACCACCCGAAGCCCGAAGACT
TACACCGCGCTAGGTACTCGTACTCCAAAACAACAAATCAAACCCCTCGATGAACTTCCT
GAGACCTAACGGAACCACCGACCAAAACCACAAACAAAACCTAGCTTAAACTAAAGAGAA
GGAGGAGATCCTCCCTCACGTAGCGGCGGTGAGGAGCACGGCCAACCACGGAGGGAGATC
GGCAACTATGGAGTTTTCTTTTTCTTTTCTCCCTTGAGCAGAGGAGGTTTTCTTTTTCTT
TGTGTC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1B138TF 685 0 0
GACAAACTTTCACCCGTTGCTGCAGAAAGAGCTTAGAAATCAACTCCAACAACTAATCAA
CTACAAGAAGAGAAACTGCTGCAAAGGAGCCAACCCAAAGAAAAAGGCGAAGCGGAGACG
AACTGGAAACGGGACCAAGAGCCACCCCTGGACTCAACAAGAAGAACCCGAGCCCAATCC
AAATATCACTCGGCGAAAACAAGAAACAGAACGAGAGTTGTCGAAAGACCAACAATGTCG
TCAGCGAATGCCCTGTACCGCCTCCCGCGGCTACACGCTCCGTCAAAAGATCCCC*GATC
TCCAATCTGGCGCCAGACACATAATTGAACCCAACTCTCCCAACCACCTTGAAACTCCCG
AGACCGGAACTAAAGACAGCTCCACCACAACCTTTCAACTTGAGCTAGAGAACCATAACC
ACCCGAAGCCCGAAGACTTACACCGCGCTAGGTACTCGTACTCCAAAACAACAAATCAAA
CCCCTCGATGAACCTCCTGAGACCTAACGGAACCACCGACCAAAACCACAAACAAAACCT
AGCTTAAACTAAAGAGAAGGAGGAGATCCTCCCTCACGTAGCGGCGGTGAGGAGCACGGC
CAACCACGGAGGGAGATCGGCAACTATGGAGTTTTCTTTTTCTTTTCTCCCCTGAGCAGC
GGAGGTTTTCTTTTTCTTTGTGTCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 5

CO CL451Contig1 807 5 3 U
GGGATCTGATACAGAAGAAATAATTTTGTCGGAAAATTCTGTCTTTGTCGGAGGGAAGAT
CCGTGCATTCCATATCGGAAAAGTGTTTCGTTATTCTGCTGTTCGGCGTCGGGTTGATCC
ATTTGGATACTTCGAAAGATGGATCCTAACC*AGGCACCAGTTGAAAACTATGCGAACCC
GAAGACGTGTCTCTTCCATGTTCTCTTCAAGGGTGCTGCGTTGGCGTTTTACATCCTCTC
GGCTCTCTTCTTCAACAGCTTTGTCATTATCTTTGTGGTGACTGTTCTTCTTGCGGCACT
TGACTTCTGGGTGGTTAAGAATGTGAGTGGGCGTATACTGGTTGGTCTCAGGTGGTGGAA
CGAGATCAATGACTTGGGTGAAAGTGTGTGGAAGTTTGAGTCTCTTGACCAGGAGTCCTT
AGCTCGGATGAACAAGAAAGACTCGTGGCTTTTCTGGTGGACGCTTTACC*TTGCAGCAG
CTGCGTGGTTAGTCCTTGGGATATTTTCACTGATAAGGTTTCAGGCCGACTATCTGCTTG
TTGTCGGTGTTTGCTTGTCCCTCAACGTGGCTAATATCATCGGCTTCACAAAGTGCAAGA
AAGATGCAAAGAAACAGTTTCAGCAGTTTGCCTCACAGACAATCGCATCACGGTTCCAAT
CCACAGTACAATCTGCCTTCACCCTTGTCTGAAAAAAGAAAAGTCTTAGTGAGAGCAAAA
CAGTGTACAAAGAGATCGCATAAGCCACACCATGTTTTTTGACTGATCGTTTTCTCATAT
ACTATTTTGTAAGGATAAGAAAGAGAT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B090JQ C 66
AF RR1GQ07TF U 45
AF RR1B090TF U 30
AF RR1BD39TF U 2
AF RR1BM34TF U 1
BS 1 694 RR1BM34TF
BS 695 695 RR1B090TF
BS 696 807 RR1BM34TF

RD RR1B090JQ 435 0 0
CAC
TCCATATCGGAAAAGTGTTTCGTTATTCTGCTGTTCGGCGTCGGGTTGATCCATTTGGAT
ACTTCGAAAGATGGATCCTAACCCAGGCACCAGTTGAAAACTATGCGAACCCGAAGACGT
GTCTCTTCCATGTTCTCTTCAAGGGTGCTGCGTTGGCGTTTTACATCCTCTCGGCTCTCT
TCTTCAACAGCTTTGTCATTATCTTTGTGGTGACTGTTCTTCTTGCGGCACTTGACTTCT
GGGTGGTTAAGAATGTGAGTGGGCGTATACTGGTTGGTCTCAGGTGGTGGAACGAGATCA
ATGACTTGGGTGAAAGTGTGTGGAAGTTTGAGTCTCTTGACCAGGAGTCCTTAGCTCGGA
TGAACAAGAAAGACTCGTGGCTTTTCTGGTGGACGCTTTACCCTTGCAGCAGCTGCGTGG
TTAGTCCTTGGG

QA 4 435 4 435
DS 

RD RR1GQ07TF 512 0 0
GG
GTCGGAGGGAAGATCCGTGCATTCCATATCGGAAAAGTGTTTCGTTATTCTGCTGTTCGG
CGTCGGGTTGATCCATTTGGATACTTCGAAAGATGGATCCTAACC*AGGCACCAGTTGAA
AACTATGCGAACCCGAAGACGTGTCTCTTCCATGTTCTCTTCAAGGGTGCTGCGTTGGCG
TTTTACATCCTCTCGGCTCTCTTCTTCAACAGCTTTGTCATTATCTTTGTGGTGACTGTT
CTTCTTGCGGCACTTGACTTCTGGGTGGTTAAGAATGTGAGTGGGCGTATACTGGTTGGT
CTCAGGTGGTGGAACGAGATCAATGACTTGGGTGAAAGTGTGTGGAAGTTTGAGTCTCTT
GACCAGGAGTCCTTAGCTCGGATGAACAAGAAAGACTCGTGGCTTTTCTGGTGGACGCTT
TACC*TTGCAGCAGCTGCGTGGTTAGTCCTTGGGATATTTTCACTGATAAGGTTTCAGGC
CGACTATCTGCTTGTTGTCGGTGTTTGCTT

QA 3 512 3 512
DS 

RD RR1B090TF 671 0 0
CGGAAAATTCTGTCTTTGTCGGAGGGAAGATCCGTGCACTCCATATCGGAAAAGTGTTTC
GTTATTCTGCTGTTCGGCGTCGGGTTGATCCATTTGGATACTTCGAAAGATGGATCCTAA
CC*AGGCACCAGTTGAAAACTATGCGAACCCGAAGACGTGTCTCTTCCATGTTCTCTTCA
AGGGTGCTGCGTTGGCGTTTTACATCCTCTCGGCTCTCTTCTTCAACAGCTTTGTCATTA
TCTTTGTGGTGACTGTTCTTCTTGCGGCACTTGACTTCTGGGTGGTTAAGAATGTGAGTG
GGCGTATACTGGTTGGTCTCAGGTGGTGGAACGAGATCAATGACTTGGGTGAAAGTGTGT
GGAAGTTTGAGTCTCTTGACCAGGAGTCCTTAGCTCGGATGAACAAGAAAGACTCGTGGC
TTTTCTGGTGGACGCTTTACC*TTGCAGCAGCTGCGTGGTTAGTCCTTGGGATATTTTCA
CTGATAAGGTTTCAGGCCGACTATCTGCTTGTTGTCGGTGTTTGCTTGTCCCTCAACGTG
GCTAATATCATCGGCTTCACAAAGTGCAAGAAAGATGCAAAGAAACAGTTTCAGCAGTTT
GCCTCACAGACAATCGCATCACGGTTCCAATCCACAGTACAATCTGCCTTCACCCTTGTC
TGAAAA
GAAGA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1BD39TF 698 0 0
GGATCTGATACAGAAGAAATAATTTTGTCGGAAAATTCTGTCTTTGTCGGAGGGAAGATC
CGTGCATTCCATATCGGAAAAGTGTTTCGTTATTCTGCTGTTCGGCGTCGGGTTGATCCA
TTTGGATACTTCGAAAGATGGATCCTAACC*AGGCACCAGTTGAAAACTATGCGAACCCG
AAGACGTGCCTCTTCCATGTTCTCTTCAAGGGTGCTGCGTTGGCGTTTTACATCCTCTCG
GCTCTCTTCTTCAACAGCTTTGTCATTATCTTTGTGGTGACTGTTCTTCTTGCGGCACTT
GACTTCTGGGTGGTTAAGAATGTGAGTGGGCGTATACTGGTTGGTCTCAGGTGGTGGAAC
GAGATCAATGACTTGGGTGAAAGTGTGTGGAAGTTTGAGTCTCTTGACCAGGAGTCCTTA
GCTCGGATGAACAAGAAAGACTCGTGGCTTTTCTGGTGGACGCTTTACC*TTGCAGCAGC
TGCGTGGTTAGTCCTTGGGATATTTTCACTGATAAGGTTTCAGGCCGACTATCTGCTTGT
TGTCGGTGTTTGTTTGTCCCTCAACGTGGCTAATATCATCGGCTTCACAAAGTGCAAGAA
AGATGCAAAGAAACAGTTTCAGCAGTTTGCCTCACAGACAATCGCATCACGGTTCCAATC
CACAGTACAATCTGCCTTCACCCTTGTCTGAAAA
GAAG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1BM34TF 807 0 0
GGGATCTGATACAGAAGAAATAATTTTGTCGGAAAATTCTGTCTTTGTCGGAGGGAAGAT
CCGTGCATTCCATATCGGAAAAGTGTTTCGTTATTCTGCTGTTCGGCGTCGGGTTGATCC
ATTTGGATACTTCGAAAGATGGATCCTAACC*AGGCACCAGTTGAAAACTATGCGAACCC
GAAGACGTGTCTCTTCCATGTTCTCTTCAAGGGTGCTGCGTTGGCGTTTTACATCCTCTC
GGCTCTCTTCTTCAACAGCTTTGTCATTATCTTTGTGGTGACTGTTCTTCTTGCGGCACT
TGACTTCTGGGTGGTTAAGAATGTGAGTGGGCGTATACTGGTTGGTCTCAGGTGGTGGAA
CGAGATCAATGACTTGGGTGAAAGTGTGTGGAAGTTTGAGTCTCTTGACCAGGAGTCCTT
AGCTCGGATGAACAAGAAAGACTCGTGGCTTTTCTGGTGGACGCTTTACC*TTGCAGCAG
CTGCGTGGTTAGTCCTTGGGATATTTTCACTGATAAGGTTTCAGGCCGACTATCTGCTTG
TTGTCGGTGTTTGCTTGTCCCTCAACGTGGCTAATATCATCGGCTTCACAAAGTGCAAGA
AAGATGCAAAGAAACAGTTTCAGCAGTTTGCCTCACAGACAATCGCATCACGGTTCCAAT
CCACAGTACAATCTGCCTTCACCCTTGTCTGAAAGAAGAAAAGTCTTAGTGAGAGCAAAA
CAGTGTACAAAGAGATCGCATAAGCCACACCATGTTTTTTGACTGATCGTTTTCTCATAT
ACTATTTTGTAAGGATAAGAAAGAGAT

QA 1 807 1 807
DS 



AS 2 10

CO CL452Contig1 880 6 9 U
GGAGTGTTTCGAGAGTGATCGGAAAGCATGGCGGTTGGTCTAGGAGAGTTCGCGCGAAGA
ACCGGAAACGGCTCCGGAACACCCCCGGTGCTAGACGAATCAAACGGTGAGGAACTCATG
CACGTGCAGCCCTCCGTGGCCGTCGCTCTCGGCAATCGATCCCTCGAGTCTCCAGGAACG
CTCTACATCACTTCCAGGAAATTGATTTGGCTGAGTGATGTAGACATGGCCAAAGGCTAC
GCCGTCGATTTCTTATCGATATCGCTTCACGCAGTGTCTAGAGATCCAGGGGCTTATTCT
TCTCCTTGTTTATATACTCAGATTGAAGTTGAAGAAGATGAGGATGAAGAAGATGAGTCT
GATACTGAATCCACCGGAGCTTTGGACTTGTCGAAGATCAGAGAGATGAGGCTTGTTCCT
TCTGACTCTGCCCAGTTGGATACTCTGTTTGATATGTTCTGTGAATGTGCTGAGCTCAAT
CCAGAACCAGTTGAAGAAGAAGAAGAAAGTGAACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAG
ATGGTTGTTGGTGGAGGAGCGGAAGAAGATGGCGAATGGCCAATATCTCAGAGTCCGACG
AGTGTTATTGGTCTATCCGTTGGAGATGAAGGTCTTGCTCAGCCTATGCTTGAGCTCCAT
ATCAATGATCAGAGGTTTGATGATGCTGAAGAGATGGTTCATGAAAGTGAGACCAAAGAT
CACTAATCTGTCCGCAAATGTATTACTCTAAAACAGAGTTGTTTCTTATGTTAAGACAAT
GTCGTCTCTGTGTTCTTCAGAGTCCATGTGCTTTGTTAAATATGTGTTTAGACTTGGAAG
GTAGATTTTGCTCATCTTGTTATCTCTCTCATTAATCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU61TF U 380
AF RR1H115JQ C 394
AF RR1GU61JQ C 385
AF RR1H115TF U 385
AF RR1AM44TF U 1
AF RR1AM44JQ C 1
BS 1 6 RR1AM44JQ
BS 7 383 RR1AM44TF
BS 384 395 RR1GU61TF
BS 396 396 RR1H115TF
BS 397 498 RR1GU61TF
BS 499 499 RR1H115TF
BS 500 704 RR1GU61TF
BS 705 835 RR1H115TF
BS 836 880 RR1AM44JQ

RD RR1GU61TF 329 0 0
GGGG
GGACTTGTCGAAAATCAGAGAGATGAGGCTTGTTCCTTCTGACTCTGCCCAGTTGGATAC
TCTGTTTGATATGTTCTGTGAATGTGCTGAGCTCAATCCAGAACCAGTTGAAGAAAAAGA
AGAAAGTGAACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTTGTTGGTGGAGGAGCGGA
AGAAGATGGCGAATGGCCAATATCTCAGAGTCCGACGAGTGTTATTGGTCTATCCGTTGG
AGATGAAGGTCTTGCTCAGCCTATGCTTGAGCTCCATATCAATGATCAGAGGTTTGATGA
TGCTGAAGAGATGGTTCATGA
GAGT

QA 5 325 5 325
DS 

RD RR1H115JQ 326 0 0
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ATGTTCTGTGAATGTGCTGAGCTCAATCCAGAACCAGTTGAAGAAGAAGAAGAAAGTGAA
CATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTTGTTGGTGGAGGAGCGGAAGAAGATGGC
GAATGGCCAATATTTCAGAGTCCGACGAGTGTTATTGGTCTATCCGTTGGAGATGAAGGT
CTTGTTCAGCCTATGCTTGAGCTCCATATCAATGATCAGAGGTTTGATGATGCTGAAGAG
ATGGTTCATGAAAGTGAGACCAAA
AA

QA 1 324 1 324
DS 

RD RR1GU61JQ 360 0 0
GACTTGTCGAAGATCAGAGAGATGAGGCTTGTTCCTTCTGATTCTGCCCAGTTGGATACT
CTGTTTGATATGTTCTGTGAATGTGCTGAGCTCAATCCAGAACCAGTTGAAGAAGAAGAA
GAAAGTGAACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTTGTTGGTGGAGGAGCGGAA
GAAGATGGCGAATGGCCAATATTTCAGAGTCCGACGAGTGTTATTGGTCTATCCGTTGGA
GATGAAGGTCTTGCTCAGCCTATGCTTGAGCTCCATATCAATGATCAGAGGTTTGATGAT
GCTGAAGAGATGGTTCATGAAAGTGAGACCAAAGATCACTAATCTGTCCGCAAATGTATT

QA 1 360 1 360
DS 

RD RR1H115TF 469 0 0
GACTTGTCGAAGATCAGAGAGATGAGGCTTGTTCCTTCTGACTCTGCCCAGTTGGATACT
CTGTTTGATATGTTCTGTGAATGTGCTGAGCTCAATCCAGAACCAGTTGAAGAAGAAGAA
GAAAGTGAACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTTGTTGGTGGAGGAGCGGAA
GAAGATGGCGAATGGCCAATATCTCAGAGTCCGACGAGTGTTATTGGTCTATCCGTTGGA
GATGAAGGTCTTGCTCAGCCTATGCTTGAGCTCCATATCAATGATCAGAGGTTTGATGAT
GCTGAAGAGATGGTTCATGAAAGTGAGACCAAAGATCACTAATCTGTCCGCAAATGTATT
ACTCTAAAACAGAGTTGTTTCTTATGTTAAGACAATGTCGTCTCTGTGTTCTTCAGAGTC
CATGTGCTTTGTTAAATATGTGTTTAGACTT
GGAAGGTAGATTTTGCCC

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1AM44TF 836 0 0
GGAGTG
TTTCGAGAGTGATCGGAAAGCATGGCGGTTGGTCTAGGAGAGTTCGCGCGAAGAACCGGA
AACGGCTCCGGAACACCCCCGGTGCTAGACGAATCAAACGGTGAGGAACTCATGCACGTG
CAGCCCTCCGTGGCCGTCGCTCTCGGCAATCGATCCCTCGAGTCTCCAGGAACGCTCTAC
ATCACTTCCAGGAAATTGATTTGGCTGAGTGATGTAGACATGGCCAAAGGCTACGCCGTC
GATTTCTTATCGATATCGCTTCACGCAGTGTCTAGAGATCCAGGGGCTTATTCTTCTCCT
TGTTTATATACTCAGATTGAAGTTGAAGAAGATGAGGATGAAGAAGATGAGTCTGATACT
GAATCCACCGGAGCTTTGGACTTGTCGAAGATCAGAGAGATGAGGCTTGTTCCTTCTGAC
TCTGCCCAGTTGGATACTCTGTTTGATATGTTCTGTGAATGTGCTGAGCTCAATCCAGAA
CCAGTTGAAGAAGAAGAAGAAAGTGAACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTT
GTTGGTGGAGGAGCGGAAGAAGATGGCGAATGGCCAATATCTCAGAGCCCGACGAGTGTT
ATTGGTCTATCCGTTGGAGATGAAGGTCTTGCTCAGCCTATGCTTGAGCTCCATATCAAT
GATCAGAGGTTTGATGATGCTGAAGAGATGGTTCATGAAAGTGAGACCAAAGATCACTAA
TCTGTCCGCAAATGTATTACTCTAAAACAGAGTTGTTTCTTATGTTAAGACAATGTCGTC
TCTGTGTTCTTCAGAGTCCATGTGCTTTGTTAAATATGTGTTTAGACTT
G

QA 7 835 7 835
DS 

RD RR1AM44JQ 880 0 0
GGAGTGTTTCGAGAGTGATCGGAAAGCATGGCGGTTGGTCTAGGAGAGTTCGCGCGAAGA
ACCGGAAACGGCTCCGGAACACCCCCGGTGCTAGACGAATCAAACGGTGAGGAACTCATG
CACGTGCAGCCCTCCGTGGCCGTCGCTCTCGGCAATCGATCCCTCGAGTCTCCAGGAACG
CTCTACATCACTTCCAGGAAATTGATTTGGCTGAGTGATGTAGACATGGCCAAAGGCTAC
GCCGTCGATTTCTTATCGATATCGCTTCACGCAGTGTCTAGAGATCCAGGGGCTTATTCT
TCTCCTTGTTTATATACTCAGATTGAAGTTGAAGAAGATGAGGATGAAGAAGATGAGTCT
GATACTGAATCCACCGGAGCTTTGGACTTGTCGAAGATCAGAGAGATGAGGCTTGTTCCT
TCTGACTCTGCCCAGTTGGATACTCTGTTTGATATGTTCTGTGAATGTGCTGAGCTCAAT
CCAGAACCAGTTGAAGAAGAAGAAGAAAGTGAACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAG
ATGGTTGTTGGTGGAGGAGCGGAAGAAGATGGCGAATGGCCAATATCTCAGAGCCCGACG
AGTGTTATTGGTCTATCCGTTGGAGATGAAGGTCTTGCTCAGCCTATGCTTGAGCTCCAT
ATCAATGATCAGAGGTTTGATGATGCTGAAGAGATGGTTCATGAAAGTGAGACCAAAGAT
CACTAATCTGTCCGCAAATGTATTACTCTAAAACAGAGTTGTTTCTTATGTTAAGACAAT
GTCGTCTCTGTGTTCTTCAGAGTCCATGTGCTTTGTTAAATATGTGTTTAGACTTGGAAG
GTAGATTTTGCTCATCTTGTTATCTCTCTCATTAATCACT

QA 1 880 1 880
DS 



CO CL452Contig2 871 4 9 U
AGGCAAAAACTATCTTTTTAAGTCTAAACGCATATTTAACAAAGCACATGAACTTTGAAG
AACACAGAGATGGCATTATCTTAACATAAGAAACAACTCTGTTTTAGAGTGATACATCTG
TGGACAGATTAGTGATCTTTGGTCTCACTTTCATGAACCATCTCTTCAGCATCATCAAAC
CTCTGATCATTGATATGGAGCTCAAGCATAGGCTGAGCAAGACCTTCATCTCCAACGGAT
AGACCAATAACACTCGTCGGGCTCTGAGATATTGGCCATTCGCCATCTTCTTCCGCTCCT
CCACCAACAACCATCTGATCAGCACTAAACACCCAGTTATGTTCACTTTCTTCTTCTTCT
TCCTCTTCAACTGGCTCTGGATTGAGCTCAGCACATTCACAGAACATATCAAACAGAGTA
TCCAAGTGGGCAGAGTCAGAAGGAACAAGCCTCATCTCTCTGATCTTAGACAAGTCCAAA
ACTCCAGTAGATTCTGCATCATCCTCATCTTCTTCATCCTCATCTTCTTCAACCTCAATC
TGAGTATATATACAAGGAGATGAATAAGCCTCTGGATCTCTAGACACTGCGTGTAGCGAT
ATCGATAAGAAATCGACGGCGTAGCCTTTCGCCATGTCTACATCACTCAGCCAAATCAAT
TTCCTGGAAGTGATGTAGAGCGTTCCTGGAGACTCGAGGGATCGATTGCCGAGAGCGACG
GCGACGGAGGGCTGCACGTGCATGAGTTCCTCGCCGTTAGATTCGTCTAGCACCGGTGGT
GTTCCGGAGCCGTTTCCGGTTCTTCGCGCGAACTCTCTTAGACCAACCGCCATGTTTTTC
CGATCACTCTCGAAATACTGAAATTCTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ10JQ U 1
AF RR1GZ10TFB C 389
AF RR1CJ58JQ U 140
AF RR1CJ58TF C 124
BS 1 194 RR1GZ10JQ
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BS 777 871 RR1CJ58TF

RD RR1GZ10JQ 539 0 0
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CTCTGATCATTGATGTGGAGCTCAAGCATAGGCTGAGCAAGACCTTCATCTCCAACGGAT
AGACCAATAACACTCGTCGGGCTCTGAAATATTGGCCATTCGCCATCTTCTTCCGCTCCT
CCACCAACAACCATCTGATCAGCACTAAACACCCAGTTATGTTCACTTTCTTCTTCTTCT
TCCTCTTCAACTGGCTCTGGATTGAGCTCAGCACATTCACAGAACATATCAAACAGAGTA
TCCAAGTGGGCAGAGTCAGAAGGAACAAGCCTCATCTCTCTGATCTTAGACAAGTCCAAA
ACTCCAGTAGATTCTGCATCATCCTCATCTTCTTCATCCTCATCTTCTTCAACCTCAAT

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR1GZ10TFB 368 0 0
CAGCACATTCACAGAACATATCAAACAGAGTATCCAAGTGGGCAGAGTCAGAAGGAACAA
GCCTCATCTCTCTGATTTTAGACAAGTCCAAAACTCCAGTAGATTCTGCATCATCCTCAT
CTTCTTCATCCTCATCTTCTTCAACCTCAATCTGAGTATATATACAAGGAGATGAATAAG
CCTCTGGATCTCTAGACACTGCGTGTAGCGATATCGATAAGAAATCGACGGCGTAGCCTT
TCGCCATGTCTACATCACTCAGCCAAATCAATTTCCTGGAAGTGATGTAGAGCGTTCCTG
GAGACTCGAGGGATCGATTGCCGAGAGCGACGGCGACGGAGGGCTGCACGTGCATGAGTT
CCTC
GCCC

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR1CJ58JQ 639 0 0
TGGTCTCACTTTCATGAACCATCTCTTCAGCATCATCAAACCTCTGATCATTGATATGGA
GCTCAAGCATAGGCTGAGCAAGACCTTCATCTCCAACGGATAGACCAATAACACTCGTCG
GGCTCTGAGATATTGGCCATTCGCCATCTTCTTCCGCTCCTCCACCAACAACCATCTGAT
CAGCACTAAACACCCAGTTATGTTCACTTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCAACTGGCTCTG
GATTGAGCTCAGCACATTCACAGAACATATCAAACAGAGTATCCAAGTGGGCAGAGTCAG
AAGGAACAAGCCTCATCTCTCTGATCTTAAACAAGTCCAAAACTCCAGTAGATTCTGCAT
CATCCTCATCTTCTTCATCCTCATCTTCTTCAACTTCAATCTGAGTATATATACAAGGAG
ATGAATAAGCCTCTGGATCTCTAAACACTGCGTGTAGCGATATCGATAAGAAATCGACGG
CGTAGCCTTTCGCCATGTCTACATCACTCAGCCAAATCAATTTCCTGGAAGTGATGTAGA
GCGTTCCTGGAGACTCGAGGGATCGATTGCCGAGAGCGACGGCGACGGAGGGCTGCACGT
GCATGAGTTCCTCGCCGTTAGATTCGTCTAGCACCGG
TG

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1CJ58TF 748 0 0
ACAGATTAGTGATCTTTGGTCTCACTTTCATGAACCATCTCTTCAGCATCATCAA*CCTC
TGATCATTGATATGGAGCTCAAGCATAGGCTGAGCAAGAC*TTCATCTCCAACGGATAGA
CCAATAACACTCGTCGGGCTCTGAGATATTGGCCATTCGCCATCTTCTTCCGCTCCTCCA
CCAACAACCATCTGATCAGCACTAAACACCCAGTTATGTTCACTTTCTTCTTCTTCTTCC
TCTTCAACTGGCTCTGGATTGAGCTCAGCACATTCACAGAACATATCAAACAGAGTATCC
AAGTGGGCAGAGTCAGAAGGAACAAGCCTCATCTCTCTGATCTTAGACAAGTCCAAAACT
CCAGTAGATTCTGCATCATCCTCATCTTCTTCATCCTCATCTTCTTCAACTTCAATCTGA
GTATATATACAAGGAGATGAATAAGCCTCTGGATCTCTAGACACTGCGTGTAGCGATATC
GATAAGAAATCGACGGCGTAGCCTTTCGCCATGTCTACATCACTCAGCCAAATCAATTTC
CTGGAAGTGATGTAGAGCGTTCCTGGAGACTCGAGGGATCGATTGCCGAGAGCGACGGCG
ACGGAGGGCTGCACGTGCATGAGTTCCTCGCCGTTAGATTCGTCTAGCACCGGTGGTGTT
CCGGAGCCGTTTCCGGTTCTTCGCGCGAACTCTCTTAGACCAACCGCCATGTTTTTCCGA
TCACTCTCGAAATACTGAAATTCTGTTC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 9

CO CL453Contig1 650 9 9 U
TTTGCTCAACCAAACTCTTCATTAATTAAAACGTTACAATGATAAAGGTATCATCGGACA
AGCCACGATGAACCATACGAACTACTAGCACAAGCATTAAACAGACATAACAATAGATGG
ATAGAGACACAAGCTTGCCAAAGCTTGATATAGTGTTGAAAGGGTTAACGAAGGTGCCAC
AAGCGAGTAACTATCATGAAGAAACTACATCGCCCTTCTAATCTTCCAAACTTAACAATA
GCCACATTAGCTTGTGGCTAAACTAAAACCACTTATTCAAACATAACTTAGACTACTTAC
TCAAACATAACTTAAACTACTTATTCAAACATGCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT
TCCTTCTTCTTTAAGAAGCACCGCTTCCACCACTTGTTGTGCCTTTCTCAGCTGCCTTCC
TCGCCTTTGCGCTGTCCTTATGGTTTCTCTTGCAGACATCGCAAGATACCTTTTCAAACC
CAACCGCTTCGAAGCATCTGCGGCACAAGGTCAGGTGGAGACAACGGCTTTGGCTCAAAG
GGGTTTCCGTTTCCTTGGCCTTGCAACCGTCACATGCCGACTTCTTCGAAGTATCCATTT
TTTTTCTTTTTCTCTTTCTTAAAGGTTGTTTAATGGTTGTTTTGGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 20 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 30 30 

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AF RR1EA04JQ U 3
AF RR1EA04TF C 3
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AF RR1DV79JQ U 4
AF RR1DV79TF C 4
BS 1 5 RR1BZ35TF
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TGTCC

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CGT
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***TTTCTCTTTCTTAAAGGTTGTTTAATGGTTGTTTTGGTGT
TGTCC

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GC
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CTTTTTCTCTTTCTTAAAGGTTGTTTAATGGTTGTTTTGGTGTCC

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TC

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RD RR1GN78TF 639 0 0
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TTTTTCTCTTTCTTAAAGGTTGTTTAATGGTTGTTTT
TC

QA 1 637 1 637
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GG
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CTTCTTTAAGAAGCACCGCTTCCACCACTTGTTGTGCCTTTCTCAGCTGCCTTCCTCGCC
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CTTTTTCTCTTTCTTAAAGGTTGTTTAATGGTTGTTTTGGTGTCC

QA 3 647 3 647
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GG
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CTTTTTCTCTTTCTTAAAGGTTGTTTAATGGTTGTTTTGGTGTCC

QA 3 647 3 647
DS 



AS 1 10

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T


BQ
50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 15 15 15 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 
10 

AF RR1F792JQ C 1
AF RR1GR59TF U 1
AF RR1D715JQ C 339
AF RR1F792TF U 1
AF RR1FD41JQ C 1
AF RR1A243TF U 3
AF RR1FD41TF U 1
AF RR1D715TF U 1
AF RR1GR59JQ C 1
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QA 1 199 1 199
DS 

RD RR1F792TF 507 0 0
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AATGCCGTGGATTCCGTCGTCGTTGCTTTTGCACAAGACATTGCTAATCCATCAACAAAA
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AAGGTAATATCAACTTGCTTGTGGT
CC

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1FD41JQ 511 0 0
GGACACACTTAACACTCGTTTCCTTCCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAAATGAAGC
TTTCTATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTTGTTGCCACAGGGA
TGGGTCCAGTCACGGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATAGGTTCAAGGGTA
CGTGTGTAAGCACAACAAACTGCGCAAACGTGTGTCACAACGAAGGCTTTCCTGGTGGTA
AATGCCGTGGATTCCGTCGTCGTTGCTTTTGCACAAGACATTGCTAATCCATCAACAAAA
TCTTCGATCCATCGTCTCGTGTTGTTTCTTTCTATCTAATCTTCCGAACAACTTTCTATC
TAATCTTCCGCACAGCACCGAGTCGTACTTGTGTGTGTGATGTGTTTTCAAATAAGTCTT
TGGTTTGTGTGTTTTCTCTCTTTTTTTTCTGTAACGTAAGTGTGTTTTCGGTATTCATGT
AAGGTAATATCAACTTGCTTGTGGTTCTCT
C

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1A243TF 504 0 0
GG
ACACTTAACACTCGTTTCCTTCCAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAAATGAAGCTTTC
TATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTTGTTGCCACAGGGATGGG
TCCAGTCACGGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATAGGTTCAAGGGTACGTG
TGTAAGCACAACAAACTGCGCAAACGTGTGTCACAACGAAGGCTTTCCTGGTGGTAAATG
CCGTGGATTCCGTCGTCGTTGCTTTTGCACAAGACATTGCTAATCCATCAACAAAATCTT
CGATCCATCGTCTCGTGTTGTTTCTTTCTATCTAATCTTCCGAACAACTTTCTATCTAAT
CTTCCGCACAGCACCGAGTCGTACTTGTGTGTGTGATGTGTTTTCAAATAAGTCTTTGGT
TTGTGTGTTTTCTCTCTTTTTTTTCTGTAACGTAAGTGTGTTTTCGGTATTCATGTAAGG
TAATATCAACTTGCTTGTGGTT

QA 3 504 3 504
DS 

RD RR1FD41TF 511 0 0
GGACACACTTAACACTCGTTTCCTTCCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAAATGAAGC
TTTCTATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTTGTTGCCACAGGGA
TGGGTCCAGTCACGGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATAGGTTCAAGGGTA
CGTGTGTAAGCACAACAAACTGCGCAAACGTGTGTCACAACGAAGGCTTTCCTGGTGGTA
AATGCCGTGGATTCCGTCGTCGTTGCTTTTGCACAAGACATTGCTAATCCATCAACAAAA
TCTTCGATCCATCGTCTCGTGTTGTTTCTTTCTATCTAATCTTCCGAACAACTTTCTATC
TAATCTTCCGCACAGCACCGAGTCGTACTTGTGTGTGTGATGTGTTTTCAAATAAGTCTT
TGGTTTGTGTGTTTTCTCTCTTTTTTTTCTGTAACGTAAGTGTGTTTTCGGTATTCATGT
AAGGTAATATCAACTTGCTTGTGGTTCTCT
C

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1D715TF 537 0 0
GGACACACTTAACACTCGTTTCCTTCCAACTCTCTCTCTCTCTCTC****AAAATGAAGC
TTTCTATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTTGTTGCCACAGGGA
TGGGTCCAGTCACGGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATAGGTTCAAGGGTA
CGTGTGTAAGCACAACAAACTGCGCAAACGTGTGTCACAACGAAGGCTTTCCTGGTGGTA
AATGCCGTGGATTCCGTCGTCGTTGCTTTTGCACAAGACATTGCTAATCCATCAACAAAA
TCTTCGATCCATCGTCTCGTGTTGTTTCTTTCTATCTAATCTTCCGAACAACTTTCTATC
TAATCTTCCGCACAGCACCGAGTCGTACTTGTGTGTGTGATGTGTTTTCAAATAAGTCTT
TGGTTTGTGTGTTTTCTCTCTTTTTTTTCTGTAACGTAAGTGTGTTTTCGGTATTCATGT
AAGGTAATATCAACTTGCTTGTGGTTCTCTTATCAAGAAGCCTCTACAGAGGTATTT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1GR59JQ 537 0 0
GGACACACTTAACACTCGTTTCCTTCCAACTCTCTCTCTCTCTC******AAAATGAAGC
TTTCTATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTTGTTGCCACAGGGA
TGGGTCCAGTCACGGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATAGGTTCAAGGGTA
CGTGTGTAAGCACAACAAACTGCGCAAACGTGTGTCACAACGAAGGCTTTCCTGGTGGTA
AATGCCGTGGATTCCGTCGTCGTTGCTTTTGCACAAGACATTGCTAATCCATCAACAAAA
TCTTCGATCCATCGTCTCGTGTTGTTTCTTTCTATCTAATCTTCCGAACAACTTTCTATC
TAATCTTCCGCACAGCACCGAGTCGTACTTGTGTGTGTGATGTGTTTTCAAATAAGTCTT
TGGTTTGTGTGTTTTCTCTCTT*TTTTTCTGTAACGTAAGTGTGTTTTCGGTATTCATGT
AAGGTAATATCAACTTGCTTGTGGTTCTCTTATCAAGAAGCCTCTACAGAGGTATTT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1BA21TF 541 0 0
GGACACACTTAACACTCGTTTCCTTCCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAAATGAAGC
TTTCTATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTTGTTGCCACAGGGA
TGGGTCCAGTCACGGTGGAGGCACGCACGTGTGGGTCGAAGAGCCATAGGTTCAAGGGTA
CGTGTGTAAGCACAACAAACTGCGCAAACGTGTGTCACAACGAAGGCTTTCCTGGTGGTA
AATGCCGTGGATTCCGTCGTCGTTGCTTTTGCACAAGACATTGCTAATCCATCAACAAAA
TCTTCGATCCATCGTCTCGTGTTGTTTCTTTCTATCTAATCTTCCGAACAACTTTCTATC
TAATCTTCCGCACAGCACCGAGTCGTACTTGTGTGTGTGATGTGTTTTCAAATAAGTCTT
TGGTTTGTGTGTTTTCTCTCTTTTTTTTCTGTAACGTAAGTGTGTTTTCGGTATTCATGT
AAGGTAATATCAACTTGCTTGTGGTTCTCTTATCAAGAAGCCTCTACAGAGGTATTTAAA
T

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 10

CO CL455Contig1 833 10 8 U
GGTCTCCGAAAGAGCAGCAGTGAGAGAGAGAGAACCAATCGAATCGAGAGGAAGAAAAAA
TGGTGTCCGGGTCAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGATGCAAGGCACCACATGC
TGGGCCGTCTTGCTTCGATCATCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCG
TCAGATGCGAGGAGATTTGCCTGTCAGGTGGGTTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGA
GGTTTATGAGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTC
CCTCTAAGATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGTATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGAG
CTGCTGCTCTTGCACGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCA
AGAGAATGGTTATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACT
GTTTGTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGC
TTGAGGTCAAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTATGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCATCA
AGCTCAGGACTAAGGCTGAGAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGATCCCAGCTTGATGTTC
TTGCACCCATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGTTTAATACTTGCTTTGGTG
CTCGTCTCGATTCTACCTTTTGAATTTTGTTTGTGCTTTTGGTAGCTTGTAAACTTAAAA
TATTGGAATGAGACATTTTGGTTTTTTGAATGAGGTTCTTACTCTTTTTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 35 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 25 
50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT29TF U 1
AF RR1F884TF U 7
AF RR1FQ51JQ C 428
AF RR1FO74TF U 12
AF RR1A881JQ C 4
AF RR1F884JQ C 363
AF RR1GT29JQ C 328
AF RR1FQ51TF U 6
AF RR1A881TF U 4
AF RR1EZ91TF U 467
BS 1 343 RR1GT29TF
BS 344 344 RR1FQ51TF
BS 345 565 RR1GT29TF
BS 566 772 RR1FQ51TF
BS 773 773 RR1A881TF
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BS 794 806 RR1A881TF
BS 807 833 RR1EZ91TF

RD RR1GT29TF 565 0 0
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TGGTGTCCGGGTCAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGATGCAAGGCACCACATGC
TGGGCCGTCTTGCTTCGATCATCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCG
TCAGATGCGAGGAGATTTGCCTGTCAGGTGGGTTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGA
GGTTTATGAGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTC
CCTCTAAGATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGTATGATTCCACATAAGACCAAGCGTGGAG
CTGCTGCTCTTGCACGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCA
AGAGAATGGTTATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACT
GTTTGTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGC
TTGAGGTCAAAAGAAAGGAGAGGTC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1F884TF 599 0 0
G
GAAAGAGCAGCAGTGAGAGAGAGAGAACCAATCGAATCGAGAGGAAGAAAAAATGGTGTC
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TCTTGCTTCGATCATCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCGTCAGATG
CGAGGAGATTTGCCTGTCAGGTGGGTTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGAGGTTTAT
GAGGAAACGCATGAACACTA*GCCTTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAA
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TCTTGCACGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAAT
GGTTATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACTGTTTGTT
GGGCCGTCTTTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGT
CAAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTATGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCATCAAGCTC

QA 2 599 2 599
DS 

RD RR1FQ51JQ 290 0 0
GGTTATTCCTGATGCTTTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAGGTACTGTTTGTT
GGGCCGTTTTTTTTTTGAGGTTGGCGGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGT
CAAAAGAAAGGAGAGGTCCCAGGCTATGTATGAGGGTAAGAAGCAGCTCATCAAGCTCAG
GACTAAGGCTGAGAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGATCCCAGCTTGATGTTTTTGCCCC
CATCAAGTACTGAGAATTGGCATTTATTATTTGGTTTAATACTTGCTTTG

QA 1 290 1 290
DS 

RD RR1FO74TF 728 0 0
GG
GCAGCAGTGAGAGAGAGAGAACCAATCGAATCGAGAGGAAGAAAAAATGGTGTCCGGGTC
AGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGATGCAAGGCACCACATGCTGGGCCGTCTTGC
TTCGATCATCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCGTCAGATGCGAGGA
GATTTGCCTGTCAGGTGGGTTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGAGGTTTATGAGGAA
ACGCATGAACACTAAGCCTTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAGATCTT
CTGGCGTACCGTTCGTGGTATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGAGCTGCTGCTCTTGC
ATGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAATGGTTAT
TCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACTGTTTGTTGGGCCG
TCTTTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGTCAAAAG
GAAGGAGAGGTCACAGGCTATGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCATCAAGCTCAGGACTAA
GGCTGAGAAG*TTGCAGAGGAGAAGCTTGGATCCCAGCTTGATGTTCTTGCACTCATCAA
GTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGTTTAATACTTGCTTTGGTGCTCGTCTCGATTC
TACCTT

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR1A881JQ 805 0 0
GGCC
GAAAGAGCAGCAGTGAGAGAGAGA**ACCAATCGAATCGAGAGGAAGAAAAAATGGTGTC
CGGGTCAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGATGCAAGGCACCACATGCTGGGCCG
TCTTGCTTCGATCATCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCGTTAGATG
CGAGGAGATTTGCCTGTCAGGTGGGTTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGAGGTTTAT
GAGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAA
GATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGTATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGAGCTGCTGC
TCTTGCACGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAAT
GGTTATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACTGTTTGTT
GGGCCGTCTTTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGT
CAAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTATGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCATCAAGCTCAG
GACTAAGGCTGAGAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGATCCCAGCTTGATGTTCTTGCACC
CATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGTTTAATACTTGCTTTGGTGCTCGTCT
CGATTCTACCTTTTGAATTTTGTTTGTGCTTTTGGTAGCTTGTAAACTTAAAATATTGGA
ATGAGACATTTTGGTTTTT
CG

QA 5 803 5 803
DS 

RD RR1F884JQ 433 0 0
GCTGCTCTTGCACGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTCCCCCCCCCTTACGACAAGGTCAAG
AGAATGGTTATTCCTGATGCTTTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACTGT
TTGTTGGGCCGTCTTTTTTTTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTT
GAGGTCAAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTATGTATGAGGGTAAGAAGCAGCTCATCAAG
CTCAGGACTAAGGCTGAGAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGATCCCAGCTTGACGTTTTT
GCACCCATCAAGTACTGAGAATTGGCATTTATTATTTGGTTTAATACTTGCTTTGGTGCT
CGTCTCGATTTTACCTTTTGAATTTTGTTTGTGCTTTTGGTAGCTTGTAAACTTAAAATA
TTGGAATGAGACA

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR1GT29JQ 468 0 0
GTGGTATGATTCCACATAAGACCAAGCGTGGAGCTGCTGCTCTTGCACGCTTGAAGGTCT
TTGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAATGGTTATTCCTGATGCTCTCA
AGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACTGTTTGTTGGGCCGTCTTTCTTTTGAGG
TTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGTCAAAAGAAAGGAGAGGTCAC
AGGCTATGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCATCAAGCTCAGGACTAAGGCTGAGAAGGTTG
CAGAGGAGAAGCTTGGATCCCAGCTTGATGTTCTTGCACCCATCAAGTACTGAGAATTGG
CATCTATTATTTGGTTTAATACTTGCTTTGGTGCTCGTCTCGATTCTACCTTTTGAATTT
TGTTTGTGCTTTTGGTAGCTTGTAAACTTAAAATATTGGAATGAGACA

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR1FQ51TF 788 0 0
GG
GAAAGAGCAGCAGTGAGAGAGAGAGAACCAATCGAATCGAGAGGAAGAAAAAATGGTGTC
CGGGTCAGGGATATGCGCGAAGCGTGTCGTGGTCGATGCAAGGCACCACATGCTGGGCCG
TCTTGCTTCGATCATCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCGTCAGATG
CGAGGAGATTTGCCTGTCAGGTGGGTTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGAGGTTTAT
GAGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAA
GATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGTATGATTCCACACAAGACCTAGCGTGGAGCTGCTGC
TCTTGCACGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAAT
GGTTATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAGGTACTGTTTGTT
GGGCCGTCTTTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGT
CAAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTATGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCATCAAGCTCAG
GACTAAGGCTGAGAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGATCCCAGCTTGATGTTCTTGCACC
CATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGTTTAATACTTGCTTTGGTGCTCGTCT
CGATTCTACCTTTTGAATTTTGTTTGTGCTTTTGGTAGCTTGTAA*CTTAAAATATTGGA
ATGAGA

QA 3 788 3 788
DS 

RD RR1A881TF 805 0 0
GGCC
GAAAGAGCAGCAGTGAGAGAGAGA**ACCAATCGAATCGAGAGGAAGAAAAAATGGTGTC
CGGGTCAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGATGCAAGGCACCACATGCTGGGCCG
TCTTGCTTCGATCATCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCGTTAGATG
CGAGGAGATTTGCCTGTCAGGTGGGTTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGAGGTTTAT
GAGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAA
GATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGTATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGAGCTGCTGC
TCTTGCACGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAAT
GGTTATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACTGTTTGTT
GGGCCGTCTTTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGT
CAAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTATGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCATCAAGCTCAG
GACTAAGGCTGAGAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGATCCCAGCTTGATGTTCTTGCACC
CATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGTTTAATACTTGCTTTGGTGCTCGTCT
CGATTCTACCTTTTGAATTTTGTTTGTGCTTTTGGTAGCTTGTAAACTTAAAATATTGGA
ATGAGACATTTTGGTTTTT
CG

QA 5 803 5 803
DS 

RD RR1EZ91TF 367 0 0
G
GGTCACAAGTACTGTTTGTTGGGCCGTCCTTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGAT
ACCATTAAGGAGCTTGAGGTCAAAAGAAAGGAGAGGTCACGGGCTATGTATGAGCGTAAG
AAGCAGCTCATCAAGCTCAGGACTAAGGCTGAGAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGATCC
CAGCTTGATGTTCTTGCACCCATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGTTTAAT
ACTTGCTTTGGTGCTCGTCTCGATTCTACCTTTTGAATTTTGTTTGTGCTTTTGGTAGCT
TGTAAACTTAAAATATTGGAATGAGACATTTTGGTTTTTTGAATGAGGTTCTTACTCTTT
TTCTCT

QA 2 367 2 367
DS 



AS 1 10

CO CL456Contig1 883 10 21 U
TGGGGACACCTTAATATCCACAAAATAAAAAATAATTACTAGAGCTTGAGAGAAACCTTA
AATGGCTGAGGGACAACAAAACTCAGGTAACAGCAATGGTGAAAACATCATCCCTCCCGA
AGATGTTGCTAAGTTCCTGCCCAAAACTGTTGAAGAAGGTGGATGGGAAAAATGTTGGGA
AGATGGGGTAACACCATGGGACCAAGGAAGAGCCACACCCCTCGTTGTCCATCTTGTTGA
ATCTTCTTCTCTTCCTCTTGGTCGTGCTCTTGTCCCCGGCTGTGGCGGAGGTCACGATGT
GGTTGCGATGGCAAGTCCCGAACGTTACGTTGTTGGTTTGGATATTTCTGAAAGTGCCCT
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GGAAGACTTCTTCACATGGCGTCCTAGTGAATTATTCGACCTCATCTTCGATTATGTGGT
CTTCTGTGCCATTGAGCCGGAGATGAGAGCTGCATGGGCCAAAGCCATGTATGAACTCTT
AAAACCCGACGGCGAACTCATTACTCTCATGTATCCGATTACTGATCATGATGGTGGACC
TCCTTACAAAGTAGCTGTCTCTACCTACGAAGATGTTTTGGTTCCGGTAGGATTCAAGGC
AGTGTCCATTGAGGAGAATCCATACTCCATTGCCACTCGTAAGGGTAAAGAGAAGCTTGG
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ATATGCATATTCTACCCATGTATTAAGAATAAAATGAATATTCTACAAATTTGCTGATTA
TTAATAATAAACGTAATGTTTCTGATAATATAATTCAGTTAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

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AF RR1BE54TF U 6
AF RR1BB72TF U 6
AF RR1BW14TF U 2
AF RR1A102TF U 44
AF RR1BB72JQ C 70
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DS 

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GG
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GG
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AAAGTAGCTGTCTCTACCTACGAAGATGTTTTGGTTCCAGTAGGATTCAAGGCAGTGTCC
AT

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TCTCTTCCTCTTGGTCGTGCTCTTGTCCCCGGCTGTGGCGGAGGTCACGATGTGGTTGCG
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GCTGCTGAGACTTACGCCTCCTCACCGAAGGCCAAGTACTTTACGTTCGTGAAGGAAGAC
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ATAT

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GCCATGTATGAACTCTTAAAACCCGACGGCGAACTCATTACTCTCATGTATCCGATTACT
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AACGTAATGTTTCTGAT

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DS 

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DS 

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GCCAAAGCCATGTATGAACTCTTAAAACCCGACGGCGAACTCATTACTCTCATGTATCCG
ATTACTGATCATGATGGTGGACCTCCTTACAAAGTAGCTGTCTCTACCTACGAAGATGTT
TTGGTTCCGGTAGGATTCAAGGCAGTGTCCATTGAGGAGAATCCATACTCCATTGCCACT
CGTAAGGGTAAAGAGAAGCTTGGTAGGTGGAAGAAGATCAACTGATCCAAGAAAGATCTC
TCTTAGTCTTTACTAAGAGTCTTATATGCATATTCTACCCATGTATTAAGAATAAAATGA
ATATTCTACAAATTTGCTGATTATTAATAATAAACGTAATGTTTCTGAT

QA 9 537 9 537
DS 

RD RR1BW14JQ 642 0 0
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CTTTACTAAGAGTCTTATATGCATATTCTACCCATGTATTAAGAATAAAATGAATATTCT
ACAAATTTGCTGATTATTAATAATAAACGTAATGTTTCTGA
C

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1GE22JQ 737 0 0
AAACTGTTGAAGAAGGTGGATGGGAAAAATGTTGGGAAGATGGGGTAACACCATGGGACC
AAGGAAGAGCCACACCCCTCGTTGTCCATCTTGTTGAATCTTCTTCTCTTCCTCTTGGTC
GTGCTCTTGTCCCCGGCTGTGGCGGAGGTCACGATGTGGTTGCGATGGCAAGTCCCGAAC
GTTACGTTGTTGGTTTGGATATTTCTGAAAGTGCCCTCGAGAAAGCTGCTGAGACTTACG
CCTCCTCACCGAAGGCCAAGTACTTTACGTTCGTGAAGGAAGACTTCTTCACATGGCGTC
CTAGTGAATTATTCGACCTCATCTTCGATTATGTGGTCTTCTGTGCCATTGAGCCGGAGA
TGAGAGCTGCATGGGCCAAAGCCATGTATGAACTCTTAAAACCCGACGGCGAACTCATTA
CTCTCATGTATCCGATTACTGATCATGATGGTGGACCTCCTTACAAAGTAGCTGTCTCTA
CCTACGAAGATGTTTTGGTTCCGGTAGGATTCAAGGCAGTGTCCATTGAGGAGAATCCAT
ACTCCATTGCCACTCGTAAGGGTAAAGAGAAGCTTGGTAGGTGGAAGAAGATCAACTGAT
CCAAGAAAGATCTCTCTTAGTCTTTACTAAGAGTCTTATATGCATATTCTACCCATGTAT
TAAGAATAAAATGAATATCCTACAAATTTGCTGATTATTAATAATAAACGTAATGTTTCT
GATAATATAATTCAGTT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 9

CO CL457Contig1 1730 9 24 U
CGAGAACTAAAGTTGGATGATTTATTATGCATATAACTGAAAATGTGCATGTGCAAGATA
AAGGCAAACAGTTCAAGAAGAGAGAGAGGAGATTCTAGACAACAACTTTTGGTTTATTTG
CTTCTCACTTCTTTTGCTGAGTCTTGAGTTCTTTTACCCTCTCTTCTGTAGCTTTCAGTG
CTTCCCCGTAGATAGTTATCAACTCATCGATCTCTTCAGGTGAGATAATGAGCGGTGGAG
ACATCATTATGCTATCCCCTGCAACGCGGACTAACATCCCGCGCTTCTGGCACTCGGCTC
CAAAGTATGCGCCAACACCCCATTCTGGTGGAAATGGTTCGTTTGGTGACTTGTTGTCTG
TAAATTCAGTCCCGAGAATCAAACCAGTTCCCCTT*ATCTCTCCAATAATAGGACTAGTC
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CCAGAATAAGTAAATCCATGCGAGAAAGCACCTAGCTTGTTGCTTTGAGAATAAATGACA
TCTGCTACTTCTTGACTCATAAGAATGGCTCCAATCGGCATATATGCTGATGACAGTGCT
TTGGCTAAAGACACAAGATCTGGCTTGATGTTGTATTTGTCACAGCCAAACATTGTCCCA
AGCCTTCCAAATGCACATATCACTTCATCCGCGATGAACAGGATATCATACTTCTTAACA
ACAGCTTGAATCTTCTCAAAGTAAGTAGCAGGTGGAGGTATCACACCACCAGCACCCATG
ACTGGTTCAGCGATAAAAGCACCAATTGTTTCTGGTCCCTCTTTAATGATGAGATCCTCC
AAATTCTTGGCTAATCTGGTTGAGAACTCCTCTTCCGTTTCACCTGGAAGATGAAAACGC
CAATAGTGAGGGCAATCTGTGTGTAGCACAAATGGTGCTGGTAAATCAAAGTTTTGGTGC
AGAGCTGGAAGGCCGGACAAACTTGCTGATATTAGAGTGGAGCCATGGTACGATTTCTTT
CTTGCGATAAACTTTTTCTTCTCAGGCCTCCCAAGTGCGTTATTGTAGTACCAAACAAGC
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TTAGCCGTGAACATGTCTAGAAGATCCTTGGCAAGATCCAGAGAAGGCTTAGTAGTACGG
TTCCAGAAGGAGTGATAAAAGGGCAAAGTTTTCAACTGCTCCACGGCAGCAGAAACAAGC
CGTGGCTCATTTCCTCCTAAGGCAGTACACCAAAGACCAGCGAGAGAACCAAGATACTTT
TTGCCATGGTCATCATACACATAACTTCCCTCGGATTTAGCAATGATCAAGGGATGTAAA
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ATGGTTTGCTTCTGGGGTGAAGCCTCTGTAGTAAAGATCCTCGAACCAGACGTATGTTGT
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TTGATTACTGCCATTTCTCCGTAAGACAGAAGAAACAGAGAGAGATGATCAGAGAAGATG
GAATCTGTTGAATGAGAGTGAACGTTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGATTCC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER72JQ U 1
AF RR1BU58JQ U 1
AF RR1CS53JQ U 29
AF RR1FI08JQ U 3
AF RR1G102JQ U 1
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QA 4 631 4 631
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QA 1 776 1 776
DS 

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G
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GGT

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CCCATGACTGGTTCAGCGATAAAAGCACCAATTGTTTCTGGTCCCTCTTTAATGATGAGA
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GAACGCCAATAGTGAGGGCAATCTGTGTGTAGCACAAATGGTGCTGGTAAATCAAAGTAT
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C

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DS 

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TTGGCTAAAGACACAAGATCTGGCTTGATGTTGTATTTGTCACAGCCAAACATTGTCCCA
AGCTTTCCAAATGCACATATCACTTCATCCGCGATGAACAGGATATCATACTTCTTAACA
GCAGCTTGAATCTTCTCAAAGTAAGTAGCAGGTGGAGGTATCACACCACCAGCACCCATG
ACTGGTTCAGCGATAAAAGCACCAATTGTTTCTGGTCCCTCTTTAATGATGAGATCCTCC
AAATTCTTGGCTAATCTGGTTGAGAACTCCTCTTCCGTTTCACCTGGAAGATGAAAACGC
CAATAGTGAGGGCAATCTGTGTGTAGCACAAATGGTGCTGGTAAATCAAAGTTTTGGTGC
AGAGCTGGAAGGCCGGACAAACTTGCTGATATTAGAGTGGAGCCATGGTACGATTTCTTT
CTTGCGATAAACTTTTTCTTCTCAGGCCTCCCAAGTGCGTTATTGTAGTACCAAACAAGC
TTGACCTGGGTATCATTGGCCTCTGATCCACTGTTTGTAAAAAAAGCTTTAGCCATTTTA
TTAGCCGTGAACATGTCTAGAAGATCCTTGGCAAGATCCAGAGAAGGCTTAGTAGTACGG
TTCCAGAAGGAGTGATAAAAGGGCAAAGTTTTCAACTGCTCCACGGCAGCAGAAACAAGC
CGTGGCTCATTTCCTCCTAAGGCAGTACACCAAAGACCAGCGAGAGAA
TCC

QA 1 768 1 768
DS 

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ATCAAAGTTTTGGTGCAGAGCTGGAAGGCCGGACAAACTTGCTGATATTAGAGTGGAGCC
ATGGTACGATTTCTTTCTTGCGATAAACTTTTTCTTCTCAGGCCTCCCAAGTGCGTTATT
GTAGTACCAAACAAGCTTGACCTGGGTATCATTGGCCTCTGATCCACTGTTTGTAAAAAA
AGCTTTAGCCATTTTATTAGCCGTGAACATGTCTAGAAGATCCTTGGCAAGATCCAGAGA
AGGCTTAGTAGTACGGTTCCAGAAGGAGTGATAAAAGGGCAAAGTTTTCAACTGCTCCAC
GGCAGCAGAAACAAGCCGTGGCTCATTTCCTCCTAAGGCAGTATACCAAAGACCAGCGAG
AGAACCAAGATACTTTTTGCCATGGTCATCATACACATAACTTCCCTCGGATTTAGCAAT
GATCAAGGGTTGTAAATCAGCACTCTGCCACCCAGCTGTAAAAGGTGCCAGCATATCATG
CCCCTTAGACCCAACTATGGTTTGCTTCTGGGGTGAAGCCTCTGTAGTAAAGATCCTCGA
ACCAGACGTATGTTGTGAAGCAGCATACTTGCTCTGCAAAGTAACCTGAGAGGAACGAGC
CAACCTTCGGAGGCTGTTGATTACTGCCATTTCTCCGT
CC

QA 1 698 1 698
DS 

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GAGTGGAGCCATGGTACGATTTCTTTCTTGCGATAAACTTTTTCTTCTCAGGCCTCCCAA
GTGCGTTATTGTAGTACCAAACAAGCTCGACCTGGGTATCATTGGCCTCTGATCCACTGT
TTGTAAAAAAAGCTTTAGCCATTTTATTAGCCGTGAACATGTCTAGAAGATCCTTGGCAA
GATCCAGAGAAGGCTTAGTAGTACGGTTCCAGAAGGAGTGATAAAAGGGCAAAGTTTTCA
ACTGCTCCACGGCAGCAGAAACAAGCCGTGGCTCATTTCCTCCTAAGGCAGTACACCAAA
GACCAGCGAGAGAATCAAGATACTTTTTGCCATGGTCATCATACACATAACTTCCCTCGG
ATTTAGCAATGATCAAGGGATGTAAATCAGCACTCTGCCACCCAGCTGTAAAAGGTGCCA
GCATATCATGCCCCTTAGACCCAACTATGGTTTGCTTCTGGGGTGAAGCCTCTGTAGTAA
AGATCCTCGAACCAGACGTAT**TGTGAAGCAGCATACTTGCTCTGCAAAGTAACCTGAG
AGGAACGAGCCAACCTTCGGAGGCTGTTGATTACTGCCATTTCTCCGTAAGACAGAAGAA
ACAGAGAGAGATGATCAGAGAAGATGGAATCTGTTGAATGAGAGTGAACGTTTTTTTTTC
TTTTTTTTGAGATTCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 9

CO CL458Contig1 969 9 6 U
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GCTTACAGAATATGTAGAATATGTACAACAGAATACCCCATCTCCGGTCTGAATCTGATG
AAGAATCAACCGTGACGCAGCCTAATTTCATAGTAAAAGCAGTAGCAGCTGTACACAACA
ACAACAAACATACCCCAAACCCAAACCAAAAATAAAAGAACTCTATACGAAGACGATCAC
CAAACATTAGAGGAAACCAGCTGGTCGTCTGGTGCGACAACAACAAGAGGAGTCCTACAG
AGTGGGCAAGTGATGTTCCAGTAGTCTATCCATTTCTCCAAGCATGTTTTGTGAAACAAG
TGGCCACATTTTAGCTTGTTGATCTCTGAATCCTCTTCGAATTTCGACAGGCATACAGAA
CACTCGTTGTCCGCCTGTTTCTTGCACTTGCACAAGCTCTCAAACTTCATCGTGGGGGTC
CTGTTCCTGAATTCTTCAAGGAAACTCTCAGGCTGGCAGACCCGGAAATCAAAAGTCTCT
GATGTCTGATTCTCTGAAGATGCGGCTGGCGCTACTGAAGAAGGAGAGAGACGGATTCCT
ACTAGCTGAAGCACTGATCTGAGGATGCCTTTGAAGATGGAGATTGATAAGGCTGTGTTG
ACTAATAACACGCATAGCATTCCTTCTGATGGACCAGGAAGGCTTGATAGACCCATCTTT
CAATTCTCTTTT*GGATGTTTCAAACAATATGCAAGCCCGCAGGGGGATGTTGATCAGAT
CTTTGTTCTTCTCAGAGAGATGTGATCTGGTGACAAGTATGAGAGGCTATGATCACCGAT
TCAGAAGAAAGATTGAATCTTTATTATAAGGTTTTGTGTTTCTGGTAAAAGTAGTGATGG
GAATCTGGGAAGTGAGAGATGGGTTTTCCTTGATGAAAGAGGAGAGCTTCTTCCAATTGT
TGTTTTTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 45 45 45 50 50 50 50 50 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB74JQ U 2
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RD RR1GB74JQ 497 0 0
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TGTTTCTGAATTCTTCA

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DS 

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GCTTACAGAATATGTAGAATATGTACAACAGAATACCCCATCTCCGGTCTGAATCTGATG
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ACAACAAACATACCCCAAACCCAAACCAAAAATAAAAGAACTCTATACGAAGACGATCAC
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QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1DO34JQ 677 0 0
G
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GAATATGTACAACAGAATACCCCATCTCCGGTCTGAATCTGATGAAGAATCAACCGTGAC
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AAACCCAAACCAAAAACAAAAGAACTCTATACGAAGACGATCACCAAACATTAGAGGAAA
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TCCAGTAGTCTATCTATTTCTCCAAGCATGTTTTGTGAAACAAGTGGCCACATTTTAGCT
TGTTGATCTCTGAATCCTCTTCGAATTTCGACAGGCATACAGAACACTCGTTGTCCGCCT
GTTTCTTGCACTTGCACAAGCTCTCAAACTTCATCGTGGGGGTCCTGTTCCTGAATTCTT
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GCATTCCTTCTGATGG

QA 2 677 2 677
DS 

RD RR1EG74JQ 714 0 0
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AGAATATGTACAACAGAATACCCCATCTCCGGTCTGAATCTGATGAAGAATCAACCGTGA
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CAAACCCAAACCAAAAATAAAAGAACTCTATACGAAGACGATCACCAAACATTAGAGGAA
ACCAGCTGGTCGTCTGGTGCGACAACAACAAGAGGAGTCCTACAGAGTGGGCAAGTGATG
TTCCAGTAGTCTATCCATTTCTCCAAGCATGTTTTGTGAAACAAGTGGCCACATTTTAGC
TTGTTGATCTCTGAATCCTCTTCGAATTTCGACAGGCATACAGAACACTCGTTGTCCGCC
TGTTTCTTGCACTTGCACAAGCTCTCAAACTTCATCGTGGGGGTCCTGTTCCTGAATTCT
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GATCTGAGGATGCCTTTGAAGATGGAGATTGATAAGGCTGTGTTGACTAATAACACGCAT
AGCATTCCTTCTGATGGACCAGGAAGGCTTGATAGACCCATCTTTCAATTCTCT

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DS 

RD RR1AU43JQ 888 0 0
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AGAATATGTACAACAGAATACCCCATCTCCGGTCTGAATCTGATGAAGAATCAACCGTGA
CGCAGCCTAATTTCATAGTAAAAGCAGTAGCAGCTGTACACAACAACAACAAACATACCC
CAAACCCAAACCAAAAATAAAAGAACTCTATACGAAGACGATCACCAAACATTAGAGGAA
ACCAGCTGGTCGTCTGGTGCGACAACAACAAGAGGAGTCCTACAGAGTGGGCAAGTGATG
TTCCAGTAGTCTATCCATTTCTCCAAGCATGTTTTGTGAAACAAGTGGCCACATTTTAGC
TTGTTGATCTCTGAATCCTCTTCGAATTTCGACAGGCATACAGAACACTCGTTGTCCGCC
TGTTTCTTGCACTTGCACAAGCTCTCAAACTTCATCGTGGGGGTCCTGTTCCTGAATTCT
TCAAGGAAACTCTCAGGCTGGCAGACCCGGAAATCAAAAGTCTCTGATGTCTGATTCTCT
GAAGATGCGGATGGCGCTACTGAAGAAGGAGAGAGACGGATTCCTACTAGCTGAAGCACT
GATCTGAGGATGCCTTTGAAGATGGAGATTGATAAGGCTGTGTTGACTAATAACACGCAT
AGCATTCCTTCTGATGGACCAGGAAGGCTTGATAGACCCATCTTTCAATTCTCTTTTTGG
ATGTTTCAAACAATATGCAAGCCCGCAGGGGGATGTTGATCAGATCTTTGTTCTTCTCAG
AGAGATGTGATCTGGTGACAAGTATGAGAGGCTATGATCACCGATTCAGAAGAAAGATTG
AATCTTTATTATAAGGTTTTGTGTTTCTGGTAAAAGTAGTGATGGGAA

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DS 

RD RR1AU43TF 859 0 0
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GC*TAATTTCATAGTAAAAGCAGTAGCAGCTGTACACAACAACAACAAACATACCCCAAA
CCCAAACCAAAAATAAAAGAACTCTATACGAAGACGATCACCAAACATTAGAGGAAACCA
GCTGGTCGTCTGGTGCGACAACAACAAGAGGAGTC*TACAGAGTGGGCAAGTGATGTTCC
AGTAGTCTATCCATTTCTCCAAGCATGTTTTGTGAAACAAGTGGCCACATTTTAGCTTGT
TGATCTCTGAATCCTCTTCGAATTTCGACAGGCATACAGAACACTCGTTGTCCGCCTGTT
TCTTGCACTTGCACAAGCTCTCAAACTTCATCGTGGGGGTCCTGTTCCTGAATTCTTCAA
GGAAACTCTCAGGCTGGCAGACCCGGAAATCAAAAGTCTCTGATGTCTGATTCTCTGAAG
ATGCGGATGGCGCTACTGAAGAAGGAGAGAGACGGATTCCTACTAGCTGAAGCACTGATC
TGAGGATGCCTTTGAAGATGGAGATTGATAAGGCTGTGTTGACTAATAACACGCATAGCA
TTCCTTCTGATGGACCAGGAAGGCTTGATAGACCCATCTTTCAATTCTCTTTT*GGATGT
TTCAAACAATATGCAAGCCCGCAGGGGGATGTTGATCAGATCTTTGTTCTTCTCAGAGAG
ATGTGATCTGGTGACAAGTATGAGAGGCTATGATCACCGATTCAGAAGAAAGATTGAATC
TTTATTATAAGGTTTTGTGTTTCTGGTAAAAGTAGTGATGGGAATCTGGGAAGTGAGAGA
TGGGTTTTCCTT
GATGACC

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DS 

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GACAACAACAAGAGGAGTC*TACAGAGTGGGCAAGTGATGTTCCAGTAGTCTATCCATTT
CTCCAAGCATGTTTTGTGAAACAAGTGGCCACATTTTAGCTTGTTGATCTCTGAATCCTC
TTCGAATTTCGACAGGCATACAGAACACTCGTTGTCCGCCTGTTTCTTGCACTTGCACAA
GCTCTCAAACTTCATCGTGGGGGTCCTGTTCCTGAATTCTTCAAGGAAACTCTCAGGCTG
GCAGACCCGGAAATCAAAAGTCTCTGATGTCTGATTCTCTGAAGATGCGGCTGGCGCTAC
TGAAGAAGGAGAGAGACGGATTCCTACTAGCTGAAGCACTGATCTGAGGATGCCTTTGAA
GATGGAGATTGATAAGGCTGTGTTGACTAATAACACGCATAGCATTCCTTCTGATGGACC
AGGAAGGCTTGATAGACCCATCTTTCAATTCTCTTTT*GGATGTTTCAAACAATATGCAA
GCCCGCAGGGGGATGTTGATCAGATCTTTGTTCTTCTCAGAGAGATGTGATCTGGTGACA
AGTATGAGAGGCTATGATCACCGATTCAGAAGAAAGATTGAATCTTTATTATAAGGTTTT
GTGTTTCTGGTAAAAGTAGTGATGGGAATCTGGGAAGTGAGAGATGGGTTTTCCTT
GATCC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1F709TF 710 0 0
TATACGAAGACGATCACCAAACATTAGAGGAAACCAGCTGGTCGTCTGGTGCGACAACAA
CAAGAGGAGTCCTACAGAGTGGGCAAGTGATGTTCCAGTAGTCTATCCATTTCTCCAAGC
ATGTTTTGTGAAACAAGTGGCCACATTTTAGCTTGTTGATCTCTGAATCCTCTTCGAATT
TCGACAGGCATACAGAACACTCGTTGTCCGCCTGTTTCTTGCACTTGCACAAGCTCTCAA
ACTTCATCGTGGGGGTCCTGTTCCTGAATTCTTCAAGGAAACTCTCAGGCTGGCAGACCC
GGAAATCAAAAGTCTCTGATGTCTGATTCTCTGAAGATGCGGCTGGCGCTACTGAAGAAG
GAGAGAGACGGATTCCTACTAGCTGAAGCACTGATCTGAGGATGCCTTTGAAGATGGAGA
TTGATAAGGCTGTGTTGACTAATAACACGCATAGCATTCCTTCTGATGGACCAGGAAGGC
TTGATAGACCCATCTTTCAATTCTCTTTT*GGGTGTTTCAAACAATATGCAAGCCCGCAG
GGGGATGTTGATCAGATCTTTGTTCTTCTCAGAGAGATGTGATCTGGTGACAAGTATGAG
AGGCTATGATCACCGATTCAGAAGAAAGATTGAATCTTTATTATAAGGTTTTGTGTTTCT
GGTAAAAGTAGTGATGGGAATCTGGGAAGTGAGAGATGGGTTTTCCTT
CC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1EG74TF 759 0 0
AAATAAAA
AACTCTATACGAAGACGATCACCAAACATTAGAGGAAACCAGCTGGTCGTCTGGTGCGAC
AACAACAAGAGGAGTC*TACAGAGTGGGCAAGTGATGTTCCAGTAGTCTATCCATTTCTC
CAAGCATGTTTTGTGAAACAAGTGGCCACATTTTAGCTTGTTGATCTCTGAATCCTCTTC
GAATTTCGACAGGCATACAGAACACTCGTTGTCCGCCTGTTTCTTGCACTTGCACAAGCT
CTCAAACTTCATCGTGGGGGTCCTGTTCCTGAATTCTTCAAGGAAACTCTCAGGCTGGCA
GACCCGGAAATCAAAAGTCTCTGATGTCTGATTCTCTGAAGATGCGGCTGGCGCTACTGA
AGAAGGAGAGAGACGGATTCCTACTAGCTGAAGCACTGATCTGAGGATGCCTTTGAAGAT
GGAGATTGATAAGGCTGTGTTGACTAATAACACGCATAGCATTCCTTCTGATGGACCAGG
AAGGCTTGATAGACCCATCTTTCAATTCTCTTTT*GGATGTTTCAAACAATATGCAAGCC
CGCAGGGGGATGTTGATCAGATCTTTGTTCTTCTCAGAGAGATGTGATCTGGTGACAAGT
ATGAGAGGCTATGATCACCGATTCAGAAGAAAGATTGAATCTTTATTATAAGGTTTTGTG
TTTCTGGTAAAAGTAGTGATGGGAATCTGGGAAGTGAGAGATGGGTTTTCCTTGATGAAA
GAGGAGAGCTTCTTCCAATTGTTGTTTTTCC

QA 9 759 9 759
DS 



AS 1 10

CO CL459Contig1 1166 10 16 U
GGACTCACCACCACTCAATTCTAGCAAAAACCTCCATACCTATCTAGAGAGAGA****AA
CTTTTAGAGAGATGTCGAAAGAAGTGAGCGAAGAGGGACACACTCAGAGCCATGGAAAAG
ACTACGTCGATCCTCCACCAGCTCCCTTTCTCGACATGGGTGAGCTCAAGTCTTGGTCTT
TCTACAGAGCCCTCATCGCCGAGTTCGTCGCCACCCTCCTCTTCCTCTACGTCACCATAG
CCACCGTCATCGGCCACAAGAAGCAAACCGGTCCCTGCGACGGCGTCGGTTTACTCGGTA
TCGCTTGGGCCTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTTTACTGCACCGCCGGTATCTCTG
GTGGTCACATCAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCACGTAAGGTGTCTCTGG
TGAGAGCTGTCGGGTACATGATAGCTCAGTGTCTTGGAGCTATCTGTGGTGTGGGTTTCG
TGAAGGCTTTCATGAAGACTCCTTACAACACTCTTGGAGGCGGAGCTAACACTGTGGCCC
CTGGTTACAACAAAGGAACTGCTCTCGGAGCTGAGATCATTGGAACTTTCGTCCTCGTTT
ACACCGTCTTCTCTGCCACTGACCCTAAGAGAAGCGCTCGTGACTCTCACATCCCTGTTT
TGGCTCCACTTCCAATTGGATTCGCTGTGTTCATGGTGCATTTGGCTACTATCCCCATTA
CTGGAACCGGAATTAACCCAGCTAGAAGCTTTGGTGCTGCTGTTATCTACAACAACGAGA
AGGCATGGGATGACCAGTGGATCTTCTGGGTTGGTCCGTTCGTGGGAGCACTAGCAGCAG
CAGCTTACCATCAATACATTTTGAGAGCTGCAGCAGTTAAGGCCTTGGCCTCATTCAGAA
GCAGTGCTACAAACTGATGATGAAGTGTGAATTTACCCACTTAGTGGAGGATTAAATGTT
ACTTTATTTGTTGCTTTTGCGTGTTATGAGAAAGAATTTAAGTTTGGTGGATGGATGATG
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AACCCACTTTGTTAGTTTTCAATAGTTTAGTTTGGTGTGTCTTGTGAATCATTTGGCTTA
TTACATCAGTTATGTTTTTATTTCTC


BQ
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 0 10 10 10 10 40 10 40 0 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1H785TF U 5
AF RR1DB43TF U 1
AF RR1BS44TF U 1
AF RR1A756TF U 1
AF RR1CS10TF U 1
AF RR1A756JQ C 279
AF RR1H785JQ C 804
AF RR1BS44JQ C 379
AF RR1DB43JQ C 481
AF RR1H109TF U 509
BS 1 252 RR1A756TF
BS 253 253 RR1BS44TF
BS 254 650 RR1A756TF
BS 651 651 RR1BS44TF
BS 652 774 RR1A756TF
BS 775 775 RR1H109TF
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BS 781 781 RR1CS10TF
BS 782 782 RR1A756TF
BS 783 783 RR1H109TF
BS 784 819 RR1A756TF
BS 820 892 RR1H109TF
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BS 894 1163 RR1H109TF
BS 1164 1166 RR1DB43JQ

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GG
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GAGCCCTCATCGCCGAGTTCGTCGCCACCCTCCTCTTCCTCTACGTCACCATAGCCACCG
TCATCGGCCACAAGAAGCAAACCGGTCCCTGCGACGGCGTCGGTTTACTCGGTATCGCTT
GGGCCTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCT

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DS 

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TCTACAGAGCCCTCATCGCCGAGTTCGTCGCCACCCTCCTCTTCCTCTACGTCACCATAG
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ACACCGTCTTCTCTGCCACTGACCCTA

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DS 

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TCTACAGAGCCCTCATCGCCGAGTTCGTCGCCACCCTCCTCTTCCTCTACGTCACCATAG
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TCGCTTGGGCCTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTTTACTGCACCGCCGGTATCTCTG
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CTGGAACCGGAATTA

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DS 

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TCTACAGAGCCCTCATCGCCGAGTTCGTCGCCACCCTCCTCTTCCTCTACGTCACCATAG
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TGGCTCCACTTCCAATTGGATTCGCTGTGTTCATGGTGCATTTGGCTACTATCCCCATTA
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CG*CATGGGATGACCAGTGGATCTTCTGGGTTGGTCCGT

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DS 

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CTTTTAGAGAGATGTCGAAAGAAGTGAGCGAAGAGGGACACACTCAGAGCCATGGAAAAG
ACTACGTCGATCCTCCACCAGCTCCCTTTCTCGACATGGGTGAGCTCAAGTCTTGGTCTT
TCTACAGAGCCCTCATCGCCGAGTTCGTCGCCACCCTCCTCTTCCTCTACGTCACCATAG
CCACCGTCATCGGCCACAAGAAGCAAACCGGTCCCTGCGACGGCGTCGGTTTACTCGGTA
TCGCTTGGGCCTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTTTACTGCACCGCCGGTATCTCTG
GTGGTCACATCAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCACGTAAGGTGTCTCTGG
TGAGAGCTGTCGGGTACATGATAGCTCAGTGTCTTGGAGCTATCTGTGGTGTGGGTTTCG
TGAAGGCTTTCATGAAGACTCCTTACAACACTCTTGGAGGCGGAGCTAACACTGTGGCCC
CTGGTTACAACAAAGGAACTGCTCTCGGAGCTGAGATCATTGGAACTTTCGTCCTCGTTT
ACACCGTCTTCTCTGCCACTGACCCTAAGAGAAGCGCTCGTGACTCTCACATCCCTGTTT
TGGCTCCACTTCCA*TTGGATTCGCTGTGTTCATGGTGCATTTGGCTACTATCCCCATTA
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AG*CATGGGATGAC
AG

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1A756JQ 748 0 0
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TACTGCACCGCCGGTATCTCTGGTGGTCACATCAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTC
TTGGCACGTAAGGTGTCTCTGGTGAGAGCTGTCGGGTACATGATAGCTCAGTGTCTTGGA
GCTATCTGTGGTGTGGGTTTCGTGAAGGCTTTCATGAAGACTCCTTACAACACTCTTGGA
GGCGGAGCTAACACTGTGGCCCCTGGTTACAACAAAGGAACTGCTCTCGGAGCTGAGATC
ATTGGAACTTTCGTCCTCGTTTACACCGTCTTCTCTGCCACTGACCCTAAGAGAAGCGCT
CGTGACTCTCACGTCCCTGTTTTGGCTCCACTTCCAATTGGATTCGCTGTGTTCATGGTG
CATTTGGCTACTATCCCCATTACTGGAACCGGAATTAACCCAGCTAGAAGCTTTGGTGCT
GCTGTTATCTACAACA*****ACG*CATGGGATGACCAGTGGATCTTCTGGGTTGGTCCG
TTCGTGGGAGCACTAGCAGCAGCAGCTTACCATCAATACATTTTGAGAGCTGCAGCAGTT
AAGGCCTTGGCCTCATTCAGAAGCAGTGCTACAAACTGATGATGAAGTGTGAATTTACCC
ACTTAGTGGAGGATTAAATGTTACTTTATTTGTTGCTTTTGTGTGTTATGAGAAAGAATT
TAAGTT*GGTGGATGGATGATGTTAATT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1H785JQ 231 0 0
TTT
TGGGTTGGTCCGTTCGTGGGAGCACTAGCAGCAGCAGCTTACCATCAATACATTTTGAGA
GCTGCAGCAGTTAAGCCCTTGGCCTCATTCAGAAGCAGTGCTACAAACTGATGATGAAGT
GTGAATTTACCCACTTAGTGGAGGATTAAATGTTACTTTATTTGTTGCTTTTGTGTGTTA
TGAGAAAGAATTTAAGTT*GGTGGATGGATGATGTTAATTATGAAATG

QA 4 231 4 231
DS 

RD RR1BS44JQ 748 0 0
CTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCACGTAAGGTGTCTCTGGTGAGAGCTGTCGGGTACA
TGATAGCTCAGTGTCTTGGAGCTATCTGTGGTGTGGGTTTCGTGAAGGCTTTCATGAAGA
CTCCTTACAACACTCTTGGAGGCGGAGCTAACACTGTGGCCCCTGGTTACAACAAAGGAA
CTGCTCTCGGAGCTGAGATCATTGGAACTTTCGTCCTCGTTTACACCGTCTTCTCTGCCA
CTGACCCTAAGAGAAGCGCTCGTGACTCTCACATCCCTGTTTTGGCTCTACTTCCAATTG
GATTCGCTGTGTTCATGGTGCATTTGGCTACTATCCCCATTACTGGAACCGGAATTAACC
CAGCTAGAAGCTTTGGTGCTGCTGTTATCTACAACAACGAGAAGGCATGGGATGACCAGT
GGATCTTCTGGGTTGGTCCGTTCGTGGGAGCACTAGCAGCAGCAGCTTACCATCAATACA
TTTTGAGAGCTGCAGCAGTTAAGGCCTTGGCCTCATTCAGAAGCAGTGCTACAAACTGAT
GATGAAGTGTGAATTTACCCACTTAGTGGAGGATTAAATGTTACTTTATTTGTTGCTTTT
GTGTGTTATGAGAAAGAATTTAAGTT*GGTGGATGGATGATGTTAATTATGAAATGAGTC
TATGCTTTCTTTCTTTCCTTTATTGTTTTCGTTTAAAAGAAAAACCCACTTTGTTAGTTT
TCAATAGTTTAGTTTGGTGTGTCTTGTG

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1DB43JQ 686 0 0
TGAAGGCTTTCATGAAGACTCCTTACAACACTCTTGGAGGCGGAGCTAACACTGTGGCCC
CTGGTTACAACAAAGGAACTGCTCTCGGAGCTGAGATCATTGGAACTTTCGTCCTCGTTT
ACACCGTCTTCTCTGCCACTGACCCTAAGCGAAGCGCTCGTGACTCTCACATCCCTGTTT
TGGCTCCACTTCCAATTGGATTCGCTGTGTTCATGGTGCATTTGGCTACTATCCCCATTA
CTGGAACCGGAATTAACCCAGCTAGAAGCTTTGGTGCTGCTGTTATCTACAACAACGAGA
AGGCATGGGATGACCATTGGATCTTCTGGGTTGGTCCGTTCGTGGGAGCACTAGCAGCAG
CAGCTTACCATCAATACATTTTGAGAGCTGCAGCAGTTAAGGCCTTGGCCTCCTTCAGAA
ACAGTGCTACAAACTGATGATGAAGTGTGAATTTACCCACTTAGTGGAGAATTAAATGTT
ACTTTATTTGTTGCTTTTGCGTGTTATGAGAAAGAATTTAAGTTTGGTGGATGGATGATG
TTAATTTTGAAATGAGTCTATGCTTTCTTTCTTTCCTTTATTGTTTTCGTTTAAAAGAAA
AACCCACTTTGTTAGTTTTCAATAGTTTAGTTTGGTGTGTCTTGTGAATCATTTGGCTTA
TTACATCAGTTATGTTTTTATTTCTC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1H109TF 655 0 0
G
ACTCTTGGAGGCGGAGCTAACACTGTGGCCCCTGGTTACAACAAAGGAACTGCTCTCGGA
GCTGAGATCATTGGAACTTTCGTCCTCGTTTACACCGTCTTCTCTGCCACTGACCCTAAG
CGAAGCGCTCGTGACTCTCACATCCCTGTTTTGGCTCCACTTCCAATTGGATTCGCTGTG
TTCATGGTGCATTTGGCTACTATCCCCATTACTGGAACTGGAATTAACCCAGCTAGAAGC
TTTGGTGCTGCTGTTATCTACAACAACGAGAAGGCATGGGATGACCATTGGATCTTCTGG
GTTGGTCCGTTCGTGGGAGCACTAGCAGCAGCAGCTTACCATCAATACATTTTGAGAGCT
GCAGCAGTTAAGGCCTTGGCCTCCTTCAGAAGCAGTGCTACAAACTGATGATGAAGTGTG
AATTTACCCACTTAGTGGAGGATTAAATGTTACTTTATTTGTTGCTTTTGCGTGTTATGA
GAAAGAATTTAAGTTTGGTGGATGGATGATGTTAATTTTGAAATGAGTCTATGCTTTCTT
TCTTTCCTTTATTGTTTTCGTTTAAAAGAAAAACCCACTTTGTTAGTTTTCAATAGTTTA
GTTTGGTGTGTCTTGTGAATCATTTGGCTTATTACATCAGTTATGTTTTTATTT

QA 2 655 2 655
DS 



AS 2 10

CO CL460Contig1 764 2 2 U
GGGAGAATCGTCGAATCGAGGAAGAGATGGTGTCTGGTTCAGGGATATGCGCGAAACGCG
TCGTGGTCGACGCGAGGCACCACATGCTGGGCCGTCTCGCTTGATCATAGCTAAGGAGCT
GCTCAACGGACAGAAGGTTGTTGTTGTCCGATGCGAAGAGATATGCCTTTCAGGTGGATT
GGTTCGACAGAAAATGAAGTACATGAGGTTTCTCAGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTC
TCACGGTCCTATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAGATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGGAT
GATTCCACACAAGACCAAGCGTGGTGCTGCGGCTCTTGCTCGCTTGAAGGTTTTTGAAGG
AGTCCCACCTCCTTACGACAAGGTCAAGAGGATGGTTATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTT
GAGGCTCCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTCTCTCCTCTGAGGTTGGCTG
GAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTGGAGGTCAAAAGAAAGGAGAAGTCACAGGCTGT
GTATGAGCGCAAGAAGCAACTCATCAAGCTTAGGACCGAGGCCGAGAAGGTTGCGGAGGA
GAAACTTGGATCCCAGCTTGATGTTCTTGCACCGATCAAATACTAGAAAACCCGCATCTA
TCTTTTGGTTTAAACATTGCTTTGTTTTTACCTTTGAATTTTATTTTACTTTTGAATTTG
GTAACCTTGTAGACGTAAAGATTGGAAAGAGTACATTTTGGCTC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E820TF U 1
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GAGGCTCCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTCTCTCCTCTGAGGTTGGCTG
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TCTTTTGGTTTAAACATTGCTTTG
T

QA 1 684 1 684
DS 

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CTCAACGGACAGAAGGTTGTTGTTGTCCGATGCGAAGAGATATGCCTTTCAGGTGGATTG
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GTCCCACCTCCTTACGACAAGGTCAAGAGGATGGTTATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTG
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TATGAGCGCAAGAAGCAACTCATCAAGCTTAGGACCGAGGCCGAGAAGGTTGCGGAGGAG
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CTTTTGGTTTAAACATTGCTTTGTTTTTACCTTTGAATTTTATTTTACTTTTGAATTTGG
TAACCTTGTAGACGTAAAGATTGGAAAGAGTACATTTTGGCTC

QA 1 763 1 763
DS 



CO CL460Contig2 910 8 13 U
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AGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTCTCACGGTCCTATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAG
ATCTTCTGGCGTACCGTTCGCGGGATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGTGCTGCGGCT
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ATCAAGTACTAGAAACCCGCATCTATCTTACAGTTTAAACCTTGCTTTGGTTTTTACCTT
TGAATTTTTTTTTGTTTTTGAATTTGGTAACCTTGTAGACGGAAAGATTGGAAAGAGTAC
ATTTTGGCTTGTTTTGTTTCCTATGCAGTCAATGTGTTATGGTTCCAATTCTATTTTTTT
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TTTGAAATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F701TF U 1
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AF RR1AA58TF U 26
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QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1B433JQ 810 0 0
GGGAGAATCGTCGAATCGAGGAAGAGATGGTGTCTGGTTCAGGGATATGCGCGAAGCGCG
TCGTGGTCGACGCGAGGCACCACATGTTGGGCCGTCTCGCTTCGATCATAGCTAAGGAGC
TGCTCAACGGACAGAAGGTTGTTGTTGTCCGATGCGAAGAGATATGCCTGTCAGGTGGAT
TGGTTCGACAGAAAATGAAGTACATGAGGTTTCTCAGGAAACGCATGAACACTAAGCCTT
CTCACGGTCCTATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAGATCTTCTGGCGTACCGTTCGCGGGA
TGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGTGCTGCGGCTCTTGCCCGCTTGAAGGTTTTTGAAG
GAGTGCCACCTCCTTACGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAGGTTT
TGAGGCTCCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGTCGTCTCTCTTCTGAGGTTGGCT
GGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGGGGTCAAAAGAAAGGAGAAGTCACAGGCTG
TGTATGAGCGCAAGAAGCAACTCATCAAGCTTAGGACCAAGGCCGAGAAGGTTGCGGAGG
AGAAACTTGGATCCCAGCTTGAAGTTCTTGCACCGATCAAGTACTAGAAACCCGCATCTA
TCTTACAGTTTAAACCTTGCTTTGGTTTTTACCTTTGAATTTTTTTTTGTTTTTGAATTT
GGTAACCTTGTAGACGGAAAGATTGGAAAGAGTACATTTTGGCTTGTTTTGTTTCCTATG
CAGTCAATGTGTTATGGTTCCAATTCTATT

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1B433TF 762 0 0
TTCAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGACGCGAGGCACCACATGTTGGGCCGTCT
CGCTTCGATCATAGCTAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAAGGTTGTTGTTGTCCGATGCGA
AGAGATATGCCTGTCAGGTGGATTGGTTCGACAGAAAATGAAGTACATGAGGTTTCTCAG
GAAACGCATGAACACTAAGCCTTCTCACGGTCCTATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAGAT
CTTCTGGCGTACCGTTCGCGGGATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGTGCTGCGGCTCT
TGCCCGCTTGAAGGTTTTTGAAGGAGTGCCACCTCCTTACGACAAGGTCAAGAGAATGGT
CATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGG
TCGTCTCTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGGGGTCAA
AAGAAAGGAGAAGTCACAGGCTGTGTATGAGCGCAAGAAGCAACTCATCAAGCTTAGGAC
CAAGGCCGAGAAGGTTGCGGAGGAGAAACTTGGATCCCAGCTTGAAGTTCTTGCACCGAT
CAAGTACTAGAAACCCGCATCTATCTTACAGTTTAAACCTTGCTTTGGTTTTTACCTTTG
AATTTTTTTTTGTTTTTGAATTTGGTAACCTTGTAGACGGAAAGATTGGAA*GAGTACAT
TTTGGCTTGTTTTGTTTCCTATGCAGTCA*TGTGTTATGGTT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1F701JQ 779 0 0
AGAGATGGTGTCTGGTTCAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGACGCGAGGCACCA
CATGTTGGGCCGTCTCGCTTCGATCATAGCTAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAAGGTTGT
TGTTGTCCGATGCGAAGAGATATGCCTGTCAGGTGGATTGGTTCGACAGAAAATGAAGTA
CATGAGGTTTCTCAGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTCTCCCGGTCCTATTCACTTCAG
GGCTCCCTCTAAGATCTTCTGGCGTACCGTTCGCGGGATGATTCCACACAAGACCAAGCG
TGGTGCTGCGGCTCTTGCCCGCTTGAAGGTTTTTGAAGGAGTGCCACCTCCTTACGACAA
GGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCGAGCTGGTCACAA
GTACTGCTTGTTGGGTCGTCTCTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAA
GGAGCTTGAGGTCAAAAGAAAGGAGAAGTCACAGGCTGTGTATGAGCGCAAGAAGCAACT
CATCAAGCTTAGGACCAAGGCCGAGAAGGTTGCGGAGGAGAAACTTGGATCCCAGCTTGA
AGTTCTTGCACCGATCAAGTACTAGAAACCCGCATCTATCTTACAGTTTAAACCTTGCTT
TGGTTTTTACCTTTGAATTTTTTTTTGTTTTTGAATTTGGTAACCTTGTAGACGGAAAGA
TTGGAAAGAGTACATTTTGGCTTGTTTTGTTTCCTATGCAGTCAATGTGTTATGGTT
CC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1BM11JQ 591 0 0
GCGGGATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGTGCTGCGGCTCTTGCCCGCTTGAAGGTTT
TTGAAGGAGTGCCACCTCCTTACGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCA
AGGTTTTGAGGCTCCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGTCGTCTTTCTTCTGAGG
TTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGTCAAGAGAAAGGAGAAGTCAC
AGGCTGTGTATGAGCGCAAGAAGCAACTCATCAAGCTTAGGACCAAGGCCGAGAAGGTTG
TGGAGGAGAAACTTGGATCCCAGCTTGAAGTTCTTGCACCGATCAAGTACTAGAAACCCG
CATCTATCTTACAGTTTAAACCTTGCTTTGGTTTTTACCTTTGAATTTTTTTTTGTTTTT
GAATTTGGTAACCTTGTAGACGGAAAGATTGGAAAGAGTACATTTTGGCTTGTTTTGTTT
CCTATGCAGTCAATGTGTTATGGTTCCAATTCTATTTTTTTTTCCTTTGTTGTCAGTATT
ACTTTCTAAGCTCGGAAAGGTTCAACATCTATTGGTGTGGTTTTGAAATGT

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 10

CO CL461Contig1 816 10 10 U
GGAAAAACGTTTAGATTACTTTTCGAGAACTCTCTGACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTC
GCATCGCCTGCGGCAAAAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAG
AAACCCAGACGTCATCATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTT
GATCTCTTTGACACTGATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATG
AGGGCGCTTGGTTTCGAGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGAC
AAAGATGGAAGTGGAGCCATAGATTACGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATC
GGTGAACGTGACACCAAAGAAGAGCTCACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAAT
AATGGGAAGATATCTGCTGATGATATCAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTC
ACTGATGCTGAGATTCGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTT
AATATGGAAGAGTTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAG
TTGTTGCTGTTGTAATGATACTGAGGAAGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAAC
CGAGGCATTACTATGTCCTTTACTGAAGATTACCATGTTTCGGTTTTTT*TTATCTATCT
TAACGGAGACAAGTTTGGTCTTTTGTGTCGGTTTAAGTTGTAGTATAAAAGAATCTCTTT
GCAAAAGTTTCTTATATTAAATGAGTTTATGAGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 15 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1AU30TF U 11
AF RR1GV60TF U 1
AF RR1CU63TF U 407
AF RR1A544TF U 89
AF RR1BE36TF U 11
AF RR1A544JQ C 5
AF RR1EW94JQ C 147
AF RR1AU30JQ C 11
AF RR1EW94TF U 7
AF RR1CU63JQ C 13
BS 1 598 RR1GV60TF
BS 599 624 RR1A544TF
BS 625 625 RR1EW94TF
BS 626 731 RR1A544TF
BS 732 732 RR1BE36TF
BS 733 746 RR1A544TF
BS 747 772 RR1EW94TF
BS 773 773 RR1A544JQ
BS 774 784 RR1EW94TF
BS 785 816 RR1A544JQ

RD RR1AU30TF 315 0 0
GG
AGATTACTTTTCGAGAACTCTCTGACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTCGCATCGCCTGCG
GCAAAAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAACCCAGACGT
CATCATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGAC
ACTGATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGGGCGCTTGGT
TTCGAGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAAGATGGAAGT
GGAGCCCTAGATT

QA 3 315 3 315
DS 

RD RR1GV60TF 598 0 0
GGAAAAACGTTTAGATTACTTTTCGAGAACTCTCTGACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTC
GCATCGCCTGCGGCAAAAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAG
AAACCCAGACGTCATCATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTT
GATCTCTTTGACACTGATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATG
AGGGCGCTTGGTTTCGAGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGAC
AAAGATGGAAGTGGAGCCATAGATTACGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATC
GGTGAACGTGACACCAAAGAAGAGCTCACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAAT
AATGGGAAGATATCTGCTGATGATATCAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTC
ACTGATGCTGAGATTCGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTT
AATATGGAAGAGTTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACAT

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1CU63TF 211 0 0
TTGATCTTGACAATAATGGGAAGATATCTGCTGATGATATCAAACGCATGGCAAAGGACT
TGGGTGAAAACTTCACTGACGCTGAGATTCGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACC
GTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAGTTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATG
AGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTTGTAATG

QA 1 211 1 211
DS 

RD RR1A544TF 658 0 0
CGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAACCCAGACGTCATCATGGGTTGAATC
AGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGACACTGATGGCTCTGGCA
CCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGGGCGCTTGGTTTCGAGATGACGGAAG
AGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAAGATGGAAGTGGAGCCATAGATTACG
ATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGTGAACGTGACACCAAAGAAGAGCTCA
CCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAATGGGAAGATATCTGCTGATGATATCA
AACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACTGATGCTGAGATTCGTGAGATGGTTG
AAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAGTTCATGAGGATGATGA
AGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTTGTAATGATACTGAAGAA
GTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCGAGGCATTACTATGTCCTTTACTGAAG
ATTACCATGTTTCGGTTTTTT*TTATCTATCTTAACGGAGACA*GTTTGGTCTTTTGT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1BE36TF 757 0 0
GG
AGATTACTTTTCGAGAACTCTCTGACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTCGCATCGCCTGCG
GCAAAAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAACCCAGACGT
CATCATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGAC
ACTGATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGGGCGCTTGGT
TTCGAGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAAGATGGAAGT
GGAGCCATAGATTACGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGTGAACGTGAC
ACCAAAGAAGAGCTCTCCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAATGGGAAGATA
TCTGCTGATGATATCAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACTGATGCTGAG
ATTCGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAG
TTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTTG
TAATGATACTGAGGAAGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCGAGGCATTACT
ATGTCCTTTACTGAAGATTACCATGTTTCGGTTTTTT*TTATCTATCTTAACGGAGACAA
GTTTGGTCTTTTGTGTCGGTTTAAGTTGTAGTATA

QA 3 757 3 757
DS 

RD RR1A544JQ 812 0 0
GGACGTTT
AGATTACTTTTCGAGAACTCTCTGACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTCGCATCGCCTGCG
GCAAAAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAACCCAGACGT
CATCATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGAC
ACTGATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGGGCGCTTGGT
TTCGAGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAAGATGGAAGT
GGAGCCATAGATTACGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGTGAACGTGAC
ACCAAAGAAGAGCTCACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAATGGGAAGATA
TCTGCTGATGATATCAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACTGATGCTGAG
ATTCGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAG
TTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTTG
TAATGATACTGAAGAAGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCGAGGCATTACT
ATGTCCTTTACTGAAGATTACCATGTTTCGGTTTTTT*TTATCTATCTTAACGGAGACAA
GTTTGGTCTTTTGTGTCGGTTTAAGTTGTAGTATAAAAGAATCTCTTTGCAAAAGTTTCT
TATATTAAATGAGTTTATGAGTCG

QA 9 812 9 812
DS 

RD RR1EW94JQ 669 0 0
TCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGACACTGATGGCTCTGG
CACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGGGCGCTTGGTTTCGAGATGACGGA
AGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAAGATGGAAGTGGAGCCATAGATTA
CGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGTGAACGTGACACCAAAGAAGAGCT
CACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAATGGGAAGATATCTGCTGATGATAT
CAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACTGATGCTGAGATTCGTGAGATGGT
TGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAGTTCATGAGGATGAT
GAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTTGTAATGATACTGAGG
AAGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCGAGGCATTACTATGTCCTTTACTGA
AGATTACCATGTTTCGGTTTTTT*TTATCTATCTTAACGGAGACAAGTTTGGTCTTTTGT
GTCGGTTTAAGTTGTAGTATAAAAGAATCTCTTTGCAAAAGTTTCTTATATTAAATGAGT
TTATGAG
TC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1AU30JQ 772 0 0
GG
AGATTACTTTTCGAGAACTCTCTGACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTCGCATCGCCTGCG
GCAAAAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAACCCAGACGT
CATCATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGAC
ACTGATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGGGCGCTTGGT
TTCGAGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAAGATGGAAGT
GGAGCCATAGATTACGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGTGAACGTGAC
ACCAAAGAAGAGCTCACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGGCAATAATGGGAAGATA
TCTGCTGATGATATCAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACTGATGCTGAG
ATTCGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAG
TTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTTG
TAATGATACTGAGGAAGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCGAGCCATTACT
GTGTCCTT*ACTGAAGATTACCATGTTTCGTTTTTTTCTTATCTATCTTAACG*AGACAA
GTTTGGTCTTT*GTGTCGGTTTAAGTTGTAGTATAAAAGAATCTATTTGC

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR1EW94TF 778 0 0
GGGTTT
AGATTACTTTTCGAGAACTCTCTGACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTCGCATCGCCTGCA
GCAAAAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAACCCAGACGT
CATCATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGAC
ACTGATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGGGCGCTTGGT
TTCGAGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAAGATGGAAGT
GGAGCCATAGATTACGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGTGAACGTGAC
ACCAAAGAAGAGCTCACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAATGGGAAGATA
TCTGCTGATGATATCAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACTGATGCTGAG
ATTCGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAG
TTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTTG
TAATGATACTGAGGAAGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCGAGGCATTACT
ATGTCCTTTACTGAAGATTACCATGTTTCGGTTTTTT**TATCTATCTTAACGGAGACA*
GTTTGGTCTTTTGTGTCGGTTTAAGTTGTAGTATAAAAGA*TCTCTTTGCAA

QA 7 778 7 778
DS 

RD RR1CU63JQ 803 0 0
GGAGATAC
TTTCGAGAACTCTCTGACGCGGAAAGAGCTTCTCCTATTCGCATCGCCTGCGGCAAAAGA
AGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAACCCAGACGTCATCATGG
GTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGACACTGATGG
CTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGTCATGAGGGCGCTTGGTTTCGAGAT
GACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAAGATGGAAGTGGAGCCAT
AGATTACGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGTGAACGTGACACCAAAGA
AGAGCTCACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAATGGGAAGATATCTGCTGA
TGATATCAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACTGACGCTGAGATTCGTGA
GATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAGTTCATGAG
GATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTTGTAATGATA
CTGAGGAAGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCGAGGCATTACTATGTCCTT
TACTGAAGATTACCATGTTTCGGTTTTTT*TTATCTATCTTAACGGAGACAAGTTTGGTC
TTTTGTGTCGGTTTAAGTTGTAGTATAAAAGAATCTCTTTGCAAAAGTTTCTTATATTAA
ATGAGTTTATGAG
AC

QA 9 801 9 801
DS 



AS 1 10

CO CL462Contig1 880 10 30 U
GGACATTTCTTGCGAAATTAAATTCTGACGAAAAAGATATTTTACAACCCTCCTCCACTA
GTCCCCCCTCCCCTCTAATCTCTTGGCCTCTCACTTGAATCTGCGTACAAATCACGAACA
CGTTGAACTCCTTTTGCTCCTCTCTCTC**TGTCTCAAACCCTACGATCTTCCTCAAGAT
TCGATAATGAAAGGAGGTAAATCAAAGACCGAAACCAGGAGCTCTAAGCTGTCTGTGACC
AAGAAGCCTGCGAAGGCAGCAGGCCGTAGCAAAGCGGCTGCTAAAGATCCAAACAAACCA
AAGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAG
GAACACCCAAAGAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGAAAAGCTGCTGGAGACAAGTGGAAA
TCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCACCTTACGTTGCTAAGGCTGAGCAGCGCAAGGTCGAC
TATGAGAAGAACATGAAGGCCTACAACAAGAAACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAGATGAG
GAATCTGACAAGTCAGTCTCAGAAGTCAATGATGAAGATGATGCTGAGGATGGTAGTGAT
GAGGAGGAGGACGATGACTAATAAA*TTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAA
AGATCTCTCTCTGTTTTCTTTAATGTTAAAATGTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTT
TTATCTTTCTTTTCGTTTTGGTACTTCCCACAACCTATATCCCATGTTACCAAGCCCTTT
GTACGGTGAAAGTGAAATGTAGAATGTTTAGATGGTGATAAGAGAGACTTGCAGCTCTGT
ACTCCTGTGTTCTATAAAACGATTTACCTTTTCTCACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 20 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 20 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
15 20 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ59TF U 1
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AF RR1D711TF U 91
AF RR1EX90TF U 91
AF RR1D711JQ C 616
AF RR1BL21TF U 84
AF RR1BL21JQ C 85
AF RR1EX90JQ C 122
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AF RR1EY23JQ C 488
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BS 154 154 RR1DZ59TF
BS 155 156 RR1EY23TF
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BS 875 880 RR1DZ59JQ

RD RR1DZ59TF 456 0 0
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GTCCCCCCTCCCCTCTAATCTCTTGGCCTCTCACTTGAATCTGCGTACAAATCACGAACA
CGTTGAACTCCTTTTGCTCCTCTCTCTC**T**C**AAACCCTACGATCTTCCTCAAGAT
TAGATAATGAAAGGAGGTAAATCAAAGACCGAAACCAGGAGCTCTAAGCTCTCTGTGACC
AAGAAGCCTGCGAAGGCAGCAGGCCGTA*CAAAGCGGCTGCTAAGGATCCAAACAAACCA
AAGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAG
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TCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCACCTTACGTTGCT

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1EY23TF 673 0 0
GGG
GACGAAAAAGATATTTTACAACCCTCCTCCACTAGTCCCCCCTCCCCTCTAATCTCTTGG
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TC**T**CTCAAACCCTACGATCTTCCTCAAGATTAGATAATGAAAGGAGGTAAATCAAA
GACCGAAACCAGGAGCTCTAAGCTCTCTGTGACCAAGAAGCCTGCGAAGGCAGCAGGCCG
TAGCAAAGCGGCTGCTAAGGATCCAAACAAACCAAAGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTCGT
TTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAGGAACACCCCAAGAACAAATCTGTTGC
TGCTGTTGGAGAAGCTGCTGGAGACAAGTGGAAATCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCACC
TTACGTTGCTAAGGCTGAGCAGCGCAAGGTCGACTATGAGAAGAACATGAAGGCCTACAA
CAAGAAACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAGATGAGGAATCCGACAAGTCAGTCTCAGAAGT
TAATGATGAAGATGATGCTGAGGATGGTAGTGATGAGGAGGAGGACGATGACTAATAAAG
TTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAAGATCTCTCT**GTTTTCTTTAATCT
TAAAATGTTT

QA 4 673 4 673
DS 

RD RR1D711TF 678 0 0
GG
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TCTCAAACCCTACGATCTTCCTCAAGATTCGATAATGAAAGGAGGTAAATCAAAGACCGA
AACCAGGAGCTCTAAGCTGTCTGTGACCAAGAAGCCTGCGAAGGCAGCAGGCCGTAGCAA
AGCGGCTGCTAAAGATCCAAACAAACCAAAGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCAT
GGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAGGAACACCCAAAGAACAAATCTGTTGCTGCTGT
TGGAAAAGCTGCTGGAGACAAGTGGAAATCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCACCTTACGT
TGCTAAGGCTGAGCAGCGCAAGGTCGACTATGAGAAGAACATGAAGGCCTACAACAAGAA
ACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAGATGAGGAATCTGACAAGTCAGTCTCAGAAGTCAATGA
TGAAGATGATGCTGAGGATGGTAGTGATGAGGAGGAGGACGATGACTAATAAA*TTGAAG
TTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAAGATCTCTCTCTGTTTTCTTTAATGTTAAAAT
GTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTTTTATCTTTCTTTTCGTTTTGGTACTTCCCACA
ACCTATATCCCATGTT

QA 3 678 3 678
DS 

RD RR1EX90TF 692 0 0
GG
ACTTGAATCTGCGTACAAATCACGAACACGTTGAACTCCTTTTGCTCCTCTCTCTCTCTG
TCTCAAACCCTACGATCTTCCTCAAGATTCGATAATGAAAGGAGGTAAATCAAAGACCGA
AACCAGGAGCTCTAAGCTGTCTGTGACCAAGAAGCCTGCGAAGGCAGCAGGCCGTAGCAA
AGCGGCTGCTAAAGATCCAAACAAACCAAAGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCAT
GGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAGGAACACTCAAAGAACAAATCTGTTGCTGCTGT
TGGAAAAGCTGCTGGAGACAAGTGGAAATCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCACCTTACGT
TGCTAAGGCTGAGCAGCGCAAGGTCGACTATGAGAAGAACATGAAGGCCTACAACAAGAA
ACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAGATGAGGAATCTGACAAGTCAGTCTCAGAAGTCAATGA
TGAAGATGATGCTGAGGATGGTAGTGATGAGGAGGAGGACGATGACTAATAAA*TTGAAG
TTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAAGATCTCTCTCTGTTTTCTTTAATGTTAAAAT
GTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTTTTATCTTTCTTTTCGTTTTGGTACTTCCCACA
ACCTATATCCCATGTTACCAAGCCCTTTGT

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR1D711JQ 210 0 0
GACTAAAAAA*TTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAAGATCTCTCTCTGTT
TTCTTTAATGTTAAAATGTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTTTTATCTTTCTTTTCG
TTTTGGTACTTCCCACAACCTATATCCCATGTTACCAAGCCCTTTGTACGGTGAAAGTGA
AATGTAGAATGTTTAGATGGTGATAAGAGA

QA 1 210 1 210
DS 

RD RR1BL21TF 792 0 0
G
GGCCTCTCACTTGAATCTGCGTACAAATCACGAACACGTTGAACTCCTTTTGCTCCTCTC
TCTC**TGTCTCAAACCCTACGATCTTCCTCAAGATTCGATAATGAAGGGAGGTAAATCA
AAGACCGAAACCAGGAGCTCTAAGCTGTCTGTGACCAAGAAGCCTGCGAAGGCAGCAGGC
CGTAGCAAAGCGGCTGCTAAAGATCCAAACAAACCAAAGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTC
GTTTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAGGAACACCCAAAGAACAAATCTGTT
GCTGCTGTTGGAAAAGCTGCTGGAGACAAGTGGAAATCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCA
CCTTACGTTGCTAAGGCTGAGCAGCGCAAGGTCGACTATGAGAAGAACATGAAGGCCTAC
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GTCAATGATGAAGATGATGCTGAGGATGGTAGTGATGAGGAGGAGGACGATGACTAATAA
A*TTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAAGATCTCTCTCTGTTTTCTTTAAT
GTTAAAATGTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTTTTATCTTTCTTTTCGTTTTGGTAC
TTCCCACAACCTATATCCCATGTTACCAAGCCCTTTGTACAGTGAAAGTGAAATGTAGAA
TGTTTAGATGGTGATAAGAGAGACTTGCAGCTCTGTACTCCTGTGTTCTATAAAACGATT
TACCTTTTCT
G

QA 2 791 2 791
DS 

RD RR1BL21JQ 791 0 0
GGCCTCTCACTTGAATCTGCGTACAAATCACGAACACGTTGAACTCCTTTTGCTCCTCTC
TCTC**TGTCTCAAACCCTACGATCTTCCTCAAGATTCGATAATGAAGGGAGGTAAATCA
AAGACCGAAACCAGGAGCTTTAAGCTGTCTGTGACCAAGAAGCCTGCGAAGGCAGCAGGC
CGTAGCAAAGCGGCTGCTAAAGATCCAAACAAACCAAAGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTC
GTTTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAGGAACACCCAAAGAACAAATCTGTT
GCTGCTGTTGGAAAAGCTGCTGGAGACAAGTGGAAATCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCA
CCTTACGTTGCTAAGGCTGAGCAGCGCAAGGTCGACTATGAGAAGAACATGAAGGCCTAC
AACAAGAAACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAGATGAGGAATCTGACAAGTCAGTCTCAGAA
GTCAATGATGAAGATGATGCTGAGGATGGTAGTGATGAGGAGGAGGACGATGACTAATAA
A*TTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAAGATCTCTCTCTGTTTTCTTTAAT
GTTAAAATGTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTTTTATCTTTCTTTTCGTTTTGGTAC
TTCCCACAACCTATATCCCATGTTACCAAGCCCTTTGTACGGTGAAAGTGAAATGTAGAA
TGTTTAGATGGTGATAAGAGAGACTTGCAGCTCTGTACTCCTGTGTTCTATAAAACGATT
TACCTTTTCT
G

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1EX90JQ 748 0 0
GTTGAACTCCTTTTGCTCCTCTCTCTCTCTGTCTCAAACCCTACGATCTTCCTCAAGATT
CGATAATGAAAGGAGGTAAATCAAAGACCGAAACCAGGAGCTCTAAGCTGTCTGTGACCA
AGAAGCCTGCGAAGGCAGCAGGCCGTAGCAAAGCGGCTGCTAAAGATCCAAACAAACCAA
AGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAGG
AACACTCAAAGAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGAAAAGCTGCTGGAGACAAGTGGAAAT
CCTTATCAGACGCTGAGAAGGCACCTTACGTTGCTAAGGCTGAGCAGCGCAAGGTCGACT
ATGAGAAGAACATGAAGGCCTACAACAAGAAACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAGATGAGG
AATCTGACAAGTCAGTCTCAGAAGTCAATGATGAAGATGATGCTGAGGATGGTAGTGATG
AGGAGGAGGACGATGACTAATAAA*TTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAA
GATCTCTCTCTGTTTTCTTTAATGTTAAAATGTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTTT
TATCTTTCTTTTCGTTTTGGTACTTCCCACAACCTATATCCCATGTTACCAAGCCCTTTG
TACGGTGAAAGTGAAATGTAGAATGTTTAGATGGTGATAAGAGAGACTTGCAGCTCTGTA
CTCCTGTGTTCTATAAAACGATTTACC
C

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1DZ59JQ 597 0 0
AG
GATCCAAACAAACCAAAGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAAGATTTCCGT
CAGACTTTCAAGAAGGAACACCCCAAGAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGAAAAGCTGCT
GGAGACAAGTGGAAATCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCACCTTACGTTGCTAAGGCTGAG
CAGCGCAGGGTCGACTATGAGAAGAACATGAAGGCCTACAACAAGAAACAGGAGGAAGGT
CCGAAGGAAGATGAGGAATCTGACAGGTCAGTCTCAGAAGTTAATGATGAAGATGATGCT
GAGGATGGTAGTGATGAGGAGGAGGACGATGACTAATAAAGTTGAAGTTTGTAACATTAG
TATAGATGGCTGCAAAGATCTCTCTCTGTTTTCTTTAATCTTAAAATGTTTATGGGGCTG
ATTAAAAAGTGTCTTT*ATCTTTCTTTTCGTTTTGGTACTTCCCACAACCTATATTCCAT
GTTACCAAGCCCTTTGTATGGAGAAAGTGAAATGTAGAATGTTTAGATGGTGA*AAGAGA
GACATGCAGCTCTGTACTCTTGTGTTCTATAAAACGATTTACCTTTTCTCACTCT

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR1EY23JQ 388 0 0
AGAACATGAAGGCCTACAACAAGAAACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAGATGAGGAATCCG
ACAAGTCAGTCTCAGAAGTTAATGATGAAGATGATGCTGAGGATGGTAGTGATGAGGAGG
AGGACGATGACTAATAAAGTTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAAGATCTC
TCT**GTTTTCTTTAATCTTAAAATGTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTTT*ATCTT
TCTTTTGGTTTTGGTACTTCCCACAACCTATATCCCATGTTACCAAGCCCTTTGTATGGA
GAAAGTGAAATGTAGAATGTTTAGATGGTGA*AAGAGAGACATGCAGCTCTGTACTCTTG
TGTTCTATAAAACGATTTACCTTTTCT
C

QA 1 387 1 387
DS 



AS 1 10

CO CL463Contig1 1037 10 21 U
GGTACTCTTCGATTTTAACGTGTGAAACCCACTCGAGTTTTTGCAATCTCATCAAGTATG
TCGACCGGAAAAGCACCGGAGAAGTCTAGTTTTTCCCGGAGATGTACTTTGCTCAGCCGG
TACTTGAAGGAGAAGGGTAGTTTCGGGAATATTGATATTGGTTTGGCTCATAAACTCGAT
CTTGATCTCGCCAGAAAATCTGATCTTAGAGGACAACAAAATGAGTTAAAGAAGGCAGAC
ATTTCTGAAACCAGAACCTTCGATCTGAAACAGAAGCTTTCAGTAGGTGAAGCCTCTACT
TCTTCCGGAGGCAAACCCAGATTTGTCGATCTAAGTGAACCAGCAAGTGTAGTAGCAGAG
CCTGGAAACTCCCAGTTGACCATGATCTTCCGCGATAAACTAATGGTTTACGAGTTGCCT
GAAGACAAAGCAAAGGAGATAATTGAAGCAGCGAACGAAGCACATCGTGTTGCTGTTGTT
TCAAAGAACACTCAGAACCTAAACATGAACGTCAGCCACGAAAGCAACGTTGAGATTCCT
GATCTGAACGAGCCAACGAGTTCCGGGACCAACAACGACGATCATCAAACAGGACAGCAA
CATCAAGTCGTGAAACGCATTGCAACAAGATCCTCTCTTCATCGATTCTTTGCTAAACGA
AAAGACAGGGCTGTGGCTAGAGCTCCATATCAAGTGAATCAAAGTGGTGGTCATCTTCCT
CCCAAGCCACAAAAGGTTGGTCCATCGGTAGAGCTAGGACAACCCTCGCGACAGCCTGAG
ACTCCCTCAAAACCAAAGAGAGATAAAGATGTGTCGATGGAAGTGGACGGAGAAGAA*GG
GCGGTGCTCGAAAGATCTCGAACTCAAACTTTAGGACATA**ATATGTTCATGATCGAGT
TCACGTTTGGATTTTGACTTATTTAGGATTTGAAGCTACATAATAAATGTTTAGATTCTT
TGAGGTTGTATTATTACGTAGTCATACTTTTCTATATAACTATATATACTCGTTTCTCAA
TCCAGTTTAGATTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 55 5 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 50 50 50 50 50 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H870TF U 1
AF RR1GA59TF U 1
AF RR1FE60TF U 2
AF RR1CZ73TF U 7
AF RR1H870JQ C 267
AF RR1GA59JQ C 268
AF RR1BI50TF U 146
AF RR1FE60JQ C 269
AF RR1BI50JQ C 174
AF RR1CZ73JQ C 674
BS 1 71 RR1GA59TF
BS 72 72 RR1FE60TF
BS 73 269 RR1GA59TF
BS 270 270 RR1FE60TF
BS 271 274 RR1GA59TF
BS 275 275 RR1FE60TF
BS 276 412 RR1GA59TF
BS 413 413 RR1FE60TF
BS 414 662 RR1GA59TF
BS 663 663 RR1FE60TF
BS 664 727 RR1GA59TF
BS 728 731 RR1FE60TF
BS 732 837 RR1BI50TF
BS 838 838 RR1BI50JQ
BS 839 926 RR1BI50TF
BS 927 927 RR1BI50JQ
BS 928 964 RR1BI50TF
BS 965 965 RR1BI50JQ
BS 966 994 RR1BI50TF
BS 995 1022 RR1BI50JQ
BS 1023 1037 RR1CZ73JQ

RD RR1H870TF 698 0 0
GGTACT
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GGAAAGGCACCGGAGAAGTCTAGTTTTTCCCGGAGATGTACTTTGCTCAGCCGGTACTTG
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GAAACCAGAACCTTCGATCTGAACCAGAGGCTTTCAGTAGGTGAAGCCTCTACTTCTTCC
GGAGGCAAACCCAGATTTGTCGATCTAAGTGAACCAGCAAGTGTAGTAGCAGAGCCTGGA
AACTCCCAGTTGACCATGATCTTCCGCGATAAACTAATGGTTTACGTGTTGCCTGAAGAC
AAAGCAAAGGAGATAATTGAAGCAGCGAACGAAGCACATCGTGTTGCTGTTGTTTCAAAG
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AACGAGCCAACGAGTTCCGGGACCAACAACGACGATCATCAAACAGGACAGCAACATCAA
GTCGTGAAACGCATTGCAACAAGATCCTCTCTTCATCGATTCTTTGCTAA*CGAAAGGAC
AGGGCTGTGGCTAGAGCTCCATATCAAGTGAA

QA 7 698 7 698
DS 

RD RR1GA59TF 727 0 0
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CTTGATCTCGCCAGAAAATCTGATCTTAGAGGACAACAAAATGAGTTAAAGAAGGCAGAC
ATTTCTGAAACCAGAACCTTCGATCTGAACCAGAGGCTTTCAGTAGGTGAAGCCTCTACT
TCTTCCGGAGGCAAACCCAGATTTGTCGATCTAAGTGAACCAGCAAGTGTAGTAGCAGAG
CCTGGAAACTCCCAGTTGACCATGATCTTCCGCGATAAACTAATGGTTTACGTGTTGCCT
GAAGACAAAGCAAAGGAGATAATTGAAGCAGCGAACGAAGCACATCGTGTTGCTGTTGTT
TCAAAGAACACTCAGAACCTAAACATGAACGTCAGCCACGAAAGCAACGTTGAGATTCCT
GATCTGAACGAGCCAACGAGTTCCGGGACCAACAACGACGATCATCAAACAGGACAGCAA
CATCAAGTCGTGAAACGCATTGCAACAAGATCCTCTCTTCATCGATTCTTTGCTAAACGA
AAGGACAGGGCTGTGGCTAGAGCTCCATATCAAGTGAATCAAAGTGGTGGTCATCTTCCT
CCCAAGC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1FE60TF 730 0 0
GGACT
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GGAAAAGCACCGGAGAAGTCTAGTTTTTCCCGGAGATGTACTTTGCTCAGCCGGTACTTG
AAGGAGAAGGGTAGTTTCGGGAATATTGATATTGGTTTGGCTCATAAACTCGATCTTGAT
CTCGCCAGAAAATCTGATCTTAGAGGACAACAAAATGAGTTAAAGAAGGCAGACATTTCT
GAAACCAGAACCTTCGATCTGAAACAGAAGCTTTCAGTAGGTGAAGCCTCTACTTCTTCC
GGAGGCAAACCCAGATTTGTCGATCTAAGTGAACCAGCAAGTGTAGTAGCAGAGCCTGGA
AACTCCCAGTTGACCATGATCTTCCGCGATAAACTAATGGTTTACGAGTTGCCTGAAGAC
AAAGCAAAGGAGATAATTGAAGCAGCGAACGAAGCACATCGTGTTGCTGTTGTTTCAAAG
AACACTCAGAACCTAAACATGAACGTCAGCCACGAAAGCAACGTTGAGATTCCTGATCTG
AACGAGCCAACGAGTTCCGGGACCAACAACGACGATCATCAAACAGGACAGCAACATCAA
GTCGTGAAACGCATTGCAACAAGAGCCTCTCTTCATCGATTCTTTGCTAAACGAAAAGAC
AGGGCTGTGGCTAGAGCTCCATATCAAGTGAATCAAAGTGGTGGTCATCTTCCTCCCAAG
CCACA

QA 6 730 6 730
DS 

RD RR1CZ73TF 722 0 0
CTTCGATTTTAACGTGTGAAACCCACTCGAGTTTTTGCAATCTCATCAAGTATGTCGACC
GGAAAAGCACCGGAGAAGTCTAGTTTTTCCCGGAGATGTACTTTGCTCAGCCGGTACTTG
AAGGAGAAGGGTAGTTTCGGGAATATTGATATTGGTTTGGCTCATAAACTCGATCTTGAT
CTCGCCAGAAAATCTGATCTTAGAGGACAACAAAATGAGTTAAAGAAGGCAGACATTTCT
GAAACCAGAACCTTCGATCTGAAACAGAAGCTTTCAGTAGGTGAAGCCTCTACTTCTTCC
GGAGGCAAACCCAGATTTGTCGATCTAAGTGAACCAGCAAGTGTAGTAGCAGAGCCTGGA
AACTCCCAGTTGACCATGATCTTCCGCGATAAACTAATGGTTTACGAGTTGCCTGAAGAC
AAAGCAAAGGAGATAATTGAAGCAGCGAACGAAGCACATCGTGTTGCTGTTGTTTCAAAG
AACACTCAGAACCTAAACATGAACGTCAGCCACGAAAGCAACGTTGAGATTCCTGATCTG
AACGAGCCAACGAGTTCCGGGACCAACAACGACGATCATCAAACAGGACAGCAACATCAA
GTCGTGAAACGCATTGCAACAAGAGCCTCTCTTCATCGATTCTTTGCTAAACGAAAAGAC
AGGGCTGTGGCTAGAGCTC*ATATCAAGCGAATCAAAGTGGTGGTCATCTTCCTCC
AAGCCA

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DS 

RD RR1H870JQ 693 0 0
G
AACCAGAGGCTTTCAGTAGGTGAAGCCTCTACTTCTTCCGGAGGCAAACCCAGATTTGTC
GATCTAAGTGAACCAGCAAGTGTAGTAGCAGAGCCTGGAAACTCCCAGTTGACCATGATC
TTCCGCGATAAACTAATGGTTTACGTGTTGCCTGAAGACAAAGCAAAGGAGATAATTGAA
GCAGCGAACGAAGCACATCGTGTTGCTGTTGTTTCAAAGAACACTCAGAACCTAACCATG
AACGTCAGCCACGAAAGCAACGTTGAGATTCCTGATCTGAACGAGCCAACGAGTTCCGGG
ACCAACAACGACGATCATCAAACAGGACAGCAACATCAAGTCGTGAAACGCATTGCAACA
AGATCCTCTCTTCATCGATTCTTTGCTAAACGAAAGGACAGGGCTGTGGCTAGAGCTCCA
TATCAAGTGAATCAAAGTGGTGGTCATCTTCCTCCCAAGCCACAAAAGGTTGGTCCATCG
GTAGAGCTAGGACAACCCTCGCGACAGCCTGAGACTCCCTCAAAACCAAAGAGAGATAAA
GATGTGTCGATGGAAGTGGACGGAGAAGAA*GGGCGGTGCTCGAAAGATCTCGAACTCAA
ACTTTAGGACATA**ATATGTTCATGATCGAGTTCACGTTTGGATTTTGACTTATTTAGG
ATTTGAAGCTACATAATAAATGTTTAGATTC
C

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DS 

RD RR1GA59JQ 692 0 0
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GATCTAAGTGAACCAGCAAGTGTAGTAGCAGAGCCTGGAAACTCCCAGTTGACCATGATC
TTCCGCGATAAACTAATGGTTTACGTGTTGCCTGAAGACAAAGCAAAGGAGATAATTGAA
GCAGCGAACGAAGCACATCGTGTTGCTGTTGTTTCAAAGAACACTCAGAACCTAAACATG
AACGTCAGCCACGAAAGCAACGTTGAGATTCCTGATCTGAACGAGCCAACGAGTTCCGGG
ACCAACAACGACGATCATCAAACAGGACAGCAACATCAAGTCGTGAAACGCATTGCAACA
AGATCCTCTCTTCATCGATTCTTTGCTAAACGAAAGGACAGGGCTGTGGCTAGAGCTCCA
TATCAAGTGAATCAAAGTGGTGGTCATCTTCCTCCCAAGCCACAAAAGGTTGGTCCATCG
GTAGAGCTAGGACAACCCTCGCGACAGCCTGAGACTCCCTCAAAACCAAAGAGAGATAAA
GATGTGTCGATGGAAGTGGACGGAGAAGAA*GGGCGGTGCTCGAAAGATCTCGAACTCAA
ACTTTAGGACATA**ATATGTTCATGATCGAGTTCACGTTTGGATTTTGACTTATTTAGG
ATTTGAAGCTACATAATAAATGTTTAGATTC
C

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DS 

RD RR1BI50TF 849 0 0
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TTAGAGGACAACAAAATGAGTTAAAGAAGGCAGACATTTCTGAAACCAGAACCTTCGATC
TGAAACAGAAGCTTTCAGTAGGTGAAGCCTCTACTTCTTCCGGAGGCAAGCCCAGATTTG
TCGATCTAAGTGAACCAGCAAGTGTAGTAGCAGAGCCTGGAAACTCCCAGTTGACCATGA
TCTTCCGCGATAAACTAATGGTTTACGAGTTGCCTGAAGACAAAGCAAAGGAGATAATTG
AAGCAGCGAACGAAGCACATCGTGTTGCTGTTGTTTCGAAGAACACTCAGAACCTAAACA
TGAACGTCAGCCACGAAAGCAACGTTGAGATTCCTGATCTGAACGAGCCAACGAGTTCCG
GGACCAACAACGACGATCATCAAACAGGACAGCAACATCAAGTCGTGAAACGCATTGCAA
CAAGATCCTCTCTTCATCGATTCTTTGCTAAACGAAAAGACAGGGCTGTGGCTAGAGCTC
CATATCAAGTGAATCAAAGTGGTGGTCATCTTCCTCCCAAGCCACAAAAGGTTGGTCCAT
CGGTAGAGCTAGGACAACCCTCGCGACAGCCTGAGACTCCCTCAAAACCAAAGAGAGATA
AAGATGTGTCGATGGAAGTGGACGGAGAAGAAAGGGCGGTGCTCGAAAGATCTCGAACTC
AAACTTTAGGACATA**ATATGTTCATGATCGAGTTCACGTTTGGATTTTGACTTATTTA
G*ATTTGAAGCTACATAATAAATGTTTAGATTCTTTGAG*TTGTATTATTACGTAGTCAT
ACTTTTCTA

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DS 

RD RR1FE60JQ 733 0 0
AACAGAAGCTTTCAGTAGGTGAAGCCTCTACTTCTTCCGGAGGCAAACCCAGATTTGTCG
ATCTAAGTGAACCAGCAAGTGTAGTAGCAGAGCCTGGAAACTCCCAGTTGACCATGATCT
TCCGCGATAAACTAATGGTTTACGAGTTGCCTGAAGACAAAGCAAAGGAGATAATTGAAG
CAGCGAACGAAGCACATCGTGTTGCTGTTGTTTCAAAGAACACTCAGAACCTAAACATGA
ACGTCAGCCACGAAAGCAACGTTGAGATTCCTGATCTGAACGAGCCAACGAGTTCCGGGA
CCAACAACGACGATCATCAAACAGGACAGCAACATCAAGTCGTGAAACGCATTGCAACAA
GAGCCTCTCTTCATCGATTCTTTGCTAAACGAAAAGACAGGGCTGTGGCTAGAGCTCCAT
ATCAAGTGAATCAAAGTGGTGGTCATCTTCCTCCCAAGCCACAAAAGGTTGGTCCATCGG
TAGAGCTAGGACAACCCTCGCGACAGCCCGAGACTCCCTCAAAACCAAAGAGAGATAACG
ATGTGTCGATGGAAGTGGACGGAGAAGAA*GGGCGGTGTTCGAAAGATCTCGAACTCAAA
CTTTAGGACATATAAAATGTTCATGATCGAGTTCACGTTTGGATTTTGACTTATTTAGGA
TTTGAAGCTACATAATAAATGTTTAGATTCTTTGAGGTTGTATTATTACGTAGTCATACT
TTTCTA
TATAACC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1BI50JQ 849 0 0
ACTCGATCTTGATCTCGCCAGAAAATCTGATCTTAGAGGACAACAAAATGAGTTAAAGAA
GGCAGACATTTCTGAAACCAGAACCTTCGATCTGAAACAGAAGCTTTCAGTAGGTGAAGC
CTCTACTTCTTCCGGAGGCAAGCCCAGATTTGTCGATCTAAGTGAACCAGCAAGTGTAGT
AGCAGAGCCTGGAAACTCCCAGTTGACCATGATCTTCCGCGATAAACTAATGGTTTACGA
GTTGCCTGAAGACAAAGCAAAGGAGATAATTGAAGCAGCGAACGAAGCACATCGTGTTGC
TGTTGTTTCGAAGAACACTCAGAACCTAAACATGAACGTCAGCCACGAAAGCAACGTTGA
GATTCCTGATCTGAACGAGCCAACGAGTTCCGGGACCAACAACGACGATCATCAAACAGG
ACAGCAACATCAAGTCGTGAAACGCATTGCAACAAGATCCTCTCTTCATCGATTCTTTGC
TAAACGAAAAGACAGGGCTGTGGCTAGAGCTCCATATCAAGTGAATCAAAGTGGTGGTCA
TCTTCCTCCCAAGCCACAAAAGGTTGGTCCATCGGTAGAGCTAGGACAACCCTCGCGACA
GCCTGAGACTCCCTCAAAACCAAAGAGAGATAAAGATGTGTCGATGGAAGTGGACGGAGA
AGAA*GGGCGGTGCTCGAAAGATCTCGAACTCAAACTTTAGGACATA**ATATGTTCATG
ATCGAGTTCACGTTTGGATTTTGACTTATTTAGGATTTGAAGCTACATAATAAATGTTTA
GATTCTTTGAGGTTGTATTATTACGTAGTCATACTTTTCTATATAACTATATATACTCGT
TTCTCAATC

QA 1 849 1 849
DS 

RD RR1CZ73JQ 364 0 0
TGGCTAGAGCTCCATATCAAGCGAATCAAAGTGGTGGTCATCTTCCTCCCAAGCCACAAA
AGGTTGGTCCATCGGTAGAGCTAGGACAACCCTCGCGACAGCCTGAGACTCCCTCAAAAC
CAAAGAGAGATAACGATGTGTCGATGGAAGTGGACGGAGAAGAA*GGGCGGTGTTCGAAA
GATCTCGAACTCAAACTTTAGGACATATAAAATGTTCATGATCGAGTTCACGTTTGGATT
TTGACTTATTTAGGATTTGAAGCTACATAATAAATGTTTAGATTCTTTGAGGTTGTATTA
TTACGTAGTCATACTTTTCTATATAACTATATATACTCGTTTCTCAATCCAGTTTAGATT
TTCT

QA 1 364 1 364
DS 



AS 2 9

CO CL464Contig1 1230 4 6 U
GTATAAACACACATGCAAAATAGTATCATTAATAAAATTCCATCTTTGTTTTTCCTTGTT
AGAGAAGCCTTTCCTTTTTTCAGAGATTGATAGTTGTAGAACTATGAAACAATATAAGCT
GCTTCGATTTGTTTTCTTTCTCTTATCATCATTTTGTATCTTTTTAGTGACGACGACCCA
TTCCCAAGTGATCCACCACCGACGACTGTTGCCATGGCTAACACAAGAATCTGGTCCAGG
CCCACCACGTGATCCATCACCACATAACCCAGCTACACCGGCAGTGTTTTACTTTGGTGA
TTCGATCATCGACACGGGAAATAATAATAATCTAACAACAGAAATGAAATGTAATTTTCG
TCCCTATGGCATGAATTTTCCTACGGGAGTTGCCACCGGGAGATTCAGCGATGGAAAGGT
CGCTACTGATTACATATCCGAATATTTAGGACTAAAGCCGATTGTACCGGCATATTTAGA
ACCCAACGTACAACTAGAAGAACTTCTCACTGGCGTATCATTTGCTTCGGGTGGTAGTGG
CTATCACTATTTAACATCCAAAATATCAAGGGTGAGGTCACTGTTGGAGC*GTTGACATA
TTTCGAACAATACATAGCGAGGGCAACGAGGTTACTAGGGAAAGATAAGACTAATCACTT
ATTAGCCAAGGGCTTAGCCATTGTGGTCGCAGTCTGCCGCAAGTTTCGTTATGCAATTAC
ATGGATATGGAGCAAGACAAATAGCAGTGATAGGAACACCACCACTTGGATGTATACCAG
CGCAAAGAAGCATAAAGGGAGGTCCTCATAGAGACTGCGCTCAAGAACTAAACTATGCAT
CTCAGCTTTTCAATGCCAAACTCTTCATCACGTTGGATCAATTGACTCATGCCCTACCAA
ATTCAAATATCTTCTACATTGACATCTACTCTCCTTTCAGTGACATCATAGAAAACTCAC
AAGATTATGGGTTTGAGGAAATAAAGAAAGGATGTTGTGGAACTGGACTTTTGGAAGCAG
GTATACTCTGCAATCGATTCACAACAGATGTGTGCTCCAATGTATCTGCTTACTTGTTTT
GGGATAGTTTCCATCCTACCCAAAGATTCAATAAAATTGTAGCCAAAAAACTAATTAAGA
GATACATCCACCATTTGAAATAAAATGTAACACTGTATGCTTTTCGTTATGCTAACGCAA
TAAAGCTAGATGTCTAAAGTCACTGTAAAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1AF12TF U 1
AF RR1A303TF U 1
AF RR1AF12JQ C 838
AF RR1A303JQ C 434
BS 1 31 RR1A303TF
BS 32 32 RR1AF12TF
BS 33 242 RR1A303TF
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BS 244 749 RR1A303TF
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TCCCTATGGCATGAATTTTCCTACGGGAGTTGCCACCGGGAGATTCAGCGATGGAAAGGT
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ATTAGCCAAGGGCTTAGCCATTGTGGTC

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GCTTCGATTTGTTTTCTTTCTCTTATCATCATTTTGTATCTTTTTAGTGACGACGACCCA
TTCCCAAGTGATCCACCACCGACGACTGTTGCCATGGCTAACACAAGAATCTGGTCCAGG
CCGACCACGTGATCCATCACCACATAACCCAGCTACACCGGCAGTGTTTTACTTTGGTGA
TTCGATCATCGACACGGGAAATAATAATAATCTAACAACAGAAATGAAATGTAATTTTCG
TCCCTATGGCATGAATTTTCCTACGGGAGTTGCCACCGGGAGATTCAGCGATGGAAAGGT
CGCTACTGATTACATATCCGAATATTTAGGACTAAAGCCGATTGTACCGGCATATTTAGA
ACCCAACGTACAACTAGAAGAACTTCTCACTGGCGTATCATTTGCTTCGGGTGGTAGTGG
CTATCACTATTTAACATCCAAAATATCAAGGGTGAGGTCACTGTTGGAGC*GTTGACATA
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ATTAGCCAAGGGCTTAGCCATTGTGGTCGCAGTCTGCCGCAAGTTTCGTTATGCAATTAC
ATGGATATGGAGCAAGACAAATAGCAGTG

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CACAAGATTATGGGTTTGAGGAAATAAAGAAAGGATGTTGTGGAACTGGACTTTTGGAAG
CAGGTATACTCTGCAATCGATTCACAACAGATGTGTGCTCCAATG
C

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DS 

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CTAGAAGAACTTCTCACTGGCGTATCATTTGCTTCGGGTGGTAGTGGCTATCACTATTTA
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ATAGCGAGGGCAACGAGGTTACTAGGGAAAGATAAGACTAATCACTTATTAGCCAAGGGC
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AAGACAAATAGCAGTGATAGGAACACCACCACTTGGATGTATACCAGCGCAAAGAAGCAT
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TGCCAAACTCTTCATCACGTTGGATCAATTGACTCATGCCCTACCAAATTCAAATATCTT
CTACATTGACATCTACTCTCCTTTCAGTGACATCATAGAAAACTCACAAGATTATGGGTT
TGAGGAAATAAAGAAAGGATGTTGTGGAACTGGACTTTTGGAAGCAGGTATACTCTGCAA
TCGATTCACAACAGATGTGTGCTCCAATGTATCTGCTTACTTGTTTTGGGATAGTTTCCA
TCCTACCCAAAGATTCAATAAAATTGTAGCCAAAAAACTAATTAAGAGATACATCCACCA
TTTGAAATAAAATGTAACACTGTATGCTTTTCGTTATGCTAACGCAATAAAGCTAGATGT
CTAAAGTCACTGTAAAT

QA 1 797 1 797
DS 



CO CL464Contig2 808 5 6 U
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TGACTTTAGACATCTAGCTTTATTGCGTTAGCATAACGAAAAGCATACAGTGTTACATTT
TATTTCAAATGGTGGATGTATCTCTTAATTAGTTTTTTGGCTACAATTTTATTGAATCTT
TGGGTAGGATGGAAACTATCCCAAAACAAGTAAGCAGATACATTGGAGCACACATCTGTT
GTGAATCGATTGCAGAGTATACCTGCTTCCAAAAGTCCAGTTCCACAACATCCTTTCTTT
ATTTCCTCAAACCCATAATCTTGTGAGTTTTCTATGATGTCACTGAAAGGAGAGTAGATG
TCAATGTAGAAGATATTTGAATTTGGTAGGGCATGAGTCAATTGATCCAACGTGATGAAG
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ATTTGTCTTGCTCCATATCCATGTAATTGCATAACGAAACTTGCGGCAGACTTAGCCATC
ATTGATGTAAAGTTGTGAATGTTGTATATGAGCGATTGAGCACCTTGACCATAGTATGTA
ATAAGCAGATCGTTGTTACCTGCGACCACAATGGCTAAGCCCTTGGCTAATAAGTGATTA
GTCTTATCTTTCCCTAGTAACCTCGTTGCCCTCGCTATGTATTGTTCGAAATATGTCAAC
TGCTCCAACAGTGACCTCACCCTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CE89JQ U 2
AF RR1CE89TF C 2
AF RR1B861JQ U 52
AF RR1FN65TF C 1
AF RR1FN65JQ U 6
BS 1 5 RR1FN65TF
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BS 394 778 RR1FN65JQ
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RD RR1CE89JQ 393 0 0
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TCGATTGCAGAGTATACCTGCTTCCAAAAGTCCAGTTCCACAACATCCTTTCTTTATTTC
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GTAGAAGATATTTGAATTTGGTAGGGCA
C

QA 5 392 5 392
DS 

RD RR1CE89TF 393 0 0
ATGT
AAACAGTGATGGAATTTTTAATAGAGTCAATTTACACCAATAGAGTGATTTACAGTGACT
TTAGACATCTAGCTTTATTGCGTTAGCATAACGAAAAGCATACAGTGTTACATTTTATTT
CAAATGGTGGATGTATCTCTTAATTAGTTTTTTGGCTACAATTTTATTGAATCTTTGGGT
AGGATGGAAACTATCCCAAAACAAGTAAGCAGATACATTGGAGCACACATCTGTTGTGAA
TCGATTGCAGAGTATACCTGCTTCCAAAAGTCCAGTTCCACAACATCCTTTCTTTATTTC
CTCAAACCCATAATCTTGTGAGTTTTCTATGATGTCACTGAAAGGAGAGTAGATGTCAAT
GTAGAAGATATTTGAATTTGGTAGGGCA
C

QA 5 392 5 392
DS 

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GTTACATTTTATTTCAAATGGTGGATGTATCTCTTAATTAGTTTTTTGGCTACAATTTTA
TTGAATCTTTGGGTAGGATGGAAACTATCCCAAAACAAGTAAGCAGATACATTGGAGCAC
ACATCTGTTGTGAATCGATTGCAGAGTATACCTGCTTCCAAAAGTCCAGTTCCACAACAT
CCTTTCTTTATTTCCTCAAACCCATAATCTTGTGAGTTTTCTATGATGTCACTGAAAGGA
GAGTAGATGTCAATGTAGAAGATATTTGAATTTGGTAGGGCATGAGTCAATTGATCCAAC
GTGATGAAGAGTTTGGCATTGAAAAGCTG

QA 1 389 1 389
DS 

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TGACTTTAGACATCTAGCTTTATTGCGTTAGCATAACGAAAAGCATACAGTGTTACATTT
TATTTCAAATGGTGGATGTATCTCTTAATTAGTTTTT*GGCTACAATTTTATTGAATCTT
TGGGTAGGATGGAAACTATCCCAAAACAAGTAAGCAGATACATTGGAGCACACATCTGTT
GTGAATCGATTGCAGAGTATACCTGCTTCCAAAAGTCCAGTTCCACAACATCCTTTCTTT
ATTTCCTCAAACCCATAATCTTGTGAGTTTTCTATGATGTCACTGAAAGGAGAGTAGATG
TCAATGTAGAAGATATTTGAATTTGGTAGGGCATGAGTCAATTGATCCAACGTGATGAAG
AGTTTGGCATTGAAAAGCTGAGATGCATAGTTTAGTTCTTGAGCGCAGTCTCTATGAGGA
CCTCCCTTTATGCTTCTTTGCGCTGGTATACATCCAAGTGGTGGTGTTCCTATCACTGCT
ATTTGTCTTGCTCCATATCCATGTAATTGCATAACGAAACTTGCGGCAGACTTAGCCATC
ATTGATGTAAAGTTGTGAATGTTGTATATGAGCGATTGAGCACCTTGACCATAGTATGTA
ATAAGCAGATCGTTGTTACCTGCGACCACAATGGCTAAGCCCTTGGCTAATAAGTGATTA
GTCTTATCTTTCCCTAGTAACCTCGTTGCCCTCGCTATGTATTGTTCGAAATATGTCAAC
TGCTCCAACAGTGACCTCACCCTTGATC

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1FN65JQ 795 0 0
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TTAGACATCTAGCTTTATTGCGTTAGCATAACGAAAAGCATACAGTGTTACATTTTATTT
CAAATGGTGGATGTATCTCTTAATTAGTTTTTTGGCTACAATTTTATTGAATCTTTGGGT
AGGATGGAAACTATCCCAAAACAAGTAAGCAGATACATTGGAGCACACATCTGTTGTGAA
TCGATTGCAGAGTATACCTGCTTCCAAAAGTCCAGTTCCACAACATCCTTTCTTTATTTC
CTCAAACCCATAATCTTGTGAGTTTTCTATGATGTCACTGAAAGGAGAGTAGATGTCAAT
GTAGAAGATATTTGAATTTGGTAGGGCATGAGTCAATTGATCCAACGTGATGAAGAGTTT
GGCATTGAAAAGCTGAGATGCATAGTTTAGTTCTTGAGCGCAGTCTCTATGAGGACCTCC
CTTTATGCTTCTTTGCGCTGGTATACATCCAAGTGGTGGTGTTCCTATCACTGCTATTTG
TCTTGCTCCATATCCATGTAATTGCATAACGAAACTTGCGGCAGACTTAGCCATCATTGA
TGTAAAGTTGTGAATGTTGTATATGAGCGATTGAGCACCTTGACCATAGTATGTAATAAG
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ATCTTTCCCTAGTAACCTCGTTGCCCTCGCTATGTATTGTTCGAAATATGTCA*CTGCTC
CAACAGTGAC
TCACC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 10

CO CL465Contig1 1116 10 16 U
TTTTTATTGTCTTTTTTCCTCTTCTCTTGTTTGAGAGTCAAGAGAGACTAAGGAAGAAGA
AGAAGAAGAAGATCGGAGATATCGAAGCTTTTGACTTTCTCTCACAACCCAAATCAAATC
AATAGTGATAGATAAGCTATTGGATATGTCGAGCTTAGCTGCTTCGTTGGTCACTGGGGT
TGGCCTGAGACCGGAAAGGTCGCTTCTTTACCAGCCCACTTCCTTTCCTTCCTCCAGAAG
GAACACTCACGGTGCTGTTAAGGCCTCAGCTCGGGTGGATAAGTTCTCAAAAACCGATAT
CATTGTTTCTCCATCGATTCTATCTGCCAACTTCTCCAAATTGGGCGAGCAGGTAAAAGC
TGTGGAGTTAGCAGGTTGTGATTGGATTCATGTTGATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCC
CAACATTACTATTGGGCCGCTAGTGGTTGACGCTCTGCGCCCTGTTACAGATCTTCCGTT
GGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAGAGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGG
TGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCAGTCCTCTACCATCCATTTACACCGTACAGT
CAATCAAATTAAAAGCTTGGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTCCTAAATCCTGGCACTCCATT
GACTGCAATCGAATATGTATTAGACTGTGTTGATCTGATCTTGATAATGTCTGTGAACCC
TGGGTTTGGTGGGCAGAGCTTTATCGAAAGCCAAGTGAAGAAAATAGCAGACTTGAGAAG
AATGTGTGTGGAGCTGGGAGTAAACCCATGGATTGAAGTCGACGGTGGAGTCACTCCCAA
AAATGCTTACAAGGTTATTGAGGCTGGAGCAAATGCTTTAGTGGCTGGATCAGCTGTATT
TGGAGCCAAAGACTACGCCGAAGCTATAAAAGGAATCAAAACTAGCAAGAGACCAGAGAC
AGTGGCTGTGTGAACTTAAAAGCTCGGCACAAACCTGGGAACAAGGTTACTTGCAGCTTA
CAAAGACATGTAAAAGAGGCAAGGAATGTGTACAAAGCACTCTTTTGTAATAACAATTTC
AAAAAATGAAAACCCTCAAAAGTAAATTTATTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 
30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 35 35 35 35 15 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C314TF U 27
AF RR1GJ34TF U 1
AF RR1H946TF U 31
AF RR1AF06TF U 33
AF RR1GC53TF U 33
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AF RR1GC53JQ C 319
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AF RR1AF06JQ C 457
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BS 361 751 RR1GJ34TF
BS 752 820 RR1AF06TF
BS 821 824 RR1BR68TF
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BS 904 1116 RR1GC53JQ

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GATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATTACTATTGGGCCGCTAGTGGTTGACGCT
CTGCGCCCTGTTACAGATCTTCCGTTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAG
AGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCAGTCC
TCTACCATCCATTTACACCGTACAGTCAATCAAATTAAAAGCTTGGGAGCTAAAGCTGGA
GTTGTCCTAAATCCTGGCACTCCATTGACTGCAATCGAATATGTA

QA 9 653 9 653
DS 

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GAACACTCACGGTGCTGTTAAGGCCTCAGCTCGGGTGGATAAGTTCTCAAAAACCGATAT
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GGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAGAGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGG
TGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCAGTCCTCTACCATCCATTTACACCGTACAGT
CAATCAAATTAAAAGCTTGGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTCCTAAATCCTGGCACTCCATT
GACTGCAATCGAATATGTATTAGACTGTGTTGATCTGATCTTGATAATGTCTGTGAACCC
TGGGTTTGGTGGGCAGAGCTTTATCGAAAGC

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DS 

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GGGA
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CTTTCTCTCATAACCCAAATCAAATCAATAGTGATAGATAAGCTATTGGATATGTCGAGC
TTAGCTGCTTCGTTGGTCACTGGGGTTGGCCTGAGACCGGAAAGGTCGCTTCTTTACCAG
CCCACTTCCTTTCCTTCCTCCAGAAGGAACACTCACGGTGCTGTTAAGGCCTCAGCTCGG
GTGGATAAGTTCTCAAAAACCGATATCATTGTTTCTCCATCGATTCTATCTGCCAACTTC
TCCAAATTGGGCGAGCAGGTAAAAGCTGTGGAGTTAGCAGGTTGTGATTGGATTCATGTT
GATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATTACTATTGGGCCGCTAGTGGTTGACGCT
CTGCGCCCTGTTACAGATCTTCCGTTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAG
AGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCAGTCC
TCTACCATCCATTTACACCGTACAGTCAATCAAATTAAAAGCTTGGGAGCTAAAGCTGGA
GTTGTCCTAAATCCTGGCACTCCATTGACTGCAATCGAATATGTATTAGACTGTGTTGAT
CTGATCTTGATA*TGTCTGTGAACCCTGGGTTTGGTGGGCAGAGCTTTATCGA

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GG
GAGTCAAGAGAGACTAAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATCGGAGATATCGAAGCTTTTGA
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TTAGCTGCTTCGTTGGTCACTGGGGTTGGCCTGAGACCGGAAAGGTCGCTTCTTTACCAG
CCCACTTCCTTTCCTTCCTCCAGAAGGAACACTCACGGTGCTGTTAAGGCCTCAGCTCGG
GTGGATAAGTTCTCAAAAACCGATATCATTGTTTCTCCATCGATTCTATCTGCCAACTTC
TCCAAATTGGGCGAGCAGGTAAAAGCTGTGGAGTTAGCAGGTTGTGATTGGATTCATGTT
GATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATTACTATTGGGCCGCTAGTGGTTGACGCT
CTGCGCCCTGTTACAGATCTTCCGTTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAG
AGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCATTCC
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CTGATCTTGATAATGTCTGTGAACCCTGGGTTTGGTGGGCAGAGCTTTATCGAAAGCCAA
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GAAGTC

QA 3 788 3 788
DS 

RD RR1GC53TF 779 0 0
GG
GAGTCAAGAGAGACTAAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATCGGAGATATCGAAGCTTTTGA
CTTTCTCTCACAACCCAAATCAAATCAATAGTGATAGATAAGCTATTGGATATGTCGAGC
TTAGCTGCTTCGTTGGTCACTGGGGTTGGCCTGAGACCGGAAAGGTCGCTTCTTTACCAG
CCCACTTCCTTTCCTTCCTCCAGAAGGAACACTCACGGTGCTGTTAAGGCCTCAGCTCGG
GTGGATAAGTTCTCAAAAACCGATATCATTGTTTCTCCATCGATTCTATCTGCCAACTTC
TCCAAATTGGGCGAGCAGGTAAAAGCTGTGGAGTTAGCAGGTTGTGATTGGATTCATGTT
GATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATTACTATTGGGCCGCTAGTGGTTGACGCT
CTGCGCCCTGTTACAGATCTTCCGTTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAG
AGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCAGTCC
TCTACCATCCATTTACACCGTACAGTCAATCAAATTAAAAGCTTGGGAGCTAAAGCTGGA
GTTGTCCTAAATCCTGGCACTCCATTGACTGCAATCGAATATGTATTAGACTGTGTTGAT
CTGATCTTGATAATGTCTGTGAACCCTGGGTTTGGTGGGCAGAGCTTTATCGAAAGCCAA
GTGAAGAAAATAGCAGACTTGAGAG**ATGTGTGTGGAGCTGGGAGTAA
CCATGGAT

QA 3 771 3 771
DS 

RD RR1BR68TF 729 0 0
G
GGGGTTGGCCTGAGACCGGAAAGGTCGCTTCTTTACCAGCCCACTTCCTTTCCTTCCTCC
AGAAGGAACACTCACGGTGCTGTTAAGGCCTCAGCTCGGGTGGATAAGTTCTCAAAAACC
GATATCATTGTTTCTCCATCGATTCTATCTGCCAACTTCTCCAAATTGGGCGAGCAGGTA
AAAGCTGTGGAGTTAGCAGGTTGTGATTGGATTCATGTTGATGTGATGGATGGTCGTTTT
GTTCCCAACATTACTATTGGGCCGCTAGTGGTTGACGCTCTGCGCCCTGTTACAGATCTT
CCGTTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAGAGAGTGCCTGATTTCATCAAA
GCAGGTGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCAGTCCTCTACCATCCATTTACACCGT
ACAGTCAATCAAATTAAAAGCTTGGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTCCTAAATCCTGGCACT
CCATTGACTGCAATCGAATATGTATTAGACTGTGTTGATCTGATCTTGATAATGTCTGTG
AACCCTGGGTTTGGTGGGCAGAGCTTTATCGAAAGCCAAGTGAAGAAAATAGCAGACTTG
AGAAGAATGTGTGTGGAGCTGGGAGTAAACCCATGGATTGAAGTCGACG*TGGAGTCACT
CCCAAAA*TGCTTACAAG*TTATTGAG*CTGGAGCAAATGCTTTAGTGGCTGGATCAGCT
GTATTTGG

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR1GC53JQ 798 0 0
TCTATCTGCCAACTTCTCCAAATTGGGCGAGCAGGTAAAAGCTGTGGAGTTAGCAGGTTG
TGATTGGATTCATGTTGATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATTACTATTGGGCC
GCTAGTGGTTGACGCTCTGCGCCCTGTTACAGATCTTCCGTTGGATGTTCATCTTATGAT
AGTGGAACCTGAGCAGAGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGATATAGTTAGTGT
ACATTGTGAGCAGTCCTCTACCATCCATTTACACCGTACAGTCAATCAAATTAAAAGCTT
GGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTCCTAAATCCTGGCACTCCATTGACTGCAATCGAATATGT
ATTAGACTGTGTTGATCTGATCTTGATAATGTCTGTGAACCCTGGGTTTGGTGGGCAGAG
CTTTATCGAAAGCCAAGTGAAGAAAATAGCAGACTTGAGAAGAATGTGTGTGGAGCTGGG
AGTAAACCCATGGATTGAAGTCGACGGTGGAGTCACTCCCAAAAATGCTTACAAGGTTAT
TGAGGCTGGAGCAAATGCTTTAGTGGCTGGATCAGCTGTATTTGGAGCCAAAGACTACGC
CGAAGCTATAAAAGGAATCAAAACTAGCAAGAGACCAGAGACAGTGGCTGTGTGAACTTA
AAAGCTCGGCACAAACCTGGGAACAAGGTTACTTGCAGCTTACAAAGACATGTAAAAGAG
GCAAGGAATGTGTACAAAGCACTCTTTTGTAATAACAATTTCAAAAAATGAAAACCCTCA
AAAGTAAATTTATTTTCG

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1BR68JQ 612 0 0
TTATGATAGTGGAACCTGAGCAGAGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGATATAG
TTAGTGTACATTGTGAGCAGTCCTTTACCATCCATTTACACCGTACAGTCAATCAAATTA
AAAGCTTGGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTCCTAAATCCTGGCACTCCATTGACTGCAATTG
AATATGTATTAGACTGTGTTGATTTGATCTTGATAATGTTTGTGAACCCTGGGTTTGGTG
GGCAGAGCTTTATCGAAAGCCAAGTGAAGAAAATAGCAGACTTGAGAAGAATGTGTGTGG
AGCTGGGAGTAAACCCATGGATTGAAGTTGACGGGGGAGTCACTCCCAAAAATGCTTACA
AGGTTATTGAGGCTGGAGCAAATGCTTTAGTGGCTGGATCAGCTGTATTTGGAGCCAAAG
ACTACGCCGAAGCTATAAAAGGAATCAAAACTAGCAAGAGACCAGAGACAGTGGCTGTGT
GAACTTAAAAGCTCGGCACAAACCTGGGAACAAGGTTACTTGCAGCTTACAAAGACATGT
AAAAGAGGCAAGGAATGTGTACAAAGCACTCTTTTGTAATAACAATTTCAAAAAATGAAA
ACCCTCAAAAGT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1GJ34JQ 644 0 0
TCTTCCGTTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAGAGAGTGCCTGATTTCAT
CAAAGCAGGTGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCAGTCCTCTACCATCCATTTACA
CCGTACAGTCAATCAAATTAAAAGCTTGGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTCCTAAATCCTGG
CACTCCATTGACTGCAATCGAATATGTATTAGACTGTGTTGATCTGATCTTGATAATGTC
TGTGAACCCTGGGTTTGGTGGGCAGAGCTTTATCGAAAGCCAAGTGAAGAAAATAGCAGA
CTTGAGAAGACTGTGTGTGGAGCTGGGAGTAAACCCATGGATTGAAGTCGACGGTGGAGT
CACTCCCAAAAATGCTTACAAGGTTATTGAGGCTGGAGCAAATGCTTTAGTGGCTGGATC
AGCTGTATTTGGAGCCAAAGACTACGCCGAAGCTATAAAAGGAATCAAAACTAGCAAGAG
ACCAGAGACAGTGGCTGTGTGAACTTAAAAGCTCGGCACAAACCTGGGAACAAGGTTACT
TGCAGCTTACAAAGACATGTAAAAGAGGCAAGGAATGTGTACAAAGCACTCTTTTGTAAT
AACAATTTCAAAAAATGAAAACCCTCAAAAGTAAATTT
ATTTAC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1AF06JQ 653 0 0
GCGCCCTGTTACAGATCTTCCGTTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAGAG
AGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCATTCCTC
TACCATCCATTTACACCGTACAGTCAATCAAATTAAAAGCTTGGGAGCTAAAGCTGGGGT
TGTCCTAAATCCTGGCACTCCATTGACTGCAATCGAATATGTATTAGACTGTGTTGATCT
GATCTTGATAATGTCTGTGAACCCTGGGTTTGGTGGGCAGAGCTTTATCGAAAGCCAAGT
GAAGAAAATAGCAGACTTGAGAAGAATGTGTGTGGAGCTGGGAGTAAACCCATGGATTGA
AGTCGACGGTGGAGTCACTCCCAAAAATGCTTACAAGGTTATTGAGGCTGGAGCAAATGC
TTTAGTGGCTGGATCAGCTGTATTTGGAGCCAAAGACTACGCCGAAGCTATAAAAGGAAT
CAAAACTAGCAAGAGACCAGAGACAGTGGCTGTGTGAACTTAAAAGCTCGGCACAAACCT
GGGAACAAGGTTACTTGCAGCTTACAAAGACATGTAAAAGAGGCAAGGAATGTGTACAAA
GCACTCTTTTGTAATAACAATTTCAAAAAATGAAAACCCTCAAAAGT
AAATTT

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 10

CO CL466Contig1 826 10 20 U
GGGAGTCTTAGAAAGCGCTCTTATAGTTTTCTCATCAAGCGCCTCCGTTTAGCTCTTAGC
TCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTAATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTTCCGTTTTCACCA
ATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCCTAAGATTTACAG
GATGAAGCTATGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTGGTACTTCTTGAG
GAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAATGAGATTTTCGA
GAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTGGCTCCGTTACCAGAGCAGAACCGG
GTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGCAGTGGAGCAGAT
GTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAGAC
CGCCACAGTCCCTGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACTCCAA
GATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCGACCAGGAAGCTCAAGACTAC
GTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAATCCAAAATCTTCACATGAT
TCTCCTTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTAGGCTTCTTGTTCCTCAGTCTGATCAAAAC
ATCTTATCTTGGATTTTCAAATTTTTGCATCTTTTATCAACTTTGTTTTCTAGATATATG
ATAAGATATTCAGAGGACTCGTTTAAATTTTCAAAGCTTTGCTGCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU53TF U 49
AF RR1ER36TF U 48
AF RR1DE07TF U 35
AF RR1A728JQ C 1
AF RR1DE07JQ C 333
AF RR1E441TF U 35
AF RR1A728TF U 1
AF RR1DR02TF U 89
AF RR1GU53JQ C 180
AF RR1ER36JQ C 137
BS 1 36 RR1A728TF
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RD RR1GU53TF 559 0 0
GG
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GTTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCCTA
AGATTTACAGGATGAAGCTATGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTGGT
ACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAATG
AGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTGGCTCCGTTACCAGA
GCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGCAG
TGGAGCAGATGTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCGTTCAGA
TCATCAAGACCGCCACAGTCCCTGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCC
ACAACTCCAAGATCAAGTTCC*TCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCGACCAGGAAGC
TCAAGACTACGTACA
GG

QA 3 557 3 557
DS 

RD RR1ER36TF 644 0 0
GGG
AGCTCTTAGCTCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTAATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTTCC
GTTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCCTA
AGATTTACAGGACGAAGCTATGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTGGT
ACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAATG
AGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTGGCTCCGTTACCAGA
GCAGAACCGGGTACCACAACACGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGCAG
TGGAGCAGATGTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCAGA
TCATCAAGACCGCCACAGTCCCTGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCC
ACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCTACCAGGAAGC
TCAAGACTACGTACAAAGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAATCCAAAATC
TTCACATGATTCTCCTTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTA

QA 4 644 4 644
DS 

RD RR1DE07TF 656 0 0
GG
AAGCGCCTCCGTTTAGCTCTTAGCTCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTGATCTCTCCGTTGAA
AATGGTTGCTTTCCGGTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAA
AGATGTGCAGCCTAAGATTTACAGGATGAAGCTATGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAA
GTCCAAGTTTTGGTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAAT
GCTTGCCATCAATGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTG
GCTCCGTTACCAGAGCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCAC
GCTCAACGGTGCAGTGGAGCAGATGTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTT
CCCTTGCATTCAGATCATCAAGACCGCCACAGTCCCTGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAG
CACCAAGCAGTTCCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCC
ACCGACCAGGAAGCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATA
AAAAATCCAAAATCTTTACATGATTCTCCTTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTT

QA 3 656 3 656
DS 

RD RR1A728JQ 773 0 0
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TCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTAATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTTCCGTTTTCACCA
ATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCCTAAGATTTACAG
GATGAAGCTATGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTGGTACTTCTTGAG
GAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAATGAGATTTTCGA
GAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTGGCTCCGTTACCAGAGCAGAACCGG
GTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGCAGTGGAGCAGAT
GTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAGAC
CGCCACAGTCCCTGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACTCCAA
GATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCGACCAGGAAGCTCAAGACTAC
GTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAATCCAAAATCTTCACATGAT
TCTCCTTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTAGGCTTCTTGTTCCTCAGTCTGATCAAAAC
ATCTTATCTTGGATTTTCAAATTTTTGCATCTTTTATCAACTTTGTTTTCTAG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1DE07JQ 392 0 0
TCTGGCTCCGTTACCAGAGCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACA
CCACGCTCAACGGTGCAGTGGAGCAGATGTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGA
GGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAGACCGCCACAGTCCCTGCAAAGCTGTGCAAGAGAG
AGAGCACCAAGCAGTTCCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTTTTGTTTTCAGGAAGGTCA
GGCCCCCGACCAGGAAGCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGT
AATAAAAAATCCAAAATCTTTACATGATTTTCCTTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTAG
GCTTCTTGTTCCTCAGTTTGATCAAAACAT
TT

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1E441TF 718 0 0
GG
AAGCGCCTCCGTTTAGCTCTTAGCTCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTAATCTCTCCGTTGAA
AATGTTTGCTTTCCTTTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAA
AGATGTGCAGCCTAAGATTTACAGGATGAAGCTATGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAA
GTCCAAGTTTTGGTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAAT
GCTTGCCATCAATGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTG
GCTCCGTTACCAGAGCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCAC
GCTCAACGGTGCAGTGGAGCAGATGTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTT
CCCTTGCATTCAGATCATCAAGACCGCCACAGTCCCTGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAG
CACCAAGCAGTTCTACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCC
ACCGACCAGGAAGCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATA
AAAAATCCAAAATCTTCACATGATTCTCCTTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTACGCTT
CTTGTTCCTCAGTCTGATCAAA*CATCTTATCTTGGATTTTCAA*TTTTTGCATCT

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR1A728TF 773 0 0
GGGAGTCTTAGAAAGCGCTCTTATAGTTTTCTCATCAAGCGCCTCCGTTTAGCTCTTAGC
TCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTAATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTTCCGTTTTCACCA
ATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCCTAAGATTTACAG
GATGAAGCTATGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTGGTACTTCTTGAG
GAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAATGAGATTTTCGA
GAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTGGCTCCGTTACCAGAGCAGAACCGG
GTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGCAGTGGAGCAGAT
GTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAGAC
CGCCACAGTCCCTGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACTCCAA
GATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCGACCAGGAAGCTCAAGACTAC
GTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAATCCAAAATCTTCACATGAT
TCTCCTTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTA*GCTTCTTGTTCCTCAGTCTGATCAAAAC
ATCTTATCTTGGATTTTCAAATTTTTGCATCTTT*ATCAACTTTGTTTTCTAG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1DR02TF 738 0 0
GG
GTTGAAAATGGTTGCTTTCCGTTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAAC
AGAGAAAGATGTGCAGCCTAAGATTTACAGGATGAAGCTATGGGCCACCAATGAAGTCCG
CGCCAAGTCCAAGTTTTGGTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGG
ACAAATGCTTGCCATCAATGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGG
TATCTGGCTCCGTTACCAGAGCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGA
CACCACGCTCAACGGTGCAGTGGAGCAGATGTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGT
GAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAGACCGCCACAGTCCCTGCAAAGCTGTGCAAGAG
AGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGT
CAGGCCACCGACCAGGAAGCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCAT
GTAATAAAAAATCCAAAATCTTCACATGATTCTCCTTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTT
AGGCTTCTTGTTCCTCAGTCTGATCAAAACATCTTATCTTGGATTTTCAAATTTTTGCAT
CTTTTATCAACTTTGTTTTCTAGATATATGATAAGATATTCAGAGGACTCGTTTAAATTT
TCAAAGCTTTGCTGCT

QA 3 738 3 738
DS 

RD RR1GU53JQ 625 0 0
GGATGAAGCTATGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTGGTACTTCTTGA
GGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAATGAGATTTTCG
AGAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTGGCTCCGTTACCAGAGCAGAACCG
GGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGCAGTGGAGCAGA
TGTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCGTTCAGATCATCAAGA
CCGCCACAGTCCCTGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACTCCA
AGATCAAGTTCC*TCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCGACCAGGAAGCTCAAGACTA
CGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAATCCAAAATCTTCACATGA
TTCTCCTTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTAGGCTTCTTGTTCCTCAGTCTGATCAAAA
CATCTTATCTTGGATTTTCAAATTTTTGCATCTTTTATCAACTTTGTTTTCTAGATATAT
GATAAGATATTCAGAGGACTC
GTTT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1ER36JQ 664 0 0
AGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCCTAAGATTTACAGGACGAAGCTATGGGCC
ACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTGGTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTT
AAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAATGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAG
ATCAAGAACTACGGTATCTGGCTCCGTTACCAGAGCAGAACCGGGTACCACAACACGTAC
AAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGCAGTGGAGCAGATGTACACCGAGATGGCT
TCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAGACCGCCACAGTCCCTGCA
AAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTT
GTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCTACCAGGAAGCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAG
CCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAATCCAAAATCTTCACATGATTCTCCTTTATCCTTTT
TCAACCATCAGCTTAGGCTTCTTGTTCCCCAGTCTGATCAAAACATCTTATCTTGGATTT
TCAAATTTTTGCATCTTTTATCAACTTTGTTTTCTAGATATATGATAAGATATTCAGAGG
ACTC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 10

CO CL467Contig1 1179 10 12 U
GGATCCTTAAAAGACTTTCTTTAAGCAATATGTATTTGACTAGCACATTTTTGAGTATGC
CAAAAGGCTAATAAGTTCAATAAACATGTAAAACAAAATAAAAACTTGCTCTTCGTAGGC
ACGATAAATACAACCATTTGAAAGCCAAGCGGGTGCTGATGAGCCACCTCAGCAATACGC
AGCCACATCGGCACACCAAACACATGAGAGAGGACTCAGAACTGACCACCTTGGAAGGTT
TGTCCGAACTGCCAATTAGAAGGAGCCACGTCATTGCTGACGACGGTGCGACCATCGCTG
GTTGTGACCTGGAACGAGAGGCTCTGGTCGTTGAGGTAAGAATTGCTCTGCCAGTTTTGC
CCCCAGTTCCTAGACATTGCTTGCCACGACCCTGATTTTGAGCCTCTGATCGAGACAGCG
TGAACGTCTCCTGCTCCTCCTACGTTGGAAATCAGAACAAGGTTGAAGTAAGAGTGTCCG
TTGATTGTAAACCTTATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAAGAGACAGGG
ACAATGCCGGCACGGTACTGAGCGATTTGGAGAAAAGCTGGCTCGGCTAGGTCGAAGTGT
TGAAGAGGAGGGTTGCACCATCCTCCGTTATCGTTCGAGAGGCCAAAGTTCGGTGGACAA
AAGTTTGTAGCCGTGACGGTGATAGTGGAACCGACACACCATCTCGGGTCATCGTTGCAC
TTCATCTCGTAGCACGCGCCGCACGTGAGTCCGTTGTTGAACAGTGCCGTACTTAAAGCC
GCTGTGTTCGTCCCGTAACCTTGGCTATACAGATTTCCATAGCCACAAGCTCCACCCATG
GTGCCGGAAGCGTCACCGCCACCGTAGAACGTGGCATGGCCACCTTGCCAACCTCCGTCG
TCCCCATGAGTTCCTTGGAGAGAGAACAATAAGCTGAATATGGATAATATTGAAATTATA
GAATATCTGGAAGTTGATGTAATATACATTTTGTTTTATTTGGAGGGGTTGGTTAGTCGG
TTATGACAATCAGAAATGATTTGATAAGAATTGTGAGACTGATATGGAATCAAGTGTGGG
GGAATTGAGTTTATATAGGGAGTTTTTTTAGTTTGTAATAGTGGTAAGAGATAAAAAAAA
AATTAAAGGTTTACTTATTAAATATATTACTAGTTTCCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 40 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX72JQ U 184
AF RR1GR90JQ U 1
AF RR1FM37TF C 234
AF RR1FM37JQ U 1
AF RR1BK40JQ U 5
AF RR1B732JQ U 13
AF RR1B732TF C 235
AF RR1CX72TF C 409
AF RR1GR90TF C 475
AF RR1B923TF C 496
BS 1 817 RR1FM37JQ
BS 818 818 RR1BK40JQ
BS 819 836 RR1FM37JQ
BS 837 848 RR1BK40JQ
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BS 850 860 RR1BK40JQ
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BS 869 869 RR1B732TF
BS 870 880 RR1BK40JQ
BS 881 1062 RR1B732TF
BS 1063 1179 RR1B923TF

RD RR1CX72JQ 348 0 0
CCCATCAGCC
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AATTAAAAGGAGCCACGTCGTTGCTGACGACGGCGCGACCATCGCTGGTTGTGACCTGGA
AGGAAAAGCTCTGGTCGTTGAGGTAAAAATTGCTCTGCCAGTTTTGCCCCCAGTTCCTAA
ACATTGCTTGCCACGACCCTGTTTTTGAGCCTCTGATTGAAACAGCGTGAACGTCTCCTG
CTCCTCCTACGTTGGAAATCAAAACAAGGTTGAAGTAAAAGTGTCCGTTGATCGTAAACC
TTATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAA

QA 11 348 11 348
DS 

RD RR1GR90JQ 592 0 0
GGAT
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TAAATACAACCATTTGAAAGCCAAGCGGGTGCTGATGAGCCACCTCAGCAATACGCAGCC
ACATCGGCACACCAAACACATGAGAGAGGACTCAGAACTGACCACCTTGGAAGGTTTGTC
CGAACTGCCAATTAAAAGGAGCCACGTCATTGCTGACGACGGTGCGACCATCGCTGGTTG
TGACCTGGAACGAGAGGCTCTGGTCGTTGAGGTAAGAATTGCTCTGCCAGTTTTGCCCCC
AGTTCCTAGACATTGCTTGCCACGACCCTGATTTTGAGCCTCTGATCGAGACAGCGTGAA
CGTCTCCTGCTCCTCCTACGTTGGAAATCAGAACAAGGTTGAAGTAAGAGTGTCCGTTGA
TTGTAAACCTTATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAAGAGACAGGGACAA
TGCCGGCACGGTACTGAGCGATTTGGAGAAAAGCTGGCTCGGCTAGGT

QA 5 592 5 592
DS 

RD RR1FM37TF 356 0 0
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ATCGCTGGTTGTGACCTGGAACGAGAGGCTCTGGTCGTTGAGGTAAGAATTGCTCTGCCA
GTTTTGCCCCCAGTTCCTAGACATTGCTTGCCACGACCCTGATTTTGAGCCTCTGATCGA
GACAGCGTGAACGTCTCCTGCTCCTCTTACGTTGGAAATCAGAACAAGGTTGAAGTAAGA
GTGTCCGTTGATTGTAAACCTTATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAAGA
GACAGGGACAATGCCGGCACGGTACTGAGCGATTTGGAGAAAAGCTGGCTCGGCTA

QA 1 356 1 356
DS 

RD RR1FM37JQ 843 0 0
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CAAAAGGCTAATAAGTTCAATAAACATGTAAAACAAAATAAAAACTTGCTCTTCGTAGGC
ACGATAAATACAACCATTTGAAAGCCAAGCGGGTGCTGATGAGCCACCTCAGCAATACGC
AGCCACATCGGCACACCAAACACATGAGAGAGGACTCAGAACTGACCACCTTGGAAGGTT
TGTCCGAACTGCCAATTAGAAGGAGCCACGTCATTGCTGACGACGGTGCGACCATCGCTG
GTTGTGACCTGGAACGAGAGGCTCTGGTCGTTGAGGTAAGAATTGCTCTGCCAGTTTTGC
CCCCAGTTCCTAGACATTGCTTGCCACGACCCTGATTTTGAGCCTCTGATCGAGACAGCG
TGAACGTCTCCTGCTCCTCCTACGTTGGAAATCAGAACAAGGTTGAAGTAAGAGTGTCCG
TTGATTGTAAACCTTATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAAGAGACAGGG
ACAATGCCGGCACGGTACTGAGCGATTTGGAGAAAAGCTGGCTCGGCTAGGTCGAAGTGT
TGAAGAGGAGGGTTGCACCATCCTCCGTTATCGTTCGAGAGGCCAAAGTTCGGTGGACAA
AAGTTTGTAGCCGTGACGGTGATAGTGGAACCGACACACCATCTCGGGTCATCGTTGCAC
TTCATCTCGTAGCACGCGCCGCACGTGAGTCCGTTGTTGAACAGTGCCGTACTTAAAGCC
GCTGTGTTCGTCCCGTAACCTTGGCTATACAGATTTC*ATAGCCACAAGCTCCACC
TGAATAG

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1BK40JQ 887 0 0
CCTTAAAAGACTTTCTTTAAACAATATGTATTTGACTAACACATTTTTGAGTGTGCCAAA
AGGCTAATAAGTTCAATAAACATGTAAAACAAAATAAAAACTTGCTCTTCGTAGGCACGA
TAAATACAACCATTTGAAAGCCAAGCGGGTGCTTATGAGCCACCTCAGCAATACGCAGCC
ACATCAGCACACCAAACACATGAGAGAGGACTCAGAACTGACCACCTTGGAAGGTTTGTC
CGAACTGCCAATTAGAAGGAGCCACGTCGTTGCTGACGACGGTGCGACCATCGCTGGTTG
TGACCTGGAAGGAGAGGCTCTGGTCGTTGAGGTAAGAATTGCTCTGCCAGTTTTGCCCCC
AGTTCCTAGACATTGCTTGCCACGACCCTGTTTTTGAGCCTCTGATTGAGACAGCGTGAA
CGTCTCCTGCTCCTCCTACGTTGGAGATCAGAACAAGGTTGAAGTAAGAGTGTCCGTTGA
TCGTAAACCTTATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAAGAGACAGGGACAA
TGCCGGCACGGTACTGAGCGATTTGGAGAAAAGCTGGCTCGGCTAGGTCGAAGTGTTGAA
GAGGAGGGTTGCACCATCCTCCGTTATCGTTCGAGAGGCCAAAGTTCGGTGGACAAAAGT
TTGTAGCCGTGACGGTGATAGTGGAACCGAAACACCATCTCGGGTCATCGTTGCACTTCA
TCTCGTAGCACGCGCCGCACGTGAGTCCGTTGCTGAACAGTGCCGTACTTAAAGCCGCTG
TGTTCGTCCCGTA*CCTTGGCTATACAGATTTCCATAGC*ACAAGCTCCACCCATGGTGC
CGGA*GCGTCACCGCC*CCGTAGA*CGTGGCATGGC
ACTTGCCACCT

QA 1 876 1 876
DS 

RD RR1B732JQ 831 0 0
GG
CTTTCTTTAAGCAATATGTATTTGACTAGCACATTTTTGAGTATGCCAAAAGGCTAATAA
GTTCAATAAACATGTAAAACAAAATAAAAACTTGCTCTTCGTAGGCACGATAAATACAAC
CATTTGAAAGCCAAGCGGGTGCTGATGAGCCACCTCAGCAATACGCAGCCACATCGGCAC
ACCAAACACATGAGAGAGGACTCAGAACTGACCACCTTGGAAGGTTTGTCCGAACTGCCA
ATTAGAAGGAGCCACGTCATTGCTGACGACGGTGCGACCATCGCTGGTTGTGACCTGGAA
CGAGAGGCTCTGGTCGTTGAGGTAAGAATTGCTCTGCCAGTTTTGCCCCCAGTTCCTAGA
CATTGCTTGCCACGACCCTGATTTTGAGCCTCTGATCGAGACAGCGTGAACGTCTCCTGC
TCCTCCTACGTTGGAAATCAGAACAAGGTTGAAGTAAGAGTGTCCGTTGATTGTAAACCT
TATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAAGAGACAGGGACAATGCCGGCACG
GTACTGAGCGATTTGGAGAAAAGCTGGCTCGGCTAGGTCGAAGTGTTGAAGAGGAGGGTT
GCACCATCCTCCGTTATCGTTCGAGAGGCCAAAGTTCGGTGGACAAAAGTTTGTAGCCGT
GACGGTGATAGTGGAACCGACACACCATCTCGGGTCATCGTTGCACTTCATCTCGTAGCA
CGCGCCGCACGTGAGTCCGTTGTTGAACAGTGCCGTACTTAAAGCCGCTGTGTTCGTCCC
GTAACCTTGGCTATACAGATTTCCATAGCCACAAGCTCCACCCATGGTG

QA 3 831 3 831
DS 

RD RR1B732TF 831 0 0
GAAGG
TTGTCCGAACTGCCAATTAGA*GGAGCCACGTCATTGCTGACGACGGTGCGACCATCGCT
GGTTGTGACCTGGAACGAGAGGCTCTGGTCGTTGAGGTAAGAATTGCTCTGCCAGTTTTG
CCCCCAGTTCCTAGACATTGCTTGCCACGACCCTGATTTTGAGCCTCTGATCGAGACAGC
GTGAACGTCTCCTGCTCCTCCTACGTTGGAAATCAGAACAAGGTTGAAGTAAGAGTGTCC
GTTGATTGTAAACCTTATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAAGAGACAGG
GACAATGCCGGCACGGTACTGAGCGATTTGGAGAAAAGCTGGCTCGGCTAGGTCGAAGTG
TTGAAGAGGAGGGTTGCACCATCCTCCGTTATCGTTCGAGAGGCCAAAGTTCGGTGGACA
AAAGTTTGTAGCCGTGACGGTGATAGTGGAACCGACACACCATCTCGGGTCATCGTTGCA
CTTCATCTCGTAGCACGCGCCGCACGTGAGTCCGTTGTTGAACAGTGCCGTACTTAAAGC
CGCTGTGTTCGTCCCGTAACCTTGGCTATACAGATTTCCATAGCCACAAGCTCCACCCAT
GGTGCCGGAAGCGTCACCGCCACCGTAGAACGTGGCATGGCCACCTTGCCAACCTCCGTC
GTCCCCATGAGTTCCTTGGAGAGAGAACAATAAGCTGAATATGGATAATATTGAAATTAT
AGAATATCTGGAAGTTGATGTAATATACATTTTGTTTTATTTGGAGGGGTTGGTTAGTCG
GTTATGACAATCAGAAATGATTTGATAAGAATTGTGAGACTGA
CCC

QA 6 828 6 828
DS 

RD RR1CX72TF 618 0 0
ATT
GAGACAGCGTGAACGTCTCCTGCTCCTCCTACGTTGGAGATCAGAACAAGGTTGAAGTAA
GAGTGTCCGTTGATCGTAAACCTTATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAA
GAGACAGGGACAATGCCGGCACGGTACTGAGCGATTTGAAGAAAAGCTGGCTCGGCTAGG
TCGAAGTGTTGAAGAGGAGGGTTGCACCATCCTCCGTTATCGTTCGAGAGGCCAAAGTTC
GGTGGACAAAAGTTTGTAGCCGTGACGGTGATAGTGGAACCGACACACCATCTCGGGTCA
TCGTTGCACTTCATCTCGTAGCACGCGCCGCACGTGAGTCCGTTGTTGAACAGTGCCGTA
CTTAAAGCCGCTGTGTTCGTCCCGTAACCTTGGCTATACAGATTTCCATAGCCAAAAGCT
CCACCCATGGTGCCGGAAGCGTCACCGCCACCGTAGAACGTGGCATGGCCACCTTGCCAA
CCTCCGTCGTCCCCATGAGTTCCTTGGAGAGAGAACAATAAGCTGAATATGGATAATATT
GAAATTATAGAATATCTGGAAGTTGTCGTAATATACATTTTGTTTTATTTGGAGGGGTTG
GTTAGTCGGTTATGA

QA 4 618 4 618
DS 

RD RR1GR90TF 593 0 0
TGTCCGTTGATTGTAAACTTTATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAAGAG
ACAGGGACAATGCCGGCACGGTACTGAGCGATTTGGAGAAAAGCTGGCTCGGCTAGGTCG
AAGTGTTGAAGAGGAGGGTTGCACCATCCTCCGTTATCGTTCGAGAGGCCAAAGTTCGGT
GGACAAAAGTTTGTAGCCGTGACGGTGATAGTGGAACCGACACACCATCTCGGGTCATCG
TTGCACTTCATCTCGTAGCACGCGCCGCACGTGAGTCCGTTGTTGAACAGTGCCGTACTT
AAAGCCGCTGTGTTCGTCCCGTAACCTTGGCTATACAGATTTCCATAGCCACAAGCTCCA
CCCATGGTGCCGGAAGCGTCACCGCCACCGTAGAACGTGGCATGGCCACCTTGCCAACCT
CCGTCGTCCCCATGAGTTCCTTGGAGAGAGAACAATAAGCTGAATATGGATAATATTGAA
ATTATAGAATATCTGGAAGTTGATGTAATATACATTTTGTTTTATTTGGAGGGGTTGGTT
AGTCGGTTATGACAATCAGAAATGATTTGATAAGAATTGTGAGACTGA
CATCC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1B923TF 684 0 0
ATCCCTCCTTTCTTCATACACGGTACTCTTCGGAAAGAGACAGGGACAATGCCGGCACGG
TACTGAGCGACTTGGAGAAAAGCTGGCTCGGCTAGGTCGAAGTGTTGAAGAGGAGGGTTG
CACCATCCTCCGTTATCGTTCGAGAGGCCAAAGTTCGGTGGACAAAAGTTTGTAGCCGTG
ACGGTGATAGTGGAACCGACACACCATCTCGGGTCATCGTTGCACTTCATCTCGTAGCAC
GCGCCGCACGTGAGTCCGTTGTTGGACAGTGCCGTACTTAAAGCCGCTGTGTTCGTCCCG
TAACCTTGGCTATACAGATTTCCATAGCCACAAGCTCCACCCATGGTGCCGGAAGCGTCA
CCGCCACCGTAGAACGTGGCATGGCCACCTTGCCAACCTCCGTCGTCCCCATGAGTTCCT
TGGAGAGAGAACAATAAGCTGAATATGGATAATATTGAAATTATAGAATATCTGGAAGTT
GTTGTAATATACATTTTGTTTTATTTGGAGGGGTTGGTTAGTCGGTTATGACAATCAGAA
ATGATTTGATAAGAATTGTGAGACTGATATGGAATCAAGTGTGGGGGAATTGAGTTTATA
TAGGGAGTTTTTTTAGTTTGTAATAGTGGTAAGAGATAAAAAAAAAATTAAAGGTTTACT
TATTAAATATATTACTAGTTTCCC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 10

CO CL468Contig1 1581 10 12 U
GGGATCCTTAAGTCTTCTTAATAGCCTCCTCTCTCTCTAGTTCTCTCTATATCCGAAAAA
GAGTATCGCTTATAGAACGATATGCGGAATAACGAAACGTCAGCGAGTGAGATTGCTGCG
GCGAAGCAGAAGAAAGTCGACGATTGGTTACCGATCACATCCTCAAGAAACGCCAAGTGG
TGGTACTCTGCATTTCACAATGTCACTGCCATGGTTGGTGCTGGTGTTCTAAGCTTGCCC
TACGCCATGTCCAATCTCGGATGGGGACCTGGCGTGACGTTGATGATAATGTCATGGCTC
ATAACTTTGTACACACTGTGGCAAATGGTGGAGATGCACGAGATGGTACCTGGGAAGAGG
TTTGATAGATATCACGAGCTAGGCCAAGAAGCTTTTGGCGAAAAGCTTGGCCTTTGGATC
ATTGTGCCTCAACAACTAATCGTGGAGGTCGGTGTAGACATTGTTTATATGGTTACCGGA
GGTCAATCTCTCAAGAAAGTCCATGAACTCCTCTGCTCTGATTGCAAAGACATCAAAACT
ACGTATTGGATCATGATCTTTGCTTCTATCCACTTCGTTATCTCTCACCTACCAAACTTT
AACTCCATCTCCGTCATCTCACTCGCAGCTGCCGTTATGTCCCTATCTTACTCAACTATT
GCATGGACTGCATCAGTGCACAAAGGAGTTCGTCCAGATGTAGACTACTCGCCTAGAGCC
TCGACA*CGCCTGGAAATGTATTCAACTTCTTGAACGCGTTGGGAGATGTGGCTTTTGCA
TACGCAGGTCACAACGTTGTGTTGGAGATTCAAGCCACGATTCCTTCGACACCGGAGATA
CCATCCAAGGCTCCAATGTGGAGAGGAGTCCTTGTAGCCTACATCATAGTCGCCATTTGC
TACTTCCCTGTAGCGTTCCTCGGCTATTGGATCTTTGGAAACAGCGTTGACGACAACGTT
CTAATGACTTTGGAGAAGCCTGTATGGCTTATTGCAATAGCTAACTCGTTTGTGGTGGTC
CATGTCATTGGAAGCTATCAGATCTTTGCAATGCCAGTGTTTGACATGCTTGAAACCGTT
TTGGTCAAGAAGATGAATTTCAATCCTTCCTTCAAACTTCGCTTCATCACTCGTAGTCTT
TATGTTGCTTTCACTATGTTCATCGCGATATGTATCCCGTTCTTTGGTGGACTACTCGGC
TTCTTTGGAGGATTTGCATTCGCCCCAACAACTTACTACCTTCCATGCATTATTTGGCTC
ATTCTCAAGAAACCTAAGAAGTTCAGTCTATCCTGGATAAGTAACTGGTTCTGCATTATA
GTAGGAGTTATTTTGACGGTCATAGCACCCATTGGTGGCCTCAGAACCATCATTGTCAAC
GCAAGCACCTACAAGTTCTTCTCTTAGATTTTTTCTTCTTGTACCACAAAAAAAAA*GTA
AAGTAGATATAAGAAAATAAGCCACGGCCAGTCTCGTTTTCTATTACTGTCCATTTTGTT
ACTTTTAAGATTTTAGTATAGTTTAAGACTCGTAAGTTATGTATCTGCTGCTTTTATATG
AAAAACTCCATATTCTAGTAC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1ET10TF U 1
AF RR1E221TF U 1
AF RR1EH49TF U 2
AF RR1EB65TF U 1
AF RR1A475TF U 83
AF RR1EH49JQ C 749
AF RR1A475JQ C 742
AF RR1ET10JQ C 884
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AF RR1EB65JQ C 940
BS 1 624 RR1E221TF
BS 625 625 RR1ET10TF
BS 626 754 RR1E221TF
BS 755 755 RR1A475TF
BS 756 776 RR1E221TF
BS 777 787 RR1A475TF
BS 788 788 RR1A475JQ
BS 789 849 RR1A475TF
BS 850 850 RR1A475JQ
BS 851 901 RR1A475TF
BS 902 1578 RR1A475JQ
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RD RR1ET10TF 685 0 0
G
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CGAAGCAGAAGAAAGTCGACGATTGGTTACCGATCACATCCTCAAGAAACGCCAAGTGGT
GGTACTCTGCATTTCACAATGTCACTGCCATGGTTGGTGCTGGTGTTCTAAGCTTGCCCT
ACGCCATGTCCAATCTCGGATGGGGACCTGGCGTGACGTTGATGATAATGTCATGGCTCA
TAACTTTGTACACACTGTGGCAAATGGTGGAGATGCACGAGATGGTACCTGGGAAGAGGT
TTGATAGATATCACGAGCTAGGCCAAGAAGCTTTTGGCGAAAAGCTTGGCCTTTGGATCA
TTGTGCCTCAACAACTAATCGTGGAGGTCGGTGTAGACATTGTTTATATGGTTACCGGAG
GTCAATCTCTCAAGAAAGTCCATGAACTCCTCTGCTCTGATTGCAAAGACATCAAAACTA
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QA 2 685 2 685
DS 

RD RR1E221TF 783 0 0
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GAGTATCGCTTATAGAACGATATGCGGAATAACGAAACGTCAGCGAGTGAGATTGCTGCG
GCGAAGCAGAAGAAAGTCGACGATTGGTTACCGATCACATCCTCAAGAAACGCCAAGTGG
TGGTACTCTGCATTTCACAATGTCACTGCCATGGTTGGTGCTGGTGTTCTAAGCTTGCCC
TACGCCATGTCCAATCTCGGATGGGGACCTGGCGTGACGTTGATGATAATGTCATGGCTC
ATAACTTTGTACACACTGTGGCAAATGGTGGAGATGCACGAGATGGTACCTGGGAAGAGG
TTTGATAGATATCACGAGCTAGGCCAAGAAGCTTTTGGCGAAAAGCTTGGCCTTTGGATC
ATTGTGCCTCAACAACTAATCGTGGAGGTCGGTGTAGACATTGTTTATATGGTTACCGGA
GGTCAATCTCTCAAGAAAGTCCATGAACTCCTCTGCTCTGATTGCAAAGACATCAAAACT
ACGTATTGGATCATGATCTTTGCTTCTATCCACTTCGTTATCTCTCACCTACCAAACTTT
AACTCCATCTCCGTCATCTCACTCTCAGCTGCCGTTATGTCCCTATCTTACTCAACTATT
GCATGGACTGCATCAGTGCACAAAGGAGTTCGTCCAGATGTAGACTACTCGCCTAGAGCC
TCGACA*CGCCTGGAAATGTATTCAACTTCTTGA*CGCGTTGGGAGATGTGGCTTT
TGCATAC

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DS 

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AGTATCGCTTATAGAACGATATGCGGAATAACGAAACGTCAGCGAGTGAGATTGCTGCGG
CGAAGCAGAAGAAAGTCGACGATTGGTTACCGATCACATCCTCAAGAAACGCCAAGTGGT
GGTACTCTGCATTTCACAATGTCACTGCCATGGTTGGTGCTGGTGTTCTAAGCTTGCCCT
ACGCCATGTCCAATCTCGGATGGGGACCTGGCGTGACGTTGATGATAATGTCATGGCTCA
TAACTTTGTACACACTGTGGCAAATGGTGGAGATGCACGAGATGGTACCTGGGAAGAGGT
TTGATAGATATCACGAGCTAGGCCAAGAAGCTTTTGGCGAAAAGCTTGGCCTTTGGATCA
TTGTGCCTCAACAACTAATCGTGGAGGTCGGTGTAGACACTGTTTATATGGTTACCGGAG
GTCAATCTCTCAAGAAAGTCCATGAACTCCTCTGCTCTGATTGCAAAGACATCAAAACTA
CGTATTGGATCATGATCTTTGCTTCTATCCACTTCGTTATCTCTCACCTACCAAACTTTA
ACTCCATCTCCGTCATCTCACTCGCAGCTGCCGTTATGTCCCTATCTTACTCAACTATTG
CATGGACTGCATCAGTGCACAAAGGAGTTCGTCCAGATGTAGACTACTCGCCTAGAGCCT
CGACA
ACGCC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1EB65TF 776 0 0
G
GGATCCTTAAGTCTTCTTAATAGCCTCCTCTCTCTCTAGTTCTCTCTATATCCGAAAAAG
AGTATCGCTTATAGAACGATATGCGGAATAACGAAACGTCAGCGAGTGAGATTGCTGCGG
CGAAGCAGAAGAAAGTCGACGATTGGTTACCGATCACATCCTCAAGAAACGCCAAGTGGT
GGTACTCTGCATTTCACAATGTCACTGCCATGGTTGGTGCTGGTGTTCTAAGCTTGCCCT
ACGCCATGTCCAATCTCGGATGGGGACCTGGCGTGACGTTGATGATAATGTCATGGCTCA
TAACTTTGTACACACTGTGGCAAATGGTGGAGATGCACGAGATGGTACCTGGGAAGAGGT
TTGATAGATATCACGAGCTAGGCCAAGAAGCTTTTGGCGAAAAGCTTGGCCTTTGGATCA
TTGTGCCTCAACAACTAATCGTGGAGGTCGGTGTAGACATTGTTTATATGGTTACCGGAG
GTCAATCTCTCAAGAAAGTCCATGAACTCCTCTGCTCTGATTGCAAAGACATCAAAACTA
CGTATTGGATCATGATCTTTGCTTCTATCCACTTCGTTATCTCTCACCTACCAAACTTTA
ACTCCATCTCCGTCATCTCACTCTCAGCTGCCGTTATGTCCCTATCTTACTCAACTATTG
CATGGACTGCATCAGTGCACAAAGGAGTTCGTCCAGATGTAGACTACTCGCCTAGAGCCT
CGACA*CGCCTGGAAATGTATTCAACTTCTTGA*CGCGTTGGGAGATGTGGCTTT

QA 2 776 2 776
DS 

RD RR1A475TF 819 0 0
G
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TTGGTTACCGATCACATCCTCATGAAACGCCAAGTGGTGGTACTCTGCATTTCACAATGT
CACTGCCATGGTTGGTGCTGGTGTTCTAAGCTTGCCCTACGCCATGTCCAATCTCGGATG
GGGACCTGGCGTGACGTTGATGATAATGTCATGGCTCATAACTTTGTACACACTGTGGCA
AATGGTGGAGATGCACGAGATGGTACCTGGGAAGAGGTTTGATAGATATCACGAGCTAGG
CCAAGAAGCTTTTGGCGAAAAGCTTGGCCTTTGGATCATTGTGCCTCAACAACTAATCGT
GGAGGTCGGTGTAGACATTGTTTATATGGTTACCGGAGGTCAATCTCTCAAGAAAGTCCA
TGAACTCCTCTGCTCTGATTGCAAAGACATCAAAACTACGTATTGGATCATGATCTTTGC
TTCTATCCACTTCGTTATCTCTCACCTACCAAACTTTAACTCCATCTCCGTCATCTCACT
CGCAGCTGCCGTTATGTCCCTATCTTACTCAACTATTGCATGGACTGCATCAGTGCACAA
AGGAGTTCGTCCAGATGTAGACTACTCGCCTAGAGCCTCGACAACGCCTGGAAATGTATT
CAACTTCTTGAACGCGTTGGGAGATATGGCTTTTGCATACGCAG*TCACAACGTTGTGTT
GGAGATTCAAGCCACGATTCCTTCGACACCGGAGATACCATCCAAG*CTCCAATGTGGAG
AGGAGTCCTTGTAGCCTACATCATAGTCGCCATTTGCT

QA 2 819 2 819
DS 

RD RR1EH49JQ 677 0 0
TCTTGAACGCGTTGGGAGATGTGGCTTTTGCATACGCAGGTCACAACGTTGTGTTGGAGA
TTCAAGCCACGATTCCTTCGACACCGGAGATACCATCCAAGGCTCCAATGTGGAGAGGAG
TCCTTGTAGCCTACATCATAGTCGCCATTTGCTACTTCCCTGTAGCGTTCCTCGGCTATT
GGATCTTTGGAAACAGCGTTGACGACAACGTTCTAATGACTTTGGAGAAGCCTGTATGGC
TTATTGCAATAGCTAACTCGTTTGTGGTGGTCCATGTCATTGGAAGCTATCAGATCTTTG
CAATGCCAGTGTTTGACATGCTTGAAACCGTTTTGGTCAAGAAGATGAATTTCAATCCTT
CCTTCAAACTTCGCTTCATCACTCGTAGTCTTTATGTTGCTTTCACTATGTTCATCGCGA
TATGTATCCCGTTCTTTGGTGGACTACTCGGCTTCTTTGGAGGATTTGCATTCGCCCCAA
CAACTTACTACCTTCCATGCATTATTTGGCTCATTCTCAAGAAACCTAAGAAGTTCAGTC
TATCCTGGATAAGTAACTGGTTCTGCATTATAGTAGGAGTTATTTTGACGGTCATAGCAC
CCATTGGTGGCCTCAGAACCATCATTGTCAACGCAAGCACCTACAAGTTCTTCTCTTAGA
TTTTTTCTTCTTGTACC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1A475JQ 839 0 0
TTCAACT
TCTTGAACGCGTTGGGAGATATGGCTTTTGCATACGCAGGTCACAACGTTGTGTTGGAGA
TTCAAGCCACGATTCCTTCGACACCGGAGATACCATCCAAGGCTCCAATGTGGAGAGGAG
TCCTTGTAGCCTACATCATAGTCGCCATTTGCTACTTCCCTGTAGCGTTCCTCGGCTATT
GGATCTTTGGAAACAGCGTTGACGACAACGTTCTAATGACTTTGGAGAAGCCTGTATGGC
TTATTGCAATAGCTAACTCGTTTGTGGTGGTCCATGTCATTGGAAGCTATCAGATCTTTG
CAATGCCAGTGTTTGACATGCTTGAAACCGTTTTGGTCAAGAAGATGAATTTCAATCCTT
CCTTCAAACTTCGCTTCATCACTCGTAGTCTTTATGTTGCTTTCACTATGTTCATCGCGA
TATGTATCCCGTTCTTTGGTGGACTACTCGGCTTCTTTGGAGGATTTGCATTCGCCCCAA
CAACTTACTACCTTCCATGCATTATTTGGCTCATTCTCAAGAAACCTAAGAAGTTCAGTC
TATCCTGGATAAGTAACTGGTTCTGCATTATAGTAGGAGTTATTTTGACGGTCATAGCAC
CCATTGGTGGCCTCAGAACCATCATTGTCAACGCAAGCACCTACAAGTTCTTCTCTTAGA
TTTTTTCTTCTTGTACCACAAAAAAAAA*GTAAAGTAGATATAAGAAAATAAGCCACGGC
CAGTCTCGTTTTCTATTACTGTCCATTTTGTTACTTTTAAGATTTTAGTATAGTTTAAGA
CTCGTAAGTTATGTATCTGCTGCTTTTATATGAAAAACTCCATATTCTAG
TT

QA 8 837 8 837
DS 

RD RR1ET10JQ 697 0 0
TCA
TAGTCGCCATTTGCTACTTCCCTGTAGCGTTCCTCGGCTATTGGATCTTTGGAAACAGCG
TTGACGACAACGTTCTAATGACTTTGGAGAAGCCTGTATGGCTTATTGCAATAGCTAACT
CGTTTGTGGTGGTCCATGTCATTGGAAGCTATCAGATCTTTGCAATGCCAGTGTTTGACA
TGCTTGAAACCGTTTTGGTCAAGAAGATGAATTTCAATCCTTCCTTCAAACTTCGCTTCA
TCACTCGTAGTCTTTATGTTGCTTTCACTATGTTCATCGCGATATGTATCCCGTTCTTTG
GTGGACTACTCGGCTTCTTTGGAGGATTTGCATTCGCCCCAACAACTTACTACCTTCCAT
GCATTATTTGGCTCATTCTCAAGAAACCTAAGAAGTTCAGTCTATCCTGGATAAGTAACT
GGTTCTGCATTATAGTAGGAGTTATTTTGACGGTCATAGCACCCATTGGTGGCCTCAGAA
CCATCATTGTCAACGCAAGCACCTACAAGTTCTTTTCTTAGATTTTTTCTTCTTGTACCA
CAAAAAAAAAAGTAAAGTAGATATAAGAAAATAAGCCACGGCCAGTCTCGTTTTCTATTA
CTGTCCATTTTGTTACTTTTAAGATTTTAGTATAGTTTAAGACTCGTAAGTTATGTATCT
GCTGCTTTTATATGAAAAACTCCATATTCTAG
CT

QA 4 695 4 695
DS 

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CGTTTGTGGTGGTCCATGTCATTGGAAGCTATCAGATCTTTGCAATGCCAGTGTTTGACA
TGCTTGAAACCGTTTTGGTCAAGAAGATGAATTTCAATCCTTCCTTCAAACTTCGCTTCA
TCACTCGTAGTCTTTATGTTGCTTTCACTATGTTCATCGCGATATGTATCCCGTTCTTTG
GTGGACTACTCGGCTTCTTTGGAGGATTTGCATTCGCCCCAACAACTTACTACCTTCCAT
GCATTATTTGGCTCATTCTCAAGAAACCTAAGAAGTTCAGTCTATCCTGGATAAGTAACT
GGTTCTGCATTATAGTAGGAGTTATTTTGACGGTCATAGCACCCCTTGGTGGCCTCAGAA
CTATCATTGTCAACGCAAGCACCTACAAGTTCTTCTCTTAGATTTTTTCTTCTTGTACCA
CAAAAAAAAA*GTAAAGTAGATATAAGAAAATAAGCCACGGCCAGTCTCGTTTTCTATTA
CTGTCCATTTTGTTACTTTTAAGATTTTAGTATAGTTTAAGACTCGTAAGTTATGTATCT
GCTGCTTTTATATGAAAAACTCCATATTCTAGTAC

QA 1 695 1 695
DS 

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TTTGACATGCTTGAAACCGTTTTGGTCAAGAAGATGAATTTCAATCCTTCCTTCAAACTT
CGCTTCATCACTCGTAGTCTTTATGTTGCTTTCACTATGTTCATCGCGATATGTATCCCG
TTCTTTGGTGGACTACTCGGCTTCTTTGGAGGATTTGCATTCGCCCCAACAACTTACTAC
CTTCCATGCATTATTTGGCTCATTCTCAAGAAACCTAAGAAGTTCAGTCTATCCTGGATA
AGTAACTGGTTCTGCATTATAGTAGGAGTTATTTTGACGGTCATAGCACCCCTTGGTGGC
CTCAGAACTATCATTGTCAACGCAAGCACCTACAAGTTCTTTTCTTAGATTTTTTCTTCT
TGTACCACAAAAAAAAA*GTAAAGTAGATATAAGAAAATAAGCCACGGCCAGTCTCGTTT
TCTATTACTGTCCATTTTGTTACTTTTAAGATTTTAGTATAGTTTAAGACTCGTAAGTTA
TGTATCTGCTGCTTTTATATGAAAAACTCCATATTCTAG
TAC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 10

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CTTCTATAGTCTTAAAAATAAAATACAAGTATTCGACGTGTAATTTGAAACTTGATAAAA
AAGCACACATTGTATCTATCTATACTTTAGTCTCACCGAGCTCAACATCTTTCAAATCGA
TATGCTCTATTCCTTCCTTGAGTGGCTTAACCTCATCTTCTGTCGTACTGTTTTTCCCTT
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TTCCGACAACAGCTACGACCATGCCGGAGATGTTCTTGAATGTCATCTCCGAATCAAAGA
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TTGCAGAGAATCTTCCTATGCAGAGGTATTGGCTTATGTTACAGAAAACGGCTAATGCGC
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CTGTTTTGCTCAGCAACTCAAAAGACCCTACTGAGTACTTCTTCTGCAGAGAGCCTATTG
AAATCTGCTGAAGGGAAGTGGAGAAGACGGCAGTACAAGCACAGATGAAACCTTTGGCAT
TAACTTTGACATCGGTGACAGTACAGATGCCAACACCGACAACCACAACCATAACAGACG
CTTTCACTTCTCTAGAGTAATGCTTGCTGTGTAGTATCCATTCCATCACGCATACAACCG
GAATCATACTCAATTTCGATATCTGGTAGAAGCCGACAGAGTTGAGCATGAGGCTGAAGT
TCATAGCAGCGATGGAGACGTTAGCTACAATAGAGAACCAAAGAAGCTCCCAAAGAGGAA
TGTGCTTCGACGCAGAGAGCCCCGTAGCGTTTGACACCATACCAACAAGCGCCGTTAGCG
CGAAGTGGAATCCCGTTAGTGTTGTCGCGAAGCTGAATCCGAAGCCAGAGGAAGACATGA
GCTGTTTATTAGCCATGATGATCCCCACGGAGCTGACGATGTTCATACCCCATGCTCCCA
CGTCGGAGACAGACGACTGCTTCTTCTCGCTCTCCATTTTGGGGATCAGATCTCGGTTTT
GGCTATCACAAGCTTTCCACCATTGATGATGCTTCGCTTCCTTGCGCTTTGAGATTTCGA
AATTTGTATATATAATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 15 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH13JQ U 43
AF RR1E418JQ U 1
AF RR1BO10JQ U 84
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BS 1097 1175 RR1AC43TF
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BS 1231 1243 RR1EH13TF
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RD RR1EH13JQ 664 0 0
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TCGTACTGTTTTTCCCTTGAGAAGCTGACTTTGCGTTTCTCTGTTTCTCTAGATCAACCG
CCCAACTATAGATCACCATTCCGACAACAGCTACGACCATGCCGGAGATGTTCTTGAATG
TCATCTCCGAATCAAAGAGAAGCCATCCAAGCGTAAGGACGCAAACTGTTTTCATGTGGC
CTAGAACTTGAAATGATGTTGCAGAGAATCTTCCTATGCAGAGGTATTGGCTTATGTTAC
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AAAGTGCTTGGATCGGAGCTGTTTTGCTCAGCAACTCAAAAGACCCTACTGAGTACTTCT
TCTGCAGAGAGCCTATTGAAATCTGCTGAAGGGAAGTGGAGAAGACGGCAGTACAAGCAC
AGAT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1E418JQ 816 0 0
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AAGCACACATTGTATCTATCTATACTTTAGTCTCACCGAGCTCAACATCTTTCAAATCGA
TATGCTCTATTCCTTCCTTGAGTGGCTTAACCTCATCTTCTGTCGTACTGTTTTTCCCTT
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TTCCGACAACAGCTACGACCATGCCGGAGATGTTCTTGAATGTCATCTCCGAATCAAAGA
GAAGCCATCCAAGCGTAAGGACGCAAACTGTTTTCATGTGGCCTAAAACTTGAAATGATG
TTGCAGAGAATCTTCCTATGCAGAGGTATTGGCTTATGTTACAGAAAACGGCTAATGCGC
AGGAGAGAAGAATACAGAAAATGGCACCATAAGTCATCTGATAAGTAGTTATGAACTTGC
CGCTCAAGAAATAGTCAACAAAGGGGCCAAAGATGAGGAGTGAAAGTGCTTGGATCGGAG
CTGTTTTGCTCAGCAACTCAAAAGACCCTACTGAGTACTTCTTCTGCAGAGAGCCTATTG
AAATCTGCTGAAGGGAAGTGGAGAAGACGGCAGTACAAGCACAGATGAAACCTTTGGCAT
TAACTTTGACATCGGTGACAGTACAGATGCCAACACCGACAACCACAACCATAACAGACG
CTTTCACTTCTCTAGAGTA*TGCTTGCTGTGTAGTA

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1BO10JQ 715 0 0
TACA
AGTATTCGACGTGTAATTTGAAACTTGATAAAAAAGCACACATTGTATCTATCTATACTT
TAGTCTCACCGAGCTCAACATCTTTCAAATCGATATGCTCTATTCCTTCCTTGAGTGGCT
TAACCTCATCTTCTGTCGTACTGTTTTTCCCTTGAGAAGCTGACTTTGCGTTTCTCTGTT
TCTCTAGATCAACCGCCCAACTATAGATCACCATTCCGACAACAGCTACGACCATGCCGG
AGATGTTTTTGAATGTCATCTCCGAATCAAAGAGAAGCCATCCAAGCGTAAGGACGCAAA
CTGTTTTCATGTGGCCTAGAACTTGGAATGATGTTGCAGAGAATCTTCCTATGCAGAGGT
ATTGGCTTATGTTACAGAAAACGGCTAATGCGCAGGAGAGAAGAATACAGAAAATGGCAC
CATAAGTCATCTGATAAGTAGTTATGAACTTGCCGCTCAAGAAATAGTCAACAAAGGGGC
CAAAGATGAGAAGTGAAAGTGCTTGGATCGGAGCTGTTTTGCTCAGCAACTCAAAAGACC
CTACTGAGTACTTCTTCTGCAGAGAGCCTATTGAAATCTGCTGAAGGGAAGTGGAGAAGA
CGGCAGTACAAGCACAGATGAAACCTTTGGCATTAACTTTGACATCGGTGACAGTACAGA
TGCCAACACCGACAACCACAACCATAACAGACGCTTTCACTTCTCTAGAGT

QA 5 715 5 715
DS 

RD RR1AC43JQ 783 0 0
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ATTTGAAACTTGATAAAAAGGCACACATTGTATCTATCTATACTTTAGTCTCACCGAGCT
CAACATCTTTCAAATCGATATGCTCTATTCCTTCCTTGAGTGGCTTAACCTCATCTTCTG
TCGTACTGTTTTTCCCTTGAGAAGCTGACTTTGCGTTTCTCTGTTTCTCTAGATCAACCG
CCCAACTATAGATCACCATTCCGACAACAGCTACGACCATGCCGGAGATGTTCCTGAATG
TCATCTCCGAATCAAAGAGAAGCCGTCCAAGCGTAAGGACGCAAACTGTTTTCATGTGGC
CTAAAACTTGAAATGATGTTGCAGAGAATCTTCCTATGCAGAGGTATTGGCTTATGTTAC
AGAAAACGGCTAATGCGCAGGAGAGAAGAATACAGAAAATGGCACCATAAGTCATCTGAT
AAGTAGTTATGAACTTGCCGCTCAAGAAATAGTCAACAAAGGGGCCAAAGATGAGGAGTG
AAAGTGCTTGGATCGGAGCTGTTTTGCTCAGCAACTCAAAAGACCCTACTGAGTACTTCT
TCTGCAGAGAGCCTATTGAAATCTGCTGAAGGGAAGTGGAGAAGACGGCAGTACAAGCAC
AGATGAAACCTTTGGCATTAACTTTGACATCGGTGACAGTACAGATGCCAACACCGACAA
CCACAACCATAACAGACGCTTTCACTTCTCTAGAGTAATGCTTGCTGTGTAGTATCCATT
CCA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1EJ92JQ 815 0 0
CGACGTGTAATTTGAAACTTGATAAAAAAGCACACATTGTATCTATCTATACTTTAGTCT
CACCGAGCTCAACATCTTTCAAATCGATATGCTCTATTCCTTCCTTGAGTGGCTTAACCT
CGTCTTCTGTCGTACTGTTTTTCCCTTGAGAAGCTGACTTTGCGTTTCTCTGTTTCTCTA
GATCAACCGCCCAACTATAGATCACCATTCCGACAACAGCTACGACCATGCCGGAGATGT
TCTTGAATGTCATCTCCGAATCAAAGAGAAGCCATCCAAGCGTAAGGACGCAAACTGTTT
TCATGTGGCCTAGAGCTTGAAATGATGTTGCAGAGAATCTTCCTATGCAGAGGTATTGGC
TTATGTTACAGAAAACGGCTAATGCGCAGGAGAGAAGAATACAGAAAATGGCACCATAAG
TCATCTGATAAGTAGTTATGAACTTGCCGCTCAAGAAATAGTCAACAAAGGGGCCAAAGA
TGAGGAGTGAAAGTGCTTGGATCGGAGCTGTTTTGCTCAGCAACTCAAAAGACCCTACTG
AGTACTTCTTCCGCAGAGAGCCTATTGAAATCTGCTGAAGGGAAGTGGAGAAGACGGCAG
TACAAGCACAGA***AACCTTTGGCATTAACTTTGACATCGGTGACAGTACAGATGCCAA
CACCGACAACCACAACCATAACAGACGCCTTCACTTCTCTAGAGTAATGCTTGCTGTGTA
GTATCCACTCCATCACGCATACAACCGGAATCATACTCAATTTCGATATCTGGTAGAAGC
CGACAGAGTTGAGCATGAGGCTGAAGTTCATAGCA

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1AC43TF 807 0 0
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ATCTTCCTATGCAGAGGTATTGGCTTATGTTACAGAAAACGGCTAATGCGCAGGAGAGAA
GAATACAGAAAATGGCACCATAAGTCATCTGATAAGTAGTTATGAACTTGCCGCTCAAGA
AATAGTCAACAAAGGGGCCAAAGATGAGGAGTGAAAGTGCTTGGATCGGAGCTGTTTTGC
TCAGCAACTCAAAAGACCCTACTGAGTACTTCTTCTGCAGAGAGCCTATTGAAATCTGCT
GAAGGGAAGTGGAGAAGACGGCAGTACAAGCACAGATGAAACCTTTGGCATTAACTTTGA
CATCGGTGACAGTACAGATGCCAACACCGACAACCACAACCATAACAGACGCTTTCACTT
CTCTAGAGTAATGCTTGCTGTGTAGTATCCATTCCATCACGCATACAACCGGAATCATAC
TCAATTTCGATATCTGGTAGAAGCCGACAGAGTTGAGCATGAGGCTGAAGTTCATAGCAG
CGATGGAGACGTTAGCTACAATAGAGAACCAAAGAAGCTCCCAAAGAGGAATGTGCTTCG
ACGCAGAGAGCCCCGTAGCGTTTGACACCATACCAACAAGCGCCGTTAGCGCGAAGTGGA
ATCCCGTTAGTGTTGTCGCGAAGCTGAATCCGAAGCCAGAGGAAGACATGAGCTGTTTAT
TAGCCACGATGATCCCCACGGAGCTGACGATGTTCATACCCCATGCTCCCACGTCGGAGA
CAGACGACTGCTTCTTCTCGCTCTCC
C

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1EJ92TF 796 0 0
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CAGAAAATGGCACCATAAGTCATCTGATAAGTAGTTATGAACTTGCCGCTCAAGAAATAG
TCAACAAAGAGGCCAAAGATGAGGAGTGAAAGTGCTTGGATCGGAGCTGTTTTGCTCAGC
AACTCAAAAGACCCTACTGAGTACTTCTTCCGCAGAGAGCCTATTGAAATCTGCTGAAGG
GAAGTGGAGAAGACGGCAGTACAAGCACAGA***AACCTTTGGCATTAACTTTGACATCG
GTGACAGTACAGATGCCAACACCGACAACCACAACCATAACAGACGCCTTCACTTCTCTA
GAGTAATGCTTGCTGTGTAGTATCCACTCCATCACGCATACAACCGGAATCATACTCAAT
TTCGATATCTGGTAGAAGCCGACAGAGTTGAGCATGAGGCTGAAGTTCATAGCAGCGATG
GAGACGTTAGCTACAATAGAGAACCAAAGAAGCTCCCAAAGAGGAATGTGCTTC*ACGCA
GAGAGCCCCGTAGCGTTTGACACCATACCAACAAGCGCCGTTAGCGCGAAGTGGAATCCC
GTTAGTGTTGTCGTGAAGCTGAATCCGAAGCCAGAGGAAGACATGAGCTGTTTATTAGCC
ATGATGATCCCCACGGAGCTGACGATGTTCATACCCCAAGCTCCCACGTCGGTGACAGAC
GACTGCTTCTTCTCGCTCTCCATTTTGGGGATCAGATCTCGGTTTTGGCTATCACAAGCT
TTCCACCATTGATGAT

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1EH13TF 808 0 0
ATGCAGAGGTATTGGCTTATGTTACAGAAAACGGCTAATGCGCAG*AGAGAAGAATACAG
AAAATGGCACCATAAGTCATCTGATAAGTAGTTATGAACTTGCCGCTCAAGAAGTAGTCA
ACAAAGGGGCCAAAGATGAGGAGTGAAAGTGCTTGGATCGGAGCTGTTTTGCTCAGCAAC
TCAAAAGACCCTACTGAGTACTTCTTCTGCAGAGAGCCTATTGAAATCTGCTGAAGGGAA
GTGGAGAAGACGGCAGTACAAGCACAGATGAAACCTTTGGCATTAACTTTGACATCGGTG
ACAGTACAGATGCCAACACCGACAACCACAACCATAACAGACGCTTTCACTTCTCTAGAG
TAATGCTTGCTGTGTAGTATCCATTCCATCACGCATACAACCGGAATCATACTCAATTTC
GATATCTGGTAGAAGCCGACAGAGTTGAGCATGAGGCTGAAGTTCATAGCAGCGATGGAG
ACGTTAGCTACAATAGAGAACCAAAGAAGCTCCCAAAGAGGAATGTGCTTCGACGCAGAG
AGCCCCGTAGCGTTTGACACCGTACCAACAAGCGCCGTTAGCGCGAAGTGGAATCCCGTT
AGTGTTGTCGCGAAGCTGAATCCGAAGCCAGAGGAAGACATGAGCTGTTTATTAGCCATG
ATGATCCCCACGGAGCTGACGATGTTCATACCCCATGCTCCCACGTCGGAGACAGACGAC
TGCTTCTTCTCGCTCTCCATTTTGGGGATCAGATCTCGGTTTTGGCTATCACAAGCTTTC
CACCATTGATGATGCTTCGCTTCCTT
CC

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1E418TF 742 0 0
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AAAGATGAGGAGTGAAAGTGCTTGGATCGGAGCTGTTTTGCTCAGCAACTCAAAAGACCC
TACTGAGTACTTCTTCTGCAGAGAGCCTATTGAAATCTGCTGAAGGGAAGTGGAGAAGAC
GGCAGTACAAGCACAGATGAAACCTTTGGCATTAACTTTGACATCGGTGACAGTACAGAT
GCCAACACCGACAACCACAACCATAACAGACGCTTTCACTTCTCTAGAGTAATGCTTGCT
GTGTAGTATCCATTCCATCACGCATACAACCGGAATCATACTCAATTTCGATATCTGGTA
GAAGCCGACAGAGTTGAGCATGAGGCTGAAGTTCATAGCAGCGATGGAGACGTTAGCTAC
AATAGAGAACCAAAGAAGCTCCCAAAGAGGAATGTGCTTCGACGCAGAGAGCCCCGTAGC
GTTTGACACCATACCAACAAGCGCCGTTAGCGCGAAGTGGAATCCCGTTAGTGTTGTCGC
GAAGCTGAATCCGAAGCCAGAGGAAGACATGAGCTGTTTATTAGCCATGATGATCCCCAC
GGAGCTGACGATGTTCATACCCCATGCTCCCACGTCGGAGACAGACGACTGCTTCTTCTC
GCTCTCCATTTTGGGGATCAGATCTCGGTTTTGGCTATCACAAGCTTTCCACCATTGATG
ATGCTTCGCTTCCTT
GCGCTCC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1BO10TF 714 0 0
CCAAAGATGAGAAGTGAAAGTGCTTGGATCGGAGCTGTTTTGCTCAGCAACTCAAAAGAC
CCTACTGAGTACTTCTTCTGCAGAGAGCCTATTGAAATCTGCTGAAGGGAAGTGGAGAAG
ACGGCAGTACAAGCACAGATGAAACCTTTGGCATTAACTTTGACATCGGTGACAGTACAG
ATGCCAACACCGACAACCACAACCATAACAGACGCTTTCACTTCTCTAGAGTAATGCTTG
CTGTGTAGTATCCATTCCATCACGCATACAACCGGAATCATACTCAATTTCGATATCTGG
TAGAAGCCGACAGAGTTGAGCATGAGGTTGAAGTTCATAGCAGCGATGGAGACGTTAGCT
ACAATAGAGAACCAAAGAAGCTCCCAAAGAGGAATGTGCTTCGACGCAGAGAGCCCCGTA
GCGTTTGACACCATACCAACAAGCGCCGTTAGCGCGAAGTGGAATCCCGTTAGTGTTGTC
GCGAAGCTGAATCCGAAGCCAGAGGAAGACATGAGCTGTTTATTAGCCATGATGATCCCC
ACGGAGCTGACGATGTTCATACCCCATGCTCCCACGTCGGAGACAGACGACTGCTTCTTC
TCGCTCTCCATTTTGGGGATCAGATCTCGGTTTTGGCTATCACAAGCTTTCCACCATTGA
TGATGCTTCGCTTCCTTGCGCTTTGAGATTTCGAAATTTGTATATATAATATCC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 2 9

CO CL470Contig1 1083 2 16 U
GGGACAGCGCCGGGGAGAGAGAGAGTGAAATGACTTGGTCGGTCTTCAGATCCATAAACC
CTCAAACTCTCGACATCTCCGCCGCACTTCGCTCCTCCACTCGTAGCCCATTGTTCGCCG
CAGGTGCAGGCTGCGCAACAACACTCGCTGGTGTTTCTCTCTTCCGAATGTCTTCGAGAT
CTCCTCCGTTCGCTTCTCTCACTGTCTCAGCTTCTGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAAGTAG
TGGCTACAGAGAAAGCACCAGCTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCATCAAAGCCAACA
ATCTCGTTTTCGTCTCCGGTGTTCTTGGTCTTATGCCTGAGACTGGAAAGTTTGTTTCGG
ACGACGTTGAAGATCAGACTGAACAGGTCCTCAAGAACATGGGTGAGATACTAAAAGCTA
GTGGTGTTGATTACGCCTCCGTGGTGAAGACAACCATCATGCTTGCTGACTTAGGCGACT
TCAAGAAAGTTAACGAGATTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGATCGA
CATATCAAGTCGCAGCTTTGCCACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATGTATTGCAGCAC
TCTAGAGCACCATCAAATCTCATCCAGGAAGGGTTTAGATTCGGAAAAATGTCAGAAAAA
ATAAGAGGCTTATCATATCAACCATTAGGTTGGTTGCAAAACCCACTACCTTAATCAAGA
ATAAATGATTTTAATTTAGGACCTTCGTGTGCTGTTGACTTAATATGTATTAAGTACAAT
ATTTGATTAGAATTCCTAAATGAGCTGGTCAGAAGGTACTCCAGTTTATATGTTACAGGC
GTTAAATTAACTTGTGCAAATAATTTAGGGTTCTCAATAAAAAATTTGAAATATCAAATT
GGTTTACTAACGTTGTCTGTGATTATTATCACTGACTTTTGATCCCATCTGATATTGGCG
TTTGAAGTTTTAGGTACAATTTACAACATAGTCGTTTGTTATTTATAATATACTCCGTTT
CATATTATTTGAATATCTTACCTTGCCAAACTACTTTTTTTTAATCAAAATCACTCTGGT
GCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1BO56TF U 1
AF RR1BO56JQ C 257
BS 1 660 RR1BO56TF
BS 661 661 RR1BO56JQ
BS 662 687 RR1BO56TF
BS 688 688 RR1BO56JQ
BS 689 700 RR1BO56TF
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BS 702 731 RR1BO56TF
BS 732 733 RR1BO56JQ
BS 734 770 RR1BO56TF
BS 771 771 RR1BO56JQ
BS 772 778 RR1BO56TF
BS 779 779 RR1BO56JQ
BS 780 791 RR1BO56TF
BS 792 792 RR1BO56JQ
BS 793 811 RR1BO56TF
BS 812 1083 RR1BO56JQ

RD RR1BO56TF 811 0 0
GGGACAGCGCCGGGGAGAGAGAGAGTGAAATGACTTGGTCGGTCTTCAGATCCATAAACC
CTCAAACTCTCGACATCTCCGCCGCACTTCGCTCCTCCACTCGTAGCCCATTGTTCGCCG
CAGGTGCAGGCTGCGCAACAACACTCGCTGGTGTTTCTCTCTTCCGAATGTCTTCGAGAT
CTCCTCCGTTCGCTTCTCTCACTGTCTCAGCTTCTGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAAGTAG
TGGCTACAGAGAAAGCACCAGCTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCATCAAAGCCAACA
ATCTCGTTTTCGTCTCCGGTGTTCTTGGTCTTATGCCTGAGACTGGAAAGTTTGTTTCGG
ACGACGTTGAAGATCAGACTGAACAGGTCCTCAAGAACATGGGTGAGATACTAAAAGCTA
GTGGTGTTGATTACGCCTCCGTGGTGAAGACAACCATCATGCTTGCTGACTTAGGCGACT
TCAAGAAAGTTAACGAGATTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGATCGA
CATATCAAGTCGCAGCTTTGCCACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATGTATTGCAGCAC
TCTAGAGCACCATCAAATCTCATCCAGGAAGGGTTTAGATTCGGAAAAATGTCAGAAAAA
*TAAGAGGCTTATCATATCAACCATTATGTTGGTTGCAAA*CCCACTACCTTAATCAAGA
ATAAATGATTT**ATTTAGGACCTTCGTGTGCTGTTGACTTAATATGTAT*AAGTACA*T
ATTTGATTAGA*TTCCTAAATGAGCTGGTCA

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR1BO56JQ 827 0 0
ACCAGCTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCATCAAAGCCAACAATCTCGTTTTCGTCTC
CGGTGTTCTTGGTCTTATGCCTGAGACTGGAAAGTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCA
GACTGAACAGGTCCTCAAGAACATGGGTGAGATACTAAAAGCTAGTGGTGTTGATTACGC
CTCCGTGGTGAAGACAACCATCATGCTTGCTGACTTAGGCGACTTCAAGAAAGTTAACGA
GATTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGATCGACATATCAAGTCGCAGC
TTTGCCACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATGTATTGCAGCACTCTAGAGCACCATCAA
ATCTCATCCAGGAAGGGTTTAGATTCGGAAAAATGTCAGAAAAAATAAGAGGCTTATCAT
ATCAACCATTAGGTTGGTTGCAAAACCCACTACCTTAATCAAGAATAAATGATTTTATTT
TAGGACCTTCGTGTGCTGTTGACTTAATATGTATTAAGTACAATATTTGATTAGAATTCC
TAAATGAGCTGGTCAGAAGGTACTCCAGTTTATATGTTACAGGCGTTAAATTAACTTGTG
CAAATAATTTAGGGTTCTCAATAAAAAATTTGAAATATCAAATTGGTTTACTAACGTTGT
CTGTGATTATTATCACTGACTTTTGATCCCATCTGATATTGGCGTTTGAAGTTTTAGGTA
CAATTTACAACATAGTCGTTTGTTATTTATAATATACTCCGTTTCATATTATTTGAATAT
CTTACCTTGCCAAACTACTTTTTTTTAATCAAAATCACTCTGGTGCT

QA 1 827 1 827
DS 



CO CL470Contig2 939 7 20 U
GGGCTTAAAATCCACATCGCTTCGGACATTAGCTTAAAGTCTTTTCTCCTTCACCTACCA
TTCTTCTATCTCATTCACTCCTGCCTTTTTGTACCTCTCGACAGCGCCGGGGAGAGAGAG
AGAGAGTGAAATGACTTGGTCGGTCTTCAGATCCATACACCCTCAAACGCTCGACATCTC
AGCCGCACTTCGCTCCGCTCGTAGCCCTTTGTTCGCCGCAGGTGCAGGCTGCGCAACAAC
ACTCGCTGGTGTTTCTCTCTTCCGAATGTCTTCGAGATCTCCTCCTCCTTTCGCTTCTCT
CAGTGTCTCAGCTTCTGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAAGTGGTGGCTACAGAGAAAGCACC
AGCTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCATCAAAGCCAACAATCTCGTTTTCGTCTCCGG
TGTTCTTGGTCTTATACCTGAGACTGGAAAGTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCAGAC
TGAGCAGGTCCTCAAGAACATGGGGGAGATACTGAAAGCTAGTGGTGTTGATTACTCCTC
CGTGGTGAAGACAACCATCATGCTTGCTGACTTGGGCGACTTCAAGAAAGTGAACGAGAT
TTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGATCCACATATCAAGTCGCAGCTTT
GCCACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATGTATTGCAACACTCTAGAGCACCATCAAATC
TCATCCAGGAAGGGTTTAGATTCGGGAAAATGTCAGAACAAATAAAAGAGGAAACCATGG
TTTAGGTGGGCTTATCATATCAACCATTAGGTTGGTTGCAAAACCCCACTACCTTAATCA
AGAATAAATGGTTTTATTTTAGGACTTTCGTGTGCTGTTGACTTAATATATGTATTAAGT
ACAATATTTGATTAGAATTCCTTAATGATTGAGGTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 25 25 10 10 

AF RR1GA75TF U 1
AF RR1CP85TF U 12
AF RR1A738JQ C 118
AF RR1A738TF U 118
AF RR1GA75JQ C 211
AF RR1F035JQ C 516
AF RR1F035TF U 326
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BS 317 362 RR1GA75TF
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BS 555 725 RR1GA75TF
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BS 905 929 RR1A738TF
BS 930 937 RR1F035TF
BS 938 939 RR1GA75JQ

RD RR1GA75TF 725 0 0
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TTCTTCTATCTCATTCACTCCTGCCTTTTTGTACCTCTCGACAGCGCCGGGGAGAGAGAG
AGAGAGTGAAATGACTTGGTCGGTCTTCAGATCCATACACCCTCAAACGCTCGACATCTC
AGCCGCACTTCGCTCCGCTCGTAGCCCTTTGTTCGCCGCAGGTGCAGGCTGCGCAACAAC
ACTCGCTGGTGTTTCTCTCTTCCGAATGTCTTCGAGATCTCCTCCTCCTTTCGCTTCTCT
CAGTGTCTCAGCTTCCGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAAGTGGTGGCTACAGAGAAAGCACC
AGTTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCATCAAAGCCAACAATCTCGTTTTCGTCTCCGG
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TGAGCAGGTCCTCAAGAACATGGGGGAGATACTGAAAGCTAGTGGTGTTGATTACTCCTC
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TTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGATCCACATATCAAGTCGCAGCTTT
GCCACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATGTATTGCAACACTCTAGAGCACCATCAAATC
TCATC

QA 1 725 1 725
DS 

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GGACAG
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CTCCTGCCTTTTTGTACCTCTCGACAGCGCCGGGGAGAGAGAGAGAGAGTGAAATGACTT
GGTCGGTCTTCAGATCCATACACCCTCAAACGCTCGACATCTCAGCCGCACTTCGCTCCG
CTCGTAGCCCTTTGTTCGCCGCAGGTGCAGGCTGCGCAACAACACTCGCTGGTGTTTCTC
TCTTCCGAATGTCTTCGAGATCTCCTCCTCCTTTCGCTTCTCTCAGTGTCTCAGCTTCTG
CTGCTTCTGGTAAGAAGGAAGTGGTGGCTACAGAGAAAGCACCAGCTGCTTTGGGACCAT
ACTCTCAGGCCATCAAAGCCAACAATCTCGTTTTCGTCTCCGGTGTTCTTGGTCTTATAC
CTGAGACTGGAAAGTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCAGACTGGGCAGGTCCTCAAGA
ACATGGGGGAGATACTGAAAGCTAGTGGTGTTGATTACTCCTCCGTGGTGAAGACAACCA
TCATGCTTGCTGACTTGGGCGACTTCAAGAAAGTGAACGAGATTTACGCCAAATACTTCC
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TTGAGATTGAATGTATTGCAACACTCTAGAGCACCATCAAATCT

QA 7 710 7 710
DS 

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GG
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CAGCCGCACTTCGCTCCGCTCGTAGCCCTTTGTTCGCCGCAGGTGCAGGCTGCGCAACAA
CACTCGCTGGTGTTTCTCTCTTCCGAATGTCTTCGAGATCTCCTCCTCCTTTCGCTTCTC
TCAGTGTCTCAGCTTCTGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAAGTGGTGGCTACAGAGAAAGCAC
CAGCTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCATCAAAGCCAACAATCTCGTTTTCGTCTCCG
GTGTTCTTGGTCTTATACCTGAGACTGAAAAGTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCAGA
CTGAGCAGGTCCTCAAGAACATGGGGGAGATACTGAAAGCTAGTGGTGTTGATTACTCCT
CCGTGGTGAAGACAACCATCATGCTTGCTGACTTGGGCGACTTCAAGAAAGTGAACGAGA
TTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGATCCACATATCAAGTCGCAGCTT
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CTCATCCAGGAAGGGTTTAGATTCGGGAAAATGTCAGAACAAATAAAAGAGGAAACCATG
GTTTAGGTGGGCTTATCATATCAACCATTAGGTTGGTTGCAAAACCCCACTACCTTAATC
AAGAATAAATGGTTTTATTTTAGGACTTTCGTGTGCTGTTGACTTAATATATGTATTAAG
TACAATATTTGATTAGAATTCCTTAATGATTGAGGT
CC

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DS 

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GG
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CAGCCGCACTTCGCTCCGCTCGTAGCCCTTTGTTCGCCGCAGGTGCAGGCTGCGCAACAA
CACTCGCTGGTGTTTCTCTCTTCCGAATGTCTTCGAGATCTCCTCCTCCTTTCGCTTCTC
TCAGTGTCTCAGCTTCTGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAAGTGGTGGCTACAGAGAAAGCAC
CAGCTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCATCAAAGCCAACAATCTCGTTTTCGTCTCCG
GTGTTCTTGGTCTTATACCTGAGACTGGAAAGTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCAGA
CTGAGCAGGTCCTCAAGAACATGGGGGAGATACTGAAAGCTAGTGGTGTTGATTACTCCT
CCGTGGTGAAGACAACCATCATGCTTGCTGACTTGGGCGACTTCAAGAAAGTGAACGAGA
TTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGATCCACATATCAAGTCGCAGCTT
TGCCACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATGTATTGCAACACTCTAGAGCACCATCAAAT
CTCATCCAGGAAGGGTTTAGATTCGGGAAAATGTCAGAACAAATAAAAGAGGAAACCATG
GTTTAG*TGGGCTTATCATATCAACCATTAG*TTGGTTGCAAAACCCCACTACCTTAATC
AAGAATAAATGGTTTA**TTTAG*ACTTTCGTGTGCTGTTGACTTAATATATGTATTAAG
TACA*TATTTGATTAGAATTCCTTAATGAT
GAGTC

QA 3 812 3 812
DS 

RD RR1GA75JQ 729 0 0
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TTCGAGATCTCCTCCTCCTTTCGCTTCTCTCAGTGTCTCAGCTTCCGCTGCTTCTGGTAA
GAAGGAAGTGGTGGCTACAGAGAAAGCACCAGTTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCAT
CAAAGCCAACAATCTCGTTTTCGTCTCCGGTGTTCTTGGTCTTATACCTGAGACTGGAAA
GTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCAGACTGAGCAGGTCCTCAAGAACATGGGGGAGAT
ACTGAAAGCTAGTGGTGTTGATTACTCCTCCGTGGTGAAGACAGCCATCATGCTTGCTGA
CTTGGGCGACTTCAAGAAAGTGAACGAGATTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCC
AGCAAGATCCACATATCAAGTCGCAGCTTTGCCACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATG
TATTGCAACACTCTAGAGCACCATCAAATCTCATCCAGGAAGGGTTTAGATTCGGGAAAA
TGTCAGAACAAATAAAAGAGGAAACCATGGTTTAGGTGGGCTTATCATATCAACCATTAG
GTTGGTTGCAAAACCCCACTACCTTAATCAAGAATAAATGGTTTTATTTTAGGACTTTCG
TGTGCTGTTGACTTAATATATGTATTAAGTACAATATTTGATTAGAATTCCTTAATGATT
GAGGTTCAC

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DS 

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GATCCACATATCAAGTCGCAGCTTTGCCACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATGTATTG
CAACACTTTAGAGCACCATCAAATTTCATCCAGGAAGGGTTTAGATTCGGGAAAATGTCA
GAACAAATAAAAGAGGAAACCATGGTTTAGGTGGGCTTATCATATCAACCATTAGGTTGG
TTGCAAAACCCCACTACCTTAATCAAGAATAAATGGTTTTATTTTAGGACTTTCGTGTGC
TGTTGACTTAATATATGTATTAAGTACAATATTTGATTAGAATTCCTTAATGATTGAGGT
TC

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DS 

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GCCATCAAAGCCAACAATCTCGTTTTCGTCTCCGGTGTTCTTGGTCTTATACCTGAGACT
GGAAAGTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCAGACTGAGCAGGTCCTCAAGAACATGGGG
GAGATACTGAAAGCTAGTGGTGTTGATTACTCCTCCGTGGTGAAGACAACCATCATGCTT
GCTGACTTGGGCGACTTCAAGAAAGTGAACGAGATTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCT
TCTCCAGCAAGATCCACATATCAAGTCGCAGCTTTGCCACTAAACGCCAAGATTGAGATT
GAATGTATTGCAACACTCTAGAGCACCATCAAATCTCATCCAGGAAGGGTTTAGATTCGG
GAAAATGTCAGAACAAATAAAAGAGGAAACCATGGTTTAGGTGGGCTTATCATATCAACC
ATTAGGTTGGTTGCAAAACCCCACTACCTTAATCAAGAATAAATGGTTTTATTTTAGGAC
TTTCGTGTGCTGTTGACTTAATATATGTATTAAGTACAATATTTGATTAGAATTCCTTAA
TGATTGAGGTTC

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 10

CO CL471Contig1 1484 10 23 U
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GGGAACATCTTCTCAACTTTACAAAAGACAATGATCTCTTCAGTTAAACCAACTCCATCA
TCCTTCTCCGCCACATCCACCGGCGTCAGACGGTCATTTCCGACGAAGCTCCAGTTTTCT
CCTTTAAACATCATCAGAAGCTGCCATAACCAAATCTTCATAAACTCCAACGTCTCCTAT
CAAAAGCCTCTCCACATTTCATCTACCCAGAACTTTTCTAGCTTCAAGCGCGAGGTCAGA
GTCGAAGCCTACGAGGCAGATCGGTCTCGTCCGCTCGACATCAACATCGAGCTTCCCGAC
GAACAATCAGCGCAGAAGCTGAAAATAGGAATCTACTTCGCGACTTGGTGGGCACTCAAC
GTTGTCTTCAACATCTACAACAAGAAAGTCCTCAACGCTTTTCCTTACCCGTGGCTAACT
TCGACCTTGTCTCTCGCTTGTGGCTCCCTCATGATGCTCGTTTCTTGGGCCACTAGAATC
GCCGAAGCTCCTAAAACTGATGTCGATTTCTGGAAAACTCTGTTCCCGGTCGCTGTGGCG
CACACAATAGGACATGTGGCAGCAACAGTGAGTATGTCGAAAGTAGCAGTGTCCTTCACA
CACATCATCAAAAGTGGTGAACCAGCTTTCAGTGTCTTGGTCTCAAGATTCTTCTTGGGA
GAGACTTTCCCTCTTCCAGTTTATCTCTCTCTCTTACCCATCATCGGAGGCTGCGCTCTT
GCCGCAGTCACCGAGCTTAACTTCAACATGATTGGGTTTATGGGAGCGATGATATCGAAT
TTAGCATTTGTGTTTCGGAACATATTTTCGAAGAAAGGGATGAAAGGGAAGTCAGTGAGC
GGAATGAATTACTACGCTTGCTTATCGATGATGTCTCTTTTGATCCTCACACCATTTGCA
GTAGCTGTAGAAGGTCCTAAAATGTGGGCTGCTGGTTGGGAAAACGCAGTTTCTCAAATC
GGACCAAACTTTGTCTGGTGGGTAGTGGCACAGAGTGTGTTCTACCATTTGTATAATCAA
GTCTCATACATGTCCTTAGACCAGATTTCACCGTTGACATTCAGTATCGGTAATACGATG
AAGAGGATCTCTGTCATTGTTGCTTCAATCATCATTTTCCATACCCCCGTTCAACCAGTT
AATGCACTCGGTGCTGCCATTGCCATTCTAGGAACTTTCCTGTACTCACAGGCTAAGATG
TAATGATGGTTTCGGACGAGTAGCCGTAGAGGATTTTGATAAGAACTAGTAACAACATCG
AAAAGTGTTTCCTTGTCTCAATGGATATGAAAAAATAACTGGAGTTTTCATTCGAGTATT
TGTTTCACTTTCTTTATGTTTCACTTTCTTTATATTGTGTGTATCATGTTACACTTTGTA
TAAGACCAGGTAGATATTCTATATATCATAGTATAATTCTTTCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD56TF U 1
AF RR1GF22TF U 1
AF RR1B840TF U 287
AF RR1BC70TF U 366
AF RR1BC70JQ C 952
AF RR1BF53TF U 663
AF RR1B840JQ C 584
AF RR1GF22JQ C 745
AF RR1BF53JQ C 857
AF RR1GD56JQ C 720
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BS 682 741 RR1GD56TF
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BS 974 1017 RR1B840TF
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BS 1102 1102 RR1BC70TF
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BS 1112 1112 RR1BC70TF
BS 1113 1123 RR1B840TF
BS 1124 1223 RR1BC70TF
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BS 1441 1484 RR1B840JQ

RD RR1GD56TF 741 0 0
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GGGAACATCTTCTCAACTTTACAAAAGACAATGATCTCTTCAGTTAAACCAACTCCATCA
TCCTTCTCCGCCACATCCACCGGCGTCAGACGGTCATTTCCGACGAAGCTCCAGTTTTCT
CCTTTAAACATCATCAGAAGCTGCCATAACCAAATCTTCATAAACTCCAACGTCTCCTAT
CAAAAGCCTCTCCACATTTCATCTACCCAGAACTTTTCTAGCTTCAAGCGCGAGGTCAGA
GTCGAAGCCTACGAGGCAGATCGGTCTCGTCCGCTCGACATCAACATCGAGCTTCCCGAC
GAACAATCAGCGCAGAAGCTGAAAATAGGAATCTACTTCGCGACTTGGTGGGCACTCAAC
GTTGTCTTCAACATCTACAACAAGAAAGTCCTCAACGCTTTTCCTTACCCGTGGCTAACT
TCGACCTTGTCTCTCGCTTGTGGCTCCCTCATGATGCTCGTTTCTTGGGCCACTAGAATC
GCCGAAGCTCCTAAAACTGATGTCGATTTCTGGAAAACTCTGTTCCCGGTCGCTGTGGCG
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CACATCATCAAAAGTGGTGA*CCAGCTTTCAGTGTCTTGGTCTCAAGATTCTTCTTGGGA
GAGACTTTCCCTCTTCCAGTT

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DS 

RD RR1GF22TF 730 0 0
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GGGAACATCTTCTCAACTTTACAAAAGACAATGATCTCTTCAGTTAAACCAACTCCATCA
TCCTTCTCCGCCACATCCACCGGCGTCAGACGGTCATTTCCGACGAAGCTCCAGTTTTCT
CCTTTAAACATCATCAGAAGCTGCCATAACCAAATCTTCATAAACTCCAACGTCTCCTAT
CAAAAGCCTCTCCACATTTCATCTACCCAGAACTTTTCTAGCTTCAAGCGCGAGGTCAGA
GTCGAAGCCTACGAGGCAGATCGGTCTCGTCCGCTCGACATCAACATCGAGCTTCCCGAC
GAACAATCAGCGCAGAAGCTGAAAATAGGAATCTACTTCGCGACTTGGTGGGCACTCAAC
GTTGTCTTCAACATCTACAACAAGAAAGTCCTCAACGCTTTTCCTTACCCGTGGCTAACT
TCGACCTTGTCTCTCGCTTGTGGCTCCCTCATGATGCTCGTTTCTTGGGCCACTAGAATC
GCCGAAGCTCCTAAAACTGATGTCGATTTCTGGAAAACTCTGTTCCCGGTCGCTGTGGCG
CACACAATAGGACATGTGGCAGCAACAGTGAGTATGTCGAAAGTAGCAGTGTCCTTCACA
CACATCATCAAAAGTGGTGAACCAGCTTTCAGTGTCTTGGTCTCAAGATTCTTCTTGGGA
GAGACTTTCC

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DS 

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G
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CGAGCTTCCCGACGAACAATCATCGCAGAAGCTGAAAATAGGAATCTACTTCGCGACTTG
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CCCGTGGCTAACTTCGACCTTGTCTCTCGCTTGTGGCTCCCTCATGATGCTCGTTTCTTG
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GGTCGCTGTGGCGCACACAATAGGACATGTGGCAGCAACAGTGAGTATGTCGAAAGTAGC
AGTGTCCTTCACACACATCATCAAAAGTGGTGAACCAGCTTTCAGTGTCTTGGTCTCAAG
ATTCTTCTTGGGAGAGACTTTCCCTCTTCCAGTTTATCTCTCTCTCTTACCCATCATCGG
AGGCTGCGCTCTTGCCGCAGTCACCGAGCTTAACTTCAACATGATTGGGTTTATGGGAGC
GATGATATCGAATTTAGCATTTGTGTTTCGGAACATATTTTCGAAGAAAGGGATGAAAGG
GAAGTCAGTGAGCGGAATGAATTACTACGCTTGCTTATCGATGATGTCTCTTTTGATCCT
CACACCATTTGCAGTAGCTGTAGAAAGTCCTAAAATGTGGGCTGCTGGTTGGGAAAACGC
AGTTTCTCAA*TCGGACCAAACTTTGTCTGGTGGGTAGTGGCACAGAGTGTGTTCTACCA
TTTGTATAATCAAGTCTCATACATGTCCTTAGAC*AGATTTCAC*GTTGACATTCA

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DS 

RD RR1BC70TF 881 0 0
GTCAG
CGCAGAAGCTGAAAATAGGAATCTACTTCGCGACTTGGTGGGCACTCAACGTTGTCTTCA
ACATCTACAACAAGAAAGTCCTCAACGCTTTTCCTTACCCGTGGCTAACTTCGACCTTGT
CTCTCGCTTGTGGCTCCCTCATGATGCTCGTTTCTTGGGCCACTA*AATCGCCGAAGCTC
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GACATGTGGCAGCAACAGTGAGTATGTCGAAAGTAGCAGTGTCCTTCACACACATCATCA
AAAGTGGTGAACCAGCTTTCAGTGTCTTGGTCTCAAGATTCTTCTTGGGAGAGACTTTCC
CTCTTCCAGTTTATCTCTCTCTCTTACCCATCATCGGAGGCTGCGCTCTTGCCGCAGTCA
CCGAGCTTAACTTCAACATGATTGGGTTTATGGGAGCGATGATATCGAATTTAGCATTTG
TGTTTCGGAACATATTTTCGAAGAAAGGGATGAAAGGGAAGTCAGTGAGCGGAATGAATT
ACTACGCTTGCTTATCGATGATGTCTCTTTTGATCCTCACACCATTTGCAGTAGCTGTAG
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TTGTCTGGTGGGTAGTGGCACAGAGTGTGTTCTACCATTTGTATAATCAAGTCTCATACA
TGTCCTTAGACCAGATTTCACCGTTGACATTCAGTATCGGTAATACGATGAAGAGGATCT
CTGTCATTGTTGCTTCAATCATCATTTTCCATACCCCCGTTCAACCAGTTAATGCACTCG
GTGCTGCCATTGC*ATTCTAG*AACTTTCCTGTACT

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DS 

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TATAATCAAGTTTCATACATGTCCTTAGACCAGATTTCCCCGTTGACATTCAGTATCGGT
AATACGATGAAGAGGATTTCTGTCATTGTTGCTTCAATCATCATTTTCCATACCCCCGTT
CAACCAGTTAATGCACTCGGGGCTGCCATTGCCATTTTAGGAACTTTCCTGTACTC
CCAG

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DS 

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G
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ACTTTCCCTCTTCCAGTTTATCTCTCTCTCTTACCCATCATCGGAGGCTGCGCTCTTGCC
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GCATTTGTGTTTCGGAACATATTTTCGAAGAAAGGGATGAAAGGGAAGTCAGTGAGCGGA
ATGAATTACTACGCTTGCTTATCGATGATGTCTCTTTTGATCCTCACACCATTTGCAGTA
GCTGTAGAAGGTCCTAAAATGTGGGCTGCTGGTTGGGAAAACGCAGTTTCTCAAATCGGA
CCAAACTTTGTCTGGTGGGTAGTGGCACAGAGTGTGTTCTACCATTTGTATAATCAAGTC
TCATACATGTCCTTAGACCAGATTTCACCGTTGACATTCAGTATCGGTAATACGATGAAG
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GCACTCGGTGCTGCCATTGCCATTCTAGGAACTTTCCTGTACTCACAGGCTAAGATGTAA
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AGTGTTTCCTTGTCTCAATGGATATGAAAAAATAACTGGAGTTTTCATTCGAGTATTTGT
TTCACTTTCTTTATGTTTCACTTTCTTTATATTGTGTGTATCATGTTACACTTTGTA

QA 2 778 2 778
DS 

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TAGCAGTGTCCTTCACACACATCATCAAAAGTGGTGAACCAGCTTTCAGTGTCTTGGTCT
CAAGATTCTTCTTGGGAGAGACTTTCCCTCTTCCAGTTTATCTCTCTCTCTTACCCATCA
TCGGAGGCTGCGCTCTTGCCGCAGTCACCGAGCTTAACTTCAACATGATTGGGTTTATGG
GAGCGATGATATCGAATTTAGCATTTGTGTTTCGGAACATATTTTCGAAGAAAGGGATGA
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GTTTTCATTCGAGTATTTGTTTCACTTTCTTTATGTTT*ACTTTCTTTATATTTTGTGTA
TCATGTTACACTTTGTATAAGACCAGGTAGATATTCTATATATCATAGTATAATTCTTTC
T

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DS 

RD RR1GF22JQ 734 0 0
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AACATGATTGGGTTTATGGGAGCGATGATATCGAATTTAGCATTTGTGTTTCGGAACATA
TTTTCGAAGAAAGGGATGAAAGGGAAGTCAGTGAGCGGAATGAATTACTACGCTTGCTTA
TCGATGATGTCTCTTTTGATCCTCACACCATTTGCAGTAGCTGTAGAAGGTCCTAAAATG
TGGGCTGCTGGTTGGGAAAACGCAGTTTCTCAAATCGGACCAAACTTTGTCTGGTGGGTA
GTGGCACAGAGTGTGTTCTACCATTTGTATAACCAAGTTTCATACATGTCCTTAGACCAG
ATTTCACCGTTGACATTCAGTATCGGTAATACGATGAAGAGGATCTCTGTCATTGTTGCT
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ATTCTAGGAACTTTCCTGTACTCACAGGCTAAGATGTAATGATGGTTTCGGACGAGTAGC
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TTTCTTTATATTGTGTGTATCATGTTACACTTTGTATAAGACCAGGTAGATATTCTATAT
ATCATAGT
ATAATC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1BF53JQ 616 0 0
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CTTGCTTATCGATGATGTCTCTTTTGATCCTCACACCATTTGCAGTAGCTGTAGAAGGTC
CTAAAATGTGGGCTGCTGGTTGGGAAAACGCAGTTTCTCAAATCGGACCAAACTTTGTCT
GGTGGGTAGTGGCACAGAGTGTGTTCTACCATTTGTATAATCAAGTCTCATACATGTCCT
TAGACCAGATTTCACCGTTGACATTCAGTATCGGTAATACGATGAAGAGGATCTCTGTCA
TTGTTGCTTCAATCATCATTTTCCATACCCCCGTTCAACCAGTTAATGCACTCGGTGCTG
CCATTGCCATTCTAGGAACTTTCCTGTACTCACAGGCTAAGATGTAATGATGGTTTCGGA
CGAGTAGCCGTAGAGGATTTTGATAAGAACTAGTAACAACATCGAAAAGTGTTTCCTTGT
CTCAATGGATATGAAAAAATAACTGGAGTTTTCATTCGAGTATTTGTTTCACTTTCTTTA
TGTTTCACTTTCTTTATATTGTGTGTATCATGTTACACTTTGTATAAGACCAGGTAGATA
TTCTATATATCATAGT

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1GD56JQ 765 0 0
AGAGACTTTCCCTCTTCCAGTTTATCTCTCTCTCTTACCCATCATCGGAGGCTGCGCTTT
TGCCGCAGTCACCGAGCTTAACTTCAACATGATTGGGTTTATGGGAGCGATGATATCGAA
TTTAGCATTTGTGTTTCGGAACATATTTTCGAAGAAAGGGATGAAAGGGAAGTCAGTGAG
CGGAATGAATTACTACGCTTGCTTATCGATGATGTCTCTTTTGATCCTCACACCATTTGC
AGTAGCTGTAGAAGGTCCTAAAATGTGGGCTGCTGGTTGGGAAAACGCAGTTTCTCAAAT
CGGACCAAACTTTGTCTGGTGGGTAGTGGCACAGAGTGTGTTCTACCATTTGTATAATCA
AGTCTCATACATGTCCTTAGACCAGATTTCACCGTTGACATTCAGTATCGGTAATACGAT
GAAGAGGATCTCTGTCATTGTTGCTTCAACCATCATTTTCCATATCCCCGTTCAACCAGT
TAATGCACTCGGTGCTGCCATTGCCATTCTAGGAACTTTCCTGTACTCACAGGCTAAGAT
GTAATGATGGTTTCGGACGAGTAGCCGTAGAGGATTTTGATAAGAACTAGTAACAACATC
GAAAAGTGTTTCCTTGTCTCAATGGATATGAAAAAATAACTGGAGTTTTCATTCGAGTAT
TTGTTTCACTTTCTTTATGTTTCACTTTCTTTATATTGTGTGTATCATGTTACACTTTGT
ATAGGACCCGGTAGATATTCTATATATCATAGTATAA
CTCTTTCT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 2 9

CO CL472Contig1 1203 4 40 U
TTTTTTTTCTATCAATAAGTTACATACCATTGTACTAACTTAAGCTAGCATCAATACAAG
GGTTTTGGTAATGTCAGAGTCACTCATTACCAATAAAGTATTAGAAATTTATTATCAAAT
CATAACATATAACAAAAAGACCCCAATAAGAATCAAATCATTTTATTGTCAGTCAAGTGT
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TGATCTGCAACACCACAGTAGGACTTGTCCAATCTCGGATCCGGTACCATTATTACATTC
ATTCCAGCGTTTTTAGCTGCCATGACACCGGAAGGAGCATCTTCAAACACCAGAGCTTTG
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GGCTTCCCTTGCTTCACCTCTGGATCATCTCCCCGCACTATGTGATGCATCAAGGAGAAA
AGCTCCCGGTGTCTTTGCGTTTTCAGATCAAAATGTCGTGTGTGTGTACCTGTGGCTACA
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CTCCCCATCATCTTGGCTTTCAGAGACCAGTCAAATGTTTTATTGTATCTAGCAAGTATC
TGTTCTTGTACCTCCGTGTAAAACTTCTCAGTGTCTAGAAGGAGCCCGTCCATGTCGAAT
ATGACGTGAGTGATGTTTCCTCTGCCGGCGTCTGTGACGGCGTTGACGGCGGCGGTGGTG
GTGGTGGACATAGCTGCTACGATTCGAGCGTTTACTGAAGCGTTGGTGACTGATCTCTGC
GGGAAACCTCTGGGAAAGGGAGGAAGGAAGATTGTCGGAATCGTATTAGAAGATTGGAAT
GAGATTCTTTGAGCAACGAATCTAGTTGGAGATGATGCTAACATAGTTCGACAACCAAAA
CCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 20 20 20 
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10 10 

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A

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G
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A

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C
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CAGTGTCTAGAA

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QA 1 699 1 699
DS 



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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY14JQ U 1
AF RR1D734TF U 179
AF RR1CA69TF U 180
AF RR1G850TF U 184
AF RR1G850JQ C 469
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BS 661 783 RR1D734TF
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BS 794 934 RR1D734TF
BS 935 1240 RR1G850JQ

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CCCCCAAATTACTAGCCACAGCCCATGATTAAAGTAAAGAAGACCCAATAAAAAAAAAAT
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TGGTTGTTGTCAGAACTATGTTATCAGCATCTCCAACTAGATTCGTTGCTCAAAGAATCT
CATTCCGACCATCTAATACGATTCCGACAATCTTCTTTCCTCCCTTTCCCAGAGGTTTCC
CGC

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DS 

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CGACCATCTAATACGATTCCGACAATCTTCCTTCCTCCCTTTCCCAGAGGTTTCCCGCAG
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ACCACCACCACCGCCGTCAACGCCGTCACAGACGCCGGCAGAGGTAACATCACTCACGTC
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ACGCAAAGCTCTGGTGTTTGAAGATGCTC

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DS 

RD RR1CA69TF 749 0 0
GGGGTT
GTTGTCAGAACTATGTTATCAGCATCTCCAACTAGATTCGTTGCTCAAAGAATCTCATTC
CGACCATCTAATACGATTCCGACAATCTTCCTTCCTCCCTTTCCCAGAGGTTTCCCGCAG
AGATCGTTTACCAAAGCTTCACTAAACGCTCGAATCGTAGCAGCTATGTCGTCGACCACC
ACCACCACCACCGCTGTCAACGCCGTCACAGACGCCGGCAGAGGTAACGTCACTCACGTC
ATATTCGACATGGACGGGCTCCTTCTAGACACTGAGAAGTTTTACACGGAGGTACAGGAG
AAGATACTTGCTAGATACAATAAAACATTTGACTGGTCTTTGAAAGCCAAGATGATGGGT
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TCTCCTGAAGCTTTCATTGTAGAGAGAGAGTCAATGTTGCAAGACCTCTTCCCCACAAGT
GACCTTATGCCAGGAGCTAGCAGACTTCTCAGACATCTCCATGGGAAAGGAATCCCAATT
TGTGTGGCCACAGTTACACACACACGACATTTTGATCTGAAAACGCAAAGACACCGGG*A
GCTTTTCTCATTGATGCATCACATAGTGCGGGGAGATGATCCTGAG*TGAAGCAAGGGAA
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ACGCAAAGCTCTGGTGTTTGA
GA

QA 7 747 7 747
DS 

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GG
GTTGTCAGAACTATGTTATCAGCATCTCCAACTAGATTCGTTGCTCAAAGAATCTCATTC
CGACCATCTAATACGATTCCGACAATCTTCCTTCCTCCCTTTCCCAGAGGTTTCCCGCAG
AGATCGTTTACCAAAGCTTCACTAAACGCTCGAATCGTAGCAGCTATGTCGTCGACCACC
ACCACCACCACCGCCGTCAACGCCGTCACAGACGCCGGCAGAGGTAACATCACTCACGTC
ATATTCGACATGGACGGGCTCCTTCTAGACACTGAGAAGTTTTACACGGAGGTACAGGAG
AAGATACTTGCTAGATACAATAAAACATTTGACTGGTCTTTGAAAGCCAAGATGATGGGT
AGGAAAGCCATAGAAGCTGCCACCCTTTTCGTCGAAGAATGTGGAATCAGTGACTCTCTT
TCTCCTGAAGCTTCCATTGTAGAGAGAGAGTCAATGTTGCAAGACCTCTTCCCCACAAGT
GACCTTATGCCAGGAGCTAGCAGACTTCTCAGACATCTCCATGGGAAAGGAATCCCAATT
TGTGTGGCCACAGGTACACACACACGACATTTTGATCTGAAAACGCAAAGACACCGGG*A
GCTTTTCCCATTGATGCATCACATAGTGCGGGGAGATGATCCTGAG*TGAAGCAAGGGAA
GCCTGCTCCTGACG*TTTTCTTGCTGCTGCCAGGAGATTTGAG*ACG*TCCTGTAGATC
CAC

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DS 

RD RR1G850JQ 772 0 0
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AAGCCAAGATGATGGGTAGGAAAGCCATAGAAGCTGCCACCCTTTTCGTCGAAGAATGTG
GAATCAGTGACTCTCTTTCTCCTGAAGCTTCCATTGTAGAGAGAGAGTCAATGTTGCAAG
ACCTCTTCCCCACAAGTGACCTTATGCCAGGAGCTAGCAGACTTTTCAGACATCTCCATG
GGAAAGGAATCCCAATTTGTGTGGCCACAGGTACACACACACGACATTTTGATCTGAAAA
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GAGGTGAAGCAAGGGAAGCCTGCTCCTGACGGTTTTCTTGCTGCTGCCAGGAGATTTGAG
GACGGTCCTGTAGATCCACGCAAAGCTCTGGTGTTTGAAGATGCTCCTTCCGGTGTCATG
GCAGCTAAAAACGCTGGAATGAATGTAATAATGGTACCGGATCCGAGATTGGACAAGTCC
TACTGTGGTGTTGCAGATCAGGTTCTAGCCTCTCTTCTAGATTTCATACCAGAGGAATGG
GGCCTACCTCCGTTCGAGGATTCACAAAACTAAGATCACAAAGCTTCAGTTTAACATTAT
CCTCAAGCTATAAGATTCTTTTATGATTGAAGAAGACCTGTACTCTGGCTGTATGGGAAA
TAATGTTTGTTTTCATCATACACTTGACTGACAATAAAATGATTTGATTCTT

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 9

CO CL473Contig1 729 9 7 U
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TCAGGTCAAGAGTGTTACCGGTAACAAGATCTTGCGTATCTTGAAAGCACACGGTCTTGC
ACCTGAGATTCCTGAGGATCTATACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCA
CTTGGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGATTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAG
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ACGAGTCTACTACTGCCAGCACCCTT**GTTGCTTAGAGAGAGCACGGATTGAATT*GGA
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TTTTCGTGTTAGTGCTTGTTTTGTTTTGTCATGTCACAATTGTGGTTTTAATCATTTCAA
GGAAACTTAAATTTTATTGTCAGGGTTATTAAACACACAAAAATCACAGATAGAATATTC
ATCAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 0 55 40 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1BE88TF U 1
AF RR1B458JQ C 5
AF RR1B458TF U 427
AF RR1BN18TF U 10
AF RR1BN18JQ C 94
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RD RR1BE88TF 657 0 0
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TCAGGTCAAGAGTGTTACCGGTAACAAGATCTTGCGTATCTTGAAAGCACACGGTCTTGC
ACCTGAGATTCCTGAGGATCTATACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCA
CTTGGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGATTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAG
GATCCACCGTCTTGCTCGCTATT*ACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCCAGTCTGGAAGT
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AGTTCTTCAAGAACTCTCGTTTCTATTCACTTT*GTGTATCAACTGGATTTAATTTCTCA
TTTTCGTGTT*GTGCTTGTTTTGTTTTGTCATGTCACAATTGTGGTTTTAATCATTT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1B458JQ 649 0 0
GG
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GGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTCCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGT
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GAGGAACAGGAAGGACAAGGATTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCA
CCGTCTTGCTCGCTATT*ACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCCAGTCTGGAAGTACGAGT
CTACTACTGCCAGCACCCTT**GTTGCTTAGAGAGAGCACGGATTGAATT*GGAAGTTCT
TCAAGAACTCTCGTTTCTATTCACTTT*GTGTATCAACTGGATTTAATTTCTCATTTTCG
TGTTAGTGCTTGTTTTGTTTTGTCATGTCACAATTGTGGTTTTAATC

QA 3 649 3 649
DS 

RD RR1B458TF 193 0 0
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CTACTACTGCCAGCACCCTTTGTTTGCTTAGAGAGAGCACGGATTGAATTTGGAAGTTCT
TCAAGAACTCTCGTTTCTATTCACTTTTGTGTATCAACTGGATTTAATTTCTCATTTTCG
TGTTAGTGC
CTGT

QA 1 189 1 189
DS 

RD RR1BN18TF 676 0 0
GG
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ATTCAAGAGGAAAGGGGATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGTTCACCTCCGGCTT
GGCTCAAGACCACCGCGCTCGATGTTGATGAGTCGATATGCAAGTTTGCAAAGAAGGGTT
TGACTCCATCTCAGATTGGTGCCATTCTCCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTCAAGA
GTGTTACCGGTAACAAGATCTTGCGTATCTTGAAAGCACACGGTCTTGCACCTGAGATTC
CTGAGGATCTATACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGGA
ACAGGAAGGACAAGGATTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGTC
TTGCTCGCTATT*ACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCCAGTCTGGAAGTACGAGTCTACT
ACTGCCAGCACCCTT**GTTGCTTAGAGAGAGCACGGATTGAATT*GGAAGTTCTTCAAG
AACTCTCGTTTCTATTCACTTT*GTGTATCAACTGGATTTAATTTCTCATTTTCGTGTTA
GTGCTTGTTTTGTTTTGTCATGTCACAATTGTGGTTTTAATCATTTCAAGGAAACTTAAA
TTTT
GAAAAAAAAA

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR1BN18JQ 583 0 0
TGCATTTGCTTTGCCGTACAAGCGTTCACCTCCGGCTTGGCTCAAGACCACCGCGCTCGA
TGTTGATGAGTCGATATGCAAGTTTGCAAAGAAGGGTTTGACTCCATTTCAGATTGGTGC
CATTTTCCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTCAAGAGTGTTACCGGTAACAAGATCTT
GGGTATTTTGAAAGCACACGGTTTTGCACCTGAGATTCCTGAGGATTTATACCACTTGAT
CAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGATTCCAA
GTTTAGGTTGATTTTTGTCGAGAGCAGGATCCACCGTCTTGCTCGCTATT*ACAAGAAGA
CCAAGAAGCTTCCTCCAGTCTGGAAGTACGAGTTTACTACTGCCAGCACCCTT**GTTGC
TTAGAGAGAGCACGGATTGAATT*GGAAGTTTTTCAAGAACTCTCGTTTTTATTCACTTT
*GTGTATCAACTGGATTTAATTTTTCATTTTCGTGTTAGTGCTTGTTTTGTTTTGTCATG
TCACAATTGTGGTTTTAATCATTTCAAGGAAACTTAAATTTT
G

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1BE88JQ 174 0 0
CCCTT**GTTGTTTAGAGAGAGCACGGATTGAATT*GGAAGTTTTTCAAGAACTTTCGTT
TTTATTCACTTT*GTGTATCAACTGGATTTAATTTTTCATTTTCGTGTT*GGGCTTGTTT
TGTTTTGTCATGTCACAATTGTGGTTTTAATCATTTCAAGGAAACTTAAATTTT

QA 1 174 1 174
DS 

RD RR1BG18TF 632 0 0
G
TCTTCTAGTACTTCAAGATGGGGCGTATGCATTCAAGAGGAAAGGGGATCTCTGCATCTG
CTTTGCCGTACAAGCGTTCACCTCCGGCTTGGCTCAAGACCACCGCGCTCGATGTTGATG
AGTCGATATGCAAGTTTGCAAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTCC
GTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTCAAGAGTGTTACCGGTAACAAGATCTTGCGTATCT
TGAAAGCACACGGTCTTGCACCTGAGATTCCTGAGGATCTATACCACTTGATCAAGAAAG
CAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGAGAGGAACAGGAAGGACAAGGATTCCAAGTTTAGGT
TGATTCTTGTCGAGAGCAGGGTCCACCGTCTTGCTTGCTATT*ACAAGAAGACCAAGAAG
CTTCCTCCAGTCTGGAAGTACGAGTCTACTACTGCCAGCACCCTT**GTTGCTTAGAGAG
AACACGGATTGAATT*GGAAGTTCTTCAAGAACTCTCGTTTCTATTCACTTT*GTGTATC
AACTGGATTTAATTTCTCATTTTCGTGTTAGTGCTTGTTTTGTTTTGTCACGTCACAATT
GTGGTTTTAATCATTTCAAGGAAACTTAAAT

QA 2 632 2 632
DS 

RD RR1GL33JQ 719 0 0
GA
AGGAAAGATCTCATCGAGACAGACAGTGAAGAAACTCTTCTAGTACTTCAAGATGGGGCG
TATGCATTCAAGAGGAAAGGAGATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGTTCACCTCC
AGCTTGGCTCAAGACCACCGCGCTCGATGTTGATGAGTCGATATGCAAGTTTGCAAAGAA
GGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTCCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGT
CAAGAGTGTTACCGGTAACAAGATCTTGCGTATCTTGAAAGCACACGGTCTTGCACCTGA
GATTCCTGAGGATCTATACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGA
GAGGAACAGGAAGGACAAGGATTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCA
CCGTCTTGCTCGCTATT*ACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCCAGTCTGGAAGTACGAGT
CTACTACTGCCAGCACCCTT**GTTGCTTAGAGAGAGCACGGATTGAATT*GGAAGTTCT
TCAAGAACTCTCGTTTCTATTCACTTT*GTGTATCAACTGGATTTAATTTCTCATTTTCG
TGTTTGTGCTTGTTTTGTTTTGTCATGTCACAATTGTGGTTTTAATCATTTCAAGGAAAC
TTAAATTTTATTGTCAGGGTTATTAAACACACAAAAATCACAGATAGAATATTCATC

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR1GL33TF 725 0 0
GA
AGGAAAGATCTCATCGAGACAGACAGTGAAGAAACTCTTCTAGTACTTCAAGATGGGGCG
TATGCATTCAAGAGGAAAGGAGATCTCTGCATCTGCTTTGCCGTACAAGCGTTCACCTCC
AGCTTGGCTCAAGACCACCGCGCTCGATGTTGATGAGTCGATATGCAAGTTTGCAAAGAA
GGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTCCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGT
CAAGAGTGTTACCGGTAACAAGATCTTGCGTATCTTGAAAGCACACGGTCTTGCACCTGA
GATTCCTGAGGATCTATACCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACTTGGA
GAGGAACAGGAAGGACAAGGATTCCAAGTTTAGGTTGATTCTTGTCGAGAGCAGGATCCA
CCGTCTTGCTCGCTATT*ACAAGAAGACCAAGAAGCTTCCTCCAGTCTGGAAGTACGAGT
CTACTACTGCCAGCACCCTT**GTTGCTTAGAGAGAGCACGGATTGAATT*GGAAGTTCT
TCAAGAACTCTCGTTTCTATTCACTTT*GTGTATCAACTGGATTTAATTTCTCATTTTCG
TGTTTGTGCTTGTTTTGTTTTGTCATGTCACAATTGTGGTTTTAATCATTTCAAGGAAAC
TTAAATTTTATTGTCAGG*TTATTAAACACACAAAAATCACAGATAGAATATTCATCAAA
AAA

QA 3 725 3 725
DS 



AS 1 9

CO CL474Contig1 804 9 13 U
GGGCCAAGGGTATGGACAAGAAGCACCACCACAACCGTATATGAACCACCAAGGGTATGC
AGATCCTTATGCTCATATGCGTGCTCCTCAGATGTTTAGCGATGAGAATCCAGAAGGATG
TTCTGTTATGTAAGTGGAAATGAGAGGGTAATAAATTGTAAATAACTAAGAAAGGTAAAT
ACAAGATACTTGTGAATTATTACAGATGTCGTCTTCTATAGTTTCTTCAGTGCTATTTCT
TCTTCTCCTGGTGTTTTCGCTTCATATGGATGACGCATTTGGTGCTCAAACTGAAATCCG
TAAACTTAAAGAGTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAGGAGGTGAAAACAGAAGCTC
CAAAATGGCGGCTGCAAGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACATTTAA
AAACATGGCGACCACTTATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTATACTT
GTCCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTTGCGT
TACCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCGAGAA
CTGTACACGCATATCTGGCAAATGATCAGATCATAAAACTTTAAATTATATATTATCGTG
TTTTTGGTTTTTGCTTTTTCTATGGTTCTTCGTTTCATACATATGTTTGCGTGCTGTGTT
GCCATGTATATTTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTGTCTATGATAT
ATACTAGCTAGTATCTGTTGAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 
50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 

AF RR1GC64TF U 1
AF RR1GC64JQ C 120
AF RR1BR25TF U 171
AF RR1FE06JQ C 238
AF RR1FE06TF U 238
AF RR1C521TF U 174
AF RR1BR25JQ C 243
AF RR1DE76TF U 174
AF RR1DE76JQ C 178
BS 1 624 RR1GC64TF
BS 625 625 RR1BR25TF
BS 626 671 RR1GC64TF
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BS 673 694 RR1GC64TF
BS 695 695 RR1BR25TF
BS 696 740 RR1GC64TF
BS 741 741 RR1BR25TF
BS 742 752 RR1GC64TF
BS 753 753 RR1BR25TF
BS 754 763 RR1GC64TF
BS 764 800 RR1BR25TF
BS 801 804 RR1DE76JQ

RD RR1GC64TF 763 0 0
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TTCTGTTATGTAAGTGGAAATGAGAGGGTAATAAATTGTAAATAACTAAGAAAGGTAAAT
ACAAGATACTTGTGAATTATTACAGATGTCGTCTTCTATAGTTTCTTCAGTGCTATTTCT
TCTTCTCCTGGTGTTTTCGCTTCATATGGATGACGCATTTGGTGCTCAAACTGAAATCCG
TAAACTTAAAGAGTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAGGAGGTGAAAACAGAAGCTC
CAAAATGGCGGCTGCAAGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACATTTAA
AAACATGGCGACCACTTATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTATACTT
GTCCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTTGCGT
TACCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCGAGAA
CTGTACACGCATATCTGGCAAATGGTCAGATCATAAAACTTTAAATTATATATTATCGTG
TTTTTGGTTTT*GCTTTTTCTATGGTTCTTCGTT*CATACATATGTTTGCGTGCTGTGTT
GCCATGTATATTTTACATTT*TCGGATGTAAA*TTTGATACTT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1GC64JQ 651 0 0
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TACAAGATACTTGTGAATTATTACAGATGTCGTCTTCTATAGTTTCTTCAGTGCTATTTC
TTCTTCTCCTGGTGTTTTCGCTTCATATGGATGACGCATTTGGTGCTCAAACTGAAATCC
GTAAACTTAAAGAGTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAGGAGGTGAAAACAGAAGCT
CCAAAATGGCGGCTGCAAGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACATTTA
AAAACATGGCGACCACTTATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTATACT
TGTCCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTTGCG
TTACCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCGAGA
ACTGTACACGCATATTTGGCAAATGGTCAGATCATAAAACTTTAAATTATATATTATCGT
GTTTTTGGTTTTTGCTTTTTCTATGGTTCTTCGTTTCATACATATGTTTGCGTGCTGTGT
TGCCATGTATATTTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1BR25TF 630 0 0
GGAGGT
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GCTCCAAAATGGCGGCTGCAAGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACAT
TTAAAAACATGGCGACCACTTATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTAT
ACTTGTCCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTT
GCGTTACCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCG
AGAACTGTACACGCATATCTGGCAAATGATCAGATCATAAAACTTTAAATTATATATTAT
CGTGTTTTTGGTTTTTGCTTTTTCTATGGTTCTTCGTTTCATACATATGTTTGCGTGCTG
TGTTGCCATGTATATTTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTGTCTATG
ATATATACTAGCTAGTATCTGTTG

QA 7 630 7 630
DS 

RD RR1FE06JQ 554 0 0
G
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CGTAAACTTAAAGAGTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAGGAGGTGAAAACAGAAGC
TCCAAAATGGCGGCTGCAAGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACATTT
AAAAACATGGCGACCACTTATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTATAC
TTGTCCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTTGC
GTTACCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCGAG
AACTGTACACGCATATCTGGCAAATGATCAGACCATAAAACTTTAAATTATATATTATCG
TGTTTTTGGTTTTTGCTTTTTCTATGGTTCTTCGATTCATACATATGTTTGCGTGCTGTG
TTGCCATGTATATTTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTGTCTATGAT
ATATACTAGCTAG

QA 2 554 2 554
DS 

RD RR1FE06TF 554 0 0
G
CTTCTTCTCCTGGTGTTTTCGCTTCATATGGATGACGCATTTGGTGCTCAAACTGAAATC
CGTAAACTTAAAGAGTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAGGAGGTGAAAACAGAAGC
TCCAAAATGGCGGCTGCAAGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACATTT
AAAAACATGGCGACCACTTATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTATAC
TTGTCCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTTGC
GTTACCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCGAG
AACTGTACACGCATATCTGGCAAATGATCAGACCATAAAACTTTAAATTATATATTATCG
TGTTTTTGGTTTTTGCTTTTTCTATGGTTCTTCGATTCATACATATGTTTGCGTGCTGTG
TTGCCATGTATATTTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTGTCTATGAT
ATATACTAGCTAG

QA 2 554 2 554
DS 

RD RR1C521TF 630 0 0
GGA
AAATACAAGATACTTGTGAATTATTACAGATGTCGTCTTCTATAGTTTCTTCAGTGCTAT
TTCTTCTTCTCCTGGTGTTTTCGCTTCATATGGATGACGCATTTGGTGCTCAAACTGAAA
TCCGTAAACTTAAAGAGTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAGGAGGTGAAAACAGAA
GCTCCAAAATGGCGGCTGCAAGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACAT
TTAAAAACATGGCGACCACTTATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTAT
ACTTGTCCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTT
GCGTTACCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCG
AGAACTGTACACGCATATCTGGCAAATGATCAGATCATAAAACTTTAAATTATATATTAT
CGTGTTTTTGGTTTTTGCTTTTTCTATGGTTCTTCGTTTCATACATATGTTTGCGTGCTG
TGTTGCCATGTATATTTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTGTCTATG
ATATATACTAGCTAGTATCTGTTG
AAC

QA 4 627 4 627
DS 

RD RR1BR25JQ 558 0 0
TTCTCCTGGTGTTTTCGCTTCATATGGATGACGCATTTGGTGCTCAAACTGAAATCCGTA
AACTTAAAGAGTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAGGAGGTGAAAACAGAAGCTCCA
AAATGGCGGCTGCAAGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACATTTAAAA
ACATGGCGACCACTTATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTATACTTGT
CCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTTGCGTTA
CCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCGAGAACT
GTACACGCATATTTGGCAAATGATCAGATCATAAAACTTTAAATTATATATTATCGTGTT
TTTGGTTTTTGCTTTTTCTATGGTTCTTCGTTTCATACATATGTTTGCGTGCTGTGTTGC
CATGTATATTTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTGTCTATGATATAT
ACTAGCTAGTATCTGTTG

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1DE76TF 631 0 0
GGA
AAATACAAGATACTTGTGAATTATTACAGATGTCGTCTTCTATAGTTTCTTCAGTGCTAT
TTCTTCTTCTCCTGGTGTTTTCGCTTCATATGGATGACGCATTTGGTGCTCAAACTGAAA
TCCGTAAACTTAA***GTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAGGAGGTGAAAACAGAA
GCTCCAAAATGGCGGCTGCAAGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACAT
TTAAAAACATGGCGACCACTTACCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTAT
ACTTGTCCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTT
GCGTTACCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCGCCAGATACGTGCACACGCTCCG
AGAACTGTACACGCATATCTGGCAAATGATCAGATCATAAAACTTTAAATTATATATTAT
CGTGTTTTTGGTTTTTGCTTTTTCTATGGTTCTTCGTTTCATACATATGTTTGCGTGCTT
TGTTGCCATGTATATTTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTGTCTATG
ATATATACTAGCTAGTATCTGTTG
AACT

QA 4 627 4 627
DS 

RD RR1DE76JQ 627 0 0
AATACAAGATACTTGTGAATTATTACAGATGTCGTCTTCTATAGTTTCTTCAGTGCTATT
TCTTCTTCTCCTGGTGTTTTCGCTTCATATGGATGACGCATTTGGTGCTCAAACTGAAAT
CCGTAAACTTAA***GTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAGGAGGTGAAAACAGAAG
CTCCAAAATGGCGGCTGCAAGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACATT
TAAAAACATGGCGACCACTTACCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTATA
CTTGTCCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTTG
CGTTACCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCGCCAGATACGTGCACACGCTCCGA
GAACTGTACACGCATATCTGGCAAATGATCAGATCATAAAACTTTAAATTATATATTATC
GTGTTTTTGGTTTTTGCTTTTTCTATGGTTCTTCGTTTCATACATATGTTTGCGTGCTTT
GTTGCCATGTATATTTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTGTCTATGA
TATATACTAGCTAGTATCTGTTGAACT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 3 9

CO CL475Contig1 838 3 8 U
GGGACCAAATCCTCTTGTCTCGCCTCCTCCATCATCATCGTCTGTGTTTTTTAACGAACC
TCCTAGAAAAGGAAGAAACTTTCCAAAGAGCTTGAAACAGATTTGTCTTTCCATGACGAA
AAATCTCTAAATCAAATGTTTTTTTTGAGAAAGAAAGACAGATTGTGAAAAGAAGATGTC
TAGTAGATCTCTGGTGAAACGTTTTGTCCCCTACGTATCTGCTCGTATAAGAGAGAATCA
TCGGATGCTTAATTATTGTTCTTCCGCTTCTTCTGCTCTCAAAGAAGCTTCTTCCTCCCA
ATCTGAATCTCCTTCTCTCGAAGCTGTTCACCTCAGCGACAATTGTATCCGGAGAATGAA
AGAGTTGCAATCGAGTGAGCCGGAGAAGAAGCTGCTTCGATTGGGTGTAGAAACAGGAGG
TTGTTCTGGTTTCCAGTATGTCTTTGAGCTTGATCATACAACCAACCCCGATGACAGGGT
GTTCGAGAAAAACGGTGTCAAATTGGTTGTGGATAATGTCTCGTATGACTTTGTCAAAGG
TGCTACTGTTGATTACGTCGAGGAGCTCATCCGTTCTGCTTTCGTGGTAGCTGAAAACCC
GGCTGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAACAGTGAAGCATTCT
TCTTTTACATGACTAGAAAACCAAATTTGATCCTTTTTTTTGTTATTTACTTGTACAATG
TCTCACAAGGTTTTGCTATGTATCATCAAAAAGGTATAACTAGGGAAAGATAATCAAACC
GTGTAGGCTTGTACCTCAACAAAATCATATATAAAGTTCATCCTATTTTTATACAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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AF RR1EB26TF U 1
AF RR1AJ86TF U 97
AF RR1AJ86JQ C 147
BS 1 158 RR1EB26TF
BS 159 159 RR1AJ86TF
BS 160 176 RR1EB26TF
BS 177 177 RR1AJ86TF
BS 178 468 RR1EB26TF
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BS 470 709 RR1EB26TF
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RD RR1EB26TF 709 0 0
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TCCTAGAAAAGGAAGAAACTTTCCAAAGAGCTTGAAACAGATTTGTCTTTCCATGACGAA
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TCGGATGCTTAATTATTGTTCTTCCGCTTCTTCTGCTCTCAAAGAAGCTTCTTCCTCCCA
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GGCTGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAACAGTGAAGCATTCT
TCTTTTACATGACTAGAAAACCAAATTTGATCCTTTTTTTTGTTATTTA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1AJ86TF 742 0 0
GG
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CTGCTCGTATAAGAGAGAATCATCGGATGCTTAATTATTGTTCTTCCGCTTCTTCTGCTC
TCAAAGAAGCTTCTTCCTCCCAATCTGAATCTCCTTCTCTCGAAGCTGTTCACCTCAGCG
ACAATTGTATCCGGAGAATGAAAGAGTTGCAATCGAGTGAGCCGGAGAAGAAGCTGCTTC
GATTGGGTGTAGAAACAGGAGGTTGTTCTGGTTTCCAGTATGTCTTTGAGCTTGATCATA
CAACCAACCCCGATGACAGGGTGTTCGAGAAAAACGGTGTCAAATTGGTTGTGGATAATG
TCTCGTATGACTTTGTCAAAGGTGCTACTGTTGATTACGTCGAGGAGCTCATCCGTTCTG
CTTTCGTGGTAGCTGAAAACCCGGCTGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCA
TGGTGAAACAGTGAAGCATTCTTCTTTTACATGACTAGAAAACCAAATTTGATCCTTTTT
TTTGTTATTTACTTGTACAATGTCTCACAAGGTTTTGCTATGTATCATCAAAAAGGTATA
ACTAGGGAAAGATAATCAAACCGTGTAGGCTTGTACCTCAACAAAATCATATATAAAGTT
CATCCTATTTTTATACAAAA

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR1AJ86JQ 688 0 0
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TCCCCTACGTATCTGCTCGTATAAGAGAGAATCATCGGATGCTTAATTATTGTTCTTCCG
CTTCTTCTGCTCTCAAAGAAGCTTCTTCCTCCCAATCTGAATCTCCTTCTCTCGAAGCTG
TTCACCTCAGCGACAATTGTATCCGGAGAATGAAAGAGTTGCAATCGAGTGAGCCGGAGA
AGAAGCTGCTTCGATTGGGTGTAGAAACAGGAGGTTGTTCTGGTTTCCAGTATGTCTTTG
AGCTTGATCATACAACCAACCCCGATGACAGGGTGTTCGAGAAAAACGGTGTCAAATTGG
TTGTGGATAATGTCTCGTATGACTTTGTCAAAGGTGCTACTGTTGATTACGTCGAGGAGC
TCATCCGTTCTGCTTTCGTGGTAGCTGAAAACCCGGCTGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTA
AGAGCTCCTTCATGGTGAAACAGTGAAGCATTCTTCTTTTACATGACTAGAAAACCAAAT
TTGATCCTTTTTTTTGTTATTTACTTGTACAATGTCTCACAAGGTTTTGCTATGTATCAT
CAAAAAGGTATAACTAGGGAAAGATAATCAAACCGTGTAGGCTTGTACCTCAACAAAATC
ATATATAAAGTTCATCCTATTTTTATAC

QA 1 688 1 688
DS 



CO CL475Contig2 854 2 4 U
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AAATATTTTTTTTGAGAAAGAAAGAGAGATTGTGAAAAGAAGATGTCTAGTAGATCTCTG
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AAAGAGTTGCAATCGAGTGGGGCGGAGAAGAAGCTGCTTCGATTGGGTGTAGAAACTGGA
GGTTGTTCTGGTTTCCAGTATGTCTTTGAGCTCGATCACACAACCAATCCTGATGACAGG
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GGCGCTACTGTTGATTACGTCGAGGAGCTCATCCGGTCTGCTTTCGTGGTAGCTGAAAAC
CCGGCCGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAACAGTGAAGCATT
CTTCTTTTACATGACTAGAAATCCAAATTTGATCCTTTTTTGTTATTTACTTGTACAATG
TCTCACAAGGTTTTGCTATGTATCATCTAAAAGGTATAACTAGGGAAAGATAATCAAACC
GTGTAGGCTTGTACCTCAACAAAAATCATATATAAGTTCATCCTATTTTTATACAATAAT
GGAATGATTTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FS18TF U 1
AF RR1FS18JQ C 131
BS 1 700 RR1FS18TF
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RD RR1FS18TF 723 0 0
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GGCGCTACTGTTGATTACGTCGAGGAGCTCATCCGGTCTGCTTTCGTGGTAGCTGAAAAC
CCGGCCGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAACAGTGAAGCATT
CTTCTTTTACATGACTAGAAATCCAAATTTGATCCTTTTT*GTTATTTACTTGTACA
TGTCTC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1FS18JQ 724 0 0
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TTGTCCCATATGTATCTGCTCGTATAAGAGAGAATCATAGGATGCTTAATTATTGTTCTT
CCGCTTCTTCTGCTCTCAAAGAAGCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCCTCCCAATCTGAAT
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GTTTCCAGTATGTCTTTGAGCTCGATCACACAACCAATCCTGATGACAGGGTTTTCGAGA
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TTGATTACGTCGAGGAGCTCATCCGGTCTGCTTTCGTGGTAGCTGAAAACCCGGCCGCAG
TGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAACAGTGAAGCATTCTTCTTTTAC
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TTTTGCTATGTATCATCTAAAAGGTATAACTAGGGAAAGATAATCAAACCGTGTAGGCTT
GTACCTCAACAAAAATCATATATAAGTTCATCCTATTTTTATACAATAATGGAATGATTT
ACAC

QA 1 724 1 724
DS 



CO CL475Contig3 807 4 13 U
TTTTTTAACGAACCTCCTCCTAGAAAAGGAAGAAACTTTCCAAAGAGCTTGAAATAGATT
TGTCTTTCCATGACGAAAAATCTCTAAAATCAAATTTTTTTTTTT*GAGAAAGAAAGAGA
GATTGTGAAAAGAAGATGTCTAGTAGATCTCTGGTGAAACGTTTTGTCCCATATGTATCT
GCTCGTATAAGAGAGAATCATCGGATGCTTAATTATTGTTCTTCCGCTTCTTCTGCTCTC
AAATAAGCTTCTTCTTCTGAATCTCCTTCTCTCGAAGCTGTTCACCTTAGCGACAATTGT
ATCCGGAGAATGAAAGAGTTGCAATCGAGTGAGCCGGAGAAGAAGCTGCTTCGATTGGGT
GTAGAAACTGGAGGTTGTTCCGGTTTCCAGTATGTCTTTGAGCTTGGTCATACAACCAAC
CCCGATGACAGGGTGTTCGAGAAGAACGGTGTCAAATTGGTTGTGGATAATGTCTCGTAT
GACTTTGTCAAAGGCGCTACTGTTGATTACGTCGAGGAGCTCATCCGTTCTGCTTTCGTG
GTAGCTGAAAACCCGGCCGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAA
CAGTGAAGCATTCTTCTTTTACATGACTAGAAAACCAAATTTGATCCTTTTTTTTTTGTT
ATTTACTTGTACAATGTCTCACAAGGTTTTACTATGTATCATCTAAAAGGTATAACTAGG
GAAAGATAACAAACCGTGTAGGCTTGTACCTCAACAAAAATCATATAAGTTCATCCTATT
TTTATACAATAATGGAATGGTTTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H550TF U 1
AF RR1H550JQ C 266
AF RR1FR76TF U 54
AF RR1FR76JQ C 54
BS 1 104 RR1H550TF
BS 105 105 RR1FR76TF
BS 106 243 RR1H550TF
BS 244 244 RR1FR76TF
BS 245 326 RR1H550TF
BS 327 327 RR1FR76TF
BS 328 655 RR1H550TF
BS 656 657 RR1FR76TF
BS 658 685 RR1H550TF
BS 686 686 RR1FR76TF
BS 687 709 RR1H550TF
BS 710 760 RR1FR76TF
BS 761 807 RR1FR76JQ

RD RR1H550TF 714 0 0
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TGTCTTTCCATGACGAAAAATCTCTAAAATCAAATTTTTTTTTT**GAGAAAGAAAGAGA
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GCTCGTATAAGAGAGAATCATCGGATGCTTAATTATTGTTCTTCCGCTTCTTCTGCTCTC
AAAGAAGCTTCTTCTTCTGAATCTCCTTCTCTCGAAGCTGTTCACCTTAGCGACAATTGT
ATCCGGAGAATGAAAGAGTTGCAATCTAGTGAGCCGGAGAAGAAGCTGCTTCGATTGGGT
GTAGAAACTGGAGGTTGTTCCGGTTTCCAGTATGTCTTTGAGCTTGGTCATACAACCAAC
CCCGATGACAGGGTGTTCGAGAAGAACGGTGTCAAATTGGTTGTGGATAATGTCTCGTAT
GACTTTGTCAAAGGCGCTACTGTTGATTACGTCGAGGAGCTCATCCGTTCTGCTTTCGTG
GTAGCTGAAAACCCGGCCGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAA
CAGTGAAGCATTCTTCTTTTACATGACTAGAAAACCAAATTTGATCCTTTTTTTT**GTT
ATTTACTTGTACAATGTCTCACAAG*TTTTACTATGTATCATCTAAAAG
TATAA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1H550JQ 515 0 0
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CTAGTGAGCCGGAGAAGAAGCTGCTTCGATTGGGTGTAGAAACTGGAGGTTGTTCCGGTT
TCCAGTATGTCTTTGAGCTTGGTCATACAACCAACCCCGATGACAGGGTGTTCGAGAAGA
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ATTACGTCGAGGAGCTCATCCGTTCTGCTTTCGTGGTAGCTGAAAACCCGGCCGCAGTGG
GAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAACAGTGAAGCATTCTTCTTTTACATG
ACTAGAAAACCAAATTTGATCCTTTTTTTTT*GTTATTTACTTGTACAATGTCTCACAAG
GTTTTACTATGTATCATCTAAAAGGTATAACTAGGGAAAGATAACAAACCGTGTAGGCTT
GTACCTCAACAAAAATCATATA
AGTTCATCCTATC

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DS 

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GG
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CTCTCAAATAAGCTTCTTCTTCTGAATCTCCTTCTCTCGAAGCTGTTCACCTTAGCGACA
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TGGGTGTAGAAACTGGAGGTTGTTCTGGTTTCCAGTATGTCTTTGAGCTTGGTCATACAA
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TCGTGGTAGCTGAAAACCCGGCCGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGG
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TTGTTATTTACTTGTACAATGTCTCACAAGGTTTTACTATGTATCATCTAAAAGGTATAA
CTAGGGAAAGATAACAAACCGTGTAGGCTTGTACCTCAACAAAAA

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR1FR76JQ 754 0 0
GG
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AGAGAGATTGTGAAAAGAAGATGTCTAGTAGATCTCTGGTGAAACGTTTTGTCCCATATG
TATCTGCTCGTATAAGAGAGAATCATCGGATGCTTAATTATTGTTCTTCCGCTTCTTCTG
CTCTCAAATAAGCTTCTTCTTCTGAATCTCCTTCTCTCGAAGCTGTTCACCTTAGCGACA
ATTGTATCCGGAGAATGAAAGAGTTGCAATCGAGTGAGCCGGAGAAGAAGCTGCTTCGAT
TGGGTGTAGAAACTGGAGGTTGTTCTGGTTTCCAGTATGTCTTTGAGCTTGGTCATACAA
CCAACCCCGATGACAGGGTGTTCGAGAAGAACGGTGTCAAATTGGTTGTGGATAATGTCT
CGTATGACTTTGTCAAAGGCGCTACTGTTGATTACGTCGAGGAGCTCATCCGTTCTGCTT
TCGTGGTAGCTGAAAACCCGGCCGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGG
TGAAACAGTGAAGCATTCTTCTTTTACATGACTAGAAAACCAAATTTGATCCTTTTTTTT
TTGTTATTTACTTGTACAATGTCTCACAAGGTTTTACTATGTATCATCTAAAAGGTATAA
CTAGGGAAAGATAACAAACCGTGTAGGCTTGTACCTCAACAAAAATCATATAAGTTCATC
CTATTTTTATACAATAATGGAATGGTTTACAC

QA 3 754 3 754
DS 



AS 1 9

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GAAGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGGTTGCAAATGTGGCGACT
CTTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAACT
GTAGCTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTGTGGTGTAAATCACATGTATGCAGGAAAA
CCGGTGGGAAAAAAATGTATTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATA
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TTTGATTGTGTGATTGTCTAATATGCTTTCATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAAATAT
ATTGACTTTTGTGATTGTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 25 55 55 5 55 30 55 55 55 55 15 55 55 55 5 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BK30JQ C 111
AF RR1BK30TF U 111
AF RR1FA35JQ C 15
AF RR1FA35TF U 15
AF RR1A594TF U 1
AF RR1GS79TF U 16
AF RR1DW08TF U 102
AF RR1GY37TF U 16
AF RR1DW08JQ C 102
BS 1 254 RR1A594TF
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RD RR1BK30JQ 204 0 0
G
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GCAGGAAAACCGGTGGGAAAAAAATGTATTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTT
GAATAAATATTTGGCATAATA
CG

QA 2 202 2 202
DS 

RD RR1BK30TF 204 0 0
G
GTGGCGACTCTTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCG
GATCAAACTGTAGCTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTGTGGTGTAAATCACATGTAT
GCAGGAAAACCGGTGGGAAAAAAATGTATTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTT
GAATAAATATTTGGCATAATA
CG

QA 2 202 2 202
DS 

RD RR1FA35JQ 306 0 0
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TTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATATTTGGCATAATATGTTGCG
T

QA 6 306 6 306
DS 

RD RR1FA35TF 306 0 0
AATCA
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CTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAACTGTAGCTGTGGGGACAGCTG
CAGCTGTTAATTGTGGTGTAAATCACATGTATGCAGGAAAACCGGTGGGAAAAAA*TGTA
TTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATATTTGGCATAATATGTTGCG
T

QA 6 306 6 306
DS 

RD RR1A594TF 401 0 0
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GAAGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGGTTGCAAATGTGGCGACT
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GTAGCTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTGTGGTGTAAATCACATGTATGCAGGAAAA
CCGGTGGGAAAAAA*TGTATTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATA
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TTTGATTGTGTGATTGTCTAATATGCTTTCATTTGTAACTT

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DS 

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DS 

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AAGAAAACAAAAAAA

QA 1 315 1 315
DS 

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TTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGGTTGCAAATGTGGCGACTCTTGCAGTTGCGATAAGAA
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CAGCTGTTAATTGTGGTGTAAATCACATGTATGCAGGAAAACCGGTGG*AGAAAAATGTG
TTTAATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATATTTGGCATAATATGTTGCG
TAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCTTCTATGTGTTTGATTGTGTGATTGTCT
AATATGCTTTCATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAAATATATTGACTTTTGTG

QA 5 418 5 418
DS 

RD RR1DW08JQ 341 0 0
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TTTTTCCTGCTTCTATGTGTTTGATTGTGTGATTGTCTAATATGCTTTCATTTGTAACTT
AAGAAAACAAAAAAA*TATATTGACTTTTGTGATTGTTATT

QA 1 341 1 341
DS 



AS 1 7

CO CL477Contig1 1138 7 15 U
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ATCGTGACCCTCTTGAATGATAAACCCCTTTTTAAATTTAAAAAAAAAACACAGTACTTG
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TGACATTGATAGCTCGTGTTACCGACGGGCTGCCTCTAGCTGAGGGTCTCGATGATGGAC
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CCCGAGGTCATAACGAAGCTTCAAGAATGTCTGTTGAGACTGGCCCCTATATTTTCCATT
ACATCATAGAAGGACGTGTTTGCTACTTGACAATGTGTGACCGTTCTTACCCGAAGAAAC
TGGCGTTCCAATACCTGGAAGATCTCAAGAACGAGTTCGAACGTGTCAATGGGCCTAACA
TTGAAACAGCTGCTAGACCTTATGCCTTTATTAAATTTGATACCTTCATACAGAAAACAA
AGAAACTGTACCAAGACACACGTACGCAACGGAATATCGCTAAGCTGAATGATGAACTCT
ATGAGGTCCACCAGATAATGACGCGGAATGTGCAGGAAGTACTAGGTGTTGGTGAAAAGC
TCGACCAGGTGTGCGAGATGTCGAGCCGGCTAACTTCTGAATCTCGTGTATATGCTGATA
AGGCTAAAGATTTGAACCGTCAGGCTTTGATCCGGAAATGGGCACCAGTTGCAATCGTGT
TGGGTGTCGTTTTCCTTCTTTTCTGGGTCAAGAACAAGCTCTGGTAAATAAAGGAGGAAC
AGGAGGCTATTTTCATACTTTAGCAGACTTCTCCGGTCATATATCAGACCGCTGGCGCAA
ATCTTCTTTTATTCAGTGAAACTTTTGACACATTTTGTACTTCTGTAGTAATGCAAACTC
TATGAGACTGGTCATAGACTCATAGTATCATCCATCAATACAATTTTTTTAAAACCTTTA
TTGTCATTCTATCAGGTTCTTCAAATCAAAATCAAAATTGTGTTTTGATTTTCATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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BS 783 803 RR1F516TF
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BS 808 808 RR1E344TF
BS 809 833 RR1F516TF
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BS 835 852 RR1F516TF
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BS 892 1079 RR1AK78JQ
BS 1080 1138 RR1GD78JQ

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CTCTA

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GG
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TTT

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TTAAAACCTTTATTGTCATTCTATCAGGTTCTTCAAATCAAAATCAAAATTGTGTTTTGA
TTTTCATTAC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 9

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GGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTGTCGCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGCGTTGGAC
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AAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTGCTGGTGTCACAGGGAAGAAACAGACCTAATCCA
AGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTTACATTCAGATCATCATTATTCCTTTTTGTCTTTT*A
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CTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACACACTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCA
TTTCCTAATGACAAATCGAAAAGCTTGAAACTT


BQ
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50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 0 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP03JQ C 28
AF RR1AC70TF U 1
AF RR1AP05JQ C 1
AF RR1AC70JQ C 257
AF RR1BB40TF U 34
AF RR1F820JQ C 1
AF RR1F820TF U 1
AF RR1AP05TF U 1
AF RR1FP03TF U 28
BS 1 240 RR1AC70TF
BS 241 241 RR1BB40TF
BS 242 250 RR1AC70TF
BS 251 251 RR1BB40TF
BS 252 406 RR1AC70TF
BS 407 407 RR1BB40TF
BS 408 507 RR1AC70TF
BS 508 513 RR1FP03TF

RD RR1FP03JQ 429 0 0
GG
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TGAGAAAAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGAGGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTGTC
GCCGCCTCCTGTTTAATCGGGGGCGTTGGACTCTTTTTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTATT
CTAGACTCACTCGAGGCTTTTAAGCAAGTTAAAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTGCT
GGTGTCACAGGGAAGAAACAGACCTAATCCAAGCAATGATTTCCTTTGTTTTTTTACATT
CAGATCATCATTATTCCTTTTTGTCTTTT*AATTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGCC
AAACTTCATTGTTTTTTTTTTTGTTTTGAAACTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACAC
ACT
TTTT

QA 3 425 3 425
DS 

RD RR1AC70TF 507 0 0
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GAAGAGAGAGAGAGAGA****TCAGATAGTGAGAAAAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGA
GGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTGTCGCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGCGTTGGAC
TCTTTCTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTATTCTAGACTCACTCGAGGCTTCTAAGCAAGTTA
GAGCGCCTCCCCTTGCCGATGTTATTGCTGGTGTCACAGGGAAGAAACAGACCTAATCCA
AGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTTACATTCAGATCATCATTATTCCTTTTTGTCTTTT*A
ACTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGCCAAACTTCATTGTTTTTT*TTT*GTTTTGAAA
CTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACACACTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCA
TTTCCTAATGACAAATCGAAAAGCTTG

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DS 

RD RR1AP05JQ 512 0 0
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GAAGAGAGAGAGAGAGA****TCAGATAGTGAGAAAAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGA
GGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTGTCGCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGCGTTGGAC
TCTTTCTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTATTCTAGACTCACTCGAGGCTTCTAAGCAAGTTA
AAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTGCTGGTGTCACAGGGAAGAAACAGACCTAATCCA
AGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTTACATTCAGATCATCATTATTCCTTTTTGTCTTTT*A
ACTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGCCAAACTTCATTGTTTTTTCTTT*GTTTTGAAA
CTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACACACTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCA
TTTCCTAATGACAAATCGAAAAGCTTG
AAACC

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1AC70JQ 251 0 0
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GTTTTCTTACATTCAGATCATCATTATTCCTTTTTGTCTTTTTAACTCTTTCTATTTGCA
AATGAAATAAGCCAAACTTCATTGTTTTTT*TTT*GTTTTGAAACTTATATAAAGGCATA
TGTGCTTGTACACACTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCATTTCCTAATGACAAAT
CGAAAAGCTTG

QA 1 251 1 251
DS 

RD RR1BB40TF 453 0 0
GG
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AAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGAGGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTGTCGCCGCC
TCCTGTTTAATCGGCGGCGTTGGACTCTTTCTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTATTCTAGAC
TCACTCGAGGCTTCTAAGCAAGTTAAAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTGCTGGTGTC
ACAGGGAAGAAACAGACCTAATCCAAGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTTACATTCAGATC
ATCATTATTCCTTTTTGTCTTTT*AACTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGCCAAACTT
CATTGTTTTTTTTT**GTTTTGAAACTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACACACTCTC
TTCGTCTTTTTATCACATGTATTCATTTCCT

QA 3 453 3 453
DS 

RD RR1F820JQ 486 0 0
GGATCTATCAATCGAATCGAAGAAGAATCAGCGACACAATCGACGACGACTAGCTGAGAA
GAAGAGAGAGAGAGAGA****TCAGATAGTGAGAAAAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGA
GGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTGTCGCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGCGTTGGAC
TCTTTCTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTATTCTAGACTCACTCGAGGCTTCTAAGCAAGTTA
AAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTGCTGGTGTCACAGGGAAGAAACAGACCTAATCCA
AGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTTACATTCAGATCATCATTATTCCTTTTTGTCTTTT*A
ACTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGCCAAACTTCATTGTTTTTTTTTT*GTTTTGAAA
CTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACACACTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCA
TTTCCT

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1F820TF 486 0 0
GGATCTATCAATCGAATCGAAGAAGAATCAGCGACACAATCGACGACGACTAGCTGAGAA
GAAGAGAGAGAGAGAGA****TCAGATAGTGAGAAAAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGA
GGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTGTCGCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGCGTTGGAC
TCTTTCTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTATTCTAGACTCACTCGAGGCTTCTAAGCAAGTTA
AAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTGCTGGTGTCACAGGGAAGAAACAGACCTAATCCA
AGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTTACATTCAGATCATCATTATTCCTTTTTGTCTTTT*A
ACTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGCCAAACTTCATTGTTTTTTTTTT*GTTTTGAAA
CTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACACACTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCA
TTTCCT

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1AP05TF 512 0 0
GGATCTATCAATCGAATCGAAGAAGAATCAGCGACACAATCGACGACGACTAGCTGAGAA
GAAGAGAGAGAGAGAGA****TCAGATAGTGAGAAAAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGA
GGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTGTCGCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGCGTTGGAC
TCTTTCTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTATTCTAGACTCACTCGAGGCTTCTAAGCAAGTTA
AAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTGCTGGTGTCACAGGGAAGAAACAGACCTAATCCA
AGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTTACATTCAGATCATCATTATTCCTTTTTGTCTTTT*A
ACTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGCCAAACTTCATTGTTTTTTCTTT*GTTTTGAAA
CTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACACACTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCA
TTTCCTAATGACAAATCGAAAAGCTTG
AAACC

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1FP03TF 486 0 0
GG
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TGAGAAAAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGAGGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTGTC
GCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGCGTTGGACTCTTTCTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTATT
CTAGACTCACTCGAGGCTTCTAAGCAAGTTAAAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTGCT
GGTGTCACAGGGAAGAAACAGACCTAATCCAAGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTTACATT
CAGATCATCATTATTCCTTTTTGTCTTTT*AATTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGCC
AAACTTCATTGTTTTTTTTTTTGTTTTGAAACTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACAC
ACTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCATTTCCTAATGACAAATCGAAAAGCTTGAA
ACTT

QA 3 486 3 486
DS 



AS 2 4

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GAGTTCCAGTTCTCTTGTGTAATGTTCAATGCGGTGCTGGAGAATGCGTGTAGTGAGATG
GGAGCTAGGATGTCTGCCATGGACAGCTCAAGCAGAAACGCAGGAGAAATGCTTGACCGT
CTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGTCAAGCTTCTATCACAACAGAGCTTATCGAGATT
ATCTCTGGAGCCTCTGCACTTGAAGCCGCTAAATAAGCACATTCTTGTTTACGTTGACTT
GGTTTTTGATACTCGTCCACCTTGAAGGAGACAGTGTGTTTTGAATTCTCTAAGGACTAC
TGAGTCAGTTTTCCTTTGCTGGCTTCTCGTTGAGGCTACCAGTCTTTGCTCAAAGGATTT
TTCAGAATAATATCCCTGTAATTTCCAGCAGGATTACTGATGATTGCATTAACATTTGTT
TTG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1C744TF U 1
AF RR1C744JQ C 1
BS 1 1 RR1C744JQ
BS 2 528 RR1C744TF
BS 529 543 RR1C744JQ

RD RR1C744TF 528 0 0
G
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GAGCTAGGATGTCTGCCATGGACAGCTCAAGCAGAAACGCAGGAGAAATGCTTGACCGTC
TCACCCTCACTTACAACAGGACTCGTCAAGCTTCTATCACAACAGAGCTTATCGAGATTA
TCTCTGGAGCCTCTGCACTTGAAGCCGCTAAATAAGCACATTCTTGTTTACGTTGACTTG
GTTTTTGATACTCGTCCACCTTGAAGGAGACAGTGTGTTTTGAATTCTCTAAGGACTACT
GAGTCAGTTTTCCTTTGCTGGCTTCTCGTTGAGGCTACCAGTCTTTGCTCAAAGGATTTT
TCAGAATAATATCCCTGTAATTTCCAGCAGGATTACTGATGATTGCA

QA 2 528 2 528
DS 

RD RR1C744JQ 543 0 0
GCTGTTTTGTCACCTGAGATTATTGAGAAGGAGTTTGAAGTGGGAGGAAAGCTCGGTGAG
CTCGACTCATACGAGATTGAAGGTGGTGAAACAAAGGGAGAAATTTTGCAGAATTTGGCC
GAGTTCCAGTTTTTTTGTGTAATGTTCAATGCGGTGCTGGAGAATGCGTGTAGTGAGATG
GGAGCTAGGATTTTTGCCATGGACAGCTCAAGCAGAAACGCAGGAGAAATGCTTGACCGT
TTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGTCAAGCTTTTATCACAACAGAGCTTATCGAGATT
ATTTTTGGAGCCTTTGCACTTGAAGCCGCTAAATAAGCACATTTTTGTTTACGTTGACTT
GGTTTTTGATACTCGTCCCCCTTGAAGGAGACAGTGTGTTTTGAATTCTTTAAGGACTAC
TGAGTCAGTTTTCCTTTGCTGGCTTTTCGTTGAGGCTACCAGTCTTTGCTCAAAGGATTT
TTCAGAATAATATCCCTGTAATTTCCAGCAGGATTACTGATGATTGCATTAACATTTGTT
TTG

QA 1 543 1 543
DS 



CO CL479Contig2 938 2 8 U
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GTTTATAGTCAATCCTTGATCAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTCGCGAAGGGAGACGTCT
CCTCCCTTCGATCGCTGCTCGCCCAATCGCTGCCATCCGATCCCCTCTCGCTTCTGACCA
GGAGGAGGGACTTCTTGGAGTTCGATCTATCTCAACTCAAGTCGTGCGTAACCGCATGAA
GAGTGTAAAGAACATCCAAAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCCTCTAAGCT
AAGAGCTGTTCAAGGCAGAGCTGAGAACTCCCGTGGACTCTGGCAGCCATTTACCGCACT
TCTTGGAGACAATCCCAGCATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTCTCTTCTGA
CAAGGGTCTTTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTGAGCAGGGCTCTGTACAA
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CATAATGTTCCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCCCTTACCGTAACAGAGCTGAATAAAA
ATCCACTCAATTATGCTCAGGTCTCAGTTCTAGCTGATGACATCCTGAAGAACGTTGAAT
TTGATGCTTTGCGCATTGTCTACAACAAGTTCCATTCTGTTGTCGCATTCCTACCGACTG
TGGCCACTGTTTTGTCACCAGAGATTATCGAAAAGAATCTGAAGTTGGAGGCAAACTCGG
TGAGCTTGACTCTTACGAGATTGAAAGTGGTGAAACAAAGGGAGAGATTCTGCAGAATCT
GGCTGAGTTCCAATTCTCTTGTGTAATGTTCAATGCGGTGCTGGAGAATGCGTGTAGTGA
GATGGGAGCTAGAATGTCTGCAATGGACAGCTCAAGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1F243TF U 1
AF RR1BI75TF U 113
BS 1 291 RR1F243TF
BS 292 292 RR1BI75TF
BS 293 745 RR1F243TF
BS 746 746 RR1BI75TF
BS 747 753 RR1F243TF
BS 754 754 RR1BI75TF
BS 755 774 RR1F243TF
BS 775 938 RR1BI75TF

RD RR1F243TF 774 0 0
GGAATCTTATACCATCCGAGTCGAGAAGAAGAACACCGATCTGAAAGTTCGCCGGAGCTC
GTTTATAGTCAATCCTTGATCAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTCGCGAAGGGAGACGTCT
CCTCCCTTCGATCGCTGCTCGCCCAATCGCTGCCATCCGATCCCCTCTCGCTTCTGACCA
GGAGGAGGGACTTCTTGGAGTTCGATCTATCTCAACTCAAGTCGTGCGTAACCGCATGAA
GAGTGTAAAGAACATCCAAAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCTAAGCT
AAGAGCTGTTCAAGGCAGAGCTGAGAACTCCCGTGGACTCTGGCAGCCATTTACCGCACT
TCTTGGAGACAATCCCAGCATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTCTCTTCTGA
CAAGGGTCTTTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTGAGCAGGGCTCTGTACAA
ATTGAATGCTGGTCCTGAAAAGGAAGTGAAGTTTGTTATTGTGGGAGAGAAAGCAAAGGC
CATAATGTTCCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCCCTTACCGTAACAGAGCTGAATAAAA
ATCCACTCAATTATGCTCAGGTCTCAGTTCTAGCTGATGACATCCTGAAGAACGTTGAAT
TTGATGCTTTGCGCATTGTCTACAACAAGTTCCATTCTGTTGTCGCATTCCTACCGACTG
TGGCCACTGTTTTGTCACCAGAGAT*ATCGAAAGGAATCTGAAGTTGGAGGCAA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1BI75TF 826 0 0
GGA
CGTCTCCTCCCTTCGATCGCTGCTCGCCCAATCGCTGCCATCCGATCCCCTCTCGCTTCT
GACCAGGAGGAGGGACTTCTTGGAGTTCGATCTATCTCAACTCAAGTCGTGCGTAACCGC
ATGAAGAGTGTAAAGAACATCCAAAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCCTCT
AAGCTAAGAGCTGTTCAAGGCAGAGCTGAGAACTCCCGTGTACTCTGGCAGCCATTTACC
GCACTTCTTGGAGACAATCCCAGCATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTCTCT
TCTGACAAGGGTCTTTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTGAGCAGGGCTCTG
TACAAATTGAATGCTGGTCCTGAAAAGGAAGTGAAGTTTGTTATTGTGGGAGAGAAAGCA
AAGGCCATAATGTTCCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCC*TTACCGTAACAGAGCTGAA
TAAAAATCCACTCAATTATGCTCAGGTCTCAGTTCTAGCTGATGACATCCTGAAGAACGT
TGAATTTGATGCTTTGCGCATTGTCTACAACAAGTTCCATTCTGTTGTCGCATTCCTACC
GACTGTGGCCACTGTTTTGTCACCAGAGATTATCGAAAAGAATCTGAAGTTGGAGGCAAA
CTCGGTGAGCTTGACTCTTACGAGATTGAAAGTGGTGAAACAAAGGGAGAGATTCTGCAG
AATCTGGCTGAGTTCCAATTCTCTTGTGTAATGTTCAATGCGGTGCTGGAGAATGCGTGT
AGTGAGATGGGAGCTAGAATGTCTGCAATGGACAGCTCAAGCA

QA 4 826 4 826
DS 



AS 2 9

CO CL480Contig1 1208 2 4 U
GGACAGTAATATGTTGTATATGTAAATCCTAGATATGACAATATGCGGAATTCATCCATG
AAAATGAAAAATAGGGGGGGGGGGGAGTTGATATCGATGGGACGCATAACCGGATATGCT
AAAATGAAAATATGAAAAAAAAAGGCTAATGAGATCGAAATACTGAATCATAAATAGAGT
TCCATTTCGAATTGGCTAGATAAAACAAAGTCTTGCCTATTATGACAAATAAATCAAAGA
CTTTCCAAAAAAATTTTTTTTATTCATATATTTTTTATTTTAAAACTAGGTTTCGGTTCG
GTTAGTTGAGCTTGAAAACGACTATTCCTTCATTGAAATTTAATTAAGTAACAAATTGAA
TTGCATATTCGCTTGGGTGGTACCAATGAAATCGAGTGCTTACTCCCATTTATTATTGAA
TTAACCAATGAATTTACTATCGAAGATTTTTTCTGTATTCGAAAAATTTCGCAACAAAAT
TGAACATATTTTTTATTATGAGAATAAATCCTACTACTTCGGATCCAGCGGTTTCAATAC
GTGAAAAAAACAACCTGGGACGTATCGCCCAAATCATTGGTCCGGTACTGGATGTAGCCT
TCCCCCCGGGCAAGATGCCTAATATTTACAATGCTCTGGTGGTTAAGGGTCGAGATACGC
TTGGTCAAGAAATTAATGTGACTTGTGAAGTACAGCAATTATTAGGAAACAACCGAGTTA
GAGCTGTAGCTATGAGCGCGACCGAGGGTTTAAAGAGAGGGATGGACGTGGTTGATATGG
GAAATCCTCTAAGTGTTCCAGTCGGCGGAGCGACTCTAGGACGAATTTTCAATGTACTTG
GGGAACCTGTTGATAATTTAGGTCCTCTCGGTCTCGCACCAAAGAAGATCGGAGAAGACA
TCGCCAAAGAGACGGCCAAAGAGTGGAAAGGACTCCGCGTCACCGTCAAGCTAACCGTCC
AGAACCGTCGGGCTAAGGTCACGGTGGTTCCGTCCGCCGCTGCTCTCGTCATCAAGGCCT
TGAAGGAGCCGGAGAGAGACAGGAAGAAGGTGAAGAACATCAAGCACAATGGGAACATTT
CGTTTGATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTAAGGAGC
TGAGTGGGACTGTGAGGGAGATTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGATGCACTGTTGATG
GGAAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX25TF U 1
AF RR1E592TF U 581
BS 1 705 RR1BX25TF
BS 706 706 RR1E592TF
BS 707 742 RR1BX25TF
BS 743 1208 RR1E592TF

RD RR1BX25TF 748 0 0
GGACAGTAATATGTTGTATATGTAAATCCTAGATATGACAATATGCGGAATTCATCCATG
AAAATGAAAAATAGGGGGGGGGGGGAGTTGATATCGATGGGACGCATAACCGGATATGCT
AAAATGAAAATATGAAAAAAAAAGGCTAATGAGATCGAAATACTGAATCATAAATAGAGT
TCCATTTCGAATTGGCTAGATAAAACAAAGTCTTGCCTATTATGACAAATAAATCAAAGA
CTTTCCAAAAAAATTTTTTTTATTCATATATTTTTTATTTTAAAACTAGGTTTCGGTTCG
GTTAGTTGAGCTTGAAAACGACTATTCCTTCATTGAAATTTAATTAAGTAACAAATTGAA
TTGCATATTCGCTTGGGTGGTACCAATGAAATCGAGTGCTTACTCCCATTTATTATTGAA
TTAACCAATGAATTTACTATCGAAGATTTTTTCTGTATTCGAAAAATTTCGCAACAAAAT
TGAACATATTTTTTATTATGAGAATAAATCCTACTACTTCGGATCCAGCGGTTTCAATAC
GTGAAAAAAACAACCTGGGACGTATCGCCCAAATCATTGGTCCGGTACTGGATGTAGCCT
TCCCCCCGGGCAAGATGCCTAATATTTACAATGCTCTGGTGGTTAAGGGTCGAGATACGC
TTGGTCAAGAAATTAATGTGACTTGTGAAGTACAGCAATTATTAG*AAACAACCGAGTTA
GAGCTGTAGCTATGAGCGCGAC
GAGGTT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1E592TF 628 0 0
G
CCGGTACTGGATGTAGCCTTCCCCCCGGGCAAGATGCCTAATATTTACAATGCTCTGGTG
GTTAAGGGTCGAGATACGCTTGGTCAAGAAATTAATGTGACTTGTGAAGTACAGCAATTA
TTAGGAAACAACCGAGTTAGAGCTGTAGCTATGAGCGCGACCGAGGGTTTAAAGAGAGGG
ATGGACGTGGTTGATATGGGAAATCCTCTAAGTGTTCCAGTCGGCGGAGCGACTCTAGGA
CGAATTTTCAATGTACTTGGGGAACCTGTTGATAATTTAGGTCCTCTCGGTCTCGCACCA
AAGAAGATCGGAGAAGACATCGCCAAAGAGACGGCCAAAGAGTGGAAAGGACTCCGCGTC
ACCGTCAAGCTAACCGTCCAGAACCGTCGGGCTAAGGTCACGGTGGTTCCGTCCGCCGCT
GCTCTCGTCATCAAGGCCTTGAAGGAGCCGGAGAGAGACAGGAAGAAGGTGAAGAACATC
AAGCACAATGGGAACATTTCGTTTGATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCATGAGGCCT
AGATCTATTGCTAAGGAGCTGAGTGGGACTGTGAGGGAGATTCTTGGGACGTGTGTGTCT
GTTGGATGCACTGTTGATGGGAAAGAT

QA 2 628 2 628
DS 



CO CL480Contig2 692 7 8 U
GGGCCTCCCACACTCAGCAAGAGCCGAAACAATAGACTCTAACAACCATGCCGCCGAAGT
TGGACCCGAGCGCGATCGTCGACGTCTACGTCCGCGTAACCGGAGGAGAAGTCGGAGCAG
CCAGTTCCCTCGCTCCCAAGATCGGTCCTCTCGGTCTCGCACCAAAGAAGATCGGAGAAG
ACATCGCCAAAGAGACAGCCAAAGAGTGGAAAGGACTCCGCGTCACCGTCAAGCTAACCG
TTCAGAACCGTCAGGCTAAGGTGACTGTTGTTCCGTCCGCCGCTGCTCTCGTCATCAAGG
CCTTGAAGGAGCCGGAGAGGGACAGGAAGAAGGTGAAGAACATCAAGCACAATGGGAACA
TTTCGTTTGATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTAAGG
AGCTGAGTGGGACCGTGAGGGAGATTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGGTGCACTGTTG
ATGGGAAGGATCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATTCAAGAGGGTGAGATTGAGATTCCTG
AGAACTAAGGAAAGGAAAAAGATTTTATCTTTAGTTTTGGGTTGTTGTTGCGTTTTGTTA
TCTCTGTTTAAGGATCTTTCTTTGTTTTGTCATGAGAATTTGAATTTGAATTTGCATTTG
ATGTTCATGTTCTATCTATGCCATTGCTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DU70TF U 18
AF RR1F270TF U 8
AF RR1F270JQ C 292
AF RR1EJ25JQ C 1
AF RR1ED33TF U 24
AF RR1ED33JQ C 24
AF RR1EJ25TF U 1
BS 1 9 RR1EJ25JQ
BS 10 431 RR1F270TF
BS 432 432 RR1DU70TF
BS 433 548 RR1F270TF
BS 549 549 RR1ED33TF
BS 550 636 RR1F270TF
BS 637 667 RR1ED33TF
BS 668 692 RR1EJ25TF

RD RR1DU70TF 489 0 0
G
AAGAGCCGAAACAATAGACTCTAACAACCATGCCGCCGAAGTTGGACCCGAGCGCGATCG
TCGACGTCTACGTCCGCGTAACCGGAGGAGAAGTCGGAGCAGCCAGTTCCCTCGCTCCCA
AGATCGGTCCTCTCGGTCTCGCACCAAAGAAGATCGGAGAAGACATCGCCAAAGAGACAG
CCAAAGAGTGGAAAGGACTCCGCGTCACCGTCAAGCTAACCGTTCAGAACCGTCAGGCTA
AGGTGACTGTTGTTCCGTCCGCCGCTGCTCTCGTCATCAAGGCCTTGAAGGAGTCGGAGA
GGGACAGGAAGAAGGTGAAGAACATCAAGCACAATGGGAACATTTCGTTTGATGACGTGA
TTGAGATCGCCAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTAAGGAGCTGAGTGGGACCGTGA
GGGAGATTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGGAAGGATCCCAAAG
ATCTTCAG

QA 2 489 2 489
DS 

RD RR1F270TF 629 0 0
GG
ACACTCAGCAAGAGCCGAAACAATAGACTCTAACAACCATGCCGCCGAAGTTGGACCCGA
GCGCGATCGTCGACGTCTACGTCCGCGTAACCGGAGGAGAAGTCGGAGCAGCCAGTTCCC
TCGCTCCCAAGATCGGTCCTCTCGGTCTCGCACCAAAGAAGATCGGAGAAGACATCGCCA
AAGAGACAGCCAAAGAGTGGAAAGGACTCCGCGTCACCGTCAAGCTAACCGTTCAGAACC
GTCAGGCTAAGGTGACTGTTGTTCCGTCCGCCGCTGCTCTCGTCATCAAGGCCTTGAAGG
AGCCGGAGAGGGACAGGAAGAAGGTGAAGAACATCAAGCACAATGGGAACATTTCGTTTG
ATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTAAGGAGCTGAGTG
GGGCCGTGAGGGAGATTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGGAAGG
ATCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATTCAAGAGGGTGAGATTGAGATTCCTGAGAACTAAA
GAAAGGAAAAAGATTTTATCTTTAGTTTTGGGTTGTTGTTGCGTTTTGTTATCTCTGTTT
AAGGATCTTTCTTTGTTTTGTCATGAG

QA 3 629 3 629
DS 

RD RR1F270JQ 365 0 0
TCATCAAGGCCTTGAAGGAGCCGGAGAGGGACAGGAAGAAGGTGAAGAACATCAAGCACA
ATGGGAACATTTCGTTTGATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATTTA
TTGCTAAGGAGCTGAGTGGGGCCGTGAGGGAGATTCTTGGGACGTGTGTGTTTGTTGGGT
GCACTGTTGATGGGAAGGATCCCAAGGATTTTCAGCAGGAGATTCAAGAGGGTGAGATTG
AGATTCCTGAGAACTAAGGAAAGGAAAAAGATTTTATTTTTAGTTTTGGGTTGTTGTTGC
GTTTTGTTATCTCTGTTTAAGGATCTTTCTTTGTTTTGTCATGAGAATTTGAATTTGAAT
TTGCA

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR1EJ25JQ 692 0 0
GGGCCTCCCACACTCAGCAAGAGCCGAAACAATGGACTCTAACAACCATGCCGCCGAAGT
TGGACCCGAGCGCGATCGTCGACGTCTACGTCCGCGTAACCGGAGGAGAAGTCGGAGCAG
CCAGTTCCCTCGCTCCCAAGATCGGTCCTCTCGGTCTCGCACCAAAGAAGATCGGAGAAG
ACATCGCCAAAGAGACAGCCAAAGAGTGGAAAGGACTCCGCGTCACCGTCAAGCTAACCG
TTCAGAACCGTCAGGCTAAGGTGACTGTTGTTCCGTCCGCCGCTGCTCTCGTCATCAAAG
CCTTGAAGGAGCCGGAGAGGGACAGGAAGAAGGTGAAGAACATCAAGCACAATGGGAACA
TTTCGTTTGATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTAAGG
AGCTGAGTGGGACCGTGAGGGAGATTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGGTGCACTGTTG
ATGGGAAGGATCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATTCAAGAGGGTGAGATTGAGATTCCTG
AGAACTAAGGAAAGGAAAAAGATTTTATCTTTAGTTTTGGGTTGTTGTTGCGTTTTGTTA
TCTCTGTTTAAGGATCTTTCTTTGTTTTGTCATGAGAATTTGAATTTGAATTTGCATTTG
ATGTTCATGTTCTATCTATGCCATTGCTTTCT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1ED33TF 652 0 0
CCGAAACAATAGACTCTAACAACCATGCCGCCGAAGTTGGACCCGAGCGCGATCGTCGAC
GTCTACGTCCGCGTAACCGGAGGAGAAGTCGGAGCAGCCAGTTTCCTCGCTCCCAAGATC
GGTCCTCTCGGTCTCGCATCAAAGAAGATCGGAGAAGACATCGCCAAAGAGACAGCCAAA
GAGTGGAAAGGACTCCGCGTCACCGTCAAGCTAACCGTTCAGAACCGTCAGGCTAAGGTG
ACTGTTGTTCCGTCCGCCGCTGCTCTCGTCATCAAGGCCTTGAAGGAGCCGGAGAGGGAC
AGGAAGAAGGTGAAGAACATCAAGCACAATGGGAACATTTCGTTTGATGACGTGATTGAG
ATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTAAGGAGCTGAGTGGGACCGTGAGGGAG
ATTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGGAAGGATCCCAAGGATCTT
CAGCAGGAGATTCAAGAGGGTGAGATTGAGATTCCTGAGAACTAAGGAAAGGAAAAAGAT
TTTATCTTTAGTTTTGGGTTGTTGTTGCGTTTTGTTATCTCTGTTTAAAGATCTTTCTTT
GTTTTGTCATGAGAATTTGAATTTGAATTTGCATTTGATGTTCA
AAAAAAAA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1ED33JQ 643 0 0
CCGAAACAATAGACTCTAACAACCATGCCGCCGAAGTTGGACCCGAGCGCGATCGTCGAC
GTCTACGTCCGCGTAACCGGAGGAGAAGTCGGAGCAGCCAGTTTCCTCGCTCCCAAGATC
GGTCCTCTCGGTCTCGCATCAAAGAAGATCGGAGAAGACATCGCCAAAGAGACAGCCAAA
GAGTGGAAAGGACTCCGCGTCACCGTCAAGCTAACCGTTCAGAACCGTCAGGCTAAGGTG
ACTGTTGTTCCGTCCGCCGCTGCTCTCGTCATCAAGGCCTTGAAGGAGCCGGAGAGGGAC
AGGAAGAAGGTGAAGAACATCAAGCACAATGGGAACATTTCGTTTGATGACGTGATTGAG
ATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTAAGGAGCTGAGTGGGACCGTGAGGGAG
ATTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGGAAGGATCCCAAGGATCTT
CAGCAGGAGATTCAAGAGGGTGAGATTGAGATTCCTGAGAACTAAGGAAAGGAAAAAGAT
TTTATCTTTAGTTTTGGGTTGTTGTTGCGTTTTGTTATCTCTGTTTAAGGATCTTTCTTT
GTTTTGTCATGAGAATTTGAATTTGAATTTGCATTTGATGTTC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1EJ25TF 692 0 0
GGGCCTCCC
ACACTCAGCAAGAGCCGAAACAATGGACTCTAACAACCATGCCGCCGAAGTTGGACCCGA
GCGCGATCGTCGACGTCTACGTCCGCGTAACCGGAGGAGAAGTCGGAGCAGCCAGTTCCC
TCGCTCCCAAGATCGGTCCTCTCGGTCTCGCACCAAAGAAGATCGGAGAAGACATCGCCA
AAGAGACAGCCAAAGAGTGGAAAGGACTCCGCGTCACCGTCAAGCTAACCGTTCAGAACC
GTCAGGCTAAGGTGACTGTTGTTCCGTCCGCCGCTGCTCTCGTCATCAAAGCCTTGAAGG
AGCCGGAGAGGGACAGGAAGAAGGTGAAGAACATCAAGCACAATGGGAACATTTCGTTTG
ATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTAAGGAGCTGAGTG
GGACCGTGAGGGAGATTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGGAAGG
ATCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATTCAAGAGGGTGAGATTGAGATTCCTGAGAACTAAG
GAAAGGAAAAAGATTTTATCTTTAGTTTTGGGTTGTTGTTGCGTTTTGTTATCTCTGTTT
AAGGATCTTTCTTTGTTTTGTCATGAGAATTTGAATTTGAATTTGCATTTGATGTTCATG
TTCTATCTATGCCATTGCTTTCT

QA 10 692 10 692
DS 



AS 1 7

CO CL481Contig1 742 7 5 U
GATCAGAATTTAAATTCTAGTAAGAAAATAATAAAAGTGTGTACAATATTCAAATCCAAA
A*TACAATATTGTTGCTAACTTGGTCACAAGCTATAATCGAATTTTACCAAATACGTCTG
CAAGACAATGTCACACATAATTATTTACCCTATTTTATATGCACTTTAATCATATTCATA
TACCAAACGACCAACAAACGCCATCAGCAGCATCGACTTTTCACACAATTTATTCATCGA
TCAGCTTTCACCTTTTCTTTACCGTTTGGTTTGCATCGACGATGTTCAAGACTCGTCCAT
AAAGCCAGTGCCATAACCACTTGACCTTATGAACTTCTTTAGGAGAAGAACCATGATTGC
GATTGTGAGCCCAACCGCTGCCAACGTGAACAGTCTGTCATCGACTGGCTTCTGAGCCGC
TCTTCTTACCATTGTTTGCTCACCACTTCCAGAAGCTTTTGCCGCAACCTCAACCGTTGC
TAACGCTCCTGCTGTAGGACTCGCATAAGCTTCTCTATTGACTGCTTCAGCTGCTTCTTC
GATTATTCGATCATCAGCTATGGTGTCTGCTGTGACGACGGATGGTTCTTCCACTACTGT
TATGGCTTCCTGTGGCTCAGTTTGGGAATGAGCTACTGATTCAGTGGAAGCAGTTTGGTT
ACATTCCAGAGGAAGAGGTTTTGAAACCACTGTCGCTTTGCTAAGGATGTAATGATGAAT
CTCATCAATAACCTTCTGACGT


BQ
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GK63JQ U 1
AF RR1GK63TF C 1
AF RR1C051JQ U 301
AF RR1G932JQ U 1
AF RR1G932TF C 1
AF RR1D506JQ U 1
AF RR1FS89JQ U 1
BS 1 23 RR1D506JQ
BS 24 24 RR1GK63JQ
BS 25 627 RR1D506JQ
BS 628 628 RR1FS89JQ
BS 629 742 RR1D506JQ

RD RR1GK63JQ 404 0 0
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TCAGCTTTCACCTTTTCTTTACCGTTTGGTTTGCATCGACGATGTTCAAGACTCGTCCAT
AAAGCCAGTGCCATAACCACTTGACCTTATGAACTTCTTTAGGAGAAGAACCATGATTGC
GATTGTGAGCCCAACCGCTGCCAACGTGAACAGTCTGTCATC
AC

QA 1 402 1 402
DS 

RD RR1GK63TF 404 0 0
GATCAGAATTTAAATTCTAGTAAGAAAATAATAAAAGTGTGTACAATATTCAAATCCAAA
A*TACAATATTGTTGCTAACTTGGTCACAAGCTATAATCGAATTTTACCAAATACGTCTG
CAAGACAATGTCACACATAATTATTTACCCTATTTTATATGCACTTTAATCATATTCATA
TACCAAACGACCAACAAACGCCATCAGCAGCATCGACTTTTCACACAATTTATTCATCGA
TCAGCTTTCACCTTTTCTTTACCGTTTGGTTTGCATCGACGATGTTCAAGACTCGTCCAT
AAAGCCAGTGCCATAACCACTTGACCTTATGAACTTCTTTAGGAGAAGAACCATGATTGC
GATTGTGAGCCCAACCGCTGCCAACGTGAACAGTCTGTCATC
AC

QA 1 402 1 402
DS 

RD RR1C051JQ 195 0 0
AAAGCCAGTGCCATAACCACTTGACCTTATGAACTTCTTTAGGAGAAGAACCATGATTGC
GATTGTGAGCCCAACCGCTGCCAACGTGAACAGTCTGTCCTCCACTGGCTTCTGAGCCGC
TCTTCTTACCATTGTTTGCTCACCACTTCCAGAAGCCTTTGCCGCAACCTCAACCGTTGC
TAACGCTCCTGCTGT

QA 1 195 1 195
DS 

RD RR1G932JQ 659 0 0
GC
TCAGAATTTAAATTCTAGTAAGAAAATAATAAAAGTGTGTACAATATTCAAATCCAAAA*
TACAATATTGTTGCTAACTTGGTCACAAGCTATAATCGAATTTTACCAAATACGTCTGCA
AGACAATGTCACACATAATTATTTACCCTATTTTATATGCACTTTAATCATATTCATATA
CCAAACGACCAACAAACGCCATCAGCAGCATCGACTTTTCACACAATTTATTCATCGATC
AGCTTTCACCTTTTCTTTACCGTTTGGTTTGCATCGGCGATGTTCAAGACTCGTCCATAA
AGCCAGTGCCATAACCACTTGACCTTATGAACTTCTTTAGGAGAAGAACCATGATTGCGA
TTGTGAGCCCAACCGCTGCCAACGTGAACAGTCTGTCATCGACTGGCTTCTGAGCCGCTC
TTCTTACCATTGTTTGCTCACCACTTCCAGAAGCTTTTGCCGCAACCTCAACCGTTGCTA
ACGCTCCTGCTGTAGGACTCGCATAAGCTTCTCTATTGACTGCTTCAGCTGCTTCTTCGA
TTATTCGATCATCAGCTATGGTGTCTGCTGTGACGACGGATGGTTCTTCCACTACTGTTA
TGGCTTCCTGTGGCTCAGTTTGGGAATGAGCTACTGATTCAGTGGAAGCAGTTTGG
C

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR1G932TF 659 0 0
GC
TCAGAATTTAAATTCTAGTAAGAAAATAATAAAAGTGTGTACAATATTCAAATCCAAAAA
TACAATATTGTTGCTAACTTGGTCACAAGCTATAATCGAATTTTACCAAATACGTCTGCA
AGACAATGTCACACATAATTATTTACCCTATTTTATATGCACTTTAATCATATTCATATA
CCAAACGACCAACAAACGCCATCAGCAGCATCGACTTTTCACACAATTTATTCATCGATC
AGCTTTCACCTTTTCTTTACCGTTTGGTTTGCATCGGCGATGTTCAAGACTCGTCCATAA
AGCCAGTGCCATAACCACTTGACCTTATGAACTTCTTTAGGAGAAGAACCATGATTGCGA
TTGTGAGCCCAACCGCTGCCAACGTGAACAGTCTGTCATCGACTGGCTTCTGAGCCGCTC
TTCTTACCATTGTTTGCTCACCACTTCCAGAAGCTTTTGCCGCAACCTCAACCGTTGCTA
ACGCTCCTGCTGTAGGACTCGCATAAGCTTCTCTATTGACTGCTTCAGCTGCTTCTTCGA
TTATTCGATCATCAGCTATGGTGTCTGCTGTGACGACGGATGGTTCTTCCACTACTGTTA
TGGCTTCCTGTGGCTCAGTTTGGGAATGAGCTACTGATTCAGTGGAAGCAGTTTGG
C

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR1D506JQ 742 0 0
GATCAGAATTTAAATTCTAGTAAAAAAATAATAAAAGTGTGTACAATATTCAAATCCAAA
A*TACAATATTGTTGCTAACTTGGTCACAAGCTATAATCGAATTTTACCAAATACGTCTG
CAAGACAATGTCACACATAATTATTTACCCTATTTTATATGCACTTTAATCATATTCATA
TACCAAACGACCAACAAACGCCATCAGCAGCATCGACTTTTCACACAATTTATTCATCGA
TCAGCTTTCACCTTTTCTTTACCGTTTGGTTTGCATCGACGATGTTCAAGACTCGTCCAT
AAAGCCAGTGCCATAACCACTTGACCTTATGAACTTCTTTAGGAGAAGAACCATGATTGC
GATTGTGAGCCCAACCGCTGCCAACGTGAACAGTCTGTCATCGACTGGCTTCTGAGCCGC
TCTTCTTACCATTGTTTGCTCACCACTTCCAGAAGCTTTTGCCGCAACCTCAACCGTTGC
TAACGCTCCTGCTGTAGGACTCGCATAAGCTTCTCTATTGACTGCTTCAGCTGCTTCTTC
GATTATTCGATCATCAGCTATGGTGTCTGCTGTGACGACGGATGGTTCTTCCACTACTGT
TATGGCTTCCTGTGGCTCAGTTTGGGAGTGAGCTACTGATTCAGTGGAAGCAGTTTGGTT
ACATTCCAGAGGAAGAGGTTTTGAAACCACTGTCGCTTTGCTAAGGATGTAATGATGAAT
CTCATCAATAACCTTCTGACGT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1FS89JQ 742 0 0
GATCAGAATTTAAATTCTAGTAAGAAAATAATAAAAGTGTGTACAATATTCAAATCCAAA
A*TACAATATTGTTGCTAACTTGGTCACAAGCTATAATCGAATTTTACCAAATACGTCTG
CAAGACAATGTCACACATAATTATTTACCCTATTTTATATGCACTTTAATCATATTCATA
TACCAAACGACCAACAAACGCCATCAGCAGCATCGACTTTTCACACAATTTATTCATCGA
TCAGCTTTTACCTTTTCTTTACCGTTTGGTTTGCATCGACGATGTTCAAGACTCGTCCAT
AAAGCCAGTGCCATAACCACTTGACCTTATGAACTTCTTTAGGAGAAGAACCATGATTGC
GATTGTGAGCCCAACCGCTGCCAACGTGAACAGTCTGTCATCGACTGGCTTCTGAGCCGC
TCTTCTTACCATTGTTTGCTCACCACTTCCAGAAGCTTTTGCCGCAACCTCAACCGTTGC
TAACGCTCCTGCTGTAGGACTCGCATAAGCTTCTCTATTGACTGCTTCAGCTGCTTCTTC
GATTATTCGATCATCAGCTATGGTGTCTGCTGTGACGACGGATGGTTCTTCCACTACTGT
TATGGCTTCCTGTGGCTCAGTTTGGGAATGAGCTACTGATTCAGTGGAAGCAGTTTGGTT
ACATTCCAGAGGAAGAGGTTTTGAAACCACTGTCGCTTTGCTAAGGATGTAATGATGAAT
CTCATCAATAACCTTCTGACGT

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 9

CO CL482Contig1 783 9 15 U
GGGCATTCCTTCCTCTTTCACTTGCTGTATAGAAAGAAAGCTCTCTCTCTTTTCTCTCTG
CTACATCATTTTGGAATCTTATTCTTCTTCTTCTTCTTCCATAATTAAGCTCAAACAAAA
GATTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGATGGTCGTCGGTCTGGACGAAAGCGA
GCAGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAA
TTTTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTCTCTGCCGTTGGTTT
CGCTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGC
TGCTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCGGTTCATGACGCGAC
TATGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCA
TGCTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTATGGG
GAGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCC
TAAGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAAT
CAAAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCAAGACAATC
TTTGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTAATAGCAGAGTATTCGCTATTCCTGA
ACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 25 25 25 40 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
50 50 50 50 50 50 45 45 45 30 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1DL04TF U 1
AF RR1D757TF U 99
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AF RR1AV53TF U 61
AF RR1AT42JQ C 61
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BS 542 600 RR1DL04TF
BS 601 609 RR1F366TF
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BS 713 713 RR1DO46TF
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RD RR1DL04TF 600 0 0
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CTACATCATTTTGGAATCTTATTCTTCTTCTTCTTCTTCCATAATTAAGCTCAAACAAAA
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GCAGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAA
TTTTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTCTCTGCCGTTGGTTT
CGCTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGC
TGCTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCGGTTCATGACGCGAC
TATGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCA
TGCTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTATGGG
*AGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1D757TF 508 0 0
GG
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GTCGGTCTGGACGAAAGCGAGCAGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTC
TTCGCTCCTTATGCCCCGAATTTTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAAC
GCCGTCTCTGCCGTTGGTTTCGCTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATGTTGAT
GCAGATTTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGC
AAATCGGTTCATGACGCGACTATGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGC
GAGGCTGTGGATAAACACCATGCTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCT
ATCGAGAGGGCGGTTATGGGGAGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCC
GTGATGATCGTGAAGAAGCCTAAGAT

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR1F366TF 693 0 0
GGGCT
ACATCATTTTGGAATCTTATTCTTCTTCTTCTTC***CATAATTAAGCTCAAACAAAAGA
TTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGATGGTCGTCGGTCTGGACGAAAGCGAGC
AGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAATT
TTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTCTCTGCCGTTGGTTTCG
CTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTG
CTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCGGTTCATGACGCGATTA
TGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCATG
CTTCTCTTCTTGCTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTATGGGGA
GCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCCTA
AGATCAAAGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAATCA
AAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCA*GACA*TCTT
TGTGTGTGGT*GTTTATCACATATACTC

QA 6 693 6 693
DS 

RD RR1DO46TF 671 0 0
GG
AAGCTCAAACAAAAGATTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGATGGTCGTCGGT
CTGGACGAAAGCGAGCAGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCT
CCTTATGCTCCGAATTTTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTC
TCTGCCGTTGGTTTCGCTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGAT
TTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCG
GTTCATGACGCGACTATGGAAGTTCTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCT
GTGGATAAACACCATGCTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAG
AGGGCGGTTATGGG*AGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATG
ATCGTGAAGAAGCCTAAGATCAAGGTCTTATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTAT
CTGCATAGTCAAATCAAAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTCACCTTGATGTGAAAT
GATTCAAGACAATCTTTGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTAATAGCAGAGTA
TTCGC
AAAA

QA 3 667 3 667
DS 

RD RR1DO46JQ 667 0 0
GG
AAGCTCAAACAAAAGATTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGATGGTCGTCGGT
CTGGACGAAAGCGAGCAGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCT
CCTTATGCTCCGAATTTTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTC
TCTGCCGTTGGTTTCGCTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGAT
TTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCG
GTTCATGACGCGACTATGGAAGTTCTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCT
GTGGATAAACACCATGCTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAG
AGGGCGGTTATGGG*AGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATG
ATCGTGAAGAAGCCTAAGATCAAGGTCTTATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTAT
CTGCATAGTCAAATCAAAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTCACCTTGATGTGAAAT
GATTCAAGACAATCTTTGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTAATAGCAGAGTA
TTCGC

QA 3 667 3 667
DS 

RD RR1AT42TF 686 0 0
CTTCCATAATTAAGCTCAAACAAAAGATTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGG
TGGTCGTCGGTCTGGACGAAAGCGAGCAGAGCAC*TACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATC
GTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAATTTTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAAC
TTAACGCCGTCTCTGCCGTTGGTTTCGCTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATG
TTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTG
AGAGCAAATCGGTTCATGACGCGACTATGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCC
TGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCATGCTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATG
GAGCTATCAAGAGGGCGGTTATGGGGAGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATT
GCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCCTAAGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAA
ATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAATCAAAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCT
TGATGTGAAATGATTCAAGACAATCTTTGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTA
ATAGCAGAGTATTCGCTATTC
CTGAA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1AV53JQ 723 0 0
GG
ACATCATTTTGGAATCTTATTCTTCTTCTTCTTCTTCCATAATTAAGCTCAAACAAAAGA
TTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGGTGGTCGTCGGTCTGGACGAAAGCGAGC
AGAGCAC*TACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAATT
TTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTCTCTGCCGTTGGTTTCG
CTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTG
CTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCGGTTCATGACGCGACTA
TGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCATG
CTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTATGGGGA
GCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCCTA
AGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAATCA
AAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCAAGACAATCTT
TGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTAATAGCAGAGTATTCGCTATTC
CTGAACT

QA 3 716 3 716
DS 

RD RR1AV53TF 716 0 0
GG
ACATCATTTTGGAATCTTATTCTTCTTCTTCTTCTTCCATAATTAAGCTCAAACAAAAGA
TTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGGTGGTCGTCGGTCTGGACGAAAGCGAGC
AGAGCAC*TACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAATT
TTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTCTCTGCCGTTGGTTTCG
CTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTG
CTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCGGTTCATGACGCGACTA
TGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCATG
CTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTATGGGGA
GCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCCTA
AGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAATCA
AAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCAAGACAATCTT
TGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTAATAGCAGAGTATTCGCTATTC

QA 3 716 3 716
DS 

RD RR1AT42JQ 723 0 0
GG
ACATCATTTTGGAATCTTATTCTTCTTCTTCTTCTTCCATAATTAAGCTCAAACAAAAGA
TTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGGTGGTCGTCGGTCTGGACGAAAGCGAGC
AGAGCAC*TACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAATT
TTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTTTCTGCCGTTGGTTTCG
CTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTG
CTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCGGTTCATGACGCGACTA
TGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCATG
CTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTATGGGGA
GCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCCTA
AGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAATCA
AAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCAAGACAATCTT
TGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTAATAGCAGAGTATTCGCTATTCCTGAAC
T

QA 3 723 3 723
DS 



AS 1 8

CO CL483Contig1 1279 8 25 U
GGGATCATCATCGAGTGTCTCGCCCAAGTGCTTCACCACAAAAACTAAAAAACAAAAAAA
GACATCTTCTCTCCTCGCAAATCCCC**CAAAAATGTTCAGATCTATGCTTGTCCGATCC
TCCGCCTCGGCGAAGCAGTCGCTTCTCCGCAGCAACTTCTCATCCGGATCCGTCCCCGAG
CGAAAAGTCGCAATCTTGGGAGCCGCCGGTGGAATCGGTCAGCCTCTTGCTCTCCTCATG
AAACTCAACCCTCTCGTCTCCAGCCTCTCCCTCTTCGATATCGCAAACACACCTGGAGTC
GCCGCTGATGTCGGTCACATCAACACCAGATCTCAGGTTGTTGGATACATGGGAGATGAT
GAGTTGGCGAAAGCTCTCGAAGGAGCTGACCTCGTTATCATTCCAGCTGGTGTCCCCAGG
AAGCCTGGTATGACCCGTGATGATCTTTTCAACATCAATGCTGGCATTGTCAAGAACCTT
GCCTCTGCCATCGCCAAGTACTGCCCTCATGCACTTGTTAATATGATCAGCAACCCAGTG
AACTCCACTGTTCCAATTGCAGCTGAGATATTTAAGAAGGCTGGTATGTACGATGAAAAG
AAGTTGTTTGGTGTTACCACTCTTGACGTCGTTAGGGCCAAGACTTTCTATGCTGGAAAG
GCTAATGTCCCTGTTGCAGAAGTGAATGTTCCGGTGATTGGTGGTCATGCTGGGGTTACA
ATTCTCCCACTCTTCTCTCAGGCCACTCCCCAAGCTAACTTGTCGGGTGACGTGCTCACC
GCTCTCACCAAGCGTACCCAAGATGGAGGTACAGAAGTCGTGGAGGCTAAAGCAGGAAAA
GGTTCAGCTACATTGTCAATGGCCTATGCTGGAGCACTATTCGCTGATGCATGCTTAAAG
GGACTCAACGGTGTTCCAGATGTTGTAGAATGCTCATACGTGCAATCCACAATCACCGAG
CTTCCTTTCTTTGCCTCAAAGGGTAAGGTTGGGAAAGAACGGTGTGGAGGAGGTTCTTGA
TTTGGGCCCACTCTCAGACTTTGAGAAGGAAGGCTTGGAGGCATTGAAGCCTGAACTCAA
GTCTTCCATTGAGAAGGGCGTTAAGTTTGCCAACCAATGATCAAACCGGTTTGACTTGGT
GGTTGTTTTTTCCAAATTTTCCGGCTAGAGTTTGCCTTCCATAAGATACTACATGATTTG
AGTCTGACTTTTGTTTTCAAACAATCTGTTTTGCGGGTAATAAATGTCACACACCATCAC
AAACTAATAAGATTACGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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DS 



AS 1 9

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GGAGACGATTTGCAAGAATTTCCTCAAAGGCAGAGTTCCAGCTAATTAATTAGTTTCACT
CCCAAATTATCTATTTGGCTCTTGTTATATTGGAGCACTTATGGATTTATTACCTTGTTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 10 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 25 
25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1DB84TF U 61
AF RR1DA34TF U 8
AF RR1H437TF U 31
AF RR1BG87TF U 61
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AF RR1DB84JQ C 454
AF RR1H437JQ C 574
AF RR1EV18JQ C 611
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BS 76 76 RR1DA34TF
BS 77 262 RR1EV18TF
BS 263 263 RR1DA34TF
BS 264 267 RR1EV18TF
BS 268 268 RR1DA34TF
BS 269 290 RR1EV18TF
BS 291 291 RR1DA34TF
BS 292 334 RR1EV18TF
BS 335 604 RR1DA34TF
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BS 606 646 RR1DA34TF
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BS 700 700 RR1H437TF
BS 701 705 RR1DA34TF
BS 706 706 RR1H437TF
BS 707 732 RR1DA34TF
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BS 756 756 RR1BG87TF
BS 757 761 RR1H437TF
BS 762 762 RR1BG87TF
BS 763 774 RR1H437TF
BS 775 819 RR1BG87TF
BS 820 820 RR1DB84JQ
BS 821 900 RR1BG87TF
BS 901 929 RR1BG87JQ
BS 930 930 RR1DB84JQ
BS 931 1027 RR1BG87JQ
BS 1028 1033 RR1EV18JQ

RD RR1EV18TF 343 0 0
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TTAGACGGGAAAAAA*TGGTTGAGCAGAAAAAGTTCGCACTGTTTCTAGCCACTCCTGAT
TCAGAGTTCGTGAAGAAAGAGTACGGAGGATACCACAACGTGTTCGTGTCCACGTTCGGT
GACGAAGGAGAGCATTGGGACTCATTTAGAGTCGTAGAGGGCGAGTTTCCGGACGAGAAA
GATCTTGAAAAGTACGACGGTT*CGTT*TTAGTGGAAGCTCTCACGATTC*TTCGAGAAT
GATCCTTGGATCCTTAAGCTATGTGAGATCGTCA
GAGACTTGA

QA 1 334 1 334
DS 

RD RR1DB84TF 554 0 0
GG
AGACGGGAAAAAAATGGTTGAGCAGAAAAAGTTCGCACTGTTTCTAGCCACTCCTGATTC
AGAGTTCGTGAAGAAAGAGTACGGAGGATACCACAACGTGTTCGTGTCCACGTTCGGTGA
CGAAGGAGAGCATTGGGACTCATTTAGAGTCGTAGAGGGCGAGTTTCCGGACGAGAAAGA
TCTTGAAAAGTACGACGGTTTCGTTATTAGTGGAAGCTCTCACGATTCCTTCGAGAATGA
TCCTTGGATCCTTAAGCTATGTGAGATCGTCAAGAAACTTGATGAGATGAAGAAGAAAAT
TCTTGGCATCTGCTTTGGCCACCAGATAATAGCTAGAGTAAGAGGAGGAACAGTGGGAAG
AGCAAGGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTACAGACATAACCCTCGTGAAGGATGCAATTAA
ACCGGGAAGTTTCTTTGGAAACGAGATTCCGGATACCATAGCCATCCTAAAATTACATCA
GGACGAAGTGTTAGTGTTGCCTGAGTCTGCTAAAGTACTAGCTTATTCCGAAAATTACGA
GG*TGGAGATGT

QA 3 554 3 554
DS 

RD RR1DA34TF 725 0 0
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GGAAAAAAATGGTTGAGCAGAAAAAGTTCGCACTGTTTCTAGCCACTCCTGATTCAGAGT
TCGTGAAGAAAGAGTACGGAGGATACCACAACGTGTTCGTGTCCACGTTCGGTGACGAAG
GAGAGCATTGGGACTCATTTAGAGTCGTAGAGGGCGAGTTTCCGGACGAGAAAGATCTTG
AAAAGTACGACGGTTTCGTTATTAGTGGAAGCTCTCACGATTCCTTCGAGAATGATCCTT
GGATCCTTAAGCTATGTGAGATCGTCAAGAAACTTGATGAGATGAAGAAGAAAATTCTTG
GCATCTGCTTTGGCCACCAGATAATAGCTAGAGTAAGAGGAGGAACAGTGGGAAGAGCAA
GGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTACAGACATAACCCTCGTGAAGGATGCAATTAAACCGG
GAAGTTTCTTTGGAAACGAGATTCCGGATACCATAGCCATCCTAAAATTACATCAGGACG
AAGTGTTAGTGTTGCCTGAGTCTGCTAAAGTACTAGCTTATTCCGAAAATTACGAGGGTG
GAGATGTTCTCCATTGAGGATCATTTATTCTGTATCCAA*GACATCCTGAGTATAACAGA
GAGAT*CTCCACGAGATCGTTGATCGTGTTCT*GGTCT*GGCTTCATCAAGCAAGATTTT
GCGGA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1H437TF 746 0 0
GGAATCAAC
CACACTGTCTCTCTATTTTCTTTAGACGGGAAAAAAATGGTTGAGCAGAAAAAGTTCGCA
CTGTTTCTAGCCACTCCTGATTCAGAGTTCGTGAAGAAAGAGTACGGAGGATACCACAAC
GTGTTCGTGTCCACGTTCGGTGACGAAGGAGAGCATTGGGACTCATTTAGAGTCGTAGAG
GGCGAGTTTCCGGACGAGAAAGATCTTGAAAAGTACGACGGTTTCGTTATTAGTGGAAGC
TCTCACGATTCCTTCGAGAATGATCCTTGGATCCTTAAGCTATGTGAGATCGTCAAGAAA
CTTGATGAGATGAAGAAGAAAATTCTTGGCATCTGCTTTGGCCACCAGATAATAGCTAGA
GTAAGAGGAGGAACAGTGGGAAGAGCAAGGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTACAGACATA
ACCCTCGTGAAGGATGCAATTAAACCGGGAAGTTTCTTTGGAAACGAGATTCCGGATACC
ATAGCCATCCTAAAATTACATCAGGACGAAGTGTTAGTGTTGCCTGAGTCTGCTAAAGTA
CTAGCTTATTCCGAAAATTACGAGG*TGGAGATGTTCTCCATTGAGGATCATTTATTCTG
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TGGTCTTGGCTTCATCAAGCAAGATTTTGCGGATGCGGCAAA*GCCTCGATGGAGA*TAG
GG*AGCGGACAGGAA
CT

QA 10 744 10 744
DS 

RD RR1BG87TF 840 0 0
GG
AGACGGGAAAAAAATGGTTGAGCAGAAAAAGTTCGCACTGTTTCTAGCCACTCCTGATTC
AGAGTTCGTGAAGAAAGAGTACGGAGGATACCACAACGTGTTCGTGTCCACGTTCGGTGA
CGAAGGAGAGCATTGGGACTCATTTAGAGTCGTAGAGGGCGAGTTTCCGGACGAGAAAGA
TCTTGAAAAGTACGACGGTTTCGTTATTAGTGGAAGCTCTCACGATTCCTTCGAGAATGA
TCCTTGGATCCTTAAGCTATGTGAGATCGTCAAGAAACTTGATGAGATGAAGAAGAAAAT
TCTTGGCATCTGCTTTGGCCACCAGATAATAGCTAGAGTAAGAGGAGGAACAGTGGGAAG
AGCAAGGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTACAGACATAACCCTCGTGAAGGATGCAATTAA
ACCGGGAAGTTTCTTTGGAAACGAGATTCCGGATACCATAGCCATCCTAAAATTACATCA
GGACGAAGTGTTAGTGTTGCCTGAGTCTGCTAAAGTACTAGCTTATTCCGAAAATTACGA
GG*TGGAGATGTTCTCCATTGAGGATCATTTATTCTGTATCCAAGGACATCCTGAGTATA
ACAGAGAGATTCTCCACGAGATCGTTGATCGTGTTCTTGGTCTTGGCTTCATCAAGCAAG
ATTTTGCGGATGCGACAAACGCCTCGATGGAGAATAGGGGAGCGGACAGGAAACTTTTGG
AGACGATTTGCAAGAATTTCCTCAAAGGCAGAGTTCCGGCTAATTAATTAGTTTCACTCC
CAAATTATCTATTTGGCTCTTGTTATATTGGAGCACTTATGGATTTATTACCTTGTTG

QA 3 840 3 840
DS 

RD RR1BG87JQ 798 0 0
CGAGA
AAAGATCTTGAAAAGTACGACGGTTTCGTTATTAGTGGAAGCTCTCACGATTCCTTCGAG
AATGATCCTTGGATCCTTAAGCTATGTGAGATCGTCAAGAAACTTGATGAGATGAAGAAG
AAAATTCTTGGCATCTGCTTTGGCCACCAGATAATAGCTAGAGTAAGAGGAGGAACAGTG
GGAAGAGCAAGGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTACAGACATAACCCTCGTGAAGGATGCA
ATTAAACCGGGAAGTTTCTTTGGAAACGAGATTCCGGATACCATAGCCATCCTAAAATTA
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TACGAGG*TGGAGATGTTCTCCATTGAGGATCATTTATTCTGTATCCAAGGACATCCTGA
GTATAACAGAGAGATTCTCCACGAGATCGTTGATCGTGTTCTTGGTCTTGGCTTCATCAA
GCAAGATTTTGCGGATGCGACAAAGGCCTCGATGGAGAATAGGGGAGCGGACAGGAAACT
TTTGGAGACGATTTGCAAGAATTTCCTCAAAGGCAGAGTTCCGGCTAATTAATTAGTTTC
ACTCCCAAATTATCTATTTGGCTCTTGTTATATTGGAGCACTTATGGATTTATTACCTTG
TTGTATTCGTATTCAATATATAACCTATTATTCTCATCCTTGTCAAGAAAACAAAAACTC
ATATTTATCTCAAGGTCATATTTATGTGTTGTACTCATAAGTAAAATAATTCAATAAAAA
ATATAGTTTG
CAC

QA 6 795 6 795
DS 

RD RR1DB84JQ 577 0 0
GACATAACCCTCGTGAAGGATGCAATTAAACCGGGAAGTTTCTTTGGAAACGAGATTCCG
GATACCATAGCCATCCTAAAATTACATCAGGACGAAGTGTTAGTGTTGCCTGAGTCTGCT
AAAGTACTAGCTTATTCCGAAAATTACGAGG*TGGAGATGTTCTCCATTGAGGATCATTT
ATTCTGTATCCAAGGACATCCTGAGTATAACAGAGAGATTCTCCACGAGATCGTTGATCG
TGTTCTTGGTCTTGGCTTCATCAAGCAAGATTTTGCGGATGCGGCAAAGGCCTCGATGGA
GAATAGGGGAGCGGACAGGAAACTTTTGGAGACGATTTGCAAGAATTTCCTCAAAGGCAG
AGTTCCAGCTAATTAATTAGTTTCACTCCCAAATTATCTATTTGGCTCTTGTTATATTGG
AGCACTTATGGATTTATTACCTTGTCGTATTCGTATTCAATATATAACCTATTATTTTCT
TCCTTGTCAAGAAAACAAAAACTCATATTTATCTCAAGGTCATATTTATGTGTTGTACTC
ATAAGTAAAATAATTCAATAAAAAATATAGTTTG
CAT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1H437JQ 454 0 0
AAAGTACTAGCTTATTCCGAAAATTACGAGG*TGGAGATGTTCTCCATTGAGGATCATTT
ATTCTGTATCCAAGGACATCCTGAGTATAACAGAGAGATTTTCCACGAGATCGTTGATCG
TGTTCTTGGTCTTGGCTTCATCAAGCAAGATTTTGCGGATGCGGCAAAGGCCTCGATGGA
GAATAGGGGAGCGGACAGGAAACTTTTGGAGACGATTTGCAAGAATTTCCTCAAGGGCAG
AGTTCTAGCTAATTAATTAGTTTCACTCCCAAATTATTTATTTGGCTCTTGTTATATTGG
AGCACTTATGGATTTATTACCTTGTTGTATTCGTATTCAATATATAACCTATTATTTTTT
TCCTTGTCAAGAAAACAAAAACTCATATTTATCTCAAGGTCATATTTATGTGTTGTACTC
ATAAGTAAAATAATTCAATAAAAAATATAGTTTG

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR1EV18JQ 423 0 0
GATG
TCTCCATTGAGGATCATTTATTCTGTATCCAAGGACATCCCGAGTATAACAGAGAGATCC
TCCACGAGATCGTTGATCGTGTTCTTGGTCTTGGCTTCATCAAGCAAGATTTTGCGGATG
CGGCAAAGGCCTCGATGGAGAATAGGGGAGCGGACAGGAAACTTTTGGAGACGATTTGCA
AGAATTTCCTCAAAGGCAGAGTTCCAGCTAATTAATTAGTTTCACTCCCAAATCATCTAT
TTGGCTCTTGTTATATTGGAGCACTCATGGATTTATTACCTTGTTGTATTTTTATTCAAT
ATATAACCTATTATTTTCATCCTTGTCAAGAAAACAAAAACTCATATTTATCTCAAGGTC
ATATTTATGTGTTGTACCCATAAGTAAAATAATTCAATAAAAA*TATAGTTTGCATATC

QA 5 423 5 423
DS 



AS 1 8

CO CL485Contig1 496 8 8 U
GGATCAATCGAAACACATCAAAATTCATATAAACAAAAATATTTGCTTAAGAAAAATGGC
AGACAACAAGCAAAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGTCTAA
TGTGCTGGTGGACAAGGTCAAGGATGCTGCTACCGCTGCTGGAGCGTCTGCTCAAACCGC
AGGACAGAAGATATCGGAGACCGCAGGAGGAGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGACTGG
CATGAACAAGTAGTGGACTCAAAATCAAATTGGCAGCTATTTAATCCCTTCCTAATTAAT
TGTTATGGTTTTAAATAAAATTGGGAGTTCATATTGATTCTCATCTACATCATAGTTGTT
GTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTGTTTAGTGTTTTAAATACTTGAATTGATTCTCC
CCTTAGGTTTGTACGTTTGGATGTTTGTGTATTTAGTTTTCCCAGTAATAAAAACAAATG
TATAATTTTAAGTTCC


BQ
30 40 40 40 40 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 10 

AF RR1CA30JQ C 119
AF RR1DE53TF U 1
AF RR1BH58JQ C 1
AF RR1BH58TF U 1
AF RR1EE15TF U 1
AF RR1D116JQ C 2
AF RR1D116TF U 2
AF RR1CA30TF U 4
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DS 

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TGTTATGGTTT*AAATAAAATTGGGAGTTCATATTGATTCTCATCTACATCATA
TT

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DS 

RD RR1BH58JQ 495 0 0
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TGTGCTGGTGGACAAGGTCAAGGATGCTGCTACCGCTGCTGGAGCGTCTGCTCAAACCGC
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CATGAACAAGTAGTGGACTCAAAATCAAATTGGCAGCTATTTAATCCCTTCCTAATTAAT
TGTTATGGTTTTAAATAAAATTGGGAGTTCATATTGATTCTCATCTACATCATAGTTGTT
GTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTGTTTAGTGTTTTAAATACTTGAATTGATTCTCC
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TATAATTTTAAGT
CC

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DS 

RD RR1BH58TF 495 0 0
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TGTTATGGTTTTAAATAAAATTGGGAGTTCATATTGATTCTCATCTACATCATAGTTGTT
GTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTGTTTAGTGTTTTAAATACTTGAATTGATTCTCC
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TATAATTTTAAGT
CC

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR1EE15TF 496 0 0
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TGTGCTGGTGGACAAGGTCTAGGATGCTGCTACCGCTGCTGGAGCGTCTGCTCAAACCGC
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GTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGT***GTTTAGTGTTTTAAATACTTGAATTGATTCTCC
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TATAATTTTAAGTTC
C

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DS 

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GTTATGGTTTTAAATAAAATTGGGAGTTCATATTGATTCTCATCTACATCATAGTTGTTG
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CTTAGGTTTGTACGTTTGGATGTTTGTGTATTTAGTTTTCCCAGTAATAAAAACAAATGT
ATAATTTTAAGTTC

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1D116TF 494 0 0
GATCAAACGAAACACATCAAAATTCATATAAACAAAAATATTTGCTTAAGAAAACTGGCA
GACAACAAGCAAAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGTCTAAT
GCGCTGGTGGACAAGGTCAAGGATGCTGCTACCGCTGCTGGAGCGTCTGCTCAAACCGCA
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ATGAACAAGTAGTGGACTCAAAATCAAATTGGCAGCTATTTAATCCCTTCCTAATTAATT
GTTATGGTTTTAAATAAAATTGGGAGTTCATATTGATTCTCATCTACATCATAGTTGTTG
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CTTAGGTTTGTACGTTTGGATGTTTGTGTATTTAGTTTTCCCAGTAATAAAAACAAATGT
ATAATTTTAAGTTC

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1CA30TF 493 0 0
GG
AATCGAAACACATCAAAATTCATATAAACAAAAATATTTGCTTAAGAAAAATGGCAGACA
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TGGTGGACAAGGTCAAGGGTGCTGCTACCGCTGCTGGAGCGTCTGCTCAAACCGCAGGAC
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ACAAGTAGTGGACTCAAAATCAAATTGGCAGCTATTTAATCCCTTCCTAATTAATTGTTA
TGGTTTTAAATAAAATTGGGAGTTCATATTGATTCTCATCTACATCATAGTTGTTGTTTG
TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTGTTTAGTGTTTTAAATACTTGAATTGATTCTCCCCTTA
GGTTTGTACGTTTGGATGTTTGTGTATTTAGTTTTCCCAGTAATAAAAACAAATGTATAA
TTTTAAGTTCC

QA 3 493 3 493
DS 



AS 1 7

CO CL486Contig1 926 7 40 U
GGAAAGAAGAAACCACTCTCTTTGCAGAAACAAGACCAACTTACTCTTGAATTCTCCTCT
CCATCAGCTAACTAACAAGAAGCAGAAGGTTTTGTGGGATCTAATGGCGAAGATCAAGCC
GCAAGCTCTATTGCAGCAAAGCAAGAAGAAGAAAGGACCTTCTCCTATTAGCATAACCAG
CATCGTGATTTACACCTTGGCCCTGCTTTTGGTCGTCTTCGTCCTCTTCTCCGCGTACAA
ACGTTGGACCCTCAGATCTGAGATCCCAACCCACAATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTC
AGCCAAGACTAGTAATGTCCCATGGTTTGCTACCTTAGATACGGGCAAAGGTTCAGTGAC
CATTGAACTGTTCAAAGATGCTGCTCCCAACGTTGTTGACGAATTCATCAACTTATGTCA
AGATGGGTATTTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGAGTTGTAAAGCATTCCGTCATTCAAGC
TGGTCACTCTGCTGAGTCCGATGCTGTCACTGATTGGGCTCTCCAAAAGAATAATCTTCA
TACCAGTTTAAAACAAGAAGAATTCATGGTGGGAACTCCTAAAGCTAAAAACCAGGAAGG
AGGGTTTCAGTTTTTCATTGTATCTTCTCAGATCACAGATCTGAACGAGAAATTGACAGT
TTTTGGTCGTGTTGCAAAGGGACAAGATGTGGTTCAGGAGATCGAGGAGGTTGAGACAGA
TGAACATCATCAACCAAAAGCACCTATAGAGATCATGTCCGTCACTTTGCTTCAAGACAT
GTGAAAGCTTTATT*ACTTCTTGTATTGAAAAAAATA************TCTTGATGTAT
TAATGCTTTGTAACTTGAATTCTTTTTTTT*CATCACCTCATTTGCAACTTTGTGGTAAC
ACAACTTTTAAGTTTCTATCTCCTGC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
5 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 10 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 30 45 45 5 45 45 45 45 45 
45 10 45 45 45 30 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1G026TF U 1
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AF RR1DR06TF U 2
AF RR1C485TF U 13
AF RR1BU40JQ C 184
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AF RR1DY49JQ C 236
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BS 92 102 RR1AN09TF
BS 103 234 RR1G026TF
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BS 776 785 RR1DR06TF
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RD RR1G026TF 683 0 0
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ACGTTGGACCCTCAGATCTGAGATCCCAACCCACAATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTC
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TGCCAGTTTAAAACAAGAAGAATTCATGGTGGGAACTCCTAAAGCTAAAAACCAGGAAGG
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TTTTGGTCGTGTCGCAAAGGGAC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1AN09TF 692 0 0
GG
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AGCTCTATTGCAGCAAAGCAAGAAGAAGAAAGGACCTTCTCCTATTAGCATAACCAGCAT
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TTGGACCCTCAGATCTGAGATCCCAACCCACAATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTCAGC
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TGAACTGTTCAAAGATGCTGCTCCCAACGTTGTTGACGAATTCATCAACTTATGTCAAGA
TGGGTATTTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGAGTTGTGAAACATTCTGTCATTCAAGCTGG
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CAGTTTAAAACAAGAAGAATTCATGGTGGGAACTCCTAAAGCTAAAAACCAGGAAGGAGG
GTTTCAGTTTTTCATTGTATCTTCTCAGATCACAGATCTGAACGAGAAATTGACAGTTTT
TGGTCGTGTTGCAAAGGGACAAGATGTGGT

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR1DR06TF 784 0 0
GA
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TCAGCTAACTAACAAGAAGCAGAAGGTTTTGTGGGATCTAATGGCGAAGATCAAGCCGCA
AGCTCTATTGCAGCAAAGCAAGAAGAAGAAAGGACCTTCTCCTATTAGCATAACCAGCAT
CGTGATTTACACCTTGGCCCTGCTTTTGGTCGTCTTCGTCCTCTTCTCCGCCTACAAGCG
TTGGACCCTCAGATCTGAGATCCCAACCCACAATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTCAGC
CAAGACTAGTAATGTCCCATGGTTTGCTACCTTAGATACGGGCAAAGGTTCAGTGACCAT
TGAACTGTTCAAAGATGCTGCTCCCAACGTTGTTGACGAATTCATCAACTTATGTCAAGA
TGGGTATTTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGAGTTGTGAAACATTCTGTCATTCAAGCTGG
TCACTCTGCTGAGTCCGATGCTGTCACTGATTGGGCTCTCCAAAAGACTAATCTTCATGC
CAGTTTAAAACAAGAAGAATTCATGGTGGGAACTCCTAAAGCTAAAAACCAGGAAGGAGG
GTTTCAGTTTTTCATTGTATCTTCTCAGATCACAGATCTGAACGAGAAATTGACAGTTTT
TGGTCGTGTTGCAAAGGGACAAGATGTGGTTCAG*AGATCGAGGAGGT*GAGACAGATGA
ACATCATCAACCAAA*GCACCTATAGAGATCATGTCCGTCACTTTGCTTCA*GACATGTG
AA

QA 3 784 3 784
DS 

RD RR1C485TF 778 0 0
GG
ACTCTCTTTGCAGAAACAAGACCAACTTACTCTTGAATTCTCCAC**CATCAGCTAACTA
ACAAGAAGCAGAAGGTTTTGTGGGATCTAATGGCGAAGATCAAGCCGCAAGCTCTATTGC
AGCAAAGCAAGAAGAAAAAAGGACCTTCTCCTATTAGCATAACCAGCATCGTGATTTACA
CCTTGGCCCTGCTTTTGGTCGTCTTCGTCCTCTTCTCCGCGTACAAACGTTGGACCCTCA
GATCTGAGATCCCAACCCACAATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTCAGCCAAGACTAGTA
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AAGATGCTGCTCCGAACGTTGTTGACGAGTTCATCAACTTATGTCAAGATGGGTATTTCA
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AGTCCGATGCTGTCACTGATTGGGCTCTCCAAAAGAATAACCTTCATACCAGTTTTAAAC
AAGAAGAATTCATGGTGGGAACTCCTAAAGCTAAAAACCAGGAAGGAGGGTTTCAGTTTT
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CAAAAGCACCTATAGAGATCATGTCCGTCACTTTGCTTCAAGACATGTGAAAGCTT

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DS 

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TGGGTATTTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGAGTTGTAAAGCATTCCGTCATTCAAGCTGG
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ACTTTTAATTTTCTATCTCCTG

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CCATGGTTTGCTACCTTAGATACAGGCAAAGGTTCAGTGACTATTGAACTGTTCAAAGAT
GCTGCTCCGAACGTTGTTGACGAGTTCATCAACTTATGTCAAGATGGGTATTTCAAAGGT
TTCTTATTCAGCAGAGTTGTAAAGCATTCCGTCATTCAAGCTGGTCACTCTGCTGAGTCC
GATGCTGTCACTGATTGGGCTCTCCAAAAGAATAACCTTCATACCAGTTTTAAACAAGAA
GAATTCATGGTGGGAACTCCTAAAGCTAAAAACCAGGAAGGAGGGTTTCAGTTTTTCATT
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GCACCTATAGAGATCATGTCCGTCACTTTGCTTCAAGACATGTGAAAGCTTTATT*ACTT
CTTGTATTGAAAAAAATA************TCTTGATGTATTAATGCTTTGTAACTTGAA
TTCTTTTTTT**CATCACCTCATTTGCAACTTTGTGGTAACAC
AACTTTC

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DS 

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GTGACCATTGAACTGTTCAAAGATGCTGCTCCCAACGTTGTTGACGAATTCATCAACTTA
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ACAGATGAACATCATCAACCAAAAGCACCGATAGAGATCATGTCCGTCACTTTGCTTCAA
GACATGTGAAAGCTTTATTTACTTCTTGTATTGAAAAAAAAAATCTCAAGTGATTCTTGA
TGTATTAATGCTTTGTAACTTGAATTCTTTTTTTTTCATCACCTCGTTTGCAACTTTGTG
GTAACACAAGTTTTAAGTTTCTATCTCCTGC

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DS 



AS 1 9

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TACGATCTTCTTCGTCAAGATTCGAGTATGAAAGGAGGTAAATCAAAGACTGAAACCAGG
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GCTAAGGATCCTAACAAACCAAAGAGGCCTGCTAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAGGAC
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GAAGGTCCAAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCCGAGGTGAATGATGAG
GATGATGCCGATGATGGTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCTGG
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GTTTCAAGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTGTAATGGAA
AAAGTGTGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTATGTAACAATTTAGCTTTTCG
TTCTAAAATATGTTATCATCTCCTTCTTCACT


BQ
35 35 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 5 40 40 40 40 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 25 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 30 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 35 35 20 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1FD61JQ C 233
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AF RR1E466JQ C 71
AF RR1EE56JQ C 1
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AAAAAAA

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AAA

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DS 

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GGACTTCCGTCAGACTTACAAGAAGGATCACCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGG
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TGAGGATGATGCCGATGATGGTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAG
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TGATGTTTCAAGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTGTAAT
GGAAAAAGTGTGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTATGTAACAATTTAGCTT
TTC

QA 1 663 1 663
DS 

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GCTGGTGGAGAAAAGTGGAAATCATTGTCTGACTCTGAGAAAGCTCCCTTTGTAGCTAAG
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GAAGGTCCAAAGGAGGACGAGGAGGGATCTGACAAGTCCGTGCCCGAGGTGAATGATGAG
GATGATGCCGATGATGGTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCTGG
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AA*GTGTGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCAACTCTATGTA*CAATTTAGCTTTTCG
TTCTA
CAAAAAAAAA

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DS 

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TTCCGTCAGACTTACAAGAAGGATCACCCCAACAACAAATTTGTTGCTGCTGTTGGTAAA
GCTGGTGGAGAAAAGTGGAAATCATTGTCTGACTCTGAGAAAGCTCCCTTTGTAGCTAAG
GCTGATAAGCGCAAGGTTGAGTATGAGAAGACCATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAG
GAAGGTCCAAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCCGAGGTGAATGATGAG
GATGATGCCGATGATGGTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCTGG
TAGCATAATAGGGGCGCTACAAAGATCTCTGGGATGTTTTTTTCTTTTTTATTTACTGAT
GTTTCAAGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTGTAATGGAA
AAAGTGTGTAGACTATTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTATGTAACAATTTAGCTTTTCG
TTCTAAAATATGTTATCATCTCCTTCTTCACT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1AZ13TF 752 0 0
GGCTC
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CGATCTTCTTCGTCAAGATTCGAGTATGAAAGGAGGTAAATCAAAGACTGAAACCAGGAG
CTCCAAGCTCTCTGTGGCCAAGAAGCCCGCTAAAGCAGCAGGTCGTAGCAAAGCGGCGGC
TAAGGATCCTAACAAACCAAAGAGGCCTGCTAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAGGACTT
CCGTCAGACTTACAAGAAGGATCACCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGTAAAGT
TGGTGGAGAAAAGTGGAAATCATTGTCTGACTCTGAGAAAGCTCCCTTTGTAGCTAAGGC
TGATAAGCGCAAGGTTGAGTATGAGAAGACCATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGA
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TGATGCCGATGATGGTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCTGGTA
GCATAATAGGGGCGCTACAAAGATCTCTGGGATGTTTTTTTCTTTTTTATTTACTGATGT
TTCAAGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTGTAATGGAAAA
AGTGTGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTATGTAACAATTTAGCTTTTCGTT
CTAAAATATGTTATCATCTCTTTCTTC

QA 6 752 6 752
DS 



AS 1 9

CO CL488Contig1 983 9 24 U
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TCAAGAGGATAGAGAACCAGACCAACCGACAAGTGACGTATTCCAAGAGAAGAAATGGTC
TGTTCAAGAAAGCTCACGAGCTTACGGTTTTGTGTGATGCTAGGGTTTCGATTATCATGT
TCTCTAGCTCTAACAAGCTTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGATCA
TAGATCTGTACCAAACGGTTTCTGATGTTGATGTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAATGC
AAGAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTCAGATTAAGCAGA
GGCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAA
T*GGAAAACACTTTTAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTT*GGGAATCAGAT
CGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGA
GCTGGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGA
CTCGGTTCTTGGATATCAAATCGAAG*GATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAA
ACCATAATCACCATTACCCCAACCATGCCCTCCATGCACCATCTGCCTCTGACATCATTA
CCTTCCACCTTCTTGAATGATTAAGGG*TTAAAAG*GTTGCTGCTATTTATCATTATCTA
TCTACTTTATAACTACTTGAAAAGCATAAG*GCTGGTTCTACTACAAACTTAAACTATCA
TGTTGCTTAATTATGTATTTCTTACAATCTTAAGTATGGATTGTGTGATCAGTAGCTTGC
TGCTTTGACATATTGTGG*TTGGAATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTATATTGTCGA
TGTCCTACTTAACATTACCCCGT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 35 50 50 45 45 45 45 15 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1BH40TF U 2
AF RR1AS88TF U 57
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AF RR1AS88JQ C 4
AF RR1GN34TF U 154
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GC
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GAAAACACTTTTAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTT*GGGAATCAGATCGA
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GGTTCTTGGATATCAAATCGAAG*GATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAACC
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TCCACCTTCTTGAATG

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DS 

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ATGCAAGAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTCAGATTAAG
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AGATCGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATAC
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CAAAACCATAATCACCATTACCCCAACCATGCCCTCCATGCACCATCTGCCTCTGACATC
ATTACCTTCCACCTTCTTGAATGATTAA
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DS 

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TCTCTAGCTCTA**AAGCTTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGATCA
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GGCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAA
T*GGAAAACACTTTTAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTT*GGGAATCAGAT
CGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGA
GCTGGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGA
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TCTACTTTATAACTACTTGAAA*GCATAAG**CTGGTTCTGCTACAA*CTTAAACTATCA
TGTTG

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DS 

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AGAGGATAGAGAACCAGACCAACCGACAAGTGACGTATTCCAAGAGAAGAAATGGTCTGT
TCAAGAAAGCTCACGAGCTTACGGTTTTGTGTGATGCTAGGGTTTCGATTATCATGTTCT
CTAGCTCTAACAAGCTTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGATCATAG
ATCTGTACCAAACGGTTTCTGATGTTGATGTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAATGCAAG
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TAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAAT*G
GAAAACACTTTTAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTT*GGGAATCAGATCGA
AACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGAGCT
GGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGACTC
GGTTCTTGGATATCAAATCGAAG*GATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAACC
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TGCTTAATTATGTATTTCTTACAATCTTAAGTATGGATTGTGTGATCAGTAGCTTGCTGC
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DS 

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GG
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GTTCTACTACAAACTTAAACTATCATGTTGCTTAATTATGTATTTCTTACAATCTTAAGT
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AATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTATATTGTC

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TATGCTCTTCGTTACCATCAAAACCATAATCACCATTACCCCAACCATGCCCTCCATGCA
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TGCTGCTATTTATCATTATCTATCTACTTTATAACTACTTGAAAAGCATAAG*GCTGGTT
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ATGTATGATATTATATTGTCGACGTCCTACTTAACATTACCCCGT

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DS 

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TCCCTT*GGGAATCAGATCGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACA
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CTCTTCGTTACCATCAAAACCATAATCACCATTACCCCAACCATGCCCTCCATGCACCAT
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GCTATTTATCATTATCTATCTACTTTATAACTACTTGAAAAGCATAAG*GCTGGTTCTAC
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GTGTGATCAGTAGCTTGCTGCTTTGACATATTGTGG*TTGGAATGTTTTCAAGACTATGT
ATGATATTATATTGTCGATGTCCTACTTAACATTACCCC
CC

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GTAGCTTGCTGCTTTGACATATTGTGGGTTGGAATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTA
TATTGTCGATGTCCTACTTAACATTACCCC
CC

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DS 



AS 2 9

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GCTTCCGGCGAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAGCACTAC
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BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1B913TF U 1
AF RR1BZ53TF U 305
AF RR1BN48TF U 26
AF RR1AI69TF U 1
AF RR1AI69JQ C 238
AF RR1BN48JQ C 915
AF RR1B913JQ C 333
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BS 541 809 RR1AI69TF
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BS 873 987 RR1AI69JQ
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C
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CTTCCGGCGAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAGCACTACT
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ATGCGCAAAATTAAGCAGGAC

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GG
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GCTTTCGAGACCCAAATCGAGACAGCTCTCGAGAAAGCTGAGATTGTTACCAAGGAGAAG
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AGAGCTTGCTGCGAGAAACGATTTGGTACTTGCGCTTCCGGCTAGGATCGAAGCTATACC
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DS 

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ATCCGTCGCACAAAGGCTAGATTGTCTGAGGAAGTTCCCAAGCTGCAGAGACTTGCTCTC
AAGCGGGTAAAGGGCCTTACAACGG*AAGAGCTTGCTGCGAGAAACGATTTGGTGCTTGC
GCTTCCGGCGAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAGCACTAC
TAGTGCTTGGGCTCCTTCTACAACCTCTCGTCCTGATATCAAGTTTGATTCAGATGGGC*
TTTTGATGATGATTACTTTCAAGAGTCGCATGAATCCAGCCAGTTCAAACAGGAGTTTGA
GATGCGCAAAATTAAGCAGGACCAAGGTCTGGACATGATCTCCGAAGGTCTAGATGCTTT
GAAGAACATGGCGTCTGATATGAACGAGGAGCTGGATCGGCAAGTTCCTCTGATGGATGA
AATCGACTCAAAGGTGGACAGAGCAACCTCGGATCTTAAGAACACCAATGTTAGACTCAA
AGATACTGTGAACCAGCTGAGATCAAGCACGAACTTCTGCATCGATATTGTTCTGTTGTG
TATCGTTCTGGGTATCGCTGCATACTTGTACA

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GAGATCCGTCGCACAAAGGCTAGATTGTCTGAGGAAGTTCCCAAGCTGCAGAGACTTGCT
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TGCGCTTCCGGCGAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAGCAC
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AGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTATTCGTGCGATCTTTCTACAAGAGTTTCTTCTGGAGT
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G

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DS 

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TGTTTCTTATATTGAGTTTTTTCCATGTTGTTCATGTCCATTACATGATGAATATATATA
TATACTCCTTCCC

QA 1 193 1 193
DS 

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ACATGATCTCCGAAGGTCTAGATGCTTTGAAGAACATGGCGTCTGATATGAACGAGGAGC
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ATGTACTGAAGTGATGAGATGAACAGGAAAGGGACCCATCACTACTCTCTATTGCCATTA
TCTATTAAAGTTTCTTACCCGACTCAGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTATTCGTGTGATC
TTTCTACAAGAGTTTCTTCTGAAGTGTTAAGACTGCTCAAGTTGTTTCTTATATTGAGTT
TTTTCCATGTTGTTCATGTCCATTACATGATGAATATATATATATACTCCTTCCCGAATT
TACCAAATTTTATGTAATTATATTCATTTATGGGC

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DS 



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CCGGGAGTTCCTTGGTGAGAGAAGATGACAGTGATCGACATTCTGACCAGAGTTGACACG
ATCTGCAAGAAGTACGACAAGTACGACGTCGACAAACAGCGCGAGTCCAACATCTCCGGC
GATGACGCTTTCGCTCGTCTCTACGGAGCTTTCGAGACCCAAATCGAGACAGCTCTCGAG
AAAGCTGAAATTGTTACCAAGGAGAAGAACAGAGCTTCTGCTGTTGCGATGAACGCTGAG
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GTTTGATTCAGATGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAGAGTCGCATGAATCCAGCCA
GTTCAAACAGGAGTTTGAGATGCGCAAAATTAAGCAGGCAATTGATGTTCTAATCTCGTT
GCATTCCACATGTTTCTTCACTTAAGCTATGGGTTGTATGGTATCTATAGGACTTTTGTC
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TCTGGGTATCGCTGCATACTTGTACAATGTACTGAAGTGATGAGATGAACAGGAAAGGGA
CCCATCACTACTCTCTATTGCCATTATCTATTAAAGTTTCTTACCCGACTCAGTGTGTGC
TTGTTTCTGTCTGTATTCGTGTGATCTTTCTACAAGAGTTTCTTCTGAAGTGTTAAGACT
GCTCAAGTTGTTTCTTATATTGAGTTTTTTCCATGTTGTTCATGTCCATTACATGATGAA
TATATATATATACTCCTTCCCGAATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C625TF U 1
AF RR1C625JQ C 259
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BS 728 728 RR1C625JQ
BS 729 800 RR1C625TF
BS 801 1107 RR1C625JQ

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DS 

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CCCGAATTT

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DS 



AS 2 9

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BQ
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AF RR1G760TF U 1
AF RR1G795TF U 1
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TCTTCTATCCACCGTGTCCAAAACTTGAATTGCTCTACGGAGCTCCTCATCACACAGATC
TCAATGGAATCACGTTCTTAATAGCTGATGAAGTAGACGGACTTCAAGCATTCCAGGACA
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TCAAGAGGATGAGCAATGGGAGGTATAAGAGTGGGGAGCATAGAGCGACGATGGATACAG
TGAGGACGAGACTGTCGTGGCCAGTGTTCGCGGAA

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TGGGGGATGTTCCAGGTGGTTAACCACGGGATCCCCATCGAGCTGATGAGGAGTATGCAA
GGGAGATAAAGAAGCTATCTGAGAAAATCATGGGATGGTTATCAGAAGGACTAGGGTTAC
ATCGTGATGCATTGAAGGAAGGTCTTGGTGGAGAAAAGGTGGAGTATCTAATGAAAATCA
TCTTCTATCCACCGTGTCCAAAACTTGAATTGCTCTACGGAGCTCCTCATCACACAGATC
TCAATGGAATCACGTTCTTAATAGCTGATGAAGTAGACGGACTTCAAGCATTCCAGGACA
ACAAGTGGGTCGACGTCAAGTATGATGACTCCGGGATCGTTGTCATCATCGCCGATCAAA
TCAAGAGGATGAGCAATGGGAGGTATAAGAGTGGGGAGCATAGAGCGACGATGGATACAG
TGAGGACGAGACTGTCGTGGCCAGTGTTCGCGGA

QA 1 634 1 634
DS 



CO CL490Contig2 1199 7 5 U
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TTCAACCGCCGCATCAGCTCGATGGGGATCCCGTGGTTAACCACCTGGAACATCCCCCAT
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ACGATGGGAATATCTACCGGAGATGTTTCTTGGAACTTTGAAGGGACTGACTCGGCCATG
TCTTTTCTTTTCCTTTCTCGCGATGGGACTATTGTTTATTTAGATGCTAATTGGAATCC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G795JQ U 1
AF RR1G760JQ U 50
AF RR1FW57JQ U 74
AF RR1BN56JQ U 71
AF RR1DS80TF C 461
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AF RR1BN56TF C 496
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BS 670 875 RR1BN56JQ
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RD RR1G795JQ 516 0 0
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GTCCTCACTGTATCCATCGTCGCTCTATGCTCCCCACTCTTATACCTCCCATTGCTCATC
CTCTTGATTTGATCGGCGATGATGACAACGATCCCGGAGTCATCATACTTGACGTCGACC
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DS 

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ATAGTACATTGATAAGTAATTAACCGAAACTTCAACATCAATTAACTGAAACAGTCGTTC
ATGATCTTCTCTCCTCTGTTTCTGGATAATGAGATTAGCCTCAGTCGAGTGGAAGCTTGT
TCATCTTAAGAAACTTGTACTCTCTGTAGACATAAGGCTTGTACTTAGGAGCATCATCAA
TAACTAGCTCTGCCAAAGGTCCGACAACGTGATCAAGGTTCGGTTCCGCGAACACTGGCC
ACGACAGTCTCGTCCTCACTGTATCCATCGTCGCTCTATGCTCCCCACTCTTATACCTCC
CATTGCTCATCCTCTTGATTTGATCGGCGATGATGACAACGATCCCGGAGTCATCATACT
TGACGTCGACCCACTTGTTGTCCTGGAA

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DS 

RD RR1FW57JQ 722 0 0
C
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ATAATGAGATTAGCTTCAGTCGAGTGGAAGCTTGTTCATCTTAAGAAACTTGTACTCTCT
GTAGACATAAGGCTTGTACTTAGGAGCATCATCAATAACTAGCTCTGCCAAAGGTCCGAC
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CATTAGATACTCCACCTTTTCTCCACCAAGACCTTCCTTCAATGCATCACGATGTAACCC
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CTCCTCATTCACCTCCCTGTAATCTGGAGAGTTCTTAGGCCAGAACCTGTAGTTAATTCT
T

QA 2 722 2 722
DS 

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GAAA
GACCGGAGCTTCAGCATTTATTTATAAAAGCACATATAGTTCATTGATAAGTAATTAACC
GAAACTTCAACATCAATTAACTGAAACAGTCGTTCATGATCTTCTCTCCTCTGTTTCTGG
ATAATGAGATTAGCTTCAGTCGAGTGGAAGCTTGTTCATCTTAAGAAACTTGTACTCTCT
GTAGACATAAGGCTTGTACTTAGGAGCATCGTCAATAACTAGCTCTGCCAAAGGTCCGAC
AACGTGATCAAGGTTCGGTTCCGCGAACACTGGCCACGACAGTCTCGTCCTCACTGTATC
CATCGTCGCTCTATGCTCCCCACTCTTATACCTCCCATTGCTCATCCTCTTGATTTGATC
GGCGATGATGACAACGATCCCGGAGTCATCATACTTGACGTCGACCCACTTGTTGTCCTG
GAATGCTTGAAGTCCGTCTACTTCATCAGCTATTAAGAACGTGATTCCATTGAGATCTGT
GTGATGAGGAGCTCCGTAGAGCAATTCAAGTTTTGGACACGGTGGATAGAAGATGATTTT
CATTAGATACTCCACCTTTTCTCCACCAAGACCTTCCTTCAATGCATCACGATGCAACCC
TAGTCCTTCTGATAACCATCCCATGATTTTCTCAGATAGCTTCTTTATCTCCCTTGCATA
CTCCTCATTCACCTCCCTGTAATCTGGAGAGTTCTTAGGCCAGAACCTGTAGTTAATTCT
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TTTCTTGTAATCCGTTGTGTA

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DS 

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CAGCTATTAAGAACGTGATTCCATTGAGATCTGTGTGATGAGGAGCTCCGTAGAGCAATT
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CAAGACCTTCCTTCAATGCATCACGATGTAACCCTAGTCCTTCTGATAACCATCCCATGA
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TAGATGCTAATTGGAATCC

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DS 

RD RR1FW57TF 563 0 0
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ATGATTTTCTCAGATAGCTTCTTTATCTCCCTTGCATACTCCTCATTCACCTCCCTGTAA
TCTGGAGAGTTCTTAGGCCAGAACCTGTAGTTAATTCTTGACGGTGGCCAGACTCTGTGA
AAGAGATGATCAGCCCATGTTTTTCTACCTTCTCCATCTTTCTTGTAATCCGTTGTGTAT
CCTTCTAAGTCAGTGGAGTCAGCTGGCCTCGCCACGGCTTCCTTCTCCTTCTCCGGCAGC
TCGAAGAACTCAGTCCCCAGCTCTTTCAACCGCCGCATCAGCTCGATGGGGATCCCGTGG
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TCTTCGTTTGGGTTACTTAGATCGACGATGGGAATATCTACCGGAGATGTTTCTTGGAAC
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TATTTAGATGCTAATTGGAATCC

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DS 

RD RR1BN56TF 704 0 0
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TGATGAGGAGCTCCGTAGAGCAATTCAAGTTTTGGACACGGTGGATAGAAGATGATTTTC
ATTAGATACTCCACCTTTTCTCCACCAAGACCTTCCTTCAATGCATCACGATGCAACCCT
AGTCCTTCTGATAACCATCCCATGATTTTCTCAGATAGCTTCTTTATCTCCCTTGCATAC
TCCTCATTCACCTCCCTGTAATCTGGAGAGTTCTTAGGCCAGAACCTGTAGTTAATTCTT
GACGGTGGCCAGACTCTGTGAAAGAGATGATCAGCCCATGTTTTTCTACCTTCTCCATCT
TTCTTGTAATCCGTTGTGTATCCTTCTAAGTCAGTGGAGTCAGCTGGCCTCGCCACGGCT
TCCTTCTCCTTCTCCGGCAGCTCGAAGAACTCAGTCCCCAGCTCTTTCAACCGCCGCATC
AGCTCGATGGGGATCCCGTGGTTAACCACCTGGAACATCCCCCATGTCTCGCTAGCTTTC
ACCACCGCACGCGCCACTAGGTCTTCGTTTGGGTTACTTAGATCGACGATGGGAATATCT
ACCGGAGATGTTTCTTGGAACTTTGAAGGGACTGACTCGGCCATGTCTTTTCTTTTCCTT
TCTCGCGATGGGACTATTGTTTATTTAGATGCTAATTGGAATCC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 2 9

CO CL491Contig1 776 3 9 U
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ACAAAGGAGAGCTTGGTGATTACTACTGTATGGCTGCTAAAGCCGTTGGCTTGCCTTGTC
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TCTTGAGATGGGCACACGAGAAAGGGCTTATCGTTGGACTTGTTAGCAACGCCGAGTATC
GTTATCAAGAAGTTATTTTACCTGCCTTAGGTTTGAACAAGGGAGAGTGGGACTTTGGTG
TGTTCTCTGGGTATGGAAGGGGTAGAGAAGCCAGATCCAAAGATATACAAGCTGGCTTTA
GAGAGAGCGGGGAACAACATTGCGCCTGGAGAGGTCTGCACATTGGAGACAGTATGCGTA
AAGATTATGTCCCGGCAAAGAGTATTGGGATGCATGCTTTGTTGCTTGATAGTTTA


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC10TF U 3
AF RR1DP38TF U 1
AF RR1GP46TF U 3
BS 1 168 RR1DP38TF
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GG
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TTGTTTCGGTTTCTCCAAAATGTCAAACATTGTTTGGTGGAAAACCTGCGTGAGAGATTC
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CTATTCGACGTTTGGTTCTGCTGCACCTTACTCTGTCTTTCAAGACTCTCGACCTTTCTT
GAGATGGGCACACGAGAAAGGGCTTATCGTTGGACTTGTTAGCAACGCCGAGTATCGTTA
T

QA 3 543 3 543
DS 

RD RR1DP38TF 776 0 0
GGGTAGCTTACCCAAATACAAGAAGATAAACCAATGTCTTCCATGTGAATCCTTCCTTCC
TCGATTCTCAGCTTCTGGCTTCTTTCTTTGTGTTGTAAAAAAGGAATCTTCCAAAAACGA
TGTCGCTTTTGTCGAAGCTACGGTGTATAACAGTAGATGTAACTGGTATGCTCATAGCTT
ACAAAGGAGAGCTTGGTGATTACTACTGTATGGCTGCTAAAGCCGTTGGCTTGCCTTGTC
CTGATTACACACGAGTCCACGAAGGTTTCAAAATTGCTTACACAGACATGGCTCAGAAGT
ATCCTTGTTTCGGTTTCTCCAAAATGTCAAACATTGTTTGGTGGAAAACCTGCATGAGAG
ATTCATTTGTCAAGGCAGGGTATGACTATGATGAGGAGACATTTGAGAAAGTGTTTAGAA
GAATCTATTCGACGTTTGGTTCTGCTGCACCTTACTCTGTCTTTCAAGACTCTCGACCTT
TCTTGAGATGGGCACACGAGAAAGGGCTTATCGTTGGACTTGTTAGCAACGCCGAGTATC
GTTATCAAGAAGTTATTTTACCTGCCTTAGGTTTGAACAAGGGAGAGTGGGACTTTGGTG
TGTTCTCTGG*TATGGAAGGGGTAGAGAAGCCAGATCCAAAGATATACAAGCTGGCTTTA
GAGAGAGCGGGGAACAACATTGCGCCTGGAGAGGTCTGCACATTGGAGACAGTATGCGTA
AAGAT*ATGTCCCGGCAAAGAGTATTGGGATGCATGCTTTGTTGCTTGATAGTTTA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1GP46TF 732 0 0
GG
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TTCTCAGCTTCTGGCTTCTTTCTTTGTGTTGTAAAAAAGGAATCTTCCAAAAACGATGTC
GCTTTTGTCGAAGCTACGGTGTATAACAGTAGATGTAACTGGTACGCTCATAGCTTACAA
AGGAGAGCTTGGTGATTACTACTGTATGGCTGCTAAAGCCGTTGGCTTGCCTTGTCCTGA
TTACACACGAGTCCACGAAGGTTTCAATATTGCTTACACAGACATGGCTCAGAAGTATCC
TTGTTTCGGTTTCTCCAAAATGTCAAACATTGTTTGGTGGAAAACCTGCGTGAGAGATTC
ATTTGTCAAGGCAGGGTATGACTATGATAAGGAAACATTTGAGAAAGTGTTTAGAAGAAT
CTATTCGACGTTTGGTTCTGCTGCACCTTACTCTGTCTTTCAAGACTCTCGACCTTTCTT
GAGATGGGCACACGAGAAAGGGCTTATCGTTGGACTTGTTAGCAACTCCGAGTATCGTTA
TCAAGAAGTTATTTTACCTGCCTTAGGTTTGAACAAGGG*GAGTGGGACTTTGGTGTGTT
CTCTGGGTATGGAAGGGGTAGAGAAGCCAGATCCAAGGATATACAAGCTGGCTTTAGAGA
GAGCGGGGAACAACATTGCGCCTGGAGAGGTCTGCACATTGGAGAC*GTATGCGTAAAGA
TTATGTCCCG

QA 3 732 3 732
DS 



CO CL491Contig2 1014 6 22 U
GCTCATGTAAATTATTATAAACTTCACCTTGTTGGACTTAGATTAAATCATAGGCCTTTG
AAACTCTTTTTACTCATAAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGCCAAAATGTGCAATACTACAAT
ACATTAGAGAGAGGTCTCTTTCCATTAACATTTCAACTTATCAGACTCCAAAAGCTGTTG
AACAGCAACTAAATCAGGAAGCACAACAGCTCCAGCTTCTCTCCAGTCTTTAGCAGCTTC
TGTATTAAACCTATCAAGCAACAAAGCATGCATCCCAATACTCTTTGCCGGGACATAATC
TTTACGCATACTGTCTCCAATGTGCAGAACCTCTCCAGGCGCAATGTTGTTCCCCGCTCT
CTCTAAAGCCAGCTTGTATATCCTTGGATCTGGCTTCTCTACCCCTTCC*ATACCAGAGA
ACACACCAAA*GTCCCACTCTCCCTTGTTCAAACCTAAGGCAGGTAAAATAACTTCTTGA
TAACGATACTCGGCGTTGCTAACAAGTCCAACGATAAGCCCTTTCTCGTGTGCCCATCTC
AAGAAAGGTCGAGAGTCTTGAAAGACAGAGTAAGGTGCAGCAGAACCAAACGTCGAATAG
ATTCTTCTAAACACTTTCTCAAACGTCTCCTCATCATAGTCATACCCTGCCTTGACAAAT
GAATCTCTCACGCAGGTTTTCCACCAAACAATGTTTGACATTTTGGAGAAACCGAAACAA
GGATACTTCTGAGCCATGTCTGTGTAAGCAATTTTGAAACCTTCGTGGACTCGTGTGTAA
TCAGGACAAGGCAAACCAACGGCTTTAGCAGCCATACAATAGTAATCACCAAGCTCCCCT
TTGTAAGCTATGAGCGTGCCAGTTACATCTACTGTGATACACCGTAGCTTCGACAAAAGC
GACATCGTTTTCAGAAGATCTTTTTGAACACAAAGAAGCCAGAAGCTGAGAATCGAGGAA
GGAAGGATTCACATGGAAGACATTGGTTTATCTTCTTGTATTTGGGTAAGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP46JQ U 1
AF RR1DC10JQ U 17
AF RR1CO73JQ U 52
AF RR1DP38JQ U 53
AF RR1A064TF C 220
AF RR1CO73TF C 255
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BS 134 311 RR1GP46JQ
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RD RR1GP46JQ 758 0 0
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AAACTCTTTTTACTCATAAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGCCAAAATGTGCAATACTACAAT
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TGTATTAAACCTATCAAGCAACAAAGCATGCATCCCAATACTCTTTGCCGGGACATAATC
TTTACGCATACCGTCTCCAATGTGCAGAACCTCTCCAGGCGCAATGTTGTTCCCCGCTCT
CTCTAAAGCCAGCTTGTATATCCTTGGATCTGGCTTCTCTACCCCTTCC*ATACCAGAGA
ACACACCAAA*GTCCCACTC*CCCTTGTTCAAACCTAAGGCAGGTAAAATAACTTCTTGA
TAACGATACTCGGAGTTGCTAACAAGTCCAACGATAAGCCCTTTCTCGTGTGCCCATCTC
AAGAAAGGTCGAGAGTCTTGAAAGACAGAGTAAGGTGCAGCAGAACCAAACGTCGAATAG
ATTCTTCTAAACACTTTCTCAAATGTTTCCTTATCATAGTCATACCCTGCCTTGACAAAT
GAATCTCTCACGCAGGTTTTCCACCAAACAATGTTTGACATTTTGGAGAAACCGAAACAA
GGATACTTCTGAGCCATGTCTGTGTAAGCAATATTGAA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1DC10JQ 739 0 0
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TAAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGCCAAAATGTGCAATACTACAATACATTAGAGAGAGGTC
TCTTTCCATTAACATTTCAACTTATCAGACTCCAAAAGCTGTTGAACAGCAACTAAATCA
GGAAGCACAACAGCTCCAGCTTCTCTCCAGTCTTTAGCAGCTTCTGTATTAAACCTATCA
AGCAACAAAGCATGCATCCCAATACTCTTTGCCGGGACATAATCTTTACGCATACTGTCT
CCAATGTGCAGAACCTCTCCAGGCGCAATGTTGTTCCCCGCTCTCTCTAAAGCCAGCTTG
TATATCCTTGGATCTGGCTTCTCTACCCCTTCC*ATACCAGAGAACACACCAAA*GTCCC
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TGCTAACAAGTCCAACGATAAGCCCTTTCTCGTGTGCCCATCTCAAGAAAGGTCGAGAGT
CTTGAAAGACAGAGTAAGGTGCAGCAGAACCAAACGTCGAATAGATTCTTCTAAACACTT
TCTCAAATGTCTCCTCATCATAGTCATACCCTGCCTTGACAAATGAATCTCTCACGCAGG
TTTTCCACCAAACAATGTTTGACATTTTGGAGAAACCGAAACAAGGATACTTCTGAGCCA
TGTCTGTGTAAGCAATTTT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1CO73JQ 729 0 0
C
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ACTACAATACATTAGAGAGAGGTCTCTTTCCATTAACATTTCAACTTATCAGACTCCAAA
AGCTGTTGAACAGCAACTAAATCAGGAAGCACAACAGCTCCAGCTTCTCTCCAGTCTTTA
GCAGCTTCTGTATTAAACCTATCAAGCAACAAAGCATGCATCCCAATACTCTTTGCCGGG
ACATAATCTTTACGCATACTGTCTCCAATGTGCAGAACCTCTCCAGGCGCAATGTTGTTC
CCCGCTCTCTCTAAAGCCAGCTTGTATATCCTTGGATCTGGCTTCTCTACCCCTTCC*AT
ACCAGAGAACACACCAAA*GTCCCACTCTCCCTTGTTCAAACCTAAGGCAGGTAAAATAA
CTTCTTGATAACGATACTCGGCGTTGCTAACAAGTCCAACGATAAGCCCTTTCTCGTGTG
CCCATCTCAAGAAAGGTCGAGAGTCTTGAAAGACAGAGTAAGGTGCAGCAGAACCAAACG
TCGAATAGATTCTTCTAAACACTTTCTCAAACGTCTCCTCATCATAGTCATACCCTGCCT
TGACAAATGAATCTCTCACGCAGGTTTTCCACCAAACAATGTTTGACATTTTGGAGAAAC
CGAAACAAGGATACTTCTGAGCCATGTCTGTGTAAGCAATTTTGAAACCTTCGTGGACTC
GTGTGTAA

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR1DP38JQ 726 0 0
GGCCTTTGAAACTCTTTTTACTCATAAGAAGAAGAAGAA***AGAGCCAAAATGTGCAAT
ACTACAATACATTAGAGAGAGGTCTCTTTCCATTAACATTTCAACTTATCAGACCCCAAA
AGCTGTTGAACAGCAACTAAATCAGGAAGCACAACAGCTCCAGCTTCTCTCCAGTCTTTA
GTAGCTTCTGTATTAAACCTATCAAGCAACAAAGCATGCATCCCAATACTCTTTGCCGGG
ACATAATCTTTACGCATACTGTCTCCAATGTGCAGAACCTCTCCAGGCGCAATGTTGTTC
CCCGCTCTCTCTAAAGCCAGCTTGTATATCCTTGGATCTGGCTTCTCTACCCCTTCC*AT
ACCAGAGAACACACCAAA*GTCCCACTCTCCCTTGTTCAAACCTAAGGCAGGTAAAATAA
CTTCTTGATAACGATACTCGGCGTTGCTAACAAGTCCAACGATAAGCCCTTTCTCGTGTG
CCCATCTCAAGAAAGGTCGAGAGTCTTGAAAGACAGAGTAAGGTGCAGCAGAACCAAACG
TCGAATAGATTCTTCTAAACACTTTCTCAAATGTCTCCTCATCATAGTCATACCCTGCCT
TGACAAATGAATCTCTCATGCAGGTTTTCCACCAAACAATGTTTGACATTTTGGAGAAAC
CGAAACAAGGATACTTCTGAGCCATGTCTGTGTAAGCAATTTTGAAACCTTCGTGGACTC
GTGTGT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1A064TF 698 0 0
CTCT
CAGTCTTTAGCAGCTTCTGTATTAAAC*TATCAAGCAACAAAGCATGCATCCCAATACTC
TTTGCCGGGACATAATCTTTACGCATACTGTCTCCAATGTGCAGAACCTCTCCAGGCGCA
ATGTTGTTCCCCGCTCTCTCTAAAGCCAGCTTGTATATCCTTGGATCTGGCTTCTCTACC
CCTTCCCATACCAGAGAACACACCAAAAGTCCCACTCTCCCTTGTTCAAACCTAAGGCAG
GTAAAATAACTTCTTGATAACGATACTCGGCGTTGCTAACAAGTCCAACGATAAGCCCTT
TCTCGTGTGCCCATCTCAAGAAAGGTCGAGAGTCTTGAAAGACAGAGTAAGGTGCAGCAG
AACCAAACGTCGAATAGATTCTTATAAACACTTTCTCAAACGTCTCCTCATCATAGTCAT
ACCCTGCCTTGACAAATGAATCTCTCACGCAGGTTTTCCACCAAACAATGTTTGACATTT
TGGAGAAACCGAAACAAGGATACTTCTGAGCCATGTCTGTGTAAGCAATTTTGAAACCTT
CGTGGACTCGTGTGTAATCAGGACAAGGCAAGCCAACGGCTTTAGCAGCCATACAATAGT
AATCACCAAGCTCCCCTTTGTAAGCTATGAGCGTGCCAGTTACATCTACTGTGATACACC
GTAGCTTCGACAAAAGCGACATCGTTTT
CAGAAG

QA 5 692 5 692
DS 

RD RR1CO73TF 760 0 0
CAAGCAACAAAGCATGCATCCCAATACTCTTTGCCGGGACATA*TCTT*ACGCATACTGT
CTCCAATGTGCAGA*CCTCTCCAGGCGCAATGTTGTTCCCCGCTCTCTCTAAAGCCAGCT
TGTATATCCTTGGATCTGGCTTCTCTACCCCTTCC*ATACCAGAGAACACACCAAA*GTC
CCACTCTCCCTTGTTCAAACCTAAGGCAGGTAAAATAACTTCTTGATAACGATACTCGGC
GTTGCTAACAAGTCCAACGATAAGCCCTTTCTCGTGTGCCCATCTCAAGAAAGGTCGAGA
GTCTTGAAAGACAGAGTAAGGTGCAGCAGAACCAAACGTCGAATAGATTCTTCTAAACAC
TTTCTCAAACGTCTCCTCATCATAGTCATACCCTGCCTTGACAAATGAATCTCTCACGCA
GGTTTTCCACCAAACAATGTTTGACATTTTGGAGAAACCGAAACAAGGATACTTCTGAGC
CATGTCTGTGTAAGCAATTTTGAAACCTTCGTGGACTCGTGTGTAATCAGGACAAGGCAA
ACCAACGGCTTTAGCAGCCATACAATAGTAATCACCAAGCTCCCCTTTGTAAGCTATGAG
CGTGCCAGTTACATCTACTGTGATACACCGTAGCTTCGACAAAAGCGACATCGTTTTCAG
AAGATCTTTTTGAACACAAAGAAGCCAGAAGCTGAGAATCGAGGAAGGAAGGATTCACAT
GGAAGACATTGGTTTATCTTCTTGTATTTGGGTAAGCTCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 9

CO CL492Contig1 1253 9 10 U
GAAAAACCCCAAAACAAAAACATCTAGAAGCCGCCGCACGCAAGGGAGATAAAAAGAAGA
GAATTTCAGAGCAGCCGATCTCCCTCCGTGGTGGGCCGTGATTCTCACCGCCGCTACGTG
AGGGAGGATCTCCTCCTCCTCTTTAGTTTAATCTAAGTTTTATTTGGATTGTTGTTCTTT
TGGTGTTTCTCAGCCTCTTTCGAGTTTTAGGGTTCGCGTTGATAAGGTTGTTCGGACTTG
GAGTTCTCTGGGGTTGAATCAGTGCTTGTTTCTCTGTTGTATCTGTCGATTTGATGAGCC
GTTGTGGAGGAGACCTCTGTGGTGGTAGCTGGTGCCTAGTCGTTCTGGGTTTCGTGGCTC
CCCTTCGTGCCTCCTCTTGACTGTGTTCTGCTTCTGGAGTGGGGTTCCAGCTCTCTTGTT
TGTTTCAGGTGAAGCTTTGGTTCGGAGAGTTGGGTTCAGTGACGAGTCTGGCGCCAGATC
TCAGGTCGAGGACCTGTTGACGGTGCGGTGTAGCTGCTGGGAGCAGTGCAGGTGCTTTCG
CTGACGTCGTCTTTGGATTTTCTTCAACTCTAGCTCTTTTGCTGCTCATCGTTTCTGCAA
GAAGTTTAATTCTCGGTGAGTCGTTGTGTCGACTGGATGTTTCTATGTGCGCTTGAAGGT
GCCTATATCCCGAGTTTGGTATCCTGTCTCCAGTGTTGGTTCTTCAGTTGGTGCTTTCTT
GTTTGTGGCTTTGTCTAATTGGTTCGGGTTGGTGGGG*AGTGGTTTGTTTCTTTGGGCTT
TTTCCTGCAACGGTGAAGCGTCCCGAGGATCCCTGATTTGCTTTTGACTTCTCTCTGGTG
AAAAGGTCTGTATTGAGGTTATGTTCCTCATTCTGCTGTGTGTTTGGCGGGTGGGCCTGT
TTCTATTGTTTGGTTTGGTTGTCAAGCAGTTCAGGTGGTGGTGGTCTGTCCTTATGGAGG
CCTATCCTCGTTTCGTCTGGCTGTCCCTTTGTAAGCTTCCGGTGGTTCTAAGTCTCTTGG
TTACTTTCTTCTCCTTCCTATCTTGAACTTTCAGTTACTCAGGGATTTAAGTTTTGAACT
TCAACTTGTTTCGGTTGCTGTTGTGCCCCATGGTTGTTGGGCTTTAGTTTTCCTTCTTAT
GGGATTTAGCTTCCCTTCCTATGGGATTTAGTTGCTAAAGATATTTCTTTTGCTTCAGTT
TATGTATTAAAGACGTTGTATTCCACTTTATCCTAATATAATCCAATTTGGGC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

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CGTTCTGGGTTTCGTGGCTCCCCTTCGTGCCTCCTCTTGACTGTGTTCTGCTTCTGGAGT
GGGGTTCCAGCTCTCTTGTTTGTTTCAGGTGAAGCTTTGGTTCGGAGAGTTGGGTTCAGT
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TTCTATGTGCGCTTGAA*GTGCCTATATCCCGAGTTTGGTATCCTGTCTCCAGTGTTGGT
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GG
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CTCTGGGGTTGAATCAGTGCTTGTTTCTCTGTTGTATCTGTCGATTTGATGAGCCGTTGT
GGAGGAGACCTCTGTGGTGGTAGCTGGTGCCTAGTCGTTCTGGGTTTCGTGGCTCCCCTT
CGTGCCTCCTCTTGACTGTGTTCTTCTTCTGGAGTGGGGTTCCAGCTCTCTTGTTTGTTT
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TGGCT

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GGAGGAGACCTCTGTGGTGGTAGCTGGTGCCTAGTCGTTCTGGGTTTCGTGGCTCCCCTT
CGTGCCTCCTCTTGACTGTGTTCTGCTTCTGGAGTGGGGTTCCAGCTCTCTTGTTTGTTT
CAGGTGAAGCTTTGGTTCGGAGAGTTGGGTTCAGTGACGAGTCTGGCGCCAGATCTCAGG
TCGAGGACCTGTTGACGGTGCGGTGTAGCTGCTGGGAGCAGTGCAGGTGCTTTCGCTGAC
GTCGTCTTTGGATTTTCTTCAACTCTAGCTCTTTTGCTGCTCATCGTTTCTGCAAGAAGT
TTAATTCTCGGTGAGTCGTTGTGTCGACTGGATGTTTCTATGTGCGCTTGAAAGTGCCTA
TATCCCGAGTTTGGTATCCTGTCTCCAGTGTTGGTTCTTCAGTTGGTGCTTTCT*GTTTG
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TCAACTTGTTT

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GGCGGGTGGGCCTGTTTCTATTGTTTGGTTTGGTTGTCAAGCAGTTCAGGTGGTGGTGGT
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AGTTTTCCTTCTTATGGGATTTAGCTTCCCTTCCTATGGGATTTAGTTGCTAAAGATATT
TCTTTTGCTTCAGTTTATGTATTAAAGACGTTGTATTCCACTTTATCCTAATATAATCCA
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DS 

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C

QA 1 687 1 687
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GTATTCCACTTTATCCTAATATAATCCAATTTGGG

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 9

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TTTTCTAATGGTTTTACCTCCGGTGATCGGAGTTATCTCCGGCATTGTCTTCACCGTGTT
TCCTAGTAAGCGTCACGGAATTGGGAATCCCTCGGAGAACAACGATGACAATGCTTCCAA
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AATATATTACAGTGTTAATCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 50 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E455TF U 1
AF RR1A502TF U 158
AF RR1C193TF U 15
AF RR1AA18TF U 7
AF RR1AA18JQ C 10
AF RR1A502JQ C 202
AF RR1GQ18TF U 94
AF RR1E455JQ C 54
AF RR1GQ18JQ C 130
BS 1 132 RR1E455TF
BS 133 133 RR1AA18TF
BS 134 637 RR1E455TF
BS 638 639 RR1AA18TF
BS 640 676 RR1E455TF
BS 677 688 RR1AA18TF
BS 689 689 RR1C193TF
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BS 791 797 RR1GQ18TF
BS 798 807 RR1AA18JQ
BS 808 854 RR1E455JQ
BS 855 863 RR1GQ18JQ

RD RR1E455TF 676 0 0
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GACAACATTCAAATCGATACGAGACCGGACATATTCAAGTGTAGGAGACCTCATCAGGCT
CCTCCCGACAGGGACAGTCTTCTTGTTCCAGTTCTTGAACCCTGTCCTAACCAACAATGG
ACATTGCCACCTAATCAACAAATATTTAACCGGCGCTCTTATCGTTATCTGTGCCTTCTC
TTGCTGCTTCACTTGCTTCACCGATAGTTACCGAACAAGAGACGGCTACGTTCACTATGG
AGTCGCCACCATGAAGGGGCTCTGGCCAGATTCATCTTCGAAAGATTTGTCTTCGTATCG
GATTAGAGTTGGAGATTTCGTTCATGCTTTCTTTACTCTTATTGTTTTCAGTGTTATTTC
GTTGTTGGATTCTAATACTGTTAACTGTTTCTATCCTGGATTTGGTTCCACCGGGAAGAT
TTTTCTAATGGTTTTACCTCCGGTGATCGGAGTTATCTCCGGCATTGTCTTCACCGTGTT
TCCTAGTAAGCGTCACGGAATTGGGAATCCCTCGGAGAACAACGATGACAATGCTTCCAA
GATAGAGAAATGATTTCCACTATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGCATAATAAAA
TGAAATGACCAATATT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1A502TF 518 0 0
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CTTATCGTTATCTGTGCCTTCTCTTGCTGCTTCACTTGCTTCACCGATAGTTACCGAACA
AGAGACGGCTACGTTCACTATGGAGTCGCCACCATGAAGGGGCTCTGGCCAGATTCATCT
TCGAAAGATTTGTCTTCGTATCGGATTAGAGTTGGAGATTTCGTTCATGCTTTCTTTACT
CTTATTGTTTTCAGTGTTATTTCGTTGTTGGATTCTAATACTGTTAACTGTTTCTATCCT
GGATTTGGTTCCACCGGGAAGATTTTTCTAATGGTTTTACCTCCGGTGATCGGAGTTATC
TCCGGCATTGTCTTCACCGTGTTTCCTAGTAAGCGTCACGGAATTGGGAATCCCTCGGAG
AACAACGATGACAATGCTTCCAAGATAGAGAAATGATTTCCACTATATATATATATAT**
**GTGTGTGTGTGCATAATAAAATGAAATGACCAATAT

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1C193TF 705 0 0
GG
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ATACGAGACCGGACATATTCAAGTGTAGGAGACCTCATCAGGCTCCTCCCGACAGGAACA
GTCTTCTTGTTCCAGTTCTTGAACCCTGTCCTAACCAACAATGGACATTGCCACCTAATC
AACAAATATTTAACCGGCGCTCTTATCATTATCTGTGCCTTCTCTTGCTGCTTCACTTGC
TTCACCGATAGTTACCGAACAGGAGACGGCTACGTTCACTATGGAGTCGCCACCATGAAG
GGGCTCTGGCCAGATTCATCTTCGAAAGATTTGTCTTCGTATCGGATTAGAGTTGGAGAT
TTCGTTCATGCTTTCTTTACTCTTATTGTTTTCAGTGTTATTTCGTTGTTGGATTCTAAT
ACTGTTAACTGTTTCTATCCTGGATTTGGTTCCACCGGGAAGATTTTTCTAATGGTTTTA
CCTCCGGTGATCGGAGTTATCTCCGGCATTGTCTTCACCGTGTTTCCTAGTAAGCGTCAC
GGAATTGGGAATCCCTCGGAGAACAACGATGACAATGCTTCCAAGATAGAGAAATGATTT
CCACTATATATATATATATAT**GTGTGTGTGTGTATAATAAAATGAAATGACCAATATT
AAG*TTGTCTAAGTTATACATGAATGGTCATTGTAATG
ATTTT

QA 3 700 3 700
DS 

RD RR1AA18TF 784 0 0
GGA
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CAAATCGATACGAGACCGGACATATTCAAGTGTAGGAGACCTCATCAGGCTCCTCCCGAC
AGGAACAGTCTTCTTGTTCCAGTTCTTGAACCCTGTCCTAACCAACAATGGACATTGCCA
CCTAATCAACAAATATTTAACCGGCGCTCTTATCGTTATCTGTGCCTTCTCTTGCTGCTT
CACTTGCTTCACCGATAGTTACCGAACAAGAGACGGCTACGTTCACTATGGAGTCGCCAC
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TGGAGATTTCGTTCATGCTTTCTTTACTCTTATTGTTTTCAGTGTTATTTCGTTGTTGGA
TTCTAATACTGTTAACTGTTTCTATCCTGGATTTGGTTCCACCGGGAAGATTTTTCTAAT
GGTTTTACCTCCGGTGATCGGAGTTATCTCCGGCATTGTCTTCACCGTGTTTCCTAGTAA
GCGTCACGGAATTGGGAATCCCTCGGAGAACAACGATGACAATGCTTCCAAGATAGAGAA
ATGATTTCCACTATATATATATATAT****GTGTGTGTGTGCATAATAAAATGAAATGAC
CAATATTAAGGTTGTCTAATTTATACATGAATGGTCATTGTAATGTTTTATTATTTATTT
TCTCGTGATTTTGTTATTTATGTTTGTGAGTGCTGAATTACTGGCCATATGTTCTGTGCA
T

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DS 

RD RR1AA18JQ 801 0 0
GAACAAC
CAACAACTAAAAAGCTACATTTACCAAAAGAATATCAAAATGTCGACAACATTCAAATCG
ATACGAGACCGGACATATTCAAGTGTAGGAGACCTCATCAGGCTCCTCCCGACAGGAACA
GTCTTCTTGTTCCAGTTCTTGAACCCTGTCCTAACCAACAATGGACATTGCCACCTAATC
AACAAATATTTAACCGGCGCTCTTATCGTTATCTGTGCCTTCTCTTGCTGCTTCACTTGC
TTCACCGATAGTTACCGAACAAGAGACGGCTACGTTCACTATGGAGTCGCCACCATGAAG
GGGCTCTGGCCAGATTCATTTTCGAAAGATTTGTCTTCGTATCGGATTAGAGTTGGAGAT
TTCGTTCATGCTTTCTTTACTCTTATTGTTTTCAGTGTTATTTCGTTGTTGGATTTTAAT
ACTGTTAACTGTTTCTATCCTGGATTTGGTTCCCCCGGGAAGATTTTTTTAATGGTTTTA
CCTCCGGTGATCGGAGTTATTTCCGGCATTGTTTTCACCGTGTTTCCTAGTAAGCGTCAC
GGAATTGGGAATCCCTCGGAGAACAACGATGACAATGCTTCCAAGATAGAGAAATGATTT
CCACTATATATATATATAT****GTGTGTGTGTGCATAATAAAATGAAATGACCAATATT
AAGGTTGTCTAATTTATACATGAATGGTCATTGTAATGTTTTATTATTTATTTTCTCGTG
ATTTTGTTATTTATGTTTGTGAGTGCTGAATTACTGGCCATATGTTCTGTGCATTTTTAA
GGATTTTTTCC
CCG

QA 8 798 8 798
DS 

RD RR1A502JQ 606 0 0
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CGATAGTTACCGAACAAGAGACGGCTACGTTCACTATGGAGTCGCCACCATGAAGGGGCT
CTGGCCAGATTCATTTTCGAAAGATTTGTCTTCGTATCGGATTAGAGTTGGAGATTTCGT
TCATGCTTTCTTTACTCTTATTGTTTTCAGTGTTATTTCGTTGTTGGATTTTAATACTGT
TAACTGTTTCTATCCTGGATTTGGTTCCCCCGGGAAGATTTTTTTAATGGTTTTACCTCC
GGTGATCGGAGTTATTTCCGGCATTGTTTTCACCGTGTTTCCTAGTAAGCGTCACGGAAT
TGGGAATCCCTCGGAGAACAACGATGACAATGCTTCCAAGATAGAGAAATGATTTCCACT
ATATATATATATAT****GTGTGTGTGTGCATAATAAAATGAAATGACCCATATTAAGGT
TGTCTAATTTATACATGAATGGTCATTGTAATGTTTTATTATTTATTTTCTCGTGATTTT
GTTATTTATGTTTGTGAGTGCTGAATTACTGGCCATATGTTCTGTGCATTTTTAAGGATT
TTTTCC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1GQ18TF 707 0 0
G
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TTGAACCCTGTCCTAACCAACAATGGACATTGCCACCTAATCAACAAATATTTAACCGGC
GCTCTTATCGTTATCTGTGCCTTCTCTTGCTGCTTCACTTGCTTCACCGATAGTTACCGA
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TCTTCGAAAGATTTGTCTTCGTATCGGATTAGAGTTGGAGATTTCGTTCATGCTTTCTTT
ACTCTTATTGTTTTCAGTGTTATTTCGTTGTTGGATTCTAATACTGTTAACTGTTTCTAT
CCTGGATTTGGTTCCACCGGGAAGATTTTTCTAATGGTTTTACCTCCGGTGATCGGAGTT
ATCTCCGGCATTGTCTTCACCGTGTTTCCTAGTAAGCGTCACGGAATTGGGAATCCCTCG
GAGAACAACGATGACAATGCTTCCAAGATAGAGAAATGATTTCCACTATATATATATATA
TAT**GTGTGTGTGTGCATAATAAAATGAAATGACCAATATTAAGGTTGTCTAAGTTATA
CATGAATGGTCATTGTAATGTTTTATTATTTATTTTCTCGTGATTTTGTTATTTATGTTT
GTGAGTGCTGAATTACTGGCCATATGTTCTGTGCATTTTTAAG
ATT

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DS 

RD RR1E455JQ 803 0 0
AAATGTCGACAACATTCAAATCGATACGAGACGGGACATATTCAAGTGTAGGAGACCTCA
TCAGGCTCCTCCCGACAGGGACAGTCTTCTTGTTCCAGTTCTTGAACCCTGTCCTAACCA
ACAATGGACATTGCCACCTAATCAACAAATATTTAACCGGCGCTCTTATCGTTATCTGTG
CCTTCTCTTGCTGCTTCACTTGCTTCACCGATAGTTACCGAACAAGAGACGGCTACGTTC
ACTATGGAGTCGCCACCATGAAGGGGCTCTGGCCAGATTCATCTTCGAAAGATTTGTCTT
CGTATCGGATTAGAGTTGGAGATTTCGTTCATGCTTTCTTTACTCTTATTGTTTTCAGTG
TTATTTCGTTGTTGGATTCTAATACTGTTAACTGTTTCTATCCTGGATTTGGTTCCACCG
GGAAGATTTTTCTAATGGTTTTACCTCCGGTGATCGGAGTTATTTCCGGCATTGTCTTCA
CCGTGTTTCCTAGTAAGCGTCACGGAATTGGGAATCCCTCGGAGAACAACGATGACAATG
CTTCCAAGATAGAGAAATGATTTCCACTATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGCAT
AATAAAATGAAATGACCAATATTAAGGTTGTCTAAGTTATACATGAATGGTCATTGTAAT
GTTTTATTATTTATTTTCTCGTGATTTTGTTATTTATGTTTGTGAGTGCTGAATTACTGG
CCATATGTTCTGTGCATTTTTAAGGATTTTTTCCCCAAATGTTTGTTGATGAAACTCAAA
GTTATAAAATATATTACAGTG
CT

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DS 

RD RR1GQ18JQ 734 0 0
AGGAACAGTCTTCTTGTTCCAGTTCTTGAACCCTGTCCTAACCAACAATGGACATTGCCA
CCTAATCAACAAATATTTAACCGGCGCTCTTATCGTTATCTGTGCCTTCTCTTGCTGCTT
CACTTGCTTCACCGATAGTTACCGAACAAGAGACGGCTACGTTCACTATGGAGTCGCCAC
CATGAAGGGGCTCTGGCCAGATTCATCTTCGAAAGATTTGTCTTCGTATCGGATTAGAGT
TGGAGATTTCGTTCATGCTTTCTTTACTCTTATTGTTTTCAGTGTTATTTCGTTGTTGGA
TTCTAATACTGTTAACTGTTTCTATCCTGGATTTGGTTCCACCGGGAAGATTTTTCTAAT
GGTTTTACCTCCGGTGATCGGAGTTATTTCCGGCATTGTCTTCACCGTGTTTCCTAGTAA
GCGTCACGGAATTGGGAATCCCTCGGAGAACAACGATGACAATGCTTCCAAGATAGAGAA
ATGATTTCCACTATATATATATATATAT**GTGTGTGTGTGCATAATAAAATGAAATGAC
CAATATTAAGGTTGTTTAAGTTATACATGAATGGTCATTGTAATGTTTTATTATTTATTT
TCTCGTGATTTTGTTATTTATGTTTGTGAGTGCTGAATTACTGGCCATATGTTCTGTGCA
TTTTTAAGGATTTTTTCCCCAAATGTTTGTTGATGAAACTCAAAGTTATAAAATATATTA
CAGTGTTAATCTGC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 9

CO CL494Contig1 560 9 5 U
GGATCACTTCTTTTGCATTGTGCGGAAACTCTTGAGCTTTTGTCTTCATCTTACCAAAGA
AACAAACCTCATCGAATCAGATTAGAATAATTTCAACCTCGCTAAGAATGAAAATGAAAC
TCGCTGTTGTAACGTTCGTCATCATCTCCCTACTCCTCTCATCTTCTTTGTTCATGCTTT
CAGAAGCCTCACCATGCGACGGAAAATGCAATGCGAGATGTTCAAAGGCAGGAAGACAAG
ATCGGTGTCTCAAGTATTGCAATATATGTTGTGAGAAGTGTAACTACTGTGTTCCCTCCG
GCACTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCCTGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCC
ATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAAGATAATCTTCATATACATCATATCTATTATA
CACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGTATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATG
GAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGAAATAATGTACTTTTAATTTCAACTACTAAAA
GTAAAGCTTTTATTTATATG


BQ
30 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 25 55 55 55 20 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 30 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 10 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 30 30 10 10 10 

AF RR1BJ13JQ C 25
AF RR1BJ13TF U 2
AF RR1CA89JQ C 1
AF RR1GX11JQ C 46
AF RR1D201TF U 1
AF RR1G607JQ C 6
AF RR1G607TF U 1
AF RR1GX11TF U 3
AF RR1CA89TF U 1
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GGGTTATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATGGAAATGTGAAAGATATTGACTATA
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AAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGAAATAATGTACT

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GTAAAGCTTTTATTTATATG

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DS 

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CTTTGTTCATGCTTTCAGAAGCCCCACCATGCGACGGAAAATGCAATGCGAGATGTTCAA
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GAATATGTTTGTATGGAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGAAATAATGTACTTTTAA
TTTCAACTACTAAAAGTAAAGCTTTTATTT

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DS 

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GCACTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCCTGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCC
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GTAAAGCTTTTAT

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DS 

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GCTTTTATTTAT

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DS 

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CACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGTATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATG
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GTAAAGCTTTTATTTAT

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DS 

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GGG
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GCTTTTATTT

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DS 

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CACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGTGTATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATG
GAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGAAATAATGTACTTTTAATTTCAACTACTAAAA
GTAAAGCTTTTATTTAT
ATG

QA 1 557 1 557
DS 



AS 3 9

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GACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1C712JQ U 60
AF RR1CI11JQ U 60
AF RR1AK76JQ U 1
AF RR1FZ65TF C 418
BS 1 169 RR1AK76JQ
BS 170 170 RR1C712JQ
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RD RR1C712JQ 667 0 0
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ATATTGT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1CI11JQ 716 0 0
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ATTTTGTCTTCATCGGTCGGTATGAACTGAGAACCACTGTGTGGGTTGAACTGAATAAGG
TTGATCTTGCATGGGATTCCCTGCACAAGCTCCACTAGCCGCCTTGCATCTTCCATT*TG
TCATTCACTCCTGCGAGCATCACGTACTCGAACAACACTTTGTACTTGTGCATTGAACTG
AGTTCTTCTCTGAGCGTCTCAAGGAGCAAAGATAACTTGTATTTTCTGTTGATGGGCATG
ATCCAGTTTCTAACCTCATCGGTTGTTGCATTAAGACTGACTGCCAAAGCGCAGTTACAT
TCACGGAGAAACCGCTTTAGCTGAGGAACAAGGCCACTGGTAGAGACTGTGACCTTGCGT
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ATATTGTGAAATGGCTCTCCCATTCCCATAAACACGACATTTGTTATTGATCCCAC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1AK76JQ 867 0 0
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AAAATTTAAATATAATCAATGTAATTTCACAACATGAAGATTTAGTACATCTTTTGTCCT
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GTGCTTGAGTAGCACCAAGCATGCCAAGCTGCCCACATGCTGCCATTTGATCATTACCTC
GGCTAAACCGCATTAAAACAGTGCAGCCTCCTTCAGCCAGAACATTACGGAACTTGATCA
TTTTGTCTTCATCGGTCGGTATGAACTGAGAACCACTGTGTGGGTTGAACTGAATAAGGT
TGATCTTGCATGGGATTCCCTGCACAAGCTCCACTAGCCGCCTTGCATCTTCCATTCTGT
CATTCACTCCTGCGAGCATCACGTACTCGAACAACACTTTGTACTTGTGCATTGAACTGA
GTTCTTCTCTGAGCGTCTCAAGGAGCAAAGATAACTTGTATTTTCTGTTGATGGGCATGA
TCCAGTTTCTAACCTCATCGGTTGTTGCATTAAGACTGACTGCCAAAGCGCAGTTACATT
CACGGAGAAACCGCTTTAGCTGAGGAACAAGGCCACTGGTAGAGACTGTGACCTTGCGTG
GACTAAAGTGAAGTCCATTCTCATCTACCATTATATTTGCAGCTTTGATGACATTCTCAA
TATTGTGAAATGGCTCTCCCATTCCCATAAACACGACATTTGTTATTGATCCCACTTCAT
GAGAAAGCAACCGCCTTGCGTAAACAGCTTGCTCAACAATCTCAGCAGCAGTGAGATTTC
TCTTTAAACCCATCCTGCCAGTGTAGC

QA 1 867 1 867
DS 

RD RR1FZ65TF 667 0 0
TGTCATTCACTCCTGCGAGCATCACGTACTCGAACAATACTTTGTGCTTGTGCCTTGAAC
TGAGTTCTTCTCTGAGCGTCTCAAGGAGCAAAGATAACTTGTATTTTCTGTTGATGGGCA
TGATCCAGTTTCTAACCTCATCGGTTGTTGCATTAAGACTGACTGCCAAAGCGCAATTAC
ATTCACGGAGAAACCGCTTCAGCTGAGGAACAAGGCCACTGGTCGAGACTGTGACTTTGC
GTGGACTAAAGTGAAGTCCATTCTCGTCTACCATTATGTTTGCAGCTTTGATGACATTGT
CAATATTGTGAAACGGTTCTCCCATTCCCATAAACACGACATTTGTTATTGATCCCACTT
CATGGGAAAGCAACCGCCTTGCGTAAACAGCCTGCTCAACTATCTCAGCAGCAGTGAGAT
TTCTCTTTAAACCCATCCTGCCAGTGTAGCAGAACTGACAATTCATGGCACAACCCACTT
GGCTCGAAACACAAACTGTTGTCCTGCCACGATCACAAGGTATAACAACTGTCTCGATCA
CAAGCCCATCATCCAACGTGAATAGAATCTTCCTAGTTCCATCAGAAGCCGACCTAACAT
CCTTAAACGATAATGCCCCAAACTCAGCATGCTCACCAATCATTCTCTTGAAATCCTTGT
TCAGACC

QA 1 667 1 667
DS 



CO CL495Contig2 855 2 5 U
GGGAGATAATGGTTCTTCGTCTGTCGTCGACAATGAGGCGTCTGGGAATCATCACTAATC
CCGCCGCCGTCACGCCGACGCTAATCTCTTCAACGGCGTCTTTCGCCAGAAACCTGAACT
TACCATCTCCCCTCCGCAATCACCATCTTACCAGTTCCATTTGCTTCCTCAAATCCCGAA
GCCTCCTCTCCTCCTTCTCATCTTTCTCTTCTTCTTCGGCAGCTTATCTTCCCTCACTCG
ACGAGTTTGCTTCAACTAAAGGTTCTGTGAGGGCGAGAGATGATAACAAGAAGGTGGTCT
TGAAGGGTATGAGCTATGCTTCGCTCCAAGAATGGGTTGAATCGCATGGGTTTCGACCTG
GACAAGCTATGATGCTGTGGAAGAGATTATACAAGGATAACATATGGGCTCAAGATGTTG
ATCAGCTTGAAGGTCTGAACAAAGATTTCAAGAGAATGATTGGTGAGCATGCTGAGTTTG
GGGCATTATCGTTTAAGGATGTTAGGTCGGCTTCTGATGGAACTAGGAAGATTCTGTTCA
CGTTGGATGATGGGCTTGTGATCGAGACAGTTGTTATACCTTGTGATCGTGGCAGGACAA
CAGTTTGTGTTTCGAGCCAAGTGGGTTGTGCCATGAATTGTCAGTTCTGCTACACTGGCA
GGATGGGTTTAAAGAGAAATCTCACTGCTGCTGAGATTGTTGAGCAAGCTGTTTACGCAA
GGCGGTTGCTTTCTCATGAAGTGGGATCAATAACAAATGTCGTGTTTATGGGAATGGGAG
AGCCATTTCACAATATTGAGAATGTCATCAAAGCTGCAAATATAATGGTAGATGAGATGG
ACTTCACTTTAGTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C712TF U 6
AF RR1AK76TF U 1
BS 1 152 RR1AK76TF
BS 153 153 RR1C712TF
BS 154 572 RR1AK76TF
BS 573 574 RR1C712TF
BS 575 855 RR1AK76TF

RD RR1C712TF 783 0 0
GG
AATGGTTCTTCGTCTGTCGTCGACAATGAGGCGTCTGGGAATCATCACTAATCCCGCCGC
CGTCACGCCGACGCTAATCTCTTCAACGGCGTCTTTCGCCAGAAACCTGAACTTACCATC
TCCCCTCCGCAATCACCATCTTACCAGTTCCATTTGCTTCCTCAAATCCCGAAGCCTCCT
CTCCTCCTTCTCATCTTTCTCTTCTTCTTCGGCAGCTTATCTTCCCTCACTCGACGAGTT
TGCTTCAACTAAAGGTTCTGTGAGGGCGAGAGATGATAACAAGAAGGTGGTCTTGAAGGG
TATGAGCTATGCTTCGCTCCAAGAATGGGTTGAATCGCATGGGTTTCGACCTGGACAAGC
TATGATGCTGTGGAGGAGATTATACAAGGATAACATATGGGCTCAAGATGTTGATCAGCT
TGAAGGTCTGAACAAAGATTTCAAGAGAATGATTGGTGAGCATGCTGAGTTTGGGGCATT
ATCGTTTAAGGATGTTAGGTCGGCTTCTGATGGAACTAGGAAGATTCTGTTCACGTTGGA
TGATGGGCTTGTGATCGAGACAGTTGTTATACCTTGTGATCGTGGCAGGACAACAGTTTG
TGTTTCGAGCCAAGTGGGTTGTGCCATGAATTGTCAGTTCTGCTACACTGGCAGGATGGG
TTTAAAGAGAAATCTCACTGCTGCTGAGATTGTTGAGCAAGCTGTTTACGCAAGGCGGTT
GCTTTCTCATGAAGTGGGATCAATAACAAATGTCGTGTTTATGGGAATGGGAGA
GCATTTC

QA 3 776 3 776
DS 

RD RR1AK76TF 855 0 0
GGGAGATAATGGTTCTTCGTCTGTCGTCGACAATGAGGCGTCTGGGAATCATCACTAATC
CCGCCGCCGTCACGCCGACGCTAATCTCTTCAACGGCGTCTTTCGCCAGAAACCTGAACT
TACCATCTCCCCTCCGCAATCACCATCTTACC*GTTCCATTTGCTTCCTCAAATCCCGAA
GCCTCCTCTCCTCCTTCTCATCTTTCTCTTCTTCTTCGGCAGCTTATCTTCCCTCACTCG
ACGAGTTTGCTTCAACTAAAGGTTCTGTGAGGGCGAGAGATGATAACAAGAAGGTGGTCT
TGAAGGGTATGAGCTATGCTTCGCTCCAAGAATGGGTTGAATCGCATGGGTTTCGACCTG
GACAAGCTATGATGCTGTGGAAGAGATTATACAAGGATAACATATGGGCTCAAGATGTTG
ATCAGCTTGAAGGTCTGAACAAAGATTTCAAGAGAATGATTGGTGAGCATGCTGAGTTTG
GGGCATTATCGTTTAAGGATGTTAGGTCGGCTTCTGATGGAACTAGGAAGATTCTGTTCA
CGTTGGATGATGGGCTTGTGATCGAGACAGTT**TATACCTTGTGATCGTGGCAGGACAA
CAGTTTGTGTTTCGAGCCAAGTGGGTTGTGCCATGAATTGTCAGTTCTGCTACACTGGCA
GGATGGGTTTAAAGAGAAATCTCACTGCTGCTGAGATTGTTGAGCAAGCTGTTTACGCAA
GGCGGTTGCTTTCTCATGAAGTGGGATCAATAACAAATGTCGTGTTTATGGGAATGGGAG
AGCCATTTCACAATATTGAGAATGTCATCAAAGCTGCAAATATAATGGTAGATGAGATGG
ACTTCACTTTAGTCA

QA 1 855 1 855
DS 



CO CL495Contig3 653 3 1 U
GCAGAAAAAACCTTAAAATTTAAATATAATCAATGTAATTTCACAACATGGAGATTTAGT
ACATCTTTTGTCCTAATCTTAGAAATCTAAAAGATCAAATAGATGCTTTTAGAGCGGTGC
GGAACTGCTCAGGCACTCTCATCACTAGTGCTTGAATAGCACCAAGCATGCCAAGCTGCC
CACATGCAGCCATTTGATCATTGCCTCGGCTAAACCGCATTAAAACAGTGCAGCCTCCTT
CAGCCAGAACATTACGGAACTTGATCATTTTGTCTTCATCGGTTTGTATGAACTGAGAGC
CACTGTGTGGATTGAATTGAATAAGGTTGATCTTGCATGGGATTCCCTGCACAAGCTCCA
CTAGCCTCCTCGCATCTTCCATGCTGTCATTCACTCCTGCGAGCATCACGTACTCGAATA
ATACTTTGTACTTGTGCCTTGAACTGAGTTCTTCTCTGAGCGTCTCAAGGAGCAAAGATA
ACTTGTATTTTCTGTTGATGGGCATGATCCAGTTTCTAACCTCATCGGTTGTTGCATTAA
GACTGACTGCCAAAGCGCAATTACATTCACGGAGAAACCGCTTCAGCTGAGGAACAAGGC
CACTGGTCGAGACTGTGACTTTGCGTGGACTAAAGTGAAGTCCATTCTCGTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1FZ65JQ U 14
AF RR1AM20JQ U 1
AF RR1AM20TF C 2
BS 1 653 RR1AM20JQ

RD RR1FZ65JQ 558 0 0
TAAAATTTAAATATAATCAATGTAATTTCACAACATGGAGATTTAGTACATCTTTTGTCC
TAATCTTAGAAATCTAAAAGATCAAATAGATGCTTTTAGAGCGGTGCGGAACTGCTCAGG
CACTCTCATCACTGGTGCTTGAATAGCACCAAGCATGCCAAGCTGCCCACATGCAGCCAT
TTGATCATTGCCTCGGCTAAACCGCATTAAAACAGTGCAGCCTCCTTCAGCCAGAACATT
ACGGAACTTGATCATTTTGTCTTCATCGGTTTGTATGAACTGAGAGCCACTGTGTGGATT
GAATTGAATAAGGTTGATCTTGCATGGGATTCCCTGCACAAGCTCCACTAGCCTCCTCGC
ATCTTCCATGCTGTCATTCACTCCTGCGAGCATCACGTACTCGAACAATACTTTGTGCTT
GTGCCTTGAACTGAGTTCTTCTCTGAGCGTCTCAAGGAGCAAAGATAACTTGTATTTTCT
GTTGATGGGCATGATCCAGTTTCTAACCTCATCGGTTGTTGCATTAAGACTGACTGCCAA
AGCGCAATTACATTCACG

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1AM20JQ 653 0 0
GCAGAAAAAACCTTAAAATTTAAATATAATCAATGTAATTTCACAACATGGAGATTTAGT
ACATCTTTTGTCCTAATCTTAGAAATCTAAAAGATCAAATAGATGCTTTTAGAGCGGTGC
GGAACTGCTCAGGCACTCTCATCACTAGTGCTTGAATAGCACCAAGCATGCCAAGCTGCC
CACATGCAGCCATTTGATCATTGCCTCGGCTAAACCGCATTAAAACAGTGCAGCCTCCTT
CAGCCAGAACATTACGGAACTTGATCATTTTGTCTTCATCGGTTTGTATGAACTGAGAGC
CACTGTGTGGATTGAATTGAATAAGGTTGATCTTGCATGGGATTCCCTGCACAAGCTCCA
CTAGCCTCCTCGCATCTTCCATGCTGTCATTCACTCCTGCGAGCATCACGTACTCGAATA
ATACTTTGTACTTGTGCCTTGAACTGAGTTCTTCTCTGAGCGTCTCAAGGAGCAAAGATA
ACTTGTATTTTCTGTTGATGGGCATGATCCAGTTTCTAACCTCATCGGTTGTTGCATTAA
GACTGACTGCCAAAGCGCAATTACATTCACGGAGAAACCGCTTCAGCTGAGGAACAAGGC
CACTGGTCGAGACTGTGACTTTGCGTGGACTAAAGTGAAGTCCATTCTCGTCC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1AM20TF 652 0 0
CAG
AAAAAACCTTAAAATTTAAATATAATCAATGTAATTTCACAACATGGAGATTTAGTACAT
CTTTTGTCCTAATCTTAGAAATCTAAAAGATCAAATAGATGCTTTTAGAGCGGTGCGGAA
CTGCTCAGGCACTCTCATCACTAGTGCTTGAATAGCACCAAGCATGCCAAGCTGCCCACA
TGCAGCCATTTGATCATTGCCTCGGCTAAACCGCATTAAAACAGTGCAGCCTCCTTCAGC
CAGAACATTACGGAACTTGATCATTTTGTCTTCATCGGTTTGTATGAACTGAGAGCCACT
GTGTGGATTGAATTGAATAAGGTTGATCTTGCATGGGATTCCCTGCACAAGCTCCACTAG
CCTCCTCGCATCTTCCATGCTGTCATTCACTCCTGCGAGCATCACGTACTCGAATAATAC
TTTGTACTTGTGCCTTGAACTGAGTTCTTCTCTGAGCGTCTCAAGGAGCAAAGATAACTT
GTATTTTCTGTTGATGGGCATGATCCAGTTTCTAACCTCATCGGTTGTTGCATTAAGACT
GACTGCCAAAGCGCAATTACATTCACGGAGAAACCGCTTCAGCTGAGGAACAAGGCCACT
GGTCGAGACTGTGACTTTGCGTGGACTAAAGTGAAGTCCATTCTC
GTCC

QA 4 648 4 648
DS 



AS 2 9

CO CL496Contig1 1173 7 16 U
CGGTCGATAACAGTGAAAAGATATGATAGCAAGATGCTTAAATTACAAGCAAAGCTGCCC
CACTATAGAAAAAGCAAGTGAACATAATATTATTCTAGTCTGGTCGATTTCTCTATGGCC
CTGGTGAAAAGTGTGCCCCACGAAGCCCCCCTTATATAGTACAAAGTCATTCACTTTCTA
AAAGCAAGATGGATCACTTCATCACATGGGCATCCAAAGTTGGTCAAAAAACAATCACAT
GCAGTAGCTGTAATCTGCTTAGACACCAAGATTTTTTTTTATTTGTGAACATCCAACTGA
ACCGGAGAAAACAGACACCAACTAAATTTCAGAACCATGGAGTTTGCAGATAAAATCTCA
GAGGAGCAAACTGACATAGAACATCCAAACAGGAAAGACACAGGATTTCTTGCCATCGGA
ATACACCAACTAAAAAATTACTGCAGAACTTGCAACGTGATTCGTTGGTTAAGAAGGAAG
TTCCTGTTCTTTGTAATGTATGCATTCATCGCCTGGGTCTGTGAAGTGAAACGCACCAGT
GCCACCCTCTTAGGACTTCCGAGTCCTTGAATGGTGAGGAACTGGATGGATCCAGGATGA
TAGAGACAGCCAGATAAGAACCTATCAATGTCTTCTATTATAGCATTCGGCGGAAGTCCA
TGTAGCGCAACCACTTTGCCTTCATAAGGAACAACGGGATCCCACTGAGACTGAGTAGCC
CTTTCCAATCTATATAGCCTTCCCTTCTTTGCAATCGCCCGCATTGCACTATCATAAGAT
GAACGGGAAGGGAATTGCACATAAACTCCAGAAGGATTCAAGTTTCCACCACGCATGTAG
CTGAATCTGAGATCATCAGGTGTCACATTGCATCCTTCAAGTATGTTCATCACATCACTC
TTCAGCGTATGTTTTGAGAAGCCTGAAAACTTCCCATACGACTTCCCTTCTCCCGCAGGC
TTCTTTACTCCTCCTTCAGCCGTGGAACCTCCCGGAGGCGGTGGTGGTAACGGAGAGGAA
GGAGGAGGAGGCTGCTCTGTGACGGTAGATAGACATTTCCGCGATTCCTGAAGAAATGGA
AGAGAGCTACGACTGATCGCCGGATCCAACGTCCGGAGGCTCAGACTCGATCTGATCGCG
TTACGGATGATACTCATCTCTCGCCGGTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1CT88JQ U 1
AF RR1GJ38JQ U 257
AF RR1GQ31JQ U 261
AF RR1A523JQ U 298
AF RR1CT88TF C 854
AF RR1A523TF C 454
AF RR1GJ38TF C 571
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BS 308 331 RR1CT88JQ
BS 332 332 RR1GJ38JQ
BS 333 360 RR1CT88JQ
BS 361 361 RR1GJ38JQ
BS 362 445 RR1CT88JQ
BS 446 446 RR1GJ38JQ
BS 447 472 RR1CT88JQ
BS 473 473 RR1GJ38JQ
BS 474 664 RR1CT88JQ
BS 665 808 RR1GJ38JQ
BS 809 986 RR1GQ31JQ
BS 987 991 RR1A523JQ
BS 992 1168 RR1A523TF
BS 1169 1173 RR1GJ38TF

RD RR1CT88JQ 664 0 0
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CACTATAGAAAAAGCAAGTGAACATAATATTATTCTAGTCTGGTCGATTTCTCTATGGCC
CTGGTGAAAAGTGTGCCCCACGAAGCCCCCCTTATATAGTACAAAGTCATTCACTTTCTA
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GCAGTAGCTGTAATCTGCTTAGACACCAAGATTTTTTTTTATTTGTGAACATCCAACTGA
ACCGGAAAAAACAGACACCAACTAAATTTCAAAACCATGGAGTTTGCAGATAAAATCTCA
AAGGAGCAAACTGACATAGAACATCCAAACAGGAAAGACACAGGATTTCTTGCCATCGGA
ATACACCAACTAAAAAATTACTGCAAAACTTGCAACGTGATTCGTTGGTTAAAAAGGAAG
TTCCTGTTCTTTGTAATGTATGCATTCATCGCCTGGGTCTGTGAAGTGAAACGCACCAGT
GCCACCCTCTTAGGACTTCCGAGTCCTTGAATGGTGAGGAACTGGATGGATCCAGGATGA
TAGAGACAGCCAGATAAGAACCTATCAATGTCTTCTATTATAGCATTCGGCGGAAGTCCA
TGTA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1GJ38JQ 552 0 0
GCTT
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ACTAAATTTCAGAACCATGGAGTTTGCAGATAAAATCTCAGAGGAGCAAACTGACATAGA
ACATCCAAACAGGAAAGACACAGGATTTCTTGCCATCAGAATACAACAACTAAGAAATTA
CTGCAGAACTTGCAACGTGATTCGTTGGTTAAGAAGGAAGTTCCTGTTCTTTGTAATGTA
TGCATTCATCGCCTGG*TCTGTGAAGTGAAACGCACCAGTGCCACCCTCTTAGGACTTCC
GAGTCCTTGAATGGTGAGGAACTGGATGGATCCAGGATGATAGAGACAGCCAGATAAGAA
CCTATCAATGTCTTCTATTATAGCATTCGGCGGAAGTCCATGTAGCGCAACCACTTTGCC
TTCATAAGGAACAACGGGATCCCACTGAGACTGAGTAGCCCTTTCCAATCTATATAGCCT
TCCCTTCTTTGCAATCGCCCGCATTGCACTATCATAAGATGAACGGGAAGGGAATTGCAC
ATAAACTC

QA 5 552 5 552
DS 

RD RR1GQ31JQ 726 0 0
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ACTAAATTTCAGAACCATGGAGTTTGCAGATAAAATCTCAGAGGAGCAAACTGACATAGA
ACATCCAAACAGGAAAGACACAGGATTTCTTGCCATCGGAATACACCAACTAAAAAATTA
CTGCAGAACTTGCAACGTGATTCGTTGGTTAAGAAGGAAGTTCCTGTTCTTTGTAATGTA
TGCATTCATCGCCTGGGTCTGTGAAGTGAAACGCACCAGTGCCACCCTCTTAGGACTTCC
GAGTCCTTGAATGGTGAGGAACTGGATGGATCCAGGATGATAGAGACAGCCAGATAAGAA
CCTATCAATGTCTTCTATTATAGCATTCGGCGGAAGTCCATGTAGCGCAACCACTTTGCC
TTCATAAGGAACAACGGGATCCCACTGAGACTGAGTAGCCCTTTCCAATCTATATAGCCT
TCCCTTCTTTGCAATCGCCCGCATTGCACTATCATAAGATGAACGGGAAGGGAATTGCAC
ATAAACTCCAGAAGGATTCAAGTTTCCACCACGCATGTAGCTGAATCTGAGATCATCAGG
TGTCACATTGCATCCTTCAAGTATGTTCATCACATCACTCTTCAGCGTATGTTTTGAGAA
GCCTGAAAACTTCCCATACGACTTCCCTTCTCCCGCAGGCTTCTTTACTCCTCCTTCAGC
CGTGGA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1A523JQ 694 0 0
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TCAGAGGAGCAAACTGACATAGAACATCCAAACAGGAAAGACACAGGATTTCTTGCCATC
GGAATACACCAACTAAGAAATTACTGCAGAACTTGCAACGTGATTCGTTGGTTAAGAAGG
AAGTTCCTGTTCTTTGTAATGTATGCATTCATCGCCTGGGTCTGTGAAGTGAAACGCACC
AGTGCCACCCTCTTAGGACTTCCGAGTCCTTGAATGGTGAGGAACTGGATGGATCCAGGA
TGATAGAGACAGCCAGATAAGAACCTATCAATGTCTTCTATTATAGCATTCGGCGGAAGT
CCATGTAGCGCAACCACTTTGCCTTCATAAGGAACAACGGGATCCCACTGAGACTGAGTA
GCCCTTTCCAATCTATATAGCCTTCCCTTCTTTGCAATCGCCCGCATTGCACTATCATAA
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TAGCTGAATCTGAGATCATCAGGTGTCACATTGCATCCTTCAAGTATGTTCATCACATCG
CTCTTCAGCGTATGTTTTGAGAAGCCTGAAAACTTCCCATACGACTTCCCTTCTCCCGCA
GGCTTCTTTACTCCTCCTTCAGCCGTGGAACCTC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1CT88TF 280 0 0
CATCAGGTGTCACATTGCATCCTTCAAGTATGTTCTTCACATCACTCTTCAGCGTATGTT
TTGAGAAGCCTGAAAACTTCCCATACGACTTCCCTTCTCCCGCAGGCTTCTTTACTCCTC
CTTCAGCCGTGGAACCTCCCGGAGGCGGTGGTGGTAACGGAGAGGAAGGAGGAGGAGGCT
GCTCTGTGACGGTAGATAGACATTTCCGCGATTCCTGAAGAAATGGAAGAGAGCTACGAC
TGATCGCCGGATCCAACGTCCGGAGGCTCAGACTCGATCT

QA 1 280 1 280
DS 

RD RR1A523TF 715 0 0
AACGTGATTCGTTGGTTAAGAAGGAAGTTCCTGTTCTTTGTAATGTATGCATTCATCGCC
TGGGTCTGTGAAGTGAAACGCACCAGTGCCACCCTCTTAGGACTTCCGAGTCCTTGAATG
GTGAGGAACTGGATGGATCCAGGATGATAGAGACAGCCAGATAAGAACCTATCAATGTCT
TCTATTATAGCATTCGGCGGAAGTCCATGTAGCGCAACCACTTTGCCTTCATAAGGAACA
ACGGGATCCCACTGAGACTGAGTAGCCCTTTCCAATCTATATAGCCTTCCCTTCTTTGCA
ATCGCCCGCATTGCACTATCATAAGATGAACGGGAAGGGAATTGCACATAAACTCCAGAA
GGATTCAAGTTTCCACCACGCATGTAGCTGAATCTGAGATCATCAGGTGTCACATTGCAT
CCTTCAAGTATGTTCATCACATCGCTCTTCAGCGTATGTTTTGAGAAGCCTGAAAACTTC
CCATACGACTTCCCTTCTCCCGCAGGCTTCTTTACTCCTCCTTCAGCCGTGGAACCTCCC
GGAGGCGGTGGTGGTAACGGAGAGGAAGGAGGAGGAGGCTGCTCTGTGACGGTAGATAGA
CATTTCCGCGATTCCTGAAGAAATGGAAGAGAGCTACGACTGATCGCCGGATCCAACGTC
CGGAGGCTCAGACTCGATCTGATCGCGTTACGGATGATACTCATCTCTCGCCGGT

QA 1 715 1 715
DS 

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ATGGTGAGGAACTGGATGGATCCAGGATGATAGAGACAGCCAGATAAGAACCTATCAATG
TCTTCTATTATAGCATTCGGCGGAAGTCCATGTAGCGCAACCACTTTGCCTTCATAAGGA
ACAACGGGATCCCACTGAGACTGAGTAGCCCTTTCCAATCTATATAGCCTTCCCTTCTTT
GCAATCGCCCGCATTGCACTATCATAAGATGAACGGGAAGGGAATTGCACATAAACTCCA
GAAGGATTCAAGTTTCCACCACGCATGTAGCTGAATCTGAGATCATCAGGTGTCACATTG
CATCCTTCAAGTATGTTCATCACATCACTCTTCAGCGTATGTTTTGAGAAGCCTGAAAAC
TTCCCATACGACTTCCCTTCTCCCGCAGGCTTCTTTACTCCTCCTTCAGCCGTGGAACCT
CCCGGAGGCGGTGGTGGTAACGGAGAGGAAGGAGGAGGAGGCTGCTCTGTGACGGTAGAT
AGACATTTCCGCGATTCCTGAAGAAATGGAAGAGAGCTACGACTGATCGCCGGATCCAAC
GTCCGGAGGCTCAGACTCGATCTGATCGCGTTACGGATGATACTCATCTCTCGCCGGTAA
AAA

QA 1 603 1 603
DS 



CO CL496Contig2 1061 2 2 U
GGAGCTCAGTTTCGCATCATCGTTGTTGTTTCGTCACTGAGAAAAACCCTAAACATTTTT
ACCGGCGAGAGATGAGTATCATCCGTAACGCGATCAGATCGAGTCTGAGCCTCCGGACGT
TGGATCCGGCGATCAGTCGTAGCTCTCTTCCATTTCTTCAGGAATCGCGGAAATGTCTAT
CTACCGTCACAGAGCAGCCTCCTCCTCCTTTCTCTCCGTTACCACCACCGCCTCCGGGAG
GTTCCACGGCTGAAGGAGGAGTAAAGAAGCCTGCGGGAGAAGGGAAGTCGTATGGGAAGT
TTTCAGGCTTCTCAAAACATACGCTGAAGAGTGATGTGATGAACATACTTGAAGGATGCA
ATGTGACACCTGATGATCTCAGACTCAGCTACATGCGTGGTGGAAACTTGAATCCTTCTG
GAGTGTGAGTCTTAGCTTATATTAATTAATGCTCAAAATTGTATTTTTTTTGGAAGTAGA
AAGTTTGATTCCAGACTAACGGTTTTCAGTTCTTGCTAACAAATGTGTTGGTATTTTTCA
GTTATGTGCAATTCCCTTCCCGTTCATCTTATGATAGTGCAATGCGGGCGATTGCAAAGA
AGGGAAGGCTATATAGATTGGAAAGGGCTACTCAGTCTCAGTGGGATCCCGTTGTTCCTT
ATGAAGGCAAAGTGGTTGCGCTACATGGACTTCCGCCGAATGCTATAATAGAAGACATTG
ATAGGTTCTTATCTGGCTGTCTCTATCATCCTGGATCCATCCAGTTCCTCACCATTCAAG
GACTCGGAAGTCCTAAGAGGGTGGCACTGGTGCGTTTCACTTCACAGACCCAGGCGATGA
ATGCATACATTACAAAGAACAGGAACTTCCTTCTTAACCAACGAATCACGTTGCAAGTTC
TGCAGTAATTTCTTAGTTGGTGTATTCCGATGGCAAGAAATCCTGTGTCTTTCCTGTTTG
GATGTTCTATGTCAGTTTGCTCCTCTGAGATTTTATCTGCAAACTCCATGGTTCTGAAAT
TTAGTTGGTGTCTGTTTTCTCCGGTTCAGTTGGATGTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D820TF U 1
AF RR1D820JQ C 466
BS 1 599 RR1D820TF
BS 600 1061 RR1D820JQ

RD RR1D820TF 599 0 0
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ACCGGCGAGAGATGAGTATCATCCGTAACGCGATCAGATCGAGTCTGAGCCTCCGGACGT
TGGATCCGGCGATCAGTCGTAGCTCTCTTCCATTTCTTCAGGAATCGCGGAAATGTCTAT
CTACCGTCACAGAGCAGCCTCCTCCTCCTTTCTCTCCGTTACCACCACCGCCTCCGGGAG
GTTCCACGGCTGAAGGAGGAGTAAAGAAGCCTGCGGGAGAAGGGAAGTCGTATGGGAAGT
TTTCAGGCTTCTCAAAACATACGCTGAAGAGTGATGTGATGAACATACTTGAAGGATGCA
ATGTGACACCTGATGATCTCAGACTCAGCTACATGCGTGGTGGAAACTTGAATCCTTCTG
GAGTGTGAGTCTTAGCTTATATTAATTAATGCTCAAAATTGTATTTTTTTTGGAAGTAGA
AAGTTTGATTCCAGACTAACGGTTTTCAGTTCTTGCTAACAAATGTGTTGGTATTTTTCA
GTTATGTGCAATTCCCTTCCCGTTCATCTTATGATAGTGCAATGCGGGCGATTGCAAAG

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1D820JQ 596 0 0
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TGTTGGTATTTTTCAGTTATGTGCAATTCCCTTCCCGTTCATCTTATGATAGTGCAATGC
GGGCGATTGCAAAGAAGGGAAGGCTATATAGATTGGAAAGGGCTACTCAGTCTCAGTGGG
ATCCCGTTGTTCCTTATGAAGGCAAAGTGGTTGCGCTACATGGACTTCCGCCGAATGCTA
TAATAGAAGACATTGATAGGTTCTTATCTGGCTGTCTCTATCATCCTGGATCCATCCAGT
TCCTCACCATTCAAGGACTCGGAAGTCCTAAGAGGGTGGCACTGGTGCGTTTCACTTCAC
AGACCCAGGCGATGAATGCATACATTACAAAGAACAGGAACTTCCTTCTTAACCAACGAA
TCACGTTGCAAGTTCTGCAGTAATTTCTTAGTTGGTGTATTCCGATGGCAAGAAATCCTG
TGTCTTTCCTGTTTGGATGTTCTATGTCAGTTTGCTCCTCTGAGATTTTATCTGCAAACT
CCATGGTTCTGAAATTTAGTTGGTGTCTGTTTTCTCCGGTTCAGTTGGATGTTCAC

QA 1 596 1 596
DS 



AS 2 9

CO CL497Contig1 746 2 2 U
GGAAAAGGATAAATCATTTCTGAACATTCATCTTCTTCTTCCTCCTTTCAATGGCGACTC
TAAGCTTTAACACCACTCGTATGCGAACACCTTCACTCCCCAGAATCTCCAGATCATCTT
CTTTCACCAAACCCATCAAAACCCATCTCTCCTCCTCCTCCTTCCAAACCTTATCCAAAC
GCCGCCGTTTCGTCTCCCGTTCCTTACCGGAGAGCTTCACAAAAGAAGAGGAGACCGTCA
TCATCACTGAAGACGATGATCCTACGTCGGAGCTGAGTTATCTTGATCCGGAAACAGATG
CAGAGAGCATAAAAGAGTGGGAGTTAGATTTCTGCTCGAGGCCGATTCTTGATTCACGAG
GGAAGAAGATATGGGAGCTTGTGGTTTGCGATGCTTCGCTCTCGCTTCAAGTCACCAAGT
ACTTCCCAAACAATGTCATCAACAGTATTACTCTCAAAGACGCTATTGTTTCCATCACAC
AAGACTTGGGTGTTCCTCTCCCTGAGAAGATTCGTTTCTTCAGGTCGCAGATGCAAACCA
TTATCACAAAAGCTTGCAAAGAGCTTGCTATTAAGGAAGTGCCTAGTAAACGGTGTCTGT
CTCTGTTTCTATGGTTGCAAGAACGTTATGACACTGTGTACACGCGTCATCCCGGTTTCC
AGAAGGGATCACTGCCTCTTCTGTCTCTAGACAACCCCTTTCCAATGAATCTTCCTGAGA
ATTTGTTTGGGGAGAAATGGGCGTTT


BQ
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AF RR1BU36TF U 1
AF RR1H124TF U 9
BS 1 107 RR1BU36TF
BS 108 746 RR1H124TF

RD RR1BU36TF 107 0 0
GGAAAAGGATAAATCATTTCTGAACATTCATCTTCTTCTTCCTCCTTTCAATGGCGACTC
TAAGCTTTAACACCACTCGTATGCGAACACCTTCACTCCCCAGAATC

QA 1 107 1 107
DS 

RD RR1H124TF 738 0 0
GG
AAATCATTTCTGAACATTCATCTTCTTCTTCCTCCTTTCAATGGCGACTCTAAGCTTTAA
CACCACTCGTATGCGAACACCTTCACTCCCCAGAATCTCCAGATCATCTTCTTTCACCAA
ACCCATCAAAACCCATCTCTCCTCCTCCTCCTTCCAAACCTTATCCAAACGCCGCCGTTT
CGTCTCCCGTTCCTTACCGGAGAGCTTCACAAAAGAAGAGGAGACCGTCATCATCACTGA
AGACGATGATCCTACGTCGGAGCTGAGTTATCTTGATCCGGAAACAGATGCAGAGAGCAT
AAAAGAGTGGGAGTTAGATTTCTGCTCGAGGCCGATTCTTGATTCACGAGGGAAGAAGAT
ATGGGAGCTTGTGGTTTGCGATGCTTCGCTCTCGCTTCAAGTCACCAAGTACTTCCCAAA
CAATGTCATCAACAGTATTACTCTCAAAGACGCTATTGTTTCCATCACACAAGACTTGGG
TGTTCCTCTCCCTGAGAAGATTCGTTTCTTCAGGTCGCAGATGCAAACCATTATCACAAA
AGCTTGCAAAGAGCTTGCTATTAAGGAAGTGCCTAGTAAACGGTGTCTGTCTCTGTTTCT
ATGGTTGCAAGAACGTTATGACACTGTGTACACGCGTCATCCCGGTTTCCAGAAGGGATC
ACTGCCTCTTCTGTCTCTAGACAACCCCTTTCCAATGAATCTTCCTGAGAATTTGTTTGG
GGAGAAATGGGCGTTT

QA 3 738 3 738
DS 



CO CL497Contig2 1267 7 14 U
GGTCCATAATATATAGTATTACTTTTTGCAAACTCATGTAAACTATTTCTTTCAAGAGTG
AGACAAACCCACAGTTCTACTCGGTTACTAAATAGCAAAACATGGTTATTACCAATTTAC
CAAAGTGAAATTAAACAGGAGGTGGTGGCAAATCAATAAGAAGCCAAAAGCCAACACAGT
CATCAGAATCCAAGTCATCTTGAATTGCAAGAAAATGCAAACCTCCACTTGCTTTCTTTG
CAGATTCCCAAGCTTCAGCTTCATCAGTAGTAACAGGTGTTTTCTTGTACGTTGCGTAAA
CATACCTTGTCGAGATCCCAACGGCCAGAATCAAACATCCTTTTGTACTGTCTGCTTCAA
TCGAACACACCTCAAGACCATTCATCCAAGCTGCTAGAGGTTTTACACGTGAAGAAGCAA
CGGAGAGACCAGGGATCAGTGTGTTCTCATCAACGTCAATGCCGAGCAAATCCAAGTCTA
AGGTAGCATCAAACACAAACTTCTCCTCAAAGTCTGAGATCTCTTCTCTAACAGCTGAGT
AAGGTAACTGAACAAACGCCCATTTCTCCCCAAACAAATTCTCAGGAAGATTCATTGGAA
AGGGGTTGTCTAGAGACAGAAGAGGCAGTGATCCCTTCTGGAAACCGGGATGACGCGTGT
ACACAGTGTCATAACGTTCTTGCAACCATAGAAACAGAGACAGACACCGTTTACTAGGCA
CTTCCTTAATAGCAAGCTCTTTGCAAGCTTTTGTAATAATGGTTTGCATCTGTGACCTGA
AGAAACGAATCTTCTCAGGGAGAGGAACACCCAAGTCTTGTGTGATGGAAACAATAGCGT
CTTTGAGAGTAATACTGTTGATGACATTGTTTGGGAAGTACTTGGTGACTTGAAGCGAGA
GCGAAGCATCGCAAACCACAAGCTCCCATATCTTCTTCCCTCGTGAATCAAGAATCGGCC
TCGAGCAGAAATCTAACTCCCACTCTTTTATGCTCTCTGCATCTGTTTCCGGATCAAGAT
AACTCAGCTCCGACGTAGGATCATCGTCTTCAGTTTCTTCCTCCTGTTTGATGATGACGG
TCTCCTCTTCTTTTGTGAAGCTCTCCGGTAAGGAACGGGAGACGAAACGGCGGCGTTTGG
ATAAGGTTTGGAAGGAGGAGGAGGAGAGATGGGTTTTGATGGGTTTGGTGAAAGAAGATG
ATCTGGAGATTCTGGGGAGTGAAGGTGTTCGCATACGAGTGGTGTTAAAGCTTAGAGTCG
CCATTCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H124JQ U 8
AF RR1DJ56JQ U 28
AF RR1CV19JQ U 1
AF RR1F510JQ U 53
AF RR1CV19TF C 382
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AF RR1DJ56TF C 650
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C

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GCTTAGAGTCGCCATTCC

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DS 



AS 2 9

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 20 35 35 35 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR1CI07TF U 8
AF RR1CI07JQ C 8
AF RR1B708JQ C 1
AF RR1B708TF U 128
AF RR1EG11TF U 1
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TTATTAAATTGTTTTTGATAAATAATATTAAATAATTTTT
G

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GG
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GCTAAGTTTGCTTCCATCATCACATTCCTTTTCGTTGTTCTAATTATCTTTTCTGCTTTT
GAA***CAAACGATGGTGGAAGGGCAGAAGACATGCAAGAGGACGCCTAGCTCAGGGGCA
AGGGCTTGTATGAGGGATTTTAATTGCCGGTTTTGCATCGAAGTCGAGAAAGCAATACGT
GGTACTTGCGATTATAAATTCCCTAGGCGCCAGTGTTTTTGCCACTTTCCATGTTAATCA
ACAGCGGCGTGCAAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATAAGTATTATACAACAATATT
TTATTAAATTGTTTTTGATAAATA

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DS 

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AACAATATTTTATTAAATTGTTTTTGATAAATAATATTAAATAATTTTTAAAAAAACTTG
TATAGAATTAAAATAAATGTTGACTATTTATGTTT

QA 1 455 1 455
DS 

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GTGGTACTTGCGATTATAAATTCCCTAGGCGCCAGTGTTCCTGCCACTTTCCATGTTAAT
CAACAGCGGCGTGCAAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATAAGTATTATACAACAATA
TTTTATTAAATTGTTTTTGATAAATAATATTAAATAATTTTTAAAAAAACTTGTATAGAA
TTAAAATAAATGTTGACTATTTATGTTT

QA 1 328 1 328
DS 

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GGATACAATACGCATAACATACCTTCAAATTAAAAAAAAAGTAAAAAGTAAAAAGTAAAA
CATAGCATGACTAAGTTTGCTTCCATCATCACATTCCTCTTCGTTGTTCTAATTATCTTT
TCTGCTTTCGAAGAACAAACGATGGTGGAAGGGCAGAAGACATGCAAGAGGACGCCTAGC
TCAGGGGCAAGAGCTTGTATGAGGGATTTTAATTGCCGGTTTTGCATCGAAGTCGAGAAA
GCAATACGTGGTACTTGCGATTATAAATTCCCTAGGCGCCAGTGTTTCTGCCACTTTCCA
TGTTAATCAACAGCGGCGTGCAAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATAAGTATTATAC
AACAATATTTTATTAAATTGTTTTTGATAAATAATATTAAATAATTTTTAAAAAAACTTG
TATAGAATTAAAATAAATGTTGACTATTTATGTTTTAAGCATAAATATAAAGCTATAC

QA 1 478 1 478
DS 



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TACAAGTTTTTTAAAAAATTATTTAATATTATTTATCAAAAACAATTTAATAAAATATTG
TTATATAATACTTATTTGGCATAGGGCATAAAAATGTCTTTGCACGGCGCTGTTGATTAA
CATGGAAAGTGGCAGAAACACTGGCGCCTAGGGAATTTATAATCGCAAGTACCACGTATT
GCTTTCTCGACTTCGATGCAAAACCGGCAATTAAAATCCCTCATACAAGCTCTTGCCCCT
GAGCTAGGCGTCCTCTTGCATGTCTTCTGCCCTTCCACCATCGTTTGTTCTTCAAAAGCA
GAAAAGATTATTAGAACAACGAAGAGGAAGGTGATGATGGAAGCAAACTTAGCCATGCTA
TGTTTTAATTTTTACTTTTTAGTTTTTTTTTTTAATTTGAAGGTATGTTATGCGTATTGT
ATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 

AF RR1D405JQ U 67
AF RR1D405TF C 1
AF RR1FC62JQ U 112
AF RR1FC62TF C 112
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BS 89 415 RR1D405JQ
BS 416 484 RR1FC62JQ

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AAGTGGCAGAAACACTGGCGCCTAGGGAATTTATAATCGCAAGTACCACGTATTGCTTTC
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GGCGTCCTCTTGCATGTCTTCTGCCCTTCCACCATCGTTTGTTCTTCAAAAGCAGAAAAG
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DS 

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CATGGAAAGTGGCAGAAACACTGGCGCCTAGGGAATTTATAATCGCAAGTACCACGTATT
GCTTTCTCGACTTCGATGCAAAACCGGCAATTAAAATCCCTCATACAAGCTCTTGCCCCT
GAGCTAGGCGTCCTCTTGCATGTCTTCTGCCCTTCCACCATCGTTTGTTCTTCAAAAGCA
GAAAAGATTATTAGAACAACGAAGAGGAAGGTGATGATGGAAGCAAACTTAGCCATGCTA
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ATCC

QA 1 484 1 484
DS 

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GCGTATTGTATCC

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR1FC62TF 373 0 0
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CCACGTATTGCTTTCTCGACTTCGATGCAAAACCGGCAATTAAAATCCCTCATACAAGCT
CTTGCCCCTGAGCTAGGCGTCCTCTTGCATGTCTTCTGCCCTTCCACCATCGTTTGTTCT
TCAAAAGCAGAAAAGATTATTAGAACAACGAAGAGGAAGGTGATGATGGAAGCAAACTTA
GCCATGCTATGTTTTAATTTTTACTTTTTAGTTTTTTTTTTTAATTTGAAGGTATGTTAT
GCGTATTGTATCC

QA 1 373 1 373
DS 



AS 1 9

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ACCCCGAATATGCTCCGAAGGGCGAGACGATCCGGCTTGATATTCCGGACGGATTGTGCG
ACGGGGCACCAGTCACCTTCACGTGGTATTGGACTACAAACTACTATGGAAAAAA*GAAT
GTACCTGAAGCCTCGTATGGTCGTATTAAACTGATCTCCGGCACACCCACAAAGTTCGAA
TTGTACAACCTCAAGGGTGCCGGAGTGGCAGGTTATGACTTTTCGGGTGAGGTAATCTCC
AAGGACAAAATCAAAGCTACAACCACAGTCGGTGGTACAAAAACTCCGATTGACTTCACT
AGGTTGGCCACAACTTGAAGTATACAAGCACCTGAACCTGGCCCTTTCAACAGCAGCGAG
AACCTCTACTACTAAATAATTTCTCGTTGTTTTCTTCATTTTCAGTACTTGAATAATGCT
AATAGATAGACAACGGATTTTTCCTTTGTTTATTTGGATTATAAGCTTATTATCTTTAAT
ATTTGTAATATTTTTATATTAATAAAAGTCTGGATCCTTTTGTAGGGTTTGAAAAAAAAA
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GATTTTCACCAC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA60TF U 1
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RD RR1EA60TF 672 0 0
GGACACATCATCCATTTACCGCCTATCAACAGATATAAGCCATCATGTCTCAGTGGTTCA
CCCAACTCGAAGATGTCGCCTACTCCGTAGTGGAATATATCCCACTAGTCGGAACCGTGT
ACTCTCTAGAACGAGCGGGTATCGCATACAACGCGAGGGATTGGACGCGACACTGGCAGT
CCCTCGGCAACTTCCTCGAGAGCTCCGTTCGCGATATCATTCTCTTCAAAGACATTGCCG
AACCCACCACGGTCGCCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGTTGACGGACAAATTGATTG
AGATCTACCATCACGAGCCCAAAAGGCCTGAGGTCAAAATCACCCAGAAGCTGGATAAAC
AAAGAGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAAAGGGCAGGTCCAAGAGAGAAGTCTTCG
GAGGCAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTTCACGGCGCTGTCTTCACTGGTACGCTCACTC
ACCCCGAATATGCTCCGAAGGGCGAGACGATCCGGCTTGATATTCCGGACGGATTGTGCG
ACGGGGCACCAGTCACCTTCACGTGGTATTGGACTACAAACTACTATGGAAAAAA*GAAT
GTACCTGAAGCCTCGTATGGTCGTATTAAACTGATCTCCGGCACACCCACAAAGTTCGAA
TTGTACAACCTC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1FZ81TF 678 0 0
GGC
ACATCATCCATTTACCGCCTATCAACAGATATAAGCCATCATGTCTCAGTGGTTCACCCA
ACTCGAAGATGTCGCCTACTCCGTAGTGGAATATATCCCACTAGTCGGAACCGTGTACTC
TCTAGAACGAGCGGGTATCGCATACAACGCGAGGGATTGGACGCGACACTGGCAGTCCCT
CGGCAACTTCCTCGAGAGCTCCGTTCGCGATATCATTCTCTTCAAAGACATTGCCGAACC
CACCACAGTCGCCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGTTGACGGACAAATTGATTGAGAT
CTACCATCACGAGCCCAAAAGGCCTGAGGTCAAAATCACCCAGAAGCTGGATAAACAAAG
AGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAAAGGGCAGGTCCAAGAGAGAAGTCTTCGGAGG
CAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTTCACGGCGCTGTCTTCACTGGTACGCTCACTCACCC
CGAATATGCTCCGAAGGGCGAGACGATCCGGCTTGATATTCCGGACGGATTGTGCGACGG
GGCACCAGTCACCTTCACGTGGTATTGGACTACAAACTACTATGGAAAAAA*GAATGTAC
CTGAAGCCTCGTATGGTCGTATTAAACTGATCTCCGGCACACCCACAAAGTTCGAATTGT
ACAACCTCAAGGGTG

QA 4 678 4 678
DS 

RD RR1AO04TF 697 0 0
GG
ACATCATCCATTTACCGCCTATCAACAGATATAAGCCATCATGTCTCAGTGGTTCACCCA
ACTCGAAGATGTCGCCTACTCCGTAGTGGAATATATCCCACTAGTCGGAACCGTGTACTC
TCTAGAACGAGCGGGTATCGCATACAACGCGAGGGATTGGACGCGACACTGGCAGTCCCT
CGGCAACTTCCTCGAGAGCTCCGTTCGCGATATCATTCTCTTCAAAGACATTGCCGAACC
CACCACAGTCGCCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGTTGACGGACAAATTGATTGAGAT
CTACCATCACGAGCCCAAAAGGCCTGAGGTCAAAATCACCCAGAAGCTGGATAAACAAAG
AGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAAAGGGCAGGTCCAAGAGAGAAGTCTTCGGAGG
CAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTTCACGGCGCTGTCTTCACTGGTACGCTCACTCACCC
CGAATATGCTCCGAAGGGCGAGACGATCCGGCTTGATATTCCGGACGGATTGTGCGACGG
GGCACCAGTCACCTTCACGTGGTATTGGACTACAAACTACTATGGAAAAAAAGAATGTAC
CTGAAGCCTCGTATGGTCGTATTAAACTGATCTCCGGCACACCCACAAAGTTCGAATTGT
ACAACCTCAAGGGTGCCGGAGTGGCAG
TTATGACT

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR1G423TF 669 0 0
GG
ACATCATCCATTTACCGCCTATCAACAGATATAAGCCATCATGTCTCAGTGGTTCACCCA
ACTCGAAGATGTCGCCTACTCCGTAGTGGAATATATCCCACTAGTCGGAACCGTGTACTC
TCTAGAACGAGCGGGTATCGCATACAACGCGAGGGATTGGACGCGACACTGGCAGTCCCT
CGGCAACTTCCTCGAGAGCTCCGTTCGCGATATCATTCTCTTCAAAGACATTGCCGAACC
CACCACAGTCGCCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGTTGACGGACAAATTGATTGAGAT
CTACCATCACGAGCCCAAAAGGCCTGAGGTCAAAATCACCCAGAAGCTGGATAAACAAAG
AGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAAAGGGCAGGTCCAAGAGAGAAGTCTTCGGAGG
CAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTTCACGGCGCTGTCTTCACTAGTACGCTCACTCACCC
CGAATATGCTCCGAAGGGCGAGACGATCCGGCTTGATATTCCGGACGGATTGTGCGACGG
GGCACCAGTCACCTTCACGTGGTATTGGACTACAAACTACTA***AAAAAAAGAATGTAC
CTGAAGCCTCGTATGGTCGTATTAAACTGATCTCCGGCACACCCACAAAGTTCGAATTGT
ACAACCT

QA 3 669 3 669
DS 

RD RR1BV04TF 761 0 0
GG
ACATCATCCATTTACCGCCTATCATCAGATATAAGCCATCATGTCTCAGTGGTTCACCCA
ACTCGAAGATGTCGCCTACTCCGTAGTGGAATATATCCCACTAGTCGGAACCGTGTACTC
TCTAGAACGAGCGGGTATCGCATACAACGCGAGGGATTGGACGCGACACTGGCAGTCCCT
CGGCAACTTCCTCGAGAGCTCCGTTCGCGATATCATTCTCTTCAAAGACATTGCCGAACC
CACCACAGTCGCCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGTTGACGGACAAATTGATTGAGAT
CTACCATCACGAGCCCAAAAGGCCTGAGGTCAAAATCACCCAGAAGCTGGATAAACAAAG
AGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAAAGGGCAGGTCCAAGAGAGAAGTCTTCGGAGG
CAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTTCACGGCGCTGTCTTCACTGGTACGCTCACTCACCC
CGAATATGCTCCGAAGGGCGAGACGATCCGGCTTGATATTCCGGACGGATTGTGCGACGG
GGCACCAGTCACCTTCACGTGGTATTGGACTACAAACTACTATGGAAAAAA*GAATGTAC
CTGAAGCCTCGTATGGTCGTATTAAACTGATCTCCGGCACACCCACAAAGTTCGAATTGT
ACAACCTCAAGGGTGCCGGAGTGGCAGGTTATGACTTTTCGGGTGAGGTAATCTCCAAGG
ACAAAATCAATGCTACAACCACAGTCG*TGGTACAAAAA

QA 3 761 3 761
DS 

RD RR1AO04JQ 815 0 0
ATATCCCACTAGTCGGAACCGTGTACTCTCTAGAACGAGCGGGTATCGCATACAACGCGA
GGGATTGGACGCGACACTGGCAGTCCCTCGGCAACTTCCTCGAGAGCTCCGTTCGCGATA
TCATTCTCTTCAAAGACATTGCCGAACCCACCACAGTCGCCCTTATACACACCATGGCCG
AGTCGTTGACGGACAAATTGATTGAGATCTACCATCACGAGCCCAAAAGGCCTGAGGTCA
AAATCACCCAGAAGCTGGATAAACAAAGAGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAAAGG
GCAGGTCCAAGAGAGAAGTCTTCGGAGGCAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTTCACGGCG
CTGTCTTCACTGGTACGCTCACTCACCCCGAATATGCTCCGAAGGGCGAGACGATCCGGC
TTGATATTCCGGACGGATTGTGCGACGGGGCACCAGTCACCTTCACGTGGTATTGGACTA
CAAACTACTATGGAAAAAA*GAATGTACCTGAAGCCTCGTATGGTCGTATTAAACTGATC
TCCGGCACACCCACAAAGTTCGAATTGTACAACCTCAAGGGTGCCGGAGTGGCAGGTTAT
GACTTTTCGGGTGAGGTAATCTCCAAGGACAAAATCAAAGCTACAACCACAGTCGGTGGT
ACAAAAACTCCGATTGACTTCACTAGGTTGGCCACAACTTGAAGTATACAAGCACCTGAA
CCTGGCCCTTTCAACAGCAGCGAGAACCTCTACTACTAAATAATTTCTCGTTGTTTTCTT
CATTTTCAGTACTTGAATAATGCTAATAGATAGAC

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1FZ81JQ 726 0 0
CAAATTGATTGAGATCTACCATCACGAGCCCAAAAGGCCTGAGGTCAAAATCACCCAGAA
GCTGGATAAACAAAGAGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAAAGGGCAGGTCCAAGAG
AGAAGTCTTCGGAGGCAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTTCACGGCGCTGTCTTCACTGG
TACGCTCACTCACCCCGAATATGCTCCGAAGGGCGAGACGATCCGGCTTGATATTCCGGA
CGGATTGTGCGACGGGGCACCAGTCACCTTCACGTGGTATTGGACTACAAACTACTATGG
AAAAAA*GAATGTACCTGAAGCCTCGTATGGTCGTATTAAACTGATTTCCGGCACACCCA
CAAAGTTCGAATTGTACAACCTCAAGGGTGCCGGAGTGGCAGGTTATGACTTTTCGGGTG
AGGTAATCTCCAAGGACAAAATCAAAGCTACAACCACAGTCGGTGGTACAAAAACTCCGA
TTGACTTCACTAGGTTGGCCACAACTTGAAGTATACAAGCACCTGAACCTGGCCCTTTCA
ACAGCAGCGAGAACCTCTACTACTAAATAATTTCTCGTTGTTTTCTTCATTTTCAGTACT
TGAATAATGCTAATAGATAGACAACGGATTTTTCCTTTGTTTATTTGGATTATAAGCTTA
TTATCTTTAATATTTGTAATATTTTTATATTAATAAAAGTCTGGATCCTTTTGTAGGGT
CTGACCC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1G423JQ 593 0 0
GGCAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTTCACGGCGCTGTCTTCACTAGTACGCTCACTCAC
CCCGAATATGCTCCGAAGGGCGAGACGATCCGGCTTGATATTCCGGACGGATTGTGCGAC
GGGGCACCAGTCACCTTCACGTGGTATTGGACTACAAACTACTA***AAAAAAAGAATGT
ACCTGAAGCCTCGTATGGTCGTATTAAACTGATTTCCGGCACACCCACAAAGTTCGAATT
GTACAACCTCAAGGGTGCCGGAGTGGCAGGTTATGACTTTTCGGGTGAGGTAATCTCCAA
GGACAAAATCAAAGCTACAACCACAGTCGGTGGTACAAAAACTCCGATTGACTTCACTAG
GTTGGCCACAACTTGAAGTATACAAGCACCTGAACCTGGCCCTTTCAACAGCAGCGAGAA
CCTCTACTTCTAAATAATTTCTCGTTGTTTTCTTCATTTTCAGTACTTGAATAATGCTAA
TAGATAGACAACGGATTTTTCCTTTGTTTATTTGGATTATAAGCTTATTATCTTTAATAT
TTGTAATATTTTTATATTAATAAAAGTCTGGATCCTTTTGTA
AGGTCTGACCC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1EA60JQ 465 0 0
GTCGGTGGTACAAAAACTCCGATTGACTTCATTAGGTTGGCCACAACTTGAAGTATACAA
GCCCCTGAACCTGGCCCTTTCAACAGCAGCGAGAACCTTTATTACTAAATAATTTCTCGT
TGTTTTCCTCATTTTCAGTACTTGAATAATGCTAATAGATAGACAACGGATTTTTCCTTT
GTTTATTTGGATTATAAGCTTATTATCTTTAATATTTGTAATATTTTTATATTAATAAAA
GTTTGGATCCTTTTGTAGGGTTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCGCAAGCAGTGGTA
TCAACGCAGAGTCAGGTCCTTCCTTAGTTATAAGGTGATAACAGTATCTTTCTGCTCTCG
TGTTGTATTAGTATGAACATGTTTTGAAGATGGTTTCAGTTGGTAGTAGTAGTCTCTTTG
CTCTTTTGTCTTAACATTAATCTTCCTTTAACAGATTTTCACCAC

QA 1 465 1 465
DS 



AS 2 7

CO CL500Contig1 814 3 19 U
CCGCACAGTTCACACACTCTCTCTCGACTTCAACCGACGCACATATCATCATCATGACTA
CCGAAGAGAAAGAGATCCTCGCCTC*AAACTGGAAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGC
CTGAAGTTGAGGACGCTGATGATAACGATGAGGATGACTCCGACGATGATGATGATGACG
CAGAGGGACAAGATGGAGAAGCAGCAGGCAAGTCAAAGCAAGGCAGAAGCGAGAAGAAGA
GTCGCAAAGCCATGCTGAAGCTTGGTATGAAACCCATCACTGGTGTCAGCCGTGTTACCG
TCAAGAAGAGCAAGAATATCATGTTTGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAGTCCAG
CATCAGACACATACGTGATCTTCGGAGAGGCCAAGATAGAGGACTTGAGCTCGCAGATCC
AGTCACAAGCGGCGGAGCAGTTCAAGGCTCCAGATCTCAGCAGCATGATCTCAAAGGGTG
GGTCGTCGTCCAGCGCTGCAGTGGTGCAGGATGATGATGAGGAGGTTGACGAGGAAGGTG
TTGAGCCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTGCCTAGGCCAAGAGCAG
TGAAGGCTCTCAAGGCTGCTGATGGAGATATTGTCTCTGCTATCATGGAGCTTACCACCT
AAACAAACTTCTCTTGCGTGGTTTAACTTGAGTTATATGTCCC*AGAGATTGTCAAAAAG
GATCCGGAATTTTTTTTGACGTTTATGTTTTCTTTTAAGTATTTTCAATGTTGTATTAGT
AGACCTCATAAATTATTGAATTTTAAGTGTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A029TF U 1
AF RR1AQ04JQ C 24
AF RR1AQ04TF U 24
BS 1 83 RR1A029TF
BS 84 84 RR1AQ04TF
BS 85 85 RR1A029TF
BS 86 86 RR1AQ04TF
BS 87 221 RR1A029TF
BS 222 222 RR1AQ04TF
BS 223 480 RR1A029TF
BS 481 481 RR1AQ04TF
BS 482 536 RR1A029TF
BS 537 537 RR1AQ04TF
BS 538 551 RR1A029TF
BS 552 552 RR1AQ04TF
BS 553 703 RR1A029TF
BS 704 704 RR1AQ04TF
BS 705 713 RR1A029TF
BS 714 720 RR1AQ04TF
BS 721 721 RR1AQ04JQ
BS 722 803 RR1AQ04TF
BS 804 814 RR1AQ04JQ

RD RR1A029TF 713 0 0
CCGCACAGTTCACACACTCTCTCTCGACTTCAACCGACGCACATATCATCATCATGACTA
CCGAAGAGAAAGAGATCCTCGCCGCCAAACTGGAAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGC
CTGAAGTTGAGGACGCTGATGATAACGATGAGGATGACTCCGACGATGATGATGATGACG
CAGAGGGACAAGATGGAGAAGCAGCAGGCAAGTCAAAGCAAAGCAGAAGCGAGAAGAAGA
GTCGCAAAGCCATGCTGAAGCTTGGTATGAAACCCATCACTGGTGTCAGCCGTGTTACCG
TCAAGAAGAGCAAGAATATCATGTTTGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAGTCCAG
CATCAGACACATACGTGATCTTCGGAGAGGCCAAGATAGAGGACTTGAGCTCGCAGATCC
AGTCACAAGCGGCGGAGCAGTTCAAGGCTCCAGATCTCAGCAGCATGATCTCAAAGGGTG
AGTCGTCGTCCAGCGCTGCAGTGGTGCAGGATGATGATGAGGAGGTTGACGAGGAAAGTG
TTGAGCCAAAG*ACATTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTGCCTAGGCCAAGAGCAG
TGAAGGCTCTCAAGGCTGCTGATGGAGATATTGTCTCTGCTATCATGGAGCTTACCACCT
AAACAAACTTCTCTTGCGTGGTTTAACTTGAGTTATATGTCCCCAGAGATTGT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1AQ04JQ 791 0 0
GG
GACTTCAACCGACGCACATATCATCATCATGACTACCGAAGAGAAAGAGATCCTCGCCTC
*AAACTGGAAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGCTGATGATAA
CGATGAGGATGACTCCGACGATGATGATGATGACGCAGAGGGACAAGATGGAGAAGCAGC
AGGCAAGTCAAAGCAAGGCAGAAGCGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCATGCTGAAGCTTGG
TATGAAACCCATCACTGGTGTCAGCCGTGTTACCGTCAAGAAGAGCAAGAATATCATGTT
TGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAGTCCAGCATCAGACACATACGTGATCTTCGG
AGAGGCCAAGATAGAGGACTTGAGCTCGCAGATCCAGTCACAAGCGGCGGAGCAGTTCAA
GGCTCCAGATCTCAGCAGCATGATCTCAAAGGGTGGGTCGTCGTCCAGCGCTGCAGTGGT
GCAGGATGATGATGAGGAGGTTGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGACATTGAGTTGGT
GATGACCCAAGCAGGAGTGCCTAGGCCAAGAGCAGTGAAGGCTCTCAAGGCTGCTGATGG
AGATATTGTCTCTGCTATCATGGAGCTTACCACCTAAACAAACTTCTCTTGCGTGGTTTA
ACTTGAGTTATATGTCCC*AGAGATTGTCAAAAAGGATCCGGAATTTTTTTTGACGTTTA
TGTTTTCTTTTAAGTATTTTCAATGTTGTATTAGTAGACCTCATAAATTATTGAATTTTA
AGTGTTTGC

QA 3 791 3 791
DS 

RD RR1AQ04TF 791 0 0
GG
GACTTCAACCGACGCACATATCATCATCATGACTACCGAAGAGAAAGAGATCCTCGCCTC
*AAACTGGAAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGCTGATGATAA
CGATGAGGATGACTCCGACGATGATGATGATGACGCAGAGGGACAAGATGGAGAAGCAGC
AGGCAAGTCAAAGCAAGGCAGAAGCGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCATGCTGAAGCTTGG
TATGAAACCCATCACTGGTGTCAGCCGTGTTACCGTCAAGAAGAGCAAGAATATCATGTT
TGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAGTCCAGCATCAGACACATACGTGATCTTCGG
AGAGGCCAAGATAGAGGACTTGAGCTCGCAGATCCAGTCACAAGCGGCGGAGCAGTTCAA
GGCTCCAGATCTCAGCAGCATGATCTCAAAGGGTGGGTCGTCGTCCAGCGCTGCAGTGGT
GCAGGATGATGATGAGGAGGTTGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAAAGGACATTGAGTTGGT
GATGACCCAAGCAGGAGTGCCTAGGCCAAGAGCAGTGAAGGCTCTCAAGGCTGCTGATGG
AGATATTGTCTCTGCTATCATGGAGCTTACCACCTAAACAAACTTCTCTTGCGTGGTTTA
ACTTGAGTTATATGTCCC*AGAGATTGTCAAAAAG*ATCCGGAATTTTTTTTGACGTTTA
TGTTTTCTTTTAAGTATTTTCAATGTTGTATTAGTAGACCTCATAAATTATTGAATTT
TAAGTGTTTGC

QA 3 780 3 780
DS 



CO CL500Contig2 802 4 10 U
GGGACTTCAACCGACGCACATCTCATCATCAATTCATCATGACTACCGAAGAGAAAGAGA
TCCTCGCCGCCAAATTGGAAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACG
CTGATGACAACGATGAGGATGACTCCGACGATGATGATGATGACGCAGAGGGACAAGATG
GAGAAGCAGGAGGAAAGTCAAAGCAAAGCAGAAGCGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCATGC
TGAAGCTTGGAATGAAACCCATCACTGGTGTCAGCCGTGTTACCGTCAAGAAGAGCAAGA
ATATCATGTTTGTCATTTCGAAACCTGATGTGTTCAAGAGTCCAGCATCAGACACATACG
TGATCTTCGGAGAGGCCAAGATCGAGGACTTGAGCTCTCAGATCCAGTCACAAGCGGCCG
AGCAGTTCAAGGCTCCAGATCTCAGCAGCATGATCTCAAAGGGCGAGTCGTCGTCCAGCG
CTGCAGTGGTGCAGGATGATGATGAGGAGGTTGACGAGGAAGGTGTTGAGCCAAAAGACA
TTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTGCCTAGGCCAAGAGCAGTGAAGGCTCTCAAGG
CTGCTGACGGAGATATTGTCTCTGCTATCATGGAGCTTACCACCTAAACAAACTTCTCTT
GTGTGGTTTAACTTGAGTTATATGTCCCAGAGATTGTCAAAAAGGATTCGGAATTTTTTT
TGGACTTTCATGCTTTCTTTTAAGTATTTTCAATGTTGTATTAGTAAACCTCATAAATTA
TTGAATTTAAGAGTTTGCAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH35TF U 6
AF RR1FB18TF U 1
AF RR1FB18JQ C 165
AF RR1GH35JQ C 466
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GG
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DS 

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TGAAGCTTGGAATGAAACCCATCACTGGTGTCAGCCGTGTTACCGTCAAGAAGAGCAAGA
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GTCAA

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DS 

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DS 

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AAACAAACTTTTCTTGTGTGGTTTAACTTGAGTTATATGTCCCAGAGATTGTCAAAAAGG
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AAACCTCATAAATTATTGAATTT
AAGAGTTTGCAATT

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DS 



AS 2 8

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CQ46JQ U 1
AF RR1GD45JQ U 1
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DS 

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A
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TGGACAAAACAAAACAAACCCTAACAAAAAACTAAATGAAAATGAAAAAAAA

QA 2 113 2 113
DS 



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GATACCAAACATTCCTATCCCACAGATCCCAAGTATACCGAACATCCCTAACCTTCCTGG
TCTTGGAGGATCATTTAGCCCGTTCCAGTCTGTTCTCGTGTCGCAGTCCGGTGAGTTAAA
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CAGTTGGGCAGAGAACGACTTGGCTTTGGACAAGGAGTGTTGTGAGATCGTTTTGAATAT
GGACAAGAAGTGCTATGGCCATCTCCACATGATGTTCAAGAGCCATTTCTTTACTCCTCT
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TGGATTTTCTTTCATTTTCATTTAGTTTTCTGTTAGGGTTTGTTTTGTTTTGTCCATTTC
TAATGGACATAACTTGATTAGTTCTTTGTTTAATTAATAAAATAGTAGTTTTTAACC


BQ
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1G221TF U 1
AF RR1D646TF U 1
AF RR1A660TF U 6
AF RR1AL29TF U 6
AF RR1CQ46TF U 666
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BS 140 706 RR1D646TF
BS 707 707 RR1A660TF
BS 708 756 RR1D646TF
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BS 797 896 RR1CQ46TF
BS 897 897 RR1CF39TF

RD RR1G221TF 693 0 0
TTTTT
CAACTTTGAAATACTATTTGCTAGAAATACTCTCTGCTCCAAATCGCCTTAATTAATTAA
CCATGGTGAAGAGCATCATTGTCATCGTAGCTATCCTATGCCTCATCTCTCTGCCAAATC
CAACCGTGGGATCACAAAAGAAACCGTGGCCTATGCCGTCTGACCTAGCCAACCACAATG
GAAAGTTTGGTGACTCTAAGATTTCTTGGGCTTGCTCCGAGGTCTCCGATCCAAATGCTC
CTCCTTCACCTCCTGGCTCATTCCCCACTATCCCAAACATTCCAGGGATACCAAACATCC
CACAGATTCCAGCGATACCAAACATCCCTCAAATTCCACAGATCCCAGGAATACCGAACA
TTCCTATCCCACAGATCCCAGGAATACCGAACATCCCTATCCCACAGATTCCAGGGATAC
CAAACATTCCTACCCCACAGATCCCAAGTATACCGAACATCCCTAACCTTCCTGGTCTTG
GAGGATCATTTAGCCCGTTCCAGTCTGTTCTCGTGTCGCAGTCCGGTGAGTTAAAGAAGT
GTTTGACTGGGGATAAGTCGAAGGTGTCAGAGAAATGTTTCTCGCAGGTGTCTTCCAGTT
GGGCAGAGAACGACTTGGCTTTGGACAAGGAGTGTTGTGAGATCGTTTTGAATATGGACA
AGAAGTGCTATGGCCATCTCCACATGAT

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ATTAACCATGGTGAAGAGCATCATTGTCATCGTAGCTATCCTATGCCTCATCTCTCTGCC
AAATCCAACCGTGGGATCGCAAAAGAAACCGTGGCCTATGCCGTCTGACCTAGCCAACCA
CAATGGAAAGTTTGGTGACTCTAAGATTTCTTGGGCTTGCTCCGAGGTCTCCGATCCAAA
TGCTCCTCCTTCACCTCCTGGCTCATTCCCCACTATCCCAAACATTCCAGGGATACCAAA
CATCCCACAGATTCCAGCGATACCAAACATCCCTCAAATTCCACAGATCCCAGGAATACC
GAACATTCCTATCCCACAGATCCCAGGAATACCGAACATCCCTATCCCACAGATTCCAGG
GATACCAAACATTCCTATCCCACAGATCCCAAGTATACCGAACATCCCTAACCTTCCTGG
TCTTGGAGGATCATTTAGCCCGTTCCAGTCTGTTCTCGTGTCGCAGTCCGGTGAGTTAAA
GAAGTGTTTGACTGGGGATAAGTCGAAGGTGTCAGAGAAATGTTTCTCGCAGGTGTTTTC
CAGTTGGGCAGAGAACGACTTGGCTTTGGACAAGGAGTGTTGTGAGATCGTTTTGAATAT
GGACAAGAAGTGCTATGGCCATCTCCACATGATGTTCAAGAGCCATCTCTTTACTCCTCT
TCTTCAGTACTCTTGTCACATCAAGCATGCCAAGAA**ACTAAGCTCGTCTCC
CCGTTTTG

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DS 

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CCATGGTGAAGAGCATCATTGTCATCGTAGCTATCCTATGCCTCATCTCTCTGCCAAATC
CAACCGTGGGATCACAAAAGAAACCGTGGCCTATGCCGTCTGACCTAGCCAACCACAATG
GAAAGTTTGGTGACTCTAAGATTTCTTGGGCTTGCTCCGAGGTCTCCGATCCAAATGCTC
CTCCTTCACCTCCTGGCTCATTCCCCACTATCCCAAACATTCCAGGGATACCAAACATCC
CACAGATTCCAGCGATACCAAACATCCCTCAAATTCCACAGATCCCAGGAATACCGAACA
TTCCTATCCCACAGATCCCAGGAATACCGAACATCCCTATCCCACAGATTCCAGGGATAC
CAAACATTCCTATCCCACAGATCCCAAGTATACCGAACATCCCTAACCTTCCTGGTCTTG
GAGGATCATTTAGCCCGTTCCAGTCTGTTCTCGTGTCGCAGTCCGGTGAGTTAAAGAAGT
GTTTGACTGGGGATAAGTCGAAGGTGTCAGAGAAATGTTTCTCGCAGGTGTTTTCCAGTT
GGGCAGAGAACGACTTGG*TTTGGACAAGGAGTGTTGTGAGATCGTTTTGAATATGGACA
AGAAGTGCTATGGCCATCTCCACATGATGTTCAAGAGCCATTTCTTTACTCCTCTTCTT

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DS 

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CCATGGTGAAGAGCATCATTGTCATCGTAGCTATCCTATGCCTCATCTCTCTGCCAAATC
CAACCGTGGGATCACAAAAGAAACCGTGGCCTATGCCGTCTGACCTAGCCAACCACAATG
GAAAGTTTGGTGACTCTAAGATTTCTTGGGCTTGCTCCGAGGTCTCCGATCCAAATGCTC
CTCCTTCACCTCCTGGCTCATTCCCCACTATCCCAAACATTCCAGGGATACCAAACATCC
CACAGATTCCAGCGATACCAAACATCCCTCAAATTCCACAGATCCCATGAATACCGAACA
TTCCTATCCCACAGATCCCAGGAATACCGAACATCCCTATCCCACAGATTCCAGGGATAC
TAAACATTCCTATCCCACAGATCCCAAGTATACCGAACATCCCTAACCTTCCTGGTCTTG
GAGGATCATTTAGCCCGTTCCAGTCTGTTCTCGTGTCGCAGTCCGGTGAGTTAAAGAAGT
GTTTGACTGGGGATAAGTCGAAGGTGTCAGAGAAATGTTTCTCGCAGGTGTTTTCCAGTT
GGGCAGAGAACGACTTGGCTTTGGACAAGGAGTGTTGTGAGATCGTTTTGAATATGGACA
AGAAGTGCTATGGCCATCTCCACATGATGTTCAAGAGCCATTTCTTTACTCCTCTTCTTC
AGTACTCTCGTCACATCAAGCATGCCAAGAAGAACTAAGCTCGTCTCCTCCGTTTTGGAT
TTTCTTTCATT

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DS 

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G
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GTACTCTTGTCACATCAAGCATGCCAAGAAGAACTAAGCTCGTCTCCTCCGTTTTGGATT
TTCTTTCATTTTCATTTAGTTTTCTGTTAGGGTTTGTTTTGTTTTGTCCATTTCTAATGG
ACATAACTTGATTAGTTCTTTGTTTAATTAATAAAATAGTAGTTTTTAAC
T

QA 2 231 2 231
DS 

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CTCCTCCGTTTTGGATTTTCTTTCATTTTCATTTAGTTTTCTGTTAGGGTTTGTTTTGTT
TTGTCCATTTCTAATGGACATAACTTGATTAGTTCTTTGTTTAATTAATAAAATAGTAGT
TTTTAACC

QA 1 188 1 188
DS 



AS 1 9

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ACACAAAAAAAGTGGAATAAAGAAGAAGACACTTCTGTTCTGTAATAATCAATCAAGCTG
CTGGGGAGGACCGGAGGTGGCTGAACAAAACCCTAATCTCAATTTCCCCCGAATATGCCA
TTTCTGAGGATTGTGAGACTTCTGCTGCCCGGGATCAGGATTTTGATTAGAAGGTCGCTA
CTTTGGTTGCTGTAGATAGATGCATATCCGTGAATATATTCCTTCTTGGATCTACCAGTT
ATTTGGTTGCATGGG*****AGGTTGTTTTGGGAGCTGTAATAAACCACCACCGCTTATA
GTTGCAGTGGATGAGCCGTCTAAAGGGTTAAGGATTCAAGGTCGTTTAGTGAAGAAGCCA
AGCGTATCAGACGACTTCTGGAGCACGAGCACCTGCGATATGGATAACAACAGCACGATG
CAGTCACAGAGAAGCGTCTCTTCTATTAGCTTCACTAACAACACTGCTGCTTCTGCAAGT
AGTAGCAACCCCAATGAATTTGTAAACACCGGATTGAACCTGTGGAACCAGACTAGACAA
CAGTGGCTTGCAAGCGGGTCTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACCCACAATAAGC
TGGAATGCAACATATGAAAGCTTGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTCTCACGTCCAATACCT
CTCCCTGAAATGGTGGATTTTCTGGTGGATGTGTGGGGGCAAGAGGGCTTGTATGATTGA
TTTTGCAACTCTTTCAAACTTACTTTTCCTCTTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTATATA
TGTGTGTAATATCTGAATTATAGCATCTTTTGAGTCTTATTATGTACGTATAAATGATTA
ATGGTGTGTACTGATTTTGAAGAAAAATCCTACCAAAATCAGTTATTGCCGAGAAAGTAA
TTTATCTTTCAAGTTGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D629TF U 73
AF RR1FF02TF U 1
AF RR1F324TF U 67
AF RR1GX09TF U 49
AF RR1DH74TF U 73
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AF RR1DH74JQ C 503
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BS 133 315 RR1FF02TF
BS 316 320 RR1D629TF
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RD RR1D629TF 552 0 0
G
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GCGGGTCTTCT

QA 2 552 2 552
DS 

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CTGG********GGAGGTGGCTGAACAAAACCCTAATCTCAATTTCCCCCGAATATGCCA
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CTCC*TGAAATGGTGGATTTTCTGGTGGATGTGTGGG
AGCA

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DS 

RD RR1F324TF 655 0 0
GAAAAGT
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AGATAGATGCATATCCGTGAATATATTCCTTCTTGGATCTACCAGTTATTTGGTTGCACG
GG*****AGGTTGTTTTGGGAGCTGTAATAAACCACCACCGCTTATAGTTGCAGTGGATG
AGCCGTCTAAAGGGTTAAGGATTCAAGGTCGTTTCGTGAAGAAGCCAAGCGTATCAGACG
ACTTCTGGAGCACGAGCACCTGCGATATGGATAACAACAGCACGATGCAGTCACAGAGAA
GCGTCTCTTCTATTAGCTTCACTAACAACACTGCTGCTTCTGCAAGTAGTAGCAACCCCA
ATGAATTTGTAAACACCGGATTGAACCTGTGGAACCAGACTAGACAACAGTGGCTTGCAA
GCGGGTCTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACCCACAATAAGCTGGAATGCAACAT
ATGAAAGCTTGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTCTCACGTCCAATACCTC

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DS 

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GG
GAGTTGGAGAACACAAAAAAAGTGGAATAAAGAAGAAGACACTTCTGTTCTGTAATAATC
AATCAAGCTGCTGGGGAGGACCGGAGGTGGCTGAACAAAACCCTAATCTCAATTTCCCCC
GAATATGCCATTTCTGAGGATTGTGAGACTTCTGCTGCCCGGGATCAGGATTTTGATTAG
AAGGTCGCTACTTTGGTTGCTGTAGATAGATGCATATCCGTGAATATATTCCTTCTCGGA
TCTACCAGTTATTTGGTTGCATGGGTACAGAGGTTGTTTTGGGAGCTGTAATAAACCACC
ACCGCTTATAGTTGCAGTGGATGAGCCGTCTAAAGGGTTAAGGATTCAAGGTCGTTTAGT
GAAGAAGCCAAGCGTATCAGACGACTTCTGGAGCACGAGCACCTGCGATATGGATAACAA
CAGCACGATGCAGTTACAGAGAAGCGTCTCTTCTATTAGCTTCACTAACAACACTGCTGC
TTCTGCAAGTAGTAGCAACCCCAATGAATTTGTAAACACCGGATTGAACCTGTGGAACCA
GACTAGACAACAGTGGCTTGCAAGCGGGTCTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACC
CACAATAAGCTGGAATGCAACATATGAAAGCTTGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTCTCACG
TCCAATACCTCTCCCTGAAATGGTGGATTTTCTGGTGGATGTGTGGG

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR1DH74TF 714 0 0
G
GGAATAAAGAAGAAGACACTTCTGTTCTGTAATAATCAATCAAGCTGCTGGGGAGGACCG
GAGGTGGCTGAACAAAACCCTAATCTCAATTTCCCCCGAATATGCCATTTCTGAGGATTG
TGAGACTTCTGCTGCCCGTGATCAGGATTTTGATTAGAAGGTCGCTACTTTGGTTGCTGT
AGATAGATGCATATCCGTGAATATATTCCTTCTTGGATCTACCAGTTATTTGGTTGCATG
GG*****AGGTTGTTTTGGGAGCTGTAATAAACCACCACCGCTTATAGTTGCAGTGGATG
AGCCGTCTAAAGGGTTAAGGATTCAAGGTCGTTTAGTGAAGAAGCCAAGCGTATCAGACG
ACTTCTGGAGCACGAGCACCTGCGATATGGATAACAACAGCACGATGCAGTCACAGAGAA
GCGTCTCTTCTATTAGCTTCACTAACAACACTGCTGCTTCTGCAAGTAGTAGCAACCCCA
ATGAATTTGTAAACACCGGATTGAACCTGTGGAACCAGACTAGACAACAGTGGCTTGCAA
GCGGGTCTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACCCACAATAAGCTGGAATGCAACAT
ATGAAAGCTTGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTCTCACGTCCAATACCTCTCCCTGAAATGG
TGGATTTTCTGGTGGATGTGTGGGGGCAAGAGGGCTTGTATGATTGATTTTGC

QA 2 714 2 714
DS 

RD RR1F324JQ 630 0 0
GGTTGCACGGG*****AGGTTGTTTTGGGAGCTGTAATAAACCACCACCGCTTATAGTTG
CAGTGGATGAGCCGTCTAAAGGGTTAAGGATTCAAGGTCGTTTCGTGAAGAAGCCAAGCG
TATCAGACGACTTCTGGAGCACGAGCACCTGCGATATGGATAACAACAGCACGATGCAGT
CACAGAGAAGCGTTTCTTCTATTAGCTTCACTAACAACACTGCTGCTTCTGCAAGTAGTA
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GGCTTGCAAGCGGGTCTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACCCACAATAAGCTGGA
ATGCAACATATGAAAGCTTGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTCTCACGTCCAATACCTCTCC
CTGAAATGGTGGATTTTCTGGTGGATGTGTGGGAGCAAGAGGGCTTGTATGATTGATTTT
GCAACTCTTTCAAACTTACTTTTCCTCTTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTATATATGTG
TGTAATATCTGAATTATAGCATCTTTTGAGTCTTATTATGTACGTATAAATGATTAATGG
TGTGTACTGATTTTGAAGAAAAATCCTACC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1FF02JQ 754 0 0
ATTAGAAGGTCGCTACTTTGGTTGCTGTAGATAGATGCATATCCGTGAATATATTCCTTC
TTGGATCTACCAGTTATTTGGTTGCATGGGTACAGAGGTTGTTTTGGGAGCTGTAATAAA
CCACCACCGCTTATAGTTGCAGTGGATGAGTCGTCTAAAGGGTTAAGGATTCAAGGTCGT
TTAGTGAAGAAGCCAAGCGTATCAGACGACTTCTGGAGCACGAGCACCTGCGATATGGAT
AACAACAGCACGATGCAGTCACAGAGAAGCGTCTCTTCTATTAGCTTCACTAACAATACT
GCTGCTTCTGCAAGTAGTAGTAACCCCAATGAATTTGTAAACACCGGATTGAACCTGTGG
AACCAGACTAGACAACAGTGGCTTGCAAGCGGGTCTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGA
GAACCCACAATAAGCTGGAATGCAACATATGAAAGCTTGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTC
TCACGTCCAATACCTCTCCCTGAAATGGTGGATTTTTTGGTGGATGTGTGGGAGCAAGAG
GGCTTGTATGATTGATTTTGCAACTCTTTCAAACTTACTTTTCCTCTTTTCTTTTCTTTC
TTTCTTTCTTATATATGTGTGTAATATCTGAATTATAGCATCTTTTGAGTCTTATTATGT
ACGTATAAATGATTAATGGTGTGTACTGATTTTGAAGAAAAATCCTACCAAAATCAGTTA
TTGCCGAGAAAGTAATTTATCTTTCAAGTTGTAC

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DS 

RD RR1D629JQ 480 0 0
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TTGTAAACACCGGATTGAACCTGTGGAACCAGACTAGACAACAGTGGCTTGCAAGCGGGT
CTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACCCACAATAAGCTGGAATGCAACATATGAAA
GCTTGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTCTCACGTCCAATACCTCTCCCTGAAATGGTGGATT
TTCTGGTGGATGTGTGGGGGCAAGAGGGCTTGTATGATTGATTTTGCAACTCTTTCAAAC
TTACTTTTCCTCTTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTATATATGTGTGTAATATCTGAATT
ATAGCATCTTTTGAGTCTTATTATGTACGTATAAATGATTAATGGTGTGTACTGATTTTG
AAGAAAAATCCTACCAAAATCAGTTATTGCCGAGAAAGTAATTTATCTTTCAAGTTGTAC

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR1DH74JQ 477 0 0
CTATTAGCTTCACTAACAACACTGCTGCTTCTGCAAGTAGTAGCAACCCCAATGAATTTG
TAAACACCGGATTGAACCTGTGGAACCAGACTAGACAACAGTGGCTTGCAAGCGGGTCTT
CTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACCCACAATAAGCTGGAATGCAACATATGAAAGCT
TGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTCTCACGTCCAATACCTCTCCCTGAAATGGTGGATTTTC
TGGTGGATGTGTGGGGGCAAGAGGGCTTGTATGATTGATTTTGCAACTCTTTCAAACTTA
CTTTTCCTCTTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTATATATGTGTGTAATATCTGAATTATA
GCATCTTTTGAGTCTTATTATGTACGTATAAATGATTAATGGTGTGTACTGATTTTGAAG
AAAAATCCTACCAAAATCAGTTATTGCCGAGAAAGTAATTTATCTTTCAAGTTGTAC

QA 1 477 1 477
DS 



AS 2 8

CO CL503Contig1 749 2 4 U
ACAATAGCGTTAACACTTGTGTTTCCAAATGGAAAATACGCGTCGTGGAAGCTAAGCAAT
ACAACAATAACAAGAAGCCATTTCTAATTTAAAACGATCACACACCTCCTCAGTCATTAT
CACATTTCTCAAATTATTAAATTAAAGACTTAAATTAAAGACTAAAGCAAAAGTAAGATT
AGACTTGAAGACGAGAAGGGGCCACCACCAACTCCCATTACAATGCTATTCGAGCTTCTC
CTCAGCCTTGGAGTCAGTGAGAGTGAGCCTCGTGTCCCTCCCGGTGGAAAATGGAGTGTA
TGATGTTGGGTTTGGAGGAGTGCTTGGAGTGTTTGGTGTGAGAGGAGGAGGAGGAGGAGC
CGAAAACGCCGTGTTTCTTGAACTGTTCTCTCACCACACGGTTGTAAATGAAGGCTGCGC
CACGGAACTGAGGCAGGACCAACCAAGCTACGAACACCAGTTTCACAGAATACCAAATCG
GGATCCACTCAAGAAGCGATTGCAGAATCAGCTCCGTGAGGGTGAGAAAGGAGTAAATGA
TCCAGTACGCAAGCCACTGCTCGTCGTCTACTTTCGTTGTGCTCTCCATTGCCACCACCG
ATGCGTACAATGGATACACCAACATCACCAGTGGACCAGCGCCTGAGTGGAGAGCAGTGA
GGAAAGTCCAGAACTTGCTCATTTTTTTTCTTAGTGAAATTTTTCAGAAGCTACTAAAAT
CTGAAAGAGAGAGGGGGAGACAAGTCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E392TF C 1
AF RR1C964JQ U 22
BS 1 21 RR1E392TF
BS 22 422 RR1C964JQ
BS 423 423 RR1E392TF
BS 424 749 RR1C964JQ

RD RR1E392TF 569 0 0
ACAATAGCGTTAACACTTGTGTTTCCAAATGGAAAATACGCGTCGTGGAAGCTAAGCAAT
ACAACAATAACAAGAAGCCATTTCTAATTTAAAACGATCACACACCTCCTCAGTCATTAT
CACATTTCTCAAATTATTAAATTAAAGACTTAAATTAAAGACTAAAGCAAAAGTAAGATT
AGACTTGAAGACGAGAAGGGGCCACCACCAACTCCCATTACAATGCTATTCGAGCTTCTC
CTCAGCCTTGGAGTCAGTGAGAGTGAGCCTCGTGTCCCTCCCGGTGGAAAATGGAGTGTA
TGATGTTGGGTTTGGAGGAGTGCTTGGAGTGTTTGGTGTGAGAGGAGGAGGAGGAGGAGC
CGAAGACGCCGTGTTTCTTGAACTGTTCTCTCACCACACGGTTGTAAATGAAGGCTGCGC
CACGGAACTGAGGCAGGACCAACCAAGCTACGAACACCTGTTTCACAGAATACCAAATCG
GGATCCACTCAAGAAGCGATTGCAGAATCAGCTCCGTGAGGGTGAGAAAGGAGTAAATGA
TCCAGTACGCAAGCCACTGCTCGTCGTC
C

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1C964JQ 728 0 0
TTTCCAAATGGAAAATACGCGTCGTGGAAGCTAAGCAATACAACAATAACAAGAAGCCAT
TTCTAATTTAAAACGATCACACACCTCCTCAGTCATTATCACATTTCTCAAATTATTAAA
TTAAAGACTTAAATTAAAGACTAAAGCAAAAGTAAGATTAGACTTGAAGACGAGAAGGGG
CCACCACCAACTCCCATTACAATGCTATTCGAGCTTCTCCTCAGCCTTGGAGTCAGTGAG
AGTGAGCCTCGTGTCCCTCCCGGTGGAAAATGGAGTGTATGATGTTGGGTTTGGAGGAGT
GCTTGGAGTGTTTGGTGTGAGAGGAGGAGGAGGAGGAGCCGAAAACGCCGTGTTTCTTGA
ACTGTTCTCTCACCACACGGTTGTAAATGAAGGCTGCGCCATGGAACTGAGGCAGGACCA
ACCAAGCTACGAACACCAGTTTCACAGAATACCAAATCGGGATCCACTCAAGAAGCGATT
GCAGAATCAGCTCCGTGAGGGTGAGAAAGGAGTAAATGATCCAGTACGCAAGCCACTGCT
CGTCGTCTACTTTCGTTGTGCTCTCCATTGCCACCACCGATGCGTACAATGGATACACCA
ACATCACCAGTGGACCAGCGCCTGAGTGGAGAGCAGTGAGGAAAGTCCAGAACTTGCTCA
TTTTTTTTCTTAGTGAAATTTTTCAGAAGCTACTAAAATCTGAAAGAGAGAGGGGGAGAC
AAGTCTGT

QA 1 728 1 728
DS 



CO CL503Contig2 877 6 22 U
GGGGAGAAGAGTGTGAATCAACTGTAGCGCAAACCCGTACAAATGATGTCTCCAAAGATA
TTTTTTTCTATAAATTTAGGCTCTTCCTTTCGTATCTGGGGTCGTCTTCTTGCAGAGAAA
AAAAAAA*GAGCATCGAAAATTTCACAGACTTGTCTCCCCCTCTCTCTTCCAGATTTTAG
TAGCTTCTGAAAAATTTCACTAAGAAAAAAAAAATGAGCAAGTTCTGGACTTTCCTCACT
GCTCTCCACTCAGGCGCTGGTCCACTGGTTATGTTGGTGTATCCATTGTACGCATCGGTG
GTGGCAATGGAGAGCACAACGAAAGTAGACGACGAGCAGTGGCTTGCGTACTGGATCATT
TACTCCTTCCTCACCCTCACGGAGCTGATTCTGCAATCGCTTCTCGAGTGGATCCCGATT
TGGTATTCTGTGAAACTGGTGTTCGTAGCTTGGTTGGTCCTGCCTCAGTTCCATGGCGCA
GCTTTCATCTACAACCGCGTGGTGAGAGAACAGTTCAAGAAACACGGCGTCTTCGGCTCC
TCATCCTCCTCTCACACCAAACACTCCAAGCACTCCAAACCCAACATCATACACTCCATT
TTCCACCGGGAGGGACACGAGGCTCAATCTCACTGACGTCAAGGGGGAGGAGAAGCTCGA
ATAGCATTGTAATGGGAGTTGGTGGTGGCCCCTTCTTGTCTTTAAGTCTAATCTTACTTT
TGCTTTAGTCTTTCATTTAATAATTTGAGAAAAAATATGATAATGACTGAGGTGTGTGAT
CGTTTTAAATTAGAAATGGCTTGTTGTTGTTGTATTGCTTAGCTTCCACGACGCGTATTT
CCATTTGGGAACACAAGTGTTAACGTTACTGTCTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR72TF U 1
AF RR1BU37TF U 99
AF RR1BU37JQ C 99
AF RR1CH67JQ C 99
AF RR1CH67TF U 99
AF RR1GR72JQ C 389
BS 1 98 RR1GR72TF
BS 99 100 RR1BU37TF
BS 101 127 RR1GR72TF
BS 128 128 RR1BU37TF
BS 129 215 RR1GR72TF
BS 216 216 RR1BU37TF
BS 217 380 RR1GR72TF
BS 381 381 RR1BU37TF
BS 382 382 RR1GR72TF
BS 383 383 RR1BU37TF
BS 384 423 RR1GR72TF
BS 424 424 RR1BU37TF
BS 425 461 RR1GR72TF
BS 462 664 RR1BU37TF
BS 665 665 RR1CH67TF
BS 666 749 RR1BU37TF
BS 750 754 RR1CH67TF
BS 755 755 RR1BU37JQ
BS 756 790 RR1CH67TF
BS 791 800 RR1BU37JQ
BS 801 812 RR1CH67JQ
BS 813 877 RR1GR72JQ

RD RR1GR72TF 461 0 0
GGGGAGAAGAGTGTGAATCAACTGTAGCGCAAACCCGTACAAATGATGTCTCCAAAGATA
TTTTTTTCTATAAATTTAGGCTCTTCCTTTCGTATCTGTTGTCGTCTTCTTGCAGAGAAA
AAAAAAAAGAGCATCGAAAATTTCACAGACTTGTCTCCCCCTCTCTCTTCCAGATTTTAG
TAGCTTCTGAAAAATTTCACTAAGAAAAAAAAAATTAGCAAGTTCTGGACTTTCCTCACT
GCTCTCCACTCAGGCGCTGGTCCACTGGTTATGTTGGTGTATCCATTGTACGCATCGGTG
GTGGCAATGGAGAGCACAACGAAAGTAGACGACGAGCAGTGGCTTGCGTACTGGATCATT
TACTCCTTCCTCACCCTCACAGGGCTGATTCTGCAATCGCTTCTCGAGTGGATCCCGATT
TGGCATTCTGTGAAACTGGTGTTCGTAGCTTGGTTGGTCCT

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR1BU37TF 651 0 0
GGGTCGTCTTCTTGCAGAGAAAAAAAAAA*GAGCATCGAAAATTTCACAGACTTGTCTCC
CCCTCTCTCTTCCAGATTTTAGTAGCTTCTGAAAAATTTCACTAAGAAAAAAAAA*TGAG
CAAGTTCTGGACTTTCCTCACTGCTCTCCACTCAGGCGCTGGTCCACTGGTTATGTTGGT
GTATCCATTGTACGCATCGGTGGTGGCAATGGAGAGCACAACGAAAGTAGACGACGAGCA
GTGGCTTGCGTACTGGATCATTTACTCCTTCCTCACCCTCACGGAGCTGATTCTGCAATC
GCTTCTCGAGTGGATCCCGATTTGGTATTCTGTGAAACTGGTGTTCGTAGCTTGGTTGGT
CCTGCCTCAGTTCCATGGCGCAGCTTTCATCTACAACCGCGTGGTGAGAGAACAGTTCAA
GAAACACGGCGTCTTCGGCTCCTCATCCTCCTCTCACACCAAACACTCCAAGCACTCCAA
ACCCAACATCATACACTCCATTTTCCACCGGGAGGGACACGAGGCTCAATCTCACTGACG
TCAAGGGGGAGGAGAAGCTCGAATAGTATTGTAATGGGAGTTGGTGGTGGCCCCTTCTTG
TCTTTAAGTCTAATCTTACTTTTGCTTTAGTCTTTCATTTAATAATTTGAG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1BU37JQ 702 0 0
GGGTCGTCTTCTTGCAGAGAAAAAAAAAA*GAGCATCGAAAATTTCACAGACTTGTCTCC
CCCTCTCTCTTCCAGATTTTAGTAGCTTCTGAAAAATTTCACTAAGAAAAAAAAA*TGAG
CAAGTTCTGGACTTTCCTCACTGCTCTCCACTCAGGCGCTGGTCCACTGGTTATGTTGGT
GTATCCATTGTACGCATCGGTGGTGGCAATGGAGAGCACAACGAAAGTAGACGACGAGCA
GTGGCTTGCGTACTGGATCATTTACTCCTTCCTCACCCTCACGGAGCTGATTCTGCAATC
GCTTCTCGAGTGGATCCCGATTTGGTATTCTGTGAAACTGGTGTTCGTAGCTTGGTTGGT
CCTGCCTCAGTTCCATGGCGCAGCTTTCATCTACAACCGCGTGGTGAGAGAACAGTTCAA
GAAACACGGCGTCTTCGGCTCCTCATCCTCCTCTCACACCAAACACTCCAAGCACTCCAA
ACCCAACATCATACACTCCATTTTCCACCGGGAGGGACACGAGGCTCAATCTCACTGACG
TCAAGGGGGAGGAGAAGCTCGAATAGTATTGTAATGGGAGTTGGTGGTGGCCCCTTCTTG
TCTTTAAGTCTAATCTTACTTTTGCTTTAGTCTTTCATTTAATAATTTGAGAAAAAATAT
GATAATGACTGAGGTGTGTGATCGTTTTAAATTAGAAATGGC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1CH67JQ 715 0 0
GGGTCGTCTTCTTGCAGAGAAAAAAAAAA*GAGCATCGAAAATTTCACAGACTTGTCTCC
CCCTCTCTCTTCCAGATTTTAGTAGCTTCTGAAAAATTTCACTAAGAAAAAAAAAATGAG
CAAGTTCTGGACTTTCCTCACTGCTCTCCACTCAGGCGCTGGTCCACTGGTTATGTTGGT
GTATCCATTGTACGCATCGGTGGTGGCAATGGAGAGCACAACGAAAGTAGACGACGAGCA
GTGGCTTGCGTACTGGATCATTTACTCCTTCCTCACCCTCACGGAGCTGATTCTGCAATC
GCTTCTCGAGTGGATCCCGATTTGGTATTCTGTGAAACTGGTGTTCGTAGCTTGGTTGGT
CCTGCCTCAGTTCCATGGCGCAGCTTTCATCTACAACCGCGTGGTGAGAGAACAGTTCAA
GAAACACGGCGTCTTCGGCTCCTCATCCTCCTCTCACACCAAACACTCCAAGCACTCCAA
ACCCAACATCATACACTCCATTTTCCACCGGGAGGGACACGAGGCTCAATCTCACTGACG
TCAAGGGGGAGGAGAAGCTCGAATAGCATTGTAATGGGAGTTGGTGGTGGCCCCTTCTTG
TCTTTAAGTCTAATCTTACTTTTGCTTTAGTCTTTCATTTAATAATTTGAGAAAAAATAT
GATAATGACTGAGGTGTGTGATCGTTTTAAATTAGAAATGGCTTGTTGTTGTTG
C

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1CH67TF 692 0 0
GGGTCGTCTTCTTGCAGAGAAAAAAAAAA*GAGCATCGAAAATTTCACAGACTTGTCTCC
CCCTCTCTCTTCCAGATTTTAGTAGCTTCTGAAAAATTTCACTAAGAAAAAAAAAATGAG
CAAGTTCTGGACTTTCCTCACTGCTCTCCACTCAGGCGCTGGTCCACTGGTTATGTTGGT
GTATCCATTGTACGCATCGGTGGTGGCAATGGAGAGCACAACGAAAGTAGACGACGAGCA
GTGGCTTGCGTACTGGATCATTTACTCCTTCCTCACCCTCACGGAGCTGATTCTGCAATC
GCTTCTCGAGTGGATCCCGATTTGGTATTCTGTGAAACTGGTGTTCGTAGCTTGGTTGGT
CCTGCCTCAGTTCCATGGCGCAGCTTTCATCTACAACCGCGTGGTGAGAGAACAGTTCAA
GAAACACGGCGTCTTCGGCTCCTCATCCTCCTCTCACACCAAACACTCCAAGCACTCCAA
ACCCAACATCATACACTCCATTTTCCACCGGGAGGGACACGAGGCTCAATCTCACTGACG
TCAAGGGGGAGGAGAAGCTCGAATAGCATTGTAATGGGAGTTGGTGGTGGCCCCTTCTTG
TCTTTAAGTCTAATCTTACTTTTGCTTTAGTCTTTCATTTAATAATTTGAGAAAAA*TAT
GATAATGACTGAGGTGTGTGATCGTTTTAAAT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1GR72JQ 489 0 0
TTCTGCAATCGCTTCTCGAGTGGATCCCGATTTGGCATTCTGTGAAACTGGTGTTCGTAG
CTTGGTTGGTCCTGCCTCAGTTCCATGGCGCAGCTTTCATCTACAACCGCGTGGTGAGAG
AACAGTTCAAGAAACACGGCGTTTTCGGCTCCTCATCCTCCTCCCACACCAAACACTCCA
AGCACTCCAAACCCAACATCATACACTCCATTTTCCACCGGGAGGGACACGAGGCTCAAT
CTCACTGACGTCAAGGGGGAGGAGAAGCTCGAATAGCATTGTAATGGGAGTTGGTGGTGG
CCCCTTCTTGTCTTTAAGTCTAATCTTACTTTTGCTTTAGTCTTTCATTTAATAATTTGA
GAAAAAATATGATAATGACTGAGGTGTGTGATCGTTTTAAATTAGAAATGGCTTGTTGTT
GTTGTATTGCTTAGCTTCCACGACGCGTATTTCCATTTGGGAACACAAGTGTTAACGTTA
CTGTCTCAC

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 7

CO CL504Contig1 1003 7 9 U
GGGCTGTGTAGTCAGTCTTATAGATCTGCAAGTTCTAACGCGACATCCCATAAAATCCTC
CGTTCGATCGGATCGAGTCGAATCGAGGATCTAGAAGGGGTTCGAAAAGATGTCGCAACA
GTCGTTGATCTACAGTTTCGTGGCACGCGGGACGGTGATCCTCGTGGAGTTCACAGATTT
CAAAGGCAACTTCACAACCATCGCCGCACAGTGCCTCCAGAAGCTCCCCTCTTCCAACAA
CAAGTTCACCTACAACTGCGACGGTCACACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTCAC
CTATTGTGTTGTTGCGGTTGAATCTGCTGGGAGGCAGATTCCGATGGCCTTTTTGGAAAG
AGTTAAGGAGGATTTTAACAAGAGATATGGCGGGGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAA
CAGCTTGAATAAAGAGTTCGGCTCTAAGCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCA
TCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGTGT
TATGATGGAGAACATCGAGAAGGTTCTTGACCGTGGTGAGAAGATTGAACTTCTGGTGGA
CAAAACCGAGAACCTTCGCTCACAGGCACAAGACTTTAGAACAAC*GGGGACGCAGATGA
GAAGAAAGATGTGGCTTCAGAACATGAAGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCG
CACTGATTCTCATAATCGTGCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGGA
AAAA***TTCAAGACTCTCTTGAGATCTTTCTCACTCGGTACATCGTGTACTTGCCTTTT
TTCCCTTTATTGCCCCTATCATCATCATTCTAATGTTTCTGCTTGAATTGGTTTTTGTAT
AGATAGACATATATGTAAGCTTCACGTTTGCTTATATTACTTGTTGCACCTGATGACGTT
GATCCCTAAGAGATCTAAAACTATTAAATGATTTTGTCGACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
30 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1GP43TF U 1
AF RR1FC06TF U 18
AF RR1CE10TF U 64
AF RR1F864TF U 267
AF RR1BC77JQ C 145
AF RR1GP43JQ C 177
AF RR1CE10JQ C 203
BS 1 694 RR1GP43TF
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BS 763 775 RR1FC06TF
BS 776 783 RR1CE10TF
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BS 785 813 RR1CE10TF
BS 814 931 RR1F864TF
BS 932 1003 RR1BC77JQ

RD RR1GP43TF 765 0 0
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CGTTCGATCGGATCGAGTCGAATCGAGGATCTAGAAGGGGTTCGAAAAGATGTCGCAACA
GTCGTTGATCTACAGTTTCGTGGCACGCGGGACGGTGATCCTCGTGGAGTTCACAGATTT
CAAAGGCAACTTCACAACCATCGCCGCACAGTGCCTCCAGAAGCTCCCCTCTTCCAACAA
CAAGTTCACCTACAACTGCGACGGTCACACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTCAC
CTATTGTGTTGTTGCGGTTGAATCTGCTGGGAGGCAGATTCCGATGGCCTTTTTGGAAAG
AGTTAAGGAGGATTTTAACAAGAGATATGGCGGGGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAA
CAGCTTGAATAAAGAGTTCGGCTCTAAGCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCA
TCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGTGT
TATGATGGAGAACATCGAGAAGGTTCTTGACCGTGGTGAGAAGATTGAACTTCTGGTGGA
CAAAACCGAGAACCTTCGCTCACAGGCACAAGACTTTAGAACAAC*GGGGACGCAGATGA
GAAGAAAGATGTGGCTTCAGAACATGAAGATAAA*CTCATAGTTCTCGCCATCATCATCG
CACTGATTCTCATAATCGTGCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCA
GTG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1FC06TF 764 0 0
GG
ATAGATCTGCAAGTTCTAACGCGACATCCCATAAAATCCTCCGTTCGATCGGATCGAGTC
GAATCGAGGATCTAGAAGGGGTTCGAAAAGATGTCGCAACAGTCGTTGATCTACAGTTTC
GTGGCACGCGGGACGGTGATCCTCGTGGAGTTCACAGATTTCAAAGGCAACTTCACAACC
ATCGCCGCACAGTGCCTCCAGAAGCTCCCCTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGC
GACGGTCACACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTCACCTATTGTGTTGTTGCGGTT
GAATCTGCTGGGAGGCAGATTCCGATGGCCTTTTTGGAAAGAGTTAAGGAGGATTTTAAC
AAGAGATATGGCGGGGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAACAGCTTGAATAAAGAGTTC
GGCTCTAAGCTGAAAGTGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAG
CTTGCTAAGGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGTGTTATGATGGAGAACATCGAG
AAGGTTCTTGACCGTGGTGAGAAGATTGAACTTCTGGTGGACAAAACCGAGAACCTTCGC
TCACAGGCACAAGACTTTAGAACAAC*GGGGACGCAGATGAGAAGAAAGATGTGGCTTCA
GAACATGAAGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCGCACTGATTCTCATAATCGT
GCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCC
AGGAAA

QA 3 758 3 758
DS 

RD RR1CE10TF 750 0 0
G
CGATCGGATCGAGTCGAATCGAGGATCTAGAAGGGGTTCGAAAAGATGTCGCAACAGTCG
TTGATCTACAGTTTCGTGGCACGCGGGACGGTGATCCTCGTGGAGTTCACAGATTTCAAA
GGCAACTTCACAACCATCGCCGCACAGTGCCTCCAGAAGCTCCCCTCTTCCAACAACAAG
TTCACCTACAACTGCGACGGTCACACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGTCTTCACCTAT
TGTGTTGTTGCGGTTGAATCTGCTGGGAGGCAGATTCCGATGGCCTTTTTGGAAAGAGTT
AAGGAGGATTTTAACAAGAGATATGGCGGGGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAACAGC
TTGAATAAAGAGTTCGGCTCTAAGCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCT
GATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGTGTTATG
ATGGAGAACATCGAGAAGGTTCTTGACCGTGGTGAGAAGATTGAACTTCTGGTGGACAAA
ACCGAGAACCTTCGCTCACAGGCACAAGACTTTAGAACAACAGGGGACGCAGATGAGAAG
AAAGATGTGGCTTCAGAACATGAAGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCGCACT
GATTCTCATAATCGTGCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGGAAAA*
***TTCAAGACTCTCTTGAGATCTTTCTC

QA 2 750 2 750
DS 

RD RR1F864TF 665 0 0
G
CACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTCACCTATTGTGTTGTTGCGGTTGAATCTGC
TGGGAGGCAGATTCCGATGGCCTTTTTGGAAAGAGTTAAGGAGGATTTTAACAAGAGATA
TGGCGGGGGGAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAACAGCTTGAATAAAGAGTTCGGCTCTAA
GCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAA
GGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGTGTTATGATGGAGAACATCGAGAAGGTTCT
TGACCGTGGTGAGAAGATTGAACTTCTGGTGGACAAAACCGAGAACCTTCGCTCACAGGC
ACAAGACTTTAGAACAAC*GGGGACGCAGATGAGAAGAAAGATGTGGCTTCAGAACATGA
AGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCG***TTATTCTCATAATCGTGCTCTCAG
TTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGGAAAAA***TTCAAGACTCTCTTGAGATC
TTTCTCACTCGGTACATCGTGTACTTGCCTTTTTTCCCTTTATTGCCCCTATCATCATCA
TTCTAATGTTTCTGCTTGAATTGGTTTTTGTATAGATAGACATATATGTAAGCTTCACGT
TTGC

QA 2 665 2 665
DS 

RD RR1BC77JQ 859 0 0
CAGAGGA
ACGGTGATCCTCGTGGAGTTCACAGATTTCAAAGGCAACTTCACAACCATCGCCGCACAG
TGCCTCCAGAAGCTCCCCTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGACGGCCACACC
TTCAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTCACCTACTGTGTTGTTGCGGTTGAATCTGCTGGG
AGGCAGATCCCGATGGCCTTTTTGGAGAGAGTAAAGGAGGATTTTAACAAGAGATATGGT
GGGGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAACAGCTTGAATAAAGGGTTTGGCTCTAAGCTG
AAGGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTT
AAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGTGTTATGATGGAGAACATCGAGAAGGTTCTTGAC
CGTGGTGAGAAAATTGAGCTTCTTGTGGACAAAACCGAGAACCTTCGCTCACAGGCACAA
GACTTTAGAGCAAC*GGGGACGCAGATGAGAAGAAAGATGTGGCTTCAGAACATGAAGAT
AAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCGCACTGATTCTCATAATCGTGCTCTCAGTTTG
CCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGGAAAAAAAATTCAAAAATCTCTTGAGATCTTTC
TCGCTCGGTACATCGTGTACTTGCCCTTTTTCCCTTTATTGCCCCTATCGTCATCATTCT
AATGTTTCTGCTTGAATTGGTTTTTGTATAGATAGACATATATGTAAGCTTCACGTTTGC
TTATATTACTTGTTGCACCTGATGACGTTGATCCCTAAGAGATCTAAAACTATTAAATGA
TTTTGTCGACAG

QA 8 859 8 859
DS 

RD RR1GP43JQ 826 0 0
GA
TTCAAAGGCA*CTTCACAACCATCGCCGCACAGTGCCTCCAGAAGCTCCC*TCTTCCAAC
AACAAGTTCAC*TACAACTGCGACGGTCACACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTC
ACCTATTGTGTTGTTGCGGTTGAATCTGCTGGGAGGCAGATTCCGATGGCCTTTTTGGAA
AGAGTTAAGGAGGATTTTAACAAGAGATATGGCGGGGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCT
AACAGCTTGAATAAAGAGTTCGGCTCTAAGCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGAT
CATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGT
GTTATGATGGAGAACATCGAGAAGGTTCTTGACCGTGGTGAGAAGATTGAACTTCTGGTG
GACAAAACCGAGAACCTTCGCTCACAGGCACAAGACTTTAGAACAAC*GGGGACGCAGAT
GAGAAGAAAGATGTGGCTTCAGAACATGAAGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCAT
CGCACTGATTCTCATAATCGTGCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAG
GAAAAA***TTCAAGACTCTCTTGAGATCTTTCTCACTCGGTACATCGTGTACTTGCCTT
TTTTCCCTTTATTGCCCCTATCATCATCATTCTAATGTTTCTGCTTGAATTGGTTTTTGT
ATAGATAGACATATATGTAAGCTTCACGTTTGCTTATATTACTTGTTGCACCTGATGACG
TTGATCCCTAAGAGATCTAAA*CTATTAAATGATTTTGTCGAC
T

QA 3 825 3 825
DS 

RD RR1CE10JQ 764 0 0
GCCGCACAGTGCCTCCAGAAGCTCCCCTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGAC
GGTCACACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGTCTTCACCTATTGTGTTGTTGCGGTTGAA
TCTGCTGGGAGGCAGATTCCGATGGCCTTTTTGGAAAGAGTTAAGGAGGATTTTAACAAG
AGATATGGCGGGGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAACAGCTTGAATAAAGAGTTCGGC
TCTAAGCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTT
GCTAAGGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGTGTTATGATGGAGAACATCGAGAAG
GTTCTTGACCGTGGTGAGAAGATTGAACTTCTGGTGGACAAAACCGAGAACCTTCGCTCA
CAGGCACAAGACTTTAGAACAACAGGGGACGCAGATGAGAAGAAAGATGTGGCTTCAGAA
CATGAAGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCGCACTGATTCTCATAATCGTGCT
CTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGGAAAAA***TTCAAGACTCTCTTG
AGATCTTTCTCACTCGGTACATCGTGTACTTGCCTTTTTTCCCTTTATTGCCCCTATCAT
CATCATTCTAATGTTTCTGCTTGAATTGGTTTTTGTATAGATAGACGTATATGTAAGCTT
CACGTTTGCTTATATTACTTGTTGCACCTGATGACGTTGATCCC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 9

CO CL505Contig1 513 9 13 U
GAAAAGAATTCAACTAGTCGTTAACAAGTAACAATTGAAACTTTTTCACATCAAACATCT
TTCAGCTTTCGACATTGTCTTGCGACTAAGCAAATTATTATTTGGCATCAGAAAAAAAAG
ACCAGTGCAACCTTCAGTCTGATATGGCAGCCACTGGATACATAGAGAACCCTTCAAAAG
CAATAAAAAGAAAATTCAAAAAAAAA*GCTGCTTGCTTATTCCTTCTTCCCAATTCCGTT
GGACATGTTGTAGATTCCTGTTCCAATCATGTAGAGAGCAGATGCAGCCAAGGCAAGAGG
AATGGCAACAGAGGTGACCTTGTCCATTGGTCCTTTCAAGTAAGTGTGCCTCTGGATGCT
CTGGAACAACCTCTGCTTCTCCAGAAGCTTCTCTCTTGGCCTAAATGGTGTTTCCGTCAA
CATGTTCTCAGAGAAAGTAATCGACAAGATAAGGGAATCTGAGGGGTAGAGAGAGAGAGA
GATCGCAGCGCAGATGGAGGAAGACGACGACCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 40 40 40 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ49JQ U 88
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AF RR1AU15TF C 1
AF RR1A641TF C 23
AF RR1E488JQ U 28
AF RR1E488TF C 28
AF RR1FM85JQ U 28
AF RR1ET16JQ U 23
AF RR1ET16TF C 23
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BS 208 335 RR1AU15JQ
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AAA
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TCCTTTCAAGTAAGTGTGCCTCTGGATGCTCTGGAACAACCTCTGCTTCTCCAAAAGCTT
CTCTCTTGGCCTAAATGGGGTTTCCGTCAACATGTTCTCA
AAAAAA

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DS 

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TTCAGCTTTCGACATTGTCTTGCGACTAAGCAAATTATTATTTGGCATCAGAAAAAAAAG
ACCAGTGCAACCTTCGGTCTGATATGGCAGCCACTGGATACATAGAGAACCCTTCAAAAG
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GGACATGTTGTAGATTCCTGTTCCAATCATGTAGAGAGCAGATGCAGCCAAGGCAAGAGG
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GATCGCAGC
CC

QA 1 489 1 489
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CC

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CAGCCACTGGATACATAGAGAACCCTTCAAAAGCAATAAAAAGAAAATTCAAAAAAAA**
GCTGCTTGCTTATTCCTTCTTCCCAATTCCGTTGGACATGTTGTAGATTCCTGTTCCAAT
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CTTCTCTCTTGGCCTAAATGGTGTTTCCGTCAACATGTTCTCAGAGAAAGTAATCGGCAA
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CC

QA 1 459 1 459
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C
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AGCCACTGGATACATAGAGAACCCTTCAAAAGCAATAAAAAGAAAATTCAAAAAAAA**G
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CCC

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DS 

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AAAA*GCTGCTTGCTTATTCCTTCTTCCCAATTCCGTTGGACATGTTGTAGATTCCTGTT
CCAATCATGTAGAGAGCAGATGCAGCCAAGGCAAGAGGAATGGCAACAGAGGTGACCTTG
TCCATTGGTCCTTTCAAGTAAGTGTGCCTCTGGATGCTCTGGAACAACCTCTGCTTCTCC
AGAAGCTTCTCTCTTGGCCTAAATGGTGTTTCCGTCAACATGTTCTCAGAGAAAGTAATC
GACAAGATAAGGGAATCTGAGGGGTAGAGAGAGAGAGAGATCGCAGCGC
AGATCC

QA 1 469 1 469
DS 



AS 1 9

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CAAAAGTATATTTTTACTTTCTGAGAATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACTG
ATACATAAATAAGTACTGATATAGTCAGTGGCTAATCTTTTTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 
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AF RR1BS09TF U 6
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AF RR1AM40TF U 1
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GG
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QA 3 646 3 646
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GTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAA

QA 8 655 8 655
DS 

RD RR1A428TF 811 0 0
GGAATTTAACTCCTTACTCACTTTAGATTCTTCTACTCTCAAAACACACAATTTCCACCT
CTTAAGAGAACAAAGGTAAGAGATCCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAG
TGGGGTTGGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTAAGCGGTGG
ATCAATGAGTGTTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGT
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TCAGAAAGGACAAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAA
AGCTGGTGAAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGAC
GGATAAAGGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTT
CATTGTTGAAAAAGCTGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGC
TAAGTACGTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAACGA
AGAATAGAATATTGTATATTTAGGACACTAGACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCT
CAAAAGTATATTTTTACTTTCTGAGAATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAA*AAACTG
ATACATAAATAAGTACTGATATAGTCAGTGG

QA 1 811 1 811
DS 

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GGAATTT
AACTCCTTACTCACTTTAGATTCTTCTACTCTCGAAACACACAATTTCCACCTCTTAAGA
GAACAAAGGTAAGAGATCCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTGGGGTT
GGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTAAGCGGTGGATCAATG
AGTGTTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCCTAGCC
GCCGTGAAAGGTGATGGAAAGTCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCACAG
AAAGCTGGCGAGTTCGTGAAAGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAA
GGACAAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTGGT
GAAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAA
GGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCATTGTT
GAAAAAGCTGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGTAC
GTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAA*CGAAGAATAG
AATATTGTATATTTAGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTCAAAAGT
ATATTTTTACTTTCTGAGAATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACTGATACATA
AATAGGTACTGATATAGTCAGTGGCTAATCTTTTTTTTG

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DS 

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TTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCCTAGCCGCCG
TGAAAGGTGATGGAAAGTCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCACAGAAAG
CTGGCGAGTTCGTGAAAGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAAGGAC
AAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTGGTGAAG
CGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAAGGCA
AAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCATTGTTGAAA
AAGCTGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGTACGTTG
GAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAACGAAGAATAGAATA
TTGTATATTTAGGACACTAGACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTCAAAAGTATAT
TTTTACTTTCTGAGAATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACTGATACATAAATA
AGTACTGATATAGTCAGTGGC
T

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1GT25JQ 622 0 0
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TGAAAGGTGATGGAAAGTCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCACAGAAAG
CTGGCGAGTTCGTGAAAGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAAGGAC
AAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAATAAACTATATTGTTGAGAAAGCTGGTGAAG
CGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAAGGCA
AAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCATTGTTGAAA
AAGCTGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGTACGTTG
GAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAACGAAGAATAGAATA
TTGTATATTTAGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTCAAAAGTATAT
TTTTACTTTCTGAGAATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACTGATACATAAATA
AGTACTGATATAGGCAGTGGC
T

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1BJ64JQ 795 0 0
CACTTTAGATTCTTCTACTCTCAAAACACACAATTTCCACCTCTTAAGAGAACAAAGGTA
AGAGATCCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTGGGGTTGGCTCTTGGTT
ATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTAAGCGGTGGATCAATGAGTGTTGGCCG
GAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCTCAAGAAGTCATGGGTCCTAGCCGCCGTGAAAGG
TGATGGAAAGTCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCACAGAAAGCTGGCGA
GTTCGTGAAAGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAAGGACAAGAAGT
TAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTGGTGAAGCGATGGA
CACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAAGGCAAAGAGAC
CAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCATTGTTGAAAAAGCTGA
TGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGTACGTTGGAGATAA
AGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAACGAAGAATAGAATATTGTATA
TTTAGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTCAAAAGTATATTTTTACT
TTCTGAGAATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACTGATACATAAATAAGTACTG
ATATAGTCAGTGGC
C

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DS 

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G
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ACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATTTCAAAGGTATATTTTTACTTTTTGA
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T
TG

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DS 

RD RR1AN54TF 484 0 0
G
GAAAGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAAGGACAAGAAGTTAAAGA
TCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTGGTGAAGCGATGGACACGGT
GGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAAGGCAAAGAGACCAAGGA
AGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCATTGTTGAAAAAGCTGATGAAGC
CAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGTACGTTGGAGATAAAGCAGC
ACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAACGAAGAATAGAATATCGTATATTTAGG
ACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTCAAAGGTATATTTTTACTTTCTGA
GAATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACTGATACATAAATAAGTACTGATATAG
TC
G

QA 2 483 2 483
DS 



AS 2 9

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GGATCATCAAATCCTCAAACAACTCTAAGAACAAAGAGAGCTTTTTTGAGGCTTAAACAC
ACAAAACTTAAAATGGCATTCTCCAAGAGACTCATTTTGGCGATGATTTTTACAGTTTTT
GTGATAGTTAAGCCCTCAGAAGCTGCTCTTGATGTTCATTACTATGACCGATCGTGCCCT
GCTGCCGAGAAAATCATACTTGAAACTGTTAAGAAGGCTATCTTGCATGATCCCAAAGTG
CCTGCTCGTCTCCTCAGAATGTTCTTCCACGACTGCTTCATCAGGGGGTGTGATGCGTCT
ATTCTACTAGATTCGACCAAGTCAAACCAAGCTGAGAAGGACGGCCCACCAAACATTTCG
GTACGATCATTTTACGTGATAGAAAATGCCAAGACAAAGCTTGAAGAGGTTTGTCCTCGT
ACTGTTTCTTGTGCGGACGTGATCGCCATTGCAGCTAGAGATGTGGTTACTCTGTCCGGT
GGTCCTTACTGGAGCGTACTGAAAGGGCGAAAAGATGGGAGAATGTCACGAGCAACCGAG
ACGATCAATCTCCCAGGACCAACATTCAACGTGTCTCAACTGATCCAAAGCTTTGCAGCA
AGAGGCTTGTCAGTGAAAGACATGGTCACACTCTCCGGCGGCCACACGATAGGATTCTCT
CATTGTTCTTCTTTCGAGGCCCGTCTTCATAACTTCAGCAAGTTCCACGATATCGATCCT
TCGATGAACTTTGCATTTGCGCAAAGTCTGAAAAAGAAATGCCCGAGATCTAGCAACCGA
GGCAAGAACGCAGGGACTTTCTTGGACTCTACGACCTCGGTTTTTGATAACGATTACTAC
AAGCAGATACTATCAGGAAAAGGTGTGTTTGGATCTGATCAGGCGCTTCTAGGAGACTAC
CGGACTAAGTGGATCGTTGAGACATATGCTCGAGACCAAAAGGCCTTCTTCAGAGAGTTT
GCAACTTCTATGGTGAAACTTGGGAACTTTGGCGTCAAGGAGACAGGAGAAGTGAGAGCC
AACACTCGTTTCGTCAATTAAAAAAGTAAAAGTCTACAGAAAATATATGCAATTGAGAGC
TTTCATTTCTTTAAGTTTGATTGCATTTATAATTCATTTATGTATTAATAGTATTATAGT
TCGCTATGAGTAGCATCGTTTGCTTTATATGTAACGTTGTTCTGCTTCAGTGAACATAAA
GTTAACTGATGGTTCGAAATGTTGAATGAAAGTAATAAATTTGTGAAACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BA79TF U 1
AF RR1BA79JQ C 721
BS 1 824 RR1BA79TF
BS 825 825 RR1BA79JQ
BS 826 852 RR1BA79TF
BS 853 1251 RR1BA79JQ

RD RR1BA79TF 852 0 0
GGATCATCAAATCCTCAAACAACTCTAAGAACAAAGAGAGCTTTTTTGAGGCTTAAACAC
ACAAAACTTAAAATGGCATTCTCCAAGAGACTCATTTTGGCGATGATTTTTACAGTTTTT
GTGATAGTTAAGCCCTCAGAAGCTGCTCTTGATGTTCATTACTATGACCGATCGTGCCCT
GCTGCCGAGAAAATCATACTTGAAACTGTTAAGAAGGCTATCTTGCATGATCCCAAAGTG
CCTGCTCGTCTCCTCAGAATGTTCTTCCACGACTGCTTCATCAGGGGGTGTGATGCGTCT
ATTCTACTAGATTCGACCAAGTCAAACCAAGCTGAGAAGGACGGCCCACCAAACATTTCG
GTACGATCATTTTACGTGATAGAAAATGCCAAGACAAAGCTTGAAGAGGTTTGTCCTCGT
ACTGTTTCTTGTGCGGACGTGATCGCCATTGCAGCTAGAGATGTGGTTACTCTGTCCGGT
GGTCCTTACTGGAGCGTACTGAAAGGGCGAAAAGATGGGAGAATGTCACGAGCAACCGAG
ACGATCAATCTCCCAGGACCAACATTCAACGTGTCTCAACTGATCCAAAGCTTTGCAGCA
AGAGGCTTGTCAGTGAAAGACATGGTCACACTCTCCGGCGGCCACACGATAGGATTCTCT
CATTGTTCTTCTTTCGAGGCCCGTCTTCATAACTTCAGCAAGTTCCACGATATCGATCCT
TCGATGAACTTTGCATTTGCGCAAAGTCTGAAAAAGAAATGCCCGAGATCTAGCAACCGA
GGCAAGAACGCAGGGACTTTCTTGGACTCTACGACCTCGGTTTT*GATAACGATTACTAC
AAGCAGATACTA

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR1BA79JQ 531 0 0
TCGATGAACTTTGCATTTGCGCAAAGTCTGAAAAAGAAATGCCCGAGATCTAGCAACCGA
GGCAAGAACGCAGGGACTTTCTTGGACTCTACGACCTCGGTTTTTGATAACGATTACTAC
AAGCAGATACTATCAGGAAAAGGTGTGTTTGGATCTGATCAGGCGCTTCTAGGAGACTAC
CGGACTAAGTGGATCGTTGAGACATATGCTCGAGACCAAAAGGCCTTCTTCAGAGAGTTT
GCAACTTCTATGGTGAAACTTGGGAACTTTGGCGTCAAGGAGACAGGAGAAGTGAGAGCC
AACACTCGTTTCGTCAATTAAAAAAGTAAAAGTCTACAGAAAATATATGCAATTGAGAGC
TTTCATTTCTTTAAGTTTGATTGCATTTATAATTCATTTATGTATTAATAGTATTATAGT
TCGCTATGAGTAGCATCGTTTGCTTTATATGTAACGTTGTTCTGCTTCAGTGAACATAAA
GTTAACTGATGGTTCGAAATGTTGAATGAAAGTAATAAATTTGTGAAACAC

QA 1 531 1 531
DS 



CO CL507Contig2 858 7 21 U
CAGTGAACATAAAGTTAATTACTGGTTCGAAATGTTGAATGAAAGTAATAAATTTGTGAA
ACACAAAACACATAGAATTTGAATAATGTTTCGTTATGCAAAAACAACATCAGAACGGAA
CACATACTTGACTCCCTTGGAAACATTTCTTCCTTCGTGCAACATACACTTGTCTCCATG
AATATGAAACAGAGCCATACCTTCCACTGGAGCTACCTCAGCTACGATACTGTTCCTTGA
ACCATAAAACACAGTTTCTCCACCTACTAAAGGCTCAGCTGAAGAAGAATCATTTGTCTT
GCTTGAAGAACTGCTCTTGGATTTGGATTTTGCGTTACTGTTGCCGCTTAGATATATCAA
CAATGTGTAATAGGTCCGCTTCCCATCTTCAAGATCAACACTTTCATCAATGTGACGACC
AAAATGCTGACCAGCACTATACCTGTAAAATCGAATGTTTGGATTCAAACCAACAGCAAC
TCTCCTCCTAATCTTGATATCAGTAAACAAATTAGAAAGCCCGGATTGCCATAGTGTGTC
AGCAAGAACAGGATCGTTCACAGAGATTCGATGGTTATCTCTAAAAGCTTCACCATAAGC
AGGGCCTCGGCTTCCTTGGTGAGTGAAACCTAGAGACTCTGCGATTTTAACAAAGCCCTT
TGACTCATCACTAGTGAGACAGTTCTCCACCGTGAAGAGATCAAGATTCTTGAGATAAGA
GACACTGAGATTGGGTTTGGCTTTGATCTTCGGCCACTTGATTGTTGCAGACAATTCTCC
TTTGTCTCCCATCTTCGCGATTTGGGGTTGATGTAACATCAGAGGATTTATATGTATGAA
TGAATGTATCCGGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 5 45 30 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B148JQ U 7
AF RR1GH81JQ U 37
AF RR1EK80JQ U 1
AF RR1BB63JQ U 58
AF RR1BB63TF C 58
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AF RR1GH81TF C 156
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BS 285 285 RR1B148JQ
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BS 295 295 RR1B148JQ
BS 296 337 RR1EK80JQ
BS 338 338 RR1B148JQ
BS 339 531 RR1EK80JQ
BS 532 532 RR1BB63JQ
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BS 560 727 RR1EK80JQ
BS 728 798 RR1BB63JQ
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RD RR1B148JQ 473 0 0
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TCCACTGGAGCTACCTCAGCTACGATACTGTTCCTTGAACCATAAAACACAGTTTCTCCA
CCTACTAAAGGCTCAGCTGAAGAAAAATCATTTGTCTTGCTTGAAGAACTGCTCTTGGAT
TTGGATTTTGCGTTACTGTTGCCGCTTAAATATATCAACAATGTGTAATAGGTCCGCTTC
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DS 

RD RR1GH81JQ 475 0 0
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GTGCAACATACACTTGTCTCCATGAATATGAAACAGAGCCATACCTTCCACTGGAGCTAC
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AGCTGAAGAAGAATCATTTGTCTTGCTTGAAGAACTGCTCTTGGATTTGGATTTTGCGTT
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GTTTGGATTCAAACCAACAGCAACTCTCCTCCTAATCTTGATATCAGTAAACAAA

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DS 

RD RR1EK80JQ 727 0 0
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AATATGAAACAGAGCCATACCTTCCACTGGAGCTACCTCAGCTACGATACTGTTCCTTGA
ACCATAAAAGACAGTTTCTCCACCTACTAAAGGCTCAGCTAAAGGAGAATCATTCGTCTT
GCTTGAAGAACTGCTCTTGGATTTGGATTTTGCGTTATTGTTGCCGCTTAGATATATCAA
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AGGGCCTCGGCTTCCTTGGTGAGTGAAACCTAGAGACTCTGCGATTTTAACAAAGCCCTT
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GACACTG

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DS 

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TGCTTGAAGAACTGCTCTTGGATTTGGATTTTGCGTTATTGTTGCCGCTTAGATATATCA
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CC

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GG
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GAATATGAAACAGAGCCATACCTTCCACTGGAGCTACCTCAGCTACGATACTGTTCCTTG
AACCATAAAAGACAGTTTCTCCACCTACTAAAGGCTCAGCTAAAGGAGAATCATTCGTCT
TGCTTGAAGAACTGCTCTTGGATTTGGATTTTGCGTTATTGTTGCCGCTTAGATATATCA
ACAATGTGTAATAGGTCCGCTTCCCATCTTCAAGATCAACACTTTCATCAATGTGACGAC
CAAAATGCTGACCAGCACTATACCTGTAAAATCGAATGTTTGGATTCAAACCAACAGCAA
CTCTCCTCCTAATCTTGATATCAGTAAACAAATTAGAAAGCCCGGATTGCCATAGTGTGT
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CAGGGCCTCGGCTTCCTTGGTGAGTGAAACCTAGAGACTCTGCGATTTTAACAAAGCCCT
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AGACACTGAGATTGGGTTTGGCTTTGATCTTCGGCCACTTGATTGTTGCAGACAATTCTC
CTTTGTCTCCCATCTTCGC
CC

QA 3 741 3 741
DS 

RD RR1B148TF 694 0 0
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CTTAGATATATCAACAATGTGTAATAGGTCCGCTTCCCATCTTCAAGATCAACACTTTCA
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TGCCATAGTGTGTCAGCAAGAACAGGATCGTTCACAGAGATTCGATGGTTATCTCTAAAA
GCTTTACCATAAGCAGGGCCTCGGCTTCCTTGGTGAGTGAAACCTAGAGACTGCGCGATT
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GCAGACAATTCTCCTTTGTCTCCCATCTTCGC
CC

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DS 

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ACTGCGCGATTTTAACAAAGCCCTTTGACTCATCACTAGTGAGACTGTTCTCCACCGTGA
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ACTTGATTGTTGCAGACAATTCTCCTTTGTCTCCCATCTTCGCGATTTGGGGTTGATGTA
ACATCAGAGGATTTATATGTATGAATGAATGTATCCGGTTCCC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 9

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TCTTTCTTCATGGACGTTAAGTGCCAGGGATGCTTTAACATAACGACGGTGTTCAGCCAC
TCTCAAACAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGACGGTTCTGTGCCAGCCCACTGGTGGT
AAAGCCAGGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGAATGATATTTCTCAC
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TCGA


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1GX15TF U 3
AF RR1D066JQ C 5
AF RR1D066TF U 5
AF RR1GN77JQ C 129
AF RR1GN77TF U 129
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ACTTGTTATTGTGTTTA

QA 5 441 5 441
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GG
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CATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGATCTTTTTTCAGTTTGCTTTAGT
ACTTGTTATTGTGTTTATGACAGTGTTTCTTTTTTTTTGATTATGAGAA

QA 3 471 3 471
DS 

RD RR1D066TF 471 0 0
GG
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CGCATTTCCTCAACGCAAACCATGGTTCTCCAAAACGACATCGATCTGCTCAACCCTCCA
GCTGAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTTAAGCGTCTCGTGCAATCTCCTAACTCTTTC
TTCATGGACGTTAAGTGCCAGGGATGCTTTGACATAACGACGGTGTTCGGCCACTCTCAA
ACAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGACGGTTCTGTGCCAGCCCACTGGTGGTAAAGCC
AGGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGAATGATATTTCTCACGTTAAT
CATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGATCTTTTTTCAGTTTGCTTTAGT
ACTTGTTATTGTGTTTATGACAGTGTTTCTTTTTTTTTGATTATGAGAA

QA 3 471 3 471
DS 

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G
GAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTTAAGCGTCTCGTGCAATCTCCTAACTCTTTCTTC
ATGGACGTTAAGTGCCGGGGATGCTTTAACATAACGACGGTGTTCAGCCACTCTCAAACA
GTTGTAGTGTGTGGTAGCTGTCAGACGGTTCTGTGCCAGCCCACTGGTGGTAAAGCCAGG
CTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGAATGATATTTCTCACGTTAATCAT
CTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGATCTTTTTTCAGTTTGCTTTAGTACT
TGTTATTGTGTTTATGACAGTGTTTCTTTTTTTTG*ATTATGAGAAGATTTTGAAA
TC

QA 2 357 2 357
DS 

RD RR1GN77TF 359 0 0
G
GAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTTAAGCGTCTCGTGCAATCTCCTAACTCTTTCTTC
ATGGACGTTAAGTGCCGGGGATGCTTTAACATAACGACGGTGTTCAGCCACTCTCAAACA
GTTGTAGTGTGTGGTAGCTGTCAGACGGTTCTGTGCCAGCCCACTGGTGGTAAAGCCAGG
CTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGAATGATATTTCTCACGTTAATCAT
CTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGATCTTTTTTCAGTTTGCTTTAGTACT
TGTTATTGTGTTTATGACAGTGTTTCTTTTTTTTG*ATTATGAGAAGATTTTGAAA
TC

QA 2 357 2 357
DS 

RD RR1CN37TF 521 0 0
GGGAGC
AGCCGCATTTTAGAGGTGATTTCTCTTCGTCTAGGGTTTCACCAAGCCGTTGTCTTTCGT
CGCATTTCCTCAACGCAAACCATGGTTCTCCAAAACGACATCGATCTGCTCGACCCTCCA
GCTGAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTTAAGCGTCTCGTGCAATCTCCTAACTCTTTC
TTCATGGACGTTAAGTGCCAGGGATGCTTTAACATAACGACGGTGTTCAGC*ACTCTCAA
ACAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGACGGTTCTGTGCCAGCCCACTGGTGGTAAAGCC
AGGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGAATGATATTTCTCACGTTAAT
CATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGATCTTTTTTCAGTTTGCTTTAGT
ACTTGTTATTGTGTTTATGACAGTGTTTCTTTTTTTTTGATTATGAGAAGATTTTGAAAC
CATCATCAAACTACTAGTTCGGTTCCTCTACTTTT

QA 7 521 7 521
DS 

RD RR1D851TF 518 0 0
GG
GCCGCATTTTAGAGGTGATTTCTCTTCGTCTAGGGTTTCACCAAGCCGTTGTCTTTCGTC
GCATTTCCTCAACGCAAACCATGGTTCTCCAAAACGACATCGATCTGCTCAACCCTCCAG
CTGAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTTAAGCGTCTCGTGCAATCTCCTAACTCTTTCT
TCATGGACGTTAAGTGCCAGGGATGCTTTAACATAACGACGGTGTTCAGCCACTCTCAAA
CAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGACGGTTCTGTGCCAGCCCACTGGTGGTAAAGCCA
GGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGAATGATATTTCTCACGTTAATC
ATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGATCTTTTTTCAGTTTGCTTTAGTA
CTTGTTATTGTGTTTATGACAGTGTTTCTTTTTTTTTGATTATGAGAAGATTTTGAAACC
ATCATCAAACTACTAGTTCGGTTCCTCTACTTTT
TT

QA 3 516 3 516
DS 

RD RR1GX15JQ 377 0 0
TCTGCTCAACCCTCCAGCTGAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTTAAGCGTTTCGTGCA
ATCTCCTAACTCTTTCTTCATGGACGTTAAGTGCCAGGGATGCTTTAACATAACGACGGT
GTTCAGCCACTCTCAAACAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGACGGTTCTGTGCCAGCC
CACTGGTGGTAAAGCCAGGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGAATGA
TATTTCTCACGTTAATCATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGATCTTTT
TTCAGTTTGCTTTAGTACTTGTTATTGTGTTTATGACAGTGTTTCTTTTTTTTTGATTAT
GAGAAGATTTTGAAACC

QA 1 377 1 377
DS 

RD RR1CE27TF 544 0 0
GGGAGCAGCCGCATTTTAGAGGTGATTTCTCTTCGTCTAGGGTTTCACCAAGCCGTTGTC
TTTCGTCGCATTTCCTCAACGCAAACCATGGTTCTCCAAAACGACATCGATCTGCTCAAC
CCTCCAGCTGAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTTAAGCGTCTCGTGCAATCTCCTAAC
TCTTTCTTCATGGACGTTAAGTGCCAGGGATGCTTTAACATAACGACGGTGTTCAGCCAC
TCTCAAACAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGACGGTTCTGTGCCAGCCCACTGGTGGT
AAAGCCAGGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGAATGATATTTCTCAC
GTTAATCATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGATCTTTTTTCAGTTTGC
TTTAGTACTTGTTATTGTGTTTATGACAGTGTTTCTTTTTTTTTTATTATGAGAAGATTT
TGAAACCATCATCAAACTACTAGTTCGGTTCCTCTACTTTTTTTATTTATAAATCATTTC
TCGA

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 9

CO CL509Contig1 1081 9 3 U
TTTTTTCATCTGCGCCGCACTCTCTCTCTCTCTCAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCC
TTCTCCCCCAAAGTTAATTTTTCAGTAGCAATCATGGCGGACGAGAATAATGAGTTGAAG
GAGGTCAAGGACGAGCAAGAACTCGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAG
AAAGTTGTCCTTCAAGATCCCATCGAGGAACCTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGAT
TCTTTGCCTGCTAATGATGGCCTTGACGGTCCATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAG
AAGAAGCCTGTTGAATCAAGCTCATTGGATGATGAAAGTGTCGATGCTCCAGAAGATTTG
GAGGAGCATCCTAATGAAGAGGAAGAGGCAGAGGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAA
CGTTATCCCTGGGAGGGAAGTGATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTC
TTCAACATCCTCCGTGAGAACAATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATG
AGGCCTCCCCAAGTTCTTCGTGAAGGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGAC
CTTTGCAAGACGATGCATCGTCAACCGGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTG
GGAACCAGTGGTTCGCTTGATGGGCAGCAAAGATTGGTTGTCAAGGGAAGATTTGCACCC
AAGAATTTTGAGGGGATTTTGCGTCGTTATGTCACTGAGTACGTCATTTGCCTTGGTTGC
AAGAGCCCGGACACAATTCTCTCAAAGGAGAATCGTTTCTTCTTTTTCAGATGCGAGAAG
TGTGGATCTGGACGATCTGTGGCGCAGATCAAAGCTGGTTTTGTTGCTCGTGTTGGTCGC
AGAAAGACTTGAGGAATTGGACGGTGAACTGAGTGGTCTTTTTGTTTTGGGATACTACAG
AGCTTGTTATGCAGTTGAAATACTTTTGCTGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTATTGTTTC
TGAATGTGAGCAATAATCTGGAGACAAGATTTCACATCAAATATGATCAAAACCTTCTAC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 15 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1EK78JQ C 6
AF RR1EK78TF U 6
AF RR1BC72TF U 10
AF RR1GM63TF U 1
AF RR1DE72TF U 11
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AF RR1B048JQ C 511
AF RR1GM63JQ C 388
BS 1 694 RR1GM63TF
BS 695 803 RR1B048TF
BS 804 1081 RR1GM63JQ

RD RR1EK78JQ 280 0 0
GGATTT
GCGCCGCACTCTCTCTCTCTCTCAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCCAA
AGTTAATTTTTCAGTAGCAATCATGGCGGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGA
CGAGCAAGAACTCGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCT
TCAAGATCCCATCGAGGAACCTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCTTTGCCTGC
CAATGATGGCCTTGACGGTCCATCTTTCGGAACC

QA 7 280 7 280
DS 

RD RR1EK78TF 280 0 0
GGATCT
GCGCCGCACTCTCTCTCTCTCTCAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCCAA
AGTTAATTTTTCAGTAGCAATCATGGCGGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGA
CGAGCAAGAACTCGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCT
TCAAGATCCCATCGAGGAACCTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCTTTGCCTGC
CAATGATGGCCTTGACGGTCCATCTTTCGGAACC

QA 7 280 7 280
DS 

RD RR1BC72TF 619 0 0
GG
GCGCCGCACTCTCTCTCTCTCTCAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCCAA
AGTTAATTTTTCAG***CAATCATGGCGGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGA
CGAGCAAGAACTCGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCT
TCAAGATCCCATCGAGGAACCTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCTTTGCCTGC
TAATGATGGCCTTGACGGTCCATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCCTGT
TGAATCAAGCTCATTGGATGATGAAAGTGTCGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCATCC
TAATGAAGAGGAAGAGGCAGAGGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAACGTTATCCCTG
GGAGGGAAGTGATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTCAACATCCT
CCGTGAGAACAATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCA
AGTTCTTCGTGAAGGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGAC
GATGCATCGTCAACCGG

QA 3 619 3 619
DS 

RD RR1GM63TF 700 0 0
TTTTTTCATCTGCGCCGCACTCTCTCTCTCTCTCAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCC
TTCTCCCCCAAAGTTAATTTTTCAGTAGCAATCATGGCGGACGAGAATAATGAGTTGAAG
GAGGTCAAGGACGAGCAAGAACTCGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAG
AAAGTTGTCCTTCAAGATCCCATCGAGGAACCTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGAT
TCTTTGCCTGCTAATGATGGCCTTGACGGTCCATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAG
AAGAAGCCTGTTGAATCAAGCTCATTGGATGATGAAAGTGTCGATGCTCCAGAAGATTTG
GAGGAGCATCCTAATGAAGAGGAAGAGGCAGAGGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAA
CGTTATCCCTGGGAGGGAAGTGATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTC
TTCAACATCCTCCGTGAGAACAATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATG
AGGCCTCCCCAAGTTCTTCGTGAAGGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGAC
CTTTGCAAGACGATGCATCGTCAACCGGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTG
GGAACCAGTGGTTCGCTTGATGGGCAGCAAAGAT
GGTTGT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1DE72TF 675 0 0
GGGGCGCCGCA
CTCTCTCTCTCTCAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCCAAAGTTAATTTT
TCAGTAGCAATCATGGCGGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGACGAGCAAGAA
CTCGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCTTCAAGATCCC
ATCGAGGAACCTACTGAGACACCGGCCGAGCCATCTGATTCTTTGCCTGCTAATGATGGC
CTTGACGGTCCATCTTTCGGAACCAAGAGGAAAAAGAAGAAGAAGCCTGTTGAATCAAGC
TCATTGGATGATGAAAGTGTCGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCATCCTAATGAAGAG
GAAGAGGCAGAGGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAACGTTATCCCTGGGAGGGAAGT
GATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTCAACATCCTCCGTGAGAAC
AATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAGTTCTTCGT
GAAGGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACGATGCATCGT
CAACCGGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGGAACCAGTGGTTCGCTTGAT
GGGC

QA 12 675 12 675
DS 

RD RR1EF54TF 689 0 0
GGGCGCCGCA
CTCTCTCTCTCTCAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCCAAAGTTAATTTT
TCAGTGGCAATCATGGCGGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGACGAGCAAGAA
CTCGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCTTCAAGATCCC
ATCGAGGAACCTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCTTTGCCTGCTAATGATGGC
CTTGACGGTCCATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCCTGTTGAATCAAGC
TCATTGGATGATGAAAGTGTCGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCATCCCAATGAAGAG
GAAGAGGCAGAGGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAACGTTATCCCTGGGAGGGAAGT
GATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTCAACATCCTCCGTGAGAAC
AATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAGTTCTTCGT
GAAGGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACAATGCATCGT
CAACCGGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGGAACCAGTGGTTCGCTTGAT
GGGCAGCAAAGATTGGT
GT

QA 11 687 11 687
DS 

RD RR1B048TF 792 0 0
GG
GCCGCACTCTCTCTCCCTCTCAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCCAAAG
TTAATTTTTCAGTAGCAATCATGGCGGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGACG
AGCAAGAACTCGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCTTC
AAGATCCCATCGAGGAACCTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCTTTGCCTGCTA
ATGATGGCCTTGACGGTCCATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCCTGTTG
AATCAAGCTCATTGGATGATGAAAGTGTCGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCATCCTA
ATGAAGAGGAAGAGGCAGAGGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAACGTTATCCCTGGG
AGGGAAGTGATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTCAACATCCTCC
GTGAGAACAATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAG
TTCTTCGTGAAGGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACGA
TGCATCGTCAACCGGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGGAACCAGTGGTT
CGCTTGATGGGCAGCAAAGATTGGTTGTCAAGGGAAGATTTGCACCCAAGAATTTTGAGG
GGATTTTGCGTCGTTATGTCACTGAGTACGTCATTTGCCTTGGTTGCAAGAGCCCGGACA
CAATTCTCTC

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR1B048JQ 354 0 0
CTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAGTTCTTCGTGAAGGGACA
AAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACGATGCATCGTCAACCGGAC
CATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGGAACCAGTGGTTCGCTTGATGGGCAGCAA
AGATTGGTTGTCAAGGGAAGATTTGCACCCAAGAATTTTGAGGGGATTTTGCGTCGTTAT
GTCACTGAGTACGTCATTTGCCTTGGTTGCAAGAGCCCGGACACAATTCTCTCAAAGGAG
AATCGTTTCTTCTTTTTCAGATGCGAGAAGTGTGGTTCTGGACGTTCTGTGGCG

QA 1 354 1 354
DS 

RD RR1GM63JQ 694 0 0
GCAGAGGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAACGTTATCCCTGGGAGGGAAGTGATAGG
GATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTCAACATCCTCCGTGAGAACAATCCG
GAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAGTTCTTCGTGAAGGG
ACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACGATGCATCGTCAACCG
GACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGGAACCAGTGGTTCGCTTGATGGGCAG
CAAAGATTGGTTGTCAAGGGAAGATTTGCACCCAAGAATTTTGAGGGGATTTTGCGTCGT
TATGTCACTGAGTACGTCATTTGCCTTGGTTGCAAGAGCCCGGACACAATTCTCTCAAAG
GAGAATCGTTTCTTCTTTTTCAGATGCGAGAAGTGTGGATCTGGACGATCTGTGGCGCAG
ATCAAAGCTGGTTTTGTTGCTCGTGTTGGTCGCAGAAAGACTTGAGGAATTGGACGGTGA
ACTGAGTGGTCTTTTTGTTTTGGGATACTACAGAGCTTGTTATGCAGTTGAAATACTTTT
GCTGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTATTGTTTCTGAATGTGAGCAATAATCTGGAGACAA
GATTTCACATCAAATATGATCAAAACCTTCTACC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 9

CO CL510Contig1 682 9 5 U
GGATCGAAGACTAGCAGCTTCGTTTCGCAAATCGGTGAAGAGAGAGATCGCGAAGAGAGA
**GATAGAGAAGATGTCTTCGTTTCTAAAAACCTTCCTCGATCCAAAGAAGAACTTCCTC
GCTCGTATGCACATGAAAGCCGTCTCCACTCGCCTCCGTAGATACGGTCTGAGGTACGAT
GACACGTACGATCAGTATTACCACATGGACATCAAAGAGGCTCTGAACAGATTGCCCAGG
GAGGTCGTCGACGCTCGTAACCAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGATCTCTCCATGAAGCAC
GAGTATCTTTCCGAGGAACTTCAGGCGTTGCAGACTCCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAG
ATGCTAGCTCTCGTTGAGAGAGAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTTTGCCACTC
TACCAGCGCACTCTTCCTTAAGCATATTTTCCCACCCTTTTCTTATGATGATGATCAACT
CTTCTTCTCTGCATAAAACTCATCTCCAAATGGATGACATTTATATTTTCGAAATCATAT
TCTGAACCTGAGCTATTTACTCTCTTAAAATGCATAAGTCTTGTAATAGTTTCTCTAAAC
CTGGGATATATTACTCGTCTGTTGTTACATTTTCATGTTTGCTGGTTTGAATAAAACCGA
AACACAAGTCTGGTTTTCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 25 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 25 55 55 25 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1GS49TF U 14
AF RR1D567JQ C 35
AF RR1D567TF U 35
AF RR1CB41TF U 1
AF RR1BW86TF U 20
AF RR1ES65TF U 218
AF RR1E440JQ C 14
AF RR1E440TF U 14
AF RR1GS49JQ C 128
BS 1 118 RR1CB41TF
BS 119 119 RR1D567TF
BS 120 650 RR1CB41TF
BS 651 677 RR1E440TF
BS 678 682 RR1GS49JQ

RD RR1GS49TF 475 0 0
GG
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TCTTCGTTTCTAAAAACCTTCCTCGATCCAAAGAAGAACTTCCTCGCTCGTATGCACATG
AAAGCCGTCTCCACTCGCCTCCGTAGATACGGTCTGAGGTACGATGACACGTACGATCAG
TATTACCACATGGACATCAAAGAGGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTCGACGCT
CGTAACCAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGATCTCTCCATGAAGCACGAGTATCTTTCCGAG
GAACTTCAGGCGTTGCAGACTCCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAGATGCTAGCTCTCGTT
GAGAGAGAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTTTGCCACTCTACCAGCGCACTCTT
CCTTAAGCATATTTTCCCACCCTTTTCTTATGATGATGATCAACTCTTCTTCT

QA 3 475 3 475
DS 

RD RR1D567JQ 532 0 0
GG
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CTCGATCCAAAGAAGAACTTCCTCGCTCGTATGCACATGAAAGCCGTCTCCACTCGCCTC
CGTAGATACGGTCTGAGGTACGATGACACGTACGATCAGTATTACCACATGGACATCAAA
GAGGCCCTCAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTTGATGCGCGTAACCAGCGTCTCAAGCGT
GCCATGGATCTCTCCATGAAGTACGAGTATCTTTCCGAGGAGCTTCAGGCGTTGCAGACT
CCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAGATGCTGGCTCTCGTTGAGAGGGAAAGAAAGGAACGT
GAAGCCTTGGGAGCTTTGCCACTCTACCAGCGCACTCTTCCTTAAGCATATTTTCCCACC
CTTTTCTTATGATGATGATCAACTCTTCTTCTCTGCATAAAACTCATCTCCAAATGGATG
ACATTTATATTTTCGAAATCATATTCCGAACCCGAGCTATTTACTTTCTT

QA 3 532 3 532
DS 

RD RR1D567TF 532 0 0
GG
GAAGAGAGAGATCGCAAAGAGAGATAGAGAGAGAAGATGTCTTCGTTTCTAAAAACCTTC
CTCGATCCAAAGAAGAACTTCCTCGCTCGTATGCACATGAAAGCCGTCTCCACTCGCCTC
CGTAGATACGGTCTGAGGTACGATGACACGTACGATCAGTATTACCACATGGACATCAAA
GAGGCCCTCAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTTGATGCGCGTAACCAGCGTCTCAAGCGT
GCCATGGATCTCTCCATGAAGTACGAGTATCTTTCCGAGGAGCTTCAGGCGTTGCAGACT
CCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAGATGCTGGCTCTCGTTGAGAGGGAAAGAAAGGAACGT
GAAGCCTTGGGAGCTTTGCCACTCTACCAGCGCACTCTTCCTTAAGCATATTTTCCCACC
CTTTTCTTATGATGATGATCAACTCTTCTTCTCTGCATAAAACTCATCTCCAAATGGATG
ACATTTATATTTTCGAAATCATATTCCGAACCCGAGCTATTTACTTTCTT

QA 3 532 3 532
DS 

RD RR1CB41TF 655 0 0
GGATCGAAGACTAGCAGCTTCGTTTCGCAAATCGGTGAAGAGAGAGATCGCGAAGAGAGA
**GATAGAGAAGATGTCTTCGTTTCTAAAAACCTTCCTCGATCCAAAGAAGAACTTCCCC
GCTCGTATGCACATGAAAGCCGTCTCCACTCGCCTCCGTAGATACGGTCTGAGGTACGAT
GACACGTACGATCAGTATTACCACATGGACATCAAAGAGGCTCTGAACAGATTGCCCAGG
GAGGTCGTCGACGCTCGTAACCAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGATCTCTCCATGAAGCAC
GAGTATCTTTCCGAGGAACTTCAGGCGTTGCAGACTCCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAG
ATGCTAGCTCTCGTTGAGAGAGAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTTTGCCACTC
TACCAGCGCACTCTTCCTTAAGCATATTTTCCCACCCTTTTCTTATGATGATGATCAACT
CTTCTTCTCTGCATAAAACTCATCTCCAAATGGATGACATTTATATTTTCGAAATCATAT
TCTGAACCTGAGCTATTTACTCTCTTAAAATGCATAAGTCTTGTAATAGTTTCTCTAAAC
CTGGGATATATTACTCGTCTGTTGTTACATTTTCATGTTTGCTGGTTTGA
TAAAT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1BW86TF 630 0 0
GG
GTTTCGCAAATCGGTGAAGAGAGAGATCGCGAAGAGAGA**GATAGAGAAGATGTCTTCG
TTTCTAAAAACCTTCCTCGATCCAAAGAAGAACTTCCTCGCTCGTATGCACATGAAAGCC
GTCTCCACTCGCCTCCGTAGATACGGTCTGAGGTACGATGACACGTACGATCAGTATTAC
CACATGGACATCAAAGAGGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTCGACGCTCGTAAC
CAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGATCTCTCCATGAAGCACGAGTATCTTTCCGAGGAACTT
CAGGCGTTGCAGACTCCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAGATGCTAGCTCTCGTTGAGAGA
GAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTTTGCCATTCTACCAGCGCACTCTTCCTTAA
GCATATTTTCCCACCCTTTTCTTATGATGATGATCAACTCTTCTTCTCTGCATAAAACTC
ATCTCCAAATGGGTGACATTTACATTTTCGAAATCATATTCTGAACCTGAGCTATTTACT
CTCTTAAAATGCATAAGTCTTGTAATAGTTTCTCTAAACCTGGGATATATTACTCGTCTG
TTGTTACATTTTCATGTTTGCTGGTTTG

QA 3 630 3 630
DS 

RD RR1ES65TF 439 0 0
G
GGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTCGACGCTCGTAACCAGCGTCTCAAGCGTGC
CATGGATCTCTCCATGAAGCACGAGTATCTTTCCGAGGAACTTCAGGCGTTGCAGACTCC
ATTCCGTAGCTACCTTCAGGAGATGCTAGCTCTCGTTGAGAGAGAAAGAAAGGAACGTGA
AGCCTTGGGAGCTTTGCCACTCTACCAGCGCACTCTTCCTTAAGCATATTTTCCCACCCT
TTTCTTATGATGATGATCAACTCTTCTTCTCTGCATAAAACTCATCTCCAAATGGATGAC
ATTTATATTTTCGAAATCATATTCTGAACCTGAGCTATTTACTCTCTTAAAATGCATAAG
TCTTGTAATAGTTTCTCTAAACCTGGGATATATTACTCGTCTGTTGTTACATTTTCATGT
TTGCTGGTTTGAATAAA
T

QA 2 438 2 438
DS 

RD RR1E440JQ 664 0 0
GG
AGCTTCGTTTCGCAAATCGGTGAAGAGAGAGATCGCGAAGAGAGA**GATAGAGAAGATG
TCTTCGTTTCTAAAAACCTTCCTCGATCCAAAGAAGAACTTCCTCGCTCGTATGCACATG
AAAGCCGTCTCCACTCGCCTCCGTAGATACGGTCTGAGGTACGATGACACGTACGATCAG
TATTACCACATGGACATCAAAGAGGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTCGACGCT
CGTAACCAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGATCTCTCCATGAAGCACGAGTATCTTTCCGAG
GAACTTCAGGCGTTGCAGACTCCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAGATGCTAGCTCTCGTT
GAGAGAGAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTTTGCCACTCTACCAGCGCACTCTT
CCTTAAGCATATTTTCCCACCCTTTTCTTATGATGATGATCAACTCTTCTTCTCTGCATA
AAACTCATCTCCAAATGGATGACATTTATATTTTCGAAATCATATTCTGAACCTGAGCTA
TTTACTCTCTTAAAATGCATAAGTCTTGTAATAGTTTCCCTAAACCTGGGATATATTACT
CGTCTGTTGTTACATTTTCATGTTTGCTGGTTTGAATAAAACCGAAACACAAGTCTGGTT
TT

QA 3 664 3 664
DS 

RD RR1E440TF 664 0 0
GG
AGCTTCGTTTCGCAAATCGGTGAAGAGAGAGATCGCGAAGAGAGA**GATAGAGAAGATG
TCTTCGTTTCTAAAAACCTTCCTCGATCCAAAGAAGAACTTCCTCGCTCGTATGCACATG
AAAGCCGTCTCCACTCGCCTCCGTAGATACGGTCTGAGGTACGATGACACGTACGATCAG
TATTACCACATGGACATCAAAGAGGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTCGACGCT
CGTAACCAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGATCTCTCCATGAAGCACGAGTATCTTTCCGAG
GAACTTCAGGCGTTGCAGACTCCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAGATGCTAGCTCTCGTT
GAGAGAGAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTTTGCCACTCTACCAGCGCACTCTT
CCTTAAGCATATTTTCCCACCCTTTTCTTATGATGATGATCAACTCTTCTTCTCTGCATA
AAACTCATCTCCAAATGGATGACATTTATATTTTCGAAATCATATTCTGAACCTGAGCTA
TTTACTCTCTTAAAATGCATAAGTCTTGTAATAGTTTCCCTAAACCTGGGATATATTACT
CGTCTGTTGTTACATTTTCATGTTTGCTGGTTTGAATAAAACCGAAACACAAGTCTGGTT
TT

QA 3 664 3 664
DS 

RD RR1GS49JQ 555 0 0
TGCACATGAAAGCCGTCTCCACTCGCCTCCGTAGATACGGTCTGAGGTACGATGACACGT
ACGATCAGTATTACCACATGGACATCAAAGAGGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCG
TCGACGCTCGTAACCAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGATCTCTCCATGAAGCACGAGTATC
TTTCCGAGGAACTTCAGGCGTTGCAGACTCCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAGATGCTAG
CTCTCGTTGAGAGAGAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTTTGCCACTCTACCAGC
GCACTCTTCCTTAAGCATATTTTCCCACCCTTTTCTTATGATGATGATCAACTCTTCTTC
TCTGCATAAAACTCATCTCCAAATGGATGACATTTATATTTTCGAAATCATATTCTGAAC
CTGAGCTATTTACTCTCTTAAAATGCATAAGTCTTGTAATAGTTTCTCTAAACCTGGGAT
ATATTACTCGTCTGTTGTTACATTTTCATGTTTGCTGGTTTGAATAAAATCGAAACACAA
GTCTGGTTTTCATTT

QA 1 555 1 555
DS 



AS 2 8

CO CL511Contig1 644 3 2 U
AATAAAGCAATACACGCATAAGTTTTTTTAACATCCCAAAATGAACTTGTGTTTCAAGAA
CAAAGCACACATAAACTGAACAAAAGAAATAGATTTAAAAGGGAAGAAGGAAGCAACTGC
GGCTTACACAGCTTATGAATCCTGACCAAGCCATTGATGAACGAACATCTCAAGCCTCAT
CGTACTCCTCTTCTACATCCTCGTACTCCTCTTCACCGGCTGTAGCATCCTGGTACTGCT
GATACTCTGCAACGAGATCATTCATGTTACTCTCAGCTTCCGTGAACTCCATCTCGTCCA
TGTCTTCTCCTGTGTACCAATGAAGGAAAGCCTTTCTCCTGAACATAGCTGTGAACTGTT
CACTCACACGCCTGAACATCTCCTGGATTGAAGTTGAGTTCCCGATGAAAGTCGACGCCA
TTTTCAAACCCTTGGGTGCAATGTCACAGACGCTGGACTTTACATTGTTCGGGATCCATT
CCACAAAGTAGGACGAGTTCTTGTTCTGGATGTTCATCATCTGCTCATCGACCTCCTTAG
TGCTCAGCTTCCCACGGAACACAGCGGAAGCAGTTAAGTAACGTCCGTGGTGAGGGTCAG
CAGCGCACATCATGTTCTTCGCATCCCACATCTGCTGGGTCAGT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E784JQ U 1
AF RR1E784TF C 1
AF RR1F521JQ U 1
BS 1 442 RR1E784JQ
BS 443 644 RR1F521JQ

RD RR1E784JQ 443 0 0
AATAAAGCAATACACGCATAAGTTTTTTTAACATCCCAAAATGAACTTGTGTTTCAAGAA
CAAAGCACACATAAACTGAACAAAAGAAATAGATTTAAAAGGGAAGAAGGAAGCAACTGC
GGCTTACACAGCTTATGAATCCTGACCAAGCCATTGATGAACGAACATCTCAAGCCTCAT
CGTACTCCTCTTCTACATCCTCGTACTCCTCTTCACCGGCTGTAGCATCCTGGTACTGCT
GATACTCTGCAACGAGATCATTCATGTTACTCTCAGCTTCCGTGAACTCCATCTCGTCCA
TGTCTTCTCCTGTGTACCAATGAAGGAAAGCCTTTCTCCTGAACATAGCTGTGAACTGTT
CACTCACACGCCTGAACATCTCCTGGATTGAAGTTGAGTTCCCGATGAAAGTCGACGCCA
TTTTCAAACCCTTGGGTGCAAT
C

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR1E784TF 443 0 0
AATAAAGCAATACACGCATAAGTTTTTTTAACATCCCAAAATGAACTTGTGTTTCAAGAA
CAAAGCACACATAAACTGAACAAAAGAAATAGATTTAAAAGGGAAGAAGGAAGCAACTGC
GGCTTACACAGCTTATGAATCCTGACCAAGCCATTGATGAACGAACATCTCAAGCCTCAT
CGTACTCCTCTTCTACATCCTCGTACTCCTCTTCACCGGCTGTAGCATCCTGGTACTGCT
GATACTCTGCAACGAGATCATTCATGTTACTCTCAGCTTCCGTGAACTCCATCTCGTCCA
TGTCTTCTCCTGTGTACCAATGAAGGAAAGCCTTTCTCCTGAACATAGCTGTGAACTGTT
CACTCACACGCCTGAACATCTCCTGGATTGAAGTTGAGTTCCCGATGAAAGTCGACGCCA
TTTTCAAACCCTTGGGTGCAAT
C

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR1F521JQ 644 0 0
AATAAAGCAATACACGCATAAGTTTTTTTAACATCCCAAAATGAACTTGTGTTTCAAGAA
CAAAGCACACATAAACTGAACAAAAGAAATAGATTTAAAAGGGAAGAAGGAAGCAACTGC
GGCTTACACAGCTTATGAATCCTGACCAAGCCATTGATGAACGAACATCTCAAGCCTCAT
CGTACTCCTCTTCTTCATCCTCGTACTCCTCTTCACCGGCTGTAGCATCCTGGTACTGCT
GATACTCTGCAACGAGATCATTCATGTTACTCTCAGCTTCCGTGAACTCCATCTCGTCCA
TGCCTTCTCCTGTGTACCAATGAAGGAAAGCCTTTCTCCTGAACATAGCTGTGAACTGTT
CACTCACACGCCTGAACATCTCCTGGATTGAAGTTGAGTTCCCGATGAAAGTCGACGCCA
TTTTCAAACCCTTGGGTGCAATGTCACAGACGCTGGACTTTACATTGTTCGGGATCCATT
CCACAAAGTAGGACGAGTTCTTGTTCTGGATGTTCATCATCTGCTCATCGACCTCCTTAG
TGCTCAGCTTCCCACGGAACACAGCGGAAGCAGTTAAGTAACGTCCGTGGTGAGGGTCAG
CAGCGCACATCATGTTCTTCGCATCCCACATCTGCTGGGTCAGT

QA 1 644 1 644
DS 



CO CL511Contig2 1650 5 5 U
GGGCGTCGCCCATTTTCTCTAAAAAAAAAGAAAAAAAAAACTCAAAACGAGAGAAAATGA
GAGAGATCCTCCACATCCAAGGCGGCCAATGTGGAAACCAGATCGGCGCGAAGTTCTGGG
AAGTGATCTGCGACGAGCACGGCATTGACCACACCGGGCAATACGTCGGCGACTCCCCTC
TCCAGCTCGAACGCATCGACGTCTATTTCAACGAAGCGAGCGGCGGAAAGTACGTCCCTC
GCGCCGTTCTCATGGATCTGGAGCCTGGCACCATGGACTCTCTCAGATCTGGTCCCTACG
GTCAGATCTTCCGTCCCGATAACTTCGTCTTTGGCCAGTCCGGCGCCGGGAATAACTGGG
CGAAAGGTCACTACACGGAGGGAGCGGAGCTGATCGATTCCGTTCTCGATGTTGTCAGGA
AGGAAGCTGAGAACAGCGATTGCCTTCAAGGTTTCCAAGTTTGTCACTCGTTGGGAGGTG
GAACTGGATCTGGGATGGGGACGCTTTTGATCTCTAAGATAAGAGAGGAGTATCCAGATC
GTATGATGATGACCTTCTCGGTGTTTCCTTCTCCTAAGGTCTCCGACACTGTTGTTGAGC
CATACAACGCAACGCTCTCTGTGCATCAGCTCGTTGAAAACGCCGACGAGTGTATGGTTC
TCGACAATGAGGCTCTCTACGACATCTGCTTCCGTACCCTCAAGCTCTCTAACCCCTCTT
TTGGTGATCTTAACCACCTCATCTCGGCTACAATGAGTGGTGTTACATGCTGTCTTCGTT
TCCCTGGTCAACTCAACTCTGACCTTAGGAAGCTCGCTGTGAACCTCATCCCTTTCCCAA
GGCTCCACTTCTTCATGGTGGGTTTTGCTCCGTTGACATCGAGGGGTTCACAGCAGTACA
GTGCCTTGAGTGTCCCTGAACTGACCCAGCAGATGTGGGATGCGAAGAACATGATGTGCG
CTGCTGACCCTCGCCACGGGCGTTACTTAACTGCTTCCGCTGTGTTCCGTGGGAAGCTGA
GCACTAAGGAGGTCGATGAGCAGATGATGAACATCCAGAACAAGAACTCGTCCTACTTTG
TGGAATGGATCCCGAACAATGTTAAGTCCAGCGTCTGTGACATTGCACCAAAGGGTTGGA
AAATGGCGTCGACTTTCATCGGGAACTCAACTTCAATCCAGGAGATGTTCAGGCGTGTGA
GTGAACAGTTCACAGCTATGTTCAGGAGAAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACAGGAGAAG
TCATGGACGAGATGGAGTTCACGGAAGCTGAGAGTAACATGAATGATCTCGTTGCAGAGT
ATCAGCAGTACCAGGATGCTACAGCCGGTGAAGAGGAGTACGAGGATGAAGAAGAGGAGT
ACGATGAGGCTTGAGATGTTCGTTCATCAATGGCTTGGTCGGATTCATAAGCTGTGTAAG
CCGCAGTTGCTGCTTCCTTCTTCCCTTTAAATCTATTTCTTTTGTTCAGTTTATGTGTGC
TTTGTTCTTGAAACAAAAGTTCATTTTGGGATGTTAAAAAACTTATGCGTGTATTGCTTT
ATTGTTTTTGTCACTGCAAAAAAAATATTGCTTTTGTTCTTTCAAGCTTTGTGTTTCATT
TTCGGATTATAAATCTCAAAAGTCATTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F521TF U 1
AF RR1DD49TF U 612
AF RR1C539TF U 390
AF RR1DD49JQ C 1273
AF RR1C539JQ C 921
BS 1 573 RR1F521TF
BS 574 1138 RR1C539TF
BS 1139 1140 RR1C539JQ
BS 1141 1164 RR1C539TF
BS 1165 1650 RR1C539JQ

RD RR1F521TF 573 0 0
GGGCGTCGCCCATTTTCTCTAAAAAAAAAGAAAAAAAAAACTCAAAACGAGAGAAAATGA
GAGAGATCCTCCACATCCAAGGCGGCCAATGTGGAAACCAGATCGGCGCGAAGTTCTGGG
AAGTGATCTGCGACGAGCACGGCATTGACCACACCGGGCAATACGTCGGCGACTCCCCTC
TCCAGCTCGAACGCATCGACGTCTATTTCAACGAAGCGAGCGGCGGAAAGTACGTCCCTC
GCGCCGTTCTCATGGATCTGGAGCCTGGCACCATGGACTCTCTCAGATCTGGTCCCTACG
GTCAGATCTTCCGTCCCGATAACTTCGTCTTTGGCCAGTCCGGCGCCGGGAATAACTGGG
CGAAAGGTCACTACACGGAGGGAGCGGAGCTGATCGATTCCGTTCTCGATGTTGTCAGGA
AGGAAGCTGAGAACAGCGATTGCCTTCAAGGTTTCCAAGTTTGTCACTCGTTGGGAGGTG
GAACTGGATCTGGGATGGGGACGCTTTTGATCTCTAAGATAAGAGAGGAGTATCCAGATC
GTATGATGATGACCTTCTCGGTGTTTCCTTCTC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1DD49TF 491 0 0
GCG
CTCTCTGTGCATCAGCTCGTTGAAAACGCCGACGAGTGTATGGTTCTCGACAATGAGGCT
CTCTACGACATCTGCTTCCGTACCCTCAAGCTCTCTAACCCCTCTTTTGGTGATCTTAAC
CACCTCATCTCGGCTACAATGAGTGGTGTTACATGCTGTCTTCGTTTCCCTGGTCAACTC
AACTCTGACCTTAGGAAGCTCGCTGTGAACCTCATCCCTTTCCCAAGGCTCCACTTCTTC
ATGGTGGGTTTTGCTCCGTTGACATCGAGGGGTTCACAGCAGTACAGTGCCTTGAGTGTC
CCTGAACTGACCCAGCAGATGTGGGATGCGAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCTCGC
CACGGACGTTACTTAACTGCTTCCGCTGTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACTAAGGAGGTC
GATGAGCAGATGATGAACATCCAGAACAAGAACTCGTCCTACTTTGTGGAATGGATCCCG
AACAATGT

QA 4 491 4 491
DS 

RD RR1C539TF 783 0 0
G
TGATCGATTCCGTTCTCGATGTTGTCAGGAAGGAAGCTGAGAGCAGCGATTGCCTTCAAG
GTTTCCAAGTTTGTCACTCGTTGGGAGGTGGAACTGGATCTGGGATGGGGACGCTTTTGA
TCTCTAAGATAAGAGAGGAGTATCCAGATCGTATGATGATGACCTTCTCGGTGTTTCCTT
CTCCTAAGGTCTCCGACACTGTTGTTGAGCCATACAACGCAACGCTCTCTGTGCATCAGC
TCGTTGAAAACGCCGACGAGTGTATGGTTCTCGACAATGAGGCTCTCTACGACATCTGCT
TCCGTACCCTCAAGCTCTCTAACCCCTCTTTTGGTGATCTTAACCACCTCATCTCGGCTA
CAATGAGTGGTGTTACATGCTGTCTTCGTTTCCCTGGTCAACTCAACTCTGACCTTAGGA
AGCTCGCTGTGAACCTCATCCCTTTCCCAAGGCTCCACTTCTTCATGGTGGGTTTTGCTC
CGTTGACATCGAGGGGTTCACAGCAGTACAGTGCCTTGAGTGTCCCTGAACTGACCCAGC
AGATGTGGGATGCGAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCTCGCCACGGGCGTTACTTAA
CTGCTTCCGCTGTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACTAAGGAGGTCGATGAGCAGATGATGA
ACATCCAGAACAAGAACTCGTCCTACTTTGTGGAATGGATCCCGAACAATGTTAAGTCCA
GCGTCTGTGACATTGCACCAAAGGGTTG**AAATGGCGTCGACTTTCATCGGGA
CTCACTCA

QA 2 775 2 775
DS 

RD RR1DD49JQ 205 0 0
TGGAGTTCACGGAAGCTGAGAGTAACATGAATGATCTCGTTGCAGAGTATCAGCAGTACC
AGGATGCTACAGCCGGTGAAGAGGAGTACGAGGATGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTT
GAGATGTTCGTTCATCAATGGCTTGGTCGGATTCATAAGCTGTGTAAGCCGCAGTTGCTG
CTTCCTTCTTCCCTTTAAATTTATT

QA 1 205 1 205
DS 

RD RR1C539JQ 730 0 0
CTGACCCAGCAGATGTGGGATGCGAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCTCGCCACGGG
CGTTACTTAACTGCTTCCGCTGTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACTAAGGAGGTCGATGAG
CAGATGATGAACATCCAGAACAAGAACTCGTCCTACTTTGTGGAATGGATCCCGAACAAT
GTTAAGTCCAGCGTCTGTGACATTGCACCAAAGGGTTTGAAAATGGCGTCGACTTTCATC
GGGAACTCAACTTCAATCCAGGAGATGTTCAGGCGTGTGAGTGAACAGTTCACAGCTATG
TTCAGGAGAAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACAGGAGAAGTCATGGACGAGATGGAGTTC
ACGGAAGCTGAGAGTAACATGAATGATCTCGTTGCAGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCT
ACAGCCGGTGAAGAGGAGTACGAGGATGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTT
CGTTCATCAATGGCTTGGTCGGATTCATAAGCTGTGTAAGCCGCAGTTGCTGCTTCCTTC
TTCCCTTTAAATCTATTTCTTTTGTTCAGTTTATGTGTGCTTTGTTCTTGAAACAAAAGT
TCATTTTGGGATGTTAAAAAACTTATGCGTGTATTGCTTTATTGTTTTTGTCACTGCAAA
AAAAATATTGCTTTTGTTCTTTCAAGCTTTGTGTTTCATTTTCGGATTATAAATCTCAAA
AGTCATTCCT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 8

CO CL512Contig1 1160 8 16 U
GGACTCACATCACATATCCACTGAACAACAAAAAGGATGGCCTCGGCGATTTTTCCATCG
CTCAGGCTAAGGCCCATCGTCTCCTCCGCCACGTCACTATCCTCCTCATCTTCCTCCGGC
GATTTCAAACCCCGTCCCGCCGTCATTCTCCCGGGTTTAGGAAACAATTCAGGAGACTAC
AAGAAGCTGGAGGTAACATTGGGTGAGTACGGTGTTCCTTCAGTGGTTGCAGATGTATCA
AGGCTCGATTGGTTTAGAAATGCAGCCGGTTTGGTTGATCCTGCCTACTGGCGCGGCACT
CTACGCCCTCGTCCTGTTCTTGATTGGTATTTGAAAAGAATAGATGATGCCGTCCGTGAA
GCCAATGAGTTAGCCCAAGGTAAAGGATTGTCTTTGATTGGACACTCGGCTGGAGGATGG
CTTGCTCGAGTTTACATGGAAGAATACGGAAACGCTGATATCTCTTTGTTGCTGACACTT
GGTACGCCTCACTT****ACCACCACCGAGAGGACTATCAGGGGTTATTGATCAAACAAG
AGGTCTTCTTTATTATGTCGAAGAGAATTGTGCAAAAGCTGTTTATACCCCTGAGCTGAG
ATATGTCTGCATCACCGGGAGATACATTCGTGGAGCTCCTTTAGTGGACAAGGCAGATGC
AAATCTTGATTCTAATGTGACTGTTGGAATCGACGGTGGTGAAACCATCTCAGAGCTGGT
TATAGCAAGCAACAAGACTGGGGACTCGCAGGTTTCTTCAAGGCCTAGTTTCCGTGCTCG
TTTTGTAGGGCAAGGATACAAGCAGGTATGTGGGAGAGCTGATGTGTGGGGTGATGGAGT
GGTCCCTGAGGTTTCAGCTCATCTTGAAGGTGCACTTAACGTTAGCTTCGACGGTGTTTA
CCATTCGCCTGTTGGTTCAGACGATGAAACCAGACCTTGGTATGGTTCACCAGTTATTGT
AAAAGACTGGATTCACCACCTCCTTGAGTGAGTTTTCAGGTTACTGTAAAAACATTCATC
AGAACTTCCTCAAGAACTTGTTATCTTCCGTTGTCTCTATCTCTTCACTCCAAATACTCA
AAACTCTAATCACACTATGTATTTATACTCTTCAACTTTTTGAAGCCGTCAAGTGTATCT
ATCTCTGTTTTTTTTTGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 20 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 10 25 25 40 10 40 40 35 20 35 35 35 35 20 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ50TF U 11
AF RR1AY50TF U 5
AF RR1EE63TF U 7
AF RR1ET17TF U 1
AF RR1ET17JQ C 202
AF RR1EE63JQ C 459
AF RR1AY50JQ C 429
AF RR1DZ50JQ C 691
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BS 140 652 RR1ET17TF
BS 653 653 RR1ET17JQ
BS 654 694 RR1ET17TF
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BS 1049 1138 RR1AY50JQ
BS 1139 1160 RR1DZ50JQ

RD RR1DZ50TF 600 0 0
G
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GCTAACATTGGGTGAGTATGGTGTTCCTTCAGTGGTTGCGGATGTGTCAAGGCTCGATTG
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TCCTGTTCTTGATTGGTATTTGAAAAGAATAGATGATGCCGTCTGTGAAGCCAATGAGTT
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TTACATGGAAGAATACGGAACCGCTGATATCTCCTTGTTGCTGACACTTGGTACGCCTCA
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ATTATGTCGAAGAGAATTGCGCAAAAGCTGTTTATACCCCTGAGCTGAGATATGTCTGC

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DS 

RD RR1AY50TF 687 0 0
GGACATC
ACATATCCACTGAACAACAAAAAGGATGGCCCCGGCGATTTTTCCATCGCTCAGGCTAAG
GCCCATCGTCTCCTCCGCCACGTCACTATCCTCCTCATCTTCCTCCGGCGATTTCAAACC
CCGTCCCGCCGTCATTCTCCCGGGTTTAGGAAACAATTCAGGAGACTACAAGAAGCTGGA
GGTAACATTGGGTGAGTACGGTGTTCCTTCAGTGGTTGCAGATGTATCAAGGCTCGATTG
GTTTAGAAATGCAGCCGGTTTGGTTGATCCTGCCTACTGGCGCGGCACTCTACGCCCTCG
TCCTGTTCTTGATTGGTATTTGAAAAGAATAGATAATGCCGTCCGTGAAGCCAATGAGTT
AGCCCAAGGTAAAGGATTGTCTTTGATTGGACACTCGGCTGGAGGATGGCTTGCTCGAGT
TTACATGGAAGAATACGGAAACGCTGATATCTCTTTGTTGCTGACACTTGGTACGCCTCA
CTT****ACCACCACCGAGAGGACTATCAGGGGTTATTGATCAAACAAGAGGTCTTCTTT
ATTATGTCGAAGAGAATTGTGCAAAAGCTGTTTATACCCCTGAGCTGAGATATGTCTGCA
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CTAATGTGACTGTTGGAATC

QA 8 687 8 687
DS 

RD RR1EE63TF 749 0 0
GGATC
ACATATCCACTGAACAACAAAAAGGATGGCCTCGGCGATTTTTCCATCGCTCAGGCTAAG
GCCCATCGTCTCCTCCGCCACGTCACTATCCTCCTCATCTTCCTCCGGCGATTTCAAACC
CCGTCCCGCCGTCATTCTCCCGGGTTTAGGAAACAATTCAGGAGACTACAAGAAGCTGGA
GGTAACATTGGGTGAGTACGGTGTTCCTTCAGTGGTTGCAGATGTATCAAGGCTCGATTG
GTTTAGAAATGCAGCCGGTTTGGTTGATCCTGCCTACTGGCGCGGCACTCTACGCCCTCG
TCCTGTTCTTGATTGGTATTTGAAAAGAATAGATGATGCCGTCCGTGAAGCCAATGAGTT
AGCCCAAGGTAAAGGATTGTCTTTGATTGGACACTCGGCTGGAGTATGGCTTGCTCGAGT
TTACATGGAAGAATACGGAAACGCTGATATCTCTTTGTTGCTGACACTTGGTACGCCTCA
CTT****ACCACCACCGAGAGGACTATCAGGGGTTATTGATCAAACAAGAGGTCTTCTTT
ATTATGTCGAAGAGAATTGTGCAAAAGCTGGTTATACCCCTGAGCTGAGATATGTCTGCA
TCACCGGGAGATACATTCGTGGAGCTCCTTTAGTGGACAAG*CAGATGCAAATCTTGATT
CTAATGTGACTGTTGGAATCGACAGTGGTGAAAC*ATCTCAGAGCTGGTTATAGTAAGCA
C**AGACTGGGGACTCCAGG*TT
C

QA 6 748 6 748
DS 

RD RR1ET17TF 786 0 0
GGACTCACATCACATATCCACTGAACAACAAAAAGGATGGCCTCGGCGATTTTTCCATCG
CTCAGGCTAAGGCCCATCGTCTCCTCCGCCACGTCACTATCCTCCTCATCTTCCTCCGGC
GATTTCAAACCCCGTCCCTCCGTCATTCTCCCGGGTTTAGGAAACAATTCAGGAGACTAC
AAGAAGCTGGAGGTAACATTGGGTGAGTACGGTGTTCCTTCAGTGGTTGCAGATGTATCA
AGGCTCGATTGGTTTAGAAATGCAGCCGGTTTGGTTGATCCTGCCTACTGGCGCGGCACT
CTACGCCCTCGTCCTGTTCTTGATTGGTATTTGAAAAGAATAGATGATGCCGTCCGTGAA
GCCAATGAGTTAGCCCAAGGTAAAGGATTGTCTTTGATTGGACACTCGGCTGGAGGATGG
CTTGCTCGAGTTTACATGGAAGAATACGGAAACGCTGATATCTCTTTGTTGCTGACACTT
GGTACGCCTCACTT****ACCACCACCGAGAGGACTATCAGGGGTTATTGATCAAACAAG
AGGTCTTCTTTATTATGTCGAAGAGAATTGTGCAAAAGCTGTTTATACCCCTGAGCTGAG
ATATGTCTGCATCACCGGGAGATACATTCGTGGAGCTCCTTTAGTGGACAAG*CAGATGC
AAATCTTGATTCTAATGTGACTGTTGGAATCGAC*GTGGTGAAACCATCTCAGAGCTGGT
TATAGCAAGCAACAAGACTGGGGACTCGCAG*TTTCTTCAAG*CCTAGTTTC*GTGCTCG
TTTTGT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1ET17JQ 847 0 0
GGTGAGTACGGTGTTCCTTCAGTGGTTGCAGATGTATCAAGGCTCGATTGGTTTAGAAAT
GCAGCCGGTTTGGTTGATC*TGC*TACTGGCGCGGCACTCTACGCCCTCGTC*TGTTCTT
GATTGGTATTTGAAAAGAATAGATGATGCCGTCCGTGAAGCCAATGAGTTAGCCCAAGGT
AAAGGATTGTCTTTGATTGGACACTCGGCTGGAGGATGGCTTGCTCGAGTTTACATGGAA
GAATACGGAAACGCTGATATCTCTTTGTTGCTGACACTTGGTACGCCTCACTT****ACC
ACCACCGAGAGGACTATCAGGGGTTATTGATCAAACAAGAGGTCTTCTTTATTATGTCGA
AGAGAATTGTGCAAAAGCTGTTTATACCCCTGAGCTGAGATATGTCTGCATCACCGGGAG
ATACATTCGTGGAGCTCCTTTAGTGGACAAGGCAGATGCAAATCTTGATTCTAATGTGAC
TGTTGGAATCGACGGTGGTGAAACCATTTCAGAGCTGGTTATAGCAAGCAACAAGACTGG
GGACTCGCAGGTTTCTTCAAGGCCTAGTTTCCGTGCTCGTTTTGTAGGGCAAGGATACAA
GCAGGTATGTGGGAGAGCTGATGTGTGGGGTGATGGAGTGGTCCCTGAGGTTTCAGCTCA
TCTTGAAGGTGCACTTAACGTTAGCTTCGACGGTGTTTACCATTCGCCTGTTGGTTCAGA
CGATGAAACCAGACCTTGGTATGGTTCACCAGTTATTGTAAAAGACTGGATTCACCACCT
CCTTGAGTGAGTTTTCAGGTTACTGTAAAAACATTCATCAGAACTTCCTCAAGAACTTGT
TATCTTC

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1EE63JQ 593 0 0
TATCTCTTTGTTGCTGACACTTGGTACGCCTCACTT****ACCACCACCGAGAGGACTAT
CAGGGGTTATTGATCAAACAAGAGGTCTTCTTTATTATGTCGAAGAGAATTGTGCAAAAG
CTGGTTATACCCCTGAGCTGAGATATGTCTGCATCACCGGGAGATACATTCGTGGAGCTC
CTTTAGTGGACAAGGCAGATGCAAATCTTGATTTTAATGTGACTGTTGGAATCGACGGTG
GTGAAACCATTTCAGAGCTGGTTATAGTAAGCAACAAGACTGGGGACTC*CAGGTTTTTT
CAAGGCCTAGTTTCCGTGCTCGTTTTGTAGGGCAAGGATACAAGCAGGTATGTGGGAGAG
CTGATGTGTGGGGTGATGGAGTGGTCCCTGAGGTTTCAGCTCATCTTTAAGGTGCACTTA
ACGTTAGCTTCGACGGTGTTTACCATTCGCCTGTTGGTTCAGACGATGAAACCAGACCTT
GGTATGGTTCACCAGTTATTGTAAAAGACTGGATTCACCACCTCCTTGAGTGAGTTTTCA
GGTTACTGTAAAAACATTCATCAGAACTTCTTCAAGAACTTGTTATCTTCCGT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1AY50JQ 727 0 0
AGTTTACATGGAAGAATACGGAAACGCTGATATCTCTTTGTTGCTGACACTTGGTACGCC
TCACTT****ACCACCACCGAGAGGACTATCAGGGGTTATTGATCAAACAAGAGGTCTTC
TTTATTATGTCGAAGAGAATTGTGCAAAAGCTGTTTATACCCCTGAGCTGAGATATGTCT
GCATCACCGGGAGATACATTCGTGGAGCTCCTTTAGTGGACAAGGCAGATGCAAATCTTG
ATTCTAATGTGACTGTTGGAATCGACGGTGGTGAAACCATCTCAGAGCTGGTTATAGCAA
GCAACAAGACTGGGGACTCGCAGGTTTCTTCAAGGCCTAGTTTCCGTGCTCGTTTTGTAG
GGCAAGGATACAAGCAGGTATGTGGGAGAGCTGATGTGTGGGGTGATGGAGTGGTCCCTG
AGGTTTCAGCTCATCTTGAAGGTGCACTTAACGTTAGCTTCGACGGTGTTTACCATTCGC
CTGTTGGTTCAGACGATGAAACCAGACCTTGGTATGGTTCACCAGTTATTGTAAAAGACT
GGATTCACCACCTCCTTGAGTGAGTTTTCAGGTTACTGTAAAAACATTCATCAGAACTTC
CTCAAGAACTTGTTATCTTCCGTTGTCTCTATCTCTTCACTCCAAATACTCAAAACTCTA
ATCACACTATGTATTTATACTCTTCAACTTTTTGAAGCCGTCAAGTGTAT
CTATCTCTGTTCAAAAG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1DZ50JQ 470 0 0
CGACGGTGGTGAAACCATCTCAGAGCTCGCTATAGCAAGCAACAAGACTGGGGATTCGCA
GGTTTCTTCAGGGCCTAGTTTCCGTGCTCGTTTTGTAGGGCAAGGATACAAGCAAGTATG
TGGAAGAGCTGATGTGTGGGGTGATGGAGTGGTCCCTGAGGTTTCAGCTCATCTTGAAGG
TGCACTTAACGTTAGCTTCGACGGTGTTTACCATTCGCCTGTTGGTTCAGACGATGAAAC
CAGACCTTGGTATGGTTCACCAGTTATTGTAAAAGACTGGATTCACCACCTCCTTGAGTG
AGTTTTCAGGTTACTGTAAAAACATTCATCAGAA**TC*TCAAGAACTTGTTATCTTCCG
TTGTCTCTATCTCTTCACTCCAAATACTCAGAACTCTAATCACACTATGTATTTATACTC
TTCAACTTTTTGAAGCCGTCAAGTGTATCTATCTCTGTTTTTTTTTGGGT

QA 1 470 1 470
DS 



AS 1 9

CO CL513Contig1 481 9 10 U
AGGGAGACCTGCAAGAAAAAATAAACAAAAAGTAACAAAACTAGCAAAAAAAAAA*AGAA
AAAAAAGAAAAAAAACCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCTTGC
GGAGTTCTTTTCGCTGCTGCCTCCATGACCGCCGTCATGGCTACAGAGGTTGGAGCTCCT
GCACCTGGACCCGCCGCAAGCGGAGCCTCCGTAGCCGTACCAGCTCTTGGCTCTTTGGTT
GGAGCTTCCCTTGTGTCTCTCTTCACCTACTACTTGAACTAAATTTACTTTTATACAAAA
AAAAATTGATGCCCATGTCTGATTTTGTACGTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAAGACGG
AAGACATATGCTTTTGATTATGGTCAGATAAAACTTTATGTAATGCTGATTAATAAAATT
ATTTGTTCTTCTCTTCCTTTTGTCCATATACGCCATTTTAGGCACCATTATTCGTTTCTT
T


BQ
10 10 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 35 25 25 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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C

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G
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AS 1 6

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 15 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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TCTGTCATCTTTCTTCATCCCATTTGTCTTTAGGGATCTCTCCAGAATCAGCAATCACAA
CTTTCTTCCTTGGTTTGCCACTGTAAGTACCGGCTCCACCTTCAATGGCGAACACATTGT
CCATTCCTTGTATCACCTTCCCAAACACAACATGCTCCCCTTCCAACCAGCTAGCCTTGA
CAGTAGTGATAAAGAACTGTGAGCCATTAGAATCAGGTCCTGTATTAGCCATCGCCACAA
CACCTGCATGTGAATGCTTAATCTTGAAATTTTCGTCAGGAAAGGTACCACCATAGATTG
AGTCACTCCCTTTGCCATCACCATGGATGATGTCTCCTCCTTGGATTACGAATCCAGATA
TTATTCTATGAAAGGGTGTTCCTTTATAGTGTAGAGGCTTCCCGCTTGAAGTTTTCCCCT
TCTCTCCTGTGCATAATGCCCTGAAGTTTTCAACAGTTTTGGGTACAACAGTGCCATATA
ATCCAATAACTATCCTGCCTAAGCGTTGGCCGTCGATGTCAACATCGAGAAACACTCTGT
GTG

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1E832TF 742 0 0
CCACTTCAATGGCGACACA
TGTCCATTCCTTGTATCAC*TTCCCAAACACAACATGCTCCC*TTCCAACCAGCTAGC*T
TGACAGTAGTGATAAAGAACTGTGAGCCATTAGAATCAGGTCCTGTATTAGCCATCGCCA
CAACACCTGCATGTGAATGCTTAATCTTGAAATTTTCGTCAGGAAAGGTACCACCATAGA
TTGAGTCACTCCCTTTGCCATCACCATGGATGATGTCTCCTCCTTGGATTACGAATCCAG
ATATTATTCTATGAAAGGGTGTTCCTTTATAGTGTAGAGGCTTCCCGCTTGAAGTTTTCC
CCTTCTCTCCTGTGCATAATGCCCTGAAGTTTTCAACAGTTTTGGGTACAACAGTGCCAT
ATAATCCAATAACTATCCTGCCTAAGCGTTGGCCGTCGATGTCAACATCGAGAAACACTC
TGTGTGTGATTTCATAATCCTGGATCACTTGCTTCTCCTCCTCCTTGCCGGTGTTGAAGA
GCGCGAAGATGAGAAAGATGGTTAGGGCTACGAGGAGAAGAAGGCACCTGGGCTGTGACA
AAAACGACATCTCTCTACCCATCTTTCCTTCTTAGCAATTCATCTCACCTCCAGAGCTCG
ATCTCACCCTCCAAATCTCACTCCAAAGAGAGAAACTTTCGCTCTTTTTAAGATTCGATG
CTATGGAAATTGTGTAAATCTTCGCGGCAATCAAGTTT*ACAGACAGAGCCTGAACCCAA
AAA

QA 20 742 20 742
DS 

RD RR1DX95TF 582 0 0
TAATCTTGAAATTTTCGTCAGGAAAGGTACCACCATAGATTGAGTCACTCCCTTTGCCAT
CACCATGGATGATGTCTCCTCCTTGGATTACGAATCCAGATATTATTCTATGAAAGGGTG
TTCCTTTATAGTGTAGAGGCTTCCCGCTTGAAGTTTTCCCCTTCTCTCCTGTGCATAATG
CCCTGAAGTTTTCAACAGTTTTGGGTACAACAGTGCCATATAATCCAATAACTATCCTGC
CTAAGCGTTGGCCGTCGATGTCAACATCGAGAAACACTCTGTGTGTGATTTCATAATCCT
GGATCACTTGCTTCTCCTCCTCCTTGCCGGTGTTGAAGAGCGCGAAGATGAGAAAGATGG
TTAGGGCTACGAGGAGAAGAAGGCACCTGGGCTGTGACAAAAACGACATCTCTCTACCCA
TCTTTCCTTCTTAGCAATTCATCTCACCTCCAGAGCTCGATCTCACCCTCCAAATCTCAC
TCCAAAGAGAGAAACTTTCGCTCTTTTTAAGATTCGATGCTATGGAAATTGTGTAAATCT
TCGCGGCAATCAAGTTT*ACAGACAGAGCCTGAACCCAAAAA

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1D761TF 324 0 0
TA
TCAACATCGAGAAACACTCTGTGTGTGATTTCATAATCCTGGATCACTTGCTTCTCCTCC
TCCTTGCCGGTGTTGAAGAGCGCGAAGATGAGAAAGATGGTTAGGGCTACGAGGAGAAGA
AGGCACCTGGGCTGTAACAAAAACGACATCTCTCTACCCATCTTTCCTTCTTAAGACTTC
ATCTCACTTCCAGAGCTCGATCTCACCCTCCAAATCTCACTCCAAAGAGAGAAACTTTCG
CTCTTTTTAAGATTCGATGCTATGGAAATTGTGTAAATCTTCGCGGCAATCAAGTTTGAC
AGACAGAGTCTGAACCCAAAAA

QA 3 324 3 324
DS 



AS 1 9

CO CL515Contig1 912 9 23 U
GGACGTGTTGGCATCTCGTTTCATTCAACAACACGCTCTCCTGACTTCTCTCCGATCTAG
GGTTTGCTCACACCGACAACGATGATCCAGCTCCTCTACTCGGTGATCTTCGCCGAAATG
GCCTTAATCCTCCTTCTCCTCTTCAAGACGCCTCTCCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTC
GATCGCATCAAACGCGGCCGCGGCCCCGTCGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTC
GTCGTTCTTATGTCCAGCGTCTACAGTTTGCTTAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGT
GCCGTCCTCAATCCTACCGATCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTC
ATGGGGTTTGTGCTATTTCTCTCGCTCATGATTGATCGGCTACACCATTACATAAGGGAG
TTGCGGTTGCTTAGGAAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGAT
GGCAAGAACACGAGCGGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGGAGCGTTGAAG
GCAAAGATCAAGAAATTAGAATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCA
CAAGCTGAAACAGAGGCTCTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGG
CTGCTTGAGGATAATCAGAATCTCAGGAACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAG
GGAAAGAAGAGTATGTGAAACAGAGAAATACAATGGTATTAATGTAATATTTTCTTTTGT
AGAGCACAAAGAAACTTTAGGAAATGTGGATTTTCTGATCTTTGCTTTCTTACATTATGA
TATGTTTTCTTATCTTTGAAAATACTTTAATGTGTTTTGATATATAGTAGACATAATTGT
GGTATATTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 25 25 40 35 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D312TF U 1
AF RR1EG70TF U 7
AF RR1G270TF U 19
AF RR1AI25TF U 68
AF RR1C554TF U 21
AF RR1EG70JQ C 256
AF RR1C554JQ C 131
AF RR1D312JQ C 252
AF RR1G270JQ C 249
BS 1 585 RR1D312TF
BS 586 586 RR1EG70TF
BS 587 650 RR1D312TF
BS 651 684 RR1EG70TF
BS 685 686 RR1C554TF
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BS 763 777 RR1C554TF
BS 778 778 RR1AI25TF
BS 779 789 RR1C554TF
BS 790 790 RR1AI25TF
BS 791 793 RR1C554TF
BS 794 795 RR1AI25TF
BS 796 797 RR1C554TF
BS 798 800 RR1C554JQ
BS 801 828 RR1C554TF
BS 829 829 RR1C554JQ
BS 830 851 RR1C554TF
BS 852 902 RR1C554JQ
BS 903 912 RR1G270JQ

RD RR1D312TF 650 0 0
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GGTTTGCTCACACCGACAACGATGATCCAGCTCCTCTACTCGGTGATCTTCGCCGAAATG
GCCTTAATCCTCCTTCTCCTCTTCAAGACGCCTCTCCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTC
GATCGCATCAAACGCGGCCGCGGCCCCGTCGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTC
GTCGTTCTTATGTCCAGCGTCTACAGTTTGCTTAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGT
GCCGTCCTCAATCCTACCGATCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTC
ATGGGGTTTGTGCTATTTCTCTCGCTCATGATTGATCGGCTACACCATTACATAAGGGAG
TTGCGGTTGCTTAGGAAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGAT
GGCAAGAACACGAGCGGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGGAGCGTTGAAG
GCAAAGATCAAGAAATTAGAATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAATAACTGAAAAGTGCA
CAAGCTGAAACAGAGGCTCTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1EG70TF 678 0 0
GTTGGCATCTCGTTTCATTCAACAACACGCTCTCCTGACTTCTCTCCGATCTAGGGTTTG
CTCACACCGACAACGATGATCCAGCTCCTCTACTCGGTGATCTTCGCCGAAATGGCTTTA
ATCCTCCTTCTCCTCTTCAAGACGCCTCTCCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCGATCGC
ATCAAACGCGGCCGCGGCCCCGTCGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTCGTCGTT
CTTATGTCCAGCGTCTACAGTTTGCTTAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTC
CTCAATCCTACCGATCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGG
TTTGTGCTATTTCTCTCGCTCACGATTGATCGGCTACACCATTACATCAGGGAGTTGCGG
TTGCTTAGGAAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAG
AACACGAGCGGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTTAAGGCAAAG
ATCAAGAAATTAGAATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCT
GAAACAGAGGCTCTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTT
GAGGATAATCAGAATCTC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1G270TF 657 0 0
GGTC
ATTCAACAACACGCTCTCCTGACTTCTCTCCGATCTAGGGTTTGCTCACACCGACAACGA
TGATCCAGCTCCTCTACTCGGTGATCTTCGCCGAAATGGCCTTAATCCTCCTTCTCCTCT
TCAAGACGCCTCTCCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCAATCGCATCAAACGCGGCCGCG
GCCCCGTCGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGTCT
ACAGTTTGCTTAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAATCCTACCGATC
AGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTATGCTATTTCTCT
CGCTCATGATTGATCGGCTACACCATTACATAAGGGAGTTGCGGTTGCTTAGGAAGACAA
TGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACACGAGCGGGGAAG
AAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGGAGCGTTGAAGGCAAAGATCAAGAAATTAGAAT
CTGAAAGTGAAAGTAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAACAGAGGCTCTGA
GAAA*TCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAG
ATAATC

QA 5 651 5 651
DS 

RD RR1AI25TF 729 0 0
G
CACACCGACAACGATGATCCAGCTCCTCTACTCGGTGATCTTCGCCGAAATGGCCTTAAT
CCTCCTTCTCCTCTTCAAGACGCCTCTCCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCGATCGCAT
CAAACGCGGCCGCGGCCCCGTCGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCCTCGTCGTTCT
TATGTCCAGCGTCTACAGTTTGCTTAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCT
CAATCCTACCGATCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTT
TGTGCTATTTCTCTCGCTCATGATTGATCGGCTACACCATTACATAAGGGAGTTGCGGTT
GCTTAGGAAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGTCAAGAA
CACGAGTGGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGGAGCGTTGAAGGCAAAGAT
CAAGAAATTAGAATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGA
AACAGAGGCTCTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGA
GGATAATCAGAATCTCAGGAACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGAAAGAA
GAGTATGTGAAACAGAGAAATACAATGGTATTAATGTAATATTTTCTTTTGTAGAGCACA
AAGAAACT

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR1C554TF 831 0 0
GG
ATTCAACAACACGCTCTCCTGACTTCTCTCCGATCTAGGGTTTGCTCACACCGACAACGA
TGATCCAGCTCCTCTACTCGGTGATCTTCGCCGAAATGGCTTTAATCCTCCTTCCCCTCT
TCAAGACGCCTCTCCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCGATCGCATCAAACGCGGCCGCG
GCCCCGTCGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGTCT
ACAGTTTGCTTAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAATCCTACCGATC
AGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTGTGCTATTTCTCT
CGCTCATGATTGATCGGCTACACCATTACATCAGGGAGTTGCGGTTGCTTAGGAAGACAA
TGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACACGAGCGGGGAAG
AAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTTAAGGCAAAGATCAAGAAATTAGAAT
CTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAACAGAGGCTCTGA
GAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAGGATAATCAGAATC
TCAG*AACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGAAAGAAGAGTATGTGAAACA
GAGAAATACA*TGGTATTA*TGTAATATTTTCTTT*GTAGAGCACAA*GAACTTT**AGA
AATGTGGATTTTCTGATCTTTGCTTT*TTACATTATGATATGTTTTCTT

QA 3 831 3 831
DS 

RD RR1EG70JQ 631 0 0
AGCGTCTACAGTTTGCTTAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAATCCT
ACCGATCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTGTGCTA
TTTCTCTCGCTCACGATTGATCGGCTACACCATTACATCAGGGAGTTGCGGTTGCTTAGG
AAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACACGAGC
GGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTTAAGGCAAAGATCAAGAAA
TTAGAATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAACAGAG
GCTCTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAGGATAAT
CAGAATCTCAGGAACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGAAAGAAGAGTATG
TGAAACAGAGAAATACAACGGTATTAATGTAATATTTTCTTTTGTAGAGCACAAAGAAAC
TTTAGGAAATGTGGATTTTCTGTTCTTTGCTTTCTTACATTATGATATGTTTTCTTATCT
TTGAAAATACTTTAATGTGTTTTGATATATA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1C554JQ 773 0 0
CT
CTTCCCCTCTTCAAGACGCCTCTCCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCGATCGCATCAAA
CGCGGCCGCGGCCCCGTCGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATG
TCCAGCGTCTACAGTTTGCTTAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAAT
CCTACCGATCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTGTG
CTATTTCTCTCGCTCATGATTGATCGGCTACACCATTACATCAGGGAGTTGCGGTTGCTT
AGGAAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACACG
AGCGGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTTAAGGCAAAGATCAAG
AAATTAGAATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAACA
GAGGCTCTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAGGAT
AATCAGAATCTCAGGAACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGAAAGAAGAGT
ATGTGAAACAGAGAAATACAATGGTATTAATGTAATATTTTCTTTTGTAGAGCACAAAGA
AACTTTAGGAAATGTGGATTTTCTGATCTTTGCTTTCTTACATTATGATATGTTTTCTTA
TCTTTGAAAATACTTTAATGTGTTTTGATATATAGTAGACATAATTGTGG
T

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR1D312JQ 651 0 0
GTCCAGCGTCTACAGTTTGCTTAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAA
TCCTACCGATCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTGT
GCTATTTCTCTCGCTCATGATTGATCGGCTACACCATTACATAAGGGAGTTGCGGTTGCT
TAGGAAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACAC
GAGCGGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGGAGCGTTGAAGGCAAAGATCAA
GAAATTAGAATTTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAATAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAAC
AGAGGCTTTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAGGA
TAATCAGAATCTCAGGAACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGAAAGAAGAG
TATGTGAAACAGAGAAATACAATGGTATTAATGTAATATTTTCTTTTGTAGAGCACAAAG
AAACTTTAGGAAATGTGGATTTTCTGATCTTTGCTTCCTTACATTATGATATGTTTTCTT
ATCTTTGAAAATACTTTAATGTGTTTTGATATATAGTAGACATAATTGTGG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1G270JQ 664 0 0
TATGTCCAGCGTCTACAGTTTGCTTAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCT
CAATCCTACCGATCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTT
TATGCTATTTCTCTCGCTCATGATTGATCGGCTACACCATTACATAAGGGAGTTGCGGTT
GCTTAGGAAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAA
CACGAGCGGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGGAGCGTTGAAGGCAAAGAT
CAAGAAATTAGAATCTGAAAGTGAAAGTAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGA
AACAGAGGCTCTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGA
GGATAATCAGAATCTCAGGAACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGAAAGAA
GAGTATGTGAAACAGAGAAATACAATGGTATTAATGTAATATTTTCTTTTGTAGAGCACA
AAGGAACTTTAGGAAATGTGGATTTTCTGATCTTTGCTTTCTTACATTATGATATGTTTT
CTTATCTTTGAAAATACTTTAATGTGTTTTGATATATAGTAGACATAATTGTGGTATATT
TACG

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 8

CO CL516Contig1 774 8 7 U
GGAGAGAAGAAATGACCTCCTTAGGATTTTCTGTTGGCACTTGTTCTCCACCAAGTGAGC
AAAGAAAAGGCAGAAGTTTTGTGAGCAGTAGCTTAACCAAAGCAGATGCCATTAACTTGA
GAAGCAAACAAAAGGTTTCTGATCACGAATTAAGTTTTGTTCAACCAGCTTCTTGTGGTA
GAAGAGAAGCAATTATTGGTTTTGGTGTCTGTATTGGTCTTGTTGATAACGTTTCAGCAT
TTGCCGAAACAAGTTCTTGTGAATTCTCTGTGTCTCCTTCTGGTCTTGCCTTCTGTGATA
AGGTAGTTGGATATGGCCCTGCAGCTGTTAAAGGGCAGCTAATCAAGGCACATTATGTGG
GGAAGTTGGAGAATGGGAAAGTCTTTGATAGTAGCTATAATCGGGGAAAACCTCTAACTT
TCCGTATAGGTGTTGGTGAGGTGATCAAAGGTTGGGACCAGGGAATCATTGGCTCTGATG
GAGTTCCTGCTATGCTTACTGGAGGTAAACGGACATTAAAGATTCCTCCAGAACTCGCGT
ATGGTGATCGAGGGGCAGGTTGCAAAGGAGGCTCATGTCTCATTCCACCAGCTTCGGTTC
TTCTCTTTGACATTGAGTTCATAGGTAAAGCTTGAGAGAGAGCTTTTTGCTTTTCTTTGT
CTTTGCTGAGCCACCATCTTCTTTAAAAATATACTCTATTTGTAATCAAGTGAATATTTT
CTGGCTCTTTTCCAAACTTGTTCGTTCATATAAATTTACAAACACGTACAATCA


BQ
10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1CA37TF U 2
AF RR1GN67TF U 1
AF RR1A429TF U 1
AF RR1GG15JQ C 191
AF RR1EN91JQ C 95
AF RR1EN91TF U 95
AF RR1GG15TF U 1
AF RR1CA37JQ C 2
BS 1 166 RR1A429TF
BS 167 167 RR1GN67TF
BS 168 609 RR1A429TF
BS 610 610 RR1EN91TF
BS 611 731 RR1A429TF
BS 732 732 RR1EN91TF
BS 733 774 RR1A429TF

RD RR1CA37TF 361 0 0
GG
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QA 3 361 3 361
DS 

RD RR1GN67TF 507 0 0
GGA
GAGAAGAAATGACCTCCTTAGGATTTTCTGTTGGCACTTGTTCTCCACCAAGTGAGCAAA
GAAAAGGCAGAAGTTTTGTGAGCAGTAGCTTAACCAAAGCAGATGCCATTAACTTGAGAA
GCAAACAAAAGGTTTCTGATCACGAATTAAGTTTTGTTCAACCAGCTTCTTGTGGTAGAA
GAGAAGCAATTATTGGTTTTGGTGTCTGTATTGGTCTTGTTGATAACGTTTCAGCATTTG
CCGAAACAAGTTCTTGTGAATTCTCTGTGTCTCCTTCTGGTCTTGCCTTCTGTGATAAGG
TAGTTGGATATGGCCCTGCAGCTGTTAAAGGGCAGCTAATCAAGGCACATTATGTGGGGA
AGTTGGAGAATGGGAAAGTCTTTGATAGTAGCTATAATCGGGGAAAACCTCTAACTTTCC
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TTCCTGCTATGCTTACTGGAGGTA

QA 4 507 4 507
DS 

RD RR1A429TF 774 0 0
GGAGAGAAGAAATGACCTCCTTAGGATTTTCTGTTGGCACTTGTTCTCCACCAAGTGAGC
AAAGAAAAGGCAGAAGTTTTGTGAGCAGTAGCTTAACCAAAGCAGATGCCATTAACTTGA
GAAGCAAACAAAAGGTTTCTGATCACGAATTAAGTTTTGTTCAACCGGCTTCTTGTGGTA
GAAGAGAAGCAATTATTGGTTTTGGTGTCTGTATTGGTCTTGTTGATAACGTTTCAGCAT
TTGCCGAAACAAGTTCTTGTGAATTCTCTGTGTCTCCTTCTGGTCTTGCCTTCTGTGATA
AGGTAGTTGGATATGGCCCTGCAGCTGTTAAAGGGCAGCTAATCAAGGCACATTATGTGG
GGAAGTTGGAGAATGGGAAAGTCTTTGATAGTAGCTATAATCGGGGAAAACCTCTAACTT
TCCGTATAGGTGTTGGTGAGGTGATCAAAGGTTGGGACCAGGGAATCATTGGCTCTGATG
GAGTTCCTGCTATGCTTACTGGAGGTAAACGGACATTAAAGATTCCTCCAGAACTCGCGT
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TTCTCTTTGGCATTGAGTTCATAGGTAAAGCTTGAGAGAGAGCTTTTTGCTTTTCTTTGT
CTTTGCTGAGCCACCATCTTCTTTAAAAATATACTCTATTTGTAATCAAGTGAATATTTT
CTGGCTCTTTTTCAAACTTGTTCGTTCATATAAATTTACAAACACGTACAATCA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1GG15JQ 543 0 0
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AAGTTCTTGTGAATTCTCTGTGTCTCCTTCTGGTCTTGCCTTCTGTGATAAGGTAGTTGG
ATATGGCCCTGCAGCTGTTAAAGGGCAGCTAATCAAGGCACATTATGTGGGGAAGTTGGA
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TGTTGGTGAGGTGATCAAAGGTTGGGACCAGGGAATCATTGGCTCTGATGGAGTTCCTGC
TATGCTTACTGGAGGTAAACGGACATTAAAGATTCCTCCAGAACTCGCGTATGGTGATCG
AGGGGCAGGTTGCAAAGGAGGCTCATGTCTCATTCCACCAGCTTCGGTTCTTCTCTTTGA
CATTGAGTTCATAGGTAAAGCTTGAGAGAGAGCTTTTTGCTTTTCTTTGTCTTTGCTGAG
CCACCATCTTCTTTAAAAATATACTCTATTTGTAATCAAGTGAATATTTTCTGGCTCTTT
T
TC

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1EN91JQ 657 0 0
G
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GGTCTTGTAGATAACGTTTCAGCATTTGCCGAAACAAGTTCTTGTGAATTCTCTGTGTCT
CCTTCTGGTCTTGCCTTCTGTGATAAGGTAGTTGGATATGGCCCTGCAGCTGTTAAAGGG
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TATAATCGGGGAAAACCTCTAACTTTCCGTATAGGTGTTGGTGAGGTGATCAAAGGTTGG
GACCAGGGAATCATTGGCTCTGATGGAGTTCCTGCTATGCTTACTGGAGGTAAACGGACA
TTAAAGATTCCTCCAGAACTCGCGTATGGTGATCGAGGGGCAGGTTGCAAAGGAGGCTCA
TGTCTCATTCCACCAGCTTCGGTTCTTCTCTTTGACATTGAGTTCATAGGTAAAGCTTGA
GAGAGAGCTTTTTGCTTTTCTTTGTCTTTGCTGAGCCACCATCTTCTTTAAAAATATACT
CTATTTGTAATCAAGTGAATATTTTCTGGCTCTTTTCCAAACTTGTTCGTTCA
TAC

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DS 

RD RR1EN91TF 654 0 0
G
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GGTCTTGTAGATAACGTTTCAGCATTTGCCGAAACAAGTTCTTGTGAATTCTCTGTGTCT
CCTTCTGGTCTTGCCTTCTGTGATAAGGTAGTTGGATATGGCCCTGCAGCTGTTAAAGGG
CAGCTAATCAAGGCACATTATGTGGGGAAGTTGGAGAATGGGAAAGTCTTTGATAGTAGC
TATAATCGGGGAAAACCTCTAACTTTCCGTATAGGTGTTGGTGAGGTGATCAAAGGTTGG
GACCAGGGAATCATTGGCTCTGATGGAGTTCCTGCTATGCTTACTGGAGGTAAACGGACA
TTAAAGATTCCTCCAGAACTCGCGTATGGTGATCGAGGGGCAGGTTGCAAAGGAGGCTCA
TGTCTCATTCCACCAGCTTCGGTTCTTCTCTTTGACATTGAGTTCATAGGTAAAGCTTGA
GAGAGAGCTTTTTGCTTTTCTTTGTCTTTGCTGAGCCACCATCTTCTTTAAAAATATACT
CTATTTGTAATCAAGTGAATATTTTCTGGCTCTTTTCCAAACTTGTTCGTTCA

QA 2 654 2 654
DS 

RD RR1GG15TF 732 0 0
GGA
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GCAAACAAAAGGTTTCTGATCACGAATTAAGTTTTGTTCAACCAGCTTCTTGTGGTAGAA
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CCGAAACAAGTTCTTGTGAATTCTCTGTGTCTCCTTCTGGTCTTGCCTTCTGTGATAAGG
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GTATAGGTGTTGGTGAGGTGATCAAAGGTTGGGACCAGGGAATCATTGGCTCTGATGGAG
TTCCTGCTATGCTTACTGGAGGTAAACGGACATTAAAGATTCCTCCAGAACTCGCGTATG
GTGATCGAGGGGCAGGTTGCAAAGGAGGCTCATGTCTCATTCCACCAGCTTCGGTTCTTC
TCTTTGACATTGAGTTCATAGGTAAAGCTTGAGAGAGAGCTTTTTGCTTTTCTTTGTCTT
TGCTGAGCCACCATCTTCTTTAAAA*TATACTCTATTTGTAATCAAGTGA*TATTTTCTG
GCTCTTTT
C

QA 4 731 4 731
DS 

RD RR1CA37JQ 772 0 0
GG
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GAAAAGGCAGAAGTTTTGTGAGCAGTAGCTTAACCAAAGCAGATGCCATTAACTTGAGAA
GCAAACAAAAGGTTTCTGATCACGAATTAAGTTTTGTTCAACCAGCTTCTTGTGGTAGAA
GAGAAGCAATTATTGGTTTTGGTGTCTGTATTGGTCTTGTTGATAACGTTTCAGCATTTG
CCGAAACAAGTTCTTGTGAATTCTCTGTGTCCCCTTCTGGTCTTCCCTTCTGTGATAAGG
TAGTTGGATATGGCCCTGCAGCTGTTAAAGGGCAGCTAATCAAGGCACATTATGTGGGGA
AGTTGGAGAATGGGAAAGTCTTTGATAGTAGCTATAATCGGGGAAAACCTCTAACTTTCC
GTATAGGTGTTGGTGAGGTGATCAAAGGTTGGGACCAGGGAATCATTGGCTCTGATGGAG
TTCCTGCTATGCTTACTGGAGGTAAACGGACATTAAAGATTCCTCCAGAACTCGCGTATG
GTGATCGAGGGGCAGGTTGCAAAGGAGGCTCATGTCTCATTCCACCAGCTTCGGTTCTTC
TCTTTGACATTGAGTTCATAGGTAAAGCTTGAGAGAGAGCTTTTTGCTTTTCTTTGTCTT
TGCTGAGCCACCATCTTCTTTAAAAATATACTCTATTTGTAATCAAGTGAATATTTTCTG
GCTCTTTTTCAAACTTGTTCGTTCATATAAATTTACAAACACGTACAATC

QA 3 772 3 772
DS 



AS 2 7

CO CL517Contig1 1219 4 12 U
GGACCTTCACAAGTTTCTTATCTTCTACTCCCACTAGATTCTATTCTACAAAAGAAACTT
CAATTAGGTTCACAACCTCCACACACTTCCAAAAACAAGAACCCTAGACTCTAAAGTTTC
TTTCTTTCTTTCTTCTTCTTCCTTACAGTTTCTTGTTCTTGAAATTAGGGTTAATTTCTT
TTTTTTCTTCCTTTAATTTAAATCACTTCCCCGGACCTTAAAGATCAGATCTTTCCTCAG
AAAAAGAGATACCCAACTCGTGTTTTTTTTTTTGTGTTTCTGAATATAGATAAACGTCAC
ATATATCCATATATTTGAGTGTGTAAAAGAGGGGGAAAAAAAAGAAAATGGGAAGGGGAA
GAGTAGAGCTGAAGAGGATAGAGAACAAGATCAACCGACAAGTAACGTTTGCGAAACGTA
GGAACGGATTGTTGAAGAAAGCTTACGAATTGTCTGTTCTTTGCGATGCTGAGGTGGCTC
TCATCATCTTCTCCAACCGTGGCAAGCTCTATGAGTTTTGCAGCTCCTCTAACATGATCA
AGATACTGGAACGGTACCAGAAATGCAGTTATGGTTCTATTGAAGTCAACAACAAACCTG
CCAAAGAACTTGAGAATAGCTACAGAGAGTATCTGAAGCTTAA*GGGTAGGTATGAGAGC
CTTCAGCGCCAACAAAGGAATCTTCTTGGGGAGGATTTAGGACCTCTCAACTCGAAGGAA
CTAGAGCAGCTTGAGCGTCAACTAGATGGCTCTCTCAAGCAAGTCCGCTCCATCAAGACA
CAGTACATGCTTGACCAGCTCTCTGATCTTCAAAGCAAAGAGCAAATGTTGCTTGAAACC
AATAGAGCTTTGGCAATGAAGCTGGATGATATGATTGGTGTGAGAAGCCATCATATGGGA
GGAGGAGGAGGATGGGAAGGCAATGAACAGAATGTCTCGTACGAGCATCATCAAGCTCAG
TCTCAAGGACTATTCCAGCCTCTTGAATGCAATCCTACTCTGCAGATGGGGTACAACAAT
CCAGTAGGCTCGGAGCAGATAACTGCAACAACACAAGCTCAGGCGCAGCCAGGGAACGGT
TACATCCCAGGCTGGATGCTCTGAGTGTCAATGTGATCAAAACTCACAAACAAAAGATCC
GTTTAAATAATATAAATAGTAGTATAGAACACAAGACTTGGATTTATTTACATAATTAAG
TGGCTATGTATATTGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ91TF U 1
AF RR1F809TF U 46
AF RR1BQ91JQ C 523
AF RR1GN51TF U 521
BS 1 376 RR1BQ91TF
BS 377 377 RR1F809TF
BS 378 591 RR1BQ91TF
BS 592 612 RR1F809TF
BS 613 613 RR1GN51TF
BS 614 643 RR1F809TF
BS 644 644 RR1GN51TF
BS 645 705 RR1F809TF
BS 706 786 RR1GN51TF
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BS 1206 1219 RR1BQ91JQ

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CAATTAGGTTCACAACCTCCACACACTTCCAAAAACAAGAACCCTAGACTCTAAAGTTTC
TTTCTTTCTTTCTTCTTCTTCCTTACAGTTTCTTGTTCTTGAAATTAGGGTTAATTTCTT
TTTTTTCTTCCTTTAATTTAAATCACTTCCCCGGACCTTAAAGATCAGATCTTTCCTCAG
AAAAAGAGATACCCAACTCGTGTTTTTTTTTTTGTGTTTCTGAATATAGATAAACGTCAC
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DS 

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GG
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ACTCTAAAGTTTCTTTCTTTCTTTCTTCTTCTTCCTTACAGTTTCTTGTTCTTGAAATTA
GGGTTAATTTCTTTTTTT*CTTCCTTTAATTTAAATCACTTCCCCGGACCTTAAAGATCA
GATCTTTCCTCAGAAAAAGAGATACCCAACTCGTGTTTTTTTTTTTGTGTTTCTGAATAT
AGATAAACGTCACATATATCCATATATTTGAGTGTGTAAAAGAGGGGGAAAAAAAAGAAA
ATGGGAAGGGGAAGAGTAGAGCTGAAGAGGATAGAGAACAAGATCAACCGACAAGTAACG
TTTGCGAAACGTAGGAACGGATTGTTGAAGAAAGCTTACGAATTGTCTGTTCTTTGCGAT
GCTGAGGTGGCTCTCATCATCTTCTCCAACCGTGGCAAGCTCTATGAGTTTTGCAGCTCC
TCTAACATGATCAAGACACTGGAACGGTACCAGAAATGCAGTTATGGTTCTATTGAAGTC
AACAACAAACCTGCCAAAGAACTTGCGAATAGCTACAGAGAGTATCTGAAGCTTAAAGGG
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CTCAACTCGA

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DS 

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GCTCCTCT
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CTCGAAGGAACTAGAGCAGCTTGAGCGTCAACTAGATGGCTCTCTCAAGCAAGTCCGCTC
CATCAAGACACAGTACATGCTTGACCAGCTCTCTGATCTTCAAAGCAAAGAGCAAATGTT
GCTTGAAACCAATAGAGCTTTGGCAATGAAGCTGGATGATATGATTGGTGTGAGAAGCCA
TCATATGGGAGGAGGAGGAGGATGGGAAGGCAATGAACAGAATGTCTCGTACGAGCATCA
TCAAGCTCAGTCTCAAGGACTATTCCAGCCTCTTGAATGCAATCCTACTCTGCAGATGGG
GTACAACAATCCAGTAGGCTCGGAGCAGATAACTGCAACAACACAAGCTCAGGCGCAGCC
AGGGAACGGTTACATCCCAGGCTGGATGCTCTGAGTGTCAATGTGATCAAAACTCACAAA
CAAAAGATCCGTTTAAATAATATAAATAGTAGTATAGAACACAAGACTTGGATTTATTTA
TATAATTAAGTGGCTATGTATATTGTCCC

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DS 

RD RR1GN51TF 685 0 0
TTTTTCGTTCAG
CATGATCAAGACACTGGAACGGTACCAGAAATGCAGTTATGGTTCTATTGAAGTCAACAA
CAAACCTGCCAAAGAACTTGAGAATAGCTACAGAGAGTATCTGAAGCTTAA*GGGTAGGT
ATGAGAGCCTTCAGCGCCAACAAAGGAATCTTCTTGGGGAGGATTTAGGACCTCTCAACT
CGAAGGAACTAGAGCAGCTTGAGCGTCAACTAGATGGCTCTCTCAAGCAAGTCCGCTCCA
TCAAGACACAGTACGTGCTTGACCAGCTCTCTGATCTTCAAAGCAAAGAGCAAATGTTGC
TTGAAACCAATAGAGCTTTGGCAATGAAGCTGGATGATATGATTGGTGTGAGAAGCCATC
ATATGGGAGGAGGAGGAGGATGGGAAGGCAATGAACAGAATGTCTCGTACGAGCATCATC
AAGCTCAGTCTCAAGGACTATTCCAGCCTCTTGAATGCAATCCTACTCTGCAGATGGGGT
ACAACAATCCAGTAGGCTCGGAGCAGATAACTGCAACAACACAAGCTCAGGCGCAGCCAG
GGAACGGTTACATCCCAGGCTGGATGCTCTGAGTGTCAATGTGATCAAAACTCACAAACA
AAAGATCCGTTTAAATAATATAAATAGTAGTATAGAACACAAGACTTGGATTTATTTACA
TAATTAAGTGGCT

QA 13 685 13 685
DS 



CO CL517Contig2 911 3 8 U
ATAAATGTTTCTCATTACATTATCAGGTTCAACGGTGAATCAAGTTCCACATATTTCAAT
CCATAATATAGCAAGTTTCCTAAAATAAACAAATATACTGAAGATCCTCAGGACAACATA
TAGCCACACTTATGTCTACGAATCCAAGTCTTAATTGTGTCAATAAATTTTTATATATAA
AACAGGGTGGTCTTTTTGCTGGAGAGGTTGATCACAGCATTAGAATTTTGATCACATGAC
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ATCTGCTCCGAGCATACTGGATTGTCATACCCCATCTGCAGAGTTGGATTGCATTCAAGA
GGCTGGAATAGTCCTTGAGACTGAGCTTGATGATGCACGTAGGAAGCATTATGTTCGTTA
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TGGTCAAGCATGTACTGTGTCTTGATGGAGCGAACTTGCTTGAGAGAGCCATCTAGTTGA
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CTTTGTTGACGCTGAAGGCCCTCATATCTACCCTCAAGCTTCAGATACTCTCTGTAGCTG
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TACCGTTCTAGTGTCTTGATCATGTTTGGGGAGCTGCAAAACTCATAGAGCTTGCCACGG
TTGGAGAAGATGATGAGAGCAACCTCAGCATCGCAAAGAACAGACAGTTCGTAAGCTTTC
TTCAACAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D073JQ U 1
AF RR1F111JQ U 57
AF RR1D073TF C 150
BS 1 94 RR1D073JQ
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RD RR1D073JQ 529 0 0
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ATCTGCTCCGAGCATACTGGATTGTCATACCCCATCTGCAGAGTTGGATTGCATTCAAGA
GGCTGGAATAGTCCTTGAAACTGAGCTTGATGATGCACGTAGGAAGCATTATGTTCGTTA
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QA 1 529 1 529
DS 

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AGTTATCTGCTCCGAGCATACTGGATTGTCATACCCCATCTGCAGAGTTGGATTGCATTC
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QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1D073TF 762 0 0
CTTAATTGTGTCAATAAATTTT*ATATATAAAACAGGGTGGTCTTTT*GCTGGAGAGGTT
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TGGCTGTGCGTGAGCTTGTGTTGTTGCAGTTATCTGCTCCGAGCATACTGGATTGTCATA
CCCCATCTGCAGAGTTGGATTGCATTCAAGAGGCTGGAATAGTCCTTGAGACTGAGCTTG
ATGATGCACGTAGGAAGCATTATGTTCGTTACCTTCCCATCCTCCTTCACCCATATGATG
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CATTTGCTCTTTGTTTTGAAGATCAGAGAGCTGGTCAAGCATGTACTGTGTCTTGATGGA
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CAAAGGTCCTAAATCCTCACCGAGAAGATTTCTTTGTTGACGCTGAAGGCCCTCATATCT
ACCCTCAAGCTTCAGATACTCTCTGTAGCTGTTCTCAAGTTCTTTGGCAGGTTTGTTGTT
GATTTCAATAGAACCGTAACTGCATTTCTGGTACCGTTCTAGTGTCTTGATCATGTTTGG
GGAGCTGCAAAACTCATAGAGCTTGCCACGGTTGGAGAAGATGATGAGAGCAACCTCAGC
ATCGCAAAGAACAGACAGTTCGTAAGCTTTCTTCAACAAACC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 8

CO CL518Contig1 880 8 5 U
CGTTTAAAACCGGGGGATATATAATCATTCCGGTTAGAGTTAACCAATCGGAACCACAAG
CAAGTAGCAACCAAAAACGAGACGGTTTTGACCTACTAAGAATTCAGAGATGAATACTCA
GAGAGAGATGATACCACATGTCTTATAAATGACAGTTTTCGGTTATTACTCGAAGTATAT
ATAAATTGGAGTTTCGGAACTCCACCAAGGTACAAGACAGTACGGAGGGAGAAGAGACAG
TTCAATCACAGTAGATAACAGAGTGAAGCATAACAGATATAATGATTCGTCAAGAACAAA
TGCCCTAAGGGTTCCATGAAGAGGCTTGTTTCAATAGCGGTTACCATAAGGAGGAGTATT
CATGTTGTTCTGAGGTTGATACAGACGCGGTTGCTCTCTTGGTCTTGCATACTCTGCGAA
GATGACCCAACCGTCAAGAAACTTGCCATCCATTCCAGCAATTCCTTTGGCAGAATCTTC
TAAGGTGGTATAACGAACAAATCCAAACCCTTTTGAATATCCAGAGACTCTGTCTGTGAC
AACCTTGGCATCAGCAACTTCTCCAAACTGAGCGAAAGCTGTCCTAAGCCCTTCAGAAGT
GGTGCGCTTACTAAGCCCGGAGACGAAGAGATTGGTGCTAGGTTCGGCCTGGGGACGAGA
CGGAGTTTCGGAATTAGCCGCCTGTGGAGAAAGGAATGAAAACTTTGAAGCATTCGAGCA
GAACATACGCCTCAATCCAACCGGAGCTTCCGTCGCCGCTCTCCGGAGTCTCATAGCCAT
CGCCATAGATTCAAAATTGACCGATCGCTGTACTGATCTCTTCTCCGGTTGAAGAGAAAC
AAAAGGTTTTAACTTGGAGAGCTAAAACCCTAACGATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CG93JQ U 168
AF RR1DG16JQ U 1
AF RR1BD85JQ U 142
AF RR1BD85TF C 142
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DS 

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TGCCCTAAGGGTTCCATGAAGAGGCTTGTTTCAATAGCGGTTACCATAAGGAGGAGTATT
CATGTTGTTCTGAGGTTGATACAGACGCGGTTGCTCTCTTGGTCTTGCATACTCTGCGAA
GATGACCCAACCGTCAAGAAACTTGCCATCCATTCCAGCAATTCCTTTGGCAGAATCTTC
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GGTGCGCTTACTAAGCCCGGAGACGAAGAGATTGGTGCTAGGTTCGGCCTGGGGACGAGA
CGGAGTTTCGGAATTAGCCGCCTGTGGAGA

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CGATCGCTGTACTGATCTCTTCTCCGGTTGAAGAGAAACAAAAGGTTTTAACTTGGAGAG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1BD85TF 731 0 0
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AGTGAAGCATAACAGATATAATGATTCGTCAAGAACAAATGCCCTAAGGGTTCCATGAAG
AGACTTGTTTCAATAGCGGTTACCATAAGGAGGAGTATTCATGTTGTTCTGAGGTTGATA
CAGACGCGGTTGCTCTCTTGGTCTTGCATACTCTGCGAAGATGACCCAACCGTCAAGAAA
CTTGCCATCCATTCCAGCAATTCCTTTGGCAGAATCTTCTAAGGTGGTATAACGAACAAA
TCCAAACCCTTTTGAATATCCAGAGACTCTGTCTGTGACAACCTTGGCATCAGCAACTTC
TCCAAACTGAGCGAAAGCTGTCCTAAGCCCTTCAGAAGTGGTGCGCTTACTAAGCCCGGA
GACGAAGAGATTGGTGCTAGGTTCGGCCTGGGGACGAGACGGAGTTTCGGAATTAGCCGC
CTGTGGAGAAAGGAATGAAAACTTTGAAGCATTCGAGCAGAACATACGCCTCAATCCAAC
CGGAGCTTCCGTCGCCGCTCTCCGGAGTCTCATAGCCATCGCCATAGATTCAAAATTGAC
CGATCGCTGTACTGATCTCTTCTCCGGTTGAAGAGAAACAAAAGGTTTTAACTTGGAGAG
CTAAAACCC
CC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1CA46TF 743 0 0
TTTTTTCT
TAAATGACAGTTTTCGGTTATTACTCGAAGTATATATAAATTGGAGTTTCGGAACTCCAC
CAAGGTACAAGACAGTACGGAGGGAGAAGAGACAGTTCAATCACAGTAGATAACAGAGTG
AAGCATAACAGATATAATGATTCGTCAAGAACAAATGCCCTAAGGGTTCCATGAAGAGGC
TTGTTTCAATAGCGGTTACCATAAGGAGGAGTATTCATGTTGTTCTGAGGTTGATACAGA
CGCGGTTGCTCTCTTGGTCTTGCATACTCTGCGAAGATGACCCAACCGTCAAGAAACTTG
CCATCCATTCCAGCAATTCCTTTGGCAGAATCTTCTAAGGTGGTATAACGAACAAATCCA
AACCCTTTTGAATATCCAGAGACTCTGTCTGTGACAACCTTGGCATCAGCAACTTCTCCA
AACTGAGCGAAAGCTGTCCTAAGCCCTTCAGAAGTGGTGCGCTTACTAAGCCCGGAGACG
AAGAGATTGGTGCTAGGTTCGGCCTGGGGACGAGACGGAGTTTCGGAATTAGCCGCCTGT
GGAGAAAGGAATGAAAACTTTGAAGCATTCGAGCAGAACATACGCCTCAATCCAACCGGA
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TGAAGAGGCTTGTTTCAATAGCGGTTACCATAAGGAGGAGTATTCATGTTGTTCTGAGGT
TGATACAGACGCGGTTGCTCTCTTGGTCTTGCATACTCTGCGAAGATGACCCAACCGTCA
AGAAACTTGCCATCCATTCCAGCAATTCCTTTGGCAGAATCTTCTAAGGTGGTATAACGA
ACAAATCCAAACCCTTTTGAATATCCAGAGACTCTGTCTGTGACAACCTTGGCATCAGCA
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CCGGAGACGAAAAGATTGGTGCTAGGTTCGGCCTGGGGACGAGACGGAGTTTCGGAATTA
GCCGCCTGTGGAGAAAGGAATGAAAACTTTGAAGCATTCGAGCAGAACATACGCCTCAAT
CCAACCGGAGCTTCCGTCGCCGCTCTCCGGAGTCTCATAGCCATCGCCATAGATTCAAAA
TTGACCGATCGCTGTACTGATCTCTTCTCCGGTTGAAGAGAAACAAAAGGTTTTAACTTG
GAGAGC

QA 1 666 1 666
DS 

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GACAGTTCAATCACAGTAGATATCAGAGTGAAGCATAACAGATATAATGATTCGTCAAGA
ACAAATGCCCTAAGGGTTCCATGAAGAGGCTTGTTTCAATAGCGGTTACCATAAGGAGGA
GTATTCATGTTGTTCTGAGGTTGATACAGACGCGGTTGCTCTCTTGGTCTTGCATACTCT
GCGAAGATGACCCAACCGTCAAGAAACTTGCCATCCATTCCAGCAATTCCTTTGGCAGAA
TCTTCTAAGGTGGTATAACGAACAAATCCAAACCCTTTTGAATATCCAGAGACTCTGTCT
GTGACAACCTTGGCATCAGCAACTTCTCCAAACTGAGCGAAAGCTGTCCTAAGCCCTTCA
GAAGTGGTGCGCTTACTAAGCCCGGAGACGAAGAGATTGGTGCTAGGTTCGGCCTGGGGA
CGAGACGGAGTTTCGGAATTAGCCGCCTGTGGAGAAAGGAATGAAAACTTTGAAGCATTC
GAGCAGAACATACGCCTCAATCCAACCGGAGCTTCCGTCGCCGCTCTCCGGAGTCTCATA
GCCATCGCCATAGATTCAAAATTGACCGATCGCTGTACTGATCTCTTCTCCGGTTGAAGA
GAAACAAAAGGTTTTAACTTGGAGAGCTAAAACCCTAACGATCCC

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AGGTACAAGACAGTACGGAGGGAGAAGAGACAGTTCAATCACAGTAGATAACAGAGTGAA
GCATAACAGATATAATGATTCGTCAAGAACAAATGCCCTAAGGGTTCCATGAAGAGGCTT
GTTTCAATAGCGGTTACCATAAGGAGGAGTATTCATGTTGTTCTGAGGTTGATACAGACG
CGGTTGCTCTCTTGGTCTTGCATACTCTGCGAAGATGACCCAACCGTCAAGAAACTTGCC
ATCCATTCCAGCAATTCCTTTGGCAGAATCTTCTAAGGTGGTATAACGAACAAATCCAAA
CCCTTTTGAATATCCAGAGACTCTGTCTGTGACAACCTTGGCATCAGCAACTTCTCCAAA
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GAGATTGGTGCTAGGTTCGGCCTGGGGACGAGACGGAGTTTCGGAATTAGCCGCCTGTGG
AGAAAGGAATGAAAACTTTGAAGCATTCGAGCAGAACATACGCCTCAATCCAACCGGAGC
TTCCGTCGCCGCTCTCCGGAGTCTCATAGCCATCGCCATAGATTCAAAATTGACCGATCG
CTGTACTGATCTCTTCTCCGGTTGAAGAGAAACAAAAGGTTTTAACTTGGAGAGCTAAAA
CCCTAACGATCCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 8

CO CL519Contig1 838 8 11 U
GGATTATTTATTTATTTCAAAAATTTCATAATATTCACTCTCTCTCTCTTGTCTCTCTCA
TATCTTCGTGGTACGCCATAGCTCGTCTTCAAAGTCGTCTTTTCTTTTCTTTTCTTGTTT
CAATCAGATCTCTTGGTCACTTGTTAACCAAAAGAATCATGGAACTCAACTTCCTATCTA
GAGCTCTTACATCATTCATCCTTGTACTCACAGTACTTGCATCCTTCTCATCTTCAAGTT
TCATCTCTGATGGTGTGTTCGAACCGCAGAATTTGGCTATTGGAAGAAACCTACTTCAGA
CCAAGAAAGCATGTCCTGTGAACTTTGAGTTTATGAACTACACAATCATAACAAGCCAAT
GCAAAGGTCCCAAATTCCCACCCAAGGAATGCTGTGGCGCTTTCAAGGACTTTGCATGTC
CTTACACTGATGAGATCAACGACTTGAGTAATGAGTGTGCTACCACTATGTTCAGTTACA
TCAATCTCTATGGAAAGTACCCACCGGGACTTTTCGCAAACCAGTGCCAAGAAGGTAAAG
AAGGTCTCGCCTGCCCCGCTTTGTCTCCTACCGCAGCAAGCGACACAAACGCAGCCACCA
CATCTTCTTCTCGTCTTTGGCTGGCCGTCTTCACAGCTTTCTTGGTGTTTGTTAACTTGC
TCTAAGTCCCATGTCTGTAATATAGCAACTTGAGGAAGATGGATCTCTGTATATCCACGA
TTTGTTTTACTTGTACCATCTCATTCTTTTGATTTTTGGAGCTTCAAAAAACTCTAAATT
GATAATATGTATGACTTTTGTGCGTCTCATTCACTCTATAAATCTCGACCAAAGAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 35 50 50 20 20 20 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G294TF U 1
AF RR1F816TF U 58
AF RR1FJ52TF U 35
AF RR1CH91TF U 68
AF RR1H272TF U 117
AF RR1F816JQ C 205
AF RR1FJ52JQ C 225
AF RR1G294JQ C 205
BS 1 204 RR1G294TF
BS 205 205 RR1F816TF
BS 206 528 RR1G294TF
BS 529 529 RR1FJ52TF
BS 530 608 RR1G294TF
BS 609 611 RR1FJ52TF
BS 612 636 RR1G294TF
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BS 771 771 RR1H272TF
BS 772 838 RR1F816JQ

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TATCTTCGTGGTACGCCATAGCTCGTCTTCAAAGTCGTCTTTTCTTTTCTTTTCTTGTTT
CAATCAGATCTCTTGGTCACTTGTTAACCAAAAGAATCATGGAACTCAACTTCCTATCTA
GAGCTCTTACATCATTCATCCTTGCACTCACAGTACTTGCATCCTTCTCATCTTCAAGTT
TCATCTCTGATGGTGTGTTCGAACCGCAGAATTTGGCTATTGGAAGAAACCTACTTCAGA
CCAAGAAAGCATGTCCTGTGAACTTTGAGTTTATGAACTACACAATCATAACAAGCCAAT
GCAAAGGTCCCAAATTCCCACCCAAGGAATGCTGTGGCGCTTTCAAGGACTTTGCATGTC
CTTACACTGATGAGATCAACGACTTGAGTAATGAGTGTGCTACCACTATGTTCAGTTACA
TCAATCTCTATGGAAAGTACCCACCGGGACTTTTCGCAAACCAGTGCCTAGAAGGTAAAG
AAGGTCTCGCCTGCCCCGCTTTGTCTCCTACCGCAGCAAGCGACACAAACGCAGCCACCA
CATCTTCT***CGTCTTTGGCTGGCCGTCTTCACAG

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DS 

RD RR1F816TF 633 0 0
GG
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TCAATCAGATCTCTTGGTCACTTGTTAACCAAAAGAATCATGGAACTCAACTTCCTATCT
AGAGCTCTTACATCATTCATCCTTGTACTCACAGTACTTGCATCCTTCTCATCTTCAAGT
TTCATCTCTGATGGTGTGTTCGAACCGCAGAATTTGGCTATTGGAAGAAACCTACTTCAG
ACCAAGAAAGCATGTCCTGTGAACTTTGAGTTTATGAACTACACAATCATAACAAGCCAA
TGCAAAGGTCCCAAATTCCCACCCAAGGAATGCTGTGGCGCTTTCAAGGACTTTGCATGT
CCTTACACTGATGAGATCAACGACTTGAGTAATGAGTGTGCTACCACTATGTTCAGTTAC
ATCAATCTCTATGGAAAGTACCCACCGGGACTTTTCGCAAACCAGTGCCAAGAAGGTAAA
GAAGGTCTCGCCTGCCCCGCTTTGTCTCCTACCGCAGCAAGCGACACAAACGCAGCCACC
ACATCTTCTTCTCGTCTTTGGCTGGCCGTCTTCACAGCTTTCTTGGTGTTTGTTAACTTG
CTCTAAGTCCCATGTCTGTAATATAGCAACT

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DS 

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GG
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GTCTTTTCTTTTCTTTTCTTGTTTCAATCAGATCTCTTGGTCACTTGTTAACCAAAAGAA
TCATGGAACTCAACTTCCTATCTAGAGCTCTTACATCATTCATCCTTGCACTCACAGTAC
TTGCATCCTTCTCATCTTCAAGTTTCATCTCTGATGGTGTGTTCGAACCGCAGAATTTGG
CTATTGGAAGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAGCATGTCCTGTGAACTTTGAGTTTATGA
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GCGCTTTCAAGGACTTTGCATGTCCTTACACTGATGAGATCAACGACTTGAGTAATGAGT
GTGCTACCACTATATTCAGTTACATCAATCTCTATGGAAAGTACCCACCGGGACTTTTCG
CAAACCAGTGCCAAGAAGGTAAAGAAGGTCTCGCCTGCCCCGCTTTGTCTCCTACCGCAG
CAAGCGACACAAACGCAGCCACCACATCTTCTTCTCGTCTTTGGCTGGCCGTCTTCACAG
CTTTCTTGGTGTTTGTTAACTTGCTCTAAGTCCCATGTCTGTAATATAGCAACTTGAGGA
AGATGGATCTCTGTATATCCACGATTTGTTTTACTTGTACCATCTCAT
CTTT

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DS 

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GG
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CTCTTGGTCACTTGTTAACCAAAAGAATCATGGAACTCAACT**CTATCTAGAGCTCTTA
CATCATTCATCCTTGTACTCACAGTACTTGCATCCTTCTCATCTTCAAGTTTCATCTCTG
ATGGTGTGTTCGAACCGCAGAATTTGGCTATTGGAAGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAG
CATGTCCTGTGAACTTTGAGTTTATGAACTACACAATCATAACAAGCCAATGCAAAGGTC
CCAAATTCCCACCCAAGGAATGCTGTGGCGCTTTCAAGGACTTTGCATGTCCTTACACTG
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ATGGAAAATACCCACCGGGACTTTTCGCAAACCAGTGCCAAGAAGGTAAAGAAGGTCTCG
CCTGCCCCGCTCTGTCTCCCACCGCAGCAAGCGACACAAACGCAGCCACCACAGCTGCTT
CTC*TCTTTGGCTGGCCGTCTTCACGGCTTTCTTGGTGTTTGTTAACTTGCTCTAAGTCC
CATGTCTGTAATATAGCAACTTGAGGAAGCTGGATCTCTGTATATCCACGATTTGTTTTA
TCCGTACCATCTCATTCTTTTGATTTTTGGAGCTTCAAAAA

QA 3 703 3 703
DS 

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GTTTCAATCAGATCTCTTGGTCACTTGTTAACCAAAAGAATCATGGAACTCAACTTCCTA
TCTAGAGCTCTTACATCATTCATCCTTGTACTCACAGTACTTGCATCCTTCTCATCTTCA
AGTTTCATCTCTGATGGTGTGTTCGAACCGCAGAATTTGGCTATTGGAAGAAACCTACTT
CAGACCAAGAAAGCATGTCCTGTGAACTTTGAGTTTATGAACTACACAATCATAACAAGC
CAATGCAAAGGTCCCAAATTCCCACCCAAGGAATGCTGTGGCGCTTTCAAGGACTTTGCA
TGTCCTTACACTGATGAGATCAACGACTTGAGTAATGAGTGTGCTACCACTATGTTCAGT
TACATCAATCTCTATGGAAAGTACCCACCGGGACTTTTCGCAAACCAGTGCCAAGAAGGT
AAAGAAGGTCTCGCCTGCCCCGCTTTGTCTCCTACCGCAGCAAGCGACACAAACGCAGCC
ACCACATCTTCTTCTCGTCTTTGGCTGGCCGTCTTCACAGCTTTCTTGGTGTTTGTTAAC
TTGCTCTAAGTCCCATGTCTGTAATATAGCAACTTGAGGAAGTTGGATCTCTGTATATCC
ACGATTTGTTTTACTTGTACCATCTCATTCTTTTGATTTTTGGAGCTTCAAAAAA

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DS 

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CGCAGAATTTGGCTATTGGAAGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAGCATGTCCTGTGAACT
TTGAGTTTATGAACTACACAATCATAACAAGCCAATGCAAAGGTCCCAAATTCCCACCCA
AGGAATGCTGTGGCGCTTTCAAGGACTTTGCATGTCCTTACACTGATGAGATCAACGACT
TGAGTAATGAGTGTGCTACCACTATGTTCAGTTACATCAATCTCTATGGAAAGTACCCAC
CGGGACTTTTCGCAAACCAGTGCCAAGAAGGTAAAGAAGGTCTCGCCTGCCCCGCTTTGT
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CCGTCTTCACAGCTTTCTTGGTGTTTGTTAACTTGCTCTAAGTCCCATGTCTGTAATATA
GCAACTTGAGGAAGATGGATCTCTGTATATCCACGATTTGTTTTACTTGTACCATCTCAT
TCTTTTGATTTTTGGAGCTTCAAAAAACTCTAAATTGATAATATGTATGACTTTTGTGCG
TCTCATTCACTCTATAAATCTCGACCAAAGAAGT

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DS 

RD RR1FJ52JQ 582 0 0
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AGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAGCATGTCCTGTGAACTTTGAGTTTATGAACTACACA
ATCATAACAAGCCAATGCAAAGGTCCCAAATTCCCACCCAAGGAATGCTGTGGCGCTTTC
AAGGACTTTGCATGTCCTTACACTGATGAGATCAACGACTTGAGTAATGAGTGTGCTACC
ACTATATTCAGTTACATCAATCTCTATGGAAAGTACCCACCGGGACTTTTCGCAAACCAG
TGCCAAGAAGGTAAAGAAGGTCTCGCCTGCCCCGCTTTGTCTCCTACCGCAGCAAGCGAC
ACAAACGCAGCCACCACATCTTCTTCTCGTCTTTGGCTGGCCGTCTTCACAGCTTTCTTG
GTGTTTGTTAACTTGCTCTAAGTCCCATGTCTGTAATATAGCAACTTGAGGAAGATGGAT
CTCTGTATATCCACGATTTGTTTTACTTGTACCATCTCATTCTTTTGATTTTTGGAGCTT
CAAAAAACTCTAAATTGATAATATGTATGACTTTTGTGCG
TC

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DS 

RD RR1G294JQ 634 0 0
C
ACTCACAGTACTTGCATCCTTCTCATCTTCAAGTTTCATCTCTGATGGTGTGTTCGAACC
GCAGAATTTGGCTATTGGAAGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAGCATGTCCTGTGAACTT
TGAGTTTATGAACTACACAATCATAACAAGCCAATGCAAAGGTCCCAAATTCCCACCCAA
GGAATGCTGTGGCGCTTTCAAGGACTTTGCATGTCCTTACACTGATGAGATCAACGACTT
GAGTAATGAGTGTGCTACCACTATGTTCAGTTACATCAATCTCTATGGAAAGTACCCACC
GGGACTTTTCGCAAACCAGTGCCTAGAAGGTAAAGAAGGTCTCGCCTGCCCCGCTTTGTC
TCCTACCGCAGCAAGCGACACAAACGCAGCCACCACATCTTCT***CGTCTTTGGCTGGC
CGTCTTCACAGCTTTCTTGGTGTTTGTTAACTTGCTCTAAGTCCCATGTCTGTAATATAG
CAACTTGAGGAAGATGGATCTCTGTATATCCACGATTTGTTTTACTTGTACCATCTCATT
CTTTTGATTTTTGGAGCTTCAAAAAACTCTAAATTGATAATATGTATGACTTTTGTGCGT
CTCATTCACTCTATAAATCTCGACCAAAGAAGT

QA 2 634 2 634
DS 



AS 1 8

CO CL520Contig1 1526 8 24 U
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CCGACGAGGTTAACATCCCTTTCTGATCAGTCTTTCTAACGGAAGAAAAAACAATGGCGT
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TTATCTGGAAGTCCATCAAGGACAAGCTTATCACTCCTTTTGTGGAGTTGGATATCAAGT
ACTTCGACCTTGGTCTTCCTCACCGTGATGCTACCGATGACAAAGTTACTATTGAAAGTG
CTGAAGCCACTAAGAAGTATAATGTGGCGATCAAGTGTGCCACCATCACTCCAGATGAAG
GCCGTGTCACGGAATTTGGCTTGAAGCAGATGTGGAGAAGTCCCAATGGTACCATCAGGA
ATATTCTGAATGGAACTGTATTTAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTTCCTAAGCTTG
TCCCAGGGTGGACGAAGCCAATCTGCATTGGAAGGCATGCTTTTGGTGATCAGTACCGTG
CCACCGATGCTGTTATCAAGGGACCTGGAAGACTGACTATGACTTTCGAGGGAAAAGATG
GGAAAACTGAAACTGAAGTGTTCACATTTACCGGTGAAGGCGGTGTTGCTATGGCCATGT
ACAACACTGATGAGTCCATCCGTGCTTTTGCGGACGCATCGATGAACACTGCTTATGAGA
AAAA*GTGGCCTCTTTATCTTAGCACAAAGAACACCATTCTTAAGAAATACGATGGCAGA
TTCAAAGACATCTTCCAGGAAGTGTATGAAGCCAGCTGGAAGTCAAAGTATGAGGCTGCT
GGAATATGGTATGAGCACCGTCTCATTGATGATATGGTGGCTTACGCTCTTAAGAGCGAG
GGAGGCTATGTGTGGGCATGCAAAAACTATGATGGTGATGTCCAAAGCGATTTCCTGGCA
CAAGGATTCGGGTCACTTGGATTGATGACATCTGTTCTGGTCTGCCCGGATGGGAAGACA
ATTGAAGCTGAAGCAGCTCATGGAACCGTTACCCGTCACTACAGGGTTCACCAGAAAGGT
GGAGAGACCAGCACAAACAGCATTGCCTCCATCTTTGCTTGGACTCGTGGACTTGCACAC
AGAGCTAAGCTGGATGACAACTCAAAACTCTTGGAGTTTACTGAGAAGCTCGAAGCCGCT
TGTGTTGGTACAGTGGAGTCTGGAAAAATGACCAAAGATCTTGCGCTCATCATTCACGGC
TCAAAGCTCTCGAGGGATACTTACCTCAACACGGAGGAGTTCATCGATGCAGTTGCGGAT
GAGCTCAAAACAAGGCTCGGCGCTTAAGAAAA*CATTCGACGACTTAGTCATAAGTGTCT
AATCTGGTGGGTTTGTGAGAGTTGAAGGAATAAAAGAGAGAACGTTTGCGTTTTGAGAAC
GATTTGTTTCATCTGCTATAATATTTTCAAAACATTGTTACATGTTTCCCTTTCTTATGC
AGATTTCAAATAATTTTTCATTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 0 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ95TF U 1
AF RR1AR52TF U 21
AF RR1DY44TF U 905
AF RR1BL61TF U 749
AF RR1DY44JQ C 905
AF RR1EF64JQ C 735
AF RR1BL61JQ C 749
AF RR1AR52JQ C 692
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BS 87 379 RR1BQ95TF
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BS 725 755 RR1BQ95TF
BS 756 834 RR1AR52TF
BS 835 835 RR1BL61TF
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BS 890 904 RR1BL61TF
BS 905 1037 RR1DY44TF
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BS 1068 1407 RR1BL61TF
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BS 1433 1526 RR1AR52JQ

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TTGAGAAGATCAAGGTTGCTAATCCCATCGTCGAGATGGATGGTGATGAAATGACCCGAG
TTATCTGGAAGTCCATCAAGGACAAGCTTATCACTCCTTTTGTGGAGTTGGATATCAAGT
ACTTCGACCTTGGTCTTCCTCACCGTGATGCTACCGATGACAAAGTTACTATTGAAAGTG
CTGAAGCCACTAAGAAGTATAATGTGGCGATCAAGTGTGCCACCATCACTCCAGATGAAG
GCCGTGTCACGGAATTTGGTTTGAAGCAGGTGTGGAGAAGTCCCAATGGTACCATCAGGA
ATATTCTGAATGGAACTGTATT*AGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTTCCTAAGCTTG
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CCACCGATGCTGTTATCAAGGGACCTGGAAGACTGACTATGACTTTCGAGGGAAAAGATG
GGAAAACTGAAACTGAAGTGTTCACATTTACCGGTGAAGGCGGTGTTGCTATGGCCATGT
ACAACACTGATGAGTCCATCCGTGCTTTTGCGGACGCATCGATGAACACTGCTTATGAGA
AAA**GTGGCCTCTTTATCTTAGCACAAAGAACAC

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DS 

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GG
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CTGATCAGTCTTTCTAACGGAAGAAAAAACAATGGCGTTTGAGAAGATCAAGGTTGCTAA
TCCCATCGTCGAGATGGATGGTGATGAAATGACCCGAGTTATCTGGAAGTCCATCAAGGA
CAAGCTTATCACTCCTTTTGTGGAGTTGGATATCAAGTACTTCGACCTTGGTCTTCCTCA
CCGTGATGCTACCGATGACAAAGTTACTATTGAAAGTGCTGAAGCCACTAAGAAGTATAA
TGTGGCGATCAAGTGTGCCACCATCACTCCAGATGAAGGCCGTGTCACGGAATTTGGCTT
GAAGCAGATGTGGAGAAGTCCCAATGGTACCATCAGGAATATTCTGAATGGAACTGTATT
TAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTTCCTAAGCTTGTCCCAGGGTGGACGAAGCCAAT
CTGCATTGGAAGGCATGCTTTTGGTGATCAGTACCGTGCCACCGATGCTGTTATCAAGGG
ACCTGGAAGACTGACTATGACTTTCGAGGGAAAAGATGGGAAAACTGAAACTGAAGTGTT
CACATTTACCGGTGAAGGCGGTGTTGCTATGGCCATGTACAACACTGATGAGTCCATCCG
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TGTATGAAGCCAGCTGGAAGTCAAAGTATGAG*CTGCTGGAATATGGTATGAGCACCGTC
TCAT*GATGATATGGTGGCTTACGCTC

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DS 

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AAGCTGAAGCAGCACATGGAACCGTTACCCGTCACTACAGGGT
CACCAGA

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DS 

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G
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TGATGGTGATGTCCAGAGCGATTTCCTGGCACAAGGATTCGGGTCACTTGGATTGATGAC
ATCTGTTCTGGTCTGCCCGGATGGGAAGACAATTGAAGCTGAAGCAGCTCATGGTACCGT
TACCCGTCACTACATGGTTCACCAGAAAGGTGGAGAGACCAGCACAAACAGCATTGCCTC
CATCTTTGCTTGGACTCGTGGACTTGCACACAGAGCTAAGCTGGATGACAACTCAAAACT
CTTGGAGTTTACTGAGAAGCTCGAAGCCGCTTGTGTTGGTACAGTGGAGTCTGGAAAAAT
GACCAAAGATCTTGCGCTCATCATTCACGGCTCAAAGCTCTCGAGGGATACTTACCTCAA
CACGGAGGAGTTCATCGATGCAGTTGCGGATGAGCTCAAAACAAGGCTCGGCGCTTAAGA
AAA*CATTCGACGACTTAGTCATAAGTGTCTAATCTGGTGGGTTTGTGAGAGTTGAAG*A
ATAAAAGAGAGAACGTTTGCGTT

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DS 

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GATTCGGGTCACTTGGATTGATGACATCTGTTCTGGTCTGCCCGGATGGGAAGACAATTG
AAGCTGAAGCAGCACATGGAACCGTTACCCGTCACTACAGGGTTCACCAGAAAGGTGGAG
AGACCAGCACAAACAGCATAGCCTCCATCTTTGCTTGGACTCGTGGACTTGCACACAGAG
CTAAGCTGGATGACAACTCAAAACTCTTGGAGTTTACTGAGAAGCTCGAAGCTGCTTGTG
TTG*TACAGTGGAGTCTGGAAAAATGACCAAAGATCTTGCACTCATCATTCACGGCTCAA
AGCTCTCGAGGGATACTTACCTCAACACGGAGGAGTTCATCGATGCAGTTGCGGAAGAGC
TCAAAACAAGACTCGGCGCTTAAGAAAAACATTCGACGACTTAGTCATAAGTGTCTAATC
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TGTTTCATCTGCTATAATAT

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DS 

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GCACCGTCTCATTGATGATATGGTGGCTTACGCTCTTAAGAGCGAGGGAGGCTATGTGTG
GGCATGCAAAAACTATGATGGTGATGTCCAGAGCGATTTCCTGGCACAAGGATTCGGGTC
ACTTGGATTGATGACATCTGTTCTGGTCTGCCCGGATGGGAAGACAATTGAAGCTGAAGC
AGCTCATGGTACCGTTACCCGTCACTACAGGGTTCACCAGAAAGGTGGAGAGACCAGCAC
AAACAGCATTGCCTCCATCTTTGCTTGGACTCGTGGACTTGCACACAGAGCTAAGCTGGA
TGACAACTCAAAACTCCTGGAGTTTACTGAGAAGCTCGAAGCTGCTTGTGTTGGTACAGT
GGAGTCTGGAAAAATGACCA**GATCTTGCGCTCATCATTCACGGCTCAAAGCTCTCGAG
GGATACTTACCTCAACACGGAGGAGTTCATCGATGCAGTTGCGGATGAGCTCAAAACAAG
GCTCGGCGCTTAAGAAAA*CATTCGACGACTTAGTCATAAGTGTCTAATCTGGTGGGTTT
GTGAGAGTTGAAGGAATAAAAGAGAGAACGTTTGCGTTTTGAGAACGATTTGTTTCATCT
GCTATAATAT

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DS 

RD RR1BL61JQ 693 0 0
G
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AGCCAGCTGGAAGTCAAAGTATGAGGCTGCTGGAATATGGTATGAGCACCGTCTCATTGA
TGATATGGTGGCTTACGCTCTTAAGAGCGAGGGAGGCTATGTGTGGGCATGCAAAAACTA
TGATGGTGATGTCCAGAGCGATTTCCTGGCACAAGGATTCGGGTCACTTGGATTGATGAC
ATCTGTTCTGGTCTGCCCGGATGGGAAGACAATTGAAGCTGAAGCAGCTCATGGTACCGT
TACCCGTCACTACATGGTTCACCAGAAAGGTGGAGAGACCAGCACAAACAGCATTGCCTC
CATCTTTGCTTGGACTCGTGGACTTGCACACAGAGCTAAGCTGGATGACAACTCAAAACT
CTTGGAGTTTACTGAGAAGCTCGAAGCCGCTTGTGTTGGTACAGTGGAGTCTGGAAAAAT
GACCAAAGATCTTGCGCTCATCATTCACGGCTCAAAGCTCTCGAGGGATACTTACCTCAA
CACGGAGGAGTTCATCGATGCAGTTGCGGATGAGCTCAAAACAAGGCTCGGCGCTTAAGA
AAA*CATTCGACGACTTAGTCATAAGTGTCTAATCTGGTGGGTTTGTGAGAGTTGAAGGA
ATAAAAGAGAGAACGTTTGCGTTTTGAGAACG

QA 2 693 2 693
DS 

RD RR1AR52JQ 835 0 0
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ACACCATTCTTAAGAAATACGATGGCAGATTCAAAGACATCTTCCAGGAAGTGTATGAAG
CCAGCTGGAAGTCAAAGTATGAGGCTGCTGGAATATGGTATGAGCACCGTCTCATTGATG
ATATGGTGGCTTACGCTCTTAAGAACGAGGGAGGCTATGTGTGGGCATGCAAAAACTATG
ATGGTGATGTCCAAAGCGATTTCCTGGCACAAGGATTCGGGTCACTTGGATTGATGACAT
CTGTTCTGGTCTGCCCGGATGGGAAGACAATTGAAGCTGAAGCAGCTCATGGAACTGTTA
CCCGTCACTACAGGGTTCACCAGAAAGGTGGAGAGACCAGCACAAACAGCATTGCCTCCA
TCTTTGCTTGGACTCGTGGACTTGCGCACAGAGCTAAGCTGGATGACAACTCGAAACTCT
TGGAGTTTACTGAGAAGCTCGAAGCTGCTTGTGTTGGTACAGTGGAGTCTGGAAAAATGA
CCAAAGATCTTGCGCTCATCATTCACGGCTCAAAGCTCTCGAGGGATACTTACCTCAACA
CGGAGGAGTTCATCGATGCAGTTGCGGAAGAGCTCAAAACAAGACTCGGCGCTTAAGAAA
A*CATTCGATGACTTAGTCATAAGTGTCTAATCTGGTGGGTTTGTGAGAGTTGAGGGAAT
AAAAGAGAGAACGTTTGCGTATTGAGAACGATTTGTTTCATCTGCTATAATATTTTCAAA
ACATTGTTACATGTTTCCCTTTCTTATGCAGATTTCAAATAATTTTTCATTGATC

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 6

CO CL521Contig1 1056 6 15 U
GGAAAGAAAGTTATCAGATTTGAGCATACCGACAAAATAAAAAAAAAGTTCCGAGCTTGC
TGGGGAAAGAAGAGCTGCAATTTCGTTTTCATTCGTGTTTTTTCGTAGTTAACTCATTTC
ACGGGATATTTTAGAGTTTAAATGGCTGAGGAAGCGCATAAAGTTACATTGAATATCTAC
GACCTAAGCAGAGGTTTGGCTCGCCAGCTCTCTGCTTCTCTTTTGGGAAAAGTCATTGAA
GGTGTCTGGCACACGGGGATAGTTGTGTATGGGAACGAATACTTTTTCGGAGGAGGGATA
CAGCATTTACCAACTGGAACAACTCCATACGGAGCACCACTACGAACCGTAGAGATGGGT
GAGACACACGTTCCTAAAGACGTGTTCGAGATGTACTTGGAGGAGATCACTCCTCGTTAC
ACCGCCGAGTCCTACAACTTGCTCGCTCACAACTGCAACAACTTCAGCAACGAGGTCTCT
CAGTTTCTTGTCGGTAAAGGAATCCCTGACTACATTCTCCAGCTTCCCACTGAGGTCATG
GACAGCCCCATGGGTGGTCTTCTGATGCCTATGATACAAAACCTGGAAGCAACTCTAAGA
GCTGGAGCTGTTCCTAACGCTCCACAGTTTAGGCCTCAACCACAAGCTTCTAATAAAGAG
AAAGCTTCCAAGTCTGAGGATGCCAAAACTGAAGAAGTGTCACCGGTTGTTGCTCAGTCT
TCAGCTGTCAAAGAGAAGGTGAGAGAGGACCCGCTGGGTGATGCTAGGAGCAAGATTCAG
GAAGAGATTACTCGTGAGTTTGCAGCTCTCATGGCGCAAGGCACATTGAGAGCAAGTGAA
GCAGCTACTATAGCTACTAAGAGAGTGATGCAAAAGTATGGTCATCTCAATGCAGCTGCT
TAGAGTCTACTATGTAAAACAGATGAAACCGTTTATTATTGCAGCTGTATTGGAGGAACT
GAGTCAATAATCTTTGAAACAATTGTATTTTTATATTTACCAGCTTCATTTGTATTCAAC
GACTTACAGATATTAATCAGATTTAAAACAATTAGG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV49TF U 1
AF RR1D429TF U 4
AF RR1GQ86TF U 14
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RD RR1GV49TF 585 0 0
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TGGGGAAAGAAGAGCTGCAATTTCGTTTTCATTCGTGTTTTTTCGTAGTTAACTCATTTC
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GACCTAAGCAGAGGTTTGGCTCGCCAGCTCTCTGCTTCTCTTTTGGGAAAAGTCATTGAA
GGTGTCTGGCACACGGGGATAGTTGTGTATGGGAACGAATACTTTTTCGGAGGAGGGATA
CAGCATTTACCAACTGGAACAACTCCATACGGAGCACCACTACGAACCGTAGAGACGGGT
GAGACACACGTTCCTAAAGACGTGTTCGAGATGTACTTGGAGGAGATCACTCCTCGTTAC
ACCGCCGAGTCCTACAACTTGCTCGCTCACAACTGCAACAACTTCAGCAACGAGGTCTCT
CAGTTTCTTGTCGGTAAAGGAATCACTGACTACATTCTCCAGCTTCCCACTGAGGTCATG
GACAGCCCCATGGGTGGTCTTCTGATGCCTATGATACAAAACCTG

QA 1 585 1 585
DS 

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GG
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AAAGAAGAGCTGCAATTTCGTTTTCATTCGTGTTTTTTCGTATTTAACTCATTTCACGGG
ATATTTTAGAGTTTAAATGGCTGAGGAAGCGCATAAAGTTACATTGAATATCTACGACCT
AAGCAGAGGTTTGGCTCGCCAGCTCTCTGCTTCTCTTTTGGGAAAAGTCATTGAAGGTGT
CTGGCACACGGGGATAGTTGTGTATGGGAACGAATACTTTTTCGGAGGAGGGATACAGCA
TTTACCAACTGGAACAACTCCATACGGAGCACCACTACGAACCGTAGAGATGGGTGAGAC
ACACGTTCCTAAAGACGTGTTCGAGATGTACTTGGAGGAGATCACTCCTCGTTACACCGC
CTAGTCCTACAACTTGCTCGCTCACAACTGCAACAACTTCAGCAACGAGGTCTCTCAGTT
TCTTGTCGGTAAAGGAATCCCTGACTACATTCTCCAGCTTCCCACTGAGGTCATGGACAG
CCCCATGGGTGGTCTTCTGATGCCTATGATACAAAACCTGGAAGCAACTCTAAGAGCTGG
AGCTGTTCCTAACGCTCCACAGTTTAG*CCTCAACCACAAGCTTCTAATAAAGAGAA*GC
TTCCAAGTCTGAG
ATGCCAAACTGA

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DS 

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GG
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TGCAATTTCGTTTTCATTCGTGTTTTTTCGTAGTTAACTCATTTCACGGGATATTTTAGA
GTTTAAATGGCTGAGGAAGCGCATAAAGTTACATTGAATATCTACGACCTAAGCAGAGGT
TTGGCTCGCCAGCTCTCTGCTTCTCTTTTGGGAAAAGTCATTGAAGGTGTCTGACACACG
GGGATAGTTGTGTATGGGAACGAATACTTTTTCGGAGGAGGGATACAGCATTTACCAACT
GGAACAACTCCATACGGAGCACCACTACGAACCGTAGAGATGGGTGAGACACACGTTCCT
AAAGACGTGTTCGAGATGTACTTGGAGGAGATCACTCCTCGTTACACCGCCGAGTCCTAC
AACTTGCTCGCTCACAACTGCAACAACTTCAGCAACGAGGTCTCTCAGTTTCTTGTCGGT
AAAGGAATCCCTGACTACATTCTCCAGCTTCCCACTGAGGTCATGGACAGCCCCATGGGT
GGTCTTCTGATGCCTATGATACAAAACCTGGAAGCAACTCTAAGAGCTGGAGCTGTTCCT
AACGCTCCACAGTTTAG*CCTCAACCACAAGCTTCTAATAAAGAGAAAGCTTCCAAGTC

QA 3 661 3 661
DS 

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CCAACTGGAACAACTCCATACGTA***CCACTACGAACCGTAGAGATGGGTGAGACACAC
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TCCTACAACTTGCTCGCTCACAACTGCAACAACTTCAGCAACGAGGTCTCTCAGTTTCTT
GTCGGTAAAGGAATCCCTGACTACATTCTCCAGCTTCCCACTGAGGTCATGGACAGCCCC
ATGGGTGGTCTTCTGATGCCTATGATACAAAACCTGGAAGCAACTTTAAGAGCTGGAGCT
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AAGTCTGAGGATGCCAAAACTGAAGAAGTGTCACCGGTTGTTGCTCAGTCTTCAGCTGTC
AAAGAGAAGGTGAGAGAGGACCCGCTGGGTGATGCTAGGAGCAAGATTCAGGAAGAGATT
ACTCGTGAGTTTGCAGCTCTCATGGCGCAAGGCACATTGAGAGCAAGTGAAGCAGCTACT
ATAGCTACTAAGAGAGTGATGCAAAAGTATGGTCATCTCAATGCAGCTGCTTAGAGTCTA
CTATGTAAAACAGA**AAACCGTTTATTATTGCAGCTGTATTGGAGGAACTGAGTCAATA
ATCTTTGAAACAATTGTATTTTTATATTTACCAGCTTCATTTG
C

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DS 

RD RR1AR66JQ 751 0 0
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GTGAGACACACGTTCCTAAAGACGTGTTCGAGATGTACTTGGAGGAGATCACTCCTCGTT
ACACCGCCGAGTCCTACAACTTGCTCGCTCACAACTGCAACAACTTCAGCAACGAGGTCT
CTCAGTTTCTTGTCGGTAAAGGAATCCCTGACTACATTCTCCAGCTTCCCACTGAGGTCA
TGGACAGCCCCATGGGTGGTCTTCTGATGCCTATGATACAAAACCTGGAAGCAACTCTAA
GAGCTGGAGCTGTTCCTAACGCTCCACAGTTTAGGCCTCAACCACAAGCTTCTAATAAAG
AGAAAGCTTCCAAGTCTGAGGATGCCAAAACTGAAGAAGTGTCACCGGTTGTTGCTCAGT
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AGGAAGAGATTACTCGTGAGTTTGCAGCTCTCATGGCGCAAGGCACATTGAGAGCAAGTG
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CTTAGAGTCTACTATGTAAAACAGATGAAACCGTTTATTATTGCAGCTGTATTGGAGGAA
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ACGACTTACAGAT
ATTAATCAGATTTAAAAC

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DS 

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CCTCGTTACACCGCCTAGTCCTACAACTTGCTCGCTCACAACTGCAACAACTTCAGCAAC
GAGGTCTCTCAGTTTCTTGTCGGTAAAGGAATCCCTGACTACATTCTCCAGCTTCCCACT
GAGGTCATGGACAGCCCCATGGGTGGTCTTCTGATGCCTATGATACAAAACCTGGAAGCA
ACTCTAAGAGCTGGAGCTGTTCCTAACGCTCCACAGTTTAGGCCTCAACCACAAGCTTCT
AATAAAGAGAAAGCTTCCAAGTCTGAGGATGCCAAAACTGAAGAAGTGTCACCGGTTGTT
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AAGATTCAGGAAGAGATTACTCGTGAGTTTGCAGCTCTCATGGCGCAAGGCACATTGAGA
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GCAGCTGCTTAGAGTCTACTATGTAAAACAGATGAAACCGTTTATTATTGCAGCTGTATT
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GTATTCAACGACTTACAGATATTAATCAGATTTAAAACAATTAGG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 9

CO CL522Contig1 1408 9 7 U
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GGAGTTTCAGCCAATGCTGTATACATCACCATTGGTTCCTCCTCAGGTTCTGATATTACT
CAGGCACTTCTGAAAGCATTCACAACAGCATGCCAATCTCCCACACCGAGCAAAGTGGTG
ATCCCAAAAGGAGTGTTCAAGCTTGGTGAGATCCAGATGAGGGGTCCATGCAAAGCCCCA
ATCGAGATCACCATTCAAGGCACTGTCAAAGCTGATGGAAATGCGATCCAGGGAAAGGAC
ACATGGGTTGTTTTCGGCAACATTAATGGATTTAAGTTGAACGGAGGTGGAGCTTTCGAT
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CTTCCTATCAGTATAAGATTTGATTTCGTGGAGAACGCTGAGATCAGAGACATATCTTCA
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ATCAACATCATTGCTCCAAAAGACAGTCCCAACACTGATGGTATCCATTTGGGAAGAAGT
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GATGGGATGAGGAACCTCCACGTGGAGAAAGTCACGTGCGGTCCAGGACATGGAATCAGT
GTCGGAAGCCTTGGAAGGTACGGAATGGAACAAGATGTCACCGGCATTAGAGTCATAAAC
TGCACTCTCCAAGAGACTACCAACGGACTGAGGATCAAGACATGGCCGTCTGCAGCTTGC
TCCACCACTGCCTCCGATATTCATTTCGAGAATATCATTGTCAAGAACGTTTTAAACCCA
ATCCTCATCGACCAGGAGTACTGCCCTTGGAACCAATGCAACAAGCAGAAACCATCAACG
ATTAAGCTTGTGAACATCAGCTTCAAGCAAATCAGAGGAACATCAGGGAACAAGGACGCA
GTAAAGCTTTTGTGCAGCAGGGGATACCCATGCCAAAACGTCGAGATTGGAGACATCGAT
ATCAAGTACAACGGAGCAGATGGTCCAGCGACTTTCCAGTGCTCAAACGTGAGCCCCAGA
CTCATGGGAACTCAGAACCCTAAAGCTTGCACTGGTCCAGTGACCAATTTACCCCAATAA
GTAGAAGGCTCCAAAAAA*TATTAACCTAAAAACACCCATTCATTATTTGTTTTGTTTCC
TCTACACACAATTTAATTATATGGTCTATAATGTATGCTCTCATTCTTTATGATTCCAAA
ATAAATGCATTCATTATTCCTTTTTGAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1FX75JQ C 680
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AF RR1AD74TF U 1155
AF RR1E058JQ C 1126
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BS 787 1042 RR1BH47TF
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G
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G
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G
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G
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ATTCCT

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AS 1 9

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BQ
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 40 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AV80JQ C 13
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QA 1 563 1 563
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GAACAAGG*CTGTTATGGCTACAGAAACTTCCTGGCCGATATTTGCAAAAAAAAAAAAAA
AAAACTTCCTGGCCGACAATACATTATTTTTAGTCTTACAAATAAAATTAATTTACTAAT
TAATAATTAAGCGATGAGTGAGAAGAGTTCTTGTGTTAAAAATTAGTTACTTTTAACGAA
TATCCAATTCGATTAAAATAAATATTTTTAATAATAAGATCCAC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL524Contig1 700 2 1 U
CGACTAACTGGATTTGAGCACAGAGGAATTAAAATTTTAAACCATAAACAAACACGATAT
CCTTTTAATGACAGATCGGGTCAATCCAAAATAAAAACATAGTTTAGAGTAGTAAGATAC
TGATGAATGTAACGCAACATCTAAAACGTTTGTTTAACAGAGTAAAGAGAATGATCGGTT
GTTTTGCATCACATGGCCATTGGTTCAGGACCAGCAGCGTTCAGGATGTCCAACAAGGAG
TTTTGGGGCTCCAACTCCTCGTGCCAAAGCTGCAACTTATCCCCAGGGTAGAAGTTTCTT
GTCACTCCCTCTGAGTTTATTATGACCGTCCGTACAACACCTCCACTGGCTCCATCACGG
GCGATGGCTAGTGAAACCGCCTTCACAACAAGTTGCTCGGCTTCTTCTTTGGTCATGTTT
TCTTTCCACGCCTGATCAAAGAACCCGTAAAGGTAACTCGAGCCAGAGCCTCCAATAGCG
AACGGTTGCTCCACTACAGTTCCACCGAGAGGGATCCCGTAGATCTTGCCGCCTTCATAC
TTATCCCAGCCCCCAACTATGAGGCCAGTTTGCAGCATGTTCTTGTTATTATATGCGAGC
ATCCTGATAAGGTTGGCAGAAACCTTTACAGTGATCTTGTCTGAAGCCCGATTCGCCACG
TACATCCCGGTGCTGGTACGTGAGTCAGCTCCGAGAACGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW67JQ U 170
AF RR1E649JQ U 1
BS 1 700 RR1E649JQ

RD RR1CW67JQ 350 0 0
AATGATCGGTTGTTTT
GCATCACATGGCCATTGGTTCAGGACCAGCAGCGTTCAGGATGTCCAACAAGGAGTTTTG
GGGCTCCAACTCCTCGTGCCAAAGCTGCAACTTATCCCCAGGGTAGAAGTTTCTTGTCAC
TCCCTCTGAGTTTATTATGACCGTCCGTACAACACCTCCACTGGCTCCATCACGGGCGAT
GGCTAGTGAAACCGCCTTCACAACAAGTTGCTCGGCTTCTTCTTTGGTCATGTTTTCTTT
CCACGCCTGATCAAAGAACCCGTAAAGGTAACTCGAGCCAGAGCCTCCAATAGCGAACGG
TTGCTCCACTACAGTTCCACCGAGAGGGATCCCG

QA 17 350 17 350
DS 

RD RR1E649JQ 700 0 0
CGACTAACTGGATTTGAGCACAGAGGAATTAAAATTTTAAACCATAAACAAACACGATAT
CCTTTTAATGACAGATCGGGTCAATCCAAAATAAAAACATAGTTTAGAGTAGTAAGATAC
TGATGAATGTAACGCAACATCTAAAACGTTTGTTTAACAGAGTAAAGAGAATGATCGGTT
GTTTTGCATCACATGGCCATTGGTTCAGGACCAGCAGCGTTCAGGATGTCCAACAAGGAG
TTTTGGGGCTCCAACTCCTCGTGCCAAAGCTGCAACTTATCCCCAGGGTAGAAGTTTCTT
GTCACTCCCTCTGAGTTTATTATGACCGTCCGTACAACACCTCCACTGGCTCCATCACGG
GCGATGGCTAGTGAAACCGCCTTCACAACAAGTTGCTCGGCTTCTTCTTTGGTCATGTTT
TCTTTCCACGCCTGATCAAAGAACCCGTAAAGGTAACTCGAGCCAGAGCCTCCAATAGCG
AACGGTTGCTCCACTACAGTTCCACCGAGAGGGATCCCGTAGATCTTGCCGCCTTCATAC
TTATCCCAGCCCCCAACTATGAGGCCAGTTTGCAGCATGTTCTTGTTATTATATGCGAGC
ATCCTGATAAGGTTGGCAGAAACCTTTACAGTGATCTTGTCTGAAGCCCGATTCGCCACG
TACATCCCGGTGCTGGTACGTGAGTCAGCTCCGAGAACGA

QA 1 700 1 700
DS 



AS 3 8

CO CL525Contig1 784 2 4 U
AGGGGACACAACATAAACCCAATCTCCACACACTCACTCACTCACTCAGACAAAAGAGAA
ACAAATGGCGAAATCTCCGGAGACAGAGCATCCGAACAAAGCCTTTGGTTGGGCTACCAA
AGACAAATCTGGTCTACTCTCTCCTTTCCATTTCTCCAGAAGAGACAATGGTGACAATGA
TGTGACAGTGAAAATCTTGTATTGTGGAGTGTGCCACACTGATTTGCATACCATCAAAAA
CGACTGGGGTTTCTCCTATTATCCTGTCGTTCCAGGGCATGAAATAGTTGGAATCGCTAC
AAAAGTTGGCAAAAACGTGACTAAATTCAGAGAAGGAGACCGTGTAGGAGTAGGAGTGAT
CACTGGTTCTTGCCAATCTTGCGAATCTTGTGACCAAGATCTTGAAAACTACTGTCCCCA
AATGTCTTTCACCTACAACTCCATTGGATCCGATGGAACCAAGACATACGGTGGATATTC
GGAGTCCATTGTGGTCGACCAACGGTTTGTTTTACAGTTTCCCGAGGGATTACCTAGCGA
TTCTGGTGCGCCTTTGCTGCGTGCTGGAATCACTGTGTATAGTCCAATGAAGTACTATGG
TATGACCGAGCCAGGGAAGCATTTGGGTGTGGCTGGACTTGGTGGGCTTGGTCATGTTGC
TGTCAAGATTGGTAAAGCTTTTGGTTTGAAAGTTACTGTGATTAGTTCTTCTCCTAATAA
AGAAGATGAAGCCATTAATCGTCTTGGTGCTGATTCGTTTCTTGTCTCATCTGATCCTCA
GAGA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1DG88TF U 1
AF RR1FU45TF U 3
BS 1 115 RR1DG88TF
BS 116 116 RR1FU45TF
BS 117 778 RR1DG88TF
BS 779 784 RR1FU45TF

RD RR1DG88TF 778 0 0
AGGGGACACAACATAAACCCAATCTCCACACACTCACTCACTCACTCAGACAAAAGAGAA
ACAAATGGCGAAATCTCCGGAGACAGAGCATCCGAACAAAGCCTTTGGTTGGGCTGCCAA
AGACAAATCTGGTCTACTCTCTCCTTTCCATTTCTCCAGAAGAGACAATGGTGACAATGA
TGTGACAGTGAAAATCTTGTATTGTGGAGTGTGCCACACTGATTTGCATACCATCAAAAA
CGACTGGGGTTTCTCCTATTATCCTGTCGTTCCAGGGCATGAAATAGTTGGAATCGCTAC
AAAAGTTGGCAAAAACGTGACTAAATTCAGAGAAGGAGACCGTGTAGGAGTAGGAGTGAT
CACTGGTTCTTGCCAATCTTGCGAATCTTGTGACCAAGATCTTGAAAACTACTGTCCCCA
AATGTCTTTCACCTACAACTCCATTGGATCCGATGGAACCAAGACATACGGTGGATATTC
GGAGTCCATTGTGGTCGACCAACGGTTTGTTTTACAGTTTCCCGAGGGATTACCTAGCGA
TTCTGGTGCGCCTTTGCTGCGTGCTGGAATCACTGTGTATAGTCCAATGAAGTACTATGG
TATGACCGAGCCAGGGAAGCATTTGGGTGTGGCTGGACTTGGTGGGCTTGGTCATGTTGC
TGTCAAGATTGGTAAAGCTTTTGGTTTGAAAGTTACTGTGATTAGTTCTTCTCCTAATAA
AGAAGATGAAGCCATTAATCGTCTTGGTGCTGATTCGTTTCTTGTCTCATCTGATCCT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1FU45TF 782 0 0
GGGACACAACATAAACCCAATCTCCACACACTCACTCACTCACTCAGACAAAAGAGAAAC
AAATGGCGAAATCTCCGGAGACAGAGCATCCGAACAAAGCCTTTGGTTGGGCTACCAAAG
ACAAATCTGGTCTACTCTCTCCTTTCCATTTCTCCAGAAGAGACAATGGTGACAATGATG
TGACAGTGAAAATCTTGTATTGTGGAGTGTGCCACACTGATTTGCATACCATCAAAAACG
ACTGGGGTTTCTCCTATTATCCTGTCGTTCCAGGGCATGAAATAGTTGGAATCGCTACAA
AAGTTGGCAAAAACGTGACTAAATTCAGAGAAGGAGACCGTGTAGGAGTAGGAGTGATCA
CTGGTTCTTGCCAATCTTGCGAATCTTGTGACCAAGATCTTGAGAACTACTGTCCCCAAA
TGTCTTTCACCTACAACTCCATTGGATCCGATGGAACCAAGACATACGGTGGATATTCGG
AGTCCATTGTGGTCGACCAACGGTTTGTTTTACAGTTTCCCGAGGGATTACCTAGCGATT
CTGGTGCGCCTTTGCTGTGTGCTGGAATCACTGTGTATAGTCCAATGAAGTACTATGGTA
TGACCGAGCCAGGGAAGCATTTGGGTGTGGCTGGACTTGGTGGGCTTGGTCATGTTGCTG
TCAAGATTGGTAAAGCTTTTGGTTTGAAAGTTACTGTGATTAGTTCTTCTCCTAATAAAG
A*GATGA*GCCATTA*TCGTCTTGGTGCTGATTCGTTTCTTGTCTCATCTGATCCTCAGA
GA

QA 1 782 1 782
DS 



CO CL525Contig2 786 3 2 U
CTCTAACCAGAAAGACTTTATTATATCATGAAAAGAAAAACAGAGAGAAGTTCTCTGACA
ACTTAAGGTGACTTGTTTCAGAAGAAACCAGTTCACTAAAACATAACAGTAGAAAACAAA
GATAACACGAACACAACAGAAGCACGAAATACATATTCCTCCAGGGTCAACTCTTAGATT
CGGCCAATTCAGGGAGGGGTCAAGGAGTTAGCCACGTCGATCACGAACCTGTACCTAACA
TCAGACTTAGCAAGCCTCTCCATTGCAGTGTTAAGCTCATCCATCTTGATCAGCTCAATA
TCTGCCGTTATGTTATGCTTAGCGCAAAACTCAAGCATCTCTTGTGTCTCTTTCATTCCT
CCAATGTCACTTCCTCCCACCATTTTCCTTCCGAGAACAAGAGGGAAGATTGGCAGCTCA
AGAGGCTTCTCAGGTAAGCCTAATGTGACGAGCTTTCCATTGACTTTGAGTAAACCGAGT
AATGGAAACAGAGCATGTACTGCTGATACCGTATCGATAATATAGTCCATTGTTCCTATT
GCAGCCTTCATCTTCTGAGGATCAGATGAGACAAGGAATGAATCAGCACCTAGTTGATTA
ATGGCTTCGTCTTCTTTACTAGGAGAAGAGCTAATGACAGTGACTTT**AACCAAAGGCT
TTACCTATCTTGACAGCAACATGACCAAGTCCACCAAGTCCAGCCACACCCAAATGCTTC
CCTGGCTCGGTCATACCATAATACTTCATTGGACTATACACAGTGATTCCAGCACACAAC
AAGGGG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1DS86JQ U 1
AF RR1FS01JQ U 1
AF RR1FS07JQ U 1
BS 1 779 RR1DS86JQ
BS 780 786 RR1FS07JQ

RD RR1DS86JQ 779 0 0
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G
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DS 

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C
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AGGGG

QA 2 786 2 786
DS 



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BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FS01TF U 1
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AF RR1DS86TF U 2
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QA 1 741 1 741
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AGGGAAGCATTTGGGTGTGGCTGGACTTGGTGGACTTGGTCATGTTGCTGTCAAGATAGG
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CATTAATCAACTAG
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QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 9

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BQ
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 40 40 40 

AF RR1G217JQ C 1
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AF RR1ET90JQ C 6
AF RR1ET90TF U 6
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AF RR1GE25TF U 1
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AF RR1G217TF U 1
AF RR1G617TF U 1
BS 1 20 RR1GE25TF
BS 21 92 RR1ET90TF
BS 93 167 RR1BW09TF
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BS 546 563 RR1BW09TF
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CTTAATGTTGTTGAAGAACTCATAACATACTTCGAATCTATAAGAATTCTA
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CTA
GCC

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CTA
GCC

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QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 9

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BQ
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN56TF U -1
AF RR1D083TF U 52
AF RR1CQ32TF U 1
AF RR1E452TF U 1
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AF RR1C223JQ C 272
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GGCC
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QA 5 120 5 120
DS 

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AGGG
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CCTCGAGGAGAAGAATCTGCCCTACAAAATGCATCTCATTAACGTCTCCGACAAACCTCA
ATGGTTCTTAGCCATCAGTCCTGAAGGGAAAGTACCAGTGCTCAAGAACGACGACAAGTG
GGTGCCTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGGAGAAGTACCCTGAGCCATCTCT
CAAAACCCCTCCCGAGTTCGCCTCTGTCGGATCCAAAATCTTCGGCGCTTTCGTCACTTT
CTTGAAGAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGC
TCTCGAGAATCATCTCAAGACTCATGACGGTCCTTTCATCGCGGGTGGGAAAGTCAGCGC
GGTGGATCTTAGCTTAGCACCAAAGCTTTACCATCTCAAGGTCGCTCTCGGACACTACAA
AAGCTGGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCTCATGTTCATGGCTACATGAAAGCTTTGTTCTC
TCTCGACTCTTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGAGAAGTATGTGAT

QA 5 589 5 589
DS 

RD RR1CQ32TF 641 0 0
GGATCGCTCCAAATAAAATTAAAAAGAAGATGGCTCTCGAAGTCTGCGTGAAAGCCGCCG
TTGGTGCCCCTGATGTTCTCGGCGACTGCCCTTTCAGCCAACGGGTTCTTCTCACTCTCG
AGGAGAAGAATCTGCCCTACAAAATGCATCTCATTAACGTCTCCGACAAACCTCAATGGT
TCTTAGCCATCAGTCCTGAAGGGAAAGTACCAGTGCTCAAGAACGACGACAAGTGGGTGC
CTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGGAGAAGTACCCTGAGCCATCTCTCAAAA
CCCCTCCCGAGTTCGCCTCTGTCGGATCCAAAATCTTCGGCGCTTTCGTCACTTTCTTGA
AGAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGCTCTCG
AGAATCATCTCAAGACTCATGACGGTCCTTTCATCGCGGGTGGGAAAGTCCGCGCGGTGG
ATCTTAGCTTAGCACCAAAGCTTTACCATCTCAAGGTCGCTCTCGGACACTACAAAAGCT
GGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCTCATGTTCATGGCTACATGAAAGCTTTGTTCTCTCTCG
ACTCTTTTGAGAAA*CAAAGACCGAGGAGAAGTATGTGATC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1E452TF 641 0 0
GGATCGCTCCAAATAAAATTAAAAAGAAGATGGCTCTCGAAGTCTGCGTGAAAGCCGCCG
TTGGTGCCCCTGATGTTCTCGGCGACTGCCCTTTCAGCCAACGGGTTCTTCTCACCCTCG
AGGAGAAGAATCTGCCCTACAAAATGCATCTCATTAACGCCTCCGACAAACCTCAATGGT
TCTTAGCCATCAGTCCTGAAGGGAAAGTACCAGTGCTCAAGAACGACGACAAGTGGGTGC
CTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGGAGAAGTACCCTGAGCCATCTCTCAAAA
CCCCTCCCGAGTTCGCCTCTGTCGGATCCAAAATCTTCGGCGCTTTCGTCACTTTCTTGA
AGAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGCTCTCG
AGAATCATCTCAAGACTCATGACGGTCCTTTCATCGCGGGTGGGAAAGTCAGCGCGGTGG
ATCTTAGCTTAGCACCAAAGCTTTACCATCTCAAGGTCGCTCTCGGACACTACAAAAGCT
GGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCTCATGTTCATGGCTACATGAAAGCTTTGTTCTCTCTCG
ACTCTTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGAGAAGTATGTGATC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1C223TF 655 0 0
GGATCGCTCCAAATAAAATTAAAAAGAAGATGGCTCTCGAAGTCTGCGTGAAAGCCGCCG
TTGGTGCCCCTGATGTTCTCGGCGACTGCCCTTTCAGCCAACGGGTTCTTCTCACCCTCG
AGGAGAAGAATCTGCCCTACAAAATGCATCTCATTAACGTCTCCGACAAACCTCAATGGT
TCTTAGCCATCAGTCCTGAAGGGAAAGTACCAGTGCTCAAGAACGACGACAAGTGGGTGC
CTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGGAGAAGTACCCTGAGCCATCTCTCAAAA
CCCCTCCCGAGTTCGCCTCTGTCGGATCCAAAATCTTCGGCGCTTTCGTCACTTTCTTGA
AGAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGCTCTCG
ATAATCATCTCAAGACTCATGACGGTCCTTTCATCGCGGGTGGGAAAGTCAGCGCGGTGG
ATCTTAGCTTAGCACCAAAGCTTTACCATCTCAAGGTCGCTCTCGGACACTACAAAAGCT
GGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCTCATGTTCATGGCTACATGAAAGCTTTGTTCTCTCTCG
ACTCTTTTGAGAAAACAAAGACCGGGGAGAAGTATGTGATCGCAG*ATGGGAACA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1C223JQ 406 0 0
GGAGAAGTACCCTGAGCCATCTCTCAAAACCCCTCCCGAGTTCGCCTCTGTCGGATCCAA
AATTTTCGGCGCTTTCGTCACTTTCTTGAAGAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAA
GGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGCTCTCGATAATCATCTCAAGACTCATGACGGTCCTTT
CATCGCGGGTGGGAAAGTCAGCGCGGTGGATTTTAGCTTAGCACCAAAGCTTTACCATCT
CAAGGTCGCTCTCGGACACTACAAAAGCTGGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCTCATGTTCA
TGGCTACATGAAAGCTTTGTTCTCTCTCGACTCTTTTGAGAAAACAAAGACCGGGGAGAA
GTATGTGATCGCAGGATGGGAACATAAGGTCAACCCCTGAAAAAA
A

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR1BL16TF 763 0 0
GGATCGCTCCAAATAAAATTAAAAAGAAGATGGCTCTCGAAGTCTGCGTGAAAGCCGCCG
TTGGTGCCCCTGATGTTCTCGGCGACTGCCCTTTCAGCCAACGGGTTCTTCTCACCCTCG
AGGAGAAGAATCTGCCCTACAAAATGCATCTCATTAACGTCTCCGACAAACCTCAATGGT
TCTTAGCCATCAGTCCTGAAGGGAAAGTACCAGTGCTCAAGAACGACGACAAGTGGGTGC
CTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGGAGAAGTACCCTGAGCCATCTCTCAAAA
CCCCTCCCGAGTTCGCCTCTGTCGGATCCAAAATCTTCGGCGCTTTCGTCACTTTCTTGA
AGAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGCTCTCG
AGAATCATCTCAAGACTCATGACGGTCCTTTCATCGCGGGTGGGAAAGTCAGCGCGGTGG
ATCTTAGCTTAGCACCAAAGCTTTACCATCTCAAGGTCGCTCTCGGACACTACAAAAGCT
GGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCTCATGTTCATGGCTACATGAAAGCTTTGTTCTCTCTCG
ACTCTTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGAGAAGTATGTGATCGCAGGATGGGAACATAAGG
TCAACCCCTGAAAAAA*CTACTACTAGTTGTTCCATCTGTTGTCTGATGGATGATGATGT
GGTTCAAGGTCTATCTTCTTT*ATCAGTTAAA*TAATGTTCT
G

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1D083JQ 695 0 0
CCCTTTCAGCCAACGGGTTCTTCTCACCCTCGAGGAGAAGAATCTGCCCTACAAAATGCA
TCTCATTAACGTCTCCGACAAACCTCAATGGTTCTTAGCCATCAGTCCTGAAGGGAAAGT
ACCAGTGCTCAAGAACGACGACAAGTGGGTGCCTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCT
CGAGGAGAAGTACCCTGAGCCATCTCTCAAAACCCCTCCCGAGTTCGCCTCTGTCGGATC
CAAAATCTTCGGCGCTTTCGTCACTTTCTTGAAGAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGA
GAAGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGCTCTCGAGAATCATCTCAAGACTCATGACGGTCC
TTTCATCGCGGGTGGGAAAGTCAGCGCGGTGGATCTTAGCTTAGCACCAAAGCTTTACCA
TCTCAAGGTCGCTCTCGGACACTACAAAAGCTGGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCTCATGT
TCATGGCTACATGAAAGCTTTGTTCTCTCTCGACTCTTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGA
GAAGTATGTGATCGCAGGATGGGAACATAAGGTCAACCCCTGAAAAAAACTACTACTAGT
TGTTCCATCTGTTGTCTGATGGATGATGATGTGGTTCAAGGTCTATCTTCTTTTATCAGT
TAAAATAATGTTCTTGGACCTGTTTATGTTGTTG
C

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1BL16JQ 729 0 0
CAGCCAACGGGTTCTTCTCACCCTCGAGGAGAAGAATCTGCCCTACAAAATGCATCTCAT
TAACGTCTCCGACAAACCTCAATGGTTCTTAGCCATCAGTCCTGAAGGGAAAGTACCAGT
GCTCAAGAACGACGACAAGTGGGTGCCTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGGA
GAAGTACCCTGAGCCATCTCTCAAAACCCCTCCCGAGTTCGCCTCTGTCGGATCCAAAAT
CTTCGGCGCTTTCGTCACTTTCTTGAAGAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGGC
CTTGCTCGATGAGCTTGAAGCTCTCGAGAATCATCTCAAGACTCATGACGGTCCTTTCAT
CGCGGGTGGGAAAGTCAGCGCGGTGGATCTTAGCTTAGCACCAAAGCTTTACCATCTCAA
GGTCGCTCTCGGACACTACAAAAGCTGGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCTCATGTTCATGG
CTACATGAAAGCTTTGTTCTCTCTCGACTCTTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGAGAAGTA
TGTGATCGCAGGATGGGAACATAAGGTCAACCCCTGAAAAAAACTACTACTAGTTGTTCC
ATCTGTTGTCTGATGGATGATGATGTGGTTCAAGGTCTATCTTCTTTTATCAGTTAAAAT
AATGTTCTTGGACCTGTTTATGTTGTTGTTATTGTGTATCAAATCAAATAATAAGCCTCG
TTTCGAATT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 9

CO CL528Contig1 814 9 16 U
GGAACCACATAAACGAAAGGGCCCTTCATTTCCATCAATATCCGCGGAACAAAGCACAAC
TCTCAAAGCAAACGAACCCTAAATCGAGGATGATGATAAGGCAAGCTGCGAAGAAGGCTC
TAGGTCTTACGTCACGCCAATCAACCCCGTGGTCCGTCGGTATCTACCGATCGTACCATG
AGAACGTCATCGACCACTACGACAATCCCCGTAACGTCGGATCTTTCGACAAGAACGATC
CCACCGTCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCCTGCGGTGATGTCATGAAGCTGCAAA
TCAAGGTGGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTG
GCTCCGCCATCGCCTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGG
AGGTCCTGACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTCTCTGCCACCAGTGAAGC
TCCACTGCAGTATGTTGGCGGAGGACGCTATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGA
AGCGTGTGAAGACGAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAGGCTTGAATTCCTTCTCTTAAT
TGTTTATACCATTATGTGTGTTTATATGATGGTGAAAACAGGGG*AGGTGTAAAAGAGGA
CCTATATCGTATGTTCTCTTAAGGTTCAAGTTTGAATAAACTCTGTTTGACAAAAACATG
TGAGAAGAATATGATTTGCTTTTTATTTTTGCCCTTCAGTTTTTGATGTTTTGTAATGAT
TTTTCCTTTATTTATATCATGGAGTATTGATAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
25 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 20 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1EZ63TF U 1
AF RR1G005TF U 38
AF RR1BT77TF U 38
AF RR1DH54TF U 42
AF RR1DF68JQ C 267
AF RR1DF68TF U 63
AF RR1BK15TF U 56
AF RR1AS39TF U 63
AF RR1DH54JQ C 159
BS 1 120 RR1EZ63TF
BS 121 121 RR1BT77TF
BS 122 260 RR1EZ63TF
BS 261 261 RR1BT77TF
BS 262 498 RR1EZ63TF
BS 499 499 RR1BT77TF
BS 500 652 RR1EZ63TF
BS 653 661 RR1BT77TF
BS 662 662 RR1G005TF
BS 663 682 RR1BT77TF
BS 683 683 RR1BK15TF
BS 684 757 RR1BT77TF
BS 758 792 RR1BK15TF
BS 793 793 RR1AS39TF
BS 794 813 RR1BK15TF
BS 814 814 RR1AS39TF

RD RR1EZ63TF 652 0 0
GGAACCACATAAACGAAAGGGCCCTTCATTTCCATCAATATCCGCGGAACAAAGCACAAC
TCTCAAAGCAAACGAACCCTAAATCGAGGATGATGATAAGGCAAGCTGCGAAGAAGGCTC
CAGGTCTTACGTCACGCCAATCAACCCCGTGGTCCGTCGGTATCTACCGATCGTACCATG
AGAACGTCATCGACCACTACGACAATCCCCGTAACGTCGGATCTTTCGACAAGAACGATC
CCACCGTCGGCACGGGTCTCTTCGGAGCTCCCGCCTGCGGTGATGTCATGAAGCTGCAAA
TCAAGGTGGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTG
GCTCCGCCATCGCCTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGG
AGGTCCTGACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTCTCTGCCACCAGTGAAGC
TCCACTGCAGTATGTTGGTGGAGGACGCTATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGA
AGCGTGTGAAGACGAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAGGCTTGAATTCCTTCTCTTAAT
TGTTTATACCATTATGTGTGTTTATATGATGGTGAAAACAGGGG*AGGTGTA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1G005TF 635 0 0
GGATCC
GCGGAACAAAGCACAACTCTCAAAACAAACGAACCCTAAATCAACGATGATGATAAGGCA
AGCTGCGAAGAAGGCTCTAGGGCTTACGTCACGCCAATCAACCCCGTGGTTCGTCGGTAT
CTACCGATCGTACCATGAGAACGTCATCGACCACTACGACAATCCCCGTAACGTCGGATC
TTTCGACAAGAACGATCCCACCGTCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCCTGCGGTGA
TGTCATGAAGCTGCAAATCAAGGTGGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGCTT
CAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTATCGCCTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAA
AGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTGACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTC
TCTGCCACCAGTGAAGCTCCACTGCAGTATGTTGGCGGAGGACGCTATCAAGGCAGCTGT
GAAAGACTACAAGGAGAAGCGTGTGAAGACGAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAGGCTT
GAATTCCTTCTCTTAATTGTTTATACCATTATGTGTGTTTATATGATGGTGAAAACAGGG
G*AGGTGTAAAAGAGGACCTATATCGTAT

QA 7 635 7 635
DS 

RD RR1BT77TF 720 0 0
GGATCC
GCGGAACAAAGCACAACTCTCAAAGCAAACGAACCCTAAATCGAGGATGATGATAAGGCA
AGCTGCGAAGAAGGCTCTAGGTCTTACGTCACGCCAATCAACCCCGTGGTCCGTCGGTAT
CTACCGATCGTACCATGAGAACGTCATCGACCACTACGACAATCCCCGTAACGTCGGATC
TTTCGACAAGAACGATCCCACCGTCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCCTGCGGTGA
TGTCATGAAGCTGCAAATCAAGGTGGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGCTT
CAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCCATCGCCTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAA
AGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTGACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTC
TCTGCCACCAGTGAAGCTCCACTGCAGTATGTTGGCGGAGGACGCTATCAAGGCAGCTGT
GAAAGACTACAAGGAGAAGCGTGTGAAGACGAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAGGCTT
GAATTCCTTCTCTTAATTGTTTATACCATTATGTGCGTTTATATGATGGTGAAAACAGGG
G*AGGTGTAAAAGAGGACTTATATCGTATGTTCTCTTAAAGTTCAAGTTTGAATAAACTC
TGTTTGACAAAAACATGTGAGAAGAATATGATTTGCTTTTTATTTTTGCCCTTC

QA 7 720 7 720
DS 

RD RR1DH54TF 702 0 0
GG
GCGGAACAAAGCACAACTCTCAAAGCAAACGAACCCTAAATCGAGGATGATGATAAGGCA
AGCTGCGAAGAAGGCTTTAGGTCTTACGTCACGCCAATCAACCCCGTGGTCCGTCGGTAT
CTACCGATCGTACCATGAGAACGTCATCGACCACTACGACAATCCCCGTAACGTCGGATC
TTTCGACAAGAACGATCCCACCGTCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCCTGCGGTGA
TGTCATGAAGCTGCAAATCAAGGTGGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGCTT
CAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCCATCGCCTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAA
AGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTGACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTC
TCTGCCACCAGTGAAGCTCCACTGCAGTATGTTGGCGGAGGACGCTATCAAGGCAGCTGT
GAAAGACTACAAGGAGAAGCGTGTGAAGACGAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAGGCTT
GAATTCCTTCTCTTAATTGTTTATACCATTATGTGTGTTTATATGATGGTGAAAACAGGG
G*AGGTGTAAAGGAGGACCTATATCGTATGTTCTCTTAA*GTTCAAGTTTGAATAAACTC
TGTTTGACAAAA*CATGTGAGA
GATATGATTTGCTTTTAT

QA 3 684 3 684
DS 

RD RR1DF68JQ 478 0 0
GCTCCCGCCTGCGGTGATGTCATGAAGCTGCAAATCAAGGTGGATGAGAAGACCGGTCAG
ATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTATCGCCTCTTCATCTGTC
GCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTGACCATCAAGAACACTGAA
ATCGCGAAGCATCTCTTTTTGCCACCAGTGAAGCTCCACTGCAGTATGTTGGCGGAGGAC
GCTATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGTGTGAAGACGAACGGTGCTTGA
GAAACCCACACAGGCTTGAATTCCTTTTTTTAATTGTTTATACCATTATGTGTGTTTATA
TGATGGTGAAAACAGGGG*AGGTGTAAAAGAGGACCTATATCGTATGTTTTTTTAAGGTT
CAAGTTTGAATAAACTCTGTTTGACAAAAACATGTGAGAAGAATATGATTTGCTTTTT

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR1DF68TF 680 0 0
GGAAAA
CAAACGAACCCTAAATCAACGATGATGATAAGGCAAGCTGCGAAGAAGGCTCTAGGGCTT
ACGTCACGCCAATCAACCCCGTGGTTCGTCGGTATCTACCGATCGTACCATGAGAACGTC
ATCGACCACTACGACAATCCCCGTAACGTCGGATCTTTCGACAAGAACGATCCCACCGTC
GGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCCTGCGGTGATGTCATGAAGCTGCAAATCAAGGTG
GATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCT
ATCGCCTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTG
ACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTCTCTGCCACCAGTGAAGCTCCACTGC
AGTATGTTGGCGGAGGACGCTATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGTGTG
AAGACGAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAGGCTTGAATTCCTTCTCTTAATTGTTTATA
CCATTATGTGTGTTTATATGATGGTGAAAACAGGGG*AGGTGTAAAAGAGGACCTATATC
GTATGTTCTCTTAA*GTTCAAGTTTGAATAAACTCTGTTTGACAAAA*CATGTGAGAAGA
ATATGATTTGCTTT

QA 7 680 7 680
DS 

RD RR1BK15TF 758 0 0
GG
AACTCTCAAAGCAAACGAACCCTAAATCGAGGATGATGATAAGGCAAGCTGCGAAGAAGG
CTCTAGGTCTTACGTCACGCCAATCAACCCCGTGGTCCGTCGGTATCTACCGATCGTACC
ATGAGAACGTCATCGACCACTACGACAATCCCCGTAACGTCGGATCTTTCGACAAGAACG
ATCCCACCGTCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCCTGCGGTGATGTCATGAAGCTGC
AAATCAAGGTGGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTT
GTGGCTCCGCCATCGCCTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGG
AGGAGGTCCTGACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTCTCTGCCACCAGTGA
AGCTCCACTGCAGTATGTTGGCGGAGGACGCTATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGG
AGAAGCGTGTGAAGACGAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAGGCTTGAATTCCTTCTCTT
AATTGTTTATACCATTATGTGTGTTTATATGATGGTGAAAACAGGGGGAGGTGTAAAAGA
GGACCTATATCGTATGTTCTCTTAAGGTTCAAGTTTGAATAAACTCTGTTTGACAAAAAC
ATGTGAGAAGAATATGATTTGCTTTTTATTTTTGCCCTTCAGTTTTTGATGTTTTGTAAT
GATTTTTCCTTTATT*ATATCATGGAGTATTGATAG

QA 3 758 3 758
DS 

RD RR1AS39TF 752 0 0
GGAAAA
CAAACGAACCCTAAATCAACGATGATGATAAGGCAAGCTGCGAAGAAGGCTCTAGGGCTT
ACGTCACGCCAATCAACCCCGTGGTTCGTCGGTATCTACCGATCGTACCATGAGAACGTC
ATCGACCACTACGACAATCCCCGTAACGTCGGATCTTTCGACAAGAACGATCCCACCGTC
GGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCCTGCGGTGATGTCATGAAGCTGCAAATCAAGGTG
GATGAGAAGACCGGCCAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCT
ATCGCCTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTG
ACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTCTCTGCCACCAGTGAAGCTCCACTGC
AGTATGTTGGCGGAGGACGCTATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGTGTG
AAGACGAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAGGCTTGAATTCCTTCTCTTAATTGTTTATA
CCATTATGTGTGTTTATATGATGGTGAAAACAGGGG*AGGTGTAAAAGAGGACCTATATC
GTATGTTCTCTTAAGGTTCAAGTTTGAATAAACTCTGTTTGACAAAAACATGTGAGAAGA
ATATGATTTGCTTTTTATTTTTGCCCTTCAGTTTTTGATGTTTTGTAATGATTTTTCCTT
TATTTATATCATGGAGTATTGATAGA

QA 7 752 7 752
DS 

RD RR1DH54JQ 655 0 0
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GGATCTTTCGACAAGAACGATCCCACCGTCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCCTGC
GGTGATGTCATGAAGCTGCAAATCAAGGTGGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCT
CGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCCATCGCCTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGG
GTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTGACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCAT
CTCTCTCTGCCACCAGTGAAGCTCCACTGCAGTATGTTGGCGGAGGACGCTATCAAGGCA
GCTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGTGTGAAGACGAACGGTGCTTGAGAAACCCACACA
GGCTTGAATTCCTTCTCTTAATTGTTTATACCATTATGTGTGTTTATATGATGGTGAAAA
CAGGGG*AGGTGTAAAGGAGGACCTATATCGTATGTTCTCTTAAGGTTCAAGTTTGAATA
AACTCTGTTTGACAAAAACATGTGAGAAGAATATGATTTGCTTTTTATTTTTGCCCTTCA
GTTTTTGATGTTTTGTAATGATTTTTCCTTTATTTATATCATGGAGTATTGATAG

QA 1 655 1 655
DS 



AS 2 9

CO CL529Contig1 696 7 15 U
GGATCTCACACACAAACACTTCGTACAAT*TATCAAAAGCTTTGAAGAAACATTAAGAAG
TCAAA*GAAATCACACGAAATATATATCAACTTAAAAGCCAAAGCAGAAGCAATGTCACA
AGTTTATCTAAAATTGTCATTGTTAGGCCTTTTGGTGATGGCCGTCGTGACTCCATCGGC
GAACGCGATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGAC
CAACATGGAAGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACA
GAGCGAGAAAGGAAACGTAGCTTCGATTGCGAAAAGAGAAACGGCCGTGTCGAGTCCGTT
GACATTTAGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCT
AAGGATTGAAGTGACTCAAACCGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGT
TCAACCATGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTT
CTAAAAGTTCC**TTTTTTTTGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAA
CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAG
ACTTGTTGGAGACCAAACCAGCAGCAAACTCTTGAT


BQ
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX19TF U 6
AF RR1D957TF U 1
AF RR1GJ95TF U 1
AF RR1D957JQ C 1
AF RR1E966JQ C 1
AF RR1E966TF U 1
AF RR1GS67TF U 1
BS 1 29 RR1D957TF
BS 30 30 RR1E966TF
BS 31 65 RR1D957TF
BS 66 66 RR1E966TF
BS 67 90 RR1D957TF
BS 91 91 RR1E966TF
BS 92 163 RR1D957TF
BS 164 164 RR1E966TF
BS 165 492 RR1D957TF
BS 493 493 RR1E966TF
BS 494 630 RR1D957TF
BS 631 633 RR1E966TF
BS 634 654 RR1D957TF
BS 655 672 RR1E966TF
BS 673 696 RR1GS67TF

RD RR1GX19TF 564 0 0
GG
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ATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGACCAACATG
GAAGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACAGAGCGAG
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AGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCTAAGGATT
GAAGTGACTCAAACCGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGTTCAACCA
TGGCTCCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTTCTAAAAG
TTCC**TTTTTTTT
TTGAGAAA

QA 3 556 3 556
DS 

RD RR1D957TF 654 0 0
GGATCTCACACACAAACACTTCGTACAATATATCAAAAGCTTTGAAGAAACATTAAGAAG
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CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATG***TTTTACGTTCATAAATAAAAA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1GJ95TF 636 0 0
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GACATTTAGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCT
AAGGATTGAAGTGACTCAAACCGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGT
TCAACCATGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTT
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CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1D957JQ 669 0 0
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CAACATGGAAGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACA
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GACATTTAGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTTTTAAATACTATTT
AAGGATTGAAGTGACTCAAACCGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGT
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ACTTGT
AGG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1E966JQ 675 0 0
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GAACGCGATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGAC
CAACATGGAAGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACA
GAGCGAGAAAGGAAACGTAGCTTCGATTGCGAAAAGAGAAACGGCCGTGTCGAGTCCGTT
GACATTTAGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCT
AAGGATTGAAGTGACTCAAACCGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGT
TCAACCATGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTT
CTAAAAGTTCC**CTTTTTTTGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAA
CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAG
ACTTGTTGGAG
AACC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1E966TF 680 0 0
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GAACGCGATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGAC
CAACATGGAAGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACA
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GACATTTAGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCT
AAGGATTGAAGTGACTCAAACCGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGT
TCAACCATGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTT
CTAAAAGTTCC**CTTTTTTTGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAA
CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAG
ACTTGTTGGAGA
ACCAAAAA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1GS67TF 696 0 0
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TCAAA*GAAATCACACGAAATATATATCAACTTAAAAGCCAAAGCAGAAGCAATGTCACA
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GAACGCGATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGAC
CAACATGGAAGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAGTTCAATCTAGAGGAACA
GAGCGAGAAAGGAAACGTAGCTTCGATTGCGAAAAGAGAAACGGCCGTGTCGAGTCCGTT
GACATTTAGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCT
AAGGATTGAAGTGACTCAAACCGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGT
TCAACCATGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTT
CTAAAAGTTCCCTTTTTTTTTGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAA
CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAA*CAAAAG
ACTTGTTGGAGACCAAACCAGCAGCAAACTCTTGAT

QA 1 696 1 696
DS 



CO CL529Contig2 662 2 2 U
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CTAAAATTGTCATTGTTAGGCCTTTTGGTGATGGCCGTCGTGACTCCATCGGCGAACGCG
ATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGACCAACATG
GAAGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACAGAGCGAG
AAAGGAAACGTAGCTTCGATTGCGAAAAGAGAAACGGCCGTGTCGAGTCCGTTGACATTT
AGCCGAGTTGTGTCAGCTCTGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCTAAGGATT
GAAGTGACTCAAACCGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGTTCAACCA
TGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTTCTACTCC
CCCTTTTTTTTTGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAACAATGTGTT
AGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAGACTTGTTGG
AG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1EF86JQ C 1
AF RR1EF86TF U 1
BS 1 2 RR1EF86JQ
BS 3 662 RR1EF86TF

RD RR1EF86JQ 662 0 0
GGACACACAAACACTTCGTACAATTATCAAAAGCTTTGAAGAAACATTAAGAAGTCAAAG
AAATCACACGAAATATATATCAACTTAAAAGCCAAAGCAGAAGCAATGTCACAAGTTTAT
CTAAAATTGTCATTGTTAGGCCTTTTGGTGATGGCCGTCGTGACTCCATCGGCGAACGCG
ATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGACCAACATG
GAAGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACAGAGCGAG
AAAGGAAACGTAGCTTCGATTGCGAAAAGAGAAACGGCCGTGTCGAGTCCGTTGACATTT
AGCCGAGTTGTGTCAGCTCTGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCTAAGGATT
GAAGTGACTCAAACCGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGTTCAACCA
TGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTTCTACTCC
CCCTTTTTTTTTGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAACAATGTGTT
AGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAGACTTGTTGG
AG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1EF86TF 662 0 0
GG
ACACACAAACACTTCGTACAATTATCAAAAGCTTTGAAGAAACATTAAGAAGTCAAAGAA
ATCACACGAAATATATATCAACTTAAAAGCCAAAGCAGAAGCAATGTCACAAGTTTATCT
AAAATTGTCATTGTTAGGCCTTTTGGTGATGGCCGTCGTGACTCCATCGGCGAACGCGAT
AAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGACCAACATGGA
AGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACAGAGCGAGAA
AGGAAACGTAGCTTCGATTGCGAAAAGAGAAACGGCCGTGTCGAGTCCGTTGACATTTAG
CCGAGTTGTGTCAGCTCTGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCTAAGGATTGA
AGTGACTCAAACCGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGTTCAACCATG
GCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTTCTACTCCCC
CTTTTTTTTTGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAACAATGTGTTAG
TGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAGACTTGTTGGAG

QA 3 662 3 662
DS 



AS 1 2

CO CL530Contig1 1000 2 6 U
GGGGAAGCAAAGTTTCGCAGGAAATCTAGAAGCAATCAAGATCTCCAGAAAGAATCACCG
TCTTTGTTTCGCCAGATTCTCTCTCAGATCGTCTTTTTCTCCAGGTAAGAAGTTGAATTG
AGATTCAAAATATGAGACCCGTACTCGCCTTCTAATGTCACTGTTTCGGATCTTCATTAA
TCAGGACGACGACGATATGGCTACTTCGAAGAAAGTGATAACGCGTGAAGAGTGGGAGAA
GAAGCTAAACGCTGTAAAGCTTAGGAAAGAAGACATGAACACTCTCGTCATTAACTTTCT
CGTCACCGAGGGTTATGTTGAAGCTGCTGTCAAGTTCCAAAGGGAGTCTGGCACCAAACC
AGAGATAGATCTTGCAACCATCACTGATCGAATGGCTGTTAAAAAGGCTGTTCAAAACGG
CAATGTAGAGGATGCTATTGAAAAAGTTAATGACTTGAATCCTGAGATACTAGACACAAA
CCCCGAGCTCTTCTTTCATCTTCAGCAGCAAAGGTTGATTGAACTTATTCGACAAGGCAA
GACCGAAGAAGCCTTGGAGTTTGCTCAGGAGGAACTTGCTCCACGTGGCGAAGAAAACCA
AGCGTTTCTGCAAGAACTGGAAAAAACTGTAGCTCTGCTTGTTTTTGAAGATGCCTCTAA
CTGTCCTGTTAAAGATCTTCTCGACATCTCCCACCGTCTTAAGACTGCAAGTGAAGTGAA
CGCAGCAATTCTTACAAGCCAGAGTCATGAAAAAGATCCGAAACTTCCAAGCTTGTTGAA
GATGCTGGTTTGGGCTCAGAACCAGCTGGATGAGAAAGCAGTGTATCCGCACATCAATGA
TTTGTCTACTGCCCAGCTCCAAGACCCGTCTGAATAATTTTGTACCTGCTAAAGGGAACA
ACAATCAAATGATATGCCCTCTCTCCCATTTCAATTTCAATAAGTCAAGGTTCATTATGT
TTTATTAGCGAATGCTTTCTTCTTTCCCTTTTTCTTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU03TF U 1
AF RR1GL38JQ C 353
BS 1 375 RR1GU03TF
BS 376 376 RR1GL38JQ
BS 377 543 RR1GU03TF
BS 544 544 RR1GL38JQ
BS 545 563 RR1GU03TF
BS 564 1000 RR1GL38JQ

RD RR1GU03TF 563 0 0
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TCTTTGTTTCGCCAGATTCTCTCTCAGATCGTCTTTTTCTCCAGGTAAGAAGTTGAATTG
AGATTCAAAATATGAGACCCGTACTCGCCTTCTAATGTCACTGTTTCGGATCTTCATTAA
TCAGGACGACGACGATATGGCTACTTCGAAGAAAGTGATAACGCGTGAAGAGTGGGAGAA
GAAGCTAAACGCTGTAAAGCTTAGGAAAGAAGACATGAACACTCTCGTCATTAACTTTCT
CGTCACCGAGGGTTATGTTGAAGCTGCTGTCAAGTTCCAAAGGGAGTCTGGCACCAAACC
AGAGATAGATCTTGCCACCATCACTGATCGAATGGCTGTTAAAAAGGCTGTTCAAAACGG
CAATGTAGAGGATGCTATTGAAAAAGTTAATGACTTGAATCCTGAGATACTAGACACAAA
CCCCGAGCTCTTCTTTCATCTTCAGCAGCAAAGGTTGATTGAACTTATTCGACAAGGCAA
GACTGAAGAAGCCTTGGAGTTTG

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1GL38JQ 648 0 0
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CAAAACGGCAATGTCGAGGATGCTATTGAAAAAGTTAATGACTTGAATCCTGAGATACTA
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CAAGGCAAGACCGAAGAAGCCTTGGAGTTTGCTCAGGAGGAACTTGCTCCACGTGGCGAA
GAAAACCAAGCGTTTCTGCAAGAACTGGAAAAAACTGTAGCTCTGCTTGTTTTTGAAGAT
GCCTCTAACTGTCCTGTTAAAGATCTTCTCGACATCTCCCACCGTCTTAAGACTGCAAGT
GAAGTGAACGCAGCAATTCTTACAAGCCAGAGTCATGAAAAAGATCCGAAACTTCCAAGC
TTGTTGAAGATGCTGGTTTGGGCTCAGAACCAGCTGGATGAGAAAGCAGTGTATCCGCAC
ATCAATGATTTGTCTACTGCCCAGCTCCAAGACCCGTCTGAATAATTTTGTACCTGCTAA
AGGGAACAACAATCAAATGATATGCCCTCTCTCCCATTTCAATTTCAATAAGTCAAGGTT
CATTATGTTTTATTAGCGAATGCTTTCTTCTTTCCCTTTTTCTTCTGC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 9

CO CL531Contig1 376 9 6 U
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GTTCTTGCAGGTCTCC


BQ
10 30 30 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 

AF RR1BZ60JQ U 59
AF RR1HB86JQ U 5
AF RR1FH01JQ U 1
AF RR1FH01TF C 1
AF RR1FE59JQ U 2
AF RR1HB86TF C 5
AF RR1FF45JQ U 5
AF RR1FF45TF C 5
AF RR1FE59TF C 2
BS 1 50 RR1FH01JQ
BS 51 51 RR1FE59JQ
BS 52 220 RR1FH01JQ
BS 221 221 RR1FE59JQ
BS 222 373 RR1FH01JQ
BS 374 376 RR1FE59JQ

RD RR1BZ60JQ 113 0 0
TGGAAATAGGTAGCAAATGAATAAAGACCACATTAATAGTAGGAAGGGATTAACTTAGTG
CAAGTAGTAGCTGAAAAGGGATACAAGGGAAGCTCCAACAA
AAAAGCCAAAAA

QA 1 101 1 101
DS 

RD RR1HB86JQ 293 0 0
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CGAGGCGACAGATGAGGGTCCTGGTGCCGGAGCTCCGGCTTCCTCCACAGCCATGACCGC
GGTCATGGAAGCAGCAGCGAAAAGCACACCGTAAGCGATCTTCTTCATCTCCA

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR1FH01JQ 375 0 0
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GAAATAGGTAGCAAATGAATAAAGACCACATTAATAGTAGGAAGGTATTAACTTAGTGCA
AGTAGTAGCTGAAAAGGGATACAAGGGAAGCTCCAACAAGAGAGCCAAGAGCCGGCAATG
CAGCCGAGGCGGCAGATGAGGGTCCTGGTGCCGGAGCTCCAGCTTCCTCCACAGCCATGA
CCGCGGTCATGGAAGCAGCAGCGAAAAGCACACCGTAAGCGATCTTCTTCATCTCCATTG
TTGAGACCTGAAAGACTTTTTCGCTTCTTTTTATTTAGTTTTTCTTTGTGTGTTTTGGAA
GTTCTTGCAGGTC
CC

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR1FH01TF 375 0 0
G
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AAATAGGTAGCAAATGAATAAAGACCACATTAATAGTAGGAAGGTATTAACTTAGTGCAA
GTAGTAGCTGAAAAGGGATACAAGGGAAGCTCCAACAAGAGAGCCAAGAGCCGGCAATGC
AGCCGAGGCGGCAGATGAGGGTCCTGGTGCCGGAGCTCCAGCTTCCTCCACAGCCATGAC
CGCGGTCATGGAAGCAGCAGCGAAAAGCACACCGTAAGCGATCTTCTTCATCTCCATTGT
TGAGACCTGAAAGACTTTTTCGCTTCTTTTTATTTAGTTTTTCTTTGTGTGTTTTGGAAG
TTCTTGCAGGTC
CC

QA 2 373 2 373
DS 

RD RR1FE59JQ 375 0 0
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AAATAGGTAGCAAATGAATAAAGACCACATTAATAGTAGGAAGGTATTAACTTAGTGCAA
GTAGTAGCTGAAAAGGGATACAAGGGAAGCTCCAACAAGAGAGCCAAGAGCCGGCAATGC
AGCCGAGGCGGCAGATGAGGGTCCTGGTGCCGGAGCTCCGGCTTCCTCCACAGCCATGAC
CGCGGTCATGGAAGCAGCAGCGAAAAGCACACCGTAAGCGATCTTCTTCATCTCCATTGT
TGAGACCTGAAAGACTTTTTCGCTTCTTTTTATTTAGTTTTTCTTTGTGTGTTTTGGAAG
TTCTTGCAGGTCTCC

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR1HB86TF 372 0 0
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GGTCATGGAAGCAGCAGCGAAAAGCACACCGTAAGCGATCTTCTTCATCTCCATTGTTGA
GACCTGAAAGACTTTTTCGCTTCTTTTTATTTAGTTTTTCTTTGTGTGTTTTGGAAGTTC
TTGCAGGTCTCC

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR1FF45JQ 372 0 0
AAGAGAAAGATTATTCTTGATTTACTTTCTCAGTTTTATTAATTACAAATGAAATGGAAA
TAGGTAGCAAATGAATAAAGACCACATTAATAGTAGGAAGGTATTAACTTAGTGCAAGTA
GTAGCTGAAAAGGGATACAAGGGAAGCTCCAACAAGAGAGCCAAGAGCCGGCAATGCAGC
CGAGGCGGCAGATGAGGGTCCTGGTGCCGGAGCTCCGGCTTCCTCCACAGCCATGACCGC
GGTCATGGAAGCAGCAGCGAAAAGCACACCGTAAGCGATCTTCTTCATCTCCATTGTTGA
GACCTGAAAGACTTTTTCGCTTCTTTTTATTTAGTTTTTCTTTGTGTGTTTTGGAAGTTC
TTGCAGGTCTCC

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR1FF45TF 372 0 0
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TAGGTAGCAAATGAATAAAGACCACATTAATAGTAGGAAGGTATTAACTTAGTGCAAGTA
GTAGCTGAAAAGGGATACAAGGGAAGCTCCAACAAGAGAGCCAAGAGCCGGCAATGCAGC
CGAGGCGGCAGATGAGGGTCCTGGTGCCGGAGCTCCGGCTTCCTCCACAGCCATGACCGC
GGTCATGGAAGCAGCAGCGAAAAGCACACCGTAAGCGATCTTCTTCATCTCCATTGTTGA
GACCTGAAAGACTTTTTCGCTTCTTTTTATTTAGTTTTTCTTTGTGTGTTTTGGAAGTTC
TTGCAGGTCTCC

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR1FE59TF 375 0 0
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AAATAGGTAGCAAATGAATAAAGACCACATTAATAGTAGGAAGGTATTAACTTAGTGCAA
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AGCCGAGGCGGCAGATGAGGGTCCTGGTGCCGGAGCTCCGGCTTCCTCCACAGCCATGAC
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TTCTTGCAGGTCTCC

QA 1 375 1 375
DS 



AS 1 5

CO CL532Contig1 1140 5 9 U
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CCTCTTTCTTCCTTCTACATCTTCCCCCGAATCTCTCTCTCTCTCTCT**AGATCCATCA
ATGGCGTCCCTCGTCGAATCCGGTTGGCAGTACCTTGTGACACATTTTAGCGACTTTCAA
CTGGCCTGCATCGGGAGTTTTCTCCTCCATGAAAGCGTCTTCTTCTTATCTGGCCTCCCT
TTCATTTATCTAGAAAGGCAAGGCTTTCTCACCAAGTACAAGATTCAGGCAAAAAATAAC
ACACCTGCAGCTCAAGAAAAATGTATAACTCGCTTGTTGCTTTATCATTTCTGCGTAAAC
TTGCCTCTGATGATGGCCTCCTATCCTGTCTTCAGAGCCATGGGAATGCGAAGCAGTTTT
CCTCTACCCTCCTGGAAAGAAGTGTCTGCCCAGATATTATTCTACTTCATCATTGAGGAT
TTTGTTTTCTATTGGGGTCATCGGATCTTGCATACAAAATGGCTGTACAAGACCGTGCAC
AGTGTTCATCATGAATATGCCACACCATTTGGTTTGACATCGGAATATGCTCACCCCGCT
GAGATTCTGTTCCTGGGATTTGCTACCATAGTCGGGCCAGCTCTCACCGGCCCCCACCTA
ATTACTCTCTGGTTATGGATGGTGCTGAGAGTGCTTGAGACAGTTGAGGCACATTGTGGT
TATCATTTCCCTTGGAGCCTCTCAAATTTTCTTCCTCCATATGGAGGTTCTGACTTCCAT
GACTACCATCACCGCCTCCTCTACACAAAATCTGGAAATTACTCCTCAACTTTTGTGTAC
ATGGACTGGATCTTTGGTACCGATAAGGGCTACAGAAGACTGAAGTCTCTTAAAGAAAAC
AGTGACTTGAAACAAACTTGAACTCACCGGTTTGATGGTTTGCGGAGAACAAAATGTCGT
TGGAATTGTGGATTTGCGAGTGTCCGTTTGCATCTCTGTGGAGGTCTTATTCTTCAACCT
TGTTTTCTTTTCCATTTTTAGTTTGTTATGTGTCTAGAACTGCTACAAATACATTTGGTA
CCTCAACTCTCGGAGTAGCTAAAATTAACATGCGTTTGGGTTGGGCTTTTGAAGCATTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E810TF U 35
AF RR1BD94TF U 1
AF RR1BC95TF U 35
AF RR1BD94JQ C 384
AF RR1BC95JQ C 492
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CTCTCTCTCTCT**AGATCCATCAATGGCGTCCCTCGTCGAATCCGGTTGGCAGTACCTT
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QA 3 670 3 670
DS 

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CTGGCCTGCATCGGGAGTTTTCTCCTCCATGAAAGCGTCTTCTTCTTATCTGGCCTCCCT
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ACACCTGCAGCTCAAGAAAAATGTATAACTCGCTTGTTGCTTTATCATTTCTGCGTAAAC
TTGCCTCTGATGATGGCCTCCTATCCTGTCTTCAGAGCCATGGGAATGCGAAGCAGTTTT
CCTCTACCCTCCTGGAAAGAAGTGTCTGCCCAGATATTATTCTACTTCATCATTGAGGAT
TTTGTTTTCTATTGGGGTCATCGGATCTTGCATACAAAATGGCTGTACAAGACCGTGCAC
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DS 

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GG
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CTCTCTCTCTCT**AGATCCATCAATGGCGTCCCTCGTCGAATCCGGTTGTCAGTACCTT
GTGACACATTTTAGCGACTTTCAACTGGCCTGCATCGGGAGTTTTCTCCTCCATGAAAGC
GTCTTCTTCTTATCTGGCCTCCCTTTCATTTATCTAGAAAGGCAAGGCTTTCTCACCAAG
TACAAGATTCAGGCAAAAAATAACACACCTGCAGCTCAAGAAAAATGTATAACTCGCTTG
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GCCATGGGAATGCGAAGCAGTTTTCCTCTACC*TCCTGGAAAGAAGTGTCTGCCCAGATA
TTATTCTACTTCATCGTTGAGGATTTTGTTTTCTATTGGGGTCATCGGATCTTGCATACA
AAATGGCTGTACAAGACCGTGCACAGTGTTCATCATGAATATGCCACACCATTTGGTTTG
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GAGACAGTTGAGGCACATTGTGGTTATCATTTCCCTTGGAGCCTC

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR1BD94JQ 757 0 0
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GTCTGCCCAGATATTATTCTACTTCATCATTGAGGATTTTGTTTTCTATTGGGGTCATCG
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TACCATAGTCGGGCCAGCTCTCACCGGCCCCCACCTAATTACTCTCTGGTTATGGATGGT
GCTGAGAGTGCTTGAGACAGTTGAGGCACATTGTGGTTATCATTTCCCTTGGAGCCTCTC
AAATTTTCTTCCTCTATATGGAGGTTCTGACTTCCATGACTACCATCACCGCCTCCTCTA
CACAAAATCTGGAAATTACTCCTCAACTTTTGTGTACATGGACTGGATCTTTGGTACCGA
TAAGGGCTGCAGAAGACTGAAGTCTCTTAAAGAAAACAGTGACTTGAAACAAACTTGAAC
TCACCGGTTTGATGGTTTGCGGAGAACAAAATGTCGTTGGAATTGTGGATTTGCGAGTGT
CCGTTTGCATCTCTGTGGAGGTCTTATTCTTCAACCTTGTTTTCTTTTCCATTTTTAGTT
TGTTATGTGTCTAGAACTGCTACAAATACATTTGGTACCTCAACTCTCGGAGTAGCTAAA
ATTAACATGCGTTTGGGTTGGGCTTTTGAAGCATTGG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1BC95JQ 645 0 0
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TGAATATGCCACACCATTTGGTTTGACATCGGAATATGCTCACCCCGCTGAGATTCTGTT
CCTGGGATTTGCTACCATAGTCGGGCCAGCTCTCACCGGCCCCCACCTAATTACTCTCTG
GTTATGGATGGTGCTGAGAGTGCTTGAGACAGTTGAGGCACATTGTGGTTATCATTTCCC
TTGGAGCCTCTCAAATTTTCTTCCTCCATATGGAGGTTTTGACTTCCATGACTACCATCA
CCGCCTCCTTTACACAAAATCTGGAAATTACTCCTCAACTTTTGTGTACATGGACTGGAT
CTTTGGTACCGATAAGGGCTACAGAAGACTGAAGTTTTTTAAAGAAAACAGTGACTTGAA
ACAAACTTGAACTCACCGGTTTGATGGTTTGCGGAGAACAAAATGTCGTTGGAATTGTGG
ATTTGCGAGTGTCCGTTTGCATCTCTGTGGAGGTCTTATTTTTCAACCTTGTTTTTTTTT
CCATTTTTAGTTTGTTATGTGTCTAGAACTGCTACAAATACATTTGGTACCTCAACTCTC
GGAGTAGCTAAAATTAACATGCGTTTGGGTTGGGCTTTTGA
AGCG

QA 1 641 1 641
DS 



AS 2 9

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GTTCAATCCCCCAAGACATTCCATTTCTCGAACCCAATTCCTCTGTCTCTCGAAATCCAG
AGATGGAAACTCGGACTCAAAGTCTGATCCGGATCCTCCGAAACAAGAAGGAGATACACA
GAGACAAGAGCTCTTAGCCAGGATCGCCATGCTTCAAACATCGAAGGTTCGTTTAACCGA
TTTCTTGGACGAACGATCAGATTATCTCACCAAGTTTGCTGAAGAAGCCAACGCTGAGTT
TGACAAGGTTGGAGAAGACGCCATGAAAGACCTCGACGAAGCAAGCTCAAGGATACTAGA
GAACATCGAGAGCAAGATGCAAGCTTTTGAGGAATCTGTGGGATTAAAGAGATTGGAGAT
AGAGGAGAACGATAACAAGTTGGCTGAGTTTGAAGAGAAGATTGTGGAAGAGAGGAACGA
AGGATTGTTCTTCAAGAGCTTCCGTGATAAGAAGCCTGTGGATGCAGAGGAAGCTAAAGA
GGAGACTCAGAGAATACAAGAAGTAACCAAAGAAAGTGCAGGATCAGAGTCAAGAAGGAA
CATTTACCTCGGTTTAATTGGGATCGTGGCTCTAGCAATCGCAGATTCGTTTGTTTCTTC
ACCGGATTGGAGAAAAGTAGCTGTTCTTGGAGCTATCCTTATCCCACTGCTCACTCAGTT
TGTGTACGAGCAGACATTGTTATCAGAAGAAGCAGACAAGGGTAAAGGAAACAAGAAATA
ATGAATAGTACCGACTCTGTATCAATGTAACTTAATACAGTGATAATGCACGAGTAGTTT
TTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS25TF U 50
AF RR1C132TF U 1
AF RR1D105TF U 50
AF RR1GS25JQ C 257
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BS 163 288 RR1C132TF
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BS 470 531 RR1C132TF
BS 532 532 RR1GS25TF
BS 533 637 RR1C132TF
BS 638 764 RR1D105TF
BS 765 765 RR1GS25JQ
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BS 806 806 RR1GS25JQ
BS 807 821 RR1D105TF
BS 822 906 RR1GS25JQ

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GGG
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AGGAACGAAGGATTGTTCTTCAAGAGCTTCCGTGA

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DS 

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AGATGGAAACTCGGACTCAAAGTCTGATCCGGATCCTCCGAAACAAGAAGGAGATACACA
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DS 

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GGA
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CATGTTCTGTTCAATCCCCCAAGACATTCCATTTCTCGAACCCAATTCCTCTGTCTCTCG
AAATCCAGAGATGGAAACTCGGACTCAAAGTCTGATCCGGATCCTCCGAAACAAGAAGGA
GATACACAGAGACAAGAGCTCTTAGCCAGGATCGCCATGCTTCAAACATCGAGGGTCCGT
TTAACTGATTTCTTGGACGAACGATCAGATTATCTCACCAAGTTTGCTGAAGAAGCCAAC
GCTGAGTTTGACAAGGTTGGAGAAGACGCCATGAAAGACCTCGACGAAGCAAGCTCAAGG
ATACTAGAGAACATCGAGAGCAAGATGCAAGCTTTTGAGGAATCTGTGGGACTTAACAGA
TTGGAGATAGAGGAGAACGATAACAAGTTGGCTGAGTTTGAAGAGAAGATTGTGGAAGAT
AGGAACGAAGGATTGTTCTTCAAGAGCTTCCGTGATAAGAAGCCTGTGGATGCAGAGGAA
GCTAAAGAGGATACTCAGAGAATACAAGAAGTAACCAAAGAAAGTGCAGGATCAGAGTCA
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GTTTCTTCACCGGATTGGAGAAAAGTAGCTGTTCTTGGAGCTATCCTTATCC*ACTGCTC
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TAAA

QA 4 772 4 772
DS 

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TCAGATTATCTCACCAAGTTTGCTGAAGAAGCCAACGCTGAGTTTGACAAGGTTGGAGAA
GACGCCATGAAAGACCTCGACGAAGCAAGCTCAAGGATACTAGAGAACATCGAGAGCAAG
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AGCTTCCGTGATAAGAAGCCTGTGGATGCAGAGAAAGCTAAAGAGGAGACTGAGAGAATA
CAAGAGGTCACCAAAGAAAGTGCAGGATCAGAGTCAAGAAGGAACATTTACCTCGGTTTG
ATTGGGATCGTGGCTCTAGCAATCGCTGATTCGTTTGTTTCTTCACCGGATTGGAGAAAA
GTAGCTGTTCTTGGAGCTATCCTTATCCCACTGCTCACTCAGTTTGTGTACGAGCAGACA
TTGTTATCAGAAGAAGCAGATAAGGGTAAAGGAAACAAGAAATAATGAATAGTACCGACT
CTGTATCAATGTAACTTAATACAGTGATAATGCACGAGTAGTTTTTTTTT

QA 1 650 1 650
DS 



CO CL533Contig2 1406 5 10 U
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TGACGGTTACATCTATCTCATAGATGGGCCCACCTCGTGCGCTGACGTTGTTGATATTGG
TGAAACTTCATACAGCATGGTCTTGGCTGATAATGTTGACGGTGGAGATGATCTTGATCT
CATCGTCTCAACTATGAACGGGAACGTCTTTTGCTTCTCCACGCCTTCTCCTCACCATCC
CCTCAAGGCCTGGAGATCGACTGATCAAGGGATGAACAATAAGGCTATCCGTTACGATCG
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CTGGGCTGAGATTGAGATTGTTGATAACTACAGATACCCATCTGGTTCACAAGCGCCCTA
TAACGTTACAACGACGCTGTTGGTACCAGGCAATTACCAGGGAGATAGGAGGATAAAGCA
GAGCCAGATCTATGACCGACCAGGAAAATACAGAATAAAACTACCAACCGTTGGAGTGAG
GACAACAGGCACTGTAATGGTGGAGATGGTGGACAAGAATGGACTCCATTTTTCAGACGA
ATTCTCTCTAACATTCCATATGTATTATTACAAGCTTCTGAAGTGGCTGCTTGTCCTCCC
GATGCTCGGATGTTCGGTCTGCTCGTGATACTACGACCTCAAGAAGCTGTGCCCCTCCCG
TCCTTTTCCCGCAACAGAGACTTGTGATACTAAGTGCTTGAGCTCTAAGTATCGCCTTAA
ATAGCTCGTCTAAAGTATTAGATATCTTTTTTGTTTGTTAAAGATCTTTAGATAATCTTT
CTTTTGAGTTTATAAAGTTTATGTATTACTTTATTCCTGTAACCTTTCGTCGGTTAAAAG
AAAAACTAATCATGCATTATCACTCTGTATTACTTTACATTGTTACAGAGTCGGTACTAT
TCATTATTTCTTGTTTCCTTTACCCTTGTCTGCTTCTTATGAAAACAATGTCTGCTCGTA
CACAAACTGAGTGAGCAGTGGGATAAGGATAGCTCCAAAAACAGCTACTTTTCTCCAATC
CGGTGAAAAAACAAACAAATCTGCGATTGCTAAAGCCACGATCCCAATTAAACCGAGGTA
AATGTTCCTTCTTGACTCTGATCCTGCACTTTCTTTGGTTACTTCTTGTATTCTCTGAGT
ATCCTCTTTAGCTTCCTCTGCATCCACAGGCTTCTTATCACGGAAGCTCTTGAAAAACAA
TCCTTCGTTCCTATCTTCCACAATCTTCTCTTCAAACTCAGCCAACTTGTTATCGTTCTC
CTCTATCTCCAATCTGTTAAGTCCCACAAATTCCTCAAAAGCTTGCATCTTGCTCTCGAT
GTTCTCTAGTATCCTTGAGCTTGCTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G127TF U 1
AF RR1GB20TF U 1
AF RR1GB20JQ C 246
AF RR1G127JQ C 363
AF RR1D105JQ U 896
BS 1 14 RR1G127TF
BS 15 15 RR1GB20TF
BS 16 149 RR1G127TF
BS 150 591 RR1GB20TF
BS 592 592 RR1GB20JQ
BS 593 725 RR1GB20TF
BS 726 896 RR1GB20JQ
BS 897 899 RR1D105JQ
BS 900 900 RR1GB20JQ
BS 901 1406 RR1D105JQ

RD RR1G127TF 149 0 0
GGTTGATCTGAACA*GCGAGGTGACAAAAAGAAGGGACTTACCATTGTTACCACATCCTT
TGACGGTTACATCTATCTCATAGATGGGCCCACCTCGTGCGCTGACGTTGTTGATATTGG
TGAAACTTCATACAGCATGGTCTTGGCTG

QA 1 149 1 149
DS 

RD RR1GB20TF 725 0 0
GGTTGATCTGAACAAGCGAGGTGACAAAAAGAAGGGACTTACCATTGTTACCACATCCTT
TGACGGTTACATCTATCTCATAGATGGGCCCACCTCGTGCGCTGACGTTGTTGATATTGG
TGAAACTTCATACAGCATGGTCTTGGCTGATAATGTTGACGGTGGAGATGATCTTGATCT
CATCGTCTCAACTATGAACGGGAACGTCTTTTGCTTCTCCACGCCTTCTCCTCACCATCC
CCTCAAGGCCTGGAGATCGACTGATCAAGGGATGAACAATAAGGCTATCCGTTACGATCG
TGAAGGTGTTTTTGTCACGCATTCAACCAGAGGCTTCCGTGATGAGGAAGGCAAAAACTT
CTGGGCTGAGATTGAGATTGTTGATAACTACAGATACCCATCTGGTTCACAAGCGCCCTA
TAACGTTACAACGACGCTGTTGGTACCAGGCAATTACCAGGGAGATAGGAGGATAAAGCA
GAGCCAGATCTATGACCGACCAGGAAAATACAGAATAAAACTACCAACCGTTGGAGTGAG
GACAACAGGCACTGTAATGGTGGAGATGGTGGACAAGAATGGACTCCATTTCTCAGACGA
ATTCTCTCTAACATTCCATATGTATTATTACAAGCTTCTGAAGTGGCTGCTTGTCCTCCC
GATGCTCGGATGTTCGGTCTGCTCGTGATACTACGACCTCAAGAAGCTGTGCCCCTCCCG
TCCTT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1GB20JQ 720 0 0
AGGCCTGGAGATCGACTGATCAAGGGATGAACAATAAGGCTATCCGTTACGATCGTGAAG
GTGTTTTTGTCACGCATTCAACCAGAGGCTTCCGTGATGAGGAAGGCAAAAACTTCTGGG
CTGAGATTGAGATTGTTGATAACTACAGATACCCATCTGGTTCACAAGCGCCCTATAACG
TTACAACGACGCTGTTGGTACCAGGCAATTACCAGGGAGATAGGAGGATAAAGCAGAGCC
AGATCTATGACCGACCAGGAAAATACAGAATAAAACTACCAACCGTTGGAGTGAGGACAA
CAGGCACTGTAATGGTGGAGATGGTGGACAAGAATGGACTCCATTTTTCAGACGAATTCT
CTCTAACATTCCATATGTATTATTACAAGCTTCTGAAGTGGCTGCTTGTCCTCCCGATGC
TCGGATGTTCGGTCTGCTCGTGATACTACGACCTCAAGAAGCTGTGCCCCTCCCGTCCTT
TTCCCGCAACAGAGACTTGTGATACTAAGTGCTTGAGCTCTAAGTATCGCCTTAAATAGC
TCGTCTAAAGTATTAGATATCTTTTTTGTTTGTTAAAGATCTTTAGATAATCTTTCTTTT
GAGTTTATAAAGTTTATGTATTACTTTATTCCTGTAACCTTTCGTCGGTTAAAAGAAAAA
CTAATCATGCATTATCACTCTGTATTACTTTACATTGTTACAGAGTCGGTACTATTCATT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1G127JQ 603 0 0
GGGCTGAGATTGAGATTGTTGATAACTACAGATACCCATCTGGTTCACAAGCGCCCTATA
ACGTTACAACGACGCTGTTGGTACCAGGCAATTACCAGGGAGATAGGAGGATAAAGCAGA
GCCAGATCTATGACCGACCAGGAAAATACAGAATAAAACTACCAACCGTTGGAGTGAGGA
CAACAGGCACTGTAATGGTGGAGATGGTGGACAAGAATGGACTCCATTTTTCAGACGAAT
TCTCTCTAACATTCCATATGTATTATTACAAGCTTTTGAAGTGGCTGCTTGTCCTCCCGA
TGCTCGGATGTTCGGTCTGCTCGTGATACTACGACCTCAAGAAGCTGTGCCCCTCCCGTC
CTTTTCCCGCAACAGAGACTTGTGATACTAAGTGCTTGAGCTCTAAGTATCGCCTTAAAT
AGCTCGTCTAAAGTATTAGATATCTTTTTTGTTTGTTAAAGATCTTTAGATAATCTTTCT
TTTGAGTTTATAAAGTTTATGTATTACTTTATTCCTGTAACCTTTCGTCGGTTAAAAGAA
AAACTAATCATGCATTATCACTCTGTATTACTTTACATTGTTACAGAGTCGGTACTATTC
ATT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1D105JQ 511 0 0
A
AAAAAAAAACTAATCATGCATTATCACTCTGTATTACTTTACATTGTTACAGAGTCGGTA
CTATTCATTATTTCTTGTTTCCTTTACCCTTGTCTGCTTCTTATGAAAACAATGTCTGCT
CGTACACAAACTGAGTGAGCAGTGGGATAAGGATAGCTCCAAAAACAGCTACTTTTCTCC
AATCCGGTGAAAAAACAAACAAATCTGCGATTGCTAAAGCCACGATCCCAATTAAACCGA
GGTAAATGTTCCTTCTTGACTCTGATCCTGCACTTTCTTTGGTTACTTCTTGTATTCTCT
GAGTATCCTCTTTAGCTTCCTCTGCATCCACAGGCTTCTTATCACGGAAGCTCTTGAAAA
ACAATCCTTCGTTCCTATCTTCCACAATCTTCTCTTCAAACTCAGCCAACTTGTTATCGT
TCTCCTCTATCTCCAATCTGTTAAGTCCCACAAATTCCTCAAAAGCTTGCATCTTGCTCT
CGATGTTCTCTAGTATCCTTGAGCTTGCTT

QA 2 511 2 511
DS 



AS 2 8

CO CL534Contig1 473 6 7 U
GGACAGCAGGTCCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGATCAGCATCAAAC
CCTAGAGCTCGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAA
GCAGCCAAAAACTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAA
GAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTT
TGGAGGCTCTGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGTATCCATGAAGCG
TGTCTTTGACAGTGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCCTATCATGTCTGT
AGGGGAGTGACTCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCAAAAG
AAAAGAAAGATGGTTTCTATTTAAAAAAACAAGTAGTGCCATAGTTCTCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C405TF U 1
AF RR1B712JQ C 10
AF RR1B712TF U 10
AF RR1FX13TF U 10
AF RR1FM83JQ C 12
AF RR1FM83TF U 12
BS 1 287 RR1C405TF
BS 288 288 RR1B712TF
BS 289 415 RR1C405TF
BS 416 416 RR1B712TF
BS 417 428 RR1C405TF
BS 429 429 RR1B712TF
BS 430 473 RR1FM83TF

RD RR1C405TF 428 0 0
GGACAGCAGGTCCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGATCAGCATCAAAC
CCTAGAGCTCGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAA
GCAGCCAAAAACTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAA
GAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTT
TGGAGGCTCTGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGCATCCATGAAGCG
TGTCTTTGACAGTGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCCTATCATGTCTGT
AGGGGAGTGACTCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCTAAAG
AAAAGAAA

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR1B712JQ 426 0 0
GTCCATCGTTTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTTTCAGATCAGCATCAAACCCTAGAGCT
CGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAGCAGCCAAA
AACTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAGAAAGACGA
GGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGCTC
TGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGTATCCATGAAGCGTGTCTTTGA
CAGTGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCCTATCATGTCTGTAGGGGAGTG
ACTCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCAAAAGAAAAGAAAG
ATGGTT

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR1B712TF 420 0 0
GTCCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGATCAGCATCAAACCCTAGAGCT
CGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAGCAGCCAAA
AACTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAGAAAGACGA
GGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGCTC
TGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGTATCCATGAAGCGTGTCTTTGA
CAGTGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCCTATCATGTCTGTAGGGGAGTG
ACTCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCAAAAGAAAAGAAAG

QA 1 420 1 420
DS 

RD RR1FX13TF 420 0 0
GTCCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGATCAGCATCAAACCCTAGAGCT
CGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAGCAGCCAAA
AACTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAGAAAGACGA
GGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGCTC
TGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGTATCCATGAAGCGTGTCTTTGA
CAGTGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCCTATCATGTCTGTAGGGGAGTG
ACTCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCAAAAGAAAAGAAAG

QA 1 420 1 420
DS 

RD RR1FM83JQ 462 0 0
CCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGATCAGCATCAAACCCTAGAGCTCG
AGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGA***AAGGCGAAACCTTTGAAGCAGCCAAAAA
CTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAGAAAGACGAGG
AAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGCTCTG
GTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGTATCCATGAAGCGTGTCTTTGACA
GTGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCCTATCATGTCTGTAGGGGAGTGAC
TCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCTAAAGAAAAGAAAGAT
GGTTTCTATTTAAAAAAACAAGTAGTGCCATAGTTCTCCATC

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1FM83TF 462 0 0
CCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGATCAGCATCAAACCCTAGAGCTCG
AGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGA***AAGGCGAAACCTTTGAAGCAGCCAAAAA
CTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAGAAAGACGAGG
AAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGCTCTG
GTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGTATCCATGAAGCGTGTCTTTGACA
GTGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCCTATCATGTCTGTAGGGGAGTGAC
TCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCTAAAGAAAAGAAAGAT
GGTTTCTATTTAAAAAAACAAGTAGTGCCATAGTTCTCCATC

QA 1 462 1 462
DS 



CO CL534Contig2 461 2 1 U
GGATTCGCAAACACACAGCAGGTCCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGA
TCAGCATCAAACCCTAGACCTCGAGGAACCAACCATGTCGTCTAAGCAAGGAGGAAAGGC
GAAACCTTTGAAGCAGCCAAAAACTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAA
CCTTCAGAAGAAGAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCA
GAAGGGATCTTTTGGAGGCTCTGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGT
ATCCATGAAGCGTGTCTTTGACAGTGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCC
TATCATGTCTGTAGGGGAGTGACTCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTT
TCATTTCTAAAGAAAAGAAAGATGGTTTCTATTTAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF47TF U 1
AF RR1FN70TF U 24
BS 1 461 RR1EF47TF

RD RR1EF47TF 461 0 0
GGATTCGCAAACACACAGCAGGTCCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGA
TCAGCATCAAACCCTAGACCTCGAGGAACCAACCATGTCGTCTAAGCAAGGAGGAAAGGC
GAAACCTTTGAAGCAGCCAAAAACTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAA
CCTTCAGAAGAAGAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCA
GAAGGGATCTTTTGGAGGCTCTGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGT
ATCCATGAAGCGTGTCTTTGACAGTGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCC
TATCATGTCTGTAGGGGAGTGACTCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTT
TCATTTCTAAAGAAAAGAAAGATGGTTTCTATTTAAAAAAA

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR1FN70TF 429 0 0
CCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGATCAGCATCAAACCCTAGACCTCG
AGGAACCAACCATGTCGTCTAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAGCAGCCAAAAA
CTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAGAAAGACGAGG
AAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGCTCTG
GTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGTATCCATGAAGCGTGTCTTTGACA
GTGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCCTATCATGTCTGTAGGGGAGTGAC
TCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCTAAAGAAAAGAAAGAT
GGTTTCTAT

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 9

CO CL535Contig1 691 9 7 U
TTTTTTTCTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAG
CAACTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGA
GGAAACCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTC
GTCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAA
AGGAACAATTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTC
TTGGCGCCGATTCTCTTGACACCGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACA
TAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGA
TTGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGG
CTTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTT
TACTTTTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTG
GTACGTTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCTGTGTCG
CTACTACCACATGAATTTAGCTTTTCTATTC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 0 50 50 50 50 5 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 

AF RR1GT84TF U 19
AF RR1FP60JQ C 71
AF RR1EB77TF U 1
AF RR1EU38TF U 1
AF RR1FP60TF U 1
AF RR1EU38JQ C 2
AF RR1GT84JQ C 71
AF RR1FF85TF U 111
AF RR1FF85JQ C 182
BS 1 129 RR1EB77TF
BS 130 130 RR1GT84TF
BS 131 547 RR1EB77TF
BS 548 548 RR1EU38TF
BS 549 636 RR1EB77TF
BS 637 660 RR1EU38TF
BS 661 691 RR1FF85TF

RD RR1GT84TF 497 0 0
CTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAGCAACTTCTCTAAGCTTCA
AAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGAGGAAACCCTCGAGTTTTC
AGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTCGTCTTCAAATCAGTTGCG
CTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAAGGAACAATTGGCTTTGT
CTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGCGCCGATTCTCTTG
ACACCGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTG
ATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGTTCAGA
AGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGCTTTCTTTTCCTTTAGAC
CTTTCTTGGTTTCGGAG

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1FP60JQ 527 0 0
AAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTACCAGGTGTTGAGGAAACCCTC
GAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTCGTCTTCAAAT
CAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAAGGAACAGTT
GGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTTTCTGCTCTTGGCGCCGA
TTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGA
GGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCT
TGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGCTTTCTTTTC
CTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTTTATTTTTCTT
CTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTG

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1EB77TF 636 0 0
TTTTTTTCTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAG
CAACTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGA
GGAAACCCTTGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTC
GTCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAA
AGGAACAATTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTC
TTGGCGCCGATTCTCTTGACACCGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACA
TAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGA
TTGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGG
CTTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTT
TACTTTTATTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTG
GTACGTTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACG

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1EU38TF 660 0 0
T
TTTTTTCTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAGC
AACTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGAG
GAAACCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTCG
TCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAA
GGAACAATTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCT
TGGCGCCGATTCTCTTGACACCGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACAT
AAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGAT
TGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACATGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGC
TTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTTT
ACTTTTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTGG
TACGTTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCTGTGTCG

QA 2 660 2 660
DS 

RD RR1FP60TF 643 0 0
T
TTTTTTCTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAGC
AACTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTACCAGGTGTTGAG
GAAACCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTCG
TCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAA
GGAACAGTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCT
TGGCGCCGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACAT
AAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGAT
TGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGC
TTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTTT
ATTTTTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTGG
TACGTTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATA
C

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR1EU38JQ 661 0 0
TTTTTTCTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAGC
AACTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGAG
GAAACCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTCG
TCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAA
GGAACAATTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCT
TGGCGCCGATTCTCTTGACACCGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACAT
AAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGAT
TGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACATGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGC
TTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTTT
ACTTTTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTGG
TACGTTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCTGTGTCGC
T

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1GT84JQ 591 0 0
AAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGAGGAAACCCTC
GAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTCGTCTTCAAAT
CAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAAGGAACAATT
GGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTTTCTGCTCTTGGCGCCGA
TTCTCTTGACACCGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGA
GGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCT
TGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGCTTTCTTTTC
CTTTAGACCTTTTTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTTTACTTTTATT
CTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTGGTACGTTGAG
ATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCTGTGTCGC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1FF85TF 581 0 0
G
AGGTGTTGAGGAAACCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAA
AGAGCCTTCGTCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTG
ACATTGTAAAGGAACAGTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGT
TCTCTGCTCTTGGCGCCGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAA
AGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGG
CTGATTTGATTGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAAC
GCAAACCGGCTTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCCTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGT
ATGTCATTTTATTTTTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAA
CTTTTGTTGGTACGTTGAGGTTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGA
TCTGTGTCGCTACTACCACATGAATTTAGCTTTTCTATTC

QA 2 581 2 581
DS 

RD RR1FF85JQ 510 0 0
TCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAA
GGAACAGTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTTTTTGCTCT
TGGCGCCGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACAT
AAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGAT
TGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGC
TTTTTTTTCCTTTAGACCTTTCCTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTTT
ATTTTTTTTTTTTTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTGG
TACGTTGAGGTTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCTGTGTCGC
TACTACCACATGAATTTAGCTTTTTTATTC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 9

CO CL536Contig1 921 9 16 U
GGACTCACAGAGAAACCATCTCCACAAGCAACCTGCACACAAAAAAGAATCTCTCAAAAC
ACTTCTTCTCCACTAATACAATACTAATTACTTCTGATCAACAACATTGTTGCTGCGATT
CAAGCCATGGCTTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGACAATCATCGACTCAAGAGCTCCT
CCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCT
CAGTCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCTGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTG
AGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCT
CCTGCCGCCAATAGCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAA
GAAGCTTGGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTT
GTGGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTGATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCT
GGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATA
TTCAAGCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATA
GGGAGCAACTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTAGGGTGGGCAATTCATAAA
TTGAATGAATCTAACACATCCCACATCCTTCATTCAATCTCCCTTCTCGTAACTAAATAA
ATTATACATCCTCTTTGTCTCAGGTGTCTTTTTAGCTCAAAATATATCATCCATACATCC
ATCTGTGTCGATGTTGTAAATTCCTCAGACTATATATATGAGATGTTTGGTACATTTTTA
CAGAGGTTTCATACTTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 15 35 35 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G822TF U 1
AF RR1DU93TF U 35
AF RR1G861TF U 5
AF RR1D545TF U 28
AF RR1E086TF U 70
AF RR1D545JQ C 189
AF RR1DU93JQ C 243
AF RR1G822JQ C 497
AF RR1E086JQ C 248
BS 1 75 RR1G822TF
BS 76 78 RR1G861TF
BS 79 585 RR1G822TF
BS 586 622 RR1G861TF
BS 623 639 RR1D545TF
BS 640 640 RR1E086TF
BS 641 684 RR1D545TF
BS 685 687 RR1E086TF
BS 688 688 RR1D545JQ
BS 689 690 RR1E086TF
BS 691 693 RR1D545JQ
BS 694 704 RR1E086TF
BS 705 705 RR1D545JQ
BS 706 724 RR1E086TF
BS 725 912 RR1D545JQ
BS 913 921 RR1E086JQ

RD RR1G822TF 585 0 0
GGACTCACAGAGAAACCATCTCCACAAGCAACCTGCACACAAAAAAGAATCTCTCAAAAC
ACTTCTTCTCCACTA***CAATACTAATTACTTCTGATCAACAACATTGTTGCTGCGATT
CAAGCCATGGCTTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGACAATCATCGACTCAAGAGCTCCT
CCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCT
CAGTCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCTGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTG
AGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCT
CCTGCCGCCAATAGCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAA
GAAGCTTGGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTT
GTGGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTGATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCT
GGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCT

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1DU93TF 551 0 0
AGGG
ACAAAAAAGAATCTCTCAAAACACTTCTTCTCCACTAATACAATACTAATTACTTCTGAT
CAACAACATTGTTGCTGCGATTCAAGCCATGGCTTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGAC
AATCATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTAT
TTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCTGCCAAAGCCAC
TGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGT
TGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAATAGCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACC
GGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAG
TTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTGATCTCGGCTAT
CGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTG
GTTTGCT

QA 5 551 5 551
DS 

RD RR1G861TF 618 0 0
GG
ACAGAGAAACCATCTCCACAAGCAACCTGCACACAAAAAAGAATCTCTCAAAACACTTCT
TCTCCACTAATACAATACTAATTACTTCTGATCAACAACATTGTTGCTGCGATTCAAGCC
ATGGCTTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGACAATCATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCTT
CCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTCG
CTTCAGTCTCAGACCCGCGCTGCCAAAGCCACTGCCTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAAC
GTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCC
GCCAATAGCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTGCCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCT
TGGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCT
CTTTGGGGAACTGCTGGTGTGATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTT
CTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAG
CCAGACAGGGAGACTC

QA 3 618 3 618
DS 

RD RR1D545TF 657 0 0
GGAACCTGCAC
ACAAAAAAGAATCTCTCAAAACACTTCTTCTCCACTAATACAATACTAATTACTTCTGAT
CAACAACATTGTTGCTGCGATTCAAGCCATGGCTTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGAC
AATCATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTAT
TTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCTGCCAAAGCCAC
TGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGT
TGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAATAGCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACC
GGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAG
TTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTGATCTCGGCTAT
CGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGCGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTG
GTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTCAA
G*ACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAACTGAACCAGATGATGA

QA 12 657 12 657
DS 

RD RR1E086TF 667 0 0
GG
ACTAATACAATACTAATTACTTCTGATCAACAACATTGTTGCTGCGATTCAAGCCATGGC
TTCACTTCCAGTCTCTTCTTCCTCGACAATCATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCTTCCTTC
TCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTCGCTTCA
GTCTCAGACCCGCGCTGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTT
GACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAA
TAGCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGA
CAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCTTTG
GGGAACTGCTGGTGTGATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTTCTTGA
AGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGA
CAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAACTG
AACCAGATGATGATGA*GAG**AGCCTTTTAGG*TGGGCAATTCATAAATTGA
TGATCTACACAT

QA 3 655 3 655
DS 

RD RR1D545JQ 727 0 0
TTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTCGCT
TCAGTCTCAGACCCGCGCTGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGT
TTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGC
CAATAGCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTG
GGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCT
TTGGGGAACTGCTGGTGTGATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGCGTTCT
TGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCC
AGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAA
CTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTAGGGTGGGCAATTCATAAATTGAATGA
ATCTAACACATCCCACATCCTTCATTCAATCTCCCTTCTCGTAACTAAATAAATTATACA
TCCTCTTTGTCTCAGGTGTCTTTTTAGCTCAAAATATATCATCCATACATCCATCTGTGT
CGATGTTGTAAATTCCTCAGACTATATATATGAGATGTTTGGTACATTTTTACAGAGGTT
TCAT
ACT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1DU93JQ 670 0 0
GTCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCTGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAG
GAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCC
TGCCGCCAATAGCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGA
AGCTTGGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGT
GGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTGATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGG
TGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATT
CAAGCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGG
GAGCAACTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTAGGGTGGGCAATTCATAAATT
GAATGAATCTAACACATCCCACATCCTTCATTCAATCTCCCTTCTCGTAACTAAATAAAT
TATACATCCTCTTTGTCTCAGGTGTCTTTTTAGCTCAAAATATATCATCCATACATCCAT
CTGTGTCGATGTTGTAAATTCCTCAGACTATATATATGAGATGTTTGGTACATTTTTACA
GAGGT
TTCAT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1G822JQ 411 0 0
CTGCTGGTGTGATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTG
TTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGACAGGG
AGACTCTGTTTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAACTGAACCA
GATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTAGGGTGGGCAATTCATAAATTGAATGAATCTAACA
CATCCCACATCCTTCATTCAAACTCCCTTCTCGTAACTAGATAAATTA**CATCCTCTTT
GTCTCAGGTGTCTTTTTAGCTCAAAATATATCATCCATACATCCATCTGTGTCGATGTTG
TAAATTCCTCAGACTATATATATGAGATGTTTGGTACATTTTTACAGAGGT

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR1E086JQ 674 0 0
TTCAGTCTCAGACCCGCGCTGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACG
TTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCG
CCAATAGCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTT
GGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTC
TTTGGGGAACTGCTGGTGTGATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTTC
TTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGC
CAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCA
ACTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTAGGGTGGGCAATTCATAAATTGAATG
AATCTAACACATCCCACATCCTTCATTCAATCTCCCTTCTC*TAACTAAATAAATTATAC
ATCCTCTTTGTCTCAGGTGTCTTTTTAGCTCAAAATATATCATCCATACATCCATCTGTG
TCGATGTTGTAAATTCCTCAGACTATATATATGAGATGTTTGGTACATTTTTACAGAGGT
TTCATACTTTTGCC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 2 9

CO CL537Contig1 576 7 4 U
GGGAGAATACGCAAGTCACAAATTTGTTTCACAGCGAACTATTCTCCTGCGCCTAGCCGT
CGTGTTCTCTCGCTTCGTCGTCTGTTTGATTTAGATCGAGTTTTGAGGGATAAGAAGTAA
TAATGTCAAGAGGCAAATACATAGTCGGTGCCCTTGTGGGATCTGCCGTAGTAGCCTACG
TCTGTGACAAAGTCATCTCTGATGATAAGATTTTCGGAGGTTCTACACCGGGAACTATTA
CTAACAAGGCATGGGGTGTTGCTACTGAAGAGAGGCTCCAAGCATGGCCAAGAACTGCTG
GTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTG
AATAACTGCAATCCCCTTCCTATCTCTCTCTCATTTGGATACAAGATATTTGCTCTCTAT
GTTGGCCCCCTTTATCTTTTGATTTGAGGATCCGCTATTTTCTCAGTAATAATTTGTGGG
GATTGATGGATTGGATGGAATACACATTATTCATTCCAATCTTTTCTTTGTTGATTTTGA
CGATAATATTAAATTGAGCCAACAAGACTTGAGAGC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV39TF U 1
AF RR1GV39JQ C 1
AF RR1C416TF U 1
AF RR1GH37TF U 242
AF RR1CU09TF U 1
AF RR1FM53TF U 11
AF RR1EU85TF U 29
BS 1 11 RR1C416TF
BS 12 12 RR1GV39TF
BS 13 561 RR1C416TF
BS 562 576 RR1CU09TF

RD RR1GV39TF 423 0 0
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TAATGTCAAGAGGCAAATACATAGTCGGTACCCTTGTGGGATCTGCCGTA*TAGCCTACG
TCTGTGACAAAGTCATCTCTGATGATAAGATTTTCGGAGGTTCTACACCGGGAACTATTA
CTAACAAGGCATGGGGTGTTGCTACTGAAGAGAGGCTCCAAGCATGGCCAAGAACTGCTG
GTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTG
AATAACTGCAATCCCCTTCCTATCTCTCTCTC*TTTGGATACAAGATATTTGCTCTCTAT
GT
G

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR1GV39JQ 526 0 0
GGGAGAATACGCAAGTCACAAATTTGTTTCACAGCGAACTATTCTCCTGCGCCTAGCCGT
CGTGTTCTCTCGCTTCGTCGTCTGTTTGATTTAGATCGAGTTTTGAGGGATAAGAAGTAA
TAATGTCAAGAGGCAAATACATAGTCGGTACCCTTGTGGGATCTGCCGTAGTAGCCTACG
TCTGTGACAAAGTCATCTCTGATGATAAGATTTTCGGAGGTTCTACACCGGGAACTATTA
CTAACAAGGCATGGGGTGTTGCTACTGAAGAGAGGCTCCAAGCATGGCCAAGAACTGCTG
GTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTG
AATAACTGCAATCCCCTTCCTATCTCTCTCTCATTTGGATACAAGATATTTGCTCTCTAT
GTTGGCCCCCTTTATCTTTTGATTTGAGGATCCGCTATTTTCTCAGTAATAATTTGTGGG
GATTGATGGATTGGATGGAATACACATTATTCATTCCAATCTT
AGG

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR1C416TF 561 0 0
GGGAGAATACGTAAGTCACAAATTTGTTTCACAGCGAACTATTCTCCTGCGCCTAGCCGT
CGTGTTCTCTCGCTTCGTCGTCTGTTTGATTTAGATCGAGTTTTGAGGGATAAGAAGTAA
TAATGTCAAGAGGCAAATACATAGTCGGTGCCCTTGTGGGATCTGCCGTAGTAGCCTACG
TCTGTGACAAAGTCATCTCTGATGATAAGATTTTCGGAGGTTCTACACCGGGAACTATTA
CTAACAAGGCATGGGGTGTTGCTACTGAAGAGAGGCTCCAAGCATGGCCAAGAACTGCTG
GTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTG
AATAACTGCAATCCCCTTCCTATCTCTCTCTCATTTGGATACAAGATATTTGCTCTCTAT
GTTGGCCCCCTTTATCTTTTGATTTGAGGATCCGCTATTTTCTCAGTAATAATTTGTGGG
GATTGATGGATTGGATGGAATACACATTATTCATTCCAATCTTTTCTTTGTTGATTTTGA
CGATAATATTAAATTGAGCCA

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1GH37TF 319 0 0
G
AACAAGGCATGGGGTGTTGCTACTGAAGAGAGGCTCCAAGCATGGCCAAGAACTGCTGGT
CCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTGAA
TAACTGCAATCCCCTTCCTATCTCTCTCTCATTTGGATACAAGATATTTGCTCTCTATGT
TGGCCCCCTTTATCTTTTGATTTGAGGATCCGCTATTTTCTCAGTAATAATTTGTGGGGA
TTGATGGATTGGATGGAATACACATTATTCATTCCAATCTTTTCTTTGTTGATTTTGACG
ATAATATTAAATTGAGCC

QA 2 319 2 319
DS 

RD RR1CU09TF 576 0 0
GGGAGAATACGCAAGTCACAAATTTGTTTCACAGCGAACTATTCTCCTGCGCCTAGCCGT
CGTGTTCTCTCGCTTCGTCGTCTGTTTGATTTAGATCGAGTTTTGAGGGATAAGAAGTAA
TAATGTCAAGAGGCAAATACATAGTCGGTGCCCTTGTGGGATCTGCCGTAGTAGCCTACG
TCTGTGACAAAGTCATCTCTGATGATAAGATTTTCGGAGGTTCTACACCGGGAACTATTA
CTAACAAGGCATGGGGTGTTGCTACTGAAGAGAGGCTCCAAGCATGGCCGAGAACTGCTG
GTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTG
AATAACTGCAATCCCCTTCCTATCTCTCTCTCATTTGGATACAAGATATTTGCTCTCTAT
GTTGGCCCCCTTTATCTTTTGATTTGAGGATCCGCTATTTTCTCAGTAATAATTTGTGGG
GATTGATGGATTGGATGGAATACACATTATTCATTCCAATCTTTTCTTTGTTGATTTTGA
CGATAATATTAAATTGAGCCAACAAGACTTGAGAGC

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1FM53TF 565 0 0
GG
AAGTCACAAATTTGTTTCACAGCGAACTATTCTCCTGCGCCTAGCCGTCGTGTTCTCTCG
CTTCGTCGTCTGTTTGATTTAGATCGAGTTTTGAGGGATAAGAAGTAATAATGTCAAGAG
GCAAATACATAGTCGGTGCCCTTGTGGGATCTGCCGTAGTAGCCTACGTCTGTGACAAAG
TCATCTCTGATGATAAGATTTTCGGAGGTTCTACACCGGGAACTATTACTAACAAGGCAT
GGGGTGTTGCTACTGAAGAGAGGCTCCAAGCATGGCCAAGAACTGCTGGTCCTCCCGTCG
TCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTGAATAACTGCAAT
CCCCTTCCTATCTCTCTCTCATTTGGATACAAGATATTTGCTCTCTATGTTGGCCCCCTT
TATCTTTTGATTTGAGGATCCGCTATTTTCTCAGTAATAATTTGTGGGGATTGATGGATT
GGATGGAATACACATTATTCATTCCAATCTTTTCTTTGTTGATTTTGACGATAATATTAA
ATTGAGCCAACAAGAC
TTGAGAG

QA 3 558 3 558
DS 

RD RR1EU85TF 546 0 0
GG
ACAGCGAACTATTCTCCTGCGCCTAGCCGTCGTGTTCTCTCGCTTCGTCGTCTGTTTGAT
TTAGATCGAGTTTTGAGGGATAAGAAGTAATAATGTCAAGAGGCAAATACATAGTCGGTG
CCCTTGTGGGATCTGCCGTAGTAGCCTACGTCTGTGACAAAGTCATCTCTGATGATAAGA
TTTTCGGAGGTTCTACACCGGGAACTATTACTAACAAGGCATGGGGTGTTGCTACTGAAG
AG**GCTCCAAGCATGGCCAAGAACTGCTGGTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTC
GCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTGAATAACTGCAATCCCCTTCCTATCTCTCTC
TCATTTGGATACAAGATATTTGCTCTCTATGTTGGCCCCCTTTATCTTTTGATTTGAGGA
TCCGCTATTTTCTCAGTAATAATTTGTGGGGATTGATGGATTGGATGGAATACACATTAT
TCATTCCAATCTCTTCTTTGTTGATTTTGACGATAATATTAAATTGAGCCAACAAGAC
TTGAGA

QA 3 540 3 540
DS 



CO CL537Contig2 186 2 3 U
GTCTTGTTGGCTCAATTTAATATTATCCTCAAAATCAACAAAAAAAAAATTGGAATGAAT
AATGTGTATTCCATCCAATCCATCAATCCCCACAAATTATTACTGAAAAAATAGCGGATC
CTCAAATCAAAAAATAAAGGGGGCCAACATAAAAAGCAAATATCTTGTATCCAAATGAAA
AAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH37JQ U 9
AF RR1CU09JQ U 1
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DS 

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AATGTGTATTCCATCCAATCCATCAATCCCCACAAATTATTACTGAAAAAATAGCGGATC
CTCAAATCAAAAAATAAAGGGGGCCAACATAAAAAGCAAATATCTTGTATCCAAATGAAA
AAAAAA

QA 1 186 1 186
DS 



AS 2 9

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CCTGAAAAGACAAGAAAGAACAATCTCAATCGTCTCTCTCCCGGAAGAAGAAGAAGAAGA
AAAACAAACATGTGTAGTAAGATGGCGTTTACTCTGACAATCCCTCGATTTCACTCTCCA
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GCTCACTTCAGCCATGAACGATCCATTTCTCTCAGACGAAGACTTTTCTTATTACCCGTC
AAAGCCACTACCGATCAGTCAGGTCAGGTGGGTGGGGAAGAAGTTGACAGCAAGATCTTA
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CTCCAAGCGATGCAATCATTCTATTACGAAGGGAAGGCTGTTATGTCTAACGAAGAGTTT
GATAACCTAAAAGAAGAGTTGATGTGGGAAGGAAGCAGTGTTGTCATGCTAAGTTCCGAT
GAACAAAGATTCCTTGAAGCTTCAATGGCTTATGTGTCTGGCAATCCAATCATGACTGAT
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GGGTCCAAGATGCAGTCTTCGTAGTAAAAAGGTTTACAGTGATCTTGCAGTAGATTATTT
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TGATGACCTTACAGGTTTTGAAATCACTTACTTGCTCGAGCTTCCGGAACCATCCAGTTT
CATTTTCACATGGTTCGCTGCGGCGCCTGCAATTGTGTATCTGGCACTATCACTCACCAA
GCTGATCATCAGAGACTCCTTGATCTTGAAGGGCCCTTGTCCAAATTGTGGAACAGAGAA
TATGTCTTTCTTTGGAACAATTCTATCCATCTCCAATGATGGTTCCACCAACAATGTTAA
ATGCTCCGGATGTGGACCGGCGATGGTCTATGACTCAAGTACTCGTTTGATCACATTACC
AGAAGGAGGCAATGCTTAAACCCTATGGGCCAAGGTTTCGTTTCTCAGGGAGATGTATGT
AAATTTGATACTAATAGATGAAGGAGGTGGAAAAATTAAGCAAAAGGGTTGTTTTGTGTG
CTTCTATAATCTCCAGATGTTTCCGTGTAGCTCTCGTTGACTTGTATTGTGTGTTGTAAG
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TCTCACTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FF82TF U 86
AF RR1AX70TF U 1
AF RR1A132TF U 453
AF RR1A132JQ C 461
AF RR1AX70JQ C 466
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AA

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DS 

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GCTCACTTCAGCCATGAACGATCCATTTCTCTCAGACGAAGACTTTTCTTATTACCCGTC
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GATAACCTAAAAGAAGAGTTGATGTGGGAAGGAAGCAGTGTTGTCATGCTAAGTTCCGAT
GAACAAAGATTCCTTGAAGCTTCAATGGCTTATGTGTCTGGCAATCCAATCATGACTGAT
GAAGAATACGACAAGCTGAAAATGAAACTAAAGATGGGATGGAAGTGAGATTGTGTGTGA
GGGTCCAAGATGCAGTCTTCGTAGTAAAAAGGTTTACAGTGATCTTGCAGTAGATTATTT
CAAAATGTTCCTGTTGAATGTACCAGCAACCGTTGTTGCTCTCGGACTGTTTTTCTTCCT
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CATTTTCA

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DS 

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G
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*TGG*ATGGAAGTGAGATTGTGTGTGAGGGTCCAAGATGCAGTCTTCGTAGTAAAAAGGT
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TGTTGCTCTCGGACTGTTTTTCTTCCTTGATGACCTTACAGGTTTTGAAATCACTTACTT
GCTCGAGCTTCCGGAACCATTCAGTTTCATTTTCACATGGTTCGCTGCGGCGCCTGCAAT
TGTGTATCTGGCACTATCACTCACCAAGCTGATCATCAGAGACTCCTTGATCTTGAAGGG
CCCTTGTCCAAATTGTGGAACAGAGAATATGTCTTTCTTTGGAACAATTCTATCCATCTC
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GAGTGGAAAAT

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GGAAGTGAGATTGTGTGTGAGGGTCCAAGATGCAGTCTTCGTAGTAAAAAGGTTTACAGT
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CTCGGACTGTTTTTCTTCCTTGATGACCTTACAGGTTTTGAAATCACTTACTTGCTCGAG
CTTCCGGAACCATTCAGTTTCATTTTCACATGGTTCGCTGCGGCGCCTGCAATTGTGTAT
CTGGCACTATCACTCACCAAGCTGATCATCAGAGACTCCTTGATCTTGAAGGGCCCTTGT
CCAAATTGTGGAACAGAGAATATGTCTTTCTTTGGAACAATTCTATCCATCTCCAATGAT
GGTTCCACCAACAATGTTAAATGCTCCGGATGTGGACCGGCGATGGTTTATGACTCAAGT
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TTTTTCAGGGAGATGTATGTAAATTTGATACTAATAGATGAAGGAGGTGGAAAAATTAAG
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CTTGTATTGTGTGTTGTAAGTAGATGTGAGGTGAAATCAGAGAA
AG

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DS 

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GGGTTGTTTTGTGTGCTTCTATAATCTCCAGATGTTTCCGTGTAGCTCTCGTTGACTTGT
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TTTGGGGAATTTCGCTCTCACTAG

QA 1 864 1 864
DS 



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TGTAGTAAGATGGCGTTTACTCTAACAATCCCTCGATTTCACTCTCCAATTTCTCGCAAA
CCCACCACCACCACTTGTTCATCTCCTCCTTCGAGGACACAGTCTGCTCACTTCAGCCAT
GAACGGTCCATTTCTCTCAGACGAATACTTTTCTTATTACCCGTCAAAGCCACTACCGAT
CAGTCAGGTCAGGTGGGTGGGGAAGAAGTTGACAGCAAGATCTTACCTTACTGTAGCATC
AACAAGAACGAGAAGAGATCAATCGGTGAAATGGAGCAAGAGTTTCTCCAAGCGATGCAA
TCATTCTATTACGAAGGCAAGGCGGTTATGTCTAACGAAGAGTTTGATAACCTAAAAGAA
GAGTTGATGTGGGAAGGAAGCAGTGTTGTCATGCTAAGTTCCGATGAACAAAGATTCCTT
GAAGCTTCAATGGCTTATGTGTCTGGCAATCCAATCATGACTGATGAAGAATACGACAAG
CTGAAAATGAAACTAAAGATGGATGGAAGTGAGATTGTGTGTGAGGGTCCAAGATGCAGT
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AATGTACCAGCAACCGTTGTTGCTCTCGGACTGTTTTTCTTCCTTGATGACCTTACTGGT
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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A
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GATGTTTCCATGTACCTCTCATTGACTTTATTGTGTGTTGTAAGTAAATGTGAGGTGAAA
TCAGAGAACGAACACC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 9

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E567JQ C 3
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AF RR1BX74JQ C 1
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AF RR1CO05JQ C 3
AF RR1CO05TF U 3
AF RR1AA37JQ C 3
AF RR1CN07TF U 3
AF RR1AA37TF U 3
BS 1 2 RR1BX74JQ
BS 3 3 RR1BX74TF
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QA 1 527 1 527
DS 

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CTACACAATCATAACAAGCCAATGCAAGGGTCCCAAATACCCACCCAAGAAGTGTCGCAC
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QA 1 577 1 577
DS 

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GG
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CCG

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CCG

QA 1 576 1 576
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DS 

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ATCTTAACATGATGAATATCAAGAAGCTATAAAAGTGCTCCC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 7

CO CL540Contig1 1239 7 9 U
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GGGCCCAACCCAAGAGAGATAGAGACGTGACCTTGTCGGTGAGATGCGAGTATGGCGGAG
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ATTAAACTCTTTCTATTCCGGTGCGAAGCGGGAAGCTTTGGCGGGAGGATGGAGAGGGCA
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GAGAGAAGATGTAGACGATCAGAGCTAAAGAAGAGATCCCGACGCCGGCGGCCAGAAGGC
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TAGGGCGAACGCCTTTCTGAGAAAGATTTGATGGCTTCC


BQ
10 10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 5 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ17JQ U 324
AF RR1GT89JQ U 1
AF RR1FA59TF C 5
AF RR1BV43JQ U 1
AF RR1BV43TF C 1
AF RR1CK11JQ U 1
AF RR1CK11TF C 550
BS 1 169 RR1BV43JQ
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RD RR1CJ17JQ 144 0 0
TTCCATTTAACGTTTGGAAGGGAAACACTCCTTAACAAGGAGATAGTGGATAGGACGGTT
TCCTTCTCCCCATAAAAGGATATGAGTGGGGATGAAAATGATGATCCCGATGAACCCCCC
GGTAAACGAGTAACTAGTGAACTC

QA 1 144 1 144
DS 

RD RR1GT89JQ 550 0 0
GG
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ACTCCACAAACATAAAGCATTACATAATAAGAGGAAGCTAGAACTCTAAGATAGATAGAC
AGCAGATTCAGAGTAGAACTCGAATGCGTCGAAACAAGGTTCACGGCACAGCCGGAAACT
TGAGAATTAGTCACTCCGAGAAGTGACGTTAGCATCAAATCCGCACCTCGGAATATCGTA
AAAACGAAATCCGTTGCATCTTCAGGCCCCAAACGGACCGGTACACAAGATAGCAAAACA
GTTATAGATATGGATGGACGCTTCCATTTAACGTTTGGAAGGGAAACACTCCTTAACAAG
GAGATAGTGGATAGGACGGTTTCCTTCTCCGCATAAAAGGATATGAGTGGTGATGAAAAT
GATGATCCCGATGAACCCACCGGTAAACGAGTAACTAGTGAACTCTTCGGATAAGAGAGA
TAATGTGCTATGTGTAGAACCGCTTCGGTAAAGATCCCAATGAACCCACTGGTAATCTTC
AGGCAATT

QA 3 550 3 550
DS 

RD RR1FA59TF 668 0 0
CACAACTTTCATTTAAACTCAAACATTCACGCTACAATAGGTGATAGAGCTAATACAAAC
TCCACAAACATAAAGCATTACATAATAAGAGGAAGCTAGAACTCTAAGATAGATAGACAG
CAGATTCAGAGTAGAACTCGAATGCGTCGAAACAAGGTTCACAGCACAGCCGGAAACTTG
AGAATTAGTCACTCCGAGAAGTGACGTTAGCATCCAATCCGCACCTCGGAGTATCGTCGA
AACGAAATCCGTTGCATCTTCAGGCCCCAAACGGACCGGTACACAAGATAGCAAAACGGT
TATAGATATGGATGGACGCTTCCATTTAAAGTTTGGAAGGGAAACACTCCTTAACAAGGA
GATAATGGATAGGACG*TTTCCTTCTCCGTAGAAAATGATATGAGTGGCGATGAAAATGA
TGATCCCGATGAACCCACCGGTAAACGAGTAACTAGTGAACTCTTCGCATAAGAGAGATA
ATGTGCTATGTGTAGAACCGCTTCAGTAAAGATCCCAATGAACCCACTGGTAATCTTCAG
GCAATTAGTCAAAAGAACTAACCACCCCC*ACAAGTATATGGGCTGTGAAGCCATCGGGC
TGGACAAATAGTAATTAAGATCGATTGGGCTCTCCAGACCCATTTTCAATATATGAGGGC
CCAACCC
C

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1BV43JQ 740 0 0
GAAACACAACTTTCATTTAAACTCAAACATTCACGCTACAATAGGAGATAGAGCTAATAC
AAACTCCACAAACATAAAGCATTACATAATAAGAGGAAGCTAGAACTCTAAGATAGATAG
ACAGCAGATTCAGAGTAGAACTCGAATGCGTCGAAACAAGGTTCACGGCGCAGCCGGAAA
CTTGAGAATTAGTCACTCCGAGAAGTGACGTTAGCATCAAATCCGCACCTCGGAATATCG
TAAAAACGAAATCCGTTGCATCTTCAGGCCCCAAACGGACCGGTACACAAGATAGCAAAA
CAGTTATAGATATGGATGGACGCTTCCATTTAACGTTTGGAAGGGAAACACTCCTTAACA
AGGAGATAGTGGATAGGACGGTTTCCTTCTCCGCATAAAAGGATATGAGTGGTGATGAAA
ATGATGATCCCGATGAACCCACCGGTAAACGAGTAACTAGTGAACTCTTCGGATAAGAGA
GATAATGTGCTATGTGTAGAACCGCTTCGGTAAAGATCCCAATGAACCCACTGGTAATCT
TCAGGCAATTAGTCAAAAGAACTAACCACCCCCCACAAGTATATGGGCTGTGAAGCCATC
GGGCTGGACAAATAGTAATTAAGATCGATTGGGCTCTCCAGACCCATTTTCAATATATGA
GGGCCCAACCCAAGAGAGATAGAGACGTGACCTTGTCGGTGAGATGCGAGTATGGCGGAG
GAAACGCAGCGACATGTGAA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1BV43TF 756 0 0
GA
AACACAACTTTCATTTAAACTCAAACATTCACGCTACAATAGGAGATAGAGCTAATACAA
ACTCCACAAACATAAAGCATTACATAATAAGAGGAAGCTAGAACTCTAAGATAGATAGAC
AGCAGATTCAGAGTAGAACTCGAATGCGTCGAAACAAGGTTCACGGCGCAGCCGGAAACT
TGAGAATTAGTCACTCCGAGAAGTGACGTTAGCATCAAATCCGCACCTCGGAATATCGTA
GAAACGAAATCCGTTGCATCTTCAGGCCCCAAACGGACCGGTACACAAGATAGCAAAACA
GTTATAGATATGGATGGACGCTTCCATTTAACGTTTGGAAGGGAAACACTCCTTAACAAG
GAGATAGTGGATAGGACGGTTTCCTTCTCCGCATAAAAGGATATGAGTGGTGATGAAAAT
GATGATCCCGATGAACCCACCGGTAAACGAGTAACTAGTGAACTCTTCGGATAAGAGAGA
TAATGTGCTATGTGTAGAACCGCTTCGGTAAAGATCCCAATGAACCCACTGGTAATCTTC
AGGCAATTAGTCAAAAGAACTAACCACCCCCCACAAGTATATGGGCTGTGAAGCCATCGG
GCTGGACAAATAGTAATTAAGATCGATTGGGCTCTCCAGACCCATTTTCAATATATGAGG
GCCCAACCCAAGAGAGATAGAGACGTGACCTTGTCGGTGAGATGCGAGTATGGCGGAGGA
AACGCAGCGACATGTGAACGGCCGGGATAGTGT
C

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR1CK11JQ 764 0 0
GC
AACACAACTTTCATTTAAACTCAAACATTCACGCTACAATAGGTGATAGAGCTAATACAA
ACTCCACAAACATAAAGCATTACATAATAAGAGGAAGCTAGAACTCTAAGATAGATAGAC
AGCAGATTCAGAGTAGAACTCGAATGCGTCGAAACAAGGTTCACGGCACAGCCGGAAACT
TGAGAATTAGTCACTCCGAGAAGTGACGTTAGCATCCAATCCGCACCTCGGAGTATCGTC
GAAACGAAATCCGTTGCATCTTCAGGCCCCAAACGGACCGGTACACAAGATAGCAAAACG
GTTATAGATATGGATGGACGCTTCCATTTAACGTTTGGAAGGGAAACACTCCTTAACAAG
GAGATAATGGATAGGACGGTTTCCTTCTCCGTAGAAAATGATATGAGTGGCGATGAAAAT
GATGATCCCGATGAACCCACCGGTAAACGAGTAACTAGTGAGCTCTTCGCATAAGAGAGA
TAATGTGCTATGTGTAGAACCGCTTCAGTAAAGATCCCAATGAACCCACTGGTAATCTTC
AGGCAATTAGTCAAAAGAACTAACCACCCCC*ACAAGTATATGGGCTGTGAAGCCATCGG
GCTGGACAAATAGTAATTAAGATCGATTGGGCTCTCCAGACCCATTTTCAATATATGAGG
GCCCAACCCGAGAGAGATAGAGACGTGACCTTGTCGGTGAGATGCGAGTATGGCGGAGGA
AACGCAGCGACATGTGAATGGCCGGGATAGTGTGATGAGACG

QA 3 764 3 764
DS 

RD RR1CK11TF 690 0 0
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AAATAGTAATTAAGATCGATTGGGCTCTCCAGACCCATTTTCAATATATGAGGGCCCAAC
CCGAGAGAGATAGAGACGTGACCTTGTCGGTGAGATGCGAGTATGGCGGAGGAAACGCAG
CGACATGTGAATGGCCGGGATAGTGTGATGAGACGCGGCAGAGGAAAATAGATTAAACTC
TTTCTATTCCGGTGCGAAGCGGGAAGCTTTGGCGGGAGGATGGAGAGGGCAGGCGGCGGA
GAAGGCAACGGATCTGGCAGGTGACAGCGACTGTAACCGGCGAGCAACTCGACGGGTTGA
GGAATCCCCCAGAAAAAGACAGATTTAGTCGGACTATATCTGTAAAGATACAACAAAAAG
CTTCGACTCACGAACACAAGCTTGCCCCAAGGAGAAACAATGGCGTGAGCAGAGAGAATG
GCAAAGACAGAGAACCAGATCTGCGAACCCGCGGAACCGGTGTAGACGAAGGAGAGAAGA
TGTAGACGATCAGAGCTAAAGAAGAGATCCCGACGCCGGCGGCCAGAAGGCTCACCAGCG
TCAAGAAGCAGTGGTTTCAGATTTGCCTCGATTCTCGTGTCCGAGAGCTTCTAGGGCGAA
CGCCTTTCTGAGAAAGATTTGATGGCTTCC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 9

CO CL541Contig1 1095 9 28 U
GGAAACATATACAATCGAGAGCTCTAGGGTTTAAGCGGCCGCTCTTCGGACAGAACGAGA
GAGGGAGGAGTCGATACCTCTGCGATTAGGGTTTCCTCAAAAAGAAGTGAAAATGGTGGC
GGACAAGAGCAAGAAGGCGAAAATTGAAGAGGAAAACGTCGAGCAGATCGATGAAGAGCT
TGTCCTCTCGATCGAGAAGCTTCAGGAGATCCAAGACGACCTCGAGAAGATAAACGAAAA
GGCTAGCGATGAAGTCTTGGAAGTGGAACAGAAGTACAACGTGATAAGGAAGCCTGTTTA
TGACAAGCGTAACGAGATCATCAAAGCCATCCCTGATTTTTGGCTCACTGCTTTCTTGAG
CCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTTGACAGAAGAAGACCAAAAG*GTTTTCAAATATCTTA
GCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAAGATGTGAAGTCTGGATACTCCATCACTTTTCACT
TCAATCCCAACCCCTACTTTGAGGATGAGAAACTCACCAAGACTTTTACCTTCCTCGAAG
AAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTATCAGGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAA
ATGGAGTGAGTCAGGAGAAGAACGGAAACAAACGTGCATTACCTGAAGAGAGTTTCTTTA
CGTGGTTTAACGATGCGCAACACAAGGAGGACCTTGATGTAGAGATTAACGACGAG**GT
TGCGGATGTCATCAAGGAA*GATTTATGGCCCAACCCTCTCACCTACTTCAACAATGAGG
CTGATGAAGAGGATTTTGATGATGGTGATGAGGATGATGATGATGAGGAGGGGAAAGAAG
GTGACTCTGATGAAGATGATGACGAAGAAGACAAAGATGGTGAGGAATGATGAGAGGGTT
CCTTCCCCATAAACCACATCTGCTTACATGTAATGTGTCAAGTTTGTGTGTTTGAATAGT
TTTTTAAAATTTACGCAAATGTCTCATGACAACAAAGGACAAGCTAGTAGTATCTTTGTT
TGTATGAAAACTCTTTCCAGCCTTTTGTCGCAGTGTCTTAGATGGTTTTTGATTACTACA
TAGTCCTATCTTCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1DC13TF U 1
AF RR1G838TF U 95
AF RR1EU80TF U 1
AF RR1AF32TF U 39
AF RR1ES50TF U 212
AF RR1ES50JQ C 267
AF RR1G838JQ C 337
AF RR1EU80JQ C 337
AF RR1DC13JQ C 391
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BS 160 209 RR1DC13TF
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BS 211 367 RR1DC13TF
BS 368 368 RR1EU80TF
BS 369 375 RR1DC13TF
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BS 443 443 RR1EU80TF
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BS 499 515 RR1DC13TF
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BS 751 779 RR1AF32TF
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RD RR1DC13TF 526 0 0
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GAGGGAGGAGTCGATACCTCTGCGATTAGGGTTTCCTCAAAAAGAAGTGAAAATGGTGGC
GGACAAGAGCAAGAAGGCGAAAATTGAAGAGGAAAACGCCGAGCAGATCGATGAAGAGCT
TGTCCTCTCGATCGAGAAGCTTCAGGAGAGCCAAGACGACCTCGAGAAGATAAACGAAAA
GGCTAGCGATGAAGTCTTGGAAGTGGAACAGAAGTACAACGTGATAAGGAAGCCTGTTTA
TGACAAGCGTAACGAGATCATCAAAGCCATCCCTGATTTTTGGCTCACTGCTTTCTTGAG
CCACCCTACTTTAGGCGAGCTTTTGACAGAAGAAGACCAAAAG*GTTTTCAAATATCTTA
GCTCTCTGGATGTTGAGGATGCCAAAGATGTGAAGTCTGGATACTCCATCACTTTTCACT
TCAATCCCAACCCCTACCTTGAGGATGAGAAACTC*CCAAGACTTT

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1G838TF 590 0 0
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AACGTCGAGCAGATCGATGAAGAGCTTGTCCTCTCGATCGAGAAGCTTCAGGAGATCCAA
GACGACCTCGAGAAGATAAACGAAAAGGCTAGCGATGAAGTCTTGGAAGTGGAACAGAAG
TACAA*GTGATAAGGAAGCCTGTTTATGACAAGCGTAACGAGATCATCAAAGCCATCCCT
GATTTTTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTTGACAGAAGAA
GACCAAAAGAGTTTTCAAATATCTTAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAAGATGTGAA
GTCTGGATACTCCATCACTTTTCACTTCAATCC*AACCCCTACTTTGAGGATGAGAAACT
CACCAAGACTTTTACCTTCCTCGAAGAAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTATCAG
GTGGAAATAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGAGTGAGTCAG*AGAAGAACGGAAACAAACG
TGCATTACCTGAAGAGAGTTTCTTTACGTGGTTTAACGATGCGCAACACA

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1EU80TF 750 0 0
GGAAACATATACAATCGAGAGCTCTAGGGTTTAAGCGGCTGCTCTTCGGACAGAACGAGA
GAGGGAGGAGTCGATACCTCTGCGATTAGGGTTTCCTCAAAAAGAAGTGAAAATGGTGGC
GGACAAGAGCAAGAAGGCGAAAATTGAAGAGGAAAACGTCGAGCAGATCGATGAAGAGCT
TGTCCTCTCGATCGAGAAGCTTCAGGAGATCCAAGACGACCTCGAGAAGATAAACGAAAA
GGCTAGCGATGAAGTCTTGGAAGTGGAACAGAAGTACAACGTGATAAGGAAGCCTGTTTA
TGACAAGCGTAACGAGATCATCAAAGCCATCCCTGATTTTTGGCTCACTGCTTTCTTGAG
CCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTTGACAGAAGAAGACCAAAAG*GTTTTCAAATATCTTA
GCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAAGATGTGAAGTCTGGATACTCCATCACTTTTCACT
TCAATCCCAACCCCTACTTTGAGGATGAGAAACTCACCAAGACTTTTACCTTCCTCGAAG
AAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTATCAGGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAA
ATGGAGTGAGTCAGGAGAAGAACGGAAACAAACGTGCATTACCTGAAGAGAGTTTCTTTA
CGTGGTTTAACGATGCGCAACACAAGGAGGACCTTGATGTAGAGATTAACGACGAG**GT
TGCGGATGTCATCAAGGAA*GATTTATGGC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1AF32TF 825 0 0
GG
GCTCTTCGGACAGAACGAGAGAGGGAGGAGTCGATACCTCTGCGATTAGGGTTTCCTCAA
AAAGAAGTGAAAATGGTGGCGGACAAGAGCAAGAAGGCGAAAATTGAAGAGGAAAACGTC
GAGCAGATCGATGAAGAGCTTGTCCTCTCGATCGAGAAGCTTCAGGAGATCCAAGACGAC
CTCGAGAAGATAAACGAAAAGGCTAGCGATGAAGTCTTGGAAGTGGAACAGAAGTACAAC
GTGATAAGGAAGCCTGTTTATGACAAGCGTAACGAGATCATCAAAGCCATCCCTGATTTT
TGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTTGACAGAAGAAGACCAA
AAG*GTTTTCAAATATCTTAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAAGATGTGAAGTCTGG
ATACTCCATCACTTTTCACTTCAATCCCAACCCCTACTTTGAGGATGAGAAACTCACCAA
GACTTTTACCTTCCTCGAAGAAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTATCAGGTGGAA
AGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGAGTGAGTCAGGAGAAGAACGGAAACAAACGTGCATT
ACCTGAAGAGAGTTTCTTTACGTGGTTTAACGATGCGCAACACAAGGAGGACCTTGATGT
AGAGATTAACGACGAGCAGTTGCGGATGTCATCAAAGAAAGATTTATGGCCCAACCCTCT
CACCTACTTCAACAATGAG*CTGATGAAGAGGATTTTGATGATGGTGATGAGGATGATGA
TGATGAGGAGGGGAAAGAAG*TGACTCTGATGA*GATGATGAC

QA 3 825 3 825
DS 

RD RR1ES50TF 741 0 0
G
AAGACGACCTCGAGAAGATCAACGAAAAGGCTAGCGATGAAGTCTTGGAAGTGGAACAGA
AGTACAACGTGATAAGGAAGCCTGTTTATGACAAGCGTAACGAGATCATCAAAGCCATCC
CTGATTTTTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTCGACAGAAG
AAGACCAAAAG*GTTTTCAAATATCTTAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAAGATGTG
AAGTCTGGATACTCCATCACTTTTCACTTCAATCCCAACCCCTACTTTGAGGATGAGAAA
CTCACCAAGACTTTTACCTTCCTCGAAGAAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTATC
AGGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGAGTGAGTCAGGAGAAGAACGGAAACAAA
CGTGCATTACCTGAAGAGAGTTTCTTTACGTGGTTTAACGATGCGCAACACAAGGAGGAC
CTTGATGTAGAGATTAACGACGAG**GTTGCGGATGTCATCAAGGAA*GATTTATGGCCC
AACCCTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCTGATGAAGAGGATTTTGATGATGGTGATGAG
GATGATGATGATGAGGAGGGGAAAGAAG*TGACTCTGATGAAGATGATGACGAAGAAGAC
AAAGATGGTGAGGAATGATGAGAGGGTTCCTTCCCCATAAAC*ACATCTGCTTACATGTA
ATGTGTCAAGTTTGTGTGTT

QA 2 741 2 741
DS 

RD RR1ES50JQ 815 0 0
AACAGAAGTACAACGTGATAAGGAAGCCTGTT*ATGACAAGCGTAACGAGATCATCAAAG
CCATCCCTGATTTTTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTCGA
CAGAAGAAGACCAAAAG*GTTTTCAAATATCTTAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAA
GATGTGAAGTCTGGATACTCCATCACTTTTCACTTCAATCCCAACCCCTACTTTGAGGAT
GAGAAACTCACCAAGACTTTTACCTTCCTCGAAGAAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACA
CCTATCAGGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGAGTGAGTCAGGAGAAGAACGGA
AACAAACGTGCATTACCTGAAGAGAGTTTCTTTACGTGGTTTAACGATGCGCAACACAAG
GAGGACCTTGATGTAGAGATTAACGACGAG**GTTGCGGATGTCATCAAGGAA*GATTTA
TGGCCCAACCCTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCTGATGAAGAGGATTTTGATGATGGT
GATGAGGATGATGATGATGAGGAGGGGAAAGAAGGTGACTCTGATGAAGATGATGACGAA
GAAGACAAAGATGGTGAGGAATGATGAGAGGGTTCCTTCCCCATAAACCACATCTGCTTA
CATGTAATGTGTCAAGTTTGTGTGTTTGAATAGTTTTTTAAAATTTACGCAAATGTCTCA
TGACAACAAAGGACAAGCTAGTAGTATCTTTGTTTGTATGAAAACTCTTTCCAGCCTTTT
GTCGCAGTGTCTTAGATGGTTTTTGATTACTACA
G

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1G838JQ 737 0 0
TTTTTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTTGACAGAAGAAGA
CCAAAAG*GTTTTCAAATATCTTAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAAGATGTGAAGT
CTGGATACTCCATCACTTTTCACTTCAATCC*AACCCCTACTTTGAGGATGAGAAACTCA
CCAAGACTTTTACCTTCCTCGAAGAAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTATCAGGT
GGAAATAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGAGTGAGTCAGGAGAAGAACGGAAACAAACGTG
CATTACCTGAAGAGAGTTTCTTTACGTGGTTTAACGATGCGCAACACAAGGAGGACCTTG
ATGTAGAGATTAACGACGAG**GTTGCGGATGTCATCAAGGAA*GATTTATGGCCCAACC
CTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCTGATGAAGAGGATTTTGATGATGGTGATGAGGATG
ATGATGATGAGGAGGGGAAAGAAGGTGACTCTGATGAAGATGATGACGAAGAAGACAAAG
ATGGTGAGGAATGATGAGAGGGTTCCTTCCCCATAAACCACATCTGCTTACATGTAATGT
GTCAAGTTTGTGTGTTTGAATAGTTTTTTAAAATTTACGCAAATGTCTCATGACAACAAA
GGACAAGCTAGTAGTATCTTTGTTTGTATGAAAACTCTTTCCAGCCTTTTGTCGCAGTGT
CTTAGATGGTTTTTGAT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1EU80JQ 759 0 0
TTTTTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTTGACAGAAGAAGA
CCAAAAG*GTTTTCAAATATCTTAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAAGATGTGAAGT
CTGGATACTCCATCACTTTTCACTTCAATCCCAACCCCTACTTTGAGGATGAGAAACTCA
CCAAGACTTTTACCTTCCTCGAAGAAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTATCAGGT
GGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGAGTGAGTCAGGAGAAGAACGGAAACAAACGTG
CATTACCTGAAGAGAGTTTCTTTACGTGGTTTAACGATGCGCAACACAAGGAGGACCTTG
ATGTAGAGATTAACGACGAG**GTTGCGGATGTCATCAAGGAA*GATTTATGGCCCAACC
CTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCTGATGAAGAGGATTTTGATGATGGTGATGAGGATG
ATGATGATGAGGAGGGGAAAGAAGGTGACTCTGATGAAGATGATGACGAAGAAGACAAAG
ATGGTGAGGAATGATGAGAGGGTTCCTTCCCCATAAACCACATCTGCTTACATGTAATGT
GTCAAGTTTGTGTGTTTGAATAGTTTTTTAAAATTTACGCAAATGTCTCATGACAACAAA
GGACAAGCTAGTAGTATCTTTGTTTGTATGAAAACTCTCTCCAGCCTTTTGTCGCAGTGT
CTTAGATGGTTTTTGATTACTACATAGTCCTATCTTCCC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1DC13JQ 704 0 0
AGAAGACCAAAAG*GTTTTCAAATATCTTAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCCAAAGATG
TGAAGTCTGGATACTCCATCACTTTTCACTTCAATCCCAACCCCTACCTTGAGGATGAGA
AACTC*CCAAGACTTTTACCTTCCTCGAAGAAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTA
TCAGGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGAGTGAGTCAGGAGAAGAACGGAAACA
AACGTGCATTACCTGAAGAGAGTTTCTTTACGTGGTTTAACGATGCGCAACACAAGGAGG
ACCTTGATGTAGAGATTAACGACGAG**GTTGCGGATGTCATCAAGGAA*GATTTATGGC
CCAACCCTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCTGATGAAGAGGATTTTGATGATGGTGATG
AGGATGATGATGATGAGGAGGGGAAAGAAGGTGACTCTGATGAAGATGATGACGAAGAAG
ACAAAGATGGTGAGGAATGATGAGAGGGTTCCTTCCCCATAAACCACATCTGCTTACATG
TAATGTGTCAAGTTTGTGTGTTTGAATAGTTTTTTAAAATTTACGCAAATGTCTCATGAC
AACAAAGGACAAGCTAGTAGTATCTTTGTTTGTATGAAAACTCTTTCCAGCCTTTTGTCG
CAGTGTCTTAGATGGTTTTTGATTACTACATAGTCCTGTCTTCC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 9

CO CL542Contig1 807 9 9 U
GGGCAATCGTCTCATCTAATCAACCTCGACTATACCAACGTACGGCGTCGACGCCGTTGT
TATTTAGGAGTTTTCTCGAGAAAAGAAAATGAAGGAGAACGCAGGAAACCCTCTCCATCT
CACGTCACTGAACCATGTGTCTCTCTTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTTA
TCAAATGGTGTTAGGATTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGC
TTGGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAACT
TCCCAAGAAGACCGAAATCAATCCCAAAGACAACCATATCTCTTTCCAGTGCGAGAGTAT
GGAGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGATAGTTGA
AGAAGGAGGGATCCAAGTGGATCAGCTTTTCTTCCACGATCCAGATGGCTTCATGATCGA
GATATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAATGGCTCGCTCCTG
CTCCAGAGCCAAACTCCATCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCACCGAGT
GGTCCACCCTTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGTGTGTTTGTATGT
ATTGTTTGTGCGTGTAATGAATAAGAGACCGACGTGAATCAGTGGATGTGATTCCACTCG
AGGAAATGATCATTCTCCTTGCTCTTCTTACTATATGGTAGGTATAACTAATAATTAATG
CAATAATGCTTACATACATTTTGTTCT


BQ
25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 40 40 25 40 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1GL67TF U 1
AF RR1E814TF U 1
AF RR1DN13TF U 1
AF RR1GL67JQ C 130
AF RR1AX47JQ C -4
AF RR1AX47TF U -4
AF RR1FC29TF U 1
AF RR1E814JQ C 60
AF RR1FC29JQ C 122
BS 1 50 RR1DN13TF
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RD RR1GL67TF 518 0 0
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TATTTAGGAGTTTTCTCGAGAAAAGAAAATGAAGGAGAACGCAGGAAACCCTCTCCATCT
CACGTCACTGAACCATGTGTCTCTCTTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTTA
TCAAATGGTGTTAGGATTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGC
TTGGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAACT
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QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1E814TF 648 0 0
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TATTTAGGAGTTTTCTCTAGAAAAGAAAATGAAGGAGAACGCAGGAAACCCTCTCCATCT
CACGTCACTGAACCATGTGTCTCTCTTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTTA
TCAAATGGTGTTAGGATTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGC
TTGGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAACT
TCCCAAGAAGACCGAAATCAATCCCAAAGACAACCATATCTCTTTCCAGTGCGAGAGTAT
GGAGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGATAGTTGA
AGAAGGAGGGATCCAAGTGGATCAGCTTTTCTTCCACGATCCAGATGGCTTCATGATCGA
GATATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAGTGGCTCGCTCCTG
CTCCAGAGCCAAACTCCATCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCACCGAGT
GGTCCACCCTTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1DN13TF 753 0 0
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TATTTAGGAGTTTTCTCGAGAAAAGAAAATGAAGGAGAACGCAGGAAACCCTCTCCATCT
CACGTCACTGAACCATGTGTCTCTCTTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTTA
TCAAATGGTGTTAGGATTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGC
TTGGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAACT
TCCCAAGAAGACCGAAATCAATCCCAAAGACAACCATATCTCTTTCCAGTGCGAGAGTAT
GGAGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGATAGTTGA
AGAAGGAGGGATCCAAGTGGATCAGCTTTTCTTCCACGATCCAGATGGCTTCATGATCGA
GATATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAATGGCTCGCTCCTG
CTCCAGAGCCAAACTCCATCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCACCGAGT
GGTCCACCCTTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGTGTGTTTGTATGT
ATTGTTTGTGCGTGTAATGAATAAGAGACCGACGTGAATCAGTGGATGTGATTCCACTCG
AGGAA*TGATCATTCTCCTTGCTCTTCTTACTA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1GL67JQ 594 0 0
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GTTAGGATTCTTTCCCATTGGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGCTTGGTTGTT
TGGGCATGGAATTGGAATACATTTCTTGCGTTTTTCAGAACCAGAGAAACTTCCCAAGAA
GACCGAAATCAATCCCAAAGACAACCATATTTCTTTCCAGTGCGAGAGTATGGAGGCAGT
GGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGATAGTTGAAGAAGGAGG
GATCCAATTGGATCAGCTTTTCCTCCACGATCCAGATGGCTTCATGATCGAGATATGCAA
CTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAATGGCTCGCTCCTGCTCCAGAGC
CAAACTCCGTCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCACCGAGTGGTCCACCC
TTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGTGTGTTTGTATGTATTGTTTGT
GCGTGTAATGAATAAGAGACTGACGTGAATCAGTGGATGTGATTCCACTCGAGG

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1AX47JQ 744 0 0
GGATTCT
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TTTAGGAGTTTTCTCGAGAAAAGAAAATGAAGGAGAACGCAGGAAACCCTCTCCATCTCA
CGTCACTGAACCATGTGTCTCTCTTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTTATC
AAATGGTGTTAGGATTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGCTT
GGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAACTTC
CCAAGAAGACCGAAATCAACCCCAAAGACAACCATATCTCTTTCCAGTGCGAGAGTATGG
AGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGAAAGTTGAAG
AAGGAGGGATCCAAGTGGATCAGCTTTTCTTCCACGATCCAGATTGCTTCATGATCGAGA
TATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAATGGCTCGCTCCTGCT
CCAGAGCCAAACTCCATCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCACCGAGTGG
TCCACCCTTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGTGTGTTTGTATGTAT
TGTTTGTGCGTGTAATGAATAAGAGACCGACGTGAATCAGTGGATGTGATTCCACTCGAG
GAAATGATCATTCTC
AC

QA 8 742 8 742
DS 

RD RR1AX47TF 736 0 0
GGATTCT
GCAATCGTCTCATCTAATCAACCTCGACTATACCAACGTACGGCGTCGACGCCGTTGTTA
TTTAGGAGTTTTCTCGAGAAAAGAAAATGAAGGAGAACGCAGGAAACCCTCTCCATCTCA
CGTCACTGAACCATGTGTCTCTCTTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTTATC
AAATGGTGTTAGGATTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGCTT
GGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAACTTC
CCAAGAAGACCGAAATCAACCCCAAAGACAACCATATCTCTTTCCAGTGCGAGAGTATGG
AGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGAAAGTTGAAG
AAGGAGGGATCCAAGTGGATCAGCTTTTCTTCCACGATCCAGATTGCTTCATGATCGAGA
TATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAATGGCTCGCTCCTGCT
CCAGAGCCAAACTCCATCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCACCGAGTGG
TCCACCCTTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGTGTGTTTGTATGTAT
TGTTTGTGCGTGTAATGAATAAGAGACCGACGTGAATCAGTGGATGTGATTCCACTCGAG
GAAAT
GATC

QA 8 732 8 732
DS 

RD RR1FC29TF 804 0 0
GGGCAATCGTCTCATCTAATCAACCTCGACTATACCAACGTACGGCGTCGACGCCGTTGT
TATTTAGGAGTTTTCTCGAGAAAAGAAAATGAAGGAGAACGCAGGAAACCCTCTCCATCT
CACGTCACTGAACCATGTGTCTCTCTTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTTA
TCAAACGGTGTTAGGATTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGC
TTGGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAACT
TCCCAAGAAGACCGAAATCAATCCCAAAGACAACCATATCTCTTTCCAGTGCGAGAGTAT
GGAGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGATAGTTGA
AGAAGGAGGGATCCAAGTGGATCAGCTTTTCTTCCACGATCCAGATGGCTTCATGATCGA
GATATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAATGGCTCGCTCCTG
CTCCAGAGCCAAACTCCATCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCACCGAGT
GGTCCACCCTTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGTGTGTTTGTATGT
ATTGTTTGTGCGTGTAATGAATAAGAGACCGACGTGAATCAGTGGATGTGATTCCACTCG
AGGAAATTATCATTCTCCTTGCTCTTCTTACTATATGGTAGG*ATAACTAATAATTAATG
CAATAATGCTTACATACATTTTGT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1E814JQ 736 0 0
TTATTTAGGAGTTTTCTCTAGAAAAGAAAATGAAGGAGAACGCAGGAAACCCTCTCCATC
TCACGTCACTGAACCATGTGTCTCTCTTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTT
ATCAAATGGTGTTAGGATTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCG
CTTGGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAAC
TTCCCAAGAAGACCGAAATCAATCCCAAAGACAACCATATCTCTTTCCAGTGCGAGAGTA
TGGAGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGATAGTTG
AAGAAGGAGGGATCCAAGTGGATCAGCTTTTCTTCCACGATCCAGATGGCTTCATGATCG
AGATATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAGTGGCTCGCTCCT
GCTCCAGAGCCAAACTCCATCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCACCGAG
TGGTCCACCCTTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGTGTGTTTGTATG
TATTGTTTGTGCGTGTAATGAATAAGAGACCGACGTGAATCAGTGGATGTGATTCCACTC
GAGGAAATGATCATTCTCCTTGCTCTTCTTACTATATGGTAGGTATAACTAATAATTAAT
GCAATAATGCTTACA
C

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1FC29JQ 686 0 0
ACGTCACTGAACCATGTGTCTCTCTTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTTAT
CAAACGGTGTTAGGATTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGCT
TGGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAACTT
CCCAAGAAGACCGAAATCAATCCCAAAGACAACCATATCTCTTTCCAGTGCGAGAGTATG
GAGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGATAGTTGAA
GAAGGAGGGATCCAAGTGGATCAGCTTTTCTTCCACGATCCAGATGGCTTCATGATCGAG
ATATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAATGGCTCGCTCCTGC
TCCAGAGCCAAACTCCATCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCACCGAGTG
GTCCACCCTTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGTGTGTTTGTATGTA
TTGTTTGTGCGTGTAATGAATAAGAGACCGACGTGAATCAGTGGATGTGATTCCACTCGA
GGAAATTATCATTCTCCTTGCTCTTCTTACTATATGGTAGGTATAACTAATAATTAATGC
AATAATGCTTACATACATTTTGTTCT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 9

CO CL543Contig1 619 9 10 U
GGGTTTTCTGCAGCGGCTGAAGGTCGATCCGAGAAGAAGAGAAAACAATGGCAACACCAC
AAGTGAAGACTGGTTTGTTCGTTGGTCTGAACAAAGGACACGTCGTCACAAGACGCGAGT
TGGCTCCTCGTCCTAACTCTCGCAAAGGGAAAACGAGCAAGAGGACGTTGTTCATCAGAT
CACTGATCAGGGAGGTAGCTGGATTTGCTCCATACGAGAAGAGAATCACTGAGCTTCTCA
AGGTTGGTAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTTGCCAAGAGGAAGTTGGGTACCCACAAGA
GAGCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCTAGTGTTCTCCGCAAAATGAGGTCTGGTGGAG
GTGCTACTACTGAGAAGAAAAAGTAAACATCTTAGTCTTCTGTGTTTTGATTGGAACTCT
TTTCAAGTTTTGGTTCGCTCTTGCAAATCAGCTTTATGCTCTATAAACCATGTTGTGTTT
TCGTGTTTTGTTAGAGATATTGATCAAACGTTGCTTCACTGTGTTACCATTTATCATAAA
GCTTTTCAAACTTGCTACTTTTAACTCTGAACCATTATTCAGAAGTCTTGTATTAGTCCG
TTAACAACCAATACTTCTT


BQ
40 40 40 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B181TF U 1
AF RR1H958TF U 1
AF RR1BK35JQ C 1
AF RR1BK35TF U 1
AF RR1AW83TF U 8
AF RR1GC16JQ C 1
AF RR1GC16TF U 1
AF RR1BK74JQ C 1
AF RR1BK74TF U 1
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C

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GCTTTTCAAACTTGCTA

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C

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TTT
TTTTCTGCAGCGGCTGAAGGTCGATCCGTGAAGAAGAGAAAACAATGGCAACACCACAAG
TGAAGACTGGTTTGTTCGTTGGTCTGAACAAAGGACACGTCGTCACAAGACGCGAGTTGG
CTCCTCGTCCTAACTCTCGCAAAGGGAAAACGAGCAAGAGGACGTTGTTCATCAGATCAC
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CCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCTAGTGTTCTCCGCAAAATGAGGTCTGGTGGAGGTG
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CAAGTTTT**TTCGCTCTTGCAAATCAGCTTTATGCTCTATAAACCATGTTGTGTTTTCG
TGCTTTGTTAGAGATATTGATCAAACGTTGCTTCACTGTGTTACCATTTATCATAAAGCT
TTTCAAACTTGC
C

QA 4 555 4 555
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GG
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GTCCTAACTCTCGCAAAGGGAAAACGAGCAAGAGGACGTTGTTCATCAGATCACTGATCA
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ACTTGCTACTTT
TA

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GCT
CTTC

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TTAACAACCAATACTTCTT

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 9

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BQ
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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AF RR1EV24JQ C 297
AF RR1C885JQ C 1
AF RR1C885TF U 1
AF RR1EV24TF U 1
AF RR1E405TF U 3
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AF RR1D633JQ C 130
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QA 1 636 1 636
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RD RR1C885TF 655 0 0
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CAACTCTGTAATTTGTATTTCTCACCACTGTTGTCTTGCTAATGTTCCCACTTGTTTGTG
ATTTATGATCTCCTAAAAATATTTATTACATTGTGATTCTTCTTTTTCCGAAAAA

QA 1 655 1 655
DS 

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AAAGGAGTTCATTGTTGGCTCCACAGTTCTTTCCATTGTAATTTGTATTCGTTTCAAACC
GATTCTTTCTTTTTAACACCATGGGAGGTTGTGCGGGCAAACCTAAGGAGTCTGATATCC
TTGAAACCTCTGTCACGACTGAGAATGTTGTTGTTGAGTCCAAGAACGTTGAATCCGAAG
TCGTGTCTCAGGAGAAGGCAGATGAAGTTGTTGCAGAGAAGAAGGAAGAGTCTGCTGTAG
ATGGAGCAGAGACACAGAAGGAAGCTGAGGCAGACAAGCCTGCCGAGGCTGAGCCAGTTG
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CTTCAGGTGAGACTGAGCCACCAAAGCAAGAGGAGGCTGCACCAGCCAAGGACACCGAAG
AGCCTCTTGTAACCCTTTGAGTTTCATATTCATCTCTCACAAATCTCAATCCGTTGTAAT
CAACTCTGTAATTTGTATTTCTCACCACTGTTGTCTTGCTAATGTTCCCACTTGTTTGTG
ATTTATGATCTCCTAAAAA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1E405TF 617 0 0
GG
TCAGCCCTCTAATAAGAAAATAAATAGTCAAATCCTTTTAAAAAAAAAGGATTTGAAAAG
GAGTTCATTGTTGGCTCCACAGTTCTTTCCATTGTAATTTGTATTCGTTTCAAACCGATT
CTTTCTTTTTAACACCATGGGAGGTTGTGCGAGCAAACCTAAGGAGTCTGATATCCTTGA
AACCTCTGTCACGACTGAGAATGTTGTTGTTGAGTCCAAGAACGTTGAATCCGAAGTCGT
GTCTCAGGAGAAGGCAGATGAAGTTGTTGCAGAGAAGAAGGAAGAGTCTGCTGTAGATGG
AGCAGAGACACAGAAGGAAGCTGAGGCAGACAAGCCTGCCGAGGCTGAGCCAGTTGTAGA
GGCTGTGAAGACCGAAGAAACTAAAGAAGCTGCGGTCGAAGCTGTTGATGAGAAAGCTTC
AGGTGAGACTGAGCCACCAAAGCAAGAGGAGGCTGCACCAGCCAAGGACACCGAAGAGCC
TCTTGTAACCCTTTGAGTTTCACATTCATCTCTCACAAATCTCAATCCGTTGTAATCAAC
TCTGTAATTTGTATTTCTCACCACTGTTGTCTTGCTAATGTTCCCACTTGTTTGTGATTT
ATGATCTCCTAAAAA

QA 3 617 3 617
DS 

RD RR1GX61TF 619 0 0
GGGCTCAGCCCTCTAATAAGAAAATAAATAGTCAAATCCTTTTAAAAAAAAAGGATTTGA
AAAGGAGTTCATTGTTGGCTCCACAGTTCTTTCCATTGTAATTTGTATTCGTTTCAAACC
GATTCTTTCTTTTTAACACCATGGGAGGTTGTGCGAGCAAACCTAAGGAGTCTGATATCC
TTGAAACCTCTGTCACGACTGAGAATGTTGTTGTTGAGTCCAAGAACGTTGAATCCGAAG
TCGTGTCTCAGGAGAAGGCAGATGAAGTTGTTGCAGAGAAGAAGGAAGAGTCTGCTGTAG
ATGGAGCAGAGACACAGAAGGAAGCTGAGGCAGACAAGCCTGCCGAGGCTGAGCCAGTTG
TAGAGGCTGTGAAGACCGAAGAAACTAAAGAAGCTGCGGTCGAAGCTGTTGATGAGAAAG
CTTCAGGTGAGACTGAGCCACCAAAGCAAGAGGAGGCTGCACCAGCCAAGGACACCGAAG
AGCCTCTTGTAACCCTTTGAGTTTCATATTCATCTCTCACAAATCTCAATCCGTTGTAAT
CAACTCTGTAATTTGTATTTCTCACCACTGTTGTCTTGCTAATGTTCCCACTTGTTTGTG
ATTTATGATCTCCTAAAAA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1D633TF 653 0 0
GGGCTCATCCCTCTAATAAGAAAATAAATAGTCAAATCCTTTTAAAAAAAAAGGATTTGA
AAAGGAGTTCATTGTTGGCTCCACAGTTCTTTCCATTGTAATTTGTATTCGTTTCAAACC
GATTCTTTCTTTTTAACACCATGGGAGGTTGTGCGAGCAAACCTAAGGAGTCTGATATCC
TTGAAACCTCTGTCACGACTGAGAATGTTGTTGTTGAGTCCAAGAACGTTGAATCCGAAG
TCGTGTCTCAGGAGAAGGCAGATGAAGTTGTTGCAGAGAAGAAGGAAGAGTCTGCTGTAG
ATGGAGCAGAGACACAGAAGGAAGCTGAGGCAGACAAGCCTGCCGAGGCTGAGCCAGTTG
TAGAGGCTGTGAAGACCGAAGAAACTAAAGAAGCTGCGGTCGAAGCTGTCGATGAGAAAG
CTTCAGGTGAGACTGAGCCACCAAAGCAAGAGGAGGCTGCACCAGCCAAGGACACCGAAG
AGCCTCTTGTAACCCTTTGAGTTTCATATTCATCTCTCACAAACCTCAATCCGTTGTAAT
CAACTCTGTAATTTGTATTTCTCACCACTGTTGTCTTGCTAATGTTCCCACTTGTTTGTG
ATTTATGATCTCCTAAAAATATTTATCACATTGTGATTCTTCTTTTTC
CGAGA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1D633JQ 523 0 0
TTTTTAACACCATGGGAGGTTGTGCGAGCAAACCTAAGGAGTTTGATATCCTTGAAACCT
CTGTCACGACTGAGAATGTTGTTGTTGAGTCCAAGAACGTTGAATCCGAAGTCGTGTTTC
AGGAGAAGGCAGATGAAGTTGTTGCAGAGAAGAAGGAAGAGTTTGCTGTAGATGGAGCAG
AGACACAGAAGGAAGCTGAGGCAGACAAGCCTGCCGAGGGTGAGCCAGTTGTAGAGGCTG
TGAAGACCGAAGAAACTAAAGAAGCTGCGGTCGAAGCTGTCGATGAGAAAGCTTCAGGTG
AGACTGAGCCACCAAAGCAAGAGGAGGCTGCACCAGCCAAGGACACCGAAGAGCCTCTTG
TAACCCTTTGAGTTTCATATTCATTTTTCACAAACCTCAATCCGTTGTAATCAACTCTGT
AATTTGTATTTCTCACCACTGTTGTCTTGCTAATGTTCCCACTTGTTTGTGATTTATGAT
TTCCTAAAAATATTTATCACATTGTGATTTTTTTTTTTC
CGGG

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1CO80TF 646 0 0
GCTCAGCCCTCTAATAAGAAAATAAATAGTCAAATCCTTTTAAAAAAAAAGGATTTGAAA
AGGAGTTCATTGTTGGCTCCGCAGTTCTTTCCATTGTAATTTGTATTCGTTTCAAACCGA
TTCTTTCTTTTTAACACCATGGGAGGTTGTGCGAGCAAACCTAAGGAGTCTGATATCCTT
GAAACCTCTGTCACGACTGAGAATGTTGTTGTTGAGTCCAAGAACGTTGAATCCGAAGTC
GTGTCTCAGGAGAAGGCAGATGAAGTTGTTGCAGAGAAGAAGGAAGAGTCTGCTGTAGAT
GGAGCAGAGACACAGAAGGAAGCTGAGGCAGACAAGCCTGCCGCGGCTGAGCCAGTTGTA
GAGGCTGTGAAGACCGAAGAAACTAAAGAAGCTGCGGTCGAAGCTGTTGATGAGAAAGCT
TCAGGTGAGACTGAGCCACCAAAGCAAGAGGAGGCTGCACCAGCCAAGGACACCGAAGAG
CCTCTTGTAACCCTTTGAGTTTCATATTCATCTCTCACAAATCTCAATCCGTTGTAATCA
ACTCTGTAATTTGTATTTCTCACCACTGTTGTCTTGCTAATGTTCCCACTTGTTTGTGAT
TTATGATCTCCTAAAA*TATTTATCACATTGTGATTCTTCTTTTTC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 2 8

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ACCGCCGATAACATGAGGTCAGAGGAGAAAGAACAATGGCAACCAGAATTGGTGCACAAG
ATGCTAACGGTTGTATTTCCCTATCTTCACTCATTGTACGAGCTCCTATCCATGTCCGGC
GTTACTCCGGCGTTTAGAAACGCAATTAGAGAACAAACCCTTTTGTGGGAAAAGGTGGTT
GTTGAACAACCCTTGAATTCTCGTCTAACCGACGATATTCTATGGGAGTTCACTTCAAAA
TCCGCGGGAAAGTTGAACACGTTGATTCTCCGAAAATGTAGTAGAGTCACCAACAAAGGG
CCTCGCCGTGTGGTTGACGCAAACCCTTTGATTAAAAAGTTGATTGTGACGGGATGCACG
GATTTGGCTCCAGAAGCAATCATTGCATGTGTTGAAAGCTTGACGAAGAACGATCATAAG
TTAGAGACACTTCACATCAATGGCGTCCCTGGATTCACTAATGACCATCTCTCAGCACTT
TCGACTTACCTTCCTCAAGAGGGAGCAATCGACCTCGAAGTGTGTCCCCAATGCGACCAA
GTCAGGATGATTCCTCCTTGCTCAAGAGAATCATGTAAACGTGAGGGAAGCAACGAACGG
GAGTGCAGGGGATGCTGGTATTGCGTCCCTAGATGCATGGAGTGTGCAGTGTGTCTCGTA
CCAGACAATGAG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW01TF U 5
AF RR1BU46TF U 1
BS 1 127 RR1BU46TF
BS 128 128 RR1CW01TF
BS 129 436 RR1BU46TF
BS 437 437 RR1CW01TF
BS 438 732 RR1BU46TF

RD RR1CW01TF 660 0 0
G
GAAGCAGCGTGTTCAAAAATAACAAAAAAACACGAAGGGTGTTCAGAAACTGTCAACCGC
CGATAACATGAGGTCAGAGGAGAAAGAACAATGGCAACCAGAATTGGTGCACAAGATGCT
AACGGTTGTATTTCCCTATCTTCACTCATTGTACGAGCTCCTATCCATGTCCGGCGTTAC
TCCGGCGTTTAGAAACGCAATTAGAGAACAAACCCTTTTGTGGGAAAAGGTGGTTGTTGA
ACAACCCTTGAATTCTCGTCTAACCGACGATATTCTATGGGAGTTCACTTCAAAATCCGC
GGGAAAGTTGAACACGTTGATTCTCCGAAAATGTAGTAGAGTCACCAACAAAGGGCTTCG
CCGTGTGGTTGACGCAAACCCTTTGATTAAAAAGTTGATTGTGACGGGATGCACGGATTT
GGCTCCAGAAGCAATCATTGCATGTGTTGAAAGCTTGACGAAGAACGATCATAAGTTAGA
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TTACCTTCCTCAAGAGGGAGCAATCGACCTCGAAGTGTGTCCCCAATGCGACCAAGTCAG
GATGATTCCTCCTTGCTCAAGAGAATCATGTAAACGTGAGGGAAGCAACGAACGGGAGT

QA 2 660 2 660
DS 

RD RR1BU46TF 732 0 0
GGGTAGAAGCAGCGTGTTCAAAAATAACAAAAAAACACGAAGGGTGTTCAGAAACTGTCA
ACCGCCGATAACATGAGGTCAGAGGAGAAAGAACAATGGCAACCAGAATTGGTGCACAAG
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GTTACTCCGGCGTTTAGAAACGCAATTAGAGAACAAACCCTTTTGTGGGAAAAGGTGGTT
GTTGAACAACCCTTGAATTCTCGTCTAACCGACGATATTCTATGGGAGTTCACTTCAAAA
TCCGCGGGAAAGTTGAACACGTTGATTCTCCGAAAATGTAGTAGAGTCACCAACAAAGGG
CCTCGCCGTGTGGTTGACGCAAACCCTTTGATTAAAAAGTTGATTGTGACGGGATGCACG
GATTTGGCTCCAGAAGTAATCATTGCATGTGTTGAAAGCTTGACGAAGAACGATCATAAG
TTAGAGACACTTCACATCAATGGCGTCCCTGGATTCACTAATGACCATCTCTCAGCACTT
TCGACTTACCTTCCTCAAGAGGGAGCAATCGACCTCGAAGTGTGTCCCCAATGCGACCAA
GTCAGGATGATTCCTCCTTGCTCAAGAGAATCATGTAAACGTGAGGGAAGCAACGAACGG
GAGTGCAGGGGATGCTGGTATTGCGTCCCTAGATGCATGGAGTGTGCAGTGTGTCTCGTA
CCAGACAATGAG

QA 1 732 1 732
DS 



CO CL545Contig2 1116 6 32 U
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CATGTAAAGAACATAAAGACAAAAAGCAGAGAACAACAAATGTTTTTAGATATGAAAGTT
CACATCTTCTTATTGGCTTAGTAACAAGCTTGGCTTTTAAACGACAAGTGTTTTTTAGAA
TTGATACTCGAGGGATCCACTTGCGCTTGTTCCTGTCATGTAGTGACAAGCTTGGCATGC
AAACATAGCCGAATCCGTCGCTGTGTTCTCTTGTCGCAAGCTGCTGTGACTTGTGCAGTA
GGGTTTGTTGCAAAACCTGCACTTTGGAAGCGCTTGGCAACATCCAAGACACAAAACCTC
TCCCCCACACGCTGCTTCTTCAGCCTCATTGTCTGGTACGAGACACACTGCACACTCCAT
GCATCTAGGGACGCAATACCAGCATCCCCTGCACTCCCGTTCGTTGCTTCCCTCACGTTT
ACATGATTCTCTTGAGCAAGGAGGAATCATCCTGACTTGGTCGCATTTGGGACACACCTC
GAGGTCGATTGCTCCCTCTTGAGGAAGGTAAGTCGAAAGTGCTGAGAGATGGTCTTTAGT
GAAGCCAGGGACGCCATTGATGTGAAGTGTCTCCAACTTATGATTGTTCTTCATCAAGCT
TTCAACACATGCAATGATTACTTCTGGAGATAACTCCGTGCATCCCGTCACAATCAACTT
TTTAATCAAAGGGTTTGCGTCAACCACACGGCGAAGCCCTTTGTTGGTGACTCTACTACA
TTTTCGGAGAATCAACGTGTTCAACTTTCCCGCGGATTTTGAAGTGAACTCCCATAGAAT
ATCGTCGGTTAGACGAGAACTCAAGGGTTGTTCAACAACCACCTTTTCCCACAAAAGAGT
TTGTTCTCTAATGGCGTTTCTAAACGCCGGAGTAACGCCGGACATGGATAGGAGCTCGTA
CAATGAGTGAAGATAGGGAAATACAACCATTAGCATCTTGTGCACCAATTCTGGTCGCCA
TTGTTCTTTCTCCTCTGTCCTCATGTTATCGGCGGTTGACAGTTTCTGAACACCCTTCGT
GTTTTTTTATTATTTTTGAACACGCTGCTTCTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1EY53JQ U 47
AF RR1CW01JQ U 1
AF RR1CN73JQ U 19
AF RR1ES61JQ U 62
AF RR1ES61TF C 516
AF RR1CN73TF C 520
BS 1 158 RR1CW01JQ
BS 159 159 RR1CN73JQ
BS 160 175 RR1CW01JQ
BS 176 176 RR1CN73JQ
BS 177 194 RR1CW01JQ
BS 195 195 RR1CN73JQ
BS 196 196 RR1CW01JQ
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BS 198 278 RR1CW01JQ
BS 279 279 RR1CN73JQ
BS 280 298 RR1CW01JQ
BS 299 299 RR1CN73JQ
BS 300 312 RR1CW01JQ
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BS 538 538 RR1CN73JQ
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BS 596 603 RR1CW01JQ
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BS 635 644 RR1CW01JQ
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BS 650 726 RR1CN73JQ
BS 727 746 RR1ES61JQ
BS 747 1116 RR1ES61TF

RD RR1EY53JQ 129 0 0
CAATCCAAGGTTTTCATGTAAAGAACATAAAGACAAAAAGCAGAGAACAACAAATGTTTT
TAGATATGAAAGTTCACATCTTCTTATTGGCTTATTAACAAGCTTGGCTTTTCAACGACA
AGTGTTTTT

QA 1 129 1 129
DS 

RD RR1CW01JQ 649 0 0
GAACACTTGTTTTTTTATTACACAACGAATATCTTTGGATTTTACACAATCCAAGGTTTT
CATGTAAAGAACATAAAGACAAAAAGCAGAGAACAACAAATGTTTTTAGATATGAAAGTT
CACATCTTCTTATTGGCTTAGTAACAAGCTTGGCTTTTCAACGACAAGTGTTTTT*AGAA
TTGATACTCGAGGGGTTCACTTGCGCTTGTTCCTGTCATGTAGTGACAAGCTTGGCATGC
AAACATAGCCGAATCCGTCGCTGTGTTCTCTTGTCGCAGGCTGCTGTGACTTGTGCAGCA
GGGTTTGTTGCAGAACCTGCACTTTGGAAGCGCTTGGCAACATCCAAGACACAAAACCTC
TACCCCACACGCTGCTTCTTCAGCCTCATTGTCTGGTACGAGACACACTGCACACTCCAT
GCATCTAGGGACGCAATACCAGCATCCCCTGCACTCCCGTTCGTTGCTTCCCTCACGTTT
ACATGATTCTCTTGAGCAAGGAGGAATCATCCTGACTTGGTCGCATTGGGGACACACTTC
GAGGTCGATTGCTCCCTCTTGAGGAAGGTAAGTCGAAAGTGCTGAGAGATGGTCATTAGT
GAATCCAGGGACGCCATTGATGTGAAGTGTCTCTAACTTATGATCGTTC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1CN73JQ 708 0 0
CG
CACAACGAATATCTTTGGATTTTACACAATCCAAGGTTTTCATGCAA*GAACATAAAGAC
AAAAAGCAGAGAACAACAAATGTTTTTAGATATGAAAGTTCACATCTTCTTATTTGCTTA
GTAACAAGCTTGGCTTTTAAGCGACAAGTGTTTTTTAGAATTGATACTCGAGGGATCCAC
TTGCGCTTGTTCCTGTCATGTAGTGACAAGCTTGGCATGCAAACATAGCCGAATCCGTCG
CTGTGTTCTCTTGTCGCAAGCTGCTGTGACTTGTGCAGTAGGGTTTGTTGCAAAACCTGC
ACTTTGGAAGCGCTTGGCAACATCCAAGACACAAAACCTCTCCCCCACACGCTGCTTCTT
CAGCCTCATTGTCTGGTACGAGACACACTGCACACTCCATGCATCTAGGGACGCAATACC
AGCATCCCCTGCACTCCCGTTCGTCGCTTCCCTCACGTTTACATGATTCTCTTGAGCAAG
GAGGAATCATCCTGACTTGGTCGCATTTGGGACACACCTCGAGGTCGATTGCTCCCTCTT
GAGGAAGGTAAGTCGAAAGTGCTGAGAGATGGTCTTTAGTGAAGCCAGGGACGCCATTGA
CGTGAAGTGTCTCCAACTTATGATTGTTCTTCATCAAGCTTTCAACACATGCAATGATTA
CTTCTGGAGATAACTCCGTGCATCCCGTCACAATCAACTTTTTAAT

QA 3 708 3 708
DS 

RD RR1ES61JQ 685 0 0
CATGC
AAGAACATAAAGACAAAAAGCAGAGAACAACAAATGTTTTTAGATATGAAAGTTCACATC
TTCTTATTTGCTTAGTAACAAGCTTGGCTTTTAAACGACAAGTGTTTTTTAGAATTGATA
CTCGAGGGATCCACTTGCGCTTGTTCCTGTCATGTAGTGACAAGCTTGGCATGCAAACAT
AGCCGAATCCGTCGCTGTGTTCTCTTGTCGCAAACTGCTGTGACTTGTGCAGTAGGGTTT
GTTGCAAAACCTGCACTTTGGAAGCGCTTGGCAACATCCAAGACACAAAACCTCTCCCCC
ACACGCTGCTTCTTCAGCCTCATTGTCTGGTACGAGACACACTGCACACTCCATGCATCT
AGGGACGCAATACCAGCATCCCCTGCACTCCCGTTCGTTGCTTCCCTCACGTTTACATGA
TTCTCTTGAGCAAGGAGGAATCATCCTGACTTGGTCGCATTTGGGACACACCTCGAGGTC
GATTGCTCCCTCTTGAGGAAGGTAAGTCGAAAGTGCTGAGAGATGGTCTTTAGTGAAGCC
AGGGACGCCATTGATGTGAAGTGTCTCCAACTTATGATTGTTCTTCATCAAGCTTTCAAC
ACATGCAATGATTACTTCTGGAGATAACTCCGTGCATCCCGTCACAATCAACTTTTTAAT
CAAAGGGTTTGCGTCAACCA

QA 6 685 6 685
DS 

RD RR1ES61TF 601 0 0
CTTGGTCGCATTTGGGACACACCTCGAGGTCGATTGCTCCCTCTTGAGGAAGGTAAGTCG
AAAGTGCTGAGAGATGGTCTTTAGTGAAGCCAGGGACGCCATTGATGTGAAGTGTCTCCA
ACTTATGATTGTTCTTCATCAAGCTTTCAACACATGCAATGATTACTTCTGGAGATAACT
CCGTGCATCCCGTCACAATCAACTTTTTAATCAAAGGGTTTGCGTCAACCACACGGCGAA
GCCCTTTGTTGGTGACTCTACTACATTTTCGGAGAATCAACGTGTTCAACTTTCCCGCGG
ATTTTGAAGTGAACTCCCATAGAATATCGTCGGTTAGACGAGAACTCAAGGGTTGTTCAA
CAACCACCTTTTCCCACAAAAGAGTTTGTTCTCTAATGGCGTTTCTAAACGCCGGAGTAA
CGCCGGACATGGATAGGAGCTCGTACAATGAGTGAAGATAGGGAAATACAACCATTAGCA
TCTTGTGCACCAATTCTGGTCGCCATTGTTCTTTCTCCTCTGTCCTCATGTTATCGGCGG
TTGACAGTTTCTGAACACCCTTCGTGTTTTTTTATTATTTTTGAACACGCTGCTTCTACC
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1CN73TF 595 0 0
GTCGCATTTGGGACACAC*TCGAGGTCGAT*GCTCC*TCT*GAGGAAGGTAAGTCGAAAG
TGCTGAGAGATGGTCTTTAGTGAAGCCAGGGACGCCATTGACGTGAAGTGTCTCCAACTT
ATGATTGTTCTTCATCAAGCTTTCAACACATGCAATGATTACTTCTGGAGATAACTCCGT
GCATCCCGTCACAATCAACTTTTTAATCAAAGGGTTTGCGTCAACCACACGGCGAGGCCC
TTTGTTGGTGACTCTACTACATTTTCGGAGAATCAACGTGTTCAACTTTCCCGCGGATTT
TGAAGTGAACTCCCATAGAATATCGTCGGTTAGACGAGAACTCAAGGGTTGTTCAACAAC
CACCTTTTCCCACAAAAGGGTTTGTTCTCTAATGGCGTTTCTAAACGCCGGAGTAACGCC
GGACATGGATAGGAGCTCGTACAATGAGTGAAGATAGGGAAATACAACCATTAGCATCTT
GTGCACCAATTCTGGTCGCCATTGTTCTTTCTCCTCTGTCCTCATGTTATCGGCGGTTGA
CAGTTTCTGAACACCCTTCGTGTTTTTTTATTATTTTTGAACACGCTGCTTCT
CC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 2 8

CO CL546Contig1 804 3 6 U
GGCTCCTCCTCAGAGATAAGGTGGTGTGTGTCACCATAAGCTCATTCACTGTGCGTCTCT
CAAACAAACCAAAGGCAGAGAGAAGAGAATAGAGATAACATTTAACAAAAGATGGCATCA
ACCTCACTCCTCAAGGCATCTCCAGTGTTGGACAAATCTGAGTGGGTCAAGGGCCAAAGC
GTTCTCTTCCGTCAGCCATCTTCCGCCGCCGTTGTCTTACGCAACCGCGCCACCTCCCTT
ACCGTCCGAGCCGCTTCTTCCTACGCCGATGAGCTTGTTAAGACAGCGAAAACAATTGCG
TCTCCGGGACGCGGAATCTTGGCGATGGACGAGTCTAACGCGACTTGCGGGAAGCGTTTG
GACTCGATAGGGCTAGAGAACACTGAGGCAAACCGTCAAGCATACAGGACATTGCTGGTC
TCTGCACCAGGACTCGGACAGTACATCTCCGGTGCAATCCTGTTCGAGGAGACTCTGTAT
CAGTCTACCACCGAAGGCAAGAAAATGGTCGACGTCCTCGTCGAGCAGAACATCGTCCCC
GGTATCAAAGTCGACAAGGGTTTGGTGCCACTAGTTGGCTCTAACAATGAGTCATGGTGC
CAAGGACTCGATGGTCTATCCTCTCGAACCGCTGCTTACTACCAACAGGGTGCTCGTTTC
GCCAAATGGCGTACTGTGGTGAGCATTCCCAACGGTCCGTCTGCTCTCGCTGTGAAAGAA
GCTGCTTGGGGACTTGCTCGATACGCTGCCATTTCACAGACAGTGGATTGGTTCCATAGT
GGAGCAGAGATATTGTTGGACGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO25TF U 3
AF RR1D175TF U 1
AF RR1GT01TF U 46
BS 1 33 RR1D175TF
BS 34 34 RR1FO25TF
BS 35 694 RR1D175TF
BS 695 695 RR1GT01TF
BS 696 713 RR1D175TF
BS 714 804 RR1GT01TF

RD RR1FO25TF 557 0 0
CGGGGG
CTCAGAGATAAGGTGGTGTGTGTCACCATAAGCTCATTCACTGTGCGTCTCTCAAACAAA
CCAAAGGCAGAGAGAAGAGAATAGAGATAACATTTAACAAAAGATGGCATCAACCTCACT
CCTCAAGGCATCTCCAGTGTTGGACAAATCTGAGTGGGTCAAGGGCCAAAGCGTTCTCTT
CCGTCAGCCATCTTCCGCCGCCGTTGTCTTACGCAACCGCGCCACCTCCCTTACCGTCCG
AGCCGCTTCTTCCTACGCCGATGAGCTTGTTAAGACAGCGAAAACAATTGCGTCTCCGGG
ACGCGGAATCTTGGCGATGGACGAGTCTAACGCGACTTGCGGGAAGCGTTTGGACTCGAT
AGGGCTAGAGAACACTGAGGCAAACCGTCAAGCATACAGGACATTGCTGGTCTCTGCACC
AGGACTCGGACAGTACATCTCCGGTGCAATCCTGTTCGAGGAGACTCTGTATCAGTCTAC
CACCGAAGGCAAGAAAATGGTCGACGTCCTCGTCGAGCAGAACATCGTCCCCGGTATCAA
AGTCGACAAGG

QA 7 557 7 557
DS 

RD RR1D175TF 713 0 0
GGCTCCTCCTCAGAGATAAGGTGGTGTGTGTCATCATAAGCTCATTCACTGTGCGTCTCT
CAAACAAACCAAAGGCAGAGAGAAGAGAATAGAGATAACATTTAACAAAAGATGGCATCA
ACCTCACTCCTCAAGGCATCTCCAGTGTTGGACAAATCTGAGTGGGTCAAGGGCCAAAGC
GTTCTCTTCCGTCAGCCATCTTCCGCCGCCGTTGTCTTACGCAACCGCGCCACCTCCCTT
ACCGTCCGAGCCGCTTCTTCCTACGCCGATGAGCTTGTTAAGACAGCGAAAACAATTGCG
TCTCCGGGACGCGGAATCTTGGCGATGGACGAGTCTAACGCGACTTGCGGGAAGCGTTTG
GACTCGATAGGGCTAGAGAACACTGAGGCAAACCGTCAAGCATACAGGACATTGCTGGTC
TCTGCACCAGGACTCGGACAGTACATCTCCGGTGCAATCCTGTTCGAGGAGACTCTGTAT
CAGTCTACCACCGAAGGCAAGAAAATGGTCGACGTCCTCGTCGAGCAGAACATCGTCCCC
GGTATCAAAGTCGACAAGGGTTTGGTGCCACTAGTTGGCTCTAACAATGAGTCATGGTGC
CAAGGACTCGATGGTCTATCCTCTCGAACCGCTGCTTACTACCAACAGGGTGCTCGTTTC
GCCAAATGGCGTACTGTGGTGAGCATTCCCAACG*TCCGTCTGCTCTCGCTGT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1GT01TF 759 0 0
GG
ACTGTGCGTCTCTCAAACAAACCAAAGGCAGAGAGAAGAGAATAGAGATAACATTTAACA
AAAGATGGCATCAACCTCACTCCTCAAGGCATCTCCAGTGTTGGACAAATCTGAGTGGGT
CAAGGGCCAAAGCGTTCTCTTCCGTCAGCCATCTTCCGCCG***TTGTCTTACGCAACCG
CGCCACCTCCCTTACCGTCCGAGCCGCTTCTTCCTACGCCGATGAGCTCGTTAAGACAGC
GAAAACAATTGCGTCTCCGGGACGCGGAATCTTGGCGATGGACGAGTCGAACGCGACTTG
CGGGAAGCGTTTGGACTCGATAGGGCTAGAGAACACTGAGGCAAACCGTCAAGCATACAG
GACATTGCTGGTCTCTGCACCAGGACTCGGACAGTACATCTCCGGTGTAATCCTGTTCGA
GGAGACTCTGTATCAGTCTACCACCGAAGGCAAGAAAATGGTCGACGTCCTCGTCGAGCA
GAACATCGTCCCCGGTATCAAAGTCGACAAGGGTTTGGTGCCACTAGTTGGCTCTAACAA
TGAGTCATGGTGCCAAGGACTCGATGGTCTATCCTCTCGAACCGCTGCTTACTACCAACA
GGGTGCTCGTTTCGCCAAATGGCGTACTGTGGTGAGCATTCCCAACGGTCCGTCTGCTCT
CGCTGTGAAAGAAGCTGCTTGGGGACTTGCTCGATACGCTGCCATTTCACAGACAGTGGA
TTGGTTCCATAGTGGAGCAGAGATATTGTTGGACGGA

QA 3 759 3 759
DS 



CO CL546Contig2 931 5 15 U
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AGCTAATGCAAATTTAAGCAGAGAAAATATAAGTGTTTTGACATATGAGATAATAACACA
ACCAAACTCAAAAAACAAATGTAAGTAAAACACTTGCTTCCTTGACCTCCTCTCCTCTTC
AACATTGTTGTCTTCAGTAGGTGTAGCCTTTGACGAACATACCCTCCTTAGCTTCTTCAG
ACTCACCATCTCCGGTGTATTTTCCGAGCTGAGCCAATGAATTGGCCTTGGCTCGAGCCA
AGAGAGTGGTCTGAGCTGCGTTCACGTTCTCAGCTCTGCCTCCCCATGTTTTCAGACAAG
TGTTCTGCAGAGCACGTGCGTAGGAAAAGGACACGTGCCACGGGTTTGGTGCCTGGTTCA
TCGCGTTGAGGTTCAACGTTGCCTCCAACTCAAACTGTCCTCCGGACAAGAACATGATTC
CAGGGACGGCTGGAGGGATTCTGTTGCGGAGGAGCTTAAGGGTGTAGGAGGCAACTTGTT
CAGGAGTAGCTCTGTCCTTAGACTCGGCTCCGGGAGTCACCATGCTTGGCTTCAGGAGGA
TACCTTCAAACATGACATTGTTCTGAGCAAGGTAAAAGAAAACCTCAGCCCAAACCTTCT
CTGCTACTTCGTAAGTACTGTCAATGTCGTGTTCTCCGTCCAACAATATCTCTGGCTCCA
CTATTGGAACCAATCCACTGTCCTGTGAAATGGCAGCGTATCGAGCAAGTCCCCAAGCAG
CTTCTTTCACAGCGAGAGCAGACGGACCGTTGGGAATGCTCACCACAGTACGCCATTTGG
CGAAAAGCACCCTGTTGGTAGTAAGCAGCGGTTCGAGAGGATAGACCATCGAGTCCTTGG
CACCATGACTCATTGTTAGAGCCAACTAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 10 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B406JQ U 35
AF RR1GT01JQ U 1
AF RR1D175JQ U 27
AF RR1FO25JQ U 27
AF RR1B406TF C 235
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BS 729 830 RR1D175JQ
BS 831 931 RR1B406TF

RD RR1B406JQ 653 0 0
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GTGCCACGGGTTTGGTGCCTGGTTCATCGCGTTGAGGTTCAACGTTGCCTCCAACTCAAA
CTGTCCTCCGGACAAGAACATGATTCCAGGGACGGCTGGAGGGATTCTGTTGCGGAGGAG
CTTAAGGGTGTAGGAGGCAACTTGTTCAGGAGTAGCTCTGTCCTTAAACTCGGCTCCGGG
AG*CACCATGCTTGGCTTCAGGAGGATACCTTCAAACATGACATTGTTCTGAGCAAGGTA
AAAGAAAACCTCAGCCCAAACCTTCTCTGCTACTTCGTAAGTACTGTCAATGT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1GT01JQ 728 0 0
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AGAGAGTGGTCTGAGCTGCGTTCACGTTCTCAGCTCTGCCTCCCCATGTTTTCAGACAAG
TGTTCTGCAGAGCACGTGCGTAGGAAAAGGACACGTGCCACGGGTTTGGTGCCTGGTTCA
TCGCGTTGAGGTTCAACGTTGCCTCCAACTCAAACTGTCCTCCGGACAAGAACATGATTC
CAGGGACGGCTGGAGGGATTCTGTTGCGGAGGAGCTTAAGGGTGTAGGAGGCAACTTGTT
CAGGAGTAGCTCTGTCCTTAGACTCGGCTCCGGGAGTCACCATGCTTGGCTTCAGGAGGA
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CTGCTACTTCGTAAGTCCTGTCAATGTCGTGTTCTCCGTCCAACAATATCTCTGGCTCCA
CTATTGGA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1D175JQ 804 0 0
CA
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TTTGACGAACATACCCTCCTTAGCTTCTTCAGACTCACCATCTCCGGTGTATTTTCCGAG
CTGAGCCAATGAATTGGCCTTGGCTCGAGCCAAGAGAGTGGTCTGAGCTGCGTTCACGTT
CTCAGCTCTGCCTCCCCATGTTTTCAGACAAGTGTTCTGCAGAGCACGTGCGTAGGAAAA
GGACACGTGCCACGGGTTTGGTGCCTGGTTCATCGCGTTGAGGTTCAACGTTGCCTCCAA
CTCAAACTGTCCTCCGGACAAGAACATGATCCCAGGGACGGCTGGAGGGATTCTGTTGCG
GAGGAGCTTAAGGGTGTAGGAGGCAACTTGTTCAGGAGTAGCTCTGTCCTTAGACTCGGC
TCCGGGAGTCACCATGCTTGGCTTCAGGAGGATACCTTCAAACATGACATTGTTCTGAGC
AAGGTAAAAGAAAACCTCAGCCCAAACCTTCTCTGCTACTTCGTAAGTCCTGTCAATGTC
GTGTTCTCCGTCCAACAATATCTCTGGCTCCACTATTGGAACCAATCCACTGTCCTGTGA
AATGGCAGCGTATCGAGCAAGTCCCCAAGCAGCTTCTTTCACAGCGAGAGCAGACGGACC
GTTGGGAATGCTCACCACAGTA

QA 3 804 3 804
DS 

RD RR1FO25JQ 774 0 0
CG
AGATAAGATAACTTCAATATATTAAAAGGAGTAGCTAATGCAAATTTAAGCAGAGAAAAT
ATAAGTGTTTTGACATATGAGATAATAACACAACCAAACTCAAAAAACAAATGTAAGTAA
AACACTTGCTTCCTTGACCTCCTCTCCTCTTCAACATTGTTGTCTTCAGTAGGTGTAGCC
TTTGACGAACATACCCTCCTTAGCTTCTTCAGACTCACCTTCTCCGGTGTATTTTCCGAG
CTGAGCCAATGAATTGGCCTTGGCTCGAGCCAAGAGAGTGGTCTGAGCTGCGTTCACGTT
CTCAGCTCTGCCTCCCCATGTTTTCAGACAAGTGTTCTGCAGAGCACGTGCGTAGGAAAA
GGACACGTGCCACGGGTTTGGTGCCTGGTTCATCGCGTTGAGGTTCAACGTTGCCTCCAA
CTCAAACTGTCCTCCGGACAAGAACATGATTCCAGGGACGGCTGGAGGGATTCTGTTGCG
GAGGAGCTTAAGGGTGTAGGAGGCAACTTGTTCAGGAGTAGCTCTGTCCTTAGACTCGGC
TCCGGGAGTCACCATGCTTGGCTTCAGGAGGATACCTTCAAACATGACATTGTTCTGAGC
AAGGTAAAAGAAAACCTCAGCCCAAACCTTCTCTGCTACTTCGTAAGTCCTGTCAATGTC
GTGTTCTCCGTCCAACAATATCTCTGGCTCCACTATTGGAACCAATCCACTGTCCTGTGA
AATGGCAGCGTATCGAGCAAGTCCCCAAGCAGCTTCTTTCACAGCGAGAGCA

QA 3 774 3 774
DS 

RD RR1B406TF 697 0 0
CTTCAGACTCACCA*CTCCGGTGTATTTTCCGAGCTGAGCCAATGAATTGGCTTTGGCTC
GAGCCAAGAGAGTGGTCTGAGCTGCGTTCACGTTCTCAGCTCTGCCTCCCCATGTTTTCA
GACAAGTGTTCTGCAGAGCACGTGCGTAGGAGAAGGACACGTGCCACGGGTTTGGTGCCT
GGTTCATCGCGTTGAGGTTCAACGTTGCCTCCAACTCAGACTGTCCTCCGGACAAGAACA
TGATTCCAGGGACGGCTGGAGGGATTCTGTTGCGGAGGAGCTTAAGGGTGTAGGAGGCAA
CTTGTTCAGGAGTAGCTCTGTCCTTAGACTCGGCTCCGGGAG*CACCATGCTTGGCTTCA
GGAGGATACCTTCAAACATGACATTGTTCTGAGCAAGGTAAAAGAAAACCTCAGCCCAAA
CCTTCTCTGCTACTTCGTAAGTACTGTCAATGTCGTGTTCTCCGTCCAACAATATCTCTG
GCTCCACTATTGGAACCAATCCACTGTCCTGTGAAATGGCAGCGTATCGAGCAAGTCCCC
AAGCAGCTTCTTTCACAGCGAGAGCAGACGGACCGTTGGGAATGCTCACCACAGTACGCC
ATTTGGCGAAAAGCACCCTGTTGGTAGTAAGCAGCGGTTCGAGAGGATAGACCATCGAGT
CCTTGGCACCATGACTCATTGTTAGAGCCAACTAGTG

QA 1 697 1 697
DS 



AS 2 9

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CGCCTCCGATCACATTTATCACCGGTCGCAGTGTCCTAGAATCGAAAATTTCTGATTTCT
GCACAAAATGAATTTCTTAAACTCAGCAGCATCCTTATGCAGAAGAGTTAGTTTGAGGGA
ACTTATCACCGAGGTTCCTGCTTACGGTGGCAGTGGCATCTCCGATTGTTCTTCAAGTGG
GTTGAGTTTGGTGTTAAAGCGTTGGGCTACTAAGAAAACCGCCGGTTCCACCAAGAACGG
ACGTGACTCTAAGCCCAAGAATCTCGGCGTCAAGAAGTTCGGAGGAGAGAATGTGATACC
GGGAAACATAATAGTCCGTCAACGTGGAACTCGTTTTCATCCGGGAGACTATGTCGGGAT
TGGGAAGGACCATACTCTGTTTGCATTGAAGGAAGGACGAGTCAGGTTCGAGAAAAACAA
GATCACTGGACGCAAATGGATTCATGTTGATCCTAAGGGAGGTCATGTTCTTCACCCTAT
CTACACTAAAGCGGCAATGGCCAAGTCCACTACAGTGGAGACAGCTTCGTCGTCCTGAAA
AGAGATTGGTTCAACAATCTAAAGGTGTCTTTTGCCAGATAACATCTTCTGTTGACTAGA
AGATTGTGATACTTGTACCTTAGAACAGCAAACAATCAATTCAATAACATCTGCTGTTTT
GTCTCTCTCTTTAGTAGTACAACAATGTATCCAGTACTCTCCTCGCTCTTTTTTGCTAGT
GAAATTATCACTAAGGTTTCGGAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C959JQ C 84
AF RR1C959TF U 1
AF RR1BU72TF U 50
AF RR1BU72JQ C 50
BS 1 260 RR1C959TF
BS 261 261 RR1BU72TF
BS 262 634 RR1C959TF
BS 635 635 RR1BU72TF
BS 636 719 RR1C959TF
BS 720 720 RR1BU72TF
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BS 731 736 RR1BU72TF
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GCACAAAATGAATTTCTTAAACTCAGCAGCATCCTTATGCAGAAGAGTTAGTTTGAGGGA
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TGGGAAGGACCATACTCTGTTTGCATTGAAGGAAGGACGAGTCAGGTTCGAGAAAAACAA
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GTCTCTCTCT
TAGTAGTA

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DS 

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GG
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TCACCCTATCTACACTAAAGCGGCAATGGCCAAGTCCACTACAGTGGAGACAGCTTCGTC
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TGCTGTTTTGTCTCTCTCTTTAGTA
G

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DS 

RD RR1BU72JQ 762 0 0
GG
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CTGATTTCTGCACAAAATGAATTTCTTAAACTCAGCAGCATCCTTATGCAGAAGAGTTAG
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TTCAAGTGGGTTGAGTTTGGTGTTAAAGCGTTGGGCTACTAAGAAAACCGCCGGTTCCAC
CAAGAACGGACGTGACTCTAAGCCCAAGAATCTCGGCGTCAAGAAGTTCGGAGGAGAGAA
TGTGATACCGGGAAACATAATAGTCCGTCAACGTGGAACTCGTTTTCATCCGGGAGACTA
TGTCGGGATTGGGAAGGACCATACTCTGTTTGCATTGAAGGAAGGACGAGTCAGGTTCGA
GAAAAACAAGATCACTGGACGCAAATGGATTCATGTTGATCCTAAGGGAGGTCATGTTCT
TCACCCTATCTACACTAAAGCGGCAATGGCCAAGTCCACTACAGTGGAGACAGCTTCGTC
GTCCTGAAAAGAGATTGGTTCAACAATCTAAAGGTGTCTTTTGCCAGATAACATCTTCTG
TTGACTAGAAGATTGTGATACTTGTACCTTAGAACAGCAAACAATCAATTCAATAACATC
TGCTGTTTTGTCTCTCTCTTTAGTAGTACAACAATGTATCCAGTACTCTCCTCGCTCTTT
TTTGCTAGTGAAATTATCACTAAGGTTTCGGAAAAAAAAA

QA 3 762 3 762
DS 



CO CL547Contig2 794 5 19 U
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TCACAATCTTCTAGTCAACAGAAGATGTTATCTAACAAAACAAAGACACCTTTAGATTGT
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TGCGTCCAGTGATCTTGTTTTTCTCGAACCTGACTCGTCCTTCCTTCAATGCGAACAGAG
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GCTTAGAGTCACGTCCGTTCTTGGTGGAACCGGCGGTTTTCTTAGTAGCCCAACGCTTTA
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ATTCGCAAGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GG71JQ U 1
AF RR1BA55JQ U 36
AF RR1BA55TF C 36
AF RR1B670JQ U 79
AF RR1GG71TF C 108
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BS 681 794 RR1B670JQ

RD RR1GG71JQ 346 0 0
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QA 1 346 1 346
DS 

RD RR1BA55JQ 645 0 0
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RD RR1BA55TF 731 0 0
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CCACGTTGACGGACTATTATGTTTCCCGGTATCACATTCTCTCCTCCGAACTTCTTGACG
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CCGTAAGCAGGAACCTCGGTGATAAGTTCCCTCAAACTAACTCTTCTGCATAAGGATGCT
GCTGAGTTTAAGAAATTCATTTTGTGCAGAAATCAGAAATTTTCGATTCCAGGACACTGC
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CC

QA 13 729 13 729
DS 

RD RR1B670JQ 716 0 0
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TTTTCTCGAACCTGACTCGTCCTTCCTTCAATGCGAACAGAGTATGGTCCTTCCCGATCC
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TCACATTCTCTCCTCCGAACTTCTTGACGCCGAGATTCTTGGGCTTAGAGTCACGTCCGT
TCTTGGTGGAACCGGCGGTTTTCTTAGTAGCCCAACGCTTTAACACCAAACTCAACCCAC
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QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1GG71TF 687 0 0
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GACTTGGCCATTGCAGCTTTAGTGTAGATAGGGTGAAGAACATGACCTCCCTTAGGATCA
ACATGAATCCATTTGCGTCCAGTGATCTTGTTTTTCTCGAACCTGACTCGTCCTTCCTTC
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CCACGTTGACGGACTATTATGTTTCCCGGTATCACATTCTCTCCTCCGAACTTCTTGACG
CCGAGATTCTTGGGCTTAGAGTCACGTCCGTTCTTGGTGGAACCGGCGGTTTTCTTAGTA
GCCCAACGCTTTAACACCAAACTCAACCCAGTTGAAGAACAATCGGAGATGCCACTGCCA
CCGTAAGCAGGAACCTCGGTGATAAGTTCCCTCAAACTAACTCTTCTGCATAAGGATGCT
GCTGAGTTTAAGAAATTCATTTTGTGCAGAAATCAGAAATTTTCGATTCCAGGACACTGC
GACCGGTGATAAATGTGATCGGAGGCGACGGCGTGTAGAGGGAAAGGGCTCAACTCCAGA
AAGGGAAAACCTTATTCGCAAGTGTCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 2 8

CO CL548Contig1 877 6 6 U
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TGTCAAAAAAATTCACTGCCACGGGGGTGTTAGATCCGATCCGATCTGAAACCGATCATC
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TTTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCTCCATCCAAGTTCC
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CAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGAGGTTGAAGCTATG
GCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTGTTGGTCTGCTGAT
TCAAGATTCCGTCGTCAAAACTGGTCCTTCCACCTGGACTGGTGTCGCCGGTGTCTTTCA
ATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACTCGGAGTAAGTAGA
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CTTCTTCTCTGTAAATTCTTGCGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAGATTC
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TTGCTTCTTATGTAGAGGATGGATAGATAATAATCTTCAACTTTATGTGAATGTTATGGG
ACGCCTTGCCCGTGTCTGCACAGTCTCTTAATTGCATTGGAGTGAACGATTGGTAACATT
TACCTTTTATTTTGATTAAAAGTGTCGCAACAGTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BH32TF U 1
AF RR1GZ82TFB U 47
AF RR1GZ82JQ C 419
AF RR1GY69TF U 47
AF RR1FL17JQ C 75
AF RR1BH32JQ C 1
BS 1 437 RR1BH32TF
BS 438 438 RR1GZ82TFB
BS 439 452 RR1BH32TF
BS 453 711 RR1GZ82TFB
BS 712 747 RR1GY69TF
BS 748 877 RR1BH32JQ

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TAGAGCGATGGACTTGGCTGAACTGTGGGCGATTTTCGGGCCGGGTTTCTCCGGAGCTGT
TTTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCTCCATCCAAGTTCC
CTTCCTCCACTATCTCCCTGGCATATTCGCATCTCTGGGAGCTTTGATGTTCAATTGCGT
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GCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTGTTGGTCTGCTGAT
TCAAGATTCCGTCGTCAGAACTGGTCCTTCCA

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DS 

RD RR1GZ82TFB 668 0 0
GG
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AAACCGATCATCTAGAGCGATGGACTTGGCTGAACTGTGGGCGATTTTCGGGCCGGGTTT
CTCCGGAGCTGTTTTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCTC
CATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCTGGCATATTCGCATCTCTGGGAGCTTTGAT
GTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGAG
GTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTGT
TGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTGGTCCTTCCACCTGGACTGGTGTCGC
CGGTGTCTTTCAATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACTC
GGAGTAAGTAGACTTGCAGGCACATACTCCAACGCAGATACTTGTGGTTACAACTTACAG
ATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGCGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTG
TGTGCTAGATTCCTCCATTGCCTTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTG
GGT
CAA

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DS 

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CAATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACTCGGAGTAAGTA
GACTTGCAGGCACATACTCCAACGCAGATACTTGTGGTTACAACTTACAGATGCCTCGTT
TTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGCGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAGAT
TCCTCCATTGCCTTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGT
C

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DS 

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GG
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AAACCGATCATCTAGAGCGATGGACTTGGCTGAACTGTGGGCGATTTTCGGGCCGGGTTT
CTCCGGAGCTGTTTTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCTC
CATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCTGGCATATTCGCATCTCTGGGAGCTTTGAT
GTTCAATTGTGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGAG
GTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTGT
TGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTGGTCCTTCCACCTGGACTGGTGTCGC
CGGTGTCTTTCAATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACTC
GGAGTAAGTAGACTTGCAGGCACATATTCCAACGTAGATACTTGTGGTTACAACTTACAG
ATGTCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGCGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTG
TGTGCTAGATTCCTCCATTGCCTTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTG
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DS 

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TGGCCGAACTGTGGGCGATTTTCGGGCCGGGTTTCTCCGGAGCTGTTTTCGGCACAGGCT
GGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCTCCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATC
TCCCTGGCATATTCGCATCTCTGGGAGCTTTGATGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATA
TCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGAGGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGT
ATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTGTTGGTCTGCTGATTCAAGGTTCCGTCG
TCAAAACTGGTCCTTCCACCTGGACTGGTGTCGCTGGTGTCTTTCAATGTGTTTTCGTAT
TGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACCCGGAGTAAGTAGACTTGCAGGCACATA
CTCCAACGCAGATACTTGTGGTTACAACTTACAGATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAA
ATTCTTGCGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCCTTGG
TGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGTTATAAGTTGTTGCTTCTTATGTA
GAGGATGGATAGATAATAATCTTCAACTTTATGTGAATGTTATGGGACGCCTTGCCCGTG
TCTGCACAGTCTCTTAATTGCATTGGAGTGAACGATTGGT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1BH32JQ 877 0 0
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TGTCAAAAAAATTCACTGCCACGGGGGTGTTAGATCCGATCCGATCTGAAACCGATCATC
TAGAGCGATGGACTTGGCTGAACTGTGGGCGATTTTCGGCCCGGGTTTCTCCGGAGCTGT
TTTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCTCCATCCAAGTTCC
CTTCCTCCACTATCTCCCTGGCATATTCGCATCTCTGGGAGCTTTGATGTTCAATTGCGT
CAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGAGGTTGAAGCTATG
GCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTGTTGGTCTGCTGAT
TCAAGATTCCGTCGTCAGAACTGGTCCTTCCACCTGGACTGGTGTCGCCGGTGTCTTTCA
ATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACTCGGAGTAAGTAGA
CTTGCAGGCACATACTCCAACGCAGATACTTGTGGTTACAACTTACAGATGCCTCGTTTT
CTTCTTCTCTGTAAATTCTTGCGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAGATTC
CTCCATTGCCTTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGTTATAAGTTG
TCGCTTCTTATGTAGAGGATGGATAGATAATAATCTTCAACTTTATGTGAATGTTATGGG
ACGCCTTGCCCGTGTCTGCACAGTCTCTTAATTGCATTGGAGTGAACGATTGGTAACATT
TACCTTTTATTTTGATTAAAAGTGTCGCAACAGTTCC

QA 1 877 1 877
DS 



CO CL548Contig2 1057 2 2 U
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GGGTTTCTCCGGAGCTGTTTTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTG
CAGCTCCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCTGGCATATTCGCATCTCTGGGAGC
TTTGATGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGA
ATGGAGGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGC
TTCTGTTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTGGTCCTTCCACCTGGACTGG
TGTCGCCGGTGTCTTTCAATGTGTTTTCGTATTGATAAGGTAACCACTTTGCACCACCAA
CCACTGTTTTTTTTTTTTTTAGATTGACAAGTCTGAACTCAAACAGTTGTAGAAAATGAT
CAAATCCATACTAACATCATTATATAAAAGTGTGTTTTCTTGTTTTTCTCCAATCTAGAA
GTAGATTTTTCACTATATGGGTATTAGCTTTTATGTTATTTGAATTTGCAATGAAACGTT
CAATCATATCATTTAAGGTATATGTATGTATCTCGGCGCTGACTAAAACTGTTTTCGCAG
TGGGCTAATGTATTGGACATCACACTCGGAGTAAGTAGACTTGCAGGCACATACTCCAAC
GCAGATACTTGTGGTTACAACTTACAGATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTG
CGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCCTTGGTGTGTTT
GTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGTTATAAGTTGTTGCTTCTTATGTAGAGGATG
GATAGATAATAATCTTCAACTTTATGTGAATGTTATGGGACGCCTTGCCCGTGTCTGCAC
AGTCTCTTAATTGCATTGGAGTGAACGATTGGTAACATTTACCTTTTATTTTGATTAAAA
GTGTCGCAACAGTTTCAAGCCAATTTCTTTGGTTGGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CE21TF U 1
AF RR1CE21JQ C 441
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BS 686 1057 RR1CE21JQ

RD RR1CE21TF 685 0 0
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GTAGATTTTTCACTATATGGGTATTAGCTTTTATGTTATTTGAATTTGCAATGAAACGTT
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TGGGCTAATGTATTGGACATCACAC

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DS 

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TATATAAAAGTGTGTTTTCTTGTTTTTCTCCAATCTAGAAGTAGATTTTTCACTATATGG
GTATTAGCTTTTATGTTATTTGAATTTGCAATGAAACGTTCAATCATATCATTTAAGGTA
TATGTATGTATCTCGGCGCTGACTAAAACTGTTTTCGCAGTGGGCTAATGTATTGGACAT
CACACTCGGAGTAAGTAGACTTGCAGGCACATACTCCAACGCAGATACTTGTGGTTACAA
CTTACAGATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGCGTCTTGTTTGGTCCAGCTT
GGTGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCCTTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCT
ATGCTTGGGTTATAAGTTGTTGCTTCTTATGTAGAGGATGGATAGATAATAATCTTCAAC
TTTATGTGAATGTTATGGGACGCCTTGCCCGTGTCTGCACAGTCTCTTAATTGCATTGGA
GTGAACGATTGGTAACATTTACCTTTTATTTTGATTAAAAGTGTCGCAACAGTTTCAAGC
CAATTTCTTTGGTTGGT

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 8

CO CL549Contig1 967 8 27 U
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ATTATTATTATTGTTTTTAATTTATAAGAAAATCAAAATTCATATAAAACCTTGAAATTA
TCATTACGGAGATCGAGAGTATCGTCAACAAAGGG*GATGGGGCGTGTGGATTATCTGGC
GATGAAGACAGACGTGGATACGGCTGCTTTAGTCAATTCGGACGTGGAGGAGCTCAAGAT
CGCTGCCAAGAAACTCCTCACCGACGTTTCGAACCTCGGTGGTTTAGCCTTTGGCGTCTC
TTTCGTCAAATGGATCGCTTCTTTCTCCGCCATTTACTTGTTGATATTGGATCGTACCAA
TTGGAGAACCAAGATGCTTACTTCACTCTTGATTCCATACATCTTCCTCACCCTTCCTGG
TGTCATCTTTAATTTCCTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATAGCTTTCGTTGCTGTTGT
ACTCAGACTTTTCTTCCCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTTGAGATGCCTGGTTCTCTGAT
CCTTCTGCTGGTAGTTTCTCCAAACTTCCTTGTTCACCATATACGCGGAGGGTGGATCGG
CTCTGTCATCAGCCTTTTCATTGGTTGTTACCTTCTTCAAGAACATATCCGAGTGTCAGG
TGGGTTTAGGAACTCGTTCACGCAGCCCCGTGGAGTTTCAAACACTTTGGGGATCATCCT
TCTTCTTGTCTACCCTGTTTGGGCTCTAATCATCCGTGTCTCGTAATAATTACACCGTTC
CTCTTCCTGTCTCCAAAGTTATGTGTTACTTACTCTCGGCATGTCAAATAAGCGTTAGCA
AGAACCTCGGAGATCTTTGGTGTTTTCCTTTGTTCTTGCTTCTGTTACATACCCAAATAT
TCGTGCGTGAAGCTCAATCAATGTTATATTGTTTTACATAAATAAAAGAATCTCATTTTT
TTCAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 
40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 15 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR21TF U 1
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AF RR1HB16JQ C 307
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AF RR1F204TF U 249
AF RR1F204JQ C 249
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BS 143 155 RR1GR21TF
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CCTTCTGCTGGTAGTCTCTCCAAACTTCCTTGTTCACCATATACGCGGAGGGTGGATCGG
CTCTGTCATCAGCCTTTTCATTGGTTGTTACCTTCTTCAAGAACATAT

QA 1 648 1 648
DS 

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GG
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GCTTCTTTCTCCGCCATTTACTTGTTGATATTGGATCGTACCAATTGGAGAACCAAGATG
CTTACTTCACTCTTGATTCCATACATCTTCCTCACCCTTCCTGGTGTCATCTTTAATTTC
CTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATAGCTTTCGTTGCTGTTGTACTCAGACTTTTCTTC
CCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTTGAAATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCTGGTAGTT
TCTCCAAACTTCCTTGTTCACCATATACGCGGAGGGTGGATCGGCTCTGTCATCAGCCTT
TTCATTGGTTGTTACCTTCTTCAAGAACATATCCGAGTGTCAGGTGGGTTTAGGAACTCG
TTCACGCAGCCCCGTGGAGTTTCAAACACTTTGGGGATCATCCTTCTTCTTGTCTACCCT
GTTTGGGCTCTAATCATCCGTGTCTCGTAATAATTACACCGTTCCTCTTCCTGTCTCCAA
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QA 3 703 3 703
DS 

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CTCACCGACGTTTCGAACCTCGGTGGTTTAGCCTTTGGCGTCTC*TTCGTCAAATGGATC
GCTTCTTTCTCCGCCATTTACTTGTTGATATTGGATCGTACCAATTGGAGAACCAAGATG
CTTACTTCACTCTTGATTCCATACATCTTCCTCACCCTTCCTGGTGTCATCTTTAATTTC
CTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATAGCTTTCGTTGCTGTTGTACTCAGACTTTTCTTC
CCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTTGAGATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCTGGTAGTT
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TTCATTGGTTGTTACCTTCTTCAAGAACATATCCGAGTGTCAGGTGGGTTTAGGAACTCG
TTCACGCAGCCCCGTGGAGTTTCAAACACTTTGGGGATCATCCTTCTTCTTGTCTACCCT
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AGTTATGTGTTACTTACTCTCGGCATGCCAAATAAG

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DS 

RD RR1CM51JQ 829 0 0
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GATACGGCTGCTTTAGTCAATTCGGACGTGGAGGAGCTCAAGATCGCTGCCAAGAAACTC
CTCACCGACGTTTCGAACCTCGGTGGTTTAGCCTTTGGCGTCTC*TTCGTCAAATGGATC
GCTTCTTTCTCCGCCATTTACTTGTTGATATTGGATCGTACCAATTGGAGAACCAAGATG
CTTACTTCACTCTTGATTCCATACATCTTCCTCACCCTTCCTGGTGTCATCTTTAATTTC
CTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATAGCTTTCGTTGCTGTTGTACTCAGACTTTTCTTC
CCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTTGAGATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCTGGTAGTT
TCTCCAAACTTCCTTGTTCACCATATACGCGGAGGGTGGATCGGCTCTGTCATCAGCCTT
TTCATTGGTTGTTACCTTCTTCAAGAACATATCCGAGTGTCAGGTGGGTTTAGGAACTCG
TTCACGCAGCCCCGTGGAGTTTCAAACACTTTGGGGATCATCCTTCTTCTTGTCTACCCT
GTTTGGGCTCTAATCATCCGTGTCTCGTAATAATTACACCGTTCCTCTTCCTGTCTCCAA
AGTTATGTGTTACTTACTCTCGGCATGCCAAATAAGCGTTAGCAAGAACCTCGGAGATCT
TTGGTGTTTTCCTTTGTTCTTGCTTCTGTTACATACCCAAATATTCGTGCGTGAAGCTCA
ATCAATGTTATATTGTTTTACATAAATAAAAGA
GTTTTTTTCATCC

QA 4 816 4 816
DS 

RD RR1HB16JQ 656 0 0
G
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TTTAATTTCCTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATAGCTTTCGTTGCTGTTGTACTCAGA
CTTTTCTTCCCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTTGAGATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTG
CTGGTAGTTTCTCCAAACTTCCTTGTTCACCATATACGCGGAGGGTGGATCGGCTCTGTC
ATCAGCCTTTTCATTGGTTGTTACCTTCTCCAAGAACATATCCGAGTGTCAGGTGGGTTT
AGGAACTCGTTCACGCAGCCCCGTGGAGTTTCAAACACTTTGGGGATCATCCTTCTTCTT
GTCTACCCTGTTTGGGCTCTAATCATCCGTGTCTCGCAATAATTACACCGTTCCTCTTCC
TGTCTCCAAAGTTATGTGTTACTTACTCTCGGCATGTCGAATAAGCGTTAGCAAGAACCT
CGGAGATCTTTGGTGTTTTCCTTTGTTCTTGCTTCTGTTACATACCCAAATATTCGTGCG
TGAAGCTCAATCAATGTTATATTGTTTTACATAAATAAAAGA
GTTTTTTTCATCC

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DS 

RD RR1HB16TF 656 0 0
G
AAATGGATCGCTTCTTTCTCCGCCATTTACTTGTTGATATTGGATCGTACCAATTGGAGA
ACCAAGATGCTTACTTCACTCTTGATTCCATACATCTTCCTCACCCTTCCTGGTGTCATC
TTTAATTTCCTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATAGCTTTCGTTGCTGTTGTACTCAGA
CTTTTCTTCCCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTTGAGATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTG
CTGGTAGTTTCTCCAAACTTCCTTGTTCACCATATACGCGGAGGGTGGATCGGCTCTGTC
ATCAGCCTTTTCATTGGTTGTTACCTTCTCCAAGAACATATCCGAGTGTCAGGTGGGTTT
AGGAACTCGTTCACGCAGCCCCGTGGAGTTTCAAACACTTTGGGGATCATCCTTCTTCTT
GTCTACCCTGTTTGGGCTCTAATCATCCGTGTCTCGCAATAATTACACCGTTCCTCTTCC
TGTCTCCAAAGTTATGTGTTACTTACTCTCGGCATGTCGAATAAGCGTTAGCAAGAACCT
CGGAGATCTTTGGTGTTTTCCTTTGTTCTTGCTTCTGTTACATACCCAAATATTCGTGCG
TGAAGCTCAATCAATGTTATATTGTTTTACATAAATAAAAGA
GTTTTTTTCATCC

QA 2 643 2 643
DS 

RD RR1F204TF 717 0 0
G
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ATGGATCGCTTCTTTCTCCGCCATTTACTTGTTGATATTGGGTCGTACCAATTGGAGAAC
CAAGATGCTTACTTCACTCTTGATTCCATACATCTTCCTCACCCTTCCTGGTGTCATCTT
TAATTTCCTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATAGCTTTCGTTGCTGTTGTACTCAGACT
TTTCTTCCCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTTGAGATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCT
GGTAGTTTCTCCAAACTTCCTTGTTCACCATATACGCGGAGGGTGGATCGGCTCTGTCAT
CAGCCTTTTCATTGGTTGTTACCTTCTTCAAGAACATATCCGAGTGTCAGGTGGGTTTAG
GAACTCGTTCACGCAGCCCCGTGGAGTTTCAAACACTTTGGGGATCATCCTTCTTCTTGT
CTACCCTGTTTGGGCTCTAATCATCCGTGTCTCGTAATAATTACACCGTTCCTCTTCCTG
TCTCCAAAGTTATGTGTTACTTACTCTCGGCATGTCAAATAAGCGTTAGCAAGAACCTCG
GAGATCTTTGGTGTTTTCCTTTGTTCTTGCTTCTGTTACATACCCAAATATTCGTGCGTG
AAGCTCAATCAATGTTATATTGTTTTACATAAATAAA
GAATCTCATTTTTTCAACT

QA 2 698 2 698
DS 

RD RR1F204JQ 719 0 0
G
GAAACTCCTCACCGACGTTTCGAACCTCGGTGGTTTAGCCATTGGCGTCTCTTTCGTCAA
ATGGATCGCTTCTTTCTCCGCCATTTACTTGTTGATATTGGGTCGTACCAATTGGAGAAC
CAAGATGCTTACTTCACTCTTGATTCCATACATCTTCCTCACCCTTCCTGGTGTCATCTT
TAATTTCCTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATAGCTTTCGTTGCTGTTGTACTCAGACT
TTTCTTCCCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTTGAGATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCT
GGTAGTTTCTCCAAACTTCCTTGTTCACCATATACGCGGAGGGTGGATCGGCTCTGTCAT
CAGCCTTTTCATTGGTTGTTACCTTCTTCAAGAACATATCCGAGTGTCAGGTGGGTTTAG
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CTACCCTGTTTGGGCTCTAATCATCCGTGTCTCGTAATAATTACACCGTTCCTCTTCCTG
TCTCCAAAGTTATGTGTTACTTACTCTCGGCATGTCAAATAAGCGTTAGCAAGAACCTCG
GAGATCTTTGGTGTTTTCCTTTGTTCTTGCTTCTGTTACATACCCAAATATTCGTGCGTG
AAGCTCAATCAATGTTATATTGTTTTACATAAATAAAAGAATCTCATTTTTTTCAACT

QA 2 719 2 719
DS 



AS 2 9

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TCTCTCCCTTTCGAGCCCCTTCGTTCAAGGAAGACGAAGAAGTTAGTTAGCGAGAGAAAG
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ATGGCCAACATAATCGTGGCTCAGCTTCTGTACCTTGATGCTGTTGATCCAACTAAGGAT
ATTGTCATGTATGTGAACTCTCCTGGTGGATCAGTTACAGCTGGCATGGCTATATTCGAC
ACTATGAAGCATATCCGACCTGATGTCTCCACTGTTTGTGTCGGTCTAGCTGCTAGTATG
GGAGCATTTCTGCTTAGTGCGGGAACCAAAGGGAAAAGATACAGTCTGCCAAACTCAAAG
ATAATGATCCATCAGCCGCTTGGTGGAGCTCAAGGTGGCCAAACCGATATCGACATTCAG
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ATGGGCCTTTTCTGAACTTAAGGTTTCCATTAAATGTGCCTTTTCTTCTAGAATGAAATC
AAAATCAGTAGCTGATACATACATGAAAAACAAGTAAAGTTCTTTCTCTGCTGTTTTATT
GAAAAACAATGACGTTTGTAATGTTTTGATCCTTTGTAATCGAATT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E719TF U 1
AF RR1AA82TF U 1
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AF RR1E719JQ C 420
AF RR1DI95TF U 739
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TCTCTCCCTTTCGAGCCCCTTCGTTCAAGGAAGACGAAGAAGTTAGTTAGCGAGAGAAAG
AAGTGGAAGAGCTCAACTCCGAAGGCTGTGTACTCCGGCAATCTATGGACACCGGAGACT
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TTTCCTGTGTACGCTCAAGGACAAGGACCACCTCCTATGGTTCAAGAGCGTTTCCAGAGT
ATCATAAGCCAGCTCTTCCAATATAGGATTATTCGCTGTGGTGGTGCTGTTGATGATGAT
ATGGCCAACATAATCGTGGCTCAGCTTCTGTACCTTGATGCTGTTGATCCAACTAAGGAT
ATTGTCATGTATGTGAACTCTCCTGGTGGATCAGTTACAGCTGGCATGGCTATATTCGAC
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QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1DI95JQ 130 0 0
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ATGAAATCAA

QA 1 130 1 130
DS 

RD RR1E719JQ 767 0 0
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TATGGCCAACATAATCGTGGCTCAGCTTCTGTACCTTGATGCTGTTGATCCAACTAAGGA
TATTGTCATGTATGTGAACTCTCCTGGTGGATCAGTTACAGCTGGCATGGCTATATTCGA
CACTATGAAGCATATCCGACCTGATGTCTCCACTGTTTGTGTCGGTCTAGCTGCTAGTAT
GGGAGCATTTCTGCTTAGTGCGGGAACCAAAGGGAAAAGATACAGTCTGCCAAACTCAAG
GATAATGATCCATCAGCCGCTTGGTGGAGCTCAAGGTGGCCAAACCGATATCGACATTCA
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TCAAAGCCTTGAGAGGATAAACCAAGACACAGACCGTGATTTCTTCATGAGTGCTAAAGA
AGCAAAAGATTACGGGCTTATCGATGGTGTTATCATGAACCCTCTTAAAGCTCTTCAGCC
ACTTGCAGCAGCTTGATCGATCGCCTGAAGGTAATGTTTCGGCTTGGCACTTCTATTTTT
GATGGGCCTTTTCTGAACTTAAGGTTTCCATTAAATGTGCCTTTTCTTCTAGAATGAAAT
CAAAATCAGTAGCTGATACATACATGAAAAACAAGTAAAGTTCTTTCTCTGCTGTTTTAT
TGAAAAACAATGACGTTTGTAATGTTTTGATCCTTTGTAATCGAATT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1DI95TF 442 0 0
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CACAAGGCAAACCTAAACGGTTACCTCGCTTACCAAACTGGTCAAAGCCTTGAGAGGATA
AACCAAGACACAGACCGTGATTTCTTCATGAGTGCTAAAGAAGCAAAAGATTACGGGCTT
ATCGATGGTGTTATCATGAGCCCTCTTAAAGCTCTTCAGCCACTTGCAGCAGCTTGATCG
ATCGCCTGAAGGTAATGTTTCGGCTTGGCACTTCTATTTTTGATGGGCCTTTTCTGAACT
TAAGGTTTCCATTAAATGTGCCTTTTCTTCTAGAATGAAATCAAAATCAGTAGCTGATAC
ATACATGAAAAACAAGTAAAGTTCTTTCTCTGCTGTTTTATTGAAAAACAATGACGTTTG
TAATGTTTTGATCCTTTGTAAT

QA 1 442 1 442
DS 



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TCATTGTTTTTCAATAAAACAGCAGAAAAAGAACTTTACTTGTTTTTCATGTATGTATCA
GCTACTGATTTTGATTTCATTCTAGAAGAAAAGGCACATTTAATGGAAACCTTAAGTTCA
GAAAAGGCCCATCAAAAATAGAAGTGCCAAGCCGAAACATTACCTTCAGGCGATCGATCA
AGCTGCTGCAAGTGGCTGAAGAGCTTTAAGAGGGTTCATGATAACACCATCGATAAGCCC
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CTCAAGGCTTTTGAATGAAGTGTTTCAGCTAGTAGATCTGACCCTACCTTTAATCCGACC
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AGAAACGCTTTAATGTCCTTTCCTTTCTCTGTTGATTCCCCAGCGTACAATAGATTGTAG
AAGGTATTCTTGATTATCGGAGAAAGTTCAAAAAGGTTCTTCACTGCTTGTGCTGACTCT
AAGGATGGATGAAAGTCTTCGAGAGGAAAGTCCCAGCTGTAAAACTTAGTGAATCTCTTC
ATCAGATTTGATTCTATTTGAACATAGTTTTCAGCAGACTTTGTAAACATTCTCATATAA
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CTGTCAACCTGAATCTCCTTTCCTGAATCTATTGTTCTTTTAGCTCTCTTAGGAATTTGT
TCTGCATAAACTTGATTCTCTTCATCAATTAACTCATCTGGAACCTCATCATAAATGAAC
TCTCCATCCTGATCTCTGCAATTGTAAGCCAGCACCATCAATCTAGCCACTGTCTCATCT
GTTATTTTTGAATGTATAGCTTTAAAAGTAACAGTGGCATAGTCGATGAGCTCTTCATCA
TCGTATATGTGATGCAAAACAATAGATCTTCTTTTTCCTGGTTCTGTATCATCCCACTCC
TTTTTGCAAATTTCCTTGCTTTTTGATTTGTAGTATTTTCTCTTGGCAACTGGGATAATT
GGCTGATTCAGAAACTGGCTCAATTTAGCATCATTTTCATTTGTTGGGAGTACGTTGATA
ATCGGAGGAACATTCTCTGGTTGAACATTACTCTGTTCCTGTGCATCCTCCATCTCAGTA
TCTTCATTTTGCAACTCTTCATTTTGATCTATACCTGCATGCTTCAAGAGTAAATTCAAA
TAATCAACGGCGTCCATTTTATCACTAATAAAACGATGCGCCTGATGATTAGAAAGGTCG
ACTAATAGACCGAATTTTCCCTAGGAATTGTGATTCCCGTTATGCAAGCACAGATTTTTA
GAGTTGCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H253JQ U 1
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AF RR1E015JQ U 842
AF RR1E015TF C 842
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BS 842 1451 RR1E015JQ

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C

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AATCAACGGCGTCCATTTTATCACTAATAAAACGATGCGCCTGATGATTAGAAAGGTCGA
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AGTTGCTCCC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 8

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GCTATATTGGATTGGCAGAGGAGGATCATGCAGATGATGTACAAGGATATTGTTCAGGCT
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BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN28TF U 1
AF RR1GS29TF U 161
AF RR1GS29JQ C 355
AF RR1CU75JQ C 521
AF RR1CU75TF U 521
AF RR1CJ76JQ C 366
AF RR1CJ76TF U 366
AF RR1DN28JQ C 692
BS 1 412 RR1DN28TF
BS 413 413 RR1GS29TF
BS 414 414 RR1CJ76TF
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BS 417 417 RR1GS29TF
BS 418 507 RR1DN28TF
BS 508 508 RR1GS29TF
BS 509 570 RR1DN28TF
BS 571 571 RR1GS29TF
BS 572 636 RR1DN28TF
BS 637 637 RR1GS29TF
BS 638 651 RR1DN28TF
BS 652 652 RR1CU75TF
BS 653 678 RR1DN28TF
BS 679 729 RR1GS29TF
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BS 956 970 RR1CJ76TF
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RD RR1DN28TF 678 0 0
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GCTATATTGGATTGGCAGAGGAGGATCATGCAGATGATGTACAAGGATATTGTTCAGGCT
CTTAGGGCACAGGGGTCTGAGGAGGATCCTAGAAACTATCTGACGTTCTTCTGTCTAGGT
AACCGTGAGGTTAAGAAACAGGGAGAGTATGAGCCTGCTGAGAGTCCAGACGCTGACTCG
AGCTATATGAGGGCACAGGAAGCACGTCGCTTCATGATTTACGTCCACACCAAAATGATG
ATCGTTGACGATGAATATATCATCATTGGATCTGCTAACATCAACCAGAGGTCAATGGAT
GGTGCAAGGGACTCTGAGATAGCAATGGGAGGCTACCAACCACATCACCTGT**CACAGA
CAACCAGCTCGTGGCCAGATCCATGGGTTCCGTATGTCGCTTTGGTACGAACACCTAGGA
ATGCTCGATGAGATCTTCCTCGATCCACCAAGCTTGGAGTGCATTGAGAAAGTTAACCGC
ATTTCTGACAAGTACTGGGACTTATACTCAGGCGAGTCCCTCGAACATGATCTTCCTGGT
CACTTGCTACGCTACCCTATTGGTGTGGACAGTGAAAGTGACGTCACTGAG*TTCCCGGG
TTTGAGTTCTTCCCTGAC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1GS29TF 569 0 0
G
GACGTTCTTCTGTCTAGGTAACCGTGAGGTTAAGAAAGAGGGAGAGTATGAGCCTGCTGA
GAGTCCAGACGCTGACTCGAGCTATATGAGGGCACAGGAAGCACGTCGCTTCATGATTTA
CGTCCACACCAAAATGATGATCGTTGACGATGAATATATCATCATTGGATCTGCTAACAT
CAACCAGAGGTCAATGGATGGTGCAAGGGACTCTGAGATAGCAATGGGAGGCTACCAACC
ACATCACCTGTCGCATAGACAACCAGTTCGTGGCCAGATCCATGGGTTCCGTATGTCGCT
TTGGTACGAACACCTAGGAATGCTCGATGAGATCTTCCTCGATCCATCAAGCTTGGAGTG
CATTGAGAAAGTTAACCGCATTTCTGACAAGTACTGGGACTTATACTCAAGCGAGTCCCT
CGAACATGATCTTCCTGGTCACTTGCTACGTTACCCTATTGGTGTGGACAGTGAAGGTGA
CGTCACTGAG*TTCCCGGGTTTGAGTTCTTCCCTGACACAAAGGCTCGTATCCTCGGCAC
CAAATCTGACTACCTGCCTCCAATCCTT

QA 2 569 2 569
DS 

RD RR1GS29JQ 601 0 0
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CATAGACAACCAGTTCGTGGCCAGATCCATGGGTTCCGTATGTCGCTTTGGTACGAACAC
CTAGGAATGCTCGATGAGATCTTCCTCGATCCATCAAGCTTGGAGTGCATTGAGAAAGTT
AACCGCATTTCTGACAAGTACTGGGACTTATACTCAAGCGAGTCCCTCGAACATGATCTT
CCTGGTCACTTGCTACGTTACCCTATTGGTGTGGACAGTGAAGGTGACGTCACTGAGGTT
CCCGGGTTTGAGTTCTTCCCTGACACAAAGGCTCGTATCCTCGGCACCAAATCTGACTAC
CTGCCTCCAATCCTTACAACCTAGGTTTCACTTGGGTAATGTCTTTAACAATGATCATCT
CTGTCTTTGAATAAACTGAGTGTCTTTGTCTACTTTTACAACTAAAAAGTTGGTTGTTGT
TGTGGTATGGTTGCATTTTCGCCAATTTGGTTTTAAATTCGTGCAATGGCATGGTGAGAA
TGTTAGCTTTGTGATCTTTATGAACCTTCTTTTTGTTTGTTATGTTTCTTTTGAACTAAT
G

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DS 

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TCGAACATGATCTTCCTGGTCACTTGCTACGCTACCCTATTGGTGTGGACAGTGAAGGTG
ACGTCACTGAGGTTCCCGGGTTTGAGTTCTTCCCTGACACAAAGGCTCGTATCCTCGGCA
CCAAATCTGACTACCTGCCTCCAATCCTTACAACCTAGGTTTCACTTGGGTAATGTCTTT
AACAATGATCATCTCTGTCTTTGAATAAACTGAGTGTCTTTGTCTACTTTTACAACTAAA
AAGTTGGTTGTTGTTGTGGTATGGTTGCATTTTCGCCAATTTGGTTTTAAATTCGTGCAA
TGGCATGGTGAGAATGTTAGCTTTGTGATCTTTATGAACCTTCTTTTTGTTTGTTATGTT
TCTTTTGAACTAATG

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR1CU75TF 435 0 0
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TCGAACATGATCTTCCTGGTCACTTGCTACGCTACCCTATTGGTGTGGACAGTGAAGGTG
ACGTCACTGAGGTTCCCGGGTTTGAGTTCTTCCCTGACACAAAGGCTCGTATCCTCGGCA
CCAAATCTGACTACCTGCCTCCAATCCTTACAACCTAGGTTTCACTTGGGTAATGTCTTT
AACAATGATCATCTCTGTCTTTGAATAAACTGAGTGTCTTTGTCTACTTTTACAACTAAA
AAGTTGGTTGTTGTTGTGGTATGGTTGCATTTTCGCCAATTTGGTTTTAAATTCGTGCAA
TGGCATGGTGAGAATGTTAGCTTTGTGATCTTTATGAACCTTCTTTTTGTTTGTTATGTT
TCTTTTGAACTAATG

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR1CJ76JQ 606 0 0
G
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GATGAGATCTTCCTCGATCCATCAAGCTTGGAGTGCATTGAGAAAGTTAACCGCATTTCT
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TGAT
T

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DS 

RD RR1CJ76TF 606 0 0
G
AGGGACTCTGAGATAGCAATGGGAGGCTACCAACCACATCACCTGTCACATAGACAACCA
GCTCGTGGCCAGATCCATGGGTTCCGTATGTCGCTTTGGTACGAACACCTAGGAATGCTC
GATGAGATCTTCCTCGATCCATCAAGCTTGGAGTGCATTGAGAAAGTTAACCGCATTTCT
GACAAGTACTGGGACTTATACTCAAGCGAGTCCCTCGAACATGATCTTCCTGGTCACTTG
CTACGCTACCCTATTGGTGTGGACAGTGAAGGTGACGTCACTGAGGTTCCCGGGTTTGAG
TTCTTCCCTGACACAAAGGCTCGTATCCTCGGCACCAAATCTGACTACCTGCCTCCAATC
CTTACAACCTAGGTTTCACTTGGGTAATGTCTTTAACAATGATCATCTCTGTCTTTGAAT
AAACTGAGTGTCTTTGTCTACTTTTACAACTAAAAAGTTGGTTGCTGTTGTGGTATGGTT
GCATTTTCGCCAATTTGGTTTTAAATTCGTGCAATGGCATGGTGAGAATGTTAGCTTTGT
GATCTTTATGAACCTTCTTTTTGTTTGTTATGTTTCTTTTGAACTAATGAATCTTATATT
TGAT
T

QA 2 605 2 605
DS 

RD RR1DN28JQ 316 0 0
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AATGTCTTTAACAATGATCATTTCTGTCTTTGAATAAACTGAGTGTCTTTGTCTACTTTT
ACAACTAAAAAGTTGGTTGTTGTTGTGGTATGGTTGCATTTTCGCCAATTTGGTTTTAAA
TTCGTGCAATGGCATGGTGAGAATGTCAGCTTTGTGATCTTTATGAACCTTCTTTTTGTT
TGTTATGTTTCTTTTGAACTAATGAATCTTATATTTGATATTTTCTTCTTGTTTATTTAA
TTTGAATATCGGTGCC

QA 1 316 1 316
DS 



AS 1 9

CO CL552Contig1 1201 9 35 U
GGGGGAGAAAAGGCATTCTCTTCTCGTTTCCGTAGAGTCTTTGTCTAAGAAATATCAAAG
ACCATTATTAGCATGGAGTGCTCTATCAAGGATGACGTTACTCAATTGATAGGTAACACT
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GAGATGATGGAGCCTTGCTCTAGTGTCAAGGAACGAATTGCATATGGCATGATTAAAGAT
GCAGAAGACAAGGGACTTATTACTCCCGGCAAGAGCACATTGATTGAGCCAACTTCTGGC
AACACTGGGATCGGTTTAGCATTTGTTGGGGCAGCTAGAGGCTACAAGGTTGTGCTCACA
ATGCCTGAAACAATGAGCCTTGAAAGAAAGGTCATTCTATTAGCATTAGGTGCAGAGGTT
CACCTCACAGACACGAAAACTGGCGTTCCAGGATTACTCGACAAAGCCGAGGAGATATTA
AGCAAGACTCCAGATGGTATCATACTACACCAGTTCAAGAATCCTTCAAACCCACAAACT
CATTATCGAACCACGGGTCCAGAGATATGGAGAGACTCTGCAGGGGAAGTAGATATATTG
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AATAAAGACTTAAAGGTTTATGGAGTGGAACCTACAGAGAGTGCAGTACTCAGTGGAGGC
CAACCTGGTCCACATTTGATCCAAGGTATTGGAGCTGGTATCGTACCGGACAATTTGGAT
TTCAACGTTGTTGATGAAATCATTCAAGTTACAAGCGTGGAAGCTATTGAAACAGCCAGA
CTTCTTGCCTTAAAAGAAGGATTACTGGTGGGTATATCTTCCGGAGCTGCTGCAGCCGCT
GCAATTAAGGTGGCTAAACGGCCAGAAAACGCCGGGAAGCTCATAGTTGTGGTTTTCCCT
AGCGGCGGGGAACGTTATTTGTCGACTCAATTGTTCGACTCAGTGAGACGTGAAGCAGAG
AGTTTGACATATGAATGAGGCTTATACACAACAACCACTACCTGGCTTGGTGCGGTTTGG
TATTTATTTCCTCTCTGGTTTAGTTTCCCTTTAGACCATTGTTTCTTGATATTTCAAACG
ATTATCACCCAAACCATATTCATTTTTTTAAAATATTTATTGAATTACAACATTATTAGT
T


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 

AF RR1C251TF U 1
AF RR1H956TF U 5
AF RR1F246TF U 3
AF RR1C303TF U 4
AF RR1BZ67TF U 3
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BS 1200 1201 RR1BZ67JQ

RD RR1C251TF 636 0 0
GGGGGAGAAAAGGCATTCTCTTCTCGTTTCCGTGGAGTCTTTGTTTAAGAAATTTCAAAA
ACCATTA***GCATGGAGTGCTCTATCAAGGATGACGTTACTCAATTGATAGGTAACACT
CCAATGGTGTATCTGAACAACATCGTAGATGGTTGTGTTGCCCGTATCGCGGCTAAGCTT
GAGATGATGGAGCCTTGCTCTAGTGTCAAGGAACGAATTGCATATGGTATGATTAAAGAT
GCAGAAGACAAGGGACTGATTACTCCCGGCAGGAACACATTGATTGAGCCAACTTCTGGT
AACACTGGGATCGGTTTAGCATTTGTTGGGGCAGCTAGAGGCTACAAAGTTGTGCTCACA
ATGCCTGAAACAATGAGCCTTGAAAGAAAGGTCATTCTATTAGCATTAGGTGCAGAGGTT
CACCTCACAGACACGAAAACTGGCGTTCCAGGATTACTCGACAAAGCCGGGGAGATATTA
AGCAAGACTCCAGATGGTATCATACTACACCAGTTCAAGAATCCTTCAAACCCACAAACT
CATTATCGAACCACGGGTCCAGAGATATGGAGAGACTCTGCAGGGGAAGTAGATATATTG
GTGGCCGGTGTTGGGACCGGTGGAACCATTTCC
CGA

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1H956TF 599 0 0
GAGAAAAGGCATTCTCTTCTCGTTTCCGTAGAGTCTTTGTCTAAGAAATATCAAAGACCA
TTATTAGCATGGAGTGCTCTATCAAGGATGACGTTACTCAATTGATAGGTAACACTCCAA
TGGTGTATCTGAACAACATCGTAGATGGTTGTGTTGCCCGTATCGCCGCTAAGCTTGAGA
TGATGGAGCCTTGCTCTAGTGTCAAGGAACGAATTGCATATGGCATGATTAAAGATTCAG
AAGACAAGGGACTTATTACTCCCGGCAAGAGCACATTGATTGAGCCAACTTCTGGCAACA
CTGGGATCGGTTTAGCATTTGTTGGGGCAGCTAGAGGCTACAAGGTTGTGCTCACAATGC
CTGAAACAATGAGCCTTGAAAGAAAGGTCATTCTATTAGCATTAGGTGCAGAGGTTCACC
TCACAGACACGAAAACTGGCGTTCCAGGATTACTCGACAAAGCCGAGGAGATATTAAGCA
AGACTCCAGATGGTATCATACTACACCAGTTCAAGAATCCTTCAAACCCACAAACTCATT
ATCGAACCACGGGTCCAGAGATATGGAGAGACTCTGCAGGGGAAGTAGATATATTGGTG

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1F246TF 628 0 0
GG
GAGAAAAGGCATTCTCTTCTCGTTTCCGTAGAGTCTTTGTCTAAGAAATATCAAAGACCA
TTATTAGCATGGAGTGCTCTATCAAGGATGACGTTACTCAATTGATAGGTAACACTCCAA
TGGTGTATCTGAACAACATCGTAGATGGTTGTGTTGCCCGTATCGCCGCTAAGCTTGAGA
TGATGGAGCCTTGCGCTAGTGTCAAGGAACGAATTGCATATGGCATGATTAAGGATGCAG
AAGACAAGGGACTTATTACTCCCGGCAAGAGCACATTGATTGAGCCAACTTCTGGCAACA
CTGGGATCGGTTTAGCATTTGTTGGGGCAGCTAGAGGCTACAAGGTTGTGCTCACAATGC
CTGAAACAATGAGCCTTGAAAGAAAGGTCATTCTATTAGCATTAGGTGCAGAGGTTCACC
TCACAGACACGAAAACTGGCGTTCCAGGATTACTCGACAAAGCCGAGGAGATATTAAGCA
AGACTCCAGATGGTATCATACTACACCAGTTCAAGAATCCTTCAAACCCACAAACTCATT
ATCGAACCACGGGTCCAGAGATATGGAGAGACTCTGCAGGGGAAGTAGATATATTGGTGG
CCGGTGTTGGGACCGGTGGAACCATT

QA 3 628 3 628
DS 

RD RR1C303TF 627 0 0
C
GAGAAAAGGCATTCTCTTCTCGTTTCCGTAGAGTCCTTGTCTAAGAAATATCAAAGACCA
TTATTAGCATGGAGTGCTCTATCAAGGATGACGTTACTCAATTGATAGGTAACACTCCAA
TGGTGTATCTGAACAACATCGTAGATGGTTGTGTTGCCCGTATCGCCGCTAAGCTTGAGA
TGATGGAGCCTTGCTCTAGTGTCAAGGAACGAATTGCATATGGCATGATTAAAGATGCAG
AAGACAAGGGACTTATTACTCCCGGCAAGAGCACATTGATTGAGCCAACTTCTGGCAACA
CTGGGATCGGTTTAGCATTTGTTGGGGCAGCTAGAGGCTACAAGGTTGTGCTCACAATGC
CTGAAACAATGAGCCTTGAAAGAAAGGTCATTCTATTAGCATTAGGTGCAGAGGTTCACC
TCACAGACACGAAAACTGGCGTTCCAGGATTACTCGACAAAGCCGAGGAGATATTAAGCA
AGACTCCAGATGGTATCATACTACACCAGTTCAAGAATCCTTCAAACCCACAAACTCATT
ATCGAACCACGGGTCCAGAGATATGGAGAGACTCTGCAGGGGAAGTAGATATATTGGTGG
CCGGTGTTGGGACCGGTGGAACCATT

QA 2 627 2 627
DS 

RD RR1BZ67TF 666 0 0
GG
GAGAAAAGGCATTCTCTTCTCGTTTCCGTAGAGTCTTTGTCTAAGAAATATCAAAGACCA
TTATTAGCATGGAGTGCTCTATCAAGGATGACGTTACTCAATTGATAGGTAACACTCCAA
TGGTGTATCTGAACAACATCGTAGATGGTTGTGTTGCCCGTATCGCCGCTAAGCTTGAGA
TGATGGAGCCTTGCTCTAGTGTCAAGGAACGAATTGCATATGGCATGATTAAAGATGCAG
AAGACAAGGGACTTATTACTCCCGGCAAGAGCACATTGATTGAGCCAACTTCTGGCAACA
CTGGAATCGGTTTAGCATTTGTTGGGGCAGCTAGAGGCTACAAGGTTGTGCTCACAATGC
CTGAAACAATGAGCCTTGAAAGAAAGGTCATTCTATTAGCATTAGGTGCAGAGGTTCACC
TCACAGACACGAAAACTGGCGTTCCAGGATTACTCGACAAAGCCGAGGAGATATTAAGCA
AGACTCCAGATGGTATCATACTACACCAGTTCAAGAATCCTTCAAACCCACAAACTCATT
ATCGAACCACGGGTCCAGAGATATGGAGAGACTCTGCAGGGGAAGTAGATATATTGGTGG
CCGGTGTTGGGACCGGTGGAACCATTTCCGGATCAG*AAAGTTCCTCAAAGAGAAGAATA
AAGA

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR1H956JQ 766 0 0
AGG
TCACCTCACAGACACGAAAACTGGCGTTCCAGGATTACTCGACAAAGCCGAGGAGATATT
AAGCAAGACTCCAGATGGTATCATACTACACCAGTTCAAGAATCCTTCAAACCCACAAAC
TCATTATCGAACCACGGGTCCAGAGATATGGAGAGACTCTGCAGGGGAAGTAGATATATT
GGTGGCCGGTGTTGGGACCGGTGGAACCATTTCCGGATCAGGAAAGTTCCTCAAAGAGAA
GAATAAAGACTTAAAGGTTTATGGAGTGGAACCTACAGAGAGTGCAGTACTCAGTGGAGG
CCAACCTGGTCCACATTTGATCCAAGGTATTGGAGCTGGTATCGTACCGGACAATTTGGA
TTTCAACGTTGTTGATGAAATCATTCAAGTTACAAGCGTGGAAGCTATTGAAACAGCCAG
ACTTCTTGCCTTAAAAGAAGGATTACTGGTGGGTATATCTTCCGGAGCTGCTGCAGCCGC
TGCAATTAAGGTGGCTAAACGGCCAGAAAACGCCGGGAAGCTCATAGTTGTGGTTTTCCC
TAGCGGCGGGGAACGTTATTTGTCGACTCAATTGTTCGACTCAGTGAGACGTGAAGCAGA
GAGTTTGACATATGAATGAGGCTTATACACAACAACCACTACCTGGCTTGGTGCGGTTTG
GTATTTATTTCCTCTCTGGTTTAGTTTCCCTTTAGACCATTGTTTCTTGATATTTCAAAC
GATTATCATCCAAACCATATTCATTTTTTTAAAATATTTAT
CG

QA 4 764 4 764
DS 

RD RR1C251JQ 753 0 0
CAGGATTACTCGACAAAGCCGGGGAGATAT*AAGCAAGACTCCAGATGGTATCATACTAC
ACCAGTTCAAGAATCCTTCAAACCCACAAACTCATTATCGAACCACGGGTCCAGAGATAT
GGAGAGACTCTGCAGGGGAAGTAGATATATTGGTGGCCGGTGTTGGGACCGGTGGAACCA
TTTCCGGATCAGGAAAGTTCCTCAAAGAGAAGAATAAAGACTTAAAGGTTTATGGAGTGG
AACCTACAGAGAGTGCAGTACTCAGTGGAGGCCAACCTGGTCCACATTTGATCCAAGGTA
TTGGAGCTGGTATCGTACCGGACAATTTGGATTTCAACGTTGTTGATGAAATCATTCAAG
TTACAAGCGTGGAAGCTATTGAAACAGCCAGACTTCTTGCCTTAAAAGAAGGATTACTGG
TGGGTATATCTTCCGGAGCTGCTGCAGCCGCTGCTATTAAGGTGGCAAAACGGCCAGAAA
ACGCCGGGAAGCTCATAGTTGTGGTTTTCCCTAGCGGCGGGGAACGTTATTTGTCGACTC
AATTGTTCGACTCAGTGAGACGTGAAGCAGAGAGTTTGACATATGAATGAGGCTTATACA
CAACAACCACTACCTGGCTTGGTGCGGTTTGGTATTTATTTCCTCTCTGGTTTATTTTCC
CTTTAGACCATTGTTTCTTGATATTTCAAACGATTATCACCCAAACCATATTCATTTTTT
*AAAATATTTATTGAATTACAACATTATTAG
CT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1F246JQ 728 0 0
ACAAAGCCGAGGAGATATTAAGCAAGACTCCAGATGGTATCATACTACACCAGTTCAAGA
ATCCTTCAAACCCACAAACTCATTATCGAACCACGGGTCCAGAGATATGGAGAGACTCTG
CAGGGGAAGTAGATATATTGGTGGCCGGTGTTGGGACCGGTGGAACCATTTCCGGATCAG
GAAAGTTCCTCAAAGAGAAGAATAAAGACTTAAAGGTTTATGGAGTGGAACCTACAGAGA
GTGCAGTACTCAGTGGAGGCCAACCTGGTCCACATTTGATCCAAGGTATTGGAGCTGGTA
TCGTACCGGACAATTTGGATTTCAACGTTGTTGATGAAATCATTCAAGTTACAAGCGTGG
AAGCTATTGAAACAGCCAGACTTCTTGCCTTAAAAGAAGGATTACTGGTGGGTATATCTT
CCGGAGCTGCTGCAGCCGCTGCAATTAAGGTGGCTAAACGGCCAGAAAACGCCGGGAAGC
TCATAGTTGTGGTTTTCCCTAGCGGCGGGGAGCGTTATTTGTCGACTCAATTGTTCGACT
CAGTGAGACGTGAAGCAGAGAGTTTGACATATGAATGAGGCTTATACACAACAACCACTA
CCTGGCTTGGTGCGGTTTGGTATTTATTTCCTCTCTGGTTTAGTTTCCCTTTAGACCATT
GTTTCTTGATATTTCAAACGATTATCACCCAAACCATATTCATTTTTTTAAAATATTTAT
TGAATTAC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1BZ67JQ 444 0 0
GTATCGTACCGGACAATTTGGATTTCAACGCTGTTGATGAAATCATTCAAGTTACAAGCG
TGGAAGCTATTGAAACAGCCAGACTTCTTGCCTTAAAAGAAGGATTACTGGTGGGTATAT
TTTCCGGAGCTGCTGCAGCCGCTGCAATTAAGGTGGCTAAACGGCCAGAAAACGCCGGGA
AGCTCATAGTTGTGGTTTTCCCTAGCGGCGGGGAACGTTATTTGTCGACTCAATTGTTCG
ACTCAGTGAGACGTGAAGCAGAGAGTTTGACATATGAATGAGGCTTATACACAACAACCA
CTACCTGGCTTGGTGCGGTTTGGTATTTATTTCCTTTCTGGTTTAGTTTCCCTTTAGACC
ATTGTTTCTTGATATTTCAAACGATTATCCCCCAAACCATATTCATTTTTTTAAAATATT
TATTGAATTACAACATTATTAGTT

QA 1 444 1 444
DS 



AS 1 9

CO CL553Contig1 906 9 6 U
GGAAAAACTCGTGGTCTACATACACGCATATTCTGTTTTTTTTTT*GTAATGGCTTCTTC
CTCTTACGCACCATTCTCTGCAGTCTTCAGCGGTTTCGCTGCAACCAAACCTAACCCACC
TCCAACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAGATCAAATTCTCGAAATCTGAAAAA
TGGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTCAATTCAAATCAAGAAATTTGAG
TGTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACTGTAAAGGACATAAG
TGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAACCTCTGTTGATCGTTAACGTTGC
TTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATA
CAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAACC
GGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTAT
ATTCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAATC
AAAGTCTGGTGGATTCTTGGG*TGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTG
ACAAAAAGGGCAACGTCTTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCCTTTACAAATTGAGA
AAGACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATTAATCTACTACTATTCATAATGTGTGT
GTATAAGAGAGATTCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTTACTGTTGGTATACCAAAAATTAA
GATAGACATGTATTATGTTACAGAAATGACATTATACGATTGGAAAATCAAATGAACAAT
TTATGT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 45 
45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1CS17TF U 37
AF RR1H037TF U 37
AF RR1DL73TF U 3
AF RR1DB02TF U 1
AF RR1B190TF U 1
AF RR1H037JQ C 345
AF RR1A538JQ C 176
AF RR1A538TF U 47
AF RR1DL73JQ C 194
BS 1 79 RR1B190TF
BS 80 80 RR1CS17TF
BS 81 621 RR1B190TF
BS 622 622 RR1H037TF
BS 623 883 RR1B190TF
BS 884 906 RR1DL73JQ

RD RR1CS17TF 619 0 0
TTTTTTTTT*GTAATGGCTTCTTCCTCTTACGCACCATTCTCTGCAGTCTTCAGCGGTTT
CGCTGCAACCAAACCTAACCCACCTCCAACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAG
ATCAAATTCTCGAAATCTGAAAAATGGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTT
TCAATTCAAATCAAGAAATTTGAGTGTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCA
TGATTTCACTGTAAAGGACATAAGTGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAA
ACCTCTGTTGATCGTTAACGTTGCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGA
GCTTTCACAGTTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTG
CAGTCAATTTGGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTAC
CAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATATTCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGC
TCCAATCTACCAGTTCTTGAAATCAAAGTCTGGTGGATTCTTTGGGTGATCTCATCAAGT
GGAACTTTGAGAAATTCTT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1H037TF 627 0 0
TTTTTTTTT*GTAATGGCTTCTTCCTCTTACGCACCATTCTCTGCAGTCTTCAGCGGTTT
CGCTGCAACCAAACCTAACCCACCTCCAACTTGTTCTGCTTTTCTC*TCCCTAAGCGAAG
ATCAAATTCTCGAAATCTGAAAAATGGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTT
TCAATTCAAATCAAGAAATTTGAGTGTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCA
TGATTTCACTGTAAAGGACATAAGTGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAA
ACCTCTGTTGATCGTTAACGTTGCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGA
GCTTTCACAGTTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTG
CAATCAATTTGGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTAC
CAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATATTCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGC
TCCAATCTACCAGTTCTTGAAATCAAAGTCTGGTGGATTCTTGGG*TGATCTCATCAAGT
GGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTGACA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1DL73TF 661 0 0
GGAAAAAACTCGTGGTCT
TACACGCATATTCTGTTTTTTTTTTTGTAATGGCTTCTTCCTCTTACGCACCATTCTCTG
CAGTCTTCAGCGGTTTCGCTGCAAC*AAACCTAACCCACCTCCAACTTGTTCTGCTTTTC
TCGTCCCTAAGCGAAGATCAAATTCTCGAAATCTGAAAAATGGTGTTTCCTTGAAATCTT
GGAATAACCATGGGTTTCAATTCAAATCAAGAAATTTGAGTGTGTGTGCAAGAGCTACTG
AAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACTGTAAAGGACATAAGTGGGAAGGATGTTTCCCTAG
ACATATTCAAAGGAAAACCTCTGTTGATCGTTAACGTTGCTTCAAAATGTGGTTTGACAT
CATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGATTTGAGA
TTTTAGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCGGATATCA
AGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATATTCGACAAGGTTGATGTGA
ATGGACCGAGCACTGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAATCAAAGTCTGGTGGATTCTTGG
G*TGATCTCATCAAGTGGGACTTTGAGAAATTCTTGGTTGACA

QA 19 661 19 661
DS 

RD RR1DB02TF 661 0 0
GG
AAAAACTCGTGGTCT***TACACGCATATTCTGTTTTTTTTTT*GTAATGGCTTCTTCCT
CTTACGCACCATTCTCTGCAGTCTTCAGCGGTTTCGCTGCAACCAAACCTAACCCACCTC
CAACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAGATCAAATTCTCGAAATCTGAAAAATG
GTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTCAATTCAAATCAAGAAATTTGAGTG
TGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACTGTAAAGGACATAAGTG
GGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAACCTCTGTTGATCGTTAACGTTGCTT
CAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATACA
GGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAACCGG
AATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATAT
TCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAATCAA
AGTCTGGTGGATTCTTGGG*TGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTGA

QA 3 661 3 661
DS 

RD RR1B190TF 890 0 0
GGAAAAACTCGTGGTCTACATACACGCATATTCTGTTTTTTTTTT*GTAATGGCTTCTTC
CTCTTACGCACCATTCTCTTCAGTCTTCAGCGGTTTCGCTGCAACCAAACCTAACCCACC
TCCAACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAGATCAAATTCTCGAAATCTGAAAAA
TGGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTCAATTCAAATCAAGAAATTTGAG
TGTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACTGTAAAGGACATAAG
TGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAACCTCTGTTGATCGTTAACGTTGC
TTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATA
CAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAACC
GGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTAT
ATTCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAATC
AAAGTCTGGTGGATTCTTGGGGTGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTG
ACAAAAAGGGCAACGTCTTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCCTTTACAAATTGAGA
AAGACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATTAATCTACTACTATTCATAATGTGTGT
GTATAAGAGAGATTCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTTACTGTTGGTATACCAAAAATTAA
GATAGACATGTATTATGTTACAGAAATGACATTATACGATTGG
AAAATCA

QA 1 883 1 883
DS 

RD RR1H037JQ 539 0 0
TGATCGTTAACGTTGCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCAC
AGTTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCAATCAAT
TTGGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCA
AAGCTGAGTTCCCTATATTCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATCT
ACCAGTTCTTGAAATCAAAGTCTGGTGGATTCTTGGG*TGATCTCATCAAGTGGAACTTT
GAGAAATTCTTGGTTGACAAAAAGGGCAACGTCGTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCG
CCTTTACAAATTGAGAAAGACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATTAATCTACTAC
TATTCATAATGTGTGTGTATAAGAGAGATTCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTTACTGTTG
GTATACCAAAAATTAAGATAGACATGTATTATGTTACAGAAATGACATTATACGA
TTGG

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR1A538JQ 704 0 0
AAAAATGGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTCAATTTAAATCAAGAAAT
TTGAGTGTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTCCACTGTAAAGGAC
ATAAGTGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAACCTCT*TTGATCGTTAAC
GTTGCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACATAGCTTTCACAGTTGTACGAT
AAATACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCAACCAATTTGGAGGTCAA
GAACCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTC
CCTATATTCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATCTACCAGTTCTTG
AAATCAAAGTCTGGTGGATTCTTGGG*TGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTT
GGTTGACAAAAAGGGCAACGTCTTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCCTTTACAAAT
TGAGAAAGACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATTAATCTACTACTATTCATAATG
TGCGTGTATAAGAGAGATTCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTTACTGTTGGTATACCAAAA
ATTAAGATAGACATGTATTATGTTACAGAAATGACATTATACGA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1A538TF 823 0 0
GTAATGGCTTCTTCCTCTTACGCACCATTTTCTTCAGTCTTCAGCGGTTTCGCTGCAACC
AAACCTAACCCACCTCCAACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAGATCAAATTCT
CGAAATCTGAAAAATGGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTCAATTTAAA
TCAAGAAATTTGAGTGTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTCCACT
GTAAAGGACATAAGTGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAACCTCT*TTG
ATCGTTAACGTTGCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACATAGCTTTCACAG
TTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCAACCAATTT
GGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAA
GCTGAGTTCCCTATATTCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATCTAC
CAGTTCTTGAAATCAAAGTCTGGTGGATTCTTGGG*TGATCTCATCAAGTGGAACTTTGA
GAAATTCTTGGTTGACAAAAAGGGCAACGTCTTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCC
TTTACAAATTGAGAAAGACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATTAATCTACTACTA
TTCATAATGTGCGTGTATAAGAGAGATTCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTTACTGTTGGT
ATACCAAAAATTA*GATAGACATGTATTATGTTACAGAAATGA

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR1DL73JQ 713 0 0
AAATCTTGGAATAACCATGGGTTTCAATTCAAATCAAGAAATTTGAGTGTGTGTGCAAGA
GCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACTGTAAAGGACATAAGTGGGAAGGATGTT
TCCCTAGACATATTCAAAGGAAAACCTCTGTTGATCGTTAACGTTGCTTCAAAATGTGGT
TTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGA
TTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCG
GATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATATTCGACAAGGTT
GATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATTTACCAGTTCTTGAAATCAAAGTTTGGTGGA
TTCTTGGG*TGATCTCATCAAGTGGGACTTTGAGAAATTCTTGGTTGACAAAAAGGGCAA
CGTCGTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCCTTTACAAATTGAGAAATACATCCAGAA
GTTGCTTGTGGCTTAAATATTAATCTACTACTATTCATAATGTGTGTGTATAAGAGAGAT
TCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTTACTGTTGGTATACCAAAAATTAAGATAGACATGTAT
TATGTTACAGAAATGACATTATACGATTGGAAAATCAAATGAACAATTTATGT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 9

CO CL554Contig1 594 9 5 U
GGGGCGACACTTGGGAGTTGGAGCAAACGACGAAGCAAAGCTCACGATGGCAAGGATTAA
GGTTCATGAGCTTAGAGAGAGATCGAAGACGGATCTTCAGAGCCAGCTTCAGGAGTTCAA
GGCTGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTC
CAAAATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCACAGAAGCA
GAAATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCC
CAAGAAGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGA
GCGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAAGTCTAGTT
TCAATGTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACT
TATTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTC
TCACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTCGGCT


BQ
10 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 10 10 

AF RR1CO38JQ C 97
AF RR1FC79JQ C 1
AF RR1CO38TF U 2
AF RR1EK64TF U 2
AF RR1DX21TF U 2
AF RR1FC79TF U 1
AF RR1CM79JQ C 141
AF RR1CM79TF U 171
AF RR1BL84TF U 4
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RD RR1CO38JQ 199 0 0
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CGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTCCAAAATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGT
ATTGACAGTGATCTCACAGAAGCAGAAATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAA
GTTCTTGCCTCTCGATCTT

QA 1 199 1 199
DS 

RD RR1FC79JQ 593 0 0
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GGTTCATGAGCTTAGAGAGAGATCGAAGACGGATCTTCAGAGCCAGCTTCAGGAGTTCAA
GGCTGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTC
CAAAATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCACAGAAGCA
GAAATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCC
CAAGAAGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGA
GCGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAAGTCTAGTT
TCAATGTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACT
TATTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTC
TCACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTCGG
C

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1CO38TF 582 0 0
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GCTGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTCC
AAAATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCACAGAAGCAG
AAATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCCC
AAGAAGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGAG
CGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAAGTCTAGTTT
CAATGTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACTT
ATTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCT
CACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTG
TACC

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1EK64TF 590 0 0
GGGCGACACTTGGGAGTTGGAGCAAACGACGAAGCAAAGCTCACGATGGCAAGGATTAAG
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GCTGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTCC
AAAATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCATAGAAGCAG
AAATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCCC
AAGAAGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGAG
CGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAAGTCTAGTTT
CAATGTTTCATTCTCCAGGACTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACTT
ATTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCT
CACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAGTTGAACCAGTTCTCG

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1DX21TF 591 0 0
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GTTCATGAGCTTAGAGAGAGATCGAATACGGATCTTCAGAGCCAGCTTCAGGAGTTCAAG
GCTGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTCC
AAAATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCACAGAAGCAG
AAATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTTCCTCTCGATCTTCGTCCC
AAGAAGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGAG
CGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAAGTCTAGTTT
CAATGTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACTT
ATTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCT
CACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTCGG

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1FC79TF 593 0 0
G
GGGCGACACTTGGGAGTTGGAGCAAACGACGAAGCAAAGCTCACGATGGCAAGGATTAAG
GTTCATGAGCTTAGAGAGAGATCGAAGACGGATCTTCAGAGCCAGCTTCAGGAGTTCAAG
GCTGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTCC
AAAATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCACAGAAGCAG
AAATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCCC
AAGAAGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGAG
CGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAAGTCTAGTTT
CAATGTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACTT
ATTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCT
CACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTCGG
C

QA 2 592 2 592
DS 

RD RR1CM79JQ 453 0 0
GTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTCCAAAATCAAGGTCGTGAGGA
AATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCACAGAAGCAGAAATTAGCACTAAGAGAAG
CATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCCCAAGAAGACACGTGCTATCC
GTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGAGCGTGAGAAGAAGAAAGAGA
TGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAAGTCTAGTTTCAATGTTTCATTCTCCAGG
ATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACTTATTTTGTCCACCTTTGTTT
TTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCTCACTCCTCGAAAACATTGT
TTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTCG
AC

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1CM79TF 423 0 0
ACAAGCTTTCCAAAATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCT
CACAGAAGCAGAAATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCG
ATCTTCGTCCCAAGAAGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTT
TGAAGACAGAGCGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCA
AAGTCTAGTTTCAATGTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTG
ATTGTTCACTTATTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCA
AATCTATCTCTCACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTC
G
AC

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1BL84TF 591 0 0
GG
GACACTTGGGAGTTGGAGCAAACGACGAAGCAAAGCTCACGATGGCAAGGATTAAGGTTC
ATGAGCTTAGAGAGAGATCGAAGACGGATCTTCAGAGCCAGCTTCAGGAGTTCAAGGCTG
AGCTCGCCCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTCCAAAA
TCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCACAGAAGCAGAAAT
TAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCCCAAGA
AGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGAGCGTG
AGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAATATGCTATCAAAGTCTAGTTTCAAT
GTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACTTATTT
TGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCTCACT
CCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTCGGCT

QA 3 591 3 591
DS 



AS 1 9

CO CL555Contig1 1111 9 14 U
GGACCACACATGTATTCATCTCCTTCTTCTTCTAAATTATCTTTCCTCTTCTTCCTTCTA
ATTTCCCCAAGAGACAATTAGCCCTTTCAAGTAACCATGGGCGTCGCTGTTCTAAATCCC
CAGGACTGTCTGAAGCATCCTCTATCTCACATGAAACATCCACGCAACCCTAGCGCATGC
CCCAACAGGCAGAAAAAAACCGGTCTCAAACCGCACGCGCCGTAGCCCGCCGCGAAAACA
AACATCACCATCTCCTCATGTATCGCCGCCGCTTCCTCCTCTCGCTGCGGCGAAGAAGAG
CCCTAACAACAACAACGTTGGCCAGGTTAGAATCCTGAAGCGCGGCGAGGAGATCCCTAA
GAAGACATCAGCAGATCTGGTCGTGGAAAAGCCAGATCTTGTCTCCACTCGTAGGATCGG
ACCGGATCCGGAAATGATTCCAAGTCAGATCCGTTTACCCGCCCGCAAATCGAAGACGGT
GCCGTTTTACGCCGGTCCCGTGACCATGACATCTCCTCCTCCGAGCGACGTCCCTCTTCC
GGCCTTTTTCGCCGCGAAGAAGAGCGTCTCTCTGTTCCAAGCCACCAACGCTACCAGCGA
ACTCATCAGGATACTCCGCCTAGACATCGCTATTGCGTGACCGCTTATGGCTCATCTCAA
TCGCCGATGTTCCGCTGTTGTCCAAAACTGTTCCTTTTTCGGATCGAATCTTCAGTAATA
AATCATCTACAGTCGATGAGTCGAGAAGATGAAGAAACGCATCTTCGTTATGAAACCGTT
TCGAATCTTCCCTTATTTTTTCAAGGGGCAAGGTCGAAATATCTTTCTTAACAGGTCTTA
GTTTCTCTTCGAGTCTAGTGTTTGTATAGAGTATTTGTTCATAGGCTTTTTTT*ATAATT
GTCTCCTGTTTTAGGTGTCTGTTTACTTTTTAGGTTGGTCTTTCTTCTTGTTTCTCATCT
TTCCTATAGTTCTAAGACAAAAGTATCAGAGATATGTATCTGACTGGCAATATGCAGATT
ACAGTTTCTGTATTACTTTGATCCTTCGATGTAAGATCAGTATTTGCATCTTTATATTAA
ATAAAAATTAAGTTTATTTGGCTTTTATTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1D358TF U 400
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BS 259 605 RR1BS77TF
BS 606 796 RR1BI61TF
BS 797 893 RR1D358TF
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BS 895 1080 RR1D358TF
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BS 1088 1105 RR1AB72TF
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CCCAACAGGCAGAAAAAAACCGGTCTCAAACCGCACGCGCCGTAGCCCGCCGCGAAAACA
AACCTCACCATCTCCTCCTGTATCGCCGCCGCTTCCTCCTCTCGCTGCGGCGAAGAAGAG
CCCTAACAACAACAACGTTGGCCAGGTTAGAATCCTGAAGCGCGGCGAGGAGATCCCTAA
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ACTCA

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DS 

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CCAACAGGCAGAAAAAAAC*GGTCTCAAACCGCACGCGCCGTAGCCCGCCGCGAAAACAA
ACATCACCATCTCCTCATGTATCGCCGCCGCTTCCTCCTCTCGCTGCGGCGAAGAAGAGC
CCTAACAACAACAACGTTGGCCAGGTTAGAATCCTGAAGCGCGGCGAGGAGATCCCTAAG
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GCCTTTTTCGCCGCGAAGAAGAGCGTCTCTCTGTTCCAAGCCACCAACGCTACCAGCGAA
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CGAATCTTCCCTTAT

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GT

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ACCGCTTATGGCTCATCTCAATCGCCGATGTTCCGCTGTTGTCCAAAACTGTTCCTTTTT
CGGATCGAATCTTCAGTAATAAATCATCTACAGTCGATGAGTCGAGAAGATGAAGAAACG
CATCTTCGTTATGAAACCGTTTCGAATCTTCCCTTATTTTTTCAAGGGGCAAGGTCGAAA
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GT

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DS 

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T

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G
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C

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DS 

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G
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TCGCCGATGTTCCGCTGTTGTCCAAAACTGTTCCTTTTTCGGATCGAATCTTCAGTAATA
AATCATCTACAGTCGATGAGTCGAGAAGATGAAGAAACGCATCTTCGTTATGAAACCGTT
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GTCTCCTGTTTTAGGTGTCTGTTTACTTTTTAGGTTGGTCTTTCTTCTTGTTTCTCATCT
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ACAGTTTCTGTATTACTTTGATCCTTCGATGTAAGATCAGTATTTGCATCTTTATATTAA
ATAAAAA

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DS 

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GG
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DS 

RD RR1AB72TF 413 0 0
GG
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ATCTTCGTTATGAAACCGTTTCGAATCTTCCCTTATTTTTTCAAGGGGCAAGGTCGAAAT
ATCTTTCTTAACAGGTCTTAGTTTCTCTTCGAGTCTAGT*TTTGTATAGAGTATTTGTTC
ATAGGCTTTTTTT*ATAATTGTCTCCTGTTTTAGGTGTCTGTTTACTTTTTAGGTTGGTC
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TGACTGGCAATATGCAGATTACAGTTTCTGTATTACTTTGATCCTTCGATGTAAGATCAG
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DS 



AS 1 9

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BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1GN15TF U 15
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AF RR1FH74TF U 2
AF RR1CD62TF U 231
AF RR1BO25TF U 1
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GG
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AAAGAATCACCGTGTGACCGGTCGGCGGCGTGGGCTTCCATAGCCACCGTCGGTCGGATT
TCGTTTTATAGTTTCCTGTAATTGTCTTTTTAGATGTCTTTTGGCTGTGGGTTTTAATCT
ATCTGTTAGATTTCTAGATCTAGAATTTCAGATCTCGTTTTGGTGGGTGGGATTTGTCGG
TGAAGGTTCTCTCGGTTGCTTGTCTGCCCTGATTTTCTTCCTCCGGCGTTCTCGTTGATG
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DS 

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TGTAATTGTCTTTTTAGATGTCTTTTGGCTGTGGGTTTTAATCTATCTGTTAGATTTCTA
GATCTAGAATTTCAGATCTCGTTTTGGTGGGTGGGATTTGTCGGTGAAGGTTCTCTCGGT
TGCTTGTCTGCCCTGATTTTCTTCCTCCGGCGTTCTCGTTGATGGCTCCCCATCTCAGAT
CTGGTCGTTTGGTTTTTGCTGCTTCTTGTAAGAGTTCTACCGCAGATGGATGGTGTGTTG
TTCCTTGTCTCCGTTTGCAACGGGATAGTTCCAAGTCTGTTTCTTTGTCGGTCCTTAAAA
GGTTCTCCGGCTCGTTTTCAAGGAACAAAGCCTTGGCTCTTTATGCATCTTGCCGTGGGA
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GCTCTTGTTGTGCGCTTATTCTCTCCATCCTCCTCCGGTGTTCTTCTTG

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ACCGTCGGTCGGATTTCGTTTTATAGTTTCCTGTAATTGTCTTTTTAGATGTCTTTTGGC
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GGTGGGATTTGTCGGTGAAGGTTCTCTCGGTTGCTTGTCTGCCCTGATTTTCTTCCTCCG
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AAGAGTTCTACCGCAGATGGATGGTGTGTTGTTCCTTGTCTCCGTTTGCAACGGGATAGT
TCCAAGTCTGTTTCTTTGTCGGTCCTTAAAAGGTTCTCCGGCTCGTTTTCAAGGAACAAA
GCCTTGGCTCTTTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTATCAGGTAAAAAGCTCTTCCTTCTT
CTCCTTGGGTTGCTGTTCGACTTCTTCGTGGCTCGTTGGTGTGTGTTCCCGAGCAATATA
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CTCCTCCGGTGTTCTTCTTGCTAGGGTTCTTATTTGT*CGATCTAGATGTTTTTACTGGT
TGATTT

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DS 

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CTGCTTCTTGTAAGAGTTCTACCGCAGATGGATGGTGTGTTGTTCCTTGTCTCCGTTTGC
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CAAGGAACAAAGCCTTGGCTCTTTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTATCAGGTAAAAAGC
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CGAGCAATATATTGAAGTTCGTATGCTCCCTAATAAAGTTCGGCTCTTGTTGTGCGCTTA
TTCTCTCCATCCTCCTCCGGTGTTCTTCTTGCTAGGGTTCTTATTTGTTCGATCTAGATG
TTTTTACTGGTTGATTTGTAATCCCTGTTTGTA*TATCTTATGTTCTTGTC

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DS 

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CTGTGGGTTTTAATCTATCTGTTAGATTTCTAGATCTAGAATTTCAGATCTCGTTTTGGT
GGGTGGGATTTGTCGGTGAAGGTTCTCTCGGTTGCTTGTCTGCCCTGATTTTCTTCCTCC
GGCGTTCTCGTTGATGGCTCCCCTTCTCAGATCTGGTCGTTTGGTTTTTGCTGCTTCTTG
TAAGAGTTCTACCGCAGATGGATGGTGTGTTGTTCCTTGTCTCCGTTTGCAACGGGATAG
TTCCAAGTCTGTTTCTTTGTCGGTCCTTAAAAGGTTCTCCGGCTCGTTTTCAAGGAACAA
AGCCTTGGCTCTTTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTATCAGGTAAAAAGCTCTTCCTTCT
TCTCCTTGGGTTGCTGTTCGACTTCTTCGTGGCTCGTTGGTGTGTGTTCCCGAGCAATAT
ATTGAAGTTCGTATGCTCCCTAATAAAGTTCGGCTCTTGTTGTGCGCTTATTCTCTCCAT
CCTCCTCCGGTGTTCTTCTTGCTAGGGTTCTTACTTGTTCGATCTAG*TGTTTTTACTGG
TTGATTTGTAATCCCTGTTTGTA*TATCTTATGTTCTTGTCTCCAGAGAATTT*GTTATT
CTGCTGG

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DS 

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TGCCCTGATTTTCTTCCTCCGGCGTTCTCGTTGATGGCTCCCCTTCTCAGATCTGGTCGT
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CTCCGTTTGCAACGGGATAGTTCCAAGTCTGTTTCTTTGTCGGTCCTTAAAAGGTTCTCC
GGCTCGTTTTCAAGGAACAAAGCCTTGGCTCTTTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTATCA
GGTAAAAAGCTCTTCCTTCTTCTCCTTGGGTTGCTGTTCGACTTCTTCGTGGCTCGTTGG
TGTGTGTTCCCGAGCAATATATTGAAGTTCGTATGCTCCCTAATAAAGTTCGGCTCTTGT
TGTGCGCTTATTCTCTCCATCCTCCTCCGGTGTTCTTCTTGCTAGGGTTCTTACTTGTTC
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CTCCAGAGAATTTTGTTATTCTGCTGGCTAATGGCTCTGAAGGAGGGATATCTCCTGTCG
GCTTAGTGTTTAAAACTCTGTATCCACCATTGTATGTTTCTCTAGTTATCAATGAAACTT
CTAGTGTT

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DS 

RD RR1FH74JQ 786 0 0
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TTTTTAGATGTCTTTTGGCTGTGGGTTTTAATCTATCTGTTAGATTTCTAGATCTAGAAT
TTCAGATCTCGTTTTGGTGGGTGGGATTTGTCGGTGAAGGTTCTCTCGGTTGCTTGTCTG
CCCTGATTTTCTTCCTCCGGCGTTCTCGTTGATGGCTCCCCTTCTCAGATCTGGTCGTTT
GGTTTTTGCTGCTTCTTGTAAGAGTTCTACCGCAGATGGATGGTGTGTTGTTCCTTGTCT
CCGTTTGCAACGGGATAGTTCCAAGTCTGTTTCTTTGTCGGTCCTTAAAAGGTTCTCCGG
CTCGTTTTCAAGGAACAAAGCCTTGGCTCTTTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTATCAGG
TAAAAAGCTCTTCCTTCTTCTCCTTGGGTTGCTGTTCGACTTCTTCGTGGCTCGTTGGTG
TGTGTTCCCGAGCAATATATTGAAGTTCGTATGCTCCCTAATAAAGTTCGGCTCTTGTTG
TGCGCTTATTCTCTCCATCCTCCTCCGGTGTTCTTCTTGCTAGGGTTCTTATTTGTTCGA
TCTAGATGTTTTTACTGGTTGATTTGTAATCCCTGTTTGTAATATCTTATGTTCTTGTCT
CCAGAGAATTTTGTTATTCTGCTGGCTAATGGCTCTGAAGGAGGGATATCTCCTGTCGGC
TTAGTGTTTAAAACTCTGTATCCACCATTGTATGTTTCTCTAGTTATCAATGAAACTTCT
AGTG
TC

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DS 

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TTCGGCTCTTGTTGTGCGCTTATTCTCTCCATCCTCCTCCGGTGTTCTTCTTGCTAGGGT
TCTTATTTGTTCGATCTAGATGTTTTTACTGGTTGATTTGTAATCCCTGTTTGTAATATC
TTATGTTCTTGTCTCCAGAGAATTTTGTTATTCTGCTGGCTAATGGCTCTGAAGGAGGGA
TATCTCCTGTCGGCTTAGTGTTTAAAACTCTGTATCCACCATTGTATGTTTCTCTAGTTA
TCAATGAAACTTCTAGTG

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DS 

RD RR1GV16JQ 720 0 0
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TCTCGTTTTGGTGGGTGGGATTTGTCGGTGAAGGTTCTCTCGGTTGCTTGTCTGCCCTGA
TTTTCTTCCTCCGGCGTTCTCGTTGATGGCTCCCCATCTCAGATCTGGTCGTTTGGTTTT
TGCTGCTTCTTGTAAGAGTTCTACCGCAGATGGATGGTGTGTTGTTCCTTGTCTCCGTTT
GCAACGGGATAGTTCCAAGTCTGTTTCTTTGTCGGTCCTTAAAAGGTTCTCCGGCTCGTT
TTCAAGGAACAAAGCCTTGGCTCTTTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTATCAGGTAAAAA
GCTCTTCCTTCTTCTCCTTGGGTTGCTGTTCGACTTCTTCGTGGCTCGTTGGTGTGTGTT
CCCGAGCAATATATTGAAGTTCGTATGCTCCCTAATAAAGTTCGGCTCTTGTTGTGCGCT
TATTCTCTCCATCCTCCTCCGGTGTTCTTCTTGCTAGGGTTCTTATTTGTTCGATCTAGA
TGTTTTTACTGGTTGATTTGTAATCCCTGTTTGTAATATCTTATGTTCTTGTCTCCAGAG
AATTTTGTTATTCTGCTGGCTAATGGCTCTGAAGGAGGGATATCTCCTGTCGGCTTAGTG
TTTAAAACTCTGTATCCACCATTGTATGTTTCTCTAGTTATCAATGAAACTTCTAGTG
TT

QA 1 718 1 718
DS 



AS 2 8

CO CL557Contig1 993 6 19 U
GGAAAACAATTAATTTCCAGTGTCGTCTCCGAATTCTCCACATCTTCTTCTCCTCTGTAC
TACTACTAAAGACAAACACACAATCGCCTTCGAATCTGTGAAGAAGAAGAAGAAACCATT
TACTGAACATGGCGAATTCGGGAGTAGAGAAGGAGAAGCTGAAGCTCTACTCTTACTGGA
GAAGCTCCTGCGCTCATCGTGTCCGTATCGCCCTCTCTCTCAAAGGGCTTGAGTATGAGT
ATATACCAGTTAATCTCCTCAAAGGTGAACAATCCGATCCAGAGTTCAAGAAGATCAATC
CAATGGGTACTGTACCAGCCCTTGTTGTTGATGGAGATATTGTCATTTCTGATTCTCTTG
CCATCATTATGTATCTGGATGAGAAGTATCCTGAACCACCTCTCTTACCTCCTGACCTCC
ACAAACGTGCTGTCAATTTCCAGGCAGCGAGTATTGTCTTGTCTGGCATACAGCCTCATC
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GGGTTACTAATGCTATCACAAAAGGATTCACTGCTCTCGAGAAACTGTTGGTGAGCTGCG
CTGGCAAACACGCAACTGGTGATGAAGTTTACTTGGCTGATCTCTTTCTAGCACCACAGA
TCTACGGAGCTATCAACAGATTCCAGATTAACATGGAACCATACCCGACCCTTGCAAAGT
GTTACGAGTCATACAA*GGATGTTCCTGCGTTTCAAAACGCAGCCCCAGAGAAGCAGCCA
GATGCTCCTGCTTCCACCAGCTGATCATGTGAACCAGTAGTAAGCTACTCCCAGTTCAAT
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AGATGTATCATATCAACCAGTTCACTTCTTAGTCACTCTACTTGTATTATAAAATAAAGA
TCAGATACTTTCGAAATCGCAAACATTTCATTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 20 35 35 35 35 35 35 20 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 10 10 10 30 30 30 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 10 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FP12TF U 1
AF RR1B263TF U 1
AF RR1AP39TF U 38
AF RR1AP39JQ C 140
AF RR1B263JQ C 644
AF RR1FP12JQ C 787
BS 1 393 RR1B263TF
BS 394 394 RR1AP39TF
BS 395 787 RR1B263TF
BS 788 788 RR1AP39TF
BS 789 794 RR1B263TF
BS 795 795 RR1AP39TF
BS 796 857 RR1B263TF
BS 858 860 RR1AP39TF
BS 861 863 RR1AP39JQ
BS 864 866 RR1AP39TF
BS 867 870 RR1AP39JQ
BS 871 878 RR1AP39TF
BS 879 879 RR1AP39JQ
BS 880 915 RR1AP39TF
BS 916 916 RR1AP39JQ
BS 917 929 RR1AP39TF
BS 930 930 RR1AP39JQ
BS 931 942 RR1AP39TF
BS 943 993 RR1AP39JQ

RD RR1FP12TF 630 0 0
GGAAAACAATTAATTTCCAGTGTCGTCTCCGAATTCTCCACATCTTCTTCTCCTCTGTAC
TACTACTAAAGACAAACACACAATCGCCTTCGAATCTGTGAAGAAGAAGAAGAAACCATT
TACTGAACATGGCGAATTCGGGAGTAGAGAAGGAGAAGCTGAAGCTCTACTCTTACTGGA
GAAGCTCCTGCGCTCATCGTGTCCGTATCGCCCTCTCTCTCAAAGGGCTTGAGTATGAGT
ATATACCAGTTAATCTCCTCAAAGGTGAACAATCCGATCCAGAGTTCAAGAAGATCAATC
CAATGGGTACTGTACCAGCCCTTGTTGTTGATGGAGATATTGTCATTTCTGATTCTCTTG
CCATCATTATGTATCTGGATGAGAAGTATCCTGGACCACCTCTCTTACCTCCTGACCTCC
ACAAACGTGCTGTCAATTTCCAGGCAGCGAGTATTGTCTTGTCTGGCATACAGCCTCATC
AAAACCTCGGTGTTATTAGGTTCATTGAGGAAAAGATCAATTCGGAGGAGAAAACTGCTT
GGGTTACTAATGCTATCACAAAAGGATTCACTGCTCTCGAGAAACTGTTGGTGAGCTGCG
CTGGCAAACACGCAACTGGTGATGAAGTTT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1B263TF 868 0 0
GGAAAACAATTAATTTCCAGTGTCGTCTCCGAATTCTCCACATCTTCTTCTCCTCTGTAC
TACTACTAAAGACAAACACACAATCGCCTTCGAATCTGTGAAGAAGAAGAAGAAACCATT
TACTGAACATGGCGAATTCGGGAGTAGAGAAGGAGAAGCTGAAGCTCTACTCTTACTGGA
GAAGCTCCTGCGCTCATCGTGTCCGTATCGCCCTCTCTCTCAAAGGGCTTGAGTATGAGT
ATATACCAGTTAATCTCCTCAAAGGTGAACAATCCGATCCAGAGTTCAAGAAGATCAATC
CAATGGGTACTGTACCAGCCCTTGTTGTTGATGGAGATATTGTCATTTCTGATTCTCTTG
CCATCATTATGTATCTGGATGAGAAGTATCCTGGACCACCTCTCTTACCTCCTGACCTCC
ACAAACGTGCTGTCAATTTCCAGGCAGCGAGTATTGTCTTGTCTGGCATACAGCCTCATC
AAAACCTCGGTGTTATTAGGTTCATTGAGGAAAAGATCAATTCGGAGGAGAAAACTGCTT
GGGTTACTAATGCTATCACAAAAGGATTCACTGCTCTCGAGAAACTGTTGGTGAGCTGCG
CTGGCAAACACGCAACTGGTGATGAAGTTTACTTGGCTGATCTCTTTCTAGCACCACAGA
TCTACGGAGCTATCAACAGATTCCAGATTAACATGGAACCATACCCGACCCTTGCAAAGT
GTTACGAGTCATACAA*GGATGTTCCTGCGTTTCAAAACGCAGCCCCAGAGAAGCAGCCA
GATGCTC*TGCTTC*ACCAGCTGATCATGTGAACCAGTAGTAAGCTACTCCCAGTTCAAT
AAAACCTCACAGAAACA
CACACACATGA

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR1AP39TF 915 0 0
GG
ACATCTTCTTCTCCTCTGTACTACTACTAAAGACAAACACACAATCGCCTTCGAATCTGT
GAAGAAGAAGAAGAAACCATTTACTGAACATGGCGAATTCGGGAGTAGAGAAGGAGAAGC
TGAAGCTCTACTCTTACTGGAGAAGCTCCTGCGCTCATCGTGTCCGTATCGCCCTCTCTC
TCAAAGGGCTTGAGTATGAGTATATACCAGTTAATCTCCTCAAAGGTGAACAATCCGATC
CAGAGTTCAAGAAGATCAATCCAATGGGTACTGTACCAGCCCTTGTTGTTGATGGAGATA
TTGTCATTTCTGATTCTCTTGCCATCATTATGTATCTGGATGAGAAGTATCCTGAACCAC
CTCTCTTACCTCCTGACCTCCACAAACGTGCTGTCAATTTCCAGGCAGCGAGTATTGTCT
TGTCTGGCATACAGCCTCATCAAAACCTCGGTGTTATTAGGTTCATTGAGGAAAAGATCA
ATTCGGAGGAGAAAACTGCTTGGGTTACTAATGCTATCACAAAAGGATTCACTGCTCTCG
AGAAACTGTTGGTGAGCTGCGCTGGCAAACACGCAACTGGTGATGAAGTTTACTTGGCTG
ATCTCTTTCTAGCACCACAGATCTACGGAGCTATCAACAGATTCCAGATTAACATGGAAC
CATACCCGACCCTTGCAAAGTGTTACGAGTCATACAAAGGATGTTCCTGCGTTTCAAAAC
GCAGCCCCAGAGAAGCAGCCAGATGCTCCTGCTTCCACCAGCTGATCATGTGAACCAGTA
GTAAGCTACTCCCAGTTCAATAAAACCTCACAGAAACAACACACACA****TGATAAAA*
TACCATGTACTCATCATATATAGATGTATCATATCA*CCAGTTCACTTCT*AGTCACTCT
ACT
GTATATAAAA

QA 3 905 3 905
DS 

RD RR1AP39JQ 854 0 0
GGGAGTAGAGAAGGAGAAGCTGAAGCTCTACTCTTACTGGAGAAGCTCCTGCGCTCATCG
TGTCCGTATCGCCCTCTCTCTCAAAGGGCTTGAGTATGAGTATATACCAGTTAATCTCCT
CAAAGGTGAACAATCCGATCCAGAGTTCAAGAAGATCAATCCAATGGGTACTGTACCAGC
CCTTGTTGTTGATGGAGATATTGTCATTTCTGATTCTCTTGCCATCATTATGTATCTGGA
TGAGAAGTATCCTGAACCACCTCTCTTACCTCCTGACCTCCACAAACGTGCTGTCAATTT
CCAGGCAGCGAGTATTGTCTTGTCTGGCATACAGCCTCATCAAAACCTCGGTGTTATTAG
GTTCATTGAGGAAAAGATCAATTCGGAGGAGAAAACTGCTTGGGTTACTAATGCTATCAC
AAAAGGATTCACTGCTCTCGAGAAACTGTTGGTGAGCTGCGCTGGCAAACACGCAACTGG
TGATGAAGTTTACTTGGCTGATCTCTTTCTAGCACCACAGATCTACGGAGCTATCAACAG
ATTCCAGATTAACATGGAACCATACCCGACCCTTGCAAAGTGTTACGAGTCATACAA*GG
ATGTTCCTGCGTTTCAAAACGCAGCCCCAGAGAAGCAGCCAGATGCTCCTGCTTCCACCA
GCTGATCATGTGAACCAGTAGTAAGCTACTCCCAGTTCAATAAAACCTCACAGAAACAAC
AACAACAACAATGATAAAAATACCATGTACTCATCATATATAGATGTATCATATCAACCA
GTTCACTTCTTAGTCACTCTACTTGTATTATAAAATAAAGATCAGATACTTTCGAAATCG
CAAACATTTCATTC

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR1B263JQ 350 0 0
CTTTCTAGCCCCACAGATTTACGGAGCTATCAACAGATTCCAGATTAACATGGAACCATA
CCCGACCCTTGCAAAGTGTTACGAGTCATACAA*GGATGTTCCTGCGTTTCAAAACGCAC
CCCCAGAGAAGCACCCAGATGCTCCTGCTTCCCCCAGCTGATCATGTGAACCAGTAGTAA
GCTACTCCCAGTTCAATAAAACCTCACAGAAACAACAACAACAACAATGATAAAAATACC
ATGTACTCATCATATATAGATGTATCATATCAACCAGTTCACTTTTTAGTCACTCTACTT
GTATTATAAAATAAAGATCAGATACTTTCGAAATCGCAAACATTTCATTC

QA 1 350 1 350
DS 

RD RR1FP12JQ 207 0 0
CCTGCTTCCCCCAGCTGATCATGTGAACCAGTAGTAAGCTACTCCCAGTTCAATAAAACC
TCACAGAAACAACAACAACAACAATGATAAAAATACCATGTACTCATCATATATAGATGT
ATCATATCAACCAGTTCACTTTTTAGTCACTTTACTTGTATTATAAAATAAAGATCAGAT
ACTTTGGAAATCGCAAACATTTCATTC

QA 1 207 1 207
DS 



CO CL557Contig2 575 2 1 U
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TTCTCTTGCCATCATTATGTATCTGGATGAGAAGTATCCTGAACCACCTCTCTTACCTCC
TGACCTCCACAAACGTGCTGTCAATCTCCAGGCAGCGAGTATTGTCTTGTCTGGCATACA
GCCTCATCAAAACCTCGGTGTTAATAGGTTCATTGAGGAAAAGATCAATTCGGAGGAGAA
AACTGCTTGGGTTACTAATGCTATCACAAAAGGATTCACTGCTCTCCAGATTAACATGGA
ACCATACCCGACCCTTGCAAAGCGTTACGAGTCATACAAGGATGTTCCTGCGTTTCAAAA
CGCAGCCCCAGAGAAGCAGCCAGATGCTCCTGCTTCCACCAGCTGATCATGTGAACCAGT
AGTAAGCTACTCCCAGTTCAATAAAACCTCACAGAAACAACAACAACAACAATGATAAAA
ATACCATGTACTCATCATATATAGATGTATCATATCAACCAGTTCACTTCTTAGTCACTC
TACTTGTATTATAAAATAAAGATCAGATACTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D763TF U 1
AF RR1D763JQ C 302
BS 1 575 RR1D763TF

RD RR1D763TF 575 0 0
GATCAATCCAATGGGTACTGTACCAGCCCTTGTTGTTGATGGAGATATTGTCATTTCTGA
TTCTCTTGCCATCATTATGTATCTGGATGAGAAGTATCCTGAACCACCTCTCTTACCTCC
TGACCTCCACAAACGTGCTGTCAATCTCCAGGCAGCGAGTATTGTCTTGTCTGGCATACA
GCCTCATCAAAACCTCGGTGTTAATAGGTTCATTGAGGAAAAGATCAATTCGGAGGAGAA
AACTGCTTGGGTTACTAATGCTATCACAAAAGGATTCACTGCTCTCCAGATTAACATGGA
ACCATACCCGACCCTTGCAAAGCGTTACGAGTCATACAAGGATGTTCCTGCGTTTCAAAA
CGCAGCCCCAGAGAAGCAGCCAGATGCTCCTGCTTCCACCAGCTGATCATGTGAACCAGT
AGTAAGCTACTCCCAGTTCAATAAAACCTCACAGAAACAACAACAACAACAATGATAAAA
ATACCATGTACTCATCATATATAGATGTATCATATCAACCAGTTCACTTCTTAGTCACTC
TACTTGTATTATAAAATAAAGATCAGATACTTTCG

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1D763JQ 274 0 0
CCATACCCGACCCTTGCAAAGCGTTACGAGTCATACAAGGATGTTCCTGCGTTTCAAAAC
GCAGCCCCAGAGAAGCAGCCAGATGCTCCTGCTTCCACCAGCTGATCATGTGAACCAGTA
GTAAGCTACTCCCAGTTCAATAAAACCTCACAGAAACAACAACAACAACAATGATAAAAA
TACCATGTACTCATCATATATAGATGTATCATATCAACCAGTTCACTTTTTAGTCACTCT
ACTTGTATTATAAAATAAAGATCAGATACTTTCG

QA 1 274 1 274
DS 



AS 2 8

CO CL558Contig1 747 5 4 U
GGACATTCAGGTCGTTTCTATTATTACGATAGTTCATTGTTGGAGGATCAATCAAATCAT
CAGCTTCGGGAGATCTCTTCTGGGAATCGAGGATCTGTTGAGTTACGGATAATCATGATA
CATTTTGTGCTTCTGGTTAGTCGACAAGGAAAAGTAAGGCTCACCAAGTGGTATTCGCCT
TACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAACTCAGCGGTGTAATCCTGAACAGA
GGTCCCAAGCTCTGCAATTTCATCGAATGGAGAGGATACAAGGTTGTCTACAAAAGGTAC
GCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGAGGCGGATAACGAGTTAGAGGTACTGGAG
ATCATTCACCACTATGTCGAGATTCTTGACCGTTACTTTGGCAGTGTGTGTGAACTCGAT
TTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGTATTATATACTGGATGAGCTGTTGATCGCCGGTGAA
CTTCAAGAGTCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATAATATCAGCTCAGGATCAATTGGTG
GAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTCAGGCTACCAAGTAG
TTTCTTTCTGATTTGTTGTTAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATATTTCCTTATTTTCT
GAGAAATTCTATTCTAAATCACACTTTTCTTTTCCATGTTATGTCATGTGTTTTGTCTGT
TTGATAAGAAGAAAGAAACATTTATTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CG83JQ C 49
AF RR1BY53JQ C 1
AF RR1CG83TF U 49
AF RR1CK75TF U 24
AF RR1BY53TF U 1
BS 1 32 RR1BY53TF
BS 33 49 RR1CK75TF
BS 50 731 RR1CG83TF
BS 732 747 RR1BY53TF

RD RR1CG83JQ 631 0 0
G
AATCAAATCATCAGCTTCGGGAGATCTCTTCTGGGAATCGAGGATCTGTTGAGTTACGGA
TAATCATGATACATTTTGTGCTTCTGGTTAGTCGACAAGGAAAAGTAAGGCTCACCAAGT
GGTATTCGCCTTACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAACTCAGCGGTGTAA
TCCTGAACAGAGGTCCCAAGCTCTGCAATTTCATCGAATGGAGAGGATACAAGGTTGTCT
ACAAAAGGTACGCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGAGGCGGATAACGAGTTAG
AGGTACTGGAGATCATTCACCACTATGTCGAGATTCTTGACCGTTACTTTGGCAGTGTGT
GTGAACTCGATTTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGTATTATATACTGGATGAGCTGTTGA
TCGCCGGTGAACTTCAAGAGTCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATAATATCAGCTCAGG
ATCAATTGGTGGAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTCAGG
CTACCAAGTAGTTTCTTTCTGATTTGTTGTTAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATATTT
CCTTATTTTCTGAGAAATTCTATTCTAAAT

QA 2 631 2 631
DS 

RD RR1BY53JQ 747 0 0
GGACATTCAGGTCGTTTCTATTATTACGATAGTTCATTGTTGGAGGATCAATCAAATCAT
CAGCTTCGGGAGATCTCTTCTGGGAATCGAGGATCTGTTGAGTTACGGATAATCATGATA
CATTTTGTGCTTCTAGTTAGTCGACAAGGAAAAGTAAGGCTAACCAAGTGGTATTCGCCT
TACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAACTCAGCGGTGTAATCCTTAACAGA
GGTCCCAAGCTCTGTAATTTCATCGAATGGAGAGGATACAAGGTTGTCTACAAAAGGTAT
GCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGAGGCGGATAACGAGCTAGAGGTGCTGGAG
ATCATTCATCACTATGTCGAGATTCTTGACCGTTACTTTGGCAGTGTGTGTGAACTCGAT
TTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGTATTATATACTGGATGAGCTGTTGATCGCCGGTGAA
CTTCAAGAGTCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATAATATCAGCTCAGGATCAATTGGTG
GAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTCAGGCTACCAAGTAG
TTTCTTTTTGATTTGTTGTTAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATATTTCCTTATTTTTT
GAGAAATTCTATTTTAAATCACACTTTTCTTTTCCATGTTATGTCATGTGTTTTGTCTGT
TTGATAAGAAGAAAGAAACATTTATTG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1CG83TF 683 0 0
G
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TAATCATGATACATTTTGTGCTTCTGGTTAGTCGACAAGGAAAAGTAAGGCTCACCAAGT
GGTATTCGCCTTACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAACTCAGCGGTGTAA
TCCTGAACAGAGGTCCCAAGCTCTGCAATTTCATCGAATGGAGAGGATACAAGGTTGTCT
ACAAAAGGTACGCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGAGGCGGATAACGAGTTAG
AGGTACTGGAGATCATTCACCACTATGTCGAGATTCTTGACCGTTACTTTGGCAGTGTGT
GTGAACTCGATTTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGTATTATATACTGGATGAGCTGTTGA
TCGCCGGTGAACTTCAAGAGTCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATAATATCAGCTCAGG
ATCAATTGGTGGAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTCAGG
CTACCAAGTAGTTTCTTTCTGATTTGTTGTTAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATATTT
CCTTATTTTCTGAGAAATTCTATTCTAAATCACACTTTTCTTTTCCATGTTATGTCATGT
GTTTTGTCTGTTTGATAAGAAG

QA 2 683 2 683
DS 

RD RR1CK75TF 714 0 0
GGACGATCA
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ATCTGTTGAGTTACGGATAATCATGATACATTTTGTGCTTCTGGTTAGTCGACAAGGAAA
AGTAAGGCTCACCAAGTGGTATTCGCCTTACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACG
CGAACTCAGCGGTGTAATCCTGAACAGAGGTCCCAAGCTCTGCAATTTCATCGAATGGAG
AGGATACAAGGTTGTCTACAAAAGGTACGCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGA
GGCGGATAACGAGTTAGAGGTACTGGAGATCATTCACCACTATGTCGAGATTCTTGACCG
TTACTTTGGCAGTGTGTGTGAACTCGATTTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGTATTATAT
ACTGGATGAGCTGTTGATCGCCGGTGAACTTCAAGAGTCGAGTAAGAAAACAGTGGCGAG
GATAATATCAGCTCAGGATCAATTGGTGGAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAG
TAACATCATTGCTCAGGCTACCAAGTAGTTTCTTTCTGATTTGTTGTTAAAAAGCATTCG
TTAATGGTTTAATATTTCCTTATTTTCTGAGAAATTCTATTCTAAATCACACTTTTCTTT
TCCATGTTATGTCATGTGTTTTGTCTGTTTGATA
GAGAAGAAACA

QA 10 703 10 703
DS 

RD RR1BY53TF 747 0 0
GGACATTCAGGTCGTTTCTATTATTACGATAGTTCATTGTTGGAGGATCAATCAAATCAT
CAGCTTCGGGAGATCTCTTCTGGGAATCGAGGATCTGTTGAGTTACGGATAATCATGATA
CATTTTGTGCTTCTAGTTAGTCGACAAGGAAAAGTAAGGCTAACCAAGTGGTATTCGCCT
TACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAACTCAGCGGTGTAATCCTTAACAGA
GGTCCCAAGCTCTGTAATTTCATCGAATGGAGAGGATACAAGGTTGTCTACAAAAGGTAT
GCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGAGGCGGATAACGAGCTAGAGGTGCTGGAG
ATCATTCATCACTATGTCGAGATTCTTGACCGTTACTTTGGCAGTGTGTGTGAACTCGAT
TTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGTATTATATACTGGATGAGCTGTTGATCGCCGGTGAA
CTTCAAGAGTCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATAATATCAGCTCAGGATCAATTGGTG
GAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTCAGGCTACCAAGTAG
TTTCTTTCTGATTTGTTGTTAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATATTTCCTTATTTTCT
GAGAAATTCTATTCTAA*TCACACTTTTCTTTTCCATGTTATGTCATGTGTTTTGTCTGT
TTGATAAGAAGAAAGAAACATTTATTG

QA 1 747 1 747
DS 



CO CL558Contig2 750 3 10 U
GGATTATTATGTGTGTACGATAATTCATTGTTGGAGGATCAATCAAATCATCAGCTTCGG
GAGATCTCCTCTGGGAATCGAGGATCTGTGGAGTTACTGATAATCATGATACATTTTGTG
CTTCTAGTTAGTCGACAAGGAAAAGTAAGGCTCACCAAGTGGTATTCGCCTTACACACAG
AAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAACTCAGCGGTGTAATCCTGAACAGAGGTCCCAAG
CTCTGCAATTTCATCGAATGGAGAGGATACAAGGTTGTCTACAAAAGGTACGCAAGCCTG
TACTTCTGCATGTGCATTGATGAGACGGATAACGAGTTAGAGGTACTGGAGATCATTCAT
CACTACGTCGAAATTCTTGACCGTTACTTTGGCAGTGTGTGTGAACTGGATTTGATTTTT
AACTTCCACAAGGCGTATTATATATTGGATGAGCTGTTGATCGCCGGTGAGCTTCAAGAG
TCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATAATATCAGCTCAGGATCAATTGGTGGAGGCTGCT
AAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTCAGGCTACCAAGTAGTTTCTTCTG
ATTTGTTGTTAAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATATTTCCTTATTTTCTGATAAATTC
TATTCTAAATCACACTTTTCCTTTCCATGTTATGTCATGTGTTTTGTCTGTTTGATAAGA
AGAAAGAAACATTTATTGATCGGTGTGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF89TF U 1
AF RR1BB31TF U 39
AF RR1G652TF U 229
BS 1 518 RR1GF89TF
BS 519 519 RR1BB31TF
BS 520 563 RR1GF89TF
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BS 565 615 RR1GF89TF
BS 616 616 RR1BB31TF
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BS 729 729 RR1G652TF
BS 730 750 RR1BB31TF

RD RR1GF89TF 678 0 0
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AAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGCAACATCATTGCTCAGGCTACCAAGTAGTTTCTTCTG
ATTTGTTGTTAAAAA*GCATTCGTTAATGGTTTAATATTTCCTTATTTTCTGATAAATTC
TATTCTAAATCACACTTT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1BB31TF 712 0 0
GG
AATCAAATCATCAGCTTCGGGAGATCTCCTCTGGGAATCGAGGATCTGTGGAGTTACTGA
TAATCATGATACATTTTGTGCTTCTAGTTAGTCGACAAGGAAAAGTAAGGCTCACCAAGT
GGTATTCGCCTTACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAACTCAGCGGTGTAA
TCCTGAACAGAGGTCCCAAGCTCTGCAATTTCATCGAATGGAGAGGATACAAGGTTGTCT
ACAAAAGGTACGCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGAGACGGATAACGAGTTAG
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GTGAACTGGATTTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGTATTATATATTGGATGAGCTGTTGA
TCGCCGGTGAGCTTCAAGAGTCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATAATATCAGCTCAGG
ATCAATTGGTGGAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTCAGG
CTACCAAGTAGTTTCTTCTGATTTGTTGTTAAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATATTT
CCTTATTTTCTGATAAATTCTATTCTAAATCACACTTTTCCTTTCCATGTTATGTCATGT
GTTTTGTCTGTTTGATAAGAAGAAAGAA*CATTTATTGATCGGTGTGGGT

QA 3 712 3 712
DS 

RD RR1G652TF 510 0 0
G
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AGATCATTCATCACTACGTCGAAATTCTTGACCGTTACTTTGGCAGTGTGTGTGAACTGG
ATTTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGTATTATATATTGGATGAGCTGTTGATCGCCGGTG
AGCTTCAAGAGTCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATAATGTCAGCTCAGGATCAATTGG
TGGAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTCAGGCTACCAAGT
AGTTTCTTCTGATTTGTTGTTAAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATATTTCCTTATTTT
CTGATAAATTCTATTCTAAATCACACTTTTCTTTTCCATGTTATGTCATGTGTTTTGTCT
GTTTGATAAGAAGAAAGAAACATTTATTG

QA 2 510 2 510
DS 



AS 2 9

CO CL559Contig1 972 7 9 U
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CAAGAAGTAATGTCCTTCATATCAGAACTCGAGAAGAAGTATGCAGGAAAGGCAGAACTC
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GAATCTGTTACTGAAAAATTAGGCACAGCAGAGACCAAGCAGAAGATAGAATCTTCCCAA
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AGTAAAGGCCAGACAGTGACCTCCACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAA
TGGGAACAAGTCACCACCCAGTTTGTGGAGACTGCTGCTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCT
TCATCTTCCACTCAGTCTCAGAAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCATCAGTCCCAACAG
TCTCAGCAGTCTCTGCAGTCAGTGCAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAAGGCTCAGACT
CAGACCAATTGAGATACACTAATGCGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACTAGTACCGC
CAAATATGATAATTAGTAGCTAAGTAGATGTTTTTT*GTTTGGTTTCCAATAAAACTAAG
ATCGGTGTAGGCAATAGATGTCTACCTTTAGACCGACGTATGCAAATAATAACTTTGTAA
GCAATAAAGATAGACTGTATGCTCGCTTTTTATGTTTTACATAGAGAAGTAAGCAAGACC
CATTAAAGGGATTTTGAATAATTTTCTTCTTGTTTCTATATTAAATTAAATAAAAAATTA
TTCTTTATGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C977TF U 152
AF RR1FK04TF U 1
AF RR1DZ27TF U 433
AF RR1FK04JQ C 85
AF RR1BX27TF U 285
AF RR1F583TF U 537
AF RR1AA77JQ C 385
BS 1 650 RR1FK04TF
BS 651 651 RR1BX27TF
BS 652 723 RR1FK04TF
BS 724 724 RR1BX27TF
BS 725 765 RR1FK04TF
BS 766 793 RR1BX27TF
BS 794 794 RR1F583TF
BS 795 901 RR1BX27TF
BS 902 972 RR1AA77JQ

RD RR1C977TF 481 0 0
AGAAGAAGTATGCAGGAAAGGCAGAACTCAACACCTTCTTCCAGAAACTCAAGTCTTCCA
TGTCTGCCACATCAAAGATCGCTACCACGGACGAAAAAACCTTCGAATCTGGGGTGAAAA
CTGCTGCTGGAACACTAAATGAAGCGGCAGAATCTGTTACTGAAAAATTAGGCACAGCAA
AGACCAAGCAGAAGATAGAATCTTCCCAACAGCAGTTGATGCAGACATTCGAAGAGCTAA
AAGAAGTCAACAGTAAAATAGTGAGTGAGAGTAAAGGCCAGACAGTGACCTCCACACAAC
AGTCAGAACTTAAGTAGACGCTCACTAAATGGGAACAAGTCACCACCCAGTTTGTGGAGA
CTGCTGCTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCTTCATCTTCCACTCAGTCTCAGAAATCTCAGC
AGTCTCAACAGTCCCATCAGTCCCAACAGTCTCAGCAGTCTCTGCAGTCAGTGCAGACAC
A

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1FK04TF 783 0 0
GCCAGTACACCAAGTACACCCACAACACCTACTAGCTCAACTCCTTCTGCTGGTTCTACG
ACCACACAATCAGCTACCTCATCAACCGCATCAGCGAAACAAGTCGAGACTCAAACATCC
CAAGAAGTAATGTCCTTCATATCAGAACTCGAGAAGAAGTATGCAGGAAAGGCAGAACTC
AACACCTTCTTCCAGAAACTCAAGTCTTCCATGTCTGCCACATCAAAGATCGCTACCACG
GACGAAAAAACCTTCGAATCTGGGGTGAAAACTGCTGCTGGAACACTAAATGAAGCGGCA
GAATCTGTTACTGAAAAATTAGGCACAGCAGAGACCAAGCAGAAGATAGAATCTTCCCAA
CAGCAGTTGATGCAGACATTCGAAGAGCTAAAAGAAGTCAACAGTAAAATAGTGAGTGAG
AGTAAAGGCCAGACAGTGACCTCCACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAA
TGGGAACAAGTCACCACCCAGTTTGTGGAGACTGCTGCTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCT
TCATCTTCCACTCAGTCTCAGAAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCATCAGTCCCAACAG
TCTCAGCAGTCTCTGCAGTCAGTGCAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAACGCTCAGACT
CAGACCAATTGAGATACACTAATGCGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACTAGTACCGC
CAA*TATGATAATTAGTAGCTAAGTAGATGTTTTTT*GTTTGGTT
CCATAAACTAAGATCGGT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1DZ27TF 416 0 0
G
CAGTGACCTCCACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAATGGGAACAAGTCA
CCACCCAGTTTGTGGAGACTGCTGCTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCTTCATCTTCCACTC
AGTCTCAGAAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCATCAGTCCCAACAGTCTCAGCAGTCTC
TGCAGTCAGTGCAGACACAGCAGGTCAGTACCCTGAAGGCTCAGACTCAGACCAATTGAG
ATACACTAATGCGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACTAGTACCGCCAAATATGATAAT
TAGTAGCTAAGTAGATGTTTTTT*GTTTGGTT*CCAATAAAACTAAGATCGGTGTAGGCA
ATAGATGTCTACCTTTA**CCGACGTATGCAAATAATAACTTTG*AAGCAATAAA

QA 2 416 2 416
DS 

RD RR1FK04JQ 817 0 0
ACCGCATCAGCGAAACAAGTCGAGACTCAAACATCCCAAGAAGTAATGTCCTTCATATCA
GAACTCGAGAAGAAGTATGCAGGAAAGGCAGAACTCAACACCTTCTTCCAGAAACTCAAG
TCTTCCATGTCTGCCACATCAAAGATCGCTACCACGGACGAAAAAACCTTCGAATCTGGG
GTGAAAACTGCTGCTGGAACACTAAATGAAGCGGCAGAATCTGTTACTGAAAAATTAGGC
ACAGCAGAGACCAAGCAGAAGATAGAATCTTCCCAACAGCAGTTGATGCAGACATTCGAA
GAGCTAAAAGAAGTCAACAGTAAAATAGTGAGTGAGAGTAAAGGCCAGACAGTGACCTCC
ACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAATGGGAACAAGTCACCACCCAGTTT
GTGGAGACTGCTGCTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCTTCATCTTCCACTCAGTCTCAGAAA
TCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCATCAGTCCCAACAGTCTCAGCAGTCTCTGCAGTCAGTG
CAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAAGGCTCAGACTCAGACCAATTGAGATACACTAATG
CGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACTAGTACCGCCAAATATGATAATTAGTAGCTAAG
TAGATGTTTTTT*GTTTGGTTTCCAATAAAACTAAGATCGGTGTAGGCAATAGATGTCTA
CCTTTAGACCGGCTTATGCAAATAATAACTTTGTAAGCAATAAAGATAGACTGTATGCTC
GCTTTTTATGTTTTACATAGAGAAGTAAGCAAGACCC

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1BX27TF 617 0 0
G
CTAAATGAAGCGGCAGAATCTGTTACTGAAAAATTAGGCACAGCAGAGACCAAGCAGAAG
ATAGAATCTTCCCAACAGCAGTTGATGCAGACATTCGAAGAGCTAAAAGAAGTCAACAGT
AAAATAGTGAGTGAGAGTAAAGGCCAGACAGTGACCTCCACACAACAGTCAGAACTTAAG
CAGACGCTCACTAAATGGGAACAAGTCACCACCCAGTTTGTGGAGACTGCTGCTTCTTCT
AGTTCAGCTTCAGCTTCATCTTCCACTCAGTCTCAGAAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCC
CATCAGTCCCAACAGTCTCAGCAGTCTCTGCAGTCAGTGCAGACACAGCAGGGCAGTACC
CTGAAGGCTCAGACTCAGACCAATTGAGATACACTAATGCGCCGCAAATCATCAAGAGAG
ACAAACTAGTACCGCCAAATATGATAATTAGTAGCTAAGTAGATGTTTTTT*GTTTGGTT
TCCAATAAAACTAAGATCGGTGTAGGCACTAGATGTCTACCTTTAGACCGACGTATGCAA
ATAATAACTTTGTAAGCAATAAAGATAGACTGTATGCTCGCTTTTTATGTTTTACATAGA
GAAGTAAGCAAGACCC

QA 2 617 2 617
DS 

RD RR1F583TF 365 0 0
GGT
TTCATCTTCCACTCAGTCTCAGAAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCATCAGTCCCAACA
GTCTCAGCAGTCTCTGCAGTCAGTGCAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAAGGCTCAGAC
TCAGACCAATTGAGATACACTAATGCGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACTAGTACCG
CCAAATATGATAATTAGTAGCTAAGTAGATTTTTTTTTGTTTGGTTTCCAATAAAACTAA
GATCGGTGTAGGCAATAGATGTCTACCTTTAGACCGACGTATGCAAATAATAACTTTGTA
AGCAATAAAGATAGACTGTATGCTCGCTTTTTATGTTTTACATAGAGAAGTAAGCAAGAC
CC

QA 4 365 4 365
DS 

RD RR1AA77JQ 588 0 0
GAGCTAAAAGAAGTCAACAGTAAAATAGTGAGTGAGAGTAAAGGCCAGACAGTGACCTCC
ACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAATGGGAACAAGTCCCCACCCAGTTT
GTGGAGACTGCTGTTTTTTTTAGTTCAGCTTCAGCTTCATTTTCCACTCAGTTTCAGAAA
TTTCAGCAGTTTCAACAGTCCCATCAGTCCCAACAGTTTCAGCAGTTTTTGCAGTCAGTG
CAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAAGGCTCAGACTCAGACCAATTGAGATACACTAATG
CGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACTAGTACCGCCAAATATGATAATTAGTAGCTAAG
TAGATGTTTTTT*GTTTGGTTTCCAATAAAACTAAGATCGGTGTAGGCAATAGATGTCTA
CCTTTAGACCGACGTATGCAAATAATAACTTTGTAAGCAATAAAGATAGACTGTATGCTC
GCTTTTTATGTTTTACATAGAGAAGTAAGCAAGACCCATTAAAGGGATTTTGAATAATTT
TCTTCTTGTTTCTATATTAAATTAAATAAAAAATTATTCTTTATGATC

QA 1 588 1 588
DS 



CO CL559Contig2 516 2 2 U
GCCTCCACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAATGGGAACAAGTCACCACC
CAGTTTGTGGAGACTGCTGCTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCTTCATCTTCCACTCAGTCT
CAGAAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCATCAGTCCCAACAGTCTCAGCAGTCTCTGCAG
TCAGTGCAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAAGGCTCAGACTCAGACCAATTGAGATACA
CTAATGCGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACTAGTACCGCCAAATATGATAATTAGTA
GCTAAGTAGATGTTTTTTGTTTGGTTTCCAATAAAACTAAGATCGGTGTAGGCAATAGAC
GTCTACCTTTAGACCGACGTATGCAAATAATAACTTTGTAAGCAATAAAGATAGACTGTA
TGCTCGCTTTTTATGTTTTACATAGAGAGGTAAGCAAGACCCATTAAAGGGATTTTGAAT
AATTTTCTTCTTGTTTCTATATTAAATTAAATAAAA


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GK18JQ C 1
AF RR1GK18TF U 1
BS 1 1 RR1GK18JQ
BS 2 516 RR1GK18TF

RD RR1GK18JQ 516 0 0
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CAGTTTGTGGAGACTGCTGCTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCTTCATCTTCCACTCAGTCT
CAGAAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCATCAGTCCCAACAGTCTCAGCAGTCTCTGCAG
TCAGTGCAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAAGGCTCAGACTCAGACCAATTGAGATACA
CTAATGCGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACTAGTACCGCCAAATATGATAATTAGTA
GCTAAGTAGATGTTTTTTGTTTGGTTTCCAATAAAACTAAGATCGGTGTAGGCAATAGAC
GTCTACCTTTAGACCGACGTATGCAAATAATAACTTTGTAAGCAATAAAGATAGACTGTA
TGCTCGCTTTTTATGTTTTACATAGAGAGGTAAGCAAGACCCATTAAAGGGATTTTGAAT
AATTTTCTTCTTGTTTCTATATTAAATTAAATAAAA

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1GK18TF 516 0 0
G
CCTCCACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAATGGGAACAAGTCACCACCC
AGTTTGTGGAGACTGCTGCTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCTTCATCTTCCACTCAGTCTC
AGAAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCATCAGTCCCAACAGTCTCAGCAGTCTCTGCAGT
CAGTGCAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAAGGCTCAGACTCAGACCAATTGAGATACAC
TAATGCGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACTAGTACCGCCAAATATGATAATTAGTAG
CTAAGTAGATGTTTTTTGTTTGGTTTCCAATAAAACTAAGATCGGTGTAGGCAATAGACG
TCTACCTTTAGACCGACGTATGCAAATAATAACTTTGTAAGCAATAAAGATAGACTGTAT
GCTCGCTTTTTATGTTTTACATAGAGAGGTAAGCAAGACCCATTAAAGGGATTTTGAATA
ATTTTCTTCTTGTTTCTATATTAAATTAAATAAAA

QA 2 516 2 516
DS 



AS 1 8

CO CL560Contig1 480 8 4 U
GGAACCTAAGAAAATCGACTCCTCTGCTTCTTCTCCTTCTTCGTCGTCGAGCAGAGTCAG
CTATCTACAGAAATGGATCGTGACCTCGCAAACAATCCCCAGTTGATTCAATTCCTCAGC
CAAGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGTGGCGAAGATAACAAGCTCGTGCTGG
GACAAATGTGTGGACAAACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCTCAGT
AACTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCAGTAG
TGATTTTTGTATCCCATCATGATCATCATGTTACTTCTTCTCTTTTATTTATTATTATGA
AAACCTTCTTCTTTTTTTTTTT**CAATTCTCATGGCAACTGGTGTTAAACCCCTGCAAT
AATGTTCTCTTGGATGAATTGTTATAGGATTGTTTTATGGTAATGAGATTTGAGATTTTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 15 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 35 35 10 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1DX67JQ C 67
AF RR1DX67TF U 67
AF RR1FV03TF U 1
AF RR1BC75TF U 1
AF RR1CR38TF U 41
AF RR1DN87TF U 1
AF RR1DS60TF U 1
AF RR1CW78TF U 44
BS 1 382 RR1BC75TF
BS 383 383 RR1DN87TF
BS 384 477 RR1BC75TF
BS 478 480 RR1CW78TF

RD RR1DX67JQ 311 0 0
GG
AGAAATGGATCGTGACCTCGCAAACAACCCCCAGTTGATTTAATTCCTCAGCCAAGAAAA
AGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGTGGCGAAGATAACAAGCTCGTGCTGGGACAAATG
TGTGGACAAACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCTCAGTAACTGCGC
CCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCAGTAGTGATTTTT
GTATCCCATCATGATCATCATGTTACTTCT***CTTTTATTTATTATTATGAAAACCTTC
TTCTTT
ACC

QA 3 308 3 308
DS 

RD RR1DX67TF 311 0 0
GG
AGAAATGGATCGTGACCTCGCAAACAACCCCCAGTTGATTTAATTCCTCAGCCAAGAAAA
AGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGTGGCGAAGATAACAAGCTCGTGCTGGGACAAATG
TGTGGACAAACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCTCAGTAACTGCGC
CCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCAGTAGTGATTTTT
GTATCCCATCATGATCATCATGTTACTTCT***CTTTTATTTATTATTATGAAAACCTTC
TTCTTT
ACC

QA 3 308 3 308
DS 

RD RR1FV03TF 412 0 0
GGAACCTAAGAAAATCGACTCCTCTGCTTCTTCTCCTTCTTCGTCGTCGAGCAGAGTCAG
CTATCTACAGAAATGGATCGTGACCTCGCAAACAATCCCCAGTTGATTCAATTCCTCAGC
CAAGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGTGGCGAAGATAACAAGCTCGTGCTGG
GACAAATGTGTGGACAAACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCTCAGT
AACTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCAGTAG
TGATTTTTGTATCCCATCATGGTCATCATGTTACTTCTTCTCTTTTATTTATTATTATGA
AAACCTTCTTCTTCTTCTTTTT**CAATTCTCATGGCAACTGGTGTTAAACC

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1BC75TF 477 0 0
GGAACCTAAGAAAATCGACTCCTCTGCTTCTTCTCCTTCTTCGTCGTCGAGCAGAGTCAG
CTATCTACAGAAATGGATCGTGACCTCGCAAACAATCCCCAGTTGATTCAATTCCTCAGC
CAAGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGTGGCGAAGATAACAAGCTCGTGCTGG
GACAAATGTGTGGACAAACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCTCAGT
AACTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCAGTAG
TGATTTTTGTATCCCATCATGATCATCATGTTACTTCTTCTCTTTTATTTATTATTATGA
AAACCTTCTTCTTTTTTTTTTTT*CAATTCTCATGGCAACTGGTGTTAAACCCCTGCAAT
AATGTTCTCTTGGATGAATTGTTATAGGATTGTTTTATGGTAATGAGATTTGAGATT

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1CR38TF 437 0 0
GG
GTCGTCGAGCAGAGTCAACTATCTACAGAAATGGATCGTGACCTCGCAAACAATCCCCAG
TTGATTCAATTCCTCAGCCAAGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGTGGCGAAG
ATAACAAGCTCGTGCTGGGACAAATGTGTGGACAAACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGC
GAGTCTTCTTGCCTCAGTAACTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATG
AAACGCTTTCAGCAGTAGTGATTTTTGTATCCCATCATGATCATCATGTTACTTCTTCTC
TTTTATTTATTATTATGAAAACCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTCAATTCTCATGGCAACTG
GTGTTAAACCCCTGCAATAATGTTCTCTTGGATGAATTGTTATAGGATTGTTTTATGGTA
ATGAGATTTGAGATT

QA 3 437 3 437
DS 

RD RR1DN87TF 477 0 0
GGAACCTAAGAAAATCGACTCCTCTGCTTCTTCTCCTTCTTCGTCGTCGAGCAGAGTCAG
CTATCTACAGAAATGGATCGTGACCTCGCAAACAATCCCCAGTTGATTCAATTCCTCAGC
CAAGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGTGGCGAAGATAACAAGCTCGTGCTGG
GACAAATGTGTGGACAAACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCTCAGT
AACTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCAGTAG
TGATTTTTGTATCCCATCATGATCATCATGTTACTTCTTCTCTTTTATTTATTATTATGA
AAACCTTCTTCTTTTTTTTTT***CAATTCTCATGGCAACTGGTGTTAAACCCCTGCAAT
AATGTTCTCTTGGATGAATTGTTATAGGATTGTTTTATGGTAATGAGATTTGAGATT

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1DS60TF 480 0 0
GGAACCTAAGAAAATCGACTCCTCTGCTTCTTCTCCTTCTTCGTCGTCGAGCAGAGTCAG
CTATCTACAGAAATGGATCGTGACCTCGCAAACAATCCCCAGTTGATTCAATTCCTCAGC
CAAGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGTGGCGAAGATAACAAGCTCGTGCTGG
GACAAATGTGTGGACAAACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCTCAGT
AACTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCAGTAG
TGATTTTTGTATCCCATCATGATCATCATGTTACTTCTTCTCTTTTATTTATTATTATGA
AAACCTTCTTCTTTTTTTTTT***CAATTCTCATGGCAACTGGTGTTAAACCCCTGCAAT
AATGTTCTCTTGGATGAATTGTTATAGGATTGTTTTATGGTAATGAGATTTGAGATT
TTT

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1CW78TF 437 0 0
TCGTCGAGCAGAGTCAGCTATCTACAGAAATGGATCGTGACCTCGCAAACAATCCCCAGT
TGATTCAATTCCTCAGCCAAGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGTGGCGAAGA
TAACAAGCTCGTGCTGGGACAAATGTGTGGACAAACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCG
AGTCTTCTTGCCTCAGTAACTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGA
AACGCTTTCAGCAGTAGTGATTTTTGTATCCCATCATGGTCATCATGTTACTTCTTCTCT
TTTATTTATTATTATGAAAACCTTCTTCTTCTTCTTTTT**CAATTCTCATGGCAACTGG
TGTTAAACCCCTGCAATAATGTTCTCTTGGATGAATTGTTATAGGATTGTTTTATGGTAA
TGAGATTTGAGATTTTT

QA 1 437 1 437
DS 



AS 1 7

CO CL561Contig1 967 7 9 U
GGACCCCAATCTGTAAACACACACTCGACGACGACCATGGCGGTCTCGTTTAATACGACC
CTTCACCAGTGTTCTCTGAGTCCGAGCTGTAGCATCAAACTTTATTCTGGGTTGAAGCCT
CAATCTGCAAGCTTTTTGACAAATGGGTATCAGAATCTGAATAAGGAGTTCTATGGCAGG
ATCCACAAGAGTTTGGAATCCGGGACTGGGAAAGCGAGTAGGTCACGGGTGAAGATGATG
CCAATAGGCACACCTAGGGTGCCTTACAGAAACCGAGAGGAAGGAACTTGGCAATGGGTC
GACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCGTGTAATCTTCATTGGACAAAACATAGATGAA
GAGTTTAGCAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTTGATACTCTTGATGACTCGAGA
AGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGGCGGGGATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTAT
GATACGATGAAGAGCTTGAAGAGTCCTGTGGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCTTATAAC
CTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCTGGTGAGAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTCA
AGAATAGCTCTCACGTCACCAGCTGGTGCAGCTCGTGGTCAGGCTGATGATATACAAAAT
GAAGCAAAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGATTACCTCTTCAATGAGCTAGCCAAGAATACA
GGGCAGCCTGCGGAAAGGATATTCAAAGACCTGAGCAGAGTGAAAAGGTTCAACGCAGAA
GAAGCTATGGAGTATGGGCTTATCGATAAGATTGTTAGACCACCTCGTATCAAAGCGGAC
GCTCCTCGTCAAGATGAAACTGCAGGTCTCGGTTAATCTGTTTCCTTTTGTAATGTAATG
TCTGGAAGTTTATACAATCTTGAAAAGTCATTGGTTCTTTCTTGTTTACCGTATGAAATC
ACATTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB86TF U 1
AF RR1CG38TF U 28
AF RR1GL64TF U 1
AF RR1BT62TF U 1
AF RR1BT61JQ C 638
AF RR1DW85TF U 322
AF RR1CG38JQ C 259
BS 1 642 RR1BT62TF
BS 643 643 RR1CG38TF
BS 644 722 RR1BT62TF
BS 723 723 RR1DW85TF
BS 724 724 RR1BT62TF
BS 725 725 RR1DW85TF
BS 726 738 RR1BT62TF
BS 739 883 RR1DW85TF
BS 884 967 RR1CG38JQ

RD RR1EB86TF 566 0 0
GGACCCCAATCTGTAAACACACACTCGACGACGACCATGGCGGTCTCGTTTAATACGACC
CTTCACCAGTGTTCTCTGAGTCCGAGCTGTAGCATCAAACTTTATTCTGGGTTGAAGCCT
CAATTTGCAAGCTTTTTGACAAATGGGTATCAGAATCTGAATAAGGAGTTCTATGGCAGG
ATCCACAAGAGTTTGGAATCCGGGACTGGGAAAGCGGGTAGGTCACGGGTGAAGATGATG
CCAATAGGCACACCTAGAGTGCCTTACAGAAACCGAGAGGAAGGAACTTGGCAATGGGTC
GACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCGTGTAATCTTCATAGGACAAAACATCGATGAA
GAGTTTAGCAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTTGATACACTTGATGACTCCAGG
AGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGGCGGGGATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTAT
GATACGATGAATAGCTTGAAGAGTCCTGTGGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCTTATAAC
CTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCTGG

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1CG38TF 660 0 0
GG
GACGACCATGGCGGTCTCGTTTAATACTACCCTTCACCAGTGTTCTCTGAGTCCGAGCTG
TAGCATCAAACTTTATTCTGGGTTGAAGCCTCAATCTGCAAGCTTTTTGACAAATGGGTA
TCAGAATCTGAATAAGGAGTTCTATGGCAGGATCCACAAGAGTTTGGAATCCGGGACTGG
GAAAGCGAGTAGGTCACGGGTGAAGATGATGCCAATAGGCACACCTAGGGTGCCTTACAG
AAACCGAGAGGAAGGAACTTGGCAATGGGTCGACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCG
TGTAATCTTCATTGGACAAAACATAGATGAAGAGTTTAGCAACCAGATATTAGCAACTAT
GTTGTATCTTGATACTCTTGATGACTCGAGAAGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGG
CGGGGATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTATGATACGATGAAGAGCTTGAAGAGTCCTGT
GGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCTTATAACCTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCTGGTGA
GAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTCAAGAATAGCTCTCACGTCACCAGCTGGTGC
AGCTCGTGGTCAGGCTGATGATATACAAAATGAAGCAAAAGAGCTTTCAAG
ATAAGAG

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR1GL64TF 677 0 0
GGACCCCAATCTGTAAACACACACTCGACGACGACCATGGCGGTCTCGTTTAATACGACC
CTTCACCAGTGTTCTCTGAGTCCGAGCTGTAGCATCAAACTTTATTCTGGGTTGAAGCCT
CAATCTGCAAGCTTTTTGACAAATGGGTATCAGAATCTGAATAAGGAGTTCTATGGCAGG
ATCCACAAGAGTTTGGAATCCGGGACTGGGAAAGCGAGTAGGTCACGGGTGAAGATGATG
CCAATAGGCACACCTAGGGTGTCTTACAGAAACCGAGAGGAAGGAACTTGGCAATGGGTC
GACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCGTGTAATCTTCATTGGACAAAACATAGATGAA
GAGTTTAGCAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTTGATACTCTTGATGACTCGAGA
AGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGGCGGGGATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTAT
GATACGATGAAGAGCTTGAAGAGTCCTGTGGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCTTATAAC
CTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCTGGTGAGAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTCA
AGAATAGCTCTCACGTCACCAGCTGGTGCAGCTCGTGGTCAGGCTGATGATATACAAAAT
GAAGCAAAAGAGCTTTC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1BT62TF 738 0 0
GGACCCCAATCTGTAAACACACACTCGACGACGACCATGGCGGTCTCGTTTAATACGACC
CTTCACCAGTGTTCTCTGAGTCCGAGCTGTAGCATCAAACTTTATTCTGGGTTGAAGCCT
CAATCTGCAAGCTTTTTGACAAATGGGTATCAGAATCTGAATAAGGAGTTCTATGGCAGG
ATCCACAAGAGTTTGGAATCCGGGACTGGGAAAGCGAGTAGGTCACGGGTGAAGATGATG
CCAATAGGCACACCTAGGGTGCCTTACAGAAACCGAGAGGAAGGAACTTGGCAATGGGTC
GACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCGTGTAATCTTCATTGGACAAAACATAGATGAA
GAGTTTAGCAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTTGATACTCTTGATGACTCGAGA
AGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGGCGGGGATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTAT
GATACGATGAAGAGCTTGAAGAGTCCTGTGGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCTTATAAC
CTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCTGGTGAGAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTCA
AGAATAGCTCTCACGTCACCAGCTGGTGCAGCTCGTGGTCAG*CTGATGATATACAAAAT
GAAGCAAAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGATTACCTCTTCAATGAGCTAGCCAAGAATACA
GG*CGGCCTGCGGAAAGG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1BT61JQ 165 0 0
GTCAGGCTGATGATATACAAAATGAAGCAAAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGATTACCTCT
TCAAGGAGCTAGCCAAGAATACAGGGCGGCCTGCGGAAAGGATATTCAAAGACCTGAGCA
GAGTGAAAAGGTTCAACGCAGAAGAAGCTATGGAGTATGGGCTTA

QA 1 165 1 165
DS 

RD RR1DW85TF 562 0 0
G
GAGAGCGTGTAATCTTCATTGGACAAAACATAGATGAAGAGTTTAGCAACCAGATATTAG
CAACTATGTTGTATCTTGATACTCTTGATGACTCGAGAAGGATTTATATGTACCTTAATG
GACCAGGCGGGGATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTATGATACGATGAAGAGCTTGAAGA
GTCCTGTGGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCTTATAACCTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTG
CTGGTGAGAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTCAAGAATAGCTCTCACGTCACCAG
CTGGTGCAGCTCGTGGTCAGGCTGATGATATACAAAATGAAGCAAAAGAGCTTTCAAGGA
TAAGAGATTACCTCTTCAATGAGCTAGCCAAGAATGCAGGGCAGCCTGCGGAAAGGATAT
TCAAAGACCTGAGCAGAGTGAAAAGGTTCAACGCAGAAGAAGCTATGGAGTATGGGCTTA
TCGATAAGATTGTTAGACCACCTCGTATCAAAGCGGACGCTCCTCGTCAAGATGAAACTG
CAGGTCTCGGTTAATCTGTTT

QA 2 562 2 562
DS 

RD RR1CG38JQ 709 0 0
GGTGCC
TACAGAAACCGAGAGGAAGGAACTTGGCAATGGGTCGACATTTGGAATGCCCTTTATCGA
GAGCGTGTAATCTTCATTGGACAAAACATAGATGAAGAGTTTAGCAACCAGATATTAGCA
ACTATGTTGTATCTTGATACTCTTGATGACTCGAGAAGGATTTATATGTACCTTAATGGA
CCAGGCGGGGATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTATGATACGATGAAGAGCTTGAAGAGT
CCTGTGGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCTTATAACCTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCT
GGTGAGAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTCAAGAATAGCTCTCACGTCACCAGCT
GGTGCAGCTCGTGGTCAGGCTGATGATATACAAAATGAAGCAAAAGAGCTTTCAAGGATA
AGAGATTACCTCTTCAATGAGCTAGCCAAGAATACAGGGCAGCCTGCGGAAAGGATATTC
AAAGACCTGAGCAGAGTGAAAAGGTTCAACGCAGAAGAAGCTATGGAGTATGGGCTTATC
GATAAGATTGTTAGACCACCTCGTATCAAAGCGGACGCTCCTCGTCAAGATGAAACTGCG
GGTCTCGGTTAATCTGTTTCCTTTTGTAATGTAATGTCTGGAAGTTTATACAATCTTGAA
AAGTCATTGGTTCTTTCTTGTTTACCGTATGAAATCACATTTT

QA 7 709 7 709
DS 



AS 3 9

CO CL562Contig1 801 3 6 U
GGGCCGCGACCCGAAAGAACAAAAAATGGCCAGCCGAAAAAGTCTGATTAACGTCCGCCG
GATCATCCGCTCCACCGCGGTGGTTAGCCGGAGATCCGTCACTCCTGCCGCCGCAACACG
AGCCCATCCCATTTTCCGAAATCGAGCTGATTTAGGGGCGAGGTTCTTCTCCGGGAACAC
GACGAGTCTACAAAAACAAAACTTTGATATTGATCTCTCTAACGAAGAGAAGAAGAGGAT
AACGATCAACAGATTGTTGTATAGGAGCAAGCAACGTGGTTTTCTGGAACTTGATCTGGT
TTTAGGTAACTGGGTTGAGGAGAATGTTGATTCCATGGACGAAACCACTGTCAAATCCTT
AATTCATGTCCTTGATTTGGAGAACCCTGATCTGTGGAAATGGCTAACTGCTCAGGAACA
GCCTCCGGAGATAGTGAGCTCAAATCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAAGAAAGTCATGAC
GAATCTGAACAAGCATGCAGCACCAGAGACGCGTGCAGCAGCTGGACAGCCCTGGGTCAA
AGGTTGGGATGATTTCAAGAGAGGCCGTGACGCTCCCATCTCAGGGAACCAGTGAAAGAA
AAAAACTCATTCTCTTCACTTACAAAAGTCGCAAACTGCAAAA*CACGGTTATATAAATG
TATCTTATAAAAATATAATAATGTGTGGCAGGCCGTGAAGAAGGCCGGAGCTATAAATGT
GTCTCGGTAGTGACACGATGAGATAGATAAATACAGTCTTGTTTGTGCAAGTTCTTGATA
TGTTAGTTATGTGTTTGTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1AB27TF U 1
AF RR1AL09TF U 9
AF RR1AB27JQ C 49
BS 1 691 RR1AB27TF
BS 692 692 RR1AL09TF
BS 693 702 RR1AB27TF
BS 703 703 RR1AL09TF
BS 704 798 RR1AB27TF
BS 799 801 RR1AL09TF

RD RR1AB27TF 800 0 0
GGGCCGCGACCCGAAAGAACAAAAAATGGCCAGCCGAAAAAGTCTGATTAACGTCCGCCG
GATCATCCGCTCCACCGCGGTGGTTAGCCGGAGATCCGTCACTCCTGCCGCCGCAACACG
AGCCCATCCCATTTTCCGAAATCGAGCTGATTTAGGGGCGAGGTTCTTCTCCGGGAACAC
GACGAGTCTACAAAAACAAAACTTTGATATTGATCTCTCTAACGAAGAGAAGAAGAGGAT
AACGATCAACAGATTGTTGTATAGGAGCAAGCAACGTGGTTTTCTGGAACTTGATCTGGT
TTTAGGTAACTGGGTTGAGGAGAATGTTGATTCCATGGACGAAACCACTGTCAAATCCTT
AATTCATGTCCTTGATTTGGAGAACCCTGATCTGTGGAAATGGCTAACTGCTCAGGAACA
GCCTCCGGAGATAGTGAGCTCAAATCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAAGAAAGTCATGAC
GAATCTGAACAAGCATGCAGCACCAGAGACGCGTGCAGCAGCTGGACAGCCCTGGGTCAA
AGGTTGGGATGATTTCAAGAGAGGCCGTGACGCTCCCATCTCAGGGAACCAGTGAAAGAA
AAAAACTCATTCTCTTCACTTACAAAAGTCGCAAACTGCAAAA*CACGGTTATATAAATG
TATCTTATAAAAATATAATAATGTGTGGCAG*CCGTGAAGAAAGCCGGAGCTATAAATGT
GTCTCGGTAGTGACACGATGAGATAGATAAATACAGTCTTGTTTGTGCAAGTTCTTGATA
TGTTAGTTATGTGTTTGT
CG

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1AL09TF 793 0 0
GG
CCGAAAGAACAAAAAATGGCCAGCCGAAAAAGTCTGATTAACGTCCGCCGGATCATCCGC
TCCACCGCGGTGGTTAGCCGGAGATCCGTCACTCCTGCCGCCGCAACACGAGCCCATCCC
ATTTTCCGAAATCGAGCTGATTTAGGGGCGAGGTTCTTCTCCGGGAACACGACGAGTCTA
CAAAAACAAAACTTTGATATTGATCTCTCTAACGAAGAGAAGAAGAGGATAACGATCAAC
AGATTGTTGTATAGGAGCAAGCAACGTGGTTTTCTGGAACTTGATCTGGTTTTAGGTAAC
TGGGTTGAGGAGAATGTTGATTCCATGGACGAAACCACTGTCAAATCCTTAATTCATGTC
CTTGATTTGGAGAACCCTGATCTGTGGAAATGGCTAACTGCTCAGGAACAGCCTCCGGAG
ATAGTGAGCTCAAATCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAAGAAAGTCATGACGAATCTGAAC
AAGCATGCAGCACCAGAGACGCGTGCAGCAGCTGGACAGCCCTGGGTCAAAGGTTGGGAT
GATTTCAAGAGAGGCCGTGACGCTCCCATCTCAGGGAACCAGTGAGAGAAAAAA*CTCAT
TCTTTTCACTTACAAAAGTCGCAAACTGCAAAAACACGGTTATATAAATGTATCTTATAA
AAATATAATAATGTGTGGCAGGCCGTGAAGAAGGCCGGAGCTATAAATGTGTCTCGGTAG
TGACACGATGAGATAGATAAATACAGTCTTGTTTGTGCAAGTTCTTGATATGTTAGTTAT
GTGTTTGTTGA

QA 3 793 3 793
DS 

RD RR1AB27JQ 752 0 0
TAACGTCCGCCGGATCATCCGCTCCACCGCGGTGGTTAGCCGGAGATCCGTCACTCCTGC
CGCCGCAACACGAGCCCATCCCATTTTCCGAAATCGAGCTGATTTAGGGGCGAGGTTCTT
CTCCGGGAACACGACGAGTCTACAAAAACAAAACTTTGATATTGATCTCTCTAACGAAGA
GAAGAAGAGGATAACGATCAACAGATTGTTGTATAGGAGCAAGCAACGTGGTTTTCTGGA
ACTTGATCTGGTTTTAGGTAACTGGGTTGAGGAGAATGTTGATTCCATGGACGAAACCAC
TGTCAAATCCTTAATTCATGTCCTTGATTTGGAGAACCCTGATCTGTGGAAATGGCTAAC
TGCTCAGGAACAGCCTCCGGAGATAGTGAGCTCAAATCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAA
GAAAGTCATGACGAATCTGAACAAGCATGCAGCACCAGAGACGCGTGCAGCAGCTGGACA
GCCCTGGGTCAAAGGTTGGGATGATTTCAAGAGAGGCCGTGACGCTCCCATCTCAGGGAA
CCAGTGAAAGAAAAAAACTCATTCTCTTCACTTACAAAAGTCGCAAACTGCAAAA*CACG
GTTATATAAATGTATCTTATAAAAATATAATAATGTGTGGCAGGCCGTGAAGAAGGCCGG
AGCTATAAATGTGTCTCGGTAGTGACACGATGAGATAGATAAATACAGTCTTGTTTGTGC
AAGTTCTTGATATGTTAGTTATGTGTTTGT
CG

QA 1 750 1 750
DS 



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GGGCCGCGACCCGAAAGAACAAAAAGAAAACAAAAAATGGCGAGTCGAAAAACTCTGATT
AACGTCCACCGGACCATCCGCTCCGCCGCGATGTTTAGTCGTAGATCCGTCACTCCTGCC
GCCGCAACACGAGACCATCCCATTTTCTGAAATCGAGTTGATTTGGGGGCGAGGTTCTTC
TCCGGGAACACGCCGAGTCCACAGAACTTTGATATTGATCTCTCTAGCGAAGAGAAGAAG
AGGATAACGATCAACAGATTGTTGTATAGGAGCAAGCAACGAGGTTTTCTGGAACTTGAT
CTGGTTTTGTGTAACTGGGTTGAGGAGAATGTTGATTCCATGGACGAAACCACTGTCAAA
TCCCTAATTCATGTCCTCGATTTGGAGAACCCTGATCTGTGGAAATGGCTAACTGCTCAG
GAACAGCCTCCGGAGATAGTGAGCTCAAATCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAAGAAAGTC
ATGAGAATCTGAACAAGCATGCAGCACCAGAGACGCGTGCAGCAGCTGGACAGCCCTGGG
TCAAAGGGTGGGATGATTTCAAGAGAGGCCGTGACGCTCCCATCTCAGGGAACCAGTGAA
AGAAAAAACTCATTCCCTTCCTTACAAAAGTCACAAACTGAAAAGACACGGTTATATAAA
TCTATCTTATAAAAATATAATAATGTGTGGCAGGCCGTGAAGAAGGCCGGAGCTATAAAT
GTGTCTCGGTAGTGACACGATGAGATATGTAAACACGGTCTTGTTTTGTTTGTGGAAGTT
CTTGATATGTTAGTTATGTGTTTGTTGAAATTGATGTGTTTTTATTTCAGGCAATAAGTC
CTTTTGCCTTTGGCTCAACTTTCTTGGCATATGCAGAACTAGTTACTTC


BQ
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AF RR1EI21TF U 1
AF RR1EI21JQ C 403
BS 1 584 RR1EI21TF
BS 585 889 RR1EI21JQ

RD RR1EI21TF 584 0 0
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AACGTCCACCGGACCATCCGCTCCGCCGCGATGTTTAGTCGTAGATCCGTCACTCCTGCC
GCCGCAACACGAGACCATCCCATTTTCTGAAATCGAGTTGATTTGGGGGCGAGGTTCTTC
TCCGGGAACACGCCGAGTCCACAGAACTTTGATATTGATCTCTCTAGCGAAGAGAAGAAG
AGGATAACGATCAACAGATTGTTGTATAGGAGCAAGCAACGAGGTTTTCTGGAACTTGAT
CTGGTTTTGTGTAACTGGGTTGAGGAGAATGTTGATTCCATGGACGAAACCACTGTCAAA
TCCCTAATTCATGTCCTCGATTTGGAGAACCCTGATCTGTGGAAATGGCTAACTGCTCAG
GAACAGCCTCCGGAGATAGTGAGCTCAAATCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAAGAAAGTC
ATGAGAATCTGAACAAGCATGCAGCACCAGAGACGCGTGCAGCAGCTGGACAGCCCTGGG
TCAAAGGGTGGGATGATTTCAAGAGAGGCCGTGACGCTCCCATC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1EI21JQ 487 0 0
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GCGTTGCACAAGAAAGTCATGAGAATCTGAACAAGCATGCAGCCCCAGAGACGCGTGCAG
CAGCTGGACAGCCCTGGGTCAAAGGGTGGGATGATTTCAAGAGAGGCCGTGACGCTCCCA
TCTCAGGGAACCAGTGAAAGAAAAAACTCATTCCCTTCCTTACAAAAGTCACAAACTGAA
AAGACACGGTTATATAAATCTATCTTATAAAAATATAATAATGTGTGGCAGGCCGTGAAG
AAGGCCGGAGCTATAAATGTGTCTCGGTAGTGACACGATGAGATATGTAAACACGGTCTT
GTTTTGTTTGTGGAAGTTCTTGATATGTTAGTTATGTGTTTGTTGAAATTGATGTGTTTT
TATTTCAGGCAATAAGTCCTTTTGCCTTTGGCTCAACTTTCTTGGCATATGCAGAACTAG
TTACTTC

QA 1 487 1 487
DS 



CO CL562Contig3 896 4 9 U
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CCAGAGGCAAAAGGACTTATTGCCTGAAATAAAAACACATCAATTTCAACAAACACATAA
CTAACATATCAAGAACTTCCACAAACAAGACTGTATTTATCTATCTCATCGTGTCACTAC
CGAGACACATTTATAGCTCCGGCCTTCTTCACGGCCTGCCACACATTATTATATTTTTAT
AAGATACATTTATATAACCGTGTTTTTGCAGTTTGTGACTTTTGTAAGTGAAGAGAATGA
GTTTTTTCTTTCACTGGTTCCCTGAGATGGGAGCGTCACGGCCTCTTTTGAAATCATCCC
AACCTTTGACCAAGGGCTGTCCAGCTGCTGCACGCGTCTCTGGTGCTGCATGCTTGTTCA
GATTCGTCATGACTTTCTTGTGCAACGCCAAGAATACCGGATTTGAGCTCACTATCTCCG
GAGGCTGTTCCTGAGCAGTTAGCCATTTCCACAGATCAGGGTTCTCCAAATCGAGGACAT
GAATTAAGGATTTGACAGTGGTTTCGTCCATGGAATCAACATTCTCCTCAACCCAGTTAC
CCAAAACCAGATCAAGTTCCAGAAAACCACGTTGCTTGCTCCTATACAACAATCTGTTGA
TCGTTATCCTCTTCTTCTCTTCGTTAGAGAGATCAATCTCAAAGTTTTGTGGACTCGTCG
TGTTCCCGGAGAAGAACCTCGCCCCCAAATCAACTCGATTTCGGAAAATGGGATGGGCTC
GTGTTGCGGTGGCAGGAGTGACGGATCTCCGGCTAACCACCGCGGTGGAGCGGATGATCC
GGCGGACGTTAATCAGACTTTTTCGGCTGGCCATTTTTTGTTCTTTCGGGTCGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1GG18JQ U 1
AF RR1A961TF C 56
AF RR1GG18TF C 220
AF RR1A961JQ U 58
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BS 181 325 RR1GG18JQ
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RD RR1GG18JQ 681 0 0
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TT
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GTTCTTTCGGGTC
CC

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DS 

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TATAAGATACATTTATATAACCGTGTTTTTGCAGTTTGTGACTTTTGTAAGTGAAGAGAA
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CCCAACCTTTGACCAAGGGCTGTCCAGCTGCTGCACGCGTCTCTGGTGCTGCATGCTTGT
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CTCGTGTTGCGGTGGCAGGAGTGACGGATCTCCGGCTAACCACCGCGGTGGAGCGGATGA
TCCGGCGGACGTTAATCAGACTTTTTCGGCTGGCCATTTTTTGTTCTTTCGGGTC
G

QA 1 835 1 835
DS 



AS 2 9

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TAAGCAATAAACCAAATTCGGAAACTAAG


BQ
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45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 1 673 1 673
DS 

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TGAATGAGAAACTCATCTTTGCTTGTTGCTCTGTACTACTTTCTTCCTCTGATTATGTGA
ATATTCTTCCGT
CAAAAAAAAA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1GE74JQ 673 0 0
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GTGAATCAGCGAGAGTAAAATGTCGACGGTGGTTGATCGTAGTGTTTCGACGCTGAATCC
AAACGCGCCGGTGTTCGATCCGGTGGGATTCCGTGAGGTAGAGGATTTCTCGCCCAAGTG
GTGGGAGCTCGTGACGACATCAAAGTGGTTCCGTGACTTCTGGCTCAGTGCCAACTCGGA
GTATGAGTTCTCAGATATGGAGGACGAGTTCGAGGAGCTAACCATGACCGAGGCTGAGAT
GGGTGGATCTACAGTTACAGGTAACGAGTCAGATGTTGGTAGGTACTTGAAGGTGCTTCT
GAGCATGGCGGAGTCTAGGAAAGGGAAGCTCTACAGATCTAATGTGTCTTATTCTACAAA
GTATAACCAGAAGAAGATGAACCCGAATTTATACTGTCGCCGGAACCATCTCATCTATCA
GCCTCGGAGTCGCACAAAAAAGAAAACAAAAAAACAAAAAAAAA****TCTATCAGCCTC
GGTGAAAAAAGGTTGTAGAAGCGTCTGGAGAAAGAATAAAAGCTCATCTTTGTGTTTTCG
TGAATGAGAAACTCATCTTTGCTTGTTGCTCTGTACTACTTTCTTCCTCTGATTATGTGA
ATATTCTTCCGT
C

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1A425JQ 749 0 0
GGATCAAAAGACAGAGTTAACTCGGAAAGCGTGACTCGCTCTGAAGACTCAGTTCGACTT
GTGAATCAGCGAGAGTAAAATGTCGACGGTGGGCGATCGTAGTGTTTCGACGCTGAATCC
AAACGCGCCGGTGTTCGATCCGGTGGGATTCCGTGAGGTAGAGGATTTCTCGCCCAATTG
GTGGGAGCTCGTGACGACATCAAAGTGGTTCCGTGACTTCTGGCTCAGTGCCAACTCGGA
GTATGAGTTTTCAGATATGGAGGACGAGTTCGAGGAGCTAACCATGACCGAGGCTGAGAT
GGGTGGATTTACAGTTACAGGTAACGAGTCAGATGTTGGTAGGTACTTGAAGGTGCTTTT
GAGCATGGCGGAGTCTAGGAAAGGGAAGCTCTACAGATTTAATGTGTCTTATTTTACAAA
GTATAACCAGAAGAAGATGAACCCGAATTTATACTGTCGCCGGAACCATTTCATCTATCA
GCCTCGGAGTCGCACAAAAAAGAAAACAAAAAAACAAAAAAAAAAAAATCTATCAGCCTC
GGTGAAAAAAGGTTGTAGAAGCGTCTGGAGAAAGAATAAAAGCTCATCTTTGTGTTTTCG
TGAATGAGAAACTCATCTTTGCTTGTTGCTCTGTACTACTTTCTTCCTCTGATTATGTGA
ATATTCTTCCGTTATGATCTTCGTGTTTAACAAAATCTACCGCATATATATTTTGTTATA
TAAGCAATAAACCAAATTCGGAAACTAAG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1A425TF 723 0 0
GGATCAAAAGACAGAGTTAACTCGGAAAGCGTGACTCGCTCTGAAGACTCAGTTCGACTT
GTGAATCAGCGAGAGTAAAATGTCGACGGTGGGCGATCGTAGTGTTTCGACGCTGAATCC
AAACGCGCCGGTGTTCGATCCGGTGGGATTCCGTGAGGTAGAGGATTTCTCGCCCAATTG
GTGGGAGCTCGTGACGACATCAAAGTGGTTCCGTGACTTCTGGCTCAGTGCCAACTCGGA
GTATGAGTTCTCAGATATGGAGGACGAGTTCGAGGAGCTAACCATGACCGAGGCTGAGAT
GGGTGGATCTACAGTTACAGGTAACGAGTCAGATGTTGGTAGGTACTTGAAGGTGCTTCT
GAGCATGGCGGAGTCTAGGAAAGGGAAGCTCTACAGATCTAATGTGTCTTATTCTACAAA
GTATAACCAGAAGAAGATGAACCCGAATTTATACTGTCGCCGGAACCATCTCATCTATCA
GCCTCGGAGTCGCACAAAAAAGAAAACAAAAAAACAAAAAAAAAAAAATCTATCAGCCTC
GGTGAAAAAAGGTTGTAGAAGCGTCTGGAGAAAGAATAAAAGCTCATCTTTGTGTTTTCG
TGAATGAGAAACTCATCTTTGCTTGTTGCTCTGTACTACTTTCTTCCTCTGATTATGTGA
ATATTCTTCCGTTATGATCTTCGTGTTTAACAAAATCTACCGCATATATATTTTGTTATA
TAA

QA 1 723 1 723
DS 



CO CL563Contig2 698 2 3 U
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TTCGACTTGCGAATCAGCGAGAGTATTGTGATCGGAGGTGGAAAAATGTCGACGGTGGTA
GATGGGAGTGTATCGACGCTGAATCCAAACGCGCCGGTGTTCGATCCGGTGGGGTTCCGT
GAGGTAGAGGATTTCTCGCCCAAGTGGTGGGAGCTGGTGACGACATCCAAGTGGTTCCGT
GACTTCTGGCTCAGTGCCAACTCGGAGTATGAGTTGTCAGATATGGAGGACGAGTTGGAG
GAGCTAACCATGACCGAGGCTGAGATGGGTGGATCTACCGTTACAGGTAACGAATCAGAC
GTTGGTAGGTACTTGAAGGTGCTTCTGAGCATGGCGGAGTCTAGGAAAGGGGAGCTCTAC
AGATCTAATGTATCTTGTTCTACAAAGTATAACCAGAAGAAGATGAACCCCAATTTATAC
TGTCGCCGGAACCATCTCATCTATCAGCCTCGGAGTCGCACAAAAAAAGAAAACAAAAAA
ACAAAAAAAAAATCTATCAGCCTCGGTGAAAAAGGGTTGTAGAAGCGTCTGGAGAAAGAA
TAAAAGCTCATCTTTTATGTTTTCGTGAATGAGAAACTTATCTTTGCTTCTTGTTCTGTA
CTACTTTCTTCCTCTGATTATGGGAATATTCTTCCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EN65TF U 1
AF RR1EN65JQ C 232
BS 1 682 RR1EN65TF
BS 683 683 RR1EN65JQ
BS 684 698 RR1EN65TF

RD RR1EN65TF 698 0 0
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TTCGACTTGCGAATCAGCGAGAGTATTGTGATCGGAGGTGGAAAAATGTCGACGGTGGTA
GATGGGAGTGTATCGACGCTGAATCCAAACGCGCCGGTGTTCGATCCGGTGGGGTTCCGT
GAGGTAGAGGATTTCTCGCCCAAGTGGTGGGAGCTGGTGACGACATCCAAGTGGTTCCGT
GACTTCTGGCTCAGTGCCAACTCGGAGTATGAGTTGTCAGATATGGAGGACGAGTTGGAG
GAGCTAACCATGACCGAGGCTGAGATGGGTGGATCTACCGTTACAGGTAACGAATCAGAC
GTTGGTAGGTACTTGAAGGTGCTTCTGAGCATGGCGGAGTCTAGGAAAGGGGAGCTCTAC
AGATCTAATGTATCTTGTTCTACAAAGTATAACCAGAAGAAGATGAACCCCAATTTATAC
TGTCGCCGGAACCATCTCATCTATCAGCCTCGGAGTCGCACAAAAAAAGAAAACAAAAAA
ACAAAAAAAAAATCTATCAGCCTCGGTGAAAAAGGGTTGTAGAAGCGTCTGGAGAAAGAA
TAAAAGCTCATCTTTTATGTTTTCGTGAATGAGAAACTTATCTTTGCTTCTTGTTCTGTA
CTACTTTCTTCCTCTGATTATGTGAATATTCTTCCGTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1EN65JQ 467 0 0
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GAGTTGGAGGAGCTAACCATGACCGAGGCTGAGATGGGTGGATCTACCGTTACAGGTAAC
GAATCAGACGTTGGTAGGTACTTGAAGGTGCTTTTGAGCATGGCGGAGTTTAGGAAAGGG
GAGCTCTACAGATTTAATGTATCTTGTTTTACAAAGTATAACCAGAAGAAGATGAACCCC
AATTTATACTGTCGCCGGAACCATCTCATCTATCAGCCTCGGAGTCGCACAAAAAAAGAA
AACAAAAAAACAAAAAAAAAATCTATCAGCCTCGGTGAAAAAGGGTTGTAGAAGCGTCTG
GAGAAAGAATAAAAGCTCATCTTTTATGTTTTCGTGAATGAGAAACTTATCTTTGCTTCT
TGTTCTGTACTACTTTCTTCCTCTGATTATGGGAATATTCTTCCGTT

QA 1 467 1 467
DS 



AS 2 9

CO CL564Contig1 401 2 2 U
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ACCAGAGAAACAAGAGTTACCACTAGAAACGAGTCCATACACAAAGTACGAGGATATTGA
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AGCTAACCAACAAGCTAGGAAGTGAATCACACATTATCACAGCACAAACATGTTCCCTTG
CTTTCTTATATGATGATTTTGCGATAATTGATTTGTTTTTTTTCTTATCTGTTGTTATGA
TCCAATCCAATCTAATCAATTGATCGATGCTTAAGTCTAAG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AB64JQ C 1
AF RR1AB64TF U 1
BS 1 1 RR1AB64JQ
BS 2 401 RR1AB64TF

RD RR1AB64JQ 401 0 0
GGGACTCAAGAAGGAAATAGAGCTAACCTTAATTTGTTCAAGAAACATGTCCAAGACACC
ACCAGAGAAACAAGAGTTACCACTAGAAACGAGTCCATACACAAAGTACGAGGATATTGA
AGACTACAAGAAGAACGCTTATGGAACTTCTGGTCACCAGGAGGTTAAGCCTGGCCAAGG
CGGTGGCGCAACAGACGCACCGACGCTCTCAGGCAGTGCTCCTCCCTCCGCCATAGATTC
AGCTAACCAACAAGCTAGGAAGTGAATCACACATTATCACAGCACAAACATGTTCCCTTG
CTTTCTTATATGATGATTTTGCGATAATTGATTTGTTTTTTTTCTTATCTGTTGTTATGA
TCCAATCCAATCTAATCAATTGATCGATGCTTAAGTCTAAG

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1AB64TF 401 0 0
G
GGACTCAAGAAGGAAATAGAGCTAACCTTAATTTGTTCAAGAAACATGTCCAAGACACCA
CCAGAGAAACAAGAGTTACCACTAGAAACGAGTCCATACACAAAGTACGAGGATATTGAA
GACTACAAGAAGAACGCTTATGGAACTTCTGGTCACCAGGAGGTTAAGCCTGGCCAAGGC
GGTGGCGCAACAGACGCACCGACGCTCTCAGGCAGTGCTCCTCCCTCCGCCATAGATTCA
GCTAACCAACAAGCTAGGAAGTGAATCACACATTATCACAGCACAAACATGTTCCCTTGC
TTTCTTATATGATGATTTTGCGATAATTGATTTGTTTTTTTTCTTATCTGTTGTTATGAT
CCAATCCAATCTAATCAATTGATCGATGCTTAAGTCTAAG

QA 2 401 2 401
DS 



CO CL564Contig2 412 7 10 U
GGACTCAAGAAGGAAATAAAGCTAACCTTAATTTGTTCAAGAAACATGTCCAAGACACCA
CCAGAGAAACAAGAGTTACCACTAGAAACGAGTCCGTACACAAAGTACGAGGATATTGAA
GATTACAAGAAGAACGCTTATGGAACTTCTGGTCACCAGGAAGTTAAGCCTGGCCAAGGC
GGTGGCGCAACAGACGCACCGACGCTCTCAGGCAGTGCTCCTCCCTCCGCTATAGATTCA
GCTAACCAACAAGCTAAGAAGTGAATCACACATTATCACAGAACAAACATGTTCCCTTGC
TTTCTTATATGATGCTTTTGCGATAGTTGATTTGGTTTTTTTTCTTATCTGTTGTTATGA
TCCAATCCAATCTAATCAATTGATCGATGCTGAAGTCTAAGAGAATTTGACC


BQ
35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC12JQ C 5
AF RR1CC12TF U 5
AF RR1AR61JQ C 1
AF RR1CC36JQ C 1
AF RR1CC36TF U 1
AF RR1FL93TF U 1
AF RR1AR61TF U 1
BS 1 6 RR1CC36TF
BS 7 216 RR1CC12TF
BS 217 217 RR1CC36TF
BS 218 235 RR1CC12TF
BS 236 236 RR1CC36TF
BS 237 322 RR1CC12TF
BS 323 392 RR1CC36TF
BS 393 401 RR1FL93TF
BS 402 405 RR1AR61TF
BS 406 412 RR1AR61JQ

RD RR1CC12JQ 318 0 0
GG
AAGAAGGAAATAAAGCTAACCTTAATTTGTTCAAGAAACATGTCCAAGACACCACCAGAG
AAACAAGAGTTACCACTAGAAACGAGTCCGTACACAAAGTACGAGGATATTGAAGATTAC
AAGAAGAACGCTTATGGAACTTCTGGTCACCAGGAAGTTAAGCCTGGCCAAGGCGGTGGC
GCAACAGACGCACCGACGCTCTCAGGCAGTTCTCCTCCCTCCGCTATAGGTTCAGCTAAC
CAACAAGCTAAGAAGTGAATCACACATTATCACAGAACAAACATGTTCCCTTGCTTTCTT
ATATGATGCTTTTGCG

QA 3 318 3 318
DS 

RD RR1CC12TF 318 0 0
GG
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AAACAAGAGTTACCACTAGAAACGAGTCCGTACACAAAGTACGAGGATATTGAAGATTAC
AAGAAGAACGCTTATGGAACTTCTGGTCACCAGGAAGTTAAGCCTGGCCAAGGCGGTGGC
GCAACAGACGCACCGACGCTCTCAGGCAGTTCTCCTCCCTCCGCTATAGGTTCAGCTAAC
CAACAAGCTAAGAAGTGAATCACACATTATCACAGAACAAACATGTTCCCTTGCTTTCTT
ATATGATGCTTTTGCG

QA 3 318 3 318
DS 

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TCCAATCCAATCTAATCAATTGATCGATGCTG

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR1CC36TF 392 0 0
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TCCAATCCAATCTAATCAATTGATCGATGCTG

QA 1 392 1 392
DS 

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AGAAAAA

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1AR61TF 412 0 0
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TTTGACC

QA 1 405 1 405
DS 



AS 1 8

CO CL565Contig1 839 8 9 U
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TTGTTCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAACCCGTCAAG
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AAGAAAGGAGGCGGTCTTGTCCCAGCAAGCACCGACTTAACTC*ACTTGTGTCCATTAGG
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AATATGGCTCTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAAGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAA
GAACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGAGAGAGCTTTTTTAGGATTCAGAA
ATATGGAAACGATCAGAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCGGTTATTAA
AGGTATTGGTGCGACCACCGGGTTTTTCGGAGCACCCATTCTTGTTCTCAACGATGATAA
TGATGATAAGAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACATCCAAAGAGAATGT
GTTTGCGAAGGGTCTTAGGATGTTCCCTTCCTTCTGAGTTATACTTCGATGGTGTTTAAT
AAGTTGTGTTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGA
TGTAATAAAAAGTTAAGGTCTTTGCTTTTGGTTTTAAGGGTCTTTGTTCTTTATGAGGT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 40 35 35 35 35 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A771TF U 1
AF RR1CH45TF U 1
AF RR1BF06TF U 1
AF RR1GW02TF U 1
AF RR1GE10TF U 1
AF RR1A771JQ C 71
AF RR1CH45JQ C 71
AF RR1GW02JQ C 134
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BS 198 669 RR1A771TF
BS 670 674 RR1BF06TF
BS 675 678 RR1GE10TF
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BS 680 768 RR1GE10TF
BS 769 808 RR1A771JQ
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RD RR1A771TF 675 0 0
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GTTTGCGAA
AGGGTC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1CH45TF 668 0 0
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AATATGGCTCTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAAGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAA
GAACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGAGAGAGCTTTTTTAGGATTCAGAA
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GTTTGCGA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1BF06TF 674 0 0
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GTTTGCGAAGGGTC

QA 1 674 1 674
DS 

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GTTTGCGAAG

QA 1 670 1 670
DS 

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AATATGGCTCTGCCCTTCTCCAAAGATATGGAAAGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAA
GAACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGAGAGAGCTTTTTTAGGATTCAGAA
ATATGGAAACGATCAGAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCGGTTATTAA
AGGTATTGGTGCGACCACCGGGTTTTTCGGAGCACCCATTCTTGTTCTCAACGATGATAA
TGATGATAAGAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACATCCAAAGAGAATGT
GTTTGCGAAGGGTCTTAG*ATGTTCCCTTCCTTCTGAGTTATACTTCGATGGTGTTTAAT
AAGTTGTGTTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCAT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1A771JQ 742 0 0
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TGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAAGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAGAACTATGTA
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AATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACATCCAAAGAGAATGTGTTTGCGAAG
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AGTTAAGGTCTTTGCTTT
TGGC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1CH45JQ 769 0 0
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GAAACCCACTTAAGAGTCAAACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAGACAAGAAAGGAG
GCGGTCTTGTCCCAGCAAGCACCGACTTAACCCCACTTGTGTCCATTAGGTATTGTCCAA
ACACTCCTTCCATTTCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCTTCCCAAAAT
GATGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAATTATCGAGTTCCAGTCTCCAATATGGCTC
TGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAAGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAGAACTATGTA
ACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGAGAGAGCTTTTTTAGGATTCAGAAATATGGAAAC
GATCAGAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCGGTTATTAAAGGTATTGGT
GCGACCACCGGGTTTTTCGGAGCACCCATTCTTGTTCTCAACGATGATAATGATGATAAG
AATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACATCCAAAGAGAATGTGTTTGCGAAG
GGTCTTAGGATGTTCCCTTCCTTCTGAGTTATACTTCGATGGTGTTTAATAAGTTGTGTT
ATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGATGTAATAAAA
AGTTAAGGTCTTTGCTTTTGGTTTTAAGGGTCTTTGTTCTTTATGAGGT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1GW02JQ 699 0 0
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GATGTATTGACAACAAACACCGATCTAATTATCGAGTTCCAGTCTCCAATATGGCTCTGC
CCTTCTTCAAAGATATGGAAAGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAGAACTATGTAACC
ACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGAGAGAGCTTTTTTAGGATTCAGAAATATGGAAACGAT
CAGAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCGGTTATTAAAGGTATTGGTGCG
ACCACCGGGTTTTTCGGAGCACCCATTCTTGTTTTCAACGATGATAATGATGATAAGAAT
GTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACATCCAAAGAGAATGTGTTTGCGAAGGGT
CTTAGGATGTTCCCTTCCTTTTGAGTTATACTTCGATGGTGTTTAATAAGTTGTGTTATG
TAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGATGTAATAAAAAGT
TAAGGTCTTTGCTTTTGGTTTTAAGGGTCTTTGTTCTTT

QA 1 699 1 699
DS 



AS 2 9

CO CL566Contig1 367 4 1 U
GCAAAAAGTGAGATATTATTATTCGCAATAAGAGTCCAAAAACACCAAAGAGGATCTGTG
AATTCGAAAAAGCTTACAAAAGCATTATTGAGAGCTTACACTGCATGAACTAAAATCACA
CTACAAATTTCATTTTGCAGCATCTTCTCCCCAATCTTTTCCATTTTCACTTGTTTGATG
AGACATTCTTCTTTTGTTCCCCTTTCGTGACGTTCTGTACGAGGATGCCGACAGCGATGG
CGGCAACTACGGCTCCTCCGAGTATAACCGGTGGACCGGACAGCAGACTCCACTTTCGGT
AGATCATTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTAACTTTTTGTTTGTTTGTTGTGGTCT
TCTCCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1D236JQ U 1
AF RR1D236TF C 1
AF RR1AR10JQ U 12
AF RR1AR10TF C 12
BS 1 367 RR1D236JQ

RD RR1D236JQ 367 0 0
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AGACATTCTTCTTTTGTTCCCCTTTCGTGACGTTCTGTACGAGGATGCCGACAGCGATGG
CGGCAACTACGGCTCCTCCGAGTATAACCGGTGGACCGGACAGCAGACTCCACTTTCGGT
AGATCATTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTAACTTTTTGTTTGTTTGTTGTGGTCT
TCTCCCC

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR1D236TF 367 0 0
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AATTCGAAAAAGCTTACAAAAGCATTATTGAGAGCTTACACTGCATGAACTAAAATCACA
CTACAAATTTCATTTTGCAGCATCTTCTCCCCAATCTTTTCCATTTTCACTTGTTTGATG
AGACATTCTTCTTTTGTTCCCCTTTCGTGACGTTCTGTACGAGGATGCCGACAGCGATGG
CGGCAACTACGGCTCCTCCGAGTATAACCGGTGGACCGGACAGCAGACTCCACTTTCGGT
AGATCATTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTAACTTTTTGTTTGTTTGTTGTGGTCT
TCTCCCC

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR1AR10JQ 356 0 0
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TTCTTCTTCTTCTTCTTC***GTAACTTTTTGTTTGTTTGTTGTGGTCTTCTCCCC

QA 1 356 1 356
DS 

RD RR1AR10TF 356 0 0
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GCTTACAAAAGCATTATTGAGAGCTTACACTGCATGAACTAAAATCACACTACAAATTTC
ATTTTGTAGCATCTTCTCCCCAATCTTTTCCATTTTCACTTGTTTGATGAGACATTCTTC
TTTTGTTCCCCTTTCGTGACGTTCTGTACGAGGATGCCGACAGCGATGGCGGCAACTACG
GCTCCTCCGAGTATAACCGGTGGACCGGACAGCAGACTCCACTTTCGGTAGATCATTTTC
TTCTTCTTCTTCTTCTTC***GTAACTTTTTGTTTGTTTGTTGTGGTCTTCTCCCC

QA 1 356 1 356
DS 



CO CL566Contig2 510 5 2 U
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ATGCTTTTGTAAGCTTTTTCGAATGCACAGATCCTTTTTGGTGTTTTTGGACTCTTATTG
CCAATAATATTATCTCACTTTTTGCTCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 10 10 10 

AF RR1GJ86TF U 1
AF RR1C406JQ C 139
AF RR1C406TF U 139
AF RR1GH13TF U 128
AF RR1GJ86JQ C 143
BS 1 507 RR1GJ86TF
BS 508 510 RR1GJ86JQ

RD RR1GJ86TF 510 0 0
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CTTATAAGCAGGGGCTTGTAGTAAGGAGGAAGGAGATCGAACAGGCGAAAGTGGGTTTGG
AGAAAGATGGAGCAGAGCCGGAGAAGACCACGACAAACAAACAAACAAAAAGTTACGAAG
AAGAAGAAGAAGAAGAAAAATGATCTACCGAAAGTGGAGTCTGCTGTCCGGTCCACCGGT
TATACTCGGAGGAGCCGTAGTTGCCGCCATCGCGGTCGGCATCCTCGTACAGAACGTTAC
GAAAGGGGAACAAAAGAAGAATGTCTCATCAAACAAGTGAAGAAGGAAAAGATTGGGGAG
AAGATGCTACAAATAAACTTTGTAGTGTGATTTTAGTTCATGCAGTGTAAGCTCTCAATA
ATGCTTTTGTAAGCTTTTTCGAATGCACAGATCCTTTTTGGTGTTTTTGGACTCTTATTG
CCAATAATATTATCTCACTTTTTGCTC
TAG

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1C406JQ 369 0 0
G
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GTTGCCGCCATCGCGGTCGGCATCCTCGTACAGAACGTTACGAAAGGGGAACAAAAGAAG
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CGAATGCACAGATCCTTTTTGGTGTTTTTGGACTCTTATTGCCAATAATATTATCTCACT
TTTTGCTC

QA 2 369 2 369
DS 

RD RR1C406TF 369 0 0
G
GGAGAAGACCACGACAAACAAACAAACAAAAAGTTACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAA
ATGATCTACCGAAAGTGGAGTCTGCTGTCCGGTCCACCGGTTATACTCGGAGGAGCCGTA
GTTGCCGCCATCGCGGTCGGCATCCTCGTACAGAACGTTACGAAAGGGGAACAAAAGAAG
AATGTCTCATCAAACAAGTGAAGAAGGAAAAGATTGGGGAGAAGATGCTACAAATAAACT
TTGTAGTGTGATTTTAGTTCATGCAGTGTAAGCTCTCAATAATGCTTTTGTAAGCTTTTT
CGAATGCACAGATCCTTTTTGGTGTTTTTGGACTCTTATTGCCAATAATATTATCTCACT
TTTTGCTC

QA 2 369 2 369
DS 

RD RR1GH13TF 378 0 0
GGAGAG
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AGAAAAATGATCTACCGAAAGTGGAGTCTGCTGTCCGGTCCACCGGTTATACTCGGAGGA
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AAGAAGAATGTCTCATCAAACAAGTGAAGAAGGAAAAGATTGGGGAGAAGATGCTACAAA
TAAACTTTGTAGTGTGATTTTAGTTCATGCAGTGTAAGCTCTCAATAATGCTTTTGTAAG
CTTTTTCGAATGCACAGATCCTTTTTGGTGTTTTTGGACTCTTATTGCCAATAATATTAT
CTCACTTTTTGC

QA 7 378 7 378
DS 

RD RR1GJ86JQ 368 0 0
GAAGACCACGACAAACAAACAAACAAAAAGTTACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAATG
ATCTACCGAAAGTGGAGTCTGCTGTCCGGTCCACCGGTTATACTCGGAGGAGCCGTAGTT
GCCGCCATCGCGGTCGGCATCCTCGTACAGAACGTTACGAAAGGGGAACAAAAGAAGAAT
GTCTCATCAAACAAGTGAAGAAGGAAAAGATTGGGGAGAAGATGCTACAAATAAACTTTG
TAGTGTGATTTTAGTTCATGCAGTGTAAGCTCTCAATAATGCTTTTGTAAGCTTTTTCGA
ATGCACAGATCCTTTTTGGTGTTTTTGGACTCTTATTGCCAATAATATTATCTCACTTTT
TGCTCTAG

QA 1 368 1 368
DS 



AS 1 9

CO CL567Contig1 529 9 4 U
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AAATGTCAAAGGTTTCTTCTTTCTGTTTACTCCTCCTCGTCGTCTTCTTCGTCCTCAGTT
CTCAACCTGCACTCTCACTCCGTGTCCCAAAACCACAATCAGAAACAGCATCACCTCAAA
CCATGATCGATGATGATTCGTCTCCAATTATGGGAATGATCGACCATGCAAAATCCATGA
TTGCTGGATTCTTCAGCCACAAGTTTCCATTAATGGGCTGGCCATTCCCCAAGTACCCAC
CTTTCACAATGGTCAACCCTAACATCCCAACAAACCCATCTGGAGCTCAAGAGGAATCAG
AGAAACTACCTTCTTCCCCAAGTAATCTTAACAAAGATGGAGGAAACGCATGAAGACTGA
AGTTTTCACTTGTGCTCAAAAACACTTATATGGTTTTATATTTCATCATAAAAAATAAAA
ATTGTATCTTTAATTGAATGGTAAAGAGAAAGAAGATGTTATCTATCCG


BQ
10 10 10 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 30 10 

AF RR1GA15TF U 1
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AF RR1H386JQ C 105
AF RR1CJ65TF U 4
AF RR1GI22TF U 4
AF RR1H386TF U 4
AF RR1FC53JQ C 4
AF RR1FC53TF U 4
AF RR1GA15JQ C 4
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TTGCTGGATTCTTCAGCCACAAGTTTCCATTAATGGGCTGGCCATTCCCCAAGTACCCAC
CTTTCACAATGGTCAACCCTAACATCCCAACAAACCCATCTGGAGCTCAAGAGGAATCAG
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AGTTTTCACTTGTGCTCAAAAACACTTATATGGTTTTATATTTCATCATAAAAAATAAAA
ATTGTATCTTTAATTGAATGGTAAAGAGAAAGAAGATGTTATCTATCC
G

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1F488JQ 408 0 0
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ATCATAAAAAATAAAAATTGTATCTTTAATTGAATGGTAAAGAGAAAG

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR1H386JQ 416 0 0
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ACAGCATCACCTCAAACCATGATCGATGATGATTCGTCTCCGATTATGGGAATGATCGAC
CATGCAAAATCCATGATTGCTGGATTCTTCAGCCACAAGTTTCCATTAATGGGCTGGCCA
TTCCCCAAGTACCCCCCTTTCACAATGGTCAACCCTAACATCCCAACAAACCCATTTGGA
GCTCAAGAGGAATCAGAGAAACTACCTTCTTCCCCAAGTAATTTTAACAAAGATGGAGGA
AACGCATGAAGACTGAAGTTTTCACTTGTGCTCAAAAACACTTATATGGTTTTATATTTC
ATCATAAAAAATAAAAATTGTATCTTTAATTGAATGGTAAAGAGAAAGAAGATGTT

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR1CJ65TF 525 0 0
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TGTCAAAGGTTTCTTCTTTCTGTTTACTCCTCCTCGTCGTCTTCTTCGTCCTCAGTTCTC
AACCTGCACTCTCACTCCGTGTCCCAAAACCACAATCAGAAACAGCATCACCTCAAACCA
TGATCGATGATGATTCGTCTCCAATTATGGGAATGATCGACCATGCAAAATCCATGATTG
CTGGATTCTTCAGCCACAAGTTTCCATTAATGGGCTGGCCATTCCCCAAGTACCCACCTT
TCACAATGGTCAACCCTAACATCCCAACAAACCCATCTGGAGCTCAAGAGGAATCAGAGA
AACTACCTTCTTCCCCAAGTAATCTTAACAAAGATGGAGGAAACGCATGAAGACTGAAGT
TTTCACTTGTGCTCAAAAACACTTATATGGTTTTATATTTCATCATAAAAAATAAAAATT
GTATCTTTAATTGAATGGTAAAGAGAAAGAAGATGTTATCTATC
T

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1GI22TF 523 0 0
GGACACACAAATATCACAAAGCAAGTGCTTGAAAAACACCAAGAGCAACAATGTCGAAAA
TGTCAAAGGTTTCTTCTTTCTGTTTACTCCTCCTCGTCGTCTTCTTCGTCCTCAGTTCTC
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TGATCGATGATGATTCGTCTCCAATTATGGGAATGATCGACCATGCAAAATCCATGATTG
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AS 1 8

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1B751JQ U 11
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C

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RD RR1B751TF 605 0 0
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CAATTCAAAGGTTTTTTCTTTCTTTAACTAACTACAAAGATGATGGGTTTTTCACTCTAT
TTTCTATATAATATCGAAAGAAAAAAACCTAAAACCTAGAAAGGAAACGATAAGAGAAAT
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GTTC
C

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1EM37TF 694 0 0
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AAAATGAAAATTCAAGAGGGTGGTTTCTAATTCTAATAATTCATTAAGGAAATTCTCATA
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TTTATTTTAAGGAATTAATTTCCAGTAACAAGAAAAGGAAGAATAGTTTTGGATCAATTC
AAAAGAACAACAAATAATAAAAAAATAATAATACTAAATCTTTGGAATGCGTGCATTGTT
TTGTTGTATTCAATTCAAAGGTTTTTTCTTTCTTTAACTAACTACAAAGATGATGGGTTT
TTCACTCTATTTTCTATATAATATCGAAAGAAAAAAACCTAAAACCTAGAAAGGAAACGA
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QA 1 694 1 694
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QA 1 767 1 767
DS 

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AAAAAAACCTAAAACCTAGAAAGGAAACGATAAGAGAAATTGCTAATTACAAGTTTTAAA
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CTTTTTGGTTTAATTTCATAGATTAAATGAAGAAAACTGCTCTACTATATTAATCAACTT
TATTCAAAAAAAGTTCTATGTTTTAACTGAAGTTATATAATAGAGTTATTTTTTTATGTA
TTATTTTTTCTTATTAATTTCTTAAAGTAAAGGGTTTTTCAATGAATCAGTTGCGTGAAT
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AGTACTTTAGAAACATATGTATAAAAAAACATATTTTATTGAGTCCCTTCATGCTTACTA
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CCCTTTCAAAATGA

QA 14 807 14 807
DS 

RD RR1D137TF 764 0 0
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TTAAAATAAATAACTATTTTTT*GACTGATCTCGTTCTCCGTGTAGGATACTGCTTTTTG
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AAAAAGTTCTATGTTTTAACTGAAGTTATATAATAGAGTTATTTTTTTATGTATTATTTT
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CCTGAGATGGTACAGATGCCAAAGACGATGAATTTAGTTTTTTTCTTTTTATCTATTTTT
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TAGAAACATATGTATAAAAAAACATATTTTATTGAGTCCCTTCATGCCTACTATAACTAG
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CAAAATACGACTTATTTGAAATTAATTGAATGAATCTTTTTTGATCAAAAAAGATTTATA
TGGTATTTCATATGTTCGATAGTTCTTTACCGTGTTAATTACCCAATTTTGGTCATTGAG
ATTCATCGGCAATACAGATTAAGAGCTAGGAATAGATAGTACC
C

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1A762JQ 763 0 0
AAACGATAAGAGAAATTGCTAATTACAAGTTTTAAAAATCTCGTTAAAATAAATAACTAT
TTTTTTGACTGATCTCGTTCTCCGTGTAGGATACTGCTTTTTGGTTTAATTTCATAGATT
AAATGAAGAAAACTGCTCTACTATATTAATCAACTTTATTCAAAAAAAGTTCTATGTTTT
AACTGAAGTTATATAATAGAGTTATTTTTTTATGTATTATTTTTTCTTATTAATTTCTTA
AAGTAAAGGGTTTTTCAATGAATCAGTTGCGTGAATTCTGAATCCTGAGATGGTACAGAT
GCCAAAGACGATGAATTTAGTTTTTTTCTTTTTATCTATTTTTGTTCATACCACCGATAA
TGATTGATAACTCACAAATTTTCAAGTGAATTTTTTGATTCTTGGAACTAGTATTTGTAT
CTATCTTAAAAATTTTTTTTTATTGAAACTTCGGGAAGTACTTTAGAAACATATGTATAA
AAAAACATATTTTATTGAGTCCCTTCATGCTTACTATAACTAGTTATTTCGGTTTTCTAC
TAGCAGCTTTAACTATAACCTCAGTTCTATTTATTGGTCTAAGCAAAATACGACTTATTT
GAAATTAATTGAATGAATCTTTTTTGATCAAAAAAGATTTATATGGTATTTCATATGTTC
GATAGTTCTTTACCGTGTTAATTACCCAATTTTGGTCATTGAGATTCATCGGCAATACAG
ATTAAGAGCTAGGAATAGATAGTACCTCTCTTTTCTCCCTTTC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1FD03JQ 666 0 0
TTTTTGGTTTAATTTCATAGATTAAATGAAGAAAACTGCTCTACTATATTAATCTACTTT
ATTCAAAAAAAGTTCTATGTTTTAACTGAAGTTATATAATAGAGTTATTTTTTTATGTAT
TATTTTTTCTTATTAATTTCTTAAAGTAAAGGGTTTTTCAATGAATCAGTTACGTGAATT
CTGAATCCTGAGATGGTACAGATGCCAAAGACGATGAATTTAGTTTTTTTCTTTTTATCT
ATTTTTGTTCATACCACCGATAATGATTGATAACTCACAAATTTTCAAGTGAATTTTTTG
ATTCTTGGAACTAGTATTTGTATCTATCTTAAAAATTTTTTTTTATTGAAACTTCGGGAA
GTACTTTAGAAACATATGTATAAAAAAACATATTTTATTGAGTCCCTTCATGCTTACTAT
AACTAGTTATTTCGGTTTTCTACTAGCAGCTTTAACTATAACCTCAGTTCTATTTATTGG
TCTAAGCAAAATACGACTTATTTGAAATTAATTGAATGAATCTTTTTTGATCAAAAAAGA
TTTATATGGTATTTCATATGTTCGATAGTTCTTTACCGTGTTAATTACCCAATTTTGGTC
ATTGAGATTCATCGGCAATACAGATTAAGAGCTAGGAATAGATAGTACCTCTCTTTTCTC
CCTTTC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 9

CO CL569Contig1 723 9 4 U
GGACGCGAAGTTCTGAGTAGCTTCTTCTTCTTCTTCACACCATCGTAAAAATGCCAGTAT
CATCATCTCCGTCTCCGCCTCGTCTCCAATCTCCGTTCATCCACCGTCCAATCAATGCCA
CTCCGTCTTCTTCCCGTTTACTCTCCGCGAGGAACCTCCGTTCGCCGTCAACAACATCTT
ATCCGCGGATCAAATCAGAAGTCGATACGAACACGGTAATCGCAATCTCAGTTGGCGTGG
CGAGCGTCGCACTGGGAATCGGTATCCCTGTCTTCTACGAGACGCAGATCGATAACGCCG
CTAAGAGAGAGAACACTCAACCATGTTTTCCTTGCAATGGCACTGGAGCTCAGAAGTGCA
GGTTGTGTGTAGGAAGTGGTAACGTGACGGTGGAGCTTGGTGGAGGAGAGAAGGAAGTCT
CCAGCTGTATCAATTGTGATGGTGTTGGTTCCTTGACTTGCACTACTTGTCAAGGCTCTG
GTGTTCAACCTCGATACCTTGATCGGAGGGAGTTTAAGGATGATGACTAGATATCTTCCA
CCAGATAACCATATCAAAAGAGTCTTCTCCTCCCTTTCTTCATTGTGTGTCTACATATGT
ACAATACTGTATTTTTTTTT*GTTCACCAAATCATGACCTTGTTGTAAACAATTGAAGGA
GTAAGCTTCCTGCACTCGACTTTCAACCATGTCAAGTGTCTAACTTGTTAGCTTTAAGAG
ACA


BQ
40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 15 15 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 

AF RR1AD72JQ C 25
AF RR1AD72TF U 1
AF RR1BE70TF U 1
AF RR1BE70JQ C 1
AF RR1C565JQ C 2
AF RR1C565TF U 2
AF RR1CE67TF U 1
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AF RR1A541TF U 1
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BS 688 722 RR1A541TF
BS 723 723 RR1A541JQ

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TCCAATCTCCGTTCATCCACCGTCCAATCAATGCCACTCCGTCTTCTTCCCGTTTACTCT
CCGCGAGGAACCTCCGTTCGCCGTCAACAACATCTTATCCGCGGATCAAATCAGAAGTCG
ATACGAACACGGTAATCGCAATCTCAGTTGGCGTGGCGAGCGTCGCACTGGGAATCGGTA
TCCCTGTCTTCTACGAGACGCAGATCGATAACGCCGCTAAGAGAGAGAACACTCAACCAT
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TGACGGTGGAGCTTGGTGGAGGAGAGAAGGAAGTCTCCAGCTGTATCAATTGTGATGGTG
TTGGTTCCTTGACTTGCACTACTTGTCAAGGCTCTGGTGTTCAACCTCGATACCTTGATC
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TTCTCCTCCCTTTCTTCATTGTGTGTCTACATATGTACAATACTGTATTTTTTTTT*GTT
CACCAAATCATGACCTTGTTGTAAACAATTGAAGG

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1AD72TF 659 0 0
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QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1BE70TF 659 0 0
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CTCCGTCTTCTTCCCGTTTACTCTCCGCGAGGAACCTCCGTTCGCCGTCAACAACATCTT
ATCCGCGGATCAAATCAGAAGTCGATACGAACACGGTAATCGCAATCTCAGTTGGCGTGG
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GGTTGTGTGTAGGAAGTGGTAACGTGACGGTGGAGCTTGGTGGAGGAGAGAAGGAAGTCT
CCAGCTGTATCAATTGTGATGGTGTTGGTTCCTTGACTTGCACTACTTGTCAAGGCTCTG
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QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1BE70JQ 659 0 0
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ATCCGCGGATCAAATCAGAAGTCGATACGAACACGGTAATCGCAATCTCAGTTGGCGTGG
CGAGCGTCGCACTGGGAATCGGTATCCCTGTCTTTTACGAGACGCAGATCGATAACGCCG
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GGTTGTGTGTAGGAAGTGGTAACGTGACGGTGGAGCTTGGTGGAGGAGAGAAGGAAGTCT
CCAGCTGTATCAATTGTGATGGTGTTGGTTCCTTGACTTGCACTACTTGTCAAGGCTCTG
GTGTTCAACCTCGATACCTTGATCGGAGGGAGTTTAAGGATGATGACTAGATATCTTCCA
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ACAATACTGTATTTTTTTTT*GTTCACCAAATCATGACCTTGTTGTAAACAATTGAAGG

QA 1 659 1 659
DS 

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ATCATCTCCGTCTCCGCCTCGTCTCCAATCTCCGTTCATCCACCGTCCAATCAATGCCAC
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GTTGTGTGTAGGAAGTGGTAACGTGACGGTGGAGCTTGGTGGAGGAGAGAAGGAAGTCTC
CAGCTGTATCAATTGTGATGGTGTTGGTTCCTTGACTTGCACTACTTGTCAAGGCTCTGG
TGTTCAACCTCGATACCTTGATCGGAGGGAGTTTAAGGATGATGACTAGATATCTTCCAC
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CAATACTGTATTTTTTTTT*GTTCACCAAATCATGACCTTGTTGTAAACAATTGAAGGAG
TAAGCTTCCTGCACTCGACTTTCAAC
T

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1C565TF 687 0 0
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ATCATCTCCGTCTCCGCCTCGTCTCCAATCTCCGTTCATCCACCGTCCAATCAATGCCAC
CCCGTCTTCTTCCCGTTTACTCTCCGCGAGGAACCTCCGTTCGCCGTCAACAACATCTTA
TCCGCGGATCAAATCAGAAGTCGATACGAACACGGTAATCGCAATCTCAGTTGGCGTGGC
GAGCGTCGCACTGGGAATCGGTATCCCTGTCTTCTACGAGACGCAGATCGATAACGCCGC
TAAGAGAGAGAACACTCAACCATGTTTTCCTTGCAATGGCACTGGAGCTCAGAAGTGCAG
GTTGTGTGTAGGAAGTGGTAACGTGACGGTGGAGCTTGGTGGAGGAGAGAAGGAAGTCTC
CAGCTGTATCAATTGTGATGGTGTTGGTTCCTTGACTTGCACTACTTGTCAAGGCTCTGG
TGTTCAACCTCGATACCTTGATCGGAGGGAGTTTAAGGATGATGACTAGATATCTTCCAC
CAGATGACCATATCAAAAGAGTCTTCTCCTCCCTTTCTTCATTGTATGTCTACATATGTA
CAATACTGTATTTTTTTTT*GTTCACCAAATCATGACCTTGTTGTAAACAATTGAAGGAG
TAAGCTTCCTGCACTCGACTTTCAAC
T

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1CE67TF 685 0 0
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CTCCGTCTTCTTCCCGTTTACTCTCCGCGAGGAACCTCCGTTCGCCGTCAACAACATCTT
ATCCGCGGATCAAATCAGAAGTCGATACGAACACGGTAATCGCAATCTCAGTTGGCGTGG
CGAGCGTCGCACTGGGAATCGGTATCCCTGTCTTCTACGAGACGCAGATCGATAACGCCG
CTAAGAGAGAGAACACTCAACCATGTTTTCCTTGCAATGGCACTGGAGCTCAGAAGTGCA
GGTTGTGTGTAGGAAGTGGTAACGTGACGGTGGAGCTTGGTGGAGGAGAGAAGGAAGTCT
CCAGCTGTATCAATTGTGATGGTGTTGGTTCCTTGACTTGCACTACTTGTCAAGGCTCTG
GTGTTCAACCTCGATACCTTGATCGGAGGGAGTTTAAGGATGATGACTAGATATCTTCCA
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ACAATACTGTATTTTTTTTT*GTTCACCAAATCATGACCTTGTTGTAAACAATTGAAG*A
GTAAGCTTCCTGCACTCGACTTTCA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1A541JQ 723 0 0
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CTCCGTCTTCTTCCCGTTTACTCTCCGCGAGGAACCTCCGTTCGCCGTCAACAACATCTT
ATCCGCGGATCAAATCAGAAGTCGATACGAACACGGTAATCGCAATCTCAGTTGGCGTGG
CGAGCGTCGCACTGGGAATCGGTATCCCTGTCTTTTACGAGACGCAGATCGATAACGCCG
CTAAGAGAGAGAACACTCAACCATGTTTTCCTTGCAATGGCACTGGAGCTCAGAAGTGCA
GGTTGTGTGTAGGAAGTGGTAACGTGACGGTGGAGCTTGGTGGAGGAGAGAAGGAAGTCT
CCAGCTGTATCAATTGTGATGGTGTTGGTTCCTTGACTTGCACTACTTGTCAAGGCTCTG
GTGTTCAACCTCGATACCTTGATCGGAGGGAGTTTAAGGATGATGACTAGATATCTTCCA
CCAGATAACCATATCAAAAGAGTCTTCTCCTCCCTTTCTTCATTGTGTGTCTACATATGT
ACAATACTGTATTTTTTTTT*GTTCACCAAATCATGACCTTGTTGTAAACAATTGAAGGA
GTAAGCTTCCTGCACTCGACTTTCAACCATGTCAAGTGTCTAACTTGTTAGCTTTAAGAG
ACA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1A541TF 722 0 0
GGACGCGAAGTTCTGAGTAGCTTCTTCTTCTT***CACACCATCGTAAAAATGCCAGTAT
CATCGTCTCCGTCTCCGCCTCGTCTCCAATCTCCGTTCATCCACCGTCCAATCAATGCCA
CTCCGTCTTCTTCCCGTTTACTCTCCGCGAGGAACCTCCGTTCGCCGTCAACAACATCTT
ATCCGCGGATCAAATCAGAAGTCGATACGAACACGGTAATCGCAATCTCAGTTGGCGTGG
CGAGCGTCGCACTGGGAATCGGTATCCCTGTCTTCTACGAGACGCAGATCGATAACGCCG
CTAAGAGAGAGAACACTCAACCATGTTTTCCTTGCAATGGCACTGGAGCTCAGAAGTGCA
GGTTGTGTGTAGGAAGTGGTAACGTGACGGTGGAGCTTGGTGGAGGAGAGAAGGAAGTCT
CCAGCTGTATCAATTGTGATGGTGTTGGTTCCTTGACTTGCACTACTTGTCAAGGCTCTG
GTGTTCAACCTCGATACCTTGATCGGAGGGAGTTTAAGGATGATGACTAGATATCTTCCA
CCAGATAACCATATCAAAAGAGTCTTCTCCTCCCTTTCTTCATTGTGTGTCTACATATGT
ACAATACTGTATTTTTTTTT*GTTCACCAAATCATGACCTTGTTGTAAACAATTGAAGGA
GTAAGCTTCCTGCACTCGACTTTCAACCATGTCAAGTGTCTAACTTGTTAGCTTTAAGAG
AC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 9

CO CL570Contig1 875 9 18 U
GGACCTCCATTTCTCTCTGGGTGCCCTAGCTTCTCACACAGCCGTTTCTATCACAGAGAA
GGCGACAGTATGGTGCACGTTTGCTACTACCGCAACTATGGAAAAACATTTAAGGGACCA
CGTCGTCCTTTCGAGAAGGAGCGT*CTCGACTCCGAGCTGAAGCTGGTCGGCGAGTACGG
TCTCCGTAACAAGCGTGAGCTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATCCGTAACGC
CGCTAGAGATCTTCTGACGCTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGC
GCTCCTCCGTAAGATGAACCGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTA
CGTCTTGGCTTTGACCGTTGAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACCATTGTGTTCAA
GTCTGGTATGGCTAAGTCGATTCATCACTCTCGTGTCCTTATCAGGCAGAGGCATATCAG
GGTTGGGAAGCAGTTGGTGAACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGATTCTCAGAAGCA
TATTGACTTTGCTCTGACCAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGTAGAGTGAAGAGAAG
GAATGAGAAGTCTGCCTCCAAGAAAGCCTCTGGTGGTGATGCAGATGGTGATGACGAAGA
GTAATTCTAACTCCTCACCTGTTTTAGCTATGGAGCAATCTGCCTTTTGATCATTTGTAG
TTTGTTATTTCTCAGTGGATTGTTCTGTGTTTTCTTTCGGTTTCTCAAGTCCAACTTTTT
ACTTATTGTTTACAAACATCATCTCTTAAAAGTTTTGTTTCTTTCTTATGCTGAGATCCC
AAAAACTCATATAGCAATAATATCTTACATTGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 20 20 50 20 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 20 50 20 20 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 25 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED53TF U 1
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AF RR1BA37JQ C 19
AF RR1ED53JQ C 77
AF RR1BA37TF U 19
AF RR1AW73JQ C 99
AF RR1AW73TF U 99
AF RR1E287JQ C 189
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BS 19 20 RR1E287TF
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BS 417 417 RR1E287TF
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BS 600 600 RR1E287TF
BS 601 643 RR1ED53TF
BS 644 644 RR1E287TF
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BS 670 730 RR1E287TF
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RD RR1ED53TF 681 0 0
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GTAATTCTA
CTCTCACTGTTT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1E287TF 712 0 0
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ATTGTTCTGTGTT

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DS 

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CAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGTAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCCTC
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DS 

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ACGCTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGCGCTCCTCCGTAAGATG
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TCGATTCATCACTCTCGTGTCCTTATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTG
GTGAACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGATTCTCAGAAGCATATTGACTTTGCTCTG
ACCAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGTAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCC
TCCAAGAAAGCCTCTGGTGGTGATGCATACGGTGATGACGAAGAGTAATTCTAACTCCTC
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CATCATCTCTTAAAAG

QA 1 736 1 736
DS 

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GTTTGCTACTACCGCAACTATGGAAAAACATTTAAGGGACCACGTCGTCCTTTCGAGAAG
GAGCGT*CTCGACTCCGAGCTGAAGCTGGTCGGCGAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGA
GCTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATCCGTAACGCCGCTAGAGATCTTCTGAC
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CCGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGT
TGAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACCATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTC
GATTCATCACTCTCGTGTCCTTATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTGGT
GAACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGATTCTCAGAAGCATATTGACTTTGCTCTGAC
CAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGTAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCCTC
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CTGTTTTAGCTATGGAGCAATCTGCCTTTTGATCATTTGTAGTTTGTTATTTCTCAGTGG
ATTGTTCTGTGTTTTCTTTCGGTTTCTCAAGTCCAACTTTTTACTTATTGTTTACAAACA
TCATCTCTTA

QA 1 790 1 790
DS 

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G
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DS 

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G
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TATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTGGTGAACATTCCTTCGTTCATGGT
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QA 2 714 2 714
DS 

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TTCTCAGTGGATTGTTCTGTGTTTTCTTTCGGTTTCTCAAGTCCAACTTTTTACTTATTG
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ATATAGCAATAATATCTTACATTGCCT

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 7

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CTTTCATGTCCTTCTCTCTATCTCTTTCTATTGTTCGGTAAATTTTCTCAAATTTGGTAT
GTAACCATATATATTTGAATCATAATCTCGGACTAAATTTCGTCTC


BQ
35 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 30 15 20 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1EE21JQ C 1
AF RR1EH94TF U 2
AF RR1FJ29TF U 1
AF RR1EE21TF U 1
AF RR1FA49JQ C 1
AF RR1BF72TF U -1
AF RR1FA49TF U 1
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BS 2 18 RR1EH94TF
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AGCCGTCGCTAAGCTTCCGTCGCCCACCGCAGGACGAAGGATGTCCATGGTCAGAGCCTC
AACGAGCGAGAACACACCCAGCGTAGAAGTCAAGGCCAAGGAGGAACAGAAGAGCACCAC
AATGAGGAGGGATCTCATGTTCACGGCTGCAGCTTCTGCCGTTTGTGCCTTGGCTAAGGC
AGCCATGGCAGACGAGGAGGAGCCCAAGCGAGGGACAGAAGCGGCTAAGAAGAAATACGC
TCAGGTCTGCGTCACAATGCCTACGGCTAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCATCCCAC
CTTTCATGTCCTTCTCTCTATCTCTTTCTATTGTTCGGTAAATTTTCTCAAATTTGGTAT
GTAACCATATATATTTGAATCATAATCTCGGAC

QA 1 513 1 513
DS 

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TAAATCAAACGTAGATTTCAAGCAATGGCATCGATGACAATGACAGCAACGTTCCTCCCA
GCCGTCGCTAAGCTTCCGTCGCCCACCGCAGGACGAAGGATGTCCATGGTCAGAGCCTCA
ACGAGCGAGAACACACCCAGCGTAGAAGTCAAGGCCAAGGAGGAACAGAAGAGCACCACA
ATGAGGAGGGATCTCATGTTCACGGCTGCAGCTTCTGCCGTTTGTGCCTTGGCTAAGGCA
GCCATGGCAGACGAGGAGGAGCCCAAGCGAGGGACAGAAGCGGCTAAGAAGAAATACGCT
CAGGTCTGCGTCACAATGCCTACGGCTAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCATCCCACC
TTTCATGTCCTTCTCTCTATCTCTTTCTATTGTTCGGTAAATTTTCTCAAATTTGGTATG
TAACCATATATATTTGAATCATAATCTCGG

QA 1 510 1 510
DS 

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TTAAATCAAACGTAGATTTCAAGCAATGGCATCGATGACAATGACAGCAACGTTCCTCCC
AGCCGTCGCTAAGCTTCCGTCGCCCACCGCAGGACGAAGGATGTCCATGGTCAGAGCCTC
AACGAGCGAGAACACACCCAGCGTAGAAGTCAAGGCCAAGGAGGAACAGAAGAGCACCAC
AATGAGGAGGGATCTCATGTTCACGGCTGCAGCTTCTGCCGTTTGTGCCTTGGCTAAGGC
AGCCATGGCAGACGAGGAGGAGCCCAAGCGAGGGACAGAAGCGGCTAAGAAGAAATACGC
TCAGGTCTGCGTCACAATGCCTACGGCTAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCATCCCAC
CTTTCATGTCCTTCTCTCTATCTCTTTCTATTGTTCGGTAAATTTTCTCAAATTTGGTAT
GTAACCATATATATTTGAATCATAATCTCGGA

QA 1 512 1 512
DS 

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TTAAATCAAACGTAGATTTCAAGCAATGGCATCGATGACAATGACAGCAACGTTCCTCCC
AGCCGTCGCTAAGCTTCCGTCGCCCACCGCAGGACGAAGGATGTCCATGGTCAGAGCCTC
AACGAGCGAGAACACACCCAGCGTAGAAGTCAAGGCCAAGGAGGAACAGAAGAGCACCAC
AATGAGGAGGGATCTCATGTTCACGGCTGCAGCTTCTGCCGTTTGTGCCTTGGCTAAGGC
AGCCATGGCAGACGAGGAGGAGCCCAAGCGAGGGACAGAAGCGGCTAAGAAGAAATACGC
TCAGGTCTGCGTCACAATGCCTACGGCTAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCATCCCAC
CTTTCATGTCCTTCTCTCTATCTCTTTCTATTGTTCGGTAAATTTTCTCAAATTTGGTAT
GTAACCATATATATTTGAATCATAATCTCGGAC

QA 1 513 1 513
DS 

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TTAAATCAAACGTAGATTTCAAGCAATGGCATCGATGACAATGACAGCAACGTTCCTCCC
AGCCGTCGCTAAGCTTCCGTCGCCCACCGCAGGACGAAGGATGTCCATGGTCAGAGCCTC
AACGAGCGAGAACACACCCAGCGTAGAAGTCAAGGCCAAGGAGGAACAGAAGAGCACCAC
AATGAGGAGGGATCTCATGTTCACGGCTGCAGCTTCTGCCGTTTGTGCCTTGGCTAAGGC
AGCCATGGCAGACGAGGAGGAGCCCAAGCGAGGGGCAGAAGCGGCTAAGAAGAAATACGC
TCAGGTCTGCGTCACAATGCCTACGGCTAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCATCCCAC
CTTTCATGTCCTTCTCTCTATCTCTTTCTATTGTTCGGTAAATTTTCTCAAATTTGGTAT
GTAACCATATATATTTGAATCATAATCTCGGACTAAATTTCGTCTC

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1BF72TF 525 0 0
GGCT
AAACCGATAGCTAACGATTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGTT
AAATCAAACGTAGATTTCAAGCAATGGCATCGATGACAATGACAGCAACGTTCCTCCCAG
CCGTCGCTAAGCTTCCGTCGCCCACCGCAGGACGAAGGATGTCCATGGTCAGAGCCTCAA
CGAGCGAGAACACACCCAGCGTAGAAGTCAAGGCCAAGGAGGAACAGAAGAGCACCACAA
TGAGGAGGGATCTCATGTTCACGGCTGCAGCTTCTGCCGTTTGTGCCTTGGCTAAGGCAG
CCATGGCAGACGAGGAGGAGCCCAAGCGAGGGACAGAAGCGGCTAAGAAGAAATACGCTC
AGGTCTGCGTCACAATGCCTACGGCTAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCATCCCACCT
TTCATGTCCTTCTCTCTATCTCTTTCTATTGTTCGGTAAATTTTCTCAAATTTGGTATGT
AACCATATATATTTGAATCTTAATCTCGGACTAAATTTCGT

QA 5 525 5 525
DS 

RD RR1FA49TF 526 0 0
GGAAACCGATAGATAACGATTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGG
TTAAATCAAACGTAGATTTCAAGCAATGGCATCGATGACAATGACAGCAACGTTCCTCCC
AGCCGTCGCTAAGCTTCCGTCGCCCACCGCAGGACGAAGGATGTCCATGGTCAGAGCCTC
AACGAGCGAGAACACACCCAGCGTAGAAGTCAAGGCCAAGGAGGAACAGAAGAGCACCAC
AATGAGGAGGGATCTCATGTTCACGGCTGCAGCTTCTGCCGTTTGTGCCTTGGCTAAGGC
AGCCATGGCAGACGAGGAGGAGCCCAAGCGAGGGGCAGAAGCGGCTAAGAAGAAATACGC
TCAGGTCTGCGTCACAATGCCTACGGCTAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCATCCCAC
CTTTCATGTCCTTCTCTCTATCTCTTTCTATTGTTCGGTAAATTTTCTCAAATTTGGTAT
GTAACCATATATATTTGAATCATAATCTCGGACTAAATTTCGT
CTC

QA 1 523 1 523
DS 



AS 1 7

CO CL572Contig1 911 7 6 U
GGGCATCAGCTCAAATGAAGTCGTTAGCATCGCCGCCGTGCCTCCGCCTAACTCCGACGT
CACGCCCTCATCTCCGCCCGCGTCAATCGTCTTGTTTCCCTTCTGTAATCAAATCCAATA
GCCTATCATTCTCTTCATCCGCATCAGGTTTCGCGTCACCACTCGCTGTAGAGAAGGAGC
TACGCTCGTTGTTCGTGACGGAAGCTGTTCGACATGTCACCGGGTCGCTTATCAGAGGGG
AAGGTCTCCGATTCGCCATCGTTGTTGCTCGTTTCAACGAGGTTGTGACGAAGTTGCTTT
TGGAAGGAGCCATTGAAACTTTCAAGAAGTATTCTGTCAGAGAAGAAGACATCCAAGTTA
TATGGGTTCCTGGCAGCTTTGAGATTGGGGTTGTTGCACAAAACCTTGGGAAATCAGGAA
ACTTTGATGCTGTTTTATGTATTGGTGCTGTGATAAGAGGAGATACCACACATTATGATG
CTGTTGCCAACTCTGCTGCATCTGGAGTACTTTCTGCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCAT
GCATATTTGGTGTACTGACATGCGAGGACATGGATCAGGCTCTTAATCGATCTGGTGGCA
AAGCTGGAAACAAGGGAGCTGAAACTGCTTTGACGGCGCTCGAGATGGCGTCGTTGTTTG
AGCACCACCTGAAATAGATGCTCCTTCCATGGATGAACACATTGATCATATATGAGAACT
TGTTGCATTTGGTTACAATCCAATCTCCAAAACTGTACCTCAAAGATTACCAAAATCTTT
TCTTTCTTTTTCTTTTACCTTGTTGACAAATATTTAGACGCTTTTGAAAGCTTTTGGTCT
GGTTATGAATCGTGTGTGTTGTAATAATAAGTTCCTCTGAATTCCAGGGGCAAAGTGAGT
TATTCTTTACC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP42TF U 3
AF RR1A301TF U 3
AF RR1AJ83TF U 1
AF RR1CP42JQ C 127
AF RR1AV84JQ C 516
AF RR1GH40TF U 213
AF RR1A301JQ C 732
BS 1 636 RR1AJ83TF
BS 637 640 RR1GH40TF
BS 641 782 RR1AJ83TF
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BS 848 866 RR1CP42JQ
BS 867 911 RR1A301JQ

RD RR1CP42TF 525 0 0
GG
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CCCTCATCTCCGCCCGCGTCAATCGTCTTGTTTCCCTTCTGTAATCAAATCCAATAGCCT
ATCATTCTCTTCATCCGCATCAGGTTTCGCGTCACCACTCGCTGTAGAGAAGGAGCTACG
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TCTCCGATTCGCCATCGTTGTTGCTCGTTTCAACGAGGTTGTGACGAAGTTGCTTTTGGA
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TGATGCTGTTTTATGTATTGGTGCTGTGATAAGAGGAGATACCACACATTATGATGCTGT
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QA 3 525 3 525
DS 

RD RR1A301TF 568 0 0
GG
ATCAGCTCAAATGAAGTCGTTAGCATCGCCGCCGTGCCTCCGCCTAACTCCGACGTCACG
CCCTCATCTCCGCCCGCGTCAATCGTCTTGTTTCCCTTCTGTAATCAAATCCAATAGCCT
ATCATTCTCTTCATCCGCATCAGGTTTCGCGTCACCACTCGCTGTAGAGAAGGAGCTACG
CTCGTTGTTCGTGATGGAAGCTGTTCGACATGTCACCGGGTCGCTTATCAGAGGGGAAGG
TCTCCGATTCGCCATCGTTGTTGCTCGTTTCAACGAGGTTGTGACGAAGTTGCTTTTGGA
AGGAGCCATTGAAACTTTCAAGAAGTATTCTGTCAGAGAAGAAGACATCCAAGTTATATG
GGTTCCTGGCAGCTTTGAGATTGGGGTTGTTGCACAAAACCTTGGGAAATCAGGAAACTT
TGATGCTGTTTTATGTATTGGTGCTGTGATAAGAGGAGATACCACACATTATGATGCTGT
TGCCAACTCTGCTGCATCTGGAGTACTTTCTGCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCATGCAT
ATTTGGTGTACTGACATGCGAGGACA

QA 3 568 3 568
DS 

RD RR1AJ83TF 782 0 0
GGGCATCAGCTCAAATGAAGTCGTTAGCATCGCCGCCGTGCCTCCGCCTAACTCCGACGT
CACGCCCTCATCTCCGCCCGCGTCAATCGTCTTGTTTCCCTTCTGTAATCAAATCCAATA
GCCTATCATTCTCTTCATCCGCATCAGGTTTCGCGTCACCACTCGCTGTAGAGAAGGAGC
TACGCTCGTTGTTCGTGACGGAAGCTGTTCGACATGTCACCGGGTCGCTTATCAGAGGGG
AAGGTCTCCGATTCGCCATCGTTGTTGCTCGTTTCAACGAGGTTGTGACGAAGTTGCTTT
TGGAAGGAGCCATTGAAACTTTCAAGAAGTATTCTGTCAGAGAAGAAGACATCCAAGTTA
TATGGGTTCCTGGCAGCTTTGAGATTGGGGTTGTTGCACAAAACCTTGGGAAATCAGGAA
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CTGTTGCCAACTCTGCTGCATCTGGAGTACTTTCTGCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCAT
GCATATTTGGTGTACTGACATGCGAGGACATGGATCAGGCTCTTAATCGATCTGGTGGCA
AAGCTGGAAACAAGGGAGCTGAAACTGCTTTGACGG****CGAGATGGCGTCGTTGTTTG
AGCACCACCTGAAATAGATGCTCCTTCCATGGATGAACACATTGATCATATATGAGAACT
TGTTGCATTTGGTTACAATCCAATCTCCAAAACTGTACCTCAAAGATTACCAAAATCTTT
TC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1CP42JQ 740 0 0
TCA
TCTCTTCATCCGCATCAGGTTTCGCGTCACCACTCGCTGTAGAGAAGGAGCTACGCTCGT
TGTTCGTGACGGAAGCTGTTCGACATGTCACCGGGTCGCTTATCAGAGGGGAAGGTCTCC
GATTCGCCATCGTTGTTGCTCGTTTCAACGAGGTTGTGACGAAGTTGCTTTTGGAAGGAG
CCATTGAAACTTTCAAGAAGTATTCTGTCAGAGAAGAAGACATCCAAGTTATATGGGTTC
CTGGCAGCTTTGAGATTGGGGTTGTTGCACAAAACCTTGGGAAATCAGGAAACTTTGATG
CTGTTTTATGTATTGGTGCTGTGATAAGAGGAGATACCACACATTATGATGCTGTTGCCA
ACTCTGCTGCATCTGGAGTACTTTCTGCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCATGCATATTTG
GTGTACTGACATGCGAGGACATGGATCAGGCTCTTAATCGATCTGGTGGCAAAGCTGGAA
ACAAGGGAGCTGAAACTGCTTTGACGGCGCTCGAGATGGCGTCGTTGTTTGAGCACCACC
TGAAATAGATGCTCCTTCCATGGATGAACACATTGATCATATATGAGAACTTGTTGCATT
TGGTTACAATCCAATCTCCAAAACTGTACCTCAAAGATTACCAAAATCTTTTCTTTCTTT
TTCTTTTACCTTGTTGACAAATATTTAGACGCTTTTGAAAGCTTTTGGTCTGGTTATGAA
TCGTGTGTGTTGTAATA

QA 4 740 4 740
DS 

RD RR1AV84JQ 332 0 0
GCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCATGCATATTTGGTGTACTGACATGCGAGGACATGGAT
CAGGCTTTTAATCGATCTGGTGGCAAAGCTGGAAACAAGGGAGCTGAAACTGCTTTGACG
GCGCTCGAGATGGCGTCGTTGTTTGAGCACCACCTGAAATAGATGCTCCTTCCATGGATG
AACACATTGATCATATATGAGAACTTGTTGCATTTGGTTACAATCCAATCTCCAAAACTG
TACCTCAAAGATTACCAAAATCTTTTCTTTCTTTTTCTTTTACCTTGTTGACAAATATTT
AGACGCTTTTGAAAGCTTTTGGTCTGGTTATG

QA 1 332 1 332
DS 

RD RR1GH40TF 635 0 0
G
ATGTCACCGGGTCGCTTATCAGAGGGGAAGGTCTCCGATTCGCCATCGTTGTTGCTCGTT
TCAACGAGGTTGTGACGAAGTTGCTTTTGGAAGGAGCCATTGAAACTTTCAAGAAGTATT
CTGTCAGAGAAGAAGACATCCAAGTTATATGGGTTCCTGGCAGCTTTGAGATTGGGGTTG
TTGCACAAAACCTTGGGAAATCAGGAAACTTTGATGCTGTTTTATGTATTGGTGCTGTGA
TAAGAGGAGATACCACACATTATGATGCTGTTGCCAACTCTGCTGCATCTGGAGTACTTT
CTGCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCATGCATATTTGGTGTACTGACATGCGAGGACATGA
ATCAGGCTCTTAATCGATCTGGTGGCAAAGCTGGAAACAAGGGAGCTGAAACTGCTTTGA
CGGCGCTCGAGATGGCGTCGTTGTTTGAGCACCACCTGAAATAGATGCTCCTTCCATGGA
TGAACACATTGATCATATATGAGAACTTGTTGCATTTGGTTACAATCCAATCTCCAAAAC
TGTACCTCAAAGATTACCAAAATCTTTTCTTTCTTTTTCTTTTACCTTGTTGACAAATAT
TTAGACGCTTTTGAAAGCTTTTGGTCTGGTTATG

QA 2 635 2 635
DS 

RD RR1A301JQ 180 0 0
GTTACAATCCAATCTCCAAAACTGTACCTCAAAGATTACCAAAATTTTTTCTTTTTTTTT
CTTTTACCTTGTTGACAAATATTTAGACGCTTTTGAAAGCTTTTGGTCTGGTTATGAATC
GTGTGTGTTGTAATAATAAGTTCCTCTGAATTCCAGGGGCAAAGTGAGTTATTCTTTACC

QA 1 180 1 180
DS 



AS 2 8

CO CL573Contig1 1073 5 8 U
CTTATATGGTAAGCACCTTTTATATTTGATGTGTCAAACATACATCAGATTGCAATATAT
TGTACGCGTCAGGGTATCTTTTGATTTGTAAGGCAATATCTAGATATACAGTTCTAGTTA
TTAGATCTTCAAGCAGTTTGCTTTTGAATCATGTCACAAACTTGATTCAGATCATCCGCA
TTGAGCATCCAAGGATCAGTATCAATTGTTATATATCTTCTTTTTTTCCGTCCCACTCGA
TTCTTCAGAAAGATCAAGGAGCATCACGAAACAGGCACACAAGTCTCCCACGAATATAGG
ATAAGTAGTGCTGTCATTGCCTTCGCTGAGAAGGTTATATCGAGTTAGAATTAGTTACCT
CAGCCAGTAGAGGTCTGTAACCAGTTAGTGATAGCTCTCGTTCTCACATCTCATCACTCT
TTCAATGCCTTTCTGAGATCTCTTCTCAGCTAAACAGTGCCTGAGATAATGTTCATGTAA
ATATCACATCTTCACTAGAGTTCCTGCTTCAGACGTGACAATGAATCATTCAGCTGCACA
ATTGGACAGTACAGGCAACGGCCTGTGCCCAGTACTTGAGCCGAGCTTTCACATCATCCG
GATGATCACCGGGGCTAGATATCTTCCAGTTGGCAATAGGAGGCGCCGGAGAATCGTCCA
CCGACGAATTTTCCGGTGAAGACTTGTTGTTGTTGTTGGCATTGTTCTGCTTGTTGTCGT
CTGAGAATCTCTGACTCATGGAATAGCAAAGCTCTAGAGCAGGTAAAGTGCTGCAGAGCT
CAGGGATCTCGTCGTAGCTGAAACCAGACCCTAGATCCAGACAACCCTTGAGGTCTTCGA
GATCGTCGCCGGTCAAGCTCTTGGATCTCGTCAGATCGTCTTGGTTGTCCAACGTGGCGA
GATTCTCAACGTAGCCTTCTAGCAACACGTGGCTCTTCTTCTTCTTATTCTTCTTCTCCA
GCTTCTTACTACTCTCGTCGGAAGCAATGCGAGGTTTGCATTGACATGGATCTGATGATT
TGTAACGAACACAAGCCATCACTCACTGTTTTCTTTTAGTTTGTGTGATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1AI40JQ U 1
AF RR1H223JQ U 6
AF RR1AI52JQ U 1
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CC

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TCACTGTTTTCTTTTAGTTTGTGTGATTCCC

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BQ
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AF RR1H223TF U 1
AF RR1BK94TF U 1
AF RR1CR08TF U 1
BS 1 589 RR1BK94TF
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BS 591 777 RR1BK94TF

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CGCCACGTTGGACAACCAAGACGATCTGACGAGATCCAAGAGCTTGACCGGCGACGATCT
CGAAGACCTCAAGGGTTGTCTGGATCTAGGGTTTGGTTTCAGCTACGACGAGATCCCTGA
GCTCTGCAGCACTTTACCTGCTCTAGAGCTTTGCTATTCCATGAGTCAGAGATTCTCAGA
CGACAACAAGCAGAACAGTGCCAACAACAACAACAAGTCTTCACCGGAAAATTCGTCGGT
GGACGATTCTCCGGCGCCTCCTATTGCCAACTGGAAGATATCTAGCCCCGGTGATCATCC
GGATGATGTGAAAGCTCGGCTCAAGTACTGGGCACAAGCCGTTGCCTGTACTGTCCAATT
GTGCAGCTGAATGATTCATTGTCACGTCTGAA

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1BK94TF 777 0 0
GGAGACTCGAATCACACAAACTAAAAGAAAACAGTGAGTGATGGCTTGTGTTCGTTACAA
ATCATCAGATCCATGTCAATGCAAACCTCGCATTGCTTCCGACGAGAGTAGTAAGAAGCT
GGAGAAGAAGAATAAGAAGAAGAAGAGCCACGTGTTGCTAGAAGGCTACGTTGAGAATCT
CGCCACGTTGGACAACCAAGACGATCTGACGAGATCCAAGAGCTTGACCGGCGACGATCT
CGAAGACCTCAAGGGTTGTCTGGATCTAGGGTTTGGTTTCAGCTACGACGAGATCCCTGA
GCTCTGCAGCACTTTACCTGCTCTAGAGCTTTGCTATTCCATGAGTCAGAGATTCTCAGA
CGACAACAAGCAGAACAATGCCAACAACAACAACAAGTCTTCACCGGAAAATTCGTCGGT
GGACGATTCTCCGGCGCCTCCTATTGCCAACTGGAAGATATCTAGCCCCGGTGATCATCC
GGATGATGTGAAAGCTCGGCTCAAGTACTGGGCACAAGCCGTTGCCTGTACTGTCCAATT
GTGCAGCTGAATGATTCATTGTCACGTCTGAAGCAGGAACTCTAGTGAAGATGTGATATT
TACATGAACATTATCTCACGCACTGTTTAGCTGAGAAGAGATCACAGAAAGGCATTGAAA
GGTCTGAAATTTAACTGAACACCTAGTAGTATGATTTTTATTATCATTCCATCTATATCC
GTAGTAGTATCAAGTCTAATAATTTTTGTGACGGAAAATAAATGTATCATTGAAAAA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1CR08TF 772 0 0
GGAGACTCGAATCACACAAACTAAAAGAAAACAGTGAGTGATGGCTTGTGTTCGTTACAA
ATCATCAGATCCATGTCAATGCAAACCTCGCATTGCTTCCGACGAGAGTAGTAAGAAGCT
GGAGAAGAAGAATAAGAAGAAGAAGAGCCACGTGTTGCTAGAAGGCTACGTTGAGAATCT
CGCCACGTTGGACAACCAAGACGATCTGACGAGATCCAAGAGCTTGACCGGCGACGATCT
CGAAGACCTCAAGGGTTGTCTGGATCTAGGGTTTGGTTTCAGCTACGACGAGATCCCTGA
GCTCTGCAGCACTTTACCTGCTCTAGAGCTTTGCTATTCCATGAGTCAGAGATTCTCAGA
CGACAACAAGCAGAACAATGCCAACAACAACAACAAGTCTTCACCGGAAAATTCGTCGGT
GGACGATTCTCCGGCGCCTCCTATTGCCAACTGGAAGATATCTAGCCCCGGTGATCATCC
GGATGATGTGAAAGCTCGGCTCAAGTACTGGGCACAAGCCGTTGCCTGTACTGTCCAATT
GTGCAGCTGAATGATTCATTGTCACGTCTGAAGCAGGAACTCTAGTGAAAATGTGATATT
TACATGAACATTATCTCACGCACTGTTTAGCTGAGAAGAGATCTCAGAAAGGCATTGAAA
GGTCTGAAATTTAACTGAACACCTAGTAGTATGATTTTTATTATCATTCCATCTATATCC
GTAGTAGTATCAAGTCTAATAATTTT*GTGACGGAAA*TAAATGTATCATTG

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 8

CO CL574Contig1 672 8 6 U
GGAAATCGGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGA
ACTTTCTGAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACA
AGAGATCGTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTAT
ATTTGATAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGATCCTCTTCA
AACGCACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTTGTGAGGAAGGGAGGAGCCA
CTTTGAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATG
GCCTCGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCTCTTCTTCTTCATTAT
TATTACAAACCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAGTT
TTCCCGAAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCGCGATAGCTTGTTTCGAGATACAATTGTTT
TGAGCTGTTCAACTTATATGCTCTGCAACTGCAAGAGATAGTCTCTGTTAAGTCTGCACA
CTGTATTTGCTCTGCAACTGCGTTAATCACATTCACCCGAACTGTGTGTTGTTGTTCAGG
TGATTTTGTATG


BQ
30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1BN34JQ C 185
AF RR1BN34TF U 185
AF RR1A484TF U 1
AF RR1CQ15TF U 5
AF RR1AP16TF U 1
AF RR1E481TF U 1
AF RR1AP16JQ C 1
AF RR1G171TF U 484
BS 1 37 RR1A484TF
BS 38 38 RR1CQ15TF
BS 39 565 RR1A484TF
BS 566 655 RR1CQ15TF
BS 656 659 RR1AP16TF
BS 660 672 RR1G171TF

RD RR1BN34JQ 324 0 0
GATAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACATCTTTTCCGATCCTCTTCAAACG
CACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTTGTGAGGAAGGGAGGAGCCACTTT
GAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATGGCCT
CGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCTCTTCTTCTTCATTATTATT
ACAACCCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAGTTTTCC
CGAAACCGTAAGAGTGTGTTCGA
G

QA 1 323 1 323
DS 

RD RR1BN34TF 324 0 0
GATAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACATCTTTTCCGATCCTCTTCAAACG
CACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTTGTGAGGAAGGGAGGAGCCACTTT
GAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATGGCCT
CGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCTCTTCTTCTTCATTATTATT
ACAACCCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAGTTTTCC
CGAAACCGTAAGAGTGTGTTCGA
G

QA 1 323 1 323
DS 

RD RR1A484TF 565 0 0
GGAAATCGGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAAACGACGTTCGTGTCATCGACGA
ACTTTCTGAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACA
AGAGATCGTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTAT
ATTTGATAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGATCCTCTTCA
AACGCACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTTGTGAGGAAGGGAGGAGCCA
CTTTGAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATG
GCCTCGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCTCTTCTTCTTCATTAT
TATTACAAACCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAGTT
TTCCCGAAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCGCGATAGCTTGTTTCGAGATACAATTGTTT
TGAGCTGTTCAACTTATATGCTCTG

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1CQ15TF 651 0 0
GG
CGGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGAACTTTC
TGAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACAAGAGAT
CGTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTATATTTGA
TAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGATCCTCTTCAAACGCA
CCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTTGTGAGGAAGGGAGGAGCCACTTTGA
GGGCCAACGCGGCGAGGAAGGATCAAGTTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATGGCCTCG
GCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCTCTTCTTCTTCATTATTATTAC
AAACCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAGTTTTCCCG
AAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCGCGATAGCTTGTTTTGAGATACAATTGTTTTGAGCT
GTTCAACTTATATGCTCTGCAACTGCAAGAGATAGTCTCTGTTAAGTCTGCACACTGTAT
TTGCTCTGCAACTGCGTTAATCACATTCACCCGAACTGTGTGTTGTTGT

QA 3 651 3 651
DS 

RD RR1AP16TF 670 0 0
GGAAATCGGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGA
ACTTTCTGAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACA
AGAGATCGTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTAT
ATTTGATAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGATCCTCTTCA
AACGCACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTTGTGAGGAAGGGAGGAGCCA
CTTTGAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATG
GCCTCGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCTCTTCTTCTTCATTAT
TATTACAAACCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAGTT
TTCCCGAAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCGCGATAGCTTGTTTCGAGATACAATTGTTT
TGAGCTGTTCAACTTATATGCTCTGCAACTGCAAGAGATAGTCTCTGTTAAGTCTGCACA
CTGTATTTGCTCTGCAACTGCGTTAATCACATTCACCCGAACTGTGTGTTGTTGTTCAG
TGATTTTGTAC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1E481TF 661 0 0
GGAAATCGGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGA
ACTTTCTGAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACA
AGAGATCGTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTAT
ATTTGATAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGATCCTCTTCA
AACGCACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTTGTGAGGAAGGGAGGAGCCA
CTTTGAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATG
GCCTCGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCTCTTCTTCTTCATTAT
TATTACAAACCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAGTT
TTCCCGAAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCGCGATAGCTTGTTTCGAGATACAATTGTTT
TGAGCTGTTCAACTTATATGCTCTGCAACTGCAAGAGATAGTCTCTGTTAAGTCTGCACA
CTGTATTTGCTCTGCAACTGCGTTAATCACATTCACCCGAACTGTGTGTTGTTGTTCA
CGT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1AP16JQ 671 0 0
GGAAATCGGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGA
ACTTTCTGAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACA
AGAGATCGTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTAT
ATTTGATAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGATCCTCTTCA
AACGCACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTTGTGAGGAAGGGAGGAGCCA
CTTTGAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATG
GCCTCGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCTCTTCTTCTTCATTAT
TATTACAAACCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAGTT
TTCCCGAAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCGCGATAGCTTGTTTCGAGATACAATTGTTT
TGAGCTGTTCAACTTATATGCTCTGCAACTGCAAGAGATAGTCTCTGTTAAGTCTGCACA
CTGTATTTGCTCTGCAACTGCGTTAATCACATTCACCCGAACTGTGTGTTGTTGTTCAGG
TGATTTTGTA
C

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1G171TF 189 0 0
G
CGAAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCGCGATAGCTTGTTTCGAGATACAATTGTTTTGAG
CTGTTCAACTTATATGCTCTGCAACTGCAAGAGATAGTCTCTGTTAAGTCTGCACACTGT
ATTTGCTCTGCAACTGCGTTAATCACATTCACCCGAACTGTGTGTTGTTGTTCAGGTGAT
TTTGTATG

QA 2 189 2 189
DS 



AS 1 9

CO CL575Contig1 890 9 12 U
GGAAGAGAAAGAAAAAAAAAGCTAGAAGAATTCAAAAGATGTATAATCAAGAACAACATC
CTGTCGGTGCTCCTCCTCCCCAAGGGTATCCTCCGAAGGACGGTTATCCTCCGGCTGGCT
ATCCTGCCGCCGGTTATCCACCACCGGGATATGGTCAGGCATACCCTGCTCAAGGTTATC
CTCCACCTCAATACTCTCAAGCTCCGCAGCAAAAGCAACAAGCTGGTATGCTTGAAGGAT
GTTTGGCTGCGCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATCGGTAAATTTAT
CAGTTCAACGATTTATTTTCCTTTGCATGTAATGAAAAAGACATACTTGTGTCTCGTTAA
ACAATCTGTTGTTTATTTTCTTTCTTTTCGTATTTGTCTTTTAAACTTTTGTATCTTATG
GATTAATTACTCGACTATGAAGTCACTTTCTCTACCGCCGCCTCGCCACTTCTGCGTTGA
TACCACTGCTTTAGTGGTATCAACGCAGAGTACATCCCAGCGAATCTTTCACGGTACATA
ACATTACGCTCTGTCTCAAAATACTGTAACGCTGAAGTGCAGTTGTTTACCCCCAAGAAT
ATCACAAGGCCATAGATGGCTCCAAGAACTGTGAACAAATCTGTTGAGTATCTATCTTTT
GGCCTTGCTTCCAGAAGAGTAAACCAAAGATCAAAGAAGAGATTAGAGTGTGAAAGATTC
GCATCAAGTTGTAAGCAGGGCTTCTCCAGTAAGACAAACTCATCTTCCATAGACAAGATT
TGAACTGTTCCCACCAGCTCTGAGCAAAAGTTCTCTCGAAATGCAAATCGCTTGACTCGG
TATCCGGCTTGCTCAGCTCTTTAGCAAGTTCAGAGTTGCTCCTGCAACAG


BQ
30 30 30 30 30 30 40 40 40 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 20 20 40 40 10 10 10 40 10 10 10 10 10 10 10 10 40 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ10TF U 30
AF RR1EU19JQ C 1
AF RR1GS35JQ C 1
AF RR1GS35TF U 1
AF RR1EU19TF U 1
AF RR1GN36JQ C 5
AF RR1GN36TF U 5
AF RR1D107TF U 9
AF RR1D107JQ C 335
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BS 30 219 RR1DZ10TF
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BS 284 284 RR1GS35TF
BS 285 305 RR1DZ10TF
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BS 440 456 RR1EU19TF
BS 457 734 RR1D107TF
BS 735 890 RR1D107JQ

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CCTCCGAAGGACGGTTATCCTCCGGCTGGCTATCCTGCCGCCGGTTATCCACCACCGGGA
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CAAAAGCAACTAGCTGGTATGCTTGAAGGATGTTTGGCTGCGCTCTGCTGTTGCTGTCTC
TTGGATGCTTGTTTTTGATCGGTAAATTTATCAGTT
TGACGA

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DS 

RD RR1EU19JQ 456 0 0
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CTGTCGGTGCTCCTCCTCCCCAAGGGTATCCTCCGAAGGACGGTTATCCTCCGGCTGGCT
ATCCTGCCGCCGGTTATCCACCACCGGGATATGGTCAGGCATACCCTGCTCAAGGTTATC
CTCCACCTCAATACTCTCAAGCTCCGCAGCAAAAGCAACAAGCTGGTATGCTTGAAGGAT
GTTTGGCTGCGCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATCGGTAAATTTAT
CAGTTCAACGATTTATTTTCCTTTGCATGTAATGAAAAAGACATACTTGTGTCTCGTTAA
ACAATCTGTTGTTTATTTTCTTTCTTTTCGTATTTGTCTTTTAAACTTTTGTATCTTATG
GATTAATTACTCGACTATGAAGTCACTTTCTCTACC

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1GS35JQ 439 0 0
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CTGTCGGTGCTCCTCCTCCCCAAGGGTATCCTCCGAAGGACGGTTATCCTCCGGCTGGCT
ATCCTGCCGCCGGTTATCCACCACCGGGATATGGTCAGGCATACCCTGCTCAAGGTTATC
CTCCACCTCAATACTCTCAAGCTCCGCAGCAAAAGCAACAAGCTGGTATGCTTGAAGGAT
GTTTGGCTGCGCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATCGGTAAATTTAT
CAGTTCAACGATTTATTTTCCTTTGCATGTAATGAAAAAGACATACTTGTGTCTCGTTAA
ACAATCTGTTGTTTATTTTCTTTCTTTTCGTATTTGTCTTTTAAACTTTTGTATCTTATG
GATTAATTACTCGACTATG

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR1GS35TF 439 0 0
GGAAGAGAAA*AAAAAAAAAGCTAGAAGAATTCAAAAGATGTATAATCAAGAACAACATC
CTGTCGGTGCTCCTCCTCCCCAAGGGTATCCTCCGAAGGACGGTTATCCTCCGGCTGGCT
ATCCTGCCGCCGGTTATCCACCACCGGGATATGGTCAGGCATACCCTGCTCAAGGTTATC
CTCCACCTCAATACTCTCAAGCTCCGCAGCAAAAGCAACAAGCTGGTATGCTTGAAGGAT
GTTTGGCTGCGCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATCGGTAAATTTAT
CAGTTCAACGATTTATTTTCCTTTGCATGTAATGAAAAAGACATACTTGTGTCTCGTTAA
ACAATCTGTTGTTTATTTTCTTTCTTTTCGTATTTGTCTTTTAAACTTTTGTATCTTATG
GATTAATTACTCGACTATG

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR1EU19TF 456 0 0
GGAAGAGAAAGAAAAAAAAAGCTAGAAGAATTCAAAAGATGTATAATCAAGAACAACATC
CTGTCGGTGCTCCTCCTCCCCAAGGGTATCCTCCGAAGGACGGTTATCCTCCGGCTGGCT
ATCCTGCCGCCGGTTATCCACCACCGGGATATGGTCAGGCATACCCTGCTCAAGGTTATC
CTCCACCTCAATACTCTCAAGCTCCGCAGCAAAAGCAACAAGCTGGTATGCTTGAAGGAT
GTTTGGCTGCGCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATCGGTAAATTTAT
CAGTTCAACGATTTATTTTCCTTTGCATGTAATGAAAAAGACATACTTGTGTCTCGTTAA
ACAATCTGTTGTTTATTTTCTTTCTTTTCGTATTTGTCTTTTAAACTTTTGTATCTTATG
GATTAATTACTCGACTATGAAGTCACTTTCTCTACC

QA 1 456 1 456
DS 

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GG
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CCGCCGGTTATCCACCACCGGGATATGGTCAGGCATACCCTGCTCAAGGTTATCCTCCAC
CTCAATACTCTCAAGCTCCGCAGCAAAATCAACAAGCTGGTATGCTTGAAGGATGTTTGG
CTGCGCTCTGCTGTTGCTGTTTCTTGGATGCTTGTTTCTGATCGGTAAATTTATCAGTTC
AACGATTTATTTTCCTTTGCATGTAATGAAAAAGACATACTTGTGTCTCGTTAAACAATC
TGTTGTTTATTTTCTTTCTTTTCGTATTTGTCTTTTAAACTTTTGTATCTTATGGATTAA
TTACTCGACTATGAAGTCACTTTCTCTACC
ATTTACG

QA 3 452 3 452
DS 

RD RR1GN36TF 459 0 0
GG
GAAAGAAAAAAAAAGCTAGAAGAATTCAAAAGATGTATAATCAAGAACAACATCCTGTCG
GTGCTCCTCCTCTCCAAGGGTATCCTCCGAAGGACGGTTATCCTCCGGCTGGCTATCCTG
CCGCCGGTTATCCACCACCGGGATATGGTCAGGCATACCCTGCTCAAGGTTATCCTCCAC
CTCAATACTCTCAAGCTCCGCAGCAAAATCAACAAGCTGGTATGCTTGAAGGATGTTTGG
CTGCGCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATCGGTAAATTTATCAGTTC
AACGATTTATTTTCCTTTGCATGTAATGAAAAAGACATACTTGTGTCTCGTTAAACAATC
TGTTGTTTATTTTCTTTCTTTTCGTATTTGTCTTTTAAACTTTTGTATCTTATGGATTAA
TTACTCGACTATGAAGTCACTTTCTCTACC
ATTTACG

QA 3 452 3 452
DS 

RD RR1D107TF 726 0 0
G
AGAAAAAAAAAGCTAGAAGAATTCAAAAGATGTATAATCAAGAACAACATCCTGTCGGTG
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CCGGTTATCCACCACCGGGATATGGTCAGGCATACCCTGCTCAAGGTTATCCTCCACCTC
AATGCTCTCAAGCTCCGCAGCAAAAGCAACAAGCTGGTATGCTTGAAGGATGTTTGGCTG
CGCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATCGTTAAATTTATCAGTTCAAC
GATTTATTTTCCTTTGCATGTAATGAAAAAGACATACTTGTGTCTCGTTAAACAATCTGT
TGTTTATTTTCTTTCTTTTCGTATTTGTCTTTTAAACTTTTGTATCTTATGGATTAATTA
CTCGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCGCCTCGCCACTTCTGCGTTGATACCACTGC
TTTAGTGGTATCAACGCAGAGTACATCCCAGCGAATCTTTCACGGTACATAACATTACGC
TCTGTCTCAAAATACTGTAACGCTGAAGTGCAGTTGTTTACCCCCAAGAATATCACAAGG
CCATAGATGGCTCCAAGAACTGTGAACAAATCTGTTGAGTATCTATCTTTTGGCCTTGCT
TCCAGAAGAGTAAACCAAAGATCAAAGAAGAGATTAGAGTGTGAAAGATTCGCATCAAGT
TGTAA

QA 2 726 2 726
DS 

RD RR1D107JQ 556 0 0
AAAAAGACATACTTGTGTCTCGTTAAACAATCTGTTGTTTATTTTCTTTCTTTTCGTATT
TGTCTTTTAAACTTTTGTATCTTATGGATTAATTACTGGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AGGCCGCCTCGCCACT*CTGCGTTGATACCACTGCTTTAGTGGTATCAACGCAGAGTACA
TCCCAGCGAATCTTTCACGGTACATAACATTACGCTCTGTCTCAAAATACTGTAACGCTG
AAGTGCAGTTGTTTACCCCCAAGAATATCACAAGGCCATAGATGGCTCCAAGAACTGTGA
ACAAATCTGTTGAGTATCTATCTTTTGGCCTTGCTTCCAGAAGAGTAAACCAAAGATCAA
AGAAGAGATTAGAGTGTGAAAGATTCGCATCAAGTTGTAAGCAGGGCTTCTCCAGTAAGA
CAAACTCATCTTCCATAGACAAGATTTGAACTGTTCCCACCAGCTCTGAGCAAAAGTTCT
CTCGAAATGCAAATCGCTTGACTCGGTATCCGGCTTGCTCAGCTCTTTAGCAAGTTCAGA
GTTGCTCCTGCAACAG

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 8

CO CL576Contig1 1543 8 21 U
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AGAATAGAGATCACGCGTTTCTATCTCCACCGACAACAACAATGGCGAACGGAGCCGATC
GATTGGATCTGGACGGGAGGCCGATCAAGCCGATGACGATATGCATGATCGGCGCCGGTG
GATTCATCGGCTCTCACCTCTGCGAGAAGCTCATGAACGAGACTCCACACAAGGTCCTCG
CGCTCGACGTCTACAACGACAAGATCAAGCACTTGCTGGAGCCTGATACTTCTCAGTGGG
CCGAGCGGATCCAGTTCCATCGCATCAACATCAAGCACGATTCCAGACTCGAGGGACTCG
TCAAGATGGCAGATCTGACGATCAATCTAGCTGCGATCTGTACACCAGCGGATTACAATA
CGCGTCCTCTTGACACTATCTACAGCAATTTCATCGACGCTCTCCCTGTGGTTAAGTACT
GCTCTGAGAACAACAAGCGTTTGATTCACTTCTCCACTTGTGAAGTCTATGGGAAAACTA
TAGGAAGCTTTCTTCCCAAGGATCATCCTCTGCGTCAGGATCCTGATTTTTATGTACTCA
AAGAAGATACATCCCCTTGCATATTTGGTTCTATTGAGAAGCAGAGGTGGTCTTATGCTT
GCGCCAAGCAACTTATTGAGAGACTTGTCTACGCTGAGGGTGCTGAAAACGGACTTGAGT
TCACCATTGTTAGACCTTTTAACTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCTGGCATTG
ATGGTCCTAGCGAGGGTGCTCCTCGTGTCCTAGCATGCTTTAGCAACAACCTTCTGCGGC
GAGAGCCTCTCAAGCTTGTGGATGGTGGAGAATCACAGAGAACCTTCATCTACATCAAAG
ATGCTATTGAAGCTGTCCTTTTGATGATTGAAAATCCAGAGAGAGCAAATGGGCATATCT
TCAATGTAGGCAACCCAAACAACGAAGTGACAGTAAGACAACTTGCTGAAATGATGACTG
AGGTCTACTCAAAAGTGAGTGGAGAGACGGCGATTGAGAGTCCAACGATAGACGTGAGCT
CCAAAGAATTTTATGGAGAAGGTTATGATGACAGCGACAAGAGAATCCCAGACATGACCA
TCATAAACCGTCAACTTGGATGGAACCCGAAGACGTCTCTCTGGGACTTGCTGGAGTCGA
CCTTAACTTACCAGCATAGGACCTATGCGGAAGCTGTTAAGAAGGCCACTTCAAAACCAG
TCGCATCTTAGAGGTCATCACCTCGAATCATTTGGTGGCTACCATTCCATTCTTTTTGCT
TTTTTTCTTCTTCTAAATTTCACCCAATATTCCCTTAAAATAGGCTATTCTAAACGAATG
ATTATAATATCATATGGTGGTTTGGGTACTAGTTTTCGTTTGATTGTAATAGTAATTACT
GATAATTTCTTTTGAACTCGTTAAAATGCTTCATATCTTTGTATTTTGTCCGAAACTAAA
AAAGGGAATGGTTTGTTCAAACTATAACATTCATATTTTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DU10TF U 1
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AF RR1ES11TF U 405
AF RR1FT83JQ C 941
AF RR1FT83TF U 941
AF RR1GB45TF U 866
AF RR1GB45JQ C 1351
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BS 955 1077 RR1ES11TF
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AGAATAGAGATCACGCGTTTCTATCTCCACCGACAACAACAATGGCGAACGGAGCCGATC
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GATTCATCGGCTCTCACCTCTGCGAGAAGCTCATGAACGAGACTCCACACAAGGTCCTCG
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CCGAGCGGATCCAGTTCCATCGCATCAACATCAAGCACGATTCCAGACTCGAGGGACTCG
TCAAGATGGCAGATCTGACGATCAATCTAGCTGCGATCTGTACACCAGCGGATTACAATA
CGCGTCCTCTTGACACTATCTACAGCAATTTCATCGACGCTCTCCCTGTGGTTAAGTACT
GCTCTGAGAACAACAAGCGTTTGATTCACTTCTCCACTTGTGAAGTCTATGGAAAAACTA
TAGGGAGCTTTCTTCCCAAGGATCATCCTCTGCGTCAGGATCCTGATTTTTATGTACTCA
AAGAAGATACATCCCCTTGCATATTTGGTTCTATTGAGAAGCAGAG*TGGTCTTATGCTT
GCGCCAAGCAACTTGTTGAGAGACTTGTCTACGCTGAGGGTGCTGAAAACGGACTTGAGT
TCACCATTGTTAGACCTTTTAACTGGAT
GGAC

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DS 

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G
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GTACTGCTCTGAGAACAACAAGCGTTTGATTCACTTCTCCACTTGTGAAGTCTATGGGAA
AACTATAGGAAGCTTTCTTCCCAAGGATCATCCTCTGCGTCAGGATCCTGATTTTTATGT
ACTCAAAGAAGATACATCCCCTTGCATATTTGGTTCTATTGAGAAGCAGAGGTGGTCTTA
TGCTTGCGCCAAGCAACTTATTGAGAGACTTGTCTACGCTGAGGGTGCTGAAAACGGACT
TGAGTTCACCATTGTTAGACCTTTTAACTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCTGG
CATTGATGGTCCTAGCGAGGGTGCTCCTCGTGTCCTAGCATGCTTTAGCAACAACCTTCT
GCGGCGAGAGCCTCTCAAGCTTGTGGATGGTGGAGAATCACAGAGAACCTTCATCTACAT
CAAAGATGCTATTGAAGCTGTCCTTTTGATGATTGAAAATCCAGAGAGAGCAAATGGGC

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DS 

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G
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CTGTGGTTAAGTACTGCTCTGAGAACAACAAGCGTTTGATTCACTTCTCCACTTGTGAAG
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GGTGGTCTTATGCTTGCGCCAAGCAACTTATTGAGAGACTTGTCTACGCTGAGGGTGCTG
AAAACGGACTTGAGTTCACCATTGTTAGACCTTTTAACTGGATTGGACCTAGGATGGATT
TCATCCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGAGGGTGTTCCTCGTGTCCTAGCATGCTTTAGCA
ACAACCTTCTGCGGCGAGAGCCTCTCAAGCTTGTGGATGGTGGAGAATCACAGAGAACCT
TCATCTACATCAAAGATGCTATTGAAGCTGTCCTTTTGATGATTGAAAATCCAGAGAGAG
CAAATGGGCATATCTTCAATGTAGGCAACCCAAACAACGAAGTGACAGTAAGACAACTTG
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CGATAGACGTGA

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CTGGGACTTGCTGGAGTCGACCTTAACTTACCAGCATAGGACCTATGCGGAAGCTGTTAA
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DS 

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ACTTGCTGAAATGATGACTGAGGTCTACTCAAAAGTGAGTGGAGAGACGGCGATTGAGAG
TCCAACGATAGACGTGAGCTCCAAAGAATTTTATGGAGAAGGTTATGATGACAGCGACAA
GAGAATCCCAGACATGACCATCATAAACCGTCAACTTGGATGGAACCCGAAGACGTCTCT
CTGGGACTTGCTGGAGTCGACCTTAACTTACCAGCATAGGACCTATGCGGAAGCTGTTAA
GAAGGCCACTTCAAAACCAGTCGCATCTTAGAGGTCATCACCTCGAATCATTTGGTGGCT
ACCATTCCATTCTTTTTGCTTTTTTTCTTCTTCTAAATTTCACCCAATATTCCCTTAAAA
TAGGCTATTCTAAACGAATGATTATAATATCATATGGTGGTTTGGGTACTAGTTTTCGTT
TGATTGTAATAGTAATTACTGATAATTTCTTTTGAACTCGTTAAAATGCTTCATATC

QA 1 537 1 537
DS 

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G
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ATTGAAAATCCAGAGAGAGCAAATGGGCATATCTTCAATGTAGGCAACCCAAACAACGAA
GTGACAGTAAGACAACTTGCTGAAATGATGACTGAGGTCTACTCAAAAGTGAGTGGAGAG
ACGGCGATTGAGAGTCCAACGATAGACGTGAGCTCCAAAGAATTTTATGGAGAAGGTTAT
GATGACAGCGACAAGAGAATCCCAGACATGACCATCATAAACCGTCAACTTGGATGGAAC
CCGAAGACGTCCCTCTGGGACTTGCTGGAGTCGACCTTAACTTACCAGCATAGGACCTAT
GCGGAAGCTGTTAAGAAGGCCACTTCAAAACCAGTCGCATCTTAGAGGTCATCACCTCGA
ATCATTTGGTGGCTACCATTCCATTCTTTTTGCTTTTTTTCTTCTTCTAAATTTCACTCA
ATATTCCCTTAAAATAGGCTATTCTAAACGAATGATTATAATATCATATGATGGTTTGGG
TACTAGTTTTCGTTTGATTGTAATAGTAATTACTGATAATTTCTTTTAAACTCGTTAAAA
TGCTTCATATCTTTGTATTTTGTCCGAAACTAAAAAAGGGAATGGTTTGTTCAAACTATA
ACATTCATA
AAAAAAA

QA 2 670 2 670
DS 

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AGTTTTCGTTTGATTGTAATAGTAATTACTGATAATTTCTTTTAAACTCGTTAAAATGCT
TCATATCTTTGTATTTTGTCCGAAACTAAAAAAGGGAATGGTTTGTTCAAACTATAACAT
TCAT

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR1ES11JQ 626 0 0
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AACAACGAAGTGACAGTAAGACAACTTGCTGAAATGATGACTGAGGTCTACTCAAAAGTG
AGTGGAGAGACGGCGATTGAGAGTCCAACGATAGACGTGAGCTCCAAAGAATTTTATGGA
GAAGGTTATGATGACAGCGACAAGAGAATCCCAGACATGACCATCATAAACCGTCAACTT
GGATGGAACCCGAAGACGTCTCTCTGGGACTTGCTGGAGTCGACCTTAACTTACCAGCAT
AGGACCTATGCGGAAGCTGTTAAGAAGGCCACTTCAAAACCAGTCGCATCTTAGAGGTCA
TCACCTCGAATCATTTGGTGTCTACCATTCCATTCTTTTTGCTTTTTTTCTTCTTCTAAA
TTTCACCCAATATTCCCTTAAAATAGGCTATTCTAAACGAATGATTATAATATCATATGG
TGGTTTGGGTACTAGTTTTCGTTTGATTGTAATAGTAATTACTGATAATTTCTTTTGAAC
TCGTTAAAATGCTTCATATCTTTGTATTTTGTCCGAAACTAAAAAAGGGAATGGTTTGTT
CAAACTATAACATTCATATTTTACAC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 2 9

CO CL577Contig1 937 7 13 U
GGATCTTCTGAAATTCATCAATAACACATTTCTCAACAACAACCAACAATGGCAACTTCC
ATGACCCAACTTTTTGTTACCCTCTTGCTTGTGGCCGCCCACACGGCCTTCGCCGAAACA
AACATGCTTCAAGATCTTTGTGTCGCTGATCTCAAAGGTACCAAAGTAAACGGATACGCA
TGCAAAGACCCATCACAAGTAACACCAGATGATTTCTACTACATAGGCTTAGCCGCCCCT
GCAGACACATCCAACACCGCAATGGGGTCAGCCGTTACAGCAGGCAACGTTGAGAAAATC
CCTGGCCTCAACATGATGGGTACCTCCATGTCTCGTATCGACTACGCACCTGGTGGACTC
AACCCGCCACATCTTCACCCCCGAGCTTCTGAAGCCATATTCGTCCTCGAAGGACGTCTC
TTCGTCGGCTTCTTGACCACCACTGGAAAACTCATCTCCAAACACATCAACAAGGGTGAC
GTCTTTGTATTCCCAAGAGCTCTCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACAACGCTCCTGCC
TCCGTGATTGCTGCTTTCGATAGTCAGAACCCTGGGACTCAAAGTGTTGGACCGTCTCTG
TTTGGTGCTAACCCTCCTATTCCTGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCGGTGTTGAACCA
CAGGTGATTCAGAAGGTTAAGGGAAAATTCCCAGCCAAGAAATGAATATAGGTTTCAGAC
AATACCTAATAATGCAATAATAATAATAATAAAAAATAACGAACATACAAAATTGTAAAT
TACTAAACAAAAGCAAAAAATGCTTGTAAGTTTTGTAATTGTTGTGGATATTCTGTAACT
TTTTTCTGGTCCACTGATTACAATGAGACAAGTTAAAATCATTACTCTTTGTTTTGTCAA
GTTAAATATTTGGTAAACTTTCTGTTTCCATTATGAT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW26TF U 15
AF RR1ED63TF U 5
AF RR1A704TF U 1
AF RR1AW07TF U 15
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AF RR1AW07JQ C 625
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BS 695 937 RR1ED63JQ

RD RR1DW26TF 582 0 0
GG
ATCAATAACACATTTCTCAACAACAACCAACAATGGCAACTTCCATGACCCAACTTTTTG
TTACCCTCTTGCTTGTGGCCGCCCACACGGCCTTCGCCGAAACAAACATGCTTCAAGATC
TTTGTGTCGCTGATCTCAAAGGTACCAAAGTAAACGGATACGCATGCAAAGACCCATCAC
AAGTAACACCAGATGATTTCTACTACATAGGCTTAGCCGCCCCTGCAGACACATCCAACA
CCGCAATGGGGTCAGCCGTTACAGCAGGCAACGTTGAGAAAATCCCTGGCCTCAACATGA
TGGGTACCTCCATGTCTCGTATCGACTACGCACCTGGTGGACTCAACCCGCCACATCTTC
ACCCCCGAGCTTCTGAAGCCATATTCGTCCTCGAAGGACGTCTCTTCGTCGGCTTCTTGA
CCACCACTGGAAAACTCATCTCCAAACACATCAACAAGGGAGACGTCTTTGTATTCCCAA
GAGCTCTCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACGATGCTCCTGC*TCCGTGATTGCTGCTT
TCGATAGTCAGA*CCCTGGGACTCAA
GTGTGGACCGTCTC

QA 3 568 3 568
DS 

RD RR1ED63TF 655 0 0
GG
TCTGAAATTCATCAATAACACATTTCTCAACAACAACCAGCAATGGCAACTTCCATGACC
CAACTTTTTGTTACCCTCTTGCTTGTGGCTGCCCACACGGCCTTCGCCGAAACAAACATG
CTTCAAGATCTTTGTGTTGCTGATCTCAAAGGTACCAAAGTAAACGGATACGCATGCAAA
GACCCATCACAAGTAACACCAGATGATTTCTACTACATAGGCTTAGCCGCCCCTGCAGAC
ACATCCAACACCGCAATGGGGTCAGCCGTTACAGCAGGCAACGTTGAGAAAATCCCTGGC
CTCAACATGATGGGTACCTCCATGTCTCGTATCGACTACGCACCTGGTGGACTCAACCCG
CCACATCTTCACCCCCGAGCTTCTGAAGCCATATTCGTCCTGGAAGGACGTCTCTTCGTC
GGCTTCTTGACCACCACTGGAAAACTCATCTCCAAACACATCAACAAGGGTGACGTCTTT
GTATTCCCAAGAGCTCTCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACAACGCTCCTGCCTCCGTG
ATTGCTGCTTTCGATAGTCAGAACCCTGGGACTCAAAGTGTTGGACCGTCTCTGTTTGGT
GCTAACCCTCCTATTCCTGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCGGTGTTGAACC

QA 3 655 3 655
DS 

RD RR1A704TF 670 0 0
GGATCTTCTGAAATTCATCAATAACACATTTCTCAACAACAACCAACAATGGCAACTTCC
ATGACCCAACTTTTTGTTACCCTCTTGCTTGTGGCCGCCCACACGGCCTTCGCCGAAACA
AACATGCTTCAAGATCTTTGTGTCGCTGATCTCAAAGGTACCAAAGTAAACGGATACGCA
TGCAAAGACCCATCACAAGTAACACCAGATGATTTCTACTACATAGGCTTAGCCGCCCCT
GCAGACACATCCAACACCGCAATGGGGTCAGCCGTTACAGCAGGCAACGTTGAGAAAATC
CCTGGCCTCAACATGATGGGTACCTCCATGTCTCGTATCGACTACGCACCTGGTGGACTC
AACCCGCCACATCTTCACCCCCGAGCTTCTGAAGCCATATTCGTCCTCGAAGGACGTCTC
TTCGTCGGCTTCTTGACCACCACTGGAAAACTCATCTCCAAACACATCAACAAGGGAGAC
GTCTTTGTATTCCCAAGAGCTCTCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACGATGCTCCTGCC
TCCGTGATTGCTGCTTTCGATAGTCAGAACCCTGGGACTCAAAGTGTTGGACCGTCTCTG
TTTGGTGCTAACCCTCCTATTCCCGATGACTTGCTTGCCAAG*CGTTCGGTGTTGAACCA
CAG
TGATTCA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1AW07TF 680 0 0
GG
ATCAATAACACATTTCTCAACAACAACCAGCAATGGCAACTTCCATGACCCAACTTTTTG
TTATCCTCTTGCTTGTGGCTGCCCACACGGCCTTCGCCGAAACAAACATGCTTCAAGATC
TTTGTGTTGCTGATCTCAAAGGTACCAAAGTAAACGGATACGCATGCAAAGACCCATCAC
AAGTAACACCAGATGATTTCTACTACATAGGCTTAGCCGCCCCTGCAGACACATCCAACA
CCGCAATGGGGTCAGCCGTTACAGCAGGCAACGTTGAGAAAATCCCTGGCCTCAACATGA
TGGGTACCTCCATGTCTCGTATCGACTACGCACCTGGTGGACCCAACCCGCCACATCTTC
ACCCCCGAGCTTCTGAAGCCATATTCGTCCTGGAAGGACGTCTCTTCGTCGGCTTCTTGA
CCACCACTGGAAAACTCATCTCCAAACACATCAACAAGGGTGACGTCTTTGTATTCCCAA
GAGCTCTCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACAACGCTCCTGCCTCCGTGATTGCTGCTT
TCGATAGTCAGAACCCTGGGACTCAAAGTGTTGGACCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTC
CTATTCCTGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCGGTGTTGAACCACAGGTGATTCAGAAGG
TTAAGGGAAAATTCCCAG

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR1C542TF 655 0 0
GG
AATAACACATTTCTCAACAACAACTAACAATGGCAACTTCCATGACCCAACTTTTTGTTA
CCCTCTTGCTTGTGGCCGCCCACACGGCCTTCGCCGAAACAAACATGCTTCAAGATCTTT
GTGTCGCTGATCTCAAAGGTACCAAAGTAAACGGATACGCATGCAAAGACCCATCACAAG
TAACACCAGATGATTTCTACTACATAGGCTTAGCCGCCCCTGCAGACACATCCAACACCG
CAATGGGGTCAGCCGTTACAGCAGGCAACGTTGAGAAAATCCCTGGCCTCAACATGATGG
GTACCTCCATGTCTCGTATCGACTACGCACCTGGTGGACTCAACCCGCCACATCTTCACC
CCCGAGCTTCTGAAGCCATATTCGTCCTCGAAGGACGTCTCTTCGTCGGCTTCTTGACCA
CCACTGGAAAACTCATCTCCAAACACATCAACAAGGGAGACGTCCTTGTATTCCCAAGAG
CTCTCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACGATGCTCCTGCCTCCGTGATTGCTGCTTTCG
ATAGTCAGAACCCTGGGACTCAAAGTGTTGGACCGTCTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCTA
TTCCCGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCGGTGTTGAACCACAGGTGATTCAG

QA 3 655 3 655
DS 

RD RR1AW07JQ 206 0 0
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AAATTCCCAGCCAAGAAATGAATATAGGTTTCAGACAATACCTAATAATGCAATAATAAT
AATAA***AAAATAACGAACATACAAAATTGTAAATTACTAAACAAAAGCAAAAAATGCT
TGTAAGTTTTGTAATTGTTGTGGATA

QA 1 206 1 206
DS 

RD RR1ED63JQ 517 0 0
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GTCTTTGTATTCCCAAGAGCTCTCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACAACGCTCCTGCC
TCCGTGATTGCTGCTTTCGATAGTCAGAACCCTGGGACTCAAAGTGTTGGACCGTCTCTG
TTTGGTGCTAACCCTCCTATTCCTGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCGGTGTTGAACCA
CAGGTGATTCAGAAGGTTAAGGGAAAATTCCCAGCCAAGAAATGAATATAGGTTTCAGAC
AATACCTAATAATGCAATAATAATAATAATAAAAAATAACGAACATACAAAATTGTAAAT
TACTAAACAAAAGCAAAAAATGCTTGTAAGTTTTGTAATTGTTGTGGATATTCTGTAACT
TTTTTCTGGTCCACTGATTACAATGAGACAAGTTAAAATCATTACTCTTTGTTTTGTCAA
GTTAAATATTTGGTAAACTTTCTGTTTCCATTATGAT

QA 1 517 1 517
DS 



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TATTAGGTCTTGTCTGAAACCTATATTCATTTCTTGGCTGGGAATTTTCCCTTAACCTTC
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GCAATCACGGAGGCAGGAGCATCGTTAGGGTTCTGCTGGAAATGGAGGAGAGCTCTTGGG
AATACAAAGACGTCTCCCTTGTTGATGTGTTTGGAGATGAGTTTTCCAGTGGTGGTCAAG
AAGCCGACGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW26JQ U 1
AF RR1A704JQ U 31
BS 1 75 RR1DW26JQ
BS 76 76 RR1A704JQ
BS 77 373 RR1DW26JQ
BS 374 491 RR1A704JQ

RD RR1DW26JQ 373 0 0
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TTGCTTTTGTTTAGTAACTTACAATTTTGTATGTTCATTATTTGTTTATTATTATTGCAT
TATTAGGTCTTGTCTGAAACCTATATTCATTTCTTGGCTGGGAATTTTCCCTTAACCTTC
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GCAATCACGGAGG

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR1A704JQ 461 0 0
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TTCTTGGCTGGGAATTTTCCCTTAACCTTCTGAATCACCTGTGGTTCAACACCGAACGCC
TTGGCAAGCAAGTCATCGGGAATAGGAGGGTTAGCACCAAACAGAGACGGTCCAACACTT
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TTGGAGATGAGTTTTCCAGTGGTGGTCAAGAAGCCGACGAA

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 9

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**TGGCGACGACAACAGCAGAGGCAACGAAGACATCTACTAATAATGGAGAAGACAAGCA
ATCTCAGAATCTCCGACATCAAGAAGTTGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCT
CTACCAGTATATTCTGGAGACAAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACT
CAGGGAAGTGACAGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGATGAAGGACA
GTTTCTCAACATGCTCATCAAGCTCGTTAACGCCAAGAACACAATGGAGATCGGTGTTTA
CACTGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCCGAAGACGGCAAAATTCTTGC
TATGGATGTTAACAGAGAGAATTACGAATTGGGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCCGGCGT
TGCTCACAAGATCGATTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAAATCGTTGC
TGACGAGAAGAACCATGGAACATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTA
TATCAACTACCATAAGCGTTTGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGCTATGA
CAACACTTTGTGGAACGGTTCTGTCGTTGCTCCTCCTGATGCACCAATGAGGAAGTATGT
TCGTTATTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAGGCTCTTGCTGCTGACCCTAGGAT
TGAGATCTGCATGCTTCCTGTTGGTGATGGAATCACTATCTGCCGTCGGATCAGTTGATT
TGATGCCTCCAACACTCTGAGTTCGTCTGCAGTGGATCAATTCTCCTCTCTCTACTACTA
CCTACCAAATTGGACCACTCATATGTACTTTGTTAAGGCATTGTCTTTTGTTTTTGCTTC
TCTTCTGAACAAAGAAATAATGTACCCTACCTTTCTTGTTTTGTTTGTTTTTCACTTATG
ATACAATATCTAAAACAATATATCACTCATTTAAATTT


BQ
25 25 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 30 5 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 10 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 10 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 25 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 15 30 30 15 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1F782TF U 1
AF RR1C095TF U 63
AF RR1B960TF U 1
AF RR1B911TF U -2
AF RR1EN19TF U 1
AF RR1A741TF U 1
AF RR1EN19JQ C 329
AF RR1B911JQ C 424
AF RR1CK50TF U 500
BS 1 306 RR1A741TF
BS 307 307 RR1F782TF
BS 308 324 RR1A741TF
BS 325 325 RR1F782TF
BS 326 465 RR1A741TF
BS 466 466 RR1F782TF
BS 467 846 RR1A741TF
BS 847 847 RR1CK50TF
BS 848 849 RR1A741TF
BS 850 851 RR1CK50TF
BS 852 872 RR1A741TF
BS 873 879 RR1CK50TF
BS 880 880 RR1EN19JQ
BS 881 898 RR1CK50TF
BS 899 901 RR1EN19JQ
BS 902 936 RR1CK50TF
BS 937 937 RR1EN19JQ
BS 938 1026 RR1CK50TF
BS 1027 1027 RR1EN19JQ
BS 1028 1055 RR1CK50TF
BS 1056 1058 RR1B911JQ

RD RR1F782TF 778 0 0
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**TGGCGACGACAACAGCAGAGGCAACGAAGACATCTACTAATAATGGAGAAGACAAGCA
ATCTCAGAATCTCCGACATCAAGAAGTTGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCT
CTACCAGTATATTCTGGAGACAAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACT
CAGGGAAGTGACAGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGATGAAGGACA
GTTTCTCAACATGCTCATCAAGCTCGTTAACGCCAAGAACACAATGGAGATCGGTGTTTA
CACTGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCCGAAGACGGCAAAATTCTTGC
TATGGATGTTAACAGAGAGAATTACGAATTGGGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCCGGCGT
TGCTCACAAGATCGATTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAAATCGTTGC
TGACGAGAAGAACCATGGAACATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTA
TATCAACTACCATAAGCGTTTGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGTTATGA
CAACACTTTGTGGAATGGTTCTGTCGTTGCTCCTCCTGATGCACCGATGAGGAAGTATGT
TCGTTATTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAG*CTCTTGCTGCTGACC
TAGGA

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1C095TF 695 0 0
G
GGCGACGACAACAGCAGAGGCAACGAAGACATCTACTAATAATGGAGAAGACAAGCAATC
TCAGAATCTCCGACATCAAGAAGTTGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCTCTA
CCAGTATATTCTGGAGACAAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACTCAG
GGAAGTGACAGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGATGAAGGGCAGTT
TCTCAACATGCTCATCAAGCTCGTTAACGCCAAGAACACAATGGAGATCGGTGTTTACAC
TGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCCGAAGACGGCAAAATTCTTGCTAT
GGATGTTAACAGAGAGAATTACGAATTGGGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCCGGCGTTGC
TCACAAGATCGATTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAAATCGTTGCTGA
CGAGAAGAACCATGGAACATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTATAT
CAACTACCATAAGCGTTTGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGTTATGACAA
CACTTTGTGGAATGGTTCTGTCGTTGCTCCTCCTGATGCACCGATTAGGAAGTATGTTCG
TTATTACAGAGACTT*GTTCTTGAGCTTAACAAG

QA 2 695 2 695
DS 

RD RR1B960TF 768 0 0
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**TGGCGACGACAACAGCAGAGGCAACGAAGACATCTACTAATAATGGAGAAGACAAGCA
ATCTCAGAATCTCCGACATCAAGAAGTTGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCT
CTACCAGTATATTCTGGAGACAAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACT
CAGGGAAGTGACAGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGATGAAGGACA
GTTTCTCAACATGCTCATCAAGCTCGTTAACGCCAAGAACACAATGGAGATCGGTGTTTA
CACTGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCCGAAGACGGCAAAATTCTTGC
TATGGATGTTAACAGAGAGAATTACGAATTGGGCTTGCCGATCATCGAGAAAGCCGGCGT
TGCTCACAAGATCGATTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAAATCGTTGC
TGACGAGAAGAACCATGGAACATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTA
TATCAACTACCATAAGCGTTTGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGTTATGA
CAACACTTTGTGGAATGGTTCTGTCGTTGCTCCTCCTGATGCACCGATGAGGAAGTATGT
TCGTTATTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAGGCTCTTGCTGC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1B911TF 753 0 0
GGATC
ACCAAAAACCACAATCGTCAACCTCAGCAAAAAGAAAACACATACAGAGAGAGAGAGAGA
TGGCGACGACAACAGCAGAGGCAACGAAGACATCTACTAATAATGGAGAAGACAAGCAAT
CTCAGAATCTCCGACATCAAGAAGTTGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCTCT
ACCAGTATATTCTGGAGACAAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACTCA
GGGAAGTGACAGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGATGAAGGACAGT
TTCTGAACATGTTCATCAAGCTTGTTAACGCCAAGAACACAATGGAGATCGGTGTTTACA
CTGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCCGAAGACGGCAAAATTCTTGCTA
TGGATGTTAACAGAGAGAATTACGAATTGGGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCCGGCGTTG
CTCACAAGATCGATTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAAATCGTTGCTG
ACGAGAAGAACCATGGAACATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTATA
TCAACTACCATAAGCGTTTGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGCTATGACA
ACACTTTGTGGAACGGTTCTGTCGTTGCTCCTCCTGATGCACCAATGAGGAAGTATGTTC
GTTATTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCT

QA 6 753 6 753
DS 

RD RR1EN19TF 793 0 0
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GATGGCGACGACAACAGCAGAGGCAACGAAGACATCTACTAATAATGGAGAAGACAAGCA
ATCTCAGAATCTCCGACATCAAGAAGTTGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCT
CTACCAGTATATTCTGGAGACAAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACT
CAGGGAAGTGACAGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGATGAAGGACA
GTTTCTGAACATGCTCATCAAGCTTGTTAACGCCAAGAACACAATGGAGATCGGTGTTTA
CACTGGCC*CTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCCGAAGACGGCAAAATTCTTGC
TATGGATGTTAACAGAGAGAATTACGAATTGGGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCCGGCGT
TGCTCACAAGATCGATTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAAATCGTTGC
TGACGAGAAGAACCATGGAACATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTA
TATCAACTACCATAAGCGTTTGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGCTATGA
CAACACTTTGTGGAACGGTTCTGTCGTTGCTCCTCCTGATGCACCAATGAGGA*GTATGT
TCGTTATTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAG*CTCTTGCTGCTGACC*TAGGAT
*GAGATCTGCATG

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1A741TF 872 0 0
GGACCAAAAACCACAATCGTCAACCTCAGCAAAAAGAAAACACATACAGAGAGAGAGAGA
**TGGCGACGACAACAGCAGAGGCAACGAAGACATCTACTAATAATGGAGAAGACAAGCA
ATCTCAGAATCTCCGACATCAAGAAGTTGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCT
CTACCAGTATATTCTGGAGACAAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACT
CAGGGAAGTGACAGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGATGAAGGACA
GTTTCTGAACATGCTCATCAAGCTTGTTAACGCCAAGAACACAATGGAGATCGGTGTTTA
CACTGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCCGAAGACGGCAAAATTCTTGC
TATGGATGTTAACAGAGAGAATTACGAATTGGGTTTGCCGATCATTGAGAAAGCCGGCGT
TGCTCACAAGATCGATTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAAATCGTTGC
TGACGAGAAGAACCATGGAACATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTA
TATCAACTACCATAAGCGTTTGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGCTATGA
CAACACTTTGTGGAACGGTTCTGTCGTTGCTCCTCCTGATGCACCAATGAGGAAGTATGT
TCGTTATTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAGGCTCTTGCTGCTGACCCTAGGAT
TGAGATCTGCATGCTTCCTGTTGGTGATGGAATCACTATCTGCCGTCGGATCAGTTGATT
TGATGC*TC**ACACTCTGAGTTCGTCTGCAG

QA 1 872 1 872
DS 

RD RR1EN19JQ 720 0 0
AACGCCAAGAACACAATGGAGATCGGTGTTTACACTGGCC*CTCTCTCCTCGCCACCGCT
CTTGCTCTCCCCGAAGACGGCAAAATTCTTGCTATGGATGTTAACAGAGAGAATTACGAA
TTGGGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCCGGCGTTGCTCACAAGATCGATTTCAGGGAAGGC
CCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAAATCGTTGCTGACGAGAAGAACCATGGAACATATGAC
TTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTATATCAACTACCATAAGCGTTTGATTGAT
CTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGCTATGACAACACTTTGTGGAACGGTTCTGTCGTT
GCTCCTCCTGATGCACCAATGAGGAAGTATGTTCGTTATTACAGAGACTTTGTTCTTGAG
CTTAACAAGGCTCTTGCTGCTGACCCTAGGATTGAGATCTGCATGCTTCCTGTTGGTGAT
GGAATCACTATCTGCCGTCGGATCAGTTGATTTGATGCCTCCAACACTCTGAGTTCGTCT
GCAGTGGATCAATTCTCCTCTCTCTACTACTACCTACCAAATTGGACCACTCATATGTAC
TTTGTTAAGGCATTGTCTTTTGTTTTTGCTTCTCTTCTGAACAAAGAAATAATGTACCCT
ACCTTTCTTGTTTTGTTTGTTTTTCACTTATGATACAATATCTAAAACAATATATCACT
G

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1B911JQ 635 0 0
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TCACAAGATCGATTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAAATCGTTGCTGA
CGAGAAGAACCATGGAACATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTATAT
CAACTACCATAAGCGTTTGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGCTATGACAA
CACTTTGTGGAACGGTTCTGTCGTTGCTCCTCCTGATGCACCAATGAGGAAGTATGTTCG
TTATTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAGGCTCTTGCTGCTTACCCTAGGATTGA
GATCCGCATGCTTCCTGTTGGTGATGGAATCACTATCTGCCGTCGGATCAGTTGATTTGA
TGCCTCCAACACTCTGAGTTCGTCTGCAGTGGATCAATTCTCCTCTCTCTACTACTACCT
ACCAAATTGGACCACTCATATGTACTTTGTTAAGGCATTGTCTTTTGTTTTTGCTTCTCT
TCTGAACAAAGAAATAATGTACCCTACCTTTCTTGTTTTGTTTGTTTTTCACTTATGATA
CAATATCTAAAACAATATATCACTCATTTAAATTT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1CK50TF 559 0 0
G
GGGAAGGCCCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAAATCGTTGCTGACGAGAAGAACCATGGAA
CATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTATATCAACTACCATAAGCGTT
TGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGTTATGACAACACTTTGTGGAATGGTT
CTGTCGTTGCTCCTCCTGATGCACCGATGAGGAAGTATGTTCGTTATTACAGAGACTTTG
TTCTTGAGCTTAACAAGGCTCTTGCTGCTGACCCTAGGATTGAGATCTGCATGCTTCCTG
TTGGTGATGGAATCACTATCTGCCGTCGGATCAGTTGATTTGATACCTCCAATACTCTGA
GTTTGTCTGCAGTGGATCAGTTCTCCTCTCTCTACTAC***CTACCAAATTGGACCACTC
ATATGTACTTTGTTAAAGCATTGTCTTTTGTTTTTGCTTCTCTTCTGAACAAAGAAATAA
TGTACCCTACCTTTCTTGTTTTGTTTGTTTTTCACTTATGATACAACATCTAAAACAATA
TATCACTCATTTAAA
ATT

QA 2 556 2 556
DS 



AS 1 8

CO CL579Contig1 936 8 19 U
GGAAGGACGATCCTTCTTCTTCCTCGACTCGCTGCCATCAACCTCCAAAACTTGGATACG
ATCTCTCAGCTCTATAATCTCATCAATTCTCTATATAGAGATAAGCTATGGGATGTGCTG
CTTCTCTTCCAGATAGGAACTCTGGAGCTTTAAACGGTCTTACCAGCTCAGAGAATGCAG
CTCCAGCAGATGCTAAGAATCTACGCGTGAAGTTAGTTCTATTAGGAGATTCTGGTGTGG
GTAAAAGTTGTATTGTCCTCCAGTTTGTCCGTGGTCAATTTGACGCAACATCTAAGGTAA
CTGTTGGAGCTTCATTCTTGTCCCAAACAATAACCTTGCAAGACTCTACCACAGTGAAGT
TTGAAATATGGGATACAGCAGGGCAAGAGAGGTATTCTGCGCTTGCTCCACTATACTACC
GTGGAGCTGGAGTTGCTGTTATTGTGTATGATATTACAAGCCCTGAGTCGTTCAAGAAAG
CTCAGTATTGGGTTAAGGAACTGCAGAAGCATGGAAGCCCAGACATTGTGATGGCTTTGG
TTGGTAACAAAGCTGATCTACATGAAAAAAGAGAAGTACTCTCCGAGGATGGTATGGAGC
TTGCGGAGAAGAACGGCATGTTCTTTATTGAAACGTCAGCTAAGACGGCAGATAACATAA
ATGAACTGTTTGAGGAAATTGGAAAGAGGCTACCTCGTCCTTCTCAACCATCATGATTCG
GAGTGTTTGGATCATCCTCATCTTCAGCGAAAAGACAGACCTTTCTCCTGGTTACTAATC
TCTTGCATACTTTCATTTCATGTAATGTTTATTAAACGGTATTTTCTATATATTGTTAAA
AGTGTGTTGTGTCATGTGAAGATTTGAGAAGCCAAATTAAATTAAGCAATGATGGGGGTT
GATTATCACATGTACATTCATTCATGATCTACTGAG


BQ
10 10 20 20 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG48TF U 1
AF RR1F007TF U 1
AF RR1G142TF U 1
AF RR1CZ78JQ C 63
AF RR1EG50TF U 4
AF RR1EG50JQ C 57
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AF RR1G142JQ C 129
BS 1 643 RR1EG48TF
BS 644 647 RR1F007TF
BS 648 648 RR1EG50TF
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BS 819 872 RR1EG50JQ
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RD RR1EG48TF 643 0 0
GGAAGGACGATCCTTCTTCTTCCTCGACTCGCTGCCATCAACCTCCAAAACTTGGATACG
ATCTCTCAGCTCTATAATCTCATCAATTCTCTATATAGAGATAAGCTATGGGATGTGCTG
CTTCTCTTCCAGATAGGAACTCTGGAGCTTTAAACGGTCTTACCAGCTCAGAGAATGCAG
CTCCAGCAGATGCTAAGAATCTACGCGTGAAGTTAGTTCTATTAGGAGATTCTGGTGTGG
GTAAAAGTTGTATTGTCCTCCAGTTTGTCCGTGGTCAATTTGACGCAACATCTAAGGTAA
CTGTTGGAGCTTCATTCTTGTCCCAAACAATAACCTTGCAAGACTCTACCACAGTGAAGT
TTGAAATATGGGATACAGCAGGGCAAGAGAGGTATTCTGCGCTTGCTCCACTATACTACC
GTGGAGCTGGAGTTGCTGTTATTGTGTATGATATTACAAGCCCTGAGTCGTTCAAGAAAG
CTCAGTATTGGGTTAAGGAACTGCAGAAGCATGGAAGCCCAGACATTGTGATGGCTTTGG
TTGGTAACAAAGCTGATCTACATGAAAAAAGAGAAGTACTCTCCGAGGATGGTATGGAGC
TTGCGGAGAAGAACGGCATGTTCTTTATTGAAACGTCAGCTAA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1F007TF 691 0 0
GG
AAGGACGGTCCTTCTTCTTCCTCGACTCGCTGCCATCAACCTCCAAAACTTGGATACGAT
CTCTCAGCTCTATAATCTCATCAATTCTCTATATAGAGATAAGCTATGGGATGTGCTGCT
TCTCTTCCAGATAGGAACTCTGGAGCTTTAAACGGTCTTACCAGCTCAGAGAATGCAGCT
CCAGCAGATGCTAAGAATCTACGCGTGAAGTTAGTTCTATTAGGAGATTCTGGTGTGGGT
AAAAGTTGTATTGTCCTCCAGTTTGTCCGTGGTCAATTTGACGCAACATCTAAGGTAACT
GTTGGAGCTTCATTCTTGTCCCAAACAATAACCTTGCAAGACTCTACCACAGTGAAGTTT
GAAATATGGGATACAGCAGGGCAAGAGAGGTATTCTGCGCTTGCTCCACTATACTACCGT
GGAGCTGGAGTTGCTGTTATTGTGTATGATATTACAAGCCCTGAGTCGTTCAAGAAAGCT
CAGTATTGGGTTAAGTAACTGCAGAAGCATGGAAGCCCAGACATTGTGATGGCTTTGGTT
GGTAACAAAGCTGATCTACATGAAAAAAGAGAAGTACTCTCCGAGGATGGTATGGAGCTT
GCGGAGA*GAACGGCATGTTCTTTATTGAAACGTCAGCTAAGACG*CAGATGACATAAAT
GAACTGCTTGAG*AAATTGGAAAGAG
CTA

QA 3 688 3 688
DS 

RD RR1G142TF 668 0 0
GG
AAGGACGATCCTTCTTCTTCCTCGACTCGCTGCCATCAACCTCCAAAACTTGGATACGAT
CTCTCAGCTCTATAATCTCATCAATTCTCTATATAGAGATAAGCTATGGGATGTGCTGCT
TCTCTTCCAGATAGGAACTCTGGAGCTTTAAACGGTCTTACCAGCTCAGAGAATGCAGCT
CCAGCAGATGCTAAGAATCTACGCGTGAAGTTAGTTCTATTAGGAGATTCTGGTGTGGGT
AAAAGTTGTATTGTCCTCCAGTTTGTCCGTGGTCAATTTGACGCAACATCTAAGGTAACT
GTTGGAGCTTCATTCTTGTCCCAAACCATAACCTTGCAAGACTCTACCACAGTGAAGTTT
GAAATATGGGATACAGCAGGGCAAGAGAGGTATTCTGCGCTTGCTCCACTATACTACCGT
GGAGCTGGAGTTGCTGTTATTGTGTATGATATTACAAGCCCTGAGTCGTTCAAGAAAGCT
CAGTATTGGGTTAAGGAACTGCAGAAGCATGGAAGCCCAGACATTGTGATGGCTTTGGTT
GGTAACAAAGCTGATCTACATGAAAAAAGAGAAGTACTCTCCGAGGATGGTATGGAGCTT
GCGGAGAAGAACGGCATGTTCTTTATTGAAACGTCAGCTAAGACG*CAGATAACATAAAT
GAACTG

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR1CZ78JQ 671 0 0
CTCTCAGCTCTATAAACTCATCAATTCTCTATATAGAGATAAGCTATGGGATGTGCTGCT
TCTCTTCCAGATAGGAACTCTGGAGCTTTAAACGGTCTTACCAGCTCAGAGAATGCAGCT
CCAGCAGATGCTAAGAATCTACGCGTGAAGTTAGTTCTATTAGGAGATTCTGGTGTGGGT
AAAAGTTGTATTGTCCTCCAGTTTGTCCGTGGTCAATTTGACGCAACATCTAAGGTAACT
GTTGGAGCTTCATTCTTGTCCCAAACAATAACCTTGCAAGACTCTACCACAGTGAAGTTT
GAAATATGGGATACAGCAGGGCAAGAGAGGTATTCTGCGCTTGCTCCACTATACTACCGT
GGAGCTGGAGTTGCTGTTATCGTGTATGATATTACAAGCCCTGAGTCGTTCAAGAAAGCT
CAGTATTGGGTTAAGGAACTGCAGAAGCATGGAAGCCCAGACATTGTGATGGCTTTGGTT
GGTAACAAAGCTGATCTACATGAAAAAAGAGAAGTACTCTCCGAGGATGGTATGGAGCTT
GCGGAGAAGAACGGCATGTTCTTTATTGAAACGTCGGCTAAGACGGCAGATAACATAAAT
GAACTGTTTGAGGAAATTGGAAAGAGGCTACCTCGTCCTTCTCAACCATCATGATTTGGA
GTGTTTGGATC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1EG50TF 822 0 0
G
GGACGATCCTTCTTCTTCCTCGACTCGCTGCCATCAACCTCCAAAACTTGGATACGATCT
CTCAGCTCTATAATCTCATCAATTCTCTATATAGAGATAAGCTATGGGATGTGCTGCTTC
TCTTCCAGATAGGAACTCTGGAGCTTTAAACGGTCTTACCAGCTCAGAGAATGCAGCTCC
AGCAGATGCTAAGAATCTACGCGTGAAGTTAGTTCTATTAGGAGATTCTGGTGTGGGTAA
AAGTTGTATTGTCCTCCAGTTTGTCCGTGGTCAATTTGACGCAACATCTAAGGTAACTGT
TGGAGCTTCATTCTTGTCCCAAACAATAACCTTGCAAGACTCTACCACAGTGAAGTTTGA
AATATGGGATACAGCAGGGCAAGAGAGGTATTCTGCGCTTGCTCCACTATACTACCGTGG
AGCTGGGGTTGCTGTTATTGTGTATGATATTACAAGCCCTGAGTCGTTCAAGAAAGCTCA
GTATTGGGTTAAGGAACTACAGAAGCATGGAAGCCCAGACATTGTGATGGCTTTGGTTGG
TAACAAAGCTGATCTACATGAAAAAAGAGAAGTACTCTCCGAGGATGGTATGGAGCTTGC
GGAGAAGAACGGCATGTTCTTTATTGAAACGTCAGCTAAGACGGCAGATAACATAAATGA
ACTGTTTGAGGAAATTGGAAAGAGGCTACCTCGTCCTTCTCA*CCATCATGATTCGGAGT
GTTTGGATCATCCTCATCTTCAGCGAAA*GACAGACCTTTCTCCTGGTTACTAATCTCTT
GCATACTTTCATTTCATGTA*TGTTTATTAAACG
TATTTTC

QA 2 815 2 815
DS 

RD RR1EG50JQ 816 0 0
TACGATCTCTCAGCTCTATAATCTCATCAATTCTCTATATAGAGATAAGCTATGGGATGT
GCTGCTTCTCTTCCAGATAGGAACTCTGGAGCTTTAAACGGTCTTACCAGCTCAGAGAAT
GCAGCTCCAGCAGATGCTAAGAATCTACGCGTGAAGTTAGTTCTATTAGGAGATTCTGGT
GTGGGTAAAAGTTGTATTGTCCTCCAGTTTGTCCGTGGTCAATTTGACGCAACATCTAAG
GTAACTGTTGGAGCTTCATTCTTGTCCCAAACAATAACCTTGCAAGACTCTACCACAGTG
AAGTTTGAAATATGGGATACAGCAGGGCAAGAGAGGTATTCTGCGCTTGCTCCACTATAC
TACCGTGGAGCTGGGGTTGCTGTTATTGTGTATGATATTACAAGCCCTGAGTCGTTCAAG
AAAGCTCAGTATTGGGTTAAGGAACTACAGAAGCATGGAAGCCCAGACATTGTGATGGCT
TTGGTTGGTAACAAAGCTGATCTACATGAAAAAAGAGAAGTACTCTCCGAGGATGGTATG
GAGCTTGCGGAGAAGAACGGCATGTTCTTTATTGAAACGTCAGCTAAGACGGCAGATAAC
ATAAATGAACTGTTTGAGGAAATTGGAAAGAGGCTACCTCGTCCTTCTCAACCATCATGA
TTCGGAGTGTTTGGATCATCCTCATCTTCAGCGAAAAGACAGACCTTTCTCCTGGTTACT
AATCTCTTGCATACTTTCATTTCATGTAATGTTTATTAAACGGTATTTTCTATATATTGT
TAAAAGTGTGTTGTGTCATGTGAAGATTTGAGAAGC

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1EG48JQ 829 0 0
ATGGGATGTGCTGCTTCTCTTCCAGATAGGAACTCTGGAGCTTTAAACGGTCTTACCAGC
TCAGAGAATGCAGCTCCAGCAGATGCTAAGAATCTACGCGTGAAGTTAGTTCTATTAGGA
GATTCTGGTGTGGGTAAAAGTTGTATTGTCCTCCAGTTTGTCCGTGGTCAATTTGACGCA
ACATCTAAGGTAACTGTTGGAGCTTCATTCTTGTCCCAAACAATAACCTTGCAAGACTCT
ACCACAGTGAAGTTTGAAATATGGGATACAGCAGGGCAAGAGAGGTATTCTGCGCTTGCT
CCACTATACTACCGTGGAGCTGGAGTTGCTGTTATTGTGTATGATATTACAAGCCCTGAG
TCGTTCAAGAAAGCTCAGTATTGGGTTAAGGAACTGCAGAAGCATGGAAGCCCAGACATT
GTGATGGCTTTGGTTGGTAACAAAGCTGATCTACATGAAAAAAGAGAAGTACTCTCCGAG
GATGGTATGGAGCTTGCGGAGAAGAACGGCATGTTCTTTATTGAAACGTCAGCTAAGACG
GCAGATAACATAAATGAACTGTTTGAGGAAATTGGAAAGAGGCTACCTCGTCCTTCTCAA
CCATCATGATTCGGAGTGTTTGGATCATCCTCATCTTCAGCGAAAAGACAGACCTTTCTC
CTGGTTACTAATCTCTTGCATACTTTCATTTCATGTAATGTTTATTAAACGGTATTTTCT
ATATATTGTTAAAAGTGTGTTGTGTCATGTGAAGATTTGAGAAGCCAAATTAAATTAAGC
AATGATGGGGGTTGATTATCACATGTACATTCATTCATGATCTACTGAG

QA 1 829 1 829
DS 

RD RR1G142JQ 776 0 0
CCAGATAGGAACTCTGGAGCTT*AAACGGTCTTACCAGCTCAGAGAATGCAGCTCCAGCA
GATGCTAAGAATCTACGCGTGAAGTTAGTTCTATTAGGAGATTCTGGTGTGGGTAAAAGT
TGTATTGTCCTCCAGTTTGTCCGTGGTCAATTTGACGCAACATCTAAGGTAACTGTTGGA
GCTTCATTCTTGTCCCAAACCATAACCTTGCAAGACTCTACCACAGTGAAGTTTGAAATA
TGGGATACAGCAGGGCAAGAGAGGTATTCTGCGCTTGCTCCACTATACTACCGTGGAGCT
GGAGTTGCTGTTATTGTGTATGATATTACAAGCCCTGAGTCGTTCAAGAAAGCTCAGTAT
TGGGTTAAGGAACTGCAGAAGCATGGAAGCCCAGACATTGTGATGGCTTTGGTTGGTAAC
AAAGCTGATCTACATGAAAAAAGAGAAGTACTCTCCGAGGATGGTATGGAGCTTGCGGAG
AAGAACGGCATGTTCTTTATTGAAACGTCAGCTAAGACGGCAGATAACATAAATGAACTG
TTTGAGGAAATTGGAAAGAGGCTGCCTCGTCCTTCTCAACCATCATGATTCGGAGTGTTT
GGATCATCCTCATCTTCAGCGAAAAGACAGACCTTTCTCCTGGTTACTAATCTCTTGCAT
ACTTTCATTTCATGTAATGTTTATTAAACGGTATTTTCTATATATTGTTAAAAGTGTGTT
GTGTCATGTGAAGATTTGAGAAGCCAAATTAAATTAAGCAATGATGGGGGTTGA
CT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 9

CO CL580Contig1 776 9 6 U
GGCCCGACAGATCGAAGAAGTAACGTTAGATGGACAAAGGCAAAGCAGTGATGGGTGCTG
GTCGGAGATGGGCCGTCGATTTCTCGGACCAATCCACTGTTCCATCTTCCCGCGACATTC
TCGATCCCCCTGGCTTCTCTCGTGCCTCTCCCGAACAGGATGACTCAGCAACGAGCCGCC
AAAAGAAAGACGCTGAAGCTAACTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAGGTAGCGCAATCAC
CATTTAAGAATCTGATGATGATGGGTTTCATGATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATC
TCTTTAGCATTGGTATTACTTTCTCTGCTCTTTGGCAGCCTCTCAGCGCCCTCCAGAGCG
TTGGAAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAATAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAG
TGTTTCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAATACTTTGG
GGCTTCTTCCAACACATGCATCAGATTGGGTTTCTTCTCTACCACCTCCTCAGGAAGTTG
AACACTCTGGCGGAGGATTTGCTTTCCACTGATGAGATAACTACAAAAGATACTTGAGTG
ATTTGTTCAATCCTGACATGAGGGGACCTTGTCATCTTGTGATCTTCTTGTAGCATTTTC
AAAACTCAGAAACCATAGCTTTTTCACTTTCTAGTATGATGTTCATTGCTCATCATAACT
ATGGATTGTATTATTTGGCACTTGAGCTACCTGCTTCCCAGCTTTTTTAGACACCG


BQ
10 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G125TF U 1
AF RR1G695TF U 1
AF RR1EZ01TF U -3
AF RR1BV95TF U 1
AF RR1GZ21TFB U 2
AF RR1GZ21JQ C 464
AF RR1D622TF U -3
AF RR1G125JQ C 65
AF RR1G695JQ C 182
BS 1 426 RR1BV95TF
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RD RR1G125TF 511 0 0
G
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TCGGAGATGGGCCGTCGATTTCTCGGACCAATCCACTGTTCCATCTTCCCGCGACATTCT
CGATCCCCCTGGCTTCTCTCGTGCCTCTCCCGAACAGGATGACTCAGCAACGAGCCGCCA
AAAGAAAGACGCTGAAGCTAACTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAGGTAGCGCAATCACC
ATTTAAGAATCTGATGATGATGGGTTTCATGATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATCT
CTTTAGCATTGGTATTACTTTCTCTGCTCTTTGGCAGCCTCTCAGCGCCCTCCAGAGCGT
TGGAAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAATAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGT
GTTTCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAATACTTTGGG
GCTTCTTCCAACACATGCATCAGATTGGGT

QA 2 511 2 511
DS 

RD RR1G695TF 600 0 0
G
GCCCGACAGATCGAAGAAGTAACGTTAGATGGACAAAGGCAAAGCAGTGATGGGTGCTGG
TCGGAGATGGGCCGTCGATTTCTCGGACCAATCCACTGTTCCATCTTCCCGCGACATTCT
CGATCCCCCTGGCTTCTCTCGTGCCTCTCCCGAACAGGATGACTCAGCAACGAGCCGCCA
AAAGAAAGACGCTGAAGCTAACTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAGGTAGCGCAATCACC
ATTTAAGAATCTGATGATGATGGGTTTCATGATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATCT
CTTTAGCATTGGTATTACTTTCTCTGCTCTTTGGCAGCCTCTCAGCGCCCTCCAGAGCGT
TGGAAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAATAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGT
GTTTCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAATACTTTGGG
GCTTCTTCCAACACATGCATCAGATTGGGTTTCTTCTCTACCACCTCCTCAGGAAGTTGA
ACACTCTGGCGGAGGATTTGCTTTCCACTGATGAGATAACTACAAAAGATACTTGAGTG

QA 2 600 2 600
DS 

RD RR1EZ01TF 656 0 0
GGATTC
CCCGACAGATCGAAGAAGTAACGT*AGATGGACAAAGGCAAATCCGTGATGGGTGCTGGT
CGGAGATGGGCCGTCGATTTCTCGGACCAATCCACTGTTCCATCTTCCCGCGACATCCTC
GATCCCCCTGGGTTCTCTCGTGCTTCTCCCGAACAGGATGACTCAGCAACGAGCCGCCAA
AAGAAAGACGCTGAAGCTAATTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAGGTAGCGCAATCGCCA
TTTAAGAATCTGATGATGATGGGTTTCATGATGTGGATGGCTGGAAACACTGTTCATCTC
TTTAGCATTGGTATTACTTTCTCCGCTCTTTGGCAGCCTCTCAGCGCCCTCCAGAGCGTT
GGAAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAATAAGGTGGTACTACTTATGCCCAAACTAGTG
TTTCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAATACTTTGGGG
CTTCTTCCAACACATGCATCAGATTGGGTTTCTTCTCTACCACCTCCTCAGGAAGTTGAA
CACTCTGGCGGAGGATTTACTTTCCACTGATGAGATAACTACAAAAGATACTTGAGTGAT
TTGTTCAATCCTGACATGAGGGGACCTTGTCATCTTGTGATCTTCTTGTA

QA 7 656 7 656
DS 

RD RR1BV95TF 711 0 0
GGCCCGACAGATCGAAGAAGTAACGTTAGATGGACAAAGGCAAAGCAGTGATGGGTGCTG
GTCGGAGATGGGCCGTCGATTTCTCGGACCAATCCACTGTTCCATCTTCCCGCGACATTC
TCGATCCCCCTGGCTTCTCTCGTGCCTCTCCCGAACAGGATGACTCAGCAACGAGCCGCC
AAAAGAAAGACGCTGAAGCTAACTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAGGTAGCGCAATCAC
CATTTAAGAATCTGATGATGATGGGTTTCATGATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATC
TCTTTAGCATTGGTATTACTTTCTCTGCTCTTTGGCAGCCTCTCAGCGCCCTCCAGAGCG
TTGGAAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAATAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAG
TGTTTCCTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAATACTTTGG
GGCTTCTTCCAACACATGCATCAGATTGGGTTTCTTCTCTACCACCTCCTCAGGAAGTTG
AACACTCTGGCGGAGGATTTGCTTTCCACTGATGAGATAACTACAAAAGATACTTGAGTG
ATTTGTTCAATCCTGACATGAGGGGACCTTGTCATCTTGTGATCTTCTTGTAGCATTTTC
AAAACTCAGAAACCATAGCTTTTTCACTTTCTAGTATGATGTTCATTGCTC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1GZ21TFB 716 0 0
GCCCGACAGATCGAAGAAGTAACGTTAGATGGACAAAGGCAAAGCAGTGATGGGTGCTGG
TCGGAGATGGGCCGTCGATTTCTCGGACCAATCCACTGTTCCATCTTCCCGCGACATTCT
CGATCCCCCTGGCTTCTCTCGTGCCTCTCCCGAACAGGATGACTCAGCAACGAGCCGCCA
AAAGAAAGACGCTGAAGCTAACTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAGGTAGCGCAATCACC
ATTTAAGAATCTGATGATGATGGGTTTCATGATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATCC
CTTTAGCATTGGTATTACTTTCTCTGCTCTTTGGCAGCCTCTCAGCGCCCTCCAGAGCGT
TGGAAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAATAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGT
GTTTCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAATACTTTGGG
GCTTCTTCCAACACATGCATCAGATTGGGTTTCTTCTCTACCACCTCCTCAGGAAGTTGA
ACACTCTGGCGGAGGATTTGCTTTCCACTGATGAGATAACTACAAAAGATACTTGAGTGA
TTTGTTCAATCCTGACATCAGGGGACCTTGTCATCCTGTGATCTTCTTGTAGCATTTTCA
AAACTCAGAAACCATAGCTTTTTCACTTTCTAGTATGATGTTCATTGCTCATCA
AA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1GZ21JQ 251 0 0
GAAGCTCAATACTTTGGGGCTTCTTCCAACACATGCATCAGATTGGGTTTCTTCTCTACC
ACCTCCTCAGGAAGTTGAACACTCTGGCGGAGGATTTGCTTTCCACTGATGAGATAACTA
CAAAAGATACTTGAGTGATTTGTTCAATCCTGACATCAGGGGACCTTGTCATCCTGTGAT
CTTCTTGTAGCATTTTCAAAACTCAGAAACCATAGCTTTTTCACTTTCTAGTATGATGTT
CATTGCTCATC

QA 1 251 1 251
DS 

RD RR1D622TF 757 0 0
GGATTC
CCCGACAGATCGAAGAAGTAACGT*AGATGGACAAAGGCAATCC*GTGATGTGTGCTGGT
CGGAGATGGGCCGTCGATTTCTCGGACCAATCCACTGTTCCATCTTCCCGCGACATCCTC
GATCCCCCTGGGTTCTCTCGTGCTTCTCCCGAACAGGATGACTCAGCAACGAGCCGCCAA
AAGAAAGACGCTGAAGCTAATTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAGGTAGCGCAATCGCCA
TTTAAGAATCTGATGATGATGGGTTTCATGATGTGGATGGCTGGAAACACTGTTCATCTC
TTTAGCATTGGTATTACTTTCTCCGCTCTTTGGCAGCCTCTCAGCGCCCTCCAGAGCGTT
GGAAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAATAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGTG
TTTCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAATACTTTGGGG
CTTCTTCCAACACATGCATCAGATTGGGTTTCTTCTCTACCACCTCCTCAGGAAGTTGAA
CACTCTGGCGGAGGATTTGCTTTCCACTGATGAGATAACTACAAAAGATACTTGAGTGAT
TTGTTCAATCCTGACATGAGGGGACCTTGTCATCTTGTGATCTTCTTGTAGCATTTTCAA
AACTCAGAAACCATAGCTTTTTCACTTTCTAGTACGATGTTCATTGCTCATCATAACTAT
GGATTGTATTATTTGGCACTTGAGCTACCTG

QA 7 757 7 757
DS 

RD RR1G125JQ 712 0 0
GAGATGGGCCGTCGATTTCTCGGACCAATCCACTGTTCCATCTTCCCGCGACATTCTCGA
TCCCCCTGGCTTCTCTCGTGCCTCTCCCGAACAGGATGACTCAGCAACGAGCCGCCAAAA
GAAAGACGCTGAAGCTAACTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAGGTAGCGCAATCACCATT
TAAGAATCTGATGATGATGGGTTTCATGATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATCTCTT
TAGCATTGGTATTACTTTCTCTGCTCTTTGGCAGCCTCTCAGCGCCCTCCAGAGCGTTGG
AAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAATAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGTGTT
TCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAATACTTTGGGGCT
TCTTCCAACACATGCATCAGATTGGGTTTCTTCTCTACCACCTCCTCAGGAAGTTGAACA
CTCTGGCGGAGGATTTGCTTTCCACTGATGAGATAACTACAAAAGATACTTGAGTGATTT
GTTCAATCCTGACATGAGGGGACCTTGTCATCTTGTGATCTTCTTGTAGCATTTTCAAAA
CTCAGAAACCATAGCTTTTTCACTTTCTAGTATGATGTTCATTGCTCATCATAACTATGG
ATTGTATTATTTGGCACTTGGGCTACCTGCTTCCCAGCTTTTTTAGACACCG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1G695JQ 544 0 0
AAAGAAAGACGCTGAAGCTAACTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAGGTAGCGCAATCACC
ATTTAAGAATCTGATGATGATGGGTTTCATGATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATCT
CTTTAGCATTGGTATTACTTTCTCTGCTCTTTGGCAGCCTCTCAGCGCCCTCCAGAGCGT
TGGAAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAATAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGT
GTTTCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAATACTTTGGG
GCTTCTTCCAACACATGCATCAGATTGGGTTTCTTCTCTACCACCTCCTCAGGAAGTTGA
ACACTCTGGCGGAGGATTTGCTTTCCACTGATGAGATAACTACAAAAGATACTTGAGTGA
TTTGTTCAATCCTGACATGAGGGGACCTTGTCATCTTGTGATCTTCTTGTAGCATTTTCA
AAACTCAGAAACCATAGCTTTTTCACTTTCTAGTATGATGTTCATTGCTCATCATAACTA
TGGA

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 4

CO CL581Contig1 990 4 7 U
GGATCGAGAAACCCTCAAAAATAAAATAAAAACCGAAAAAGCTCGTCGGTGACTTGTAAC
TCTCCATCTCATCTCTTCTTCCTCCTCTCTAAGCAATCATCCATCCACCTTGCTTCCAAT
TCATCAGAGAGCCATGTCTTACGATTACCTCTTCAAGTACATCATCATCGGCGACACAGG
TGTGGGGAAATCTTGCTTGCTTCTGCAATTTACCGACAAGAGGTTCCAACCAGTCCACGA
TCTCACCATTGGTGTCGAGTTCGGTGCTCGTATGGTCACTGTCGATGGACGCCCAATCAA
ACTCCAAATTTGGGACACCGCTGGACAAGAGTCGTTTAGATCCATCACTAGGTCGTACTA
CAGAGGAGCTGCTGGAGCCTTACTTGTCTACGACATCACCAGGAGAGAGACTTTTAACCA
TCTGGCGAGCTGGTTAGAGGATGCTCGGCAACATGCTAATCCTAACATGAGTATCATGCT
GATTGGGAACAAATGCGATCTTGGTCACAAGAGAGCTGTTAGCAAAGAGGAAGGAGAACA
GTTTGCCAAAGAACATGGACTCTTGTTCTTGGAAGCTTCTGCAAGAACAGCTCAGAACGT
CGAGGAGGCCTTCATAAAGACTGCAGCAAAGATTCTCCAGAATATTCAGGACGGTGTCTT
TGATGTATCCAACGAGTCATCGGGCATAAAGATTGGTTACGGGCGTCCTCAAGGTGCAGC
TGGAGGAAGAGACGGTGCGATCGCACAGGGAGGTGGCTGTTGTGGTTAAACAGACGTCAA
GATGTATCTCATGTGTTTTGGTGATTCAGAAACTACTCTTGCTTTTATTAATCTCTGCAA
ATGGATACACCAGAATGTATAGTTTTTCTTTTTTTTTCTTTCTGTGTTGCCACTTTGTCC
TTACCAAAAAGGCAAAAACTAAACCGGTGCATTTGAGATTGAACACCCTGATCTTTATAA
ACCAAACAGGCGTTGGAATCTTTTTAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1BT03TF U 1
AF RR1F130TF U 56
AF RR1F130JQ C 390
AF RR1BT03JQ C 564
BS 1 645 RR1BT03TF
BS 646 779 RR1F130JQ
BS 780 780 RR1BT03JQ
BS 781 945 RR1F130JQ
BS 946 946 RR1BT03JQ
BS 947 988 RR1F130JQ
BS 989 990 RR1BT03JQ

RD RR1BT03TF 645 0 0
GGATCGAGAAACCCTCAAAAATAAAATAAAAACCGAAAAAGCTCGTCGGTGACTTGTAAC
TCTCCATCTCATCTCTTCTTCCTCCTCTCTAAGCAATCATCCATCCACCTTGCTTCCAAT
TCATCAGAGAGCCATGTCTTACGATTACCTCTTCAAGTACATCATCATCGGCGACACAGG
TGTGGGGAAATCTTGCTTGCTTCTGCAATTTACCGACAAGAGGTTCCAACCAGTCCACGA
TCTCACCATTGGTGTCGAGTTCGGTGCTCGTATGGTCACTGTCGATGGACGCCCAATCAA
ACTCCAAATTTGGGACACCGCTGGACAAGAGTCGTTTAGATCCATCACTAGGTCGTACTA
CAGAGGAGCTGCTGGAGCCTTACTTGTCTACGACATCACCAGGAGAGAGACTTTTAACCA
TCTGGCGAGCTGGTTAGAGGATGCTCGGCAACATGCTAATCCTAACATGAGTATCATGCT
GATTGGGAACAAATGCGATCTTGGTCACAAGAGAGCTGTTAGCAAAGAGGAAGGAGAACA
GTTTGCCAAAGAACATGGACTCTTGTTCTTGGAAGCTTCTGCAAGAACAGCTCAGAACGT
CGAGGAGGCCTTCATAAAGACTGCAGCAAAGATTCTCCAGAATAT

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1F130TF 590 0 0
GGAACTCTCCATCT
CATCTCTTCTTCCTCCTCTCTAAGCAATCATCCATCCACCTTGCTTCCAATTCATCAGAG
AGCCATGTCTTACGATTACCTCTTCAAGTACATCATCATCGGCGACACAGGTGTGGGGAA
ATCTTGCTTGCTTCTGCAATTTACCGACAAGAGGTTCCAACCAGTCCACGATCTCACCAT
TGGTGTCGAGTTCGGTGCTCGTATGGTCACTGTCGATGGACGCCCAATCAAACTCCAAAT
TTGGGACACCGCTGGACAAGAGTCGTTTAGATCCATCACTAGGTCGTACTACGGAGGAGC
TGCTGGAGCCTTACTTGTCTACGACATCACCAGGAGAGAGACTTTTAACCATCTGGCGAG
CTGGTTAGAGGATGCTCGGCAACATGCTAATCCTAACATGAGTATCATGCTGATTGGGAA
CAAATGCGATCTTGGTCACAAGAGAGCTGTTAGCAAAGAGGAAGGAGAACAGTTTGCCAA
AGAACATGGACTCTTGTTCTTGGAAGCTTCTGCAAGAACAGCTCAGAACGTCGAGGAGGC
CTTCATAAAGACTGCAGCAAAGATTCTCCAGAATAT

QA 15 590 15 590
DS 

RD RR1F130JQ 601 0 0
ACGACATCACCAGGAGAGAGACTTTTAACCATCTGGCGAGCTGGTTAGAGGATGCTCGGC
AACATGCTAATCCTAACATGAGTATCATGCTGATTGGGAACAAATGCGATCTTGGTCACA
AGAGAGCTGTTAGCAAAGAGGAAGGAGAACAGTTTGCCAAAGAACATGGACTCTTGTTCT
TGGAAGCTTCTGCAAGAACAGCTCAGAACGTCGAGGAGGCCTTCATAAAGACTGCAGCAA
AGATTCTCCAGAATATTCAGGACGGTGTCTTTGATGTATCCAACGAGTCATCGGGCATAA
AGATTGGTTACGGGCGTCCTCAAGGTGCAGCTGGAGGAAGAGACGGTGCGATCGCACAGG
GAGGTGGCTGTTGTGGTTAAACAGACGTCAGGATGTATCTCATGTGTTTTGGTGATTCAG
AAACTACTCTTGCTTTTATTAATCTCTGCAAATGGATACACCAGAATGTATAGTTTTTCT
TTTTTTTTCTTTCTGTGTTGCCACTTTGTCCTTACCAAAAAGGCAAAAACTAAACCGGTG
CATTTGAGATTGAACAGCCTGATCTTTATAAACCAAACAGGCGTTGGAATCTTTTTAAA
CC

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1BT03JQ 427 0 0
TGTTCTTGGAAGCTTCTGCAAGAACAGCTCAGAACGTCGAGGAGGCCTTCATAAAGACTG
CAGCAAAGATTCTCCAGAATATTCAGGACGGTGTTTTTGATGTATCCAACGAGTCATCGG
GCATAAAGATTGGTTACGGGCGTCCTCAAGGTGCAGCTGGAGGAAGAGACGGTGCGATCG
CACAGGGAGGTGGCTGTTGTGGTTAAACAGACGTCAAGATGTATCTCATGTGTTTTGGTG
ATTCAGAAACTACTCTTGCTTTTATTAATTTCTGCAAATGGATACACCAGAATGTATAGT
TTTTTTTTTTTTTTCTTTTTGTGTTGCCACTTTGTCCTTACCAAAAAGGCAAAAACTAAA
CCGGTGCATTTGAGATTGAACACCCTGATCTTTATAAACCAAACAGGCGTTGGAATCTTT
TTAAATC

QA 1 427 1 427
DS 



AS 2 9

CO CL582Contig1 279 2 2 U
GGGCCGACCATCCGAGTTCGGCGATTTCACTATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGCAT
GAGGAGATTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGACTGTTGTCAT
GCTTTTCCATAAATCTCTGTGATTGCTTTTGTTAGTTTCTTGGAACCTTTTATGTTTTGT
GTTGTTACATTTATGTTTGAACAATCTTCTATGGATTATGTTTGGTTTACTCTATTTTAT
TATCTACAAGTTTATGAAATAAGTGAAAAATTAGTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B614TF U 1
AF RR1H937TF U 4
BS 1 212 RR1B614TF
BS 213 279 RR1H937TF

RD RR1B614TF 228 0 0
GGGCCGACCATCCGAGTTCGGCGATTTCACTATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGCAT
GAGGAGATTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGACTGTTGTCAT
GCTTTTCCATAAATCTCTGTGATTGCTTTTGTTAGTTTCTTGGAACCTTTTATGTTTTGT
GTTGTTACATTTATGTTTGAACAATCTTCTAT
GGATTATGTTTGGTTT

QA 1 212 1 212
DS 

RD RR1H937TF 276 0 0
GG
GACCATCCGAGTTCGGCGATTTCACTATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGCATGAGGA
GATTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGACTGTTGTCATGCTTT
TCCATAAATCTCTGTGATTGCTTTTGTTAGTTTCTTGGAACCTTTTATGTTTTGTGTTGT
TACATTTATGTTTGAACAATCTTCTATGGATTATGTTTGGTTTACTCTATTTTATTATCT
ACAAGTTTATGAAATAAGTGAAAAATTAGTTGCC

QA 3 276 3 276
DS 



CO CL582Contig2 788 7 8 U
CACTTAATTCATGAACTTGTAGGTAATAAAAGGGATTAAGCAAAACAAGATCTATAGAAG
ATTGTTCAAACATAAATGTAACAACACAAAACATAAAAGGTTCCAAGAAACTAAGAAAAG
CAATCACAGAGATTTATGGAAAAGCATGACAACAGTCTACTTTGATCTCTGTCTCATCTT
TCTGCGCTTCCTCTTCAATCTCCTCATGCGCTTCTTCTTCCACTTGGCTCTCATAGTGAA
ATCGCCGAACTCGGATGGTCCTTCTAGAAGATAGAAAAGGCGAACTCAAAAAATCTTTCT
AGTTACTTCGTTCTTTATTTCTATTTAACGGAATCCTTAGGAAAAGTATTTTGTTTCCAC
CGAGCTAAAACAATATAATATGTCGATGTCTTTAGTAAACCAAAGTTCTCGTTTAATAGC
TATTTTGCTTCAATTTTTTCTATACCAAACAAAAAACAGAACTGAAGATTTAGTTACGAT
TAGAAATAAACTTTTCTGGCTTTATCCATGGATCCTCTTGTTATACTTATTGAATTGTAA
ATAGTCATCCAATTCAAAAATTATGTTTCGAAATTTCATAATCCAAATTGACAATTAATT
AGAGTCTTTGGATACAAATTACGAGAATCTATAATCTTCCTTGAATTTTTCATTGAAAGG
TAAAGGACTAAATCCTTTTCAGAAATAAAGTTTTTGATCGGAAGATTAATCAAACCGAGA
GACCCTTTAACTATTAAAGGGGTTAAAGGAACGAATCACACTTTTACCACTAAACTATAC
CCGCTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR1DI59JQ U 1
AF RR1DI59TF C 1
AF RR1GT49JQ U 98
AF RR1GT49TF C 201
AF RR1CO01JQ U 427
AF RR1CO01TF C 427
AF RR1E280JQ U 470
BS 1 205 RR1DI59JQ
BS 206 206 RR1GT49JQ
BS 207 260 RR1DI59JQ
BS 261 443 RR1GT49JQ
BS 444 611 RR1CO01JQ
BS 612 612 RR1E280JQ
BS 613 784 RR1CO01JQ
BS 785 788 RR1E280JQ

RD RR1DI59JQ 265 0 0
CACTTAATTCATGAACTTGTAGGTAATAAAAGGGATTAAGCAAAACAAGATCTATAGAAG
ATTGTTCAAACATAAATGTAACAACACAAAACATAAAAGGTTCCAAGAAACTAAGAAAAG
CAATCACAGAGATTTATGGAAAAGCATGACAACAGTCTACTTTGATCTCTGTCTCATCTT
TCTGCGCTTCCTCTTCAATCTCCTCGTGCGCTTCTTCTTCCACTTGGCTCTCATAGTGAA
ATCGCCGAACTCGGATGGTC
GGCCC

QA 1 260 1 260
DS 

RD RR1DI59TF 265 0 0
CACTTAATTCATGAACTTGTAGGTAATAAAAGGGATTAAGCAAAACAAGATCTATAGAAG
ATTGTTCAAACATAAATGTAACAACACAAAACATAAAAGGTTCCAAGAAACTAAGAAAAG
CAATCACAGAGATTTATGGAAAAGCATGACAACAGTCTACTTTGATCTCTGTCTCATCTT
TCTGCGCTTCCTCTTCAATCTCCTCGTGCGCTTCTTCTTCCACTTGGCTCTCATAGTGAA
ATCGCCGAACTCGGATGGTC
GGCCC

QA 1 260 1 260
DS 

RD RR1GT49JQ 346 0 0
AGGTTCCAAGAAACTAAGAAAAGCAATCACAGAGATTTATGGAAAAGCATGACAACAGTC
TACTTTGATCTCTGTCTCATCTTTCTGCGCTTCCTCTTCAATCTCCTCATGCGCTTCTTC
TTCCACTTGGCTCTCATAGTGAAATCGCCGAACTCGGATGGTCCTTCTAGAAGATAGAAA
AGGCGAACTCAAAAAATCTTTCTAGTTACTTCGTTCTTTATTTCTATTTAACGGAATCCT
TAGGAAAAGTATTTTGTTTCCACCGAGCTAAAACAATATAATATGTCGATGTCTTTAGTA
AACCAAAGTTCTCGTTTAATAGCTATTTTGCTTCAATTTTTTCTAT

QA 1 346 1 346
DS 

RD RR1GT49TF 588 0 0
TCCTCATGCGCTTCTTCTTCCACTTGGCTCTCATAGTGAAATCGCCGAACTCGGATGGTC
CTTCTAGAAGATAGAAAAGGCGAACTCAAAAAATCTTTCTAGTTACTTCGTTCTTTATTT
CTATTTAACGGAATCCTTAGGAAAAGTATTTTGTTTCCACCGAGCTAAAACAATATAATA
TGTCGATGTCTTTAGTAAACCAAAGTTCTCGTTTAATAGCTATTTTGCTTCAATTTTTTC
TATACCAAACAAAAAATAGAACTGAAGATTTAGTTACGATTAGAAATAAACTTTTCTGGC
TTTATCCATGGATCCTCTTGTTATACTTATTGAATTGTAAATAGTCATCCAATTCAAAAA
TTATGTTTCGAAATTTCATAATCCAAATTGACAATTAATTAGAGTCTTTGGATACAAATT
ACGAGAATCTATAATCTTCCTTGAATTTTTCATTGAAAGGTAAAGGACTAAATCCTTTTC
AGAAATAAAGTTTTTGATCGGAAGATTAATTAAACCGAGAGACCCTTTAACTATTAAAGG
GGTTAAAGGAACGAATCACACTTTTACCACTAAACTATACCCGC
TACC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1CO01JQ 358 0 0
A
CTTCAATTTTTTCTATACCAAACAAAAAACAGAACTGAAGATTTAGTTACGATTAGAAAT
AAACTTTTCTGGCTTTATCCATGGATCCTCTTGTTATACTTATTGAATTGTAAATAGTCA
TCCAATTCAAAAATTATGTTTCGAAATTTCATAATCCAAATTGACAATTAATTAGAGTCT
TTGGGTACAAATTACGAGAATCTATAATCTTCCTTGAATTTTTCATTGAAAGGTAAAGGA
CTAAATCCTTTTCAGAAATAAAGTTTTTGATCGGAAGATTAATCAAACCGAGAGACCCTT
TAACTATTAAAGGGGTTAAAGGAACGAATCACACTTTTACCACTAAACTATACCCGC

QA 2 358 2 358
DS 

RD RR1CO01TF 358 0 0
A
CTTCAATTTTTTCTATACCAAACAAAAAACAGAACTGAAGATTTAGTTACGATTAGAAAT
AAACTTTTCTGGCTTTATCCATGGATCCTCTTGTTATACTTATTGAATTGTAAATAGTCA
TCCAATTCAAAAATTATGTTTCGAAATTTCATAATCCAAATTGACAATTAATTAGAGTCT
TTGGGTACAAATTACGAGAATCTATAATCTTCCTTGAATTTTTCATTGAAAGGTAAAGGA
CTAAATCCTTTTCAGAAATAAAGTTTTTGATCGGAAGATTAATCAAACCGAGAGACCCTT
TAACTATTAAAGGGGTTAAAGGAACGAATCACACTTTTACCACTAAACTATACCCGC

QA 2 358 2 358
DS 

RD RR1E280JQ 319 0 0
TTAGTTACGATTAGAAATAAACTTTTCTGGCTTTATCCATGGATCCTCTTGTTATACTTA
TTGAATTGTAAATAGTCATCCAATTCAAAAATTATGTTTCGAAATTTCATAATCCAAATT
GACAATTAATTAGAGTCTTTGGATACAAATTACGAGAATCTATAATCTTCCTTGAATTTT
TCATTGAAAGGTAAAGGACTAAATCCTTTTCAGAAATAAAGTTTTTGATCGGAAGATTAA
TCAAACCGAGAGACCCTTTAACTATTAAAGGGGTTAAAGGAACGAATCACACTTTTACCA
CTAAACTATACCCGCTACC

QA 1 319 1 319
DS 



AS 2 9

CO CL583Contig1 834 3 4 U
GGTGAACGAAAGAGAGAGAGAGATATGTTGCTTCAGGCGGTACAGAATCGCAATGTTCCG
CTGGCTTCCTCCTCCGCCTCATATTCTCGCCTCCCTCGCTCGAAATTACCACCCGTCGTA
GTCTCCGTGGCTCCAATGAAGAAGAAGACGGCGGCAATAATCGTGTGCTCCATCTCCCAG
GTGTATGGCTACGGAACGGTGGACTACGAGAGAAGGCCGATTATCCAGTGGAATGCAATC
TACAAGAAGATATCTCTGATGGAGAAGCCGGAGCTGGGTGCCGCCTCCGTCTTGAATCAG
TGGGAGAAAGGAGGCCGTAAGCTTACCAAGTGGGAGCTCTGTCGGGTCGTCAAGGAGCTT
CGCAAGTATAAGCGTCCTAACCAAGCTCTTGAGGTGTACGACTGGATGAACCAGCGAGGC
GAAAGGTTTCGGTTGTCTGCAAGTGATGCTGCCATCCAGCTCGACCTCATCGGCAAAGTC
CGTGGTATTTCAGACGCCGAAGACTTCTTCCTCACTCTCCCTGACAACTTTAAGGACCGC
AGAGTCTATGGCTCCCTCCTCAATGCCTATGTTCGGGCCAAGTCCAGAGACAAAGCTGAA
GCCCTGATCGACACTATGAGGCAGAAAGGTTACGCCCTTCACCCTCTTCCCTTCAACGTT
ATGATGACTCTCTACATGAACCTTAGGGAGTACCACAAAGTTGACGCTATGGTCTTCGAG
ATGAAGCAGAAAGATATTCGTCTCGACATCTACTCCTACACATCTGGCTCTCTCTGCTCC
TCGTTGACAAATGGAGCTGTCTATCACCAGATGAATCTGATGCTTCATCATCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW82TF U 35
AF RR1AD73TF U 1
AF RR1CN90TF U 3
BS 1 409 RR1AD73TF
BS 410 410 RR1CN90TF
BS 411 755 RR1AD73TF
BS 756 834 RR1CN90TF

RD RR1CW82TF 178 0 0
AGGCGGTACAGAATCGCAATGTTCCGCTGGCTTTCTCCTCCGCCTCATATTCTCGCCTCC
CTCGCTCGAAATTACCACCCGTCGTAGTCTCCGTGGCTCCAATGAAGAAGAAGACGGCGG
CAATAATCGTGTGCTCCATCTCCCAGGTTTATGG*TACGGAACGGTGGACTACGAGAG

QA 1 178 1 178
DS 

RD RR1AD73TF 755 0 0
GGTGAACGAAAGAGAGAGAGAGATATGTTGCTTCAGGCGGTACAGAATCGCAATGTTCCG
CTGGCTTCCTCCTCCGCCTCATATTCTCGCCTCCCTCGCTCGAAATTACCACCCGTCGTA
GTCTCCGTGGCTCCAATGAAGAAGAAGACGGCGGCAATAATCGTGTGCTCCATCTCCCAG
GTGTATGGCTACGGAACGGTGGACTACGAGAGAAGGCCGATTATCCAGTGGAATGCAATC
TACAAGAAGATATCTCTGATGGAGAAGCCGGAGCTGGGTGCCGCCTCCGTCTTGAATCAG
TGGGAGAAAGGAGGCCGTAAGCTTACCAAGTGGGAGCTCTGTCGGGTCGTCAAGGAGCTT
CGCAAGTATAAGCGTCCTAACCAAGCTCTTGAGGTGTACGACTGGATGA*CCAGCGAGGC
GAAAGGTTTCGGTTGTCTGCAAGTGATGCTGCCATCCAGCTCGACCTCATCGGCAAAGTC
CGTGGTATTTCAGACGCCGAAGACTTCTTCCTCACTCTCCCTGACAACTTTAAGGACCGC
AGAGTCTATGGCTCCCTCCTCAATGCCTATGTTCGGGCCAAGTCCAGAGACAAAGCTGAA
GCCCTGATCGACACTATGAGGCAGAAAGGTTACGCCCTTCACCCTCTTCCCTTCAACGTT
ATGATGACTCTCTACATGAACCTTAGGGAGTACCACAAAGTTGACGCTATGGTCTTCGAG
ATGAAGCAGAAAGATATTCGTCTCGACATCTACTC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1CN90TF 832 0 0
GGAACGAA
AGAGAGAGAGAGATATGTTGCTTCAGGCGGTACAGAATCGCAATGTTCCGCTGGCTTCCT
CCTCCGCCTCATATTCTCGCCTCCCTCGCTCGAAATTACCACCCGTCGTAGTCTCCGTGG
CTCCAATGAAGAAGAAGACGGCGGCAATAATCGTGTGCTCCATCTCCCAGGTGTATGGCT
ACGGAGCGGTGGACTACGAGAGAAGGCCGATTATCCAGTGGAATGCAATCTACAAGAAGA
TATCTCTGATGGAGAAGCCGGAGCTGGGTGCCGCCTCTGTCTTGAATCAGTGGGAGAAAG
GAGGCCGTAAGCTTACCAAGTGGGAGCTCTGTCGGGTCGTCAAGGAGCTTCGCAAGTATA
AGCGTCCTAACCAAGCTCTTGAGGTGTACGACTGGATGAACCAGCGAGGCGAAAGGTTTC
GGTTGTCTGCGAGTGATGCTGCCATCCAGCTCGACCTCATCGGCAAAGTCCGTGGTATTT
CAGACGCCGAAGACTTCTTCCTCACTCTCCCTGACAACTTTAAGGACCGCAGAGTCTATG
GCTCCCTCCTCAATGCCTATGTTCGGGCCAAGTCCAGAGACAAAGCTGAAGCCCTGATCG
ACACTATGAGGCAGAAAGGTTACGCCCTTCACCCTCTTCCCTTCAACGTTATGATGACTC
TCTACATGAACCTTAGGGAGTACCACAAAGTTGACGCTATGGTCTTCGAGATGAAGCGGA
AAGATAT*CGTCTCGACATCTACTCCTACACATCTGGCTCTCTCTGCTCCTCGTTGACAA
ATGGAGCTGTCTATCACCAGATGAATCTGATGCTTCATCATCCA

QA 9 832 9 832
DS 



CO CL583Contig2 1460 6 14 U
CGCAAGCAAATCATTCATGTTTTAGTACTAACTGTAATTTAGGGG**ATCATTTTGATTC
AGGTTCCTCTTTTACAGCCAGATCTAAATCTATCTTACTCTTATTACAAATCATCTTGCA
GTTGCGTAACAAGTACATCGGTCTCATCATTTTCTTCTGCTGCATCAATAAGAGCTTGGT
AAGATTTGTCTTGAAGGTGCCCCGATTGCCTCAACAATTCCAAAACGGTCTCTTTACTAG
AGACATCCGACTCCTCTTCACAGAGCTTGAAGAAGCCTGAGAGCACCAACACCTTGGGCC
TCCAATTGCTGGACCCTTGCGCAGAAAAAGCTTGTTTCAGACAAGCCAAAGCCTGTGTGA
TACTCCTCTTTCTGGTACGACCATCGGCTAGAATCTCCCAAGTACCTGGGCTCGGCTTTC
CCCCCATTTCAATCATGTGGTCGAACAACCCTTCAGCCTTGTCAAGCTGGTCGTTTTTAA
CGTACACATTCATAAGAAGGTTAGGTATCCTGGGGTCAAAAGAAGACTTGACTGGAAGCC
ACTCCTCATATACCTTCTCGGCACCTTCAATATCTCCCATCCTCACCAAGGAGGAGACGA
GAGCATGGTATCCCAGATTGGGAATGCTGGGTACAACAGATTTGTAGACATTCCAAACCC
GGAACAGCTCTTTCTTGTTACCAAGGCTGCCGTACAAGCTCAAGAGGTAGTGATAAGGGA
TACGATTACGACCAGTAATCCTGGCCTCAACCTTCCTCAGAGCATCCTCAGCTTTCAGAG
ATTCGCCCATCTTAATGTACATGGTGGCCATGGTGCTAAAAGTGGTCCAGTTGGGATTGA
TGGAAGCATCAGATTTCATCTGCTGATAGACAAGCTCCATTTGGTCAACGGAGGAGCAGG
AGGAGAGCCAGATGTTGTAGGAGTAGATGTCGAGACGAATATCTTTCTGCTTCATCTCGA
AGACCATAGCGTCAACTTTGTCGTACTCCCTAAGGTTCATGTAGAGAGTCATCATAACGT
TGAAGGGAAGAGGGTGAAGGGCGTAACCTTTCTGCCTCATAGTGTCGATTAAGGCTTCAG
CTTTGTCTCTGGACTTGGCCCTAACATAGGCATTGAGGAGGGAGCCATAGACCCTGCGGT
CTTTAAAGTTGTCAGGGAGAGTGAGGAAGAAGGAGGCCGCACCCAGCTCCGGCTTCTCCA
TCAGAGATATCTTCTTGTAGATTGCATTCCACTGGGTAACCGGCCTTCTCTCGTAGTCCA
CCGTTCCGTAGCCATACACCTGGGAGATGGAGCACACGATTATTGCCGCCGTCTTCTTCT
TCATTGGAGCCACGGAGACTACGACGGGTGGTGATTTCGAGCGAGGGAGGCGAGAATATG
AGGCGGAGGAGGATGCCAGCGGAACATTGCGATTCTGTACCGCCTGAAGCAACATATCTC
TCTCTCTCTCTCTTTCGTTC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC32JQ U 5
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AF RR1AD73JQ U 2
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G
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QA 2 325 2 325
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AAGATTTGTCTTGAAGGTGCCCCGATTGCCTCAACAATTCCAAAACGGTCTCTTTACTAG
AGACATCCGACTCCTCTTCACAGAGCTTGAAGAAGCCTGAGAGCACCAACACCTTGGGCC
TCCAATTGCTGGACCCTTGCGCAGAAAAAGCTTGTTTCAGACAAGCCAAAGCCTGTGTGA
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TCCGACTCCTCTTCACAGAGCTTGAAGAAGCCTGAGAGCACCAACACCTTGGGCCTCAAA
TTGCTGGACCCTTGCGCAGAAAAAGCTTGTTTCAGACAAGCCAAAGCCTGTGTGATACTC
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AGTTCTTTCTTGT

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GCAAATCATTCATGTTTTAGTACTAACTGTAATTTAGGGG**ATCATTTTGATTCAGGTT
CCTCTTTTACAGCCAGATCTAAATCTATCTTACTCTTATTACAAATCATCTTGCAGTTGC
GTAACAAGTACATCGGTCTCATCATTTTCTTCTGCTGCATCAATAAGAGCTTGGTAAGAT
TTGTCTTGAAGGTGCCCCGATTGCCTCAACAATTCCAAAACGGTCTCTTTACTAGAGACA
TCCGACTCCTCTTCACAGAGCTTGAAGAAGCCTGAGAGCACCAACACCTTGGGCCTCCAA
TTGCTGGACCCTTGCGCAGAAAAAGCTTGTTTCAGACAAGCCAAAGCCTGTGTGATACTC
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ATTTCAATCATGTGGTCGAACAACCCTTCAGCCTTGTCAAGCTGGTCGTTTTTAACGTAC
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AGCTCTTTCTTGTTACCAAGGCTGCCGTACAAGCTCAAGAGGTAGTGATAAGGGATACGA
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GCATCA

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TCTCGGCACCTTCAATATCTCCCATCCTCACCAAGGAGGAGACGAGAGCATGGTATCCCA
GATTGGGAATGCTGGGTACAACAGATTTGTAGACATTCCAAACCCGGAACAGCTCTTTCT
TGTTACCAAGGCTGCCGTACAAGCTCAAGAGGTAGTGATAAGGGATACGATTACGACCAG
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C

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TTCAGCTTTGTCTCTGGACTTGGCCCTAACATAGGCATTGAGGAGGGAGCCATAGACCCT
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CTCCATCAGAGATATCTTCTTGTAGATTGCATTCCACTGGGTAACCGGCCTTCTCTCGTA
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CTTCTTCATTGGAGCCACGGAGACTACGACGGGTGGTGATTTCGAGCGAGGGAGGCGAGA
ATATGAGGCGGAGGAGGATGCCAGCGGAACATTGCGATTCTGTACCGCCTGAAGCAACAT
ATCTCTCTCTCTCTCTCTTTCGTTC

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 9

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TACGCCGTCAACAGCTTCTTTCAAAAGAAAGGTCAGTCTCAGGGAACTTGTGACTTCGCC
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GCAAGTGGTAGTGGGACAACGACGCCAGTGACGACAACACCTTCGACAAGAGTCCCAACG
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AAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 30 15 30 30 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1CH90TF U 1
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AF RR1C118TF U 65
AF RR1FT09TF U 65
AF RR1AH47TF U 651
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BS 350 703 RR1CH90TF
BS 704 774 RR1C118TF
BS 775 775 RR1AH47TF
BS 776 800 RR1C118TF
BS 801 801 RR1FT09TF
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BS 806 825 RR1C118TF
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BS 873 1015 RR1AH47TF
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RD RR1CH90TF 705 0 0
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AAACCCATTCACCAGAACGGACCTTGCTTTAACCCAAACACAGTCAAGTCCCACTGCTCC
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GCAAGTGGTAGTGGGACAACGACGCCAGTGACGACAACACCTTCGACAAGAGTCCCAACG
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CA

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DS 

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ACAGTCAAGTCCCACTGCTCCTACGCCGTCAACAGCTTCTTTCAAAAGAAAGGTCAGTCT
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CCGTCAACAGCTTCTTTCAAAAGAAAGGTCAGTCTCAGGGAACTTGTGACTTCGCCTGCA
CAGCCACCGTCTCAGCCTCTGATCCTAGCTACACATCTTGTCCTTTTCCTGCAAGTGCAA
GTGGTAGTGGGACAACGACGCCAGTGACGACAACACCTTCGACAAGAGTCCCAACGACAA
CTAATACAAGACCCTACACATCATCATCAACAGGAGGAGGAGGAGGTTTGGGAATCCCGT
CTGGAATCCCAGATTACACAGATCCAACATCCTCTGGATTCAAACTCCAAAACCCAAGAA
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DS 

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CTTAGTTGCACGTGTTTTGTTTTCCTAGCTGTTATCTACTTGGCTCTGAATCAAAAATGT
ATATTTTTTTAATTTTTAAATTAAGAAGACGGGAATATTTAAGGTTGTCTTTCACCGGGG
CTGTT

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DS 

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TTTTAAATTAAGAAGACGGGAATATTTAAGGTTG
C

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DS 

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TAGCACTAGTACTACTGTAGTGATGGGAGAGACACTTAGTTGCACGTGTTTTGTTTTCCT
AGCTGTTATCTACTTGGCTCTGAATCAAAAATGTATATTTTTTTAATTTTTAAATTAAGA
AGACGGGAATATTT

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DS 

RD RR1FT09JQ 718 0 0
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CAGTGACGACAACACCTTCGACAAGAGTCCCAACGACAACTAATACAAGACCCTACACAT
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ATCCAACATCCTCTGGATTCAAACTCCAAAACCCAAGAACCACGTTCTTTGTATCCGTAA
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CTACTTGGCTCTGAATCAAAAATGTATATTTTTTTAATTTTTAAATTAAGAAGACGGG

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DS 

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ACAGCTTCTTTCAAAAGAAAGGTCAGTCTCAGGGAACTTGTGACTTCGCCGGCACAGCCA
CCGTTTCAGCCTTTGATCCTAGCTACACATCTTGTCCTTTTCCTGCAAGTGCAAGTGGTA
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TCCCAGATTACACAGATCCAACATCCTCTGGATTCAAACTCCAAAACCCAAGAACCACGT
TCTTTGTATCCGTAATCTTAGTCTTCTTCATCATCACCTCCTAGGCTCCTACTCGTTGAG
CTTAGTAAACAACAACAACTAATCAAGATGGAAGGTAGATCATGTGAGTGTGGGTCTCTC
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QA 10 782 10 782
DS 



AS 1 9

CO CL585Contig1 1406 9 15 U
GGCCCCTTCTTCCATTATTAATTAATTATTATAAAAGGTAGATTCTCCCATTAGTTTGAT
TGAGGTTGCTTCTACAACGAGATCTTTTAATCTTCTGGGATTCCAAAACCATGGCTGCTG
ATTCTACAACCAAACTCTGTTTGGTCTCTGTTGTCTTGCTCTTAGGCCTTGTCTCCTCGT
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CTATTAATGATCGTTTCTCTAACGCAACTGTAGCAGAGTTTAAGCGTCTCCTTGGTGTTA
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ATAGATTCTGTATCCAATTTGGAATGAACATTACTTTATCAGTAAATGACCTCTTAGCAT
GTTGTGGATTCCGTTGTGGTGATGGTTGTGACGGTGGCTACCCAATTGCTGCTTGGAAAT
ACTTCTCCTACAGTGGTGTTGTCACTGAAGAGTGTGATCCATACTTTGATCAAACCGGAT
GCTCTCACCCTGGTTGTGAACCTGCATATCCTACACCGAGATGCATGAGGAAATGCGTTA
GCGGAAACCAGTTATGGAGCGAGTCAAAGCATTACAGTGTTAGTACCTACGTTGTGAACT
CTAATCCTCAAGACATCATGGCTGAGATTTACAAGAATGGACCTGTCGAAGTCTCTTTCA
CAGTTTATGAGGACTTTGCTCATTACAAATCTGGAGTGTACAAGCACATAACAGGTCCTA
ACATTGGAGGTCATGCTGTTAAGCTTATTGGTTGGGGAACTACTGATGATGGAGAAGATT
ATTGGTTGTTGGCAAACCAATGGAACAGAAGCTGGGGTGATGATGGTTATTTCATGATTA
GGAGAGGAACAAATGAATGTGGAATTGAGGATGAACCAGTGGGTGGTTTGCCTTCAACCA
AGAATGTGTTCAAGGTTACAACCGGTTCAGATGAGATTTCTGTTGCATCGGTTTAAGATA
AGGGATGGAGAAGTTTGTTTCTGTAAGATATTCTATGTTACTGTGTTGTGGTTGTTGTTG
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TCATTAAAGAGTTAAATATTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 
35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H239TF U 1
AF RR1E847TF U 60
AF RR1DI79TF U 60
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AF RR1EY55TF U 553
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BS 540 672 RR1H239TF
BS 673 871 RR1AK29TF
BS 872 902 RR1EY55TF
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BS 904 1199 RR1EY55TF
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ACTTCTCCTACA

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DS 

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GG
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ACCAACACCTAAGAAGTTACTCTTAGGTGTTCCTGTTGTAAGCCATGATCAGTCTCTGAA
GTTACCTAAATCATTCGATGCTAGAAACGCTTGGCCTCAGTGCACCAGTATTGGAAACAT
CTTAGATCAGGGACATTGTGGCTCTTGCCGGGCCTTTGGTGCTGTTGAATCACTATCTGA
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GG
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TCTCGACTTGCAGGGAGTTGCAGCAGAGAATCTTACCAAACAGAAACTGAACTCGAAGAT
ACTTCAGGAAGAGATAGTGAAGAGGGTCAACGAGCACCCAAACGCTGGATGGAAAGCTGC
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ACCAACACCTAAGAAGTTACTCTTAGGTGCTCCTGTTGTAAGCCATGATCAGTCTCTGAA
GTTACCTAAATCATTCGATGCTAGAAACGCTTGGCCTCAGTGCACCAGTATTGGAAACAT
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CTTCTCCTACAGTGGTGTTGTCACTGAAGAGTGTGATCCATACTTTGATCAAACCGGATG
CTCTCACCCTGGTTGTGAACCTGCATATCCTACACCGAGATGCATGAGGAAATGCGTTAG
CGGAAACCAGTTATGGAGCGAGTCAAAGCATTACAGTGTTAGTACCTACGTTGTGAACTC
TAATCCTCAAGACATCATGGCTGAGATTTA

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G
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CATGAGGAAATGCGTTAGCGGAAACCAGTTATGGAGCGAGTCAAAGCATTACAGTGTTAG
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TGCATCGGTTTAAGATAAGGGATGGAGAAGTTTGTTTCTGTAAGATACTCTATGTTACTG
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CC

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DS 

RD RR1DI79JQ 758 0 0
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GCGTTAGCGGAAACCAGTTATGGAGCGAGTCAAAGCATTACAGTGTTAGTACCTACGTTG
TGAACTCTAATCCTCAAGACATCATGGCTGAGATTTACAAGAATGGACCTGTCGAAGTCT
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TCT

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DS 

RD RR1EY55JQ 460 0 0
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CC

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DS 

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TTTT
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AACCGAAGAAGAATTATAATATGGTGAATTTGCTTTTTTCATACTTTGTTTACACTTAGA
CTTGATCATTAAAGAGTTAAATATTTTTTTT

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DS 



AS 2 7

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AGTACTGGTTCACGAGATGAGTTATAAGGGTCCTCTGTCCTCCTTTATTGTTGCATGCAT
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ACAAACGTGTCAGTCAATAAAATCTGAACCCATGGATCAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BH92TF U 1
AF RR1BH92JQ C 24
BS 1 582 RR1BH92TF

RD RR1BH92TF 582 0 0
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CGGAAGCATTCGGGGGAACCCCTCGTTACAGCAGCAGATGATTCAAATTCTTGGTGGAGG
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TTGAAGGGCATTGAGGTGTATGTTTCAGTAATCCAAGCTTATGCATCATATGAAAGCAAG
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ACAAACGTGTCAGTCAATAAAATCTGAACCCATGGATCAAAC

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DS 

RD RR1BH92JQ 559 0 0
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CGTTACAGCAGCAGATGATTCAAATTCTTGGTGGAGGTTCTTGGAAAATGCTGTCAAGGA
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TTCAGTAATCCAAGCTTATGCATCATATGAAAGCAAGAGTACTGGTTCACGAGATGAGTT
ATAAGGGTCCTCTGTCCTCCTTTATTGTTGCATGCATGACACAACATTTGAGCTTCAAGT
CTTGCTGTCCAAAAAAAAAAGAAAAAGTTTTGCGGTAACAAACGTGTCAGTCAATAAAAT
CTGAACCCATGGATCAAAC

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DS 



CO CL586Contig2 1451 5 21 U
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GTTGTTCTTCTTCTTCATCTATGCATCCTTTCTGCAGCAGTGGGTGACGAGATCGTGTCG
AGATTTCAGGAGTATCTCCGAATCGACACGGTTCATCCAAATCCAGATTACTACAAAGCC
GTTGACTTTATAAACACTCAGGCCAAATCACTCTCCCTCGAATCTCAGACGACTGAGTTC
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TGGCTTGTGATTAAGGCCAAAGGACCCCCTGGCCACGGTGCCAAGCTCTATGACAACTCT
GCCATGGAGAATCTCCTCAAAAGTATTGAGAGTATTCGTCGATTCAGAGCTTCCCAATTC
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CTGGTGGAGGAATGGGCACCCGCCGCACGCAACATGTCCTTTGAGTTCAAGCAGAAGCAT
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AATGCTGTCAAGGAAGCTGGAGGTAAAACTAGTAAGCCTGAGATTTTCCCTGCATCAACA
GATGCTCGCTACTTCCGGATGGCTGGCGTTCCCGCGTTTGGCTTCTCTCCCATTTCAAAC
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TTTATGTGATG


BQ
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW56TF U 1
AF RR1C336TF U 79
AF RR1AG57TF U 298
AF RR1EQ12TF U 598
AF RR1DW56JQ C 829
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GTTGACTTTATAAAGACTCAGGCCAAATCACTCTCCCTCGAATCTCAGACGACTGAGTTC
GTTAAGGGAAAGCCGCATATCCTCCTCAAGTGGGTTGGCTCCGACCCAACTCTACCAGCC
CTTCTACTCAACTCCCACACCGATGTCGTTCCCTTCGAGGAATCCAAGTGGATCCACCAC
CCACTCCAAGCTCACATGGACAAGGAGGGAGACATATATGCGAGAGGTTCTCAGGACATG
AAGTGCGTTGGGATGCAGTATCTGGAGGCCATACGCAAGCTCCAGGCTTCTGGCTTTCAC
CCAATCCGATCCGTCTATCTCTCCTTCGTCCCCGATGAGGAGATCGGCGGCCACGATGGA
GCCGAGAAGTTCACCGAATCTCACCTCTTCAAGACCTTGAACGTCGGTATCGTGCTCGAC
GAAG*TCTGCCATCGCCTAGTAAGAGTTACAGAGTATTCTATGGAGAGAGGAGTCCCTGG
TGGCTT
GTGA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1C336TF 593 0 0
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CGAATCGACACGGTTCATCCAAATCCAGATTACTACAAAGCCGTTGACTTTATAAACACT
CAGGCCAAATCACTCTCCCTCGAATCTCAGACGACTGAGTTCGTTAAGGGAAAGCCGCAT
ATCCTCCTCAAGTGGGTTGGCTCCGACCCAACTCTACCTGCCCTTCTACTCAACTCCCAC
ACCGATGTCGTTCCCTTCGAGGAATCCAAGTGGATCCACCACCCACTCCAAGCTCACATG
GACAAGGAGGGAGACATATATGCGAGAGGTTCTCAGGACATGAAGTGCGTTGGGATGCAG
TATCTGGAGGCCGTACGCAAGCTCCAGGCTTCTGGCTTTCACCCAATCCGATCCGTCTAT
CTCTCCTTCGTCCCCGATGAGGAGATCGGCGGCCACGATGGAGCCGAGAAGTTCACCGAA
TCTCACCTCTTCAAGACCTTGAACGTCGGTATCGTGCTCGACGAAGGTCTGCCATCGCCT
AGTAAGAGTTACAGAGTATTCTATGGAGAGAGGAGTCCCTGGTGGCTTGTGA
T

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1AG57TF 715 0 0
GG
CCTTCTACTCAACTCCCACACAGATGTCGTTCCCTTCGAGGAATCCAAGTGGATCCACCA
CCCACTCCAAGCTCACATGGACAAGGAGGGAGACATATATGCGAGAGGTTCTCAGGACAT
GAAGTGCGTTGGGATGCAGTATCTGGAGGCCATACGCAAGCTCCAGGCTTCTGGCTTTCA
CCCAATCCGATCCGTCTATCTCTCCTTCGTCCCCGGTGAGGAGATCGGCGGCCACGATGG
AGCCGAGAAGTTCACCGAATCTCACCTCTTCAAGACCTTGAACGTCGGTATCGTGCTCGA
CGAAGGTCTGCCATCGCCTAGTAAGAGTTACAGAGTATTCTATGGAGAGAGGAGTCCCTG
GTGGCTTGTGATTAAGGCTAAAGGACCCCCTGGCCACGGTGCCAAGCTCTATGACAACTC
TGCTATGGAGGATCTCCTCAAAAGTATTGAGAGTATTCGTCGATTCAGAGCTTCCCAATT
CGATCTTCTCAAAGCTGGTGGCACTGCTGAAGGCGATGTCGCCTCCGTCAACATGGCCTT
CCTCAAGGCTGGCACACCCTCCCCAACTGGTTTCGTGATGAATCTGCAACCTTCTGAGGC
TGAAGCTGGTTTCGACATTCGTATCCCTCCCACCTTTGATTCTGAATCACTTGAAAGACG
TTTGGTGGAGGAATGGGCTCCCGCCGCACGCAACATGTCCTTTGAGTTCAAGC

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR1EQ12TF 679 0 0
GACGAAG
GTCTGCCATCGCCTAGTAAGAGTTACAGAGTATTCTATGGAGAGAGGAGTCCCTGGTGGC
TTTTGATTAAGGCCAAAGGACCCCCTGGCCACGGTGCCAAGCTCTATGACAACTCTGCCA
TGGAGAATCTCCTCAAAAGTATTGAGAGTATTCGTCGATTCAGAGCTTCCCAATTCGATC
TTCTCAAAGCTGGTGGCACTGCTGAAGGCGATGTCGTCTCCGTCAACATGGCCTTCCTCA
AGGCTGGCACACCCTCCCCAACTGGTTTCGTGATGAATCTGCAACCTTCTGAGGCTGAAG
CTGGTTTCGACATTCGTATCCCTCCCACCTTTGATTCTGAATCACTTGAAAGACGTCTGG
TGGAGGAATGGGCACCCGCCGCACGCAACATGTCCTTTGAGTTCAAGCAGAAGCATTCGG
AGGAACCGCTCCTTACAGTAGCAGATGATTCAAATCCTTGGTGGAGGCTCTTGGAAAATG
CTGTCAAGGAAGCTGGAGGTAAAACTAGTAAGCCTGAGATTTTCCCTGCATCAACAGATG
CTCGCTACTTCCGGATGGCTGGCGTTCCCGCGTTTGGCTTCTCTCCCATTTCAAACACCC
CTAGTTTGCTTCATGACCACAATGAGTATTTGGGTAGAGCTGAGTATCTGAAGGGGATTG
ACGTGTATGTTT

QA 8 679 8 679
DS 

RD RR1DW56JQ 623 0 0
AACATGGCCTTCCTCAAGGCTGGCACACCCTCCCCAACTGGTTTCGTGATGAATCTGCAA
C*TTCTGAGGCTGAAGCTGGTTTCGACATTCGTATCCCTCCCACCTTTGATTCTGAATCA
CTTGAAAGGCGTCTGGTGGAGGAATGGGCACCCGCCGCACGCAACATGTCCTTTGAGTTC
AAGCAGAAGCATTCGGGGGAACCGCTCCTTACAGTAGCAGATGATTCAAATCCTTGGTGG
AGGCTCTTGGAAAATGCTGTCAAGGAAGCTGGAGGTAAAACTAGTAAGCCTGAGATTTTC
CCTGCATCAACAGATGCTCGCTACTTCCGGATGGCTGGCGTTCCCGCGTTTGGCTTCTCT
CCCATTTCAAACACCCCTAGTTTGCTTCATGACCACAATGAGTATTTGGGTAGAGCTGAG
TATCTGAAGGGGATTGACGTGTATGTTTCAATTATCAAAGCTTATGCATCATATGAAAGC
AAGAGTGGTTCACGAGATGAGTTATAAAAAGGTCCACTTATAGTTGCGCATCAAGTCTTT
CTGTAACAACAATCAATAAGATCTGAACCCACCATGCTGTTGTAAAATCAGACAAAACAT
GTTATTTTCAACTTTATGTGATG

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 9

CO CL587Contig1 755 9 22 U
GGACTCGCCTCCGAATTCAATCAATCAGAAAAAGTAAATCTGTTTTCGATCTGAGAGAAA
GCGTCGTGCGAAGAAGAATCAAAAAGAGATGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAA
GTTATCATTCCTGGAGAATTACACCAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTTCTTG
GTCTTCCTCCGACGTCGATGAGTTCATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCCTGAA
AACAGCTAGGGAAGCTGCGACTTTCGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCAC
TGCTGCTTTTGCTTGGAAATACTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTCTTAGG
AGGAGGTCTTTTTGGTTGGACCTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGATGCAATTGTA
TAAGCTGGACACAATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTCTCA
GGGAAGGTCCTGAACTCAAAAAA**ACAGAGAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTT
GTCTTGCAAACAACGTGAGATGGTGGCAGCAGTTAA*TCCATTTTCAGACTCTCTTTCGA
ACCTTTCTTTATGTTCTCACTCTCGAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATTCAAC
AAGCTCCATGGAGAATGCTGAGTAGATGAATCGAAACAAACTAAATGGTCTCATTTGGAT
TTTTATAATAAGAAGTTTATTCAGTGTTAAATACG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 0 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 40 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ72TF U 64
AF RR1G073TF U 30
AF RR1DO52TF U 1
AF RR1DP14TF U 1
AF RR1GN94TF U 56
AF RR1DP14JQ C 19
AF RR1G073JQ C 30
AF RR1GQ72JQ C 85
AF RR1GT21JQ C 188
BS 1 219 RR1DO52TF
BS 220 220 RR1GQ72TF
BS 221 243 RR1DO52TF
BS 244 244 RR1DP14TF
BS 245 298 RR1DO52TF
BS 299 299 RR1GQ72TF
BS 300 354 RR1DO52TF
BS 355 355 RR1DP14TF
BS 356 457 RR1DO52TF
BS 458 458 RR1GQ72TF
BS 459 495 RR1DO52TF
BS 496 496 RR1DP14TF
BS 497 576 RR1DO52TF
BS 577 577 RR1DP14TF
BS 578 588 RR1DO52TF
BS 589 589 RR1DP14TF
BS 590 658 RR1DO52TF
BS 659 659 RR1DP14TF
BS 660 671 RR1DO52TF
BS 672 689 RR1DP14TF
BS 690 740 RR1DP14JQ
BS 741 755 RR1GQ72JQ

RD RR1GQ72TF 534 0 0
GG
GTGCGAAGAAGAATCAAAAAGAGATGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAAGTTAT
CATTCCTGGAGAATTACACCAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTCTT
CCTCCGACGTCGATGAGTTCATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCCTGAAAACTG
CTAGGGAAGCTGCGACTTTCGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCACTGCTG
CTTTTGCTTGGAAATACTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTTTTAGGAGGAG
GTCTTTTTGGTTGGACCTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGATGCAATTGTAT**GC
TGGACACAATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTCTCAGGGAA
GGTCCTGAACCCAAAAAA**ACAGAGAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTTGTCTT
GCAAACAACGTGAGATGGTGGCAGCAGTTAAATCCATTTTCAGTCTCTCTTT

QA 3 534 3 534
DS 

RD RR1G073TF 568 0 0
G
AAAGTAAATCTGTTTTCGATCTGAGAGAAAGCGTCGTGCGAAGAAGGATCAAAAAGAGAT
GGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAAGTTATCATTCCTGGAGAATTACACCAGGTT
CACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTCTTCCTCCGACGTCGATGAGTTCATTGC
CTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCCTGAAAACAGCTAGGGAAGCTGCGACTTTTGGTGC
TACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCACTGCTGCTTTTGCTTGGAAATACTCCAGGAG
TCCACATGGTACTGCACTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTCTTTTTGGTTGGACCTTTGGGCA
AGAAGTAGCCAACCACACGATGCAATTGTATAAGCTGGACACAATGGCGGCTCAAGTTAA
GTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTCTCAGGGAAGGTCCTGAACTCAAAAAAAAACAGA
GAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTTGTCTTGCAAACAACGTGAGATGGTGGCAGC
AGTTAA*TCCATTTTCAGACTCTCTTT

QA 2 568 2 568
DS 

RD RR1DO52TF 671 0 0
GGACTCGCCTCCGAATTCAATCAATCAGAAAAAGTAAATCTGTTTTCGATCTGAGAGAAA
GCGTCGTGCGAAGAAGAATCAAAAAGAGATGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAA
GTTATCATTCCTGGAGAATTACACCAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTTCTTG
GTCTTCCTCCGACGTCGATGAGTTCATTGCCTCCGATCCTGTCAATGGACCCACCCTGAA
AACTGCTAGGGAAGCTGCGACTTTCGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCGC
TGCTGCTTTTGCTTGGAAATACTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTTTTAGG
AGGAGGTCTTTTTGGTTGGACCTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGATGCAATTGTA
TAAGCTGGACACAATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGTAATGGTGGGAACGCAAGTCTCA
GGGAAGGTCCTGAACCCAAAAAA**ACAGAGAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTT
GTCTTGCAAACAACGTGAGATGGTGGCAGCAGTTAAATCCATTTTCAGTCTCTCTTTCGA
ACCTTTCTTTATGTTCTCACTCTCGAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATTCA*C
AAGCTCCATGG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1DP14TF 689 0 0
GGACTCGCCTCCGAATTCAATCAATCAGAAAAAGTAAATCTGTTTTCGATCTGAGAGAAA
GCGTCGTGCGAAGAAGAATCAAAAAGAGATGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAA
GTTATCATTCCTGGAGAATTGCACCAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCCTCCTTCTTG
GTCTTCCTCCGACGTCGATGAGTTCATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCCTGAA
AACAGCTAGGGAAGCTGCGACTTTTGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCAC
TGCTGCTTTTGCTTGGAAATACTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTCTTAGG
AGGAGGTCTTTTTGGTTGGACCTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGACGCAATTGTA
TAAGCTGGACACAATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTCTCA
GGGAAGGTCCTGAACTCAAAAAA**ACAGAGAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTT
GTCTTGCAAACAACGTGAGATGGTGGCAGCAGTTAA*TCCATTTTCAGACTCTCTTTCGA
ACCTTTCTTTATGTTCTCACTCTCGAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATTCAAC
AAGCTCCATGGAGAATGCTGAGTAGATGA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1GN94TF 615 0 0
G
GAAAGCGTCGTGCGAAGAAGAATCAAAAAGAGATGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGG
AGAAGTTATCATTCCTGGAGAATTACACCAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTT
CTTGGTCTTCCTCCGACGTCGATGAGTTCATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCC
TGAAAACAGCTAGGGAAGCTGCGACTTT*GGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGT
CCACTGCTGCTTTTGCTTGGAAATACTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTCT
TAGGAGGAGGTCTTTTTGGTTGGACCTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGATGCAAT
TGTATAAGCTGGACACAATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGT
CTCAGGGAAGGTCCTGAACTCAAAAAA**ACAGAGAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAA
GCTTGTCTTGCAAACAACGTGAGATGGTGGCAGCAGTTAA*TCCATTTTCAGACTCTCTT
TCGAACCTTTCTTTATGTTCTCACTCTCGAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATT
CAACAAGCTCCATG

QA 2 615 2 615
DS 

RD RR1DP14JQ 730 0 0
AATCAATCAGAAAAAGTAAATCTGTTTTCGATCTGAGAGAAAGCGTCGTGCGAAGAAGAA
TCAAAAAGAGATGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAAGTTATCATTCCTGGAGAA
TTGCACCAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCCTCCTTCTTGGTCTTCCTCCGACGTCGA
TGAGTTCATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCCTGAAAACAGCTAGGGAAGCTGC
GACTTTTGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCACTGCTGCTTTTGCTTGGAA
ATACTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTCTTTTTGGTTG
GACCTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGACGCAATTGTATAAGCTGGACACAATGGC
GGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTCTCAGGGAAGGTCCTGAACTCA
AAAAA**ACAGAGAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTTGTCTTGCAAACAACGTGA
GATGGTGGCAGCAGTTAA*TCCATTTTCAGACTCTCTTTCGAACCTTTCTTTATGTTCTC
ACTCTCGAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATTCAACAAGCTCCATGGAGAATGC
TGAGTAGATGAATCGAAACAAACTAAATGGTCTCATTTGGATTTTTATAATAAGAAGTTT
AT
TCAGTGTT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1G073JQ 713 0 0
G
AAAGTAAATCTGTTTTCGATCTGAGAGAAAGCGTCGTGCGAAGAAGGATCAAAAAGAGAT
GGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAAGTTATCATTCCTGGAGAATTACACCAGGTT
CACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTCTTCCTCCGACGTCGATGAGTTCATTGC
CTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCCTGAAAACAGCTAGGGAAGCTGCGACTTTTGGTGC
TACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCACTGCTGCTTTTGCTTGGAAATACTCCAGGAG
TCCACATGGTACTGCACTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTCTTTTTGGTTGGACCTTTGGGCA
AGAAGTAGCCAACCACACGATGCAATTGTATAAGCTGGACACAATGGCGGCTCAAGTTAA
GTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTCTCAGGGAAGGTCCTGAACTCAAAAAAAAACAGA
GAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTTGTCTTGCAAACAACGTGAGATGGTGGCAGC
AGTTAA*TCCATTTTCAGACTCTCTTTCGAACCTTTCTTTATGTTCTCACTCTCGAAACA
TGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATTCAACAAGCTCCATGGAGAATGCTGAGTAGATGAA
TCGAAACAAACTAAATGGTCTCATTTGGATTTTTATAATAAGAAGTTTAT
CC

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR1GQ72JQ 671 0 0
AGAGATGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAAGTTATCATTCCTGGAGAATTACAC
CAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTCTTCCTCCGACGTCGATGAGTT
CATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCCTGAAAACTGCTAGGGAAGCTGCGACTTT
CGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCACTGCTGCTTTTGCTTGGAAATACTC
CAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTTTTAGGAGGAGGTCTTTTTGGTTGGACCTT
TGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGATGCAATTGTAT**GCTGGACACAATGGCGGCTCA
AGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTTTCAGGGAAGGTCCTGAACCCAAAAAA*
*ACAGAGAGACGGGTGCTACTTTTTCGCCCAAGCTTGTCTTGCAAACAACGTGAGATGGT
GGCAGCAGTTAAATCCATTTTCAGTCTTTCTTTCGAACCTTTCTTTATGTTCTCACTCTC
GAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATTCAACAAGCTCCATGGAGAATGCTGAGTA
GATGAATCGAAACAAACTAAATGGTCTCATTTGGATTTTTATAATAAGAAGTTTATTCAG
TGTTAAATACG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1GT21JQ 554 0 0
TCG
GACGTCGATGAGTTCATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCCTGAAAACTGCTAGG
GAAGCTGCGACTTTCGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCACTGCTGCTTTT
GCTTGGAAATACTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTTTTAGGAGGAGGTCTT
TTTGGTTGGACCTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGATGCAATTGTATAAGCTGGAC
ACAATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTCTCAGGGAAGGTCC
TGAACCCAAAAAA**ACAGAGAGGCGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTTGTCTTGCAAA
CAACGTGAGATGGTGGCAGCAGTTAAATCCATTTTCAGTCTCTCTTTCGAACCTTTCTTT
ATGTTCTCACTCTCGAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATTCAACAAGCTCCATG
GAGAATGCTGAGTAGATGAATCGAAACAAACTAAATGGTCTCATTTGGATTTTTATAATA
AGAAGTTTAT
C

QA 4 553 4 553
DS 



AS 1 9

CO CL588Contig1 1444 9 10 U
GGAATTATGTAGGGGTATCCTAATAAAAACTTGAAAAGTAGTATCTCTATCACACAACAG
TAGTTAAAAATATCCGACTTGTCAGCTCTCCCACCTATCACGCAGAGAGAATGGAGGAGT
CACGAGAATCTCCGGCGGATCACGGCTTCTACATGCCGGCGGAGTGGGAACCTCATGCTC
AAACATGGATCGGTTGGCCTGAAAGGCAAGATAACTGGCGTCACAACGCTTTGCCTGCAC
AACGAGTGTTTGTAGATGTTGCAAAGGCGATCTCAATGTTCGAGCCTGTTACAGTCTGTG
CAAGCTCCGCTCAGTGGGAAAATGCAAGGAAACAACTTCCAGAGGAGATCAGAGTTGTTG
AGATGAGCATGAATGATTCTTGGTTCCGCGACTCTGGACCAACTTTTGTTGTGCGGAAAA
TACCATTAAAGCTCAGTTCCCTTACCCGAAACATCGCTGGAGTTGACTGGAATTTCAATG
CCTGGGGAGGAGCTGATGATGGCTGCTATAATGATTGGAGTCATGACCTCCTTGTTTCAA
AAAAGATTCTCGCTGTTGAGCGGATTCCAAGATTTCAGCACTCGATGATTCTTGAAGGAG
GCAGCATCCATGTCGACGGCGAAGGTACCTGTCTTGTGACTGAAGAGTGTCTCTTGAACA
AAAACAGGAACCCTCACATGAGCAAAGAGCAGATAGAGGAAGAGCTCAAGAGATATCTCG
GAGTACAAACATTCATCTGGCTTCCTCGTGGTCTATACGGTGATGATGACACAAACGGCC
ACATTGATAACATGTGCTGCTTTGCTAAACCGGGAGTAGTGTTACTGTCTTGGACAGACG
ATGAAGCTGATCCTCAATACGAAAGATCAGTAGAAGCTCTTACGGTTTTCTCGAACTCTG
TTGATGCTCGTGGCAGGAAGATTCAAGTCATCAAGCTCCACGTCCCTGGACCGCTTTATA
TGACCGAAGAAGAATCCTCTGGAATCATTCAGGAAGGTGAAGCTAAAGCAAGGCTTGCAG
GGACAAGACTGGCAGCATCGTATGTGAACTTCTACATCGCTAACGGAGGAATAATCGTAC
CGCAATTCGGTGACGCTAAACGCGATGAAGAAGCGATTCGCGTCCTCTCAGAGACGTATC
CTCATCACTCGGTTGTGGGGATCGAGAATGCAAGAGAGATCGTTCTAGCTGGAGGAAACA
TACATTGCATTACGCAGCAGCAGCCGGCGGAGCCTAATTCCGTCGCCGTCAACGGCCATT
GACGGTGTTCTTCGCGGGAATGAAAAGATACTGCCGTTCCCGGGATTTTTATGAATCCTG
TATTCGATTCAGAAGAGCGAACCAGAACTGTTGTATTGTTTTCTAAAACCGGATCGGTTT
AACATTAGTAAACCATTTCTATCGGTTTAAATACCAAAATGGAAAATAAATTTTTATTGG
ATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1DJ10TF U 1
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AF RR1AA29TF U 50
AF RR1BH04TF U 54
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BS 545 594 RR1DJ10TF
BS 595 916 RR1AA29TF
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TGTTGAGATGAGCATGAATGATTCTTGGTTCCGCGACTCTGGACCAACTTTTGTTGTGCG
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TTCAAAAAAGATTCTCGCTGTTGAGCGGATTCCAAGATTTCAGCACTCGATGATTCTTGA
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GG
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GGAGTCACGAGAATCTCCGGCGGATCACGGCTTCTACATGCCGGCGGAGTGGGAACCTCA
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TTCAAAAAAGATTCTCGCTGTTGAGCGGATTCCAAGATTTCAGCACTCGATGATTCTTGA
AGGAGGCAGCATCCATGTCGACGGCGAAGGTACCTGTCTTGTGACTGAAGAGTGTCTCTT
GAACAAAAACAGGAACCCTCACATGAGCAAAGAGCAGATAGAGGAAGAGCTCAAGAGATA
TCTCGGAGTACAAACATTCATCTGGCTTCCTCGTGGTCTATACGGTGATGATGACACAAA
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CTCTGTTGATGCTC

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G
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CGCTAACGGAGGAATAATCGTACCGCAATTCGGTGACGCTAAACGCGATGAAGAAGCGAT
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TTCCGTCGCCGTCA
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TT
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AAATTTTTAT
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TTCTACATCGCTAACGGAGGAATAATCGTACCGCAATTCGGTGACGCTAAACGCGATGAA
GAAGCGATTCGCGTCCTTTCAGAGACGTATCCTCATCACTCGGTTGTGGGGATCGAGAAT
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GAGCCTAATTCCGTCGCCGTCAACGGCCATTGACGGTGTTCTTCGCGGGAATGAAAAGAT
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TGGATCC

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DS 

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GCTGCTTTGCTAAACCGGGAGTAGTGTTACTGTCTTGGACAGACGATGAAGCTGATCCTC
AATACGAAAGATCAGTAGAAGCTCTTACGGTTTTCTCGAACTCTGTTGATGCTCGTGGCA
GGAAGATTCAAGTCATCAAGCTCCACGTCCCTGGACCGCTTTATATGACCGAAGAAGAAT
CCTCTGGAATCATTCAGGAAGGTGAAGCTAAAGCAAGGCTTGCAGGGACAAGGCTGGCAG
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GGGAATGAAAAGATACTGCCGTTCCCGGGATTTTTATGAATCCTGTATTCGATTCAGAAG
AGCGAACCAGAACTGTTGTATTGTTTTCTAAAACCGGATCGGTTTAACATTAGTAAACCA
TTTCTATCGGTTTAAATACCAAAATGGAAAATAAATTTTTAT

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DS 

RD RR1AA29JQ 802 0 0
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AGCTCAAGAGATATCTCGGAGTACAAACATTCATCTGGCTTCCTCGTGGTCTATACGGTG
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TACTGTCTTGGACAGACGATGAAGCTGATCCTCAATACGAAAGATCAGTAGAAGCTCTTA
CGGTTTTCTCGAACTCTGTTGATGCTCGTGGCAGGAAGATTCAAGTCATCAGGCTCCACG
TCCCTGGACCGCTTTATATGACCGAAGAAGAATCCTCTGGAATCATTCAGGAAGGTGAAG
CTAAAGCAAGGCTTGCAGGGACAAGACTGGCAGCATCGTATGTGAACTTCTACATCGCTA
ACGGAGGAATAATCGTACCGCAATTCGGTGACGCTAAACGCGATGAAGAAGCGATTCGCG
TCCTTTCAGAGACGTATCCTCATCACTCGGTTGTGGGGATCGAGAATGCAAGAGAGATCG
TTCTAGCTGGAGGAAACATACATTGCATTACGCAGCAGCAGCCGGCGGAGCCTAATTCCG
TCGCCGTCAACGGCCATTGACGGTGTTCTTCGCGGGAATGAAAAGATACCGCCGTTCCCG
GGATTTTTATGAATCCTGTATTCGATTCAGAAGAGCGAACCAGAACTGTTGTATTGTTTT
CTAAAACCGGATCGGTTTAACATTAGTAAACCATTTCTATCGGTTTAAATACCAAAATGG
AAAATAAATTTTTATTGGATCC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 9

CO CL589Contig1 736 9 8 U
GGGTCGATCGTATCGTATCTGTTCCTTGTTGTTGTTTCGAGTTTCCGACATCGATCGAGA
GAGACAAAGAGGACAGCGATGGCATTGACGGTGGCGAAGAGTGCGTTGGAGGCGATTAGA
GAGAAAGGTCTCGGAGGCTTCCTCAGGATGATCCGAGAAGAAGGCTTCCTGAGATGCCTG
CCAGATGGAAACCTCTTGCAAACCAAAATACACAACATAGGAGCAACGCTTATCGGTGTC
GACAAGTTCGGTAACAAATACTACCAGAAGCTGGGCGATACTCAGTGCGGTAGACACAGG
TGGGTAGAGTACGCATCCAAGGATCGTTACAACGCATCTCAAGTACCAGCCGAATGGCAC
GGATGGCTTCATTTCATCACTGATCACACCGGAGACGAGCTGTTGAGTCAGAAACCAGAA
AGGTATGGGATTGAGCATAAGGAGAATTTCTCTGGAGAAGGTGATGCATACATTTACCAT
TCTAAAGGGCATACCTTGAACCCGGGGCAAAAGAACTGGACTCGGTACCAACCATGGGTA
CCCACCAAGACCAAGTAAGAATGTGAGAGCTTTTTGGTTAATGCTCTCTGAGTGAGTGAT
TTATTGTTTTGTTTCAGTCTCTTTTCAATAAAAGCAAAGCTGTTTTGGATCTCTAAAGCT
GAACAATTGGGTTTATTGAATTGTGTAATTGATGCTGTTTAATCATATTGCTTCTTTCTC
CTCTGGCGAGGAGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G332TF U 8
AF RR1DN47TF U 37
AF RR1GH61JQ C 525
AF RR1EK45TF U 1
AF RR1DN47JQ C 37
AF RR1F208JQ C 37
AF RR1FX04TF U 8
AF RR1BQ66JQ C 283
AF RR1BQ66TF U 48
BS 1 269 RR1EK45TF
BS 270 270 RR1DN47TF
BS 271 434 RR1EK45TF
BS 435 435 RR1FX04TF
BS 436 701 RR1EK45TF
BS 702 702 RR1BQ66TF
BS 703 717 RR1EK45TF
BS 718 736 RR1BQ66TF

RD RR1G332TF 241 0 0
GG
GTATCGTATCTGTTCCTTGTTGTTGTTTCGAGTTTCCGACATCGATCGAGAGAGACAAAG
AGGACAGCGATGGCATTGACGGTGGCGAAGAGTGCGTTGGAGGCGATTAGAGAGAAAGGT
CTCGGAGGCTTCCTCAGGATGATCCGAGAAGAAGGCTTCCTGAGATGCCTGCCAGATGGA
AACCTCTTGCAAACCAAAATACACAACATAGGAGCAACGCTTATCG*TGTCGACAAGT
C

QA 3 240 3 240
DS 

RD RR1DN47TF 271 0 0
GG
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GAGTGCGTTGGAGGCGATTAGAGAGAAAGGTCTCGGAGGCTTCCTCAGGATGATCCGAGA
AGAAGGCTTCCTGAGATGCCTGCCAGATGGAAACCTCTTGCAAACCAAAATACACAACAT
AGGAGCAACGCTTATCGGTGTCGACAAGTTCGGTAACAAATACTACCAGAAGCTGGGCGA
TACTCAGTGCGG*AGACACAGGTGGG
AGA

QA 3 268 3 268
DS 

RD RR1GH61JQ 125 0 0
GTACCAACCATGGGTACCCACCAAGACCAAGTAAGAATGTGAGAGCTTTTTGGTTAATGC
TCTCTGAGTGAGTGATTTATTGTTTTGTTTCAGTCTCTTTTCAATAAAAGCAAAGCTGTT
TTGGA

QA 1 125 1 125
DS 

RD RR1EK45TF 732 0 0
GGGTCGATCGTATCGTATCTGTTCCTTGTTGTTGTTTCGAGTTTCCGACATCGATCGAGA
GAGACAAAGAGGACAGCGATGGCATTGACGGTGGCGAAGAGTGCGTTGGAGGCGATTAGA
GAGAAAGGTCTCGGAGGCTTCCTCAGGATGATCCGAGAAGAAGGCTTCCTGAGATGCCTG
CCAGATGGAAACCTCTTGCAAACCAAAATACACAACATAGGAGCAACGCTTATCGGTGTC
GACAAGTTCGGTAACAAATACTACCAGAATCTGGGCGATACTCAGTGCGGTAGACACAGG
TGGGTAGAGTACGCATCCAAGGATCGTTACAACGCATCTCAAGTACCAGCCGAATGGCAC
GGATGGCTTCATTTCATCACTGATCACACCGGAGACGAGCTGTTGAGTCAGAAACCAGAA
AGGTATGGGATTGAACATAAGGAGAATTTCTCTGGAGAAGGTGATGCATACATTTACCAT
TCTAAAGGGCATACCTTGAACCCGGGGCAAAAGAACTGGACTCGGTACCAACCATGGGTA
CCCACCAAGACCAAGTAAGAATGTGAGAGCTTTTTGGTTAATGCTCTCTGAGTGAGTGAT
TTATTGTTTTGTTTCAGTCTCTTTTCAATAAAAGCAAAGCTGTTTTGGATCTCTAAAGCT
GAACAATTGGGTTTATTGAATTGTGTAATTGATGCTGTTTA*TCATATTGCTTCTTT
CTCTCTGGCGAGGAG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1DN47JQ 664 0 0
GG
GAGTTTCCGACATCGATCGAGAGAGACAAAGAGGACAGCGATGGCATTGACGGTGGCGAA
GAGTGCGTTGGAGGCGATTAGAGAGAAAGGTCTCGGAGGCTTCCTCAGGATGATCCGAGA
AGAAGGCTTCCTGAGATGCCTGCCAGATGGAAACCTCTTGCAAACCAAAATACACAACAT
AGGAGCAACGCTTATCGGTGTCGACAAGTTCGGTAACAAATACTACCAGAAGCTGGGCGA
TACTCAGTGCGGTAGACACAGGTGGGTAGAGTACGCATCCAAGGATCGTTACAACGCATC
TCAAGTACCAGCCGAATGGCACGGATGGCTTCATTTCATCACTGATCACACCGGAGACGA
GCTGTTGAGTCAGAAACCAGAAAGGTATGGGATTGAGCATAAGGAGAATTTCTCTGGAGA
AGGTGATGCATACATTTACCATTCTAAAGGGCATACCTTGAACCCGGGGCAAAAGAACTG
GACTCGGTACCAACCATGGGTACCCACCAAGACCAAGTAAGAATGTGAGAGCTTTTTGGT
TAATGCTCTCTGAGTGAGTGATTTATTGTTTTGTTTCAGTCTCTTTTCAATAAAAGCAAA
GCTGTTTTGGATCTCTAAAGCTGAACAATTGGGTTTATTGAATTGTGTAATTGATGCTG
CTT

QA 3 661 3 661
DS 

RD RR1F208JQ 664 0 0
GG
GAGTTTCCGACATCGATCGAGAGAGACAAAGAGGACAGCGATGGCATTGACGGTGGCGAA
GAGTGCGTTGGAGGCGATTAGAGAGAAAGGTCTCGGAGGCTTCCTCAGGATGATCCGAGA
AGAAGGCTTCCTGAGATGCCTGCCAGATGGAAACCTCTTGCAAACCAAAATACACAACAT
AGGAGCAACGCTTATCGGTGTCGACAAGTTCGGTAACAAATACTACCAGAAGCTGGGCGA
TACTCAGTGCGGTAGACACAGGTGGGTAGAGTACGCATCCAAGGATCGTTACAACGCATC
TCAAGTACCAGCCGAATGGCACGGATGGCTTCATTTCATCACTGATCACACCGGAGACGA
GCTGTTGAGTCAGAAACCAGAAAGGTATGGGATTGAGCATAAGGAGAATTTCTCTGGAGA
AGGTGATGCATACATTTACCATTCTAAAGGGCATACCTTGAACCCGGGGCAAAAGAACTG
GACTCGGTACCAACCATGGGTACCCACCAAGACCAAGTAAGAATGTGAGAGCTTTTTGGT
TAATGCTCTCTGAGTGAGTGATTTATTGTTTTGTTTCAGTCTCTTTTCAATAAAAGCAAA
GCTGTTTTGGATCTCTAAAGCTGAACAATTGGGTTTATTGAATTGTGTAATTGATGCTG
CTT

QA 3 661 3 661
DS 

RD RR1FX04TF 691 0 0
GG
GTATCGTATCTGTTCCTTGTTGTTGTTTCGAGTTTCCGACATCGATCGAGAGAGACAAAG
AGGACAGCGATGGCATTGACGGTGGCGAAGAGTGCGTTGGAGGCGATTAGAGAGAAAGGT
CTCGGAGGCTTCCTCAGGATGATCCGAGAAGAAGGCTTCCTGAGATGCCTGCCAGATGGA
AACCTCTTGCAAACCAAAATACACAACATAGGAGCAACGCTTATCGGTGTCGACAAGTTC
GGTAACAAATACTACCAGAAGCTGGGCGATACTCAGTGCGGTAGACACAGGTGGGTAGAG
TACGCATCCAAGGATCGTTACAACGCATCTCAGGTACCAGCCGAATGGCACGGATGGCTT
CATTTCATCACTGATCACACCGGAGACGAGCTGTTGAGTCAGAAACCAGAAAGGTATGGG
ATTGAGCATAAGGAGAATTTCTCTGGAGAAGGTGATGCATACATTTACCATTCTAAAGGG
CATACCTTGAACCCGGGGCAAAGGAACTGGACTCGGTACCAACCATGGGTACCCACCAAT
ACCAAGTAAGAATGTGAGAGCTTTTTGGTTAATGCTCTCTGAGTGAGTGATTTATTGTTT
TGTTTCAGTCTCTTTTCAATAAAAGCAAAGCTGTTTTGGATCTCTAAAGCTGAACAATTG
GGTTTATTGAATTGTGTAATTGATGCTGT

QA 3 691 3 691
DS 

RD RR1BQ66JQ 454 0 0
CAGTGCGGTAGACACAGGTGGGTAGAGTACGCATCCAAGGATCGTTACAACGCATCTCAA
GTACCAGCCGAATGGCACGGATGGCTTCATTTCATCACTGATCACACCGGAGACGAGCTG
TTGAGTCAGAAACCAGAAAGGTATGGGATTGAGCATAAGGAGAATTTTTTTGGAGAAGGT
GATGCATACATTTACCATTTTAAAGGGCATACCTTGAACCCGGGGCAAAAGAACTGGACT
CGGTACCAACCATGGGTACCCCCCAAGACCAAGCAAGAATGTGAGAGCTTTTTGGTTAAT
GCTCTTTGAGTGAGTGATTTATTGTTTTGTTTCAGTTTTTTTTCAATAAAAGCAAAGCTG
TTTTGGATTTTTAAAGCTGAACAATTGGGTTTATTGAATTGTGTAATTGATGCTGTTTAA
TCATATTGCTTCTTT
TTCCTCTGGGGAGGGGATT

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR1BQ66TF 689 0 0
GG
ATCGATCGAGAGAGACAAAGAGGACAGCGATGGCATTGACGGTGGCGAAGAGTGCGTTGG
AGGCGATTAGAGAGAAAGGTCTCGGAGGCTTCCTCAGGATGATCCGAGAAGAAGGCTTCC
TGAGATGCCTGCCAGATGGAAACCTCTTGCAAACCAAAATACACAACATAGGAGCAACGC
TTATCGGTGCCGACAAGTTCGGTAACAAATACTACCAGAAGCTGGGCGATACTCAGTGCG
GTAGACACAGGTGGGTAGAGTACGCATCCAAGGATCGTTACAACGCATCTCAAGTACCAG
CCGAATGGCACGGATGGCTTCATTTCATCACTGATCACACCGGAGACGAGCTGTTGAGTC
AGAAACCAGAAAGGTATGGGATTGAGCATAAGGAGAATTTCTCTGGAGAAGGTGATGCAT
ACATTTACCATTCTAAAGGGCATACCTTGAACCCGGGGCAAAAGAACTGGACTCGGTACC
AACCATGGGTACCCACCAAGACCAAGCAAGAATGTGAGAGCTTTTTGGTTAATGCTCTCT
GAGTGAGTGATTTATTGTTTTGTTTCAGTCTCTTTTCAATAAAAGCAAAGCTGTTTTGGA
TCTCTAAAGCTGAACAATTGGGTTTATTGAATTGTGTAATTGATGCTGTTTAATCATATT
GCTTCTTTCTCCTCTGGCGAGGAGATT

QA 3 689 3 689
DS 



AS 1 9

CO CL590Contig1 1019 9 8 U
CGGTCTCACTAAGCAGGATATTCTTTTCATTATAAAATACTTTAGTTCTATAATCGTTAA
AACGATTTGTGCAAAACTCACAAGTAGAGTACTTAAATCTTTACATGTTGAACTTAAGCA
ATGACAAACACCCTAAGTTCACCCCTGTCCCCACGAGTTATGCGCATGTTCTCATCAACA
TAGGTGACTTCAAAATCTCCAGTACCGGGGTTTGAAGGTGGCCTGAAACTATCAGGAAGC
CTAGGGATGTCAAAGGGAGGAATCTGCGCTAAGTTTCCAGACGTCTTCACAGTTGTTTTC
TCAAATGTGATCTTGATCTTGCAAGTACCTAAGAGTTCAAATTTGTGTGCCAATGTGGCA
GTGGCTTCCAGAGGCGGAAGCGGCCAAGGAGCTCCTATCTCCACTTCCGCTATGTTATCG
AAATCTTTGCTAAACACATCAATCCTTTGAAAAACCTGGCCAAGAGTGACAGGAATCAAA
CGACCAGTGGGTAAACCAGGACGGCTACCACCTAGAGAGCGAGAAGAGAAGGCGCTGCTA
TACAAGAGCCTCCACTTCCCTTGGAGCTTATCAAGACCCACCTCCGTAAGATCCACGGGT
CCACCAGCCGATTCAAGCTGTTTAGCAGCAGTCTCAGCTCTTTCTAGATCATCCACACTC
GCCACGAGTCCTCTGTTCAACCCCGAAACCACACTCAGTAACTTGAGTTTCAGCGATTCG
ATTCCCTCCTTGTCTCCCGATCCTGATGTCTCCGGTTCGCGAAATGAGACCTCTCCCACC
GTTGATTTCACCACCAGGCTTCTCCTCCTCTCAGGTTTTGTCAAGCTCAAACGAGACGAT
CTTGGAGTAGCGATGAGCACCGGGGAGGAAGAGATGGAACAGCATGGTGGCTGAGAGCGG
TTGTTGGAGAGAAGCGCCGGTGAGAACAAGAAGGTAGAAGAAGCCGCCGCCATGGGACAA
GAGAAGTTTTGGAGATGTTTCAAGAGGAAGAGGAGAAGAAGTATCTTCTTATTATACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT72JQ U 1
AF RR1CA91JQ U 57
AF RR1BS12JQ U 1
AF RR1BS12TF C 1
AF RR1FC38JQ U 7
AF RR1FA06JQ U 12
AF RR1FA06TF C 216
AF RR1DT72TF C 301
AF RR1FC38TF C 333
BS 1 348 RR1BS12JQ
BS 349 349 RR1DT72JQ
BS 350 671 RR1BS12JQ
BS 672 718 RR1FC38JQ
BS 719 751 RR1FA06JQ
BS 752 986 RR1FA06TF
BS 987 1012 RR1DT72TF
BS 1013 1019 RR1FC38TF

RD RR1DT72JQ 454 0 0
CGGTCT
CACTAAGCAGGATATTCTTTTCATTATAAAATACTTTAGTTCTATAATCGTTAAAACGAT
TTGTGCAAAACTCACAAGTAGAGTACTTAAATCTTTACATGTTGAACTTAAGCAATGACA
AACACCCTAAGTTCACCCCTGTCCCCACGAGTTATGCGCATGTTCTCATCAACATAGGTG
ACTTCAAAATCTCCAGTACCGGGGTTTGAAGGTGGCCTGAAACTATCAGGAAGCCTAGGG
ATGTCAAAGGGAGGAATCTGCGCTAAGTTTCCAGACGTCTTCACAGTTGTTTTCTCAAAT
GTGATCTTGATCTTGCAAGTACCTAAGAGTTCAAATTTGTGTGCCAATGTGGCAGTGGCT
TCCAGAGGCGGAAGCGGCCAAGGAGCTCCTATCCCCACTTCCGCTATGTTATCGAAATCT
TTGCTAAACACATCAATCCTTTGAAAAA

QA 7 454 7 454
DS 

RD RR1CA91JQ 485 0 0
TTAAAACGATTTGTGCAAAACTCACAAGTAGAGTACTTAAATCTTTACATGTTGAACTTA
ATCAATGACAAACACCCTAAGTTCACCCCTGTCCCCACGAGTTATGCGCATGTTCTCATC
AACATAGGTGACTTCAAAATCTCCAGTACCGGGGTTTGAAGGTGGCCTGAAACTATCAGG
AAGCCTAGGGATGTCAAAGGGAGGAATCTGCGCTAAGTTTCCAGACGTCTTCACAGTTGT
TTTCTCAAATGTGATCTTGATCTTGCAAGTACCTAAGAGTTCAAATTTGTGTACCAATGT
GGCAGTGGCTTCCAGAGGCGGAAGCGGCCAAGGAGCTCCTATCTCCACTTCCGCTATGTT
ATCAAAATCTTTGCTAAACACATCAATCCTTTGAAAAACCTGGCCAAGAGTGACAGGAAT
CAAACGACCAGTGGGTAAACCAGGACGGCTACCACCTAAAGAGCGAGAAGAGAAGGCGCT
GCTAT

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DS 

RD RR1BS12JQ 672 0 0
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AACGATTTGTGCAAAACTCACAAGTAGAGTACTTAAATCTTTACATGTTGAACTTAAGCA
ATGACAAACACCCTAAGTTCACCCCTGTCCCCACGAGTTATGCGCATGTTCTCATCAACA
TAGGTGACTTCAAAATCTCCAGTACCGGGGTTTGAAGGTGGCCTGAAACTATCAGGAAGC
CTAGGGATGTCAAAGGGAGGAATCTGCGCTAAGTTTCCAGACGTCTTCACAGTTGTTTTC
TCAAATGTGATCTTGATCTTGCAAGTACCTAAGAGTTCAAATTTGTGTACCAATGTGGCA
GTGGCTTCCAGAGGCGGAAGCGGCCAAGGAGCTCCTATCTCCACTTCCGCTATGTTATCG
AAATCTTTGCTAAACACATCAATCCTTTGAAAAACCTGGCCAAGAGTGACAGGAATCAAA
CGACCAGTGGGTAAACCAGGACGGCTACCACCTAGAGAGCGAGAAGAGAAGGCGCTGCTA
TACAAGAGCCTCCACTTCCCTTGGAGCTTATCAAGACCCACCTCCGTAAGATCCACGGGT
CCACCAGCCGATTCAAGCTGTTTAGCAGCAGTCTCAGCTCTTTCTAGATCATCCACACTC
GCCACGAGTCC
C

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1BS12TF 672 0 0
CGGTCT
CACTAAGCAGGATATTCTTTTCATTATAAAATACTTTAGTTCTATAATCGTTAAAACGAT
TTGTGCAAAACTCACAAGTAGAGTACTTAAATCTTTACATGTTGAACTTAAGCAATGACA
AACACCCTAAGTTCACCCCTGTCCCCACGAGTTATGCGCATGTTCTCATCAACATAGGTG
ACTTCAAAATCTCCAGTACCGGGGTTTGAAGGTGGCCTGAAACTATCAGGAAGCCTAGGG
ATGTCAAAGGGAGGAATCTGCGCTAAGTTTCCAGACGTCTTCACAGTTGTTTTCTCAAAT
GTGATCTTGATCTTGCAAGTACCTAAGAGTTCAAATTTGTGTACCAATGTGGCAGTGGCT
TCCAGAGGCGGAAGCGGCCAAGGAGCTCCTATCTCCACTTCCGCTATGTTATCGAAATCT
TTGCTAAACACATCAATCCTTTGAAAAACCTGGCCAAGAGTGACAGGAATCAAACGACCA
GTGGGTAAACCAGGACGGCTACCACCTAGAGAGCGAGAAGAGAAGGCGCTGCTATACAAG
AGCCTCCACTTCCCTTGGAGCTTATCAAGACCCACCTCCGTAAGATCCACGGGTCCACCA
GCCGATTCAAGCTGTTTAGCAGCAGTCTCAGCTCTTTCTAGATCATCCACACTCGCCACG
AGTCC
C

QA 7 671 7 671
DS 

RD RR1FC38JQ 712 0 0
CACTAAGCAGGATATTCTTTTCATTATAAAATACTTTAGTTCTATAATCGTTAAAACGAT
TTGTGCAAAACTCACAAGTAGAGTACTTAAATCTTTACATGTTGAACTTAAGCAATGACA
AACACCCTAAGTTCACCCCTGTCCCCACGAGTTATGCGCATGTTCTCATCAACATAGGTG
ACTTCAAAATCTCCAGTACCGGGGTTTGAAGGTGGCCTGAAACTATCAGGAAGCCTAGGG
ATGTCAAAGGGAGGAATCTGCGCTAAGTTTCCAGACGTCTTCACAGTTGTTTTCTCAAAT
GTGATCTTGATCTTGCAAGTACCTAAAAGTTCAAATTTGTGTGCCAATGTGGCAGTGGCT
TCCAGAGGCGGAAGCGGCCAAGGAGCTCCTATCTCCACTTCCGCTATGTTATCGAAATCT
TTGCTAAACACATCAATCCTTTGAAAAACCTGGCCAAGAGTGACAGGAATCAAACGACCA
GTGGGTAAACCAGGACGGCTACCACCTAGAGAGCGAGAAGAGAAGGCGCTGCTATACAAG
AGCCTCCACTTCCCTTGGAGCTTATCAAGACCCACCTCCGTAAGATCCACGGGTCCACCA
GCCGATTCAAGCTGTTTAGCAGCAGTCTCAGCTCTTTCTAGATCATCCACACTCGCCACG
AGTCCTCTGTTCAACCCCGAAACCACACTCAGTAACTTGAGTTTCAGCGATT

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DS 

RD RR1FA06JQ 740 0 0
G
GCAGGATATTCTTTTCATTATAAAATACTTTAGTTCTATAATCGTTAAAACGATTTGTGC
AAAACTCACAAGTAGAGTACTTAAATCTTTACATGTTGAACTTAAGCAATGACAAACACC
CTAAGTTCACCCCTGTCCCCACGAGTTATGCGCATGTTCTCATCAACATAGGTGACTTCA
AAATCTCCAGTACCGGGGTTTGAAGGTGGCCTGAAACTATCAGGAAGCCTAGGGATGTCA
AAGGGAGGAATCTGCGCTAAGTTTCCAGACGTCTTCACAGTTGTTTTCTCAAATGTGATC
TTGATCTTGCAAGTACCTAAGAGTTCAAATTTGTGTGCCAATGTGGCAATGGCTTCCAGA
GGCGGAAGCGGCCAAGGAGCTCCTATCTCCACTTCCGCTATGTTATCGAAATCTTTGCTA
AACACATCAATCCTTTGAAAAACCTGGCCAAGAGTGACAGGAATCAAACGACCAGTGGGT
AAATCAGGACGGCTACCACCTAGAGAGCGAGAAGAGAAGGCGCTGCTATACAAGAGCCTC
CACTTCCCTTGGAGCTTATCAAGACCCACCTCCGTAAGATCCACGGGTCCACCAGCCGAT
TCAAGCTGTTTAGCAGCAGTCTCAGCTCTTTCTAGATCATCCACACTCGCCACGAGTCCT
CTGTTCAACCCCGAAACCACACTCAGTAACTTGAGTTTCAGCGATTCGATTCCCTCCTTG
TCTCCCGATCCTGATGTCT

QA 2 740 2 740
DS 

RD RR1FA06TF 773 0 0
TGAAGTG
CTGAAACTATCAGGAAGC*TAGGGATGTCAAAGGGAGGA*TCTGCGCTAAGTTTCCAGAC
GTCTTCACAGTTGTTT*CTCAAATGTGATCTTGATCTTGCAAGTAC*TAAGAGTTCAAAT
TTGTGTGCCAATGTGGCAATGGCTTCCAGAGGCGGAAGCGGCCAAGGAGCTCCTATCTCC
ACTTCCGCTATGTTATCGAAATCTTTGCTAAACACATCAATCCTTTGAAAAACCTGGCCA
AGAGTGACAGGAATCAAACGACCAGTGGGTAAATCAGGACGGCTACCACCTAGAGAGCGA
GAAGAGAAGGCGCTGCTATACAAGAGCCTCCACTTCCCTTGGAGCTTATCAAGACCCACC
TCCGTAAGATCCACGGGTCCACCAGCCGATTCAAGCTGTTTAGCAGCAGTCTCAGCTCTT
TCTAGATCATCCACACTCGCCACGAGTCCTCTGTTCAACCCCGAAACCACACTCAGTAAC
TTGAGTTTCAGCGATTCGATTCCCTCCTTGTCTCCCGATCCTGATGTCTCCGGTTCGCGA
AATGAGACCTCTCCCACCGTTGATTTCACCACCAGGCTTCTCCTCCTCTCAGGTTTTGTC
AAGCTCAAACGAGACGATCTTGGAGTAGCGATGAGCACCGGGGAGGAAGAGATGGAACAG
CATGGTGGCTGAGAGCGGTTGTTGGAGAGAAGCGCCGGTGAGAACAAGAAGGTAGAAGAA
GCCGCCGCCATGGGACAAGAGAAGTTTTGGAGATGTTTCAAGAG
CC

QA 8 771 8 771
DS 

RD RR1DT72TF 714 0 0
TCAAATGTGATCTTGATCTTGCAAGTACCTAAGAGTTCAAATTTGTGTGCCAATGTGGCA
GTGGCTTCCAGAGGCGGAAGCGGCCAAGGAGCTCCTATCCCCACTTCCGCTATGTTATCG
AAATCTTTGCTAAACACATCAATCCTTTGAAAAACCTGGCCAAGAGTGACAGGAATCAAA
CGACCAGTGGGTAAACCAGGACGGCTACCACCTAGAGAGCGAGAAGAGAAGGCGCTGCTA
TACAAGAGCCTCCACTTCCCTTGGAGCTTATCAAGACCCACCTCCGTAAGATCCACGGGT
CCACCAGCCGATTCAAGCTGTTTAGCAGCAGTCTCAGCTCTTTCTAGATCATCCACACTC
GCCACGAGTCCTCTGTTCAACCCCGAAACCACACTCAGTAACTTGAGTTTCAGCGATTCG
ATTCCCTCCTTGTCCCCCGATCCTGATGTCTCCGGTTCGCGAAATGAGACCTCTCCCACC
GTTGATTTCACCACCAGGCTTCTCCTCCTCTCAGGTTTTGTCAAGCTCAAACGAGACGAT
CTTGGAGTAGCGATGAGCACCGGGGAGGAAGAGATGGAACAGCATGGTGGCTGAGAGCGG
TTGTTGGAGAGAAGCGCCGGTGAGAACAAGAAGGTAGAAGAAGCCGCCGCCATGGGACAA
GAGAAGTTTTGGAGATGTTTCAAGAGGAAGAGGAGAAGAAGTATCTTCTTAT
CC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1FC38TF 687 0 0
GAGTTCAAATTTGTGTGCCAATGTGGCAGTGGCTTCCAGAGGCGGAAGCGGCCAAGGAGC
TCCTATCTCCACTTCCGCTATGTTATCGAAATCTTTGCTAAACACATCAATCCTTTGAAA
AACCTGGCCAAGAGTGACAGGAATCAAACGACCAGTGGGTAAACCAGGACGGCTACCACC
TAGAGAGCGAGAAGAGAAGGCGCTGCTATACAAGAGCCTCCACTTCCCTTGGAGCTTATC
AAGACCCACCTCCGTAAGATCCACGGGTCCACCAGCCGATTCAAGCTGTTTAGCAGCAGT
CTCAGCTCTTTCTAGATCATCCACACTCGCCACGAGTCCTCTGTTCAACCCCGAAACCAC
ACTCAGTAACTTGAGTTTCAGCGATTCGATTCCCTCCTTGTCTCCCGATCCTGATGTCTC
CGGTTCGCGAAATGAGACCTCTCCCACCGTTGATTTCACCACCAGGCTTCTCCTCCTCTC
AGGTTTTGTCAAGCTCAAACGAGACGATCTTGGAGTAGCGATGAGCACCGGGGAGGAAGA
GATGGAACAGCATGGTGGCTGAGAGCGGTTGTTGGAGAGAAGCGCCGGTGAGAACAAGAA
GGTAGAAGAAGCCGCCGCCATGGGACAAGAGAAGTTTTGGAGATGTTTCAAGAGGAAGAG
GAGAAGAAGTATCTTCTTATTATACCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 9

CO CL591Contig1 881 9 12 U
GGATAGCTCTCAACTCAATCAAACAAACAATCACAATCATGTCATCATTCCCATTGGTCT
CTTTTCTCGTCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCCGTCTGCACCCACGGACAAGAACTGGTGA
CAGACACCAACGGAAACATAGTTCGACTCAATGATCAATACTTCATCCAACCAGTCAATA
CCGGGAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTG
GCATCACCCAAGCACTTCCGGACGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGA
CGTTGATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAACCATCGAGT
TCAAGTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGG
TTTCCGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTA
AGATAGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGATG
GAACCGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACACAGCTAGTTCTCACCAATGATG
TGGCTAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCGATGTTGCTT
CTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGACTAAGGATGATTTTGTAATGTAAAAGCCAAAGAC
TCCGTCCATGGCCAAAAATAA*GGGGTTGAGATTAATACCCGCACGTACGCATGCACGTA
AACTTTTTTTCTACTGTCAGGATAAGTAAAATATAAGCTATGTTTTGAAACATGAAATTC
TATTTTCAGTATCCTAATAAATATTATTTGTTTTCGATCGC


BQ
10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 25 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 50 50 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G165TF U 1
AF RR1FY84TF U 1
AF RR1F456TF U 2
AF RR1F456JQ C 16
AF RR1AQ43TF U 3
AF RR1A842TF U 1
AF RR1AQ43JQ C 3
AF RR1G165JQ C 96
AF RR1FY84JQ C 232
BS 1 245 RR1A842TF
BS 246 246 RR1G165TF
BS 247 337 RR1A842TF
BS 338 338 RR1G165TF
BS 339 689 RR1A842TF
BS 690 690 RR1F456TF
BS 691 741 RR1A842TF
BS 742 742 RR1AQ43JQ
BS 743 800 RR1A842TF
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BS 802 824 RR1A842TF
BS 825 881 RR1G165JQ

RD RR1G165TF 687 0 0
GGAT
AGCTCTCAACTCAATCAAACAAACAATCACAATCATGTCATCATTCCCATTGGTCTCTTT
TCTCGTCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCCGTCTGCACCCACGGACAAGAACTGGTGACAGG
CACCAACGGAAACATAGTTCGACTCAATGATCAATACTTCATCCAACCAGTCAATACCGG
GAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTGGCGT
CACCCAAGCACTTCCGGACGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGACGTT
GATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAACCATCGAGTTCAA
GTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGGTTTC
CGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTAAGAT
AGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGACGGAAC
CGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACACAGCTAGTTCTCACCAATGATGTGGC
TAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGT*ACTACCGATGTTGCTTCTAC
TTCTCGTGTTGAGAAGTTAG
ACT

QA 5 684 5 684
DS 

RD RR1FY84TF 686 0 0
GGAT
AGCTCTCAACTCAATCAAACAAACAATCACAATCATGTCATCATTCCCATTGGTCTCTTT
TCTCGTCACTCTCTTGTTGGCTGCAGCCGTCTGCACCCACGGACAAGAACTGGTGACAGA
CACCAACGGAAACATAGTTCGACTCAATGATCAATACTTCATCCAACCAGTCAATACCGG
GAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTGGCAT
CACCCAAGCACTTCCGGACGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGACGTT
GATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAACCATCGAGTTCAA
GTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGGTTTC
CGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTAAGAT
AGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGATGGAAC
CGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACGCAGCTAGTTCTCACCAATGATGTGGC
TAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCGATGTTGCTTCTAC
TTCTCGTGTTGAGAAGCTAGGA

QA 5 686 5 686
DS 

RD RR1F456TF 722 0 0
GGG
AGCTCTCAACTCAATCAAACAAACAATCACAATCATGTCATCATTCCCATTGGTCTCTTT
TCTCGTCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCCGTCTGCACCCACGGACAAGAACTGGTGACAGA
CACCAACGGAAACATAGTTCGACTCAATGATCAATACTTCATCCAACCAGTCAATACCGG
GAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTGGCAT
CACCCAAGCACTTCCGGACGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGACGTT
GATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAACCATCGAGTTCAA
GTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGGTTTC
CGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTAAGAT
AGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGATGGAAC
CGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACACAGCTAGTTCTCGCCAATGATGTGGC
TAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCGATGTTGCTTCTAC
TTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGACTAAG*ATGATTTTGTAATGTAAAAGCCAAA
AAAAAA

QA 4 716 4 716
DS 

RD RR1F456JQ 699 0 0
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TCCTGTTGGCTGCAGCCGTCTGCACCCACGGACAAGAACTGGTGACAGACACCAACGGAA
ACATAGTTCGACTCAATGATCAATACTTCATCCAACCAGTCAATACCGGGAATAACGGAG
GTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTGGCATCACCCAAGCAC
TTCCGGACGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGACGTTGATCCCTCCCA
TACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAACCATCGAGTTCAAGTCCAACATAT
GCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGGTTTCCGAAGAGCCTG
CAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTAAGATAGAGAAAGTGG
GAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGATGGAACCGTGGGAGCTG
TCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACACAGCTAGTTCTCGCCAATGATGTGGCTAAGACCATAT
TTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCGATGTTGCTTCTACTTCTCGTGTTG
AGAAGTTAGGACTAAGGATGATTTTGTAATGTAAAAGCC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1AQ43TF 732 0 0
GG
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TCTCGTCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCCGTCTGCACCCACGGACAAGAACTGGTGACAGA
CACCAACGGAAACATAGT*CGACTCAATGATCAATACTTCATCCAACCAGTCAATACCGG
GAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTGGCAT
CACCCAAGCACTTCCGGACGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGACGTT
GATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAACCATCGAGTTCAA
GTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGGTTTC
CGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTAAGAT
AGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGATGGAAC
CGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACACAGCTAGTTCTCACCAATGATGTGGC
TAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCGATGTTGCTTCTAC
TTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGACTAACGATGATTTTGTAATGTAAAAGCCAAAGACTCCG
TCCATGGCCA

QA 3 732 3 732
DS 

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CTTTTCTCGTCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCCGTCTGCACCCACGGACAAGAACTGGTGA
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CCGGGAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTG
GCATCGCCCAAGCACTTCCGGACGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGA
CGTTGATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACTAATGTCGATATAACCATCGAGT
TCAAGTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGG
TTTCCGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTA
AGATAGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGATG
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TGGCTAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCGATGTTGCTT
CTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGACTAGGGATGATTTTGTAATGTAAAAGCCAAAGAC
TCCGTCCATGGCCAAAAATAAAGGGGTTGAGATTAATACCCGCACGTACGCATGCACGTA
AACTTTTTTTCTACTGTCAG*ATAAGTAAAATATAAGCTATGTT

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1AQ43JQ 790 0 0
GG
AGCTCTCAACTCAATCAAACAAACAATCACAATCATGTCATCATTCCCATTGGTCTCTTT
TCTCGTCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCCGTCTGCACCCACGGACAAGAACTGGTGACAGA
CACCAACGGAAACATAGT*CGACTCAATGATCAATACTTCATCCAACCAGTCAATACCGG
GAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTGGCAT
CACCCAAGCACTTCCGGACGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGACGTT
GATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAACCATCGAGTTCAA
GTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGGTTTC
CGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTAAGAT
AGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGATGGAAC
CGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACACAGCTAGTTCTCACCAATGATGTGGC
TAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCGATGTTGCTTCTAC
TTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGACTAAGGATGATTTTGTAATGTAAAAGCCAAAGACTCCG
TCCATGGCCAAAAATAA*GGGGTTGAGATTAATACCCGCACGTACGCATGCACGTAAACT
TTTTTTC
C

QA 3 789 3 789
DS 

RD RR1G165JQ 786 0 0
TGCACCCACGGACAAGAACTGGTGACAGGCACCAACGGAAACATAGTTCGACTCAATGAT
CAATACTTCATCCAACCAGTCAATACCGGGAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCT
TCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTGGCGTCACCCAAGCACTTCCGGACGAACCGGGCGTG
CGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGACGTTGATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTT
ACAAATGTCGATATAACCATCGAGTTCAAGTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTC
TGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGGTTTCCGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAAC
CCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTAAGATAGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAAC
ATTTACAGATTTACTACTTCTGACGGAACCGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGT
ACACAGCTAGTTCTCACCAATGATGTGGCTAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTT
AATGCTGTTACTACCGATGTTGCTTCTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGACTAAGGATG
ATTTTGTAATGTAAAAGCCAAAGACTCCGTCCATGGCCAAAAATAA*GGGGTTGAGATTA
ATACCCGCACGTACGCATGCACGTAAACTTTTTTTCTACTGTCAGGATAAGTAAAATATA
AGCTATGTTTTGAAACATGAAATTCTATTTTCAGTATCCTAATAAATATTATTTGTTTTC
GATCGC

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1FY84JQ 644 0 0
GTCTACTTGGCATCACCCAAGCACTTCCGGACGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCT
TTCCACAGACGTTGATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAA
CCATCGAGTTCAAGTCCAACATATGCAAGGAGTTTTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCAT
CCGCACTGGTTTCCGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGGGAAGAAACA
GCCGGTTTAAGATAGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTA
CTTCTGATGGAACCGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACGCAGCTAGTTCTCA
CCAATGATGTGGCTAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCG
ATGTTGCTTCTACTTCTCGTGTTGAGAAGCTAGGACTAAGGATGATTTTGTAATGTAAAA
GCCAAAGACTCCGTCCATGGCCAAAAATAA*GGGGTTGAGATTAATACCCGCACGTACGC
ATGCACGTAAACTTTTTTTCTACTGTCAGGATAAGTAAAATATAAGCTATGTTTTGAAAC
ATGAAATTCTATTTTCAGTATCCTAATAAATATTATTTGTTT
CC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 2 8

CO CL592Contig1 1045 6 6 U
CCCTCCACAAACATGGTTGCTTATTATTAATGATGCTTTTCGGTCTTTAATGAAAATTTA
TAAAAGCGCGCACACGATTCGAGTTTGTTGCTCAGGAAATTAACAAGTCACAAACACATG
ATGAAGCAGAGAGAGAGACGAGACGACACATAAACCCATTGGTCTTTTAATCACTGGTAC
TGAGGACACAACGAAGACAAGTGCCTTCATGCAGCAAATCAAAAGCCTTGTTGATCTCTC
CCAATGTCATGTTGTGCGTTATGTATTCATCCACTTTGATCTCCTTGTTCATATACTTCT
CTACAAGCCAAGGCACTTGGGTTCGACTCTTGAAACCACCAAAAGCTGTTCCTTTCCACA
CACGACCAGTCACAAGTTGGAACGGTCGTGTGGATATCTCTTGTCCTGATGCTGCAACAC
CCACTATAACCGAAGTTCCCCATCCCTT*GTGACAGCACTCCAATGCGGCTCTCATCACG
GAGACATTCCCGATGCACTCAAAGCTGTAGTCAACACCTCCATCAGTGAGATCGACAATC
ACTTCCTGAATTGGCTTTTGGTGGTCCTTTGGGTTCACAAACTCATTAACACCAAACTTC
TTTGCAGTTTCATACTTCTTGCTGTCGATATCAATGCCAATGATCCTTGTAGCACCAGCT
GTTTTTGCACCCTCAGCAACAGCAAGTCCCACAGTGCCAAGACCAAAGATGGCAACATTT
GACCCTGGTTCTACTTTTGCAGTGTTCCAAACAGCTCCAAGTCCAGTGGGAACACCACAT
CCAAGAAGGCAGACTTTCTCCAAAGGAGCCTGAGGGTCAATCTTGGCAACACTGACATCA
TGAACAACAGTGTACTGACTAAAGGTGGAGGTACCCATGAAGTGATAAATGGGTTTCCCA
TTAACAGAGAACCGGCTCTTACGGTCGTTCATCATAACCCCAACACCAGTAGCGGACCGA
ACCTTGCCGCAGAGGTTAGTCTTGCCCGATTTGCAGAACTTGCATTCACGGCACTCGGCT
TGGTAACAAGGGATAACATGGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CL12JQ U 216
AF RR1A666JQ U 151
AF RR1CQ54JQ U 161
AF RR1BE39JQ U 1
AF RR1CL12TF C 247
AF RR1A666TF C 409
BS 1 634 RR1BE39JQ
BS 635 635 RR1CQ54JQ
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BS 784 1045 RR1CL12TF

RD RR1CL12JQ 233 0 0
AAATCAAAAGCCTTGTTGATCTCTCCCAATGTCATGTTGTGCGTTATGTATTCATCCACT
TTGATCTCCTTGTTCATATACTTCTCTACAAGCCAAGGCACTTGGGTTCGACTCTTGAAA
CCACCAAAAGCTGTTCCTTTCCACACACGACCAGTCACAAGTTGGAACGGTCGTGTGGAT
ATCTCTTGTCCTGATGCTGCAACACCCACTATAACCGAAGTTCCCCATCCCTT

QA 1 233 1 233
DS 

RD RR1A666JQ 302 0 0
TAAACCCATTGGTCTTTTAATCCCTGGTACTGAGGACACAACGAAAACAAGTGCCTTCAT
GCAGCAAATCAAAAGCCTTGTTGATCTCCCCCAATGTCATGTTGGGCGTTATGTATTCAT
CCACTTTGATCTCCTTGTTCATATACTTCTCTACAAGCCAAGGCACTTGGGTTCGACTCT
TGAAACCCCCAAAAGCTGTTCCTTTCCACACACGACCAGTCACAAGTTGGAACGGTCGTG
GGGATATCTCTTGTCCTGATGCTGCAACACCCACTATAACCGAAGTTCCCCATCCCTT
GTGA

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR1CQ54JQ 618 0 0
TTTT
TTTTAATCGCTGGTACTAAGGACACAACGAAGACAAGTGCCTTCATGCAGCAAATCAAAA
GCCTTGTTGATCTCTCCCAATGTCATGTTGTGCGTTATGTATTCATCCACTTTGATCTCC
TTGTTCATATACTTCTCTACGAGCCAAGGCACTTGGGTTCGACTCTTGAAACCACCAAAA
GCTGTTCCTTTCCACACACGACCAGTCACAAGTTGGAACGGTCGTGTGGATATCTCTTGT
CCTGATGCTGCAACACCCACTATAACCGAAGTTCCCCATCCCTT*GTGACAGCACTCCAA
TGCGGCTCTCATCACGGAAACATTCCCGATGCACTCAAAGCAGTAGTCAACACCTCCATC
AGTGAGATCGACAATCACTTCCTGAATGGGCTTTTGGTGATCCTTTGGGTTCACAAACTC
ATTAACACCAAACTTCTTTGCAGTTTCATACTTCT*GCTGTCGATATCAATCCCAATGAT
CCTAGTAGCACCAGCTGTTTTTGCACCCTCAGCAACAGCAAGTCCCACAGTGCCAAGACC
AAAGATGGCAACATTTGACCCAGGTTCTACTTTTGCAGTGTTCCAAACAGCTCCAAGGCC
AGTGGGAACACCAC

QA 5 618 5 618
DS 

RD RR1BE39JQ 783 0 0
CCCTCCACAAACATGGTTGCTTATTATTAATGATGCTTTTCGGTCTTTAATGAAAATTTA
TAAAAGCGCGCACACGATTCGAGTTTGTTGCTCAGGAAATTAACAAGTCACAAACACATG
ATGAAGCAGAGAGAGAGACGAGACGACACATAAACCCATTGGTCTTTTAATCACTGGTAC
TGAGGACACAACGAAGACAAGTGCCTTCATGCAGCAAATCAAAAGCCTTGTTGATCTCTC
CCAATGTCATGTTGTGCGTTATGTATTCATCCACTTTGATCTCCTTGTTCATATACTTCT
CTACAAGCCAAGGCACTTGGGTTCGACTCTTGAAACCACCAAAAGCTGTTCCTTTCCACA
CACGACCAGTCACAAGTTGGAACGGTCGTGTGGATATCTCTTGTCCTGATGCTGCAACAC
CCACTATAACCGAAGTTCCCCATCCCTT*GTGACAGCACTCCAATGCGGCTCTCATCACG
GAGACATTCCCGATGCACTCAAAGCTGTAGTCAACACCTCCATCAGTGAGATCGACAATC
ACTTCCTGAATTGGCTTTTGGTGGTCCTTTGGGTTCACAAACTCATTAACACCAAACTTC
TTTGCAGTTTCATACTTCTTGCTGTCGATATCAAAGCCAATGATCCTTGTAGCACCAGCT
GTTTTTGCACCCTCAGCAACAGCAAGTCCCACAGTGCCAAGAACAAAGATGGCAACATTT
GACCCTGGTTCTACTTTTGCAGTGTTCCAAACAGCTCCAAGTCCAGTGGGAACACCACAT
CCA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1CL12TF 799 0 0
TCATGTTGTGCGTTATGTAT*CATCCACTTTGATCTCGT*GTTCATATACTTCTCTACAA
GCCAAGGCACTTGGGTTCGACTCTTGAAACCACCAAAAGCTGTTCCTTTCCACACACGAC
CAGTCACAAGTTGGAACGGTCGTGTGGATATCTCTTGTCGTGATGCTGCAACACCCACTA
TAACCGAAGTTCCCCATCCCTTTGTGACAGCACTCCAATGCGGCTCTCATCACGGAGACA
TTCCCGATGCACTCAAAGCTGTAGTCAACACCTCCATCAGTGAGATCGACAATCACTTCC
TGAATTGGCTTTTGGTGGTCCTTTGGGTTCACAAACTCATTAACACCAAACTTCTTTGCA
GTTTCATACTTCTTGCTGTCGATATCAATGCCAATGATCCTTGTAGCACCAGCTGTTTTT
GCACCCTCAGCAACAGCAAGTCCCACAGTGCCAAGACCAAAGATGGCAACATTTGACCCT
GGTTCTACTTTTGCAGTGTTCCAAACAGCTCCAAGTCCAGTGGGAACACCACATCCAAGA
AGGCAGACTTTCTCCAAAGGAGCCTGAGGGTCAATCTTGGCAACACTGACATCATGAACA
ACAGTGTACTGACTAAAGGTGGAGGTACCCATGAAGTGATAAATGGGTTTCCCATTAACA
GAGAACCGGCTCTTACGGTCGTTCATCATAACCCCAACACCAGTAGCGGACCGAACCTTG
CCGCAGAGGTTAGTCTTGCCCGATTTGCAGAACTTGCATTCACGGCACTCGGCTTGGTAA
CAAGGGATAACATGGTCTC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1A666TF 637 0 0
ATGCTGCAACACCCACTATAACCGAAGTTCCCCATCCCTT*GTGACAGCACTCCAATGCG
GCTCTCATCACGGAGACATTCCCGATGCACTCAAAGCTGTAGTCAACACCTCCATCAGTG
AGATCGACAATCACTTCCTGAATTGGCTTTTGGTGGTCCTTTGGGTTCACAAACTCATTA
ACACCAAACTTCTTTGCAGTTTCATACTTCTTGCTGTCGATATCAATGCCAATGATCCTT
GTAGCACCAGCTGTTTTTGCACCCTCAGCAACAGCAAGTCCCACAGTGCCAAGACCAAAG
ATGGCAACATTTGACCCTGGTTCTACTTTTGCAGTGTTCCAAACAGCTCCAAGTCCAGTG
GGAACACCACATCCAAGAAGGCAGACTTTCTCCAAAGGAGCCTGAGGGTCAATCTTGGCA
ACACTGACATCATGAACAACAGTGTACTGACTAAAGGTGGAGGTACCCATGAAGTGATAA
ATGGGTTTCCCATTAACAGAGAACCGGCTCTTACGGTCGTTCATCATAACCCCAACACCA
GTAGCGGACCGAACCTTGCCGCAGAGGTTAGTCTTGCCCGATTTGCAGAACTTGCATTCA
CGGCACTCGGCTTGGTAACAAGGGATAACATGGTCTC

QA 1 637 1 637
DS 



CO CL592Contig2 753 2 25 U
GGGAGAAGGAAGGAAACCACACACCACACCACCACAAAGTGCCTCCCTCTTTCTCTCTAA
TCTATCTATCAATGGCGACTCAAGGTCAGGTCATCACTTGCAAAGCTGCGGTGGCTTACG
AGCCGAACAAACCTCTGGTGATCGAAAATGTCCAAGTCGCTCCTCCTCAGGCCGGTGAGG
TTCGCATCAAGATCCTCTTCACCGCTCTCTGTCACACCGACGCCTACACCTGGAGCGGCA
AGGATCCCGAAGGTCTCTTCCCCTGTATCCTCGGTCATGAAGCTGCTGGGGTTGTTGAGA
GTGTTGGTGAAGGTGTGACTGAAGTTCAACCAGGAGACCATGTTATCCCTTGTTACCAAG
CCGAGTGCCGTGAATGCAAGTTCTGCAAATCGGGCAAGACTAACCTCTGCGGCAAGGTTC
GGTCCGCCACTGGTGTTGGGGTTATGATGAACGACCGTAAGAGCCGGTTCTCGGTTAATG
GGAAACCCATTTATCACTTCATGGGCACCTCCACCTTTAGTCAGTACACTGTTGTTCATG
ATGTCAGTGTTGCCAAGATCGACCCTCAGGCTCCTTTGGAGAAAGTCTGCCTTCTTGGAT
GTGGTGTTCCCACTGGACTTGGAGCTGTTTGGAACACTGCAAAAGTAGAACCAGGGTCAA
ATGTTGCCATCTTTGGTCTTGGCACTGTGGGACTTGCTGTTGCTGAGGGTGCAAAACAGC
TGTGCTACTAGATCATTGGGATGATATCGACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BE39TF U 17
AF RR1CQ54TF U 1
BS 1 34 RR1CQ54TF
BS 35 35 RR1BE39TF
BS 36 91 RR1CQ54TF
BS 92 92 RR1BE39TF
BS 93 221 RR1CQ54TF
BS 222 222 RR1BE39TF
BS 223 223 RR1CQ54TF
BS 224 224 RR1BE39TF
BS 225 427 RR1CQ54TF
BS 428 428 RR1BE39TF
BS 429 476 RR1CQ54TF
BS 477 477 RR1BE39TF
BS 478 616 RR1CQ54TF
BS 617 617 RR1BE39TF
BS 618 633 RR1CQ54TF
BS 634 634 RR1BE39TF
BS 635 652 RR1CQ54TF
BS 653 653 RR1BE39TF
BS 654 660 RR1CQ54TF
BS 661 661 RR1BE39TF
BS 662 667 RR1CQ54TF
BS 668 668 RR1BE39TF
BS 669 708 RR1CQ54TF
BS 709 709 RR1BE39TF
BS 710 753 RR1CQ54TF

RD RR1BE39TF 696 0 0
GG
ACACACCACACCACCACAAAGTGCCTCCCTCTTTCTCTCTAATCTATCTATCAATGGCGA
CTCAAGGTCAGGTCATCACTTGCAAAGCTGCGGTGGCTTACGAGCCTAACAAACCTCTGG
TGATCGAAGATGTCCAAGTCGCTCCTCCTCAGGCCGGTGAGGTTCGCATCAAGATCCTGT
TCACCGCTCTCTGTCACACCGACGCCTACACCTGGAGCGGCAAGGATCCCGAAGGTCTCT
TCCCCTGTATCCTCGGTCATGAAGCTGCTGGGGTTGTTGAGAGTGTTGGTGAAGGTGTGA
CTGAAGTTCAACCAGGAGACCATGTTATCCCTTGTTACCAAGCCGAGTGCCGTGAATGCA
AGTTCTGCAAATCGGGCAAGACTAACCTCTGCGGCAAGGTTCGGTCCGCCACTGGTGTTG
GGGTTATGATGAACGACCGTAAGAGCCGGTTCTCTGTTAATGGGAAACCCATTTATCACT
TCATGGGTACCTCCACCTTTAGTCAGTACACTGTTGTTCATGATGTCAGTGTTGCCAAGA
TTGACCCTCAGGCTCCTTTGGAGAAAGTCTGCCTTCTTGGATGTGGTGTTCCCACTGGAC
TTGGAGCTGTTTGGAACACTGCAAAAGTAGAACCAGGGTCAAATGTTGCCATCTTTGTTC
TTGGCACTGTGGGACTTGCTGTTGCTGAGGGTGC

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR1CQ54TF 753 0 0
GGGAGAAGGAAGGAAACCACACACCACACCACCAGAAAGTGCCTCCCTCTTTCTCTCTAA
TCTATCTATCAATGGCGACTCAAGGTCAGGTTATCACTTGCAAAGCTGCGGTGGCTTACG
AGCCGAACAAACCTCTGGTGATCGAAAATGTCCAAGTCGCTCCTCCTCAGGCCGGTGAGG
TTCGCATCAAGATCCTCTTCACCGCTCTCTGTCACACCGACTC*TACACCTGGAGCGGCA
AGGATCCCGAAGGTCTCTTCCCCTGTATCCTCGGTCATGAAGCTGCTGGGGTTGTTGAGA
GTGTTGGTGAAGGTGTGACTGAAGTTCAACCAGGAGACCATGTTATCCCTTGTTACCAAG
CCGAGTGCCGTGAATGCAAGTTCTGCAAATCGGGCAAGACTAACCTCTGCGGCAAGGTTC
GGTCCGCTACTGGTGTTGGGGTTATGATGAACGACCGTAAGAGCCGGTTCTCGGTTGATG
GGAAACCCATTTATCACTTCATGGGCACCTCCACCTTTAGTCAGTACACTGTTGTTCATG
ATGTCAGTGTTGCCAAGATCGACCCTCAGGCTCCTTTGGAGAAAGTCTGCCTTCTTGGAT
GTGGTGTTCCCACTGGCCTTGGAGCTGTTTGGA*CACTGCAAAAGTAGAACCTGGGTCAA
*TGTTGC*ATCTTTGGTCTTGGCACTGTGGGACTTGCTGTTGCTGAGG*TGCAAAACAGC
TGTGCTACTAGATCATTGGGATGATATCGACAG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 9

CO CL593Contig1 461 9 8 U
GGCTACAATAAACACACAAAACATTTATTTGCAGTGAAAAATTACAATGTCGGCATCCAA
ATTTGCTTTATTTTTTATTGTTCTGGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGCCT
GGAAAAAAAACCCAAAGGAACCTGCTCTAAAACACCAAAGAATGTTTGGTGTTGCAGCTC
CAATACACACTGCCGACAAACCAAAGCGTTATGTGAGAAGATATGCATCTGGTAGCACCT
GGGGCCGCTGAATTTACAAAACATCTAAGTTTATTTTCATACAATAAAACAAAGCATTTA
TTTACAGTGAAGAGTTACAATGTCGGCATCCAAATTTACTATATTTTGTATTGTTCTGGT
TTGTTTTGCTAGTTTTCATGAATGTAAGTCATATATCGCTTACGGTCCATCCAATCCTTT
AGCATCATTACCATTAATATAATATTATTATACTATTCATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 
55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB34JQ C 1
AF RR1EB34TF U 1
AF RR1E091JQ C 10
AF RR1EL09TF U 243
AF RR1FO43JQ C 196
AF RR1FO43TF U 196
AF RR1BC81JQ C 143
AF RR1BC81TF U 143
AF RR1E091TF U 10
BS 1 355 RR1EB34TF
BS 356 356 RR1EL09TF
BS 357 361 RR1EB34TF
BS 362 399 RR1EL09TF
BS 400 400 RR1FO43TF
BS 401 454 RR1EL09TF
BS 455 455 RR1BC81TF
BS 456 461 RR1E091JQ

RD RR1EB34JQ 361 0 0
GGCTACAATAAACACACAAAACATTTATTTGCAGTGAAAAATTACAATGTCGGCATCCAA
ATTTGCTTTATTTTTTATTGTTCTGGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGCCT
GGAAAAAAAACCCAAAGGAACCTGCTCTAAAACACCAAAGAATGTTTGGTGTTGCAGCTC
CAATACACACTGCCGACAAACCAAAGCGTTATGTGAGAAGATATGCATCTGGTAGCACCT
GGGGCCGCTGAATTTACAAAACATCTAAGTTTATTTTCATACAATAAAACAAAGCATTTA
TTTACAGTGAAGAGTTACAATGTCGGCATCCAAATTTACTATATTTTGTATTGTTTTGGT
T

QA 1 361 1 361
DS 

RD RR1EB34TF 361 0 0
GGCTACAATAAACACACAAAACATTTATTTGCAGTGAAAAATTACAATGTCGGCATCCAA
ATTTGCTTTATTTTTTATTGTTCTGGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGCCT
GGAAAAAAAACCCAAAGGAACCTGCTCTAAAACACCAAAGAATGTTTGGTGTTGCAGCTC
CAATACACACTGCCGACAAACCAAAGCGTTATGTGAGAAGATATGCATCTGGTAGCACCT
GGGGCCGCTGAATTTACAAAACATCTAAGTTTATTTTCATACAATAAAACAAAGCATTTA
TTTACAGTGAAGAGTTACAATGTCGGCATCCAAATTTACTATATTTTGTATTGTTTTGGT
T

QA 1 361 1 361
DS 

RD RR1E091JQ 452 0 0
GGTG
ACACAAAACATTTATTTGCAGTGAAAAGTTACAATGTCGGCATCCAAATTTGCTTTATTT
TTTATTGTTCTGGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGCCTGGAAAAAAAACCC
AAAGGAACCTGCTCTAAAACACCAAAGAATGTTTGGTGTTGCAGCTCCAATACACACTGC
CGACAAACCCAAGCGTTATGTGAGAAGATATGCATCTGGTAGCACCTGGGGCCGCTGAAT
TTACAAAACATCTAAGTTTATTTTCATACAATAAAACAAAGCATTTATTTACAGTGAAGA
GTTACAATGTCGGAATCCAAATTTACTATATTTTGTATTGTTCTGGTTTGTTTTGCTAGT
TTTCATGAATGTAAGTCATATATCGCTTACGGTCCATCCAATCCTTTAGCATCATTACCA
TTAATATAATATTATTATACTATTCATC

QA 5 452 5 452
DS 

RD RR1EL09TF 212 0 0
GGCCGCTGAATTTACAAAACATCTAAGTTTATTTTCATACAATAAAACAAAGCATTTATT
TACAGTGAAGAGTTACAATGTCGGCATCCAAATTTACTATATTTTGTATTGTTCTGGTTT
GTTTTGCTAGTTTTCATGAATGTAAGTCATATATCGCATACGGTCCATCCAATCCTTTAG
CATCATTACCATTAATATAATATTATTATACT

QA 1 212 1 212
DS 

RD RR1FO43JQ 259 0 0
G
CAAACCAAAGCGTTATGTGAGAAGATATGCATCTGGTAGCACCTGGGGCCGCTGAATTTA
CAAAACATTTAAGTTTATTTTCATACAATAAAACAAAGCATTTATTTACAGTGAAGAGTT
ACAATGTCGGCATCCAAATTTACTATATTTTGTATTGTTTTGGTTTGTTTTGCTAGTTTT
CATGAATGTAAGTCATATATCGCTTACGGTCCATCCAATCCTTTAGCATCATTACCATTA
ATATAATTTTATTATACT

QA 2 259 2 259
DS 

RD RR1FO43TF 259 0 0
G
CAAACCAAAGCGTTATGTGAGAAGATATGCATCTGGTAGCACCTGGGGCCGCTGAATTTA
CAAAACATCTAAGTTTATTTTCATACAATAAAACAAAGCATTTATTTACAGTGAAGAGTT
ACAATGTCGGCATCCAAATTTACTATATTTTGTATTGTTCTGGTTTGTTTTGCTAGTTTT
CATGAATGTAAGTCATATATCGCTTACGGTCCATCCAATCCTTTAGCATCATTACCATTA
ATATAATTTTATTATACT

QA 2 259 2 259
DS 

RD RR1BC81JQ 314 0 0
G
GCTCTAAAACACCAAAGAATGTTTGGTGTTGCAGCTCCAATACACACTGCCGACAAACCC
AAGCGTTATGTGAGAAGATATGCATCTGGTAGCACCTGGGGCCGCTGAATTTACAAAACA
TCTAAGTTTATTTTCATACAATAAAACAAAGCATTTATTTACAGTGAAGAGTTACAATGT
CGGAATCCAAATTTACTATATTTTGTATTGTTCTGGTTTGTTTTGCTAGTTTTCATGAAT
GTAAGTCATATATCGCTTACGATCCATCCAATCCTTTAGCATCATTACCATTAATATAAT
ATTATTATACTA
G

QA 2 313 2 313
DS 

RD RR1BC81TF 314 0 0
G
GCTCTAAAACACCAAAGAATGTTTGGTGTTGCAGCTCCAATACACACTGCCGACAAACCC
AAGCGTTATGTGAGAAGATATGCATCTGGTAGCACCTGGGGCCGCTGAATTTACAAAACA
TCTAAGTTTATTTTCATACAATAAAACAAAGCATTTATTTACAGTGAAGAGTTACAATGT
CGGAATCCAAATTTACTATATTTTGTATTGTTCTGGTTTGTTTTGCTAGTTTTCATGAAT
GTAAGTCATATATCGCTTACGATCCATCCAATCCTTTAGCATCATTACCATTAATATAAT
ATTATTATACTA
G

QA 2 313 2 313
DS 

RD RR1E091TF 452 0 0
GGTG
ACACAAAACATTTATTTGCAGTGAAAAGTTACAATGTCGGCATCCAAATTTGCTTTATTT
TTTATTGTTCTGGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGCCTGGAAAAAAAACCC
AAAGGAACCTGCTCTAAAACACCAAAGAATGTTTGGTGTTGCAGCTCCAATACACACTGC
CGACAAACCCAAGCGTTATGTGAGAAGATATGCATCTGGTAGCACCTGGGGCCGCTGAAT
TTACAAAACATCTAAGTTTATTTTCATACAATAAAACAAAGCATTTATTTACAGTGAAGA
GTTACAATGTCGGAATCCAAATTTACTATATTTTGTATTGTTCTGGTTTGTTTTGCTAGT
TTTCATGAATGTAAGTCATATATCGCTTACGGTCCATCCAATCCTTTAGCATCATTACCA
TTAATATAATATTATTATACTA
TTCATC

QA 5 446 5 446
DS 



AS 1 9

CO CL594Contig1 462 9 2 U
GGATTTATTATTACAATAAGACGAAGTCTGCATTTGTGCAAGTAAAAAAAATATAATCCA
TACTGAATCATGAGGTCTAGTAATATTTTCATGGTTTCTTGTGTTTTCATTGTACTCGTC
CTCAGCAATGTTCAAGATGTGAGTGCAAATGCTTGTTATGCCGTGGAAGAACTTGTGGGT
TGCAGTCCCTCTGCATGTCTTGCCAAAGCTAAAACGTATCCACGCATGGCTAAGAGAGGA
GGACTTAAATGCAAATGTGAGAATCCAAAAACGTGTTACTGCGACTGGACATGTAAACCT
TAATAAATAAGTTTTTTATTTTATTTCTAAAATTTACAATTAAATAATACATAAGAAGCT
TGCAAATGTTGAAATCTCAGATAAAACTTTGTGAAGACTGTCGAATATTATTTTGTACCT
AATTGCTTCTTGTTTTATAACTTAGTAAAATTATTTTTATTG


BQ
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1F739TF U -2
AF RR1GO59JQ C 14
AF RR1GO59TF U 14
AF RR1AI34TF U 1
AF RR1FI80TF U 52
AF RR1E866JQ C 1
AF RR1E866TF U 1
AF RR1EZ73TF U 1
AF RR1GX02TF U -4
BS 1 445 RR1AI34TF
BS 446 462 RR1EZ73TF

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GGGAT
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CTGAATCATGAGGTCTAGTAATATTTTCATGGTTTCTTGTGTTTTCATTGTACTCGTCCT
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ACTTAAATGCAAATGTGAGA

QA 6 265 6 265
DS 

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AAGATGTGAGTGCAAATGCTTGTTATGCCGTGGAAGAACTTGTGGGTTGCAGTCCCTCTG
CATGTCTTGCCAAAGCTAAAACGTATCCACGCATGGCTAAGAGAGGCGGACTTAAATGCA
AATGTGAGAATCCAAAAACGTGTTACTGCGACTGGACATGTAAACCTTAATAAATAAGTT
TTTT

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR1GO59TF 304 0 0
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GGTCTAGTAATATTTTCATGGTTTCTTGTGTTTTCATTGTACTCGTCCTCAGCAATGTTC
AAGATGTGAGTGCAAATGCTTGTTATGCCGTGGAAGAACTTGTGGGTTGCAGTCCCTCTG
CATGTCTTGCCAAAGCTAAAACGTATCCACGCATGGCTAAGAGAGGCGGACTTAAATGCA
AATGTGAGAATCCAAAAACGTGTTACTGCGACTGGACATGTAAACCTTAATAAATAAGTT
TTTT

QA 1 304 1 304
DS 

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QA 1 445 1 445
DS 

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GGG
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CTCGTCCTCAGCAATGTTCAAGATGTGAGTGCAAATGCTTGTTATGCCGTGGAAGAACTT
GTGGGTTGCAGTCCCTCTGCATGTCTTGCCAAAGCTAAAACGTATCCACGCATGGCTAAG
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AAACCTTAATAAATAAGTTTTTTATTTTATTTCTAAAATTTACAATTAAATAATACATAA
GAAGCTTGCAAATGTTGAAATCTCAGATAAAACTTTGTGAAGACTGTCGAATATTATTTT
GTACCTAATTGCTTCTTGTTTTATAACTTAG

QA 4 394 4 394
DS 

RD RR1E866JQ 445 0 0
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TACTGAATCATGAGGTCTAGTAATATTTTCATGGTTTCTTGTGTTTTCATTGTACTCGTC
CTCAGCAATGTTCAAGATGTGAGTGCAAATGCTTGTTATGCCGTGGAAGAACTTGTGGGT
TGCAGTCCCTCTGCATGTCTTGCCAAAGCTAAAACGTATCCACGCATGGCTAAGAGAGGA
GGACTTAAATGCAAATGTGAGAATCCAAAAACGTGTTACTGCGACTGGACATGTAAACCT
TAATAAATAAGTTTTTTATTTTATTTCTAAAATTTACAATTAAATAATACATAAGAAGCT
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AATTGCTTCTTGTTTTATAACTTAG

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DS 

RD RR1E866TF 445 0 0
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TACTGAATCATGAGGTCTAGTAATATTTTCATGGTTTCTTGTGTTTTCATTGTACTCGTC
CTCAGCAATGTTCAAGATGTGAGTGCAAATGCTTGTTATGCCGTGGAAGAACTTGTGGGT
TGCAGTCCCTCTGCATGTCTTGCCAAAGCTAAAACGTATCCACGCATGGCTAAGAGAGGA
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AATTGCTTCTTGTTTTATAACTTAG

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1EZ73TF 462 0 0
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TACTGAATCATGAGGTCTAGTAATATTTTCATGGTTTCTTGTGTTTTCATTGTACTCGTC
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TGCAGTCCCTCTGCATGTCTTGCCAAAGCTAAAACGTATCCACGCATGGCTAAGAGAGGA
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TAATAAATAAGTTTTTTATTTTATTTCTAAAATTTACAATTAAATAATACATAAGAAGCT
TGCAAATGTTGAAATCTCAGATAAAACTTTGTGAAGACTGTCGAATATTATTTTGTACCT
AATTGCTTCTTGTTTTATAACTTAGTAAAATTATTTTTATTG

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1GX02TF 466 0 0
GGAAGAT
ATTTATTATTACAATAAGACGAAGTCTGCATTTGTGCAAGTAAAAAAAATATAATCCATA
CTGAATCATGAGGTCTAGTAATATTTTCATGGTTTCTTGTGTTTTCATTGTACTCGTCCT
CAGCAATGTTCAAGATGTGAGTGCAAATGCTTGTTATGCCGTGGAAGAACTTGTGGGTTG
CAGTCCCTCTGCATGTCTTGCCAAAGCTAAAACGTATCCACGCATGGTTAAGAGAGGAGG
ACTTAAATGCAAATGTGAGAATCCAAAAACGTGTTACTGCGACTGGACATGTAAACCTTA
ATAAATAAGTTTTTTATTTTATTTCTAAAATTTACAATTAAATAATACATAAGAAGCTTG
CAAATGTTGAAATCTCAGATAAAACTTTGTGAAGACTGTCGAATATTATTTTGTACCTAA
TTGCTTCTTGTTTTATAACTTAGTAAAATTATTTTTATT

QA 8 466 8 466
DS 



AS 1 8

CO CL595Contig1 859 8 5 U
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TACACAGACGTGTCTATCTTTGTCTCCATGATGAGCATTTGGGGGTTCTTTGGTCGGCTT
CTCTCCGGTACCATCTCCGAGTATTTTATCAAAAAATATGGAACTCCAAGACCATTATGG
AATGCGGCATCACAAATCCTCATGGCCGTAGGATATCTAGTGATGGCTTTAGCCATGCCC
GGTTCTCTATACATCGGTTCAATGGTTGTTGGGGTTTGCTACGGAGTCCGGTTAGCCATA
ACAGTACCGACAGCCTCCGAGCTATTCGGCCTCAAATACTACGGACTCATCTACAACATC
CTCATACTGAACTTACCACTTGGCTCGTTCCTCTTCTCGGGTCTTCTCGCTGGTTTACTC
TATGATGCCCAAGCTACACCAACTCCTGGTGGAGGCAATACGTGTGTAGGAGCCCATTGT
TTCCGTCTTGTCTTTATTGTAATGGGGTTTACTTCCATTATAGGTGTTGGTCTTGACATC
TTGCTTGCGTTTAGAACGAAGGATATATATGCGAGGATTCATGGGAGCAAGAATGCTAAG
AAACCTAGTGGTAATCTTCGATGAGTCTCAAGTTGAATACATGATTTTCTTTTAGTAAAA
TCATTTTTGGGTATGTTACTTATACT*****AGTATTTTGTGTCTATTTTTGAAAGTTTT
TATGTTAATTATTTTACTAGACGGTATGGATGAATTGTACACTTTGTACATTCGTGATTA
TTGTTGTTAAAGGCGGTTTAAGTGTATTAAACCAGTTGT*ATGGTCTACGTTCATATAAT
GGGAAATCGATGAATTACG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DL83TF U 77
AF RR1BE10TF U 1
AF RR1BE11TF U 1
AF RR1BE35TF U 1
AF RR1BE35JQ C 120
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AF RR1BE11JQ C 140
BS 1 625 RR1BE10TF
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RD RR1DL83TF 514 0 0
TT
TTTGTCTCCATGATGAGCATTTGGGGGTTCTTTGGTCGGCTTCTCTCCGGTTCCATCTCC
GAGTATTTTATCAAAAAATATGGAACTCCAAGACCATTATGGAATGCGGCATCACAAATC
CTCATGGCCGTAGGATATCTAGTGATGGCTTTAGCCATGCCCGGTTCTCTATACATCGGT
TCAATGGTTGTTGGGGTTTGCTACGGAGTCCGGTTAGCCATAACAGTACCGACAGCCTCC
GAGCTATTCGGTCTCAAATACTGCGGACTCATCTACAACATCCTCATACTGAACTTACCA
CTTGGCTCGTTCCTCTTCTCGGGTCTTCTCGCTGGTTTACTCTATGATGCCCAAGCTACA
CCAACTCCTGGTGGAGGCAATACGTGTGTAGGAGCCCATTGTTTCCGTCTTGTCTTTATT
GTAATGGGGTTTACTTCCATTATAGGTGTTGGTCTTGACATCTTGCTTGCGTTTAGAACG
AAGGATATATATGCGAGGATTCATGGGAGCAA

QA 3 514 3 514
DS 

RD RR1BE10TF 625 0 0
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CTCATACTGAACTTACCACTTGGCTCGTTCCTCTTCTCGGGTCTTCTCGCTGGTTTACTC
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AAACCTAGTGGTAATCTTCGATGAG

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1BE11TF 653 0 0
GGAGTAGGCACTGGTTTAGCAGTGATGAACAACGTGGGTCAGATCGGGCTTGCGCTTGGT
TACACAGACGTGTCTATCTTTGTCTCCATGATGAGCATTTGGGGGTTCTTTGGTCGGCTT
CTCTCCGGTACCATCTCCGAGTATTTTATCAAAAAATATGGAACTCCAAGACCATTATGG
AATGCGGCATCACAAATCCTCATGGCCGTAGGATATCTAGTGATGGCTTTAGCCATGCCC
GGTTCTCTATACATCGGTTCAATGGTTGTTGGGGTTTGCTACGGAGTCCGGTTAGCCATA
ACAGTACCGACAGCCTCCGAGCTATTCGGCCTCAAATACTACGGACTCATCTACAACATC
CTCATACTGAACTTACCACTTGGCTCGTTCCTCTTCTCGGGTCTTCTCGCTGGTTTACTC
TATGATGCCCAAGCTACACCAACTCCTGGTGGAGGCAATACGTGTGTAGGAGCCCATTGT
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AAACCTAGTGGTAATCTTCGATGAGTCTCAAGTTGAATACATGATTTTCTTTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1BE35TF 787 0 0
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CTCTCCGGTACCATCTCCGAGTATTTTATCAAAAAATATGGAACTCCAAGACCATTATGG
AATGCGGCATCACAAATCCTCATGGCCGTAGGATATCTAGTGATGGCTTTAGCCATGCCC
GGTTCTCTATACATCGGTTCAATGGTTGTTGGGGTTTGCTACGGAGTCCGGTTAGCCATA
ACAGTACCGACAGCCTCCGAGCTATTCGGCCTCAAATACTACGGACTCATCTACAACATC
CTCATACTGAACTTACCACTTGGCTCGTTCCTCTTCTCGGGTCTTCTCGCTGGTTTACTC
TATGATGCCCAAGCTACACCAACTCCTGGTGGAGGCAATACGTGTGTAGGAGCCCATTGT
TTCCGTCTTGTCTTTATTGTAATGGGGTTTACTTCCATTATAGGTGTTGGTCTTGACATC
TTGCTTGCGTTTAGAACGAAGGATATATATGCGAGGATTCATGGGAGCAAGAATGCTAAG
AAACCTAGTGGTAATCTTCGATGAGTCTCAAGTTGAATACATGATTTTCTTTTAGTAAAA
TCATTTTTGGGTATGTTACTTATACT*****AGTATTTTGTGTCTATTTTTGAAAGTTTT
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BQ
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20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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TCTAATGCCTCGTTCAGTTCCTCTCTTGATGCAGGTTCTCCAATATTTTTCATGGATGTT
TGTAAAGCAACCAGCATCTCAGATTGTGCTTTGGCTCTATTAATCTGATCCTTACTCATT
TGAGGAAGTTTGGCTTTAGCCTTTTCAACAGTTGATAATTTTCCTTTTTTCCTCTCAGCC
TCTATTCCCTTTTTGATTGCTTCAGCAGCTCTTCTTGCATCTTGAGATTTTTGAAGCGCT
TTTTCTTTTTCCTTTCTCTTTTCTTCCTTCTTAGCCTTCTTTTTTGCTGGCTCGTTTTGA
TCCTCATCAGTTTCTTTTTCTTGTCCCTTTTCAGACTCT
C

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1AI49TF 640 0 0
GGCTTGTCAAAGTTCAAAGTTTTCACTGGAACAACAGACTTCACTGAAGATGTGACTTTT
TCAGGGAGCTTTGGTAGATTCTTGGCTTGAGTTAATCTTTGCTCTGTAGTACTATTGAAC
AACAGTCTCTCAAATCCTTGAAGAGTTGCTGCATATTGCTTATGAGTTGTTAAGAACATA
TCAACAATCTTCTTTGGATCTCCATCTCCCTGGTTGGCTTTTAGCCACACTCCCCTTCTC
ATGCCCTTCAGGAAGTAGATGAGATGACTATAATCGACTTCAGTATCTATTTTCATAAGC
TCTAATGCCTCGTTCAGTTCCTCTCTTGATGCAGGTTCTCCAATATTTTTCATGGATGTT
TGTAAAGCAACCAGCATCTCAGATTGTGCTTTGGCTCTATTAATCTGATCCTTACTCATT
TGAGGAAGTTTGGCTTTAGCCTTTTCAACAGTTGATAATTTTCCTTTTTTCCTCTCAGCC
TCTATTCCCTTTTTGATTGCTTCAGCAGCTCTTCTTGCATCTTGAGATTTTTGAAGCGCT
TTTTCTTTTTCCTTTCTCTTTTCTTCCTTCTTAGCCTTCTTTTTTGCTGGCTCGTTTTGA
TCCTCATCAGTTTCTTTTTCTTGTCCCTTTTCAGACTCT
C

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1FX95JQ 740 0 0
GGCTTGTCAAAGTTCAAAGTTTTCACTGGAACAACAGACTTCACTGAAGATGTGACTTTT
TCAGGGAGCTTTGGTAGATTCTTGGCTTGAGTTAATCTTTGCTCTGTAGTACTATTGAAC
AACAGTCTCTCAAATCCTTGAAGAGTTGCTGCATATTGCTTATGAGTTGTTAAGAACATA
TCAACAATCTTCTTTGGATCTCCATCTCCCTGGTTGGCTTTTAGCCACACTCCCCTTCTC
ATGCCCTTCAGGAAGTAGATGAGATGACTATAATCGACTTCAGTATCTATTTTCATAAGC
TCTAATGCCTCGTTCAGTTCCTCTCTTGATGCAGGTTCTCCAATATTTTTCATGGATGTT
TGTAAAGCAACCAGCATCTCAGATTGTGCTTTGGCTCTATTAATCTGATCCTTACTCATT
TGAGGAAGTTTGGCTTTAGCCTTTTCAGCAGTTGATAATTTTTCTTTTTTCCTCTCAGCC
TCTATTCCCTTTTTGATTGCTTCAGCAGCTCTTCTTGCATCTTGAGATTTTTGAAGCGCT
TTTTCTTTTTCCTTTCTCTTTTCTTCCTTCTTAGCCTTCTTTTTTGCTGGCTCGTTTTGA
TCCTCATCAGTTTCTTTTTCTTGTCCCTTTTCAGACTCTTCTGGATCTGTTATCTCTTCA
TCATCTTCTAGTTCTTCAAGATCTTTTTCTGCTAGAGCTAATTGTCTGTCAATCTTGGCT
TGAGGTGGCAACCTGGG
GTT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1AZ21TF 827 0 0
GCTTGAGTTAATCTT*GCTCTGTAGTACTATTGAACAACAGTCTCTCAAATCCTTGAAGA
GTTGCTGCATATTGCTTATGAGTTGTTAAGAACATATCAACAATCTTCTTTGGATCTCCA
TCTCCCTGGTTGGCTTTTAGCCACACTCCCCTTCTCATGCCCTTCAGGAAGTAGATGAGA
TGACTATAATCGACTTCAGTATCGATTTTCATAAGCTCTAATGCCTCGTTCAGTTCCTCT
CTTGATGCAGGTTCTCCAATATTTTTCATGGATGTTTGTAAAGCAACCAGCATCTCAGAT
TGTGCTTTGGCTCTATTAATCTGATCCTTACTCATTTGAGGAAGTTTGGTTTTAGCCTTT
TCAGCAGTTGATAATTTTTCTTTTTTCCTCTCAGCCTCTATTCCCTTTTTGATTGCTTCA
GCAGCTCTTCTTGCATCTTGAGATTTTTGAAGCGCTTTTTCTTTTTCCTTTCTCTTTTCT
TCCTTCTTAGCCTTCTTTTTTGCTGGCTCGTTTTGATCCTCATCAGTTTCTTTTTCTTGT
CCCTTTTCAGACTCTTCTGGATCTGTTATCTCTTCATCATCTTCTAGTTCTTCAAGATCT
TTTTCTGCTAGAGCTAATTGTCTGTCAATCTTGGCTTGAGGTGGCAACCTGGGATTCTTA
AGCTTGGTTGTAGGACTCATAACTTCTTCACCAGTCTCCTGCTCTTGATTAGCTGCGGCA
CTTTCTCTGCTTTGACTACGAGTAGCTCTACGGAAGGTTTTTGGATCACTTGCCTTATTA
CTTGGTTTTGCCATTTTAAAACACACAATGTAGTATTGTTTTCCCCC

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1FX95TF 621 0 0
TTTTCATAAGCTCTAATGCCTCGTTCAGTTCCTCTCTTGATGCAGGTTCTCCAATATTTT
TCATGGATGTTTGTAAAGCAACCAGCATCTCAGATTGTGCTTTGGCTCTATTAATCTGAT
CCTTACTCATTTGAGGAAGTTTGGCTTTAGCCTTTTCAGCAGTTGATAATTTTTCTTTTT
TCCTCTCAGCCTCTATTCCCTTTTTGATTGCTTCAGCAGCTCTTCTTGCATCTTGAGATT
TTTGAAGCGCTTTTTCTTTTTCCTTTCTCTTTTCTTCCTTCTTAGCCTTCTTTTTTGCTG
GCTCGTTTTGATCCTCATCAGTTTCTTTTTCTTGTCCCTTTTCAGACTCTTCTGGATCTG
TTATCTCTTCATCATCTTCTAGTTCTTCAAGATCTTTTTCTGCTAGAGCTAATTGTCTGT
CAATCTTGGCTTGAGGTGGCAACCTGGGGTTCTTAAGCTTGGTTGTAGGACTCATAACTT
CTTCACCAGTCTCCTGCTCTTGATTAGCTGCGGCACTTTCTCTGCTTTGACTACGAGTAG
CTCTACGGAAGGTTTTTGGATCACTTGCCTTATTACTTGGCTTTGTCATTTTAAAACACA
CAATGTAGTATTGTTTTCCCC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1GE55TF 644 0 0
ACTATAATCGACTTCAGTATCTATTTTCATAAGCTCTAATGCCTCGTTCAGTTCCTCTCT
TGATGCAGGTTCTCCAATATTTTTCATGGATGTTTGTAAAGCAACCAGCATCTCAGATTG
TGCTTTGACTCTATTAATCTGATCCTTACTCATTTGAGGAAGTTTGGCTTTAGCCTTTTC
AGCAGTTGATAATTTTTCTTTTTTCCTCTCAGCCTCTATTCCCTTTTTGATTGCTTCAGC
AGCTCTTCTTGCATCTTGAGATTTTTGAAGCGCTTTTTCTTTTTCCTTTCTCTTTTCTTC
CTTCTTAGCCTTCTTTTTTGCTGGCTCGTTTTGATCCTCATCAGTTTCTTTTTCTTGTCC
CTTTTCAGACTCTTCTGGATCTGTTATCTCTTCATCATCTTCTAGTTCTTCAAGATCTTT
TTCTGCTAGAGCTAATTGTCTGTCAATCTTGGCTTGAGGTGGCAACCTGGGATTCTTAAG
CTTGGTTGTAGGACTCATAACTTCTTCACCAGTCTCCTGCTCTTGATTAGCTGCGGCACT
TTCTCTGCTTTGACTACGAGTAGCTCTACGGAAGGTTTTTGGATCACTTGCCTTATTACT
TGGTTTTGTCATTTTAAAACACACAATGTAGTATTGTTTTCCCC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 9

CO CL597Contig1 711 9 2 U
GGCCCAGCCAAAAATTCTCAGCCATTGAGAGTTTAACATTTCATCCAAAAAATGTTTTTT
CAGATTATTCAGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGT
ATAACCCTTGGTAGCTCAGCCGTGGCATTAGCCGTAAGCACGCCGTTTTTTGTCCTATTC
AGTCCGATTCTCGTGCCAGCAACTATAGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCC
ACCGGCGGCCTCGGTTTAACGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAG
GCGAAGGGAGGGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTCTAAGCCAGCG
TCTGGGGGGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAAATAAAT
GAGAATTATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTCTCTTTGATATAATAC
TAATTACACGCGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTA
CGAAATTATAATAAATTTACTCGATTGTGTTGTAACGAATCAAGTGATATCAGTGAGATT
ACCATAGATTATTATAGTCAAGTTACATTGTTGATTCACTGAATCATTCGACTTTGAACC
AAGTGTTGTTTCTACCACATTATGTTTTAAAAGATAAGCCTTAAAGTTCTT


BQ
30 30 30 30 35 35 35 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B191JQ C 180
AF RR1GZ13JQ C 0
AF RR1GZ13TFB U 0
AF RR1BV21TF U 3
AF RR1F359JQ C 1
AF RR1F359TF U 1
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AF RR1F155TF U 1
AF RR1F155JQ C 11
BS 1 691 RR1DD69TF
BS 692 711 RR1F155JQ

RD RR1B191JQ 178 0 0
G
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ACCGGCGGCCTCGGTTTAACAGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAG
GCGAAGGGAGGGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTATAAGCCA

QA 2 178 2 178
DS 

RD RR1GZ13JQ 563 0 0
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TTCTCGTGCCAGCAACTATAGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCCACCGGCG
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GAGGGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTCTAAGCCAGCGTCTGGGG
GGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAAATAAATGAGAATT
ATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTCTCTTTGATATAATACTAATTAC
ACGCGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTACGAAATT
ATAATAAATTTACTC

QA 9 563 9 563
DS 

RD RR1GZ13TFB 563 0 0
AGGGCCAA
CCAAAAATTCTCAGCCATTGAGAGTTTAACATTCCATCCAAAAAATGTTTTTTCAGATTA
TTCAGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGTATAACCC
TTGGTAGCTCAGTCGTGGCATTAGCCGTAAGCACGCCGTTTTTTGTCCTATTCAGTCCGA
TTCTCGTGCCAGCAACTATAGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCCACCGGCG
GCCTCGGTTTAACGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAGGCGAAGG
GAGGGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTCTAAGCCAGCGTCTGGGG
GGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAAATAAATGAGAATT
ATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTCTCTTTGATATAATACTAATTAC
ACGCGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTACGAAATT
ATAATAAATTTACTC

QA 9 563 9 563
DS 

RD RR1BV21TF 572 0 0
GG
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TTATTCAGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGTATAA
CCCTTGGTAGCTCAGCCGTGGCATTAGCCGTAAGCATGCCGTTTTTTGTCCTATTCAGTC
CGATTCTCGTGCCAGCAACTATAGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCCACCG
GCGGCCTCGGTTTAACGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAGGCGA
AGGGAGGGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTCTAAGCCAGCGTCTG
GGGGGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAAATAAATGAGA
ATTATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTCTCTTTGATATAATACTAAT
TACACGCGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTACGAA
ATTATAATAAATTTACTCGATTGTGTTGTA

QA 3 572 3 572
DS 

RD RR1F359JQ 573 0 0
GGCCCAGCCAAAAATTCTCAGCCATTGAGAGTTTAACATTTCATCCAAAAAATGTTTTTT
CAGATTATTCAGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGT
ATAACCCTTGGTAGCTCAGCCGTGGCATTAGCCGTAAGCACGCCGTTTTTTGTCCTATTC
AGTCCGATTCTCGTGCCAGCAACTATAGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCC
ACCGGCGGCCTCGGTTTAACGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAG
GCGAAGGGAGGGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTTTAAGCCAGCG
TTTGGGGGGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAAATAAAT
GAGAATTATTGGGGTTCCTTAAATAAGGCCTAAAATTATCCACTCTCTTTGATATAATAC
TAATTACACGCGGATGAACCTGATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTA
CGAAATTATAATAAATTTACTCGATTGTGTTG
G

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1F359TF 573 0 0
GGCCCAGCCAAAAATTCTCAGCCATTGAGAGTTTAACATTTCATCCAAAAAATGTTTTTT
CAGATTATTCAGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGT
ATAACCCTTGGTAGCTCAGCCGTGGCATTAGCCGTAAGCACGCCGTTTTTTGTCCTATTC
AGTCCGATTCTCGTGCCAGCAACTATAGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCC
ACCGGCGGCCTCGGTTTAACGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAG
GCGAAGGGAGGGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTCTAAGCCAGCG
TCTGGGGGGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAAATAAAT
GAGAATTATTGGGGTTCCTTAAATAAGGCCTAAAATTATCCACTCTCTTTGATATAATAC
TAATTACACGCGGATGAACCTGATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTA
CGAAATTATAATAAATTTACTCGATTGTGTTG
G

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1DD69TF 703 0 0
GGCCCAGCCAAAAATTCTCAGCCATTGAGAGTTTAACATTTCATCCAAAAAATGTTTTTT
CAGATTATTCAGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGT
ATAACCCTTGGTAGCTCAGCCGTGGCATTAGCCGTAAGCACGCCGTTTTTTGTCCTATTC
AGTCCGATTCTCGTGCCAGCAACTATAGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCC
ACCGGCGGCCTCGGTTTAACGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAG
GCGAAGGGAGGGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTCTAAGCCAGCG
TCTGGGGGGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAAATAAAT
GAGAATTATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTCTCTTTGATATAATAC
TAATTACACGCGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTA
CGAAATTATAATAAATTTACTCGATTGTGTTGTAACGAATCAAGTGATATCAGTGAGATT
ACCATAGATTATTATAGTCAAGTTACATTGTTGATTCACTGAATCATTCGACTTTGAACC
AAGTGTTGTTTCTACCACATTATGTTTTAAA
GATAAGCCTTAA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1F155TF 699 0 0
GGCCCAGCCAAAAATTCTCAGCCATTGAGAGTTTAACATTTCATCCAAAAAATGTTTTTT
CAGATTATTCAGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGT
ATAACCCTTGGTAGCTCAGCCGTGGCATTAGCCGTAAGCACGCCGTTTTTTGTCCTATTC
AGTCCGATTCTCGTGCCAGCAACTATGGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCC
ACCGGCGGCCTCGGTTTAACGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAG
GCGAAGGGAGGGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTCTAAGCCAGCG
TCTGGGGGGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAAATAAAT
GAGAATTATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTCTCTTTGATATAATAC
TAATTACACGCGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTA
CGAAATTATAATAAATTTACTCGATTGTGTTGTAACGAATCAAGTGATATCAGTGAGATT
ACCATAGATTATTATAGTCAAGTTACATTGTTGATTCACTGAATCATTCGACTTTGAACC
AAGTGTTGTTTCTACCACATTATGTTTTAAA
AGATAAGC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1F155JQ 701 0 0
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AGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGTATAACCCTTG
GTAGCTCAGCCGTGGCATTAGCCGTAAGCACGCCGTTTTTTGTCCTATTCAGTCCGATTC
TCGTGCCAGCAACTATGGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCCACCGGCGGCC
TCGGTTTAACGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAGGCGAAGGGAG
GGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTCTAAGCCAGCGTCTGGGGGGT
AAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAAATAAATGAGAATTATT
GGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTCTCTTTGATATAATACTAATTACACG
CGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTACGAAATTATA
ATAAATTTACTCGATTGTGTTGTAACGAATCAAGTGATATCAGTGAGATTACCATAGATT
ATTATAGTCAAGTTACATTGTTGATTCACTGAATCATTCGACTTTGAACCAAGTGTTGTT
TCTACCACATTATGTTTTAAAAGATAAGCCTTAAAGTTCTT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 9

CO CL598Contig1 1288 9 12 U
GGACTCAAAAACGCTTTTCTTGAAATTTCTTCTATAAATTCATTCTCCTAAACCATGCAC
ATTCCCCCTTCTCTCCTTCTTCTTCTTCTCTTGATTTCGTTTTCCTTTAAACGATTCATT
ATAAAAGATCCAGCTCTTTTGTGTTAAAAAAAAAAATATCTCAGCTCTTGTGAAAATAAT
CTTTTAAAAAAAAA*TAGACAAAACCTTGATGCTTAATCAGCAGTTCTTGGTGTTTGAGA
CACATGTCTCCGATTATACTCAGTGAGATCTTCCTCTCTGGGTTTATGTTAAACTCTACA
ATCAGGCGCAGGACCCATCTCGTTCAATCTTTCTCTGTTGTCTTCCTTTACTGGCTTTAC
TACGTCTCATAGTTTCTCAAACTCTCCGTCTTTTATTACATAGTCGTATAATTAAATCAA
AACCCTAGTTTAAAAAAAATAACTTTTTTCTTTTGTTTCTTCTTTGTTTTCGTCTTCGAT
CTGGGTCCTGTCCTGTCTTGTTCTTGACTTCTCTTACAAGAAAACCCATTTTTAATATAA
TCTCTCTTCTCGTAAAAGACTTCTTTGTTTGTTTGTGTGTGTGTGTGCTGAATGGACTCG
TCGTCGTCTGGAACAACTTCTTCGACGATTCAAACGTCGTCAGGACCTGAGGAGAGTCTC
ATGGAGCAGAGGAAACGGAAGAGAATGCTCTCGAACCGTGAATCAGCGAGGAGGTCGAGG
ATGAAGAAACAGAAGCTTCTTGACGATCTAACGGCTCAGGTTATTCAGCTCAAAAAAGAG
AATGACGAGATTGTGACAAGTGTCAGCATCACAACGCAGCACTACTTAACCGTTGAAGCA
GAGAACTCTGTTCTCAGAGCTCAGCTCGATGAACTTAGCCACAGGCTTGAATCTCTAAAC
GACATCATCGGTTTCCTCGACAATACCAACGGGATCTGTTCGAACCCTCTGTCTGTTCCA
GAGTCTGATGATTTCCTCGTGAATCAGATTAATATGAACATGTTTTATATGAACCAGCCA
CTCATGGCATCAGAACCTCATGGCATCTTCTGATGCGTTACTGTATTAGAAGTGTGGACC
TAGAAAACCTCGAAATTACAAAATGGGGTCGGTTTTTTTTGTCTGATTTCAAGATATGTC
CAAAGAAAATGAGAGAGAGATATGTATAAATGGGTTATGTTGTTTGATTGTTCCATTTCA
TTTTCTTTTTGTAGTTTGCTCCGTCTTTTGGCGCTATGTAGTAAAAGCATTGTTATGAGT
GTTGTTTGCAATAAAGGCTCTGTTGCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA61TF U 65
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BS 772 896 RR1AJ67TF
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TCTGGAACAA

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GG
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GAGAGAGAGATATGTATAAATGGGTTATGTTGTTTGATTGTTCC

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DS 

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TGTTCCATTTCATTTTCTTTTTGTAGTTTGCTCCGTCTTTTGGCGCTATGTAGTAAAAGC
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1C585JQ 683 0 0
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QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 9

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CGAGTCTGTCGTGTTCGCTAGAATGAATGGGGACGAGAACGATAGCTGTATGGAGTTTCT
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TGATTATTGGTTCGATTCTGCTGTGTTATTTTTCCCTTTAACTATGAAGGCACGTAATTT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GCCGTTGCCTCCACCTCATCCTTCGTATTCTTCGACCCCAAACCCAACTCACTGATCCTA
AAACAGAGCTGGGTTAAAACTCCCTCGAAAAGAAGATTCTCAGCCGTGAAGGTCAAGGCC
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GTGGAGTTTGCCACGAGTAAGAGTGATCAGAGTAGTAAGATATATCCTTTTATGGTGGAG
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GCTATATTACGGG
A

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DS 

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GGACC
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AAGAGTGATCAGAGTAGTAAGATATATCCTTTTATGGTGGAGCTGAGCAGGACATGTAAC
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AGAGAGAAGATCGAGAAAGTTCCTCACTTTAGCTTCTATAAGAGCATGGAGAAAATACAC
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CCACTCGGCGGTTGTGCAGCTGCATGGACGAGCTGACGTGGAGAAGCTGATTGACGAGAA
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GAAGGTT
ATCCGA

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DS 

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GG
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CTCAGCCGTGAAGGTCAAGGCCAGTGCGGCGTCACCAGGGAAGGTTGGTACACCGGCGGC
GAAGGACGAGAAAGTGCAAAAGATTCACAGCGGAGAGGAGTTTGACGAAGCGCTTAAGAA
GGCCAAGAACAAGCTTGTGGTTGTGGAGTTTGCCACGAGTAAGAGTGATCAGAGTAGTAA
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GGACCAGCTAATGGGGG*ACGTGCTATATTACGGGGACAGCCACTCGGCGGTTGTGCAGC
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GG
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CGTGATTCCACGGCTGTCATCCGCCGTTGCCTCCACCTCATCCTTCGTATTCTTCGACCC
CAAACCCAACTCACTGATCCTAAAACAGAGCTGGGTTAAAACTCCCTCGAAAAGAAGATT
CTCAGCCGTGAAGGTCAAGGCCAGTGCGGCGTCACCAGGGAAGGTTGGTACACCGGCGGC
GAAGGACGAGAAAGTGCAAAAGATTCACAGCGGAGAGGAGTTTGACGAAGCGCTTAAGAA
GGCCAAGAACAAGCTTGTGGTTGTGGAGTTTGCCACGAGTAAGAGTGATCAGAGTAGTAA
GATATATCCTTTTATGGTGGAGCTGAGCAGGACATGTAACGACGT*GACTTCTTGCTCGT
CATGGGTGATGAGTCCGAAAAGACTAGAGAGCTTTGTCGGAGAGAGAAGATCGAGAAAGT
TCCTCACTTTAGCTTCTATAAGAGCATGGAGAAAATACACGAGGAAGAAGGTATTGGACC
GGACCAGCTAATGGGGG*ACGTGCTATATTACGGGGACAGCCACTCGGCGGTTGTGCAGC
TGCATGGACGAGCTGACGTGGAGAAGCTGATTGACGAGAACCGTACTGGAGGCAAGCTGA
TTGTGCTGGATGTCGGTCTGAAACACTGTGGACCATGCGTGAAGGTTTATCCGACGGTGC
TGAAACTGTCCCGGTCGATGTCCGAGTCTGTCGTGTTCGCTAGAATGAATGGGGACGAGA

QA 3 782 3 782
DS 

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GG
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TCAGCCAAACCAATCACCACCGTGATTCCACGGCTGTCATCCGCCGTTGCCTCCACCTCA
TCCTTCGTATTCTTCGACCCCAAACCCAACTCACTGATCCTAAAACAGAGCTGGGTTAAA
ACTCCCTCGAAAAGAAGATTCTCAGCCGTGAAGGTCAAGGCCAGTGCGGCGTCACCAGGG
AAGGTTGGTACACCGGCGGCGAAGGACGAGAAAGTGCAAAAGATTCACAGCGGAGAGGAG
TTTGACGAAGCGCTTAAGAAGGCCAAGAACAAGCTTGTGGTTGTGGAGTTTGCCACGAGT
AAGAGTGATCAGAGTAGTAAGATATATCCTTTTATGGTGGAGCTGAGCAGGACATTTAAC
GACGTCGACTTCTTGCTCGTCATGGGTGATGAGTCCGAAAAGACTAGAGAGCTTTGTCGG
AGAGAGAAGATCGAGAAAGTTCCTCACTTTAGCTTCTATAAGAGCATGGAGAAAATACAC
GAGGAAGAAGGTATTGGACCGGACCAGCTAATGGGGGGACGTGCTATATTACGGGGACAG
CCACTCGGCGGTTGTGCAGCTGCATGGACGAGCTGACGTGGAGAAGCTGATTGACGAGAA
CCGTACTGGAGGCAAGCTGATTGTGCTGGATGTCGGTCTGAAACACTGTGGACCATGCGT
GAAGGTTTATCCGACG*TGCTGAAACTGTCCCGGTCGATGTCCGAGTCTGTCGTGTTCGC
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ATCGA

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DS 

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G
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GCTGCATGGACGAGCTGACGTGGAGAAGCTGATTGACGAGAACCGTACTGGAGGCAAGCT
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GAACGATAGCTGTATGGAGTTTCTAAAGGACATGAATGTTATCGAAGTACCAACTTTCTT
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TGGAGAGATTCTCCGGTAC

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DS 

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TCACCAGGGAAGGTTGGTACACCGGCGGCGAAGGACGAGAAAGTGCAAAAGATTCACAGC
GGAGAGGAGTTTGACGAAGCGCTTAAGAAGGCCAAGAACAAGCTTGTGGTTGTGGAGTTT
GCCACGAGTAAGAGTGATCAGAGTAGTAAGATATATCCTTTTATGGTGGAGCTGAGCAGG
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TGACGAGAACCGTACTGGAGGCAAGCTGATTGTGCTGGATGTCGGTCTGAAACACTGTGG
ACCATGCGTGAAGGTTTATCCGACGGTGCTGAAACTGTCCCGGTCGATGTCCGAGTCTGT
CGTGTTCGCTAGAATGAATGGGGACGAGAACGATAGCTGTATGAAGTTTCTAAAGGACAT
GAATGTTATCGAAGTACCAACTTTCTTGTTCATCAGACAAGGCGATATTTGTGGGCGGTA
TGTTGGTTCCGGTAAAGGAGAACTCATTGGAGAGATTCTCCGGTACTCAGGCGTTCGTGT
CACTTACTAATTTGTATCAAAACTCGATTGATTCAAAGAATTATGTTTTTGTGGGT

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DS 

RD RR1C003JQ 750 0 0
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GAAGGCCAAGAACAAGCTTGTGGTTGTGGAGTTTGCCACGAGTAAGAGTGATCAGAGTAG
TAAGATATATCCTTTTATGGTGGAGCTGAGCAGGACATGTAACGACGTCGACTTCTTGCT
CGTCATGGGTGATGAGTCCGAAAAGACTAGAGAGCTTTGTCGGAGAGAGAAGATCGAGAA
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AGCTGCATGGACGAGCTGACGTGGAGAAGCTGATTGACGAGAACCGTACTGGAGGCAAGC
TGATTGTGCTGGATGTCGGTCTGAAACACTGTGGACCATGCGTGAAGGTTTATCCGACGG
TGCTGAAACTGTCCCGGTCGATGTCCGAGTCTGTCGTGTTCGCTAGAATGAATGGGGACG
AGAACGATAGCTGTATGGAGTTTCTAAAGGACATGAATGTTATCGAAGTACCAACTTTCT
TGTTCATCAGACAAGGCGATATTTGTGGGCGGTATGTTGGTTCGGGTAAAGGAGAACTCA
TTGGAGAGATTCTCCGGTACTCAGGCGTTCGTGTCACTTACTAATTTGTATCAAAACTCG
ATTGATTCAAAGAATTATGTTTTTGTGGGT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1BS28JQ 854 0 0
AAGA
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GGAGTTTGCCACGAGTAAGAGTGATCAGAGTAGTAAGATATATCCTTTTATGGTGGAGCT
GAGCAGGACATGTAACGACGTCGACTTCTTGCTCGTCATGGGTGATGAGTCCGAAAAGAC
TAGAGAGCTTTGTCGGAGAGAGAAGATCGAGAAAGTTCCTCACTTTAGCTTCTATAAGAG
CATGGAGAAAATACACGAGGAAGAAGGTATTGGACCGGACCAGCTAATGGGGG*ACGTGC
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AGCTGATTGACGAGAACCGTACTGGTGGCAAGCTGATTGTGCTGGATGTCGGTTTGAAAC
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AGTCTGTCGTGTTCGCTAGAATGAATGGGGACGAGAACGATGGCTGTATGGAGTTTCTAA
AGGACATGAATGTTATCGAAGTACCAACTTTCTTGTTCATCAGACAAGGCGATATTTGTG
GGCGGTATGTTGGTTCGGGTAAAGGAGAACTCATTGGAGAGATTCTCCGGTACTCAGGCG
TTCGTGTCACTTACTAATTTGTATCAAAACTCGATTGATTCAAAGAATTATGTTTTTGTG
GGTTTTGTTTGTACCACCCTATCGAGACCGGTTGAATATGAAAAAAACGCAAAGTGTGTG
ATTATTGGTTCGATTCTGCTGTGTTATTTTTCCCTTTAACTATGAAGGCACGTAATTTGA
TATGTGTGAG

QA 5 854 5 854
DS 



AS 1 9

CO CL600Contig1 980 9 12 U
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TTATCATCAATAAGATTCTCTGTCTCTCCGATCCTCGTCGCTCTGAAGAAGAATCTCTGA
GACCACTAACTCCAATGGCGGAATCTGCAGCTGCTCAAACTCAATCGCTCTCTGAGCAAT
ATCATTTGGAGAAAGAAGTGAAGCAAGACACAAGTGCTAAGCCTGTCCCTGTCGAGGTTG
CTCCAGAGGTTACTACTCAAGCTGAAGAGGTCAGCACCGACAAAGCCGGCGAAGAATCTC
CTGCTGTTGAGGTTGAGGACAAGTCTGAGTCTCCTCCTGCTGTTGAGGACAAGTCTGAGT
CTCCTCCTGCTTCTGAAGAGGCTCCTGCTGTGACAGCGGAAGACAATGCTGATGAGGCTC
CTGCTGCGGTTGAGGAAAGTAATGACGCTAGTGAAGAAGTTGCTGAGGAGACTCCTGATG
AGATCAAGCTTGAGACAGCTCCTGCTGATTTCCGTTTCCCGACAACAAACCAAACAAGGC
ATTGTTTCACTCGTTACATTGAATATCACAGATGTGTAGCTGCTAAGGGTGACGACGCTC
CAGAATGTGATAAGTTTTCAAAGTTCTATCGATCCCTGTGCCCCGGCGAATGGGTTGATA
AGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAACTTTCCCTGGTCCTCTCTAAAGATACTCCTGCC
TCAAGAAGAATCCTCTTTTGATGTTACCTTCATAATGTCGCTCCAATTACACTGCAGAGT
TTAATAAGATTTTACTGAACCAGCACTTCTGGTTCTTCATCATAAGATGTGAGAATTTAA
CAACTATAATCTCAAATTTTCTTTTCTTTTATCTATATGCTCAATTCAAGTTTTGAGGAT
CTTCTGATTCTGATATGTTGTTCTGACTTATTCTATGCTTGAATTCTTAGTACCGGAGAC
CATAAGAAAATGGTATTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G077TF U 10
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GAATATCACAGATGTGTAGCTGCTAAGGGCGACGACGCTCCAGAATGTGATAAGTTTTCA
AAGTTCTATCGATCCCTGTGCCCCGGCGAATGGGTTGATAAGTGGAACGAGCAAAGAGAG
AATGGAACTTTCCTTGGTCCTCTCTA

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G
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GCTGCGGTTGAGGAAAGTAATGACGCTAGTGAAGAAGTTGCTGAGGAGACTCCCGATGAG
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AATAAGATTTTACTGAACCAGCACTTCTG

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ATCATTTGGAGAAAGAAGTGAAGCAAGACACAAGTGCTAAGCCTGTCCCTGTCGAGGTTG
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ATCATTTGGAGAAAGAAGTGAAGCAAGACACAAGTGCTAAGCCTGTCCCTGTCGAGGTTG
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CAGAATGTGATAAGTTTTCAAAGTTCTATCGATCCCTGTGCCCCGGCGAATGGGTTGATA
AGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAACTTTCCCTGGTCCTCTCTAAAGATACTCCTGCC
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CAACTATAATCTCAAATTTTCTTTTCTT
CT

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G
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TCTGAAGAAGAACCTCTGAGACCACTAACTCCAATGGCGGAATCTGCAGCTGCTCAAACT
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ATAAGATGTGAGAATTTAACAACTATAATCTCAAATTTTCTTTTCTTT*ATCTATATGCT
CAATTCAAGTTTTGAGGATCTTCTGAT

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ATGTCGCTCCAATTACACTGCAGAGTTTAATAAGATTTTACTGAACCAGCACTTCTGGTT
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ATATGCTCAATTCAAGTTTTGAGGATCTTCTGATTCTGATATGTTGTTCTGACTT

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CAGATGTGTAGCTGCTAAGGGTGACGACGCTCCAGAATGTGATAAGTTTTCAAAGTTCTA
TCGATCCCTGTGCCCCGGCGAATGGGTTGATAAGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAAC
TTTCCCTGGTCCTCTCTAAAGATACTCCTGCCTCAAGAAGAATCCTCTTTTGATGTTACC
TTCATAATGTCGCTCCAATTACACTGCAGAGTTTAATAAGATTTTACTGAACCAGCACTT
CTGGTTCTTCATCATAAGATGTGAGAATTTAACAACTATAATCTCAAATTTTCTTTTCTT
TTATCTATATGCTCAATTCAAGTTTTGAGGATCTTCTGATTCTGATATGTTGTTCTGACT
TATTCTATGCTTGAATTCTTAGTACCGGAGACCATAAGAAAATGG

QA 1 645 1 645
DS 



AS 2 9

CO CL601Contig1 986 7 37 U
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GCGTCTCATCATCACAGAGTCAATACCACCTACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTG
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CGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGACTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCCGTGATGAGGTA
CGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACCCGACCTTTTGGGCAAAACCGTTGAAGACAG
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ACCTCACACTCCACATCATGTTCGCATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGA
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BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H011TF U 83
AF RR1CI69TF U 4
AF RR1GF83TF U 1
AF RR1CE50TF U 241
AF RR1F655TF U 86
AF RR1CE50JQ C 311
AF RR1CI69JQ C 311
BS 1 62 RR1GF83TF
BS 63 63 RR1CI69TF
BS 64 82 RR1GF83TF
BS 83 83 RR1CI69TF
BS 84 85 RR1GF83TF
BS 86 86 RR1CI69TF
BS 87 89 RR1GF83TF
BS 90 90 RR1CI69TF
BS 91 360 RR1GF83TF
BS 361 361 RR1CI69TF
BS 362 457 RR1GF83TF
BS 458 458 RR1CI69TF
BS 459 501 RR1GF83TF
BS 502 502 RR1CI69TF
BS 503 563 RR1GF83TF
BS 564 564 RR1CI69TF
BS 565 661 RR1GF83TF
BS 662 662 RR1CI69TF
BS 663 689 RR1GF83TF
BS 690 690 RR1F655TF
BS 691 742 RR1GF83TF
BS 743 759 RR1F655TF
BS 760 760 RR1CE50JQ
BS 761 801 RR1F655TF
BS 802 802 RR1CE50JQ
BS 803 807 RR1F655TF
BS 808 808 RR1CE50JQ
BS 809 826 RR1F655TF
BS 827 831 RR1CE50JQ
BS 832 859 RR1F655TF
BS 860 860 RR1CE50JQ
BS 861 861 RR1F655TF
BS 862 862 RR1CE50JQ
BS 863 870 RR1F655TF
BS 871 872 RR1CE50JQ
BS 873 893 RR1F655TF
BS 894 986 RR1CE50JQ

RD RR1H011TF 515 0 0
GGATCACT
TACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTGTTTTGTAATAGAAAAGAGAGGAAAGATGGT
GCTAAAGGTGTACGGACCTCACTTTGCTTCGCCCAAGCGTGCTCTGGTAACGCTTATCGA
GAAGGGCGTTCCCTTCGAGACCATCCCCGTCGATCTCATGAAAGGAGAGCACAAGCAGCC
TGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACCGTTCCGGCTGTTGTCGACGGTGACTACAA
GATCTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACC
TGACCTTTTGGGCAAAACCGTTGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGACGTTGA
GGCCACCACTTT*CCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATGTTCGCATCAG
TCATGGGATTCCCATCTGATGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGCTGCCG
TGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCT

QA 9 515 9 515
DS 

RD RR1CI69TF 689 0 0
GG
ACAAATAAATGATCGCTCTCTATCTGCCAAGCCTCGGCTCCTCGCTATAAAGAAGGCGTC
TCATCATCACAGAGTCAATACCACCTACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTGTTTTG
TAATAGAAAAGAGAGGAAAGATGGTGCTAAAGGTGTACGGACCTCACTTTGCTTCACCCA
AGCGTGCTTTGGTAACGCTTATCGAGAAGGGCGTTCCCTTCGAGACCATCCCCGTCGATC
TCATGAAAGGAGAGCACAAGCAGCCTGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACCGTTC
CAGCTGTTGTCGACGGTGACTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCCGTGATGAGGTACGTAG
CTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACCCGACCTTTTGGGCAAAACCGTTGAAGACAGAGGTC
AAGTTGAGCAATGGCTCGACGTTGAGGCCACCACTTT*CCACCCACCCCTTCTTAACCTC
ACACTCCACATCATGTTCGCATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAG
GAGAGCGAGGAGAAGCTCGCTGCTGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGC
AAGTACTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGAT
TACTTGGTTGGACCCATCGGTAAG
CTT

QA 3 686 3 686
DS 

RD RR1GF83TF 742 0 0
GGGTCACAAATAAATGATCGCTCTCTATCTGCCAAGCCTCCGCTCCTCGCTATAAAGAAG
GCTTCTCATCATCACAGAGTCAGTATCACTTACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTG
TTTTGTAATAGAAAAGAGAGAAAAGATGGTGCTAAAGGTGTACGGACCTCACTTTGCTTC
GCCCAAGCGTGCTCTGGTAACGCTTATCGAGAAGGGCGTTCCCTTCGAGACCATCCCCGT
CGATCTCATGAAAGGAGAGCACAAGCAGCCTGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTAC
CGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGACTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCCGTGATGAGGTA
TGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACCCGACCTTTTGGGCAAAACCGTTGAAGACAG
AGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGACGTTGAGGCCACCGCTTT*CCACCCACCCCTCCTTA
ACCTCACACTCCACATCATGTCCGCATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGA
TCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCTCTGCTGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCA
AGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCA
CCGATTACTTGGTTGGACCCATCGGTAAG*CTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGA
GCGCGTGGTGGGATGATATTAG

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1CE50TF 519 0 0
CGATCTCATGAAAGGAGAGCACAAGCAGCCTGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTAC
CGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGACTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCCGTGATGAGGTA
CGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACCCGACCTTTTGGGCAAAACCGTTGAAGACAG
AGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGACGTTGAGGCCACCACTTT*CCACCCACCCCTCCTTA
ACCTCACACTCCACATCATGTTCGCATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGA
TCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGCTGCTGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCA
AGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCA
CTGATTACTTGGTTGGACCCATCGGTAAGGCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGA
GCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAGCCGTCCTGCCTGGA

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1F655TF 825 0 0
GGACT
TACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTGTTTTGTAATAGAAAACAGAGAAAAGATGGT
GCTAAAGGTGTACGGACCTCACTTTGCTTCGCCCAAGCGTGCTCTGGTAACGCTTATCGA
GAAGGGCGTTCCCTTCGAGACCATCCCCGTCGATCTCATGAAAGGAGAGCACAAGCAGCC
TGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACCGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGACTACAA
GATCTTCGAGTCACGTGCCGTGATGAGGTATGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACC
CGACCTTTTGGGCAAAACCGTTGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGACGTTGA
GGCCACCACTTT*CCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATGTTCGCATCAG
TCATGGGATTCCCATCTGACTAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGCTGCTG
TGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTTCGTCA
GCTTGGCTTATTTGGCTCACCTCCCTTTCACCGATTACTTGGTTGGACCCATCGGTAAGG
CTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAGCCGTC
CTGCCTGGA*GGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATGATCAT
CATCATTGTTCTTGTTCTTGTTTTGAGTTTCTAAGCAATGTTTGTGTTTTAAAAAGAGTG
**ACTGTATGCCTCCTCTTATCT
ATGTATGTCACTCTGTC

QA 6 808 6 808
DS 

RD RR1CE50JQ 676 0 0
GTTGTCGACGGTGACTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCCGTGATGAGGTACGTAGCTGAG
AAGTACAGGTCCCAAGGACCCGACCTTTTGGGCAAAACCGTTGAAGACAGAGGTCAAGTT
GAGCAATGGCTCGACGTTGAGGCCACCACTTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACT
CCACATCATGTTCGCATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAG
CGAGGAGAAGCTCGCTGCTGTGCTCGATGTTTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTA
CTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTT
GGTTGGACCCATCGGTAAGGCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTG
GGATGATATTAGCAGCCGTCCTGCCTGGAAGGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGC
TTAAAGATGATTATGATGATCATCATTGTTCTTGTT*****TTTGAGTTTCTAAGCAATG
TTTGTGTTTAATAAAGAGTGGAACTGTATGCCTCCTCTTATCTTTATGTATGTCACCTCT
CTGTCTCTTCTGTTTCATATTGTAACAATGTGTGATTGAGTTGAGGTTTGAATCAAGAGG
AACTTAATTATCTACC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1CI69JQ 651 0 0
GTTGTCGACGGTGACTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCCGTGATGAGGTACGTAGCTGAG
AAGTACAGGTCCCAAGGACCCGACCTTTTGGGCAAAACCGTTGAAGACAGAGGTCAAGTT
GAGCAATGGCTCGACGTTGAGGCCACCACTTT*CCACCCACCCCTTCTTAACCTCACACT
CCACATCATGTTCGCATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAG
CGAGGAGAAGCTCGCTGCTGTGCTCGATGTTTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTA
CTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTT
GGTTGGACCCATCGGTAAGGCTTACAGGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTG
GGATGATATTAGCAGCCGTCCTGCCTGGAAGGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGC
TTAAAGATGATTATGATGATCATCATTGTTCTTGTT*****TTTGAGTTTTTAAGCAATG
TTTGTGTTTAATAAAGAGTGGAACTGTATGCCTCCTCTTATCTTTATGTATGTCACCTCT
CTGTTTCTTCTGTTTCATATTGTAACAATGTGTGATTGAGTTGAGGTTTGA

QA 1 651 1 651
DS 



CO CL601Contig2 337 2 5 U
TCACCTCCCTTTCACCGATTACTTGGTTGGACCCATCGGTAAGGCTTACATGATCAAAGA
CAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAGCCGTCCTGCCTGGAAGGAGAC
TATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATGATCATCATCATTGTTCTTGTT
CTTGTTTTTGAGTCTCTAAGCAATGTTTGTGTTTTTAATAAAGAGTGGAACTGTATGCCT
CCTCTTATCTTATGTATGTCACCTCTCTGTCTCTTCTGTTTCATATTGTAACTTGTGTGA
TTGAGTTGAGGTTTGAATCAAGAGGAACTTAATAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1H011JQ C 1
AF RR1EW13TF U 95
BS 1 95 RR1H011JQ
BS 96 193 RR1EW13TF
BS 194 194 RR1H011JQ
BS 195 333 RR1EW13TF
BS 334 337 RR1H011JQ

RD RR1H011JQ 337 0 0
TCACCTCCCTTTCACCGATTACTTGGTTGGACCCATCGGTAAGGCTTACATGATCAAAGA
CAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAGCCGTCCTGCCTGGAAGGAGAC
TATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATGATCATCATCATTGTTCTTGTT
CTTGTTTTTGAGTCTTTAAGCAATGTTTGTGTTTTTAATAAAGAGTGGAACTGTATGCCT
CCTCTTATCTTATGTATGTCACCTTTCTGTTTCTTCTGTTTCATATTGTAACTTGTGTGA
TTGAGTTTAGGTTTGAATCAAGAGGAACTTAATAACC

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR1EW13TF 240 0 0
G
GCAGCCGTCCTGCCTGGAAGGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGAT
GATGATCATCATCATTGTTCTTGTTCTTGTTTTTGAGTTTCTAAGCAATGTTTGTGTTTT
TAATAAAGAGTGGAACTGTATGCCTCCTCTTATCTTATGTATGTCACCTCTCTGTCTCTT
CTGTTTCATATTGTAACTTGTGTGATTGAGTTGAGGTTTGAATCAAGAGGAACTTAAT
C

QA 2 239 2 239
DS 



AS 1 9

CO CL602Contig1 705 9 4 U
GGAGAAAACAAAATCAAAGCTTTGAAGAAACATCAAGAGGCAAATAAATAGCCGCAAAAA
TCAAAGTTAAGCCAAAGGAGAAGAAGACAAAAGTTATAAGCAATATGTCAAAAGTTTCTT
TTATAAGATTTTCATTGTTGGTGTTCCTGGTGATCGCCGTCGTGACTCCATCGGCGAAGT
CCGCCGTTCTCGGAGGGAAGTCAGATGTTGGGAACGTTGGAATCAACATGGAGATTCAAG
AACTTGGAAGGTACTGCGTGAAACAATTTAATCTACAAGAAATAAGCGAGCAAACAAACG
CTGCATCCATTGCGAGAACAGACGCTAACGTGTTGAGTCCGTTGAAATTCAGACGAGTTG
TGTCGGCTCAGAAACAGATTGTGGCTGGTACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTGACTC
AACCCGATGGCACGAGCAGGATGTTTGACTCAGTTATAGTTATTCAACCATGGCTTTTTT
CTAAGAAGTTGCTCGAATTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTACTAACTTCATTTCTTTA
TTCAACAATATCCAAATGCAATCAAAAAGACCAAAAATGTGCATGATATGAAGCTACTAT
TAACAATGGGCTAATAGTTCGTTTGTATTGTAATGATGTTTTACGTTGTTCATAAATAAA
GGCCAAAGATGCTATAAAGATGTGATGAAATTACTGAAATTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 25 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H449TF U 4
AF RR1DR65TF U 1
AF RR1FU21TF U 2
AF RR1FE68TF U 3
AF RR1DR65JQ C 27
AF RR1CO95JQ C 100
AF RR1CO95TF U 100
AF RR1BC34TF U 31
AF RR1H449JQ C 316
BS 1 657 RR1DR65TF
BS 658 684 RR1FU21TF
BS 685 693 RR1FE68TF
BS 694 705 RR1BC34TF

RD RR1H449TF 574 0 0
GG
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GTTCTCGGAGGGAAGTCAGATGTTGGGAACGTTGGAATCAACATGGAGATTCAAGAACTT
GGAAGGTACTGCGTGAAACAATTTAATCTACAAGAAATAAGCGAGCAAACAAACGCTGCA
TCCATTGCGAGAACAGACGCTAACGTGTTGAGTCCGTTGAAATTCAGACGAGTTGTGTCG
GCTCAGAAACAGATTGTGGCTGGTACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTGACTCAACCC
GATGGCACGAGCAGGATGTTTGACTCAGTTATAGTTATTCAACCATGGTTTTTTTCTAAG
AAGTTGCTCGAATTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTACTAACTTCATTTCTTTATTCAA
CAATATCCAAATGCAATCAAAAAGACCAAAAA

QA 3 574 3 574
DS 

RD RR1DR65TF 657 0 0
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TTATAAGATTTTCATTGTTGGTGTTCCTGGTGATCGCCGTCGTGACTCCATCGGCGAAGT
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AACTTGGAAGGTACTGCGTGAAACAATTTAATCTACAAGAAATAAGCGAGCAAACAAACG
CTGCATCCATTGCGAGAACAGACGCTAACGTGTTGAGTCCGTTGAAATTCAGACGAGTTG
TGTCGGCTCAGAAACAGATTGTGGCTGGTACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTGACTC
AACCCGATGGCACGAGCAGGATGTTTGACTCAGTTATAGTTATTCAACCATGGCTTTTTT
CTAAGAAGTTGCTCGAATTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTACTAACTTCATTTCTTTA
TTCAACAATATCCAAATGCAATCAAAAAGACCAAAAATGTGCATGATATGAAGCTACTAT
TAACAATGGGCTAATAGTTCGTTTGTATTGTAATGATGTTTTACGTTGTTCATAAAT

QA 1 657 1 657
DS 

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AGATTTTCATTGTTGGTGTTCCTGGTGATCGCCGTCGTGACTCCATCGGCGAAGTCCGCC
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GGAAGGTACTACGTGAAACAATTTAATCTACAAGAAATAAGCGAGCAAACAAACGCTGCA
TCCATTGCGAGAACAGACGCTAACGTGTTGAGTCCGTTGAAATTCAGACGAGTTGTGTCG
GCTCAGAAACAGATTGTGGCTGGTACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTGACTCAACCC
GATGGCACGAGCAGGATGTTTGACTCAGTTATAGTTATTCAACCAC**CTTTTTTCTAAG
AAGTTGCTCGAATTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTACTAACTTCATTTCTTTATTCAA
CAATATCCAAATGCAATCAAAAAGACCAAAAATGTGCATGATATGAAGCTACTATTAACA
ATGGGCTAATAGTTCGTTTGTATTGTAATGATGTTTTACGTTGTTCATAAATAAAGGCCA
AAGATGCTATAAAGATGTG

QA 5 683 5 683
DS 

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GGA
AAACAAAATCAAAGCTTTGAAGAAACATCAAGAGGCAAATAAATAGCCGCAAAAATCAAA
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AGATTTTCATTGTTGGTGTTCCTGGTGATCGCCGTCGTGACTCCATCGGCGAAGTCCGCC
GTTCTCGGAGGGAAGTCAGATGTTGGGAACGTTGGAATCAACATGGAGATTCAAGAACTT
GGAAGGTACTGCGTGAAACAATTTAATCTACAAGAAATAAGCGAGCAAACAAACGCTGCA
TCCATTGCGAGAACAGACGCTAACGTGTTGAGTCCGTTGAAATTCAGACGAGTTGTGTCG
GCTCAGAAACAGATTGTGGTTGGTACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTGACTCAACCC
GATGGCACGAGAGTGATGTTTGACTCGGTTATAGTTATTCAACCATGGCTTTTTTCTAAG
AAGTTGCTCGAATTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTACTAACTTCATTTCTTTATTCAA
CAATATCCAAATGCAATCAAAAAGACCAAAAATGTGCATGATATGAAGCTACTATTAACA
ATGGGCTAATAGTTCGTTTGTATTGTAATGATGTTTTACGTTGTTCATAAATAAAGGCCA
AAGATGCTATAAAGATGTGATGAAATTA

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DS 

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TTTAATCTACAAGAAATAAGCGAGCAAACAAACGCTGCATCCATTGCGAGAACAGACGCT
AACGTGTTGAGTCCGTTGAAATTCAGACGAGTTGTGTCGGCTCAGAAACAGATTGTGGCT
GGTACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTGACTCAACCCGATGGCACGAGCAGGATGTTT
GACTCAGTTATAGTTATTCAACCATGGCTTTTTTCTAAGAAGTTGCTCGAATTCACTCCT
GTTGCTACTCCTATCTACTAACTTCATTTCTTTATTCAACAATATCCAAATGCAATCAAA
AAGACCAAAAATGTGCATGATATGAAGCTACTATTAACAATGGGCTAATAGTTCGTTTGT
ATTGTAATGATGTTTTACGTTGTTCATAAATAAAGGCCAAAGATGCTATAAAGATGTGAT
GAAATTA
CC

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DS 

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CGTTGAAATTCAGACGAGTTGTGTCGGCTCAGAAACAGATTGTGGCTGGTACCAAATACT
ATCTAAGGATTGAAGTGACTCAACCCGATGGCACGAGCAGGATGTTTGACTCAGTTATAG
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DS 

RD RR1CO95TF 593 0 0
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TCGTGACTCCATCGGCGAAGTCCGCCGTTCTCGGAGGGAAGTCAGATGTTGGGAACGTTG
GAATCAACATGGAGATTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTGAAACAATTTAATCTACAAG
AAATAAGCGAGCAAACAAACGCTGCATCCATTGCGAGAACAGACGCTAACGTGTTGAGTC
CGTTGAAATTCAGACGAGTTGTGTCGGCTCAGAAACAGATTGTGGCTGGTACCAAATACT
ATCTAAGGATTGAAGTGACTCAACCCGATGGCACGAGCAGGATGTTTGACTCAGTTATAG
TTATTCAACCATGGCTTTTTTCTAAGAAGTTGCTCGAATTCACTCCTGTTGCTACTCCTA
TCTACTAACTTCATTTCTTTATTCAACAATATCCAAATGCAATCAAAAAGACCAAAAATG
TGCATGATATGAAGCTACTATTAACAATGGGCTAATAGTTCGTTTGTATTGTAATGATGT
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QA 1 593 1 593
DS 

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CCAAAAATGTGCATGATATGAAGCTACTATTAACAATGGGCTAATAGTTCGTTTGTATTG
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TTACTGAAATTTTGC

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DS 

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AGATTGTGGCTGGTACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTGACTCAACCCGATGGCACGA
GCAGGATGTTTGACTCAGTTATAGTTATTCAACCATGGTTTTTTTTTAAGAAGTTGCTCG
AATTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTACTAACTTCATTTCTTTATTCAACAATATCCAA
ATGCAATCAAAAAGACCAAAAATGTGCATGATATGAAGCTACTATTAACAATGGGCTAAT
AGTTCGTTTGTATTGTAATGATGTTTTACGTTGTTCATAAATAAAGGCCAAAGATGCTAT
AAAGATGTGATGAAATTA
CTG

QA 1 378 1 378
DS 



AS 1 8

CO CL603Contig1 991 8 13 U
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TACTGAAGATGTTTCGAAAGCTAAGATGCGACATGGTGGCTGTTGTAAAGAACAAAATCA
ATGGTTCTGCATCAACGGTAGTAGAAGAAATAGTAGCCCGAAGTGATGGATCTAATGAGA
CAGCCCCTTTACTTGAGAATGTTCTTGTCCATATGACACAATCTGACGTTCAATATGATG
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TTTTTACCCAACTTCTACAGGGAGACATTGTGATGAGGACATTGAACCTGACCTTACTGA
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CATACCAACCGTGTTTAAGGGAGCTATCACTAGACAAAGAGCTAAGATACTTCAACATAA
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TATCAAAGATGTGATCAAGAGAGATGCCGTGAAGATAGAGGAACCAAATGGGAGTTCTCA
AGCATCAAGAGAAGATCTTTGGCCATTCATCCCTGATCAAAGCCACAACCATTTGATGAT
CATTACCATAGAAGATCCAAATGTTTAAGAAGACTCTTGGACGGGGCTAGCAACTAGGCA
AGCTCTTTGTGTGTGCTCTTTTCCTTGCTCTTGGTTTTATCCCATGAGGTTTTCCGGAGG
AAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAGTTTATCACATCACCTATATGCATCTCGGTCCAAG
ATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTATTTCCTTATTTGAACTATAGCTTAATATCTTTAT
GTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTTAGTCTATTTATGTGTTTTGCAAAACCCTTTTCTT
GGTACACTTGATATTTTATAAACTTTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 10 

AF RR1G530TF U 1
AF RR1C604JQ C 210
AF RR1GA63JQ C 593
AF RR1FU30JQ C 519
AF RR1FU30TF U 598
AF RR1GA63TF U 593
AF RR1BN77JQ C 710
AF RR1BN77TF U 710
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BS 752 990 RR1FU30TF
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TACTGAAGATGTTTCGAAAGCTAAGATGCGACATGGTGGCTGTTGTAAAGAACAAAATCA
ATGGTTCTGCATCAACGGTAGTAGAAGAAATAGTAGCCCGAAGTGATGGATCTAATGAGA
CAGCCCCTTTACTTGAGAATGTTCTTGTCCATATGACACAATCTGACGTTCAATATGATG
ATCAGTTATCTTGCGAAAATGTTGATGGAGAAGTGATCGGCATAATCACAATGGAAGACA
TTTTTACCCAACTTCTACAGGGAGACATTGTGATGAGGACATTGAACCTGACCTTACTGA
ACCAGACATCCAAGACATGATCAGCAACATTACCAAACCAGAGACTGAGCAAGAAGTGCC
CATACCAACCGTGTTTAAGGGAGCTATCACTAGACAAAGAGCTAAGATACTTCAACATAA
ATTTAATGAGAGCATGATACTTGCTTCTGATCTTGGACAGGTTAAACAAGCTGAGGAAGA
TATCAAAGATGTGATCAAGAGAGATGCCGTGAAGATAGAGGAACCAAATGGGAGTTCTCA
AGCATCAAGAGAAGATCTTTGGCCATTCATCCCTGATCAAAGCCACA*CCATTTGATGAT
CATTACCATAGAAGATCCAAATGTTTAAGA*GACTCTTGGACGGG*CTAGCAACTAG*CA
AGCTCTTTGTGTGTGCTCTTT*CCTTGCTCT
GGTTTATCCATGAG

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DS 

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GAAGTGATCGGCATAATCACAATGGAAGACATTTTTACCCAACTTCTACAGGGAGACATT
GTGATGAGGACATTGAACCTGACCTTACTGAACCAGACATCCAAGACATGATCAGCAACA
TTACCAAACCAGAGACTGAGCAAGAAGTGCCCATACCAACCGTGTTTAAGGGAGCTATCA
CTAGACAAAGAGCTAAGATACTTCAACATAAATTTAATGAGAGCATGATACTTGCTTCTG
ATCTTGGACAGGTTAAACAAGCTGAGGAAGATATCAAAGATGTGATCAAGAGAGATGCCG
TGAAGATAGAGGAACCAAATGGGAGTTCTCAAGCATCAAGAGAAGATCTTTGGCCATTCA
TCCCTGATCAAAGCCACAACCATTTGATGATCATTACCATAGAAGATCCAAATGTTTAAG
AAGACTCTTGGACGGGGCTAGCAACTAGGCAAGCTCTTTGTGTGTGCTCTTTTCCTTGCT
CTTGGTTTTATCCCATGAGGTTTTCCGGAGGAAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAGTTT
ATCACATCACCTATATGCATCTCGGTCCAAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTATTT
CCTTATTTGAACTATAGCTTAATATCTTTATGTGAGACTCAAAGGAGCATGTTCCTTAGT
CTATTTATGTGCTTTGCAAAACCCTTTTCTTGGTACACTTGATATTTTATAAACTTTCTT
T
C

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DS 

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G
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TGATGATCATTACCATAGAAGATCCAAATGTTTAAGAAGACTCTTGGACGGGGCTAGCAA
CTAGGCAAGCTCTTTGTGTGTGCTCTTTTCCTTGCTCTTGGTTTTATCCCATGAGGTTTT
CCGGAGGAAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAGTTTATCACATCACCTATATGCATCTCG
GTCCAAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTATTTCCTTATTTGAACTATAGCTTAATA
TCTTTATGTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTTAGTCTATTTATGTGTTTTGCAAAACCC
TTTTCTTGGTACACTTGATATTTTATAAACTTTCTT
CC

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DS 

RD RR1FU30JQ 473 0 0
G
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GGAACCAAATGGGAGTTCTCAAGCATCAAGAGAAGATCTTTGGCCATTCATCCCTGATCA
AAGCCACAACCATTTGATGATCATTACCATAGAAGATCCAAATGTTTAAGAAGACTCTTG
GACGGGGCTAGCAACTAGGCAAGCTCTTTGTGTGTGCTCTTTTCCTTGCTCTTGGTTTTA
TCCCATGAGGTTTTCCGGAGGAAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAGTTTATCACATCAC
CTATATGCATCTCGGTCCAAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTATTTCCTTATTTGA
ACTATAGCTTAATATCTTTATGTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTTAGTCTATTTATGT
GTTTTGCAAAACCCTTTTCTTGGTACACTTGATATTTTATAAACTTTCTTT
C

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DS 

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GATCATTACCATAGAAGATCCAAATGTTTAAGAAGACTCTTGGACGGGGCTAGCAACTAG
GCAAGCTCTTTGTGTGTGCTCTTTTCCTTGCTCTTGGTTTTATCCCATGAGGTTTTCCGG
AGGAAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAGTTTATCACATCACCTATATGCATCTCGGTCC
AAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTATTTCCTTATTTGAACTATAGCTTAATATCTT
TATGTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTTAGTCTATTTATGTGTTTTGCAAAACCCTTTT
CTTGGTACACTTGATATTTTATAAACTTTCTTT
C

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DS 

RD RR1GA63TF 399 0 0
G
GTTCTCAAGCATCAAGAGAAGATCTTTGGCCATTCATCCCTGATCAAAGCCACAACCATT
TGATGATCATTACCATAGAAGATCCAAATGTTTAAGAAGACTCTTGGACGGGGCTAGCAA
CTAGGCAAGCTCTTTGTGTGTGCTCTTTTCCTTGCTCTTGGTTTTATCCCATGAGGTTTT
CCGGAGGAAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAGTTTATCACATCACCTATATGCATCTCG
GTCCAAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTATTTCCTTATTTGAACTATAGCTTAATA
TCTTTATGTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTTAGTCTATTTATGTGTTTTGCAAAACCC
TTTTCTTGGTACACTTGATATTTTATAAACTTTCTT
CC

QA 2 397 2 397
DS 

RD RR1BN77JQ 282 0 0
GCAACTAGGCAAGCTCTTTGTGTGTGTTCTTTTCCTTGCTCTTGGTTTTATCCCATGAGG
TTTTCCGGAGGAAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAGTTTATCACATCACCTATATGCAT
CTCGGTCCAAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTATTTCCTTATTTGAACTATAGCTT
AATATCTTTATGTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTTAGTCTATTTATGTGTTTTGCAAA
ACCCTTTTCTTGGTACACTTGATATTTTATAAACTTTCTTTT

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR1BN77TF 282 0 0
GCAACTAGGCAAGCTCTTTGTGTGTGTTCTTTTCCTTGCTCTTGGTTTTATCCCATGAGG
TTTTCCGGAGGAAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAGTTTATCACATCACCTATATGCAT
CTCGGTCCAAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTATTTCCTTATTTGAACTATAGCTT
AATATCTTTATGTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTTAGTCTATTTATGTGTTTTGCAAA
ACCCTTTTCTTGGTACACTTGATATTTTATAAACTTTCTTT
T

QA 1 281 1 281
DS 



AS 1 8

CO CL604Contig1 1158 8 8 U
GAGAGCGCGATCGCGTCACTGCTAGTGGTGGTGAAGTTGGTCGACTAAATACTGGTGGTG
GAACTGAGATTGGTCCTCTGAGATGTTGGCCTGGTGGTCTCTGTCTCTCGAGATCCATTG
GAGATCTGGATGTTGGCGAATACATTGTTCCAGTTCCTTATGTGAAGCAAGTCAAGTTAT
CTTCAGCTGGTGGTCGACTTATCATCTCAAGTGATGGTGTGTGGGATGCAATTAGTGCAG
AAGAGGCTCTTGATTGTTGCCGGGGTTTGCCACCTGAAGCTTCCGCGGAACATATTGTTA
AAGCAGCTGTGGGGAAAAAGGGTATTCGCGATGATACAACATGTATTGTGGTTGATATAT
TACCATCAGAAAAGCCGGCTGCTTCCCTGCCGCCTCCAAAAAAGCAAGGAAAAGGAATGT
TAAAGTCCATGTTCAAAAGAAAATCTTCAGACTCCTCTTCTAATATTGAGAAAGAGTATG
CAGAATCTGATGTAGTTGAAGAACTCTTTGAAGAGGGCTCTGCTATGCTTTCAGAGAGAT
TAGACACGAAGTACCCACTTTGCAATATGTTTAAGTTGTTCATGTGTGCCGTGTGTCAAG
TAGAAGTGAAACCTGGCGAAGGTGTCTCGATCCATGCTGGATCAGCTAATTGCCAAAAGC
TACGTCCATGGGATGGTCCATTCCTATGCGCAAGTTGCCAAGAGAAGAAAGACGCAATGG
AAGGGAAACGATCATCAGGAGATAGACACAGTAGTGAGAGCGACTAGCCAACAGCAATTC
CACAACTTGCAATTTATTTGGTCAATCTACTAACAAAAACAGTATTGTGAGTAATATGGG
GCGGTCTTAAG*GATCTTATGGTTGTTAATTTTCACCCAGAGATATGAGTT**TTGATCA
AAGCCACCACCATCCTCCACCAAACTCCAAAGCAGTTTATTTTATTTTTAACTTTTTGAT
ATGGCTCTCACTTCACCCCCTCTTGGAAGTTCTTTTCTTTGTTTTTTTTT**CATTTGTG
ATGCTTTGGTGTTTCAAAAATGAGATGAACTAACTGCTGAGAGATGGTAGGTACAGAAAG
ATATGCGAGTGTGAAATTATTTCATGTATAAAACCTTGAACACAATTCTGGATAGAAGCA
TCATTTTTCATATAACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FQ07TF U 1
AF RR1FQ07JQ C 392
AF RR1FX34JQ C 724
AF RR1G916TF U 724
AF RR1FX34TF U 724
AF RR1G916JQ C 724
AF RR1BA13JQ C 513
AF RR1BA13TF U 513
BS 1 589 RR1FQ07TF
BS 590 590 RR1BA13TF
BS 591 720 RR1FQ07TF
BS 721 723 RR1BA13TF
BS 724 851 RR1G916TF
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BS 853 1138 RR1G916TF
BS 1139 1158 RR1BA13TF

RD RR1FQ07TF 720 0 0
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GAACTGAGATTGGTCCTCTGAGATGTTGGCCTGGTGGTCTCTGTCTCTCGAGATCCATTG
GAGATCTGGATGTTGGCGAATACATTGTTCCAGTTCCTTATGTGAAGCAAGTCAAGTTAT
CTTCAGCTGGTGGTCGACTTATCATCTCAAGTGATGGTGTGTGGGATGCAATTAGTGCAG
AAGAGGCTCTTGATTGTTGCCGGGGTTTGCCACCTGAAGCTTCCGCGGAACATATTGTTA
AAGCAGCTGTGGGGAAAAAGGGTATTCGCGATGATACAACATGTATTGTGGTTGATATAT
TACCATCAGAAAAGCCGGCTGCTTCCCTGCCGCCTCCAAAAAAGCAAGGAAAAGGAATGT
TAAAGTCCATGTTCAAAAGAAAATCTTCAGACTCCTCTTCTAATATTGAGAAAGAGTATG
CAGAATCTGATGTAGTTGAAGAACTCTTTGAAGAGGGCTCTGCTATGCTTTCAGAGAGAT
TAGACACGAAGTACCCACTTTGCAATATGTTTAAGTTGTTCATGTGTGCTGTGTGTCAAG
TAGAAGTGAAACCTGGCGAAGGTGTCTCGATCCATGCTGGATCAGCTAATTGCCAAAAGC
TACGTCCATGGGATGGTCCATTCCTATGCGCAAGTTGCCAAGAGAAGAAAGACGCAATGG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1FQ07JQ 747 0 0
CGCCTCC
AAAAAGCAAGGAAAAGGAATGTTAAAGTCCATGTTCAAAAGAAAATCTTCAGACTCCTCT
TCTAATATTGAGAAAGAGTATGCAGAATCTGATGTAGTTGAAGAACTCTTTGAAGAGGGC
TCTGCTATGCTTTCAGAGAGATTAGACACGAAGTACCCACTTTGCAATATGTTTAAGTTG
TTCATGTGTGCTGTGTGTCAAGTAGAAGTGAAACCTGGCGAAGGTGTCTCGATCCATGCT
GGATCAGCTAATTGCCAAAAGCTACGTCCATGGGATGGTCCATTCCTATGCGCAAGTTGC
CAAGAGAAGAAAGACGCAATGGAAGGGAAACGATCATCAGGAGATAGACATAGTAGTGAG
AGCGACTAGCCAACAGCAATTCCACAACTTGCAATTTATTTGGTCAATCTACTAACAAAA
ACAGTATTGTGAGTGATATGGGGCGGTCTTAAG*GATCTTATGGTTGTTAATTTTCACCC
AGAGATATGAGTTCGTTGATCAAAGCCACCACCATCCTCCACCAAACTCCAAAGCAGTTT
ATTTTATTTTTAACTTTTTGATATGGCTCTCACTTCACCCCCTCTTGGAAGTTCTTTTCT
TTGTTTTTTTTTT*CATTTGTGATGCTTTGGTGTTTCAAAAATGAGGTGAACTAACTGCT
GAGAGATGGTAGGTACAGAAAGATATGCGAGTGTGAAATTATTTCATGTATAAAACCTTG
AACACAATTCTGGATAGAAG

QA 8 747 8 747
DS 

RD RR1FX34JQ 415 0 0
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AACTTGCAATTTATTTGGTCAATCTACTAACAAAAACAGTATTGTGAGTAATATGGGGCG
GTCTTAAG*GATCTTATGGTTGTTAATTTTCACCCAGAGATATGAGTT**TTGATCAAAG
CCACCACCATCCTCCACCAAACTCCAAAGCAGTTTATTTTATTTTTAACTTTTTGATATG
GCTCTCACTTCACCCCCTCTTGGAAGTTCTTTTCTTTGTTTTTTTTT**CATTTGTGATG
CTTTGGTGTTTCAAAAATGAGATGAACTAACTGCTGAGAGATGGTAGGTACAGAAAGATA
TGCGAGTGTGAAATTATTTCATGTATAAAACCTTGAACACAATTCTGGATAGAAG

QA 1 415 1 415
DS 

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AACTTGCAATTTATTTGGTCAATCTACTAACAAAAACAGTATTGTGAGTAATATGGGGCG
GTCTTAAGAGATCTTATGGTTGTTAATTTTCACCCAGAGATATGAGTT**TTGATCAAAG
CCACCACCATCCTCCACCAAACTCCAAAGCAGTTTATTTTATTTTTAACTTTTTGATATG
GCTCTCACTTCACCCCCTCTTGGAAGTTCTTTTCTTTGTTTTTTTTT**CATTTGTGATG
CTTTGGTGTTTCAAAAATGAGATGAACTAACTGCTGAGAGATGGTAGGTACAGAAAGATA
TGCGAGTGTGAAATTATTTCATGTATAAAACCTTGAACACAATTCTGGATAGAAG

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR1FX34TF 415 0 0
GGAAACGATCATCAGGAGATAGACACAGTAGTGAGAGCGACTAGCCAACAGCAATTCCAC
AACTTGCAATTTATTTGGTCAATCTACTAACAAAAACAGTATTGTGAGTAATATGGGGCG
GTCTTAAG*GATCTTATGGTTGTTAATTTTCACCCAGAGATATGAGTT**TTGATCAAAG
CCACCACCATCCTCCACCAAACTCCAAAGCAGTTTATTTTATTTTTAACTTTTTGATATG
GCTCTCACTTCACCCCCTCTTGGAAGTTCTTTTCTTTGTTTTTTTTT**CATTTGTGATG
CTTTGGTGTTTCAAAAATGAGATGAACTAACTGCTGAGAGATGGTAGGTACAGAAAGATA
TGCGAGTGTGAAATTATTTCATGTATAAAACCTTGAACACAATTCTGGATAGAAG

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR1G916JQ 415 0 0
GGAAACGATCATCAGGAGATAGACACAGTAGTGAGAGCGACTAGCCAACAGCAATTCCAC
AACTTGCAATTTATTTGGTCAATCTACTAACAAAAACAGTATTGTGAGTAATATGGGGCG
GTCTTAAG*GATCTTATGGTTGTTAATTTTCACCCAGAGATATGAGTT**TTGATCAAAG
CCACCACCATCCTCCACCAAACTCCAAAGCAGTTTATTTTATTTTTAACTTTTTGATATG
GCTCTCACTTCACCCCCTCTTGGAAGTTCTTTTCTTTGTTTTTTTTT**CATTTGTGATG
CTTTGGTGTTTCAAAAATGAGATGAACTAACTGCTGAGAGATGGTAGGTACAGAAAGATA
TGCGAGTGTGAAATTATTTCATGTATAAAACCTTGAACACAATTCTGGATAGAAG

QA 1 415 1 415
DS 

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GGGGA
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GTTCATGTGTGCCGTGTGTCAAGTAGAAGTGAAACCTGGCGAAGGTGTCTCGATCCATGC
TGGATCAGCTAATTGCCAAAAGCTACGTCCATGGGATGGTCCATTCCTATGCGCAAGTTG
CCAAGAGAAGAAAGACGCAATGGAAGGGAAACGATCATCAGGAGATAGACATAGTAGTGA
GAGCGACTAGCCAACAGCAATTCCACAACTTGCAATTTATTTGGTCAATCTACTAACAAA
AACAGTATTGTGAGTAATATGGGGCGGTCTTAAG*GATCTTATGGTTGTTAATTTTCACC
CAGAGATATGAGTTCGTTGATCAAAGCCACCACCATCCTCCACCAAACTCCAAAGCAGTT
TATTTTATTTTTAACTTTTTGATATGGCTCTCACTTCACCCCCTCTTGGAAGTTCTTTTC
TTTGTTTTTTTTTTTCATTTGTGATGCTTTGGTGTTTCAAAAATGAGGTGAACTAACTGC
TGAGAGATGGTAGGTACAGAAAGATATGCGAGTGTGAAATTATTTCATGTATAAAACCTT
GAACACAATTCTGGATAGAAGCATCATTTTTCATATAACTT

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DS 

RD RR1BA13TF 646 0 0
GGGGA
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GTTCATGTGTGCCGTGTGTCAAGTAGAAGTGAAACCTGGCGAAGGTGTCTCGATCCATGC
TGGATCAGCTAATTGCCAAAAGCTACGTCCATGGGATGGTCCATTCCTATGCGCAAGTTG
CCAAGAGAAGAAAGACGCAATGGAAGGGAAACGATCATCAGGAGATAGACATAGTAGTGA
GAGCGACTAGCCAACAGCAATTCCACAACTTGCAATTTATTTGGTCAATCTACTAACAAA
AACAGTATTGTGAGTAATATGGGGCGGTCTTAAG*GATCTTATGGTTGTTAATTTTCACC
CAGAGATATGAGTTCGTTGATCAAAGCCACCACCATCCTCCACCAAACTCCAAAGCAGTT
TATTTTATTTTTAACTTTTTGATATGGCTCTCACTTCACCCCCTCTTGGAAGTTCTTTTC
TTTGTTTTTTTTTTTCATTTGTGATGCTTTGGTGTTTCAAAAATGAGGTGAACTAACTGC
TGAGAGATGGTAGGTACAGAAAGATATGCGAGTGTGAAATTATTTCATGTATAAAACCTT
GAACACAATTCTGGATAGAAGCATCATTTTTCATATAACTT

QA 6 646 6 646
DS 



AS 1 9

CO CL605Contig1 1275 9 25 U
GGGAGCATATAAAAACGAGGGAAGAAATCACACGGAAGCTAAACGGTGATCCTGATATCT
GAGAAAGATGGCGAGTAGCGATTCTGAATTCAACCCCGATCTCCTTCTCGCTCACAAGCT
TCCAGAGACGTTTTACACCTACAACGAAAGAGATGTAGCAATCTATGCTTTGGGAGTAGG
AGCTTGTGGCCAAGATGCTGTTGATTCCCATGAGCTCAAGTTTGTCTATCACGAGAATGG
TCAGGAACATATACAGGTTCTACCAACTTTTGCTTCGCTATTTACACTTGGGTCTCTGTC
AAATGGACTGGACTTGCCAGGTTTTAAGTATGATCCTAGTCTCCTGTTGCATGGACAGCA
GTACATTGAAATTTACAGGCCATTACCTTCCAAGGCTTCTTTAATTAACAAAGTAAGCCT
AGCTGGACTGCAGGATAAAGGTAAAGCAGCTATCCTTGAAATAGAAACCAGAAGTTACGA
GAAAGATTCAGAGGAACTGTTATGCATGAATCGGACGACTGTTTTCTTACGAGGAGCTGG
TGGTTTCTCAAAATCATCTCCGCCATTTTCTTACAAAAACTATCCAAGCAACCAGGGCTT
AGCTGTGAAAATCCCCCAAACACAACCGTCTGCAGTGTTGGAAGAGCGCACCCAACCATC
ACAGGCATTGCTCTATAGGCTCTCTGGTGACTATAATCCTTTGCATTCTGATCCAAACGT
TGCAAAACTTGCCGGATTCCCACGCCCGATATTGCATGGACTTTGTACCCTCGGGTTTGC
AATAAAGGCAATCATCAAGTGTATATGCAAGGGTGACCCAACTGCTGTCAAAACCATATC
TGGAAGATTCCTCGCGACTGTTTTCCCTGGTGAAACTCTGATAGCCGAAATGTGGCTCCA
AGGCTTGAGGGTGATATATCAGACGAAAGTGAAGGAAAGGAACAAGGCCGTGTTATCTGG
TTATGTTGATATTCGTGGTCTGTCATCCTCTCTTTAAAAGTTTCACGTCCTTAAACTGTC
CATCTAAAGGTCTGGCATACAGTTACATTTTAGACTCTTGACGTTTGCTTGTTGGAAACA
GCCATAAATAATAGTACCTTTTTCATTTTAGAATCTTGATGTTTGTGTCATGTGTTGGTT
GTTGTAAATGTGGTGAAACAGAAGATGCAAATGTGTTCGGTGAGGAAAAAAACCTTGATG
ACTTGGTCCATGTTCTTTGTAAATATCAAAAAACTCAACAGACTCGTAAAGCATGAATGA
AAAGCTGAAAATTGG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
0 25 25 25 25 25 25 25 0 35 35 35 20 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 35 35 35 35 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D584TF U 2
AF RR1AJ18TF U 1
AF RR1BI81TF U 38
AF RR1ER73TF U 178
AF RR1AJ18JQ C 247
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AF RR1DB57TF U 531
AF RR1ER73JQ C 632
AF RR1DB57JQ C 632
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BS 1175 1199 RR1BI81JQ
BS 1200 1275 RR1DB57JQ

RD RR1D584TF 689 0 0
GGAGCATATAAAAACGAGGGAAGAAATCACACGGAAGCTAAACGGTGATCCTGATATCTG
AGAAAGATGGCGAGCAGCGATTCTGAATTCAACCCCGATCTCCTTCTCGCTCACAAGCTT
CCAGAGACGTTTTACACCTACAACGAAAGAGATGTAGCAATCTATGCTTTGGGAGTAGGA
GCTTGTGGCCAAGATGCTGTTGATTCCCATGAGCTCAAGTTTGTCTATCACGAGAATGGA
CAGGAACATATCCAGGTTCTACCAACTTTTGCTTCGCTATTTACACTTGGGTCTCTGTCA
AATGGACTGGACTTGCCAGGTTTTAAGTATGATCCTAGTCTCCTGTTGCATGGACAGCAG
TACATTGAAGTTTACAGGCCATTACCTTCCAAGGCTTCTTTAGTTAACAAAGTAAGACTA
GCTGGACTGCAGGATAAAGGTAAAGCAGCTATCCTTGAAATAGAAACCAGAAGTTACGAG
AAAGGTTCAGATGAACTGTTATGCATGAATCGGACGACTGTTTTCTTACGAGGAGCTGGT
GGTTTCTCAAAATCACCTCAGCCATTTTCTTACAAAAACTATCCAAGTAACCAGGGCTTA
GCTGTGAAAATCCCCCAAACACAACCGTCTGCAGTGTTGGAAGAGCGCACCCAACCATCA
CAGGCATTGCTCTATAGGCTCTCTGGTGA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1AJ18TF 869 0 0
GGGAGCATATAAAAACGAGGGAAGAAATCACACGGAAGCTAAACGGTGATCCTGATATCT
GAGAAAGATGGCGAGTAGCGATTCTGAATTCAACCCCGATCTCCTTCTCGCTCACAAGCT
TCCAGAGACGTTTTACACCTACAACGAAAGAGATGTAGCAATCTATGCTTTGGGAGTAGG
AGCTTGTGGCCAAGATGCTGTTGATTCCCATGAGCTCAAGTTTGTCTATCACGAGAGTGG
CCAGGAACATATACTGGTTCTACCAACTTTTGCTTCGCTATTTACACTTGGGTCTCTGTC
AAATGGACTGGACTTGCCAGGTTTTAAGTATGATCCTAGTCTCCTGTTGCATGGACAGCA
GTACATTGAAATTTACAGGCCATTACCTTCCAAGGCTTCTTTAATTAACAAAGTAAGCCT
AGCTGGACTGCAGGATAAAGGTAAAGCAGCTATCCTTGAAATAGAAACCAGAAGTTACGA
GAAAGATTCAGAGGAACTGTTATGCATGAATCGGACGACTGTTTTCTTATGAGGAGCTGG
TGGTTTCTCAAAATCATCTCCGCCATTTTCTTACAAAAACTATCCAAGCAACCAGGGCTT
AGCTGTGAAAATCCCCCAAACACAACCGTCTGCAGTGTTGGAAGAGCGCACCCAACCATC
ACAGGCATTGCTCTATAGGCTCTCTGGTGACTATAATCCTTTGCATTCTGATCCAAACGT
TGCAAAACTTGCCGGATTCCCACGCCCGATATTGCATGGACTTTGTACCCTCGGGTTTGC
AATAAAGGCAATCATCAAGTGTATATGCAAGG*TGACCCAACTGCTGTCAAA*CCATATC
TGGAGATT*CCTCGCGACTGTTTTCCCTG

QA 1 869 1 869
DS 

RD RR1BI81TF 857 0 0
GGA
AAACGGTGATCCTGATATCTGAGAAAGATGGCGAGTAGCGATTCTGAATTCAACCCCGAT
CTCCTTCTCGCTCACAAGCTTCCAGAGACGTTTTACACCTACAACGAAAGAGATGTAGCA
ATCTATGCTTTGGGAGTAGGAGCTTGTGGCCAAGATGCTGTTGATTCCCATGAGCTCAAG
TTTGTCTATCACGAGAATGGTCAGGAACGTATACAGGTTCTACCAACTTTTGCTTCGCTA
TTTACACTTGGGTCTCTGTCAAATGGACTGGACTTGCCAGGTTTTAAGTATGATCCTAGT
CTCCTGTTGCATGGACAGCAGTACATTGAAATTTACAGGCCATTACCTTCCAAGGCTTCT
TTAATTAACAAAGTAAGCCTAGCTGGACTGCAGGATAAAGGTAAAGCAGCTATCCTTGAA
ATAGAAACCAGAAGTTACGAGAAAGATTCAGAGGAACTGTTATGCATGAATCGGACGACT
GTTTTCTTACGAGGAGCTGGTGGTTTCTCAAAATCATCTCCGCCATTTTCCTACAAAAAC
TATCCAAGCAACCAGGGCTTAGCTGTGAAAATCCCCCAAACACAACCGTCTGCAGTGTTG
GAAGAGCGCACCCAACCATCACAGGCATTGCTCTATAGGCTCTCTGGTGACTATAATCCT
TTGCATTCTGATCCAAACGTTGCAAAACTTGCCGGATTCCCACGCCCGATATTGCATGGA
CTTTGTACCCTCGGGTTTGCAATAAAG*CAATCATCAAGTGTATATGCAAGG*TGACCCA
ACTGCTGTCAAA*CCATATCTGGGAGAT*CCTCGCGACTGTTTTCCCTGGTGAA*CTCTG
ATAACCGAAATGTG

QA 4 857 4 857
DS 

RD RR1ER73TF 711 0 0
G
GGAGCTTGTGGCCAAGATGCTGTTGATTCCCATGAGCTCAAGTTTGTCTATCACGAGAAT
GGTCAGGAACGTATACAGGTTCTACCAACTTTTGCTTCGCTATTTACACTTGGGTCTCTG
TCAAATGGACTGGACTTGCCAGGTTTTAAGTATGATCCTAGTCTCCTGTTGCATGGACAG
CAGTACATTGAAATTTACAGGCCATTACCTTCCAAGGCTTCTTTAATTAACAAAGTAAGC
CTAGCTGGACTGCAGGATAAAGGTAAAGCAGCTATCCTTGAAATAGAAACCAGAAGTTAC
GAGAAAGATTCAGAGGAACTGTTATGCATGAATCGGACGACTGTTTTCTTACGAGGAGCT
GGTGGTTTCTCAAAATCATCTCCGCCATTTTCTTACAAAAACTATCCAAGCAACCAGGGC
TTAGCTGTGAAAATCCCCCAAACACAATCGTCTGCAGTGTTGGAAGAGCGCACCCAACCA
TCACAGGCATTGCTCTATAGGCTCTCTGGTGACTATAATCCTTTGCATTCTGATCCAAAC
GTTGCAAAACTTGCCGGATTCCCACGCCCGATATTGCATGGACTTTGTACCCTCGGGTTT
GCAATAAAGGCAATCATCAAGTGTATATGCAAGGGTGACCCAACTGCTGTCAAAACCATA
TCTGGAAGATTCCTCGCGACTGTTTTCCCTGGTGAAACTCTGATAGCCGA

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR1AJ18JQ 858 0 0
ACA
TATACTGGTTCTACCAACTTTTGCTTCGCTATTTACACTTGGGTCTCTGTCAAATGGACT
GGACTTGCCAGGTTTTAAGTATGATCCTAGTCTCCTGTTGCATGGACAGCAGTACATTGA
AATTTACAGGCCATTACCTTCCAAGGCTTCTTTAATTAACAAAGTAAGCCTAGCTGGACT
GCAGGATAAAGGTAAAGCAGCTATCCTTGAAATAGAAACCAGAAGTTACGAGAAAGATTC
AGAGGAACTGTTATGCATGAATCGGACGACTGTTTTCTTATGAGGAGCTGGTGGTTTCTC
AAAATCATCTCCGCCATTTTCTTACAAAAACTATCCAAGCAACCAGGGCTTAGCTGTGAA
AATCCCCCAAACACAACCGTCTGCAGTGTTGGAAGAGCGCACCCAACCATCACAGGCATT
GCTCTATAGGCTCTCTGGTGACTATAATCCTTTGCATTCTGATCCAAACGTTGCAAAACT
TGCCGGATTCCCACGCCCGATATTGCATGGACTTTGTACCCTCGGGTTTGCAATAAAGGC
AATCATCAAGTGTATATGCAAGGGTGACCCAACTGCTGTCAAAACCATATCTGGAAGATT
CCTCGCGACTGTTTTCCCTGGTGAAACTCTGATAACCGAAATGTGGCTCCAAGGCTTGAG
GGTGATATATCAGACGAAAGTGAAGGAAAGGAACAAGGCCGTGTTATCTGGTTATGTTGA
TATTCGTGGTCTGTCATCCTCTCTTTAAAAGTTTCATGTCCCTAAACTGTCCATCTAAAG
GTCTGGCATACAGTTACATTTTAGACTCTTGACGTTTGCTTGTTGGAAACAGCCATAAAT
AATAGTACCTTTTTC

QA 4 858 4 858
DS 

RD RR1BI81JQ 800 0 0
TTTAATTAACAAAGTAAGCCTAGCTGGACTGCAGGATAAAGGTAAAGCAGCTATCCTTGA
AATAGAAACCAGAAGTTACGAGAAAGATTCAGAGGAACTGTTATGCATGAATCGGACGAC
TGTTTTCTTACGAGGAGCTGGTGGTTTCTCAAAATCATCTCCGCCATTTTCCTACAAAAA
CTATCCAAGCAACCAGGGCTTAGCTGTGAAAATCCCCCAAACACAACCGTCTGCAGTGTT
GGAAGAGCGCACCCAACCATCACAGGCATTGCTCTATAGGCTCTCTGGTGACTATAATCC
TTTGCATTCTGATCCAAACGTTGCAAAACTTGCCGGATTCCCACGCCCGATATTGCATGG
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AACTGCTGTCAAAACCATATCTGGAAGATTCCTCGCGACTGTTTTCCCTGGTGAAACTCT
GATAACCGAAATGTGGCTCCAAGGCTTGAGGGTGATATATCAGACGAAAGTGAAGGAAAG
GAACAAGGCCGTGTTATCTGGTTATGTTGATATTCGTGGTCTGACATCCTCTCTTTAAAA
GTTTCATGTCCTTAAACTGTCCATCTAAAGGTCTGGCATACAGTTACATTTTAGACTCTT
GACGTTTGCTTGTTGGAAACAGCCATAAATAATAGTACCTTTTTCATTTTAGAATCTTGA
TGTTTGTGTCATGTGTTGGTTGTTGTAAATGTGGTGAAACAGAAGATGCAAATGTGTTCG
GTGAGGAAAAAAACCTTGAT

QA 1 800 1 800
DS 

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GG
GGAGCTGGTGGTTTCTCAAAATCATCTCCGCCATTTTCTTACAAAAACTATCCAAGCAAC
CAGGGCTTAGCTGTGAAAATCCCCCAAACACAACCGTCTGCAGTGTTGGAAGAGCGCACC
CAACCATCACAGGCATTGCTCTATAGGCTCTCTGGTGACTATAATCCTTTGCATTCTGAT
CCAAACGTTGCAAAACTTGCCGGATTCCCACGCCCGATATTGCATGGACTTTGTACCCTC
GGGTTTGCAATAAAGGCAATCATCAAGTGTATATGCAAGGGTGACCCAACTGCTGTCAAA
ACCATATCTGGAAGATTCCTCGCGACTGTTTTCCCTGGTGAAACTCTGATAGCCGAAATG
TGGCTCCAAGGCTTGAGGGTGATATATCAGACGAAAGTGAAGGAAAGGAACAAGGCCGTG
TTATCTGGTTATGTTGATATTCGTGGTCTGTCATCCTCTCTTTAAAAGTTTCACGTCCTT
AAACTGTCCATCTAAAGGTCTGGCATACAGTTACATTTTAGACTCTTGACGTTTGCTTGT
TGGAAACAGCCATAAATAATAGTACCTTTTTCATTTTAGAATCTTGATGTTTGTGTCATG
TGTTGGTTGTTGTAAATGTGGTGAAACAGAAGATGCAAATGT

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR1ER73JQ 569 0 0
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TATAATCCTTTGCATTCTGATCCAAACGTTGCAAAACTTGCCGGATTCCCACGCCCGATA
TTGCATGGACTTTGTACCCTCGGGTTTGCAATAAAGGCAATCATCAAGTGTATATGCAAG
GGTGACCCAACTGCTGTCAAAACCATATTTGGAAGATTCCTCGCGACTGTTTTCCCTGGT
GAAACTCTGATAGCCGAAATGTGGCTCCAAGGCTTGAGGGTGATATATCAGACGAAAGTG
AAGGAAAGGAACAAGGCCGTGTTATCTGGTTATGTTGATATTCGTGGTCTGTCATCCTCT
CTTTAAAAGTTTCATGTCCTTAAACTGTCCATCTAAAGGTTTGGCATACAGTTACATTTT
AGACTCTTGACGTTTGCTTGTTGGAAACAGCCATAAATAATAGTACCTTTTTCATTTTAG
AATCTTGATGTTTGTGTCATGTGTTGGTTGTTGTAAATGTGGTGAAACAGAAGATGCAAA
TGTGTTCGGTTAGGAAAAAAACCTTGAT
G

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1DB57JQ 644 0 0
GCAGTGTTGGAAGAGCGCACCCAACCATCACAGGCATTGCTCTATAGGCTCTCTGGTGAC
TATAATCCTTTGCATTCTGATCCAAACGTTGCAAAACTTGCCGGATTCCCACGCCCGATA
TTGCATGGACTTTGTACCCTCGGGTTTGCAATAAAGGCAATCATCAAGTGTATATGCAAG
GGTGACCCAACTGCTGTCAAAACCATATCTGGAAGATTCCTCGCGACTGTTTTCCCTGGT
GAAACTTTGATAGCCGAAATGTGGCTCCAAGGCTTGAGGGTGATATATCAGACGAAAGTG
AAGGAAAGGAACAAGGCCGTGTTATCTGGTTATGTTGATATTCGTGGTCTGTCATCCTCT
CTTTAAAAGTTTCACGTCCTTAAACTGTCCATCTAAAGGTCTGGCATACAGTTACATTTT
AGACTCTTGACGTTTGCTTGTTGGAAACAGCCATAAATAATAGTACCTTTTTCATTTTAG
AATCTTGATGTTTGTGTCATGTGTTGGTTGTTGTAAATGTGGTGAAACAGAAGATGCAAA
TGTGTTCGGTGAGGAAAAAAACCTTGATGACTTGGTCCATGTTCTTTGTAAATATCAAAA
AACTCAACAGACTCGTAAAGCATGAATGAAAAGCTGAAAATTGG

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 9

CO CL606Contig1 913 9 9 U
GGTTCTTAATAAGGTCTCCGATTAAATATATGTAATTGCAGATGATTCGAAAAAGGTTCA
AATGTTGAAAGAAAATTGCGATTGCAAGAAAAGTATTTGTTTTGGTGCACAAAAAAAAAG
AAGAAAAGTATTTGTTCTCTATTGAGTAAGGACTTGGTCTTTGCCGTGGAGTGGAGTAAC
AACACCGAGCACCACGAAACCGCCGAGAACAAGAATCAGAACACCCATCGTGTTAACTAA
CATGGCCTCTGTGGAATACCGAGTTATCACCTGGTTCACTTGCAGGAACGTCAACTTCTC
CAGTATCCCTGTGGTTACAGTCACCAAAGCCAATGCATAGATGGCAACCCC*TAAG*AAC
ACGTGCCAAGGCATTAAGCTGGCTCGGCTGTTTCTTGAACCACCCGGGTACCAGTAAGTC
ACAAACCCTGAAGCCCACTGAAAAGCGAAGAGAAAGAGACAAGCCAAGCCGAGCCATGAA
TGCAGACTGTAGAAATTTTCAATCCCTTTGTCGATATGGAACTTAAGAGCAGCCCATACT
CCGACTAAGCTTAGGATAAAAGCTGCGAATTGCAGTGTAAGATGAACCAGTTTCTTCAAG
TTCTTCGTACCTTGAACTGACTTGTATGCTAACATAGCTTCACCATTGAAGAGTATTAGC
CCAATCACCATCAAAACTGGATGAACATTGAAGATGAGATCTTTGTTATCGGAGGAAAGA
GCTAATCCTCCTCTGTAGTGAACAGTCCATGTCAGAACCAAAACTGCAATGATGAAACCC
AGAACTCTCACCACCAAGAAGATCGGAAACCCACCAAGCATCGGAACTACCATATTACGA
CCAAATCAAAAATCGAAACCACCGTCTCTCCTTAGATCGGCGATGTTCGGGTCAACCCAA
GTGATCTCGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 10 35 
35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 20 20 20 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1DP90JQ U 11
AF RR1F578JQ U 8
AF RR1AU76JQ U 126
AF RR1C766JQ U 1
AF RR1BL20JQ U 12
AF RR1F578TF C 112
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BS 1 623 RR1C766JQ
BS 624 625 RR1DP90JQ
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BS 852 884 RR1F578TF
BS 885 913 RR1BL20TF

RD RR1DP90JQ 698 0 0
AA
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AAATTGCGATTGCAAGAAAAGTATTTGTTTTGGTGCACAAAAAAAA*GAAGAAAAGTATT
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CACGAAACCGCCGAGAACAAGAATCAGAACACCCATCGTGTTAACTAACATGGCCTCTGT
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AGGATAAAAGCTGCGAATTGCAGTGTAAGATGAACCAGTTTCTTCAAGTTCTTCGTACCT
TGAACTGACTTGTATGCTAACATAGCTTCACCATTGAAGAGTATTAGCCCAATCACCATC
AAAACTGGATGAACATTGAAGATGAGATCTTTGTTA

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1F578JQ 749 0 0
AATAA
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AAATTGCGATTGCAAGAAAAGTATTTGTTTTGGTGCACAAAAAAAAAGAAGAAAAGTATT
TGTTCTCTATTGAGTAAGGACTTGGTCTTTGCCGTGGAGTGGAGTAACAACACCGAGCAC
CACGAAACCGCCGAGAACAAGAATCAGAACACCCATCGTGTTAACTAACATGGCCTCTGT
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GGTTACAGTCACCAAAGCCAATGCATAGATGGCAACCCC*TAAG*AACACGTGCCAAGGC
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GCCCACTGAAAAGCGAAGAGAAAGAGACAAGCCAAGCCGAGCCATGAATGCAGACTGTAG
AAATTTTCAATCCCTTTGTCGATATGGAACTTAAGAGCAGCCCATACTCCGACTAAGCTT
AGGATAAAAGCTGCGAATTGCAGTGTAAGATGAACCAGTTTCTTCAAGTTCTTAGTACCT
TGAACTGACTTGTATGCTAACATAGCTTCACCATTGAAGAGTATTAGCCCAATCACCATC
AAAACTGGATGAACATTGAAGATGAGATATTTGTTATCGGAGGAAAGAGCTAATCCTCCT
CTGTAGTGAACAGTCCATGTCAGA

QA 6 749 6 749
DS 

RD RR1AU76JQ 686 0 0
AAGTATTTGTTCTCTATTGAGTAAGGGCTTGGTCTTTGCCGTGGAGTGGAGTAACAACAC
CGAGCACCACGAAACCGCCGAAAACAAGAATCAGAACACCCATCCTGTTAACTAACATGG
CCTCTGTGGAATACCGAGTTATCACCTGGTTCACTTGCAGGAACGTCAACTTCTCCAGTA
TCCCTGTGGTTACAGTCACCAAAGCCAATGCATAAATGGCAACCCC*TAAG*AACACGTG
CCAAGGCATTAAGCTGGCTCGGCTGTTTCTTGAACCACCCGGGTACCAGTAAGTCACAAA
CCCTGAAGCCCACTGAAAAGCGAAGAGAAAGAGACAAGCCAAGCCGAGCCATGAATGCAG
ACTGTAGAAATTTTCAATCCCTTTGTCGATATGGAACTTAAGAGCAGCCCATACTCCGAC
TAAGCTTAGGATAAAAGCTGCGAATTGCAGTGTAAGATGAACCAGTTTCTTCAAGTTCTT
CGTACCTTGAACTGACTTGTATGCTAACATAGCTTCACCATTGAAGAGTATTAGCCCAAT
CACCATCAAAACTGGATGAACATTGAAGATGAGATCTTTGTTATCGGAGGAAAGAGCTAA
TCCTCCTCTGTAGTGAACAGTCCATGTCAGAACCAAAACTGCAATGATGAAACCCAGAAC
TCTCACCACCAAGAAGATCGGAAACC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1C766JQ 855 0 0
GGTTCTTAATAAGGTCTCCGATTAAATATATGTAATTGCAGATGATTCGAAAAAGGTTCA
AATGTTGAAAGAAAATTGCGATTGCAAGAAAAGTATTTGTTTTGGTGCACAAAAAAAAAG
AAGAAAAGTATTTGTTCTCTATTGAGTAAGGACTTGGTCTTTGCCGTGGAGTGGAGTAAC
AACACCGAGCACCACGAAACCGCCGAGAACAAGAATCAGAACACCCATCGTGTTAACTAA
CATGGCCTCTGTGGAATACCGAGTTATCACCTGGTTCACTTGCAGGAACGTCAACTTCTC
CAGTATCCCTGTGGTTACAGTCACCAAAGCCAATGCATAGATGGCAACCCC*TAAG*AAC
ACGTGCCAAGGCATTAAGCTGGCTCGGCTGTTTCTTGAACCACCCGGGTACCAGTAAGTC
ACAAACCCTGAAGCCCACTGAAAAGCGAAGAGAAAGAGACAAGCCAAGCCGAGCCATGAA
TGCAGACTGTAGAAATTTTCAATCCCTTTGTCGATATGGAACTTAAGAGCAGCCCATACT
CCGACTAAGCTTAGGATAAAAGCTGCGAATTGCAGTGTAAGATGAACCAGTTTCTTCAAG
TTCTTCGTACCTTGAACTGACTT**ATGCTAACATAGCTTCACCATTGAAGAGTATTAGC
CCAATCACCATCAAAACTGGATGAACATTGAAGATGAGATCTTTGTTATCGGAGGAAAGA
GCTAATCCTCCTCTGTAGTGAACAGTCCATGTCAGAACCAAAACTGCAATGATGAAACCC
AGAACTCTCACCACCAAGAAGATCGGAA*CCCATCAAGCATCGGAACTACCATATTACGA
CCAAATCAAAA
TCGA

QA 1 851 1 851
DS 

RD RR1BL20JQ 840 0 0
G
GGTCTCCGATTAAATATATGTAATTGCAGATGATTCGAAAAAGGTTCAAATGTTGAAAGA
AAATTGCGATTGCAAGAAAAGTATTTGTTTTGGTGCACAAAAAAAA*GAAGAAAAGTATT
TGTTCTCTATTGAGTAAGGACTTGGTCTTTGCCGTGGAGTGGAGTAACAACACCGAGCAC
CACGAAACCGCCGAGAACAAGAATCAGAACACCCATCGTGTTAACTAACATGGCCTCTGT
GGAATACCGAGTTATCACCTGGTTCACTTGCAGGAACGTCAACTTCTCCAGTATCCCTGT
GGTTACAGTCACCAAAGCCAATGCATAGATGGCAACCCC*TAAG*AACACGTGCCAAGGC
ATTAAGCTGGCTCGGCTGTTTCTTGAACCACCCGGGTACCAGTAAGTCACAAACCCTGAA
GCCCACTGAAAAGCGAAGAGAAAGAGACAAGCCAAGCCGAGCCATGAATGCAGACTGTAG
AAATTTTCAATCCCTTTGTCGATATGGAACTTAAGAGCAGCCCAGACTCCGACTAAGCTT
AGGATAAAAGCTGCGAATTGCAGTGTAAGATGAACCAGTTTCTTCAAGTTCTTCGTACCT
TGAACTGACTTGTATGCTAACATAGCTTCACCATTGAAGAGTATTAGCCCAATCACCATC
AAAACTGGATGAACATTGAAGATGAGATCTTTGTTATCGGAGGAAAGAGCTAAGCCTCCT
CTGTAGTGGACAGCCCATGTCAGAACCAAAACTGCAATGATGAAACCCAGAACTCTCACC
ACCAAGAAGATCGGAAACCCACCAAGCATCGGAACTACCATATTACGACCAAATCAAAA

QA 2 840 2 840
DS 

RD RR1F578TF 776 0 0
AAAAAAAAGAAGAAAAGTATTG**TCTCTAT*GAGTAAGGACTTGGTCTTTGCCGTGGAG
TGGAGTAACAACACCGAGCACCACGAAACCGCCGAGAACAAGAATCAGAACACCCATCGT
GTTAACTAACATGGCCTCTGTGGAATACCGAGTTATCACCTGGTTCACTTGCAGGAACGT
CAACTTCTCCAGTATCCCTGTGGTTACAGTCACCAAAGCCAATGCATAGATGGCAACCCC
*TAAG*AACACGTGCCAAGGCATTAAGCTGGCTCGGCTGTTTCTTGAACCACCCGGGTAC
CAGTAAGTCACAAACCCTGAAGCCCACTGAAAAGCGAAGAGAAAGAGACAAGCCAAGCCG
AGCCATGAATGCAGACTGTAGAAATTTTCAATCCCTTTGTCGATATGGAACTTAAGAGCA
GCCCATACTCCGACTAAGCTTAGGATAAAAGCTGCGAATTGCAGTGTAAGATGAACCAGT
TTCTTCAAGTTCTTAGTACCTTGAACTGACTTGTATGCTAACATAGCTTCACCATTGAAG
AGTATTAGCCCAATCACCATCAAAACTGGATGAACATTGAAGATGAGATATTTGTTATCG
GAGGAAAGAGCTAATCCTCCTCTGTAGTGAACAGTCCATGTCAGAACCAAAACTGCAATG
ATGAAACCCAGAACTCTCACCACCAAGAAGATCGGAAACCCACCAAGCATCGGAACTACC
ATATTACGACCAAATCAAAAATCGAAACCACCGTCTCTCCTTAGATCGGCGAT
CCC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1BL20TF 783 0 0
TTTTT
TCTCTAT*GAGTAAGGACTTG*TCTT*GCCGTGGAGTGGAGTAACAACACCGAGCACCAC
GAAACCGCCGAGAACAAGAATCAGAACACCCATCGTGTTAACTAACATGGCCTCTGTGGA
ATACCGAGTTATCACCTGGTTCACTTGCAGGAACGTCAACTTCTCCAGTATCCCTGTGGT
TACAGTCACCAAAGCCAATGCATAGATGGCAACCCC*TAAG*AACACGTGCCAAGGCATT
AAGCTGGCTCGGCTGTTTCTTGAACCACCCGGGTACCAGTAAGTCACAAACCCTGAAGCC
CACTGAAAAGCGAAGAGAAAGAGACAAGCCAAGCCGAGCCATGAATGCAGACTGTAGAAA
TTTTCAATCCCTTTGTCGATATGGAACTTAAGAGCAGCCCAGACTCCGACTAAGCTTAGG
ATAAAAGCTGCGAATTGCAGTGTAAGATGAACCAGTTTCTTCAAGTTCTTCGTACCTTGA
ACTGACTTGTATGCTAACATAGCTTCACCATTGAAGAGTATTAGCCCAATCACCATCAAA
ACTGGATGAACATTGAAGATGAGATCTTTGTTATCGGAGGAAAGAGCTAAGCCTCCTCTG
TAGTGGACAGCCCATGTCAGAACCAAAACTGCAATGATGAAACCCAGAACTCTCACCACC
AAGAAGATCGGAAACCCACCAAGCATCGGAACTACCATATTACGACCAAATCAAAAATCG
AAACCACCGTCTCTCCTTAGATCGGCGATGTTCGGGTCAACCCAAGTGATCTCGTCCC

QA 6 783 6 783
DS 

RD RR1C766TF 671 0 0
AACATGG
CTCTGTGGAATACCGAGTTATCAC*TGGTTCACTTGCAGGAACGTCAACTTCTCCAGTAT
CCCTGTGGTTACAGTCACCAAAGCCAATGCATAGATGGCAACCCCCTAAGGAACACGTGC
CAAGGCATTAAGCTGGCTCGGCTGTTTCTTGAACCACCCGGGTACCAGTAAGTCACAAAC
CCTGAAGCCCACTGAAAAGCGAAGAGAAAGAGACAAGCCAAGCCGAGCCATGAATGCAGA
CTGTAGAAATTTTCAATCCCTTTGTCGATATGGAACTTAAGAGCAGCCCATACTCCGACT
AAGCTTAGGATAAAAGCTGCGAATTGCAGTGTAAGATGAACCAGTTTCTTCAAGTTCTTC
GTACCTTGAACTGACTT**ATGCTAACATAGCTTCACCATTGAAGAGTATTAGCCCAATC
ACCATCAAAACTGGATGAACATTGAAGATGAGATCTTTGTTATCGGAGGAAAGAGCTAAT
CCTCCTCTGTAGTGAACAGTCCATGTCAGAACCAAAACTGCAATGATGAAACCCAGAACT
CTCACCACCAAGAAGATCGGAAACCCATCAAGCATCGGAACTACCATATTACGACCAAAT
CAAAAATCGAAACCACCATCTCTCCTTAGATCGGCGATGTTCGGGTCAACCCAAGTAATC
TC
CC

QA 8 669 8 669
DS 

RD RR1DP90TF 639 0 0
TTCACTTGCAGGAACGTCAACTTCTCCAGTATCCCTGTGGTTACAGTCACCAAAGCCAAT
GCATAGATGGCAACCCC*TAAG*AACACGTGCCAAGGCATTAAGCTGGCTCGGCTGTTTC
TTGAACCACCCGGGTACCAGTAAGTCACAAACCCTGAAGCCCACTGAAAAGCGAAGAGAA
AGAGACAAGCCAAGCCGAGCCATGAATGCAGACTGTAGAAATTTTCAATCCCTTTGTCGA
TATGGAACTTAAGAGCAGCCCATACTCCGACTAAGCTTAGGATAAAAGCTGCGAATTGCA
GTGTAAGATGAACCAGTTTCTTCAAGTTCTTCGTACCTTGAACTGACTTGTATGCTAACA
TAGCTTCACCATTGAAGAGTATTAGCCCAATCACCATCAAAACTGGATGAACATTGAAGA
TGAGATCTTTGTTATCGGAGGAAAGAGCTAATCCTCCTCTGTAGTGAACAGTCCATGTCA
GAACCAAAACTGCAATGATGAAACCCAGAACTCTCACCACCAAGAAGATCGGAAACCCAC
CAAGCATCGGAACTACCATATTACGACCAAATCAAAAATCGAAACCACCGTCTCTCCTTA
GATCGGCGATGTTCGGGTCAACCCAAGTGATCTC
GTCCC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 9

CO CL607Contig1 796 9 10 U
GGATTACTCACAAACCTTATCGAGTGAAAGGGAAGATTGGGAAGGGGGTAGTAGCGAAAA
TGGCGTCGATTGCAGCTTCTTCTACTTTCCACTCCTTTTCAACAACCAAAAGCCCTAACC
TTTCTTCGACCCATCTCCTTCCTCTCTCCAAAAACCTCACCTTTCGAACCAAACCCATCG
GAAACACCAGAGTTTGCAGCTTAACGAAACAGAACAACCCCCTTGGGTTGAAGAAGCTTT
CGTCCGTTGGCGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGC
AACAGACTGTCTCTGTCCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTCTTTCAGGCTG
ATGGAACTTTGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATG
GAGTTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGC
AAACAACGGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTG
GCTTTAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAAT
TAATATCATCTTTCTCCTCCTCCTCTCCTCCATTTTTTT*GTGATTAATGTTTTATTACA
AGAATTACAATGTGCCATATTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCTTACAAAAGCATGG
TACTAGTTTTTTCAACATACCCCCATGAAACAACTACTCCACCAGGATTTTTATATCCTT
CAATACCAATTTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AB47JQ C 1
AF RR1AB47TF U 1
AF RR1F682TF U 4
AF RR1F682JQ C 80
AF RR1GH76TF U 185
AF RR1AU38JQ C 19
AF RR1AU38TF U 8
AF RR1DL43TF U 181
AF RR1DL43JQ C 392
BS 1 9 RR1AB47JQ
BS 10 493 RR1AB47TF
BS 494 494 RR1F682TF
BS 495 535 RR1AB47TF
BS 536 536 RR1F682TF
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BS 641 710 RR1AB47TF
BS 711 714 RR1F682TF
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RD RR1AB47JQ 710 0 0
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GCTTTAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAAT
TAATATCATCTTTCTCCTCCTCCTCTCCTCCATTTTTTT*GTGATTAATGTTTTATTACA
AGAATTACAATGTGCCATATTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCTTAC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1AB47TF 710 0 0
GGATTACTC
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TGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCA
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TTCAGGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGTGCTGGCTTTAAGT
TACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCAT
CTTTCTCCTCCTCCTCTCCTCCATTTTTTTTGTGATTAATGTTTTATTACAAGAATTACA
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QA 10 710 10 710
DS 

RD RR1F682TF 715 0 0
GGACTC
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CCCATCTCCTTCCTCTCTCCAAAAACCTCACCTTTCGAACCAAACCCATCGGAAACACCA
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GCGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTG
TCTCTGTCCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTCTTTCAGGCTGATGGAACTT
TGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCA
ACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGG
TTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTAAGT
TACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCAT
CTTTCTCCTCCTCCTCTCCTCCATTTTTTT*GTGATTAATGTTTTATTACAAGAATTACA
ATGTGCCATATTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCTTACAAAA
AAAA

QA 7 711 7 711
DS 

RD RR1F682JQ 631 0 0
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TCCTCTCTCCAAAAACCTCACCTTTCGAACCAAACCCATCGGAAACACCAGAGTTTGCAG
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AGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTAAGTTACAAACCTT
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CTCCTCTCCTCCATTTTTTT*GTGATTAATGTTTTATTACAAGAATTACAATGTGCCATA
TTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCTTAC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1GH76TF 523 0 0
CACCAGAGTTTGCAGCTTAACGAAACAGAACAACCCCCTTGGGTTGAAGAAGCTTTCGTC
CGTTGGCGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACA
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AACTTTGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGT
TTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAAC
AACGGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTTAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTT
TAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAAT
ATCATCTTTCTCCTCCTCCTCTCCTCCATTTTTTT*GTGATTAATGTTTTATTACAAGAA
TTACAATGTGCCATATTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCT

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR1AU38JQ 692 0 0
ATCGAGTGAAAGGGAAGATTGGGAAGGGGGTAGTAGCGAAAATGGCGTCGATTGCAGCTT
CTTCTACTTTCCACTCCTTTTCAACAACCAAAAGCCCTAACCTTTCTTCGACCCATCTCC
TTCCTCTCTCCAAAAACCTCACCTTTCGAACCAAACCCATCGGAAACACCAGAGTTTGCA
GCTTAACGAAACAGAACAACCCCCTTGGGTTGAAGAAGCTTTCGTCCGTTGGCGAAGGAG
GAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTGTTTCTGTCC
CTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTCTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAATGAAG
CAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCAACTTAAAGG
TTCAAATTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGGTTCAAGCAA
CAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTAAGTTACAAACCT
TGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCATCTTTCTCCT
CCTCCTCTCCTCCATTTTTTT*GTGATTAATGTTTTATTACAAGAATTACAATGTGCCAT
ATTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCTTAC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1AU38TF 701 0 0
GG
ACAAACCTTATCGAGTGAAAGGGAAGATTGGGAAGGGGGTAGTAGCGAAAATGGCGTCGA
TTGCAGCTTCTTCTACTTTCCACTCCTTTTCAACAACCAAAAGCCCTAACCTTTCTTCGA
CCCATCTCCTTCCTCTCTCCAAAAACCTCACCTTTCGAACCAAACCCATCGGAAACACCA
GAGTTTGCAGCTTAACGAAACAGAACAACCCCCTTGGGTTGAAGAAGCTTTCGTCCGTTG
GCGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTG
TCTCTGTCCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTCTTTCAGGCTGATGGAACTT
TGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCA
ACTTAAAGGTTCAAATTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGG
TTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTAAGT
TACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCAT
CTTTCTCCTCCTCCTCTCCTCCATTTTTTT*GTGATTAATGTTTTATTACAAGAATTACA
ATGTGCCATATTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCTT

QA 3 701 3 701
DS 

RD RR1DL43TF 616 0 0
GAAACACCAGAGTTTGCAGCTTAACGAAACAGAACAACCCCCTTGGGTTGAAGAAGCTTT
CGTCCGTTGGCGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGC
AACAGACTGTCTCTGTCCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTCTTTCAGGCTG
ATGGAACTTTGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATG
GAGTTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGC
AAACAACGGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTG
GCTTTAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAAT
TAATATCATCTTTCTCCTCCTCCTCTCCTCCATTTTTTT*GTGATTAATGTTTTATTACA
AGAATTACAATGTGCCATGTTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCTTACAAAAGCATGG
TACTAGTTTTTTCAACATACCCCCATGAAACAACTACTCCACCAGGATTTTTATATCCTT
CAATACCAATTTTTCT

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DS 

RD RR1DL43JQ 405 0 0
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AGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTC
AAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCTT
TGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCATCTTTCTCCTCCTCCTCTCCTCC
ATTTTTTT*GTGATTAATGTTTTATTACAAGAATTACAATGTGCCATGTTACAAAAGTAA
TGAACTCTCACTTTCTTACAAAAGCATGGTACTAGTTTTTTCAACATACCCCCATGAAAC
AACTACTCCACCAGGATTTTTATATCCTTCAATACCAATTTTTCT

QA 1 405 1 405
DS 



AS 3 9

CO CL608Contig1 551 4 6 U
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TTTTCATTTTCACCCTGCAGAGCTCGCGATCTTATTTGAACTCCCCGGATCTTAAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGATGGCGTCGAGAAACTCCGTAGCCGGATTCGCGTTATTCACATTTG
TATTCGCCGTCATCTCGTCTCTCGCCGGCGCTCAAACCCTAGCTCCCGCTCCAGCTCCCA
CCAGTGACGGGACATCGATAGATCAAGGGATTGCGTATTTGCTAATGGTGGTGGCGCTTG
TCCTCACTTACCTTATCCATCCTCTCGATGCTTCTTCTTCCCTCTCCTTCTTCTGATTTT
TCTTTTTTTATCCTTCTAGTAGTTTGTGGATAACATTCTCTTAAAGAGTTGTGAGTCTCT
CGGCTATTTAATTTGCTCATGATTTGTGCTTCTGTCATGATTCCTGGAGATTGAATCTTT
CTCTATTGTTTTCCATCAATCATATTGTTTGTTTGTTCATCTTCTTTTATTATTTAATTT
ATTCTTAGTTC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F613JQ C 1
AF RR1F613TF U 1
AF RR1D509JQ C 1
AF RR1D509TF U 1
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BS 134 135 RR1D509TF
BS 136 368 RR1F613TF
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BS 370 501 RR1F613TF
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QA 1 501 1 501
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QA 1 501 1 501
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QA 1 551 1 551
DS 



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BQ
10 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F850TF U 1
AF RR1B975TF U 2
AF RR1DB08TF U -4
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G

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QA 8 647 8 647
DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FH55TF U 1
AF RR1FH55JQ C 482
BS 1 597 RR1FH55TF
BS 598 598 RR1FH55JQ
BS 599 614 RR1FH55TF
BS 615 615 RR1FH55JQ
BS 616 619 RR1FH55TF
BS 620 643 RR1FH55JQ

RD RR1FH55TF 620 0 0
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GAGTTTTTCATTTTCACCCTGCAGAGCTCGCGATCTTATTTTAACTCCTCGGATCTTAAG
AGAGAGAGAGATGGCGTCGAGAAACTCCGTAGCCGGATTCGCGTTATTCACATTTGTATT
CGCCGTCATCTCGTCTCTCGCCGGCGCTCAAACCCTAGCTCCCGCTCCAGCTCCCACCAG
TGACGGGACATCGATAGACCAGGGGATTGCGTATTTGCTAATGGTGGTGGCGCTTGTCCT
CACTTACCTTATCCATCCTCTCGATGCTTCTTCTTCCCTCTCCTTCTTCTTATTTTTCTT
TTTTTTATCCTTCTAGTAGTTTGTGGATAACATTCTCTTAAAGAGTGAGTCTCTCAAGGC
TATTTAATTTGCTCATGATTTGTGCTTCTGTCATGATTCCTGGAGATTGAATCTTTCTCT
ATTGTTTTCCATCAATCATATTGTTTGTTTGTTCATCCTCTTTTATTATTTAATTTATTC
TTAGTTCATATATACATGTGTTGTTTATAGAAGAAGAAGCCTCAAAATGACAAGAGGTGA
TTATGTCAATTTAATAAAA
A

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1FH55JQ 162 0 0
TTGTTTTCCATCAATCATATTGTTTGTTTGTTCATCCTCTTTTATTATTTAATTTATTCT
TAGTTCATATATACATGTGTTGTTTATAGAAGAAGAAGCCTCAAAATGACAAGAGGGGAT
TATGTCAATTTAAAAAAAATCCGACCATTGTGTTAGAAGGTT

QA 1 162 1 162
DS 



AS 1 9

CO CL609Contig1 855 9 13 U
GGAGGACTACTTCTACTTCACACTTTCAAGCGGCGATGGCGATGTCTCTTCTGAAGCTAA
GAAACTCACCTGCTTTGAGATCGGCGGCGAATGTTTCCCCGATCGGAGTTTTATCAAGGG
CTTTCTCAAAGCTCTCTGAGGGCACGGACATAACCTCGGCGGCTCCAGGCGTTTCCCTCC
AGAAAGCTCGCAGCTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATTGGCCG
ACATCTTCAAGGGGAAGAAAGTCGTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCGTACACAGGAGTCT
GCTCACAGCAGCATGTGCCAAGCTACAAGAGCCACATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCA
TTGACTCCGTCATCTGTGTCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACA
AGATTGGGGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTCCATAAAA
GCTTGGGGCTAGACAAGGATCTCTCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGT
CGGCATATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACT
TCAAGGTGTCAGGAGCAGAAGTCATTTTAGGACAGATCTAACAAGTGTTTCAACAAGTTG
TTCTCTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATAAGTTGCGAGTGAAAATAAGTTTGATCCG
AACATAACCAAAGGATCACACCAAGTTTACAACTCCACTTTTTCTTGGTTCTTGTTTTCT
TTCAATAAAAAATGTGTTACTTCAGCAAATGTACATCATAACATGATAGAGTACTCCATT
AGTTATTCTTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 20 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR96TF U 7
AF RR1FA79TF U 1
AF RR1E844TF U 1
AF RR1E844JQ C 74
AF RR1EQ36JQ C 396
AF RR1EQ36TF U 396
AF RR1CV42JQ C 185
AF RR1CV42TF U 273
AF RR1FA79JQ C 144
BS 1 630 RR1E844TF
BS 631 631 RR1EQ36TF
BS 632 706 RR1E844TF
BS 707 707 RR1EQ36TF
BS 708 733 RR1E844TF
BS 734 734 RR1EQ36TF
BS 735 751 RR1E844TF
BS 752 752 RR1EQ36TF
BS 753 771 RR1E844TF
BS 772 791 RR1EQ36TF
BS 792 792 RR1CV42TF
BS 793 805 RR1EQ36TF
BS 806 855 RR1FA79JQ

RD RR1GR96TF 600 0 0
GG
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CCTGCTTTGAGATCGGCGGCGAATGTTTCCCCGATCGGAGTTTTATCAAGGGCTTTCTCA
AAGCTCTCTGAGGGCACGGACATAACCTCGGCGGCTCCAGGCGTTTCCCTCCAGAAAGCT
CGCAGCTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATTGGCCGACATCTTC
AAGGGGAAGAAAGTCGTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCTTACACAGGAGTCTGCTCACAG
CAGTATGTGCCAAGCTACAAGAGCCACATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCATTGACTCC
GTCATCTGTGCCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACAAGATTGGG
GCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTCCATAAAAGCTTGGGG
CTAGACAAGGATCTCTCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGTCGGCATAT
GTAGAAGACGGCAAGGTGAAAGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACTTCAAG
T

QA 3 599 3 599
DS 

RD RR1FA79TF 607 0 0
GGAGGACT
ACTTCTACTTCACACTTTCAAGCGGCGATGGCGATGTCTCTTCTGAAGCTAAGAAACTCA
CCTGCTTTGAGATCGGCGGCGAATGTTTCCCCGATCGGAGTTTTATCAAGGGCTTTCTCA
AAGCTCTCTGAGGGCACGGACATAACCTCGGCGGCTCCAGGCGTTTCCCTCCAGAAAGCT
CGCAGCTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATTGGCCGACATCTTC
AAGGGGAAGAAAGTCGTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCGTACACAGGAGTCTGCTCACAG
CAGCATGTGCCAAGCTACAAGAGCCACATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCATTGACTCC
GTCATCTGTGTCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACAAGATTGGG
GCCAAAGACTCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTCCATAAAAGCTTGGGG
CTAGACAAGGATCTCTCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGTCGGCATAT
GTAGAGGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAACCACCGTCTGACTTCAAG
TG

QA 9 605 9 605
DS 

RD RR1E844TF 771 0 0
GGAGGACTACTTCTACTTCACACTTTCAAGCGGCGATGGCGATGTCTCTTCTGAAGCTAA
GAAACTCACCTGCTTTGAGATCGGCGGCGAATGTTTCCCCGATCGGAGTTTTATCAAGGG
CTTTCTCAAAGCTCTCTGAGGGCACGGACATAACCTCGGCGGCTCCAGGCGTTTCCCTCC
AGAAAGCTCGCAGCTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATTGGCCG
ACATCTTCAAGGGGAAGAAAGTCGTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCGTACACAGGAGTCT
GCTCACAGCAGCATGTGCCAAGCTACAAGAGCCACATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCA
TTGACTCCGTCATCTGTGTCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACA
AGATTGGGGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTCCATAAAA
GCTTGGGGCTAGACAAGGATCTCTCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGT
CGGCATATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACT
TCAAGGTGTCAGGAGCAGAAGTCATTTTAG*ACAGATCTAACAAGTGTTTCAACAAGTTG
TTCTCTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATAAGTTGCGAGTGAAA*TAAGTTTGATCCG
AACATAACCAAAG*ATCACACCAAGTTTACA*CTCCACTTTTTCTTGGTTC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1E844JQ 733 0 0
TTTGAGATCGGCGGCGAATGTTTCCCCGATCGGAGTTTTATCAAGGGCTTTCTCAAAGCT
CTCTGAGGGCACGGACATAACCTCGGCGGCTCCAGGCGTTTCCCTCCAGAAAGCTCGCAG
CTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATTGGCCGACATCTTCAAGGG
GAAGAAAGTCGTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCGTACACAGGAGTCTGCTCACAGCAGCA
TGTGCCAAGCTACAAGAGCCACATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCATTGACTCCGTCAT
CTGTGTCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACAAGATTGGGGCCAA
AGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTCCATAAAAGCTTGGGGCTAGA
CAAGGATCTCTCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGTCGGCATATGTAGA
AGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACTTCAAGGTGTCAGG
AGCAGAAGTCATTTTAGGACAGATCTAACAAGTGTTTCAACAAGTTGTTCTCTGTCTCTG
TTGTTTCCTCTTTTATATAAGTTGCGAGTGAAAATAAGTTTGATCCGAACATAACCAAAG
GATCACACCAAGTTTACAACTCCACTTTTTCTTGGTTCTTGTTTTCTTTCAATAAAAAAT
GTGTTACTTCAG
T

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1EQ36JQ 410 0 0
G
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ATTTTGATGGGAAATTCCATAAAAGCTTGGGGCTAGACAAGGATCTTTTTGCTGCATTGC
TCGGCCCTCGGTTTGAGAGATGGTCGGCATATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGA
ACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACTTCAAGGTGTCAGGTGCAGAAGTCATTTTAGGACAGA
TCTAACAAGTGTTTCAACAAGTTGTTCTCTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATAAGTT
GCGAGTGAAAATAAGTTTGATCCGAACATAACCAAAGGATCACACCATGTTTACAACTCC
ACTTTTTCTTGGTTCTTGTTTTCTTTCAATAAAAA*TGTGTTACTTCAG

QA 2 410 2 410
DS 

RD RR1EQ36TF 410 0 0
G
ATACTATAAATGGTTGGGCAGACAAGATTGGGGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAG
ATTTTGATGGGAAATTCCATAAAAGCTTGGGGCTAGACAAGGATCTCTCTGCTGCATTGC
TCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGTCGGCATATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGA
ACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACTTCAAGGTGTCAGGTGCAGAAGTCATTTTAGGACAGA
TCTAACAAGTGTTTCAACAAGTTGTTCTCTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATAAGTT
GCGAGTGAAAATAAGTTTGATCCGAACATAACCAAAGGATCACACCATGTTTACAACTCC
ACTTTTTCTTGGTTCTTGTTTTCTTTCAATAAAAA*TGTGTTACTTCAG

QA 2 410 2 410
DS 

RD RR1CV42JQ 622 0 0
G
GCTCGCAGCTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATTGGCCGACATC
TTCAAGGGGAAGAAAGTCGTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCGTACACAGGAGTCTGCTCA
CAGCAGCATGTGCCAAGCTACAAGAGCCACATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCATTGAC
TCCGTCATCTGCGTCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACAAGATT
GGGGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGGTGGGAAATTCCATAAAAGCTTG
GGGCTAGACAAGGATCTTTCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGTCGGCA
TATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACTTCAAG
GTGTCAGGAGCAGAAGTCATTTTAGGACAGATCTAACAAGTGTTTCAACAAGTTGTTCTC
TGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATAAGTTGCGAGTGAAAATAAGTTTGATCCGAACAT
AACCAAAGGATCACACCAAGTTTACAACTCCACTTTTTCTTGGTTCTTGTTTTCTTTCAA
TAAAAAATGTGTTACTTCAG
C

QA 2 621 2 621
DS 

RD RR1CV42TF 520 0 0
GGACTTCCTGGCGCGTACACAGGAGTCTGCTCACAGCAGCATGTGCCAAGCTACAAGAGC
CACATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCATTGACTCCGTCATCTGCGTCTCTGTCAATGAT
CCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACAAGATTGGGGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTAT
GGAGATTTTGGTGGGAAATTCCATAAAAGCTTGGGGCTAGACAAGGAACTCTCTGCTGCA
TTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGTCGGCATATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCT
GTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACTTCAAGGTGTCAGGAGCAGAAGTCATTTTAGGA
CAGATCTAACAAGTGTTTCAACAAGTTGTTCTCTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATA
AGTTGCGAGTGAAAATAAGTTTGATCCGAACATAACCAAAGGATCACACCAAGTTTACAA
CTCCACTTTTTCTTGGTTCTTGTTTTCTTTCAATAAAAAA

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR1FA79JQ 712 0 0
ACGGACATAACCTCGGCGGCTCCAGGCGTTTCCCTCCAGAAAGCTCGCAGCTGGGACGAA
GGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATTGGCCGACATCTTCAAGGGGAAGAAAGTC
GTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCGTACACAGGAGTCTGCTCACAGCAGCATGTGCCAAGC
TACAAGAGCCACATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCATTGACTCCGTCATCTGTGTCTCT
GTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACAAGATTGGGGCCAAAGACTCTATT
GAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTCCATAAAAGCTTGGGGCTAGACAAGGATCTT
TCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGTCGGCATATGTAGAGGACGGCAAG
GTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAACCACCGTCTGACTTCAAGGTGTCAGGAGCAGAAGTC
ATTTTAGGACAGATCTAACAAGTGTTTCAACAAGTTGTTCTCTGTCTCTGTTGTTTCCTC
TTTTATATAAGTTGCGAGTGAAAATAAGTTTGATCCGAACATAACCAAAGGATCACACCA
AGTTTACAACTCCACTTTTTCTTGGTTCTTGTTTTCTTTCAATAAAAAATGTGTTACTTC
AGCAAATGTACATCATAACATGATAGAGTACTCCATTAGTTATTCTTTTCTT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 2 8

CO CL610Contig1 890 2 2 U
GTCTGAAACATCGTCGCCGAAGAAAGTGTCGCTGGGCCTGTACTACGAGTCTCTATGTCC
CTACTGCTCATCCTTCATCGTTAACCACCTCACGAAGCTCTTCGAAGAAGATCTAATATC
AATCGTCGATCTCCATCTCTCTCCCTGGGGTAACACCAAGCTCCGCTCCTCCTCCGATAA
TAATAATGTCACTGCCGTTTGCCAGCACGGTGCGTTTGAATGCTTATTGGATACAGTTGA
GGCTTGTGCGATCGATGCTTGGCCTAAATTGAGCGATCATTTCCCGTTTATCCTCTGCGT
TGAGGGTTTGGTGACTGAGCACAAGTACGACAAGTGGGAGACTTGTTATGATAAGCTCAA
TCTTAACTCTAAACCTGTTTCCGATTGCCTCAGCAGTGGACATGGAGACAAACTTGAGTT
GCAGTACGCTGCAGAAACGAGTCAGCTTCAGCCGCCTCATCAATACGTGCCCTGGGTGGT
TGTAGATGGTCAGCCTCTTCATGAGGATTATGAAAACTTCATAAGCTACATCTGCAAAGC
TTACAAAGGTAATAAAAAGCCTGCCGCATGTGCCAAATACTCATCCAGGAACTTCATTCG
GAGTGCCAAAGTGAATCGCTTCCCTCTGGTTTGCCGGAAAGGAGTCGATAACATGTGGGA
TTTTTTGGAACGTATCAAAACCTCTTTGTTGTCGTACATCGACGTCACAGGCCTGCTATA
AACACCCTTCTCTTTGTTTTATGATATGTAGCATGATTACTCTAAAAAGCTATATGGCTT
CTGAGATATGATGAATATGTATGTATTAACACAAAGTGTATGGTTGTTGCTCTTGCCTGT
TAGGTTGTGTGAAAGACCGGTTGATAATAAAGTCTCGGGGCCTTTGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BC33TF U 1
AF RR1BC33JQ C 299
BS 1 843 RR1BC33TF
BS 844 890 RR1BC33JQ

RD RR1BC33TF 851 0 0
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CTGAGATATGATGAATATGTATGTATTAACACAAAGTGTATGGTTGTTGCTCTTGCCTGT
TAG
TTGTGTGA

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DS 

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AATCTTAACTCTAAACCTGTTTCCGATTGCCTCAGCAGTGGACATGGAGACAAACTTGAG
TTGCAGTACGCTGCAGAAACGAGTCAGCTTCAGCCGCCTCATCAATACGTGCCCTGGGTG
GTTGTAGATGGTCAGCCTCTTCATGAGGATTATGAAAACTTCATAAGCTACATTTGCAAA
GCTTACAAAGGTAATAAAAAGCCTGCCGCATGTGCCAAATACTCATCCAGGAACTTCATT
CGGAGTGCCAAAGTGAATCGCTTCCCTCTGGTTTGCCGGAAAGGAGTCGATAACATGTGG
GATTTTTTGGAACGTATCAAAACCTCTTTGTTGTCGTACATCGACGTCACAGGCCTGCTA
TAAACACCCTTCTCTTTGTTTTATGATATGTAGCATGATTACTCTAAAAAGCTATATGGC
TTTTGAGATATGATGAATATGTATGTATTAACACAAAGTGTATGGTTGTTGCTCTTGCCT
GTTAGGTTGTGTGAAAGACCGGTTGATAATAAAGTCTCGGGGCCTTTGAATT

QA 1 592 1 592
DS 



CO CL610Contig2 1016 6 8 U
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CTTTGCATCATCGTACGATCTTTCTGGAACATCGTCGCCGAAGAAAGTGTCGCTGGGCCT
GTACTACGAGTCTCTATGTCCCTACTGCTCATCCTTCATCGTTAACCACCTCACGAAGCT
CTTCGAAGAAGATCTAATATCAATCGTCGATCTCCATCTCTCTCCCTGGGGTAACACCAA
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TATGGTTGTTGCTCTTGCCTGTTAGGTTGTGTGAAAGACCGGTTGATAATAAAGTCTCGG
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BQ
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AF RR1EY01TF U 5
AF RR1F596TF U 5
AF RR1DZ96TF U 1
AF RR1C068TF U 5
AF RR1EY01JQ C 379
AF RR1F596JQ C 479
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DS 

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CGCTCCTCCTCCGATAATAATAATGTCACTGCCGTTTGCCAGCACGGTCCGTTT*GAATG
CTTATTGGATACAGTTGAGGCTTGTGCGATCGATGCTTGGCCTAAATTGAGCGATCATTT
CCCGTTTATCCTCTGCGTTGAGGGTTTGGTGACTGAGCACAAGTACGACAAGTGGGAGAC
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QA 1 622 1 622
DS 

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CTTTGCATCATCGTACGATCTTTCTGGAACATCGTCGCCGAAGAAAGTGTCGCTGGGCCT
GTACTACGAGTCTCTATGTCCCTACTGCTCATCCTTCATCGTTAACCACCTCACGAAGCT
CTTCGAAGAAGATCTAATATCAATCGTCGATCTCCATCTCTCTCCCTGGGGTAACACCAA
GCTCCGCTCCTCCTCCGATAATAATAATGTCACTGCCGTTTGCCAGCACGGTGCGTTT*G
AATGCTTATTGGATACAGTTGAGGCTTGTGCGATCGATGCTTGGCCTAAATTGAGCGATC
ATTTCCCGTTTATCCTCTGCGTTGAGGGTTTGGTGACTGAGCACAAGTACGACAAGTGGG
AGACTTGTTATGAGAAGCTCAATCTTAACTCTAAAACTGTTTCCGATTGCCTCAGCAGTG
GACATGGAGACAAGCTTGAGTTGCAGTATGCTGCAGAAACGAGTGCACTTCAGCCGCCTC
ATCAATACGTGCCCTGGGTAGTGGTAGATGGTCAGCCACTTTATGAGGATTATGAAAACT
TCATAAGCTACATCTGCAAAGCTTACAAAGGTAATAAAAAGCCTGGCGCATGTGCCAAAT
ACACATCCAGAAAGTTCATTCGAAGTGCCAAAGTGAATCGCTTCCC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1C068TF 720 0 0
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GCATCATCGTACGATCTTTCTGGAACATCGTCGCCGAAGAAAGTGTCGCTGGGCCTGTAC
TACGAGTCTCTATGTCCCTACTGCTCATCCTTCATCGTTAACCACCTCACGAAGCTCTTC
GAAGAAGATCTAATATCAATCGTCGATCTCCATCTCTCTCCCTGGGGTAACACCAAGCTC
CGCTCCTCCTCCGATAATAATAATGTCACTGCCGTTTGCCAGCACGGTGCGTTT*GAATG
CTTATTGGATACAGTTGAGGCTTGTGCGATCGATGCTTGGCCTAAATTGAGCGATCATTT
CCCGTTTATCCTCTGCGTTGAGGGTTTGGTGACTGAGCACAAGTACGACAAGTGGGAGAC
TTGTTATGAGAAGCTCAATCTTAACTCTAAAACTGTTTCCGATTGCCTCAGCAGTGGACA
TGGAGACAAGCTTGAGTTGCAGTATGCTGCAGAAACGAGTGCACTTCAGCCGCCTCATCA
ATACGTGCCCTGGGTAGTGGTAGATGGTCAGCCACTTTATGAGGATTATGAAAACTTCAT
AAGCTACATCTGCAAAGCTTACAAAGGTAATAAAAAGCCTGGCGCATGTGCCAAATACAC
ATCCAGAAAGTTCATTCGAAGTGCCAAAGTGAATCGCTTCCCTCTGGTTTGCCGGAA
GGA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1EY01JQ 594 0 0
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TCAATCTTAACTCTAAAACTGTTTCCGATTGCCTCAGCAGTGGACATGGAGACAAGCTTG
AGTTGCAGTATGCTGCAGAAACGAGTGCACTTCAGCCGCCTCATCAATACGTGCCCTGGG
TGGTGGTAGATGGTCAGCCACTTTATGAGGATTATGAAAACTTCATAAGCTACATCTGCA
AAGCTTACAAAGGTAATAAAAAGCCTGGCGCATGTGCCAAATACACATCCAGAAAGTTCA
TTCGAAGTGCCAAAGTGAATCGCTTCCCTCTGGTTTGCCGGAAAGGAGTCAATAACATGT
GGGGTTTTTTGGAACGTATCAAAACCTCTTTGTTGTCGTACATCGACGTCACAGGCCTGC
TATAGACACCCTTCTCTTTGTTTTATGATATGTAGCATGATTACTCTAAAAAGCTATATG
GCTTCTGAGATATGATGAATATGTATGTATTAACACAAAGTGTATGGTTGTTGCTCTTGC
CTGTTAGGTTGTGTGAAGGACCGGTTGATAATAAAGTCTCGGGGCCTTTGAATT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1F596JQ 538 0 0
TGGACATGGAGACAAGCTTGAGTTGCAGTATGCTGCAGAAACGAGTGCACTTCAGCCGCC
TCATCAATACGTGCCCTGGGTAGTGGTAGATGGTCAGCCACTTTATGAGGATTATGAAAA
CTTCATAAGCTACATCTGCAAAGCTTACAAAGGTAATAAAAAGCCTGGCGCATGTGCCAA
ATACACATCCAGAAAGTTCATTCGAAGTGCCAAAGTGAATCGCTTCCCTCTGGTTTGCCG
GAAAGGAGTCAATAACATGTGGGGTTTTTTGGAACGTATCAAAACCTCTTTGTTGTCGTA
CATCGACGTCACAGGCCTGCTATAGACACCCTTCTCTTTGTTTTATGATATGTAGCATGA
TTACTCTAAAAAGCTATATGGCTTCTGAGATATGATGAATATGTATGTATTAACACAAAG
TGTATGGTTGTTGCTCTTGCCTGTTAGGTTGTGTGAAAGACCGGTTGATAATAAAGTCTC
GGGGCCTTTGAATTATTCGTTGTTTCTGCTTCTGGCTGGCACCTGATGATTGGTCCGC

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 8

CO CL611Contig1 809 8 6 U
GGATGGTGGATCCGGATAATAATTGGAGCCACCCCCTCTACCTGAAAAACACGACCAAAA
ACTTTTCTTCCTCTTCCAATCTTCTCTCTATACACACTCTCTCTCTCTAATCGTTCCTTA
TCATCTTTATCTCGATT*CCGTCTACGATGAGCTCGGAGGAAGCCAAGGTCGTTGTGCCA
AGGAACTTTAGGTTGTTGGAAGAGCTAGAGAGAGGAGAGAAAGGTATCGGAGATGGTACG
GTAAGCTATGGAATGGACGACGCTGATGATATCTATATGCAATCCTGGACTGGCACTATT
CTCGGCCCTCATAATACTGCATACGATGGGAAAATCTTCCAGCTCAAGCTCTTCTGTGGT
AAGGAATACCCAGAGTGTCCACCAAGTGTCAAGTTCCAGACCCGGATTAACATGGCCTGC
GTTAACCCTCAGACTGGAGTGGTTGAACCGAGTCTCTTTCCTATGCTCGCTAACTGGCGC
CGAGAATACACAATGGAGGACATTCTGGTTAAACTTAAAAAAGAAATGATGACTTCACAT
AACCGCAAGTTAGCTCAACCCCCGGAAGGTACCGAGGAAGCTAGGGCAGATCCAAAGGGA
CCAGCTAAATGCTGTGTGATGTGAAGAGAGAAGTTGGGG*CTGTCAACAATTTGTATTAA
TATAAGAGACAATGTATATAAAACATCATTTGAATCTTTTGAAAATTGCCTACAACTTAA
ATGTCACAGTGTTGTTTGAGAGATTATTATATATGTATAAACCAATAACAGGTAATGATC
ATCCTAATAAATCTTCTCTTTCATAGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 10 10 10 

AF RR1E569TF U 49
AF RR1GI78TF U 49
AF RR1BA29TF U 1
AF RR1EO27TF U 50
AF RR1GI78JQ C 459
AF RR1A550TF U 111
AF RR1DX38TF U 110
AF RR1EO27JQ C 159
BS 1 234 RR1BA29TF
BS 235 235 RR1E569TF
BS 236 639 RR1BA29TF
BS 640 640 RR1E569TF
BS 641 806 RR1BA29TF
BS 807 809 RR1EO27JQ

RD RR1E569TF 719 0 0
GG
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TACAACTTAAATGTCACAGTGTTGTTTGAGAGAT*ATTATATATGTATAAACCAATA

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR1GI78TF 719 0 0
GG
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TGGCACTATTCTCGGCCCTCATAATACTGCATACGATGGGAAAATCTTCCAGCTCAAGCT
CTTCTGTGGTAAGGAATACCCAGAGTGTCCACCAAGTGTCAAGTTCCAGACCCGGATTAA
CATGGCCTGCGTTAACCCTCAGACTGGAGTGGTTGAACCGAGTCTCTTTCCTATGCTCGC
TAACTGGCGCCGAGAATACACAATGGAGGACATTCTGGTTAAACTTAAAAAAGAAATGAT
GACTTCACATAACCGCAAGTTAGCTCAACCCCCGGAAGGTACCGAGGAAGCTAGGGCAGA
TCCAAAGGGACCAGCTAAATGCTGTGCGATGTGAAGAGAGAAGTTGGGG*CTGTCAACAA
TTTGTATTAATATAAGAGACAATGTATATAAAACATCATTTGAATCTTTTGAAAATTGCC
TACAACTTAAATGTCACAGTGTTGTTTGAGAGATTATTATATATGTATAAACCAATA

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR1BA29TF 806 0 0
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TCATCTTTATCTCGATT*CCGTCTACGATGAGCTCGGAGGAAGCCAAGGTCGTTGTGCCA
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CTCGGCCCTCATAATACTGCATACGATGGGAAAATCTTCCAGCTCAAGCTCTTCTGTGGT
AAGGAATACCCAGAGTGTCCACCAAGTGTCAAGTTCCAGACCCGGATTAACATGGCCTGC
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CGAGAATACACAATGGAGGACATTCTGGTTAAACTTAAAAAAGAAATGATGACTTCACAT
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CCAGCTAAATGCTGTGTGATGTGAAGAGAGAAGTTGGGGGCTGTCAACAATTTGTATTAA
TATAAGAGACAATGTATATAAAACATCATTTGAATCTTTTGAAAATTGCCTACAACTTAA
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QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1EO27TF 760 0 0
G
ACGACCAAAAACTTTTCTTCCTCTTCCAATCTTCTCTCTATACACACTCTCTCTCTCTAA
TCGTTCCTTATCATCTTTATCTCGATT*CCGTCTACGATGAGCTCGGAGGAAGCCAAGGT
CGTTGTGCCAAGGAACTTTAGGTTGTTGGAAGAGCTAGAGAGAGGAGAGAAAGGTATCGG
AGATGGTACGGTAAGCTATGGAATGGACGACGCTGATGATATCTATATGCAATCCTGGAC
TGGCGCTATTCTCGGCCCTCATAATACTGCATACGATGGGAAAATCTTCCAGCTCAAGCT
CTTCTGTGGTAAGGAATACCCAGAGTGTCCACCAAGTGTCAAGTTCCAGACCCGGATTAA
CATGGCCTGCGTTAACCCTCAGACTGGAGTGGTTGAACCGAGTCTCTTTCCTATGCTCGC
TAACTGGCGCCGAGAATACACAATGGAGGACATTCTGGTTAAACTTAAAAAAGAAATGAT
GACTTCACATAACCGCAAGTTAGCTCAACCCCCGGAAGGTACCGAGGAAGCTAGGGCAGA
TCCAAAGGGACCAGCTAAATGCTGTGTGATGTGAAGAGAGAAGTTGGGG*GTGTCAACAA
TTTGTATTAATATAAGAGACAATGTATATAAAACATCATTTGAATCTTTTGAAAATTGCC
TACAACTTAAATGTCACAGTGTTGTTTGAGAGATTATTATATATGTATAAACCAATAACA
GGTAATGATCATCCTAATAAATCTTCTCTTTCATAG
TGC

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR1GI78JQ 350 0 0
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G*CTGTCAACAATTTGTATTAATATAAGAGACAATGTATATAAAACATCATTTGAATCTT
TTGAAAATTGCCTACAACTTAAATGTCACAGTGTTGTTTGAGAGATTATTATATATGTAT
AAACCAATAACAGGTAATGATCATCCTAATAAATCTTCTCTTTCATAG
TT

QA 1 348 1 348
DS 

RD RR1A550TF 696 0 0
GG
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TTGTGCCAAGGAACTTTAGGTTGTTGGAAGAGCTAGAGAGAGGAGAGAAAGGTATCGGAG
ATGGTACGGTAAGCTATGGAATGGACGACGCTGATGATATCTATATGCAGTCCTGGACTG
GCACTATTCTCGGCCCTCATAATACTGCATACGATGGGAAAATCTTCTAGCTCAAGCTCT
TCTGTGGTAAGGAATACCCAGAGAGTCCACCAAGTGTCAAGTTCCAGACCCGGATTAACA
TGGCCTGCGTTAACCCTCAGACTGGAGTGGTTGAACCGAGTCTCTTCCCTATGCTCGCTA
ACTGGCGCCGAGAATACACAATGGAGGACATTCTGGTTAAACTTAAAAAAGAAATGATGA
CTTCACATAACCGCAAGTTAGCTCAACCCCCGGAAGGTACCGAGGAAGCTAGGGCAGATC
CAAAGGGACCAGCTAAATGCTGTGTGATGTGAAGAGAGAAGTTGGGG*CTGTCAACAATT
TGTATTAATATAAGAGACAATGTATATAAAACATCATTTGAATCTTTTGAAAATTGCCTA
CAACTTAAATGTCACAGTGTTGTTTGAGAGATTATTATATATGTATAAACCAATAACAGG
TAATGATCATCCTAATAAATCTTCTCTTTCATAG

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR1DX38TF 692 0 0
GGG
GTTCCTTATCATCTTTATCTCGATTTCCGTCTACGATGAGCTCGGAGGAAGCCAAGGTCG
TTGTGCCAAGGAACTTTAGGTTGTTGGAAGAGCTAGAGAGAGGAGAGAAAGGTATCGGAG
ATGGTACGGTAAGCTATGGAATGGACGACGCTGATGATATCTATATGCAGTCCTGGACTG
GCACTATTCTCGGCCCTCATAATACTGCATACGATGGGAAAATCTTCCAGCTCAAGCTCT
TCTGTGGTAAGGAATACCCAGAGAGTCCACCAAGTGTCAAGTTCCAGACCCGGATTAACA
TGGCCTGCGTTAACCCTCAGACTGGAGTGGTTGAACCGAGTCTCTTCCCTATGCTCGCTA
ACTGGCGCCGAGAATACACAATGGAGGACATTCTGGTTAAACTTAAAAAAGAAATGATGA
CTTCACATAACCGCAAGTTAGCTCAACCCCCGGAAGGTACCGAGGAAGCTAGGGCAGATC
CAAAGGGACCAGCTAAATGCTGTGTGATGTGAAGAGAGAAGTTGGGG*CTGTCAACAATT
TGTATTAATATAAGAGACAATGTATATAAAACATCATTTGAATCTTTTGAAAATTGCCTA
CAACTTAAATGTCACAGTGTTGTTTGAGAGATTATTATATATGTATAAACCAATAACAGG
TAATGATCATCCTAATAA*TCTTCTCTTT

QA 4 692 4 692
DS 

RD RR1EO27JQ 651 0 0
GGAAGCCAAGGTCGTTGTGCCAAGGAACTTTAGGTTGTTGGAAGAGCTAGAGAGAGGAGA
GAAAGGTATCGGAGATGGTACGGTAAGCTATGGAATGGACGACGCTGATGATATCTATAT
GCAATCCTGGACTGGCGCTATTCTCGGCCCTCATAATACTGCATACGATGGGAAAATCTT
CCAGCTCAAGCTCTTCTGTGGTAAGGAATACCCAGAGTGTCCACCAAGTGTCAAGTTCCA
GACCCGGATTAACATGGCCTGCGTTAACCCTCAGACTGGAGTGGTTGAACCGAGTCTCTT
TCCTATGCTCGCTAACTGGCGCCGAGAATACACAATGGAGGACATTCTGGTTAAACTTAA
AAAAGAAATGATGACTTCACATAACCGCAAGTTAGCTCAACCCCCGGAAGGTACCGAGGA
AGCTAGGGCAGATCCAAAGGGACCAGCTAAATGCTGTGTGATGTGAAGAGAGAAGTTGGG
G*GTGTCAACAATTTGTATTAATATAAGAGACAATGTATATAAAACATCATTTGAATCTT
TTGAAAATTGCCTACAACTTAAATGTCACAGTGTTGTTTGAGAGATTATTATATATGTAT
AAACCAATAACAGGTAATGATCATCCTAATAAATCTTCTCTTTCATAGTGC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 2 9

CO CL612Contig1 830 7 5 U
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ATGTTTTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCACCGCAAACGCCGGACCA
GTTCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGCGGCAGTTACTACGCTATCTCCGTCATC
AGGGGCGCTGGAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTC
TTTATCGGACAGGAGCGTTCAGATCTCAGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTTTCAAACTGG
AGGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCGAGATGGATGTCGAA
CCTACGTTCTGCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCCCCCAGTCCCTGGAGA
TCGTTGTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGT
TTCTTCCAGATCAAGAAAACTAGTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGG
GACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTT
ATAGGCTCTACCCCACCATTCGCTAGCCCATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAG
ATAGAGACTTCATCCAAGATTATGTCTATTATCTGAGAGAAATAAAGACCACTTAATGAA
GAGGATAAGAGTTATAACTTTACGTCTAATAATAAAACTCTTTCCCTTTATGCTGTTTTC
TTTGTTCGTCGATCATCATCATCATCGTATCTGGAATAAAAACAATTTTA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G572TF U 9
AF RR1F346TF U 1
AF RR1BG84TF U 1
AF RR1E671TF U 1
AF RR1F346JQ C 371
AF RR1BG84JQ C 34
AF RR1G572JQ C 371
BS 1 324 RR1BG84TF
BS 325 325 RR1G572TF
BS 326 697 RR1BG84TF
BS 698 700 RR1E671TF
BS 701 830 RR1BG84JQ

RD RR1G572TF 592 0 0
GG
AACATTCAAATCTCATCAACTAAATAAACTCAAAAAAAAAGATGAATCCTATGTTTTACT
TCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCACCGCAAACGCCGGACCAGTTCTCGACG
TGAATGGTGATATCATATTCGGCGGCAGTTACTACGCTATCTCCGTCATCAGGGGCGCTG
GAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTCTTTATCGGAC
AGGAGCGTTCAGATCTCAGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTTTCAAACTGGAGGTCTAGAG
TTGGGTTCGTCCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCGAGATGGATGTCGAACCTACGTTCT
GCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCCCCCAGTCCCTGGAGATCGTTGTTCA
TAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTTTCTTCCAGA
TCAAGAAAACTAGTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGGACGGTAACG
ATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTT

QA 3 592 3 592
DS 

RD RR1F346TF 617 0 0
GGATCCAGGTAACATTCAAATCTCATCAACTAAACAAACTCAAAAAAAAAGATGAATCCT
ATGTTTTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCACCGCAAACGCCGGACCA
GTTCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGCGGCAGTTACTACGCTATCTCCGTCATC
AGGGGCGCTGGAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTC
TTTATCGGACAGGAGCGTTCAGATCTCAGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTTTCAAACTGG
AGGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCGAGATGGATGTCGAA
CCTACGTTCTGCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCCCCCAGTCCCTGGAGA
TCGTTGTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGT
TTCTTCCAGACCAAGAAAACTATTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGG
GACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTT
ATAGGCTCTACCCCACC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1BG84TF 697 0 0
GGATCCAGGTAACATTCAAATCTCATCAACTAAATAAACTCAAAAAAAAAGATGAATCCT
ATGTTTTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCACCGCAAACGCCGGACCA
GTTCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGCGGCAGTTACTACGCTATCTCCGTCATC
AGGGGCGCTGGAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTC
TTTATCGGACAGGAGCGTTCAGATCTCAGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTTTCAAACTGG
AGGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCCC*AATCAGAGAACCTCAACATCGAGATGGATGTCGAA
CCTACGTTCTGCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCCCCCAGTCCCTGGAGA
TCGTTGTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGT
TTCTTCCAGATCAAGAAAACTAGTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGG
GACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTT
ATAGGCTCTACCCCACCATTCGCTAGCCCATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAG
ATAGAGACTTCATCCAAGATTATGTCTATTATCTGAG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1E671TF 718 0 0
GGATCCAGGTAACATTCAAATCTCATCAACTAAATAAACTCAAAAAAAA*GATGAATCCT
ATGTTTTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCACCGCAAACGCCGGACCA
GTTCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGCGGCAGTTACTACGCTATCTCCGTCATC
AGGGGCGCTGGAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTC
TTTATCGGACAGGAGCGTTCAGATCTCAGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTTTCAAACTGG
AGGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCGAGATGGATGTCGAA
CCTACGTTCTGCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCCCCCAGTCCCTGGAGA
TCGTTGTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGT
TTCTTCCAGATCAAGAAAACTAGTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGG
GACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTT
ATAGGCTCTACCCCACCATTCGCTAGCCCATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAG
ATAGAGACTTCATCCAAGATTATGTCTATTATCTGAGAGA
ATAAAGACCACTTAATGA

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DS 

RD RR1F346JQ 319 0 0
GCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCCCCCAGTCCCTGGAGATCGTTGTTCA
TAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTTTTTTCCAGA
CCAAGAAAACTATTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGGACGGTAACG
ATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTTATAGGCTCTA
CCCCCCCATTCGCTAGCCCATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAGATAGAGACTT
CATCCAAGATTATGT
TTAT

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR1BG84JQ 797 0 0
AT
AAACTCAAAAAAAAAGATGAATCCTATGTTTTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTT
GGCTGCCACCGCAAACGCCGGACCAGTTCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGCGG
CAGTTACTACGCTATCTCCGTCATCAGGGGCGCTGGAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCC
CCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTCTTTATCGGACAGGAGCGTTCAGATCTCAGGAGGGG
CATTCCCGTGAAATTTTCAAACTGGAGGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCCC*AATCAGAGAA
CCTCAACATCGAGATGGATGTCGAACCTACGTTTTGCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGT
CACTCCAGCCCCCAGTCCCTGGAGATCGTTGTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGC
TGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTTTCTTCCAGATCAAGAAAACTAGTGAAAACCCTAA
CGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGGACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGA
GGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTTATAGGCTCTACCCCACCATTCGCTAGCCCATTCGA
GGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAGATAGAGACTTCATCCAAGATTATGTCTATTATCTG
AGAGAAATAAAGACCACTTAATGAAGAGGATAAGAGTTATAACTTTACGTCTAATAATAA
AACTCTTTCCCTTTATGCTGTTTTCTTTGTTCGTCGATCATCATCATCATCGTATCTGGA
ATAAAAACAATTTTA

QA 3 797 3 797
DS 

RD RR1G572JQ 444 0 0
GCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCCCCCAGTCCCTGGAGATCGTTGTTCA
TAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTTTCTTCCAGA
TCAAGAAAACTAGTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGGACGGTAACG
ATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTTATAGGCTCTA
CCCCCCCATTCGCTAGCCCATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAGATAGAGACTT
CATCCAAGATTATGTCTATTATCTGAGAGAAATAAAGACCACTTAATGAAGAGGATAAGA
GTTATAACTTTACGTCTAATAATAAAACTCTTTCCCTTTATGCTGTTTTCTTTGTTCGTC
GATCATCATCATCATCGTATCTGG

QA 1 444 1 444
DS 



CO CL612Contig2 558 2 3 U
GCTCGGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTCTCAAACTGGAGGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCC
CGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATGTCGAACCTACGTTCTGCGCTGAGTCAAC
TTATTGGTGGGTCACTCCAGCTCCCAGCCCCTGGAGATCGTATTTCATAGCGGTTGGTCC
TAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGATTTTCTTCCAGATCAAGAAAACTAG
TGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGGACGGTAACGATTGCACCGATGT
CGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTTATAGGCTCTACCCCACCATTCGC
TAGCCCATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAGATAGAGACTTCATCCAAGATTAT
GTCTATTATCTGAGAGAGGATAAGAGGATAAGAGTTATAACTTACGTCTAATAATAAAAC
TCTTTCCCTTTATGCTGTTTTCTTTGTTCGTAGATCATCATCATCATCGTATCTGGAATA
AAAACAATTTTACTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ18JQ C 1
AF RR1BQ18TF U 1
BS 1 5 RR1BQ18JQ
BS 6 552 RR1BQ18TF
BS 553 558 RR1BQ18JQ

RD RR1BQ18JQ 558 0 0
GCTCGGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTCTCAAACTGGAGGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCC
CGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATGTCGAACCTACGTTTTGCGCTGAGTCAAC
TTATTGGTGGGTCACTCCAGCTCCCAGCCCCTGGAGATCGTATTTCATAGCGGTTGGTCC
TAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGATTTTCTTCCAGATCAAGAAAACTAG
TGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGGACGGTAACGATTGCACCGATGT
CGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTTATAGGCTCTACCCCACCATTCGC
TAGCCCATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAGATAGAGACTTCATCCAAGATTAT
GTCTATTATCTGAGAGAGGATAAGAGGATAAGAGTTATAACTTACGTCTAATAATAAAAC
TCTTTCCCTTTATGCTGTTTTCTTTGTTCGTAGATCATCATCATCATCGTATCTGGAATA
AAAACAATTTTACTGTCC

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1BQ18TF 558 0 0
GCTCG
GGAGGGGCATTCCCGTGAAATTCTCAAACTGGAGGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCCCGAAT
CAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATGTCGAACCTACGTTCTGCGCTGAGTCAACTTATT
GGTGGGTCACTCCAGCTCCCAGCCCCTGGAGATCGTATTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGC
CAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGATTTTCTTCCAGATCAAGAAAACTAGTGAAA
ACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGGACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTA
GAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTTATAGGCTCTACCCCACCATTCGCTAGCC
CATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAGATAGAGACTTCATCCAAGATTATGTCTA
TTATCTGAGAGAGGATAAGAGGATAAGAGTTATAACTTACGTCTAATAATAAAACTCTTT
CCCTTTATGCTGTTTTCTTTGTTCGTAGATCATCATCATCATCGTATCTGGAATAAAAAC
AATTTTA
CTGTCC

QA 6 552 6 552
DS 



AS 1 9

CO CL613Contig1 841 9 4 U
TGGAATAAACAAGAAAATAAAATACTCCATATGATATTAAAAATAAAAATGGTCACAAGA
GAGAGAGATACGTTCTTAGAAAATTTCAAGAGAAGGTAACAACAATAAATGCTGAAGAAA
AGAGAGACGAAGAGTGTATCAAAACCAGATCAAAGAGGTGCCTTGCGAAACAAGAAAGAG
ACCTTTCTTTCTCCCCTCAAAGCAGATCAGCAACGTTGGAAGGAAGCTCCTCAACAACAA
CGTTGTAAAACTTCTGGATATCAAACAGCATCCTCTCATCATCCTTGGTCACAAAGTTGA
TCGCCACACCTTTCCTCCCGAACCTCCCACTCCTTCCAATACGGTGAAGGTAGTTCTCAG
GCTGAGTCGGCAAATCATAGTTGATGACCAAGGACACTTGCTGGACATCGATACCACGAG
CCAAGAGGTCAGTGGTGATGAGCACACGGGAGGAGCCGGACCTGAACTCCCTCATGATGA
TGTCTCTCGTGTTCTGGTCCATGTCTCCGTGAGTCGCCGAGACAGTGTGGTCGCGACCTC
TCATCTTGTCGGTGAGCCAGTCCACCTTCCTCCTGGTGTTCACGAAGATGACGCTCTGAG
TGATGGCTAGAGTCTCGTAGAGGTCGCAGAGCGTCTCGAGCTTCCAGTCTTCCTTCTCAA
CGTTGACGTAGAACTGCTTGATACCTTCTAGGGTGAGCTCGTCACGCTTCACCAGGATTC
TCACTGGCTTGCTCATGAACTTCCTTGTGATCTCGAGAGCTTCTGGTGGCATTGTTGCAG
AGAAGACACCTACTTGGATCTTAGGTGGGAGAAGCTGGAAGATGTCATAGATCTGGTCTT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 40 40 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1C055JQ U 7
AF RR1C055TF C 7
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AF RR1CR29TF C 4
AF RR1AZ45TF C 1
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C

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C

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C

QA 3 798 3 798
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AS 2 9

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 40 40 40 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS45TF U 1
AF RR1H713TF U 54
AF RR1E755TF U 13
AF RR1DQ52TF U 174
AF RR1CS45JQ C 48
AF RR1DQ52JQ C 185
AF RR1H713JQ C 77
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BS 136 136 RR1E755TF
BS 137 661 RR1CS45TF
BS 662 668 RR1E755TF
BS 669 671 RR1DQ52TF
BS 672 696 RR1E755TF
BS 697 697 RR1DQ52TF
BS 698 728 RR1E755TF
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BS 753 756 RR1E755TF
BS 757 831 RR1DQ52TF
BS 832 860 RR1CS45JQ

RD RR1CS45TF 661 0 0
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AAACCATTTGTGTTCCGCTCTTGTTCTTCTTTGGCTGAGAGGCAATGGCGGAGGAGCAAA
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CTGCTCCGGTGGAAGTTTCAAAAGACGTGGCGGAGGAGAAAGTTCATACTCCACTTCCCG
ACGAGTCCAAAGCTCTTACCGTTGTTGAAAAACCCATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAAA
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CTTCATTCATCAAAGCATGGGAAGAGAGTGAGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAAA
AGAAGATATCTGATGTGCTTGCTTGGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAAC
TCAGGAAGATTGAAGAGAAACTAGAGAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGA
ACAAAGTGGCATCTATTCACAAGGAAGCAGAAGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAA
AGGGAGAAGAGCTTCTCAAAGCTGAAGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTCG
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1H713TF 611 0 0
GGGAAG
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AAGACGGCTAAAGTTGACGTAGAATCTCCTGCGGTTGTAGCTCCGGCGAAGGAACCTACT
CCTGCTCCGGTGGAAGTTTCAAAAGACGTGGCGGAGGAGAAAGTTCATACTCCACTTCCC
GACGAGTCCAAAGCTCTTACCGTTGTTGAAAAACCCATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAA
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CTCAGGAAGATTGAAGAGAAACTAGAGAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAG
AACAAAGTGGCATCTATTCACAAGGAAGCAGAAGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAGCTAAA
AAGGGAGAAGAGCTTCTCAAAGCTGAAGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTC
GTTCC

QA 7 611 7 611
DS 

RD RR1E755TF 754 0 0
GG
AAAAATAGTTTTGTTTAATTCTCTGGAAGGAAATAAAAAAAAA*GGAAACCATTTGTGTT
CCGCTCTTGTTCTTCTTTGGCTGAGAGGCAATGGCGGAGGAGCAAAAGACGGCTAAAGTT
GACGTAGAATCTCCTGCGGTTGTAGCTCCGGCGAAGGAACCTACTCCTGCTCCGGTGGAA
GTTTCAAAAGACGTGGCGGAGGAGAAAGTTCATACTCCACTTCCCGACGAGTCCAAAGCT
CTTACCGTTGTTGAAAAACCCATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAAAGTTCAGCTGGTTCG
GTTGATAGAGATGTGAAGCTTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAA
GCATGGGAAGAGAGTGAGAGGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAAAAGAAGATATCTGAT
GTGCTTGCTTGGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAACTCAGGAAGATTGAA
GAGAAACTAGAGAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCATCT
ATTCACAAGGAA*CAGAAGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAAAGGGAGAAGAGCTT
CTCAAAGCTGAAGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTCGTTCCCAAGC**ACC
TGTGGATGTTTCTAAGTCTTTT*ATTTAATATGTTTCTCATGTCATTGTTTGTA*TACTT
CCTCTCTC*TTTTTTTTGTGTG
ATCAGTACCT

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1DQ52TF 663 0 0
G
CTACTCCTGCTCCGGTGGAAGTTTCAAAAGACGTGGCGGAGGAGAAAGTTCATACTCCAC
TTCCCGACGAGTCCAAAGCTCTTACCGTTGTTGAAAAACCCATTGAGGAGCCCACACCAA
AGAAAAGTTCAGCTGGTTCGGTTGATAGAGATGTGAAGCTTTCAGACTTGGAAAAGGAGA
AGAAAACTTCATTCATCAAAGCATGGGAAGAGAGTGGGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGG
CACAAAAGAAGATATCTGATGTGCTTGCTTGGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAG
CTCAACTCAGGAAGATTGAAGAGAAACTAGAGAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAA
TGAAGAACAAAGTGGCATCTATTCACAAGGAAGCAGAAGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAG
CTAAAA*GGGAGAAGAGCTTCTCAAAGCTGAAGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTG
GTGTCGTTCCCAAGGCAACCTGTGGATGTTTCTAAGTCTTTTTATTTAATATGTTTCTCA
TGTCATTGTTTGTAATACTTCCTCTCTCCTTTTTTTT*TGTGTGATTCAGTTACCTTTTA
TAGTTGGTTTTTGTTTGTTTGCTGTCTTGTTTATATATTTGGTGATTTTGTATAAAA
GACAT

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DS 

RD RR1CS45JQ 813 0 0
AATAAAAAAAAA
GAAACCATTTGTGT*CCGCTCTTGTTCTTCTTTGGCTGAGAGGCAATGGCGGAGGAGCAA
AAGACGGCTAAAGTTGGCGTAGAATCTC*TGCGGTTGTAGCTCCGGCGAAGGAACCTACT
CCTGCTCCGGTGGAAGTTTCAAAAGACGTGGCGGAGGAGAAAGTTCATACTCCACTTCCC
GACGAGTCCAAAGCTCTTACCGTTGTTGAAAAACCCATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAA
AGTTCAGCTGGTTCGGTTGATAGAGATGTGAAGCTTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAA
ACTTCATTCATCAAAGCATGGGAAGAGAGTGAGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAA
AAGAAGATATCTGATGTGCTTGCTTGGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAA
CTCAGGAAGATTGAAGAGAAACTAGAGAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAG
AACAAAGTGGCATCTATTCACAAGGAAGCAGAAGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAGCTAAA
AAGGGAGAAGAGCTTCTCAAAGCTGAAGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTC
GTTCCCAAGGCAACCTGTGGATGTTTCTAAGTCTTTTTATTTAATATGTTTCTCACGTCA
TTGTTTGTAATACTTCCTCTCTCCTTTTTTTTTTGTGTGATTCAGTTACCTTTTATAGCT
GGTTTTTGTTTGTTTGCTGTCTTGTTTATATATTTGGTGATTTTGTATAAAAAGACATCA
AGGTTAAAGATATTATGTATT

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DS 

RD RR1DQ52JQ 673 0 0
TCCGGTGGAAGTTTCAAAAGACGTGGCGGAGGAGAAAGTTCATACTCCACTTCCCGACGA
GTCCAAAGCTCTTACCGTTGTTGAAAAACCCATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAAAGTTC
AGCTGGTTCGGTTGATAGAGATGTGAAGCTTTCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAACTTC
ATTCATCAAAGCATGGGAAGAGAGTGGGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAAAAGAA
GATATCTGATGTGCTTGCTTGGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAACTCAG
GAAGATTGAAGAGAAACTAGAGAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAA
AGTGGCATCTATTCACAAGGAAGCAGAAGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAA*GGG
AGAAGAGCTTCTCAAAGCTGAAGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTCGTTCC
CAAGGCAACCTGTGGATGTTTCTAAGTCTTTTTATTTAATATGTTTCTCATGTCATTGTT
TGTAATACTTCCTCTCTCCTTTTTTTT*TGTGTGATTCAGTTACCTTTTATAGTTGGTTT
TTGTTTGTTTGCTGTCTTGTTTATATATTTGGTGATTTTGTATAAAAAGACATCAAGGTT
AAAGATAT
TATGC

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DS 

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CGCTCTTG
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CTCCTGCGGTTGTAGCTCCGGCGAAGGAACCTACTCCTGCTCCGGTGGAAGTTTCAAAAG
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TTGAAAAACCCATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAAAGTTCAGCTGGTTCGGTTGATAGAG
ATGTGAAGCTTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAAGCATGGGAAG
AGAGTGAGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAAAAGAAGATATCTGATGTGCTTGCTT
GGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAACTCAGGAAGATTGAAGAGAAACTAG
AGAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCATCTATTCACAAGG
AAGCAGAAGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAAAGGGAGAAGAGCTTCTCAAAGCTG
AAGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTCGTTCCCAAGGCAACCTGTGGATGTT
CCTAAGTCTTTTTATTTAATATGTTTCTCATGTCATTGTTTGTAATACTTCCTCTCTCCT
TTTTTTT*TGTGTGATTCAGTTACCTTTTATAGTTGGTTTTTGTTTGTTTGCTGTCTTGT
TTATATATTTGGTGATTTTGTATAAAAAGACATCAAGGTTAAAGATAT

QA 9 776 9 776
DS 



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AGAGATGTGAAGCTTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAAGCATGG
GAAGAGAGTGAGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAAAAGAAGATATCTGATGTGCTT
GCTTGGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAACTCAGGAAGATTGAAGAGAAA
CTAGAGAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCGGCTATTCAC
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TCCTTTTTTGTGTGATTCAGTTATCTTTTATAGTTGGTTTTTGTTTGTTTGCTGTCTTGT
TTATATATTTGGTGATTTTGT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E085TF U 1
AF RR1E085JQ C 3
BS 1 669 RR1E085TF
BS 670 741 RR1E085JQ

RD RR1E085TF 685 0 0
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AGAGATGTGAAGCTTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAAGCATGG
GAAGAGAGTGAGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAAAAGAAGATATCTGATGTGCTT
GCTTGGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAACTCAGGAAGATTGAAGAGAAA
CTAGAGAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCGGCTATTCAC
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GCTGAAGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTCGTTCCCAAGGCAACCTGTGGA
TGTTTCTAAGTCTTTTTATTTAATATGTTGCTCATGTCATTGTTTGTAATACTTCCTCTC
TCCTTTTTT
GTGTGATTCAGTTATC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1E085JQ 739 0 0
T
TTCTTCTTTGGCTGAGAGGCAATGGCGGAGGAGCAAAAGCCGACTAAAGTTGACGTAGAA
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GTTGAAAAACCTATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAAGGTTCAGCTGGTTCGGTTGATAGA
GATGTGAAGCTTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAAGCATGGGAA
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TGGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAACTCAGGAAGATTGAAGAGAAACTA
GAGAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCGGCTATTCACAAG
GAAGCAGAAGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAAAGGGAGAAGAGCTTCTCAAAGCT
GAAGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTCGTTCCCAAGGCAACCTGTGGATGT
TTCTAAGTCTTTTTATTTAATATGTTGCTCATGTCATTGTTTGTAATACTTCCTCTCTCC
TTTTTTGTGTGATTCAGTTATCTTTTATAGTTGGTTTTTGTTTGTTTGCTGTCTTGTTTA
TATATTTGGTGATTTTGT

QA 2 739 2 739
DS 



AS 1 9

CO CL615Contig1 801 9 8 U
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AGATAAGAGAGAGATGGCGACGTCGGGAACATATGTGACTGAGGTTCCGTTGAAAGGCTC
GGCGGAGAAACACTACAAGCGATGGAGAAATGAGAACCACGTCTTTCCCGACGCCATTGG
CCACCACATCCAAGGTGTCACCGTCCACGACGGTGAATGGGACTCTCATGGAGCCATCAA
GATTTGGAACTACACATGCGATGGGAAACCGGAGGTGTTCAAAGAGAGGAGAGAAATCGA
CGACGAGAACAATGCTGTCATTTTTAGAGGTCTTGAAGGACACCCGATGGAGACTCTTAA
GGTGTATGATGCCATCTTACAGTTCATTCAAAAGTCGCCTGATGATATCATCTGCAAGAT
CACTATGATCTGGGAGAAGCGAACCGATGACTCGCCTGAGCCCATCAACTACATGAAGTT
TGTCAAGAGCATGGTTGCTGATATGGACAACCATGTCGTCAAAGCTTAAAAAAATCCCAT
CCTTCCCTATCTTTCGAACCATCATCGTCATATATGGCTCCATTCGTGTTTGTGTGTGTC
GGTTTATCTGTTGAAATCAATATAATAAATAAGGAGGCTCATGTATGGTATTATTAATTA
CTATTACTGCTTGCGGTTTGTAATATGCTTTCATGTTGTTTAAAAAAAGGTTTATATGCT
TTCATGTTTAATTATGCTTAACCATTGATGGCAAGATGTTGCATGTATATCCACTTATAT
ATGTATCTTTCCTAGTTAAAC


BQ
35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 35 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B516JQ C 1
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AF RR1CM03TF U 1
AF RR1FI37TF U 1
AF RR1B516TF U 1
AF RR1A468TF U 4
AF RR1D923JQ C 406
AF RR1D923TF U 405
AF RR1A468JQ C 4
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BS 575 682 RR1BX17TF
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BS 720 733 RR1D923TF
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CCTTCCCTATCTTTCGAACCATCATCGTCATATATGGCTCCATTCGTGTTTGTGTGTGTC
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G
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ATCTGTTGAAATCAATATAATAAATAAGGAGGCTCATGTATGGTATTATTAATTACTATT
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TCTTTCCTAGTTAAAC

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DS 



AS 2 9

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO05JQ U 148
AF RR1FY18JQ U 1
AF RR1FO05TF C 205
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CG
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TATACCACCATTGATGGTGTTGTTGGTTTATCCAGCGACTCTTCTTAGACTTGAGAAATC
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GTTTGATAGAAACAAGCAGAAGCGAGTTGTTTTAAATATGATACAGAAATTAAAAACTTT
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GGAAAGTGGATTGGTGAATAATCCCTT

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GCCCCGTGTTCTTGAATTCAGCATAAGTAGGGAA*GTGGATTGGTGAATAATCCCTTCAA
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CTCCCGGGTATCTCC

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DS 



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CCATCCAATACTTGTATTTGCTTCCATCTGATCTAACTATGGCTTATTCAGCTCCATCCC
TATCCCTATCCGTCTCCAAAACCCCACAACTCGCCAGATTCTCGTTCGCTTTCTCCCCGC
TATTCTCTCGCCGCCCTAGGATTCAGAATCTAAGGATGCCCACCAACAAGACGTGGTCGT
CCTCTGTGGTGGTGGTGGCGGCGACGGCGGCAGAGAAGCAGCAGAAGAAGAGATACCCGG
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CCCTTGAAGGGATTATTCACCAATCCATTTTCCCTACTTATGCTGAATTCAAGAACACGG
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GTGGCCGAATGATTGGAAGAAAGGTAGCCGAGAGGATTCTGGACAATAGAGAACTGGAGT
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AAGTAGCCGAGGAGTGGACGAGAGAAGAAAAGAATCATTGTTTGGAAGAGACTGAGAAAT
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CTGTATCATATTTAAACAACTCGCTTCTGCTTGTTTGTATCAAACTCTTTATTTGCTTAA
AAGCTATTACGACGTTGGAAGTTCAGCGTTAATGTATCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1FY18TF U 1
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AF RR1B836TF U 61
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QA 1 527 1 527
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TCAGTATCTAAAGGATTTAGCGGAGAAGGATCCTCCTTCATTCATTTGTCACTTCTACAA
CATCT*CTTCGCCCACAGCGCTGGTGGCCGAATGATTGGAAGAAAGGTAGCCGAGAGGAT
TCTGGACAATAGAGAACTGGAGTTT
ACAA

QA 1 745 1 745
DS 

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GG
ATCCAATACTTGTATTTGCTTCCATCTGATCTAACTATGGCTTATTCAGCTCCATCCCTA
TCCCTATCCGTCTCCAAAACCCCACAACTCGCCAGATTCTCGTTCGCTTTCTCCCCGCTA
TTCTCTCGCCGCCCTAGGATTCAGAATCTAAGGATGCCCACCAACAAGACGTGGTCGTCC
TCTGTGGTGGTGGTGGCGGCGACGGCGGCAGAGAAGCAGCAGAAGAAGAGATACCCGGGA
GAATCGAAAGGGTTTGTGGAGGAGATGAGGTTGGTGGCGATGAGACTTCACACGAAAGAG
CAGGCCAAGGAAGGAGAGAAAGAGACGAAATCTCCCGAGGAACGTCCCGTCGCAAAATGG
GAACCCACCGTTGAAGGCTACTTGAGGTTTTTGGTGGATAGTAAGTTGGTTTATGACACC
CTTGAAGGGATTATTCACCAATCCATTTTCCCTACTTATGCTGAATTCAAGAACACGGGG
CTGGAAAGGGCAGAGAGTCTGGCAATTGATTTGAAGTGGTTTGAAGAACAAGGCTACAAG
ATTCCGGAACCAACTGATTCTGGTAAAACATATGCTCAGTATCTAA*GGATTTAGCGGAG
AAGGATCCTCCTTCATTCATTTGTCACTTCTACAACATCTACTTCGCCCACAGCGCTGGT
GGCCGAATGATTGGAAGAAAGGTAGCCGAGAGGATTCTGGACAATAGAGAACTGGAGTTT
TACAAATGGGACGGCGAGCTTTCCCAATTGTTGCAGAACGTGAGGGAGAAACTGAACAAA
GTAGCCGAGGAGTGGACGAGAG

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DS 

RD RR1B836JQ 796 0 0
AAAGGGTTTGTGGAGGAGATGAGGTTGGTGGCGATGAGACTTCACACGAAAGAGCAGGCC
AAGGAAGGAGAGAAAGAGACGAAATCTCCCGAGGAACGTCCCGTCGCAAAATGGGAACCC
ACCGTTGAAGGCTACTTGAGGTTTTTGGTGGATAGTAAGTTGGTTTATGACACCCTTGAA
GGGATTATTCACCAATCCATTTTCCCTACTTATGCTGAATTCAAGAACACGGGGCTGGAA
AGGGCAGAGAGTCTGGCAATTGATTTGAAGTGGTTTGAAGAACAAGGCTACAAGATTCCG
GAACCAACTGATTCTGGTAAAACATATGCTCAGTATCTAA*GGATTTAGCGGAGAAGGAT
CCTCCTTCATTCATTTGTCACTTCTACAACATCTACTTCGCCCACAGCGCTGGTGGCCGA
ATGATTGGAAGAAAGGTAGCCGAGAGGATTCTGGACAATAGAGAACTGGAGTTTTACAAA
TGGGACGGCGAGCTTTCCCAATTGTTGCAGAACGTGAGGGAGAAACTGAACAAAGTAGCC
GAGGAGTGGACGAGAGAAGAAAAGAATCATTGTTTGGAAGAGACTGAGAAATCGTTCAAG
TATTCTGGTGAGATACTTCGTCTCATTTTGTCCTGATTTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTA
TAAAAGAGCTTGTGGCAAAACTAAAATCCCCTGCTCAAAGTTTTTAAAATTCCTGTATCA
TATTTAAACAACTCGCTTCTGCTTGTTTGTATCAAACTCTTTATTTGCTTAAAAGCTATT
ACGACGTTGGAAGTTC

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1E595JQ 669 0 0
TTTTTGGTGGATAGTAAGTTGGTTTATGACACCCTTGAAGGGATTATTCACCAATCCATT
TTCCCTACTTATGCTGAATTCAAGAACACGGGGCTGGAAAGGGCAGAGGGTCTGGCAATT
GATTTGAAGTGGTTTGAAGAACAAGGCTACAAGATTCCGGAACCAACTGATTCTGGTAAA
ACATATGCTCAGTATCTAAAGGATTTAGCGGAGAAGGATCCTCCTTCATTCATTTGTCAC
TTCTACAACATCTACTTCGCCCACAGCGCTGGTGGCCGAATGATTGGAAGAAAGGTAGCC
GAGAGGATTCTGGACAATAGAGAACTGGAGTTTTACAAATGGGACGGCGAGCTTTCCCAA
TTGTTGCAGAACGTGAGGGAGAAACTGAACAAAGTAGCCGAGGAGTGGACGAGAGAAGAA
AAGAATCATTGTTTGGAAGAGACTGAGAAATCGTTCAAGTATTCTGGTGAGATACTTCGT
CTCATTTTGTCCTGATTTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTATAAAAGAGCTTGTGGCAAAAC
TAAAATCCCCTGCTCAAAGTTTTTAAAATTCCTGTATCATATTTAAACAACTCGCTTCTG
CTTGTTTGTATCAAACTCTTTATTTGCTTAAAAGCTATTACGACGTTGGAAGTTCAGCGT
TAATGTATC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1E595TF 437 0 0
TCACTTCTACAACATCTACTTCGCCCACAGCGCTGGTGGCCGAATGATTGGAAGAAAGGT
AGCCGAGAGGATTCTGGACAATAGAGAACTGGAGTTTTACAAATGGGACGGCGAGCTTTC
CCAATTGTTGCAGAACGTGAGGGAGAAACTGAACAAAGTAGCCGAGGAGTGGACGAGAGA
AGAAAAGAATCATTGTTTGGAAGAGACTGAGAAATCGTTCAAGTATTCTGGTGAGATACT
TCGTCTCATTTTGTCCTGATTTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTATAAAAGAGCTTGTGGCA
AAACTAAAATCCCCTGCTCAAAGTTTTTAAAATTCCTGTATCATATTTAAACAACTCGCT
TCTGCTTGTTTGTATCAAACTCTTTATTTGCTTAAA*GCTATTACGACGTTGGAAGTTCA
GCGTTAATGTATCAAAA

QA 1 437 1 437
DS 



AS 2 7

CO CL617Contig1 694 3 2 U
GGCCGACCAAAAATATAGTTTTTCATTTTTGAAAAAAGGCTAACCCATAATAAAAAAGTT
GTTCATAATTTTAGAAGAAAAACTAAAGCATCCAAAATTAAAAAGACAAATGGCCATAGA
CTGCTGCTTATTAGTAGAACTCTAAAGCTAAACGGTTGGAAAATGGAAATCGAATCACAG
CTCGTGAGCTCCATATGTGTCGTCCACATCTTCTCCGTCGTCTTCTTCTCCTCCTCCTTC
TGCTGCACCACCACCTCGTTTTTCATTTACCGCAATAAGCTCTGTGTCAAATATCAGTGT
TGCCCCACCGGGGATAGTTGGAGGAGAGCCTTGTTCACCATATCCAAGTTTTGCAGGTAT
CTTTAACTTCCTCTTCTCTCCTACACACGCACCTAGCAAACCTTGATCCCAACCTTTGAT
AACCTGGCCACTTCCTAACTCAAACTCGAACGGTTCATCCCTTTCAAAGCTCGAATCAAA
TACAGTTCCATCGGTAAGTTTTCCCCTGTAGTGGACCTTGATCATATCACCTTTGTGAGC
CTTCACTTCACACGTTGTTGGCTTAAACTTAACCCCGATCTGCAATTCCGACACATCTCC
TGTCTTCTTTGCGAAACCTTGGAGTAAAATGAGAGAGAAGAAGATTAAGCAAAGGGAGTA
ACGGAGACACATCTTTGCTCTACTTTTGATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG61JQ U 2
AF RR1FS52JQ U 1
AF RR1FS52TF C 26
BS 1 681 RR1FS52JQ
BS 682 694 RR1FS52TF

RD RR1EG61JQ 634 0 0
GCCAACCA
AAAATATAGTTTTTCATTTTTGAAAAAAGGCTAACCCATAATAAAAAAGTTGTTCATAAT
TTTAGAAGAAAAACTAAAGCATCCAAAATTAAAAAGACAAATGGCCATAGACTGCTGCTT
ATTAGTAGAACTCTAAAGCTAAACGGTTGGAAAATGGAAATCGAATCAAAGCTCGTGAGC
TCCATATGTGTCGTCCACATCTTCTCCGTCGTCTTCTTCTCCTCCTCCTTCTGCTGCACC
ACCACCTCGTTTTTCATTTACCGCAATAAGCTCTGCGTCAAATATCAGTGTTGCCCCACC
GGGGATAGTTGGAGGAGAGCCTTGTTCACCATATCCAAGTTTTGCAGGTATCTTTAACTT
CCTCTTCTCTCCTACACACGCACCTAGCAAACCTTGATCCCAACCTTTGATAACCTGGCC
ACTTCCTAACTCAAACTCGAACGGTTCATCCCTTTCAAAGCTCGAATCAAATACAGTTCC
ATCGGTAAGTTTTCCCCTGTAGTGGACCTTGATCATATCACCTTTGTGAGTCTTCACTTC
ACACGTTGTTGGCTTAAACTTAACCCCGATCTGCAATTACGACACATCTCCTGTCTTCTT
TGCGAAACCTTGGAGTAAAATGAGAG

QA 9 634 9 634
DS 

RD RR1FS52JQ 690 0 0
GGCCGACCAAAAATATAGTTTTTCATTTTTGAAAAAAGGCTAACCCATAATAAAAAAGTT
GTTCATAATTTTAGAAGAAAAACTAAAGCATCCAAAATTAAAAAGACAAATGGCCATAGA
CTGCTGCTTATTAGTAGAACTCTAAAGCTAAACGGTTGGAAAATGGAAATCGAATCACAG
CTCGTGAGCTCCATATGTGTCGTCCACATCTTCTCCGTCGTCTTCTTCTCCTCCTCCTTC
TGCTGCACCACCACCTCGTTTTTCATTTACCGCAATAAGCTCTGTGTCAAATATCAGTGT
TGCCCCACCGGGGATAGTTGGAGGAGAGCCTTGTTCACCATATCCAAGTTTTGCAGGTAT
CTTTAACTTCCTCTTCTCTCCTACACACGCACCTAGCAAACCTTGATCCCAACCTTTGAT
AACCTGGCCACTTCCTAACTCAAACTCGAACGGTTCATCCCTTTCAAAGCTCGAATCAAA
TACAGTTCCATCGGTAAGTTTTCCCCTGTAGTGGACCTTGATCATATCACCTTTGTGAGC
CTTCACTTCACACGTTGTTGGCTTAAACTTAACCCCGATCTGCAATTCCGACACATCTCC
TGTCTTCTTTGCGAAACCTTGGAGTAAAATGAGAGAGAAGAAGATTAAGCAAAGGGAGTA
ACGGAGACACATCTTTGCTCT
ACTTTTGAT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1FS52TF 669 0 0
A
TTTTGAAAAAAGGCTAACCCATAATAAAAAAGTTGTTCATAATTTTAGAAGAAAAACTAA
AGCATCCAAAATTAAAAAGACAAATGGCCATAGACTGCTGCTTATTAGTAGAACTCTAAA
GCTAAACGGTTGGAAAATGGAAATCGAATCACAGCTCGTGAGCTCCATATGTGTCGTCCA
CATCTTCTCCGTCGTCTTCTTCTCCTCCTCCTTCTGCTGCACCACCACCTCGTTTTTCAT
TTACCGCAATAAGCTCTGTGTCAAATATCAGTGTTGCCCCACCGGGGATAGTTGGAGGAG
AGCCTTGTTCACCATATCCAAGTTTTGCAGGTATCTTTAACTTCCTCTTCTCTCCTACAC
ACGCACCTAGCAAACCTTGATCCCAACCTTTGATAACCTGGCCACTTCCTAACTCAAACT
CGAACGGTTCATCCCTTTCAAAGCTCGAATCAAATACAGTTCCATCGGTAAGTTTTCCCC
TGTAGTGGACCTTGATCATATCACCTTTGTGAGCCTTCACTTCACACGTTGTTGGCTTAA
ACTTAACCCCGATCTGCAATTCCGACACATCTCCTGTCTTCTTTGCGAAACCTTGGAGTA
AAATGAGAGAGAAGAAGATTAAGCAAAGGGAGTAACGGAGACACATCTTTGCTCTACTTT
TGATTTTC

QA 2 669 2 669
DS 



CO CL617Contig2 692 4 2 U
GGACTGTGAGAAGGTGAACGGAAAATCAAAACGAGAGCAAAGATGTGTCTCCGTTACTCC
CTTTGCTTGATCTTCTTCTCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAGTAGAT
GTGTCGGAATTGCAGATCGGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGGCTCAC
AAAGGTGATATGATCAAGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGAT
TCGAGCTTTGAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAA
GGTTGGGATCAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCT
GCAAAACTTGGATATGGTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACTG
ATATTTGACACAGAGCTTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGA
GGAGGAGAAGAAGACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGA
TTCAATTTCCATTTTCCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCAGTCTA
TGGCCATTTGTGTCTTTTAATTTTGGATGCTTTAGTTTTTCTTCTACTATTATGAACGCC
AACTTTATTCTGGGTTAGCCTTTTTTCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD48TF U 1
AF RR1GN92TF U 1
AF RR1B606TF U 197
AF RR1CX51TF U 79
BS 1 638 RR1GD48TF
BS 639 692 RR1GN92TF

RD RR1GD48TF 638 0 0
GGACTGTGAGAAGGTGAACGGAAAATCAAAACGAGAGCAAAGATGTGTCTCCGTTACTCC
CTTTGCTTGATCTTCTTCTCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAGTAGAT
GTGTCGGAATTGCAGATCGGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGGCTCAC
AAAGGTGATATGATCAAGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGAT
TCGAGCTTTGAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAA
GGTTGGGATCAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCT
GCAAAACTTGGATATGGTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACTG
ATATTTGACACAGAGCTTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGA
GGAGGAGAAGAAGACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGA
TTCAATTTCCATTTTCCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCAGTCTA
TGGCCATTTGTGTCTTTTAATTTTGGATGCTTTAGTTT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1GN92TF 692 0 0
GGACTGTGA
GAAGGTGAACGGAAAATCAAAACGAGAGCAAAGATGTGTCTCCGTTACTCCCTTTGCTTG
ATCTTCTTCTCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAGTAGATGTGTCGGAA
TTGCAGATCGGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGGCTCACAAAGGTGAT
ATGATCAAGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGATTCGAGCTTT
GAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAAGTTTGGGAT
CAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCTGCAAAACTT
GGATATGGTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACTGATATTTGAC
ACAGAGCTTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGAGGAGGAGAA
GAAGACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGATTCAATTTC
CATTTTCCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCAGTCTATGGCCATTT
GTGTCTTTTAATTTTGGATGCTTTAGTTTTTCTTCTACTATTATGAACGCCAACTTTATT
CTGGGTTAGCCTTTTTTCAAAAA

QA 10 692 10 692
DS 

RD RR1B606TF 492 0 0
AGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGATTCGAGCTTTGAAAGGG
ATGAACCGTTCCAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAAGGTTGGGATCAAGGTT
TGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCTGCAAAACTTGGATATG
GTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACTGATATTTGACACAGAGC
TTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGAGGAG***AAGAAGACG
ACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGATTCGATTTCCATTTTC
CAACCGTTTAGCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCAGTCTATGGCCATTTGTGTCTT
TTAATTTTGGATGCTTTAGTTTTTCTTCTACAATTATGAACGCCAACTTTATTCTGGGTT
AGCCTTTTTT
TC

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1CX51TF 608 0 0
TCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAGTAGATGTGTCGGAATTGCAGATC
GGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGGCTCACAAAGGTGATATGATCAAG
GTCCGCTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGATTCGAGCTTTGAAAGGGAT
GAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAAGGTTGGGAACAAGGTTTG
CTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCTGCAAAACTTGGATATGGT
GAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACTGATATTTGACACAGAGCTT
ATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGAGGAGGAGAAGAAGACGAC
GGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGATTCAATTTCCATTTTCCA
ACCGTTTACCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCAGTCTATGGCCATTTGTGTCTTTT
AATTTTGGATGCTTTAGTTTTTCTTCTACTATTATGAACGCCAACTTTATTCTGGGTTAG
CCTTTTTT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 9

CO CL618Contig1 1117 9 14 U
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ATAGAGAGGATTGACCAGTAAGCTATGGACAGAGAATGGGGATCGAAGCCAGGAGGCGGA
GGCGCCGCCTCGAGCCAAAACGAGGCCATAGATCGCCGTGAGCGTCTCCGTCGTCTTGCT
CTCGAAACCATAGACATTGCCAAAGATCCCTATTTCATGCGAAATCATCTCGGAAGCTAT
GAGTGCAAACTGTGTCTAACGCTGCATAACAACGAAGGAAACTACTTGGCGCATACCCAA
GGTAAGAGGCATCAGACCAACTTGGCTAAGAGAGCTGCTCGTGAGGCATCAGAAGCTCCT
ACTCAGCCACAGCCCCACAAGCGCACTGTCTCTGTCCGCAGAACAGTGAAAATCGGTAGA
CCAGGGTACCGCGTCACAAAGCAGTACGACCCTGAGCTGAAGCAAAGATCTCTTCTGTTC
CAGATTGAGTATCCTGAAATAGAGGACAACATAAAGCCTAAACATCGTGTCATGTCTTCA
TTCGAGCAGAAAGTTCAACCTTACGACAAGAAGTATCAATACCTGCTGTTTGCAGCTGAA
CCATATGAAACCATAGCCTTCAAGGTTCCAAGCACAGAGATAGACAAGTCAACCCC*AAA
GTTTTTCTCTCACTGGG*ATCCAGACTCAAAGATGTTTACTTTGCAGGTGTATTTCAAGC
CGAACAAATCAGAACCATTCAAGCCTCAGTCCACAGTTGATTCAAATGGCCTTCTGCCAC
CACCACCACCACCGCCTCAAGCTCAACCGCCACCACCACCTCCATCTGGTTCACTGCCAC
CACCACCACCCCCGATGATGACTAATGGTAGTGGGGCCTACCCACCACCTCCACCACCAC
CTTTTGGAGGTTACATGTGAAAGTGAAACTAGGATATGCTAGAAATCAAACTACAAACCG
TTTGAACACAGTACTCTTTATCACTGTTTATCCCAAGAGTGTACTAAAATATCAAAATCT
GTTATGACATGGATCTTTGAAGCTGATTTCTGCAGATGTATTAACTATCTTGGGAGTATG
TTGAAGTTCTCTGTTATGAATTGTCATTTGTTTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 25 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ19TF U 1
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AF RR1A495TF U 67
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AF RR1D747JQ C 670
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BS 1090 1117 RR1AB77JQ

RD RR1GQ19TF 699 0 0
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ATAGAGAGGATTGACCAGTAAGCTATGGACAGAGAATGGGGATCGAAGCCAGGAGGCGGA
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CTCGAAACCATAGACATTGCCAAAGATCCCTATTTCATGCGAAATCATCTCGGAAGCTAT
GAGTGCAAACTGTGTCTAACGCTGCATAACAACGAAGGAAACTACTTGGCGCATACCCAA
GGTAAGAGGCATCAGACCAATTTGGCTAAGAGAGCTGCTCGTGAGGCATCAGTAGCTCCT
ACTCAGCCACAGCCCCACAAGCGCACTGTCTCTGTCCGCAGAACAGTGAAAATCGGTAGA
CCAGGGTACCGCGTCACAAAGCAGTACGACCCTGAGCTGAAGCAAAGATCTCTTCTGTTC
CAGATTGAGTATCCTGAAATAGAGGACAACATAAAGCCTAAACATCGTGTCATGTCTTCA
TTCGAGCAGAAAGTTCAACCTTACGACAAGAAGTATCAATACCTGCTGTTTGCAGCTGAA
CCATATGAAACCATAGCCTTCAAGGTTCCAAGCACAGAGATAGACAAGTCAACCCC*AAA
GTTTTTCTCTCACTGGG*ATCCAGACTCAAAGATGTTTA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1AB77TF 680 0 0
GGG
TTCTTCTTCAGGGCTCAAAATCGAAGAGCGAGCGATAGAGAGGATTGACCAGTAAGCTAT
GGACAGAGAATGGGGATCGAAGCCAGGAGGCGGAGGCGCCGCCTCGAGCCAAAACGAGGC
CATAGATCGCCGTGAGCGTCTCCGTCGTCTTGCTCTCGAAACCATAGACATTGCCAAAGA
TCCCTATTTCATGCGAAATCATCTCGGAAGCTATGAGTGCAAACTGTGTCCGACGCTGCA
TAACAACGAAGGAAACTACTTGGCGCATACCCAAGGTAAGAGGCATCAGACCAACTTGGC
TAAGAGAGCTGCTCGTGAGGCATCAGAAGCTCCTACTCAGCCACAGCCCCACAAGCGCAC
TGTCTCTGTCCGCAGAACAGTGAAAATCGGTAGACCAGGGTACCGCGTCACAAAGCAGTA
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CAAGAAGTATCAATACCTGCTGTTTGCAGCTGAACCATATGAAACCATAGCCTTCAAGAT
TCCAAGCACAGAGATAGACAAGTCAACCCCCAAAGTTTTTCTCTCACTGGGGATCCAGAC
TCAAAGATGTTTACTTT

QA 4 680 4 680
DS 

RD RR1D368TF 609 0 0
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GCCGTGAGCGTCTCCGTCGTCTTGCTCTCGAAACCATAGACATTGCCAAAGATCCCTATT
TCATGCGAAATCATCTCGGAAGCTATGAGTGCAAACTGTGTCTAACGCTGCATAACAACG
AAGGAAACTACTTGGCGCATACCTAAGGTAAGGGGCATCAGACCAACTTGGCTAAGAGAG
CTGCTCGTGAGGCATCAGAAGCTCCTACTCAGCCACAGCCCCACAAGCGCACTGTCTCTG
TCCGCAGAACAGTGAAAATCGGTAGACCAGGGTACCGCGTCACAAAGCAGTACGACCCTG
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AGCCTAAACATCGTGTCATGTCTTCATTCGAGCAGAAAGTTCAACCTTACGACAAGAAGT
ATCAATACCTGCTGTTTGCAGCTGAACCATATGAAACCATAGCCTTCAAGGTTCCAAGCA
CAGAGATAGACAAGTCAACCCC*AAAGTTTTTCTCTCACTGGG*ATCCAGACTCAAAGAT
GTTTACTTT

QA 1 609 1 609
DS 

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AAACTGTGTCTAACGCTGCATAACAACGAAGGAAACTACTTGGCGCATACCCAAGGTAAG
AGGCATCAGACCAACTTGGCTAAGAGAGCTGCTCGTGAGGCATCAGAAGCTCCTACTCAG
CCACAGCCCCACAAGCGCACTGTCTCTGTCCGCAGAACAGTGAAAATCGGTAGACCAGGG
TACCGCGTCACAAAGCAGTACGACCCTGAGCTGAAGCAAAGATCTCTTCTGTTCCAGATT
GAGTATCCTGAAATAGAGGACAACATAAAGCCTAAACATCGTGTCATGTCTTCATTCGAG
CAGAAAGTTCAACCTTACGACAAGAAGTATCAATACCTGCTGTTTGCAGCTGAACCATAT
GAAACCATAGCCTTCAAGGTTCCAAGCACAGAGATAGACAAGTCAACCCC*AAAGTTTTT
CTCTCACTGGG*ATCCAGACTCAAAGATGTTTACTTTGCAG*TGTATTTCAAGCCGAACA
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CACCACCGCCTCAAGC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1A495TF 775 0 0
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GCCTCGAGCCAAAACGAGGCCATAGATCGCCGTGAGCGTCTCCGTCGTCTTGCTCTCGAA
ACCATAGACATTGCCAAAGATCCCTATATTATGCGAAATCATCTCGGAAGCTATGAGTGC
AAACTGTGTCTAACGCTGCATAACAACGAAGGAAACTACTTGGCGCATACCCAAGGTAAG
AGGCATCAGACCAACTTGGCTAAGAGAGCTGCTCGTGAGGCATCAGAAGCTCCTACTCAG
CCACAGCCCCACAAGCGCACTGTCTCTGTCCGCAGAACAGTGAAAATCGGTAGACCAGGG
TACCGCGTCACAAAGCAGTACGACCCTGAGCTGAAGCAAAGATCTCTTCTGTTCCAGATT
GAGTATCCTGAAATAGAGGACAACATAAAGCCTAAACATCGTGTCATGTCTTCATTCGAG
CAGAAAGTTCAACCTTACGACAAGAAGTATCAATACCTGCTGTTTGCAGCTGAACCATAT
GAAACCATAGCCTTCAAGGTTCCAAGCACAGAGATAGACAAGTCAACCCC*AAAGTTTTT
CTCTCACTGGG*ATCCAGACTCAAAGATGTTTACTTTGCAGGTGTATTTCAAGCCGAACA
AATCAGAACCATTCAAGCCTCAGTCCACAGTTGATTCAAATGGCCTTCTGCCACCACCAC
CACCACCGCCTCAAGCTCAACCGCCACCACCACCTCCATCTGGTTCACTGCCACC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1GQ19JQ 540 0 0
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GAACCATATGAAACCATAGCCTTCAAGGTTCCAAGCACAGAGATAGACAAGTCAACCCC*
AAAGTTTTTCTCTCACTGGG*ATCCAGACTCAAAGATGTTTACTTTGCAGGTGTATTTCA
AGCCGAACAAACCAGAACCATTCAAGCCTCAGTCCACAGTTGATTCAAATGGCCTTCTGC
CACCACCACCACCACCGCCTCAAGCTCAACCGCCACCACCACCTCCATCTGGTTCACTGC
CACCACCACCACCCCCGATGATGACTAATGGTAGTGGGGCCTACCCACCACCTCCACCAC
CACCTTTTGGAGGTTACATGTGAAAGTGAAAATAGGATATGCTAGAAATCAAACTACAAA
CCGTTTGAACACAGTACTCTTTATCACTGTTTATCCCAAGAGTGTACTAAAATATCAAAA
TCTGTTATGACATGGATCTTTGAAGCTGATTTCTGCAGATGTATTAACTATCTTGGGAGT

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1AB77JQ 647 0 0
TCTTCTGTTCCAGATTGAGTATCCTGAAATAGAGGACAACATAAAGCCTAAACATCGTGT
CATGTCTTCATTCGAGCAGAAAGTTCAACCTTACGACAAGAAGTATCAATACCTGCTGTT
TGCAGCTGAACCATATGAAACCATAGCCTTCAAGATTCCAAGCACAGAGATAGACAAGTC
AACCCC*AAAGTTTTTCTCTCACTGGG*ATCCAGACTCAAAGATGTTTACTTTGCAGGTG
TATTTCAAGCCGAACAAACCAGAACCATTCAAGCCTCAGTCCACAGTTGATCCAAATGGC
CTTCTGC***CACCACCACCACCGCCTCAAGCTCAACCGCCACCACCACCTCCATCTGGT
TCACTGCCACCACCACCACCCCCGATGATGACTAATGGTAGTGGGGCCTACCCACCACCT
CCACCACCACCTTCTGGAGGTTACATGTGAAAGTGAAACTAGGGTATGCTAGAAATCAAA
CTACAAACCGTTTGAACACAGTACTCTTTATCACTGTTTATCCCAAGAGTGTACTAAAAT
ATCAAAATCTGTTATGACATGGATCTTTGAAGCTGATTTCTGCAGATGTATTAACTATCT
TGGGAGTATGTTGAAGTTTTCTGTTATGAATTGTCATTTGTTTCAGC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1A495JQ 626 0 0
TTCTGTTCCAGATTGAGTATCCTGAAATAGAGGACAACATAAAGCCTAAACATCGTGTCA
TGTCTTCATTCGAGCAGAAAGTTCAACCTTACGACAAGAAGTATCAATACCTGCTGTTTG
CAGCTGAACCATATGAAACCATAGCCTTCAAGGTTCCAAGCACAGAGATAGACAAGTCAA
CCCC*AAAGTTTTTCTCTCACTGGG*ATCCAGACTCAAAGATGTTTACTTTGCAGGTGTA
TTTCAAGCCGAACAAATCAGAACCATTCAAGCCTCAGTCCACAGTTGATTCAAATGGCCT
TCTGCCACCACCACCACCACCGCCTCAAGCTCAACCGCCACCACCACCTCCATTTGGTTC
ACTGCCACCACCACCACCCCCGATGATGACTAATGGTAGTGGGGCCTACCCACCACCTCC
ACCACCACCTTTTGGAGGTTACATGTGAAAGTGAGACTAGGATATGCTAGAAATCAAACT
ACAAACCGTTTGAACACAGTACTCTTTATCACTGTTTATCCCAAGAGTGTACTAAAATAT
CAAAATCTGTTATGACATGGATCTTTGAAGCTGATTTCTGCAGATGTATTAACTATCTTG
GGAGTATGTTGAAGTTCTCTGTTATG

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1D747JQ 429 0 0
TCAG
TGGG*ATCCAGACTCAAAGATGTTTACTTTGCAGGTGTATTTCAAGCCGAACAAATCAGA
ACCATTCAAGCCTCAGTCCACAGTTGATTCAAATGGCCTTTTGCCACCACCACCACCACC
GCCTCAAGCTCAACCGCCACCACCACCTCCATTTGGTTCACTGCCACCACCACCACCCCC
GATGATGACTAATGGTAGTGGGGCCTACCCACCACCTCCACCACCACCTTTTGGAGGTTA
CATGTGAAAGTGAGACTAGGATATGCTAGAAATCAAACTACAAACCGTTTGAACACAGTA
CTCTTTATCACTGTTTATCCCAAGAGTGTACTAAAATATCAAAATCTGTTATGACATGGA
TCTTTGAAGCTGATTTCTGCAGATGTATTAACTATCTTGGGAGTATGTTGAAGTTCTCTG
TTATG

QA 5 429 5 429
DS 



AS 1 9

CO CL619Contig1 930 9 23 U
GGAAACCAAAGATTAAAAATATTAATTATAAACGCTAAATTTATTCTTCTTTCTTTAGTC
TCCTGCCTTTCCTCTCTATCTTATCCACTTCTCATTCAGACCAAACCAGCTTCCTTAAAA
GCACAAGGAAGAGATGGAGGAGATCACCGTAGAGGATTCAGAGATGTACGGTCCTCTTGT
CACGGCGCAGTACGCACGGTTGCATCATCATCACCACTGCAGAGAGAATCAGTGTACCTC
TGTTCTCGTCAAATACATTAAAGCCCCTGTTCATCTAGTTTGGTCACTTGTCCGAAGATT
TGATCAGCCGCAGAAATACAAACCATTTGTAAGCAGATGCACAGTTCATGGCCATCCTGA
GATCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAAATCTGGTCTTCCTGCAACTACTAGTACCGA
GAGATTGGAACAGCTTGATGATGATGAACGCATCCTCGGCATCAACATCATTGGTGGTGA
TCATAGACTTAAGAACTATTCTTCAATCTTGACTGTACATGCGGAGATGATCGATGGGAG
AGCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGTTGTGGATGTTCCTCAAGGCAACACTAAAGA
TGAGACTTGTTATTTCGTGGAATCACTCATCAAGTGTAACTTGAAATCCTTGGCTTGTGT
CTCTGAAAGATTGGCTGCTAAGGACATAACCACTCCCATCGCCACCACCTTCTGAAGCTA
TTCATTTAGTCTGGTCATATATATGTATAGAGAAGCAGCATGAGTGGTCACACTGCTATT
ATGTTTTAGATCAGCTCCATCCATATGCCATTTTGAGCATGTGGTAAAAGTTTTGATGTA
ATTTAGTTTCTGGTGTTTGTTGGACAGTGTCTTTGTATTTATGCACCCATTATAAGAACA
GAGCAAAGCTACTTAGCGTGTTGTTGGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 0 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 5 55 55 55 55 55 5 55 55 5 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1FY83TF U 1
AF RR1CQ86JQ C 160
AF RR1BH93TF U 381
AF RR1CQ86TF U 106
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AF RR1BG42JQ C 149
AF RR1BG42TF U 149
AF RR1B937JQ C 160
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BS 174 192 RR1FY83TF
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BS 194 209 RR1FY83TF
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BS 724 821 RR1CQ86TF
BS 822 930 RR1B937TF

RD RR1FY83TF 611 0 0
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TCCTGCCTTTCCTCTCTATCTTATCCACTTCTCATTCAGACCAAACCAGCTTCCTTAAAA
GCACAAGGAAGAGATGGAGGAGATCACCGTAGAGGATTCAGAGATGTACGGTGCTCTTGT
CACGGCGCAGTATGCACGGTTGCATCATCGTCACCACTGCAGCGAGAATCAGTGTACCTC
TGTTCTCGTCAAATACATTAAAGCCCCTGTTCATCTCGTTTGGTCACTTGTCCGAAGATT
TGATCAGCCGCAGAAATACAAACCATTTGTAAGCAGATGCACAGTTCATGGCCATCCTGA
GATCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAAATCTGGTCTTCCTGCAACTACTAGTACCGA
GAGATTGGAACAGCTTGATGATGATGAACGCATCCTCGGCATCAACATCATTGGTGGTGA
TCATAGACTTAAGAACTATTCTTCAATCTTGACTGTACATGCGGAGATGATCGATGGGAG
AGCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGTTGTGGATGTTCCTCAAGGCAACACTAAAGA
TGAGACTTGTT

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DS 

RD RR1CQ86JQ 550 0 0
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CACAGTTCATGGCCATCCTGAAATCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAAATCTGGTCT
TCCTGCAACTACTAGTACCGAGAGATTGGAACAGCTTGATGATGATGAACGCATCCTCGG
CATCAACATCATTGGTGGTGATCATAGACTTAAGAACTATTCTTCAATCTTGACTGTACA
TGCGGAGATGATCGATGGGAGAGCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGTTGTGGATGT
TCCTCAAGGCAACACTAAAGATGAGACTTGTTATTTCGTGGAATCGCTTATCAAGTGTAA
CTTGAAATCCTTGGCTTGTGTCTCTGAAAGATTGGCTGCTCAGGACATAGCCACTCCCAT
CGCC
CCCCCC

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DS 

RD RR1BH93TF 345 0 0
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ATGATGAACGCATCCTCGGCATCAACATCATTGGTGGTGATCATAGACTTAAAAACTATT
CTTCAATCTTGACTGTACATGCGGAGATGATCGATGGGAGAGCAGGGACTATGGTGATTG
AATCTTTTGTTGTGGATGTTCCTCAAGGCAACACTAAAGATGAGACTTGTTATTTCGTGG
AATCGCTTATCAAGTGTAACTTGAAATCCTTGGCTTGTGTCTCTGAAAGATTGGCTGCTC
AGGACATAACCACTCCCATCGCCACCACCTTCTGAAGCTATT
TAT

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DS 

RD RR1CQ86TF 718 0 0
GG
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ACGGTGCTCTTGTCACGGCGCAGTATGCACGGTTGCATCATCGTCACCACTGCAGCGAGA
ATCAGTGTACCTCTGTTCTCGTCAAATACATTAAAGCCCCTGTTCATCTCGTTTGGTCAC
TTGTCCGAAGATTTGATCAGCCGCAGAAATACAAACCATTTGTAAGCAGATGCACAGTTC
ATGGCCATCCTGAGATCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAAATCTGGTCTTCCTGCAA
CTACTAGTACCGAGAGATTGGAACAGCTTGATGATGATGAACGCATCCTCGGCATCAACA
TCATTGGTGGTGATCATAGACTTAAGAACTATTCTTCAATCTTGACTGTACATGCGGAGA
TGATCGATGGGAGAGCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGTTGTGGATGTTCCTCAAG
GCAACACTAAAGATGAGACTTGTTATTTCGTGGAATCGCTTATCAAGTGTAACTTGAAAT
CCTTGGCTTGTGTCTCTGAAAGATTGGCTGCTCAGGACATAGCCACTCCCATCGCCACCA
CCTTCTGAAGCTATTTATTTAGTCTGGTCATATATATGTATAGAGAAGCAGCATGAGTGG
TCACACTGCTATTATGTTTTAGATCAGCTCCATCCATATGCCATTTTGAGCATG
CG

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DS 

RD RR1B937TF 787 0 0
GGATCCT
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TCACCACTGCAGAGAGAATCAGTGTACCTCTGTTCTCGTTAAATACATTAAAGCCCCTGT
TCATCTAGTTTGGTCTCTTGTCCGAAGATTTGATCAGCCGCAGAAATACAAACCATTTGT
CAGCAGATGCACAGTTCATGGTCATCCTGAGATCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAA
ATCTGGCCTTCCGGCTACAACTAGTACCGAGAGATTGGAACAGCTTGATGATGATGAACG
CATCCTCGGTATCAACATCATTGGTGGTGATCATAGACTTAAGAACTATTCATCAATCTT
GACTGTACATCCGGAGATGGTCGATGGGAGATCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGT
TGTGGATGTTCCTCAAGGAAACACTAAAGATGAGACTTGTTATTTCGTGGAATCACTCAT
CAAGTGTAACTTGAAGTCCTTGGCTTGTGTCTCTGAAAGATTGGCTGCTAAGGACATAAC
CACTCCCATCGCCACCACCTTCTGAAGCTATTCATTTAGTCTGGTCATATATATGTATAG
AGAAGCAGCATGAGTGGTCACACTGCTATTATGTTTTAGATCAGCCCCATCCATATGCCA
TTTTGAGCATGTGGTAAAAGTTTTGATGTAATTTAGTTTCTGGTGTTTGTTGGACAGTGT
CTTTGTATTTATGCACCCATTATAAGAACAGAGCAAAGCTACTTAGCGTGTTGTTGGAAA

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DS 

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AAGATTTGATCAGCCGCAGAAATACAAACCATTTGTAAGCAGATGCACAGTTCATGGCCA
TCCTGAGATCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAAATCTGGTCTTCCTGCAACTACTAG
TACCGAGAGATTGGAACAGCTTGATGATGATGAACGCATCCTCGGCATCAACATCATTGG
TGGTGATCATAGACTTAAGAACTATTCTTCAATCTTGACTGTACATGCGGAGATGATCGA
TGGGAGAGCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGTTGTGGATGTTCCTCAAGGCAACAC
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TTGTGTCTTTGAAAGATTGGCTGCTCAGGACATAACCACTCCCATCGCCACCACCTTCTG
AAGCTATTTATTTAGTCTGGTCATATATATGTATAGAGAAGCAGCATGAGTGGTCACACT
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GATGTAATTTAGTTTCTGGTGTTTGTTGGACAGTATCTTTGCATTTATGCACCCATTATA
AGAACAGAGCAAAGCT
GTGCATGTTGTTGG

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DS 

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GG
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TCACCACTGCAGAGAGAATCAGTGTACCTCTGTTCTCGTTAAATACATTAAAGCCCCTGT
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ATCTGGCCTTCCGGCTACAACTAGTACCGAGAGATTGGAACAGCTTGATGATGATGAACG
CATCCTCGGTATCAACATCATTGGTGGTGATCATAGACTTAAGAACTATTCATCAATCTT
GACTGTACATCCGGAGATGATCGATGGGAGATCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGT
TGTGGATGTTCCTCAAGGAAACACTAAAGATGAGACTTGTTATTTCGTGGAATCACTCAT
CAAGTGTAACTTGAAGTCCTTGGCTTGTGTCTCTGAAAGATTGGCTGCTAAGGACATAAC
CACTCCCATCGCCACCACCTTCTGAAGCTATTCATTTAGTCTGGTCATATATATGTATAG
AGAAGCAGCATGAGTGGTCACACTGCTATTATGTTTTAGATCAGCTCCATCCATATGCCA
TTTTGAGCATGTGGTAAAAGTTTTGATGTAATTTAGTTTCTGGTGTTTGTTGGACAGTGT
CTTTGTATTTATGCACCCATTATAAGAACAGAGCAAAGCTACTTAGCGTGTTGTTGG
AC

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DS 

RD RR1BG42TF 781 0 0
GG
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TCACCACTGCAGAGAGAATCAGTGTACCTCTGTTCTCGTTAAATACATTAAAGCCCCTGT
TCATCTAGTTTGGTCTCTTGTCCGAAGATTTGATCAGCCGCAGAAATACAAACCATTTGT
CGGCAGATGCACAGTTCATG*TCATCCTGAGACCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAA
ATCTGGCCTTCCGGCTACAACTAGTACCGAGAGATTGGAACAGCTTGATGATGATGAACG
CATCCTCGGTATCAACATCATTGGTGGTGATCATAGACTTAAGAACTATTCATCAATCTT
GACTGTACATCCGGAGATGATCGATGGGAGATCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGT
TGTGGATGTTCCTCAAGGAAACACTAAAGATGAGACTTGTTATTTCGTGGAATCACTCAT
CAAGTGTAACTTGAAGTCCTTGGCTTGTGTCTCTGAAAGATTGGCTGCTAAGGACATAAC
CACTCCCATCGCCACCACCTTCTGAAGCTATTCATTTAGTCTGGTCATATATATGTATAG
AGAAGCAGCATGAGTGGTCACACTGCTATTATGTTTTAGATCAGCTCCATCCATATGCCA
TTTTGAGCATGTGGTAAAAGTTTTGATGTAATTTAGTTTCTGGTGTTTGTTGGACAGTGT
CTTTGTATTTATGCACCCATTATAAGAACAGAGCAA*GCTACTTAGCGTGTTGTTGG
AC

QA 3 779 3 779
DS 

RD RR1B937JQ 768 0 0
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CAGAGAGAATCAGTGTACCTCTGTTCTCGTTAAATACATTAAAGCCCCTGTTCATCTAGT
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CACAGTTCATGGTCATCCTGAGATCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAAATTTGGCCT
TCCGGCTACAACTAGTACCGAGAGATTGGAACAGCTTGATGATGATGAACGCATCCTCGG
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TCCGGAGATGGTCGATGGGAGATCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGTTGTGGATGT
TCCTCAAGGAAACACTAAAGATGAGACTTGTTATTTCGTGGAATCACTCATCAAGTGTAA
CTTGAAGTCCTTGGCTTGTGTCTTTGAAAGATTGGCTGCTAAGGACATAACCACTCCCAT
CGCCACCACCTTTTGAAGCTATTCATTTAGTCTGGTCATATATATGTATAGAGAAGCAGC
ATGAGTGGTCACACTGCTATTATGTTTTAGATCAGCCCCATCCATATGCCATTTTGAGCA
TGTGGTAAAAGTTTTGATGTAATTTAGTTTCTGGTGTTTGTTGGACAGTGTCTTTGTATT
TATGCACCCATTATAAGAACAGAGCAAAGCTACTTAGCGTGTTGTTGG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 9

CO CL620Contig1 1162 9 10 U
GGAGCTTTAAGATACCTCAAACCACAAGATATAAAATATTCGGATCTTCATTTGCTCTTG
CTCTGATCAAATAAGTGTATCATTTGCGGACCAAAATTACCGATAAATGGGTATATTTCC
GGGGTTTGGTGCCTGGATCAACCTGAACAGCCAACAACCTCCGAAGGCCGAGTCCAAGAA
ATCTAAGAATGTAAAATCAAAGCCAGGGTCAGAGATAAATACCAATGCGGAGAGCGAAGA
AACGAAGAGGCAATTAAAGATGTGGAGAGCTGAAGAGAAGAAATGGCCATGGCTGCGAGA
TTATGCTCCTACCGTGAAGGTGTCCAAATCGAGTGCAGGTGAAACCCATTTGAAGATGGA
CTTTTCAATAGGATTGCCTCCTGAGACAGTCTTCGATATTATAACTAGTCACGACAACCA
AACATATTCTTACTTCAAACAAATGAAAAGGCGCAAAATCCTGTCAGTCAAATCAAGCAA
GGTTCTTAGGGATAATGGAAGGGATGAGAAAGTCGTGGTAGTAAAAAAATCTGCGCCATG
GAAGTTT*CTTCGGTGGAATGGGAAAATGCCATTAGATCTAGTATTCAATGAGAACCGAA
AAGATCTCATCACATTATTTAGGATTCCGAGAGAGGATGTAATGAACATGGAATTGTTTA
TGGGTCAGTTGCAAATAAAGCCATGGTACATAGATAGTGATAAATATTGCACGGCTAGGG
TACCAAAAAAATCCAAAAGAATACCGAAAATGTTCAGGCGGAAAAGGACTAATTGCGTCG
AAATTGAAGTTGGACCTGGTTTATAGGCCCATGGAACCTCTTGATAAGCCGCCGTTTTCT
TGGTACATCCGTCGGGTCATCATCAAAAGCACTAAAAGGTTAGTGGAAGATCTTCAGATT
CGAGGCGCCGTTCTCCGAAGTGTTTGAGACTCTTCACTTCCGGTCTTGGCACGTTATATC
ATGTTGCAAGAAAATAAATAAACGCAAACACTAAACATTATAACGGATCGCTTTATCTAG
ATACGAGCGTTGGAGTACTAATTGTCAAAACCTTTATTTAATGAACAGCAACAATACAAA
ATAAACCCAGTTGTGCACTTTATAGAAAACCTTAAACGTTGTTGTCTCCCCATATTTTTC
TAATATAACCTTGTTACACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 35 35 35 35 35 35 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1H457TF U 1
AF RR1G768TF U 7
AF RR1EZ92TF U 1
AF RR1EM13TF U 1
AF RR1EO90TF U 147
AF RR1H457JQ C 749
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AF RR1EO90JQ C 536
AF RR1EM13JQ C 551
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BS 177 177 RR1H457TF
BS 178 687 RR1EM13TF
BS 688 689 RR1EZ92TF
BS 690 724 RR1EM13TF
BS 725 806 RR1EO90TF
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BS 1160 1162 RR1EM13JQ

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TAGGATTGCCTCCTGAGACAGTCTTCGATATTATAACTAGTCACGACAACCAAACATATT
CTTACTTCAAACAAATGAAAAGGCGCAAAATCCTGTCAGTCAAATCAAGCAAGGTTCTTA
GGGATAATGGAAGGGATGAGAAAGTCGTGGTAGTAAAAAAA

QA 9 529 9 529
DS 

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GG
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AAATAAGTGTATCATTTGCGGACCAAAATTACCGATAAATGGGTATATTTCCGGGGTTTG
GTGCCTGGATCAACCTGAACAGCCAACAACCTCCGAAGGCCGAGTCCAAGAAATCTAAGA
ATGTAAAATCAAAGCCAGGGTCAGAGATAAATACCAATGCGGAGAGCGAAGAAACGAAGA
GGCAATTAAAGATGTGGAGAGCTGAAGAGAAGAAATGGCCATGGCTGCGAGATTATGCTC
CTACCGTGAAGGTGTCCAAATCGAGTGCAGGTGAAACCCATTTGAAGATGGACTTTTCAA
TAGGATTGCCTCCTGAGACAGTCTTCGATATTATAACTAGTCACGACAACCAAACATATT
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GGGATAATGGAAGGGATGAGAAAGTCGTGGTAGTAAAAAAATCTGCGCCACGGAAGTTTT
CTTCGGTGGAATGGGAAAATGCCA

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DS 

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AAATAAGTGTATCATTTGCGGACCAAAATTACCGATAAATGGGTATATTTCCGGGGTTTG
GTGCCTGGATCAACCTGAACAGCCAACAACCTCCGAAGGCCGAGTCCAGGAAATCTAAGA
ATGTAAAATCAAAGCCAGGGTCAGAGATAAATACCTATGCGGAGAGCGAAGAAACGAAGA
GGCAATTAAGGATGTGGAGAGCTGAAGAGAAGAAATGGCCATGGCTGCGAGATTATGCTC
CTACCGTGAAGGTGTCCAAATCGAGTGCAGGTGAAACCCATTTGAAGATGGACTTTTCAA
TAGGATTGCCTCCTGAGACAGTCTTCGATATTATAACTAGTCACGACAACCAAACATATT
CTTACTTCAAACAAATGAAAAGGCGCAAAATCCTGTCAGTCAAATCAAGCAAGGTTCTTA
GGGATAATGGAAGGGATGAGAAAGTCGTGGTAGTAAAGAAATCTGCGCCATGGAAGTTT*
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ATCACATTATTTAGGATTCCGAGAGAGGATGTAATGAACATGGAATTGTTTATGGGTCAG
TTGCAAATAAAGCCATGGTACATAGATAGTGA

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DS 

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GGGGTTTGGTGCCTGGATCAACCTGAACAGCCAACAACCTCCGAAGGCCGAGTCCAGGAA
ATCTAAGAATGTAAAATCAAAGCCAGGGTCAGAGATAAATACCAATGCGGAGAGCGAAGA
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CTTTTCAATAGGATTGCCTCCTGAGACAGTCTTCGATATTATAACTAGTCACGACAACCA
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GAAGTTT*CTTCGGTGGAATGGGAAAATGCCATTAGATCTAGTATTCAATGAGAACCGAA
AAGATCTCATCACATTATTTAGGATTCCGAGAGAGGATGTAATGAACATGGAATTGTTTA
TGGGTCAGTTGCAAATAAAGCCATGGT**ATAGATAGTGATAAATATTGCACGGCTAGGG
TACC

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DS 

RD RR1EO90TF 681 0 0
G
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GTCAGAGATAAACACCAATGCGGAGAGCGAAGAAACGAAGAGGCAATTAAAGATGTGGAG
AGCTGAAGAGAAGAAATGGCCATGGCTGCGAGATTATGCTCCTACCGTGAAGGTGTCCAA
ATCGAGTGCAGGTGAAACCCATTTGAAGATGGACTTTTCAATAGGATTGCCTCCTGAGAC
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AAGGCGCAAAATCCTGTCAGTCAAATCAAGCAAGGTTCTTAGGGATAATGGAAGGGATGA
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CCCATGGAACCTCTTGATAA

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DS 

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GCACTAAAAGGTTAGTGGAAGATCTTCAGATTCGAGGCGCCGTTCTCCTAAGTGTTTGAG
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CACTAAACATTATAACGGATCGCTTTATCTAGATACGAGCGTTGGAGTACTAATTGTCAA
AACCTTTATTTAATGAACAGCAACAATACAAAATAAACCCAGTTGTGCACTTTATAGAAA
ACCTT

QA 1 365 1 365
DS 

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TCCTGTCAGTCAAATCAAGCAAGGTTCTTAGGGATAATGGAAGGGATGAGAAAGTCGTGG
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CTAGTATTCAATGAGAACCGAAAAGATCTCATCACATTATTTAGGATTCCGAGAGAGGAT
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CGGAAAAGGACTAATTGCGTCGAAATTGAAGTTGGACCTGGTTTATAGGCCCATGGAACC
TCTTGATAAGCCGCCGTTTTCTTGGTACATCCGTCGGGTCATCATCAAAAGCACTAAAAG
GTTAGTGGAAGATCTTCAGATTCGAGGCGCCGTTCTCCGAAGTGTTTGAGACTCTTCACT
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TATAACGGATCGCTTTATCTAGATACGAGCGTTGGAGTACTAATTGTCAAAACCTTTATT
TAATGAACAGCAACAATACAAAATAAACCCAGTTGTGCACTTTATAGAAAACCTTAAACG
TTGTTGTCTCCCCATATTTTTCTAATATAACCTTGTTACAC
AGG

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DS 

RD RR1EO90JQ 624 0 0
CCATGGAAGTTT*CTTCGGTGGAATGGGAAAATGCCATTAGATTTAGTATTCAATGAGAA
CCGAAAAGATCTCATCACATTATTTAGGATTCCGAGAGAGGATGTAATGAACATGGAATT
GTTTATGTGTCAGTTGCAAATAAAGCCATGGTACATAGATAGTGATAAATATTGCACGGC
TAGGGTACCAAAAAAATCCAAAAGAATACCGAAAATGTTCAGGCGGAAAAGGACTAATTG
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TTTCTTGGTACATCCGTCGGGTCATCATCAAAAGCACTAAAAGGTTAGTGGAAGATCTTC
AGATTCGAGGCGCCGTTTTCCGAAGTGTTTGAGACTCTTCACTTCCGGTCTTGGCACGTT
ATATCATGTTGCAAGAAAATAAATAAACGCAAACACTAAACATTATAACGGATCGCTTTA
TCTAGATACGAGCGTTGGAGTACTAATTGTCAAAACCTTTATTTAATGAACAGCAACAAT
ACAAAATAAACCCAGTTGTGCACTTTATAGAAAACCTTAAACGTTGTTGTCTCCCCATAT
TTTTTTAATATAACCTTGTTACAC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1EM13JQ 612 0 0
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CACATTATTTAGGATTCCGAGAGAGGATGTAATGAACATGGAATTGTTTATGGGTCAGTT
GCAAATAAAGCCATGGT**ATAGATAGTGATAAATATTGCACGGCTAGGGTACCAAAAAA
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TGGACCTGGTTTATAGGCCCATGGAACCTCTTGATAAGCCGCCGTTTTCTTGGTACATCC
GTCGGGTCATCATCAAAAGCACTAAAAGGTTAGTGGAAGATCTTCAGATTCGAGGCGCCG
TTCTCCGAAGTGTTTGAGACTCTTCACTTCCGGTCTTGGCACGTTATATCATGTTGCAAG
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TGGAGTACTAATTGTCAAA*CCTTTATTTAATGAACAGCAACAATACAAAATAAACCCAG
TTGTGTACTTTATAGAAAACCTTAAACGTTGTTGTCTCCCCATATTTTTCTAATATAACC
TTGTTACACATG

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 9

CO CL621Contig1 1517 9 18 U
GGAGATCTTTTGCAATAAAAAGCGAACTTACGAATCTCAGCAACTCACTCACTCACAATC
ATGGCGGCTGCGTCGACGAACTCTTTCCTCGTCGGAAACAACAACACTCAGATCCCCACA
TCTCAATCTCTCCTCCACCTCACCAAACCAAACACCTTCCACCTCCCCGGCAAAAAAAAC
AAACCCGTCTCCGTCAGATGCGTCTCCTCACCAACCCAACTCCAAGACGGATCCAAACCC
ATCTCCACCGGATCTCAAGACCGGGTCTTCAACTTCGCGGCGGGTCCCGCCACCTTACCC
GAGAACGTCCTCCTCAAAGCGCAAACAGATCTGTACAACTGGCGCGGATCGGGGATGAGC
GTGATGGAGATGAGCCACAGAGGCAAAGAGTTCCTCTCCATCATCCAAAAAGCCGAATCC
GATCTCCGCCAGCTCCTCGAGATCCCTTCCGAATATTCCGTCCTCTTCTTGCAAGGCGGC
GCCACGACTCAGTTCGCCAGTTTGCCTCTCAACCTCTGCAAACCGGACGAGACCGTCGAT
TTCGTCGTGACCGGTTCGTGGGGTGACGAAGCTGTGAAAGAAGCGAAGAAGTATTGTGAG
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TTGGAGCAGAGTTTGGATGCTAAGTACTTGCATATATGCGCTAACGAGACGATCCATGGG
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TCTTCCAACTTCTGTTCGAAACCGGTTGATGTGTCTAAGTTCGGTGTGATCTACGGTGGT
GCTCAGAAGAACGTCGGTCCTTCCGGTGTGACGATCGTGATCATCAGGAAAGATCTGATC
GGTGAAGCTCAGGAGATCACTCCCGTGATGCTTGACTACAAGATCCATGATGAGAACAGT
TCCTTGTACAACACGCCTCCTTGCTTCGGGATCTACATGTGCGGTCTCGTGTTCGAGGAT
CTGTTGGAGCAAGGTGGGTTGAAGGAAGTGGAGAGGAAGAACGTGAGGAAAGCTGGTTTG
CTTTATAATGCGATTGAAGAGAGCGAGGGGTTTTACAGGTGTCCTGTTGAGAAGTCGGT*
AGGTCGTTGATGAATGTGCCGTTCACGTTGTAGAGATCTGAGTTGGAAGGTGAGTTTATC
AAGGAAGCTGCTAAGGAGGGGATGGTGCAGCTTAAAGGGCATAGGTCTGTGGGTGGTATG
AGAGCTTCTATTTATAATGCTATGCCTTTGGCTGGTGTTGAAAAGCTTGTTGCTTTCATG
AAAGATTTTCAGGCAAAACATGCCTAAGTTTATTTGTGTTTCTTTCTTTTGTTTTGCATT
TTGGTTATGTTTGTTTGGGTGATAAGCTGATGCTTATGATTTGGTTCTATTTAATAATGT
ATCAAATTCAAAATATTGGTCAAGTTTGTTAACAAGAGAGATCTGATAATCTCTTTATAA
CGCCTCCTTTCTCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 15 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

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AF RR1AI94TF U 510
AF RR1AI82TF U 510
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BS 753 823 RR1BD78TF
BS 824 1219 RR1AI57TF
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TTCGTCGTGACCGGTTCGTGGGGTGACAAAGCTGTGAAAGAAGCGAAGAAGTATTGTGAG
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G
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G
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CATATATGCGCTAACGAGACGATCCATGGGGTTGAGTTTAAGGAGTATCCTGTCGTTAGG
AACCCTAACGGGTTCTTGGTGGCTGACATGTCTTCCAACTTCTGTTCGAAACCGGTTGAT
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G
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AAGTACACAAAGGTCCCGTCTTTCGGGGAGTTGGAGCAGAGTTTGGATGCTAAGTACTTG
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AACCCTAACGGGTTCTTGGTGGCTGACATGTCTTCCAACTTCTGTTCGAAACCGGTTGAT
GTGTCTAAGTTCGGTGTGATCTACGGTGGTGCTCAGAAGAACGTCGGTCCTTCCGGTGTG
ACGATCGTGATCATCAGGAAAGATCTGATCGGTGAAGCTCAGGAGATCACTCCCGTGATG
CTTGACTACAAGATCCATGATGAGAACAGTTCCTTGTACAACACGCCTCCTTGCTTCGGG
ATCTACATGTGCGGTCTCGTGTTCGAGGATCTGTTGGAGCAAGGTGGGTTGAAGGAAGTG
GAGAGGAAGAACGTGAGGAAAGCTGGTTTGCTTTATAATGCGATTGAAGAGAGCGAGGGG
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GCTATGCCTTTGGCTGGTGTTGAAAAGCTTGTTGCTTTCATGAAAGATTTTCAGGCTAAG
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TCTACGGTGGTGCTCAGAAGAACGTCGGTCCTTCCGGTGTGACGATCGTGATCATCAGGA
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DS 

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TGATCTACGGTGGTGCTCAGAAGAACGTCGGTCCTTCCGGTGTGACGATCGTGATCATCA
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T

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CTTTCTTTTGTTTTGCATTTTGGTTATGTTTGTTTGGGTGATAAGCTGATGCTTATGATT
TGGTTCTATTTAATAATGTATCAAATTCAAAATATTGGTCAAGTTTGTTAACAAGAGAGA
TCTGATAATCTCTTTATAACGCCTCCTTTCTCTGCC

QA 5 520 5 520
DS 



AS 1 9

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TCTCCTTCGTTGCACCGACTCTCGTTCAATCTTAGATCCGATCGACAAAACGATGTCGAT
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AGAAGACAAGATCTCTACTTGGACATTTCTTCCTAAAGAGAATGGGGAAGACATTCAGGT
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AGAACCAAGAAGACCTTTCTGATTGTGCCAAGAAAGGAATCGCCGTGAAACCAAGGAAAG
GGGATGCTTTGTTGTTCTTCAACCTCCACCCTGACGCAATCCCTGACCCGTTGAGCCTTC
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ACTCATTCGATAAGATTGTGACGCCTGGTGGAAACTGCACTGATATGAACGAGAGCTGTG
AGAGATGGGCGGTCCTTGGGGAATGCACAAAGAATCCAGAGTATATGGTTGGTTCTGCTG
AGCTTCCTGGCTATTGCAGGCGTAGCTGTAAGGCTTGCTAGACTATACTCTAGTCTACCC
TCTTCTAGAACTCTATGTTGATGTCTGTTGTAGAGTTGTTATCGTTGGTTAATCTTTTTC
TAACTTGAATATGTAAAACTACAAAAGTTCTCTGGAGAGAATAATATATAAACACATATA
TAGACTTATATATTGAATAGTAACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

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G
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GAGCTTCCTGGCTATTGCAGGCGTAGCTGTAAGGCTTGCTAGACTATACTCTAGTCTACC
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A

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G
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G
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AS 2 7

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM28JQ U 1
AF RR1BM28TF C 1
AF RR1FS11JQ U 1
AF RR1CQ03JQ U 19
AF RR1CQ03TF C 541
BS 1 258 RR1BM28JQ
BS 259 424 RR1FS11JQ
BS 425 425 RR1CQ03JQ
BS 426 576 RR1FS11JQ
BS 577 577 RR1CQ03JQ
BS 578 618 RR1FS11JQ
BS 619 619 RR1CQ03JQ
BS 620 631 RR1FS11JQ
BS 632 632 RR1CQ03JQ
BS 633 681 RR1FS11JQ
BS 682 682 RR1CQ03JQ
BS 683 718 RR1FS11JQ
BS 719 731 RR1CQ03JQ
BS 732 1277 RR1CQ03TF

RD RR1BM28JQ 258 0 0
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AAAGAAAATGATATCTCC

QA 1 258 1 258
DS 

RD RR1BM28TF 258 0 0
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TTTGGTAAGCCAATAAAAAACTGCCAGACTGTCAGAAATAAAAAGAAAACACAGTTTGGT
TCCACTCTCGGGAAAAGCTTCAAGATCTCATTTCTTCCCACCACCGGAAACGTTGAACTT
AAAGAAAATGATATCTCC

QA 1 258 1 258
DS 

RD RR1FS11JQ 718 0 0
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TTTGGTAAGCCAATAAAAAACTGCCAGACTGTCAAAAATAAAAAGAAAACACAGTTTGGT
TCCACTCTCGGGAAAAGCTTCAAGATCTCATTTCTTCCCACCACCGGAAACGTTGAACTT
AAAGAAAATGATATCTCCATCCTGGACAACATATGTTTTCCCCTCCTGTCGGTATTTCCC
TGCGCCCTTGACTGCAGTTTCGTTGCCAAGTTCCTTGAGATCCTCAAATTTCATGACCTC
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TGACTGACGTCTTATTTGCCAGAACTTTACCTCATCAGGTCCTGCTGTAAAGAAATATAT
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ACCACTGAAAGGAATCATGATATCAGCACCGCGTTCCTGAACCCAAGCATGAATCTTAGG
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QA 1 718 1 718
DS 

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GG
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CAAGATCTCATTTCTTCCCACCACCGGAAACGTTGAACTTAAAGAAAATGATATCTCCAT
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CGTTGCCAAGTTCCTTGAGATCCTCAAATTTCATGACCTCGGCACAAATAAAACCTCTCT
CAAAATCAGTATGAATGGCGCCAGCAGCTTGAGGAGCCTTTGACAGACGTCTTATTTGCC
AGCACTTTACCTCATCAGGTCCTGCTGTAAAGAAATATATGAGGTTAATGGCTGAAAATC
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CTTCGTCTGGGAGCATATCAGCGAGACTCCTTTCAAAAACACCACTGAAAGGAATCATAA
TATCAGCACCGTGTTCCTGAACCCAAGCATGAATCTTAGGCAAGAACTTGTTTTTCTTCC
TCTGGTAGTCTCTCTCATTCATGTTAATCAAGTAAACAACAGGCTTAGCGG

QA 3 713 3 713
DS 

RD RR1CQ03TF 737 0 0
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AGGCTTAGCGGAAAGCAATTGGAAAGTGTTCAAAATCTCGATATCAGCTGCTTTCCAGTC
CCCAAAACGGACATCTTTTCCTTCTTCCAGCCAAGCTTTAACCTTAAGCAAGAGGTCAAG
TTCAACTTTGAGGGCCTTGTCATTGCTCCTCTTCATGCTCTTCTCCACATCTTCAACCTT
CTTTTTAATGAACTCAATATCCTTAAGCCGCAATTCTTCAGTAATGGTCTCCAAATCTCT
AACAGGATCAACGATATCATCGACATGAATGATATCAGGATCTTCAAACGCACGCAAAAC
ATGGAAGATGCCATCAACAGCACGAATATGGGACAAGAAGTTGTTCCCAAGACCCTGGCC
TTCATGAGCGCCTCTAACAAGCCCAGCAATGTCATGTATTTCCAAGAAAGCTGGAATCTC
ACTCTTAGGCTTGTATAATTGGCAAAGCCAATCGAACCTCTCGTCCGGGATATTCACGCG
CGCCTCGTTAGGCTCGATCGTACAGAAGGGGAAGTTCTCAGCTGGGATCGAAAGCTTCGT
GAGTGTGTTGAAAAGTC

QA 1 737 1 737
DS 



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CCGTCCTGAACAACATATGTTTTCCCCTCCTGTCTGTATTTCCCTGCCCCCTTGACTGCA
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TGCCAGCACTTCACCTCATCAGGCCCTGCTGTAAAGAAATATATGAGGTTAATAGCTGAA
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GCTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A062JQ U 178
AF RR1H743JQ U 1
BS 1 190 RR1H743JQ
BS 191 191 RR1A062JQ
BS 192 204 RR1H743JQ
BS 205 205 RR1A062JQ
BS 206 216 RR1H743JQ
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BS 218 242 RR1H743JQ
BS 243 243 RR1A062JQ
BS 244 398 RR1H743JQ
BS 399 399 RR1A062JQ
BS 400 607 RR1H743JQ

RD RR1A062JQ 355 0 0
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ATTTGCCAGCACTTCACCTCATCAGGTCCTGCTGTAAAGAAATATATGAGGTTA
C

QA 1 354 1 354
DS 

RD RR1H743JQ 607 0 0
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TTAGTAAAGCCAATATATAAAAAACTTTGGGAACAGAAAATACAGTTTTGGTTCATCTCT
CGAAGTTGTATAAAGCTTCAAGATGTGGAGAGGATATAACGAAATAGGTAAAAAGACAAG
AT*GGAATCTCTCATTTCTTCCCACCACCGGAAACGTTGAACTTGAAGAAAATGATATCT
CCGTCCTGAACAACATATGTTTTCCCCTCCTGTCTGTATTTCCCTGCCCCCTTGACTGCA
GTTTCATTGCCAAGTTCCTTGAGATCCTCAAACTTCATGACCTCGGCACAAATGAATCCT
CTCTCAAAATCAGTATGAATGGCCCCTGCAGCTTGAGGAGCCTTTGACTGACGTCTTATT
TGCCAGCACTTCACCTCATCAGGCCCTGCTGTAAAGAAATATATGAGGTTAATAGCTGAA
AATCCAGTTTTGATGATCCTCGGAAGAGCACTTTGCAGTTTGTTCCCCTCACAATACTTT
GCTGCTT

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 9

CO CL624Contig1 696 9 4 U
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ACCCAATCGGAACCCTAACATCGATCGGAGCTCGAATCCGAATCCACTGTCGTCTATAAT
CTCTTCCGCGCACGTTTGGCCGACGATCGACGGTCCGTTGGGGTTAACGGAGGAAGCATC
GGTGGATTACGCTCGTCGATTCTACAAGTTCGGATTCGCTCTGTTGCCCTGGCTCTGGGC
TGTCAACTGCTTCTACTTCTGGCCTGTCCTCCGTCACTCTCGTGCTTTCCCTCAGATCCG
CAATCATGTTGTTAGATCAGCTATTGGGTTCAGTGTCTTCACAGCTCTGCTTTCAGCGTG
GGCATTGACATTCTCGATAGGGGGAGAAGAGCTTTTTGGACCTGTTTGGGATAAGCTGGT
TATGTACAACGTTGCTGATCGTCTTGGCTTGTCTGGCTTGGCTTAGCCTCTCTCTCTCAT
TGTTGCTCTTGTTTCCCTTCTTATATATGCTTAGCAGTACTTGTTTGAGGAGATCCATGT
TGTGAATATAAGCTGGATATTCAACGTTCTATGAACCAAACAGCTCTTGATGTATGATCT
CTGTTGTATCTGCGTAGACCAAATAAGCTAATGGGCTTGATAGTGTAATGATTTGGCCCA
TAGATAGATGATTTCGGTAGCGTTTGACACCAAAAA


BQ
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1A265JQ C 11
AF RR1C780JQ C 11
AF RR1A265TF U 11
AF RR1C780TF U 11
AF RR1G178TF U 1
AF RR1GO30JQ C 10
AF RR1GO30TF U 10
AF RR1EI12TF U 30
AF RR1EI12JQ C 116
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AA

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G
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CACGTTTGGCCGACGATCGACGGTCCGTTGGGGTTAACGGAGGAAGCATCGGTGGATTAC
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GTTTCCCTTCTTATATATGCTTAGCAGTACTTGTTTGAGGAGATCCATGTTGTGAATATA
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C

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G
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CACGTTTGGCCGACGATCGACGGTCCGTTGGGGTTAACGGAGGAAGCATCGGTGGATTAC
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TTCTACTTCTGGCCTGTCCTCCGTCACTCTCGTGCTTTCCCTCAGATCCGCAATCATGTT
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GTTTCCCTTCTTATATATGCTTAGCAGTACTTGTTTGAGGAGATCCATGTTGTGAATATA
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C

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GGATTCGCTCTGTTGCCCTGGCTCTGGGCTGTCAACTGCTTCTACTTCTGGCCTGTCCTC
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CTTTTTGGACCTGTTTGGGATAAGCTGGTTATGTACAACGTTGCTGATCGTCTTGGCTTG
TCTGGCTTGGCTTAGCCTCTCTCTCTCATTGTTGCTCTTGTTTCCCTTCTTATATATGCT
TAGCAGTACTTGTTTGAGGAGATCCATGTTGTGAATATAAGCTGGATATTCAACGTTCTA
TGAACCAAACAGCTCTTGATGTATGATCTCTGTTATATCTGCGTAGACCAAATAAGCTAA
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AAAAA

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DS 

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TGGGCTGTCAACTGCTTCTACTTCTGGCCTGTCCTCCGTCACTCTCGTGCTTTCCCTTAG
ATCCGCAATCATGTTGTTAGATCAGCTATTGGGTTCAGTGTCTTCACAGCTCTGCTTTCA
GCGTGGGCATTGACATTCTCGATAGGGGGAGAAGAGCTTTTTGGACCTGTTTGGGATAAG
CTGGTTATGTACAACGTTGCTGATCGTCTTGGCTTGTCTGGCTTGGCTTAGCCTCTCTCT
CTCATTGTTGCTCTTGTTTCCCTTCTTATATATGCTTAGCAGTACTTGTTTGAGGAGATC
CATGTTGTGAATATAAGCTGGATATTCAACGTTCTATGAACCAAACAGCTCTTGATGTAT
GATCTCTGTTATATCTGCGTAGACCAAATAAGCTAATGGGCTTGATAGTGTAATGATTTG
GCCCATAGATAGATGATTTCGGTAGCGTTTGACACC

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DS 



AS 1 7

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GGGTCCCAGAGGTCAACTGAGAAAAAGAGCATCGGTGAGAAGAGATTCGAGATTCGCTAA
TCCTTGGAGTTGGAGGGGTGACCTGAGATTCACGACACAAACACACAATCATAATCATGT
GGAGAAGAATCGTCTCCTCTGGTCTCAAAACCCTAGCTTCCGATGTCGCCGCCGCTTCTC
CTCGCCGATCTATAGCCACCACCGTGAGACCCGTTGGCTTCTACCGATCAGCCAATCCCG
CTTCTTCTTCCCTTATCCCTCGCCATTTCAGTTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGGGAAGA
AGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATCGCAACTGGTCATGAAAAGGAGGAGCTTCAAGCTG
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AATCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTACTATGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTGGTG
AAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAAAGTCTTTTGAAT
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AACTCTCACGACCGTTGTTTTACTTTTGTAAGGATTCTTGAATCAGAATCATTCTTGCCT
TTTGCATATT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1HB25TF U 27
AF RR1AN10TF U 1
AF RR1C433JQ C 87
AF RR1C433TF U 1
AF RR1DE16TF U 109
AF RR1GL15JQ C 167
AF RR1HB25JQ C 667
BS 1 302 RR1AN10TF
BS 303 305 RR1C433TF
BS 306 606 RR1AN10TF
BS 607 607 RR1C433TF
BS 608 702 RR1AN10TF
BS 703 703 RR1C433TF
BS 704 739 RR1AN10TF
BS 740 762 RR1DE16TF
BS 763 827 RR1GL15JQ
BS 828 828 RR1HB25JQ
BS 829 850 RR1GL15JQ

RD RR1HB25TF 543 0 0
GG
GCATCGGTGAGAAGAGATTCGAGATTCGCTAATCCTTGGAGTTGGAGGGGTGACCTGAGA
TTCACGACACAAACACACAATCATAATCATGTGGAGAAGAATCGTCTCCTCTGGTCTCAA
AACCCTAGCTTCCGATGTCGCCGCCGCTTCTCCTCGCCGATCTATAGCCACCACCGTGAG
ACCCGTTGGCTTCTACCGATCAGCCAATCCCGCTTCTTCTTCCCTTATCCCTCGCCATTT
CAGTTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGGGAAGAAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATCGC
AACTGGTCATGAAAAGGAGGAGCTTCAAGCTGAACTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGACAT
TGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGGAATCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTACTA
TGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTGGTGAAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTG
GTTCTGGCTGGAGAAAGGAAAGTCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCT
G

QA 3 543 3 543
DS 

RD RR1AN10TF 739 0 0
GGGTCCCAGAGGTCAACTGAGAAAAAGAGCATCGGTGAGAAGAGATTCGAGATTCGCTAA
TCCTTGGAGTTGGAGGGGTGACCTGAGATTCACGACACAAACACACAATCATAATCATGT
GGAGAAGAATCGTCTCCTCTGGTCTCAAAACCCTAGCTTCCGATGTCGCCGCCGCTTCTC
CTCGCCGATCTATAGCCACCACCGTGAGACCCGTTGGCTTCTACCGATCAGCCAATCCCG
CTTCTTCTTCCCTTATCCCTCGCCATTTCAGTTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGGGAAGA
AG***GTGGAGGATGTTATGCCCATCGCAACTGGTCATGAAAAGGAGGAGCTTCAAGCTG
AACTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGACATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGG
AATCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTACTATGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTGGTG
AAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAAAGTCTTTTGAAT
GCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCTGATG
GTCACG*TGATGAAGACGATGAGCACCACCACTGATTCCGGCTTCTCCCTTGCGGCTGAG
TTTTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTTTTGACTGGAATAAAAAAACATATTGCTGCTGGTGA
AACACAGTTGAAATTGTTT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1C433JQ 644 0 0
GATTCACGACACAAACACACAATCATAATCATGTGTAGAAGAATCGTCTCCTCTGGTCTC
AAAACCCTAGCTTCCGATGTCGCCGCCGCTTCTCCTCGCCGATCTATAGCCACCACCGTG
AGACCCGTTGGCTTCTACCGATCAGCCAATCCCGCTTCTTCTTCCCTTATCCCTCGCCAT
TTCAGTTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGGGAAGAAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATC
GCAACTGGTCATGAAAAGGAGGAGCTTCAAGCTGAACTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGAC
ATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGGAATCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTAC
TATGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTGGTGAAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTG
TGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAAAGTCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAG
CTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCTGATGGTCACGGTGATGAAGACGATGAGCAC
CACCACTGATTCCGGCTTCTCCCTTGCGGCTGAGTTTTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTTT
TGACTGGAATAAAAAA*CATATTGCTGCTGGTGAAACACAG
CTG

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1C433TF 728 0 0
GGGTCCCAGAGGTCAACTGAGAAAAAGAGCATCGGTGAGAAGAGATTCGAGATTCGCTAA
TCCTTGGAGTTGGAGGGGTGACCTGAGATTCACGACACAAACACACAATCATAATCATGT
GTAGAAGAATCGTCTCCTCTGGTCTCAAAACCCTAGCTTCCGATGTCGCCGCCGCTTCTC
CTCGCCGATCTATAGCCACCACCGTGAGACCCGTTGGCTTCTACCGATCAGCCAATCCCG
CTTCTTCTTCCCTTATCCCTCGCCATTTCAGTTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGGGAAGA
AGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATCGCAACTGGTCATGAAAAGGAGGAGCTTCAAGCTG
AACTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGACATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGG
AATCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTACTATGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTGGTG
AAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAAAGTCTTTTGAAT
GCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCTGATG
GTCACGGTGATGAAGACGATGAGCACCACCACTGATTCCCGCTTCTCCCTTGCGGCTGAG
TTTTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTTTTGACTGGAATAAAAA**CATATTGCTGCTGGTGA
A
CACAGCT

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1DE16TF 657 0 0
GG
ATAATCATGTGGAGAAGAATCGCCTCCTCTGGTCTCAAAACCCTAGCTTCCGATGTCGCC
GCCGCTTCTCCTCGCCGATCTATAGCCACCACCGTGAGACCCGTTGGCTTCTACCGATCA
GCCAATCCCGCTTCTTCTTCCCTTATCTCTCGCCATTTCAGTTCCGAATCAGTTGAGACC
GTTGGGAAGAAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATCGCAACTGGTCATGAAAAGGAGGAG
CTTCAAGCTGAACTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGACATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTT*
*GAACTAAGGAATCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTACTATGACAAGCGTATTGTGGGATGC
CCTGGTGGTGAAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAAAG
TCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGG
CCTCCTGATGGTCACGGTGATGAAGACGATGAGCACCACCACTGATTCCGGCTTCTCCCT
TGCGGCTGAGTTTTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTTTTGACTGGAATAAAAAA*CATATTG
CTGCTGGTGAAACACAGTTGAAATTGTTTTTGATCCCTTGGGAACAGCACTT
CGT

QA 3 654 3 654
DS 

RD RR1GL15JQ 684 0 0
GT
CCGCCGCTTCTCCTCGCCGATCTATAGCCACCACCGTGAGACCCGTTGGCTTCTACCGAT
CAGCCAATCCCGCTTCTTCTTCCCTTATCCCTCGCCATTTCAGTTCCGAATCAGTTGAGA
CCGTTGGGAAGAAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATCGCAACTGGTCATGAAAAGGAGG
AGCTTCAAGCTGAACTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGACATTGACTTCCCTGAAGGTCCTT
TTGGAACTAAGGAATCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTACTATGACAAGCGTATTGTGGGAT
GCCCTGGTGGTGAAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAA
AGTCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTG
GGCCTCCTGATGGTCACGGTGATGAAGACGATGAGCACCACCACTGATTCCGGCTTCTCC
CTTGCGGCTGAGTTTTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTTTTGACTGGAATAAAAAA*CATAT
TGCTGCTGGTGAAACACAGTTGAAATTGTTTTTGATCCCTTGGGAACAGCACTTCGTTAT
CGGAAATGCCAAAACTCTCACGACCGTTGTTTTACTTTTGTAAGGATTCTTGAATCAGAC
TCATTCTTGCCTTTTGCATATT

QA 3 684 3 684
DS 

RD RR1HB25JQ 184 0 0
TTTTTGTTTTTAGTATTTTTTGACTGGAATAAAAAA*CATATTGCTGCTGGTGAAACACA
GTTGAAATTGTTTTTGATCCCTTGGGAACAGCACTTTGTTATCGGAAATGCCAAAACTCT
CACGACCGTTGTTTTACTTTTGTAAGGATTCTTGAATCAGAATCATTCTTGCCTTTTGCA
TATT

QA 1 184 1 184
DS 



AS 1 7

CO CL626Contig1 2082 7 7 U
TACCTGAAAAGCCCATGTATGAACAAGGATTGATTTTACTTCCCCACCTAGCCACTTTAG
GCTGGGGGGTAGGTCCTGGGGGAGAAGTTATAGACACCTTTCCATACTTTGTATCTGGAG
TACTTCACTTAATTTCTTCTGCAGTTTTGGGCTTTGGCGGTATTTATCATGCACTTCTGG
GACCCGAAACTCTTGAAGAATCTTTTCCATTTTTCGGTTATGTATGGAAAGATAGAAATA
AAATGACCACCATTTTGGGTATTCACTTAATTTTGTTAGGTGTAGGTGCTTTTCTTCTAG
TATTCAAGGCTCTCTATTTTGGGGGCGTATATGATACCTGGGCTCCAGGAGGGGGGGATG
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CTCCCTTTGGGGGAGAAGGATGGATTGTTAGTGTGGACGATTTGGAAGATATAATTGGAG
GGCATGTATGGTTAGGTTCCATTTGTATATTTGGTGGAATCTGGCATATCTTAACCAAAC
CTTTTGCATGGGCTCGCCGCGCACTTGTATGGTCTGGGGAGGCTTACTTGTCTTATAGTT
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CTTACCCTAGTGAGTTTTACGGACCTACAGGGCCAGAAGCTTCTCAAGCTCAAGCATTTA
CTTTTCTAGTTAGAGACCAACGTCTTGGAGCTAACGTGGGGTCTGCTCAAGGACCTACAG
GTTTAGGTAAATACTTAATGCGTTCCCCGACTGGAGAAGTTATTTTTGGAGGAGAAACAA
TGCGTTTTTGGGATCTGCGTGCTCCCTGGTTAGAACCTTTAAGGGGTCCTAATGGTTTGG
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TGACTCATGCTCCTTTAGGTTCCTTAAATTCTGTAGGGGGCGTAGCTACTGAGATCAATG
CAGTCAATTACGTCTCTCCGAGAAGTTGGTTATCTACCTCTCATTTTGTTCTAGGATTCT
TCCTATTCGTGGGTCATTTATGGCACGCGGGAAGAGCTCGGGCAGCGGCAGCAGGATTTG
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GTAGTTAAAATAGGAAAGTAAAAATCGGGTCATAGTAAAAAGTCTTCTTTCTTTCTTTCA
ATTCAATCTCCTTTTTTCTGGCTCGGCTATACTATCCAGCCGAGCCATTCTCCTTTTTTA
TGATGCTAAGAAGTAAAAAAGCCAATAAATAAAAAAATCTATTCATCCAACAAAAGGAGA
GAGGGATTCGAACCCTCGATAGTTATTTTTTATGAACTATACCGGTTTTCAAGACCGGAG
CCATCAACCACTCGGCCATCTCTCCGAAAGATAATTTCTATTTTATCTTTTTTTTCGCCA
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CTTTCTTTATAAGTCTATCAATTGGTCTATATAAATAAATGAGATACATGATCCAGTCTA
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TTAAAATTTTTTAGTGGGTAAGAGGATTAAATGGTGTATATTGTTAATAGCTTGGAGGAT
TAAAAACATGACTATTGCTTTTCAATTGGCTGTTTTTGCATTAATTATTACTTCATTAAT
CTTACTGATTAGTGTACCCGTTGTATTTGCGTCTCCTGATGGGTGGTCGAGTAACAAAAA
TGTTGTATTTTCTGGTACATCTTTATGGATTGGATTAGTCTTCTTGGTGGGTATCCTTAA
TTCTCTTATCTCTTGAATTCATTCGTTGCAGATCAAAAAATGAGATGACCCCTCCCATTC
CATGAATTACACATTCAAATTCAATATAAGTCCATAAAATGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW24TF U 1
AF RR1GY75TF U 257
AF RR1BR94JQ U 260
AF RR1BR94TF C 267
AF RR1CW24JQ C 594
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AF RR1DV24JQ C 1440
BS 1 676 RR1CW24TF
BS 677 878 RR1GY75TF
BS 879 920 RR1BR94JQ
BS 921 964 RR1BR94TF
BS 965 1053 RR1CW24JQ
BS 1054 1681 RR1DV24TF
BS 1682 2082 RR1DV24JQ

RD RR1CW24TF 676 0 0
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GCTGGGGGGTAGGTCCTGGGGGAGAAGTTATAGACACCTTTCCATACTTTGTATCTGGAG
TACTTCACTTAATTTCTTCTGCAGTTTTGGGCTTTGGCGGTATTTATCATGCACTTCTGG
GACCCGAAACTCTTGAAGAATCTTTTCCATTTTTCGGTTATGTATGGAAAGATAGAAATA
AAATGACCACCATTTTGGGTATTCACTTAATTTTGTTAGGTGTAGGTGCTTTTCTTCTAG
TATTCAAGGCTCTCTATTTTGGGGGCGTATATGATACCTGGGCTCCAGGAGGGGGGGATG
TAAGAAAAATTACAAACTTGACTCTTAGCCCAAGTGTTATATTTGGTTATTTACTAAAAT
CTCCCTTTGGGGGAGAAGGATGGATTGTTAGTGTGGACGATTTGGAAGATATAATTGGAG
GGCATGTATGGTTAGGTTCCATTTGTATATTTGGTGGAATCTGGCATATCTTAACCAAAC
CTTTTGCATGGGCTCGCCGCGCACTTGTATGGTCTGGGGAGGCTTACTTGTCTTATAGTT
TAGCTGCTTTATCTGTTTGTGGTTTCATTGCTTGTTGTTTTGTCTGGTTTAATAATACCG
CTTACCCTAGTGAGTT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1GY75TF 622 0 0
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TTTTGGGGGCGTATATGATACCTGGGCTCCAGGAGGGGGGGATGTAAGAAAAATTACAAA
CTTGACTCTTAGCCCAAGTGTTATATTTGGTTATTTACTAAAATCTCCCTTTGGGGGAGA
AGGATGGATTGTTAGTGTGGACGATTTGGAAGATATAATTGGAGGGCATGTATGGTTAGG
TTCCATTTGTATATTTGGTGGAATCTGGCATATCTTAACCAAACCTTTTGCATGGGCTCG
CCGCGCACTTGTATGGTCTGGGGAGGCTTACTTGTCTTATAGTTTAGCTGCTTTATCTGT
TTGTGGTTTCATTGCTTGTTGTTTTGTCTGGTTTAATAATACCGCTTACCCTAGTGAGTT
TTACGGACCTACAGGGCCAGAAGCTTCTCAAGCTCAAGCATTTACTTTTCTAGTTAGAGA
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GCGTGCTCCCTGGTTAGAACCT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1BR94JQ 661 0 0
TTGTGATTGTGT
TTTGTTGGGG**AGGTGCTTTTCTTCTAGTATTCAAGGCTCTCTATTTTGGGGGCGTATA
TGATACCTGGGCTCCAGGAGGGGGGGATGTAAGAAAAATTACAAACTTGACTCTTAGCCC
AAGTGTTATATTTGGTTATTTACTAAAATCTCCCTTTGGGGGAGAAGGATGGATTGTTAG
TGTGGACGATTTGGAAGATATAATTGGAGGGCATGTATGGTTAGGTTCCATTTGTATATT
TGGTGGAATCTGGCATATCTTAACCAAACCTTTTGCATGGGCTCGCCGCGCACTTGTATG
GTCTGGGGAGGCTTACTTGTCTTATAGTTTAGCTGCTTTATCTGTTTGTGGTTTCATTGC
TTGTTGTTTTGTCTGGTTTAATAATACCGCTTACCCTAGTGAGTTTTACGGACCTACAGG
GCCAGAAGCTTCTCAAGCTCAAGCATTTACTTTTCTAGTTAGAGACCAACGTCTTGGAGC
TAACGTGGGGTCTGCTCAAGGACCTACAGGTTTAGGTAAATACTTAATGCGTTCCCCGAC
TGGAGAAGTTATTTTTGGAGGAGAAACAATGCGTTTTTGGGATCTGCGTGCTCCCTGGTT
AGAACCTTTAAGGGGTCCTAATGGTTTGGACTTAAGTAGGTTGAAAAAA

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DS 

RD RR1BR94TF 699 0 0
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AGGTGCTTTTCTTCTAGTATTCAAGGCTCTCTATTTTGGGGGCGTATATGATACCTGGGC
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TGGTTATTTACTAAAATCTCCCTTTGGGGGAGAAGGATGGATTGTTAGTGTGGACGATTT
GGAAGATATAATTGGAGGGCATGTATGGTTAGGTTCCATTTGTATATTTGGTGGAATCTG
GCATATCTTAACCAAACCTTTTGCATGGGCTCGCCGCGCACTTGTATGGTCTGGGGAGGC
TTACTTGTCTTATAGTTTAGCTGCTTTATCTGTTTGTGGTTTCATTGCTTGTTGTTTTGT
CTGGTTTAATAATACCGCTTACCCTAGTGAGTTTTACGGACCTACAGGGCCAGAAGCTTC
TCAAGCTCAAGCATTTACTTTTCTAGTTAGAGACCAACGTCTTGGAGCTAACGTGGGGTC
TGCTCAAGGACCTACAGGTTTAGGTAAATACTTAATGCGTTCCCCGACTGGAGAAGTTAT
TTTTGGAGGAGAAACAATGCGTTTTTGGGATCTGCGTGCTCCCTGGTTAGAACCTTTAAG
GGGTCCTAATGGTTTGGACTTAAGTAGGTTGAAAAAAGACATACAACCTTGACAAGAACG
ACGTTCTGCAGAATATATGAC
C

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DS 

RD RR1CW24JQ 713 0 0
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AATACCGCTTACCCTAGTGAGTTTTACGGACCTACAGGGCCAGAAGCTTCTCAAGCTCAA
GCATTTACTTTTCTAGTTAGAGACCAACGTCTTGGAGCTAACGTGGGGTCTGCTCAAGGA
CCTACAGGTTTAGGTAAATACTTAATGCGTTCCCCGACTGGAGAAGTTATTTTTGGAGGA
GAAACAATGCGTTTTTGGGATCTGCGTGCTCCCTGGTTAGAACCTTTAAGGGGTCCTAAT
GGTTTGGACTTAAGTAGGTTGAAAAAAGACATACAACCTTGGCAAGAACGACGTTCTGCA
GAATATATGACTCATGCTCCTTTAGGTTCCTTAAATTCTGTAGGGGGCGTAGCTACTGAG
ATCAATGCAGTCAATTACGTCTCTCCGAGAAGTTGGTTATCTACCTCTCATTTTGTTCTA
GGATTCTTCCTATTCGTGGGTCATTTATGGCACGCGGGAAGAGCTCGGGCAGCGGCTGCA
GGATTTGAAAAAGGAATTGATCGTGATTTTGAACCTGTTCTTTCTATGACTCCTCTTAAC
TAAAGTAGTAGTTAAAATAGGAAAGTAAAAATCGGGTCATAGTAAAAAGTCTTCTTTCTT
TCTTTCAATTCAATCTCCTTTTTTCTGGCTCGGCTATACTATCCAGCCGAGCC

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DS 

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G
CTACCTCTCATTTTGTTCTAGGATTCTTCCTATTCGTGGGTCATTTATGGCACGCGGGAA
GAGCTCGGGCAGCGGCAGCAGGATTTGAAAAAGGAATTGATCGTGATTTTGAACCTGTTC
TTTCTATGACTCCTCTTAACTAAAGTAGTAGTTAAAATAGGAAAGTAAAAATCGGGTCAT
AGTAAAAAGTCTTCTTTCTTTCTTTCAATTCAATCTCCTTTTTTCTGGCTCGGCTATACT
ATCCAGCCGAGCCATTCTCCTTTTTTATGATGCTAAGAAGTAAAAAAGCCAATAAATAAA
AAAATCTATTCATCCAACAAAAGGAGAGAGGGATTCGAACCCTCGATAGTTATTTTTTAT
GAACTATACCGGTTTTCAAGACCGGAGCCATCAACCACTCGGCCATCTCTCCGAAAGATA
ATTTCTATTTTATCTTTTTTTTCGCCAAATAGAACATAGCTCGATGAGTTAATACGATCA
CTATGTAGAAAAAGATATAGGGTGTGACTTTCTTTATAAGTCTATCAATTGGTCTATATA
AATAAATGAGATACATGATCCAGTCTACCCATTTGTGAAGTCAAAAAGAACCTTTAACTT
CATGTCCGAATAGAATAAAAGTGGTAAA

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DS 

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ACTTTCTTTATAAGTCTATCAATTGGTCTATATAAATAAATGAGATACATGATCCAGTCT
ACCCATTTGTGAAGTCAAAAAGAACCTTTAACTTCATGTCCGAATAGAATAAAAGTGGTA
AAAAGAAGTTGGAAATAAGGCATCTCGAATAAACGGATTTATGATAAAATCCCTTTATTT
ATTAAAATTTTTTAGTGGGTAAGAGGATTAAATGGTGTATATTGTTAATAGCTTGGAGGA
TTAAAAACATGACTATTGCTTTTCAATTGGCTGTTTTTGCATTAATTATTACTTCATTAA
TCTTACTGATTAGTGTACCCGTTGTATTTGCGTCTCCTGATGGGTGGTCGAGTAACAAAA
ATGTTGTATTTTCTGGTACATCTTTATGGATTGGATTAGTCTTCTTGGTGGGTATCCTTA
ATTCTCTTATCTCTTGAATTCATTCGTTGCAGATCAAAAAATGAGATGACCCCTCCCATT
CCATGAATTACACATTCAAATTCAATATAAGTCCATAAAATGC

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 8

CO CL627Contig1 721 8 6 U
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CTAAAGAATTTTTTGGTTATCAACAAAGAGTAGTCTTTTTAAAGGGAAACTTCAACATTT
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CGTGTTCACGAGCAGCAGCGGCAAGAGCTTCAATGCGACCATGGTAAGGGTAACCACCAC
GGTCAAATGCCACCTTTGTGATCCCTTTCTCCAAGCATGATTTCGCTATCACTTCCCCTA
CTTTCTTCGCCACCTCAATGGTAGGTCCAGAGGTGTAGTCAAACTCCTCAGAGATGGGTT
TCTGCTTGGTGGAAGCTGAAGCTAAAGTGTGCATCTTGGTGTCATCAATCACTTGCACAT
AGAGATGCTTGTTTGAGCGAAACACGCACATCCTTGGCCTCTCCGTTGTACCGTTAACCT
TCTTGCGGATGCGAGAGTGGCGGGCGATTCTGTCTTCGCTGCTGGTTTTGGTTTTGGCTT
CAACCACGAGCATGGACCCAGACTTGAGCAGCGACGGAGGCGACCATGGTTTCAGAAAAA
CGGCACGGTGTTGCAGTCCGCTTCCTAAGAACGCATTGCGGTTAGTTAAGAGGCTCACCG
AACCACACCCACTCACGCTCGTCATTTTAGCTCTCTCGCTCTTTGGTTGTGTAAGCAAAA
A


BQ
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30 

AF RR1A886JQ U 91
AF RR1A886TF C 91
AF RR1B669JQ U 75
AF RR1B669TF C 75
AF RR1CM62TF C 1
AF RR1CM62JQ U 2
AF RR1CH95JQ U 116
AF RR1CH95TF C 116
BS 1 1 RR1CM62TF
BS 2 251 RR1CM62JQ
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RD RR1A886JQ 626 0 0
C
AGTCTTTTTAAAGGGAAACTTCAACATTTCAATGGATAGTTCCGCAGAAACAAAAGGGAT
AAGAAAAAACAAGAGTTAAAACTGAAGACCGTGTTCACGAGCAGCAGCGGCAAGAGCTTC
AATGCGACCATGGTAAGGGTAACCACCACGGTCAAATGCCACCTTTGTGATCCCTTTCTC
CAAGCATGATTTCGCTATCACTTCCCCTACTTTCTTCGCCACCTCAATGGTAGGTCCAGA
GGTGTAGTCAAACTCCTCAAAGATGGGTTTCTGCTTGGTGGAAGCTGAAGCTAAAGTGGG
CATCTTGGTGTCATCAATCACTTGCACATAGAGATGCTTGTTTGAGCGAAACACGCACAT
CCTTGGCCTCTCCGTTGTACCGTTAACCTTCTTGCGGATGCGAGAGTGGCGGGCAATTCT
GTCTTCGCTGCTGGTTTTGGTTTTGGCTTCAACCACGAGCATGGACCCAGACTTGAGCAG
CGACGGAGGCGACCATGGTTTCAGAAAAACGGCACGGTGTTGCAGTCCGCTTCCTAAGAA
CGCATTGCGGTTAGTTAAGAGGCTCACCGAACCACACCCACTCACGCTCGTCATTTTAGC
TCTCTCGCTCTTTGGTTGTGTAAGC

QA 2 626 2 626
DS 

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C
AGTCTTTTTAAAGGGAAACTTCAACATTTCAATGGATAGTTCCGCAGAAACAAAAGGGAT
AAGAAAAAACAAGAGTTAAAACTGAAGACCGTGTTCACGAGCAGCAGCGGCAAGAGCTTC
AATGCGACCATGGTAAGGGTAACCACCACGGTCAAATGCCACCTTTGTGATCCCTTTCTC
CAAGCATGATTTCGCTATCACTTCCCCTACTTTCTTCGCCACCTCAATGGTAGGTCCAGA
GGTGTAGTCAAACTCCTCAGAGATGGGTTTCTGCTTGGTGGAAGCTGAAGCTAAAGTGGG
CATCTTGGTGTCATCAATCACTTGCACATAGAGATGCTTGTTTGAGCGAAACACGCACAT
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GTCTTCGCTGCTGGTTTTGGTTTTGGCTTCAACCACGAGCATGGACCCAGACTTGAGCAG
CGACGGAGGCGACCATGGTTTCAGAAAAACGGCACGGTGTTGCAGTCCGCTTCCTAAGAA
CGCATTGCGGTTAGTTAAGAGGCTCACCGAACCACACCCACTCACGCTCGTCATTTTAGC
TCTCTCGCTCTTTGGTTGTGTAAGC

QA 2 626 2 626
DS 

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GA
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AGAAACAAAAGGGATAAGAAAAAACAAGAGTTAAAACTGAAGACCGTGTTCACGAGCAGC
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TGTGATCCCTTTCTCCAAGCATGATTTCGCTATCACTTCCCCTACTTTCTTCGCCACCTC
AATGGTAGGTCCAGAGGTGTAGTCAAACTCCTCAGAGATGGGTTTCTGCTTGGTGGAAGC
TGAAGCTAAAGTGTGCATCTTGGTGTCATCAATCACTTGCACATAGAGATGCTTGTTTGA
GCGAAACACGCACATCCTTGGCCTCTCCGTTGTACCGTTAACCTTCTTGCGGATGCGAGA
GTGGCAGGCGATTCTGTCTTCGCTGCTGGTTTTGGTTTTGGCTTCAACCACGAGCATGGA
CCCAGACTTGAGCAGCGACGGAGGCGACCATGGTTTCAGAAAAACGGCACGGTGTTGCAG
TCCGCTTCCTAAGAACGCATTGCGGTTAGTTAAGAGGCTCACCGAACCACACCCACTCAC
GCTCGTCATTTTAGCTCTCTCGCTCTTT
CC

QA 3 630 3 630
DS 

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GA
TTATCAACAAAGAGTAGTCTTTTTAAAGGGAAACTTCAACATTTCAATGGATAGTTCCGC
AGAAACAAAAGGGATAAGAAAAAACAAGAGTTAAAACTGAAGACCGTGTTCACGAGCAGC
AGCGGCAAGAGCTTCAATGCGACCATGGTAAGGGTAACCACCACGGTCAAATGCCACCTT
TGTGATCCCTTTCTCCAAGCATGATTTCGCTATCACTTCCCCTACTTTCTTCGCCACCTC
AATGGTAGGTCCAGAGGTGTAGTCAAACTCCTCAGAGATGGGTTTCTGCTTGGTGGAAGC
TGAAGCTAAAGTGTGCATCTTGGTGTCATCAATCACTTGCACATAGAGATGCTTGTTTGA
GCGAAACACGCACATCCTTGGCCTCTCCGTTGTACCGTTAACCTTCTTGCGGATGCGAGA
GTGGCAGGCGATTCTGTCTTCGCTGCTGGTTTTGGTTTTGGCTTCAACCACGAGCATGGA
CCCAGACTTGAGCAGCGACGGAGGCGACCATGGTTTCAGAAAAACGGCACGGTGTTGCAG
TCCGCTTCCTAAGAACGCATTGCGGTTAGTTAAGAGGCTCACCGAACCACACC

QA 3 595 3 595
DS 

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CTAAAGAATTTTT*GGTTATCAACAAAGAGTAGTCTTTT*AAAGGGAAACTTCAACATTT
CAATGGATAGTTCCGCAGAAACAAAAGGGATAAGAAAAAACAAGAGTTAAAACTGAAGAC
CGTGTTCACGAGCAGCAGCGGCAAGAGCTTCAATGCGACCATGGTAAGGGTAACCACCAC
GGTCAAATGCCGCCTTTGTGATCCCTTTCTCCAAGCATGATTTCGCTATCACTTCCCCTA
CTTTCTTCGCCACCTCAATGGTAGGTCCAGAGGTGTAGTCAAACTCCTCAGAGATGGGTT
TCTGCTTGGTGGAAGCTGAAGCTAAAGTGTGCATCTTGGTGTCATCAATCACTTGCACAT
AGAGATGCTTGTTTGAGCGAAACACGCACATCCTTGGCCTCTCCGTTGTACCGTTAACCT
TCTTGCGGATGCGAGAGTGGCGGGCGATTCTGTCTTCGCTGCTGGTTTTGGTTTTGGCTT
CAACCACGAGCATGGACCCAGACTTGAGCAGCGACGGAGGCGACCATGGTTTCAGAAAAA
CGGCACGGTGTTGCAGTCCGCTTCCTAAGAACGCATTGCGGTTAGTTAAGAGGCTCACCG
AACCACACCCACTCACGCTCGTCATTTTAGCTCTCTCGCTCTTTGGTTGTGTAAGCAAAA
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1CM62JQ 720 0 0
GGTGTTTGAATGTGTTGCCATTGATGATGATTAGCTCTTTTCACATTCAGAGAACGCCAC
TAAAGAATTTTTTGGTTATCAACAAAGAGTAGTCTTTTTAAAGGGAAACTTCAACATTTC
AATGGATAGTTCCGCAGAAACAAAAGGGATAAGAAAAAACAAGAGTTAAAACTGAAGACC
GTGTTCACGAGCAGCAGCGGCAAGAGCTTCAATGCGACCATGGTAAGGGTAACCACCACG
GTCAAATGCCGCCTTTGTGATCCCTTTCTCCAAGCATGATTTCGCTATCACTTCCCCTAC
TTTCTTCGCCACCTCAATGGTAGGTCCAGAGGTGTAGTCAAACTCCTCAGAGATGGGTTT
CTGCTTGGTGGAAGCTGAAGCTAAAGTGTGCATCTTGGTGTCATCAATCACTTGCACATA
GAGATGCTTGTTTGAGCGAAACACGCACATCCTTGGCCTCTCCGTTGTACCGTTAACCTT
CTTGCGGATGCGAGAGTGGCGGGCGATTCTGTCTTCCCTGCTGGTTTTGGTTTTGGCTTC
AACCACGAGCATGGACCCAGACTTGAGCAGCGACGGAGGCGACCATGGTTTCAGAAAAAC
GGCACGGTGTTGCAGTCCGCTTCCTAAGAACGCATTGCGGTTAGTTAAGAGGCTCACCGA
ACCACACCCACTCACGCTCGTCATTTTAGCTCTCTCGCTCTTTGGTTGTGTAAGCAAAAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1CH95JQ 606 0 0
CATTTCAATGGATAGTTCCGCAGAAACAAAAGGGATAAGAAAAAACAAGAGTTAAAACTG
AAGACCGTGTTCACGAGCAGCAGCGGCAAGAGCTTCAATGCGACCATGGTAAGGGTAACC
ACCACGGTCAAATGCCACCTTTGTGATCCCTTTCTCCAAGCATGATTTCGCTATCACTTC
CCCTACTTTCTTCGCCACCTCAATGGTAGGTCCAGAGGTGTAGTCAAACTCCTCAGAGAT
GGGTTTCTGCTTGGTGGAAGCTGAAGCTAAAGTGTGCATCTTGGTGTCATCAATCACTTG
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AACCTTCTTGCGGATGCGAGAGTGGCGGGCGATTCTGTCTTCGCTGCTGGTTTTGGTTTT
GGCTTCAACCACGGGCATGGACCCAGACTTGAGCAGCGACGGAGGCGACCATGGTTTCAG
AAAAACGGCACGGTGTTGCAGTCCGCTTCCTAAGAACGCATTGCGGTTAGTTAAGAGGCT
CACCGAACCACACCCACTCACGCTCGTCATTTTAGCTCTCTCGCTCTTTGGTTGTGTAAG
CAAAAA

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1CH95TF 606 0 0
CATTTCAATGGATAGTTCCGCAGAAACAAAAGGGATAAGAAAAAACAAGAGTTAAAACTG
AAGACCGTGTTCACGAGCAGCAGCGGCAAGAGCTTCAATGCGACCATGGTAAGGGTAACC
ACCACGGTCAAATGCCACCTTTGTGATCCCTTTCTCCAAGCATGATTTCGCTATCACTTC
CCCTACTTTCTTCGCCACCTCAATGGTAGGTCCAGAGGTGTAGTCAAACTCCTCAGAGAT
GGGTTTCTGCTTGGTGGAAGCTGAAGCTAAAGTGTGCATCTTGGTGTCATCAATCACTTG
CACATAGAGATGCTTGTTTGAGCGAAACACGCACATCCTTGGCCTCTCCGTTGTACCGTT
AACCTTCTTGCGGATGCGAGAGTGGCGGGCGATTCTGTCTTCGCTGCTGGTTTTGGTTTT
GGCTTCAACCACGGGCATGGACCCAGACTTGAGCAGCGACGGAGGCGACCATGGTTTCAG
AAAAACGGCACGGTGTTGCAGTCCGCTTCCTAAGAACGCATTGCGGTTAGTTAAGAGGCT
CACCGAACCACACCCACTCACGCTCGTCATTTTAGCTCTCTCGCTCTTTGGTTGTGTAAG
CAAAAA

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 8

CO CL628Contig1 770 8 14 U
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CTTCTAGTTATACAAAGAAGATTCAGAGAGTACAAATCTTTTTCCCAGTTTTTTTTT*AA
GAAAAAGGATTCAGATAAAATAACCTTAAAGAGTTTCACCATATATAATGTTATTTAAAT
GACAACGATCGTTCTCCTTTTGCGACTCCATCATCAAGCGCCACTTGCATATAGACGAGT
CCACTCCTTAGCTGTCTCCACGGCTTCTGCTTCATTACTCTTCCAATGCTTAGCTATGTT
CTCAGACAGTGGATCATCTGGGTTTGGTGCACTTAGGAGAGCTTGAATACTCAAGAGCAC
AGTTCTTATTTGAAGCGCAGGACTCCACTTGTCTTTCAGTATGTCAAGGCAGATCCTTCC
GAGCTTGTCAATGTTAGGATGGTATATCTTGGTGAGAAACCTAACTTTGGGAGCTGCCAT
AGGGTATTCTTCAGGCAAAAAGAGCTCCAGCTTGAAAACACCTCCTTCATAAGGAGACTG
GGTAGGACCAAGGATCATGACATTGAAATAACGCATATTTTCCTCTGACGGAGACGCACT
TATCCCCGGAGCAGGTTCACTAAGTAGACGCTGAGTTTCCTTGATGATTCTTCGCGGAAG
ATTGCTATTCACCATTATTAACGGATTCGATCGATCTTCAAAGAAGAATTTAGGGTTTTT
GAGAGAGAGAGAAGGAAGGTAAAGGTCGAGACGCACGGTGGTTATCCCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1H508JQ U 1
AF RR1FV32JQ U 22
AF RR1H508TF C 1
AF RR1FX90JQ U 22
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AF RR1FV32TF C 199
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AF RR1G870TF C 151
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RD RR1H508JQ 709 0 0
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QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1FV32JQ 644 0 0
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AAGTAGACGCTGAGTTTCCTTGATGATTCTTCGCGGAAGATTGC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1H508TF 765 0 0
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GAAAAAGGATTCAGATAAAATAACCTTAAAGGGTTTCACCATATATAATGTTATTTAAAT
GACAACAATCGTTCTCCTTTTGCGACTCCATCATCAAGCGCCACTTGCATATAGACGAGT
CCACTCCTTAGCTGTCTCCACGGCTTCTGCTTCATTACTCTTCCAATGCTTAGCTATGTT
CTCAGACAGTGGATCATCTGGGTTTGGTGCACTTAGGAGAGCTTGAATACTCAAGAGCAC
AGTTCTTATTTGAAGCGCAGGACTCCACTTGTCTTTCAGTATGTCAAGGCAGATCCTTCC
GAGCTTGTCAATGTTAGGATGGTATATCTTGGTGAGAAACCTAACTTTGGGAGCTGCCAT
AGGGTATTCTTCAGGCAAAAAGAGCTCCAGCTTGAAAACACCTCCTTCATAAGGAGATTG
GGTAGGACCAAGGATCATGACATTGAAATAACGCATATTTTCCTCTGACGGAGACGCACT
TATCCCCGGAGCAGGTTCACTAAGTAGACGCTGAGTTTCCTTGATGATTCTTCGCGGAAG
ATTGCTATTCGCCATTATTAACGGATTCGATCGATCTTCAAAGAAGAATTTAGGGTTTTT
GAGAGAGAGAGAAGGAGGGTAAAGGTCGAGACGCACGGTGGTT
CC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1FX90JQ 708 0 0
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TTCAGAGAGTACAAATCTTTTTCCCAGTTTTTTTTT*AAGAAAAAGGATTCAGATAAAAT
AACCTTAAAGAGTTTCACCATATATAATGTTATTTAAATGACAACGATCGTTCTCCTTTT
GCGACTCCATCATCAAGCGCCACTTGCATATAGACGAGTCCACTCCTTAGCTGTCTCCAC
GGCTTCTGCTTCATTACTCTTCCAATGCTTAGCTATGTTCTCAGACAGTGGATCATCTGG
GTTTGGTGCACTTAGGAGAGCTTGAATACTCAAGAGCACAGTTCTTATTTGAAGCGCAGG
ACTCCACTTGTCTTTCAGTATGTCAAGGCAGATCCTTCCGAGCTTGTCAATGTTAGGATG
GTATATCTTGGTGAGAAACCTAACTTTGGGAGCTGCCATAGGGTATTCTTCAGGCAAAAA
GAGCTCCAGCTTGAAAACACCTCCTTCATAAGGAGACTGGGTAGGACCAAGGATCATGAC
ATTGAAATAACGCATATTTTCCTCTGACGGAGACGCACTTATCCCCGGAGCAGGTTCACT
AAGTAGACGCTGAGTTTCCTTGATGATTCTTCGCGGAAGATTGCTATTCACCATTATTAA
CGGATTCGATCGATCTTCAAAGAAGAATTTAGGGTTTTTGAGAGAGAG

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DS 

RD RR1G870JQ 749 0 0
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TTCAGAGAGTACAAATCTTTTTCCCAGTTTTTTTTT*AAGAAAAAGGATTCAGATAAAAT
AACCTTAAAGAGTTTCACCATATATAATGTTATTTAAATGACAACGATCGTTCTCCTTTT
GCGACTCCATCATCAAGCGCCACTTGCATATAGACGAGTCCACTCCTTAGCTGTCTCCAC
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GTTTGGTGCACTTAGGAGAGCTTGAATACTCAAGAGCACAGTTCTTATTTGAAGCGCAGG
ACTCCACTTGTCTTTCAGTATGTCAAGGCAGATCCTTCCGAGCTTGTCAATGTTAGGATG
GTATATCTTGGTGAGAAACCTAACTTTGGGAGCTGCCATAGGGTATTCTTCAGGCAAAAA
GAGCTCCAGCTTGAAAACACCTCCTTCATAAGGAGACTGGGTAGGACCAAGGATCATGAC
ATTGAAATAACGCATATTTTCCTCTGACGGAGACGCACTTATCCCCGGAGCAGGTTCACT
AAGTAGACGCTGAGTTTCCTTGATGATTCTTCGCGGAAGATTGCTATTCACCATTATTAA
CGGATTCGATCGATCTTCAAAGAAGAATTTAGGGTTTTTGAGAGAGAGAGAAGGAAGGTA
AAGGTCGAGACGCACGGTGGTTATCCC
CT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1FV32TF 570 0 0
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CACGGCTTCTGCTTCGTTACTCTTCCAATGCTTAGCTATGTTCTCAGACAGTGGATCATC
TGGGTTTGGTGCACTTAGGAGAGCTTGAATACTCAAGAGCACAGTTCTTATTTGAAGCGC
AGGACTCCACTTGTCTTTCAGTATGTCAAGGCAGATCCTTCCGAGCTTGTCAATGTTAGG
ATGGTAGATCTTGGTGAGAAACCTAACTTTGGGAGCTGCCATAGGGTATTCTTCAGGCAA
AAAGAGCTCCAGCTTGAAAACACCTCCTTCATAAGGAGACTGGGTAGGACCAAGGATCAT
GACATTGAAATAACGCATATTTTCCTCTGACGGAGACGCACTTATCCCCGGAGCAGGTTC
ACTAAGTAGACGCTGAGTTTCCTTGATGATTCTTCGCGGAAGATTGCTATTCGCCATTAT
TAACGGATTCGATCGATCTTCAAAGAAGAATTTAGGGTTTTTGAGAGAGAGAGAAGGAAG
GTAAAGGTCGAGACGCACGGTGGTTATCCC

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1FX90TF 711 0 0
TCTTCTAGTTATACAAAGAAGATTCAGAGAGTACAAATCTTTTTCCCAGTTTTTTTTT*A
AGAAAAAGGATTCAGATAAAATAACCTTAAAGAGTTTCACCATATATAATGTTATTTAAA
TGACAACGATCGTTCTCCTTTTGCGACTCCATCATCAAGCGCCACTTGCATATAGACGAG
TCCACTCCTTAGCTGTCTCCACGGCTTCTGCTTCATTACTCTTCCAATGCTTAGCTATGT
TCTCAGACAGTGGATCATCTGGGTTTGGTGCACTTAGGAGAGCTTGAATACTCAAGAGCA
CAGTTCTTATTTGAAGCGCAGGACTCCACTTGTCTTTCAGTATGTCAAGGCAGATCCTTC
CGAGCTTGTCAATGTTAGGATGGTATATCTTGGTGAGAAACCTAACTTTGGGAGCTGCCA
TAGGGTATTCTTCAGGCAAAAAGAGCTCCAGCTTGAAAACACCTCCTTCATAAGGAGACT
GGGTAGGACCAAGGATCATGACATTGAAATAACGCATATTTTCCTCTGACGGAGACGCAC
TTATCCCCGGAGCAGGTTCACTAAGTAGACGCTGAGTTTCCTTGATGATTCTTCGCGGAA
GATTGCTATTCACCATTATTAACGGATTCGATCGATCTTCAAAGAAGAATTTAGGGTTTT
TGAGAGAGAGAGAAGGAAGGTAAAGGTCGAGACGCACGGTGGTTATCCCCT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1G870TF 620 0 0
GAGTTTCACCATATATAATGTTATTTAAATGACAACGATCGTTCTCCTTTTGCGACTCCA
TCATCAAGCGCCACTTGCATATAGACGAGTCCACTCCTTAGCTGTCTCCACGGCTTCTGC
TTCATTACTCTTCCAATGCTTAGCTATGTTCTCAGACAGTGGATCATCTGGGTTTGGTGC
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GTCTTTCAGTATGTCAAGGCAGATCCTTCCGAGCTTGTCAATGTTAGGATGGTATATCTT
GGTGAGAAACCTAACTTTGGGAGCTGCCATAGGGTATTCTTCAGGCAAAAAGAGCTCCAG
CTTGAAAACACCTCCTTCATAAGGAGACTGGGTAGGACCAAGGATCATGACATTGAAATA
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CTGAGTTTCCTTGATGATTCTTCGCGGAAGATTGCTATTCACCATTATTAACGGATTCGA
TCGATCTTCAAAGAAGAATTTAGGGTTTTTGAGAGAGAGAGAAGGAAGGTAAAGGTCGAG
ACGCACGGTGGTTATCCC
CT

QA 1 618 1 618
DS 



AS 2 8

CO CL629Contig1 1450 6 22 U
GGATCAACTTCATTAGTCTTCTTCATTGTTATTGCTATCTCTCTCACTCTCTGTTTTGTC
CAAAAATGGCCCTTCAAGCCGCTTCTTTGGTCTCCTCTGCTTTCTCTGTCCGAAAAGATG
TAAAACTGAATGCTTCTTCATCATCCTTCAAGGACTCGAGTCTCTTTGGTGCCTCCTTTG
CCGATCAGATCAAATCCGAACATGGCTCTTCCTCGCTAAGATTCAAGAGGAATGTAGCGA
TTAGAGCTCAAACCGCCGCAACTTCAAGCCCCTCCATCACAAAATCTCCAGTTGACGGCA
AGAAGACCTTGAGGAAAGGCAACGTGGTGGTCACGGGAGCTTCGTCAGGGTTAGGTCTAG
CCACGGCCAAAGCCCTCGCCGAGACGGGGAAATGGCACGTGATAATGGCGTGCAGGGACT
TCCTCAAAGCCGAGAGAGCGGCCAAATCCGCAGGGATGCCTAAAGACAGCTACACGGTGA
TGCATCTAGACTTGGCTTCGTTAGACAGCGTGAGACAGTTCGTCGATAGCTTCAGGAGAT
CGGAGATGCCTCTCGATGTTTTGGTCTGCAACGCTGCTGTCTATTTCCCGACAGCTAAAG
AACCTACCTACAGCGCAGAAGGGTTTGAGCTTAGCGTTGCGACCAATCACTTGGGACATT
TTCTTCTCTCGAGGTTGTTGCTTGATGACTTGAAGAAGTCTGATTACCCTTCAAAGCGTC
TCATCATTGTCGGATCCATTACAGGGAACACGAATACATTGGCTGGTAACGTACCACCTA
AAGCTAACCTAGGCGACTTGAGAGGCTTAGCGGGAGGCTTGAACGGTTTGAACAGCTCGG
CGATGATCGATGGAGGAGATTTCGACGGTGCAAAGGCTTACAAAGACAGCAAAGTGTGCA
ACATGTTGACGATGCAAGAGTTTCACAGGCGTTACCATGAAGAAACAGGAATCACATTCG
CTTCGCTTTACCCTGGTTGCATCGCCTCCACAGGTTTATTCAGAGAGCACATCCCGCTTT
TCCGAACACTATTCCCTCCGTTTCAGAAGTACATCACCAAAGGATACGTCTCCGAGACAG
AGTCTGGCAAAAGACTTGCTCAGGTGGTGAGTGATCCGAGTTTGACGAAATCAGGAGTGT
ACTGGAGCTGGAACAAAGCTTCGGCTTCTTTTGAGAACCAGTTGTCAGAAGAAGCGAGTG
ATGTTGAGAAGGCTCGTAAAGTTTGGGAGATCAGTGAGAAGCTCGTTGGCTTGGCCTAAG
ACGGACTTCAAAGTCTCTTTCTCTTGATGAGACCTCTCTGTTACCACCTACCAACTGATG
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TTAGTGCATGTTGAGTGTAGCTCTGTTTGGCGAATAGCCCACAATAATGAAATAAAAGTT
GGTGTCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B587TF U 1
AF RR1E913TF U 433
AF RR1DI48TF U 545
AF RR1B587JQ C 655
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CAAAAATGGCCCTTCAAGCCGCTTCTTTGGTCTCCTCTGCTTTCTCTGTCCGAAAAGATG
TAAAACTGAATGCTTCTTCATCATCCTTCAAGGACTCGAGTCTCTTTGGTGCCTCCTTTG
CCGATCAGATCAAATCCGAACATGGCTCTTCCTCGCTAAGATTCAAGAGGAATGTAGCGA
TTAGAGCTCAAACCGCCGCAACTTCAAGCCCCTCCATCACAAAATCTCCAGTTGACGGCA
AGAAGACCTTGAGGAAAGGCAACGTGGTGGTCACGGGAGCTTCGTCAGGGTTAGGTCTAG
CCACGGCCAAAGCCCTCGCCGAGACGGGGAAATGGCACGTGATAATGGCGTGCAGGGACT
TCCTCAAAGCCGAGAGAGCGGCCAAATCCGCGGGGATGCCTAAAGACAGCTACACGGTGA
TGCATCTAGACTTGGCTTCGTTAGACAGCGTGAGACAGTTCGTCGATAGCTTCAGGAGAT
CGGAGATGCCTCTCGATGTTTTGGTCTGCAACGCTGCTGTCTATTTCCCGACAGCTAAAG
AACCTACCTACAGCGCAGAAGGGTTTGAGCTTAGCGTTGCCACCAATCATTTGGGACATT
TTCTTCTCTCGAGGTTGTTGCTTGATGACTTGAAGAAGTCTGATTACCCTTCAAAGCGTC
TCATCATTGTCGGATCCATTA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1E913TF 720 0 0
G
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GGCTTCGTTAGACAGTGTGAGACAGTTCGTTGATAGCTTCAGGAGATCGGAGATGCCTCT
CGATGTTTTGGTCTGCAACGCTGCTGTCTATTTCCCGACAGCTAAAGAACCTACCTACAG
CGCAGAAGGGTTTGAGCTTAGCGTTGCGACCAATCACTTGGGACATTTTCTTCTCTCGAG
GCTGTTGCTTGATGACTTGAAGAAGTCTGATTACCCTTCAAAGCGTCTCATCATTGTCGG
ATCCATTACAGGGAACACGAATACATTGGCTGGTAACGTACCACCTAAAGCTAACCTAGG
CGACTTGAGAGGCTTAGCGGGAGGCTTGAACGGTTTGAACAGCTCGGCGATGATCGATGG
AGGAGATTTCGACGGTGCAAAGGCTTACAAAGACAGCAAAGTGTGCAACATGTTGACGAT
GCAAGAGTTTCACAGGCGTTACCATGAAGAAACAGGAATCACATTCGCTTCGCTTTACCC
TGGTTGCATCGCCTCCACAGGTTTATTCAGAGAGCACATCCCGCTTTTCCGAACACTATT
CCCTCCGTTTCAGAAGTACATCACCAAAG*ATACGTCTCCGAGACAGAGTCTGGCAAA*G
ACTTGCTCAG*TGGTGAGTGATCCGAGTTTGACGAAATCAG*AGTGTACTGGAGCTGGA

QA 2 720 2 720
DS 

RD RR1DI48TF 653 0 0
GATGCCTCTCGATGTTTTGGTCTGCAACGCTGCTGTCTATTTCCCGACAGCTAAAGAACC
TACCTACAGCGCAGAAGGGTTTGAGCTTAGCGTTGCGACCAATCACTTGGGACATTTTCT
TCTCTCGAGGCTGTTGCTTGATGACTTGAAGAAGTCTGATTACCCTTCAAAGCGTCTCAT
CATTGTCGGATCCATTACAGGGAACACGAATACATTGGCTGGTAACGTACCACCTAAAGC
TAACCTAGGCGACTTGAGAGGCTTAGCGGGAGGCTTGAACGGTTTGAACAGCTCGGCGAT
GATCGATGGAGGAGATTTCGACGGTGCAAAGGCTTACAAAGACAGCAAAGTGTGCAACAT
ATTGACGATGCGAGAGTTTCACAGGCGTTACCATGAAGAAACAGGAATCACATTCGCTTC
GCTTTACCCTGGTTGCATCGCCTCCACAGGTTTATTCAGAGAGCACATCCCGCTTTTCCG
AACACTATTCCCTCCGTTTCAGAAGTACATCACCAAAGGATACGTCTCCGAGACAGAGTC
TGGCAAAAGACTTGCTCAGGTGGTGAGTGATCCGAGCTTGGCGAAATCAGGAGTGTACTG
GAGCTGGAACAAGGCTTCGGCTTCTTTTGAGAACCAGTTGTCAGAAGAAGCGA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1B587JQ 796 0 0
GACATTTTCTTCTCTCGAGGTTGTTGCTTGATGACTTGAAGAAGTCTGATTACCCTTCAA
AGCGTCTCATCATTGTCGGATCCATTACAGGGAACACGAATACATTGGCTGGTAACGTAC
CACCGAAAGCTAACCTAGGCGACTTGAGTGGTTTAGCTGGTGGGTTGAACGGTTTGAACA
GCTCGGCGATGATCGATGGAGGAGATTTCGACGGTGCAAAGGCTTACAAAGACAGCAAAG
TGTGCAACATGTTGACGATGCAAGAGTTTCACAGGCGTTACCATGAAGAAACAGGAATCA
CATTCGCCTCGCTTTACCCTGGTTGCATCGCCTCCACAGGTTTATTCAGAGAGCACATCC
CGCTTTTCCGTACCCTCTTCCCTCCGTTTCAGAAGTACATCACCAAAGGATACGTCTCCG
AGACAGAGTCTGGCAAAAGACTTGCTCAGGTGGTGAGTGATCCGAGTTTGGCGAAATCAG
GAGTGTACTGGAGCTGGAACAAAGCTTCGGCTTCTTTTGAGAACCAGTTGTCAGAAGAAG
CGAGTGATGTTGAGAAGGCTCGTAAAGTTTGGGAGATCAGTGAGAAGCTCGTTGGCTTGG
CCTAAGACGGACTTCAAAGTCTCTTTCTCTTGATGAGACCTCTCTGTTACCACCTACCAA
CTGATGAGTCCTAGAGGGTGTTCGGGATTTTTAGATTGTCTGATATTGTAACTGCGAATT
TTTCAATTAGTGCATGTTGAGTGTAGCACTGTTTGGCGAATAGCCCACAATAATGAAATA
AAAGTTGGTGTCTCTC

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1E913JQ 706 0 0
CAGGGAACACGAATACATTGGCTGGTAACGTACCACCTAAAGCTAACCTAGGCGACTTGA
GAGGCTTAGCGGGAGGCTTGAACGGTTTGAACAGCTCGGCGATGATCGATGGAGGAGATT
TCGACGGTGCAAAGGCTTACAAAGACAGCAAAGTGTGCAACATGTTGACGATGCAAGAGT
TTCACAGGCGTTACCATGAAGAAACAGGAATCACATTCGCTTCGCTTTACCCTGGTTGCA
TCGCCTCCACAGGTTTATTCAGAGAGCACATCCCGCTTTTCCGAACACTATTCCCTCCGT
TTCAGAAGTACATCACCAAAGGATACGTCTCCGAGACAGAGTCTGGCAAAAGACTTGCTC
AGGTGGTGAGTGATCCGAGTTTGACGAAATCAGGAGTGTACTGGAGCTGGAACAAAGCTT
CGGCTTCTTTTGAGAACCAGTTGTCAGAAGAAGCGAGTGATGTTGAGAAGGCTCGTAAAG
TTTGGGAGATCAGTGAGAAGCTCGTTGGCTTGGCCTAAGACGGACTTCAAAGTCTCTTTC
TCTTGATGAGACCTCTCTGTTACCACCTACCAACTGATGAGTCCTAGAGGGTGTTCGGGA
TTTTTAGATTGTCTGATATTGTAACTGCGAATTTTTCAATTAGTGCATGTTGAGTGTAGC
TCTGTTTGGCGAATAGCCCACAATAATGAAATAAAAGTTGGTG
TCT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1AO19JQ 704 0 0
G
GGGAACACGAATACATTGGCTGGTAACGTACCACCTAAAGCTAACCTAGGCGACTTGAGA
GGCTTAGCGGGAGGCTTGAACGGTTTGAACAGCTCGGCGATGATCGATGGAGGAGATTTC
GACGGTGCAAAGGCTTACAAAGACAGCAAAGTGTGCAACATGTTGACGATGCAAGAGTTT
CACAGGCGTTACCATGAAGAAACAGGAATCACATTCGCTTCGCTTTACCCTGGTTGCATC
GCCTCCACAGGTTTATTCAGAGAGCACATCCCGCTTTTCCGAACACTATTCCCTCCGTTT
CAGAAGTACATCACCAAAGGATACGTCTCCGAGACAGAGTCTGGCAAAAGACTTGCTCAG
GTGGTGAGTGATCCGAGTTTGACGAAATCAGGAGTGTACTGGAGCTGGAACAAAGCTTCG
GCTTCTTTTGAGAACCAGTTGTCAGAAGAAGCGAGTGATGTTGAGAAGGCTCGTAAAGTT
TGGGAGATCAGTGAGAAGCTCGTTGGCTTGGCCTAAGACGGACTTCAAAGTCTCTTTCTC
TTGATGAGACCTCTCTGTTACCACCTACCAACTGATGAGTCCTAGAGGGTGTTCGGGATT
TTTAGATTGTCTGATATTGTAACTGCGAATTTTTCAATTAGTGCATGTTGAGTGTAGCTC
TGTTTGGCGAATAGCCCACAATAATGAAATAAAAGTTGGTG
CT

QA 2 702 2 702
DS 



CO CL629Contig2 584 2 7 U
GGTGCAAAGGCTTACAAAGACAGCAAAGTGTGCAACATATTGACGATGCAAGAGTTTCAC
AGGCGTTACCATGAAGAAACAGGAATCACATTCGCTTCGCTTTACCCTGGTTGCATCGCC
TCCACAGGTTTATTCAGAGAGCACATCCCGCTTTTCCGAACACTATTCCCTCCGTTTCAG
AAGTACATCACCAAAGGATACGTCTCCGAGACAGAGTCTGGCAAAAGACTTGCTCAGGTG
GTGAGTGATCCGAGCTTGACGAAATCAGGAGTGTACTGGAGCTGGAACAAGGCTTCGGCT
TCTTTTGAGAACCAGTTGTCAGAAGAAGCGAGTGATGTTGAGAAGGCTCGTAAAGTGTGG
GAGATCAGTGAGAAGCTCGTTGGCTCGGCCTAAGACGGACTTCAAAGTCTCTTTCTCTTG
ATGAGACCTCTCTGTTACCACCTACCAACTGATGAGTCCTAGAGGGTGTTCGGGTTTTTT
TAGATTTGTCTGATATTGTACTGCGAATTTTTCATTAGTGCATGTTGAGTGTAGCTCTGT
TTGGCGAATAGCCCACAATAATGAAATAAAAGTTGGTGTATCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DI48JQ C 1
AF RR1DP73TF U 33
BS 1 33 RR1DI48JQ
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BS 39 39 RR1DI48JQ
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BS 387 578 RR1DP73TF
BS 579 584 RR1DI48JQ

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AGGCGTTACCATGAAGAAACAGGAATCACATTCGCTTCGCTTTACCCTGGTTGCATCGCC
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AAGTACATCACCAAAGGATACGTCTCCGAGACAGAGTCTGGCAAAAGACTTGCTCAGGTG
GTGAGTGATCCGAGCTTGGCGAAATCAGGAGTGTACTGGAGCTGGAACAAGGCTTCGGCT
TCTTTTGAGAACCAGTTGTCAGAAGAAGCGAGTGATGTTGAGAAGGCTCGTAAAGTGTGG
GAGATCAGTGAGAAGCTCGTTGGCTCGGCCTAAGACGGACTTCAAAGTCTCTTTCTCTTG
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TTGGCGAATAGCCCACAATAATGAAATAAAAGTTGGTGTATCTT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1DP73TF 546 0 0
G
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GCTTCGCTTTACCCTGGTTGCATCGCCTCCACAGGTTTATTCAGAGAGCACATCCCGCTT
TTCCGAACACTATTCCCTCCGTTTCAGAAGTACATCACCAAAGGATACGTCTCCGAGACA
GAGTCTGGCAAAAGACTTGCTCAGGTGGTGAGTGATCCGAGCTTGACGAAATCAGGAGTG
TACTGGAGCTGGAACAAGGCTTCGGCTTCTTTTGAGAACCAGTTGTCAGAAGAAGCGAGT
GATGTTGAGAAGGCTCGTAAAGTGTGGGAGATCAGTGAGAAGCTCGTTGGCTTGGCCTAA
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GAGTCCTAGAGGGTGTTCGGGTTTTTTTAGATTTGTCTGATATTGTACTGCGAATTTTTC
ATTAGTGCATGTTGAGTGTAGCTCTGTTTGGCGAATAGCCCACAATAATGAAATAAAAGT
TGGTG

QA 2 546 2 546
DS 



AS 2 7

CO CL630Contig1 1246 4 15 U
GACCTCTACATACCATTTTTTCTATTTGATGAAAGTAGTACAGAGTATTTGGAACGAGAG
TCACTCATTGGACATAACAGTAGTAACAACTAACAAGCTAACCATGATACCAAAACAGCT
TACAAGAAGTAAACTTACATCCAC*TAACATTTTTTCTAACACAAGAAAGTTCCCTATTC
AGTATCCAAAGACCAAAGCAAACAGAGTATCATCAACAAGCCAGTTGATCTCTCAGTGGT
AAGATCTCTTCGAAAATCGGAAGTCTTCTCGTCCTCAAAGGCCTCCTCCATTCTTTCATA
AACTCGTCAATCCCTTCAACGACCGCGATCTCATCCATACCGACTTCACATTCCACAGAC
ACAGAAGC******GACAACAGTGTTTGTGTTTTGGCGTGGCTCTAGATCGCTCAGCAGC
TCTTGAACTCGAACCTTCAACCTCGAATCATCATCAAACCCTTCTCTCTTCCCCTGCAAC
ACATCACGAAACAGAATCGTCCTCGCCTCATCGACCTTCCCTTGCTTGATGAGACAAGTG
CACAGATTACAAGCCTTGTTTGCATCAGGCTATACAACTTGAGCTTTACGGTACACTGTT
TCAGCCGCTGTGTAGTCCTTTAGCTGCATATAAGCCCATCCCAAGTTCCCCAAGATCCTA
GACGTCTCCTTCTCGACCGTGACCTGAAACTTCTTCCCGTGAGACCTCGCCGTCTTCGTC
GGCTTCCCGTTGAACGCTTCCCCTTGGTATATCATCCAAAGCTTCTGCTTCAACAGCTCG
ACTTGCTCTTCTATCCTCCCACACTTCTTGTAGAGATCGATGAGGACATTGTCGAGTGAT
TCTTGAGCTTGTCTCGAACAAAGATACCTAAAGGAATGAATCGCATCAATGGCTTCTTCT
GCTCTGTTCTGTTGTTTCATAAGCAAAGCCATGTCCTTAAGAGCGCTGTCCACTCTGTCC
CTCGCTTTGATCGCTATCCAGAACAGCTCTATCGCTGCTTCTGCATCCTTCTCCACCAGC
TGAACATGTTTTGCTCGGACATAAGGACTGTCACCGTGAGGCAGCTTATGGACAACGTTG
TACGCTGCCGGAAAGTATTGTCTTTCTCCTCCTCTTCTCAGACTCATCATCACAAACTCT
CTCTTCTCTTCTCTGTATCTAAATTTTCTAAATGAAGAAACAAACTTCTTCTCTCTCTCT
ATCTTTCTCTCTCCTAAAAGCGGTAACACCGTTTTCTCTATCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK95JQ U 51
AF RR1E766JQ U 1
AF RR1E319JQ U 82
AF RR1E319TF C 524
BS 1 314 RR1E766JQ
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BS 741 741 RR1E319JQ
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BS 757 857 RR1E319JQ
BS 858 1246 RR1E319TF

RD RR1GK95JQ 660 0 0
GGAACGAGAGTCACTCATTGGACATAACAGTAGTAACAACTAACAAGCTAACCATGATAC
CAAAACAGCTTACAAGAAGTAAACTTACATCCAC*TAACATTTTTTCTAACACAAGAAAG
TTCCCTATTCAGTATCCAAAGACCAAAGCAAACAGAGTATCATCAACAAGCCAGTTGATC
TCTCAGCGGTAAGATCTCTTCGAAAATCGGAAGTCTTCTCGTCCTCAAAGGCCTCCTCCA
TTCTTTCATAAACTCGTCAATCCCTTCAACGACCGCGATCTCATCCATACCGACTTCACA
TTCCACAGACACAGAAGC******GACAACAGTGTTTGTGTTTTGGCGTGGCTCTAGATC
GCTCAGCAGCTCTTGAACTCGAACCTTCAACCTCGAATCATCATCAAACCCTTCTCTCTT
CCCCTGCAACACATCACGAAGCAGAATCGTCCTCGCCTCATCGACCTTCCCTTGCTTGAT
GAGACAAGTGCACAGATTACAAGCCTTGTTTGCATCAGGCTCTACAACTTGAGCTTTACG
GTACACTGTTTCAGCCGCTGTGTAGTCCTTTAGCTGCATATAAGCCCATCCCAAGTTCCC
CAAGATCCTAGACGTCTCCTTCTCCACGGTGACCTGAAACTTCTTCCCGTGAGATCTCGC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1E766JQ 758 0 0
GACCTCTACATACCATTTTTTCTATTTGATGAAAGTAGTACAGAGTATTTGGAACGAGAG
TCACTCATTGGACATAACAGTAGTAACAACTAACAAGCTAACCATGATACCAAAACAGCT
TACAAGAAGTAAACTTACATCCAC*TAACATTTTTTCTAACACAAGAAAGTTCCCTATTC
AGTATCCAAAGACCAAAGCAAACAGAGTATCATCAACAAGCCAGTTGATCTCTCAGTGGT
AAGATCTCTTCGAAAATCGGAAGTCTTCTCGTCCTCAAAGGCCTCCTCCATTCTTTCATA
AACTCGTCAATCCCCTCAACGACCGCGATCTCATCCATACCGACTTCACATTCCACAGAC
ACAGAAGC******GACAACAGTGTTTGTGTTTTGGCGTGGCTCTAGATCGCTCAGCAGC
TCTTGAACTCGAACCTTCAACCTCGAATCATCATCAAACCCTTCTCTCTTCCCCTGCAAC
ACATCACGAAACAGAATCGTCCTCGCCTCATCGACCTTCCCTTGCTTGATGAGACAAGTG
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TCAGCCGCTGTGTAGTCCTTTAGCTGCATATAAGCCCATCCCAAGTTCCCCAAGATCCTA
GACGTCTCCTTCTCCACGGTGACCTGAAACTTCTTCCCGTGAGATCTCGCCGTCTTCGTC
GGCTTCCCGTTGAACGCTTCTCCTTGGTATATCATC
AA

QA 1 756 1 756
DS 

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GGACAGTAG
TAACAAGCTAACCATGATACCAAAACAGCTTACAAGAAGTAAACTTACATTCACCTAACA
TTCTTT*TAACACAAGAAAGTTCC*TATTCAGTATCCAAAGACCAAAGCAAACAGAGTAT
CATCAACAAGCCAGTTGATCTCTCAGTGGTAAGATCTCTTCGAAAATCGGAAGCCTTCTC
GTCCTCAAAGGCCTCCTCCATTCTTTCATAAACTCGTCAATCCCTTCAACGACCGCGATC
TCATCCATACCGACTTCACATTCCACAGACACAGAAGCAGCGACGACAACAGTGTTTGTG
TTTTGGCGTGGCTCTAGCTCGCTCAGCAGCTCTTGAACTTGAACCTTCAACCTCGAATCA
TCATCAAACCCTTCTCTCTTCTCTTGCAACACATCGCGAAACAGAATCGTCCTCGCCTCA
TCGACCTTCCCTTGCTTGATGAGACAAGTGCACAGATTACAAGCCTTGTTTGCATCAGGC
TATACAACTTGAGCTTTACGGTACACTGTTTCAGCCGCTGTGTAGTCCTTTAGCTGCATA
TAAGCCCATCCCAAGTTCCCCAAGATCCTAGACGTCTCCTTCTCGACCGTGACCTGAAAC
TTCTTCCCGTGAGACCTCGCCGTCTTCGTCGGCTTCCCGTTGAACGCTTCCCCTTGGTAT
ATCATCCAAAGCTTCTGCTTCAACAGCTCGACTTGCTCTTCTATCCTCCCACACTTCTTG
TAGAGATCGATGAGGACATTGTCGAGTGATTCTTGAGCTTGTCTCGA
CAAGATACCT

QA 10 776 10 776
DS 

RD RR1E319TF 723 0 0
GCTTGATGAGACAAGTGCACAGATTACAAGC*TTGTTTGCATCAGGCTATACAACTTGAG
CTTTACGGTACACTGTTTCAGCCGCTGTGTAGTCCTTTAGCTGCATATAAGCCCATCCCA
AGTTCCCCAAGATCCTAGACGTCTCCTTCTCGACCGTGACCTGAAACTTCTTCCCGTGAG
ACCTCGCCGTCTTCGTCGGCTTCCCGTTGAACGCTTCCCCTTGGTATATCATCCAAAGCT
TCTGCTTCAACAGCTCGACTTGCTCTTCTATCCTCCCACACTTCTTGTAGAGATCGATGA
GGACATTGTCGAGTGATTCTTGAGCTTGTCTCGAACAAAGATACCTAAAGGAATGAATCG
CATCAATGGCTTCTTCTGCTCTGTTCTGTTGTTTCATAAGCAAAGCCATGTCCTTAAGAG
CGCTGTCCACTCTGTCCCTCGCTTTGATCGCTATCCAGAACAGCTCTATCGCTGCTTCTG
CATCCTTCTCCACCAGCTGAACATGTTTTGCTCGGACATAAGGACTGTCACCGTGAGGCA
GCTTATGGACAACGTTGTACGCTGCCGGAAAGTATTGTCTTTCTCCTCCTCTTCTCAGAC
TCATCATCACAAACTCTCTCTTCTCTTCTCTGTATCTAAATTTTCTAAATGAAGAAACAA
ACTTCTTCTCTCTCTCTATCTTTCTCTCTCCTAAAAGCGGTAACACCGTTTTCTCTATCT
CCC

QA 1 723 1 723
DS 



CO CL630Contig2 1207 3 6 U
GGGAGATAGATAGATAGAGAGAACGGTGTTACCGCTTTTAGGAGAGAGAAAGATAGAGAG
AGAAGAAGTTTGTTTCTTCATTTAGAAAATTTAGATACAGAGAAGAGAAGAGAAGAACAG
AGTTTGTGATGATGAGTCTGAGAAGAGGAGGAGAAAGACAAGACTCGTCTGCAGCGTACA
ACGTTGTCCATAAGCTGCCTCACGGTGACAGTCCTTATGTCCGAGCAAAACATGTTCAGC
TAGTGGAGAAGGATGCAGAAGCAGCGATAGAGCTGTTCTGGATAGCGATCAAAGCGAGAG
ACAGAGTAGACAGCGCTCTTAAGGACATGGCTTTGCTTATGAAACAACAGAACAGAGCAG
AAGAAGCCATTGATGCGATTCATTCCTTTAGGTATCTTTGTTCGAGACAAGCTCAAGAAT
CACTCGACAATGTCCTCATCGATCTCTACAAGAAGTGTGGGAGGATAGAAGAGCAAGTCG
AGCTATTGAAGCAGAAGCTTTGGATGATATACCAAGGAGAAGCGTTCAACGGGAAGCCGA
CGAAGACGGCGAGATCTCACGGGAAGAAGTTTCAGGTCACCGTCGAGAAGGAGACGTCTA
GGATCTTGGGGAACTTGGGATGGGCTTATATGCAGCTAAAGGACTACACAGCGGCTGAAA
CAGTGTACCGTAAAGCTCAAGTCGTAGAGCCTGATGCAAACAAGGCTTGTAATCTGTGCA
CTTGTCTCATCAAGCAAGGGAAGGTCGACGAGGCGAGGACGATTCTGTATCGCGATGTGT
TGCAAGAGAAGAGAGAAGGGTTTGATGATGATTCGAGGTTGAAGGTTCGAGTTCAAGAGC
TTCTGAGCGAGCTAGAGCCTGTTGTCGCTGCTTCTGTGTCTGTGGAATGTGAAGTCGGTA
TGGATGAGATCGCGGTTGTTGAAGGGATTGACGAGTTTATGAAAGAATGGAGGAGGCCTT
TGAGGACGAGAAGGCTTCCGATTTTCGAAGAGATCTTACCACTGAGAGATCAACTGGCTT
GTTGATGATACTCTGTTTGCTTTGGTCTTTGGATACTGAATAGGGAACTTTCTTGTGTTA
AAGAATGTTAGTGAATGTAAGTTTACTTCTTGTAAGCTGTTTGGTATCATGGTTAGCTTG
TTACTACTGTTCATGAGTTACTCTCGTCCAAATACTCTGTACTACTTTCATCGAAAGAAA
ATGTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK95TF U 15
AF RR1E766TF U 1
AF RR1DK64TF U 415
BS 1 583 RR1E766TF
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BS 686 1207 RR1DK64TF

RD RR1GK95TF 530 0 0
GG
GAGAGAACGGTGTTACCGCTTTTAGGAGAGAGAAAGATAGAGAGAGAAGAAGTTTGTTTC
TTCATTTAGAAAATTTAGATACAGAGAAGAGAAGAGAAGAACAGAGTTTGTGATGATGAG
TCTGAGAAGAGGAGGAGAAAGACAAGACTCGTCTGCAGCGTACAACGTTGTCCATAAGCT
GCCTCACGGTGACAGTCCTTATGTCCGAGCAAAACATGTTCAGCTAGTGGAGAAGGATGC
AGAAGCAGCGATAGAGCTGTTCTGGATAGCGATCAAAGCGAGAGACAGAGTAGACAGCGC
TCTTAAGGACATGGCTTTGCTTATGAAACAACAGAACAGAGCAGAAGAAGCCATTGATGC
GATTCATTCCTTTAGGTATCTTTGTTCGAGACAAGCTCAAGAATCACTCGACAATGTCCT
CATCGATCTCTACAAGAAGTGTGGGAGGATAGAAGAGCAAGTCGAGCTATTGAAGCAGAA
GCTTTGGATGATATACCAAGGAGAAGCGTTCAACGGGAAGCCGACGAA

QA 3 530 3 530
DS 

RD RR1E766TF 685 0 0
GGGAGATAGATAGATAGAGAGAACGGTGTTACCGCTTTTAGGAGAGAGAAAGATAGAGAG
AGAAGAAGTTTGTTTCTTCATTTAGAAAATTTAGATACAGAGAAGAGAAGAGAAGAACAG
AGTTTGTGATGATGAGTCTGAGAAGAGGAGGAGAAAGACAAGACTCGTCTGCAGCGTACA
ACGTTGTCCATAAGCTGCCTCACGGTGACAGTCCTTATGTCCGAGCAAAACATGTTCAGC
TAGTGGAGAAGGATGCAGAAGCAGCGATAGAGCTGTTCTGGATAGCGATCAAAGCGAGAG
ACAGAGTAGACAGCGCTCTTAAGGACATGGCTTTGCTTATGAAACAACAGAACAGAGCAG
AAGAAGCCATTGATGCGATTCATTCCTTTAGGTATCTTTGTTCGAGACAAGCTCAAGAAT
CACTCGACAATGTCCTCATCGATCTCTACAAGAAGTGTGGGAGGATAGAAGAGCAAGTCG
AGCTATTGAAGCAGAAGCTTTGGATGATATACCAAGGAGAAGCGTTCAACGGGAAGCCGA
CGAAGACGGCGAGATCTCACGGGAAGAAGTTTCAGGTCACCGTGGAGAAGGAGACGTCTA
GGATCTTGGGGAACTTGGGATGGGCTTATATGCAGCTAAAGGACTACACAGCGGCTGAAA
CAGTGTACCGTAAAGCTCAAGTTGT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1DK64TF 793 0 0
G
AGAATCACTCGACAATGTCCTCATCGATCTCTACAAGAAGTGTGGGAGGATAGAAGAGCA
AGTCGAGCTATTGAAGCAGAAGCTTTGGATGATATACCAAGGGGAAGCGTTCAACGGGAA
GCCGACGAAGACGGCGAGGTCTCACGGGAAGAAGTTTCAGGTCACGGTCGAGAAGGAGAC
GTCTAGGATCTTGGGGAACTTGGGATGGGCTTATATGCAGCTAAAGGACTACACAGCGGC
TGAGACCGTGTACCGTAAAGCTCAAGTCGTAGAGCCTGATGCAAACAAGGCTTGTAATCT
GTGCACTTGTCTCATCAAGCAAGGGAAGGTCGACGAGGCGAGGACGATTCTGTATCGCGA
TGTGTTGCAAGAGAAGAGAGAAGGGTTTGATGATGATTCGAGGTTGAAGGTTCGAGTTCA
AGAGCTTCTGAGCGAGCTAGAGCCTGTTGTCGCTGCTTCTGTGTCTGTGGAATGTGAAGT
CGGTATGGATGAGATCGCGGTTGTTGAAGGGATTGACGAGTTTATGAAAGAATGGAGGAG
GCCTTTGAGGACGAGAAGGCTTCCGATTTTCGAAGAGATCTTACCACTGAGAGATCAACT
GGCTTGTTGATGATACTCTGTTTGCTTTGGTCTTTGGATACTGAATAGGGAACTTTCTTG
TGTTAAAGAATGTTAGTGAATGTAAGTTTACTTCTTGTAAGCTGTTTGGTATCATGGTTA
GCTTGTTACTACTGTTCATGAGTTACTCTCGTCCAAATACTCTGTACTACTTTCATCGAA
AGAAAATGTATG

QA 2 793 2 793
DS 



AS 2 8

CO CL631Contig1 563 4 4 U
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GAAGAGATGTCAGGAAGAGGAAAGGGAGGAAAGGGATTGGGAAAGGGAGGAGCCAAGAGG
CACAGGAAGGTGCTGAGAGACAACATCCAAGGTATCACCAAGCCTGCCATCCGTCGTCTT
GCTCGTCGAGGTGGCGTCAAGCGTATTAGCGGTCTGATCTACGAGGAGACCAGAGGAGTC
CTCAAGATCTTCCTCGAGAATGTCATCCGCGACGCCGTCACATACACCGAGCACGCCAGG
AGAAAGACCGTCACCGCCATGGATGTGGTTTATGCTTTGAAGAGGCAAGGACGCACTCTC
TACGGTTTCGGCGGTTAAATCAAATCGACGGAGTTGGGAATTAGGGTTTCGAAAGTTTGG
GGAATTTATCTGGCGTTTGTGAAACTTGATTAGTAAAAAAGTAAATCGAGGAGTTTGTTT
TTGTTGTTTTGCTGTCTCTCGTCGTTAAATTAATGTGGTCTTATTGTAGCTGGGGAAATC
TTAAATGAGAGTTAGATTGAATT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FO85TF U 1
AF RR1FO85JQ C 190
AF RR1BS10JQ C 1
AF RR1BS10TF U 1
BS 1 20 RR1FO85TF
BS 21 21 RR1BS10TF
BS 22 153 RR1FO85TF
BS 154 563 RR1BS10TF

RD RR1FO85TF 153 0 0
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GAAGAGATGTCAGGAAGAGGAAAGGGAGGAAAGGGATTGGGAAAGGGAGGAGCCAAGAGG
CACAGGAAGGTGCTGAGAGACAACATCCAAGGT

QA 1 153 1 153
DS 

RD RR1FO85JQ 167 0 0
GGGGGG
GTCAAGCGTATTAGCGGTCTGATTTACGAGGAGACCAGAGGAGTCCTCAAGATTTTCCTC
GAGAATGTCATCCGGGACGCCGTCACATACACCGAGCACGCCAGGAGAAAGACCGTCACC
GCCATGGATGTGGTTTATGCTTTGAAGAGGCAAGGACGCAC

QA 7 167 7 167
DS 

RD RR1BS10JQ 563 0 0
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GAAGAGATGTCAGGAAGAGGAAAGGGAGGAAAGGGATTGGGAAAGGGAGGAGCCAAGAGG
CACAGGAAGGTGCTGAGAGACAACATCCAAGGTATCACCAAGCCTGCCATCCGTCGTCTT
GCTCGTCGAGGTGGCGTCAAGCGTATTAGCGGTCTGATCTACGAGGAGACCAGAGGAGTC
CTCAAGATCTTCCTCGAGAATGTCATCCGCGACGCCGTCACATACACCGAGCACGCCAGG
AGAAAGACCGTCACCGCCATGGATGTGGTTTATGCTTTGAAGAGGCAAGGACGCACTCTC
TACGGTTTCGGCGGTTAAATCAAATCGACGGAGTTGGGAATTAGGGTTTCGAAAGTTTGG
GGAATTTATCTGGCGTTTGTGAAACTTGATTAGTAAAAAAGTAAATCGAGGAGTTTGTTT
TTGTTGTTTTGCTGTCTCTCGTCGTTAAATTAATGTGGTCTTATTGTAGCTGGGGAAATC
TTAAATGAGAGTTAGATTGAATT

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1BS10TF 563 0 0
GAATCTCATTTGCAATCCTCGCCGTCGCATAGCTCTTATTCTAAAGGTATCGAAAGTTGT
GAAGAGATGTCAGGAAGAGGAAAGGGAGGAAAGGGATTGGGAAAGGGAGGAGCCAAGAGG
CACAGGAAGGTGCTGAGAGACAACATCCAAGGTATCACCAAGCCTGCCATCCGTCGTCTT
GCTCGTCGAGGTGGCGTCAAGCGTATTAGCGGTCTGATCTACGAGGAGACCAGAGGAGTC
CTCAAGATCTTCCTCGAGAATGTCATCCGCGACGCCGTCACATACACCGAGCACGCCAGG
AGAAAGACCGTCACCGCCATGGATGTGGTTTATGCTTTGAAGAGGCAAGGACGCACTCTC
TACGGTTTCGGCGGTTAAATCAAATCGACGGAGTTGGGAATTAGGGTTTCGAAAGTTTGG
GGAATTTATCTGGCGTTTGTGAAACTTGATTAGTAAAAAAGTAAATCGAGGAGTTTGTTT
TTGTTGTTTTGCTGTCTCTCGTCGTTAAATTAATGTGGTCTTATTGTAGCTGGGGAAATC
TTAAATGAGAGTTAGATTGAATT

QA 1 563 1 563
DS 



CO CL631Contig2 506 4 2 U
TTTTTTCTTTTAATACTTTGTGAGAAGATGTCAGGAAGAGGAAAGGGAGGAAAGGGATTG
GGAAAGGGAGGAGCCAAGAGGCACAGGAAGGTGCTGAGGGACAACATCCAAGGTATCACC
AAGCCTGCCATCCGTCGTCTTGCTCGTCGTGGTGGAGTCAAGCGTATTAGCGGTCTGATC
TACGAAGAGACCAGAGGAGTCCTCAAGATCTTCCTCGAGAATGTCATCCGCGACGCTGTC
ACCTACACTGAGCACGCTAGGAGGAAGACCGTCACCGCCATGGATGTGGTTTATGCTTTG
AAGAGGCAAGGACGCACTCTCTACGGTTTCGGCGGTTAAATTAAATCGAAGGAGTTGGGA
ATTAGGGTTTCGAAATTTGGGGATCTGAAAATTTCTTTGTTTCTGATTAGCTGAAGTGAA
TCCACGACTATTGTATCGTTTTTTCTGCTGTGTTGTTAGTCAATATTATGTTAAATGAAG
CTTATCAAGAAGAAAGTTTTATATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1FJ22JQ C 1
AF RR1FJ22TF U 1
AF RR1BJ71JQ C 7
AF RR1BJ71TF U 7
BS 1 6 RR1FJ22JQ
BS 7 506 RR1FJ22TF

RD RR1FJ22JQ 506 0 0
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TACGAAGAGACCAGAGGAGTCCTCAAGATCTTCCTCGAGAATGTCATCCGCGACGCTGTC
ACCTACACTGAGCACGCTAGGAGGAAGACCGTCACCGCCATGGATGTGGTTTATGCTTTG
AAGAGGCAAGGACGCACTCTCTACGGTTTCGGCGGTTAAATTAAATCGAAGGAGTTGGGA
ATTAGGGTTTCGAAATTTGGGGATCTGAAAATTTCTTTGTTTCTGATTAGCTGAAGTGAA
TCCACGACTATTGTATCGTTTTTTCTGCTGTGTTGTTAGTCAATATTATGTTAAATGAAG
CTTATCAAGAAGAAAGTTTTATATCG

QA 1 506 1 506
DS 

RD RR1FJ22TF 506 0 0
TTTTTT
CTTTTAATACTTTGTGAGAAGATGTCAGGAAGAGGAAAGGGAGGAAAGGGATTGGGAAAG
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GCCATCCGTCGTCTTGCTCGTCGTGGTGGAGTCAAGCGTATTAGCGGTCTGATCTACGAA
GAGACCAGAGGAGTCCTCAAGATCTTCCTCGAGAATGTCATCCGCGACGCTGTCACCTAC
ACTGAGCACGCTAGGAGGAAGACCGTCACCGCCATGGATGTGGTTTATGCTTTGAAGAGG
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GTTTCGAAATTTGGGGATCTGAAAATTTCTTTGTTTCTGATTAGCTGAAGTGAATCCACG
ACTATTGTATCGTTTTTTCTGCTGTGTTGTTAGTCAATATTATGTTAAATGAAGCTTATC
AAGAAGAAAGTTTTATATCG

QA 7 506 7 506
DS 

RD RR1BJ71JQ 500 0 0
CTTTTAATACTTTGTGAGAAGATGTCAGGAAGAGGAAAGGGAGGAAAGGGATTGGGAAAG
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GCCATCCGTCGTCTTGCTCGTCGTGGTGGAGTCAAGCGTATTAGCGGTCTGATCTACGAA
GAGACCAGAGGAGTCCTCAAGATCTTCCTCGAGAATGTCATCCGCGACGCTGTCACCTAC
ACTGAGCACGCTAGGAGGAAGACCGTCACCGCCATGGATGTGGTTTATGCTTTGAAGAGG
CAAGGACGCACTCTCTACGGTTTCGGCGGTTAAATTAAATCGAAGGAGTTGGGAATTAGG
GTTTCGAAATTTGGGGATCTGAAAATTTCTTTGTTTCTGATTAGCTGAAGTGAATCCACG
ACTATTGTATCGTTTTTTCTGCTGTGTTGTTAGTCAATATTATGTTAAATGAAGCTTATC
AAGAAGAAAGTTTTATATCG

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1BJ71TF 500 0 0
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GCCATCCGTCGTCTTGCTCGTCGTGGTGGAGTCAAGCGTATTAGCGGTCTGATCTACGAA
GAGACCAGAGGAGTCCTCAAGATCTTCCTCGAGAATGTCATCCGCGACGCTGTCACCTAC
ACTGAGCACGCTAGGAGGAAGACCGTCACCGCCATGGATGTGGTTTATGCTTTGAAGAGG
CAAGGACGCACTCTCTACGGTTTCGGCGGTTAAATTAAATCGAAGGAGTTGGGAATTAGG
GTTTCGAAATTTGGGGATCTGAAAATTTCTTTGTTTCTGATTAGCTGAAGTGAATCCACG
ACTATTGTATCGTTTTTTCTGCTGTGTTGTTAGTCAATATTATGTTAAATGAAGCTTATC
AAGAAGAAAGTTTTATATCG

QA 1 500 1 500
DS 



AS 2 5

CO CL632Contig1 1131 3 6 U
AGGGGGAAGATTTGTTCGCATCTGATTCCTCCGATCTCCCATGGCTAAGAGGTTTTGCTA
ACAAACGCTATAAGAGCTTTCGCTGGGTGAAGGATAGAGAGAGAGAGAGATAGATCTCTT
TTAACACCCTTCCCGCCCCTCGATTAAACGTGTCAAAAGTCTCACACTTTAAGAGTTTTC
GAGAAGGATTAGAAAAATGGCAGATGGGATATCGAGCTTCTGGGGTCCAGTGACTTCCAC
CATAGAGTGTTGTGAGAAGAACTACGCCTACTCCTCTTACATTGCAGAGTTCTACAACAC
CATCTCCAACGTCCCTGGGATCCTCTTGGCTCTCATCGGTCTCGTCAATGCCTTAAGGCA
ACGGTTCGAGAAGAGGTTCAGCATCCTCCACATCTCCAACATGATCCTCGCTATCGGCAG
CATGCTCTACCATGCCACTTTGCAGCACGTGCAACAGCAGAGCGATGAGACGCCGATGGT
GTGGGAGATACTTCTCTACATGTACATCCTTTACTCGCCGGACTGGCATTACAGAAGCAC
CATGCCCACTTTTCTCTTCCTCTACGGTGCTGCTTTCGCTGTCGTCCACGCTTTCCTCAG
GTTTGGGATCGGTTTCAAGGTCCACTACGTGGTCCTCTGCCTTCTCTGCATCCCTCGGAT
GTACAAGTACTACATTCACACCGAGGACACCGCGGCTAAAAGGATTGCTAAGTGGTATGT
CGCCACGATCCTGGTGGGGAGTGTTTGCTGGTTCTGTGACCGTGTTTTCTGTAAGAGGAT
ATCTCAGTGGCCTGTGAATCCTCAGGGACATGCTCTGTGGCATGTGTTCATGAGTTTCAA
CTCCTACTGTGCGAACACGTTCTTGATGTTCTTTCGAGCTCAGCAGCGTGGATGGAATCC
GAAGGTTAAATACTTTCTGGGAGTTCTTCCTTACGTCAAGATCGAGAAGCCAAAAACTCA
ATGAGGGGGAAAAGAGCCCAGAAGATCATAAATATAGTTTTTTTTGTTCATCGTTTTGTC
AGAAATTTCGACGTTGGTTTTCATTTTTGGGAAGTGAAAGTACTCTCAGAGTCTAGATTT
TTTCTTTCTTTGTATTAGTTTTCTTGGGGATGAATGGATGATGATCTTATG


BQ
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AF RR1D530TF U 1
AF RR1GV69TF U 5
AF RR1ED04JQ C 282
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CATAGAGTGTTGTGAGAAGAACTACTCCTACTCCTCTTACATTGCAGAGTTCTACAACAC
CATCTCCAACGTCCCTGGGATCCTCTTGGCTCTCATCGGTCTCGTCAATGCCTTAAGGCA
ACGGTTCGTGAAGAGGTTCAGCATCCTCCACATCTCCAACATGATCCTCGCTATCGGCAG
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GTGGGAGATACTTCTCTACATGTACATCCTTTACTCGCCGGACTGGCATTACAGAAGCAC
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GGAAGATTT
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AAAATGGCAGATGGGATATCGAGCTTCTGGGGTCCAGTGACTTCCACCATAGAGTGTTGT
GAGAAGAACTACGCCTACTCCTCTTACATTGCAGAGTTCTACAACACCATCTCCAACGTC
CCTGGGATCCTCTTGGCTCTCATCGGTCTCGTCAATGCCTTAAGGCAACGGTTCGAGAAG
AGGTTCAGCATCCTCCACATCTCCAACATGATCCTCGCTATCGGCAGCATGCTCTACCAT
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TC
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GATGAGACGCCGATGGTGTGGGAGATACTTCTCTACATGTACATCCTTTACTCGCCGGAC
TGGCATTACAGAAGCACCATGCCCACTTTTCTCTTCCTCTACGGTGCTGCTTTTGCTGCT
GTCCACGCTTTCCTCAGGTTTGGGATCGGTTTCAAGGTCCACTACGTGGTCCTCTGCCTT
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ATTGCTAAGTGGTATGTCGCCACGATCCTGGTGGGGAGTGTTTGCTGGTTCTGTGACCGT
GTTTTCTGTAAGAGGATATCTCAGTGGCCTGTGAATCCTCAGGGACATGCTCTGTGGCAT
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CAGCGTGGATGGAATCCGAAGGTTAAATACTTTCTGGGAGTTCTTCCTTACGTCAAGATC
GAGAAGCCAAAAACTCAATGAGGGGGAAAAGAGCCCAGAAGATCATAAATATAGTTTTTT
TTGTTCATCGTTTTGTCAGAAATTTCGACGTTGGTTTTCATTTTTGGGAAGTGAAAGTAC
TCTCAGAGTCTAGATTTTTTCTTTCTTTGTATTAGTTTTCTTGGGGATGAATGGATGATG
ATCTTATG

QA 3 850 3 850
DS 



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TTGTTCGCATCTGATTCCTCCGATCTCCCATGGCCAAGAGGTTTTGCTAACAAACGCTAT
AAGAGCTTTCGCTGGGTGAAGGATAGAGAGAGAGATAGATCTCTTTTAACACCCTTCCCG
CCCCTCGATTAAACGTGTCAAAAGTCTCACACTTTAAGAGTTTTCGAGAAGGATTAGAAA
AATGGCAGATGGGATATCGAGCTTCTGGGGTCCAGTGACTTCCACCATAGAGTGTTGTGA
GAAGAACTACGCCTACTCCTCTTACATCGCAGAGTTCTACAACACCATCTCCAACGTCCC
TGGGATCCTCTTGGCTCTCATCGGTCTCGTCAACGCCTTAAGGCAACGGTTCGAGAAGAG
GTTCAGCATCCTCCACATTTCCAACATGATCCTCGCTATCGGCAGCATGCTCTACCATGC
CACTTTGCAGCACGTGCAACAGCAGAGCGATGAGACGCCGATGGTGTGGGAGATACTTCT
CTACATGTACATCCTTTACTCGCCGGACTGGCATTACAGAAGCACCATGCCCACTTTTCT
CTTCCTCTACGGTGCTGCTTTCGCTGCTGTCCACGCTTTCCTCAGGTTTGGGATCGGTTT
CAAGGTCCACTACGTGGTCCTTTGCCTTCTCTGCATCCCTCGGATGTACAAGTACTACAT
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GGGGAGTGTTTGCTGGTTCTGTGACCGTGTTTTCTGCGAGAGGATATCTCAGTGGCCTGT
GAACCCTCAGGGGCA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED04TF U 1
AF RR1B693TF U 121
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DS 

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GG
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AGGTCCACTACGTGGTCCTTTGCCTTCTCTGCATCCCTCGGATGTACAAGTACTACATTC
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GGAGTGTTTGCTGGTTCTGTGACCGTGTTTTCTGCGAGAGGATATCTCAGTGGCCTGTGA
ACCCTCAGGGGCA

QA 3 795 3 795
DS 



AS 2 7

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ACAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C904TF U 1
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GAAGTGGAGTCCAAACAACAACAAGACAAGGATGAGCAAGAAGAAGAAGAACAAAGAGCT
AAGGGAGACAAGGAGTTTGACGATGACGGCGATCTCATTATTTGCCGGCTGTCGGATAAG
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AAGAAAGATGGCAAAGAGCTTCCTTCCCCTAAAGGAATAAGCTTAACAGATGAACAATGG
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GTCTGAACAACTTGTGGGTTGATTCTGCTTTCATAAACATATATGCAAGTGTCTTGTTGA
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AATATCGGTTTAACCGTTTCA*CATAACCGAATTAG*ACATGTATA

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DS 

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ATGGCAAAGAGCTTCCTTCCCCTAAAGGAATAAGCTTAACAGATGAACAATGGTCAACGT
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CAACTTGTGGGTTGATTCTGCTTTCATAAACATATATGCAAGTGTCTTGTTGAATCAGTG
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GTTTAACCGTTTCAACATAACCGAATTAGGACATGTATACACAACTCTTCCGGACAAAAA
AAA

QA 1 603 1 603
DS 



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AAGGGAGACAAGGAGTTTGACGATGACGGCGATCTCATCATTTGCCGGCTGTCGGATAAG
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AAGAAAGATGGCAAAGAGCTTCCTTCCTCTAAAGGAATAAGCTTAACAGATGAACGATGG
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TATCAC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 10 10 

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AF RR1CN47TF U 13
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DS 

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GG
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TGAACGACTTGTGGGTTGATTCTGCTTTCAAAAAACATATGCAAGTGTCTTGTTGAATCA
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C
AC

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CC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1CN47TF 714 0 0
GGT
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AAGGTCCGCAATCTCGCTTCGGAGAGACTCGGAATCGATCTCTCAGACAAGTCTCACAAG
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CC

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DS 

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CAC

QA 1 123 1 123
DS 



AS 2 7

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GGTGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACCTTCTTCATCGGCTTCCTCTTGCTGCCGTG
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GAGATGGTTGTTTGAGTTGGAAGTAGGATCAATAAAAACGTAACGTGACGGCAACAAAAT
TCACATTTTACTTTATTTATTTATTTTTCCTTATGGTTGACTTCTCTTTCTCAAAATAAA
ATCTACCAATTCATGTTCGTGGATGTTACAATGTTTGGTTTTGATTCATCGTTACCAGAA
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GAGTTACTATAGATTTTTCTTACTTTCTAAAAAATATTTTCTATTTTATTGTC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1E907TF U 1
AF RR1EI02TF U 1
AF RR1EI02JQ C 217
AF RR1E907JQ C 231
BS 1 626 RR1E907TF
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BS 716 716 RR1EI02JQ
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BS 776 776 RR1EI02JQ
BS 777 795 RR1EI02TF
BS 796 796 RR1EI02JQ
BS 797 807 RR1EI02TF
BS 808 1010 RR1EI02JQ
BS 1011 1013 RR1E907JQ

RD RR1E907TF 628 0 0
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AATCATTACTTGCTTGTGAACAATGAAAAGCCAACAGAGAGATCAAGACTCGAGGGCTTT
CTACGATCTCTCGGCTCTTGTCCTGAGCCTCCTCCGCTCTCCTCCCGTCCCGATTTCTCT
CCCCGATCATCATCATCACTTCCCGGATTCGCCGATGATGATGAGAAGTCCGCAGCATCG
GTCGCTTTCGATGGCGCATATAACTCCCTCCGGATTCGCGTCGCTGCTGCTGGGTATATC
GGTGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACCTTCTTCATCGGCTTCCTCTTGCTGCCGTG
GGTCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGGGATCGTGTCTCTCATTTCCATGGC
TGGGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCCTCCTTCTTTTTCATCCATGAAGGA
GATTTCTGGTAATTTTAATGAGAATTCATAGTTTTTCCTTTTAAAATCCAGATCTTGTTA
GAGATGGTTGTTTGAGTTGGAAGTAG
AT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1EI02TF 807 0 0
GG
GAGATTTATATATAAAGAAAAAGTCAGTTTCAATTGCTTGTCTGTGTTTCGGTTCTGTCT
GAACGGTCATTCATCATCATCGTCGTCTCCATTACTCCTCCATTAAACCTTTTTCTTGAA
TCATTACTTGCTTGTGAACAATGAAAAGCCAACAGAGAGATCAAGACTCGAGGGCTTTCT
ACGATCTCTCGGCTCTTGTCCTGAGCCTCCTCCGCTCTCCTCCCGTCCCGATTTCTCTCC
CCGATCATCATCATCACTTCCCGGATTCGCCGATGATGATGAGAAGTCCGCAGCATCGGT
CGCTTTCGATGGCGCATATAACTCCCTCCGGATTCGCGTCGCTGCTGCTGGGTATATCGG
TGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACCTTCTTCATCGGCTTCCTCTTGCTGCCGTGGG
TCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGGGATCGTGTCTCTCATTTCCATGGCTG
GGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCCTCCTTCTTTTTCATCCATGAAGGAGA
TTTCTGGTAATTTTAATGAGAATTCATAGTTTTTCCTTTTAAAATCCAGATCTTGTTAGA
GATGGTTGTTTGAGTTGGAAGTAGGATCAATAAAAACGTAACGTGACGGCAACAAAATTC
ACATTTTACTTTATTTATTTATTTTTCCTTATGGTTGACTTCTCTTTCTCAAA*TAAAAT
CTACCAATTCATGTTCGTGGATGTTACAATGTTTGGTTT*GAT*CATCGTTAC*AGAATG
GAAGCTGTTGTGA*GCGTGACGAAC

QA 3 807 3 807
DS 

RD RR1EI02JQ 796 0 0
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GATGATGAGAAGTCCGCAGCATCGGTCGCTTTCGATGGCGCATATAACTCCCTCCGGATT
CGCGTCGCTGCTGCTGGGTATATCGGTGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACCTTCTT
CATCGGCTTCCTCTTGCTGCCGTGGGTCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGG
GATCGTGTCTCTCATTTCCATGGCTGGGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCC
TCCTTCTTTTTCATCCATGAAGGAGATTTCTGGTAATTTTAATGAGAATTCATAGTTTTT
CCTTTTAAAATCCAGATCTTGTTAGAGATGGTTGTTTGAGTTGGAAGTAGGATCAATAAA
AACGTAACGTGACGGCAACAAAATTCACATTTTACTTTATTTATTTATTTTTCCTTATGG
TTGACTTCTCTTTCTCAAAATAAAATCTACCAATTCATGTTCGTGGATGTTACAATGTTT
GGTTTTGATTCATCGTTACCAGAATGGAAGCTGTTGTGAAGCGTGACGAACAAACTTCTT
GAAATGGCTCTCCTTTGTTAATCCGGAAGCAGAGGACAAAGAAGATGGATTAATTATATC
AACGCAAAATCCAATTAGAGTTTTTCTATATATGTTCTTTTATCTGTATTTTGGGGGGTG
GGGATTATGTGTGGATATATTTGGGAGTTACTATAGATTTTTCTTACTTTCTAAAAAATA
TTTTCTATTTTATT
TC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1E907JQ 783 0 0
CCGA
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GCATCGGTCGCTTTCGATGGCGCATATAACTCCCTCCGGATTCGCGTCGCTGCTGCTGGG
TATATCGGTGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACCTTCTTCATCGGCTTCCTCTTGCT
GCCGTGGGTCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGGGATCGTGTCTCTCATTTC
CATGGCTGGGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCCTCCTTCTTTTTCATCCAT
GAAGGAGATTTCTGGTAATTTTAATGAGAATTCATAGTTTTTCCTTTTAAAATCCAGATC
TTGTTAGAGATGGTTGTTTGAGTTGGAAGTAGGATCAATAAAAACGTAACGTGACGGCAA
CAAAATTCACATTTTACTTTATTTATTTATTTTTCCTTATGGTTGACTTCTCTTTCTCAA
AATAAAATCTACCAATTCATGTTCGTGGATGTTACAATGTTTGGTTTTGATTCATCGTTA
CCAGAATGGAAGCTGTTGTGAAGCGTGACGAACAAACTTCTTGAAATGGCTCTCCTTTGT
TAATCCGGAAGCAGAGGACAAAGAAGATGGATTAATTATATCAACGCAAAATCCAATTAG
AGTTTTTCTATATATGTTCTTTTATCTGTATTTTGGGGGGTGGGGATTATGTGTGGATAT
ATTTGGGAGTTACTATAGATTTTTCTTACTTTCTAAAAAATATTTTCTATTTTATTGTC

QA 5 783 5 783
DS 



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CTCCATTAAACCTTTTTCTTGAATCATTACTTGCTTGTGAACGATGAGAAGCCAACAGAG
AGATCAAGACTCGAGGGCTTTCTACGATCTCTCGGCTCTTGTCCTGAGCCTCCTCCGCTC
TCCTCCCGTCCCGATTTCTCTCCCCGATCATCATCATCACTTCCCGGATTCGCCGATGAT
GATGAGAAGTCCGCAGCATCGGTCGCTTTCGATGGCGCATATAACTCCCTCCGGATTCGC
GTCGCTGCTGCTGGGTATATCGGTGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACTTTCTTCAT
CGGCTTCCTCTTGCTGCCGTGGGTCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGGGAT
CGTGTCTCTCATTTCCATGGCTGGGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCCTCC
TTCTTTTTCATCCATGAAGGAGATTTCTGAATGGAAGCTGTTGTGAAGCGTGACGAACAA
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TTATATCAACGCAAAATCCAATTAGAGTTTTTCTATATATGTTCTTTTATCTGTATTTTG
GGGGGTGGGGATTATGTGTGGATATATTTGGGAGTTACTATAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS02TF U 23
AF RR1EU81TF U 1
AF RR1BR45TF U 65
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G
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GAACGGTCATTCATCATCATCGTCGTCTCCATTACTCCTCCATTAAACCTTTTTCTTGAA
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ACGATCTCTCGGCTCTTGTCCTGAGCCTCCTCCGCTCTCCTCCCGTCCCGATTTCTCTCC
CCGATCATCATCATCACTTCCCGGATTCGCCGATGATGATGAGAAGTCCGCAGCATCGGT
CGCTTTCGATGGCGCATATAACTCCCTCCGGATTCGCGTCGCTGCTGCTGGGTATATCGG
TGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACTTTCTTCATCGGCTTCCTCTTGCTGCCGTGGG
TCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGGGATCGTGTCTCTCATTTCCATGGCTG
GGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCCTCCT

QA 2 519 2 519
DS 

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CTCCATTAAACCTTTTTCTTGAATCATTACTTGCTTGTGAACGATGAGAAGCCAACAGAG
AGATCAAGACTCGAGGGCTTTCTACGATCTCTCGGCTCTTGTCCTGAGCCTCCTCCGCTC
TCCTCCCGTCCCGATTTCTCTCCCCGATCATCATCATCACTTCCCGGATTCGCCGATGAT
GGTGAGAAGTCCGCAGCATCGGTCGCTTTCGATGGCGCATATAACTCCCTCCGGATCCGC
GTCGCTGCTGCTGGGTATATCGGTGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACTTTCTTCAT
CGGCTTCCTCTTGCTGCCGTGGGTCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGGGAT
CGTGTCTCTCATTTCCATGGCTGGGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCCTCC
TTCTTTTTCATCCATGAAGGAGATTTCTGAATGGAAGCTGTTGTGAAGCGTGACGAACAA
ACTTCTTGAAATGGCTCTCCTTTGTTAATCCGGAAGCAGAGGACAAAGAAGATGGATTAA
TTATATCAACGCAAAATCCAATTAGAGTTTTTCTATATATGTTCTTTTATCTGTAT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1BR45TF 700 0 0
GG
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AGACTCGAGGGCTTTCTACGATCTCTCGGCTCTTGTCCTGAGCCTCCTCCGCTCTCCTCC
CGTCCCGATTTCTCTCCCCGATCATTATCATCACTTCCCGGATTCGCCGATGATGATGAG
AAGTCCGCAGCATCGGTCGCTTTCGATGGCGCATATAACTCCCTCCGGATTCGCGTCGCT
GCTGCTGGGTATATCGGTGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACTTTCTTCATCAGCTT
CCTCTTGCTGCCGTGGGTCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGGGATCGTGTC
TCTCATTTCCATGGCTGGGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCCTCCTTCTTT
TTCATCCATGAAGGAGATTTCTGAATGGAAGCTGTTGTGAAGCGTGACGAACAAACTTCT
TGAAATGGCTCTCCTTTGTTAATCCGGAAGCAGAGGACAAAGAAGATGGATTAATTATAT
CAACGCAAAATCCAATTAGAGTTTTTCTATATATGTTCTTTTATCTGTATTTTGGGGGGT
GGGGATTATGTGTGGATATATTTGGGAGTTACTATAGA

QA 3 700 3 700
DS 



AS 1 8

CO CL635Contig1 806 8 14 U
GGACAGCAACATCATCACATTCACAATCTCATATAACTCATACTATATAAGAATGGCTGG
ATCTCTTAGATTTAATCATCACTTCCTCACATCTCTTCTCATTACCATTACGATAACCAC
GCTCAAGTCGGTCCATACAGCAACAACAACAAACACGGAGTTCGTAAAATCATCATGCAA
ATTCACAACATATCAAAAACTCTGTGTCACTTCACTCTCAACTCAATCCAGTCTCATCCA
AACCAGCCACAAACTCATGGCTCACGCGGCTCTCAACATCACATTAGCCTCGGTTAAAGC
CACATCAGCAATGATGGTGCGTCTCTCGAGTAGTCAGCTCAAGCCCAGAGAAGTCTCGGC
CATGAGAGACTGCGTTGAGGAGCTAGGTGACACGTTGGCGGAGCTTAGGAAATCGATAGG
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GGTTAGCGCGGCTCTGACCGATGAGAACACGTGCTCGGATGGTTTTGGAGGAGCTGACAT
GAATGGGAAAGTCAAGGATTTGGTTAGAGGGAGGATTTTGGTTATTGCTCATCTAACGAG
TAATGCTTTAGCTTTGATTAATCACTTTGCTTATATTCATGGCTAGAGAGACTAATATAT
TTTTTAGTTTCTTTTTATCGAAAATTTCTGTTGCTTTTGTCAGTTTGTGTATATAACAAA
TAGTAATAGTACAATGTATCGCTCGTCTTTAAGATTCCGGAATCAATATGTACCAGAAAA
TATTCAATATTTTTTCTTTGCTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1CJ90TF U 18
AF RR1ED32TF U 18
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AF RR1CW80TF U 56
AF RR1CJ90JQ C 19
AF RR1ED32JQ C 90
AF RR1GE08JQ C 54
BS 1 72 RR1GE08TF
BS 73 73 RR1CJ90TF
BS 74 353 RR1GE08TF
BS 354 354 RR1CJ90TF
BS 355 498 RR1GE08TF
BS 499 499 RR1CJ90TF
BS 500 683 RR1GE08TF
BS 684 684 RR1CJ90TF
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RD RR1GE08TF 718 0 0
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ATTCACAACATATCAAAAACTCTGTGTCACTTCACTCTCAACTCAATCCAGTCTCATCCA
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GAATGGGAAAGTCAAGGATTTGGTTAGAGGGAGGATTTTGGTTATTGCTCATCTAACGAG
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TTTTTAGTTTCTTTTTATCGAAATTT*CTGTTGCTTTTGTCAGTTTGTGTATATAACA

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DS 

RD RR1CJ90TF 731 0 0
CAT
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GCTCGTCT

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DS 

RD RR1ED32TF 731 0 0
CAT
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ACTTCCTCACATCTCTTCTCATTACCATTACGATAACCACGCTCAAGTCGGTCCATACAG
CAACAACAA**AACACGGAGTTCGTAAAATCATCATGCAAATTCACAACATATCAAAAAC
TCTGTGTCACTTCACTCTCAACTCAATCCAGTCTCATCCAAACCAGCCACAAACTCATGG
CTCACGCGGCTCTCAACATCACATTAGCCTCGGTTAAAGCCACATCAGCAATGATGGTGC
GTCTCTCGAGTAGTCAGCTCAAGCCCAGAGAAGTCTCGGCCATGAGAGACTGCGTTGAGG
AGCTAGGTGACACGTTGGCGGAGCTTAGGAAATCGATAGGTGAGATGGGTCTGTTAAGTG
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ATGAGAACACGTGCTCGGATGGTTTTGGAGGAGCTGACATGAATGGGAAAGTCAAGGATT
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ATCACTTTGCTTATATTCATGGCTAGAGAGACTAATATATTTTTTAGTTTCTTTTTATCG
AAAATTTCTGTTGCTTTTGTCAGTTTGTGTATATAACAAATAGTA*TAGTACA*TGTATC
GCTCGTCT

QA 4 731 4 731
DS 

RD RR1D847TF 614 0 0
G
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CTGTGTCACTTCACTCTCAACTCAGTCCAGTCTCATCCAAACCAGCCACAAACTCATGGC
TCACGCGGCTCTCAACATCACATTAGCCTCGGTTAAAGCCACATCAGCAATGATGGTGCG
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CTCGAACTACGAAATCTACATGAGTGATATTCAGACTTGGGTTAGCGCGGCTCTGACCGA
TGAGAACACGTGCTCGGATGGTTTTGGAGGAGCTGACATGAATGGGAAAGTCAAGGATTT
GGTTAGAGGGAGGATTTTGGTTATTGCTCATCTAACGAGTAATGCTTTAGCTTTGATTAA
TCACTTTGCTTATATTCATGGCTAGAGAGACTAATATATTTTTTAGTTTCTTTTTATCGA
AAATTTCTGTTGCTTTTGTCAGTTTGTGTATATAACAAATAGTAATAGTACAATGTATCG
CTCGTCTTTA
GAT

QA 2 611 2 611
DS 

RD RR1CW80TF 675 0 0
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ACCACGCTCAAGTCGGTCCATACAGCAACAACAACAAACACGGAGTTCGTAAAATCATCA
TGCAAATTCACAACATATCAAAAACTCTGTGTCACTTCACTCTCAACTCAATCCAGTCTC
ATCCAAACCAGCCACAAACTCATGGCTCACGCGGCTCTCAACATCACATTAGCCTCGGTT
AAAGCCACATCAGCAATGATGGTGCGTCTCTCGAGTAGTCAGCTCAAGCCCAGAGAAGTC
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ATAGGTGAGATGGGTCTGTTAAGTGGCTCGAACTACGAAATCTACATGAGTGATATTCAG
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ACGAGTAATGCTTTAGCTTTGATTAATCACTTTGCTTATATTCATGGCTAGAGAGACTAA
TATATTTTTTAGTTTCTTTTTATCGAAAATTTCTGTTGCTTTTGTCAGTTTGTGTATATA
ACAAATAGTAATAGT

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DS 

RD RR1CJ90JQ 788 0 0
CA
TCACAATCTCATATAACTCATACTATATAAGAATGGCTGGATCTCTTAGATTTAATCATC
ACTTCCTCACATCTCTTCTCATTACCATTACGATAACCACGCTCAAGTCGGTCCATACAG
CAACAACAACAAACACGGAGTTCGTAAAATCATCATGCAAATTCACAACATATCAAAAAC
TCTGTGTCACTTCACTCTCAACTCAATCCAGTCTCATCCAAACCAGCCACAAACTCATGG
CTCACGCGGCTCTCAACATCACATTAGCCTCGGTTAAAGCCACATCAGCAATGATGGTGC
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AGCTAGGTGACACGTTGGCGGAGCTTAGGAAATCGATAGGTGAGATGGGTCTGTTAAGTG
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ATGAGAACACGTGCTCGGATGGTTTTGGAGGAGCTGACATGAATGGGAAAGTCAAGGATT
TGGTTAGAGGGAGGATTTTGGTTATTGCTCATCTAACGAGTAATGCTTTAGCTTTGATTA
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AAAATTTCTGTTGCTTTTGTCAGTTTGTGTATATAACAAATAGTAATAGTACAATGTATC
GCTCGTCTTTAAGATTCCGGAATCAATATGTACCAGAAAATATTCAATATTTTTTCTTTG
CTATCC

QA 3 788 3 788
DS 

RD RR1ED32JQ 709 0 0
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**AACACGGAGTTCGTAAAATCATCATGCAAATTCACAACATATCAAAAACTCTGTGTCA
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CTCTCAACATCACATTAGCCTCGGTTAAAGCCACATCAGCAATGATGGTGCGTCTCTCGA
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GTTGCTTTTGTCAGTTTGTGTATATAACAAATAGTAATAGTACAATGTATCGCTCGTCTT
TAAGATTCCGGAATCAATATGTACCAGAAAATATTCAATATTTTTTCTT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1GE08JQ 749 0 0
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CATGCAAATTCACAACATATCAAAAACTCTGTGTCACTTCACTCTCAACTCAATCCAGTC
TCATCCAAACCAGCCACAAACTCATGGCTCACGCGGCTCTCAACATCACATTAGCCTCGG
TTAAAGCCACATCAGCAATGATGGTGCGTCTCTCGAGTAGTCAGCTCAAGCCCAGAGAAG
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CGATAGGTGAGATGGGTCTGTTAAGTGGCTCGAACTACGAAATCTACATGAGTGATATTC
AGACTTGGGTTAGCGCGGCTCTGACTGATGAGAACACGTGCTCGGATGGTTTTGGAGGAG
CTGACATGAATGGGAAAGTCAAGGATTTGGTTAGAGGGAGGATTTTGGTTATTGCTCATC
TAACGAGTAATGCTTTAGCTTTGATTAATCACTTTGCTTATATTCATGGCTAGAGAGACT
AATATATTTTTTAGTTTCTTTTTATCGAAAATTTCTGTTGCTTTTGTCAGTTTGTGTATA
TAACAAATAGTAATAGTACAATGTATCGCTCGTCTTTAAGATTCCGGAATCAATATGTAC
CAGAAAATATTCAATATTTTTTCTT
TGCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 8

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ATATACCATTCATATTCAGCATTTAAGCAAATCTAAAATGCACACATGCATCATATTTAG
GCATTTATACTTCATAAGTTTAAGGATTAAAATCTATACACAGAGTCCTGATCACAGTGG
AGGTCTCTCCAACGAGATATAACCAAATTTGCCTTTGCGAAAATCCGAAAGTATTCTAAA
TGCAGCTTGATGACTATCTCCACCAAACAAGTCTAGACCAAGCGTCTTCACAAATTTTTT
ACCGCAGCCTCCGTCAAGCTGAATCTTGTACCGGTTGTAAAGCGCCCTCGAGCCTACTTC
TGGAATCCGTGCTAGCATCTGCACAAGGATTCCAGCAACATCAGTGAAGTCATAAGCTTT
CTCTCCAATGTCATCGCAAATCGCAAGCTTTATAGCAGCTGCTTGATCATCAATACGCAT
AGGAAGCATTCCTGGTGAATCTAACAGATCAAGACCATCCCCAAGCTTCACCCATTTCAT
TTCTCTAGTTACACCTGGTCTTGGTGCTGCTGCGCAGATTTTGCGCTTTAATAGACGATT
GATCAAAGATGATTTTCCAACATTAGGGTATCCGATGATTCCAGCTCTAACTGATCTAGG
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ACCTAGCTTCATAGCTCCCGTCCCAAGTTTGCCATTAGTGAAAATGACTTTTATTCCTTG
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CAACACCAATATTCTTTTCCTATTCCCAAGCCACGCATCCATCTTTGGATGAGTTGTGGA
TAAGGGAATCCTAGCATCTCTGACTTCAATCACAACATCCATCAGCTTAAGCTGTTCCCT
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AGTCCATAGACGAATATCAGATTCAAGATTCATCCAATCAATTTCCTCTTCGTTTGGCTC
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AGACGGCGATGGGGCTAACTGGGCAAACATGACTGACTGAAAATGCATTACAAATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1D587JQ U 19
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AF RR1DS39JQ U 19
AF RR1DD57JQ U 19
AF RR1ES90TF C 541
AF RR1D587TF C 708
AF RR1DD57TF C 708
AF RR1DS39TF C 716
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RD RR1D587JQ 328 0 0
G
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CCACCAAACAAGTCTAGACCAAGCGTCTTCACAAATTTTTTACCGCAGCCTCCGTCAAGC
TGAATCTTGTACCGGTTGTAAAGCGCC

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ATATACCATTCATATTCAGCATTTAAACAAATCTAAAATGCACACATGCATCATATTTAG
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AGGTCTCTCCAACGAAATATAACCAAATTTGCCTTTGCGAAAATCCGAAAGTATTCTAAA
TGCAGCTTGATGACTATCTCCACCAAACAAGTCTAAACCAAGCGTCTTCACAAATTTTTT
ACCGCACCCTCCGTCAAGCTGAATCTTGTACCGGTTGTAAAGCGCCCTCGAGCCTACTTC
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CTCTCCAATGTCATCGCAAATCGCAAGCTTTATAGCAGCTGCTTGATCATCAA

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DS 

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A
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TTAAGGATTAAAATCTATACACAGAGTCCTGATCACAGTGGAGGTCTCTCCAACGAGATA
TAACCAAATTTGCCTTTGCGAAAATCCGAAAGTATTCTAAATGCAGCTTGATGACTATCT
CCACCAAACAAGTCTAGACCAAGCGTCTTCACAAATTTTTTACCGCAGCCTCCGTCAAGC
TGAATCTTGTACCGGTTGTAAAGCGCCCTCGAGCCTACTTCTGGAATCCGTGCTAGCATC
TGCACAAGGATTCCAGCAACATCAGTGAAGTCATAAGCTTTCTCTCCAATGTCATCGCAA
ATCGCAAGCTTTATAGCAGCTGCTTGATCATCAATACGCATAGGAAGCATTCCTGGTGAA
TCTAACAGATCAAGACCATCCCCAAGCTTCACCCATTTCATTTCTCTAGTTACACCTGGT
CTTGGTGCTGCTGCGCAGATTTTGCGCTTTAATAGACGATTGATCAAAGATGATTTTCCA
ACATTAGGGTATCCGATGATTCCAGCTCTAACTGATC

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A
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CATTTAAGCAAATCTAAAATGCACACATGCATCATATTTAGGCATTTATACTTCATAAGT
TTAAGGATTAAAATCTATACACAGAGTCCTGATCACAGTGGAGGTCTCTCCAACGAGATA
TAACCAAATTTGCCTTTGCGAAAATCCGAAAGTATTCTAAATGCAGCTTGATGACTATCT
CCACCAAACAAGTCTAGACCAAGCGTCTTCACAAATTTTTTACCGCAGCCTCCGTCAAGC
TGAATCTTGTACCGGTTGTAAAGCGCCCTCGAGCCTACTTCTGGAATCCGTGCTAGCATC
TGCACAAGGATTCCAGCAACATCAGTGAAGTCATAAGCTTTCTCTCCAATGTCATCGCAA
ATCGCAAGCTTTATAGCAGCTGCTTGATCATCAATACGCATAGGAAGCATTCCTGGTGAA
TCTAACAGATCAAGACCATCCCCAAGCTTCACCCATTTCATTTCTCTAGTTACACCTGGT
CTTGGTGCTGCTGCGCAGATTTTGCGCTTTAATAGACGATTGATCAAAGATGATTTTCCA
ACATTAGGGTATCCGATGATTCCAGCTCTAACTGATCTAGGGAGAAGACCCTTCTCTCGC
CGCTTTCCATTTACATCGCCTGCCAAGCTTTTTGCTAACCTACCTAGCTTCATAGCTCCC
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CTCGCCGCTTTCCATTTACATCGCCTGCCAAGCTTTTTGCTAACCTACCTAGCTTCATAG
CTCCCGTCCCAAGTTTGCCATTAGTGAAAATGACTTTTATTCCTTGCTTTGCAAAGTATC
TAGCCCAATCATTTCGATCATCATTAGAGATCATATCTTCTCTGTTCAACACCAATATTC
TTTTCCTATTCCCAAGCCACGCATCCATCTTTGGATGAGTTGTGGATAAGGGAATCCTAG
CATCTCTGACTTCAATCACAACATCCATCAGCTTAAGCTGTTCCCTAAGTTCCTTTTCAG
TTTTCATTATGTGTCCTGGATACCATTGAACAGGACGTAACGCTCTAGTCCATAGACGAA
TATCAGATTCAAGATTCATCCAATCAATTTCCTCTTCGTTTGGCTCTAAAGTGAAACCCT
TTGAATCATTCTTCCTTGTAGAATCTAAAGTTGAATCCTTTCCTCCAATAATCTGAATTG
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AGGTACGACGGTGAACGACGAAGTGGCTTAGGTTCGCCGGAGAAGGAGACGGCGATGGGG
CTAACTGGGCAAACATGACTGACTGAAAATGCAT
CC

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CTTCGTTTGGCTCTAAAGTGAAACCCTTTGAATCATTCTTCCTTGTAGAATCTAAAGTTG
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CGGAGACTGCGAGTGTGGAGTGTCGGAAGGTACGACGGTGAACGACGAAGTGGCTTAGGT
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TTACAAATTCT

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TATCTTCTCTGTTCAACACCAATATTCTTTTCCTATTCCCAAGCCACGCATCCATCTTTG
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TAAGCTGTTCCCTAAGTTCCTTTTCAGTTTTCATTATGTGTCCTGGATACCATTGAACAG
GACGTAACGCTCTAGTCCATAGACGAATATCAGATTCAAGATTCATCCAATCAATTTCCT
CTTCGTTTGGCTCTAAAGTGAAACCCTTTGAATCATTCTTCCT*GTAGAATCTAAAGTTG
AATCCTTTCCTCCAATAATCTGAATTGGTGGACGAGAGGAGTTTGCAGTGGGAGGAGAAG
CGGAGACTGCGAGTGTGGAGTGTCGGAAGGTACGACGGTGAACGACGAAGTGGCTTAGGT
TCGCCGGAGAAGGAGACGGCGATGGGGCTAACTGGGCAAACATGACTGACTGAAAATGCA
T
TACCC

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DS 

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CTGTTCAACACCAATATTCTTTTCCTATTCCCAAGCCACGCATCCATCTTTGGATGAGTT
G*GGATAAGGGAATCCTAGCATCTCTGACTTCAATCACAGCATCCATCAGCTTAAGCTGT
TCCCTAAGTTCCTTTTCAGTTTTCATTATGTGTCCTGGATACCATTGAACAGGACGTAAC
GCTCTAGTCCATAGACGAATATCAGATTCAAGATTCATCCAATCAATTTCCTCTTCGTTT
GGCTCTAAAGTGAAACCCTTTGAATCATTCTTCCT*GTAGAATCTAAAGTTGAATCCTTT
CCTCCAATAATCTGAATTGGTGGACGAGAGGAGTTTGCAGTGGGAGGAGAAGCGGAGACT
GCGAGTGTGGAGTGTCGGAAGGTACGACGGTGAACGACGAAGTGGCTTAGGTTCGCCGGA
GAAGGAGACGGCGATGGGGCTAACTGGGCAAACATGACTGACTGAAAATGCAT
TACCC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 3 8

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ATATTTTCTTAACACAAAGAGATATTAAAGAAGAACATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGT
TCTACTCTAAACCCCGACGCGCCACTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAAGTGGAGAAT
TTTTCGCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACATCGACATGGTACCATGACTACTGGATC
AGCCAGAACCAAGGAGCAGATGGTTTCTACGATGGTGAAGTCGATGTAGCTGATCTTCTA
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GCAAACCAGAGGGTTGCTGTTCCAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTGAACAAGAGAGGGA
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ATGTTCATTCTCAAAACTTGTTATCATAAAAAATGTAAAAACATAAAAAAAAGTTGTAAG
CTTTGAATGAGAAATGAGAACTAGCTAGAGTTTATTTCT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1EE73TF U 3
AF RR1B013JQ C 1
AF RR1EE73JQ C 85
AF RR1B013TF U 1
BS 1 4 RR1B013JQ
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BS 179 476 RR1B013TF
BS 477 477 RR1EE73TF
BS 478 756 RR1B013TF
BS 757 759 RR1B013JQ

RD RR1EE73TF 690 0 0
GG
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TTTCTTAACACAAAGAGATATTAAAGAAGAACATGGCGATGTTTTCAGGAAGACGTTCTA
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TCATTCTCAAAACTTGTTATCATAAAAA

QA 3 690 3 690
DS 

RD RR1B013JQ 759 0 0
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TCTACTCTAAACCCCGACGCGCCACTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAAGTGGAGGAT
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AGCCAGAACCAAGGAGCAGATGGTTTTTACGATGGTGAAGTCGATGTAGCTGATCTTCTA
CCAGAGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGTGGCTGATGAGTTTGATGTA
GAGATCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGGACGGTGAGATGGTTAGGAGATCGAGAGGG
AACAGGAGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATGCGGAGAAGCCAGCTAA*TGG
GCAAACCAGAGGGTTGCTGTTCCAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTGAACAAGAGAGGGA
GGAGGAGGAGTTGTTGTTAACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTTGT
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QA 1 759 1 759
DS 

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CTAGAGTTTATT
TCC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1B013TF 756 0 0
GGAC
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CTCTAAACCCCGACGCGCCACTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAAGTGGAGGATTTTT
CGCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACATCGACATGGTACCATGACTACTGGATCAGCC
AGAACCAAGGAGCAGATGGTTTCTACGATGGTGAAGTCGATGTAGCTGATCTTCTACCAG
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TCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGGACGGTGAGATGGTTAGGAGATCGAGAGGGAACA
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ACCAGAGGGTTGCTGTTCCAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTGAACAAGAGAGGGAGGAG
GAGGAGTTGTTGTTAACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTTGTAATT
TTTTTTTAGTATTTGCTTTCCCATAAGAGAACATGTAACTTCTTTGTACTTTTATGATGT
TCATTCTCAAAACTTGTTATCATAAAAAATGTAAAAACATAAAAAAAAGTTGTAAGCTTT
GAATGAGAAATGAGAACTAGCTAGAGTTTATT

QA 5 756 5 756
DS 



CO CL637Contig2 762 2 2 U
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ATATTTTCTTAGCACAAAGAGATCTTAAAGAACATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCT
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GGAGGAGTTGTTGTTTAACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTATGTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G129TF U 1
AF RR1G129JQ C 146
BS 1 693 RR1G129TF
BS 694 762 RR1G129JQ

RD RR1G129TF 702 0 0
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ATTTTTTTTAGTATTTGCTTTCCCATAAGAGAACATGTAACTTCTTTGTACTTTTATGAT
ATGTTCATTCTCAAAACTTGTTATCATAAAAAA
ATGTAAAAA

QA 1 693 1 693
DS 

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GAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTATGTAATTTTTTTTAGTATTTGCTTTCCCA
TAAGAGAACATGTAACTTCTTTGTACTTTTATGATATGTTCATTCTCAAAACTTGTTATC
ATAAAAAAAATGTAAAAAACATAAAAAAAAGTTGTGAACTTTGAATGAGAAATGAGAACT
AGCTAGAGTTTATTTCT

QA 1 617 1 617
DS 



CO CL637Contig3 743 2 2 U
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ATATTTTCTTAACACAAAGAGATCTTAAAGAACATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCT
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GAGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGAGGCTGATGAGTTTGATGGAGAG
ATCTACTGTGCAGGTGGTTTAGGGAAGAATGGTGAGATGGTTAGGAGATCGAGAGGGAAC
AGGGGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATGCGGAGAAGCCAGCTAAGTGGGCA
AACCAGAGGGTTGCTGCTACAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTAAACAAGAGAGGGAGGA
GGAGGAGTTGTTGTTTAACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTATGTA
ATTTTTTAGTATTTGCTTTCCCATAAGAGAACATGTAACTTCTTTGTACTTTTATGATAT
GTTCATTCTCAAAACTTGTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT53TF U 1
AF RR1GT53JQ C 99
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RD RR1GT53TF 538 0 0
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TTACGTTCGTGTTCTGTCCTAATCCGTTTCGCGTTTTATCAAGACAAGAAAGAATTTCAG
ATATTTTCTTAACACAAAGAGATCTTAAAGAACATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCT
ACTCTAAACCCCGACGCGCCACTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAGGTGGAGGATTTC
TCTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACATCGACATGGTACCATGACTACTGGATCAGC
CAGAACCAAGGAGCAGATGGTTTCTACGATGGTGAAGTCGATGTGGCTGATCTTCTACCA
GAGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGAGGCTGATGAGTTTGATGGAGAG
ATCTACTGTGCAGGTGGTTTAGGGAAGAATGGTGAGATGGTTAGGAGATCGAGAGGGAAC
AGGGGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATGCGGAGAAGCCAGCTAAGTGGG

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1GT53JQ 645 0 0
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GATGGTTTCAGGAAGACGTTCTACTCTAAACCCCGACGCGCCACTGTTTGTTCCGGCGGC
CGTACGGCAGGTGGAGGATTTCTCTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACATCGACATG
GTACCATGACTACTGGATCAGCCAGAACCAAGGAGCAGATGGTTTCTACGATGGTGAAGT
CGATGTGGCTGATCTTCTACCAGAGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGA
GGCTGATGAGTTTGATGGAGAGATCTACTGTGCAGGTGGTTTAGGGAAGAATGGTGAGAT
GGTTAGGAGATCGAGAGGGAACAGGGGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATGC
GGAGAAGCCAGCTAAGTGGGCAAACCAGAGGGTTGCTGCTACAAGAAACATCCACCAGCC
TCGTTAAACAAGAGAGGGAGGAGGAGGAGTTGTTGTTTAACTAGTCAGAGTTGGTTGTAT
GTTAGCCACTGTACCTTATGTAATTTTTTAGTATTTGCTTTCCCATAAGAGAACATGTAA
CTTCTTTGTACTTTTATGATATGTTCATTCTCAAAACTTGTTATC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 8

CO CL638Contig1 950 8 23 U
GGGAAATAAAAAGAAGGCAATGGAGAAAAAGGACCAGAAACGGTATGTGCTTGTCCATGG
GATCTGCCACGGCGCATGGTGCTGGTACAAGGTGAAACCGATTCTCGAGGCTGCAGGTCA
CATTGTGACAGCAGTAGACCTAGCTGCGTCGGGCATAAACACAACCAGATTGGAAGAGAT
TCAAACACTAGAGGATTACTGCAAACCGTTGCTTGATGTTCTGAGCTCGCCTGATGAAGA
TAAGGTGGTTCTCGTTGCTCATAGCATGGGAGGAATATGCGCAGCGTTTGCAGCTGACAT
CTTCCCTCATAAGATCGCTGCTATGGTCTTTGTGACATCCTTCATGCCTGACACAACAAA
TCCACCTGCTTATGTTCTCAAAAATATCATGCCGAGCATGTCACCGCAAGATTGGTTGGA
TACCGTGCTGGGAAGCTATGGGAGACCGGATCATCCGTTACAGTCTGCTCTCTTTGGACC
AAAGTTCTTGGCCAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGAGGATCTTGAATTGGCGAA
AACGCTGGTGAGGGTAAACCCATCAGTTACGGACAACCTGGCAGGGACAAGAAGCTTCAC
TGAGGAAGGGTACGGATCTGTTACGCGTATCTACATCACATGCGGAAAGGATAATGTGAT
ACGTAATGATTACCAGCGTTGGATGATCAACAACTTTCCGGTAAAAGAAGTAATGGAAAT
CAAAGCTGCGGATCATATGCCAATGAACTCCAAGCCTCGAGAACTCTGTGCTCGTCTCTT
GGAGATTGCACATAAATATGCATGAATGAAACAATCCCTATACTCAGTTTCTTCTAACTT
CGAAGTTATCATGCAAGTCCGTTTACAAGAACTTATGATTGTTGCTAAAGACTTTATGCA
CAATGTAGATATTACACTTTTTATAATGCTACAATAAACGATTTACTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1ES51TF U 9
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AF RR1A528JQ C 114
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GGGG
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GGATTACTGCAAACCGTTGCTTGATGTTCTGAGCTCGCCTGATGAAGATAAGGTGGTTCT
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TGTTCTCAAAAATATCATGCCGAGCATGTCACCGCAAGATTGGTTGGATACCGTGCTGGG
AAGCTATGGGAGACCGGATCATCCGTTACAGTCTGCTCTCTTTGGACCAAAGTTCTTGGC
CAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGAGGA

QA 5 517 5 517
DS 

RD RR1D631TF 567 0 0
GGGAAATAAAAAGAAGGCAATGGAGAAAAAGGACCAGAAACGGTATGTGCTTGTCCATGG
GATCTGCCACGGCGCATGGTGCTGGTACAAGGTGAAACCGATTCTCGAGGCTGCAGGTCA
CATTGTGACAGCAGTAGACCTAGCTGCGTCGGGCATAAACACAACCAGATTGGAAGAGAT
TCAAACACTAGAGGATTACTGCAAACCGTTGCTTGATGTTCTGAGCTCGCCAGATGAAGA
TAAGGTGGTTCTCGTTGCTCATAGCATGGGAGGAATATGCGCAGCGTTTGCAGCTGACAC
CTTCCCTCATAAGATCGCTGCTATGGTCTTTGTGACATCCTTCATGCCTGACACAACAAA
TCCACCTGCTTATGTTCTCAAAAATATCATGCCGAGCATGTCACCGCAAGATTGGTTGGA
TACCGTGCTGGGAAGCTATGGGAGACCTGATCATCCGTTACAGTCTGCTCTCTTTGGACC
AAAGTTCTTGGCCAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGAGGATCTTGAATTGGCGAA
AACGCTGGTGAGGGTAAACCCATCAGT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1B553JQ 186 0 0
CCAGTCGAGGATTTTGAATTGGGGAAAACGCTGGTGAGGGTAAACCCATCAGTTACGGAC
AACCTGGCAGGGACAGGAAGCTTCACTGAGGAAGGGTACGGATTTGTTACGGGTATTTAC
ATCACATGCGGAAAGGATAATGTGATACGTAATGATTACCAGCGTTGGATGATCAACAAC
TTT
TTG

QA 1 183 1 183
DS 

RD RR1B553TF 783 0 0
C
TTGTCCATGGGATCTGCCACGGCGCATGGTGCTGGTACAAGGTGAAACCGATTCTCGAGG
CTGCAGGTCACATTGTGACAGCAGTAGACCTAGCTGCGTCGGGCATAAACACAACCAGAT
TGGAAGAGATTCAAACACTAGAGGATTACTGCAAACCGTTGCTTGATGTTCTGAGCTCGC
CTGATGAAGATAAGGTGGTTCTCGTTGCTCATAGCATGGGAGGAATATGCGCAGCGTTTG
CAGCTGACACCTTCCCTCATAAGATCGCTGCTATGGTCTTTGTGACATCCTTCATGCCTG
ACACAACAAATCCACCTGCTTATGTTCTCAAAAATATCATGCCGAGCATGTCACCGCAAG
ATTGGTTGGATACCGTGCTGGGAAGCTATGGGAGACCTGATCATCCGTTACAGTCTGCTC
TCTTTGGACCAAAGTTCTTGGCCAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGAGGATCTTG
AATTGGCGAAAACGCTGGTGAGGGTAAACCCATCAGTTACGGACAACCTGGCAGGGACAG
GAAGCTTCACTGAGGAAGGGTACGGATCTGTTACGCGTATCTACATCACATGCGGAAAGG
ATAATGTGATACGTAATGATTACCAGCGTTGGATGATCAACAACTTTCTGGTAAAAGAAG
TAATGGAAATCAA*GCTGCGGATCATATGCCAATGAACTCCAAGCCTCGAGAACTCTGTG
CTTGTCTCTTGGAGATTGCACATAAATATGCATGAATGAAC**ATCCCTATACTCAGTTT
CT

QA 2 783 2 783
DS 

RD RR1A528TF 901 0 0
G
GAAGGCAATGGAGAAAAAGGACCAGAAACGGTATGTGCTTGTCCATGGGATCTGCCACGG
CGCATGGTGCTGGTACAAGGTGAAACCGATTCTCGAGGCTGCAGGTCACATTGTGACAGC
AGTAGACCTAGCTGCGTCGGGCATAAACACAACCAGATTGGAAGAGATTCAAACACTAGA
GGATTACTGCAAACCGTTGCTTGATGTTCTGAGCTCGCCTGATGAAGATAAGGTGGTTCT
CGTTGCTCATAGCATGGGAGGAATATGCGCAGCGTTTGCAGCTGACATCTTCCCTCATAA
GATCGCTGCTATGGTCTTTGTGACATCCTTCATGCCTGACACAACAAATCCACCTGCTTA
TGTTCTCAAAAATATCATGCCGAGCATGTCACCGCAAGATTGGTTGGATACCGTGCTGGG
AAGCTATGGGAGACCGGATCATCCGTTACAGTCTGCTCTCTTTGGACCAAAGTTCTTGGC
CAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGAGGATCTTGAATTGGCGAAAATGCTGGTGAG
GGTAAACCCATCAGTTACGGACAACCTGGCAGGGACAAGAAGCTTCACTGAGGAAGGGTA
CGGATCTGTTACGCGTATCTACATCACATGCGGAAAGGATAATGTGATACGTAATGATTA
CCAGCGTTGGATGATCAATAACTTTCCCGTAAAAGAAGTAATGGAAATCAAAGCTGCGGA
TCATATGCCAATGAACTCCAAGCCTCGAGAACTCTGTGCTCGTCTCTTGGAGATTGCACA
TAAATATGCATGAATGAAACAATCCCTATACTCAGTTTCT*CTAACTTCGAAGT*ATCAT
GCAAGTCCGTTTACA**GACTTATGATTGTTGCTAA*GACTTTATGCACA*TGTAGATAT

QA 2 901 2 901
DS 

RD RR1A528JQ 837 0 0
CAGGTCACATTGTGACAGCAGTAGACCTAGCTGCGTCGGGCATAAACACAACCAGATTGG
AAGAGATTCAAACACTAGAGGATTACTGCAAACCGTTGCTTGATGTTCTGAGCTCGCCTG
ATGAAGATAAGGTGGTTCTCGTTGCTCATAGCATGGGAGGAATATGCGCAGCGTTTGCAG
CTGACATCTTCCCTCATAAGATCGCTGCTATGGTCTTTGTGACATCCTTCATGCCTGACA
CAACAAATCCACCTGCTTATGTTCTCAAAAATATCATGCCGAGCATGTCACCGCAAGATT
GGTTGGATACCGTGCTGGGAAGCTATGGGAGACCGGATCATCCGTTACAGTTTGCTCTCT
TTGGACCAAAGTTTTTGGCCAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGAGGATCTTGAAT
TGGCGAAAATGCTGGTGAGGGTAAACCCATCAGTTACGGACAACCTGGCAGGGACAAGAA
GCTTCACTGAGGAAGGGTACGGATCTGTTACGCGTATTTACATCACATGCGGAAAGGATA
ATGTGATACGTAATGATTACCAGCGTTGGATGATCAATAACTTTCCGGTAAAAGAAGTAA
TGGAAATCAAAGCTGCGGATCATATGCCAATGAACTCCAAGCCTCGAGAACTCTGTGCTC
GTCTCTTGGAGATTGCACATAAATATGCATGAATGAAACAATCCCTATACTCAGTTTTTT
CTAACTTCGAAGTTATCATGCAAGTCCGTTTACAAGAACTTATGATTGTTGCTAAAGACT
TTATGCACAATGTAGATATTACACTTTTTATAATGCTACAATAAACGATTTACTACG

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR1ES51JQ 829 0 0
ATTGTGACAGCAGTAGACCTAGCTGCGTCGGGCATAAACACAACCAGATTGGAAGAGATT
CAAACACTAGAGGATTACTGCAAACCGTTGCTTGATGTTCTGAGCTCGCCTGATGAAGAT
AAGGTGGTTCTCGTTGCTCATAGCATGGGAGGAATATGCGCAGCGTTTGCAGCTGACATC
TTCCCTCATAAGATCGCTGCTATGGTCTTTGTGACATCCTTCATGCCTGACACAACAAAT
CCACCTGCTTATGTTCTCAAAAATATCATGCCGAGCATGTCACCGCAAGATTGGTTGGAT
ACCGTGCTGGGAAGCTATGGGAGACCGGATCATCCGTTACAGTCTGCTCTCTTTGGACCA
AAGTTCTTGGCCAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGAGGATCTTGAATTGGCGAAA
ATGCTGGTGAGGGTAAACCCATCAGTTACGGACAACCTGGCAGGGACAAGAAGCTTCACT
GAGGAAGGGTACGGATCTGTTACGCGTATCTACATCACATGCGGAAAGGATAATGTGATA
CGTAATGATTACCAGCGTTGGATGATCAATAACTTTCCGGTAAAAGAAGTAATGGAAATC
AAAGCTGCGGATCATATGCCAATGAACTCCAAGCCTCGAGAACTCTGTGCTCGTCTCTTG
GAGATTGCACATAAATATGCATGAATGAAACAATCCCTATACTCAGTTTCTTCTAACTTC
GAAGTTATCATGCAAGTCCGTTTACAAGAACTTATGATTGTTGCTAAAGACTTTATGCAC
AATGTAGATATTACACTTTTTATAATGCTACAATAAACGATTTACTACG

QA 1 829 1 829
DS 

RD RR1D631JQ 528 0 0
ACCGCAAGATTGGTTGGATACCGTGCTGGGAAGCTATGGGAGACCTGATCATCCGTTACA
GTCTGCTCTCTTTGGACCAAAGTTCTTGGCCAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGA
GGATCTTGAATTGGCGAAAACGCTGGTGAGGGTAAACCCATCAGTTACGGACAACCTGGC
AGGGACAGGAAGCTTCACTGAGGAAGGGTACGGATCTGTTACGCGTATCTACATCACATG
CGGAAAGGATAATGTGATACGTAATGATTACCGGCGTTGGATGATCAACAACTTTCTGGT
AAAAGAAGTAATGGAAATCAAAGCTGCGGATCATATGCCAATGAACTCCAAGCCTCGAGA
ACTCTGTGCTCGTCTCTTGGAGATTGCACATAAATATGCATGAATGAAACAATCCCTATA
CTCAGTTTCTTCTAACTTCGAAGTTATCATGCAAGTCCGTTTACAAGAACTTATGATTGT
TGCTAAAGACTTTATGCACAATGTAGATATTACACTTTTTATAATGCT

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 8

CO CL639Contig1 499 8 8 U
GGATCAATCAAAAACAAAAAACATTCAATAATAAATAAATATATCGTTTTAAAAAAAA**
ATGGCAGACAACAAGCAGAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAG
ACTAATGTGCTGGTGGACAAGATTAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAA
ACCGCGGGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAG
ACCGGCATGAAGAAGTAGCCCATTCGAGCATAAAACTGGGAGTTATAGTATCCATTTTTA
AAAAAATTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTAATTCTCATCTTC
ATCGTAGTTCTTGTTCTTGTTGTTGTTGTTGTAGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCT
TTCTCCCTTTTAGGTGTAAGTTTGGATGTTTATGTATTTAATTTCCCGCTAATGAACATC
TGATTTAAGCTCCAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 35 35 35 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ73TF U 64
AF RR1HA58JQ C 329
AF RR1FQ11TF U 1
AF RR1GF04TF U 1
AF RR1HA58TF U 1
AF RR1CQ17JQ C 6
AF RR1CQ17TF U 6
AF RR1DI22TF U 4
BS 1 131 RR1FQ11TF
BS 132 132 RR1GF04TF
BS 133 147 RR1FQ11TF
BS 148 148 RR1GF04TF
BS 149 270 RR1FQ11TF
BS 271 271 RR1GF04TF
BS 272 487 RR1FQ11TF
BS 488 499 RR1GF04TF

RD RR1DQ73TF 407 0 0
GG
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TGTGCTGGTGGACAAGATTAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAAACCGC
GGGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGACCGG
CATGAAGAGGTAGCCCATTCGAGCATAAAACTGGGAGTTATAGTATCCATTTTTAAAAAA
ATTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTAATTCTCATCTTCATCGT
AGTTCTTGTTCTTGTTGTTGTTGTTGTAGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCTTTCTC
CCTTTTAGGTGTAAGTTTGGATGTTTATGTATTTAATTTCCCGCT

QA 3 407 3 407
DS 

RD RR1HA58JQ 140 0 0
AAAATTGGGTGTTCTAATTAATTCTCATCTTCATCGTAGTTCTTCTTCTTGTTGTTGTTG
TTGTAGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCTTTCTCCCTTTTAGGTGTAAGTTTGGATG
TTTATGTATTTAATTTCCCG

QA 1 140 1 140
DS 

RD RR1FQ11TF 487 0 0
GGATCAATCAAAAACAAAAAACATTCAATAATAAATAAATATATCGTTTTAAAAAAAA**
ATGGCAGACAACAAGCAGAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAG
ACTAATGTGCTTGTGGACAAGATTAAGTTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAA
ACCGCGGGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAG
ACCGGCATGAAGAAGTAGCCCATTCGAGCACAAAACTGGGAGTTATAGTATCCATTTTTA
AAAAAATTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTAATTCTCATCTTC
ATCGTAGTTCTTGTTCTTGTTGTTGTTGTTGTAGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCT
TTCTCCCTTTTAGGTGTAAGTTTGGATGTTTATGTATTTAATTTCCCGCTAATGAACATC
TGATTTA

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1GF04TF 499 0 0
GGATC
AATCAAAAACAAAAAACATTCAATAATAAATAAATATATCGTTTTAAAAAAAAAAATGGC
AGACAACAAGCAGAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGACTAA
TGTGCTGGTGGACAAGATTAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAAACCGC
GGGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGACCGG
CATGAAGAAGTAGCCCATTCGAGCATAAAACTGGGAGTTATAGTATCCATTTTTAAAAAA
ATTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTAATTCTCATCTTCATCGT
AGTTCTTGTTCTTGTTGTTGTTGTTGTAGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCTTTCTC
CCTTTTAGGTGTAAGTTTGGATGTTTATGTATTTAATTTCCCGCTAATGAACATCTGATT
TAAGCTCCAAGTCC

QA 6 499 6 499
DS 

RD RR1HA58TF 493 0 0
GGATC
AATCAAAAACAAAAAACATTCAATAATAAATAAATATATCGTTTTAAAAAAAAA*ATGGC
AGACAACAAGCAGAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGACTAA
TGTGCTGGTGGACAAGATTAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAAACCGC
GGGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGGAGACCGG
CATGAAGAAGTAGCCCATTCGAGCATAAAACTGGGGGTTATAGTATCCATTTTTAAAAAA
ATTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTAATTCTCATCTTCATCGT
AGTTCTTCTTCTTGTTGTTGTTGTTGTAGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCTTTCTC
CCTTTTAGGTGTAAGTTTGGATGTTTATGTATTTAATTTCCCGCTAATGAACATCTGATT
TAAGCTC
C

QA 6 492 6 492
DS 

RD RR1CQ17JQ 487 0 0
G
ATCAAAAACAAAAAACATTCAATAATAAATAAATATATCGTTTTAAAAAAAA**ATGGCA
GACAACAAGCAGAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGACTAAT
GTGCTGGTGGACAAGATTAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAAACCGCG
GGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGACCGGC
ATGAGGAAGTAGCCCATTCGAGCATAAAACTGGGAGTTATAGTATCCATTTTTAAAAAAA
TTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTAATTCTCATCTTCATCGTA
GTTCTTGTTCTTGTTGTTGTTGTTGTAGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCTTTCTCC
CTTTTAGGTGTAAGTTTGGATGTTTATGTATTTAATTTCCCGCTAATGAACATCTGATTT
AAGCTC

QA 2 487 2 487
DS 

RD RR1CQ17TF 487 0 0
G
ATCAAAAACAAAAAACATTCAATAATAAATAAATATATCGTTTTAAAAAAAA**ATGGCA
GACAACAAGCAGAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGACTAAT
GTGCTGGTGGACAAGATTAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAAACCGCG
GGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGACCGGC
ATGAGGAAGTAGCCCATTCGAGCATAAAACTGGGAGTTATAGTATCCATTTTTAAAAAAA
TTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTAATTCTCATCTTCATCGTA
GTTCTTGTTCTTGTTGTTGTTGTTGTAGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCTTTCTCC
CTTTTAGGTGTAAGTTTGGATGTTTATGTATTTAATTTCCCGCTAATGAACATCTGATTT
AAGCTC

QA 2 487 2 487
DS 

RD RR1DI22TF 487 0 0
GG
AATCAAAAACAAAAAACATTCAATAATAAATAAATATATCGTTTTAAAAAAAA**ATGGC
AGACAACAAGCAGAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGACTAA
TGTGCTGGTGGACAAGATTAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAAACCGC
GGGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGACCGG
CATGAAGAAGTAGCCCATTCGAGCATAAAACTGGGAGTTATAGTACCCATTTTTAAAAAA
ATTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTAATTCTCATCTTCATCGC
AGTTCTTGTTCTTGTTGTTGTTGTTGTAGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCTTTCTC
CCTTTTAGGTGTAAGTTTGGATGTTTATGTATTTAATTTCCCGCTAATGAACATCTGATT
TAAGC

QA 3 487 3 487
DS 



AS 1 8

CO CL640Contig1 808 8 11 U
GGATACATATATAGAGAGAGAGAAAAGATCAAAAACATCGAACCATGGAGAAATCAACGA
GAACCCTAATGATCATAACCATCGTGATAACATCCATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTCAG
ATCTGGATCAAGACAGAGAAGAGTGTACGGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCTCC
CATACGTGGGAGGAAACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGATTTGATCAGG
TGATAACAAAGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAATC
TTGGCCTAAAGTTTAACGCAACACTAGCCGCTCATATTCCCACCCTTTGTCATATTACGG
CTCCTAACATCACCAAGTGTATTTCGCTTCTACATTTATCTCCAAACTCAACATTGGCTA
AAGAGTTCGAGAGTTTGGGAAGGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTT
CCCCACATGTTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAG
AGAAGAAGAGTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATATTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCTTT
TCATTATCTCTTCCCCAGTATCTTCCTCCTTTATTTAATGTTCTTTTGCTTTGAATATGC
TATATAGTTTTATAATGTTCTCAGTTACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCAAAT
GATTATGTATGCATGAGAGTGCAAACTTGTAATATTTAATCGGTATTGAAATTTTAATAA
TGAAAGCGTAGCTTTAAATCTTGTTGAC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 5 5 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D749TF U 9
AF RR1D478TF U 1
AF RR1CL65TF U 1
AF RR1FD15TF U 1
AF RR1GH09TF U 1
AF RR1D478JQ C 35
AF RR1FD15JQ C 70
AF RR1D749JQ C 135
BS 1 117 RR1CL65TF
BS 118 118 RR1D478TF
BS 119 148 RR1CL65TF
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BS 150 654 RR1CL65TF
BS 655 655 RR1D478TF
BS 656 685 RR1CL65TF
BS 686 686 RR1FD15TF
BS 687 744 RR1CL65TF
BS 745 780 RR1FD15TF
BS 781 808 RR1D749JQ

RD RR1D749TF 625 0 0
GGATAG
AGAGAGAGAAAAGATCAAAAACATCGAACCATGGAGAAATCAACGAGAACCCTAATGATC
ATAACCATCGTGATAACATCCATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTCAGATCTGGATCAATAC
AGAGAAGAGTGTACGGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCTCCCATACGTGGGAGGA
AACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGATTTGATCAGGTGATAACAAAGAGT
GAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAATCTTGGCCTAAAGTTT
AACGCAACACTAGCCGCTCATATTCCCACCCTTTGTCATATTACGGCTCCTAACATCACC
AAGTGTATTTCGCTTATACATTTATCTCCAAACTCAACATTGGCTAAAGAGTTCGAGAGT
TTGGGAAGGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTTCCCCACATGTTAAA
GATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAGAGAAGAAGAGTTGG
TTGGCTGTTGAGCTTTTAATATTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCTTTTCATTATCTCTTCC
CCAGTATCTTCCTCCTTTA

QA 7 625 7 625
DS 

RD RR1D478TF 674 0 0
GGATACATATATAGAGAGAGAGAAAAGATCAAAAACATCGAACCATGGAGAAATCAACGA
GAACCCTAATGATCATAACCATCGTGATAACATCCATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTCAG
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TGATAACAAAGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAATC
TTGGCCTAAAGTTTAACGCAACACTAGCCGCTCATATTCCCACCCTTTGTCATATTACGG
CTCCTAACATCACCAAGTGTATTTCGCTTCTACATTTATCTCCAAACTCAACATTGGCTA
AAGAGTTCGAGAGTTTGGGAAGGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTT
CCCCACATGTTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAG
AGGAGAAGAGTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATATTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCTTT
TCATTATCTCTTCCCCAGTATCTTCCTCCTTTATTTAATGTTCTTTTGCTTTGAATATGC
TATATAGTTTTATA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1CL65TF 751 0 0
GGATACATATATAGAGAGAGAGAAAAGATCAAAAACATCGAACCATGGAGAAATCAACGA
GAACCCTAATGATCATAACCATCGTGATAACATCCATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTTAG
ATCTGGATCAAGACAGAGAAGAGTGTACTGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCTCC
CATACGTGGGAGGAAACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGATTTGATCAGG
TGATAACAAAGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAATC
TTGGCCTAAAGTTTAACGCAACACTAGCCGCTCATATTCCCACCCTTTGTCATATTACGG
CTCCTAACATCACCAAGTGTATTTCGCTTCTACATTTATCTCCAAACTCAACATTGGCTA
AAGAGTTCGAGAGTTTGGGAAGGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTT
CCCCACATGTTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAG
AGAAGAAGAGTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATATTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCTTT
TCATTATCTCTTCCCCAGTATCTTCCTCCTTTATTTAATGTTCTTTTGCTTTGA*TATGC
TATATAGTTTTATAATGTTCTCAGT*ACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCAAAT
GATTATGTATGCATGAGAGTGCAA
CTGTATA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1FD15TF 780 0 0
GGATACATATATATAGAGAGAGAAAAGATCAAAAACATCGAACCATGGAGAAATCAACGA
GAACCCTAATGATCATAACCATCGTGATAACATCCATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTCAG
ATCTGGATCAAGACAGAGAGGAGTGTACGGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCTCC
CATACGTGGGAGGAAACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGTTTTGATCAGG
TGATAACAAAGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAATC
TTGGCCTCAAGTTTAACGCAACACTAGCCGCCCATATTCCCACCCTTTGTCATATTACGG
CTCCTAACATCACCAAGTGTATTTCGCTTCTGCATTTATCTCCAAACTCGACATTGGCTA
AAGAGTTCGAGAGTCTGGGAAGGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTT
CCCCACATGTTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAG
AGAAGAAGAGTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATATTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCTTT
TCATTATCTCTTCTCCAGTATCTTCCTCCTTTATTTAATGTT*TTTTGCTTTGAATATGC
TATA**GTTTTATAATGTTCTCAGTTACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCATAT
GATTATGTATGCATGAGAGTGCAAACTTGTAATATTTAATCGGTATTGAAATTTTAATAA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1GH09TF 764 0 0
GGATACATATATATAGAGAGAGAAAAGATCAAAAACATCGAACCATGGAGAAATCAACGA
GAACCCTAATGATCATAACCATCGTGATAACATCCATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTCAG
ATCTGGATCAAGACAGAGAAGAGTGTACGGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCTCC
CATACGTGGGAGGAAACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGTTTTGATCAGG
TGATAACAAAGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAATC
TTGGCCTCAAGTTTAACGCAACACTAGCCGCTCATATTCCCACCCTTTGTCATATTACGG
CTCCTAACATCACCAAGTGTATTTCGCTTCTGCATTTATCTCCAAACTCGACATTGGCTA
AAGAGTTCGAGAGTCTGGGAAGGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTT
CCCCACATGTTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAG
AGAAGAAGAGTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATATTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCTTT
TCATTGTCTCTTCTCCAGTATCTTCCTCCTTTATTTAATGTT*TTTTGCTTTGAATATGC
TATA**GTTTTATAATGTTCTCAGTTACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCATAT
GATTATGTATGCATGAGAGTGCAAACTTGTAATATTTAATCGGT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1D478JQ 748 0 0
ACATCGAACCATGGAGAAATCAACGAGAACCCTAATGATCATAACCATCGTGATAACATC
CATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTCAGATCTGGATCAAGACAGAGAAGAGTGTACGGACCA
GTTGATAGCACTCTCACCGTGTCTCCCATACGTGGGAGGAAACGCAAAGGCTCCAACAAA
AGATTGTTGTGGAGGATTTGATCAGGTGATAACAAAGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTT
GGTCAAAGACAAAGATGATCCTAATCTTGGCCTAAAGTTTAACGCAACACTAGCCGCTCA
TATTCCCACCCTTTGTCATATTACGGCTCCTAACATCACCAAGTGTATTTCGCTTCTACA
TTTATCTCCAAACTCAACATTGGCTAAAGAGTTCGAGAGTTTGGGAAGGATTGAATATGA
AGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTTCCCCACATGTTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAA
AGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAGAGGAGAAGAGTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAAT
ATTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCTTTTCATTATCTCTTCCCCAGTATCTTCCTCCTTTAT
TTAATGTTCTTTTGCTTTGAATATGCTATATAGTTTTATAATGTTCTCAGTTACATCTAA
ATTTATATATGCATGTGCATGCAAATGATTATGTATGCATGAGAGTGCAAACTTGTAATA
TTTAATCGGTATTGAAATTTTAATAA
CG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1FD15JQ 713 0 0
TGATCATAACCATCGTGATAACATCCATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTCAGATCTGGATC
AAGACAGAGAGGAGTGTACGGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCTCCCATACGTGG
GAGGAAACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGTTTTGATCAGGTGATAACAA
AGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAATCTTGGCCTCA
AGTTTAACGCAACACTAGCCGCCCATATTCCCACCCTTTGTCATATTACGGCTCCTAACA
TCACCAAGTGTATTTCGCTTCTGCATTTATCTCCAAACTCGACATTGGCTAAAGAGTTCG
AGAGTCTGGGAAGGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTTCCCCACATG
TTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAGAGAAGAAGA
GTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATATTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCTTTTCATTATCT
CTTCTCCAGTATCTTCCTCCTTTATTTAATGTT*TTTTGCTTTGAATATGCTATA**GTT
TTATAATGTTCTCAGTTACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCATATGATTATGTA
TGCATGAGAGTGCAAACTTGTAATATTTAATCGGTATTGAAATTTTAATAA
TG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1D749JQ 674 0 0
AGAGAAGAGTGTACGGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCTCCCATACGTGGGAGGA
AACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGATTTGATCAGGTGATAACAAAGAGT
GAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAATCTTGGCCTAAAGTTT
AACGCAACACTAGCCGCTCATATTCCCACCCTTTGTCATATTACGGCTCCTAACATCACC
AAGTGTATTTCGCTTATACATTTATCTCCAAACTCAACATTGGCTAAAGAGTTCGAGAGT
TTGGGAAGGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTTCCCCACATGTTAAA
GATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAGAGAAGAAGAGTTGG
TTGGCTGTTGAGCTTTTAATATTGGCTCTGTTCTTTCATCTTCTTTTCATTATCTCTTCC
CCAGTATCTTCCTCCTTTATTTAATGTTCTTTTGCTTTGAATATGCTATATAGTTTTATA
ATGTTTTCAGTTACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCAAATGATTATGTATGCAT
GAGAGTGCAAACTTGTAATATTTAATCGGTATTGAAATTTTAATAATGAAAGCGTAGCTT
TAAATCTTGTTGAC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 2 8

CO CL641Contig1 1058 5 18 U
CAGCAAAACCCTTAACCGGACGGTTCAGTTACGTATATGTATATAATTAATTACATTTAT
ATATCCGGGAGCAACATCCATCATAACTCCCAACTATGTAGTAAAGTACATAACAGTTAC
AACACTTGAAACACAGACTTATGGTTCTATATATGTTACTGTACGGATGTGATGAGTGAG
TAAAGATGACTTAAGGGTTTAAGAGAGAGCTTCCCTCTCTGATGAGCACAAAGACGCTTC
CACCATCGCCTCTAGAGATCCGAAGGTCTTTGTCGAGATAAGTGGTGAGCAGCCATGACT
GTGCACTGTCTCCAGGCAAAGAGAATTTCAACGGTGGCTGGCTTGAAATAGTTCTTGCCA
CTGAAGAAGCCGTGTCTTGGACAGATGTAAGTAACCCTCTGATGGGGTTGAGGTCGATTT
TTTGACCAAGAACCTCGACGAACTCCGGGATTTCAATCGAATCCGTTAGTTGTGGAGTCC
CGATAATGCCTTGCTCAAACTTGACCTGGACGCGTTTAGGACTTCGGACTTCGAATTTAG
CGTTGGTGCTAAGCGATGTTGTGGCAAGTGGACCAGCGAACCGGACAGAGTTGTGTACGG
TGAAGCTGTCGGAATCAATGGTTTGTGAGATCTCATCCACTTTAACCAACGGTGAGATTC
TGCGTGAGAGCAACGGGAACAGACCAACAAACGATGTATAGGCGAGAATCCATTTGCCGT
TGAGGAGAAACAGAGCTTCGTTAGGAGCTGGGTTAGGGTTATTCCCCTCCAGCTGCGTTA
TCAGCTCACTGATCTCCGCTCTCGTCTCACTCGACGCGTTTAAACCTCGATCTATTCCAT
ACAAAGAACCGGCTAGCACTCTCTTAAGCCGCTCCGTCTCCTCCGCAGATTCGATGGCTT
CCTCTGCTTCCTTCTCCCCCACCGATGAGTTCGATCCTCTCTCGGGACCCCACTCGTCTT
CAAAGTCACCGCCTCGGCCCTTGGAATCCGGACCCCACTCGTCACTGACGTCACTGGCTC
GGACCTTGAAATCTGACCGATGAACAGCGATTCCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN47TF C 89
AF RR1AG62JQ U 1
AF RR1G069JQ U 60
AF RR1B817JQ U 79
AF RR1AG62TF C 265
BS 1 704 RR1AG62JQ
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BS 1029 1058 RR1AG62TF

RD RR1GN47TF 489 0 0
CCCAACTATGTAGTAAAGTACATAACAGTTACAACACTTGAAACACAGACTTATGGTTCT
ATATATGTTACTGTACGGATGTGATGAGTGAGTAAAGATGACTTAAGGGTTTAAGAGAGA
GCTTCCCTCTCTGATGAGCACAAAGACGCTTCCACCATCGCCTCTAGAGATCCGAAGGTC
TTTGTCGAGATAAGTGGTGAGCAGCCATGACTGTGCACTGTCTCCAGGCAAAGAGAATTT
CAACGGTGGCTGGCTTGAAATGGTTCTTGCCACTGAAGAAGCCGTGTCTTGGACAGATGT
AAGTAACCCTCTGATGGGGTTGAGGTCGATTTTTTGACCAAGAACCTCGACGAACTCCGG
GATTTCAATCGAATCCGTTAGTTGTGGAGTCCCGATAATGCCTTGCTCAAACTTGACCTG
GACGCGTTTAGGACTTCGGACTTCGAATTTAGCGTTGGTGCTAAGCGATGTTGTGGCAAG
TGGACC
TGC

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1AG62JQ 704 0 0
CAGCAAAACCCTTAACCGGACGGTTCAGTTACGTATATGTATATAATTAATTACATTTAT
ATATCCGGGAGCAACATCCATCATAACTCCCAACTATGTAGTAAAGTACATAACAGTTAC
AACACTTGAAACACAGACTTATGGTTCTATATATGTTACTGTACGGATGTGATGAGTGAG
TAAAGATGACTTAAGGGTTTAAGAGAGAGCTTCCCTCTCTGATGAGCACAAAGACGCTTC
CACCATCGCCTCTAGAGATCCGAAGGTCTTTGTCGAGATAAGTGGTGAGCAGCCATGACT
GTGCACTGTCTCCAGGCAAAGAGAATTTCAACGGTGGCTGGCTTGAAATAGTTCTTGCCA
CTGAAGAAGCCGTGTCTTGGACAGATGTAAGTAACCCTCTGATGGGGTTGAGGTCGATTT
TTTGACCAAGAACCTCGACGAACTCCGGGATTTCAATCGAATCCGTTAGTTGTGGAGTCC
CGATAATGCCTTGCTCAAACTTGACCTGGACGCGTTTAGGACTTCGGACTTCGAATTTAG
CGTTGGTGCTAAGCGATGTTGTGGCAAGTGGACCAGCGAACCGGACAGAGTTGTGTACGG
TGAAGCTGTCGGAATCAATGGTTTGTGAGATCTCATCCACTTTAACCAACGGTGAGATTC
TGCGTGAGAGCAACGGGAACAGACCAACAAACGATGTATAGGCG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1G069JQ 805 0 0
TATATCCGGGAGCAACATCCATCATAACTCCCAACTATGTAGTAAAGTACATAACAGTTA
CAACACCTGAAACACAGACTTATGGTTCTATATATGTTACTGTACGGATGTGATGAGTGA
GTAAAGATGACTTAAGGGTTTAAGAGAGAGCTTCCCTCTCTGATGAGCACAAAGACGCTT
CCACCATCGCCTCTAGAGATCCGAAGGTCTTTGTCGAGATAAGTGGTGAGCAGCCATGAC
TGTGCACTGTCTCCAGGCAAAGAGAATTTCAACGGTGGCTGGCTTGAAATAGTTCTTGCC
ACTGAAGAAGCCGTGTCTTGGACAGATGTAAGTAACCCTCTGATGGGGTTGAGGTCGATT
TTTTGACCAAGAACCTCGACGAACTCCGGGATTTCAATCGAATCCGTTAGTTGTGGAGTC
CCGATAATGCCTTGCTCAAACTTGACCTGGACGCGTTTAGGACTTCGGACTTCGAATTTA
GCGTTGGTGCTAAGCGATGTTGTGGCAAGTGGACCAGCGAACCGGACAGAGTTGTGTACG
GTGAAGCTGTCGGAATCAATGGTTTGTGAGATCTCATCCACTTTAACCAACGGTGAGATT
CTGCGTGAGAGCAACGGAAACAGACCAACAAACGATGTATAGGCGAGAATCCATTTGCCG
TTGAGGAGAAACAGAGCTTCGTTAGGAGCTGGGTTAGGGTTATTCCCCTCCAGCTGCGTT
ATCAGCTCACTGATCTCCGCTCTCGTCTCACTCGACGCGTTTAAACCTCGATCTATTC*A
TACAAAGAACCGGCTAGCACTCTCT

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1B817JQ 950 0 0
CATCATAACTCCCAACTATGTAGTAAAGTACATAACAGTTACAACACTTGAAACACAGAC
TTATGGTTCTATATATGTTACTGTACGGATGTGATGAGTGAGTAAAGGTGACTTAAGGGT
TTAAGAGAGAGCTTCCCTCTCTGATGAGCACAAAGACGCTTCCACCATCGCCTCTAGAGA
TCCGAAGGTCTTTGTCGAGATAAGTGGTGAGCAGCCATGACTGTGCACTGTCTCCAGGCA
AAGAGAATTTCAACGGTGGCTGGCTTGAAATGGTTCTTGCCACTGAAGAAGCCGTGTCTT
GGACAGATGTAAGTAACCCTCTGATGGGGTTGAGGTCGATTTTTTGACCAAGAACCTCGA
CGAACTCCGGGATTTCAATCGAATCCGTTAGTTGTGGAGTCCCGATAATGCCTTGCTCAA
ACTTGACCTGGACGCGTTTAGGACTTCGGACTTCGAATTTAGCGTTGGTGCTAAGCGATG
TTGTGGCAAGTGGACCTGCGAACCGGACAGAGTTGTGTACGGTGAAGCTGTCGGAATCAA
TGGTTTGTGAGATCTCATCCACTTTAACGAACGGTGAGATTCTGCGTGAGAGCAACGGGA
ACAGACCAACAAACGATGTATAGGCGAGAATCCATTTGCCGTTGAGGAGAAACAGAGCTT
CGTTAGGAGCTGGGTTAGGGTTCTTCCCCTCGAGCTGCGTTATCAGTTCACTGATCTCCG
CTCTCGTCTCACTCGATGCGTTTAAACCTCGATCTATTCCATACAAAGAACCCGCTAACA
CTCTCTTAAGCCGCTCCGTCTCCTCCGCAGATTCGATGGCTTCTTCTGCTTCCTTCTCCC
CCACCGATGAGTTGGATCCTCTCTCGGGACCCCACTCGTCTTCAACGTCACCGCCTCGTC
CCTTGGAATCTGGACCCCACTCGTCATTGACGTCACTGGCTCGGACCTTG

QA 1 950 1 950
DS 

RD RR1AG62TF 794 0 0
GGTCTTTGTCGAGATAAGTGGTGAGCAGCCATGACTGTGCACTGTCTCCAGGCAAAGAGA
ATTTCAACGGTGGCTGGCTTGAAATAGTTCTTGCCACTGAAGAAGCCGTGTCTTGGACAG
ATGTAAGTAACCCTCTGATGGGGTTGAGGTCGATTTTTTGACCAAGAACCTCGACGAACT
CCGGGATTTCAATCGAATCCGTTAGTTGTGGAGTCCCGATAATGCCTTGCTCAAACTTGA
CCTGGACGCGTTTAGGACTTCGGACTTCGAATTTAGCGTTGGTGCTAAGCGATGTTGTGG
CAAGTGGACCAGCGAACCGGACAGAGTTGTGTACGGTGAAGCTGTCGGAATCAATGGTTT
GTGAGATCTCATCCACTTTAACCAACGGTGAGATTCTGCGTGAGAGCAACGGGAACAGAC
CAACAAACGATGTATAGGCGAGAATCCATTTGCCGTTGAGGAGAAACAGAGCTTCGTTAG
GAGCTGGGTTAGGGTTATTCCCCTCCAGCTGCGTTATCAGCTCACTGATCTCCGCTCTCG
TCTCACTCGACGCGTTTAAACCTCGATCTATTCCATACAAAGAACCGGCTAGCACTCTCT
TAAGCCGCTCCGTCTCCTCCGCAGATTCGATGGCTTCCTCTGCTTCTTTCTCCCCCACCG
ATGAGTTCGTTCCTCTCTCGGGACCCCACTCGTCTTCTAAGTCACCGCCTCGGCCCTTGG
AATCCGGACCCCACTCGTCACTGACGTCACTGGCTCGGACCTTGAAATCTGACCGATGAA
CAGCGATTCCAACC

QA 1 794 1 794
DS 



CO CL641Contig2 766 3 37 U
GGGAGTTTGTTTCTCTGGATAGATCAAACATGGCAACGGTACCTTCCTTCACCCAATTTC
CCTGCAAAACCCTAATCTCAAGCCCTTCAAACTCTAAATATCAATCTAAATCTCCGATTC
TATTGCCCATTAGTCTGTTCAATCGGCGACCTCAGGTTGGAATCGCTGTTCATCGGTCAG
ATTTCAAGGTCCGAGCCAGTGACGTCAATGACGAGTGGGGTCCGGATTCCAAGGGCCGAG
GCGGTGACGTTGAAGACGAGTGGGGTCCCGAGAGAGGAACGAACTCATCGGTGGGGGAGA
AAGAAGCAGAGGAAGCCATCGAATCTGCGGAGGAGACGGAGCGGCTTAAGAGAGTGCTAG
CCGGTTCTTTGTATGGAATAGATCGAGGTTTAAACGCGTCGAGTGAGACGAGAGCGGAGA
TCAGTGAGCTGATAACGCAGCTGGAGGGGAATAACCCTAACCCAGCTCCTAACGAAGCTC
TGTTTCTCCTCAACGGCAAATGGATTCTCGCCTATACATCGTTTGTTGGTCTGTTCCCGT
TGCTCTCACGCAGAATCTCACCGTTGGTTAAAGTGGATGAGATCTCACAAACCATTGATT
CCGACAGCTTCACCGTACACAACTCTGTCCGGTTCGCTGGTCCACTTGCCACAACATCGC
TTAGCACCAACGCTAAATTCGAAGTCCGAAGTCCTAAACGCGTCCAGGTCAAGTTTGAGC
AAAGCATTATCGGGACTCCACAACTAACGGATTCGATTGAAATCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK32TF U 1
AF RR1G069TF U 15
AF RR1B817TF U 1
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BS 99 99 RR1GK32TF
BS 100 115 RR1B817TF
BS 116 117 RR1GK32TF
BS 118 125 RR1B817TF
BS 126 126 RR1GK32TF
BS 127 223 RR1B817TF
BS 224 224 RR1GK32TF
BS 225 235 RR1B817TF
BS 236 236 RR1GK32TF
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BS 279 279 RR1GK32TF
BS 280 280 RR1B817TF
BS 281 281 RR1GK32TF
BS 282 301 RR1B817TF
BS 302 302 RR1GK32TF
BS 303 310 RR1B817TF
BS 311 311 RR1GK32TF
BS 312 356 RR1B817TF
BS 357 357 RR1GK32TF
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BS 362 362 RR1GK32TF
BS 363 397 RR1B817TF
BS 398 398 RR1GK32TF
BS 399 427 RR1B817TF
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BS 443 443 RR1GK32TF
BS 444 451 RR1B817TF
BS 452 452 RR1GK32TF
BS 453 565 RR1B817TF
BS 566 566 RR1GK32TF
BS 567 637 RR1B817TF
BS 638 638 RR1GK32TF
BS 639 766 RR1B817TF

RD RR1GK32TF 719 0 0
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AAGAAGCAGAGGAAGCCATCGAATCTGCGGAGGAGACGGAGCGGCTTAAGAGAGTGCTAG
CCGGTTCTTTGTATGGAATAGATCGAGGTTTAAACGCGTCGAGTGAGACGAGAGCGGAGA
TCAGTGAGCTGATAACGCAGCTGGAGGGGAATAACCCTAACCCAGCTCCTAACGAAGCTC
TGTTTCTCCTCAACGGCAAATGGATTCTCGCCTATACATCGTTTGTTGGTCTGTTCCCGT
TGCTCTCACGCAGAATCTCACCGTTGGTTAAAGTGGATGAGATCTCACAAACCATTGATT
CCGACAGCTTCACCGTACACAACTCTGTCCGGTTCGCTGGTCCACTTGCCACAACATCGC
TTAGCACCAACGCTAAATTCGAAGTCCGAAGTCCTAA*CGCGTCCAGGTCAAGTTTGAG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1G069TF 665 0 0
GG
GGATAGATCAAACATGGCAACGGTACCTTCCTTCACCCAATTTCCCTGCAAAACCCTAAT
CTCAAGCCCTTCAAACTCTAAATATCAATCTAAATCTCCGATTCTATTGCCCATTAGTCT
GTTCAATCGGCGACCTCAGGTTGGAATCGCTGTTCATCGGTCAGATTTCAAGGTCCGAGC
CAGTGACGTCAATGACGAGTGGGGTCCGGATTCCAAGGGCCGAGGCGGTGACGTTGAAGA
CGAGTGGGGTCCCGAGAGAGGAACGAACTCATCGGTGGGGGAGAAAGAAGCAGAGGAAGC
CATCGAATCTGCGGAGGAGACGGAGCGGCTTAAGAGAGTGCTAGCCGGTTCTTTGTATGG
AATAGATCGAGGTTTAAACGCGTCGAGTGAGACGAGAGCGGAGATCAGTGAGCTGATAAC
GCAGCTGGAGGGGAATAACCCTAACCCAGCTCCTAACGAAGCTCTGTTTCTCCTCAACGG
CAAATGGATTCTCGCCTATACATCGTTTGTTGGTCTGTTTCCGTTGCTCTCACGCAGAAT
CTCACCGTTGGTTAAAGTGGATGAGATCTCACAAACCATTGATTCCGACAGCTTCACCGT
ACACAACTCTGTCCGGTTCGCTGGTCCACTTGCCACAACATCGCTTAGCAC*AACGCTAA
ATT

QA 3 665 3 665
DS 

RD RR1B817TF 766 0 0
GGGAGTTTGTTTCTCTGGATAGATCAAACATGGCAACGGTACCTTCCTTCATCCAATTTC
CCTGCAAAACCCTAATCTCAAGCCCTTCAAACTCTAAACATCAATCTAAATCTCCTCTTC
TATTGACCATTAGTCTGTTCAATCGGCGACCTCAGGTTGGAATCGCTGTTCATCGGTCAG
ATTTCAAGGTCCGAGCCAGTGACGTCAATGACGAGTGGGGTCCAGATTCCAAGGGACGAG
GCGGTGACGTTGAAGACGAGTGGGGTCCCGAGAGAGGATCCAACTCATCGGTGGGGGAGA
AGGAAGCAGAAGAAGCCATCGAATCTGCGGAGGAGACGGAGCGGCTTAAGAGAGTGTTAG
CGGGTTCTTTGTATGGAATAGATCGAGGTTTAAACGCATCGAGTGAGACGAGAGCGGAGA
TCAGTGAACTGATAACGCAGCTCGAGGGGAAGAACCCTAACCCAGCTCCTAACGAAGCTC
TGTTTCTCCTCAACGGCAAATGGATTCTCGCCTATACATCGTTTGTTGGTCTGTTCCCGT
TGCTCTCACGCAGAATCTCACCGTTCGTTAAAGTGGATGAGATCTCACAAACCATTGATT
CCGACAGCTTCACCGTACACAACTCTGTCCGGTTCGCAGGTCCACTTGCCACAACATCGC
TTAGCACCAACGCTAAATTCGAAGTCCGAAGTCCTAAACGCGTCCAGGTCAAGTTTGAGC
AAAGCATTATCGGGACTCCACAACTAACGGATTCGATTGAAATCCC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 8

CO CL642Contig1 809 8 4 U
GGATCAAAACTATTCTCTCTCAAATCTTCCCTTTAGCTCCGTCTCTCGTCTCTGTCGGCA
CGATCAGAGCTCAGATCTCAAAACTCAAAATCGAATCAAATCCACAATCCCGATCGAACA
TGACTCTTGGCTCTGGTGGATCGAGTGTCGTCGTACCGAGAAACTTCAGGTTGCTGGAGG
AGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGACGATG
GTGATGACATCTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCTCACAAC***ACTG
TTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGATTACCCGGAGAAAC
CCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTTGTGTCAACCATGAAACAGGAG
TGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGACTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGAGTACACGATGGAGA
ATATACTGATACAACTGAAGAAAGAAATGGCTGCGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAAC
CTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTTGTTTGCTGAAAAAA
TCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCATTGTCGTTCGTTCT
CAAGCTTTTTATTTTCTTCTGAATTTATGATAAAAAATGGTATGTGGATGGTGATGATGT
TGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTTATCCTTTGTGTGCAAATTATCAAAAACAGC
GTCTTCGTCAATCCATATGTGTTCTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1H837TF U 159
AF RR1D006TF U 28
AF RR1AD84TF U 37
AF RR1B561TF U 1
AF RR1DC34JQ C 58
AF RR1DC34TF U 58
AF RR1D006JQ C 168
AF RR1H837JQ C 331
BS 1 415 RR1B561TF
BS 416 416 RR1D006TF
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BS 788 809 RR1D006JQ

RD RR1H837TF 487 0 0
G
GAAACTTCAGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTG
TTAGCTATGGAATGGACGATGGTGATGACATCTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCA
TCGGTCCTCACAACGTAACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCG
ACAAAGATTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTT
GTGTCAACCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGACTTCTTGCGAACTGGC
AAAGGGAGTACACGATGGAGAATATACTGATACAACTGAAGAAAGAAATGGCTGCGTCGC
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GGTTCTTGTTTGCTGAAAAAATCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGG
CAGTCC

QA 2 487 2 487
DS 

RD RR1D006TF 651 0 0
GG
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GTCGTACCGAGAAACTTCAGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGA
GATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGACGATGGTGATGACATCTACATGCGCTCTTGTACT
GGCACTATCATCGGTCCTCACAAC***ACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAG
CTCTTTTGCGACAAAGATTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTC
AACATGACTTGTGTCAACCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGGCTTCTT
GCGAACTGGCAAAGGGAGTACACGATGGAGAATATACTGATACAGCTGAAGAAAGAAATG
GCTGCGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTCGCTTCTAGTAGCTT
CTGGAATCTTGGTTCTTGTTTGCTGAAAAAATCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATG
TATCTGGGGGCAGTCCATTGTCGTTCGTTCTCAAGCTTTTTATTTTCTT

QA 3 651 3 651
DS 

RD RR1AD84TF 727 0 0
GG
CCGTCTCTCGTCTCTGTCGGCACGATCAGAGCTCAGATCTCAAAACTCAAAATCGAATCA
AATCCACAATCCCGATCGAACATGACTCTTGGCTCTGGTGGATCGAGTGTCGTCGTACCG
AGAAACTTCAGGTTGCTGGAGGAGCTTGAATGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACT
GTTAGCTATGGAATGGACGATGGTGATGACATCTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATC
ATCGGTCCTCACAACGTAACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGC
GACAAAGATTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACT
TGTGTCAACCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGACTTCTTGCGAACTGG
CAAAGGGAGTACACGATGGAGAATATACTGATACAACTGAAGAAAGAAATGGCTGCGTCG
CATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCT
TGGTTCTTGTTTGCTGAAAAAATCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGG
GCAGTCCATTGTCGTTCGTTCTCAAGCTTTTTATTTTCTTCTGAATTTATGATAAAAAAT
GGTATGTGGATGGTGATGATGTTGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTTATCCTTTG
TGTGC

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR1B561TF 789 0 0
GGATCAAAACTATTCTCTCTCAAATCTTCCCTTTAGCTCCGTCTCTCGTCTCTGTCGGCA
CGATCAGAGCTCAGATCTCAAAACTCAAAATCGAATCAAATCCACAATCCCGATCGAACA
TGACTCTTGGCTCTGGTGGATCGAGTGTCGTCGTACCGAGAAACTTCAGGTTGCTGGAGG
AGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGACGATG
GTGATGACATCTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCTCACAAC***ACTG
TTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGATTACCCGGAGAAAC
CCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTTGTGTCAACCATGAAACGGGAG
TGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGACTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGAGTACACGATGGAGA
ATATACTGATACAACTGAAGAAAGAAATGGCTGCGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAAC
CTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTTGTTTGCTGAAAAAA
TCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCATTGTCGTTCGTTCT
CAAGCTTTTTATTTTCTTCTGAATTTATGATAAAAAATGGTATGTGGATGGTGATGATGT
TGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTTATCCTTTGTGTGCAAATTATCAAAAACAGC
GTCTTCG
CC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1DC34JQ 732 0 0
GG
ACGATCAGAGCTCAGATCTCAAAACTCAAAATCGAATCAAATCCACAATCCCGATCGAAC
ATGACTCTTGGCTCTGGTGGATCGAGTGTCGTCGTACCGAGAAACTTCAGGTTGCTGGAG
GAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGACGAT
GGTGATGACATCTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCTCACAAC***ACT
GTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGATTACCCGGAGAAA
CCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTTGTGTCAACCATGAAACAGGA
GTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGGCTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGAGTACACGATGGAG
AATATACTGATACAGCTGAAGAAAGAAATGGCTGCGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAA
CCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTTGTTTGCTGAAAAA
ATCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCATTGTCGTTCGTTC
TCAAGCTTTTTATTTTCTTCTGAATTTATGATAAAAAATGGTATGTGGATGGTGATGATG
TTGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTTATCCTTTGTGTGCAAATTATCAAAAACAG
CGTCTTCG
CC

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR1DC34TF 741 0 0
GG
ACGATCAGAGCTCAGATCTCAAAACTCAAAATCGAATCAAATCCACAATCCCGATCGAAC
ATGACTCTTGGCTCTGGTGGATCGAGTGTCGTCGTACCGAGAAACTTCAGGTTGCTGGAG
GAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGACGAT
GGTGATGACATCTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCTCACAAC***ACT
GTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGATTACCCGGAGAAA
CCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTTGTGTCAACCATGAAACAGGA
GTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGGCTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGAGTACACGATGGAG
AATATACTGATACAGCTGAAGAAAGAAATGGCTGCGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAA
CCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTTGTTTGCTGAAAAA
ATCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCATTGTCGTTCGTTC
TCAAGCTTTTTATTTTCTTCTGAATTTATGATAAAAAATGGTATGTGGATGGTGATGATG
TTGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTTATCCTTTGTGTGCAA*TTATCAAAA*CAG
CGTCTTCG
CCAAAAAAAAA

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR1D006JQ 642 0 0
AGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTAT
GGAATGGACGATGGTGATGACATCTACATGCGCTCTTGTACTGGCACTATCATCGGTCCT
CACAAC***ACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGAT
TACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTTGTGTCAAC
CATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGGCTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGAG
TACACGATGGAGAATATACTGATACAGCTGAAGAAAGAAATGGCTGCGTCGCATAACCGT
AAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTCGCTTTTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTTG
TTTGCTGAAAAAATCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCAT
TGTCGTTCGTTCTCAAGCTTTTTATTTTTTTTTGAATTTATGATAAAAAATGGTATGTGG
ATGGTGATGATGTTGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTTATCCTTTGTGTGCAAAT
TATCAAAAACAGCGTTTTCGTCAATCCATATGTGTTCTATCT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1H837JQ 478 0 0
TCTTTTGCGACAAAGATTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCA
ACATGACTTGTGTCAACCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGACTTCTTG
CGAACTGGCAAAGGGAGTACACGATGGAGAATATACTGATACAACTGAAGAAAGAAATGG
CTGCGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTC
TGGAATCTTGGTTCTTGTTTGCTGAAAAAATCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGT
ATCTGGGGGCAGTCCATTGTCGTTCGTTCTCAAGCTTTTTATTTTCTTCTGAATTTATGA
TAAAAAATGGTATGTGGATGGTGATGATGTTGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTT
ATCCTTTGTGTGCAAATTATCAAAAACAGCGTCTTCGTCAATCCATATGTGTTCTATC

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 6

CO CL643Contig1 604 6 20 U
GGATCAAAGCAATTAACAACCATAAAGAGAGATTTAATTTA*ATAAAAAAGAAAGAGATC
AGAGATGGCAGGAATCATCAACAAGATCGGAGATGCTCTCCATATCGGAGGAGGCCACAA
GGAAGATGAGCACAAGAAAGAGGAGCACAAGAAAGAGGAACACAAGAAACACGCCGACGA
GCACAAGAGTGGTAAGCACAAAGAAGGTATCGTTGACAAGATCAAAGACAAGATCCACGG
TGGAGAAGGCCACAGCAGCGGAGACCACAAACACGATGGTGAGAAGAAAAAGAAGAAGGA
CAAGAAGGAGAAGAAACACCATGACGATGGTCACCACAGCAGCAGCAGTGACAGCGACAG
CGATTAAGGCAAGGAGGATGTGAGGAGGACTATAAATGCTGCTGTTGTCTGTTCCTATCA
TCTCACTCCTGACAGAGAGGGGTGAATGGAAAAAGAAGATTGCATCTGTCTTCCTTTGTT
ATCTAATTTTCTTTTAACTGTCATTTTCACCTCTTATGTTTTATGTTATCTTGTCAAAAA
AAATAAACCTCATGTATCGTAATCTATATTAATAAAATCGAGTTTCCTAATGTAAGAAGT
TTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1FT43TF U 14
AF RR1FT82TF U 1
AF RR1EM96TF U 230
AF RR1D721JQ C 14
AF RR1D721TF U 14
AF RR1AT22TF U 14
BS 1 30 RR1FT82TF
BS 31 31 RR1AT22TF
BS 32 37 RR1FT82TF
BS 38 38 RR1AT22TF
BS 39 41 RR1FT82TF
BS 42 42 RR1AT22TF
BS 43 43 RR1FT82TF
BS 44 44 RR1AT22TF
BS 45 193 RR1FT82TF
BS 194 194 RR1D721TF
BS 195 229 RR1FT82TF
BS 230 230 RR1AT22TF
BS 231 364 RR1FT82TF
BS 365 459 RR1AT22TF
BS 460 460 RR1D721TF
BS 461 489 RR1AT22TF
BS 490 490 RR1EM96TF
BS 491 536 RR1AT22TF
BS 537 537 RR1D721TF
BS 538 604 RR1AT22TF

RD RR1FT43TF 311 0 0
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GAGCACAAAGAAGGTATCGTTGACAAGATCAAAGACAAGATCCACGGTGGAGAAGGCCAC
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AAACACCATGA

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR1FT82TF 364 0 0
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AGAGATGGCAGGAATCATCAACAAGATCGGAGATGCTCTCCATATCGGAGGAGGCCACAA
GGAAGATGAGCACAAGAAAGAGGAGCACAAGAAAGAGGAACACAAGAAACACGCCGACGA
GCACAAGAGTGGTGAGCACAAAGAAGGTATCGTTGACAAGATCAAAGACGAGATCCACGG
TGGAGAAGGCCACAGCAGCGGAGACCACAAACACGATGGTGAGAAGAAAAAGAAGAAGGA
CAAGAAGGAGAAGAAACACCATGACGATGGTCACCACAGCAGCAGCAGTGACAGCGACAG
CGAT

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR1EM96TF 359 0 0
G
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AGAAGAAGGACAAGAAGGAGAAGAAACACCATGACGATGGTCACCACAGCAGCAGCAGTG
ACAGCGACAGCGATTAAGGT***GAGGATGTGAGGAGGACTATAAATGCTGCTGTTGTCT
GTTCCTATCATCTCACTCCTGTCAGAGAGGG*TGCATGGAAAAAGAAGAGCGCATCTGTC
TTCCTTTGTTATCTAATTTTCTTTTAACTGTCATTTTCACCTCTTATGTTTTATGTTATC
TTGTCAGAAAAAATAAACCTCATGTATCGTAATCTATATTAATAAAATCGAGTTTCC
T

QA 2 358 2 358
DS 

RD RR1D721JQ 574 0 0
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AAGCACAAAGAAGGTATCGTTGACAAGATCAAAGACAAGATCCACGGTGGAGAAGGCCAC
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AAACACCATGACGATGGTCACCACAGCAGCAGCAGTGACAGCGACAGCGATTAAGGCAAG
GAGGATGTGAGGAGGACTATAAATGCTGCTGTTGTCTGTTCCTATCATCTCACTCCTGAC
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TTAACTGTCATTTTCACCTCTTATGTTTTATGTTATCTTGTCAAAAAAAATAAACCTCAT
GTATCGTAATCTATATTAATAAAATCGAGTTTCC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1D721TF 574 0 0
TAACAACCATAAAGAGAGATTTAATTTA*ATAAAAAAGAAAGAGATCAGAGATGGCAGGA
ATCATCAACAAGATCGGAGATGCTCTCCATATCGGAGGAGGCCACAAGGAAGATGAGCAC
AAGAAAGAGGAGCACAAGAAAGAGGAACACAAGAAACACGCCGACGAGCACAAGAGTGGT
AAGCACAAAGAAGGTATCGTTGACAAGATCAAAGACAAGATCCACGGTGGAGAAGGCCAC
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AAACACCATGACGATGGTCACCACAGCAGCAGCAGTGACAGCGACAGCGATTAAGGCAAG
GAGGATGTGAGGAGGACTATAAATGCTGCTGTTGTCTGTTCCTATCATCTCACTCCTGAC
AGAGAGGGGTGAATGGAAAAAGAAGATTGCATCTGTCTTCCTTTGTTATCTAATTTTCTT
TTAACTGTCATTTTCACCTCTTATGTTTTATGTTATCTTGTCAAAAAAAATAAACCTCAT
GTATCGTAATCTATATTAATAAAATCGAGTTTCC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1AT22TF 591 0 0
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AAGAAAGAGGAGCACAAGAAAGAGGAACACAAGAAACACGCCGACGAGCACAAGAGTGGT
GAGCACAAAGAAGGTATCGTTGACAAGATCAAAGACAAGATCCACGGTGGAGAAGGCCAC
AGCAGCGGAGACCACAAACACGATGGTGAGAAGAAAAAGAAGAAGGACAAGAAGGAGAAG
AAACACCATGACGATGGTCACCACAGCAGCAGCAGTGACAGCGACAGCGATTAAGGCAAG
GAGGATGTGAGGAGGACTATAAATGCTGCTGTTGTCTGTTCCTATCATCTCACTCCTGAC
AGAGAGGGGTGAATGGAAAAAGAAGAGTGCATCTGTCTTCCTTTGTTATCTAATTTCCTT
TTAACTGTCATTTTCACCTCTTATGTTTTATGTTATCTTGTCAGAAAAAATAAACCTCAT
GTATCGTAATCTATATTAATAAAATCGAGTTTCCTAATGTAAGAAGTTTAT

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 8

CO CL644Contig1 1332 8 17 U
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AGAGGCTTGAGTTTTACTTTCATTTCATATGAGAAAATACAAATTGACTGTAATGGTAAA
GAGAGATTCACATGTAAAAAGAACACCTTATACGATTGAATACAATTCCTCACCAGTATA
TATATATA**GCCAAGAAGAGAAGAAAAGAGAAGCTATGAACTTGAGGTGGTGAACTATT
TCTTGTTAAAGCCAAACAAGGATTTGATAGCGTTAATGGCACTCTCGTTGATGAAAGATT
CATCAAACTGCTTCATGAGTGGATCGAAAGCTTCCGACTTCCTGATGTTTTCCAGATCTG
GATCGCTTCGGATTCTCTTGAAATCTTCATATCCTGACTTCAATGCTTCTTCCAGAGCCG
AGAGACCAGCTTGAACCTGATTAAGCTTAGAGTAGCAACAAGCAACATTGTAACTTGAAA
TTGATGCTTCATCTGGTGTTGGTTTGGAGCCTAACACAGACTCAAACCTCTCCAGTGCTT
CCTCATATTTACCATTCTTGGAAAACTGAAGCCCTTCACGAAGATCCTTCTCCCGTTGAG
CTTTCAGTTCTTTCTTCCTCAGATAGTTTTGCATCTGAATTTCCCTCAACCTACTGCTAA
TGAATCCGGCATTTCTCTCAGCTCTGATTATCTCTTTCTCTGTTAGCTCACTAGAATCAT
CCACCTTACCATATCGTTTCTCCATTTGCATAAGCAAAGGACCAATTCTCTGACGGATGG
TGTACATAGTCCTACCGTACTCAGCTGCAGGCCAAATCTCTGTCCCAAACACTGCACTTG
TGGCAATAACTCTGTCGCCGACTGTGAATTTTCCGGTTTTATCTGCGAAACCACCGGGCA
AAATAGCATCAATGTAAGTCCCACCATCTCTTCCTTTCCTGAATTTCAAACCATAAGGCT
GCTCCACTTCTATCTCATACGTTTCGTACTTCTCTTCTTCTTCTTCATTTCCTTCTCCAC
CCTCTTTCTCTTTTCCTGCTTCAGGTTTGGCTGCTGAATCTGTCTCCGACGCTTTCAAAG
CGAAACTCCCCCGTTTTGCCACATGGGTATTGCTCGAAAGGAAGAGACTCTTCACCGAAA
TGAAACTGGGTTGAGTGATCAAGGCAGGGTTTTGCTTAGTCTGCTGGGTTCTTGGCAGTG
AATAGAGAGATGGATAACTGGTCGGAGCTAAAGACATGTTGGATTCTTATCTTTAGGTTC
GAGCTCAGACACAAGCCAAAGAAACAAGAGGATTAGTTGGATTTAGCCATATGGAGGAGG
CCTTGTGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B093JQ U 202
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AF RR1DM22JQ U 91
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AAA
AAAAGAGAAGCTATGAACTTGAGGGGGGGAACTATTTCTTGTTAAAGCCAAACAAGGATT
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CTTCATATCCTGACTTCAATGCTTCTTCCAGAGCCGAAAGACCAGCTTGAACCTGATTAA
GCTTAAAGTAGCAACAAGCAACATTGTAACCTGAAATTGATGCTTCATCTGGTGTTGGTT
TGGAGCCTAACACAGACTCAAACCTCTCCAGTGCTTCCTCATATTTACCATTCTAGGAAA
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AGAGGCTTGAGTTTTACTTTCATTTCATATGAGAAAATACAAATTGACTGTAATGGTAAA
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TATATATA**GCCAAGAAGAGAAGAAAAGAGAAGCTATGAACTTGAGGTGGTGAACTATT
TCTTGTTAAAGCCAAACAAGGATTTGATAGCGTTAATGGCACTCTCGTTGATGAAAGATT
CATCAAACTGCTTCATGAGTGGATCGAAAGCTTCCGACTTCCTGATGTTTTCCAGATCTG
GATCGCTTCGGATTCTCTTGAAATCTTCATATCCTGACTTCAATGCTTCTTCCAGAGCCG
AGAGACCAGCTTGAACCTGATTAAGCTTAGAGTAGCAACAAGCAACATTGTAACTTGAAA
TTGATGCTTCATCTGGTGTTGGTTTGGAGCCTAACACAGACTCAAACCTCTCCAGTGCTT
CCTCATATTTACCATTCTTGGAAAACTGAAGCCCTTCACGAAGATCCTTCTCCCGTTGAG
CTTTCAGTTCTTTCTTCCTCAGATAGTTTTGCATCTGAATTTCCCTCAACCTACTGCTAA
TGAATCCGGCATTTCTC

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TACGATTGAATACAATTCCTCACCAGTATATATATATA**GCCAAGAAGAGAAGAAAAGA
GAAGCTATGAACTTGAGGTGGTGAACTATTTCTTGTTAAAGCCAAACAAGGATTTGATAG
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CTTCCGACTTCCTGATGTTTTCCAGATCTGGATCGCTTCGGATTCTCTTGAAATCTTCAT
ATCCTGACTTCAATGCTTCTTCCAGAGCCGAGAGACCAGCTTGAACCTGATTAAGCTTAG
AGTAGCAACAAGCAACATTGTAACTTGAAATTGATGCTTCATCTGGTGTTGGTTTGGAGC
CTAACACAGACTCAAACCTCTCCAGTGCTTCCTCATATTTACCATTCTTGGAAAACTGAA
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GCATCTGAATTTCCCTCAACCTACTGCTAATGAATCCGGCATTTCTCTCAGCTCTGATTA
TCTCTTTCTCTGTTAGCTCACTAGAATCATCCACCTTACCATATCGTTTCTCCATTTGCA
TAAGCAAAGGACCAATTCTCTGACGGATGGTGTACATAGCCCTACCGTACTCAGCTG

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CTATGAACTTGAGGTGGTGAACTATTTCTTGTTAAAGCCAAACAAGGATTTGATAGCGTT
AATGGCACTCTCGTTGATGAAAGATTCATCAAACTGCTTCATGAGTGGATCGAAAGCTTC
CGACTTCCTGATGTTTTCCAGATCTGGATCGCTTCGGATTCTCTTGAAATCTTCATATCC
TGACTTCAATGCTTCTTCCAGAGCCGAGAGACCAGCTTGAACCTGATTAAGCTTAGAGTA
GCAACAAGCAACATTGTAACCTGAAATTGATGCTTCATCTGGTGTTGGTTTGGAGCCTAA
CACAGACTCAAACCTCTCCAGTGCTTCCTCATATTTACCATTCTAGGAAAACTGAAGCCC
TTCACGAAGATCCTTCTCCCGTTGAGCTTTCAGTTCTTTCTTCCTCAGATAGTTTTGCAT
CTGAATTTCCCTCAACCTACTGCTAATGAATCCGGCATTTCTCTCAGCTCTGATTATCTC
TTTCTCTGTTAGCTCACTAGAATCATCCACCTTACCATATCGTTTCTCCATTTGCATAAG
CAAAGGACCAATTCTCTGACGGATGGTGTACATAGTCCTACCGTGCTCAGCTGCAGGCCA
AATCTCTGTCCCAAACACTGCACTTGTGGCAATAACTCTGTCGCCGACTGTGAATTTTCC
GGTTTTATCTGCGA
C

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AAGAAGAGAAGAAAAGAGAAGCTATGAACTTGAGGTGGTGAACTATTTCTTGTTAAAGCC
AAACAAGGATTTGATAGCGTTAATGGCACTCTCGTTGATGAAAGATTCATCAAACTGCTT
CATGAGTGGATCGAAAGCTTCCGACTTCCTGATGTTTTCCAGATCTGGATCGCTTCGGAT
TCTCTTGAAATCTTCATATCCTGACTTCAATGCTTCTTCCAGAGCCGAGAGACCAGCTTG
AACCTGATTAAGCTTAGAGTAGCAACAAGTAACATTGTAACTTGAAATTGATGCTTCATC
TGGTGTTGGTTTGGAGCCTAACACAGACTCAAACCTCTCCAGTGCTTCCTCATATTTACC
ATTCTTGGAAAACTGAAGCCCTTCACGAAGATCCTTCTCCCGTTGAGCTTTCGGTTCTTT
CTTCCTCAGATAGTTTTGCATCTGAATTTCCCTCAATCTACTGCTAACGAATCCGGCATT
TCTCTCAGCTCTGGTTATCTCTTTCTCTGTTAGCTCACTAGAATCATCCACCTTACCATA
TCGTTTCTCCATTTGCATAAGCAAAGGACCAATTCTCTGACGGATGGTGTACATAGTCCT
ACCGTACTCAGCTGCAGGCCAAATCTCTGTCCCAAACACTGCACTTGTGGCAATAACTCT
GTCGCCGACTGTGAATTTTCTGGTTT*ATCTGCGAAACCACCGGGCAAAATAGCATCAAT
GTAAGTCCCACCATCTCTTCCTTTCCTGAATTTCAA*CCATAAG*CTGCTCCACT*CTAT
CTCATACGTTTCGTA

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DS 

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GTTTGGAGCCTAACACAGACTCAAACCTCTCCAGTGCTTCCTCATATTTACCATTCTTGG
AAAACTGAAGCCCTTCACGAAGATCCTTCTCCCGTTGAGCTTTCAGTTCTTTCTTCCTCA
GATAGTTTTGCATCTGAATTTCCCTCAACCTACTGCTAATGAATCCGGCATTTCTCTCAG
CTCTGATTATCTCTTTCTCTGTTAGCTCACTAGAATCATCCACCTTACCATATCGTTTCT
CCATTTGCATAAGCAAAGGACCAATTCTCTGACGGATGGTGTACATAGCCCTACCGTACT
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CTGTGAATTTTCCGGTTTTATCTGCGAAACCACCGGGCAAAATAGCATCAATGTAAGTCC
CACCATCTCTTCCTTTCCTGAATTTCAAACCATAAGGCTGCTCCACTTCTATCTCATACG
TTTCGTACTTCTCTTCTTCTTCTTCATTTCCTTCTCCACCCTCTTTCTCTTTTCCTGCTT
CAGGTTTGGCTG
TTGC

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DS 

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CTGCACTTGTGGCAATAACTCTGTCGCCGACTGTGAATTTTCCGGTTTTATCTGCGAAAC
CACCGGGCAAAATAGCATCAATGTAAGTCCCGCCATCTCTTCCTTTCCTGAATTTCAAAC
CATAAGGCTGCTCCACTTCTATCTCATACGTTTCGTACTTCTCTTCTTCTTCTTCATTTC
CTTCTCCACCCTCTTTCTCTTTTCCTGCTTCAGGTTTGGCTGTTGAATCTGTCTCCGACG
CTTTCAAAGCGAAACTCCCCCGTTTTGCCACATGGGTATTGCTCGAAAGGAAGAGACTCT
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TTGGCAGTGAATAGAGAGATGGATAACTGGTCGGAGCTAAAGACATGTTGGATTCTTATC
TTTAGGTTCGAGCTCAGACACAAGCCAAAGAAACAAGAGGATT
CC

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DS 

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GCTCACTAGAATCATCCACCTTACCATATCGTTTCTCCATTTGCATAAGCAAAGGACCAA
TTCTCTGACGGATGGTGTACATAGTCCTACCGTACTCAGCTGCAGGCCAAATCTCTGTCC
CAAACACTGCACTTGTGGCAATAACTCTGTCGCCGACTGTGAATTTTCTGGTTTTATCTG
CGAAACCACCGGGCAAAATAGCATCAATGTAAGTCCCACCATCTCTTCCTTTCCTGAATT
TCAAACCATAAGGCTGCTCCACTTCTATCTCATACGTTTCGTACTTCTCTTCTTCTTCTT
CATTTCCTTCTCCACCCTCTTTCTCTTTTCCTGCTTCAGGTTTGGCTGCTGAATCTGTCT
CCGACGCTTTCAAAGCGAAACTCCCCCGTTTTGCCACATGGGTATTGCTCGAAAGGAAGA
GACTCTTCACCGAAATGAAACTGGGTTGAGTGATCAAGGCAGGGTTTTGCTTAGTCTGCT
GGGTTCTTGGCAGTGAATAGAGAGATGGATAACTGGTCGGAGCTAAAGACATGTTGGATT
CTTATCTTTAGGTTCGAGCTCAGACACAAGCCAAAGAAACAAGAGGATTAGTTGGATTTA
GCCATATGGAGGAGGCCTTGTGTGTCC

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DS 



AS 1 7

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CGAGAAAGGTGGCTGTTTCGGGTGTTATCACAGCGGGATTTGAGCTTAAGCCACCTCCTT
ATCCTCTTGATGCTCTGGAACCGCATATGAGCCGTGAAACCTTGGATTATCACTGGGGCA
AGCATCACAAAACTTACGTTGAGAACCTGAACAAGCAAATCCTAGGCACAGATCTTGAAA
GATTGTCCTTGGAAGAGGTTGTGCTTCTTTCATACAACAGAGGGAATATGCTTCCCGCCT
TCAACAACGCCGCACAGGCATGGAACCACGAGTTCTTCTGGGAGTCTATCCAACCTGGAG
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GGCTTGCATACAAGGCGAATAGACTTGACGTTGCAAATGCAGTAAACCCGCTTCCAAAGG
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ACTATTCTCCACTTCTCACCATTGATACCTGGGAGCACGCTTACTATCTGGATTTCGAGA
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GCACAAGACTAGAATCTGCAATGGCTAGAGCAGCTCAAAGAGAACAAGAAGGAACTGAAA
CAGAAGATGAAGA**ATCTAGATGATGAAGAGCGAGAGGTTTACTTAGATGATGCATCTG
AGGAGGTTGACTAAAAAAACTGAGAGTCAATGATAAACATTTAGCTTCTGAACGATGTCA
ATTACATAGCAAAATTTTCTGCTTATTTAAAGCCCTAAGCTTTAATTAATTTTTGTGGTT
TAAAACAATTGCTTTGAAAATACAACAACTTAGCGTTACATATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 15 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ32TF U 54
AF RR1B325TF U 1
AF RR1FW37TF U 129
AF RR1AQ79TF U 173
AF RR1AQ79JQ C 285
AF RR1B325JQ C 254
AF RR1FW37JQ C 510
BS 1 80 RR1B325TF
BS 81 81 RR1DZ32TF
BS 82 762 RR1B325TF
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BS 772 935 RR1AQ79TF
BS 936 1126 RR1B325JQ

RD RR1DZ32TF 602 0 0
GGGT
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TGCTTCCTTCTCAAGGGCCAAACCGGCGAGTGCTATGGAAAAGACACGAAAAGAGACAGT
TCTCGAGGAAGGTGGCTGTTTCGGGTGTTATCACAGCGGGATTCGAGCTTAAGCCACCTC
CTTATCCTCTTGATGCTCTGGAACCGCATATGAGCCGTGAAACCTTGGACTATCACTGGG
GCAAGCATCACAAAACCTACGTTGAGAACCTGAACAAGCAAATCCTAGGCACAGATCTTG
ATGGATTGTCATTGGAAGAGGTTGTGCTTCGTTCGTACAACAGAGGCAATATGCTTCCCG
CCTTCAACAACGCCGCACAGGCATGGAACCACGAGTTCTTCTGGGAGTCTATCCAACCTG
GAGGTGGAGGAAAGCCAAGTGGAGAACTCCTCAGACTCTTAGAGAGAGATTTTGGGTCTT
TCAATGACTTTGTAGAAAGGTTTAAAGCGGCTGCAGCCTCCAACTTCG*TTCAG*TTGGA
CTTGGCTTGCATACAAG*CGAATAGACTTGACGTTGCAAATGCAGTAAACCCGCTTCC

QA 5 602 5 602
DS 

RD RR1B325TF 762 0 0
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GCAGGCTCTGAGTAAAAATGCTGACAGCCACTCCCTCGTTTCTCTCGTCGTGCTCTCTGC
TTCCTTCTCAAGGGCCAAACCGGCGAATGCAATGGAAAAGACACGAAAAGAGACAGTTCT
CGAGAAAGGTGGCTGTTTCGGGTGTTATCACAGCGGGATTTGAGCTTAAGCCACCTCCTT
ATCCTCTTGATGCTCTGGAACCGCATATGAGCCGTGAAACCTTGGATTATCACTGGGGCA
AGCATCACAAAACTTACGTTGAGAACCTGAACAAGCAAATCCTAGGCACAGATCTTGAAA
GATTGTCCTTGGAAGAGGTTGTGCTTCTTTCATACAACAGAGGGAATATGCTTCCCGCCT
TCAACAACGCCGCACAGGCATGGAACCACGAGTTCTTCTGGGAGTCTATCCAACCTGGAG
GTGGAGGAAAGCCAAGTGGAGAACTCCTCAGACTGATAGAGAGAGATTTTGGGTCTTTCA
ATGACTTTGTAGAAAGGTTTAAGGCCGCTGCAGCCTCCAACTTTGGTTCAGGTTGGACTT
GGCTTGCATACAAGGCGAATAGACTTGACGTTGCAAATGCAGTAAACCCGCTTCCAAAGG
AGGAAGACAAGAAGCTTGTGATTGTAAAAACTCCCAATGCGATAAATCCACTCGTATGGG
ACTATTCTCCACTTCTCACCATTGATACCTGGGAGCACGCTT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1FW37TF 643 0 0
G
AAGGGCCAAACCGGCGAATGCAATGGAAAAGACACGAAAAGAGACAGTTCTCGAGAAAGG
TGGCTGTTTCGGGTGTTATCACAGCGGGATTTGAGCTTAAGCCACCTCCTTATCCTCTTG
ATGCTCTGGAACCGCATATGAGCCGTGAAACCTTGGATTATCACTGGGGCAAGCATCACA
AAACTTACGTTGAGAACCTGAACAAGCAAACCCTAGGCACAGATCTTGAAAGATTGTCCT
TGGAAGAGGTTGTGCTTCTTTCATACAACAGAGGGAATATGCTTCCCGCCTTCAACAACG
CCGCACAGGCATGGAACCACGAGTTCTTCTGGGAGTCTATCCAACCTGGAGGTGGAGGAA
AGCCAAGTGGAGAACTCCTCAGACTGATAGAGAGAGATTTTGGGTCTTTCAATGACTTTG
TAGAAAGGTTTAAGGTCGCTGCAGCCTCCAACTTTGGTTCAGGTTGGACTTGGCTTGCAT
ACAAGGCGAATAGACTTGACGTTGCAAATGCAGTAAACCCGCTTCCAAAGGAGGAAGACA
AGAAGCTTGTGATTGTAAAAACTCCCAATGCGATAAATCCACTCGTATGGGACTATTCTC
CACTTCTCACCATTGATACCTGGGAGCACGCTTACTATCTGG

QA 2 643 2 643
DS 

RD RR1AQ79TF 763 0 0
G
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CCTCCTTATCCTCTTGATGCTCTGGAACCGCATATGAGCCGTGAAACCTTGTATTATCAC
TGGGGCAAGCATCACAAAACTTACGTTGAGAACCTGAACAAGCAAATCCTAGGCACAGAT
CTTGAAAGATTGTCCTTGGAAGAGGTTGTGCTTC**TCATACAACAGAGGGAATATGCTT
CCCGCCTTCAACAACGCCGCACAGGCATGGAACCACGAGTTCTTCTGGGAGTCTATCCAA
CCTGGAGGTGGAGGAAAGCCAAGTGGAGAACTCCTCAGACTGATAGAGAGAGATTTTGGG
TCTTTCAATGACTTCGTAGAAAGGTTTAAGGCCGCTGCAGCCTCCAACTTTGGTTCAGGT
TGGACTTGGCTTGCATACAAGGCGAATAGACTTGACGTTGCAAATGCAGTAAACCCGCTT
CCAAAGGAGGAAGACAAGAAGCTTGTGATTGTAAAAACTCCCAATGCGATAAATCCACTC
GTATGGGACTATTCTCCACTTCTCACCATTGATACCTGGGAGCACGCTTACTATCTGGAT
TTCGAGAACCGAAGAGTTGAATATATAAATACATTCATGGAAAAGCTTGTGTCATGGGAA
ACTGTAAGCACAAGACTAGAATCTGCAATGGCTAGAGCAGCTCAAAGAGAACAAGAAGGA
ACTGAAACAGAAGATGAAGA**ATCTAGATGATGAAGAGCGA

QA 2 763 2 763
DS 

RD RR1AQ79JQ 784 0 0
T
ATTATCACTGGGGCAAGCATCACAAAACTTACGTTGAGAACCTGAACAAGCAAATCCTAG
GCACAGATCTTGAAAGATTGTCCTTGGAAGAGGTTGTGCTTC**TCATACAACAGAGGGA
ATATGCTTCCCGCCTTCAACAACGCCGCACAGGCATGGAACCACGAGTTCTTCTGGGAGT
CTATCCAACCTGGAGGTGGAGGAAAGCCAAGTGGAGAACTCCTCAGACTGATAGAGAGAG
ATTTTGGGTCTTTCAATGACTTCGTAGAAAGGTTTAAGGCCGCTGCAGCCTCCAACTTTG
GTTCAGGTTGGACTTGGCTTGCATACAAGGCGAATAGACTTGACGTTGCAAATGCAGTAA
ACCCGCTTCCAAAGGAGGAAGACAAGAAGCTTGTGATTGTAAAAACTCCCAATGCGATAA
ATCCACTCGTATGGGACTATTCTCCACTTCTCACCATTGATACCTGGGAGCACGCTTACT
ATCTGGATTTCGAGAACCGAAGAGTTGAATATATAAATACATTCATGGAAAAGCTTGTGT
CATGGGAAACTGTAAGCACAAGACTAGAATCTGCAATGGCTAGAGCAGCTCAAAGAGAAC
AAGAAGGAACTGAAACAGAAGATGAAGA**ATCTAGATGATGAAGAGCGAGAGGTTTACT
TAGATGATGCATCTGAGGAGGTTGACTAAAAAAACTGAGAGTCAATGATAAACATTTAGC
TTCTGAACGATGTCAATTACATAGCAAAATTTTCTGCTTATTTAAAGCCCTAAGCTTTAA
T
CG

QA 2 782 2 782
DS 

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CTGGAAC
CCGCATATGAGCCGTGAAACCTTGGATTATCACTGGGGCAAGCATCACAAAACTTACGTT
GAGAACCTGAACAAGCAAATCCTAGGCACAGATCTTGAAAGATTGTCCTTGGAAGAGGTT
GTGCTTCTTTCATACAACAGAGGGAATATGCTTCCCGCCTTCAACAACGCCGCACAGGCA
TGGAACCACGAGTTCTTCTGGGAGTCTATCCAACCTGGAGGTGGAGGAAAGCCAAGTGGA
GAACTCCTCAGACTGATAGAGAGAGATTTTGGGTCTTTCAATGACTTTGTAGAAAGGTTT
AAGGCCGCTGCAGCCTCCAACTTTGGTTCAGGTTGGACTTGGCTTGCATACAAGGCGAAT
AGACTTGACGTTGCAAATGCAGTAAACCCGCTTCCAAAGGAGGAAGACAAGAAGCTTGTG
ATTGTAAAAACTCCCAATGCGATAAATCCACTCGTATGGGACTATTCTCCACTTCTCACC
ATTGATACCTGGGAGCACGCTTACTATCTGGATTTTGAGAACCGAAGAGTTGAATATATA
AATACATTCATGGAAAAGCTTGTGTCATGGGAAACTGTAAGCACAAGACTAGAATCTGCA
ATGGCTAGAGCAGCTCAAAGAGAACAAGAAGGAACTTAAACAGAAGATGAAGAGAATCTA
GATGATGAAGAGCGAGAGGTTTACTTAGATGATGCATCTGAGGAGGTTGACTAAAAAAAC
TGAGAGTCAATGATAAACATTTAGCTTCTGAACGATGTCAATTACATAGCAAAATTTTCT
GCTTATTTAAAGCCCTAAGCTTTAATTAATTTTTGTGGTTTAAAACAATTGCTTTGAAAA
TACAACAACTTAGCGTTACATATTCC

QA 8 873 8 873
DS 

RD RR1FW37JQ 615 0 0
AGACTGATAGAGAGAGATTTTGGGTCTTTCAATGACTTTGTAGAAAGGTTTAAGGTCGCT
GCAGCCTCCAACTTTGGTTCAGGTTGGACTTGGCTTGCATACAAGGCGAATAGACTTGAC
GTTGCAAATGCAGTAAACCCGCTTCCAAAGGAGGAAGACAAGAAGCTTGTGATTGTAAAA
ACTCCCAATGCGATAAATCCACTCGTATGGGACTATTCTCCACTTCTCACCATTGATACC
TGGGAGCACGCTTACTATCTGGATTTTGAGAACCGAAGAGTTGAATATATAAATACATTC
ATGGAAAAGCTTGTGTCATGGGAAACTGTAAGCACAAGACTAGAATCTGCAATGGCTAGA
GCAGCTCAAAGAGAACAAGAAGGAACTGAAACAGAAGATGAAGAGAATCTAGATGATGAA
GAGCGAGAGGTTTACTTAGATGATGCATCTGAGGAGGTTGACTAAAAAAACTGAGAGTCA
ATGATAAACATTTAGCTTCTGAACGATGTCAATTACATAGCAAAATTTTCTGCTTATTTA
AAGCCCTAAGCTTTAATTAATTTTTGTGGTTTAAAACAATTGCTTTGAAAATACAACAAC
TTA
GCGTTACATATC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 8

CO CL646Contig1 652 8 7 U
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CAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAACATCTCCCATCAGCCTCCGTT
CCCTCCCCTTAGCCAACACGCAATCCCTCTTCGGTCTCAAATCAGGCACCGCACGCGGCG
GACGCGTCACCGCCATGGCCACATACAAGGTCAAGTTCGTCACTCCAGAAGGTGAGCAAG
AGGTCGAGTGCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCGGAGGAAGCTGGGATCGACT
TGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCCTGCTCGAGCTGTGCCGGTAAAGTTGTGTCTGGAT
CTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATCGCTGAAGGGTTTGTTC
TCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAGAGAAGAAGACA
TTGTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTTTGATGCTCTCATAATCATTCATGTCTT
TACATTTTGGGTTGAGTTTGTTGCTACTTGGTAAAATACATTGTTGTCTGTTGTAATTAT
TCTTGGTTTGGCCCACCCTTTTGGTAAGATCAATGGATAATAGTTTAAACCT


BQ
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 

AF RR1BB03JQ C 1
AF RR1BB03TF U 1
AF RR1C875JQ C 1
AF RR1GO73JQ C 45
AF RR1GO73TF U 45
AF RR1CF23JQ C 1
AF RR1CF23TF U 1
AF RR1C875TF U 1
BS 1 2 RR1CF23TF
BS 3 61 RR1BB03TF
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BS 627 652 RR1GO73TF

RD RR1BB03JQ 597 0 0
GT
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AGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAACATCTCCCATCAGCCTCCGTTCC
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CATTTTGGGTTGAGTTTGTTGCTACTTGGTAAAATACATTGTTGTCTGTTGTAAT

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR1BB03TF 597 0 0
GT
ACGCCATTTTCCACAAGCCACAAAGAAACCAACTCAAAAATGGCCTCAACAGCTCTCTCC
AGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAACATCTCCCATCAGCCTCCGTTCC
CTCCCCTTAGCCAACACGCAATCCCTCTTCGGTCTCAAATCAGGCACCGCACGCGGCGGA
CGCGTCACCGCCATGGCCACATACAAGGTCAAGTTCGTCACTCCAGAAGGTGAGCAAGAG
GTCGAGTGCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCGGAGGAAGCTGGGATCGACTTG
CCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCCTGCTCGAGCTGTGCCGGTAAAGTTGTGTCTGGATCT
GTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATCGCTGAAGGGTTTGTTCTC
ACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAGAGAAGAAGACATT
GTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTTTGATGCTCTCATAATCATTCATGTCTTTA
CATTTTGGGTTGAGTTTGTTGCTACTTGGTAAAATACATTGTTGTCTGTTGTAAT

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR1C875JQ 652 0 0
GGACGCCATTTTCCACAAGCCACAAAGAAACCAACTCAAAAATGGCCTCAACAGCTCTCT
CAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAACATCTCCCATCAGCCTCCGTT
CCCTCCCCTTAGCCAACACGCAATCCCTCTTCGGTCTCAAATCAGGCACCGCACGCGGCG
GACGCGTCACCGCCATGGCCACATACAAGGTCAAGTTCGTCACTCCAGAAGGTGAGCGAG
AGGTCGAGTGCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCGGAGGAAGCTGGGATCGACT
TGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCCTGCTCGAGCTGTGCCGGTAAAGTTGTGTCTGGAT
CTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATCGCTGAAGGGTTTGTTC
TCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAGAGAAGAAGACA
TTGTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTTTGATGCTCTCATAATCATTCATGTCTT
TACATTTTGGGTTGAGTTTGTTGCTACTTGGTAAAATACATTGTTGTCTGTTGTAATTAT
TCTTGGTTTGGCCCACCCTTTTGGTAAGATCAGTGGATAATAGTTTAAACCT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1GO73JQ 608 0 0
GCCTCAACAGCCCTCTCAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAACATCT
CCCATCAGCCTCCGTTCCCTCCCCTTAGCCAACACGCAATCCCTCTTCGGTCTCAAATCA
GGCACCGCACGCGGCGGACGCGTCACCGCCATGGCCACATACAAGGTCAAGTTCGTCACT
CCAGAAGGTGAGCAAGAGGTCGAGTGCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACACTGCGGAG
GAAGCTGGGATCGACTTGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCCTGCTCGAGCTGTGCCGGT
AAAGTTGTGTCTGGATCTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATC
GCTGAAGGGTTTGTTCTCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACC
CACAGAGAAGAAGACATTGTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTTTGATGCTCTCA
TAATCATTCATGTCTTTACATTTTGGGTTGAGTTTGTTGCTACTTGGTAAAATACATTGT
TGTCTGTTGTAATTATTCTTGGTTTGGCCCACCCTTTTGGTGAGATCAATGGATAATAGT
TTAAACCT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1GO73TF 608 0 0
GCCTCAACAGCCCTCTCAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAACATCT
CCCATCAGCCTCCGTTCCCTCCCCTTAGCCAACACGCAATCCCTCTTCGGTCTCAAATCA
GGCACCGCACGCGGCGGACGCGTCACCGCCATGGCCACATACAAGGTCAAGTTCGTCACT
CCAGAAGGTGAGCAAGAGGTCGAGTGCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACACTGCGGAG
GAAGCTGGGATCGACTTGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCCTGCTCGAGCTGTGCCGGT
AAAGTTGTGTCTGGATCTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATC
GCTGAAGGGTTTGTTCTCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACC
CACAGAGAAGAAGACATTGTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTTTGATGCTCTCA
TAATCATTCATGTCTTTACATTTTGGGTTGAGTTTGTTGCTACTTGGTAAAATACATTGT
TGTCTGTTGTAATTATTCTTGGTTTGGCCCACCCTTTTGGTGAGATCAATGGATAATAGT
TTAAACCT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1CF23JQ 651 0 0
GGACGCCATTTTCCACAAGCCACAAAGAAACCAACTCAAAAATGGCCTCAACAGCTCTCT
CAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCTTCCGCCGTCAAACATCTCCCATCAGCCTCCGTT
CCCTCCCCTTAGCCAACACGCAATCCCTCTTCGGTCTCAAATCAGGCACCGCACGCGGCG
GACGCGTCACCGCCATGGCCACATACAAAGTCAAGTTCGTCACTCCAGAAGGTGAGCAAG
AGGTCGAGTGCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCGGAGGAAGCTGGGATCGACT
TGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCCTGCTCGAGCTGTGCCGGTAAAGTTGTGTCTGGAT
CTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATCGCTGAAGGGTTTGTTC
TCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAGAGAAGAAGACA
TTGTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTTTGATGCTCTCATAATCATTCATGTCTT
TACATTTTGGGTTGAGTTTGTTGCTACTTGGTAAAATACATTGTTGTCTGTTGTAATTAT
TCTTGGTTTGGCCCACCCTTTTGGTAAGATCAATGGATAATAGTTTAAACC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1CF23TF 651 0 0
GGACGCCATTTTCCACAAGCCACAAAGAAACCAACTCAAAAATGGCCTCAACAGCTCTCT
CAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAACATCTCCCATCAGCCTCCGTT
CCCTCCCCTTAGCCAACACGCAATCCCTCTTCGGTCTCAAATCAGGCACCGCACGCGGCG
GACGCGTCACCGCCATGGCCACATACAAAGTCAAGTTCGTCACTCCAGAAGGTGAGCAAG
AGGTCGAGTGCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCGGAGGAAGCTGGGATCGACT
TGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCCTGCTCGAGCTGTGCCGGTAAAGTTGTGTCTGGAT
CTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATCGCTGAAGGGTTTGTTC
TCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAGAGAAGAAGACA
TTGTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTTTGATGCTCTCATAATCATTCATGTCTT
TACATTTTGGGTTGAGTTTGTTGCTACTTGGTAAAATACATTGTTGTCTGTTGTAATTAT
TCTTGGTTTGGCCCACCCTTTTGGTAAGATCAATGGATAATAGTTTAAACC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1C875TF 652 0 0
GGACGCCATTTTCCACAAGCCACAAAGAAACCAACTCAAAAATGGCCTCAACAGCTCTCT
CAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAACATCTCCCATCAGCCTCCGTT
CCCTCCCCTTAGCCAACACGCAATCCCTCTTCGGTCTCAAATCAGGCACCGCACGCGGCG
GACGCGTCACCGCCATGGCCACATACAAGGTCAAGTTCGTCACTCCAGAAGGTGAGCGAG
AGGTCGAGTGCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCGGAGGAAGCTGGGATCGACT
TGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCCTGCTCGAGCTGTGCCGGTAAAGTTGTGTCTGGAT
CTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATCGCTGAAGGGTTTGTTC
TCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAGAGAAGAAGACA
TTGTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTTTGATGCTCTCATAATCATTCATGTCTT
TACATTTTGGGTTGAGTTTGTTGCTACTTGGTAAAATACATTGTTGTCTGTTGTAATTAT
TCTTGGTTTGGCCCACCCTTTTGGTAAGATCAGTGGATAATAGTTTAAACCT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 7

CO CL647Contig1 678 7 5 U
TAGCACAGGTGCAGCGAAGGCGGTGTCGTTGGTGCTCCCCCAGCTGAAGGGTAAACTCAA
CGGCATTGCACTCCGTGTGCCGACCCCAAACGTCTCTGTGGTTGACCTTGTTATAAACGT
TGAGAAGAAAGGTTTGACAGCTGAAGACGTTAACGACGCCTTCAGAAAAGCGGCCGCTGG
ACCGCTCAAGGGCGTTTTAGACGTCTGCGACACGCCACTTGTCTCTTGTGACTTCAGGTG
CTCTGATGTCTCAACCACCATTGACTCTTCCCTCACAATGGTCATGGGTGATGATATGGT
CAAGGTGGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAGCCAAAGAGTAGTGGATTTGGC
TCACCTTGTGGCTGCCAAGTGGCCGGGAGAGGTTGCTGCTGGAAGCGGAGACCCTTTGGA
AGATTTCTGCAAGACAAACCCAGCCGACGAGGAATGCAAAGTCTATGAAGCTTGATTCCA
ATCTTTTTCTCCAAACTGTTTCCAAGCAATTTGGTTTATCTTCCAGTGATAATTTATCGA
TATCATATAATCTATACCTCTTAAACTCAATCATGTATTTGGTTTTCTTTATTTTTACTA
TTATATCAAGAGGCGATGTAATACTCATTCCTTTTCATTGCCTCATGAGCGATCTCGAGG
ATATACTATAATTTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BH42TF U 254
AF RR1CK46TF U 388
AF RR1DX32TF U 405
AF RR1EL64JQ C 388
AF RR1EL64TF U 388
AF RR1E394JQ C 1
AF RR1CI51TF U 388
BS 1 254 RR1E394JQ
BS 255 387 RR1BH42TF
BS 388 404 RR1EL64TF
BS 405 626 RR1DX32TF
BS 627 678 RR1CI51TF

RD RR1BH42TF 295 0 0
G
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GGTACGACAACGAGTGGGGTTACAGCCAAAGAGTAGTGGATTTGGCTCACCTTGTGGCTG
CCAAGTGGCCGGGAGAGGTTGCTGCTGGAAGCGGAGACCCTTTGGAAGATTTCTGCAAGA
CAATCCCAGCCGACGAGGAATGCAAAGTCTATGAAGCTTGATTCCAATCTTTTTCTCCAA
ACTGTTTCCAAGCAATTTGGTTTATCTTCCAGTGATGATTTATCGATATCATAT

QA 2 295 2 295
DS 

RD RR1CK46TF 185 0 0
G
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GAGGAATGCAAAGTCTATGAAGCTTGATTCCAATCTTTTTCTCCAAACTGTTTCCAAGCA
ATTTGGTTTATCTTCCAGTGATAATTTATCGATATCATATAATCTATACCTCTTAAACTC
AATC

QA 2 185 2 185
DS 

RD RR1DX32TF 228 0 0
GCGGAGACCCTTTGGAAGATTTCTGCAAGACAAACCCAGCCGACGAGGAATGCAAAGTCT
ATGAAGCTTGATTCCAATCTTTTTCTCCAAACTGTTTCCAAGCAATTTGGTTTATCTTCC
AGTGATAATTTATCGATATCATATAATCTATACCTCTTAAACTCAATCATGTATTTGGTT
TTCTTTATTTTTACTATTATATCAAGAGGCGATGTAATACTC
ATTCCT

QA 1 222 1 222
DS 

RD RR1EL64JQ 240 0 0
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CGAGGAATGCAAAGTCTATGAAGCTTGATTCCAATCTTTTTCTCCAAACTGTTTCCAAGC
AATTTGGTTTATCTTCCAGTGATAATTTATCGATATCATATAATCTATACCTCTTAAACT
CAATCATGTATTTGGTTTTCTTTATTTTTACTATTATATCAAGAGGCGATGTAATACTC
G

QA 1 239 1 239
DS 

RD RR1EL64TF 240 0 0
AGAGGTTGCTGCTGGAAGCGGAGACCCTTTGGAAGATTTCTGCAAGACAAACCCAGCCGA
CGAGGAATGCAAAGTCTATGAAGCTTGATTCCAATCTTTTTCTCCAAACTGTTTCCAAGC
AATTTGGTTTATCTTCCAGTGATAATTTATCGATATCATATAATCTATACCTCTTAAACT
CAATCATGTATTTGGTTTTCTTTATTTTTACTATTATATCAAGAGGCGATGTAATACTC
G

QA 1 239 1 239
DS 

RD RR1E394JQ 678 0 0
TAGCACAGGTGCAGCGAAGGCGGTGTCGTTGGTGCTCCCCCAGCTGAAGGGTAAACTCAA
CGGCATTGCACTCCGTGTGCCGACCCCAAACGTCTCTGTGGTTGACCTTGTTATAAACGT
TGAGAAGAAAGGTTTGACAGCTGAAGACGTTAACGACGCCTTCAGAAAAGCGGCCGCTGG
ACCGCTCAAGGGCGTTTTAGACGTCTGCGACACGCCACTTGTCTCTTGTGACTTCAGGTG
CTCTGATGTCTCAACCACCATTGACTCTTCCCTCACAATGGTCATGGGTGATGATATGGT
CAAGGTGGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAGCCAAAGAGTAGTGGATTTGGC
TCACCTTGTGGCTGCCAAGTGGCCGGGAGAGGTTGCTGCTGGAAGCGGAGACCCTTTGGA
AGATTTCTGCAAGACAAACCCAGCCGACGAGGAATGCAAAGTCTATGAAGCTTGATTCCA
ATCTTTTTCTCCAAACTGTTTCCAAGCAATTTGGTTTATCTTCCAGTGATAATTTATCGA
TATCATATAATCTATACCTCTTAAACTCAATCATGTATTTGGTTTTCTTTATTTTTACTA
TTATATCAAGAGGCGATGTAATACTCATTCCTTTTCATTGCCTCATGAGCGATCTCGAGG
ATATACTATAATTTCTCT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1CI51TF 291 0 0
G
GAGGTTGCTGCTGGAAGCGGAGACCCTTTGGAAGATTTCTGCAAGACAAACCCAGCCGAC
GAGGAATGCAAAGTCTATGAAGCTTGATTCCAATCTTTTTCTCCAAACTGTTTCCAAGCA
ATTTGGTTTATCTTCCAGTGATAATTTATCGATATCATATAATCTATACCTCTTAAACTC
AATCATGTATTTGGTTTTCTTTATTTTTACTATTATATCAAGAGGCGATGTAATACTCAT
TCCTTTTCATTGCCTCATGAGCGATCTCGAGGATATACTATAATTTCTCT

QA 2 291 2 291
DS 



AS 1 8

CO CL648Contig1 511 8 7 U
AGGGGATACACACTTGACATTGGTTTTCTTCCAATCTACCTCTGAAATTTTCGTTCTCAC
TCTCAAAATGAAGTTTTCGATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATT
CGTTGCTACAGGGATGGGTCCAATAACAGTGGAGGCACGCACATGTGAGTCACAGAGCCA
TAGGTTCAAGGGTCCATGTGTGAGCGAAAACAACTGTGCAAACGTGTGCCACAACGAAGG
TTTTGGCGGAGGCAAATGCCGTGGACTTCGTCGTAGGTGCTTCTGCACCAGAAATTGCTG
ATTCAGTGAATCTCATAAACTCATCAAAATCATCGATCAATCGTCTTGTGTTTGCCTCTT
TCTTATCTACATCTTCCGTACAGTACCATGTCGTACCGTACGCATGTGCATCTCTAGTGT
GTTCTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTAGAGCTTTAATGTAATATTATTTCTAATG
AATGAATAATAACTGCAGACTTTGTTGGATT


BQ
10 10 10 35 35 35 35 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ01TF U 1
AF RR1GI80JQ C 4
AF RR1GO43JQ C 4
AF RR1GI80TF U 4
AF RR1GO43TF U 4
AF RR1DL80TF U 6
AF RR1BV72JQ C 8
AF RR1BV72TF U 8
BS 1 262 RR1DJ01TF
BS 263 263 RR1GI80TF
BS 264 355 RR1DJ01TF
BS 356 356 RR1GI80TF
BS 357 451 RR1DJ01TF
BS 452 452 RR1GI80TF
BS 453 511 RR1DJ01TF

RD RR1DJ01TF 511 0 0
AGGGGATACACACTTGACATTGGTTTTCTTCCAATCTACCTCTGAAATTTTCGTTCTCAC
TCTCAAAATGAAGTTTTCGATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATT
CGTTGCTACAGGGATGGGTCCAATAACAGTGGAGGCACGCACATGTGAGTCACAGAGCCA
TAGGTTCAAGGGTCCATGTGTGAGCGAAAACAACTGTGCAAACGTGTGCCACAACGAAGG
TTTTGGCGGAGGCAAATGCCGTAGACTTCGTCGTAGGTGCTTCTGCACCAGAAATTGCTG
ATTCAGTGAATCTCATAAACTCATCAAAATCATCGATCAATCGTCTTGTGTTTGCTTCTT
TCTTATCTACATCTTCCGTACAGTACCATGTCGTACCGTACGCATGTGCATCTCTAGTGT
GTTCTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTGGAGCTTTAATGTAATATTATTTCTAATG
AATGAATAATAACTGCAGACTTTGTTGGATT

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1GI80JQ 481 0 0
GGATACACACTTGACATTGGTTTTCTTCCAATCTACCTCTGAAATTTTCGTTCTCACTCT
CAAAATGAAGTTTTCGATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTCGT
TGCTACAGGGATGGGTCCAATAACAGTGGAGGCACGCACATGTGAGTCACAGAGCCATAG
GTTCAAGGGTCCATGTGTGAGCGAAAACAACTGTGCAAACGTGTGCCACAACGAAGGTTT
TGGCGGAGGCAAATGCCGTGGACTTCGTCGTAGGTGCTTCTGCACCAGAAATTGCTGATT
CAGTGAATCTCATAAACTCATCAAAATCATCGATCAATCGTCTTGTGTTTGCCTCTTTCT
TATCTACATCTTCCGTACAGTACCATGTCGTACCGTACGCATGTGCATCTCTAGTGTGTT
CTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTAGAGCTTTAATGTAATATTATTTCTAATGAAT
G

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1GO43JQ 481 0 0
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CAAAATGAAGTTTTCGATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTCGT
TGCTACAGGGATGGGTCCAATAACAGTGGAGGCACGCACATGTGAGTCACAGAGCCATAG
GTTCAAGGGTCCATGTGTGAGCGAAAACAACTGTGCAAACGTGTGCCACAACGAAGGTTT
TGGCGGAGGCAAATGCCGTGGACTTCGTCGTAGGTGCTTCTGCCCCAGAAATTGCTGATT
CAGTGAATCTCATAAACTCATCAAAATCATCGATCAATCGTCTTGTGTTTGCCTCTTTCT
TATCTACATCTTCCGTACAGTACCATGTCGTACCGTACGCATGTGCATCTCTAGTGTGTT
CTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTAGAGCTTTAATGTAATATTATTTCTAATGAAT
G

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1GI80TF 481 0 0
GGATACACACTTGACATTGGTTTTCTTCCAATCTACCTCTGAAATTTTCGTTCTCACTCT
CAAAATGAAGTTTTCGATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTCGT
TGCTACAGGGATGGGTCCAATAACAGTGGAGGCACGCACATGTGAGTCACAGAGCCATAG
GTTCAAGGGTCCATGTGTGAGCGAAAACAACTGTGCAAACGTGTGCCACAACGAAGGTTT
TGGCGGAGGCAAATGCCGTGGACTTCGTCGTAGGTGCTTCTGCACCAGAAATTGCTGATT
CAGTGAATCTCATAAACTCATCAAAATCATCGATCAATCGTCTTGTGTTTGCCTCTTTCT
TATCTACATCTTCCGTACAGTACCATGTCGTACCGTACGCATGTGCATCTCTAGTGTGTT
CTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTAGAGCTTTAATGTAATATTATTTCTAATGAAT
G

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1GO43TF 481 0 0
GGATACACACTTGACATTGGTTTTCTTCCAATCTACCTCTGAAATTTTCGTTCTCACTCT
CAAAATGAAGTTTTCGATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTCGT
TGCTACAGGGATGGGTCCAATAACAGTGGAGGCACGCACATGTGAGTCACAGAGCCATAG
GTTCAAGGGTCCATGTGTGAGCGAAAACAACTGTGCAAACGTGTGCCACAACGAAGGTTT
TGGCGGAGGCAAATGCCGTGGACTTCGTCGTAGGTGCTTCTGCACCAGAAATTGCTGATT
CAGTGAATCTCATAAACTCATCAAAATCATCGATCAATCGTCTTGTGTTTGCCTCTTTCT
TATCTACATCTTCCGTACAGTACCATGTCGTACCGTACGCATGTGCATCTCTAGTGTGTT
CTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTAGAGCTTTAATGTAATATTATTTCTAATGAAT
G

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1DL80TF 490 0 0
GG
ACACACTTGACATTGGTTTTCTTCCAATCTACCTCTGAAATTTTCGTTCTCACTCTCAAA
ATGAAGTTTTCGATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTCGTTGCT
ACAGGGATGGGTCCAATAACAGTGGAGGCACGCACATGTGAGTCACAGAGCCATAGGTTC
AAGGGTCCATGTGTGAGCGAAAACAACTGTGCAAACGTGTGCCACAACGAAGGTTTTGGC
GGAGGCAAATGCCGTGGACTTCGTCGTAGGTGCTTCTGCACCAGAAATTGCTGATTCAGT
GAATCTCATAAACTCATCAAAATCATCGATCAATCGTCTTGTGTTTGCTTCTTTCTTATC
TACATCTTCCGTACAGTACCATGTCGTACCGTACGCATGTGCATCTCTAGTGTGTTCTCG
AATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTAGAGCTTTAATGTAATATTATTTCTAATGAATGAAT
AATTACTG

QA 3 490 3 490
DS 

RD RR1BV72JQ 498 0 0
GG
ACACTTGACATTGGTTTTCTTCCAATCTACCTCTGAAATTTTCGTTCTCACTCTCAAAAT
GAAGTTTTCGATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTCGTTGCTAC
AGGGATGGGTCCAATAACAGTGGAGGCACGCACATGTGAGTCACAGAGCCATAGGTTCAA
GGGTCCATGTGTGAGCGAAAACAACTGTGCAAACGTGTGCCACAACGAAGGTTTTGGCGG
AGGCAAATGCCGTGGACTTCGTCGTAGGTGCTTCTGCACCAGAAATTGCTGATTCAGTGA
ATCTCATAAACTCATCAAAATCATCGATCAATCGTCTTGTGTTTGCTTCTTTCTTATCTA
CATCTTCCGTACAGTACCATGTCGTACCGTACGCATGTGCATCTCTAGTGTGTTCTCGAA
TAAGTCTTTGGTTTGTGTGTGTAGAGCTTTAATGTAATATTATTTCTAATGAATGAATAA
TAACTGCAGACTT
GAT

QA 3 495 3 495
DS 

RD RR1BV72TF 498 0 0
GG
ACACTTGACATTGGTTTTCTTCCAATCTACCTCTGAAATTTTCGTTCTCACTCTCAAAAT
GAAGTTTTCGATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTCGTTGCTAC
AGGGATGGGTCCAATAACAGTGGAGGCACGCACATGTGAGTCACAGAGCCATAGGTTCAA
GGGTCCATGTGTGAGCGAAAACAACTGTGCAAACGTGTGCCACAACGAAGGTTTTGGCGG
AGGCAAATGCCGTGGACTTCGTCGTAGGTGCTTCTGCACCAGAAATTGCTGATTCAGTGA
ATCTCATAAACTCATCAAAATCATCGATCAATCGTCTTGTGTTTGCTTCTTTCTTATCTA
CATCTTCCGTACAGTACCATGTCGTACCGTACGCATGTGCATCTCTAGTGTGTTCTCGAA
TAAGTCTTTGGTTTGTGTGTGTAGAGCTTTAATGTAATATTATTTCTAATGAATGAATAA
TAACTGCAGACTT
GAT

QA 3 495 3 495
DS 



AS 3 8

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GCGAAGGAAAAAAAGCGTATTCCTCGTGAGCACTACCTTCTCACTCCTCATTCTCATTCC
ATTCCTCTTCTTCTCCTCACCCCCATCCATCAAAGCTCGCAGCTTTTCGATGACGTCGGA
CGGCGCAACATCCACATCAGCAGCTGCAGCTGCAGCTGCTGCGGCAGCGAGGAGGAAACC
GTCGTGGAGGGAGAGGGAGAACAATCGGAGGAGAGAGAGAAGGAGAAGAGCCATAGCTGC
GAAGATATACACTGGTCTAAGAGCACAAGGTGATTACAATCTCCCAAAACATTTGCGACA
ACAACGAAGTCCTCAAGGGCTCTCTGTTCCGAAGCTGGTTGGATCGTCGAAGAAGACGGC
ACCACTTATCGCAAGGGATGCAGCAGGCCTCCTCCTCCATACTCATCATCACAAAACCAG
AGTCCTCTCTCTTCGGCTTTTCAAAGTCCCATCCCTTCTTACCAAGTCAGCCCATCTTCC
TCATCTTTCCCCAGCCCATCTCGCGGTGAGCCCATCAACAACACCACCTTCTTCCCTTTC
CTCAGCAACAACGGTGGCATTCCTCCCCTCAGAATCTCAAACAGTTGCCCCGTTACTCCA
CCCCTCTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B586TF U 1
AF RR1CE86TF U 89
BS 1 183 RR1B586TF
BS 184 184 RR1CE86TF
BS 185 398 RR1B586TF
BS 399 670 RR1CE86TF

RD RR1B586TF 398 0 0
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GCGAAGGAAAAAAAGCGTATTCCTCGTGAGCACTACCTTCTCACTCCTCATTCTCATTCC
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CGGTGCAACATCCACATCAGCAGCTGCAGCTGCAGCTGCTGCGGCAGCGAGGAGGAAACC
GTCGTGGAGGGAGAGGGAGAACAATCGGAGGAGAGAGAGAAGGAGAAGAGCCATAGCTGC
GAAGATATACACTGGTCTAAGAGCACAAGGTGATTACAATCTCCCAAAACATTTGCGACA
ACAACGAAGTCCTCAAGGGCTCTCTGTTCCGAAGCTGG

QA 1 398 1 398
DS 

RD RR1CE86TF 582 0 0
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GCTGCAGCTGCTGCGGCAGCGAGGAGGAAACCGTCGTGGAGGGAGAGGGAGAACAATCGG
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GGTGATTACAATCTCCCAAAACATT*GCGACAACAACGAAGTCCTCAAGG*CTCTCTGTT
CCGAAGCTGGTTGGATCGTCGAAGAAGACGGCACCACTTATCGCAAGGGATGCAGCAGGC
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CCATCCCTTCTTACCAAGTCAGCCCATCTTCCTCATCTTTCCCCAGCCCATCTCGCGGTG
AGCCCATCAACAACACCACCTTCTTCCCTTTCCTCAGCAACAACGGTGGCATTCCTCCCC
TCAGAATCTCAAACAGTTGCCCCGTTACTCCACCCCTCTCGT

QA 1 582 1 582
DS 



CO CL649Contig2 833 4 28 U
CGTGCAGATGAGTTCAAGACATGATAAATCAATTTGACAAAGACAAGACACACAACGGTT
CCAATTTCCACGCCAGTGGCATTTGTAAGGGGAACAGAACAAATCTTACATGTTATCTAC
AAATAATGCTTTTTTTTTAAAACAAAATTCATGAATCAAACAAACAACACTAACACTTCC
AAGTTTACATGCTCTGTGTTGTGCCCCCCATGTTTGGATAGTAAGAACATATGAGAGACT
CTAAAGAACAGATGCCAGAAGAAGAAAAAGAAAAATAGCTTTGTCACATTCATTCACAAA
TCAAGCACGAGCCTTGCCGTTTCCAAGAGTAAGCTCCAGATCCTCCATACCAACATCATG
TATCCTCTCTCCTTCCCACGGCTTAACTTGGCTGTTCTCAAATTTAAACTCAGAGCTTTG
ACCGATAATCCCTTGTAACTCAGCGTTTGGGCACATCTGCTGAGGCACAGGAGGAGGAGG
TTTCACAAGGTTGAAGGTAGGAGAAGTTGGCACCACAGAGCCAGAAAATGGCTGCTGCTG
TTGATGTTGCGCAAACTTCTGAAAGCTTATCCAGTGACCAGAGTCAACAGTCGAGGAATC
AGACTCATCACATTCAGGTATTGTAACCGGCGTATGAAAAAACTGGCGACGCGTTGGACT
AGCGGGTGCAGAAACAGCATAGAAAGGATAGTTAAAAGAGGCCATCGATTGTTTCGCGTT
GTTGACTATGGACTGCTTAGCGATGGAGTCCCAGTTAGGCAAAGGGTTCTTGGAGGTTGG
AGACGAGAGGGGTGGAGTAACGGGGCAACTGTTTGAGATTCTGAGGGAAGGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG93JQ U 1
AF RR1GK21JQ U 88
AF RR1CE86JQ U 90
AF RR1B586JQ U 139
BS 1 137 RR1GG93JQ
BS 138 138 RR1GK21JQ
BS 139 234 RR1GG93JQ
BS 235 235 RR1GK21JQ
BS 236 257 RR1GG93JQ
BS 258 258 RR1GK21JQ
BS 259 260 RR1GG93JQ
BS 261 261 RR1GK21JQ
BS 262 263 RR1GG93JQ
BS 264 264 RR1GK21JQ
BS 265 338 RR1GG93JQ
BS 339 339 RR1GK21JQ
BS 340 358 RR1GG93JQ
BS 359 423 RR1GK21JQ
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BS 574 574 RR1CE86JQ
BS 575 621 RR1GK21JQ
BS 622 622 RR1CE86JQ
BS 623 675 RR1GK21JQ
BS 676 676 RR1CE86JQ
BS 677 699 RR1GK21JQ
BS 700 824 RR1CE86JQ
BS 825 833 RR1B586JQ

RD RR1GG93JQ 358 0 0
CGTGCAGATGAGTTCAAGACATGATAAATCAATTTGACAAAGACAAGACACACAACGGTT
CCAATTTCCACGCCAGTGGCATTTGTAAGGGGAACAGAACAAATCTTACATGTTATCTAC
AAATAATGCTTTTTTTTAAAAACAAAATTCATGAATCAAACAAACAACACTAACACTTCC
AAGTTTACATGCTCTGTGTTGTGCCCCCCATGTTTGGATAGTAAGAACATATGAAAGACT
CTAAAGAACAGATGCCAAAAAAAAAAAAAGAAAAATAGCTTTGTCACATTCATTCACAAA
TCAAGCACGAGCCTTGCCGTTTCCAAGAGTAAGCTCCAAATCCTCCATACCAACATCA

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1GK21JQ 612 0 0
GGGAACAGAACAATCATAG
TACATGTTATCTACAAATAATGCTTTTTTTTTTAAACAAAATTCATGAATCAAACAAACA
ACACTAACACTTCCAAGTTCACATGCTTTGTGTTGTGCCCCCCATGTTTGGATAGTAAGA
ACATATGAGAGACTCTAAAGAACAGATGCCAGAAGAAGAAAAAGAAAAATAGCTTTGTCA
CATTCATTCACAAATCAAGCACGAGCCTTGCCGTTTCCAAGAGTAAGCTCCAGATCCTCC
ATACCAACATCATGTATCCTCTCTCCTTCCCACGGCTTAACTTGGCTGTTCTCAAATTTA
AACTCAGAGCTTTGACCAATAATCCCTTGTAACTCAGCGTTTGGGCACATCTGCTGAGGC
ACAGGAGGAGGAGGTTTCACAAGGTTGAAGGTAGGAGAAGTTGGCACCATAAAGCCAGAA
AATGGCTGCTGCTGTTGATGTTGCGCAAACTTCTGAAAGCTTATCCAATGACCAGAGTCA
ACAGTCGAGGAATCAGACTCATCACATTCAGGTATCGTAACCGGCGTATGAAAAAACTGG
CGACGCGTTGGACTAGCGGGTGCAGAAACCGCATAGAAAGGATAGTTAAAAGA

QA 20 612 20 612
DS 

RD RR1CE86JQ 735 0 0
GGGAACAGAACAAATCT
TACATGTTATCTACAAATAATGCTTTTTTTTTAAAACAAAATTCATGAATCAAACAAACA
ACACTAACACTTCCAAGTTTACATGCTCTGTGTTGTGCCCCCCATGTTTGGATAGTAAGA
ACATATGAGAGACTCTAAAGAACAGATGCCAGAAGAAGAAAAAGAAGAATAGCTTTGTCA
CATTCATTCACAAATCAAGCACGAGCCTTGCCGTTTCCAAGAGTAAGCTCG*GATCCTCC
ATACCAACATCATGTATCCTCTCTCCTTCCCACGGCTTGACTTGGCTGTTCTCAAATTTA
AACTCAGAGCTTTGACCGATAATCCCTTGTAACTCAGCGTTTGGGCACATCTGCTGAGGC
ACAGGAGGAGGAGGTTTCACAAGGTTGAAGGTAGGAGAAGTTGGCACCACAGAGCCAGAA
AATGGCTGCTGCTGTTGATGTTGCGCAAACTTCTGAGAGCTTATCCAGTGACCAGAGTCA
ACAGTCGAGGAATCAGACTCATCACATTCAGGTATTGTAACCGGCGTATGAAAAAACTGG
CGACGCGTTGGACTAGCGGGTGCAGAAACAGCATAGAAAGGATAGTTAAAAGAGGCCATC
GATTGTTTCGCGTTGTTGACTATGGACTGCTTAGCGATGGAGTCCCAGTTAGGCAAAGGG
TTCTTGGAGGTTGGAGACGAGAGGGGTGGAGTAACGGGGCAACTGTTTGAGATTCTGA

QA 18 735 18 735
DS 

RD RR1B586JQ 695 0 0
AG
AACAAAATTCATGAATCAAACAAACAACACTAACACTTCCAAGTTTACATGCTCTGTGTT
GTGCCCCCCATGTTTGGATAGTAAGAACATATGAGAGACTCTAAAGAACAGATGCCAGAA
GAAGAAAAAGAAGAATAGCTTTGTCACATTCATTCACAAATCAAGCACGAGCCTTGCCGT
TTCCAAGAGTAAGCTCCAGATCCTCCATACCAACATCATGTATCCTCTCTCCTTCCCACG
GCTTAACTTGGCTGTTCTCAAATTTAAACTCAGAGCTTTGACCGATAATCCCTTGTAACT
CAGCGTTTGGGCACATCTGCTGAGGCACAGGAGGAGGAGGTTTCACAAGGTTGAAGGTAG
GAGAAGTTGGCACCACAGAGCCAGAGAATGGCTGCTGCTGTTGATGTTGCGCAAACTTCT
GAAAGCTTATCCAGTGACCAGAGTCAACAGTCGAGGAATCAGACTCATCGCATTCAGGTA
TTGTAACCGGCGTATGAAAAAACTGGCGACGCGTTGGACTAGCGGGTGCAGAAACAGCAT
AGAAAGGATAGTTAAAAGAGGCCATCGATTGTTTCGCGTTGTTGACTATGGACTGCTTAG
CGATGGAGTCCCAGTTAGGCAAAGGGTTCTTGGAGGTTGGAGACGAGAGGGGTGGAGTAA
CGGGGCAACTGTTTGAGATTCTGAGGGAAGGAA

QA 3 695 3 695
DS 



CO CL649Contig3 721 2 1 U
AGAGCCATAGCTGCGAAGATATACACTGGTCTAAGAGCACAAGGTGATTACAATCTCCCA
AAACATTGCGATAACAACGAAGTCCTCAAGGCTCTCTGTTCCGAAGCTGGTTGGATCGTC
GAAGAAGACGGCACCACTTATCGCAAGGGATGCAGCAGGCCTCCTCCTCCATACTCATCA
TCACAAAACCAGAGTCCTCTCTCTTCGGCTTTTCAAAGTCCCATCCCTTCTTACCAAGTC
AGCCCATCTTCCTCATCTTTCCCCAGCCCATCTCGCGTTGAGCCCATCAACACCACCTTC
TTCCCTTTCCTCAGCAACAACGGTGGCATTCCTTCCCTCAGAATCTCAAACAGTTGTCCC
GTTACTCCACCCCTCTCTTCTCCGACCTCCAAGAACCCTCTGCCTAACTGGGACTCCATC
GCTAAGCAGTCCATGGTCAACGCCAAACAATCCATGGCCTCTTTTAACTATCCTTTCTAT
GCGGTTTCTGCACCCGCTAGTCCAACGCGTCGCCAGTTTTTTCACACGCCGGTTACGATA
CCTGAATGTGATGAGTCTGATTCCTCGACTGTTGACTCTGGTCACTGGATAAGCTTTCAG
AAGTTTGCGCAACATCAACAGCAGCAGCCATTCTCTGGCTCTGTGGTGCCAACTTCTCCT
ACCTTCAACCTTGTGAACCTCCTCCTCCTGTGCCTCAGCAGATGTGCCAAACGCTGAGTT
A


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1GK21TF U 1
AF RR1GG93TF U 1
BS 1 721 RR1GG93TF

RD RR1GK21TF 591 0 0
AGAGCCATAGCTGCGAAGATATACACTGGTCTAAGAGCACAAGGTGATTACAATCTCCCA
AAACATTGCGATAACAACGAAGTCCTCAAGGCTCTCTGTTCCGAAGCTGGTTGGATCGTC
GAAGAAGACGGCACCACTTATCGCAAGGGATGCAGCAGGCCTCCTCCTCCATACTCATCA
TCACAAAACCAGAGTCCTCTCTCTTCGGCTTTTCAAAGTCCCATCCCTTCTTACCAAGTC
AGCCCATCTTCCTCATCTTTCCCCAGCCCATCTCGCGTTGAGCCCATCAACACCACCTTC
TTCCCTTTCCTCAGCAACAACGGTGGCATTCCTTCCCTCAGAATCTCAAACAGTTGTCCC
GTTACTCCACCCCTCTCTTCTCCGACCTCCAAGAACCCTCTGCCTAACTGGGACTCCATC
GCTAAGCAGTCCATGGTCAACGCCAAACAATCCATGGCCTCTTTTAACTATCCTTTCTAT
GCGGTTTCTGCACCCGCTAGTCCAACGCGTCGCCAGTTTTTTCATACGCCGGTTACGATA
CCTGAATGTGATGAGTCTGATTCCTCGACTGTTGACTCTGGTCATTGGATA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1GG93TF 721 0 0
AGAGCCATAGCTGCGAAGATATACACTGGTCTAAGAGCACAAGGTGATTACAATCTCCCA
AAACATTGCGATAACAACGAAGTCCTCAAGGCTCTCTGTTCCGAAGCTGGTTGGATCGTC
GAAGAAGACGGCACCACTTATCGCAAGGGATGCAGCAGGCCTCCTCCTCCATACTCATCA
TCACAAAACCAGAGTCCTCTCTCTTCGGCTTTTCAAAGTCCCATCCCTTCTTACCAAGTC
AGCCCATCTTCCTCATCTTTCCCCAGCCCATCTCGCGTTGAGCCCATCAACACCACCTTC
TTCCCTTTCCTCAGCAACAACGGTGGCATTCCTTCCCTCAGAATCTCAAACAGTTGTCCC
GTTACTCCACCCCTCTCTTCTCCGACCTCCAAGAACCCTCTGCCTAACTGGGACTCCATC
GCTAAGCAGTCCATGGTCAACGCCAAACAATCCATGGCCTCTTTTAACTATCCTTTCTAT
GCGGTTTCTGCACCCGCTAGTCCAACGCGTCGCCAGTTTTTTCACACGCCGGTTACGATA
CCTGAATGTGATGAGTCTGATTCCTCGACTGTTGACTCTGGTCACTGGATAAGCTTTCAG
AAGTTTGCGCAACATCAACAGCAGCAGCCATTCTCTGGCTCTGTGGTGCCAACTTCTCCT
ACCTTCAACCTTGTGAACCTCCTCCTCCTGTGCCTCAGCAGATGTGCCAAACGCTGAGTT
A

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 8

CO CL650Contig1 1052 8 7 U
GCCAATTAGAAATATCTGATATTTTTATTAATGGTTTACAAATAGAGATAAAATATCACA
TGGCGTTTCCCTCCTTCATATTAGTAGTACACAAAATAAATGTAGTAAAGATAAACTCAT
GGCTCTCCTTCATATGTTGTTGTTCATAAGCATAAATTGCGCCTTTGCTCAGTTTAAGTG
TATCTTGCTAGGGTGGACCCGTGATTTGAACTCACCATCTCCTCTGAACTTTCCCTTACC
CGCCGCATCGTATTTAACGAATCCTCCGAAGTCAAAGAACCCCCCGAACAATCTTCTGCC
TCCAGCATGACCTTGAATTCCAACCTTAGCTTCGGCTTCAGCTTGGCTGTGGCCGCTAAA
ACCGATCAAACCAGAGCCAAAACCGACACCGTTCTTGGCGAAACTACCGATCAAACCGCC
TCTGACAGGGATACCGATTTGCTTCACGGAAGAGAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCAC
CTTGACGAAACCATTAATGGCACCCTTCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCT
GTCCCCTTGGCTTATCTTAACGTTAGCATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGAT
TTTCTCCTCAAGCTTAAAAAAACATCCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGC
CGCGAGCTCACCTTGAATACCAATAGCTGCTTCAGCCGCAAACACGGCCTTGGTTATCAT
GGCGTATTTGGTGTAAACCACGCGAAACACATTCCTGGCCCCTGCGACCTTGAAGGCTGC
GAGCTGGTTGCTGAAGGTTTGGCATATGGAGAACAAAGTGTTGAACTGAACGCTGTTTGG
TGCGGATTTAGCCTTTTGCTCGATGAACTTGGAGATTTCGAGGGAAGGGAAGGTTTGGAC
TCCCCCCAAAGTAGGTGGACATATGTTCTTTTGTGTTTTCTTGGGCTTAGGTGGGTGTGC
CGAGACGGAGGTGGCGATGACTAGAACTAGGGCTAAAGATAACAACAGAGAAGTCCTTGC
CATGGTTGTATTGATGGCAAGGTGAAGACTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 
15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1D434JQ U 8
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AF RR1EV12JQ U 8
AF RR1GC54JQ U 8
AF RR1D434TF C 332
AF RR1FW70TF C 506
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G
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CGTATTTAACGAATCCTCCGAAGTCAAAGAACCCCCCGAACAATCTTCTGCCTCCAGCAT
GACCTTGAATTCCAACCTTAGCTTCGGCTTCAGCTTGGCTGTGGCCGCTAAAACCGATCA
AACCAGAGCCAAAACCGACACCGTTCTTGGCGAAACTACCGATCAAACCGCCTCTGACAG
GGATACCGATTTGCTTCACGGAAGAGAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCACCTTGACGA
AACCATTAATGGCACCCTTCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCCTT
GGCTTATCTTAACGTTAGCATTGTACCTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATTTTCTCCT
CAAGCTTAAAAAAACATCCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCT

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DS 

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GGCTCTCCTTCATATGTTGTTGTTCATAAGCATAAATTGCGCCTTTGCTCAGTTTAAGTG
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CGCCGCATCGTATTTAACGAATCCTCCGAAGTCAAAGAACCCCCCGAACAATCTTCTGCC
TCCAGCATGACCTTGAATTCCAACCTTAGCTTCGGCTTCAGCTTGGCTGTGGCCGCTAAA
ACCGATCAAACCAGAGCCAAAACCGACACCGTTCTTGGCGAAACTACCGATCAAACCGCC
TCTGACAGGGATACCGATTTGCTTCACGGAAGAGAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCAC
CTTGACGAAACCATTAATGGCACCCTTCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCT
GTCCCCTTGGCTTATCTTAACGTTAGCATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGAT
TTTCTCCTCAAGCTTAAAAAAACATCCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGC
CGCGAGCTCACCTTGAATACCAATAGCTGCTTCAGCCGCAAA

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DS 

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G
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TTCATATGTTGTTGTTCATAAGCATAAATTGCGCCTTTGCTCAGTTTAAGTGTATCTTGC
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CGTATTTAACGAATCCTCCGAAGTCAAAGAACCCCCCGAACAATCTTCTGCCTCCAGCAT
GACCTTGAATTCCAACCTTAGCTTCGGCTTCAGCTTGGCTGTGGCCGCTAAAACCGATCA
AACCAGAGCCAAAACCGACACCGTTCTTGGCGAAACTACCGATCAAACCGCCTCTGACAG
GGATACCGATTTGCTTCACGGAAGAGAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCACCTTGACGA
AACCATTAATGGCACCCTTCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCCTT
GGCTTATCTTAGCGTTAGCATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATTTTCTCCT
CAAGCTTAAAAAAACATCCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGCCGCGAGCT
CACCTTGAATACCAATAGCTGCTTCAGCCGCAAA

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G
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CCCTCCTTCATATTAGTAGTACACAAAATAAATGTAGTAAAGATAAACTCATGGCTCTCC
TTCATATGTTGTTGTTCATAAGCATAAATTGCGCCTTTGCTCAGTTTAAGTGTATCTTGC
TAGGGTGGACCCGTGATTTGAACTCACCATCTCCTCTGAACTTCCCCTTACCCGCCGCAT
CGTATTTAACGAATCCTCCGAAGTCAAAGAACCCCCCGAACAATCTTCTGCCTCCAGCAT
GACCTTGAATTCCAACCTTAGCTTCGGCTTCAGCTTGGCTGTGGCCGCTAAAACCGATCA
AACCAGAGCCAAAACCGACACCGTTCTTGGCGAAACTACCGATCAAACCGCCTCTGACAG
GGATACCGATTTGCTTCACGGAAGAAAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCACCTTGACGA
AACCATTAATGGCACCCTTCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCCTT
GGCTTATCTTAACGTTAGCATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATTTTCTCCT
CAAGCTTAAAAAAACATCCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGCCGCGAGCT
CACCTTGAATACCAATAGCTGCTTCAGCCGCAAACACGGCCTTGGTTATCATGGCGTATT
TGGTGTAAACCACGCGAAACACATTCCTGGCCCCTGCGACCTTGAAG*CTGCGAGCTGGT
TGCTGAAG*TTTGGCATATGGAGAACAAAGTG

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TTCATGCTGCACTCAGTGATCACCTTGACGAAACCATTAATGGCACCCTTCAACTTAATC
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GCAAACACGGCCTTGGTTATCATGGCGTATTTGGTGTAAACCACGCGAAACACATTCCTG
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GTGTTGAACTGAACGCTGTTTGGTGCGGATTTAGCCTTTTGCTCGATGAACTTGGAGATT
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TTCTTGGGCTTAGGTGGGTGTGCCGAGACGGAGGTGGCGATGACTAGAACTAGGGCTAAA
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DS 

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GCATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATTTTCTCCTCAAGCTTAAAAAAACAT
CCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGCCGCGAGCTCACCTTGAATACCAATA
GCTGCTTCAGCCGCAAACACGGCCTTGGTTATCATGGCGTATTTGGTGTAAACCACGCGA
AACACATTCCTGGCCCCTGCGACCTTGAAGGCTGCGAGCTGGCTGCTGAAGGTTTGACAT
ATGGAGAACAAAGTGTTGAACTGAACGCTGTTTGGTGCGGATTTAGCCTTTTGCTCGATG
AACTTGGAGATTTCGAGGGAAGGGAAGGTTTGGACTCCCCCCAAAGTAGGTGGACATATG
TTCTCTTGTGTTTTCTTGGGCTTAGGTGGGTGTGCCGAGACGGAGGTGGCGATGACTAGA
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AGACTAA

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DS 

RD RR1EV12TF 616 0 0
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ATGGCACCCTTCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCCTTGGCTTATC
TTAGCGTTAGCATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATTTTCTCCTCAAGCTTA
AAAAAACATCCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGCCGCGAGCTCACCTTGA
ATACCAATAGCTGCTTCAGCCGCAAACACGGCCTTGGTTATCATGGCGTATTTGGTGTAA
ACCACGCGAAACACATTCCTGGCCACTGCGACCTTGAAGGCTGCGAGCTGGTTGCTGAAG
GTTTGGCATATGGAGAACAAAGTGTTGAACTGAACGCTGTTTGGTGCGGATTTAGCCTTT
TGCTCGATGAACTTGGAGATTTCGAGGGAAGGGAAGGTTTGGACTCCCCCCAAAGTAGGT
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ATGACTAGAACTAGGGCTAAAGATAACAACAGAGAAGTCCTTGCCATGGTCGTATTGATG
GCAAGGTGAAGACTAA

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DS 

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AATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCCTTGGCTTATCTTAGCGTTAGCATTGTA
CTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATTTTCTCCTCAAGCTTAAAAAAACATCCAGCCAT
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CCTGGCCCCTGCGACCTTGAAGGCTGCGAGCTGGTTGCTGAAGGTTTGGCATATGGAGAA
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TGTTTTCTTGGGCTTAGGTGGGTGTGCCGAGACGGAGGTGGCGATGACTAGAACTAGGGC
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QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 7

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GAGAAGAACTGTGCACCCATCATGGTCCGCCTCGCATGGCACTCTGCTGGAACATTCGAT
TGCGCCTCGAGGACTGGTGGTCCCTTCGGAACAATGAGGTTTGACGATGAGCTTGCTCAT
GGAGCCAACAATGGTCTCCACATTGCTCTTAGGCTGTTGGAGCCTATCAGGGAGCAGTTC
CCTACCATCTCCCATGCTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTTGTGGCCGTTGAAGTCACT
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GGTCGTCTCCCTGATGCCACCAAGGGCTGTGACCACTTGAGGCAGGTCTTCTTAAAGCAG
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TCTTACTTCAAGGAACTCTTGAGCGGTGAGAAGGAGGGTCTTCTTCAGCTTCCTTCCGAC
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TTGGTGGAGGGTTTTGCATTCCGTTTGAACTTTTGTCATTTGATTTGCTTAATGTGTACT
CTCGACGGATCTGCGTAGCTTGTTTTTTTGGGTGGTATTGTGAGTTTGTCGCAGTTATGT
TGCTCTTTTGCTATGCTCAGACATTTTAATAAATTAATAACTCTTCACTACT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 0 0 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI51TF U 3
AF RR1FW09TF U 41
AF RR1H364TF U 3
AF RR1BZ56TF U 1
AF RR1BZ56JQ C 352
AF RR1FW09JQ C 652
AF RR1H364JQ C 652
BS 1 53 RR1BZ56TF
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GG
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AGAACTGTGCACCCATCATGGTCCGCCTCGCATGGCACTCTGCTGGAACATTCGATTGCG
CCTCAAGGACTGGTGGTCCCTTCGGAACAATGAGGTTTGACGATGAGCTTGCTCATGGAG
CCAACAATGGTCTCCACATTGCTCTTAGGTTGTTGGAGCCTATCAGGGAGCAGTTCCCTA
CCATCTCCCATGCTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTTGTGGCTGTTGAAGTCACTGGTG
GACCTGAAATTCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAGCCCCAGCCACCTCCAGAGGGAC
GTCTCCCTGATGCCACCAAGGGTTGTGACCACTTGAGGCAGGTCTTCTTAAAGCAGATGG
GTTTAACTGACTAGGATATTGTCGCTTTGTCTGGTGCCCACACTCTGG

QA 3 590 3 590
DS 

RD RR1FW09TF 563 0 0
AGGGACTCCTCA
TTTTCCCAGATTCTTATCTTCTCTCGAAAAAGATTTAAGCGAAGATGGCGAAGAACTACC
CAGCTGTTAGCGAAGAGTACCAGAAGGAGATTGAGAAGTGCAAGAGGAAGCTCAGAGGTT
TGATCGCTGAGAAGAACTGTGCACCCATCATGGTCCGCCTCGCATGGCACTCTGCTGGAA
CATTCGATTGCGCCTCGAGGACTGGTGGTCCCTTCGGAACAATGAGGTTTGACGATGAGC
TTGCTCATGGAGCCAACAATGGTCTCCACATTGCTCTTAGGCTGTTGGAGCCTATCAGGG
AGCAGTTCCCTACCATCTCCCATGCTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTTGTGGCCGTTG
AAGTCACTGGTGGACCTGAAATTCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAGCCCCAGCCAC
CTCCAGAGGGTCGTCTCCCTGATGCCACCAAGGGCTGTGACCACTTGAGACAGGTCTTCT
TAAAGCAGATGGGTTTAACTGACCAGGACATCGTCGCTTTGTCTGGTGCCCGCACTCTGG
GAAGATGCCAC

QA 13 563 13 563
DS 

RD RR1H364TF 601 0 0
GG
AAAATAAAAAGTGTCTCGTGTTCACCTCGTGCCCATCCACTCCTCATTT**TCCCAGATT
CTTATCTTCTCTCGAAAAAGATTTAAGCGAAGATGGCGAAGAACTACCCAGCTGTTAGCG
AAGAGTACCAGAAGGAGATTGAGAAGTGCAAGAGGAAGCTCAGAGGTTTGATCGCTGAGA
AGAACTGTGCACCCATCATGGTCCGCCTCGCATGGCACTCTGCTGGAACATTCGATTGCG
CCTCGAGGACTGGTGGTCCCTTCGGAACAATGAGGTTTGACGATGAGCTTGCTCATGGAG
CCAACAATGGTCTCCACATTGCTCTTAGGCTGTTGGAGCCTATCAGGGAGCAGTTCCCTA
CCATCTCCCATACTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTTGTGGCCGTTGAAGTCACTGGTG
GACCTGAAATTCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACGAGCCCCAGCCACCTCCAGAGGGTC
GTCTCCCTGATGCCACCAAGGGCTGTGACCACTTGAGACAGGTCTTCTTAAAGCAGATGG
GTTTAACTGACCAGGACATCGTCGCTTTGTCTGGTGCCCACACTCTGGGAAGATGCCAC

QA 3 601 3 601
DS 

RD RR1BZ56TF 690 0 0
GGAAAAAATAAAAAGTGTCTCGTGTTCACCTCGTGCCCATCCACTCCTCATTT**TCCCA
GATTCTTATCTTCTCTCGAAAAAGATTTAAGCGAAGATGGCGAAGAACTACCCAGCTGTT
AGCGGAGAGTACCAGAAGGAGATTGAGAAGTGCAAGAGGAAGCTCAGAGGTTTGATCGCT
GAGAAGAACTGTGCACCCATCATGGTCCGCCTCGCATGGCACTCTGCTGGAACATTCGAT
TGCGCCTCGAGGACTGGTGGTCCCTTCGGAACAATGAGGTTTGACGATGAGCTTGCTCAT
GGAGCCAACAATGGTCTCCACATTGCTCTTAGGCTGTTGGAGCCTATCAGGGAGCAGTTC
CCTACCATCTCCCATGCTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTTGTGGCCGTTGAAGTCACT
GGTGGACCTGAAATTCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAGCCCCAGCCACCTCCAGAG
GGTCGTCTCCCTGATGCCACCAAGGGCTGTGACCACTTGAGGCAGGTCTTCTTAAAGCAG
ATGGGTTTAACTGACCAGGACATCGTCGCTTTGTCTGGTGCCCACACTCTGGGAAGATGC
CACAAGGATAGGTCTGGTTTCGAAGGTGCTTGGACTTCAAACCCTCTCATCTTCGACAAC
TCTTACTTCAAG*AACTCTTGAGCGGTGAG

QA 1 690 1 690
DS 

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GAGCAGTTCCCTACCATCTCCCATGCTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTTGTGGCCGTT
GAAGTCACTGGTGGACCTGAAATTCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAGCCCCAGCCA
CCTCCAGAGGGTCGTCTCCCTGATGCCACCAAGGGCTGTGACCACTTGAGGCAGGTCTTC
TTAAAGCAGATGGGTTTAACTGACCAGGACATCGTCGCTTTGTCTGGTGCCCACACTCTG
GGAAGATGCCACAAGGATAGGTCTGGTTTCGAAGGTGCTTGGACTTCAAACCCTCTCATC
TTCGACAACTCTTACTTCAAGGAACTCTTGAGCGGTGAGAAGGAGGGTCTTCTTCAGCTT
CCTTCCGACAAGGCTCTATTGGACGATCCCGTTTTCCGTCCTCTTGTCGAGAAATACGCT
GCTGACGAGGAAGCATTTTTCGCTGATTACGCTGAGGCCCACTTGGAGCTTTCTGAGCTC
GGGTTTGCTGATGCGTAAGCTGCGTCATTCCTTGTGTGATCCCCCTCGACACTCATGGCT
GCTTTTGGGTTGGTGGAGGGTTTTGCATTCCGTTTGAACTTTTGTCATTTGATTTGCTTA
ATGTGTACTCTCGACGGATCTGCGTAGCTTGTTTTTTTGGGTGGTATTGTGAGTTTGTCG
CAGTTATGTTGCTCTTTTGCTATGCTCAGACATTTTAATAAGTTAATAACTCT
TCACT

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DS 

RD RR1FW09JQ 415 0 0
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CCTTCCGACAAGGCTCTATTGGACGATCCCGTTTTCCGTCCTCTTGTTGAGAAATACGCT
GCTGACGAGGAAGCATTTTTCGCTGATTACGCTGAGGCCCACTTGAAGCTTTCTGAGCTC
GGGTTTGCTGATGCGTAAGCTGCGTCATTCCTTGTGTGATCCCCCTCGACACTCATGGCT
GCTTTTGGGTTGGTGGAGGGTTTTGCATTCCGTTTGAACTTTTGTCATTTGATTTGCTTA
ATGTGTACTCTCGACGGATCTGCGTAGCTTGTTTTTTTGGGTGGTATTGTGAGTTTGTCG
CAGTTATGTTGCTCTTTTGCTATGCTCAGACATTTTAATAAATTAATAACTCT
TC

QA 1 413 1 413
DS 

RD RR1H364JQ 421 0 0
TTCGACAACTCTTACTTCAAGGAACTCTTGAGCGGTGAGAAGGAGGGTCTTCTTCAGCTT
CCTTCCGACAAGGCTCTATTGGACGATCCCGTTTTCCGTCCTCTTGTTGAGAAATACGCT
GCTGACGAGGAAGCATTTTTCGCTGATTACGCTGAGGCCCACTTGAAGCTTTCTGAGCTC
GGGTTTGCTGATGCGTAAGCTGCGTCATTCCTTGTGTGATCCCCCTCGACACTCATGGCT
GCTTTTGGGTTGGTGGAGGGTTTTGCATTCCGTTTGAACTTTTGTCATTTGATTTGCTTA
ATGTGTACTCTCGACGGATCTGCGTAGCTTGTTTTTTTGGGTGGTATTGTGAGTTTGTCG
CAGTTATGTTGCTCTTTTGCTATGCTCAGACATTTTAATAAATTAATAACTCTTCACTAC
T

QA 1 421 1 421
DS 



AS 1 8

CO CL652Contig1 906 8 19 U
GGATTCTCTCATTTTCCTGCAAAAAAATATCTCAGAAGAAGATGGCTTCACTTACTTCTA
TTGCCACCCCTTATCGCAGCTCAAGCTATCCATCTTCGTCGCAAGCTTTACGTGTCAAAC
TCACCGGAAACACTCTGTTCTCAGCTGGAGTTAGATCCCCTGCTTCTTCTTCTTCATCAT
CGCTTCTGACTATTCGAAGCGCTGCAACGAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATT
GGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACTGGAGAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAG
CTCTGCGGTTACAGAAGGAGAACAACTTTGTGATTCTTGATGTTAGACCAGAGGCTGAGT
ACAAGGAGGGTCATCCTCCGGGAGCTATCAATGTGGAGATGTACAGGCTGATACGAGAAT
GGACGCCATGGGACATAGCTCGTCGTCTTGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCCGGCA
CAGAAGAGAATCCAGAGTTTATCCAAAGTGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGCAAAGA
TAATAGTAGCTTGTTCATCCGCAGGGACTATGAAGCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGCC
AACAATCCAGGTCTCTCATAGCTGCTTATGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTAT
TTCACCTTGAAGGTGGAATCTACACATGGAGCAAGGAAGGCCTTCCTATTGAATCTGAAG
AAGACTAACTTCTCCTCTCAGGTCTTATATCCAGTTTTGTATCTCTGTCGAATTCAGGTA
GTGGCATTTAGAGGTTTTGGCTTTTCCAGAATGTGTTTTAAAAGTTTGTAAAACTTCAGA
CATTTACCAATGAAAAGCAAACCAGAATCCAGACAACTTTGATCAATGACCAAACTATTC
ATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 15 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX03TF U 1
AF RR1D905TF U 9
AF RR1BH07TF U 27
AF RR1E138TF U 50
AF RR1BH07JQ C 27
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RD RR1FX03TF 691 0 0
GGATTCTCTCATTTTCCTGCAAAAAAATATCTCAGAAGAAGATGGCTTCACTTACTTCTA
TTGCCACCCCTTATCGCAGCTCAAGCTATCCATCTTCGTCGCAAGCTTTACGTGTCAAAC
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CGCTTCTGACTATTCTAAGCGCTGCAACGAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATT
GGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACTGGAGAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAG
CTCTGCGGTTACAGAAGGAGAACAACTTTGTGATTCTTGATGTTAGACCAGAGGCTGAAT
ACAAGGAGGGTCATCCTCCGGGAGCTATCAATGTGGAGATGTACAGGCTGATACGAGAAT
GGACGCCATGGGACATAGCTCGTCGTCTTGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCCGGCA
CAGAAGAGAATCCAGAGTTTATCCAAAGTGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGCAAAGA
TAATAGTAGCTTGTTCATCCGCAGGGACTATGAAGCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGCC
AACAATCCAGGTCTCTCATAGCTGCTTATGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTAT
TTCACCTTGAATGTGGAATCTACACATGGAG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1D905TF 710 0 0
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AAAAAAATATCTCAGAAGAAGATGGCTTCACTTACTTCTATTGCCACCCCTTATCGCAGC
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TCAGCTGGAGTTAGATCCCCTGCTTCTTCTTCTTCATCATCGCTTCTGACTATTCGAAGC
GCTGCAACGAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTT
CTACTGGAGAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAGCTCTGCGGTTACAGAAGGAG
AACAACTTTGTGATTCTTGATGTTAGACCAGAGGCTGAGTACAAGGAGGGTCATCCTCCG
GGAGCTATCAATGTGGAGATGTACAGGCTGATACGAGAATGGACGCCATGGGACATAGCT
CGTCGTCTTGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCCGGCACAGAAGAGAATCCAGAGTTT
ATCCAAAGTGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGCAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATCC
GCAGGGACTATGAAGCCGACTCAGAATTTCCCTGAAGGCCAACAATCCAGGTCTCTCATG
GCTGCTTATGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTATTTCACCTTGAAGGTGGAATC
TACACATGGAGCAAGGA**GCCTTCCTATTGAATCTGA

QA 13 710 13 710
DS 

RD RR1BH07TF 756 0 0
GG
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TCCATCTTCGTCGCAAGCTTTACGTGTCAACCTCACCGGAAACACTCTGTTCTCAGCTGG
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GAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACTGGA
GAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAGCTCTGCGGTTACAGAAGGAGAACAACTT
TGTGATTCTTGATGTTAGACCAGAGGCTGAGTACAAGGAGGGTCATCCTCCGGGAGCTAT
CAATGTGGAGATGTACAGGCTGATACGAGAATGGACGCCATGGGACATAGCTCGTCGTCT
TGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCCGGCACAGAAGAGAATCCAGAGTTTATCCAAAA
TGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGCAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATCCGCAGGGAC
TATGAAGCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGCCAACAATCCAGGTCTCTCATAGCTGCTTA
TGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTATTTCACCTTGAAGGTGGAATCTACACATG
GAGCAAGGAAAGCCTTCCTATTGAATCTGAAGAAGACTAATTTCTCCTCTCAG*TCTTAT
ATCCAGTTTTGTATCTCTGTCGAATTCAG
TAGTG

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR1E138TF 731 0 0
ACTTACTTCTATTGCCACCCCTTATCGCAGCTCAAGCTATCCATCTTCGTCGCAAGCTTT
ACGTGTCAAACTCACCGGAAACACTCTGTTCTCAGCTGGAGTTAGATCCCCTGCTTCTTC
TTCTTCATCATCGCTTCTGACTATTCGAAGCGCTGCAACGAAACCTGACAAACCAGCAGC
TGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACTGGAGAAAAGGGTGAGAAGTGTGGA
CGTGAAGGAAGCTCTGCGGTTACAGAAGGAGAACAACTTTGTGATTCTTGATGTTAGACC
AGAGGCTGAGTACAAGGAGGGTCATCCTCCGGGAGCTATCAATGTGGAGATGTACAGGCT
GATACGAGAATGGACGCCATGGGACATAGCTCGTCGTCTTGGATTTGCATTCTTCGGTAT
CTTCTCCGGCACAGAAGAGAATCCAGAGTTTATCCAAAGTGTAGAGGCTAAACTTGACAA
AGAGGCAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATCCGCAGGGACTATGAAGCCGACTCAGAATCT
CCCTGAAGGCCAACAATCCAGGTCTCTCATAGCTGCTTATGTTCTGGTCCTGAACGGCTA
TAAGAACGTATTTCACCTTGAAGGTGGAATCTACACATGGAGCAAGGAAAGCCTTCCTAT
TGAATCTGAAGAAGACTAACTTCTCCTCTCAG*TCTTATATCCAGTTTTGTATCTCTGTC
GAATTCAG
TAG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1BH07JQ 848 0 0
GG
ATCTCAGAAGAAGATGGCTTCACTTACTTCTATTGCCACCCCTTATCGCAGCTCAAGCTA
TCCATCTTCGTCGCAAGCTTTACGTGTCAACCTCACCGGAAACACTCTGTTCTCAGCTGG
AGTTAGATCCCCTGCTTCTTCTTCTTCATCATCGCTTCTGACTATTCGAAGCGCTGCAAC
GAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACTGGA
GAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAGCTCTGCGGTTACAGAAGGAGAACAACTT
TGTGATTCTTGATGTTAGACCAGAGGCTGAGTACAAGGAGGGTCATCCTCCGGGAGCTAT
CAATGTGGAGATGTACAGGCTGATACGAGAATGGACGCCATGGGACATAGCTCGTCGTCT
TGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCCGGCACAGAAGAGAATCCAGAGTTTATCCAAAA
TGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGCAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATCCGCAGGGAC
TATGAAGCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGCCAACAATCCAGGTCTCTCATAGCTGCTTA
TGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTATTTCACCTTGAAGGTGGAATCTACACATG
GAGCAAGGAAGGCCTTCCTATTGAATCTGAAGAAGACTAATTTCTCCTCTCAGGTCTTAT
ATCCAGTTTTGTATCTCTGTCGAATTCAGGTAGTGGCATTTAGAGGTTTTGGCTTTTCCA
GAATGTGTTTTAAAAGTTTGTAAAACTTCAGACATTTACCAATGAAAAGCAAACCAGAAT
CCAGAC

QA 3 848 3 848
DS 

RD RR1E138JQ 709 0 0
TCGCTTCTGACTATTCGAAGCGCTGCAACGAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGAT
TGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACTGGAGAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAA
GCTCTGCGGTTACAGAAGGAGAACAACTTTGTGATTCTTGATGTTAGACCAGAGGCTGAG
TACAAGGAGGGTCATCCTCCGGGAGCTATCAATGTGGAGATGTACAGGCTGATACGAGAA
TGGACGCCATGGGACATAGCTCGTCGTCTTGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCCGGC
ACAGAAGAGAATCCAGAGTTTATCCAAAGTGTAGAGGCTAAACTTGACAAAGAGGCAAAG
ATAATAGTAGCTTGTTCATCCGCAGGGACTATGAAGCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGC
CAACAATCCAGGTCTCTCATAGCTGCTTATGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTA
TTTCACCTTGAAGGTGGAATCTACACATGGAGCAAGGAAGGCCTTCCTATTGAATCTGAA
GAAGACTAACTTCTCCTCTCAGGTCTTATATCCAGTTTTGTATCTCTGTCGAATTCAGGT
AGTGGCATTTAGAGGTTTTGGCTTTTCCAGAATGTGTTTTAAAAGTTTGTAAAACTTCAG
ACATTTACCAATGAAAAGCAAACCAGAATCCAGACAACTTTGATCAATG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1D905JQ 673 0 0
AAACCAGCAGCTGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACTGGAGAAAAGGGTG
AGAAGTGTGGACGTGAAGGAAGCTCTGCGGTTACAGAAGGAGAACAACTTTGTGATTCTT
GATGTTAGACCAGAGGCTGAGTACAAGGAGGGTCATCCTCCGGGAGCTATCAATGTGGAG
ATGTACAGGCTGATACGAGAATGGACGCCATGGGACATAGCTCGTCGTCTTGGATTTGCA
TTCTTCGGTATCTTCTCCGGCACAGAAGAGAATCCAGAGTTTATCCAAAGTGTAGAAGCT
AAACTTGACAAAGAGGCAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATCCGCAGGGACTATGAAGCCG
ACTCAGAATTTCCCTGAAGGCCAACAATCCAGGTCTCTCATGGCTGCTTATGTTCTGGTC
CTGAACGGCTATAAGAACGTATTTCACCTTGAAGGTGGAATCTACACATGGAGCAAGGA*
GGCCTTCCTATTGAATCTGAAGAAGACTAACTTCTCCTCTCAGGTCTTATATCCAGTTTT
GTATCTCTGTCGAATTCAGGTAGTGGCATTTAGAGGTTTTGGCTTTTCCAGAATGTGTTT
TAAAAGTTTGTAAAACTTCAGACATTTACCAATGAAAAGCAAACCAGAATCCAGACAACT
TTGATCAATG
ACC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1FX03JQ 692 0 0
TGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACTGGAGAAAAG
GGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAGCTCTGCGGTTACAGAAGGAGAACAACTTTGTGAT
TCTTGATGTTAGACCAGAGGCTGAATACAAGGAGGGTCATCCTCCGGGAGCTATCAATGT
GGAGATGTACAGGCTGATACGAGAATGGACGCCATGGGACATAGCTCGTCGTCTTGGATT
TGCATTCTTCGGTATCTTCTCCGGCACAGAAGAGAATCCAGAGTTTATCCAAAGTGTAGA
AGCTAAACTTGACAAAGAGGCAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATCCGCAGGGACTATGAA
GCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGCCAACAATCCAGGTCTCTCATAGCTGCTTATGTTCT
GGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTATTTCACCTTGAAGGTGGAATCTACACATGGAGCAA
GGAAGGCCTTCCTATTGAATCTGAAGAAGACTAACTTCTCCTCTCAGGTCTTATATCCAG
TTTTGTATCTCTGTCGAATTCAGGTAGTGGCATTTAGAGGTTTTGGCTTTTCCAGAATGT
GTTTTAAAAGTTTGTAAAACTTCAGACATTTACCAATGAAAAGCAAACCAGAATCCAGAC
AACTTTGATCAATGACCAAACTATTCATTTCC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 8

CO CL653Contig1 805 8 17 U
GGGACTGGAGAAAATATATCTTTCTTCCTGCTTCTTGGTTTTCAACTAGAGTTATCGTTT
GAAATCGGTTTGATTCAGCAGCCATGGCTAACGCGGCATCAGGAATGGCTGTGCATGATG
ATTGCAAGCTCAAATTTTTGGAACTGAAAGCGAAAAGAACTTTCCGTACCATTGTCTACA
AGATTGAGGACAAGCAAGTGGTGGTGGACAAACTCGGTGAGCCAGAACAATCATACGATG
ACTTTGCAGCGAGTCTTCCCGACAACGAATGTCGATATGCCATTTATGACTTCGACTTTG
TCACCGAAGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATCGCATGGTCTCCTGACACTG
CCAAAGTGAGAGACAAGATGATATACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTCAAGAGAGAACTGG
ATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACCGAGATGGGGCTTGATGTTTTCA
AGAGCCGCACCAACTAAAAAGCTAAAACCCCTCCTCCTTGTGAATGGTGGAGGGGCCCTT
GAATAAATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTGTATGCTGTTAACTGTTGTTCCCTCTGAC
GGTTATGAAACTATTAACATCTTCCTTTTATTTGGCTATTGTTATCGTCTTTCGTGTTCT
CTTGATGATCATGTGTTTCATCATCTATGAACTTGTGAGATTGTAGCTGCCTTGCCTTCT
GGCGGTTTGCAATCTTTTGTGTCAGTTTATGTACAACAATACTTTGAAAAATCAGATTGG
AGTTTATTGATTGATGATTGCGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1F134TF U -6
AF RR1GT12TF U 1
AF RR1FP92TF U -6
AF RR1DG50TF U 1
AF RR1DG50JQ C 33
AF RR1FP92JQ C 33
AF RR1F134JQ C 318
AF RR1GT12JQ C 412
BS 1 101 RR1GT12TF
BS 102 102 RR1F134TF
BS 103 359 RR1GT12TF
BS 360 422 RR1FP92TF
BS 423 423 RR1DG50TF
BS 424 488 RR1FP92TF
BS 489 489 RR1DG50TF
BS 490 705 RR1FP92TF
BS 706 718 RR1DG50TF
BS 719 719 RR1FP92JQ
BS 720 756 RR1DG50TF
BS 757 759 RR1FP92JQ
BS 760 773 RR1DG50JQ
BS 774 774 RR1FP92JQ
BS 775 789 RR1DG50JQ
BS 790 801 RR1F134JQ
BS 802 805 RR1GT12JQ

RD RR1F134TF 169 0 0
TTTTTTGCCGACT
GGAGAAAATATATCTTTCTTCCTGCTTCTTGGTTTTCAACTAGAGTTATCGTTTGAAATC
GGTTTGATTCAGCAGCCATGGCTAACGCGGCATCAGGAATGGCTGTGCATGATGATTGCA
AGCTCAAATTTTTGGAACTGAAAGCGAAAAGAACTT

QA 14 169 14 169
DS 

RD RR1GT12TF 359 0 0
GGGACTGGAGAAAATATATCTTTCTTCCTGCTTCTTGGTTTTCAACTAGAGTTATCGTTT
GAAATCGGTTTGATTCAGCAGCCATGGCTAACGCGGCATCATGAATGGCTGTGCATGATG
ATTGCAAGCTCAAATTTTTGGAACTGAAAGCGAAAAGAACTTTCCGTACCATTGTCTACA
AGATTGAGGACAAGCAAGTGGTGGTGGACAAACTCGGTGAGCCAGAACAATCATACGATG
ACTTTGCAGCGAGTCTTCCCGACAACGAATGTCGATATGCCATTTATGACTTCGACTTTG
TCACCGAAGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATCGCATGGTCTCCTGACACT

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR1FP92TF 712 0 0
TTTTTTGCCGACT
GGAGAAAATATATCTTTCTTCCTGCTTCTTGGTTTTCAACTAGAGTTATCGTTTGAAATC
GGTTTGATTCAGCAGCCATGGCTAACGCGGCATCAGGAATGGCTGTGCATGATGATTGCA
AGCTCAAATTTTTGGAACTGAAAGCGAAAAGAACTTTCCGTACCATTGTCTACAAGATTG
AGGACAAGCAAGTGGTGGTGGACAAACTCGGTGAGCCAGAACAATCATACGATGACTTTG
CAGCGAGTCTTCCCGACAACGAATGTCGATATGCCATTTATGACTTCGACTTTGTCACCG
AAGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATCGCATGGTCTCCTGACACTGCCAAAG
TGAGAGACAAGATGATATACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTCAAGAGAGAACTGGATTGGA
TTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACCGAGATGGGGCTTGATGTTTTCAAGAGCC
GCGCCAACTAAAAAGCTAAAACCCCTCCTCCTTGTGAATGGTGGAGGGGCCCTTGAATAA
ATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTGTATGCTGTTAACTGTTGTTCCCTCTGACGGTTAT
GAAACTATTAACATCTTCCTTTTATTTGGCTATTGTTATCGTCTTTCGTGTTCTCTTGAT
GATCATGTGTTTCATCATCTATGAACTTGTGAGATTGTA

QA 14 712 14 712
DS 

RD RR1DG50TF 761 0 0
GGGACC
GGAGAAAATATATCTTTCTTCCTGCTTCTTGGTTTTCAACTAGAGTTATCGTCTGAAATC
GGTTTGATTCAGCAGCCATGGCTAACGCGGCATCAGGAATGGCTGTGCATGATGATTGCA
AGCTCAAATTTTTGGAACTGAAAGCGAAAAGAACTTTCCGTACCATTGTCTACAAGATTG
AGGACAAGCAAGTGGTGGTGGACAAACTCGGTGAGCCTGAACAATCATACGATGACTTT*
CAGCGAGTCTTCCCGACAACGAATGCCGATATGCCATTTATGACTTCGACTTTGTCACCG
AAGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATCGCATGGTCTCCCGACACTGCCAAAG
TGAGAGACAAGATGATATACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTCAAGAGAGAACTGGATGGGA
TTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACCGAGATGGGTCTTGATGTTTTCAAGAGCC
GCACCAACTAAAAACCTAAAACCCCTCCTCCTTGTGAATGGTGGAGGGGCCCTTGAATAA
ATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTGTATGCTGTTAACTGTTGTTCCCTCTGACGGTTAT
GAAACTATTAACATCTTCCTTTTATTTGGCTATTGTTATGGTCTTTCGTGTTCTCTTGAT
GATCATGTGTTTCATCATCTATGAACTTGTGAGATTGTAGCTGCCTTGCCTTGTGGCGGT
TTGCAATCTTTTGTGTCAGTTTATGTACAA
TACTT

QA 7 756 7 756
DS 

RD RR1DG50JQ 760 0 0
TCTTGGTTTTCAACTAGAGTTATCGTCTGAAATCGGTTTGATTCAGCAGCCATGGCTAAC
GCGGCATCAGGAATGGCTGTGCATGATGATTGCAAGCTCAAATTTTTGGAACTGAAAGCG
AAAAGAACTTTCCGTACCATTGTCTACAAGATTGAGGACAAGCAAGTGGTGGTGGACAAA
CTCGGTGAGCCTGAACAATCATACGATGACTTT*CAGCGAGTCTTCCCGACAACGAATGC
CGATATGCCATTTATGACTTCGACTTTGTCACCGAAGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATT
TTCTTCATCGCATGGTCTCCCGACACTGCCAAAGTGAGAGACAAGATGATATACGCGAGC
TCTAAGGATAGGTTCAAGAGAGAACTGGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGAT
CCAACCGAGATGGGTCTTGATGTTTTCAAGAGCCGCACCAACTAAAAACCTAAAACCCCT
CCTCCTTGTGAATGGTGGAGGGGCCCTTGAATAAATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTG
TATGCTGTTAACTGTTGTTCCCTCTGACGGTTATGAAACTATTAACATCTTCCTTTTATT
TGGCTATTGTTATGGTCTTTCGTGTTCTCTTGATGATCATGTGTTTCATCATCTATGAAC
TTGTGAGATTGTAGCTGCCTTGCCTTGTGGCGGTTTGCAATCTTTTGTGTCAGTTTATGT
ACAA***TACTTTGAAAAATCTGATTGGAGTTTATTG
GTC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1FP92JQ 761 0 0
TCTTGGTTTTCAACTAGAGTTATCGTTTGAAATCGGTTTGATTCAGCAGCCATGGCTAAC
GCGGCATCAGGAATGGCTGTGCATGATGATTGCAAGCTCAAATTTTTGGAACTGAAAGCG
AAAAGAACTTTCCGTACCATTGTCTACAAGATTGAGGACAAGCAAGTGGTGGTGGACAAA
CTCGGTGAGCCAGAACAATCATACGATGACTTTGCAGCGAGTCTTCCCGACAACGAATGT
CGATATGCCATTTATGACTTCGACTTTGTCACCGAAGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATT
TTCTTCATCGCATGGTCTCCTGACACTGCCAAAGTGAGAGACAAGATGATATACGCGAGC
TCTAAGGATAGGTTCAAGAGAGAACTGGATTGGATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGAT
CCAACCGAGATGGGGCTTGATGTTTTCAAGAGCCGCGCCAACTAAAAAGCTAAAACCCCT
CCTCCTTGTGAATGGTGGAGGGGCCCTTGAATAAATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTG
TATGCTGTTAACTGTTGTTCCCTCTGACGGTTATGAAACTATTAACATCTTCCTTTTATT
TGGCTATTGTTATCGTCTTTCGTGTTCTCTTGATGATCATGTGTTTCATCATCTATGAAC
TTGTGAGATTGTAGCTGCCTTGCCTTCTGGCGGTTTGCAATCTTTTGTGTCAGTTTATGT
ACAACAATACTTTGAAAAATCAGATTGGAGTTTATTG
ATTG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1F134JQ 484 0 0
CAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATCGCATGGTCTCCTGACACTGCCAAAGTGAGAGACAAG
ATGATATACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTCAAGAGAGAACTGGATGGGATTCAAGTGGAG
CTTCAAGCAACCGATCCAACCGAGATGGGGCTTGATGTTTTCAAGAGCCGCACCAACTAA
AAAGCTAAAACCCCTCCTCCTTGTGAATGGTGGAGGGGCCCTTGAATAAATTTGTTTCTG
GAGTGAATTTATGTGTATGCTGTTAACTGTTGTTCCCTCTGACGGTTATGAAACTATTAA
CATCTTCCTTTTATTTGGCTATTGTTATCGTCTTTCGTGTTCTCTTGATGATCATGTGTT
TCATCATCTATGAACTTGTGAGATTGTAGCTGCCTTGCCTTCTGGCGGTTTGCAATCTTT
TGTGTCAGTTTATGTACAACAATACTTTGAAAAATCAGATTGGAGTTTATTGATTGATGA
TTGC

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR1GT12JQ 394 0 0
GAGAACTGGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACCGAGATGGGGCTTG
ATGTTTTCAAGAGCCGCACCAACTAAAAGGCTAAAACCCCTCCTCCTTGTGAATAGTGGA
GGGGCCCTTGAATAAATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTGTATGCTGTTAACTGTTGTT
CCCTCTGACGGCTATGAAACTATTAACATCTTCCTTTTATTTGGCTATTGTTATCGTCTT
TCGTGTTCTCTTGATGATCATGTGTTTCATCATCTATGAACTTGTGAGATTGTAGCTGCC
TTGCCTTCTGGCGGTTTGCAATCTTTTGTGTCAGTTTATGTACAACAATACTTTGAAAAA
TCAGATTGGAGTTTATTGATTGATGATTGCGACC

QA 1 394 1 394
DS 



AS 2 7

CO CL654Contig1 1461 3 15 U
ATAAGTAAATAATCACAAATAATAGTATAGATAAGATGGACTATGCGAAAACCAATAATA
TGTACTTCTCCTAGCAAATGATTCGATCACCGAAACCAACTTTATTGTGTGATAAAAGAA
AATAATTGCATACTTTAAGAAAAGAAAATCAAGTGTGCCCGACTGGTTTTGTACCACAAC
TCTACCAGAAATACTGCGTCGTTTAAAGAAAACACATTAAACAACACAACCTTATTCTTC
GTAAAATTTGACCAAAAGTTGGTTACTTTCCTGTCCCACTCCATGCCCACTTTCTATGCT
TAGTTTTTGTTTTCTCTTTGCCTAACCCCAAAAGTAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACG
TTATCACGGTTTCGAAACAAATACAGCCTCTTTAACGGCGCTAGAGGACGATCCCTCAGG
CACGCCGTTACCATTTAACTTCACCTTAGTCGTTGACTGTACGGTCATGCCGGAAAGACT
GGGAGAAGAAGGACGACCTCCCACGCCGGCAGCTCCTGGGATCAAAGGGTTGCGCGAATG
ACACGTGGCGGTTGAGATGGCTGTGGCTAAAGAGATAGGCATTAGACAAAGACCTTTGCC
TTGAAGGTATTGCATCGCCGAGCCCATGTCTTCTTCCATCAGCTTCGCCACTTGATGCTC
CGTCATCGTCAAGCTGTCGTTGGAGTTTCCGGTCGCCTGATTACCACCCGCGACGGCAGA
GGATGCATTCCCGTGGGACCCACCCTCCTCAGAGATTTGAGAAGGAACGGAAGCACCACC
ACCCAATCTGCTCATGCTCAGTACCTTGACTTGGAGTTGTAAGAACTTGACATAATCTAT
AATCTCATCGAGCATCGATGCCTTGTCTGTCTTATTGCCATTAGGAACGAGTTCTTGAGG
ACCTTTCATTCTCTCCGCAATTCTCTCACGTCGTAACCGTTCGGCAATACTGTGAGGATC
AGTTGCTTGGCCTCTCCTAGCTCTGACTTTAGTCCTACTCTGCGGTGGAGCCGCCGCCGT
ACGGCCAGTAGCTATAGACGCACTCACCTGCGGTTGTTGCGTTTGCGTTAGGGCTTGTCC
TTGTTGATTCATCAATCCACCTGCCGATCCCTGAGGGATGTTGAAAGGAAGACACCCGCC
GGCGGAGAAGCCATTGTAAAGAGCGTGGACGGAGGAGCCATCAACGACCTCGTTTTGATG
ATGAGACGATAAAGGCATCATCGTGATCTGTTGATGCCTCGAGTCGACGAAGCCATCAGA
GAACGGAGGAGGCGGATGATGAGCTTCGTCGGAGGGCCAAGGGGAGGAAGCAAAGATTTG
GTCGAGGAAATCTTCATGGTCAAAGGTAGTGGCTGGAGTTTGGACATGGGAAGAAGAGGA
AGGAGTTAGAAGAGAAGAGTTCATCATCTTCCACACTTTTTCTTGGGAGGAGGGAGTTGG
AAATGTTGATGTTCGGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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TGC

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A
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A

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DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1DF11TF U 68
AF RR1FR06TF U 1
AF RR1FR06JQ C 551
AF RR1DF11JQ C 836
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BS 395 502 RR1FR06TF
BS 503 503 RR1DF11TF
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BS 755 1027 RR1FR06JQ
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BS 1029 1305 RR1FR06JQ
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AACTCCTTCCTCCGAAGAAAAAGTGTGGAAGATGATGGACTCCCTTCTAACTCCTTCATC
TTCTTCCCATATGCAAACTCAGGCGACTACTTTCGACCACGAAGACTTCCTAAACCACAT
CTTTGCCTCCGCTCCATGGCCCTCAGTCGACGAAACTCATGCTCCTCAGCCTCCTCCGTC
TGATGGCTTCGTGGACTCGAGGAATCAACAGATCATGATGATGCCTTTAACATCTCATCA
ACAAAACGACAACGTTGATGGCTCCTCCACCCATGATATTTACAATGGCTTCTCCGCAGC
CGGATCTCTTCCTTTCCACATCCCTCAGTGGTCGGGAGGTGGACCGATACACCAACAAGG
CCAAACGCAAAGGCAACCACAACAGCAAGCGAGTGCGTCTACAGATACTGGTGGTACTGC
GGCGTCTCCGTCCCAGAGTAGGACTAAAGTCCGTGCTAG*AGAGGTCAAGCTACTGATCC
TCACAGTATCGCCGA
GAGGT

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1FR06TF 754 0 0
GGAAACACGAAAATTTTCGTGTCTATATCAGATTTTTCTACTAGTGAGCCCAACCTCTCA
CATTTCCAACTCCTTCCTCCGAAGAAAAAGTGTGGAAGATGATGGACTCCCTTCTAACTC
CTTCATCTTCTTCCCATATGCAAACTCAGGCGACTACTTTCGACCACGAAGACTTCCTAA
ACCACATCTTTGCCTCCGCTCCATGGCCCTCAGTCGACGAAACTCATGCTCCTCAGCCTC
CTCCGTCTGATGGCTTCGTGGACTCGAGGAATCAACAGATCATGATGATGCCTTTAACAT
CTCATCAACAAAACGACAACGTTGATGGCTCCTCCACACATGATATTTACAATGGCTTCT
CCGCAGCCGGATCTCTTCCTTTCCACATCCCTCGGTGGTCGGGAGGTGGACCGATACACC
AACAAGGCCAAACGCAAAGGCAACCACAACAGCAAGCGAGTGCGTCTACAGATACTGGTG
GTACTGCGGCGTCTCCGTCCCATAGTAGGACTAAAGTCCGTGCTAGGAGAGGTCAAGCTA
CTGACCCTCACAGTATCGCCGAGAGGTTACGGAGAGAGAGAATTGCGGAGAGAATGAAAG
CTCTTCAAGAACTTGTACCTAACGGCAATAAGACAGACAAGGCATCGATGCTAGATGAGA
TTATAGATTATGTCAAGTTCTTACAACTCCAAGTCAAGGTACTGAGCATGAGCAGATTAG
GTGGTGCTGCTTCCGTTTCTTCTCAAATCTCTGA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1FR06JQ 755 0 0
CAGTATCGCCGAGAGGTTACGGAGAGAGAGAATTGCGGAGAGAATGAAAGCTCTTCAAGA
ACTTGTACCTAACGGCAATAAGACAGACAAGGCATCGATGCTAGATGAGATTATAGATTA
TGTCAAGTTCTTACAACTCCAAGTCAAGGTACTGAGCATGAGCAGATTAGGTGGTGCTGC
TTCCGTTTCTTCTCAAATCTCTGAGGCAGGGTCCCACGGGAACGCATCATCCGCTCTCGC
CGGGGCTAACCATCCTACCGGAAGCTCCGACGACGGCATGACGATGACGGAGCATCAAGT
GGCGAAGCTATTGGAAGAAGACATGGGCTCGGCGATGCAATACCTTCAAGGAAAAGGTCT
TTGTCTCATGCCTATATCTTTAGCCACCGCCATCTCAACCGCCACGAACCACACGCGTAA
CTCTTTGATCCCTGGAGCTGCCGACGTCGGAGGTCGTCCTTCTTCTTCCAATCTATC*GG
CAAGACCTTACAGTCGATGAACACTTTGAAGTTAAATAGCAACGGTAACGGCATGGCTGA
GGGATCCTCTTCTGTCGCCGTCCAAGAGGCTGTATCCGTTTCGAAGCCGTGATAACAACC
ATTATCTCTTTACTTGTGGGGTTATGCAAAGAGATACCAAAACAAAACATAAAAAGTGGC
TGTGTTTGATGTCTACTCTCTCAACGCCGCCACATTTATTGTAGAGTTTTGGTTCTTTTA
CTCTTGCTACTACAAAACCACATAACATTTTCCCC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1DF11JQ 473 0 0
GACGGAGCATCAAGTGGCGAAGCTATTGGAAGAAGACATGGGCTCGGCGATGCGATACCT
TCAAGGAAAAGGTCTTTGTCTCATGCCTATATCTTTAGCCACTGCCATCTCAACCGCCAC
GAACCACACGCGTAACTCTTTGATCCCTGGAGCTGCCGACGTCGGAGGTCGTCCTTCTTC
TTCCAATCTATCCGGCAAGACCTTACAGTCGATGAACACTTTGAAGTTAAATAGCAACGG
TAACGGCATGGCTGAGGGATCCTCTTCTGTCGCCGTCCAAGAGGCTGTATCCGTTTCGAA
GCCGTGATAACAACCATTATCTCTTTACTTGTGGGGTTATGCAAAGAGATACCAAAACAA
AACATAAAAAGTGGCTGTGTTTGATGTCTACTCTCTCAACGCCGCCACATTTATTGTAGA
GTTTTGGTTCTTTTACTCTTGCTACTACAAAACCACATAACATTTTCCCCTTT

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 7

CO CL655Contig1 897 7 3 U
GGGAACAAAGACTGGTTGTTGGTTCAGTCACATTTCCTCTCTCTCAGCATTCGCGAGCAA
TTCATTTCACACGTACACAAAGGCTTCTCAGATTTCAATATCCGTTTCTCTGAGTTGTAG
TAATGGGTTCTGAAGGACCAACGGCAGTGACAATTAACATCACAGGCTTCAAGAAGTTCC
ATGGAGTTGCTGAAAACCCTACGGAGAAAATAGCTAGCAACCTGAAAGAATATTTAGCTA
AGAATCCCCAGTCGAAAGACGTTGTTCTTGGAAGCTGTACCGTGCTTGAGACCGCTGGTC
AAGGAGCTCTCGCTTCTCTTTATCAGTTACTACAGTCCTCAATCAACACGAAAGAATCAG
AGTCAGTGAGCTGTGGAAAAACCATATGGGTTCATTTGGGAGTTAACAGTGGCGCTACGA
AATTCGCAATTGAGCAACAAGCTGTGAATGAAGCGACGTTCCGTTGCCCTGATGAAATGG
GTTGGAAACCTCAGCATTTGCCTATTGTTCCCTCTGATGGTCCAATCTCAACTGTAAGAA
AGACTACTCTTCCTGTTGAAGAGATAACGAAGGCCTTAGAGAAGAAGGGCTTTGAGGTGA
TAACTTCAGATGATGCCGGTCGTTTTGTGTGCAACTACGTCTATTACCACTCACTGAGAT
TTGCAGAACAGAACAAGACCTATTCACTCTTTGTTCACGTTCCTCTTTTCGTTGCTGTGG
ACGAGGAGACTCAGATGAGATTCACGGCTTCTCTCCTGGAGGTACTCACATCTGTTTGCA
AGTAATGTTGTCCTAAAATGTGGCTGATTCTTGTTCATGAATTGAGCCTATCATGAACCG
ATTTGTCTTGCCACCAATTATCGCCTATCAATAAATATGAAATATAAGTTCACTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV64TF U 43
AF RR1H820TF U 1
AF RR1BJ69TF U 19
AF RR1BZ36TF U 28
AF RR1BJ69JQ C 56
AF RR1BZ36JQ C 143
AF RR1DV64JQ C 296
BS 1 667 RR1H820TF
BS 668 764 RR1BJ69TF
BS 765 897 RR1BJ69JQ

RD RR1DV64TF 567 0 0
GGG
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TTCTCTGAGTTGTAGTAATGGGTTCTGAAGGACCAACGGCAGTGACAATTAACATCACAG
GCTTCAAGAAGTTCCATGGAGTTGCTGAAAACCCTACGGAGGAAATAGCTAGCAACCTGA
AAGAATATTTAGCTAAGAATCCCCAGTCGAAAGACGTTGTTCTTGGAAGCTGTACCGTGC
TTGAGACCGCTGGTCAAGGAGCTCTCGCTTCTCTTTATCAGTTACTACAGTCCTCAATCA
ACACGAAAGAATCAGAGTCAGTGAGCTGTGGAAAAACCATATGGGTTCATTTGGGAGTTA
ACAGTGGCGCTACGAAATTCGCAATTGAGCAACAAGCTGTGAATGAAGCGACGTTCCGTT
GCCCTGATGAAATGGGTTGGAAACCTCAGCATTTGCCTATTGTTCCCTCTGATGGTCCAA
TCTCAACTGTAAGAAAGACTACTCTTCCTGTTGAAGAGATAACGAAGGCCTTAGAGAATA
AGGGCTTTGAGGTGATAACTTCAG

QA 4 567 4 567
DS 

RD RR1H820TF 671 0 0
GGGAACAAAGACTGGTTGTTGGTTCAGTCACATTTCCTCTCTCTCAGCATTCGCGAGCAA
TTCATTTCACACGTACACAAAGGCTTCTCAGATTTCAATATCCGTTTCTCTGAGTTGTAG
TAATGGGTTCTGAAGGACCAACGGCAGTGACAATTAACATCACAGGCTTCAAGAAGTTCC
ATGGAGTTGCTGAAAACCCTACGGAGAAAATAGCTAGCAACCTGAAAGAATATTTAGCTA
AGAATCCCCAGTCGAAAGACGTTGTTCTTGGAAGCTGTACCGTGCTTGAGACCGCTGGTC
AAGGAGCTCTCGCTTCTCTTTATCAGTTACTACAGTCCTCAATCAACACGAAAGAATCAG
AGTCAGTGAGCTGTGGAAAAACCATATGGGTTCATTTGGGAGTTAACAGTGGCGCTACGA
AATTCGCAATTGAGCAACAAGCTGTGAATGAAGCGACGTTCCGTTGCCCTGATGAAATGG
GTTGGAAACCTCAGCATTTGCCTATTGTTCCCTCTGATGGTCCAATCTCAACTGTAAGAA
AGACTACTCTTCCTGTTGAAGAGATAACGAAGGCCTTAGAGAAGAAGGGCTTTGAGGTGA
TAACTTCAGATGATGCCGGTCGTTTTGTGTGCAACTACGTCTATTACCACTCACTGAGAT
TTGCAGA
CAGA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1BJ69TF 746 0 0
GG
GGTTCAGTCACATTTCCTCTCTCTCAGCATTCGCGAGCAATTCATTTCACACGTACACAA
AGGCTTCTCAGATTTCAATATCCGTTTCTCTGAGTTGTAGTAATGGGTTCTGAAGGACCA
ACGGCAGTGACAATTAACATCACAGGCTTCAAGAAGTTCCATGGAGTTGCTGAAAACCCT
ACGGAGAAAATAGCTAGCAACCTGAAAGAATATTTAGCTAAGAATCCCCAGTCGAAAGAC
GTTGTTCTTGGAAGCTGTACCGTGCTTGAGACCGCTGGTCAAG*AGCTCTCGCTTCTCTT
TATCAGTTACTACAGTCCTCAATCAACACGAAAGAATCAGAGTCAGTGAGCTGTGGAAAA
ACCATATGGGTTCATTTGGGAGTTAACAGTGGCGCCACGAAATTCGCAATTGAGCAACAA
GCTGTGAATGAAGCGACGTTCCGTTGCCCTGATGAAATGGGTTGGAAACCTCAGCATTTG
CCTATTGTTCCCTCTGATGGTCCAACCTCAACTGTAAGAAAGACTACTCTTCCTGTTGAA
GAGATAACGAAGGCCTTAGAGAAGAAGGGCTTTGAGGTGATAACTTCAGATGATGCCGGT
CGTTTTGTGTGCAACTACGTCTATTACCACTCACTGAGATTTGCAGAACAGAACAAGACC
TATTCACTCTTTGTTCACGTTCCTCTTTTCGTTGCTGTGGACGAGGAGACTCAGATGAGA
TTCACGGCTTCTCTCCTGGAGGTA

QA 3 746 3 746
DS 

RD RR1BZ36TF 704 0 0
GG
ACATTTCCTCTCTCTCAGCATTCGCGAGCAATTCATTTCACACGTACACAAAGGCTTCTC
AGATTTCAATATCTGTTTCTCTGAGTTGTAGTAATGGGTTCTGAAGGACCAACGGCAGTG
ACAATTAACATCACAGGCTTCAAGAAGTTCCATGGAGTTGCTGAAAACCCTACGGAGAAA
ATAGCTAGCAACCTGAAAGAATATTTAGCTAAGAATCCCCAGTCGAAAGACGTTGTTCTT
GGAAGCTGTACCGTGCTTGAGACCGCTGGTCAAGGAGCTCTCGCTTCTCTTTATCAGTTA
CTACAGTCCTCAATCAACACGAAAGAATCAGAGTCAGTGAGCTGTGGAAAAACCATATGG
GTTCATTTGGGAGTTAACAGTGGCGCTACGAAATTCGCAATTGAGCAACAAGCTGTGAAT
GAAGCGACGTTCCGTTGCCCTGATGAAATGGGTTGGAAACCTCAGCATTTGCCTATTGTT
CCCTCTGATGGTCCAATCTCAACTGTAAGAAAGACTACTCTTCCTGTTGAAGAGATAACG
AAGGCCTTAGAGAAGAAGGGCTTTGAGGTGATAACTTCAGATGATGCCGGTCGTTTTGT*
TGCAACTACGTCTATTACCACTCACTGAGATTTGCAGAACAGAACAAGACCTATTCACTC
TTTGTTCACTTTCCTCTTTTCGTTGCTGTGGACGAG
AGACTC

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1BJ69JQ 842 0 0
AGCAATTCATTTCACACGTACACAAAGGCTTCTCAGATTTCAATATCCGTTTCTCTGAGT
TGTAGTAATGGGTTCTGAAGGACCAACGGCAGTGACAATTAACATCACAGGCTTCAAGAA
GTTCCATGGAGTTGCTGAAAACCCTACGGAGAAAATAGCTAGCAACCTGAAAGAATATTT
AGCTAAGAATCCCCAGTCGAAAGACGTTGTTCTTGGAAGCTGTACCGTGCTTGAGACCGC
TGGTCAAG*AGCTCTCGCTTCTCTTTATCAGTTACTACAGTCCTCAATCAACACGAAAGA
ATCAGAGTCAGTGAGCTGTGGAAAAACCATATGGGTTCATTTGGGAGTTAACAGTGGCGC
CACGAAATTCGCAATTGAGCAACAAGCTGTGAATGAAGCGACGTTCCGTTGCCCTGATGA
AATGGGTTGGAAACCTCAGCATTTGCCTATTGTTCCCTCTGATGGTCCAACCTCAACTGT
AAGAAAGACTACTCTTCCTGTTGAAGAGATAACGAAGGCCTTAGAGAAGAAGGGCTTTGA
GGTGATAACTTCAGATGATGCCGGTCGTTTTGTGTGCAACTACGTCTATTACCACTCACT
GAGATTTGCAGAACAGAACAAGACCTATTCACTCTTTGTTCACGTTCCTCTTTTCGTTGC
TGTGGACGAGGAGACTCAGATGAGATTCACGGCTTCTCTCCTGGAGGTACTCACATCTGT
TTGCAAGTAATGTTGTCCTAAAATGTGGCTGATTCTTGTTCATGAATTGAGCCTATCATG
AACCGATTTGTCTTGCCACCAATTATCGCCTATCAATAAATATGAAATATAAGTTCACTT
CC

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR1BZ36JQ 749 0 0
GGCAGTGACAATTAACATCACAGGCTTCAAGAAGTTCCATGGAGTTGCTGAAAACCCTAC
GGAGAAAATAGCTAGCAACCTGAAAGAATATTTAGCTAAGAATCCCCAGTCGAAAGACGT
TGTTCTTGGAAGCTGTACCGTGCTTGAGACCGCTGGTCAAGGAGCTCTCGCTTCTCTTTA
TCAGTTACTACAGTCCTCAATCAACACGAAAGAATCAGAGTCAGTGAGCTGTGGAAAAAC
CATATGGGTTCATTTGGGAGTTAACAGTGGCGCTACGAAATTCGCAATTGAGCAACAAGC
TGTGAATGAAGCGACGTTCCGTTGCCCTGATGAAATGGGTTGGAAACCTCAGCATTTGCC
TATTGTTCCCTCTGATGGTCCAATCTCAACTGTAAGAAAGACTACTCTTCCTGTTGAAGA
GATAACGAAGGCCTTAGAGAAGAAGGGCTTTGAGGTGATAACTTCAGATGATGCCGGTCG
TTTTGT*TGCAACTACGTCTATTACCACTCACTGAGATTTGCAGAACAGAACAAGACCTA
TTCACTCTTTGTTCACTTTCCTCTTTTCGTTGCTGTGGACGAGGAGACTCAGATGAGATT
CACGGCTTCTCTCCTGGAGGTACTCACATCTGTTTGCAAGTAATGTTGTCCTAAAATGTG
GCTGATTCTTGTTCATGAATTGAGCCTATCATGAACCGATTTGTCTTGCCACCAATTATC
GCCTATCAATAAATATGAAATATAAGT
TC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1DV64JQ 596 0 0
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TACGAAATTCGCAATTGAGCAACAAGCTGTGAATGAAGCGACGTTCCGTTGCCCTGATGA
AATGGGTTGGAAACCTCAGCATTTGCCTATTGTTCCCTCTGATGGTCCAATCTCAACTGT
AAGAAAGACTACTCTTCCTGTTGAAGAGATAACGAAGGCCTTAGAGAATAAGGGCTTTGA
GGTGATAACTTCAGATGATGCCGGTCGTTTTGTGTGCAACTACGTCTATTACCACTCACT
GAGATTTGCAGAACAGAACAAGACCTATTCACTCTTTGTTCACGTTCCTCTTTTCGTTGC
TGTGGACGAGGAGACTCAGATGAGATTCACGGCTTCTCTCCTGGAGGTACTCACATCTGT
TTGCAAGTAATGTTGTCCTAAAATGTGGCTGATTCTTGTTCACGAATTGAGCCTATCATG
AACCGATTTGTCTTGCCACCAATTATCGCCTATCAATAAATATGAAATATAAGT
CC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 7

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GATCAACCCGGCCCACTTTAACCTCTTTGTTGGCCGCGCTACATGTTCTAACGCGGCCAT
CTCACAAAGAAAATATATTAAATTACACACACAAGATTCAAAAGCTTAAAGCTTTGATAG
TAACCAAGAAAGAACCCTAGCTTGCATCACAAGCCACATCTTCATAAAACACGTTAGCTT
CCTATCACTCTACTTTATACAAAAAAAATGGTGAGAAGAAGAGAAAACCTTACGTTATCA
GTCTCAACACCGCCCCTTGGCGAGGCCAAGACGGCAGCAACAACTCCGGTGGGTTTACAG
AAGCCGAAGAAACGGTTATCAAAACAATTATCTATGTTGGAGACACCACGAGACATTGCT
TGGGAAAGAAGAAGACGTCAGATGATAATGATTCAGGAGAAGAAGATGCTTCACAAAGGC
GTTTCAGACAATCTTAGTGAACAGACTAAACTAACTGATGAGGATTTAAACGAGCTTAAA
GGATCCATTGAGTTAGGTTTTGGTTTCAGTGAAGAAGCTGGACAAAAGCTATGCAATACT
TTACCAGCTCTTGATCTTTACTTTGCAGTGAACCGTCAGCTCTCTCCTCTCCCATCACCT
AGCAGCAGCAGCCGTACTAGCAGCGCATCTTCATCAGCTTTCTCGATGAGTATTCCTGGT
AGTCCCAAGAAGACTGATTCAGATTCATTGAAGATAGTATGTCCAGGGGACAATCCTCAA
CAAGTTAAGCAGAGATTGAGACATTGGGCACAAGCAGTTGCATGTTCTGTGATGCAGACT
TATTGATAAAGTGTATATGTGATTGTAAGCTTCAATCACTCAGATTTTCTTTTGAGAGAT
AGGAAGTTCAAGAATCATTTAATCAAGATTCTGAAGACAAGAAAAGCATAAAAAAGATAG
AGAAGAAGATTGTGTATATACTTTTATGCTAAGGGAACAAAAGATGAGAAAACAAAAAAT
GTCTTTTCTTGTTCATAAACTGTATACCCAAAAAAAGAAAAAATTCGGTATGGTCTTGGA
CTTGATAATTATAAAATGAGAAATTCTTCT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G450TF U 1
AF RR1FY80TF U 1
AF RR1A627TF U 3
AF RR1E988TF U 2
AF RR1A627JQ C 495
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AF RR1G450JQ C 517
BS 1 54 RR1FY80TF
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BS 1050 1110 RR1E988JQ

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GGT
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ACAAAGAAAATATATTAAATTACACACACAAGATTCAAAAGCTTAAAGCTTTGATAGTAA
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ATCACTCTACTTTATACAAAAAAAATGGTGAGAAGAAGAGAAAACCTTACGTTATCAGTC
TCAACACCGCCCCTTGGCGAGGCCAAGACGGCAGCAACAACTCCGGTGGGTTTACAG

QA 4 360 4 360
DS 

RD RR1FY80TF 575 0 0
GGTGGTCGGGTTGGGCAAAAGCTAACAAGAAAAGGGCATAAAAAAAGAAAAGACGTATCT
GATCAACCCGGCCCACTTTAACCTCTTTGTTGGCCGCGCTACATGTTCTAACGCGGCCAT
CTCACAAAGAAAATATATTAAATTACACACACAAGATTCAAAAGCTTAAAGCTTTGATAG
TAACCAAGAAAGAACCCTAGCTTGCATCACAAGCCACATCTTCATAAAACACGTTAGCTT
CCTATCACTCTACTTTATACAAAAAAAATGGTGAGAAGAAGAGAAAACCTTACGTTATCA
GTCTCAACACCGCCCCTTGGCGAGGCCAAGACGGCAGCAACAACTCCGGTGGGTTTACAG
AAGCCGAAGAAACGGTTATCAAAACAATTATCTATGTTGGAGACACCACGAGACATTGCT
TGGGAAAGAAGAAGACGTCAGATGATAATGATTCAGGAGAAGAAGATGCTTCACAAAGGC
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QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1A627TF 718 0 0
G
GGTCGGGTTGGGCAAAAGCTAACAAGAAAAGGGCATAAAAAAAGAAAAGACATATCTGAT
CAACCCGGCCCACTTTAACCTCTTTGTTGGCCGCGCTACATGTTCTAACGCGGCCATCTC
ACAAAGAAAATATATTAAATCACACACACAAGATTCAAAAGCTTAAAGCTTTGATAGTAA
CCAAGAAAGAACCCTAGCTTGCATCACAAGCCACATCTTCATAAAACACGTTAGCTTCCT
ATCACTCTACTTTATACAAAAAAAATGGTGAGAAGAAGAGAAAACCTTACGTTATCAGTC
TTAACACCGCCCCTTGGCGAGGCCAAGACGGCAGCAACAACTCCGGTGGGTTTACAGAAG
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AGCAGCAGCCGTACTAGCAGCGCATCTTCATCTGCTTTCTCGATGAGTATTCCTGGT

QA 2 718 2 718
DS 

RD RR1E988TF 744 0 0
GG
GGTCGGGTTGGGCAAAAGCTAATAAGAAAAGGGCATAAAAAAAGAAAAGACATATCTGAT
CAACCCGGCCCACTTTAACCTCTTTGTTGGCCGCGCTTCATGTTCTAACGCGGCCATCTC
ACAAAGAAAATATATTAAATTACACACACAAGATTCAAAAGCTTAAAGCTTTGATAGTAA
CCAAGAAAGAACCCTAGCTTGCATCACAAGCCACATCTTCATAAAACACGTTAGCTTCCT
ATCACTCTACTTTATACAAAAAAAATGGTGAGAAGAAGAGAAAACCTTACGTTATCAGTC
TTAACACCGCCCCTTGGCGAGGCCAAGACGGCAGCAACAACTCCGGTGGGTTTACAGAAG
CCGAAGAAACGGTTATCAAAACAATTATCTATGTTGGAGACACCACGAGACATTGCTTGG
GAAAGAAGAAGACGTCAGATGATAATGATTCAGGAGAAGAAGATGCTTCACAAAGGCGTT
TCAGACAATCTTAGTGAACAGACTAAACTAACTGATGAGGATTTAAACGAGCTTAAAGGA
TCCATTGAGTTAGGTTTTGGTTTCAGTGAAGAAGCTGGACAAAAGCTATGCGATACTTTA
CCAGCTCTTGATCTTTACTTTGCAGTGAACTGTCAGCTCTCTCCTCTCCCATCACCTAGC
AGCAGCAGCCGTACTAGCAGCGCATCTTCATCAGCTTTCTCGATGAGTATTCCTGGTAGT
CCCAAGAAGACTGATTCAGATT

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1A627JQ 555 0 0
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AGGTTTTGGTTTCAGTGAAGAAGCTGGACAAAAGCTATGCAATACTTTACCAGCTCTTGA
TCTTTACTTTGCAGTGAACCGTCAGCTCTCTCCTCTCCCATCACCTAGCAGCAGCAGCCG
TACTAGCAGCGCATCTTCATCTGCTTTCTCGATGAGTATTCCTGGTAGTCCCAAGAAAAC
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ATTGAGACATTGGGCACAAGCAGTTGCATGTTCTGTGATGCAGACTTATTGATAAAGTGT
ATATGTGATTGTAAGCTTCAATCACTCAGATTTTCTTTTGAGAGATAGGAAGTTCAAGAA
TCATTTAATCAAGATTCTGAAGACAAGAAAAGCATAAAAAAGATAGAGAAGAAGATTGTG
TATATACTTTTATGCTAAGGGAACAAAAGATGAGAAAACAAAAAATGTCTTTTCTTGTTC
ATAAACTGTATACCC

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DS 

RD RR1E988JQ 613 0 0
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TTTTGGTTTCAGTGAAGAAGCTGGACAAAAGCTATGCGATACTTTACCAGCTCTTGATCT
TTACTTTGCAGTGAACTGTCAGCTCTCTCCTCTCCCATCACCTAGCAGCAGCAGCCGTAC
TAGCAGCGCATCTTCATCAGCTTTCTCGATGAGTATTCCTGGTAGTCCCAAGAAGACTGA
TTCAGATTCATTGAAGATAGTATGTCCAGGGGACAATCCTCAACAAGTTAAGCAGAGATT
GAGACATCGGGCACAAGCAGTTGCATGTTCTGTGATGCAGACTTATTGATAAAGTGTATA
TGTGATTGTAAGCTTCAATCACTCAGATTTTCTTTTGAGAGATAGGAAGTTCAAGAATCA
TTTAATCAAGATTCTGAAGACAAGAAAAGCATAAAAAAGATAGAGAAGAAGATTGTGTAT
ATACTTTTATGCTAAGGGAACAAAAGATGAGAAAACAAAAAATGTCTTTTCTTGTTCATA
AACTGTATACCCAAAAAAAGAAAAAATTCGGTATGGTCTTGGACTTGATAATTATAAAAT
GAGAAATTCTTCT

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DS 

RD RR1G450JQ 594 0 0
GATGAGGATTTAAACGAGCTTAAAGGATCCATTGAGTTAGGTTTTGGTTTCAGTGAAGAA
GCTGGACAAAAGCTATGCAATACTTTACCAGCTCTTGATCTTTACTTTGCAGTGAACCGT
CAGCTCTCTCCTCTCCCATCACCTAGCAGCAGCAGCCGTACTATCAGCGCATCTTCATCA
GCTTTCTCGATGAGTATTCCTGGTAGTCCCAAGAAAACTGATTCAGATTCATTGAAGATA
GTATGTCCAGGGGACAATCCTCAACAAGTTAAGCAGAGATTGAGACATTGGGCACAAGCA
GTTGCATGTTCTGTGATGCAGACTTATTGATAAAGTGTATATGTGATTGTAAGCTTCAAT
CACTCAGATTTTCTTTTGAGAGATAGGAAGTTCAAGAATCATTTAATCAAGATTCTGAAG
ACAAGAAAAGCATAAAAAAGATAGAGAAGAAGATTGTGTATATACTTTTATGCTAAGGGA
ACAAAAGATGAGAAAACAAAAAATGTCTTTTCTTGTTCATAAACTGTATACCCAAAAAAA
GAAAAAATTCGGTATGGTCTTGGACTTGATAATTATAAAATGAGAAATTCTTCT

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 8

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TGTTTAGAAGACAACTACTCCTATCTGATAATCGATGAGAGCACCGGAGACGCGGCGGTT
GTGGATCCAGTTGAACCGGAGAAGGTGATCCAGTCGGCTGAGCAGCACAGTGCCAAAATC
ACGTTCGTTCTCACCACGCATCATCACTGGGATCATGCTGGTGGAAACGAGAAGATGAAG
CAGTTGGTGCCTGGAATCAAAGTCTATGGAGGTTCTCTTGATAAGGTCAAGGGATGCACT
GATGCGGTCGATAATGGTGACACCTTGTCTTTGGGTCATGATCTCAACATCTTAGCTCTT
CACACCCCTTGTCACACCAAGGGTCACATTAGTTACTATGTCACTGGCAAAGATGGAGAA
AATCCAGCCGTGTTCACTGGAGATACACTTTTCGTTGCTGGCTGTGGGAAGTTTTTCGAA
GGGACAGCTGAACAGATGCATCAGTCCTTGTGTGTGACTCTGGCTTCACTACCTAAACTC
ACCCAGGTTTACTGCGGCCACGAGTACACGGTGAAGAACTTGGAGTTTGCTTTGACTGTG
GAACCAAACAACGAGAAGATACAGCAGAAGCTATCATGGGCCCGTCAACAGCGCCAAGCA
AATCTTCCCACGATCCCTTCAACGCTAGAGGAAGAACTCGAAACAAACCCGTTTATGCGT
GTTACTAATCCTGAGATACAGGAGAAACTTGGTTGCAAATCACCGATCGATACTCTCAGA
GAAATCAGGAACAAGAAGGATCAGTGGAGGGGCTAAGAATCACCGTAGAGCTTCTTGCAT
AAATGCCTTTTCGTGTGCTGTGGTGAGCCTTTGAAAAAGTTTATTATATACTGTGTGAAA
CTGGTAACCGGTTTGTAAAACCAAAACCGGACCGACATGTATGCCGTGTACCCTTCTCTG
TTTCTAGTTTCCTGTGGATAACAATAAATGAATACCGTCTTTGTTGTGTTTGATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 
30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C383TF U 1
AF RR1A622TF U 1
AF RR1GY28TF U 179
AF RR1BF56TF U 21
AF RR1A622JQ C 127
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AF RR1BF56JQ C 335
AF RR1EL27TF U 626
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BS 422 422 RR1BF56TF
BS 423 456 RR1A622TF
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BS 738 877 RR1BF56TF
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BS 975 976 RR1A622JQ
BS 977 1000 RR1EL27TF
BS 1001 1015 RR1BF56JQ

RD RR1C383TF 475 0 0
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TGTTTAGAAGACAACTACTCCTATCTGATAATCGATGAGAGCACCGGAGACGCGGCGGTT
GTGGATCCAGTTGAACCGGAGAAGGTGATCCAGTCGGCTGAGCAGCACAGTGCCAAAATC
AAGTTCGTTCTCACCACGCATCATCACTGGGATCATGCTGGTGGAAACGAGAAGATGAAG
CAGTTGGTGCCTGGAATCAAAGTCTATGGAGGTTCTCTTGATAAGGTCAAGGGATGCACT
GATGCGGTCGATAATGGTGACACCTTGTCTTTGGGTCATGATCTCAACATCTTAGCTCTT
CACACCCCTTGTCACACCAAGGGTCACATTAGTTACTATGTCACTGGCAAAGATGGAGAA
AGTCCAGCCGTGTTCACTGGAGATACACTTTTCGTTGCTGGCTGTGGGAAGTTTT

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR1A622TF 737 0 0
GGGAGGATCATCGAATCGAATCAACCGAAGAAGAAGACGATGAAGATCTTCCATGTTCCT
TGTTTAGAAGACAACTACTCCTATCTGATAATCGATGAGAGCACCGGAGACGCGGCGGTT
GTGGATCCAGTTGAACCGGAGAAGGTGATCCAGTCGGCTGAGCAGCACAGTGCCAAAATC
ACGTTCGTTCTCACCACGCATCATCACTGGGATCATGCTGGTGGAAACGAGAAGATGAAG
CAGTTGGTGCCTGGAATCAAAGTCTATGGAGGTTCTCTTGATAAGGTCAAGGGATGCACT
GATGCGGTCGATAATGGTGACACCTTGTCTTTGGGTCATGATCTCAACATCTTAGCTCTT
CACACCCCTTGTCACACCAAGGGTCACATTAGTTACTATGTCACTGGCAAAGATGGAGAA
AGTCCAGCCGTGTTCACTGGAGATACACTTTTCGTTACTGGCTGTGGGAAGTTTTTCGAA
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ACCCAGGTTTACTGCGGCCACGAGTACACGGTGAAGAACTTGGAGTTTGCTTTGACTGTG
GAACCAAACAACGAGAAGATACAGCAGAAGCTATCATGGGCCCGTCAACAGCGCCAAGCA
AATCTTCCCACGATCCCTTCAACGCTAGAGGAAGAACTCGAAACAAACCCGTTTATGCGT
GTTACTAATCCTGAGAT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1GY28TF 606 0 0
GCAA
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GTTGGTGCCTGGAATCAAAGTCTATGGAGGTTCTCTTGATAAGGTCAAGGGATGCACTGA
TGCGGTCGATAATGGTGACACCTTGTCTTTGGGTCATGATCTCAACATCTTAGCTCTTCA
CACCCCTTGTCACACCAAGGGTCACATTAGTTACTATGTCACTGGCAAAGATGGAGAAAA
TCCAGCCGTGTTCACTGGAGATACACTTTTCGTTGCTGGCTGTGGGAAGTTTTTCGAAGG
GACAGCTGAACAGATGCATCAGTCCTTGTGTGTGACTCTGGCTTCACTACCTAAACTCAC
CCAGGTTTACTGCGGCCACGAGTACACGGTGAAGAACTTGGAGTTTGCTTTGACTGTGGA
ACCAAACAACGAGAAGATACAGCAGAAGCTATCATGGGCCCGTCAACAGCGCCAAGCAAA
TCTTCCCACGATCCCTTCAACGCTCGAGGAAGAACTCGAAACAAACCCGTTTATGCGTGT
TACTAATCCTGAGATACAGGAGAAACTTGGTTGCAAATCACCGATCGATACTCTCAGAGA
AA

QA 5 606 5 606
DS 

RD RR1BF56TF 873 0 0
GG
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ATCTGATAATCGATGAGAGCACCGGAGACGCGGCGGTTGTGGATCCAGTTGAACCGGAGA
AGGTGATTCAGTCGGCTGAGCAGCACAGTGCAAATATCAAGTTCGTTCTCACCACACATC
ATCACTGGGATCATGCTGGTGGAAACGAGAAGATGAAGCAGTTGGTGCCTGGAATCAAAG
TCTATGGAGGTTCTCTTGATAAGGTCAAGGGATGCACTGATGCGGTCGATAATGGTGACA
CCTTGTCTTTGGGTCATGATCTCAACATCTTAGCTCTTCACACCCCTTGTCACACCAAGG
GTCACATTAGTTACTATGTCACTGGCAAAGATGGAGAAAATCCAGCCGTGTTCACTGGAG
ATACACTTTTCGTTGCTGGCTGTGGGAAGTTTTTCGAAGGGACATCTGAACAGATGCATC
AGTCCTTGTGTGTGACTCTGGCTTCACTACCTAAACTCACCCAGGTTTACTGCGGCCACG
AGTACACGGTGAAGAACTTGGAGTTTGCTTTGACTGTGGAACCAAACAACGAGAAGATAC
AGCAGAAGCTATCATGGGCCCGTCAACAGCGCCAAGCAAATCTTCCCACGATCCCTTCAA
CGCTAGAGGAAGAACTCGAAACAAACCCGTTTATGCGTGTTACTAATCCTGAGATACAGG
AGAAACTTGGTTGCAAATCACCGATCGATACTCTCAGAGAAATCAGGAACAAGAAGGATC
AGTGGAGGGGCTAAGAATCACCGTAGAGCTTCTTGCATAAATGCCTTTTCGTGTGCTGTG
GTGAGCCTTTGAAAA*GTTTATTATATACTG

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DS 

RD RR1A622JQ 876 0 0
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GTTCTCACCACGCATCATCACTGGGATCATGCTGGTGGAAACGAGAAGATGAAGCAGTTG
GTGCCTGGAATCAAAGTCTATGGAGGTTCTCTTGATAAGGTCAAGGGATGCACTGATGCG
GTCGATAATGGTGACACCTTGTCTTTGGGTCATGATCTCAACATCTTAGCTCTTCACACC
CCTTGTCACACCAAGGGTCACATTAGTTACTATGTCACTGGCAAAGATGGAGAAAGTCCA
GCCGTGTTCACTGGAGATACACTTTTCGTTACTGGCTGTGGGAAGTTTTTCGAAGGGACA
GCTGAACAGATGCATCAGTCCTTGTGTGTGACTCTGGCTTCACTACCTAAACTCACCCAG
GTTTACTGCGGCCACGAGTACACGGTGAAGAACTTGGAGTTTGCTTTGACTGTGGAACCA
AACAACGAGAAGATACAGCAGAAGCTATCATGGGCCCGTCAACAGCGCCAAGCAAATCTT
CCCACGATCCCTTCAACGCTAGAGGAAGAACTCGAAACAAACCCGTTTATGCGTGTTACT
AATCCTGAGATACAGGAGAAACTTGGTTGCAAATCACCGATCGATACTCTCAGAGAAATC
AGGAACAAGAAGGATCAGTGGAGGGGCTAAGAATCACCGTAGAGCTTCTTGCATAAATGC
CTTTTCGTGTGCTGTGGTGAGCCTTTGAAAAAGTTTATTATATACTGTGTGAAACTGGTA
ACCGGTTTGTAAAACCAAAACCGGACCGACATGTATGCCGTGTACCCTTCTCTGTTTCTA
GTTTCCTGTGGATAACAATAAATGAATACCGTCT
CT

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DS 

RD RR1GY28JQ 681 0 0
TCTTTGGGTCATGATCTCAACATCTTAGCTCTTCACACCCCTTGTCACACCAAGGGTCAC
ATTAGTTACTATGTCACTGGCAAAGATGGAGAAAATCCAGCCGTGTTCACTGGAGATACA
CTTTTCGTTGCTGGCTGTGGGAAGTTTTTCGAAGGGACAGCTGAACAGATGCATCAGTCC
TTGTGTGTGACTCTGGCTTCACTACCTAAACTCACCCAGGTTTACTGCGGCCACGAGTAC
ACGGTGAAGAACTTGGAGTTTGCTTTGACTGTGGAACCAAACAACGAGAAGATACAGCAG
AAGCTATCATGGGCCCGTCAACAGCGCCAAGCAAATCTTCCCACGATCCCTTCAACGCTC
GAGGAAGAACTCGAAACAAACCCGTTTATGCGTGTTACTAATCCTGAGATACAGGAGAAA
CTTGGTTGCAAATCACCGATCGATACTTTCAGAGAAATCAGGAACAAGAAGGATCAGTGG
AGGGGCTAAGAATCACCGTAGAGCTTCTTGCATAAATGCCTTTTCGTGTGCTGTGGTGAG
CCTTTGAAAAAGTTTATTATATACTGTGTGAAACTGGTAACCGGTTTGTAAAACCAAAAC
CGGACCGACATGTATGCCGTGTACCCTTCTCTGTTTCTAGTTTCCTGTGGATAACAATAA
ATGAATACCGTCT
TTGTTGTG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1BF56JQ 681 0 0
GTCATGATCTCAACATCTTAGCTCTTCACACCCCTTGTCACACCAAGGGTCACATTAGTT
ACTATGTCACTGGCAAAGATGGAGAAAATCCAGCCGTGTTCACTGGAGATACACTTTTCG
TTGCTGGCTGTGGGAAGTTTTTCGAAGGGACATCTGAACAGATGCATCAGTCCTTGTGTG
TGACTCTGGCTTCACTACCTAAACTCACCCAGGTTTACTGCGGCCACGAGTACACGGTGA
AGAACTTGGAGTTTGCTTTGACTGTGGAACCAAACAACGAGAAGATACAGCAGAAGCTAT
CATGGGCCCGTCAACAGCGCCAAGCAAATCTTCCCACGATCCCTTCAACGCTAGAGGAAG
AACTCGAAACAAACCCGTTTATGCGTGTTACTAATCCTGAGATACAGGAGAAACTTGGTT
GCAAATCACCGATCGATACTTTCAGAGAAATCAGGAACAAGAAGGATCAGTGGAGGGGCT
AAGAATCACCGTAGAGCTTCTTGCATAAATGCCTTTTCGTGTGCTGTGGTGAGCCTTTGA
AAAAGTTTATTATATACTGTGTGAAACTGGTAACCGGTTTGTAAAACCAAAACCGGACCG
ACATGTATGCCGTGTACCCTTCTCTGTTTCTAGTTTCCTGTGGATAACAATAAATGAATA
CCGTCTTTGTTGTGTTTGATC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1EL27TF 383 0 0
G
GAAGCTATCATGGGCCCGTCAACAGCGCCAAGCAAATCTTCCCACGATCCCTTCAACGCT
AGAGGAAGAACTCGAAACAAACCCGTTTATGCGTGTTACTAATCCTGAGATACAGGAGAA
ACTTGGTTGCAAATCACCGATCGATACTCTCAGAGAAATCAGGAACAAGAAGGATCAGTG
GAGGGGCTAAGAATCACCGTAGAGCTTCTTGCATAAATGCCTTTTCGCGTGCTGTGGTGA
GCCTTTGAAAAAGTTTATTATATACTGTGTGAAACTGGTAACCGGTTTGTAAAACCAAAA
CCGGACCGACATGTATGCCGTGTACCCTTCTCTGTTTCTAGTTTCCTG**GATAACAATA
AATGAATACCGTCT
TTGTTGTG

QA 2 375 2 375
DS 



AS 1 8

CO CL658Contig1 548 8 13 U
GGGACCGAGAAAATTCCAAATACAATTAAATATATAAATACAAAATAATTGAGCTCCTGA
TCGGAGTTTTTTT*ATAAACTATTTATTTATTTAATTTATTTGGAAAATAACAACACAAA
TAATTAACAATAATATGGGGATGTCTAAAACTATTAAAGTTATTTTCTCTCTGGCTCTTG
TGGTGTTCTTGGCTCTAGCAGCAACCAAGATAGAGGCAAGATACATAGATTATAGTGCCC
TTCATCATGGAGATCCCAGTTTCGGTTGTAGTAAACTACACCCTCAATTCTGCAAGAAGC
AAGAAGCCAATCCATATGCGAGAGGTTGTGAGACTGAAGAACGTTGCGACCGTGGCCTGA
AAAAGTGAATCAACCAAGTTAGAGCACCATTTTTTGATTTATTTTTAAAATGGCATCCCC
ATATTAATATCAAAGGATTAATTTCATTCTTTTTTTTT*AATTTTAAACTCTGTTATTGG
TTATATAATTGATTGTTACCATATTAGTAACAATCAATAAAATAATAAAATTTATTATTT
GTTCTTCC


BQ
10 35 45 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 0 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 10 

AF RR1GH58JQ C 3
AF RR1GH58TF U 3
AF RR1FZ14JQ C 1
AF RR1DG12TF U 2
AF RR1BD90TF U 0
AF RR1FZ14TF U 1
AF RR1FM57JQ C 2
AF RR1FM57TF U 2
BS 1 1 RR1FZ14JQ
BS 2 5 RR1DG12TF
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RD RR1GH58JQ 518 0 0
GACCGAGAAAATTCCAAATACAATTAAATATATAAATACAAAATAATTGAGCTCCTTATC
GGAGTTTTTTT*ATAAACTATTTATTTATTTAATTTATTTGGAAAATAACAACACAAATA
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C

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 7

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BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 30 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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C
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DS 

RD RR1CW45JQ 618 0 0
G
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CCTTCAACTGCTGGGCAATTTCATCCAGGTGTATCCCCTGTTGTCTTGCAGTGCAAGCAG
GTTGCTTTAGATAGTCTAGAATCATATCATCCAAGTTCTTGCGCCCATTTCCATCACTGT
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CATCTTGAACAGACTCC

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DS 

RD RR1EP56JQ 737 0 0
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AAACTTTCATTCACCCA

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DS 

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CCGAAATTCTAAACCACTAATAGCAAACATAATGCAGGCTAGAGAATATGGAACTACAAA
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AAGCACATAAGCTAAAGTAATTGCAGAATGATACTAGATGAAAAGAAGATTCAACCGACT
CTTCCCTACTGATGATCAAAGCTCGACATGCTTGAAGTGATACTCATCGATAGTTGAGTA
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CTTTAAATAGTCTAGAATCATATCATCCAAGTTCTTGCGCCCATTTCCATCACTGTTTTG
AGAGGGCATCACAGGGTTCAATGTGGTTGCCTGGTTTGCATTGACGGTATTGGATTGAGT
GGCATCACCAACTTGCTGTCCCAACTGTGATTCAGAGTTCTTGGAATAGAAGTGTATACA
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AAGCTGCTTATTCCCTTGAAAAGTCTTCAAATGACCATTGAGACGCACATAGGTTCCATC
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GCGACCAGTGCCATCATCAAGAGTGAACTTAACTTCAGTGACTTTAGAGATGTCTTTGTC
ACAC

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR1AK13TF 778 0 0
ACA
TCAACTGCTGGGCAATTTCATCCAGGTGTATCCCCTGTTGTCTTGCAGTGCAAGCAGGTT
GCTTTAGATAGTCTAGAATCATATCATCCAAGTTCTTGCGCCCATTTCCATCACTGTTTT
GAGAGGGCATCACAGGGTTCAATGTGGTTGCCTGGTTTGCATTGACGGTATTGGATTGAG
TGGCATCACCAACTTGCTGTCCCAACTGTGATTCAGAGTTCTTGGAATAGAAGTGTATAC
ACTCAATATAGCGAAAGGTCACCTCGTTGAAATCCACAATAGGTCTGACAGAGAAAACAA
GAAGCTGCTTATTCCCTTGAAAAGTCTTCAAATGACCATTGAGACGCACATAGGTTCCAT
CTTGAACAGACTCCATTTCTCTAGCGTCGAAACTTTCATTCACCCATCTTTTACAGTCGA
TGCGACCAGTGCCATCATCAAGAGTGAACTTAACTTCAGTGACTTTAGAGATGTCTTTGT
CACACACTAGCCCAACGAGTGACACGTTTGTAAGTTCGATCCCGTTGATGACGATACCGG
ATTTTTCACCACCGGATTGAGAAGATTCGTTGATTTGCTTCACCGTCACTGAAACTATTC
CCTTAGTAGTGGAGGAGGAGGATGAGGAGGATTCGTAGGGCTGAGTGGGTTGAGAGGACA
TGAATCCGCCGCCGGAGAAAGCGGAATTGGGCTCGAATTGACTGTTTGAAAACATCTTCT
TTCTCAATGGTGGGTGAATGCAAGGGAAGCGATCGGAAAAGCAGAAGATGAGTCC

QA 4 778 4 778
DS 

RD RR1DV11TF 661 0 0
CTG
TTTGAGAGGGCATCACAGGGTTCAATGTGGTTGCCTGGTTTGCATTGACGGTATTGGATT
GAGTGGCATCACCAACTTGCTGTCCCAACTGTGATTCAGAGTTCTTGGAATAGAAATGTA
TACACTCAATATAGTGAAAGGTCACCTCGTTGAAATCCACAATAGGTCTGACAGAGAAAA
CAAGAAGCTGCTTATTCCCTTGAAAAGTCTTCAA*TGACCATTGAGACGCACATAGGTTC
CATCTTGAACAGACTCCATTTCTCTAGCGTCGAAACTTTCATTCACCCATCTTTTACAGT
CGATGCGACCAGTGCCATCATCAAGAGTGAACTTAACTTCAGTGACTTTAGAGATGTCTT
TGTCACACACTAGCCCAACGAGTGACACGTTTGTAAGTTCGATCCCGTTGATGACGATAC
CGGATTTTTCACCACCGGATTGAGAAGATTCGTTGATTTGCTTCACCGTCACTGGAACTA
TTCCCTTAGTAGTGGAGGAGGAGGATGAGGAGGATTCGTAGGGCTGAGTGGGTTGAGAGG
ACATGAATCCGCCGCCGGAGAAAGCGGAATTGGGCTCGAATTGACTGTTTGAAAACATCT
TCTTTCTCGATGGTGGGTGAATGCAAGGGAAGCGATCGGAAAAGCAGAAGATGAGTCC

QA 4 661 4 661
DS 

RD RR1CW45TF 751 0 0
AGGTGTAT
CCCTGTTGTCT*GCAGTGCAAGCAGGTTGCTTTAGATAGTCTAGAATCATATCATCCAAG
TTCTTGCGCCCATTTCCATCACTGTTTTGAGAGGGCATCACAGGGTTCAATGTGGTTGCC
TGGTCTGCATTGACGGTATTGGATTGAGTGGCATCACCAACTTGCTGTCCCAACTGCGAT
TCAGAGTTCCTGGAATAGAAGTGTATACACTCAATATAGTGAAAGGTCACCTCGTTGAAA
TCCACAATAGGTCCGACAGAGAAAACAAGAAGCTGCTTATTCCCTTGAAAAGTCTTCAAA
TGACCATTGAGACGCACATAGGTTCCATCTTGAACAGACTCCATTTCTCTAGCGTCGAAA
CTTTCATTCACCCATCTTTTACAGTCGATGCGACCAGTGCCATCATCAAGAGTGAACTTA
ACTTCAGTGACTTTAGAGATGTCTTTGTCACACACTAGCCCAACGAGTGACACGTTTGTA
AGTTCGATCCCGTTGATGACGATACCGGATTTTTCACCACCGGATTGAGAAGATTCGTTG
ATTTGCTTCACCGTCACTGGAACTATTCCCTTAGTAGTGGAGGAGGAGGATGAGGAGGAT
TCGTAGGGCTGAGTGGGTTGAGAGGACATGAATCCGCCGCCGGAGAAAGCGGAATTGGGC
TCGAATTGACTGTTTGAAAACATCTTCTTTCTCGATGGTGGGTGAATGCAAGGGAAGCGA
TCGGAAAAGCAGAAGATGAGTCC

QA 9 751 9 751
DS 



AS 1 8

CO CL660Contig1 834 8 5 U
TTTTTTTTTATTCGAAAAATTCAGACAAAAGCAGAAGAAGCAAAGTTCTTCTGTCTGTGT
CTGATTCTACGCCTGTCTCCACGACCATGACCAGCTCTTCATCTCCTTCACGCAAGGCGT
TAAGCAAGATCGCGTGTAATAGGCTACAGAAAGAGTTATCAGAGTGGCAAGTCAATCCTC
CCACTGGGTTTAAGCACAAAGTTACCGATAATCTCCAAAAATGGATAATAGAGGTAACAG
GAGCACCAGGTACGCTCTATGCGAATGAAACTTACAAGCTTCAGGTTGATTTTCCTGAAC
ACTACCCCATGGAATCTCCTCAGGTAGTTTTTGTTCCACCGGCACCGCTACATCCGCATA
TCTACAGCAATGGACATATTTGTTTAGATATTCTGTATGACTCGTGGTCTCCAGCCATGA
CGGTTAGTTCAGTATGCATCAGCATTCTCTCCATGCTATCGAGTTCACCGGAAAAGCAAC
GTCCGGCTGATAATGACCGATATGTAAAGAACTGCAAGAACGGGAGGTCTCCTAAAGATA
CAAGATGGTGGTTCCATGACGACAAGGCATGATGGTACTATGACCAATCATCATAAATAA
AAATGAGGTTTTATATAATTTCCCCAGAGACTGATAGTAACTGATATTGGAATTCCTTGT
GGCCTCAAACCCTTTTTCTTTCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGATTATGTAGACAT
CTGAAATGTCTCACACCTTGAAATTAACTGTTTCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGA
TTGTATTTGGGAACATGTTTTCT*CTTTTTTGCAATATATGTTCTTATTCTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ01TF U 20
AF RR1GY53JQ C 458
AF RR1GY53TF U 1
AF RR1FQ01JQ C 75
AF RR1AJ02TF U 10
AF RR1BJ52TF U 10
AF RR1AJ02JQ C 84
AF RR1BJ52JQ C 99
BS 1 725 RR1GY53TF
BS 726 726 RR1AJ02TF
BS 727 756 RR1GY53TF
BS 757 829 RR1AJ02TF
BS 830 834 RR1AJ02JQ

RD RR1FQ01TF 337 0 0
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CACGACCATGACCAGCTCTTCATCTCCTTCACGCAAGGCGTTAAGCAAGATCGCGTGTAA
TAGGCTACAGAAAGAGTTATCAGAGTGGCAAGGCAATCCTCCCACTGGGCTTAAGCACAA
AGTTACCGATAATCTCCAAAAATGGATAATAGAGGTAACAGGAGCACCAGGTACGCTCTA
TGCGAATGAAACTTACAAGCTTCAGGTTGATTTTCCTGAACACTACCCCATGGAATCTCC
TCAGGTAGTTTTTGTTCCACCGGCACCGCTACATCCG

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR1GY53JQ 219 0 0
ATG
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CGGGAGGTTTCCTAAAGATACAAGATGGTGGTTCCATGACGACAAGGCATGATGGTATTA
TGACCAATCATCATAAATAAAAATGAGGTTTTATATAATTTCCCCAGAGACTGATAGTAA
CTGATATTGGAATTCCTTGGGGCCTCAAACCCTTTT

QA 4 219 4 219
DS 

RD RR1GY53TF 756 0 0
TTTTTTTTTATTCGAAAAATTCAGACAAAAGCAGAAGAAGCAAAGTTCTTCTGTCTGTGT
CTGATTCTACGCCTGTCTCCACGACCATGACCAGCTCTTCATCTCCTTCACGCAAGGCGT
TAAGCAAGATCGCGTGTAATAGGCTACAGAAAGAGTTATCAGAGTGGCAAGTCAATCCTC
CCACTGGGTTTAAGCACAAAGTTACCGATAATCTCCAAAAATGGATAATAGAGGTAACAG
GAGCACCAGGTACGCTCTATGCGAATGAAACTTACAAGCTTCAGGTTGATTTTCCTGAAC
ACTACCCCATGGAATCTCCTCAGGTAGTTTTTGTTCCACCGGCACCGCTACATCCGCATA
TCTACAGCAATGGACATATTTGTTTAGATATTCTGTATGACTCGTGGTCTCCAGCCATGA
CGGTTAGTTCAGTATGCATCAGCATTCTCTCCATGCTATCGAGTTCACCGGAAAAGCAAC
GTCCGGCTGATAATGACCGATATGTAAAGAACTGCAAGAACGGGAGGTCTCCTAAAGATA
CAAGATGGTGGTTCCATGACGACAAGGCATGATGGTACTATGACCAATCATCATAAATAA
AAATGAGGTTTTATATAATTTCCCCAGAGACTGATAGTAACTGATATTGGAATTCCTTGT
GGCCTCAAACCCTTTTTCTTTCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGATTATGTAGACAT
CTGAA*TGTCTCACACCTTGAAATTAACTGTTTCTT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1FQ01JQ 684 0 0
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TGTAATAGGCTACAGAAAGAGTTATCAGAGTGGCAAGTCAATCCTCCCACTGGGCTTAAG
CACAAAGTTACCGATAATCTCCAAAAATGGATAATAGAGGTAACAGGAGCACCAGGTACG
CTCTATGCGAATGAAACTTACAAGCTTCAGGTTGATTTTCCTGAACACTACCCCATGGAA
TCTCCTCAGGTAGTTTTTGTTCCACCGGCACCGCTACATCCGCATATCTACAGCAATGGA
CATATTTGTTTAGATATTCTGTATGACTCGTGGTCTCCAGCCATGACGGTTAGTTCAGTA
TGCATCAGCATTCTCTCCATGCTATCGAGTTCACCGGAAAAGCAACGTCCGGCTGATAAT
GACCGATATGTAAAGAACTGCAAGAACGGGAGGTCTCCTAAAGATACAAGATGGTGGTTC
CATGACGACAAGGCATGATGGTACTATGACCAATCATCATAAATAAAAATGAGGTTTTAT
ATAATTTCCCCAGAGACTGATAGTAACTGATATTGGAATTCCTTGTGGCCTCAAACCCTT
TTTCTTTCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGATTATGTAGACATCTGAAATGTCTCAC
ACCTTGAAATTAACTGTTTCTT
CC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1AJ02TF 820 0 0
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CGTCTGCCTCCACCACTATGACAAGCTCTTCATCTCCTTCACGCAAGGCGTTAAGCAAGA
TCGCGTGTAATAGGCTACAGAAAGAGTTATCAGAGTGGCAAGTCAATCCTCCCACTGGGT
TTAAGCACAAAGTTACCGATAATCTCCAAAAATGGATAATAGAGGTAACAGGAGCACCAG
GTACGCTCTATGCGAATGAAACTTACAAGCTTCAGGTTGATTTTCCTGAACATTGCCCCA
TGGAATCTCCTCAGGTAGTTTTTGTTCCACCGGCACCGCTACATCCCCATATCTACAGCA
ATGGACATATTTGTTTAGATATTCTGTATGACTCGTGGTCTCCAGCCATGACGGTTAGTT
CAGTATGCATCAGCATTCTCTCCATGCTATCGAGTTCACCGGAAAAGCAACGTCCGGCTG
ATAATGACCGATATGTAAAGAACTGCAAGAACGGGAGGTCTCCTAAAGATACAAGATGGT
GGTTCCATGACGACAAGGCATGATGGTAATATGACCAAACATCATAAATAAAAATGAGGT
TTTATATAATTTCCCCAGAGACTGATAGTAACTGATATTGGAATTCCTTGTGGCCTCAAA
CCCTTTTTCTTTCTTTCTATCTGTCTTCTGTATGGATGATTATGTAGACATCTGAAATGT
CTCACACCTTGAA*TTAACTGTTTCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGATTGTATTTG
GGAACATGTTTTCT*CTTTTTTGCAATATATGTTCTTATT

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1BJ52TF 798 0 0
ATTCGAAAAATTCAGACAAAAGCAGAAGAAGCAAAGTTCTTCTGTCTGTGTCTGATTCTA
CGCCTGTCTCCACGACCATGACCAGCTCTTCATCTCCTTCACGCAAGGCGTTAAGCAAGA
TCGCGTGTAATAGGCTACAGAAAGAGTTATCAGAGTGGCAAGTCAATCCTCCCACTGGGT
TTAAGCACAAAGTTACCGATAATCTCCAAAAATGGATAATAGAGGTAACAGGAGCACCAG
GTACGCTCTATGCGAATGAAACTTACAAGCTTCAGGTTGATTTTCCTGAACACTACCCCA
TGGAATCTCCTCAGGTAGTTTTTGTTCCACCGGCACCGCTACATCCGCATATCTACAGCA
ATGGACATATTTGTTTAGATATTCTGTATGACTCGTGGTCTCCAGCCATGACGGTTAGTT
CAGTATGCATCAGCATTCTCTCCATGCTATCGAGTTCACCGGAAAAGCAACGTCCGGCTG
ATAATGACCGATATGTAAAGAACTGCAAGAACGGGAGGTCTCCTAAAGATACAAGATGGT
GGTTCCATGACGACAAGGCATGATGGTACTATGACCAATCATCATAAATAAAAATGAGGT
TTTATATAATTTCCCCAGAGACTGATAGTAACTGATATTGGAATTCCTTGTGGCCTCAAA
TCCTTTTTCTTTCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGATTATGTAGACATCTGAAATGT
CTCACACCTTGAAATTAACTGTTTCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGATTGTATTTG
GGAACATGTTTT
TTTCTT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1AJ02JQ 751 0 0
ACT
ATGACAAGCTCTTCATCTCCTTCACGCAAGGCGTTAAGCAAGATCGCGTGTAATAGGCTA
CAGAAAGAGTTATCAGAGTGGCAAGTCAATCCTCCCACTGGGTTTAAGCACAAAGTTACC
GATAATCTCCAAAAATGGATAATAGAGGTAACAGGAGCACCAGGTACGCTCTATGCGAAT
GAAACTTACAAGCTTCAGGTTGATTTTCCTGAACATTGCCCCATGGAATCTCCTCAGGTA
GTTTTTGTTCCACCGGCACCGCTACATCCCCATATCTACAGCAATGGACATATTTGTTTA
GATATTCTGTATGACTCGTGGTCTCCAGCCATGACGGTTAGTTCAGTATGCATCAGCATT
CTCTCCATGCTATCGAGTTCACCGGAAAAGCAACGTCCGGCTGATAATGACCGATATGTA
AAGAACTGCAAGAACGGGAGGTCTCCTAAAGATACAAGATGGTGGTTCCATGACGACAAG
GCATGATGGTAATATGACCAAACATCATAAATAAAAATGAGGTTTTATATAATTTCCCCA
GAGACTGATAGTAACTGATATTGGAATTCCTTGTGGCCTCAAACCCTTTTTCTTTCTTTC
TATCTGTCTTCTGTATGGATGATTATGTAGACATCTGAAATGTCTCACACCTTGAA*TTA
ACTGTTTCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGATTGTATTTGGGAACATGTTTTCT*CT
TTTTTGCAATATATGTTCTTATTCTAGC

QA 4 751 4 751
DS 

RD RR1BJ52JQ 736 0 0
TCATCTCCTTCACGCAAGGCGTTAAGCAAGATCGCGTGTAATAGGCTACAGAAAGAGTTA
TCAGAGTGGCAAGTCAATCCTCCCACTGGGTTTAAGCACAAAGTTACCGATAATCTCCAA
AAATGGATAATAGAGGTAACAGGAGCACCAGGTACGCTCTATGCGAATGAAACTTACAAG
CTTCAGGTTGATTTTCCTGAACACTACCCCATGGAATCTCCTCAGGTAGTTTTTGTTCCA
CCGGCACCGCTACATCCGCATATCTACAGCAATGGACATATTTGTTTAGATATTCTGTAT
GACTCGTGGTCTCCAGCCATGACGGTTAGTTCAGTATGCATCAGCATTCTCTCCATGCTA
TCGAGTTCACCGGAAAAGCAACGTCCGGCTGATAATGACCGATATGTAAAGAACTGCAAG
AACGGGAGGTCTCCTAAAGATACAAGATGGTGGTTCCATGACGACAAGGCATGATGGTAC
TATGACCAATCATCATAAATAAAAATGAGGTTTTATATAATTTCCCCAGAGACTGATAGT
AACTGATATTGGAATTCCTTGTGGCCTCAAATCCTTTTTCTTTCTTTCTATCTGTCTTTT
GTATGGATGATTATGTAGACATTTGAAATGTCTCACACCTTGAAATTAACTGTTTCTTTC
TATCTGTCTTTTGTATGGATGATTGTATTTGGGAACATGTTTTTTTCTTTTTTGCAATAT
ATGTCCTTATT
CTAGT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 2 5

CO CL661Contig1 806 2 2 U
GGACAAGATTCGTCGATTCAACTAATCCCATTTTCTCAGTAAAAGTTTCGTTTTTTTTTA
TTTTGTTGTTGAAACCGAAAGGGAAACACTTTCAATCTTCCTTTTCACCTTTTTTTAGCG
TTCTGGGTGTTTCTGTTTGATGAGGTGCGAGGAGGAGATTCTTCCTCTGTTTGTGTCTCT
GTCAGATGGAAGACAATGATAAGTCTCCTCCCCCTAAGGATTACTATAAGATTCTAGAAG
TTGATTACGACGCAACTGAGGAACTGATCAGAGTGAATTATCGGAAGCTTGCTTTGAAGT
GGCATCCTGATAAGCACAAAGGAGATAGTGCAGCTTCAGAAAAGTTTATAGAGATAAATG
ATGCTTATAACGTGCTGATGGACCCTGCTGCACGTTTTGAATATGATTTAACCGGTATCT
ATGAGATCTACAAGTATACTCTACGGGAATATCTTGCCAGATTTAAGGGAATGATACTCA
CTTGCAATGGGCTCGGTATCAGCCAATCCTCATCACCATGGACACATCAATTGTCTGAGA
CTACCAGCAAAACAACAGACTAGCGAGGGTGTGTGTTTGTGGAATGTACAAAACTGGAGC
CATGGCGCGGAGCTTTGTCATGATATGCTTTAGTTAGATGTTGTATTGTTCTGAACCGAT
GTAGAATTAGAGAAGCGATTATGGTCTCTGGTTTCGGCGGGTCATACGTTTACACAGTTG
TGATGATCCAGGTCTTGTATTACTTACTTATTTTCATCATTCATTGTTTTTCAAACTTGA
AAGTGAATGATACAAATTAATGAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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A
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ATGCTTATAACGTGCTGATGGACCCTGCTGCACGTTTTGAATATGATTTAACCGGTATCT
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DS 



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BQ
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AF RR1C846TF U 1
AF RR1EC92TF U 140
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G
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QA 2 720 2 720
DS 

RD RR1EC92JQ 701 0 0
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QA 1 701 1 701
DS 



AS 2 7

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TACTGCAGCTACTCGAGCTCAGAGCCACTTTGATCCCAGTGGCTAAGAACCTCTGATGAT
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GGATCTCCACGTCGCATTTAGGACACAGAGCTGCTTCGTCGGCGCAACATATCACCGTGG
CTGGAGCATTCTCACACACATCACACTGTATCTTCATCTTTTTTTTCTTTCCAAACACAG
TTCTTGATTCTAGGTTTTAATAGACCAAGAACACCTGAATAGCTTAGCAAAAAAATATAG
GTGAAGAATAAGTGTTTTGAGATATTAATCAAGAGATGTAAACAACTAAAGAAGGACAAG
TTGTTGGTCC


BQ
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ATCC

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DS 



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GCAGATAGGTTTCTAGGAAATGTCTACTACACATAGCTTATACATATATAGCTTTTTAGC
CTAGATCAGGGACAATGAAGTGCTCTTCATCATCATCCTCATCATCTCTGATCTCTATCC
TCGGCTTCTTGTAAGAAACGTTGGAATTCATTGGTCTGTACGAATGAACATGACCTAAAT
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CGAAGAAACCCATGTCTGAAAACCACTCTAACTCCCCAAGATCAAGCTGTCCTTTCTGCT
TATCGGTGAACTCAGGATCGGAGAAGTGGAAGAAATCGTCAACAGCCCAAGGAAGAGGAG
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TAGCTTTCTGTTGGTTGTTTGAAGGCTCAGATTGATGATTCTTCTCCGTTTCTTTACTGC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY17JQ U 1
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AF RR1AF30TF C 477
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CGAAGAAACCCATGTCTGAAAACCACTCTAACTCCCCAAGATCAAGCTGTCCTTTCTGCT
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GCC

QA 1 642 1 642
DS 

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GG
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TTGACGACTTCACGCATCATTCTCCTTATGCAGATAGGTTTCTAGGAAATGTCTACTACA
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ATCATCCTCATCATCTCTGATCTCTATCCTCGGCTTCTTGTAAGAAACGTTGGACTTCAT
TGGTCTGTACGAATGAACATGACCTAAATGCGCAACAGAAAGCTCTGGAACTTCAGCTGC
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GCTTGGGGTTTTAGCTGCAGGAATCTCCTTAGCTTTCTGTTGGTTGTTTGAAGGCTCAGA
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T

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DS 

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TT
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TAAACAACTAAAGAAGGACAAGTTGTTGGTGAGTGAACAACTGGGTGGTGTGGAGGAGAA
GAAGAGAAGAAGATAAGAGATTTT

QA 3 746 3 746
DS 



AS 1 7

CO CL663Contig1 1292 7 27 U
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AAACCCTCTGCGAGGAGATAACATCCGAAGAAACAAATCGAAA*TCGTACCATCGGAGTT
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ATGCTGCTAACGCCTATGCCGAAGCTGCTAAATGCTACAAGAAAGTTGACACTAATGAGG
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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 
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BS 1285 1292 RR1GA82JQ

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GGATTTC
AACGAAGCAAACCCTCTGCGAGGAGATAACATCCGAAGAAACGAATCGAAA*TCGTACCA
TCGGAGTTGATCCGAAGTCAGAATCTAAGGGGGAGTCATGGGGGATCATGCGGTGAGAGC
GGAGGAATTCGAGAAGAAAGCAGAGAAGAAGCTCAACGGATGGGGAATATTCGGATCTAA
GCACGAGGATGCTGCCGATCTCTTCGAGAAAGCTGCTAATTCCTATAAGCTCGTCAAATC
ATGGGATCTAGCTGGAAAGGCTTATCTTAAAGTTGCTGACTGTCACTTGAAGTCGGACAG
CAAGCATGATGCTGCTAACGCCTATGCCGAAGCTGCTAAATGCTACAAGAAAGTTGACAC
TAATGAGGCTGCATCTTGTCTGGAGCGAGCTGTGAATATTTTCTGCGAGATAGGAAGGCT
CAACATGGCTGCCAGATACTACAAGGAAATTGCTGAGTATTATGAAGCAGACCAGAAGTT
AGAGCAGGCTATTGATTACTTTGAAAAGGCTGCCGAATTTTTCCAAAATGAAGAAGTTAC
CACTTCTGCAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGGCACAGTATGCTTCCCAGTTGGAGCAATA
T

QA 8 608 8 608
DS 

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AAACCCTCTGCGAGGAGATAACATCCGAAGAAACAAATCGAAAATCGTACCATCGGAGTT
GATCCGAAGTCAGAATCAAAGGGGGAGTCATGGGGGATCATGCGGTGAGAGCGGAGGAAT
TCGAGAAGAAAGCAGAGAAGAAGCTCAACGGATGGGGAATATTCGGATCTAAGCACGAGG
ATGCTGCCGATCTCTTCGAGAAAGCTGCTAATTCCTATAAGCTCGCCAAATCATGGGATC
TAGCTGGAAAGGCTTATCTTAAAGTTGCTGACTGTCACTTGAAGTCGGACAGCAAGCATG
ATGCTGCTAACGCCTATGCTGAAGCTGCTAAATGCTACAAGAAAGTTGACACTAATGAGG
CTGCATCTTGTCTGGAGCGAGCTGTGAATATTTTCTGCGAGATAGGAAGGCTCAACATGG
CTGCTAGATACTACAAGGAAATTGCTGAGTATTATGAAGCAGACCAGAAGTTAGAGCAGG
CTATTGATTACTTTGAAAAGGCTGCTGAATTTTTCCAAAATGAAGAAGTCACCACTTCTG
CAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGGCACAATATGCTTCCCAGTTGGAGCAATATGAGAAAG
GCTATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGCCATTCACCCGGCAATAACTTGCTTAAGTAT
GGAGTCAAG*GGCCATATTCTCAATGCTGGCTTGTGCCACCTTTGCAAAGCTGATGTTGT
TTCCATC

QA 1 787 1 787
DS 

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G
AACGAAGCAAACCCTCTGCGAGGAGATAACATCCGAAGAAACAAATCGAAA*TCGTACCA
TCGGAGTTGATCCGAAGTCAGAATCTAAGGGGGAGTCATGGGGGATCATGCGGTGAGAGC
GGAGGAATTCGAGAAGAAAGCAGAGAAGAAGCTCAACGGATGGGGAATATTCGGATCTAA
GCACGAGGATGCTGCCGATCTCTTCGAGAAAGCTGCTAATTCCTATAAGCTCGCCAAATC
ATGGGATCTAGCTGGAAAGGCTTATCTTAAAGTTGCTGACTGTCACTTGAAGTCGGACAG
CAAGCATGATGCTGCTAACGCCTATGCCGAAGCTGCTAAATGCTACAAGAAAGTTGACAC
TAATGAGGCTGCATCTTGTCTGGAGCGAGCTGTGAATATTTTCTGCGAGATAGGAAGGCT
CAACATGGCTGCCAGATACTACAAGGAAATTGCTGAGTATTATGAAGCAGACCAGAAGTT
AGAGCAGGCTATTGATTACTTTGAAAAGGCTGCTGAATTTTTCCAAAATGAAGAAGTTAC
CACTTCTGCAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGGCACAGTATGCTTCCCAGTTGGAGCAATA
TGAGAA*GGCAATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGCCATTCACTCGGAAATAACTTGC
TTAAGTATGGAGTCAAG*GGCCATCTTCTCAATGCTGGCTTGTGCCACCTTTGCAAAGCT
GATGTTGTTTCCATC

QA 2 736 2 736
DS 

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GGCTCAACATGGCTGCCAGATACTACAAGGAAATTGCTGAGTATTATGAAGCAGACCAGA
AGTTAGAGCAGGCTATTGATTACTTTGAAAAGGCTGCCGAATTTTTCCAAAATGAAGAAG
TTACCACTTCTGCAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGGCACAGTATGCTTCCCAGTTGGAGC
AATATGAGAA*GGCAATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGCCATTCACTCGGAAATAAC
TTGCTTAAGTATGGAGTCAAG*GGCCATCTTCTCAATGCTGGCTTGTGCCACCTTTGCAA
AGCTGATGTTGCTTCCATCACTAATGCTCTCGAGAAGTATCAGGATCTGGATCCAACTTT
TACAGGAACAAGAGAATGCAAACTCTTATCGGACCTTGCTTCTGCTATCGATGAAGAAGA
CATCGCAAAATTCACAGACGTTGTCAAGGAATTTGATAGCATGACTCCTCTGGACTCATG
GAAGACAACTATGTTGTTGAGGGTGAAGGAGAAGCTGAAGGCAAAGGAGCTTGAAGAGGA
TGACCTCACCTAAACATATCTCTTTCCATCCGAAGCTTTGGTCTTTATTTGTTATTTGCT
GGTGTGTACTCATCATTTGTGTTCGTGCTACTTCTTCATGTTCGACCCTTCATTGTGTCT
GGTTTATGAGATTTAAGGTTTCTTAAGAGGTTTGGTCAAAACTATGTTTGTTTGATATCA
CGACTATGTTTGTTACGTCTCTCATTACTTCATCTATGTGAACTTCTCAACTATTTGGAG

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DS 

RD RR1BE65JQ 709 0 0
AATGAAGAAGTCACCACTTCTGCAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGGCACAATATGCTTCC
CAGTTGGAGCAATATGAGAA*GGCTATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGCCATTCACC
CGGCAATAACTTGCTTAAGTATGGAGTCAAG*GGCCATATTCTCAATGCTGGCTTGTGCC
ACCTTTGCAAAGCTGATGTTGTTTCCATCACTAATGCTCTCGAGAAGTATCAGGATCTGG
ATCCAACTTTTACAGGAACAAGAGAATGCAAACTCTTATCGGACCTTGCTTCTGCTATCG
ATGAAGAAGACATCGCAAAATTCACAGACGTCGTCAAGGAATTTGATAGCATGACTCCTC
TGGACTCATGGAAGACAACTATGTTGTTGAGGGTGAAGGAGAAGCTGAAGGCGAAGGAGC
TTGAAGAGGATGATCTCACCTAAACATATCTCTTTCCATCCGAAGCTTTGGTCTTTATTT
GTTATT*GCTGGTGTGTACTCATCATTTGTGTTCGTGCTACTTC***ATGTTCGACCCTT
CATTGTGTCTGGTTTATGAGATTTAAGGTTTCTTAAGAGGTTTGGTCAAAACTATGTTTG
TTTGATATCACGACTATGTTTGTTCCGTCTCTCATTACTTCATCTATGTGAAATTCTCAA
CTACTTGGAGATTTGATTTGTTTACATCAAATAAAAGATTGTTTAC
ATG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1GA82JQ 664 0 0
GTATGCTTCCCAGTTGGAGCAATATGAGAA*GGCAATCAAGATTTATGAAGATATAGCAC
GCCATTCACTCGGAAATAACTTGCTTAAGTATGGAGTCAAG*GGCCATCTTCTCAATGCT
GGCTTGTGCCACCTTTGCAAAGCTGATGTTGTTTCCATCACTAATGCTCTTGAGAAGTAT
CAGGATCTGGATCCAACTTTTACAGGAACAAGAGAATGCAAACTCTTATCGGACCTTGCT
TCTGCTATCGATGAAGAAGACATCGCAAAATTCACAGACGTTGTCAAGGAATTTGATAGC
ATGACTCCTCTGGACTCATGGAAGACAACTATGTTGTTGAGGGTGAAGGAGAAGCTGAAG
GCAAAGGAGCTTGAAGAGGATGACCTCACCTAAACATATCTCTTTCCATCCGAAGCTTTG
GTCTTTATTTGTTATTTGCTGGTGTGTACTCATCATTTGTGTTCGTGCTACTTCTTCATG
TTCGACCCTTCATTGTGCCTGGTTTATGAGATTTAAGGTTTCTTAAGAGGTTTGGTCAAA
ACTATGTTTGTTTGATATCACGACTATGTTTGTTACGTCTCTCATTACTTCATCTATGTG
AACTTCTCAACTATTTGGAGATTTGATTTGTGTACATCTAATAAAAGATTGTTTACATGG
AAGG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1GA82TF 656 0 0
GTATGCTTCCCAGTTGGAGCAATATGAGAA*GGCAATCAAGATTTATGAAGATATAGCAC
GCCATTCACTCGGAAATAACTTGCTTAAGTATGGAGTCAAGAGGCCATCTTCTCAATGCT
GGCTTGTGCCACCTTTGCAAAGCTGATGTTGTTTCCATCACTAATGCTCTTGAGAAGTAT
CAGGATCTGGATCCAACTTTTACAGGAACAAGAGAATGCAAACTCTTATCGGACCTTGCT
TCTGCTATCGATGAAGAAGACATCGCAAAATTCACAGACGTTGTCAAGGAATTTGATAGC
ATGACTCCTCTGGACTCATGGAAGACAACTATGTTGTTGAGGGTGAAGGAGAAGCTGAAG
GCAAAGGAGCTTGAAGAGGATGACCTCACCTAAACATATCTCTTTCCATCCGAAGCTTTG
GTCTTTATTTGTTATTTGCTGGTGTGTACTCATCATTTGTGTTCGTGCTACTTCTTCATG
TTCGACCCTTCATTGTGCCTGGTTTATGAGATTTAAGGTTTCTTAAGAGGTTTGGTCAAA
ACTATGTTTGTTTGATATCACGACTATGTTTGTTACGTCTCTCATTACTTCATCTATGTG
AACTTCTCAACTATTTGGAGATTTGATTTGTGTACATCTAATAAAAGATTGTTTAC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 8

CO CL664Contig1 834 8 12 U
GGAAATCATAATCATATAATTCTTCACCTTTTCGAATCATGATGAATTCAAGAATTTTCA
TTGCCATCTTATTATCCTGCATTATCGCTTCGATTCATGCATATGATCCCGATGCCCTTC
AAGATCTCTGCGTTGCTGATAAATCTCATGGAACCAAGTTGAACGGGTTCCCATGCAAAG
AAATGTCAAACATCACATCGTCCGACTTCTTCTTCGCCGGAATCTCAAGCCCCGCCGTCA
TAAACCCCACGATGGGCTCTGCCGTGACGGGAGCCAACGTGGAAAAGATCCCAGGACTCA
ACACTCTCTCAGTTTCCCTAGCACGTATAGACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCTC
ACACTCACCCACGTGCCACCGAAGTCGTTTTTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGGT
TTATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTCTAAAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTGT
TCCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAAGAACAATGGTAAATCTCCAGCATCTGTTTTGT
GTGCGTTTAATAGTCAGTTACCGGGAACGGTGTCTGTTGCGGCGACGCTTTTTGCGACGG
AGCCTGCTTTGCCGGAAGATGTGTTGACAAAGACTTTTCAGGTGGGATCTAAGATGGTTG
ACAAGATTAAAGAAAGGCTTTCTACCAAAAAATAATTCAATTATATGTAATTGGTTCATG
ATGAAAAACTTTGAATTTTTTTTCTTATAAATGCTGTGGTAACTAAAAAGAAATTATTAC
TGTAATTGACTGGTTTATGTTGGTTTGCAAAATAAAATTTATCCTTTATATGCT


BQ
30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1GL61TF U 1
AF RR1A565TF U 1
AF RR1FX78TF U 1
AF RR1B203TF U 2
AF RR1A565JQ C 1
AF RR1FX78JQ C 120
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AF RR1B203JQ C 2
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RD RR1GL61TF 584 0 0
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QA 1 584 1 584
DS 

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AAGATCTCTGCGTTGCTGATAAATCTCATGGAACCAAGTTGAACGGGTTCCCATGCAAAG
AAATGTCAAACATCACATCGTCCGACTTCTTCTTCGCCGGAATCTCAAGCCCCGCCGTCA
TAAACTCCACGATGGGCTCTGCCGTGACGGGAGCCAACGTGGAAAAGATCTCAGGACTCA
ACACTCTCTCAGTTTCCCTAGCACGTATAGACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCTC
ACACTCACCCACGTGCCACCGAAGTCGTTTTTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGGT
TTATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTCTAAAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTGT
TCCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAAGAACAATGGTAAATCTCCAGCATCTGTTTTGT
GTGCGTTTAATAGTCAGTTACCGGGAACGGTGTCTGTTGCGGCGACGCTTTTTGCGACGG
AGCCTGCTTTGCCGGAAGATGTGTTGACAAAGACTTT

QA 1 637 1 637
DS 

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AAGATCTCTGCGTTGCTGATAAATCTCATGGAACCAAGTTGAACGGGTTCCCATGCAAAG
AAATGTCAAACATCACATCGTCCGACTTCTTCTTCGCCGGAATCTCAAGCCCCGCCGTCA
TAAACCCCACGATGGGCTCTGCCGTGACGGGAGCCAACGTGGAAAAGATCCCAGGACTCA
ATACTCTCTCAGTTTCCCTAGCACGTATAGACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCTC
ACACTCACCCACGTGCCACCGAAGTCGTTTTTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGGT
TTATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTCTAAAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTGT
TCCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAAGAACAATGGTAAATCTCCAGCATCTGTTTTGT
GTGCGTTTAATAGTCAGTTACCGGGAACGGTGTCTGTTGCGGCGACGCTTTTTGCGACGG
AGCCTGCTTTGCCGGAAGATGTGTTGACAAAGACTTTTCAG*TGGGATCTAAGATGGTTG
ACAAGATTAAAGAAAGGCTTTCTAC

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DS 

RD RR1B203TF 762 0 0
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TGCCATCTTATTATCCTGCATTATCGCTTCGATTCATGCATATGATCCCGATGCCCTTCA
AGATCTCTGCGTTGCTGATAAATCTCATGGAACCAAGTTGAACGGGTTCCCATGCAAAGA
AATGTCAAACATCACATCGTCCGACTTCTTCTTCGCCGGAATCTCAAGCCCCGCCGTCAT
AAACTCCACGATGGGCTCTGCCGTGACAGGAGCCAACGTGGAAAAGATCCCAGGACTCAA
CACTCTCTCAGTTTCCCTAGCACGTATAGACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCTCA
CACTCACCCACGTGCCACCGAAGCCGTTTTTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGGTT
TATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTCTAAAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTGTT
CCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAAGAACAATGGTAAATCTCCAGCATCTGTTTTGTG
TGCGTTTAATAGTCAGTTACCGGGAACGGTGTCTGTTGCGGCGACGCTTTTTGCGACGGA
GCCTGCTTTGCCGGAAAATGTGTTGACAAAGACTTTTCAG*TGGGATCTAAGATGGTTGA
CAAGATTAAAGAAAGGCTTTCTACCAAAAAATAATTCAATTATATGTAATTGGTTCATGA
TGAAAAACTTTGAATTTTTTTTCTTATAAATGCTGTGGTAAC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1A565JQ 834 0 0
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AAGATCTCTGCGTTGCTGATAAATCTCATGGAACCAAGTTGAACGGGTTCCCATGCAAAG
AAATGTCAAACATCACATCGTCCGACTTCTTCTTCGCCGGAATCTCAAGCCCCGCCGTCA
TAAACTCCACGATGGGCTCTGCCGTGACGGGAGCCAACGTGGAAAAGATCTCAGGACTCA
ACACTCTCTCAGTTTCCCTAGCACGTATAGACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCTC
ACACTCACCCACGTGCCACCGAAGTCGTTTTTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGGT
TTATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTCTAAAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTGT
TCCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAAGAACAATGGTAAATCTCCAGCATCTGTTTTGT
GTGCGTTTAATAGTCAGTTACCGGGAACGGTGTCTGTTGCGGCGACGCTTTTTGCGACGG
AGCCTGCTTTGCCGGAAGATGTGTTGACAAAGACTTTTCAGGTGGGATCTAAGATGGTTG
ACAAGATTAAAGAAAGGCTTTCTACCAAAAAATAATTCAATTATATGTAATTGGTTCATG
ATGAAAAACTTTGAATTTTTTTTCTTATAAATGTTGTGGTAACTAAAAGGAAATTATTAC
TGTAATTGACTGGTTTATGTTGGTTTGCAAAATAAAATTTATCCTTTATATGCT

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR1FX78JQ 715 0 0
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GAAATGTCAAACATCACATCGTCCGACTTCTTCTTCGCCGGAATCTCAAGCCCCGCCGTC
ATAAACCCCACGATGGGCTCTGCCGTGACGGGAGCCAACGTGGAAAAGATCCCAGGACTC
AATACTCTCTCAGTTTCCCTAGCACGTATAGACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCT
CACACTCACCCACGTGCCACCGAAGTCGTTTTTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGG
TTTATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTCTAAAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTG
TTCCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAAGAACAATGGTAAATCTCCAGCATCTGTTTTG
TGTGCGTTTAATAGTCAGTTACCGGGAACGGTGTCTGTTGCGGCGACGCTTTTTGCGACG
GAGCCTGCTTTGCCGGAAGATGTGTTGACAAAGACTTTTCAGGTGGGATCTAAGATGGTT
GACAAGATTAAAGAAAGGCTTTCTACCAAAAAATAATTCAAATATATGTAATTGGTTCAT
GATGAAAACCTTTGAAATTTTTTTCTTATAAATGTTGTGGTAACTAAAAATAAATTATTA
CTGTAATTGACTGGTTTATGTTGGTTTGCAAAATAAAATTTATCCTTTATA
AGCC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1GL61JQ 684 0 0
GAACCAAGTTGAACGGGTTCCCATGCAAAGAAATGTCAAACATCACATCGTCCGACTTCT
TCTTCGCCGGAATCTCAAGCCCCGCCGTCATAAACCCCACGATGGGCTCTGCCGTGACGG
GAGCCAACGTGGAAAAGATCCCAGGACTCAATACTCTCTCAGTTTCCCTAGCACGTATAG
ACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCTCACACTCACCCACGTGCCACCGAAGTCGTTT
TTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGGTTTATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTCTA
AAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTGTTCCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAAGA
ACAATGGTAAATCTCCAGCATCTGTTTTGTGTGCGTTTAATAGTCAGTTACCGGGAACGG
TGTCTGTTGCGGCGACGCTTTTTGCGACGGAGCCTGCTTTGCCGGAAGATGTGTTGACAA
AGACTTTTCAGGTGGGATCTAAGATGGTTGACAAGATTAAAGAAAGGCTTTCTACCAAAA
AATAATTCAAATATATGTAATTGGTTCATGATGAAAACCTTTGAAATTTTTTTCTTATAA
ATGTTGTGGTAACTAAAAATAAATTATTACTGTAATTGACTGGTTTATGTTGGTTTGCAA
AATAAAATTTATCCTTTATA
AGCC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1B203JQ 833 0 0
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TGCCATCTTATTATCCTGCATTATCGCTTCGATTCATGCATATGATCCCGATGCCCTTCA
AGATCTCTGCGTTGCTGATAAATCTCATGGAACCAAGTTGAACGGGTTCCCATGCAAAGA
AATGTCAAACATCACATCGTCCGACTTCTTCTTCGCCGGAATCTCAAGCCCCGCCGTCAT
AAACTCCACGATGGGCTCTGCCGTGACAGGAGCCAACGTGGAAAAGATCCCAGGACTCAA
CACTCTCTCAGTTTCCCTAGCACGTATAGACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCTCA
CACTCACCCACGTGCCACCGAAGCCGTTTTTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGGTT
TATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTCTAAAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTGTT
CCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAAGAACAATGGTAAATCTCCAGCATCTGTTTTGTG
TGCGTTTAATAGTCAGTTACCGGGAACGGTGTCTGTTGCGGCGACGCTTTTTGCGACGGA
GCCTGCTTTGCCGGAAAATGTGTTGACAAAGACTTTTCAGGTGGGATCTAAGATGGTTGA
CAAGATTAAAGAAAGGCTTTCTACCAAAAAATAATTCAATTATATGTAATTGGTTCATGA
TGAAAAACTTTGAATTTTTTTTCTTATAAATGCTGTGGTAACTAAAAGGAAATTATTACT
GTAATTGACTGGTTTATGTTGGTTTGCAAAATAAAATTTATCCTTTATA
TGCT

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 7

CO CL665Contig1 1016 7 21 U
GGACCAATCCCTTCACTTCCTTGGCGATCCAAACAAACACAAGAAAATGCTAGATAATCT
CCTTTTCTGAGCATTCTTTCTCTAGAAAATGGAGACCCTTCTCTCTCCTCGTTCTCTATC
TCCTCCTCTCATTCCCAAAGTATCATCTTCTCATCAATCCAAACTCGCTACTTCTTCTTC
TTTGGCTCTCTCGAATCCCACCGTCTCTGGCCCGAAACACCTTTCCACCCGGTTTAGTGC
TAAACCAGAATCGTGGTTAACAGATGCAAAGCAAGGACTAGCTGCTCTATCTCTATCTCT
GGCCCTTACTTTCTCACCTGTTGGCACTGCCTTAGCCTCTGAGTTCAATATTCTCAACGA
TGGTCCACCCAAAGAAACTTACGTTGTAGACGACGCTGGTGCTCTTAGTCGAGTTACGAG
ATCAGATCTGAAGAAACTCTTGTCTGATCTTGAATACAGAAAGAAACTCCGACTCAATTT
CATCACTGTCCGGAAGCTCACCAGTAAAGCAGATGCGTTCGAGTATGCAGACCAGGTTTT
GGAGAAA*TGGTATCCTTCAATTGAAGAAGGCAACAATAAGGGTATTGTTGTTTTGATTA
CTAGCCAGAAGGAAGGGGCCATTACTGGTGGTCCTGCTTTCATTGAAGCTGTTGGTGAAA
AGATTCTTGATGCTACTGTCTCGGAAAATCTTCCCGTATTAGCCACAGACGAAAAATACA
ATGAGGCAATATACAGCAGTGCAAAACGGTTGGTTGCAGCAATTGACGGTCTCCCAGATC
CCGGGGGTCCAGAAGTGAA*GGATAACAAGAGAGAATCAAATTTCAAAACCAAAGAAGAA
ACAGAAGAGAAGAGAGGACAGTTCAGTCTTGTCGTTGGAGGTTTGCTTGTAATTGCCTTT
GTTGTTCCCATGGCTCAGTACTATGCTTATGTATCCAAAAAGTAGTGTATTGGTTCACTC
TCGTATATACCAAACTGAGCCAGGTCATAACATTGCTATCAAACCGGTTTAATAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH67TF U 25
AF RR1BH91TF U 1
AF RR1CA44TF U 67
AF RR1E543TF U 67
AF RR1A907TF U 82
AF RR1CA44JQ C 471
AF RR1A907JQ C 223
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BS 801 902 RR1A907TF
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BS 904 937 RR1A907TF
BS 938 1016 RR1A907JQ

RD RR1EH67TF 221 0 0
G
GATCCAAACAAACACAAGAAAATGCTAGATAATCTCCTTTTCTGAGCATTCTTTCTCTAG
AAAATGGAGACCCTTCTCTCTCCTCGTTCTCTATCTCCTCCTCTCATTCCCAAAGTATCA
TCTTCTCATCAATCCAAACTCGCTACTTCTTCTTCTTTGGCTCTCTCGAATCCCACCGTC
TCTGGCCCGAAACACCTTTCCACCCGGTTTAGTGCTAAAC

QA 2 221 2 221
DS 

RD RR1BH91TF 609 0 0
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CCTTTTCTGAGCATTCTTTCTCTAGAAAATGGAGACCCTTCTCTCTCCTCGTTCTCTATC
TCCTCCTCTCATTCCCAAAGTATCATCTTCTCATCAATCCAAACTCGCTACTTCTTCTTC
TTTGGCTCTCTCGAATCCCACCGTCTCTGGCCCGAAACACCTTTCCACCCGGTTTAGTGC
TAAACCAGAATCGTGGTTAACAGATGCAAAGCAAGGACTAGCTGCTCTATCTCTATCTCT
GGCCCTTACTTTCTCACCTGTTGGCACTGCCTTAGCCTCTGAGTTCAATATTCTCAACGA
TGGTCCACCCAAAGAAACTTACGTTGTAGACGACGCTGGTGTTCTTAGTCGAGTTACGAG
ATCAGATCTGAGGAAACTCTTGTCTGATCTTGAATACAGAAAGAAACTCCGACTCAATTT
CATCACTGTCCGGAAGCTCACTAGTAAAGCAGATGCGTTCGAGTATGCAGACCAGGTTTT
GGAGAAA*TGGTATCCTTCAATTGAAGAAGGCAACAATAAGGGTATTGTTGTTTTGATTA
CTAGCCAGA

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1CA44TF 678 0 0
GG
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TCATTCCCAAAGTATCATCTTCTCATCAATCCAAACTCGCTACTTCTTCTTCTTTGGCTC
TCTCGAATCCCACCGTCTCTGGCCCGAAACACCTTTCCACCCGGTTTAGTGCTAAACCAG
AATCGTGGTTAACAGATGCAAAGCAAGGACTAGCTGCTCTATCTCTATCTCTGGCCCTTA
CTTTCTCACCTGTTGGCACTGCCTTAGCCTCTGAGTTCAATATTCTCAACGATGGTCCAC
CCAAAGAAACTTACGTTGTAGACGACGCTGGTGTTCTTAGTCTAGTTACGAGATCAGATC
TGAAGAAACTCTTGTCTGATCTTGAATACAGAAAGAAACTCCGACTCAATTTCATCACTG
TCCGGAAGCTCACCAGTAAAGCAGATGCGTTCGAGTATGCAGACCAGGTTTTGGAGAAA*
TGGTATCCTTCAATTGAAGAAGGCAACAATAAGGGTATTGTTGTTTTGATTACTAGCCAG
AAGGAAGGGGCCATTACTGGTGGTCCTGCTTTCATTGAAGCTGTTGGTGAAAAGATTCTT
GATGCTACTGTCTCGGAAAATCTTCCCGTATTAACCACAGACGAAAA*TACAATGAGGCA
*TATACAGCAGTGCAA

QA 3 678 3 678
DS 

RD RR1E543TF 686 0 0
GG
GAGCATTCTTTCTCTAGAAAATGGAGACCCTTCTCTCTCCTCGTTCTCTATCTCCTCCTC
TCATTCCCAAAGTATCATCTTCTCATCAATCCAAACTCGCTACTTCTTCTTCTTTGGCTC
TCTCGAATCCCACCGTCTCTGGCCCGAAACACCTTTCCACCCGGTTTAGTGCTAAACCAG
AATCGTGGTTAACAGATGCAAAGCAAGGACTAGCTGCTCTATCTCTATCTCTGGCCCTTA
CTTTCTCACCTGTTGGCACTGCCTTAGCCTCTGAGTTCAATATTCTCAACGATGGTCCAC
CCAAAGAAACTTACGTTGTAGACGACGCTGGTGTTCTTAGTCGAGTTACGAGATCAGATC
TGAAGAAACTCTTGTCCGATCTTGAATACAGAAAGAAACTCCGACTCAATTTCATCACTG
TCCGGAAGCTCACCAGTAAAGCAGATGCGTTCGAGTATGCAGACCAGGTTTTGGAGAAA*
TGGTATCCTTCAATTGAAGAAGGCAACAATAAGGGTATTGTTGTTTTGATTACTAGCCAG
AAGGAAGGGGCCATTACTGGTGGTCCTGCTTTCATTGAAGCTGTTGGTGAAAAGATTCTT
GATGCTACTGTCTCGGAAAATCTTCCCGTATTAGCCACAGACGAAAAATACAATGAGGCA
ATATACAGCAGTGCAAAACGGTTG

QA 3 686 3 686
DS 

RD RR1A907TF 856 0 0
GG
AGAAAATGGAGACCCTTCTCTCTCCTCGTTCTCTATCTCCTCCTCTCATTCCCAAAGTAT
CATCTTCTCATCAATCCAAACTCGCTACTTCTTCTTCTTTGGCTCTCTCGAATCCCACCG
TCTCTGGCCCGAAACACCTTTCCACCCGGTTTAGTGCTAAACCAGAATCGTGGTTAACAG
ATGCAAAGCAAGGACTAGCTGCTCTATCTCTATCTCTGGCCCTTACTTTCTCACCTGTTG
GCACTGCCTTAGCCTCTGAGTTCAATATTCTCAACGATGGTCCACCCAAAGAAACTTACG
TTGTAGACGACGCTGGTGCTCTTAGTCGAGTTACGAGATCAGATCTGAAGAAACTCTTGT
CTGATCTTGAATACAGAAAGAAACTCCGACTCAATTTCATCACTGTCCGGAAGCTCACCA
GTAAAGCAGATGCGTTCGAGTATGCAGACCAGGTTTTGGAGAAA*TGGTATCCTTCAATT
GAAGAAGGCAACAATAAGGGTATTGTTGTTTTGATTACTAGCCAGAAGGAAGGGGCCATT
ACTGGTGGTCCTGCTTTCATTGAAACTGTTGGTGAAAAGATTCTTGATGCTACTGTCTCG
GAAAATCTTCCCGTATTAGCCACAGACGAAAAATACAATGAGGCAATATACAGCAGTGCA
AAACGGTTGGTTGCAGCAATTGACGGTCTCCCAGATCCCGGGGGTCCAGAAGTGAAAGGA
TAACAAGAGAGAATCAAATTTCAAAACCAAAGAAGAAACAGAAGAGAAGAGAGGACAGTT
CAGTCTTGTCGTTGGAGGTTTGCTTGTAATTGCCTTTGT*GTTCCCATGGCTCAGTACTA
TGCTTATGTATCCA

QA 3 856 3 856
DS 

RD RR1CA44JQ 471 0 0
GACTCAATTTCATCACTGTCCGGAAGCTCACCAGTAAAGCAGATGCGTTCGAGTATGCAG
ACCAGGTTTTGGAGAAAATGGTATCCTTCAATTGAAGAAGGCAACAATAAGGGTATTGTT
GTTTTGATTACTAGCCAGAAGGAAGGGGCCATTACTGGTGGTCCTGCTTTCATTGAAGCT
GTTGGTGAAAAGATTCTTGATGCTACTGTCTCGGAAAATCTTCCCGTATTAACCACAGAC
GAAAAATACAATGAGGCAATATACAGCAGTGCAAAACGGTTGGTTGCAGCAATTGACGGT
CTCCCAGATCCCGGGGGTCCAGAAGTGAA*GGATAACAAGAGAGAATCAAATTTCAAAAC
CAAAGAAGAAACAGAAGAGAAGAGAGGACAGTTCAGTCTTGTCGTTGGAGGTTTGCTTGT
AATTGCCTTTGTTGTTCCCATGGCTCAGTACTATGCTTATGTATCCA
AAAA

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR1A907JQ 794 0 0
TTCCACCCGGTTTAGTGCTAAACCAGAATCGTGGTTAACAGATGCAAAGCAAGGACTAGC
TGCTCTATCTCTATCTCTGGCCCTTACTTTCTCACCTGTTGGCACTGCCTTAGCCTCTGA
GTTCAATATTCTCAACGATGGTCCACCCAAAGAAACTTACGTTGTAGACGACGCTGGTGC
TCTTAGTCGAGTTACGAGATCAGATCTGAAGAAACTCTTGTCTGATCTTGAATACAGAAA
GAAACTCCGACTCAATTTCATCACTGTCCGGAAGCTCACCAGTAAAGCAGATGCGTTCGA
GTATGCAGACCAGGTTTTGGAGAAA*TGGTATCCTTCAATTGAAGAAGGCAACAATAAGG
GTATTGTTGTTTTGATTACTAGCCAGAAGGAAGGGGCCATTACTGGTGGTCCTGCTTTCA
TTGAAACTGTTGGTGAAAAGATTCTTGATGCTACTGTCTCGGAAAATCTTCCCGTATTAG
CCACAGACGAAAAATACAATGAGGCAATATACAGCAGTGCAAAACGGTTGGTTGCAGCAA
TTGACGGTCTCCCAGATCCCGGGGGTCCAGAAGTGAA*GGATAACAAGAGAGAATCAAAT
TTCAAAACCAAAGAAGAAACAGAAGAGAAGAGAGGACAGTTCAGTCTTGTCGTTGGAGGT
TTGCTTGTAATTGCCTTTGTTGTTCCCATGGCTCAGTACTATGCTTATGTATCCAAAAAG
TAGTGTATTGGTTCACTCTCGTATATACCAAACTGAGCCAGGTCATAACATTGCTATCAA
ACCGGTTTAATAAT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 8

CO CL666Contig1 882 8 8 U
AGATGAAAAATATAAGTGGAATGAAATAATTTTATATTACAAAGAAAAATATATAGATAA
GTTGGAGATGATCTTATACCCTCACATACAAGAAAAAAATCAGAAAGATACAAAAATGTA
GGTAAAAATCAGACAAAGCCTTCTTTTTATCTAAATATATCTTCCTAAACCTAACTTGTT
TACCAAGCAAGCCCTGTTCTGTATTTTTTTTAAGTGAGCTGTCTTCTCATGTGAGTATCG
TCATGTACAAAGACAGGATCTTCTACTCTCTCTGGAAACTGAGGCTGTCCCATTGCTATC
CCTCCTCCTTGGTTAGCCACCGTCCTTGTGCCACCAACGTTTTGGTTACTCGAATTCAAA
CATAGATAGTAGACAATCCCAAGCGCAATAGTAATAATAGAAAGCACAGAAGCGGTAGAG
AAAACGCCCGTCCTAACAATGTAGCAGGAGTAGGGATCGGGAGACGTTGCCTCCAGGGTG
TGGTTATTGTTGAGTACAGCTCCAGATAGCAGCAGGAGGAGAGCTATAGCAAAAGTGAAC
CAAGAAACGATGAAGCAGACTAAGGAGATGATCCACTTGGATCTTGAAGGAGAAGGACCT
TTTCTACAACAGAAACAACCGCTTCCAACGCTTGCGATGATCTGAGCCATAATTAGAAAG
ACAGCTGAATTCAAGCCGAGAGTGAAAGCAGTGCTTCTTTCATAAGAGCATAATGAACCA
GAGGTGGTAACAGTGACCTCATTTATCTTGGTTTTGGTAGCTTCAGCAGCAAAGCCGGTA
AGAGCTGTTATTAAACCCAGAAGAGATAACACTACACACATCGTGACCTTACTACTCATC
TGCATCTCTCACCCTCTTCTCTCTTATCTCTTTTCCTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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AATAATAGAAAGCACAGAAGCGGCAGAAAAAACGCCCGTCCTAACAATGTAGCAGGAGTA
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GCCC*GTTCTGTATTTTTTTTAAGTGAACTGTCTTCTCATGTGAGTATCGTCATGTACAA
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TGAGTACAGCTCCAGATAGCAGCAGGAGGAGAGCTATAGCAAAAGTGAACCAAGAAACGA
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ACCCTCTTCTCTCTTATCTCTTTTCCTTCCCC

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TCTT
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CC

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CTTACTACTCATCTGCATCTCTCACCCTCTTCTCTCTTATCTCTTTTCCTTCCCC

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ACACACATCGTGACCTTACTACTCATCTGCATCTCTCACCCTCTTCTCTC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 2 8

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 

AF RR1BM21JQ U 1
AF RR1BM92TF C 264
AF RR1BM92JQ U 13
AF RR1C538JQ U 10
AF RR1BK21TF C 388
AF RR1FQ72TF C 515
BS 1 289 RR1BM21JQ
BS 290 290 RR1BM92JQ
BS 291 483 RR1BM21JQ
BS 484 484 RR1C538JQ
BS 485 797 RR1BM21JQ
BS 798 851 RR1C538JQ
BS 852 852 RR1BK21TF
BS 853 878 RR1C538JQ
BS 879 879 RR1BK21TF
BS 880 882 RR1C538JQ
BS 883 883 RR1BK21TF
BS 884 892 RR1C538JQ
BS 893 893 RR1BK21TF
BS 894 901 RR1C538JQ
BS 902 902 RR1BK21TF
BS 903 918 RR1C538JQ
BS 919 1204 RR1BK21TF

RD RR1BM21JQ 797 0 0
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AAAACGACTACATAAAAATACATTATACAGACATGAGATTGTTGTGTTCTTAGCAATAAT
CATACTGAGCTGCAATGTATAGAACTATAGATACTCATCCTCAGATACCAAAAGCTTCAG
ACCAGAAGCTGCCTTTCAGGACAGAATCTCTCCTGAAGATACTCATCCTCAGATACGAGC
TATTCCCGACGACCAAAACCTGAGGTTGCCTGCCTCCAAACGTACATGCGGGACTGTTCT
AACTTAAACCGACACTTCTTGCTTCAATTCTAAAGCTTGAGGTGTTGGTGTTGGTGTTGC
TGCTCTGTCCTTGACAAATGTCCTAAGGCACCCGTTGATTATGCGTGGCGCTGATCCATC
ACAGAACCGTTTCGCAAGATCAACAGCCTCGTTGATGACAATCGGGTGTCGGGTTTCAAG
GACCGCCATTTCAGACATTGCTAAATGAAGAATCGAAAACTCTAGTATTCTTCCAGCTGG
TGCACTCTTCCAATCCGGAGGGGAAATTTTCTCGATGATGACGACATGACTATCCCATTT
ATCAGCCACTGCAGCCAAAAGTTTCTTTGCAAACCTTAAAACAAGTTTGCTGTACACCAG
CTTAGGGGGAGCTGAAAGCACTTCTGCTTCAATCTTGGATTCGTTTTCATCATGGCGCAC
AAGCTCATCTTCCTCTTCGCTAGTCTCTGTTTTAACCGGAGGTCCTCCAAAGCTCATGTG
GTTGTATTCCAACAAAG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1BM92TF 580 0 0
GGTTGCCTGCCTCCAAACGTACATGCAGGACTGTTCTAACTTAAACCGACACTTCTTGCT
TCAATTCTAAAGCTTGAGGTGTTGGTGTTGGTGTTGCTGCTCTGTCCTTGACAAATGTCC
TAAGGCACCCGTTGATTATGCGTGGCGCTGATCCATCACAGAACCGTTTCGCAAGATCAA
CAGCCTCGTTGATGACAATCGGGTGTCGGGTTTCAAGGACTGCCATTTCAGACATTGCTA
AATGAAGAATCGAAAACTCTAGTATTCTTCCAGCTGGTGCACTCTTCCAATCCGGAGGGG
AAATTTTCTCGATGATGACGACATGACTATCCCATTTATCAGCCACTGCAGCCAAAAGTT
TCTTTGCAAACCTTAAAACAAGTTTGCTGTACACCAGCTTAGGGGGAGCTGAAAGCACTT
CTGCTTCAATCTTGGATTCGTTTTCATCATGGCGCACAAGCTCATCTTCCTCTTCGCTAG
TCTCTGTTTTAACCGGAGGTCCTCCAAAGCTCATGTGGTTGTATTCCAACAAAGAAGCCT
TGTCAAACTCGTATCCAGGCTCTCTTCTTGCATTGATCC
C

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1BM92JQ 830 0 0
GATTAAAGTTTTGAATGATTATACAACGGAAACACAGGGTAAGGACACAAAACGACTACA
TAAAAATACATTATACAGACATGAGATTGTTGTGTTCTTAGCAATAATCATACTGAGCTG
CAATGTATAGAACTATAGATACTCATCCTCAGATACCAAAAGCTTCAGACCAGAAGCTGC
CTTTCAGGACAGAATCTCTCCTGAAGATACTCATCCTCAGATACGAGCTATTCCCGACGA
CCAAAACCTGAGGTTGCCTGCCTCCAAACGTACATGCAGGACTGTTCTAACTTAAACCGA
CACTTCTTGCTTCAATTCTAAAGCTTGAGGTGTTGGTGTTGGTGTTGCTGCTCTGTCCTT
GACAAATGTCCTAAGGCACCCGTTGATTATGCGTGGCGCTGATCCATCACAGAACCGTTT
CGCAAGATCAACAGCCTCGTTGATGACAATCGGGTGTCGGGTTTCAAGGACTGCCATTTC
AGACATTGCTAAATGAAGAATCGAAAACTCTAGTATTCTTCCAGCTGGTGCACTCTTCCA
ATCCGGAGGGGAAATTTTCTCGATGATGACGACATGACTATCCCATTTATCAGCCACTGC
AGCCAAAAGTTTCTTTGCAAACCTTAAAACAAGTTTGCTGTACACCAGCTTAGGGGGAGC
TGAAAGCACTTCTGCTTCAATCTTGGATTCGTTTTCATCATGGCGCACAAGCTCATCTTC
CTCTTCGCTAGTCTCTGTTTTAACCGGAGGTCCTCCAAAGCTCATGTGGTTGTATTCCAA
CAAAGAAGCCTTGTCAAACTCGTATCCAGGCTCTCTTCTTGCATTGATCC

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR1C538JQ 909 0 0
GCA
GATTAAAGTTTTGAATGATTATACAACGGAAACACAGGGTAAGGACACAAAACGACTACA
TAAAAATACATTATACAGACATGAGATTGTTGTGTTCTTAGCAATAATCATACTGAGCTG
CAATGTATAGAACTATAGATACTCATCCTCAGATACCAAAAGCTTCAGACCAGAAGCTGC
CTTTCAGGACAGAATCTCTCCTGAAGATACTCATCCTCAGATACGAGCTATTCCCGACGA
CCAAAACCTGAGGTTGCCTGCCTCCAAACGTACATGCGGGACTGTTCTAACTTAAACCGA
CACTTCTTGCTTCAATTCTAAAGCTTGAGGTGTTGGTGTTGGTGTTGCTGCTCTGTCCTT
GACAAATGTCATAAGGCACCCGTTGATTATGCGTGGCGCTGATCCATCACAGAACCGTTT
CGCAAGATCAACAGCCTCGTTGATGACAATCGGGTGTCGGGTTTCAAGGACTGCCATTTC
AGACATTGCTAAATGAAGAATCGAAAACTCTAGTATTCTTCCAGCTGGTGCACTCTTCCA
ATCCGGAGGGGAAATTTTCTCGATGATGACGACATGACTATCCCATTTATCAGCCACTGC
AGCCAAAAGTTTCTTTGCAAACCCTAAAACAAGTTTGCTGTACACCAGCTTAGGGGGAGC
TGAAAGCACTTCTGCTTCAATCTTGGATTCGTTTTCATCATGGCGCACAAGCTCATCTTC
CTCTTCGCTAGTCTCTGTTTTAACCGGAGGTCCTCCAAAGCTCATGTGGTTGTATTCCAA
CAAAGAAGCCTTGTCAAACTCGTATCCAGGCTCTCTTCTTGCATTGATCCTCTTCTCAA*
GAGACGAATTGGGTCAGAGCCTTCTA*GCA*GCGGCATAA*GTGTTACA*GAGCGAGCTC
GCGTGC

QA 4 909 4 909
DS 

RD RR1BK21TF 817 0 0
GCACCCGTTGATTATGCGTGGCGCTGATCCATCACAGAACCGTTTCGCAAGATCAACAGC
CTCGTTGATGACAATCGGGTGTCGGGCTTCAAGGACTGCCATTTCAGACATTGCCAAATG
AAGAATCGAAAACTCTAGTATTCTTCCAGCTGGTGCACTCTTCCAATCCGGAGGGGAAAT
TTTCTCGATGATGACGACATGACTATCCCATTTATCAGCCACTGCAGCCAAAAGTTTCTT
TGCAAACCTTAAAACAAGTTTGCTGTACACCAGCTTAGGGGGAGCTGAAAGCACTTCTGC
TTCAATCTTGGATTCGTTTTCATCATGGCGCACAAGCTCATCTTCCTCTTCGCTAGTCTC
TGTTTTAACCGGAGGTCCTCCAAAGCTCATGTGGTTGTATTCCAAAAAAGAAGCCGTGTC
AAACTCGTATCCAGGCTCTATTCTTGCATTGATCCTCTTCTCAAAGAGACGAATTGGGTC
AGAGCCTTCTAAGCAAGCGGCATAAAGTGTTACAAGAGCGAGCTCGCGTGCGGCGCGGGG
ACTGCTTAATCGACCGCTCTTATCTATCTTCGGCATCGGGACATCTTTCACTTCCTCCGC
GGTAAGCGTCGGCGTACGGAGAGCTCCTCTCGTCGGAGAAATAAACAACCTTCTGTTACC
CGTTCGCAGAGATACCAAGTTCGTCGGCCGGAGCGAATCAACAAACGTAAATCCTAGTGA
GCGGTGAGAGTCTAGTGAGAGGTTACTGGAGAAGTAACACAGACTCGACGAAGAGCGTAG
ACAAAGCGGCGAGATGCTTCCCTCCATTTGTGTGTCC

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1FQ72TF 690 0 0
GAAAACTCTAGTATTCTTCCAGCTGGTGCACTCTTCCAATCCGGAGGGGAAATTTTCTCG
ATGATGACGACATGACTATCCCATTTATCAGCCACTGCAGCCAAAAGTTTCTTTGCAAAC
CTTAAAACAAGTTTGCTGTACACCAGCTTAGGGGGAGCTGAAAGCACTTCTGCTTCAATC
TTGGATTCGTTTTCATCATGGCGCACAAGCTCATCTTCCTCTTCGCTAGTCTCTGTTTTA
ACCGGAGGTCCTCCAAAGCTCATGTGGTTGTATTCCAAAAAAGAAGCCGTGTCAAACTCG
TATCCAGGCTCTATTCTTGCATTGATCCTCTTCTCAAAGAGACGAATTGGGTCAGAGCCT
TCTAAGCAAGCGGCATAAAGTGTTACAAGAGCGAGCTCGCGTGCGGCGCGGGGACTGCTT
AATCGACCGCTCTTATCTATCTTCGGCATCGGGACATCTTTCACTTCCTCCGCGGTAAGC
GTCGGCGTACGGAGAGCTCCTCTCGTCGGAGAAATAAACAACCTTCTGTTACCCGTTCGC
AGAGATACCAAGTTCGTCGGCCGGAGCGAATCAACAAACGTAAATCCTAGTGAGCGGTGA
GAGTCTAGTGAGAGGTTACTGGAGAAGTAACACAGACTCGACGAAGAGCGTAGACAAAGC
GGCGAGATGCTTCCCTCCATTTGTGTGT
CC

QA 1 688 1 688
DS 



CO CL667Contig2 758 2 8 U
GGAAACACGGAGAAGCGAGAGAGACGGAGCTCAAACACAAAAATGGAGGGAAGCATCTCG
CCGCTTTGCCTACGCTCTTCGTCGAGTCTGTTTTACTTCTCCAGTAATCTCTCACTAGAC
TCTCACCGTTCGCTAGGATTTACATTTGTTGATTCGCTCCGGCCGACGAACTTGGTATCC
CTACGAACGGGAAACAGAAGGTTGTTTATTTCTCCGACGAGAGGAGCTATCCGTACGCCG
ACGCTTACCGCGGAGGAAGTGAAAGATGTCCCGATGCCGAAGATAGATAAGAGCGGTCGA
TTAAGCAGTCCCCGCGCCGCACGCGAGCTCGCTCTTGTAACACTTTATGCCGCTTGCTTA
GAAGGCTCTGACCCAATTCGTCTCTTTGAGAAGAGGATCAATGCAAGAAGAGAGCCTGGA
TACGAGTTTGACAAGGGCTTCTTTGTTGGAATACAACCACATGAGCTTTGGAGGACCTCC
GGTTAAAACAGAGACTAGCGAAGAGGAAGATGAGCTTGTGCGCCATGATGAAAACGAATC
CAAGATTGAAGCAGAAGTGCTTTCAGCTCCCCCTAAGCTGGTGTACAGCAAACTTGTTTT
AAGGGTTTGCAAAGAAACTTTTGGCTGCAGTGGCTGATAAATGGGATAGTCATGTCGTCA
TCATCGAGAAAATTTCCCCTCCGGATTGGAAGAGTGCACCAGCTGGAGAATACTAGAGTT
TCGATCTTCATTTAGCATGTCTGAAATGGCAGTCCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM21TF U 1
AF RR1C538TF U 71
BS 1 182 RR1BM21TF
BS 183 183 RR1C538TF
BS 184 436 RR1BM21TF
BS 437 437 RR1C538TF
BS 438 603 RR1BM21TF
BS 604 605 RR1C538TF
BS 606 686 RR1BM21TF
BS 687 758 RR1C538TF

RD RR1BM21TF 686 0 0
GGAAACACGGAGAAGCGAGAGAGACGGAGCTCAAACACAAAAATGGAGGGAAGCATCTCG
CCGCTTTGCCTACGCTCTTCGTCGAGTCTGTTTTACTTCTCCAGTAATCTCTCACTAGAC
TCTCACCGTTCGCTAGGATTTACATTTGTTGATTCGCTCCGGCCGACGAACTTGGTATCC
CTGCGAACGGGAAACAGAAGGTTGTTTATTTCTCCGACGAGAGGAGCTATCCGTACGCCG
ACGCTTACCGCGGAGGAAGTGAAAGATGTCCCGATGCCGAAGATAGATAAGAGCGGTCGA
TTAAGCAGTCCCCGCGCCGCACGCGAGCTCGCTCTTGTAACACTTTATGCCGCTTGCTTA
GAAGGCTCTGACCCAATTCGTCTCTTTGAGAAGAGGATCAATGCAAGAAGAGAGCCTGGA
TACGAGTTTGACAAGG*CTTCTTTGTTGGAATACAACCACATGAGCTTTGGAGGACCTCC
GGTTAAAACAGAGACTAGCGAAGAGGAAGATGAGCTTGTGCGCCATGATGAAAACGAATC
CAAGATTGAAGCAGAAGTGCTTTCAGCTCCCCCTAAGCTGGTGTACAGCAAACTTGTTTT
AAG**TTTGCAAAGAAACTTTTGGCTGCAGTGGCTGATAAATGGGATAGTCATGTCGTCA
TCATCGAGAAAATTTCCCCTCCGGAT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1C538TF 688 0 0
TACGCTCTTCGTCGAGTCTGTTTTACTTCTCCAGTAATCTCTCACTAGACTCTCACCGTT
CGCTAGGATTTACATTTGTTGATTCGCTCCGGCCGACGAACTTGGTATCCCTACGAACGG
GAAACAGAAGGTTGTTTATTTCTCCGACGAGAGGAGCTATCCGTACGCCGACGCTTACCG
CGGAGGAAGTGAAAGATGTCCCGATGCCGAAGATAGATAAGAGCGGTCGATTAAGCAGTC
CCCGCGCCGCACGCGAGCTCGCTCTTGTAACACTTTATGCCGCTTGCTTAGAAGGCTCTG
ACCCAATTCGTCTCTTTGAGAAGAGGATCAATGCAAGAAGAGAGCCTGGATACGAGTTTG
ACAAGGGCTTCTTTGTTGGAATACAACCACATGAGCTTTGGAGGACCTCCGGTTAAAACA
GAGACTAGCGAAGAGGAAGATGAGCTTGTGCGCCATGATGAAAACGAATCCAAGATTGAA
GCAGAAGTGCTTTCAGCTCCCCCTAAGCTGGTGTACAGCAAACTTGTTTTTAGGGTTTGC
AAAGAAACTTTTGGCTGCAGTGGCTGATAAATGGGATAGTCATGTCGTCATCATCGAGAA
A*TTTCCCCTCCGGATTGGAAGAGTGCACCAGCTGGAGAATACTAGAGTTTCGATCTTCA
TTTAGCATGTCTGAAATGGCAGTCCTTG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 2 7

CO CL668Contig1 604 2 3 U
GGGAAGCTGTTGCTCGTACCACTTTGCTCTCTCACCTTCCAATCTTACCGGCGGCGAAAA
TGGTTTTCAAGAGGTACGTGGAGATAGGGAGAGTTGCTCTTGTCAACTACGGGAAAGACC
ATGGCAAGCTCGTCGTTATCGTCGACGTTGTTGACCAGAACAGAGCTTTGGTAGATGCCC
CTGATATGGAGAGGATCCAAATGAATTTCAAGAGGTTGTCTCTTACGGACATCGTGATTG
AGATCAACCGAGTGCCGAAGAAGAAGGCTTTGATCGAAGCTATGGAGAAAGCTGACGTGA
AGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTTATCGTTCAGAAGCGTAGAGCTA
GCCTCGATGATTTCGATAGGTTCAAGATCATGTTGGCCAGAATCAAGAAAGCCGGTGTTG
TTAGGCAAGAACTTGCCAAGCTCAAGAAGGAGATCACTGCTTGAGTTACTCTGCGAATCG
TTTATTGTATTTTTTTGGTTTTGGATTTACTAGCGTTTTGCAATTTATCAACTCTGTTGA
ATTAGTTTCAGTTTTGAAACCTTTACAACTTTCATCTTGCGTTTAATGTCAAAGAACCTT
TACG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1FQ39TF U 1
AF RR1FQ39JQ C 1
BS 1 1 RR1FQ39JQ
BS 2 348 RR1FQ39TF
BS 349 604 RR1FQ39JQ

RD RR1FQ39TF 348 0 0
G
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GGTTTTCAAGAGGTACGTGGAGATAGGGAGAGTTGCTCTTGTCAACTACGGGAAAGACCA
TGGCAAGCTCGTCGTTATCGTCGACGTTGTTGACCAGAACAGAGCTTTGGTAGATGCCCC
TGATATGGAGAGGATCCAAATGAATTTCAAGAGGTTGTCTCTTACGGACATCGTGATTGA
GATCAACCGAGTGCCGAAGAAGAAGGCTTTGATCGAAGCTATGGAGAAAGCTGACGTGAA
GAACAAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTTATCGTTCAGA

QA 2 348 2 348
DS 

RD RR1FQ39JQ 604 0 0
GGGAAGCTGTTGCTCGTACCACTTTGCTCTCTCACCTTCCAATCTTACCGGCGGCGAAAA
TGGTTTTCAAGAGGTACGTGGAGATAGGGAGAGTTGCTCTTGTCAACTACGGGAAAGACC
ATGGCAAGCTCGTCGTTATCGTCGACGTTGTTGACCAGAACAGAGCTTTGGTAGATGCCC
CTGATATGGAGAGGATCCAAATGAATTTCAAGAGGTTGTCTCTTACGGACATCGTGATTG
AGATCAACCGAGTGCCGAAGAAGAAGGCTTTGATCGAAGCTATGGAGAAAGCTGACGTGA
AGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTTATCGTTCAGAAGCGTAGAGCTA
GCCTCGATGATTTCGATAGGTTCAAGATCATGTTGGCCAGAATCAAGAAAGCCGGTGTTG
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TTTATTGTATTTTTTTGGTTTTGGATTTACTAGCGTTTTGCAATTTATCAACTCTGTTGA
ATTAGTTTCAGTTTTGAAACCTTTACAACTTTCATCTTGCGTTTAATGTCAAAGAACCTT
TACG

QA 1 604 1 604
DS 



CO CL668Contig2 919 5 9 U
GGACCACTCAACTCTCTCTCAACTTCCAACCTCACCGGCGGCGAAAATGGTTTTCAAGAG
GTACGTGGAGATAGGGAGAGTTGCTCTTGTCAACTACGGGAAAGACCATGGAAAGCTCGT
CGTTATCGTTGACGTTGTTGACCAGAACAGAGCTTTGGTAGATGCCCCTGATATGGAAAG
GATCCAGATGAATTTCAAGAGGTTGTCTCTTACGGACATCGTGATTGAGATCAACCGAGT
GCCGAAGAAGAAGGCTTTGATCGAGGCTATGGAGAAAGCTGATGTGAAGAACAAGTGGGA
GAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTTATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAATGACTT
CGATAGGTTCAAGATCATGTTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGGCAAGAACT
TGCCAAGCTCAAGAAGGAGATCACCGCTTGAGTACTATCTGCGAATCTTGTTATTGTATT
TTGGGTTTTGGATTTACTAGCGTTTTGCAATTTATCAACTCTGTTGAATGGATGTTAGTT
TCAGTTTTGAAACCTTTACAACTTTCATCTTTCGTTTAATGTCAAAGAACCTTTACGACT
TCAATGTCTATACGACAACAGTTTTCTCGTATGATCTAAGACCATCTCCAATGTATTTTG
CTATTTTCACTTCTAAAATAGAGGAACTCTATTATAACTCTATTATTCTATAATAGAGGT
GAGATATGCTCCAATGTATTTCTCTATAATAGCAATCTCTATTTTATAGAGTAAAAAATA
GAGGAATGCTATTTCTTCTTCTATAAATAGAGGAAAAAGTACAGGTAGGTTGGAGCAATT
TCACCTCTAAATGCTATTATAGAGGTGAAAATAGCAATGGGTTGGAGATGCTCTAATATT
GTTCTAATAACGAAATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1HB63TF U 1
AF RR1CI52TF U 118
AF RR1C116TF U 118
AF RR1C116JQ C 173
AF RR1CI52JQ C 208
BS 1 581 RR1HB63TF
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RD RR1HB63TF 581 0 0
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CGATAGGTTCAAGATCATGTTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGGCAAGAACT
TGCCAAGCTCAAGAAGGAGATCACCGCTTGAGTACTATCTGCGAATCTTGTTATTGTATT
TTGGGTTTTGGATTTACTAGCGTTTTGCAATTTATCAACTCTGTTGAATGGATGTTAGTT
TCAGTTTTGAAACCTTTACAACTTTCATCTTTCGTTTAATG

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1CI52TF 702 0 0
G
GTCGTTATCGTTGACGTTGTTGACCAGAACAGAGCTTTGGTAGATGCCCCTGATATGGAA
AGGATCCAGATGAATTTCAAGAGGTTGTCTCTTACGGACATCGTGATTGAGATCAACCGA
GTGCCGAAGAAGAAGGCTTTGATCGAGGCTATGGAGAAAGCTGATGTGAAGAACAAGTGG
GAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTTATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAATGAC
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CTTGCCAAGCTCAAGAAGGAGATCACCGCTTGAGTACTATCTGCGAATCTTGTTATTGTA
TTTTGGGTTTTGGATTTACTAGCGTTTTGCAATTTATCAACTCTGTTGAATGGATGTTAG
TTTCAGTTTTGAAACCTTTACAACTTTCATCTTTCGTTTAATGTCAAAGAACCTTTACGA
CTTCAATGTCTATACGACAACAGTTTTCTCGTATGATCTAAGACCATCTCCAATGTATTT
TGCTATTTTCACTTCTAAAATAGAGGAACTCTATTATAACTCTATTATTCTATAATAGAG
GTGAGATATGCTCCAATGTATTTCTCTATAATAGCAATCTCTATTTTATAGAGTAAAAA*
TAGAGGAATGCTATTTCTTCTTCTATAAATAGAGGAAAA
GT

QA 2 700 2 700
DS 

RD RR1C116TF 751 0 0
G
GTCGTTATCGTTGACGTTGTTGACCAGAACAGAGCTTTGGTAGATGCCCCTGATATGGAA
AGGATCCAGATGAATTTCAAGAGGTTGTCTCTTACGGACATCGTGATTGAGATCAACCGA
GTGCCGAAGAAGAAGGCTTTGATCGAGGCTATGGAGAAAGCTGATGTGAAGAACAAGTGG
GAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTTATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAATGAC
TTCGATAGGTTCAAGATCATGTTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGGCAAGAA
CTTGCCAAGCTCAAGAAGGAGATCACCGCTTGAGTACTATCTGCGAATCTTGTTATTGTA
TTTTGGGTTTTGGATTTACTAGCGTTTTGCAATTTATCAACTCTGTTGAATGGATGTTAG
TTTCAGTTTTGAAACCTTTACAACTTTCATCTTTCGTTTAATGTCAAAGAACCTTTACGA
CTTCAATGTCTATACGACAACAGTTTTCTCGTATGATCTAAGACCATCTCCAATGTATTT
TGCTATTTTCACTTCTAAAATAGAGGAACTCTATTATAACTCTATTATTCTATAATAGAG
GTGAGATATGCTCCAATGTATTTCTCTATAATAGCAATCTCTATTTTATAGAGTAAAAA*
TAGAGGAATGCTATTTCTTCTTCTATAA*TAGAGGAAAA*GTACAGGTAGGTTGGAGCAA
TTTCACCTCTAAATGCTATTATAGAG
TGAA

QA 2 747 2 747
DS 

RD RR1C116JQ 747 0 0
ATGGAAAGGATCCAGATGAATTTCAAGAGGTTGTCTCTTACGGACATCGTGATTGAGATC
AACCGAGTGCCGAAGAAGAAGGCTTTGATCGAGGCTATGGAGAAAGCTGATGTGAAGAAC
AAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTTATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTC
AATGACTTCGATAGGTTCAAGATCATGTTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGG
CAAGAACTTGCCAAGCTCAAGAAGGAGATCACCGCTTGAGTACTATCTGCGAATCTTGTT
ATTGTATTTTGGGTTTTGGATTTACTAGCGTTTTGCAATTTATCAACTCTGTTGAATGGA
TGTTAGTTTCAGTTTTGAAACCTTTACAACTTTCATCTTTCGTTTAATGTCAAAGAACCT
TTACGACTTCAATGTCTATACGACAACAGTTTTCTCGTATGATCTAAGACCATCTCCAAT
GTATTTTGCTATTTTCACTTCTAAAATAGAGGAACTCTATTATAACTCTATTATTCTATA
ATAGAGGTGAGATATGCTCCAATGTATTTCTCTATAATAGCAATCTCTATTTTATAGAGT
AAAAAATAGAGGAATGCTATTTCTTCTTCTATAAATAGAGGAAAAAGTACAGGTAGGTTG
GAGCAATTTCACCTCTAAATGCTATTATAGAGGTGAAAATAGCAATGGGTTGGAGATGCT
CTAATATTGTTCTAATAACGAAATGAT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1CI52JQ 712 0 0
TCTTACGGACATCGTGATTGAGATCAACCGAGTGCCGAAGAAGAAGGCTTTGATCGAGGC
TATGGAGAAAGCTGATGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTTAT
CGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAATGACTTCGATAGGTTCAAGATCATGTTGGCCAA
AATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGGCAAGAACTTGCCAAGCTCAAGAAGGAGATCACCGC
TTGAGTACTATCTGCGAATCTTGTTATTGTATTTTGGGTTTTGGATTTACTAGCGTTTTG
CAATTTATCAACTCTGTTGAATGGATGTTAGTTTCAGTTTTGAAACCTTTACAACTTTCA
TCTTTCGTTTAATGTCAAAGAACCTTTACGACTTCAATGTCTATACGACAACAGTTTTCT
CGTATGATCTAAGACCATCTCCAATGTATTTTGCTATTTTCACTTCTAAAATAGAGGAAC
TCTATTATAACTCTATTATTCTATAATAGAGGTGAGATATGCTCCAATGTATTTCTCTAT
AATAGCAATCTCTATTTTATAGAGTAAAAAATAGAGGAATGCTATTTCTTCTTCTATAAA
TAGAGGAAAAAGTACAGGTAGGTTGGAGCAATTTCACCTCTAAATGCTATTATAGAGGTG
AAAATAGCAATGGGTTGGAGATGCTCTAATATTGTTCTAATAACGAAATGAT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 8

CO CL669Contig1 1049 8 27 U
GGGAATCTCTTCTGGAATCAAAAGAAGAAGAAGCAGGAGCTAGCTTTTGTAAGAGAGAAG
CAAAAGTGATAAATCTCTGAGCTTTTT*ATCTGAT*CTTTAGAGATGGCGGTTGCTCCGG
CGAGAGCTCGTTCTGACTATGATTACCTCATCAAGCTCCTTCTCATCGGAGACAGCGGTG
TGGGGAAGAGTTGCTTGTTGCTGCGTTTCTCAGATGATACTTTCACTACAAGTTTCATTA
CTACCATTGGAATTGACTTCAAGATAAGAACCGTTGAGCTTGATGGGAAGCGTATCAAAT
TGCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAACTATCACCACAGCGTATTACA
GAGGAGCGATGGGTATACTGCTTGTCTACGACGTAACCGATGAGTCATCCTTTAACAACA
TTAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCATGCCTCAGATAACGTCAACAAAATACTGG
TCGGTAACAAAGCTGACATGGATGAAAGCAAAAGGGCTATCCCAACAGCAAAGGGCCAAG
CTTTAGCTGATGAATATGGAATCAAATTCTTTGAAACGAGTGCAAAAACAAACCTCAATG
TTGAGTCGGTTTTCCTCTCTATCGCAAAAGACATCAAACAAAGATTGACAGAAACCGATA
CAAAGGCAGAGCCTCAAGGCATCAAGATCACTAAACAAGATGCTGCTTCATCGTCTTCTA
CTACAGCTGAGAAATCAGCTTACTGTAGTTATGTTTAGGAGTTTGATGATCGCTCTTCTT
TCGCCTGCACTGGTTTTCTTTAAGTCTCTAGCCATCTGATGTTACATCTCTTACTGTCTC
AAATCAGAGATCGTTCTTGTTTTGTGTAACATAGGACGAGTAGGGTATCTCTCATTGATG
GTTGTGATCTTGTATGTCTTGTCTAATTTGTTATCTTTGTGATTCTGAGTACAATTGATC
TTCCTGATATGGAA*GACAATGTTGGTCAAAAACAATGTTTAAAGACTTTTGAATTTATG
AAATGAAACTGTTGTAGTGCGAAAAAAAA


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ38TF U 2
AF RR1FO37TF U 20
AF RR1CH57TF U 1
AF RR1E222TF U 22
AF RR1CH57JQ C 290
AF RR1GX82TF U 272
AF RR1FO37JQ C 298
AF RR1GX82JQ C 618
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BS 20 36 RR1CH57TF
BS 37 37 RR1DZ38TF
BS 38 43 RR1CH57TF
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BS 455 455 RR1DZ38TF
BS 456 505 RR1CH57TF
BS 506 506 RR1DZ38TF
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BS 550 550 RR1FO37TF
BS 551 622 RR1CH57TF
BS 623 623 RR1FO37TF
BS 624 661 RR1CH57TF
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BS 994 1049 RR1GX82TF

RD RR1DZ38TF 508 0 0
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AAAAGTGATAAATCTCTGAGCTTTTT*ATCTGAT*CTTTAGAGATGGCGGTTGCTCCGGC
GAGAGCTCGTTCTGACTATGATTACCTCATCAAGCTCCTTCTCATCGGAGACAGCGGTGT
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GCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAACTATCACCACAGCGTATTACAG
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TAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCATGCCTCAGATAACGTCAACAAAATACTGGT
CGGTAACAAAGCTGACATGGATGAAAGC

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1FO37TF 641 0 0
GGAA
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TTTT*ATCTGAT*CTTTAGAGATGGCGGTTGCTCCGGCGAGAGCTCGTTCTGACTATGAT
TACCTCATCAAGCTCCTTCTCATCGGAGACAGCGGTGTGGGGAAGAGTTGCTTGTTGCTG
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GTCTACGACGTAACCGATGAGTCATCCTTTAACAACATTAGGAACTGGATGAAGAACATA
GAGCAGCATGCCTCAGATAACGTCAACAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGAT
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AAATTCTTTGAAACGAGTGCAAAAACAAACCTCAATGTTGAGTCGGTTATCCTCTCTATC
GCAAAAGACATCAAACAAAGATTGACAGAAACCGATA

QA 5 641 5 641
DS 

RD RR1CH57TF 661 0 0
GGGAATCTCTTCTGGAA**AAAAGAAGAAGAAGCAG*AGCTAGTTTTTGTAAGAGAGAAG
CAAAAGTGATAAATCTCTGAGCTTTTTTATCTGATTCTTTAGAGATGGCGGTTGCTCCGG
CGAGAGCTCGTTCTGACTATGATTACCTCATCAAGCTCCTTCTCATCGGAGACAGCGGTG
TGGGGAAGAGTTGCTTGTTGCTGCGTTTCTCAGATGATACTTTCACTACAAGTTTCATTA
CTACCATTGGAATTGACTTCAAGATAAGAACCGTTGAGCTTGATGGGAAGCGTATCAAAT
TGCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAACTATCACCACAGCGTATTACA
GAGGAGCGATGGGTATACTGCTTGTCTACGACGTAACCGATGAGTCATCCTTCAACAACA
TTAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCATGCTTCAGATAACGTCAACAAAATACTGG
TCGGTAACAAAGCTGACATGGATGAGAGCAAAAGGGCTATCCCAACAGCAAAGGGCCAAG
CTTTAGCTGGTGAATATGGAATCAAATTCTTTGAAACGAGTGCAAAAACAAACCTCAATG
TTGAGTCGGTTTTCCTCTCTATTGCAAAAGACATCAAACAAAGATTGACAGAAACCGATA
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1E222TF 653 0 0
GG
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TTTT*ATCTGAT*CTTTAGAGATGGCGGTTGCTCCGGCGAGAGCTCGTTCTGACTATGAT
TACCTCATCAAGCTCCTTCTCATCGGAGACAGCGGTGTGGGGAAGAGTTGCTTGTTGCTG
CGTTTCTCAGATGATACTTTCACTACAAGTTTCATTACTACCATTGGAATTGACTTCAAG
ATAAGAACCGTTGAGCTTGATGGGAAGCGTATCAAATTGCAGATATGGGACACTGCTGGT
CAAGAACGTTTCAGAACTATCACCACAGCGTATTACAGAGGAGCGAGGGGTATACTGCTT
GTCTACGACGTAACCGATGAGTCATCCTTTAACAACATTAGGAACTGGATGAAGAACATA
GAGCAGCATGCCTCAGATAACGTCAACAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGAT
GAAAGCAAAAGGGCTATCCCAACAGCAAAGGGCCAAGCTTTAGCTGATGAATATGGAATC
AAATTCTTTGAAACGAGTGCAAAAACAAACCTCAATGTTGAGTCGGTTTTCCTCTCTATC
GCAAAAGACATCAAACAAAGATTGACAGAAACCGATACAAAGGCAGAGCCT

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR1CH57JQ 703 0 0
GCGTATCAAATTGCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAACTATCACCAC
AGCGTATTACAGAGGAGCGATGGGTATACTGCTTGTCTACGACGTAACCGATGAGTCATC
CTTCAACAACATTAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCATGCTTCAGATAACGTCAA
CAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGATGAGAGCAAAAGGGCTATCCCAACAGC
AAAGGGCCAAGCTTTAGCTGGTGAATATGGAATCAAATTCTTTGAAACGAGTGCAAAAAC
AAACCTCAATGTTGAGTCGGTTTTCCTCTCTATTGCAAAAGACATCAAACAAAGATTGAC
AGAAACCGATACAAAGGCAGAGCCTCAAGGCATCAAGATCACTAAACAAGATGCTGCTTC
ATCGTCTTCTACTACAGCTGAGAAATCAGCTTGCTGTAGTTATGTTTAGGAGTTTGATTA
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CTTACTGTCTCAAATCAGAGATCGTTCTTGTTTTGTGTAACATAGGACGAGTAGGATATA
TCTCATTGATGGTTGTGATCTTGTATGTCTTGTCTAGTTTGTTATCTTTGTGATTCTG**
TACAATTGTTCTTCCTGATATGGAAAGACAATGTTGGTCAAAA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1GX82TF 778 0 0
G
GTTGAGCTTGATAGGAAGCGTATCAAATTGCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGT
TTCAGAACTATCACCACAGCGTATTACAGAGGAGCGATGGGTATACTGCTTGTCTACGAC
GTAACCGATGAGTCATCCTTTAACAACATTAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCAT
GCCTCAGATAACGTCAACAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGATGAAAGCAAA
AGGGCTATCCCAACAGCAAAGGGCCAAGCTTTAGCTGATGAATATGGAATCAAATTCTTT
GAAACGAGTGCAAAAACAAACCTCAATGTTGAGTCGGTTTTCCTCTCTATCGCAAAAGAC
ATCAAACAAAGATTGACAGAAACCGATACAAAGGCAGAGCCTCAAGGCATCAAGATCACT
AAACAAGATGCTGCTTCATCGTCTTCTACTACAGCTGAGAAATCAGCTTACTGTAGTTAT
GTTTAGGAGTTTGATGATCGCTCTTCTTTCGCCTGCACTGGTTTTCTTTAAGTCTCTAGC
CATCTGATGTTACATCTCTTACTGTCTCAAATCAGAGATCGTTCTTGTTTTGTGTAACAT
AG*ACGAGTAGGGTATCTCTCATTGATGGTTGTGATCTTGTATGTCTTGTCTAATTTGTT
ATCTTTGTGATTCTGAGTACAATTGATCTTCCTGATATGGAA*GACAATGTTGGTCAAAA
*CAATGTTTAAAGACTTTTGAATTTATGAAATGAAACTGTTGTAGTGCGAAAAAAAA

QA 2 778 2 778
DS 

RD RR1FO37JQ 747 0 0
AATTGCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAACTATCACCACAGCGTATT
ACAGAGGAGCGATGGGTATACTGCTTGTCTACGACGTAACCGATGAGTCATCCTTTAACA
ACATTAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCATGCCTCAGATAACGTCAACAAAATAC
TGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGATGAAAGCAAAAGGGCTATCCCAACAGCAAAGGGCC
AAGCTTTAGCTGATGAATATGGAATCAAATTCTTTGAAACGAGTGCAAAAACAAACCTCA
ATGTTGAGTCGGTTATCCTCTCTATCGCAAAAGACATCAAACAAAGATTGACAGAAACCG
ATACAAAGGCAGAGCCTCAAGGCATCAAGATCACTAAACAAGATGCTGCTTCATCGTCTT
CTACTACAGCTGAGAAATCAGCTTGCTGTAGTTATGTTTAGGAGTTTGATGATCGCTCTT
CTTTCGCCTGCACTGGTTTTCTTTAAGTCTCTAGCCATCTGATGTTACATCTCTTACTGT
CTCAAATCAGAGATCGTTCTTGTTTTGTGTAACATAGGACGAGTAGGATATCTCTCATTG
ATGGTTGTGATCTTGTATGTCTTGTCTAATTTGTTATCTTTGTGATTCTGAGTACAATTG
ATCTTCCTGATATGGAA*GACAATGTTGGTCAAAAACAATGTTTAAAGACTTTTGAATTT
ATGAAATGAAACTGTTGTAGTG
TGTAT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1GX82JQ 424 0 0
TCTATCGCAAAAGACATCAAACAAAGATTGACAGAAACCGATACAAAGGCAGAGCCTCAA
GGCATCAAGATCACTAAACAAGATGCTGCTTCATCGTCTTTTACTACAGCTGAGAAATCA
GCTTACTGTAGTTATGTTTAGGAGTTTGATGATCGCTCTTCTTTCGCCTGCACTGGTTTT
CTTTAAGTCTCTAGCCATCTGATGTTACATCTCTTACTGTCTCAAATCAGAGATCGTTCT
TGTTTTGTGTAACATAGGACGAGTAGGGTATCTCTCATTGATGGTTGTGATCTTGTATGT
CTTGTCTAATTTGTTATCTTTGTGATTCTGAGTACAATTGATCTTCCTGATATGGAA*GA
CAATGTTGGTCAAAAACAATGTTTAAAGACTTTTGAATTTATGAAATGAAACTGTTGTAG
TG
CG

QA 1 422 1 422
DS 



AS 2 8

CO CL670Contig1 703 4 5 U
GGATCCCAAGCAAGACAGCTTCCCTTTGAATCAAACACTATGGCAACGAGAAGGATTTTG
AAAGAACTGAGGGAGTTGCAGAGAGACCCTCCTATGTCATGCAGTGCAGGTCCAGTAGGT
GAAGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATAATGGGTCCTAACGAAAGTCCATACACGGGA
GGTGTTTTCCTTGTCACTATCAATTTCTCTCAAGATTATCCCTTCAAACCTCCCAAGGTT
GTATTCAGAACCAAAGTGTTTCACCCTAACATCAACAACAACGGGAACATCTGTTTGGAC
ATCCTCAAAGACCAGTGGAGCCCTGCCCTGACAATCTCTAAGGTGCTTCTCTCTGTGTGC
TCTCTTCTCACAGACCCAAACCCTGACGATCCTCTGGTTCCAGATATAGCTCACATATAC
AAAACCGACAAGGTCAAGTACGAAGCCATGGCTAGAAGCTGGACCCAGAAGTATGCCTTG
TACTAAAACTCATGTCTACAACTTGTGGTTTTGGTCTTATTTTATTATAATAAAACAAAG
ATGTGCAATGATCTTCTGATCTCTATTGTTCCTTGAATAATTGAGAAACTTGTTTTTGTA
TTATACTAATAAGTCTCATTACTATATTAGATATCGATTTTGATTCCTGCCTAGAACTTT
TCTGTATAATTATTGGCAGTAAAGCTGATTTGGATTCTTTGCT


BQ
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E352JQ C 2
AF RR1E352TF U 2
AF RR1B894JQ C 1
AF RR1B894TF U 1
BS 1 1 RR1B894TF
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BS 309 309 RR1B894TF
BS 310 647 RR1E352TF
BS 648 703 RR1B894TF

RD RR1E352JQ 646 0 0
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AAGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATAATGGGTCCTAACGAAAGTCCATACACGGGAG
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TATTCAGAACCAAAGTGTTTCACCCTAACATCAACAACAACGGGAACATCTGTTTGGACA
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CTCTTCTCACAGACCCAAACCCTGACGATCCTCTGGTTCCAGATATAGCTCACATATACA
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TGTGCAATGATCTTCTGATCTCTATTGTTCCTTGAATAATTGAGAAACTTGTTTTTGTAT
TATACTAATAAGTCTCATTACTATATTAGATATCGATTTTGATTCC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1E352TF 646 0 0
GATCCCAAGCAAGACAGCTTCCCTTTGAATCAAACACTATGGCAACGAGAAGGATTTTGA
AAGAACTGAGGGAGTTGCAGAGAGACCCTCCTATGTCATGCAGTGCAGGTCCAGTAGGTG
AAGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATAATGGGTCCTAACGAAAGTCCATACACGGGAG
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TATTCAGAACCAAAGTGTTTCACCCTAACATCAACAACAACGGGAACATCTGTTTGGACA
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CTCTTCTCACAGACCCAAACCCTGACGATCCTCTGGTTCCAGATATAGCTCACATATACA
AAACCGACAAGGTCAAGTACGAAGCCATGGCTAGAAGCTGGACCCAGAAGTATGCCTTGT
ACTAAAACTCATGTCTACAACTTGTGGTTTTGGTCTTATTTTATTATAATAAAACAAAGA
TGTGCAATGATCTTCTGATCTCTATTGTTCCTTGAATAATTGAGAAACTTGTTTTTGTAT
TATACTAATAAGTCTCATTACTATATTAGATATCGATTTTGATTCC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1B894JQ 703 0 0
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AAAGAACTGAGGGAGTTGCAGAGAGACCCTCCTATGTCATGCAGTGCAGGTCCAGTAGGT
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GTATTCAGAACCAAAGTGTTTCACCCTAACATCAACAACAACGGGAACATCTGTTTGGAC
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AAAACCGACAAGGTCAAGTACGAAGCCATGGCTAGAAGCTGGACCCAGAAGTATGCCTTG
TACTAAAACTCATGTCTACAACTTGTGGTTTTGGTCTTATTTTATTATAATAAAACAAAG
ATGTGCAATGATCTTCTGATCTCTATTGTTCCTTGAATAATTGAGAAACTTGTTTTTGTA
TTATACTAATAAGTCTCATTACTATATTAGATATCGATTTTGATTCCTGCCTAGAACTTT
TCTGTATAATTATTGGCAGTAAAGCTGATTTGGATTCTTTGCT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1B894TF 703 0 0
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AAAGAACTGAGGGAGTTGCAGAGAGACCCTCCTATGTCATGCAGTGCAGGTCCAGTAGGT
GAAGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATAATGGGTCTTAACGAAAGTCCATACACGGGA
GGTGTTTTCCTTGTCACTATCAATTTCTCTCAAGATTATCCCTTCAAACCTCCCAAGGTT
GTATTCAGAACCAAAGTGTTTCACCCTAACATCAACAACAACGGGAACATCTGTTTGGAC
ATCCTCAAAGACCAGTGGAGCCCTGCCCTGACAATCTCTAAGGTGCTTCTCTCTGTGTGC
TCTCTTCTCACAGACCCAAACCCTGACGATCCTCTGGTTCCAGATATAGCTCACATATAC
AAAACCGACAAGGTCAAGTACGAAGCCATGGCTAGAAGCTGGACCCAGAAGTATGCCTTG
TACTAAAACTCATGTCTACAACTTGTGGTTTTGGTCTTATTTTATTATAATAAAACAAAG
ATGTGCAATGATCTTCTGATCTCTATTGTTCCTTGAATAATTGAGAAACTTGTTTTTGTA
TTATACTAATAAGTCTCATTACTATATTAGATATCGATTTTGATTCCTGCCTAGAACTTT
TCTGTATAATTATTGGCAGTAAAGCTGATTTGGATTCTTTGCT

QA 1 703 1 703
DS 



CO CL670Contig2 705 4 5 U
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CAAGGAACAATAGAGATCAGAAGATCATTGCACATCTTTGTTTTATTATAATAAAATAAG
ACCAAAACTACAAGTTGTAGACATTAGGAGTTGTGAGTTTTAGTACAAGGCATACTTCTG
GGTCCAGCTTCGAGCCATGGCTTCGTACTTGACCTTGTCGGTTTTGTATATGTGAGCAAT
ATCTGGAACCAGAGGATCGTCCGGGTTTGGGTCTGTAAGAAGAGAGCACACAGAGAGAAG
CACCTTAGAGATTGTCAGGGCAGGGCTCCACTGGTCTTTGAGAATGTCCAAACAGATGTT
CCCATTGTTGCTGATGTTAGGGTGAAACACTTTGGTTCTGAATACAACCTTGGGAGGTTT
GAACGGATAATCTTGAGAGAAATTGATAGTGACAAGAAAAACACCTCCCGAGTATGGACT
TTCGTTAGGACCCATTATTGTAGCTTGCCAATGAAACATGTCTTCACCTACTGGACCTGC
ACTGCATGACATAGGAGGGTCTCTCTGCAACTCCCTCAGTTCTTTCAAAATCCTTCTCGT
TGCCATAGTGTTTGATTGAAAGGGAAGCTGTCTTGCTTGGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DD94JQ U 1
AF RR1DD94TF C 42
AF RR1BD72JQ U 45
AF RR1BD72TF C 45
BS 1 430 RR1DD94JQ
BS 431 431 RR1BD72JQ
BS 432 612 RR1DD94JQ
BS 613 667 RR1BD72JQ
BS 668 705 RR1DD94TF

RD RR1DD94JQ 612 0 0
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ACCAAAACTACAAGTTGTAGACATTAGGAGTTGTGAGTTTTAGTACAAGGCATACTTCTG
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ATCTGGAACCAGAGGATCGTCCGGGTTTGGGTCTGTAAGAAGAGAGCACACAGAGAGAAG
CACCTTAGAGATTGTCAGGGCAGGGCTCCACTGGTCTTTGAGAATGTCCAAACAGATGTT
CCCATTGTTGTTGATGTTAGGGTGAAACACTTTGGTTCTGAATACAACCTTGGGAGGTTT
GAACGGATAATCTTGAGAGAAATTGATAGTGACAAGAAAAACACCTCCCGAGTATGGACT
TTCGTTAGGACCCATTATTGTAGCTTGCCAATGAAACATGTCTTCACCTACTGGACCTGC
ACTGCATGACAT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1DD94TF 664 0 0
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AACAAGTTTCTCAATTATTCAAGGAACAATAGAGATCAGAAGATCATTGCACATCTTTGT
TTTATTATAATAAAATAAGACCAAAACTACAAGTTGTAGACATTAGGAGTTGTGAGTTTT
AGTACAAGGCATACTTCTGGGTCCAGCTTCGAGCCATGGCTTCGTACTTGACCTTGTCGG
TTTTGTATATGTGAGCAATATCTGGAACCAGAGGATCGTCCGGGTTTGGGTCTGTAAGAA
GAGAGCACACAGAGAGAAGCACCTTAGAGATTGTCAGGGCAGGGCTCCACTGGTCTTTGA
GAATGTCCAAACAGATGTTCCCATTGTTGTTGATGTTAGGGTGAAACACTTTGGTTCTGA
ATACAACCTTGGGAGGTTTGAACGGATAATCTTGAGAGAAATTGATAGTGACAAGAAAAA
CACCTCCCGAGTATGGACTTTCGTTAGGACCCATTATTGTAGCTTGCCAATGAAACATGT
CTTCACCTACTGGACCTGCACTGCATGACATAGGAGGGTCTCTCTGCAACTCCCTCAGTT
CTTTCAAAATCCTTCTCGTTGCCATAGTGTTTGATTGAAAGGGAAGCTGTCTTGCTTGGG
ATCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1BD72JQ 623 0 0
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CACCTACTGGACCTGCACTGCGTGACATAGGAGGGTCTCTCTGCAACTCCCTCAGTTCTT
TCAAAATCCTTCTCGTTGCCATA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1BD72TF 661 0 0
GGCAGGAATCAAAATCGATATCTAATATAGTAATGAGACTTATTAGTATAATACAAAAAC
AAGTTTCTCAATTATTCAAGGAACAATAGAGATCAGAAGATCATTGCACATCTTTGTTTT
ATTATAATAAAATAAGACCAAAACTACAAGTTGTAGACATTAGGAGTTGTGAGTTTTAGT
ACAAGGCATACTTCTGGGTCCAGCTTCGAGCCATGGCTTCGTACTTGACCTTGTCGGTTT
TGTATATGTGAGCAATATCTGGAACCAGAGGATCGTCCGGGTTTGGGTCTGTAAGAAGAG
AGCACACAGAGGGAAGCACCTTAGAGATTGTCAGGGCAGGGCTCCACTGGTCTTTGAGAA
TGTCCAAACAGATGTTCCCATTGTTGCTGATGTTAGGGTGAAACACTTTGGTTCTGAATA
CAACCTTGGGAGGTTTGAACGGATAATCTTGAGAGAAATTGATAGTGACAAGAAAAACAC
CTCCCGAGTATGGACTTTCGTTAGGACCCATTATTGTAGCTTGCCAATGAAACATGTCTT
CACCTACTGGACCTGCACTGCGTGACATAGGAGGGTCTCTCTGCAACTCCCTCAGTTCTT
TCAAAATCCTTCTCGTTGCCATAGTGTTTGATTGAAAGGGAAGCTGTCTTGCTTGGGATC
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 8

CO CL671Contig1 751 8 11 U
GGGAACTGTCACTTTTGTTAGCTGAGAGCTCTATTTGTCTTCGCTCTTGAGAGAATCTAG
AGAGAGAGAGAAGAAAATGGAGAAGGTGCTAACGAAAGTGACGAGCTTCAAAGTGGGAGG
ATCATGGGTTTCGAAGAAAGCCAAGGAAGAGCTCTCCAACATCACCAATGACCTCACCAC
TTTCTCTAGTACCGTTGAAGAGAAAGCCAAATGGGTTTTCAACAAGCTTAAAGGAAAGCC
GCTCAAAAGCTTACCAGAACTACTCAAAGAATACAACTTACCACCAGGACTCTTCCCACA
AAACATAATCTGCTACGAATTCGACGAGACCAAGAACAAACTCACTGTCTTCTTTGCTAC
ACCCTGCGAAGTCACATTCAAAGACGGATCAGCCATAAGGTATGCGACACGCGTTAAAGG
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CGTTGGAGAGTTCTAAAATATGTTTTTTTCAACGGTTTATTACCATATTTGATTCATAAT
TGGTTTTATTTGCGTATTGGGAAGAGGTATATATAACTCTCATCTTGGTTAAATGCGTTT
CTTATTTGATCTTACTATCTCTTGTGTTTTG


BQ
30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 50 50 0 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1FQ30TF U 67
AF RR1BV19JQ C 1
AF RR1FQ30JQ C 67
AF RR1FB26JQ C 1
AF RR1C413JQ C 3
AF RR1C413TF U 3
AF RR1FB26TF U 1
AF RR1BV19TF U 1
BS 1 4 RR1FB26TF
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BS 68 258 RR1FQ30TF
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BS 552 715 RR1FQ30TF
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G
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ATTTGCGTATTGGGAAGAGGTATATATAACTCTCATCTTGGTTAAATG

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DS 

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DS 

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G
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CTTAGAGGGAAACTGATGGGCGTGGAAGGGATGAAGACGAAAGTGTTGGTTTGGGTTAAA
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GAGTTCTAAAATATGTTTTTTTCAACGGTTTATTACCATATTTGATTCATAATTGGTTTT
ATTTGCGTATTGGGAAGAGGTATATATAACTCTCATCTTGGTTAAATGCGTTTCTTATTT
GATCT
TACC

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DS 

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TGGTTTTATTTGCGTATTGGGAAGAGGTATATATAACTCTCATCTTGGTTAAATGCGTTT
CTTATTTGATCT
C

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DS 

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GG
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GG
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GGAGAGTTCTAAAATATGTTTTTTTCAACGGTTTATTACCATATTTGATTCATAATTGGT
TTTATTTGCGTATTGGGAAGAGGTATATATAACTCTCATCTTGGTTAAATGCGTTTCTTA
TTTGATC

QA 3 729 3 729
DS 

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CTTATTTGATCT
C

QA 1 732 1 732
DS 

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GATCTTGCTTAGAGGGAAACTGATGGGCGTGGAAGGGATGAAGACGAAAGTGTTGGTTTG
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TGGTTTTATTTGCGTATTGGGAAGAGGTATATATAACTCTCATCTTGGTTAAATGCGTTT
CTTATTTGATCTTACTATCTCTTGTGT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 6

CO CL672Contig1 1285 6 9 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1BP13TF U 1
AF RR1AU53TF U 24
AF RR1BA06TF U 24
AF RR1BA06JQ C 434
AF RR1BP13JQ C 588
AF RR1GF31TF U 822
BS 1 601 RR1BP13TF
BS 602 602 RR1AU53TF
BS 603 667 RR1BP13TF
BS 668 668 RR1AU53TF
BS 669 669 RR1BA06TF
BS 670 827 RR1AU53TF
BS 828 1152 RR1GF31TF
BS 1153 1153 RR1BA06JQ
BS 1154 1285 RR1GF31TF

RD RR1BP13TF 667 0 0
GGGCATTGATCGTCTTCCCCTAAACAAACACTGATTCTCGTAACGCCGCCATGTCTCTCC
TCTCAGATCTCGTCAACCTCAACCTCTCTGACTCCACCGAGAAAATCATCGCTGAATACA
TATGGATCGGTGGATCTGGAATGGACATCAGAAGCAAAGCCAGAACACTCCCAGGACCAG
TGAGCGATCCATCAAAGCTTCCCAAGTGGAACTACGACGGATCCAGCACCGGTCAGGCCG
CTGGAGATGATAGTGAAGTCATTATATACCCTCAGGCGATCTTCCGTGATCCGTTCAGGA
GAGGCAACAACATTCTGGTGATGTGTGATGCTTACACACCGGCCGGGAACCCAATTCCTA
CCAACAAGAGGCACAACGCTGCTAAGATCTTTAGCACCTCCAAAGTTGCCTCCGAGGAGC
CTTGGTATGGGATTGAGCAAGAGTACACATTGATGCAGAAGGGTGTGAACTGGCCTATTG
GTTGGCCTGTTGGTGGCTTCCCTGGCCCACAGGGACCATACTACTGTGGTGTGGGAGCTG
ACAAAGCCATTGGTCGTGACATTGTGGATGCACACTACAAGGCCTGTCTCTACGCAGGTA
TTAGCATCTCTGGTGTCAATGGAGAAGTCATGCCTGGCCAGTGGGAGTTCCAAGTCGGTC
CAGTTGA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1AU53TF 804 0 0
GG
AAACACTGATTCTCGTAACGCCGCCATGTCTCTCCTCTCAGATCTCGTCAACCTCAACCT
CTCTGACTCCACCGAGAAAATCATCGCTGAATACATATGGATCGGTGGATCTGGAATGGA
CATCAGAAGCAAAGCCAGAACGCTCCCAGGACCAGTGAGCGATCCATCAAAGCTTCCCAA
GTGGAACTACGACGGATCCAGCACCGGTCAGGCCGCTGGAGATGATAGTGAAGTCATTAT
ATACCCTCAGGCGATCTTCCGTGATCCGTTCAGGAGAGGCAACAACATTCTGGTGATGTG
TGATGCTTACACACCGGCCGGGAATCCAATTCCTACCAACAAGAGACACAACGCTGCTAA
GATCTTCAGCACCTCCAAAGTTACCTCCGAGGAGCCTTGGTATGGGATTGAGCAAGAGTA
CACATTGATGCAGAAGGGTGTGAACTGGCCTATTGGTTGGCCTGTTGGTGGCTTCCCTGG
CCCACAGGGACCATACTACTGCGGTGTGGGAGCTGACAAAGCCATTGGTCGTGACATTGT
CGATGCACACTACAAGGCGTGTCTTTACGCAGGTATCAGCATCTCCGGTGTCAACGGAGA
AGTCATGCCTGGTCAGTGGGAGTTCCAAGTCGGTCCAGTTGAAAGTATTAGCGCTGGTGA
TCAAGTCTGGGTCGCTAGATTCCTTCTCGAGAGGATCACTGAGATCTCTGGTGTAAATGT
CAGCTTCGACCCAAAACCAGTCCCGGGTGACTGGAACGGAGCTGGAGCTCACTGCAACTA
CAGTACGAAGTCGATGAGGAAC

QA 3 804 3 804
DS 

RD RR1BA06TF 805 0 0
GG
AAACACTGATTCTCGTAACGCCGCCATGTCTCTCCTCTCAGATCTCGTCAACCTCAACCT
CTCTGACTCCACCGAGAAAATCATCGCTGAATACATATGGATCGGTGGATCTGGAATGGA
CATCAGAAGCAAAGCCAGAACACTCCCAGGACCAGTGAGCGATCCATCAAAGCTTCCCAA
GTGGAACTACGACGGATCCAGCACCGGTCAGGCCGCTGGAGATGATAGTGAAGTCATTAT
ATACCCTCAGGCGATCTTCCGTGATCCGTTCAGGAGAGGCAACAACATTCTGGTGATGTG
TGATGCTTACACACCGGCCGGGAACCCAATTCCTACCAACAAGAGGCACAACGCTGCTAA
GATCTTTAGCACCTCCAAAGTTGCCTCCGAGGAGCCTTGGTATGGGATTGAGCAAGAGTA
CACATTGATGCAGAAGGGTGTGAACTGGCCTATTGGTTGGCCTGTTGGTGGCTTCCCTGG
CCCACAGGGACCATACTACTGTGGTGTGGGAGCTGACAAAGCCATTGGTCGTGACATTGT
GGATGCACACTACAAGGCCTGTCTCTACGCAGGTATCAGCATCTCTGGTGTCAGTGGAGA
AGTCATGCCTGGCCAGTGGGAGTTCCAAGTCGGTCCAGTTGAAGGTATTAGCGCTGGTGA
TCAAGTCTGGGTCGCTAGATTCCTTCTCGAGAGGATCACTGAGATCTCTGGTGTAAATGT
CAGCTTCGACCCAAAACCAGTCCCGGGTGACTGGAACGGAGCTGGAGCTCACTGCAACTA
CAGTACGAAGTCGATGAGGA
CGA

QA 3 802 3 802
DS 

RD RR1BA06JQ 851 0 0
TGAGCAAGAGTACACATTGATGCAGAAGGGTGTGAACTGGCCTATTGGTTGGCCTGTTGG
TGGCTTCCCTGGCCCACAGGGACCATACTACTGTGGTGTGGGAGCTGACAAAGCCATTGG
TCGTGACATTGTGGATGCACACTACAAGGCCTGTCTCTACGCAGGTATCAGCATCTCTGG
TGTCAGTGGAGAAGTCATGCCTGGCCAGTGGGAGTTCCAAGTCGGTCCAGTTGAAGGTAT
TAGCGCTGGTGATCAAGTCTGGGTCGCTAGATTCCTTCTCGAGAGGATCACTGAGATCTC
TGGTGTAAATGTCAGCTTCGACCCAAAACCAGTCCCGGGTGACTGGAACGGAGCTGGAGC
TCACTGCAACTACAGTACGAAGTCGATGAGGAACGACGGAGGATTAGCGGTGATCAAGAA
AGCCATAGAGAAGCTTCAGGTGAAGCACAAGGAGCACATTGCTGCGTACGGTGAAGGCAA
CGAGCGTCGTCTCACGGGGAAGCACGAGACAGCTGACATCAACACGTTCTCTTGGGGAGT
GGCGAACCGTGGAGCTTCGGTGAGAGTGGGACGTGACACTGAGAAAGAAGGCAAAGGTTA
CTTCGAGGACAGAAGGCCGGCTTCTAACATGGATCCTTATGTCGTTACGTCCATGATTGC
TGAAACCACCATCCTCGGTTAAAATCACACGTTTAGTAATGTTTGGTTTTTTCCGGTTTG
GTTTTATGATTTGAAGACTTTTCTGCTTGTGATTGCGGTCTATTTCGGTTTAAATAATTC
TTATGATGACATTTTGTGTTTTTTTCTTCTTCTTTTAGTTTCGAATAATTAAAATAAAGT
ATTCTTGTGG
G

QA 1 850 1 850
DS 

RD RR1BP13JQ 697 0 0
CTCTACGCAGGTATTAGCATCTCTGGTGTCAATGGAGAAGTCATGCCTGGCCAGTGGGAG
TTCCAAGTCGGTCCAGTTGAAGGTATTAGCGCTGGTGATCAAGTCTGGGTCGCTAGATTC
CTTCTCGAGAGGATCACTGAGATCTCTGGTGTAAATGTCAGCTTCGACCCAAAACCAGTC
CCGGGTGACTGGAACGGAGCTGGAGCTCACTGCAACTACAGTACGAAGTCGATGAGGAAC
GACGGAGGATTAGCGGTGATCAAGAAAGCCATAGAGAAGCTTCAGGTGAAGCACAAGGAG
CACATTGCTGCGTACGGTGAAGGCAACGAGCGTCGTCTCACGGGGAAGCACGAGACAGCT
GACATCAACACGTTCTCTTGGGGAGTGGCGAACCGTGGAGCTTCGGTGAGAGTGGGACGT
GACACTGAGAAAGAAGGCAAAGGTTACTTCGAGGACAGAAGGCCGGCTTCTAACATGGAT
CCTTATGTCGTTACGTCCATGATTGCTGAAACCACCATCCTCGGTTAAAATCACACGTTT
AGTAATGTTTGGTTTTCTCCGGTTTGGTTTTATGATTTGAAGACTTTTCTGCTTGTGATT
GCGGTCTATTTTGGTTTAAATAATTCTTATGATGACATTTTGTGTTTTTTTCTTCTTCTT
TTAGTTTCGAATAATTAAAATAAAGTATTCTTGTGG
C

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1GF31TF 464 0 0
G
GGAACGACGGAGGATTAGCGGTGATCAAGAAAGCCATAGAGAAGCTTCAGGTGAAGCACA
AGGAGCACATTGCTGCGTACGGTGAAGGCAACGAGCGTCGTCTCACGGGGAAGCACGAGA
CAGCTGACATCAACACGTTCTCTTGGGGAGTGGCGAACCGTGGAGCTTCGGTGAGAGTGG
GACGTGACACTGAGAAAGAAGGCAAAGGTTACTTCGAGGACAGAAGGCCGGCTTCTAACA
TGGATCCTTATGTCGTTACGTCCATGATTGCTGAAACCACCATCCTCGGTTAAAATCACA
CGTTTAGTAATGTTTGGTTTTCTCCGGTTTAGTTTTATGATTTGAAGACTTTTCTGCTTG
TGATTGCGGTCTATTTCGGTTTAAATAATTCTTATGATGACATTTTGTGTTTTTTTCTTC
TTCTTTTAGTTTCGAATAATTAAAATAAAGTATTCTTGTGGTG

QA 2 464 2 464
DS 



AS 1 4

CO CL673Contig1 949 4 31 U
GGGAGCGATCATACAGAAGGAGAAAGGATCTTCCTTGTGCGATCTCTGAGATTCCCGCGA
ACCAAATCTCGTAATTTTCAATCGCCCCCCGCTCTAACAAGCTCGATCTTCTTCGATTCG
CGCTAAGGGAAGAATCTTCACCGTCCGACCTCTCACACTCCCGCGAACCAAATCTCATAG
ATAAATCGGGGAAAGTTGGAAATGGTACTGGTTCTGGCATTAGGGGATCTCCATGTACCC
CATAGAGCGGCTGATCTGCCTCCAAAGTTCAAATCGATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCAA
CACATCATCTGCACTGGCAATCTCTGCATCAAAGAAATCCATGACTACTTGAAGACTATA
TGCCCTGATTTGCATATAGTTCGTGGGGAGTTTGATGAAGATGCACGATACCCTGAGACC
AAAACCTTGACTATCGGCCAGTTCAAGCTTGGACTCTGCCACGGCCACCAGGTGATCCCA
TGGGGTGATCTAGAATCACTTGCCATGCTTCAGAGACAACTCGACGTGGACATACTTGTA
ACAGGCCATACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATTAACCCA
GGCTCTGCTACTGGAGCTTATAGTAGCATCAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCTT
ATGGATATCGATGGTCTTCGAGTTGTGGTCTATGTCTATGAGCTCATCGACGGAGAGGTT
AAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAGACCTCCACTTCCAACTCTGCTCCTTAGCGTATT
ATAAAGATGAACCCTGTTTTCTTTTGTGTTTTCGTTTGGAATCACTCGTGAAATTTGCAA
CTTTCTTTAGCTTGCCTGTGAAAATAATTTTTAAAGATTTGGAAATTGGACCACTGATAA
CAATGTTTTGCAAATCTCTGGAAGTTGATCGACTTTGTTTAAAGTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 0 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 0 0 15 15 0 15 15 15 15 0 0 0 0 0 15 15 0 15 0 15 0 0 0 15 15 15 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW32TF U 1
AF RR1DV53TF U 132
AF RR1CV25JQ C 291
AF RR1DV53JQ C 451
BS 1 131 RR1EW32TF
BS 132 132 RR1DV53TF
BS 133 142 RR1EW32TF
BS 143 143 RR1DV53TF
BS 144 145 RR1EW32TF
BS 146 146 RR1DV53TF
BS 147 154 RR1EW32TF
BS 155 155 RR1DV53TF
BS 156 156 RR1EW32TF
BS 157 157 RR1DV53TF
BS 158 160 RR1EW32TF
BS 161 161 RR1DV53TF
BS 162 162 RR1EW32TF
BS 163 163 RR1DV53TF
BS 164 164 RR1EW32TF
BS 165 167 RR1DV53TF
BS 168 170 RR1EW32TF
BS 171 176 RR1DV53TF
BS 177 605 RR1EW32TF
BS 606 606 RR1DV53TF
BS 607 712 RR1EW32TF
BS 713 713 RR1DV53TF
BS 714 760 RR1EW32TF
BS 761 804 RR1DV53TF
BS 805 805 RR1CV25JQ
BS 806 816 RR1DV53TF
BS 817 818 RR1CV25JQ
BS 819 819 RR1DV53TF
BS 820 820 RR1CV25JQ
BS 821 863 RR1DV53TF
BS 864 949 RR1CV25JQ

RD RR1EW32TF 766 0 0
GGGAGCGATCATACAGAAGGAGAAAGGATCTTCCTTGTGCGATCTCTGAGATTCCCGCGA
ACCAAATCTCGTAATTTTCAATCGCCCCCCGCTCTAACAAGCTCGATCTTCTTCGATTCG
CGCTAAGGGAATAATCTTCACC*TCTGACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAG*****ATAG
ATAAATCGGGGAAAGTTGGAAATGGTACTGGTTCTGGCATTAGGGGATCTCCATGTACCC
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TGCCCTGATTTGCATATAGTTCGTGGGGAGTTTGATGAAGATGCACGATACCCTGAGACC
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TGGGGTGATCTAGAATCACTTGCCATGCTTCAGAGACAACTCGACGTGGACATACTTGTA
ACAGGCCATACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATTAACCCA
GGCTCCGCTACTGGAGCTTATAGTAGCATCAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCTT
ATGGATATCGATGGTCTTCGAGTTGTGGTCTATGTCTATGAGCTCATCGACG*AGAGGTT
AAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAGACCTCCACTTCCA
CTCTGC

QA 1 760 1 760
DS 

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AAAGTTGGAAATGGTACTGGTTCTGGCATTAGGGGATCTCCATGTACCCCATAGAGCGGC
TGATCTGCCTCCAAAGTTCAAATCGATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCATCTG
CACTGGCAATCTCTGCATCAAAGAAATCCATGACTACTTGAAGACTATATGCCCTGATTT
GCATATAGTTCGTGGGGAGTTTGATGAAGATGCACGATACCCTGAGACCAAAACCTTGAC
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CCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATTAACCCAGGCTCTGCTAC
TGGAGCTTATAGTAGCATCAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCTTATGGATATCGA
TGGTCTTCGAGTTGTGGTCTATGTCTATGAGCTCATCGACGGAGAGGTTAAAGTCGACAA
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CCCTGTTTTCTTT*GTGTTTTCGTT**GGATCACTCGTGAAATTTGCAACTTTCTTTAGC
TTGCCTGTGAAA
TA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1CV25JQ 659 0 0
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GAAGACTATATGCCCTGATTTGCATATAGTTCGTGGGGAGTTTGATGAAGATGCATGATG
CCCTGAGACCAAAACCTTGACTATCGGCCAGTTCAAGCTTGGACTCTGCCACGGCCACCA
GGTGATCCCATGGGGTGATCTAGAATCACTTGCCATGCTTCAGAGACAACTCGACGTGGA
CATACTTGTAACAGGCCATACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGT
GATTAACCCAGGCTCTGCTACTGTAGCTTATAGTAGCATCAACCAAGATGTTAACCCGAG
CTTTGTTCTTATGGATATCGATGGTCTTCGAGTTGTGGTCTATGTCTATGAGCTCATCGA
CGGAGAGGTTAAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGGAGACCTCCACTTCCAACTCTGCTCC
TTAGCGTATTATAAAGATGAACCCTGTTTTCTTTTGTGTTTTCGTTTGGAATCACTCGTG
AAATTTGCAACTTTCTTTAGCTTGCCTGTGAAAATAATTTTTAAAGATTTGGAAATTGGA
CCACTGATAACAATGTTTTGCAAATCTCTGGAAGTTGATCGACTTTGTTTAAAGTGTGT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1DV53JQ 461 0 0
GGACTCTGCCACGGCCACCAGGTGATCCCATGGGGTGATCTAGAATCACTTGCCATGCTT
CAGAGACAACTCGACGTGGACATACTTGTAACAGGCCATACCCACCAGTTCACTGCCTAC
AAACACGAGGGAGGAGTCGTGATTAACCCAGGCTCTGCTACTGGAGCTTATAGTAGCATC
AACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCTTATGGATATCGATGGTCTTCGAGTTGTGGTC
TATGTCTATGAGCTCATCGACGGAGAGGTTAAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAGACC
TCCACTTCCAACTCTGCTCCTTAGCGTATTATAAAGATGAACCCTGTTTTCTTTTGTGTT
TTCGTTTGGAATCACTCGTGAAATTTGCAACTTTCTTTAGCTTGCCTGTGAAAATAATTT
TTAAAGATTTGGAAATTGGACCACTGATAACAATGTTTT
AC

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 6

CO CL674Contig1 1041 6 10 U
GGAATCGCGTAATCGATTTCAACAACTTGAACAGAGAGAGAGAAGAAAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG**TAAAGGAAGGGAGAGTAACGAAGCCCTAATTTA
AATCTTCTCGTCTGATCTGAAAAGTTCCATTTACTCAAATTCTTTTTTGGATTTCTCTCA
CATGGCGTTTCGAAAAAACTGTGGGCTGGAGCTCTTGGCAGCTTCTCTGACCCTAACCTT
TGTTCTGATTAACCTGGTGGATGCGAACTCAGATGGAGATGCTCTCTACGCTCTTCGACA
GAGCTTGTCGGATCCAGACCATGTGCTCCAGAGCTGGGATCAGAATCTTGTTACTCCTTG
CACCTGGTTCCATGTCACCTGTAATCAAGACAACCGCGTCACTCGTGTGGATTTAGGTAA
TTCAAACCTTTCTGGACATCTTGCCCCTGAGCTTGGGAAGCTCGAACATTTACAGTATCT
GGAGCTCTACAAAAACAACATCCAAGGAACTATACCTTCTGAACTTGGAAAATTGAAAAG
TCTCATCAGCTTGGATCTTTACAACAACAATCTTACCGGGAAGATCCC*TACTTCCTTGG
GGAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTCTCCGGCTCAATGACAACCGATTGACCGGTTCAATCC
CTAGAGAACTGACGAAAATCCCAAGCCTTAAAGTCTTTGATGTGTCGAACAATAATTTGT
GTGGAACTATCCCAATAGAAGGACCTTTTGAACACATTCCTTTGGAGAACTTTGAGAACA
ACTCGCGATTGGAGGGACCGGAACTACTCGGTCTTGCAAGCTACGACACCAACTGCAACT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI31TF U 7
AF RR1DZ86TF U 1
AF RR1AG02TF U 7
AF RR1AG02JQ C 259
AF RR1DZ86JQ C 814
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GG
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QA 3 700 3 700
DS 

RD RR1DZ86TF 757 0 0
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CTAGAGAACTGACGAAAATCCCAAGCCTTAAAGTCTTTGATGTGTCGAACAATAATTTGT
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DS 

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GG
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GAGAGAGAGAGAG******TAAAGGAAGGGAGAGTAGCGAAGCCCTAATTTAAATCTTCT
CGTCTGATCTGAAAAGTTCCATTTACTCAAATTCTTTTTTGGATTTCTCTCACATGGCGT
TTCGAAAAAACTGTGGGCTGGAGCTCTTGGCAGCTTCTCTGACCCTAACCTTTGTTCTGA
TTAACCTGGTGGATGCGAACTCAGATGGAGATGCTCTCTACGCTCTTCGACAGAGCTTGT
CGGATCCAGACCATGTGCTCCAGAGCTGGGATCAGAATCTTGTTACTCCTTGCACCTGGT
TCCATGTCACCTGTAATCAAGACAACCGCGTCACTCGTGTGGATTTAGGTAATTCAAACC
TTTCTGGACATCTTGCCCCTGAGCTTGGGAAGCTCGAACATTTACAGTATCTGGAGCTCT
ACAAAAACAACATCCAAGGAACTATACCTTCTGAACTTGGAAAATTGAAAAGTCTCATCA
GCTTGGATCTTTACAACAACAATCTTACCGGGAAGATCCC*TACTTCCTTGGGGAAATTG
AAGTCTCTGGTCTTTCTCCGGCTCAATGACAACCGATTGACCGGTTCAATCCCTAGAGAA
CTGACGAAA*TCCCAAGCCTTAAAGTCTTTGATGTGTCGAACAATAATTTGTGTGGAACT
ATCCCAATAGAAGGACCTTTTGAACACATTCCTTTGGAGAACTTTGAGAACAACTCGCGA
TTGGAGGGACCGGAACTACTCGGTCTTGCAAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAAC
TTTTT

QA 3 847 3 847
DS 

RD RR1AG02JQ 773 0 0
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CTGTAATCAAGACAACCGCGTCACTCGTGTGGATTTAGGTAATTCAAACCTTTCTGGACA
TCTTGCCCCTGAGCTTGGGAAGCTCGAACATTTACAGTATCTGGAGCTCTACAAAAACAA
CATCCAAGGAACTATACCTTCTGAACTTGGAAAATTGAAAAGTCTCATCAGCTTGGATCT
TTACAACAACAATCTTACCGGGAAGATCCC*TACTTCCTTGGGGAAATTGAAGTCTCTGG
TCTTTCTCCGGCTCAATGACAACCGATTGACCGGTTCAATCCCTAGAGAACTGACGAAAA
TCCCAAGCCTTAAAGTCTTTGATGTGTCGAACAATAATTTGTGTGGAACTATCCCAATAG
AAGGACCTTTTGAACACATTCCTTTGGAGAACTTTGAGAACAACTCGCGATTGGAGGGAC
CGGAACTACTCGGTCTTGCAAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTTTTTAAAAA
ATTGGGGATGGATCTTGTAAGAACACTTCACCACTTTTATCAAATATCACATCTATTATT
ATGTAATAAGTATATATGTATGTCGGTAGTTGGAAAAACAAAGAACAAAAAAAGAGCCCA
AAGACTACTGGTGTCTGTTTAAGTAATAACATATACATGCGTTTTGTGTGT
GT

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DS 

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TGTAAGAACACTTCACCATTTTTATCAAATATCACATTTATTATTATGTAATAAGTATAT
ATGTATGTCGGTAGTTGGAAAAACAAAGAACAAAAAAAGAGCCCAAAGACTACTGGTGTC
TGTTTAAGTAATAACATATACATGCGTTTTGTGTGT
GT

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DS 

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GCCCCTGAGCTTGGGAAGCTCGAACATTTACAGTATCTGGAGCTCTACAAAAACAACATC
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AACAACAATCTTACCGGGAAGATCCC*TACTTCCTTGGGGAAATTGAAGTCTCTGGTCTT
TCTCCGGCTCAATGACAACCGATTGACCGGTTCAATCCCTAGAGAACTGACGAAAATCCC
AAGCCTTAAAGTCTTTGATGTGTCGAACAATAATTTGTGTGGAACTATCCCAATAGAAGG
ACCTTTTGAACACATTCCTTTGGAGAACTTTGAGAACAACTCGCGATTGGAGGGACCGGA
ACTACTCGGTCTTGCAAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTTTTTAAAAAATTG
GGGATGGATCTTGTAAGAACACTTCACCACTTTTATCAAATATCACATCTATTATTATGT
AATAAGTATATATGTATGTCGGTAGTTGGAAAAACAAAGAACAAAAAAAGAGCCCAAAGA
CTACTGGTGTCTGTTTAAGTAATAACATATACATGCGTTTTGTGTGTGTAGTGGCACTG

QA 1 659 1 659
DS 



AS 2 7

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GCTGTGGCCGATGCTATAGATGCTGCTCGTGGTGCTTCGGATATCGTTCTCACTGAACCT
GGATTGAGTGTTATCATCAATGCAGTGCTCACTAGTAGAGCTATCTTCCAGAGAATGAAG
AACTATACCATTTATGCAGTCTCAATCACAATCCGTATTGTGTTTGGTTTCATGCTTATT
GCTCTTATATGGGAATTTGACTTCTCAGCTTTCATGGTCCTGATTATTGCCATCCTTAAT
GACGGTACTATCATGACAATCTCAAAGGACAGAGTTAAGCCATCTCCAACACCTGATAGC
TGGAAGCTCAAAGAAATTTTCGCCACTGGAATTGTGTTGGGAGGCTACCAAGCTGTTATG
AGTGTGATTTTCTTCTGGGCGATTCATAAGACTGACTTTTTCACGGACAAGTTTGGTGTG
AGGTCAATCAGGAACAACAACGATGAGCTAATGGGTGCTGTATACCTACAAGTTAGTATC
ATCAGTCAAGCGCTTATCTTCGTCACGAGGTCAAGGAGCTGGTCTTTCGTTGAACGTCCT
GGGGCGCTTCTGATGATTGCATTCGTTATTGCACAGCTTGTTGCGACTTTGATTGCAGTG
TATGCGGACTGGACATTTGCAAAGGTGAAGGGTATCGGTTGGGGATGGGCTGGTGTTATT
TGGATTTACAGTATTGTAACATACTTCCCACAAGACCTTTTGAAGTTTGCCATTCGATAC
ATCTTGAGTGGAAAGGCCTGGACCAGCATGTTTGACAACAGGACTGCTTTCACGACCAAG
AAAGATTACGGTATTGGAGAAAGAGAAGCTCAATGGGCACAAGCTCAGAGGACACTGCAC
GGTCTCCAGCCAAAAGAAGAGGTCAATATCTTCCCAGAGAAAGGAGGTTACAGAGAGCTG
TCTGAGATTGCCGAGCAAGCCAAGAGAAGGGCCGAGATAGCTAGGCTTAGGGAGCTTCAC
ACACTGAAAGGACATGTTGAATCAGTTGCAAAGCTTAAGGCTTGGACATTGATACAGCAG
ACATCACTACACCGTGTAGTTACAAGTTGAACAACACAGACTGTACC


BQ
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AF RR1BT68TF U 1
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GCTCTTATATGGGAATTTGACTTCTCAGCTTTCATGGTTCTGATTATTGCCATCCTTAAT
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ATCAGTCAAGCGCTTATCTTCGTAACGAGGTCAAGGAGCTGGTCTTTCGTTGAACGTCCT
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TATGCGGACTGGACATTTGCAAAGGTGAA

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G
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GGGTGCTGTATACCTACAAGTTAGTATCATCAGTCAAGCGCTTATCTTCGTCGCGAGGTC
AAGGAGCTGGTCTTTCGTTGAACGTCCTGGGGCGCTTCTGATGATTGCATTCGTTATTGC
ACAGCTTGTTGCGACTTTGATTGCAGTGTATGCGGACTGGACATTTGCAAAGGTGAAGGG
TATCGGTTGGGGATGGGCTGGTGTTATTTGGATTTACAGTATTGTAACATACTTCCCACA
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GT
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CGATACATCTTGAGTGGAAAGGCCTGGACCAGCATGTTTGACAACAGGACTGCTTTCACG
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CAGCAGACATCACTACACCGTGTAGTTACAAGTTGAACAACACAGACTGTACC

QA 3 715 3 715
DS 



CO CL675Contig2 982 4 4 U
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AGGGACAACAACGATGAGCTGATGGGCGCTGTTTACCTACAAGTTAGTATCATCAGTCAA
GCGCTCATCTTCGTCACAAGGTCAAGGAGCTGGTCGTTCGTCGAACGTCCTGGGGCGCTT
CTGATGATTGCATTCGTCATTGCACAACTTGTTGCGACTTTGATTGCAGTGTACGCTGAC
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TCTTCCAAAAACTCGTTTTATTGTTAGTCATTTGTACCTCTAAACTTCTACTCTGAGCTT
AAGAAACAAGGCTTTTCTGCCTTGGTGGTTTGTCACTTCGGCTACAACCTGTTTTAATGG
CTTAATATGAGCTTCTTACTCG


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1DD40TF U 1
AF RR1DD40JQ C 369
AF RR1FG88JQ C 653
AF RR1FG88TF U 653
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BS 632 653 RR1DD40JQ
BS 654 981 RR1FG88TF
BS 982 982 RR1DD40JQ

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TTCTTCTGGGCGATTCACAAGACGGACTTCTTCACGGACAAGTTCGGTGTGAGGTCAATC
AGGGACAACAACGATGAGCTGATGGGCGCTGTTTACCTACAAGTTAGTATCATCAGTCAA
GCGCTCATCTTCGTCACAAGGTCAAGGAGCTGGTCGTTCGTCGAACGTCCTGGGGCGCTT
CTGATGATTGCATTCGTCATTGCACAACTTGTTGCGACTTTGATTGCAGTGTACGCTGAC
TGGACATTTGCAAAGGTGAAGGGTATCGGTTGGGGATGGGCTGGTGTGATTTGGGTTTAC
AGCATTGTTACATACTTCCCACAAGACCTTTTGAAGTTTGCCATCCGATACATCTTGAGT
GGAAAGGCTTGGACCAGCTTGTTCGACAACAGGACTGCTTTCACGACCAAGAAGGATTAC
GGTATTGGAGAAAGAGAAGCTCAGTGGGCACAAGCTCAGAGGACACTGCACGGTCTCCAG
CCTAAAGAAGAGGTCAACATCTTCCCTGAGAAAGGAGGTTACAGAGAGCTGTCTGAGATC
GCCGAGCAAGCTAAGAGAAAGGCCGAGATAG

QA 1 631 1 631
DS 

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T
ACATACTTCCCACAAGACCTTTTGAAGTTTGCCATCCGATACATCTTGAGTGGAAAGGCT
TGGACCAGCTTGTTCGACAACAGGACTGCTTTCACGACCAAGAAGGATTACGGTATTGGA
GAAAGAGAAGCTCAGTGGGCACAAGCTCAGAGGACACTGCACGGTCTCCAGCCTAAAGAA
GAGGTCAACATCTTCCCTGAGAAAGGAGGTTACAGAGAGCTGTCTGAGATCGCCGAGCAA
GCTAAGAGAAGGGCCGAGATAGCAAGGCTTAGGGAGCTTCACACATTGAAGGGACATGTT
GAATC*GTCGCAAAGCTGAAGGGCTTTGACATTGACACAGCTGGGCATCACTACACTGTG
TAATTGCAGTTGCACAGACGTTTTACCAAAACCAACCCATCATGACTCCTTTTCGTTTTT
TTTCTTCTGAAGTCGCAATAGAGGGAAGAGAACTCTGTGTATTGCCATAACTCTTCCAAG
AACTCGTTTTATTGTTAGTCATTTGTACCTCTAAACTTCTACTCTGAGCTTAAGAAACAA
GGCTTTTCTGCCTTGGTGGTTTGTCACTTCGGCTACAACCTGTTTTAATGGCTTAATATG
AGCTTCTTACTCG

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DS 

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G
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GCATCACTACACTGTGTAATTGCAGTTGCACAGACGTTTTACCAAAACCAACCCATCATG
ACTCCTCTTCGTTTTTTTTCTTCTGAAGTCGCAATAGAGGGAAGAGAACTCTGTGTATTG
CCATAACTCTTCCAAAAACTCGTTTTATTGTTAGTCATTTGTACCTCTAAACTTCTACTC
TGAGCTTAAGAAACAAGGCTTTTCTGCCTTGGTGGTTTGTCACTTCGGCTACAACCTGTT
TTAATGGCTTAATATGAGCTTCTTACTC
T

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DS 

RD RR1FG88TF 330 0 0
G
ATTGAAGGGACATGTTGAATCAGTCGCAAAGCTGAAGGGCTTGGACATTGACACAGCTGG
GCATCACTACACTGTGTAATTGCAGTTGCACAGACGTTTTACCAAAACCAACCCATCATG
ACTCCTCTTCGTTTTTTTTCTTCTGAAGTCGCAATAGAGGGAAGAGAACTCTGTGTATTG
CCATAACTCTTCCAAAAACTCGTTTTATTGTTAGTCATTTGTACCTCTAAACTTCTACTC
TGAGCTTAAGAAACAAGGCTTTTCTGCCTTGGTGGTTTGTCACTTCGGCTACAACCTGTT
TTAATGGCTTAATATGAGCTTCTTACTC
T

QA 2 329 2 329
DS 



AS 1 8

CO CL676Contig1 1455 8 28 U
GGGCGTCGATGGGCATGAGAGAAGAACCCATCAGAATATCCGCCCACCATCCTCGGGAAC
CCATATTCGTTTTCGTCTACTAAACCCGCAAATTCCTCGAAATATCTCCATATTTTACGA
GAAAAATCAAACCTTTTACTTGTATTCCCTGTGAATTTTCTGCTCTCTATTGGGTTCCTC
CTCGACGGAGATGATGGCAGCAGCTACTGTGGCGATTTCAAGCATCTCCGCACGGCCTCT
AGTCGCTCTTCGACGCTCCACAGCCGCTTCCGTTTCGCACAGCTCCTCTCGCCAGTTTCT
TCTTCGTCAGCGCTCTATCTCATCTCCTCGCCTGCTTTTCAGGAACGTTAATCGAGTTAA
AGCAACGATTTTGCAAGACGATGAAGAGAAAGTTGTGGTGGAGGAATCCTTTAAAGCCGA
AACCTTTCCTGGTAAAAAGCCACTACTTGAGGAGCCTGATACGAGTTCTTCAACTAGTGA
TGTGGAGGCTTGGGTCATCAAGCTTGAGCAAGGAGTCAATGTCTTCCTTACTGACTCGGT
GATTAAGATACTTGACACACTCTACCATGACCGAACCTATCCGAGGTTCTTTGTTCTTGA
AACCATTGCTAGAGTCCCTTATTTTGCTTTTATGTCAGTGCTACACATGTATGAGACCTT
TGGTTGGTGGAGGAGAGCTGATTACTTGAAAGTTCATTTTGCTGAAAGCTGGAATGAGAT
GCACCACTTGCTCATCATGGAAGAACTGGGTGGAAACTCATGGTGGTTTGATCGTCTTCT
GGGCCAGACCGTAGCAACCTTTTATTACTTCATGACGGTGTTCTTGTACATCGTTAGCCC
GAGAATGGCATATCACTTTTCAGAATGTGTGGAGAGTCATGCGTTTGAGACTTATGACAA
ATTTCTCAAGACCAATGGAGAGGAGTTGAAGAAATCGCCTGCACCTGACATCGCCGTGAA
ATACTATACCGGAAGCGACATGTACTTATTTGATGAGTTCCAAACATCTAGAGCTCCAAA
TACTAGAAGGCCAGTCATAGAGAATTTATACGATGTGTTTATGAACATAAGAGACGATGA
AGCAGAACATTGCAAGACGATGAGAGCTTGTCAGACTCTAGGAAGTCTCCGTTCTCCACA
CTCCGTTTTAGAAGACGAAGAGTGTGATGAGGAATCAGGATGTGTTATTCCCGAGGAGGC
TCATTGCGAAGGTATTGTAGACTGCCTCAAGAAATCCATTACTAATTAAATCAGGAAGAT
ACAAGAAGACCAAAGATGGATTATACCAAACTTATGTTAAAGAATAGATAAAAGCCAATC
AATATACTTGGAAAATAAAGTAAAAAGTGTGTGAGATTCCCATTGCTATGTAGTATGTGG
GAGAGAAT**TATTAAATAACCAACCATATGATGTAAAATTTACTTTATTCAACTAGTTA
AAAATGTTTTTAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1B510TF U 1
AF RR1ED43TF U 140
AF RR1AU81TF U 108
AF RR1CR91TF U 484
AF RR1ED43JQ C 704
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AF RR1B510JQ C 691
AF RR1CR91JQ C 703
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RD RR1B510TF 680 0 0
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CCATATTCGTTTTCGTCTACTAAACCCGCAAATTCCTCGAAATATCTCCATATTTTACGA
GAAAAATCAAACCTTTTACTTGTATTCCCTGTGAATTTTCTGCTCTCTATTGGGTTCCTC
CTCGACGGAGATGATGGCAGCAGCTACTGTGGCGATTTCAAGCATCTCCGCACGGCCTCT
AGTCGCTCTTCGACGCTCCACAGCCGCTTCCGTTTCGCACAGCTCCTCTCGCCAGTTTCT
TCTTCGTCAGCGCTCTATCTCATCTCCTCGCCTGCTTTTCAGGAATGTTAATCGAGTTAA
AGCAACGATTTTGCAAGACGATGAAGAGAAAGTTGTGGTGGAGGAATCCTTTAAAGCCGA
AACCTTTCCTGGTAAAAAGCCACTACTTGAGGAGCCTGATACGAGTTCTTCAACTAGTGA
TGTGGAGGCTTGGGTCATCAAGCTTGAGCAAGGAGTCAATGTCTTCCTTACTGACTCGGT
GATTAAGATACTTGACACACTCTACCATGACCGAACCTATCCGAGGTTCTTTGTTCTTGA
AACCATTGCTAGAGTCCCTTATTTTGCTTTTATGTCAGTGCTACACATGTATGAGACCTT
TGGTTGGTGGAGGAGAGCTG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1ED43TF 612 0 0
GG
GTATACCCTGTGAATTTTCTGCTCTCTATTGGGTTCCTCCTCGACGGAGATGATGGCAGC
AGCTACTGTGGCGATTTCAAGCATCTCCGCACGGCCTCTAGTCGCTCTTCGACGCTCCAC
AGCCGCTTCCGTTTCGTACAGCTCCTCTCGCCAGCTTCTTCTTCGTCATCGTTCTATCTC
ATCTCCTCGCCTGCTTTTCAGGAACGTTAATCGAGTTAAAGCGACGACTTTGCAAGACGA
TGAAGAGAAAGTTGTGGTGGAGGAATCCTTTAAAGCCGAAACCTTTCCTGGTAAAAAGCC
ACTACTTGAGGAGCCTGATACGAGTTCTTCAACTAGTGATGTGGAGGCTTGGGTCATCAA
GCTTGAGCAAGGAGTCAATGTCTTCCTTACTGACTCGGTGATTAAGATACTTGACACACT
CTACCATGACCGAACCTATCCGAGGTTCTTTGTTCTTGAAACCATTGCTAGAGTCCCTTA
TTTTGCTTTTATGTCAGTGCTACACATGTATGAGACCTTTGGTTGGTGGAGGAGAGCTGA
TTACTTGAAAGTTCATTTTGCTGAAAGCTGGAATGAGATGCACCACTTGCTCATCATGGA
AGAACTGGGT

QA 3 612 3 612
DS 

RD RR1AU81TF 808 0 0
GG
ATATTTTACGAGAAAAATCAAACCTTTTACTTGTATTCCCTGTGAATTTTCTGCTCTCTA
TTGGGTTCCTCCTCGACGGAGATGATGGCAGCAGCTACTGTGGCGATTTCAAGCATCTCC
GCACGGCCTCTAGTCGCTCTTCGACGCTCCACAGCCGCTTCCGTTTCGCACAGCTCCTCT
CGCCAGTTTCTTCTTCGTCAGCGCTCTATCTCATCTCCTCGCCTGCTTTTCAGGAACGTT
AATCGAGTTAAAGCAACGATTTTGCAAGACGATGAAGAGAAAGTTGTGGTGGAGGAATCC
TTTAAAGCCGAAACCTTTCCTGGTAAAAAGCCACTACCTGAGGAGCCTGATACGAGTTCT
TCAACTAGTGATGTGGAGGCTTGGGTCATCAAGCTTGAGCAAGGAGTCAATGTCTTCCTT
ACTGACTCGGTGATTAAGATACTTGACACACTCTACCATGACCGAACCTATCCGAGGTTC
TTTGTTCTTGAAACCATTGCTAGAGTCCCTTATTTTGCTTTTATGTCAGTGCTACACATG
TATGAGACCTTTGGTTGGTGGAGGAGAGCTGATTACTTGAAAGTTCATTTTACTGAAAGC
TGGAATGAGATGCACCACTTGCTCATCATGGAAGAACTGGGTGGAAACTCATGGTGGTTT
GATCGTCTTCTGGGCCAGACCGTAGCAACCTTTTATTACTTCATGACGGTGTTCTTGTAC
ATCGTTAGCCCGAGAATGGCATATCACTTTTCAGAATGTGTGGAGAGTCATGCGTTTGAG
ACTTATGACAAATTTCTCAAGACCAA

QA 3 808 3 808
DS 

RD RR1CR91TF 756 0 0
GGAGGCTTGGGTCATCAAGCTTGAGCAAGGAGTCAATGTCTTCCTTACTGACTCGGTGAT
TAAGATACTTGACACACTCTACCATGACCGAACCTATCCGAGGTTCTTTGTTCTTGAAAC
CATTGCTAGAGTCCCTTATTTTGCTTTTATGTCAGTGCTACACATGTATGAGACCTTTGG
TTGGTGGAGGAGAGCTGATTACTTGAAAGTTCATTTTGCTGAAAGCTGGAATGAGATGCA
CCACTTGCTCATCATGGAAGAACTGGGTGGAAACTCATGGTGGTTTGATCGTCTTCTGGG
CCAGACCGTAGCAACCTTTTATTACTTCATGACGGTGTTCTTGTACATCGTTAGCCCGAG
AATGGCATATCACTTTTCAGAATGTGTGGAGAGTCATGCGTTTGAGACTTATGACAAATT
TCTCAAGACCAATGTAGAGGAGTTGAAGAAATCGCCTGCACCTGACATCGCCGTGAAATA
CTATACCGGAAGCGACATGTACTTATTTGATGAGTTCCAAACATCTAGAGCTCCAAATAC
TAGAAGGCCAGTCATAGAGAGTTTATACGATGTGTTTATGAACATAAGAGACGATGAAGC
AGAACATTGCAAGACGATGAGAGCTTGTCAGACTCTAGGAAGTCTCCGTTCTCCACACTC
CGTTTTAGA*GACGAAGAGTGTGATGAGGA*TCAG*ATGTGTTATTCCCGAGGAG*CTCA
TTGCGAAG*TATTGTAGACTGCCTCA
GAATCCATTA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1ED43JQ 732 0 0
GAAAGCTGGAATGAGATGCACCACTTGCTCATCATGGAAGAACTGGGTGGAAACTCATGG
TGGTTTGATCGTTTTCTGGGCCAGACCGTAGCAACCTTTTATTACTTCATGACTGTGTTC
TTGTACATCGTTAGCCCAAGAATGGCATATCACTTTTCAGAATGTGTGGAGAGTCATGCG
TTTGAGACTTATGACAAATTTCTCAAGACCAATGGAGAGGAGTTGAAGAAATCGCCTGCA
CCTGACATCGCCGTGAAATACTATACCGGAAGCGACATGTACTTATTTGATGAGTTCCAA
ACATCTAGAGCTCCAAATACTAGAAGGCCAGTCATAGAGAATTTATACGATGTGTTTATG
AATATAAGAGACGATGAAGCAGAACATTGCAAGACGATGAGAGCTTGTCAGACTCTAGGA
AGTCTCCGTTCTCCACACTCCGTTTTAGAAGACGAAGAGTGTGATGAGGAATCAGGATGT
GTTATTCCCGAGGAGGCTCATTGCGAAGGTATTGTAGACTGCCTCAAGAAATCCATTACT
AATTAAATCAGGAAGATACAAGAAGACCAAAGATGGATTATACCAAACTTATGTTAAAGA
ATAGATAAAAGCCAATCAATATACTTGGAAAATAAAGTAAAAAGTGTGTGAGATTCCCAT
TGCTATGTAGTATGTGGGAGAGAAT**TATTAAATAACCGACCATATGATGTAAAATTTA
CTTTATTCAACT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1AU81JQ 789 0 0
GTGGAGGAGAGCTGATTACTTGAAAGTTCATTTTACTGAAAGCTGGAATGAGATGCACCA
CTTGCTCATCATGGAAGAACTGGGTGGAAACTCATGGTGGTTTGATCGTCTTCTGGGCCA
GACCGTAGCAACCTTTTATTACTTCATGACGGTGTTCTTGTACATCGTTAGCCCGAGAAT
GGCATATCACTTTTCAGAATGTGTGGAGAGTCATGCGTTTGAGACTTATGACAAATTTCT
CAAGACCAATGGAGAGGAGTTGAAGAAATCGCCTGCACCTGACATCGCCGTGAAATACTA
TACCGGAAGCGACATGTACTTATTTGATGAGTTCCAAACATCTAGAGCTCCAAATACTAG
AAGGCCAGTCATAGAGAATTTATACGATGTGTTTATGAACATAAGAGACGATGAAGCAGA
ACATTGCAAGACGATGAGAGCTTGTCAGACTCTAGGAAGTCTCCGTTCTCCACACTCCGT
TTTAGAAGACGAAGAGTGTGATGAGGAATCAGGATGTGTTATTCCCGAGGAGGCTCATTG
CGAAGGTATTGTAGACTGCCTCAAGAAATCCATTACTAATTAAATCAGGAAGATACAAGA
AGACCAAAGATGGATTATACCAAACTTATGTTAAAGAATAGATAAAAGCCAATCAGTATA
CTTAGAAAATAAAGTAAAAAGTGTGTGAGATTCCCATTGCTATGTAGTATGTGGGAGAGA
ATACTATTAAATAACCAACCATATGATGTAAAATTTACTTTATTCAACTAGTTAAAAATG
TTTTTAATC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1B510JQ 765 0 0
AGTTCATTTTGCTGAAAGCTGGAATGAGATGCACCACTTGCTCATCATGGAAGAACTGGG
TGGAAACTCATGGTGGTTTGATCGTCTTCTGGGCCAGACCGTAGCAACCTTTTATTACTT
CATGACGGTGTTCTTGTACATCGTTAGCCCGA*AATGGCATATCACTTTTCAGAATGTGT
GGAGAGTCATGCGTTTGAGACTTATGACAAATTTCCCAAGACCAATGGAGAGGAGTTGAA
GAAATCGCCTGCACCTGACATCGCCGTGAAATACTATACCGGAAGCGACATGTACTTATT
TGATGAGTTCCAAACATCTAGAGCTCCAAATACTAGAAGGCCAGTCATAGAGAATTTATA
CGATGTGTTTATGAACATAAGAGACGATGAAGCAGAACATTGCAAGACGATGAGAGCTTG
TCAGACTCTAGGAAGTCTCCGTTCTCCACACTCCGTTTTAGAAGACGAAGAGTGTGATGA
GGAATCAGGATGTGTTATTCCCGAGGAGGCTCATTGCGAAGGTATTGTAGACTGCCTCAA
GAAATCCATTACTAATTAAATCAGGAAGATACAAGAAGACCAAAGATGGATTATACCAAA
CTTATGTTAAAGAATAGATAAAAGCCAATCAATATACTTGGAAAATAAAGTAAAAAGTGT
GTGAGATTCCCATTGCTATGTAGTATGTGGGAGAGAAT**TATTAAATAACCAGCCATAT
GATGTAAAATTTACTTTATTCAACTAGTTAAAAATGTTTTTAA
CC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1CR91JQ 753 0 0
TGAAAGCTGGAATGAGATGCACCACTTGCTCATCATGGAAGAACTGGGTGGAAACTCATG
GTGGTTTGATCGTCTTCTGGGCCAGACCGTAGCAACCTTTTATTACTTCATGACGGTGTT
CTTGTACATCGTTAGCCCGAGAATGGCATATCACTTTTCAGAATGTGTGGAGAGTCATGC
GTTTGAGACTTATGACAAATTTCTCAAGACCAATGTAGAGGAGTTGAAGAAATCGCCTGC
ACCTGACATCGCCGTGAAATACTATACCGGAAGCGACATGTACTTATTTGATGAGTTCCA
AACATCTAGAGCTCCAAATACTAGAAGGCCAGTCATAGAGAGTTTATACGATGTGTTTAT
GAACATAAGAGACGATGAAGCAGAACATTGCAAGACGATGAGAGCTTGTCAGACTCTAGG
AAGTCTCCGTTCTCCACACTCCGTTTTAGAAGACGAAGAGTGTGATGAGGAATCAGGATG
TGTTATTCCCGAGGAGGCTCATTGCGAAGGTATTGTAGACTGCCTCAAGAAATCCATTAC
TAATTAAATCAGGAAGATACAAGAAGACCAAAGATGGATTATACCAAACTTATGTTAAAG
AATAGATAAAAGCCAATCAATATACTTGGAAAATAAAGTAAAAAGTGTGTGAGATTCCCA
TTGCTATGTAGTATGTGGGAGAGAAT**TATTAAATAACCAACCATATGATGTAAAATTT
ACTTTATTCAACTAGTTAAAAATGTTTTTAA
TC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 7

CO CL677Contig1 1314 7 18 U
GAAGAGTGTGGAGAAGCGTTTTGGTCAGTCGCCAGTATTTATTGCGGCCACCTTCATGGA
ACAAGGTGGCATTCCACCAACAACCAATCCAGCTACTCTTCTCAAGGAGGCTATTCATGT
TATAAGCTGTGGTTACGAGGACAAGAGTGAATGGGGAAAAGAGATTGGTTGGATCTACGG
TTCAGTGACAGAAGATATTCTTACTGGGTTCAAGATGCATGCCCGTGGTTGGATGTCTAT
CTACTGCAATCCTCCACGACCTGCGTTTAAGGGATCTGCACCAATCAATCTTTCTGATCG
TTTGAACCAAGTTCTTCGATGGGCATTGGGATCTATTGAGATTCTTCTGAGCAGACATTG
CCCCATCTGGTATGGCTACACCGGAAGGTTGAGACTCTTGGAGAGGCTCGCTTACATCAA
CACCATTGTCTACCCTATTACAGCTCTCCCTCTCATCGCCTACTGTATCCTTCCTGCTTT
TTGCCTCATCACCGACAAGTTCATCATACCTGAGATAAGCAACTACGCGAGTATTTGGTT
CATTCTACTCTTTATCTCTATTGCTGTGACTGGAATCCTGGAGCTGAGATGGAGTGGTGT
GAGCATTGAAGACTGGTGGAGGAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGCACATCTGCTCA
TCTTTTTGCAGTCTTCCAAGGTCTACTCAAGGTACTTGCCGGTATCGACACTAACTTCAC
TGTCACATCCAAAGCCTCTGACGAAGATGGGGATTTCGCGGAGCTTTACATCTTCAAATG
GACAGCTCTTCTCATTCCACCAACCACTGTCCTAGTTGTAAACCTCATAGGCATTGTGGC
TGGTGTCTCTTATGCTGTGAACAGCGGGTACCAGTCACGGGGTCCGCTCTTTGGGAAGCT
TTTCTTCGCCTTATGGGTCATTGCCCATCTCTACCCTTTCTTGAAAGGTCTACTGGGAAG
ACAGAACAGAACGCCAACCATCGTCATTGTCTGGTCTGTTCTTCTCGCCTCCATCTTTTC
GTTGCTTTGGGTCAGGATCAATCCATTCGTCTCTGTCACTCCACAGGCCAACCCCAATGC
CGTCCCAGGAGGTGTCTTTTAGACCCCTATTTATATTACATTTTGTGTGCATATTATGGT
GAACCAGGCGGTTATGGTGGTGACTCAGTGTCAAATGATTAGTTTTGAAACTGTTGGTGG
CTGTGTCACTGTTGTGATGATCTTATTTATTTCGGTATGTTATAGTTTTTTCCAGTGGAG
ATGATGATGTGGAAACCAAATGATACATAATATAATTGTTATTCATCTTATTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1DN63TF U 118
AF RR1FI09TF U 1
AF RR1ES07TF U 92
AF RR1BH66TF U 57
AF RR1BH66JQ C 392
AF RR1FI09JQ C 479
AF RR1FF49JQ C 663
BS 1 755 RR1FI09TF
BS 756 793 RR1BH66TF
BS 794 794 RR1ES07TF
BS 795 830 RR1BH66TF
BS 831 831 RR1BH66JQ
BS 832 871 RR1BH66TF
BS 872 872 RR1BH66JQ
BS 873 896 RR1BH66TF
BS 897 903 RR1BH66JQ
BS 904 904 RR1FI09JQ
BS 905 948 RR1BH66JQ
BS 949 949 RR1FI09JQ
BS 950 994 RR1BH66JQ
BS 995 995 RR1FI09JQ
BS 996 1200 RR1BH66JQ
BS 1201 1201 RR1FI09JQ
BS 1202 1240 RR1BH66JQ
BS 1241 1314 RR1FI09JQ

RD RR1DN63TF 569 0 0
G
GTTATAAGCTGTGGTTACGAGGACAAGAGTGAATGGGGAAAAGAGATTGGTTGGATCTAC
GGTTCAGTGACAGAAGATATTCTTACTGGGTTCAAGATGCATGCCCGTGGTTGGATGTCT
ATCTACTGCAATCCTCCACGACCTGCGTTTAAGGGATCTGCACCAATCAATCTTTCTGAT
CGTTTGAACCAAGTTCTTCGATGGGCATTGGGATCTATTGAGATTCTTCTGAGCAGACAT
TGCCCCATCTGGTATGGCTACACCGGAAGGTTGAGACTCTTGGAGAGGCTCGCTTACATC
AACACCATTGTCTACCCTATTACAGCTCTCCCTCTCATCGCCTACTGTATCCTTCCTGCT
TTTTGCCTCATCACCGACAAGTTCATCATACCTGAGATAAGCAACTACGCGAGTATTTGG
TTCATTCTACTCTTTATCTCTATTGCTGTGACTGGAATCCTGGAGCTGAGATGGAGTGGT
GTGAGCATTGAAGACTGGTGGAGGAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGCACATCTGCT
CATCTTTTTGCAGTCTTCCAAGGTCTAC

QA 2 569 2 569
DS 

RD RR1FI09TF 762 0 0
GAAGAGTGTGGAGAAGCGTTTTGGTCAGTCGCCAGTATTTATTGCGGCCACCTTCATGGA
ACAAGGTGGCATTCCACCAACAACCAATCCAGCTACTCTTCTCAAGGAGGCTATTCATGT
TATAAGCTGTGGTTACGAGGACAAGAGTGAATGGGGAAAAGAGATTGGTTGGATCTACGG
TTCAGTGACAGAAGATATTCTTACTGGGTTCAAGATGCATGCCCGTGGTTGGATGTCTAT
CTACTGCAATCCTCCACGACCTGCGTTTAAGGGATCTGCACCAATCAATCTTTCTGATCG
TTTGAACCAAGTTCTTCGATGGGCATTGGGATCTATTGAGATTCTTCTGAGCAGACATTG
CCCCATCTGGTATGGCTACACCGGAAGGTTGAGACTCTTGGAGAGGCTCGCTTACATCAA
CACCATTGTCTACCCTATTACAGCTCTCCCTCTCATCGCCTACTGTATCCTTCCTGCTTT
TTGCCTCATCACCGACAAGTTCATCATACCTGAGATAAGCAACTACGCGAGTATTTGGTT
CATTCTACTCTTTATCTCTATTGCTGTGACTGGAATCCTGGAGCTGAGATGGAGTGGTGT
GAGCATTGAAGACTGGTGGAGGAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGCACATCTGCTCA
TCTTTTTGCAGTCTTCCAAGGTCTACTCAAGGTACTTGCCGGTATCGACACTAACTTCAC
TGTCACATCCAAAGCCTCTGACGAAGATGGGGATT
CGCGGAG

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1ES07TF 726 0 0
GCTACTCTTCTCAAGGAGGCTATTCATGTTATAAGCTGTGGTTACGAGGACAAGAGTGAA
TGGGGAAAAGAGATTGGTTGGATCTACGGTTCAGTGACAGAAGATATTCTTACTGGGTTC
AAGATGCATGCCCGTGGTTGGATGTCTATCTACTGCAATCCTCCACGACCTGCGTC*AAG
GGATCTGCACCAATCAATCTTTCTGATCGTTTGAACCAAGTTCTTCGATGGGCATTGGGA
TCTATCGAGATTCTTTTGGGCAGACATTGCCCCATCTGGTATGGCTATACAGGAAGGTTG
AGACTTTTGGAGAGGCTCGCTTACATCAACACCATTGTCTACCCTATTACAGCTCTCCCT
CTCATCGCCTATTGTATCCTTCCAGCTTTT*GCCTCATCACCGACAAGTTCATCATACCT
GAGATAAGCAACTACGCGAGTATTTGGTTTATTCTACTCTTTATCTCTATTGCTGTGACT
GGAATCCTGGAGCTGAGATGGAGTGGTGTGAGCATTGAAGACTGGTGGAGGAACGAGCAG
TTCTGGGTCATCGGTGGCACATCTGCCCATCTTTTTGCTGTCTTCCAAGGTCTACTCAAG
GTACTAGCCGGTATCGACACTAACTTCACTGTCACATCCAAAGCCTCGGACGAAGATGGG
GATTTCGCAGAGCTTTACATCTTCAAATGGACAGCTCTTCTCATTCCACCAACCACTGTC
CTAGTT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1BH66TF 844 0 0
G
GGAACAAGGTGGCATTCCACCAACAACCAATCCAGCTACTCTTCTCGAGGAGGCTATTCA
TGTTATAAGCTGTGGTTACGAGGACAAGAGTGAATGGGGAAAAGAGATTGGTTGGATCTA
CGGTTCAGTGACAGAAGATATTCTTACTGGGTTCAAGATGCATGCCCGTGGTTGGATGTC
TATCTACTGCAATCCTCCACGACCTGCGTTTAAGGGATCTGCACCAATCAATCTTTCTGA
TCGTTTGAACCAAGTTCTTCGATGGGCATTGGGATCTATTGAGATTCTTCTGAGCAGACA
TTGCCCCATCTGGTATGGCTACACCGGAAGGTTGAGACTCTTGGAGAGGCTCGCTTACAT
CAACACCATTGTCTACCCTATTACAGCTCTCCCTCTCATCGCCTACTGTATCCTTCCTGC
TTTTTGCCTCATCACCGACAAGTTCATCATACCTGAGATAAGCAACTACGCGAGTATTTG
GTTCATTCTACTCTTTATCTCTATTGCTGTGACTGGAATCCTGGAGCTGAGATGGAGTGG
TGTGAGCATTGAAGACTGGTGGAGGAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGCACATCTGC
TCATCTTTTTGCAGTCTTCCAAGGTCTACTCAAGGTACTTGCCGGTATCGACACTAACTT
CACTGTCACATCCAAAGCCTCTGACGAAGATGGGGATTTCGCGGAGCTTTACATCTTCAA
ATGGACAGCTCTTCTCGTTCCACCAACCACTGTCCTAGTTGTAAACCTCATAG*CATTGT
GGCTGGTGTCTCTTATGCTGTGAACAGCGGGTAC*AGTCACGGGGTCCGCTCTTTGGGA
GCTT

QA 2 840 2 840
DS 

RD RR1BH66JQ 849 0 0
AGACTCTTGGAGAGGCTCGCTTACATCAACACCATTGTCTACCCTATTACAGCTCTCCCT
CTCATCGCCTACTGTATCCTTCCTGCTTTTTGCCTCATCACCGACAAGTTCATCATACCT
GAGATAAGCAACTACGCGAGTATTTGGTTCATTCTACTCTTTATCTCTATTGCTGTGACT
GGAATCCTGGAGCTGAGATGGAGTGGTGTGAGCATTGAAGACTGGTGGAGGAACGAGCAG
TTCTGGGTCATCGGTGGCACATCTGCTCATCTTTTTGCAGTCTTCCAAGGTCTACTCAAG
GTACTTGCCGGTATCGACACTAACTTCACTGTCACATCCAAAGCCTCTGACGAAGATGGG
GATTTCGCGGAGCTTTACATCTTCAAATGGACAGCTCTTCTCGTTCCACCAACCACTGTC
CTAGTTGTAAACCTCATAGGCATTGTGGCTGGTGTCTCTTATGCTGTGAACAGCGGGTAC
CAGTCACGGGGTCCGCTCTTTGGGAAGCTTTTTTTCGCCTTATGGGTCATTGCCCATCTC
TACCCTTTCTTGAAAGGCCTACTGGGAAGACAGAACAGAACGCCAACCATCGTCATTGTC
TGGCCTGTTCTTCTCGCCTCCATCTTTTCGTTGCTTTGGGTCAGGATCAATCCATTCGTC
TCTGTCACTCCACAGGCCAACCCCAATGCCGTCCCAGGAGGTGTCTTTTAGACCCCTATT
TATATTACATTTTGTGTGCATATTATGGTGAACCAGGCGGTTATGGTGGTGACTCAGTGT
CAAATGATTAGTTTTGAAACTGTTGGTGGTTGTGTCACTGTTGTGATGATCTTATTTATT
TCGGTATGT

QA 1 849 1 849
DS 

RD RR1FI09JQ 836 0 0
TTTTGCCTCATCAC*GACAAGTTCATCATAC*TGAGATAAGCAACTACGCGAGTATTTGG
TTCATTCTACTCTTTATCTCTATTGCTGTGACTGGAATCCTGGAGCTGAGATGGAGTGGT
GTGAGCATTGAAGACTGGTGGAGGAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGCACATCTGCT
CATCTTTTTGCAGTCTTCCAAGGTCTACTCAAGGTACTTGCCGGTATCGACACTAACTTC
ACTGTCACATCCAAAGCCTCTGACGAAGATGGGGATTTCGCGGAGCTTTACATCTTCAAA
TGGACAGCTCTTCTCATTCCACCAACCACTGTCCTAGTTGTAAACCTCATAGGCATTGTG
ACTGGTGTCTCTTATGCTGTGAACAGCGGGTACCAGTCATGGGGTCCGCTCTTTGGGAAG
CTTTTCTTCGCCTTATGGGTCATTGCCCATCTCTACCCTTTCTTGAAAGGTCTACTGGGA
AGACAGAACAGAACGCCAACCATCGTCATTGTCTGGTCTGTTCTCCTCGCCTCCATCTTT
TCGTTGCTTTGGGTCAGGATCAATCCATTCGTCTCTGTCACTCCACAGGCCAACCCCAAT
GCCGTCCCAGGAGGTGTCTTTTAGACCCCTATTTATATTACATTTTGTGTGCATATTATG
GTGAACCAGGCGGTTATGGTGGTGACTCAGTGTCAAATGATTAGTTTTGAAACTGTTGGT
GGCTGTGTCACTGTTGTGATGATCTTATTTATTTCGGTATGTTATAGTTTTTTCCAGTGG
AGATGATGATGTGGAAACCAAATGATACATAATATAATTGTTATTCATCTTATTAT

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1FF49JQ 650 0 0
TTTTTGCAGTCTTCCAAGGTCTACTCAAGGTACTTGCCGGTATCGACACTAACTTCACTG
TCACATCCAAAGCCTCTGACGAAGATGGGGATTTCGCGGAGCTTTACATCTTCAAATGGA
CAGCTCTTCTCATTCCACCAACCACTGTCCTAGTTGTAAACCTCATAGGCATTGTGGCTG
GTGTCTCTTATGCTGTGAACAGCGGGTACCAGTCATGGGGTCCGCTCTTTGGGAAGCTTT
TCTTCGCCTTATGGGTCATTGCCCATCTCTACCCTTTCTTGAAAGGTCTACTGGGAAGAC
AGAACAGAACGCCAACCATCGTCATTGTCTGGTCTGTTCTTCTCGCCTCCATCTTTTCGT
TGCTTTGGGTCAGGATCAATCCATTCGTCTCTGTCACTCCACAGGCCAACCCCAATGCCG
TCCCAGGAGGTGTCTTTTAGACCCCTATTTATATTACATTTTGTGTGCATATTATGGTGA
ACCAGGCGGTTATGGTGGTGACTCAGTGTCAAATGATTAGTTTTGAAACTGTTGGTGGCT
GTGTCACTGTTGTGATGATCTTATTTATTTCGGTATGTTATAGTTTTTTCCAGTGGAGAT
GATGATGTGGAAACCAAATGATACATAATATAATTGTTATTCATCTT
GTC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 8

CO CL678Contig1 610 8 11 U
TTTCAGTGTCGAAATGAACTGATAGATTGGTCTCAAAGAATTCGAAGTTACAAAATCATC
TCTAACCAGATGTAGAGAACATGTTCAAAAATTCCAGACAGCCCAGAGACTGAAACTATA
ATATTAAGAGTTGAGTGGCCAGCTCCTTGCAGTCTTTTAAGTACGAGGAGCAGCAGGGGC
ACCACCAGCAGGGCGAGGGGCCTGACCAGGCTGTCCAGGCTTGGGAGTATCCTCCTTGCG
TCTGGCAAAACGGGGAGGAGGGGTACGAACCCTACGGTTGGTGCGGGATCGAACTCTCAC
AACGTGAGAGTGGATAGCACATGAAACACAGTATTGCACCTTAGAGTACAGCTTTGGGAG
AGTGTAACCATCGTAGACACTGGCTTCTTGAACATCTCTGATAGCAGCCTGCTCAACGAT
GTTCCTGACAAGGAATCTCTTAATCGCCTTATCCTTGGGACAGCATTTCCCGCAGTTGGA
ACACCTGATGGGATTCACGTGACCACGGTTGTGCTTGTTCCTGCCACCGTTCCTACGCTT
GAAAGTCATGTTTGCAAGCAAAGAGTTTCAAGCCTTCTCCGATCTGTACTCTTCTTCGTT
ACGGCGACCC


BQ
10 10 10 30 30 30 45 45 45 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 

AF RR1CI53JQ U 5
AF RR1CI53TF C 5
AF RR1EW73JQ U 10
AF RR1H964JQ U 1
AF RR1H468JQ U 4
AF RR1FL61JQ U 2
AF RR1H468TF C 4
AF RR1H964TF C 4
BS 1 54 RR1H964JQ
BS 55 55 RR1CI53JQ
BS 56 105 RR1H964JQ
BS 106 106 RR1H468JQ
BS 107 180 RR1H964JQ
BS 181 181 RR1CI53JQ
BS 182 343 RR1H964JQ
BS 344 344 RR1EW73JQ
BS 345 375 RR1H964JQ
BS 376 376 RR1H468JQ
BS 377 610 RR1H964JQ

RD RR1CI53JQ 300 0 0
AA
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AGCAGGGCGAGGGGCCTGACCAGGCTGTCCAGGCTTGGGAGTATCCTCCTTGCGTCTGGC
AAAACGGGGAGGAGGGGTACGAACCCTACGGTTGGTGCGGGATCGAACTCTCACAAC
C

QA 3 299 3 299
DS 

RD RR1CI53TF 300 0 0
AA
TGTCGAAATGAACTGATAGATTGGTCTCAAAGAATTCGAAGTTACAAAATCATCTCTAAC
CAGATGTAGAGAACATGTTCAAAAATTCCAGACAGCCCAGAGACTGAAACTATAATATTA
AGAGTTGAGTGGCCAGCTCCTTGCAGTCTTTTAAGTACGAGGAGCAGCAGGGGCACCACC
AGCAGGGCGAGGGGCCTGACCAGGCTGTCCAGGCTTGGGAGTATCCTCCTTGCGTCTGGC
AAAACGGGGAGGAGGGGTACGAACCCTACGGTTGGTGCGGGATCGAACTCTCACAAC
C

QA 3 299 3 299
DS 

RD RR1EW73JQ 587 0 0
CGAAATGAACTGATAGATTGGTCTCAAAGAATTCGAAGTTACAAAATCATCTCTAACCAG
ATGTAGAGAACATGTTCAAAAATTCCAGACAGCCCAGAGACTGAAACTATAATATTAAGA
GTTGAGTGGCCAGCTCCTTGCAGTCTTTTAAGTACGAGGAGCAGCAGGGGCACCACCAGC
AGGGCGAGGGGCCTGACCAGGCTGTCCAGGCTTGGGAGTATCCTCCTTGCGTCTGGCAAA
ACGGGGAGGAGGGGTACGAACCCTACGGTTGGTGCGGGATCGAACTCTCACAACGTGAGA
GTGGATAGCACATGAAACACAGTATTGCACCTTAGAGTACAGCTTTGGGAGAGTGTAACC
ATCGTAGACACTGGCTTCTTGAACATCTCTGATAGCAGCCTGCTCAACGATGTTCCTGAC
AAGGAATCTCTTAATCGCCTTATCCTTGGGACAGCATTTCCCGCAGTTGGAACACCTGAT
GGGATTCACGTGACCACGGTTGTGCTTGTTCCTGCCACCGTCCCTACGCTTGAAAGTCAT
GTTTGCAAGCAAAGAGTTTCAAGCCTTCTCCGATCTGTACTCTTCTT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1H964JQ 610 0 0
TTTCAGTGTCGAAATGAACTGATAGATTGGTCTCAAAGAATTCGAAGTTACAAA*TCATC
TCTAACCAGATGTAGAGAACATGTTCAAAAATTCCAGACAGCCCAAAGACTGAAACTATA
ATATTAAGAGTTGAGTGGCCAGCTCCTTGCAGTCTTTTAAGTACGAGGAGCAGCAGGGGC
CCCACCAGCAGGGCGAGGGGCCTGACCAGGCTGTCCAGGCTTGGGAGTATCCTCCTTGCG
TCTGGCAAAACGGGGAGGAGGGGTACGAACCCTACGGTTGGTGCGGGATCGAACTCTCAC
AACGTGAGAGTGGATAGCACATGAAACACAGTATTGCACCTTAAAGTACAGCTTTGGGAG
AGTGTAACCATCGTAAACACTGGCTTCTTGAACATCTCTGATAGCAGCCTGCTCAACGAT
GTTCCTGACAAGGAATCTCTTAATCGCCTTATCCTTGGGACAGCATTTCCCGCAGTTGGA
ACACCTGATGGGATTCACGTGACCACGGTTGTGCTTGTTCCTGCCACCGTTCCTACGCTT
GAAAGTCATGTTTGCAAGCAAAGAGTTTCAAGCCTTCTCCGATCTGTACTCTTCTTCGTT
ACGGCGACCC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1H468JQ 607 0 0
CAGTGTCGAAATGAACTGATAGATTGGTCTCAAAGAATTCGAAGTTACAAA*TCATCTCT
AACCAGATGTAGAGAACATGTTCAAAAATTCCAGACAGCCCAGAGACTGAAACTATAATA
TTAAGAGTTGAGTGGCCAGCTCCTTGCAGTCTTTTAAGTACGAGGAGCAGCAGGGGCCCC
ACCAGCAGGGCGAGGGGCCTGACCAGGCTGTCCAGGCTTGGGAGTATCCTCCTTGCGTCT
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GTGAGAGTGGATAGCACATGAAACACAGTATTGCACCTTAAAGTACAGCTTTGGGAGAGT
GTAACCATCGTAGACACTGGCTTCTTGAACATCTCTGATAGCAGCCTGCTCAACGATGTT
CCTGACAAGGAATCTCTTAATCGCCTTATCCTTGGGACAGCATTTCCCGCAGTTGGAACA
CCTGATGGGATTCACGTGACCACGGTTGTGCTTGTTCCTGCCACCGTTCCTACGCTTGAA
AGTCATGTTTGCAAGCAAAGAGTTTCAAGCCTTCTCCGATCTGTACTCTTCTTCGTTACG
GCGACCC

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1FL61JQ 614 0 0
GCAAA
TGTCGAAATAAACTGATAGATTGGTCTCAAAGAATTCGAAGTTACAAAATCATCTCTAAC
CAGATGTAGAGAACATGTTCAAAAATTCCAGACAGCCCAGAGACTGAAACTATAATATTA
AGAGTTGAGTGGCCAGCTCCTTGCAGTCTTTTAAGTACGAGGAGCAGCAGGGGCACCACC
AGCAGGGCGAGGGGCCTGACCAGGCTGTCCAGGCTTGGGAGTATCCTCCTTGCGTCTGGC
AAAACGGGGAGGAGGGGTACGAACCCTACGGTTGGTGCGGGATCGAACTCTCACAACGTG
AGAGTGGATAGCACATGAAACACAGTATTGCACCTTAAAGTACAGCTTTGGGAGAGTGTA
ACCATCGTAGACACTGGCTTCTTGAACATCTCTGATAGCAGCCTGCTCAACGATGTTCCT
GACAAGGAATCTCTTAATCGCCTTATCCTTGGGACAGCATTTCCCGCAGTTGGAACACCT
GATGGGATTCACGTGACCACGGTTGTGCTTGTTCCTGCCACCGTTCCTACGCTTGAAAGT
CATGTTTGCAAGCAAAGAGTTTCAAGCCTTCTCCGATCTGTACTCTTCTTCGTTACGGCG
AC
AGGTTCC

QA 6 607 6 607
DS 

RD RR1H468TF 607 0 0
CAGTGTCGAAATGAACTGATAGATTGGTCTCAAAGAATTCGAAGTTACAAA*TCATCTCT
AACCAGATGTAGAGAACATGTTCAAAAATTCCAGACAGCCCAGAGACTGAAACTATAATA
TTAAGAGTTGAGTGGCCAGCTCCTTGCAGTCTTTTAAGTACGAGGAGCAGCAGGGGCCCC
ACCAGCAGGGCGAGGGGCCTGACCAGGCTGTCCAGGCTTGGGAGTATCCTCCTTGCGTCT
GGCAAAACGGGGAGGAGGGGTACGAACCCTACGGTTGGTGCGGGATCGAACTCTCACAAC
GTGAGAGTGGATAGCACATGAAACACAGTATTGCACCTTAGAGTACAGCTTTGGGAGAGT
GTAACCATCGTAGACACTGGCTTCTTGAACATCTCTGATAGCAGCCTGCTCAACGATGTT
CCTGACAAGGAATCTCTTAATCGCCTTATCCTTGGGACAGCATTTCCCGCAGTTGGAACA
CCTGATGGGATTCACGTGACCACGGTTGTGCTTGTTCCTGCCACCGTTCCTACGCTTGAA
AGTCATGTTTGCAAGCAAAGAGTTTCAAGCCTTCTCCGATCTGTACTCTTCTTCGTTACG
GCGACCC

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1H964TF 607 0 0
CAGTGTCGAAATGAACTGATAGATTGGTCTCAAAGAATTCGAAGTTACAAA*TCATCTCT
AACCAGATGTAGAGAACATGTTCAAAAATTCCAGACAGCCCAGAGACTGAAACTATAATA
TTAAGAGTTGAGTGGCCAGCTCCTTGCAGTCTTTTAAGTACGAGGAGCAGCAGGGGCCCC
ACCAGCAGGGCGAGGGGCCTGACCAGGCTGTCCAGGCTTGGGAGTATCCTCCTTGCGTCT
GGCAAAACGGGGAGGAGGGGTACGAACCCTACGGTTGGTGCGGGATCGAACTCTCACAAC
GTGAGAGTGGATAGCACATGAAACACAGTATTGCACCTTAGAGTACAGCTTTGGGAGAGT
GTAACCATCGTAGACACTGGCTTCTTGAACATCTCTGATAGCAGCCTGCTCAACGATGTT
CCTGACAAGGAATCTCTTAATCGCCTTATCCTTGGGACAGCATTTCCCGCAGTTGGAACA
CCTGATGGGATTCACGTGACCACGGTTGTGCTTGTTCCTGCCACCGTTCCTACGCTTGAA
AGTCATGTTTGCAAGCAAAGAGTTTCAAGCCTTCTCCGATCTGTACTCTTCTTCGTTACG
GCGACCC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 8

CO CL679Contig1 882 8 6 U
GGAAAACACTTCACCCACAAAACATAACCTATCTCTCTTTCTCTCTAATGGAGGTTTCAG
CGACAAAGTCTCATTTTATTGAAGAAGAAGATGATCTGGGTTCTTCTTTATCGGAGATGG
AAGCTGGATTTTCTGGTAACAGTGAAAACCCACAACACGGCGTCGTTTCGAGACCTTTCT
CCTATACGAGGATGAACAGTATCAACAACAGGGG*CACGAACTGTTATTATAACAACTAC
CCTTGTTATTACCGACAATACTCTGTTTCGTCTCCGAGATCTGTTGTGTCCGGAAGATTC
CATGATTTGAGATTCGATAATCAACAGCCTCATTTCTTGGATTCGTGTTTCCTCTGCAAG
AAACCACTTGGTGATAACAGAGATATCTACATGTACAGAGGAGACACACCGTTTTGCAGC
GAAGAGTGTAGACAAGAACAGATAGAGAGAGATGAAGCAAAAGAGAAGAAAAAGAATCTG
TCTCATTCTGTGAAATCAGCAATGAGGAGAAAAGAACAACGAAGCTCATCTTCGTCGCCT
ACTAGATCTCGTGACTATGCTTTTCACAACGGAACTGTTGCTGCTGCTTGAAATTCCGAA
TCTGATAATGAGTTTGAGAATTATAATAATAAAAATAATTATGTTAAAAAATGGAAAAAA
GTGAGATTTTCTCTTTAAGCTTCGAAGCTGGTTTTGGGATTCTCTTTAGATCTTTTCCTT
AAAGATTATTTTACTTCAGCTTGAAGTTTGCAGGAAAAGAGAAAGCTAGAGCATGATTAT
CCACAGAAACTCATTTGTGTTTTTTAAGGATTATTTAAGTATATAAATGTACTTTAGTGG
ACTTAAGAAACTATTAGATTTTGTGCCTTCAATGGTAGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV89JQ C 15
AF RR1CV89TF U 15
AF RR1BE08TF U 20
AF RR1BE08JQ C 9
AF RR1AO58TF U 1
AF RR1BA17TF U 20
AF RR1AO58JQ C 33
AF RR1BA17JQ C 90
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AACAGTATCAACAACAGGGG*CACGAACTGTTATTATAACAACTACCCTTGTTATTACCG
ACAATACTCTGTTTCGTCTCCGAGATCTGTTGTGTCCGGAAGATTCCATGATTTGAGATT
CGATAATCAACAGCCTCATTTCTTGGATTCGTGTTTCCTCTGCAAGAAACCACTTGGTGA
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ATCAGCAATGAGGAGAAAAGAACAACGAAGCTCATCTTCGTCGCCTACTAGATCTCGTGA
CTATGCTTTTCACAACGGAACTGTTGCTGCTGCTTGAAATTCCGAATCTGATAATGAGTT
TGAGAAT

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1CV89TF 607 0 0
CCACAAAACATAACCTATCTCTCTTTCTCTCTAATGGAGGTTTCAGCGACAAAGTCTCAT
TTTATTGAAGAAGAAGATGATCTGGGTTCTTCTTTATCGGAGATGGAAGCTGGATTTTCT
GGTAACAGTGAAAACCCACAACACGGCGTCGTTTCGAGACCTTTCTCCTATACGAGGATG
AACAGTATCAACAACAGGGG*CACGAACTGTTATTATAACAACTACCCTTGTTATTACCG
ACAATACTCTGTTTCGTCTCCGAGATCTGTTGTGTCCGGAAGATTCCATGATTTGAGATT
CGATAATCAACAGCCTCATTTCTTGGATTCGTGTTTCCTCTGCAAGAAACCACTTGGTGA
TAACAGAGATATCTACATGTACAGAGGAGACACACCGTTTTGCAGCGAAGAGTGTAGACA
AGAACAGATAGAGAGAGATGAAGCAAAAGAGAAGAAAAAGAATCTGTCTCATTCTGTGAA
ATCAGCAATGAGGAGAAAAGAACAACGAAGCTCATCTTCGTCGCCTACTAGATCTCGTGA
CTATGCTTTTCACAACGGAACTGTTGCTGCTGCTTGAAATTCCGAATCTGATAATGAGTT
TGAGAAT

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1BE08TF 732 0 0
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TATCAACAACAGGGG*CACGAACTGTTATTATAACAACTACCCTTGTTATTACCGACAAT
ACTCTGTTTCGTCTCCGAGATCTGTTGTGTCCGGAAGATTCCATGATTTGAGATTCGATA
ATCAACAGCCTCATTTCTTGGATTCGTGCTTCCTCTGCAAGAAACCACTTGGTGATAACA
GAGATATCTACATGTACAGAGGAGACACACCGTTTTGCAGCGAAGAGTGTAGACAAGAAC
AGATAGAGAGAGATGAAGCAAAAGAGAAGAAAAAGAATCTGTCTCATTCTGTGAAATCAG
CAATGAGGAGAAAAGAACAACGAAGCTCATCTTCGTCGCCTACTAGATCTCGTGACTATG
CTTTTCACAACGGAACTGTTGCTGCTGCTTGAAATTCCGAATCTGATAGTGAGTTTGAGA
ATTATAATAATAAAAATAATTATGTTAAAAAATGGAAAAAAGTGAGATTTTCTCTTTAAG
CTTCGAAGCTGGTTTTGGGATTCTCTTTAGATCTTTTCCTTAAAGATTATTTTACTTCAG
CTTGAAGTTTGC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1BE08JQ 832 0 0
CTTCAC
CCACAAAACATAACCTATCTCTCTTTCTCTCTAATGGAGGTTTCAGCGACAAAGTCTCAT
TCTATTGAAGAAGAAGATGATCTGGGTTCTTCTTTATCGGAGATGGAAGCTGGATTTTCT
GGTAACAGTGAAAACCCACAACACGGCGTCGTTTCGAGACCTTTCTCCTATACGAGGATG
AACAGTATCAACAACAGGGG*CACGAACTGTTATTATAACAACTACCCTTGTTATTACCG
ACAATACTCTGTTTCGTCTCCGAGATCTGTTGTGTCCGGAAGATTCCATGATTTGAGATT
CGATAATCAACAGCCTCATTTCTTGGATTCGTGCTTCCTCTGCAAGAAACCACTTGGTGA
TAACAGAGATATCTACATGTACAGAGGAGACACACCGTTTTGCAGCGAAGAGTGTAGACA
AGAACAGATAGAGAGAGATGAAGCAAAAGAGAAGAAAAAGAATCTGTCTCATTCTGTGAA
ATCAGCAATGAGGAGAAAAGAACAACGAAGCTCATCTTCGTCGCCTACTAGATCTCGTGA
CTATGCTTTTCACAACGGAACTGTTGCTGCTGCTTGAAATTCCGAATCTGATAGTGAGTT
TGAGAATTATAATAATAAAAATAATTATGTTAAAAAATGGAAAAAAGTGAGATTTTCTCT
TTAAGCTTCGAAGCTGGTTTTGGGATTCTCTTTAGATCTTTTCCTTAAAGATTATTTTAC
TTCAGCTTGAAGTTTGCAGGAAAAGAGAAAGCTGGAGCATGATTATCCACAGAAACTCAT
TTGTGTTTCCTAAGGATTATTTAAGTATATAAATGTACTTTAGTGG

QA 7 832 7 832
DS 

RD RR1AO58TF 869 0 0
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CGACAAAGTCTCATTTTATTGAAGAAGAAGATGATCTGGGTTCTTCTTTATCGGAGATGG
AAGCTGGATTTTCTGGTAACAGTGAAAACCCACAACACGGCGTCGTTTCGAGACCTTTCT
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TCTCATTCTGTGAAATCAGCAATGAGGAGAAAAGAACAACGAAGCTCATCTTCGTCGCCT
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TCTGATAATGAGTTTGAGAATTATAATAATAAAAATAATTATGTTAAAAAATGGAAAAAA
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AAAGATTATTTTACTTCAGCTTGAAGTTTGCAGGAAAAGAGAAAGCTAGAGCATGATTAT
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ACTTA*GAAACTATTAGATTT
TGTGCCTT

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DS 

RD RR1BA17TF 847 0 0
AAACATAACCTATCTCTCTTTCTCTCTAATGGAGGTTTCAGCGACAAAGTCTCATTTTAT
TGAAGAAGAAGATGATCTGGGTTCTTCTTTATCGGAGATGGAAGCTGGATTTTCTGGTAA
CAGTGAAAACCCACAACACGGCGTCGTTTCGAGACCTTTCTCCTATACGAGGATGAACAG
TATCAACAACAGGGG*CACGAACTGTTATTATAACAACTACCCTTGTTATTACCGACAAT
ACTCTGTTTCGTCTCCGAGATCTGTTGTGTCCGGAAGATTCCATGATTTGAGATTCGATA
ATCAACAGCCTCATTTCTTGGATTCGTGTTTCCTCTGCAAGAAACCACTTGGTGATAACA
GAGATATCTACATGTACAGAGGAGACACACCGTTTTGCAGCGAAGAGTGTAGACAAGAAC
AGATAGAGAGAGATGAAGCAAAAGAGAAGAAAAAGAATCTGTCTCATTCTGTGAAATCAG
CAATGAGGAGAAAAGAACAACGAAGCTCATCTTCGTCGCCTACTAGATCTCGTGACTATG
CTTTTCACAACGGAACTGTTGCTGCTGCTTGAAATTCCGAATCTGATAATGAGTTTGAGA
ATTATAATAATAAAAATAATTATGTTAAAAAATGGAAAAAAGTGAGATTTTCTCTTTAAG
CTTCGAAGCTGGTTTTGGGATTCTCTTTAGATCTTTTCCTTAAAGATTATTTTACTTCAG
CTTGAAGTCTGCAGGAAAAGAGAAAGCTAGAGCATGATTATCCACAGAA*CTCATTTGTG
TTTTTTAA*GATTATTTAAGTATATAAATGTACTTTAGTGGACTTAAGAAACTATTAGAT
TT
GTGCT

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR1AO58JQ 850 0 0
CTCTCTTTCTCTCTAATGGAGGTTTCAGCGACAAAGTCTCATTTTATTGAAGAAGAAGAT
GATCTGGGTTCTTCTTTATCGGAGATGGAAGCTGGATTTTCTGGTAACAGTGAAAACCCA
CAACACGGCGTCGTTTCGAGACCTTTCTCCTATACGAGGATGAACAGTATCAACAACAGG
GC*CACGAACTGTTATTATAACAACTACCCTTGTTATTACCGACAATACTCTGTTTCGTC
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GTACAGAGGAGACACACCGTTTTGCAGCGAAGAGTGTAGACAAGAACAGATAGAGAGAGA
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AAATAATTATGTTAAAAAATGGAAAAAAGTGAGATTTTCTCTTTAAGCTTCGAAGCTGGT
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GGAAAAGAGAAAGCTAGAGCATGATTATCCACAGAAACTCATTTGTGTTTTTTAAGGATT
ATTTAAGTATATAAATGTACTTTAGTGGACTTAAGAAACTATTAGATTTTGTGCCTTCAA
TGGTAGATTC

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DS 

RD RR1BA17JQ 781 0 0
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TAAAAATAATTATGTTAAAAAATGGAAAAAAGTGAGATTTTCTCTTTAAGCTTCGAAGCT
GGTTTTGGGATTCTCTTTAGATCTTTTCCTTAAAGATTATTTTACTTCAGCTTGAAGTCT
GCAGGAAAAGAGAAAGCTAGAGCATGATTATCCACAGAAACTCATTTGTGTTTTTTAAGG
ATTATTTAAGTATATAAATGTACTTTAGTGGACTTAAGAAACTATTAGATTT
TGTGCCTCC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 2 8

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TCTTCATCACCCCATGGCGTACTTCTGTGTCCAGCTTCGTGCAGTTGACTCGTACTTGGT
CTTATCCGTCTTGTACATATGGGCTATCTCTGGCACAAGAGGATCATCTGGGTTCGGGTC
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1B270JQ U 1
AF RR1B270TF C 5
AF RR1BU67JQ U 61
AF RR1AJ42TF C 9
BS 1 637 RR1B270JQ
BS 638 711 RR1BU67JQ
BS 712 712 RR1B270TF
BS 713 759 RR1BU67JQ

RD RR1B270JQ 637 0 0
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AGCATATAAGTTGCTCGATTATGATATGATCACACAAAAGCGTTTTACTAAATAAACCCC
AACAAATGCAGTTTTTATTTTAATGATTTTGATCCGTCTTGGACCACCACTTTCTTCGGG
TCTTCATCACCCCATGGCGTACTTCTGTGTCCAGCTTCGTGCAGTTGACTCGTACTTGGT
CTTATCCGTCTTGTACATATGGGCTATCTCTGGCACAAGAGGATCATCTGGGTTCGGGTC
TGTCAGCAATGAGCAAATCGACAGCAATACCTTGGATACGGTAAGAGCAGGACTCCACTG
TTCTTTCAGGATATCAAGGCAAATGCTTCCGTTGCTGTTGATGTTGGGATGGTACACCCT
CGTCTTAAAAGACACCTTAGGTGGCTTGAAAGGATAGTCCGGAGGGAAATGAATGGAGAC
CAAAAAGACTCCTCCGGCATAAGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGCTTGCCAATG
GAACATGTCCTCAGCCACAGGACCTGCGCTGCAATTTGAAGGAGGATCCTTCTGCAAATC
CTTGAGCTCTTTCAAAATCCTCTTCGAAGCCATGTCT

QA 1 637 1 637
DS 

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TGTA
AAATAGGTGAATGATGATAATGATATCAGCAGACAAGATTAAGAGAGATCAAAGCATATA
AGTTGCTCGATTATGATATGATCACACAAAAGCGTTTTACTAAATAAACCCCAACAAATG
CAGTTTTTATTTTAATGATTTTGATCCGTCTTGGACCACCACTTTCTTCGGGTCTTCATC
ACCCCATGGCGTACTTCTGTGTCCAGCTTCGTGCAGTTGACTCGTACTTGGTCTTATCCG
TCTTGTACATATGGGCTATCTCTGGCACAAGAGGATCATCTGGGTTCGGGTCTGTCAGCA
ATGAGCAAATCGACAGCAATACCTTGGATACGGTAAGAGCAGGACTCCACTGTTCTTTCA
GGATATCAAGGCAAATGCTTCCGTTGCTGTTGATGTTGGGATGGTACACCCTCGTCTTAA
AAGACACCTTAGGTGGCTTGAAAGGATAGTCCGGAGGGAAATGAATGGAGACCAAAAAGA
CTCCTCCGGCATAAGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGCTTGCCAATGGAACATGT
CCTCAGCCACAGGACCTGCGCTGCAATTTGAAGGAGGATCCTTCTGCAAATCCTTGAGCT
CTTTCAAAATCCTCTTCGAAGCCATGTCTCAGACACGAAAACCCAAACAGGCGATGAGAA
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TTTTATATAGTGGCGTGGGAAAGAGAGAAAC

QA 5 755 5 755
DS 

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AACAAATGCAGTTTTTATTTTAATGATTTTGATCCGTCTTGGACCACCACTTTCTTCGGG
TCTTCATCACCCCATGGCGTACTTCTGTGTCCAGCTTCGTGCAGTTGACTCGTACTTGGT
CTTATCCGTCTTGTACATATGGGCTATCTCTGGCACAAGAGGATCATCTGGGTTCGGGTC
TGTCAGCAATGAGCAAATCGACAGCAATACCTTGGATACGGTAAGAGCAGGACTCCACTG
TTCTTTCAGGATATCAAGGCAAATGCTTCCGTTGCTGTTGATGTTGGGATGGTACACCCT
CGTCTTAAAAGACACCTTAGGTGGCTTGAAAGGATAGTCCGGAGGGAAATGAATGGAGAC
CAAAAAGACTCCTCCGGCATAAGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGCTTGCCAATG
GAACATGTCCTCAGCCACAGGACCTGCGCTGCAATTTGAAGGAGGATCCTTCTGCAAATC
CTTGAGCTCTTTCAAAATCCTCTTCGAAGCCATGTCTCAGACACGAAAACCCAAACAGGC
GATGAGAAAAACCCTAGAGATCAACCTAAAGAAGAAGTGGATCTGAGAAACAGATGAGCT
TTCCTTTCTTTTATATAGTGGCGTGGGAAAGAGAGAAAC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1AJ42TF 751 0 0
AAATAGGTGAATGATGATAATGATATCAGCAGACAAGATTAAGAGAGATCAAAGCATATA
AGTTGCTCGATTATGATATGATCACACAAAAGCGTTTTACTAAATAAACCCCAACAAATG
CAGTTTTTATTTTAATGATTTTGATCCGTCTTGGACCACCACTTTCTTCGGGTCTTCATC
ACCCCATGGCGTACTTCTGTGTCCAGCTTCGTGCAGTTGACCCGTACTTGGTCTTATCCG
TCTTGTACATATGGGCTATCTCTGGCACAAGAGGATCATCTGGGTTCGGGTCTGTCAGCA
ATGAGCAAATCGACAGCGATACCTTGGATACGGTAAGAGCAGGACTCCACTGTTCTTTCA
GGATATCAAGGCAAATGCTTCCGTTGCTGTTGATGTTGGGATGGTACACCCTCGTCTTAA
AAGACACCTTAGGTGGCTTGAAAGGATAGTCCGGAGGGAAATGAATGGAGACCAAAAAGA
CTCCTCCGGCATAAGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGCTTGCCAATGGAACATGT
CCTCAGCCACAGGACCTGCGCTGCAATTTGAAGGAGGATCCTTCTGCAAATCCTTGAGCT
CTTTCAAAATCCTCTTCGAAGCCATGTCTCAGACACGAAAACCCAAACAGGCGATGAGAA
AAACCCTAGAGATCAACCTAAAGAAGAAGTGGATCTGAGAAACCGATGAGCTTTCCTTTC
TTTTATATAGTGGCGTGGGAAAGAGAGAAAC

QA 1 751 1 751
DS 



CO CL680Contig2 766 4 7 U
AATATCGAGAGAAAACCGTAAAATAGGTGAATGATGATAATGATATCAGCAGACAAGATT
AAGAGAGATCAAAGCATATAAGTTGCTAGATTATGATGATCACACAAAAGCGTTTTACTA
AATATAAACCCAACAAATGCAGTTTTTATTTTAATGATTTGATCCGTCTTGGACCACCAC
TTTTGGGTCTTCATCACCCCATGGCGTACTTCTGTGTCCAGCTTCGTGCAGTTGACTCGT
ACTTAGTCTTATCCGTCTTGTACATATGGGCTATCTCTGGCACAAGAGGATCATCTGAGT
TCGGGTCTGTCAGCAATGAGCAAATCGACAGCAATACCTTGGATACGGTAAGAGCAGGAC
TCCACTGTTCTTTCAGGATATCAAGGCAAATGCTTCCGTTGCTGTTGATGTTGGGATGGT
ACACTCTCGTCTTAAAAGACACCTTAGGTGGCTTGAAAGGGTAATCCGGAGGAAAGTGAA
TGGAGACCAAAAAGACTCCTCCGGCATAAGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGCTT
GCCAATGGAACATGTCCTCAGCCACAGGACCTGCGCTGCAATTTGAAGGAGGATCCTTCT
GCAAATCCTTGAGCTCTTTCAAAATTCTCTTCGAAGCCATGTCTCAGACACAAAGACCCA
AACAAGCGATCAGGAAAACCCTAGAGATCAACCTAAAGAAGAAGTGGATCTGAGAAACTG
ATGAGCTTTCCTTTCTTTTATATAGTGGCGTGGGAAAGAGAGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GS51JQ U 1
AF RR1CE53JQ U 25
AF RR1CE53TF C 25
AF RR1GS51TF C 192
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RD RR1GS51JQ 618 0 0
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AATATAAACCCAACAAATGCAGTTTTTATTTTAATGATTTGATCCGTCTTGGACCACCAC
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ACTTAGTCTTATCCGTCTTGTACATATGGGCTATCTCTGGCACAAGAGGATCATCTGGGT
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TGGAGACCAAAAAGACTCCTCCGGCATAAGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGCTT
GCCAATGGAACATGTCCTCAGCCACAGGACCTGCGCTGCAATTTGAAGGAGGATCCTTCT
GCAAATCCTTGAGCTCTT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1CE53JQ 736 0 0
G
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TTATTTTAATGATTTGATCCGTCTTGGACCACCACTTTTGGGTCTTCATCACCCCATGGC
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QA 2 736 2 736
DS 

RD RR1CE53TF 742 0 0
G
GGTGAATGATGATAATGATATCAGCAGACAAGATTAAGAGAGATCAAAGCATATAAGTTG
CTAGATTATGATGATCACACAAAAGCGTTTTACTAAATATAAACCCAACAAATGCAGTTT
TTATTTTAATGATTTGATCCGTCTTGGACCACCACTTTTGGGTCTTCATCACCCCATGGC
GTACTTCTGTGTCCAGCTTCGTGCAGTTGACTCGTACTTAGTCTTATCCGTCTTGTACAT
ATGGGCTATCTCTGGTACAAGAGGATCATCTGAGTTCGGGTCTGTCAGCAATGAGCAAAT
CGACAGCAATACCTTGGATACGGTAAGAGCAGGACTCCACTGTTCTTTCAGGATATCAAG
GCAAATGCTTCCGTTGCTGTTGATGTTGGGATGGTACACTCTCGTCTTAAAAGACACCTT
AGGTGGCTTGAAAGGGTAATCCGGAGGAAAGTGAATGGAGACCAAAAAGACTCCTCCGGC
ATAAGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGCTTGCCAATGGAACATGTCCTCAGCCAC
AGGACCTGCGCTGCAATTTGAAGGAGGATCCTTCTGCAAATCCTTGAGCTCTTTCAAAAT
TCTCTTCGAAGCCATGTCTCAGACACAAAGACCCAAACAAGCGATCAGGAAAACCCTAGA
GATCAACCTAAAGAAGAAGTGGATCTGAGAAACTGATGAGCTTTCCTTTCTTTTATATAG
TGGCGTGGGAAAGAGAGAAAC

QA 2 742 2 742
DS 

RD RR1GS51TF 575 0 0
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AGCAATGAGCAAATCGACAGCAATACCTTGGATACGGTAAGAGCAGGACTCCACTGTTCT
TTCAGGATATCAAGGCAAATGCTTCCGTTGCTGTTGATGTTGGGATGGTACACTCTCGTC
TTAAAAGACACCTTAGGTGGCTTGAAAGGGTAATCCGGAGGAAAGTGAATGGAGACCAAA
AAGACTCCTCCGGCATAAGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGCTTGCCAATGGAAC
ATGTCCTCAGCCACAGGACCTGCGCTGCAATTTGAAGGAGGATCCTTCTGCAAATCCTTG
AGCTCTTTCAAAATTCTCTTCGAAGCCATGTCTCAGACACAAAGACCCAAACAAGCGATC
AGGAAAACCCTAGAGATCAACCTAAAGAAGAAGTGGATCTGAGAAACCGATGAGCTTTCC
TTACTTTTATATAGTGGCGTGGGAAAGAGAGAAAC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 7

CO CL681Contig1 839 7 10 U
GCAAGCTGAACCTGGCGCAGACCATGTACCACTTCATCAGTGGTTACACTGCTCTGGTTG
CTGGAACAGAGGATGGGATCAAGGAACCAACAGCAACATTCTCAGCATGCTTTGGTGCAG
CTTTCATAATGTTGCATCCAACAAAGTATGCAGCTATGCTAGCTGAGAAGATGAAGTCAC
AAGGTGCTACCGGATGGCTCGTTAACACTGGTTGGTCTGGTGGCAGCTATGGTGTTGGAA
ACAGGATCAAGCTGGCATATACTAGGAAGATCATTGATGCAATCCATTCAGGTAGCCTTT
TGAAGGCCAACTACAAGAAAACTGATATCTTTGGGTTTGAAATCCCAACTGAGATCGAAG
GGATACCATCTGAGATCTTGGATCCTGTCAACTCGTGGTCTGATAAGAAAGCACATAAGG
AGACTCTGTTGAAGCTGGGAGGTTTGTTCAAGAAGAACTTTGAGACGTTTGCTAGCCACA
AGATTGGTGTGGATGGTAAGCTCACGGAGGAGATTCTCGCTGCTGGTCCTATCTTTTAAG
AGATATGATGTTGTCGAAAAAA*CAAAAGATATATATTATCAAGAATAAATGTGACTTGC
GTGTGTTTTGTCATGTAATCTCGGTTGAGAGAGTACTTGATATGAAGTGGTTGAGAGAAC
TTCTTCCAAACGTGGTTGATATGAAATATGTCCTTATGATTTCATCTTTTCTTCATTTTA
TTTTCGTTGAAAATAATTTAAGAGGAAATTAGTTTATTTTACAGAAGTAGGCTAATCATA
ATATTAAGGTCTCGTCCATTGGACAAATATATAATTCATTTTTATTTCATTTTTTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BR80TF U 1
AF RR1C606JQ C 163
AF RR1C606TF U 163
AF RR1BR80JQ C 57
AF RR1AA28JQ C 243
AF RR1AA28TF U 243
AF RR1CU78TF U 463
BS 1 398 RR1BR80TF
BS 399 399 RR1C606TF
BS 400 562 RR1BR80TF
BS 563 563 RR1C606TF
BS 564 565 RR1BR80TF
BS 566 566 RR1C606TF
BS 567 568 RR1BR80TF
BS 569 569 RR1C606TF
BS 570 702 RR1BR80TF
BS 703 839 RR1CU78TF

RD RR1BR80TF 702 0 0
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CTGGAACAGAGGATGGGATCAAGGAACCAACAGCAACATTCTCAGCATGCTTTGGTGCAG
CTTTCATAATGTTGCATCCAACAAAGTATGCAGCTATGCTAGCTGAGAAGATGAAGTCAC
AAGGTGCTACCGGATGGCTCGTTAACACTGGTTGGTCTGGTGGCAGCTATGGTGTTGGAA
ACAGGATCAAGCTGGCATATACTAGGAAGATCATTGATGCAATCCATTCAGGTAGCCTTT
TGAAGGCCAACTACAAGAAAACTGATATCTTTGGGTTTGAAATCCCAACTGAGATCGAAG
GGATACCATCTGAGATCTTGGATCCTGTCAACTCGTGGCCTGATAAGAAAGCACATAAGG
AGACTCTGTTGAAGCTGGGAGGTTTGTTCAAGAAGAACTTTGAGACGTTTGCTAGCCACA
AGATTGGTGTGGATGGTAAGCTCACGGAGGAGATTCTCGCTGCTGGTCCTATCTTTTAAG
AGATATGATGTTGTCGAAAAAAACAGAATATATATATTATCAAGAATAAATGTGACTTGC
GTGTGTTTTGTCATGTAATCTCGGTTGAGAGAGTACTTGATATGAAGTGGTTGAGAGAAC
TTCTTCCAAACGTGGTTGATATGAAATATGTCCTTATGATTT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1C606JQ 505 0 0
G
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CCATTCAGGTAGCCTTTTGAAGGCCAACTACAAGAAAACTGATATCTTTGGGTTTGAAAT
CCCAACTGAGATCGAAGGGATACCATCTGAGATCTTGGATCCTGTCAACTCGTGGTCTGA
TAAGAAAGCACATAAGGAGACTCTGTTGAAGCTGGGAGGTTTGTTCAAGAAGAACTTTGA
GACGTTTGCTAGCCACAAGATTGGTGTGGATGGTAAGCTCACGGAGGAGATTCTCGCTGC
TGGTCCTATCTTTTAAGAGATATGATGTTGTCGAAAAAA*CAAAAGATATATATTATCAA
GAATAAATGTGACTTGCGTGTGTTTTGTCATGTAATCTCGGTTGAGAGAGTACTTGATAT
GAAGTGGTTGAGAGAACTTCTTCC

QA 2 505 2 505
DS 

RD RR1C606TF 505 0 0
G
TGAGAAGATGAAGTCACAAGGTGCTACCGGATGGCTCGTTAACACTGGTTGGTCTGGTGG
CAGCTATGGTGTTGGAAACAGGATCAAGCTGGCATATACTAGGAAGATCATTGATGCAAT
CCATTCAGGTAGCCTTTTGAAGGCCAACTACAAGAAAACTGATATCTTTGGGTTTGAAAT
CCCAACTGAGATCGAAGGGATACCATCTGAGATCTTGGATCCTGTCAACTCGTGGTCTGA
TAAGAAAGCACATAAGGAGACTCTGTTGAAGCTGGGAGGTTTGTTCAAGAAGAACTTTGA
GACGTTTGCTAGCCACAAGATTGGTGTGGATGGTAAGCTCACGGAGGAGATTCTCGCTGC
TGGTCCTATCTTTTAAGAGATATGATGTTGTCGAAAAAA*CAAAAGATATATATTATCAA
GAATAAATGTGACTTGCGTGTGTTTTGTCATGTAATCTCGGTTGAGAGAGTACTTGATAT
GAAGTGGTTGAGAGAACTTCTTCC

QA 2 505 2 505
DS 

RD RR1BR80JQ 646 0 0
GTTGCTGGAACAGAGGATGGGATCAAGGAACCAACAGCAACATTCTCAGCATGCTTTGGT
GCAGCTTTCATAATGTTGCATCCAACAAAGTATGCAGCTATGCTAGCTGAGAAGATGAAG
TCACAAGGTGCTACCGGATGGCTCGTTAACACTGGTTGGTTTGGTGGCAGCTATGGTGTT
GGAAACAGGATCAAGCTGGCATATACTAGGAAGATCATTGATGCAATCCATTCAGGTAGC
CTTTTGAAGGCCAACTACAAGAAAACTGATATTTTTGGGTTTGAAATCCCAACTGAGATC
GAAGGGATACCATTTGAGATCTTGGATCCTGTCAACTCGTGGCCTGATAAGAAAGCACAT
AAGGAGACTTTGTTGAAGCTGGGAGGTTTGTTCAAGAAGAACTTTGAGACGTTTGCTAGC
CACAAGATTGGTGTGGATGGTAAGCTCACGGAGGAGATTCTCGCTGCTGGTCCTATTTTT
TAAGAGATATGATGTTGTCGAAAAAAACAGAATATATATATTATCAAGAATAAATGTGAC
TTGCGTGTGTTTTGTCATGTAATTTCGGTTGAGAGAGTACTTGATATGAAGTGGTTGAGA
GAACTTTTTCCAAACGTGGTTGATATGAAATATGTCCTTATGATTT

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DS 

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G
GGATCAAGCTGGCATATACTAGGAAGATCATTGATGCAATCCATTCAGGTAGCCTTTTGA
AGGCCAACTACAAGAAAACTGATATCTTTGGGTTTGAAATCCCAACTGAGATCGAAGGGA
TACCATCTGAGATCTTGGATCCTGTCAACTCGTGGTCTGATAAGAAAGCACATAAGGAGA
CTCTGTTGAAGCTGGGAGGTTTGTTCAAGAAGAACTTTGAGACGTTTGCTAGCCACAAGA
TTGGTGTGGATGGTAAGCTCACGGAGGAGATTCTCGCTGCTGGTCCTATCTTTTAAGAGA
TATGATGTTGTCGAAAAAA*CAAAAGATATATATTATCAAGAATAAATGTGACTTGCGTG
TGTTTTGTCATGTAATCTCGGTTGAGAGAGTACTTGATATGAAGTGGTTGAGAGAACTTC
TTCCAAACGTGGTTGATATGAAATATGTCCTTATGATTT

QA 2 460 2 460
DS 

RD RR1AA28TF 460 0 0
G
GGATCAAGCTGGCATATACTAGGAAGATCATTGATGCAATCCATTCAGGTAGCCTTTTGA
AGGCCAACTACAAGAAAACTGATATCTTTGGGTTTGAAATCCCAACTGAGATCGAAGGGA
TACCATCTGAGATCTTGGATCCTGTCAACTCGTGGTCTGATAAGAAAGCACATAAGGAGA
CTCTGTTGAAGCTGGGAGGTTTGTTCAAGAAGAACTTTGAGACGTTTGCTAGCCACAAGA
TTGGTGTGGATGGTAAGCTCACGGAGGAGATTCTCGCTGCTGGTCCTATCTTTTAAGAGA
TATGATGTTGTCGAAAAAA*CAAAAGATATATATTATCAAGAATAAATGTGACTTGCGTG
TGTTTTGTCATGTAATCTCGGTTGAGAGAGTACTTGATATGAAGTGGTTGAGAGAACTTC
TTCCAAACGTGGTTGATATGAAATATGTCCTTATGATTT

QA 2 460 2 460
DS 

RD RR1CU78TF 377 0 0
AGACGTTTGCTAGCCACAAGATTGGTGTGGATGGTAAGCTCACGGAGGAGATTCTCGCTG
CTGGTCCTATCTTTTAAGAGATATGATGTTGTCGAAAAAA*CAAAAGATATATATTATCA
AGAATAAATGTGACTTGCGTGTGTTTTGTCATGTAATCTCGGTTGAGAGAGTACTTGATA
TGAAGTGGTTGAGAGAACTTCTTCCAAACGTGGTTGATATGAAATATGTCCTTATGATTT
CATCTTTTCTTCATTTTATTTTCGTTGAAAATAATTTAAGAGGAAATTAGTTTATTTTAC
AGAAGTAGGCTAATCATAATATTAAGGTCTCGTCCATTGGACAAATATATAATTCATTTT
TATTTCATTTTTTGGTC

QA 1 377 1 377
DS 



AS 1 7

CO CL682Contig1 1023 7 5 U
GGCTCCCATCGCGACGTCTCTGCCATGGCGATCATGGCCGTAGCCGCGCTCTTTCACGCG
AGCAGATTCCCTCTTATCGCCCGTCGAACTTTCCCGTCTTCTGTTAGTTACTGTCCCGGT
ACTCTTCTTTCCAATGGATTCACCTACCGACTACAATCGATCATCTGTTTCTCATCGTCC
GACGGTGGCGGCGTTAGCGATTCCGATACGGTCGTTACAGAAGCTCAGGGTCCCAATTTT
CTGAAGTACAGCGACGAAGAGTTGATGAAGCAATGCAAATTCGAGACCTTTAGAGTTTCA
GGTCCCGGAGGACAGCACCGCAACAAACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCC
ACCGGAATCGTGTCTCAGGCCGTCGAGGACCGTTCCCAGCACAAGAACCGAGCTTCCGCT
CTTAACCGCCTTCGCACTCTCCTCGCTATCAAAGTGAGGAACAAGGTGGACATTGAAGGC
TATTCTCCTCCTCCCGAGCTTCTTCAGATCCTACCTCCCAAGTCCACCACTAGATCTTCT
TCTTCTGGTTCTCAGATTGGTCCCAACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTG
CTTGATGTTATTTCTGCTTCTGACGGTTCTATCGCCGATTCTGCGAAATTGCTGGGTTTG
AGCACTGGTGGATTGTCTCGTTTGATACTCTCTCATGATGGTCTTCGTATGGCAGTCAAT
AGCATGAGGGCAGCCAA*GGGAATGAAGCCTCTCAAGTAGTTGGGATGTATACAAATTTG
AAGAATGATGGTGGGACCTTTGACCAGTCTCTACCATTTTACGCACCTTATTTTGTATAC
AAAACAAAAGTACAAATGTTGAGTTCAGTCTAGCATTTGTTCGTCTAATATCATTCAGAT
CGTCACGTATGTTGAGATGATATGCTATATAGGCTGCTAAAATATTTATGGTAATTTTGC
GTCTCCTTTTGTAGTGATTGTGTTGGAACTTTGAAACTAATACAGTTGGAACCATTTTGG
ATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 
40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1GP14TF U 26
AF RR1CB56TF U 32
AF RR1BJ50TF U 9
AF RR1BH26TF U 23
AF RR1B967TF U 1
AF RR1B967JQ C 302
AF RR1GP14JQ C 504
BS 1 302 RR1B967TF
BS 303 303 RR1BJ50TF
BS 304 845 RR1B967TF
BS 846 966 RR1B967JQ
BS 967 1023 RR1GP14JQ

RD RR1GP14TF 502 0 0
G
GGCGATCATGGCCGTAGCCGCGCTCTTTCACGCGAGCAGATTCCCTCTTATCGCCCGTCG
AACTTTCCCGTCTTCTGTTAGTTACTGTCCCGGTACTCTTCTTTCCAATGGATTCACCTA
CCGACTACAATCGATCATCTGTTTCTCATCGTCCGACGGTGGCGGCGTTAGCGATTCCGA
TACGGTCGTTACAGAAGCTCAGGGTCCCAATTTTCTGAAGTACAGCGACGAAGAGTTGAT
GAAGCAATGCAAATTCGAGACCTTTAGAGTTTCAGGTCCCGGAGGACAGCACCGCAACAA
ACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCCACCGTAATCGTGTCTCAGGCCGTCGA
GGACCGTTCCCAGCACAAGAACCGAGCTTCCGCTCTTAACCGCCTTCGCACTCTCCTCGC
TATCAAAGTGAGGAACAAGGCGGACATTGAAGGCTATTCTCCTCCTCCCGAGCTTCTTCA
GATCCTACCTCCCAAGTCCAC

QA 2 502 2 502
DS 

RD RR1CB56TF 703 0 0
GG
ATGGCCGTAGCCGCGCTCTTTCACGCGAGCAGATTCCCTCTTATCGCCCGTCGAACTTTC
CCGTCTTCTGTTAGTTACTGTCCCGGGACTCTTCTTTCCAATGGATTCACCTACCGACTA
CAATCGATCATCTGTTTCTCATCGTCCGACGGTGGCGGCGTTAGCGATTCCGATACGGTC
GTTACAGAAGCTCAGGGTCCCAATTTTCTGAAGTACAGCGACGAAGAGTTGATGAAGCAA
TGCAAATTCGAGACCTTTAGAGTTTCAGGTCCCGGAGGACAGCACCGCAACAAACGTGAC
TCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCCACCGGAATCGTGTCTCAGGCCGTCGAGGACCGT
TCCCAGCACAAGAACCGAGCTTCCGCTCTTAACCGCCTTCGCACTCTCCTCGCTATCAAA
GTGAGGAACAAGGTGGACATTGAAGGCTATTCTCCTCCTCCCGAGCTTCTTCAGATCCTA
CCTCCCAAGTCCACCACTAGATCTTCTTCTTCTGGTTCTCAGATTGGTCCCAACAATCCT
AAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTGCTTGATGTTATTTCTGCTTCTGACGGTTCTATC
GCCGATTCTGCGAAATTGCTGGGCTTGAGCACTGGTGGATTGTCTCGTTTGATACTCTCT
CATGATGGTCTTCGTATGGCAGTCAATAGCATGAGGGCAGC

QA 3 703 3 703
DS 

RD RR1BJ50TF 820 0 0
GG
GCGACGTCTCTGCCATGGCGATCATGGCCGTAGCCGCGCTCTTTCACGCGAGCAGATTCC
CTCTTATCGCCCGTCGAACTTTCCCGTCTTCTGTTAGTTACTGTCCCGGTACTCTTCTTT
CCAATGGATTCACCTACCGACTACAATCGATCATCTGTTTCTCATCGTCCGACGGTGGCG
GCGTTAGCGATTCCGATACGGTCGTTACAGAAGCTCAGGGTCCCAATTTTCTGAAGTACA
GCGACGAAGAGTTGATGAAGCAATGCAAATTCGAGACCTTTAGAGTTTCAGGTCCCGGAG
GACAGCACCGCAACAAACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCCACCGGAATCG
TGTCTCAGGCCGTCGAGGACCGTTCCCAGCACAAGAACCGAGCTTCCGCTCTTAACCGCC
TTCGCACTCTCCTCGCTATCAAAGTGAGGAACAAGGTGGACATTGAAGGCTATTCTCCTC
CTCCCGAGCTTCTTCAGATCCTACCTCCCAAGTCCACCACTAGATCTTCTTCTTCTGGTT
CTCAGATTGGTCCCAACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTGCTTGATGTTA
TTTCTGCTTCTGACGGTTCTATCGCCGATTCTGCGAAATTGCTGGGTTTGAGCACTGGTG
GATTGTCTCGTTTGATACTCTCTCATGATGGTCTTCGTATGGCAGTCAATAGCATGAGGG
CAGCCAA*GGGAATGAAGCCTCTCAAGTAGTTGGGATGTATACAAATTTGAAGAATGATG
GTGGGACCTTTGACCAGTCTCTACCATTTTACGC
ACTT

QA 3 816 3 816
DS 

RD RR1BH26TF 769 0 0
GG
ATGGCGATCATGGCCGTAGCCGCGCTCTTTCACGCGAGCAGATTCCCTCTTATCGCCCGT
CGAACTTTCCCGTCTTCTGTTAGTTACTGTCCCGGGACTCTTCTTTCCAATGGATTCACC
TACCGACTACAATCGATCATCTGTTTCTCATCGTCCGACGGTGGCGGCGTTAGCGATTCC
GATACGGTCGTTACAGAAGCTCAGGGTCCCAATTTTCTGAAGTACAGCGACGAAGAGTTG
ATGAAGCAATGCAAATTCGAGACCTTTAGAGTTTCAGGTCCCGGAGGACAGCACCGCAAC
AAACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCCACCGGAATCGTGTCTCAGGCCGTC
GAGGACCGTTCCCAGCACAAGAACCGAGCTTCCGCTCTTAACCGCCTTCGCACTCTCCTC
GCTATCAAAGTGAGGAACAAGGTGGACATTGAAGGCTATTCTCCTCCTCCCGAGCTTCTT
CAGATCCTACCTCCCAAGTCCACCACTAGATCTTCTTCTTCTGGTTCTCAGATTGGTCCC
AACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTGCTTGATGTTATTTCTGCTTCTGAC
GGTTCTATCGCCGATTCTGCGAAATTGCTGGGTTTGAGCACTGGTGGATTGTCTCTTTTG
ATACTCTCTCATGATGGTCTTCGTATGGCAGTCAATAGCATGAGGGCAGCCAAAGGGAAT
GAAGCCTCTCAAGTAGTTGGGATGTATACAAATTTGAAGAATGATGG

QA 3 769 3 769
DS 

RD RR1B967TF 845 0 0
GGCTCCCATCGCGACGTCTCTGCCATGGCGATCATGGCCGTAGCCGCGCTCTTTCACGCG
AGCAGATTCCCTCTTATCGCCCGTCGAACTTTCCCGTCTTCTGTTAGTTACTGTCCCGGT
ACTCTTCTTTCCAATGGATTCACCTACCGACTACAATCGATCATCTGTTTCTCATCGTCC
GACGGTGGCGGCGTTAGCGATTCCGATACGGTCGTTACAGAAGCTCAGGGTCCCAATTTT
CTGAAGTACAGCGACGAAGAGTTGATGAAGCAATGCAAATTCGAGACCTTTAGAGTTTCA
GGCCCCGGAGGACAGCACCGCAACAAACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCC
ACCGGAATCGTGTCTCAGGCCGTCGAGGACCGTTCCCAGCACAAGAACCGAGCTTCCGCT
CTTAACCGCCTTCGCACTCTCCTCGCTATCAAAGTGAGGAACAAGGTGGACATTGAAGGC
TATTCTCCTCCTCCCGAGCTTCTTCAGATCCTACCTCCCAAGTCCACCACTAGATCTTCT
TCTTCTGGTTCTCAGATTGGTCCCAACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTG
CTTGATGTTATTTCTGCTTCTGACGGTTCTATCGCCGATTCTGCGAAATTGCTGGGTTTG
AGCACTGGTGGATTGTCTCGTTTGATACTCTCTCATGATGGTCTTCGTATGGCAGTCAAT
AGCATGAGGGCAGCCAA*GGGAATGAAGCCTCTCAAGTAGTTGGGATGTATACAAATTTG
AAGAATGATGGTGGGACCTTTGACCAGTCTCTACCATTTTACGCACCTTATTTTGTATAC
AAAAC

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR1B967JQ 665 0 0
GC
CCCGGAGGACAGCACCGCAACAAACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCCACC
GGAATCGTGTCTCAGGCCGTCGAGGACCGTTCCCAGCACAAGAACCGAGCTTCCGCTCTT
AACCGCCTTCGCACTCTCCTCGCTATCAAAGTGAGGAACAAGGTGGACATTGAAGGCTAT
TCTCCTCCTCCCGAGCTTCTTCAGATCCTACCTCCCAAGTCCACCACTAGATCTTCTTCT
TCTGGTTCTCAGATTGGTCCCAACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTGCTT
GATGTTATTTCTGCTTCTGACGGTTCTATCGCCGATTCTGCGAAATTGCTGGGTTTGAGC
ACTGGTGGATTGTCTCGTTTGATACTCTCTCATGATGGTCTTCGTATGGCAGTCAATAGC
ATGAGGGCAGCCAA*GGGAATGAAGCCTCTCAAGTAGTTGGGATGTATACAAATTTGAAG
AATGATGGTGGGACCTTTGACCAGTCTCTACCATTTTACGCACCTTATTTTGTATACAAA
ACAAAAGTACAAATGTTGAGTTCAGTCTAGCATTTGTTCGTCTAATATCATTCAGATCGT
CACGTATGTTGAGATGATATGCTATATAGGCTGCTAAAATATTTATGGTAATTTTGCGTC
TCC

QA 3 665 3 665
DS 

RD RR1GP14JQ 520 0 0
TCAGATCCTACCTCCCAAGTCCACCACTAGATTTTTTTTTTTTGGTTTTCAGATTGGTCC
CAACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTGCTTGATGTTATTTTTGCTTCTGA
CGGTTCTATCGCCGATTTTGCGAAATTGCTGGGTTTGAGCACTGGTGGATTGTCTCGTTT
GATACTCTCTCATGATGGTTTTCGTATGGCAGTCAATAGCATGAGGGCAGCCAA*GGGAA
TGAAGCCTCTCAAGTAGTTGGGATGTATACAAATTTGAAGAATGATGGTGGGACCTTTGA
CCAGTCTTTACCATTTTACGCCCCTTATTTTGTATACAAAACAAAAGTACAAATGTTGAG
TTCAGTTTAGCATTTGTTCGTTTAATATCATTCAGATCGTCACGTATGTTGAGATGATAT
GCTATATAGGCTGCTAAAATATTTATGGTAATTTTGCGTCTCCTTTTGTAGTGATTGTGT
TGGAACTTTGAAACTAATACAGTTGGAACCATTTTGGATT

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 8

CO CL683Contig1 695 8 4 U
GGGACTGTAAAACGGCGGCAGATTCTGTACTCAGTCCTCTCCCTCAGGCAGCTCTTCTCT
TCCAGATCGAACAATGTCTCTGGTTGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTGCT
CAACACTAACGTCGATGGGAAGCAAAAGATCATGTTTGCCCTTACCTCCATCAAGGGTAT
TGGCAGGCGTTTGGCCAACATCGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGGGC
TGGTGAGTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACCTCATGACTATTGTTGCCAACCCAAAACA
GTACAAGATCCCAGACTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAAGTACTC
TCAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGG*ATGATCTTGAACGCCTCAAGA
AAATCAGGAACCACCGTGGGCTGAGACACTACTGGGGTCTCC*GTGTCCGTGGTCAACAC
ACCAAGACAACTGGTCGCAGGGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGCCAGT
GTTCGTTGCTGCAGCTGGATTGAACCTTTAATAAGAACCGTTTTTAAGATAATTTGAACA
ATTTTGCAAAACCCTATTATGTCGTTTATCCTGCACTGTTTTTTTGTTACATTATAAGAT
AATATTTTGTTACTGTGTCTTTTCCAATTATCTAG


BQ
10 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 35 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 30 45 45 0 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H972TF U 1
AF RR1DT54JQ C 2
AF RR1DT54TF U 2
AF RR1H972JQ C 445
AF RR1BZ42TF U 240
AF RR1AS04TF U 0
AF RR1F413TF U 2
AF RR1BZ42JQ C 208
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BS 514 656 RR1H972TF
BS 657 695 RR1F413TF

RD RR1H972TF 657 0 0
GGGACTGTAAAACGGCGGCAGATTCTGTACTCAGTCCTCTCCCTCAGGCAGCTCTTCTCT
TCCAGATCGAACAATGTCTCTGGTTGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTGCT
CAACACTAACGTCGATGGGAAGCAAAAGATCATGTTTGCCCTTACCTCCATCAAGGGTAT
TGGCAGGCGTTTGGCCAACATCGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGGGC
TGGTGAGTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACCTCATGACTATTGTTGCCAACCCAAAACA
GTACAAGATCCCAGACTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAAGTACTC
TCAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGG*ATGATCTTGAACGCCTCAAGA
AAATCAGGAACCACCGTGGGCTGAGACACTACTGGGGTCTCC*GTGTCCGTGGTCAACAC
ACCAAGACAACTGGTCGCAGGGGAAAGACTGTCGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGCCAGT
GTTCGTTGCTGCAGCTGGATTGAACCTTTAATAAGAACCGTTTTTAAGATAATTTGAACA
ATTTTGCAAAACCCTATTATGTCGTTTATCCTGCACTGTTTTTTTGTTACATTATA
G

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1DT54JQ 615 0 0
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CCAGATCGAACAATGTCTCTGGTTGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTGCTC
AACACTAACGTCGATGGGAAGCAAAAGATCATGTTTGCCCTTACCTCCATCAAGGGTATT
GGCAGGCGTTTGGCCAACATCGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGGGCT
GGTGATTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACCTCATGACTATTGTTGCCAACCCAAAACAG
TACAAGATCCCAGACTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAAGTACTCT
CAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGG*ATGATCTTGAACGCCTCAAGAA
AATCAGGAACCACCGTGGGCTGAGACACTACTGGGGTCTCC*GTGTCCGTGGTCAACACA
CCAAGACAACTGGTCGCAGGGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGCCAGTG
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TTTTGCATAACCCT
G

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1DT54TF 615 0 0
GGACTGTAAAACGGCGGCAGATTCTGTACTCAGTCCTCTCCCTCAGGCAGCTCTTCTCTT
CCAGATCGAACAATGTCTCTGGTTGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTGCTC
AACACTAACGTCGATGGGAAGCAAAAGATCATGTTTGCCCTTACCTCCATCAAGGGTATT
GGCAGGCGTTTGGCCAACATCGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGGGCT
GGTGATTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACCTCATGACTATTGTTGCCAACCCAAAACAG
TACAAGATCCCAGACTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAAGTACTCT
CAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGG*ATGATCTTGAACGCCTCAAGAA
AATCAGGAACCACCGTGGGCTGAGACACTACTGGGGTCTCC*GTGTCCGTGGTCAACACA
CCAAGACAACTGGTCGCAGGGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGCCAGTG
TTCGTTGCTGCAGCTGGATTGAACCTTTAATAAGAACCGTTTTTAAGGTAATTTGAACAA
TTTTGCATAACCCT
G

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1H972JQ 213 0 0
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CCTTTAATAAGAACCGTTTTTAAGATAATTTGAACAATTTTGCAAAACCCTATTATGTCG
TTTATCCTGCACTGTTTTTTTGTTACATTATA
G

QA 1 212 1 212
DS 

RD RR1BZ42TF 368 0 0
CTGGTGAGTTGTCTGCAGCTGAGATCGGCAACCTCATGACTATTGTTGCCAACCCAAAAC
AGTACAAGATCCCAGACTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAAGTACT
CTCAAGTTGTCCCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGGGATGATCTTGAACGCCTCAAG
AAAATCAGGAACCACCGTGGGCTGAGACACTACTGGGGTCTCCCGTGTCCGTGGTCAACA
CACCAAGACAACTGGTCGCAGGGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGCCAG
TGTTCGTTGCTGCAGCTGGATTGAACCTTTAATAAGAACCGTTCTTAAGATAATTTGAAC
AATTTT
TC

QA 1 366 1 366
DS 

RD RR1AS04TF 655 0 0
GGCTACC
GTAAAACGGCGGCAGATTCTGTACTCAGTCCTCTCCCTCAGGCAGCTCTTCTCTTCCAGA
TCGAACAATGTCTCTGGTTGCAAGCGTGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTGCTCAACAC
TAACGTCGATGGGAAGCAAAAGATCATGTTTGCCCTTACCTCCATCAAGGGTATTGGCAG
GCGTTTGGCCAACATCGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGGGCTGGTGA
GTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACCTCATGACTATTGTTGCCAACCCAAAACAGTACAA
GATCCCAGACTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAAGTACTCTCAAGT
TGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGG*ATGATCTTGAACGCCTCAAGAAAATCA
GGAACCACCGTGTGCTGAGACACT**TGGGGTCTCC*GTGTCCGTGGTCAACACACCAAG
ACAACTGGTCGCAGGGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGCCAGTGTTCGT
TGCTGCAGCTG*ATTGAACCTTTAATAAGAACCGTTTTTAAGATAATTTGAACAATTTTG
CA*AACCCTATTATGTCGTTTATCCTGCACTGTTTTTT*GTTACATTA

QA 8 655 8 655
DS 

RD RR1F413TF 694 0 0
GGACTGTAAAACGGCGGCAGACTCTGTACTCAGTCCTCTCCCTCAGGCAGCTCTTCTCTT
CCAGATCGAACAATGTCTCTGGTTGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTGCTC
AACACTAACGTCGATGGGAAGCAAAAGATCATGTTTGCCCTTACCTCCATCAAGGGTATT
GGCAGGCGTTTGGCCAACATCGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGGGCT
GGTGAGTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACCTCATGACTATTGTTGCCAACCCAAAACAG
TACAAGATCCCAGACTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAAGTACTCT
CAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGG*ATGATCTTGAACGCCTCAAGAA
AATCAGGAACCACCGTGGGCTGAGACACTACTGGGGTCTCC*GTGTCCGTGGTCAACACA
CCAAGACAACTGGTCGCAGGGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGCCAGTG
TTCGTTGCTGCAGCTGGATTGAACCTTTAATAAGAACCGTTTTTAAGATAATTTGAACAA
TTTTGCAAAACCCTATTATGTCGTTTATCCTGCACTGTTTTTTTGTTACATTATAAGATA
ATATTTTGTTACTGTGTCTTTTCCAATTATCTAG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1BZ42JQ 482 0 0
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CAACCTCATGACTATTGTTGCCAACCCAAAACAGTACAAGATCCCAGACTGGTTCTTGAA
CAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAAGTACTCTCAAGTTGTCCCCAATGCCCTTGACAT
GAAGTTCAGGG*ATGATCTTGAACGCCTCAAGAAAATCAGGAACCACCGTGGGCTGAGAC
ACTACTGGGGTCTCC*GTGTCCGTGGTCAACACACCAAGACAACTGGTCGCAGGGGAAAG
ACTGTTGGTGTCTTTAAGAAGCGTTAAGCCAGTGTTCGTTGCTGCAGCTGGATTGAACCT
TTAATAAGAACCGTTTTTAAGATAATTTGAACAATTTTTCAAAACCCTATTATGTCGTTT
ATCCTGCACTGTTTTTTTGTTACATTATAAGATAATATTTTGTTACTGTGTCTTTTCCAA
TT

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 4

CO CL684Contig1 829 4 14 U
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AAGCTCAGGTGAAGCAACCATGTCGTGGATGAAAGGAGATTTACTTTCCAAAACCAGGAG
GCTTGTTGGTGGACTCGCTACAAGAGAGCCTGTTTGGCTTAAAGCCATGGAAGCATCACC
ACCTCCTGTCTTCCCTCGCTCTAATGGGAACCTCAAGAAGATTGTTCTCCCTGAAGATCC
CTACGTTCGTAGATTCGCTCGTAAGCATCCTGAAGCCAAACTCGTCGACCCCAACAAGGT
TTCGGCGTTTATTCCAGATCCAGCACGCTTTTATGGCTGCCGGGTTCTTGAACTGACCAA
GAATGGCATCAGCGAGGATGACGCCATGTCTGTAGCTAATATGGAGTATCTTGCGGAGAG
AAAGGAAAAGAAGAAAGCATACAAACGCCTAAAGGAGCTTGCGGTACTGCAAGACAAGGC
TCCTCCTCCTAAACCGTATCTTAGTACCAAAAAGGAGATGCAAACTCAAGAGAAGAAACC
ACCTGCGGATCCTCCTAGCGTCCGCAGGCTAGTTAACCAGTTGAAACAGCAGAAAGATGC
GTTGCTTCAGGACAAACCGGGAGATAGTACTAATCAGGATCATTGGATAGATGAATAGAT
TCTCCATCACCTTTTTCTTTTTATGCAAGTTCAGTCTTTTTATACATGATGACAATTGTT
GTTTTTTTTTTTTTTTGGTCAAAACAATTGTTGTTATTCCCATTTGATTGTAGTTGTAAT
AACACATATCTTTGGATGATTCCTACAAACAATTAGTTTCTACAGTTAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN37TF U 1
AF RR1E501TF U 1
AF RR1E501JQ C 86
AF RR1DN37JQ C 130
BS 1 45 RR1DN37TF
BS 46 46 RR1E501TF
BS 47 104 RR1DN37TF
BS 105 105 RR1E501TF
BS 106 128 RR1DN37TF
BS 129 129 RR1E501TF
BS 130 599 RR1DN37TF
BS 600 600 RR1E501TF
BS 601 606 RR1DN37TF
BS 607 610 RR1E501TF
BS 611 611 RR1E501JQ
BS 612 633 RR1E501TF
BS 634 803 RR1E501JQ
BS 804 829 RR1DN37JQ

RD RR1DN37TF 606 0 0
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AAGCTCAGGTGAAGCAACCATGTCGTGGATGAAAGGAGATTTACCTTCCAAAACCAGGAG
GCTTGTTGATGGACTCGCTACAAGAGAGCCTGTTTGGCTTAAAGCCATGGAAGCATCACC
ACCTCCTGTCTTCCCTCGCTCTAATGGGAACCTCAAGAAGATTGTTCTCCCTGAAGATCC
CTACGTTCGTAGATTCGCTCGTAAGCATCCTGAAGCCAAACTCGTCGACCCCAACAAGGT
TTCGGCGTTTATTCCAGATCCAGCACGCTTTTATGGCTGCCGGGTTCTTGAACTGACCAA
GAATGGCATCAGCGAGGATGACGCCATGTCTGTAGCTAATATGGAGTATCTTGCGGAGAG
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TCCTCCTCCTAAACCGTATCTTAGTACCAAAAAGGAGATGCAAACTCAAGAGAAGAAACC
ACCTGCGGATCCTCCTAGCGTCCGCAGGCTAGTTAACCAGTTGAAACAGCAGAAAGATGT
GTTGCT

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1E501TF 633 0 0
G
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AGCTCAGGTGAAGCAACCATGTCGTGGATGAAAGGAGATTTACTTTCCAAAACCAGGAGG
CTTGTTGGTGGACTCGCTACAAGAGAGCCTGTTTGGCTTAAAGCCATGGAAGCATCACCA
CCTCCTGTCTTCCCTCGCTCTAATGGGAACCTCAAGAAGATTGTTCTCCCTGAAGATCCC
TACGTTCGTAGATTCGCTCGTAAGCATCCTGAAGCCAAACTCGTCGACCCCAACAAGGTT
TCGGCGTTTATTCCAGATCCAGCACGCTTTTATGGCTGCCGGGTTCTTGAACTGACCAAG
AATGGCATCAGCGAGGATGACGCCATGTCTGTAGCTAATATGGAGTATCTTGCGGAGAGA
AAGGAAAAGAAGAAAGCATACAAACGCCTAAAGGAGCTTGCGGTACTGCAAGACAAGGCT
CCTCCTCCTAAACCGTATCTTAGTACTAAAAAGGAGATGCAAACTCAAGAGAAGAAACCA
CCTGCGGATCCTCCTAGCGTCCGCAGGCTAGTTAACCAGTTGAAACAGCAGAAAGATGCG
TTGCTTCAG*ACAAACCGGGAGATAGTACTAA

QA 2 633 2 633
DS 

RD RR1E501JQ 719 0 0
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CATCCTGAAGCCAAACTCGTCGACCCCAACAAGGTTTCGGCGTTTATTCCAGATCCAGCA
CGCTTTTATGGCTGCCGGGTTCTTGAACTGACCAAGAATGGCATCAGCGAGGATGACGCC
ATGTCTGTAGCTAATATGGAGTATCTTGCGGAGAGAAAGGAAAAGAAGAAAGCATACAAA
CGCCTAAAGGAGCTTGCGGTACTGCAAGACAAGGCTCCTCCTCCTAAACCGTATTTTAGT
ACTAAAAAGGAGATGCAAACTCAAGAGAAGAAACCACCTGCGGATCCTCCTAGCGTCCGC
AGGCTAGTTAACCAGTTGAAACAGCAGAAAGATGCGTTGCTTCAGGACAAACCGGGAGAT
AGTACTAATCAGGATCATTGGATAGATGAATAGATTCTCCATCACCTTTTTCTTTTTATG
CAAGTTCAGTCTTTTTATACATGATGACAATTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTGGTCAAAAC
AATTGTTGTTATTCCCATTTGATTGTAGTTGTAATAACACATATCTTTGGATGATTCC
C

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1DN37JQ 700 0 0
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CTTCCCTCGCTCTAATGGGAACCTCAAGAAGATTGTTCTCCCTGAAGATCCCTACGTTCG
TAGATTCGCTCGTAAGCATCCTGAAGCCAAACTCGTCGACCCCAACAAGGTTTCGGCGTT
TATTCCAGATCCAGCACGCTTTTATGGCTGCCGGGTTCTTGAACTGACCAAGAATGGCAT
CAGCGAGGATGACGCCATGTCTGTAGCTAATATGGAGTATCTTGCGGAGAGAAAGGAAAA
GAAGAAAGCATACAAACGCCTAAAGGAGCTTGCGGTACTGCAAGACAAGGCTCCTCCTCC
TAAACCGTATCTTAGTACCAAAAAGGAGATGCAAACTCAAGAGAAGAAACCACCTGCGGA
TCCTCCTAGCGTCCGCAGGCTAGTTAACCAGTTGAAACAGCAGAAAGATGTGTTGCTTCA
GGACAAACCGGGAGGTAGTACTAATCAGGATCATTGGATAGATGAATAGATTCTCCATCA
CCTTTTTCTTTTTATGCAAGTTCAGTCTTTTTATACATGATGACAATTGTTGTTTTTTTT
TTT****GGTCAAAACAATTGTTGTTATTCCCATTTGATTGTAGTTGTAATAACACATAT
CTTTGGATGATTCCTACAAACAATTAGTTTCTACAGTTAC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 2 8

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CCACGTCAGAGACGACCATCATTGGTTTCAAACCTCCCAGTAAAGATAGACCGTACGATC
TTGTTGGGGTCGCTTTATTTGGTGATGGA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1F641TF U 1
AF RR1BO36TF U 1
AF RR1CC60TF U 1
AF RR1GW05TF U 1
BS 1 142 RR1BO36TF
BS 143 143 RR1CC60TF
BS 144 199 RR1BO36TF
BS 200 200 RR1CC60TF
BS 201 270 RR1BO36TF
BS 271 271 RR1CC60TF
BS 272 364 RR1BO36TF
BS 365 365 RR1CC60TF
BS 366 382 RR1BO36TF
BS 383 383 RR1CC60TF
BS 384 491 RR1BO36TF
BS 492 492 RR1CC60TF
BS 493 671 RR1BO36TF
BS 672 688 RR1CC60TF
BS 689 689 RR1GW05TF

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QA 1 517 1 517
DS 

RD RR1BO36TF 671 0 0
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CAGAGAAGAAACCAAACCCAGGGAAAGCGACCATTCTGTCAATCGGTAAAGCCTTCCCCC
ACCAGCTAGTGATGCAAGAGTATTTGGTCGATGGCTACTTCAAAACCACCAACTGTGACG
ACCCCGAACTCAAACAGAATCTTACTCGCCTCTGCAAGACAACGACGGTGAAAACAAGGT
ACGTTGTAATGTCAGAGGAGATACTAACAAGGTATCCAGAACTCGCCATCGAAGGAGGAT
CCACCGTGACGCAGCGTCTGGACATATGCAACGACGCCGTAACTGAAATGGCAGTGGAAG
CTTCGAGATCGTGCATCAAGAATTGGGGCCACTCTGTTTCCAACATAACTCACCTTGTCT
ATGTCTCTTCAAGCGAAGCTCGTCTCCCTGGTGGTGACCTGTTCTTAGCCAAAGGGCTTG
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TTGTTGGGGTC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1CC60TF 688 0 0
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ACGTTGTAATGTCAGAGGAGATACTAACAAAGTATCCAGAACTCGCCATCGAAGGAGGAT
CCACCGTGACGCAGCGTCTGGACATATGCAACGACGCTGTAACTGAAATGGCAGTGGAAG
CTTCAAGATCGTGCATCAAGAACTGGGGCCACTCTGTTTCCGACATAACTCACCTTGTCT
ATGTCTCTTCAAGCGAAGCTCGTCTCCCTGGTGGTGACCTGTTCTTAGCCAAAGGGCTTG
GTCTCAGCCCCGAGACGCACCGTGTTCTGCTCTACTTCGTCGGCTGCTCTGGAGGCGTTG
CGGGTCTCCGTGTAGCCAAAGACATAGCCGAGAACAATCCGGGTAGTAGAGTCTTGCTTG
CCACGTCAGAGACGACCATCATTGGTTTCGAACCTCCCAGTAAAGATAGACCGTATGATC
TTGTTGGGGTCGCTTTATTTGGTGATGG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1GW05TF 689 0 0
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CAGAGAAGAAACCAAACCCAGGGAAAGCGACCATTCTGTCAATCTGTAAAGCCTTCCCCC
ACCAGCTAGTGATGCAAGAGTATTTGGTCGATGGCTACTTCAAAACCACCAACTGTGACG
ACCCCGAACTCAAACAGAAGCTTACTCGCCTCTGCAAGACAACGACGGTGAAAACAAGGT
ACGTTGTAATGTCAGAGGAGATACTAACAAGGTATCCAGAACTCGCCATCGAAGGAGGAT
CCACCGTGACGCAGCGTCTGGACATATGCAACGACGCCGTAACTGAAATGGCAGTGGAAG
CTTCGAGATCGTGCATCAAGAATTGGGGCCACTCTGTTTCCAACATAACTCACCTTGTCT
ATGTCTCTTCAAGCGAAGCTCGTCTCCCTGGTGGTGACCTGTTCTTAGCCAAAGGGCTTG
GTCTCAGCCCCGAGACGCACCGTGTTCTGCTCTACTTCGTCGGCTGCTCTGGAGGCGTTG
CGGGTCTCCGTGTAGCCAAAGACATAGCCGAGAACAATCCGGGTAGTAGAGTCTTGCTTG
CCACGTCAGAGACGACCATCATTGGTTTCAAACCGCCCAGTAAAGATAGACCGTACGATC
TTGTTGGGGTCGCTTTATTTGGTGATGGA

QA 1 689 1 689
DS 



CO CL685Contig2 838 4 14 U
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CTCTGTTGAAAACTTGAAATAACTATAAAGCAACAGTTGATTGTTTCTTGAGTCTCAAGG
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ATGTAACACCAGGTCCAAAAGCCAGAATCAAACCCCACTCATTTTCACTTCCACTCATGT
TCCTTGCTTTCCTGCTCTCCTCCAACATATACTCCAACACATAAACAATCGAGTTGCTAC
TTGCGTTGCCATAGTCCATGAAAGCTCTTCTGCTTGGACTCAGCTTCTCCGGCGACAGGT
TAAGCCGCTTCTCCATTCGGTTCAATACCGCTGGTCCACCTGGATGAACCGCCCAAAACA
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CCACATTGTCTTCTATTATCTGTGGAAGCTCTCTTGACAGCGTGAAGTTTATCCCTGCTT
CTGTTAGCCTCCCATCTATCGTCTTCTCCGTGTCTGGCAGGAAATTTTGAATTGCGGTGT
GAAGCTCAAAGAGTGGCTTATCACTAACCGGGTCCGGATCAGACCCGATGATCATAGCTC
CGGCTCCATCACCAAATAAAGCGACCCCAACAAGATCGTACGGTCTATCTTTACTGGGAG
GTTTGAAACCAATGATGGTCGTCTCTGACGTGGCAAGCAAGACTCTACTACCCGGATTGT
TCTCGGCTATGTCTTTGGCTACACGGAGACCGCACGCCTCCAGAGCAGCCGACGAAGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC60JQ U 1
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AF RR1BO36JQ U 30
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GA

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TTGCGTTGCCATAGTCCATGAAAGCTCTTCTGCTTGGACTCAGCTTCTCCGGCGACAGGT
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QA 3 780 3 780
DS 



AS 1 8

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BQ
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1H237JQ U 13
AF RR1F314JQ U 13
AF RR1H237TF C 20
AF RR1EE35JQ U 1
AF RR1EE35TF C 16
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GC
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CT

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DS 

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GA
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QA 3 570 3 570
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CC

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DS 

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AAAATCCCCTAGCATTGTGTACACAATATAAACCGACTTGTGGCAAGCAACGAGAAGCTC
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TTCTACTTATCTACCTCTCAAACCATTCGCTTCTCTTTGATTTGATCTCCC

QA 1 711 1 711
DS 

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AAAACATATTGCAAGGGTGTGTGGTTTGGAGTTGGAGAGAGGGAATCAAAACTCAGAAGG
AGGTTTCAATCTAATGAGACGCTTGATCCTATCTTTGTCGGTGTTCTCGAGAAGTCCGTT
CCAAACGATTTCATCAAGACACAAACAAATCCTTCCGTATTTGTCCAGAAACACTCGCTC
TGTAGGAGGTTTCCCGCATATGTCTTTCACAGCCCCTGTTATGATAAAGATGGCTTCTGC
CAAAGCAAGTTCATCGTACTCGTCTTTACCAACAAGGAAGATGCTAAAATCCCCTAGCAT
TGTGTACACAATATAAACCGACTTGTGGCAAGCAACGAGAAGCTCCTCGTTCTTAACACC
TTTGAGATTCTCTGCTCCCAACTTAACCAAGAAAGATCGCCAGGTGAGCCTTTCCTCAGC
TGGCACTCCATTGAACCTTTCGATCAAGACGTTCCCTACGGAATTAGCGAACAACACCGC
AAGGATCATGATTTTTTTATCCGTCTCTTCGTCTCCGTCTCCTTCTTCTACTTATCTACC
TCTCAAACCATTCGCTTCTCTTTGATTTGATCTCCC

QA 1 696 1 696
DS 

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GC
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AGCAGTAGTTAACAGTACAATACTTGATAGAGAGAAGTGATTCAGATTGATAAGTGTTGA
AAAAACATATTGCAAGGGTGTGTGGTTTGGAGTTGGAGAGAGGGAATCAAAACTCAGAAG
GAGGTTTCAATCTAATGAGACGCTTGATCCTATCTTTGTCGGTGTTCTCGAGAAGTCCGT
TCCAAACGATTTCATCAAGACACAAACAAATCCTTCCGTATTTGTCCAGAAACACTCGCT
CTGTAGGAGGTTTCCCGCATATGTCTTTCACAGCCCCTGTTATGATAAAGATGGCTTCTG
CCAAAGCAAGTTCATCGTACTCGTCTTTACCAACAAGGAAGATGCTAACATCCCCTAGCA
TTGTGTACACGATATAAACCGACTTGTGGCAAGCAACGAGAAGCTCCTCGTTCTTAACAC
CTTTGAGATTCTCTGCTCCCAACTTAACCAAGAAAGATCGCCAGGTGAGCCTTTCCTCAG
CTGGCACTCCATTGAACCTTTCGATCAAGACGTTCCCTACGGAATTAGCGAACAACACCG
CAAGGATCATGATTTTTTTATCCGTCTCTTCGTCTCTGTCTCCTTCTTCTACTTATCTAC
CTCTCAAACCATTCGCTTCTCTTTGATTTGATCTCCC

QA 3 699 3 699
DS 

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GA
AGCTAAGATTTCAATAAACATTGCCACACTAAAATTGCTTCCAATGTCTGAACGAAGAAC
AGCAGTAGTTAACAGTACAATACTTGATAGAGAGAAGTGATTCAGATTGATAAGTGTTGA
AAAAACATATTGCAAGGGTGTGTGGTTTGGAGTTGGAGAGAGGGAATCAAAACTCAGAAG
GAGGTTTCAATCTAATGAGACGCTTGATCCTATCTTTGTCGGTGTTCTCGAGAAGTCCGT
TCCAAACGATTTCATCAAGACACAAACAAATCCTTCCGTATTTGTCCAGAAACACTCGCT
CTGTAGGAGGTTTCCCGCATATGTCTTTCACAGCCCCTGTTATGATAAAGATGGCTTCTG
CCAAAGCAAGTTCATCGTACTCGTCTTTACCAACAAGGAAGATGCTAACATCCCCTAGCA
TTGTGTACACGATATAAACCGACTTATGGCAAGCAACGAGAAGCTCCTCGTTCTTAACAC
CTTTGAGATTCTCTGCTCCCAACTTAACCAAGAAAGATCGCCAGGTGAGCCTTTCCTCAG
CTGGCACTCCATTGAACCTTTCGATCAAGACGTTCCCTACGGAATTAGCGAACAACACCG
CAAGGATCATGATTTTTTTATCCGTCTCTTCGTCTCTGTCTACTTCTTCTACTTATCTAC
CTCTCAAACCATTCGCTTC
CC

QA 3 681 3 681
DS 

RD RR1BU89TF 699 0 0
GC
AGCTAAGATTTCAATAAACATTGCCACACTAAAATTGCTTCCAATGTCTGAACGAAGAAC
AGCAGTAGTTAACAGTACAATACTTGATAGAGAGAAGTGATTCAGATTGATAAGTGTTGA
AAAAACATATTGCAAGGGTGTGTGGTTTGGAGTTGGAGAGAGGGAATCAAAACTCAGAAG
GAGGTTTCAATCTAATGAGACGCTTGATCCTATCTTTGTCGGTGTTCTCGAGAAGTCCGT
TCCAAACGATTTCATCAAGACACAAACAAATCCTTCCGTATTTGTCCAGAAACACTCGCT
CTGTAGGAGGTTTCCCGCATATGTCTTTCACAGCCCCTGTTATGATAAAGATGGCTTCTG
CCAAAGCAAGTTCATCGTACTCGTCTTTACCAACAAGGAAGATGCTAACATCCCCTAGCA
TTGTGTACACGATATAAACCGACTTGTGGCAAGCAACGAGAAGCTCCTCGTTCTTAACAC
CTTTGAGATTCTCTGCTCCCAACTTAACCAAGAAAGATCGCCAGGTGAGCCTTTCCTCAG
CTGGCACTCCATTGAACCTTTCGATCAAGACGTTCCCTACGGAATTAGCGAACAACACCG
CAAGGATCATGATTTTTTTATCCGTCTCTTCGTCTCTGTCTCCTTCTTCTACTTATCTAC
CTCTCAAACCATTCGCTTCTCTTTGATTTGATCTCCC

QA 3 699 3 699
DS 



AS 1 7

CO CL687Contig1 655 7 6 U
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GGGTATCCTCCTCAGGGGTATCCGCCTCAGGGATACCCTCAGCAGGGGTATCCTCAGCAA
GGCTACCCTCCTCCTTACGCCCCGCAGTATCCTCCTCCCCCTCAGCATCAGCAGCAGCAG
AGCGGACCTGGGGTTCTAGAAGGATGTCTGGCTGCTCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGAT
GCTTGTTTCTGATGATTGGAGTACCTGCTTTTGGAGCCGGTGATTTGATTGCAACAGAGT
GTTTGGCAACTTTAATTAAGTAATGGGCATTGTAATGGAATTGCTGGATACATTCTCTTG
TCTATTCCTCTTTTTCCGGTTTATGTTCTTAGATTCACAAACAACTTATTCAATGGCTTG
GTTTGGATTTGAGACTTTAAAATGGGAATGTAAATTTGCGTGGAGATACTAAGTCCTTTA
CCTCTCAGTCTTATGTGTTTTTGATAATTCATATCTCAATGATTCGGTTTACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CO28TF U 27
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AF RR1FF42JQ C 30
AF RR1GC17JQ C 83
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AGTAT

QA 6 169 6 169
DS 

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QA 1 488 1 488
DS 

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GG
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GATACCCGAAGGATGCGTATCCACCGCAGGGGTATCCTCCTCAGGGGTATCCGCCTCAGG
GATACCCTCAGCAGGGGTATCCTCAGCAAGGCTACCCTCCTCCTTACGCCCCGCAGTATC
CTCCTCCCCCTCAGCATCAGCAGCAGCAGAGCGGACCTGGGGTTCTAGAAGGATGTCTGG
CTGCTCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATGATTGGAGTACCTGCTTT
TGGAGCCGGTGATTTGATTGCAACAGAGTGTTTGGCAACTTTAATTAAGTAATGGGCATT
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TGTTTTT

QA 3 586 3 586
DS 

RD RR1GC17JQ 524 0 0
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CGCAGTATCCTCCTCCCCCTCAGCATCAGCAGCAGCAGAGCGGACCTGGGGTTCTAGAAG
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ACCTGCTTTTGGAGCCGGTGATTTGATTGCAACAGAGTGTTTGGCAACTTTAATTAAGTA
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ATGTTCTTAGTTTCACAAACAACTTATTCAATGGCTTGGTTTGGATTTGAGACTTTAAAA
TGGGAATGTAAATTTGCGTGGAGATACTAAGTCCTTTACCTCTC

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1GC17TF 524 0 0
TAACAACAATGAGTCAGTACAATCAACCTCCCGTCGGCGTTCCTCCTCCTCAAGGTTATC
CACCGGAGGGATACCCGAAGGATGCGTATCCACCGCAGGGGTATCCTCCTCAGGGGTATC
CGCCTCAGGGATACCCTCAGCAGGGGTATCCTCAGCAAGGCTACCCTCCTCCTTACGCCC
CGCAGTATCCTCCTCCCCCTCAGCATCAGCAGCAGCAGAGCGGACCTGGGGTTCTAGAAG
GATGTCTGGCTGCTCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATGATTGGAGT
ACCTGCTTTTGGAGCCGGTGATTTGATTGCAACAGAGTGTTTGGCAACTTTAATTAAGTA
ATGGGCATTGTAATGGAATTGCTGGATACATTCTCTTGTCTATTCCTCTTTTTCCGGTTT
ATGTTCTTAGTTTCACAAACAACTTATTCAATGGCTTGGTTTGGATTTGAGACTTTAAAA
TGGGAATGTAAATTTGCGTGGAGATACTAAGTCCTTTACCTCTC

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1FF42TF 586 0 0
GG
ATCGCTTCTTCCCCCTATAACCTTCTCTCGATCTACTCTCCATCGGAAACCTAACAACAA
TGAGTCAGTACAATCAACCTCCCGTCGGCGTTCCTCCTCCTCAAGGTTATCCACCGGAGG
GATACCCGAAGGATGCGTATCCACCGCAGGGGTATCCTCCTCAGGGGTATCCGCCTCAGG
GATACCCTCAGCAGGGGTATCCTCAGCAAGGCTACCCTCCTCCTTACGCCCCGCAGTATC
CTCCTCCCCCTCAGCATCAGCAGCAGCAGAGCGGACCTGGGGTTCTAGAAGGATGTCTGG
CTGCTCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATGATTGGAGTACCTGCTTT
TGGAGCCGGTGATTTGATTGCAACAGAGTGTTTGGCAACTTTAATTAAGTAATGGGCATT
GTAATGGAATTGCTGGATACATTCTCTTGTCTATTCCTCTTTTTCCGGTTTATGTTCTTA
GATTCACAAACAACTTATTCAATGGCTTGGTTTGGATTTGAGACTTTAAAATGGGAATGT
AAATTTGCGTGGAGATACTAAGTCCTTTACCTCTCAGTCTTATG

QA 3 586 3 586
DS 

RD RR1GT19JQ 586 0 0
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CCTCAAGGTTATCCACCGGAGGGATACCCGAAGGATGCGTATCCACCGCAGGGGTATCCT
CCTCAGGGGTATCCGCCTCAGGGATACCCTCAGCAGGGGTATCCTCAGCAAGGCTACCCT
CCTCCTTACGCCCCGCAGTATCCTCCTCCCCCTCAGCATCAGCAGCAGCAGAGCGGACCT
GGGGTTCTAGAAGGATGTCTGGCTGCTCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTC
TGATGATTGGAGTACCTGCTTTTGGAGCCGGTGATTTGATTGCAACAGAGTGTTTGGCAA
CTTTAATTAAGTAATGGGCATTGTAATGGAATTGCTGGATACATTCTCTTGTCTATTCCT
CTTTTTCCGGTTTATGTTCTTAGATTCACAAACAACTTATTCAATGGCTTGGTTTGGATT
TGAGACTTTAAAATGGGAATGTAAATTTGCGTGGAGATACTAAGTCCTTTACCTCTCAGT
CTTATGTGTTTTTGATAATTCATATCTCAATGATTCGGTTTACTTC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 5

CO CL688Contig1 998 5 19 U
GGAAAACCCTAAGCGTCGTCGATTGCCAAAGCCGTTTTCTTTCTTTGTGGCTATCGTCTT
GACCTGAGAGAGAGGATGAAGTTTAACGTCGCGAATCCAACCACTGGTTGCCAGAAGAAG
CTCGAGATCGACGATGACCAGAAACTCCGTGCGTTTTATGATAAGAGACTCTCTCAAGAA
GTCAGTGGAGATGCTTTGGGCGAGGAGTTCAAAGGATACGTTTTCAAGATTATGGGTGGG
TGCGACAAGCAAGGTTTCCCCATGAAGCAGGGAGTTCTAACTCCAGGCCGTGTTCGCCTT
TTGCTTCACAGAGGAACTCCTTGCTTCAGAGGACATGGAAGGAGGACTGGTGAGAGGAGA
AGAAAGTCTGTTCGTGGTTGCATTGTGAGCCAAGATCTTTCTGTTCTTAACCTTGTCATT
GTCAAGAAGGGTGAGAAGGATCTTCCCGGGCTTACCGATACCGAGAAGCCAAGGATGAGG
GGACCCAAGAGAGCTTCCAAGATCCGTAAACTGTTTAACCTCACCAAGGATGATGATGTC
AGGAAGTACGTCAACACTTACCGCCGCAAATTCACTAACAAGAAAGGTAAGGAAGTGAGC
AAAGCCCCTAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCGTTGACCCTTCAGAGGAAGAGAGCTAGA
ATCGCTGACAAGAAGAAGAGGATTGCTAAGGCTAACTCTGATGCTGCTGAGTACCAGAAG
CTTCTTGCCTCGAGGTTGAAGGAACAACGTGAAAAGAGGAGTGAGAGTTTGGCAAAGAAG
AGGTCTAGACTCTCTTCCGCTGCCGCCAAGCCTTCCGCTACTGCTTAAAAATCCTGAGAA
TCTCATTTCTAGTTTTGTTTTTCCTTTTTTTTTTGCTTCATCCGCATTAAAATACGTTAG
TTCGAGTTTATATTTCTGTTGTTCCATCCGTTACATCGACTTTGTACTCGTGTTGCTTGT
TTTATTCTCTTTTACTTGAAAGACCACCTTAATACTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1FD60TF U 1
AF RR1DP22TF U 9
AF RR1C439TF U 3
AF RR1C439JQ C 288
AF RR1DP22JQ C 400
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BS 400 669 RR1FD60TF
BS 670 677 RR1C439TF
BS 678 679 RR1DP22TF
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BS 819 998 RR1C439JQ

RD RR1FD60TF 669 0 0
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TGCGACAAGCAAGGTTTCCCCATGAAGCAGGGAGTTCTAACTCCAGGCCGTGTTCGCCTT
TTGCTTCACAGAGGAACTCCTTGCTTCAGAGGACATGGAAGGAGGACTGGAGAGAGGAGA
AGAAAGTCTGTTCGTGGTTGCATTGTCAGCCAGGACCTCTCTGTTCTTAACCTTGTCATT
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AAAGCCCCTAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCGTTGACCCTTCAGAGGAAGAGAGCTAGA
ATCGCTGAC

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DS 

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GGTTTCCCCATGAAGCAGGGAGTTCTAACTCCAGGCCGTGTTCGCCTTTTGCTTCACAGA
GGAACTCCTTGCTTCAGAGGACATGGAAGGAGGACTGGAGAGAGGAGAAGAAAGTCTGTT
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ATCCAGAGGCTTGTGACTCCGTTGACCCTTCAGAGGAAGAGAGCTAGAATCGCTGACAAG
AAGAAGAGGATTGC

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DS 

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GCTTTGGGCGAGGAGTTCAAGGGATACGTTTTCAAGATCATGGGTGGGTGCGACAAGCAA
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CGTGGTTGCATTGTGAGCCAAGATCTTTCTGTTCTTAACCTTGTCATTGTCAAGAAAGGT
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AACACTTACCGCCGCAAATTCACTAACAAGAAAGGCAAGGAAGTGAGCAAAGCCCCTAAG
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GAGG

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TAACCTTGTCATTGTCAAGAAAGGTGAGAAGGATCTTCCCGGGCTTACTGATACCGAGAA
GCCAAGGATGAGGGGACCCAAGAGAGCTTCTAAGATCCGTAAACTGTTTAGC*TCACCAA
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TAAAATACGTTAGTTCGAGTTTATATTTCTGTTGTTCCATCCGTTACATCGACTTTGTAC
TCGTGTTGCTTGTTTTATTCTCTTTTACTTGAAAGACCACCTTAATACTCG

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DS 

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CTCACCAAGGATGATGATGTCAGGAAGTACGTCAACACTTACCGCCGCAAATTCACTAAC
AAGAAAGGTAAGGAAGTGAGCAAAGCCCCTAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCGTTGACC
CTTCAGAGGAAGAGAGCTAGAATCGCTGACAAGAAGAAGAGGATTGCTAAGGCTAACTCC
GATGCTGCTGAGTACCAGAAGCTTCTTGCCTCGAGGTTGAAGGAACAACGTGAAAAGAGG
AGTGAGAGTTTGGCAAAGAAGAGGTCTAGACTTTCTTCTGCTGCCGCCAAGCCTTCCGCT
ACTGCTTAAAAATCCTGAGAATCTCATTTCTAGTTTTGTTTTTTCTTTTTTTTTTGCTTC
ATCCGCATTAAAATACGTTAGTTCGAGTTTATATTTCTGTTGTTCCATCCGTTACATCGA
CTTTGTACTCGTGTTGCTTGTTTTATTCTCTTTTACTTGAAAGACCACCTTAATACTC
C

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 8

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GTTCTGGAAGTAATCCAAGAAGAAGAAGAAGGCTCATGACAAAAGAAAATCAAATTTCTT
ATGATACCTTAAAAGATAAAACAAAAATCTTAGAAAACACGGGTGGGTGGACTCATTGTG
CTCTTCAAGTACAAGCACCTCACATTTTGCCAGTTTTTCTTCAAGAGGGAAACAAGGAAG
TTGACGCTCATCTGAACATTCTGGAAGATCTGCTTCTCCTCCATGCCGAGATTTCCAACA
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AGACCAGGACCAAGAAGACGGGGAATCTGCTTGATGACCGATTCAGAAGCAAGGAAAGCA
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AGCATGCAAATCTTCATCTTAGGCCTAGGAATGTGAGGCAGCTTAACGGAACCGCTAAAC
CTCTTGTCCTTTTGAGGGTCATAGTTCTTAAGACCAATCTGGAGCTCGATTGTCTCGGTG
AACTTGCGAGGCTTTGTCTCCTTGCAGTGAGTGATGATTGACGATATCGCCTCTCTCACT
GCTTCACTCTGGAGCTTACTCATTTTGGCACTTCCTCTATTCTCTCCTTTGTGATAGATC
GGAGACAGAGAGAGAGAACCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 20 35 20 5 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB33JQ U 17
AF RR1FB33TF C 18
AF RR1C355JQ U 1
AF RR1GK72TF C 158
AF RR1GK72JQ U 2
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AF RR1BB09TF C 91
BS 1 86 RR1C355JQ
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RD RR1FB33JQ 519 0 0
A
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AAAAAAAAAAAAAGGCTCATGACAAAAAAAAATCAAATTTCTTATGATACCTTAAAAAAT
AAAACAAAAATCTTAAAAAACACGGGTGGGTGGACTCATTGTGCTCTTCAAGTACAAGCC
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ACGGGGAATCTGCTTGATGACCGATTCAAAAGCAAGGAAAGCATGGAACTTCTTGGCTAG
CTTCTTAACAAGCTTCTTGTTCTTGTTCAGCTTCTTAA

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DS 

RD RR1FB33TF 565 0 0
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AAAACAAAAATCTTAGAAAACACGGGTGGGTGGACTCATTGTGCTCTTCAAGTACAAGCA
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CTTCTTAACAAGCTTCTTGTTCTTGTTCAGCTTCTTAAGAGCTTCCACATCCATAGACTC
TAACCCAATTTTCTCAGCCTCTTC
C

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DS 

RD RR1C355JQ 799 0 0
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GTTCTGGAAGTAATCCAAGAAGAAGA***AGGCTCATGACAAAAGAAAATCAAATTTCTT
ATGATACCTTAAAAGATAAAACAAAAATCTTAGAAAACACGGGTGGGTGGACTCATTGTG
CTCTTCAAGTACAAGCACCTCACATTTTGCCAGTTTTTCTTCAAGAGGGAAACAAGGAAG
TTGACGCTCATCTGAACATTCTGGAAGATCTGCTTCTCCTCCATGCCGAGATTTCCAACA
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TCCACATCCATAGACTCTAACCCAATTTTCTCAGCCTCTTCAACGTGCTGGGCGTCACCG
AGCATGCAAATCTTCATCTTAGGCCTAGGAATGTGAGGCAGCTTAACGGAACCGCTAAAC
CTCTTGTCCTTTTGAGGGTCATAGTTCTTAAGACCAATCTGGAGCTCGATTGTCTCGGTG
AACTTGCGAGGCTTTGTCTCCTTGCAGTGAGTGATGATTGACGATATCGCCTCTCTCACT
GCTTCACTCTGGAGCTTAC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1GK72TF 634 0 0
CACGGGTGGGTGGACTCATTGTGCTCTTCAAGTACAAGCAC*TCACATTTTGCCAGTTTT
TCTTCAAGAGGGAAACAAGGAAGTTGACGCTCATCTGAACATTCTGGAAGATCTGCTTCT
CCTCCATGCCGAGATTTCCAACAGCGACACCCATGCAAAGAACCTTCTTGAGCTGGAACT
TCACTGTTGCCTTTGTCTCATTCACTTTGGATTCCAAAGACTCTTGGTGGCTGACAAGAG
TTGGGAACTTTCCTGCCTTGTTGAGACCAGGACCAAGAAGACGGGGAATCTGCTTGATGA
CCGATTCAGGAGCAAGGAAAGCATGGAACTTCTTGGCTAGCTTCTTAACAAGCTTCTTGT
TCTTGTTCAGCTTCTTAAGAGCTTCCACATCCATAGACTCTAACCCAATTTTCTCAGCCT
CTTCAACGTGCTGGGCGTCACCGAGCATGCAAATCTTCATCTTAGGCCTAGGAATGTGAG
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TCTGGAGCTCGATTGTCTCGGTGAACTTGCGAGGCTTCGTCTCCTTGCAGTGAGTGATGA
TGGACGATATCGCCTCTCTCACTGCTTCACTCT
C

QA 1 633 1 633
DS 

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A
GCAATAACAATAGTAAAAATAAAAATGTCTTTAAACAAAATCTTGATCATCCTACAGAGT
TCTGGAAGTAATCCAAGAAGAAGAAGAAGGCTCATGACAAAAGAAAATCAAATTTCTTAT
GATACCTTAAAAGATAAAACAAAAATCTTAGAAAACACGGGTGGGTGGACTCATTGTGCT
CTTCAAGTACAAGCACCTCACATTTTGCCAGTTTTTCTTCAAGAGGGAAACAAGGAAGTT
GACGCTCATCTGAACATTCTGGAAGATCTGCTTCTCCTCCATGCCGAGATTTCCAACAGC
GACACCCATGCAAAGAACCTTCTTGAGCTGGAACTTCACTGTTGCCTTTGTCTCATTCAC
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CTTGTCCTTTTGAGGGTCATAGTTCTTAAGACCAATCTGGAGCTCGATTGTCTCGGTGAA
CTTGCGAGGCTTCGTCTCCTTGCAGTGAGTGATGATGGACGATATCGCCTCTCTCACTGC
TTCACTCT

QA 2 789 2 789
DS 

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AAGGCTCATGACAAAAGAAAATCAAATTTCTTATGATACCTTAAAAGATAAAACAAAAAT
CTTAGAAAACACGGGTGGGTGGACTCATTGTGCTCTTCAAGTACAAGCACCTCACATTTT
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TCTGCTTCTCCTCCATGCCGAGATTTCCAACAGCGACACCCATGCAAAGAACCTTCTTGA
GCTGGAACTTCACTGTTGCCTTTGTCTCATTCACTTTGGATTCCAAAGACTCTTGGTGGC
TGACAAGAGTTGGGAACTTTCCTGCCTTGTTGAGACCAGGACCAAGAAGACGGGGAATCT
GCTTGATGACCGATTCAGAAGCAAGGAAAGCATGGAACTTCTTAGCTAGCTTCTTAACAA
GCTTCTTGTTCTTGTTCAGCTTCTTAAGAGCTTCCACATCCATAGACTCTAACCCAATTT
CCTCAGCCTCTTCAACGTGCTGGGCGTCACCGAGCATGCAAATCTTCATCTTAGGCCTAG
GAATGTGAGGCAGCTTAACGGAACCGCTAAACCTCTTGTCCTTTTGAGGGTCACAGTTCT
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GAGTGATGATTGACGATATCGCCTCTCTCACTGCTTCACTCTGGAGCTTACTCATTTTGG
CACTTCCTCTATTCTCTCCTTTGTGATAGATCGGAGACAGAGAGAGAGAACCC

QA 1 833 1 833
DS 

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GTGGACTCATTGTGCTCTTCAAGTACAAGCACCTCACATTTTGCCAGTTTT*CTTCAAGA
GGGAAACAAGGAAGTTGACGCTCATCTGAACATTCTGGAAGATCTGCTTCTCCTCCATGC
CGAGATTTCCAACAGCGACACCCATGCAAAGAACCTTCTTGAGCTGGAACTTCACTGTTG
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GCTGGGCGTCACCGAGCATGCAAATCTTCATCTTAGGCCTAGGAATGTGAGGCAGCTTAA
CGGAACCGCTAAACCTCTTGTCCTTTTGAGGGTCATAGTTCTTAAGACCAATCTGGAGCT
CGATTGTCTCGGTGAACTTGCGAGGCTTTGTCTCCTTGCAGTGAGTGATGATTGACGATA
TCGCCTCTCTCACTGCTTCACTCTGGAGCTTACTCATTTTGGCACTTCCTCTATTCCCTC
CTTTGTGATAGATCGGAGACAGAGAGAG
CC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1BB09TF 771 0 0
GGCTCATGACAAAAGAAAATCAAATTTCTTATGATACCTTAAAAGATAAAACAAAAATCT
TAGAAAACACGGGTGGGTGGACTCATTGTGCTCTTCAAGTACAAGCACCTCACATTTTGC
CAGTTTTTCTTCAAGAGGGAAACAAGGAAGTTGACGCTCATCTGAACATTCTGGAAGATC
TGCTTCTCCTCCATGCCGAGATTTCCAACAGCGACACCCATGCAAAGAACCTTCTTGAGC
TGGAACTTCACTGTTGCCTTTGTCTCATTCACTTTGGATTCCAAAGACTCTTGGTGGCTG
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TTGATGACCGATTCAGAAGCAAGGAAAGCATGGAACTTCTTAGCTAGCTTCTTAACAAGC
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TCAGCCTCTTCAACGTGCTGGGCGTCACCGAGCATGCAAATCTTCATCTTAGGCCTAGGA
ATGTGAGGCAGCTTAACGGAACCGCTAAACCTCTTGTCCTTTTGAGGGTCACAGTTCTTA
AGACCAATCTGGAGCTCGATTGTCTCGGTGAACTTGCGAGGCTTTGTCTCCTTGCAGTGA
GTGATGATTGACGATATCGCCTCTCTCACTGCTTCACTCTGGAGCTTACTCATTTTGGCA
CTTCCTCTATTCTCTCCTTTGTGATAGATCGGAGACAGAGAGAG
AGAACCC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 7

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TTCAGAAAGAAGAAGATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGCCGGTCGTCGGC
TTAGGAGTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGAGATTCGAGACCTCATCATCAACTCCATCAAG
ATCGGCTACCGCCACCTCGACTGTGCTGCTGATTATAAGAATGAAGCTGAAGTTGGTGAG
GCTCTGTCAGAAGCATTCAAGACTGGTTTAGTCAAGAGAGAGGATCTCTTCGTTACAACC
AAGCTATGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAAGCTTGCAAGGACAGTCTGAAGAAA
CTTCAACTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGCACACT
GGTGTTGGAACCACCGACAGTGCTTTGGGAGATGATGGAGTATTGGACATAGATACTACC
ATCTCTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCAATGGGTCTCGTCCGC
AGCATTGGAATCAGTAACTATGACGTGTTTCTAACGAGGGATTGCTTGGCTTATTCCAAG
ATAAAGCCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCTTACTTCCAACGCGACTCTCTTGTA
AAATTCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCATACTCCTCTCGGAGGTGCCACG
GCCAATGCAGAGTGGTTTGGTACCGTCTCATGTCTCGATGACCCAGCTCTCAAAGAAGTG
GCGGAGAAGTACAAAAAGACAGCGGCACAGGTGGTGCTGAGGTGGGGAATACAGAGGAAG
ACAGTGGTGATACCAAAGACATCCAAGGCTGAGAGGTTGGAAGAGAATTTCAAGGTTTTC
GACTTCGAGCTGACGAAAGAGGACATGGAGGTGATCAAGAGCATGGACAGGAAGTACCGT
ACGAACCAACCGGCCAAGTTTTGGGGGATTGATCTCTACGCTTGAATGAATAGAATGATC
ACCACCGCTCTTGTCTCTATATGAATAAGAAAAGAAGCTAAGCCGTAGTAGCTTCTTCAC
CTGTGGGACATTCTCAATGGTTGTGAACCTATTTTATTTAAAACTCGTATGTTGAACATG
TTATGGTTTTCAATATCACTCACATTTGATTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1DC09TF U 201
AF RR1H503TF U 6
AF RR1CV24TF U 1
AF RR1FF05TF U 5
AF RR1H503JQ C 396
AF RR1FF05JQ C 451
AF RR1CV24JQ C 489
BS 1 73 RR1CV24TF
BS 74 74 RR1FF05TF
BS 75 128 RR1CV24TF
BS 129 129 RR1FF05TF
BS 130 288 RR1CV24TF
BS 289 289 RR1FF05TF
BS 290 617 RR1CV24TF
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BS 709 712 RR1CV24TF
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BS 950 1172 RR1H503JQ
BS 1173 1173 RR1CV24JQ

RD RR1DC09TF 267 0 0
CTGC
GCTGCTGATTATAGGAACGAAGCTGAAGTTGGTGAGGCTCTCTCAGAAGCATTCAAGACT
GGTTTAGTCAAGAGAGAGGATCTCTTCGTTACAACCAAGCTATGGAATTCAGACCATGGA
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TACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGCACACTGGTGTTGGAACCACCGACAGTGCT
TTGGGAGATGATGGAGTATTGGA

QA 5 267 5 267
DS 

RD RR1H503TF 652 0 0
G
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AAGAAGAAGATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGCCGGTCGTCGGCTTAGGA
GTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGAGATTCGAGACCCCATCATCGACTCCATCAAGATCGGC
TACCGCCACCTCGACTGTGCTGCTGATTATAAGAATGAAGCTGAAGTTGGTGAGGCTCTG
TCTGAAGCATTCAAGACTGGCTTAGTCAAGAGAGAGGATCTCTTCGTTACAACCAAGCTA
TGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAAGCTTGCAAGGACAGTCTGAA**AACTTCAA
CTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGCACACTGGTGTT
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CTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCAATGGGTCTCGTCCGCAGCATT
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CCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCTTACTTCCAACGCGACTCTCTT

QA 2 652 2 652
DS 

RD RR1CV24TF 774 0 0
GGGAGTGACACAGGACAGACAACTCTCAATCTGACCAGATATTCATTCACCCTATCAGGA
TTCAGAAAGAAGATGATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGCCGGTCGTCGGC
TTAGGAGTATGGAGAATGGAGAAAGAAGAGATTCGAGACCTCATCATCAACTCCATCAAG
ATCGGCTACCGCCACCTCGACTGTGCTGCTGATTATAAGAATGAAGCTGAAGTTGGTGAG
GCTCTGTCAGAAGCATTCAAGACTGGTTTAGTCAAGAGAGAGGATCTCCTCGTTACAACC
AAGCTATGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAAGCTTGCAAGGACAGTCTGAAGAAA
CTTCAACTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGCACACT
GGTGTTGGAACCACCGACAGTGCTTTGGGAGATGATGGAGTATTGGACATAGATACTACC
ATCTCTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCAATGGGTCTCGTCCGC
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ATAAAGCCAGCGGTGAACCAGATTGAGACGCATCCTTACTTCCAACGCGACTCTCTTGTA
AAATTCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCATACTCCTC**GGAG*TGCCACG
GCCAATGCAGAGTGGTTTGGTACCGTCTCATGTCTCGATGACCCAGCTCTCAAA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1FF05TF 757 0 0
GG
GACACAGGACAGACAACTCTCAATCTGACCATATATTCATTCACCCTATCAGGATTCAGA
AAGAAGAAGATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGCCGGTCGTCGGCTTAGGA
GTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGAGATTCGAGACCTCATCATCAACTCCATCAAGATCGGC
TACCGCCACCTCGACTGTGCTGCTGATTATAAGAATGAAGCTGAAGTTGGTGAGGCTCTG
TCAGAAGCATTCAAGACTGGTTTAGTCAAGAGAGAGGATCTCTTCGTTACAACCAAGCTA
TGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAAGCTTGCAAGGACAGTCTGAAGAAACTTCAA
CTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGCACACTGGTGTT
GGAACCACCGACAGTGCTTTGGGAGATGATGGAGTATTGGACATAGATACTACCATCTCT
CTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCAATGGGTCTCGTCCGCAGCATT
GGAATCAGTAACTATGACGTGTTTCTAACGAGGGATTGCTTGGCTTATTCCAAGATAAAG
CCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCTTACTTCCAACGCGACTCTCTTGTAAAATTC
TGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCATACTCCTCTCGGAG*TGCCACGGCCAAT
GCAGAGTGGTTTGGTACCGTCTCATGTCTCGATGA

QA 3 757 3 757
DS 

RD RR1H503JQ 778 0 0
A
TTCCCCGTTGCAACTAGGCACACTGGTGTTGGAACCACCGACAGTGCTTTGGGAGATGAT
GGAGTATTGGACATAGATACTACCATCTCTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAG
CTTGTTTCAATGGGTCTCGTCCGCAGCATTGGAATCAGTAACTATGACGTGTTTCTAACG
AGGGATTGCTTGGCTTATTCCAAGATAAAGCCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCT
TACTTCCAACGCGACTCTCTTGTAAAATTCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACATCT
CATACTCCTCTCGGAGGTGCCACGGCCAATGCAGAGTGGTTTGGTACCGTCTCATGTCTC
GATGACCCAGCTCTCAAAGAAGTGGCGGAGAAGTACAAAAAGACAGCGGCACAGGTGGTG
CTGAGGTGGGGAATACAGAGGAAGACAGTGGTGATACCAAAGACATCCAAGGCTGAGAGG
TTGGAAGAGAATTTCAAGGTTTTCGACTTCGAGCTGACGAAAGAGGACATGGAGGTGATC
AAGAGCATGGACGGGAAGTACCGTACGAACCAACCGGCCAAGTTTTGGGGGATTGATCTC
TACGCTTGAATGAATAGAATGATCACCACCGCTCTTGTCTCTATATGAATAAGAAAAGAA
GCTAAGCCGTAGTAGCTTCTTCACCTGTGGGACATTCTCAATGGTTGTGAACCTATTTTA
TTTAAAACTCGTATGTTGAACATGTTATGGTTTTCAATATCACTCACATTTGATTG
C

QA 2 777 2 777
DS 

RD RR1FF05JQ 722 0 0
GATGATGGAGTATTGGACATAGATACTACCATCTCTCTTGAAACTACATGGCATGACATG
GAAAAGCTTGTTTCAATGGGTCTCGTCCGCAGCATTGGAATCAGTAACTATGACGTGTTT
CTAACGAGGGATTGCTTGGCTTATTCCAAGATAAAGCCAGCGGTGAATCAGATTGAGACG
CATCCTTACTTCCAACGCGACTCTCTTGTAAAATTCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTC
ACAGCTCATACTCCTCTCGGAGGTGCCACGGCCAATGCAGAGTGGTTTGGTACCGTCTCA
TGTCTCGATGACCCAGCTCTCAAAGAAGTGGCGGAGAAGTACAAAAAGACAGCGGCACAG
GTGGTGCTGAGGTGGGGAATACAGAGGAAGACAGTGGTGATACCAAAGACATCCAAGGCT
GAGAGGTTGGAAGAGAATTTCAAGGTTTTCGACTTCGAGCTGACGAAAGAGGACATGGAG
GTGATCAAGAGCATGGACAGGAAGTACCGTACGAACCAACCGGCCAAGTTTTGGGGGATT
GATCTCTACGCTTGAATGAATAGAATGATCACCACCGCTCTTGTCTCTATATGAATAAGA
AAAGAAGCTAAGCCGTAGTAGCTTCTTCACCTGTGGGACATTCTCAATGGTTGTGAACCT
ATTTTATTTAAAACTCGTATGTTGAACATGTTATGGTTTTCAATATCACTCACATTTGAT
TG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1CV24JQ 685 0 0
TGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCAATGGGTCTCGTCCGCAGCATTGG
AATCAGTAACTATGACGTGTTTCTAACGAGGGATTGCTTGGCTTATTCCAAGATAAAGCC
AGCGGTGAACCAGATTGAGACGCATCCTTACTTCCAACGCGACTCTCTTGTAAAATTCTG
CCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCATACTCCTC**GGAGGTGCCACGGCCAATGC
AGAGTGGTTTGGTACCGTCTCATGTCTCGATGACCCAGCTCTCAAAGAAGTGGCGGAGAA
GTACAAAAAGACAGCGGCACAGGTGGTGCTGAGGTGGGGAATACAGAGGAAGACAGTGGT
GATACCAAAGACATCCAAGGCTGAGAGGTTGGAAGAGAATTTCAAGGTTTTCGACTTCGA
GCTGACGAAAGAGGACATGGAGGTGATCAAGAGCATGGACAGGAAGTACCGTACGAACCA
ACCGGCCAAGTTTTGGGGGATTGATCTCTACGCTTGAATGAATAGAATGATCACCACCGC
TCTTGTCTCTATATGAATAAGAAAAGAAGCTAAGCCGTAGTAGCTTCTTCACCTGTGGGA
CATTCTCAATGGTTGTGAACCTATTTTATTTAAAACTCGTATGTTGAACATGTTATGGTT
CTCAATATCACTCACATTTGATTGG

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 8

CO CL691Contig1 898 8 19 U
AGATTCATCGGACTTGTCGTGAAAAATGTCTCAACGTAGGGATTTAGAAAAGAAGGATTT
CATTATGATACAAGAATTCAAGAAACAAAACATAAAACAAAGGGACCAAAAGAGTGGCAC
AAGTCCCTTCTTCTGTAACCCTAATTCTCGGACTCAAGAACAGGTCTGGTGCCACTAGAT
GTAACAATGTCACCATCACCGTCACTGTTTCCATCGTCATGACCAGAAGAATCTCTAACA
CTCCGACCACCACCGTTGAAGCTAAACCTAACCCAAATCTCTCTTCCATCATTACTTTTC
TTTCCAACCTCATCTCCATCAACAGGCATGTCGTACCTACAAACAGGACACGACCCATGA
AGCCCTAACCATTTCTCAATGCATCCTCCATGAAATTTATGCTTACACGGCATCTCCTTC
ACCGTCTCCTCCGCCTTCCATTCCTCTAGACAAATCACACACTCTCCTACACAACTAACG
ACATCAACGTTAAGCATCGCGTCGATGGAAGCCTTGGACGCTGGAGGATGACCTTCCTCA
CGTGATTCAAATAAGCCGCGAAGCAGAGGATTCAATCCCGATGACTCCTCGAGGACGATC
ATTCCTTGCGTAAAAGGGTTGACCAGAATGATACGGTCACGCGTCGAAGCAACGTCGTCG
TCTCCATGTGATGACTCTTGATCAGAAAAGCCTAAGAGGAAAGGCAAGAAGGGGTACAAG
TCTCTGTTTCTTAGAAATCTTGCGGAAACAGAGGAAGTCTCTCTTACAACTTCAGCTTCT
TGTTCTGTCGCCATAGGAAACAAAAGAATGGAGGATAAACACTAACTGATGGAGTAGATG
GCCTTTGACGATTTAAGAGTTGCAAATGTAAGTTGTGGAAAGATCTAGAAAATGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 5 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 
45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1D662JQ U 15
AF RR1AE62JQ U 55
AF RR1FI84JQ U 1
AF RR1D186JQ U 46
AF RR1AE62TF C 131
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AF RR1D662TF C 340
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BS 660 662 RR1D186JQ
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BS 886 897 RR1FI84TF
BS 898 898 RR1D662TF

RD RR1D662JQ 547 0 0
C
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ATTCAAGAAACAAAACATAAAACAAAGGGACCAAAAGAGTGGCACAAGTCCCTTCTTCTG
TAACCCTAATTCTCGGACTCAAGAACAGGTCTGGTGCCACCAGATGTAACAATGTTACCA
TCACCGTCACTGTTTCCATCTTCATGACGAGAAGAATCTCTAACACTCCGACCACCACCG
TTGAAACTAAACCTAACCCAAATCTCTCTTCCATCATTACTTTTCTTTCCAACCTCATCT
CCATCAATAGGCATCTCGTACCTACAAACAGGACACGACCCATGAAGCCCTAACCATTTC
TCAATGCATCCTCCATGAAATTTATGCTTACACGGCATCTCCTTCACCGTCTCCTCCGCC
TTCCATTCCTCTAGACAAATCACACACTCTCCTACACAACTAACGACATCAACGTTAGGC
ATCGCGTCGATGGAAGCCTTGGACGCTGGAGGATGACCTTCCTCACGTGATTAAAATAAG
CCGCGA

QA 2 547 2 547
DS 

RD RR1AE62JQ 676 0 0
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TGGCACAAGTCCCTTCTTCTGTAACCCTAATTCTCGGACTCAAGAACAGGTCTGGTGCCA
CCAGATGTAACAATGTTACCATCACCGTCACTGTTTCCATCTTCATGACCAGAAGAATCT
CTAACACTCCGACCACCACCGTTGAAACTAAACCTAACCCAAATCTCTCTTCCATCATTA
CTTTTCTTTCCAACCTCATCTCCATCAATAGGCATCTCGTACCTACAAACAGGACACGAC
CCATGAAGCCCTAACCATTTCTCAATGCATCCTCCATGAAATTTATGCTTACACGGCATC
TCCTTCACCGTCTCCTCCGCCTTCCATTCCTCTAGACAAATCACACACTCTCCTACACAA
CTAACGACATCAACGTTAGGCATCGCGTCGATGGAAGCCTTGGACGCTGGAGGATGACCT
TCCTCACGTGATTCAAATAAGCCGCGAAGCAAAGGATTCAATCCCGATGACTCCTCGAGG
ACGATTATTCCTTGTGTAAAAGGGTTGACCAGAATGATACGGTCACGCGTCGAAGCAACG
TCGTCGTCTCCATGTGATGACTCTTGATCAGAAAAGCCTAAGAGGAAAGGCAAGAAGGGG
TACAAGTCTCTGTTTC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1FI84JQ 786 0 0
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CATTATGATACAAGAATTCAAGAAACAAAACATAAAACAAAGGGACCAAAAGAGTGGCAC
AAGTTCCTTCTTCTGTAACCCTAATTCTCGGACTCAAGAACAGGTCTGGTGCCACTAGAT
GTAACAATGTCACCATCACCGTCACTGTTTCCATCGTCATGACCAGAAGAATCTCTAACA
CTCCGACCACCACCGTTGAAGCTAAACCTAACCCAAATCTCTCTTCCATCATTACTTTTC
TTTCCAGCCTCATCTCCATCAACAGGCATGTCGTACCTACAAACAGGACACGACCCATGA
AGCCCTAACCATTTCTCTATGCATCCTCCATGAAATTTATGCTTACACGGCATCTCTTTC
ACCGTCTCCTCCGCCTTCCATTCCTCTAGACAAATCACACACTCTCCTACACAGCTAACG
ACATCAACGTTAAGCATCGCGTCGATGGAAGCCTTGGACGCTGGAGGATGACCTTCCTCA
CGTGATTCAAATAAGCCGCGAAGCAGAGGATTCAATCCCGATGACTCCTCGAGGACGATC
ATTCCTTGCGTAAAAGGGTTGACCAGAATGATACGGTCACGCGTCGAAGCAACGTCGTC*
**TCCATGTGATGACTCTTGATCAGAAAAGCCTAAGAGGAAAGGCAAGAAGGGGTACAAG
TCTCTGTTTCTTAGAAATCTTGCGGAAACAGAGGAAGTCTCTCTTACAACTTCAGCTTCT
TGTTCT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1D186JQ 828 0 0
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CCAAAAGAGTGGCACAAGTTCCTTCTTCTGTAACCCTAATTCTCGGACTCAAGAACAGGT
CTGGTGCCACTAGATGTAACAATGTCACCATCACCGTCACTGTTTCCATCGTCATGACCA
GAAGAATCTCTAACACTCCGACCACCACCGTTGAAGCTAAACCTAACCCAAATCTCTCTT
CCATCATTACTTTTCTTTCCAACCTCATCTCCATCAACAGGCATGTCGTACCTACAAACA
GGACACGACCCATGAAGCCCTAACCATTTCTCTATGCATCCTCCATGAAATTTATGCTTA
CACGGCATCTCCTTCACCGTCTCCTCCGCCTTCCATTCCTCTAGACAAGTCACACACTCT
CCTACACAGCTAACGACATCAACGTTAAGCATCGCGTCGATGGAAGCCTTGGACGCTGGA
GGATGACCTTCCTCACGTGATTCAAATAAGCCGCGAAGCAGAGGATTCAATCCCGATGAC
TCCTCGAGGACGATCATTCCTTGCGTAAAAGGGTTGACCAGAATGATACGGTCACGCGTC
GAAGCAACGTCGTCGTCTCCATGTGATGACTCTTGATCAGAAAAGCCTAAGAGGAAAGGC
AAGAAGGGGTACAAGTCTCTGTTTCTTAGAAATCTTGCGGAAACAGAGGAAGTCTCTCTT
ACAACTTCAGCTTCTTGTTCTGTCGCCATAGGAAACAAAAGAATGGAGGATAAACACTAA
CTGATGGAGTAGATGGCCTTTGACGATTTAAGAGTTGCAAATGTAAGT

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1AE62TF 741 0 0
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TACCATCACCGTCACTGTTTCCATCTTCATGACCAGAAGAATCTCTAACACTCCGACCAC
CACCGTTGAAACTAAACCTAACCCAAATCTCTCTTCCATCATTACTTTTCTTTCCAACCT
CATCTCCATCAATAGGCATCTCGTACCTACAAACAGGACACGACCCATGAAGCCCTAACC
ATTTCTCAATGCATCCTCCATGAAATTTATGCTTACACGGCATCTCCTTCACCGTCTCCT
CCGCCTTCCATTCCTCTAGACAAATCACACACTCTCCTACACAACTAACGACATCAACGT
TAGGCATCGCGTCGATGGAAGCCTTGGACGCTGGAGGATGACCTTCCTCACGTGATTCAA
ATAAGCCGCGAAGCAGAGGATTCAATCCCGATGACTCCTCGAGGACGATTATTCCTTGTG
TAAAAGGGTTGACCAGAATGATACGGTCACGCGTCGAAGCAACGTCGTCGTCTCCATGTG
ATGACTCTTGATCAGAAAAGCCTAAGAGGAAAGGCAAGAAGGGGTACAAGTCTCTGTTTC
TTAGAAATCTTGCGGAAACAGAGGAAGTCTCTCTTACAACTTCAGCTTCTTGTTCTGTCG
CCATAGGAAACAAAAGAATGGAGGATAGATACTAACTGATGGAGTAGATGGCCTTTGACG
ATTTAAGAGTTGCAAATGT
CC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1D186TF 742 0 0
TTCTCGGACTCAAGAACAGGTCTGGTGCCACTAGATGTAACAATGTCACCATCACCGTCA
CTGTTTCCATCGTCATGACCAGAAGAATCTCTAACACTCCGACCACCACCGTTGAAGCTA
AACCTAACCCAAATCTCTCTTCCATCATTACTTTTCTTTCCAACCTCATCTCCATCAACA
GGCATGTCGTACCTACAAACAGGACACGACCCATGAAGCCCTAACCATTTCTCTATGCAT
CCTCCATGAAATTTATGCTTACACGGCATCTCCTTCACCGTCTCCTCCGCCTTCCATTCC
TCTAGACAAGTCACACACTCTCCTACACAGCTAACGACATCAACGTTAAGCATCGCGTCG
ATGGAAGCCTTGGACGCTGGAGGATGACCTTCCTCACGTGATTCAAATAAGCCGCGAAGC
AGAGGATTCAATCCCGATGACTCCTCGAGGACGATCATTCCTTGCGTAAAAGGGTTGACC
AGAATGATACGGTCACGCGTCGAAGCAACGTCGTCGTCTCCATGTGATGACTCTTGATCA
GAAAAGCCTAAGAGGAAAGGCAAGAAGGGGTACAAGTCTCTGTTTCTTAGAAATCTTGCG
GAAACAGAGGAAGTCTCTCTTACAACTTCAGCTTCTTGTTCTGTCGCCATAGGAAACAAA
AGAATGGAGGATAAACACTAACTGATGGAGTAGATGGCCTTTGACGATTTAAGAGTTGCA
AATGTAAGTTGTGGAAAGATC
C

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1FI84TF 723 0 0
CTAGATGTAACAATGTCACCATCACCGTCACTGTTTCCATCGTCATGACCAGAAGAATCT
CTAACACTCCGACCACCACCGTTGAAGCTAAACCTAACCCAAATCTCTCTTCCATCATTA
CTTTTCTTTCCAGCCTCATCTCCATCAACAGGCATGTCGTACCTACAAACAGGACACGAC
CCATGAAGCCCTAACCATTTCTCTATGCATCCTCCATGAAATTTATGCTTACACGGCATC
TCTTTCACCGTCTCCTCCGCCTTCCATTCCTCTAGACAAATCACACACTCTCCTACACAG
CTAACGACATCAACGTTAAGCATCGCGTCGATGGAAGCCTTGGACGCTGGAGGATGACCT
TCCTCACGTGATTCAAATAAGCCGCGAAGCAGAGGATTCAATCCCGATGACTCCTCGAGG
ACGATCATTCCTTGCGTAAAAGGGTTGACCAGAATGATACGGTCACGCGTCGAAGCAACG
TCGTC***TCCATGTGATGACTCTTGATCAGAAAAGCCTAAGAGGAAAGGCAAGAAGGGG
TACAAGTCTCTGTTTCTTAGAAATCTTGCGGAAACAGAGGAAGTCTCTCTTACAACTTCA
GCTTCTTGTTCTGTCGCCATAGGAAACAAAAGAATGGAGGATAAACACTAACTGATGGAG
TAGATGGCCTTTGACGATTTAAGAGTTGCAAATGTAAGTTGTGGAAAGATCTAGAAAATG
TTC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1D662TF 559 0 0
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TGCTTACACGGCATCTCCTTCACCGTCTCCTCCGCCTTCCATTCCTCTAGACAAATCACA
CACTCTCCTACACAACTAACGACATCAACGTTAGGCATCGCGTCGATGGAAGCCTTGGAC
GCTGGAGGATGACCTTCCTCACGTGATTAAAATAAGCCGCGAAGCAGAGGATTCAATCCC
GATGACTCCTCGAGGACGATTATTCCTTGTGTAAAAGGGTTGACCAGAATGATACGGTCA
CGCGTCGAAGCAACGTCGTCGTCTCCATGTGATGACTCTTGATCAGAAAAGCCTAAGAGG
AAAGGCAAGAAGGGGTACAAGTCTCTGTTTCTTAGAAATCTTGCGGAAACAGAGGAAGTC
TCTCTTACAACTTCAGCTTCTTGTTCTGTCGCCATAGGAAACAAAAGAATGGAGGATAGA
TACTAACTGATGGAGTAGATGGCCTTTGACGATTTAAGAGTTGCAAATGTAAGTTGTGGA
AAGATCTAGAAAATGTTCC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 8

CO CL692Contig1 1173 8 27 U
AATTTGATACGATCTTTAGACTATCAAGTTCTCGGTAAATTCTGACAAAAAAATTATCTA
AAAATCCGATAATAGATAGAACAATGTGCATAAACACAAACTTAAAGTGGTTCCATCATT
AGAACAGTAGGGAGTAAAACAAAAGGGACCTTCTTGCTAATACATGTGTTTATATAATAT
TCCAATTTGTCGATAAAGCCTCGCAGATTCTTGAGATACAGTAAGCTGCGCTAAGAGGAT
ACCCTGAAATGGCCACAAAATCATCGATATAATCGCACTCTATTTTCCCGTGTGACATCG
CACCGAGCACAAAAACAGTGTCGGTCTCATTACAGACAGTAGATAGGTGCTTCTGCATGT
TGACCAGCTTCTCAGAACTATACGAGAACCCTATTTTTCTACAGTTAGGCGGAAGGTGGC
TTGTAACAGGGTTCTTGATCACCCTCATAAGTTTCTCACGCTTCCCAGATGCACTAATGC
TAAGCTTCTGTAGCAATTGCAACATGATTCCAGCGAAACGCTTGAAAGTTCTTGGTATAC
GAACATGTGGCTTAACTTCAAAAAGAACACCTTGCTCTGTTCTAACATACACCGCTTTCA
ACCTCCCAGCCTTGTTGACCGGACTATCCAAAATCATCAAAAGAGCCTGGTGAGTGATGT
CTGGCCTGTAATGAGCAGGATCTCTTCCATTCTTCCTCAAGAAATTAGCATGATCATCAG
AGTTTAGTAGCTGGTAAGTCTTTCCAACTTTGGCAACTTCGAGAGAAGCCTTCTCAAGCA
CAAAAATAACACCAGTCTGGTCCTTCTTATTACCAGACACGACAATAGGTATTCCCACAT
CAAGCTCATCTGCTGCTTCCTCAGCTATCTCGTTCTCTTCATCATCTTCCTCCTCTGCAT
TTGAGGTGGCTTCTTCTCTCTTAGCTTTCTTCACTTCTTTTCGTTTCTGCTCAAACTTAG
GCTGCTCATCTTCTTCATCTTCTTCCTTATCGTACCTCTCTCTTCTCTCCTTCCTCTTGT
TCACCTTAATCCCGTACGGCCTCACCATCTCTCCTTCAAAAATCAAAAATCTGATTGATA
CCCTTGAGCTTGAGAAGATGATTCAGGTGAGCAGGCGACTGATTTGAATCTGTGCGGGGG
AGGTTCCGCTAGATAAACCCTAATTTACAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 10 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 15 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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ACCCTGAAATGGCCACAAAATCATCGATATAATCGCACTCTATTTTCCCGTGTGACATCG
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ACCTCCCAGCCTTGTTGACCGGACTATCCAAAATCATCAAAAGAGCCTGGTGAGTGATGT
CCGGCCTGTAATGAGCAGGATCTCTTCCATTCTTCCTCAAGAAATTAGCATGATCATCAG

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DS 

RD RR1EE58JQ 556 0 0
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TCCCACCGAGCACAAAAACAGTGTCGGTCTCATTACAGACAGTAAATAGGTGCTTCTGCA
TGTTGACCAGCTTCTCAGAACTATACGAAAACCCTATTTTTCTACAGTTAGGCGGAAGGG
GGCTTGTAACAGGGTTCTTGATCACCCTCATAAGTTTCTCACGCTTCCCAGATGCACTAA
TGCTAAGCTTCTGTAGCAATTGCAACATGATTCCAGCGAAACGCTTGAAAGTTCTTGGTA
TACGAACATGTGGCTTAACTTCAAAAAAAACACCTTGCTCTGTTCTAACATACACCGCTT
TCAACCTCCCAGCCTTGTTGACCGGACTATCCAAAATCATCAAAAGAGCCTGGTGAGTGA
TGTCTGGCCTGTAATG

QA 1 556 1 556
DS 

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GG
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AAAAGGGACCTTCTTGCTAATACATGTGTTTATATAATATTCCAATTTGTCGATAAAGCC
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TCATCGATATAATCGCACTCTATTTTCCCGTGTGACATCGCACCGAGCACAAAAACAGTG
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TACGAAAACCCTATTTTTCTACGGTTAGGCGGAAGGTGGCTTGTAACAGGGTTCTTGATC
ACCCTCATAAGTTTCTCACGCTTCCCAGATGCACTAATGCTAAGCTTCTGTAGCAATTGC
AACATGATTCCGGCGAAACGCTTGAAAGTTCTTGGTATACGAACATGTGGCTTAACTTCA
AAAAGAACACCT*GCTCTGTTCTAACATACACCGCTTTCAACCTCCCAGCCTTGTTGACC
GGACTATCCAAAATCATCAAAAGAGCCTGGTGAGTGATGTCTGGCCTGTAATGAGCAGGA
TCTCTTCCATTCTTCCTCAAGAAATTAGCATGATCATCAGAGTTTAGTAGCTGGTAAGTC
TTTCCAACTTTGGCA*CTTCGAGAGAAGCCTTCTCAAGC

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GGAGTAAAACAAAAGGGAC*TTCTTGCTAATACATGTGTTTATATAATATTCCAATTTGT
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GGCCACAAAATCATCGATATAATCGCACTCTATTTTCCCGTGTGACATCGCACCGAGCAC
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CTGGTAAGTCTTTCCAACTTTGGCAACTTCGAGAGAAGCCTTCTCAAGCACAAAAATAAC
ACCAGTCTGGTCCTTCTTATTACCAGACACGAC
C

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DS 

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G
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ATATTCCAATTTGTCGATAAAGCCTCGCAGATTCTTGAGATACAGTAAGCTGCGCTAAGA
GGATACCCTGAAATGGCCACAAAATCATCGATATAATCGCACTCTATTTTCCCGTGTGAC
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GGATACC*TGAAATGGCCACAAAATCATCGATATAATCGCACTCTATTT*CCCGTGTGAC
ATCGCACCGAGCACAAAAACAGTGTCGGTCTCATTACAGACAGTAGATAGGTGCTTCTGC
ATGTTGACCAGCTTCTCAGAAATATACGAGAACCCTATTTTTCTACGGTTAGGCGGAAGG
TGGCTTGTAACAGGGTTCTTGATCACCCTCATAAGTTTCTCACGCTTCCCAGATGCACTA
ATGCTAAGCTTCTGTAGCAATTGCAACATGATTCCGGCGAAACGCTTGAAAGTTCTTGGT
ATACGAACATGTGGCTTAACTTCAAAAAGAACACCT*GCTCTGTTCTAACATACACCGCT
TTCAACCTCCCAGCCTTGTTGACCGGACTATCCAAAATCATCAAAAGAGCCTGGTGAGTG
ATGTCTGGCCTGTAATGAGCAGGATCTCTTCCATTCTTCCTCAAGAAATTAGCATGATCA
TCAGAGTTTAGTAGCTGGTAAGTCTTTCCAACTTTGGCAACTTCGAGAGAAGCCTTCTCA
AGCACAAAAATAACACCAGTCTGGTCCTTCTTATTACCAGACACGACAATAGGTATTCCC
ACATCAAGCTCATCTGCTGCTTCCTCAGCTATCTCGTTCTCTTCATCATCTTCCTCCTCT
GCATTTGAGGTGGCTTCTTCTCTCTTAGCTTTCTTCACTTCTTTTCGTTTCT
C

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DS 

RD RR1BC92TF 779 0 0
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CTCACGCTTCCCAGATGCACTAATGCTAAGCTTCTGTAGCAATTGCAACATGATTCCAGC
GAAACGCTTGAAAGTTCTTGGTATACGAACATGTGGCTTAACTTCAAAAAGAACACCTTG
CTCTGTTCTAACATACACCGCTTTCAACCTCCCAGCCTTGTTGACCGGACTATCCAAAAT
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CCTCAAGAAATTAGCATGATCATCAGAGTTTAGTAGCTGGTAAGTCTTTCCAACTTTGGC
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TTCTTTTCGTTTCTGCTCAAACTTAGGCTGCTCATCTTCTTCATCTTCTTCCTTATCGTA
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TTCAAAAATCAAAA*TCTGATTGATACCCTTGAGCTTGAGAAGATGATTCAGGTGAGCAG
GCGACTGATTTGAATCTGTGCGGGGGAGGTTCCGCTAGATAAACCCTAATTTACAAGCC

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1GE57TF 725 0 0
ATCA
CCTCATAAGTT*CTCACGCTTCCCAGATGCACTAATGCTAAGCTTCTGTAGCAATTGCAA
CATGATTCCAGCGAAACGCTTGAAAGTTCTTGGTATACGAACATGTGGCTTAACTTCAAA
AAGAACACCTTGCTCTGTTCTAACATACACCGCTTTCAACCTCCCAGCCTTGTTGACCGG
ACTATCCAAAATCATCAAAAGAGCCTGGTGAGTGATGTCCGGCCTGTAATGAGCAGGATC
TCTTCCATTCTTCCTCAAGAAATTAGCATGATCATCAGAGCTTAGTAGCTGGTAAGTCTT
TCCAACTTTGGCAACTTCGAGAGAAGCCTTCTCAAGCACAAAAATAACACCAGTCTGGTC
CTTCTTATTACCAGACACGACAATAGGTATTCCCACATCAAGCTCATCTGCTGCTTCCTC
AGCTATCTCGTTCTCTTCATCATCTTCCTCCTCTGCATTTGAGGTGGCTTCTTCTCTCTT
AGCTTTCTTCACTTCTTTTCGTTTCTGCTCAAACTTAGGCTGCTCATCTTCTTCATCTTC
TTCCTTATCGTACCTCTCTCTTCTCTCCTTCCTCTTGTTCACCTTAATCCCGTACGGCCT
CACCATCTCTCCTTCAAAAATCAAAAATCTGATTGATACCCTTGAGCTTGAGAAGATGAT
TCAGGTGAGCAGGCGACTGATTTGAATCTGTGCGGGGGAGGTTCCGCTAGATAAACCCT
CC

QA 5 723 5 723
DS 



AS 2 8

CO CL693Contig1 945 2 2 U
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GCTGTTGCCAGACGCCTCTCCAATCTTGCTCCCGTTCCCCATGTTCCGCGAATAAATTCT
TATATCCCCAACTTAAATGATGCCACCTTGGATCACCAACGCCTTCTTCAAAGGTTCCTT
CCCTTCTCTTAATATAACTAGGACGCTCACTCGTGGTTGTGAATATGCTAAATGTTTATG
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GTTGTACCGATCTTCAGAGTACCACAAGCAAGTTAGGGGAGAAGTTGTTAAACAGCTCAA
GGACAATCGCACTATGTACGAAAGTTATGTTCCTATGAAATACAAACGGTATTACAAGAA
GATGGCAAAACTTGGAGAATGGGGAGACCATATTACCCTACAATCTGCGGCAGATAGGTT
TGCAGCAAAGATATGCCTGCTGACATCCTTCAGAGACACTTGTTTCATTGAAATCATGCC
TCGAGACCAAGCACCTAAGCGTGAGTTATGGTTAAGTTTCTGGTCGGAGGTGCATTATAA
CTCTTTATACGACGATCGAGCGGTTCCAGTTCAGCAGAAGCCAAAGAGAAAACATTGGTT
GTTCTAGAAAGCAAGTGTCAGGACAACATCTTCATATTATTATTTTGTATCAGTATTGTG
CATAAGTCAAACATTTTCAGACGCCGCAACTCTTCCTTTGTACTTGTGTATACACTTGAA
CTAGCTTGAGCGATAACTTTTTTTAAATCGAACAGAACATTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CZ74TF U 1
AF RR1CZ74JQ C 274
BS 1 667 RR1CZ74TF
BS 668 945 RR1CZ74JQ

RD RR1CZ74TF 667 0 0
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TATATCCCCAACTTAAATGATGCCACCTTGGATCACCAACGCCTTCTTCAAAGGTTCCTT
CCCTTCTCTTAATATAACTAGGACGCTCACTCGTGGTTGTGAATATGCTAAATGTTTATG
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GTTGTACCGATCTTCAGAGTACCACAAGCAAGTTAGGGGAGAAGTTGTTAAACAGCTCAA
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TCGAGAC

QA 1 667 1 667
DS 

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TGGTTGTGAATATGCTAAATGTTTATGGTTTGTGTGAGTTGAAGTCTCTGGTGATGGAAA
CTGCCAGTTCCGAGCTCTTTCCGACCAGTTGTACCGATCTTCAGAGTACCACAAGCAAGT
TAGGGGAGAAGTTGTTAAACAGCTCAAGGACAATCGCACTATGTACGAAAGTTATGTTCC
TATGAAATACAAACGGTATTACAAGAAGATGGCAAAACTTGGAGAATGGGGAGACCATAT
TACCCTACAATCTGCGGCAGATAGGTTTGCAGCAAAGATATGCCTGCTGACATCCTTCAG
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AAGTTTCTGGTCGGAGGTGCATTATAACTCTTTATACGACGATCGAGCGGTTCCAGTTCA
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ATATTATTATTTTGTATCAGTATTGTGCATAAGTCAAACATTTTCAGACGCCGCAACTCT
TCCTTTGTACTTGTGTATACACTTGAACTAGCTTGAGCGATAACTTTTTTTAAATCGAAC
AGAACATTTACC

QA 1 672 1 672
DS 



CO CL693Contig2 954 6 7 U
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CTTTCTCCTTCGCACCGGA*************AGGATAGGACTAGAAAGAGTTTCACCTA
CAAGAAAACATGATGGGAGACTCTTCTTCGGGTTCAACCTCTTGGAGCAGTCAAAGGGAT
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GCTGTTGCCAGACGCCTCTCCAATCTTGCTCCCGTTCCCCATGTTCCGCGAATAAATTCT
TATATCCCCAACTTAAATGATGCCACCTTGGATCACCAACGCCTTCTTCAAAGGCTAAAT
GTTTATGGTTTGTGTGAGTTGAAGGTCTCTGGTGATGGAAACTGCCAGTTCCGAGCTCTT
TCCGACCAGTTGTACCGATCTTCAGAGTACCACAAGCAAGTTAGGGGAGAAGTTGTTAAA
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CATTGGTTGTTCTAGAAAGCAAGTGTCAGGACAACATCTTCATATTATTATTTTGTATCA
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CACTTGAACTAGCTTGAGCGATAACTTTTTTTAAATCGAACAGAACATTTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E349TF U 1
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AF RR1AK65TF U 17
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AF RR1C124JQ C 351
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TATATCCCCAACTTAAATGATGCCACCTTGGATCACCAACGCCTTCTTCAAAGGCTAAAT
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TACAAGAAGATGGCAAAACTTGGAGAATGGGGAGACCATATTACCCTACAATCTGCGGCA
GATAG

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DS 

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A
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AGCACCTAAGC***AGTTATGGTTAAGTTTCTGGTC

QA 2 697 2 697
DS 

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A
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GATTGCTCTTATGTTATCTGAAGAGTACACTAACCTAGATGGTGCTGTTGCCAGACGCCT
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TGATGCCACCTTGGATCACCAACGCCTTCTTCAAAGGCTAAATGTTTATGGTTTGTGTGA
GTTGAAGGTCTCTGGTGATGGAAACTGCCAGTTCCGAGCTCTTTCCGACCAGTTGTACCG
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CACTATGTACGAAAGTTATGTTCCTATGAAATACAAACGGTATTACAAGAAGATGGCAAA
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QA 2 813 2 813
DS 

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ATTCTTATATCCCCAACTTAAATGATGCCACCTTGGATCACCAACGCCTTCTTCAAAGGC
TAAATGTTTATGGTTTGTGTGAGTTGAAGGTCTCTGGTGATGGAAACTGCCAGTTCCGAG
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TATCAGTATTGTGCATAAGTCAAACATTTTCAGACGCCGCAACTCTTCCTTTGTACTTGT
GTATACACTTGAACTAGCTTGAGCGATAACTTTTTTTAAATCGAACAGAACATTTACCC

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DS 

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ACGGTATTACAAGAAGATGGCAAAACTTGGAGAATGGGGAGACCATATTACCCTACAATC
TGCGGCAGATAGGTTTGCAGCAAAGATATGCCTGCTGACATCCTTCAGAGACACTTGTTT
CATTGAAATCATGCCTCGAGACCAAGCACCTAAGCGTGAGTTATGGTTAAGTTTCTGGTC
GGAGGTGCATTATAACTCTTTATACGACTATCGAGCGGTTCCAGTTCAGCAGAAGCCAAA
GAGAAAACATTGGTTGTTCTAGAAAGCAAGTGTCAGGACAACATCTTCATATTATTATTT
TGTATCAGTATTGTGCATAAGTCAAACATTTTCAGACGCCGCAACTCTTCCTTTGTACTT
GTGTATACACTTGAACTAGCTTGAGCGATAACTTTTTTT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1C124JQ 604 0 0
AAGGCTAAATGTTTATGGTTTGTGTGAGTTGAGGGTCTCTGGTGATGGAAACTGCCAGTT
CCGAGCTCTTTCCGACCAGTTGTACCGATCTTCAGAGTACCACAAGCAAGTTAGGGGAGA
AGTTGTTAAGCAGCTCAAGGACAATCGCACTATGTACGAAAGTTATGTTCCTATGAAATA
CAAACGGTATTACAAGAAGATGGCAAAACTTGGAGAATGGGGAGACCATATTACCCTACA
ATCTGCGGCAGATAGGTTTGCAGCAAAGATATGCCTGCTGACATCCTTCAGAGACCCTTG
TTTCATTGAAATCATGCCTCGAGACCAAGCACCTAAGC***AGTTATGGTTAAGTTTCTG
GTCGGAGGTGCATTATAACTCTTTATACGACGATCGAGCGGTTCCAGTTCAGCAGAAGCC
AAAGAGAAAACATTGGTTGTTCTAGAAAGCAAGTGTCAGGACAACATCTTCATATTATTA
TTTTGTATCAGTATTGTGCATAAGTCAAACATTTTCAGACGCCGCAACTCTTCCTTTGTA
CTTGTGTATACACTTGAACTAGCTTGAGCGATAACTTTTTTTAAATCGAACAGAACATTT
ACC
C

QA 1 603 1 603
DS 



AS 2 5

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ATAAATGGGAAAAATTACCAACAAAGTCAACACACCAAATGATACCAAAGGTTTTAGTGC
ATAAACCAAAGTAGTAATACTTGCAAAGCAACCCCATAACTGAAGAAAATAGCTGAACAA
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GGGGATAACCGGGAGGCGGGTAAGATGCAGGAGGGTAGCCTTGAGCCGGTGGGTAAGGTG
CAGGAGGGTAGCCTTGAGCCGGTGGGTAAGATGCAGGAGGGTAGCCGACTGGAGGGGCAG
GTTGGTCAAAACGGGACATCTGCTGTGCCGGTGGAACGCCCATTGGCTGAGGACCAAACA
CTCCATCTCTTTTGTCCATTTCAAGCTTGTGTTGAGTCTGCATACACGCGCAAACCGTGC
AGTAGACCATATCGGCACAGCAAGAGAGTATCTGAGAAGCTTCAGAGAGTTCTTCACTAC
CAACAAGGCAAGCGACAATAGAGAATATGCAAGCGACTTGGCTTAGGCAGAACATAAATC
CAATAATGCAATTGTCGCATTTTGTAGTCTGGATGTTGAATTCATCCTGGAGAAGAAAGC
GAGTAGAGGCCACAGAGTTTCCGAAACAGAGGAAAACCTCAGTTGCAAGGCAGAGTTCAG
GGCATTTGCTTTCTCCACACCTCCCACTACAAGGCATGTATCCAGCACAGCAAGTATACC
TGGACATGTCATTGTAAAGTGCTCTTCTCCGAAGCAAGTATGAAACACACGGTCCACACA
CACGACAGGCAACAATAGGGAGTGTCGGCGGTGACGGTTCCCATGAGATCGGAGTGCCAT
AAGTTCCGGTAATCTTGCCGGAGCTTCATCTTCTCAGCCTTATCCGCCATTTGCTTTAAA
TTGAAACTGCAAACTTGTCTGTCGTCTTCTCCCTCACTCACTCTTCTCTCTCTCTCTTTA
ATTCTTTTCTTTTCAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G809JQ U 5
AF RR1AI26JQ U 1
AF RR1AI26TF C 227
BS 1 263 RR1AI26JQ
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RD RR1G809JQ 513 0 0
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QA 4 513 4 513
DS 

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ATAAACCAAAGTAGTAATACTTGCAAAGCAACCCCATAACTGAAGAAAATAGCTGAACAA
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GGGGATAACCGGGAGGCGGGTAAAATGCAGGAGGGTAGCCTTGAGCCGGTGGGTAAGGTG
CAGGAGGGTAGCCTTGAGCCGGTGGGTAAAATGCAGGAGGGTAGCCGACTGGAGGGGCAG
GTTGGTCAAAACGGGACATCTGCTGTGCCGGTGGAACGCCCATTGGCTGAGGACCAAACA
CTCCATCTCTTTTGTCCATTTCAAGCTTGTGTTGAGTCTGCATACACGCGCAAACCGTGC
AGTAAACCATATCGGCACAGCAAGAGAGTATCTGAGAAGCTTCAGAGAGTTCTTCACTAC
CAACAAGGCAAGCGACAATAGAGAATATGCAAGCGACTTGGCTTAGGCAGAACATAAATC
CAATAATGCAATTGTCGCATTTTGTAGTCTGGATGTTGAATTCATCCTGGAGAAGAAAGC
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TGGACATGTCATTGTAAAGTGCTCTT

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1AI26TF 813 0 0
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CGGTGGGTAAGGTGCAGGAGGGTAGCCTTGAGCCGGTGGGTAAGATGCAGGAGGGTAGCC
GACTGGAGGGGCAGGTTGGTCAAAACGGGACATCTGCTGTGCCGGTGGAACGCCCATTGG
CTGAGGACCAAACACTCCATCTCTTTTGTCCATTTCAAGCTTGTGTTGAGTCTGCATACA
CGCGCAAACCGTGCAGTAGACCATATCGGCACAGCAAGAGAGTATCTGAGAAGCTTCAGA
GAGTTCTTCACTACCAACAAGGCAAGCGACAATAGAGAATATGCAAGCGACTTGGCTTAG
GCAGAACATAAATCCAATAATGCAATTGTCGCATTTTGTAGTCTGGATGTTGAATTCATC
CTGGAGAAGAAAGCGAGTAGAGGCCACAGAGTTTCCGAAACAGAGGAAAACCTCAGTTGC
AAGGCAGAGTTCAGGGCATTTGCTTTCTCCACACCTCCCACTACAAGGCATGTATCCAGC
ACAGCAAGTATACCTGGACATGTCATTGTAAAGTGCTCTTCTCCGAAGCAAGTATGAAAC
ACACGGTCCACACACACGACAGGCAACAATAGGGAGTGTCGGCGGTGACGGTTCCCATGA
GATCGGAGTGCCATAAGTTCCGGTAATCTTGCCGGAGCTTCATCTTCTCAGCCTTATCCG
CCATTTGCTTTAAATTGAAACTGCAAACTTGTCTGTCGTCTTCTCCCTCACTCACTCTTC
TCTCTCTCTCTTTAATTCTTTTCTTTTCAACCC

QA 1 813 1 813
DS 



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GTGAGGGAGAAGAGTCAGAAGACGACAGACAAGTTTGCAGTTTCAATTCAAAGAAATGGC
GGATAAGGCCGAGAAGATGAAGCTCCGGCAAGATTACCGGAACTTATGGCACTCTGATCT
CATGGACACCGTCACCGCCGACACTCCCTATTGTTGCTTGTCGTGTGTCTGTGGACCGTG
TGTTTCTTACTTGCTTCGGAGAAGAGCACTTTACAATGACATGTCCAGGTATACTTGCTG
TGCTGGATACATGCCCTGTAGTGGGAGGTGTGGAGAAAGCAAATGCCCTGAACTCTGCCT
TGCTACTGAGGTTTTCCTCTGTTTCGGAAACTCTGTGGCCTCTACTCGCTTTCTTCTCCA
GGATGAATTCAACATCCAGACTACAAAATGCGACAATTGCATCATTGGATTTATGTTCTG
CCTAAGCCAAGTCGCTTGCATTTTCTCTATTGTTGCCTGCCTCGTTGGTAGCGAGGAACT
TTCTGAAGCTTCTCAGATACTCTCTTGCTGTGCCGATATGGTCTACTGCACGGTTTGCGC
GTGTATGCAGACTCAACACAAGCTTGAAATGGACAAAAGAGATGGAGTGTTTGGTCCTCA
GCCAATGGGCGTTCCACCGGCACAGCAGATGTCCCGTTTTGACCAACCTGCCCCTCCAGT
CGGCTACCCTCCTGCATCTTACCCACCGGCTCAAGGCTACCCTCCTGCACCTTACCCACC
GGCTCAAGGCTACCCTCCTGCATCTTACCCGCCTCCCGGTTATCCCCAACATTGAGAAAA
TTTAAACCAATATCTTCATATCGTGCGTCAAAGTGTTGTTGTTACTATTGTTCAGCTCTT
TTCTTCAGTTCTTGGGTTGCTTTGCAAGTATTAGTACTCTGGTTTATGCACTAAAATCTT
TGGTATCATCTGGTGTGTTGATTTTGTTGGTTTTTTTCTCCGATTTATGTGATGAACACA
AAAGTGTGTAAACCTTGCTATGCTATATATGTGTGGCTGTATTCCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AS 1 7

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 15 15 35 35 35 35 15 35 10 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

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G

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DS 

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T
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G

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T
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GAAACCACACGGCTGTTTCCACCATCTACATCGATTTTGTTACCGATGACAACAAAAGGG
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TCTCT************AAGTAAAGTCGGTGTTT
TTCC

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DS 

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AGATAAACTG*TGGTCAGAGAGCAAAGGTAAAAGAATCCTTT*AGCAT*CACATCC*GCT
GACCTCTGTGGGTTGCTGGT*CCGACATCGATTGTGTCCGGCAAGTACATTTCATCCTCT
TCTCCACTCTTCATTGCATTCTTGGTAATACATAAGAATGCGTCTTAAACATTGGTGCCT
TCTTTAGCAGAAGTTTCATAGTATGGGATGTTTCCTTTTGAAGCACACCAAGCTCGAGCC
TTCTTCTCTGAAACCACACGGCTGCTTCCACCATCTACATCGATTTTGTTACCGATGACA
ACAAAAGGGAAGTTCTCTGGATCAGATGGGCTCGCCTGAATCAGAAACTCTTCCCTCCAG
TTATTGAGATCCTCAAATGATTTGGCGGAGTTGACATCATAGACAAGTACACAGCAATCA
GCACCGCGATAAAAAGCTACCCCAAGGCTCTGGAACCTTTCCTGACCAGCGGTGTCCCAT
ATCTGTAAAGTGAAAAGGCGGTCTTCATAGTGTACTTCCTTAGTCAAGAAATCGGCACCA
ATGGTGGCCTTGTACTGGTTGCTAAACTTCTTATTAACATATTGATTCATCAAAGAGGTC
TTCCCCACCCCGCTATCGCCGAGGATGATGACTTTGAGGAGAGTTCTTCTACGGGAAGTC
ATCGAAACTCGGACTAGAGATGAAATCAACGATTCACGGATGGATCTCGGCTATCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCT************AAGTAAAGTCGGTGTTTGTTTTCTTCTTCCCTTC
TCTTCTCGCTTGTAAAGCTGTTGCTGCTCTCC

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1H762TF 628 0 0
TAGCAGAAGTTTCATAGTATGGGATGTTTC*TTTTGAAGCACACCAAGCTCGAGCCTTCT
TCTCTGAAACCACACGGCTGTTTCCACCATCTACATCGATTTTGTTACCGATGACAACAA
AAGGGAAGTTCTCTGGATCAGATGGGCTCGCCTGAATCAGAAACTCTTCCCTCCAGTTAT
TGAGATCCTCAAATGATTTGGCGGAGTTGACATCATAGACAAGTACACAGCAATCAGCAC
CGCGATAAAAAGCTACCCCAAGGCTCTGGAACCTTTCCTGACCAGCGGTGTCCCATATCT
GTAAAGTGAAAAGGCGGTCTTCATAGTGTACTTCCTTAGTCAAGAAATCGGCACCAATGG
TGGCCTTGTACTGGTTGCTAAACTTCTTATTAACATATTGATTCATCAAAGAGGTCTTCC
CCACCCCGCTATCGCCGAGGATGATGACTTTGAGGAGAGTTCTTCTACGGGAAGTCATCG
AAACTCGGACTAGAGATGCAATCAACGATTCACGGATGGATCTCGGCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAGTAAAGTCGGTGTTTGTTTTCTTCTTCCCTTCTCTT
CTCGCTTGTAAAGCTGTTGCTGCTCT
GT

QA 1 626 1 626
DS 



AS 2 8

CO CL696Contig1 706 3 14 U
AGGGATAATCCAAAAGCACAAGCGCCGACGCCGAATCACAAGGAGGAGAAGGAGGAGAAG
AAGCAACAATGACAGGCAAGACGGTGAAGGATGTCTCTCCACACGAGTTCGTCAAGGCTT
ACGCTGCCCATCTCAAGCGCTCCGGCAAGATTGAGTTGCCAGCGTGGACAGACATAGTGA
AGACTGGTAAACTTAAGGAGCTTGCTCCATATGACCCTGACTGGTACTACATCAGAGCTG
CATCCATGGCGAGGAAAGTGTACCTGAGAGGTGGACTTGGAGTCGGTGCCTTCCGTAGGA
TCTATGGAGGAAGCAAGAGGAACGGAAGCCGTCCACCTCATTTCTGCAAGAGCAGTGGTG
GTGTTGCTCGTCACATTCTTCAGCAGCTTCAGACCATGAACATTGTCGACCTTGACACCA
AGGGGGGAAGGAAGATAACATCAAGTGGTCAGAGAGATCTTGACCAAGTCGCTGGAAGGA
TCGCAGCAGAAGCCATCTAAATCAAGATCCTCATCACAATTGCTCCAGAGTTTTTGTGTG
TTTTGAGTTTAGTTATATGTATTGAAATATTTTGCATTTGAAAACATTACTGGATGGAAT
TCCTCTCATTTTGGTTTTGATAAGATTTTTTTTTTCCCCACTTTTCTGCTTCTTTTTTTT
CTTTAATTCTCAGCGACTTCTGGCTTTATGTTTGATATTATCCACC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AI89TF U 1
AF RR1AK01TF U 3
AF RR1AK01JQ C 229
BS 1 33 RR1AI89TF
BS 34 34 RR1AK01TF
BS 35 139 RR1AI89TF
BS 140 140 RR1AK01TF
BS 141 190 RR1AI89TF
BS 191 191 RR1AK01TF
BS 192 289 RR1AI89TF
BS 290 290 RR1AK01TF
BS 291 295 RR1AI89TF
BS 296 296 RR1AK01TF
BS 297 304 RR1AI89TF
BS 305 305 RR1AK01TF
BS 306 639 RR1AI89TF
BS 640 706 RR1AK01TF

RD RR1AI89TF 639 0 0
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AAGCAACAATGACAGGCAAGACGGTGAAGGATGTCTCTCCACACGAGTTCGTCAAGGCTT
ACGCTGCCCATCTCAAGCGTTCCGGCAAGATTGAGTTGCCAGCGTGGACAGACATAGTGA
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CATCCATGGCGAGGAAAGTGTACCTGAGAGGTGGACTTGGAGTCGGTGCTTTCCGCAGGA
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GTGTTGCTCGTCACATTCTTCAGCAGCTTCAGACCATGAACATTGTCGACCTTGACACCA
AGGGGGGAAGGAAGATAACATCAAGTGGTCAGAGAGATCTTGACCAAGTCGCTGGAAGGA
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TTTTGAGTTTAGTTATATGTATTGAAATATTTTGCATTTGAAAACATTACTGGATGGAAT
TCCTCTCATTTTGGTTTTGATAAGATTTTTTTTTTCCCC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1AK01TF 704 0 0
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GCAACAATGACAGGCAAGACGGTGAAGGATGTCTCTCCACACGAGTTTGTCAAGGCTTAC
GCTGCCCATCTCAAGCGCTCCGGCAAGATTGAGTTGCCAGCGTGGACAGACATAGTGAAG
ACTGGTAAACTTAAGGAGCTTGCTCCATATGACCCTGACTGGTACTACATCAGAGCTGCA
TCCATGGCGAGGAAAGTGTACCTGAGAGGTGGACTTGGAGTCGGTGCCTTCCGTAGGATC
TATGGAGGAAGCAAGAGGAACGGAAGCCGTCCACCTCATTTCTGCAAGAGCAGTGGTGGT
GTTGCTCGTCACATTCTTCAGCAGCTTCAGACCATGAACATTGTCGACCTTGACACCAAG
GGGGGAAGGAAGATAACATCAAGTGGTCAGAGAGATCTTGACCAAGTCGCTGGAAGGATC
GCAGCAGAAGCCATCTAAATCAAGATCCTCATCACAATTGCTCCAGAGTTTTTGTGTGTT
TTGAGTTTAGTTATATGTATTGAAATATTTTGCATTTGAAAACATTACTGGATGGAATTC
CTCTCATTTTGGTTTTGATAAGATTTTTTTTTTCCCCACTTTTCTGCTTCTTTTTTTTCT
TTAATTCTCAGCGACTTCTGGCTTTATGTTTGATATTATCCACC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1AK01JQ 478 0 0
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CCTTCCGTAGGATTTATGGAGGAAGCAAGAGGAACGGAAGCCGTCCACCTCATTTTTGCA
AGAGCAGTGGTGGTGTTGCTCGTCACATTCTTCAGCAGTTTCAGACCATGAACATTGTCG
ACCTTGACACCAAGGGGGGAAGGAAGATAACATCAAGTGGTCAGAGAGATCTTGACCAAG
TCGCTGGAAGGATCGCAGCAGAAGCCATCTAAATCAAGATCCTCATCACAATTGCTCCAG
AGTTTTTGTGTGTTTTGAGTTTAGTTATATGTATTGAAATATTTTGCATTTGAAAACATT
ACTGGATGGAATTCCTCTCATTTTGGTTTTGATAAGATTTTTTTTTTCCCCACTTTTCTG
CTTCTTTTTTTTCTTTAATTCTCAGCGACTTCTGGCTTTATGTTTGATATTATCCACC

QA 1 478 1 478
DS 



CO CL696Contig2 769 5 16 U
AGCCATGGCAAACATGTTAAATTTTATTATTTGTTTATAGCAAAAGAAAATTCATTAAAA
TGAAGAGAGAACACGGTCGACGATTAGATCAAATTGAGTATATGTCCGCTCATCAGAGTT
TAAGAAGAACAAAAGAGAAACTCATCAAAACAAAAGAAATGAGAGAAGAGATATTCCACT
ACTGGTTGGTTTCCAATGCAAAACTCATTTCATATAATATCTAAATCTCAAAAAAAAAAA
AAAGCTTTGCGATCTTGGATTTTAGACGGCAGCTGCGATCCTTCCGGCGACTTGGTCAAG
ATCTCTCTGACCACTTGATGTGATCTTCCTCCCACCTTTAGTGTCAAGGTCGACAATGTT
CATAGTCTGGAGCTGCTGAAGAATGTGACGAGCAACACCACCACTGCTCTTGCAGAAATG
AGGTGGTCTGCTTCCGTTCCTCTTGCTTCCTCCATAGATCCTTCTGAAGGCACCAACTCC
AAGTCCACCTCTCAAGTACACTCTCCTTGCCATGGACGCGGCTCTGATGTAGTACCAGTC
AGGGTCATAAGGAGCAAGCTCCTTAAGTTTACCAGTCTTGACTATATCTGTCCACGGTGG
CAGCTCGATCTTGCCGGAGCGCTTGAGATGGGCAACGTATGCCTTGACGAACTCGTGTGG
AGAGACATCCTTCACCGTTTTCCCTGTCGCCATTATTGTTCCTGCTTCGTCGTTGGCGGC
GCTGCCAGAGGCGTATAATATTATTCGAGTGTGGGCGGGACTGAGATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BK12JQ U 367
AF RR1FA14JQ U 1
AF RR1FA14TF C 1
AF RR1G708TF C 29
AF RR1G708JQ U 37
BS 1 86 RR1FA14JQ
BS 87 87 RR1G708JQ
BS 88 115 RR1FA14JQ
BS 116 116 RR1G708JQ
BS 117 136 RR1FA14JQ
BS 137 137 RR1G708JQ
BS 138 264 RR1FA14JQ
BS 265 265 RR1G708JQ
BS 266 380 RR1FA14JQ
BS 381 381 RR1BK12JQ
BS 382 414 RR1FA14JQ
BS 415 415 RR1G708JQ
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BS 574 574 RR1G708JQ
BS 575 597 RR1FA14JQ
BS 598 769 RR1G708JQ

RD RR1BK12JQ 123 0 0
CTGGAGCTGCTGAAGAATGTGACGAGCAACACCACCACTGCTCTTGCAAAAATGAGGTGG
TCTGCTTCCGTTCCTCTTGCTTCCTCCATAAATCCTTCTGAAGGCACCAACTCCAAGTCC
CCC

QA 1 120 1 120
DS 

RD RR1FA14JQ 597 0 0
AGCCATGGCAAACATGTTAAATTTTATTATTTGTTTATAGCAAAAGAAAATTCATTAAAA
TGAAGAGAGAACACGGTCGACGATTAAATCAAATTGAGTATATGTCCGCTCATCAAAGTT
TAAGAAGAACAAAAGAAAAACTCATCAAAACAAAAGAAATGAGAGAAGAGATATTCCACT
ACTGGTTGGTTTCCAATGCAAAACTCATTTCATATAATATCTAAATCTCAAAAAAAAAAA
AAAGCTTTGCGATCTTGGATTTTAAACGGCAGCTGCGATCCTTCCGGCGACTTGGTCAAG
ATCTCTCTGACCACTTGATGTGATCTTCCTCCCACCTTTAGTGTCAAGGTCGACAATGTT
CATAGTCTGGAGCTGCTGAAAAATGTGACGAGCAACACCACCACTGCTCTTGCAAAAATG
AGGTGGTCTGCTTCCGTTCCTCTTGCTTCCTCCATAGATCCTTCTGAAGGCACCAACTCC
AAGTCCACCTCTCAAGTACACTCTCCTTGCCATGGACGCGGCTCTGATGTAGTACCAGTC
AGGGTCATAAGGAGCAAGCTCCTTAAGTTTACCGGTCTTGACTATATCTGTCCACGG

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1FA14TF 758 0 0
AGCCATGGCAAACATGTTAAATTTTATTATTTGTTTATAGCAAAAGAAAATTCATTAAAA
TGAAGAGAGAACACGGTCGACGATTAGATCAAATTGAGTATATGTCCGCTCATCAGAGTT
TAAGAAGAACAAAAGAGAAACTCATCAAAACAAAAGAAATGAGAGAAGAGATATTCCACT
ACTGGTTGGTTTCCAATGCAAAACTCATTTCATATAATATCTAAATCTCAAAAAAAAAAA
AAAGCTTTGCGATCTTGGATTTTAGACGGCAGCTGCGATCCTTCCGGCGACTTGGTCAAG
ATCTCTCTGACCACTTGATGTGATCTTCCTCCCACCTTTAGTGTCAAGGTCGACAATGTT
CATAGTCTGGAGCTGCTGAAGAATGTGACGAGCAACACCACCACTGCTCTTGCAGAAATG
AGGTGGTCTGCTTCCGTTCCTCTTGCTTCCTCCATAGATCCTTCTGAAGGCACCAACTCC
AAGTCCACCTCTCAAGTACACTCTCCTTGCCATGGACGCGGCTCTGATGTAGTACCAGTC
AGGGTCATAAGGAGCAAGCTCCTTAAGTTTACCGGTCTTGACTATATCTGTCCACGGTGG
CAGCTCGATCTTGCCGGAGCGCTTGAGATGGGCAGCGTATGCCTTGACGAACTCGTGTGG
AGAGACATCCTTCACCGTTTTCCCTGTCGCCATTATTGTTCCTGCTTCGTCGTTGGCGGC
GCTGCCAGAGGCGTATAATATTATTCGTGTGTGGGC
CC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1G708TF 741 0 0
TTTTTG
TTATAGCAAAAGAAAATTCATTAAAATGAAGAGAGAACACGGTCGACGATTAGATCAAAT
TGAGTATATGTCCGCTCATCAGAGTTTAAGAAGAACAAAAGAGAAACTCATCAAAACAAA
AGAAATGAGAGAAGAGATATTCCACTACTGGTTGGTTTCCAATGCAAAACTCATTTCATA
TAATATCTAAATCTCAAAAAAAAAAAAA*GCTTTGCGATCTTGGATTTTAGACGGCAGCT
GCGATCCTTCCGGCGACTTGGTCAAGATCTCTCTGACCACTTGATGTGATCTTCCTCCCA
CCTTTAGTGTCAAGGTCGACAATGTTCATAGTCTGGAGCTGCTGAAGAATGTGACGAGCA
ACACCACCACTGCTCTTGCAGAAATGAGGTGGTCTGCTTCCGTTCCTCTTGCTTCCTCCA
TAGATCCTTCTGAAGGCACCAACTCCAAGTCCACCTCTCAAGTACACTCTCCTTGCCATG
GACGCGGCTCTGATGTAGTACCAGTCAGGGTCATAAGGAGCAAGCTCCTTAAGTTTACCA
GTCTTGACTATATCTGTCCACGGTGGCAGCTCGATCTTGCCGGAGCGCTTGAGATGGGCA
ACGTATGCCTTGACGAACTCGTGTGGAGAGACATCCTTCACCGTTTTCCCTGTCGCCATT
ATTGTTCCTGCTTCGTCGTTGGCGGCGCTGCCAGAGGCGTATAATATTATTCGAGTGTGG
GCGGGACTGAGATCC

QA 7 741 7 741
DS 

RD RR1G708JQ 733 0 0
ATAGCAAAAGAAAATTCATTAAAATGAAGAGAGAACACGGTCGACGATTAGATCAAATTG
AGTATATGTCCGCTCATCAGAGTTTAAGAAGAACAAAAGAGAAACTCATCAAAACAAAAG
AAATGAGAGAAGAGATATTCCACTACTGGTTGGTTTCCAATGCAAAACTCATTTCATATA
ATATCTAAATCTCAAAAAAAAAAAAA*GCTTTGCGATCTTGGATTTTAGACGGCAGCTGC
GATCCTTCCGGCGACTTGGTCAAGATCTCTCTGACCACTTGATGTGATCTTCCTCCCACC
TTTAGTGTCAAGGTCGACAATGTTCATAGTCTGGAGCTGCTGAAGAATGTGACGAGCAAC
ACCACCACTGCTCTTGCAGAAATGAGGTGGTCTGCTTCCGTTCCTCTTGCTTCCTCCATA
GATCCTTCTGAAGGCACCAACTCCAAGTCCACCTCTCAAGTACACTCTCCTTGCCATGGA
CGCGGCTCTGATGTAGTACCAGTCAGGGTCATAAGGAGCAAGCTCCTTAAGTTTACCAGT
CTTGACTATATCTGTCCACGGTGGCAGCTCGATCTTGCCGGAGCGCTTGAGATGGGCAAC
GTATGCCTTGACGAACTCGTGTGGAGAGACATCCTTCACCGTTTTCCCTGTCGCCATTAT
TGTTCCTGCTTCGTCGTTGGCGGCGCTGCCAGAGGCGTATAATATTATTCGAGTGTGGGC
GGGACTGAGATCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 8

CO CL697Contig1 940 8 21 U
GGGTGTGGAGACTCTTCTCTTGATTTCTCAATTGGTTTTCCTCTGCCATCGATTTGTTCA
TACAGTAACGCCTAGACTCTAAACTAACTTTCTTAGCAAGACAGAGGAGAAATGAAGCCA
GGAGGAGCATTTGCATTGAATCCAAATGCAGCATCATACGTACCACTCTCAAACAGAGTG
GACCATGCTGATCTGGAAGGTTTCGTGTTTGCCAACCCCACC*ACACAAGAGATAAGTTT
CGCAGGCGTTCGAGTGTCCATGCCGCCTGAGAAATCATCTGAGATGGCGTACAAGCATAT
AAGGGACGATGATTTGGATTTGGAGATGGATATAGACATGGATATTGAGTACCTTCTGGT
CACATTCTCCGGTCTCTCACAAGAGTCTATCACTGATGTGTATCTGGCCAATAGCGGTGA
CCTTGAAGCAACCATTGAGATGCTGACTCAGCTTGAGATATACAGCGATGAAACTCAAGA
AAACCTCCCAGAGACGCTGGATATCTGTGAATCAGGGCCTTCAACCTCAAAGGCAGCTAC
TGAAGTCATTGCATCATCTGTTATCCCCAATGCAACTGTATCTGCCTGATCTGATGAATC
ATTGGTTGTGAAGTTTTACTTTAATTTGTTTATGTTTTCACACCTATAATAAATACAGTA
ATGAGGGTGTTGTATCAATGAAGTTTGATGGTAATCTTAGGGGAAATGATGGGACAAAAA
TGTATAGTTTTTGGGAGTGCAAATCT*GAGTTGTTTGGCAGGTTAGTCTGGTCTTTTGAC
CCCTTTTATTTGCCACTCCATTTGTAATGAATGATATTGATATTTTGTTTTTGGTATATT
GCCATTTTATTTGTTACTGGCAACAGCAACAAAAGTTGTTGGGTCTGTGTTAAGGTCTAT
GTAATTGTTTTCTAAAAGTTGGTAAAAATATATCTTCTGG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 35 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 20 45 45 45 45 45 45 20 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 5 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1DP77TF U 1
AF RR1EC07TF U 1
AF RR1AR60TF U 1
AF RR1EW54TF U 10
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BS 939 940 RR1AR60JQ

RD RR1DP77TF 725 0 0
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GACCATGCTGATCTGGAAGGTTTCGTGTTTGCCAACCCCACC*ACACAAGAGATAAGTTT
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CACATTCTCCGGTCTCTCACAAGAGTCTATCACTGATGTGTATCTGGCCAATAGCGGTGA
CCTTGAAGCAACCATTGAGATGCTGACTCAGCTTGAGATATACAGCGATGAAACTCAAGA
AAACCTCCCAGAGACGCTGGATATCTGTGAATCAGGGCCTTCAACCTCAAAGGCAGCTAC
TGAAGTCATTGCATCATCTGTTATCCCCAATGCAACTGTATCTGCCTGATCTGATGAATC
ATTGGTTGTGAAGTTTTACTTTAATTTGTTTATGTTTTCACGCCTATAATAAATACAGTA
ATGAGGGTGTTGTATCAATGAAGTTTGATGGTAATCTTAGGG**AATGATGGGACAAAA
TGTATA

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1EC07TF 694 0 0
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TACAGTAACGCCTAGACTCTAAACTAACTTTCTTAGCAAGACAGAGGAGAAATGAAGCCA
GGAGGAGCATTTGCATTGAATCCAAATGCAGCATCATACGTACCACTCTCAAACAGAGTG
GACCATGCTGATCTGGAAGGTTTCGTGTTTGCCAACCCCACC*ACACAAGAGATAAGTTT
CGCAGGCGTTCGAGTGTCCATGCCGCCTGAGAAATCATCTGAGATGGCGTACAAGCATAT
AAGGGACGATGATTTGGATTTGGAGATGGATATAGACATGGATATTGAGTACCTTCTGGT
CACATTCTCCGGTCTCTCACAAGAGTCTATCACTGATGTGTATCTGGCCAATAGCGGTGA
CCTTGAAGCAACCATTGAGATGCTGACTCAGCTTGAGATATACAGCGATGAAACTCAAGA
AAACCTCCCAGAGACGCTGGATATCTGTGAATCAGGGCCTTCAACCTCAAAGGCAGCTAC
TGAAGTCATTGCATCATCTGTTATCCCCAATGCAACTGTATCTGCCTGATCTGATGAATC
ATTGGTTGTGAAGTTTTACTTTAATTTGTTTATGTTTTCACGCCTATAATAAATACAGTA
ATGAGGGTGTTGTATCAATGAAGTTTGATGGTAA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1AR60TF 757 0 0
GGGTGTGGAGACTCTTCTCTTGATTTCTCAATTGGTTTTCCTCTGCCATCGATTTGTTCA
TACAGTAACGCCTAGACTCTAAACTAACTTTCTTAGCAAGACAGAGGAGAAATGAAGCCA
GGAGGAGCATTTGCATTGAATCCAAATGCAGCATCATACGTACCACTCTCAAACAGAGTG
GACCATGCTGATCTGGAAGGTTTCGTGTTTGCCAACCCCACC*ACACAAGAGATAAGTTT
CGCAGGCGTTCGAGTGTCCATGCCGCCTGAGAAATCATCTGAGATGGCGTACAAGCATAT
AAGGGACGATGATTTGGATTTGGAGATGGATATAGACATGGATATTTAGTACCTTCTGGT
CACATTCTCCGGTCTCTCACAAGAGTCTATCACTGATGTGTATCTGGCCAATAGCGGTGA
CCTTGAAGCAACCATTGAGATGCTGACTCAGCTTGAGATATACAGCGATGAGACTCAAGA
AAACCTCCCAGAGACGCTGGATATCTGTGAATCAGGGCCTTCAACCTCAAAGGCAGCTAC
TGAAGTCATTGCATCATCTGTTATCCCCAATGCAACTGTATCTGCCTGATCTGATGAATC
ATTGGTTGTGAAGTTTTACTTTAATTTGTTTATGTTTTCACACCTATAATAAATACAGTA
ATGAGGGTGTTGTATCAATGAAGTTTGATGGTAATCTTAGGGGAAATGATGGGACAAAAA
TGTATAGTTTTTGGGAGTGCAAATCT*GAGTTGTTTG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1EW54TF 770 0 0
GACTCTTCTCTTGATTTCTCAATTGGTTTTCCTCTGCCATCGATTTGTTCATACAGTAAC
GCCTAGACTCTAAACTAACTTTCTTAGCAAGACAGAGGAGAAATGAAGCCAGGAGGAGCA
TTTGCATTGAATCCAAATGCAGCATCATACGTACCACTCTCAAACAGAGTGGACCATGCT
GATCTGGAAGGTTTCGTGTTTGCCAACCCCACC*ACACAAGAGGTAAGTTTCGCAGGCGT
TCGAGTGTCCATGCCGCCTGAGAAATCATCTGAGATGGCGTACAAGCATATAAGGGACGA
TGATTTGGATTTGGAGATGGATATAGACATGGATATTGAGTACCTTCTGGTCACATTCTC
CGGTCTCTCACAAGAGTCTATCACTGATGTGTATCAGGCCAATAGCGGTGACCTTGAAGC
AACCATTGAGATGCTGACTCAGCTTGAGATATACAGCGATGAAACTCAAGAAAACCTCCC
AGAGACGCTGGATATCTGTGAATCAGGGCCTTCAACCTCAAAGGCAGCTACTGAAGTCAT
TGCATCATCTGTTATCCCCAATGCAACTGTATCTGCCTGATCTGATGAATCATTGGTTGT
GAAGTTTTACTTTAATTTGTTTATGTTTTCACACCTATAATAAATACAGTAATGAGGGTG
TTGTATCAATGAAGTTTGATGGTAATCTTAGGG*AAATGATGGGACAAAA*TGTATAGTT
TTTGGGAGTGCAAATCTTGAGTTGTTTGGCAG*T*AGTCTGGTCTTTTGA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1BC69TF 887 0 0
GGGTGTGGAGACTCTTCTCTTGATTTCTCAATTGGTTTTCCTCTGCCATCGATTTGTTCA
TACAGTAACGCCTAGACTCTAAACTAACTTTCTTAGCAAGACAGAGGAGAAATGAAGCCA
GGAGGAGCATTTGCATTGAATCCAAATGCAGCATCATACGTACCACTCTCAAACAGAGTG
GACCATGCTGATCTGGAAGGTTTCGTGTTTGCCAACCCCACC*ACACAAGAGATAAGTTT
CGCAGGCGTTCGAGTGTCCATGCCGCCTGAGAAATCATCTGAGATGGCGTACAAGCATAT
AAGGGACGATGATTTGGATTTGGAGATGGATATAGACATGGATATTGAGTACCTTCTGGT
CACATTCTCCGGTCTCTCACAAGAGTCTATCACTGACGTGTATCTGGCCAATAGCGGTGA
CCTTGAAGCAACCATTGAGATGCTGACTCAGCTTGAGATATACAGCAATGAAACTCAAGA
AAACCTCCCAGAGACGCTGGATATCTGTGAATCAGGGCCTTCAACCTCAAAGGCAGCTAC
TTAAGTCATTGCATCATCTGTTATCCCCAATGCAACTGTATCTGCCTGATCTGATGAATC
ATTGGTTGTGAAGTTTTACTTTAATTTGTTTATGTTTTCACACCTATAATAAATACAGTA
ATGAGGGTGTTGTATCAATGAAGTTTGATGGTAATCTTAGGGGAAATGATGGGACAAAAA
TGTATAGTTTTTGGGAGTGCAAATCT*GAGTTGTTTGGCAG*TTAGTCTGGTCTTTTGAC
CCCTTTTATTTGCCACTCCATTTGTAATGAATGATATTGATATTTTGTTTTTGGTATAT*
GCCATTTTATTTGT*ACTGGCA*CAGCAACAAA*GTTGTTGGGTCTG

QA 1 887 1 887
DS 

RD RR1BC69JQ 796 0 0
AGGAGCATTTGCATTGAATCCAAATGCAGCATCATACGTACCACTCTCAAACAGAGTGGA
CCATGCTGATCTGGAAGGTTTCGTGTTTGCCAACCCCACC*ACACAAGAGATAAGTTTCG
CAGGCGTTCGAGTGTCCATGCCGCCTGAGAAATCATCTGAGATGGCGTACAAGCATATAA
GGGACGATGATTTGGATTTGGAGATGGATATAGACATGGATATTGAGTACCTTCTGGTCA
CATTCTCCGGTCTCTCACAAGAGTCTATCACTGACGTGTATTTGGCCAATAGCGGTGACC
TTGAAGCAACCATTGAGATGCTGACTCAGCTTGAGATATACAGCAATGAAACTCAAGAAA
ACCTCCCAGAGACGCTGGATATCTGTGAATCAGGGCCTTCAACCTCAAAGGCAGCTACTT
AAGTCATTGCATCATCTGTTATCCCCAATGCAACTGTATTTGCCTGATTTGATGAATCAT
TGGTTGTGAAGTTTTACTTTAATTTGTTTATGTTTTCACACCTATAATAAATACAGTAAT
GAGGGTGTTGTATCAATGAAGTTTGATGGTAATTTTAGGGGAAATGATGGGACAAAAATG
TATAGTTTTTGGGAGTGCAAATTT*GAGTTGTTTGGCAGGTTAGTTTGGTCTTTTGACCC
CTTTTATTTGCCACTCCATTTGTAATGAATGATATTGATATTTTGTTTTTGGTATATTGC
CATTTTATTTGTTACTGGCAACAGCAACAAAAGTTGTTGGGTCTGTGTTAAGGTCTATGT
AATTGTTTTTTAAAAG

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1EW54JQ 778 0 0
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CCACACAAGAGGTAAGTTTCGCAGGCGTTCGAGTGTCCATGCCGCCTGAGAAATCATCTG
AGATGGCGTACAAGCATATAAGGGACGATGATTTGGATTTGGAGATGGATATAGACATGG
ATATTGAGTACCTTCTGGTCACATTCTCCGGTCTCTCACAAGAGTCTATCACTGATGTGT
ATCAGGCCAATAGCGGTGACCTTGAAGCAACCATTGAGATGCTGACTCAGCTTGAGATAT
ACAGCGATGAAACTCAAGAAAACCTCCCAGAGACGCTGGATATCTGTGAATCAGGGCCTT
CAACCTCAAAGGCAGCTACTGAAGTCATTGCATCATCTGTTATCCCCAATGCAACTGTAT
CTGCCTGATCTGATGAATCATTGGTTGTGAAGTTTTACTTTAATTTGTTTATGTTTTCAC
ACCTATAATAAATACAGTAATGAGGGTGTTGTATCAATGAAGTTTGATGGTAATCTTAGG
GGAAATGATGGGACAAAAATGTATAGTTTTTGGGAGTGCAAATCT*GAGTTGTTTGGCAG
GTTAGTCTGGTCTTTTGACCCCTTTTATTTGCCACTCCATTTGTAATGAATGATATTGAT
ATTTTGTTTTTGGTATATTGCCATTTTATTTGTTACTGGCAACAGCAACAAAAGTTGTTG
GGTCTGTGTTAAGGTCTATGTAATTGTCTTCTAAAAGTTGGTAAAAATATATCTTCT
C

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1AR60JQ 717 0 0
ACACAAGAGATAAGTTTCGCAGGCGTTCGAGTGTCCATGCCGCCTGAGAAATCATCTGAG
ATGGCGTACAAGCATATAAGGGACGATGATTTGGATTTGGAGATGGATATAGACATGGAT
ATTTAGTACCTTCTGGTCACATTCTCCGGTCTCTCACAAGAGTCTATCACTGATGTGTAT
CTGGCCAATAGCGGTGACCTTGAAGCAACCATTGAGATGCTGACTCAGCTTGAGATATAC
AGCGATGAGACTCAAGAAAACCTCCCAGAGACGCTGGATATCTGTGAATCAGGGCCTTCA
ACCTCAAAGGCAGCTACTGAAGTCATTGCATCATCTGTTATCCCCAATGCAACTGTATTT
GCCTGATTTGATGAATCATTGGTTGTGAAGTTTTACTTTAATTTGTTTATGTTTTCACAC
CTATAATAAATACAGTAATGAGGGTGTTGTATCAATGAAGTTTGATGGTAATTTTAGGGG
AAATGATGGGACAAAAATGTATAGTTTTTGGGAGTGCAAATTT*GAGTTGTTTGGCAGGT
TAGTCTGGTCTTTTGACCCCTTTTATTTGCCACTCCATTTGTAATGAATGATATTGATAT
TTTGTTTTTGGTATATTGCCATTTTATTTGTTACTGGCAACAGCAACAAAAGTTGTTGGG
TCTGTGTTAAGGTCTATGTAATTGTTTTCTAAAAGTTGGTAAAAATATATCTTCTGG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 8

CO CL698Contig1 1175 8 7 U
GCAGGAACGAAATCACATTCACAAAGAGATATTACTTATATAAAACTTTAGCAGACAAAC
AGAAACATGAAAAGTAAAAGAACTTATTCAACGATCACCAGAGACATAAACATAGAAAGG
ACTTCCGATGACAGACTTAGAAGACATAAAAAGACAGATATGATAACTTATTAGATGGAA
TCAAAGAGAAAGATGTCGTATGATCATTTGGTGATTGGGAGGACATGGACTCCAATTTGA
TGAAGCAGCTCATTGGCTTTTCCATGAAACCCAACAATCTTGTGGCCCTCCTCTTTGACT
TTGAAAGCTGCGCCAGCTTCAAGCCCAAAGGGATTGGATGTTCGCTTATTAGTCTCGAAC
TTGAGCATGGTGATGACGGCAGACTCACTCCCAAAGATTTTATCGACTGTGCCATGAACA
ACCGTGATGTATTCATTTGGATAGTCAAGTTCGAACTCTTCGAATCCTAGTAGAGTAGGC
TTTCCACGTTCATCTCCAACAACCACTTCAGAACCATTGACATATTCAAACTTAACCGCT
GATACACCATCATGGCCTTGACCTACATATACCTTTTT*AACACCATGGTGAGAACCATC
GTCCCATGCAGTCCCTT*CATCACTACCAAGTGCCGGCAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACG
AGGTGGAACTAGTCAACGGAGCAAAGTAAGCTCCAAGAGAATGGACATAGTCTCCGGCAA
ACCCATGAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTTGGAGAGTGAATGAGGTACCATCGT
TGTATCCAATAACATCAGAAGACTTCTTGTTGGAGTTGAACTTAAGCCCTTGAATGAGAC
CGTCAGGATTATACCAACCTTCTACAGAAACTAGATGCTCCTCAGGATGGTTTATCACAA
AAGGATCAGCTGGAATACTACGGCCTTTGATACCGCGAAGAGGGGCCTCTTCGGTTTGTC
CGTTCTTGACATAATCGAACTTAACGTATTGAATGCCGATTCCACCTGCTCCGACCTGAA
TCTTGGTCACTGCATCGTGTTCGGATCCATCGTCCCATTGGTTGCCTCCTTTCCCTCCTT
GTGCATCCACCTTTTGGGCCATCTTTGTTTGCTGTTAGATCAATCTTACAAATTACCTTT
AAAAGTATATTGTATATTGTGATCGGTGCTATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS44JQ U 14
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AF RR1E291JQ U 15
AF RR1G241JQ U 1
AF RR1E291TF C 393
AF RR1GS44TF C 575
AF RR1G241TF C 471
AF RR1BX85TF C 462
BS 1 116 RR1G241JQ
BS 117 117 RR1GS44JQ
BS 118 770 RR1G241JQ
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BS 785 1169 RR1E291TF
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CACATT
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GACCTACATATACCTTTTT*AACACCATGGTGAGAACCATCGTCCCATGCAGTCCCTT*C
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CTTCTTGTCTTGAACTTGGAGAGTGAATGA

QA 7 756 7 756
DS 

RD RR1BX85JQ 707 0 0
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GAAGACATAAAAAGACAGATATGATAACTTATTGGATGGAATCAAAGAGAAAGATGTCGT
ATGATCATTTGGTGATTGGGAGGACATGGACTCCAATTTGATGAAGCAGCTCATTGGCTT
TTCCATGAAACCCAACAATCTTGTGGCCCTCCTCTTTGACTTTGAAAGCTGCGCCAGCTT
CAAGCCCAAAGGGATTGGATGTTCGCTTATTAGTCTCGAACTTGAGCATGGTGATGACGG
CAGACTCACTCCCAAAGATTTTATCGACTGTGCCATGAACAACCGTGATGTATTCATTTG
GATAGTCAAGTTCGAACTCTTCGAATCCTAGTAGAGTAGGCTTTCCACGTTCATCTCCAA
CAACCACTTCAGAACCATTGACATATTCAAACTTAACCGCTGATACACCATCATGGCCTT
GACCTACATATACCTTTTTTAACACCATGGTGAGAACCATCGTCCCATGCAGTCCCTT*C
ATCACTACCAAGTGCCGGCAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACGAGGTGGAACTAGTCAACGG
AGCAAAGTAAGCTCCAAGAGAATGGACATAGTCTCCGGCAAACCCAT

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DS 

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GCATT
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GAAGACATAAAAAGACAGATATGATAACTTATTAGATGGAATCAAAGAGAAAGATGTCGT
ATGATCATTTGGTGATTGGGAGGACATGGACTCCAATTTGATGAAGCAGCTCATTGGCTT
TTCCATGAAACCCAACAATCTTG*GGCCCTCCTCTTTGACTTTGAAAGCTGCGCCAGCTT
CAAGCCCAAAGGGATTGGATGTTCGCTTATTAGTCTCGAACTTGAGCATGGTGATGACTG
CAGACTCACTCCCAAAGATTTTATCGACTGTGCCATGAACAACCGTGATGTATTCATTTG
GATAGTCAAGTTCGAACTCTTCGAATCCTAGTAGAGTAGGATTTCCACGTTCATCTCCAA
CAACCACTTCAGAACCATTGACATATTCAAACTTAACCGCTGATACACCATCATGGCCTT
GACCTACATATACCTTTTT*AACACCATGGTGAGAACCATCGTCCCATGCAGTCCCTT*C
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CTTCTTGTCTTGAACTT

QA 6 742 6 742
DS 

RD RR1G241JQ 784 0 0
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TCAAAGAGAAAGATGTCGTATGATCATTTGGTGATTGGGAGGACATGGACTCCAATTTGA
TGAAGCAGCTCATTGGCTTTTCCATGAAACCCAACAATCTTGTGGCCCTCCTCTTTGACT
TTGAAAGCTGCGCCAGCTTCAAGCCCAAAGGGATTGGATGTTCGCTTATTAGTCTCGAAC
TTGAGCATGGTGATGACGGCAGACTCACTCCCAAAGATTTTATCGACTGTGCCATGAACA
ACCGTGATGTATTCATTTGGATAGTCAAGTTCGAACTCTTCGAATCCTAGTAGAGTAGGC
TTTCCACGTTCATCTCCAACAACCACTTCAGAACCATTGACATATTCAAACTTAACCGCT
GATACACCATCATGGCCTTGACCTACATATACCTTTTT*AACACCATGGTGAGAACCATC
GTCCCATGCAGTCCCTT*CATCACTACCAAGTGCCGGCAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACG
AGGTGGAACTAGTCAACGGAGCAAAGTAAGCTCCAAGAGAATGGACATAGTCTCCGGCAA
ACCCATGAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTTGGAGAGTGAATGAG*TACCATCGT
TGTA

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1E291TF 782 0 0
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GAACTCTTCGAATC*TAGTAGAGTAGGATTTCCACGTTCATCTCCAACAACCACTTCAGA
ACCATTGACATATTCAAACTTAACCGCTGATACACCATCATGGCCTTGACCTACATATAC
CTTTTT*AACACCATGGTGAGAACCATCGTCCCATGCAGTCCCTT*CATCACTACCAAGT
GCCGGCAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACGAGGTGGAACTAGTCAACGGAGCAAAGTAAGCT
CCAAGAGAATGGACATAGTCTCCGGCAAACCCATGAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGA
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AGATGCTCCTCAGGATGGTTTATCACAAAAGGATCAGCTGGAATACTACGGCCTTTGATA
CCGCGAAGAGGGGCCTCTTCGGTTTGTCCGTTCTTGACATAATCGAACTTAACGTATTGA
ATGCCGATTCCACCTGCTCCGACCTGAATCTTGGTCACTGCATCGTGTTCGGATCCATCG
TCCCATTGGTTGCCTCCTTTCCCTCCTTGTGCATCCACCTTTTGGGCCATCTTTGTTTGC
TGTTAGATCAATCTTACAAATTACCTTTAAAAGTATATTGTATATTGTGATCGGTGC
TATCC

QA 1 777 1 777
DS 

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CGGCAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACGAGGTGGAACTAGTCAACGGAGCAAAGTAAGCTCC
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GTTGAACTTAAGCCCTTGAATGAGACCGTCAGGATTATACCAACCTTCTACAGAAACTAG
ATGCTCCTCAGGATGGTTTATCACAAAAGGATCAGCTGGAATACTACGGCCTTTGATACC
GCGAAGAGGGGCCTCTTCGGTTTGTCCGTTCTTGACATAATCGAACTTAACGTATTGAAT
GCCGATTCCACCTGCTCCGACCTGAATCTTGGTCACTGCATCGTGTTCGGATCCATCGTC
CCATTGGTTGCCTCCTTTCCCTCCTTGTGCATCCACCTTTTGGGCCATCTTTGTTTGCTG
TTAGATCAATCTTACAAATTACCTTTAAAAGTATATTGTATATTGTGATCGGTGC

QA 1 595 1 595
DS 

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GAGAACCATCGTCCCATGCAGTCCCTT*CATCACTACCAAGTGCCGGCAGCTTCTTGGCA
GGGGTCAACGAGGTGGAACTAGTCAACGGAGCAAAGTAAGCTCCAAGAGAATGGACATAG
TCTCCGGCAAACCCATGAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTTGGAGAGTGAATGAG
GTACCATCGTTGTATCCAATAACATCAGAAGACTTCTTGTTGGAGTTGAACTTAAGCCCT
TGAATGAGACCGTCAGGATTATACCAACCTTCTACAGAAACTAGATGCTCCTCAGGATGG
TTTATCACAAAAGGATCAGCTGGAATACTACGGCCTTTGATACCGCGAAGAGGGGCCTCT
TCGGTTTGTCCGTTCTTGACATAATCGAACTTAACGTATTGAATGCCGATTCCACCTGCT
CCGACCCGAATCTTGGTCACTGCATCGTGTTCGGATCCATCGTCCCATTGGTTGCCTCCT
TTCCCTCCTTGTGCATCCACCTTTTGGGCCATCTTTGTTTGCTGTTAGATCAATCTTACA
AATTACCTTTAAAAGTATATTGTATATTGTGATCGGTGC
TATCC

QA 1 699 1 699
DS 

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GAATCCTAGTAGAGTAGGCTTTCCACGTTCATCTCCAACAACCACTTCAGAACCATTGAC
ATATTCAAACTTAACCGCTGATACACCATCATGGCCTTGACCTACATATACCTTTTTTAA
CACCATGGTGAGAACCATCGTCCCATGCAGTCCCTT*CATCACTACCAAGTGCCGGCAGC
TTCTTGGCAGGGGTCAACGAGGTGGAACTAGTCAACGGAGCAAAGTAAGCTCCAAGAGAA
TGGACATAGTCTCCGGCAAACCCATGAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTTGGAGA
GTGAATGAGGTACCATCGTTGTATCCAATAACATCAGAAGACTTCTTGTTGGAGTTGAAC
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TCAGGATGGTTTATCACAAAAGGATCAGCTGGAATACTACGGCCTTTGATACCGCGAAGA
GGGGCCTCTTCGGTTTGTCCGTTCTTGACATAATCGA*CTTAACGTATTGAATGCCGATT
CCACCTGCTCCGACCTGAATCTTGGTCACTGCATCGTGTTCGGATCCATCGTCCCATTGG
TTGCCTCCTTTCCCTCCTTGTGCATCCACCTTTTGGGCCATCTTTGTTTGCTGTTAGATC
AATCTTACAAATTACCTTTAAAAGTATATTGTATATTGTGATCGGTGCTATCCC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 7

CO CL699Contig1 979 7 34 U
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ATCCTTTTTTTACAAAGAGACAAATGAAGAAAGAAAGCAAAGCATTGTTATGTTCTGTTT
GAGTTGCTTTTACATTCAAGCAACACTGAAAGAAGTGGCTGCTTTCTCCACAAATTTGTT
GGCTCCCTTGAACCACCTCTTGTCTCCAGCTTGTGCTTTGCAGATGTAAAGCTTGCCTCC
ATTCACGGTGGCGGTGATCAGCTGATGCTTACCTCCTTCATCTCCATCGGCCGTTCTTGT
CAACACGGACAAGTAATAGTATGGTTTCCCACCAACGTCCTGAACATTAGTCTCCAGAAT
GTTTGCTGTTGCCACTGCATTGTTGTCAAAGCCTCCCTCAGAGGCAGTCTCACCGAAGTA
AGCTTGTTTCCCAAGGAGGTAATTGACCTGAGAGAGGAACTCTTCAGGAGAGCCGTAATC
AGTGATGGACTTCTTGTCGGTAGGGGTGACCATGACATTGAGGTTGCTAGTAGCATCGAA
GTTGTCTTCGTACCTAAGGACTTGTCCTGGATACTCTACCTCTCTGCTTGGGTTCCATTT
TGCTGGAACCTGAACTTGGAACCCATCTCCACTGTATGCCGTGAAGTCTGTGTTCTTCTT
TGGCTTCCCAAACACATTTGCAGCTTCACCGTAGGCAGCATCGGCGGGAGACACCTTGGA
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ATCGTTTTCATGAGCCTGTTGGGCTTTGCACACTACCTGGACGGGTTTGGAGAGTGAAAC
GTAACGCTGGGATGAGGAGGAAGATGATGATCGTGTGGCGGCAGAGGCCAGTGCGCTCTG
ATGTAGGAAACACGCGCTGTACGCCATCTTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTGGTTGAGTTT
GGTGAATTGAAGTGTGTCC


BQ
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E292JQ U 1
AF RR1E292TF C 1
AF RR1DN01JQ U 16
AF RR1CN43JQ U 32
AF RR1A119JQ U 36
AF RR1A119TF C 154
AF RR1CN43TF C 220
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BS 80 88 RR1E292JQ
BS 89 89 RR1DN01JQ
BS 90 146 RR1E292JQ
BS 147 202 RR1DN01JQ
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BS 939 979 RR1CN43TF

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GAGTTGCTTTTACATTCAAGCAACAC

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DS 

RD RR1E292TF 146 0 0
AAGCCGCAAAGATATATAGCATCATCATCTTGATAGGTTTCTCAAAAGCTTAGTTTCATT
ATCCTTTTTTTACAAAGAGACAAATGAAGAAAGAAAGCAAAGCATTGTTATGTTCTGTTT
GAGTTGCTTTTACATTCAAGCAACAC

QA 1 146 1 146
DS 

RD RR1DN01JQ 618 0 0
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AGAGACAAATGAAGAAAGAAAGCAAAGCATTGTTATGTTCTGTTTGAGTTGCTTTTACAT
TCAAGCAACACTGAAAGAAGTGGCTGCTTTCTCCACAAATTTGTTGGCTCCCTTGAACCA
CCTCTTGCCTCCAGCTTGTGCTTTGCAGATGTACAGCTTGCCTCCATTCACAGTGGCTGT
GATAAGCTGATGCTTACCGCCTTCATCTCCATCGGCCGTTCTTGTCAGCACGGACAAGTA
ATAGTATGGTTTCCCACCAACGTCCTGAACATTAGTCTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCAC
TGCATTGTTGTCAAAGCCTCCCTCAGAGGCAGTCTCACCGAAGTAAGCTTGTTTGCCAAG
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GTC***AGGGGTGACCATGACATTGAGGTTGCTAGTAGCATCGAAGTTGTCTTCGTACCT
AAGGACTTGTCCTGGATACTCTACCTCTCTGCTTGGGTTCCATTTAGCTGGCACCTGCAC
TTGGAACCCATCTCCACT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1CN43JQ 706 0 0
GC
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AAAGCAAAGCATTGTTATGTTCTGTTTGAGTTGCTTTTACATTCAAGCAACACTGAAAGA
AGTGGCTGCTTTCTCCACAAATTTGTTGGCTCCCTTGAACCACCTCTTGTCTCCAGCTTG
TGCTTTGCAGATGTAAAGCTTGCCTCCATTCACGGTGGCGGTGATCAGCTGATGCTTACC
TCCTTCATCTCCATCGGCCGTTCTTGTCAACACGGACAAGTAATAGTATGGTTTCCCACC
AACGTCCTGAACATTAGTCTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCACTGCATTGTTGTCAAAGCC
TCCCTCAGAGGCAGTCTCACCGAAGTAAGCTTGTTTCCCAAGGAGGCAATTGACCTGAGA
GAGGAACTCTTCAGGAGAGCCGTAATCAGTGATGGACTTCTTGTCGGTAGGGGTGACCAT
GACATTGAGGTTGCTAGTAGCATCGAAGTTGTCTTCGTACCTAAGGACTTGTCCTGGATA
CTCTACCCCTCTGCTTGGGTTCCATTTTGCTGGAACCTGAACTTGGAACCCATCTCCACT
GTATGCCGTGAAGTCTGTGTTCTTCTTTGGCTTCCCAAACACATTTGCAGCTTCACCGTA
GGCAGCATCGGCGGGAGACACCTTGGAACCAACTGCAGCGGCGC

QA 3 706 3 706
DS 

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AGCAAAGCATTGTTATGTTCTGTTTGAGTTGCTTTTACATTCAAGCAACACTGAAAGAAG
TGGCTGCTTTCTCCACAAATTTGTTGGCTCCCTTGAACCACCTCTTGTCTCCAGCTTGTG
CTTTGCAGATGTAAAGCTTGCCTCCATTCACGGTGGCGGTGATCAGCTGATGCTTACCTC
CTTCATCTCCATCGGCCGTTCTTGTCAACACGGACAAGTAATAGTATGGTTTCCCACCAA
CGTCCTGAACATTAGTCTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCACTGCATTGTTGTCAAAGCCTC
CCTCAGAGGCAGTCTCACCGAAGTAAGCTTGTTTCCCAAGGAGGTAATTGACCTGAGAGA
GGAACTCTTCAGGAGAGCCGTAATCAGTGATGGACTTCTTGTCGGTAGGGGTGACCATGA
CATTGAGGTTGCTAGTAGCATCGAAGTTGTCTTCGTACCTAAGGACTTGTCCTGGATACT
CTACCTCTCTGCTTGGGTTCCATTTTGCTGGAACCTGAACTTGGAACCCATCTCCACTGT
ATGCCGTGAAGTCTGTGTTCTTCTTTGGCTTCCCAAACACATTTGCAGCTTCACCGTAGG
CAGCATCGGCGGGAGACACCTTGGAACCAACTGCAGCGGCGCCGACGAGGAGTGTGAGAG
CGAGACGGCGAGAGACGGCAGAGTTATCGTTTTCATGAGCCTGTTGGGCTTTGCACACTA
CCTGGACGGGTTTGGAGAGTGAAACGTAACGCTGGGA

QA 1 817 1 817
DS 

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AGTGGCTGCTTTCTCCACAAATTTGTTGGCTCCCTTGAACCAC*TCTTGTCTCCAGCTTG
TGCTTTGCAGATGTAAAGCTTGCCTCCATTCACGGTGGCGGTGATCAGCTGATGCTTACC
TCTTTCATCTCCATCGGCCGTTCTTGTCAACACGGACAAGTAATAGTATGGTTTCCCACC
AACGTCCTGAACATTAGTCTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCACTGCATTGTTGTCAAAGCC
TCCCTCAGAGGCAGTCTCACCGAAGTAAGCTTGTTTCCCAAGGAGGTAATTGACCTGAGA
GAGGAACTCTTCAGGAGAGCCGTAATCAGTGATGGACTTCTTGTCGGTAGGGGTGACCAT
GACATTGAGGTTGCTAGTAGCATCGAAGTTGTCTTCGTACCTAAGGACTTGTCCTGGATA
CTCTACCTCTCTGCTTGGGTTCCATTTTGCTGGAACCTGAACTTGGAACCCATCTCCACT
GTATGCCGTGAAGTCTGTGTTCTTCTTTGGCTTCCCAAACACATTTGCAGCTTCACCGTA
GGCAGCATCGGCGGGAGACACCTTGGAACCAACTGCAGCGGCGCCGACGAGGAGTGTGAG
AGCGAGACGGCGAGAGACGGCAGAGTTATCGTTTTCATGAGCCTGTTGGGCTTTGCACAC
TACCTGGACGGGTTTGGAGAGTGAAACGTAACGCTGGGATGAGGAGGAAGATGATGATCG
TGTGGCGGCAGAGGCCAGTGCGCTCTGATGTAGGAAACACGCGCTGTACGCCATCTTCTC
TCTCT
CTCTGTCTGGTTCC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1CN43TF 760 0 0
GCAGATGTAAAGCT*GCCTCCAT*CACGGTGGCGGTGATCAGCTGATGCTTACT**CTTC
ATCTCCATCG*CCGTTCT*GTCAACACGGACAAGTAATAGTATGGTTTCCCACCAACGTC
CTGAACATTAGTCTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCACTGCATTGTTGTCAAAGCCTCCCTC
AGAGGCAGTCTCACCGAAGTAAGCTTGTTTCCCAAGGAGGCAATTGACCTGAGAGAGGAA
CTCTTCAGGAGAGCCGTAATCAGTGATGGACTTCTTGTCGGTAGGGGTGACCATGACATT
GAGGTTGCTAGTAGCATCGAAGTTGTCTTCGTACCTAAGGACTTGTCCTGGATACTCTAC
CCCTCTGCTTGGGTTCCATTTTGCTGGAACCTGAACTTGGAACCCATCTCCACTGTATGC
CGTGAAGTCTGTGTTCTTCTTTGGCTTCCCAAACACATTTGCAGCTTCACCGTAGGCAGC
ATCGGCGGGAGACACCTTGGAACCAACTGCAGCGGCGCCGACGAGGAGTGTGAGAGCGAG
ACGGCGAGAGACGGCAGAGTTATCGTTTTCATGAGCCTGTTGGGCTTTGCACACTACCTG
GACGGGTTTGGAGAGTGAAACGTAACGCTGGGATGAGGAGGAAGATGATGATCGTGTGGC
GGCAGAGGCCAGTGCGCTCTGATGTAGGAAACACGCGCTGTACGCCATCTTCTCTCTCTC
TCTCTCTGTCTGGTTGAGTTTGGTGAATTGAAGTGTGTCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 8

CO CL700Contig1 782 8 23 U
GGACTCCATTATTAATCAATTAGCTCATTACAGAGAAACGACCAAACAGAAGAAAAAAAA
*GACATGGCAACTCAAGCGTCCGGACTCTTTAGCTCCGCCATAACAACCACAGCAACCTC
CGGTGTGAAAAAA*CTCCACTTTTTCACAACATCCGCCCGTCCAAGATCCCTCTCCCTCA
CCAAAACCGCAATCCGCGCCGAGAAAACAGATTCCGCCGCCG***CCCCAGCCCCCGCCG
TGAAAGAAGCTCCGGTGGGATTCACGCCGCCTCAGCTAGACCCAAACACACCGTCACCGA
TCTTCGCGGGAAGCACCGGTG*GGCTTCTCCGCAAAGCCCAGGTGGAAGAGTTCTACGTT
ATTACATGGAACTCGCCGAAAGAGCAGATCTTTGAGATGCCGACGGGAGGTGCGGCGATC
ATGAGGGAAGG*TCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAAAGAACAGTGCTTGGCTTTGGG
GACAAG*GCTTAGGTCCAAGTACAAGATTAACTACCAGTTTT*ACAGGGTGTTCCCTAAT
GGTGAGGTTCAGTATCTTCATCCTAAAGATGGAGTTTATCCCGAGAAGGCGAATCCGGGA
AGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGATCTATTGGGAAAAATGTCAGTCCCATTGAAGTT
AAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAAGTTGTGAAAATTTAAAACAAAAAATCA
TGTGGATGTGACTATGTTTGGTTTTAATTTTTAATGGAGTTCATCTGAATAATTATTCTC
CT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 
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40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GG23TF U 38
AF RR1CH72TF U 36
AF RR1GB67TF U 1
AF RR1GB67JQ C 1
AF RR1D387JQ C 423
AF RR1D387TF U 423
AF RR1AB78JQ C 236
AF RR1AB78TF U 236
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BS 61 61 RR1GB67TF
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BS 223 225 RR1GB67TF
BS 226 310 RR1GG23TF
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BS 312 381 RR1GG23TF
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GG
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GTCCAAGATCCCTCTCCCTCACCAAAACCGCAATCCGCGCCGAGAAAACAGATTCCGCCG
CCGCCGCCCCAGCCCCCGCCGTGAAAGAAGCTCCGGTGGGATTCACGCCGCCTCAGCTAG
ACCCAAACACACCGTCACCGATCTTCGCGGGGAGCACCGGTG*GGCTTCTCCGCAAAGCC
CAGGTGGAAGAGTTCTACGTTATTACATGGAACTCGCCGAAATAGCAGATCTTTGAGATG
CCGACGGGAGGTGCGGCGATCATGAGGGAAGG*TCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAA
AGAACAGTGTTTGGCTTTGGGGACAAG*GCTTAGGTCCAAGTACAAGATTAACTACCAGT
TTT*ACAGGGTGTTCCCGAATGGTGAGGTTCAGTATCTTCATCCTAAAGATGGAGTTTAC
CCGGAGAAGGCGAATCCGGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGATCTATTGGGAAA
AA

QA 3 604 3 604
DS 

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GGAC
GACCAAACAGAAAGAAAAAAAA*ACATGGCAACTCAAGCGTCCGGACTCTTTAGCTCCGC
CATAACAACCACAGCAACCTCCGGTGTGAAAAAA*CTCCACTTTTTCACAACATCCGCCC
GTCCAAGATCCCTCTCCCTCACCAAAACCGCAATCCGCGCCGAGAAAACAGATTCCGCCG
CCGCCGCCCCAGCCCCCGCCGTGAAAGAAGCTCCGGTGGGATTCACGCCGCCTCAGCTAG
ACCCAAACACACCGTCACCGATCTTCGCGGGAAGCACCGGTG*GGCTTCTCCGCAAAGCC
CAGGTGGAAGAGTTCTACGTTATTACATGGAACTCGCCGAAAGAGCAGATCTTTGAGATG
CCGACGGGAGGTGCGGCGATCATGAGGGAAGG*TCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAA
AGAACAGTGCTTGGCTTTGGGGACAAG*GCTTAGGTCCAAGTACAAGATTAACTACCAGT
TTT*ACAGGGTGTTCCCTAATGGTGAGGTTCAGTATCTTCATCCTAAAGATGGAGTTTAT
CCCGAGAAGGCGAATCCGGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGATCTATTGGGAAA
AATGTCAGTCCCATTGAAGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAAGTTGTG
AAAATTTAAAACAAAAA

QA 5 681 5 681
DS 

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*GACATGGCAACTCAAGCGTCCGGACTCTTTAGCTCCGCCATAACAACCACAGCAACCTC
CGGTGTGAAAAAA*CTCCACTTTTTCACAACATCCGCCCGTCCAAGATCCCTCTCCCTCA
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TGAAAGAAGCTCCGGTGGGATTCACGCCGCCTCAGCTAGACCCAAACACACCGTCACCGA
TCTTCGCGGGGAGCACCGGTGAGGCTTCTCCGCAAAGCCCAGGTGGAAGAGTTCTACGTT
ATTACATGGAACTCGCCGAAAGAGCAGATCTTTGAGATGCCGACGGGAGGTGCGGCGATC
ATGAGGGAAGGGTCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAAAGAACAGTGTTTGGCTTTGGG
GACAAGAGCTTAGGTCCAAGTACAAGATTAACTACCAGTTTTTACAGGGTGTTCCCGAAT
GGTGAGGTTCAGTATCTTCATCCTAAAGATGGAGTTTACCCGGAGAAGGCGAATCCGGGA
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AAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAAGTTGTGAAAATTTAAA
CAAA

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DS 

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*GACATGGCAACTCAAGCGTCCGGACTCTTTAGCTCCGCCATAACAACCACAGCAACCTC
CGGTGTGAAAAAA*CTCCACTTTTTCACAACATCCGCCCGTCCAAGATCCCTCTCCCTCA
CCAAAACCGCAATCCGCGCCGAGAAAACAGATTCCGCCGCCG***CCCCAGCCCCCGCCG
TGAAAGAAGCTCCGGTGGGATTCACGCCGCCTCAGCTAGACCCAAACACACCGTCACCGA
TCTTCGCGGGGAGCACCGGTG*GGCTTCTCCGCAAAGCCCAGGTGGAAGAGTTCTACGTT
ATTACATGGAACTCGCCGAAAGAGCAGATCTTTGAGATGCCGACGGGAGGTGCGGCGATC
ATGAGGGAAGG*TCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAAAGAACAGTGTTTGGCTTTGGG
GACAAG*GCTTAGGTCCAAGTACAAGATTAACTACCAGTTTT*ACAGGGTGTTCCCGAAT
GGTGAGGTTCAGTATCTTCATCCTAAAGATGGAGTTTACCCGGAGAAGGCGAATCCGGGA
AGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGATCTATTGGGAAAAATGTTAGTCCCATTGAAGTT
AAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAAGTTGTGAAAATTTAAAACAAAAAATAA
TGTGGATGT

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DS 

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AGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGATCTATTGGGAAAAATGTCAGTCCCATTGAAGTTAA
GTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAAGTTGTGAAAATTTAAAACAAAAAATCATG
TGGATGTGACTATGTTTGGTTTTAATTTTTAATGGAGTTCATCT

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DS 

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CAAG*GCTTAGGTCCAAGTACAAGATTAACTACCAGTTTT*ACAGGGTGTTCCCTAATGG
TGAGGTTCAGTATCTTCATCCTAAAGATGGAGTTTATCCCGAGAAGGCGAATCCGGGAAG
AGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGATCTATTGGGAAAAATGTCAGTCCCATTGAAGTTAA
GTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAAGTTGTGAAAATTTAAAACAAAAAATCATG
TGGATGTGACTATGTTTGGTTTTAATTTTTAATGGAGTTCATCT

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DS 

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G
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ATCATGTGGATGTGACTATGTTTGGTTTTAATTTTTAATGGGGTTCATCTGAATAATTAT
TCTCCT

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DS 

RD RR1AB78TF 547 0 0
G
GCCGTGAAAGAAGCTCCGGTGGGATTCACGCCGCCTCAGCTAGACCCAAACACACCGTCA
CCGATCTTCGCGGGAAGCACCGGTG*GGCTTCTCCGCAAAGCCCAGGTGGAAGAGTTCTA
CGTTATTACATGGAACTCGCCGAAAGAGCAGATCTTTGAGATGCCGACGGGAGGTGCGGC
GATCATGAGGGAAGG*TCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAAAGAACAGTGCTTGGCTT
TGGGGACAAG*GCTTAGGTCCAAGTACAAGATTAACTACCAGTTTT*ACAGGGTGTTCCC
TAATGGTGAGGTTCAGTATCTTCATCCTAAAGATGGAGTTTATCCCGAGAAGGCGAATCC
GGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGATCTATTGGGAAAAATGTCAGTCCCATTGA
AGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAAGTTGTGAAAATTTAAAACAAAAA
ATCATGTGGATGTGACTATGTTTGGTTTTAATTTTTAATGGGGTTCATCTGAATAATTAT
TCTCCT

QA 2 547 2 547
DS 



AS 2 8

CO CL701Contig1 1247 6 6 U
GGGACAATTCACCAAAAACTTTAAAGTGTTTTAAGAGAGAGAAAAAGAATCAAAGAGACT
CACGGAAATGGAAAATGCAGTAGCGAAACAGAGCATCCCTCTCCTCACTCCCTACAAGAT
GGGAAGATTCAATCTTTCCCACAGGGTTGTGCTGGCACCACTGACGAGACAGAGATCATA
CGGAAACGTTCCTCAGCCTCACGCTGTCTTGTACTACTCTCAGAGAACAAGCCCAGGAGG
GTTTCTTGTCACTGAAGCTACAGGAGTTTCAGACACAGCTCAAGGCTACCAAGATACTCC
TGGTATATGGACTAAAGAGCATGTGGAGGCATGGAAGCCTATTGTGGATGCTGTTCATGC
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CTCTAATGGCATCGATGAAGCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGAAAT
CCCCAGCATTGTCAACGACTTTAGGCTCGCAGCAAGAAACGCCATGGAAGCTGGCTTTGA
TGGAGTTGAGATTCATGGTGCTAATGGCTATCTGATAGACCAGTTCATGAAAGATACTGT
GAATGACAGAACAGATGAATACGGTGGATCATTACAAAACCGTTGCAAATTTGCTTTAGA
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CTTTGCTGACTACATGGAGTCAGCAGACACTAACCCACAAGCGTTAGCCCTTCACATGGG
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TGTCGTGGGTTATACGGATTACCCTTTTCTTGAATCAACAGCTTAGACATTGTCACTAAG
CATGTTAATGTGTAATCCTCTTTCATATAATAAGTTTATCTGGCATT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GQ12TF U 50
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AF RR1DF58TF U 392
AF RR1DP95JQ C 547
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RD RR1GQ12TF 611 0 0
GGG
AAGAGACTCACGGAAATGGAAAATGCAGTAGCGAAACAGAGCATCCCTCTCCTCACTCCC
TACAAGATGGGAAGATTCAATCTTTCCCACAGGGTTGTGCTGGCACCACTGACGAGACAG
AGATCATACGGAAACGTTCCTCAGCCTCACGCTGTCTTGTACTACTCTCAGAGAACAAGC
CCAGGAGGGTTTCTTGTCACTGAAGCTACAGGAGTTTCAGACACAGCTCAAGGCTACCAA
GATACTCCTGGTATATGGACTAAAGAGCATGTGGAGGCATGGAAGCCTATTGTGGATGCT
GTTCATGCCAAAGGTGGTGTATTCTTCTGTCAAATCTGGCATGTTGGCCGTGTTTCTAAC
CGAGGTTTTCAACCAAATGGGCAAGCTCCCATCTCTTGTTCAGACAAGCCATTGATGCCT
CAAATCCGCTCTAATGGCATCGATGAAGCCATGTTCGCCCCTCCAAGACGGCTAAGTACT
GAAGAAATCCCCAGCATTGTCAACGACTTTAGGCTCGCAGCAAGAAACGCCATGGAAGCT
GGCTTTGATGGAGTTGAGATTCATGGTGCTAACGGCTATCTGATAGACCAGTTCATGAAA
GATACTGT

QA 4 611 4 611
DS 

RD RR1DH15TF 689 0 0
GGGACAATTCACCAAAAACTTTAAAGTGTTTTAAGAGAGA**AAAAGAATCAAAGAGACT
CACGGAAATGGAAAATGCAGTAGCGAAACAGAGCATCCCTCTCCTCACTCCCTACAAGAT
GGGAAGATTCAATCTTTCCCACAGGGTTGTGCTGGCACCACTGACGAGACAGAGATCATA
CGGAAACGTTCCTCAGCCTCACGCTGTCTTGTACTACTCTCAGAGAACAAGCCCAGGAGG
GTTTCTTGTCACTGAAGCTACAGGAGTTTCAGACACAGCTCAAGGCTACCAAGATACTCC
TGGTATATGGACTAAAGAGCATGTGGAGGCATGGAAGCCTATTGTGGATGCTGTTCATGC
CAAAGGTGGTGTATTCTTCTGTCAAATCTGGCATGTTGGCCGTGTTTCTAACCGAGGTTT
TCAACCAAATGGGCAAGCTCCCATCTCTTGTTCAGACAAGCCATTGATGCCTCAAATCCG
CTCTAATGGCATCGATGAAGCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGAAAT
CCCCAGCATTGTCAACGACTTTAGGCTCGCAGCAAGAAACGCCATGGAAGCTGGCTTTGA
TGGAGTTGAGATTCATGGTGCTAATGGCTATCTGATAGACCAGTTCATGAAAGATACTGT
GAATGACAGAACAGATGAATACG
TGGATC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1DP95TF 670 0 0
GG
AATTCACCAAAAACTTTAAAGTGTTTTAAGAGAGAGAAAAAGAATCAAAGAGACTCACGG
AAATGGAAAATGCAGTAGCGAAACAGAGCATCCCTCTCCTCACTCCCTACAAGATGTGAA
GATTCAATCTTTCCCACAGGGTTGTGCTGGCACCACTGACGAGACAGAGATCATACAGAA
ACGTTCCTCAGCCTCACGCTGTCTTGTACTACTCTCAGAGAACAAGCCCAGGAGGGTTTC
TCGTCACTGAAGCTACAGGAGTTTCAGACACGGCTCAAGGCTACCAAGATACTCCTGGTA
TATGGACTAAAGAGCATGTGGAGGCATGGAAGCCTATTGTGGATGCTGTTCATGCCAAAG
GTGGTGTATTCTTCTGTCAAATCTGGCATGTTGGCCGTGTTTCTAACCGAGGTTTTCAAC
CAAATGGGCAAGCTCCCATCTCTTGTTCAGACAAGCCATTGATGCCTCAAATCCGCTCTA
ATGGCATCGATGAAGCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGAAATCCCCA
GCATTGTCAACGACTTTAGGCTCGCAGCAAGAAACGCCATGGAAGCTGGCTTTGATGGAG
TTGAGATTCATGGTGCTAATGGCTATCTGATAGACCAGTTCATGAAAGATACTGTGAATG
ACAGAACA

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR1DF58TF 563 0 0
G
ATGTTGGCCGTGTTTCTAACCGAGGTTTTCAACCAAATGGGCAAGCTCCCATCTCTTGTT
CAGACAAGCCATTGATGCCTCAAATCCGCTCTAATGGCATCGATGAAGCCATGTTCACCC
CTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGAAATCCCCAGCATTGTCAACGACTTTAGGCTCGCAG
CAAGAAACGCCATGGAAGCTGGCTTTGATGGAGTTGAGATTCATGGTGCTAATGGCTATC
TGATAGACCAGTTCATGAAAGATACTGTGAATGACAGAACAGATGAATACGGTGGATCAT
TACAAAACCGTTGCAAATTTGCTTTAGACATAGTTGAAGCAGTGGCTAACGAGATAGGAC
CAGACCGTGTTGGCATCAGGCTCTCTCCCTTTGCTGACTACATGGAGTCAGCAGACACTA
ACCCACAAGCGTTAGCCCTTCACATGGGTGAATCTTTAAACAAATATGGTATCCTCTACT
GTCATGTGATAGAGCCAAGAATGAAAACAATGGGAGAGATAACGGAGTGTCCTCACTTGC
TAGTGCCGATGAGGAAAGCCTT

QA 2 563 2 563
DS 

RD RR1DP95JQ 698 0 0
CATTGTCAACGACTTTAGGCTCGCAGCAAGAAACGCCATGGAAGCTGGCTTTGATGGAGT
TGAGATTCATGGTGCTAATGGCTATCTGATAGACCAGTTCATGAAAGATACTGTGAATGA
CAGAACAGATGAATACGGTGGATCATTACAAAACCGTTGCAAATTTGCTTTAGACATAGT
TGAAGCAGTGGCTAACGAGATAGGACCAGACCGTGTTGGCATCAGGCTCTCTCCCTTTGC
TGACTACATGGAGTCAGCAGACACTAACCCACAAGCGTTAGCCCTTCACATGGGTGAATC
TTTAAACAAATATGGTATCCTCTACTGTCATGTGATAGAGCCAAGAATGAAAACAATGGG
AGAGATAACGGAGTGTCCTCACTTGCTAGTGCCGATGAGGAAAGCCTTTCAGGGGACTTT
CATCTCAGCGGGAGGTTACACGAGGAAAGATGGGAATGAGGCAGTGGCAGAGGGACGGAC
CGATCTTGTGGCTTATGGTCGGTGGTTTCTAGCGAACCCTGATCTGCCTAAGAGGTTTGA
AGTGGATGCAGAGCTGAATAAATATGATAGGCCAACGTTTTACATTTCTGATCCTGTCGT
GGGTTATACGGATTACCCTTTTCTTGAATCAACAGCTTAGACATTGTCACTAAGCATGTT
AATGTGTAATCCTCTTTCATATAATAAGTTTATCTG
AC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1DH15JQ 625 0 0
AATGGCTATCTGATAGACCAGTTCATGAAAGATACTGTGAATGACAGAACAGATGAATAC
GGTGGATCATTACAAAACCGCTGCAAATTTGCTTTAGACATAGTTGAAGCAGTGGCTAAC
GAGATAGGACCAGACCGTGTTGGCATCAGGCTCTCTCCCTTTGCTGACTACATGGAGTCA
GCAGACACTAACCCACAAGCGTTAGCCCTTCACATGGGTGAATCTTTAAACAAATATGGT
ATCCTCTACTGTCATGTGATAGAGCCAAGAATGAAAACAATGGGAGAGATAACGGAGTGT
CCTCACTTGCTAGTGCCGATGAGGAAAGCCTTTCAGGGGACTTTCATCTCAGCGGGAGGT
TACGCGAGGAAAGATGGGAATGAGGCAGTGGCAGAGGGACGGACCGATCTTGTGGCTTAT
GGTCGGTGGTTTCTAGCGAACCCTGATCTGCCTAAGAGGTTTGAAGTGGATGCAGAGCTG
AATAAATATGATAGGCCAACGTTTTACATTTCTGATCCTGTCGTGGGTTATACGGATTAC
CCTTTTCTTGAATCAACAGCTTAGACATTGTCACTAAGCATGTTAATGTGTAATCCTCTT
TCATATAATAAGTTTATCTGGCATT

QA 1 625 1 625
DS 



CO CL701Contig2 614 2 4 U
GATAGACCAGTTCATGAAAGATACTGTGAATGACAGAACAGATGAATACGGTGGATCATT
ACAAAAACGTTGCAAATTTGCTTTAGACATAGTTGAAGCAGTGGCTACCGAGATAGGACC
AGACCGTGTTGGCATCAGGCTCTCTCCCTTTGCTGACTACATGGAGTCAGCAGACACTAA
CCCACAAGCGTTAGCCCTTCACATGGGTGAATCTTTAAACAAATATGGTATCCTCTACTG
TCATGTGATAGAGCCAAGAATGAAAACAATGGGAGAGATAACAGAGTGTCCTCACTTGCT
AGTGCCGATGAGGAAAGCCTTTCAGGGGACTTTCATCTCAGCGGGAGGTTACACGAGGAA
AGATGGGAATGAGGCAGTGGCAGAGGGACGGACCGATCTTGTGGCTTATGGTCGGTGGTT
TCTTGCAAACCCGGATCTTCCTAAGAGATTTGAAGTGGATGCACCGCTGAATAAATATGA
TAGGCCAACGTCTTACATTTCTGATCCTGTTGTTGGTTACACGGATTACCCTTTTCTTGA
ACCAACAGCTTAGACATTGTCATTAAGCATGTTAATGTGTAATCGTCTTTCATATAATAA
GTTTATCTGGCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ12JQ C 1
AF RR1F749TF U 257
BS 1 257 RR1GQ12JQ
BS 258 541 RR1F749TF
BS 542 542 RR1GQ12JQ
BS 543 614 RR1F749TF

RD RR1GQ12JQ 595 0 0
GATAGACCAGTTCATGAAAGATACTGTGAATGACAGAACAGATGAATACGGTGGATCATT
ACAAAAACGTTGCAAATTTGCTTTAGACATAGTTGAAGCAGTGGCTACCGAGATAGGACC
AGACCGTGTTGGCATCAGGCTCTCTCCCTTTGCTGACTACATGGAGTCAGCAGACACTAA
CCCACAAGCGTTAGCCCTTCACATGGGTGAATCTTTAAACAAATATGGTATCCTCTACTG
TCATGTGATAGAGCCAAGAATGAAAACAATGGGAGAGATAACAGAGTGTCCTCACTTGCT
AGTGCCGATGAGGAAAGCCTTTCAGGGGACTTTCATTTCAGCGGGAGGTTACACGAGGAA
AGATGGGAATGAGGCAGTGGCAGAGGGACGGACCGATCTTGTGGCTTATGGTCGGTGGTT
TCTTGCAAACCCGGATCTTCCTAAGAGATTTGAAGTGGATGCACCGCTGAATAAATATGA
TAGGCCAACGTTTTACATTTCTGATCCTGTTGTTGGTTACACGGATTACCCTTTTCTTGA
ACCAACAGCTTAGACATTGTCATTAAGCATGTTAATGTGTAATCGTCTTTCATAT

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1F749TF 358 0 0
G
GAATGAAAACAATGGGAGAGATAACAGAGTGTCCTCACTTGCTAGTGCCGATGAGGAAAG
CCTTTCAGGGGACTTTCATCTCAGCGGGAGGTTACACGAGGAAAGATGGGAATGAGGCAG
TGGCAGAGGGACGGACCGATCTTGTGGCTTATGGTCGGTGGTTTCTTGCAAACCCGGATC
TTCCTAAGAGATTTGAAGTGGATGCACCGCTGAATAAATATGATAGGCCAACGTCTTACA
TTTCTGATCCTGTTGTTGGTTACACGGATTACCCTTTTCTTGAATCAACAGCTTAGACAT
TGTCATTAAGCATGTTAATGTGTAATCGTCTTTCATATAATAAGTTTATCTGGCGTT

QA 2 358 2 358
DS 



AS 1 7

CO CL702Contig1 1923 7 26 U
GGATCGACATTTTGAGTCAGCACTCACTCAGCAACTCAAATCCCCATAAAAGGGAAGAAA
ATCATCCAAAAAAAAGAAAAATCAAATCAGACGATGCTTCTCCGAACTACTCTCCAGCAA
GGGAAAAACAATCTCAGGCCTCGTTTTCTCCGTTGTTTGTTATCAACTATGTCATCATCT
ACTCACCCTCCTAGAGTACCAAATCTTATTGGAGGATCTTTCGTTGACTCTCAAGCATCT
TCACATATCGATGTCATAAACCCTGCAACCCAAGAAGTTGTTTCTCAAGTACCATTGACA
ACTAAGGATGAGTTCAAGGCCGCTGTGTCCGCTGCGAAGCAAGCTTTTCCTTCTTGGAGA
AACACCCCCATTACCACTCGTCAGCGTGTTATGCTCAAGTTTCAAGAACTTATTCGCAAA
AACATGGATAAACTTGCATTGAACATTACAACCGAGCAAGGGAAGACCTTAAAGGATGCA
CATGGTGATATCTTCCGTGGGCTAGAGGTTGTGGAGCATGCTTGTGGAATGGCAACTCTA
CAGATGGGTGAATATGTCCCCAATGTGTCAAACGGAGTCGATACGTATAGTCTTAGGGAG
CCATTAGGTGTATGTGCTGGCATTTGTCCTTTCAACTTTCCTGCTATGATTCCTTTATGG
ATGTTTCCCATTGCGGTGACATGTGGCAATACCTTTGTCTTAAAGCCATCAGAAAAGGAT
CCTGGTGCTTCTGTAATGCTTGCGGAGCTCGCAATGGAAGCTGGATTACCTGACGGGGTT
CTCAATATCGTTCACGGTACCAATGATACTGTGAATGCTATCTGTGATGATGATGA***T
ATCAGGGCTGTCTCCTCTGTTGGCTCAAACACTGCTGGAATGCATATATATGCAAGAGCA
GCAGCCAAAGGAAAACGTATTCAGTCAAATATGGGGGCGAAAAATCATGGAGTTGTCCTG
CCTGATGCCAACGTCGACGCTACTTTGAATGCGCTACTTGCTGCTGGATTTGGTGCCGCT
GGACAGAGATGCATGGCTCTGAGTACAGTTGTCTTTGTTGGCAGTTCAAAATCATGGGAG
GATAAACTTGTCGAGCGAGCTAAAGCCCTTAAAGTCTCATGTGGAACAGAGCCAGATGCA
GACCTGGGTCCTGTGATTAGTAAACAGGCCAAAGAAAGGATATGTCGCTTGATTCAGTCT
GGTGTGGACGATGGTGCTAAACTGTTGCTTGACGGAAGAAATATTGTGGTTCCTGGATAC
GAGAAAGGGAATTTTATCGGTCCTACCATTTTATCTGGTGTTACCCCAGACATGGAGTGT
TACAAGGAAGAAATATTTGGCCCCGTTCTTGTATGCATGGAGGCAAGCAGCTTTGATGAA
GCCATAGACATACTGAATAGAAACAAGTATGGCAACGGTGCTGCAATTTTCACTGCATCG
GGCGCAGCGGCAAGAAAGTTCCAGATGGAAATAGAAGCAGGACAGATTGGTATAAACGTT
CCAATCCCGGTTCCGTTACCGTTTTTCTCCTTTACTGGGAACAAAGCTTCATTTGCAGGA
GACCTGAACTTTTATGGCAAAGCTGGAGTAGACTTTTTCACTCAGATCAAGACTGTGACA
CAACAGTGGAAGGATATTCCAACTTCAGTATCTCTTGCCATGCCTACATCGCAAAAGCAC
TAAATAAAACCCAACCTGGCGGCTATTTTCGTTTTGGATTTCTCGAAATAATAAATGAAA
TTGTATCCATTTCAGTTAATATCACTTCCGTTTACGTAGGCAAATGCGTAAAATAAACAC
TTCGTTTTGATTTTAGCTCTGTTCAAAATTACACTAGGCTTTAAAGCATACAATCAGGTA
GAACCTAGTGTGCGGTCGGATAGGGCATAGCGTCCAATCAATTATTCAGGGACTATTCGT
TCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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ACTCACCCTCCTAGAGTACCAAATCTTATTGGAGGATCTTTCGTTGACTCTCAAGCATCT
TCACATATCGATGTCATAAACCCTGCAACCCAAGAAGTTGTTTCTCAAGTACCATTGACA
ACTAAGGATGAGTT*AAGGCCGCTGTGTCCGCTGCGAAGCAAGCTTTTCCTTCTTGGAGA
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AACATGGATAAACTTGCATTGAACATTACAACCGAGCAAGGGAAGACCTTAAAGGATGCA
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CCATT

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GG
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TTTTCTCCGTTGTTTGTTATCAACTATGTCATCATCTACTCACCCTCCTAGAGTACCAAA
TCTTATTGGAGGATCTTTCGTTGACTCTCAAGCATCTTCACATATCGATGTCATAAACCC
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TGTGTCCGCTGCGAAGCAAGCTTTTCCTTCTTGGAGAAACACCCCCATTACCACTCGTCA
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AGAGGTTGTGGAGCATGCTTGTGGAATGGCAACTCTACAGATGGGTGAATATGTCCCCAA
TGTGTCAAACGGAGTCGATACGTATAGTCTTAGGGAGCCATTAGGTGTATGTGCTGGCAT
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TGGCATTACCTTTGTCTTAAAGCCATCAGAAAAGGATCCTGGTGCTTCTGTAATGCTTGC
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ACCGAGCAAGGGAAGACCTTAAAGGATGCACATGGTGATATCTTCCGTGGGCTAGAGGTT
GTGGAGCATGCTTGTGGAATGGCAACTCTACAGATGGGTGAATATGTCCCCAATGTGTCA
AACGGAGTCGATACGTATAGTCTTAGGGAGCCATTAGGTGTCTGTGCTGGCATTTGTCCT
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ACCTTTGTCTTAAAGCCATCAGAAAAGGATCCTGGTGCTTCTGTAATGCTTGCGGAGCTC
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GTGAATGCTATCTGTGATGATGATGA***TATCAGGGCTGTCTCCTTTGTTGGCTCAAAC
ACTGCTGGAATGCATATATATGCAAGAGCAGCAGCCAAAGGAAAACGTATTCAGTCAAAT
ATGGGGGCGAAAA*TCATGGAGTTGTCCTGCCTGATGCCAACGTCGACGCTACTTTGAAT
GCGCTACTTGCTGCTGGATTTGGTGCCGCTGGTCAGAGATGCATGGCTCTGAGTACAGTT
GTCTTTGT
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G
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CCCATTGCGGTGACATGTGGCAATACCTTTGTCTTAAAGCCATCAGAAAAGGATCCTGGT
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ATCGTTCACGGTACCAATGATACTGTGAATGCTATCTGTGATGATGATGATGATATCAGG
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CATGTGGAACAGAGCCAGATGCAGACCTGGGTCCTGTGATTAGTAA***GGCCAAAGAAA
GGATATGTCGCTTGATTCAGTCTGGTGTGGACGATGGTGCTAAACTGTTGCTTGACGGAA
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TTACTGGGAACAAAGCTTCATTTGCGGGAGACCTGAACTTTTATGGCAAAGCTGGAGTAG
ACTTTTTCACTCAGATCAAGACTGTGACACAACAGTGGAAGGATATTCCAACTTCAGTAT
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DS 

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GGCCCCGTTCTTGTATGCATGGAGGCAAGCAGCTTTGATGAAGCCATAGACATACTGAAT
AGAAACAAGTATGGCAACGGTGCTGCAATTTTCACTGCATCGGGCGCAGCGGCAAGAAAG
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CCGTTCTTCTCCTTTACTGGGAACAAAGCTTCATTTGCAGGAGACCTGAACTTCTATGGC
AAAGCTGGAGTAGACTTTTTCACTCAGATCAAGACTGTGACACAACAGTGGAAGGATATT
CCAACTTCAGTATCTCTTGCCATGCCTACATCGCAAAAGCACTAAATAAAACCCAACCTG
GCGGCTATTTTCGTTTTGGATTTCTCGAAATAATAAATGAAATTGTATCCATTTCAGTTA
ATATCACTTCCGTTTACGTAGGCAAATGCGTAAAATAAACACTTCGTTTTGATTTTAGCT
CTGTTCAAAATTACACTAGGCTTTAAAGCATACAATCAGGTAGAACCTAGTGTGCGGTCG
GATAGGGCATAGCGTCCAATCAATTATTCAGGGACTATTCGTTCG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 5

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TTCGGTGAAAACCTCCGGATGTGACAGAAGGTCTCCGTTTCTAGGATTCTCTCTAAATGC
TATCTCAAAGCCGCAGGTTCGAATCGCCACCAATGCGAACACAAAAAGAGGAGTGCAGGT
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GGCGAATCAACGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCAAATGGCCCTGATATCTGGAACAC
AACATGGTATCCAAAGGCTTCAGACCATGTGAACACGGACAAGCCCTGGTACGTGGTCGA
CGCAACCGACAAGATTCTCGGAAGGTTAGCATCAACCATTGCTAACCACATCCGTGGCAA
GAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTTATTGTGGTGAATGC
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ACGACCTGGTGGTATGACTGTAGAAACCTTTGATCAGTTGCAGCAGAGAATCCCGGAGAG
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CTCTGTTAAGGTCTAGTTTTATATTGGGTTTCTGTAGTTTCTTTTTTCTCAAAGCTAGAG
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TTTAATGTGCATTTTCTTGCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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CGCAACCGACAAGATTCTCGGAAGGTTAGCATCAACCATTGCTAACCACATCCGTGGCAA
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ACATCATCCCTTGTTCCGGCGAATCAACGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCAAATGGC
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CCCTGGTACGTGGTCGACGCAACCGACAAGATTCTCGGAAGGTTAGCATCAACCATTGCT
AACCACATCCGTGGCAAGAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTT
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GG
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TCAACGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCAAATGGCCCTGATATCTGGAACACAACATG
GTATCCAAAGGCTTCAGACCATGTGAACACGGACAAGCCCTGGTACGTGGTCGACGCAAC
CGACAAGATTCTCGGAAGGTTAGCATCAACCATTGCTAACCACATCCGTGGCAAGAACCT
TGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTTATTGTGGTGAATGCTGAGAA
AGTAGCTGTGTCTGGAAAGAAAAGGAACCAGAAGCTGTACAGGAGGCATTCAGGACGACC
TGGTGGTATGACTGTAGAAACCTTTGATCAGTTGCAGCAGAGAATCCCGGAGAGGATCAT
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CCTGAAAGTGTACAAAGGTCCAGAACATCCTCACGAGGCACAGAAGCCGCTTGATCTGCC
TAT

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CAACTACTATTACTACTACTACTACATCATCCCTTGTTCCGGCGAATCAACGGTGGATGT
TCGACGAAGAAGAAGCAAATGGCCCTGATATCTTGAACACAACATGGTATCCAAAGGCTT
CAGACCATGTGAACACGGACAAGCCCTGGTACGTGGTCGACGCAACCGACAAGATTCTCG
GAAGGTTAGCATCAACCATTGCTAACCACATCCGTGGCAAGAACCTTGCCTCCTACACTC
CCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTTATTGTGGTGAATGCTGAGAAAGTAGCTGTGTCTG
GAAAGAAAAGGAACCAGAAGCTGTACAGGAGGCATTCAGGACGACCTGGTGGTATGACTG
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GTACGTGGTCGACGCAACCGACAAGATTCTCGGAAGGTTAGCATCAACCATTGCTAACCA
CATCCGTGGCAAGAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTTAT
TGTGGTGAATGCTGAGAAAGTAGCTGTGTCTGGAAAGAAAAGGAACCAGAAGCTGTACAG
GAGGCATTCAGGACGACCTGGTGGTATGACTGTAGAAACCTTTGATCAGTTGCAGCAGAG
AATCCCGGAGAGGATCATTGAGCACGCTGTTCGTGGAATGCTTCCCAAGGGACGGCTTGG
GAGAGCTCTGTTCAATCACCTGAAGGTGTACAAAGGTCCAGAACATCCTCACGAGGCACA
GAAGCCGCTTGATCTGCCTATCAGGGACAAGAGAATACAGCTGTAGAAATAGATACATAC
ACCATGGAGTATCTCTGTTAAGGTCTAGTTTTATATTGGGTTTCTGTAGTTTCTTTTTTC
TCAAAGCTAGAGGAGACTTTGCAGATTCTTTATTCTATTGCTTGCAACTATCATCTCTAT
GCTATAGAGTTTTTTAATGTGCATTTTCTTGCTGCC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 2 7

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TACACACTCATACACAAAGACACAAAATGAGAAAACAAACTGAATCAGTTTGGCATTGAA
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AGAGGATCCCTT*CAAGAGCTGCGTAGTTTGATGGCGAGATAGGGCAGCCTCCGTGTGAG
CACTTGAAGCAGGACTTGTGATATGTCTGGCTCTCCACTGTTACCTTTTCGATAGGATAC
ACAGTTTTACTGCAAGTGGCGCATTTTTCTTGTGTGCCTGAGAACATACCAGCAACTCGG
CTAGGGGTCCTTGTCAGCTCAGGACTTGATTTCTCAGCCGGTTTAACAGGTGACTGAAAG
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ACACCTTCCATTGATGAATATCTACTCAGCTGAAGCCTGGATTTGCAGTGAGTGCATTTG
AAGCAAGACTTGTGATAACTAACACCATCAGCTGAGAGAAGCTCCACAGGGTACACAGTT
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TCCCTTTACTCACCTTCTTCTTCTTCTCCTCTCCTTGAGCTGAGGACCTTCCAAGATCTG
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GATGAAGGAAGAATAAAAATGATGGGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B444JQ U 1
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BS 462 462 RR1GO06JQ
BS 463 529 RR1B444JQ
BS 530 747 RR1GO06JQ
BS 748 928 RR1GO06TF

RD RR1B444JQ 530 0 0
CACGACAACAAACAAGCTTTAGGAGAGATTAATGGAAGCAAAGAGCATCAAAGGATAGAT
TACACACTCATACACAAAGACACAAAATGAGAAAACAAACTGAATCAGTTTGGCATTGAA
GTTTCAATTTAGACTAGAGAGGAGAGAGGATTATTTGAGTTTTTTAAGATTCAGGAACGG
CGGCTGCAGGTGTACCGGCAGCGACTGCGGCTGCCGCAAAGCGTTTGATGGAAGCAGATT
TGATCAAGTGGTTGTAACTTCCCTTTTCCTTGAAAAGCCGAGCGAAATGGTGCTTGCAGT
AGAGGATCCCTT*CAAAAGCTGCGTAGTTTGATGGCGAGATAGGGCAGCCTCCGTGTGAG
CACTTGAAGCAGGACTTGTGATATGTCTGGCTCTCCACTGTTACCTTTTCGATAGGATAC
ACAGTTTTACTGCAAGTGGCGCATTTTTCTTGTGTGCCTGAAAACATACCAGCAACTCGG
CTAGGGGTCCTTGTCAGCTCAGGACTTGATTTCTCAGCCGGTTTAACAG
C

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1GO06JQ 746 0 0
C
CGACAACAAACAAGCTTTAGGAGAGATTAATGGAAGCAAAGAGCATCAAAGGATAGATTA
CACACTCATACACAAAGACACAAAATGAGAAAACAAACTGAATCAGTTTGGCATTGAAGT
TTCAATTTAGACTAGAGAGGAGAGAGGATTATTTGAGTTTTTTAAGATTCAGGAACGGCG
GCTGCAGGTGTACCGGCAGCGACTGCGGCTGCCGCAAAGCGTTTGATGGAAGCAGATTTG
ATCAAGTGGTTGTAACTTCCCTTTTCCTTGAAAAGCTGAGCGAAATGGTGCTTGCAGTAG
AGGATCCCTT*CAAGAGCTGCGTAGTTTGATGGCGAGATAGGGCAGCCTCCGTGTGAGCA
CTTGAAGCAGGACTTGTGATATGTCTGGCTCTCCACTGTTACCTTTTCGATAGGATACAC
AGTTTTACTGCAAGTGGCGCATTTTTCTTGTGTGCCTGAGAACATACCAGCAACTCGGCT
AGGGGTCCTTGTCAGCTCAGGACTTGATTTCTCAGCCGGTTTAACAGGTGACTGAAAGTT
CTTGGTGAAGCTACCAGACTCCTTAAAGAGCTGCTCATAATGAGGCTTACAGTACAACAC
ACCTTCCATTGATGAATATCTACTCAGCTGAAGCCTGGATTTGCAGTGAGTGCATTTGAA
GCAAGACTTGTGATAACTAACACCATCAGCTGAGAGAAGCTCCACAGGGTACACAGTTTT
CTCGCAAGCCTTGCATTTCTGCTGA

QA 2 746 2 746
DS 

RD RR1GO06TF 663 0 0
TTCCTTGAAAAGCTGAGCGAAATGGTGCTTGCAGTAGAGGATCCCTTTCAAGAGCTGCGT
AGTTTGATGGCGAGATAGGGCAGCCTCCGTGTGAGCACTTGAAGCAGGACTTGTGATATG
TCTGGCTCTCCACTGTTACCTTTTCGATAGGATACACAGTTTTACTGCAAGTGGCGCATT
TTTCTTGTGTGCCTGAGAACATACCAGCAACTCGGCTAGGGGTCCTTGTCAGCTCAGGAC
TTGATTTCTCAGCCGGTTTAACAGGTGACTGAAAGTTCTTGGTGAAGCTACCAGACTCCT
TAAAGAGCTGCTCATAATGAGGCTTACAGTACAACACACCTTCCATTGATGAATATCTAC
TCAGCTGAAGCCTGGATTTGCAGTGAGTGCATTTGAAGCAAGACTTGTGATAACTAACAC
CATCAGCTGAGAGAAGCTCCACAGGGTACACAGTTTTCTCGCAAGCCTTGCATTTCTGCT
GAGTTCCTGTGAAAGAAGACATCCTTCAAAGTCTCTCCCTTTACTCACCTTCTTCTTCTT
CTCCTCTCCTTGAGCTGAGGACCTTCCAAGATCTGATCCTCCAAGGAGGAACGAAAAAGA
GAACGGAAGAGGATCTGTGTGACGACGATCAAAGCGATGAAGGAAGAATAAAAATGATGG
GTG

QA 1 663 1 663
DS 



CO CL704Contig2 989 4 14 U
GGAATCTTCCGATCTTTTATTCTTCCTTCATCGCTTTGATCGTCATCACCCAGATCCTCC
ATTCTCCTTCGTTCCTCCTTGGAGGATCAGATCTTGGAAGGTCCTCAGCTCAAGGAGAGG
AGGAGAAGAAGAAGGGTGAGGAGAGAGAGAGATACTTTGAATTGAAGGATGTCTTCTTTC
ACTGGAACTCAGCAGAAATTCAAGGCTTGCGAGAAGACGGTGTACCCTGTGGAGCTTCTC
TCAGCTGATGGTGTTAGCTATCACAAGTCTTGCTTCAAATGCACTCACTGCAAATCCAGG
CTTCAGCTGAGTAGATATTCATCAATGGAAGGTGTGTTGTACTGTAAGCCTCATTATGAG
CAGCTCTTCAAGGAGTCTGGTAGCTTCACCAAGAACTTTCAGTCACCTGTTAAACCGGCT
GAGAAATCAAGTCCTGAGCTGACAAGGACCCCTAGCCGAGTTGCTGGTATGTTCTCAGGC
ACACAAGAAAAATGCGCCACTCGCAGTAAAACTGTCTATCCTATCGAAAAGGTAACAGTG
GAGAGCCAGACATATCACAAGTCCTGCTTCAAATGCTCACACGGAGGCTGCCCTATCTCA
CCATCAAACTACGCAGCTCTTGAAGGGATTCTCTACTGCAAGCACCATTTCGCTCAGCTT
TTCAAGGAAAAGGGAAGCTACAACCACTTAATCAAATCTGCTTCCATCAAACGCTCTGCG
GCAGCCGCAGTCGCTGCTGGTACACCTGCAGCCGCCGTTCCTGAATCTTAAAAAAACTCA
AATAATCCTCTCTCCTCCCTAGTCTAAATTGAAAACTCAATGCCAAACTGATTCAGTTTG
TTTTCTCTTTTATGCCTTTGTGTATGAGTGTGTAATACTGTAATCTATCCTTTGATGTTC
TTTGCTTCCATTAATCTCTCTCCTAAAGCTTGTTTGTTGTCGTTATCTGGTATCTCTATA
AAAAAACTGAGACTTTCCTTTTTCGAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E326TF U 1
AF RR1CQ45TF U 17
AF RR1CQ45JQ C 114
AF RR1E326JQ C 232
BS 1 152 RR1E326TF
BS 153 153 RR1CQ45TF
BS 154 182 RR1E326TF
BS 183 183 RR1CQ45TF
BS 184 199 RR1E326TF
BS 200 200 RR1CQ45TF
BS 201 527 RR1E326TF
BS 528 764 RR1CQ45TF
BS 765 765 RR1CQ45JQ
BS 766 775 RR1CQ45TF
BS 776 844 RR1CQ45JQ
BS 845 845 RR1E326JQ
BS 846 908 RR1CQ45JQ
BS 909 989 RR1E326JQ

RD RR1E326TF 527 0 0
GGAATCTTCCGATCTTTTATTCTTCCTTCATCGCTTTGATCGTCATCACCCAGATCCTCC
ATTCTCCTTCGTTCCTCCTTGGAGGATCAGATCTTGGAAGGTCCTCAGCTCAAGGAGAGG
AGGAGAAGAAGAAGGGTGAGGAGAGAGAGAGAGACTTTGAATTGAAGGATGTCTTCTTTC
ACAGGAACTCAGCAGAAATGCAAGGCTTGCGAGAAGACGGTGTACCCTGTGGAGCTTCTC
TCAGCTGATGGTGTTAGCTATCACAAGTCTTGCTTCAAATGCACTCACTGCAAATCCAGG
CTTCAGCTGAGTAGATATTCATCAATGGAAGGTGTGTTGTACTGTAAGCCTCATTATGAG
CAGCTCTTCAAGGAGTCTGGTAGCTTCACCAAGAACTTTCAGTCACCTGTTAAACCGGCT
GAGAAATCAAGTCCTGAGCTGACAAGGACCCCTAGCCGAGTTGCTGGTATGTTCTCAGGC
ACACAAGAAAAATGCGCCACTCGCAGTAAAACTGTCTATCCTATCGA

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1CQ45TF 767 0 0
GG
ATTCTTCCTTCATCGCTTTGATCGTCATCACCCAGATCCTCCATTCTCCTTCGTTCCTCC
TTGGAGGATCAGATCTTGGAAGGTCCTCAGCTCAAGGAGAGGAGGAGAAGAAGAAGGGTG
AGGAGAGAGAGAGATACTTTGAATTGAAGGATGTCTTCTTTCACTGGAACTCAGCAGAAA
TTCAAGGCTTGCGAGAAGACGGTGTACCCTGTGGAGCTTCTCTCAGCTGATGGTGTTAGC
TATCACAAGTCTTGCTTCAAATGCACTCACTGCAAATCCAGGCTTCAGCTGAGTAGATAT
TCATCAATGGAAGGTGTGTTGTACTGTAAGCCTCATTATGAGCAGCTCTTCAAGGAGTCT
GGTAGCTTCACCAAGAACTTTCAGTCACCTGTTAAACCGGCTGAGAAATCAAGTCCTGAG
CTGACAAGGACCCCTAGCCGAGTTGCTGGTATGTTCTCAGGCACACAAGAAAAATGCGCC
ACTTGCAGTAAAACTGTCTATCCTATCGAAAAGGTAACAGTGGAGAGCCAGACATATCAC
AAGTCCTGCTTCAAATGCTCACACGGAGGCTGCCCTATCTCACCATCAAACTACGCAGCT
CTTGAAGGGATTCTCTACTGCAAGCACCATTTCGCTCAGCTTTTCAAGGAAAAGGGAAGC
TACAACCACTTAATCAAATCTGCTTCCATCAAACGCTCTGCGGCAGCCGCAGTCGCTGCT
GGTACACCTGCAGCCGCCGTTCCTGA*TCTTAAAAAA
CTCAAAAA

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR1CQ45JQ 795 0 0
GGAGAGGAGGAGAAGAAGAAGGGTGAGGAGAGAGAGAGATACTTTGAATTGAAGGATGTC
TTCTTTCACTGGAACTCAGCAGAAATTCAAGGCTTGCGAGAAGACGGTGTACCCTGTGGA
GCTTCTCTCAGCTGATGGTGTTAGCTATCACAAGTCTTGCTTCAAATGCACTCACTGCAA
ATCCAGGCTTCAGCTGAGTAGATATTCATCAATGGAAGGTGTGTTGTACTGTAAGCCTCA
TTATGAGCAGCTCTTCAAGGAGTCTGGTAGCTTCACCAAGAACTTTCAGTCACCTGTTAA
ACCGGCTGAGAAATCAAGTCCTGAGCTGACAAGGACCCCTAGCCGAGTTGCTGGTATGTT
TTCAGGCACACAAGAAAAATGCGCCACTTGCAGTAAAACTGTCTATCCTATCGAAAAGGT
AACAGTGGAGAGCCAGACATATCACAAGTCCTGCTTCAAATGCTCACACGGAGGCTGCCC
TATCTCACCATCAAACTACGCAGCTCTTGAAGGGATTCTCTACTGCAAGCACCATTTCGC
TCAGCTTTTCAAGGAAAAGGGAAGCTACAACCACTTAATCAAATCTGCTTCCATCAAACG
CTCTGCGGCAGCCGCAGTCGCTGCTGGTACACCTGCAGCCGCCGTTCCTGAATCTTAAAA
AAACTCAAATAATCCTCTCTCCTCCCTAGTCTAAATTGAAAACTCAATGCCAAACTGATT
CAGTTTGTTTTTTCTTTTATGCCTTTGTGTATGAGTGTGTAATACTGTAATCTATCCTTT
GATGTTCTTTGCTTC

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1E326JQ 758 0 0
GAGCTTCTCTCAGCTGATGGTGTTAGCTATCACAAGTCTTGCTTCAAATGCACTCACTGC
AAATCCAGGCTTCAGCTGAGTAGATATTCATCAATGGAAGGTGTGTTGTACTGTAAGCCT
CATTATGAGCAGCTCTTCAAGGAGTCTGGTAGCTTCACCAAGAACTTTCAGTCACCTGTT
AAACCGGCTGAGAAATCAAGTCCTGAGCTGACAAGGACCCCTAGCCGAGTTGCTGGTATG
TTCTCAGGCACACAAGAAAAATGCGCCACTCGCAGTAAAACTGTCTATCCTATCGAAAAG
GTAACAGTGGAGAGCCAGACATATCACAAGTCCTGCTTCAAATGCTCACACGGAGGCTGC
CCTATCTCACCATCAAACTACGCAGCTCTTGAAGGGATTCTTTACTGCAAGCACCATTTC
GCTCAGCTTTTCAAGGAAAAGGGAAGCTACAACCACTTAATCAAATCTGCTTCCATCAAA
CGCTTTGCGGCAGCCGCAGTCGCTGCTGGTACACCTGCAGCCGCCGTTCCTGAATCTTAA
AAAAACTCAAATAATCCTCTCTCCTCCCTAGTCTAAATTGAAAACTCAATGCCAAACTGA
TTCAGTTTGTTTTCTCTTTTATGCCTTTGTGTATGAGTGTGTAATACTGTAATCTATCCT
TTGATGTTCTTTGCTTCCATTAATCTCTCTCCTAAAGCTTGTTTGTTGTCGTTATCTGGT
ATCTCTATAAAAAAACTGAGACTTTCCTTTTTCGAATC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 2 6

CO CL705Contig1 357 2 1 U
CGCTATGCCGCTCCGCCCGCCACAGCATATATATATAAAAAAGAGGGAAGAAAGAACAAC
CGTTTGACTTTGGCACATGAGGTGGCGGGTTTGGCTAGGTAACATAATGGCAATGTATCG
GACTGCAAATCCTGGAATGACGGTTCGACCCCGTCCTTGGCCTCTCCTTTCAGTCGAGTT
GCTAAAGCACCTCTCGCAACAAGTGCTCGAGTCACTCCGAGGAACGCCTTTTCAGTCGAG
TTGCTAAAGCACCTCTCCTTGCAGTCGAGTTGCTAAAGCACCTCTCCTTTGCTATTCGAG
TAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTAGGGGGCCCCTCTCTGATAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BS04TF U 1
AF RR1D165TF U 258
BS 1 357 RR1BS04TF

RD RR1BS04TF 357 0 0
CGCTATGCCGCTCCGCCCGCCACAGCATATATATATAAAAAAGAGGGAAGAAAGAACAAC
CGTTTGACTTTGGCACATGAGGTGGCGGGTTTGGCTAGGTAACATAATGGCAATGTATCG
GACTGCAAATCCTGGAATGACGGTTCGACCCCGTCCTTGGCCTCTCCTTTCAGTCGAGTT
GCTAAAGCACCTCTCGCAACAAGTGCTCGAGTCACTCCGAGGAACGCCTTTTCAGTCGAG
TTGCTAAAGCACCTCTCCTTGCAGTCGAGTTGCTAAAGCACCTCTCCTTTGCTATTCGAG
TAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTAGGGGGCCCCTCTCTGATAAGG

QA 1 357 1 357
DS 

RD RR1D165TF 100 0 0
CTTGCAGTCGAGTTGCTAAAGCACCTCTCCTTTGCTGTTCGAGTAAACAAGAAATGCTCG
AGTTACTAAACACCCCCTAGGGGGCCCCTCTCTGATAAGG

QA 1 100 1 100
DS 



CO CL705Contig2 495 4 2 U
GCTATAGAAAGTTGTGGTTGGTTGTTGACCAACAAAAGCATGGGAGAAAACCAAGAAAAA
GGGGGCATAGAGATTTCTTCTCTTATGAGATTGATAGTTTGATCGCGGGGGCGGCCCGGC
AGGCTAGCGATCAGAAAAGAAAATCGATTCTATATACGTTATGGTATGGAAAAAGATCTG
ACTTCGTTAGAAGAAGATGAGCTGCCTAGATCTTTGTATGTCCAGGTCTCGGTAATTGAA
GAAAGAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCCGTGATAAGACATCTTCCGCAATA
CAAAATAACAACGGGGGATAAAGGATCCCCCTGTCTCACACCGCCTAACATGAGAAATAT
CCTTTTGGAGAACCATTAACCAAGACAGAGAGCTTGGCAGCGTCGAGGTGCTAAAGCACC
TCTCCTTTGCTGTTCGAGTAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTAGGGAGC
CCCTCTCTGATAAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1H218TF U 1
AF RR1H218JQ C 1
AF RR1FE39JQ C 178
AF RR1FE39TF U 178
BS 1 396 RR1H218TF
BS 397 495 RR1FE39TF

RD RR1H218TF 396 0 0
GCTATAGAAAGTTGTGGTTGGTTGTTGACCAACAAAAGCATGGGAGAAAACCAAGAAAAA
GGGGGCATAGAGATTTCTTCTCTTATGAGATTGATAGTTTGATCGCGGGGGCGGCCCGGC
AGGCTAGCGATCAGAAAAGAAAATCGATTCTATATACGTTATGGTATGGAAAAAGATCTG
ACTTCGTTAGAAGAAGATGAGCTGCCTAGATCTTTGTATGTCCAGGTCTCGGTAATTGAA
GAAAGAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCCGTGATAAGACATCTTCCGCAATA
CAAAATAACAACGGGGGATAAAGGATCCCCCTGTCTCACACCGCCTAACATGAGAAATAT
CCTTTTGGAGAACCATTAACCAAGACAGAGAGCTTG

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR1H218JQ 495 0 0
GCTATAGAAAGTTGTGGTTGGTTGTTGACCAACAAAAGCATGGGAGAAAACCAAGAAAAA
GGGGGCATAGAGATTTTTTTTTTTATGAGATTGATAGTTTGATCGCGGGGGCGGCCCGGC
AGGCTAGCGATCAGAAAAGAAAATCGATTCTATATACGTTATGGTATGGAAAAAGATTTG
ACTTCGTTAGAAGAAGATGAGCTGCCTAGATCTTTGTATGTCCAGGTCTCGGTAATTGAA
GAAAGAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCCGTGATAAGACATTTTCCGCAATA
CAAAATAACAACGGGGGATAAAGGATCCCCCTGTCTCACACCGCCTAACATGAGAAATAT
CCTTTTGGAGAACCATTAACCAAGACAGAGAGCTTGGCAGCGTCGAGGTGCTAAAGCACC
TCTCCTTTGCTGTTCGAGTAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTAGGGAGC
CCCTCTTTGATAAGG

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1FE39JQ 318 0 0
G
TGACTTCGTTAGAAGAAGATGAGCTGCCTAGATCTTTGTATGTCCAGGTCTCGGTAATTG
AAGAAAGAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCCGTGATAAGACATCTTCCGCAA
TACAAAATAACAACGGGGGATAAAGGATCCCCCTGTCTCACACCGCCTAACATGAGAAAT
ATCCTTTTGGAGAACCATTAACCAAGACAGAGAGCTTGGCAGCGTCGAGGTGCTAAAGCA
CCTCTCCTTTGCTGTTCGAGTAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTAGGGA
GCCCCTCTCTGATAAGG

QA 2 318 2 318
DS 

RD RR1FE39TF 318 0 0
G
TGACTTCGTTAGAAGAAGATGAGCTGCCTAGATCTTTGTATGTCCAGGTCTCGGTAATTG
AAGAAAGAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCCGTGATAAGACATCTTCCGCAA
TACAAAATAACAACGGGGGATAAAGGATCCCCCTGTCTCACACCGCCTAACATGAGAAAT
ATCCTTTTGGAGAACCATTAACCAAGACAGAGAGCTTGGCAGCGTCGAGGTGCTAAAGCA
CCTCTCCTTTGCTGTTCGAGTAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTAGGGA
GCCCCTCTCTGATAAGG

QA 2 318 2 318
DS 



AS 1 8

CO CL706Contig1 597 8 7 U
GGGTCAGAAAATAAAATAAAAGAGATCGGTCTGGGAGAAAGAAGCAAAGAAGAAAAATGG
CAGCAACATTTGCAGCTCCATCGACAGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCTCCCA
TCAAGGCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCAAAGAACCCTC
TGAAAGTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAACAGAACTGGCTGAGGA
GAGATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGG
CGATAAACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCGCTC
ACTTCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCACT
TAGGTCTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGATTTAAGGGCAGGACCGAAGATT
ACTTCAAGAAATAAATCATCCATCTTATTCCATCTTTACTTATTATCTTACATCTCTCTC
TTTGTTCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTTTCTTTCTTTCGGTTTTCTAT


BQ
10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 

AF RR1CH36JQ C 3
AF RR1B428JQ C 1
AF RR1B428TF U 239
AF RR1E539JQ C 47
AF RR1E539TF U 47
AF RR1CH36TF U 3
AF RR1EW71JQ C 4
AF RR1EW71TF U 4
BS 1 5 RR1B428JQ
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BS 239 592 RR1B428TF
BS 593 597 RR1B428JQ

RD RR1CH36JQ 328 0 0
GGC
AGAAAATAAAATAAAAGAGATCGGTCTGAGAGAAAGAAGCAAAGAAGAAAAATGGCAGCA
ACATTTGCAGCTCCATCGACAGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCTCCCATCAAG
GCCAAAGCTCTCTTTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCAAAGAACCCTCTGAAA
GTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAACAGAACTGGCTGAGGAGAGAT
CTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGATA
AACGGGAAGAGCCTGTCGGGT
TTTT

QA 4 324 4 324
DS 

RD RR1B428JQ 597 0 0
GGGTCAGAAAATAAAATAAAAGAGATCGGGTTGGGAGAAAGAAGCAAAGAAGAAAAATGG
CAGCAACATTTGCAGCTCCATCGACAGTGATAGGTCTCGTAGGATCATCTGTTTCTCCCA
TCAAGGCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCAAAGAACCCTC
TGAAAGTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAACAGAACTGGTTGAGGA
GAGATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGG
CGATAAACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCGCTC
ACTTCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCACT
TAGGTCTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGATTTAAGGGCAGGACCGAAGATT
ACTTCAAGAAATAAATCATCCATCTTATTCCATCTTTACTTATTATCTTACATCTCTCTC
TTTGTTCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTTTCTTTCTTTCGGTTTTCTAT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1B428TF 359 0 0
GAGAGATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCC
GGCGATAAACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCGC
TCACTTCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCA
CTTAGGTCTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGATTTAAGGGCAGGACCGAAGA
TTACTTCAAGAAATAAATCATCCATCTTATTCCATCTTTACTTATTATCTTACATCTCTC
TCTTTGTTCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTTTCTTTCTTTCGGTTT
TCTAT

QA 1 354 1 354
DS 

RD RR1E539JQ 541 0 0
GG
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CTGTTTCTCCCATCAAGGCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAG
CAAAGAACCCTCTGAAAGTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAACAGA
ACTGGCTGAGGAGAGATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGT
CGAGTATTCCGGCGATAAACGGGAAGAGCCTGTCGGGCCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAA
CTGAGCTCGCTCACTTCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGA
TCACCTGGCACTTAGGTCTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGATTTAAGGGCA
GGACCGAAGATTACTTCAAGAAATAAATCATCCATCTTATTCCATCTTTACTTATTATCT
TACATCTCTCTCTTTGTTCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTTTCTTTCTT
CC

QA 3 539 3 539
DS 

RD RR1E539TF 541 0 0
GG
GAAGAAAAATGGCAGCAACATTTGCAGCTCCATCGACAGTGATAGGTCTCGGAGGATCAT
CTGTTTCTCCCATCAAGGCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAG
CAAAGAACCCTCTGAAAGTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAACAGA
ACTGGCTGAGGAGAGATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGT
CGAGTATTCCGGCGATAAACGGGAAGAGCCTGTCGGGCCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAA
CTGAGCTCGCTCACTTCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGA
TCACCTGGCACTTAGGTCTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGATTTAAGGGCA
GGACCGAAGATTACTTCAAGAAATAAATCATCCATCTTATTCCATCTTTACTTATTATCT
TACATCTCTCTCTTTGTTCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTTTCTTTCTT
CC

QA 3 539 3 539
DS 

RD RR1CH36TF 593 0 0
GGC
AGAAAATAAAATAAAAGAGATCGGTCTGAGAGAAAGAAGCAAAGAAGAAAAATGGCAGCA
ACATTTGCAGCTCCATCGACAGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCTCCCATCAAG
GCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCAAAGAACCCTCTGAAA
GTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAACAGAACTGGCTGAGGAGAGAT
CTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGATA
AACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCGCTCACTTC
CCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCACTTAGGT
CTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGATTTAAGGGCAGGACCGAAGATTACTTC
AAGAAATAAATCATCCATCTTATTCCATCTTTACTTATTATCTTACATCTCTCTCTTTGT
TCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTTTCTTTCTTTCGGTTT
TCT

QA 4 590 4 590
DS 

RD RR1EW71JQ 591 0 0
GG
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ACATTTGCAGCTCCATCGACAGTGATAGGTCTCGGAGAATCATCTGTTTCTCCCATCAAG
GCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCAAAGAACCCTCTGAAA
GTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAACAGAACTGGCTGAGGAGAGAT
CTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGATA
AACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCGCTCACTTC
CCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCACTTAGGT
CTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGATTTAAGGGCAGGACCGAAGATTACTTC
AAGAAATAAATCATCCATCTTATTCCATCTTTACTTATTATCTTACGTCTCTCTCTTTGT
TCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTTTCTTTCTTTCGGTTT
CC

QA 3 589 3 589
DS 

RD RR1EW71TF 591 0 0
GG
AGAAAATAAAATAAAAGAGATCGGTCTGGGAGAAAGAAGCAAAGAAGAAAAATGGCAGCA
ACATTTGCAGCTCCATCGACAGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCTCCCATCAAG
GCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCAAAGAACCCTCTGAAA
GTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAACAGAACTGGCTGAGGAGAGAT
CTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGATA
AACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCGCTCACTTC
CCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCACTTAGGT
CTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGATTTAAGGGCAGGACCGAAGATTACTTC
AAGAAATAAATCATCCATCTTATTCCATCTTTACTTATTATCTTACGTCTCTCTCTTTGT
TCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTTTCTTTCTTTCGGTTT
CC

QA 3 589 3 589
DS 



AS 1 6

CO CL707Contig1 1142 6 23 U
GGATATGTAGCTCTCTTCCTTCTTCTCTCTTCCTCACATTCCTCACCAAACTCAATAACA
CACACCCACACGTACACACAGCAATGTCTCCTTTCAAAATATTCCTCTTCACAGCCTTTC
TCGTGGCGGCTTTTTCATTCTCCGCCGCTGATTTCAACAGCGACGTCAACGTAGCTTGGG
GAAACGGCCGTGGGAAGATACTCAACAATGGGCAGCTTCTTACTCTCTCCTTAGATAAGT
CCTCTGGTTCTGGTTTTCAATCCAAAACAGAGTACTTGTTTGGAAAGATCGATATGCAGA
TTAAGCTTGTTCCTGGTAACTCAGCAGGAACCGTCACAACTTTCTACCTGAAATCTGAAG
GATCGACTTGGGATGAGATTGATTTTGAGTTCTTGGGTAATATGAGTGGAGATCCTTATA
CTTTACACACTAATGTTTACACTCAAGGTAAAGGTGATAAAGAGCAACAGTTCTATCTCT
GGTTCGACCCAACAGCGAACTTCCACACTTACTCAATCCTCTGGAACCCTCAAAGAATCA
TATTGACAGTCGATGATACACCAATTAGAGAGTTTAAAAACTCAGAGTCAATCGGTGTTT
TGTTTCCAAAGAGCAAGCCGATGAGGATGTACGCGAGTCTATGGAACGCAGACGACTGGG
CAACAAGAGGTGGTCTGGTTAAAACGGATTGGTCCAAAGCTCCGTTCATGGCTTCTTACA
GGAACATTAAGATCGACGGGTGTGTTCACATCAACGGAAGATCGTCTTGTAGCCCAAGCT
CTAGTTGGTACACTCAACAAATGGATGCAACTAGCCAAGCTAGACTCAGATGGGTTCAGA
AGAATTACATGATCTACAACTATTGTACGGACCGTAAGAGGTTCCCACAGGGAATCCCTC
GTGAATGTGCAACAAGCGCATAAAATATTTTATTTATGAAGTATATAATGCATACTTCTG
TGTGTGGTAAATGCTCTATGTTTCTTCTTTAGCTGCTTGGGTTTGATTCTTTCGAGTGTA
TATCTATGTCCAATAACGCAAAAGGTGTGTATATATATAAATCTATATATATGTAAGAGA
GTCTTAAAGATGTCTTTGTCTGTAAAATAACACGTTTATGAAAATGATACTACTTTCAAT
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 

AF RR1GZ53TFB U 34
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GTTTGGAAAGATCGATATGCAGATTAAGCTTGTTCCTGGTAACTCAGCAGGAACCGTCAC
AACTTTCTACCTGAAATCTGAAGGATCGACTTGGGATGAGATTGATTTTGAGTTCTTGGG
TAATATGAGTGGAGATCCTTATACTTTACACACTAATGTTTACA

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DS 

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GG
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AATATTCCTCTTCACAGCCTTTCTCGTGGCGGCTTTTTCATTCTCCGCCGCTGATTTCAA
CAGCGACGTCAACGTAGCTTGGGGAAACGGCCGTGGGAAGATACTCAACAATGGGCAGCT
TCTTACTCTCTCCTTAGATAAGTCCTCTGGTTCTGGTTTTCAATCCAAAACAGAGTACTT
GTTTGGAAAGATCGATATGCAGATTAAGCTTGTTCCTGGTAACTCAGCAGGAACCGTCAC
AACTTTCTACCTGAAATCTGAAGGATCGACTTGGGATGAGATTGATTTTGAGTTCTTGGG
TAATATGAGTGGAGATCCTTATACTTTACACACTAATGTTTACACTCAAGGTAAAGGTGA
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TGTTTCCAAAGAGCAAGCCGATGAGGATGTACGCGAGTCTATGGAACGCAGACGACTGGG
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AGA*TTACATGATCTACA
CTATGTACGACCGTAG

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A
TT

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G
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TATTTTATTTATGAAGTATATAATGCATACTTCTGTGTGTGGTAAATGCTCTATGTTTCT
TCTTTAGCTGCTTGGGTTTGATTCTTTCGAGTGTATATCTATGTCCAATAACGGAAAAGG
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AG

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AAGCTAGACTCAGATGGGTTCAGAAGAATTACATGATCTACAACTATTGTACGGACCGTA
AGAGGTTCCCACAGGGAATCCCTCGTGAATGTGCAACAAGCGCATAAAATATTTTATTTA
TGAAGTATATAATGCATACTTCTGTGTGTGGTAAATGCTCTATGTTTCTTCTTTAGCTGC
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ATAAATCTATATATATGTAAGAGAGTCTTAAAGATGTCTTTGTCTGTAAAATAACACGTT
TATGAAAATGATACTACTTTCAATTT

QA 1 626 1 626
DS 



AS 2 8

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TCTACTTAATTTTCTTTCTAGTTCATTCCTTCAAATAATTGAGAGGACAATAATGTGTGC
CTTAACACCAATGTTTCCTTGTTACCAACAAGAATGGTACTCTACTTCAACAATGGAGTC
TCCATGGCTAGATTCCTTCTCTCCTACTCTTCCATCTTTTCTTTATCCTTCTCTCGACCA
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CTTATACTCTTCACTTCGTGCTCTCTTGCCTCCTTCTGATCAAAAGAGGAAGTTGAGCAT
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TATTGTTAAATTAACGATATTATTTGAATTC


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA58TF U 1
AF RR1F647TF U 1
AF RR1GM45TF U 1
AF RR1GI37TF U 3
AF RR1F647JQ C 220
AF RR1CA58JQ C 256
BS 1 168 RR1CA58TF
BS 169 169 RR1F647TF
BS 170 509 RR1CA58TF
BS 510 510 RR1F647TF
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BS 663 663 RR1GM45TF
BS 664 681 RR1CA58TF
BS 682 682 RR1F647TF
BS 683 719 RR1CA58TF
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BS 734 750 RR1GM45TF
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RD RR1CA58TF 719 0 0
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TCCATGGCTAGATTCCTTCTCTCCTACTCTTCCATCTTTTCTTTATCCTTCTCTCGACCA
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CTTATACTCTTCACTTCGTGCTCTCTTGCCTCCTTCTGATCAAAAGAGGAAGTTGAGCAT
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TCATCAACAAGAACAGCTGAGACATAGAGCAATGATGGACTCAGCAGATTCGTCTCCTCA
AA*GATTGCAGCAAATTGGAT*ACAGACACAGAGATAGCTGTCCAGATTGCTACATGGA

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1F647TF 707 0 0
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AGAT

QA 5 703 5 703
DS 

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GGAC
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CTTAATTTTCTTTCTAGTTCATTCCTTCAAATAATTGAGAGGACAATAATGTGTGCCTTA
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TGGCTAGATTCCTTCTCTCCTACTCTTCCATCTTTTCTTTATCCTTCTCTCGACCAACCT
GATGAATTCAAGAACCATAACATCAATTTTCATCCTCATCACATGAATCTTGCTCACATA
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GAGAAGAAACTGAACCACAACGCTAGCGAACGCGACCGCCGTAGAAAGCTAAACGCCTTA
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GCATCTATCTCAGACATGTTGCTTAG
TTAGAAGA

QA 5 750 5 750
DS 

RD RR1GI37TF 720 0 0
GG
ATCGATAGATTCCATCTCAAATTCGTTCTTATCATCAAAAGTCTCTCTCTCT**CATCTA
CTTAATCTTCTTTCTAGTTCATTCCTTCAAATAATTGAGAGGACAATAATGTGTGCCTTA
ACACCAATGTTTCCTTGTTACCAACAAGAATGGTACTCTACTTCAACAATGGAGTCTCCA
TGGCTAGATTCCTTCTCTCCTACTCTTCCATCTTTTCTTTATCCTTCTCTCGACCAACCT
GATGAATTCAAGAACCATAACATCAATTTTCATCCTCATCACATGAATCTTGCTCACATA
AATGGTAGTAACAAGAACAGTAACAATGATCAAAAAGAAGATGAAAGAGAATTGGTTTTG
GAGAAGAAACTGAACCACAACGCTAGCGAACGCGACCGCCGTAGAAAGCTAAACGCCTTA
TACTCTTCACTTCGTGCTCTCTTGCCTCCTTCTGATCAAAAGAGGAAGTTGAGCATTCCA
ATGACCGTAGCGGGAGTGGTGAAGTATATACCAGAGCAGGAGCAAGAACTTGAACGTTTG
TCTAGGAGGAAAGAAGAGCTCATGAAGACAATCTCCAGTAAGACAGCGACTTTGAGTCAT
CAACAAGAACAGCTGAGACATAGAGCAATGATGGACTCAGTAGATTCGTCTCCTCAAAAG
ATTGCAGCAAATTGGATTACAGACACAGAGATAGCTGTCCAGGTTGCTACATGGAAAT

QA 3 720 3 720
DS 

RD RR1F647JQ 832 0 0
TTTCTTAT
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AAAGAGAATTGGTTTTGGAGAAGAAACTGAACCACAACGCTAGCGAACGCGACCGCCGTA
GAAAGCTAAACGCCTTATACTCTTCACTTCGTGCTCTCTTGCCTCCTTCTGATCAAAAGA
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AAGAACTTGAACGTTTGTCTAGGAGGAAAGAAGAGCTCATGAAGACAATCTCCAGTAAGA
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TTGCTACATGGAAATGGGCATCTATTTCAGACATGTTGCTTAGGTTAGAAGAAAACGGGC
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ATCTTCAGATGAGAGGAGATTGCAGAGTGAGGTTGGAGGAACTCAGCGATATGCTATTCG
GATTACGCAAATCATACTGAGAGATGAGAGTTTCAAGAAGTGAATCTTATTAGTTATTAA
TGTTATAGACTTTTATCAGATTTTAGAACTGTACTCTTTTGTAACGTTTTCTTGTTATAC
TTTTTTTCTTTCTTATTGTTAAATTAACGATATTATTTGAATTC

QA 9 832 9 832
DS 

RD RR1CA58JQ 787 0 0
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CAAGAACAGTAACAATGATCAAAAAGAAGATGAAAGAGAATTGGTTTTGGAGAAGAAACT
GAACCACAACGCTAGCGAACGCGACCGCCGTAGAAAGCTAAACGCCTTATACTCTTCACT
TCGTGCTCTCTTGCCTCCTTCTGATCAAAAGAGGAAGTTGAGCATTCCAATGACCGTAGC
GGGAGTGGTGAAGTCTATACCAGAGCAGGAGCAAGAACTTGAACGTTTGTCTAGGAGGAA
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GCTGAGACATAGAGCAATGATGGACTCAGCAGATTCGTCTCCTCAAAAGATTGCAGCAAA
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TTCTTCCACCGCAAGGATTTTCTACACGATGCATCTTCAGATGAGAGGAGATTGCAGAGT
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AGTTTCAAGAAGTGAATCTTATTAGTTATTAATGTTATAGACTTTTATCAGATTTTAGAA
CTGTACTCTTTTGTAACGTTTTCTTGTTATACTTTTTTTCTTTCTTATTGTTGAATTAAC
GATATTA

QA 1 787 1 787
DS 



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ATCTGAAGATGCATAGTGTAGAAGATCCTTGCGGTGGAAGTAACAGAAAAAGAGACGCTT
GTGACATTAAGCCCGTTTTCTTCTAACCTAAGCAACATGTCTGAAATAGATGCCCATTTC
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CTCAACTTCCTCTTTTGATCAGAAGGAGGCAAGAGAGCACGAAGTGAAGAGTATAAGGCG
TTTAGCTTTCTACGGCGGTCGCGTTCGCTAGCGTTGTGGTTCAGTTTCTTCTCCAAAACA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI37JQ U 1
AF RR1GM45JQ U 37
BS 1 179 RR1GI37JQ
BS 180 180 RR1GM45JQ
BS 181 233 RR1GI37JQ
BS 234 234 RR1GM45JQ
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RD RR1GI37JQ 548 0 0
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TCAAGTTC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1GM45JQ 795 0 0
A
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AAACTCTCATCCCTCAGTATGAGTGGCGTAATCCGAATAGCATATCGCTGAGTTCCTCCA
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AAGTAACAGAAGAAGAGACGCTTGTGACATTAAGCCCGTTTTCTTCTAACCTAAGCAACA
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CTCCCGCTACGGTCATTGGAATGCTCAACTTCCTCTTTTGATCAGAAGGAGGCAAGAGAG
CACGAAGTGAAGAGTATAAGGCGTTTAGCTTTCTACGGCGGTCGCGTTCGCTAGCGTTGT
GGTTCAGTTTCTTCTCCAAAACAAATTCTCTTTCATCTTCTTTTTGATCATTGTTACTGT
CCTTGTTACTACCATTTATGTGAGCAAGATTCATGTGATGAGGATGAAAATTGATGTTAT
GGTTCTTGAATTCA

QA 2 795 2 795
DS 



AS 2 8

CO CL709Contig1 867 5 13 U
AATATATCAAATATTTTTCTTTCAAATATTCTAATCATTATTCGAGA*TATAACAAATCA
TTTGTAAGTTTCACTGTTAACTACAGATGAAACTTCTTTTGTTTTTAAAGTTTTAGTGAC
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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ACA
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GGAATAATCTTGAGCTTCTTTTTGATAACACCATTCATCAATGTATCGAGGTCTCCTTCA
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QA 4 748 4 748
DS 



CO CL709Contig2 959 3 7 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 5 
5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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G
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CATCTTGGAGGGGTGGTTTTGGGAGATAGTTGGATATCCCCTGAAGACTTTGTGTTTTCA
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ATGCTGGATTCTGG

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DS 



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BQ
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35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CAATAATCTCTCCGGTCTCTCCAGAGAGTTTCAAGATTATTCCATGAGGCTTCCCTCCGT
TCATGAGATGAACCACTGTCTCCAACTTCAATGTATGCATGAAAAACTTTCCAACCCAAG
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CACCAGTAGGGGTACGTCGGATATTGTCCGGAGGGCCAGGGACCTTGGCGAAAACCTCGG
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AGGTGATTACAAAAGATCCGTCTTTGCTTAGAGCTAAACCATTAGGTAAATGAAGTTTGT
CCATTATAACTTTGGCCTCTTTCTTCTTCATATCGTATCTAATTACTCTTCCCACT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1DW02JQ 693 0 0
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CACAACAATAACAACAGAAACAAACAGAAACAAAAGATACAAAACAAAATGCATTCCGCT
AGTAAACAAACCACGCCACGAACATTTTATTCATTTTGCGTTTTGGTCACTCATTTGTTG
CCCTCATAGACAGATTTATCAAGAACCCAAACGGCTGGCCAATACACAGACCCGATCCAT
AACTTCCCATCTTCCCTCTCATAAGCTTCACTAACATACTTCATCGTTGTCCCTTCACTA
TCCTCAAGCATCTCAATAATCTCTCCGGTCTCTC*AGAGAGTTTCAAGATTATTCCATGA
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GCGAAAACCTCGGTGGTCCCGGCCTTAGGACCTTTGACCCATATTCTGTGGAGAATACCC
GTACCACCTTCACAGGTGATTACAAAAGATCCGTCTTTGCTTAGAGCTAAACCATTAGGT
AAATGAAGTTTGTCCATTATAACTTTGGCCTCT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1AW82JQ 889 0 0
AGTACCAACAATACCAA
CAAAGTCCACTCACACAACAATAACAACAGAAACAAACAAAAACAAAAGATACAAAACAA
AATGCATTCCGCTAGTAAACAAACCACGCCACGAACATTTTATTCATTTTGCGTTT*GGT
CACTCATTTGTTGCCCTAATAAACAGATTTATCAAGAACCCAAACGGCTGGCCAATACAC
AGACCCGATCCATAACTTCCCATCTTCCCTCTCATAAGCTTCACTAACATACTTCATCGT
TGTCCCTTCACTATCCTCAAGCATCTCAATAATCTCTCCGGTCTCTCCAGAGAGTTTCAA
GATTATTCCATGAGGCTTCCCTCCGTTCATGAGATGAACCACTGTCTCCAACTTCAATGT
ATGCATGAAAAACTTTCCAACCCAAGAGTGAATCAGAAACAACCTAGTGAACAAATTGCT
CTTGCAGTGCAACGCGACCCAAAAATCACCAGTAGGGGTACGTCGGATATTGTCCGGAGG
GCCAGGGACCTTGGCGAAAACCTCGGTGGTCCCGGCCTTAGGACCTTTGACCCATATTCT
GTGGAGAATACCCGTACCACCTTCACAGGTGATTACAAAAGATCCGTCTTTGCTTAGAGC
TAAACCATTAGGTAAATGAAGTTTGTCCATTATAACTTTGGCCTCTTTCTTCTTCATATC
GTATCTAATTACTCTTCCCACTTTGTCCCCGGATATAGACACGTAGAACACTTCCCC*GA
AATGGTATTTGTCGCTGCTATCATTGAAATAGAAGACGTCTTCCTCTTCGTCTATGTCCA
TTTGGTTCGCAAACATAACTTTGCGGCCTCCGGCTTCATCAACGACTAACTCGGCCAAGC
CTCCTTCTGGTCCGACCTTCATGACCCCAAAG

QA 18 889 18 889
DS 

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CATTATAACTTTGGCCTCTTTCTTCTTCATATCGTATCTAATTACTCTTCCCACTTTGTC
CCCGGATATAGACACGTAGAACACTTCCCC*GAAATAGTATTTGTCGCTGCTATCATTGA
AATAGAAGACGTCTTCCTCTTCGTCTATGTCCATTTGGTTCGCAAACATAACTTTGCGGC
CTTCGGCTTCATCAACGACTAACTCGGCCAAGCCTCCTTCTGGTCCGACCTTCATGACCC
CAAAGTAACCATCACAAATGTACAAGTCTCCTGTTTTCCTGTGGAAGCTAAGTCCCAAGG
GTCTTCCACAACTTGGTACTACTTGATTCCTCGAACAGTTATCTCTGTGAGGAGAAGTGT
AGGCGAAGTCGACCCAGCCATGTTCTTCGCCACGCCATTTGAGGATGCGACCGTCGGTGA
CACCGACATAAGGGCCTTCACCTTGTGAATCAAACTCTAAGCTCTCTGGTCCAACGCCGG
GGAGAGGAATGGTCTTAGCCACTTGAAGAACGTGTTTCGTACCCTCTAAACGGTCCGGCT
CGATGATAGTTGACCAGAAT
C

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1D354TF 728 0 0
GTGATAC
AAAGATCTGTCTTTGCTTAGAGCTAAACCATTAGGTAAATGAAGTTTGTCCATTATAACT
TTGGCCTCTTTCTTCTTCATATCGTATCTAATTACTCTTCCCACTTTGTCCCCGGATATA
GACACGTAGAACACTTCCCCCGAAATGGTATTTGTCGCTGCTATCATTGAAATAGAAGAC
GTCTTCCTCTTCGTCTATGTCCATTTGGTTCGCAAACATAACTTTGCGGCCTTCGGCTTC
ATCAACGACTAACTCGGCCAAGCCTCCTTCTGGTCCGACCTTCATGACCCCAAAGTAACC
ATCACAAATGTACAAGTCTCCTGTTTTCCTGTGGAAGCTAAGTCCCAAGGGTCTTCCACA
ACTTGGTACTACTTGATTCCTCGAACAGTTATCTCTGTGAGGAGAAGTGTAGGCGAAGTC
GACCCAGCCATGTTCTTCGCCACGCCATTTGAGGGTGCGACCGTCGGTGACACCGACATA
AGGGCCTTCACCTTGTGAATCAAACTCTAAGCTCTCTGGTCCAACGCCGGGGAGAGGAAT
GGTCTTAGCCACTTGAAGAACGTGTTTCGTACCCTCTAAACGGTCCGGCTCGATGATAGT
TGACCAGAATAAATAGCAAACGACGGCTAAGATAACCGGAGCGGCCGCGACAGGCGTCAG
AACTCTCCGACTGATTGGCATTATCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
GGCTAATAAGTGA

QA 8 715 8 715
DS 

RD RR1AW82TF 786 0 0
ATTCTGTGGAGAATACCCGTACCACCTTCACAGGTGATTACAAAAGATCCGTCTTTGCTT
AGAGCTAAACCATTAGGTAAATGAAGTTTGTCCATTATAACTTTGGCCTCTTTCTTCTTC
ATATCGTATCTAATTACTCTTCCCACTTTGTCCCCGGATATAGACACGTAGAACACTTCC
CC*GAAATGGTATTTGTCGCTGCTATCATTGAAATAGAAGACGTCTTCCTCTTCGTCTAT
GTCCATTTGGTTCGCAAACATAACTTTGCGGCCTCCGGCTTCATCAACGACTAACTCGGC
CAAGCCTCCTTCTGGTCCGACCTTCATGACCCCAAAGTAACCATCACAAATGTACAAGTA
TCCTGTTTTCCTGTGGAAGCTAAGTCCCAAGGGTCTTCCACAACTTGGTACTACTTGATT
CCTCGAACAGTTATCTCTGTGAGGAGAAGTGTAGGCGAAGTCGACCCAGCCATGTTCTTC
GCCACGCCATTTGAGGATGCGACCGTCGGTGACACCGACATAAGGGCCTTCACCTTGTGA
ATCAAACTCTAAGCTCTCTGGTCCAACGCCGGGGAGAGGAATGGTCTTAGCCACTTGAAG
AACGTGTTTCGTACCCTCTAAACGGTCCGGCTCGATGATAGTTGACCAGAATAAATAGCA
AACGACGGCTAAGATAACCG*AGCGGCCGCGACAGGCGTCAGAACTCTCCGACTGATTGG
CATTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGGCTAATAAGTGAAAGGGAAAA
TGTGTC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 2 7

CO CL711Contig1 738 4 6 U
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CAACTCTTCTATATCAGGAGACAAACATTCTGTCTCAAAAGGACCTCACTCGAGTAACCG
TGGAGTTCTCATGACCATGTCTGCGTCCACCGTAGTGGCTAAAGGAGGTGGTGTGTTGGA
CAAACCAATTATAGAAAAAACTACTCCTGGTCGTGAATCCGAATTTGATTTGAGGAAATC
AAAGAAGATGGCTCCACCTTACAGAGTGATACTACACAACGACAACTTCAACAAGAGGGA
ATATGTGGTTCAGGTGTTGATGAAGGTCATACCAGGCATGACGGTAGACAACGCAGTTAA
CATTATGCAAGAAGCCCACATCAACGGTCTAGCAGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGA
TGCAGAGCAACACTGTATGCAGCTGCGCGGTAACGGTCTTCTCAGTTCTGTTGAACCTGA
TGGTGGAGGCTGCTGAAACAAAACAAAAAAACAAAACTAGTTTAAATTTTGTATAGGTTT
TTCACACCTCTCAGGACACTCTATTTAGTAAAAAAAGAAAATGTCCTTTGGTGTATATAA
ATATCAGAAAATTTGGTACTAAGACTGTTACTGTATGCAGTGAACCTTTTGCCTTTTTAT
AGATCTTTCGTTGGGTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DY90TF U 1
AF RR1AX95TF U 1
AF RR1AX95JQ C 183
AF RR1DY90JQ C 206
BS 1 589 RR1AX95TF
BS 590 590 RR1AX95JQ
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RD RR1DY90TF 571 0 0
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TGGAGTTCTCATGACCATGTCTGCGTCCACCGTAGTGGCTAAAGGAGGTGGTGTGTTGGA
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CATTATGCAAGAAGCCCACATCAACGGTCTAGCAGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGA
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TGGTGGAGGCTGCTGAAACAAAACAAAAAAA

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1AX95TF 610 0 0
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GAGGAGGCATATGGAGACTGCGATATGTGGGAGATTAGCTCTCGCACCAAACTCTCTCTT
CAACTCTTCTATATCAGGAGACAAACATTCTGTCTCAAAAGGACCTCACTCGAGTAACCG
TGGAGTTCTCATGACCATGTCTGCGTCCACCGTAGTGGCTAAAGGAGGTGGTGTGTTGGA
CAAACCAATTATAGAAAAAACTACTCCTGGTCGTGAATCCGAATTTGATTTGAGGAAATC
AAAGAAGATGGCTCCACCTTACAGAGTGATACTACACAACGACAACTTCAACAAGAGGGA
ATATGTGGTTCAGGTGTTGATGAAGGTCATACCAGGCATGACGGTAGACAACGCAGTTAA
CATTATGCAAGAAGCCCACATCAACGGTCTAGCAGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGA
TGCAGAGCAACACTGTATGCAGCTGCGCGGTAACGGTCTTCTCAGTTCTGTTGAACCTGA
TGGTGGAGGCTGCTGAAACAAAACAAAAAAACAAAACTAGTTTAAATTTCGTATAGGTTT
TTCACACCTC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1AX95JQ 556 0 0
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AACCAATTATAGAAAAAACTACTCCTGGTCGTGAATCCGAATTTGATTTGAGGAAATCAA
AGAAGATGGCTCCCCCTTACAGAGTGATACTACACAACGACAACTTCAACAAGAGGGAAT
ATGTGGTTCAGGTGTTGATGAAGGTCATACCAGGCATGACGGTAGACAACGCAGTTAACA
TTATGCAAGAAGCCCACATCAACGGTTTAGCAGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGATG
CAGAGCAACACTGTATGCAGCTGCGCGGTAACGGTTTTTTCAGTTTTGTTGAACCTGATG
GTGGAGGCTGCTGAAACAAAACAAAAAAACAAAACTAGTTTAAATTTTGTATAGGTTTTT
CACACCTCTCAGGACACTTTATTTAGTAAAAAAAGAAAATGTCCTTTGGTGTATATAAAT
ATCAGAAAATTTGGTACTAAGACTGTTACTGTATGCAGTGAACCTTTTGCCTTTTTATAG
ATCTTTCGTTGGGTTT

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1DY90JQ 533 0 0
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CCTGGTCGTGAATCCGAATTTGATTTGAGGAAATCAAAGAAGATGGCTCCCCCTTACAGA
GTGATACTACACAACGACAACTTCAACAAGAGGGAATATGTGGTTCAGGTGTTGATGAAG
GTCATACCAGGCATGACGGTAGACAACGCAGTTAACATTATGCAAGAAGCCCACATCAAC
GGTTTAGCAGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGATGCAGAGCAACACTGTATGCAGCTG
CGCGGTAACGGTTTTTTCAGTTTTGTTGAACCTGATGGTGGAGGCTGCTGAAACAAAACA
AAAAAACAAAACTAGTTTAAATTTTGTATAGGTTTTTCACACCTCTCAGGACACTCTATT
TAGTAAAAAAAGAAAATGTCCTTTGGTGTATATAAATATCAGAAAATTTGGTACTAAGAC
TGTTACTGTATGCAGTGAACCTTTTGCCTTTTTATAGATCTTTCGTTGGGTTT

QA 1 533 1 533
DS 



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GACGGAGGAGGAGAAGAAGACATGGAGAGTGTGATATGTGGGAGATTAGCTCTCGCACCA
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AACAATCGTGGAGTTCTCATGACTAAGTCTGCATTGGGTAAAGGAGGCGGTGTGTTGGAC
AAACCAATTATAGAGAAAACCACTCCTGGTCGTGAATCCGAGTTTGATTTGAGGAAATCA
AAGAAGATGGCTCCACCTTACAGGGTGATACTACACAACGACAACTTCAACAAGAGGGAA
TACGTGGTTCAGGTGTTGATGAAGGTCATACCAGGCATGACTGTAGACAACGCAGTCAAC
ATTATGCAAGAAGCCCACATCAACGGTTTGGCTGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGAC
GCGGAGCAACACTGTATGCAGCTGCGTGGTAACGGCCTTCTCAGTTCCGTTGAACCTGAC
GGTGGAGGTTGCTGAATATACTAATTAAAATTCGTATAGATTTTTCCACCTCCCAGGACT
CTCTATTTAGTAAAACAAAAAAAGTCCTTTAATGTATATAAATATCAGAAACTTGGTACA
AGACTGTTACAAAATGCAATGAACCTTTTGCCTTAATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 25 25 25 25 10 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F542TF U 7
AF RR1BM30TF U 1
AF RR1F542JQ C 34
BS 1 33 RR1BM30TF
BS 34 34 RR1F542TF
BS 35 77 RR1BM30TF
BS 78 80 RR1F542TF
BS 81 91 RR1BM30TF
BS 92 92 RR1F542TF
BS 93 217 RR1BM30TF
BS 218 218 RR1F542TF
BS 219 284 RR1BM30TF
BS 285 285 RR1F542TF
BS 286 311 RR1BM30TF
BS 312 312 RR1F542TF
BS 313 605 RR1BM30TF
BS 606 699 RR1F542JQ

RD RR1F542TF 515 0 0
G
GAAAATTGTTCGGTCCTGATTATCTGCGTGTGT**TGAGAAGTGAGAAGCATAGACGGAG
GAGGAGAAGAAGACATGGAGAGTGTGATATGTGGGAGATTAGCTCTCGCACCAAGCTCTC
TCTTCAATTCCAAATCAGGGGACAAACATTCTGTCTCAAAAGGACCATGGGTGAACAATC
GTGGAGTTCTCATGACTAAGTCTGCATTGGGTAAAGGAGGCGGTGTGTTGGACAAACCAA
TTATAGAGAAAACCACTCCTGGTCGTGAATCCGAGTTTGATTTGAGGAAATCAAAGAAGA
TGGCTCCACCTTACAGGGTGATACTACACAACGACAACTTCAACAAGAGGGAATACGTGG
TTCAGGTGTTGATGAAGGTCATACCAGGCATGACTGTAGACAACGCAGTCAACATTATGC
AAGAAGCCCACATCAACGGTTTGGCTGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGACGCGGAGC
AACACTGTATGCAGCTGCGTGGTAACGGCCTTCT

QA 2 515 2 515
DS 

RD RR1BM30TF 605 0 0
GGGTGATGAAAATTGTTCGGTCCTGATTATCTCTGTGTGTGCTGAGAAGTGAGAAGCATA
GACGGAGGAGGAGAAGA***CATGGAGAGTGCGATATGTGGGAGATTAGCTCTCGCACCA
AGCTCTCTCTTCAATTCCAAATCAGGGGACAAACATTCTGTCTCAAAAGGACCATGGGTG
AACAATCGTGGAGTTCTCATGACTAAGTCTGCATTGGCTAAAGGAGGCGGTGTGTTGGAC
AAACCAATTATAGAGAAAACCACTCCTGGTCGTGAATCCGAGTTCGATTTGAGGAAATCA
AAGAAGATGGCCCCACCTTACAGGGTGATACTACACAACGACAACTTCAACAAGAGGGAA
TACGTGGTTCAGGTGTTGATGAAGGTCATACCAGGCATGACTGTAGACAACGCAGTCAAC
ATTATGCAAGAAGCCCACATCAACGGTTTGGCTGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGAC
GCGGAGCAACACTGTATGCAGCTGCGTGGTAACGGCCTTCTCAGTTCCGTTGAACCTGAC
GGTGGAGGTTGCTGAATATACTAATTAAAATTCGTATAGATTTTTCCACCTCCCAGGACT
CTCTA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1F542JQ 666 0 0
TGC
GTGTGTTGAGAAGTGAGAAGCATAGACGGAGGAGGAGAAGAAGACATGGAGAGTGTGATA
TGTGGGAGATTAGCTCTCGCACCAAGCTCTCTCTTCAATTCCAAATCAGGGGACAAACAT
TCTGTCTCAAAAGGACCATGGGTGAACAATCGTGGAGTTCTCATGACTAAGTCTGCATTG
GGTAAAGGAGGCGGTGTGTTGGACAAACCAATTATAGAGAAAACCACTCCTGGTCGTGAA
TCCGAGTTTGATTTGAGGAAATCAAAGAAGATGGCTCCACCTTACAGGGTGATACTACAC
AACGACAACTTCAACAAGAGGGAATACGTGGTTCAGGTGTTGATGAAGGTCATACCAGGC
ATGACTGTAGACAACGCAGTCAACATTATGCAAGAAGCCCACATCAACGGTTTGGCTGTT
GTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGACGCGGAGCAACACTGTATGCAGCTGCGTGGTAACGGC
CTTTTCAGTTCCGTTGAACCTGACGGTGGAGGTTGCTGAATATACTAATTAAAATTCGTA
TAGATTTTTCCACCTCCCAGGACTCTCTATTTAGTAAAACAAAAAAAGTCCTTTAATGTA
TATAAATATCAGAAACTTGGTACAAGACTGTTACAAAATGCAATGAACCTTTTGCCTTAA
TAG

QA 4 666 4 666
DS 



AS 1 8

CO CL712Contig1 793 8 7 U
GGACTACATACATATATAGAGATATCGAACTGTGATTACACAAGAATAATCTCTCCTTAG
TCGCTATAGGGTAATCAGTTAAAAAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGTG
ACACTCTTGGCCTTGATCAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAGTCGATTGAGCAGTGCAGA
GAGGTGTTCGACAGTTTCATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCT
TCTCCGCAATGCTGCAGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCA
GGATCGAGGAAGAATGAGCAGGGGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATTGAG
ATAATGGGAAAAGCAGATCATCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCC
CTTTGTTCGCTTAGTCTCAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAGA
AACATGAAGGAACTCGATGCTGAAAAGCTAAATTAGTTACAAGTATATGTATGAATAGTG
GAAATGGAAGACTTGTAATAGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGAC
CAGTGTGACAAAAAATAATACGAATTTGAATTAGCCAAGAAAGAGCGGATAACACTTGAT
CAATAACTCTTCCATTGATATTTGACAGCATAAAAGAATATGAATTAGTCAAGAAAGAGC
ACTTGATCGATAGCTCTTTCACTAATATTTGTATGTGTGGGGTTGTATATCAACGACGAA
AACTGTTGATTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 20 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 20 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AK54TF U 12
AF RR1EH74JQ C 1
AF RR1ED64JQ C 19
AF RR1ED64TF U 19
AF RR1EH74TF U 1
AF RR1DG37TF U 15
AF RR1DG37JQ C 60
AF RR1BS73JQ C 246
BS 1 15 RR1EH74TF
BS 16 466 RR1AK54TF
BS 467 467 RR1ED64TF
BS 468 590 RR1AK54TF
BS 591 615 RR1ED64TF
BS 616 636 RR1EH74TF
BS 637 793 RR1BS73JQ

RD RR1AK54TF 579 0 0
GGAT
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CAGTTAAAAAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGTGACACTCTTGGCCTTG
ATCAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAGTCGATTGAGCAGTGCAGAGAGGTGTTCGACAGT
TTCATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCTTCTCCGCAATGCTGC
AGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCAGGATCGAGGAAGAAT
GAGCAGGGGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATTGAGATAATGGGAAAAGCA
GATCATCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCCCTTTGTTCGCTTAGT
CTCAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTTTTCTCAGTTCAGAAACATGAAGGAACTC
GATGCTGAAAAGCTAAATTAGTTACAAGTATATGTATGAATAGTGGAAATGGAAGACTTG
TAATAGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTG

QA 5 579 5 579
DS 

RD RR1EH74JQ 636 0 0
GGACTACATACATATATAGAGATATCGAACTGTGATTACACAAGAATAATCTCTCCTTAG
TCGCTATAGGGTAATCAGTTAAAAAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCCGGTG
ACACTCTTGGCCTTGATCAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAGTCGATTGAGCAGTGCAGA
GAGGTGTTCGACAGTTTCATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCT
TTTCCGCAATGCTGCAGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCA
GGATCGAGGAAGAATGAGCAGGGGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATTGAG
ATAATGGGAAAAGCAGATCATCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCC
CTTTGTTCGCTTAGTCTCAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAGA
AACATGAAGGAACTCGATGCTGAAAAGCTAAATTAGTTACAAGTATATGTATGAATAGTG
GAAATGGAAGACTTGTAATAGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGAC
CAGTGTGACAAAAAATAATACGAATTTGAATTAGCC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1ED64JQ 618 0 0
GG
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AAAAAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGTGACACTCTTGGCCTTGATCAA
GACCGCGGTTTCCCAACTTCAGTCGATTGAGCAGTGCAGAGAGGTGTTCGACAGTTTCAT
GCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCTTTTCCGCAATGCTGCAGAGG
CGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCAGGATCGAGGAAGAATGAGCA
GGGGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATTGAGATAATGGGAAAAGCAGATCA
TCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCCCTTTGTTCGCTTAGTCTCAG
CTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAGAAACATGAAGGAACTCGATGC
TGAAAAGCTAAATTAGTTACAAGTATATGTATGAATAGTGGAAATGGAAGACTTGTAATA
GCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGACCAGTGTGACAAAAAATAATA
CGAATTTGAATTAG
GC

QA 3 616 3 616
DS 

RD RR1ED64TF 597 0 0
GG
GATATCGAACTGTGATTACACAAGGATAATCTCTCCTTAGTCGCTATAGGGTAATCAGTT
AAAAAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGTGACACTCTTGGCCTTGATCAA
GACCGCGGTTTCCCAACTTCAGTCGATTGAGCAGTGCAGAGAGGTGTTCGACAGTTTCAT
GCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCTTCTCCGCAATGCTGCAGAGG
CGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCAGGATCGAGGAAGAATGAGCA
GGGGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATTGAGATAATGGGAAAAGCAGATCA
TCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCCCTTTGTTCGCTTAGTCTCAG
CTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAGAAACATGAAGGAACTCGATGC
TGAAAAGCTAAATTAGTTACAAGTATATGTATGAATAGTGGAAATGGAAGACTTGTAATA
GCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGACCAGTGTGACAAAAAA

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR1EH74TF 636 0 0
GGACTACATACATATATAGAGATATCGAACTGTGATTACACAAGAATAATCTCTCCTTAG
TCGCTATAGGGTAATCAGTTAAAAAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCCGGTG
ACACTCTTGGCCTTGATCAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAGTCGATTGAGCAGTGCAGA
GAGGTGTTCGACAGTTTCATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCT
TCTCCGCAATGCTGCAGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCA
GGATCGAGGAAGAATGAGCAGGGGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATTGAG
ATAATGGGAAAAGCAGATCATCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCC
CTTTGTTCGCTTAGTCTCAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAGA
AACATGAAGGAACTCGATGCTGAAAAGCTAAATTAGTTACAAGTATATGTATGAATAGTG
GAAATGGAAGACTTGTAATAGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGAC
CAGTGTGACAAAAAATAATACGAATTTGAATTAGCC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1DG37TF 622 0 0
G
ATAGAGATATCGAACTGTGATTACACAAGAATAATCTCTCCTTAGTCGCTATAGGGTAAT
CAGTTAAAAAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGTGACACTCTTGGCCTTG
ATCAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAGTCGATTGAGCAGTGCAGAGAGGTGTTCGACAGT
TTCATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCTTCTCCGCAATGCTGC
AGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCAGGATCGAGGAAGAAT
GAGCAGGGGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATTGAGATAATGGGAAAAGCA
GATCATCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCCCTTTGTTCGCTTATT
CTCAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAGAAACATGAAGGAACTC
GATGCTGAAAAGCTAAATTAGTTACAAGTATATGTATGAATAGTGGAAATGGAAGACTTG
TAATAGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGACCAGTGTGACAAAAA*
TAATACGAATTTGAATTAGCC

QA 2 622 2 622
DS 

RD RR1DG37JQ 577 0 0
GTCGCTATAGGGTAATCAGTTAAAAAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGT
GACACTCTTGGCCTTGATCAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAGTCGATTGAGCAGTGCAG
AGAGGTGTTCGACAGTTTCATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACC
TTCTCCGCAATGCTGCAGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCC
AGGATCGAGGAAGAATGAGCAGGGGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATTGA
GATAATGGGAAAAGCAGATCATCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACC
CCTTTGTTCGCTTATTCTCAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAG
AAACATGAAGGAACTCGATGCTGAAAAGCTAAATTAGTTACAAGTATATGTATGAATAGT
GGAAATGGAAGACTTGTAATAGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGA
CCAGTGTGACAAAAA*TAATACGAATTTGAATTAGCC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1BS73JQ 548 0 0
GCAATGCTGCAGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCAGGATC
GAGGAAGAATGAGCAGGGGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATTGAGATAAT
GGGAAAAGCAGATCATTTTCCTTTTTTGGCATCCGCCATCAACAATTTTCCACCCCTTTG
TTCGCTTGGTTTCAGCTTCCCTATATTTGTTGGAATGGACTGTTTTCAGTTCAGAAACAT
GAAGGAACTCGATGCTGAAAAGCTAAATTAGTTACAAGTATATGTATGAATAGTGGAAAT
GGAAGACTTGTAATAGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGACCAGTG
TGACAAAAAATAATACGAATTTGAATTAGTCAAGAAAGAGCGGATAACACTTGATCAATA
ACTCTTCCATTGATATTTGACAGCATAAAAGAATATGAATTAGTCAAGAAAGAGCACTTG
ATCGATAGCTCTTTCACTAATATTTGTATGTGTGGGGTTGTATATCAACGACGAAAACTG
TTGATTGG

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 8

CO CL713Contig1 664 8 5 U
GGCCACACACCATACCGAAAATTTGTGGTAACGAGTGCCAGTCTTTCTCTAACTCCCCTC
TCCCTTAAAATGCTGGTGCTATCTCCGATCAACGCCTCTTTACCACCGTCGTTTCACCGG
GCAACACTGATCCGGCAACCAACTAAGACGTCATGTAGGATCATAGCAAAGGCCAAGGAC
AACACCGAGTCTGGCGTGGTTCTCGAGAATGCGACTATAGCCGGTGGTTTAGTATCGACG
CCGGTGATTGGATGGTCACTCTACACTCTGAAGACCACTGGTTGTGGTTTACCTCCAGGC
CCGGGCGGTTCAATCGGTGCGTTGGAAGGTGTGAGCTACTTGGTGGTGTTGGGCATCGTG
GGCTGGTCTCTGTACACCAAGACAAAAACCGGCTCGGGTCTGCCAAATGGGCCGTTTGGT
TTGCTGGGTGCGGTCGAAGGCTTGTCTTACCTGTCGCTTCTAGCCATTCTTGTCGTGTTC
GGTTTACAGTTCTTGGGTAACGGGTCAGTTCCTGGTCCACTTCCAAGTGACCAGTGTTTT
GGTTAACCAATCAGTTTCCCGTCTTTCTCCAAGTGTAATGTCGTATAATACCGAACATAT
TTTATTTCAATTTGTGACTGGTCATTTGCTGTAATCGTTTTTGTAGAAATAAAAAAACTT
GGCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 10 

AF RR1GN10TF U 21
AF RR1CX24JQ C 1
AF RR1CX24TF U 1
AF RR1BL44JQ C 12
AF RR1EG56JQ C 264
AF RR1GN10JQ C 75
AF RR1EG56TF U 24
AF RR1BL44TF U 12
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BS 529 608 RR1CX24TF
BS 609 663 RR1EG56TF
BS 664 664 RR1BL44JQ

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ATCTCCGATCAACGCCTCTTTACCACCGTCGTTTCACCGGGCAACACTGATCCGGCAACC
AA

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR1CX24JQ 608 0 0
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TCCCTTAAAATGCTGGTGCTATCTCCGATCAACGCCTCTTTACCACCGTCGTTTCACCGG
GCAACACTGATCCGGCAACCAACTAAGACGTCATGTAGGATCATAGCAAAGGCCAAGGAC
AACACCGAGTCTGGCGTGGTTCTCGAGAATGCGACTATAGCCGGTGGTTTAGTATCGACG
CCGGTGATTGGATGGTCACTCTACACTCTGAAGACCACTGGTTGTGGTTTACCTCCAGGC
CCGGGCGGTTCAATCGGTGCGTTGGAAGGTGTGAGCTACTTGGTGGTGTTGGGCATCGTG
GGCTGGTCTCTGTACACCAAGACAAAAACCGGCTCGGGTCTGCCAAATGGGCCGTTTGGT
TTGCTGGGTGCGGTCGAAGGCTTGTCTTACCTGTCGCTTCTAGCCATTCTTGTCGTGTTC
GGTTTACAGTTCTTGGGTAACGGGTCAGTTCCTGGTCCACTTCCAAGAGACCAGTGTTTT
GGTTAACCAATCAGTTTCCCGTCTTTCTCCAAGTGTAATGTCGTATAATACCGAACATAT
TTTATTTC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1CX24TF 608 0 0
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TCCCTTAAAATGCTGGTGCTATCTCCGATCAACGCCTCTTTACCACCGTCGTTTCACCGG
GCAACACTGATCCGGCAACCAACTAAGACGTCATGTAGGATCATAGCAAAGGCCAAGGAC
AACACCGAGTCTGGCGTGGTTCTCGAGAATGCGACTATAGCCGGTGGTTTAGTATCGACG
CCGGTGATTGGATGGTCACTCTACACTCTGAAGACCACTGGTTGTGGTTTACCTCCAGGC
CCGGGCGGTTCAATCGGTGCGTTGGAAGGTGTGAGCTACTTGGTGGTGTTGGGCATCGTG
GGCTGGTCTCTGTACACCAAGACAAAAACCGGCTCGGGTCTGCCAAATGGGCCGTTTGGT
TTGCTGGGTGCGGTCGAAGGCTTGTCTTACCTGTCGCTTCTAGCCATTCTTGTCGTGTTC
GGTTTACAGTTCTTGGGTAACGGGTCAGTTCCTGGTCCACTTCCAAGAGACCAGTGTTTT
GGTTAACCAATCAGTTTCCCGTCTTTCTCCAAGTGTAATGTCGTATAATACCGAACATAT
TTTATTTC

QA 1 608 1 608
DS 

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GG
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TGGTGCTATCTCCGATCAACGCCTCTTTACCACCGTCGTTTCACCGGGCAACACTGATCC
GGCAACCAACTAAGACGTCATGTAGGATCATAGCAAAGGCCAAGGACAACACCGAGTCTG
GCGTGGTTCTCGAGAATGCGACTATAGCCGGTGGTTTAGTATCGACGCCGGTGATTGGAT
GGTCACTCTACACTCTGAAGACCACTGGTTGTGGTTTACCTCCAGGCCCGGGCGGTTCAA
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ACACCAAGACAAAAACCGGCTCGGGTCTGCCAAATGGGCCGTTTGGTTTGCTGGGTGCGG
TCGAAGGCTTGTCTTACCTGTCGCTTCTAGCCATTCTTGTCGTGTTCGGTTTACAGTTCT
TGGGTAACGGGTCAGTTCCTGGTCCACTTCCAAGTGACCAGTGTTTTGGTTAACCAATCA
GTTTCCCGTCTTTCTCCAAGTGTAATGTCGTATAATACCGAACATATTTTATTTCAATTT
GTGACTGGTCATTTGCTGTAATCGTTTTTGTAGAAATAAAAAAACTTGGCG

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR1EG56JQ 400 0 0
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GGAAGGTGTGAGCTACTTGGTGGTGTTGGGCATCGTGGGCTGGTCTCTGTACACCAAGAC
AAAAACCGGCTCGGGTCTGCCAAATGGGCCGTTTGGTTTGCTGGGTGCGGTCGAAGGCTT
GTCTTACCTGTCGCTTCTAGCCATTCTTGTCGTGTTCGGTTTACAGTTCTTGGGTAACGG
GTCAGTTCCTGGTCCACTTCCAAGTGACCAGTGTTTTGGTTAACCAATCAGTTTCCCGTC
TTTCTCCAAGTGTAATGTCGTATAATACCGAACATATTTTATTTCAATTTGTGACTGGTC
ATTTGCTGTAATCGTTTTTGTAGAAATAAAAAAACTTGGC

QA 1 400 1 400
DS 

RD RR1GN10JQ 589 0 0
GGTGCTATCTCCGATCAACGCCTCTTTACCACCGTCGTTTCACCGGGCAACACTGATCCG
GCAACCAACTAAGACGTCATGTAGGATCATAGCAAAGGCCAAGGACAACACCGAGTCTGG
CGTGGTTCTCGAGAATGCGACTATAGCCGGTGGTTTAGTATCGACGCCGGTGATTGGATG
GTCACTCTACACTCTGAAGACCACTGGTTGTGGTTTACCTCCAGGCCCGGGCGGTTCAAT
CGGTGCGTTGGAAGGTGTGAGCTACTTGGTGGTGTTGGGCATCGTGGGCTGGTCTCTGTA
CACCAAGACAAAAACCGGCTCGGGTCTGCCAAATGGGCCGTTTGGTTTGCTGGGTGCGGT
CGAAGGCTTGTCTTACCTGTCGCTTCTAGCCATTCTTGCCGTGTTCGGTTTACAGTTCTT
GGGTAACGGGTCAGTTCCTGGTCCACTTCCAAGTGACCAGTGTTTTGGTTAACCAATCAA
TTTCCCGTCTTTCTCCAAGTGTAATGTCGTATAATACCGAACATATTTTATTTCAATTTG
TGACTGGTCATTTGCTGTAATCGTTTTTGTAGAAATAAAAAAACTTGG
T

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1EG56TF 640 0 0
G
GTGGTAACGAGTGCCAGTCTTTCTCTAACTCCCCTCTCCCTTAAAATGCTGGTGCTATCT
CCGATCAACGCCTCTTTACCACCGTCGTTTCACCGGGCAACACTGATCCGGCAACCAACT
AAGACGTCATGTAGGATCATAGCAAAGGCCAAGGACAACACCGAGTCTGGCGTGGTTCTC
GAGAATGCGACTATAGCCGGTGGTTTAGTATCGACGCCGGTGATTGGATGGTCACTCTAC
ACTCTGAAGACCACTGGTTGTGGTTTACCTCCAGGCCCGGGCGGTTCAATCGGTGCGTTG
GAAGGTGTGAGCTACTTGGTGGTGTTGGGCATCGTGGGCTGGTCTCTGTACACCAAGACA
AAAACCGGCTCGGGTCTGCCAAATGGGCCGTTTGGTTTGCTGGGTGCGGTCGAAGGCTTG
TCTTACCTGTCGCTTCTAGCCATTCTTGTCGTGTTCGGTTTACAGTTCTTGGGTAACGGG
TCAGTTCCTGGTCCACTTCCAAGTGACCAGTGTTTTGGTTAACCAATCAGTTTCCCGTCT
TTCTCCAAGTGTAATGTCGTATAATACCGAACATATTTTATTTCAATTTGTGACTGGTCA
TTTGCTGTAATCGTTTTTGTAGAAATAAAAAAACTTGGC

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DS 

RD RR1BL44TF 653 0 0
GG
ACCGAAAATTTGTGGTAACGAGTGCCAGTCTTTCTCTAACTCCCCTCTCCCTTAAAATGC
TGGTGCTATCTCCGATCAACGCCTCTTTACCACCGTCGTTTCACCGGGCAACACTGATCC
GGCAACCAACTAAGACGTCATGTAGGATCATAGCAAAGGCCAAGGACAACACCGAGTCTG
GCGTGGTTCTCGAGAATGCGACTATAGCCGGTGGTTTAGTATCGACGCCGGTGATTGGAT
GGTCACTCTACACTCTGAAGACCACTGGTTGTGGTTTACCTCCAGGCCCGGGCGGTTCAA
TCGGTGCGTTGGAAGGTGTGAGCTACTTGGTGGTGTTGGGCATCGTGGGCTGGTCTCTGT
ACACCAAGACAAAAACCGGCTCGGGTCTGCCAAATGGGCCGTTTGGTTTGCTGGGTGCGG
TCGAAGGCTTGTCTTACCTGTCGCTTCTAGCCATTCTTGTCGTGTTCGGTTTACAGTTCT
TGGGTAACGGGTCAGTTCCTGGTCCACTTCCAAGTGACCAGTGTTTTGGTTAACCAATCA
GTTTCCCGTCTTTCTCCAAGTGTAATGTCGTATAATACCGAACATATTTTATTTCAATTT
GTGACTGGTCATTTGCTGTAATCGTTTTTGTAGAAATAAAAAAACTTGGC
G

QA 3 652 3 652
DS 



AS 1 8

CO CL714Contig1 814 8 20 U
GGGACTCACTCACATAAACACCTAAAGAAGAAAAACATCAGTCTGAAAAAATGGCACAGG
CTACGATGCAGTCTTCTATGGTAGGAGAGCTTGAGGTAGATGTTGAAATCAAAACCCCCG
CCCACAAGTACTACCACATGCTCACCGGAAGACCACAGGATCTTCCGAAAGTCACTCCTG
ACAACATCAAGAGATGTGATGTGCTCGAGGGAGAGCCTGGAGAAGTTGGAAGTATCCTAT
TCTTCAACTATGTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAAGAAGAGGATTGAGGCACTGG
AGCCGGAGAAGAATCTGATGGTGGCTAGGATAATTGACGGAGATCTAATGCAAGAGTTCA
AGAGCTTCTTGATCACTGTCCAGGCGACCCCAATGCAAAGAGGACCTGGAAGTGTGGTTA
AGTGTCAGATGAAGTATGAGAGGATTGACGAGAAGGTGGCTGACCCAGAGAATCTACTTG
CGGCTTTTGTCAAAGCATCCAAAGACATGGACAAAATGCTTTCTTCTGAAGTCTAAGAGG
ATTCTTTGGATATCTGTTTATCCATCCATCTATCTATGATCTATTATCTGTCCGTCCATC
TATTTATCTATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTTATCAATAATGTGCTCTCTCTAAG
ACTGAAGAGATCTAAATATGTAAGTTTGTAATAATTATACACGATGTCTAGCGTGTTACG
TCCGTTTGAAGTTGTGAAAGTTGTAAACCGAATAAGTTGTGTGATGCAACGTGTTCTCTT
CCCAGATCGTAAATTAAGTCCCACAATTCCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR04TF U 6
AF RR1AC45JQ C 1
AF RR1AC45TF U 1
AF RR1BY10TF U 6
AF RR1D933TF U 6
AF RR1D933JQ C 41
AF RR1EC82TF U 460
AF RR1GR04JQ C 49
BS 1 7 RR1AC45JQ
BS 8 60 RR1AC45TF
BS 61 61 RR1BY10TF
BS 62 240 RR1AC45TF
BS 241 241 RR1BY10TF
BS 242 303 RR1AC45TF
BS 304 304 RR1D933TF
BS 305 365 RR1AC45TF
BS 366 366 RR1BY10TF
BS 367 556 RR1AC45TF
BS 557 557 RR1BY10TF
BS 558 705 RR1AC45TF
BS 706 706 RR1BY10TF
BS 707 748 RR1AC45TF
BS 749 766 RR1BY10TF
BS 767 774 RR1D933TF
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BS 790 804 RR1EC82TF
BS 805 814 RR1D933JQ

RD RR1GR04TF 632 0 0
GG
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CTATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTT

QA 3 632 3 632
DS 

RD RR1AC45JQ 750 0 0
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CCTTCAACTATGTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAAGAAGAGGATTGAGGCACTGG
AGCTGGAGAAGAATCTGATGGTGGCTAGGATAATTGACGGAGATTTAATGCAAGAGTTCA
AGAGCCTCTTGATCACTGTCCAGGCGACCCCAATGCAAAGAGGACCTGGAAGTGTGGTTA
AGTGTCAGATGAAGTATGAGAGGATTGACGAGAAGGTGGCTGACCCAGAGAATCTACTTG
CGGCTTTTGTCAAAGCATCCAAAGACATGGACAAAATGCTTTCTTTTGAAGTCTAAGAGG
ATTCTTTGGATATCTGCTTATCCATCCATCTATCTATGATCTATTATCTGTCCGTCCATC
TATTTATCTATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTTATCAATAATGTGCTCTCTCTAAG
ACTGAAGAGATCTAAATATGTAAGTTTGTAATAATTATACACGATTTCTAGCGTGTTACG
TCCGTTTGAAGTTGTGAAAGTTGTAAACCG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1AC45TF 748 0 0
GGGACTC
ACTCACATAAACACCTAAAGAAGAAAAACATCAGTCTGAAAAAATGGCACAGGTTACGAT
GCAGTCTTCTATGGTAGGAGAGCTTGAGGTAGATGTTGAAATCAAAACCCCCGCCCACAA
GTACTACCACATGCTCACCGGAAGACCACAGGATCTTCCGAAAGTCACTCCTGACAACAT
CAAGAGATGTGATGTGCTCGAGGGAGAGCCTGGAGAAGTTGGAAGTATCCTATCCTTCAA
CTATGTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAAGAAGAGGATTGAGGCACTGGAGCTGGA
GAAGAATCTGATGGTGGCTAGGATAATTGACGGAGATCTAATGCAAGAGTTCAAGAGCCT
CTTGATCACTGTCCAGGCGACCCCAATGCAAAGAGGACCTGGAAGTGTGGTTAAGTGTCA
GATGAAGTATGAGAGGATTGACGAGAAGGTGGCTGACCCAGAGAATCTACTTGCGGCTTT
TGTCAAAGCATCCAAAGACATGGACAAAATGCTTTCTTCTGAAGTCTAAGAGGATTCTTT
GGATATCTGCTTATCCATCCATCTATCTATGATCTATTATCTGTCCGTCCATCTATTTAT
CTATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTTATCAATAATGTGCTCTCTCTAAGACTGAAG
AGATCTAAATATGTAAGTTTGTAATAATTATACACGATTTCTAGCGTGTTACGTCCGTTT
GAAGTTGTGAAAGTTGTAAAC

QA 8 748 8 748
DS 

RD RR1BY10TF 761 0 0
GG
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GCAGTCTTCTATGGTAGGAGAGCTTGAGGTAGATGTTGAAATCAAAACCCCCGCCCACAA
GTACTACCACATGCTCACCGGAAGACCACAGGATCTTCCGAAAGTCACTCCTGACAACAT
CAAGAGATGTGATGTGCTCGAGGGAGAGCCTGGAGAAGTTGGAAGTATCCTATTCTTCAA
CTATGTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAAGAAGAGGATTGAGGCACTGGAGCTGGA
GAAGAATCTGATGGTGGCTAGGATAATTGACGGAGATCTAATGCAAGAGTTCAAGAGCTT
CTTGATCACTGTCCAGGCGACCCCAATGCAAAGAGGACCTGGAAGTGTGGTTAAGTGTCA
GATGAAGTATGAGAGGATTGACGAGAAGGTGGCTGACCCAGAGAATCTACTTGCGGCTTT
TGTCAAAGCATCCAA*GACATGGACAAAATGCTTTCTTCTGAAGTCTAAGAGGATTCTTT
GGATATCTGTTTATCCATCCAT*TATCTATGATCTATTATCTGTCCGTCCATCTATTTAT
CTATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTTATCAATAATGTGCTCTCTCTAAGACTGAAG
AGATCTAAATATGTAAGTTTGTAATAATTATACACGATGTCTAGCGTGTTACGTCCGTTT
GAAGTCGTGAAAGTTGTAAACCGAATAAGTTGTGTGATG

QA 3 761 3 761
DS 

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GG
ACTCACATAAACACCTAAAGAAGAAAAACATCAGTCTGAAAAAATGGCACAGGCTACGAT
GCAGTCTTCTATGGTAGTAGAGCTTGAGGTAGATGTTGAAATCAAAACCCCCGCCCACAA
GTACTACCACATGCTCACCGGAAGACCACAGGATCTTCCGAAAGTCACTCCTGACAACAT
CAAGAGATGTGATGTGCTCGAGGGAGAGCCTGGAGAAGTTGGAAGTATCCTATTCTTCAA
CTATTTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAAGAAGAGGATTGAGGCACTGGAGCCGGA
GAAGAATCTGATGGTGGCTAGGATAATTGACGGAGATCTAATGCAAGAGTTCAAGGGCTT
CTTGATCACTGTCCAGGCGACCCCAATGCAAAGAGGACCTGGAAGTGTGGTTAAGTGTCA
GATGAAGTATGAGAGGATTGACGAGAAGGTGGCTGACCCAGAGAATCTACTTGCGGCTTT
TGTCAAAGCATCCAAAGACATGGACAAAATGCTTTCTTCTGAAGTCTAAGAGGATTCTTT
GGATATCTGTTTATCCATCCATCTATCTATGATCTATTATCTGTCCGTCCATCTATTTAT
CCATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTTATCAATAATGTTCTCTCTCTAAGACTGAAG
AGATCTAAATATGTAAGTTTGTAATAATTATACACGATGTCTAGCGTGTTATGTCCGTTT
GAAGTTGTGAAAGTTGTAAACCGAATAAGTTGTGTGATGCAACGTGT

QA 3 769 3 769
DS 

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TCTTCCGAAAGTCACTCCTGACAACATCAAGAGATGTGATGTGCTCGAGGGAGAGCCTGG
AGAAGTTGGAAGTATCCTATTCTTCAACTATTTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAA
GAAGAGGATTGAGGCACTGGAGCCGGAGAAGAATCTGATGGTGGCTAGGATAATTGACGG
AGATCTAATGCAAGAGTTCAAGGGCTTCTTGATCACTGTCCAGGCGACCCCAATGCAAAG
AGGACCTGGAAGTGTGGTTAAGTGTCAGATGAAGTATGAGAGGATTGACGAGAAGGTGGC
TGACCCAGAGAATCTACTTGCGGCTTTTGTCAAAGCATCCAAAGACATGGACAAAATGCT
TTCTTCTGAAGTCTAAGAGGATTCTTTGGATATCTGTTTATCCATCCATCTATCTATGAT
CTATTATCTGTCCGTCCATCTATTTATCCATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTTATC
AATAATGTTCTCTCTCTAAGACTGAAGAGATCTAAATATGTAAGTTTGTAATAATTATAC
ACGATGTCTAGCGTGTTATGTCCGTTTGAAGTTGTGAAAGTTGTAAACCGAATAAGTTGT
GTGATGCAACGTGTTCTCTTCCCAGATCGTAAATTAAGTCCCACAATTCCTCCC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1EC82TF 345 0 0
G
TGACCCAGAGAATCTACTTGCGGCTTTTGTCAAAGCATCCAAAGACATGGACAAAATGCT
TTCTTCTGAAGTCTAAGAGGATTCTTTGGATATCTGTTTATCCATCCATCTATCTACGAT
CTATTATCTGTCCGTCCATCTATTTATCTATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTTATC
AATAATGTGCTCTCTCTAAGACTGAAGAGATCTAAATATGTAAGTTTGTAATAATTATAC
ACGATGTCTAGCGTGTTACGTCCGTTTGAAGTTGTGAAAGTTGTAAACCGAATAAGTTGT
GTGATGCGACGTGTTCTCTTCCCAGATCTTAAATTAAGTCCCAC

QA 2 345 2 345
DS 

RD RR1GR04JQ 741 0 0
AAATGGCACAGGCTACGATGCAGTCTTCTATGGTAGGAGAGCTTGAGGTAGATGTTGAAA
TCAAAACCCCCGCCCACAAGTACTACCACATGCTCACCGGAAGACCACAGGATCTTCCGA
AAGTCACTCCTGACAACATCAAGAGATGTGATGTGCTCGAGGGAGAGCCTGGAGAAGTTG
GAAGTATCCTATTCTTCAACTATGTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAAGAAGAGGA
TTGAGGCACTGGAGCCGGAGAAGAATCTGATGGTGGCTAGGATAATTGACGGAGGTCTAA
TGCAAGAGTTCAAGAGCTTCTTGATCACTGTCCAGGCGACCCCATTGCAAAGAGGACCTG
GAAGTGTGGTTAAGTGTCAGATGAAGTATGAGAGGATTGACGAGAAGGTGGCTGACCCAG
AGAATCTACTTGCGGCTTTTGTCAAAGCATCCAAAGACATGGACAAAATGCTTTCTTTTG
AAGTCTAAGAGGATTCTTTGGATATCTGTTTATCCATCCATCTATCTATGATCTATTATC
TGTCCGTCCATCTATTTATCTATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTTATCAATAATGT
GCTCTCTCTAAGACTGAAGAGATCTAAATATGTAAGTTTGTAATAATTATACACGACGTC
TAGCGTGTTACGTCCGTTTGAAGTTGTGAAAGTTGTAAACCGAATAAGTTGTGTGATGCA
ACGTGTTCTCTTCCCAGATC
G

QA 1 740 1 740
DS 



AS 2 5

CO CL715Contig1 1121 3 6 U
GGAGTCTCGGCCATCATCGTCCCCCAAATTCGAAAAAGCAAATTATGGAGGAAAGTTTCA
GAGTAAGGATCGACAAGGTATTTGGATCTCTCTCATCCTCATCCACATCCACATCCGACG
CCTCTTCTCTGAACTCTCTATGGTGTCTCGCGGACGACGAGATCGATACAAGAAGCGACC
GGAGCGAAGGAGAGAAAGTGGTCTCGGAGCCCCACCAGCCAAGCTTCGCGCAGAACGATG
GAGACGATTTGAACAACGTCGATGAAGACGAAGTAGGGTCCACTGTGTTGCAGAAGCCGG
ATGATTACAACGACGACGAGTGGGAGATCAAATCCTCAATCGGGATGGACACTACTCTCG
ACATGGAGGAAGAGGAAGATGAGAATGACAAAGTGGCTGTAGGAGAGGAACTGTGCGGCG
TTTACACCAAGGATGTTAACGACTATGTGACGGAAGCAGATGAGTGGGAGGAGTTTCCGT
CTTCTTTCAATGAAAGAGAGAAGGATCCTCGTGCTAACTACATCGCCGCGGAGATTAGGC
TTAGGGAAGACGCTGATGCTGTTAACAAGTTGAACTCTTTGCACGTCTCTGAGGGACATC
AGGATAACATGTCGGAAGAGGAGAAAGTGGTTTCTGAGGAGAACCAGATTATGTTCGAAA
CCCGTCAAAGTACACCCGGTACACGTTTGATGAAGGCGAGGTTGATGAGGAATCTAACAG
GAAAGCGTACATGGAGTTTCTCAGCATGATCAGAAGCCGAGACGAGCTTCCTGAAGACCC
TCTGCTTGAGCTTCCAACATCGGTGGCTTTTGTACCGCAGAGGAAACCTAAGGGTGAGAG
CAAAGTAGGAGATACAGACAAGGGTTTTGAGGGAAGAAGAGGTGCAATAGCTGTCTTAGA
TTCCATAGAAGACAGCACTGTTTTTGCCATGGAAGAAGATGAACCAGAAACAGCTCTAAA
TATCGTAAGAAGACCCGGTCGTCAGTATAGGGCTAGAGCCAAGGAAGGTGAAATGGAATG
AATGTTGAGTATCATCATCAAACTCGCTGCCAGTTTGGCGTGTTGTCTTTTATTTACTTG
AATTTAGCAGTCTGGGTGACAGAAATCAAAAATTATTGGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F794TF U 24
AF RR1BW92TF U 1
AF RR1BW92JQ C 308
BS 1 616 RR1BW92TF
BS 617 617 RR1BW92JQ
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BS 643 643 RR1BW92JQ
BS 644 691 RR1BW92TF
BS 692 1121 RR1BW92JQ

RD RR1F794TF 575 0 0
GG
AAATTCGAAAAAGCAAATTATGGAGGAAAGTTTCAGAGTAAGGATCGACAAGGTATTTGG
ATCTCTCTCATCCTCATCCACATCCACATCCGACGCCTCTTCTCTGAACTCTCTATGGTG
TCTCGCGGACGACGAGATCGATACAAGAAGCGACCGGAGCGAAGGAGAGAAAGTGGTCTC
GGAGCCCCACCAGCCAAGCTTCGCGCAGAACGATGGAGACGATTTGAACAACGTCGATGA
AGACGAAGTAGGGTCCACTGTGTTGCAGAAGCCGGATGATTACAACGACGACGAGTGGGA
GATCAAATCCTCAATCGGGATGGACACTACTCTCGACATGGAGGAAGAGGAAGATGAGAA
TGACAAAGTGGCTGTAGGAGAGGAACTGTGCGGCGTTTACACCAAGGATGTTAACGACTA
TGTGACGGAAGCAGATGAGTGGGAGGAGTTTCCGTCTTCTTTCAATGAAAGAGAGAAGGA
TCCTCGTGCTAACTACATCGCCGCGGAGATTAGGCTTAGGGAAGACGCTGATGCTGTTAA
CAAGTTGAACTCTTTGCACGTCTCTGAGGGACA

QA 3 575 3 575
DS 

RD RR1BW92TF 691 0 0
GGAGTCTCGGCCATCATCGTCCCCCAAATTCGAAAAAGCAAATTATGGAGGAAAGTTTCA
GAGTAAGGATCGACAAGGTATTTGGATCTCTCTCATCCTCATCCACATCCACATCCGACG
CCTCTTCTCTGAACTCTCTATGGTGTCTCGCGGACGACGAGATCGATACAAGAAGCGACC
GGAGCGAAGGAGAGAAAGTGGTCTCGGAGCCCCACCAGCCAAGCTTCGCGCAGAACGATG
GAGACGATTTGAACAACGTCGATGAAGACGAAGTAGGGTCCACTGTGTTGCAGAAGCCGG
ATGATTACAACGACGACGAGTGGGAGATCAAATCCTCAATCGGGATGGACACTACTCTCG
ACATGGAGGAAGAGGAAGATGAGAATGACAAAGTGGCTGTAGGAGAGGAACTGTGCGGCG
TTTACACCAAGGATGTTAACGACTATGTGACGGAAGCAGATGAGTGGGAGGAGTTTCCGT
CTTCTTTCAATGAAAGAGAGAAGGATCCTCGTGCTAACTACATCGCCGCGGAGATTAGGC
TTAGGGAAGACGCTGATGCTGTTAACAAGTTGAACTCTTTGCACGTCTCTGAGGGACATC
AGGATAACATGTCGGA*GAGGAGAAAGTGGTTTCTGAGGAGA*CCAGATTATGTTCGAAA
CCCGTCAAAGTACACCCGGTACACGTTTGAT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1BW92JQ 814 0 0
CAACGACGACGAGTGG*AGATCAAATCCTCAATCGGGATGGACACTACTCTCGACATGGA
GGAAGAGGAAGATGAGAATGACAAAGTGGCTGTAGGAGAGGAACTGTGCGGCGTTTACAC
CAAGGATGTTAACGACTATGTGACGGAAGCAGATGAGTGGGAGGAGTTTCCGTCTTCTTT
CAATGAAAGAGAGAAGGATCCTCGTGCTAACTACATCGCCGCGGAGATTAGGCTTAGGGA
AGACGCTGATGCTGTTAACAAGTTGAACTCTTTGCACGTCTCTGAGGGACATCAGGATAA
CATGTCGGAAGAGGAGAAAGTGGTTTCTGAGGAGAACCAGATTATGTTCGAAACCCGTCA
AAGTACACCCGGTACACGTTTGATGAAGGCGAGGTTGATGAGGAATCTAACAGGAAAGCG
TACATGGAGTTTCTCAGCATGATCAGAAGCCGAGACGAGCTTCCTGAAGACCCTCTGCTT
GAGCTTCCAACATCGGTGGCTTTTGTACCGCAGAGGAAACCTAAGGGTGAGAGCAAAGTA
GGAGATACAGACAAGGGTTTTGAGGGAAGAAGAGGTGCAATAGCTGTCTTAGATTCCATA
GAAGACAGCACTGTTTTTGCCATGGAAGAAGATGAACCAGAAACAGCTCTAAATATCGTA
AGAAGACCCGGTCGTCAGTATAGGGCTAGAGCCAAGGAAGGTGAAATGGAATGAATGTTG
AGTATCATCATCAAACTCGCTGCCAGTTTGGCGTGTTGTCTTTTATTTACTTGAATTTAG
CAGTCTGGGTGACAGAAATCAAAAATTATTGGGG

QA 1 814 1 814
DS 



CO CL715Contig2 778 2 4 U
CATATTGGTAAGATATTATTTTTGGTCACTCTATTTTAAGGGAGTACATTGCAAAACTAT
CTCCCAAGTGGAACCCTTTAACAAGGTTGTCTTAGGAACAAATATTTGTCTAACTTGTCG
CATTAACGCTACAACCGTTGACGTATACAAATACGACCTAGTATTATCCCCACAACTGAA
TCGAAAGTAGAAGCATCATATGAAGTAGAAGCATCATATGAAGTAGAAGCATCATATGAA
GTCCCCAATAATTTTTGATTTCTGTCACCCAGACTGCTAAATTCAAGTAAATAAAAGACA
ACACGCCAAACTGGCAGCGAGTTTGATGATGATACTCAACATTCATTCCATTTCACCTTC
CTTGGCTCTAGCCCTATACTGACGACCGGGTCTTCTTACGATATTTAGAGCTGTTTCTGG
TTCATCTTCTTCCATGGCAAAAACAGTGCTGTCTTCTATGGAATCTAAGACAGCTATTGC
ACCTCTTCTTCCCTCAAAACCCTTGTCTGTATCTCCTACTTTGCTCTCACCCTTAGGTTT
CCTCTGCGGTACAAAAGCCACCGATGTTGGAAGCTCAAGCAGAGGGTCTTCAGGAAGCTC
GTCTCGGCTTCTGATCATGCTGAGAAACTCCATGTACGCTTTCCTGTTAGATTCCTCATC
AACCTCGCCTTCATCAAACGTGTACCGGGTGTACTTTGACGGGTCTCGAACATAATCTGG
TTCTCCAGATGGATGGTCTGGCTGCACTACTATACTCGTCTCCATCGCAGAATCTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

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C
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DS 



AS 1 7

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BQ
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30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

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AGGCTAGGTGAGTGTTTGGACGAGCTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAA
ATGGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGCGAGCGCAAGTTTAAATCACTTGGGAATCAAATC
GAGACCACCAAGAAAAAGAACAAGAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGAG
CTGGAACTAAGAGCAGAAGATCCTCATTATGGACTAGTAGACAATGGAGGAGACTACGAT
TCGGTCCTTGGATATCAACTTCGTTTCCATCAGAACCATCACCACAATTACCCCAACCAT
GCCCTTCATTCAGCATCTGCCTCTGATATCATTACCTTCCACCTTCTTGAGTAATTACGG
GTTTGAAGGTTGCTGATGATGTCATTATCTATCTATTTAATAAAATAAATACTTAAAAAG
CGTAAGGCTGGTTCTACTGAAACATTAAACTGTCATGTTCCTTAATTATGTATTTTCT**
**TAAACCTTAAGAACTATGGGTTGTGTGATCAGTAGCTTGCTGCTTTAACT
AT

QA 6 897 6 897
DS 

RD RR1A278JQ 777 0 0
AAGTGACGTAT*CAAAGAGAAGAAATGGGTTGTTCAAGAAGGCCCCACGAGCTCACGGTT
CTGTGTGACGCTAGGGTTTCGATTATCATGTTCTCTAGCTCCAACAAGCTTCATGAGTTC
ATCAGCCCTAACACCTCAACGAAGGAGATCATAGATCTGTACCAAACAGTTTCTGATGTT
GATGTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAATGCAAGAAACCAAGAGGAAACTGTTGGAGACA
AACAGAAATCTTCGGACTCAGATTAAACAGAGGCTAGGTGAGTGTTTGGACGAGCTTGAT
ATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAATGGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGCGAG
CGCAAGTTTAAATCACTTGGGAATCAAATCGAGACCACCAAGAAAAAGAACAAGAGTCAA
CAAGACATACAAAAGAATTTCATACATGAGCTGGAACTAAGAGCAGAAGATCCTCATTAT
GGACTAGTAGACAATGGAGGAGACTACGAGTCGGTCCTTGGATATCAACTTCGTTTCCAT
CAGAACCATCACCACAATTACCCCAACCATGCCCTTCATTCAGCATCTGCCTCTGATATC
ATTACCTTCCCCCTTCTTGAGTAATTACGGGTTTGAAGGTTGCTGGTGATGTCATTATCT
ATCTATTTAATAAAATAAATACTTAAAA*GCGTAAGGCTGGTTCTACTGAAACCTTAAAC
TGTCATGTTCCTTAATTATGTATTTTCTTAATTAAACCTTAAGAACTATGGGTTGTG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1F316JQ 765 0 0
CA
CTCAACGAAGGAGATCATAGATCTGTACCAAACAGTTTCTGATGTTGATGTTTGGAGCGC
TCACTATGAGAGAATGCAAGAAACCAAGAGGAAACTGTTGGAGACAAACAGAAATCTTCG
GACTCAGATTAAACAGAGGCTAGGTGAGTGTTTGGACGAGCTTGATATTCAGGAGCTGCG
TAGTCTTGAGGAAGAAATGGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGCGAGCGCAAGTTTAAATC
ACTTGGGAATCAAATCGAGACCACCAAGAAAAAGAACAAGAGTCAACAAGACATACAAAA
GAATCTCATACATGAGCTGGAACTAAGAGCAGAAGATCCTCATTATGGACTAGTAGACAA
TGGAGGAGACTACGATTCGGTCCTTGGATATCAACTTCGTTTCCATCAGAACCATCACCA
CAATTACCCCAACCATGCCCTTCATTCAGCATCTGCCTCTGATATCAATACCTTCCACCT
TCTTGAGTAATTACGGGTTTGAAGGTTGCTGATGATGTCATTATCTATCTATTTAATAAA
ATAAATACTTAAAAAGCGTAAGGCTGGTTCTACTGAAACATTAAACTGTCATGTTCCTTA
ATTATGTATTTTCT****TAAACCTTAAGAACTATGGGTTGTGTGATCAGTAGCTTGCTG
CTTTAACTTCTTGTGGATTGAATGTTCTCAACTCTATGTATGATATTAGTTGACGACTTC
CTACTTATACTTAGTTACTCCGTTTTAATCCATATATCTTTAT

QA 3 765 3 765
DS 



AS 2 8

CO CL717Contig1 489 2 2 U
GAGTTTACATGTTATCGTATATCGAGAAACATGTACACACAAGAGGTTGGCTCGAATGGA
ACACAAGTTCATTTGCTTTAGATACTTTATATTACGGAGAGTATTTGAATACTGGACCCG
GGTCGGCTCTTGCGCAACGTGTGAAGTGGCCAGGATATCGGGTCATTAATTCGACGGCTG
AGGCTAACCGTTTTACGGTGGCAGAATTCATATATGGTTCGTCGTGGTTGCCTTCAACAG
GCGTTTCGTTCTTGGCCGGACTGAACATTTAGATAAAGAAAATAATATTGCTTTTGTTTC
CGATGCATTGTTTCATTCTTACGTCCTTATATTAATGGACATATGATTAATCCTATATAT
GTATGTTTTAACTTTTTAATTGCATTATATCCGAACATATTACCAATAATATTGTAATTC
ATGAGTCGAAATAATTTTACAATATTCTTTTCGATAATACAGATTATCAATCAACTGATT
GGTGCGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EU30TF U 1
AF RR1AU56TF U 227
BS 1 457 RR1EU30TF
BS 458 489 RR1AU56TF

RD RR1EU30TF 462 0 0
GAGTTTACATGTTATCGTATATCGAGAAACATGTACACACAAGAGGTTGGCTCGAATGGA
ACACAAGTTCATTTGCTTTAGATACTTTATATTACGGAGAGTATTTGAATACTGGACCCG
GGTCGGCTCTTGCGCAACGTGTGAAGTGGCCAGGATATCGGGTCATTAATTCGACGGCTG
AGGCTAACCGTTTTACGGTGGCAGAATTCATATATGGTTCGTCGTGGTTGCCTTCAACAG
GCGTTTCGTTCTTGGCCGGACTGAACATTTAGATAAAGAAAATAATATTGCTTTTGTTTC
CGATGCATTGTTTCATTCTTACGTCCTTATATTAATGGACATATGATTAATCCTATATAT
GTATGTTTTAACTTTTTAATTGCATTATATCCGAACATATTACCAATAATATTGTAATTC
ATGAGTCGAAATAATTTTACAATATTCTTTTCGATAA
AAAAA

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1AU56TF 263 0 0
AGG
GCCTTCAACAGGCGTTTCGTTCTTGGCCGGACTGAACATTTAGATAAAGAAAATAATATT
GCTTTTGTTTCCGATGCATTGTTTCATTCTTACGTCCTTATATTAATGGACATATGATTA
ATCCTATATATGTATGTTTTAACTTTTTAATTGCATTATATCCGAACATATTACCAATAA
TATTGTAATTCATGAGTCGAAATAATTTTACAATATTCTTTTCGATAATACAGATTATCA
ATCAACTGATTGGTGCGATG

QA 4 263 4 263
DS 



CO CL717Contig2 1205 6 8 U
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TAATCATATGTCCATAGATATAAGGACGTAAGAATGAAACAATACATCGGAAACAAAAGC
AATATTATTTTCTTTATCTAAATGTTCAATCCAGCCAAGAATGAAACGCCTGTTGAAGGC
AACCACGACGAACCGTATATGAATTCTGCCACCGTAAAACGGTTAGCCTCAGCCGTCGAA
TTGATGACCCGATATCCTGGCCACTTCACACGTTGCGCAAGAGCCGACCCGGGTCCAGTA
TTCAAATACTCTCCGTAATATAAAGTATCTAAAGCAAATGAACTTGTGTTCCACTCGAGC
CAACCTCTTGTGTGTACATGTTTCTCGATATACGATAACATGTAAACCGTCCTAGAGAAT
TGCTTCCAAGGCCGGCCTAGAAACGTCTGGAAAGTACCGTTGGTGGCTTGGAGATCAGGT
GTCGCCAAAATCCTAGATGCATGTATTGACATACCGGTGTTTTGGTTCGGGTCTTTTCTA
TTCTGAGCTGTAATCGTGTTTTTCTGAAAATCCATGGGTTTGCGTGCGTAGATGCTACAG
TTCTGTAGCACCACGGCTGCATTACCGAAGATGAAATCGACTGTACCGTAGATATCGCAT
TCACGAAAGAATTGTCGGTTTGAATGAACATAGAGCGTGTCTTGATAACCAATTATATTG
CATCGATAGATCACCGCGTGGTCAGCCCCGACGCGGAGAGCGTCTGCCTGGTGCTTCGCC
GGACCAGCCCAATTTTCAAATGTGATGTCCCTTGCAATAAATCCAGCTCCGGTGGCAGCA
AACGTCGCCGTGTGAAAAGTGGTCATGTTGTCAAAAATACTTTTCCCTCCCGAAATGATA
GTTTTACCCTTCCCATCTCCAACGAACATCAAATTAATTTTTTTCCTACCGACTTTGAGG
TTGTCCTCTTCGTACCTTCCGGCTTTCACGTAGATAATAGTCCGGTGAGGACTGTACTGA
GGAGCTTTCTTGATGGCTTCCGAAATAGTCTTGCACGTGCCGTTGCCGTCTTTCGAGACG
ATGATATCAGCTTGAATCTGAGACACTGGCATTTCCAGTATCTCACGCTCTCTTCTCTTG
GTCCATCTCGGGAACTTCGAGTTCTTGTCCCCTCCTACTTCAAGAAGCCTCCTGTTCTGT
ATCAC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1GU74JQ U 4
AF RR1GS16JQ U 1
AF RR1C019JQ U 56
AF RR1GU74TF C 424
AF RR1GS16TF C 559
AF RR1C019TF C 468
BS 1 146 RR1GS16JQ
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BS 148 689 RR1GS16JQ
BS 690 776 RR1C019JQ
BS 777 977 RR1GU74TF
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BS 979 1062 RR1GU74TF
BS 1063 1205 RR1C019TF

RD RR1GU74JQ 432 0 0
GGTAATATGTTCGGATATAATGCAATTAAAAAAAGTTATAACATACATATATAGGATTAA
TCATATGTCCATAGATATAAGGACGTAAGAATGAAACAATACATCGGAAACAAAAGCAAT
ATTATTTTCTTTATCTAAATGTTCAATCCAGCCAAGAATGAAACGCCTGTTGAAGGCAAC
CACGACGAACCGTATATGAATTCTGCCACCGTAAAACGGTTAGCCTCAGCCGTCGAATTG
ATGACCCGATATCCTGGCCACTTCACACGTTGCGCAAGAGCCGACCCGGGTCCAGTATTC
AAATACTCTCCGTAATATAAAGTATCTAAAGCAAATGAACTTGTGTTCCACTCGAGCCAA
CCTCTTGTGTGTACATGTTTCTCGATATACGATAACATGTAAACCGTCCTAGAGAATTGC
TTCCAAGGCCGG

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR1GS16JQ 689 0 0
ACTGGTAATATGTTCGGATATAATGCAATTAAAAAAAGTTAAAACATACATATATAGGAT
TAATCATATGTCCATAGATATAAGGACGTAAGAATGAAACAATACATCGGAAACAAAAGC
AATATTATTTTCTTTATCTAAATGTTAAATCCAGCCAAGAATGAAACGCCTGTTGAAGGC
AACCACGACGAACCGTATATGAATTCTGCCACCGTAAAACGGTTAGCCTCAGCCGTCGAA
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TTCAAATACTCTCCGTAATATAAAGTATCTAAAGCAAATGAACTTGTGTTCCACTCGAGC
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GC

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C

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CTT
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GGGTCCTTAGCCTCCGAGGTATTTGCTTCCTTCAACATTTGTAGAGTCTCTTGTGCGTCC
TTTTCCTCTTGGCCCTTCACATACGTGAAGGCAATTGTGGCACCTTCAAGTGCAAAACAG
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ATGTACATTTATTATAGAACTTACAAATTAGATTAACAAAATCATTACAAAGTAGGGCAC
GTGGTGCACAACTAAGAACGTAAGATTATTCAAATTTATGTAGATAAAGGACAAAATTTG
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BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 15 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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G
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G
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DS 

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TGAAGGCAATTGTGGCACCTTCAAGTGCAAAACAGTAACTCACGGCTCTACCAATCCCCG
AGTCTCCGCCCGTTATCAGGGCGACCTTTCCCTGTATGTACATTTATTATAGAACTTACA
AATTAGATTAACAAAATCATTACAAAGTAGGGCACGTGGTGCACAACTAAGAACGTAAGA
TTATTCAAATTTATGTAGATAAAGGACAAAATTTGAATCAAGATAAAAGATTGTATAATA
TATAATGATATCATATCTATCGATGCATATGTGAACTTAGAAAACGAATATCCC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 8

CO CL719Contig1 788 8 14 U
GGGCTTTAGGTTTTCATTCCCCAATCAATCAATCTCTCTGTTCCTCGAAGCTTAACAAAA
ACATGTCGGACGAAGAGCACCACTTCGAGTCCAGCGACGCCGGAGCCTCCAAGACCTACC
CTCAGCAGGCTGGTAACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCA
AGGTTGTTGAGGTTTCTACTTCAAAGACTGGGAAGCACGGTCACGCTAAGTGTCACTTTG
TTGCAATTGATATCTTCACTGCTAAGAAGCTTGAGGATATTGTTCCCTCTTCCCACAATT
GTGATGTTCCACATGTGAACCGTATTGATTACCAGCTGATTGATATCTCTGAGGATGGCT
TTGTTAGCCTTTTGACCGACAGTGGTGGCACTAAGGATGACCTCAAGATGCCCACCGATG
ACAATCTAAGCGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTTGTGGTGTCTG
TCATGTCTTCAATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGT
AAACAAATTATCATTCTCTCTACACGGAGGATAATCTTATAACCCCCAGTTGTTATAAGA
ACAAAACAAAAAAACATGTTTTTCCTTTTTTTTAATTTTAGACCATTTGTGTGTTTTTAC
TTGTTGCAAGACACAACCATTATCTATTGGTTTTGGATTGTTTAAAAATTTGGTGTTTTA
ATCATAGGAAGTGGTTCCTATGATATATTCTTAATCCCTTTGCTTATTATCATTATCATA
TTATCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP38TF U 10
AF RR1GN33TF U 10
AF RR1EF45TF U 10
AF RR1DF10TF U 14
AF RR1EF45JQ C 1
AF RR1GP38JQ C 17
AF RR1GN33JQ C 53
AF RR1DF10JQ C 351
BS 1 10 RR1EF45JQ
BS 11 542 RR1GN33TF
BS 543 543 RR1EF45TF
BS 544 617 RR1GN33TF
BS 618 618 RR1EF45TF
BS 619 631 RR1GN33TF
BS 632 632 RR1EF45JQ
BS 633 693 RR1GN33TF
BS 694 694 RR1EF45TF
BS 695 707 RR1DF10TF
BS 708 708 RR1EF45JQ
BS 709 718 RR1DF10TF
BS 719 765 RR1EF45JQ
BS 766 788 RR1DF10JQ

RD RR1GP38TF 341 0 0
T
TTTTCATTCCCCAATCAATCAATCTCTCTGTTCCTCGAAGCTTAACAAAAACATGTCGGA
CGAAGAGCACCACTTCGAGTCCAGCGACGCCGGAGCCTCCAAGACCTACCCTCAGCAGGC
TGGTAACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGTTGTTGA
GGTTTCTACTTCAAAGACTGGGAAGCACGGTCACGCTAAGTGTCACTTTGTTGCAATTGA
TATCTTCACTGCTAAGAAGCTTGAGGATATTGTTCCCTCTTCCCACAATTGTGATGTTCC
ACATGTGAACCGTATTGATTACCAGCTGATTGATATCTCT

QA 2 341 2 341
DS 

RD RR1GN33TF 684 0 0
T
TTTTCATTCCCCAATCAATCAATCTCTCTGTTCCTCGAAGCTTAACAAAAACATGTCGGA
CGAAGAGCACCACTTCGAGTCCAGCGACGCCGGAGCCTCCAAGACCTACCCTCAGCAGGC
TGGTAACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGTTGTTGA
GGTTTCTACTTCAAAGACTGGGAAGCACGGTCACGCTAAGTGTCACTTTGTTGCAATTGA
TATCTTCACTGCTAAGAAGCTTGAGGATATTGTTCCCTCTTCCCACAATTGTGATGTTCC
ACATGTGAACCGTATTGATTACCAGCTGATTGATATCTCTGAGGATGGCTTTGTTAGCCT
TTTGACCGACAGTGGTGGCACTAAGGATGACCTCAAGATGCCCACCGATGACAATCTAAG
CGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTTGTGGTGTCTGTCATGTCTTC
AATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAGCAAATTA
TCATTCTCTCTACACGGAGGATAATCTTATAACCCCCAGTTGTTATAAGAACAAAACAAA
AAAACATATTTTTCCTTTTTTCTAATTTTAGACCATTTGTGTGTTTTTACTTGTTGCAAG
ACACAACCATTATCTATTGGTTT

QA 2 684 2 684
DS 

RD RR1EF45TF 685 0 0
T
TTTTCATTCCCCAATCAATCAATCTCTCTGTTCCTCGAAGCTTAACAAAAACATGTCGGA
CGAAGAGCACCACTTCGAGTCCAGCGACGCCGGAGCTTCCAAGACCTACCCTCAGCAGGC
TGGTAACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGTTGTTGA
GGTTTCTACTTCAAAGACTGGGAAGCACGGTCACGCTAAGTGTCACTTTGTTGCAATTGA
TATCTTCACTGCTAAGAAGCTTGAGGATATTGTTCCCTCTTCCCACAATTGTGATGTTCC
ACATGTGAACCGTATTGATTACCAGCTGATTGATATCTCTGAGGATGGCTTTGTTAGCCT
TTTGACCGACAGTGGTGGCACTAAGGATGACCTCAAGATGCCCACCGATGACAATCTAAG
CGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTTGTGGTGTCTGTCATGTCTTC
AATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAACAAATTA
TCATTCTCTCTACACGGAGGATAATCTTATAACCCCCAGTTGTTATAAGAACAAAACAAA
AAA*CATGTTTTTCCTTTTTTCTAATTTTAGACCATTTGTGTGTTTTTACTTGTTGCAAG
ACACAACCATTATCTATTGGTTTT

QA 2 685 2 685
DS 

RD RR1DF10TF 709 0 0
GG
ATTCCCCAATCAATCAATCTCTCTGTTCCTCGAAGCTTAACAAAAACATGTCGGACGAAG
AGCACCACTTCGAGTCCAGCGACGCCGGAGCTTCCAAGACCTACCCTCAGCAGGCTGGTA
ACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGTTGTTGAGGTTT
CTACTTCAAAGACTGGGAAGCACGGTCACGCTAAGTGTCACTTTGTTGCAATTGATATCT
TCACTGCTAAGAAGCTTGAGGATATTGTTCCCTCTTCCCACAATTGTGATGTTCCACATG
TGAACCGTATTGATTACCAGCTGATTGATATCTCTGAGGATGGCTTTGTTAGCCTTTTGA
CCGACAGTGGTGGCACTAAGGATGACCTCAAGATGCCCACCGATGACAATCTAAGCGCTC
TGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTTGTGGTGTCTGTCATGTCTTCAATGG
GAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAACAAATTATCATT
CTCTCTACACGGAGGATAATCTTATAACCCCCAGTTGTTATAAGAACAAAACAAAAAAAC
ATGTTTTTCCTTTTTTCTAATTTTAGACCATTTGTGTGTTTTTACTTGTTGCAAGACACA
ACCATTATCTATTGGTTTTGGATTGTTTAAAA*TTTGGTGTTT
AATC

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR1EF45JQ 765 0 0
GGGCTTTAGGTTTTCATTCCCCAATCAATCAATCTCTCTGTTCCTCGAAGCTTAACAAAA
ACATGTCGGACGAAGAGCACCACTTCGAGTCCAGCGACGCCGGAGCTTCCAAGACCTACC
CTCAGCAGGCTGGTAACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCA
AGGTTGTTGAGGTTTCTACTTCAAAGACTGGGAAGCACGGTCACGCTAAGTGTCACTTTG
TTGCAATTGATATCTTCACTGCTAAGAAGCTTGAGGATATTGTTCCCTCTTCCCACAATT
GTGATGTTCCACATGTGAACCGTATTGATTACCAGCTGATTGATATTTTTGAGGATGGCT
TTGTTAGCCTTTTGACCGACAGTGGTGGCACTAAGGATGACCTCAAGATGCCCACCGATG
ACAATTTAAGCGCTTTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTTGTGGTGTCTG
TCATGTTTTCAATGGGAGAGGAGCAGATTTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGT
AAACAAATTATCATTCTCTCTACACGGAGGATAATCTTATAACCCCCAGTTGTTATAAGA
ACAAAACAAAAAAACATGTTTTTCCTTTTTTTTAATTTTAGACCATTTGTGTGTTTTTAC
TTGTTGCAAGACACAACCATTATTTATTGGTTTTGGATTGTTTAAAAATTTGGTGTTTTA
ATCATAGGAAGTGGTTCCTATGATATATTCTTAATCCCTTTGCTT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1GP38JQ 752 0 0
TTCCCCAATCAATCAATCTCTCTGTTCCTCGAAGCTTAACAAAAACATGTCGGACGAAGA
GCACCACTTCGAGTCCAGCGACGCCGGAGCCTCCAAGACCTACCCTCAGCAGGCTGGTAA
CATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGTTGTTGAGGTTTC
TACTTCAAAGACTGGGAAGCACGGTCACGCTAAGTGTCACTTTGTTGCAATTGATATCTT
CACTGCTAAGAAGCTTGAGGATATTGTTCCCTCTTCCCACAATTGTGATGTTCCACATGT
GAACCGTATTGATTACCAGCTGATTGATATCTTTGAGGATGGCTTTGTTAGCCTTTTGAC
CGACAGTGGTGGCACTAAGGATGACCTCAAGATGCCCACCGATGACAATTTAAGCGCTTT
GATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTTGTGGTGTCTGTCATGTCTTCAATGGG
AGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAGCAAATTATCATTC
TCTCTACACGGAGGATAATCTTATAACCCCCAGTTGTTATAAGAACAAAACAAAAAAACA
TATTTTTCCTTTTTTTTAATTTTAGACCATTTGTGTGTTTTTACTTGTTGCAAGACACAA
CCATTATCTATTGGTTTTGGATTGTTTAAAAATTTGGTGTTTTAATCATAGGAAGTGGTT
CCTATGATATATTCTTAATCCCTTTGCTT
ATT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1GN33JQ 716 0 0
TAACAAAAACATGTCGGACGAAGAGCACCACTTCGAGTCCAGCGACGCCGGAGCCTCCAA
GACCTACCCTCAGCAGGCTGGTAACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCG
TCCCTGCAAGGTTGTTGAGGTTTCTACTTCAAAGACTGGGAAGCACGGTCACGCTAAGTG
TCACTTTGTTGCAATTGATATCTTCACTGCTAAGAAGCTTGAGGATATTGTTCCCTCTTC
CCACAATTGTGATGTTCCACATGTGAACCGTATTGATTACCAGCTGATTGATATCTCTGA
GGATGGCTTTGTTAGCCTTTTGACCGACAGTGGTGGCACTAAGGATGACCTCAAGATGCC
CACCGATGACAATTTAAGCGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTTGT
GGTGTCTGTCATGTCTTCAATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGG
TGGCAAGTAAGCAAATTATCATTCTCTCTACACGGAGGATAATCTTATAACCCCCAGTTG
TTATAAGAACAAAACAAAAAAACATATTTTTCCTTTTTTTTAATTTTAGACCATTTGTGT
GTTTTTACTTGTTGCAAGACACAACCATTATCTATTGGTTTTGGATTGTTTAAAAATTTG
GTGTTTTAATCATAGGAAGTGGTTCCTATGATATATTCTTAATCCCTTTGCTT
ATT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1DF10JQ 438 0 0
GAGGATGGCTTTGTTAGCCTTTTGACCGACAGTGGTGGCACTAAGGATGACCTCAAGATG
CCCACCGATGACAATCTAAGCGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTT
GTGGTGTCTGTCATGTCTTCAATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGT
GGTGGCAAGTAAACAAATTATCATTCTCTCTACACGGAGGATAATCTTATAACCCCCAGT
TGTTATAAGAACAAAACAAAAAAACATGTTTTTCCTTTTTTTTAATTTTAGACCATTTGT
GTGTTTTTACTTGTTGCAAGACACAACCATTATCTATTGGTTTTGGATTGTTTAAAAATT
TGGTGTTTTAATCATAGGAAGTGGTTCCTATGATATATTCTTAATCCCTTTGCTTATTAT
CATTATCATATTATCACC

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 8

CO CL720Contig1 732 8 5 U
GGAACTCATTCTATAAGTAATCTAGAGAAGTATTTTCCCATCTGTAAGAAATGGCACAAG
CGATGTTGAAGCCTTCTCTACAAGGAGAGATTAAAGCAGACGTTGAGATCAAAGCTCCAG
CCACAAAGTTCTATCACATGTTCGCAGTGAGACCACAAGACGTGTCTAAAGCCAGTCTTG
AAAACCTCAAGGGATGTCGTGTGGAAGAGGGAGAGATGGGCAAAGTTGGCACTCTCCTCA
CCTGGAACTACGTCCTGGATGGCAAGCCAATGGTGGCCAATGAGAGGATCGAGGCAGTGG
AACCGAAGAACAATATGATAAAGTTTAGAGTACTGGAGGGAGATCTGATGAAAGAGTTCA
AGAGCTTCCTATGCACGATCCAGGTGACCCCGAAGCAAGGAGGATCTGGAGGTTTGGTGA
AATGGCGCTTGGAATACGAGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCCCCCGGAGTCTCTGCTCC
AAGCGTGTGTCAAAACGACCAAAGGAATCGACGAAATGCTTTTGTCTAATGAGTAGATAC
TCATTGAATATCTATACATGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATG
TAATCTCTAGATCTAAAGAGATGTGATATGTATCTATCTTTATGTATTTGGGTGTTTTAT
ATCAATAATGTACTCTCTAGATCTAAAGAGATATGATATGAAAGTGTTACGAGATATATC
TATCTAGTAATA


BQ
30 30 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E871TF U 1
AF RR1AF80JQ C 1
AF RR1AF80TF U 1
AF RR1FS41TF U -2
AF RR1E871JQ C 183
AF RR1FS41JQ C 9
AF RR1CG67TF U 15
AF RR1EK31TF U 1
BS 1 557 RR1E871TF
BS 558 663 RR1AF80TF
BS 664 664 RR1EK31TF
BS 665 711 RR1AF80TF
BS 712 732 RR1EK31TF

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CCTGGAACTACGTCCTGGATGGCAAGCCAATGGTGGCCAATGAGAGGATCGAGGCAGTGG
AACCGAAGAACAATATGATAAAGTTTAGAGTACTGGAGGGAGATCTGATGAAAGAGTTCA
AGAGCTTCCTATGCACGATCCAGGTGACCCCGAAGCAAGGAGGATCTGGAGGTTTGGTGA
AATGGCGCTTGGAATACGAGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCCCCCGGAGTCTCTGCTCC
AAGCGTGTGTCAAAACGACCAAAGGAATCGACGAAATGCTTTTGTCTAATGAGTAGATAC
TCATTGAATATCTATAC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1AF80JQ 711 0 0
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CGATGTTGAAGCCTTCTCTACAAGGAGAGATTAAAGCAGACGTTGAGATCAAAGCTCCAG
CCACAAAGTTCTATCACATGTTCGCAGTGAGACCACAAGACGTGTCTAAAGCCATTCTTG
AAAACCTCAAGGGATGTCGTGTGGAAGAGGGAGAGATGGGCAAAGTTGGCACTCTCCTCA
CCTGGAACTACGTCCTGGATGGCAAGCCAATGGTGGCCAATGGGAGGATCGAGGCAGTGG
AACCGAAGAACAATATGATAAAGTTTAGAGTACTGGAGGGAGATTTGATGAAAGAGTTCA
AGAGCTTCCTATGCACGATCCAGGTGACCCCGAAGCAAGGAGGATCTGGAGGTTTGGTGA
AATGGCGCTTGGAATACGAGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCCCCCGGAGTCTCTGCTCC
AAGCGTGTGTCAAAACGACCAAAGGAATCGACGAAATGCTTTTGTCTAATGAGTAGATAC
TCATTGAATATCTATACATGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATG
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ATCGATAATGTACTCTCTAGATCTAAAGAGATATGATATGAAAGTGTTACG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1AF80TF 711 0 0
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CGATGTTGAAGCCTTCTCTACAAGGAGAGATTAAAGCAGACGTTGAGATCAAAGCTCCAG
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AAAACCTCAAGGGATGTCGTGTGGAAGAGGGAGAGATGGGCAAAGTTGGCACTCTCCTCA
CCTGGAACTACGTCCTGGATGGCAAGCCAATGGTGGCCAATGGGAGGATCGAGGCAGTGG
AACCGAAGAACAATATGATAAAGTTTAGAGTACTGGAGGGAGATCTGATGAAAGAGTTCA
AGAGCTTCCTATGCACGATCCAGGTGACCCCGAAGCAAGGAGGATCTGGAGGTTTGGTGA
AATGGCGCTTGGAATACGAGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCCCCCGGAGTCTCTGCTCC
AAGCGTGTGTCAAAACGACCAAAGGAATCGACGAAATGCTTTTGTCTAATGAGTAGATAC
TCATTGAATATCTATACATGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATG
TAATCTCTAGATCTAAAGAGATGTGATATGTATCTATCTTTATGTATTTGGGTGTTTTAT
ATCGATAATGTACTCTCTAGATCTAAAGAGATATGATATGAAAGTGTTACG

QA 1 711 1 711
DS 

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GGACT
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ATGTTGAAGCCTTCTCTACAAGGAGAGATTAAAGCAGACGTTGAGATCAAAGCTCCAGCC
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TGGAACTACGTCCTGGATGGCAAGCCAATGGTGGCCAATGAGAGGATCGAGGCAGTGGAA
CCGAAGAACAATATGATAAAGTTTAGAGTACTGGAGGGAGATCTGATGAAAGAGTTCAAG
AGCTTCCTATGCACGATCCAGGTGACCCCGAAGCAAGGAGGATCTGGAGGTTTGGTGAAA
TGGCGCTTGGAATACGAGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCCCCCGGAGTCTCTGCTCCAA
GCGTGTGTCAAAACGACCAAAGGAATCGACGAAATGCTTTTGTCTAATGAGTAGATACTC
ATTGAATATCTATACATGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATGTA
ATCTCTAGATCTAAAGAGATGTGATATGTATCTATCTTTATGTATTTGGGTGTTTTATAT
CAATAATGTACTCTCTAGATCTAAAGAGATATGATATGAAAGTGTTACGAG
GTAAAAAAA

QA 6 716 6 716
DS 

RD RR1E871JQ 531 0 0
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TGGAACTACGTCCTGGATGGCAAGCCAATGGTGGCCAATGAGAGGATCGAGGCAGTGGAA
CCGAAGAACAATATGATAAAGTTTAGAGTACTGGAGGGAGATTTGATGAAAGAGTTCAAG
AGCTTCCTATGCACGATCCAGGTGACCCCGAAGCAAGGAGGATTTGGAGGTTTGGTGAAA
TGGCGCTTGGAATACGAGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCCCCCGGAGTTTTTGCTCCAA
GCGTGTGTCAAAACGACCAAAGGAATTGACGAAATGCTTTTGTTTAATGAGTAGATACTC
ATTGAATATCTATACATGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATGTA
ATCTCTAGATTTAAAGAGATGTGATATGTATCTATCTTTATGTATTTGGGTGTTTTATAT
CAATAATGTACTCTCCAGATCTAAAGAGATATGATATGAAAGTGTTACG
GG

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1FS41JQ 707 0 0
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TACGTCCTGGATGGCAAGCCAATGGTGGCCAATGAGAGGATCGAGGCAGTGGAACCGAAG
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CTATGCACGATCCAGGTGACCCCGAAGCAAGGAGGATCTGGAGGTTTGGTGAAATGGCGC
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GTCAAAACGACCAAAGGAATCGACGAAATGCTTTTGTCTAATGAGTAGATACTCATTGAA
TATCTATACATGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATGTAATCTCT
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TGTACTCTCTAGATCTAAAGAGATATGATATGAAAGTGTTACG
AGGT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1CG67TF 680 0 0
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TGTCGTGTGGAAGAGGGAGAGATGGGCAAAGTTGGCACTCTCCTCACCTGGAACTACGTC
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ATGATAAAGTTTAGAGTACTGGAGGGAGATCTGATGAAAGAGTTCAAGAGCTTCCTATGC
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TACGAGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCCCCCGGAGTCTCTGCTCCAAGCGTGTGTCAAA
ACGACCAAAGGAATCGACGAAATGCTTTTGTCTAATGAGTAGATACTCATTGAATATCTA
TACGTGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATGTAATCTCTAGATCT
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CTCTAGATCTAAAGAGATAT

QA 1 680 1 680
DS 

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CCTGGAACTACGTCCTGGATGGCAAGCCAATGGTGGCCAATGAGAGGATCGAGGCAGTGG
AACCGAAGAACAATATGATAAAGTTTAGAGTACTGGAGGGAGATCTGATGAAAGAGTTCA
AGAGCTTCCTATGCACGATCCAGGTGACCCCGAAGCAAGGAGGATCTGGAGGTTTGGTGA
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AAGCGTGTGTCAAAACGACCAAAGGAATCGACGAAATGCTTTTGTCTAATGAGTAGATAC
TCATTGAATATCTATACATGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATG
TAATCTCTAGATCTAAAGAGATGTGATATGTATCTATCTTTATGTATTTGGGTGTTTTAT
ATCAATAATGTACTCTCTAGATCTAA*GAGATATGATATGAAAGTGTTACGAGATATATC
TATCTAGTAATA

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 8

CO CL721Contig1 1520 8 9 U
GGTTGTAATATTAGTGTTATTTTGTTTTAATAGTATAGATTTGAAGCACATAAATTACCG
GTTTATTTAAAATACATATAAAATACAAAAAGAAAAAGAAATACATAACGCCTGTAGTTT
GTACTAAGCCACTGATCAATTAATGTACTATCTGTAATCTGTATGCTTCATTTCTGTATG
CTCTAAGTTAAACCCTTTCTGGTGCAGTTTCGGGTTTCTGTCTTTCTTAGTTTTGTAACT
TTAACCTGTGTGTTTAACTTTCTTACATTCAAGAGGTTGTTGTTGTATCTGTTGATGATT
CTACTAATCCTTCACTCAAAAGACGCATCGCAGCTCCTCTAGTGAACTTCCTCGCAAAGA
GAAAGCAAGGGACGGGTTTTGAATTAGCCCGGCACCATTCTGTTCGATACTCCGTTTCAT
AGTATACATGGTTGATTTTCTTTATTTCTTCTATCTCCCTTGCTCCGGAATTGTCAGATG
TGAAAGTTAGAGGATGCCATGATTTAGCTTCCGCTTTTTTGGCTAATAGGTTCCATGTAG
TGTATGTCACCGTTCTCCGTTCCATTTCACTTTCCAAGCCACGCATTGTAAGTAGAGTTT
GAACGTAGTGTTCATCAGGGATGCAGTTGTGACGTCTGTGTTTAAGATATAGCCATTTCT
TAGTGGGATCCAGAGGTAGAGATCGCTTGCAGAACTTCTGGAAAACTGGGAACACAGTGT
CGTCATTAACAATGACCTCTGCGTGGCTTCTAATCAACGATATCCACTGAGATCCTTTTC
GCCATTTCTCTTTGGGTATGACAGGGAACATTTTCATGGTGTAACGCTGATCTTTAGTAT
CAAGAAAACTATCTAGAAAGCTCTTCGGTGAAGACATTAGATAAGTGTAAATGTAACCAA
AGTCGTATAAGGGAACACAGCTATCAGATAAAAGAAGAAATCTTTGATTAGAAGGATCCT
CCAAGGCGGAAGCAAGCAGCAATCTCTCAGCAGCAATCATGCTTGCTTCTCCCCAAACCA
CCTCGATACTATTCTTCAACTGGCGATTGTGGAAGAAGTGTGATCGAGTGGTGTCTTCGT
CGAAGGTGAAACCAGGTGTTGAATGTACATAGATTGACAAGCTCCTCTCATCTCCGCCCT
TGAAGAATCTGTCCCACAGGAAATCGAGAGGCAGGTCAAGTCGAGCCAGGAAAAGGAACG
CCATCTTCGGACGATCTCCGGAGTATTTCTGGAGCGGTATTCGAGATCTCGCGGCCGAGA
GCGACGGAATGGGACGAGACTGACGGTGGTAGTGGATACTGAGAAGAGCTAGCGCGCATA
GAGAGGCGGAGATTGCACCGTAAATTAGCTTCCACCGAAACGACACAACGACGCGACGAG
ACGCCGGAAGCTGCGGCGGCGATCTCCGCGCCATAAGTAACTAGAAAGATCTATCTATCA
CCTCGAGATTTGAGGGAGATAAAAGGCGAAGTTGAGTCACGATGAATCTCATCAAAACGA
CATCGTGTCTCTGTCCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F118JQ U 1
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AF RR1BW16JQ U 21
AF RR1BW16TF C 25
AF RR1F118TF C 25
AF RR1AG53JQ U 48
AF RR1C763TF C 699
AF RR1AG53TF C 803
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TAGTGGGAT

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CATCGCAGCTCCTCTAGTGAACTTCCTCGCAAAGAGAAAGCAAGGGACGGGTTTTGAATT
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C

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G
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CAAAAAGAAAAAGAAATACATAACGCCTGTAGTTTGTACTAAGCCACTGATCAATTAATG
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CATTCAAGAGGTTGTTGTTGTATCTGTTGATGATTCTACTAATCCTTCACTCAAAAGACG
CATCGCAGCTCCTCTAGTGAACTTCCTCGCAAAGAGAAAGCAAGGGACGGGTTTTGAATT
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TTCACTTTCCAAGCCACGCATTGTAAGTAGAGTTTGAACGTAGTGTTCATCAGGGATGCA
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CTTGCAGAACTTCTGGAAAACTGGGAACACAGTGTCGTCATTAAC
C

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G
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CAAAAAGAAAAAGAAATACATAACGCCTGTAGTTTGTACTAAGCCACTGATCAATTAATG
TACTATCTGTAATCTGTATGCTTCATTTCTGTATGCTCTAAGTTAAACCCTTTCTGGTGC
AGTTTCGGGTTTCTGTCTTTCTTAGTTTTGTAACTTTAACCTGTGTGTTTAACTTTCTTA
CATTCAAGAGGTTGTTGTTGTATCTGTTGATGATTCTACTAATCCTTCACTCAAAAGACG
CATCGCAGCTCCTCTAGTGAACTTCCTCGCAAAGAGAAAGCAAGGGACGGGTTTTGAATT
AGCCCGGCACCATTCTGTTCGATACTCCGTTTCATAGTATACATGGTTGATTTTCTTTAT
TTCTTCTATCTCCCTTGCTCCGGAATTGTCAGATGTGAAAGTTAGAGGATGCCATGATTT
AGCTTCCGCTTTTTTGGCTAATAGGTTCCATGTAGTGTATGTCACCGTTCTCCGTTCCAT
TTCACTTTCCAAGCCACGCATTGTAAGTAGAGTTTGAACGTAGTGTTCATCAGGGATGCA
GTTGTGACGTCTGTGTTTAAGATATAGCCATTTCTTAGTGGGATCCAGAGGTAGAGATCG
CTTGCAGAACTTCTGGAAAACTGGGAACACAGTGTCGTCATTAAC
C

QA 2 706 2 706
DS 

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C
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CTGTTGATGATTCTACTAATCCTTCACTCAAAAGACGCATCGCAGCTCCTCTAGTGAACT
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ACTCCGTTTCATAGTATACATGGTTGATTTTCTTTATTTCTTCTATCTCCTTTGCTCCGG
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GATCTTTAGTATCAAGAA

QA 2 799 2 799
DS 

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AAGCTCCTCTCATCTCCGCCCTTGAAGAATCTGTCCCACAGGAAATCGAGAGGCAGGTCA
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AACTAGAAAGATCT
CC

QA 1 734 1 734
DS 

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DS 



AS 1 8

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AGCTTCTTCCAAGCCGGTCTAGCCGTAATCTCTTCCCACCACCGGTTCATATTCACTCTA
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AGATTCAAAAAGCTTGAAATCTCCATCTTCTATGGCTGGGACTTGACCAAATGGCTGACG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 10 10 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

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AF RR1CJ56JQ U 105
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BS 803 945 RR1D003TF

RD RR1DE56JQ 592 0 0
C
TGCAAAAGTAAATTGATTTAATTATTGGAATGCATAAAACTCAAACATATTAAACAGAAA
GTATGAAACGTTTATTTGGTTTGGATCGTTATAAACCCAAGCTAACTAAAAACCAGCCAT
CTTCATAAGCTTCTTCCAAGCCGGTCTAGCCGTAATCTCTTCCCACCACCGGTTCATATT
CACTCTAGCCTTAACCATCCGGTTTACATCGGTATGCATCAAGTGCCCCATCGCCGG*CA
TGTGCGTCAAATCAGCCATAGTGAATTCATCACCAGCCAAAAACCGGTTCGAAGCAAGCC
GGTTCTCGTATATGTCCAAAACCACCTCGAGCTTGAGCTTGGTCTCCTTGACCAGAACGT
CGTCACATTCTTCGCCTAACCTGGGCTTAATGAGTAGGTTAAACACAATGGGGAAGGCCA
GAACGTTAAAGTAATGGGTCTCCACGTCGGCCCACTGGTCTACGATGGCTCGGTGCTCTA
GAGACTTGCCCAAAAGGTTCGTGCCTTGGTCCGCGTACTTGGTCGCGTAATATCTCGCAA
TGGCTCTAGATTCAAAAAGCTTGAAATCTCCATCTTCTATGGCTGGGACTT

QA 2 592 2 592
DS 

RD RR1D003JQ 780 0 0
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TAGGAACCATAAAACCCCAAACAAACGGGAAAGAAAACAAACAGAAGTTATTCTGCAAAA
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AGCTTCTTCCAAGCCGGTCTAGCCGTAATCTCTTCCCACCACCGGTTCATATTCACTCTA
GCCTTAACCATCCGGTTTACATCGGTATGCATCAAGTGCCCCATCGCCGG*CATGTGCGT
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AGATTCAAAAAGCTTGAAATCTCCATCTTCTATGGCTGGGACTTGACCAAATGGCTGACG
AAGAAGATGTTCTGGTTTCTTCTGCTCTAGTGTATCAAGGTCGACATGAACAATCTCAAA

QA 1 780 1 780
DS 

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TTTTTGTTC
TGCAAAAGTAAATTGATTTAATTATTGGAATGCATAAAACTCAAACATATTAAACAGAAA
GTATGAAACGTTTATTTGGTTTGGATCGTTATAAACCCAAGCTAACTAAAAACCAGCCAT
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CACTCTAGCCTTAACCATCCGGTTTACATCGGTATGCATCAAGTGCCCCATCGCCGG*CA
TGTGCGTCAAATCAGCCATAGTGAATTCATCACCAGCCAAAAACCGGTTCGAAGCAAGCC
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CGTCACATTCTTCGCCTAACCTGGGCTTAATGAGTAGGTTAAACACAATGGGGAAGGCCA
GAACGTTAAAGTAATGGGTCTCCACGTCGGCCCACTGGTCTACGATGGCTCGGTGCTCTA
GAGACTTGCCCAAAAGGTTCGTGCCTTGGTCCGCGTACTTGGTCGCGTAATATCTCGCAA
TGGCTCTAGATTCAAAAAGCTTGAAATCTCCATCTTCTATGGCTGGGACTTGACCAAATG
GCTGACGAGGAAGATGTTCTGGTTTCTTCTGCTCTAGTGTATCAAGGTCGACATGAACAA
TCTCAAA

QA 10 676 10 676
DS 

RD RR1CP09JQ 666 0 0
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TATGAAACGTTTATTTGGTTTGGATCGTTATAAACCCAAGCTAACTAAAAACCAGCCATC
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GTTCTCGTATATGTCCAAAACCACCTCGAGCTTGAGCTTGGTCTCCTTGACCAGAACGTC
GTCACATTCTTCGCCTAACCTGGGCTTAATGAGTAGGTTAAACACAATGGGGAAGGCCAG
AACGTTAAAGTAATGGGTCTCCACGTCGGCCCACTGGTCTACGATGGCTCGGTGCTCTAG
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GGCTCTAGATTCAAAAAGCTTGAAATCTCCATCTTCTATGGCTGGGACTTGACCAAATGG
CTGACGAAGAAGATGTTCTGGTTTCTTCTGCTCTAGTGTATCAAGGTCGACATGAACAAT
CTCAAA

QA 1 666 1 666
DS 

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TTTT
TGCAAAAGTAAATTGATTTAATTGTTGGAATGCATAAAACTCAAACATATTAAACAGAAA
GTATGAAACGTTTATTTGGTTTGGATCGTTATAAACCCAAGCTAACTAAAAACCAGCCAT
CTTCATAAGCTT**TCCAAGCCGGTCTAGCCGTAATCTCTTCCCACCACCGGTTCATATT
CACTCTAGCCTTAACCATCCGGTTTACATCGGTATGCATCAAGTGCCCCATCGCCGG*CA
TGTGCGTCAAATCAGCCATAGTGAATTCATCACCAGCCAAAAACCGGTTCGAAGCAAGCC
GGTTCTCGTATATGTCCAAAACCACCTCGAGCTTGAGCTTGGTCTCCTTGACCAGAACGT
CGTCACATTCTTCGCCTAACCTGGGCTTAATGAGTAGGTTAAACACAATGGGGAAGGCCA
GAACGTTAAAGTAATGGGTCTCCACGTCGGCCCACTGGTCTACGATGGCTCGGTGCTCTA
GAGACTTGCCCAAAAGGTTCGTGCCTTGGTCCGCGTACTTGGTCGCGTAATATCTCGCAA
TGGCTCTAGATTCAAAAAGCTTGAAATCTCCATCTTCTATGGCTGGGACTTGACCAAATG
GCTGACGAAGAAGATGTTCTGGTTTCTTCTGCTCTAGTGTATCAAGGTCGACATGAACAA
TCTCAAACTCAATTTCTTTCTCCAAAAAA

QA 5 693 5 693
DS 

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AACATA
TAAACAGAAAGTATGAAACGTTTATTGG**TTGGATCGTTATAAACCCAAGCTAACTAAA
A*CCAGCCATCTTCATAAGCT*CTTCCAAGCCGGTCTAGCCGTAATCTCTTCCCACCACC
GGTTCATATTCACTCTAGCCTTAACCATCCGGTTTACATCGGTATGCATCAAGTGCCCCA
TCGCCGG*CATGTGCGTCAAATCAGCCATAGTGAATTCATCACCAGCCAAAAACCGGTTC
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TGACCAAATGGCTGACGAAGAAGATGTTCTGGTTTCTTCTGCTCTAGTGTATCAAGGTCG
ACATGAACAATCTCAAACTCAATTTCTTTCTCCAAAAAACAAAGCAAGACTCTTTGTGGA
CAAGCTGCAGTTACCTGTCCGTATAGTTTCACAACCATTATAAATGTTTTGTACAATAAC
TTTGTAACAATATTTTTATTAATGTTAATAAGATATATGAGAAGAAGTGAGAGTAGATGT
CC

QA 7 788 7 788
DS 

RD RR1DE56TF 672 0 0
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CCGGTTTACATCGGTATGCATCAAGTGCCCCATCGCCGG*CATGTGCGTCAAATCAGCCA
TAGTGAATTCATCACCAGCCAAAAACCGGTTCGAAGCAAGCCGGTTCTCGTATATGTCCA
AAACCACCTCGAGCTTGAGCTTGGTCTCCTTGACCAGAACGTCGTCACATTCTTCGCCTA
ACCTGGGCTTAATGAGTAGGTTAAACACAATGGGGAAGGCCAGAACGTTAAAGTAATGGG
TCTCCACGTCGGCCCACTGGTCTACGATGGCTCGGTGCTCTAGAGACTTGCCCAAAAGGT
TCGTGCCTTGGTCCGCGTACTTGGTCGCGTAATATCTCGCAATGGCTCTAGATTCAAAAA
GCTTGAAATCTCCATCTTCTATGGCTGGGACTTGACCAAATGGCTGACGAAGAAGATGTT
CTGGTTTCTTCTGCTCTAGTGTATCAAGGTCGACATGAACAATCTCAAACTCAATTTCTT
TCTCCAAAAAACAAAGCAAGACTCTTTGTGGACAAGCTGCAGTTACCTGTCCGTATAGTT
TCACAACCATTATAAATGTTTTGTACAATAACTTTGTAACAATATTTTTATTAATGTTAA
TAAGATATAT
CC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1CJ56TF 654 0 0
A
TCACTCTAGCCT*AACCATCCGGTTTACATCGGTATGCATCAAGTGCCCCATCGCCGGGC
ATGTGCGTCAAATCAGCCATAGTGAATTCATCACCAGCCAAAAACCGGTTCGAAGCAAGC
CGGTTCTCGTATATGTCCAAAACCACCTCGAGCTTGAGCTTGGTCTCCTTGACCAGAACG
TCGTCACAT*CTTCGCCTAACCTGGGCTTAATGAGTAGGTTAAACACAATGGGGAAGGCC
AGAACGTTAAAGTAATGGGTCTCCACGTCGGCCCACTGGTCTACGATGGCTCGGTGCTCT
AGAGACTTGCCCAAAAGGTTCGTGCCTTGGTCCGCGTACTTGGTCGCGTAATATCTCGCA
ATGGCTCTAGATTCAAAAAGCTTGAAATCTCCATCTTCTATGGCTGGGACTTGACCAAAT
GGCTGACGAGGAAGATGTTCTGGTTTCTTCTGCTCTAGTGTATCAAGGTCGACATGAACA
ATCTCAAACTCAATTTCTTTCTCCAAAAAACAAAGCAAGACTTTTTGTGGACAAGCTGCA
GTTACCTGTCCGTATAGTTTCACAACCATTATAAATGTTTTGTACAATAACTTTGTAACA
ATATTTTTATTAATGTTAATAAGATATATGAGAAGAAGTGAGAGTAGATGTCC

QA 2 654 2 654
DS 



AS 1 7

CO CL723Contig1 937 7 5 U
GGACACAAACCCTTCTTCTCTCTTCCCATTTCTTCGCTGCACAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGATTCAAAAATGCTTCTCAAAGCTGCTTCTTCGCTCTCCCTCATGAACGTTCACG
GAGTGAAGAAGGACATCTCTCCTCTCTTCACCTCCGGGAAAAACCTCTCCTT*CTCTGTT
CGCGCCTCCACGCAGCCACTAAGCGGCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGTGGAAGTGAAGAAG
GAGCTCGATCTCGTCCCTTCGAGTCCGCAGATCTCGCTTGCTCGACATATGTACTCCCCT
GAGTGCGAAGCCGCCGTGAACGAGCAGATCAATGTTGAATACAACGTGTCTTATGTGTAC
CACGCTTTGTACGCTTACTTCGATCGTGACAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTT
TTCAAGGACTCGAGTGTGGAAGAACGAGACCACGCTGAGATGTTGATGGAGTATCAGAAC
AAACGTGGTGGGAGGGTTAAACTACAGCCTATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGACCAC
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AATGAAAAACTCCTAAACCTGCACAGTGTGGCTTCCAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCT
GATTTCATTGAGAGCGTGTTTTTGAACGAACAGGTTGAAGCAATTAAGAAAATCTCGGAG
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GCTCCTGCTTGATCTATGGTTGTTGTACTCTCTTTAGAAACTGGTGTTGCTTAATCACTT
TTGGCTGAGGGTAATTTTTAAGCGTTTAGTTTTGTTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 0 0 5 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 15 45 45 30 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BQ89TF U 1
AF RR1EZ33TF U 29
AF RR1BX23TF U 1
AF RR1A520TF U 1
AF RR1AT31TF U 1
AF RR1AT31JQ C 156
AF RR1BX23JQ C 190
BS 1 777 RR1A520TF
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RD RR1BQ89TF 689 0 0
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GAGTGAAGAAGGACATCTCTCCTCTCTTCTCCTCCGGGAAAAACCTCTCCTT*CTCTGTT
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GAACTCGATCTCGTCCCTTCGAGTCCGCAGATCTCTCTTGCTCGACATATGTACTCCCCT
GAGTGCGAAGCCGCCGTGAATGAGCAGATCAATGTGGAATACAACGTGTCTTATGTGTAT
CACGCTCTGTACGCTTACTTCGATCGTGACAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTT
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AAGCGTGGTGGGAGGGTTAAGCTACAACCCATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGACCAC
GC*GAGAAAGGAGATGCTCTCTATGCCATGGAGTTGGCTCTATCATTGGAGAAACTGGTC
AATGAAAAACTCCTAAACCTGCACAGTGTGGCTTCCAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCT
GATTTCATTGAGAGCGTGTTTTTGAACGA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1EZ33TF 735 0 0
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AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTCAAAAATGCTTCTCAAAGCTGCTTCTTCGCTCTCC
CTCATGAACGTTCACGGAGTGAAGAAGGACATCTCTCCTCTCTTCACCTCCGGGAAAAAC
CTCTCCTT*CTCTGTTCGCGCCTCCACGCAGCCACTAAGCGGCGTCGTTTTCGAGCCGTT
TGTGGAAGTGAAGAAGGAGCTCGATCTCGTCCCTTCGAGTCCGCAGATCTCGCTTGCTCG
ACATATGTACTCCCCTGAGTGCGAAGCCGCCGTGAACGAGCAGATCAATGTTGAATACAA
CGTGTCTTATGTGTACCACGCTTTGTACGCTTACTTCGATCGTGACAACGTTGCTCTCAA
AGGTCTTGCCAAGTTTTTCAAGGACTCGAGTGTGGAAGAACGAGACCACGCTGAGATGTT
GATGGAGTATCAGAACAAACGTGGTGGGAGGGTTAAACTACAGCCTATGGTGATGCCTCA
GTCTGAGTTTGACCACGCTGAGAAAGGAGATGCTCTCTATGCCATGGAGTTGGCTCTATC
ATTGGAGAAACTGGTCAATGAAAAACTCCTAAACCTGCACAGTGTGGCTTCCAAGAACGA
TGATGTCCAGTTGGCTGATTTCATTGAGAGCGTGTTTT*GAACGAACAG*TTGAAGCAAT
TAAGAAAATCTCGGAGTACGTCTCTCAACTAAGAAGACTCGGCAAAG*ACATGGGACAT

QA 17 735 17 735
DS 

RD RR1BX23TF 734 0 0
GGACACAAACCCTTCTTCTCTCTTCCCATTTCTTCGCTGCAC****AGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGATTCAAAAATGCTTCTCAAAGCTGCTTCTTCGCTCTCCCTCATGAACGTTCACG
GAGTGAAGAAGGACATCTCTCCTCTCTTCACCTCCGGGAAAAACCTCTCCTT*CTCTGTT
CGCGCCTCCACGCAGCCACTAAGCGGCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGTGGAAGTGAAGAAG
GAGCTCGATCTCGTCCCTTCGAGTCCGCAGATCTCTCTTGCTCGACATATGTACTCCCCT
GAGTGCGAAGCCGCCGTGAACGAGCAGATCAATGTTGAATACAACGTGTCTTATGTGTAC
CACGCTTTGTACGCTTACTTCGATCGTGACAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTT
TTCAAGGACTCGAGTGTGGAAGAACGAGACCACGCTGAGATGTTGATGGAGTATCAGAAC
AAACGTGGTGGGAGGGTTAAACTACAGCCTATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGACCAC
GCTGAGAAAGGAGATGCTCTCTATGCCATGGAGTTGGCTCTATCATTGGAGAAACTGGTC
AATGAAAAACTCCTAAACCTGCACAGTGTGGCTTCCAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCT
GATTTCATTGAGAGCGTGTTTTTGAACGAACAG*TTGAAGCAATTAAGAAAATCTCGGAG
TACGTCTCTCA
CTA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1A520TF 811 0 0
GGACACAAACCCTTCTTCTCTCTTCCCATTTCTTCGCTGCACAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGATTCAAAAATGCTTCTCAAAGCTGCTTCTTCGCTCTCCCTCATGAACGTTCACG
GAGTGAAGAAGGACATCTCTCCTCTCTTCACCTCCGGGAAAAACCTCTCCTT*CTCTGTT
CGCGCCTCCACGCAGCCACTAAGCGGCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGTGGAAGTGAAGAAG
GAGCTCGATCTCGTCCCTTCGAGTCCGCAGATCTCGCTTGCTCGACATATGTACTCCCCT
GAGTGCGAAGCCGCCGTGAACGAGCAGATCAATGTTGAATACAACGTGTCTTATGTGTAC
CACGCTTTGTACGCTTACTTCGATCGTGACAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTT
TTCAAGGACTCGAGTGTGGAAGAACGAGACCACGCTGAGATGTTGATGGAGTATCAGAAC
AAACGTGGTGGGAGGGTTAAACTACAGCCTATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGACCAC
GCTGAGAAAGGAGATGCTCTCTATGCCATGGAGTTGGCTCTATCATTGGAGAAACTGGTC
AATGAAAAACTCCTAAACCTGCACAGTGTGGCTTCCAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCT
GATTTCATTGAGAGCGTGTTTTTGAACGAACAGGTTGAAGCAATTAAGAAAATCTCGGAG
TACGTCTCTCAACTAAGAAGACTCGGCAAAGGACATGGGACATGGCATTTCGATCAG*AG
CTTCTCTAATAAACTGCTGCTGCTTAAGCTA

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR1AT31TF 877 0 0
GGACACAAACCCTTCTTCTCTCTCCCCATTTCTTCGCTGCACAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGATTCAAAAATGCCTCTCAAAGCTGCTTCTTCGCTCTCCCTCATGAACGTTCACG
GAGTGAAGAAGGACGTCTCTCCTCTCTTCACCTCCGGGAAAAACCTCTCCTT*CTCTGTT
CGCGCCTCCACGCAGCCACTAAGCGGCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGTGGAAGTGAAGAAG
GAGCTCGATCTCGTCCCTTCGAGTCCGCAGATCTCGCTTGCTCGACATAT*TACTCCCCT
GAGTGCGAAGCCGCCGTGAACGAGCAGATCAATGTTGAATACAACGTGTCTTATGTGTAC
CACGCTTTGTACGCTTACTTCGATCGTGACAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTT
TTCAAGGACTCGAGTGTGGAAGAACGAGACCACGCTGAGATGTTGATGGAGTATCAGAAC
AAACGTGGTGGGAGGGTTAAACTGCAGCCCATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGACCAC
GCTGAGAAAGGAGATGCTCTCTATGCCATGGAGTTGGCTCTATCATTGGAGAAACTGGTC
AATGAAAAACTCCTAAACCTGCACAGTGTGGCTTCCAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCT
GATTTCATTGAGAGCGTGTTTTTGAACGAACAGGTTGAAGCAATTAAGAAAATCTCGGAG
TACGTCTCTCAACTAAGAAGACTCGGCAAAGGACATGGGACATGGCATTTCGATCAG*AG
CTTCTCTAATAAACTGCTGCTGCTTAAGCTATTTTTGGTTGTAATCTCTAATAAACTGCT
GCTCCTGCTTGATCTATGGT
GTGTACTCTCTTAGAAA

QA 1 860 1 860
DS 

RD RR1AT31JQ 782 0 0
GGGAAAAACCTCTCCTTTCTCTGTTCGCGCCTCCACGCAGCCACTAAGCGGCGTCGTTTT
CGAGCCGTTTGTGGAAGTGAAGAAGGAGCTCGATCTCGTCCCTTCGAGTCCGCAGATCTC
GCTTGCTCGACATAT*TACTCCCCTGAGTGCGAAGCCGCCGTGAACGAGCAGATCAATGT
TGAATACAACGTGTCTTATGTGTACCACGCTTTGTACGCTTACTTCGATCGTGACAACGT
TGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTTTTCAAGGACTCGAGTGTGGAAGAACGAGACCACGC
TGAGATGTTGATGGAGTATCAGAACAAACGTGGTGGGAGGGTTAAACTGCAGCCCATGGT
GATGCCTCAGTCTGAGTTTGACCACGCTGAGAAAGGAGATGCTCTCTATGCCATGGAGTT
GGCTCTATCATTGGAGAAACTGGTCAATGAAAAACTCCTAAACCTGCACAGTGTGGCTTC
CAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCTGATTTCATTGAGAGCGTGTTTTTGAACGAACAGGT
TGAAGCAATTAAGAAAATCTCGGAGTACGTCTCTCAACTAAGAAGACTCGGCAAAGGACA
TGGGACATGGCATTTCGATCAGGAGCTTCTCTAATAAACTGCTGCTGCTTAAGCTATTTT
TGGTTGTAATCTCTAATAAACTGCTGCTCCTGCTTGATCTATGGTTGTTGTACTCTCTTT
AGAAACTGGTGTTGCTTAATCACTTTTGGCTGAGGGTAATTTTTAAGCGTTTAGTTTTGT
TT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1BX23JQ 748 0 0
ACGCAGCCACTAAGCGGCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGTGGAAGTGAAGAAGGAGCTCGAT
CTCGTCCCTTCGAGTCCGCAGATCTCTCTTGCTCGACATATGTACTCCCCTGAGTGCGAA
GCCGCCGTGAACGAGCAGATCAATGTTGAATACAACGTGTCTTATGTGTACCACGCTTTG
TACGCTTACTTCGATCGTGACAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTTTTCAAGGAC
TCGAGTGTGGAAGAACGAGACCACGCTGAGATGTTGATGGAGTATCAGAACAAACGTGGT
GGGAGGGTTAAACTACAGCCTATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGACCACGCTGAGAAA
GGAGATGCTCTCTATGCCATGGAGTTGGCTCTATCATTGGAGAAACTGGTCAATGAAAAA
CTCCTAAACCTGCACAGTGTGGCTTCCAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCTGATTTCATT
GAGAGCGTGTTTTTGAACGAACAGGTTGAAGCAATTAAGAAAATCTCGGAGTACGTCTCT
CAACTAAGAAGACTCGGCAAAGGACATGGGACATGGCATTTCGATCAGGAGCTTCTCTAA
TAAACTGCTGCTGCTTAAGCTATTTTTGGTTGTAATCTCTAATAAACTGCTGCTCCTGCT
TGATCTATGGTTGTTGTACTCTCTTTAGAAACTGGTGTTGCTTAATCACTTTTGGCTGAG
GGTAATTTTTAAGCGTTTAGTTTTGTTT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 7

CO CL724Contig1 814 7 19 U
ACGGCCGGGGGAACAAATCTCAAAACACTCTTTCACTCATGAACAGAGCTTATCTCTTCT
AGTCTCTCTTTCCTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAG
TGGGAGGAACAAGGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTC
ACCGCTTCGGCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTG
GCTGCCTTGAAGGGTGATGTTAAAGAGAACGGAGACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGC
AATGGAAACAATGAAGACGGTGATAGTGGTGATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAA
GAAGGTGGTGATGCAGAAGAAGTAAAGGAGACCAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGT
GAGAATGGTGAAGCTGGAGATGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGAT
GATGATGATGACAATGGGAACAATGATGATGATGATGA***GGAAGAGGAGGATGAAGAT
GGTGGGGAAGAAGATGAAGAAGAGGTGGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAG
GAGGAAGAGGCGCTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACCACGCTTT
GATCTTCTAACATTTTAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCTGAAGA
GAATCTTAAGGCATCACCAGCTTCTTTAGCTTTTCCACTGTAATCTCTGTTGTTCCATGA
ATCAAAAGACCTTTGTTTACTGTGTACCATTGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN42TF U 74
AF RR1FV26TF U 1
AF RR1H415JQ C 436
AF RR1AP21TF U 9
AF RR1AP21JQ C 9
AF RR1F976TF U 9
AF RR1H308TF U 10
BS 1 35 RR1FV26TF
BS 36 36 RR1F976TF
BS 37 58 RR1FV26TF
BS 59 59 RR1F976TF
BS 60 216 RR1FV26TF
BS 217 217 RR1F976TF
BS 218 218 RR1FV26TF
BS 219 219 RR1F976TF
BS 220 392 RR1FV26TF
BS 393 393 RR1F976TF
BS 394 443 RR1FV26TF
BS 444 444 RR1F976TF
BS 445 518 RR1FV26TF
BS 519 521 RR1CN42TF
BS 522 687 RR1FV26TF
BS 688 730 RR1F976TF
BS 731 731 RR1AP21TF
BS 732 787 RR1F976TF
BS 788 814 RR1H308TF

RD RR1CN42TF 575 0 0
TTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAACAAG
GTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCGGCTC
TAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTATACTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTGAAGG
GTGATGTTAAAGAGAACGGAGACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAACAATG
AAGACGGTGATAGTGGTGATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAAGGTGGTGATG
CAGAAGAAGCAAAGGAGACAAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAGAATG*TGAAG
CTGGAGATGACGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGATGATGATGATGACA
ATGGGAACAATGATGATGATGATGA***GGAAGAGGAGGATGAAGATGGTGGGGAAGAAG
ATGAAGAAGAGGTGGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGAGGAAGAGGCGC
TACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACC

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1FV26TF 687 0 0
ACGGCCGGGGGAACAAATCTCAAAACACTCTTTCATTCATGAACAGAGCTTATCTCTTTT
AGTCTCTCTTTCCTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAG
TGGGAGGAACAAGGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTC
ACCGCTTCGGCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTATACTAGAGCTCCTCTCTCAGGTG
GCTGCCTTGAAGGGTGATGTTAAAGAGAACGGAGACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGC
AATGGAAACAATGAAGACGGTGATAGTGGTGATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAA
GAAGGTGGTGATGCAGAAGAAGTAAAGGAGACAAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGT
GAGAATGGTGAAGCTGGAGATGACGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGAT
GATGATGATGACAATGGGAACAATGATGATGATGATGATGAGGAAGAGGAGGATGAAGAT
GGTGGGGAAGAAGATGAAGAAGAGGTGGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAG
GAGGAAGAGGCGCTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACCACGCTTT
GATCTTCTAACATTTTAGATTCAAAAA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1H415JQ 325 0 0
GGAGATGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGATGATGATGATGACAAT
GGGAACAATGATGATGATGATGA***GGAAGAGGAGGATGAAGATGGTGGGGAAGAAGAT
GAAGAAGAGGTGGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGAGGAAGAGGCGCTA
CAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACCACGCTTTGATCTTCTAACATTT
TAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCTGAAGAGAATCTTAAGGCATC
ACCAGCTTCTTTAGCTTT
CCACTGT

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR1AP21TF 763 0 0
GGAC
ACAAATCTCAAAACACTCTTTCACTCATGAACAGAGCTTATCTCTTCTAGTCTCTCTTTC
CTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAACAA
GGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCGGCT
CTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTGAAG
GGTGATGCTAAAGAGAACGGAGACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAACAAT
GAAGACGGTGATAGTGGTGATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAAGGTGGTGAT
GCAGAAGAAGTAAAGGAGACCAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAGAATGGTGAA
GCTGGAGATGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGATGATGATGATGAC
AATGGGAACAATGATGATGATGATGA***GGAAGAGGAGGATGAAGGTGGTGGGGAAGAA
GATGAAGAAGAGGTGGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGAGGAAGTGGCG
CTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACCACGCTTTGATCTTCTAACA
TTTCAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCTGAAGAGAATCTTAAGGC
ATCACCAGCTTCTTTAGCTTTTCCACTGTAATCTCTGTT

QA 5 763 5 763
DS 

RD RR1AP21JQ 791 0 0
GGAC
ACAAATCTCAAAACACTCTTTCACTCATGAACAGAGCTTATCTCTTCTAGTCTCTCTTTC
CTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAACAA
GGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCGGCT
CTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTGAAG
GGTGATGCTAAAGAGAACGGAGACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAACAAT
GAAGACGGTGATAGTGGTGATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAAGGTGGTGAT
GCAGAAGAAGTAAAGGAGACCAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAGAATGGTGAA
GCTGGAGATGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGATGATGATGATGAC
AATGGGAACAATGATGATGATGATGA***GGAAGAGGAGGATGAAGGTGGTGGGGAAGAA
GATGAAGAAGAGGTGGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGAGGAAGTGGCG
CTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACCACGCTTTGATCTTCTAACA
TTTCAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCTGAAGAGAATCTTAAGGC
ATCACCAGCTTCTTTAGCTTTTCCACTGTAATCTCTGTTGTTCCATGAATCAAAA
AGACCTTTGTTT

QA 5 779 5 779
DS 

RD RR1F976TF 785 0 0
GGAC
ACAAATCTCAAAACACTCTTTCACTCATGAACAGAGCTTATCTCTTCTAGTCTCTCTTTC
CTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAACAA
GGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCGGCT
CTAGCGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTGAAG
GGTGATGTTAAAGAGAACGGAGACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAACAAT
GAAGACGGTGATAGTGGTGATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAAGGTGGTGAT
GCAGAAGAAGTAAAGGAGACCAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAGAATGGTGAA
GCTGGAGATGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGATGATGATGATGAC
AATGGGAACAATGATGATGATGATGA***GGAAGAGGAGGATGAAGATGGTGGGGAAGAA
GATGAAGAAGAGGTGGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGAGGAAGAGGCG
CTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACCACGCTTTGATCTTCTAACA
TTTTAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCTGAAGAGAATCTTAAG*C
ATCACCAGCTTCTTTAGCTTTTCCACTGTAATCTCTGTTGTTCCATGAATCAAAA
GACCTT

QA 5 779 5 779
DS 

RD RR1H308TF 805 0 0
GTG
ACAAATCTCAAAACACTCTTTCACTCATGAACAGAGCTTATCTCTTCTAGTCTCTCTTTC
CTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAACAA
GGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCGGCT
CTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTGAAG
GGTGATGTTAAAGAGAACGGAGACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAACAAT
GAAGACGGTGATAGTGGTGATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAAGGTGGTGAT
GCAGAAGAAGTAAAGGAGACCAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAGAATGGTGAA
GCTGGAGATGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGATGATGATGATGAC
AATGGGAACAATGATGATGATGATGA***GGAAGAGGAGGATGAAGATGGTGGGGAAGAA
GATGAAGAAGAGGTGGAGGAAGAAGAAGAGGAATAGGAAGAAGATGAGGAGGAAGAGGCG
CTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACCACGCTTTGATCTTCTAACA
TTTTAGATTCAAAAA*TCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCTGAAGAGAATCTTAAG*C
ATCACCAGCTTCTTTAGCTTTTCCACTGTAATCTCTGTTGTTCCATGAATCAAAAGACCT
TTGTTTACTGTGTACCATTGCA

QA 4 805 4 805
DS 



AS 1 8

CO CL725Contig1 1111 8 14 U
GGAACCTCATCAACTAATCCACTACAATGTCTTCTTCTTATTCTTCACTCACACTCTTCT
TCTTCTTCTTTGCTTCCACATTCCTCTACACTTCATCAAACTCATTCAACATCACAAACA
TCTTAAACCAGAACAATGAGTTCTCCACTTTCAACAACCTCCTCTCCCAAACCGGACTCG
CTTCCACCATCAACTCCCGCCAAACCATAACCGTCCTCGCCCTTTCCAACGACGCAATGA
CAATGTTTTCCTCCCAATCAACCGAAGACAACAAGAAAAGCCTCGGCCTCCACATCGTTC
TAGACTACTACGACATCAAGAAACTCAGAAGCATAAAATCAGTGATACTCACCACTCTCT
TCCAAGCAAGCGGTCAAGCTAAAGGCCTGCAAGGGTTCGTGAACGCAACCGTTATGAACA
ACGGTGACATTATGTTCGGATCTGCGGTTCGTGGATCCGGCCTTGACTCTAAGCTTATAG
ACTCTGTTGCGACACATCCATATAACATCTCGGTGCTTCATATTAGTAGTTACATATCTA
TCATGGATCCCGAAGGTCCTAAAGATCATGGTTCTTCATCTTCACCACTTCCTGTACAAC
CTCCTGGTGATGATGATTACGAATATGACGAGCCACCGTCTCCACCTTCCTCTACTACTA
AGCCTTTTGTTGCTGCTGCTACTGCTGCTACCGCTAAGCCACCTTCTTCTGCAAAAGACA
ACTCAACAACAAGTGGAGTTTCAGCGATTAGTATTCCTAGCTTGGCGTTTGTGTCTGTGA
TCTCATCCTTTTGGTTCTTCATGACGGTCTGGTGATGTGATGGTTAAGATTTGATGAATA
AACCAGATCAGCTTTCTGAAAGCCAGAAAAAAAAATGGAGATTAGCAGCAAAGCTTTCAA
GCTTTTTTT*CACACAAAAGAACACTTCAAGCTTCACAAACTCTATGGAATAAAGCAACA
AAATCCAAAGAAGAAATAAAGTGATTGATGATATAATAAGGGATGAAGAATGTTGTAAAA
CTCAAAAGTTCTTTATTTATTTGGAAGCTTGGATAAGTTTGTAAGAGATTTCAATTGGAA
CCAATAAAAGAAAACACGAGATTTCAATTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1E583TF U 291
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AF RR1C906JQ C 795
AF RR1C943TF U 398
AF RR1E583JQ C 660
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BS 1090 1103 RR1C943TF
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TCTTCTTCTTTGCTTCCACATTCCTCTACACTTCATCAAACTCATTCAACATCACAAACA
TCTTAAACCAGAACAATGAGTTCTCCACTTTCAACAACCTCCTCTCCCAAACCGGACTCG
CTTCCACCATCAACTCCCGCCAAACCATAACCGTCCTCGCCCTTTCCAACGACGCAATGA
CAATGTTTTCCTCCCAATCAACCGAAGACAACAAGAAAAGCCTCGGCCTCCACATCGTTC
TAGACTACTACGACATCAAGAAACTCAGAAGCATAAAATCAGTGATACTCACCACTCTCT
TCCAAGCAAGCGGTCAAGCTAAAGGCCTGCAAGGGTTCGTGAACGCAACCGTTATGAACA
ACGGTGACATTATGTTCGGATCTGCGGTTCGTGGATCCGGCCTTGACTCTAAGCTTATAG
ACTCTGTTGCGACACATCCATATAACATCTCGGTGCTTCATATTAGTAGTTACATATCTA
TCATGGATCCC

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DS 

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GG
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TTTGCTTCCACATTCCTCTACACTTCATCAAACTCATTCAACATCACAAACATCTTAAAC
CAGAACAATGAGTTCTCCACTTTCAACAACCTCCTCTCCCAAACCGGACTCGCTTCCACC
ATCAACTCCCGTCAAACCATAACCGTCCTCGCCCTTTCCAACGACGCAATGACAATGTTT
TCCTCCCAATCAACCGAAGACAACAAGAAAAGCCTCGGCCTCCACATCGTTCTAGACTAC
TACGACATCAAGAAACTCAGAAGCATAAAATCAGTGATACTCACCACTCTCTTCCAAGCA
AGCGGTCAAGCTAAAGGCCTGCAAGGGTTCGTGAACGCAACCGTTATGAACAACGGTGAC
ATTATGTTCGGATCTGCGGTTCGTGGATCCGGCCTTGACTCTAAGCTTATAGACTCTGTT
GCGACACATCCATATAACATCTCGGTGCTTCATATTAGTAGTTACATATCTATCATGGAT
CCCGAAGGTCCTAAAGATCATGGTTCTTCATCTTCACCACTTCCTGTACAACCTCCTGGT
GATGATGATTACGAATATGACGAGCCACCGTCTCCACCTTCCTCTACTACTAAGCCTTTT
GTTGCTGCTGCTACTGCTGCTACCGCTAAGCCACCTTCTTCTGCAAA
GACACTCA

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ACCACTCTCTTCCAAGCAAGCGGTCAAGCTAAAGGCCTGCAAGGGTTCGTGAACGCAACC
GTTATGAACAACGGTGACATTATGTTCGGATCTGCGGTTCGTGGATCCGGCCTTGACTCT
AAGCTTATAGACTCTGTTGCGACACATCCATATAACATCTCGGTGCTTCATATTAGTAGT
TACATATCTATCATGGATCCCGAAGGTCCTAAAGATCATGGTTCTTCATCTTCACCACTT
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TCTACTACTAAGCCTTTTGTTGCTGCTGCTACTGCTGCTACCGCTAAGCCACCTTCTTCT
GCAAA*GACA*CTCAACAACAAGTG

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TTT
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TCATCTTCACCACTTCCTGTACAACCTCCTGGTGATGGTGATTACGAATATGACGAGCCA
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CCTAGCTTGGCGTTTGTGTCTGTGATCTCATCCTTTTGGTTCTTCATGACGGTCTGGTGA
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TGGAGATTAGCAGCAAAGCTTTCAAGCTTTTTTT*CACACAAAAGAACACTTCAAGCTTC
ACAAACTCTATGGAATAAAGCAACAAAATCCAAAGAAGAAATAAAGTGATTGATGATATA
ATAAGGGATGAAGAATGTTGTAAAGCTCAAAAGTTCTTTATTTATTTGGAAGCTTGGATA
AGTTTGTAAGAGATTTCAATTGGA
ACC

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DS 

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TTT
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GAAAGCCAGAAAAAAAAATGGGGATTAGCAGCAAAGCTTTCAAGCTTTTTTTTCACACAA
AAGAACACTTCAAGCTTCACAAACTTTATGGAATAAAGCAACAAAATCCAAAGAAGAAAT
AAAGTGATTGATGATATAATAAGGGATGAAGAATGTTGTAAAACTCAAAAGTTCTTTATT
TATTTGGAAGCTTGGATAAGTTTGTAAGAGATTTCAATTGGA
GC

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DS 

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G
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GGCCTTGACTCTAAGCTTATAGACTCTGTTGCGACACATCCATATAACATCTCGGTGCTT
CATATTAGTAGTTACATATCTATCATGGATCCCGAAGGTCCTAAAGATCATGGTTCTTCA
TCTTCACCACTTCCTGTACAACCTCCTGGTGATGATGATTACGAATATGACGAGCCACCG
TCTCCACCTTCCTCTACTACTAAGCCTTTTGTTGCTGCTGCTACTGCTGCTACCGCTAAG
CCACCTTCTTCTGCAAAAGACAACTCAACAACAAGTGGAGTTTCGGCGATTAGTATTCCT
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GATGGTTAAGATTTGATGAATAAACCAGATCAGCTTTCTGAAAGCCAGAAAAAAAAATGG
AGATTAGCAGCAAAGCTTTCAAGCTTTTTTT*CACACAAAAGAACACTTCAAGCTTCACA
AACTCTATGGAATAAAGCAACAAAATCCAAAGAAGAAATAAAGTGATTGATGATATAATA
AGGGATGAAGAATGTTGTAAAACTCAAAAGTTCTTTATTTATTTGGAAGCTTGGATAAGT
T*GTAAGAGATTTCAATTGGAACCAATAAA*GAAAACACGAGATT
CATTGG

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DS 

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AACTCAACAACAAGTGGAGTTTCAGCGATTAGTATTCCTAGCTTGGCGTTTGTGTCTGTG
ATCTCATCCTTTTGGTTCTTCATGACGGTCTGGTGATGTGATGGTTAAGATTTGATGAAT
AAACCAGATCAGCTTTTTGAAAGCCAGAAAAAAAAATGGAGATTAGCAGCAAAGCTTTCA
AGCTTTTTTT*CACACAAAAGAACACTTCAAGCTTCACAAACTTTATGGAATAAAGCAAC
AAAATCCAAAGAAGAAATAAAGTGATTGATGATATAATAAGGGATGAAGAATGTTGTAAA
ACTCAAAAGTTCTTTATTTATTTGGAAGCTTGGATAAGTTTGTAAGAGATTTCAATTGGA
ACCAATAAAAGAAAACACGAGATTTCAATTGG

QA 1 452 1 452
DS 



AS 2 8

CO CL726Contig1 880 4 8 U
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AGTGTCTTTCGTCATGTGCGACCCTCAATTCTAAATTCAAAGTACTTTCTCTTAAGGGAG
CTTCTTCTTCGTCATCTCCAACTTCTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGCGTCTGCGA
CTGTCTGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGTGTTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCG
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CGAAGAAAGCCGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACA
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GGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAGATTGTTACCGTTGAGAAACTCATCG
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GGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGTAAGAAC
ATGGACACTTGGGACAGTGATAATGGAAATTTGTTTTTTCTTATAAGAGATCATATGGAA
CAAGATGTGAAAATTGCTTTCAAAATCAAATCTGTTTCTTTATGTATAATTCATTTCAAC
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CTTGACCTGGTTTAGTAAGATCTCAGTCCTTGGCTCTGGC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D328TF U 5
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AF RR1B756JQ C 190
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CTGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGTGTTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGAA
TCTATGGGTACGGAAGAATCCAGCGAGGCAATTGATTGTGTGTGAAGCTGCTCCGACGAA
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GCGTAGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGTAAAAAGGCCGTTGAGATCCACCACGGTTGGTA
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ACACTTGGGACAGTGATAATGGAAATTTGTTTTT*CTTATAAGAGATCATATGGAACAAG
ATGTGAAA*TTGCTTTCAAA
TCAATCTG

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DS 

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AGTGTCTTTCGTCATGTGCGACCCTCAATTCTAAATTCAAAGTACTTTCTCTTAAGGGAG
CTTCTTCTTCGTCATCTCCAACTTCTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGCGTCTGCGA
CTGTCTGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGTGTTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCG
GGAATCTATGGGTACAGAAGAATCCAGCGAGGCAATTGATTGTGTGTGAAGCTGCTCCGG
CGAAGAAAGCCGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACA
ACAAGTCTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGGATGAAGAAGGTCCTGGAAGCACTCGATG
GGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCGACCTGACGAGATTGTTACCGTTGAGAAACTCATCG
GAGAAGCTTATTCTGCAATTGACAAGGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTG
GTGCGCGTAGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCCGTTGAGATCCACCACGGTT
GGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGTAAGAAC
ATGGACACTTGGGACAGTGATAATGGAAATTTGTTTTTTCTTATAAGAGATCATATGGAA
CAAGATGTGAAAATTGCTTTCAAAATCAAATCTGTTTCTTTATGTATAATTCATTTCAAC
CTCGGTTTCTTCTTCCGTACTGTTGAGTCTAATCTTGTTGTCT*CTTCTCTCGGATTGGC
TTGACTGTTTAGT

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DS 

RD RR1D328JQ 631 0 0
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TCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGAATCTATGGGTACGGAAGAATCCAGCGAGGCAA
TTGATTGTGTGTGAAGCTGCTCCGACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGC
CAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTTTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGGATG
AAGAAGGTCCTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAG
ATTGTTACCGTTGAGAAACTCATCGGAGAAGCTTATTCTGCAATTGACAAGGCAGTGAAG
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AAGGCCGTTGAGATCCACCACGGTTGGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAACAGAA
GCTGTGACCATGGCTGCGTAAGAACATGGACACTTGGGACAGTGATAATGGAAATTTGTT
TTTTCTTATAAGAGATCATATGGAACAAGATGTGAAAATTGCTTTCAAAATCAAATCTGT
TTCTTTATGTATAATTCATTTCAACCTCGGT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1B756JQ 691 0 0
CCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGTGTTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGAATCTAT
GGGTACAGAAGAATCCAGCGAGGCAATTGATTGTGTGTGAAGCTGCTCCGGCGAAGAAAG
CCGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTCTA
AGAAATCTGAAGCCCGTACTCGGATGAAGAAGGTCCTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAGA
AGAAACCAGATGCGCGACCTGACGAGATTGTTACCGTTGAGAAACTCATCGGAGAAGCTT
ATTCTGCAATTGACAAGGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCGCGTA
GGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCCGTTGAGATCCACCACGGTTGGTACGTGC
CAGACACAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGTAAGAACATGGACACT
TGGGACAGTGATAATGGAAATTTGTTTTTTCTTATAAGAGATCATATGGAACAAGATGTG
AAAATTGCTTTCAAAATCAAATCTGTTTCTTTATGTATAATTCATTTCAACCTCGGTTTC
TTCTTCCGTACTGTTGAGTCTAATCTTGTTGTCTTCTTCTCTCGGATTGGCCTTGACCTG
GTTTAGTAAGATCTCAGTCCTTGGCTCTGGC

QA 1 691 1 691
DS 



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GGAATACAGAGCCTGGGAAGAACTCTTACCAGTTACGGTGTAGGAGAGCTAGAGAAAAGT
GTCTCATGGCGACAATAGTCCAGTGTCTTTCGTCGTGTGCGACCCTCAATTCCAAATTCA
AAGTCCTTTCTCTTAAGGGAGCTTCTTCTTCGTCGTCATCATCTCCAACTTCTTCTTCCT
TGTCCACTCGTCGTGGTGCGTCGGCTACTGTGTGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGCA
TTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGACTCTATGGGGACAGAAGAATCCAGCGAGGC
AATTGATTGTGTGTGAAGCCGCTCCGACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTC
GCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTCTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTA
TGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACG
AGATTGTTACCGTAGAGAAACTCATCGGAGAGGCTTATTCTGCAATAGACAAAGCAGTGA
AGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCGCGTAGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGA
AAAAGGCCGTTGAGATCCATCACGGTTGGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAACAG
AAGCTGTGACCATGGCTGCGTGACAGAGAGAATGGAAAATTCGTTTTTCTTATAAGAGAT
CATATTGAAAAAGATGTGAAAATTGCTTTCAAAATCAAATATGTTTATTTCATGTATAAT
TCATTTCGACTTCAGTTTCTTCTTCCGTACTGTTGAGGCTAAGCATGTTGTCTTCTTCTT
CC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1CG55TF U 1
AF RR1B890TF U 4
AF RR1H130TF U 20
AF RR1H130JQ C 156
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BS 606 606 RR1B890TF
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GTCTCATGGCGACAATAGTCCAGTGTCTTTCGTCGTGTGCGACCCTCAATTCCAAATTCA
AAGTCCTTTCTCTTAAGGGAGCTTCTTCTTCGTCGTCATCATCTCCAACTTCTTCTTCCT
TGTCCACTCGTCGTGGTGCGTCGGCTACTGTGTGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGCA
TTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGACTCTATGGGGACAGAAGAATCCAGCGAGGC
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GCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTCTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTA
TGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACG
AGATTGTTACCGTAGAGAAACTCATCGGAGAGGCTTATTCTGCAATAGACAAAGCAGTGA
AGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCGCGTAGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGA
AAAAG*CCGTTGAGATCCATCACGGTTGGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAACAG
AAGCTGTGAC*ATGGCTGCGTGACAGAGAGA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1B890TF 809 0 0
GG
ACAGAGCCTGGGAAGAACTCTTACCAGTTACGGTGTAGGAGAGCTAGAGAAAAGTGTCTC
ATGGCGACAATAGTCCAGTGTCTTTCGTCGTGTGCGACCCTCAATTCCAAATTCAAAGTC
CTTTCTCTTAAGGGAGCTTCTTCTTCGTCGTCATCATCTCCAACTTCTTCTTCCTTGTCC
ACTCGTCGTGGTGCGTCGGCTACTGTGTGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGCATTTCT
CAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGACTCTATGGGGACAGAAGAATCCAGCGAGGCAATTG
GTTGTGTGTGAAGCCGCTCCGACGAAGAAAGCTTATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAA
GCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTCTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTATGAAG
AAGGTTTTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAGATT
GTTACCGTAGAGAAACTCATCGGAGAGGCTTATTCTGCAATAGACAAAGCAGTGAAGGTT
AGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCGCGTAGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGAAAAAG
GCCGTTGAGATCCATCACGGTTGGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCT
GTGACCATGGCTGCGTGACAGAGAGAATGGAAAATTCGTTTTTCTTATAAGAGATCATAT
TGAAAAAGATGTGAAAATTGCTTTCAAAATCAAATATGTTTATTTCATGTATAATTCATT
TCGACTTCAGTTTCTTCTTC
AGTACTG

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DS 

RD RR1H130TF 815 0 0
GG
ACTCTTACCAGTTACGGTGTAGGAGAGCTAGAGAAAAGTGTCTCATGGCGACA*TAGTCC
AGTGTCTTTCGTCGTGTGCGACCCTCAATTCCAAATTCAAAGTCCTTTCTCTTAAGGGAG
CTTCTTCTTCGTCGTCATCATCTCCAACTTCTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGCGT
CGGCTACTGTGTGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGCATTTCTCAATGTGTCGCCTTCT
CCTCCGGGACTCTATGGGGACAGAAGAATCCAGCGAGGCAATTGATTGTGTGTGAAGCCG
CTCCGACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTG
TTTACAACAAGTCTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTATGAAGAAGGTTTTGGAAGCAC
TCGATGGGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAGATTGTTACCGTAGAGAAAC
TCATCGGAGAGGCTTATTCTGCAATAGACAAAGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGA
ACACTGGTGCGCGTAGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCCGTTGAGATCCATC
ACGGTTGGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGT
GACAGAGAGAATGGAAAATTCGTTTTTCTTATAAGAGATCATATTGAAAA*GATGTGAAA
*TTGCTTTCAAA*TCAA*TATGTTTATTTCATGTATAAT*CATTTCGACTTCAGTTTCTT
CTTC*GTACTGTTGAG*CTAAGCATGTTGTCTT

QA 3 815 3 815
DS 

RD RR1H130JQ 687 0 0
TCATCATCTCCAACTTCTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGCGTCGGCTACTGTGTGC
TCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGCATTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGACTCTA
TGGGGACAGAAGAATCCAGCGAGGCAATTGATTGTGTGTGAAGCCGCTCCGACGAAGAAA
GCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTCT
AAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAG
AAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAGATTGTTACCGTAGAGAAACTCATCGGAGAGGCT
TATTCTGCAATAGACAAAGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCGCGT
AGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCCGTTGAGATCCATCACGGTTGGTACGTG
CCAGACACAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGTGACAGAGAGAATGG
AAAATTCGTTTTTCTTATAAGAGATCATATTGAAAAAGATGTGAAAATTGCTTTCAAAAT
CAAATATGTTTATTTCATGTATAAATCATTTCGACTTCAGTTTCTTCTTCCGTACTGTTG
AGGCTAAGCATGTTGTCTTCTTCTTCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 6

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GGAACCCAATCTTCTTCGTCGTCTGCGTTGAAGAGAAGAAGAACACCTCTCTCTCTCTCT
CTCTGATCTCACCTCTGTGATTCTCAGAAAAATGTCAATCCTCCAGCTCTCTAGCTCTTC
ACTCTCTTATCCTAATGTTCTCTCCATCTCTCCGAGAAAATCTCTGTCGTCGTCTCCGAA
GTCGTCTTCCCGAACAATTCGTTGTTCCCTCGAGGGAACCACTGTAACTGAGCGGAAAGT
CTCTGCAACCACCGAGCCTCTTCTTCTGAGAGCTGTTAAAGGTGAACTTGTTGATAGACC
TCCCGTTTGGCTTATGAGGCAAGCTGGGAGGTACATGAAGAGTTATCAAAATCTCTGTGA
GAAGTATCCTTTATTCCGGGACAGATCAGAGAACGCAGATCTTGTGGTGGAGATCTCTCT
TCAACCCTGGAAAGTGTTCAAGCCTGATGGTGTGATTCTGTTCTCAGACATTCTCACTCC
TTTGTCTGGAATGAACATACCTTTCGACATTGTCAAAGGAAAAGGTCCTATCATCTTCAG
CCCGCCGCAGTCAGCTGCTGACGTGAATCAAGTTAGAGAGTTTGTACCGGAGGAATCTGT
TCCTTATGTTGGAGAAGCACTCAAGAGATTGAGAAACGAGGTGGGCAACGAAGCTGCTGT
TCTTGGCTTTGTTGGAGCTCCATTCACTCTCTCCTCC*TATGTTATTGAAGGTGGCTCAT
CTAAGAACTTCACACAGAT*AAAAAAACTAGCTTTCTCTCAACCCAAGGTTCTACATGCT
TTGCTCCAGAAGTTCACAACCTCAATGATCACTTACATACGCTATCAAGCGGATAGTGGA
GCTCAAGCTGTGCAAATCTTTGATTCTTGGGCTACTGAGCTTAGCCCTGTGGATTTCGAG
GAGTTTAACTTACCTTACCTGAAACAGATTGTGGAAGCTGTGAAACAGACTCACCCAAAC
CTACCTCTGATACTGTACGCAAGTGGATCAGGAGGTCTGCTAGAGAGGCTGGCTCGGACT
GGGGTTGATGTTGTGAGCTTGGACTGGACTGTGGACATGGCTGAAGGAAGGGACAGGCTA
GGAAGAAACATAGCGGTTCAAGGAAACGTGGACCCTGGAGTTTTGTTCGGATCCAAAGAG
TTTATCACAAGCAGGATTCAGGATACTGTGAAGAAAGCTGGGAGAGATAAGCACATTCTG
AACCTGGGGCATGGTATTAAAGTTGGAACTCCTGAAGAGAACGTTGCACACTTCTTTGAG
GTTGCTCAAGGGATTAGATATTAAGAGGAGATTGTAACTACACATTCTCTTACATTGTGC
TTTGTTCTTAACTT*TTTGCTTGTTCAATTTTTGTTTCTCA*TTACATGTGTAATTTTTA
TGTTTGTATTTTGATATTTTAACAGATTTGAGTATTTATTTTTATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW77TF U 1
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BS 631 739 RR1AX60TF
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CT**GATCTCACCTCTGTGATTCTCAGAAAAATGTCAATCCTCCAGCTCTCTAGCTCTTC
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GAGA

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GG
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G
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GGCATGGTATTAAAGTTGGAACTCCTGAAGAGAACGTTGCACACTTCTTTGAGGTTGCTC
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TTAACTT*TTTGCTTGTTCAATTTTTGTTTCTCA*TTACATGTGTAATTTTTATGTTTGT
ATTTTGATATTTTAACAGATTTGAGTATTT
ATTTTT

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DS 

RD RR1FW77JQ 743 0 0
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CAGAT*AAAAAAACTAGCTTTCTCTCAACCCAAGGTTCTACATGCTTTGCTCCAGAAGTT
CACAACCTCAATGATCACTTACATACGCTATCAAGCGGATAGTGGAGCTCAAGCTGTGCA
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GAGCTTGGACTGGACTGTGGACATGGCTGAAGGAAGGGACAGGCTAGGAAGAAACATAGC
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*TTTGCTTGTTCAATTTTTGTTTCTCA*TTACATGTGTAATTTTTATGTTTGTATTTTGA
TATTTTAACAGATTTGAGTATTT

QA 1 743 1 743
DS 

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GAAGTTCACAACCTCAATGATCACTTACATACGTTATCAAGCGGATAGTGGAGCTCAAGC
TGTGCAGATCTTTGATTCTTGGGCTACTGAGCTTAGCCCTGTGGACTTCGAGGAGTTTAG
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AAGCAGGATTCAGGATACTGTGAAGAAAGCTGGGAGAGATAAGCACATTCTGAATCTGGG
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TTTTGATATTTTAACAGATTTGAGTATTTATTTTTATGG

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 7

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GCCCCTTGTACCACAATCATAATCAACATTCACATAAACATCATTCTCCTGATTCACTCA
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TACTTTCGGGGTCTCTTCAGGTTTAGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AT06TF C 113
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AF RR1BF89JQ U 56
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AGTTACAGTTCTTTTTCTATCAGAAGCACTCTTGTAGAACTTTGAGCTGTTCTCC
C

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AAACTAGTTAAAAGACCCTACATGAAGTTGAACTTTAGG*ACATCAGATAGCTTTTTTTG
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GTTTTGAGTAGCTCAAACACACAAACATCTCCTTCCCCTATATTGTTCTCGAGTGTGAAC
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TGTTTCTCCCCGAGCTGGAGCTTGATGAAACCAGCTATCCCGGTTAGGTACTTCTCAGCA
AACCCAGAAGGCAAGTACATGATGCAGCCTCGGTAGAGATACGATGGTCGCAAAACAACT
CTAAAGAACGGATTGGTTGGCTCGTAGGTTTTGGCTGCACTGATGGCTCTCTCTCTTTCC
TCAGTAGTTACAGTTCTTTTTCTATCAGAAGCACTCTTGTAGAACTTTGAGCTGTTCTCC
GGAGTCGTCGACGAGCTCATATCCTCGGGATTAGGATTCTTCTT

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DS 

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TTTAGAATCC

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DS 

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AACTCATACCATCCTTGGCTAAACTTAGCCCTCCCTGCTTTGTAAAGGCACCTCACTGGC
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TCCTCAGTAGTTACAGTTCTTTTTCTATCAGAAGCACTCTTGTAGAACTTTGAGCTGTTC
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TTCTTAGGTACTTTCGGGGTCTCTTCAGGTTTAGAATCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 2 7

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CTCACTCTATGCAGACGCCTTGTGTGAGCAAAAGACTACTTAAGATTTAAGACCGAACTT
TGGAATAAAACTGTTATGCTTCAATAAATACTTGTGTGTTTGATTGATGATCACTCAACA
TCTTCTTCACATAACCAGTTTTTTTTTTTTTAAATTAAGAAATAATATAGTTAAACAGTT
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TTTTATAATTTTTAGTTCAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A513TF U 1
AF RR1A513JQ C 48
BS 1 791 RR1A513TF
BS 792 862 RR1A513JQ

RD RR1A513TF 791 0 0
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TAAGACCGAACTTTGGAATAAAACTGTTATGCTTCAATAAATACTTGTGTGTTTGATTGA
TGATCACTCAACATTTTCTTCACATAACCAGTTTTTTTTTTTTTAAATTAAGAAATAATA
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AATATGGTGTGTATTTTATAATTTTTAGTTCAAAG

QA 1 815 1 815
DS 



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AAACTGTTTAACTATATTATTTCTTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAACTGGTTATGTGAAG
AAGATGTTGAGTGATCATCAATTAAACACACAAGTATTTATTGAAGCATAACAGTTTTAT
TCCAAAGTTCGGTCTTAAATCTTAAGTAGTCTTTTGCTCACACAAGGCGTCTGCATAGAG
TGAGACCATCTCCAACGGAGATCTGAGAGATTTCTACTCGAGGATCCAAAGCCAATTTCT
TATTAAATTCTATAACAGCCGCTCTTGATTCCCTCATAAACTCAGGAACGTTCTCTTCTT
CCTCGACCACAAAACTAAACCACAAGGTGTTGTCGAATGCAATAATTCCTCCAACCTTCA
CCAATTTCAGAAATCTCTCAAGGAAGTTCACGTAGTTTGGCTTGTCAGCGTCAGCAAATA
TGAAATCAAACTCCTGATTGTCGTTAACCAATTTGTCTAAGACCTCCAGACCATCGCAAT
AGATGAAATTGATCTTGTGATCGACACCTGCTTTCTTCATAAACTCTAATCCCACTTCAT
AGGCTTCCTTGTCAATATCTATTGCAGTAATGCGACCATCTTCAGGCAAAGCAAGGGCCG
TGGTGAGAAGAGAGTAACCAGTGAAAACACCAAGCTCAAGAGTGTTCTTAGCGTTTATGA
TCTTTAAAAGCATCGATAGAAAAATGCCCTCATCAACTGGAATAACCATTTCGATTAAGT
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AAAGAGAGATGTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AAGGGCCGTGGTGAGAGGAGAGTAACCAGTGAAAACACCAAGCTCAAGAGTGTTCTTAGC
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TTGGCTTGTCAGCGTCAGCAAATATGAAATCAAACTCCTGATTGTCGTTAACCAATTTGT
CTAAGACCTCCAGACCATCGCAATAGATGAAATTGATCTTGTGATCGACACCTGCTTTCT
TCATAAACTCTAATCCCACTTCATAGGCTTCCTTGTCAATATCTATTGCAGTAATGCGAC
CATCTTCAGGCAAAGCAAGGGCCGTGGTGAGAAGAGAGTAACCAGTGAAAACACCAAGCT
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CTGGAATAACCATTTCGATTAAGTTGCCAAATTTCTCTTCTGTGACTTTCCGAAGCTCCT
TGAGCAGCTCATGTTCTCTTGGATACGCTGACGTTTCCAAGATATACTGTCTCAGAGCTT
CGCTCTTGAGGATCCCTTTGGGAGGTAGTTCATCCGCCATCTCTCAGTCTGGCGATTGTG
GGAGTATTGAGGTGTCTTTGTAATAAAGAGAGATGTTATCC

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DS 



AS 1 7

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CATTGTTACAAGAACTCTTATAGCGCATATTTTGCAACACTTATTCACTACACTAATGTC
TAATCTAATATTTTCTTGGCTCTATACATGATGCTTCACATACCTAGATATTTATCTACA
TTAGTCAAACTTAAGCATATGACTAATCCCATTAGTGTGATGAAGATGATGAATTACTCG
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GAGCATCATACTTACCTGCATCCAAAGGGAAGTTGAGCACAGCTTTTCTTCCCCTGAGCT
TAAAAGCTGCGTAGTCATAAGCTCTTGCAGCATCAATATCACTCTCAAATGTCCCTAGCC
AAAGCCTAGATCCTTTCTTGGCAGGATCTCGAATCTCTGCTGCAAATTTTCCCCATGGCC
TCCTTCTCACGCCTCGGTAGTGTCTAGTCTCTTCGACCCTCTTTGGTCTTTTCCGGTTTG
AGACAGTCTCAACCTCAGGTGATGTTGTTGTAGTTGTTGT***TGATGATGAAGATGATG
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CTAGTTTAGGAACTGGGTTAAAGGGTTCTAGAGACAAGAGTCCTGACACAAAAGCGGAAT
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TGTTTTTTTTT**AAAGAAAACTCTGCAAGTGATATCC


BQ
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25 25 10 25 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC03JQ U 2
AF RR1AV73JQ U 1
AF RR1DU22JQ U 60
AF RR1BA15JQ U 65
AF RR1AV73TF C 47
AF RR1DU22TF C 134
AF RR1BA15TF C 65
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BS 429 429 RR1DU22JQ
BS 430 601 RR1AV73JQ
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BS 660 660 RR1BA15JQ
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BS 747 791 RR1BA15JQ
BS 792 878 RR1AV73TF

RD RR1DC03JQ 492 0 0
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AATCTAATATTTTCTTGGCTCTATACATGATGCTTCACATACCTAGATATTTATCTACAT
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AGTTGTTCCTTGAGGCTCCGTTACATCGTTTCTTCTCCTCTTCCGGCAAGAATTGATCGG
AGCATCATACTTACCTGCATCCAAAGGGAAGTTGAGCACAGCTTTTCTTCCCCTGAGCTT
AAAAGCTGCGCAGTCATAAGCTCTTGCAGCATCAATATCACTCTCAAATGTCCCTAGCCA
AAGCCTAAATCCTTTCTTGGCAGGATCTCGAATCTCTGCTGCAAATTTTCCCCATGGCCT
CCTTCTCACGCC

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DS 

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CATTGTTACAAGAACTCTTATAGCGCATATTTTGCAACACTTATTCACTACACTAATGTC
TAATCTAATATTTTCTTGGCTCTATACATGATGCTTCACATACCTAGATATTTATCTACA
TTAGTCAAACTTAAGCATATGACTAATCCCATTAGTGTGATGAAGATGATGAATTACTCG
TAGTTGTTCCTTGAGGCTCCGTTACATCGTTTCTTCTCCTCTTCCGGCAAGAATTGATCG
GAGCATTATACTTACCTGCATCCAAAGGGAAGTTGAGCACAGCTTTTCTTCCCCTGAGCT
TAAAAGCTGCGTAGTCATAAGCTCTTGCAGCATCAATATCACTCTCAAATGTCCCTAGCC
AAAGCCTAAATCCTTTCTTGGCAGGATCTCGAATCTCTGCTGCAAATTTTCCCCATGGCC
TCCTTCTCACGCCTCGGTAGTGTCTAGTCTCTTCGACCCTCTTTGGTCTTTTCCGGTTTG
AGACAGTCTCAACCTCAGGTGATGTTGTTGTAGTTGTTGT***TGATGATGAAGATGATG
C

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DS 

RD RR1DU22JQ 687 0 0
CCATTA
TTACAAGAACTCTTATAGCGCATATTTTGCAACACTTATTCACTACACTAATGTCTAATC
TAATATTTTCTTGGCTCTATACATGATGCTTCACATACCTAGATATTTATCTACATTAGT
CAAACTTAAGCATATGACTAATCCCATTAGTGTGATGAAGATGATGAATTACTCGTAGTT
GTTCCTTGAGGCTCCGTTACATCGTTTCTTCTCCTCTTCCGGCAAGAATTGATCGGAGCA
TCATACTTACCTGCATCCAAAGGGAAGTTGAGCACAGCTTTTCTTCCCCTGAGCTTAAAA
GCTGCGTAGTCATAAGCTCTTGCAGCATCAATATCACTCTCAAATGTCCCTAGCCAAAGC
CTAGATCCTTTCTTGGCAGGATCTCGAATCTCTGCTGCAAATTTTCCCCATGGCCTCCTT
CTCACGCCTCGGTAGTGTCTAGTCTCTTCGACC*TCTTTGGTCTTTTCCGGTTTGAGACA
GTCTCAACCTCAGGTGATGTTGTTGTAGTTGTTGT***TGATGATGAAGATGATGCTTGC
ATTTGAAGAAACTCTCGGACATAGGAATCTGGATCAAGAACCGGTGAACTAGGCGCTAGT
TTAGGAACTGGGTTAAAGGGTTCTAGAGACAAGAGTCCTGACACAAAAGCGGAGTCATCA
AAGAGAAAATCTTCCATGAAA

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DS 

RD RR1BA15JQ 727 0 0
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TCAAACTTAAGCATATGACTAATCCCATTAGTGTGATGAAGATGATGAATTACTCGTAGT
TGTTCCTTGAGGCTCCGTTACATCGTTTCTTCTCCTCTTCCGGCAAGAATTGATCGGAGC
ATCATACTTACCTGCATCCAAAGGGAAGTTGAGCACAGCTTTTCTTCCCCTGAGCTTAAA
AGCTGCGTAGTCATAAGCTCTTGCAGCATCAATATCACTCTCAAATGTCCCTAGCCAAAG
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TCTCACGCCTCGGTAGTGTCTAGTCTCTTCGACCCTCTTTGGTCTTTTCCGGTTTGAGAC
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TTTAGGAACTGGGTTAAAGGGTTCTAGAGACAAGAGTCCTGACACAAAAGCGGAATCATC
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TATAACC

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DS 

RD RR1AV73TF 832 0 0
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ACTACACTAATGTCTAATCTAATATTTTCTTGGCTCTATACATGATGCTTCACATACCTA
GATATTTATCTACATTAGTCAAACTTAAGCATATGACTAATCCCATTAGTGTGATGAAGA
TGATGAATTACTCGTAGTTGTTCCTTGAGGCTCCGTTACATCGTTTCTTCTCCTCTTCCG
GCAAGAATTGATCGGAGCATTATACTTACCTGCATCCAAAGGGAAGTTGAGCACAGCTTT
TCTTCCCCTGAGCTTAAAAGCTGCGTAGTCATAAGCTCTTGCAGCATCAATATCACTCTC
AAATGTCCCTAGCCAAAGCCTAGATCCTTTCTTGGCAGGATCTCGAATCTCTGCTGCAAA
TTTTCCCCATGGCCTCCTTCTCACGCCTCGGTAGTGTCTAGTCTCTTCGACCCTCTTTGG
TCTTTTCCGGTTTGAGACAGTCTCAACCTCAGGTGATGTTGTTGTAGTTGTTGT***TGA
TGATGAAGATGATGCTTGCATTTGAAGAAACTCTCGGACATAGGAATCTGGATCAAGAAC
CGGTGAACTAGGCTCTAGTTTAGGAACTGGGTTAAAGGGTTCTAGAGACAAGAGTCCTGA
CACAAAAGCGGAATCATCAAAGAGAAAATCTTCCATGAAACCATCAGGGATCATCAAGCC
CTCAAAGAGGTGATTGTGTATAACCTCCAAATCAGAGCTTTCCTCAAAAGTTGTCATGTT
TTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTT**AAAGAAAACTCTGCAAGTGATATCC

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR1DU22TF 740 0 0
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AGCATATGACTAATCCCATTAGTGTGATGAAGATGATGAATTACTCGTAGTTGTTCCTTG
AGGCTCCGTTACATCGTTTCTTCTCCTCTTCCGGCAAGAATTGATCGGAGCATCATACTT
ACCTGCATCCAAAGGGAAGTTGAGCACAGCTTTTCTTCCCCTGAGCTTAAAAGCTGCGTA
GTCATAAGCTCTTGCAGCATCAATATCACTCTCAAATGTCCCTAGCCAAAGCCTAGATCC
TTTCTTGGCAGGATCTCGAATCTCTGCTGCAAATTTTCCCCATGGCCTCCTTCTCACGCC
TCGGTAGTGTCTAGTCTCTTCGACC*TCTTTGGTCTTTTCCGGTTTGAGACAGTCTCAAC
CTCAGGTGATGTTGTTGTAGTTGTTGT***TGATGATGAAGATGATGCTTGCATTTGAAG
AAACTCTCGGACATAGGAATCTGGATCAAGAACCGGTGAACTAGGCGCTAGTTTAGGAAC
TGGGTTAAAGGGTTCTAGAGACAAGAGTCCTGACACAAAAGCGGAGTCATCAAAGAGAAA
ATCTTCCATGAAACCATCAGGGATCATCAAGCCCTCAAAGAGGTGCTTGTGTATAACCTC
CAAATCAGAGCTTTCCTCAAAAGTTGTCATGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTT
AAAGAAAACTCTGCAAGT
CC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1BA15TF 809 0 0
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CTAATATTTTCTTGGCTCTATACATGATGCTTCACATACCTAGATATTTATCTACATTAG
TCAAACTTAAGCATATGACTAATCCCATTAGTGTGATGAAGATGATGAATTACTCGTAGT
TGTTCCTTGAGGCTCCGTTACATCGTTTCTTCTCCTCTTCCGGCAAGAATTGATCGGAGC
ATCATACTTACCTGCATCCAAAGGGAAGTTGAGCACAGCTTTTCTTCCCCTGAGCTTAAA
AGCTGCGTAGTCATAAGCTCTTGCAGCATCAATATCACTCTCAAATGTCCCTAGCCAAAG
CCTAGATCCTTTCTTGGCTGGATCTCGAATCTCTGCTGCAAATTTTCCCCATGGCCTCCT
TCTCACGCCTCGGTAGTGTCTAGTCTCTTCGACCCTCTTTGGTCTTTTCCGGTTTGAGAC
AGTCTCAACCTCAGGTGATGTTGTTGTAGTTGTTGTTGTTGATGATGAAGATGATGCTTG
CATTTGAAGAAACTCTCGGACATAGGAATCTGGATCAAGAACCGGTGAACTAGGCTCTAG
TTTAGGAACTGGGTTAAAGGGTTCTAGAGACAAGAGTCCTGACACAAAAGCGGAATCATC
AAAGAGAAAATCTTCCATGAAACCATCAGGGATCATCAAGCCCTCAAAGAGGTGCTTGTG
TATAACCTCCAAATCAGAGCTTTCCTCAAAAGTTGTCATGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTT
TTTTTTT**AAAGAAAACTCTGCAAGT
CC

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 8

CO CL731Contig1 626 8 11 U
GGCTGACCATCCCAAAGCAGAGCTTCAGCGATCTTCTCCATCCTCTGGTTTCATATCTAA
TCTGATTTGGGGAACGAACGAGATGGGTTTCATAATGGAGTTTGCGGAGAATCTGGTGCT
GAGGTTGATGGAGGATCCGGAGGTGAGAGACAGGAAGGCGAGGGAGCACATATATGAGAT
GCACGAGAGGTGCAAGAAGATTAAGGAGATGTGGGCTTTGCCTATTCGTCCTTACGGTTT
CTGGACGTTTGAGCGTCACAACGCTCAGCTTCGTTGGGATCCTCAGATCAGTCAGGTTGC
TGGTCGCAGGGATCCTTATGATGATCTCCTCCAGGACCATCCTTCTTCTTCATCTTCAGA
CTGATCGAACAGTGAACGAAGACGTCTTATGATACTGTCTTGAAGGATGCGTATGTCTCC
CTTT*GTTTCTTTTTTTTTT***T*GTTCTTCAGGTGCCTGGAAGCTTGGTACAAACTCA
AATAATAACACTCTTGAAGACTTGTTTTCAAATGAGAGAGTACTCATTGTTTCTTAGTAA
AGCTGTTTTGATTCTCTACTTGCATCTTTGTTATGAATATACTTTCTGAAATGTGATAAT
TTTTTTCTAATGTTCTTAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 20 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX39TF U 24
AF RR1CY63JQ C 282
AF RR1EZ58JQ C 1
AF RR1EZ58TF U 1
AF RR1CY63TF U 316
AF RR1BN94JQ C 8
AF RR1DX39JQ C 59
AF RR1BN94TF U 8
BS 1 8 RR1EZ58JQ
BS 9 155 RR1EZ58TF
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BS 309 614 RR1EZ58TF
BS 615 626 RR1BN94TF

RD RR1DX39TF 290 0 0
GG
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GGTTTCATAATGGAGTTTGCGGAGAATCTGGTGCTGAGGTTGATGGAGGATCCGGAGGTG
AGAGACAGGAAGGCGAGGGAGCACATATATGAGATGCACGAGAGGTGCAAGAAGATTAAG
GAGATGTGGGCTTTGCCTATTCGTCCTTACGGTTTCTGGACGTTTGAGCGTCACAACGCT
CAGCTTCGTTGGGATCCTCAGATCAGTCAGGTTGCTGGTCGCAGGGAT

QA 3 290 3 290
DS 

RD RR1CY63JQ 319 0 0
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GAAGCTTGGTACAAACTCAAATAATAACACTCTTGAAGACTTGTTTTCAAATGAGAGAGT
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CTTTCTGAAATGTGATAAT

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR1EZ58JQ 614 0 0
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TCTGATTTGGGGAACGAACGAGATGGGTTTCATAATGGAGTTTGCGGAGAATCTGGTGCT
GAGGTTGATGGAGGATCCGGAGGTGAGAGACAGGAGGGCGAGGGAGCACATATATGAGAT
GCACGAGAGGTGCAAGAAGATTAAGGAGATGTGGGCTTTGCCTATTCGTCCTTACGGTTT
CCGGACGTTTGAGCGTCACAACGCTCAGCTTTGTTGGGATCCTCAGATCAGTCAGGTTGC
TGGTCGCGGGGATCCTTATGATGATCTCCTCCAGGACCATCCTTTTTTTTCATCTTCAGA
CTGATCGAACAGTGAACGAAGACGTCTTATGATACTGTCTTGAAGGATGCGTATGTCTCC
CTTT*GTTTCTTTTTTTTTT***T*GTTCTTCAGGTGCCTGGAAGCTTGGTACAAACTCA
AATAATAACACTCTTGAAGACTTGTTTTCAAATGAGAGAGTACTCATTGTTTCTTAGTAA
AGCTGTTTTGATTCTCTACTTGCATCTTTGTTATGAATATACTTTCTGAAATGTGATAAT
TTTTTTCTAATGTT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1EZ58TF 614 0 0
GGCTGACC
ATCCCAAAGCAGAGCTTCAGCGATCTTCTCCATCCTCTGGTTTCATATCTAATCTGATTT
GGGGAACGAACGAGATGGGTTTCATAATGGAGTTTGCGGAGAATCTGGTGCTGAGGTTGA
TGGAGGATCCGGAGGTGAGAGACAGGAGGGCGAGGGAGCACATATATGAGATGCACGAGA
GGTGCAAGAAGATTAAGGAGATGTGGGCTTTGCCTATTCGTCCTTACGGTTTCCGGACGT
TTGAGCGTCACAACGCTCAGCTTTGTTGGGATCCTCAGATCAGTCAGGTTGCTGGTCGCG
GGGATCCTTATGATGATCTCCTCCAGGACCATCCTTCTTCTTCATCTTCAGACTGATCGA
ACAGTGAACGAAGACGTCTTATGATACTGTCTTGAAGGATGCGTATGTCTCCCTTT*GTT
TCTTTTTTTTTT***T*GTTCTTCAGGTGCCTGGAAGCTTGGTACAAACTCAAATAATAA
CACTCTTGAAGACTTGTTTTCAAATGAGAGAGTACTCATTGTTTCTTAGTAAAGCTGTTT
TGATTCTCTACTTGCATCTTTGTTATGAATATACTTTCTGAAATGTGATAATTTTTTTCT
AATGTT

QA 9 614 9 614
DS 

RD RR1CY63TF 293 0 0
TTATGATGATCTCCTCCAGGACCATCCTTCTTCTTCATCTTCAGACTGATCGAACAGTGA
ACGAAGACGTCTTATGATACTGTCTTGAAGGATGCGTATGTCTCCCTTTTGTTTCTTTTT
TTTTT***T*GTTCTTCAGGTGCCTGGAAGCTTGGTACAAACTCAAATAATAACACTCTT
GAAGACTTGTTTTCAAATGAGAGAGTACTCATTGTTTCTTAGTAAAGCTGTTTTGATTCT
CTACTTGCATCTTTGTTATGAATATACTTTCTGAAATGTGATAATTTTTTTC
C

QA 1 292 1 292
DS 

RD RR1BN94JQ 610 0 0
G
ATCCCAAAGCAGAGCTTCAGCGATCTTCTCCATCCTCTGGTTTCATATCTAATCTGATTT
GGGGAACGAACGAGATGGGTTTCATAATGGAGTTTGCGGAGAATCTGGTGCTGAGGTTGA
TGGAGGATCCGGAGGTGAGAGACAGGAAGGCGAGGGAGCACATATATGAGATGCACGAGA
GGTGCAAGAAGATTAAGGAGATGCGGGCTTTGCCTATTCGTCCTTACGGTTTCTGGACGT
TTGAGCGTCACAACGCTCAGCTTCGTTGGGATCCTCAGATCAGTCAGGTTGCTGGTCGCA
GGGATCCTTATGATGATCTCCTCCAGGACCATCCTTTTTCTTCATCTTCAGACTGATCGA
ACAGTGAACGAAGACGTCTTATGATACTGTCTTGAAGGATGCGTATGTCTCCCTTT*GTT
TCTTTTTTTTTT***TTGTTCTTCAGGTGCCTGGAAGCTTGGTACAAACTCAAATAATAA
CACTCTTGAAGACTTGTTTTCAAATGAGAGAGTACTCATTGTTTCTTAGTAAAGCTGTTT
TGATTCTCTACTTGCATCTTTGTTATGAATATACTTTCTTAAATGTGATAATTTTTTTCT
AATGTT
CTT

QA 2 607 2 607
DS 

RD RR1DX39JQ 549 0 0
AATCTGATTTGGGGAACGAACGAGATGGGTTTCATAATGGAGTTTGCGGAGAATCTGGTG
CTGAGGTTGATGGAGGATCCGGAGGTGAGAGACAGGAAGGCGAGGGAGCACATATATGAG
ATGCACGAGAGGTGCAAGAAGATTAAGGAGATGTGGGCTTTGCCTATTCGTCCTTACGGT
TTCTGGACGTTTGAGCGTCACAACGCTCAGCTTCGTTGGGATCCTCAGATCAGTCAGGTT
GCTGGTCGCAGGGATCCTTATGATGATTTCCTCCAGGACCATCCTTTTTTTTCATTTTCA
GACTGATCGAACAGTGAACGAAGACGTCTTATGATACTGTCTTGAAGGATGCGTATGTCT
CCCTTT*GTTTCTTTTTTTTTTTTTTTGTTCTTCAGGTGCCTGGAAGCTTGGTACAAACT
CAAATAATAACACTCTTGAAGACTTGTTTTCAAATGAGAGAGTACTCATTGTTTCTTAGT
AAAGCTGTTTTGATTCTCTACTTGCATCTTTGTTATGAATATACTTTCTGAAATGTGATA
ATTTTTTTC

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1BN94TF 619 0 0
G
ATCCCAAAGCAGAGCTTCAGCGATCTTCTCCATCCTCTGGTTTCATATCTAATCTGATTT
GGGGAACGAACGAGATGGGTTTCATAATGGAGTTTGCGGAGAATCTGGTGCTGAGGTTGA
TGGAGGATCCGGAGGTGAGAGACAGGAAGGCGAGGGAGCACATATATGAGATGCACGAGA
GGTGCAAGAAGATTAAGGAGATGCGGGCTTTGCCTATTCGTCCTTACGGTTTCTGGACGT
TTGAGCGTCACAACGCTCAGCTTCGTTGGGATCCTCAGATCAGTCAGGTTGCTGGTCGCA
GGGATCCTTATGATGATCTCCTCCAGGACCATCCTTCTTCTTCATCTTCAGACTGATCGA
ACAGTGAACGAAGACGTCTTATGATACTGTCTTGAAGGATGCGTATGTCTCCCTTT*GTT
TCTTTTTTTTTT***TTGTTCTTCAGGTGCCTGGAAGCTTGGTACAAACTCAAATAATAA
CACTCTTGAAGACTTGTTTTCAAATGAGAGAGTACTCATTGTTTCTTAGTAAAGCTGTTT
TGATTCTCTACTTGCATCTTTGTTATGAATATACTTTCTTAAATGTGATAATTTTTTTCT
AATGTTCTTAAAAAAAAA

QA 2 619 2 619
DS 



AS 2 6

CO CL732Contig1 662 4 3 U
GTGTCCATTTCCAATACCAACAACGCTCATTTAAGATTCATTGCAACAACAAGAAAAGAA
AAACAGCATACGACTGAAACACTCAGGGTTTTCAAGTTAACAACACAAGAAACAGGCATG
AGCCAAAAATAAAAGAAACCAAACTTCAGGTCCATGCTCCCAGTAGCTCAACTGGTTTTA
TCTCTAAATAGGCTTGATCTTGAAGTGCAGCGAGATGAGCGAAAAAACAAGGCATTTCAA
GTCCTGAACAAGATAGTAAAAGATGCGAAGACCTTCAGGATCATCACTGCTCTGGACATC
AACGAGAGAACCAATCTTAGATGTAGCGAAAGAGATATGCTCATTTCCCATCACGATCTC
AAGCTCTTGCCTTCCAACTCGGTCAGGTTCCGGCCACTTAAAATCATCTTCTTTCATTAT
CTCGCTCTCGGAGACGATACGCTTGCACTCGTTGAGAACGGCGGGGGTGAGAAACACCTC
CTTACGGATCATCGTATCGTTCTTGTAGTTCGAGTTGTTTGCGTAACGGAGCTTACCGTC
AGGTCTAAACTCGAACTCCAGGAACTCGTGTCCAAATTTCCCCTTGTGTCCCACATAGTA
CCTCAGGTAGAACTCGTTTTCTTCTTCCGCCGCCATCCCTTCCTTCCTTCCTTCTCCGTC
CT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1DF33JQ U 14
AF RR1CI42JQ U 11
AF RR1D675TF C 23
AF RR1D675JQ U 1
BS 1 319 RR1D675JQ
BS 320 320 RR1DF33JQ
BS 321 662 RR1D675JQ

RD RR1DF33JQ 418 0 0
CCAATAC
CAACGCTCATTTAAGATTCATCGCAACAACAAGAAAAGAAGAACAGCATACGACTGAAAC
ACTCAGGGTTTTCAAGTTAACAACACAAGAAACAGGCATGAGCCAAAAATAAAAGCGACC
AAACTTCAGGTCCATGCTCCCAGTAGCTCAACTGGTTTCATCTCTAAATAGGCTTGATCT
TGAAGTGCAGCGAGATGAGCGAAAAAACAAGACATTTCAAGTCCTGAACAAGATAGTAAA
AGATGCGAAGACCTTCAGGATCATCACTGCTCTGGATATCAACGAGAGAACCAATCTTAG
ATGTAGCAAAGGAGATATGCTCATTTCCCATCACGATCTCAAGCCCTTGCCTTCCAACAC
GGTCAGGTTCCGGCCACTTAAAATCATCTTCTTTCATTATCTCGCTCTCGG

QA 8 418 8 418
DS 

RD RR1CI42JQ 424 0 0
CCAATACCAA
CAACGCTCATTTAAAATTCATTGCAACAACAAGAAAAGAAAAACAGCATACGACTGAAAC
ACTCAGGGTTTTCAAGTTAACAACACAAGAAACAGGCATGAGCCAAAAATAAAAGCAACC
AAACTTCAGGTCCATGCTCCCAGTAGCTCAACTGGTTTCATCTCTAAATAGGCTTGATCT
TGAAGTGCAGCGAGATGAGCGAAAAAACAAGGCATTTCAAGTCCTGAACAAAATAGTAAA
AGATGCGAAAACCTCCAGGATCATCACTGCTCTGGACATCAACGAGAGAACCAATCTTAA
ATGTAGCGAAAGAAATATGCTCATTTCCCATCACGATCTCAAGCTCTTGCCTTCCAACTC
GGTCAGGTTCCGGCCACTTAAAATCATCTTCTTTCATTATCTCGCTCTCGGA
AA

QA 11 422 11 422
DS 

RD RR1D675TF 640 0 0
ACGCTCATTTAAGATTCATTGCAACAACAAGAAAAGAAAAACAGCATACGACTGAAACAC
TCAGGGTTTTCAAGTTAACAACACAAGAAACAGGCATGAGCCAAAAATAAAAGAAACCAA
ACTTCAGGTCCATGCTCCCAGTAGCTCAACTGGTTTTATCTCTAAATAGGCTTGATCTTG
AAGTGCAGCGAGATGAGCGAAAAAACAAGGCATTTCAAGTCCTGAACAAGATAGTAAAAG
ATGCGAAGACCTTCAGGATCATCACTGCTCTGGACATCAACGAGAGAACCAATCTTAGAT
GTAGCGAAAGAGATATGCTCATTTCCCATCACGATCTCAAGCTCTTGCCTTCCAACTCGG
TCAGGTTCCGGCCACTTAAAATCATCTTCTTTCATTATCTCGCTCTCGGAGACGATACGC
TTGCACTCGTTGAGAACGGCGGGGGTGAGAAACACCTCCTTACGGATCATCGTATCGTTC
TTGTAGTTCGAGTTGTTTGCGTAACGGAGCTTACCGTCAGGTCTAAACTCGAACTCCAGG
AACTCGTGTCCAAATTTCCCCTTGTGTCCCACATAGTACCTCAGGTAGAACTCGTTTTCT
TCTTCCGCCGCCATCCCTTCCTTCCTTC
CTTCTCCGTCCT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1D675JQ 662 0 0
GTGTCCATTTCCAATACCAACAACGCTCATTTAAGATTCATTGCAACAACAAGAAAAGAA
AAACAGCATACGACTGAAACACTCAGGGTTTTCAAGTTAACAACACAAGAAACAGGCATG
AGCCAAAAATAAAAGAAACCAAACTTCAGGTCCATGCTCCCAGTAGCTCAACTGGTTTTA
TCTCTAAATAGGCTTGATCTTGAAGTGCAGCGAGATGAGCGAAAAAACAAGGCATTTCAA
GTCCTGAACAAGATAGTAAAAGATGCGAAGACCTTCAGGATCATCACTGCTCTGGACATC
AACGAGAGAACCAATCTTAAATGTAGCGAAAGAGATATGCTCATTTCCCATCACGATCTC
AAGCTCTTGCCTTCCAACTCGGTCAGGTTCCGGCCACTTAAAATCATCTTCTTTCATTAT
CTCGCTCTCGGAGACGATACGCTTGCACTCGTTGAGAACGGCGGGGGTGAGAAACACCTC
CTTACGGATCATCGTATCGTTCTTGTAGTTCGAGTTGTTTGCGTAACGGAGCTTACCGTC
AGGTCTAAACTCGAACTCCAGGAACTCGTGTCCAAATTTCCCCTTGTGTCCCACATAGTA
CCTCAGGTAGAACTCGTTTTCTTCTTCCGCCGCCATCCCTTCCTTCCTTCCTTCTCCGTC
CT

QA 1 662 1 662
DS 



CO CL732Contig2 574 2 6 U
GGAGGTGTTTCTCACCCCCGCCGTTCTCAACGAGTGCAGGCGTATCGTCTCCGAGAGCGA
GATAATGAAAGAAGATGATTTTATGTGGCCGGAACCTGACCGTGTTGGAAGGCAAGAGCT
TGAGATCGTGATGGGAAATGAGCATATCTCCTTTGCTACATCTAAGATTGGTTCTCTCGT
TGATGTCCAGAGCAGTGATGATCCTGAAGGTCTTCGCATCTTTTACTATCTTGTTCAGGA
CTTGAAATGTCTGGTTTTTTCGCTCATCTCGCTGCACTTCAAGATCAAGCCTATTTAGAG
AAGAAACCAGTTTAGCTACTGGGATCATGGACCTGAAGTTTAGTTGCTTTTATGTTTCTG
GCTCATGCCTGTTTCTTGTGTTGTTAACTTGAAAACCCTGGGTGTTTCACTCGTATGCTG
TTTTTTTTCTTCTTCTTGTTGTTGCAATGAATCTAAAATGAGCGTTGGTATTGGAAATGG
ACACAACGGTTTGGCACTTGTAAGCAGTGGGCTTTGCCCCGGTGCTGTTATTTTCGAGAC
TATGTTGAGAACATGCGTAATCAGTTGCCAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG46TF U 1
AF RR1G921TF U 134
BS 1 246 RR1GG46TF
BS 247 247 RR1G921TF
BS 248 454 RR1GG46TF
BS 455 455 RR1G921TF
BS 456 467 RR1GG46TF
BS 468 574 RR1G921TF

RD RR1GG46TF 481 0 0
GGAGGTGTTTCTCACCCCCGCCGTTCTCAACGAGTGCAGGCGTATCGTCTCCGAGAGCGA
GATAATGAAAGAAGATGATTTTATGTGGCCGGAACCTGACCGTGTTGGAAGGCAAGAGCT
TGAGATCGTGATGGGAAATGAGCATATCTCCTTTGCTACATCTAAGATTGGTTCTCTCGT
TGATGTCCAGAGCAGTGATGATCCTGAAGGTCTTCGCATCTTTTACTATCTTGTTCAGGA
CTTGAAGTGTCTGGTTTTTTCGCTCATCTCGCTGCACTTCAAGATCAAGCCTATTTAGAG
AAGAAACCAGTTTAGCTACTGGGATCATGGACCTGAAGTTTAGTTGCTTTTATGTTTCTG
GCTCATGCCTGTTTCTTGTGTTGTTAACTTGAAAACCCTGGGTGTTTCACTCGTATGCTG
TTTTTTTTCTTCTTCTTGTTGTTGCAATGAATCTTAAATGAGCGTTG
GTATTGGAAATGGA

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR1G921TF 441 0 0
GGAAATGAGCATATCTCCTTTGCTACATCTAAGATTGGTTCTCTCGTTGATGTCCAGAGC
AGTGATGATCCTGAAGGTCTTCGCATCTTTTACTATCTTGTTCAGGACTTGAAATGTCTG
GTTTTTTCGCTCATCTCGCTGCACTTCAAGATCAAGCCTATTTAGAGAAGAAACCAGTTT
AGCTACTGGGATCATGGACCTGAAGTTTAGTTGCTTTTATGTTTCTGGCTCATGCCTGTT
TCTTGTGTTGTTAACTTGAAAACCCTGGGTGTTTCACTCGTATGCTGTTTTTTTTCTTCT
TCTTGTTGTTGCAATGAATCTAAAATGAGCGTTGGTATTGGAAATGGACACAACGGTTTG
GCACTTGTAAGCAGTGGGCTTTGCCCCGGTGCTGTTATTTTCGAGACTATGTTGAGAACA
TGCGTAATCAGTTGCCAAGCC

QA 1 441 1 441
DS 



AS 1 8

CO CL733Contig1 777 8 8 U
GGATTCTTTCTCCCCTCAACTAAACCACCAAACACCTCTCGTAGTCTCCGCCTTCTCCAC
CCTTCCTCCTTTGTTCTCGTTTCGTACACAAAATGGCGACTTTTCGAGTCTCTTCCACTA
GCATGACGACCACCAAGGCCGTTCTCAGAAGCCAGCCGACGAACCAGCTCATCGCTAACA
AGAGCCAGCAAGTCTCCGTCGGATCGGTCAAAAAA*GTCACGAGATCCTTTGGCTTGAAA
TGCTCAGCCAACTCAGGAGGTGCGACCATGATGTCAGCGGTGTACAAGGTGAAGCTCATA
GGACCAGAAGGGGAAGAGAACGAGTTCGAGGTTCAGGACGACCAGTTCATATTGGACGCA
GCCGAAGAGGCGGGAGTTGACTTGCCTTACTCTTGCAGAGCAGGAGCGTGTTCCACCTGC
GCCGGTCAGATCGTGAAAGGCCAAGTTGATCAGTCCGAGGGTTCGTTTCTCGAGGATGAT
CACTTTGAGAAAGGTTTTGTCTTGACTTGTGTGGCTTACCCGCAGTCGGACTGTGTGATC
CATACCCACAAGGAAACTGAACTCTTCTAAAAGACCCGTTCTCGTTTGGTGGTAGTGTGA
TGCAAAATTGTTATTTGAGGTATTGTTATTATTATTATCAGTTTCCTTTCTACGAAATTG
TGTGTGTTTAAAAGATAATGCTTTTTGTATGAACACGTCTCAGATATGCCTTTTTAGCTT
TCATCAATCGTCACCGGGTTACAACTGGTTAATAAAGTGGTTAAATGTCATTCAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB37TF U 1
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AF RR1CS35TF U 22
AF RR1CR37TF U 24
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AF RR1CE77JQ C 42
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TGC

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DS 

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ACACAAAATGGCGACTTTTCGAGTCTCTTCCACTAGCATGACGACCACCAAGGCCGTTCT
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G

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G

QA 5 704 5 704
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ACACAAAATGGCGACTTTTCGAGTCTCTTCCACTAGCATGACGACCACCAAGGCCGTTCT
CAGAAGCCAGCCGACGAACCAGCTCATCGCTAACAAGAGCCAGCAAGTCTCCGTCGGATC
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CTTACTCTTGCAGAGCAGGAGCGTGTTCCACCTGCGCCGGTCAGATCGTGAAAGGCCAAG
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TGTATGAACACGTCTCAGATATGCCTTTTTAGCTTTCATCAATCGTCACCGGGTTACA*C
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CC

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CACAAAATGGCGACTTTTCGAGTCTCTTCCACTAGCATGACGACCACCAAGGCCGTTCTC
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GTCAAAAAA*GTCGCGAGATCCTTTGGCTTGAAATGCTCAGCCAACTCAGGAGGTGCGAC
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DS 

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TAAATGTCATTCAGTC

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TCATTC

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GTCACCGGGTTACAACTGGTTAATAAAGTGGTTAAATG
CC

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DS 



AS 1 7

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BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1AT91TF C 1
AF RR1AT91JQ U 1
AF RR1BQ28JQ U 3
AF RR1FG48JQ U 3
AF RR1CN39JQ U 39
AF RR1FG48TF C 497
AF RR1BQ28TF C 632
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BS 393 393 RR1BQ28JQ
BS 394 666 RR1AT91JQ
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BS 740 774 RR1BQ28JQ
BS 775 809 RR1FG48JQ
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BS 811 835 RR1FG48JQ
BS 836 836 RR1CN39JQ
BS 837 851 RR1FG48JQ
BS 852 858 RR1CN39JQ
BS 859 1193 RR1FG48TF
BS 1194 1194 RR1BQ28TF

RD RR1AT91TF 665 0 0
CTAA
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CACAATAACAATAGAAAAAAAAACAAGAGCGTTATTCCATTTTCGCCATCTTGACGATCA
AGAACTAGCTCTCTCTCATAAACCCCCTTCACCCAAAATTTTCATGTTGTTTCTCTTCCA
CCATATCACATATATCATTTATATGGACATACATGTCATATTTTTATATATGCTAATTTA
TTTCTCTCGCATATTATTAATGCCTAGTTACTATTTTATTTACCCCTTCCCCCCATATAT
ATATACTCAGTAGAAGAACTCCAGCTAAGTCACTAGAACTCCGGCGGAGAAAATTTGACC
GGCGGTGTAAGGAGAGGTTGAAAACTTC*ATCTACATCTCTCTTTCCTTTCAACACTTGC
TATATGACTCGATCGACACTCTGTGCTGCAAAAAGCTTTTTCTCCTCTGTAAATAAATAT
GTCCTGGCCGTGAAGTTTCTTCCTGCATAAGTAACACGAGTTGAGGAAACCCAAACCCTG
AAACTCCGGAGTATTCTTTGGAGATTCCGTACCGACATCGACCACGAAAAGTCTCTCACG
ACGTTCTTCGTTAACCTTAGTTGCGAAACACTCGAGACCATCTTTGTCATAAACCCTTGT
G

QA 5 665 5 665
DS 

RD RR1AT91JQ 740 0 0
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AAAACACAATAACAATAGAAAAAAAAACAAGAGCGTTATTCCATTTTCGCCATCTTGACG
ATCAAGAACTAGCTCTCTCTCATAAACCCCCTTCACCCAAAATTTTCATGTTGTTTCTCT
TCCACCATATCACATATATCATTTATATGGACATACATGTCATATTTTTATATATGCTAA
TTTATTTCTCTCGCATATTATTAATGCCTAGTTACTATTTTATTTACCCCTTCCCCCCAT
ATATATATACTCAGTAGAAGAACTCCAGCTAAGTCACTAGAACTCCGGCGGAGAAAATTT
GACCGGCGGTGTAAGGAGAGGTTGAAAACTTC*ATCTACATCTCTCTTTCCTTTCAACAC
TTGCTATATGACTCGATCGACACTCTGTGCTGCAAAAAGCTTTTTCTCCTCTGTAAATAA
ATATGTCCTGGCCGTGAAGTTTCTTCCTGCATAAGTAACACGAGTTGAGGAAACCCAAAC
CCTGAAACTCCGGAGTATTCTTTGGAGATTCCGTACCGACATCGACCACGAAAAGTCTCT
CACGACGTTCTTCGTTAACCTTAGTTGCGAAACACTCGAGACCATCTTTGTCATAAACCC
TTGTGCAACAAGTTCCACTAGGACCATGGTGAGACGTTACCAGCGTATAGTCCTCCTCGT
CCATTATGAACATCTCCTC
C

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1BQ28JQ 772 0 0
AA
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CACAATAACAATAGAAAAAAAA*CAAGAGCGTTATTCCATTTTCGCCATCTTGACGATCA
AGAACTAGCTCTCTCTCATAAACCCCCTTCACCCAAAATTTTCATGTTGTTTCTCTTCCA
CCATATCACATATATCATTTATATGGACATACATGTCATATTTTTATATATGCTAATTTA
TTTCTCTCGCATATTATTAATGCCTAGTTACTATTTTATTTACCCCTTCCCCCCATATAT
ATATACTCAGTAGAAGAACTCCAGCTAAGTCACCAGAACTCCGGCGGAAAAAATTTGACC
GGCGGTGTAAGGAGAGGTTGAAAACTTCGATCTACATCTCTCTTTCCTTTCAACACTTGC
TATATGACTCGATCGACACTCTGTGCTGCAAAAAGCTTTTTCTCCTCTGTAAATAAATAT
GTCCTGGCCGTGAAGTTTCTTCCTGCATAAGTAACACGAGTTGAGGAAACCCAAACCCTG
AAACTCCGGAGTATT*TTTGGAGATTCCGTACCGACATCGACCACGAAAAGTCTCTCACG
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GCTACAAGTTCCACTAGGACCATGGTGAGACGTTACCAGCGTATAGTCCTCCTCGTCCAT
TATGAACATCTCCTCATCTTCCTCGTCCGAGCTTCCGACATGGCTCATGA

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR1FG48JQ 849 0 0
AG
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CACAATAACAATAGAAAAAAAAACAAGAGCGTTATTCCATTTTCGCCATCTTGACGATCA
AGAACTAGCTCTCTCTCATAAACCCCCTTCACCCAAAATTTTCATGTTGTTTCTCTTCCA
CCATATCACATATATCATTTATATGGACATACATGTCATATTTTTATATATGCTAATTTA
TTTCTCTCGCATATTATTAATGCCTAGTTACTATTTTATTTACCCCTTCCCCCCATATAT
ATATACTCAGTAGAAGAACTCCAGCTAAGTCACTAGAACTCCGGCGGAGAAAATTTGACC
GGCGGTGTAAGGAGAGGTTGAAAACTTCGATCTACATCTCTCTTTCCTTTCAACACTTGC
TATATGACTCGATCGACACTCTGTGCTGCAAAAAGCTTTTTCTCCTCTGTAAATAAATAT
GTCCTGGCCGTGAAGTTTCTTCCTGCATAAGTAACACGAGTTGAGGAAACCCAAACCCTG
AAACTCCGGAGTATTCTTTGGAGATTCCGTACCGACATCGACCACAAAAAGTCTCTCACG
ACGTTCTTCGTTAACCTTAGTTGCGAAACACTCGAGACCATCTTTGTCATAAACCCTTGT
GCTACAAGTTCTACTAGGACCATGGTGAGACGTTACCAGCGTATAGTCCTCCTCGTCCAT
TATGAACATCTCCTCATCTTCCTCGTCCGAGCTTCCGACATGGCTCATGAACTGAACCGG
TTCAGACCGGCCGGATTGGTTCGGT*CATTTCTAGAAACGCTCGTGATCCG*CGAGTGGT
TGAGTTC

QA 3 849 3 849
DS 

RD RR1CN39JQ 820 0 0
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TTCCATTTTCGCCATCTTGACGATCAAGAACTAGCTCTCTCTCATAAACCCCCTTCACCC
AAAATTTTCATGTTGTTTCTCTTCCACCATATCACATATATCATTTATATGGACATACAT
GTCATATTTTTATATATGCTAATTTATTTCTCTCGCATATTATTAATGCCTAGTTACTAT
TTTATTTACCCCTTCCCCCCATATATATATACTCAGTAGAAGAACTCCAGCTAAGTCACT
AGAACTCCGGCGGAGAAAATTTGACCGGCGGTGTAAGGAGAGGTTGAAAACTTCGATCTA
CATCTCTCTTTCCTTTCAACACTTGCTATATGACTCGATCGACACTCTGTGCTGCAAAAA
GCTTTTTCTCCTCTGTAAATAAATATGTCCTGGCCGTGAAGTTTCTTCCTGCATAAGTAA
CACGAGTTGAGGAAACCCAAACCCTGAAACTCCGGAGTATTCTTTGGAGATTCCGTACCG
ACATCGACCACGAAAAGTCTCTCACGACGTTCTTCGTTAACCTTAGTTGCGAAACACTCG
AGACCATCTTTGTCATAAACCCTTGTGCTACAAGTTCCACTAGGACCATGGTGAGACGTT
ACCAGCGTATAGTCCTCCTCGTCCATTATGAACATCTCCTCATCTTCCTCGTCCGAGCTT
CCGACATGGCACATGAACTGAATCGGTTCAGACCGGCCGGATTGGTTCGGT*CATTTCTA
GAA*CGCTCGTGATCCGGCGAGTGGTTGAGTTCTCGAGTG

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DS 

RD RR1FG48TF 697 0 0
GAAGTTTC
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GAGATTCCGTACCGACATCGACCACAAAAAGTCTCTCACGACGTTCTTCGTTAACCTTAG
TTGCGAAACACTCGAGACCATCTTTGTCATAAACCCTTGTGCTACAAGTTCTACTAGGAC
CATGGTGAGACGTTACCAGCGTATAGTCCTCCTCGTCCATTATGAACATCTCCTCATCTT
CCTCGTCCGAGCTTCCGACATGGCTCATGAACTGAACCGGTTCAGACCGGCCGGATTGGT
TCGGTTCATTTCTAGAAACGCTCGTGATCCGGCGAGTGGTTGAGTTCTCGAGTGCGGCTA
CAATCCCTAGACCAACGGACCCACCAAGATTGTCATCGTAGAATCTCTTTGAACTGTTTC
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CGTCCAAGAACGGAGCCGCTGCGGCTGCAGATCGGTTCACGCCAACGAGGAGCTCAGATA
TTTTTCCTATCATGGGATGAGTTCTTTTGCTAAGCATGATCTTGATCGAGGGAAGGGCTT
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GATTGGTGGTGTTTGTGAAACCTCCACCC

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DS 

RD RR1BQ28TF 563 0 0
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CGAGCTTCCGACATGGCTCATGAACTGAACCGGTTCAGACCGGCCGGATTGGTTCGGTTC
ATTTCTAGAAACGCTCGTGATCCGGCGAGTGGTTGAGTTCTCGAGTGCGGCTACAATCCC
TAGACCAACGGACCCACCAAGATTGTCATCGTAGAATCTCTTTGAACTGTTTCTTTGAGA
TATCTGAGGGAGAATCTTGAAATCTAGTGGGCTTCTAGGGCTCGTCATCAAGGCGTCCAA
GAACGGAGCCGCTGCGGCTGCAGATCGGTTCACGCCAACGAGGAGCTCAGATATTTTTCC
TATCATGGGATGAGTTCTTTTGCTAAGCATGATCTTGATCGAGGGAAGGGCTTTGATCAA
ATCAAGCGAACAAACTAAGAAGTAACAAAAAGATGATGAGAGAAGAAGAAGAAGATTGGT
GGTGTTTGTGAAACCTCCACCCC

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 7

CO CL735Contig1 1046 7 23 U
GGACCTTTCAAACAAATTGCGAACTGGGTAACCAGGAAAAATATATATTATATATATAAA
CATCATATACCTGTTGAGTCTTACATAAACATCAGTCCCAACTAATCATCTAGAAAAAAT
CCTCTTTGAGAAAAATAAATCAGAACAATGTACTCTTCATCATCTGTATCAAAACGCCTC
ATTTTGATTCATGTCTTAGCCATACAACTTCTCTTAATAAGCGGCAAATTGTCCTTAAAC
ACTACAAATGCGTATCTCAACCACAAATGCTTGGATAGTCAAGGAAAATACAAGCCGGGA
AGCGATTACCAGGAACTTTTAAAAAAAGTCATAAGAATGTTCTATAAAAACAGTAACGAT
AAACCAGGTTTCGCTCTGCTCGGCTCTGATGACTTATCCGCTATCCTTCAGTGCCGTGGC
GATTCCTATGGCCCCAAATGCCGCGACTGCTTTGCCACCTCCATGGCTGTGCTTCGTAAG
AGATGTCCGTGGTATAAGGGGAGAATAGTATGGTATGACCAATGTCTTCTGTCGTTTTCG
TCCACATATGCTACTGGAAAGATCGATTACGAAAATATCTTTTGTATGTCCAACGCAAAG
AAGTTGGGAGATAAACTCGGGTTTGCAAGTGTTTGGAATACTCTCATGGACAATCTGACG
ACGTTAGCCCTCAGTCAAGTTAACTACACTCAGCCAACAGCATTATACTCTGTGGGGGAG
ACTCGGTTCAAGGGTGATACAATTTATGGAATGGTGCAGTGTACCAAAGACATATCACCA
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AAACGAGGAGCGAGATTTGTGGGTACGAGCTGTACTTTTAGGTTTGAGTTTTATCCTTTT
ATTAACAAGCCGGTCGAGTATTTAAAAAGTTAAATAAATAATTAACTTTTTGTTTGTTTT
TTTCAATCAAAAGCTTATGTAACATCAAGTACTACTTTTTTAAAGAATGTTTAAAGAATA
AAACAAAAGAATAATAATTGGATAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 
35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1EF72TF U 8
AF RR1GQ87TF U 1
AF RR1ED06TF U 117
AF RR1AV08TF U 9
AF RR1AV08JQ C 149
AF RR1EF72JQ C 431
AF RR1GQ87JQ C 372
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GG
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CCTGTTGAGTCTTACATAAACATCAGTCCCAACTAATCATCTAGAAAAAATCCTCTTTGA
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CATGTCTTAGCCATACAACTTCTCTTAATAAGCGGCAAATTGTCCTTAAACACTACAGAT
GCGTATCTCAACCACAAATGCTTGGATAGTCAAGGAAAATACAAGCCGGGAAGCGATTAC
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TTCGCTCTGCTCGGCTCTGATGACTTATCCGCTATCCTTCAGTGCCGTGGCGATTCCTAT
GGCCCCAAATGCCGCGACTGCTTTGCCACCTCCATGGCTGTGCTTCGTAAGAGATGTCCG
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GCTACTGGAAAGA

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CATCACATACCTGTTGAGTCTTACATAAACATCAGTCCCAACGAATCATCTAGAAAAAAT
CCTCTTTGAGAAAAATAAATCAGAACTATGTACTCTTCATCATCTGTATCAAAACGCCTC
ATTTTGATTCATGTCTTAGCCATACAACTTCTCTTTATAAGCGGCAAATTGTCCTTAAAC
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AAGTTGGGAGATAAACTCGGGTTTGGAAGTGTTTGGAATACTCTCATGGACAATCTGACG
ACGTTAGCCCTCAGTCAAGTTAACTACAGTCAGCCAACAGCATTATACTCTGTGGGG

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DS 

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CCTCATTTTGATTCATGTCTTAGCCATACAACTTCTCTTTATAAGCGGCAAATTGTCCTT
AAACACTACAAATGCGTATCTCAACCACAAATGCTTGGATAGTCAAGGAAAATACAAGCC
GGGAAGCGATTACCAGGAACTTTTAAAAAAAGTCATAAGAATGTTCTATAAAAACAGTAA
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TGGCGATTCCTATGCCCCCAAATGCCGCGACTGCTTTGCCACCTCCATGGCTGTGCTTCG
TAAGAGATGTCCGTGGTATAGGGGGAGAATAGTATGGTATGACCAATGTCTTCTCTCGTT
TTCGTCCACATATGCTACTGGAAAGATCGATTACGAAAATATCTTTTGTATGTCCAACGC
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GACGACGTTAGCCCTCAGTCAA

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DS 

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G
AAACAAATTGCGAACTGGGTAACCAGGAAAAATATATATTATATATATAAACATCATATA
CCTGTTGAGTCTTACATAAACATCAGTCCCAACTAATCATCTAGAAAAAATCCTCTTTGA
GAAAAATAAATCAGAACAATGTACTCTTCATCATCT*TATCAAAACGCCTCATTTTGATT
CATGTCTTAGCCATACAACTTCTCTTAATAAGCGGCAAATTGTCCTTAAACACTACAAAT
GCGTATCTCAACCACAAATGCTTGGATAGTCAAGGAAAATACAAGCCGGGAAGCGATTAC
CAGGAACTTTTAAAAAAAGTCATAAGAATGTTCTATAAAAACAGTAACGATAAACCAGGT
TTCGCTCTGCTCGGCTCTGATGACTTATCCGCTATCCTTCAGTGCCGTGGCGATTCCTAT
GGCCCCAAATGCCGCGACTGCTTTGCCACCTCCATGGCTGTGCTTCGTAAGAGATGTCCG
TGGTATAAGGGGAGAATAGTATGGTATGACCAATGTCTTCTGTCGTTTTCGTCCACATAT
GCTACTGGAAAGATCGATTACGACAATATCTTTTGTATGTCCAACGCAAAGAAGTTGGGA
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DS 

RD RR1AV08JQ 898 0 0
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GCTTGGATAGTCAAGGAAAATACAAGCCGGGAAGCGATTACCAGGAACTTTTAAAAAAAG
TCATAAGAATGTTCTATAAAAACAGTAACGATAAACCAGGTTTCGCTCTGCTCGGCTCTG
ATGACTTATCCGCTATCCTTCAGTGCCGTGGCGATTCCTATGGCCCCAAATGCCGCGACT
GCTTTGCCACCTCCATGGCTGTGCTTCGTAAGAGATGTCCGTGGTATAAGGGGAGAATAG
TATGGTATGACCAATGTCTTCTGTCGTTTTCGTCCACATATGCTACTGGAAAGATCGATT
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GTGTTTGGAATACTCTCATGGACAATCTGACGACGTTAGCCCTCAGTCAAGTTAACTACA
CTCAGCCAACAGCATTATACTCTGTGGGGGAGACTCGGTTCAAGGGTGATACAATTTATG
GAATGGTGCAGTGTACCAAAGACATATCACCACAAGCTTGTGAAGAGTGTTTGGTTTTCA
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GTACTACTTTTTTAAAGAATGTTTAAAGAATAAAACAAAAGAATAATAATTGGATAAG

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DS 

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GGTATAAGGGGAGAATAGTATGGTATGACCAATGTCTTCTGTCGTTTTCGTCCACATATG
CTACTGGAAAGATCGATTACGACAATATCTTTTGTATGTCCAACGCAAAGAAGTTGGGAG
ATAAACTCGGGTTTGCAAGTGTTTGGAATACTCTCATGGACAATCTGACGACGTTAGCCC
TCAGTCAAGTTAACTACACTCAGCCAACAGCATTATACTCTGTGGGGGAGACTCGGTTCA
AGGGTGATACAATTTATGGAATGGTGCAGTGTACCAAAGACATATCACCACAAGCTTGTG
AAGAGTGTTTGGTTTTCAATAGGTTGCATTTTCAAGATTGCTTGAATGATAAACGAGGAG
CGAGATTTGTGGGTACGAGCTGTACTTTTAGGTTTGAGTTTTATCCTTTTATTAACAAGC
CGGTCGAGTATTTAAAAAGTTAAATAAATAATTAACTTTTCGTTTGTTTTTTTCAATCAA
AAGCTTATGTAACATCAAGTACTACTTTTTTAAAGAATGTTTAAAGAATAAAACAAAAGA
ATAATAATTGGAT

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DS 

RD RR1GQ87JQ 672 0 0
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CCCCAAATGCCGCGACTGCTTTGCCACCTCCATGGCTGTGCTTCGTAAGAGATGTCCGTG
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TAAACTCGGGTTTGGAAGTGTTTGGAATACTCTCATGGACAATCTGACGACGTTAGCCCT
CAGTCAAGTTAACTACAGTCAGCCAACAGCATTATACTCTGTGGGGGAGACTCGGTTCAA
GGGTGATACAATTTATGGAATGGTGCAGTGTACCAAAGACATATCACCACAAGCTTGTGA
AGAGTGTTTGGTTTTCAATAGGTTGCATTTTCAAGATTGCTTGAATGATAAACGAGGAGC
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GGTCGAGTATTTAAAAAGTTAAATAAATAATTAACTTTTTGTTTGTTTTTTTCAATCAAA
AGCTTGTGTAACATCAAGTACTACTTTTTTAAAGAATGTTTAAAGAATAAAACAAAAGAA
TAATAATTGGAT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 8

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GGAACTTGGGTGTGTTTTGAAAACAGTAGTGATAACGGTAGAGTAGAATAAAGCAAGCTC
AGAAACCATGGATCTTGATGTTGTCCTTCTTCACAAGCCC*AGCCTGGACTAGGAACGTG
GAGACGTTCTTCCTCTGGTCTCCTTGAAGCTGAATAACCTGACCCAGTTCGGAGTCTTGA
ACGACAGTTCCGTTGCAACAAAACTCTTTCTTGAGATCCTTAAGAATCTTGGTGTAACTG
TACTCTTTCTTAAGCCCCTGGACGGTTGTCAAGCTTTTCCTACCATTACGCTGCTGCACA
CGAATGTGGACGTACTCCTTTGTTCCCGCACCTGAGTCCTCAGCATCCACATCAGCAAAC
GGGTCGAAGGCAGTTGGGACCTGGGAATCAAGTTCAGACATGAAACTTTGTTGAACTGTT
GGGCAGAAAAAAAGGACAGAGAAGCTGAGACCTGATTCGACGAGTAGGGTTTCGAGGATC
TGATAATCAAGAGAAGAGAGGAAACCCTAAATTTGGATATAAAGTCTGCAACTTCTGATT
CGGTGGCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 
20 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1H028JQ U 67
AF RR1GX08JQ U 19
AF RR1H328JQ U 20
AF RR1H028TF C 24
AF RR1H328TF C 20
AF RR1CI88TF C 1
AF RR1CI88JQ U 4
AF RR1GX08TF C 207
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BS 4 238 RR1CI88JQ
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TGGGCGTACTCCTTTGTTCCCGCACCTGAGTCCTCAGCATCCACATCAGCAAACGGGTCG
AA

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR1GX08JQ 535 0 0
GC
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TTGTCCTTCTTCACAAGCCC*AGCCTGGACTAGGAACGTGGAGACGTTCTCCCTCTGGTC
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QA 3 535 3 535
DS 

RD RR1H328JQ 595 0 0
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QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1H028TF 628 0 0
G
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CCTTCTTCACAAGCCC*AGCCTGGACTAGGAACGTGGAGACGTTCTTCCTCTGGTCTCCT
TGAAGCTGAATAACCTGACCCAGTTCGGAGTCTTGAACGACAGTTCCGTTGCAACAAAAC
TCTTTCTTGAGATCCTTAAGAATCTTGGTGTAACTGTACTCTTTCTTAAGCCCCTGGACG
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CTGAGACCTGATTCGACGAGTAGGGTTTCGAGGATCTGATAATCAAGAGAAGAGAGGAAA
CCTTAAATTTGGATATAAAGTCTGC
CC

QA 2 626 2 626
DS 

RD RR1H328TF 623 0 0
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CTCCTTGAAGCTGAATAACCTGACCCAGTTCGGAGTCTTGAACGACAGTTCCGTTGCAAC
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GGACGGTTGTCAAGCTTTTCCTACCATTACGCTGCTGCACACGAATGTGGACGTACTCCT
TTGTTCCCGCACCTGAGTCCTCAGCATCCACATCAGCAAACGGGTCGAAGGCAGTTGGGA
CCTGGGAATCAAGTTCAGACATGAAACTTTGTTGAACTGTTGGGCAGAAAAAAAGGACAG
AGAAGCTGAGACCTGATTCGACGAGTAGGGTTTCGAGGATCTGATAATCAAGAGAAGAGA
GGAAACCCTAAATTTGGATAT
CC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1CI88TF 668 0 0
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AACAAGATGTTGTAACACAAAGAACATACTATAGTCGTTCGAAATAAACCAGAAACAAGA
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AGAAACCATGGATCTTGATGTTGTCCTTCTTCACAAGCCC*AGCCTGGACTAGGAACGCG
GGGACGTTCTTCCTCTGGTCTCCTTGAAGCTGAATAACCTGACCCAGTTCGGAGTCTTGA
ACGACAGTTCCGTTGCAACAAAAATCTTTCTTGAGATCCTTAAGAATCTTGGTGTAACTG
TACTCTTTCTTAAGCCCCTGGACGGTTGTCAAGCTTTTCCTACCATTACGCTGCTGCACA
CGAATGTGGACGTACTCCTTTGTTCCCGCACCTGAGTCCTCAGCATCCACATCAGCAAAC
GGGTCGAAGGCAGTTGGGACCTGGGAATCAAGTTCAGACATGAAACTTTGTTGAACTGTT
GGGCAGAAAAAAAGGACAGAGAAGCTGAGACCTGATTCGACGAGTAGGGTTTCGAGGATC
TGATAATCAAGAAAAGAGAGGAAACCCTAAATTTGGATATAAAGTCTGCAACTTCTGATT
CGGTGGCC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1CI88JQ 665 0 0
ATAGAACGAGGAGATGAAGTCAACGAAGAGTTCTTAACGATCTCATATCACACAAGTAAC
AAGATGTTGTAACACAAAGAACATACTATAGTCGTTCGAAATAAACCAGAAACAAGAGGA
ACTTGGGTGTGTTTTGAAAACAGTAGTGATAACGGTAGAGTAGAATAAAGCAAGCTCAGA
AACCATGGATCTTGATGTTGTCCTTCTTCACAAGCCC*AGCCTGGACTAGGAACGCGGGG
ACGTTCTTCCTCTGGTCTCCTTGAAGCTGAATAACCTGACCCAGTTCGGAGTCTTGAACG
ACAGTTCCGTTGCAACAAAAATCTTTCTTGAGATCCTTAAGAATCTTGGTGTAACTGTAC
TCTTTCTTAAGCCCCTGGACGGTTGTCAAGCTTTTCCTACCATTACGCTGCTGCACACGA
ATGTGGACGTACTCCTTTGTTCCCGCACCTGAGTCCTCAGCATCCACATCAGCAAACGGG
TCGAAGGCAGTTGGGACCTGGGAATCAAGTTCAGACATGAAACTTTGTTGAACTGTTGGG
CAGAAAAAAAGGACAGAGAAGCTGAGACCTGATTCGACGAGTAGGGTTTCGAGGATCTGA
TAATCAAGAAAAGAGAGGAAACCCTAAATTTGGATATAAAGTCTGCAACTTCTGATTCGG
TGGCC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1GX08TF 462 0 0
TTCTTCACAAGCCCCAGCCTGGACTAGGAACGTGGAGACGTTCTCCCTCTGGTCTCCTTG
AAGCTGAATAACCTGACCCAGTTCGGAGTCTTGAACGACAGTTCCGTTGCAACAAAACTC
TTTCTTGAGATCCTTAAGAATCTTGGTGTAACTGTACTCTTTCTTAAGCCCCTGGACGGT
TGTCAAGCTTTTCCTACCATTACGCTGCTGCACACGAATGTGGACGTACTCCTTTGTTCC
CGCACCTGAGTCCTCAGCATCCACATCAGCAAACGGGTCGAAGGCAGTTGGGACCTGGGA
ATCAAGTTCAGACATGAAACTTTGTTGAACTGTTGGGCAGAAAAAAAGGACAGAGAAGCT
GAGACCTGATTCGACGAGTAGGGTTTCGAGGATCTAATAATCAAGAGAAGAGAGGAAACC
CTAAATTTGGATATAAAGTCTGCAACTTCTGATTCGGTGGCC

QA 1 462 1 462
DS 



AS 1 7

CO CL737Contig1 1133 7 14 U
GGGAATTCCAATCTTCACCAGACCCAACCAACCAACCCAGATCTTGAAGAGCGAGCAAGT
AACAAAAAAAAA******GAAGACTTTTTTTCTGAAGAATGAAAGCAGAGCTAAACTTAC
CAGCAGGATTCCGATTCCACCCAACGGACGAAGAGCTTGTGAAATTCTACCTTTGCCGGA
AATGCGCGTCGGAGCAGATCTCAGCTCCGGTTATCGCCGAAATCGATCTCTACAAGTTCA
ATCCCTGGGAGCTTCCTGAGAAGTCTCTGTACGGAGAGAAAGAGTGGTACTTCTTCTCGC
CCCGAGACAGGAAATACCCAAACGGTTCGCGTCCTAACCGGGCAGCAGGTTCCGGTTATT
GGAAAGCCACCGGAGCTGATAAACCGATCGGTAAACCGAAGACGTTGGGTATAAAGAAAG
CGCTCGTGTTCTACGCTGGGAAAGCTCCCAAAGGGATTAAAACGAATTGGATTATGCACG
AGTATCGTCTCGCTAATGTCGACAGATCGGCTTCTGTTCACAAAAAGAACAACCTACGAC
TTGATGATTGGGTGTTATGTCGAATATACAACAAGAAAGGAACCATGGAGAAATACTACC
CTGCGGATGAGAAACCGAGGGCCATGACCGCTTCATCCCCTTTTGATACGTCGGTCTCGA
GTTACCCGACACTGCAAGAGGATGATTCGAGCAGCTCAGGGGGTCGCGTGGTGTCACCGG
ATGCGCGGGAGGTTCAGAGCGAGCCTAAATGGGGAGAGCTTGAGAATGCGTTTGATACTT
CCATGTTTGGTGGTGGTTCCATGGACTTGCTGCAGAGTGAAGCAGCTTTTGTCCCTCAGT
TCTTGTACCAGCCTTCTACTGATTATTTCAACTCCTGGCAGGACACGCAAGAGCAGAAAC
CGTTCTTAAACTGGAGTTTTGCTCCACAAGGGTGAAAAAGGAAGAGAGTGAAAGTTTTTG
GTCTGTGTGGTGGTGATGTGTTAGAGAGAAGTTCTCAATCATCTTTGTTTCTTAGTAGTG
AGAAAAAAGATTGTAGAGTGTTAATAGTTTCTTAGCATCATCAATGTTTCCCTGGTAGGC
AAATTCTTGTTATTTCATCAGAAATTTATATGAAAGATTATACACATTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 40 40 40 40 25 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1ED35TF U 1
AF RR1FO68TF U 8
AF RR1CH50TF U 1
AF RR1BS54TF U 145
AF RR1ED35JQ C 275
AF RR1CH50JQ C 381
AF RR1BS54JQ C 497
BS 1 71 RR1ED35TF
BS 72 72 RR1FO68TF
BS 73 134 RR1ED35TF
BS 135 135 RR1FO68TF
BS 136 731 RR1ED35TF
BS 732 732 RR1FO68TF
BS 733 733 RR1ED35TF
BS 734 734 RR1BS54TF
BS 735 770 RR1ED35TF
BS 771 881 RR1BS54TF
BS 882 882 RR1ED35JQ
BS 883 891 RR1BS54TF
BS 892 1129 RR1ED35JQ
BS 1130 1133 RR1BS54JQ

RD RR1ED35TF 770 0 0
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AACAAAAAAAA*******GAAGACTTTTTTTCTGAAGAATGAAAGCAGAGCTAAACTTAC
CAGCAGGATTCCGACTCCACCCAACGGACGAAGAGCTTGTGAAATTCTACCTTTGCCGGA
AATGCGCGTCGGAGCAGATCTCAGCTCCGGTTATCGCCGAAATCGATCTCTACAAGTTCA
ATCCCTGGGAGCTTCCTGAGAAGTCTCTGTACGGAGAGAAAGAGTGGTACTTCTTCTCGC
CCCGAGACAGGAAATACCCAAACGGTTCGCGTCCTAACCGGGCAGCAGGTTCCGGTTATT
GGAAAGCCACCGGAGCTGATAAACCGATCGGTAAACCGAAGACGTTGGGTATAAAGAAAG
CGCTCGTGTTCTACGCTGGGAAAGCTCCCAAAGGGATTAAAACGAATTGGATTATGCACG
AGTATCGTCTCGCTAATGTCGACAGATCGGCTTCTGTTCACAAAAAGAACAACCTACGAC
TTGATGATTGGGTGTTATGTCGAATATACAACAAGAAAGGAACCATGGAGAAATACTACC
CTGCGGATGAGAAACCGAGGGCCATGACCGCTTCATCCCCTTTTGATACGTCGGTCTCGA
GTTACCCGACACTGCAAGAGGATGATTCGAGCAGCTCAGGGGGTCGCGTGGTGTCACCGG
ATGCGCGGGAGTT*CAGAGCGAGCCTAAATGGGGAGAGCTTGAGAATGCG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1FO68TF 745 0 0
GG
AATCTTCAACAGACCCAACCAACCA***CAGATCTTGAAGAGCGAGCAAGTAACATAAAA
AAAAAAAGAGAAGACTTTTTTTCTGAAGAATGAAAGCAGAGCTAAACTTACCAGCAGGAT
TCCGATTCCATCCAACGGACGAAGAGCTTGTGAAATTCTACCTTTGCCGGAAATGCGCGT
CGGAGCAGATCTCAGCTCCGGTTATCGCCGAGATCGATCTCTACAAGTTTAATCCTTGGG
AGCTTCCAGAGAAGTCTCTGTACGGAGAGAAAGAGTGGTACTTCTTCTCGCCCCGAGACA
GGAAATACCCAAACGGTTCGCGTCCTAACCGGGCAGCAGGTTCCGGTTATTGGAAAGCCA
CCGGAGCTGATAAACCGATCGGTAAACCGAAGACGTTGGGTATAAAGAAAGCACTCGTCT
TCTACGCTGGGAAAGCTCCGAAAGGGGTTAAAACGAATTGGATTATGCACGAGTATCGTC
TCGCTAATGTCGACAGATCGGCTTCTGTTCACAAAAAGAACAACCTACGACTTGATGATT
GGGTGTTATGTCGAATATACAACAAGAAAGGAACCATGGAGAAATACTACCCTACGGATG
AGAAACCGAGGGCCATGACCGCTTCATCCCCTTTTGATACGTCGGTCTCGAGTTACCCGA
CACTGCAAGAGGATGATTCGAGCAGCTCAGGGGGTCGCGCGGTGTCACCGGATGCGCGGG
AGGT*CAGAGCGAGCCTAAATGG

QA 3 745 3 745
DS 

RD RR1CH50TF 727 0 0
GGGAATTCC
AATCTTCACCAGACCCAACCAACCAACCCAGATCTTGAAGAGCGAGCAAGTAACAAAAAA
AAA******GAAGACTTTTTTTCTGAAGAATGAAAGCAGAGCTAAACTTACCAGCAGGAT
TCCGATTCCACCCAACGGACGAAGAGCTTGTGAAATTCTACCTTTGCCGGAAATGCGCGT
CGGAGCAGATCTCAGCTCCGGTTATCGCCGAAATCGATCTCTACAAGTTCAATCCCTGGG
AGCTTCCTGAGAAGTCTCTGTACGGAGAGAAAGAGTGGTACTTCTTCTCGCCCCGAGACA
GGAAATACCCAAACGGTTCGCGTCCTAACCGGGCAGCAGGTTCCGGTTATTGGAAAGCCA
CCGGAGCTGATAAACCGATCGGTAAACCGAAGACGTTGGGTATAAAGAAAGCGCTCGTGT
TCTACGCTGGGAAAGCTCCCAAAGGGATTAAAACGAATTGGATTATGCACGAGTATCGTC
TCGCTAATGTCGACAGATCGGCTTCTGTTCACAAAAAGAACAACCTACGACTTGATGATT
GGGTGTTATGTCGAATATACAACAAGAAAGGAACCATGGAGAAATACTACCCTGCGGATG
AGAAACCGAGGGCCATGACCGCTTCATCCCCTTTTGATACGTCGGTCTCGAGTTACCCGA
CACTGCAAGAG*ATGATTCGAGCAGCTCAGGGG*TCGCGTG*TGTCACCGGATGCGCG

QA 10 727 10 727
DS 

RD RR1BS54TF 747 0 0
G
GGACGAAGAGCTTGTGAAATTCTACCTTTGCCGGAAATGCGCGTCGGAGCAGATCTCAGC
TCCGGTTATCGCCGAAATCGATCTCTACAAGTTCAATCCCTGGGAGCTTCCTGAGAAGTC
TCTGTACGGAGAGAAAGAGTGGTACTTCTTCTCGCCCCGGGACAGGAAATACCCAAACGG
TTCGCGTCCTAACCGGGCAGCAGGTTCCGGTTATTGGAAAGCCACCGGAGCTGATAAACC
GATCGGTAAACCGAAGACGTTGGGTATAAAGAAAGCGCTCGTGTTCTACGCTGGGAAAGC
TCCCAAAGGGATTAAAACGAATTGGATTATGCACGAGTATCGTCTCGCTAATGTCGACAG
ATCGGCTTCTGTTCACAAAAAGAACAACCTACGACTTGATGATTGGGTGTTATGTCGAAT
ATACAACAAGAAAGGAACCATGGAGAAATACTACCCTGCGGATGAGAAACCGAGGGCCAT
GACCGCTTCATCCCCTTTTGATACGTCGGTCTCGAGTTACCCT*CACTGCAAGAGGATGA
TTCGAGCAGCTCAGGGGGTCGCGTGGTGTCACTGGATGCGCGGGAGGTTCAGAGCGAGCC
TAAATGGGGAGAGCTTGAGAATGCGTTTGATACTTCCATGTTTGGTGGTGGTTCCATGGA
CTTGCTGCAGAGTGAAGCAGCTTTTGTCCCTCAGTTCTTGTACCAGCCTTCTACTGATTA
TTTCAACTCCTGGCAG*ACACGCAAG

QA 2 747 2 747
DS 

RD RR1ED35JQ 859 0 0
AGAGAAAGAGTG*TACTTCTTCTCGCCCCGAGACAGGAAATACCCAAACGGTTCGCGTCC
TAACCGGGCAGCAGGTTCCGGTTATTGGAAAGCCACGGGAGCTGATAAACCGATCGGTAA
ACCGAAGACGTTGGGTATAAAGAAAGCGCTCGTGTTCTACGCTGGGAAAGCTCCCAAAGG
GATTAAAACGAATTGGATTATGCACGAGTATCGTCTCGCTAATGTCGACAGATCGGCTTC
TGTTCACAAAAAGAACAACCTACGACTTGATGATTGGGTGTTATGTCGAATATACAACAA
GAAAGGAACCATGGAGAAATACTACCCTGCGGATGAGAAACCGAGGGCCATGACCGCTTC
ATCCCCTTTTGATACGTCGGTCTCGAGTTACCCGACACTGCAAGAGGATGATTCGAGCAG
CTCAGGGGGTCGCGTGGTGTCACCGGATGCGCGGGAGGTTCAGAGCGAGCCTAAATGGGG
AGAGCTTGAGAATGCGTTTGATACTTCCATGTTTGGTGGTGGTTCCATGGACTTGCTGCA
GAGTGAAGCAGCTTTTGTCCCTCAGTTCTTGTACCAGCCTTCTACTGATTATTTCAACTC
CTGGCAGGACACGCAAGAGCAGAAACCGTTCTTAAACTGGAGTTTTGCTCCACAAGGGTG
AAAAAGGAAGAGAGTGAAAGTTTTTGGTCTGTGTGGTGGTGATGTGTTAGAGAGAAGTTC
TCAATCATCTTTGTTTCTTAGTAGTGAGAAAAAAGATTGTAGAGTGTTAATAGTTTCTTA
GCATCATCAATGTTTCCCTGGTAGGCAAATTCTTGTTATTTCATCAGAAATTTATATGAA
AGATTATACACATTC
TTCC

QA 1 855 1 855
DS 

RD RR1CH50JQ 749 0 0
AAACCGATCGGTAAAC*GAAGACGTTGGGTATAAAGAAAGCGCTCGTGTTCTACGCTGGG
AAAGCTCCCAAAGGGATTAAAACGAATTGGATTATGCACGAGTATCGTCTCGCTAATGTC
GACAGATCGGCTTCTGTTCACAAAAAGAACAACCTACGACTTGATGATTGGGTGTTATGT
CGAATATACAACAAGAAAGGAACCATGGAGAAATACTACCCTGCGGATGAGAAACCGAGG
GCCATGACCGCTTCATCCCCTTTTGATACGTCGGTCTCGAGTTACCCGACACTGCAAGAG
GATGATTCGAGCAGCTCAGGGGGTCGCGTGGTGTCACCGGATGCGCGGGAGGTTCAGAGC
GAGCCTAAATGGGGAGAGCTTGAGAATGCGTTTGATACTTCCATGTTTGGTGGT***TCC
ATGGACTTGCTGCAGAGTGAAGCAGCTTTTGTCCCTCAGTTCTTGTACCAGCCTTCTACT
GATTATTTCAACTCCTGGCAGGACACGCAAGAGCAGAAACCGTTCTTAAACTGGAGTTTT
GCTCCACAAGGGTGAAAAAGGAAGAGAGTGAAAGTTTTTGGTCTGTGTGGTGGTGATGTG
TTAGAGAGAAGTTCTCAATCATCTTTGTTTCTTAGTAGTGAGAAAAAAGATTGTAGAGTG
TTAATAGTTTCTTAGCATCATCAATGTTTCCCTGGTAGGCAAATTCTTGTTATTTCATCA
GAAATTTATATGAAAGATTATACACATTC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1BS54JQ 637 0 0
TGTCGACAGATCGGCTTCTGTTCACAAAAAGAACAACCTACGACTTGATGATTGGGTGTT
ATGTCGAATATACAACAAGAAAGGAACCATGGAGAAATACTACCCTGCGGATGAGAAACC
GAGGGCCATGACCGCTTCATCCCCTTTTGATACGTCGGTCTCGAGTTACCCT*CACTGCA
AGAGGATGATTCGAGCAGCTCAGGGGGTCGCGTGGTGTCACTGGATGCGCGGGAGGTTCA
GAGCGAGCCTAAATGGGGAGAGCTTGAGAATGCGTTTGATACTTCCATGTTTGGTGGTGG
TTCCATGGACTTGCTGCAGAGTGAAGCAGCTTTTGTCCCTCAGTTCTTGTACCAGCCTTT
TACTGATTATTTCAACTCCTGGCAGGACACGCAAGAGCAGAAACCGTTCTTAAACTGGAG
TTTTGCTCCACAAGGGTGAAAAAGGAAGAGAGTGAAAGTTTTTGGTCTGTGTGGTGGTGA
TGTGTTAGAGAGAAGTTCTCAATCATCTTTGTTTCTTAGTAGTGAGAAAAAAGATTGTAG
AGTGTTAATAGTTTCTTAGCATCATCAATGTTTCCCTGGTAGGCAAATTCTTGTTATTTC
ATCAGAAATTTATATGAAAGATTATACACATTCTTCC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 7

CO CL738Contig1 805 7 6 U
GGACTCCTCTCCTACAAAACCTAAACATTTTCTTTTCTCAAAGCAAGCAAAAAAGTCATG
GCAGAAGCGTCTACTTTGGTGGGGAAGCTTGAGACAGATGTGGAGATCAAAGCTTCTGCT
GGAAAGTTCCATCACATGTTCGCAGGAAGACCACACCATGTGTCAAAAGCAACTCCAGGG
AACATTCAGAATTGTGAGCTACATGAAGGCGACTGGGGCAAAGTCGGTTCAGTTGTCATC
TGGAAATACGTTCATGATGGAGAGGCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGGTCGAGGCGGTGGAG
CCAGAGAAGAACCTGATCACGTTCAGGGTTATAGAAGGAGATCTGTTGAAAGAGTACAAA
AGCTTTGTGATCACCATCCAGGTGACCCCTAAGCATGGAGGGCCCGGTAGTGTTGTGCAT
TGGCACCTTGAGTACGAAAAAATTAGCGATGAGGTTTCTCACCCTGAAACTCTCCTCCAG
TTCTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGATCGATGAACATCTCTTGAACGAAGAATAAAGGACC
ACTCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGTGTGGCCTCTTTCAGTATCTGATGAAAC
CAAAATATATAATGTGCTGGTGTCCTAGTTTGGGTAAGAGATATATGTTGGCGTGTGTCA
CGCGTGTATGCATAATACTATTATGGTCGAGATATGTTTAAAGTTCTTAATTTGAATCGG
TGTGTAATAGGAGTCAAGCTACAAGGCTACTTGAAGTTTATTTACAAAAAAAGTTTTATG
CTAGCATATATCTACGTCGGCTAAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 5 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FH72JQ C 332
AF RR1FH72TF U 332
AF RR1D447TF U 1
AF RR1B477TF U 1
AF RR1D447JQ C 239
AF RR1FI18JQ C 560
AF RR1FI18TF U 560
BS 1 567 RR1B477TF
BS 568 569 RR1D447TF
BS 570 669 RR1B477TF
BS 670 670 RR1FI18TF
BS 671 705 RR1B477TF
BS 706 805 RR1FI18TF

RD RR1FH72JQ 304 0 0
G
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GCATGGAGGGCCCGGTAGTGTTGTGCATTGGCACCTTGAGTACGAAAAAATTAGCGATGA
GGTTTCTCACCCTGAAACTCTCCTCCAGTTCTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGATCGATGA
ACATCTCTTGAACGAAGAATAAAGGACCACTCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT**CAG
TGTGGCCTCTTTCAGTATCTGATGAAACCAAAATATATAATGTGCTGGTGTCCTAGTTTG
GGT

QA 2 304 2 304
DS 

RD RR1FH72TF 304 0 0
G
AGAAGGAGATCTGTTGAAAGAGTACAAAAGCTTTGTGATCACCATCCAGGTGACCCCTAA
GCATGGAGGGCCCGGTAGTGTTGTGCATTGGCACCTTGAGTACGAAAAAATTAGCGATGA
GGTTTCTCACCCTGAAACTCTCCTCCAGTTCTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGATCGATGA
ACATCTCTTGAACGAAGAATAAAGGACCACTCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT**CAG
TGTGGCCTCTTTCAGTATCTGATGAAACCAAAATATATAATGTGCTGGTGTCCTAGTTTG
GGT

QA 2 304 2 304
DS 

RD RR1D447TF 634 0 0
GGACTCCTCTCCTACAAAACCTAAACGTTTTCTTTTCTCAAAGCAAGCAAAAAAGTCATG
GCAGAAGCGTCTACTTTGGTGGGGAAGCTTGAGACAGATGTGGAGATCAAAGCTTCTGCT
GGAAAGTTCCATCACATGTTCGCAGGAAGACCACACCATGTGTCAAAAGCAACTCCAGGG
AACATTCAGAATTGTGAGCTACATGAAGGCGACTGGGGCAAAGTCGGTTCAGTTGTCATC
TGGAAATACGTTCATGATGGAGAGGCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGGTCGAGGCGGTGGAG
CCAGAGAAGAACCTGATCACGTTCAGGGTTATAGAAGGAGATCTGTTGAAAGAGTACAAA
AGCTTTGTGATCACCATCCAGGTGACCCCTAAGCATGGAGGGCCCGGTAGTGTTGTGCAT
TGGCACCTTGAGTACGAAAAAATTAGCGATGAGGTTTCTCACCCTGAAACTCTCCTCCAG
TTCTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGATCGATGAACATCTCTTGAACGAAGAATAAAGGACC
ACTCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGTGTGGCCTCTTTCAGTATCTGATGAAAC
CAAAATATATAATGTGCTGGTGTCCTAGTTTGGG

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1B477TF 706 0 0
GGACTCCTCTCCTACAAAACCTAAACATTTTCTTTTCTCAAAGCAAGCAAAAAAGTCATG
GCAGAAGCGTCTACTTTGGTGGGGAAGCTTGAGACAGATGTGGAGATCAAAGCTTCTGCT
GGAAAGTTCCATCACATGTTCGCAGGAAGACCACACCATGTGTCAAAAGCAACTCCAGGG
AACATTCAGAATTGTGAGCTACATGAAGGCGACTGGGGCAAAGTCGGTTCAGTTGTCATC
TGGAAATACGTTCATGATGGAGAGGCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGGTCGAGGCGGTGGAG
CCAGAGAAGAACCTGATCACGTTCAGGGTTATAGAAGGAGATCTGTTGAAAGAGTACAAA
AGCTTTGTGATCACCATCCAGGTGACCCCTAAGCATGGAGGGCCCGGTAGTGTTGTGCAT
TGGCACCTTGAGTACGAAAAAATTAGCGATGAGGTTTCTCACCCTGAAACTCTCCTCCAG
TTCTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGATCGATGAACATCTCTTGAACGAAGAATAAAGGACC
ACTCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT**CAGTGTGGCCTCTTTCAGTATCTGATGAAAC
CAAAATATATAATGTGCTGGTGTCCTAGTTTGGGTAAGAGATATATGTTGGCGTGTGTCA
CGCGTGTAT*CATAATACTATTATGGTCGAGATATGTTTAAAGTT
C

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1D447JQ 470 0 0
TCTGGAAATACGTTCATGATGGAGAGGCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGGTCGAGGCGGTGG
AGCCAGAGAAGAACCTGATCACGTTCAGGGTTATAGAAGGAGATCTGTTGAAAGAGTACA
AAAGCTTTGTGATCACCATCCAGGTGACCCCTAAGCATGGAGGGCCCGGTAGTGTTGTGC
ATTGGCACCTTGAGTACGAAAAAATTAGCGATGAGGTTTCTCACCCTGAAACTTTCCTCC
AGTTTTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGATCGATGAACATTTCTTGAACGAAGAATAAAGGA
CCACTCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGTGTGGCCTCTTTCAGTATTTGATGAA
ACCAAAATATATAATGTGCTGGTGTCCTAGTTTGGGTAAGAGATATATGTTGGCGTGTGT
CACGCGTGTATGCATAATACTATTATGGTCGAGATATGTTTAAAGTT
TTT

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR1FI18JQ 246 0 0
GTGTGTGTGTCAGTGTGGCCTCTTTCAGTATCTGATGAAACCAAAATATATAATGTGCTG
GTGTCCTAGTTTGGGTAAGAGATATATGTTGGCGTGTTTCACGCGTGTATGCATAGTACT
ATTATGGTCGAGATATGTTTAAAGTTTTTAATTTGAATCGGTGTGTAATAGGAGTCAAGC
TACAAGGCTACTTGAAGTTTATTTACAAAAAAAGTTTTATGCTAGCATATATTTACGTCG
GCTAAT

QA 1 246 1 246
DS 

RD RR1FI18TF 246 0 0
GTGTGTGTGTCAGTGTGGCCTCTTTCAGTATCTGATGAAACCAAAATATATAATGTGCTG
GTGTCCTAGTTTGGGTAAGAGATATATGTTGGCGTGTTTCACGCGTGTATGCATAGTACT
ATTATGGTCGAGATATGTTTAAAGTTCTTAATTTGAATCGGTGTGTAATAGGAGTCAAGC
TACAAGGCTACTTGAAGTTTATTTACAAAAAAAGTTTTATGCTAGCATATATCTACGTCG
GCTAAT

QA 1 246 1 246
DS 



AS 1 7

CO CL739Contig1 695 7 5 U
GGGTCGTTATTGGCTGTGGCAGCCACACCCACCTTATCCGCAATCTCCTCTTTCTCTAAA
ATAAAGCTAAACCTTCTTTTTGCTTCTCGGATCTCGACTCCATCCACTTCTGTTGCATCC
TTCAACCTCACTCATAGCAAAAAAGGAAATGGCTACAGCAGCGGCACCGGCGGTGGTTGC
ATGGACAAGAGCGGGAGTCGCGTTCAAATCCGGACAGGCACAGAGGAAAACGGAGATGAA
AGTTTCTTACGTAAGAGGACTAAATTCTTACGGTGGTCTCAAGGCACAGAACAACAAGGT
TGTCTCCATGGGGTTACCGCTCTGCACCGAACAGTGCTTTGCTAATGTCGTGATGTCTCT
CAAAGGGCGAACAAGTGGTGGTGGAGGAGCCTTAACCTCAACTTGTAACGCAGTCGGGGA
GATTTTCAAGATTGCAGCAATCATGAACGCTCTTACTCTTGTCGGCGTTGCGGTTGGATT
CGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTTGAGGAAGCTGAGTAAATAGATTGAACAATCCT
TTTTCTTATATTATTACTATATATTTGTTATTGTTGTTGTCAAGCTTCTGGATGCATATG
TGACATTTGTTTATGAAGCTCTTTTGTTCTTACTGATCAAACGGTACCTTTTTTTGTTTG
CATTGTCAAACAAATGCAAAATCTGCTTTTAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F786TF U 1
AF RR1A887TF U 89
AF RR1E378TF U 248
AF RR1DA31JQ C 89
AF RR1DA31TF U 89
AF RR1H596TF U 89
AF RR1H596JQ C 327
BS 1 88 RR1F786TF
BS 89 90 RR1A887TF
BS 91 629 RR1F786TF
BS 630 632 RR1A887TF
BS 633 695 RR1H596TF

RD RR1F786TF 629 0 0
GGGTCGTTATTGGCTGTGGCAGCCACACCCACCTTATCCGCAATCTCCTCTTTCTCTAAA
ATAAAGCTAAACCTTCTTTTTGCTTCTCTCATCTCGACTCCATCCACTTCTGTTGCATCC
TTCAACCTCACTCATAGCAAAAAAGGAAATGGCTACAGCAGCGGCACCGGCGGTGGTTGC
ATGGACAAGAGCGGGAGTCGCGTTCAAATCCGGACAGGCACAGAGGAAAACGGAGATGAA
AGTTTCTTACGTAAGAGGACTAAATTCTTACGGTGGTCTCAAGGCACAGAACAACAAGGT
TGTCTCCATGGGGTTACCGCTCTGCACCGAACAGTGCTTTGCTAATGTCGTGATGTCTCT
CAAAGGGCGAACAAGTGGTGGTGGAGGAGCCTTAACCTCAACTTGTAACGCAGTCGGGGA
GATTTTCAAGATTGCAGCAATCATGAACGCTCTTACTCTTGTCGGCGTTGCGGTTGGATT
CGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTTGAGGAAGCTGAGTAAATAGATTGAACAATCCT
TTTTCTTATATTATTACTATATATTTGTTATTGTTGTTGTCAAGCTTCTGGATGCATATG
TGACATTTGTTTATGAAGCTCTTTTGTTC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1A887TF 547 0 0
GGATCTCGACTCCATCCACTTCTGTTGCATCCTTCAACCTCACTCATAGCAAAAAAGGAA
ATGGCTACAGCAGCGGCACCGGCGGTGGTTGCATGGACAAGAGCGGGAGTCGCGTTCAAA
TCCGGACAGGCACAGAGGAAAACGGAGATGAAAGTTTCTTACGTAAGAGGACTAAATTCT
TACGGTGGTCTCAAGGCACAGAACAACAAGGTTGTCTCCATGGGGTTACCGCTCTGCACC
GAACAGTGCTTTGCTAATGTCGTGATGTCTCTCAAAGGGCGAACAAGTGGTGGTGGAGGA
GCCTTAACCTCAACTTGTAACGCAGTCGGGGAGATTTTCAAGATTGCAGCAATCATGAAC
GCTCTTACTCTTGTCGGCGTTGCGGTTGGATTCGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTT
GAGGAAGCCGAGTAAATAGATTGAACAATCCTTTTTCTTATATTATTACTATATATTTGT
TATTGTTGTTGTCAAGCTTCTGGATGCATATGTGACATTTGTTTATGAAGCTCTTTTGTT
CTTA
CTG

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1E378TF 384 0 0
G
ACGTAAGAGGACTAAATTCTTACGGTGGTCTCAAGGCACAGAACAACAAGGTTGTCTCCA
TGGGGTTACCGCTCTGCACCGAACAGTGCTTTGCTAATGTCGTGATGTCTCTCAAAGGGC
GAACAAGTGGTGGTGGAGGAGCCTTAACCTCAACTTGTAACGCAGTCGGGGAGATTTTCA
AGATTGCAGCAATCATGAACGCTCTTACTCTTGTCGGCGTTGCGGTTGGATTCGTTCTCC
TCCGAATCGAAGCTTCTGTTGAGGAAGCTGAGTAAATAGATTGAACAATCCTTTTTCTTA
TATTATTACTATATATTTGTTATTGTTGTTGTCAAGCTTCTGGATGCATATGTGACATTT
GTTTATGAAGCTCTTTTGTTCTT

QA 2 384 2 384
DS 

RD RR1DA31JQ 550 0 0
GGATCTCGACTCCATCCACTTCTGTTGCATCCTTCAACCTCACTTATAGCAAAAAAGGAA
ATGGCTACAGCAGCGGCACCGGCGGTGGTTGCATGGACAAGAGCGGGAGTCGCGTTCAAA
TCCGGACAGGCACAGAGGAAAACGGAGATGAAAGTTTCTTACGTAAGAGGACTAAATTCT
TACGGTGGTCTCAGGGCACAGAACAACAAGGTTGTCTCCATGGGGTTACCGCTCTGCACC
GAACAGTGCTTTGCTAATGTCGTGATGTCTCTCAAAGGGCGAACAAGTGGTGGTGGAGGA
GCCTTAACCTCAACTTGTAACGCAGTCGGGGAGATTTTCAAGATTGCAGCAACCATGAAC
GCTCTTACTCTTGTCGGCGTTGCGGTTGGATTCGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTT
GAGGAAGCTGAGTAAATAGATTGAACAATCCTTTTTCTTATATTATTACTATATATTTGT
TATTGTTGTTGTCAAGCTTCTGGATGCATATGTGACATTTGTTTATGAAGCTCTTTTGTT
CTTA
TTGACC

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1DA31TF 550 0 0
GGATCTCGACTCCATCCACTTCTGTTGCATCCTTCAACCTCACTTATAGCAAAAAAGGAA
ATGGCTACAGCAGCGGCACCGGCGGTGGTTGCATGGACAAGAGCGGGAGTCGCGTTCAAA
TCCGGACAGGCACAGAGGAAAACGGAGATGAAAGTTTCTTACGTAAGAGGACTAAATTCT
TACGGTGGTCTCAGGGCACAGAACAACAAGGTTGTCTCCATGGGGTTACCGCTCTGCACC
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GCCTTAACCTCAACTTGTAACGCAGTCGGGGAGATTTTCAAGATTGCAGCAACCATGAAC
GCTCTTACTCTTGTCGGCGTTGCGGTTGGATTCGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTT
GAGGAAGCTGAGTAAATAGATTGAACAATCCTTTTTCTTATATTATTACTATATATTTGT
TATTGTTGTTGTCAAGCTTCTGGATGCATATGTGACATTTGTTTATGAAGCTCTTTTGTT
CTTA
TTGACC

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DS 

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TCCGGACAGGCACAGAGGAAAACGGAGATGAAAGTTTCTTACGTAAGAGGACTAAATTCT
TACGGTGGTCTCAAGGCACAGAACAACAAGGTTGTCTCCATGGGGTTACCGCTCTGCACC
GAACAGTGCTTTGCTAATGTCGTGATGTCTCTCAAAGGGCGAACAAGTGGTGGTGGAGGA
GCCTTAACCTCAACTTGTAACGCAGTCGGGGGGATTTTCAAGATTGCAGCAATCATGAAC
GCTCTTACTCTTGTCGGCGTTGCGGTTGGATTCGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTT
GAGGAAGCTGAGTAAATAGATTGAACAATCCTTTTTCTTATATTATTACTATATATTTGC
TATTGTTGTTGTCAAGCTTCTGGATGCATATGTGACATTTGTTTATGAAGCTCTTTTGTT
CTTACTGATCAAACGGTACCTTTTTTTGTTTGCATTGTCAAACAAATGCAAAATCTGCTT
TTAGAGC

QA 1 607 1 607
DS 

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ACGCTCTTACTCTTGTCGGCGTTGCGGTTGGATTCGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTG
TTGAGGAAGCTGAGTAAATAGATTGAACAATCCTTTTTCTTATATTATTACTATATATTT
GCTATTGTTGTTGTCAAGCTTCTGGATGCATATGTGACATTTGTTTATGAAGCTCTTTTG
TTCTTACTGATCAAACGGTACCTTTTTTTGTTTGCATTGTCAAACAAATGCAAAATCTGC
TTTTAGAGC

QA 1 369 1 369
DS 



AS 1 8

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CTTCACTCGGTGATTCCACCACCGCCTCCATCGTGCTGCCTGCCGATGAGGGAGATCGTC
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TCACTATGCAAATCCAGTCCCGCGGGTGGTACTACTACGCCTTCGACGTCTCCGGCAACT
CCAAAAACTCCTCCGGTGTCTTCCACTGGAAGCGGTTCCACCGGAGCTTCATCAGCTTCG
TCAACATCCACACCAACAAGCTTTGCTCCGGCCATCAACTTTGCTGGACTAAGCTTCGCA
TCGACTATTGTGGCATTGGCAACAACTTTTTTCTGATCGACTACTATATATAAATATTAT
TACATAACGTCTTTATTCATTATTAGATAGGTTTAATTTGTTTGAAATTATGTTTGGTAA
CTTAATATTCATATGTAATGAAAAAATTCTAATAATATTAATGACTTCCAACAGCCAAA


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BS24TF U 1
AF RR1C878TF U 1
AF RR1EQ90TF U 1
AF RR1BN22TF U 8
AF RR1D327JQ C 1
AF RR1D327TF U 1
AF RR1BN22JQ C 8
AF RR1EQ90JQ C 79
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BS 643 685 RR1C878TF
BS 686 687 RR1EQ90TF
BS 688 693 RR1BN22TF
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RD RR1BS24TF 642 0 0
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TCGACTATTGTGGCATTGGCAACAACTTTTTTCTGATCGACT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1C878TF 685 0 0
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GGAGGAGGAGATGCTCAAGCAATGCCGTGTATACAGAAACTTATGCCATGTCAGCCGTTT
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GCCAATGACGCGACGTGTCTTTGCTCCGTCTTTAACAATGTAGATATGCTCAAATCGCTT
AACCTCACTAAAGACAACGCTCTTGATCTCCCTAAAGCCTGTGGCGCTAACCCTGACATC
TCACTATGCAAATCCAGTCCCGCGGGTGGTACTACTACGCCTTCGACGTCTCCGGCAACT
CCAAAAACTCCTCCGGTGTCTTCCACTGGAAGCGGTTCCACCGGAGCTTCATCAGCTTCG
TCAACATCCACACCAACAAGCTTTGCTCCGGCCATCAGCTTTGCTGGACTAAGCTTCGCA
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TACATAACGTCTTTATTCATTATTA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1EQ90TF 687 0 0
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CTTCACTCGGTGATTCCACCACCGCCTCCATCGTGCTGCCTGCCGATGAGGGAGATCGTC
GCCAATGACGCGACGTGTCTTTGCTCCGTCTTTAACAATGTAGATATGCTCAAATCGCTT
AACCTCACTAAAGACAACGCTCTTGATCTCCCTAAAGCCTGTGGCGCTAACCCTGACATC
TCACTATGCAAATCCAGTCCCGCGGGTGGTACTACTACGCCTTCGACGTCTCCGGCAACT
CCAAAAACTCCTCCGGTGTCTTCCACTGGAAGCGGTTCCACCGGAGCTTCATCAGCTTCG
TCAACATCCACACCAACAAGCTTTGCTCCGGCCATCAACTTTGCTGGACTAAGCTTCGCA
TCGACTATTGTGGCATTGGCAACAACTTTTT*CTGATCGACTACTATATATAAATATTAT
TACATAACGTCTTTATTCATTATTAGA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1BN22TF 686 0 0
GG
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TCTGTATCATCATCTCACGCCGCAACTACGTCACCGAGCGGTGGAGGCAGCGGAGGAGGA
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TCTTTATTCATTATTAGATAGGTT

QA 3 686 3 686
DS 

RD RR1D327JQ 746 0 0
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GTACTTTACTCTGTATCATCATCTCACGCCGCAACTACGTCACCGAGCGGTGGAGGCAGC
GGAGGAGGAGATGCTCAAGCAATGCCGTGTATACAGAAACTTATGCCATGTCAGCCGTTT
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GCCAATGACGCGACGTGTCTTTGCTCCGTCTTTAACAATGTAGATATGCTCAAATCGCTT
AACCTCACTAAAGACAACGCTCTTGATCTCCCTAAAGCCTGTGGCGCTAACCCTGACATC
TCACTATGCAAATCCAGTCCCGCGGGTGGTACTACTACGCCTTCGACGTCTCCGGCAACT
CCAAAAACTCCTCCGGTGTCTTCCACTGGAAGCGGTTCCACCGGAGCTTCATCAGCTTCG
TCAACATCCACACCAACAAGCTTTGCTCCGGCCATCAACTTTGCTGGACTAAGCTTCGCA
TCGACTATTGTGGCATTGGCAACAACTTTTTTCTGATCGACTACTATATATAAATATTAT
TACATAACGTCTTTATTCATTATTAGATAGGTTTAATTTGTTTGAAATTATGTTTGGTAA
CTTAATATTCATATGTAATGAAAAA
A

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1D327TF 769 0 0
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GTACTTTACTCTGTATCATCATCTCACGCCGCAACTACGTCACCGAGCGGTGGAGGCAGC
GGAGGAGGAGATGCTCAAGCAATGCCGTGTATACAGAAACTTATGCCATGTCAGCCGTTT
CTTCACTCGGTGATTCCACCACCTCCTCCATCGTGCTGCCTGCCGATGAGGGAGATCGTC
GCCAATGACGCGACGTGTCTTTGCTCCGTCTTTAACAATGTAGATATGCTCAAATCGCTT
AACCTCACTAAAGACAACGCTCTTGATCTCCCTAAAGCCTGTGGCGCTAACCCTGACATC
TCACTATGCAAATCCAGTCCCGCGGGTGGTACTACTACGCCTTCGACGTCTCCGGCAACT
CCAAAAACTCCTCCGGTGTCTTCCACTGGAAGCGGTTCCACCGGAGCTTCATCAGCTTCG
TCAACATCCACACCAACAAGCTTTGCTCCGGCCATCAACTTTGCTGGACTAAGCTTCGCA
TCGACTATTGTGGCATTGGCAACAACTTTTTTCTGATCGACTACTATATATAAATATTAT
TACATAACGTCTTTATTCATTATTAGATAG*TTTAATTTGTTTGAAATTATGTTTGGTAA
CTTAATATTCATATGTAATGAAAAA*TTCTAATAATATTAATGACTTCC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1BN22JQ 772 0 0
GG
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TTGTTTTTCAAAATGGAGAATATTGTTAGATTCGCGGTCACCATCATTTTTGTACTTTAC
TCTGTATCATCATCTCACGCCGCAACTACGTCACCGAGCGGTGGAGGCAGCGGAGGAGGA
GATGCTCAAGCAATGCCGTGTATACAGAAACTTATGCCATGTCAGCCGTTTCTTCACTCG
GTGATTCCACCCCCGCCTCCATCGTGCTGCCTGCCGATGAGGGAGATCGTCGCCAATGAC
GCGACGTGTCTTTGCTCCGTCTTTAACAATGTAGATATGCTCAAATCGCTTAACCTCACT
AAAGACAACGCTCTTGATCTCCCTAAAGCCTGTGGCGCTAACCCTGACATCTCACTATGC
AAATCCAGTCCCGCGGGTGGTACTACTACGCCTTCGACGTTTCCGGCAACTCCAAAAACT
CCTCCGGTGTCTTCCACTGGAAGCGGTTCCACCGGAGCTTCATCAGCTTCGTCAACATCC
ACACCAACAAGCTTTGCTCCGGCCATCAACTTTGCTGGACTAAGCTTCGCATCGACTATT
GTGGCATTGGCAACAACTTTTTTCTGATCGACTACTATATATAAATATTATTACATAACG
TCTTTATTCATTATTAGATAGGTTTAATTTGTTTGAAATTATGTT*GGTAACTTAATATT
CATATGTAATGAAAAAATTCTAATAATATTAATGACTTCCAACAGCCAAA

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR1EQ90JQ 691 0 0
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TCATCTCACGCCGCAACTACGTCACCGAGCGGTGGAGGCAGCGGAGGAGGAGATGCTCAA
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CCACCGCCTCCATCGTGCTGCCTGCCGATGAGGGAGATCGTCGCCAATGACGCGACGTGT
CTTTGCTCCGTCTTTAACAATGTAGATATGCTCAAATCGCTTAACCTCACTAAAGACAAC
GCTCTTGATCTCCCTAAAGCCTGTGGCGCTAACCCTGACATCTCACTATGCAAATCCAGT
CCCGCGGGTGGTACTACTACGCCTTCGACGTCTCCGGCAACTCCAAAAACTCCTCCGGTG
TCTTCCACTGGAAGCGGTTCCACCGGAGCTTCATCAGCTTCGTCAACATCCACACCAACA
AGCTTTGCTCCGGCCATCAACTTTGCTGGACTAAGCTTCGCATCGACTATTGTGGCATTG
GCAACAACTTTTT*CTGATCGACTACTATATATAAATATTATTACATAACGTCTTTATTC
ATTATTAGATAGGTTTAATTTGTTTGAAATTATGTTTGGTAACTTAATATTCATATG*AA
TGAAAAAATTCTAATAATATTAATGACTTCC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 2 6

CO CL741Contig1 771 2 21 U
GGGGGACTCTTGCTCTTATCAGGTAATAGAAAATGGGTATATTCCCTGGATTTGGTAGCT
GGATCAGTAAGAACACTCAACAGCTTCTCAAGGCCGAGTCCAAGGGATCTGAAAATGTCG
AATCTAAGTCGGTGTCAGAGAAAGACACTAATTATAATGCTCCTGCTAACAAGAAGAAGA
AAGAATATGTTTATGATGAAAAACAGGAGATGATAGAACATATACTTTGGTATGACGAAG
AGAAGAAGCATCCCTGGCATAGTCCCCCTCCCAAGGTCAAGGTGACAACAAAGAAGGGTG
TTTACCATATGAACTTAGAAGTGACCATAGGAGCCGCGCCTCAAAAAACCTTCTTATGGC
TGACTGATCCATGGGGCAGTTCGTTTTTGGATGAGAAGAAGTGGCGCGACCTTATGAAAA
ACGTAAAACGAAAGGTTTTGACGGAGGATGGTCCGAGGCGGGTCATCAAGGTGAAGAAAA
TTGCGGTTCACGACTTCTTATCGCTGACGTCTATACCTATCCCGTTACATCTAATTGTGG
AAGAAAACGAAAAAGATCTTACGGGAAAATATAAGAAAGAGAAAGTAATGTTCATGAAAG
TGTTCCAAGGCAACTTTAAAGTGGAGCCTATATATATAGATCAAGAACGATTGTGCAAAA
AGAGTTACCAAAAAGTCGAGAAGATATAAAGAATGTAGTGGTGGCCAAGAAAGATGCGTC
AAATTGACAGTAAACCAATACTTTGAGCTATATCCTCCATTTATCTACCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN68TF U 10
AF RR1CL71TF U 1
BS 1 170 RR1CL71TF
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BS 342 342 RR1GN68TF
BS 343 359 RR1CL71TF
BS 360 360 RR1GN68TF
BS 361 483 RR1CL71TF
BS 484 484 RR1GN68TF
BS 485 499 RR1CL71TF
BS 500 500 RR1GN68TF
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BS 594 771 RR1CL71TF

RD RR1GN68TF 665 0 0
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TATCGCTGACGTCTATACCTATCCCGTTACATCTAATTGTGGAAGAAAACGAAAAAGATC
TTACGGGAAAATATAAGAAAGAGAAAGTAATGTTCATGAAAGTGTTCCAAGGCAACTTTA
AAGTGGAGCCTATATATATAGATCAAGAACGATTGTGCAAAAAGAGTTACCAAAAA

QA 10 665 10 665
DS 

RD RR1CL71TF 771 0 0
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GGATCAGTAAGAACACTCAACAGCTTCTCAAGGCCGAGTCCAAGGGATCTGAAAATGTCG
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AAGAATATGTTTATGATGAAAAACAGGAGATGATAGAACATATACTTTGGTATGACGAAG
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TTTACCATATGAACTTAGAAGTGACCATAGGAGCGGCGCCTGAAAAAACCTTCTTATGGT
TGACTGATCCATGGGGCAGTTCGTTTTTGGATGAGAAGAAGTGGCGCGACCTTATGAAAA
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TTGTGGTTCACGACTTCTTTTCGCTGACGTCTATACCTATCCCGTTACATCTAATTGTGG
AAGAAAACGAAAAAGATCTTACGGGAAG*TATAAGAAAGAGAAAGTAATGTTGATGAAAG
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AGAGTTACCAAAAAGTCGAGAAGATATAAAGAATGTAGTGGTGGCCAAGAAAGATGCGTC
AAATTGACAGTAAACCAATACTTTGAGCTATATCCTCCATTTATCTACCGT

QA 1 771 1 771
DS 



CO CL741Contig2 1030 4 10 U
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ACACTCAACAGCTTCTTAAGGCCGAGTCCAAGAGATCTGAAAATGGCGAATCTAAGTCGG
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ATGATGAAAAACAGGAGATGATAGAACATATACTTTGGTATGACGAAGAGAAGAAGCATC
CTTGGCATGGTCCCCCTCCCAAGGTCAAGGTGACAACAAAGAAGGGTGTTTACCATATGA
ACTTAGAAGTGACCATAGGAGCCGCGCCTCAACAAACCTTCTTATGGTTGACTGATGCAT
GGGGCAGTTCGTTTTTTGATGAGAAGAAGTGGCGCGACCTTATGAAAAACGTAGAACGAA
AGGTTTTGACGGAGGATGGTCCGAGGCGGGTCATCAAGGTGAAGAAAGTTGTGGTTCATG
ACTTCTTATCGCTGACGTCTATACCTATCCCGTTACATCTAATTGTGGAAGAAAACGAAA
AAGATCTTACGGTAAAAAGCTTCTCTCGCAAGAATCAACACCTTTGTTTTGTACCTAACT
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CAAAAAGTTTAGAAGAATACAAAAAATGTAGTGGTGACCAAGGAAAGATTGCGTCAAAAT
TGACAGTAAACCAATACTTTGAGCTATATCCTCCATTTAATCTACCGCCGCTTTCTTGGT
ACATCCGTGGGAACACCATCAAAACGTCCAAAAATTTGCTCAAAGCACTTCAGAACACGG
CTAAGAGCATACGAACGGTTGAGCTGCCCGAAGACTTTAAAGAATTTAGAGAAAAGATGC
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GTTTAACCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT08TF U 1
AF RR1CJ31TF U 7
AF RR1CJ31JQ C 7
AF RR1FT08JQ C 235
BS 1 54 RR1FT08TF
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BS 107 222 RR1FT08TF
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RD RR1FT08TF 558 0 0
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CTTGGCATGGTCCCCCTCCCAAGGTCAAGGTGACAACAAAGAAGGGTGTTTACCATATGA
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AAGATCTTACGGTAAAAA

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1CJ31TF 650 0 0
GG
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CAGCTTCTTAAGGCCGAGTCCAAGAGATCTGAAAATGGCGAATCTAAGTCGGTGTCAGAG
AAAGACACTAATAATAATGCTCCTGCTAACAAGAAGAAGAAAGAATATGTTTATGATGAA
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GGTCCCCCTCCCAAGGTCAAGGTGACAACAAAGAAGGGTGTTTACCATATGAACTTAGAA
GTGACCATAGGAGCCGCGCCTCAACAAACCTTCTTATGGTTGACTGATGCATGGGGCAGT
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ACGGAGGATGGTCCGAGGCGGGTCATCAAGGTGAAGAAAGTTGTGGTTCATGACTTCTTA
TCGCTGACGTCTATACCTATCCCGTTACATCTAATTGTGGAAGAAAACGAAAAAGATCTT
ACGGTAAAAAGCTTCTCTCGCAAGAATCAACACCTTTGTTTTGTACCTAACTCAGCTTAC
TGACAGGGAAAATATAAGAAAGAGAAAGTAATGTTCATGAAAGT
ATTC

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR1CJ31JQ 682 0 0
GG
AGGTAATAGGAAATGGGTATATTCCCTGGATTTGGTAGCTGGATCATTAAGAACACTCAA
CAGCTTCTTAAGGCCGAGTCCAAGAGATCTGAAAATGGCGAATCTAAGTCGGTGTCAGAG
AAAGACACTAATAATAATGCTCCTGCTAACAAGAAGAAGAAAGAATATGTTTATGATGAA
AAACAGGAGATGATAGAACATATACTTTGGTATGACGAAGAGAAGAAGCATCCTTGGCAT
GGTCCCCCTCCCAAGGTCAAGGTGACAACAAAGAAGGGTGTTTACCATATGAACTTAGAA
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TCGTTTTTTGATGAGAAGAAGTGGCGCGACCTTATGAAAAACGTAGAACGAAAGGTTTTG
ACGGAGGATGGTCCGAGGCGGGTCATCAAGGTGAAGAAAGTTGTGGTTCATGACTTCTTA
TCGCTGACGTCTATACCTATCCCGTTACATCTAATTGTGGAAGAAAACGAAAAAGATCTT
ACGGTAAAAAGCTTCTCTCGCAAGAATCAACACCTTTGTTTTGTACCTAACTCAGCTTAC
TGACAGGGAAAATATAAGAAAGAGAAAGTAATGTTCATGAAAGTATTCCAAGGTAACTTT
AAAGTGGAGCCTATATATAT

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR1FT08JQ 796 0 0
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ATGCATGGGGCAGTTCGTTTTTTGATGAGAAGAAGTGGCGCGACCTTATGAAAAACGTAG
AACGAAAGGTTTTGACGGAGGATGGTCCGAGGCGGGTCATCAAGGTGAAGAAAGTTGTGG
TTCATGACTTCTTATCGCTGACGTCTATACCTATCCCGTTACATCTAATTGTGGAAGAAA
ACGAAAAAGATCTTACGGTAAAAAGCTTCTCTCGCAAGAATCAACACCTTTGTTTTGTAC
CTT**TCAGCTTACTGACAGGGAAAATATAAGAAAGAGAAAGTAATGTTCATGAAAGTGT
TCCAAGGTAACTTTAAAGTGGAGCCTATATATATAGATCAAGAACGATTGTGCAAAAAGA
GGTTACCAAAAAGTTTAGAAGAATACAAAAAATGTAGTGGTGACCAAGGAAAGATTGCGT
CAAAATTGACAGTAAACCAATACTTTGAGCTATATCCTCCATTTAATCTACCGCCGCTTT
CTTGGTACATCCGTGGGAACACCATCAAAACGTCCAAAAATTTGCTCAAAGCACTTCAGA
ACACGGCTAAGAGCATACGAACGGTTGAGCTGCCCGAAGACTTTAAAGAATTTAGAGAAA
AGATGCACTCCAGAAATAAGGCTAATTCAATATTTTAAGAGCTTTTAAACAAATTACTAC
GAATCTGTTTAACCAG

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 8

CO CL742Contig1 717 8 9 U
CTCAAGTCCCAAGATTTACCATTTCATTATTGGGTTTCTTTCAAATTCAATTCAAAACAC
TCTCCATGTGAGGACATGTATTATTGAGACAAGAAAAACAAACATGTTCTAAGAGTGAGA
ACATAATAAAAAAA*GGTCTGGAAATGGATTTAACTTTTATCACATTCCAAGCTGATTGC
AATATAGATACTCTGATGGAGAAGGTAGCAACCGTATTTGTTATTTTGGATTCATGACCT
TCATTGAGATTTGCGCTCCCACCATTCCATGAACTTAACTTGAGCCGCCATTGTGTCCAG
CTTATAGAGTTGCAAAGTGTGGTTCGCAACTTCTTGCCCAAAGGTCCAACCAAAAACACC
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GGCAGTAGATAGAGCTCCAAGTGCAGCTCCGGCAACACCAAAAGTCGCAGCTTCCCTGGC
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BQ
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR1A438JQ U 8
AF RR1A438TF C 8
AF RR1DO44TF C 1
AF RR1DO44JQ U 3
AF RR1F706JQ U 4
AF RR1F706TF C 27
AF RR1FM47JQ U 4
AF RR1FM47TF C 4
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BS 585 686 RR1DO44JQ
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C

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AAAAAAA*GGTCTGGAAATGGATTTAACTTTTATCACATTCCAAGCTGATTGCAATATAG
ATACTCTGATGGAGAAGGTAGCAACCGTATTTGTTATTTTGGATTCATGACCTTCATTGA
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C

QA 1 577 1 577
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C
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GTT

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TGTTTCTCTCTTCTTTCCTCAGATCGAAAAA

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TAATAAAAAAA*GGTCTGGAAATGGATTTAACTTTTATCACATTCCAAGCTGATTGCAAT
ATAGATACTCTGATGGAGAAGGTAGCAACCGTATTTGTTATTTTGGATTCATGACCTTCA
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ATAGATACTCTGATGGAGAAGGTAGCAACCGTATTTGTTATTTTGGATTCATGACCTTCA
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QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 7

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GAACTTGTACCCGCTGTCTAGTACACCGTAAGCGTATGGTGAACCGGAACCGACTGAGAA
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TGTCGTTGCTAGAGCCGAAGCCAATCGTAGGCATGGAGGTCTCGAACCCACTCGTATCAA
GCTTCATTGTTAAAACCCTTGCTGAAGAAAAGTTATCAAATTGAGAGAGAGGGTTAAGCG
AGAAGAAGTTGAAGACGAGGAAGAAGGAATCC


BQ
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 25 25 25 25 40 40 40 25 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
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45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C910JQ U 1
AF RR1F273JQ U 1
AF RR1C910TF C 1
AF RR1F273TF C 1
AF RR1B228JQ U 1
AF RR1BI14JQ U 25
AF RR1B228TF C 249
BS 1 482 RR1C910JQ
BS 483 826 RR1B228JQ
BS 827 827 RR1BI14JQ
BS 828 903 RR1B228JQ
BS 904 914 RR1BI14JQ
BS 915 1112 RR1B228TF

RD RR1C910JQ 482 0 0
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GGGTGAAGAGTTTAACAAGCTGATCGAAGAGGGCAATGTTTAAAGAAGACAAAAGGGAGA
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CAAAAAAAGAGAATCTTAGTTTTACTCGGCAGCTGCTTCCTCCATGACTTGTTCCGCAAT
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CTTCCATCCATTAGGACCCACGTGGTACACGCTAGCAACACCACCACTGGCTCCATCACG
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GAACTTGTACCCGCTGTCTAGTACACCGTAAGCGTATGGTGAACCGGAACCGACTGAGAA
CC

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1F273JQ 482 0 0
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GGGTGAAGAGTTTAACAAGCTGATCGAAGAGGGCAATGTTTAAAGAAGACAAAAGGGAGA
ATCTTAATAGAGTGAATACCACAGCTTAAGCTAGAGAAATGGAGTGAAATGATTTGGAAG
CAAAAAAAGAGAATCTTAGTTTTACTCGGCAGCTGCTTCCTCCATGACTTGTTCCGCAAT
GGCTGGTGGCACGGGGTAGTAGTGATAGTGTAGCTCCCCAACATCATCTCCCGACAGTTT
CTTCCATCCATTAGGACCCACGTGGTACACGCTAGCAACACCACCACTGGCTCCATCACG
GAATGTAGCATGGTAGATTGATCTCCTTGCTAACTCCGAAGCTTCTTCAACTGACATATC
GAACTTGTACCCGCTGTCTAGTACACCGTAAGCGTATGGTGAACCGGAACCGACTGAGAA
CC

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1C910TF 482 0 0
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GGGTGAAGAGTTTAACAAGCTGATCGAAGAGGGCAATGTTTAAAGAAGACAAAAGGGAGA
ATCTTAATAGAGTGAATACCACAGCTTAAGCTAGAGAAATGGAGTGAAATGATTTGGAAG
CAAAAAAAGAGAATCTTAGTTTTACTCGGCAGCTGCTTCCTCCATGACTTGTTCCGCAAT
GGCTGGTGGCACGGGGTAGTAGTGATAGTGTAGCTCCCCAACATCATCTCCCGACAGTTT
CTTCCATCCATTAGGACCCACGTGGTACACGCTAGCAACACCACCACTGGCTCCATCACG
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GAACTTGTACCCGCTGTCTAGTACACCGTAAGCGTATGGTGAACCGGAACCGACTGAGAA
CC

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1F273TF 482 0 0
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GGGTGAAGAGTTTAACAAGCTGATCGAAGAGGGCAATGTTTAAAGAAGACAAAAGGGAGA
ATCTTAATAGAGTGAATACCACAGCTTAAGCTAGAGAAATGGAGTGAAATGATTTGGAAG
CAAAAAAAGAGAATCTTAGTTTTACTCGGCAGCTGCTTCCTCCATGACTTGTTCCGCAAT
GGCTGGTGGCACGGGGTAGTAGTGATAGTGTAGCTCCCCAACATCATCTCCCGACAGTTT
CTTCCATCCATTAGGACCCACGTGGTACACGCTAGCAACACCACCACTGGCTCCATCACG
GAATGTAGCATGGTAGATTGATCTCCTTGCTAACTCCGAAGCTTCTTCAACTGACATATC
GAACTTGTACCCGCTGTCTAGTACACCGTAAGCGTATGGTGAACCGGAACCGACTGAGAA
CC

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1B228JQ 903 0 0
AT
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GTGAAGAGTTTAACAAGCTGATCGAAGAGAGCAATGTTTAAAGAAGACAAAAGGGAGAAT
CTTAATAGAGTGAATACCACAGCTTAAGCTAGAGAAATGGAGTGAAATGATTTGGAAGCA
AAAAAAGAGAATCTTAGTTTTACTCGGCAGCTGCTTCCTCCATGACTTGTTCTGCAATGG
CTGGTGGCACGGGGTAGTAGTGATAGTGTAGCTCCCCAACATCATCTCCCGACAGTTTCT
TCCATCCATTAGGACCCACGTGGTACACGCTAGCAACACCACCACTGGCTCCATCACGGA
ATGTAGCATGGTAGATTGATCTCCTTGCTAACTCCGAAGCTTCTTCAACTGACATATCGA
ACTTGTACCCGCTGTCTAGTACACCGTAAGCGTATGGTGAACCGGAACCGACTGAGAACC
TGTCTCCCTTGAGCCTTCCTCCTTCGTTGTCCACATAGTATAGTCCAGGACCAGTTTCGT
CCCATCCAGCGATCATGGTGCCGACGGAAAGTCCCATTCCACGGTATGAGTAGAGCATGT
TTGCGAGAAGTTTTGAAGCTCCCGAAACAGAAATTCTCCTCTTGTTTGCCAGCTCATGCA
GACGGCACTTAATTCCAAGATTCCTGTGCCAGAATTGGCAGTCAGCAGCTCCTCCAGCCA
TTGTACCAAGCATATAAGGATTGATTTCAATAATCTTCTTCACGGATTGTGAGGAGATAT
ATCCACCCATGCTAGCACGAGAATCCGCAGCGACCATGACACCTTTCCTTGAAGATAAAA
GCAAGTGTGGTTGTTCCTTTCGCTGGCTTCACCATCTGTACTGCTTCTTTCTGAAACCCA
T

QA 3 903 3 903
DS 

RD RR1BI14JQ 890 0 0
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CGAAGAGAGCAACGTTTTAAAAA****AAAACGAGAATCTTAATAGAGTGAATACCACAG
CTTAAGCTAGAGAAATGGAGTGAAATGATTTGGAAGCAAAA***GAGAATCTTAGTTTTA
CTCGGCAGCTGCTTCCTCCATGACTTGTTCCGCAATTGCTGGTGGCACGGGGTAGTAGTG
ATAGTGTAGCTCCCCGACATCATCTCCTGACAGTTTCGTCCATCCATTAGGACCCACGTG
GTACACGCTAGCAACACCACCACTGGCTCCATCACGGAATGTAGCATGGTAGATTGATCT
CCTTGCTAACTCGGAAGCTTCTTCAACTGACATATCGAACTTGTACCCGCTGTCTAGTAC
ACCGTAAGCGTATGGTGAACCGGAACCGACTGAAAACCTGTCTCCCTTGAGCCTTCCTCC
TTCGTTGTTCACATAGTATAGTCCAGGACCAGTTTCGTCCCATCCAGCGATCATGGTGCC
GACGGAAAGTCCCATTCCACGGTATGAGTAGAGCATGTTTGCGAGAAGTTTCGAAGCTCC
GGAAACAGAAATTCTCCTCTTGTTTGCCAGCTCATGCAGACGGCACTTAATTCCAAGATT
CCTGTGCCAGAATTGGCAGTCAGCAGCTCCTCCAGCCATTGTACCAAGCATATAAGGATT
GATTTCAATAATCTTCTTCACGGATTGTGAGGAGATATATCCACCCATGCTAGCACGGGA
ATCTGCAGCGACCATGACACCTCT**TTGAAGATAAAAGCAAGTGTGGTTGTTCCTTTCG
CTGGCTTCACCATCTGTACTGCTTCTTTCTGAAACCCATCAAAATCTGTG

QA 1 890 1 890
DS 

RD RR1B228TF 864 0 0
GCACGGGGTAGTAGTGATAGTGTAGCTCCCCAACATCATCTCCCGACAGTTTCTTCCATC
CATTAGGACCCACGTGGTACACGCTAGCAACACCACCACTGGCTCCATCACGGAATGTAG
CATGGTAGATTGATCTCCTTGCTAACTCCGAAGCTTCTTCAACTGACATATCGAACTTGT
ACCCGCTGTCTAGTACACCGTAAGCGTATGGTGAACCGGAACCGACTGAGAACCTGTCTC
CCTTGAGCCTTCCTCCTTCGTTGTCCACATAGTATAGTCCAGGACCAGTTTCGTCCCATC
CAGCGATCATGGTGCCGACGGAAAGTCCCATTCCACGGTATGAGTAGAGCATGTTTGCGA
GAAGTTTTGAAGCTCCCGAAACAGAAATTCTCCTCTTGTTTGCCAGCTCATGCAGACGGC
ACTTAATTCCAAGATTCCTGTGCCAGAATTGGCAGTCAGCAGCTCCTCCAGCCATTGTAC
CAAGCATATAAGGATTGATTTCAATAATCTTCTTCACGGATTGTGAGGAGATATATCCAC
CCATGCTAGCACGAGAATCCGCAGCGACCATGACACCT*TCCTTGAAGATAAAAGCAAGT
GTGGTTGTTCCTTTCGCTGGCTTCACCATCTGTACTGCTTCTTTCTGAAACCCATCAAAA
TCTGTGGTCCGGGGAAGATCGAATGAGGGCACAGTAGAAAACCCATCAAGCATGTCGTTG
CTAGAGCCGAAGCCAATCGTAGGCATGGAGGTCTCGAACCCACTCGTATCAAGCTTCATT
GTTAAAACCCTTGCTGAAGAAAAGTTATCAAATTGAGAGAGAGGGTTAAGCGAGAAGAAG
TTGAAGACGAGGAAGAAGGAATCC

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 8

CO CL744Contig1 820 8 7 U
GGGGCGAGGAACTACAGCATACCTGAAGTCGACAAGCTGAAAGCAAAGTTCATTGCAGGG
AGAATCATCCCAGCGATTGCGACCTCAACAGCCATGGCCACTGGTCTGGTCTGCCTCGAG
CTTTACAAGGTCCTTGATGGAGGACACAAAGTGGAAGCCTACAGGAACACATTTGCCAAC
CTGGCGCTTCCACTCTTCTCCATGGCTGAACCGGTTCCGCCAAAGGTGGTGAAGCACCGC
GACATGGCTTGGACCGTTTGGGACAGATGGGTTCTAAAAGGAAACCCAACTCTGCGTGAG
GTGTTGCAGTGGCTGGAGGACAAAGGTCTTAACGCATACAGCATCTCTTGTGGGAGCTGT
CTCCTGTTCAACAGTATGTTCCCGAGGCACAAGGAGAGGATGGACAAGAAAGTGGTGGAT
CTAGCTCGGGATATCGCTAAAGTGGAGTTGCCTCCTTACCGTCGCCATCTTGATGTAGTG
GTGGCTTGCGAGGATGAAGATGACAATGACGTCGATATTCCTCTCGTCTCCATCTATTTC
AGGTGAGAATTTACCAAATAAACCAAAAAGAAAAGAGAAGAAGATAAAACTCTTTTGAAA
AAAAGACAAATGTGGATTCTGTTTCTTTAAAATGTTTTTCATGTACTATTGGCTGGTGTG
GGTAAATCTGAACATGTGTCTTTTTTATCCGAACATGTGTCTTATCAAAACTTGAGTTTT
CGTTTATCGCTGAACACATTCAGCTTCATTGGGGTTATAAACATCATGGCATCTGAAATT
CGATTATGGTCATTTGCATCAGCAAATGTTTTGCTTAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ01TF U 22
AF RR1CH01TF U 83
AF RR1DT39TF U 1
AF RR1DT39JQ C 110
AF RR1EI34TF U 22
AF RR1D129JQ C 195
AF RR1E105TF U 210
AF RR1GH52TF U 321
BS 1 262 RR1DT39TF
BS 263 263 RR1EI34TF
BS 264 555 RR1DT39TF
BS 556 704 RR1EI34TF
BS 705 705 RR1E105TF
BS 706 733 RR1EI34TF
BS 734 820 RR1GH52TF

RD RR1CJ01TF 217 0 0
G
CTGAAGTCGACAAGCTGAAAGCAAAGTTCATTGCAGGGAGAATCATCCCAGCGATTGCGA
CCTCAACAGCCATGGCCACTGGTCTGGTCTGCCTCGAGCTTTACAAGGTCCTTGATGGAG
GACACAAAGTGGAAGCCTACAGGAACACATTTGCCAACCTGGCGCTTCCACTCTTCTCCA
TGGCTGAACCGGTTCCGCCAAAGGTGGTGAAGCACC

QA 2 217 2 217
DS 

RD RR1CH01TF 395 0 0
CCTCAACAGCCATGGCCACTGGTCTGGTCTGCCTCGAGCTTTACAAGGTCCTTGATGGAG
GACACAAAGTGGAAGCCTACAGGAACACATTTGCCAACCTGGCGCTTCCACTCTTCTCCA
TGGCTGAACCGGTTCCGCCAAAGGTGGTGAAGCACCGCGACATGGCTTGGACCGTTTGGG
ACAGATGGGTTCTAAAAGGAAACCCAACTCTGCGTGAGGTGTTGCAGTGGCTGGAGGACA
AAGGTCTTAACGCATACAGCATCTCTTGTGGGAGCTGTCCCCTGTTCAACAGTATGTTCC
CGAGGCACAAGGAGAGGATGGACAACAAAGTGGTGGATCTAGCTCGGGATATCGCTAAAG
TGGAGTTGCCTCCTTACCGTCGCCATCTTGATGTA

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR1DT39TF 555 0 0
GGGGCGAGGAACTACAGCATACCTGAAGTCGACAAGCTGAAAGCAAAGTTCATTGCAGGG
AGAATCATCCCAGCGATTGCGACCTCAACAGCCATGGCCACTGGTCTGGTCTGCCTCGAG
CTTTACAAGGTCCTTGATGGAGGACACAAAGTGGAAGCCTACAGGAACACATTTGCCAAC
CTGGCGCTTCCACTCTTCTCCATGGCTGAACCGGTTCCGCCAAAGGTGGTGAAGCACCGC
GACATGGCTTGGACCGTTTGGGGCAGATGGGTTCTAAAAGGAAACCCAACTCTGCGTGAG
GTGTTGCAGTGGCTGGAGGACAAAGGTCTTAACGCATACAGCATCTCTTGTGGGAGCTGT
CTCCTGTTCAACAGTATGTTCCCGAGGCACAAGGAGAGGATGGACAAGAAAGTGGTGGAT
CTAGCTCGGGATATCGCTAAAGTGGAGTTGCCTCCTTACCGTCGCCATCTTGATGTAGTG
GTGGCTTGCGAGGATGAAGATGACAATGACGTCGATATTCCTCTCGTCTCCATCTATTTC
AGGTGAGAATTTACC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1DT39JQ 446 0 0
TCTGCCTCGAGCTTTACAAGGTCCTTGATGGAGGACACAAAGTGGAAGCCTACAGGAACA
CATTTGCCAACCTGGCGCTTCCACTCTTCTCCATGGCTGAACCGGTTCCGCCAAAGGTGG
TGAAGCACCGCGACATGGCTTGGACCGTTTGGGGCAGATGGGTTCTAAAAGGAAACCCAA
CTCTGCGTGAGGTGTTGCAGTGGCTGGAGGACAAAGGTCTTAACGCATACAGCATCTCTT
GTGGGAGCTGTCTCCTGTTCAACAGTATGTTCCCGAGGCACAAGGAGAGGATGGACAAGA
AAGTGGTGGATCTAGCTCGGGATATCGCTAAAGTGGAGTTGCCTCCTTACCGTCGCCATC
TTGATGTAGTGGTGGCTTGCGAGGATGAAGATGACAATGACGTCGATATTCCTCTCGTCT
CCATCTATTTCAGGTGAGAATTTACC

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR1EI34TF 719 0 0
G
CTGAAGTCGACAAGCTGAAAGCAAAGTTCATTGCAGGGAGAATCATCCCAGCGATTGCGA
CCTCAACAGCCATGGCCACTGGTCTGGTCTGCCTCGAGCTTTACAAGGTCCTTGATGGAG
GACACAAAGTGGAAGCCTACAGGAACACATTTGCCAACCTGGCGCTTCCACTCTTCTCCA
TGGCTGAACCGGTTCCGCCAAAGGTGGTGAAGCACCGCGACATGGCTTGGACCGTTTGGG
ACAGATGGGTTCTAAAAGGAAACCCAACTCTGCGTGAGGTGTTGCAGTGGCTGGAGGACA
AAGGTCTTAACGCATACAGCATCTCTTGTGGGAGCTGTCCCCTGTTCAACAGTATGTTCC
CGAGGCACAAGGAGAGGATGGACAAGAAAGTGGTGGATCTAGCTCGGGATATCGCTAAAG
TGGAGTTGCCTCCTTACCGTCGCCATCTTGATGTAGTGGTGGCTTGCGAGGATGAAGATG
ACAATGATGTCGATATTCCTCTCGTCTCCATCTATTTCAGGTGAGAATTTACCAAATAAA
CCAAAAAGAAAAGAGAAGAAGATAAAACTCTTTTGAAAAAAAGACAAATGTGGATTCTGT
TTCTTTAAAATGTTTTTCATGTACTATTGGCTGGTGTGGGTAAATCTGAACATGTGTCTT
TTTTATCCGAACATGTGTCTTAGCAAAACTTGAGTTTTCGTTTATCGCTGA
CACATTC

QA 2 712 2 712
DS 

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CGTTTGGGACAGATGGGTTCTAAAAGGAAACCCAACTCTGCGTGAGGTGTTGCAGTGGCT
GGAGGACAAAGGTCTTAACGCATACAGCATCTCTTGTGGGAGCTGTCTCCTGTTCAACAG
TATGTTCCCGAGGCACAAGGAGAGGATGGACAAGAAAGTGGTGGATCTAGCTCGGGATAT
CGCTAAAGTGGAGTTGCCTCCTTACCGTCGCCATCTTGATGGAGTGGTGGCTTGCGAGGA
TGAAGATGACAATGACGTCGATATTCCTCTCGTCTCCATCTATTTCAGGTGAGAATTTAC
CAAATAAACCAAAAAGAAAAGAGAAGAAGATAAAACTCTTTTGAAAAAAAGACAAATGTG
GATTCTGTTTCTTTAAAATGTTTTTCATGTACTATTGGCTGGTGTGGGTAAATCCGAACA
TGTGTCTTTTTTATCCGAACATGTGTCTTATCAAAACTTGAGTTTTCGT
TT

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1E105TF 514 0 0
G
CCGGTTCCGCCAAAGGTGGTGAAGCACCGCGACATGGCTTGGACCGTTTGGGACAGATGG
GTTCTAAAAGGAAACCCAACTCTGCGTGAGGTGTTGCAGTGGCTGGAGGACAAAGGTCTT
AACGCATACAGCATCTCTTGTGGGAGCTGTCTCCTGTTCAACAGTATGTTCCCGAGGCAC
AAGGAGAGGATGGACAAGAAAGTGGTGGATCTAGCTCGGGATATCGCTAAAGTGGAGTTG
CCTCCTTACCGTCGCCATCTTGATGTAGTGGTGGCTTGCGAGGATGAAGATGACAATGAC
GTCGATATTCCTCTCGTCTCCATCTATTTCAGGTGAGAATTTACCAAATAAACCAAAAAG
AAAAGAGAAGAAGATAAAACTCTTTTGAAAAAAAGACAAATGTGGATTCTGTTTCTTTAA
AATGTTTTTCATGTACTATTGGCTGGTGTGGGTAAATCTGAACATGTGTCTTTTTTATCC
GAACATGTGTCTTATCAAAACTTGAGTTTTCGT

QA 2 514 2 514
DS 

RD RR1GH52TF 500 0 0
CAAAGGTCTTAACGCATACAGCATCTCTTGTGGGAGCTGTCTCCTGTTCAACAGTATGTT
CCCGAGGCACAAGGAGAGGATGGACAAGAAAGTGGTGGATCTAGCTCGGGATATCGCTAA
AGTGGAGTTGCCTCCTTACCGTCGCCATCTTGATGTAGTGGTGGCTTGCGAGGATGAAGA
TGACAATGACGTCGATATTCCTCTCGTCTCCATCTATTTCAGGTGAGAATTTACCAAATA
AACCAAAAAGAAAAGAGAAGAAGATAAAACTCTTTTGAAAAAAAGACAAATGTGGATTCT
GTTTCTTTAAAATGTTTTTCATGTACTATTGGCTGGTGTGGGTAAATCTGAACATGTGTC
TTTTTTATCCGAACATGTGTCTTATCAAAACTTGAGTTTTCGTTTATCGCTGAACACATT
CAGCTTCATTGGGGTTATAAACATCATGGCATCTGAAATTCGATTATGGTCATTTGCATC
AGCAAATGTTTTGCTTAGTT

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 8

CO CL745Contig1 502 8 5 U
GAATTTAAATATAAATACAACTAATGATTAATTGATAGATATCTCGTGCGGATGCACATC
AAGATCTTGTTACTTATTATTATTGATATTAAGTAGTAGTTAGATTGAGAATTTTAAATT
ATACAATATCATAGTCTACAGAATTAGCTTCCTGGGCATTTTGATCCATCGTCGAAATGG
TAGCAGTAGCAAGCTTTATTTGTAGTCTTTGGAAGTATTAGACATTTTCCTTCGATATAA
GTTTCTCTTGTCCAACAAGTGTTTTTGCACAATGCATCAGCATTTTTTTT*ATTACAAGT
GTCAGGTGGAGCCGTCTTGCTTCGTACTTTCTTACAATATATATTCAACGGGTGAGCATG
TCAATTTTGTATTTCTGTAGAAATCAATATGATCACCAAAATAACAATGAACAAAAAA*C
TTTTTACGCTGCTGTACATTTTTATATGTTTTCTTTTCTGATTGATCTTTTCTGTTTTTG
ATTTAGATTTAATAATTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 
50 50 50 50 0 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 

AF RR1CH04TF C 1
AF RR1BM91JQ U 54
AF RR1ED93JQ U 54
AF RR1ED93TF C 54
AF RR1BM91TF C 54
AF RR1DK14JQ U 65
AF RR1DK14TF C 65
AF RR1CH04JQ U 91
BS 1 53 RR1CH04TF
BS 54 124 RR1BM91JQ
BS 125 125 RR1DK14JQ
BS 126 501 RR1BM91JQ
BS 502 502 RR1DK14JQ

RD RR1CH04TF 502 0 0
GAATTTAAATATAAATACAACTAATGATTAATTGATAGATATCTCGTGCGGATGCACATC
AAGATCTTGTTACTTATTATTATTGATATTAAGTAGTAGTTAGATTGAGAATTTTGAATT
ATACAATATCATAGTCTACAGTATTAGCTTCCTGGGCATTTTGATCCATCGTCGAAATGG
TAGCAGTAGCAAGCTTTATTTGTAGTCTTTGGAAGTATTAGACATTTTCCTTAGATATAA
GTTTCTCTTGTCCAACAAGTGTTTTTGCACAATGCATCAGCATTTTTTTTTATTACAAGT
GTCAGGTGGAGCCGTCTTGCTTCGTACTTTCTTACAATATATATTCAACGGGTGAGCATG
TCCATTTTGTATTTCTGTAGAAATCAATATGATCACCAAAATAACAATGAACAAAAAAAC
TTTTTACGCTGCTGTCCATTTTTATATGTTTTCTTTTCTGATTGATCTTTTCTGTTTTTG
ATTTAGATTTAATAATTTGTCC

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR1BM91JQ 448 0 0
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TTAAATTATACGATATCATAGTCTACAGAATTAGCTTCCTGGGCATTTTGATCCATCGTC
GAAATGGTAGCAGTAGCAAGCTTTATTTGTAGTCTTTGGAAGTATTAGACATTTTCCTTC
GATATAAGTTTCTCTTGTCCAACAAGTGTTTTTGCACAATGCATCAGCATTTTTTTT*AT
TACAAGTGTCAGGTGGAGCCGTCTTGCTTCGTACTTTCTTACAATATATATTCAACGGGT
GAGCATGTCAATTTTGTATTTCTGTAGAAATCAATATGATCACCAAAATAACAATGAACA
AAAAA*CTTTTTACGCTGCTGTACATTTTTATATGTTTTCTTTTCTGATTGATCTTTTCT
GTTTTTGATTTAGATTTAATAATTTGTC

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR1ED93JQ 448 0 0
GCACATCAAGATCTTGTTACTTATTATTATTGATATTAAGTAGTAGTTAGATTGAGAATT
TTAAATTATACGATAACATAGTCTACAGAATTAGCTTCCTGGGCATTTTGATCCATCGTC
GAAATGGTAGCAGTAGCAAGCTTTATTTGTAGTCTTTGGAAGTATTAAACATTTTCCTTC
GATATAAGTTTCTCTTGTCCAACAAGTGTTTTTGCACAATGCATCAGCATTTTTTTT*AT
TACAAGTGTCAGGTGGAGCCGTCTTGCTTCGTACTTTCTTACAATATATATTCAACGGGT
GAGCATGTCAATTTTGTATTTCTGTAGAAATCAATATGATCACCAAAATAACAATGAACA
AAAAA*CTCTTTACGCTGCTGTATATTTTTATATGTTTTCTTTTCTGATTGATCTTTTCT
GTTTTTGATTTAAATTTAATAATTTGTC

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR1ED93TF 448 0 0
GCACATCAAGATCTTGTTACTTATTATTATTGATATTAAGTAGTAGTTAGATTGAGAATT
TTAAATTATACGATAACATAGTCTACAGAATTAGCTTCCTGGGCATTTTGATCCATCGTC
GAAATGGTAGCAGTAGCAAGCTTTATTTGTAGTCTTTGGAAGTATTAGACATTTTCCTTC
GATATAAGTTTCTCTTGTCCAACAAGTGTTTTTGCACAATGCATCAGCATTTTTTTT*AT
TACAAGTGTCAGGTGGAGCCGTCTTGCTTCGTACTTTCTTACAATATATATTCAACGGGT
GAGCATGTCAATTTTGTATTTCTGTAGAAATCAATATGATCACCAAAATAACAATGAACA
AAAAA*CTCTTTACGCTGCTGTATATTTTTATATGTTTTCTTTTCTGATTGATCTTTTCT
GTTTTTGATTTAGATTTAATAATTTGTC

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR1BM91TF 448 0 0
GCACATCAAGATCTTGTTACTTATTATTATTGATATTAAGTAGTAGTTAGATTGAGAATT
TTAAATTATACGATATCATAGTCTACAGAATTAGCTTCCTGGGCATTTTGATCCATCGTC
GAAATGGTAGCAGTAGCAAGCTTTATTTGTAGTCTTTGGAAGTATTAGACATTTTCCTTC
GATATAAGTTTCTCTTGTCCAACAAGTGTTTTTGCACAATGCATCAGCATTTTTTTT*AT
TACAAGTGTCAGGTGGAGCCGTCTTGCTTCGTACTTTCTTACAATATATATTCAACGGGT
GAGCATGTCAATTTTGTATTTCTGTAGAAATCAATATGATCACCAAAATAACAATGAACA
AAAAA*CTTTTTACGCTGCTGTACATTTTTATATGTTTTCTTTTCTGATTGATCTTTTCT
GTTTTTGATTTAGATTTAATAATTTGTC

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR1DK14JQ 438 0 0
C
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ATATCATAGTCTACAGAATTAGCTTCCTGGGCATTTTGATCCATCGTCGAAATGGTAGCA
GTAGCAAGCTTTATTTGTAGTCTTTGGAAGTATTAAACATTTTCCTTCGATATAAGTTTC
TCTTGTCCAACAAGTGTTTTTGCACAATGCATCAGCATTTTTTTT*ATTACAAGTGTCAG
GTGGAGCCGTCTTGCTTCGTACTTTCTTACAATATATATTCAACGGGTGAGCATGTCCAT
TTTGTATTTCTGTAGAAATCAATATGATCACCAAAATAACAATGAACAAAAAA*CTTTTT
ACGCTGCTGTCCATTTTTATATGTTTTCTTTTCTGATTGATCTTTTCTGTTTTTGATTTA
GATTTAATAATTTGTCC

QA 2 438 2 438
DS 

RD RR1DK14TF 438 0 0
C
CTTGTTACTTATTATTATTGATATTAAGTAGTAGTTAGATTGAGAATTTTAAATTATACA
ATATCATAGTCTACAGAATTAGCTTCCTGGGCATTTTGATCCATCGTCGAAATGGTAGCA
GTAGCAAGCTTTATTTGTAGTCTTTGGAAGTATTAGACATTTTCCTTCGATATAAGTTTC
TCTTGTCCAACAAGTGTTTTTGCACAATGCATCAGCATTTTTTTT*ATTACAAGTGTCAG
GTGGAGCCGTCTTGCTTCGTACTTTCTTACAATATATATTCAACGGGTGAGCATGTCCAT
TTTGTATTTCTGTAGAAATCAATATGATCACCAAAATAACAATGAACAAAAAA*CTTTTT
ACGCTGCTGTCCATTTTTATATGTTTTCTTTTCTGATTGATCTTTTCTGTTTTTGATTTA
GATTTAATAATTTGTCC

QA 2 438 2 438
DS 

RD RR1CH04JQ 412 0 0
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CCTGGGCATTTTGATCCATCGTCGAAATGGTAGCAGTAGCAAGCTTTATTTGTAGTCTTT
GGAAGTATTAGACATTTTCCTTAGATATAAGTTTCTCTTGTCCAACAAGTGTTTTTGCAC
AATGCATCAGCATTTTTTTTTATTACAAGTGTCAGGTGGAGCCGTCTTGCTTCGTACTTT
CTTACAATATATATTCAACGGGTGAGCATGTCCATTTTGTATTTCTGTAGAAATCAATAT
GATCACCAAAATAACAATGAACAAAAAAACTTTTTACGCTGCTGTCCATTTTTATATGTT
TTCTTTTCTGATTGATCTTTTCTGTTTTTGATTTAAATTTAATAATTTGTCC

QA 1 412 1 412
DS 



AS 1 8

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TTCAACTGAAAGATTTTAGAGAAACATCACTGATTTTACTGATATAGTGTTGTAACCCAA
AGTCTCATGTGACTAATACATATGTAAAGAAACACACCATAGGCTTAACCACACATATCA
AGCAAGATTACTTCACAGAATTCAGGGGCAAAACTGTAATATAGCATTCTCCCCCAATAA
GAAAGTTCCATTCCTCAGACAAGGGTCCCACCCTTGACAAACTCGGTAAACGCCAACGCG
ACCAAACCAAGCATCGCGAAACGCCCGTTCCAGAGCTCAGCGTCGGACGTCATGAAACCT
TTGGACTTAGACTCGGCGGTGATACCTTTGAAAAGGGGTACAAGGGACGCAAGTGTCAAG
ATCGCAGTCGTACCGAGGAACCACGAGACGCCACCGTCAGAGATCTGAGCCAAAACGTTT
TCACCCTTGGAAAGTTCAACCGCCAAGGCCGCCACGAACCCAACCATCGCTAAACGCCCG
TTTATTCTTTCTGGTGCTGGACCGCTAAATGCTAGCAAGTCGCTAAACTTCGTGCTCACC
TTTGGTTTAGTAGGACGTGGAGGAGGTGGAGGAGGTGATGAACTAGACAAAGGCTGAGCA
GCGGAGGTGGAAGGTGCAGACTCATCTTTCATGGGTTCTCCCTCAGCCATGCACCTCACT
CCAACCGGATAATTCCTCTTGAGATTTGGGAAGTTTGCGGCGAAGAAGAGCTTGTTTGTG
TTGATCTTGCGAGTGGCCAACCCACTGGCGAAGACTGACTGCATGTTAACCGATGCTGTT
GCCATTTCTAAAACTTTGGTGTTTGAATGAAATACAGGAGAAAGTATGAAATAAAGGCTA
TTAACTGTGAGGTGGATCTTAGATGTAGAGTTGGTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CR43JQ U 78
AF RR1B845JQ U 1
AF RR1D436JQ U 78
AF RR1AC87JQ U 78
AF RR1D436TF C 270
AF RR1AC87TF C 151
AF RR1B845TF C 258
AF RR1CR43TF C 216
BS 1 193 RR1B845JQ
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BS 195 257 RR1B845JQ
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BS 371 690 RR1B845JQ
BS 691 868 RR1AC87JQ
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GAAACGCCCGTTCCAGAGCTCAGCGTCGGACGTCATGAAACCTTTGGACTTAGACTCGGC
GGTGATACCTTTGAAAAGGGGTACAAGGGACGCAAGTGTCAAGATCGCAGTCGTACCGAG
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AACCGCCAAGGCCGCCACGAACCCAACCATCGCTAAACGCCCGTTTATTCTTTCTGGTGC
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TGGAGGA

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DS 

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TTCAACTGAAAGATTTTAGAGAAACATCACTGATTTTACTGATATAGTGTTGTAACCCAA
AGTCTCATGTGACTAATACATATGTAAAGAAACACACCATAGGCTTAACCACACATATCA
AGCAAGATTACTTTACAGAATTCAGGGGCAAAACTGTAATATAGCATTCTCCCCCAATAA
GAAAGTTCCATTCCTCAAACAAGGGTCCCACCCTTGACAAACTCGGTAAACGCCAACGCG
ACCAAACCAAGCATCGCGAAACGCCCGTTCCAGAGCTCAGCGTCGGACGTCATGAAACCT
TTGGACTTAAACTCGGCGGTGATACCTTTGAAAAGGGGTACAAGGGACGCAAGTGTCAAG
ATCGCAGTCGTACCGAGGAACCACGAGACGCCACCGTCAGAGATCTGAGCCAAAACGTTT
TCACCCTTGGAAAGTTCAACCGCCAAGGCCGCCACGAACCCAACCATCGCTAAACGCCCG
TTTATTCTTTCTGGTGCTGGACCGCTAAATGCTAGCAAGTCGCTAAACTTCGTGCTCACC
TTTGGTTTAGTAGGACGTGGAGGAGGTGGAGGAGGTGATGAACTAGACAAAGGCTGAGCA
GCGGAGGTGGAAGGTGCAGACTCATCTTTC

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DS 

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GAATTCAGGGGCAAAACTGTAATATAGCATTCTCCCCCAATAAGAAAGTTCCATTCCTCA
GACAAGGGTCCCACCCTTGACAAACTCGGTAAACGCCAACGCGACCAAACCAAGCATCGC
GAAACGCCCGTTCCAGAGCTCAGCGTCGGACGTCATGAAACCTTTGGACTTAGACTCGGC
GGTGATACCTTTGAAAAGGGGTACAAGGGACGCAAGTGTCAAGATCGCAGTCGTACCGAG
GAACCACGAGACGCCACCGTCAGAGATCTGAGCCAAAACGTTTTCACCCTTGGAAAGTTC
AACCGCCAAGGCCGCCACGAACCCAACCATCGCTAAACGCCCGTTTATTCTTTCTGGTGC
TGGACCGCTAAATGCTAGCAAGTCGCTAAACTTCGTGCTCACCTTTGGTTTAGTAGGACG
TGGAGGAGGTGGAGGAGGTGATGAACTAGACAAAGGCTGAGCAGCGGAGGTGGAAGGTGC
AGACTCATCTTTCATGGGTTCTCC

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DS 

RD RR1AC87JQ 791 0 0
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ACATATGTAAAGAAACACACCATAGGCTTAACCACACATATCAAGCAAGATTACTTCACA
GAATTCAGGGGCAAAACTGTAATATAGCATTCTCCCCCAATAAGAAAGTTCCATTCCTCA
GACAAGGGTCCCACCCTTGACAAACTCGGTAAACGCCAACGCGACCAAACCAAGCATCGC
GAAACGCCCGTTCCAGAGCTCAGCGTCGGACGTCATGAAACCTTTGGACTTAGACTCGGC
GGTGATACCTTTGAAAAGGGGTACAAGGGACGCAAGTGTCAAGATCGCAGTCGTACCGAG
GAACCACGAGACGCCACCGTCAGAGATCTGAGCCAAAACGTTTTCACCCTTGGAAAGTTC
AACCGCCAAGGCCGCCACGAACCCAACCATCGCTAAACGCCCGTTTATTCTTTCTGGTGC
TGGACCGCTAAATGCTAGCAAGTCGCTAAACTTCGTGCTCACCTTTGGTTTAGTAGGACG
TGGAGGAGGTGGAGGAGGTGATGAACTAGACAAAGGCTGAGCAGCGGAGGTGGAAGGTGC
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CTTGAGATTTGGGAAGTTTGCGGCGAAGAAGAGCTTGTTTGTGTTGATCTTGCGAGTGGC
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GGTGTTTGAAT

QA 1 791 1 791
DS 

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CCAGAGCTCAGCGTCGGACGTCATGAAACCTTTGGACTTAGACTCGGCGGTGATACCTTT
GAAAAGGGGTACAAGGGACGCAAGTGTCAAGATCGCAGTCGTACCGAGGAACCACGAGAC
GCCACCGTCAGAGATCTGAGCCAAAACGTTTTCACCCTTGGAAAGTTCAACCGCCAAGGC
CGCCACGAACCCAACCATCGCTAAACGCCCGTTTATTCTTTCTGGTGCTGGACCGCTAAA
TGCTAGCAAGTCGCTAAACTTCGTGCTCACCTTTGGTTTAGTAGGACGTGGAGGAGGTGG
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CATGGGTTCTCCCTCAGCCATGCACCTCACTCCAACCGGATAATTCCTCTTGAGATTTGG
GAAGTTTGCGGCGAAGAAGAGCTTGTTTGTGTTGATCTTACGAGTGGCCAACCCACTGGC
GAAGACTGACTGCATGTTAACCGATGCTGTTGCCATTTC
C

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DS 

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AAAAGGGGTACAAGGGACGCAAGTGTCAAGATCGCAGTCGTACCGAGGAACCACGAGACG
CCACCGTCAGAGATCTGAGCCAAAACGTTTTCACCCTTGGAAAGTTCAACCGCCAAGGCC
GCCACGAACCCAACCATCGCTAAACGCCCGTTTATTCTTTCTGGTGCTGGACCGCTAAAT
GCTAGCAAGTCGCTAAACTTCGTGCTCACCTTTGGTTTAGTAGGACGTGGAGGAGGTGGA
GGAGGTGATGAACTAGACAAAGGCTGAGCAGCGGAGGTGGAAGGTGCAGACTCATCTTTC
ATGGGTTCTCCCTCAGCCATGCACCTCACTCCAACCGGATAATTCCTCTTGAGATTTGGG
AAGTTTGCGGCGAAGAAGAGCTTGTTTGTGTTGATCTTGCGAGTGGCCAACCCACTGGCG
AAGACTGACTGCATGTTAACCGATGCTGTTGCCATTTCTAAAACTTTGGTGTTTGAATGA
AATACAGGAGAAAGTATGAAATAAAGGCTATTAACTGTGAGGTGGATCTTAGATGTAGAG
TTGGTATCC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1B845TF 677 0 0
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GAAACGCCCGTTCCAGAGCTCAGCGTCGGACGTCATGAAACCTTTGGACTTAGACTCGGC
GGTGATACCTTTGAAAAGGGGTACAAGGGACGCAAGTGTCAAGATCGCAGTCGTACCGAG
GAACCACGAGACGCCACCGTCAGAGATCTGAGCCAAAACGTTTTCACCCTTGGAAAGTTC
AACCGCCAAGGCCGCCACGAACCCAACCATCGCTAAACGCCCGTTTATTCTTTCTGGTGC
TGGACCGCTAAATGCTAGCAAGTCGCTAAACTTCGTGCTCACCTTTGGTTTAGTAGGACG
TGGAGGAGGTGGAGGAGGTGATGAACTAGACAAAGGCTGAGCAGCGGAGGTGGAAGGTGC
AGACTCATCTTTCATGGGTTCTCCCTCAGCCATGCACCTCACTCCAACCGGATAATTCCT
CTTGAGATTTGGGAAGTTTGCGGCGAAGAAGAGCTTGTTTGTGTTGATCTTGCGAGTGGC
CAACCCACTGGCGAAGACTGACTGCATGTTAACCGATGCTGTTGCCATTTCTAAAACTTT
GGTGTTTGAATGAAATACAGGAGAAAGTATGAAATAAAGGCTATTAACTGTGAGGTGGAT
CTTAGATGTAGAGTT
CC

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DS 

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CTCAGCGTCGGACGTCATGAAACCTTTGGACTTAGACTCGGCGGTGATACCTTTGAAAAG
GGGTACAAGGGACGCAAGTGTCAAGATCGCAGTCGTACCGAGGAACCACGAGACGCCACC
GTCAGAGATCTGAGCCAAAACGTTTTCACCCTTGGAAAGTTCAACCGCCAAGGCCGCCAC
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CAAGTCGCTAAACTTCGTGCTCACCTTTGGTTTAGTAGGACGTGGAGGAGGTGGAGGAGG
TGATGAACTAGACAAAGGCTGAGCAGCGGAGGTGGAAGGTGCAGACTCATCTTTCATGGG
TTCTCCCTCAGCCATGCACCTCACTCCAACCGGATAATTCCTCTTGAGATTTGGGAAGTT
TGCGGCGAAGAAGAGCTTGTTTGTGTTGATCTTGCGAGTGGCCAACCCACTGGCGAAGAC
TGACTGCATGTTAACCGATGCTGTTGCCATTTCTAAAACTTTGGTGTTTGAATGAAATAC
AGGAGAAAGTATGAAATAAAGGCTATTAACTGTGAGGTGGATCTTAGATGTAGAGTT
GGTATCC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 8

CO CL747Contig1 1515 8 17 U
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TAAACAATGGTCTCTCTTCTCGGAACATCTTCTTCCTCAATCTTGTCTTGCCCTCCTCGT
CTTTCTTCAACACCTTTAACATCCCCTCTCTGCTTCCGACCAGGTAACAGTTTTGGAGGA
AAGTTATACAGAAGAATACAATCAGAGCCAAAGAAGAACAGATCTCATCACCATGTCGTG
GTTACAAATGTCGCCACTGGGATCAATTCTATAGAACAAGCAAAAAAGATTGACACAAAG
GAAAGTGCAAGGCCTGTGTATCCCTTCGCTGCTATAGTTGGTCAAGACGAGATGAAGCTA
TGCCTTTTGTTAAACGTCATCGACCCTAAGATAGGCGGTGTGATGATCATGGGAGACAGA
GGAACCGGCAAATCAACAACCGTTAGATCTTTAGTCGATCTTCTCCCCGAGATCAAGGTC
GTTGCTGGTGACCCTTATAACTCTGACCCTAGAGATCCTGAGTTTATGGGGAAGGAAGTG
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GATCTTCCTCTAGGTGCTACTGAAGATAGAGTCTGCGGAACGATCGATATCGAAAAGGCT
TTAACAGAAGGTGTTAAGGCCTTTGAGCCAGGGCTGCTGGCTAAAGCTAATAGAGGGATT
CTTTATGTGGATGAGGTTAACCTCTTGGATGATCATTTGGTTGATGTTCTTCTTGATTCA
GCTGCGTCTGGTTGGAACACTGTTGAGAGAGAAGGGATCTCCATCTCTCATCCGGCGAGG
TTTATCCTCATTGGTTCAGGGAATCCGGAGGAAGGAGAGCTTAGACCGCAGCTTCTCGAT
AGGTTTGGTATGCACGCGCAAGTAGGGACGGTTAGAGACGCTGAGCTGAGAGTAAAGATC
GTTGAAGAGAGAGCTCGTTTTGATAGTAACCCAAAGGAGTTTCGAGAGTCTTATCTAGAG
GAGCAGATGAAGCTTCAGGAGCAGATTACGTGTGCCAGAAGCAATCTCTCTGAAGTCGAG
ATCGATCAAGATTTGAAAGTGAAGATCTCGAGGGTCTGCGCTGAGCTCGACGTTGATGGT
TTGAGAGGTGACATTGTGACGAACAGAGCTGCGAGAGCGCTGGCTGCGCTCAAAGGAAGA
GATCACGTGACAGCAGAAGATGTTGGTATAGTTATACCCAATTGCTTGAGACACCGTCTT
AGGAAAGATCCTCTTGAGTCTATGGATTCAGGAATTGTCGTTTCAGAGAAGTTCTACGAG
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TTTTTTTAAATAAAGATACATTTTCAAGAAGGTTGTTTCCAGAAGCTTGGCTTGAGTTCT
TGAAACTCAGGAGATCTCTGGTAAACAATGGAGGCAACTCTGATCAGAATACCAGCGGTG
AGTGCCCATGTAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW02TF U 1
AF RR1G678TF U 12
AF RR1BA87TF U 11
AF RR1EW08TF U 61
AF RR1EW02JQ C 655
AF RR1EW08JQ C 683
AF RR1G678JQ C 685
AF RR1BA87JQ C 731
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BS 670 670 RR1BA87TF
BS 671 677 RR1EW02TF
BS 678 678 RR1EW08TF
BS 679 718 RR1EW02TF
BS 719 735 RR1BA87TF
BS 736 736 RR1EW02JQ
BS 737 761 RR1BA87TF
BS 762 796 RR1EW08TF
BS 797 797 RR1EW02JQ
BS 798 810 RR1EW08TF
BS 811 1405 RR1EW02JQ
BS 1406 1515 RR1BA87JQ

RD RR1EW02TF 718 0 0
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TAAACAATGGTCTCTCTTCTCGGAACATCTTCTTCCTCAATCTTGTCTTGCCCTCCTCGT
CTTTCTTCAACACCTTTAACATCCCCTCTCTGCTTCCGACCAGGTAACAGTTTTGGAGGA
AAGTTATACAGAAGAATACGATCAGAGCCAAAGAAGAACAGATCTCATCACCATGTCGTG
GTTACAAATGTCGCCACTGGGATCAATTCTATAGAACAAGCAAAAAAGATTGACACAAAG
GAAAGTGCAAGGCCTGTGTATCCCTTCGCTGCTATAGTTGGTCAAGACGAGATGAAGCTA
TGCCTTTTGTTAAACGTCATCGACCCTAAGATAGGCGGTGTGATGATCATGGGAGACAGA
GGAACCGGCAAATCAACAACCGTTAGATCTTTAGTCGATCTTCTCCCCGAGATCAAGGTC
GTTGCTGGTGACCCTTATAACTCTGACCCTAGAGATCCTGAGTTTATGGGGAAGGAAGTG
AGAGAGAGAGTTCAAAGAGGTGAAGAGCTTGATGTCATGGAGACCAAGATCAACATGGTT
GATCTTCCTCTAGGTGCTACTGAAGATAGAGTCTGCGGAACGATCGATATCGAAAAG*CT
TTAACAGAAAGTGTTAA*GCCTTTGAGCCAGGGCTGCTGGCTAAAGCTAATAGAGGGA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1G678TF 663 0 0
GG
GTTGGAAGAGAAAGTAACGAAACCAGAGAAAGCTTTAGAGCTCTCACTAAACAATGGTCT
CTCTTCTCGGAACATCTTCTTCCTCAATCTTGTCTTGCCCTCCTCGTCCTTCTTCAACAC
CTTTAACATCCCCTCTCTGCTTCCGACCAGGTAACAGTTTTGGAGGAAAGTTATACAGAA
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CCACTGGGATCAATTCTATAGAACAAGCAAAAAAGATTGACACAAAGGAAAGTGCAAGGC
CTGTGTATCCCTTCGCTGCTATAGTTGGTCAAGACGAGATGAAGCTATGCCTTTTGTTAA
ACGTCATCGACCCTAAGATAGGCGGTGTGATGATCATGGGAGACAGAGGAACCGGCAAAT
CAACAACCGTTAGATCTTTAGTCGATCTTCTCCCCGAGATCAAGGTCGTTGCTGGTGACC
CTTATAACTCTGACCCTAGAGATCCTGAGTTTATGGGGAAGGAAGTGAGAGAGAGAGTTC
AAAGAGGTGAAGAGCTTGATGTCATGGAGACCAAGATCAACATGGTTGATCTTCCTCTAG
GTGCTACTGAAGATAGAGTCTGCGGAACGATCGATATCGAAAAG*CTTTAACAGAA
GTGTT

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DS 

RD RR1BA87TF 751 0 0
GGG
GTTGGAAGAGAAAGTAACGAAACCAGAGAAAGCTTTAGAGCTCTCACTAAACAATGTTCT
CTCTTCTCGGAACATCTTCTTCCTCAATCTTGTCTTGCCCTCCTCGTCTTTCTTCAACAC
CTTTAACATCCCCTCTCTGCTTCCGACCAGGTAACAGTTTTGGAGGAAGGTTATACAGAA
GAATACAATCAGAGCCAAAGAAGAACAGATCTCATCACCATGTCGTGGTTACAAATGTCG
CCACTGGGATCAATTCTATAGAACAAGCAAAAAAGATTGACACAAAGGAAAGTGCAAGGC
CTGTGTATCCCTTCGCTGCTATAGTTGGTCAAGACGAGATGAGGCTATGCCTTTTGTTAA
ACGTCATCGACCCTAAGATAGGCGGTGTGATGATCATGGGAGACAGAGGAACCGGCAAAT
CAACAACCGTTAGATCTTTAGTCGATCTTCTCCCCGAGATCAAGGTCGTTGCTGGTGACC
CTTATAACTCTGACCCTAGAGATCCTGAGTTTATGGGGAAGGAAGTGAGAGAGAGAGTTC
AAAGAGGTGAAGAGCTTGATGTCATGGAGACCAAGATCAACATGGTTGATCTTCCTCTAG
GTGCTACTGAAGATAGAGTCTGCGGAACGATCGATATCGAAAAGGCTTTAACAGAAGGTG
TTAAAGCCTTTGAGCCAGGGCTGCTGGCTAAAGCTAATAGAGGGATTCTTTATGTGGATG
AG*TTAACCTCTTGGATGATCATTTGGT

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DS 

RD RR1EW08TF 750 0 0
G
AAACAATGGTCTCTCTTCTCGGAACATCTTCTTCCTCAATCTTGTCTTGCCCTCCTCGTC
TTTCTTCAACACCTTTAACATCCCCTCTCTGCTTCCGACCAGGTAACAGTTTTGGAGGAA
AGTTATACAGAAGAATACAATCAGAGCCAAAGAAGAACAGATCTCATCACCATGTCGTGG
TTACAAATGTCGCCACTGGGATCAATTCTATAGAACAAGCAAAAAAGATTGACACAAAGG
AAAGTGCAAGGCCTGTGTATCCCTTCGCTGCTATAGTTGGTCAAGACGAGATGAAGCTAT
GCCTTTTGTTAAACGTCATCGACCCTAAGATAGGCGGTGTGATGATCATGGGAGACAGAG
TAACCGGCAAATCAACAACCGTTAGATCTTTAGTCGATCTTCTCCCCGAGATCAAGGTCG
TTGCTGGTGACCCTTATAACTCTGACCCTAGAGATCCTGATTTTATGGGGAAGGAAGTGA
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ATCTTCCTCTAGGTGCTACTGAAGATAGAGTCTGCGGAACGATCGATATCGAAAAGGCTT
TAACAGAAGGTGTTAAGGCCTTTGAGCCAGGGCTGCTGGCTAAAGCTAATAGAGGGATTC
TTTATGTGGATGAG*TTAACCTCTTGGATGATCATTTGGTTGATGTTCTTCTTGATTCAG
CTGCGTCTGGTTGGA*CACTGTTGAGAGA

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DS 

RD RR1EW02JQ 751 0 0
AAG
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AGGTTTATCCTCATTGGTTCAGGGAATCCGGAGGAAGGAGAGCTTAGACCGCAGCTTCTC
GATAGGTTTGGTATGCACGCGCAAGTAGGGACGGTTAGAGACGCTGAGCTGAGAGTAAAG
ATCGTTGAAGAGAGAGCTCGTTTTGATAGTAACCCAAAGGAGTTTCGAGAGTCTTATCTA
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GGTTTGAGAGGTGACATTGTGACGAACAGAGCTGCGAGAGCGCTGGCTGCGCTCAAAGGA
AGAGATCACGTGACAGCAGAAGATGTTGGTATAGTTATACCCAATTGCTTGAGACACCGT
CTTAGGAAAGATCCTCTTGAGTCTATGGATTCAGGAATTGTCGTTTCAGAGAAGTTCTAC
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GTTTTTTTTTAAATAAAGATACATTTTC

QA 4 751 4 751
DS 

RD RR1EW08JQ 723 0 0
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TCTTGGATGATCATTTGGTTGATGTTCTTCTTGATTCAGCTGCGTCTGGTTGGAACACTG
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ATCCGGAGGAAGGAGAGCTTAGACCGCAGCTTCTCGATAGGTTTGGTATGCACGCGCAAG
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TTGGTATAGTTATACCCAATTGCTTGAGACACCGTCTTAGGAAAGATCCTCTTGAGTCTA
TGGATTCAGGAATTGTCGTTTCAGAGAAGTTCTACGAGGTGTTCAGCTAAAAGAGTACTT
TGTTTTCGCTTTATTATTACAAGGATAAGTTTCATGTTTTTTTTTAAATAAAGATACATT
TTC

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DS 

RD RR1G678JQ 725 0 0
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TTGGATGATCATTTGGTTGATGTTCTTCTTGATTCAGCTGCGTCTGGTTGGAACACTGTT
GAGAGAGAAGGGATCTCCATCTCTCATCCGGCGAGGTTTATCCTCATTGGTTCAGGGAAT
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ATTACGTGTGCCAGAAGCAATCTCTCTGAAGTCGAGATCGATCAAGATTTGAAAGTGAAG
ATCTCGAGGGTCTGCGCTGAGCTCGACGTTGATGGTTTGAGAGGTGACATTGTGACGAAC
AGAGCTGCGAGAGCGCTGGCTGCGCTCAAAGGAAGAGATCACGTGACAGCAGAAGATGTT
GGTATAGTTATACCCAATTGCTTGAGACACCGTCTTAGGAAAGATCCTCTTGAGTCTATG
GATTCAGGAATTGTCGTTTCAGAGAAGTTCTACGAGGTGTTCAGCTAAAAGAGTACTTTG
TTTTCGCTTTATTATTACAAGGATAAGTTTCATGTTTTTTTT*AAATAAAGATACATTTT
C
AAGC

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1BA87JQ 785 0 0
ATGAGGTTAACCTCTTGGATGATCATTTGGTTGAGGTTCTTCTTGATTCAGCTGCGTCTG
GTTGGAACACTGTTGAGAGAGAAGGGATCTCCATCTCTCATCCGGCGAGGTTTATCCTCA
TTGGTTCAGGGAATCCGGAGGAAGGAGAGCTTAGACCGCAGCTTCTCGATAGGTTTGGTA
TGCACGCGCAAGTAGGGACGGTTAGAGACGCTGAGCTGAGAGTAAAGATCGTTGAAGAGA
GAGCCCGTTTTGATAGTAACCCAAAGGAGTTTCGAGAGTCTTATCTAGAGGAGCAGATGA
AGCTTCAGGAGCAGATTACGTGTGCCAGAAGCAATCTCTCTGAAGTCGAGATCGATCAAG
ATTTGAAAGTGAAGATCTCGAGGGTCTGCGCTGAGCTCGACGTTGATGGTTTGAGAGGTG
ACATTGTGACGAACAGAGCTGCGAGAGCGCTGGCTGCGCTCAAAGGAAGAGATCACGTGA
CAGCAGAAGATGTTGGTATAGTTATACCCAATTGCTTGAGACACCGTCTTAGGAAACATC
CTCTTGAGTCTATGGATTCAGGAATTGTCGTTTCAGAGAAGTTTTACGAGGTGTTCAGCT
AAAAGAGTACTTTGTTTTCGCTTTATTATTACAAGGATAAGTTTCATGTTTTTTTTTAAA
TAAAGATACATTTTCAAGAAGGTTGTTTCCAGAAGCTTGGCTTGAGTTCTTGAAACTCAG
GAGATCTCTGGTAAACAATGGAGGCAACTCTGATCAGAATACCAGCGGTGAGTGCCCATG
TAACG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 2 7

CO CL748Contig1 987 3 4 U
CCTAGTAGAAAATCTCAAATAGAATAGGAGTAGTCTGTTATTAAGTTTATTACAACTCTT
AATTTATGAGCCTCAAATGTCAGAAAACATTTAAAAACAACCAACAATAGAGAAGGGTTT
ATTCTGAAACTGCAGCGGCCCTCAACATTGTGTGGAGAGATTTAAGCTCTCTTGGCAACA
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TCACCAAACTGACTGTCACTGCCACCAAACTGCTCATCGCCAGCGCTTTCAAGCTGATGA
TCAGTACCATTGCCTAGTGGTTCGTTGCTGCTAAACTTGTCATCAAAGCCAGCGCTAGAA
GAACTGCCTTGGGCAAAGTTGTCACTTCCACCAACACCACCAGCGACACCATAGCCATCA
CCACCGGAATTGCCACCATAAGGAGAGTTACCTCCATAACCACCACCGCCTCCTCCATAA
CCGCCTGGAGCACCATAACCACCACCGCCTCCATAACCACCGCCTGGAGCACCATAACCA
CCACCAGGACCACCGAACCCTCTTCCTCCAAATCCACTTCCTCTTTCAGTAGCGTAGTTC
ACTCTAATTCTTCGAGCATGAAGGTCCTGTCCATCCAACTGCATTGCATTACTAGCTTCC
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ATAATTTTCGCATCAACAACTTCTCCATATTTGCTAAAAGCTTCTCTTAAGCCAAACCCA
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TGCAGCATTATTGAGTTAGAGGCAGAGACATGGGTGCTAGTCTGCCTAAATATCCTTCCA
ACTTTACTTAAGAAAGCCATGTGTTTGCGTCTCTTCACTCTCTAGGGTTTTTAGGCGTTT
GAACGATCTGTCTGGAAGCGTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX46JQ U 1
AF RR1D577JQ U 32
AF RR1DX46TF C 373
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TCACCAAACTGACTGTCACTGCCACCAAACTGCTCATCGCCAGCGCTTTCAAGCTGATGA
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ACTCTAATTCTTCGAGCATGAAGGTCCTGTCCATCCAACTGCATTGCATTACTAGCTTCC
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G
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TGGAGAGATTTAAGCTCTCTTGGCAACATCACCATCGTCAGTCTGATCAAACCCGTCTGG
ACCAGCCTCTGTTTGACCCTTCTCTGAGTCACCAAACTGACTGTCACTGCCACCAAACTG
CTCATCGCCAGCGCTTTCAAGCTGATGATCAGTACCATTGCCTAGTGGTTCGTTGCTGCT
AAACTTGTCATCAAAGCCAGCGCTAGAAGAACTGCCTTGGGCAAAGTTGTCACTTCCACC
AACACCACCAGCGACACCATAGCCATCACCACCGGAATTGCCACCATAAGGAGAGTTACC
TCCATAACCACCAGC***TCCTCCATAACCGCCTGGAGCACCATAACCACCACCGCCTCC
ATAACCACCGCCTGGAGCACCATAACCACCACCAGGACCACCGAACCCTCTTCCTCCAAA
TCCACTTCCTCTTTCAGTAGCGTAGTTCACTCTAATTCTTCGACCATGAAGGTCCTGTCC
ATCCAACTGCATTGCATTACTAGCTTCCTCGGTTGAAGTAAACGTTACGAAAGCAAAACC
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GCTAAAAGCTTCTCTTAAGCCAAACTCATCAGTGCT

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DS 

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CCATAACCACCACCGCCTCCATAACCACCGCCTGGAGCACCATAACCACCACCAGGACCA
CCGAACCCTCTTCCTCCAAATCCACTTCCTCTTTCAGTAGCGTAGTTCACTCTAATTCTT
CGAGCATGAAGGTCCTGTCCATCCAACTGCATTGCATTACTAGCTTCCTCGGTTGAAGTA
AACGTTACGAAAGCAAAACCCCTCGATCTACCAGTTTCACGGTCCACGATAATTTTCGCA
TCAACAACTTCTCCATATTTGCTAAAAGCTTCTCTTAAGCCAAACCCATCAGTGCTGTAG
GAGATACCTCCAACAAAGATTTTGGAAGAAGACATGCAACGGATGCTTTGCAGCATTATT
GAGTTAGAGGCAGAGACATGGGTGCTAGTCTGCCTAAATATCCTTCCAACTTTACTTAAG
AAAGCCATGTGTTTGCGTCTCTTCACTCTCTAGGGTTTTTAGGCGTTTGAACGATCTGTC
TGGAAGCGTCTTTCC

QA 1 615 1 615
DS 



CO CL748Contig2 1072 4 11 U
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GTCTCTGCCTCTAACTCAATAATGCTGCAAAGCATCCGTTGCATGTCTTCTTCCAAAATC
TTTGTTGGAGGTATCTCCTACAGCACTGATGAGTTTGGCTTAAGAGAAGCTTTTAGCAAA
TATGGAGAAGTTGTTGATGCGAAAAATATCGTGGACCGTGAAACTGGTAGATCGAGGGGT
TTTGCTTTCGTAACGTTTACTTCAACCGAGGAAGCTAGTAATGCAATGCAGTTGGATGGA
CAGGACCTTCATGGTCGAAGAATTAGAGTGAACTACGCTACTGAAAGAGGAAGTGGATTT
GGAGGAAGAGGGTTCGGTGGTCCTGGTGGTGCTTATGGTGCTCCAGGCGGTGGTTATGGA
GGCGGTGGTGGTTATGGTGCTCCAGGCGGTTATGGAGGAGGCGGTGGTGGTTATGGTGCT
CCAGCTGGTGGTTATGGAGGAGGCGGTGCTGGTGGCTATGATGCTCCAGCTGGTGGTTAT
GGAGGTAACTCTCCTTATGGTGGCAATTCCGGTGGTGATGGCTATGGTGTCGCTTGTGGT
GTTGGTGGAAGTGACAACTTTGCCCAAGGCAGTTCTTCTAGCGCTGGCTTTGATGACAAG
TTTAGCAGCAACGAACCACTAGGCAATGGTACTGATCATCAGCTTGAAAGCGCTGGCGAT
GAGCAGTTTGGTGGCAGTGACAGTCAGTTTGGTGACTCAGAGAAGGGTCAAACAGAGGCT
GGTCCAGACGGGTTTGATCAGACTGACGATGGTGATGTTGCCAAGAGAGCTTAAATCTCT
CCACACAATGTTGAGGGCCGCTGCAGTTTCAGAATAAACCCTTCTCTATTGTTGGTTGTT
TTTAAATGTTTTCTGACATTTGAGGCTCATAAATTAAGAGTTGTAATAAACTTAATAACA
GACTACTCCTATTCTATTTGAGATTTTCTACTAGGAATTGATAAGATACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FO49TF U 1
AF RR1CS67TF U 14
AF RR1FO49JQ C 317
AF RR1CS67JQ C 371
BS 1 265 RR1FO49TF
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RD RR1FO49TF 588 0 0
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TTTGCTTTCGTAACGTTTACTTCAACCGAGGAAGCTAGTAATGCAATGCAGTTGGATGGA
CAGGACCTTCATGGTCGAAGAATTAGAGTGAACTACGCTACTGAAAGAGGAAGTGGATTT
GGAGGAAGAGGGTTCGGTGGTCCTGGTGGTGCTTATGGTGCTCCAGGCGGTGGTTATGGA
GGCGGTGGTGGTTATGGTGCTCCAGGCGGTTATGGAGGAGGCGGTGGTGGTTATGGTGCT
CCAGCTGGTGGTTATGGAGGAGGCGGTGCTGGTGGCTATGATGCTCCA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1CS67TF 758 0 0
GG
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TTCTTAAGTAAAGTTGGAAGGATATTTAGGCAGACTAGCACCCATGTCTCTGCCTCTAAC
TCAATAATGCTGCAAAGCATCCGTTGCATGTCTTCTTCCAAAATCTTTGTTGGAGGTATC
TCCTACAGCACTGATGAGTTTGGCTTAAGAGAAGCTTTTAGCAAATATGGAGAAGTTGTT
GATGCGAAAAAT*TCGTGGACCGTGAAACTGGTAGATCGAGGGGTTTTTCTTTCGTAACG
TTTACTTCAACCGAGGAAGCTAGTAATGCAATGCAGTTGGATGGACAGGACCTTCATGGT
CGAAGAATTAGAGTGAACTACGCTACTGAAAGAGGAAGTGGATTTGGAGGAAGAGGGTTC
GGTGGTCCTGGTGGTGGTTATGGTGCTCCAGGCGGTGGTTATGGAGGCGGTGGTGGTTAT
GGTGCTCCAGGCGGTTATGGAGGAGGCGGTGGTGGTTATGGTGCTCCAGCTGGTGGTTAT
GGAGGAGGCGGTGCTGGTGGCTATGATGCTCCAGCTGGTGGTTATGGAGGTAACTCTCCT
TATGGTGGCAATTCCGGTGGTGATGGCTATGGTGTCGCTTGTGGTGTTGGTGGAAGTGAC
AACTTTGCCCAAG*CAGTTCTTCTAGCGCTGGCTTTGATGACAAGTT*AGCAGCAACGAA
CCACTAGGCA*TGGTACTGATCATCAGCTTGAAAGC

QA 3 758 3 758
DS 

RD RR1FO49JQ 756 0 0
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GAGGAGGCGGTGCTGGTGGCTATGATGCTCCAGCTGGTGGTTATGGAGGTAACTCTCCTT
ATGGTGGCAATTCCGGTGGTGATGGCTATGGTGTCGCTGGTGGTGTTGGTGGAAGTGACA
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CACTAGGCAATGGTACTGATCATCAGCTTGAAAGCGCTGGCGATGAGCAGTTTGGTGGCA
GTGACAGTCAGTTTGGTGACTCAGAGAAGGGTCAAACAGAGGCTGGTCCAGACGGGTTTG
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CATTTGAGGCTCATAAATTAAGAGTTGTAATAAACTTAATAACAGACTACTCCTATTCTA
TTTGAGATTTTCTACTAGGAATTGATAAGATACTTC

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DS 

RD RR1CS67JQ 702 0 0
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GTTATGGAGGAGGCGGTGCTGGTGGCTATGATGCTCCAGCTGGTGGTTATGGAGGTAACT
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GTGACAACTTTGCCCAAGGCAGTTCTTCTAGCGCTGGCTTTGATGACAAGTTTAGCAGCA
ACGAACCACTAGGCAATGGTACTGATCATCAGCTTGAAAGCGCTGGCGATGAGCAGTTTG
GTGGCAGTGACAGTCAGTTTGGTGACTCAGAGAAGGGTCAAACAGAGGCTGGTCCAGACG
GGTTTGATCAGACTGACGATGGTGATGTTGCCAAGAGAGCTTAAATCTCTCCACACAATG
TTGAGGGCCGCTGCAGTTTCAGAATAAACCTTTCTCTATTGTTGGTTGTTTTTAAATGTT
TTCTGACATTTGAGGCTCATAAATTAAGAGTTGTAATAAACTTAATAACAGACTACTCCT
ATTCTATTTGAGATTTTCTACTAGGAATTGATAAGATACTTC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 2 8

CO CL749Contig1 1172 3 6 U
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GTTACTCAAACTCTCTTAGCTTTTTGGAAGCAAAGCCTTCTTCCTTATTCTTCTCCAGCT
TACCCTCTCTTCGCTCTCTCTTCACTCCCTTGGATTTATCAGCCAATGGAATTTTTCCAA
CCTCCTGCTCAGGAATATAAACCCTCCCTAACTTCCCTAGCACATCATTTTGATCAACAT
TCTTCACCTTCTTCTTGGGCTTATCTTTAGATGATCTCATGGCTTCTTTCCTTAGGCCTT
CGTTGGGAAGACGGTTACGACGGATAACCAAGTCCATGGATGGACCAACTTCAACAAGCT
**ATCCTAGGCACGATGGTCCCTGACTTTTTAAGCTTAATAGCGCAGTGAGTAAGAAAAA
CCTTAGTAGGTGATATCGCTGTGCATATGTAAGCACGGTCTAGTCCAGTAAGATTTAAAT
TCTCCACAACCTCCCCCCGAAAGAAATCAGTGAGGACTTCTTTAAGCTGCTTGAGCTCAG
GTACATTGTCAAAACCTTCTCCAGTAAAGCAAATAAAAGGCTTTGATCCTTCATGAGGTG
CAATCTTCTTGTCGTAGGAAAAGGAAAGCAGAGATTTAAAGTTCTCAATCCCAACTTCTA
TAAGATCGTAGACATGGTGATCATACATTCTGCCCAGCACCAGATTGTCAGGTCTTTTCT
TTGTGTGAGACCCATACACAAAGATGCTACAGTCGGTCTTGAGAGAGAAGAACTCGAGAG
AGGTTTCACCTCCACTCTCAAAGGGCCTAATGTTCTCATTCCTCCTCGAGTATTTGATGG
CACCTCCCTTCTTCAAACGGTACAGCTCCATCAACACAGAGCTAACTGTAGCGCCCGTCT
TTGTTCCGTGAAGTATCAATGTCTTCTTCCCGTTCTCAACCAACTTAGGAGCTCGCTTTT
CGAGTACACGCTTGGCTTTGTGGGTCTTCGGAGTTCGTATTTCCATCATGACTGGTGGTT
TTCCTGCAAAGCGACGGCTCGGCTCAGAGGAAGAAAGAGGTTTTTCAATTCAAATGATAT
GAAGAGGAGGAGGGGGAGGAGGAGGAGACTCC


BQ
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AF RR1H444JQ U 1
AF RR1A320JQ U 1
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TACCCTCTCTTCGCTCTCTCTTCACTCCCTTGGATTTATCAGCCAATGGAATTTTTCCAA
CCTCCTGCTCAGGAATATAAACCCTCCCTAACTTCCCTAGCACATCATTTTGATCAACAT
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CCTTAGTAGGTGATATCGCTGTGCATATGTAAGCACGGTCTAGTCCAGTAAGATTTAAAT
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QA 1 768 1 768
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AAGATCGTAGACATGGTGATCATACATTCTGCCCAGCACCAGATTGTCAGGTCTTTTCTT
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GAGTACACGCTTGGCTTTGTGGGTCTTCGGAGTTCGTATTTCCATCATGACTGGTGGTTT
TCCTGCAAAGCGACGGCTCGGCTCAGAGGAAGAAAGAGGTTTTTCAATTCAAATGATATG
AAGAGGAGGAGGGGGAGGAGGAGGAGACTCC

QA 1 811 1 811
DS 



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GATGAGATGATATTGCAGTGTAACATGTCTTTTTTCTTAAAAGGGCCCATCCCAATGGAC
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G663TF U 1
AF RR1CQ71TF U 3
AF RR1BW66TF U 192
AF RR1CQ71JQ C 480
AF RR1BW66JQ C 558
BS 1 154 RR1G663TF
BS 155 155 RR1CQ71TF
BS 156 357 RR1G663TF
BS 358 358 RR1CQ71TF
BS 359 423 RR1G663TF
BS 424 424 RR1CQ71TF
BS 425 432 RR1G663TF
BS 433 433 RR1CQ71TF
BS 434 549 RR1G663TF
BS 550 550 RR1CQ71TF
BS 551 552 RR1G663TF
BS 553 553 RR1CQ71TF
BS 554 555 RR1G663TF
BS 556 556 RR1CQ71TF
BS 557 558 RR1G663TF
BS 559 559 RR1CQ71TF
BS 560 670 RR1G663TF
BS 671 671 RR1BW66TF
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BS 705 705 RR1BW66TF
BS 706 711 RR1G663TF
BS 712 712 RR1BW66TF
BS 713 737 RR1G663TF
BS 738 839 RR1BW66TF
BS 840 1022 RR1CQ71JQ
BS 1023 1023 RR1BW66JQ
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RD RR1G663TF 737 0 0
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TCACGGAACTAAGACGAGCGCTACGCTTAGCGCTGTGTTGATGGAACTGTACCGTTTGAA
GAAGGGAGGTGCCATCAAGTACTCGAGGAGGAATGAGAATATCAGACCCTTTGAGAGTGG
TGGCGAAACCTCTTTGGAGTTCTTCTCTCTCAAAACTGATTGTAGCATTTTCGCTTATGG
CTCTCACACAAAGAAACGACCTGACAATCTTGTGCTCGGAAGAATGTATGATCACCATGT
CTACGATCTGATTGAAGTTGGGATTGAGAACTTTAAATCTTTGCTGTCGTTTTCCTACGA
CAAGAAAATAGCACCTCATGAAGGATCAAAGCCTTTCATTTGCTTTACTGGAGAAGGTTT
TGAGAATGTGCCAGAGCTTAAGCAGCTTAAAGAAGTCCTCACTGATCTGTTTCGAGGCGA
GGTTGTGGATAATCTAAACCTTACTGGATTAGACCGTGCTTACATATGCACAGCGATATC
GCCTACTAAG*TTTTCCTTACTCACTGCGCTATTAAGCTTAAAA*GTCAGG*ACCATCGT
GCCTAGGATAGAGCTTG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1CQ71TF 733 0 0
GG
AGCGCTCATCGAAAAACCGCTTCTTCGTCTCTCTCGGAGCCCGTCGCTTTGTTGGAAGTC
GCCGGAAAATCACCAGCCATGATGGAAATACGAACTCCGAAGACCCACAAAGCCAAGCGT
GTGCTCGAAAAGCGAGCTCCTAAGCTCGTTCAGAATGGGAAGAGGACATTGATACTTCAC
GGAACTAAGACGAGCGCTACGCTTAGCGCTGTGTTGATGGAACTGTACTGTTTGAAGAAG
GGAGGTGCCATCAAGTACTCGAGGAGGAATGAGAATATCAGACCCTTTGAGAGTGGTGGC
GAAACCTCTTTGGAGTTCTTCTCTCTCAAAACTGATTGTAGCATTTTCGCTTACGGCTCT
CACACAAAGAAACGACCTGACAATCTTGTGCTCGGAAGAATGTATGATCACCATGTCTAT
GATCTGATAGAAGTTGGGATTGAGAACTTTAAATCTTTGCTGTCGTTTTCCTACGACAAG
AAAATAGCACCTCATGAAGGATCAAAGCCTTTCATTTGCTTTACTGGAGAAGGTTTTGAG
AATGTACCTGAACTGAAGCAGCTTAAAGAAGTCCTCACTGATCTGTTTCGAGGCGAGGTT
GTGGATAATCTAAACCTTACTGGATTAGACCGTGCTTACATATGCACAGCGATATCGCCT
ACTAAG*TTTTCCTTACTCACTGCGCTAT*AAGCTTAAAA*GTCAGG*ACCATCGTGC*T
AGGATAGAGCT

QA 3 733 3 733
DS 

RD RR1BW66TF 648 0 0
G
GACGAGCGCTACGCTTAGCGCTGTGTTGATGGAACTGTACCGTTTGAAGAAGGGAGGTGC
CATCAAGTACTCGAGGAGGAATGAGAATATCAGACCCTTTGAGAGTGGTGGCGAAACCTC
TTTGGAGTTCTTCTCTCTCAAAACTGATTGTAGCATTTTCGCTTACGGCTCTCACACAAA
GAAACGACCTGACAATCTTGTGCTCGGAAGAATGTATGATCACCATGTCTATGATCTGAT
AGAAGTTGGGATTGAGAACTTTAAATCTTTGCTGTCGTTTTCCTACGACAAGAAAATAGC
ACCTCATGAAGGATCAAAGCCTTTCATTTGCTTTACTGGAGAAGGTTTTGAGAATGTACC
TGAACTGAAGCAGCTTAAAGAAGTCCTCACTGATCTGTTTCGAGGCGAGGTTGTGGATAA
TCTAAACCTTACTGGATTAGACCGTGCTTACATATGCACAGCGATATCGCCTACTAAGGT
TTTCCTTACTCACTGCGCTATTAAGCTTAAAAAGTCAGGGACCATCGTGCCTAGGATAGA
GCTTGTTGAAGTAGGTCCATCCATGGACTTGGTTATCCGTCGTAACCGTCTTCCCAACGA
AGGCCTAAGGAAAGAAGCGATGAAATCATCTAAAGATAAGCCCAAGA

QA 2 648 2 648
DS 

RD RR1CQ71JQ 721 0 0
ACAAGAAAATAGCACCTCATGAAGGATCAAAGCCTTTCATTTGCTTTACTGGAGAAGGTT
TTGAGAATGTACCTGAACTGAAGCAGCTTAAAGAAGTCCTCACTGATCTGTTTCGAGGCG
AGGTTGTGGATAATCTAAACCTTACTGGATTAGACCGTGCTTACATATGCACAGCGATAT
CGCCTACTAAGGTTTTCCTTACTCACTGCGCTATTAAGCTTAAAAAGTCAGGGACCATCG
TGCCTAGGATAGAGCTTGTTGAAGTAGGTCCATCCATGGACTTGGTTATCCGTCGTAACC
GTCTTCCCAACGAAGGCCTAAGGAAAGAAGCGATGAAATTATCTAAAGATAAGCCCAAGA
AGAAGGTGAAGAATGTTGATCAAGATGATGTACTAGGGAAGAGAGGGAGGATTTATATTC
CTGAGCAGGAGGTTGGAAAAAATCCTTTGCCGGATAAATCAAAGGGAGTGAAGAGAGAGC
GAAGAGAGGGTAAGCTGAAGAAGAATAAGGAAGAAGGGTCTGCTTCCAAAAAGCAAAAAG
GGTTTGAGTAACTCACAAAACCACTTGTGGCTGCATCAAACGACACTTTCGACGTCTAGA
AGATGAGATGATATTGCAGTGTAACATGTCTTTTTTCTTAAAAGGGCCCATCCCAATGGA
CTCTTTCTACTTATGAATGTTTTCTATACGCTAATATTTATCGAGATAGTTTTGTTTTGT
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1BW66JQ 643 0 0
TGAAGCAGCTTAAAGAAGTCCTCACTGATCTGTTTCGAGGCGAGGTTGTGGATAATCTAA
ACCTTACTGGATTAGACCGTGCTTACATATGCACAGCGATATCGCCTACTAAGGTTTTCC
TTACTCACTGCGCTATTAAGCTTAAAAAGTCAGGGACCATCGTGCCTAGGATAGAGCTTG
TTGAAGTAGGTCCATCCATGGACTTGGTTATCCGTCGTAACCGTCTTCCCAACGAAGGCC
TAAGGAAAGAAGCGATGAAATCATCTAAAGATAAGCCCAAGAAGAAGGTGAAGAATGTTG
ATCAAGATGATGTACTAGGGAAGAGAGGGAGGATTTATATTCCTGAGCAGGAGGTTGGAA
AAAATCCTTTGCCGGATAAATCAAAGGGAGTGAAGAGAGAGCGAAGAGAGGGTAAGCTGA
AGAAGAATAAGGAAGAAGGGTCTGCTTCCAAAAAGCAAAAAGGGTCTGAGTAACTCACAA
AACCACTTGTGGCTGCATCAAACGACACTTTCGACGTCTAGAAGATGAGATGATATTGCA
GTGTAACATGTCTTTTTTCTTAAAAGGGCCCATCCCAATGGACTCTTTCTACTTATGAAT
GTTTTCTATACGCTAATATTTATCGAGATAGTTTTGTTTTGTT

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 8

CO CL750Contig1 801 8 21 U
AGGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGGGCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAA
GTCTTATCTCCATCTCGATTCGAGTCAGAGAGAAAGAGAGAGCGATCGAGACGAAAAGGA
GGAAGAAGATAAGCTGAAGCTAAAAGGATGGGTCAAGGAGAAGAAGACAAAAGCAAAGGC
TTCGCTGATGAAGCAGGTACCCAGCATCATCATCATCATCAATACGGTACGTTTCAAGGT
GTTTCCAATTACCCTCCTCCGCGGCCGCAGAACTCTCCTCCGGTCACTGGTTTTCCCCAA
CCCTCTGCTCCCCCTGGAGTTTACGATCCACCCGCTCCTCATTACGCCCACGGGTATCAA
ACCGTTCCAGTATATGGTATTGCTGAAGGAAGACCTGTGCATGTGCGACAACGCCGCCTT
CCTTGCTGTGGAATTGGTCTTGGATGGTTCCTGTTCATAGTTGGGTTTTTCCTTGGAGCA
ATCCCTTGGTACGTTGGAATGTTCATCATGATAGTTGGAAGGAGGATCGACCACAGGGAG
AAGCCAGGATACATTGCTTGCACCATCGCTGCTATTCTTGCAACGATTGCTGTGGTTCTT
GGTGTAACTAAAGGAGCAGAAGACTGGTGATCATTTCAGTCTGTTGTGGTCAAGTCAGAA
CGTTTGTATAGGTGTCGACAAACATTTGGTCTTGTATTATTATATATTCGTGGTGCTTGG
AAAAAAAA*AGATGTAAACTTAACAAAAGATTCGAGTTATTTTTTATTTGCAAGAAAAAT
AAGATTAAAGATGGTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 35 20 20 20 35 35 40 40 30 45 30 30 45 45 30 30 45 30 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
45 45 35 35 35 35 35 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AB36TF U 64
AF RR1CU87TF U 1
AF RR1A238TF U 61
AF RR1CZ26JQ C 414
AF RR1CP28TF U 70
AF RR1F707TF U 64
AF RR1CZ26TF U 70
AF RR1F707JQ C 64
BS 1 66 RR1CU87TF
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RD RR1AB36TF 657 0 0
GG
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TCCAGTATATGGTATTGCTGAAGGAAGACCTGTGCATGTGCGACAACGCCGCCTTCCTTG
CTGTGGAATTGGTCTTGGATGGTTCCTGTTCATAGTTGGGTTTTTCCTTGGAGCAATCCC
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AGGATACATTGCTTGCACCATCGCTGCTATTCTTGCAACGATTGCTGTGGTTCTTGGTGT
AACTAAAGGAGCAGAAGACTGGTGATCATTTCAGTCTGTTGTGGTCAAGTCAGAACGTTT
GTATAGGTGTCGACAAACATTTGGTCTTGTATTATTATATATTCGTGGTGCTTGG

QA 3 657 3 657
DS 

RD RR1CU87TF 722 0 0
AGGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGGGCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAA
GTCTTAAGACCATGT**ATGGGGGT***AGAGAAAGAGAGAGCGATCGAGACGAAAAGGA
GGAAGAAGATAAGCTGAAGCTAAAAGGATGGGTCAAGGAGAAGAAGACAAAAGCAAAGGC
TTCGCTGATGAAGCAGGTACCCAGCATCATCATCATCATCAATACGGTACGTTTCAAGGT
GTTTCCAATTACCCTCCTCCGCGGCCGCAGAACTCTCCTCCGGTCACTGGTTTTCCCCAA
CCCTCTGCTCCCCCTGAAGTTTACGATCCACCCGCTCCTCATTACGCCCACGGGTATCAA
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CCTTGCTGTGGAATTGGTCTTGGATGGTTCCTGTTCATAGTTGGGTTTTTCCTTGGAGCA
ATCCCTTGGTACGTTGGAATGTTCATCATGATAGTTGGAAGGAGGATCGACCACAGGGAG
AAGCCAGGATATATTGCTTGCACCATCGCTGCTATTCTTGCAACGATTGCTGTGGTTCTT
GGTGTAACTAAAGGAGCAGAAGACTGGTGATCATTTCAGTCTGTTGTGGTCAAGTCAGAA
CGTTTGTATAGGTGTCGACAAACATTTGGTCTTGTATTATTATATATTCGTGGTGCTTGG
AA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1A238TF 708 0 0
AAAAT
ATCTCCATCTCGATTCGAGTCAGAGAGAAAGAGAGAGCGATCGAGACGAAAAGGAGGAAG
AAGATAAGCTGAAGCTAAAAGGATGGGTCAAGGAGGAGAAGACAAAAGCAAAGGCTTCGC
TGATGAAGCAGGTACCCAGCATCATCATCATCATCAATACGGTACGTTTCAAGGTGTTTC
CAATTACCCTCCTCCGCGGCCGCAGAACTCTCCTCCGGTCACTGGTTTTCCCCAACCCTC
TGCTCCCCCTGGAGTTTACGATCCACCCGCTCCTCATTACGCCCACGGGTATCAAACCGT
TCCAGTATATGGTATTGCTGAAGGAAGACCTGTGCATGTGCGACAACGCCGCCTTCCTTG
CTGTGGAATTGGTCTTGGATGGTTCCTGTTCATAGTTGGGTTTTTCCTTGGAGCAATCCC
TTGGTACGTTGGAATGTTCATCATGATAGTTGGAAGGAGGATCGACCACAGGGAGAAGCC
AGGATACATTGCTTGCACCATCGCTGCTATTCTTGCAACGATTGCTGTGGTTCTTGGTGT
AACTAAAGGAGCAGAAGACTGGTGATCATTTCAGTCTGTTGTGGTCAAGTCAGAACGTTT
GTATAGGTGTCGACAAACATTTGGTCTTGTATTATTATATATTCGTGGTGCTTGGAAAAA
AA**AGATGTAAACTTAACAAAAGATTCGAGTTATTTTT
TATT

QA 6 704 6 704
DS 

RD RR1CZ26JQ 351 0 0
CCGCCTTCCTTGCTGTGGAATTGGTCTTGGATGGTTCCTGTTCATAGTTGGGTTTTTCCT
TGGAGCAATCCCTTGGTACGTTGGAATGTTCATCATGATAGTTGGAAGGAGGTTCGACCA
CAGGGAGAAGCCAGGATACATTGCTTGCACCATCGCTGCTATTCTTGCAACGATTGCTGT
GGTTCTTGGTGTAACTAAAGGAGCAGAAGACTGGTGATCATTTCAGTCTGTTGTGGTCAA
GTCAGAACGTTTGTATAGGTGTCGACAAACATTTGGTCTTGTATTATTATATATTCGTGG
TGCTTGGAAAAAAAA*AGATGTAAACTTAACAAAAGATTCGAGTTATTTTT

QA 1 351 1 351
DS 

RD RR1CP28TF 653 0 0
GG
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AGCTGAAGCTAAAAGGATGGGTCAAGGAGAAGAAGACAAAAGCAAAGGCTTCGCTGATGA
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CCCTGGAGTTTACGATCCACCCGCTCCTCATTACGCCCACGGGTATCAAACCGTTCCAGT
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AGGAGCAGAAGACTGGTGATCATTTCAGTCTGTTGTGGTCAAGTCAGAACGTTTGTATAG
GTGTCGACAAACATTTGGTCTTGTATTATTATATATTCGTGGTGCTTGGAA

QA 3 653 3 653
DS 

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GG
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GTATAGGTGTCGACAAACATTTGGTCTTGTATTATTATATATTCGTGGTGCTTGGAAAAA
AAA
A

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DS 

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GGAG
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CAGGTACCCAGCATCATCATCATCATCAATACGGTACGTTTCAAGGTGTTTCCAATTACC
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CTGGAGTTTACGATCCACCCGCTCCTCATTACGCCCACGGGTATCAAACCGTTCCAGTAT
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TTGGTCTTGGATGGTTCCTGTTCATAGTTGGGTTTTTCCTTGGAGCAATCCCTTGGTACG
TTGGAATGTTCATCATGATAGTTGGAAGGAGGATCGACCACAGGGAGAAGCCAGGATACA
TTGCTTGCACCATCGCTGCTATTCTTGCAACGATTGCTGTGGTTCTTGGTGTAACTAAAG
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GTCGACAAACATTTGGTCTTGTATTATTATATATTCGTGGTGCTTGGAAAAAAA**AGAT
GTAAACTTAACAAAAGATTCGAGTTATTTTT
ATTTGCAGA

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DS 

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GG
ATCTCCATCTCGATTCGAGTCAGAGAGAAAGAGAGAGCGATCGAGACGAAAAGGAGGAAG
AAGATAAGCTGAAGCTAAAAGGATGGGTCAAGGAGAAGAAGACAAAAGCAAAGGCTTCGC
TGATGAAGCAGGTACCCAGCATCATCATCATCATCAATACGGTACGTTTCAAGGTGTTTC
CAATTACCCTCCTCCGCGGCCGCAGAACTCTCCTCCGGTCACTGGTTTTCCCCAACCCTC
TGCTCCCCCTGGAGTTTACGATCCACCCGCTCCTCATTACGCCCACGGGTATCAAACCGT
TCCAGTATATGGTATTGCTGAAGGAAGACCTGTGCATGTGCGACAACGCCGCCTTCCTTG
CTGTGGAATTGGTCTTGGATGGTTCCTGTTCATAGTTGGGTTTTTCCTTGGAGCAATCCC
TTGGTACGTTGGAATGTTCATCATGATAGTTGGAAGGAGGATCGACCACAGGGAGAAGCC
AGGATACATTGCTTGCACCATCGCTGCTATTCTTGCAACGATTGCTGTGGTTCTTGGTGT
AACTAAAGGAGCAGAAGACTGGTGATCATTTCAGTCTGTTGTGGTCAAGTCAGAACGTTT
GTATAGGTGTCGACAAACATTTGGTCTTGTATTATTATATATTCGTGGTGCTTGGAAAAA
AAAAAGATGTAAACTTAACAAAAGATTCGAGTTATTTTTTATTTGCAAGAAAAATAAGAT
TAAAGATGGTTTGTTT

QA 3 738 3 738
DS 



AS 1 7

CO CL751Contig1 1256 7 4 U
TTGAGTCATCTTGTATGCTCATAAATATATAATTAACTAACAATGTTTTTTTGTTTGGGG
GTAACTAGTTAACGATGTTTTTTTTTGGAAAACTGATTAGTTAACGATGTTGGTTGTTTA
TTATAATTTATTTTGGTACGTTGTTGGTTATTAAGATTACAACAATATAGGATCGTAAGA
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GGCTTTCTCCGAGGGATGAACAAAGTCATAGAAGACGTGACTATGAGGATTTACGCAAGG
TATTATCGCTGTAGGCATACAACAACACCCATTATTGGCATTACTAAATCCGTATCTTCT
ATAATTTTTTATAACATCCATAAGAGTATTGAACATGTCGACATAGACAAATTTTGCACC
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TTCAGCTAATAGATTTCCGAATAAGTTACACCTACCCATGATTCTTGTCATAGGCAAACA
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CATAAAATTTTTGTTCCAACTAGTTAGTTTAGTGGTGTAAGCACCACTCGTCACATATCC
TCGCATGAATGCAGATCGAGTCATAAAAAACGAGATTCCAAGATCATTATTTCCTTGAGA
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TCTAGATGTAACAGGGTCGACTCCTGCACCACCTGATGCGAAACAAACACCAGTTTTAAG
GTCGCTTGGAGCAATGAAAAGCTTACGAGCAGCTGGTAAATTTTTTTAATCCCCAAACCC
TCGGCAATTATATCGGAGAAAACTCTTCCATTTCCGAATCTTCCCGTCGGGATTTTCATA
GTGTAGCTTCTCCCATATGGCCAGATATTTGCTCTCATAAAAGTCATGAGAAAATTGTTG
TTACCGGTATCAAGTATAGAATCTCCAAAAGCCAAAAGCGCAGGAAATGAACCAGCAGTT
ACGGTCGATAAGAAATAAATGGAAGTTATTGCTAACACCAATGTTTTTTTCCTACTCATA
TCTAACATTAAGTTCATTTTGTTTCCTCAAACAAGTGTTTAGATTCTCGTATATCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK28TF C 1
AF RR1FK28JQ U 3
AF RR1EN48JQ U 331
AF RR1CJ39JQ U 103
AF RR1B535JQ U 99
AF RR1EN48TF C 509
AF RR1B535TF C 822
BS 1 2 RR1FK28TF
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BS 851 1256 RR1EN48TF

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GGCTTTCTCCGAGGGATGAACAAAGTCATAGAAGACGTGACTATGAGGATTTACGCAAGG
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TTCAGCTAATAGATTTCCGAATAAGTTACACCTACCCATGATTCTTGTCATAGGCAAACA
TCCAAACGGTATCACTCCCATCACTGCGAATTTTCTGGCTCCTTGATCATACATTTGTTT
CATAAAATTTTTGTTCCAACTAGTTA
C

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1FK28JQ 625 0 0
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ATAATTTATTTTGGTACGTTGTTGGTTATTAAGATTACAACAATATAGGATCGTAAGACT
GAAACTAGGCAAGGCCTCTCTTGATATCCTGGACCAGCCTTTTGGAAATGGTTTTGTAGG
CTTTCTCCGAGGGATGAACAAAGTCATAGAAGACGTGACTATGAGGATTTACGCAAGGTA
TTATCGCTGTAGGCATACAACAACACCCATTATTGGCATTACTAAATCCGTATCTTCTAT
AATTTTTTATAACATCCATAAGAGTATTGAACATGTCGACATAGACAAATTTTGCACCAC
GAAAACCGGCTTCGTTTGGCCAAGTTTTAACACCACTCCTCAATTTTCCGTTGTACCTTT
CAGCTAATAGATTTCCGAATAAGTTACACCTACCCATGATTCTTGTCATAGGCAAACATC
CAAACGGTATCACTCCCATCACTGCGAATTTTCTGGCTCCTTGATCATACATTTGTTTCA
TAAAATTTTTGTTCCAACTAGTTA
C

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DS 

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TGCCCCGAAAATAAACGTA
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AATTTTGCACCACAAAAACCGGCTTCTTTTGGCCAAGTTTTAACACCCCTCCTCAATTTC
CCGTTGTACCTTTCAGCTAATAAATTTCCGAATAAGTTACACCTACCCATGATTCTTGTC
ATAGGCAAACATCCAAACGGGATCACTCCCATCACTGCGAATTTTCGGGCTCCTTGATCA
TACATTTGTTTCAAAAAATTTTTGTTCCAACTTGTTAGTTTAGTGGTGTAA

QA 20 310 20 310
DS 

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CAATATAGGATCGTAAGACTGAAACTAGGCAAGGCCTCTCTTGATATCCTGGACCAGCCT
TTTGGAAATGGTTTTGTAGGCTTTCTCCGAGGGATGAACAAAGTCATAGAAGACGTGACT
ATGAGGATTTACGCAAGGTATTATCGCTGTAGGCATACAACAACACCCATTATTGGCATT
ACTAAATCCGTATCTTCTATAATTTTTTATAACATCCATAAGAGTATTGAACATGTCGAC
ATAGACAAATTTTGCACCACGAAAACCGGCTTCGTTTGGCCAAGTTTTAACACCACTCCT
CAATTTTCCGTTGTACCTTTCAGCTAATAGATTTCCGAATAAGTTACACCTACCCATGAT
TCTTGTCATAGGCAAACATCCAAACGGTATCACTCCCATCACTGCGAATTTTCTGGCTCC
TTGATCATACATTTGTTTCATGAAATTTTTGTTCCAACTAGTTAGTTTAGTGGTGTAAGC
ACCACTCGTCACATATCCTCGCATGAATGCAGATCGAGTCATAAAAAACGAGATTCCAAG
ATCATTATTTCCTTGAGAAACAAGATACACTGCATTTGCAATGATTGAACTCGCTTGCGT
AGGTGCTACGACCCTTAGCTTCATTATATACTTTTTGTAATCACTTATTTGGTCGCTTGG
CTTT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1B535JQ 752 0 0
GGTT
AACGATGTTGGTTGTTTATTATAATTTATTTTGGTACGTTGTTGGTTATTAAGATTACAA
CAATATAGGATCGTAAGACTGAAACTAGGCAAGGCCTCTCTTGATATCCTGGACCAGCCT
TTTGGAAATGGTTTTGTAGGCTTTCTCCGAGGGATGAACAAAGTCATAGAAGACGTGACT
ATGAGGATTTACGCAAGGTATTATCGCTGTAGGCATACAACAACACCCATTATTGGCATT
ACTAAATCCGTATCTTCTATAATTTTTTATAACATCCATAAGAGTATTGAACATGTCGAC
ATAGACAAATTTTGCACCACGAAAACCGGCTTCGTTTGGCCAAGTTTTAACACCACTCCT
CAATTTCCCGTTGTACCTTTCAGCTAATAGATTTCCGAATAAGTTACACCTACCCATGAT
TCTTGTCATAGGCAAACATCCAAACGGTATCACTCCCATCACTGCGAATTTTCTGGCTCC
TTGATCATACATTTGTTTCATAAAATTTTTGTTCCAACTTGTTAGTTTAGTGGTGTAAGC
ACCACTCGTCACATATCCTCGCATGAATGCAGATCGAGTCATAAAAAACGAGATTCCAAG
ATCATTATTTCCTTGAGAAACAAGATACACTGCATTTGCAATGATTGAACTCGCTTGCGT
AGGTGCTACGACCCTTAGCTTCATTATGTACTTTTTGTAATCACTTATTTGGTCGCTTGG
CTTTAAAACTCTCATTAGTCTAGATGTA

QA 5 752 5 752
DS 

RD RR1EN48TF 748 0 0
CACCTACCCATGATTCTTGTCATAGGCAAACATCCAAACGGTATCACTCCCATCACTGCG
AATTTTCTGGCTCCTTGATCATACATTTGTTTCATAAAATTTTTGTTCCAACTTGTTAGT
TTAGTGGTGTAAGCACCACTCGTCACATATCCTCGCATGAATGCAGATCGAGTCATAAAA
AACGAGATTCCAAGATCATTATTTCCTTGAGAAACAAGATACACTGCATTTGCAATGATT
GAACTCGCTTGCGTAGGTGCTACGACCCTTAGCTTCATTATGTACTTTTTGTAATCACTT
ATTTGGTCGCTTGGCTTTAAAACTCTCATTAGTCTAGATGTAACAGGGTCGACTCCTGCA
CCACCTGATGCGAAACAAACACCAGTTTTAAGGTCGCTTGGAGCAATGAAAAGCTTACGA
GCAGCTGGTAAATTTTTTTAATCCCCAAACCCTCGGCAATTATATCGGAGAAAACTCTTC
CATTTCCGAATCTTCCCGTCGGGATTTTCATAGTGTAGCTTCTCCCATATGGCCAGATAT
TTGCTCTCATAAAAGTCATGAGAAAATTGTTGTTACCGGTATCAAGTATAGAATCTCCAA
AAGCCAAAAGCGCAGGAAATGAACCAGCAGTTACGGTCGATAAGAAATAAATGGAAGTTA
TTGCTAACACCAATGTTTTTTTCCTACTCATATCTAACATTAAGTTCATTTTGTTTCCTC
AAACAAGTGTTTAGATTCTCGTATATCC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1B535TF 409 0 0
GCTTTAAAACTTTCATTAGTCTAGATGTAACAGGGTCGACTCCTGCACCACCTGATGCGA
AACAAACACCAGTTTTAAGGTCGCTTGGAGCAATGAAAAGCTTACGAGCAGCTGGTAAAT
TTTTTTAATCCCCAAACCCTCGGCAATTATATCGGAGAAAACTCTTCCATTTCCGAATCT
TCCCGTCGGGATTTTCATAGTGTAGCTTCTCCCATATGGCCAGATATTTGCTCTCATAAA
AGTCATGAGAAAATTGTTGTTACCGGTATCAAGTATAGAATCTCCAAAAGCCAAAAGCGC
AGGAAATGAACCAGCAGTTACGGTCGATAAGAAATAAATGGAAGTTATTGCTAACACCAA
TGTTTTTTTCCTACTCATATCTAACATTAAGTTCATTTTGTTTCCTC
CC

QA 1 407 1 407
DS 



AS 1 6

CO CL752Contig1 744 6 19 U
GGCTCTTTCGTCAAA*GGCTGCAGCGA*CGTCGATTTTCACAACCGGAGAG*CTCAATCT
GATCTCTGAGGAATCGAAGCAGCGGCCATGGCGGAGAAAGCAGTCACAATCAGGACAAGG
AAGTTCATGACCAACAGGCTTCTCTCCAGGAAGCAGTTTGTTATTGATGTTCTTCACCCA
GGAAGAGCTAATGTCTCAAAGGCTGAGCTCAAGGAGAAGTTGGCAAGGATGTACGAGGTT
AAGGACCCAAATGCAATCTTTGTTTTCAAATTCAGAACCCACTTTGGAGGTGGTAAATCT
TCTGGGTTCGGTTTGATCTACGACAATGTCGAGAGTGCCAAGAAGTTCGAGCCCAAGTAC
AGGCTGATCAGGAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAGTCAAGGAAACAGATTAAGGAG
AGGAAGAACAGGGCCAAGAAAATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGACCCAAAG
AAGAAGTGAGGAGTTGTTGAAGAGCGCAGGATCGTTATGGGTTTTGTTATGCATCATCCC
TTATTTATGGTCATCTTTGCTTCTCATTGTCACACTCGTTCTTGTTTCTTCGTTTGGATT
ATGCTTTGGGCGTTAGAGAACCATGTGCTAAGATTTTGTTGAATACATTTTATTTTAAAC
ATCTTTTCTCTTTAAAATCCTTTGGCAATAACGGCAGCCTGATTTGGGCCATATGAGCGT
TCAGTAATATTTGTTTACATCGGA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BN95TF U 8
AF RR1FE92JQ C 1
AF RR1FE92TF U 1
AF RR1CE05JQ C 3
AF RR1CE05TF U 3
AF RR1FU59TF U 8
BS 1 9 RR1FE92TF
BS 10 10 RR1BN95TF
BS 11 15 RR1FE92TF
BS 16 16 RR1BN95TF
BS 17 24 RR1FE92TF
BS 25 28 RR1BN95TF
BS 29 51 RR1FE92TF
BS 52 52 RR1BN95TF
BS 53 56 RR1FE92TF
BS 57 57 RR1BN95TF
BS 58 83 RR1FE92TF
BS 84 86 RR1BN95TF
BS 87 107 RR1FE92TF
BS 108 108 RR1BN95TF
BS 109 116 RR1FE92TF
BS 117 117 RR1BN95TF
BS 118 649 RR1FE92TF
BS 650 672 RR1CE05TF
BS 673 744 RR1FU59TF

RD RR1BN95TF 446 0 0
GG
GTCAAA*GGCTGCAGCGA*CGTCGATTTTCACAACCGGAGAG*CTCAATCTGATCTCTGA
GGAATCGAAGCAGCGGCCATGGCGGAGAAAGCAGTCACAATCAGGACAAGGAAGTTCATG
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AATGTCTCAAAGGCTGAGCTCAAGGAGAAGTTGGCAAGGATGTACGAGGTTAAGGACCCA
AATGCAATCTTTGTTTTCAAATTCAGAACCCACTTTGGAGGTGGTAAATCTTCTGGGTTC
GGTTTGATCTACGACAATGTCGAGAGTGCCAAGAAGTTCGAGCCCAAGTACAGGCTGATC
AGGAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAGTCAAGGAAACAGATTAAGGAGAGGAAGAAC
AGGGCCAAGAAAATCCGTGGTGTT

QA 3 446 3 446
DS 

RD RR1FE92JQ 656 0 0
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GATCTCTGAGGAATCGAAGCAGC***CATGGCGGAGAAAGCAGTCACGATCAGGACCAGG
AAGTTCATGACCAACAGGCTTCTCTCCAGGAAGCAGTTTGTTATTGATGTTCTTCACCCA
GGAAGAGCTAATGTCTCAAAGGCTGAGCTCAAGGAGAAGTTGGCAAGGATGTACGAGGTT
AAGGACCCAAATGCAATCTTTGTTTTCAAATTCAGAACCCACTTTGGAGGTGGTAAATCT
TCTGGGTTCGGTTTGATCTACGACAATGTCGAGAGTGCCAAGAAGTTCGAGCCCAAGTAC
AGGCTGATCAGGAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAGTCAAGGAAACAGATTAAGGAG
AGGAAGAACAGGGCCAAGAAAATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGACCCAAAG
AAGAAGTGAGGAGTTGTTGAAGAGCGCAGGATCGTTATGGGTTTTGTTATGCATCATCCC
TTATTTATGGTCATCTTTGCTTCTCATTGTCACACTCGTTCTTGTTTCTTCGTTTGGATT
ATGCTTTGGGCGTTAGAGAACCATGTGCTAAGATTTTGTTGAATACATTTTATTTT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1FE92TF 649 0 0
GGCTCTTTCTTCAAAAGGCTGCAGAACTCGTCGATTTTCACAACCGGAGAGGCTCAGTCT
GATCTCTGAGGAATCGAAGCAGC***CATGGCGGAGAAAGCAGTCACGATCAGGACCAGG
AAGTTCATGACCAACAGGCTTCTCTCCAGGAAGCAGTTTGTTATTGATGTTCTTCACCCA
GGAAGAGCTAATGTCTCAAAGGCTGAGCTCAAGGAGAAGTTGGCAAGGATGTACGAGGTT
AAGGACCCAAATGCAATCTTTGTTTTCAAATTCAGAACCCACTTTGGAGGTGGTAAATCT
TCTGGGTTCGGTTTGATCTACGACAATGTCGAGAGTGCCAAGAAGTTCGAGCCCAAGTAC
AGGCTGATCAGGAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAGTCAAGGAAACAGATTAAGGAG
AGGAAGAACAGGGCCAAGAAAATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGACCCAAAG
AAGAAGTGAGGAGTTGTTGAAGAGCGCAGGATCGTTATGGGTTTTGTTATGCATCATCCC
TTATTTATGGTCATCTTTGCTTCTCATTGTCACACTCGTTCTTGTTTCTTCGTTTGGATT
ATGCTTTGGGCGTTAGAGAACCATGTGCTAAGATTTTGTTGAATACATT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1CE05JQ 671 0 0
GGCTTTC
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ACCAACAGGCTTCTCTCCAGGAAGCAGTTTGTTATTGATGTTCTTCACCCAGGAAGAGCT
AATGTCTCAAAGGCTGAGCTCAAGGAGAAGTTGGCAAGGATGTACGAGGTTAAGGACCCA
AATGCAATCTTTGTTTTCAAATTCGGAACCCACTTTGGAGGTGGTAAATCTTCTGGGTTC
GGTTTGATCTACGACAATGTCGAGAGTGCCAAGAAGTTCGAGCCCAAGTACAGGCTGATC
AGGAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAGTCAAGGAAACAGATTAAGGAGAGGAAGAAC
AGGGCCAAGAAAATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGACCCAAAGAAGAAGTGA
GGAGTTGTTGAAGAGCGCAGGATCGTTATGGGTTTTGTTATGCATCATCCCTTATTTATG
GTCATCTTTGCTTCTCATTGTCACACTCGTTCTTGTTTCTTCGTTTGGATTATGCTTTGG
GCGTTAGAGAACCATGTGCTAAGATTTTGTTGAATACATTTTATTTTAAACATCTTTTCT
CTT
C

QA 8 670 8 670
DS 

RD RR1CE05TF 671 0 0
GGCTTTC
GTCAAA*GGCTGCAGCGA*CGTCGATTTTCACAACCGGAGAG*CTCAATCTGATCTCTGA
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ACCAACAGGCTTCTCTCCAGGAAGCAGTTTGTTATTGATGTTCTTCACCCAGGAAGAGCT
AATGTCTCAAAGGCTGAGCTCAAGGAGAAGTTGGCAAGGATGTACGAGGTTAAGGACCCA
AATGCAATCTTTGTTTTCAAATTCGGAACCCACTTTGGAGGTGGTAAATCTTCTGGGTTC
GGTTTGATCTACGACAATGTCGAGAGTGCCAAGAAGTTCGAGCCCAAGTACAGGCTGATC
AGGAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAGTCAAGGAAACAGATTAAGGAGAGGAAGAAC
AGGGCCAAGAAAATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGACCCAAAGAAGAAGTGA
GGAGTTGTTGAAGAGCGCAGGATCGTTATGGGTTTTGTTATGCATCATCCCTTATTTATG
GTCATCTTTGCTTCTCATTGTCACACTCGTTCTTGTTTCTTCGTTTGGATTATGCTTTGG
GCGTTAGAGAACCATGTGCTAAGATTTTGTTGAATACATTTTATTTTAAACATCTTTTCT
CTT
C

QA 8 670 8 670
DS 

RD RR1FU59TF 737 0 0
GG
GTCAAA*GGCTGCAGCGA*CGTCGATTTTCACAACCGGAGAG*CTCAATCTGATCTCTGA
GGAATCGAAGCAGCGGCCATGGCGGAGAAAGCAGTCACAATCAGGACAAGGAAGTTCATG
ACCAACAGGCTTCTCTCCAGGAAGCAGTTTGTTGTTGATGTTCCTCACCCAGGAAGAGCT
AATGTCTCAAAGGCTGAGCTCAAGGAGGAGTTGGCAAGGATGTACGAGGTTAAGGACCCA
AATGCAATCTTTGTTTTCAAATTCAGAACCCACTTTGGAGGTGGTAAATCTTCTGGGTTC
GGTTTGATCTACGACAATGTCGAGAGTGCCAAGAAGTTCGAGCCCAAGTACAGGCTGATC
AGGAATGGACTTGACACCAAAATTGAGAAGTCAAGGAAACAGATTAAGGAGAGGAAGAAC
AGGGCCAAGAAAATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGACCCAAAGAAGAAGTGA
GGAGTTGTTGAAGAGCGCAGGATCGTTATGGGTTTTGTTATGCATCATCCCTTATTTATG
GTCATCTTTGCTTCTCATTGTCACACTCGTTCTTGTTTCTTCGTTTGGATTATGCTTTGG
GCGTTAGAGAACCATGTGCTAAGATTTTGTTGAATACATTTTATTTTAAACATCTTTTCT
CTTTAAAATCCTTTGGCAATAACGGCAGCCTGATTTGGGCCATATGAGCGTTCAGTAATA
TTTGTTTACATCGGA

QA 3 737 3 737
DS 



AS 1 8

CO CL753Contig1 713 8 22 U
TTTTTTTCAGACAACACCGATTGATAGTTTTATTAATCAAATTCAAAAGAAACGTTACAA
CGAAGATAAGAAGGAACAGTGAAGCAAAAGGGGACGAACTTGCCGATTACACACACAAAT
CCATAATCCCTTGTTGCATGAGAACGTGACGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAAT
TACAAACACAAAAGCAATCACTGATTAAAAGAAACAGGAAAACAAGACAATAAGTTCAAG
CATTTGAAACCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTCATAAGT
ATACAACTTAGACGCATGGGTATAATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTG
CGTTGACATAGATGGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTAC
AGAGACAGGCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTA
CAGGTGAGTATCCCAATATTATGTTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCT
GCAGGGTATCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGTTCA
GAGAAAGGAAGAGTGCAAGAGCAATTCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTT
TAAAACAAAAGCTGAGGAAGTAGTAGTGTGTTTATATTTGTTGAGAAGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 0 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR1FY74JQ U 9
AF RR1DV91JQ U 8
AF RR1DV91TF C 1
AF RR1BF42JQ U 9
AF RR1DX52TF C 134
AF RR1FY74TF C 154
AF RR1DX52JQ U 9
AF RR1BF42TF C 9
BS 1 8 RR1DV91TF
BS 9 9 RR1BF42JQ
BS 10 44 RR1DV91JQ
BS 45 45 RR1BF42JQ
BS 46 89 RR1DV91JQ
BS 90 90 RR1BF42JQ
BS 91 112 RR1DV91JQ
BS 113 113 RR1BF42JQ
BS 114 119 RR1DV91JQ
BS 120 120 RR1BF42JQ
BS 121 142 RR1DV91JQ
BS 143 143 RR1BF42JQ
BS 144 149 RR1DV91JQ
BS 150 150 RR1BF42JQ
BS 151 216 RR1DV91JQ
BS 217 217 RR1BF42JQ
BS 218 373 RR1DV91JQ
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BS 567 584 RR1BF42JQ
BS 585 585 RR1DX52JQ
BS 586 713 RR1BF42JQ

RD RR1FY74JQ 407 0 0
AGACAACACCGATTGATAGTTTTATTAATCAAATTCAAAAGAAACGTTACAACGAAGATA
AGAAGGAACAGTGAAGCAAAAGGGGACGAACTTGCCGATTACACACACAAATCCATAATC
CCTTGTTGCATGAGAACGTGACGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAACA
CAAAAGCAATTACTTATTAAAAGAAACAAGAAAACAAGACAATAAGTTCAAGCATTTGAA
ACCATACGATCTGTTTGGGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTCATAAGTATACAACT
TAAACGCATGGGTATAATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACA
TAAATGGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGC

QA 1 407 1 407
DS 

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CG
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GAAGGAACAGTGAAGCAAAAAGGGACGAACTTGCCGATTACACTCACAAACCCATAATCC
CTTGTTGCATGAGGACGTGAGGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAACAC
AAAAGCAATCACTGATTAAAAGAAACATGAAAACAAGACAATAAGTTCAAGCATTTGAAA
CCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTCATAAGTATACAACTT
AGACGCATGGGTATAATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACAT
AGATAGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAGG
CTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAGT
ATCCCAATATTATGTTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTAT
CTCTTGGACAAGTGCCC

QA 3 559 3 559
DS 

RD RR1DV91TF 713 0 0
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CGAAGATAAGAAGGAACAGTGAAGCAAAAAGGGACGAACTTGCCGATTACACTCACAAAC
CCATAATCCCTTGTTGCATGAGGACGTGAGGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAAT
TACAAACACAAAAGCAATCACTGATTAAAAGAAACATGAAAACAAGACAATAAGTTCAAG
CATTTGAAACCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTCATAAGT
ATACAACTTAGACGCATGGGTATAATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTG
CGTTGACATAGATAGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTAC
AGAGACAGGCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTA
CAGGTGAGTATCCCAATATTATGTTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCT
GCAGGGTATCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGTTCA
GAGAAAGGAAGAGTGCAAGAGCAATTCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTT
TAAAACAAAAGCTCAGGAAGTAATAGTGTG**TATATTTGTTGAGGAGGGTCC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1BF42JQ 705 0 0
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AGAAGGAACAGTGAAGCAAAAGGGGACGAACTTGCCGATTACACACACAAATCCATAATC
CCTTGTTGCATGAGAACGTGACGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAACA
CAAAAGCAATCACTGATTAAAAGAAATAGGAAAGCAAGACAATAAGTTCAAGCATTTGAA
ATCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTGATAAGTATACAACT
TAGACGCATGGGTATAATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACA
TAGATGGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAG
GCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAG
TATCCCAATATTATGTTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTA
TCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGTAGAAGAGGAAGTTCAGAGAAAGG
AAGAGTGCAAGAGCAATTCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTTTAAAACAA
AAGCTGAGGAAGTAGTAGTGTGTTTATATTTGTTGAGAAGGGTCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1DX52TF 580 0 0
TTGCATGAGAACGTGACGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAACACAAAA
GCAATCACTGATTAAAAGAAATAGGAAAGCAAGACAATAAGTTCAAGCATTTGAAATCAT
ACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTGATAAGTATACAACTTAGAC
GCATGGGTATAATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACATAGAT
GGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAGGCTGC
AGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAGTATCC
CAATATTATGTTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTATCTCT
TGGACAAGTGCCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGTTCAGAGAAAGGAAGAG
TGCAAGAGCAATTCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTTTAAAACAAAAGCT
GAGGAAGTAGTAGTGTGTTTATATTTGTTGAGAAGGGTCC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1FY74TF 560 0 0
CATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAACACAAAAGCAATTACTTATTAAAAGAA
ACAAGAAAACAAGACAATAAGTTCAAGCATTTGAAACCATACGATCTGTTTGTGGTTTAG
GCATCTCTTAATATATATGTCATAAGTATACAACTTAGACGCATGGGTATAATGTCGGAG
TTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACATAGATGGGAAGGTTAAGCTTGATGC
CAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAGGCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGC
CATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAGTATCCCAATATTATGTTAACTACAT
TGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTATCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAG
AAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGTTCAGAGAAAGGAAGAGTGCAAGAGCGATTCTTGGAG
CCATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTTTAAATCAAAAGCTGAGGAAGTAGTAGTATGTTT
ATATTTGTTGAGAAGGGTCC

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1DX52JQ 680 0 0
AGACAACACCGATTGATAGTTTTATTAATCAAATTCAAAAGACACGTTACAACGAAGATA
AGAAGGAACAGTGAAGCAAAAGGGGACGAACTTGCCGATTACACACACAAATCCATAATC
CCTTGTTGCATGAGAACGTGACGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAACA
CAAAAGCAATCACTGATTAAAAGAAATAGGAAAGCAAGACAATAAGTTCAAGCATTTGAA
ATCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTGATAAGTATACAACT
TAGACGCATGGGTATAATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACA
TAGATGGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAG
GCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAG
TATCCCAATATTATGTTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTA
TCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGTTCAGAGAAAGG
AAGAGTGCAAGAGCAATTCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTTTAAAACAA
AAGCTGAGGAAGTAGTAGTG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1BF42TF 705 0 0
AGACAACACCGATTGATAGTTTTATTAATCAAATTCAAAAGACACGTTACAACGAAGATA
AGAAGGAACAGTGAAGCAAAAGGGGACGAACTTGCCGATTACACACACAAATCCATAATC
CCTTGTTGCATGAGAACGTGACGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAACA
CAAAAGCAATCACTGATTAAAAGAAATAGGAAAGCAAGACAATAAGTTCAAGCATTTGAA
ATCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTGATAAGTATACAACT
TAGACGCATGGGTATAATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACA
TAGATGGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAG
GCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAG
TATCCCAATATTATGTTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTA
TCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGTAGAAGAGGAAGTTCAGAGAAAGG
AAGAGTGCAAGAGCAATTCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTTTAAAACAA
AAGCTGAGGAAGTAGTAGTGTGTTTATATTTGTTGAGAAGGGTCC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 2 8

CO CL754Contig1 697 4 2 U
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ATGTGGTCAAAGTAGACAAAACACACACAACTTCTTGTTTTATCCATGCATCATGATGAG
AGATGCTTGGCAGCTAAAGAGCAGCCGAGAATGTTTTTAGATGGAAGAAGTATACCAAGT
TGAAACAATAGGTGTCTTTAACTCAAACGAAACATCTTAGAAAACTACAATCGGTCCCTC
AAAGTTTCAACCTTGAAAGCCTTTGGTTTATCCTCTGAACCATAGCCACAAGATGCTTCA
AATTTTATTGAAGGGTATGAAAATTAAATTTTTATGGGTTGTCTTCTTGACCATAGTTGT
ACACAATCTCAATCCCAGCAGGCGGAGTAGGGTTTCTACAGAACTTTGAGCCACCAGGAG
CCCATGGAACGATATAAGGATCAGGGTGCCGCCACTTGTCGTACTCTGCTTCACC*TGAG
CAATCAGTTTGTCGATTCTGTCAACATCCTCCACATCCTGGTTGGCATTGAACTTCTCGC
GCAGATCAGAAGCGTCGCGGTAGAAAATGTGGCGATGAACAGCCCAGTTCAGAGTATCCT
TAAGGGCACGGCGATAGAGGATTCGAACCCTTTCCTTTTGCGCCGCTCTCCGCGCGAAAT
ACGCCGCCGTTGAAACTCCGCTCATTTTTTTTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1EP07JQ U 154
AF RR1EP07TF C 1
AF RR1AE87JQ U 74
AF RR1AE87TF C 74
BS 1 73 RR1EP07TF
BS 74 697 RR1AE87JQ

RD RR1EP07JQ 133 0 0
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ATCTTAAAAAACTACAATCGGTCCCCCAAAGTTTCAACCTTGAAAGCCTTTGGTTTATCC
TCTGAACCATA
AC

QA 1 131 1 131
DS 

RD RR1EP07TF 695 0 0
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ATGTGGTCAAAGTAGACAAAACACACACAACTTCTTGTTTTATCCATGCATCATGATGAG
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TGAAACAATAGGTGTCTTTAACTCAAACGAAACATCTTAGAAAACTACAATCGGTCCCTC
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AATTTTATTGAAGGGTATGAAAATTAAATTTTTATGGGTTGTCTTCTTGACCATAGTTGT
ACACAATCTCAATCCCAGCAGGCGGAGTAGGGTTTCTACAGAACTTTGAGCCACCAGGAG
CCCATGGAACGATATAAGGATCAGGGTGCCGCCACTTGTCGTACTCTGCTTCACCGTGAG
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GCAGATCAGAAGCGTCGCGGTAGAAAATGTGGCGATGAACAGCCCAGTTCAGAGTATCCT
TAAGGGCACGGCGATAGAGGATTCGAACCCTTTCCTTTTGCGCCGCTCTCCGCGCGAAAT
ACGCCGCCGTTGAAACCCCGCTCATTTTTTTT
TCT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1AE87JQ 624 0 0
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CTAAAGAGCAGCCGAGAATGTTTTTAGATGGAAGAAGTATACCAAGTTGAAACAATAGGT
GTCTTTAACTCAAACGAAACATCTTAGAAAACTACAATCGGTCCCTCAAAGTTTCAACCT
TGAAAGCCTTTGGTTTATCCTCTGAACCATAGCCACAAGATGCTTCAAATTTTATTGAAG
GGTATGAAAATTAAATTTTTATGGGTTGTCTTCTTGACCATAGTTGTACACAATCTCAAT
CCCAGCAGGCGGAGTAGGGTTTCTACAGAACTTTGAGCCACCAGGAGCCCATGGAACGAT
ATAAGGATCAGGGTGCCGCCACTTGTCGTACTCTGCTTCACC*TGAGCAATCAGTTTGTC
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AACTCCGCTCATTTTTTTTTCTCC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1AE87TF 624 0 0
AGACAAAACACACACAACTTCTTGTTTTATCCATGCATCATGATGAGAGATGCTTGGCAG
CTAAAGAGCAGCCGAGAATGTTTTTAGATGGAAGAAGTATACCAAGTTGAAACAATAGGT
GTCTTTAACTCAAACGAAACATCTTAGAAAACTACAATCGGTCCCTCAAAGTTTCAACCT
TGAAAGCCTTTGGTTTATCCTCTGAACCATAGCCACAAGATGCTTCAAATTTTATTGAAG
GGTATGAAAATTAAATTTTTATGGGTTGTCTTCTTGACCATAGTTGTACACAATCTCAAT
CCCAGCAGGCGGAGTAGGGTTTCTACAGAACTTTGAGCCACCAGGAGCCCATGGAACGAT
ATAAGGATCAGGGTGCCGCCACTTGTCGTACTCTGCTTCACC*TGAGCAATCAGTTTGTC
GATTCTGTCAACATCCTCCACATCCTGGTTGGCATTGAACTTCTCGCGCAGATCAGAAGC
GTCGCGGTAGAAAATGTGGCGATGAACAGCCCAGTTCAGAGTATCCTTAAGGGCACGGCG
ATAGAGGATTCGAACCCTTTCCTTTTGCGCCGCTCTCCGCGCGAAATACGCCGCCGTTGA
AACTCCGCTCATTTTTTTT
TCTCC

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DS 



CO CL754Contig2 723 4 5 U
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AAAAAAAATGAGCGGAGTGTCAACGGCGGCGTATTTCGCGCGGAGAGCGGCGCAGAAGGA
AAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGTGCCCTTAAGGATACTCTGAACTGGGCTGTTCATCG
CCACATTTTCTACCGCGACGCTTCCGATCTGCGCGAGAAGTTCAATGCCAACCAGGATGT
GGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATTGCTCACGGTGAAGCAGAGTACGACAAGTG
GAGACACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCCTGGTGGCTCAAAGTTCTGTAGAAA
CCCTACTCCGCCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAACTACGGTCAAGAAGACAACCCTTA
AATCTGATTTTCATACCCATCAATAAAATTTGAAGCATCTTGTGGCTATGGTTCAGAGGA
TAAACTAAAGGCTTTCAAGGTTGAAACTTTGAGGGACCGATTGTTAGTTTTCTAAGATGT
TTCGTTTGAGTTAAAGACACCTATTTTTTCAGCTTGGTATACTTCTTCCATCTAAAAACT
TTCTCGGCTGCTCTTTAGCTGCCAAGCATCTCATCATGATATGCATGGATAAAAACAAGA
AGTTGTGTGTGTTTTGTCTACTTTGACCACATTATCTATCAGTGTTTTATACCGGCTTAA
ACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 10 

AF RR1FA40JQ C 1
AF RR1FA40TF U 1
AF RR1BV05JQ C 29
AF RR1CX06TF U 32
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AGTTGTGTGTG
C

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AAAAAAAATGAGCGGAGTGTCAACGGCGGCGTATTTCGCGCGGAGAGCGGCGCAGAAGGA
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CCACATTTTCTACCGCGACGCTTCCGATCTGCGCGAGAAGTTCAATGCCAACCAGGATGT
GGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATTGCTCACGGTGAAGCAGAGTACGACAAGTG
GTGACACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCCTGGTGGCTCAAAGTTCTGTAGAAA
CCCTACTCCGCCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAACTACGGTCAAGAAGACAACCCTTA
AATCTGATTTTCATACCCATCAATAAAATTTGAAGCATCTTGTGGCTATGGTTCAGAGGA
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AGTTGTGTGTG
C

QA 1 671 1 671
DS 

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GGG
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TTATCTATCAGTGTTTTATACCGGTTTAAACC

QA 4 695 4 695
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TATTTCGCGCGGAGAGCGGCGCAGAAGGAAAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGTGCCCTT
AAGGATACTCTGAACTGGGCTGTTCATTGCCACATTTTCTACCGCGACGCTTCTGATCTG
CGCGAGAAGTTCAATGCCAACCAGGATGTGGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATT
GCTCACGGTGAAACAGAGTACGACAAGTGGAGACACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGG
GCTCCTGGTGGCTCAAAGTTCTGTAGAAACCCTACTCCGCCTGCTGGGATTGAGATTGTG
TACAACTACGGTCAAGAAGACAACCCTTAAATCTGATTTTCATACCCATCAATAAAATTT
GAAGCATCTTGTGGCTATGGTTCAGAGGATAAACTAAAGGCTTTCAAGGTTGAAACTTTG
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GCTTGGTATACTTCTTCCATCTAAAAACTTTCTCGGCTGCTCTTTAGCTGCCAAGCATCT
CATCATGATATGCATGGATAAAAACAAGAAGTTGTGTGTGTTTTGTCTACTTTGACCACA
TTATCTATCAGTGTTTTATACCGGCTTAAAC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 8

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TTTCTCTTCAATAGTTGCACAGCCAACAAAGTGGCAGATTCTCTGATTCAAAAATCTTGC
AAGAAAGCTGCAGAGTTTCTAGGTGAAGAAAACGAGCCACATTTCGAAAAGGATTGCATT
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TTCGAAAAGGCTAAAAATAATTTTTATGATGCAGAGGATGCACCGATATTTTGCGGAATG
AAATTCAACGGCGACAATCAACAGATATCTCCCGTGAAAAAGGAGAATGATTTTCTCATA
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TCCACAGTAAAAGATTAAAAATAAAAACAATGAGGAAGAAATAAGCTAGTGGAGTCTCTC
ATTAGAAATAAATTAGGTTTTTGGAGATGCTTACCAGGCTAGCATCCAATTAAAGATAAG
GGTGTTAAGTGAGTTCTACTTAAGCAAAAGTTATGAAAATATAGTTAGTTCTTCTTAACA
ATAACTTTTTTTT*GTTAGAAAATTGTTTTTTGTTTGGATCATGTAGTCAAATGATATTT
TCTGGTTATAAGGAAATTATGCATATAAG


BQ
10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1A335JQ C 2
AF RR1A335TF U 2
AF RR1D192TF U 1
AF RR1DH07TF U -4
AF RR1DH07JQ C 169
AF RR1AM78TF U 2
AF RR1AM78JQ C 61
AF RR1D192JQ C 116
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CATCTCTCAGAGAGAATCCAGAGAGCCAGAAAGTGAGAAATCTCGAAGAACTGACCATGG
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TAAAAG

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DS 

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CA

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DS 

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CTCTTCAATAGTTGCACAGCCAACAAAGTGGCAGATTCTCTGATTCAAAAATCTTGCAAG
AAAGCTGCAGAGTTTCTAGGTGAAGAAAACGAGGCACATTTCGAAAAGGATTGCATTGCA
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AAAGAGAAGAAATATAAGAGTAATCTTAGTAAGAAGCTTTTGGAAGATTGCCTTAAACTT
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TTCAACGGCGACAATCAACAGATATCTCCCGTGAAAAAGGAGAATGATTTTCTCATAACA
ATGATCGAAATACCTTTGCAGTTTGCTATAGATATCATTAGCCAGAGTGGAAGATTCTCC
ACAGTAAAAGATTAAAAATAAAAACAATGAGGAAGAAATAAGCTAGTGGAGTCTCTCATT
AGAAATAAATTA*GTTTTTGGAGATGCTTACCAGGCTAGCATCCAATTAAAGATAA*GGT
GTTAAGTGAGTTCTACTTAAGCAAA
GTTATGAA

QA 9 753 9 753
DS 

RD RR1DH07JQ 663 0 0
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AGTGGAAGATTCTCCACAGTAAAAGATTAAAAATAAAAACAATGAGGAAGAAATAAGCTA
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CAA

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DS 

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CCACAGTAAAAGATTAAAAATAAAAACAATGAGGAAGAAATAAGCTAGTGGAGTCTCTCA
TTAGAAATAAATTAGGTTTTTGGAGATGCTTACCAGGCTAGCATCCAATTAAAGATAAAG
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CTGGTTATAAG*AAATTATGCATATA
GA

QA 1 866 1 866
DS 

RD RR1AM78JQ 809 0 0
TTTCTCTTCAATAATTGCACAGCCAACAAAGTGGCAGATTCTCTGATTCAAAAATCTTGC
AAGAAAGCTGCAGAGTTTCTAGGTGAAGAAAACGAGCCACATTTCGAAAAGGATTGCATT
GCATCTCTCAGAGAGAATCCAGAGAGCCAGAAAGTGAGAAATCTCGAAGAACTGACCATG
GTGGGAGTGAATAATGCCATATCTAACCTAACGAACGTGAGAAGAATTGTGGAGAATATT
ATAAAAGAGAAGAAATATAAGAGTAATCTTAGTAAGAAGCTTTTGGAAGATTGCCTTAAA
CTTTACTCCAAGAGCTTTAAATCGTTAAGTTCAGGTTTGAATCACTGCAAGGTGCGGAAT
TTCGAAAAGGCTAAAAATAATTTTTATGATGCAGAGGATGCACCGATATTTTGCGGAATG
AAATTCAACGGCGACAATCAACAGATATCTCCCGTGAAAAAGGAGAATGATTTTCTCATA
ACAATGATCGAAATACCTTTGCAGTTTGCTATAGATATCATTAGCCAGAGTGGAAGATTC
TCCACAGTAAAAGATTAAAAATAAAAACAATGAGGAAGAAATAAGCTAGTGGAGTCTCTC
ATTAGAAATAAATTAGGTTTTTGGAGATGCTTACCAGGCTAGCATCCAATTAAAGATAAG
GGTGTTAAGTGAGTTCTACTTAAGCAAAAGTTATGAAAATATAGTTAGTTCTTCTTAACA
ATAACTTTTTTTT*GTTAGAAAATTGTTTTTTGTTTGGATCATGTAGTCAAATGATATTT
TCTGGTTATAAGGAAATTATGCATATAAG

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1D192JQ 754 0 0
CTTGCAAGAAAGCTGCAGAGTTTCTAGGTGAAGAAAACGAGCCACATTTCGAAAAGGATT
GCATTGCATCTCTCAGAGAGAATCCAGAGAGCCAGAAAGTGAGAAATCTCGAAGAACTGA
CCATGGTGGGAGTGAATAATGCCATATCTAACTTAACGAACGTGAGAAGAATTGTGGAGA
ATATTATAAAAGAGAAGAAATATAAGAGTAATCTTAGTGAGAAGCTTTTGGAAGATTGCC
TTAAACTTTACTCCAAGAGCTTTAAATCGTTAAGTTCAGGTTTGAATCACTGCAAGGTGC
GGAATTTCGAAAAGGCTAAAAATAATTTTTATGATGCAGAGGATGCACCGATATTTTGCG
GAATGAAATTCAACGGCGACAATCAACAGATATCTCCCGTGAAAAAGGAGAATGATTTTC
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TAACAATAACTTTTTTTTTGTTAGAAAATTGTTTTTTGTTTGGATCATGTAGTCAAATGA
TATTTTCTGGTTATAAGGAAATTATGCATATA
AG

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 8

CO CL756Contig1 1206 8 24 U
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CGAAGAGTTCATCTTCTCCCTCCTATACAAATAAAAACCTAAAATATTCTTCCTACCTAA
AAATACTCTAAAACCATGGCTATCTTCAACACTCAAAACACATGGGCCTTCGCCTTCGGC
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ATTTGGAAGAAAAAAACCACAGAAGATTTTCAATCTCTTCCCTATGTGGTGGCGCTCTTC
AGCGCGATGCTTTGGCTCTACTACGCTACTCAGAAGAAAGATGTCTTCCTTCTCGTCACA
ATCAACTCCTTTGGTTGCTTCATAGAAACCATATACATCGCCATATTCGTTGCCTTCGCC
ACCAAGAAAGCACGAATGTTAACGGTGAAGCTCTTGTTGCTAATGAACTTTGGAGGATTC
TGTCTGATTCTCCTCCTCTGCCAATTCTTAGCAAAAGGTTCCACACGTGCGAAGATTATC
GGAGGAATCTGTGTCGGATTCTCTGTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTATCAGA
ACGGTGATAAAGACAAAAAGTGTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACA
ATCAGTGCGGTCGTATGGCTTCTTTATGGTCTTGCTCTTAGGGATATCTACGTTGCTTTC
CCGAACGTGATTGGGTTTGTTCTCGGTGCACTTCAAATGATACTTTACGTGGTTTTCAAA
TACTGCAAAACGCCGTCGGATTTGGTGGAGAAAGAACTCGAAGCCGCTAAGTTGCCGGAG
GTGAGTATTGATATGCTGAAGCTAGGGACATTGGCATCTCCTGAAGCAGCAGAGATCACA
GTCGTACCAACTGCGAACAAGTGTATATGTAATGATCGGAAGACTGAAACTGAAAATGGA
CAGCGAGTTAAAAACGGCAAACACTCCACTGCAGCTTGTTAAAAAACAATAAACTGTTTG
CCTATCTTTTGCATTGTTGAATTTGTACTCTATCTTAATATCATCGTCTACGTGTGCCAA
GTCGAGGATTAATTATCTCGGGATTTACATTATCCTGAGTTGATTTTTCCCTTCTTCTTT
TAATTACTAGTGTAACTAAATTATCTGTTGGATATGAATATCACCTTATTTTCCCGTTGA
AAGGTT


BQ
10 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1E684TF U 1
AF RR1GK42TF U 2
AF RR1CP70TF U 4
AF RR1GU82TF U 2
AF RR1A955TF U 1
AF RR1GK42JQ C 562
AF RR1E684JQ C 601
AF RR1CP70JQ C 536
BS 1 70 RR1A955TF
BS 71 71 RR1E684TF
BS 72 103 RR1A955TF
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BS 105 117 RR1A955TF
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BS 124 124 RR1E684TF
BS 125 335 RR1A955TF
BS 336 336 RR1E684TF
BS 337 359 RR1A955TF
BS 360 360 RR1E684TF
BS 361 821 RR1A955TF
BS 822 865 RR1CP70JQ
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BS 1183 1183 RR1GK42JQ
BS 1184 1206 RR1CP70JQ

RD RR1E684TF 683 0 0
G
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GAAGAGTTCATCTTCTCCCTCCTATACAAATAAAAACCTAAAATATTCTTCCTACCTAAA
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GTCTGATTCTCCTCCTCTGCCAATTCTTAGCAAAAGGTTCCACACGTGCGAAGATTATCG
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CGGTGATAAAGACAAAAAGTGTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACAA
TCAGTGCGGTCGTATGGCTTCT

QA 2 683 2 683
DS 

RD RR1GK42TF 718 0 0
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GAAGAGTTCATCTTCTCCCTCCTATACAAATAAAAACCTAAAATATTCTTCCTACCTAAA
AATACTCTAAAACCATGGCTATCTTCAACACTCAAAACACATGGGCCTTCGCCTTCGGCT
TGCTCGGAAACATCATTTCCTTTGCTGTTTTCCTCTCCCCCGTGCCAACGTTCTATAGGA
TTTGGAAGAAAAAAACCACAGAAGATTTTCAATCTCTTCCCTATGTGGTGGCGCTCTTCA
GCGCGATGCTTTGGCTCTACTACGCTACTCAGAAGAAAGATGTCTTCCTTCTCGTCACAA
TCAACTCCTTTGGTTGCTTCATAGAAACCATATACATCGCCATATTCGTTGCCTTCGCCA
CCAAGAAAGCACGAATGTTAACGGTGAAGCTCTTGTTGCTAATGAACTTTGGAGGATTCT
GTCTGATTCTCCTCCTCTGCCAATTCTTAGCAAAAGGTTCCACACGTGCGAAGATTATCG
GAGGAATCTGTGTCGGATTCTCTGTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTATCAGAA
CGGTGATAAAGACAAAAAGTGTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACAA
TCAGTGCGGTCGTATGGCTTCTTTATGGTCTTGCTCTTAGG*ATATCTACGTTGCTTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1CP70TF 712 0 0
GG
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AGTTCATCTTCTCCCTCCTATACAAATAAAAACCTAAAATATTCTTCCTACCTAAAAATA
CTCTAAAACCATGGCTATCTTCAACACTCAAAACACATGGGCCTTCGCCTTCGGCTTGCT
CGGAAACATCATTTCCTTTGCTGTTTTCCTCTCCCCCGTGCCAACGTTCTATAGGATTTG
GAAGAAAAAAACCACAGAAGATTTTCAATCTCTTCCCTATGTGGTGGCGCTCTTCAGCGC
GATGCTTTGGCTCTACTACGCTACTCAGAAGAAAGATGTCTTCCTTCTCGTCACAATCAA
CTCCTTTGGTTGCTTCATAGAAACCATATACATCGCCATATTCGTTGCCTTCGCCACCAA
GAAAGCACGAATGTTAACGGTGAAGCTCTTGTTGCTAATGAACTTTGGAGGATTCTGTCT
GATTCTCCTCCTCTGCCAATTCTTAGCAAAAGGTTCCACACGTGCGAAGATTATCGGAGG
AATCTGTGTCGGATTCTCTGTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTATCAGAACGGT
GATAAAGACAAAA*GTGTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACAATCAG
TGCGGTCGTATGGCTTCTTTATGGTCTTGCTCTTAGGGATATCTACGTTG

QA 3 712 3 712
DS 

RD RR1GU82TF 756 0 0
GGGTGCCATAAGCTTTTAATTAAAGAGAAACACTTACAAAGCTTATATCTCTCTTACCTC
GAAGAGTTCATCTTCTCCCTCCTATACAAATAAAAACCTAAAATATTCTTCCTACCTAAA
AATACTCTAAAACCATGGCTATCTTCAACACTCAAAACACATGGGCCTTCGCCTTCGGCT
TGCTCGGAAACATCATTTCCTTTGCTGTTTTCCTCTCCCCCGTGCCAACGTTCTATAGGA
TTTGGAAGAAAAAAACCACAGAAGATTTTCAATCTCTTCCCTATGTGGTGGCGCTCTTCA
GCGCGATGCTTTGGCTCTACTACGCTACTCAGAAGAAAGATGTCTTCCTTCTCGTCACAA
TCAACTCCTTTGGTTGCTTCATAGAAACCATATATATCGCCATATTCGTTGCCTTCGCCA
CCAAGAAAGCACGAATGTTAACGGTGAAGCTCTTGTTGCTAATGAACTTTGGAGGATTCT
GTCTGATTCTCCTCCTCTGCCAATTCTTAGCAAAAGGTCCCACACGTGCGAAGATTATCG
GAGGAATCTGTGTCGGATTCTCTGTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTATCAGAA
CGGTGATAAAGACAAAA*GTGTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACAA
TCAGTGCGGTCGTATGGCTTCTTTATGGTCTTGCTCTTAGG*ATATCTACGTTGCTTTCC
CGA*CGTGATTGGGTTTGT
CTCGTGCACTTCAATGA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1A955TF 832 0 0
GGGGTGCCATAAGCTTTTAATTAAAGAGAAACACTTACAAAGCTTATATCTCTCTTACCT
CGAAGAGTTCGTCTTCTCCCTCCTATACAAATAAAAACCTAAATTATTCTTCCTACCAAA
ATAAACTCTAAAACCATGGCTATCTTCAACACTCAAAACACATGGGCCTTCGCCTTCGGC
TTGCTCGGAAACATCATTTCCTTTGCTGTTTTCCTCTCCCCCGTGCCAACGTTCTATAGG
ATTTGGAAGAAAAAAACCACAGAAGATTTTCAATCTCTTCCCTATGTGGTGGCGCTCTTC
AGCGCGATGCTTTGGCTCTACTACGCTACTCAGAAAAAAGATGTCTTCCTTCTCGTCACC
ATCAACTCCTTTGGTTGCTTCATAGAAACCATATACATCGCCATATTCGTTGCCTTCGCC
ACCAAGAAAGCACGAATGTTAACGGTGAAGCTCTTGTTGCTAATGAACTTTGGAGGATTC
TGTCTGATTCTCCTCCTCTGCCAATTCTTAGCAAAAGGTTCCACACGTGCGAAGATTATC
GGAGGAATCTGTGTCGGATTCTCTGTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTATCAGA
ACGGTGATAAAGACAAAAAGTGTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACA
ATCAGTGCGGTCGTATGGCTTCTTTATGGTCTTGCTCTTAGGGATATCTACGTTGCTTTC
CCGAACGTGATTGGGTTTGTTCTCGGTGCACTTCAAATGATACTTTACGTGGTTTTCAAA
TACTGCAAAACGCCGTCGGATTTGGTGGAGAAAGAACTCGA
GCCGCTAGTTG

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1GK42JQ 635 0 0
TCTGTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTATCAGAACGGTGATAAAGACAAAAAGT
GTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACAATCAGTGCGGTCGTATGGCTT
CTTTATGGTCTTGCTTTTAGGGATATTTACGTTGCTTTCCCGAACGTGATTGGGTTTGTT
CTCGGTGCACTTCAAATGATACTTTACGTGGTTTTCAAATACTGCAAAACGCCGTCGGAT
TTGGTGGAGAAAGAACTCGAAGCCGCTAAGTTGCCGGAGGTGAGTATTGATATGCTGAAG
CTAGGGACATTGGCATCTCCTGAAGCAGCAGAGATCACAGTCGTACCAACTGCGAACAAG
TGTATATGTAATGATCGGAAGACTGAAACTGAAAATGGACAGCGAGTTAAAAACGGCAAA
CACTCCACTGCAGCTTGTTAAAAAACAATAAACTGTTTGCCTATCTTTTGCATTGTTGAA
TTTGTACTCTATCTTAATATCATCGTCTACGTGTGCCAAGTCGAGGATTAATTATCTCGG
GATTTACATTATCCTGAGTTGATTTTTCCCTTCTTCTTTTAATTACTAGTGTAACTAAAT
TATCTGTTGGATATGAATATCACCTTATTTTCCC
G

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1E684JQ 595 0 0
ACGGTGATAAAGACAAAAAGTGTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACA
ATCAGTGCGGTCGTATGGCTTCTTTATGGTCTTGCTCTTAGGGATATCTACGTTGCTTTC
CCGAACGTGATTGGGTTTGTTCTCGGTGCACTTCAAATGATACTTTACGTGGTTTTCAAA
TACTGCAAAACGCCGTCGGATTTGGTGGAGAAAGAACTCGAAGCCGCTAAGTTGCCGGAG
GTGAGTATTGATATGCTGAAGCTAGGGACATTGGCATCTCCTGAAGCAGCAGAGATCACA
GTCGTACCAACTGCGAACAAGTGTATATGTAATGATCGGAAGACTGAAACTGAAAATGGA
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CCTATCTTTTGCATTGTTGAATTTGTACTCTATCTTAATATCATCGTCTACGTGTGCCAA
GTCGAGGATTAATTATCTCGGGATTTACATTATCCTGAGTTGATTTTTCCCTTCTTCTTT
TAATTACTAGTGTAACTAAATTATCTGTTGGATATGAATATCACCTTATTTTCCC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1CP70JQ 671 0 0
TTATCGGAGGAATCTGTGTCGGATTCTCTGTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTA
TCAGAACGGTGATAAAGACAAAAAGTGTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACAC
TTACAATCAGTGCGGTCGTATGGCTTCTTTATGGTCTTGCTCTTAGGGATATTTACGTTG
CTTTCCCGAACGTGATTGGGTTTGTTCTCGGTGCACTTCAAATGATACTTTACGTGGTTT
TCAAATACTGCAAAACGCCGTCGGATTTGGTGGAGAAAGAACTCGAAGCCGCTAAGTTGC
CGGAGGTGAGTATTGATATGCTGAAGCTAGTGACATTGGCATCTCCTGAAGCAGCAGAGA
TCACAGTCGTACCAACTGCGAACAAGTGTATATGTAATGATCGGAAGACTGAAACTGAAA
ATGGACAGCGAGTTAAAAACGGCAAACACTCCACTGCAGCTTGTTAAAAAACAATAAACT
GTTTGCCTATCTTTTGCATTGTTGAATTTGTACTCTATCTTAATATCAACGTCTACGTGT
ACCAAGTCGAGGATTAATTATCTCGGGATTTACATTATCCTGAGTTGATTTTTCCCTTCT
TCTTTTAATTACTAGTGTAACTAAATTATCTGTTGGATATGAATATCCCCTTATTTTCCC
GTTGAAAGGTT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 2 5

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TCTAAAGTAGCAACTAGAAGAGAAAGTAAAATTTTTTAGCAACAATAATATTTCATAACC
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TTTCTTTTGTCTTTAAGGGGTTTCAAAAGTCACCTCTGCATTTTCTGTTGGTTATTCACC
TGAACCACCATCTCTGAACGGCAGTGACCGGAGTATTCAAGAAGGGAGCGTACCGTTGGA
TGATAGGATTCGCAGTCCTCCCGATTCTGCTCCACGTGCTTTGGTGGTATCCTGCCGCTA
CTGGTGCTTGATACATCAGCTTCAATAGCTGCCAGTACATGAATGTCTGTATAATGTTGC
GTTGCCATGAGAGAAGAGAGATAATCAGAAGGAAGCCGATGGCTATCTCAGCCTGCGATG
AGAGGATGTTAAGAGTAGTTGTGTTTGACTCCACCCACACGCAAGGATCTTCCAAGTACT
TTCTGTATATAGTGGAACGAGTGAAGTTACGCCTCAAGAACTTGGCTAATTGTTCAAGTG
CTCGACACAAGATGGGAATCAAAGCAAACTTGACACAGAGATGTGAAGTGACAAATGAAA
GGCAGTATATGAAATAGATGAAATCCTTTGCTCCCATAATTGATTGAAAATAAACTTGCA
GCCCTTGCATATTCCATGCACTTGGCCTCCCGTAAAGAGAGTACAAGGAAAAAAGAGATG
AGCATGCAGTTCCCATGAAAGATAGACGATAAGCCCTATTAGAGAGGTTCTTTGGCACTA
GAGGTAACACTGCCAGCACAGCTATAACGAAAACCCAAGCATTGATAGAAAACAGAATAG
TCTGCTGATCCCAGCGCCCTGAACTTGGATTTGCACCAGCAGTAGAAGATGGCCCAGTTG
TTCGAGGAACAGATCCAGAGTTCCGTGAACGAGCTTGTTCATTTGCATTGGTAGTTGCAG
TTGGTCTTGCATATTGCGAAGAAGATGAAGTCGATATTGGCTCCACAACCAGATCAGGAT
CCAGGTAACGTTGGTAGAATTTGCGCTTGTC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ57JQ U 1
AF RR1FI29JQ U 3
AF RR1FI29TF C 385
BS 1 357 RR1GJ57JQ
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QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1FI29JQ 793 0 0
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TCTTTTGTCTTTAAGGGGTTTCAAAAGTCACTTCTGCATTTTCTGTTGGTTATTCACCTG
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CGACACAAGATGGGAATCAAAGCAAACTTGACACAGAGATGTGAAGTGACAAATGAAAGG
CAGTATATGAAATAGATGAAATCCTTTGCTCCCATAATTGATTGAAAATAAACTTGCAGC
CCTTGCATATTCCATGCACTTGGCCTCCCGTAAAGAGAGTACAAGGAAAAAAGAGATGAG
CATGCAGTTCCCA

QA 1 793 1 793
DS 

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GACGATAAGCCCTATTAGAGAGGTTCTTTGGCACTAGAGGTAACACTGCCAGCACAGCTA
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ATGAAGTCGATATTGGCTCCACAACCAGATCAGGATCCAGGTAACGTTGGTAGAATTTGC
GCTTGTC

QA 1 727 1 727
DS 



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CGAATTCATCTGCAAGACCATCTGCTACTCCTGCAACTGCTACTAATTCAAATGAACAAC
AAGCTCGTTCACGGAACTCTGGATCGGTTCCTCGCAGTACTGCGCCGTCTGCTACGACTG
GTGCAAGCCCAAGTCCAGTGCGCTGGGATCAGCAGACTATTCACTTCTCTGTCAATGCTT
GGGTTTTCGTTATTGCTGTGCTGGCAGTGTTACCTCTAGTTCCAAAGAACCTCTCTAGTA
GGGCTTATCGTCTATCTTTCATGGGAACTGCGTGCTCCTCTCTATATTCCTTGTACTCTC
TTTACGGGAGGCCAAGGGCATGGAATATGCAAGGGATGCAAGTTTATTTTCAGTCAATTG
TGGGAGCAAAGGATTTCATCTATTTCATCTACTGCCTTACATTTGTCACTTCACATCTCT
GTCTCAAGTTTGCTTTGATTCCCATCTTGTGTCGAGCACTTGAACAAGTAGCCAAGTTCT
TGAGACGTAACTTCACTCGCTCCACCATATACAGGAAGTACTTGGAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP55TF U 1
AF RR1FR27TF U 4
BS 1 374 RR1GP55TF
BS 375 375 RR1FR27TF
BS 376 584 RR1GP55TF
BS 585 585 RR1FR27TF
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BS 743 770 RR1FR27TF

RD RR1GP55TF 750 0 0
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GAGTGAAGAAGATAGCGGCGGCAGCATACGACTACGATAACGACGCTCGGTGGACGGATT
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GTCTCAAGTTTGCTTTGATTCCCATCTTGTGTCGAGCACTTGAACAAGTAGCCAAGTTCT
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DS 

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GG
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AAGAAGATAGCGGCGGCAGCATACGACTACGATAACGACGCTCGGTGGACGGATTACTGG
TCGAATATCCTGATCCCTCCTCACATGGCTTCTCGCCCCGAGGTCGTCGACCACTACAAG
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TCATCTGCAAGACCATCTGCTACTCCTGCAACTGCTACTAATTCAAATGAACAACAAGCT
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GGGAGGCCAAGGGCATGGAATATGCAAGGGATGCAAGTTTATTTTCAGTCAATTGTGGGA
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AAGTTTGCTTTGATTCCCATCTTGTGTCGAGCACTTGAACAAGTAGCCAAGTTCTTGAGA
CGTAACTTCACTCGCTCCACCATATACAGGAAGTACTTGGAAGAC

QA 3 767 3 767
DS 



AS 1 8

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AAAAAAAAAGAAAAGAAAGAGATGGAAGTTGAACCGAAGTTCAAGAGAATATGTGTGTTT
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ATTTTCCCACTAAATCTATTTTTTTCCTAATTATTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1CU35TF 748 0 0
GG
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ATAA

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DS 

RD RR1BD51TF 727 0 0
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AGATGGAGCAAATCGGGCTGAGTCCCACTTGCGAAATCTCAAGATGAAGATGGATTAACT
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DS 

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QA 1 829 1 829
DS 

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GTTTTTGCTCCTTTTGCTAAAGACCTTGTCAAGAAACTTGAGGAATATGTACCAAAGCAT
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TTTCCAAATTGGGCTCCTTTTTATTGATCGTTAACTTAGTCCCGGCAACCGGAAAACATA
AGCCGGCTTTCTTTTTCCTTTTCATGTATTTCGGAAAAGACAGAAAATGGTTTATTTTTT
GT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1BK73JQ 798 0 0
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TCATTGTTATCATTCATAGACAAAGCAGTCGAAGAAGGCTTCATTACACCAACTGCTCGT
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CCAAAGCATGAGAAAGTCGCCTCAAAGAAAAGTTGGG*AGATGGAGCAAATCGGGCTGAG
TCCCACTTGCGAAATCTCAAGATGAAGATGGATTAACTTTCTTAATTAGGATAAGCCCAA
TTGAATGTTTCTCCAAATTGGGCTCCTTTTTATTGATTGTTAACTTAGTCCCGGCAACCG
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TTATTTTTTGT
ATTTCGT

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DS 

RD RR1BD51JQ 831 0 0
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TCATCGGGGTTATCCCCAAGACACTAATGCCAAAAGAGATAACAGGAGAGACAGTGGGAG
AAGTGAAGGCAGTAGCAGACATGCACCAAAGAAAAGCTGAAATGGCTAAGCACTCTGATG
CTTTTATTGCTTTGCCTGGTGGATATGGTACACTTGAAGAGCTTCTTGAAGTAATCACTT
GGGCACAGCTTGGAATCCATGATAAACCAGTGGGACTATTGAATGTGGAAGGATACTATA
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GTCATATCATTGTTTCTGCTCCTTCTGCTAAAGACCTTGTCAAGAAACTTGAGGAATATG
TACCAAAGCATGAGAAAGTCGCCTCAAAGAAAAGTTGGG*AGATGGAGCAAATCGGGCTG
AGTCCCACTTGCGAAATCTCAAGATGAAGATGGATTAACTTTCTTAATTAGGATAAGCCC
AATTGAATGTTTTTCCAAATTGGGCTCCTTTTTATTGATTGTTAACTTAGTCCCGGCAAC
CGGAAAACATAAGCCGGCTCTCTTTTTCCTTTTCATGTATTTCGGAAAAGACAGAAAATG
GTTTATTTTTTGTATTTCGTAATATTTTCCCACTAAATCTATTTTTTTCC
C

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR1AG89JQ 793 0 0
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AGCACTCTGATGCTTTTATTGCTTTGCCTGGTGGATATGGTACACTTGAAGAGCTTCTTG
AAGTAATCACTTGGGCACAGCTTGGAATCCATGATAAACCAGTGGGACTGTTGAATGTGG
AAGGATACTATAATTCATTGTTATCATTCATAGACAAAGCAGTCGAAGAAGGCTTCATTA
CACCAACTGCTCGTCATATCATTGTTTCTGCTCCTTCTGCTAAAGACCTTGTCAAGAAAC
TTGAGGAATATGTACCAAAGCATGAGAAAGTCGTCTCAAAGAAAAGTTGGG*AGATGGAG
CAAATCGGGCTGAGTCCCACTTGCGAAATCTCAAGATGAAGATGGATTAACTTTCTTAAT
TAGGATAAGCCCAATTGAATGTTTCTCCAAATTGGGCTCCTTTTTATTGATTGTTAACTT
AGTCCCGGCAACCGGAAAACATAAGCCGGCTTTCTTTTTCCTTTTCATGTATTTCGGAAA
AGACAGAAAATGGTTTATTTTTTGTATTTCGTAATATTTTCCCACTAAATCTATTTTTTT
CCTAATTATTTCT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 2 7

CO CL759Contig1 1024 5 8 U
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AAGTAATGAAGATTAAGCAAAGTTTTCAAGCAAATGTTATCTTGGCAAAAATAAAAACTG
AGCTCTCAACACAGGAAAAGATAAACATGTCCTCTGCTTTTCACCAAACATATGTTCTAT
ATGAAAAGCCTCTTTAAATAGCTGAAAAATACTCTTTGCTGAGCTTGGGGTCAGGTTTCA
TCGATTTCTCCCCAGGCTTCCATCCCGCGGGGCAGACTTCATCAGGGTTTTCTTGAACAT
ACTGTAATGCCTGGAGGGTTCTCATAGTCTCATCAACACTTCGGCCAATACCGAGGTTGT
TGATGGTGGAATGCTGGATGACTCCTTCCTTGTCGATGATGAAAAGCCCTCTCAATGCAA
TGCCCTGATCAGGGATGAGAACTCCAAACGATTTAAAAATGGATTTGGTGATATCCGAGA
CGAGTGGGTAGTTCAGATCACCGAGCCCTCCTGACTTTCTGTCTGTTTGGACCCACGCAA
GATGCGAGAACACACTGTCGACTGAGACACCTAACACTTCGGTGTTTAGCTTCTCAAACT
CTTCATAACGGTCACTGAAGGCAGTAATCTCTGTAGGGCAGACAAAAGTGAAGTCCAATG
GGTAGAAAAATAGAATCACATATTTTTTACCAATGTACTCTGAGAGCTTCACCTTGATGA
ACTCTTGATCAAAAACAGCCTCTGCCTCAAAATCAGGCGCCTTATTACCAACTAGTGGCA
AATCATCGGCCTGGGCCTTGACGGCGAAGCTACGGCGAGTGGAAGAGCTGCTGTTGGAGG
TGAGGGGACCGATGCGGGAGAAACCGGAGCAGAGAGAAGACGGTGATGATGCAGATGAAG
AGGGAAGAGTTCGGAGGAAAGAGGCGGCGGGAGAAAAGAGAGAAGGCTTGGAGGGGAGAA
CTCTAGCGGAAGAGATAAGGGTGGTGGATGAAGCTAAGGACGCCGTGGACTGAAAGTACT
CTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1DL55JQ U 68
AF RR1EU62JQ U 2
AF RR1BL39JQ U 1
AF RR1BL39TF C 321
AF RR1EU62TF C 315
BS 1 438 RR1BL39JQ
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BS 440 735 RR1BL39JQ
BS 736 824 RR1EU62TF
BS 825 825 RR1BL39TF
BS 826 877 RR1EU62TF
BS 878 878 RR1BL39TF
BS 879 1024 RR1EU62TF

RD RR1DL55JQ 142 0 0
GGAGATT
AAGCAAAGTTTTCAAGCAAATGTTATCTTGGCAAAAATAAAAACTGAGCTCTCAACACAG
GAAAAGATAAACATGTCCTCTGCTTTTCACCAAACATATGTTCTATATGAAAAGCCTCTT
TAAATAGCTGAAAAA

QA 8 142 8 142
DS 

RD RR1EU62JQ 708 0 0
AACAT
ATAAATTTCATTATTTTAATTCAACTTTTTAGGAGAATCACACAGAAGAAACATAAGTAA
TGAAGATTAAGCAAAGTTTTCAAGCAAATGTTATCTTGGCAAAAATAAAAACTGAGCTCT
CAACACAGGAAAAGATAGACATGTCCTCTGCTTTTCACCAAACATATGTTCTATATGAAA
AGCCTCTTTAAATAGCTGAAAAATACTCTTTGCTGAGCTTGGGGTCAGGTTTCATCGATT
TCTCCCCAGGCTTCCATCCCGCGGGGCAGACTTCGTCAGGGTTTTCTTGAACATACTGTA
ATGCCTGGAGGGTTCTCATAGTCTCATCAACACTTCGGCCAGTACCGAGGTTGTTGATGG
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GATCAGGGATGAGAACTCCAAACGATTTAAAAATGGATTTGGTGATATCCGAGACGAGTG
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AGAACACACTGTCGACTGAGACACCTAACACTTCGGTGTTTAGCTTCTCAAACTCTTCAT
AACGGTCACTGAAGGCAGTAATCTCTGTAGGGCAGACAAAAGTGAAGTCCAATGGGTAGA
AAAATAGAATCACATATTTTTTACCAATGTACTCTGAGAGCTT

QA 6 708 6 708
DS 

RD RR1BL39JQ 735 0 0
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ATGAAAAGCCTCTTTAAATAGCTGAAAAATACTCTTTGCTGAGCTTGGGGTCAGGTTTCA
TCGATTTCTCCCCAGGCTTCCATCCCGCGGGGCAGACTTCATCAGGGTTTTCTTGAACAT
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TGCCCTGATCAGGGATGAAAACTCCAAACGATTTAAAAATGGATTTGGTGATATCCGAGA
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GATGCGAGAACACACTGTCGACTGAGACACCTAACACTTCGGTGTTTAGCTTCTCAAACT
CTTCATAACGGTCACTGAAGGCAGTAATCTCTGTAGGGCAGACAAAAGTGAAGTCCAATG
GGTAGAAAAATAGAATCACATATTTTTTACCAATGTACTCTGAGAGCTTCACCTTGATGA
ACTCTTGATCAAAAA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1BL39TF 683 0 0
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CCGAGCCCTCCTGACTTTCTGTCTGTTTGGACCCACGCAAGATGCGAGAACACACTGTCG
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TATTTTTTACCAATGTACTCTGAGAGCTTCACCTTGATGAACTCTTGATCAAAAACAGCC
TCTGCCTCAAAATCAGGCGCCTTATTACCAACTAGTGGCAAATCATCGGCCTGGGCCTTG
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DS 

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TGGATGACTCCTTCCTTGTCGATGATGAAAAGCCCTCTCAATGCAATGCCCTGATCAGGG
ATGAGAACTCCAAACGATTTAGAAATGGATTTGGTGATATCCGAGACGAGTGGGTAGTTC
AGATCACCGAGCCCTCCTGACTTTCTGTCTGTTTGGACCCACGCAAGATGCGAGAACACA
CTGTCGACTGAGACACCTAACACTTCGGTGTTTAGCTTCTCAAACTCTTCATAACGGTCA
CTGAAGGCAGTAATCTCTGTAGGGCAGACAAAAGTGAAGTCCAATGGGTAGAAAAATAGA
ATCACATATTTTTTACCAATGTACTCTGAGAGCTTCACCTTGATGAACTCTTGATCAAAA
ACAGCCTCTGCCTCAAAATCAGGCGCCTTATTACCAACTAGTGGCAAATCATCGGCCTGG
GCCTTGACGGCGAAGCTACGGCGAGTGGAA*AGCTGCTGTTGGAGGTGAGGGGACCGATG
CGGGAGAAACCGGAGCAGAGAGAGGACGGTGATGATGCAGATGAAGAGGGAAGAGTTCGG
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ATAAGGGTGGTGGATGAAGCTAAGGACGCCGTGGACTGAAAGTACTCTCC

QA 1 710 1 710
DS 



CO CL759Contig2 721 2 5 U
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ACAGTATGTTCAAGAAAACCCTGATGAGGTCTGCCCCGCGGGATGGAAGCCTGGGGAGAA
ATCGATGAAACCTGACCCCAAGCTCAGCAAAGAGTATTTTTCAGCTATTTAAGAGGCTTT
TCATATAAAACATATGTTCGGTGAAAAAACAGAGGACATGTTTATCTTTTTCCTGTGTTG
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T


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1EB79TF U 1
AF RR1EB79JQ C 234
BS 1 695 RR1EB79TF
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BS 708 708 RR1EB79JQ
BS 709 721 RR1EB79TF

RD RR1EB79TF 721 0 0
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CTATCCATTGGACTTCACTTTTGTCTGCCCCACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGTTA
TGAAGAGTTTGAGAAGCTAAACACCGAAGTGTTAGGTGTCTCAGTCGACAGTGTGTTCTC
GCATCTTGCGTGGGTCCAAACAGACAGAAAGTCAGGAGGGCTCGGTGATCTGAACTACCC
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ACAGTATGTTCAAGAAAACCCTGATGAGGTCTGCCCCGCGGGATGGAAGCCTGGGGAGAA
ATCGATGAAACCTGACCCCAAGCTCAGCAAAGAGTATTTTTCAGCTATTTAAGAGGCTTT
TCATATAAAACATATGTTCGGTGAAAAAACAGAGGACATGTTTATCTTTTTCCTGTGTTG
GAGAGCTCAGTTTTTATTTTTGCCAAGATAACATTTGCTTGAAAACTTTGCTTTGACTTT
ATTACTTATGTTTCTTCTGTGTGATTCTCCTCAAA*GTTGAATAAAA*TAATGAAATTTA
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1EB79JQ 488 0 0
ACTACCCACTCGTCTCGGATATCACCAAATCCATTTCAAAATCGTTTGGAGTGCTCATCC
CTGATCAAGGCATTGCATTGAGAGGGCTTTTCATCATCGACAAGGAAGGAGTCATCCAGC
ATTCCACCATCAACAACCTCGGTATTGGCCGAAGTGTTGATGAGACAATGAGAACCCTCC
AGGCATTACAGTATGTTCAAGAAAACCCTGATGAGGTCTGCCCCGCGGGATGGAAGCCTG
GGGAGAAATCGATGAAACCTGACCCCAAGCTCAGCAAAGAGTATTTTTCAGCTATTTAAG
AGGCTTTTCATATAAAACATATGTTCGGTGAAAAAACAGAGGACATGTTTATCTTTTTCC
TGTGTTGGAGAGCTCAGTTTTTATTTTTGCCAAGATAACATTTGCTTGAAAACTTTGCTT
TGACTTTATTACTTATGTTTCTTCTGTGTGATTCTCCTCAAAAGTTGAATAAAAATAATG
AAATTTAT

QA 1 488 1 488
DS 



AS 2 8

CO CL760Contig1 685 2 2 U
GGGGAAGATTAGCAAAAATGGCATCATCGGAGCAAAAGTTGGTAGAAGAAAACGGGTCGG
TGATTTCAAGCTTGTTGGATAAAGCCAAAGGTTTCATTGCGGAGAAGCTAGCCAATATTC
CAACGCCGGAAGCCACCGTTGACGACGTTGATTTCAAAGGCGTGTCACGTCAAGGTGTTG
ATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAATCCATCCCTATTTGCCAGA
TCTCTTACATCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATCGCATCGGGCACGATACCGGACCCGG
GTTCGTTGGTTGGGAAGGGCACCACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTGGCTTATGGCA
TAGCGGTTAGTCTAATGAAGGACATCGGCTCGGACTGGGACATTGACTATCAACTTGACA
TTGGTCTAACCATCGACATTCCAGTTGTTGGTGACATTACCATTCCTGTGTCTACTCAGG
GTGAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCAACTGTGTTCTTCTTAAT
TATAATCTAATTTTCAATAAAACATAGACGATCACATGAATGTTTCAGTTCTGGATTTCT
CTTTTGTTGGTTTTGTTATTGGGTTGTTAAGTACTTTTATTTTGGTTATTTATGTTTCCG
TGGTATGTGATTTACATTTTTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BT01JQ C 1
AF RR1BT01TF U 1
BS 1 13 RR1BT01JQ
BS 14 685 RR1BT01TF

RD RR1BT01JQ 685 0 0
GGGGAAGATTAGCAAAAATGGCATCATCGGAGCAAAAGTTGGTAGAAGAAAACGGGTCGG
TGATTTCAAGCTTGTTGGATAAAGCCAAAGGTTTCATTGCGGAGAAGCTAGCCAATATTC
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ATTATCACGCCAAGGTTTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAATCCATCCCTATTTGCCAGA
TTTTTTACATCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATCGCATCGGGCACGATACCGGACCCGG
GTTCGTTGGTTGGGAAGGGCACCACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTGGCTTATGGCA
TAGCGGTTAGTTTAATGAAGGACATCGGCTCGGACTGGGACATTGACTATCAACTTGACA
TTGGTCTAACCATCGACATTCCAGTTGTTGGTGACATTACCATTCCTGTGTCTACTCAGG
GTGAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGGGACTTCTTTTAATTTCAACTGTGTTTTTTTTAAT
TATAATTTAATTTTCAATAAAACATAGACGATCACATGAATGTTTCAGTTCTGGATTTCT
CTTTTGTTGGTTTTGTTATTGGGTTGTTAAGTACTTTTATTTTGGTTATTTATGTTTCCG
TGGTATGTGATTTACATTTTTAATT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1BT01TF 685 0 0
GGGGAAGATTAGC
AAAAATGGCATCATCGGAGCAAAAGTTGGTAGAAGAAAACGGGTCGGTGATTTCAAGCTT
GTTGGATAAAGCCAAAGGTTTCATTGCGGAGAAGCTAGCCAATATTCCAACGCCGGAAGC
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GGTCTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAATCCATCCCTATTTGCCAGATCTCTTACATCCT
CAAGAGTGCCACAAGGACGATCGCATCGGGCACGATACCGGACCCGGGTTCGTTGGTTGG
GAAGGGCACCACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTGGCTTATGGCATAGCGGTTAGTCT
AATGAAGGACATCGGCTCGGACTGGGACATTGACTATCAACTTGACATTGGTCTAACCAT
CGACATTCCAGTTGTTGGTGACATTACCATTCCTGTGTCTACTCAGGGTGAGATCAAGCT
CCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCAACTGTGTTCTTCTTAATTATAATCTAATTT
TCAATAAAACATAGACGATCACATGAATGTTTCAGTTCTGGATTTCTCTTTTGTTGGTTT
TGTTATTGGGTTGTTAAGTACTTTTATTTTGGTTATTTATGTTTCCGTGGTATGTGATTT
ACATTTTTAATT

QA 14 685 14 685
DS 



CO CL760Contig2 774 6 9 U
GGTCCGGCAATAAAGGTAAATTAATTATCCTTAAAAAGAAACACAAATCTTATACTATAA
TCAATTGAGACACTAGACATAAGAAGAGAGAGAGATCTGGTCATTTGGAAGATTAGCAAA
AAAATGGCATCATCGGAGCAAAAGTTGGTAGAGGAAAACGGGTCGGTGATTTCAAGCTTG
TTGGATAAAGCCAAAGGTTTCATTGCGGAGAAGCTAGCCAATATTCCCACGCCGGAAGCT
ACCGTTGACGACGTTGATTTCAAAGGCGTGTCACGTCAAGGTGTTGATTATCACGCCAAG
GTCTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAATCCATCCCTATTTGCCAGATCTCTTACATCCTC
AAGAGTGCCACAAGGACGATCGCATCGGGCACGATACCGGACCCGGGTTCGTTGGTTGGG
AAGGGCACCACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTGGCTTATGGCATAGCGGTTAGTCTA
ATGAAGGACATCGGCTCGGACTGGGACATTGACTATCAACTTGACATTGGTCTAACCATC
GACATTCCAGTTGTTGGTGACATTACCATTCCTGTGTCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTC
CCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCTACTATGTTCTTCTTAATTATAATCTAATTTT
CAATAAAAACATAGACGATCACATGATGTTTCAGTTCTGGATTTCTCTTTTGTTGGTTTT
GTTATTGGGTTGTTTAAGTACTTTTATTGGTTATTTATTTTTCCGTGGTATGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR1G518TF U 1
AF RR1G518JQ C 49
AF RR1G191TF U 90
AF RR1G191JQ C 90
AF RR1G989TF U 90
AF RR1G989JQ C 90
BS 1 89 RR1G518TF
BS 90 90 RR1G191TF
BS 91 443 RR1G518TF
BS 444 444 RR1G191TF
BS 445 703 RR1G518TF
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BS 705 755 RR1G518TF
BS 756 769 RR1G989TF
BS 770 774 RR1G518JQ

RD RR1G518TF 774 0 0
GGTCCGGCAATAAAGGTAAATTAATTATCCTTAAAAAGAAACACAAATCTTATACTATAA
TCAATTGAGACACTAGACATAAGAAGAGATAGAGATCTGGTCATTTGGAAGATTAGCAAA
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AAGGGCACCACGGTTCTGGACGTGCCGGTTAAGGTGGCTTATGGCATAGCGGTTAGTCTA
ATGAAGGACATCGGCTCGGACTGGGACATTGACTATCAACTTGACATTGGTCTAACCATC
GACATTCCAGTTGTTGGTGACATTACCATTCCTGTGTCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTC
CCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCTACTATGTTCTTCTTAATTATAATCTAATTTT
CAATAAAAACATAGACGATCACATGATGTTTCAGTTCTGGATTCCTCTTTTGTTGGTTTT
GTTATTGGGTTGTTTAAGTACTTTTATTGGTTATT
ATTTTCCGTGGTATGTGAG

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1G518JQ 726 0 0
CTTATACTATAATCAATTGAGACACTAGACATAAGAAGAGATAGAGATCTGGTCATTTGG
AAGATTAGCAAAAAAATGGCATCATCGGAGCAAAAGTTGGTAGAGGAAAACGGGTCGGTG
ATTTCAAGCTTGTTGGATAAAGCCAAAGGTTTCATTGCGGAGAAGCTAGCCAATATTCCC
ACGCCGGAAGCTACCGTTGACGACGTTGATTTCAAAGGCGTGTCACGTCAAGGTGTTGAT
TATCACGCCAAGGTTTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAATCCATCCCTATTTGCCAGATT
TTTTACATCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATCGCATCGGGCACGATACCGGACCCGGGT
TCGTTGGTTGGGAAGGGCACCACGGTTCTGGACGTGCCGGTTAAGGTGGCTTATGGCATA
GCGGTTAGTCTAATGAAGGACATCGGCTCGGACTGGGACATTGACTATCAACTTGACATT
GGTCTAACCATCGACATTCCAGTTGTTGGTGACATTACCATTCCTGTGTCTACTCAGGGT
GAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTTTACTATGTTCTTCTTAATTA
TAATCTAATTTTCAATAAAAACATAGACGATCACATGATGTTTCAGTTCTGGATTCCTCT
TTTGTTGGTTTTGTTATTGGGTTGTTTAAGTACTTTTATTGGTTATTTATTTTTCCGTGG
TATGTG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1G191TF 651 0 0
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AGAGGAAAACGGGTCGGTGATTTCAAGCTTGTTGGATAAAGCCAAAGGTTTCATTGCGGA
GAAGCTAGCCAATATTCCCACGCCGGAAGCTACCGTTGACGACGTTGATTTCAAAGGCGT
GTCACGTCAAGGTGTTGATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAATC
CATCCCTATTTGCCAGATCTCTTACATCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATCGCATCGGG
CACGATACCGGACCCGGGTTCGTTGGTTGGGAAGGGCACCACGGTTCTGGACGTACCGGT
TAAGGTGGCTTATGGCATAGCGGTTAGTCTAATGAAGGACATCGGCTCGGACTGGGACAT
TGACTATCAACTTGACATTGGTCTAACCATCGACATTCCAGTTGTTGGTGACATTACCAT
TCCTGTGTCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCT
ACTATGTTCTTCTTAATTATAATCTAATTTTCAATAAAAACATAGACGATCACATGATGT
TTCAGTTCTGGATTTCTCTTTTGTTGGTTTTGTTATTGGGTTGTT*AAGTA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1G191JQ 680 0 0
GAGAGATCTGGTCATTTGGAAGATTAGCAAAAAAATGGCATCATCGGAGCAAAAGTTGGT
AGAGGAAAACGGGTCGGTGATTTCAAGCTTGTTGGATAAAGCCAAAGGTTTCATTGCGGA
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GTCACGTCAAGGTGTTGATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAATC
CATCCCTATTTGCCAGATCTCTTACATCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATCGCATCGGG
CACGATACCGGACCCGGGTTCGTTGGTTGGGAAGGGCACCACGGTTCTGGACGTACCGGT
TAAGGTGGCTTATGGCATAGCGGTTAGTCTAATGAAGGACATCGGCTCGGACTGGGACAT
TGACTATCAACTTGACATTGGTCTAACCATCGACATTCCAGTTGTTGGTGACATTACCAT
TCCTGTGTCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCT
ACTATGTTCTTCTTAATTATAATCTAATTTTCAATAAAAACATAGACGATCACATGATGT
TTCAGTTCTGGATTTCTCTTTTGTTGGTTTTGTTATTGGGTTGTTTAAGTACTTTTATTG
GTTATTTATTTTTCCGTGGT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1G989TF 680 0 0
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AGAGGAAAACGGGTCGGTGATTTCAAGCTTGTTGGATAAAGCCAAAGGTTTCATTGCGGA
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GTCACGTCAAGGTGTTGATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAATC
CATCCCTATTTGCCAGATCTCTTACATCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATCGCATCGGG
CACGATACCGGACCCGGGTTCGTTGGTTGGGAAGGGCACCACGGTTCTGGACGTACCGGT
TAAGGTGGCTTATGGCATAGCGGTTAGTCTAATGAAGGACATCGGCTCGGACTGGGACAT
TGACTATCAACTTGACATTGGTCTAACCATCGACATTCCAGTTGTTGGTGACATTACCAT
TCCTGTGTCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCT
ACTATGTTCTTCTTAATTATAATCTAATTTTCAATAAAAACATAGACGATCACATGATGT
TTCAGTTCTGGATTTCTCTTTTGTTGGTTTTGTTATTGGGTTGTTTA*GTACTTTTATTG
GTTATTTATTTTTCCGTGGT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1G989JQ 680 0 0
GAGAGATCTGGTCATTTGGAAGATTAGCAAAAAAATGGCATCATCGGAGCAAAAGTTGGT
AGAGGAAAACGGGTCGGTGATTTCAAGCTTGTTGGATAAAGCCAAAGGTTTCATTGCGGA
GAAGCTAGCCAATATTCCCACGCCGGAAGCTACCGTTGACGACGTTGATTTCAAAGGCGT
GTCACGTCAAGGTGTTGATTATCACGCCAAGGTTTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAATC
CATCCCTATTTGCCAGATCTCTTACATCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATCGCATCGGG
CACGATACCGGACCCGGGTTCGTTGGTTGGGAAGGGCACCACGGTTCTGGACGTACCGGT
TAAGGTGGCTTATGGCATAGCGGTTAGTCTAATGAAGGACATCGGCTCGGACTGGGACAT
TGACTATCAACTTGACATTGGTCTAACCATCGACATTCCAGTTGTTGGTGACATTACCAT
TCCTGTGTCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCT
ACTATGTTCTTCTTAATTATAATCTAATTTTCAATAAAAACATAGACGATCACATGATGT
TTCAGTTCTGGATTTCTCTTTTGTTGGTTTTGTTATTGGGTTGTTTAAGTACTTTTATTG
GTTATTTATTTTTCCGTGGT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 2 7

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TTTTTTTTAACGAGTTTTGTCTAATTCTTGACTGGCTCAAGAAGGTTCTGATTCAAACTC
ATAAACGTTCCATTGAAGGAAATGTATTAAGAAAGAAATTAACAAGAAGAAATGGCATAT
CAATCAAATCATATCTATTTCTTGCGAAGATCGATGCCAGCTTTCTTGGCAACAGCGTCG
AGACCGTTCTTCTCAATGGTCTTCAACGCCTTTGTTGATAAACGAAGCTTGACGAAACGT
TTGCCAGCTTCCCACCAAACCTTCTTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAACTTCTTGGTC
TTGTGGTTAGAGAAGGACACTTTGTTGGCTCTGTTTGCTTTCTTCCCAGTAAAAGGACAG
ATCCTCCGGGCGACGATTGGCTGAAGAGTACCGGGAAAGGAAGGGAGGGAGATGCGGTTG
ATGACGTCATCGGAGGGACCATGCGAGATTCTTAAGCCACTGAGCTGGGAGCTGAGGAAC
CCGAGCTCCGTTGGCTTAAAGACGGACTTTGAGGATGAGGTCGTTCGTAATCTCAGAAAA
GCCCCCTGCGTCGCCATTATTGTCGTCATTTTTTTTTTTGGCTTTCCCTCTTGTTAGTTC
C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1BA75JQ U 1
AF RR1BA75TF C 1
AF RR1A586JQ U 69
AF RR1A586TF C 69
BS 1 358 RR1BA75JQ
BS 359 661 RR1A586JQ

RD RR1BA75JQ 359 0 0
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TTGCCAGCTTCCCACCAAACCTTCTTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAACTTCTTGG
C

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1BA75TF 359 0 0
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TTTTTTTTAACGAGTTTTGTCTAATTCTTGACTGGCTCAAGAAGGTTCTGATTCAAACTC
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CAATCAAATCATATCTATTTCTTGCGAAGATCGATGCCAGCTTTCTTGGCAACAGCGTCG
AGACCGTTCTTCTCAATGGTCTTCAACGCCTTTGTTGATAAACGAAGCTTGACGAAACGT
TTGCCAGCTTCCCACCAAACCTTCTTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAACTTCTTGG
C

QA 1 358 1 358
DS 

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CTTCTCAATGGTCTTCAACGCCTTTGTTGATAAACGAAGCTTGACGAAACGTTTGCCAGC
TTCCCACCAAACCTTCTTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAACTTCTTGGTCTTGTGGTT
AGAGAAGGACACTTTGTTGGCTCTGTTTGCTTTCTTCCCAGTAAAAGGACAGATCCTCCG
GGCGACGATTGGCTGAAGAGTACCGGGAAAGGAAGGGAGGGAGATGCGGTTGATGACGTC
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QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1A586TF 593 0 0
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TCATATCTATTTCTTGCGAAGATCGATGCCAGCTTTCTTGGCAACAGCGTCGAGACCGTT
CTTCTCAATGGTCTTCAACGCCTTTGTTGATAAACGAAGCTTGACGAAACGTTTGCCAGC
TTCCCACCAAACCTTCTTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAACTTCTTGGTCTTGTGGTT
AGAGAAGGACACTTTGTTGGCTCTGTTTGCTTTCTTCCCAGTAAAAGGACAGATCCTCCG
GGCGACGATTGGCTGAAGAGTACCGGGAAAGGAAGGGAGGGAGATGCGGTTGATGACGTC
ATCGGAGGGACCATGCGAGATTCTTAAGCCACTGAGCTGGGAGCTGAGGAACCCGAGCTC
CGTTGGCTTAGAGACGGACTTTGAGGATGAGGTCGTTCGTAATCTCAGAAAAGCCCCCTG
CGTCGCCATTATTGTCGTCATTTTTTTTTTTGGCTTTCCCTCTTGTTAGTTCC

QA 1 593 1 593
DS 



CO CL761Contig2 703 3 5 U
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AGCCAAAAATATGACGACAATGGCGACGCAGGGGGCTTTTCTCCGATTACGAACGACCTC
ATCCTCAAAGTCCGTCGCTAAGCCAACGGAGCTCGGGTTCTTCAGCTCCCAGCTCAGTGG
CTTAAGAATCTCGCATGCTCCCTCCAGTGACGTCATCAACCCCATCTCCCTTCCTTCCTT
TCCCGGTGCTCTTCAGCCAATCGTCGCCCGGAGGATCTGTCCTTTTACTGGGAAGAAAGC
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CTTACAGTACAAGAAGGTTTGGTGGGAAGCTGGCAAACGTTTCGTCAAGCTTCGTTTATC
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CATAGATCTTCGCAAGAAATAGATATGATTCATATGCCATTTCTTTCTGTTAATTTCTTT
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TTCCCCCTTCTTGAGCCAGTCAAGAATTAGACAAAACTCGTTAAAAAAAGAAAGAAAAAT
ATTACATTTCATGTTTTCGATTTTATATATTATATCGTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D660TF U 1
AF RR1EE53TF U 13
AF RR1EE53JQ C 13
BS 1 160 RR1D660TF
BS 161 161 RR1EE53TF
BS 162 583 RR1D660TF
BS 584 643 RR1EE53TF
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RD RR1D660TF 583 0 0
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TCCCGGTGCTCTTCAGCCAATCGTCGCCCGGAGGATCTGTCCTTTTACTGGGAAGAAAGC
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CTTACAGTACAAGAAGGTTTGGTGGGAAGCTGGCAAACGTTTCGTCAAGCTTCGTTTATC
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TCTTAATACATTTCCTTCAATGGAACGTTTATGAGTTTGAATC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1EE53TF 631 0 0
GG
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TCGCTAAGCCAACGGAGCTCGGGTTCTTCAGCTCCCAGCTCAGTGGCTTAAGAATCTCGC
ATGCTCCCTCCAGTGACGTCATCAACCCCATCTCCCTTCCTTCCTTTCCCGGTGCTCTTC
AGCCAATCGTCGCCCGGAGGATCTGTCCTTTTACTGGGAAGAAAGCAAACAGAGCAAACA
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GCCAGTCAAGAATTAGACAAAACTCGTTA

QA 3 631 3 631
DS 

RD RR1EE53JQ 691 0 0
GG
ATCCAACCAAATCCTCTCGAAGCAGAGTAACAACTAGCAAGAGGGAAGCCAAAAATATGA
CGACAATGGCGACGCAGGGGGCTTTTCTCCGATTACGAACGACCTCATCCTCAAAGTCCG
TCGCTAAGCCAACGGAGCTCGGGTTCTTCAGCTCCCAGCTCAGTGGCTTAAGAATCTCGC
ATGCTCCCTCCAGTGACGTCATCAACCCCATCTCCCTTCCTTCCTTTCCCGGTGCTCTTC
AGCCAATCGTCGCCCGGAGGATCTGTCCTTTTACTGGGAAGAAAGCAAACAGAGCAAACA
AAGTCTCCTTCTCTAACCACAAGACCAAGAAGTTGCAGTTCGTCAACTTACAGTACAAGA
AGGTTTGGTGGGAAGCTGGCAAACGTTTCGTCAAGCTTCGTTTATCAACAAAGGCCTTAA
AGACCATTGAGAAGAACGGTCTCGACGCTGTTGCCAAGAAAGCCGGCATAGATCTTCGCA
AGAAATAGATATGATTCATATGCCATTTCTTTCTGTTAATTTCTTTTCTTAATACATTTC
CTTCAATGGAACGTTTATGAGTTTGAATCAGAAAACTGTTTAATGTTTCCCCCTTCTTGA
GCCAGTCAAGAATTAGACAAAACTCGTTAAAAAAAGAAAGAAAAATATTACATTTCATGT
TTTCGATTTTATATATTATATCGTTTATC

QA 3 691 3 691
DS 



AS 1 8

CO CL762Contig1 967 8 6 U
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TTCATTACAAAACAAGGACAGGAAAAATCTGTGACAGGGGGACATAATCTATCGCTTGGA
GAACTTTAGAACAGCAAGGTAAAGCCCTTGTTCATCAACAAACTGAGTTAACTCAAACGA
ATGCTTCTTAGCAACACTTCTCAAGGTGGAGTCATCAGGTAAATCAGAGACGACCACATC
TGAAAACTCCTTCCTTTGCTGCTTTAACCCTT*CTCTTCCTAGCGGGTGACTTATCACTA
CTCGTGCACCTGAGGAACAAAGTTGAGACAGTGTCTTGAACACCTCGTCGAGACCGAAAG
GCAGAGCTGGAAGGAAATAGAGAAACACGACATCTAAGGGAGACCATTTCTCTGGAACAT
AGATCAGTTCTCCCTGCCAACACTTGACTTTGTCGTATTTTTCTTTGACACAGGCTAACA
CGAAAAGAGAGTCGTGGACTATAAGCAAGAGCTGGGAAGGTGAAGATTCCACCAGACGAT
CAACGAACCCTTCCGAGCTAATCGAGACAAGAACCCTGGAAGACTCTGTTACTTCTCCAG
CCTTGATGATCTTTTCGAGCTTCTGGTTCTGTTCGGTTTCCATGGATTCGAGAAAGGACC
AATCTTTCTCATGGAAATCGACCATTGAGACTGTTTCCTCTGGTGGGGAAGAAGAGGAAA
CGGAAAACGCTATGTGACGAGAGACATCAGACTGTTTAGTGGAGAACGAAAGAAGCTTAG
GCTTAGGAGAAAGGTAGTGACTTTGAAGACGAGTTAGCTTCTTTGGTTTCGAAGAATTGA
AGACAGACAGAGAAGGTATAAGGGTTGAAGAAGAAGATAGAAACGAAAGGGAATGCATTG
ATAACTGCAGCTTCTGTACTAATTCGAGAGAAGAATGATGATAGACAGCAGAGAGAGAAG
ACTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1GL84JQ U 1
AF RR1DD84JQ U 39
AF RR1EU32JQ U 40
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AF RR1GA87TF C 258
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CAACGAACCCTTCCGAGCTAATCGAGACAAGAACCCTGGAAGACTCTGTTACTTCTCCAG
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AATCTTTCTCATG

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DS 

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TC
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TTCTTTGACACAGGCTAACACGAAAAGAGAGTCGTGGACTATAAGCAAGAGCTGGGAAGG
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AGACTCTGTTACTTCTCCAGCCTTGATGATCTTTTCGAGCTTCTGGTTCTGTTCGGTTTC
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G
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GACATAATCTATCGCTTGGAGAACTTTAGAACAGCAAGGTAAAGCCCTTGTTCATCAACA
AACTGAGTTAACTCAAACGAATGCTTCTTAGCAACACTTCTCAAGGTGGAGTCATCAGGT
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TAGCGGGTGACTTATCACTACTCGTGCACCTGAGGAACAAAGTTGAGACAGTGTCTTGAA
CACCTCGTCGAGACCGAAAGGCAGAGCTGGAAGGAAATAGAGAAACACGACATCTAAGGG
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TTCTTTGACACAGGCTAACACGAAAAGAGAGTCGTGGACTATAAGCAAGAGCTGGGAAGG
TGAAGATTCCACCAGACGATCAACGAACCCTTCCGAGCTAATCGAGACAAGAACCCTGGA
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GGAGAACGAAAGA

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DS 

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TAACTCAAACGAATGCTTCTTAGCAACACTTCTCAAGGTGGAGTCATCAGGTAAATCAGA
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GACTTATCACTACTCGTGCACCTGAGGAACAAAGTTGAGACAGTGTCTTGAACACCTCGT
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TCTCTGGAACATAGATCAGTTCTCCCTGCCAACACTTGACTTTGTCGTATTTTTCTTTGA
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CCACCAGACGATCAACGAACCCTTCCGAGCTAATCGAGACAAGAACCCTGGAAGACTCTG
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CGAGAAAGGACCAATCTTTCTCATGGAAATCGACCATTGAGACTGTTTCCTCTGGTGGGG
AAGAAGAGGAAACGGAAAACGCTATGTGACGAGAGACATCAGACTGTTTAGTGGAGAACG
AAAGAAGC

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AGCTTCTGGTTCTGTTCGGTTTCCATGGATTCGAGAAAGGACCAATCTTTCTCATGGAAA
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CGAGAGACATCAGACTGTTTAGTGGAGAACGAAAGAAGCTTAGGCTTAGGAGAAAGGTAG
TGACTTTGAAGACGAGTTAGCTTCTTTGGTTTCGAAGAATTGAAGACAGACAGAGAAGGT
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ACTAATTCGAGAGAAGAAT
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CGAGACAAGAACCCTGGAAGACTCTGTTACTTCTCCAGCCTTGATGATCTTTTCGAGCTT
CTGGTTCTGTTCGGTTTCCATGGATACGAGAAAGGACCAATCTTTCTCATGGAAATCGAC
CATTGAGACTGTTTCCTCTGGTGGGGAAGAAGAGGAAACGGAAAACGCTATGTGACGAGA
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TTCGAGAGAAGAAT
CC

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DS 

RD RR1GL84TF 601 0 0
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CTCGTCGAGACCGAAAGGCAGAGCTGGAAGGAAATAGAGAAACACGACATCTAAGGGAGA
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TTTGACACAGGCTAACACGAAAAGAGAGTCGTGGACTATAAGCAAGAGCTGGGAAGGTGA
AGATTCCACCAGACGATCAACGAACCCTTCCGAGCTAATCGAGACAAGAACCCTGGAAGA
CTCTGTTACTTCTCCAGCCTTGATGATCTTTTCGAGCTTCTGGTTCTGTTCGGTTTCCAT
GGATTCGAGAAAGGACCAATCTTTCTCATGGAAATCGACCATTGAGACTGTTTCCTCTGG
TGGGGAAGAAGAGGAAACGGAAAACGCTATGTGACGAGAGACATCAGACTGTTTAGTGGA
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CGAAAGGGAATGCATTGATAACTGCAGCTTCTGTACTAATTCGAGAGAAGAAT
CC

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DS 

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CTC
TCCTAGCGGGTGACTTATCACTACTCGTGCAC*TGAGGAACAAAGTTGAGACAGTGTCTT
GAACACCTCGTCGAGACCGAAAGGCAGAGCTGGAAGGAAATAGAGAAACACGACATCTAA
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TTTTTCTTTGACACAGGCTAACACGAAAAGAGAGTCGTGGACTATAAGCAAGAGCTGGGA
AGGTGAAGATTCCACCAGACGATCAACGAACCCTTCCGAGCTAATCGAGACAAGAACCCT
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TTCCATGGATTCGAGAAAGGACCAATCTTTCTCGTGGAAATCGACCATTGAGACTGTTTC
CTCTGGTGGGGAAGAGG*GGAAACGGAAAACGCTATGTGACGAGAGACATCAGACTGTTT
AGTGGAGAACGAAAGAAGCTTAGGCTTAGGAGAAAGGTAGTGACTTTGAAGACGAGTTAG
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ATGATAGACAGCAGAGAGAGAAGACTTTCC

QA 4 693 4 693
DS 



AS 1 8

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TTGACTTTTCTTTGTGATCGACGAAGATGGCGGATGCTTTCACCGATGAGCAGATCCAAG
AGTTTTACGAAGCCTTCTGTCTCATCGACAAAGACTCCGATGGGTTCATCACGAAGGAGA
AACTAACGAAGGTGATGAAGTCGATGGGGAAGAATCCAAACGAGGAACAACTTCAAGAGA
TGATGAGCCATGTCGATATCTTTGGCAACGGAGGCATCACCTTTGATGATTTCTTGTATA
TAATGGCTCAAAACACCTCTCAGGAAGCGGGATCGGATGAGTTGATAGAAGTGTTTAGAG
TGTTCGACAGAGACGGAGACGGTGTCATATCTGCACTTGAGTTGGGAGAAGGAATGAAAG
ACATGGGGATGAAGATAACGGCGGAAGAGGCGGAGCATATGGTGCGAGAAGCCGATCTTG
ATGGCGATGGTGTTCTCTCTTTCCACGAGTTCTCCAAAATGATGATCGCTGCCTCTTATT
AGCATTTATATATCCCTATAAAGTAAATGCTATGATATAAGGGGGTTTGTTTGGATGATG
CTCTGTTTTCTGGGTTTGCAATTTCTAATAAAGCTTCAAATGATAAAAAA*GTGGGTTTG
TTTAAGCACGTATCAACTACTTTTCCATATGTTAAACTTAAAACACACATCGAATCGTAT
GTCACAGTATTTTCCATGTGATATAATAAAAGTGTCGATCCCATATCAATG


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1B637JQ C 4
AF RR1B637TF U 4
AF RR1F784TF U 376
AF RR1GQ88TF U 1
AF RR1BS20TF U 4
AF RR1BS20JQ C 23
AF RR1GQ88JQ C 274
AF RR1F784JQ C 182
BS 1 13 RR1GQ88TF
BS 14 14 RR1B637TF
BS 15 276 RR1GQ88TF
BS 277 277 RR1B637TF
BS 278 402 RR1GQ88TF
BS 403 403 RR1B637TF
BS 404 458 RR1GQ88TF
BS 459 459 RR1B637TF
BS 460 639 RR1GQ88TF
BS 640 640 RR1B637TF
BS 641 702 RR1GQ88TF
BS 703 703 RR1BS20TF
BS 704 745 RR1GQ88TF
BS 746 757 RR1BS20JQ
BS 758 758 RR1F784JQ
BS 759 771 RR1BS20JQ

RD RR1B637JQ 666 0 0
GG
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TTTTCTTTGTGATCGACGAAGATGGCGGATGCTTTCACCGATGAGCAGATCCAAGAGTTT
TACGAAGCCTTCTGTCTCATCGACAAAGACTCCGATGGGTTCATCACGAAGGAGAAACTA
ACGAAGGTGATGAAGTCGATGGGGAAGAATCCAAACGAGGAACGACTTCAAGAGATGATG
AGCCATGTCGATATCTTTGGCAACGGAGGCATCACCTTTGATGATTTCTTGTATATAATG
GCTCAAAACACCTCTCAGGAAGCGGGATCGGATGAGTTGATAGAAGTGTTTAGAGTGTTC
GACAGAGACGGAGACGGTGTCATATCTGCACTTGAGTTGGGAGAAGGAATGAAAGACATG
GGGATGAAGATAACGGCGGAAGAGGCGGAGCATATGGTGCGAGAAGCCGATCTTGATGGC
GATGGTGTTCTCTCTTTCCACGAGTTCTCCAAAATGATGATCGCTGCCTCTTATTAGCAT
TTATATATCCCTATAAAGTAAATGCTATGATATAAGGGGGTTTGTTTGGATGATGCTCTG
TTTTCTGGGTTTGCAATTTCCAATAAAGCTTCAAATGATAAAAAA*GTGGGTTTGTTTAA
GCAC

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR1B637TF 666 0 0
GG
ATCATCTTCCTTCACAAAACAAACCAAGAGAAAAGATAAATCATCAAGAAAAGGTTTGAC
TTTTCTTTGTGATCGACGAAGATGGCGGATGCTTTCACCGATGAGCAGATCCAAGAGTTT
TACGAAGCCTTCTGTCTCATCGACAAAGACTCCGATGGGTTCATCACGAAGGAGAAACTA
ACGAAGGTGATGAAGTCGATGGGGAAGAATCCAAACGAGGAACGACTTCAAGAGATGATG
AGCCATGTCGATATCTTTGGCAACGGAGGCATCACCTTTGATGATTTCTTGTATATAATG
GCTCAAAACACCTCTCAGGAAGCGGGATCGGATGAGTTGATAGAAGTGTTTAGAGTGTTC
GACAGAGACGGAGACGGTGTCATATCTGCACTTGAGTTGGGAGAAGGAATGAAAGACATG
GGGATGAAGATAACGGCGGAAGAGGCGGAGCATATGGTGCGAGAAGCCGATCTTGATGGC
GATGGTGTTCTCTCTTTCCACGAGTTCTCCAAAATGATGATCGCTGCCTCTTATTAGCAT
TTATATATCCCTATAAAGTAAATGCTATGATATAAGGGGGTTTGTTTGGATGATGCTCTG
TTTTCTGGGTTTGCAATTTCCAATAAAGCTTCAAATGATAAAAAA*GTGGGTTTGTTTAA
GCAC

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR1F784TF 332 0 0
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TAACGGCGGAAGAGGCGGAGCATATGGTGCGAGAAGCCGATCTTGATGGCGATGGTGTTC
TCTCTTTCCACGAGTTCTCCAAAATGATGATCGCTGCCTCTTATTAGCATTTATATATCC
CTATAAAGTAAATGCTATGATATAAGGGGGTTTGTTTGGATGATGCTCTGTTTTCTGGGT
TTGCAATTTCTAATAAAGCTTCAAATGATAAAAAAAGTGGGTTTGTTTAAGCACGTATCA
ACTACTTTTCCATATGTTAAACTTAAAACACA

QA 1 332 1 332
DS 

RD RR1GQ88TF 760 0 0
GGCCCATCATCTTTCTTCACAAAACAAACCAAGAGAAAAGATAAATCATCAAGAAAAGGT
TTGACTTTTCTTTGTGATCGACGAAGATGGCGGATGCTTTCACCGATGAGCAGATCCAAG
AGTTTTACGAAGCCTTCTGTCTCATCGACAAAGACTCCGATGGGTTCATCACGAAGGAGA
AACTAACGAAGGTGATGAAGTCGATGGGGAAGAATCCAAACGAGGAACAACTTCAAGAGA
TGATGAGCCATGTCGATATCTTTGGCAACGGAGGCACCACCTTTGATGATTTCTTGTATA
TAATGGCTCAAAACACCTCTCAGGAAGCGGGATCGGATGAGTTGATAGAAGTGTTTAGAG
TGTTCGACAGAGACGGAGACGGTGTCATATCTGCACTTGAGTCGGGAGAAGGAATGAAAG
ACATGGGGATGAAGATAACGGCGGAAGAGGCGGAGCATGTGGTGCGAGAAGCCGATCTTG
ATGGCGATGGTGTTCTCTCTTTCCACGAGTTCTCCAAAATGATGATCGCTGCCTCTTATT
AGCATTTATATATCCCTATAAAGTAAATGCTATGATATAAGGGGGTTTGTTTGGATGATG
CTCTGTTTTCTGGGTTTGCAATTTCTAATAAAGCTTCAA*TGATAAAAAA*GTGGGTTTG
TTTAAGCACGTATCAACTACTTTTCCATATGTTAAACTTAAA*CACACATCGAATCGTAT
GTCACAGTATTTTCCATGTGATATA
TAAAGTGTCGGTCCC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1BS20TF 721 0 0
GG
ATCATCTTCCTTCACAAAACAAACCAAGAGAAAAGATAAATCATCAAGAAAAGGTTTGAC
TTTTCTTTGTGATCGACGAAGATGGCGGATGCTTTCACCGATGAGCAGATCCAAGAGTTT
TACGAAGCCTTCTGTCTCATCGACAAAGACTCCGATGGGTTCATCACGAAGGAGAAACTA
ACGAAGGTGATGAAGTCGATGGGGAAGAATCCAAACTAGGAACAACTTCAAGAGATGATG
AGCCATGTCGATATCTTTGGCAACGGAGGCATCACCTTTGATGATTTCTTGTATATAATG
GCTCAAAACACCTCTCAGGAAGCGGGATCGGATGAGTTGATAGAAGTGTTTAGAGTGTTC
GACAGAGACGGAGACGGTGTCATATCTGCACTTGAGTTGGGAGAAGGAATGAAAGACATG
GGGATGAAGATAACGGCGGAAGAGGCGGAGCATATGGTGCGAGAAGCCGATCTTGATGGC
GATGGTGTTCTCTCTTTCCACGAGTTCTCCAAAATGATGATCGCTGCCTCTTATTAGCAT
TTATATATCCCTATAAAGTAAATGCTATGATATAAGGGGGTTTGTTTGGATGATGCTCTG
TTTTCTGGGTTTGCAATTTCTAATAAAGCTTCAAATGATAAAAAA*GTGGGTTTGTTTAA
GCACGTATCAACTACTTTTCCATATGTTAAACTTAAAACACACATCGAATCGTATGTCA

QA 3 721 3 721
DS 

RD RR1BS20JQ 749 0 0
AACAAACCAAGAGAAAAGATAAATCATCAAGAAAAGGTTTGACTTTTCTTTGTGATCGAC
GAAGATGGCGGATGCTTTCACCGATGAGCAGATCCAAGAGTTTTACGAAGCCTTCTGTCT
CATCGACAAAGACTCCGATGGGTTCATCACGAAGGAGAAACTAACGAAGGTGATGAAGTC
GATGGGGAAGAATCCAAACTAGGAACAACTTCAAGAGATGATGAGCCATGTCGATATCTT
TGGCAACGGAGGCATCACCTTTGATGATTTCTTGTATATAATGGCTCAAAACACCTCTCA
GGAAGCGGGATCGGATGAGTTGATAGAAGTGTTTAGAGTGTTCGACAGAGACGGAGACGG
TGTCATATCTGCACTTGAGTTGGGAGAAGGAATGAAAGACATGGGGATGAAGATAACGGC
GGAAGAGGCGGAGCATATGGTGCGAGAAGCCGATCTTGATGGCGATGGTGTTCTCTCTTT
CCACGAGTTCTCCAAAATGATGATCGCTGCCTCTTATTAGCATTTATATATCCCTATAAA
GTAAATGCTATGATATAAGGGGGTTTGTTTGGATGATGCTCTGTTTTCTGGGTTTGCAAT
TTCTAATAAAGCTTCAAATGATAAAAAA*GTGGGTTTGTTTAAGCACGTATCAACTACTT
TTCCATATGTTAAACTTAAAACACACATCGAATCGTATGTCACAGTATTTTCCATGTGAT
ATAATAAAAGTGTCGGTCCCATATCAATG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1GQ88JQ 489 0 0
GCCCCC
CCTTTGATGATTTCTTGTATATAATGGCTCAAAACACCTCTCAGGAAGCGGGATCGGATG
AGTTGATAGAAGTGTTTAGAGTGTTCGACAGAGACGGAGACGGTGTCATATCTGCACTTG
AGTCGGGAGAAGGAATGAAAGACATGGGGATGAAGATAACGGCGGAAGAGGCGGAGCATG
TGGTGCGAGAAGCCGATCTTGATGGCGATGGTGTTCTCTCTTTCCACGAGTTCTCCAAAA
TGATGATCGCTGCCTCTTATTAGCATTTATATATCCCTATAAAGTAAATGCTATGATATA
AGGGGGTTTGTTTGGATGATGCTCTGTTTTCTGGGTTTGCAATTTCTAATAAAGCTTCAA
ATGATAAAAAA*GTGGGTTTGTTTAAGCACGTATCAACTACTTTTCCATATGTTAAACTT
AAAACACACATCGAATCGTATGTCACAGTATTTTCCATGTGATATA
ATAAAAGTGTCGGTCCC

QA 7 472 7 472
DS 

RD RR1F784JQ 590 0 0
G
CTAACGAAGGTGATGAAGTCGATGGGGAAGAATCCAAACGAGGAACAACTTCAAGAGATG
ATGAGCCATGTCGATATCTTTGGCAACGGAGGCATCACCTTTGATGATTTCTTGTATATA
ATGGCTCAAAACACCTCTCAGGAAGCGGGATCGGATGAGTTGATAGAAGTGTTTAGAGTG
TTCGACAGAGACGGAGACGGTGTCATATCTGCACTTGAGTTGGGAGAAGGAATGAAAGAC
ATGGGGATGAAGATAACGGCGGAAGAGGCGGAGCATATGGTGCGAGAAGCCGATCTTGAT
GGCGATGGTGTTCTCTCTTTCCACGAGTTCTCCAAAATGATGATCGCTGCCTCTTATTAG
CATTTATATATCCCTATAAAGTAAATGCTATGATATAAGGGGGTTTGTTTGGATGATGCT
CTGTTTTCTGGGTTTGCAATTTCTAATAAAGCTTCAAATGATAAAAAAAGTGGGTTTGTT
TAAGCACGTATCAACTACTTTTCCATATGTTAAACTTAAAACACACATCGAATCGTATGT
CACAGTATTTTCCATGTGATATAATAAAAGTGTCGATCCCATATCAATG

QA 2 590 2 590
DS 



AS 2 7

CO CL764Contig1 857 3 2 U
AGGTATAAAAAACATAATCCATAAACTGAACTTAAAGCAATTGTCATAGCAAAATGAAAC
CATAATAGGATCCTCGTTACAACAAAAACAAAACAAAACAAAAAGATATTCAGAAACTAG
ATGATGATAGGTTCTACAACCAAAAATCATCTCCATCCTTAATCGCTGGTGGCTGAAATG
AAGGCGCTTCCAGGTTGACGGTTAGCCAAACGACCATGGTTCGACAGAAACTTGGCATTG
ACACCATCAGGAACAATCCTCTTCGACTGTCTCAACCTCGTGTAGTCAGCACGGTTGAAC
TTAGTGAATCCCCACTTCCTGCTAACAATGATCTTCTGACGACCAGGGAACTTAAACTTA
GCCCTCCTAAGAGCCTCCTGAGCATGAGCCCCATGGTTATCCTTACACCTCACAGACAAA
AGCACCTGCCCAATCGCAACCCTAGCGCAAGTCCCCAAAGCCTTCCCGAACGCACCTCTC
ATACCAGTCTGAAGCCTATCAGCTCCGGCGCACGAAAGCATCTTGTTGATACGCAAAACA
TGGAAAGGGTGAACCCTAATCCTCAGATGGAACGCGTCTTTCCCGGCGGATTTGACCATG
TACTTGTTGCAGGCGATACGCGCGGCCTCGAGGGCTTCGCTGGAGACGTTCTCCTTCTCC
CAGGAGACGAGGTGGACGCAGAAGGGGAACTCGTCGACTCCCTTTTTCTTCATCCCGACG
TCGTAGATTCGGATCTTGGGGTCGGGTACACCTCGGCAGTAGCGGGATTTTGGGTAGGGT
TTGCCCTTGATCTGACGGTAGCATCTCGCTGGTCTTCGTCCCATCTTGTTGGTTTGGTTT
GGTTTCGGCGGTAGTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK52JQ U 1
AF RR1AD16JQ U 1
AF RR1AD16TF C 393
BS 1 823 RR1AD16JQ
BS 824 857 RR1AD16TF

RD RR1EK52JQ 761 0 0
AGGTATAAAAAACATAATCCATAAACTGAACTTAAAGCAATTGTCATAGCAAAATGAAAC
CATAATAGGATCCTCGTTACAACAAAAACAAAACAAAACAAAAAGATATTCAGAAACTAG
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AAGGCGCTTCCAGGTTGACGGTTAGCCAAACGACCATGGTTCGACAGAAACTTGGCATTG
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TTAGTGAATCCCCACTTCCTGCTAACAATGATCTTCTGACGACCAGGGAACTTAAACTTA
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CAGGAGACGAGGTGGACGCAGAAGGGGAACTCGTCGACTCCCTTTTTCTTCATCCCGACG
TCGTAGATTCGGATCTTGGGGTCGGGTACACCTCGGCAGTA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1AD16JQ 839 0 0
AGGTATAAAAAACATAATCCATAAACTGAACTTAAAGCAATTGTCATAGCAAAATGAAAC
CATAATAGGATCCTCGTTACAACAAAAACAAAACAAAACAAAAAGATATTCAGAAACTAG
ATGATGATAGGTTCTACAACCAAAAATCATCTCCATCCTTAATCGCTGGTGGCTGAAATG
AAGGCGCTTCCAGGTTGACGGTTAGCCAAACGACCATGGTTCGACAGAAACTTGGCATTG
ACACCATCAGGAACAATCCTCTTCGACTGTCTCAACCTCGTGTAGTCAGCACGGTTGAAC
TTAGTGAATCCCCACTTCCTGCTAACAATGATCTTCTGACGACCAGGGAACTTAAACTTA
GCCCTCCTAAGAGCCTCCTGAGCATGAGCCCCATGGTTATCCTTACACCTCACAGACAAA
AGCACCTGCCCAATCGCAACCCTAGCGCAAGTCCCCAAAGCCTTCCCGAACGCACCTCTC
ATACCAGTCTGAAGCCTATCAGCTCCGGCGCACGAAAGCATCTTGTTGATACGCAAAACA
TGGAAAGGGTGAACCCTAATCCTCAGATGGAACGCGTCTTTCCCGGCGGATTTGACCATG
TACTTGTTGCAGGCGATACGCGCGGCCTCGAGGGCTTCGCTGGAGACGTTCTCCTTCTCC
CAGGAGACGAGGTGGACGCAGAAGGGGAACTCGTCGACTCCCTTTTTCTTCATCCCGACG
TCGTAGATTCGGATCTTGGGGTCGGGTACACCTCGGCAGTAGCGGGATTTTGGGTAGGGT
TTGCCCTTGATCTGACGGTAGCATCTCGCTGGTCTTCGTCCCA
TCTTGTTGGTTTGGTT

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR1AD16TF 465 0 0
ATGGTTATCCTTACACCTCACAGACAAAAGCACCTGCCCAATCGCAACCCTAGCGCAAGT
CCCCAAAGCCTTCCCGAACGCACCTCTCATACCAGTCTGAAGCCTATCAGCTCCGGCGCA
CGAAAGCATCTTGTTGATACGCAAAACATGGAAAGGGTGAACCCTAATCCTCAGATGGAA
CGCGTCTTTCCCGGCGGATTTGACCATGTACTTGTTGCAGGCGATACGCGCGGCCTCGAG
GGCTTCGCTGGAGACGTTCTCCTTCTCCCAGGAGACGAGGTGGACGCAGAAGGGGAACTC
GTCGACTCCCTTTTTCTTCATCCCGACGTCGTAGATTCGGATCTTGGGGTCGGGTACACC
TCGGCAGTAGCGGGATTTTGGGTAGGGTTTGCCCTTGATCTGACGGTAGCATCTCGCTGG
TCTTCGTCCCATCTTGTTGGTTTGGTTTGGTTTCGGCGGTAGTCC

QA 1 465 1 465
DS 



CO CL764Contig2 855 4 3 U
GCCCATAAAACAATTGTCCAAACAAAATGAAACCACACGAGGATCTTGTTTTCAACTGTT
ACAACAAAAACAAAACGAATAACTTCGGAAACTAGAGTATTATCGGTACTACAACCACAA
ATCATCTTCATTCTTAATCGCTGGTTGCTGATATGAACGCACTTCCAGGTTGACGGTTAG
CCAAAGGACCATGGTTCGACAGAAACTTAGCATTGACACCATCAGGAACAATCCTCTTAA
CCTGTCTCAGCCTAGTGTAATCAGCACGGTTGAACTTAGTGAAACCCCATTTCCTGCTAA
CAATAATCTTCTGACGCCCAGGGAACTTAAACTTAGCCCTCCTCAGCGCCTCCTGAGCAT
GAGCCCCATGGTTATCCTTACACCTCACAAACAAAAGCACCTGCCCAATCGCAACCCTAG
CGCAAGTCCCCAGCGCCTTCCCGAACGCGCCTCTCATACCAGTCTGAAGCCTATCAGCTC
CGGCGCACGAAAGCATCTTGTTGATACGCAACACATGGAAAGGATGAACCCTAATCCTCA
AGTGGAAAGCATCTTTCCCTGCGGATTTCACCATGTACTTGTTGCAGGCGATACGCGCGG
CCTCGAGGGCTTCGCTGGAGACGTTCTCTTTCTCCCAGGAGACGAGGTGGACGCAGAAAG
GGAACTCGTCGACTCCTTTCTTCTTCATCCCGACGTCGTAGATTCGGATCTTGGGGTCGG
GGACTCCGCGGCAGTATCGTGATTTCGGGTAGGGCTTCCCCTTGATCTGACGGTAACATC
TCGCAGGTCTTCGTCCCACGATGGCGTTGGATTGATTCGTTCGGCGATTCTGTGTTGCAA
AACCCTAGAAATTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ15JQ U 1
AF RR1FZ15TF C 1
AF RR1FH86JQ U 39
AF RR1FH86TF C 256
BS 1 298 RR1FZ15JQ
BS 299 474 RR1FH86JQ
BS 475 855 RR1FH86TF

RD RR1FZ15JQ 299 0 0
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ACAACAAAAACAAAACGAATAACTTCGGAAACTAGAGTATTATCGGTACTACAACCACAA
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CCAAAGGACCATGGTTCGACAGAAACTTAGCATTGACACCATCAGGAACAATCCTCTTAA
CCTGTCTCAGCCTAGTGTAATCAGCACGGTTGAACTTAGTGAAACCCCATTTCCTGCT
C

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR1FZ15TF 299 0 0
GCCCATAAAACAATTGTCCAAACAAAATGAAACCACACGAGGATCTTGTTTTCAACTGTT
ACAACAAAAACAAAACGAATAACTTCGGAAACTAGAGTATTATCGGTACTACAACCACAA
ATCATCTTCATTCTTAATCGCTGGTTGCTGATATGAACGCACTTCCAGGTTGACGGTTAG
CCAAAGGACCATGGTTCGACAGAAACTTAGCATTGACACCATCAGGAACAATCCTCTTAA
CCTGTCTCAGCCTAGTGTAATCAGCACGGTTGAACTTAGTGAAACCCCATTTCCTGCT
C

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR1FH86JQ 436 0 0
GAGGATTTTGTTTTCAACTGTTACAACAAAAACAAAACGAATAACTTCGGAAACTAAAGT
ATTATCGGTACTACAACCACAAATCATCTTCATTCTTAATCGCTGGTTGCTGATATGAAC
GCACTTCCAGGTTGACGGTTAGCCAAAGGACCATGGTTCGACAGAAACTTAGCATTGACA
CCATCAGGAACAATCCTCTTAACCTGTCTCAGCCTAGTGTAATCAGCACGGTTGAACTTA
GTGAAACCCCATTTCCTGCTAACAATAATCTTCTGACGCCCAGGGAACTTAAACTTAGCC
CTCCTCAGCGCCTCCTGAGCATGAGCCCCATGGTTATCCTTACACCTCACAAACAAAAGC
ACCTGCCCAATCGCAACCCTAGCGCAAGTCCCCAGCGCCTTCCCGAACGCGCCTCTCATA
CCAGTCTGAAGCCTAT

QA 1 436 1 436
DS 

RD RR1FH86TF 600 0 0
TGTAATCAGCACGGTTGAACTTAGTGAAACCCCATCTCCTGCTAACAATAATCTTCTGAC
GCCCAGGGAACTTAAACTTAGCCCTCCTCAGCGCCTCCTGAGCATGAGCCCCATGGTTAT
CCTTACACCTCACAGACAAAAGCACCTGCCCAATCGCAACCCTAGCGCAAGTCCCCAGCG
CCTTCCCGAACGCGCCTCTCATACCAGTCTGAAGCCTATCAGCTCCGGCGCACGAAAGCA
TCTTGTTGATACGCAACACATGGAAAGGATGAACCCTAATCCTCAAGTGGAAAGCATCTT
TCCCTGCGGATTTCACCATGTACTTGTTGCAGGCGATACGCGCGGCCTCGAGGGCTTCGC
TGGAGACGTTCTCTTTCTCCCAGGAGACGAGGTGGACGCAGAAAGGGAACTCGTCGACTC
CTTTCTTCTTCATCCCGACGTCGTAGATTCGGATCTTGGGGTCGGGGACTCCGCGGCAGT
ATCGTGATTTCGGGTAGGGCTTCCCCTTGATCTGACGGTAACATCTCGCAGGTCTTCGTC
CCACGATGGCGTTGGATTGATTCGTTCGGCGATTCTGTGTTGCAAAACCCTAGAAATTCC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 8

CO CL765Contig1 1182 8 20 U
GGATAAATAAATACAAACAAAAAAAAACATTTCTTTTCCTTCTATTCTTTAAATTTTTAA
ACAGATGGATCGGCAAAGTTCCGATGACATCATGAGATTTCTGGATGGAATGGCTAGCTC
TGACGACGTTCTCTTCGGTTTCCTTGATGAAGGAAACCAGTCACCGGAAGACTTCAACCT
CAACGGCGGCTTAGATATAGAAAACGTCGACGACAATAGCAATTGCAATTCTGAAGAAAA
CAAAGTTTTCTGGCAGGAACAAGAACAACTTCTCCAGGGGACACTGTATAGAACAAGTTC
GATTGAGACAAAGATTAGACAAGCGACAAAGGAGGCTTTGAAACAAGTTACATCAAAGGG
TCTTCATTGTGTCTGCCAGCGACCTGTTGCTGGCGGTTGCCGGAGCTGCTTACGTGGAGA
AATCTCTCGACATCCCCGGGATGTGGCCGGCTACGACTGCGTCATCTTCAAATCCAAATG
GAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAACACGAATACATAGAGATCGTGGACCGATC
TGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAGTCGTGGTCGAGTTATCATTCAGGGCAGAGTTCGA
GATTGCAAAAGGCGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATCAGCCGATTGCCGGAGGTTTACGT
CGGAAAAACCGATAGGCTCCGATCTTTGATCAAGATATTGTGCATCGCGGGAAAGAAATG
CTTGAGAGACAATAAAATGCATATGGGACCATGGAGAAAACACAAGTACATGCAAGCCAA
GTGGCTTGGCACGTGCGAGAGATCGAACTCCTTGGAAGCGGCGGTCTCGGAGACAACGGA
GCCGGAGAATTGGGTGCCGAGGGCGAAGCCTAGGGTTTCTATGTTGAACTACGATGGTCT
GGTTGGTAGTTTGTCCACTGGTATGGGCCGTCATGCAGCTGTAACAGTCGTGTGATTGTG
TGTGACGCAAGTAATAAATGACTTGTAATTATTAAATTAATTGATTAGGAGGGAAGTGAG
TGTTAAACTAATGATGAGTTTCCGATTTGGAGCTAACCGGAATGTGTCTCAACGACGTAG
TCTCTTGACCGATTAGGTCATCGGTCCAGCATGAAGAAATGATAAATTTGTGACTATTTT
GCGATTGAATTCAGATTGTATACTATAGATTTTTGAATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED39TF U 1
AF RR1G284TF U 54
AF RR1G786TF U 54
AF RR1AK84TF U 161
AF RR1G284JQ C 226
AF RR1G786JQ C 264
AF RR1E018TF U 598
AF RR1ED39JQ C 408
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BS 115 339 RR1ED39TF
BS 340 340 RR1G284TF
BS 341 434 RR1ED39TF
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RD RR1ED39TF 584 0 0
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ACAGATGGATCGGCAAAGTTCCGATGACATCATGAGATTTCTGGATGGAATGGTTAGCTC
TGACGACGTTCTCTTCGGTTTCCTTGATGAAGGAAACCAGTCACCGGAAGACTTCAACCT
CAACGGCGGCTTAGATATAGAAAACGTCGACGACAATAGCAATTGCAATTCTGAAGAAAA
CAAAGTTTTCTGGCAGGAACAAGAACAACTTCTCCAGGGGACACTGTATAGAACAAGTTC
GATTGAGACAAAGATTAGACAAGCGACAAAGGAGGCTTTAAAACAAGTTACATCAAAGGG
TCTTCATTGTGTCTGCCAGCGACCTGTTGCTGGCGGTTGCCGGAGCTGCTTACGTGGAGA
AATCTCTCGACATCTCCGAGATGTGGCCGGCTACGACTGCGTCATCTTCAAATCCAAATG
GAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAACACGAATACATAGAGATCGTGGACCGATC
TGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAGTCGTGGTCGAGTTATCAT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1G284TF 559 0 0
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CTAGCTCTGACGACGTTCTCTTCGGTTTCCTTGATGAAGGAAACCAGTCACCGGAAGACT
TCAACCTCAACGGCGGCTTAGATATAGAAAACGTCGACGACAATAGCAATTGCAATTCTG
AAGAAAACAAAGTTTTCTGGCAGGAACAAGAACAACTTCTCCAGGGGACACTGTATAGAA
CAAGTTCGATTGAGACAAAGATTAGACAAGCGACAAAGGAGGCTTTGAAACAAGTTACAT
CAAAGGGTCTTCATTGTGTCTGCCAGCGACCTGTTGCTGGCGGTTGCCGGAGCTGCTTAC
GTGGAGAAATCTCTCGACATCCCCGGGATGTGGCCGGCTACGACTGCGTCATCTTCAAAT
CCAAATGGAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAACACGAATACATAGAGATCGTGG
ACCGATCTGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAGTCGTGGTCGAGTTATCATTCAGG*CAG
AGTTCGAGATTGCAAAAG
C

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DS 

RD RR1G786TF 615 0 0
TTTTTAAACAGATGGATCGGCAAAGTTCCGATGACATCATGAGATTTCTGGATGGAATGG
CTAGCTCTGACGACGTTCTCTTCGGTTTCCTTGATGAAGGAAACCAGTCACCGGAAGACT
TCAACCTCAACGGCGGCTTAGATATAGAAAACGTCGACGACAATAGCAATTGCAATTCTG
AAGAAAACAAAGTTTTCTGGCAGGAACAAGAACAACTTCTCCAGGGGACACTGTATAGAA
CAAGTTCGATTGAGACAAAGATTAGACAAGCGACAAAGGAGGCTTTGAAACAAGTTACAT
CAAAGGGTCTTCATTGTGTCTGCCAGCGACCTGTTGCTGGCGGTTGCCGGAGCTGCTTAC
GTGGAGAAATCTCTCGACATCCCCGGGATGTGGCCGGCTACGACTGCGTCATCTTCAAAT
CCAAATGGAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAACACGAATACATAGAGATCGTGG
ACCGATCTGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAGTCGTGGTCGAGTTATCATTCAGGGCAG
AGTTCGAGATTGCAAAAGGCGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATCAGCCGATTGCCGGAGG
TTTACGTCGGAAAAA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1AK84TF 740 0 0
G
CACCGGAAGACTTCAACCTCAACGGCGGCTTATATATAGAAAACGTCGACGACAATAGCA
ATTGCAATTCTGAAGAAAACAAAGTTTTCTGGCAGGAACAAGAACAACTTCTCCAGGGGA
CACTGTATAGAACAAGTTCGATTGAGACAAAGATTAGACAAGCGACAAAGGAGGCTTTGA
AACAAGTTACATCAAAGGGTCTTCATTGTGTCTGCCAGCGACCTGTTGCTGGCGGTTGCC
GGAGCTGCTTACGTGGAGAAATCTCTCGACATCTCCGAGATGTGGCCGGCTACGACTGCG
TCATCTTCAAATCCAAATGGAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAACACGAATACA
TAGAGATCGTGGACCGATCTGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAGTCGTGGTCGAGTTAT
CATTCAGGGCAGAGTTCGAGATTGCAAAAGGCGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATCAGCC
GATTGCCGGAGGTTTACGTCGGAAAAACCGATAGGCTCCGATCTTTGATCAAGATATTGT
GCATCGCGGGAAAGAAATGCTTGAGAGACAATAAAATGCATATGGGACCATGGAGAAAAC
ACAAGTACATGCAAGCCAAGTGGCCTGGCACGTGCGAGAGATCGAACTCCTTGGAAGCGG
CGGTCTCGGAGACAACGGAGCCGGAGAATTGGGTGCCGAGGGCGAAGCCTAGGGTTTCTA
TGTTGAACTACGATGGTCT

QA 2 740 2 740
DS 

RD RR1G284JQ 827 0 0
CAATTCTGAAGAAAACAAAGTTTTCTGGCAGGAACAAGAACAACTTCTCCAGGGGACACT
GTATAGAACAAGTTCGATTGAGACAAAGATTAGACAAGCGACAAAGGAGGCTTTGAAACA
AGTTACATCAAAGGGTCTTCATTGTGTCTGCCAGCGACCTGTTGCTGGCGGTTGCCGGAG
CTGCTTACGTGGAGAAATCTCTCGACATCCCCGGGATGTGGCCGGCTACGACTGCGTCAT
CTTCAAATCCAAATGGAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAACACGAATACATAGA
GATCGTGGACCGATCTGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAGTCGTGGTCGAGTTATCATT
CAGGGCAGAGTTCGAGATTGCAAAAGGCGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATCAGCCGATT
GCCGGAGGTTTACGTCGGAAAAACCGATAGGCTCCGATCTTTGATCAAGATATTGTGCAT
CGCGGGAAAGAAATGCTTGAGAGACAATAAAATGCATATGGGACCATGGAGAAAACACAA
GTACATGCAAGCCAAGTGGCTTGGCACGTGCGAGAGATCGAACTCCTTGGAAGCGGCGGT
CTCGGAGACAACGGAGCCGGAGAATTGGGTGCCGAGGGCGAAGCCTAGGGTTTCTATGTT
GAACTACGATGGTCTGGTTGGTAGTTTGTCCACTGGTATGGGCCGTCATGCAGCTGTAAC
AGTCGTGTGATTGTGTGTGACGCAAGTAATAAATGACTTGTAATTATTAAATTAATTGAT
TAGGAGGGAAGTGAGTGTTAAACTAATGATGAGTTTCCGATTTGGAG

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1G786JQ 789 0 0
AGAACAACTCTCCA
GGGACACTGTATAGAACAAGTTCGATTGAGACAAAGATTAGACAAGCGACAAAGGAGGCT
TTGAAACAAGTTACATCAAAGGGTCTTCATTGTGTCTGCCAGCGACCTGTTGCTGGCGGT
TGCCGGAGCTGCTTACGTGGAGAAATCTCTCGACATCCCCGGGATGTGGCCGGCTACGAC
TGCGTCATCTTCAAATCCAAATGGAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAACACGAA
TACATAGAGATCGTGGACCGATCTGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAGTCGTGGTCGAG
TTATCATTCAGGGCAGAGTTCGAGATTGCAAAAGGCGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATC
AGCCGATTGCCGGAGGTTTACGTCGGAAAAACCGATAGGCTCCGATCTTTGATCAAGATA
TTGTGCATCGCGGGAAAGAAATGCTTGAGAGACAATAAAATGCATATGGGACCATGGAGA
AAACACAAGTACATGCAAGCCAAGTGGCTTGGCACGTGCGAGAGATCGAACTCCTTGGAA
GCGGCGGTCTCGGAGACAACGGAGCCGGAGAATTGGGTGCCGAGGGCGAAGCCTAGGGTT
TCTATGTTGAACTACGATGGTCTGGTTGGTAGTTTGTCCACTGGTATGGGCCGTCATGCA
GCTGTAACAGTCGTGTGATTGTGTGTGACGCAAGTAATAAATGACTTGTAATTATTAAAT
TAATTGATTAGGAGGGAAGTGAGTGTTAAACTAATGATGAGTTTCCGATTTGGAG

QA 15 789 15 789
DS 

RD RR1E018TF 458 0 0
G
GAGATTGCAAAAGGCGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATCAGCCGATTGCCGGAGGTTTAC
GTCGGAAAAACCGATAGGCTCCGATCTTTGATCAAGATATTGTGCATCGCGGGAAAGAAA
TGCTTGAGAGACAATAAAATGCATATGGGACCATGGAGAAAACACAAGTACATGCAAGCC
AAGTGGCTTGGCACGTGCGAGAGATCGAACTCCTTGGAAGCGGCGGTCTCGGAGACAA*G
GAGCCGGAGAATTGGGTGCCGAGGGCGAAGCCTAGGGTTTCTATGTTGAACTACGATGGT
CTGGTTGGTAGTTTGTCCACTGGTATGGGCCGTCATGCAGCTGTAACAGTCGTGTGATTG
TGTGTGACGCAAGTAATAAATGACTTGTAATTATTAAATTAATTGATTAGGAGGGAAGTG
AGTGTTAAACTAATGATGATTTTCCGATTTGGAG
CTC

QA 2 455 2 455
DS 

RD RR1ED39JQ 775 0 0
GCTTACGTGGAGAAATCTCTCGACATCTCCGAGATGTGGCCGGCTACGACTGCGTCATCT
TCAAATCCAAATGGAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAACACGAATACATAGAGA
TCGTGGACCGATCTGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAGTCGTGGTCGAGTTATCATTCA
GGGCAGAGTTCGACATTGCAAAAGTCGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATCAGCCGATTGC
CAGAGGTTTACGTCGGAAAAACCGATAGGCTCCGATCTTTGATCAAGATATTGTGCATCG
CGGGAAAGAAATGCTTGAGAGACAATAAAATGCATATGGGACCATGGAGAAAACACAAGT
ACATGCAAGCCAAGTGGCTTGGCACGTGCGAGAGATCGAACTCCTTGGAAGCGGCGGTCT
CGGAGACAACGGAGCCGGAGAATTGGGTGCCGAGGGCGAAGCCTAGGGTTTCTATGTTGA
ACTACGATGGTCTGGTTGGTAGTTTGTCCACTGGTATGGGCCGTCATGCAGCTGTAACAG
TCGTGTGATTGTGTGCGACGCAAGTAATAAATGACTTGTAATTATTAAATTAATTGATTA
GGAGGGAAATGAGTGTTAAACTAATGATGAGTTTCCGATTTGGAGCTAACCGGAATGTGT
CTCAACGACGTAGTCTCTTGACCGATTAGGTCATCGGTCCAGCATGAAGAAATGATAAAT
TTGTGACTATTTTGCGATTGAATTCAGATTGTATACTATAGATTTTTGAATCTCC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 2 8

CO CL766Contig1 848 4 11 U
TTTTTTTTAAGTTGTAATATTCCGGTTTTAAAGAGATAGATTTAAAGAAACAATAATATT
TAGTTTCAATCATAAATAGTATACACACACAAAGAAATGTGTTACATATCAAAAACAAAC
ACGAAAGTACTAAATCATAAGCAAGTGAAAACATATATCAAAGCACCCATCTTTTGTTGC
ATTGTTTCTCATCAGATTTTCATTAACATGTAATAAACTTTACCATAATTTTGATCAAAG
GTGGAAATGACTAGGGTGTGATTTTGTCATCCTAGCCTCACCGCCCGGCTCATCGTTATC
AATCCTCTTGACATTCCTGTAAGCCGCATAAGCGATCACGTAGAAGATAACGAGAATAAT
AAGCACCACGATGTTGATCACGGACACTTTTCTCCAGCTTTTCTTCAAGCTCCCTAGAAC
ACCCGCTTTACAAGCACTGCACTGGTAACAGAGCATGCTCTGTTCGTTATTCCACAACAT
ACAGTCCGGGTTTGCTCCTACCAGCCCTCCTCCTTGCGTCCAAAACGTCTCGTTACCATA
TGCATACCCGCAATCTGATGGCGGCTTGCAACAGCCAGACTCAACAGGGCTAAGGCTTCT
CTGGAAGAACATATCAGCACTTTCAGGGACGCCATTAAAGTTCCTTCCGATCTTCCTACA
AGCTCCAGAATCTCTAATACACGAGCTGATTTTTCCCCAGTATCCATCATCAGAAACCCT
ATCCTTCAACCAACCGGAATAATCTTGAAGATAATAGTCAAGATAACCCCTGTTCAGCAC
GTTTCGACCAGATCCTTTATCGGCGACAGCATAAGCAAGATGATGATCCTATCAGGCTGC
GATGATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK75JQ U 48
AF RR1E164JQ U 44
AF RR1GK03JQ U 44
AF RR1D351JQ U 1
BS 1 156 RR1D351JQ
BS 157 158 RR1E164JQ
BS 159 343 RR1D351JQ
BS 344 344 RR1EK75JQ
BS 345 641 RR1D351JQ
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BS 789 789 RR1GK03JQ
BS 790 848 RR1D351JQ

RD RR1EK75JQ 609 0 0
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GGCTAAGGCTTCTCTGGAAGAACATATCAGCACTTTCAGGGACGCCATTAAAGTTCCTTC
CGATCTTCC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1E164JQ 698 0 0
AAAG
AAACAATAATATTTAGTTTCAATCATAAATAGTATACACACACAAAGAAATGTGTTACAT
ATCAAAAACAAACACGAAAGTACTAAATCATAAGCAAGTGAAAACATATATCAAAGCACC
CATCTTTTGTTGCATTGTTTCTCATCAGATTTTCATTAACATGTAATAAACTTTACCATA
ATTTTGATCAAAGGTGGAAATGACTAGGGTGTGATTTTGTCATCCTAGCCTCACCGCCCG
GCTCATCGTTATCAATCCTCTTGACATTCCTGTAAGCCGCATAAGCGATCACGTAGGAGA
TAACGAGAATAATAAGCACCACGATGTTGATCACGGACACTTTTCTCCAGCTTTTCTTCA
AGCTCCCTAGAACACCCGCTTTACAAGCACTGCACTGGTAACAGAGCATGCTCTGTTCGT
TATTCCACAACATACAGTCCGGGTTTGCTCCTACCAGCCCTCCTCCTTGCGTCCAAAACG
TCTCGTTACCATATGCATACCCGCAATCTGATGGCGGCTTGCAACAGCCAGACTCAACAG
GGCTAAGGCTTCTCTGGAAGAACATATCAGCACTTTCAGGGACGCCATTAAAGTTCCTTC
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CATCAGAAACCCTATCCTTCAACCAACCGGAATA

QA 5 698 5 698
DS 

RD RR1GK03JQ 770 0 0
AAAG
AAACAATAATATTTAGTTTCAATCATAAATAGTATACACACACAAAGAAATGTGTTACAT
ATCAAAAACAAACACGAAAGTACTAAATCATAAGCAAATGAAAACATATATCAAAGCACC
CATCTTTTGTTGCATTGTTTCTCATCAAATTTTCATTAACATGTAATAAACTTTACCATA
ATTTTGATCAAAGGTGGAAATGACTAGGGTGTGATTTTGTCATCCTAGCCTCACCGCCCG
GCTCATCGTTATCAATCCTCTTGACATTCCTGTAAGCCGCATAAGCGATCACGTAGAAAA
TAACGAGAATAATAAGCACCACGATGTTGATCACGGACACTTTTCTCCAGCTTTTCTTCA
AGCTCCCTAGAACACCCGCTTTACAAGCACTGCACTGGTAACAGAGCATGCTCTGTTCGT
TATTCCACAACATACAGTCCGGGTTTGCTCCTACCAGCCCTCCTCCTTGCGTCCAAAACG
TCTCGTTACCATATGTATACCCGCAATCTGATGGCGGCTTGCAACAGCCAGACTCAACAG
GGCTAAGGCTTCTCTGGAAGAACATATCAGCACTTTCAGGGACGCCATTAAAGTTCCTTC
CGATCTTCCTACAAGCTCCAGAATCTCTAATACACGAGCTGATTTTTCCCCAGTATCCAT
CATCAGAAACCCTATCCTTCAACCAACCGGAATAATCTTGAAGATAATAGTCAAGATAAC
CCCTGTTCAGCACGTTTCGACCAGATCCTTTATCGGTGACTGCATA

QA 5 770 5 770
DS 

RD RR1D351JQ 848 0 0
TTTTTTTTAAGTTGTAATATTCCGGTTTTAAAGAGATAGATTTAAAGAAACAATAATATT
TAGTTTCAATCATAAATAGTATACACACACAAAGAAATGTGTTACATATCAAAAACAAAC
ACGAAAGTACTAAATCATAAGCAAGTGAAAACATATGCCAAAGCACCCATCTTTTGTTGC
ATTGTTTCTCATCAGATTTTCATTAACATGTAATAAACTTTACCATAATTTTGATCAAAG
GTGGAAATGACTAGGGTGTGATTTTGTCATCCTAGCCTCACCGCCCGGCTCATCGTTATC
AATCCTCTTGACATTCCTGTAAGCCGCATAAGCGATCACGTAGGAGATAACGAGAATAAT
AAGCACCACGATGTTGATCACGGACACTTTTCTCCAGCTTTTCTTCAAGCTCCCTAGAAC
ACCCGCTTTACAAGCACTGCACTGGTAACAGAGCATGCTCTGTTCGTTATTCCACAACAT
ACAGTCCGGGTTTGCTCCTACCAGCCCTCCTCCTTGCGTCCAAAACGTCTCGTTACCATA
TGCATACCCGCAATCTGATGGCGGCTTGCAACAGCCAGACTCAACAGGGCTAAGGCTTCT
CTGGAAGAACATATCAGCACTTTCAGGGACGCCATTAAAGTCCCTTCCGATCTTCCTACA
AGCTCCAGAATCTCTAATACACGAGCTGATTTTTCCCCAGTATCCATCATCAGAGACCCT
ATCCTTCAACCAACCGGAATAATCTTGAAGATAATAGTCAAGATAACCCCTGTTCAGCAC
GTTTCGAC*AGATCCTTTATCGGCGACAGCATAAGCAAGATGATGATCCTATCAGGCTGC
GATGATGA

QA 1 848 1 848
DS 



CO CL766Contig2 843 4 7 U
GGACCTCTTCTTTAGCGCTCTTCATTTTAAAGTCTCTGCACAAGAACCAGAGCAAAGCTA
CAAAAAAAAATTACATATTCAAAACCTTAAAGAAAAAAAACCTGAGAAGAGCTATGAGAT
CGAGCAACCATCTAATAGGTATGGTCAACTTCCTCACCTTCCTCCTATCGATCCCAATCC
TAGGCGGAGGGATATGGCTAAGCAGCAGAGCTAACTCAACCGACTGTTTACGTTTCCTCC
AGTGGCCACTCATCGTCATCGGAATCTCCATCATGGTGGTATCCCTAGCCGGATTCGCCG
GAGCTTGTTACCGTAACAAGTTCCTCATGTGGCTGTACCTCGTGGCAATGCTTCTCATCA
TCGCAGCCTTGATAGGATTCATCATCTTTGCTTATGCAGTCACCGATAAAGGATCTGGTC
GAAACGTGCTGAACAGGGGTTATCTTGACTATTATCTTCAAGATTATTCCGGTTGGTTGA
AGGATAGGGTTTCTGATGATGGATACTGGGGAAAAATCAGCTCGTGTATTAGAGATTCTG
GAGCTTGTAGGAAGATCGGAAGGAACTTTAATGGCGTCCCTGAAAGTGCTGATATGTTCT
TCCAGAGAAGCCTTAGCCCTGTTGAGTCTGGCTGTTGCAAGCCGCCATCAGATTGCGGGT
ATGCATATGGTAACGAGACGTTTTGGACGCAAGGAGGAGGGCTGGTAGGAGCAAACCCGG
ACTGTATGTTGTGGAATAACGAACAGAGCATGCTCTGTTAC*AGTGCAGTGCTTGTAAAG
CGGGTGTTCTAGGAGCTTGAAGAAAGCTGGAGAAAAGTGTCGTGATCAACATCGTGGTGC
TAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1GK03TF U 1
AF RR1E164TF U 12
AF RR1D351TF U 55
AF RR1EK75TF U 52
BS 1 99 RR1GK03TF
BS 100 100 RR1E164TF
BS 101 662 RR1GK03TF
BS 663 663 RR1E164TF
BS 664 729 RR1GK03TF
BS 730 772 RR1E164TF
BS 773 843 RR1EK75TF

RD RR1GK03TF 729 0 0
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CAAAAAAAAATTACATATTCAAAACCTTAAAGAAAAAAA*CCTGAGAAGAGCTATGAGAT
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TAGGCGGAGGGATATGGCTAAGCAGCAGAGCTAACTCAACCGACTGTTTACGTTTCCTCC
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TCGCAGCCTTGATAGGATTCATCATCTTTGCTTATGCAGTCACCGATAAAGGATCTGGTC
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ATACATATGGTAACGAGACGTTTTGGACGCAAGGAGGAGGGCTGGTAGGAGCAAACCCGG
ACTGTATGT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1E164TF 761 0 0
GG
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CATATTCAAAACCTTAAAGAAAAAAAACCTGAGAAGAGCTGTGAGATCGAGCAACCATCT
AATAGGTATGGTCAACTTCCTCACCTTCCTCCTATCGATCCCAATCCTAGGCGGAGGGAT
ATGGCTAAGCAGCAGAGCTAACTCAACCGACTGTTTACGCTTCCTCCAGTGGCCACTCAT
CGTCATCGGAATCTCCATCATGGTGGTATCCCTAGCCGGATTCGCCGGAGCTTGATACCG
TAACAAGTTCCTCATGTGGCTGTACCTCGTGGCAATGCTTCTCATCATCGCATCCTTGAT
AGGATTCATCATCTTTGCTTATGCAGTCACCGATAAAGGATCTGGTCGAAACGTGCTGAA
CAGGGGTTATCTTGACTATTATCTTCAAGATTATTCCGGTTGGTTGAAGGATAGGGTTTC
TGATGATGGATACTGGGGAAAAATCAGCTCGTGTATTAGAGATTCTGGAGCTTGTAGGAA
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TAGCCCTGTTGAGTCTGGCTGTTGCAAGCCGCCATCAGATTGCGGGTATGCATATGGTAA
CGAGACGTTTTGGACGCAAAGAGGAGGGCTGGTAG*AGCAAACCCGGACTGTATGTTGTG
GAATAACGAACAGAGCATGCTCTGTTAC*AGTGCAGTGC

QA 3 761 3 761
DS 

RD RR1D351TF 761 0 0
GG
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ATCCTAGGCGGAGGGATATGGCTAAGCAGCAGAGCTAACTCAACCGACTGTT*ACGTTTC
CTCCAGTGGCCACTCATCGTCATCGGAATCTCCATCATGGTGGTATCCCTAGCCGGATTC
GCCGGAGCTTGTTCCCGTAACAAGTTCCTCATGTGGCTGTACCTCGTGGCAATGCTTCTC
ATCATCGCAGCCTTGATAGGATTCATCATCTTTGCTTATGCTGTCGCCGATAAAGGATCT
GGTCGAAACGTGCTGAACAGGGGTTATCTTGACTATTATCTTCAAGATTATTCCGGTTGG
TTGAAGGATAGGGTCTCTGATGATGGATACTGGGGAAAAATCAGCTCGTGTATTAGAGAT
TCTGGAGCTTGTAGGAAGATCGGAAGGGACTTTAATGGCGTCCCTGAAAGTGCTGATATG
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CCGGACTGTATGTTGTGGAATA*CGAACAGAGCATGCTCTGTTACCAGTGCAGTGCTTGT
AAAGCGGGTGTTCTAGGAGCTTGAAGAAAGCTGGAGAAA

QA 3 761 3 761
DS 

RD RR1EK75TF 792 0 0
GGAAA
GCTACAAAAAAAAATTACATATTCAAAACCTTAAAGAAAAAAAACCTGAGAAGAGCCATG
AGATCGAGCAACCATCTAATAGGTATGGTCAACTTCCTCACCTTCCTCCTATCGATCCCA
ATCCTAGGCGGAGGGATATGGCTAAGCAGCAGAGCTAACTCAACCGACTGTTTACGTTTC
CTCCAGTGGCCACTCATCGTCATCGGAATCTCCATCATGGTGTTATCCTTAGCCGGATTC
GCCGGAGCTTGTTACCGTAACAAGTTCCTCATGTGGCTGTACCTCGTGGCAATGCTTCTC
ATCATCGCAGTCTTGATAGGATTCATCATCTTTGCTTATGCAGTCACCGATAAAGGATCT
GGTCGAAACGTGCTGAACAGGGGTTATCTTGACTATTATCTTCAAGATTATTCCGGTTGG
TTGAAGGATAGGGTTTCTGATGATGGATACTGGGGAAAAATCAGCTCGTGTATTAGAGAT
TCTGGAGCTTGTAGGAAGATCGGAAGGAACTTTAATGGCGTCCCTGAAAGTGCTGATATG
TTCTTCCAGAGAAGCCTTAGCCCTGTTGAGTCTGGCTGTTGCAAGCCGCCATCAGATTGC
GGGTATGCATATGGTAACGAGACGTTTTGGACGCAAGGAGGAGGGCTGGTAGGAGCAAAC
CCGGACTGTATGTTGTGGAATAACGAACAGAGCATGCTCTGTTAC*AGTGCAGTGCTTGT
AAAGCGGGTGTTCTAGGAGCTTGAAGAAAGCTGGAGAAAAGTGTCGTGATCAACATCGTG
GTGCTAT

QA 6 792 6 792
DS 



AS 2 8

CO CL767Contig1 516 3 5 U
GGGACGCCGAAACCTCTAGTGTTTTCTTACTCGCATTCGTTGCAATGACGAAGGGAACGT
GAAGTTTCGGAAAGAGAAGGAACAAGAGTCACACCCTCTGTGTGAGATGTGGCCGTCGCA
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ATTTTATTGAGCATCTGATAACTACTTTCCTTTGGTATCTTTTCACTTTCTTTTATATAA
AATTTTGGACTTGGATGAAATTTAGTTTACCTCTGC


BQ
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E770JQ C 1
AF RR1EJ89TF U -1
AF RR1E770TF U 1
BS 1 2 RR1E770TF
BS 3 59 RR1EJ89TF
BS 60 60 RR1E770TF
BS 61 497 RR1EJ89TF
BS 498 516 RR1E770TF

RD RR1E770JQ 516 0 0
GGGACGCCGAAACCTCTAGTGTTTTCTTACTCGCATTCGTTGCAATGACGAAGGGAACGT
GAAGTTTCGGAAAGAGAAGGAACAAGAGTCACACCCTCTGTGTGAGATGTGGCCGTCGCA
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CCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCCGTAGAAAGACTACAGGAACTGGGAGGATGAGGT
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CAAGGGTCAAGTCAGCAGCGTCTTCGTAAGCTTAAACCGGTGCATTGATTAGTCGCGGGA
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ATTTTATTGAGCATCTGATAACTACTTTCCTTTGGTATCTTTTCACTTTCTTTTATATAA
AATTTTGGACTTGGATGAAATTTAGTTTACCTCTGC

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1EJ89TF 499 0 0
GGAC
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AGTTTCGGAAAGAGAAGGAACAAGAGTCACACCCTCTGTGTGAGATGTGGCCGTCGCAGT
TTCCACATCCAGAAGAGCCGTTGCTCCGCCTGTGCCTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACC
TACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCCGTAGAAAGACTACAGGAACTGGGAGGATGAGGTAT
CTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTTCAGAGAAGGTACCGAAGCAAAGCCA
AGGGTCAAGTCAGCAGCGTCTTCGTAAGCTTAAACCGGTGCATTGATTAGTCGCGGGAAG
AGTTACAACTTTAGTTTCTGGGCTTCTGAGTTTGTTTGGAAGATTACTTTTTTATTTTAT
TTTATTGAGCATCTGATAACTACTTTCCTTTGGTATCTTTTCACTTTCTTTTATATAAAA
TTTTGGACTTGGATG

QA 5 499 5 499
DS 

RD RR1E770TF 516 0 0
GGGACGCCGAAACCTCTAGTGTTTTCTTACTCGCATTCGTTGCAATGACGAAGGGAACGT
GAAGTTTCGGAAAGAGAAGGAACAAGAGTCACACCCTCTGTGTGAGATGTGGCCGTCGCA
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CCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCCGTAGAAAGACTACAGGAACTGGGAGGATGAGGT
ATCTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTTCAGAGAAGGTACCGAAGCAAAGC
CAAGGGTCAAGTCAGCAGCGTCTTCGTAAGCTTAAACCGGTGCATTGATTAGTCGCGGGA
AGAGTTACAACTTTAGTTTCTGGGCTTCTGAGTTTGTTTGGAAGATTACTTTTTTATTTT
ATTTTATTGAGCATCTGATAACTACTTTCCTTTGGTATCTTTTCACTTTCTTTTATATAA
AATTTTGGACTTGGATGAAATTTAGTTTACCTCTGC

QA 1 516 1 516
DS 



CO CL767Contig2 537 5 5 U
GGGACGCCGAAAACTCAAGTGTTTTCTTACTCGCATTCGTTGCAATGACGAAGGGAACGG
GAAGTTTCGGAAAGAGAAGGAACAAGAGTCATACACTCTGTGTGAGATGTGGCCGTCGCA
GTTTCCACATCCAGAAGAGCCGTTGCTCCGCCTGTGCCTACCCCGTCGCTCGCAAGAGGA
CCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCCGTAGAAAGACTACAGGAACTGGGAGGATGAGGT
ATCTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTTCAGAGAAGGTACCGAAGCCAAGC
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AGAGTTACAACTTTAGTTTTTGGGCTTCTGAGTTTGTTTGGGAAGATTACTTTTTGTTTT
ATTTTATTGAGCATCTGATAACTACTTTCGTTCGATATCTTTTCACTTTCTTTTATATAA
AAATTTGGACTTGGATGAAATTTAGTTTACCTCTGCAATCCGCAAGTCTTTGATTCC


BQ
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1GC89TF U 1
AF RR1GC89JQ C 1
AF RR1HB90TF U 1
AF RR1H071TF U 4
AF RR1H071JQ C 323
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BS 454 534 RR1HB90TF
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RD RR1GC89TF 172 0 0
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GAAGTTTCGGAAAGAGAAGGAACAAGAGTCATACACTCTGTGTGAGATGTGGCCGTCGCA
GTTTCCACATCCAGAAGAGCCGTTGCTCCGCCTGTGCCTACCCCGTCGCTCG

QA 1 172 1 172
DS 

RD RR1GC89JQ 536 0 0
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GAAGTTTCGGAAAGAGAAGGAACAAGAGTCATACACTCTGTGTGAGATGTGGCCGTCGCA
GTTTCCACATCCAGAAGAGCCGTTGCTCCGCCTGTGCCTACCCCGTCGCTCGCAAGAGGA
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ATTTTATTGAGCATCTGATAACTACTTTCGTTTGATATCTTTTCACTTTCTTTTATATAA
AAATTTGGACTTGGATGAAATTTAGTTTACCTCTGCAATCCGCAAGTCTTTGAT
CC

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1HB90TF 536 0 0
GGGACGCCGAAAACTCAAGTGTTTTCTTACTCGCATTCGTTGCAATGACGAAGGGAACGG
GAAGTTTCGGAAAGAGAAGGAACAAGAGTCATACACTCTGTGTGAGATGTGGCCGTCGCA
GTTTCCACATCCAGAAGAGCCGTTGCTCCGCCTGTGCCTACCCCGTCGCTCGCAAGAGGA
CCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCCGTAGAAAGACTACAGGAACTGGGAGGATGAGGT
ATCTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTTCAGAGAAGGTACCGAAGCCAAGC
CAAGGGTCAAGTCAGCTGCGTCTTCGTAAGCTTAAACCGGTGCATTGATTATTCGCGGGA
AGAGTTACAACTTTAGTTTTTGGGCTTCTGAGTTTGTTTGGGAAGATTACTTTTTGTTTT
ATTTTATTGAGCATCTGATAACTACTTTCGTTTGATATCTTTTCACTTTCTTTTATATAA
AAATTTGGACTTGGATGAAATTTAGTTTACCTCTGCAATCCGCAAGTCTTTGAT
CC

QA 1 534 1 534
DS 

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GG
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TTCGGAAAGAGAAGGAACAAGAGTCACACACTCTGTGTGAGATGTGGCCGTCGCAGTTTC
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AACTGGAGTGTGAAGGCAATCCGTAGAAAGACCACAGGAACTGGGAGGATGAGGTATCTT
CGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTCCAGAGAAGGTACCGAAGCCAAGCCAAGG
GTCAAGTCAGCTGCGTCTTCGTAAGCTTAAACCGGTGCATTGATTATTCGCGGGAAGAGT
TACAACTTTAGTTTTTGGGCTTCTGAGTTTGTTTGGGAAGATTACTTTTTGTTTTATTTT
ATTGAGCATCTGATAACTACTTTCGTTCGATATCTTTTCACTTTCTTTTATATAAAAATT
TGGACTTGGATGAAATTTAGTTTACCTCTGCAATCCGCAAGTCTTTGAT
TCC

QA 3 531 3 531
DS 

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GGCTTCTGAGTTTGTTTGGGAAGATTACTTTTTGTTTTATTTTATTGAGCATTTGATAAC
TACTTTCGTTCGATATCTTTTCACTTTCTTTTATATAAAAATTTGGACTTGGATGAAATT
TAGTTTACCTCTGCAATCCGCAAGTCTTTGATTCC

QA 1 215 1 215
DS 



AS 2 8

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GGACTCGTGTGGACTCGTTCCCTGGTGATCTTCGTCTTCTTGAAGAATTGCAAGTGGAGT
ATGAAACCTTACCTGGATGGAAGTCTGACATATCCTCAATAAGAAACTATGCTGAGCTCC
CAAAGGCTGCACAGCAATATGTTGAGAGGATTGAAGAACTAGTGGGTGTGCCCATTCATT
ACATTGGTATTGGACCCGGTCGTGATGCCCTTATATATAAATGATTGTTAGGTTCGGCTC
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TATCTGTTGCATTGTTTCTTGTATTGGAATAAAGATGAATTATGTGTGTTAAGCAGCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A249TF U 1
AF RR1A249JQ C 59
BS 1 718 RR1A249TF

RD RR1A249TF 718 0 0
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TGGCTGGACAGGAGTTCGGCACTACAACTGGTCGTCCTCGTCGGTGTGGCTGGCTTGACC
TTGTTGCATTGAGATTCTCTTGCCAGATCAATGGATTTGCATCACTTAATCTTACTAAGC
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GGACTCGTGTGGACTCGTTCCCTGGTGATCTTCGTCTTCTTGAAGAATTGCAAGTGGAGT
ATGAAACCTTACCTGGATGGAAGTCTGACATATCCTCAATAAGAAACTATGCTGAGCTCC
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ACATTGGTATTGGACCCGGTCGTGATGCCCTTATATATAAATGATTGTTAGGTTCGGCTC
TTTTTTGGCTCTTCCTCACCCCTAAAAGCTTGATGGAGCATCAAGTTATTACTCGCTTTC
TATCTGTTGCATTGTTTCTTGTATTGGAATAAAGATGAATTATGTGTGTTAAGCAGCG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1A249JQ 660 0 0
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GCTTGATGTACTTTCGGACCTGGACGAAATCCAGCTTGGTGTCGCTTATAAGAAGAGTGA
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TCTTTTTTGGCTCTTCCTCACCCCTAAAAGCTTGATGGAGCATCAAGTTATTACTCGCTT
TCTATCTGTTGCATTGTTTCTTGTATTGGAATAAAGATGAATTATGTGTGTTAAGCAGCG

QA 1 660 1 660
DS 



CO CL768Contig2 1391 6 14 U
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ATTAGTCACTCACTACAAAGCGAGTAAACATCTCAAGTAACTTTGATGCTTCATCAAATC
TTTAAGTCTGGAAGAGCCAAAAAAAAGTATAACCTAAAACTCATTTATATATAAGGGCAT
CACGACCAGGTCCAATACCAATGTAATGAATGGGCACACCCACTAGTTCTTCAATCCTCT
CAACATATTGCTGTGCAGCCTTTGGAAGATCAGCGTAGTTTCTGATGGAGGATATGTCAG
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CCAACAGCTCTTGGAGCGATACCAAGACCAGTACAGATCCCACCAGCTGATGGACTAGAG
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ACCAAAACCCTCCTCTT*CTGAGAAATAGCATCATTCATGAAATGAACCGTGTCAGTTAT
ATAAGGCTCCAACCTCTCAGCGTATCTCTTATACGCTTCAACTTCTTCCCTAAGCATCTC
CGGACTATACTTAAACCCTTTAAACCTCGCAGCTGCATCCGCTAGCAAAACCTCAAGCTT
CTGAGGCAAAGTATCCATATGCCTGAGATCACCCACTCTAATACCATTCCTTATCACTTT
ACTAGAGTAGCAAGGACCGATTCCTCTCTTGGTTGTGCCGATAAACGACTTCGCAAGCTC
GGATTCTCTGAGACCATCAACCTCTTGGTGGAAATCAAACAAGAGATGAGCTCGGTCTGA
GACCAAGATCCTTCCTTTACAGGAGACACCATTAGACTCTAAACCATCAATCTCTTTGAA
GAGACCTGGTAAATGAACCACAACTCCGTTGCCAATCACACAAGTGGTGTCCTCGTTGGG
TATACCTGAAGGCACAAGGTGAAGAGCAAACTTCTTTCCCTCTGAGTTGTATATAGTGTG
CCCAGCATTAGCTCCACCCTGACAGCGAGCGACAATGTCGAAGTGTTGTGCTAAAATGTC
AACGAGTTTGC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AX67JQ U 1
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AF RR1AX66JQ U 2
AF RR1AX67TF C 324
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BS 879 1005 RR1AX67TF
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RD RR1AX67JQ 761 0 0
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TGGCAAGAGAATCTCAGGGCAACAAGGTCAAGCCAGCCACACCGACGAGGACGACCAGTT
GTAGTGCCAAACTCCTGTCCAGCCAACCTAAGAAGGTCACCACCTGGTCCTAAATTCTCT
GTTGGGAATGGTCCTGAACCAACTCTTGTAGTGTATGCTTTCACCACTCCAATGAGATCA
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DS 

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G
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AGTGCCAAACTCCTGTCCAGCCAACCTAAGAAGGTCACCACCTGGTCCTAAATTCTCTGT
TGGGAATGGTCCTGAACCAACTCTTGTAGTGTATGCTTTCACCACTCCAATGAGATCACC
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DS 

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G
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TAGTCACTCACTACAAAGCGAGTAAACATCTCAAGTAACTTTGATGCTTCATCAAATCTT
TAAGTCTGGAAGAGCCAAAAAAAAGTATAACCTAAAACTCATTTATATATAAGGGCATCA
CGACCAGGTCCAATACCAATGTAATGAATGGGCACACCCACTAGTTCTTCAATCCTCTCA
ACATATTGCTGTGCAGCCTTTGGAAGATCAGCGTAGTTTCTGATGGAGGATATGTCAGAC
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AGTGCCAAACTCCTGTCCAGCCAACCTAAGAAGGTCACCACCTGGTCCTAAATTCTCTGT
TGGGAATGGTCCTGAACCAACTCTTGTAGTGTATGCTTTCACCACTCCAATGAGATCACC
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AAGGCTCCA

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DS 

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TGAGATCACCCACTCTAATACC
C

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DS 

RD RR1AX66TF 897 0 0
TCAGGGC
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GTATCTCTTATACGCTTCAACTTCTTCCCTAAGCATCTCCGGACTATACTTAAACCCTTT
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GGAGACACCATTAGACTCTAAACCATCAATCTCTTTGAAGAGACCTGGTAAATGAACCAC
AACTCCGTTGCCAATCACACAAGTGGTGTCCTCGTTGGGTATACCTGAAGGCACAAGGTG
AAGAGCAAACTTCTTTCCCTCTGAGTTGTATATAGTGTGCCCAGCATTAGCTCCACCCTG
ACAGCGAGCGACAATGTCGAAGTGTTGTGCTAAAATGTCAACGAGTTTGC

QA 8 897 8 897
DS 

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GATACCAAGACCAGTACAGATCCCACCAGCTGATGGACTAGAGGAAGTAACAAAAGGATA
AGTACCAAAGTCAATGTCCAGCATCGTAGCTTGACCACCTTCAACCAAAACCCTCCTCTT
*CTGAGAAATAGCATCATTCATGAAATGAACCGTGTCAGTTATATAAGGCTCCAACCTCT
CAGCGTATCTCTTATACGCTTCAACTTCTTCCCTAAGCATCTCCGGACTATACTTAAACC
CTTTAAACCTCGCAGCTGCATCCGCTAGCAAAACCTCAAGCTTCTGAGGCAAAGTATCCA
TATGCCTGAGATCACCCACTCTAATACCATTCCTTATCACTTTACTAGAGTAGCAAGGAC
CGATTCCTCTCTTGGTTGTGCCGATAAACGACTTCGCAAGCTCGGATTCTCTGAGACCAT
CAACCTCTTGGTGGAAATCAAACAAGAGATGAGCTCGGTCTGAGACCAAGATCCTTCCTT
TACAGGAGACACCATTAGACTCTAAACCATCAATCTCTTTGAAGAGACCTGGTAAATGAA
CCACAACTCCGTTGCCAATCACACAAGTGGTGTCCTCGTTGGGTATACCTGAAGGCACAA
GGTGAAGAGCAAACTTCTTTCCCTCTGAGTTGTATATAGTGTGCCCAGCATTAGCTCCAC
CCTGACAGCGAGCGACAATGTCGAAGTGTTGTGCTAAAATGTCAACGAGTTTGC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 8

CO CL769Contig1 649 8 11 U
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TCACGTTGAGGAAGATCGGAGTTCCGCCGAACTCAGCTAACCTGACTGAAGCTCGCCGCC
GTGTTTTCGATTACTTCAGAGCTGCATGTAGATCCATCCCCACCATCATGGACATTTACA
ATCTACAAGACGTCGTCGCGCCTTCTCAGCTCCGCTTTGCAATCTCTGCTCAGATTCGTA
AAAACGCTCACGTCACCGATCCTAAGGTGATTGATCTTCTTCTATTCAAGGGAATGGAAG
AGCTTACTGACATAGTGGATCACGCAAAGCAGCGTCACCACATTATTGGTCAATACGTGG
TGGGTGAAGGGCTCGTCCAGAATACCGGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTTCTCA
AGAACTTCTACACCAGCAACTACTTTTGAGGCTGGTGATTTGTTTTCTCTACTGGCTTTT
TTCATGCTACCAAGTTCTTGCATAAGTCTTTTTCAGTATTGTATTTTCGACTTTAGGAAG
AAGTCTTCTTCCCTGAGAGAATAATTTGTATGAATTTCGCCAAACCTCTCTATAAGTTGT
AGCTGTGACAGTCTTTGCTGTGCAAATATTGCTATGATTTCAAGATAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1B125JQ C 1
AF RR1DQ37JQ C 326
AF RR1DQ37TF U 326
AF RR1DN74JQ C 62
AF RR1H479JQ C 8
AF RR1DN74TF U 9
AF RR1H479TF U 8
AF RR1B125TF U 1
BS 1 8 RR1B125JQ
BS 9 10 RR1H479TF
BS 11 52 RR1DN74TF
BS 53 53 RR1H479TF
BS 54 326 RR1DN74TF
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BS 371 371 RR1DN74TF
BS 372 502 RR1DQ37TF
BS 503 503 RR1DN74TF
BS 504 646 RR1DQ37TF
BS 647 649 RR1B125JQ

RD RR1B125JQ 649 0 0
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TCACGTTGAGGAAGATCGGAGTTCCGCCGAACTCAGCTAACCTGACTGAAGCTCGCCGCC
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AAAACGCTCACGTCACCGATCCTAAGGTGATTGATCTTCTTCTATTCAAGGGAATGGAAG
AGCTTACTGACATAGTGGATCACGCAAAGCAGCGTCACCACATTATTGGTCAATACGTGG
TGGGTGAAGGGCTCGTCCAGAATACCGGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTTTGATTTTCTCA
AGAACTTCTACACCAGCAACTACTTTTGAGGCTGGTGATTTGTTTTCTCTACTGGCTTTT
TTCATGCTACCAAGTTCTTGCATAAGTCTTTTTCAGTATTGTATTTTCGACTTTAGGAAG
AAGTCTTCTTCCCTGAGAGAATAATTTGTATGAATTTCGCCAAACCTCTCTATAAGTTGT
AGCTGTGACAGTCTTTGCTGTGCAAATATTGCTATGATTTCAAGATAAG

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DS 

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G
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TCTTTTTCAGTATTGTATTTTCGACTTTAGGAAGAAGTCTTCTTCCCTGAGAGAATAATT
TGTATGAATTTCGCCAAACCTCTCTATAAGTTGTAGCTGTGACAGTCTTTGCTGTGCAAA
TATTGCTATGATTTCAAGAT

QA 2 321 2 321
DS 

RD RR1DQ37TF 321 0 0
G
AAGCAGCGTCACCACATTATTGGTCAATACGTGGTGGGTGAAGGACTCGTCCAGAATACC
GGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTTCTCAAGAACTTCTACACCAGCAACTACTTT
TGAGGCTGGTGATTTGTTTTCTCTACTGGCTTTTTTCATGCTACCAAGTTCTTGCACAAG
TCTTTTTCAGTATTGTATTTTCGACTTTAGGAAGAAGTCTTCTTCCCTGAGAGAATAATT
TGTATGAATTTCGCCAAACCTCTCTATAAGTTGTAGCTGTGACAGTCTTTGCTGTGCAAA
TATTGCTATGATTTCAAGAT

QA 2 321 2 321
DS 

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AAACGCTCACGTCACCGATCCTAAGGTGATTGATCTTCTTCTATTCAAGGGAATGGAAGA
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GGGTGAAGGGCTCGTCCAGAATACCGGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTTCTCAA
GAACTTCTACACCAGCAACTACTTTTGAGGCTGGTGATTTGTTTTCTCTACTGGCTTTTT
TCATGCTACCAAGTTCTTGCATAAGTCTTTTTCAGTATTGTATTTTCGACTTTAGGAAGA
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GCTGTGACAG
CC

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DS 

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G
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GACATAGTGGATCACGCAAAGCAGCGTCACCACATTATTGGTCAATACGTGGTGGGTGAA
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DS 

RD RR1DN74TF 605 0 0
GG
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GCTCGTCCAGAATACCGGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTTCTCAAGAACTTCTA
CACCAGCAACTACTTTTGAGGCTGGTGATTTGTTTTCTCTACTGGCTTTTTTCATGCTAC
CAAGTTCTTGCATAAGTCTTTTTCAGTATTGTATTTTCGACTTTAGGAAGAAGTCTTCTT
CCCTGAGAGAATAATTTGTATGAATTTCGCCAAACCTCTCTATAAGTTGTAGCTGTGACA
G
CC

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DS 

RD RR1H479TF 634 0 0
G
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CACGTCACCGATCCTAAGGTGATTGATCTTCTTCTATTCAAGGGAATGGAAGAGCTTACT
GACATAGTGGATCACGCAAAGCAGCGTCACCACATTATTGGTCAATACGTGGTGGGTGAA
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TACACCAGCAACTACTTTTGAGGCTGGTGATTTGTTTTCTCTACTGGCTTTTTTCATGCT
ACCAAGTTCTTGCATAAGTCTTTTTCAGTATTGTATTTTCGACTTTAGGAAGAAGTCTTC
TTCCCTGAGAGAATAATTTGTATGAATTTCGCCAAACCTCTCTATAAGTTGTAGCTGTGA
CAGTCTTTGCTGTGCAAATATTGCTATGATTTC

QA 2 634 2 634
DS 

RD RR1B125TF 649 0 0
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GAAGGAAAGACTCTCTCGATTAAAGCAAGCGTGGATCAGATGGCAGCACCTTTCACGTTG
AGGAAGATCGGAGTTCCGCCGAACTCAGCTAACCTGACTGAAGCTCGCCGCCGTGTTTTC
GATTACTTCAGAGCTGCATGTAGATCCATCCCCACCATCATGGACATTTACAATCTACAA
GACGTCGTCGCGCCTTCTCAGCTCCGCTTTGCAATCTCTGCTCAGATTCGTAAAAACGCT
CACGTCACCGATCCTAAGGTGATTGATCTTCTTCTATTCAAGGGAATGGAAGAGCTTACT
GACATAGTGGATCACGCAAAGCAGCGTCACCACATTATTGGTCAATACGTGGTGGGTGAA
GGGCTCGTCCAGAATACCGGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTTCTCAAGAACTTC
TACACCAGCAACTACTTTTGAGGCTGGTGATTTGTTTTCTCTACTGGCTTTTTTCATGCT
ACCAAGTTCTTGCATAAGTCTTTTTCAGTATTGTATTTTCGACTTTAGGAAGAAGTCTTC
TTCCCTGAGAGAATAATTTGTATGAATTTCGCCAAACCTCTCTATAAGTTGTAGCTGTGA
CAGTCTTTGCTGTGCAAATATTGCTATGATTTCAAGAT
AAG

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DS 



AS 1 8

CO CL770Contig1 890 8 28 U
GGATTTGCTAAAAAGATCTATCATTTGAGCTAAGCAGAGAGTGTGGATCTTTAGCCGGAG
TATCTCCCGTTGGAAATCGGTTTAGGAGATGGAGAGGAGGGCAGAGGACGTTGAAGAAAC
AGCCGCCGAACCTTCTGGTGAAGCCATAAGATCGAGGCTCAGTAACAGAGCAGACCCTTT
CCTTGTTGTTTGCAGGTGTTTCAGCTTCGTTACGTCTCTCGTCGCTGTTCTCTGCGTTGT
TGTTAATGTTCTCGCTGCTGTTCGCTCCTTCCGCGACAGCCACGATATATTCGATGGAAT
ATTCAGGTGTTATGCTGTGTTGATCGCTTGTTTTGTGGTTCTTGCCGAGACAGAATGGGG
ATTTATCCTTAAATTCTCCAAGGTTCTTGAGTACTGGGCTGGCAGAGGAATGCTTCAGAT
TTTTGTGGCTGTGATGACAAGAGCTTTCCCTGACTATATGACTCAAAAGAAGGATCTCTT
GCTTCTACAGAACATCGCTAGCTACATGCTCCTCGCTTGTGGTCTTGTCTATTTCATATC
AGGGATTCTATGCATTGGTTTTCTGAAACGTGCTCGACAGAAGAAGGAAATCTCAAAAGA
ACAAGCTGTCAAGGATCTTCAGGAGATAGACCGACGCAGGGAAGAACTGGAACAGTTGCT
CCTGGAGCATCGGAGTAGAGACGATGTGTGAATG*****TCATCATCACAATTGTATTCA
ATTTACCTATATTACTAGTATTCAAACTCTGCTAGGATTGAGGATTTAAGATGTTTGTAT
GTGAAAAAAAAAAATCTAGGCTTGAGTTCTTTAATTGCTCATTCATTGAGTTGTGGTGAA
CTTATATCTGTCATATTGAAGAGTGGATTTTATAAATTTGATCACAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 
45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 0 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B146TF U 25
AF RR1CS84TF U 1
AF RR1CQ37TF U 13
AF RR1BC65TF U 37
AF RR1BC65JQ C 46
AF RR1CQ37JQ C 267
AF RR1CS84JQ C 480
AF RR1BY48JQ C 278
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RD RR1B146TF 145 0 0
GG
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TAAGATCGAGGCTCAGTAAC
TGA

QA 3 142 3 142
DS 

RD RR1CS84TF 618 0 0
GGATTTGCTAAAAAGATCTATCATTTGAGCTAAGCAGAGAGTGTGGATCTTTAGCCGGAG
TATCTCCCGTTGGAAATCGGTTTAGGAGATGGAGAGGAGGGCAGAGGACGTTGAAGAAAC
AGCCGCCGAACCTTCTGGTGAAGCCATAAGATCTCGGCTCAGTAACAGAGCCGACCCTTT
CCTTGTCGTTTGCAGGTGTTTCAGCTTCGTTACATCTCTCGTCGCTGTTCTCTGCGTTGT
TGTTAATGTTCTCGCTGCTGTTCGCTCCTTCCGCGATAGCCACGATATATTCGATGGAAT
ATTCAGGTGTTGTGCTGTGTTGATCGCTTGTTTTGTGGTTCTCGCCGAGACGGAATGGGG
ATTTATCCTCAAGTTCTCCAAGGTTCTTGAGTACTGGGCTGGCAGAGGAATGCTTCAGAT
TTTTGTGGCTGTGATGACAAGAGCTTTCCCTGACTATATGACTCAAAAGAAGGATCTCTT
GCTTCTACAGAACATCGCTAGCTACATACTCCTCGCTTGTGGTCTTGTCTATTTCATATC
AGGGATTCTATGCATTGGTTTTCTGAAACGTGCTCGACAGAAGAAGGAAATCTCAAAAGA
ACAAGCTGTCAAGGATCT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1CQ37TF 606 0 0
GG
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AATCGGTTTAGGAGATGGAGAGGAGGGCAGAGGACGTTGAAGAAACAGCCGCCGAACCTT
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CTGCTGTTCGCTCCTTCCGCGACAGCCACGATATATTCGATGGAATATTCAGGTGTTATG
CTGTGTTGATCGCTTGTTTTGTGGTTCTTGCCGAGACAGAATGGGGATTTATCCTTAAAT
TCTCCAAGGTTCTTGAGTACTGGGCTGGCAGAGGAATGCTTCAGATTTTTGTGGCTGTGA
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TCGCTAGCTACATGCTCCTCGCTTGTGGTCTTGTCTATTTCATATCAGGGATTCTATGCA
TTGGTTTTCTGAAACGTGCTCGACAGAAGAAGGAAATCTCAAAAGAACAAGCTGTCAAGG
ATCT

QA 3 606 3 606
DS 

RD RR1BC65TF 722 0 0
GG
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GGGCAGAGGACGTTGAAGAAACAGCCGCCGAACCTTCTGGTGAAGCCATAAGATCGAGGC
TCAGTAACAGAGCAGACCCTTTCCTTGTTGTTTGCAGGTGTTTCAGCTTCGTTACGTCTC
TCGTCGCTGTTCTCTGCGTTGTTGTTAATGTTCTCGCTGCTGTTCGCTCCTTCCGCGACA
GCCACGATATATTCGATGGAATATTCAGGTGTTATGCTGTGTTGATCGCTTGTTTTGTGG
TTCTTGCCGAGACAGAATGGGGATTTATCCTTAAATTCTCCAAGGTTCTTGAGTACTGGG
CTGGCAGAGGAATGCTTCAGATTTTTGTGGCTGTGATGACAAGAGCTTTCCCTGACTATA
TGACTCAGAAGAAGGATCTCTTGCTTCTACAGAACATCGCTAGCTACATGCTCCTCGCTT
GTGGTCTTGTCTATTTCATATCAGGGATTCTATGCATTGGTTTTCTGAAACGTGCTCGAC
AGAAGAAGGAAATCTCAAAAGAACAAGCTGTCAAGGATCTTCAGGAGATAGACCGACGCA
GGGAAGAACTGGAACAGTTGCTCCTGGAGCATCGGAGTAGAGACGATGTGTGAATG****
*TCATCATCACAATTGTATTCAATTTACCTATATTACTAGTATTCAAACTCTGCTAGGAT

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR1BC65JQ 793 0 0
GATCTTTAGCCGGAGTATCTCCCGTTGGAAATCGGTTTAGGAGATGGAGAGGAGGGCAGA
GGACGTTGAAGAAACAGCCGCCGAACCTTCTGGTGAAGCCATAAGATCGAGGCTCAGTAA
CAGAGCAGACCCTTTCCTTGTTGTTTGCAGGTGTTTCAGCTTCGTTACGTCTCTCGTCGC
TGTTCTCTGCGTTGTTGTTAATGTTCTCGCTGCTGTTCGCTCCTTCCGCGACAGCCACGA
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AGGAATGCTTCAGATTTTTGTGGCTGTGATGACAAGAGCTTTCCCTGACTATATGACTCA
GAAGAAGGATCTCTTGCTTCTACAGAACATCGCTAGCTACATGCTCCTCGCTTGTGGTCT
TGTCTATTTCATATCAGGGATTCTATGCATTGGTTTTTTGAAACGTGCTCGACAGAAGAA
GGAAATCTCAAAAGAACAAGCTGTCAAGGATCTTCAGGAGATAGACCGACGCAGGGAAGA
ACTGGAACAGTTGCTCCTGGAGCATCGGAGTAGAGACGATGTGTGAATG*****TCATCA
TCACAATTGTATTCAATTTACCTATATTACTAGTATTCAAACTCTGCTAGGATTGAGGAT
TTAAGATGTTTGTATGTGAAAAAAAAAA*TCTAGGCTTGAGTTCTTTAATTGCTCATTCA
TTGAGTTGTGG
CG

QA 1 791 1 791
DS 

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CCTTCCGCGACAGCCACGATATATTCGATGGAATATTCAGGTGTTATGCTGTGTTGATCG
CTTGTTTTGTGGTTCTTGCCGAGACAGAATGGGGATTTATCCTTAAATTTTCCAAGGTTC
TTGAGTACTGGGCTGGCAGAGGAATGCTTCAGATTTTTGTGGCTGTGATGACAAGAGCTT
TCCCTGACTATATGACTCAAAAGAAGGATTTCTTGCTTTTACAGAACATCGCTAGCTACA
TGCTCCTCGCTTGTGGTCTTGTTTATTTCATATCAGGGATTTTATGCATTGGTTTTTTGA
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TGTGAATG*****TCATCATCACAATTGTATTCAATTTACCTATATTACTAGTATTCAAA
CTCTGCTAGGATTGAGGATTTAAGATGTTTGTATGTGAAAAAAAAAAATCTAGGCTTGAG
TTCTTTAATTGCTCATTCATTGAGTTGTGGTGAACTTATATCTGTCATATTGAAGAGTGG
ATTTTATAAATTTGATCACAATCC

QA 1 624 1 624
DS 

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CAGGGATTCTATGCATTGGTTTTTTGAAACGTGCTCGACAGAAGAAGGAAATCTCAAAAG
AACAAGCTGTCAAGGATCTTCAGGAGATAGACCGACGCAGGGAAGAACTGGAACAGTTGC
TCCTGGAGCATCGGAGTAGAGACGATGTGTGAATGTCATGTCATCATCACAATTGTATTC
AATTTACCAAAATTACTAGTATTCAAACTCTGCTGGGATTGAGGATTTAAGATGTTTGTA
TGTGAAAAAAAAAAATTTAGGCTTGAGTTCTTTAATTGCTCATTCATTGAGTTGTGGTGA
ACTTATATCTGTCATATTGAAGAGTGGATTTTATAAATTTGATC
CCAATCC

QA 1 404 1 404
DS 

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GTTCTTGCCGAGACAGAATGGGGATTTATCCTTAAATTCTCCAAGGTTCTTGAGTACTGG
GCTGGCAGAGGAATGCTTCAGATTTTTGTGGCTGTGATGACAAGAGCTTTCCCTGACTAT
ATGACTCAAAAGAAGGATCTCTTGCTTTTACAGAACATCGCTAGCTACATGCTCCTCGCT
TGTGGTCTTGTCTATTTCATATCAGGGATTCTATGCATTGGTTTTCTGAAACGTGCTCGA
CAGAAGAAGGAAATCTCAAAAGAACAAGCTGTCAAGGATCTTCAGGAGATAGACCGACGC
AGGGAAGAACTGGAACAGTTGCTCCTGGAGCATCGGAGTAGAGACGATGTGTGAATG***
**TCATCATCACAATTGTATTCAATTTACCTATATTACTAGTATTCAAACTCTGCTAGGA
TTGAGGATTTAAGATGTTTGTATGTGAAAAAAAA***TCTAGGCTTGAGTTCTTTAATTG
CTCATTCATTGAGTTGTGGTGAACTTACATCTGTCATATTGAAGAGTGGATTTTATAAAT
TTGATC
AC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 7

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CAAGCGAATCTCCAAAGGAAGAAAGGGAGGCAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAA
GAAGGATTGGTATGACATCAAGGCTCCCTCTAACTTCACCCATAGAAATGTCTGTAAGAC
ACTTGTTTCCAGAACTCAGGGTACCAAGATTGCTTCAGAGGGTTTGAAACACAGAGTTTT
CGAGGTGTCTCTTGCTGATCTTCAAAATGATGAGGATAACGCTTACAGGAAGATCCGTCT
CAGAGCTGAAGATGTTCAGGGAAGGAATGTCTTGACTCAGTTCTGGGGAATGGACTTCAC
CACCGATAAACTCAGATCCTTGGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATTGAGTCTCATGTTGA
TGTTAAGACCACCGACAACTACACACTGAGACTGTTCTGCATTGCTTTCACCAAGAGACG
TGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGCTATGCTCAGTCTAGCCAAATCCGTCAGATTCGCAG
CAAGATGAGGGAGATTATGATCAAGGAAGCTTCCTCTTCTGACCTCAAGGAGCTTGTTGC
CAAGTTTATTCCAGAATCTATTGGTAAGGAGATTGAGAAGGCAACTCAGGGCATCTACCC
TCTTCAGAATGTTTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGG
AAAGCTCATGGAGGTTCATGGAGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAG
GCCGGCCGATGAGACTGTGGTCGAAGAACCTACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGTT
TTTCAAGAAATGTTAGAGTTGAGCAATCGTTTTGACTTCTAAGCTTTCGTTTCTTCAATG
CTTTGTGTCTTCTCACACTCGTTTGGTCCCTCAGCTTCTTGTTTTTGATATATTTGTACC
TTTTCTCAGTATAAACTTGTCAGTTTTGGATAATTTATGCAACGCTTCTTTCAGACAC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

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AA

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DS 

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CGATAAACTCAGATCCTTGGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATTGAGTCTCATGTTGATGT
TAAGACCACCGACAACTACACACTGAGACTGTTCTGCATTGCTTTCACCAAGAGACGTGC
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GATGAGGGAGATTATGATCAAGGAAGCTTCCTCTTCTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAA
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TCAGAATGTTTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAA*
GCTCATGGAGGTTCATGGAGACTACACAGCA

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DS 

RD RR1BP72JQ 864 0 0
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AGGATAACGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTTCAGGGAAGGAATGTCT
TGACTCAGTTCTGGGGAATGGACTTCACCACCGATAAACTCAGATCCTTGGTGAAAAAGT
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CCTCTTCTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCAGAATCTATTGGTAAGGAGA
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CAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAGGCCGGCCGATGAGACTGTGGTCGAAGAACCTA
CTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGTTTTTCAAGAAATGTTAGAGTTGAGCAATCGTTT
TGACTTCTAAGCTTTCGTTTCTTCAATGCTTTGTGTCTTCTCACACTCGTTTGGTCCCTC
AGCTTCTTGTTTTTGATATATTTGTACCTTTTCTCAGTATAAACTTGTCAGTTTTGGATA
ATTTATGCAACGCTTCTTTCAG
AC

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR1G188JQ 769 0 0
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GAAGATGTTCAGGGAAGGAATGTCTTGACTCAGTTCTGGGGCGTGGACTTCACCACTGAT
AAACTCAGATCCTTGGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATTGAGTCTCATGTTGATGTTAAA
ACCACCGACAACTACACTCTGAGACTGTTCTGCATTGCTTTCACCAAGAGACGTGCTAAC
CAAGTCAAGAGAACTTGCTATGCTCAGTCAAGCCAAATCCGTCAGATTCGCAGCAAGATG
AGGGAGATTATGATCAAGGAAGCTTCCTCTTCTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTT
ATTCCAGAATCTATTGGTAAGGAGATTGAGAGGGCAACTCAGGGCATCTACCCTCTTCAG
AATGTTTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACTTCGGAAAGCTC
ATGGAGGTTCATGGAGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAGCCCGGCC
GATGAGACTGTGGTCGAAGACCCTACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGTTTTTCAAG
AAATGTTAGAGTTGAGCAATCGTTTTGACTTTTAAGCTTTAGTTTCTTCAATGCTTTGTG
TCTTCTCACACTCGTTTGGTCCCTCAGCTTCTTGTTTTTGATATATTTGTACCTTTTCTC
AGTATAAACTTGTCAGTTTTGGATAATTTATGCAACGCTTCTTTCAG
GC

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DS 

RD RR1B619JQ 799 0 0
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CTTGCTGATCTTCAAAATGATGAGGATAACGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAA
GATGTTCAGGGAAGGAATGTCTTGACTCAGTTCTGGGGAATGGACTTCACCACCGATAAA
CTCAGATCCTTGGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATTGAGTCTCATGTTGATGTTAAGACC
ACCGACAACTACACACTGAGACTGTTCTGCATTGCTTTCACCAAGAGACGTGCTAACCAA
GTCAAGAGAACTTGCTATGCTCAGTCTAGCCAAATCCGTCAGATTCGCAGCAAGATGAGG
GAGATTATGATCAAGGAAGCTTCCTCTTCTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATT
CCAGAATCTATTGGTAAGGAGATTGAGAAGGCAACTCAGGGCATCTACCCTCTTCAGAAT
GTTTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAAAGCTCATG
GAGGTTCATGGAGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAGGCCGGCCGAT
GAGACTGTGGTCGAAGAACCTACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGTTTTTCAAGAAA
TGTTAGAGTTGAGCAATCGTTTTGACTTTTAAGCTTTCGTTTCTTCAATGCTTTGTGTCT
TCTCACACTCGTTTGGTCCCTCAGCTTCTTGTTTTTGATATATTTGTACCTTTTCTCAGT
ATAAACTTGTCAGTTTTGG

QA 1 799 1 799
DS 

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GC
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GTTTCTTCAATGCTTTGTGTCTTCTCACACTCGTTTGGTCCCTCAGCTTCTTGTTTTTGA
TATATTTGTACCTTTTCTCAGTATAAACTTGTCAGTTTTGGATAATTTATGCAACGCTTC
TTTCAGACAC

QA 3 252 3 252
DS 



AS 1 6

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GAGAGAAACATCCCTCAAAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCAGGCGATGGTTGTCGCT
ATGGACCAGCGTAGCAATGTGAACGGACATTCCAGTGAAGAAAGGTTTGATCCGAGCGCA
CAACCACCGTTTAAGATCGGAGATATAAGGGCGGCCATTCCTAAGCATTGTTGGGTAAAG
AGTCCTTTGAGATCCATGAGCTACGTCGCCAGAGACATTTTCGCCGTCGTGGCTCTGGCC
GTCGCCGCCGTGTATTTTGATAGCTGGTTCTTCTGGCCTCTTTATTGGGCCGCCCAAGGA
ACCCTTTTCTGGGCTATCTTCGTACTCGGCCACGACTGTGGACATGGAAGCTTCTCAGAC
ATTCCTCTTCTGAATACTGCGGTTGGTCATATTCTCCATTCCTTCATCCTCGTTCCATAC
CATGGTTGGAGAATAAGCCATCGGACACACCACCAGAACCATGGCCATGTTGAAAACGAC
GAGTCTTGGGTTCCGTTGCCAGAAAAATTATACAAGAAATTGTCCCACAGTATACGGATG
CTCAGATACACTGTCCCTCTCCCCATGCTCGCTTACCCTCTCTATCTGTGGTACAGAAGT
CCTGGTAAAGAAGGGTCACATTATAACCCATACAGTAGTTTGTTTGCTCCAAGCGAGAGA
AAGCTTATTGCAACTTCAACTACTTGCTGGTCGATCATGTTGGCCACTCTTCTTTATCTA
TCATTCCTCGTTGGTCCAGTCACAGTTCTCAAAGTCTATGGTGTTCCTTACATCATCTTT
GTGATGTGGTTGGACGCTGTCACGTACTTGCATCATCATGGCCACGATGATAAGTTGCCT
TGGTACAGAGGCAAGGAATGGAGTTATTTACGTGGAGGATTAACAACTGTTGATAGAGAT
TACGGGATCTTCAACAACATTCATCACGATATTGGAACTCACGTGATCCATCATCTTTTC
CCACAAATCCCTCACTATCACTTGGTCGAAGCCACGAAAGCAGCTAAACATGTGTTGGGT
AGATACTACAGAGAACCAAAGACGTCAGGAGCAATACCGATCCACTTGGTGGAAAGTTTG
GTGGCAAGTATTAAGAAAGATCATTATGTCAGTGACACTGGTGATATTGTCTTCTACGAG
ACAGATCCAGATCTCTACGTTTATGCTTCTGACAAATCCAAAATCAATTAACCTTTCTTC
CTAGCTCTATTTAGGAATAAAACAGTACTTTGCTCTTTACTTATTTCTTGTTGTTTTTAA
GTTATAAATGTACTCATGAAACTTTTTTTTTAAATTAATGTATTTACCTTTCAAATCGTA
AAAGTTTTTGTTGGTTTTCTTTTATGTTTTCTAGTTACAATAAAGAAAGGTCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
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G
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TT
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DS 



AS 1 7

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 15 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA82TF U 70
AF RR1H524TF U 7
AF RR1AI79TF U 1
AF RR1DN68TF U 43
AF RR1AI79JQ C 85
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G
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GCTTGGTCTAGTGGTTATGTATCTGAACAAAGCAGAGGCAAGGGATAAGCTATGCAGAGC
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TAAATCCACTAGCTTAGCCAGGAAAGTCTTTCGTCTTTTCAAGTTTGTTAATGATCTGCA
TGGTCTTATCAGTCCTGTCCCTAAAGGAACTCCACTTCCTCTCGTTTTACTTGGAAAGTC
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DS 

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GG
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GAGCTTGGTCTAGTGGTTATGTATCTGAACAAAGCAGAGGCAAGGGATAAGCTATGCAGA
GCTATACAGTACGGTTCCAAGTTCTTGAGCGGTGGACAACCTGGTACTGCTCAAAACGTT
GATAAATCCACTAGCTTAGCCAGGAAAGTCTTTCGTCTTTTCAAGTTTGTTAATGATCTG
CATGGTCTTATCAGTCCTGTCCCTAAAGGAACTCCGCTTCCTCTCGTTTTACTTGGAAAG
TCCAAGAACGCACTTTTGTCTACATTCTTGTTCTTGGATCAAATTGTCTGGCTTGGGAGA
TCAGGAATCTATAAGAACAAAGAGAGAGCTGAGTTACTAGGACGTATATCACTATTCTGC
TGGATGGGATCATCTGTCTGTACTTCTTTAGTTGAGATTGGTGAGATTGGAAGGCTATCT
TCATCCATGAAGAAAATCGAAAAGGGGCTTAAGAATGGCACCAAGTATCAAGATGAGGAG
TATCGTGCTAAGCTTAAACAATCGAACGAGAGGAGTCTTGCTTTGATCAAATCAGCCATG
GACATTGTTGTAGCAGCTGGTCTTCTTCAGTTATATCCAAAGAAGATCACTCCTCGTGTC
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DS 

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TATGCAGAGCTATACAGTACGGTTCCAAGTTCTTGAGCGGTGGACAACCTGGTACTGCTC
AAAACGTTGATAAATCCACTAGCTTAGCCAGGAAAGTCTTTCGTCTTTTCAAGTTTGTTA
ATGATCTGCATGGTCTTATCAGTCCTGTCCCTAAAGGAACTCCGCTTCCTCTCGTTTTAC
TTGGAAAGTCCAAGAACGCACTTTTGTCTACATTCTTGTTCTTGGATCAAATTGTCTGGC
TTGGGAGATCAGGAATCTATAAGAACAAAGAGAGAGCTGAGTTACTAGGACGTATATCAC
TATTCTGCTGGATGGGATCATCTGTCTGTACTTCTTTAGTTGAGATTGGTGAGATTGGAA
GGCTATCTTCATCCATGAAGAAAATCGAAAAGGGGCTTAAGAATGGCACCAAGTATCAAG
ATGAGGAGTATCGTGCTAAGCTTAAACAATCGAACGAGAGGAGTCTTGCTTTGATCAAAT
CAGCCATGGACATTGTTGTAGCAGCTGGTCTTCTTCAGTTATATCCAAAGAAGATCACTC
CTCGTGTCACCGGAGCTTTTGGATTCATCACCTCCCTCATTTCTTGCTACCAGTTGCTTC
CGACACGACCCAAGAT

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DS 

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GG
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ACGTTATTGGATGTATCGAGAGCAGAGCTTGGTCTAGTGGTTATGTATCTGAACAAAGCA
GAGGCAAGGGATAAGCTATGCAGAGCTATACAGTACGGTTCCAAGTTCTTGAGCGGTGGA
CAACCTGGTACTGCTCAAAACGTTGATAAATCCACTAGCTTAGCCAGGAAAGTCTTTCGT
CTTTTCAAGTTTGTTAATGATCTGCATGGTCTTATCAGTCCTGTCCCTAAAGGAACTCCA
CTTCCTCTCGTTTTACTTGGAAAGTCCAAGAACGCACTTTTGTCTACATTCTTGTTCTTG
GATCAAATTGTCTGGCTTGGGAGATCAGGAATCTACAAGAACAAAGAGAGAGCTGAGTTA
CTAGGACGTATATCACTTTTCTGCTGGATGGGATCATCTGTCTGTACTACTTTAGTTGAG
ATTGGTGAGATTGGAAGGCTATCTTCATCAATGAAGAAGATCGAGAAGAGGCTTAAGAAT
GGCACCAAGTATCAAGATGAGGAGTATCGTGCTAAGCTTAAACAATCGAACGAGAGGAGT
CTTGCTTTGATCAAATCAGCCATGGACATTGTTGTAGCAGCTGGTCTTCTTCAGTTATAT
CCAAAGA*GATCACTCCTCGTGTCACCGGAGCTTT*GGAT*CATCAC*TCTCTCATTTCT
TGCTACCAGT*GCTTCCGACACGACCCA
G

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DS 

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TTATGTATCTGAACAAAGCAGAGGCAAGGGATAAGCTATGCAGAGCTATACAGTACGGTT
CCAAGTTCTTGAGCGGTGGACAACCTGGTACTGCTCAAAACGTTGATAAATCCACTAGCT
TAGCCAGGAAAGTCTTTCGTCTTTTCAAGTTTGTTAATGATCTGCATGGTCTTATCAGTC
CTGTCCCTAAAGGAACTCCGCTTCCTCTCGTTTTACTTGGAAAGTCCAAGAACGCACTTT
TGTCTACATTCTTGTTCTTGGATCAAATTGTCTGGCTTGGGAGATCAGGAATCTATAAGA
ACAAAGAGAGAGCTGAGTTACTAGGACGTATATCACTATTCTGCTGGATGGGATCATCTG
TCTGTACTTCTTTAGTTGAGATTGGTGAGATTGGAAGGCTATCTTCATCCATGAAGAAAA
TCGAAAAGGGGCTTAAGAATGGCACCAAGTATCAAGATGAGGAGTATCGTGCTAAGCTTA
AACAATCGAACGAGAGGAGTCTTGCTTTGATCAAATCAGCCATGGACATTGTTGTAGCAG
CTGGTCTTCTTCAGTTATATCCAAAGAAGATCACTCCTCGTGTCACCGGAGCTTTTGGAT
TCATCACCTCCCTCATTTCTTGCTACCAGTTGCTTCCGACACGACCCAAGATCAAGGCGC
CTTGAAAACTTATCGAAGAAAGATAGGCGTTCAGGAGAAAGTCATTTCAGAATGTTTATG
TTGGTCCTTTTGAGTAATGTGATGTTGTTTGAAGTCCTTGTATAAAATACTTATCTACCG
GTAATATCACGCTAGTTGTG
C

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DS 

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TCTTTTCAAGTTTGTTAATGATCTGCATGGTCTTATCAGTCCTGTCCCTAAAGGAACTCC
GCTTCCTCTCGTTTTACTTGGAAAGTCCAAGAACGCACTTTTGTCTACATTCTTGTTCTT
GGATCAAATTGTCTGGCTTGGGAGATCAGGAATCTATAAGAACAAAGAGAGAGCTGAGTT
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GATTGGTGAGATTGGAAGGCTATCTTCATCCATGAAGAAAATCGAAAAGGGGCTTAAGAA
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TCTTGCTTTGATCAAATCAGCCATGGACATTGTTGTAGCAGCTGGTCTTCTTCAGTTATA
TCCAAAGAAGATCACTCCTCGTGTCACCGGAGCTTTTGGATTCATCACCTCCCTCATTTC
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GCAAGTTTCCATGTATCTGAAATCATCATTGGTCTGA
G

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DS 

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TTCTTGGATCAAATTGTCTGGCTTGGGAGATCAGGAATCTACAAGAACAAAGAGAGAGCT
GAGTTACTAGGACGTATATCACTTTTCTGCTGGATGGGATCATCTGTCTGTACTACTTTA
GTTGAGATTGGTGAGATTGGAAGGCTATCTTCATCAATGAAGAAGATCGAGAAGAGGCTT
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AGGAGTCTTGCTTTGATCAAATCAGCCATGGACATTGTTGTAGCAGCTGGTCTTCTTCAG
TTATATCCAAAGAAGATCACTCCTCGTGTCACCGGAGCTTTTGGATTCATCACCTCTCTC
ATTTCTTGCTACCAGTTGCTTCCGACACGACCCAAGATCAAGGCGCCTTGAAAACTTATC
GAAGAAAGAT*GGCGTTCAGGAGAAAGTCATTTCAGAATGTTTATGTTGGTCCTTTTGAG
TAATGTGATGTTGTTTGAAGTCCTTGTATAAAATACTTATCTACCGGTAATATCACGCTA
GTTGTGCAAGTTTCCATGTATCTGAAATCATCATTGGTCTGATTCTAAACG

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 8

CO CL774Contig1 1079 8 13 U
ATACGAGCAGGTCTTCATTATATAGGCACGTGAAAGACTTATAAAACATCACTTGACGAT
TGTAATAGACTTATATATTCGATTATGTAATCGTGTCTTTTATGTGATATAAAGTACATA
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AAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACTCACCGA
CCTCGGGGTCTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCATGAGCTC
GTCAAAAGCGCCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTCCAATGGTACCATCATTCTT
ACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGCATTCTTCCAA
GACATGGCGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTCCCGAGTTCCCAATAGAT
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GTCATGTGGCTCGAGCAAGTGCGTCGCGCTTGTCACGGCCTTGTGCAAATCTTCTTCGTA
CGTCTTATCAATGTCCATGCTCAGAACAACTTTTTGTCTTCCTACAAAATAAAATTGTGG
GGCATTGTTGTAGAAACCAGTCACTCTTAAAACATCCCCCAAGCGGTACCTATACAAACC
AGAGAATGTTGTGATAATAAGTTCATAATCATGTCCAATTTTAACATCGGCAAGATCAAC
GACCACAGGGTTCTTTGTGAGATTATGACCAGTTTCTTGATGGTCCTTCTCGACCTCTAA
GAACTCGAAGTACGCCATACTTGGAACAATGGAATAGGACACATCACAAGGCTTGCTTAG
AGGATCGACATTAATCCCAATGAAACATTCAGAGCTGCCGTACCAAGATGAAATCAAAGG
AAGACCTCCTCCATAGAATTCTAACAATGGAATATATTGCACCATGGAACCGGTAACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA78TF C 1
AF RR1F566JQ U 41
AF RR1F566TF C 41
AF RR1C334JQ U 57
AF RR1C334TF C 57
AF RR1AD47JQ U 36
AF RR1EX35JQ U 55
AF RR1AD47TF C 284
BS 1 41 RR1FA78TF
BS 42 131 RR1AD47JQ
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BS 165 165 RR1F566JQ
BS 166 473 RR1AD47JQ
BS 474 474 RR1F566JQ
BS 475 610 RR1AD47JQ
BS 611 611 RR1F566JQ
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BS 616 616 RR1F566JQ
BS 617 833 RR1AD47JQ
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AGACTGGATTTATCGGCCAGAGTGCATCTCACGTGGCTCCCACGACGGAGTTTTCGTGCT
AAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACTCACCGA
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GTCAAAAGCGCCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTCCAATGGTACCATCATTCTT
ACGTAACTTTCTGTACGCAGAGTTGAGAGACTTC

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DS 

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G
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TCCCGAGTTCCCAATAGATCACGTAGTGACCTGGAAACGTGGAGGAGTCCACACGGCTAG
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RD RR1F566TF 593 0 0
G
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ATGTGATATAAAATACATACTACATAGCGATCTTATTCATATGTAATTATAAGCGAAGGC
TCATACTGTCCACATTACGAGACTGGATTTATCGGCCAGAGTGCATCTCACGTGGCTCCC
ACGACGGAGTTTTCGTGCTAAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAG
CTTCTTCACTACTCACCGACCTCGGGGTCTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACA
GGAACAAATTCATGAGCTCGTCAAAAGCGCCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTC
CAATGGTACCATCATTCTTACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAACGG
TGAAGCAGCATTCTTCCAAGACATGGCGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCC
TCCCGAGTTCCCAATAGATCACGTAGTGACCTGGAAACGTGGAGGAGTCCACACGGCTAG
TGAAATCGATGAGCATGAGGTCATGTGGCTCGAGCAAGTGCGTCGCGCTTGT

QA 2 593 2 593
DS 

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CCGACCTCGGGGTCTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCATGA
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TCTTACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGCATTCTT
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TGAGGTCATGTGGCTCGAGCAAGTGCGTCGCGCTTGTCACGGCCTTGTGCAAATCTTCTT
CGTACGTCTTATCAATGTCCATGCTCAGAACAACTTTTTGTCTTCCT
C

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DS 

RD RR1C334TF 648 0 0
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TACGAGACTGGATTTATCGGCCAGAGTGCATCTCACGTGGCTCCCACGACGGAGTTTTCG
TGCTAAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACTCA
CCGACCTCGGGGTCTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCATGA
GCTCGTCAAAAGCGCCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTCCAATGGTACCATCAT
TCTTACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGCATTCTT
CCAAGACATGGCGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTCCCGAGTTCCCAAT
AGATCACGTAGTGACCTGGAAACGTGGAGGAGTCCACACGGCTAGTGAAATCGATGAGCA
TGAGGTCATGTGGCTCGAGCAAGTGCGTCGCGCTTGTCACGGCCTTGTGCAAATCTTCTT
CGTACGTCTTATCAATGTCCATGCTCAGAACAACTTTTTGTCTTCCT
C

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DS 

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ACGACGGAGTTTTCGTGCTAAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAG
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GGAACAAATTCATGAGCTCGTCAAAAGCGCCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTC
CAATGGTACCATCATTCTTACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGG
TGAAGCAGCATT*TTCCAAGACATGGCGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCC
TCCCGAGTTCCCAATAGATCACGTAGTGACCTGGAAACGTGGAGGAGTCCACACGGCTAG
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AGCGGTACCTATACAAACCAGAGAATGTTGTGATAATAAGTTCATAATCATGTCCAATTT
TAACATCGGCAA

QA 7 798 7 798
DS 

RD RR1EX35JQ 746 0 0
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CGTGCTAAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACT
CACCGACCTCGGGGTCTTGTACCGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCAT
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ATTCTTACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGCATTC
TTCCAAGACATGGCGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTCCCGAGTTCCCA
ATAGATCACGTAGTGACCTGGAAACGTGGAGGAGTCCACACGGCTAGTGAAATCGATGAG
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TTCGTACGTCTTATCAATGTCCATGCTCAGAACAACTTTT*GTCTTCCTACAAAATAAAA
TTGTGGGGCATTGTTGTAGAAACCAGTCACTCTTAAAACATCCCCCAAGCGGTACCTATA
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DS 

RD RR1AD47TF 796 0 0
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AAGCAGCATT*TTCCAAGACATGGCGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTC
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TCACAAGGCTTGCTTAGAGGATCGACATTAATCCCAATGAAACATTCAGAGCTGCCGTAC
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ATGGAACCGGTAACAC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 8

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ATTGTGTAATAGATCTTAATATTTGTGTTGTGTAATAGCTATTAAGAACATAAGAAAAAA
*CGATAATTTAATGCAATTTAAGAAGCATTAGAACAGCACGAACCAATAATTGGAGAGGT
TCATGCTCATCATTAAACATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G173TF U 90
AF RR1CS59TF U 1
AF RR1G865TF U 81
AF RR1CS59JQ C 117
AF RR1G173JQ C 146
AF RR1G865JQ C 229
AF RR1E437TF U 753
AF RR1EE24TF U 713
BS 1 658 RR1CS59TF
BS 659 659 RR1G865TF
BS 660 666 RR1CS59TF
BS 667 667 RR1G865TF
BS 668 674 RR1CS59TF
BS 675 675 RR1G865TF
BS 676 698 RR1CS59TF
BS 699 712 RR1CS59JQ
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BS 753 915 RR1E437TF
BS 916 981 RR1EE24TF

RD RR1G173TF 521 0 0
G
GTCGAAGATGGCTCCGATCATCAGATCTAGCCCAGCTCTCGCTTTCCTCGTTTTGCAGAT
TAGCTTCATCTTCTTTGCTTCCACTCTCCCACACTCTTCTGGGTCTGAGGATGGTTACAC
AATCACTGGCAGAGTGAAGATTCCACCAAGCAACGTGATTGGTCAGACAGCAAAGTTCTC
TAATGTCAAAGTTATACTCAATGGTGGACAGAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGATGGATA
TTTCACTTTTCACAAAGTGCCTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGTATCTGCAATGGGCTA
CTTCTTTTCTCCGGTACGAGTCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCATGCAAC
ACTAACCGAAACCAGGAGGAGTCTTACTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGGGAAGAGCA
ATACTACGAGATTCGAGAGCCTTTCTCCATGTTGTCAATGGTGAAAAGTCCGATGGGTCT
CATGGTGGGATTCATGGTCGTGGTTGTGTTCCTAATGCCC

QA 2 521 2 521
DS 

RD RR1CS59TF 702 0 0
GGAAAACAAATCAGCTCAGACCTTCTCAGCCTCTAGGAAGGTTTTAGTTTCGCCTATTCA
TTAACCGGAAGTCCAGAATCGGACCATACCGTCGAAGATGGCTCCGATCATCAGATCTAG
CCCAGCTCTCGCTTTCCTCGTTTTGCAGATTAGCTTCATCTTCTTTGCTTCCACTCTCCC
ACACTCTTCTGGGTCTGAGGATGGTTACACAATCACTGGCAGAGTGAAGATTCCACCAAG
CAACGTGATTGGTCAGACAGCAAAGTTCTCTAATGTCAAAGTTATACTCAATGGTGGACA
GAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGATGGATATTTCACTTTTCACAAAGTGCCTGCTGGGAC
TCATTTGATCGAAGTATCTGCAATGGGCTACTTCTTTTCTCCGGTACGAGTCGATGTTAG
TGCACGGCACCATGGCAAAGTTCATGCAACACTAACCGAAACCAGGAGGAGTCTTACTGA
GCTGGTTTTAGAGCCATTGAGGGAAGAGCAATACTACGAGATTCGAGAGCCTTTCTCCAT
GTTGTCAATGGTGAAAAGTCCGATGGGTCTCATGGTGGGATTCATGGTCGTGGTTGTGTT
CCTAATGCCCAAACTGATGGAAAACATAGATCCAGAGGAGATGAAGCAAGCACAAGAG*A
AATGAG*AGGCAAG*TGTGCCTTCGCTCTCGAGTTTGT
GCCA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1G865TF 598 0 0
AGGGGG
TACCGTCGAAGATGGCTCCGATCATCAGATCTAGCCCAGCTCTCGCTTTCCTCGTTTTGC
AGATTAGCTTCATCTTCTTTGCTTCCACTCTCCCACACTCTTCTGGGTCTGAGGATGGTT
ACACAATCACTGGCAGAGTGAAGATTCCACCAAGCAACGTGATTGGTCAGACAGCAAAGT
TCTCTAATGTCAAAGTTATACTCAATGGTGGACAGAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGATG
GATATTTCACTTTTCACAAAGTGCCTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGTATCTGCAATGG
GCTACTTCTTTTCTCCGGTACGAGTCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCATG
CAACACTAACCGAAACCAGGAGGAGTCTTACTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGGGAAG
AGCAATACTACGAGATTCGAGAGCCTTTCTCCATGTTGTCAATGGTGAAAAGTCCGATGG
GTCTCATGGTGGGATTCATGGTCGTGGTTGTGTTCCTAATGCCCAAACTGATGGAAAACA
TAGATCCAGAGGAGATGAAGCAAGCACAAGAGGAAATGAGGAGGCAAGGTGT

QA 7 598 7 598
DS 

RD RR1CS59JQ 799 0 0
CTAGCCCAGCTCTCGCTTTCCTCGTTTTGCAGATTAGCTTCATCTTCTTTGCTTCCACTC
TCCCACACTCTTCTGGGTCTGAGGATGGTTACACAATCACTGGCAGAGTGAAGATTCCAC
CAAGCAACGTGATTGGTCAGACAGCAAAGTTCTCTAATGTCAAAGTTATACTCAATGGTG
GACAGAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGATGGATATTTCACTTTTCACAAAGTGCCTGCTG
GGACTCATTTGATCGAAGTATCTGCAATGGGCTACTTCTTTTCTCCGGTACGAGTCGATG
TTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCATGCAACACTAACCGAAACCAGGAGGAGTCTTA
CTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGGGAAGAGCAATACTACGAGATTCGAGAGCCTTTCT
CCATGTTGTCAATGGTGAAAAGTCCGATGGGTCTCATGGTGGGATTCATGGTCGTGGTTG
TGTTCCTAATGCCCAAACTGATGGAAAACATAGATCCAGAGGAGATGAAGCAAGCACAAG
AGGAAATGAGGAGGCAAGGTGTGCCTTCGCTCTCGAGTTTGTTGCCAAGCGCCGGGGCTA
GCCGTTAAGAGTTTCTCTGTCAGCTCAATGTATCACAAAACGAGCGGAGAAAGGGTATCC
CGTTCTTGTGAGAGACACACTCACTGTAATAGATTTGTATTGTGTAATAGATCTTCATAT
TTGTATTGTGTAATAGATCTTAATATTTGTGTTGTGTAATAGCTATTAAGAACATAAGAA
AAAA*CGATAATTTAATGC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1G173JQ 770 0 0
CAGATTAGCTTCATCTTCTTTGCTTCCACTCTCCCACACTCTTCTGGGTCTGAGGATGGT
TACACAATCACTGGCAGAGTGAAGATTCCACCAAGCAACGTGATTGGTCAGACAGCAAAG
TTCTCTAATGTCAAAGTTATACTCAATGGTGGACAGAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGAT
GGATATTTCACTTTTCACAAAGTGCCTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGTATCTGCAATG
GGCTACTTCTTTTCTCCGGTACGAGTCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCAT
GCAACACTAACCGAAACCAGGAGGAGTCTTACTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGGGAA
GAGCAATACTACGAGATTCGAGAGCCTTTCTCCATGTTGTCAATGGTGAAAAGTCCGATG
GGTCTCATGGTGGGATTCATGGTCGTGGTTGTGTTCCTAATGCCCAAACTGATGGAAAAC
ATAGATCCAGAGGAGATGAAGCAAGCACAAGAGGAAATGAGGAGGCAAGGTGTGCCTTCG
CTCTCGAGTTTGTTGCCAAGCGCCGGGGCTAGCCGTTAAGAGTTTCTCTGTCAGCTCAAT
GTATCACAAAACGAGCGGAGAAAGGGTATCCCGTTCTTGTGAGAGACACACTCACTGTAA
TAGATTTGTATTGTGTAATAGATCTTCATATTTGTATTGTGTAATAGATCTTAATATTTG
TGTTGTGTAATAGCTATTAAGAACATAAGAAAAAA*CGATAATTTAAT
AC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1G865JQ 699 0 0
GATTCCACCAAGCAACGTGATTGGTCAGACAGCAAAGTTCTCTAATGTCAAAGTTATACT
CAATGGTGGACAGAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGATGGATATTTCACTTTTCACAAAGT
GCCTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGTATCTGCAATGGGCTACTTCTTTTTTCCGGTACG
AGTCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCATGCAACACTAACCGAAACCAGGAG
GAGTCTTACTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGGGAAGAGCAATACTACGAGATTCGAGA
GCCTTTCTCCATGTTGTCAATGGTGAAAAGTCCGATGGGTCTCATGGTGGGATTCATGGT
CGTGGTTGTGTTCCTAATGCCCAAACTGATGGAAAACATAGATCCAGAGGAGATGAAGCA
AGCACAAGAGGAAATGAGGAGGCAAGGTGTGCCTTCGCTCTCGAGTTTGTTGCCAAGCGC
CGGGGCTAGCCGTTAAGAGTTTCTCTGTCAGCTCAATGTATCACAAAACGAGCGGAGAAA
GGGTATCCCGTTCTTGTGAGAGACACACTCACTGTAATAGATTTGTATTGTGTAATAGAT
TTTCATATTTGTATTGTGTAATAGATCTTAATATTTGTGTTGTGTAATAGCTATTAAGAA
CATAAGAAAAAA*CGATAATTTAATGC
AATTTAAGAAGC

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1E437TF 170 0 0
AAAACGAGCGGAGAAAGGGTATCCCGTTCTTGTGAGAGACACACTCACTGTAATAGATTT
GTATTGTGTAATAGATCTTCATATTTGTATTGTGTAATAGATCTTAATATTTGTGTTGTG
TAATAGCTATTAAGAACATAAGAAAAAA*CGATAATTTAATGC
GTAAAAA

QA 1 163 1 163
DS 

RD RR1EE24TF 269 0 0
GCTAGCCGTTAAGAGTTTCTCTGTCAGCTCAATGTATCACAAAACGAGCGGAGAAAGGGT
ATCCCGTTCTTGTGAGAGACACACTCACTGTAATAGATTTGTATTGTGTAATAGATCTTC
ATATTTGTATTGTGTAATAGATCTTAATATTTGTGTTGTGTAATAGCTATTAAGAACATA
AGAAAAAAACGATAATTTAATGCAATTTAAGAAGCATTAGAACAGCACGAACCAATAATT
GGAGAGGTTCATGCTCATCATTAAACATC

QA 1 269 1 269
DS 



AS 2 7

CO CL776Contig1 822 4 9 U
AAGGGAATTGTAATACCCTTTTTATTATATTTTCCGTAGATTAGAAAACATACTAATACA
TATCACGCAATTTATTCGACGGCACGAACATAGTTACCAAGCATTACAGCTAGGATACCA
TATTCGTAGGCTCACATACATAACGAAAGATTCAGCACAATTATATTTCAATAATAAGCT
GATAAATCGAGGTTATCACGAGATGAACGTCGACGACGAGTAGATAGGTTGTTGGGTTCC
CAAAACTCAAGCATGTTCTCCTTAGCCGGATAAACGATTAGCTCACGTATGGTCATTGGT
TGGACCACGTTAGTATTGGCTCCATAGAAAATATGAGCGATTTCTTCCTGAGCTTTCTCA
GTGTTGTGACGTCCGTCAAAGAAGAAGTAAGATCTTTGGTACTCACACAGCTTCGAGTGC
ACGTTAGCCATTCCACAACCATACGCGTTGTGAGTCCCTACCCCGCAGCACGATGTGTTG
GTAACATAAAACCGGAAGGCAGTATGCCTTATTGTCCTGCGGAGAACAGCATTGTAGAAA
TCTAAGACGGTGAACTGAAAACCGCCGTTGGGTTTTTTAGCAAACTCGTTCAACATCGGA
CCGATCTTCTCGTTGTGTTGTTTGGCCAAATTGTTGAGTGGCTCGTAACAGTCGTTGCCA
GTTTTGTATTCTTGTCTCACGATCGGTAAGCAACCCAATGGTGCTAGCGTTGGTACTGCG
AATTTACTAGCTCCCAAGGAGTATAACAAGTTGATGTCGGTCTTTAATTTGTTCGTGACG
GAAGTGACAAAAGCTTGTTGAGCAGCACCATCCGCAGTGGGA


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH46JQ U 46
AF RR1DQ95JQ U 4
AF RR1H519JQ U 4
AF RR1AA38JQ U 1
BS 1 89 RR1AA38JQ
BS 90 90 RR1EH46JQ
BS 91 179 RR1AA38JQ
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BS 181 501 RR1AA38JQ
BS 502 502 RR1EH46JQ
BS 503 505 RR1AA38JQ
BS 506 506 RR1EH46JQ
BS 507 822 RR1AA38JQ

RD RR1EH46JQ 671 0 0
AAACATACTAATACATATCACGCAATTTATTCGACGGGACGAACATAGTTACCAAGCATT
ACAGCTAGGATACCATATTCGTAGGGTCACATACATAACGAAAGATTCAGCACAATTATA
TTTCAATAATAAGCTGATAAATCGAGGTTATCACGAGATGAACGTCGACGACGAGTAGAT
AGGTTGTTGGGTTCCCAAAACTCAAGCATGTTCTCCTTAGCCGGATAAACGATTAGCTCA
CGTATGGTCATTGGTTGGACCACGTTAGTATTGGCTCCATAGAAAATATGAGCGATTTCT
TCCTGAGCTTTCTCAGTGTTGTGACGTCCGTCAAAGAAGAAGTAAGATCTTTGGTACTCA
CACAGCTTCGAGTGCACGTTAGCCATTCCACAACCATACGCGTTGTGAGTCCCTACCCCG
CAGCACGATGTGTTGGTAACATAAAACCGGAAGGCAGTATGCCTTATTGTCCTGCGGAGA
ACAGCATTGTAGAAATCTAAGACGGTGAACTGAAAACCGCCGTTGGGTTTTTTAGCAAAC
TCGTTCAACATCGGACCGATCTTCTCGTTGTGTTGTTTGGCCAAATTGTTGAGTGGCTCG
TAACAGTCGTTGCCAGTTTTGTATTCTTGTCTCACGATCGGTAAGCAACCCAATGGTGCT
AGCGTTGGTAC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1DQ95JQ 662 0 0
GA
AATTGTAATACCCTTTTTATTATATTTTCCGTAGATTAGAAAACATACTAATACATATCA
CGCAATTTATTCGACGGCACGAACATAGTTACCAAGCATTACAGCTAGGATACCATATTC
GTAGGCTCACATACATAACGAAAGATTCAGCACAATTATATTTCAATAATAAGCTGATAA
ATCGAGGTTATCACGAGATGAACGTCGACGACGAGTAGATAGGTTGTTGGGTTCCCAAAA
CTCAAGCATGTTCTCCTTAGCCGGATAAACGATTAGCTCACGTATGGTCATTGGTTGGAC
CACGTTAGTATTGGCTCCATAGAAAATATGAGCGATTTCTTCCTGAGCTTTCTCAGTGTT
GTGACGTCCGTCAAAGAAGAAGTAAGATCTTTGGTACTCACACAGCTTCGAGTGCACGTT
AGCCATTCCACAACCATACGCGTTGTGAGTCCCTACCCCGCAGCACGATGTGTTGGTAAC
ATAAAACCGGAAGGCAGTATGCCTTATTGTCCTGCGGAGAACAGCATTGTAGAAATCTAA
GACGGTGAACTGAAAACCGCCGTTGGGTTTTTTAGCAAACTCGTTCAACATCGGACCGAT
CTTCTCGTTGTGTTGTTTGGCCAAATTGTTGAGTGGCTCGTAACAGTCGTTGCCAGTTTT

QA 3 662 3 662
DS 

RD RR1H519JQ 702 0 0
GG
AATTGTAATACCCTTTTTATTATATTTTCCGTAGATTAGAAAACATACTAATACATATCA
CGCAATTTATTCGACGGCACGAACATAGTTACCAAGCATTACAGCTAGGATACCATATTC
GTAGGCTCACATACATAACGAAAGATTCAGCACAATTATATTTCAATAATAAGCTGATAA
ATCGAGGTTATCACGAGATGAACGTCGACGACGAGTAGATAGGTTGTTGGGTTCCCAAAA
CTCAAGCATGTTCTCCTTAGCCGGATGAACGATTAGCTCACGTATGGTCATTGGTTGGAC
CACGTTAGTATTGGCTCCATAGAAAATATGAGCGATTTCTTCCTGAGCTTTCTCAGTGTT
GTGACGTCCGTCAAAGAAGAAGTAAGATCTTTGGTACTCACACAGCTTCGAGTGCACGTT
AGCCATTCCACAACCATACGCGTTGTGAGTCCCTACCCCGCAGCACGATGTGTTGGTAAC
ATAAAACCGGAAGGCAGTATGCCTTATTGTCCTGCGGAGAACAGCATTGTAGAAATCTAA
GACGGTGAACTGAAAACCGCCGTTGGGTTTTTTAGCAAACTCGTTCAACATCGGACCGAT
CTTCTCGTTGTGTTGTTTGGCCAAATTGTTGAGTGGCTCGTAACAGTCGTTGCCAGTTTT
GTATTCTTGTCTCACGATCGGTAAGCAACCCAATGGTGCT

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR1AA38JQ 822 0 0
AAGGGAATTGTAATACCCTTTTTATTATATTTTCCGTAGATTAGAAAACATACTAATACA
TATCACGCAATTTATTCGACGGCACGAACGTAGTTACCAAGCATTACAGCTAGGATACCA
TATTCGTAGGCTCACATACATAACGAAAGATTCAGCACAATTATATTTCAATAATAAGCA
GATAAATCGAGGTTATCACGAGATGAACGTCGACGACGAGTAGATAGGTTGTTGGGTTCC
CAAAACTCAAGCATGTTCTCCTTAGCCGGATAAACGATTAGCTCACGTATGGTCATTGGT
TGGACCACGTTAGTATTGGCTCCATAGAAAATATGAGCGATTTCTTCCTGAGCTTTCTCA
GTGTTGTGACGTCCGTCAAAGAAGAAGTAAGATCTTTGGTACTCACACAGCTTCGAGTGC
ACGTTAGCCATTCCACAACCATACGCGTTGTGAGTCCCTACCCCGCAGCACGATGTGTTG
GTAACATAAAACCGGAAGGCAATATACCTTATTGTCCTGCGGAGAACAGCATTGTAGAAA
TCTAAGACGGTGAACTGAAAACCGCCGTTGGGTTTTTTAGCAAACTCGTTCAACATCGGA
CCGATCTTCTCGTTGTGTTGTTTGGCCAAATTGTTGAGTGGCTCGTAACAGTCGTTGCCA
GTTTTGTATTCTTGTCTCACGATCGGTAAGCAACCCAATGGTGCTAGCGTTGGTACTGCG
AATTTACTAGCTCCCAAGGAGTATAACAAGTTGATGTCGGTCTTTAATTTGTTCGTGACG
GAAGTGACAAAAGCTTGTTGAGCAGCACCATCCGCAGTGGGA

QA 1 822 1 822
DS 



CO CL776Contig2 795 3 2 U
GGACCACCACTTCACTCTCTACCTCGAATACTTGATATCTTGGAGATGGCAGGCAAGTTT
AGTTTTGTGAGTGTCATGGGAGCACTATTGGTGTTAACCATCTTCCATGATCCGATCATC
GTCAACGCCGGCCAAGGTGTTCCGAATGTAGCACTGTTCACTTTTGGGGACTCTTACTAC
GACGTTGGAAACAAAGCGTTTCTAACCAAAAAACTCCCTCCACAAACCTTGTGGCCTTAC
GGCAAGTCCCGCGACGACCCCAACGGCAAGTTTTCAGACGGCTACATCGTCCCCGACTTC
ATCGCTGAATTCATGTCCATTCCAAACGGAATCCCGCCGGCGCTTAAACCTGGTGCTAAT
TTTTCACGTGGAGCTAGCTTTGCCGTCGCCGACGCTTCTATTCTTGGGGCTCCTGCGGAA
AGTATGACACTGACTCAACAAGTGAACAAATTCAGAAGTATGATATCAACTTGGTCCGAC
GACTACATCGAGCAATCATTGTTTATGATATATATCGGGACAGAAGATTATTTGAACTTC
ATCAAGGCCAATCCCACTGCGGATGGTTCTGCTCAACAAGCTTTTGTCACTTCCGTCACG
AACAAATTAAAGACCGACATCAACTTGTTATACTCCTTGGGAGCTAGTAAATTCGCAGTA
CCAACGCTAGCACCATTGGGTTGCTTACCGATCGTGAGACAAGAATACAAACTGGCAACG
ACTGTTACGAGCCACTCAACAATTTGGCCAACACACAACGAGAAGATCGGTCCGATGTTG
AACGAGTTGCTAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ95TF U 1
AF RR1H519TF U 7
AF RR1EH46TF U 1
BS 1 686 RR1DQ95TF
BS 687 795 RR1EH46TF

RD RR1DQ95TF 686 0 0
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AACAAATTAAAGACCGACATCAACTTGTTATACTCCTTGGGAGCTAGTAAATTCGCAGTA
CCAACGCTAGCACCATTGGGTTGCTT

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DS 

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GG
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AAAGACCGACATCAACTTGTTATACTCCTTGGGAGCTAGTAAATTCGCAGTACCAACGCT
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QA 3 740 3 740
DS 

RD RR1EH46TF 795 0 0
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CGGCCAAGGTGTTCCGAATGTAGCACTGTTCACTTTTGGGGACTCTTACTACGACGTTGG
AAACAAAGCGTTTCTAACCAAAAAACTCCCTCCACAAACCTTGTGGCCTTACGGCAAGTC
CCGCGACGACCCCAACGGCAAGTTTTCAGACGGCTACATCGTCCCCGACTTCATCGCTGA
ATTCATGTCCATTCCAAACGGAATCCCGCCGGCGCTTAAACCTGGTGCTAATTTTTCACG
TGGAGCTAGCTTTGCCGTCGCCGACGCTTCTATTCTTGGGGCTCCTGCGGAAAGTATGAC
ACTGACTCAACAAGTGAACAAATTCAGAAGTATGATATCAACTTGGTCCGACGACTACAT
CGAGCAATCATTGTTTATGATATATATCGGGACAGAAGATTATTTGAACTTCATCAAGGC
CAATCCCACTGCGGATGGTTCTGCTCAACAAGCTTTTGTCACTTCCGTCACGAACAAATT
AAAGACCGACATCAACTTGTTATACTCCTTGGGAGCTAGTAAATTCGCAGTACCAACGCT
AGCACCATTGGGTTGCTTACCGATCGTGAGACAAGAATACAAACTGGCAACGACTGTTAC
GAGCCACTCAACAATTTGGCCAACACACAACGAGAAGATCGGTCCGATGTTGAACGAGTT
GCTAAAA

QA 9 795 9 795
DS 



AS 3 8

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ACACCATGGCGATCCCCTTAGCTAAGCTTCTGATCTCCGCCGTTGCGGTTCTCATGCTCG
TCTCCGCTTCGTTCGCGACCTCGGAAATGCCGTTCATGGTGGTTCACAAGAAAGCTACTC
TCAACAGGCTCAAATCCGGCGCCGAGCGTGTCCTCGTTTCTTTCGACATCTACAACCGAG
GATCTGCGACGGCGTATGATGTGACTCTGACTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTA
AAGTTGTTAATGGAAACACATCAAGATCATGGGAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGT
CTCATTCTTTCGAATTAGAGGCTAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGCTCCTGCTGTGG
TTACTTTCCGCATCCCCACAAAGGCAGCTCTACAGCAAGTGTACTCAACTCCAATACTAC
CTCTAGACATCCTCGCGGACATTCCTCCAACAGACCCGCTTGCCCTGGCAAAGAGGGTGC
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AGTTTCCGAACTTGTA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F908TF U 1
AF RR1CH47TF U 1
BS 1 736 RR1CH47TF

RD RR1F908TF 644 0 0
GGGA
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CATGGCGATCCCCTTAGCTAAGCTTCTGATCTCCGCCGTTGCGGTTCTCATGCTCGTCTC
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CAGGCTCAAATCCGGCGCCGAGCGTGTCCTCGTTTCTTTCGACATCTACAACCGAGGATC
TGCGACGGCGTATGATGTGACTCTGACTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTAAAGT
TGTTAATGGAAACACATCAAGATCATGGGAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGTCTCA
TTCTTTCGAATTAGAGGCTAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGCTCCTGCTGTGGTTAC
TTTCCGCATCCCCACAAAGGCAGCTCTACAGCAAGTGTACTCAACTCCAATACTACCTCT
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AACACCTTCAAAGTCCAATGCAGCAAA*GCGAGCGGCA
GA

QA 5 642 5 642
DS 

RD RR1CH47TF 736 0 0
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AGTGAGACGATAATGAGAAAGATCTGCATTGTTCGTTGTTGTGTTTAGCAGTTAAAGCAC
AGTTTCCGAACTTGTA

QA 1 736 1 736
DS 



CO CL777Contig2 803 4 20 U
GGGAGAGAAATCAATCAATCACAGATCTGTTTCGCATCTTCATCTTCTTTGAAAGATCAA
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TCTCCGCTTCGTTCGCGACCTCGGAAATGCCGTTCATGGTGGTTCACAAGAAAGCTACTC
TCAACAGGCTCAAATCCGGCGCTGAGCGTGTCCTCGTTTCCTTCGACATCTACAACGAAG
GATCTGCGACGGCGTATGATGTGACTCTGGCTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTG
AAGTTGTTAATGGAAACACACCAAGATCATGGGAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGT
CTCATTCTTTCGAATTAGAGGCTAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGCTCCTGCTGTGG
TTACTTTCCGCATCCCCACAAAGGCAGCTCTACAGCAAGTGTACTCAACTCCAATAATAC
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AAGAGTTATTTTGGTTTTGCGTG


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK01TF U 1
AF RR1E739JQ C 3
AF RR1E739TF U 3
AF RR1EK01JQ C 81
BS 1 320 RR1EK01TF
BS 321 321 RR1E739TF
BS 322 335 RR1EK01TF
BS 336 336 RR1E739TF
BS 337 476 RR1EK01TF
BS 477 477 RR1E739TF
BS 478 499 RR1EK01TF
BS 500 500 RR1E739TF
BS 501 643 RR1EK01TF
BS 644 681 RR1E739TF
BS 682 682 RR1E739JQ
BS 683 727 RR1E739TF
BS 728 728 RR1E739JQ
BS 729 737 RR1E739TF
BS 738 738 RR1E739JQ
BS 739 745 RR1E739TF
BS 746 746 RR1E739JQ
BS 747 785 RR1E739TF
BS 786 787 RR1E739JQ
BS 788 803 RR1EK01JQ

RD RR1EK01TF 643 0 0
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ACACCATGGCGATCCCCTTAGCTAAGCTTCTGATCTCCGCCGTTGCGGTTCTCACGCTAG
TCTCCGCTTCGTTCGCGACCTCGGAAATGCCGTTCATGGTGGTTCACAAGAAAGCTACTC
TCAACAGGCTCAAATCCGGCGCTGAGCGTGTCCTCGTTTCCTTCGACATCTACAACGAAG
GATCTGCGACGGCGTATGATGTGACTCTGGCTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTG
AAGTTGTTAATGGAAACACATCAAGATCATGGGAGTGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGT
CTCATTCTTTCGAATTAGAGGCTAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGCTCCTGCTGTGG
TTACTTTCCGCATCCCCACAAAGGCAGCTCTACAGCAAGTGTACTCAACTCCAATACTAC
CTCTAGACATCCTCGCGGATATTCCTCCAACAGACCCGCTTGCCCTGGCAAAGAGGGTAC
TGGCAAAATATGGATCACTTGTTTCAGTGGTCTCCATGGTGGTTTTGTTCGTATACTTAG
TAGCAACACCTTCAAAGTCCAATGCAGCTAAAGCGAGCAGCAA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1E739JQ 785 0 0
GG
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CGCTTCGTTCGCGACCTCGGAAATGCCGTTCATGGTGGTTCACAAGAAAGCTACTCTCAA
CAGGCTCAAATCCGGCGCTGAGCGTGTCCTCGTTTCCTTCGACATCTACAACGAAGGATC
TGCGACGGCGTATGATGTGACTCTGGCTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTGAAGT
TGTTAATGGAAACACACCAAGATCATGGGAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGTCTCA
TTCTTTCGAATTAGAGGCTAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGGTCCTGCTGTGGTTAC
TTTCCGCATCCCCACAAAGGCAGCTCTACAG****TGTACTCAACTCCAATAATACCTCT
AGGCATCCTCGCGGACATTCCTCCAACAGACCCGCTTGCCCTGGCAAAGAGGGTACTGGC
AAAATATGGATCACTTGTTTCAGTGGTCTCCATGGTGGTTTTGTTCGTATACTTAGTAGC
AACACCTTCAAAGTCCAATGCAGCTAAAGCGAGCAGCAAGAAGAGACGCTAAATTAGTGA
ATCGATAATGAGACGGAACTGCATTTTGCTTTGTTGTGTTTAGCAGTTAAGCACAGTTTC
AGAACTTGTACGAATTAGAGAATATACTTGATTTTGGTGTTGCAGAGGACTGTTTAAAGA
GTT

QA 3 785 3 785
DS 

RD RR1E739TF 783 0 0
GG
GAGAAATCAATCAATCACAGATCTGTTTCGCATCTTCATCTTCTTTGAAAGATCAAACAC
CATGGCGATCCCCTTAGCTAAGCTTCTGATCTCCGCCGTTGCGGTTCTCACGCTAGTCTC
CGCTTCGTTCGCGACCTCGGAAATGCCGTTCATGGTGGTTCACAAGAAAGCTACTCTCAA
CAGGCTCAAATCCGGCGCTGAGCGTGTCCTCGTTTCCTTCGACATCTACAACGAAGGATC
TGCGACGGCGTATGATGTGACTCTGGCTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTGAAGT
TGTTAATGGAAACACACCAAGATCATGGGAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGTCTCA
TTCTTTCGAATTAGAGGCTAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGGTCCTGCTGTGGTTAC
TTTCCGCATCCCCACAAAGGCAGCTCTACAG****TGTACTCAACTCCAATAATACCTCT
AGGCATCCTCGCGGACATTCCTCCAACAGACCCGCTTGCCCTGGCAAAGAGGGTACTGGC
AAAATATGGATCACTTGTTTCAGTGGTCTCCATGGTGGTTTTGTTCGTATACTTAGTAGC
AACACCTTCAAAGTCCAATGCAGCTAAAGCGAGCAGCAAGAAGAGACGCTAAATTAGTGA
ATCGATAATGAGACGGA*CTGCATTTTGCTTTGTTGTGTTTAGCAGTTAAGCACAGTTTC
AGA*CTTGTACGA*TTAGAGA*TATACTTGATTTTGGTGTTGCAGAGGACTGTTTAAAGA
G

QA 3 783 3 783
DS 

RD RR1EK01JQ 723 0 0
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GCTGAGCGTGTCCTCGTTTCCTTCGACATCTACAACGAAGGATCTGCGACGGCGTATGAT
GTGACTCTGGCTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTGAAGTTGTTAATGGAAACACA
TCAAGATCATGGGAGTGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTTTCGAATTAGAG
GCTAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGCTCCTGCTGTGGTTACTTTCCGCATCCCCACA
AAGGCAGCTCTACAGCAAGTGTACTCAACTCCAATACTACCTCTAGACATCCTCGCGGAT
ATTCCTCCAACAGACCCGCTTGCCCTGGCAAAGAGGGTACTGGCAAAATATGGATCACTT
GTTTCAGTGGTCTCCATGGTGGTTTTGTTCGTATACTTAGTAGCAACACCTTCAAAGTCC
AATGCAGCTAAAGCGAGCAGCAAGAAGAGACGCTAAATTAGTGAATCGATAATGAGACAG
AACTGCATTTTGCTTTGTTGTGTTTAGCAGTTAAGCACAGTTTCAGAACTTGTACGAATT
AGAGAATATACTTGATTTTGGTGTTGCAGAGGACTGTTTAAAGAGTTATTTTGGTTTTGC
GTG

QA 1 723 1 723
DS 



CO CL777Contig3 459 2 8 U
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CACAACAACGAACAATGCAAATCTTTCTCATTATCGTCTCACTACTTTTAGCGTTTCTTC
TTGCCGCTCGCTTTTGCTGCATTGGACTTTGAAGGGGTTGCTACCAAGTATACAAACAAA
ACCCCCATGGAGACCACTGAAACAAGTGATCCATATTTTGCCAGCACCCTCTTTGCCAGG
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TACACTTGCTGTAAAGCTGCCTTTGGGGGGATGCGGAAAGTAACCACAGCAGGAGCACCA
TAAAAAAGTCCTTTAACCTTACCCTCTAATTCGAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F908JQ U 1
AF RR1CH47JQ U 17
BS 1 33 RR1F908JQ
BS 34 34 RR1CH47JQ
BS 35 104 RR1F908JQ
BS 105 105 RR1CH47JQ
BS 106 233 RR1F908JQ
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BS 235 422 RR1F908JQ
BS 423 459 RR1CH47JQ

RD RR1F908JQ 427 0 0
CATGACTATGCCCTCTTATCACGCAAACCAAAATAACTCTTTAAATAGTCCTCTGCAACA
CCAAAATCAAGTATATTCTCTAATTCGTACAAGTTCGGAAACTGTGCTTTAACTGCTAAA
CACAACAACGAACAATGCAAATCTTTCTCATTATCGTCTCACTACTTTTAGCGTTTCTTC
TTGCCGCTCGCTTTTGCTGCATTGGACTTTGAAGGGGTTGCTACCAAGTATACGAACAAA
ACCCCCATGGAGACCACTGAAACAAGTGATCCATATTTTGCCAGCACCCTCTTTGCCAGG
GCAAGCGGGTCTGTTGGAGGAATGTCCGCGAGGATGTCTAGAGGTAGTATTGGAGTTGAG
TACACTTGCTGTAAAGCTGCCTTTGGGGGGATGCGGAAAGTAACCACAGCAGGAGCACCA
TA
AAAAA

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR1CH47JQ 443 0 0
TATCACGC
AAACCAAAAAAACTCTTTAAATAGTCCTCTGCAACACCAAAATCAAGTATATTCTCTAAT
TCGTACAAGTTCGGAAACTGGGCTTTAACTGCTAAACACAACAACGAACAATGCAAATCT
TTCTCATTATCGTCTCACTACTTTTAGCGTTTCTTCTTGCCGCTCGCTTTTGCTGCATTG
GACTTTGAAGGTGTTGCTACCAAGTATACAAACAAAACCCCCATGGAGACCACTGAAACA
AGTGATCCATATTTTGCCAGCACCCTCTTTGCCAGGGCAAGCGGGTCTGTTGGAGGAATG
TCCGCGAGGATGTCTAGAGGTAGTATTGGAGTTGAGTACACTTGCTGTAAAGCTGCCTTT
GTGGGGATGCGGAAAGTAACCCCAGCAGGAGCACCATAAAAAAGTCCTTTAACCTTACCC
TCTAATTCGAAAAAA

QA 9 443 9 443
DS 



AS 1 7

CO CL778Contig1 950 7 7 U
GGATCATTTTATATATAACTTTCTTCACTACGGTCAAATCTACCAGAAACAGTCTAAAGA
GATAAGAGTTGAAAGCATGAGACGAAATCTTCTTACAACAAGAACATACCATAAAGAAAG
AGACTCAAAACAAACAGGCAGAGATTTTACCACTAAGCTAGACTCAAATGTCCTTGAGAC
AATAAGTGCACCAAACAAAACCAGAGAAACATTAAACATTCTTAGAGCATCGAGAAAGAA
GAGAATCCACTCAAAGCGATCAAGAGAAGGCAGGTGAGAAATGTGCTCGAGTTCTTGAGA
GCAAACGCGCTGCTGTCTGTCGTGGAGTAGTCCGGGTTAATCCCAGTGCTATTGTTTCCA
AAAACTCCATTGGTCGAGGTTCCTGAATAAGGAGGACTGTTGCCATTGCCACCAGGAAAT
GTGGTGCTGGTTGAGGTGCCTTTTGGATTGGTTGTGCCTGGTGTCACGGTGGTGCTACCA
CCGGAGCCACTGGCACTAGTAGGGAAGGTGCATCCTGAGTAACTTGGATCAGAGTTAGTT
GGAGTGGCAGTGCCACTGAAATCACAAGTGCCTGGAGCTTGATGCTTCTTTTGGAAGAAG
CTATTGACTGCATAGCTGCAATGAGACCTAACATTGTCAGGGTCAAAGCAAGGTGCTTTT
GGGTGAGTGGGATTACAGTCTGCTCCATTGCCACAGGCATAGTCTAGGGTGTTCTGTAGC
ACTGTATCACTCAGCCCTGTTTTGCACACACACCATGAGGCACTAGAATGGCCAGCCATG
GCTAGAAGGAGAAGTGAAAGAACCAGAGCAGCCATAGATGCGTTCAGACAAAGAAATGTC
ACAGTTGTCCTCTAGAAAGAAAAGTAGAGAAGATAGAGAAAGAGATCTCCAAGAGCAAGA
AGAAGGAGAGAGAGTAGTGGCTGGCTACTTGTATGTGTGTCAAGAGATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO55JQ U 59
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AF RR1FG45JQ U 1
AF RR1BM46JQ U 76
AF RR1AO55TF C 73
AF RR1BM46TF C 222
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AGACTCAAAACAAACAGGCAGAGATTTTACCACTAAGCTAGACTCAAATGTCCTTGAGAC
AATAAGTGCACCAAACAAAACCAGAGAAACATTAAACATTCTTAGAGCATCGAGAAAGAA
GAGAATCCACTCAAAGCGATCAAGAGAAGGCAGGTGAGAAATGTGCTCGAGTTCTTGAGA
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AATAAGTGCACCAAACAAAACCAGAGAAACATTAAACATTCTTAGAGCATCGAGAAAGAA
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AAAACTCCATTGGTCGAGGTTCCTGAATAAGGAGGACTGTTGCCATTGCCACCAGGAAAT
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CCGGAGCCACTGGCACTAGTAGGGAAGGTGCATCCTGAGTAACTTGGATCAGAGTTAGTT
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GCTAGAA

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CCTGTTTTGCACACACACCATGAGGCACTAGAATGGCCAGCCATGGCTAGAAGGAGAAGT
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AAAGAAAAGTAGAGAAGATAGAGAAAGAGAT

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DS 

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AAAGCGATCAAGAGAAGGCAGGTGAGAAATGTGCTCGAGTTCTTGAGAGCAAACGCGCTG
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AGTAGTGGCTGGCTACTTGTAT
GTGTGTCCC

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C
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TCTAGGGTGTTCTGTAGCACTGTATCACTCAGCCCTGTTTTGCACACACACCATGAGGCA
CTAGAATGGCCAGCCATGGCTAGAAGGAGAAGTGAAAGAACCAGAGCAGCCATAGATGCG
TTCAGACAAAGAAATGTCACAGTTGTCCTCTAGAAAGAAAAGTAGAGAAGATAGAGAAAG
AGATCTCCAAGAGCAAGAAGAAGGAGAGAGAGTAGTGGCTGGCTACTTGTAT
CC

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CACGGTGGTGCTACCACCGGAGCCACTGGCACTAGTAGGGAAGGTGCATCCTGAGTAACT
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CTTCTTTTGGAAGAAGCTATTGACTGCATAGCTGCAATGAGACCTAACATTGTCAGGGTC
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AGAATGGCCAGCCATGGCTAGAAGGAGAAGTGAAAGAACCAGAGCAGCCATAGATGCGTT
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ATCTCCAAGAGCAAGAAGAAGGAGAGAGAGTAGTGGCTGGCTACTTGTATGTGTGTCAAG
AGATCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 8

CO CL779Contig1 864 8 8 U
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GTTCTTGGTATCCCATTAGCTATTACTTTCAGTATTCCGTTTGCACTAGCATCCATATTT
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AACTTACCGGCGTTTATAGTCGGAGCAATCGCAGCGGCGGTCAGTGGAGTGTTAGCTATA
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GCGCAAAACTGCAAGACCCAAAAGCAAAAAA*TAGAAAAGAACAGAAGATGATAAAGTCT
AATAAGCTTGGGTTGTCTGTATTTCACCTTTTCTTTTAGTTTCTTGTTTTTGTTACCGAT
ATCAAATTGAACAAGATTTTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

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AF RR1C090TF U 103
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CCAAATGATAGTATCACTAGGAGGGGGACCTTTCGACGCCCTTTTCGGCGGTGGAAACTT
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DS 

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TGGAGACTCGGAAGGAAACGATAGGTTGAAGCAAATATACAATAAGGGAGTGCAGTCTGG
TGCATTGGGGCTTATGTTTAACTCTATCGTTCTTGGTTTCATGTCACTTGGTGTTGAGTG
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CATTAGTTTATATTATGTTTTATTTTCTTTATGAAACTCGTGATCAAATACAGTACTATT
GC
AC

QA 1 722 1 722
DS 

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TGGATTGGTAAGAAAGTGGGTGG*AGCTAAACGGCTTTGGGGTATTGTTAATTTCATTCT
TGCCGTTGGTTTAGCCATGACGGTTCTCGTCACGAAATTGGCGGCGGATTACCGGAAAGT
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TGATACCCCAAATTATAGTATCACTAGGAGGAGGACCTTTCGACGCCCTTTTCGGCGGTG
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TAACTGTTTTACCTTCACCACCACCGGACGCACCTAGCTTGAAGACAGGAGCCATGGGAT
TCCATTAGTTTATATTATGTTTTATTTTCTTTATGAAACTCGTGATCAAATACAGTACTA
TTGC
AC

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DS 

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G
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TCACTTGGTGTTGAGTGGATTGGTAAGAATGTGGGTGG*AGCTAAACGGCTTTGGG*TAT
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TCAAATACAGTACTATTGCGCAAAACTGCAAGACCCAAAAGCAAAAA

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DS 

RD RR1C090JQ 698 0 0
G
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TCACTTGGTGTTGAGTGGATTGGTAAGAATGTGGGTGG*AGCTAAACGGCTTTGGG*TAT
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GGATTACCGGAAAGTTGCGGGTCCTTATGCCGGACCGTCCCC*TGGTATTAGAGCTGGAG
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CACTAGCATCCATATTTTCAAGCAGCTCCGGCGCCGGCCAAGGACTGTCGTTAGGAGTTT
TGAATTTGGCAATTGTGATACCCCAAATGATAGTATCACTAGGAGGAGGACCTTTCGACG
CCCTTTTCGGCGGTGGAAACTTACCGGCGTTTATAGTCGGAGCAATCTCAGCGGCGGTCA
GTGGAGTGTTAGCTATAACTGTTTTACCTTCACCACCACCGGACGCACCTAGCTTGAAGA
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TCAAATACAGTACTATTGCGCAAAACTGCAAGACCCAAAAGCAAAAAA*TAGAAAAGAAC
AGAAGATGCTAAAGTCTAATAAGCTTGGGTTGTCTG
G

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR1E836TF 702 0 0
TG
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TTGGGGTATTGTTAATTTCATTCTTGCCGTTGGTTTAGCCACGACGGTTCTCGTCACGAA
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GAAAAGAACAGAAGATGATAAAGTCTAATAAGCTTGGGTTGTCTGTATTTCACCTTTTCT
TTTAGTTTCTTGTTTTTGTTACCGATATCAAATTGAACAA

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DS 

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GCGGCGGATTACCGGAAAGTTGCGGGTCCTTATGCCGGACCGTCCCC*TGGTATTAGAGC
TGGAGCTTTAAGTCTCTTTGCTGTTCTTGGTATCCCATTAGCTATTACTTTCAGTATTCC
GTTTGCACTAGCATCCATATTTTCAAGCAGCTCCGGCGCCGGCCAAGGACTGTCGTTAAG
AGTTTTGAATTTGGCAATTGTGATACCCCAAATGATAGTATCACTAGGAGGAGGACCTTT
CGACGCCCTTTTCGGCGGTGGAAACTTACCGGCGTTTATAGTCGGAGCAATCGCAGCGGC
GGTCAGTGGAGTGTTAGCTATAACTGTTTTACCTTCACCACCACCGGACGCACCTAGCTT
GAAGACAGGAGCCATGGGATTCCATTAGTTTATATTATGTTTTATTTTCTTTATGAAACT
CGTGATCAAATACAGTACTATTGCGCAAAACTGCAAGACTCAAAAGCAAAAAA*TAGAAA
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GTTTCTTGTTTTTGTTACCGATATCAAATTGAACAAGATTTTCTCT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1AT79JQ 578 0 0
ATTACCGGAAAGTTGCGGGTCCTTATGCCGGACCGTCCCC*TGGTATTAGAGCTGGAGCT
TTAAGTCTCTTTGCTGTTCTTGGTATCCCATCAGCTATTACTTTCAGTATTCCGTTTGCA
CTAGCATCCATATTTTCAAGCAGCTCCGGCGCCGGCCAAGGACTGTCGTTAGGAGTTTTG
AATTTGGCAATTGTGATACCCCAAATGATAGTATCACTAGGAGGGGGACCTTTCGACGCC
CTTTTCGGCGGTGGAAACTTACCGGCGTTTATAGTCGGAGCAATCGCAGCGGCGGTCAGT
GGAGTGTTAGCTATAACTGTTTTACCTTCACCACCCCCGGACGCACCTAGCTTGAAGACA
GGAGCCATGGGATTCCATTAGTTTATATTATGTTTTATTTTCTTTATGAAACTCGTGATC
AAATACAGTACTATTGCGCAAAACTGCAAGACCCAAAAGCAAAAAAATAGAAAAGAACAG
AATATGATAAAGTTTAATAAGCTTGGGTTGTCTGTATTTCACCTTTTCTTTTAGTTTCTT
GTTTTTGTTACCGATATCAAATTGAACAAGATTTT
TTT

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 8

CO CL780Contig1 1027 8 12 U
ACCATATACAGTTTTCATCTGTTTTCTTTTTATTTTTTGCATAGCCGTATCAATCAATGG
TTGCATAGCCATACCAATCAATGGTCTGATCCATTACATAAACCTTCTCAGGTTATCGAT
ATGGAACACGGACAAGCTGTCTCTTGCTATGTGAAACAACAAGCTTTGATACATTCAACT
AAACAGAGCCAGGGGCCGAAAAAAGGGTGTACAAATATTTAACTTTTCTACACGTTTAAG
ACACTGGGAATATCTTTCTTACAGGCTTAAGATTTAAGGTGAACATGTTTTATTTTTGGT
TATGTTACTGAAACCGATTTGGTGAATCGTAAAAAGGATTTAAAAAATAAAAATAAAAGA
AAGACTAATGTTCCTCTCGGATCTAAAGTTTTTTCCTGGCTAGAGAAGAGAGAACAAAAG
AAGGTGTTTTGTTGGTTTTCTTGGAGATTGTAGCTTTTGGGCTATAAACCCTTTTGTAGC
TTTGATCTATTATTCCTCCGGTGCTCTTACATGCCTTTCTTCTTGCTTTATTAGTTGTAT
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GATTGAGATTTTCCTTCATAAAA*CTTTGACAATCCCCTCTTGATTGGGAGGTGTAACAT
GAGGTCAGAGAGATCTTCAAGAGGTCCATTTGAAAAAGATGAAGAAGCATCATCATCCTC
CTCTGTTAAATCAGATGAACACATGGAAGATAATGAACAAGATGACAAATCTTTTTCTTC
CCCGGAGAATGTTTCAGCTTCTAACATTGATCTTGAAACTCCTTCAACAAGGTCTTCTTC
TTCTT***CTGTCCTACTTGAATCTTGATAGATCATTTTGCCCATGTGCTTTATATTCAG
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AAGAGAGTTCTTATGTCAAGATGTGTGTTGTTGTTCTACAATTGGGAACACAGAAACATG
AGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 

AF RR1H182JQ U 146
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AF RR1H440JQ U 1
AF RR1E939JQ U 194
AF RR1GP91TF C 500
AF RR1AT87JQ U 193
AF RR1H440TF C 349
AF RR1H182TF C 237
BS 1 326 RR1H440JQ
BS 327 327 RR1H182JQ
BS 328 476 RR1H440JQ
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BS 541 541 RR1H182JQ
BS 542 661 RR1H440JQ
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GGTGTACAAATATTTAACTTTTCTACACGTTTAAGACACTGGGAATATCTTTCTTACAGG
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ATCGTAAAAAGGATTTAAAAAATAAAAATAAAAGAAAGACTAATGTTCCTCTCGGATCTA
AAGTTTTTTCCTGGCTAGAGAAGAGAGAACAAAAGAAGGTGTTTTGTTGGTTTTCTTGGA
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CTTACATGCCTTTCTTCTTGCTTTATTAGTTGTATTTTTAAAACCTCTCTTCATAAGATC
TTCAAGACTTTTAACATTTGCTAGTGATGTGAA

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1AT87TF 106 0 0
TTCA
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GACAATCCCCTCTTGATTGGGAGGTGTAACATGAGGTCAGAG

QA 5 106 5 106
DS 

RD RR1H440JQ 756 0 0
ACCATATACAGTTTTCATCTGTTTTCTTTTTATTTTTTGCATAGCCGTATCAATCAATGG
TTGCATAGCCATACCAATCAATGGTCTGATCCATTACATAAACCTTCTCAGGTTATCGAT
ATGGAACACGGACAAGCTGTCTCTTGCTATGTGAAACAACAAGCTTTGATACATTCAACT
AAACAGAGCCAGGGGCCGAAAAAAGGGTGTACAAATATTTAACTTTTCTACACGTTTAAG
ACACTGGGAATATCTTTCTTACAGGCTTAAGATTTAAGGTGAACATGTTTTATTTTTGGT
TATGTTACTGAAACCGATTTGGTGAACCGTAAAAAGGATTTAAAAAATAAAAATAAAAGA
AAGACTAATGTTCCTCTCGGATCTAAAGTTTTTTCCTGGCTAGAGAAGAGAGAACAAAAG
AAGGTGTTTTGTTGGTTTTCTTGGAGATTGTAGCTTTTGGGCTATAAACCCTTTTGCAGC
TTTGATCTATTATTCCTCCGGTGCTCTTACATGCCTTTCTTCTTGCTTTATTAGTTGTAT
CTTTAAAACCTCTCTTCATAAGATCTTCAAGACTTTTAACATTTGCTAGTGATGTGAA*T
GATTGAGATTTTCCTTCATAAAA*CTTTGACAATCCCCTCTTGATTGGGAGGTGTAACAT
GCGGTCAGAGAGATCTTCAAGAGGTCCATTTGAAAAAGATGAAGAAGCATCATCATCCTC
CTCTGTTAAGTCAGATGAACACATGGAAGATAATGA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1E939JQ 635 0 0
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CTTTCTTACAGGCTTAAGATTTAAGGTGAACATGTTTTATTTTTGGTTATGTTACTGAAA
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GGTTTTCTTGGAGATTGTAGCTTTTGGGCTATAAACCCTTTTGTAGCTTTGATCTATTAT
TCCTCCGGTGCTCTTACATGCCTTTCTTCTTGCTTTATTAGTTGTATTTTTAAAACCTCT
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TCTTCAAGAGGTCCATTTGAAAAAGATGAAGAAGCATCATCATCCTCCTCTGTTAAATCA
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TCAGCTTCTAACATTGATCTTGAAACTCCTTCAAC

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DS 

RD RR1GP91TF 513 0 0
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AAGATCTTCAAGACTTTTAACATTTGCTAGTGATGTGAA*TGATTGAGATTTTCCTTCAT
AAAA*CTTTGACAATCCCCTCTTGATTGGGAGGTGTAACATGAGGTCAGAGAGATCTTCA
AGAGGTCCATTTGAAAAAGATGAAGAAGCATCATCATCCTCCTCTGTTAAATCAGATGAA
CACATGGAAGATAATGAACAAGATGACAAATCTTTTTCTTCCCCGGAAAATGTTTCAGCT
TCTAACATTGATCTTGAAACTCCTTCAACAAGGTCTTCTTCTTCTT***CTGCCCTACTT
GAATCTTGATAGATCATTTTGCCCATGTGCTTTATATTCAGATTCATCTTCCAACAGAAA
TCAAGAAAAACGAATTCTTGAAACAGGATAAGAAACAGAACAAGAGAGTTCTTATGTCAA
GATGTGTGTTGTTGTTCTACAATTGGGAAC
CCC

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1AT87JQ 835 0 0
A
GGCCGAAAAAAGGGTGTACAAATATTTAACTTTTCTACACGTTTAAGACACTGGGAATAT
CTTTCTTACAGGCTTAAGATTTAAGGTGAACATGTTTTATTTTTGGTTATGTTACTGAAA
CCGATTTGGTGAATCGTAAAAAGGATTTAAAAAATAAAAATAAAAGAAAGACTAATGTTC
CTCTCGGATCTAAAGTTTTTTCCTGGCTAGAGAAGAGAGAACAAAAGAAGGTGTTTTGTT
GGTTTTCTTGGAGATTGTAGCTTTTGGGCTATAAACCCTTTTGTAGCTTTGATCTATTAT
TCCTCCGGTGCTCTTACATGCCTTTCTTCTTGCTTTATTAGTTGTATTTTTAAAACCTCT
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CTTCATAAAA*CTTTGACAATCCCCTCTTGATTGGGAGGTGTAACATGAGGTCAGAGAGA
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TGTCAAGATGTGTGTTGTTGTTCTACAATTGGGAACACAGAAACATGAGTTCCC

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DS 

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AAGAAACAGAACAAGAGAGTTCTTATGTCAAGATGTGTGTTGTTGTTCTACAATTGGGAA
CACAGAAACATGAGTTCCC

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DS 

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*GGTTATGTTACTGAA*CCGATTTGGTGAATCGTAAAAAGGATTTAAAAAATAAAAATAA
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CTTCCCCGGAGAATGTTTCAGCTTCTAACATTGATCTTGAAACTCCTTCAACAAGGTCTT
CTTCTTCTTCTTCTGTCCTACTTGAATCTTGATAGATCATTTTGCCCATGTGCTTTATAT
TCAGATTCATCTTCCAACAGAAATCAAGAAAAACGAATTCTTGAAACAGGATAAGAAACG
GAACAAGAGAGTTCTTATGTCAAGATGTGTGTTGTTGTTCTACAATTGGGAACACAGAAA
CATGAGTTCCC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 3 7

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TTCTTGCACAATAAAGCTTTATAAGCTATCTCATTTTCTATCATTCAATAAAACTCTTAT
GAGCTCAATCTTTCTAGTTTCATAAACATTCACATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCAT
GGGTATTATTCCTCTTTCAGAGCTTCTACTAAACTTGTCAAGTCAGCTTCCTTATCAGTT
TTGGTAGAGTTTCTTTCCTGAACTCGAAATCCAAAGAAAGGTTGAGACTTTCTTGCGTTT
TCAAGCCCCCTTTCTTCACAGACGGTTCATGGGGTTATTCTGTTCACCTTCAAGCCTTAG
TTTGCTCTGTCTGAGCAAATCCAGTCATGTTTTCTTGAAGTCTTTTCGGCAGTGACCAAG
ACAGAGAAGAAGCTCGCCTGGTAAAACAAAGTTGGTGTTTTGGTGAAGCTGGACACGCTG
TCTGAAGAGGATAATGACTTTTCAAACAGAACTAGTAGTTTCTCCAAGTCACATGTCATG
TTTCTTCTCACGGTAATATCTCTGTTCTTTCATGTGAGGATGAAAATAGATAGCTTCAGA
ACTGGAAACATATCGCTGGCTAGGTAGTTGCAATAGCATAGTGTTGGGTTTGAGAATAAT
GGCAGCAAGTTTCTATTTTGATGAGTGCACACAAGATGTTTGGTTAAATGTCCAAAAGAA
AAAAAAAAAAGACTGTGAAAGTGAAGAGCTTTTGGTGGCAGATGGATAAGAAATAGAGAG
TTGAGGTTTAGGCTCTTGTAGGATGATTTTTCTTTGGCCGTGAGATAGCTTAGTCCAGTT
AGGAGGATTAAAAAAAAAAAATCCCCAACTTGTTGTGAGACAAATAGGTCAAAAGAACCT
GAAGATGTTCTCACACTTACGTCTATTCTCCAAGCTGAATATTCATCTACCTACTTCCTA
TAGACCTTCAACTCGCCATGTCTCCTTCAAAACCATCTTCATGTGCACTCAAACTCAGCA
GCTTCGTGTTCACCCGCTGCTCAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGCCCACACCAAGGCCCA
TCTTATGATCTAATATGAAGTGTTTGGTAACCATGTAATTAGGGTTATAGACTCATATAT
ATATGTCGTTATCTGTTCTTAAGATGTAACTTTGGCTGCTGTAATTGCAGCCTCTTTCAA
ACTCTGTTTCATGAATCAATCGATCTATTTTAGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A557TF U 1
AF RR1GI30TF U 536
AF RR1GI30JQ C 807
BS 1 772 RR1A557TF
BS 773 773 RR1GI30TF
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BS 784 1232 RR1GI30TF
BS 1233 1235 RR1GI30JQ

RD RR1A557TF 783 0 0
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TTCTTGCACAATAAAGCTTTATAAGCTATCTCATTTTCTATCATTCAATAAAACTCTTAT
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GGGTATTATTCCTCTTTCAGAGCTTCTACTAAACTTGTCAAGTCAGCTTCCTTATCAGTT
TTGGTAGAGTTTCTTTCCTGAACTCGAAATCCAAAGAAAGGTTGAGACTTTCTTGCGTTT
TCAAGCCCCCTTTCTTCACAGACGGTTCATGGGGTTATTCTGTTCACCTTCAAGCCTTAG
TTTGCTCTGTCTGAGCAAATCCAGTCATGTTTTCTTGAAGTCTTTTCGGCAGTGACCAAG
ACAGAGAAGAAGCTCGCCTGGTAAAACAAAGTTGGTGTTTTGGTGAAGCTGGACACGCTG
TCTGAAGAGGATAATGACTTTTCAAACAGAACTAGTAGTTTCTCCAAGTCACATGTCATG
TTTCTTCTCACGGTAATATCTCTGTTCTTTCATGTGAGGATGAAAATAGATAGCTTCAGA
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GGCAGCAAGTTTCTATTTTGATGAGTGCACACAAGATGTTTGGTTAAATGTCCAAAAGAA
AAAAAAAAAAGACTGTGAAAGTGAAGAGCTTTTGGTGGCAGATGGATAAGAA*TAGAGAG
TTG

QA 1 783 1 783
DS 

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G
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CAGAACTGGAAACATATCGCTGGCTAGGTAGTTGCAATAGCATAGTGTTGGGTTTGAGAA
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AGAAAAAAAAAA**GACTGTGAAAGTGAAGAGCTTTTGGTGGCAGATGGATAAGAAATAG
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AGTTAGGAGGATTAAAAAAAAAAAATCCCCAACTTGTTGTGAGACAAATAGGTCAAAAGA
ACCTGAAGATGTTCTCACACTTACGTCTATTCTCCAAGCTGAATATTCATCTACCTACTT
CCTATAGACCTTCAACTCGCCATGTCTCCTTCAAAACCATCTTCATGTGCACTCAAACTC
AGCAGCTTCGTGTTCACCCGCTGCTCAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGCCCACACCAAGG
CCCATCTTATGATCTAATATGAAGTGTTTGGTAACCATGTAATTAGGGTTATAGACTCAT
ATATATATGTCGTTATCTGTTCTTAAGATGTAACTTTGGCTGCTGTAATTGCAGCCTCTT
TCAAACTCTGTTTCATGAATCAATCGATCTATTTTA
GTT

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR1GI30JQ 429 0 0
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AACTTGTTGTGAGACAAATAGGTCAAAAGAACCTGAAGATGTTTTCACACTTACGTTTAT
TTTCCAAGCTGAATATTCATTTACCTACTTCCTATAGACCTTCAACTCGCCATGTTTCCT
TCAAAACCATTTTCATGTGCACTCAAACTCAGCAGCTTCGTGTTCACCCGCTGCTCAGTT
TGCGGGGGAGTATTAAAGCCCACACCAAGGCCCATTTTATGATTTAATATGAAGTGTTTG
GTAACCATGTAATTAGGGTTATAGACTCATATATATATGTCGTTATCTGTTTTTAAGATG
TAACTTTGGCTGCTGTAATTGCAGCCTTTTTCAAACTTTGTTTCATGAATCAATCGATTT
ATTTTAGTT

QA 1 429 1 429
DS 



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GGGACACCAATCTCTCGATCTCTTTCATCTCATCTTGCCCCAAGGCGGAGGAGAGTCGTC
TTTGATTTGATTGGGAAAGAGAAAACAAAAACAGGTATGGCTGGTGTCGTCAATGTCAAT
AAGAAAAAAAAAACAGACTGTGAAAGTGAAGAGCTTTTGGTGGCAGATGGATAGGAAATA
GAGAGTTGAGGTTTAGGCTCTTGTAGAATGATTTTTCTTTGGCTGTGAGATAGCTTAGTC
CAGTTAGGAGGATTAAAAAAAAAAAAAATCCCCAACTTGTTGTGAGACAAATAGGTCAAA
AGAACCTGAAGATGTTCTCACACTTATGTCTATTCTCCAAGCTGAATATTCATCTACCTA
CTTCCTATAGACCTTCAACTCGCCATGTCTCCTTCAAAACCATCTTCATGTGCATTCAAA
CTCAGCAGCTTCGTGTTCATCCGCTGCTCAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGCCCACACCA
AGGCCCATCTTATGATCCAATATGAAGTGTTTGGTAACCATGTAACTAGGGTTATAGACT
CATATATATATGTCGTTATCTGTTCTTAAGATGTAACTTTGGCTGCTGTAATTGCAGCCT
CTTTCAAACTCTGTTTCATGAACC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AK11JQ C 1
AF RR1AK11TF U 1
BS 1 622 RR1AK11TF
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CTTTCAAACTCTGTTTCATGAACC

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DS 

RD RR1AK11TF 624 0 0
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TTTGATTTGATTGGGAAAGAGAAAACAAAAACAGGTATGGCTGGTGTCGTCAATGTCAAT
AAGAAAAAAAAAACAGACTGTGAAAGTGAAGAGCTTTTGGTGGCAGATGGATAGGAAATA
GAGAGTTGAGGTTTAGGCTCTTGTAGAATGATTTTTCTTTGGCTGTGAGATAGCTTAGTC
CAGTTAGGAGGATTAAAAAAAAAAAAAATCCCCAACTTGTTGTGAGACAAATAGGTCAAA
AGAACCTGAAGATGTTCTCACACTTATGTCTATTCTCCAAGCTGAATATTCATCTACCTA
CTTCCTATAGACCTTCAACTCGCCATGTCTCCTTCAAAACCATCTTCATGTGCATTCAAA
CTCAGCAGCTTCGTGTTCATCCGCTGCTCAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGCCCACACCA
AGGCCCATCTTATGATCCAATATGAAGTGTTTGGTAACCATGTAACTAGGGTTATAGACT
CATATATATATGTCGTTATCTGTTCTTAAGATGTAACTTTGGCTGCTGTAATTGCAGCCT
CTTTCAAACTCTGTTTCATGAA
CC

QA 1 622 1 622
DS 



CO CL781Contig3 904 2 4 U
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TAGAAAGATTGAGCTCATAAAAGCTTTATTGAAAGATAAAAAATGAAATAGCTTATAAAG
CTTTATTGTGCAAGAAACATAAAAGGAAGAGATAAACTTAGAGTTGTCACCAAGAATTAA
AATAGATTGATTGATTCATGAAACAGAGTTTGAAAGAGGCAGCAATTACAGCAGCCAAAG
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TGAAGGAGACATGGCGAGTTGAAGGTCTATAGGAAGTAGGTAGATGAATATTCAGCTTGG
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TTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1DA36TF C 1
AF RR1DA36JQ U 280
BS 1 284 RR1DA36TF
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CTTTATTGTGCAAGAAACATAAAAGGAAGAGATAAACTTAGAGTTGTCACCAAGAATTAA
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TT
CC

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1DA36JQ 625 0 0
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TATCTCACAGCCAAAGAAAAATCATTCTACAAGAGCCTAAACCTCAACTCTCTATTTCCT
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ATTTAACCAAACATCTTGTGTGCACTCATCAAAACAAAAACTTGCTGCCATTATTCTCAA
ACCCAACACTATCCTATTGC

QA 6 625 6 625
DS 



AS 1 6

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TCTTAACCGAGTTCCCGATCGTGTGAAGATCAAACGGTTTCAGCGACCTGATGTCGATGA
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GGCTCTTCTTACTCCCATCAGATCTAGCAGTAGCAGACACAATGCATCTCTTGCTGCTCC
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AAGCCGTAGCGGCTCCAGCTCCTCCATGGATTCTCGCTGCCGTTTCTTCTTCTTTTTTTC
CAAGGGAGGGAGAGAGTGAGGAAGCGGAGAAATCGAAGGGAGACTGTCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 
0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX72JQ U 1
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AF RR1FH44JQ U 51
AF RR1GN64TF C 225
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BS 840 977 RR1GN64TF
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G
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CACCGGAGCATCTAAATAGTCATGAAAGTTCTCATTAATTGCAGCAGTAAGACTAGCTCC
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ATACCCTTTGTTCACCAGGGTTTTAGCTGCCTGCATCACATGGTACCTCATCCGCGAGTA
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GTACTCTTCGTCCGGGATTTTCTCCTTGAGGTTGTAAAGCAGAACGTGCTCAAACAGAAT
CACAGGGTTCTCGCTCCTGATCGCAGCTTTCATCAA

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DS 

RD RR1FH44JQ 640 0 0
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AATAGACAAGTTCTTGCGAACTAAGCTAAAGAGAAAGTAAATGGAGAGGTAAATGGTAAA
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ATCTGAGCCGGTTGAACAACGGTCCACTCCTCCAGCGTACCAGCGTACGGTGTAGGAACG
TCCTGAGAAGACAAACACATCACCGGAGCATCTAAATAGTCATGAAAGTTCTCATTAATT
GCAGCAGTAAGACTAGCTCCAATCCCACCGGTTCTCATACACTCCTCCACGATCAAAACC
CGGTGCGTTTTCTTAACCGAGTTCCCGATCGTGTGAAGATCAAACGGTTTCAGCGACCTG
ATGTCGATGACCTCAGGGTCATACCCTTTGTTCACCAGGGTTTTAGCTGCCTGCATCACA
TGGTACCTCATCCGCGAGTAAGTGAGGATGGTGATGTGCTCTCCAGGTCTGACCATCTCA
GCTTCTTCAAGATTACAGATGTACTCTTCGTCCGGGATTTTCTCCTTGAGGTTGTAAAGC
AGAACGTGCTCAAACAGAATCACAGGGTTCTCGCTCCTGA

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AAGTAAGACTCTAGCCGCTGCGAATGCTCAGCGCCAAGCTGGCGTCCCACTCCACCGGGA
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CCACAGTTGTTGGAGATTTGGTTGAAGGCCAGGAGGAGGAAACCCATGTTCATACCTTCG
ATGACGGGTCTTAGACCAGTCATGGCGGCTCCAATGCCCATACCAGTGAATGCATTTTCA
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GCCGTTTCTTCTTCTTTTTTTCCAAGGGAGGGAGAGAGTGAGGAAGCGGAGAAATCGAAG
GGAGACTGTCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 8

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AATTCCTTCACAAACTTTCTTGCCAGTTTCAAGAAGCTAATCGCTGAAATCATCCATGGC
GCTCACCGACTTCCTGCCTAACGAGTACGGATATGTGGCTCTCGTCCTCGTCTTCTACTG
CTTCCTCAACCTCTGGATGGGAGCTCAAGTCGGCATGGCTCGCAAAAGGTACAATGTGCC
GTATCCAACTCTATACGCTATAGAATCAGAAAACAAAGATGCTAAACGCTTCAACTGCGT
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TGGTGGAATGAAACACCCTTGTGTCTGCGCTGGTTTGGGTTTGCTCTACAATATCACTCG
TTTCTTCTACTTCAAAGGCTACTCTACTGGAGATCCAATGAAACGCCTCACCATCGGGAA
ATACGGTTTCTTGGGATTGCTTGGTCTCATGATCTGCACCATCTCGTTTGGAGTTAGTCT
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TCATGTTCAATAAAACTTCACATCCCTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 
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45 45 45 45 45 40 40 40 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C006JQ C 197
AF RR1B094TF U 1
AF RR1C006TF U 38
AF RR1EZ88TF U 46
AF RR1BZ89JQ C 55
AF RR1BL07JQ C 60
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AF RR1BZ89TF U 55
BS 1 129 RR1B094TF
BS 130 130 RR1C006TF
BS 131 200 RR1B094TF
BS 201 201 RR1C006TF
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BS 339 339 RR1C006TF
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CTTATAAGTTGTCTACAGACTTGCGTAATAATCATTTTAAGTTGTCTAAAGACTTGTGTA
ATAATCTTAAGAG

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DS 

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AATTCCTTCACAAACTTTCTTGCCAGTTTCAAGAAGCTAATCGCTGAAATCATCCATGGC
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GG
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GG
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GG
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GT

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DS 

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GG
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CTCACCGACTTCCTGCCTAACGAGTACGGATATGTGGCTCTCGTCCTCGTCTTCTACTGC
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CAGAGAGGTCATCAAAACTCTCTGGAGATGATGCCAATGTACTTCATACTGATGATCCTT
GGTGGAATGAAACACCCTTGTGTCTGCGCTGGTTTGGGTTTGCTCTACAATATCACTCGT
TTCTTCTACTTCAAAGGCTACTCTACTGGAGATCCAATGAAGCGCCTCACCATCGGGAAA
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CTAAAGACTTGTGTAATAATCTTAAGAGTTGTTGCTACACTTTTTTCAAGTTTATTAAAT
CATGTTCA
GT

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DS 

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GG
AATCAATTCCTTCACAAACTTTCTTGCCAGTTTCAAGAAGCTAATCGCTGAAATCATCCA
TGGCGCTCACCGACTTCCTGCCTAACGAGTACGGATATGTGGCTCTCGTCCTCGTCTTCT
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TGCCGTATCCAACTCTATACGCTATAGAATCAGAAAACAAAGATGCTAAACGCTTCAACT
GCGTTCAGAGAGGTCATCAAAACTCTCTGGAGATGATGCCAATGTACTTCATACTGATGA
TCCTTGGTGGAATGAAACACCCTTGTGTCTGCGCTGGTTTGGGTTTGCTCTACAATATCA
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GGAAATACGGTTTCTTGGGATTGCTTGGTCTCATGATCTGCACCATCTCGTTTGGAGTTA
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TAAATCATGTTCAATAAAACTTCACATCCCTAAGC

QA 3 697 3 697
DS 



AS 1 8

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GGTATTTAGCAAAGTTCTCAGGCTTCTTTCCAAGTCCAAAAGGGTCATAACCATAATCTC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1FT34JQ U 1
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CAGTCTTAAACCAGACGGCTTCAGGGCCACAGTCAGCTCCATATTTGTTTAAGGCTT

QA 1 597 1 597
DS 

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CTTGTTCAGGGTCTTTAGCAAGTCCCAAAGGATCAAATGGACCTCCTGGGTGAAGCTTGT
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QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1CE78JQ 703 0 0
GTATC
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GAGCTCTCTCAGCAGTTCCAGCGATGACGGTAAGCAAATTGTTGCCAAAAGGATCACTTA
GATGCTTCGAAAGGTTCTCAACAGGACCTTCTCCGGTAACATAAGCTTGGATGAAGAAAG
CGAACATGGAAAACATGGCTAGTCTCCCGTTCTTGATCTCCTTAACCTTGAGAAGAGCTC
CTTGTTCAGGGTCTTTAGCAAGTCCCAAAGGATCAAATGGACCTCCTGGGTGAAGCCTGT
CCTCGAAGTCCAATCCATTGGTGATTCGGTAGTACTCAGCTCCACCAAGGAGAACAACCT
CAGCAACTACAGCGAGAACAAGGTTGATTGGGATGTTCTTGCCAAAGTAGCTCAACGTGT
TTCCATCAAGAAGCAAAGCACCAGTCTTAAACCAGACGGCTTCAGGGCCACAGTCAGCTC
CATATTTGTTTAAGGCTTCAGGGATGATGCAACCAGCTGCTCCCAACATAGCCCATCTGG
CGTGAATCAGTTCAAAGGCTTGGTATTTAGCAAAGTTCTCAGGCTTCTTTCCAAGTCCAA
AAGGGTCATAACCATAATCTCCAGCAACTTCACCGTTT

QA 6 703 6 703
DS 

RD RR1EW20JQ 760 0 0
G
TCACAATGTCTATAGAAACTCTCATCAAACCAAGTGTGCAAAGCAGTTTGAAAGATCATT
AATACTAGAAACCACTTAGAGAGTGGGAGCTCTCTCAGCAGTTCCAGCGATGACGGTAAG
CAAATTGTTGCCAAAAGGATCACTTAGATGCTTCGAAAGGTTCTCAACAGGACCTTCTCC
GGTAACATAAGCTTGGATGAAGAAAGCGAACATGGAAAACATGGCTAGTCTCCCGTTCTT
GATCTCCTTAACCTTGAGAAGAGCTCCTTGTTCAGGGTCTTTAGCAAGTCCCAAAGGATC
AAATGGACCTCCTGGGTGAAGCTTGTCCTCGAAGTCCAATCCATTGGTGATTCGGTAGTA
CTCAGCTCCACCAAGGAGAACAACCTCAGCAACTACAGCGAGAACAAGGTTGATTGGGAT
GTTCTTGCCAAAGTAGCTCAACGTGTTTCCATCAAGAAGCAAAGCACCAGTCTTAAACCA
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GTTCTCAGGCTTCTTTCCAAGTCCAAAAGGGTCATAACCATAATCTCCAGCAACTTCACC
GTTTAAGTACTCTGGGATCTCTGATCTGTCCAAAAGACCATCAGGCAAGAAGATTCTCCT
GTCAGGACCATACCACTTGGAGAGCTCGTCGTTGGCAGC

QA 2 760 2 760
DS 

RD RR1EW20TF 690 0 0
AGAAGAGCTC*TTGTTCAGGGTCTTTAGCAAGTCCCAAAGGATCAAATGGAC*TCCTGGG
TGAAGCTTGTCCTCGAAGTCCAATCCATTGGTGATTCGGTAGTACTCAGCTCCACCAAGG
AGAACAACCTCAGCAACTACAGCGAGAACAAGGTTGATTGGGATGTTCTTGCCAAAGTAG
CTCAACGTGTTTCCATCAAGAAGCAAAGCACCAGTCTTAAACCAGACGGCTTCAGGGCCA
CAGTCAGCTCCATATTTGTTTAAGGCTTCAGGGATGATGCAACCAGCTGCTCCCAACATA
GCCCATCTGGCGTGGATCAGTTCAAAGGCTTGGTATTTAGCAAAGTTCTCAGGCTTCTTT
CCAAGTCCAAAAGGGTCATAACCATAATCTCCAGCAACTTCACCGTTTAAGTACTCTGGG
ATCTCTGATCTGTCCAAAAGACCATCAGGCAAGAAGATTCTCCTGTCAGGACCATACCAC
TTGGAGAGCTCGTCGTTGGCAGCAGAGACGGTCTTGGCCTTGGGAGGAGGAGCTGGCTTC
TTCTTGGAGAACAGAGCGACTGTCTTAAACGTGGCGGGGTTCGATGCCAATGGAGCAGAC
GATCTCGACACTGCCCTGAAGTTAAGGGGCGTACCAAGCATTTCCGACACACCCAAAGAC
GCCATCTTGCTTTAGCCCAAAATTTCAAGA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1C561TF 766 0 0
AAGAGAGCGAACATGGAAA*CATGGCTAGTCTCCCGTTCTTGATCTC*TTAACCTTGAGA
AGAGCTC*TTGTTCAGGGTCTTTAGCAAGTCCCAAAGGATCAAATGGAC*TCCTGGGTGA
AGCTTGTCCTCGAAGTCCAATCCATTGGTGATTCGGTAGTACTCAGCTCCACCAAGGAGA
ACAACCTCAGCAACTACAGCGAGAACAAGGTTGATTGGGATGTTCTTGCCAAAGTAGCTC
AACGTGTTTCCATCAAGAAGCAAAGCACCAGTCTTAAACCAGACGGCTTCAGGGCCACAG
TCAGCTCCATATTTGTTTAAGGCTTCAGGGATGATGCAACCAGCTGCTCCCAACATAGCC
CATCTGGCGTGGATCAGTTAAAAGGCTTGGTATTTAGCAAAGTTCTCAGGCTTCTTTCCA
AGTCCAAAAGGGTCATAACCATAATCTCCAGCAACTTCACCGTTTAAGTACTCTGGGATC
TCTGATCTGTCCAAAAGACCATCAGGCAAGAAGATTCTCCTGTCAGGACCATACCACTTG
GAGAGCTCGTCGTTGGCAGCAGAGACGGTCTTGGCCTTGGGAGGAGGAGCTGGCTTCTTC
TTGGAGAGCAGAGCAACTGTCTTAAACGTGGCGGGGTTCGATGCCAATGGAGCAGACGAT
CTCGACACTGCCCTGAAGTTAAGGGGCGTACCAAGCATTTCCGACACACCCAAAGACGCC
ATCTTGTTTTAGCCCAAAATTTCAAGACAAGGAAATGCAAAGTTCC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1CE78TF 700 0 0
TCTTGTTCAGGGTCTTTAGCAAGTCCCAAAGGATCAAATGGAC*TCCTGGGTGAAGCCTG
TCCTCGAAGTCCAATCCATTGGTGATTCGGTAGTACTCAGCTCCACCAAGGAGAACAACC
TCAGCAACTACAGCGAGAACAAGGTTGATTGGGATGTTCTTGCCAAAGTAGCTCAACGTG
TTTCCATCAAGAAGCAAAGCACCAGTCTTAAACCAGACGGCTTCAGGGCCACAGTCAGCT
CCATATTTGTTTAAGGCTTCAGGGATGATGCAACCAGCTGCTCCCAACATAGCCCATCTG
GCGTGAATCAGTTCAAAGGCTTGGTATTTAGCAAAGTTCTCAGGCTTCTTTCCAAGTCCA
AAAGGGTCATAACCATAATCTCCAGCAACTTCACCGTTTAAGTACTCTGGGATCTCTGAT
CTGTCCAAAAGACCATCAGGCAAGAAGATTCTCCTGTCAGGACCATACCACTTGGAGAGC
TCGTCGTTGGCAGCAGAGACGGTCTTGGCCTTGGGAGGAGGAGCTGGCTTCTTCTTGGAG
AACAGAGCAAATGTCTTAAACGTGGCGGGGTTCGATGCCAATGGAGCAGACGATCTCGAC
ACTGCCCTGAAGTTAAGGGGCGTACCAAGCATTTCCGACACACCCAAAGACGCCATCTTG
TTTTAGCCCAAAATTTCAAGACGAGGAAATGCAAAGTTC
T

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1FT34TF 710 0 0
GAGAAGAGCTC*TTGTTCAGGGTCTTTAGCAAGTCCCAAAGGATCAAATGGACCTCCTGG
GTGAAGCTTGTCCTCGAAGTCCAATCCATTGGTGATTCGGTAGTACTCAGCTCCACCAAG
GAGAACAACCTCAGCAACTACAGCGAGAACAAGGTTGATTGGGATGTTCTTGCCAAAGTA
GCTCAACGTGTTTCCATCAAGAAGCAAAGCACCAGTCTTAAACCAGACGGCTTCAGGGCC
ACAGTCAGCTCCATATTTGTTTAAGGCTTCAGGGATGATGCAAACAGCTGCTCCCAACAT
AGCCCATCTGGCGTGGATCAGTTCAAAGGCTTGGTATTTAGCAAAGTTCTCAGGCTTCTT
TCCAAGTCCAAAAGGGTCATAACCATAATCTCCAGCAACTTCACCGTTTAAGTACTCCGG
GATCTCTGATCTGTCCAAAAGACCATCAGGCAAGAAGATTCTCCTGTCAGGACCATACCA
CTTGGAGAGCTCGTCGTTGGCAGCAGAGACGGTCTTGGCCTTGGGAGGAGGAGCTGGCTT
CTTCTTGGAGAACAGAGCAACTGTCTTAAACGTGGCGGGGTTCGATGCCAATGGAGCAGA
CGATCTCGACACTGCCCTGAAGTTAAGGGGCGTACCAAGCATTTCCGACACACCCAAAGA
CGCCATCTTGTTTTAGCCCAAAATTTCAAGACAGGGAAATGCAAAGTTC
C

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 6

CO CL785Contig1 1151 6 40 U
GGAATCTCTCTCTCTCACTTTCTCGTACGCCGCACCAACTGTTGAATCCACGAAGAAACC
TCACCTCAGTCCCTAGATTCTATGGCGACCAACGAACCCGAGCACGAGAACAGAGACGCA
GAAGAATCCGGAGCTAACGAGGATGAGGACACCGGAGCTCAGGTCGCTCCGATCGTTAGG
CTTGAGGAAGTTGCCGTCACTACCGGCGAGGAAGACGAAGACGCCATCCTCGATCTGAAA
TCGAAGCTGTATCGCTTCGACAAGGAAGCGAATCAGTGGAAGGAGAGAGGTGCCGGTACT
GTGAAGCTCTTGAAGCATAAGAGCACTGGCAAGATTCGTCTCGTTATGAGGCAATCCAAA
ACTCTGAAGATCTGTGCCAATCATTTCGTTAAACAGGGCATGTCTGTTCAGGAACACGTT
GGAAACGAGAAGTCGTGTGTGTGGCACGCTCGTGACTTTGCTGATGGTGAGCTGAAGGAT
GAGCTTTTCTGCATCCGATTTGCTCCAATTGAGAACTGCAAAGCATTTATGCAGAAGTTC
AATGAAGTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCATCTGACACCGCT
GGTCTTCTTGAGAAGTTGACCGTTGAAGAGACATAAACAGAGGAGAAACCTGTGGAGAAG
GTGAAGACTGAAGTGGAAGCAGAGGAAAAGACAAAAAGCGAGCCAGAGAAGGCTGATGAT
GAAAAGAAAACCGAAGAGGCTGCTCCCTCAACTTAAGATGCATCAATGTTTAAGCTCCTT
TGGCGAGGTATTAGCAGCCTATAAGTGTTTTGATACATCCATCTCGAGTCTACTAGTGTC
TTGGCACTAACTATCTACATGTGTTGTCGGATCATATCAAGTGGTTTGGGGTTGGGTTTT
GCTGAGTCGTTTTGGGTTTTATAGTTTTGAGTCGAAAGTGTGGGCGAGTGATATGAGAGA
TTAAGGTTTGGTTATCCGTAAGAATACATTGAATTCATTGTTTTCAGCGTTTGTTATGGG
TTGTTTTTGGATGGTCTTTATTTTGAGGATAGAGATGGTTGTTTGTTCATGGACATGAGT
CAGAAGTCTTCATTTCTTTGAATTACAAAATTATACGCATTGTTGATTTTAATTTATTTA
TCCTTTTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 20 35 35 0 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A716TF U 1
AF RR1C195TF U 3
AF RR1G727TF U 3
AF RR1DU44TF U 3
AF RR1G727JQ C 275
AF RR1DU44JQ C 557
BS 1 12 RR1A716TF
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BS 190 222 RR1A716TF
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BS 255 255 RR1C195TF
BS 256 293 RR1A716TF
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BS 295 467 RR1A716TF
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BS 505 505 RR1G727TF
BS 506 587 RR1A716TF
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BS 625 632 RR1A716TF
BS 633 660 RR1DU44TF
BS 661 661 RR1G727JQ
BS 662 681 RR1DU44TF
BS 682 789 RR1G727JQ
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BS 1131 1151 RR1DU44JQ

RD RR1A716TF 632 0 0
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TCACCTCAGTCCCTAGATTCTATGGCGACCAACGAACCCGAGCACGAGAGCAGAGACGCA
GAAGAATCCGGAGCTAACGAGGATGAGGACACCGGAGCTCAGGTCGCTCCGATCGTTAGG
CTTGAGGAGGTTGCCGTCACTACCGGCGAGGAAGACGAAGACTCAATCCTCGATCTTAAA
TCGAAGCTGTATCGGTTCGACAAGGAAGCGAATCAGTGGAAGGAGAGAGGTGCTGGTACT
GTGAAGCTCTTGAAGCATAAGAGCACTGGCAAGATTCGTCTCGTTATGAGGCAATCCAAA
ACTCTGAAGATCTGTGCCAATCATTTCGTTAAACAGGGCATGTCTGTTCAGGAACACGTT
GGAAACGAGAAGTCGTGTGTGTGGCACGCTCGTGACTTTGCTGATGGAGAGCTAAAGGAT
GAACTTTTCTGCATCCGATTTGCTTCAATTGAGAACTGCAAAGCATTTATGCAGAAGTTC
AATGAAGTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCCTCTGACACCGCT
GGTCTTCTTGAGAAGCTGACCGTGGAAGAGAC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1C195TF 629 0 0
GGAA
TCTCTCTCTCACTTTCTCGTACGCCGCACCAACTGTTGAATCCACGAAGAAACCTCACCT
CAGTCCCTAGATTCTATGGCGACCAACGAACCCGAGCACGAGAACAGAGACGCAGAAGAA
TCCGGAGCTAACGAGGATGAGGACACCGGAGCTCAGGTCGCTCCGATCGTTAGGCTTGAG
GAAGTTGCCGTCACTACCGGCGAGGAAGACGAAGACGCCATCCTCGATCTGAAATCGAAG
CTGTATCGCTTCGACAAGGAAGCGAATCAGTGGAAGGAGAGAGGAGCTGGTACTGTGAAG
CTCTTGAAGCATAAGAGCACTGGCAAGATTCGTCTCGTTATGAGGCAATCCAAAACTCTC
AAGATCTGTGCCAATCATTTCGTTAAACAGGGCATGTCTGTTCAGGAACACGTTGGAAAC
GAGAAGTCGTGTGTGTGGCACGCTCGTGACTTTGCTGATGGTGAGCTGAAGGATGAGCTT
TTCTGCATCCGATTTGCTTCAATTGAGAACTGCAAAGCATTTATGCAGAAGTTCAATGAA
GTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGACGCATCTGACACCGCTGGTCTT
CTTGAGAAGTTGACCGTTGAAGAGA

QA 5 629 5 629
DS 

RD RR1G727TF 629 0 0
GGAA
TCTCTCTCTCACTTTCTCGTACGCCGCACCAACTGTTGAATCCACGAAGAAACCTCACCT
CAGTCCCTAGATTCTATGGCGACCAACGAACCCGAGCACGAGAACAGAGACGCAGAAGAA
TCCGGAGCTAACGAGGATGAGGACACCGGAGCTCAGGTCGCTCCGATCGTTAGGCTTGAG
GAAGTTGCCGTCACTACCGGCGAGGAAGACGAAGACGCCACCCTCGATCTGAAATCGAAG
CTGTATCGCTTCGACAAGGAAGCGAATCAGTGGAAGGAGAGAGGTGCCGGTACTGTGAAG
CTCTTGAAGCATAAGAGCACTGGCAAGATTCGTCTCGTTATGAGGCAATCCAAAACTCTG
AAGATCTGTGCCAATCATTTCGTTAAACAGGGCATGTCTGTTCAGGAACACGTTGGAAAC
GAGAAGTCGTGTGTGTGGCACGCTCGTGACTTTGCTGATGGTGAGCTGAAGGATGAGCTT
TTCTGCATCCGATTTGCTCCAATTGAGAACTGCAAAGCATTTATGCAGAAGTTCAATGAA
GTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCATCTGACACCGCTGGTCTT
CTTGAGAAGTTGACCGTTGAAGAGA

QA 5 629 5 629
DS 

RD RR1DU44TF 679 0 0
GGAA
TCTCTCTCTCACTTTCTCGTACGCCGCACCAACTGTTGAATCCACGAAGAAACCTCACCT
CAGTCCCTAGATTCTATGGCGACCAACGAACCCGAGCACGAGAACAGAGACGCAGAAGAA
TCCGGAGCTAACGAGGATGAGGACACCGGAGCTCAGGTCGCTCCGATCGTTAGGCTTGAG
GAAGTTGCCGTCACTACCGGCGAGGAAGACGAAGACGCCATCCTCGATCTGAAATCGAAG
CTGTATCGCTTCGACAAGGAAGCGAATCAGTGGAAGGAGAGAGGTGCTGGTACTGTGAAG
CTCTTGAAGCATAAGAGCACTGGCAAGATTCGTCTCGTTATGAGGCAATCCAAAACTCTG
AAGATCTGTGCCAATCATTTCGTTAAACAGGGCATGTCTGTTCAGGAACACGTTGGAAAC
GAGAAGTCGTGTGTGTGGCACGCTCGTGACTTTGCTGATGGTGAGCTGAAGGATGAGCTT
TTCTGCATCCGATTTGCTTCAATTGAGAACTGCAAAGCATTTATGCAGAAGTTCAATGAA
GTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCATCTGACACCGCTGGTCTT
CTTGAGAAGTTGACCGTTGAAGAGACATAAACAGAGGAGAAACCTGTGGAGAAG*TGAAG
ACTGAAGTGGAAGCA

QA 5 679 5 679
DS 

RD RR1G727JQ 856 0 0
ATCAGTGAAGAGAGA
GTGCCGGTACTGTGAAGCTCT*GAAGCATAAGAGCACTGGCAAGATTCGTCTCGTTATGA
GGCAATCCAAAACTCTGAAGATCTGTGCCAATCATTTCGTTAAACAGGGCATGTCTGTTC
AGGAACACGTTGGAAACGAGAAGTCGTGTGTGTGGCACGCTCGTGACTTTGCTGATGGTG
AGCTGAAGGATGAGCTTTTCTGCATCCGATTTGCTCCAATTGAGAACTGCAAAGCATTTA
TGCAGAAGTTCAATGAAGTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCAT
CTGACACCGCTGGTCTTCTTGAGAAGTTGACCGTTGAAGAGACAAAAACAGAGGAGAAAC
CTGTGGAGAAGGTGAAGACTGAAGTGGAAGCAGAGGAAAAGACAAAAAGCGAGCCAGAGA
AGGCTGATGATGAAAAGAAAACCGAAGAGGCTGCTCCCTCAACTTAAGATGCATCAATGT
TTAAGCTCCTTTGGCGAGGTGTTAGCAGCCTATAAGTGTTTTGATACATCCATCTCGAGT
CTACTAGTGTCTTGGCACTAACTATCTACATGTGTTGTCGGATCATATCAAGTGGTTTGG
GGTTGGGTTTTGCTGAGTCGTTTTGGGTTTTATAGTTTTGAGTCGAAAGTGTGGGCGAGT
GATATGAGAGATTAAGGTTTGGTTATCCGTAAGAATACATTGAATTCATTGTTTTCAGCG
TTTGTTATGGGTTGTTTTTGGATGGTCTTTATTTTGAGGATAGAGATGGTTGTTTGTTCA
TGGACATGAGTCAGAAGTCTTCATTTCTTTGAATTACAAAATTATACGCATTGTTGATTT
T

QA 16 856 16 856
DS 

RD RR1DU44JQ 595 0 0
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TGACCGTTGAAGAGACATAAACAGAGGAGAAACCTGTGGAGAAGGTGAAGACTGAAGTGG
AAGCAGAGGAAAAGACAAAAAGCGAGCCAGAGAAGGCTGATGATGAAAAGAAAACCGAAG
AGGCTGCTCCCTCAACTTAAGATGCATCAATGTTTAAGCTCCTTTGGCGAGGTATTAGCA
GCCTATAAGTGTTTTGATACATCCATCTCGAGTCTATTAGTGTCTTGGCACTAACTATCT
ACATGTGTTGTCGGATCATATCAAGTGGTTTGGGGTTGGGTTTTGCTGAGTCGTTTTGGG
TTTTATAGTTTTGAGTCGAAAGTGTGGGCGAGTGATATGAGAGATTAAGGTTTGGTTATC
CGTAAGAATACATTGAATTCATTGTTTTCAGCGTTTGTTATGGGTTGTTTTTGGATGGTC
TTTATTTTGAGGATAGAGATGGTTGTTTGTTCATGGACATGAGTCAGAAGTCTTCATTTC
TTTGAATTACAAAATTATACGCATTGTTGATTTTAATTTATTTATCCTTTTGTTC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 7

CO CL786Contig1 737 7 15 U
TTTTAATTAAGAAGAGATCAGTAGTACCTTTGAGATTACTTTTCTAGTTCACAGAATAAA
AGGAAGACTGAATCTTTTCCATGAAAAGAAAAAAACGAAATACAAAAAAAAA*GAACTCT
TAGAAGTAATCTTCAATCTTCATCATTTGTATGCATCTGGCAAACTGTAACCAGGCATGA
CAATCTTGTCAGCAAACATCTTGCCGGTCTTGGGCATGACATGCCAGTGTAACGTCAAGT
TGAACTCTTTTCCACGAAGGTTATGTCCCTGATCAATGAAACGGTACTTGTTTGAGGTTT
GAACACGGAACTTGGCGTGTTCTTTATCAGG*ATAATCGCATCCCATAGAGAAACCTGAT
TCAGGGAGTTCTTTGGGGTTTCGTATTCTGCTGCCACGAAAGCGAAAACCTGTTTAGTGT
TCCAAGTAAAAAGTGACTGCAAGTCTGCAGTTATGTCCAATGTCAAACTGACCTCATCGT
TTCCATACGATTGCTTCTTAAACCGATTGATGTTAACTATCTGGATCTCAGCAGAGGGAT
TCTGGTTGCTGAAATTGTCTGAGAAAGACGCGATTGCGCAGATGAACGCGAGGGCAGTGA
GGGAGAACGTGAGCAGAGCGTTTGCTCTGTATCCAAAAGAATGCATCTTTTACGATTTAC
TCCTTTGTGAGTTTCGAAGTTTCGATCACCGGATTCTTGTCGGGATTCCGTCTTTGAAAG
TGATCCAAGAAGAGCCC


BQ
10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 5 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H574JQ U 3
AF RR1F894JQ U 16
AF RR1BO53TF C 1
AF RR1CI55TF C 15
AF RR1H574TF C 4
AF RR1BO53JQ U 5
AF RR1CI55JQ U 5
BS 1 4 RR1BO53TF
BS 5 20 RR1H574JQ
BS 21 21 RR1BO53JQ
BS 22 112 RR1H574JQ
BS 113 113 RR1F894JQ
BS 114 304 RR1H574JQ
BS 305 305 RR1BO53JQ
BS 306 331 RR1H574JQ
BS 332 332 RR1BO53JQ
BS 333 348 RR1H574JQ
BS 349 349 RR1BO53JQ
BS 350 561 RR1H574JQ
BS 562 579 RR1F894JQ
BS 580 726 RR1BO53JQ
BS 727 737 RR1H574TF

RD RR1H574JQ 559 0 0
CT
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GGAGTTCTTTGGGGTTTCGTATTCTGCTGCCACGAAAGCGAAAACCTGTTTAGTGTTCCA
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ATACGATTGCTTCTTAAACCGATTGATGTTAACTATCTGGATCTCAGCAGAGGGATTCTG
GTTGCTGAAATTGTCTG

QA 3 559 3 559
DS 

RD RR1F894JQ 564 0 0
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ACATCTTGCCGGTCTTGGGCATGACATGCCAGTGTAACGTCAAGTTGAACTCTTTTCCAC
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TGTCTGAGAAAGACGCGATTGCGC

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1BO53TF 726 0 0
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AGGAAGACTGAATCTTTTCCATGAAAAGAAAAAAACGAAATACAAAAAAAAA*GAACTCT
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CAATCTTGTCAGCAAACATCTTGCCGGTCTTGGGCATGACATGCCAGTGTAACGTCAAGT
TGAACTCTTTTCCACGAAGGTTATGTCCCTGATCAATGAAACGGTACTTGTTTGAGGTTT
GAACACGGAACTTGGCGTGTTCTTTATCAGG*ATAATCGCATCCCATAGAGAAACCTGAT
TCAGGGAGTTCTTTGGGGTTTCGTATTCTGCTGCCACGAAAGCGAAAACCTGTTTAGTGT
TCCAAGTAAAAAGTGACTGCAAGTCTGCAGTTATGTCCAATGTCAAACTGACCTCATCGT
TTCCATACGATTGCTTCTTAAACCGATTGATGTTAACTATCTGGATCTCAGCAGAGGGAT
TCTGGTTGCTGAAATTGTCTGAGAAAGACGCGATTGCGCAGATGAACGCGAGGGCAGTGA
GGGAGAACGTGAGCAGAGCGTTTGCTCTGTATCCAAAAGAATGCATCTTTTACGATTTAC
TCCTTTGTGAGTTTCGAAGTTTCGATCACCGGATTCTTGTCGGGATTCCGTCTTTGAAAG
TGATCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1CI55TF 712 0 0
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TTTTCCATGAAAAGAAAAAA*CGAAATACAAAAAAAA**GAACTCTTAGAAGTAATCTTC
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GGGGTTTCGTATTCTGCTGCCACGAAAGCGAAAACCTGTTTAGTGTTCCAAGTAAAAAGT
GACTGCAAGTCTGCAGTTATGTCCAATGTCAAACTGACCTCATCGTTTCCATACGATTGC
TTCTTAAACCGATTGATGTTAACTATCTGGATCTCAGCAGAGGGATTCTGGTTGCTGAAA
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AGAGCGTTTGCTCTGTATCCAAAAGAATGCATCTTTTACGATTTACTCCTTTGTGAGTTT
CGAAGTTTCGATCACCGGATTCTTGTCGGGATTCCGTCTTTGAAAGTGATCC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1H574TF 734 0 0
T
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CTTGTCAGCAAACATCTTGCCGGTCTTGGGCATGACATGCCAGTGTAACGTCAAGTTGAA
CTCTTTTCCACGAAGGTTATGTCCCTGATCAATGAAACGGTACTTGTTTGAGGTTTGAAC
CCGGAACTTGGCGTGTTCTTTATCAGGGATAATCGCATCCCATAGAGAAACCTGATTCAG
GGAGTTCTTTGGGGTTTCGTATTCTGCTGCCACGAAAGCGAAAACCTGTTTAGTGTTCCA
AGTAAAAAGTGACTGCAAGTCTGCAGTTATGTCCAATGTCAAACTGACCTCATCGTTTCC
ATACGATTGCTTCTTAAACCGATTGATGTTAACTATCTGGATCTCAGCAGAGGGATTCTG
GTTGCTGAAATTGTCTGAGAAAGACGCGATTGCGCAGATGAACGCGAGGGCAGTGAGGGA
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AGAAGAAGAGCCC

QA 2 734 2 734
DS 

RD RR1BO53JQ 722 0 0
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AGACTGAATCTTTTCCATGAAAAGAAAAAAACGAAATACAAAAAAAAA*GAACTCTTAGA
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CTTGTCAGCAAACATCTTGCCGGTCTTGGGCATGACATGCCAGTGTAACGTCAAGTTGAA
CTCTTTTCCACGAAGGTTATGTCCCTGATCAATGAAACGGTACTTGTTTGAGGTTTGAAC
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GGAGTTCTTTGGGGTTTCGTATTCTGCTGCCACGAAAGCGAAAACCTGTTTAGTGTTCCA
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ATACGATTGCTTCTTAAACCGATTGATGTTAACTATCTGGATCTCAGCAGAGGGATTCTG
GTTGCTGAAATTGTCTGAGAAAGACGCGATTGCGCAGATGAACGCGAGGGCAGTGAGGGA
GAACGTGAGCAGAGCGTTTGCTCTGTATCCAAAAGAATGCATCTTTTACGATTTACTCCT
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CC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1CI55JQ 722 0 0
AATTAAGAAGAGATCAGTAGTACCTTTGAGATTACTTTTCTAGTTCACAGAATAAAAGGA
AGACTGAATCTTTTCCATGAAAAGAAAAAAACGAAATACAAAAAAAAA*GAACTCTTAGA
AGTAATCTTCAATCTTCATCATTTGTATGCATCTGGCAAACTGTAACCAGGCATGACAAT
CTTGTCAGCAAACATCTTGCCGGTCTTGGGCATGACATGCCAGTGTAACGTCAAGTTGAA
CTCTTTTCCACGAAGGTTATGTCCCTGATCAATGAAACGGTACTTGTTTGAGGTTTGAAC
ACGGAACTTGGCGTGTTCTTTATCAGG*ATAATCGCATCCCATAGAGAAACCTGATTCAG
GGAGTTCTTTGGGGTTTCGTATTCTGCTGCCACGAAAGCGAAAACCTGTTTAGTGTTCCA
AGTAAAAAGTGACTGCAAGTCTGCAGTTATGTCCAATGTCAAACTGACCTCATCGTTTCC
ATACGATTGCTTCTTAAACCGATTGATGTTAACTATCTGGATCTCAGCAGAGGGATTCTG
GTTGCTGAAATTGTCTGAAAAAGACGCGATTGCGCAGATGAACGCGAGGGCAGTGAGGGA
GAACGTGAGCAGAGCGTTTGCTCTGTATCCAAAAGAATGCATCTTTTACGATTTACTCCT
TTGTGAGTTTCGAAGTTTCGATCACCGGATTCTTGTCGGGATTCCGTCTTTGAAAGTGAT
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 8

CO CL787Contig1 986 8 5 U
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GTATATAATTACTATCTTATTTGTGTGTTTGCTTGCCGATGGTTTATAATCCAAAGTTGC
GGATGTCACCTCCATCAATAAGCTTACTTAACCCCGAGTTGAGAATGTCCTAGAGATGGA
TAAGGAGATAACGGAGGGACAGAGAATAGTCCCATCCCTATACCGTCTACTCCGTCCCAA
AACCCCATCCAACTTGACGGTGTCAACGGACAAGCCTCACCCTGAGCTTCTGTCTCTTCC
CTTTTCACAGCTTTATGGCTGATCAGGTTTATCCCATGTTTTTCATCCTCTGTTTCTGAT
CGCTTCCTCTTAGCTTTCAAAGCCACAGTCTTCTTGTTGTTGTCATCTCCAGAGTCCTCG
TGCTTACCTGCTTCGAGTGGGAAGTTAAGAATGGCTTTGCTTCCTCTTAGTTTAAAAGCA
GCTCTATCGTAACCTCTTGCAGCTTCCACGGCCGTGTCAAAAGTACCTAGCCAGACACGA
ACACCTTTCTTGTTTGGGTCTCTGATCTCAGCCGCGTACTTACCCCACGGTCTACGCCTC
ACGCCTCTGTAATGCCTATGATCATCCTCTTGAACCACCGCTGCAGTAGTAGTAGGAACT
GAAATGGTGGCAAGAGATGGCTTGCGTTGGCTTAGAGTGGAGGTGGTGCTCTGATGGATG
CTAGAAACGAAAGTCTCTAAGGAAGGGAAATCGGTAAGGAGGTGTTGAGTTATGAGGTCC
AAAGCTGATTGGTCTTGTGAAAAAGCCATAAATGAAACTTTGGAGTCGTTGGTTTGTGGT
TTTGATTGTGTTGTGTTGTGGAGTTTTTGATTTGAGATTGGGGGAGATTATATAGAAGAA
GGAAGTGAAACTGAGAAGTTTCGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ38JQ U 26
AF RR1FZ38TF C 209
AF RR1F541JQ U 21
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AF RR1GW18JQ U 1
AF RR1GW18TF C 167
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AF RR1G690TF C 285
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ACTCCATGAGGAATCTTGAGTACAGTCCTTTATGTGTATATAATTACTATCTTATTTGTG
TGTTTGCTTGCCGATGGTTTATAATCCAAAGTTGCGGATGTCACCTCCATCAATAAGCTT
ACTTAACCCCGAGTTGAGAATGTCCTAAAGATGGATAAGGAGATAACGGAGGGACAGAAA
ATAGTCCCATCCCTATACCGTCTACTCCGTCCCAAAACCCCATC*AACTTGACGGGGTCA
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GGTTTATCCCATGTTTTTCATCCTCTGTTTCTGATCGCTTCCTCTTAGCTTTCAAAGCCA
CAGTCTTCTTGTTGTTGTCATCTCCAGAGTCCTCGTGCTTACCTGCTTCGAGTGGGAAGT
TAAAAATGGCTTTGCTTCCTCTTAGTTTAAAAGCAGCTCTATCGTAACCTCTTGCAGCTT
CCACGGCCGTGTCAAAAGTACCTAGCCAGA

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DS 

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GTCCCATCCCTATACCGTCTACTCCGTCCCAAAACCCCATC*AACTTGACGGTGTCAACG
GACAAGCCTCACCCTGAGCTTCTGTCTCTTCCCTTTTCACAGCTTTATGGCTGATCAGGT
TTATCCCATGTTTTTCATCCTCTGTTTCTGATCGCTTCCTCTTAGCTTTCAAAGCCACAG
TCTTCTTGTTGTTGTCATCTCCAGAGTCCTCGTGCTTACCTGCTTCGAGTGGGAAGTTAA
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CGGCCGTGTCAAAAGTACCTAGCCAGACACGAACACCTTTCTTGTTTGGGTCTCTGATCT
CAGCCGCGTACTTACCCCACGGTCTACGCCTCACGCCTCTGTAATGCCTATGATCATCCT
CTTGAACCACCGCTGCAGTAGT

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DS 

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GCATT
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ACTCCATGAGGAATCTTGAGTACAGTCCTTTATGTGTATATAATTACTATCTTATTTGTG
TGTTTGCTTGCCGATGGTTTATAATCCAAAGTTGCGGATGTCACCTCCATCAATAAGCTT
ACTTAACCCCGAGTTGAGAATGTCCTAGAGATGGATAAGGAGATAACGGAGGGACAGAGA
ATAGTCCCATCCCTATACCGTCTACTCCGTCCCAAAACCCCATCCAACTTGACGGTGTCA
ACGGACAAGCCTCACCCTGAGCTTCTGTCTCTTCCCTTTTCACAGCTTTATGGCTGATCA
GGTTTATCCCATGTTTTTCATCCTCTGTTTCTGATCGCTTCCTCTTAGCTTTCAGAGCCA
CAGTCTTCTTGTTGTTGTCATCTCCAGAGTCCTCGTGCTTACCTGCTTCGAGTGGGAAGT
TAAGAATGGCTTTGCTTCCTCTTAGTTTAAAAGCAGCTCTATCGTAACCTCTTGCAGCTT
CCACGGCCGTGTCAAAAGTACCTAGCCAGACACGAACACCTTTCTTGTTTGGGTCTCTGA
TCTCAGCCGCGTACTTACCCCACGGTCTACGCCTCACGCCTCTGTAATGCCTATGATCAT
CCTCTTGAACCACCGCTGCAGTAGTAGTAGGAACTGAAATGGTGGCAAGAGATGGCTTGC
GTTGGCTTA

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DS 

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TTACTATCTTATTTGTGTGTTTGCTTGCCGATGGTTTATAATCCAAAGTTGCGGATGTCA
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TAACGGAGGGACAGAGAATAGTCCCATCCCTATACCGTCTACTCCGTCCCAAAACCCCAT
CCAACTTGACGGTGTCAACGGACAAGCCTCACCCTGAGCTTCTGTCTCTTCCCTTTTCAC
AGCTTTATGGCTGATCAGGTTTATCCCATGTTTTTCATCCTCTGTTTCTGATCGCTTCCT
CTTAGCTTTCAAAGCCACAGTCTTCTTGTTGTTGTCATCTCCAGAGTCCTCGTGCTTACC
TGCTTCGAGTGGGAAGTTAAGAATGGCTTTGCTTCCTCTTAGTTTAAAAGCAGCTCTATC
GTAACCTCTTGCAGCTTCCACGGCCGTGTCAAAAGTACCTAGCCAGACACGAACACCTTT
CTTGTTTGGGTCTCTGATCTCAGCCGCGTACTTACCCCACGGTCTACGCCTCACGCCTCT
GTAATGCCTATGATCATCCTCTTGAACCACCGCTGCAGTAGTAG***GAACTGAAATGGT
GGCAAGAGATGGCTTGCGT

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GTATATAATTACTATCTTATTTGTGTGTTTGCTTGCCGATGGTTTATAATCCAAAGTTGC
GGATGTCACCTCCATCAATAAGCTTACTTAACCCCGAGTTGAGAATGTCCTAGAGATGGA
TAAGGAGATAACGGAGGGACAGAGAATAGTCCCATCCCTATACCGTCTACTCCGTCCCAA
AACCCCATCCAACTTGACGGTGTCAACGGACAAGCCTCACCCTGAGCTTCTGTCTCTTCC
CTTTTCACAGCTTTATGGCTGATCAGGTTTATCCCATGTTTTTCATCCTCTGTTTCTGAT
CGCTTCCTCTTAGCTTTCAAAGCCACAGTCTTCTTGTTGTTGTCATCTCCAGAGTCCTCG
TGCTTACCTGCTTCGAGTGGGAAGTTAAAAATGGCTTTGCTTCCTCTTAGTTTAAAAGCA
GCTCTATCGTAACCTCTTGCAGCTTCCACGGCCGTGTCAAAAGTACCTAGCCAGACACGA
ACACCTTTCTTGTTTGGGTCTCTGATCTCAGCCGCGTACTTACCCCACGGTCTACGCCTC
ACGCCTCTGTAATGCCTATGATCATCCTCTTGAACCACCGCTGCAGTAGTAGTAGGAACT
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CTAGAAACGAAAGTCTCTAAG
AAG

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DS 

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AT
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CCTAGAGATGGATAAGGAGATAACGGAGGGACAGAGAATAGTCCCATCCCTATAC*GTCT
ACTCCGTCCCAAAACCCCATCCAACTTGACGGTGTCAACGGACAAGCCTCACCCTGAGCT
TCTGTCTCTTCCCTTTTCACAGCTTTATGGCTGATCAGGTTTATCCCATGTTTTTCATCC
TCTGTTTCTGATCGCTTCCTCTTAGCTTTCAAAGCCACAGTCTTCTTGTTGTTGTCATCT
CCAGAGTCCTCGTGCTTACCTGCTTCGAGTGGGAAGTTAAGAATGGCTTTGCTTCCTCTT
AGTTTAAAAGCAGCTCTATCGTAACCTCTTGCAGCTTCCACGGCCGTGTCAAAAGTACCT
AGCCAGACACGAACACCTTTCTTGTTTGGGTCTCTGATCTCAGCCGCGTACTTACCCCAC
GGTCTACGCCTCACGCCTCTGTAATGCCTATGATCATCCTCTTGAACCACCGCTGCAGTA
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CTCTGATGGATGCTAGAAACGAAAGTCTCTAAGGAAGGGAAATCGGTAAGGAGGTGTTGA
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TTGGTTTGTGGTTTTGATTGTGTTGTGTTGT
CC

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ACCTAGCCAGACACGAACACCTTTCTTGTTTGGGTCTCTGATCTCAGCCGCGTACTTACC
CCACGGTCTACGCCTCACGCCTCTGTAATGCCTATGATCATCCTCTTGAACCACCGCTGC
AGTAGTAGTAGGAACTGAAATGGTGGCAAGAGATGGCTTGCGTTGGCTTAGAGTGGAGGT
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GTCGTTGGTTTGTGGTTTTGATTGTGTTGTGTTGT
CC

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DS 

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AGCTTCTGTCTCTTCCCTTTTCACAGCTTTATGGCTGATCAGGTTTATCCCATGTTTTTC
ATCCTCTGTTTCTGATCGCTTCCTCTTAGCTTTCAAAGCCACAGTCTTCTTGTTGTTGTC
ATCTCCAGAGTCCTCGTGCTTACCTGCTTCGAGTGGGAAGTTAAGAATGGCTTTGCTTCC
TCTTAGTTTAAAAGCAGCTCTATCGTAACCTCTTGCAGCTTCCACGGCCGTGTCAAAAGT
ACCTAGCCAGACACGAACACCTTTCTTGTTTGGGTCTCTGATCTCAGCCGCGTACTTACC
CCACGGTCTACGCCTCACGCCTCTGTAATGCCTATGATCATCCTCTTGAACCACCGCTGC
AGTAGTAG***GAACTGAAATGGTGGCAAGAGATGGCTTGCGTTGGCTTAGAGTGGAGGT
GGTGCTCTGATGGATGCTAGAAACGAAAGTCTCTAAGGAAGGGAAATCGGTAAGGAGGTG
TTGAGTTATGAGGTCCAAAGCTGATTGGTCTTGTGAAAAAGCCATAAATGAAACTTTGGA
GTCGTTGGTTTGTGGTTTTGATTGTGTTGTGTTGTGGAGTTTTTGATTTGAGATTGGGGG
AGATTATATAGAAGAAGGAAGTGAAACTGAGAAGTTTCGTAC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 8

CO CL788Contig1 977 8 33 U
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GTTTGTGGCCGACGGTGTGTTCTACGCTGAGTTGAACGAGGTTCTAACCAGGGAGCTAGC
AGAGGATGGTTACTCAGGTGTGGAGGTTAGGGTTACTCCCATGAGGACTGAGATTATCAT
CAGAGCCACCCGTACTCAAAATGTTCTCGGAGAGAAGGGAAGGAGAATCAGAGAGTTGAC
GTCCCTTGTTCAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAA
GGTTGCCAACAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCT
CGGTGGTCTTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTCATGGAGAGTGG
CGCTAAGGGTTGTGAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCCAAGTCCAT
GAAATTCAAGGACGGTTACATGGTTTCCTCTGGTCAACCTACCAAGGAATACATTGACTC
CGCAGTCAGACATGTTCTGCTCAGACAGGGTGTGCTCGGAATCAAGGTCAAGGTCATGCT
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TCCATTCTCCCAAGGAAGATGATGTTAGCTCTGCTCCAGCTCAGGTTGCCGCTCCGGCTG
CACTTCTACCAGAAGCTCCCCTTACAGCCGTAGATTACCCTGAGATGATCCCAGTCGCCT
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TATGTTCAGTTTTTTTGGCAGTTGAATGCGTTTAGTTCAATGGAACTTTTCGTCTTGAAT
AATGAATTGTTGCAGTG


BQ
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1DU88TF U 7
AF RR1FR79TF U 7
AF RR1EN15TF U 7
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BS 530 534 RR1E451TF
BS 535 535 RR1DU88TF
BS 536 556 RR1E451TF
BS 557 557 RR1DU88TF
BS 558 576 RR1E451TF
BS 577 577 RR1DU88TF
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BS 742 755 RR1EN15TF
BS 756 756 RR1FR79JQ
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BS 799 977 RR1FR79JQ

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GTTTGTGGCCGACGGTGTGTTCTACGCTGAGTTGAACGAGGTTCTAACCAGGGAGCTAGC
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GTCCCTTGTTCAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGGA
GGTTGCCAACAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCT
CGGTGGTCTTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTCATGGAGAGTGG
CGCTAATGGTTGTGAGGTCATTGTGAGTG

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DS 

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GGCT
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GTTACTCAGGTGTGGAGGTTAGGGTTACTCCAATGAGGACTGAGATTATCATCATAGCCA
CCCGTACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGAAGGAGAATCAGAGAGTTGACGTCCCTTG
TTCAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGTTGCCA
ACAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGTC
TTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTCATGGAGAGTGGCGCCAAGG
GATGTGAGGTTATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCACGTGCCAAGTCCATGAAATTCA
AGGACGGTTACATGGTTTCCTCTGGTCAACCTACCAAAGAGTACATCGACTCCGCAGTCA
GACATGTTTTGCTCAGACAGGGTGTGCTTGGAAT

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DS 

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GG
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CCGACGGTGTGTTCTACGCTGAGTTGAACGAGGTTCTAACCAGGGAGCTAGCAGAGGATG
GTTACTCAGGTGTGGAGGTTAGGGTTACTCCCATGAGGACTGAGATTATCATCAGAGCCA
CCCGTACTCAAAATGTTCTCGGAGAGAAGGGAAGGAGAATCAGAGAGTTGACGTCCCTTG
TTCAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGTTGCCA
ACAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGGTGGTC
TTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTCATGGAGAGTGGCGCTAAGG
GTTGTGAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCCAAGTCCATGAAATTCA
AGGACGGTTACATGGTTTCCTCTGGTCAACCTACCAAGGAATACATTGACTCCGCAGTCA
GACATGTTCTGCTCAGACAGGGTGTGCTCGGAATCAAAGTCAAGGTCATGCTTGACTGGG
ACCCTAAAGGGAGTATTGGGACCAAAGAC

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DS 

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GG
AGGGTTTTCGCGACTTGAACATCATGGCGACGCAAATCAGCAAGAAGAGGAAGTCTGTGG
CCGACGGTGTGTTCTACGCTGAGTTGAACGAGGTTCTAACCAGGGAGCTAGCAGAGGATG
GTTACTCAGGTGTGGAGGTTAGGGTTACTCCCATGAGGACTGAGATTATCATCAGAGCCA
CCCGTACTCAAAATGTTCTCGGAGAGAAGGGAAGGAGAATCAGAGAGTTGACGTCCCTTG
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GTTGTGAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCCAAGTCCATGAAATTCA
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TCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGGTGGTCTTGCCGTTC
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A
TGCTCTCTTTTTGT

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DS 

RD RR1DU88JQ 401 0 0
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DS 

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AGGACGGTTACATGGTTTCCTCTGGTCAACCTACCAAGGAATACATTGACTCCGCAGTCA
GACATGTTCTGCTCAGACAGGGTGTGCTCGGAATCAAGGTCAAGGTCATGCTTGACTGGG
ACCCTAA*GGGAGTATTGGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCATTCT
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ACTCGTTGGAATGCCTCTCTTTTTTGTCAAACCTTATCATCGTCTCTTTAAGATACTTCT
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GTTGCAGTG

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DS 

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CAGACAAGTTTTTTCTCATGTTGTTTTGAAACCTATGTTCAGTTTTTTTGGCAGTTGAAT
GCGTTTAGTTCAATGGAACTTTTCGTCTTGAATAATG

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DS 



AS 1 8

CO CL789Contig1 983 8 4 U
GGAAAATATTATTTCTTTAATTCTCATAAGAGAATGAAAGGATTTTTGATTGAGTAAGTT
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TAATAACTCAATCAAAATTAAATTATCCACAAGAACACCAATTTTTGTTATGCTTAATAT
ATTTAATTTGATCTGTATTTGTTTTAATTCGGCCCTTTTTTCAAGCACTTTTTTAGTCGC
CAAATTGCCGGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCATAGATGTTATGCCCGTAATACC
TCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCAGCTGTAAGTTTTCGATGAAATTA
TTAATACTGTCTTAGACAAATTCACGATTTTGATTCTTGCAACAATTCAAAAGATTCAAA
AATCTTGACGTAGGAAAGAACTCTCAATTCAAACATTGAATTTTTTTGGTAGCCATACTA
AATCTGGATCATTTGATTTCCTCAGTTTTATCCTCTTTTCTCTAAATGAAAGAACTTAAT
TAGATTCGAGTTCACTCACAAAAAAAATATCTAGATATTTAGTATAAAAATAGAGAATCT
ATTCTCTTTTTTTTTTTTCAAAAAAAAAGTAAGATCTTGGAGATTGTGTAATGCTTACTC
TCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTATATTCTTTGTTTCTCTCTTCATATTTGGATTCC
TATCTAATGATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGAAGAATAAAAAACCTTTCTTTTTTATT
ACTTTATTTAATATTTAATTAGTGAAAATGTGCGAATTTTATTAGCATTTTATCTATTTC
ACATCATCAAAAAGCGGAAGGGAAAGAGAGGGACTCGAACCCTCGGTACGATTAACTCGT
ACAATGGATTAGCAATCCAACGCTTTAGTCCACTCAGCCATCTCTCCTAATCGAAAAGGG
ATACTTATTAGGTTCCATTAGAC


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM06JQ C 216
AF RR1DM06TF U 216
AF RR1DG49JQ C 1
AF RR1DG49TF U 1
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AF RR1BP03TF U 1
AF RR1BP03JQ C 263
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QA 1 344 1 344
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CTTGCAACAATTCAAAAGATTCAAAAATCTTGACGTAGGAAAGAACTCTCAATTCAAACA
TTGAATTTTTTTGGTAGCCATACTAAATCTGGATCATTTGATTTCCTCAGTTTTATCCTC
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QA 1 344 1 344
DS 

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QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1CF80JQ 559 0 0
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CAAATTGCCGGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCATAGATGTTATGCCCGTAATACC
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TAGATTCGAGTTCACTCAC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1CF80TF 559 0 0
GGAAAATATTATTTCTTTAATTCTCATAAGAGAATGAAAGGATTTTTGATTGAGTAAGTT
CAACAAAGTCTTTTTAGACTATCTTTATTTATTTATTTTTTCCTTATATAAAAAATATAT
TAATAACTCAATCAAAATTAAATTATCCACAAGAACACCAATTTTTGTTATGCTTAATAT
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TCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCAGCTGTAAGTTTTCGATGAAATTA
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AATCTTGACGTAGGAAAGAACTCTCAATTCAAACATTGAATTTTTTTGGTAGCCATACTA
AATCTGGATCATTTGATTTCCTCAGTTTTATCCTCTTTTCTCTAAATGAAAGAACTTAAT
TAGATTCGAGTTCACTCAC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1BP03TF 754 0 0
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CAACAAAGTCTTTTTAGACTATCTTTATTTATTTATTTTTTCCTTATATAAAAAATATAT
TAATAACTCAATCAAAATTAAATTATCCACAAGAACACCAATTTTTGTTATGCTTAATAT
ATTTAATTTGATCTGTATTTGTTTTAATTCGGCCCTTTTTTCAAGCACTTTTTTAGTCGC
CAAATTGCCGGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCATAGATGTTATGCCCGTAATACC
TCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCAGCTGTAAGTTTTCGATGAAATTA
TTAATACTGTCTTAGACAAATTCACGATTTTGATTCTTGCAACAATTCAAAAGATTCAAA
AATCTTGACGTAGGAAAGAACTCTCAATTCAAACATTGAATTTTTTTGGTAGCCATACTA
AATCTGGATCATTTGATTTCCTCAGTTTTATCCTCTTTTCTCTAAATGAAAGAACTTAAT
TAGATTCGAGTTCACTCACAAAAAAAATATCTAGATATTTAGTATAAAAATAGAGAATCT
ATTCTCTTTTTTTTTTTTCAAAAAAAA*GTAAGATCTTGGAGATTGTGTAATGCTTACTC
TCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTATATTCTTTGTTTCTCTCTTCATATTTGGATTCC
TATCTAATGATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1BP03JQ 721 0 0
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TTTGTTTGGCAAGCAGCTGTAAGTTTTCGATGAAATTATTAATACTGTCTTAGACAAATT
CACGATTTTGATTCTTGCAACAATTCAAAAGATTCAAAAATCTTGACGTAGGAAAGAACT
CTCAATTCAAACATTGAATTTTTTTGGTAGCCATACTAAATCTGGATCATTTGATTTCCT
CAGTTTTATCCTCTTTTCTCTAAATGAAAGAACTTAATTAGATTCGAGTTCACTCACAAA
AAAAATATCTAGATATTTAGTATAAAAATAGAGAATCTATTCTCTTTTTTTTTTTTCAAA
AAAAAAGTAAGATCTTGGAGATTGTGTAATGCTTACTCTCAAACTTTTTGTATACACTGT
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TGAAAATGTGCGAATTTTATTAGCATTTTATCTATTTCACATCATCAAAAAGCGGAAGGG
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CTTTAGTCCACTCAGCCATCTCTCCTAATCGAAAAGGGATACTTATTAGGTTCCATTAGA
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 8

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T*CCTCGCGGCGCCGTGTCTCGCCAAGTCCGTGACGGGAATGCGCTTTGACGCTGTAGTG
AGAGCGAATCTGAGCTACGGGAGCCTTGTCGGAGTAGAAGGATTGTCGCAGTTCGAGCTG
TTTTTGTGGCTGTCGGTGAAAGATATTGTCGTCAAGAAACCTGATTCCGGCGTCATTATA
ATCGATATCGGCGTTGCTTATAAACAACTCTCGCGTTCTCTCTTTGAAGATCCTCCCAAG
TGTTTACCTCACGGAGATTTGAAAAAAAAGACGAGAGGATATGGAGGATTTGAAGCTCTC
AAGATGAAAAATTTTAAAGAAGGGTGGATATCTCGATTGTTCTTTTGATTTATTCCATAT
TATGCACTGATCAGAAAAACCAATATGCTAATTATATGAGTCGGTTAGGTTTTTGTTTAA
GAGTTCTTGTAAAGAAAAGATTCTCAATGTTCTATCCTATGTTTTTGTTCCTAGTTTATA
TTTTCTGTTCATCATGATGATGTTTTTGCTAGTAATTTATGTGATTGTTAATATTACTTG
CAAATCCAGTGTTAG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ70TF U 1
AF RR1GK38TF U 1
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AF RR1ET52TF U 1
AF RR1ET52JQ C 312
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AF RR1DP26TF U 1
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RD RR1GJ70TF 640 0 0
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QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1GK38TF 651 0 0
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T*CCTCGCGGCGCCGTGTCTCGCCAAGTCCGTGACGGGAATGCGCTTTGACGCTGTAGTG
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QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1ER07TF 717 0 0
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T*CCTCGCGGCGCCGTGTCTCGCCAAGTCCGTGACGGGAATGCGCTTTGACGCTGTAGTG
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QA 1 717 1 717
DS 

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TTTTTGTGGCTGTCGGTGAAAGATATTGTCGTCAAGAAACCTGATTCCGGCGTCATTATA
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TATGCACTGATCAGAAAAACCAATATGCTAATTATATGAGTCGGTTAGGTTTTTGTTTAA
GAGTTCTTGTAAAGAAAAGATTCTCAATGTTCTATCCTATGTTTT*GTTCCTAGTTTATA
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TGTTAATAAAAAA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1ET52JQ 459 0 0
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AAGAAAAGATTCTCAATGTTCTATCCTATGTTTT*GTTCCTAGTTTATATTTTCTGTTCA
TCATGATGATGTTTTTGCTAGTAATTTATGTGATT
TGTT

QA 1 455 1 455
DS 

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GG
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ACCCCAAGAGGTTGACTCTTACACTCTTTACAACGACGGTCGTCTCGAGGTTTT*CCTCG
CGGCGCCGTGTCTCGCCAAGTCCGTGACGGGAATGCGCTTTGACGCTGTAGTGAGAGCGA
ATCTGAGCTACGGGAGCCTTGTCGGAGTAGAAGGATTGTCGCAGTTCGAGCTGTTTTTGT
GGCTGTCGGTGAAAGATATTGTCGTCAAGAAACCTGATTCCGGCGTCATTATAATCGATA
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CTCACGGAGATTTGAAAAAAAAGACGAGAGGATATGGAGGATTTGAAGCTCTCAAGATGA
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TGTAAAGAAAAGATTCTCAATGTTCTATCCTATGTTTTTGTTCCTAGTTTATATTTTCTG
TTCATCATGATGATGTTTTTGCTAGTAATTTATGTGATT
TG

QA 3 761 3 761
DS 

RD RR1DP26JQ 663 0 0
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ACGTTCTTCGATCAAAAGGTCTCCCCGCGGGACTATTACCCCAAGAGGTTGACTCTTACA
CTCTTTACAACGACGGTCGTCTCGAGGTTTT*CCTCGCGGCGCCGTGTCTCGCCAAGTCC
GTGACGGGAATGCGCTTTGACGCTGTAGTGAGAGCGAATCTGAGCTACGGGAGCCTTGTC
GGAGTAGAAGGATTGTCGCAGTTCGAGCTGTTTTTGTGGCTGTCGGTGAAAGATATTGTC
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ATTATATGAGTCGGTTAGGTTTTTGTTTAAGAGTTCTTGTAAAGAAAAGATTCTCAATGT
TCTATCCTATGTTTTTGTTCCTAGTTTATATTTTCTGTTCATCATGATGATGTTTT
TGCTAGT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1DP26TF 795 0 0
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TCTCCTCACCGTCTTCTCCGACGATCCACGACGTTCTTCGATCAAAAGGTCTCCCCGCGG
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T*CCTCGCGGCGCCGTGTCTCGCCAAGTCCGTGACGGGAATGCGCTTTGACGCTGTAGTG
AGAGCGAATCTGAGCTACGGGAGCCTTGTCGGAGTAGAAGGATTGTCGCAGTTCGAGCTG
TTTTTGTGGCTGTCGGTGAAAGATATTGTCGTCAAGAAACCTGATTCCGGCGTCATTATA
ATCGATATCGGCGTTGCTTATAAACAACTCTCGCGTTCTCTCTTTGAAGATCCTCCCAAG
TGTTTACCTCACGGAGATTTGAAAAAAAAGACGAGAGGATATGGAGGATTTGAAGCTCTC
AAGATGAAAAATTTTAAAGAAGGGTGGATATCTCGATTGTTCTTTTGATTTATTCCATAT
TATGCACTGATCAGAAAAACCAATATGCTAATTATATGAGTCGGTTAGGTTTTTGTTTAA
GAGTTCTTGTAAAGAAA*GATTCTCAATGTTCTATCCTATGTTTT*GTTCCTAGTTTATA
TTT*CTGT*CATCATGATGATGTTTT*GCTAGTA*TTTATGTGATTGTTAATATTACTTG
CAAATCCAGTGTTAG

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 6

CO CL791Contig1 985 6 10 U
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TGGAGAAAAGAAAAGAGAAACTGGAATTGTAAGAATAAGGGGTTTGGATGTGTTGTATAG
GTTTGAAGTTGTAGAGATTGATTGAGAATCGATTCTTGTGTGTGGAAATGTCTGGCGTTG
GCGAGAACCAGCTTATCTCCATTGTACCTGATGAACTCAAATTCCTTTTTGAACTCGAGA
AACAAAGCTACTGTGATCTTAAAGTTGCCAATAAAACTGACAACTATGTTGCTTTCAAGG
TGAAGACAACATCTCCAAAAAAGTATTTTGTTAGACCCAACACTGGTGTCATTCAGCCCT
GGGACTCCTGCATCATTCGAGTTACTCTACAAGCGCAAAGGGAGTATCCTCCAGACATGC
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AGGTCTCTTATATCTCCTCCTCTACTACAACCCAAAGATCCTCTGATTCTGGAGCTACCA
ATGTCGATGCAAATTCCTCTGAAACCATCTCTACTGTTCAGCGGTTGAAGGAAGAGCGAG
ATGCAGCTGTAAAGCAAACACAACAGCTCCAACATGAATTGGAGATGGTGAAGAAACGAA
GAAATAACAGTGGAGATGGGTTATCCTTGAAGTTGGCAGCTTTGGTTGGACTCATTGGAC
TTATCATCGGTTTCATCCTAAAACTCACCTTAGCTTCTTCTCCCACATAAAAAAAGCTAA
TCCAAAACGGTTCTGGGGTATTCTACTCTGTTAACCTTCTGTCTCTCACTATGATCTGTT
CTACTTTTGTTTTTGTCCATTAAAAGGTTTGCTTCTTCGTCAGTTGTATTGGATGTACAT
TTTTGACTCAACAGACTCTTTCGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FE49TF U 70
AF RR1C796TF U 1
AF RR1GW07TF U 107
AF RR1GW07JQ C 313
AF RR1C796JQ C 362
AF RR1FE49JQ C 478
BS 1 91 RR1C796TF
BS 92 92 RR1FE49TF
BS 93 135 RR1C796TF
BS 136 136 RR1FE49TF
BS 137 633 RR1C796TF
BS 634 834 RR1GW07TF
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BS 908 969 RR1GW07JQ
BS 970 985 RR1C796JQ

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GCAT

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DS 

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GTTTGAAGTTGTAGATATTGATTGAGAATCGATTCTTGTGTGTGGAAATGTCTGGCGTTG
GCGAGAACCAGCTTATCTCCATTGTACCTGATGAACTCAAATTCCTTTTTGAACTCGAGA
AACAAAGCTACTGTGATCTTAAAGTTGCCAATAAAACTGACAACTATGTTGCTTTCAAGG
TGAAGACAACATCTCCAAAAAAGTATTTTGTTAGACCCAACACTGGTGTCATTCAGCCCT
GGGACTCCTGCATCATTCGAGTTACTCTACAAGCGCAAAGGGAGTATCCTCCAGACATGC
AGTGCAAAGACAAGTTTCTCCTTCAAAGCACCCTTGTTCCTCCCCACACTGATGTTGATG
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AGGTCTCTTATATCTCCTCCTCTACTACAACCCAAAGATCCTCTGATTCTGGAGCTACCA
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DS 

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TTCTACTTT

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DS 

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TCATCCTAAAACTCACCTTAGCTTCTTCTCCCACATAAAAAAAGCTAATCCAAAACGGTT
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TTGTCCATTAAAAGGTTTGCTTCTTCGTCAGTTGTATTGGATGTACATTTTTGACTC

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DS 

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CCTTCCCCAAGACACTTTTACAAAGGACAGTGGGAAAACATTGACAGAGTGTAAGCTCAA
GGTCTCTTATATCTCCTCCTCTACTACAACCCAAAGATCCTCTGATTCTGGAGCTACCAA
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TATCATCGGTTTCATCCTAAAACTCACCTTAGCTTCTTCTCCCACATAAAAAAAGCTAAT
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TACTTTTGTTTTTGTCCATTAAAAGGTTTGCTTCTTCGTCAGTTGTATTGGATGTACATT
TTTGACTCAACAGACTCTTTCGTG

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DS 

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CCAATGTCGATGCAAATTCCTTTGAAACCATCTTTACTGTTCAGCGGTTGAAGGAAGAGC
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GAAGAAATAACAGTGGAGATGGGTTATCCTTAAAGTTGGCAGCTTTGGTTGGACTCATTG
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TAATCCAAAACGGTTTTGGGGTATTTTACTCTGTTAACCTTCTGTCTCTCACTATGATCT
GTTCTACTTTTGTTTTTGTCCATTAAAAGGTTTGCTTTTTCGTCAGTTGTATTGGATGTA
CATTTTTGACTCAACAGACTCTTTCGTG

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DS 



AS 2 8

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TCTTGTTGAAGAAGACAGTTGATTCACCCTCGGAAGCAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT09JQ U 1
AF RR1CT09TF C 1
AF RR1BV73JQ U 17
BS 1 602 RR1CT09JQ
BS 603 699 RR1BV73JQ

RD RR1CT09JQ 603 0 0
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CC
C

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1CT09TF 603 0 0
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AGGAGGGTACTGAATACAAATCACAAATAAGAAAAGAGTGTCTTGAGAGACAAACATACA
CTCAAACCAGAGAGAAAAATACAGGAAACATAAGAACTATAGGTTTTTTGCTATTATTCA
CCGCACATTCAGTTGTTCTTGAAACATGTTTGTCCATTACTGCTGCTGCGGGTGCACACA
TATCATCAGATCACTCTGCGTAGTCTTCACCTGCACCGTGTTTAGCAGAACCATTCGTCT
TATGTGCATCATCTCCTTCTTCAGGGATGTCAGAAGTCCACAAGGTCAAATTGTCCCTAA
GGAGTTGCAAAATCAAAGTGCTATCTTTGTAAGATTCCTCATTCAGACTGTCAAGTTCTG
AGATTGCTTCATCAAACGCCTGCTTAGCAAGCTCACATGCCCTTTCAGGTGAGTTCATGA
TCTCATAGTAGAAGACAGAGAAATTCAAAGCCAATCCCAATCTGATTGGATGTGTAGGAG
GAAGTTTAGCCTCAGCAGAAGTAGTAGCAATCTCATAGGCTTTCAAAGACTGATCAGCAG
CC
C

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1BV73JQ 683 0 0
AGAAA
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CACAAATAAGAAAAGAGTGTCTTGAGAGACAAACATACACTCAAACCAGAGAGAAAAATA
CAGGAAACATAAGAACTATAGGTTTTTTGCTATTATTCACCGCACATTCAGTTGTTCTTG
AAACATGTTTGTCCATTACTGCTGCTGCGGGTGCACACATATCATCAGATCACTCTGCGT
CGTCTTCACCTGCACCGTGTTTAGCAGAACCATTCGTCTTATGTGCATCATCTCCTTCTT
CAGGGATGTCAGAAGTCCACAAGGTCAAATTGTCCCTAAGGAGTTGCAAAATCAAAGTGC
TATCTTTGTAAGATTCCTCATTCAGACTGTCAAGTTCTGAGATTGCTTCATCAAACGCCT
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AATTCAAAGCCAATCCCAATCTGATTGGATGTGTAGGAGGAAGTTTAGCCTCAGCAGAAG
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ATTCACCCTCGGAAGCAG

QA 6 683 6 683
DS 



CO CL792Contig2 1180 5 23 U
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GATCGGTTCAAGGAGAGCTTCGTGGAGGATCTTCTCGTCGATCGAGCAGAAAGAAGCAGT
GAAAGGGAACGATGTTAATGTAAAGAGGATCAAAGATTATATGGAGAAGGTTGAGCTAGA
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TGCTGAGTTTAAATCAGGAGATGAGAGGAAAGAGGCTGCTGATCAGTCTTTGAAAGCCTA
TGAGATTGCTACTACTTCTGCTGAGGCTAAACTTCCTCCTACACATCCAATCAGATTGGG
ATTGGCTTTGAATTTCTCTGTCTTCTACTATGAGATCATGAACTCACCTGAAAGGGCATG
TGAGCTTGCTAAGCAGGCGTTTGATGAAGCAATCTCAGAACTTGACAGTCTGAATGAGGA
ATCTTACAAAGATAGCACTTTGATTTTGCAACTCCTTAGGGACAATCTGACCTTGTGGAC
TTCTGACATCCCTGAAGAAGGAGATGATGCACATAAGACGAATGGTTCTGCTAAACACGG
TGCAGGTGAAGACGACGCAAAGTGATCTGATGATATGTGTGCACCCGCAGTAATGGACAA
ACATGTTTCAAGAACAACTGAATGTGCGGTGAATAATAGCAAAAAACCTATAGTTCTTAT
GTTTCCTAGTATCATTATTGTCTATATATTGTACTCTCTGGTTTGATGTATGCTTGTCTC
TCAAGACACTCTTTTCTTGTTTGTGATTTGTATTCAGTACTGTCTTCTTCACCCATTGCT
CTTCTCTCTCACTATGTATTCCTATGGATCCACTCTTATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER88TF U 1
AF RR1BV73TF U 80
AF RR1C619TF U 41
AF RR1C619JQ C 327
AF RR1ER88JQ C 448
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QA 1 778 1 778
DS 

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GG
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QA 3 653 3 653
DS 

RD RR1C619TF 814 0 0
GG
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CGAGCAGAAAGAAGCAGTGAAAGGGAACGATGTTAATGTAAAGAGGATCAAAGATTATAT
GGAGAAGGTTGAGCTAGAGCTCACAAGTATATGCATTGACATAATGTCTGTGTTAGATGA
GCATCTGATCCCATCTGCTTCCGAGGGTGAATCAACTGTCTTCTTCAACAAGATGAAAGG
TGATTATTACCGCTATCTTGCTGAGTTTAAATCAGGAGATGAGAGGAAAGAGGCTGCTGA
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TGACAGTCTGAATGAGGA*TCTTACAAAGATAGCACTTTGATTT*GCA*CTCCTTAGG*A
CA*TCTGACCTTGTGGACTTCTGACATCCCTG

QA 3 814 3 814
DS 

RD RR1C619JQ 854 0 0
GAGATC
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AAGATTATATG*AGAAGGTTGAGCTAGAGCTCACAAGTATATGCATTGACATAATGTCTG
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AGATGAAAGGTGATTATTACCGCTATCTTGCTGAGTTTAAATCAGGAGATGAGAGGAAAG
AGGCTGCTGATCAGTCTTTGAAAGCCTATGAGATTGCTACTACTTCTGCTGAGGCTAAAC
TTCCTCCTACACATCCAATCAGATTGGGATTGGCTTTGAATTTCTCTGTCTTCTACTATG
AGATCATGAACTCACCTGAAAGGGCATGTGAGCTTGCTAAGCAGGCGTTTGATGAAGCAA
TCTCAGAACTTGACAGTCTGAATGAGGAATCTTACAAAGATAGCACTTTGATTTTGCAAC
TCCTTAGGGACAATCTGACCTTGTGGACTTCTGACATCCCTGAAGAAGGAGATGATGCAC
ATAAGACGAATGGTTTTGCTAAACACGGTGCAGGTGAAGACGACGCAAAGTGATCTGATG
ATATGTGTGCACCCGCAGTAATGGACAAACATGTTTCAAGAACAACTGAATGTGCGGTGA
ATAATAGCAAAAAACCTATAGTTCTTATGTTTCCTAGTATCATTATTGTCTATATATTGT
ACTCTCTGGTTTGATGTATGCTTGTCTCTCAAGACACTCTTTTCTTGTTTGTGATTTGTA
TTCAGTACTGTCTTCTTCACCCATTGCTCTTCTCTCTCACTATGTATTCCTATGGATCCA
CTCTTATA

QA 7 854 7 854
DS 

RD RR1ER88JQ 733 0 0
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CAACAAGATGAAAGGTGATTATTACCGCTATCTTGCTGAGTTTAAATCAGGAGATGAGAG
GAAAGAGGCTGCTGATCAGTCTTTGAAAGCCTATGAGATTGCTACTACTTCTGCTGAGGC
TAAACTTCCTCCTACACATCCAATCAGATTGGGATTGGCTTTGAATTTCTCTGTCTTCTA
CTATGAGATCATGAACTCACCTGAAAGGGCATGTGAGCTTGCTAAGCAGGCGTTTGATGA
AGCAATCTCAGAACTTGACAGTCTGAATGAGGAATCTTACAAAGATAGCACTTTGATTTT
GCAACTCCTTAGGGACAATCTGACCTTGTGGACTTCTGACATCCCTGAAGAGGGAGATGA
TGCACATAAGACGAATGGTTCTGCTAAACACGGTGCAGGTGAAGACGACGCAAAGTGATC
TGATGATATGTGTGCACCCGCAGTAATGGACAAACATGTTTCAAGAACAACTGAATGTGC
GGTGAATAATAGCAAAAAACCTATAGTTCTTATGTTTCCTAGTATCATTATTGTCTATAT
**TGTACTCTCTGGTTTGATGTATGCTTGTCTCTCAAGACACTCTTTTCTTGTTTGTGAT
TTGTATTCAGTACTGTCTTCTTCACCCATTGCTCTTCTCTCTCACTATGTATTCCTAT
GGATCCACTCTTATA

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 8

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TTATTCGATCCACATACAAATATATGCAAACAAGTACTAACAAGTAAAACGACATAGTAT
CGAAATTCAACATCCGCAGCAATTTGAGAGTGTTAAATTTACTTAAGGGCACTTGCGGCG
ACCACCGTGGGTGGTGAGGGTAGCGTAGCACTCACACTTGTCGTAGTTTCCATACGTACC
AGGTGGCACACAGTTGCATCTTGCGCAACAAGTCCCGCAGGCTCTGTGGCAAAGGTTAGG
TCTACTTGAGAGCCTGCACCTTGCTACACAAGCACTTCCACAATCAATTTTACTGCCGTA
ACCCTTCTTTTTGTTTGAGTTTTCCACATCGGCCTGGACGAGTTGGAGAACAATAAGTGA
TATGAGAAAAGAAGCAATAAGGGCTTTTGAAATCGCCATATTTCTCGAGATGATTATAAT
ATGAGAGAACTCAATGAAGATAATGTGTGTTTTGAGTTTTGTTGTGTCCCCT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

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C

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CC

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T
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CC

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CC

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DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 
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GGTCTTTGGAGAAAGGAACCAACCTTGATAACATACTTGACATGTTGGATAAGGTTCTTC
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TGGGGAAGTTCATGTCCAGTATAAGAGATGTTGGTGTACAGGGGGCTTGTGGTTCCTGAT
GTTCCTCTTGAGGAAACTGAGTTGCTGAGAGAAGGAGCACTTAGCAACGGCATTGAACTG
GTCCTACTCACGA

QA 1 373 1 373
DS 

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TGCTTCCTCAACTCCCCAAAACCCCAAATCGGAATCCGCCACTCTTCTCCCGACTCCTCC
CTCTCTTTCAAGAGATTAACTCCCATCGCCGCCCTCTCCACCTCTTCTCCCACCCTCGGT
CTCGCCGATACGTTCACCCAGCTCAAAAAACAGGGCAAAGTAGCATTCATACCGTACATC
ACAGCTGGTGACCCAGATCTCGCTACTACTGCTGAAGCATTGAAAGTTCTTGACGCTTGT
GGTTCCGACATTATCGAACTGGGTGTTCCTTACTCCGACCCTTTAGCCGATGGACCTGTT
ATTCAGGCTGCGGCGACAAGGTTTTTGGAGAAAGGAACCAACCTTGATAACATACTTGAC
ATGTTGGATAAGGTTCTTCCAGAGTTATCGTGTCCAGTTTCGCTGTTTACTTATTACAAC
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TAGCAACGGCATTGAACTGGTCCTACTCACGACACCAACCACACCAACAGAGAGGATGAA
GCGAATTGTTGAAGCATC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1AJ77TF 785 0 0
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CCACCTCTTCTCCCACCCTCGGTCTCGCCGATACGTTCACCCAGCTCAAAAAACAGGGCA
AAGTAGCATTCATACCGTACATCACAGCTGGTGACCCAGATCTCGCTACTACTGCTGAAG
CATTGAAAGTTCTTGACGCTTGTGGTTCCGACATTATCGAACTGGGTGTTCCTTACTCCG
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CCTGAGCATGTGAAACAGATAGCTGGTTGGGGAGCTGATGGAGTGATCGTAG*AAGTGCA
ATGGT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1EZ77TF 705 0 0
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AACATACTTGACATGTTGGATAAGGTTCTTCCAGAGTTATCGTGTCCAGTTTCGCTGTTT
ACTTATTACAACCCGATTCTCAAACGTGGGTTGGGGAAGTTCATGTCCAGTATAAGAGAT
GTTGGTGTACAGGGG*CTTGTGGTTCCTGATGTTCCTCTTGAGGAAACTGAGTTGCTGAG
AGAAGGAGCACTTAGCAACGGCATTGAACTGGTCCTACTCACGACACCAACCACACCAAC
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AGGAGTGACCGGTGCACGTTCATCTGTCAGCGGAAAGGTTGAGTCGCTCTTGAAGGATAT
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GAAACAGATAGCTGGTTGGGGAGCTGATGGAGTGATCGTAGGAAGTGCAATGGTGAGGCT
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TCTCAAATCTGCTCTTCTTTGAAAACACAAAGAAAAAA*TAACATTTGCAGACCGCTTCA
TTGATTGTGTTTTATTTTACTTCAGTAATGTATGAAAA*TGATGT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1FF77TF 747 0 0
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AACATACTTGACATGTTGGATAAGGTTCTTCCAGAGTTATCGTGTCCAGTTTCGCTGTTT
ACTTATTACAACCCGATTCTCAAACGTGGGTTGGGGAAGTTCATGTCCAGTATAAGAGAT
GTTGGTGTACAGGGG*CTTGTGGTTCCTGATGTTCCTCTTGAGGAAACTGAGTTGCTGAG
AGAAGGAGCACTTAGCAACGGCATTGAACTGGTCCTACTCACGACACCAACCACACCAAC
AGAGAGGATGAAGCGAATTGTTGAAGCATCAGAAGGGTTTATTTACCTTGTGAGCTCAAT
AGGAGTGACCGGTGCACGTTCATCTGTCAGCGGAAAGGTTGAGTCGCTCTTGAAGGATAT
CAAAGAGGCAACAGACAAGCCAGTGGCGGTTGGTTTTGGAATATCAAAGCCTGAGCATGT
GAAACAGATAGCTGGTTGGGGAGCTGATGGAGTGATCGTAGGAAGTGCAATGGTGAGGCT
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TCTCAAATCTGCTCTTCTTTGAAAACACAAAGAAAAAA*TAACATTTGCAGACCGCTTCA
TTGATTGTGTTTTATTTTACTTCAGTAATGTATGAAAA*TGATGTTCCAAACTGTTGAGA
CATTTCAAGTATAATGATAATTAAAAA

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1AJ77JQ 753 0 0
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CATGTTGGATAAGGTTCTTCCAGAGTTATCGTGTCCAGTTTCGCTGTTTACTTATTACAA
CCCGATTCTCAAACGTGGGTTGGGGAAGTTCATGTCCAGTACAAGAGATGTTGGTGTACA
GGGG*CTTGTGGTTCCTGATGTTCCTCTTGAGGAAACTGAGTTGCTGAGAGAAGGAGCAC
TTAGCAACGGCATTGAACTGGTCCTACTCACGACACCAACCACACCAACAGAGAGGATGA
AGCGAATTGTTGAAGCATCAGAAGGGTTTATTTACCTTGTGAGCTCAATAGGAGTGACCG
GTGCACGTTCATCTGTCAGCGGAAAGGTTGAGTCGCTCTTGAAGGATATCAAAGAGGCAA
CAGACAAGCCAGTGGCGGTTGGTTTTGGAATATCAAAGCCTGAGCATGTGAAACAGATAG
CTGGTTGGGGAGCTGATGGAGTGATCGTAGGAAGTGCAATGGTGAGGCTTTTGGGAGATG
CCAAGTCACCAACTGAAGGGCTCAAGGAGCTTGAGCGTCTCACAAAGTCTCTCAAATCTG
CTCTTCTTTGAAAACACAAAGAAAAAAATAACATTTGCAGACCGCTTCATTGATTGTGTT
TTATTTTACTTCAGTAATGTATGAAAA*TGATGTTCCAAACTGTTGAGACATTTCAAGTA
TAATGATAATTAAAAACTTTCGGTTTGATTTCG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1AV82JQ 720 0 0
GGAGAAAGGAACCAACCTTGATAACATACTTGACATGTTGGATAAGGTTCTTCCAGAGTT
ATCGTGTCCAGTTTCGCTGTTTACTTATTACAACCCGATTCTCAAACGTGGGTTGGGGAA
GTTCATGTCCAGTATAAGAGATGTTGGTGTACAGGGG*CTTGTGGTTCCTGATGTTCCTC
TTGAGGAAACTGAGTTGCTGAGAGAAGGAGCACTTAGCAACGGCATTGAACTGGTCCTAC
TCACGACACCAACCACACCAACAGAGAGGATGAAGCGAATTGTTGAAGCATCAGAAGGGT
TTATTTACCTTGTGAGCTCAATAGGAGTGACCGGTGCACGTTCATCTGTCAGCGGAAAGG
TTGAGTCGCTCTTGAAGGATATCAAAGAGGCAACAGACAAGCCAGTGGCGGTTGGTTTTG
GAATATCAAAGCCTGAGCATGTGAAACAGATAGCTGGTTGGGGAGCTGATGGAGTGATCG
TAGGAAGTGCAATGGTGAGGCTTTTGGGAGATGCCAAGTCACCAACTGAAGGGCTCAAGG
AGCTTGAGCGTCTCACAAAGTCTCTCAAATCTGCTCTTCTTTGAAAACACAAAGAAAAAA
ATAACATTTGCAGACCGCTTCATTGATTGTGTTTTATTTTACTTCAGTAATGTATGAAAA
*TGATGTTCCAAACTGTTGAGACATTTCAAGTATAATGATAATTAAAAACTTTCGGTTTG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1CE62JQ 692 0 0
TTGATAACATACTTGACATGTTGGATAAGGTTCTTCCAGAGTTATCGTGTCCAGTTTCGC
TGTTTACTTATTACAACCCGATTCTCAAACGTGGGTTGGGGAAGTTCATGTCCAGTATAA
GAGATGTTGGTGTACAGGGG*CTTGTGGTTCCTGATGTTCCTCTTGAGGAAACTGAGTTG
CTGAGAGAAGGAGCACTTAGCAACGGCATTGAACTGGTCCTACTCACGACACCAACCACA
CCAACAGAGAGGATGAAGCGAATTGTTGAAGCATCAGAAGGGTTTATTTACCTTGTGAGC
TCAATAGGAGTGACCGGTGCACGTTCATCTGTCAGCGGAAAGGTTGAGTCGCTCTTGAAG
GATATCAAAGAGGCAACAGACAAGCCAGTGGCGGTTGGTTTTGGAATATCAAAGCCTGAG
CATGTGAAACAGATAGCTGGTTGGGGAGCTGATGGAGTGATCGTAGGAAGTGCAATGGTG
AGGCTTTTGGGAGATGCCAAGTCACCAACTGAAGGGCTCAAGGAGCTTGAGCGTCTCACA
AAGTCTCTCAAATCTGCTCTTCTTTGAAAACACAAAGAAAAAAATAACATTTGCAGACCG
CTTCATCGATTGTGTTTTATTTTACTTCAGTAATGTATGAAAAATGATGTTCCAAACTGT
TGAGACATTTCAAGTATAATGATAATTAAAAA

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 7

CO CL795Contig1 848 7 12 U
GGGATTGTTTACTCTTGTTTCCGTCACTTGGGTCTTGTACTCTTTGTCGAGATCGAATCG
TGTATCCGTCCTCTCTGTCTCAGCTTACCTCAACCATCAGAGAAGAAGAAAATTTCGAGA
TGGGACCTGGAGATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGTGGTATGCCTCTTTGCATCTGTG
TTGCTCCACCCAAAACCTCACAGGCTACACGGGCTCCTATACCTCTTTCTCAGTCAGATC
CCAAACCAAAGTCTGACACTTCATCTAAAAGTAAAGGTTCCACTTCCACCACTAGACCAG
ACAAGCCCCAAAAAGACTATCAAGTCAATGGGGAGGGATTAAGAGAAGCAATAAAGAATG
GTGACACTGCGGGCGTGAATAAGCTTCTGAATGAGGGCGTGGATGCAAATTACCATGACA
AGCAGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTCAACAAAACTGATATTGCGTTGA
TGTTAATGGAACATGGAGCAAGCCTTGACTACAAAAATGCACAAGGAGAAACAGCACTAG
ATTGTGCTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCGGGAAAAGATGAAGTCGACTTAATATG
AATTCAGGCAGAATTACAAATCTTTCCTCAAAAGTCCGTATAGGGAAAATCAAGAGTCGT
CATGAATTTACTTACTTGTAAGACATCATCTTGACATTCTGTGTGCAATTTCTCTAGTTG
TGTGAACTTTGAAACGTCGGCTTCTTCAACTCTTGTAAGTCTTCTTCTATGTGTTATCCG
CTGAGTCATTGTTGTCAACAATTTCAATATCGTAACATATACAGAGAAACACATCATCAA
TAGTTTTC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G392TF U 1
AF RR1GW20TF U 1
AF RR1GC06TF U 44
AF RR1GW54JQ C 48
AF RR1GW54TF U 44
AF RR1G392JQ C 39
AF RR1GW20JQ C 97
BS 1 227 RR1G392TF
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BS 797 848 RR1G392JQ

RD RR1G392TF 227 0 0
GGGATTGTTTACTCTTGTTTCCGTCACTTGGGTCTTGTACTCTTTGTCGAGATCGAATCG
TGTATCCGTCCTCTCTGTCTCAGCTTACCTCAACCATCAGAGAAGAAGAAAATTTCGAGA
TGGGACCTGGAGATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGTGGTATGCCTCTTTGCATCTGTG
TTGCTCCACCCAAAACCTCACAGGCTACACGGGCTCCTATACCTCTT

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR1GW20TF 735 0 0
GG
GATTGTTTACTCTTGTTTCCGTCACTTGGGTCTTGTACTCTTTGTCGAGATCGAATCGTG
TATCCGTCCTCTCTGTCTCAGCTTACCTCAACCATCAGAGAAGAAGAAAATTTCGAGATG
GGACCTGGAGATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGTGGTATGCCTCTTTGCATCTGTGTT
GCTCCACCCAAAACCTCACAGGCTACACGGGCTCCTATACCTCTTTCTCAGTCAGATCCC
AAACCAAAGTCTGACACTTCATCTAAAAGTAAAGGTTCCACTTCCACCACTAGACCAGAC
AAGCCCCAAAAAGACTATCAAGTCAATGGGGAGGGATTAAGAGAAGCAATAAAGAATGGT
GGCACTGCGGGCGTGAATAAGCTTCTGAATGAGGGCGTGGATGCAAATTACCATGACAAG
CAGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTCAACAAAACTGATATTGCGTTGATG
TTAATGGAACATGGAGTAAGCCTTGACTACAAAAATGCACAAGGAGAAACAGCACTAGAT
TGTGCTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCGGGAAAAGATGAAGTCGACTTAATATGAA
TTCAGGCAGAATTACAAATCTTTCCTCAAAAGTCCGTATAGGGAAAATCAAGAGTCGTCA
TGAATTTACTTACTTGTCAGACATCATCTTGACATTCTGTGTGCAATTTCTCTAGTTGTG
TGAACTTTGAAAC

QA 3 735 3 735
DS 

RD RR1GC06TF 691 0 0
GG
GTCGAGATCGAATCGTGTATCCGTCCTCTCTGTCTCAGCTTACCTCAACCATCAGAGAAG
AAGAAAATTTCGAGATGGGACCTGGAGATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGTGGTATGC
CTCTTTGCATCTGTGTTGCTCCACCCAAAACCTCACAGGCTACACGGGCTCCTATACCTC
TTTCTCAGTCAGATCCCAAACCAAAGTCTGACACTTCATCTAAAAGTAAAGGTTCCACTT
CCACCACTAGACCAGACAAGCCCCAAAAAGACTATCAAGTCAATGGGGAGGGATTAAGAG
AAGCAATAAAGAATGGTGACACTGCGGGCGTGAATAAGCTTCTGAATGAGGGCGTGGATG
CAAATTACCATGACAAGCAGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTCAACAAAA
CTGATATTGCGTTGATGTTAATGGAACATGGAGCAAGCCTTGACTACAAAAATGCACAAG
GAGAAACAGCACTAGATTGTGCTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCGGGAAAAGATGA
AGTCGACTTAATATGAATTCAGGCAGAATTACAAATCTTTCCTCAAAAGTCCGTATAGGG
AAAATCAAGAGTCGTCATGAATTTACTTACTTGTAAGACATCATCTTGACATTCTGTGTG
CA*TTTCTCTAGTTGTGTGAACTTTGAAA

QA 3 691 3 691
DS 

RD RR1GW54JQ 749 0 0
CGAGATCGAATCGTGTATCCGTCTTCTCTGTCTCAGCTTACCTCAACCATCAGAGAAGAA
GAAAATTTCGAGATGGGACCTGGAGATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGTGGTATGCCT
CTTTGCATCTGTGTTGCTCCACCCAAAACCTCACAGGCTACACGGGCTCCTATACCTCTT
TTTCAGTCAGATCCCAAACCAAAGTCTGACACTTCATCTAAAAGTAAAGGTTCCACTTCC
ACCACTAGACCAGACAAGCCCCAAAAAGACTATCAAGTCAATGGGGAGGGATTAAGAGAA
GCAATAAAGAATGGTGACACTGCGGGCGTGAATAAGCTTCTGAATGAGGGCGTGGATGCA
AATTACCATGACAAGCAGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTCAGCAAAACT
GATATTGCGTTGATGTTAATGGAACATGGAGCAAGCCTTGACTACAAAAATGCACAAGGA
GAAACAGCACTAGATTGTGTTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCGGGAAAAGATGAAG
TCGACTTAATATGAATTCAGGCAGAATTACAAATCTTTCCTCAAAAGTCCGTATAGGGAA
AATCAAGAGTCGTCATGAATTTACTTACTTGTAAGACATCATCTTGACATTCTGTGTGCA
ATTTCTCTAGTTGTGTGAACTTTGAAACGTCGGCTTCTTCAACTCTTGTAAGTCTTCTTC
TATGTGTTATCCGCTGAGTCATTGTTGTC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1GW54TF 753 0 0
GG
GTCGAGATCGAATCGTGTATCCGTCCTCTCTGTCTCAGCTTACCTCAACCATCAGAGAAG
AAGAAAATTTCGAGATGGGACCTGGAGATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGTGGTATGC
CTCTTTGCATCTGTGTTGCTCCACCCAAAACCTCACAGGCTACACGGGCTCCTATACCTC
TTTCTCAGTCAGATCCCAAACCAAAGTCTGACACTTCATCTAAAAGTAAAGGTTCCACTT
CCACCACTAGACCAGACAAGCCCCAAAAAGACTATCAAGTCAATGGGGAGGGATTAAGAG
AAGCAATAAAGAATGGTGACACTGCGGGCGTGAATAAGCTTCTGAATGAGGGCGTGGATG
CAAATTACCATGACAAGCAGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTCAGCAAAA
CTGATATTGCGTTGATGTTAATGGAACATGGAGCAAGCCTTGACTACAAAAATGCACAAG
GAGAAACAGCACTAGATTGTGTTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCGGGAAAAGATGA
AGTCGACTTAATATGAATTCAGGCAGAATTACAAATCTTTCCTCAAAAGTCCGTATAGGG
AAAATCAAGAGTCGTCATGAATTTACTTACTTGTAAGACATCATCTTGACATTCTGTGTG
CAATTTCTCTAGTTGTGTGAACTTTGAAACGTCG*CTTCTTCAACTCTTGTAAGTCTTCT
TCTATGTGTTATCCGCTGAGTCATTGTTGTC

QA 3 753 3 753
DS 

RD RR1G392JQ 810 0 0
ACTCTTTGTCGAGATCGAATCGTGTATCCGTCCTCTCTGTCTCAGCTTACCTCAACCATC
AGAGAAGAAGAAAATTTCGAGATGGGACCTGGAGATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGT
GGTATGCCTCTTTGCATCTGTGTTGCTCCACCCAAAACCTCACAGGCTACACGGGCTCCT
ATACCTCTTTCTCAGTCAGATCCCAAACCAAAGTCTGACACTTCATCTAAAAGTAAAGGT
TCCACTTCCACCACTAGACCAGACAAGCCCCAAAAAGACTATCAAGTCAATGGGGAGGGA
TTAAGAGAAGCAATAAAGAATGGTGGCACTGCGGGCGTGAATAAGCTTCTGAATGAGGGC
GTGGATGCAAATTACCATGACAAGCAGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTC
AACAAAACTGATATTGCGTTGATGTTAATGGAACATGGAGTAAGCCTTGACTACAAAAAT
GCACAAGGAGAAACAGCACTAGATTGTGCTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCGGGAA
AAGATGAAGTCGACTTAATATGAATTCAGGCAGAATTACAAATCTTTCCTCAAAAGTCCG
TATAGGGAAAATCAAGAGTCGTCATGAATTTACTTACTTGTCAGACATCATCTTGACATT
CTGTGTGCAATTTCTCTAGTTGTGTGAACTTTGAAACGTCGGCTTCTTCAACTCTTGTAA
GTCTTCTTCTATGTGTTATCCACTGAGTCATTGTTGTCAACAATTTCAATATCGTAACAT
ATACAGAGAAACACATCATCAATAGTTTTC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1GW20JQ 752 0 0
TCAGAGAAGAAGAAAATTTCGAGATGGGACCTGGAGATAGTGAAACAATGGAATGCAAGT
GTGGTATGCCTCTTTGCATCTGTGTTGCTCCACCCAAAACCTCACAGGCTACACGGGCTC
CTATACCTCTTTCTCAGTCAGATCCCAAACCAAAGTCTGACACTTCATCTAAAAGTAAAG
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ATATACAGAGAAACACATCATCAATAGTTTTC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 2 7

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CTCAAAATCCCTACTGACATTGCGGGTTACATGGAAGGTTGTAGGTTTCTCCCAAAGTTA
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CTTGTGCTTATTATGTTTGAGCATGATACGATACTGATACCTAAAGAGACCTCATGGTTT
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CTGTCTGACAAATCATCATCTTCTATAATAACAATGGCAGTTTCCGAGCTTCCTAATTTA
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GTGAATCTGATTGTGTTGTTGTTATTATTACAGAAAATCTCAGGAGATAAAATAAACATA
ATAAGTCCACAGATGTATTATATCACAACATCTGGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 1 696 1 696
DS 

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GG
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GTCTCCCACACCCGAAGTCCTAGAGAATGGCTGTTCATAAGGCAGCGATTACTATTATTG
CCCTAATCTGCACTTTCATTACAGTCGCTTCGTCTGTTCCTTTCATAGTTCTACATGGAA
TTGGGGATAAATGCAGTAATTCAGGAGTGAAACATTTCACGGAGCTATTAAGTGATTGGT
CTTCTTCTCAAGGCTATTGCTTGGAGATTGGGAGTGGCTCATGGGACTCATGGACCATGC
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ATGGTTACAGCATCGTGGGGCTTTCTCAGGGTAACATGATTGGTCGAGCTCTCATTGAGT
TCTGCGATGATGCACCACCTGTTAAGAGTTTTGTATCGATAGGGGGACCTCATGCTGGCA
CTGCATCCATTCCTTTCTGTGGTGTTACCT**ATTTGTATCATGTTGGACAGTATGATCA
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TTGT

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G
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ATCTATAGCGACTATATGCAGGAACATTTGGCTCCAAGCGGTTTTCTCAAAATCCCTACT
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DS 

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TACTGATACCTAAAGAGACCTCATGGTTTGGATATTATCCTGATGGGTCTTTTAAGACCA
TTCTTCCACCACAAGAGACCAAGCTCTATACCGAGGGCTGGATCGGTTTGAGAGCTCTAG
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AAGACATGAAGAAGCATATAGTGCCATACCTGTCTGACAAATCATCATTTTCTATAATAA
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AGATGGATCAGCTTCAGCTTGTGTTGCGTCATGTCTCAACCTGATCGTGTTGTTGTTTGT
ATTCTTACTAAACATACTCGTCATGCTGCGTGAATCTGATTGTGTTGTTGTTATTATTAC
AGAAAATCTCAGGAGATAAAATAAACATAATAAGTCCACAGATGTATTATATCACAACAT
CTGGATC

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DS 



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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A027JQ U 66
AF RR1GS08JQ U 1
BS 1 234 RR1GS08JQ
BS 235 235 RR1A027JQ
BS 236 625 RR1GS08JQ

RD RR1A027JQ 532 0 0
CTGTAATAATAACAACAACACAATCAGATTCACGCAGCATGACGAGTATGTTTACTAAGA
ATACAAACAACAACGCGATCAGGTTGAGACATGACGTAGCACAAGCTGAAGCTGATCCAC
ATCCGGACCAATCAGGTTCAAAACGGAGTTTCCTACACTAGGAAGCTCAAAAACTGCCGT
TGTTATTATAGATGATGATGATGATGTGTCAGAGAGGTATGGCACTATATGCTTCTTCAT
GTCTTCATGAGATATCTGAAGATGGTTTCCAGAGACGTTAACGAATTTGACCTTTCCAGC
TTCGTCTAGAGCTCTCAAACCGATCCAGTCCTCGGTATAGAGCTTGGTCTCTTGTGGTGG
AAGAATGGTCTTAAAAGACCCATCAGGATAATATCCAAACCATGAGGTCTCTTTAGGTAT
CAGTATCGTATCATGCTCAAACATAATAAGCACAAGATTCTCCAAGCTTGAGAACCTCTC
TTTATAAGTCGAGTTTTTAACTGGAAGTTCGTTGTTTAACTTTGGGAGAAAC

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1GS08JQ 625 0 0
GGTCCAGATGTTGTGATATAATACATCTGTGGACTTATTATGTTTATTTTATCTCCTGAG
ATTTTCTGTAATAATAACAACAACACAATCAGATTCACGCAGCATGACGAGTATGTTTAC
TAAGAATACAAACAACAACGCGATCAGGTTGAGACATGACGTAGCACAAGCTGAAGCTGA
TCCACATCCGGACCAATCAGGTTCAAAACGGAGTTTCCTACACTAGGAAGCTCAGAAACT
GCCGTTGTTATTATAGATGATGATGATGATGTGTCAGAAAGGTATGGCACTATATGCTTC
TTCATGTCTTCATGAGATATCTGAAGATGGTTTCCAGAGACGTTAACGAATTTGACCTTT
CCAGCTTCGTCTAGAGCTCTCAAACCGATCCAGTCCTCGGTATAGAGCTTGGTCTCTTGT
GGTGGAAGAATGGTCTTAAAAGACCCATCAGGATAATATCCAAACCATGAGGTCTCTTTA
GGTATCAGTATCGTATCATGCTCAAACATAATAAGCACAAGATTCTCCAAGCTTGAGAAC
CTCTCTTTATAAGTCGAGTTTTTAACTGGAAGTTCGTTGTTTAACTTTGGGAGAAACCTA
CAACCTTCCATGTAACCCGCAATGT

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 7

CO CL797Contig1 801 7 8 U
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AAAAAAAA*GCCATTAACGGAAGATGTCATTAGCTTCACCGATTCAGTGCATCAGAATTA
TAAATCCATCATCTTCATCATCTTCTTTGACAACTTCGTCGTCTTTGAGATTCTCAACGA
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CGGCTCCTCCTACTCTCCGGGAACCTACACCTCCCCAAAAACCTGCTCCTCCTACGCCGT
CTACTTCTCCTCCACCACCACCACCGCAGAAAGCTGTGGCTGTTGATGGTAAGAGTGTAA
CCACGGTGGAGTTTCAGAGGCAAAAAGCTAAAGAGCTTCAAGATTACTTTAAGCAGAAGA
AGCTTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCCCTTTTTT*GGTTTCCAACCCAAAAACGAGATCTCC
AATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTTGCGGTGGGGATGCTGACAGAGTATGCAACAGGA
TCAGACCTTGTGGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAATTTCGGCATTCTAGACTTGGAA
TAATAATGAAAAAGAGTGTTGTTGGTGTTATATAGATATGATCTTTCTCTGATTCCCTTA
TGTTCAGTCTTCATCTGCTTGTTTATTATTCTTCCTCCTGTATATGCTGCATCTCTTAAG
ATCTTT*AAATACAGGGCCCTTTTGTTGTTCAACCACTTTTTATCTTCAAATGTTATAAA
TATGATCTATGGATCGATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B736TF U 25
AF RR1DJ53TF U 26
AF RR1D090TF U 1
AF RR1DJ53JQ C 326
AF RR1CQ40TF U 41
AF RR1D090JQ C 58
AF RR1B736JQ C 29
BS 1 629 RR1D090TF
BS 630 630 RR1CQ40TF
BS 631 666 RR1D090TF
BS 667 667 RR1CQ40TF
BS 668 718 RR1D090TF
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BS 720 748 RR1D090TF
BS 749 801 RR1B736JQ

RD RR1B736TF 441 0 0
GACAACCTGAAGAT
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CCGATTCAGTGCATCAGAATTATAAATCCATCATCTTCATCATCTTCTTTGACAACTTCG
TCGTCTTTGAGATTCTCAACGAGTAAGCCATGCGTCTTCATCATCAGATGTTCTCAGGCC
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AAACCTGCTCCTCCTACGCCGTCTACTTCTCCTCCACCACCACCACCGCAGAAAGCTGCG
GCTGTTGATGGTAAGAGTGTAACCACGGTGGAGTTTCAGAGGCAAAAAGCTAAAGAGCTT
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CCAACCC

QA 15 441 15 441
DS 

RD RR1DJ53TF 567 0 0
GGAACCTGAAGAT
TTCAGACAATTCAAAGTTAAAAAAAAAAAAAGCCATTAACGGAAGATGTCATTAGCTTCA
CCGATTCAGTGCATCAGAATTATAAATCCATCATCTTCATCATCTTCTTTGACAACTTCG
TCGTCTTTGAGATTCTCAACGAGTAAGCCATGCGTCTTCATCATCAGATGTTCTCAGGCC
GATGGTCCTTTGAGAAGGCCCTCGGCTCCTCCTACTCTCCGGGAACCTACACCTCCCCAA
AAACCTGCTCCTCCTACGCCGTCTACTTCTCCTCCACCACCACCACCGCAGAAAGCTGTG
GCTGTTGATGGTAAGAGTGTAACCACGGTGGAGTTTCAGAGGCAAAAAGCTAAAGAGCTT
CAAGATTACTTTAAGCAGAAGAAGCTTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCCCTTTTTT*GGTTT
CCAACCCAAAAACGAGATCTCCAATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTTGCGGTGGGGAT
GCTGACAGAGTATGCAACAGGATCAGACCTTGTGGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAA
TTTCGGCATTCTAG

QA 14 567 14 567
DS 

RD RR1D090TF 748 0 0
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AAAAAAAA*GCCATTAACGGAAGATGTCATTAGCTTCACCGATTCAGTGCATCAGAATTA
TAAATCCATCATCTTCATCATCTTCTTTGACAACTTCGTCGTCTTTGAGATTCTCAACGA
GTAAGCCATGCGTCTTCATCATCAGATGTTCTCAGGCCGATGGTCCTTTGAGAAGGCCCT
CGGCTCCTCCTACTCTCCGGGAACCTACACCTCCCCAAAAACCTGCTCCTCCTACGCCGT
CTACTTCTCCTCCACCACCACCACCGCAGAAAGCTGTGGCTGTTGATGGTAAGAGTGTAA
CCACGGTGGAGTTTCAGAGGCAAAAAGCTAAAGAGCTTCAAGATTACTTTAAGCAGAAGA
AGCTTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCCCTTTTTT*GGTTTCCAACCCAAAAACGAGATCTCC
AATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTTGCGGTGGGGATGCTGACAGAGTATGCAACAGGA
TCAGACCTTGTGGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAATTTCGGCATTCTAGACTTGGAA
TAATAATGAAAAAGAGTGTTGTTGGTGTTCTATAGATATGATCTTTCTCTGATTCCCTTA
TGTTCAATCTTCATCTGCTTGTTTATTATTCTTCCTCCTGTATATGCTGCATCTCTTA*G
ATCTTT*AAATACAGGGCCCTTTTGTTG

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1DJ53JQ 430 0 0
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AGCTAAAGAGCTTCAAGATTACTTTAAGCAGAAGAAGCTTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCC
CTTTTTT*GGTTTCCAACCCAAAAACGAGATCTCCAATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTT
TTGCGGTGGGGATGCTGACAGAGTATGCAACAGGATCAGACCTTGTGGACCAAGTTAAAA
TCCTTCTCTCCAATTTCGGCATTCTAGACTTGGAATAATAATGAAAAAGAGTGTTGTTGG
TGTTATATAGATATGATCTTTCTCTGATTCCCTTATGTTCAGTCTTCATCTGCTTGTTTA
TTATTCTTCCTCCTGTATATGCTGCATCTCTTAAGATCTTTTAAATACAGGGCCCTTTTG
TTG
TTCAACC

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR1CQ40TF 690 0 0
GG
GACAATTCAAAGTTAAAAAAAAAAAA*GCCATTAACGGAAGATGTCATTAGCTTCACCGA
TTCAGTGCATCAGAATTATAAATCCATCATCTTCATCATCTTCTTTGACAACTTCGTCGT
CTTTGAGATTCTCAACGAGTAAGCCATGCGTCTTCATCATCAGATGTTCTCAGGCCGATG
GTCCTTTGAGAAGGCCCTCGGCTCCTCCTACTCTCCGGGAACCTACACCTCCCCAAAAAC
CTGCTCCTCCTACGCCGTCTACTTCTCCTCCACCACCACCACCGCAGAAAGCTGTGGCTG
TTGATGGTAAGAGTGTAACCACGGTGGAGTTTCAGAGGCAAAAAGCTAAAGAGCTTCAAG
ATTACTTTAAGCAGAAGAAGCTTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCCCTTTTTTTGGTTTCCAA
CCCAAAAACGAGATCTCCAATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTTGCGGTGGGGATGCTG
ACAGAGTATGCAACAGGATCAGACCTTGTGGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAATTTC
GGCATTCTAGACTTGGAATAATAATGAAAA*GAGTGTTGTTGGTGTTATATAGATATGAT
CTTTCTCTGATTCCCTTATGTTCAGTCTTCATCTGCTTGTTTATTATTCTTCCTCCTGTA
TATGCTGCATCTCTTAAGATCTTT
TAAT

QA 3 686 3 686
DS 

RD RR1D090JQ 693 0 0
T
AAAAAAAAAAAGCCATTAACGGAAGATGTCATTAGCTTCACCGATTCAGTGCATCAGAAT
TATAAATCCATCATCTTCATCATCTTCTTTGACAACTTCGTCGTCTTTGAGATTCTCAAC
GAGTAAGCCATGCGTCTTCATCATCAGATGTTCTCAGGCCGATGGTCCTTTGAGAAGGCC
CTCGGCTCCTCCTACTCTCCGGGAACCTACACCTCCCCAAAAACCTGCTCCTCCTACGCC
GTCTACTTCTCCTCCACCACCACCACCGCAGAAAGCTGTGGCTGTTGATGGTAAGAGTGT
AACCACGGTGGAGTTTCAGAGGCAAAAAGCTAAAGAGCTTCAAGATTACTTTAAGCAGAA
GAAGCTTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCCCTTTTTT*GGTTTCCAACCCAAAAACGAGATCT
CCAATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTTGCGGTGGGGATGCTGACAGAGTATGCAACAG
GATCAGACCTTGTGGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAATTTCGGCATTCTAGACTTGG
AATAATAATGAAAAAGAGTGTTGTTGGTGTTCTATAGATATGATCTTTCTCTGATTCCCT
TATGTTCAATCTTCATCTGCTTGTTTATTATTCTTCCTCCTGTATATGCTGCATCTCTTA
AGATCTTT*AAATACAGGGCCCTTTTGTTG
TT

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DS 

RD RR1B736JQ 773 0 0
CAACTGAAGA
TTCAGACAATTCAAAGTTAAAAAAAAAAA**GCCATTAACGGAAGATGTCATTAGCTTCA
CCGATTCAGTGCATCAGAATTATAAATCCATCATCTTCATCATCTTCTTTGACAACTTCG
TCGTCTTTGAGATTCTCAACGAGTAAGCCATGCGTCTTCATCATCAGATGTTCTCAGGCC
GATGGTCCTTTGAGAAGGCCCTCGGCTCCTCCTACTCTCCGGGAACCTACACCTCCCCAA
AAACCTGCTCCTCCTACGCCGTCTACTTCTCCTCCACCACCACCACCGCAGAAAGCTGCG
GCTGTTGATGGTAAGAGTGTAACCACGGTGGAGTTTCAGAGGCAAAAAGCTAAAGAGCTT
CAAGATTACTTTAAGCAGAAGAAGCGTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCCCTTTTTT*GGTTT
CCAACCCAAAAACGAGATCTCCAATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTTGCGGTGGGGAT
GCTGACAGAGTATGCAACAGGATCAGACCTTGTGGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAA
TTTCGGCATTCTAGACTTGGAATAATAATGAAAAAGAGTGTTGTTGGTGTTATATAGATA
TGATCTTTCTCTGATTCCCTTATGTTCAGTCTTCATCTGCTTGTTTATTATTCTTCCTCC
TGCATATGCTGCATCTCTTAAGATCTTTTAAATACAGGGCCCTTTTGTTGTTCAACCACT
TTTTATCTTCAAATGTTATAAATATGATCTATGGATCGATTCT

QA 11 773 11 773
DS 



AS 1 8

CO CL798Contig1 1121 8 35 U
GGGCAACTCTCTTTTCTAAAGCTTCTCTCTAACAATGGAAACGCAGATCAACATAGAGAA
GAGTGCTTCTCAAGTCACCTTTATAACCTCCACCATCTCCGCCTTGCCCTCCTCCTCAGC
CACCGCCTCATTGTCCTATTCACCCACAAGTACAACATCTTCTTCCTCTTCATCATCATC
AACAACTTCTAACTTAGAAAACCCTAAAAGAAAAGCATATCGAAAATCATTATCATCATT
AGCCGTCGAAGATCTTGACGATCAAGGAGGGAAACGGCGAAAGACCAACGGCGGAGATAA
GCATCCGACGTACAGGGGAGTGCGGATGAGGAGCTGGGGAAAATGGGTGTCCGAGATCAG
AGAGCCGCGGAAGAAATCAAGAATCTGGCTCGGGACTTATCCAACGGCTGATATGGCTGC
ACGAGCTCATGACGTGGCTGCTTTAGCCATTAAAGGTACAACGGCTTATCTCAATTTTCC
TGAATTATCCGGCGAGCTTCCTCGTCCGGTCACTAATTCTCCTAAAGACATTCAAGCTGC
TGCCACCGCCGCGGCCGTTAATTGGCAAGATTCCGGCGGACTCCACGTCGATAATTCAGA
CATAACTGAAATAGCTGAAGCCGAGCCGAGTCGAGCAGTTATGGCTCAGTCGTTGTCTGA
TAGTGTGGTGTTTTCTTCGGACATTACGACTCGAGAGTTGTCTGAAACTTCGTGTGCTTC
TACGACGTCGTTTGCGGACAAAGACAAAGACGAAGAGAAACTGTTTGATTTGCCTGACTT
GTTTACTGATGGCAATGAGATGGTGATACGAAACGATGCGTTTTGTTATTACTCGTCCAC
GTGGCAGCTTTGTGGAGCCGATGCTGGGTTCCGGCTTGAGGAGCCGTTTTTCTGTCTTAA
TGAATCAGACTCCAGCTCACTCTAACAACACCTTAGTTAGTTTTCAATTTCTCTATTTAC
TTTTGTTTGGCTTTTGCTTTTTCTTTCATTTTTATTTTTATTTTTAGCAAATAGACGTTT
GATAAATATTTTTGTAATATAAATGTGAGGAGAACATTTTAAAAGAAAGCTATAAACCAA
AAAAAAAGAGAACAGTCAAATATAGTGTGCGAGTTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 0 0 0 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AGCCGTCGAAGATCTTGATGATCAAGGAGGGAAACGGCGAAAGACCAACGGCGGAGATAA
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AGAGCCGAGGAAGAAATCAAGAATCTGGCTCGGGACTTATCCAACGGCTGATATGGCTGC
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TACGACGTCGTTTGCGG

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G
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GAGAGCCGCGGAAGAAATCAAGAATCTGGCTCGGGACTTATCCAACGGCTGATATGGCTG
CACGAGCTCATGACGTGGCTGCTTTAGCCATTAAAGGTACAACGGCTTATCTCAATTTTC
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CTGCCACCGCCGCGGCCGTTAATTGGCAAGATTCCGGCGGACTCCACGTCGATAATTCAG
ACATAACTGAAATAGCTGAAGCCGAGCCGAGTCGAGCAGTTATGGCTCAGTCGTTGTCTG
ATAGTGTGGTGTTTTCTTCGGACATTACGACTCGAGAGTTGTCTGAAACTTCGTGTGCTT
CTACGACGTCGTTTGCGGACAAAGACAAAGACGAAGAGAAACTGTTTGATTTGCCTGACT
TGTTTACT

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CGAGTCGAGCAGTTATGGCTCAGTCGTTGTCTGATAGTGTGGTGTTTTCTTCGGACATTA
CGACTCGAGAGTTGTCTGAAACTTCGTGTGCTTCTACGACGTCGTTTGCGGACAAAGACA
AAGACGAAGAGAAACTGTTTGATTTGCCTGACTTGTTTACTGATGGCAATGAGATGGTGA
TACGAAACGATGCGTTTTGTTATTACTCGTCCACGTGGCAGCTTTGTGGAGCCGATGCTG
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AACACCTTAGTTAGTTTTCAATTTCTCTATTTACTTTTGTTTGGCTTTTGCTTTTTCTTT
CATTTTTATTTTTATTTTTAGCAAATAGACGTTTGATAAATATTTTTGTAATATAAATGT
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DS 

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GCGAGCTTCCTCGTCCGGTCACTAATTCTCCTAAAGACATTCAAGCTGCTGCCACCGCCG
CGGCCGTTAATTGGCAAGATTCCGGCGGACTCCACGTCGATAATTCAGACATAACTGAAA
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CCAGCTCACTCTAACAACACCTTAGTTAGTTTTCAATTTCTCTATTTACTTTTTTTTGGC
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TTGTAATATAAATGTGAGGAGAACATTTT

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DS 

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G
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CTTCGGACATTACGACTCGAGAGTTGTCTGAAACTTCGTGTGCTTCTACGACGTCGTTTG
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G
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CTTCGGACATTACGACTCGAGAGTTGTCTGAAACTTCGTGTGCTTCTACGACGTCGTTTG
CGGACAAAGACAAAGACGAAGAGAAACTGTTTGATTTGCCTGACTTGTTTACTGATGGCA
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GTC

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G
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AATCAAGAATCTGGCTCGGGACTTATCCAACGGCTGATATGGCTGCACGAGCTCATGACG
TGGCTGCTTTAGCCATTAAAGGTACAACGGCTTATCTCAATTT*CCTGAATTATCCGGCG
AGCTTCCTCGTCCGGTCACTAATTCTCCTAAAGACATTCAAGCTGCTGCCACCGCCGCGG
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CTGAAGCCGAGCCGAGTCGAGCAGTTATGGCTCAGTCGTTGTCTGATAGTGTGGTGTTTT
CTTCGGACATTACGACTCGAGAGTTGTCTGAAACTTCGTGTGCTTCTACGACGTCGTTTG
CGGACAAAGACAAAGACGAAGAGAAACTGTTTGATTTGCCTGACTTGTTTACTGATGGCA
ATGAGATGGTGATACGAAACGATGCGTTTTGTTATTACTCGTCCACGTGGCAGCTTTGTG
GAGCCGATGCTGGGTTCCGGCTTGAGGAGCCGTTTTTCTGTCTTAATGAATCAGACTCCA
GCTCACTCTAACAACACCTTAGTTAGTTTTCAATTTCTCTATTTACTTTTGTTTGGCTTT
TGCTTTTTCTTTCATTTTTATTTTTATTTTTAGCAAATAGACGTTTGATAAATATTTTTG
TAATATAAATGTGAGGAGAACATTTTAAAAGAAAGCTATAAACCAAAAAAAAAGAGAACA
GTC

QA 2 784 2 784
DS 

RD RR1GZ40JQ 703 0 0
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GCTGCCACCGCCGCCGCCGTTAATTGGCAACAATCCGGCGGACTCCACGTCGATAATTCA
GACATAACTGAAATAGCTGAAGCCGAGCCGAGTCGAGCAGTGATGGCTCAGTCGTTGTCT
GATTGTGTGGCGTTTTCTTCGGACATTACGACTCAAGAGTTGTCTGAAACTTCGTGTGCT
TTTACGACGTCGTTTGCGGACAAAGACAAAGACGAAGAGAAACTGTTTGATTTGCCTGAC
TTGTTTACTGATGGCAATGAGATGGTGATACGAAACGATGCGTTTTGTTATTACTCGTCC
ACGTGGCAGCTTTGTGGAGCCGATGCTGGGTTTCGGCTTGAGGAGCCGTTTTTCTGTCTT
AATGAATCAGACTCCAGCTCACTCTAACAACCCCTTAGTTAGTTTTCAATTTCTCTATTT
ACTTTTGTTTGGCTTTTGCTTTTTCTTTCATTTTTATTTTTATTTTTAGCAAATAGACGT
TTGATAAATGTTTTTGTAATATAAATGTGAGGAGAACATTTTAAAAGAAAGCTATAAACC
AAAAAAAAAGAGAACAGTCAAATATAGTGTGCGAGTTTTGTTT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 7

CO CL799Contig1 429 7 4 U
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TTTGTTATGCTCACAATTCTTCTGTTCGGAGAAATGGTGATTGCTCAGAAAGGAAAACCA
TGTTATTCAAAGAAAATGGGAACATGTGAAACCAAGAGCTGCAAAGCTTACTGTGTCAAA
AAGCATAAAAAAA*ATCTTTTTAGTACATGCATTACAGAAAAAGACGGGACAACGTATTG
CCGATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTATCTACACTAAAACTCAAATAATAAT
TTTAATAATACAACGGCTTTGTCAAATAAATGAATAAAACTTTTAATAAATTTGTGTTGG
TGTTTTTGGCGTAGTAAGGTGTATTATGTTACTGACAAAGAATTAATATGCGTGTCTTCC
CTTTTTAGT


BQ
25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

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AF RR1A410JQ C 128
AF RR1G047TF U 1
AF RR1A410TF U 67
AF RR1GA92TF U -1
AF RR1B424JQ C 1
AF RR1B424TF U 1
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AAAAAA*ATTTTTTTAGTACATGCATTACAGAAAAAGACGGGACAACGTTTTGCCGATGT
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ATACAACGGCTTTGTCAAATAAATGAA

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DS 

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TCAAAGAAAATGGGAACATGTGAAACCAAGAGCTGCAAAGCTTACTGTGTCAAAAAGCAT
AAAAAAG*ATCTTTTTAGTACATGCATTACAGAAAAAGACGGGACAACGTATTGCCGATG
TCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTATCTACACTAAAACTCAAATAATAATTTTAAT
AATACAACGGCTTTGTCAAATAAATGAA

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DS 

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GGA
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CTTTTTAGT

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DS 

RD RR1B424TF 429 0 0
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AAGCATAAAAAAAGATCTTTTTAGTACATGCATTACAGAAAAAGACGGGACAACGTATTG
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TTTAATAATACAACGGCTTTGTCAAATAAATGAATAAAACTTTTAATAAATTTGTGTTGG
TGTTTTTGGCGTAGTAAGGTGTATTATGTTACTGACAAAGAATTAATATGCGTGTCTTCC
CTTTTTAGT

QA 1 429 1 429
DS 



AS 2 8

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AGGAATCCAGAGTTATCTAGTCTCTCTCTATCTCTCCCCTTTCTTTCATTCCCAATTCAC
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CAAAACCCAACTTCTACGCTTTTTGTCTGCAAATTTATCTTATATATACCAAAGTAGTCG
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GCAGCTCGGAGTTGTCAATGTGAGTACCAATATCATCTATCATGACTCCTTGATCGTTAA
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GTATCCCTTGTTCCATTTCTTCGATCACAGCTTCGTTAAATGCAATCTCGTTGTCTAACA
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CCCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1CV92TF U 1
AF RR1GU26TF U 4
AF RR1CV92JQ C 435
AF RR1GI29JQ U 1088
AF RR1BG85JQ U 1005
AF RR1BG85TF C 1097
BS 1 144 RR1CV92TF
BS 145 145 RR1GU26TF
BS 146 409 RR1CV92TF
BS 410 410 RR1GU26TF
BS 411 709 RR1CV92TF
BS 710 1004 RR1CV92JQ
BS 1005 1772 RR1BG85JQ
BS 1773 1804 RR1BG85TF

RD RR1CV92TF 709 0 0
GGATTACTCCTCACCGGAACAATGATCTGTGTAGAGCTTGAAGAAGAGTTATGAAACAAA
AGGAATCCAGAGTTATCTAGTCTCTCTCTATCTCTCCCCTTTCTTTCATTCCCAATTCAC
GATTTGAAAAACCATTCGATGGGTGGCAAACGCGGGAGATCAGTGATATCCGCGATCTAC
ATCTTCTTCGCGATGTCATGCTTTAATTCCATCTCAACTACTCAGGTTGGAATGTCCGAT
TCGGACACGTTTTGTATCTCGGATCATTACGTCATGCAGTCCTATTTCACGACACAGAGC
TCCTCCTTAAACGAGTCAGAGTTTCGAAGCTTCCTGCGTCTTCGACAATGTTCTGAGAAC
ATTTCTTATGAAGATGATGCTCCTGCTGTAGCAATGCTACAACACAGAGGCATAACAGGT
GAAGGTTCGCATCGTCATCTACTCACATCCATCAAGCTTCGTCCTTTTCAGTCGCAGTCT
CAGTTTCGCGAGCTTGTGATCGTTGAACGGTTGCCTTTGGGTGTTTTTGCTGATCCTTTT
GAGCTTCACGGTCTTCAACAACGCAGAGCTTTCAGAGATGTTTCTGTGTTTGGAGACACG
GATCTCGAGCAGCCTTCGTTCAGATCAAACAAGTCTGTTGTTGAGATTCATGTCGAGATC
AATGGAAATGGTGAAATCAGCGTTAAGCTTCCTTTACATGCTCGGTATC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1GU26TF 697 0 0
GG
ACTCCTCACCGGAACAATGATCTGTGTAGAGCTTGAAGAAGAGTTATGAAACAAAAGGAA
TCCAGAGTTATCTAGTCTCTCTCTATCTCTCCCCTTTCTTTCATTCCCAATTCACGATTT
GAAAAACCATTCGATGGGTAGCAAACGCGGGAGATCAGTGATATCCGCGATCTACATCTT
CTTCGCGATGTCATGCTTTAATTCCATCTCAACTACTCAGGTTGGAATGTCCGATTCGGA
CACGTTTTGTATCTCGGATCATTACGTCATGCAGTCCTATTTCACGACACAGAGCTCCTC
CTTAAACGAGTCAGAGTTTCGAAGCTTCCTGCGTCTTCGACAATGTTCTGAGAACATTTC
TTATGAAGATGATGCTCCTGCTGTAGCAATGCTACAACACAGAGACATAACAGGTGAAGG
TTCGCATCGTCATCTACTCACATCCATCAAGCTTCGTCCTTTTCAGTCGCAGTCTCAGTT
TCGCGAGCTTGTGATCGTTGAACGGTTGCCTTTGGGTGTTTTTGCTGATCCTTTTGAGCT
TCACGGTCTTCAACAACGCAGAGCTTTCAGAGATGTTTCTGTGTTTGGGGACACGGATCT
CGAGCAGCCTTCGTTCAGATCAAACAAGTCTGTTGTTGAGATTCATGTCGAGATCAATGG
AAATGGTGAAATCAGCGTTAAGCTTCCTTTACATG

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR1CV92JQ 656 0 0
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TGTGATCGTTGAACGGTTGCCTTTGGGTGTTTTTGCTGATCCTTTTGAGCTTCACGGTCT
TCAACAACGCAGAGCTTTCAGAGATGTTTCTGTGTTTGGAGACACGGATCTCGAGCAGCC
TTCGTTCAGATCAAACAAGTCTGTTGTTGAGATTCATGTCGAGATCAATGGAAATGGTGA
AATCAGCGTTAAGCTTCCTTTACATGCTCGGTATCAGCCTATTGGGGAGAGCGGATACTC
TAGAGTGGAGTTTGGAGAGCCAGACTTGTTTTTATGCTCGAGACATGTACCGAACCAGGG
ACAAGAACAAAGAAGATGTTTGGTTTTGTCGATTGGCAGATCAAAGAGCAAAACCAGATC
CGTTGTCTGGGAAATTCCTGCAGGAATCAGAAGTCATACCGAGTATGTTTCTGTTGTTAC
ATTTGTGGCTGCGGTTTTATCCGCAGTTTCAATTCTCGTTGCATCTATCTTGAGCTCAAA
GGTTGAATCTTGTAAGAACACAAAGCAGTTATGAATCAGCTTTTCGTCTTCTTTGTAAAT
TGTGATAGTCATTGGACAAACCGTTTTTGATTCCTCTCAACTCTCAATACCATTTG

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1GI29JQ 293 0 0
GGAAAAAAAATT
AAATCAATATCTCGCAACAAATAGTTTGCACCACAAAGAAAACCAACACACACACACGCA
CTCTGTTACATTCACCAATAAATCCTCAAACCGAACCAATACAAAACCCAACTTCTACGC
TTTT*GTCTGCAAATTTATATTTTATATACCAAAGTAGTCGCACTCACTCGTTGAACACA
TTGAAAGACTTG*TTCTTGCTTTTTCCAAAATCAAGCTGCGAGTACGATGATCACGATCA
GGAGTACAATGCCAAATATCACCAAGAGCAAGCATGTCAGA

QA 13 293 13 293
DS 

RD RR1BG85JQ 768 0 0
ATGAATCAGCTTTTCGTCTTCTTTGTAAATTGTGATAGTCATTGGACAAACCGTTTTTGA
TTCCTCTCAACTCTCAATACCATTTGAAAAAAAAAAAATCAATATCTCGCAACAAATAGT
TTGCACCACAAAGAGAAACAACACACACACACGCACTCTGTTACATTCACCAATAAATCC
TCAAACCGAACCAATACAAAACCCAACTTCTACGCTTTTTGTCTGCAAATTTATCTTATA
TATACCAAAGTAGTCGCACTCACTCGTTGAACACATTGAAAGACTTGGTTCTTGCTTTT*
CCAAAATCAAGCTGCGAGTACGATGATCACGATCAGGAGTACAATGCCAAATATCACCAA
GAGCAAGCATGTCAGAGATGAGTTTGATCTTTGGGTTTTGGAGGCTTGAGCGAGCTGAGA
TTTTCCTTGAGCAGTTGCAGCTCGGAGTTGTCAATGTGAGTACCAATATCATCTATCATG
ACTCCTTGATCGTTAACAAGAACCGCGAGATCTTTGAAAATTTCGTTAACCTCGCCAATT
TGAGTGTGGATTTCTTGTATCCCTTGTTCCATTTCTTCGATCACAGCTTCGTTAAATGCA
ATCTCGTTGTCTAACAATACAAGTTCCTGCCTTTTTGACTCCATAACTTGTGCCCTCTGT
TCAGGAATATTGTCTACTTCACTCGCTGTATAGCTAGAGGGAAGAGAAGAAGGAGGGAGG
AGAGGAGCATAAGCGGTTTCTCTTTCGGCAGCAGTCTGTTGAGCTTTC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1BG85TF 708 0 0
AAA
AAATCAATATCTCGCAACAAATAGTTTGCACCACAAAGAGAAACAACACACACACACGCA
CTCTGTTACATTCACCAATAAATCCTCAAACCGAACCAATACAAAACCCAACTTCTACGC
TTTTTGTCTGCAAATTTATCTTATATATACCAAAGTAGTCGCACTCACTCGTTGAACACA
TTGAAAGACTTGGTTCTTGCTTTT*CCAAAATCAAGCTGCGAGTACGATGATCACGATCA
GGAGTACAATGCCAAATATCACCAAGAGCAAGCATGTCAGAGATGAGTTTGATCTTTGGG
TTTTGGAGGCTTGAGCGAGCTGAGATTTTCCTTGAGCAGTTGCAGCTCGGAGTTGTCAAT
GTGAGTACCAATATCATCTATCATGACTCCTTGATCGTTAACAAGAACCGCGAGATCTTT
GAAAATTTCGTTAACCTCGCCAATTTGAGTGTGGATTTCTTGTATCCCTTGTTCCATTTC
TTCGATCACAGCTTCGTTAAATGCAATCTCGTTGTCTAACAATACAAGTTCCTGCCTTTT
TGACTCCATAACTTGTGCCCTCTGTTCAGGAATATTGTCTACTTCACTCGCTGTATAGCT
AGAGGGAAGAGAAGAAGGAGGGAGGAGAGGAGCATAAGCGGTTTCTCTTTCGGCAGCAGT
CTGTTGAGCTTTCTGAAACTCTTTCAACACAGCTTGAAAGTCCCC

QA 4 708 4 708
DS 



CO CL800Contig2 929 2 4 U
GGGGAAACGCTTTTCAAGTTGTGTCTATCTGTCTCCACGATTCACGCCTTGAGTCTTGAC
CCCTCCTCCTCCTCATCATTTCCCCTCTCTCAACAAAGCAATTCGTTCATCGTTGCGTTG
GAGAAATCAACGAAAGAGAGAGAAGATGAGTTTTCAAGATTTAGAAGCAGGGAAAGGAGG
AAGATCGAGGAAGATGAATGGAGGTGGTGGTCGCCAAGATTCCACGCAAGCCGTCGCTTC
CGGTATCTTCCAGATCAACACCGGAGTCTCCACCTTTCAGCGGCTCGTTAACACGCTCGG
CACTCCCAAAGATACCCCCGAGCTCCGCGACAAGCTACACAAGACACGGTTGCATATTGG
TCAGCTTGTGAAGGACACTTCTGCTAAGCTTAAAGAAGCTAGTGAAACTGATCATCGAAC
CCGTGTCAATCCAAGTAAGAAGATTGCAGATGCAAAGCTTGCAAAGGACTTTCAAGCTGT
GTTGAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAACAGACTGCTGCTGAAAGAGAAACCGCTTATGCTCC
TCTCCTCCCTCCTTCTTCTCTTCCCTCTAGCTATACAGCGAGTGAAGTAGACAATATTCC
TGAACAGAGGGCACAAGTTATGGAATCAAAAAGGCAGGAACTTGTGTTGTTAGACAACGA
GATTGCGGTTCTTGTTAACGATCAAGGAGTCATGATAGATGATATTGGTACTCACATTGA
CAACTCTCGAGCTGCAACTGCTCAAGGAAAATCTCAGCTCGCTCAAGCCTCCAAAACACA
AAGATCAAACTCATCTCTGACATGCTTGCTCTTGGTGATATTTGGCATTGTACTCCTGAT
CGTGATCATCGTACTCGCAGCTTGATTTTGGAAAAGCAGACAAGTCTTTCATGTGTTCAA
CGAGTGAGTGCGACTACTTTGGTATATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF39TF U 1
AF RR1GI29TF U 175
BS 1 258 RR1EF39TF
BS 259 259 RR1GI29TF
BS 260 624 RR1EF39TF
BS 625 929 RR1GI29TF

RD RR1EF39TF 629 0 0
GGGGAAACGCTTTTCAAGTTGTGTCTATCTGTCTCCACGATTCACGCCTTGAGTCTTGAC
CCCTCCTCCTCCTCATCATTTCCCCTCTCTCAACAAAGCAATTCGTTCATCGTTGCGTTG
GAGAAATCAACGAAAGAGAGAGAAGATGAGTTTTCAAGATTTAGAAGCAGGGAAAGGAGG
AAGATCGAGGAAGATGAATGGAGGTGGTGGTCGCCAAGATTCCACGCAAGCCGTCGCTTC
CGGTATCTTCCAGATCAATACCGGAGTCTCCACCTTTCAGCGGCTCGTTAACACGCTCGG
CACTCCCAAAGATACCCCCGAGCTCCGCGACAAGCTACACAAGACACGGTTGCATATTGG
TCAGCTTGTGAAGGACACTTCTGCTAAGCTTAAAGAAGCTAGTGAAACTGATCATCGAAC
CCGTGTCAATCCAAGTAAGAAGATTGCAGATGCAAAGCTTGCAAAGGACTTTCAAGCTGT
GTTGAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAACAGACTGCTGCTGAAAGAGAAACCGCTTATGCTCC
TCTCCTCCCTCCTTCTTCTCTTCCCTCTAGCTATACAGCGAGTGAAGTAGACAATATTCC
TGAACAGAGGGCACAAGTTATGGA
ATCCA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1GI29TF 755 0 0
G
GGAGGAAGATCGAGGAAGATGAATGGAGGTGGT***CGCCAAGATTCGACGCAAGCCGTC
GCTTCCGGTATCTTCCAGATCAACACCGGTGTCTCCACCTTTCAGCGGCTCGTTAACACG
CTCGGTACTCCCAAAGATACCCCCGAGCTCCGTGACAAGCTGCACAAGACACGGTTGCAT
ATTGGTCAGCTTGTGAAGGACACTTCTGCTAAGCTTAAAGAAGCTAGTGAAACTGATCAT
CGAACCCGTGTCAATGCAAGTAAGAAGATTGCAGATGCTAAGCTTGCAAAGGACTTTCAA
GCTGTGTTGAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAACAGACTGCTGCTGAAAGAGAAACCGCTTAT
GCTCCTCTCCTCCCTCCTTCTTCTCTTCCCTCTAGCTATACAGCGAGTGAAGTAGACAAT
ATTCCTGAACAGAGGGCACAAGTTATGGAATCAAAAAGGCAGGAACTTGTGTTGTTAGAC
AACGAGATTGCGGTTCTTGTTAACGATCAAGGAGTCATGATAGATGATATTGGTACTCAC
ATTGACAACTCTCGAGCTGCAACTGCTCAAGGAAAATCTCAGCTCGCTCAAGCCTCCAAA
ACACAAAGATCAAACTCATCTCTGACATGCTTGCTCTTGGTGATATTTGGCATTGTACTC
CTGATCGTGATCATCGTACTCGCAGCTTGATTTTGGAAAAGCAGACAAGTCTTTCATGTG
TTCAACGAGTGAGTGCGACTACTTTGGTATATAA

QA 2 755 2 755
DS 



AS 1 7

CO CL801Contig1 711 7 14 U
GGAATTCACACGACCAATCACTTCATACTCTTTTAGCAATAACACTCAATACTCCCATGG
CTACTAAATTCATCACCCTCGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCAATTTCGTCGCCAA
AACCTAGTAGATGCAACCAAAACAAGCACCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGT
TCAGCAATGTTTTTCCTGGCAAAACGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATT
CAGACCCTCTTACTAATTCACTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTGAAAGAAGAGGAGT
CAACTCAACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGA
TCATCGCAACGAAAAACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGT
ACATGAAATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTT
CTTGTGATACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTC
CAGTTTTACCTTACAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAT
TCAGCATTTCGTTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCAAAAATATATGTTAAAAATACGTCA
GCTTATGTAACTAATATTGTTGTATTCAAATTAATTTCGTGTTGAGTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H417TF U 1
AF RR1ET79JQ C 1
AF RR1ET79TF U 2
AF RR1AH62TF U 6
AF RR1H425TF U 6
AF RR1DE32TF U 6
AF RR1AH62JQ C 121
BS 1 7 RR1ET79JQ
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BS 37 346 RR1H417TF
BS 347 347 RR1ET79TF
BS 348 557 RR1H417TF
BS 558 558 RR1ET79TF
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BS 565 565 RR1ET79TF
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BS 640 640 RR1ET79TF
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BS 654 701 RR1ET79TF
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DS 

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QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1ET79TF 701 0 0
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A

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DS 

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GG
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QA 3 682 3 682
DS 

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GG
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TACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTTT
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TT

QA 3 696 3 696
DS 

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TCAGCATTTCGTTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCAAAAATATATGTTAAAAATACGTCA
GCTTATGTAACTAATATTGTTGTATTCAAATTAATTTCGTGTTGAGTTGTG

QA 1 591 1 591
DS 



AS 2 6

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GTTTGTTGGTTTAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1AL58JQ C 1
AF RR1BZ62TF U 627
AF RR1GG05TF U 172
AF RR1ES44TF U 349
BS 1 171 RR1AL58JQ
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BS 245 245 RR1AL58JQ
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RD RR1AL58JQ 792 0 0
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TTCTTGGTGGATGCATCTGTGGCCCACTGAAGGTGGTTTCAGAAATTCGCAATCTGCATC
ATGTGTTGGGAGGCACACTTAATCCGAACGCTGCGTACCTAATGATCCGAGGCATGAAGA
CAATGCATCTTCGTGTAAAGCAACAGAATTCTACTGCCTCAAGGATGGCCGAAATTTTAG
AGGCACATCCTAAGGTGAGTCATGTGTACTATCCAGGCCTTGCAAGTCATCCCGAGCATC
ACATTGCCAAGCGACAAATGACTGGTTTTGGAGGTGTGGTCAGTTTCGAGATTGGTGGAG
ACATTGAAAGAACGATAAAGTTTGTGGATTCACTCAAGATTCCTTACATCGCACCATCTT
TTGGTGGCTGCGAAAGCATCGTGGACCAACCGGCCATCATGTCTTACTGGGATCTGACAC
AGGAGGAGAGGCTAAAGTATGGAATCAAAGACAACTTGGTACGTTTCAGCTTTGGAGTTG
AAGACTTTGAAGATGTCAAAGCTGACATTCTTCAAGCTCTCGAAGCCATCTGAAATTCCC
AATTATTTCAC*CCCCAAAAACACAATGTCGTTTCTGTCATCTTTTGAATTATTGTCTGT
TTCCTTTGTCTCTTTTCTTTTTATCGCTCTCTATTTGAACGGTTGGTCATTGTAATAATG
TTGCCTTTGAACTATTGTTCGGCGACATTTACCGTTTCGTAATAACGATGAACTATTTAT
GTTTGTTGGTTT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1BZ62TF 155 0 0
G
GTCGTTTCTGTCATCTTTTGAATTATTGTCTGTTTCCTTTGTCTCTTTTCTTTTTATCGC
TCTCTATTTGAACGGTTGGTCATTGTAATAATGTTGTCTTTGAACTATTGTTCGGCGACA
TTTACCGTTTCGTAATAACGATGAACTATTTATG

QA 2 155 2 155
DS 

RD RR1GG05TF 623 0 0
GCATGAAGACAATGCATCTTCGTGTAAAGCAACAGAATTCTACTGCCTCAAGGATGGCCG
AAATTTTAGAGGCGCATCCTAAGGTGAGTCATGTGTACTATCCAGGCCTTGCAAGTCATC
CGGAGCATCACATTGCCAAGCGACAAATGACTGGTTTTGGAGGTGTGGTCAGTTTCGAGA
TTGATGGAGACATTGAAAGAACGATAAAGTTTGTGGATTCACTCAAGATTCCTTACATAG
CACCATCTTTTGGTGGCTGCGAAAGCATCGTGGACCAACCGGCCATCATGTCTTACTGGG
ATCTGACACAGGAGGAGAGGCTAAAGTATGGAATCAAAGACAATTTGGTTCGTTTCAGCT
TTGGAGTTGAAGACTTTGAAGATGTCAAAGCTGACATTCTTCAAGCTCTCGAAGCCATCT
GAAATTCC*AATTATTTCACTCCCCCAAAACACAATGTCGTTTCTGTCATCTTTTGAATT
ATTGTCTGTTTCCTTTGTCTCTTTTTTTTTTATCGCTCTCTATTTGAACGGTTGGTCATT
GTAATAATGTTGTCTTTGAACTATTGTTCGGCGACATTTACCGTTTCGTAATAACGATGA
ACTATTTATGTTTGTTGGTTTAA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1ES44TF 444 0 0
G
GATTGATGGAGACATTGAAAGAACGATAAAGTTTGTGGATTCACTCAAGATTCCTTACAT
AGCACCATCTTTTGGTGGCTGCGAAAGCATCGTGGACCAACCGGCCATCATGTCTTACTG
GGATCTGACACAGGAGGAGAGGCTAAAGTATGGAATCAAAGACAATTTGGTTCGTTTCAG
CTTTGGAGTTGAAGACTTTGAAGATGTCAAAGCTGACATTCTTCAAGCTCTCGAAGCCAT
CTGAAATTCC*AATTATTTCACTCCCCCAAAACACAATGTCGTTTCTGTCATCTTTTGAA
TTATTGTCTGTTTCCTTTGTCTCTTTT*TTTTTATCGCTCTCTATTTGAACGGTTGGTCA
TTGTAATAATGTTGTCTTTGAACTATTGTTCGGCGACATTTACCGTTTCGTAATAACGAT
GAACTATTTATGTTTGTTGGTTT

QA 2 444 2 444
DS 



CO CL802Contig2 1041 2 4 U
GTATTGACTTCAAGGAGAAACGGAGTGTGAGTTTCGAGTATGGTCGTTATGGAAACCCTA
CGACTATCGTTCTTGAGGAGAAGATAAGTGCACTTGAAGGTTCTGAATCAACCTTGGTTA
TGGCTTCTGGGATGTGTGCAAGCACTGTTATGCTTTTGGCTTTGGTTCCTGCTGGTGGCC
ACATTGTCACTACTACTGGTTGTTACAGGAAGACTAGAATCTTCATGGAGAATTTTCTTC
CCAAGATGGGGATCACTGTCACTGTGATTGATCCTGCTGACGTCGCGGGGCTTGAAGCTT
CTGTGAATAAGTACCAAGTTTCTCTGTTCTTCACCGAGTCACCGACAAACCCATTCCTTA
GATGTGTCGACATTGAGCTAGTTTCGGAAATATGCCACAAAAGGGGAACTCTTGTTTGCA
TCGATGGTACCTTTGCAACACCCCTGAATCAGAAAGCCCTTGCTTTTGGTGCTGATCTCG
TCGTCCACTCTCTTACAAAGTACATCGGAGGACACAACGATGTTCTTGGTGGATGCATCT
GTGGCCCACTGAAGGTGGTTTCAGAAATTCGCAATCTGCATCATGTGTTGGGAGGCACAC
TTAATCCGAACGCTGCGTACCTAATGATCCGAGGCATGAAGACAATGCATCTTCGTGTAA
AGCAACAGAATTCTACTGCCTCAAGGATGGCCGAAATTTTAGAGGCACATCCTAAAGGTG
AGTCATGTGTACTATCCAGGCCTTGCAAGTCATCCCGAGCATCACATTGCCAAGCGACAA
ATGACTGGTTTTGGGAGGTGTGGTCAGTTTCGAGATTGATGGAGACATTGAAAGAACGAT
AAAGTTTGTGGATTCACTCAAGATTCCTTACATCGCACCATCTTTTGGTGGCTGCGAAAG
CATCGTGGACCAACCGGCCATCATGTCTTACTGGGATCTGACATTCTTCAAGCTCTCGAA
GCCATCTGAAATTCCCAATTATTTCACCCCCAAAAACACAATGTCGTTTCTGTCATCTTT
TGAATTATTGTCTGTTTCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL58TF U 1
AF RR1BS36TF U 374
BS 1 818 RR1AL58TF
BS 819 819 RR1BS36TF
BS 820 833 RR1AL58TF
BS 834 1041 RR1BS36TF

RD RR1AL58TF 833 0 0
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CGACTATCGTTCTTGAGGAGAAGATAAGTGCACTTGAAGGTTCTGAATCAACCTTGGTTA
TGGCTTCTGGGATGTGTGCAAGCACTGTTATGCTTTTGGCTTTGGTTCCTGCTGGTGGCC
ACATTGTCACTACTACTGGTTGTTACAGGAAGACTAGAATCTTCATGGAGAATTTTCTTC
CCAAGATGGGGATCACTGTCACTGTGATTGATCCTGCTGACGTCGCGGGGCTTGAAGCTT
CTGTGAATAAGTACCAAGTTTCTCTGTTCTTCACCGAGTCACCGACAAACCCATTCCTTA
GATGTGTCGACATTGAGCTAGTTTCGGAAATATGCCACAAAAGGGGAACTCTTGTTTGCA
TCGATGGTACCTTTGCAACACCCCTGAATCAGAAAGCCCTTGCTTTTGGTGCTGATCTCG
TCGTCCACTCTCTTACAAAGTACATCGGAGGACACAACGATGTTCTTGGTGGATGCATCT
GTGGCCCACTGAAGGTGGTTTCAGAAATTCGCAATCTGCATCATGTGTTGGGAGGCACAC
TTAATCCGAACGCTGCGTACCTAATGATCCGAGGCATGAAGACAATGCATCTTCGTGTAA
AGCAACAGAATTCTACTGCCTCAAGGATGGCCGAAATTTTAGAGGCACATCCTAAAGGTG
AGTCATGTGTACTATCCAGGCCTTGCAAGTCATCCCGAGCATCACATTGCCAAGCGACAA
ATGACTGGTTTTGGGAGGTGTGGTCAGTTTCGAGATTGGTGGAGACATTGAAA

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR1BS36TF 668 0 0
G
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GCAACACCCCTGAATCAGAAAGCCCTTGCTTTTGGTGCTGATCTTGTCGTCCACTCTCTT
ACAAAGTACATCGGAGGACACAACGATGTTCTTGGTGGATGCATCTGTGGCCCACTGAAG
GTGGTTTCAGAAATTCGCAATCTGCATCATGTGTTGGGAGGCACACTTAATCCGAACGCT
GCGTACCTAATGATCCGAGGCATGAAGACAATGCATCTTCGTGTAAAGCAACAGAATTCT
ACTGCCTCAAGGATGGTCGAAATTTTAGAGGCACATCCTAA*GGTGAGTCATGTGTACTA
TCCAGGCCTTGCAAGTCATCCCGAGCATCACATTGCCAAGCGACAAATGACTGGTTTTGG
*AGGTGTGGTCAGTTTCGAGATTGATGGAGACATTGAAAGAACGATAAAGTTTGTGGATT
CACTCAAGATTCCTTACATCGCACCATCTTTTGGTGGCTGCGAAAGCATCGTGGACCAAC
CGGCCATCATGTCTTACTGGGATCTGACATTCTTCAAGCTCTCGAAGCCATCTGAAATTC
CCAATTATTTCACCCCCAAAAACACAATGTCGTTTCTGTCATCTTTTGAATTATTGTCTG
TTTCCTT

QA 2 668 2 668
DS 



AS 1 7

CO CL803Contig1 847 7 15 U
GGCTTCTCTTCTTCTCTCTGCCTTATCAATCATAGGCGGGGATCAGGGATCTCGATTTCA
ATGTCTTACGCTTACCTCTTCAAGTACATCATCATCGGCGATACAGGAGTAGGGAAATCA
TGCCTTCTGCTACAGTTCACGGACAAGAGGTTTCAGCCGGTGCATGATCTCACCATTGGT
GTTGAATTTGGGGCTAGGATGATCACCATCGACAACAAGCCCCTCAAACTCCAGATCTGG
GATACGGCTGGTCAAGAATCTTTTAGGTCTATTACAAGGTCTTACTACAGAGGTGCTGCA
GGTGCATTGCTTGTCTATGATATCACAAGGAGGGAGACGTTTAACCATCTAGCTAGCTGG
TTAGAGGATGCGAGGCAGCATGCAAATGCAAATATGACGATAATGCTCATTGGGAATAAG
TCTGATCTTGACCACAGGAGGGCAGTGACCACGGAGGAAGGAGAGCAGTTTGCAAAGGAG
CACGGTCTTATTTTCATGGAAGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAATGTCGAAGAGGCATTC
ATAAAGACAGCGGCAACTATATACAAAAAGATTGAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCAAAT
GAGTCGTATGGAATAAAAGTCGGATACGGAGGAATACCGGGGCCATCAGGTGGTAGAGAC
GGATCCACATCGCAAGGAGGAGGTTGCAGCGGCTAAGATGGGGGAATAGTGTCTTTATCA
TATAAACAAAAATCTCTTCTGTTTGAATTATATAATAGTTGTAAATCGTTTGGTTTTCGA
TTTGGTGACTTGTCTTGTGGTGGATTCCGGAACGGATTATTTCATTTATCTATAATGTGT
TTTGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 35 35 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
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45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 10 

AF RR1E429TF U 19
AF RR1EQ94TF U 1
AF RR1F838TF U 105
AF RR1BV56TF U 105
AF RR1EQ94JQ C 131
AF RR1F838JQ C 128
AF RR1BV56JQ C 130
BS 1 179 RR1EQ94TF
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BS 723 846 RR1BV56TF
BS 847 847 RR1BV56JQ

RD RR1E429TF 639 0 0
GGGCC
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GTACATCATCATCGGCGATACAGGAGTAGGGAAATCATGCCTTCTGCTACAGTTCACGGA
CAAGAGGTTTCAGCCGGTGCATGATCTCACCATTGGTGTTGAATTTGGGGCTAGGATGAT
CACCATCGACAACAAGCCCCTCAAACTCCAGATCTGGGATACGGCTGGTCAAGAATCTTT
TAGGTCTATTACAAGGTCTTACTACAGAGGTGCTGCAGGTGCATTGCTTGTCTATGATAT
CACAAGGAGGGAGACGTTTAACCATCTAGCTAGCTGGTTAGAGGATGCGAGGCAGCATGC
AAACGCAAATATGACGATAATGCTCATTGGGAATAAGTCTGATCTTGACCACAGGAGGGC
AGTCACCACGGAGGAAGGAGAGCAGTTTGCAAAGGAGCACGGTCTTATTTTCATGGAAGC
CTCCGCCAAGACTGCTCAGAATGTCGAAGAGGCATTCATAAAGACAGCGGCAACAATATA
CAAAAAGATCGAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCAAATGAGTCGTATGGAATTAAAGTTGG
ATATGGAGGAATCCCGGGGCCATCAG
TGGAAGAG

QA 6 631 6 631
DS 

RD RR1EQ94TF 722 0 0
GGCTTCTCTTCTTCTCTCTGCCTTATCAATCATAGGCGGGGATCAGGGATCTCGATTTCA
ATGTCTTACGCTTACCTCTTCAAGTACATCATCATCGGCGATACAGGAGTAGGGAAATCA
TGCCTTCTGCTACAGTTCACGGACAAGAGGTTTCAGCCGGTGCATGATCTCACCATTGGC
GTTGAATTTGGGGCTAGGATGATCACCATCGACAACAAGCCCCTCAAACTCCAGATCTGG
GATACGGCTGGTCAAGAATCTTTTAGGTCTATTACAAGGTCTTACTACGGAGGTGCTGCA
GGTGCATTGCTTGTCTATGATATCACAAGGAGGGAGACGTTTAACCATCTAGCTAGCTGG
TTAGAGGATGCGAGGCAGCATGCAAATGCAAATATGACGATAATGCTCATTGGGAATAAG
TCTGATCTTGACCACAGGAGGGCAGTGACCACGGAGGAAGGAGAGCAGTTTGCAAAGGAG
CACGGTCTTATTTTCATGGAAGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAATGTCGAAGAGGCATTC
ATAAAGACAGCGGCAACTATATACAAAAAGATTGAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCAAAT
GAGTCGTATGGAATAAAAGTCGGATACGGAGGAATACCGGGGCCATCACGTGATAGAGAC
GGATCCACATCGCAAGGAGGAGGTTGCTGCGGCTAAGATGGGGGTATAGTGTCTTTATCA
TA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1F838TF 735 0 0
G
GGAGTAGGGAAATCATGCCTTCTGCTACAGTTCACGGACAAGAGGTTTCAGCCGGTGCAT
GATCTCACCATTGGTGTTGAATTTGGGGCTAGGATGATCACCATCGACAACAAGCCCCTC
AAACTCCAGATCTGGGATACGGCTGGTCAAGAATCTTTTAGGTCTATTACAAGGTCTTAC
TACAGAGGTGCTGCAGGTGCATTGCTTGTCTATGATATCACAAGGAGGGAGACGTTTAAC
CATCTAGCTAGCTGGTTAGAGGATGCGAGGCAGCATGCAAATGCAAATATGACGATAATG
CTCATTGGGAATAAGTCTGATCTTGACCACAGGAGGGCAGTGACCACGGAGGAAGGAGAG
CAGTTTGCAAAGGAGCACGGTCTTATTTTCATGGAAGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAAT
GTCGAAGAGGCATTCATAAAGACAGCGGCAACTATATACAAAAAGATTGAAGATGGTGTG
TTTGATGTGTCAAATGAGTCGTATGGAATAAAAGTCGGATACGGAGGAATACCGGGGCCA
TCAGGTGGTAGAGACGGATCCACATCGCAAGGAGGAGGTTGCAGCGGCTAAGATGGGGGA
ATAGTGTCTTTATCATATAAACAAAAATCTCTTCTGTTTGAATTATATAATAGTTGTAAA
TCGTTTGGTTTTCGATTTGGTGACTTGTCTTGTGGTGGATTCCGGAACGGATTATTTCAT
TTATCTATAATGTG

QA 2 735 2 735
DS 

RD RR1BV56TF 743 0 0
G
GGAGTAGGGAAATCATGCCTTCTGCTACAGTTCACGGACAAGAGGTTTCAGCCGGTGCAT
GATCTCACCATTGGTGTTGAATTTGGGGCTAGGATGATCACCATCGACAACAAGCCCCTC
AAACTCCAGATCTGGGATACGGCTGGTCAAGAATCTTTTAGGTCTATTACAAGGTCTTAC
TACAGAGGTGCTGCAGGTGCATTGCTTGTCTATGATATCACAAGGAGGGAGACGTTTAAC
CATCTAGCTAGCTGGTTAGAGGATGCGAGGCAGCATGCAAATGCAAATATGACGATAATG
CTCATTGGGAATAAGTCTGATCTTGACCACAGGAGGGCAGTGACCACGGAGGAAGGAGAG
CAGTTTGCAAAGGAGCACGGTCTTATTTTCATGGAAGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAAT
GTCGAAGAGGCATTCATAAAGACAGCGGCAACTATATACAAAAAGATTGAAGATGGTGTG
TTTGATGTGTCAAATGAGTCGTATGGAATAAAAGTCGGATACGGAGGAATACCGGGGCCA
TCAGGTGGTAGAGACGGATCCACATCGCAAGGAGGAGGTTGCAGCGGCTAAGATGGGGGA
ATAGTGTCTTTATCATATAAACAAAAATCTCTTCTGTTTGAATTATATAATAGTTGTAAA
TCGTTTGGTTTTCGATTTGGTGACTTGTCTTGTGGTGGATTCCGGAACGGATTATTTCAT
TTATCTATAATGTGTTTTGCA
T

QA 2 742 2 742
DS 

RD RR1EQ94JQ 717 0 0
TACAGTTCACGGACAAGAGGTTTCAGCCGGTGCATGATCTCACCATTGGCGTTGAATTTG
GGGCTAGGATGATCACCATCGACAACAAGCCCCTCAAACTCCAGATCTGGGATACGGCTG
GTCAAGAATCTTTTAGGTCTATTACAAGGTCTTACTACGGAGGTGCTGCAGGTGCATTGC
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CGAGGCAGCATGCAAATGCAAATATGACGATAATGCTCATTGGGAATAAGTCTGATCTTG
ACCACAGGAGGGCAGTGACCACGGAGGAAGGAGAGCAGTTTGCAAAGGAGCACGGTCTTA
TTTTCATGGAAGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAATGTCGAAGAGGCATTCATAAAGACAG
CGGCAACTATATACAAAAAGATTGAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCAAATGAGTCGTATG
GAATAAAAGTCGGATACGGAGGAATACCGGGGCCATCAGGTGATAGAGACGGATCCACAT
CGCAAGGAGGAGGTTGCTGCGGCTAAGATGGGGGTATAGTGTCTTTATCATATAAACAAA
AATCTCTTCTGTTTGAATTATATAATAGTTGTAAATCGTTTGGTTTTCGATTTGGTGACT
TGTCTTGTGGTGGATTCCGGAACGGATTATTTCATTTATCTATAATGTGTTTTGCA
C

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DS 

RD RR1F838JQ 720 0 0
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TTGGGGCTAGGATGATCACCATCGACAACAAGCCCCTCAAACTCCAGATCTGGGATACGG
CTGGTCAAGAATCTTTTAGGTCTATTACAAGGTCTTACTACAGAGGTGCTGCAGGTGCAT
TGCTTGTCTATGATATCACAAGGAGGGAGACGTTTAACCATCTAGCTAGCTGGTTAGAGG
ATGCGAGGCAGCATGCAAATGCAAATATGACGATAATGCTCATTGGGAATAAGTCTGATC
TTGACCACAGGAGGGCAGTGACCACGGAGGAAGGAGAGCAGTTTGCAAAGGAGCACGGTC
TTATTTTCATGGAAGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAATGTCGAAGAGGCATTCATAAAGA
CAGCGGCAACTATATACAAAAAGATTGAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCAAATGAGTCGT
ATGGAATAAAAGTCGGATACGGAGGAATACCGGGGCCATCAGGTGGTAGAGACGGATCCA
CATCGCAAGGAGGAGGTTGCAGCGGCTAAGATGGGGGAATAGTGTCTTTATCATATAAAC
AAAAATCTCTTCTGTTTGAATTATATAATAGTTGTAAATCGTTTGGTTTTCGATTTGGTG
ACTTGTCTTGTGGTGGATTCCGGAACGGATTATTTCATTTATCTATAATGTGTTTTGCA
T

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DS 

RD RR1BV56JQ 718 0 0
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GGGGCTAGGATGATCACCATCGACAACAAGCCCCTCAAACTCCAGATCTGGGATACGGCT
GGTCAAGAATCTTTTAGGTCTATTACAAGGTCTTACTACAGAGGTGCTGCAGGTGCATTG
CTTGTCTATGATATCACAAGGAGGGAGACGTTTAACCATCTAGCTAGCTGGTTAGAGGAT
GCGAGGCAGCATGCAAATGCAAATATGACGATAATGCTCATTGGGAATAAGTTTGATCTT
GACCACAGGAGGGCAGTGACCACGGAGGAAGGAGAGCAGTTTGCAAAGGAGCACGGTTTT
ATTTTCATGGAAGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAATGTCGAAGAGGCATTCATAAAGACA
GCGGCAACTATATACAAAAAGATTGAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCAAATGAGTCGTAT
GGAATAAAAGTCGGATACGGAGGAATACCGGGGCCATCAGGTGGTAGAGACGGATCCACA
TCGCAAGGAGGAGGTTGCAGCGGCTAAGATGGGGGAATAGTGTCTTTATCATATAAACAA
AAATCTCTTCTGTTTGAATTATATAATAGTTGTAAATCGTTTGGTTTTCGATTTGGTGAC
TTGTCTTGTGGTGGATTCCGGAACGGATTATTTCATTTATCTATAATGTGTTTTGCAT

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 6

CO CL804Contig1 1166 6 36 U
ATCTCCCACATGAAGGAGTACATTGCTCGGTTCGGTCATGGTTCAGCCAAACTCGCTCGT
CAAGCGCAGAGCAAGGAGAAGACTTTGGCCAAGATGGAGAGAGGTGGGCTTACAGAGAAG
GTGGCAAGAGACAGTGTTCTCGTTTTCCGATTCGCTGATGTCGGGAAGCTTCCACCTCCA
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ATCGACTTTGGTGTTGACTTGGACTCAAGAGTGGCTCTTGTTGGACCCAACGGAGCTGGG
AAGAGTACTTTATTGAAGTTAATGACTGGTGAGCTGCACCCAACTGAAGGAATGGTGAGG
CGTCACAACCACTTGAAGATTGCTCAGTACCATCAGCATCTAGCTGAGAAGCTAGACTTG
GAAGTGCCTGCGCTTATCTACATGATGAACGAGTTTCCAGGCAACGAAGAGGAGAAGATG
AGAGCTGCCATTGGTAGGTTCGGTCTAACCGGTAAGGCACAGGTGATGCCGATGAAGAAT
CTTTCCGATGGACAGAGGAGCCGTGTGATATTCGCGTGGTTGGCTTATAAGCAGCCTAAC
ATGCTTCTGTTGGATGAGCCTACTAACCATTTGGATATTGAGACGATTGACTCTCTAGCC
GAGGCGTTGAACGAGTGGGATGGTGGTTTGGTTCTGGTGAGTCATGACTTCAGGTTGATT
AACCAAGTGGCTCATGAGATATGGGTGTGTGAGAAGCAGTGCATAACTAAATGGAATGGT
GACATTATGGACTTCAAGAAGCATCTCAAGGCTAAAGCTGGACTTGAAGATTGAAGATAA
AGAGTCAAGGGTCTTCGCTAGAGAGTGAGAGGGATGGTTTTGGGAATGTTTATTAACGAG
TTCTGAAGCCAACAAGTTAGAGAGAGAAAGAGACACCATGCTCGTAACCTCTGCAACTTC
TTACTCATTAAGAGGTCAGTGGTTCTATATCATTATTAGTAATGTGCACTTTTATTATTG
TTCTTGAACGTTTTTTTGAAGGCGAAACGGAGGTGGAAAAAAGTAATACTTTTGGTTGTA
TTGTAGGATTATTTGTTTCATTTTATAAAGACCGAGATGTTGACGATTATACTATTTATA
AAGTTGAATAAAACAGACAGCTACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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BS 520 521 RR1AI16TF
BS 522 522 RR1EF46TF
BS 523 542 RR1AI16TF
BS 543 543 RR1EF46TF
BS 544 545 RR1AI16TF
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BS 547 583 RR1AI16TF
BS 584 584 RR1EF46TF
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BS 625 709 RR1AI16TF
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BS 869 901 RR1EV87TF
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RD RR1AI16TF 709 0 0
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CAAGCGCAGAGCAAGGAGAAGACTTTGGCCAAGATGGAGAGAGGTGGGCTTACAGAGAAG
GTGGCAAGAGACAGTGTTCTCGTTTTCCGATTCGCTGATGTCGGGAAGCTTCCACCTCCT
GTGCTTCAGTTTGTGGAAGTGTCTTTCGGGTACACGCCGGACTATCTTATATACAAGAAC
ATCGACTTTGGTGTTGACTTGGACTCAAGAGTGGCTCTTGTTGGACCTAATGGAGCTGGG
AAGAGTACTTTATTGAAGTTAATGACTGGTGAGCTGCACCCGACTGAAGGAATGGTGAGG
CGTCACAACCACTTGAAGATTGCTCAGTACCATCAGCATCTAGCTGAGAAGCTGGATCTG
GAAGTGCCTGCGCTTATCTACATGATGAACGAGTTCCCTGGTAACGAAGAGGAGAAGATG
AGAGCTGCCATTGGTAGGTTCGGTCTAACCGGTAAGGCTCAAGTGATGCCGATGAAGAAT
CTCTCTGATGGACAGAGGAGCCGTGTGATATTCGCGTGGTTGGTTTATAAGCAGCCTAAC
ATGCTTCTGTTGGATGAGCCTACCAACCATTTGGATATTGAGACGATTGACTCTCTAGCC
GAGGCGTTGAACGAGTGGGATGGTGGTTTGGTTCTGGTGAGTCATGACT

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DS 

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G
GTGTTCTCGTTTTCCGTTTTGCTGATGTCGGGAAGCTTCCACCTCCAGTGCTTCAGTTTG
TGGAAGTGTCTTTCGGGTACACGCCGGACTATCTTATATACAAGAACATCGACTTTGGTG
TTGACTTGGACTCGAGGGTTGCTCTTGTTGGACCCAACGGAGCTGGGAAGAGTACTTTAT
TGAAGTTAATGACTGGTGAGCTGCACCCAACTGAAGGAATGGTGAGGCGTCACAACCACT
TGAAGATTGCTCAGTACCATCAGCATCTAGCTGAGAAGCTAGACTTGGAAGTGCCTGCGC
TTATCTACATGATGAACGAGTTTCCAGGCAACGAAGAGGAGAAGATGAGAGCTGCCATTG
GTAGGTTCGGTCTAACCGGTAAGGCACAGGTGATGCCGATGAAGAATCTTTCCGATGGAC
AGAGGAGCCGTGTGATATTCGCGTGGTTGGCTTATAAGCAGCCTAACATGCTTCTGTTGG
ATGAGCCTACTAACCATTTGGATATTGAGACGATTGACTCTCTAGCCGAGGCGTTGAACG
AGTGGGATGGTGGTTTGGTTCTGGTGAGTCATGACTTCAGGTTGATTAACCAAGTGGCTC
ATGAGATATGGGTGTGTGAGAAGCAGTGCATAACTAAATGGAATGGTGACATTATGGACT
TCAAGAAGCATCTCAAGGCTAAAGCTGGGCTTGAAGATTGAAGATAAAGAGTCAAGGGTC
TTCGCTAGAGAGTGA

QA 2 736 2 736
DS 

RD RR1EV87TF 601 0 0
G
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ACAACCACTTGAAGATTGCTCAGTACCATCAGCATCTAGCTGAGAAGCTAGACTTGGAAG
TGCCTGCGCTTATCTACATGATGAACGAGTTTCCAGGCAACGAAGAGGAGAAGATGAGAG
CTGCCATTGGTAGGTTCGGTCTAACCGGTAAGGCACAGGTGATGCCGATGAAGAATCTTT
CCGATGGACAGAGGAGCCGTGTGATATTCGCGTGGTTGGCTTATAAGCAGCCTAACATGC
TTCTGTTGGATGAGCCTACTAACCATTTGGATATTGAGACGATTGACTCTCTAGCCGAGG
CGTTGAACGAGTGGGATGGTGGTTTGGTTCTGGTGAGTCATGACTTCAGGTTGATTAACC
AAGTGGCTCATGAGATATGGGTGTGTGAGAAGCAGTGCATAACTAAATGGAATGGTGACA
TTATGGACTTCAAGAAGCATCTCAAGGCTAAAGCTGGACTTGAAGATTGAAGATAAAGAG
TCAAGGGTCTTCGCTAGAGAGTGAGAGGGATGGTTTTGGGAATGTTTATTAACGAGT
TCT

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DS 

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TGGGTGTGTGAGAAGCAGTGCATAACTAAATGGAATGGTGACATTATGGACTTCAAGAAG
CATCTCAAGGCTAAAGCTGGACTTGAAGATTGAAGATAAAGAGTCAAGGGTTTTCGCTAG
AGAGTGAGAGGGATGGTTTTGGGAATGTTTATTAACGAGT

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DS 

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GAAGTGCCTGCGCTTATCTACATGATGAACGAGTTTCCAGGCAACGAAGAGGAGAAGATG
AGAGCTGCCATTGGTAGGTTCGGTCTAACCGGTAAGGCACAGGTGATGCCGATGAAGAAT
CTTTCCGATGGACAGAGGAGCCGTGTGATATTCGCGTGGTTGGCTTATAAGCAGCCTAAC
ATGCTTCTGTTGGATGAGCCTACTAACCATTTGGATATTGAGACGATTGACTCTCTAGCC
GAGGCGTTGAACGAGTGGGATGGTGGTTTGGTTCTGGTGAGTCATGACTTCAGGTTGATT
AACCAAGTGGCTCATGAGATATGGGTGTGTGAGAAGCAGTGCATAACTAAATGGAATGGT
GACATTATGGACTTCAAGAAGCATCTCAAGGCTAAAGCTGGGCTTGAAGATTGAAGATAA
AGAGTCAAGGGTCTTCGCTAGAGAGTGAGAGGGATGGTTTTGGGAATGTTTATTAACGAG
TTCTGAAGCCAACAAGTTAGAGAGAGAAAGAGACACCATGCTCGTAACCTCTGCAACTTC
TTACTCATTAAGAGGTCAGTGGTTCTATATCATTATTAGTAATGTGCACTTTTATTATTG
TTCTTGAACGTTTTTTTGAAGGCGAAACGGAGGTGGAAAAAAGTAATACTTTTGGTTGTA
TTGTAGGATTATTTGTTTCATTTTATAAAGACCGAGATGTTGACGATTATACTATTTATA
AAGTTGAATAAAACAGACAGCTACAT

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DS 

RD RR1FI27TF 576 0 0
GCAGCCTAACATGCTTCTGTTGGATGAGCCTATTAACCATTTGGATATTGAGACGATCGA
CTCTCTAGCCGAGGCGTTGAACGAGTGGGATGGTGGTTTGGTTCTGGTGAGTCATGACTT
CAGGTTGATTAACCAAGTGGCTCATGAGATATGGGTGTGTGAGAAGCAGTGCATAACTAA
ATGGAATGGTGACATTATGGACTTCAAGAAGCATCTCAAGGCTAAAGCTGGACTTGAAGA
TTGAAGATAAAGAGTCAAGGGTCTTCGCTAGAGAGTGAGAGGGATGGTTTTGGGAATGTT
TATTAACGAGTTCTGAAGCCAACAAGTTAGAGAGAGAAAGAGACACCATGCTCGTAACCT
CTGCAACTTCTTACTCATTAAGAGGTCAGTGGTTCTATATCATTATTAGTAATGTGCACT
TTTATTATTGTTCTTGAACGTTTTTTTGAAGGCGAAACGGAGGTGGAAAAAAGTAATACT
TTTGGTTGTATTGTAGGATTATTTGTTTCATTTTATAAAGACCGAGATGTTGACGATTAT
ACTATTTATAAAGTTGAATAAAACAGACAGCTACAT

QA 1 576 1 576
DS 



AS 2 8

CO CL805Contig1 1352 5 5 U
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TTCAGCTACTTTCTCTGTCCCCAAACCATCTCTTCAGGGTTTCACTGAATTCTCAGGATT
GAGAAGCTCCTCTGCTTCACTTCCTTTCGGCAAGAAACTTTCTTCCGATGAGTTTGTTTC
CGCTGCCTCTTTCCAGACTTCTGCAATGGGAAGCAGCGGTGGATACAGGAAAGTTGTCAC
CGAGGCTAAACTTAAAGTAGCCATCAATGGATTCGGTAGGATAGGGAGGAACTTCTTGAG
ATGCTGGCATGGCCGTAAGGACTCTCCTTTTGATGTCATTGCCATTAACGACACTGGTGG
TGTCAAGCAGGCTTCACATCTCCTTAAATACGACTCAACTCTCGGAATCTTCGACGCTGA
CGTGAAACCTTCCGGAGATGCTGCCCTCTCTGTAGATGGAAAGATCATCAAGGTTGTGTC
TAACCGCAACCCGTCTCTTCTCCCCTGGAAGGAGTTAGGAATCGACATTGTCATTGAAGG
AACGGGAGTGTTTGTGGACAGAGAAGGTGCAGGGAAACACATTGAAGCTGGAGCCAAGAA
GGTTATCATTACAGCTCCAGGCAAAGGAGACATCCCAACTTACGTTGTTGGTGTCAATGC
TGATGCTTACAACCCCGACGAGCCGATCATCAGCAATGCATCTTGCACTACTAACTGTCT
TGCTCCCTTCGTCAAAGTTCTTGACCAGAAGTTTGGTATCATAAAGGGTACAATGACAAC
TACTCACTCCTACACCGGTGATCAGAGGTTACTAGACGCTAGCCACCGTGACCTAAGGAG
AGCAAGAGCAGCTGCTTTAAACATTGTTCCCACATCCACAGGAGCAGCTAAAGCAGTGGC
TCTCGTGCTCCCTAACCTCAAAGGAAAACTCAACGGAATCGCTCTCCGTGTACCGACACC
GAACGTGTCAGTGGTTGATCTCGTTGTGCAGGTGACCAAGAAGACTTTCGCTGAGGAAGT
TAACGCTGCTTTCAGAGACTCCGCAGAGAAAGAGCTTAAAGGTATACTCGAAGTCTGTGA
TGAGCCGCTTGTGTCAGTTGATTTCAGATGCTCAGATGTGTCGTCCACCATTGATTCTTC
ACTCACTATGGTGATGGGAGATGATATGGTTAAGGTGATTGCTTGGTATGATAATGAATG
GGGTTACTCACAGAGAGTTGTTGATTTGGCTGACATTGTTGCCAACAACTGGAAGTGATT
TGTATCTACTTTTCAAATCAAAACTCTTTATAATTAACAGGTCTCAAAAACAACAAATAA
TGATAATAATATACAGAGATGTAATGTTATAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1DM37TF U 1
AF RR1A519TF U 1
AF RR1A519JQ C 496
AF RR1AN90JQ C 722
AF RR1AN90TF U 722
BS 1 837 RR1A519TF
BS 838 838 RR1AN90TF
BS 839 860 RR1A519TF
BS 861 1349 RR1AN90TF
BS 1350 1352 RR1AN90JQ

RD RR1DM37TF 745 0 0
GGGTCCTTCTTTCATCTGCTGTTACAAACCTTAACTTTGATCCTGTCTGGTCACCATGGC
TTCAGCTACTTTCTCTGTCCCCAAACCATCTCTTCAGGGTTTCACTGAATTCTCAGGATT
GAGAAGCTCCTCTGCTTCACTTCCTTTCGGCAAGAAACTTTCTTCCGATGAGTTTGTTTC
CGCTGCCTCTTTCCAGACTTCTGCAATGGGAAGCAGCGGTGGATACAGGAAAGTTGTCAC
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TGATGCTTACAACCCCGACGAGCCGATCATCAGCAATGCATCTTGCACTACTAACTGTCT
TGCTCCCTTCGTCAAAGTTCT
TGAC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1A519TF 860 0 0
GGGTCCTTCTTTCATCTGCTGTTACAAACCTTAACTTTGATCCTGTCTGGTCACCATGGC
TTCAGCTACTTTCTCTGTCCCCAAACCATCTCTTCAGGGTTTCACTGAATTCTCAGGATT
GAGAAGCTCCTCTGCTTCACTTCCTTTCGGCAAGAAACTTTCTTCCGATGAGTTTGTTTC
CGCTGCCTCTTTCCAGACTTCTGCAATGGGAAGCAGCGGTGGATACAGGAAAGTTGTCAC
CGAGGCTAAACTTAAAGTAGCCATCAATGGATTCGGTAGGATAGGGAGGAACTTCTTGAG
ATGCTGGCATGGCCGTAAGGACTCTCCTTTTGATGTCATTGCCATTAACGACACTGGTGG
TGTCAAGCAGGCTTCACATCTCCTTAAATACGACTCAACTCTCGGAATCTTCGACGCTGA
CGTGAAACCTTCCGGAGATGCTGCCCTCTCTGTAGATGGAAAGATCATCAAGGTTGTGTC
TAACCGCAACCCGTCTCTTCTCCCCTGGAAGGAGTTAGGAATCGACATTGTCATTGAAGG
AACGGGAGTGTTTGTGGACAGAGAAGGTGCAGGGAAACACATTGAAGCTGGAGCCAAGAA
GGTTATCATTACAGCTCCAGGCAAAGGAGACATCCCAACTTACGTTGTTGGTGTCAATGC
TGATGCTTACAACCCCGACGAGCCGATCATCAGCAATGCATCTTGCACTACTAACTGTCT
TGCTCCCTTCGTCAAAGTTCTTGACCAGAAGTTTGGTATCATAAAGGGTACAATGACAAC
TACTCACTCCTACACCGGTGATCAGAGGTTACTAGACGCTAGCCACCGTGACCTAAG*AG
AGCAAGAGCAGCTGCTTTAA

QA 1 860 1 860
DS 

RD RR1A519JQ 855 0 0
TCTTCTCCCCTGGAAGGAGTTAGGAATCGACATTGTCATTGAAGGAACGGGAGTGTTTGT
GGACAGAGAAGGTGCAGGGAAACACATTGAAGCTGGAGCCAAGAAGGTTATCATTACAGC
TCCAGGCAAAGGAGACATCCCAACTTACGTTGTTGGTGTCAATGCTGATGCTTACAACCC
CGACGAGCCGATCATCAGCAATGCATCTTGCACTACTAACTGTCTTGCTCCCTTCGTCAA
AGTTCTTGACCAGAAGTTTGGTATCATAAAGGGTACAATGACAACTACTCACTCCTACAC
CGGTGATCAGAGGTTACTAGACGCTAGCCACCGTGACCTAAGGAGAGCAAGAGCAGCTGC
TTTAAACATTGTTCCCACATCCACAGGAGCAGCTAAAGCAGTGGCTCTCGTGCTCCCTAA
CCTCAAAGGAAAACTCAACGGAATCGCTCTCCGTGTACCGACACCGAACGTGTCAGTGGT
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AGACTCCGCAGAGAAAGAGCTTAAAGGTATACTCGAAGTCTGTGATGAGCCGCTTGTGTC
AGTTGATTTCAGATGCTCAGATGTGTCGTCCACCGTTGATTCTTCACTCACTATGGTGAT
GGGAGATGATATGGTTAAGGTGATTGCTTGGTATGATAATGAATGGGGTTACTCACAGAG
AGTTGTTGATTTGGCTGACATTGTTGCCAACAACTGGAAGTGATTTGTATCTACTTTTCA
AATCAAAACTCTTTATAATTAACAGGTCTCAAAAACAACAAATAATGATAATAATATACA
GAGATGTAATGTTA
G

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR1AN90JQ 631 0 0
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AACGTGTCAGTGGTTGATCTCGTTGTGCAGGTGACCAAGAAGACTTTCGCTGAGGAAGTT
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GAGCCGCTTGTGTCAGTTGATTTCAGATGCTCAGATGTGTCGTCCACCATTGATTCTTCA
CTCACTATGGTGATGGGAGATGATATGGTTAAGGTGATTGCTTGGTATGATAATGAATGG
GGTTACTCACAGAGAGTTGTTGATTTGGCTGACATTGTTGCCAACAACTGGAAGTGATTT
GTATCTACTTTTCAAATCAAAACTCTTTATAATTAACAGGTCTCAAAAACAACAAATAAT
GATAATAATATACAGAGATGTAATGTTATAC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1AN90TF 631 0 0
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ACTCACTCCTACACCGGTGATCAGAGGTTACTAGACGCTAGCCACCGTGACCTAAGGAGA
GCAAGAGCAGCTGCTTTAAACATTGTTCCCACATCCACAGGAGCAGCTAAAGCAGTGGCT
CTCGTGCTCCCTAACCTCAAAGGAAAACTCAACGGAATCGCTCTCCGTGTACCGACACCG
AACGTGTCAGTGGTTGATCTCGTTGTGCAGGTGACCAAGAAGACTTTCGCTGAGGAAGTT
AACGCTGCTTTCAGAGACTCCGCAGAGAAAGAGCTTAAAGGTATACTCGAAGTCTGTGAT
GAGCCGCTTGTGTCAGTTGATTTCAGATGCTCAGATGTGTCGTCCACCATTGATTCTTCA
CTCACTATGGTGATGGGAGATGATATGGTTAAGGTGATTGCTTGGTATGATAATGAATGG
GGTTACTCACAGAGAGTTGTTGATTTGGCTGACATTGTTGCCAACAACTGGAAGTGATTT
GTATCTACTTTTCAAATCAAAACTCTTTATAATTAACAGGTCTCAAAAACAACAAATAAT
GATAATAATATACAGAGATGTAATGTTA
TAC

QA 1 628 1 628
DS 



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CAATCACCTTAACCATATCATCTCCCATCACCATAGTGAGTGAAGAATCAATGGTGGACG
ACACATCCGAGCATCTGAAATCAACTGACACAAGCGGCTCATCGCAGACTTCGAGGATAC
CTTTAAGCTCTTTCTCTGCAGAGTCTCTGAAAGCAGCGTTAACTTCCTCTGCAAAAGTCT
TCTTGGTGACCTGCACAACGAGATCAACCACTGAGACATTTGGTGTCGGCACACGGAGAG
CTATTCCGTTGAGTTTTCCTTTGAGGTTAGGGAGCACAAGAGCCACTGCTTTGGCTGCTC
CTGTAGATGTGGGAACAATGTTCAAAGCAGCTGCTCTTGCTCTCCTTAGATCACGGTGGC
TAGCGTCTAGTAACCTCTGGTCACCGGTGTATGAGTGAGTAGTTGTCATTGTACCCTTTA
TGATACCGAACTTCTGGTCTAGAACTTTGACAAAGGGAGCAAGACAGTTAGTAGTGCAAG
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AAGTTAGGATGTCTCCTTTGCCTGGAGCTGTAATGATAACCTTCTTGGCTCCAGCTTCAA
TGTGTTTCCCTGCGCCTTCTCTATCCACCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H359JQ U 1
AF RR1F441JQ U 1
AF RR1D592TF C 120
BS 1 83 RR1F441JQ
BS 84 84 RR1H359JQ
BS 85 286 RR1F441JQ
BS 287 287 RR1H359JQ
BS 288 396 RR1F441JQ
BS 397 397 RR1H359JQ
BS 398 725 RR1F441JQ
BS 726 726 RR1D592TF
BS 727 786 RR1F441JQ
BS 787 810 RR1D592TF

RD RR1H359JQ 461 0 0
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CTATTCCGTTGAGTTTTCCTTTGAGGTTAGGGAGCAC
AAGA

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1F441JQ 786 0 0
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CAACAATGTCAGCGAGATCAACAACTCTCTGTGAGTAACCCCATTCATTATCATACCAAG
CAATCACCTTAACCATATCATCTCCCATCACCATAGTGAGTGAAGAATCAATGGTGGACG
ACACATCCGAGCATCTGAAATCAACTGACACAAGCGGCTCATCGCAAACTTCGAGGATAC
CTTTAAGCTCTTTCTCTGCAGAGTCTCTGAAAGCAGCGTTAACTTCCTCTGCAAAAGTCT
TCTTGGTGACCTGCACAACGAGATCAACCACTGAGATATTTGGTGTCGGCACACGGAGAG
CTATTCCGTTGAGTTTTCCTTTGAGGTTAGGGAGCACAAGAGCCACTGCTTTGGCTGCTC
CTGTAGATGTGGGAACAATGTTCAAAGCAGCTGCTCTTGCTCTCCTTAGATCACGGTGGC
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AAGTTGGGATGTCTCCTTTGCCTGGAGCTGTAATGATAACCTTCTTGGCTCCAGCTTCAA
TGTGTT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1D592TF 691 0 0
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GCAATCACCTTAACCATATCATCTCCCATCACCATAGTGAGTGAAGAATCAATGGTGGAC
GACACATCCGAGCATCTGAAATCAACTGACACAAGCGGCTCATCGCAGACTTCGAGGATA
CCTTTAAGCTCTTTCTCTGCAGAGTCTCTGAAAGCAGCGTTAACTTCCTCTGCAAAAGTC
TTCTTGGTGACCTGCACAACGAGATCAACCACTGAGACATTTGGTGTCGGCACACGGAGA
GCTATTCCGTTGAGTTTTCCTTTGAGGTTAGGGAGCACAAGAGCCACTGCTTTGGCTGCT
CCTGTAGATGTGGGAACAATGTTCAAAGCAGCTGCTCTTGCTCTCCTTAGATCACGGTGG
CTAGCGTCTAGTAACCTCTGGTCACCGGTGTATGAGTGAGTAGTTGTCATTGTACCCTTT
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GAAGCATTGCTGATGATCGGTTCATCAGGATTGTAAGCATCGGCGTTGACACCAACAACA
TAAGTTAGGATGTCTCCTTTGCCTGGAGCTGTAATGATAACCTTCTTGGCTCCAGCTTCA
ATGTGTTTCCCTGCGCCTTCTCTATCCACCC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 8

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AAACTAACCTCCTTGTCCTTCTCCACGAAGAAGAAGACGAGGAATCCGTCTCTCTCCTTC
ACCATCAACTGCTCATCATCATCATCATTCGACGAACCACCCAAACCTTCTCTCACCTCT
TCTACTCCACCGATTCGCGTCTCCTCCTCGAGTTCTTCCCCCAAAGCTCGATTCGTCGCT
CGTCAGAAACAGTCCGTCTCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTATATGAGC
TTACCTGCAAGTCAGTACTCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATCGAGAGAGTTGATGATAAC
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CTCGTCAGGGTCGAAGAACAGACTAATGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGCAAGCTT
GAGGGATCTCCTGTTGTGGTTGCTCAAAATGACAAATTTGATGCTTCTATGGTGAACCGG
GTATCGTGTGATAGCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCAGATGCA
GTCATTGAGGTCAATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTGGGAGCAATA
GAAGCGACGGGGACACAAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGATTCTTG
TCTCAGCTCTCGAAAGACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTCAAGGCAACCTCTT
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ACCTATGCATCCTGGAGACTAGAGTTTTAGCAAATTCTGGATCATTTTAAAATGTTTTCT
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TGAGAAATGCATGCTTGTTTGTTTTGTTTGTTCCACTGTGGGTGTCGATGTTTCATGTTA
ATCCAACCAGGAGTTTCTTACCCGGGTCTGGATTTTGTACCAAAAAACTGTTTGTTCGAA
TGTTGGTAAGGTCGGTTTACTGGATGGGCCAGTTCAGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 
50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F640TF U 1
AF RR1BG13TF U 354
AF RR1H403TF U 12
AF RR1C908TF U 7
AF RR1C908JQ C 195
AF RR1H403JQ C 259
AF RR1FC67TF U 290
AF RR1BG13JQ C 354
BS 1 196 RR1F640TF
BS 197 197 RR1C908TF
BS 198 367 RR1F640TF
BS 368 368 RR1C908TF
BS 369 440 RR1F640TF
BS 441 509 RR1C908TF
BS 510 510 RR1H403TF
BS 511 642 RR1C908TF
BS 643 643 RR1H403TF
BS 644 671 RR1C908TF
BS 672 672 RR1FC67TF
BS 673 734 RR1C908TF
BS 735 735 RR1FC67TF
BS 736 761 RR1C908TF
BS 762 991 RR1FC67TF
BS 992 992 RR1BG13JQ
BS 993 1014 RR1FC67TF
BS 1015 1122 RR1BG13JQ

RD RR1F640TF 440 0 0
GGATCCCTCATCCCACAAAACGCCGTCGTTTCAGCTATGGCGTTGAGCTCAGCTACTCTT
AAACTAACCTCCTTGTCCTTCTCCACGAAGAAGAAGACGAGGAATCCGTCTCTCTCCTTC
ACCATCAACTGCTCATCATCATCATCATTCGACGAACCACCCAAACCTTCTCTCACCTCT
TCTACTCCACCGATTC*CGTCTCCTCCTCGAGTTCTTCCCCCAAAGCTCGATTCGTCGCT
CGTCAGAAACAGTCCGTCTCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTATATGAGC
TTACCTGCAAGTCAGTACTCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATCGAGAGAGTTGATGATAAC
ACGTTCATATGCTATGTTTACACCTTCAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCCGTTCTC
CTCGTCAGGGTCGAAGAACA

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR1BG13TF 253 0 0
G
GATAACACGTTCAGATGCTATGTTTACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCT
GTTCTCCTTGTCAGGGTCGAGGAACAGACTAACGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGC
AAGCTTGAGGGATCTCCTGTTGTGGTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTG
AACCGGGTATCGTGTGATAGCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCA
GATGCAGTCATT

QA 2 253 2 253
DS 

RD RR1H403TF 655 0 0
GG
CACAAAACGCCGTCGTTTCAGCTATGGCGTTGAGCTCAGCTACTCTTAAACTAACCTCCT
TGTCCTTCTCCACGAAGAAGAAGACGAGGAATCCGTCTCTCTCCTTCACCATCAACTGCT
CATCATCATCATCATTCGACGAACCACCCAAACCTTCTCTCACCTCTTCTACTCCACCGA
TTCGCGTCTCCTCCTCGAGTTCTTCCCCCAAAGCTCGATTCGTCGCTCGTCAGAAACAGT
CCGTCTCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTATATGAGCTTACCTGCAAGTC
AGTACTCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATCGAGAGAGTTGATGATAACACGTTCAGATGCT
ATGTTTACACCTTCAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCCGTTCTCCTCGTCAGGGTCG
AAGAACAGACTAATGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGCAAGCTTGAGGGATCTCCTG
TTGTGGTTGCTCAAAATGACAAATTTGATGCTTCTATGGTGAACCGGGTATCGTGTGATA
GCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCAGATGCAGTCATTGAGGTCA
ATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTGGGAGCAATAGAAGCG

QA 3 655 3 655
DS 

RD RR1C908TF 755 0 0
TGGATCC
CACAAAACGCCGTCGTTTCAGCTATGGCGTTGAGCTCAGCTACTCTTAAACTAACCTCCT
TGTCCTTCTCCACGAAGAAGAAGACGAGGAGTCCGTCTCTCTCCTTCACCATCAACTGCT
CATCATCATCATCATTCGACGAACCACCCAAACCTTCTCTCACCTCTTCTACTCCACCGA
TTCGCGTCTCCTCCTCGAGTTCTTCCCCCAAAGCTCGATTCGTCGCTCGTCAGAAACAGT
CCGTCTCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTATATGAGCTTACCTGCAAGTC
AGTACTCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATCGAGAGAGTTGATGATAACACGTTCAGATGCT
ATGTTTACACCTTCAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCCGTTCTCCTCGTCAGGGTCG
AAGAACAGACTAATGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGCAAGCTTGAGGGATCTCCTG
TTGTGGTTGCTCAAAACGACAAATTTGATGCTTCTATGGTGAACCGGGTATCGTGTGATA
GCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCAGATGCAGTCATTGAGGTCA
ATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCCTCCCAGTGGGAGCAATAGAAGCGACGGG*A
CACAAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGATTCTTGTCTCAGCTCTCGA
A*GACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGA

QA 8 755 8 755
DS 

RD RR1C908JQ 792 0 0
TCG
CGTCTCCTCCTCGAGTTCTTCCCCCAAAGCTCGATTCGTCGCTCGTCAGAAACAGTCCGT
CTCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTATATGAGCTTACCTGCAAGTCAGTA
CTCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATCGAGAGAGTTGATGATAACACGTTCAGATGCTATGT
TTACACCTTCAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCCGTTCTCCTCGTCAGGGTCGAAGA
ACAGACTAATGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGCAAGCTTGAGGGATCTCCTGTTGT
GGTTGCTCAAAACGACAAATTTGATGCTTCTATGGTGAACCGGGTATCGTGTGATAGCAG
CACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCAGATGCAGTCATTGAGGTCAATAT
CGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCCTCCCAGTGGGAGCAATAGAAGCGACGGGGACACA
AGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGATTCTTGTCTCAGCTCTCGAAAGA
CTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTCAAGGCAACCTCTTGGGACCGGCGAGATCTG
ATAGTAAAGCCAAAAAAAA**TCTACCTTACCTGGTTCAGAGAACTTATGCATCCTGGAG
ACTAGAGTTTTAGCAAATTCTCGATCATTTTAAAATGTTTTCTTTGGGTTATAT***GAT
TAGTGAATTTGTATTTTCTGGAATAACTCTTTAAACCTTCTCAGGGGAAATGCATGCTTG
TTTGTTTTG

QA 4 792 4 792
DS 

RD RR1H403JQ 729 0 0
TCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTATATGAGCTTACCTGCAAGTCAGTAC
TCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATCGAGAGAGTTGATGATAACACGTTCAGATGCTATGTT
TACACCTTCAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCCGTTCTCCTCGTCAGGGTCGAAGAA
CAGACTAATGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGCAAGCTTGAGGGATCTCCTGTTGTG
GTTGCTCAAAATGACAAATTTGATGCTTCTATGGTGAACCGGGTATCGTGTGATAGCAGC
ACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCAGATGCAGTCATTGAGGTCAATATC
GAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTGGGAGCAATAGAAGCGACGGGGACACAA
GTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGATTCTTGTCTCAGCTCTCGAAAGAC
TATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTCAAGGCAACCTCTTGGGACCGGCGAGATCTGA
TAGTAAAGCCAAAAAAA***TCTACCTTACCTGGTTCAGAGAACCTATGCATCCTGGAGA
CTAGAGTTTTAGCAAATTCTCGATCATTTTAAAATGTTTTCTTTGGGTTATAT***GATT
AGTGAATTTGTATTCTCTGGAATAACTCTTTAAACCTTCTCAGGGGAAATGCATGCTTGT
TTGTTTTG
T

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1FC67TF 725 0 0
G
GTATATGAGCTTACCTGCAAGTCAGTACTCAGTGCTAGATGCGGAGAGGATTGAGAGAGT
TGATGATAACACGTTCAGATGCTATGTTTACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTG
CCCTGTTCTCCTTGTCAGGGTCGAGGAACAGACTAACGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATC
CTGCAAGCTTGAGGGATCTCCTGTTGTGGTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTAT
GGTGAACCGGGTATCGTGTGATAGCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTAC
TTCAGATGCAGTCATTGAGGTCAATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGT
CGGAGCAATAGAAGCGACGGGGACACAAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACC
ACGATTCTTGTCTCAGCTCTCGAAAGACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTCAAG
GCAACCTCTTGGGACCGGCGAGATCTGATAGTAAAGCCAAAAAAAAA*TCTACCTTACCT
GGTTCAGAGAACCTATGCATCCTGGAGACTAGAGTTTTAGCAAATTCTGGATCATTTTAA
AATGTTTTCTTTGGGTTATATAACGACTAGTGAATTTGTATTCTCTGGAATAACTCTTTA
AACCTTCTCATGAGAAATGCATGCTTGTTTGTTTTGTTTGT*CCACTGTGGGTGTCGATG
TTTC

QA 2 725 2 725
DS 

RD RR1BG13JQ 769 0 0
G
GATAACACGTTCAGATGCTATGTTTACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCT
GTTCTCCTTGTCAGGGTCGAGGAACAGACTAACGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGC
AAGCTTGAGGGATCTCCTGTTGTGGTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTG
AACCGGGTATCGTGTGATAGCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCA
GATGCAGTCATTGAGGTCAATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTCGGA
GCAATAGAAGCGACGGGGACACAAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGA
TTCTTGTCTCAGCTCTCGAAAGACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTCAAGGCAA
CCTCTTGGGACCGGCGAGATCTGATAGTAAAGCCAAAAAAAAAATCTACCTTACCTGGTT
CAGAGAACCTATGCATCCTGGAGACTAGAGTTTTAGCAAATTCTGGATCATTTTAAAATG
TTTTCTTTGGGTTATATAACGACTAGTGAATTTGTATTCTCTGGAATAACTCTTTAAACC
TTCTCATGAGAAATGCATGCTTGTTTGTTTTGTTTGTTCCACTGTGGGTGTCGATGTTTC
ATGTTAATCCAACCAGGAGTTTCTTACCCGGGTCTGGATTTTGTACCAAAAAACTGTTTG
TTCGAATGTTGGTAAGGTCGGTTTACTGGATGGGCCAGTTCAGATTCC

QA 2 769 2 769
DS 



AS 2 5

CO CL807Contig1 1357 3 16 U
GGTGTTTAAAACTCTCCAAATAACTAAAACACAAAATTGCAGCGAATAGTTCAAAAGAGT
ATTATCAAAGACTTTTCTGAAGAAAAAGCGAATACAAACTGAGAAAAAAAGAACAAACTG
TTTTAAGCCTTGGCAGAGGCACGACCGCAAAACTTGTTCTTCTCCTGGGTAGTCTGGAAT
TTGCCATGTCCCATCTTTGAGGAAGTGTCGATAAACTTGAGGTTAATCTGCTCCATGGCA
AGACGGGAAGTCTGAGTGAGCAACGACTGTCTAAAAGTCACAACCCTCTTCTTTGGACCC
ATGCAGCATCCCTTGATCATCAAGTAGTCATCCTTCACAACACCATAGTGTGCGAATCCA
CCCATTGGAGTCACATCCTTCTCGGTCCTGTCGTATTCAGTCATAGCAGTGTGGGTCTCC
TGACCAACCTTGCCCAACCTGTAAATCTTCTCGTTCAATTCAGTACGGTGATGGTAACCG
TTCTGACCAGCTCTGGCAACAGTGTAGGAGACTCTAGCTGGATGCCAAGCACCGATACAA
GCAACCTTACGCAGACCCCTGTGAGTCTTACGTGGAAGCCTCGTCACACCCCAACGGGTA
ACAACACCTTCGTAACCTTTACCCTTGGTCACACCAATCACATCAATCATCTCATCATTC
TGGAAAACAGCATCGATGGGGATCTGTTTCTCGAAGAAGCTGTAGGAAAAGTCCACCTTC
TGGGCAATGGTACCACCGTTGATCTGGACCTCCATCATGTGAGCTTTCTTCTGCTTCAAT
CCCTTCGTCTTCCTGATCTGAGTGTGGGCCAAGACACGGATGACAGTTCCGTACTTCTTC
ATCTTCTCGAGCTGGGACTGGATGCTCTTCTTGCCTTCCTCGCTCTCGTAATGCTTGGCG
TATCCGGTGAAGGCCTTCTTCTTGGACTTGGCCCAGTTCTTGTAGAACCTTCTCCTCATC
TCCTCGCTCAAGTACTGTGCCCAGACGGTGTTCAAAGACCTCAGGCCACGGGGAGTCTTG
ACGTAGGCAACAACCCCAACGACAACCATAGCAGGTGTCTCGATGATGGTAACAGCCTCA
CAGGTCTCCTTCTTGTGAAGCTTGGAACCGGGCTTCTCGACATCTCTAACAATGTGGGTC
ATACCAGCCTTGTATCCCATGAAGGCTGTGAACTTGCATGGCTTGGTTTGGTCATCCTTG
GGGAAGGCCTTCACTTTTCCTCGGTGACGGTTAGCTCTCTTCCTGGGAAGGAAGCCAAGA
GAACCGTGCCTTGGGTGCTCAAACTTCCTGTGAGACATTCTCTTCCTCCTCCTCCTACTG
AAGCTGCGATGAGTCCTGCGGCTATAGCTCACTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EL86JQ U 8
AF RR1BY56JQ U 1
AF RR1BY56TF C 628
BS 1 143 RR1BY56JQ
BS 144 144 RR1EL86JQ
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BS 275 275 RR1EL86JQ
BS 276 404 RR1BY56JQ
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BS 453 527 RR1BY56JQ
BS 528 528 RR1EL86JQ
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BS 576 576 RR1EL86JQ
BS 577 656 RR1BY56JQ
BS 657 657 RR1BY56TF
BS 658 701 RR1BY56JQ
BS 702 1357 RR1BY56TF

RD RR1EL86JQ 648 0 0
G
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*GACTTTTCTGAAGAAAAAGCGAATACAAACTGAGAAAAAAAGAAGAAACTGTTTTAAGC
CTTGGCAGAGGCACGACCGTAAAACTTGTTCTTCTCCTGGGTAGTCTGGAATTTGCCATG
TCCCATCTTTGAGGAAGTGTCGATAAACTTGAGGTTGATCTGTTCCATGGCAAGACGGGA
AGTCTGAGTGAGCAGTGACTGTCTGAAAGTCACAACCCTCTTCTTTGGACCCATGCAGCA
TCCCTTGATCATCAAGTAGTCATCCTTCACCACACCATAGTGTGCGAATCCACCCATTGG
TGTCACATCCTTCTCGGTCCTGTCGTATTCAGTCATAGCAGTGTGGGTCTCCTGACCAAC
CTTGCCCAACCTGTAAATCTTCTCGTTCAATTCAGTACGGTGATGGTAACCGTTCTGACC
AGCTCTGGCAACAGTGTAGGAGACTCTAGCTGGATGCCAAGCACCGATACAAGCAACCTT
ACGCAGACCCCTGTGGGTCTTACGTGGAAGCCTCGTCACACCCCAACGGGTAACAACACC
TTCGTAACCTTTACCCTTGGTCACACCAATCACATCAATCATCTCAT

QA 2 648 2 648
DS 

RD RR1BY56JQ 701 0 0
GGTGTTTAAAACTCTCCAAATAACTAAAACACAAAATTGCAGCGAATAGTTCAAAAGAGT
ATTATCAAAGACTTTTCTGAAGAAAAAGCGAATACAAACTGAGAAAAAAAGAACAAACTG
TTTTAAGCCTTGGCAGAGGCACGGCCGCAAAACTTGTTCTTCTCCTGGGTAGTCTGGAAT
TTGCCATGTCCCATCTTTGAGGAAGTGTCGATAAACTTGAGGTTAATCTGCTCCATGGCA
AGACGGGAAGTCTGAGTGAGCAACGACTGTCTAAGAGTCACAACCCTCTTCTTTGGACCC
ATGCAGCATCCCTTGATCATCAAGTAGTCATCCTTCACAACACCATAGTGTGCGAATCCA
CCCATTGGAGTCACATCCTTCTCGGTCCTGTCGTATTCAGTCATGGCAGTGTGGGTCTCC
TGACCAACCTTGCCCAACCTGTAAATCTTCTTGTTCAATTCAGTACGGTGATGGTAACCG
TTCTGACCAGCTCTGGCAACAGTGTAGGAGACTCTAGCTGGATGCCAGGCACCGATACAA
GCAACCTTACGCAGACCCCTGTGAGTCTTACGTGGCAGCCTCGTCACACCCCAACGGGTA
ACAACACCTTCGTAACCTTTACCCTTGGTCACACCAATCACATCAATCATCTCATCCTTC
TGGAAAACAGCATCGATGGGGATCTGTTTCTCGAAGAAGCT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1BY56TF 730 0 0
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TTCTCGAAGAAGCTGTAGGAAAAGTCCACCTTCTGGGCAATGGTACCACCGTTGATCTGG
ACCTCCATCATGTGAGCTTTCTTCTGCTTCAATCCCTTCGTCTTCCTGATCTGAGTGTGG
GCCAAGACACGGATGACAGTTCCGTACTTCTTCATCTTCTCGAGCTGGGACTGGATGCTC
TTCTTGCCTTCCTCGCTCTCGTAATGCTTGGCGTATCCGGTGAAGGCCTTCTTCTTGGAC
TTGGCCCAGTTCTTGTAGAACCTTCTCCTCATCTCCTCGCTCAAGTACTGTGCCCAGACG
GTGTTCAAAGACCTCAGGCCACGGGGAGTCTTGACGTAGGCAACAACCCCAACGACAACC
ATAGCAGGTGTCTCGATGATGGTAACAGCCTCACAGGTCTCCTTCTTGTGAAGCTTGGAA
CCGGGCTTCTCGACATCTCTAACAATGTGGGTCATACCAGCCTTGTATCCCATGAAGGCT
GTGAACTTGCATGGCTTGGTTTGGTCATCCTTGGGGAAGGCCTTCACTTTTCCTCGGTGA
CGGTTAGCTCTCTTCCTGGGAAGGAAGCCAAGAGAACCGTGCCTTGGGTGCTCAAACTTC
CTGTGAGACATTCTCTTCCTCCTCCTCCTACTGAAGCTGCGATGAGTCCTGCGGCTATAG
CTCACTGCCC

QA 1 730 1 730
DS 



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CTTTGGCAGAGGCACGGCCGTAGAATTTGTTCTTTTCCTGGGTGGTCTGGAATTTGCCAT
GTCCCATCATTGAGGAAGTGTCGATAAACTTGAGGTTGATCTGCTCCATGGCAAGACGGG
AAGTCTGGGTGAGCAGTGACTGTCTAAGAGTCACAACCCTCTTCTTTGGACCCATGCAGC
ATCCCTTAATCATCAAGTAGTCATCCTTGACCACACCATAGTGTGCAAATCCACCCATTG
GAGTCACATCCTTCTCGGTCCTGTCGTATTCAGTCATGGCTGTGTGTGTCTCCTGACCAA
CCTTGCCTAACCTGTAAATCTTCTTGTTAAGTTCGGTACGGTGATGGTAACCGTTCTGAC
CAGCTCTGGCAACAGTGTAGGAGACTCTAGCAGGATGCCAGGCACCGATACAAGCAACCT
TACGTAGACCCCTGTGAGTCTTACGTGGAAGCCTAGTCACACCCCAACGAGTGACAACAC
CTTCGTAACCTTTACCCTTGGTCACACCGATGACATCAATCATCTCATCCTTCTGGAAAA
CAGCATCGATGGGAATCTGCTTCTCAAAGAAGCTGTAGGCAAAGTCGACCTTCTGGGCAA
TGGTACCACCGTTGATCTGGACCTCCATCATGTGAGCTTTCTTCTGCTTCAGTCCCTTCA
TCTTCCTGATCTGAGTGT


BQ
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AF RR1GI81JQ U 1
AF RR1GZ80JQ U 1
BS 1 520 RR1GI81JQ
BS 521 798 RR1GZ80JQ

RD RR1GI81JQ 522 0 0
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ATCCCTTAATCATCAAGTAGTCATCCTTGACCACACCATAGTGTGCAAATCCACCCATTG
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CCTTGCCTAACCTGTAAATCTTCTTGTTAAGTTCGGTACGGTGATGGTAACCGTTCTGAC
CAGCTCTGGCAACAGTGTAGGAGACTCTAGCAGGATGCCA
GG

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR1GZ80JQ 798 0 0
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CTTTGGCAGAGGCACGGCCGTAGAATTTGTTCTTTTCCTGGGTGGTCTGGAATTTGCCAT
GTCCCATCATTGAGGAAGTGTCGATAAACTTGAGGTTGATCTGCTCCATGGCAAGACGGG
AAGTCTGGGTGAGCAGTGACTGTCTAAGAGTCACAACCCTCTTCTTTGGACCCATGCAGC
ATCCCTTAATCATCAAGTAGTCATCCTTGACCACACCATAGTGTGCAAATCCACCCATTG
GAGTCACATCCTTCTCGGTCCTGTCGTATTCAGTCATGGCTGTGTGTGTCTCCTGACCAA
CCTTGCCTAACCTGTAAATCTTCTTGTTAAGTTCGGTACGGTGATGGTAACCGTTCTGAC
CAGCTCTGGCAACAGTGTAGGAGACTCTAGCAGGATGCCAGGCACCGATACAAGCAACCT
TACGTAGACCCCTGTGAGTCTTACGTGGAAGCCTAGTCACACCCCAACGAGTGACAACAC
CTTCGTAACCTTTACCCTTGGTCACACCGATGACATCAATCATCTCATCCTTCTGGAAAA
CAGCATCGATGGGAATCTGCTTCTCAAAGAAGCTGTAGGCAAAGTCGACCTTCTGGGCAA
TGGTACCACCGTTGATCTGGACCTCCATCATGTGAGCTTTCTTCTGCTTCAGTCCCTTCA
TCTTCCTGATCTGAGTGT

QA 1 798 1 798
DS 



AS 2 5

CO CL808Contig1 1211 3 12 U
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GGATACAAAAAGAAACAATTCAAGATTTAGGGCATGTGCATTTTTTATAATAGAAAAAGA
AGAAAATGTACTCATTGTAATGAAATACAAACAGAAGATGATTAGATATGATAACATGAT
CACTCAAGTTGACCATACCACACCCCTTGGATCTTCACATCCTTTGGTACCTTGGCACCT
AGGTCAGTATCCGAGGGCTGAAAACTCTCGAACACTCCGATCACTTCTCCAGTCTCTGGT
TTGCTCTTTGTCACTTTGAGAGTGATCTCTCCCACCGAAGCTGCCGTGTTCTTCACGTTC
TCCTTTGAAAGCTCCTCTTCATCTCCTCTGACTCCAGCTGGCAATGCCACGGCATTGCCA
TATCCTGTGGATCCACCACGACCCTTTGGGTCCAAGAAGGAGGAGCCACGGTATGAAGGG
ACTAAGAATTTGCCAGTGAAGTTGTCTGGTTTGCCAGAGGCGTCAAGATGCTTGACTGTG
AAGAGGAAGGGCACACGCTCGCCTCCTGGAAGCTGGACAGTGACTGCAGCGTAGTCGATG
CCGTCTTCTTCCTTGAAGTTGACGCTTCCGTCAGAAGAAACCTCGAAGGGGCCTTCGATT
TCGTCAAGGGTGTAAGTGAGACGGGTCATGAGCTTGGTGTTCTGGAAATCGGGAGGAGCA
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CCAGCGTACTTACCAGGCTTGAAGGAGAAAGTCTCAGAGCCACCGTCAATAGTTGGGCAC
TGGTTGGCAGTTCCAGTTCCCTTAACTTCCATGTAAGTCTTGCTTTGAATCTCGTCGTAA
GTCAGTCTCTTCGGAGCTCCCTCTGCACTTGCTCCCGAGACGACGAGAGCAGAGGTTGCG
AGAGCGAATCCAGCGATTTTGGCAGCGTCGGAGCATTTACCGGCGAAGTCCTTGAAGTCA
GATTGGAAGGAACATGTGAGGCGAGCAGAGGATGTTTCTAGCCCGAATGATTTGTCGACT
GTCTGAGTCGACCGGAGGTGACCACTGCCGCGACAAGGAGCGTTGGAGATTTTAGCGGAC
TGGAGGAGCGTGATGGCGGATTGGAGAGAGGCTGCCATGGCCACGAAGTCTCTCAAAACT
AATGTTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK09JQ U 1
AF RR1EH04JQ U 72
AF RR1EH04TF C 451
BS 1 262 RR1DK09JQ
BS 263 263 RR1EH04JQ
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BS 273 273 RR1EH04JQ
BS 274 390 RR1DK09JQ
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BS 392 527 RR1DK09JQ
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BS 529 587 RR1DK09JQ
BS 588 588 RR1EH04JQ
BS 589 593 RR1DK09JQ
BS 594 1211 RR1EH04TF

RD RR1DK09JQ 593 0 0
CAGCTGCACAAGCTATTTCTCAGCATTAGACCATATGATTAAAGTTACATAGAGAACTAT
GGATACAAAAAGAAACAATTCAAGATTTAGGGCATGTGCATTTTTTATAATAGAAAAAGA
AGAAAATGTACTCATTGTAATGAAATACAAACAGAAGATGATTAGATATGATAACATGAT
CACTCAAGTTGACCATACCACACCCCTTGGATCTTCACATCCTTTGGTACCTTGGCACCT
AGGTCAGTATCCGAGGGCTGAAGACTCTCGAATACTCCGATCACTTCTCCAGTCTCTGGT
TTGCTCTTTGTCACTTTGAGAGTGATCTCTCCCACCGAAGCTGCCGTGTTCTTCACGTTC
TCCTTTGAAAGCTCCTCTTCATCTCCTCTGCCTCCAGCTGGCAATGCCACGGCATTGCCA
TATCCTGTGGATCCACCACGACCCTTTGGGTCCAAGAAGGAGGAGCCACGGTATGAAGGG
ACTAAGAATTTGCCAGTGAAGTTGTCTGGTTTGCCAGAGGCGTCAAGCTGCTTGACTGTG
AAGAGGAAGGGCACACGCTCGCCTCCTGGAAGCTGGACAGTGACTGCGGCGTA

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1EH04JQ 521 0 0
GAAACAATTCAAGATTTAGGGCATGTGCATTTTTTATAATAGAAAAAGAAGAAAATGTAC
TCATTGTAATGAAATACAAACAGAAGATGATTAGATATGATAACATGATCACTCAAGTTG
ACCATACCACACCCCTTGGATCTTCACATCCTTTGGTACCTTGGCACCTAGGTCAGTATC
CGAGGGCTGAAAACTCTCGAACACTCCGATCACTTCTCCAGTCTCTGGTTTGCTCTTTGT
CACTTTGAGAGTGATCTCTCCCACCGAAGCTGCCGTGTTCTTCACGTTCTCCTTTGAAAG
CTCCTCTTCATCTCCTCTGACTCCAGCTGGCAATGCCACGGCATTGTCATATCCTGTGGA
TCCACCACGGCCCTTTGGGTCCAAGAAGGAGGAGCCACGGTATGAAGGGACTAAGAATTT
GCCAGTGAAGTTGTCTGGTTTGCCAGAGGCGTCAAGATGCTTGACTGTGAAGAGGAAGGG
CACACGCTCGCCTCCTGGAAGCTGGACAGTGACTGCAGCGT

QA 1 521 1 521
DS 

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TTGCCAGAGGCGTCAAGATGCTTGACTGTGAAGAGGAAGGGCACACGCTCGCCTCCTGGA
AGCTGGACAGTGACTGCAGCGTAGTCGATGCCGTCTTCTTCCTTGAAGTTGACGCTTCCG
TCAGAAGAAACCTCGAAGGGGCCTTCGATTTCGTCAAGGGTGTAAGTGAGACGGGTCATG
AGCTTGGTGTTCTGGAAATCGGGAGGAGCATTCTTGCTAACACTCTCAGCCTTGACGGTG
AAGGAAGTAGGCTCGAAGCAGAACTTCTTGCCAGCGTACTTACCAGGCTTGAAGGAGAAA
GTCTCAGAGCCACCGTCAATAGTTGGGCACTGGTTGGCAGTTCCAGTTCCCTTAACTTCC
ATGTAAGTCTTGCTTTGAATCTCGTCGTAAGTCAGTCTCTTCGGAGCTCCCTCTGCACTT
GCTCCCGAGACGACGAGAGCAGAGGTTGCGAGAGCGAATCCAGCGATTTTGGCAGCGTCG
GAGCATTTACCGGCGAAGTCCTTGAAGTCAGATTGGAAGGAACATGTGAGGCGAGCAGAG
GATGTTTCTAGCCCGAATGATTTGTCGACTGTCTGAGTCGACCGGAGGTGACCACTGCCG
CGACAAGGAGCGTTGGAGATTTTAGCGGACTGGAGGAGCGTGATGGCGGATTGGAGAGAG
GCTGCCATGGCCACGAAGTCTCTCAAAACTAATGTTTATCC

QA 1 761 1 761
DS 



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GCTGAGAGTGTTAGCAAGAATGCGCCTCCTGACTTCCAAAACACCAAGCTCATGACCCGT
CTCACCTACACCCTTGACGAAATTGAAGGCCCCTTTGAGGTTTCTTCTGACGGAAGTGTC
AACTTCAAGGAAGAAGACGGCATCGACTACGCTGCAGTCACTGTCCAGCTTCCAGGAGGC
GAGCGTGTGCCATTCCTCTTCACAGTCAAGCAGCTTGACGCCTCAGGCAAACCAGACAAC
TTCACTGGCAAATTCTTGGTCCCTTCATACCGTGGCTCGTCCTTCTTGGACCCAAAGGGT
CGTGGTGGATCCACAGGATATGACAACGCAGTTGCATTGCCAGCTGGAGGGAGAGGAGAC
GAAGAGGAGCTTTCAAAGGAGAACGTCAAGAACACAGCAGCTTCAGTGGGAGAGATCACT
TTGAAAGTGACAAAGAGCAAACCGGAAACTGGTGAAGTGATCGGAGTGTTTGAGAGTCTT
CAGCCGTCGGATACTGACTTGGGTGCCAAGGTACCAAAGGATGTTAAGATCCAAGGGGTG
TGGTATGGTCAACTTGAGTGATCATGTTATCTATATCAAAACATCTTCTCTGTTAAATTG
TATTCGATGATAATTAAAACATCTTTTGATGCTTTCTATGTTTTCTCTCTTATAAAAATG
CAGTTATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BH43TF U 67
AF RR1ER08JQ C 1
BS 1 67 RR1ER08JQ
BS 68 676 RR1BH43TF
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BS 678 712 RR1BH43TF
BS 713 729 RR1ER08JQ

RD RR1BH43TF 646 0 0
G
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ACACCCTTGACGAAATTGAAGGCCCCTTTGAGGTTTCTTCTGACGGAAGTGTCAACTTCA
AGGAAGAAGACGGCATCGACTACGCTGCAGTCACTGTCCAGCTTCCAGGAGGCGAGCGTG
TGCCATTCCTCTTCACAGTCAAGCAGCTTGACGCCTCAGGCAAACCAGACAACTTCACTG
GCAAATTCTTGGTCCCTTCATACCGTGGCTCGTCCTTCTTGGACCCAAAGGGTCGTGGTG
GATCCACAGGATATGACAACGCAGTTGCATTGCCAGCTGGAGGGAGAGGAGACGAAGAGG
AGCTTTCAAAGGAGAACGTCAAGAACACAGCAGCTTCAGTGGGAGAGATCACTTTGAAAG
TGACAAAGAGCAAACCGGAAACTGGTGAAGTGATCGGAGTGTTTGAGAGTCTTCAGCCGT
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GTCAACTTGAGTGATCATGTTATCTATATCAAAACATCTTCTCTGTTAAATTGTATTCGA
TGATAATTAGAACATCTTTTGATGCTTTCTATGTTTTCTCTCTTA

QA 2 646 2 646
DS 

RD RR1ER08JQ 729 0 0
AAACCGGGAAAGTACGCTGGCAAGAAGTTCTGCTTCGAGCCTACTTTCTTCACCGTCAAG
GCTGAGAGTGTTAGCAAGAATGCGCCTCCTGACTTCCAAAACACCAAGCTCATGACCCGT
CTCACCTACATCCTTGACGAAATTGAAGGCCCCTTTGAGGTTTCTTCTGACGGAAGTGTC
AACTTCAAGGAAGAAGACGGCATCGACTACGCTGCAGTCACTGTCCAGCTTCCAGGAGGC
GAGCGTGTGCCATTCCTTTTCACAGTCAAGCAGCTTGACGCCTCAGGCAAACCAGACAAC
TTCACTGGCAAATTCTTGGTCCCTTCATACCGTGGCTCGTCCTTCTTGGACCCAAAGGGT
CGTGGTGGATCCACAGGATATGGCAACGCAGTTGCATTGCCAGCTGGAGGGAGGGGAGAC
GAAGAGGAGCTTTCAAAGGAGAACGTCAAGAACACAGCGGCTTCAGTGGGAGAGATCACT
TTGAAAGTGACAAAGAGCAAACCGGAAACTGGTGAAGTGATCGGAGTGTTTGAGAGTCTT
CAGCCGTCGGATACTGACTTGGGTGCCAAGGTACCAAAGGATGTTAAGATCCGAGGGGTG
TGGTATGGTCAACTTGAGTGATCATGTTATCTATATCAAAACATCTTCTCTGTTAAATTG
TATTCGATGATAATTAAAACATCTTTTGATGCTTTCTATGTTTTCTCTCTTATAAAAATG
CAGTTATGT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 8

CO CL809Contig1 812 8 9 U
GGGTGAACGCCAGAGAAGCGGTCGTTGTAAAGATCTTGTGTTTTGCAACTCTTTCTGTTC
CGTTCTCCGTCGTAGCTTCTATTATAATCTCCGCAAGTTTTTTCTCCTTCGTGGGCTGAA
TAAATCAGCTTTGATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCGAGCAGGTTTCTCAACACCGTT
CGTTCTTCCAGATTGGCATCTGTATCATCAATCTATCAAAATGGGATGATGAGATACTCC
ACTACAGTTCCCGGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACACAGAAAGTCCCT
TCTGGTTCCACGGACTCGCTCAAGGATCTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAAAATCCTGTG
ATGATCTACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTC*GCCGT
TAGGGTTCTCCAACAGTATAATGTTCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGA
GATTAAAGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCAA
GGGAGAGTTTATTGGAGGCTCTGACATCATCCTCAACATGCACAAGGAAGGTGAACTGGA
GGAGAAGCTTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAGTCTCAGTAAGCTTCCAAGCCTGAAGT
TATGCATAACTGCTGAACGAAGTTATTATCATGTTTTATTTTGTTTTGTTTTGTTTATTT
ACATAAGAATGCATTTTGATGTACGGTAATAATGAAAGTCTCGAGAGAACTTGGTATGAA
CAACACTTGATATTTATTATTAAAGAACCTTT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR1D812TF U 1
AF RR1H804TF U 3
AF RR1GX20TF U 25
AF RR1EL07TF U 4
AF RR1FJ03JQ C 244
AF RR1FJ03TF U 244
AF RR1D812JQ C 247
AF RR1GX20JQ C 373
BS 1 157 RR1D812TF
BS 158 158 RR1H804TF
BS 159 370 RR1D812TF
BS 371 537 RR1H804TF
BS 538 728 RR1EL07TF
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BS 730 768 RR1EL07TF
BS 769 808 RR1FJ03TF
BS 809 812 RR1D812JQ

RD RR1D812TF 370 0 0
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CGTTCTCCGTCGTAGCTTCTATTATAATCTCCGCAAGTTTTTTCTCCTTCGTGGGCTGAA
TAAATCAGCTTTGATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTTGAGCAGGTTTCTCAACACCGTT
CGTTCTTCCAGATTGGCATCTGTATCATCAATCTATCAAAATGGGATGATGAGATACTCC
ACTACAGTTCCCGGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACACAGAAAGTCCCT
TCTGGTTCCACGGACTCGCTCAAGGATCTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAAAATCCTGTG
ATGATCTACA

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DS 

RD RR1H804TF 535 0 0
GG
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CTCCGTCGTAGCTTCTATTATAATCTCCGCAAGTTTTTTCTCCTTCGTGGGCTGAATAAA
TCAGCTTTGATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCGAGCAGGTTTCTCAACACCGTTCGTT
CTTCCAGATTGGTATCTGTATCATCAATCTATCAAAATGGGATGATGAGATACTCCACTA
CAGTTCCCGGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACACAGAAAGTCCCTTCTG
GTTCCACGGACTCGCTCAAGGATCTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAAAATCCTGTGATGA
TCTACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTC*GCCGTTAGG
GTTCTCCAACAGTATAATGTTCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGAGATT
AAAGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCAT

QA 3 535 3 535
DS 

RD RR1GX20TF 680 0 0
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TAATCTCCGCAAGTTTTTTCTCCTTCGTGGGCTGAATAAATCAGCTTTGATTCAGAGATG
GCGGCTGCTTTGTCGAGCAGGTTTCTCAACACCGTTCGTTCTTCCAGATTGGCATCTGTA
TCATCAATCTATCAAAATGGGATGATGAGATACTCCACTACAGTTCCCGGCGATTCAGAC
ACACATGATGACTTCAAGCCTACACAGAAAGTCCCTTCTGGTTCCACGTACTCGCTCAAG
GATCTCGTTGAGAATGATGTGAGGGAAAATCCTGTGATGATCTACATGAAAGGAGTCCCT
GAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTC*GCCGTTAGGGTTCTCCAACAGTATAATGT
TCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGAGATTAAAGAAGCTGTGAAATCCTT
CAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCAAGGGAGAGTTTATTGGAGGCTCTGA
CATCATCCTCAACATGCACAAGGAAGGTGAACTGGAGGAGAAGCTTAAAGACGTCTCTGC
AAACCAAAAGTCTCAGTAAGCTTCCAAGCCTGAAGTTATGCATAACTGCTGAACGAAGTT
ATTATCATGTTTTATTTTGT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1EL07TF 769 0 0
G
GAACGCCAGAGAAGCGGTCGTTGTAAAGATCTTGTGTTTTGCAACTCTTTCTGTTCCGTT
CTCCGTCGTAGCTTCTATTATAATCTCCGCAAGTTTTTTCTCCTTCGTGGGCTGAATAAA
TCAGCTTTGATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCGAGCAGGTTTCTCAACACCGTTCGTT
CTTCCAGATTGGCATCTGTATCATCAATCTATCAAAATGGGATGATGAGATACTCCACTA
CAGTTCCCGGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACACAGAAAGTCCCTTCTG
GTTCCACGGACTCGCTCAAGGATCTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAAAATCCTGTGATGA
TCTACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTTTGCCGTTAGG
GTTCTCCAACAGTATAATGTTCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGAGATT
AAAGAAGCTGTGAAATCCTTCGGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCAAGGGA
GAGTTTATTGGAGGCTCTGACATCATCCTCAACATGCACAAGGAAGGTGAACTGGAGGAG
AAGCTTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAGTCTCAGTAAGCTTCCAAGCCTGAAGTTATG
CATAACTGCTGAACGAAGTTATTATCATGTTTTATTTTGTTTTGTTTTGTTTATTTACAT
AAGA*TGCATTTTGATGTACGGTAATAATGAAAGTCTCGAGAGA
CTTG

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DS 

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GG
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CTACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTC*GCCGTTAGGG
TTCTCCAACAGTATAATGTTCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGAGATTA
AAGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCAAGGGAG
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AGCTTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAGTCTCAGTAAGCTTCCAAGCCTGAAGTTATGC
ATAACTGCTGAACGAAGTTATTATCATGTTTTATTTTGTTTTGTTTTGTTTATTTACATA
AGAATGCATTTTGATGTACGGTAATAATGAAAGTCTCGAGAGAACTTGGTATGAACAACA
CTTGATATTTATTATTAAAGAAC

QA 3 565 3 565
DS 

RD RR1FJ03TF 565 0 0
GG
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TTCCACGGACTCGCTCAAGGATCTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAAAATCCTGTGATGAT
CTACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTC*GCCGTTAGGG
TTCTCCAACAGTATAATGTTCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGAGATTA
AAGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCAAGGGAG
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AGCTTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAGTCTCAGTAAGCTTCCAAGCCTGAAGTTATGC
ATAACTGCTGAACGAAGTTATTATCATGTTTTATTTTGTTTTGTTTTGTTTATTTACATA
AGAATGCATTTTGATGTACGGTAATAATGAAAGTCTCGAGAGAACTTGGTATGAACAACA
CTTGATATTTATTATTAAAGAAC

QA 3 565 3 565
DS 

RD RR1D812JQ 566 0 0
GTTCCCGGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACACAGAAAGTCCCTTCTGGT
TCCACGGACTCGCTCAAGGATCTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAAAATCCTGTGATGATT
TACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTC*GCCGTTAGGGT
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AGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCAAGGGAGA
GTTTATTGGAGGTTCTGACATCATCCTCAACATGCACAAGGAAGGTGAACTGGAGGAGAA
GCTTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAGTCTCAGTAAGCTTCCAAGCCTGAAGTTATGCA
TAACTGCTGAACGAAGTTATTATCATGTTTTATTTTGTTTTGTTTTGTTTATTTACATAA
GAATGCATTTTGATGTACGGTAATAATGAAAGTCTCGAGAGAACTTGGTATGAACAAAAC
TTGATATTTATTATTAAAGAACCTTT

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1GX20JQ 436 0 0
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ACAGTATAATGTTCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGAGATTAAAGAAGC
TGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATTTTCATCAAGGGAGAGTTTAT
TGGAGGTTTTGACATCATCCTCAACATGCACAAGGAAGGTGAACTGGAGGAGAAGCTTAA
AGACGTTTTTGCAAACCAAAAGTTTCAGTAAGCTTCCAAGCCTGAAGTTATGCATAACTG
CTGAACGAAGTTATTATCATGTTTTATTTTGTTTTGTTTTGTTTATTTACATAAGAATGC
ATTTTGATGTACGGTAATAATGAAAGTCTCGAGAGAACTTGGTATGAACAAAACTTGATA
TTTATTATTAAAGAAC

QA 1 436 1 436
DS 



AS 2 7

CO CL810Contig1 884 2 8 U
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CGTCCTCATCGGCGACTCCGGCGTCGGCAAATCCAACATCCTCTCCAGATTCACCAGAAA
CGAGTTCTGCCTCGAATCCAAATCCACCATCGGCGTTGAATTCGCCACCAGAACTCTACA
GGTTGAAGGCAAAACAGTGAAGGCTCAGATTTGGGATACAGCAGGGCAAGAGCGTTACCG
AGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGAGCCGTCGGAGCTCTCCTCGTCTACGACATCAC
CAAGAGGCAGACCTTCGAGAACGTCCTCAGGTGGTTACGCGAGCTCAGGGACCACGCCGA
TTCCAACATTGTGATCATGATGGCTGGCAACAAATCGGATCTGAACCACCTGAGATCCGT
TGCTGATGAGGACGGGAGGTCTCTCGCTGAGAAGGAAGGTTTGTCGTTTCTGGAGACGTC
TGCTTTGGAAGCGAGTAACATCGAGAAAGCGTTTCAGACGATATTGTCTGAGATTTATCA
TATCGTGAGCAAGAAGGCGTTGGCGGCGCAGGAAGCTGCGGGTAATCTTCAGGTTCCGGG
GCAAGGTACTGCGATTAATATAACGGATTCGTCTGTGGGTAAGAGTAAAGGATGCTGTTC
TACCTAGTTAACCCTCAATGACTTAATCAATCAGTCACACGTTTGATTTCAAGAATATCT
CTTTTGATCTTTTACCATATAGCAATACCTTTTTGCTTCCCATTTTATTTTATTTTTTCG
GATTTGGATTTATGTTACAGATTGAAAAGCTTGTTTAGCTGTATTGAAACTGTGATCATT
TCCACAGTATTTCTCAGAAAGGAAGATCTTTGTTTTCTTAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW62TF U 1
AF RR1AH43JQ C 100
BS 1 219 RR1CW62TF
BS 220 220 RR1AH43JQ
BS 221 560 RR1CW62TF
BS 561 561 RR1AH43JQ
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BS 572 572 RR1AH43JQ
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BS 584 884 RR1AH43JQ

RD RR1CW62TF 585 0 0
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CGTCCTCATCGGCGACTCCGGCGTCGGCAAATCCAACATCCTCTCCAGATTCACCAGAAA
CGAGTTCTGCCTCGAATCCAAATCCACCATCGGCGTTGAATTCGCCACCAGAACTCTACA
GGTTGAAGGCAAAACAGTGAAGGCTCAGATTTGGGATACGGCAGGGCAAGAGCGTTACCG
AGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGAGCCGTCGGAGCTCTCCTCGTCTACGACATCAC
CAAGAGGCAGACCTTCGAGAACGTCCTCAGGTGGTTACGCGAGCTCAGGGACCACGCCGA
TTCCAACATTGTGATCATGATGGCTGGCAACAAATCGGATCTGAACCACCTGAGATCCGT
TGCTGATGAGGACGGGAGGTCTCTCGCTGAGAAGGAAGGTTTGTCGTTTCTGGAGACGTC
TGCTTTGGAAGCGAGTAACATCGAGAAAGCGTTTCAGACGATATTGTCTGAGATTTATCA
TATCGTGAGCAAGAAGGCGT*GGCGGCGCAG*AAGCTGCGGGT
AA

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1AH43JQ 785 0 0
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ATTCGCCACCAGAACTCTACAGGTTGAAGGCAAAACAGTG**GGCTCAGATTTGGGATAC
AGCAGGGCAAGAGCGTTACCGAGCCATCACCAGTGCTTACTACAGAGGAGCCGTCGGAGC
TCTCCTCGTCTACGACATCACCAAGAGGCAGACCTTCGAGAACGTCCTCAGGTGGTTACG
CGAGCTCAGGGACCACGCCGATTCCAACATTGTGATCATGATGGCTGGCAACAAATCGGA
TTTGAACCACCTGAGATCCGTTGCTGATGAGGACGGGAGGTCTCTCGCTGAGAAGGAAGG
TTTGTCGTTTCTGGAGACGTCTGCTTTGGAAGCGAGTAACATCGAGAAAGCGTTTCAGAC
GATATTGTTTGAGATTTATCATATCGTGAGCAAGAAGGCGTTGGCGGCGCAGGAAGCTGC
GGGTAATCTTCAGGTTCCGGGGCAAGGTACTGCGATTAATATAACGGATTCGTCTGTGGG
TAAGAGTAAAGGATGCTGTTCTACCTAGTTAACCCTCAATGACTTAATCAATCAGTCACA
CGTTTGATTTCAAGAATATCTCTTTTGATCTTTTACCATATAGCAATACCTTTTTGCTTC
CCATTTTATTTTATTTTTTCGGATTTGGATTTATGTTACAGATTGAAAAGCTTGTTTAGC
TGTATTGAAACTGTGATCATTTCCACAGTATTTCTCAGAAAGGAAGATCTTTGTTTTCTT
AAAAG

QA 1 785 1 785
DS 



CO CL810Contig2 998 5 12 U
AGGGACCTTGTGAGAGCACAAAACTCGCAAACGTATAGAGAAGAAGAGAGACGAAAACCA
AAACAGAACGAAGGGAAAAAAAAAACAGTTCAAGCTTCCCATTCTCGATCCTTCTCCCGG
CTTTGCTTAAAACGGTTGATCAGAAGCTAGGTAGGTTCTGAGAGAGAGACCCAAATGGCG
AATCGAATAGACAACGAGTACGACTACTTGTTCAAGATCGTCCTCATCGGCGACTCCGGC
GTCGGCAAATCCAACATCCTCTCCCGATTCACCAGAAACGAGTTCTGCCTCGAATCCAAA
TCCACCATCGGCGTCGAATTCGCCACCCGGACTCTACAGGTAGAAGGCAAAACAGTGAAG
GCTCAGATCTGGGACACAGCAGGCCAAGAGCGTTACCGAGCCATCACCAGCGCTTACTAC
AGAGGAGCCGTCGGAGCTCTCCTCGTCTACGACATCACCAAGAGGCAAACCTTCGAGAAC
TCTCTCAGGTGGTTACGCGAGCTCAGGGACCACGCTGATTCCAACATTGTGATCATGATG
GCGGGAAACAAATCCGATCTGAACCACCTGAGATCCGTTGCTGACGAGGACGGTAGGTCT
CTGGCTGAGAAGGAAGGTTTGTCGTTTCTCGAGACGTCTGCTTTGGAAGCGAGTAATATT
GAGAAGGCGTTTCAGACGATTTTGTCGGAGATTTATCATATTATTAGCAAGAAAGCGTTG
GCGGCGCAGGAAGCTGCGGGTGGTCTTCCTGTTCCGGGGCAAGGGACTGCTATTAACATA
TCGGATTCGTCTGGGACTAACAGGAAAGGATGTTGTTCTACCTAATGATGATTGACTAAT
CAAAAATCACACGTTTGGTTTCAAGACTTTTTTTTTTCTCTCTTTTTGATTTATGTTAAA
GAAAGAAGTTCATTTAGCTAATTAGCTGTATTGAAACTGTGACCATTCATTCACACACCA
TTCCACAGAAAAGGAAATATTTTTTTTGTTTGTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV66TF U 1
AF RR1DK70TF U 46
AF RR1FF31TF U 51
AF RR1FF31JQ C 302
AF RR1DK70JQ C 545
BS 1 68 RR1GV66TF
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BS 330 330 RR1FF31TF
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BS 462 485 RR1GV66TF
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BS 721 725 RR1FF31TF
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RD RR1GV66TF 485 0 0
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AAACAGAA****GGGAAAAAAAAAACAGTTCAAGCTTCCCATTCTCGATCCTTCTCCCGG
CTTTGCTTAAAACGGTTGATCAGAAGCTAGGTAGGTTCTGAGAGAGAGACCCAAATGGCG
AATCGAATAGACAACGAGTACGACTACTTGTTCAAGATCGTCCTCATCGGCGACTCCGGC
GTCGGCAAATCCAACATCCTCTCCCGATTCACCAGAAACGAGTTCTGCCTCGAATCCAAA
TCCACCATCGGCGTCGAATTCGCCACCCGAACTCTACAGGTAGAAGGCAAAACAGTGAAG
GCTCAGATCTGGGACACAGCAGGCCAAGAGCGTTACCGAGCCATCACCAGCGCTTACTAC
AGAGGAGCCGTCGGAGCTCTCCTCGTCTACGACATCACCAGGAGGCAAACCTTCGAGAAC
TCTCT

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR1DK70TF 675 0 0
GGGAGAC
GAAAACCAAAACAGAACGAAGGGAAAAAAAAAACAGTTCAAGCTTCCCATTCTCGATCCT
TCTCCCGGCTTTGCTTAAAACGGTTGATCAGAAGCTAGGTAGGTTCTGAGAGAGAGACCC
AAATGGCGAATCGAATAGACAACGAGTACGACTACTTGTTCAAGATCGTCCTCATCGGCG
ACTCCGGCGTCGGCAAATCCAACATCCTCTCCCGATTCACCAGAAACGAGTTCTGCCTCG
AATCCAAATCCACCATCGGCGTCGAATTCGCCACCCGAACTCTACAGGTAGAAGGCAAAA
CAGTGAAGACTCAGATCTGGGACACAGCAGGCCAAGAGCGTTACCGAGCCATCACCAGCG
CTTACTACAGAGGAGCCGTCGGAGCTCTCCTCGTCTACGACATCACCAAGAGGCAAACCT
TCGAGAACTCTCTCAGGTGGTTACGCGAGCTCAGGGACCACGCTGATTCCAACATTGTGA
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GTAGGTCTCTGGCTGAGAAGGAAGGTTTGTCGTTTCTCGAGACGTCTGCTTTGGAAGCGA
GTAATATTGAGAAAGCGTTTCAGACGATTTTGTCGGAGATTTATCATATTATTAGCAAGA
AAGCGTTG

QA 8 675 8 675
DS 

RD RR1FF31TF 675 0 0
GG
GAAAACCAAAACAGAACGAAGGGAAAAAAAAA*CAGTTCAAGCTTCCCATTCTCGATCCT
TCTCCCGGCTTTGCTTAAAACGGTTGATCAGAAGCTAGGTAGGTTCTGAGGGAGAGACCC
AAATGGCGAATCGAATAGACAACGAGTACGACTACTTGTTCAAGATCGTCCTCATCGGCG
ACTCCGGCGTCGGCAAATCCAACATCCTCTCCCGATTCACCAGAAACGAGTTCTGCCTCG
AATCCAAATCCACCATCGGCGTCGAATTCGCCACCCGGACTCTACAGGTAGAAGGCAAAA
CAGTGAAGGCTCAGATCTGGGACACAGCAGGCCAAGAGCGTTACCGAGCCATCACCAGCG
CTTACTACAGAGGAGCCGTCGGAGCTCTCCTCGTCTACGACATCACCAAGAGGCAAACCT
TCGAGAACTCTCTCAGGTGGTTACGCGAGCTCAGGGACCACGCTGATTCCAACATTGTGA
TCATGATGGCGGGAAACAAATCCGATCTGAACCACCTGAGATCCGTTGCTGACGAGGACG
GTAGGTCTCTGGCTGAGAAGGAAGGTTTGTCGTTTCTCGAGACGTCTGCTTTGGAAGCGA
GTAATATTGAGAAGGCGTTTCAGACGATTTTGTCGGAGATTTATCATATTATTAGCAAGA
AAGCGTTGGCGGC

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR1FF31JQ 697 0 0
CCACCATCGGCGTCGAATTCGCCACCCGGACTCTACAGGTAGAAGGCAAAACAGTGAAGG
CTCAGATCTGGGACACAGCAGGCCAAGAGCGTTACCGAGCCATCACCAGCGCTTACTACA
GAGGAGCCGTCGGAGCTCTCCTCGTCTACGACATCACCAAGAGGCAAACCTTCGAGAACT
CTCTCAGGTGGTTACGCGAGCTCAGGGACCACGCTGATTCCAACATTGTGATCATGATGG
CGGGAAACAAATCCGATCTGAACCACCTGAGATCCGTTGCTGACGAGGACGGTAGGTCTC
TGGCTGAGAAGGAAGGTTTGTCGTTTCTCGAGACGTCTGCTTTGGAAGCGAGTAATATTG
AGAAGGCGTTTCAGACGATTTTGTCGGAGATTTATCATATTATTAGCAAGAAAGCGTTGG
CGGCGCAGGAAGCTGCGGGTGGTCTTCCTGTTCCGGGGCAAGGGACTGCTATTAACATAT
CGGATTCGTCTGGGACTAACAGGAAAGGATGTTGTTCTACCTAATGATGATTGACTAATC
AAAAATCACACGTTTGGTTTCAAGACTTTTTTTTTTCTCTCTTTTTGATTTATGTTAAAG
AAAGAAGTTCATTTAGCTAATTAGCTGTATTGAAACTGTGACCATTCATTCACACACCAT
TCCACAGAAAAGGAAATATTTTTTTTGTTTGTTTCTC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1DK70JQ 448 0 0
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AGGCGTTTCAGACGATTTTGTCGGAGATTTATCATATTATTAGCAAGAAAGCGTTGGCGG
CGCAGGAAGCTGCGGGTGGTCTTCCTGTTCCGGGGCAAGGGACTGCTATTAACATATCGG
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AATCACACGTTTGGTTTCAAGACTTTTTTTTTTCTCTCTTTTTGATTTATGTTAAAGAAA
GAAGTTCATTTAGCTAATTAGCTGTATTGAAACTGTGACCATTCATTCACACACCATTCC
ACAGAAAAGGAAATATTTTTTTT
TGTTG

QA 1 443 1 443
DS 



AS 1 7

CO CL811Contig1 991 7 15 U
TGATGTTACGTGCAGCACCCTAGTTTCGTGGTTACTCTATAAAGACCAGAGCACCAATCT
CTTTATCTTCATTCTACTTCTACATATTCAAGAAAGACATTAATACTAATAAGTGCGAAG
TTGATAACAGTTGTTGATCTTAAAACAATGGCGGACGAATTGGTTCTTCTTGATTTTTGG
CCAAGCATGTTCGGGATGAGGACGAAGATGGCTTTGGCTGAGAAAGGAGTGAGTTATGAG
TACATCGAGACAGATCCATGGACTAAGACTCCTTTACTCATTGAGATGAATCCAATTCAT
AAGAAGATTCCGGTTCTCATCCACAAAAGAAAACCGATCTGTGAATCTCTTATCCAGCTC
GAGTACATCGACGAGGTTTGGTCCGACACATACCCAATACTCCCCTCTGATCCTTACCAG
AAAGCTCAAGCAAGGTTCTGGGCAGATTTCATCGACAAAAAGCTTTACGACCCAGCATGG
AAAATATGGGGAACAAAGGGAGAAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACTGATTGAACAT
TTCAAGACACTTGAAACAGAGCTTGGAGAGAAAACTTACTACGG*TGGGGAAGTGTTTGG
GTTCCTAGACATCGCGTTGATGGGTTATTACAGCTGGTTCAAAGCTATGGAGAAGTTTGG
TGAGTTTAGTTTCGAAACAGAGTTCCCAAAGCTGACTGAGTGGACCAAGAGGTGTTTAGA
AAGAGAGAGCGTGGTTAAGGCATTAGCTGATTCTGACAAGATTATTGAGTATGCTTATGC
CCTCAGGAAGAAGTTTGGAGCCGAGTAGATGCTTTTGATGTTTGCCTTACTTGGTCTGAA
CACACAAGGAAAGAAAATGGTTCCGTATCAAGACCATTATGTTCTGTTCTTATGTGAAAT
TTGTATTTTCTCTCCTGTATTTTCTTTGTTTGTGTACTTTCTAGCTTCTAAAAGCATGAA
AATCCATAATAAATAAATGTTTGAATTGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 5 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1AU02TF U 1
AF RR1EH64TF U 69
AF RR1CC58TF U 414
AF RR1CX01TF U 70
AF RR1EH64JQ C 189
AF RR1AU02JQ C 365
AF RR1BI35JQ C 365
BS 1 281 RR1AU02TF
BS 282 282 RR1EH64TF
BS 283 318 RR1AU02TF
BS 319 321 RR1EH64TF
BS 322 327 RR1AU02TF
BS 328 328 RR1EH64TF
BS 329 329 RR1AU02TF
BS 330 330 RR1EH64TF
BS 331 682 RR1AU02TF
BS 683 737 RR1EH64TF
BS 738 840 RR1EH64JQ
BS 841 888 RR1AU02JQ
BS 889 889 RR1BI35JQ
BS 890 988 RR1AU02JQ
BS 989 991 RR1BI35JQ

RD RR1AU02TF 682 0 0
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CTTTATCTTCATTCTACTTCTACATATTCAAGAAAGACATTAATACTAATAAGTGCGAAG
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TACATCGAGACAGATCCATGGACTAAGACTCCTTTACTCATCGAGATGAATCCAATTCAT
AAGAAGATTCCGGTTCTCT**CACAAAGGTAAACCGATCTGTGAATCTCTTATCCAGCTC
GAGTACATCGACGAGGTTTGGTCCGACACATACCCAATACTCCCCTCTGATCCTTACCAG
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AAAATATGGGGAACAAAGGGAGAAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACTGATTGAACAT
TTCAAGACACTTGAAACAGAGCTTGGAGAGAAAACTTACTACGG*TGGGGAAGTGTTTGG
GTTCCTAGACATCGCGTTGATGGGTTATTACAGCTGGTTCAAAGCTATGGAGAAGTTTGG
TGAGTTTAGTTTCGAAACAGAG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1EH64TF 669 0 0
GG
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TTGTTGATCTTAAAACAATGGCGGACGAATTGGTTCTTCTTGATTTTTGGCCAAGCATGT
TCGGGATGAGGACGAAGATGGCTTTGGCTGAGAAAGGAGTGAGTTATGAGTACATCGAGA
CAGATCCATGGACTAAGACTCCTTTACTCATTGAGATGAATCCAATTCATAAGAAGATTC
CGGTTCTCATCCACAAAAGAAAACCGATCTGTGAATCTCTTATCCAGCTCGAGTACATCG
ACGAGGTTTGGTCCGACACATACCCAATACTCCCCTCTGATCCTTACCAGAAAGCTCAAG
CAAGGTTCTGGGCAGATTTCATCGACAAAAAGCTTTACGACCCAGCATGGAAAATATGGG
GAACAAAGGGAGAAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACTGATTGAACATTTCAAGACAC
TTGAAACAGAGCTTGGAGAGAAAACTTACTACGG*TAGGGAAGTGTTTGGGTTCCTAGAC
ATCGCGTTGATGGGTTATTACAGCTGGTTCAAAGCTATGGAGAGGTTTGGTGAGTTTAGT
TTCGAAACAGAGTTCCCAAAGCTGACTGAGTGGACCAAGAGGTGTTTAGAAAGAGAGAGC
GTGGTTA

QA 3 669 3 669
DS 

RD RR1CC58TF 322 0 0
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AGCATGGAAAATATGGGGAACAAAGGGAGAAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACTGAT
TGAACATTTCAAGACACTTGAAACAGAGCTTGGAGAGAAAACTTACTACGGGTGGGGAAG
TGTTTGGGTTCCTAGACATCGCGTTGATGGGTTATTACAGCTGGTTCAAAGCTATGGAGA
AGTTTGGTGAGTTTAGTTTCGAAACAGAGTTCCCAAAGCTGACTGAGTGGACCAAGAG*T
GTTTAGAAAGAGAGAGCGTGGT

QA 1 322 1 322
DS 

RD RR1CX01TF 666 0 0
G
ATTCTACTTCTACATATTCAAGAAAGACATTAATACTAATAAGTGCGAAGTTGATAACAG
TTGTTGATCTTAAAACAATGGCGGACGAATTGGTTCTTCTTGATTTTTGGCCAAGCATGT
TCGGGATGAGGACGAAGATGGCTTTGGCTGAGAAAGGAGTGAGTTATGAGTACATCGAGA
CAGATCCATGGACTAAGACTCCTTTACTCATCGAGATGAATCCAATTCATAAGAAGATTC
CGGTTCTCATCCACAAAGGTAAACCGATCTGTGAATCTCTTATCCAGCTCGAGTACATCG
ACGAGGTTTGGTCCGACACATACCCAATACTCCCCTCTGATCCTTACCAGAAAGCTCAAG
CAAGGTTCTGGGCAGATTTCATCGACAAAAAGCTTTACGACCCAGCATGGAAAATATGGG
GAACAAAGGGAGAAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACTGATTGAACATTTCAAGACAC
TTGAAACAGAGCTTGGAGAGAAAACTTACTACGGGTGGGGAAGTGTTTGGGTTCCTAGAC
ATCGCGTTGATGGGTTATTACAGCTGGTTCAAAGCTATGGAGAAGTTTGGTGAGTTTAGT
TTCGAAACAGAGTTCCCAAAGCTGACTGAGTGGACCAAGAGGTGTTTAGAAAGAGAGAGC
GTGGT

QA 2 666 2 666
DS 

RD RR1EH64JQ 652 0 0
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GACAGATCCATGGACTAAGACTCCTTTACTCATTGAGATGAATCCAATTCATAAGAAGAT
TCCGGTTCTCATCCACAAAAGAAAACCGATCTGTGAATCTCTTATCCAGCTCGAGTACAT
CGACGAGGTTTGGTCCGACACATACCCAATACTCCCCTCTGATCCTTACCAGAAAGCTCA
AGCAAGGTTCTGGGCAGATTTCATCGACAAAAAGCTTTACGACCCAGCATGGAAAATATG
GGGAACAAAGGGAGAAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACTGATTGAACATTTCAAGAC
ACTTGAAACAGAGCTTGGAGAGAAAACTTACTACGG*TAGGGAAGTGTTTGGGTTCCTAG
ACATCGCGTTGATGGGTTATTACAGCTGGTTCAAAGCTATGGAGAGGTTTGGTGAGTTTA
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GCGTGGTTAAGGCATTAGCTGATTCTGACAAGATTATTGAGTATGCTTATGCCCTCAGGA
AGAAGTTTGGAGCCGAGTAGATGCTTTTGATGTTTGCCTTACTTGGTCTGAA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1AU02JQ 624 0 0
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CTAGACATCGCGTTGATGGGTTATTACAGCTGGTTCAAAGCTATGGAGAAGTTTGGTGAG
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AGGAAGAAGTTTGGAGCCGAGTAGATGCTTTTGATGTTTGCCTTACTTGGTCTGAACACA
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ATTTTCTCTCCTGTATTTTCTTTGTTTGTGTACTTTCTAGCTTCTAAAAGCATGAAAATC
CATAATAAATAAATGTTTGAATTG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1BI35JQ 627 0 0
ACATCGACGAGGTTTGGTCCGACACATACCCAATACTCCCCTCTGATCCTTACCAGAAAG
CTCAAGCAAGGTTCTGGGCAGATTTCATCGACAAAAAGCTTTACGACCCAGCATGGAAAA
TATGGGGAACAAAGGGAGAAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACTGATTGAACATTTCA
AGACACTTGAAACAGAGCTTGGAGAGAAAACTTACTACGG*TGGGGAAGTGTTTGGGTTC
CTAGACATCGCGTTGATGGGTTATTACAGCTGGTTCAAAGTTATGGAGAAGTTTGGTGAG
TTTAGTTTCGAAACAGAGTTCCCAAAGCTGACTGAGTGGACCAAGAGGTGTTTAGAAAGA
GAGAGCGTGGTTAAGGCATTAGCTGATTCTGACAAGATTATTGAGTATGCTTATGCCCTC
AGGAAGAAGTTTGGAGCCGAGTAGATGCTTTTGATGTTTGCCTTACTTGGTCTGAACACA
CAAGGAAAGAAAATGGTTCCGTATCAAGACCATTATGTTCTGTTCTTATGTGAAATTTGT
ATTTTCTCTCCTGTATTTTCTTTGTTTGTGTACTTTCTAGCTTCTAAAAGCATGAAAATC
CATAATAAATAAATGTTTGAATTGAAT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 2 8

CO CL812Contig1 724 3 4 U
CAAAGATTAAAGTCTTATGTAATATATTATACTTGAACATGGTACAATACAACTAGCTTT
TTGTTTCTTTTTGCCTATAAACATAACTTTATGTATGAGCTACATAAAGCATTTTATTGT
TACTAGTAAGGGGTACGTACATTCACAGAGTTACAAAGATGCTCTCAACTCTCAAACTTC
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AGGGTCCTCCTTTGTTAATCTCTCCAGAGTTGCACCATCAACGCTCGTTGGATCATACAC
CACTTTTGCGTAATTATTGGTATGACCATCTTTGTTAGGTCCTGTAAACGGCTCGAGCTC
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TCTCTTCAGGCTCCAGAATCCTGTTCCCTTGTCCAGTGTCAGAGGTATCCTCTGTCCCCA
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AACATACTTCTTCTTGAGTCCTGTAAGAATATCAATTGTTGCATTTCTGATAGCATCCAG
CTTCGGGAAGCGCGTTCGTTTGCTCATAAGTATTTTATGAGCATCCATAAGTTTATAGCC
TTGCACCCAGAACATGTATGTCAACGCAACAGCAGGAGCCCTTCCCATACCAGCAGTGCA
GTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1C611JQ U 1
AF RR1C611TF C 1
AF RR1FC94JQ U 5
BS 1 187 RR1C611JQ
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BS 189 651 RR1C611JQ
BS 652 724 RR1FC94JQ

RD RR1C611JQ 652 0 0
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AGGGTCCTCCTTTGTTAATCTCTCCAGAGTTGCACCATCAACGCTCGTTGGATCATACAC
CACTTTTGCGTAATTATTGGTATGACCATCTTTGTTAGGTCCTGTAAACGGCTCGAGCTC
ATTGTGTCTCCATTCCCCATCTATGATATATTTATATTCAAACTGTCCCTCAGGCAATTC
TCTCTTCAGGCTCCAGAATCCTGTTCCCTTGTCCAGTGTCAGAGGTATCCTCTGTCCCCA
TCCGATGTCAAGGCCAGAAATTTCTACAGTGGAGAAACCCTTGTCTTTCAGTGTCAGAGT
AACATACTTCTTCTTGAGTCCTGTAAGAATATCAATTGTTGCATTTCTGATAGCATCCAG
CTTCGGGAAGCGCGTTCGTTTGCTCATAAGTATTTTATGAGCATCCATAAG
C

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1C611TF 652 0 0
CAAAGATT
AAAGTCTTATGTAATATATTATACTTGAACATGGTACAATACAACTAGCTTTTTGTTTCT
TTTTGCCTATAAACATAACTTTATGTATGAGCTACATAAAGCATTTTATTGTTACTAGTA
AGGGGTACGTACATTCACAGAGTTACAAAGATGCTCTCAACTCTCAAACTTCTGCCTCAG
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CCTTTGTTAATCTCTCCAGAGTTGCACCATCAACGCTCGTTGGATCATACACCACTTTTG
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GGCTCCAGAATCCTGTTCCCTTGTCCAGTGTCAGAGGTATCCTCTGTCCCCATCCGATGT
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TCTTCTTGAGTCCTGTAAGAATATCAATTGTTGCATTTCTGATAGCATCCAGCTTCGGGA
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C

QA 9 651 9 651
DS 

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GATT
AAAGTCTTATGTAATATATTATACTTGAACATGGTACAATACAACTAGCTTTTTGTTTCT
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CCTTTGTTAATCTCTCCCGAGTTGCACCATCAACGCTCGTTGGATCATACACCACTTTTG
CGTAGTTATTGGTATGACCATCTTTGTTAGGTCCTGTAAACGGCTCGAGCTCATTGTGTC
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GGCTCCAGAATCCTGTTCCCTTGTCCAGTGTCAGAGGTATCCTCTGTCCCCATCCGATGT
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AGAACATGTATGTCAACGCAACAGCAGGAGCCCTTCCCATACCAGCAGTGCAGTGG

QA 5 720 5 720
DS 



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GGGTGCTGTATTAACATACAGGCACGAGCTAGGAATGAACTACAACTTCCTTCGTCCAGA
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TGTTAAAACCATCTTCTGCTTGCAACAAGATCCTGACTTGGAATATTTTGGAGTAGATAT
AAGCAGCATTCAAGCATATGCTAAGACATTTACTGATATTGAGCATATTCGCTGTGAAAT
AAGAGACTTTGATGCATTTGATTTGAGAATGCGTCTTCCTGCTGTGCTTAGTACACTGTA
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GGGCTCCTGCTGTTGCGTTGACATACATGTTCTGGGTGCAAGGCTATAAACTTATGGATG
CTCATAAAATACTTATGAGCAAACGAACGTGCTTCCCGAAGCTTGATGCTATCAGAAATG
CAACAATTGATATTCTTACAGGACTCAAGAAGAAGTCTGTTACTCTGACACTGAAAGACA
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GTTCAATTATAATAATATTACATAAGACTTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1EW82TF U 1
AF RR1FF93TF U 8
AF RR1FC94TF U 210
AF RR1FF93JQ C 582
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RD RR1EW82TF 751 0 0
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GGGTGCTGTACTAACATACAGGCACGAGCTAGGAATGAACTACAACTTCCTTCGTCCAGA
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AAGAGACTTTGATGCATTTGATTTGAGAATGCGTCTTCCTGCTGTGCTTAGTACACTGTA
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QA 1 751 1 751
DS 

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GG
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TGGATCTTGCTTACAGACTCCTGAAGATGTTGACAAGCTCCGTAAGATTGGTGTTAAAAC
CATCTTCTGCTTGCAACAAGATCCTGACTTGGAATATTTTGGAGTAGATATAAGCAGCAT
TCAAGCATATGCTAAGACATTTACTGATATTGAGCATATTCGCTGTGAAATAAGAGACTT
TGATGCATTTGATTTGAGAATGCGTCTTCCTGCTGTGCTTAGTACACTGTACAAAGCCGT
TAAGCGAAATGGAGGAGTTACATACGTCC*ACTGCACTGCCGGTATGGGAAGGGCTCCTG
CTGTTGCGTTGACATACATGTTCTGGGTGCAAGGCTATAAACTTATGGATGCTCATAAAA
TACTTATGAGCAAACGAACGTGCTTCCCGAAGCTTGATGCTATCAGAAATGCAA

QA 3 776 3 776
DS 

RD RR1FC94TF 773 0 0
G
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TGAATATAGCCAAGACATGACTCAAGCTATGGGTGCTGTATTAACATACAGGCACGAGCT
AGGAATGAACTACAACTTCCTTCGTCCAGATTTAATCGTTGGATCTTGCTTACAGACTCC
TGAAGATGTTGACAAGCTCCGTAAGATTGGTGTTAAAACCATATTCTGCTTGCAACAAGA
TCCTGACTTGGAATATTTTGGAGTAGATATAAAGAGCATTCAAGCATATGCTAAGACATT
TACTGATATTGAGCATATTCGCTGTGAAATAAGAGACTTTGATGCATTTGATTTGAGAAT
GCGTCTTCCTGCTGTGCTTAGTACACTGTACAAAGCTCTTAAGCGAAATGGAGGAGTTAC
ATACGTCC*ACTGCACTGCTGGTATGGGAAGGGCTCCTGCTGTTGCGTTGACATACATGT
TCTGGGTGCAAGGCTATAAACTTATGGATGCTCATAAAATACTTATGAGCAAACGAACGT
GCTTCCCGAAGCTGGATGCTATCAGAAATGCAACAATTGATATTCTTACAGGACTCAAGA
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QA 2 773 2 773
DS 

RD RR1FF93JQ 773 0 0
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GGCTATAAACTTATGGATGCTCATAAAATACTTATGAGCAAACGAACGTGCTTCCCGAAG
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GAGCTTTTGGAGGACGAACGCTCGAAGCTAATCCAGTTCTTGGAGACTTCTTCTGAGGCA
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TAAAATGCTTTATGTAGGTCATACATAAAGTTATGTTTATAGGCCAAAAAGAAACATAAA
GCTAGTTGTATTTTATCATGTTCAATTATAATAATATTACATAAGACTTTCAG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1EW82JQ 756 0 0
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GATGCTCATAAAATACTTATGAGCAAACGAACGTGCTTCCCGAAGCTTGATGCTATCAGA
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GAACGCTCGAAGCTAATCCAGTTCTTGGAGACTTCTTCTGAGGCAGAAGTTTGAGAGCTG
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AGGTCATACATAAAGTTATGTTTATAGGCCAAAAAGAAACATAAAGCTAGTTGTATTTTA
TCATGTTCAATTATAATAATATTACATAAGACTTT
C

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 8

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ACCGCATCTCCCTCTCTCCCACGTAACTACTCCTTCCCTCCTCCTCCCTCTTTCACCCGC
GCCACGTCATTAGCCAAAACGTTGCCGCTTTATCCCATTCGTAACCGCCGGTTCCCTCTC
ACTTACCGATTAAACCAGAACTCGAAACAGAGGAGTGTAGGAATCGTCAGATGCGAAGCG
ACGGAGGTCTCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTC***GTCCGTTGCTTCCCCGGGGAGAAAC
TGGGTGCCGGTGGTGCCGTTATCCGCGCTTCCGAAAGGTGAACGGAGAGTGATTATCCAA
GACGACGAGACGATACTGCTGCTTTGGTATAAGAACGACGTGTTCGCGATTGAGAACCGT
TCTCCCGCCGAAGGAGCCTACAGCGAGGGGCTTCTCAACGCTAAGCTCACTCAGGATGGT
TGCATTGTGTGCCCGGCAACGGATAGTACATTTGATCTCAGAACTGGAGAGATTAAGGAA
TGGTACCCAAAGAACCCGGTTCTCAGAGTCTTGACACCTGCACTGAGAAAGCTGTTTGTG
TACCCTGTCAAATTTGATGAAGAAAACATCTACATCAGCATTAGAGGCAACGGGAAGAAC
GAGGCAGCTGCTGAAATCGTCTTCAGTGGTAAAGCTCAGCCTGGGCTCACAGCAACCAAT
GTCAACGTAGACGAGGTGAGGATGGTTGTGGACGAGGGTTCTCAAGGATTTGGTTTCTCG
AGGAAGAACGAAGTGATAAATGGCAAAGCAGCAGTGATAGGATTCTTACTGCTGTTAGAT
TTTGAGCTATTGACAGGTAAAGGTCTATTGAAGGGGACAGGGTTCTTGGACTTCCTTTAC
TCTGCTTCTGACGCTTTCAAGTAGAGATCAATATTTATCTCTTTGGTTTGGTTTTTGCTT
TACCTCCCTTGTGCAATTTGTGGAAGCGTTATTCAGTAAATGGAGAAACAAACAACATAC
TTTAAGTAACAAAAATTCACACCATGTCTTAGTATATGAATCACATTTTATAGAGATGTC
TTGCCTTTGCTTTGTTTGTGTGTTTACCTCTTAATAGTAAGATATTCTTTGTTCTTAGAA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF49TF U 50
AF RR1AP76TF U 1
AF RR1CY21TF U 56
AF RR1AP76JQ C 278
AF RR1GF49JQ C 343
AF RR1CY21JQ C 347
AF RR1AB91JQ C 674
AF RR1AB91TF U 437
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GGATGG
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DS 

RD RR1AP76TF 731 0 0
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ACCGCATCTCCCTCTCTCCCACGTAACTACTCCTCCCCTCCTCCTCCCTCTTTCACCCGC
GCCACGTCATTAGCCAAAACGTTGCCGCTTTATCCCATTCGTAACCGCCGGTTCCCTCTC
ACTTACCGATTAAACCAGAACTCGAAACAGAGGAGTGTAGGAATCGTCAGATGCGAAGCG
ACGGAGGTCTCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTC***GTCCGTTGCTTCCCCGGGGAGAAAC
TGGGTGCCGGTGGTGCCGTTATCCGCGCTTCCGAAAGGTGAACGGAGAGTGATTATCCAA
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TCTCCCGCCGAAGGAGCCTACAGCGAGGGGCTTCTCAACGCTAAGCTCACTCAGGATGGT
TGCATTGTGTGCCCGGCAACGGATAGTACATTTGATCTCAGAACTGGAGAGATTAAGGAA
TGGTACCCAAAGAACCCGGTTCTCAGAGTCTTGACACCTGCACTGAGAAAGCTGTTTGTG
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GAGGCAGCTGCTGAAATCGTCTTCAGTGGTAAAGCTCAGCCTGGGCTCACAGCAACCAAT
GTCAACGTAGA

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DS 

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CGACCACCGCATCTCCCTCTCTCCCACGTAACTACTCCTTCCCTCCTCCTCCCTCTTTCA
CCCGCGCCACGTCATTAGCCAAAACGTTGCCGCTTTATCCCATTCGTAACCGCCGGTTCC
CTCTCACTTACCGATTAAACCAGAACTCGAAACAGAGGAGTGTAGGAATCGTCAGATGCG
AAGCGACGGAGGTCTCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTCCGTTGCTTCCCCGGGGA
GAAACTGGGTGCCGGTGGTGCCGTTATCCGCGCTTCCGAAAGGTGAACGGAGAGTGATTA
TCCAAGACGACGAGACGATACTGCTGCTTTGGTATAAGAACGACGTGTTCGCGATTGAGA
ACCGTTCTCCCGCCGAAGGAGCCTACAGCGAGGGGCTTCTCAACGCTAAGCTCACTCAGG
ATGGTTGCATTGTGTGCCCGGCAACGGATAGTACATTTGATCTCAGAACTGGAGAGATTA
AGGAATGGTACCCAAAGAACCCGGTTCTCAGAGTCTTGACACCTGCACTGAGAAAGCTGT
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CCAATGTCAACGTAGA

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ACGTGTTCGCGATTGAGAACCGTTCTCCCGCCGAAGGAGCCTACAGCGAGGGGCTTCTCA
ACGCTAAGCTCACTCAGGATGGTTGCATTGTGTGCCCGGCAACGGATAGTACATTTGATC
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CTGCACTGAGAAAGCTGTTTGTGTACCCTGTCAAATTTGATGAAGAAAACATCTACATCA
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CAGGGTTCTTGGACTTCCTTTACTCTGCTTCTGATGCTTTCAAGTAGAGATCAATATTTA
TCTCTTTGGTTTGGTTTTTGCTTTACCTCCCTTGTGCAATTTGTGGAAGCGTTATTCAGT
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GAATCACATTTTAT

QA 1 794 1 794
DS 

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CTGAGAAAGCTGTTTGTGTACCCTGTCAAATTTGATGAAGAAAACATCTACATCAGCATT
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TTCTTGGACTTCCTTTACTCTGCTTCTGATGCTTTCAAGTAGAGATCAATATTTATCTCT
TTGGTTTGGTTTTTGCTTTACCTCCCTTGTGCAATTTGTGGAAGCGTTATTCAGTAAATG
GAGAAACAAACAACATACTTTAAGTAACAAAAATTCACACCATGTCTTAGTATATGAATC
ACATTTTATAG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1CY21JQ 788 0 0
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CGATTGAGAACCGTTCTCCCGCCGAAGGAGCCTACAGCGAGGGGCTTCTCAACGCTAAGC
TCACTCAGGATGGTTGCATTGTGTGCCCGGCAACGGATAGTACATTTGATCTCAGAACTG
GAGAGATTAAGGAATGGTACCCAAAGAACCCGGTTCTCAGAGTCTTGACACCTGCACTGA
GAAAGCTGTTTGTGTACCCTGTCAAATTTGATGAAGAAAACATCTACATCAGCATTAGAG
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TACTGCTGTTAGATTTTGAGCTATTGACAGGTAAAGGTCTATTGAAGGGGACAGGGTTCT
TGGACTTCCTTTACTCTGCTTCTGATGCTTTCAAGTAGAGATCAATATTTATCTCTTTGG
TTTGGTTTTTGCTTTACCTCCCTTGTGCAATTTGTGGAAGCGTTATTCTGTAAATGGAGA
AACAAACAACATACTTTAAGTAACAAAAATTCACACCATGTCTTAGTATATGAATCACAT
TTTATAGAGACGTCTTGCCTTTGCTTTGTTTGTGTGTTTACCTCTTAATAGTAAGATATT
CTTTGT
CC

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1AB91JQ 463 0 0
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AGGTGAGGATGGTTGTGGACGAGGGTTTTCAAGGATTTGGTTTTTCGAGGAAGAACGAAG
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CAGGTAAAGGTTTATTGAAGGGGACAGGGTTTTTGGACTTCCTTTATTTTGCTTTTGACG
CTTTCAAGTAGAGATCAATATTTATCTCTTTGGTTTGGTTTTTGCTTTACCTCCCTTGTG
CAATTTGTGGAAGCGTTATTCAGTAAATGGAGAAACAAACAACATACTTTAGGTAACAAA
AATTCACACCATGTCTTAGTATATGAATCACATTTTATAGAGATGTCTTGCCTTTGCTTT
GTTTGTGTGTTTACCTCTTAATAGTAAGATATTCTTTGT
TTTT

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1AB91TF 705 0 0
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CAACGGATAGTACATTTGATCTCAGAACTGGAGAGATTGAGGAATGGTACCCAAAGAACC
CGGCTCTCAGAGTCTTGACACCTGCACTGAGAAAGCTGTTTGTGTACCCTGTCAAATTTG
ATGAAGAAAACATCTACATCAGCATTAGAGGCAACGGGAAGAACGAGGCAGCTGCTGAAA
TCGTCTTCAGTGGTAAAGCTCAGCCTGGGCTCACAGCAACCAATGTCAACGTAGACGAGG
TGAGGATGGTTGTGGACGAGGGTTCTCAAGGATTTGGTTTCTCGAGGAAGAACGAAGTGA
TAAATGGCAAAGCAGCAGTGATAGGATTCTTACTGCTGTTAGATTTTGAGCTATTGACAG
GTAAAGGTCTATTGAAGGGGACAGGGTTCTTGGACTTCCTTTACTCTGCTTCTGACGCTT
TCAAGTAGAGATCAATATTTATCTCTTTGGTTTGGTTTTTGCTTTACCTCCCTTGTGCAA
TTTGTGGAAGCGTTATTCAGTAAATGGAGAAACAAACAACATACTTTAGGTAACAAAAAT
TCACACCATGTCTTAGTATATGAATCACATTTTATAGAGATGTCTTGCCTTTGCTTTGTT
TGTGTGTTTACCTCTTAATAGTAAGATATTCTTTGTTCTTAGAAA

QA 1 705 1 705
DS 



AS 2 8

CO CL814Contig1 943 6 15 U
GGATACACAAGATTAAAGTCCAAATCACGGAGGAGAAAGGAAGGAGAGAAAAAAATGGAG
TATCTAGGGATCGACCTGAGCTGTGCGATGGGATCTCTCCGG*AACGGTGAATTCCCGGA
GAAAGATTGTCTTCTTCCTCTAATTTCCAAGCTTCTCGGTTACATCCTTGTCGCTGCTTC
CATCACCGTCAAGCTCCCTCAGATAATGAAAATCGTGCACCATAAAAGCGTACGAGGCCT
AAGTGTTGTGGCATTCGAGCTCGAAGTGGTTGGTTATACAATTTCTCTTGCCTATTGCCT
TCACAAAGGTCTTCCCTTTTCTGCCTTTGGTGAAATGGCTTTTCTTTTGATTCAAGCTTT
AATCTTGGTTGCTTGTATCTATTATTACTCTCAACCTGTCCCTATGACAACTTGGGTCAG
AGCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCAGATTAATCCAACGCT
TTTCGACGCTCTTTATGCTTCACAACATGCGATATTTCTGTTTGCAAGACTCCCTCAGAT
ATGGAAGAACTTCAGAAACAAAAGCACTGGAGAACTCAGTTTCTTAACTTTCTTCATGAA
CTTCGCTGGGTCCATTGTGAGAGTTTTCACCAGTATCCAGGAAAATGCCCCAGTTAGCAT
TCTTACGGGATTTGCTCTTGGAGTCTTCACCAACGGAACCATCCTGAATCAGATTCTCCT
CTATCACAAGGCTGCTGCAGTAAAGGAGAAGAAAACCAATTGAAAGCTAGAAAGATATAT
CCTAAATCAAATACTTCTGTTGTTGGCCCCAAAAAACAAAAGAGACTAATCAGTGTTGCA
GTGTTTTCTTTTTTTTTAATATCACTTTTCATGGATGACCAGACTTTGTTCACTGTATGG
GTTTCGACTTGATTCTGATAGTAAAGTAGCTGTTTGAAGTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 10 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ48TF U 1
AF RR1FR64TF U 2
AF RR1G819TF U 42
AF RR1AV49TF U 39
AF RR1AV49JQ C 39
AF RR1DQ48JQ C 315
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BS 709 720 RR1G819TF
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BS 857 857 RR1DQ48JQ
BS 858 943 RR1AV49JQ

RD RR1DQ48TF 671 0 0
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ATGGAAGAACTTCAGAAACAAAAGCACTGGAGAACTCAGTTTCTTAACTTTCTTCATGAA
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TCTTACGGGAT

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DS 

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TTGCTTGTATCTATTATTACTCTCAACCTGTCCCTATGACAACTTGGGCCAGAGCACTCC
TATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCAGATTAATCCAACGCTTTTCGACG
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GGTCCATTGTGAGAGTTTTCACCAGTATCCAGGAAAATGCCCCAGTTAGCATTCT

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DS 

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ATTGCCTTCACAAAGGTCTTCCCTTTTCTGCCTTTGGTGAAATGGCTTTTCTTTTGATTC
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GGGCCCGAGCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCAGATTAATC
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GGGTCAGAGCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCAGATTAATC
CAACGCTTTTCGACGCTCTTTATGCTTCACAACATGCGATATTTCTGTTTGCAAGACTCC
CTCAGATATGGAAGAACTTCAGAAACAAAAGCACTGGAGAACTCAGTTTCTTAACTTTCT
TCATGAACTTCGCTGGGTCCATTGTGAGAGTTTTCACCAGTATCCAGGAAAATGCCCCAG
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TTCTCCTCTATCAC

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DS 

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GAGGCCTAAGTGTTGTGGCATTCGAGCTCGAAGTGGTTGGTTATACAATTTCTCTTGCCT
ATTGCCTTCACAAAGGTCTTCCCTTTTCTGCCTTTGGTGAAATGGCTTTTCTTTTGATTC
AAGCTTTAATCTTGGTTGCTTGTATCTATTATTACTCTCAACCTGTCCCTATGACAACTT
GGGTCAGAGCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCAGATTAATC
CAACGCTTTTCGACGCTCTTTATGCTTCACAACATGCGATATTTCTGTTTGCAAGACTCC
CTCAGATATGGAAGAACTTCAGAAACAAAAGCACTGGAGAACTCAGTTTCTTAACTTTCT
TCATGAACTTCGCTGGGTCCATTGTGAGAGTTTTCACCAGTATCCAGGAAAATGCCCCAG
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DS 

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GTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCAGATTAATCCAACGCTTTTCGACGCTCTTT
ATGCTTCACAACATGCGATATTTCTGTTTGCATGACTCCCTCAGATATGGAAGAACTTCA
GAAACAAAAGCACTGGAGAACTCAGTTTCTTAACTTTCTTCATGAACTTCGCTGGGTCCA
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CTCTTGGAGTCTTCACCAACGGAACCATCCTGAATCAGATTCTCCTCTATCACAAGGCTG
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TTCTGTTGTTGGCCCCAAAAAACAAAAGAGACTAATCAGTGTTGCAGTGTTTTCTTTTTT
TTTAATATCACTTTTCATGGATGACCAGACTTTGTTCACTGTATGGGTTTCG

QA 1 592 1 592
DS 



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CACGATTTTCATTATC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1FR64JQ U 1
AF RR1G819JQ U 1
BS 1 213 RR1FR64JQ
BS 214 214 RR1G819JQ
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RD RR1FR64JQ 736 0 0
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CACGATTTTCATT
GTC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1G819JQ 736 0 0
CA
GACTTCAAACAGTTACTTTACTATCAGAATCAAGTCGAAACCCATTCAGTGAACAAAGTC
TGGTCATCCTTGAAAAGGGATATTGAAAAAAAAA**CTGCAACACTGATTAATCTCTTTT
GTTTTTGGAGCCAACAACAGAAGTATTTGATTTAGGATTATCTTTCTAGGTTTCAATTGG
TTTTCTTCTCCTTTACTGCAGCAGCCTTGTGATACAGGAGAATCTGACTCAGGATGGTTC
CGTTGGTGAAGACTCCAAGAGCAAATCCCGTAAGAATGCTAACTGGGGCATTTTCCTGGA
TACTGGTGAAAACTCTCACAATGGACCCAGCGAAGTTCATGAAGAAAGTTAAGAAACTGA
GTTCTCCAGTGCTTTTGTTTTTGAAGTTCTTCCATATCTGAGGGAGCCTTGCAAGCAGAA
ATATCGCATGTTGTGAAGCATAAAGAGCGTCGAAAAGCGTTGGATTAATCTGCCCAGCAA
GCACAGTTGGTGCTACAGCACAATATAGGAGTGCTCGGGCCCAAGTTGTCATAGGGACAG
GTTGAGAGTAATAATAGATACAAGCAACCAAGATTAAAGCTTGAATCAAAAGAAAAGCCA
TTTCACCAAAGGCAGAAAAGGGAAGACCTTTGTGAAGGCAATAGGCAAGAGAAATTGTAT
AACCAACCACTTCGAGCTCAAATGCCACAACACTTAGGCCTCGTACGCTTTTATGGTGCA
CGATTTTCATTATC

QA 3 736 3 736
DS 



AS 1 7

CO CL815Contig1 1366 7 12 U
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AAGAAGAATCCAAACACACTTATGAGATGGAGACAAGATAAATGAGACACGTGAGTGATG
ATGATCATAGTCTCTTCAAGCTCTTCTTTCTGGCATCTACCTTCTTCTTGTCTGCTTGAA
CCTTGGCCAAACCGGCTTCTCTTTTCTGTGTCGTCGTAGTGGCCGCCACATTTGCAGATC
CTGCTGCCGCAACAGGAACGTTGTTAGCCACTTGTTGTTGTTGGTCTTTGGCAGTCGCTG
TTGTTACTCTATTGATGTCCGCCACTGAAGAGGGTGGTAGTGCACCAGGCGTCTCGTTGT
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CATAGTTCTCAAGTAGCATCTTTCCAGCCTGTTCGTTTAATGCAGATTCTGGAAATGGCT
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CTTTTTTAAGGGTGTTAACGCAGATCTCTCCATTAGAAGCGACATTGGGATGGAATATCT
TTGTCATGAAGTAGCCTTTAGGCGGAGAATGTGGAAAATCATGAGACAATGTCAACTTCA
TACGGAAAAGTCCATTCTCATAAGGAGTTCCAACTGGTCTCTTCAATATCAGCAGATATT
TGTGAGAAGTCCTCGTCATTGACGAGGACTCTTGATGCCATCAGGAGGAGACTCGTCAAG
ACTCTTAAGTTCCTTGGCGAGCTGCTTGATAAC*ATTGGGTGGTAGATTCTCATTACTAG
CCATGGAGAAATAATAATAAGTGGCAAAAAAGACCCTTCTCCTCAAACAGGCAGACAAAC
ACTCCCCAATGTGATGAGGTCTTCAAGACTCAAACGCAATCAAACTCTATGCAGAGGGAG
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TTTATTTCTCTCTACCTTCGAATTTATGATCTTGTAGGAAAAAAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA74JQ U 1
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AF RR1GS18JQ U 1
AF RR1G766JQ U 23
AF RR1G766TF C 393
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AF RR1GS18TF C 815
BS 1 235 RR1GS18JQ
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TGGTG

QA 1 365 1 365
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TTTCTGTGTCGTCGTAGTGGCCGCCACATTTGCAGATCCTGCTGCGGCAACAGGAACGTT
GTTAGCCACTTGTTGTTGTTGGTCTTTGGCAGTCGCTGTTGTTACTCTATTGATGTCCGC
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DS 

RD RR1GS18JQ 563 0 0
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ATGATCATAGTCTCTTCAAGCTCTTCTTTCTGGCATCTACCTTCTTCTTGTCTGCTTGAA
CCTTGGCCAAACCGGCTTCTCTTTTCTGTGTCGTCGTAGTGGCCGCCACATTTGCGGATC
CTGCTGCCGCAACAGGAACGTTGTTAGCCACTTGTTGTTGTTGGTCTTTGGCAGTCGCTG
TTGTTACTCTATTGATGTCCGCCACTGAAGAGGGTGGTAGTGCACCAGGCGTCTCGTTGT
TGGTGGTCTGGCCGCCAACATTTAGAGCCGTTGTTGACTCTGAGATAGCTCCTGTCTTGA
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QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1G766JQ 599 0 0
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TGAGATGGAGACAAGATAAATGAGACACGTGAGTGATGATGATCATAGTCTCTTCAAGCT
CTTCTTTCTGGCATCTACCTTCTTCTTGTCTGCTTGAACCTTGGCCAAACCGGCTTCTCT
TTTCTGTGTCGTCGTAGTGGCCGCCACATTTGCAGATCCTGCTGCGGCAACAGGAACGTT
GTTAGCCACTTGTTGTTGTTGGTCTTTGGCAGTCGCTGTTGTTACTCTATTGATGTCCGC
CACTGAAGAGGGTGGTAGTGCACCAGGCGTCTCGTTGTTGGTGGTCTGGCCGCCAACATT
TAGAGCCGTTGTTGACTCTGAAATAGCTCCTGTCTTGAACTTAGGTTTTGGTTTAGCATG
GATACCCGTGTAA*GCCGAGCATGCCTAGCATACTCTTCATAGTTCTCAAGTAGCATCTT
TCCAGCCTGTTCGTTTAATGCAGATTCTGGAAATGGCTCGATTAGTAAGCACCTCACAAC
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QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1G766TF 711 0 0
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TAA*GCCGAGCATGCCTAGCATACTCTTCATAGTTCTCAAGTAGCATCTTTCCAGCCTGT
TCGTTTAATGCAGATTCTGGAAATGGCTCGATTAGTAAGCACCTCACAACAGAGAGAACA
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TTAGAAGCGACATTGGGATGGAATATCTTTGTCATGAAGTAGCCTTTAGGCGGAGAATGT
GGAAAATCATGAGACAATGTCAACTTCATACGGAAAAGTCCATTCTCATAAGGAGTTCCA
ACTGGTC*CTTCAATATCAGCAGATATTTGTGAGAAGTCCTCGTCATTGACGAGGAC*CT
TGATGCCATCAGGAGGAGACTCGTCAAGACTCTTAAGTTCCTTGGCGAGCTGCTTGATAA
C*ATTGGGTGGTAGATTCTCATTACTAGCCATGGAGAAATAATAATAAGTGGCAAAAAAG
ACCCTTCTCCTCAAACAGGCAGACAAACACTCCCCAATGTGATGAGGTCTTCAAGACTCA
AACGCAATCAAACTCTATGCAGAGGGAGAGAGAGTGAGAAAAGGCGATCCCTTTCTCTCT
ACGGAGTAATGAAAGATTCTCAAAGTTGAAATCAAGAAGAGAGAGAGGG
CC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1GB28TF 667 0 0
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TGGCTCGATTAGTAAGCACCTCACAACAGAGAGAACATGTCTTAATCCAAGACTAGGGTT
CCAATCTTTTTTAAGGGTGTTAACGCAGATCTCTCCATTAGAAGCGACATTGGGATGGAA
TATCTTTGTCATGAAGTAGCCTTTAGGCGGAGAATGTGGAAAATCATGAGACAATGTCAA
CTTCATACGGAAAAGTCCATTCTCATAAGGAGTTCCAACTGGTCTCTTCAATATCAGCAG
ATATTTGTGAGAAGTCCTCGTCATTGACGAGGACTCTTGATGCCATCAGGAGGAGACTCG
TCAAGACTCTTAAGTTCCTTGGCGAGCTGCTTGATAACTATTGGGTGGTAGATTCTCATT
ACTAGCCATGGAGAAATAATAATAAGTGGCAAAAAAGACCCTTCTCCTCAAACAGGCAGA
CAAACACTCCCCAATGTGATGAGGTCTTCAAGACTCAAACGCAATCAAACTCTATGCAGA
GGAAGAGAGAGTGAGAAAAGGCGATCCCTTTCTCTCTACGGAGTAATGAAAGATTCTCAA
AGTTGAA

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DS 

RD RR1GS18TF 552 0 0
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ATTGGGTGGTAGATTCTCATTACTAGCCATGGAGAAATAATAATAAGTGGCAAAAAAGAC
CCTTCCCCTCAAACAGGCAGACAAACACTCCCCAATGTGATGAGGTCTTCAAGACTCAAA
CGCAATCAAACTCTATGCAGAGGGAGAGAGAGTGAGAAAAGGCGATCCCTTTCTCTCTAC
GGAGTAATGAAAGATTCTCAAAGTTGAAATCAAGAAGAGAGAGAGGGGAGAGAAGAGGTT
CAGTTATTGAGAGTTTTATAAGAGACAGATGATGATGTTTCATTTAAAAAAAAAAAAAGT
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GAACCGACCGTTAGGATGTCTTATTCTTTTCACCCGCTAACTACTGACTAGCCGTTACTT
GTGTCAGGTGTTCTTTAACTCTTTGCTTTATTTCTCTCTACCTTCGAATTTATGATCTTG
TAGGAAAAAAAA

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 6

CO CL816Contig1 1411 6 11 U
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TATGAATCAACACATTAAATCACGCTATCAATAACAAATGTCGATAAGGAATCAACAAAC
GCTTTTAAAAAGGCATTCTACTCGTTCTTCCAAGCATACAGAATCAACGAAAAACCAGAA
CTTTGAGACTTGGAGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCCATGATATCCTCTGAGAAAGAAGAC
AAGCTCTTATCCGAAGAAGACTGACTAGTCCTGAACATAAACACTGCGTTTCCCGCTGTA
GAAGAAGGCATCCCAAATAGCCAACTATGAACATCCCACAGAACTTCCACAGCCATTCTA
TTAACAACTATCGTATCGTTCCCACGGAACTTCCACTTAAGCCGCTTCACCTGCAACAAC
GTCTTCCCATCCACACGAACGACGAGACAAGGATCAGTGACGCTCGTGTCACATTCAATC
ACAACATCATGTATTCTAACCCCATCTGAACAGAGCTGAGCCTTCGTTATAAACTCTTTC
TTACCAAAAACATGCTCTTTCTTGGCGATGAACACAGCGCCTAGAGACGAAGGCGAAGAA
GCGTTCGTCTTCTTGAAAGCTTCATATCATATCACCGAGAAGCAGAACCATCTCCCTGTC
AACAACAACACCCAAATAGAATCCTCCCAAAGCTTCGGGTCCTGACCCGAACTTCGCAGA
CGCCAGATCCCAGTAAACATCGACGCTACAACACGAATAAACCTCCAAACTCTTGGACCC
TTTTCGTTTGGTGAACAGCCAGGGCTTGATCTCGACTTTACAGAGGCTCTGGTTACGAGA
ATCATCAACACCAACGGTCACACTCTGACCCATCAGAGTCTTGGCCCACGTCACGGTGAT
CAAACAAGTCCTTCCTCGGATACGGCACTGGTAGATAGAAGTGACCAGGTTCTGAGCGTT
CTTCCCGGAGTTCGAAGACGAAGAATCCGCGACTTGGACTCCGTTTTCACCGAAGCAAGA
AGGAAAATCCTTCATCTCTCTATAAAACTTCAAATTCCACTCTCTCTGCGGAGTTTCAAC
GAACAGTTGGTGGGCAGAATGCGTAAAGCTAAGGACTTTTAACACGGATGGACTTGATTA
AGACAATGACGGAAGCTATAAGGTCGACAAGAAGAAACCCAGAAGGAAAAAAAAGTGAAC
TTTGTTTACCTGAAGACAAAGATGAATCAAGAATGCATCTAAATCTGAGGAACACTCATA
CGAGTCTCGTTGATTGGATCCGTTGTCTCCAAGGACTTTTGATAAAGCCAGAGAGTAAGG
AGAGAGAGGAGGAAGGAAATCGCCAAAAGTAAAGGAAGAATATTTTTTCCTTCGATAAAA
AACTGAAAATGGAGACAAATGGAGACAAAAA


BQ
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 30 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF50TF U 1
AF RR1EA62TF U 1
AF RR1F230JQ C 1
AF RR1GF50JQ C 1
AF RR1FV94TF U 1
AF RR1F230TF U 1
AF RR1EA62JQ C 145
BS 1 85 RR1EA62TF
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BS 420 459 RR1EA62TF
BS 460 460 RR1FV94TF
BS 461 542 RR1EA62TF
BS 543 659 RR1FV94TF
BS 660 660 RR1F230TF
BS 661 674 RR1FV94TF
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QA 1 445 1 445
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TG

QA 1 542 1 542
DS 

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AATCTTGTGTGTTT

QA 1 674 1 674
DS 

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GCACCGCGCTCAGGGCTAATATCCTCGGGAACAACTTGAACATCCCGATCTCTCTCAGTC
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AATCATATACAACCATCACAGTTCTACATATCGTCTTTGTATCTCGTGTTTTGTAATGTG
TGTAATTATGTATATGTGTATGTGATTCCTACAACTCTAAACTTCACAGTTATTCTTATT
TTGATTTCTTATACGGTCATTTGTGGTGATGTTCTATCATTTCTTGTTGTATTATTAATA
AATCTTGTGTGTTT

QA 1 674 1 674
DS 

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TGTAATTATGTATATGTGTATGTGATTCCTACAACTCTAAACTTCACAGTTATTTTTATT
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AATCTTGTGTGTTT

QA 1 674 1 674
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GCACCGCGCTCAAGGCTAATATCCTCGGGAACAACTTGAACATCCCGATCTCTCTCAGTC
TGCTTCTCAATGTTTGTAGCAAAAAGGTTCCCCCTGGCTTCCAATGCTGATTAAGATTCT
AATCATATACAACCATCACAGTTCTACATATCGTCTTTGTATCTCGTGTTTTGTAATGTG
TGTAATTATGTATATGCGTATGTGATTCCTACAACTCTAAACTTCACAGTTATTTTTATT
TTGATTTCTTATACGGTCATTTGTGGTGATGTTCTATCATTTCTTGTTGTATTATTAATA
AATCTTGTGTGTTT

QA 1 674 1 674
DS 

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AGGTTCCCCCTGGCTCCCAATGCTGATTAAGATTTTAATCATATACAACCATCACAGTTT
TACATATCGTCTTTGTATCTCGTGTTTTGTAATGTGTGTAATTATGTATATGTGTATGTG
ATTCCTACAACTTTAAACTTCACAGTTATTTTTATTTTGATTTTTTATACGGTCATTTGT
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QA 1 537 1 537
DS 



AS 2 8

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FI60TF U 89
AF RR1FI60JQ C 89
AF RR1AK12TF U 1
AF RR1AQ10TF U 7
AF RR1AQ10JQ C 114
AF RR1AK12JQ C 43
BS 1 143 RR1AK12TF
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BS 145 230 RR1AK12TF
BS 231 233 RR1FI60TF
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RD RR1FI60TF 633 0 0
AG
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CCTGAAATAGCTAACATCTACAAGACAGACCGTACCAAGTACGAGAACACTGCCCGATCC
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ATTGCGCATTCGTTCTAAGAATTGGAGAAATAAAAAAAAA*CATGAATTTGGCTTTAGCT
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TTCTATTAAAACCTTATTGAAACG
AAAAAAA

QA 3 626 3 626
DS 

RD RR1FI60JQ 626 0 0
AG
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CCCTTCAAGCCACCTAAGGTTTCTTTCCGCACCAAGGTTTATCACCCGAATGTCAACAGT
AATGGAAGCATCTGTCTTGACATTCTGAAAGAGCAATGGAGCCCTGCACTTACCCTATCC
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ATTGCGCATTCGTTCTAAGAATTGGAGAAATAAAAAAAAA*CATGAATTTGGCTTTAGCT
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TTCTATTAAAACCTTATTGAAACG

QA 3 626 3 626
DS 

RD RR1AK12TF 765 0 0
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AGGGACCTGCAAAAGGACCCTCCAGTGTCTTGCAGCGCCGGTCCTGTGGGTGATGATATG
TACCACTGGCAAGCAACTATTATGGGTCCCACTGATAGCCCATTCGCCGGT**TGTCTTT
CTTGTTTCCATTCACTTCCCTCCAGATTACCCCTTCAAGCTACCTAAGGTTTCTTTCCGC
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CGTACCAAGTACGAGAACACTGCCCGATCCTGGACCCAGAAGTATGCAATGGGATGATGA
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TAAAAAAAAAACATGAATTTGGCTTTAGCTTGGTTGCTTGATTTAATTATCTTATTATT*
*AAGCCATGTTTT*GGTTGTGTACATGAGCTTCTATTAAAACCTTATTGAAACGTTTGAT
ATTTGCAATGCTTTTAAGCAAGTAGTTGGCTATTATAATGATTAG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1AQ10TF 751 0 0
GG
GAACCAACCCAACCCTCTCCGAAGATCAAACCAAAAACCCTAGCTAAGCACAGGCAGCAG
CGAGGAGGACTAATCTCACGCTATGGCTTCGAGAAGAATTAACAAGGAGCTTAGGGACCT
GCAAAAGGACCCTCCTGTGTCTTGCAGCGCCGGTCCTGTGGGTGATGATATGTACCACTG
GCAAGCAACTATTATGGGTCCCACTGATAGCCCATTCGCCGGAGGTGTCTTTCTTGTTTC
CATTCACTTCCCTCCAGATTACCCCTTCAAGCCACCTAAGGTTTCTTTCCGCACCAAGGT
TTATCACCCGAATGTCAACAGTAATGGCAGCATCTGTCTTGACATTCTGAAAGAGCAATG
GAGCCCTGCACTTACCCTATCCAAGGTTCTTCTGTCGATATGCTCATTGCTGACAGATCC
AAACCCTGATGATCCTCTGGTTCCTGAAATAGCTAACATCTACAAGACAGACCGTCCCAA
GTACGAGAACACTGCCCGATCCTGGACCCAGAAGTATGCAATGGGATGATGATGGTTGGC
AATAATGGATCCGCACCAGTAAATTGCGCATTTGTTCTAAGAATTGGAGAAATAAAAAAA
AA*CATGAATTTGGCTTTTGCTTGGTTGCTTGATTTAATTATCTTATTATTATAAGCCAT
GTTTTTGGTTGTGTACATGAGCTTCTATTAAAACCTTATTGAAACGTTTGATATTTGCAA
TGCTTTTAAGCAAGTAGTTGGCTATTA
GA

QA 3 749 3 749
DS 

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TGTCTTTTTTGTTTCCATTCACTTCCCTCCAGATTACCCCTTCAAGCCACCTAAGGTTTC
TTTCCGCACCAAGGTTTATCACCCGAATGTCAACAGTAATGGCAGCATCTGTCTTGACAT
TTTGAAAGAGCAATGGAGCCCTGCACTTACCCTATCCAAGGTTCTTCTGTCGATATGCTC
ATTGCTGACAGATCCAAACCCTGATGATCCTCTGGTTCCTGAAATAGCTAACATCTACAA
GACAGACCGTCCCAAGTACGAGAACACTGCCCGATCCTGGACCCAGAAGTATGCAATGGG
ATGATGATGGTTGGCAATAATGGATCCGCACCAGTAAATTGCGCATTTGTTTTAAGAATT
GGAGAAATAAAAAAAAA*CATGAATTTGGCTTTTGCTTGGTTGCTTGATTTAATTATCTT
ATTATTATAAGCCATGTTTT*GGTTGTGTACATGAGCTTCTATTAAAACCTTATTGAAAC
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G

QA 1 642 1 642
DS 

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CCTAAGGTTTCTTTCCGCACCAAGGTTTATCACCCGAATGTCAACAGTAATGGAAGCATC
TGTCTTGACATTTTGAAAGAGCAATGGAGTCCTGCACTTACCCTATCCAAGGTTCTTCTG
TCGATATGCTCATTGCTGACAGATCCAAACCCTGATGATCCTCTGGTTCCTGAAATAGCT
AACATCTACAAGACAGACCGTACCAAGTACGAGAACACTGCCCGATCCTGGACCCAGAAG
TATGCAATGGGATGATGATGGTTGGCACTAATG*ATTCGCACCAGTAAATTGCGCATTCG
TTCTAAGAATTGGAGAAATAAAAAAAAAACATGAATTTGGCTTTAGCTTGGTTGCTTGAT
TTAATTATCTTATTATT**AAGCCATGTTTT*GGTTGTGTACATGAGCTTCTATTAAAAC
CTTATTGAAACGTTTGATATTTGCAATGCTTTTAAGCAAGTAGTTGGCTATTATAATGAT
TAG

QA 1 723 1 723
DS 



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BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E306JQ U 4
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RD RR1E306JQ 498 0 0
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QA 1 498 1 498
DS 

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CAGTGGGACCCATAATAGTTGCTTGCCAGTGGTACATATCATCACCCACAGGACCGGCGC
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CCATAGCGTGAGATTGGTCCTCCTTGCTGCTGCCTGTGCTTAGCTAGGGTTTTTGGTTTG
ATCTTCGGAGAGGGTTGGGTTGGTTCGCAGATCC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 8

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BQ
10 10 10 10 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E113TF U 1
AF RR1CU20TF U 1
AF RR1FM36TF U 4
AF RR1EP84TF U 55
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DS 

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GGACGCACCGTTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGA
AAGTTGGCGAGCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAAGAAT
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TTTTCTTCATTGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGA
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ATCCAACTGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAAGAATTAAGCT
TCTTTGGCTCATATTCTGTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATAC
AGTTTCTTCTTGCAACTGTGATAAAAAAAACCTAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGT
CTCTCTTCTGTGTCTTTGTTACCATACAGTG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1FM36TF 669 0 0
GG
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GGGATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGACG
CACCGTTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTT
GGCGAGCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAAGAATGCCGT
TACGCCATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTC
TTCATTGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCC
AAGGACAGGTTCAAGCGTGAACTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAACTGATCCA
ACTGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAAGAATTAAGCTTCTTT
GGCTCATATTCTGTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATACAGTTT
CTTCTTGCAACTGTGATAAAAAAAACCTAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTCTCTC
TTCTGTG

QA 3 669 3 669
DS 

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GG
GTCACCTTTCCATCCGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTAAC
GCGGCTTCGGGGATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAAGCG
AAAAGGACGCACCGTTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTT
GAGAAAGTTGGCGAGCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAA
GAATGCCGTTACGCCATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGC
AAGATTTTCTTCATTGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTAC
GCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAACTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCA
ACTGATCCAACTGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAAGAATTA
AGCTTCTTTGGCTCATATTCTGTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTT
ATACAGTTTCTTCTTGCAACTGTGATAAAAAAA*CCTAACTCCCCGTCACTCTATCCATC
TGGTCTCTCTTCTGTGTCTTTGTTACCATACAGTGTTTCCTACATCTTATATTGA

QA 3 657 3 657
DS 

RD RR1D063TF 715 0 0
GG
AGAAGAAAGGAGAAAAGAGAAGAAAAAAAACATCTGTCTTCTTCTCTCCGTCACCTTTCC
ATCCGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGTAACCATGGCTAACGCGGCTTCGGG
GATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGACGCA
CCGTTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTTGG
CGAGCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAAGAATGCCGTTA
CGCCATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTT
CATTGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCCAA
GGACAGGTTCAAGCGTGAACTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAACTGATCCAAC
TGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCCTCAACTAAAAAGAATTAAGCTTCTTTGG
CTCATATTCTGTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATACAGTTTCT
TCTTGCAACTGTGATAAAAAAA*CCTAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTCTCTCTT
CTGTGTCTTTGTTACCATACAGTGTTTCCTACATCTTATATTGAGAATTGTCC

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR1AL03TF 789 0 0
GG
GCAGAAGAAAGGAGAAAAGAGAAGAAAAAAA*CATCTGTCTTCTTCTCTCCGTCACCTTT
CCATCCGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTAACGCGGCTTCG
GGGATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGACG
CACCGTTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTT
GGCGAGCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAAGAATGCCGT
TACGCCATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTC
TTCATTGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCC
AAGGACAGGTTCAAGCGTGAACTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAACTGATCCA
ACTGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAAGAATTAAGCTTCTTT
GGCTCATATTCTGTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATACAGTTT
CTTCTTGCAACTGTGATAAAAAAAACCTAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTCTCTC
TTCTGTGTCTTTGTTACCATACAGTGTTTCCTACATCTTATATTGAGAATTGTCCCAAGG
GTTTGCATCCTTTTGTGTAAACTGTGGTGATTCCTTTAAGCGTTTGTTATCTTTGCTACA
GTATCGA

QA 3 789 3 789
DS 

RD RR1CU20JQ 719 0 0
TGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTAACGCGGCTTCGGGGATGGCAGT
CCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGACGCACCGTTTCAT
TGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTTGGCGAGCCCAT
TCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAAGAATGCCGTTACGCCATTTA
TGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCTTG
GTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCCAAGGACAGGTT
CAAGCGTGAACTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAACTGATCCAACTGAGATGGA
TCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAAGAATTAAGCTTCTTTGGCTCATATTC
TGTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATACAGTTTCTTCTTGCAAC
TGTGATAAAAAAAACCTAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTCTCTCTTCTGTGTCTT
TGTTACCATACAGTGTTTCCTACATCTTATATTGAGAATTGTCCCAAGGGTTTGCATCCT
TTTGTGTAAACTGTGGTGATTCCTTTAAGCGTTTGTTATCTTTGCTACAGTATCGA
TGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1E113JQ 636 0 0
AAAGGACGCACCGTTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTG
AGAAAGTTGGCGAGCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAAG
AATGCCGTTACGCCATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCA
AGATTTTCTTCATTGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACG
CGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAACTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAA
CTGATCCAACTGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAAGAATTAA
GCTTCTTTGGCTCATATTCTGTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTA
TACAGTTTCTTCTTGCAACTGTGATAAAAAAAACCTAACTCCCCGTCACTCTATCCATCT
GGTCTCTCTTCTGTGTCTTTGTTACCATACAGTGTTTCCTACATCTTATATTGAGAATTG
TCCCAAGGGTTTGCATCCTTTTGTGTAAACTGTGGTGATTCCTTTAAGCGTTTGTTATCT
TTGCTACAGTATCGATGAACAATGCAAACTTCATAC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 2 8

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ATGTCCAACCTAAGATTTACCGGATGAAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGTGCCAAGT
CCAATTTCTGGTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTGAAGAAGAGCAATGGTCAGATGC
TCGCCATCAACGAGATATTTGAGAAGAACCCAACAACCATCAAGAACTTCGGAATCTGGT
TGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGCGACACCACCT
TGAACGGAGCCGTGGAACAGATGTACACCGAGATGGCGTCGAGACACCGTGTCAGGTTCC
CTTGCATCCAGATCATCAAGACGGCGACTGTCCCAGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCA
CCAAGCAGTTCCACAACAGCAAAATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGCAAGGTCAGACCAC
CAACCAGGAAGCTCAAGACCATCTACAAGGCCTCCAAGCCCAACTTGTTCATGTGAAAAC
AGTCTCTCTCTCTCTCTCTGATTGACCGACGACTACTTCACATAAAACCTTTTTGTTTGG
GTGATAGAGAATCTTGATGATGGAAGTTATCTGCTGTTTTGTTTCTCTTTTCAAGGATAT
TTTTCTTTATCAACAGCATTTTAGTATTATTCATGGAACTAAACTCGACTTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1CF88TF U 1
AF RR1CF88JQ C 18
BS 1 712 RR1CF88TF
BS 713 715 RR1CF88JQ

RD RR1CF88TF 715 0 0
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ATGTCCAACCTAAGATTTACCGGATGAAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGTGCCAAGT
CCAATTTCTGGTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTGAAGAAGAGCAATGGTCAGATGC
TCGCCATCAACGAGATATTTGAGAAGAACCCAACAACCATCAAGAACTTCGGAATCTGGT
TGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGCGACACCACCT
TGAACGGAGCCGTGGAACAGATGTACACCGAGATGGCGTCGAGACACCGTGTCAGGTTCC
CTTGCATCCAGATCATCAAGACGGCGACTGTCCCAGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCA
CCAAGCAGTTCCACAACAGCAAAATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGCAAGGTCAGACCAC
CAACCAGGAAGCTCAAGACCATCTACAAGGCCTCCAAGCCCAACTTGTTCATGTGAAAAC
AGTCTCTCTCTCTCTCTCTGATTGACCGACGACTACTTCACATAAAACCTTTTTGTTTGG
GTGATAGAGAATCTTGATGATGGAAGTTATCTGCTGTTTTGTTTCTCTTTTCAAGGATAT
TTTTCTTTATCAACAGCATTTTAGTATTATTCATGGAACTAAACTCGACTTT
GTC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1CF88JQ 698 0 0
CAC
CAGTACCAGGTTGTAGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTCCAACCTAAGATTTAC
CGGATGAAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGTGCCAAGTCCAATTTCTGGTACTTCTTG
AGGAAGCTGAAGAAGGTGAAGAAGAGCAATGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATATTT
GAGAAGAACCCAACAACCATCAAGAACTTCGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACT
GGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGCGACACCACCTTGAACGGAGCCGTGGAACAG
ATGTACACCGAGATGGGGTCGAGACACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATCCAGATCATCAAG
ACGGCGACTGTCCCAGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACAGC
AAAATCAAGTTCCCCTTGGTGTTCCGCAAGGTCAGACCACCAACCAGGAAGCTCAAGACC
ATTTACAAGGCCTCCAAGCCCAACTTGTTCATGTGAAAACAGTCTCTCTCTCTCTTTTTG
ATTGACCGACGACTACTTCACATAAAACCTTTTTGTTTGGGTGATAGAGAATCTTGATGA
TGGAAGTTATTTGCTGTTTTGTTTCTCTTTTCAAGGATATTTTTCTTTATCAACAGCATT
TTAGTATTATTCATGGAACTAAACTCGACTTTGTC

QA 4 698 4 698
DS 



CO CL820Contig2 897 6 9 U
GGCCATTTGTTTAGGTTTCTTCTTTCTACCGACGAAAATGGGCGCTTTCAGGTTTCATCA
GTACCAGGTTGTAGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTCCAACCTAAGATTTACCG
GATGAAGCTATGGGCCACGAACGAGGTTCGTGCCAAGTCCAAGTTCTGGTATTTCTTGAG
GAAGCTGAAGAAGGTCAAGAAGAGCAATGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGA
GAAGAACCCAACAACCATCAAGAACTTCGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGG
ATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGCGACACCACCTTGAACGGAGCCGTGGAACAGAT
GTACACCGAGATGGCGTCGAGACACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATCCAGATCATCAAGAC
GGCGACTGTACCAGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACAGCAA
AATCAAGTTCCCATTGGTGTTCCGCAAGGTCAGACCACCAACCAGGAAGCTCAAGACCAC
CTACAAGGCCTCCAAGCCCAACTTGTTCATGTGAAAAGTGTCGCTCTTCTGATTGACCGA
CTACTTCACATAAAAACCTTTTTGTTTGGGTGTTAGAGAATCTTGATGATGGAAGTTATT
TGCTGTTTTGTTTTTCTTTTCAAGGATATTTTTCTTTATCAACAATTTAGTACTATTCAT
GGAACTAAACTCGACTTTATCTTGATTTTGTGGTTCTTGTTTCTTCTTGATTTAGACAAA
ATCCTTTTCTTTCTTGATTCCTAAGTTATTCTCTTTATTGGAAAGTTGCAAACAAACTCA
ATGTAAGACCTATGCATATAGTCAGTTTACAATGCTCATCAAGAGTTGATATGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D752TF U 1
AF RR1F141TF U 11
AF RR1DV85TF U 12
AF RR1DV85JQ C 57
AF RR1F141JQ C 36
AF RR1D752JQ C 588
BS 1 391 RR1D752TF
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BS 393 470 RR1D752TF
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GAAGCTGAAGAAGGTCAAGAAGAGCAATGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGA
GAAGAACCCAACAACCATCAAGAACTTCGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGG
ATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGCGACACCACCTTGAACGGAGCCGTGGAACAGAT
GTACACCGAGATGGCGTCGAGACACCGTGTCGGGTTCCCTTGCATCCAGATCATCAAGAC
GGCGACTGTACCAGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAGCAGTTCCGCAACAGCAA
AATCAAGTTCCCATTGGTGTTCCGCAAGGTCAGACCACCAACCAGGAAGCTCAAGACCAC
CTACAAGGCCTCCAAGCCCAACTTGTTCATGTGAAAAGTGTCGCTCTTCTGATTGACCGA
CTACTTCACATAAAAA

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DS 

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GG
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AGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGGTGTCCAACCTAAGATTTACCGGATGAAGCTATG
GGCCACGAACGAGGTTCGTGCCAAGTCCAAGTTCTGGTATTTCTTGAGGAAGCTGAAGAA
GGTCAAGAAGAGCAATGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGAGAAGAACCCAAC
AACCATCAAGAACTTCGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATACCACAACAT
GTACAAGGAGTACCGCGACACCACCTTGAACGGAGCCGTGGAACAGATGTACACCGAGAT
GGCGTCGAGACACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATCCAGATCATCAAGACGGCGACTGTACC
AGCCAAGCTTTGCAATAGGGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACAGCAAAATCAAGTTCCC
ATTGGTGTTCCGCAAGGTCAGACCACCAACCAGGAAGCTCAAGACCACCTACAAGGCCTC
CAAGCCCAACTTGTTCATGTGAAAAGTGTCGCTCTTCTGATTGACCGACTACTTCACATA
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TT*CTTTTCAAGGATATTTTTCTTTATCAACAATTTAGTACTATTCATGGAACTAAACTC
GACTTTATCTTGATTT
GTGGTTCTGTTTAG

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DS 

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G
AGGTTTCTTCTTTCTACCGACGAAAATGGGCGCTTTCAGGTTTCATCAGTACCAGGTTGT
AGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTCCAACCTAAGATTTACCGGATGAAGCTATG
GGCCACGAACGAGGTTCGTGCCAAGTCCAAGTTCTGGTATTTCTTGAGGAAGCTGAAGAA
GGTCAAGAAGAGCAATGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGAGAAGAACCCAAC
AACCATCAAGAACTTCGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATACCACAACAT
GTACAAGGAGTACCGCGACACCACCTTGAACGGAGCCGTGGAACAGATGTACACCGAGAT
GGCGTCGAGACACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATCCAGATCATCAAGACGGCGACTGTACC
AGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACAGCAAAATCAAGTTCCC
ATTGGTGTTCCGCAAGGTCAGACCACCAACCAGGAAGCTCAAGACCACCTACAAGGCCTC
CAAGCCCAACTTGTTCATGTGAAAAGTGTCGCTCTTCTGATTGACCGACTACTTCACATA
AAAACCTTTTTGTTTGGGTGTTAGAGAATCTTGATGATGGAAGTTATTTGCTGTTTTGTT
TTTCTTTTCAAGGATATTTTTCTTTATCAACAATTTAGTACTATTCATGGAACTAAACTC
GACTTTATCTT
AAAAAAAA

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DS 

RD RR1DV85JQ 687 0 0
ATCAGTACCAGGTTGTAGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTCCAACCTAAGATTT
ACCGGATGAAGCTATGGGCCACGAACGAGGTTCGTGCCAAGTCCAAGTTCTGGTATTTCT
TGAGGAAGCTGAAGAAGGTCAAGAAGAGCAATGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCT
TTGAGAAGAACCCAACAACCATCAAGAACTTCGGAATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGA
CTGGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGCGACACCACCTTGAACGGAGCCGTGGAAC
AGATGTACACCGAGATGGCGTCGAGACACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATCCAGATCATCA
AGACGGCGACTGTACCAGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACA
GCAAAATCAAGTTCCCATTGGTGTTCCGCAAGGTCAGACCACCAACCAGGAAGCTCAAGA
CCACCTACAAGGCCTCCAAGCCCAACTTGTTCATGTGAAAAGTGTCGCTCTTCTGATTGA
CCGACTACTTCACATAAAAACCTTTTTGTTTGGGTGTTAGAGAATCTTGATGATGGAAGT
TATTTGCTGTTTTGTTTTTCTTTTCAAGGATATTTTTCTTTATCAACAATTTAGTACTAT
TCATGGAACTAAACTCGACTTTATCTT

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DS 

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AAATGGGCGCTTTCAGGTTTCATCAGTACCAGGTTGTAGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGA
AGGGTGTCCAACCTAAGATTTACCGGATGAAGCTATGGGCCACGAACGAGGTTCGTGCCA
AGTCCAAGTTCTGGTATTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTCAAGAAGAGCAATGGTCAGA
TGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGAGAAGAACCCAACAACCATCAAGAACTTCGGAATCT
GGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGCGACACCA
CCTTGAACGGAGCCGTGGAACAGATGTACACCGAGATGGCGTCGAGACACCGTGTCAGGT
TCCCTTGCATCCAGATCATCAAGACGGCGACTGTACCAGCCAAGCTTTGCAATAGGGAGA
GCACCAAGCAGTTCCACAACAGCAAAATCAAGTTCCCATTGGTGTTCCGCAAGGTCAGAC
CACCAACCAGGAAGCTCAAGACCACCTACAAGGCCTCCAAGCCCAACTTGTTCATGTGAA
AAGTGTCGCTCTTCTGATTGACCGACTACTTCACATAAAAACCTTTTTGTTTGGGTGTTA
GAGAATCTTGATGATGGAAGTTATTTGCTGTTTTGTTTTTCTTTTCAAGGATATTTTTCT
TTATCAACAATTTAGTACTATTCATGGAACTAAACTCGACTTTATCTTGATTT
TGTGGTTCTTGTTT

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TCTGATTGACCGACTACTTCACATAAAAACCTTTTTGTTTGGGTGTTAGAGAATCTTGAT
GATGGAAGTTATTTGCTGTTTTGTTTTTCTTTTCAAGGATATTTTTCTTTATCAACAATT
TAGTATTATTCATGGAACTAAACTCGACTTTATCTTGATTTTGTGGTTCTTGTTTCTTCT
TGATTTAGACAAAATCCTTTTCTTTCTTGATTCCTAAGTTATTCTCTTTATTGGAAAGTT
GCAAACAAACTCAATGTAAGACCTATGCATATAGTCAGTTTACAATGCTCATCAAGAGTT
GATATGATTC

QA 1 310 1 310
DS 



AS 1 8

CO CL821Contig1 781 8 8 U
GGAAAGACAAAAGAGAGCACCAAGGGAAATCGAAACTCTATATAAACGTCAAACCTCACA
ACTCAACGATCCACAACACAACAAAACTGCAACGAACAATGGCGAGCGCAGATCCTGAAT
CCACCAACAAACCATCGTCCACGGACATGGACCTTAAGAAGGTCTTCAACCAGTTCGACG
CCAACGGCGACGGCAAGATCTCTGTCTCTGAGCTCGGCAACGTTTTCAAATCCATGGGAA
CGTCGTACACGGAGGCAGAGCTCAACCAAGTGTTGGACGACATCGACATCGACCGCGACG
GTTTCATCAACATGGAGGAGTTCGCCGCCATCTGCCGCTCGTCCTCCTCCGCCACAGAGG
TACGTGAAGCCTTCGATCTCTACGACCAGAACAAGAACGGTCTGATCTCGTCCTCCGAGA
TCCACAAGGTTCTCAACCGTCTAGGTATGACGTGTTCCGAAGAAGACTGCGTGAGAATGA
TCGGGCGTGTTGACACTGACGGCGACGGAAACGTTAACTTCGAGGAGTTCAAGAAGATGA
TGTCGTCACCTGAACTACTCAACAAGCAAGGATCCGCCTAGGGTTCCGATTCGCCCTAAT
TTTTATGTTGGATAATGAGATCCATGGTTACATATAATATTGTATAATGCTACTTGTTTA
CATTTCTAGGTTAACAAACAAATCGTTCTCTTCCTATATATGGAATGATGAACGTCTTAC
CTGTGCAAGTATGATTACTTGCTGTTTAAGCAATCGATAAACATATTTAAACTTCAAAAA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1GS14TF U 1
AF RR1GG74JQ C 367
AF RR1GS14JQ C 328
AF RR1CW23TF U 117
AF RR1GG74TF U 71
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RD RR1GS14TF 665 0 0
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CCACCAACAAACCATCGTCCACGGACATGGACCTTAAGAAGGTCTTCAACCAGTTCGACG
CCAACGGCGACGGCAAGATCTCTGTCTCTGAGCTCGGCAACGTTTTCAAATCCATGGGAA
CGTCGTACACGGAGGCAGAGCTCAACCAAGTGTTGGACGACGTCGACATCGACCGCGACG
GTTTCATCAACATGGAGGAGTTCGCCGCCATCTGCCGCTCGTCCTCCTCCGCCACAGAGG
TACGTGAAGCCTTCGATCTCTACGACCAGAACAAGAACGGTCTGATCTCGTCCTCCGAGA
TCCACAAGGTTCTCAACCGTCTAGGTGTGACGTGTTCCGAAGAAGACTGCGTGAGAATGA
TCGGGCGTGTTGACACTGACGGCGACGGAAACGTTAACTTCGAGGAGTTCAAGAAGATGA
TGTCGTCACCTGAACTACTCAACAAGCAAGGATCCGCCTAGGGTTCCGATTCGCCCTAAT
TTTTATGTTGGATAATGAGATCCATGGTTACATATAATATTGTATAATGCTACTTGTTTA
CATTT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1GG74JQ 412 0 0
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CACCTGAACTACTCAACAAGCAAGGATCCGCCTAGGGTTCCGATTCGCCCTAATTTTTAT
GTTAGATAATGAGATCCATGGTTACATATAATATTGTATAATGCTACTTGTTTACATTTC
TAGGTTAACAAACAAATCGTTCTCTTCCTATATATGGAATGACGAACGTCTTACCTGTGC
AAGTATGATTACTTGCTGTTTAAGCAATCGATAAACATATTTAAACTTC
AGT

QA 1 409 1 409
DS 

RD RR1GS14JQ 448 0 0
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AGAACAAGAACGGTCTGATCTCGTCCTCCGAGATCCACAAGGTTCTCAACCGTCTAGGTG
TGACGTGTTCCGAAGAAGACTGCGTGAGAATGATCGGGCGTGTTGACACTGACGGCGACG
GAAACGTTAACTTCGAGGAGTTCAAGAAGATGATGTCGTCACCTGAACTACTCAACAAGC
AAGGATCCGCCTAGGGTTCCGATTCGCCCTAATTTTTATGTTGGATAATGAGATCCATGG
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CTCTTCCTATATATGGAATGATGAACGTCTTACCTGTGCAAGTATGATTACTTGCTGTTT
AAGCAATCGATAAACATATTTAAACTTC

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DS 

RD RR1CW23TF 659 0 0
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GACGCCAACGGCGACGGCAAGATCTCTGTCTCTGAGCTCGGCAACGTTTTCAAATCCATG
GGAACGTCGTACACGGAGGCAGAGCTCAACCAAGTGTTGGACGACATCGACATCGACCGC
GACGGTTTCATCAACATGGAGGAGTTCGCCGCCATCTGCCGCTCGTCCTCCTCCGCCACA
GAGGTACGTGAAGCCTTCGATCTCTACGACCAGAACAAGAACGGTCTGATCTCGTCCTCC
GAGATCCACAAGGTTCTCAACCGTCTAGGTATGACGTGTTCCGAAGAAGACTGCGTGAGA
ATGATCGGGCGTGTTGGCACTGACGGCGACGGAAACGTTAACTTCGAGGAGTTCAAGAAG
ATGATGTCGTCACCTGAACTACTCAACAAGCAAGGATCCGCCTAGGGTTCCGATTCGCCC
TAATTTTTATGTTGGATAATGAGATCCATGGTTACATATAATATTGTATAATGCTACTTG
TTTACATTTCTAGGTTAACAAACAAATCGTTCTCTTCCTATATATGGAATGATGAACGTC
TTACCTGTGCAAGTATGATTACTTGCTGTTTAAGCAATCGATAAACATATTTAAACTTC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1GG74TF 693 0 0
GG
ACAACACAACAAAACTGCAACGAACAATGGCGAGCGCAGATCCTGAATCCACCAACAAAC
CATCGTCCACGGACATGGACCTTAAGAAGGTCTTCAACCAGTTCGACGCCAACGGCGACG
GCAAGATCTCTGTCTCTGAGCTCGGCAACGTTTTCAAATCCATGGGAACGTCGTACACGG
AGGCAGAGCTCAACCAAGTGTTGGACGACATCGACATCGACCGCGACGGTTTCATCAACA
TGGAGGAGTTCGCCGCCATCTGCCGCTCGTCCTCCTCCGCCACAGAGGTACGTGAAGCCT
TCGATCTCTACGACCAGAACAAGAACGGTCTGATCTCGTCCTCCGAGATCCACAAGGTTC
TCAACCGTCTAGGTATGACGTGTTCCGAAGAAGACTGCGTGAGAATGATCGGGCGTGTTG
ACACTGACGGCGACGGAAACGTTAACTTCGAGGAGTTCAAGAAGATGATGTCGTCACCTG
AACTACTCAACAAGCAAGGATCCGCCTAGGGTTCCGATTCGCCCTAATTTTTATGTTAGA
TAATGAGATCCATGGTTACATATAATATTGTATAATGCTACTTGTTTACATTTCTAGGTT
AACAAACAAATCGTTCTCTTCCTATATATGGAATGACGAACGTCTTACCTGTGCAAGTAT
GATTACTTGCTGTTTAAGCA*TCGATAAACA

QA 3 693 3 693
DS 

RD RR1FG63TF 692 0 0
G
GATCCACAACACAACAAAACTGCAACGAACAATGGCGAGCGCAGATCCTGAATCCACCAA
CAAACCATCGTCCACGGACATGGACCTTAAGAAGGTCTTCAACCAGTTCGACGCCAACGG
CGACGGCAAGATCTCTGTCTCTGAGCTCGGCAGCGTTTTCAAATCCATGGGAACGTCGTA
CACGGAGGCAGAGCTCAACCAAGTGTTGGACGACATCGACATCGACCGCGACGGTTTCAT
CAACATGGAGGAGTTCGCCGCCATCTGCCGCTCGTCCTCCTCCGCCACAGAGGTACGTGA
AGCCTTCGATCTCTACGACCAGAACAAGAACGGTCTGATCTCGTCCTCCGAGATCCACAA
GGTTCTCAACCGTCTAGGTATGACGTGTTCCGAAGAAGACTGCGTGAGAATGATCGGGCG
TGTTGACACTGACGGCGACGGAAACGTTAACTTCGAGGAGTTCAAGAAGATGATGTCGTC
ACCTGAACTACTCAACAAGCAAGGATCCGCCTAGGGTTCCGATTCGCCCTAATTTTTATG
TTGGATAATGAGATCCATGGTTACATATAATATTGTATAATGCTACTTGTTTACATTTCT
AGGTTAACAAACAAATCGTTCTCTTCCTATATATGGAATGATGAACGTCTTACCTGTGCA
AGTATGATTACTTGCTGTTTAAGCAATCGAT

QA 2 692 2 692
DS 

RD RR1CW23JQ 709 0 0
G
GATCCACAACACAACAAAACTGCAACGAACAATGGCGAGCGCAGATCCTGAATCCACCAA
CAAACCATCGTCCACGGACATGGACCTTAAGAAGGTCTTCAACCAGTTCGACGCCAACGG
CGACGGCAAGATCTCTGTCTCTGAGCTCGGCAACGTTTTCAAATCCATGGGAACGTCGTA
CACGGAGGCAGAGCTCAACCAAGTGTTGGACGACATCGACATCGACCGCGACGGTTTCAT
CAACATGGAGGAGTTCGCCGCCATCTGCCGCTCGTCCTCCTCCGCCACAGAGGTACGTGA
AGCCTTCGATCTCTACGACCAGAACAAGAACGGTCTGATCTCGTCCTCCGAGATCCACAA
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G
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CAAACCATCGTCCACGGACATGGACCTTAAGAAGGTCTTCAACCAGTTCGACGCCAACGG
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CACGGAGGCAGAGCTCAACCAAGTGTTGGACGACATCGACATCGACCGCGACGGTTTCAT
CAACATGGAGGAGTTCGCCGCCATCTGCCGCTCGTCCTCCTCCGCCACAGAGGTACGTGA
AGCCTTCGATCTCTACGACCAGAACAAGAACGGTCTGATCTCGTCCTCCGAGATCCACAA
GGTTCTCAACCGTCTAGGTATGACGTGTTCCGAAGAAGACTGCGTGAGAATGATCGGGCG
TGTTGGCACTGACGGCGACGGAAACGTTAACTTCGAGGAGTTCAAGAAGATGATGTCGTC
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AGGTTAACAAACAAATCGTTCTCTTCCTATATATGGAATGATGAACGTCTTACCTGTGCA
AGTATGATTACTTGCTGTTTAAGCAATCGATAAACATATTTAAACTTCAAAAAA

QA 2 715 2 715
DS 



AS 1 8

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AAACCCTATACGATTGAAGTCATTTGAAAGAAAGAAATGTAATTCATTAGACTTTAACTA
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CCTCGTATTTCCCGGCCAAAGAGTCAAAGAGAATCCCAGCTCCAACTCCTACCGCAAGAT
CGATTGTGTAGTGTCCTCTCGTCCCGAGCAGCCTGATCGATTGCAACACGTTGAGGATGT
CAAAAAGCATCGCTAGTCTCAACCTCTGCATTCTCCTCATGTCCAAGGATGCGATCATTG
AACCAGCGACGTGACCAGAATAGAAGAGGAAGAATGAGACATTTCCCACCGGAAAATCAA
CTCCTGATCCTAAAAAATCCTGAGGGAGAGGGAGCTGAGTAGAGTAACCAAGAATGCCGC
GACAAGTAAACATGAAGCAAGCCGAGATAGTGGCTCGTGGTCTTCCTTCCATCAACCATG
TCCATACAATATACGTCGTTTGCATCGCGACGAATACCGTGTTTAGAGCCGCTAAAAGGG
TGTTAAGATCCGGTGAACTCGCCAAGACACGGTTCAGAGAGCGCGTGACCACAAACCCAA
TATCAAACGGCTCAGACTTCGCCGGAACCATCTGGAGCGTGTACTCAACGCCCATAAAGA
ACAGAACTCCGACCGCAAAGAAACACGGTATCCAATGGTATCTCGCCACGTAGACAACGT
CACGCATAGTCCACGTCAGAAACGACGCTTTGCTCTTCCCTCCTCCTCCGTTGCCGTTGG
TGTAGCAGTCGTCGGTTTTCTTGACAACGTTCTCCATTCCGTTTAAGGCCACTCCGTTAG
TGTGATATCCGTTAGATCTGCGACGGAGAGGGACGACGGTATTAGTTGACATGACCGTTA
GAGTTAACGGAGAGGAACGTTTTTTTATGTTTAGAGAGATGAGTTATATAAGAGATGCGA
TGCGGAGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 20 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TCCATACAATATACGTCGTTTGCATCGCGACGAATACCGTGTTTAGAGCCGCTAAAAGGG
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DS 

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A
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QA 2 636 2 636
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AGTAACCAAGAATGCCGCGACAAGTAAACATGAAGCAAGCCGAGATAGTGGCTCGTGGTC
TTCCTTCCATCAACCATGTCCATACAATATACGTCGTTTGCATCGCGACGAATACCGTGT
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QA 1 772 1 772
DS 

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CAAAAGATTAATTGAGTAGCGAGTCTTTAGAAATCAAACTAAAACCATTGCCTAAATTCT
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CAACTCCTACCGCAAGATCGATTGTGTAGTGTCCTCTCGTCCCGAGCAGCCTGATCGATT
GCAACACGTTGAGGATGTCAAAAAGCATCGCTAGTCTCAACCTCTGCATTCTCCTCATGT
CCAAGGATACGATCATTGAACCAGCGACGTGACCAGAATAGAAGAGGAAGAATGAGACAT
TTCCCACCGGAAAATCAACTCCTGATCCTAAAAAATCCTGAGGGAGAGGGAGCTGAGTAG
AGTAACCAAGAATGCCGCGACAAGTAAACATGAAGCAAGCCGAGATAGTGGCTCGTGGTC
TTCCTTCCATCAACCATGTCCATACAATATACGTCGTTTGCATCGCGACGAATACCGTGT
TTAGAGCCGCTAAAAGGGTGTTAAGATCCGGTGAACTCGCCAAGACACGGTTCAGAGAGC
GCGTGACCACAAACCCAATATCAAACGGCTCAGACTTCGCCGGAACCATCTGGAGCGTGT
ACTCAACGCCCATAAAGAACAGAACTCCGACCGCAAAGAAACACGGTATCCAATGGTATC
TCGCCACGTAGACAACGTCACGCATAGTCCACGTCAGAAACGACGCTTTGC

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RD RR1BX73TF 790 0 0
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TGATCCTAAAAAATCCTGAGGGAGAGGGAGCTGAGTGGAGTAACCAAGAATGCCGCGACA
AGTAAACATGAAGCAAGCCGAGATAGTGGCTCGTGGTCTTCCTTCCATCAACCATGTCCA
TACAATATACGTCGTTTGCATCGCGACGAATACCGTGTTTAGAGCCGCTAAAAGGGTGTT
AAGATCCGGTGAACTCGCCAAGACACGGTTCAGAGAGCGCGTGACCACAAACCCAATATC
AAACGGCTCAGACTTCGCCGGAACCATCTGGAGCGTGTACTCAACGCCCATAAAGAACAG
AACTCCGACCGCAAAGAAACACGGTATCCAATGGTATCTCGCCACGTAGACAACGTCACG
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TAACGGAGAGGAACATTTTTTTATGTTTAGAGAGATGAGTTATATAAGAGATGCGAT
GCCCT

QA 9 785 9 785
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RD RR1C981TF 778 0 0
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GATCCTAAAAAATCCTGAGGGAGAGGGAGCTGAGTAGAGTAACCAAGAATGCCGCGACAA
GTAAACATGAAGCAAGCCGAGATAGTGGCTCGTGGTCTTCCTTCCATCAACCATGTCCAT
ACAATATACGTCGTTTGCATCGCGACGAATACCGTGTTTAGAGCCGCTAAAAGGGTGTTA
AGATCCGGTGAACTCGCCAAGACACGGTTCAGAGAGCGCGTGACCA***ACCCAATATCA
AACGGCTCAGACTTCGCCGGAACCATCTGGAGCGTGTACTCAACGCCCATAAAGAACGGA
ACTCCGACCGCAAAGAAACACGGTATCCAATGGTATCTCGCCACGTAGACAACGTCACGC
ATAGTCCACGTCAGGAACGACGCTTTGCTCTTCCCTCCTCCTCCGTTGCCGTTGGTGTAG
CAGTCGTCGGTTTTCTTGACAACGTTCTCCATTCCGTTTAAGGCCACTCCGTTAGTGTGA
TATCCGTTAGATCTGCGACGGAGAGGGACGACGGTATTAGTTGACATGACCGTTAGAGTT
AACGGAGAGGAACGTTTTTTTATGTTTAGAGAGATGAGTTATATAAGAGATGCGAT
CC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1C056TF 598 0 0
AAAAT
CTGAGGGAGAGGGAGCTGAGTAGAGTAACCAAGAATGCCGCGACAAGTAAACATGAAGCA
AGCCGAGATAGTGGCTCGTGGTCTTCCTTCCATCAACCATGTCCATACAATATACGTCGT
TTGCATCGCGACGAATACCGTGTTTAGAGCCGCTAAAAGGGTGTTAAGATCCGGTGAACT
CGCCAAGACACGGTTCAGAGAGCGCGTGACCACAAACCCAATATCAAACGGCTCAGACTT
CGCCGGAACCATCTGGAGCGTGTACTCAACGCCCATAAAGAACAGAACTCCGACCGCAAA
GAAACACGGTATCCAATGGTATCTCGCCACGTAGACAACGTCACGCATAGTCCACGTCAG
AAACGACGCTTTGCTCTTCCCTCCTCCTCCGTTGCCGTTGGTGTAGCAGTCGTCGGTTTT
CTTGACAACGTTCTCCATTCCGTTTAAGGCCACTCCGTTAGTGTGATATCCGTTAGATCT
GCGACGGAGAGGGACGACGGTATTAGTTGACATGACCGTTAGAGTTAACGGAGAGGAACG
TTTTTTTATGTTTAGAGAGATGAGTTATATAAGAGATGCGATGCGGAGATTCC

QA 6 598 6 598
DS 

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CGAGATAGTGGCTCGTGGTCTTCCTTCCATCAACCATGTCCATACAATATACGTCGTTTG
CATCGCGACGAATACCGTGTTTAGAGCCGCTAAAAGGGTGTTAAGATCCGGTGAACTCGC
CAAGACACGGTTCAGAGAGCGCGTGACCACAAACCCAATATCAAACGGCTCAGACTTCGC
CGGAACCATCTGGAGCGTGTACTCAACGCCCATAAAGAACAGAACTCCGACCGCAAAGAA
ACACGGTATCCAATGGTATCTCGCCACGTAGACAACGTCACGCATAGTCCACGTCAGAAA
CGACGCTTTGCTCTTCCCTCCTCCTCCGTTGCCGTTGGTGTAGCAGTCGTCGGTTTTCTT
GACAACGTTCTCCATTCCGTTTAAGGCCACTCCGTTAGTGTGATATCCGTTAGATCTGCG
ACGGAGAGGGACGACGGTATTAGTTGCCATGACCGTTAGAGTTAACGGAGAGGAACGTTT
TTTTATGTTTAGAGAGATGAGTTATATAAGAGATGCGAT
GCGGCC

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 7

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AAGGAGAAAGAAGTGAAGTACGAGTACAGAGAAGAAGATCTTCTCAACAACAAGAGTGCC
TTGCTTCTTGAGATGAATCCTCTTTACAAGAAGATCCCGGTTCTCATCCACAATGGTAAA
CCAATCTGTGAATCTGTCATACAGGTCCAGTACATAGACCAGATCTGGTCACACAAGAAC
CCGTTACTCCCTACTGATCCTTACCAGAGAGCTCAAGCCTTGTTTTGGGCTGACTTCATT
GACAAGAAGTTGTATGTTTGTGGGAGGAAGACTTGGGCAACAAAAGGTGAGGAGCTAGAA
GAAGCCAAAAAGGAGTTCATTGAAATACTAAAGACTCTTCAATCCGAGCTTGGAGACAAG
CCTTACTTTGGTGGTGATAGATTCGGGTTTGTAGACATTGCCCTGATTGGATTCTACAGT
TGGTTTCCAGGGTACCAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAACCAGAGTGTTCTAAACTG
ATGGATTGGGGAAGGAGGTGTATGGAGAGGGAGAGTGTAGCTACATCCTTGCCTAATCCT
GAGAGAGTTGTTGGGTTCATTTTACAGCTTAAGAAGCTCTATGGGGTCGAGTAAGACAAG
ATCTATGTTGTGTTTCAGCTCTTTTGTTGTGTTGTGTGTTTCTAAATAATACAGATTATA
ATCTGTAAAGTTGGAGTGTTGTGTTGTTCTAAAACTCAGATACTTTGTTTGCTTATTTAA
ATCTTAACCTTAAACGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS15TF U 45
AF RR1FO11TF U 46
AF RR1FO11JQ C 73
AF RR1A553TF U 1
AF RR1AF58TF U 7
AF RR1A553JQ C 1
AF RR1CS15JQ C 58
BS 1 9 RR1A553JQ
BS 10 47 RR1A553TF
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GGG
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TATGATTGCGTTAAAGGAGAAAGAAGTGAAGTACGAATACAGAGAAGAAGATCTTCTCAA
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TGGATTCTACAGTTGGTTTCCAGGGTACCAGAAGTTTGGTAACTCCAGCATCGAACCAGA
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DS 

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GG
AAAGATGGCTGAAGAGGTGATCCTTCTGAATTTCTGGCCGAGTATGTTTGGGATGATGAC
TATGATTGCGTTGAAGGAGAAAGAAGTGAAGCACGAGTACAGAGAAGAAGATCTTCTCAA
CAACAAGAGTGCCTTGCTTCTTGAGATGAATCCTCTTTACAAGAAGATCCCGGTTCTCAT
CCACAATGGTAAACCAATCTGTGAATCTGTCATACAGGTCCAGTACATAGACCAGATCTG
GTCACACAAGAACCCGTTACTCCCTACTGATCCTTACCAGAGAGCTCAAGCCTTGTTTTG
GGCTGACTTCATTGACAAGAAGTTGTATGTTTGTGGGAGGAAGACTTGGGCAACAAAAGG
TGAGGAGCTAGAAGAAGCCAAAAAGGAGTTCATTGAAATACTAAAGACTCTTCAATCCGA
GCTTGGAGACAAGCCTTACTTTGGTGGTGATAGATTCGGGTCTGTAGACATTGCCCTGAT
TGGATTCTACAGTTGGTTTCCAGGGTACCAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAACCAGA
GTGTTCTAAACTGATGGATTGGGGAAGGAGGTGTATGGAGAGGGAGAGTGTAGCTAC

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DS 

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TATGTTTGTGGGAGGAAGACTTGGGCAACAAAAGGTGAGGAGCTAGAAGAAGCCAAAAAG
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TTTCAGCTCTTTTGTTGTGTTGTGTGTTTCTAAATAATACAGATTATAATCTG
C

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DS 

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DS 

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GTG
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GGAAGGAGGTGTATGGAGAGGGAGAGTGTAGCTACATCCTTGCCTAATCCTGAGAGAGTT
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GTGTTTCAGCTCTTTTGTTGTGTTGTGTGTTTCTAAATAATACAGATTATAATCTG

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DS 

RD RR1A553JQ 859 0 0
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CCGTTACTCCCTACTGATCCTTACCAGAGAGCTCAAGCCTTGTTTTGGGCTGACTTCATT
GACAAGAAGTTGTATGTTTGTGGGAGGAAGACTTGGGCAACAAAAGGTGAGGAGCTAGAA
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TGGTTTCCAGGGTACCAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAACCAGAGTGTTTTAAACTG
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GAGA**GTTGTTGGGTTCATTTTACAGCTTAAGAAGCTCTATGGGGTCGAGTAAGACAAG
ATCTATGTTGTGTTTCAGCTCTTTTGTTGTGTTGTGTGTTTCTAAATAATACAGATTATA
ATCTGTAAAGTTGGAGTGTTGTGTTGTTCTAAAACTCAGATACTTTGTTTGCTTATTTAA
ATCTTAACCTTAAACGTTG

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DS 

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TTAAAGGAGAAAGAAGTGAAGTACGAATACAGAGAAGAAGATCTTCTCAACAACAAGAGT
GCCTTGCTTCTTGAGATGAATCCTCTTTACAAGAAGATCCCGGTTCTCATCCACAATGGT
AAACCAATCTGTGAATCTGTCATACAGGTCCAGTACATAGACCAGATCTGGTCAGACAAG
GACCCGTTACTCCCTACTGATCCTTACCAGAGAGCTCAAGCCTTGTTTTGGGCTGACTTC
ATTGAGAAGAAGTTGTTTGTTTGTGGGAGGAAGGCTTGGGCAACAAAAGGTGAGGAGCTA
GAAGAAGCCAAAAAGGAGTTCATTGAAATACTAAAGACTCTTCAATCCGAGCTTGGAGAC
AAGCCTTACTTTGGTGGTGATAGATTCGGGTTTGTAGACATTGCCCTGATTGGATTCTAC
AGTTGGTTTCCAGGGTACCAGAAGTTTGGTAACTCCAGCATCGAACCAGAGTGTTCTAAA
CTGATGGATTGGGGAAGGAGGTGTATGGATAGGGAGAGTGTAGCTACATCCTTGCCTAAT
CCTGAGAGAGTTGTTGGGTTCATTTTACAGCTTAAGAAGCTCTATGGGGTCGAGTAAGAC
AAGATCTATGTTGTGTTTCAGCTCTTTTGTTGTGTTGTGTGTTTCTAAATAATACAGATT
ATAATCTGTAAAGTTGGAGTGTTGTGTTGTTCTAAAACTCAGATACTTTGTTTGCTTATT
TAAATCTTAACC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 2 7

CO CL824Contig1 812 2 1 U
GGGTCCATATCATAATCATTCGTTAAACAAACCACAAAATCTAAACTTCCTCACACCAAA
TAAAAAAAATGGAATTAGTTGAAGAGAAGACTCCAAAAGAAGAAAACAAGATAGGAGAAA
GAAGAATTGTGGTGGACAAAGCTTATCTCTACGATGAAGACAACCCACTGACCGTATGCA
AAACCTCTCTCTTCCACACCGGCGATGGTTTCACCACCTACGACTGTAACGGCGATATCA
TCTTTAGGGTTGATTCATACGGAAGAGATAACGACGAGTTTGTCCTCATGGACGCCACCG
GAAAGTGTCTGCTCACCGTTAAACGCAAGAGACCGACTCTGCACCAGAGATGGGAAGGTT
TTGTCGGGGAGAGACAAGAAGGTCAGAAACCGATCTTCAGCGTCCGGAGATCGTCGATAA
TCGGACGGTGCACGATGGAAGTAGAAGTATACGACGGAACAGGAGAAGAGTACACGATAG
ACGGTGACTTCTCGCTACGGAAATGCGTCATATACGACACGGAGAAGCGAACTGTGGCTG
AGATCAAACGCAAAGTGGACGCGTCAACGAACGTGATGCTTGGACGTGATGTGTTCACTC
TCGAGATAAAACCCGGTTTCGACGTGCTTTCGCGATGGGTTTGGTCCTCGTGCTTGACAG
ATCAACGGTGATGATCCAGTTGAGATTGGTGATGACAAGTACACCTTTTGTGGAGGATAG
TTCTTCATCTCTCACTTTCACTCGTCAGTCTTTGTTCCGGTTTACCATCGATCGAATCTT
TGGGTTTTGTCAATCTTTGGATTGGACATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX27TF U 1
AF RR1D955TF U 1
BS 1 812 RR1D955TF

RD RR1FX27TF 612 0 0
GGGTCCAT
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GTGGTGGACAAAGCTTATCTCTACGATGAAGACAACCCACTGACCGTATGCAAAACCTCT
CTCTTCCACACCGGCGATGGTTTCACCACCTACGACTGTAACGGCGATATCATCTTTAGG
GTTGATTCATACGGAAGAGATAACGACGAGTTTGTCCTCATGGACGCCACCGGAAAGTGT
CTGCTCACCGTTAAACGCAAGAGACCGACTCTGCACCAGAGATGGGAAGGTTTTGTCGGG
GAGAGACAAGAAGGTCAGAGACCGATCTTCAGCGTCCGGAGATCGTCGATAATCGGACGG
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TTCTCGCTACGGAAATGCGTCATATACGACACGGAGAAGCGAACTGTGGCTGAGATCAAA
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AAAC

QA 9 612 9 612
DS 

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TAAAAAAAATGGAATTAGTTGAAGAGAAGACTCCAAAAGAAGAAAACAAGATAGGAGAAA
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AAACCTCTCTCTTCCACACCGGCGATGGTTTCACCACCTACGACTGTAACGGCGATATCA
TCTTTAGGGTTGATTCATACGGAAGAGATAACGACGAGTTTGTCCTCATGGACGCCACCG
GAAAGTGTCTGCTCACCGTTAAACGCAAGAGACCGACTCTGCACCAGAGATGGGAAGGTT
TTGTCGGGGAGAGACAAGAAGGTCAGAAACCGATCTTCAGCGTCCGGAGATCGTCGATAA
TCGGACGGTGCACGATGGAAGTAGAAGTATACGACGGAACAGGAGAAGAGTACACGATAG
ACGGTGACTTCTCGCTACGGAAATGCGTCATATACGACACGGAGAAGCGAACTGTGGCTG
AGATCAAACGCAAAGTGGACGCGTCAACGAACGTGATGCTTGGACGTGATGTGTTCACTC
TCGAGATAAAACCCGGTTTCGACGTGCTTTCGCGATGGGTTTGGTCCTCGTGCTTGACAG
ATCAACGGTGATGATCCAGTTGAGATTGGTGATGACAAGTACACCTTTTGTGGAGGATAG
TTCTTCATCTCTCACTTTCACTCGTCAGTCTTTGTTCCGGTTTACCATCGATCGAATCTT
TGGGTTTTGTCAATCTTTGGATTGGACATTTG

QA 1 812 1 812
DS 



CO CL824Contig2 862 5 4 U
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TACAAACAACCTCAAATGTCCAAATCCAAAGATTTGACAAAACCCAAAGATTCGATTCGA
TTGGTTAAAACCGGAACAAAGACTTGACGAGGTGAAAGTGAGAGATGAAGAAACTAATCC
TCCACAAAAGGGTGTACTTGTTCATCACCAATCTCAACTGGATCATCACCGTTGATCTGG
TCAAGCACGAGGACCAAACCCATCGCGAAAGCACCGTCGAAACCGGGTTTTATCTCGAGA
GTGAACACATCACGTCCAAGCATCACGTTCGTTGACGCGTCCACTTTGCGTTTGATCTCA
GCCACAGTTCGCTTCTCCGTGTCGTATATGACGCATTTCCGTAGCGAGAAGTCACCGTCT
ATCGTGTACTCTTCTCCTGTTCCGTCGTATACTTCTACTTCCATCGTACACCGTCCGATT
ATCGACGATCTCCGGACGCTGAAGATCGGTTTCTGACCTTCTTGTCTCTCCCCGACAAAA
CCTTCCCATCTCTGGTGCAGACACTTTCCGGTGGCGTCCATGAGGACAAACTCGTCGTTA
TCTCTTCCGTATGAATCAACCCTAAAGATGATATCGCCGTTACAGTCGTAGGTGGTGAAA
CCATCGCCGGTGTGGAAGAGAGAGGTTTTGCATACGGTCAGTGGGTTGTCTTCATCGTAG
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TTCTCTTCAACTAATTCCATTTTTTTTATTTGGTGTGAGGAAGTTTAGATTTTGTGGTTT
GTTTAACGAATGATTATGATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1G169JQ U 1
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AF RR1G813JQ U 1
AF RR1G813TF C 129
AF RR1G169TF C 216
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TACAAACAACCTCAAATGTCCAAATCCAAAGATTTGACAAAACCCAAAGATTCGATTCGA
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TCCACAAAAGGGTGTACTTGTTCATCACCAATCTCAACTGGATCATCACCGTTGATCTGG
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GTGAACACATCACGTCCAAGCATCACGTTCGTTGACGCGTCCACTTTGCGTTTGATCTCA
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CCTTCCCATCTCTGGTGCAGACACT

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DS 

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G
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CCTGTTCCGTCGTATACTTCTACTTCCATCGTGCACCGTCCGATTATCGACGATCTCCGG
ACGCTGAAGATCGGTTTCTGACCTTCTTGTCTCTCCCCGACAAAACC

QA 2 528 2 528
DS 

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TACAAACAACCTCAAATGTCCAAATCCAAAGATTTGACAAAACCCAAAGATTCGATTCGA
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TCCACAAAAGGGTGTACTTGTTCATCACCAATCTCAACTGGATCATCACCGTTGATCTGG
TCAAGCACGAGGACCAAACCCATCGCGAAAGCACCGTCGAAACCGGGTTTTATCTCGAGA
GTGAACACATCACGTCCAAGCATCACGTTCGTTGACGCGTCCACTTTGCGTTTGATCTCA
GCCACAGTTCGCTTCTCCGTGTCGTATATGACGCATTTCCGTAGCGAGAAGTCACCGTCT
ATCGTGTACTCTTCTCCTGTTCCGTCGTATACTTCTACTTCCATCGTACACCGTCCGATT
ATCGACGATCTCCGGACGCTGAAGATCGGTTTCTGACCTTCTTGTCTCTCCCCGACAAAA
CCTTCCCATCTCTGGTGCAGACACTTTCCGGTGGCGTCCATGAGGACAAACTCGTCGTTA
TCTCTTCCGTATGAATCAACCCTAAAGATGATATCGCCGTTACAGTCGTAGGTGGTGAAA
CCATCGCCGGTGTGGAAGAGAGAGGTTTTGCATACGGTCAGTGGGTTGTCTTCATCGTAG
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TTCTCTTCAACTAA

QA 1 794 1 794
DS 

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AAA
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CTTCTCCGTGTCGTATATGACGCATTTCCGTAGCGAGAAGTCACCGTCTATCGTGTACTC
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CCGGACGCTGAAGATCGGTTTCTGACCTTCTTGTCTCTCCCCGACAAAACCTTCCCATCT
CTGGTGCAGACACTTTCCGGTGGCGTCCATGAGGACAAACTCGTCGTTATCTCTTCCGTA
TGAATCAACCCTAAAGATGATATCGCCGTTACAGTCGTAGGTGGTGAAACCATCGCCGGT
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GATTATGAT
CC

QA 4 732 4 732
DS 

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GTCGAAACCGGGTTTTATCTCGAGAGTGAACACATCACGTCCAAGCATCACGTTCGTTGA
CGCGTCCACTTTGCGTTTGATCTCAGCCACAGTTCGCTTCTCCGTGTCGTATATGACGCA
TTTCCGTAGCGAGAAGTCACCGTCTATCGTGTACTCTTCTCCTGTTCCGTCGTATACTTC
TACTTCCATCGTACACCGTCCGATTATCGACGATCTCCGGACGCTGAAGATCGGTTTCTG
ACCTTCTTGTCTCTCCCCGACAAAACCTTCCCATCTCTGGTGCAGACACTTTCCGGTGGC
GTCCATGAGGACAAACTCGTCGTTATCTCTTCCGTATGAATCAACCCTAAAGATGATATC
GCCGTTACAGTCGTAGGTGGTGAAACCATCGCCGGTGTGGAAGAGAGAGGTTTTGCATAC
GGTCAGTGGGTTGTCTTCATCGTAGAGATAAGCTTTGTCCACCACAATTCTTCTTTCTCC
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TGAGGAAGTTTAGATTTTGTGGTTTGTTTAACGAATGATTATGATCC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 2 7

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CACAATTATTTAACAAATTATTAATCTTCATCGTCAAGATTGAGAAACAGAAGATATGAA
AGCAAACCAAGAACAGGAACAAACCTAAGATAACTCACTAACTCAACCTTGCTCTTCTTC
ACATTTTGCAGGTTCTCTCCAATCAACCATGGCTGGAAAACTGTGTACAAACATATATCC
CATATAAACGCGTAAGCTAGTCTCTCCGATCCCAAATAACCAGTCAGATACTGCCATCTC
TCCATTATTCCACCGAAACCTCCATCTGCTCGACCGTAGAGAGACCACAAGGTCGATATC
AGACAAACAGTAACACCCGTGAGACCAACTATAGGTGCACCTTTGGTCATGGCTTCCCCG
AGTTGAGACCTTTCGCTCGGTTTATCATCTTGGTCAGCGTCATTTAGCCGTATAGCCATG
TACGGGATCAGAAACGTGTTTGTGAGGAACATCATGAGACCCCATAAGACGTCAAGAGAG
CTTTTGTAACGATCTCTCTTTCGGTCTGTGTATAGCAACGGAGCAAACATGAGTGTCCAA
GCTATTACGAAGTTGAATAACCCTTCAGCCATAGGGTGAAGTACAGGAGCTTCTAGGAAA
TGAATACCAACAGAGTTTGTAAGAGGCAAGATAAAGAAGAAGTTCAATGAAAGTCCCAAA
AGAGAGTTCACTGTCTCTGAGCTAATTGCCCAAACTGGATCTCCGGGAGCATAAGGGAGA
AGAAATAGCCATAGTATGTGCACGGCTTCAGCTGTCCACAGTAGAGGGCGAAGGTTACTC
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CATTGATTGACGGTCGAGGTTTGGCTACTCCAGCTAAAATGGCAGCGGCCTTGCAGAGAT
CTTGCGTAAGGATCGTGGAGGGAGTGACGCAGGTACGTCACTGACTGTGAGGTTGTCAGA
ATCATCCTCGTCCCTTCCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL29JQ U 1
AF RR1F906JQ U 57
AF RR1ET57JQ U 72
AF RR1ET57TF C 405
BS 1 64 RR1EL29JQ
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BS 762 822 RR1ET57JQ
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RD RR1EL29JQ 641 0 0
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AGACACACAGTAACACCGGTGAGACCAACTACCGATGCACCTTTGGTCATGGCTTCCCCG
AGTTGAGACCTTTTGCTCGGTTTATCATCTTGGTCAGCGTCATTTAGCCGTATAGCCATG
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DS 

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CTTCACATTTTGCAGGTTCTCTCCAATCAACCATGGCTGGAAAACTGTGTACAAACATAT
ATCCCATATAAACGCGTAAGCTAGTCTCTCCGATCCCAAATAACCAATCAGATACTGACA
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CAAAAGAGAGTTCACTGTCTCTGAGCTAATTGCCCAAACTGGATC

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DS 

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ATAAGT
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TCCAATCAACCATGGCTGGAAAACTGTGTACAAACATATATCCCATATAAACGCGTAAGC
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ACCTCCATCTGCTCGACCGTAGGGAGACCACAAGGTCGATATCAGACAAACAGTAACACC
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CGGTTTATCATCTTGGTCAGCGTCATTTAGCCGTATAGCCATGTACGGGATCAGAAACGT
GTTTGTGAGGAACATCATGAGACCCCATAAGACGTCAAGAGAGCTTTTGTAACGATCTCT
CTTTCGGTCTGTGTATAGCAACGGAGCAAACATGAGTGTCCAAGCTATTACGAAGTTGAA
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QA 7 751 7 751
DS 

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TAGCCGTATAGCCATGTACGGGATCAGAAACGTGTTTGTGAGGAACATCATGAGACCCCA
TAAGACGTCAAGAGAGCTTTTGTAACGATCTCTCTTTCGGTCTGTGTATAGCAACGGAGC
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GGGAGCATAAGGGAGAAGAAATAGCCATAGTATGTGCACGGCTTCAGCTGTCCACAGTAG
AGGGCGAAGGTTACTCCGGAGAGGATCATCTTCAACCTCAACCGTTACCGTCTCCGGTTT
CCGGCGAGCCAAGCATGAGATGGATCTTTTGTCTCCTGTTCGTATTTGGAAGCCGTTCAT
TGTCTGCCGTGGAGTGCATTGATTGACGGTCGAGGTTTGGCTACTCCAGCTAAAATGGCA
GCGGCCTTGCAGAGATCTTGCGTAAGGATCGTGGAGGGAGTGACGCAGGTACGTCACTGA
CTGTGAGGTTGTCAGAATCATCCTCGTCCCTTCCCTCC

QA 1 698 1 698
DS 



CO CL825Contig2 838 3 10 U
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GCTGTCGGTTGTAACGACACCGTTTCCACTCAGTAAAGAAGGCCCATACGCCGTCGTTTC
AGCAAGTCTAACGTATAAATCACTACTCCGGCTCCAATGGTAGTTGGATAATGCAGGGAA
GGGACGAGGATGATTTTGATAAACTCACCGTCAGCGACGTACCTACGTCACTCCCTCCAC
GATCCTTACGGAAGATCTCTGCAAGCCCGGAGCCATTTTAGCTGGAGTAGCCAAACCTCG
ACCGTCGTCA******ATCAATGCATTCCACCACGGCAGACAATGAACGGCTTCCAAATA
CGAACAGGAGACAACAGATCCATCTTATGCTTGGCTCGCCGGAAACCGGAGACAGTGACG
GTTGAGGTTGAGGATGATCCTCTCCGGAGCATCCTTCGGTCTCTACTGTGGACAGCTGAA
GCCGTGTACATACTATGGCTATTTCTTCTCCCTTATGCTCCCGGAGATCCAGTTTGGGCA
ATTAGCTCAGAGACAGTGAACTCTCTTTTGGGACTTTCATTGAACTTCTTCTTTATCTTG
CCTCTTACAAACTCTGTTGGTATTCATTTCCTAGAAGCTCCTGTTCTTCACCCTATGGCT
GAAGGCTTATTCAACTTCGTAATAGCTTGGACACTCATGTTTGCTCCGTTGCTATACACA
GACCGAAAGAGAGATCGTTACAAAAGCTCTCTTGACGTCTTATGGGGTCTCATGATGTTC
CTCACAAACACGTTTCTGATCCCGTACATGGCTATACGCTAAATGACGCTGACCAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM84TF U 164
AF RR1F906TF U 1
AF RR1EL29TF U 171
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RD RR1DM84TF 599 0 0
GGGGATAAT
GCAGGGAAGGGACGAGGATGATTTTGATAAACTCACCGTCAGCGACGTACCTACGTCACT
CCCTCCACGATCCTTACGGAAGATCTCTGCAAGCCCGGAGCCATTTTAGCTGGAGTAGCC
AAACCTCGACCGTCGTCATTGTCAATCAATGCATTCCACCACGGCAGACAATGAACGGCT
TCCAAATACGAACAGGAGACAACAGATCCATCTTATGCTTGGCTCGCCGGAAACCGGAGA
CAGTGACGGTTGAGGTTGAGGATGATCCTCTCCGGAGCATCCTTCGGTCTCTACTGTGGA
CAGCTGAAGCCGTGTACATACTATGGCTATTTCTTCTCCCTTATGCTCCCGGAGATCCAG
TTTGGGCAATTAGCTCAGAGACAGTGAACTCTCTTTTGGGACTTTCATTGAACTTCTTCT
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CTATGGCTGAAGGTTTATTCAACTTCGTAATAGCTTGGACACTCATGTTTGCTCCGTTGC
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DS 



AS 1 8

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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ACATATACAAATGAGAAAGAAATATCGATTTGAATTATTTCGAATCTAAATCATTTTTCA
TTCTAAAACTTAGAAAGTCTTCTTTTCGAAGATCCAATGAATTCCCGGTCCAAAACTTTT
TTCATTTACTACTTTTGCGTTTCTTTTAATTGACATAGACCTAAGTCATCTCATAAAATG
AGAATGATACTTCGGTAATGGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATC
CTCGTGTCACCAGTTCAAATCTGGTTCTTGGCATAGGATTGATTAATTTTGATAAGTTTC
TAGTCTTCAAATTAAACGTATCTTTAGTAAAAAAAGTGCAATCATCCTTTATCCCCCTCT
CTTTTTATGTTCATGTTGTGGATCCATCCGTTCAAAAAAAATGTATAAGACTTTATACCT
AATACATATTCGAAAGGAAAGTTCTGGTTG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1C137TF 690 0 0
G
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TTTAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAACCCTACTCCCTAAAAAAGTCTGT
TTGACACCTTACCCTTTTTTTAGTTATTCAAGAATTCATTATCTTTTTTCATTCATCCGA
CACTTTTACAAACTCGAATTTCTTTTCTTATTATAGACAAGTCTTGTGGTATATATCATA
CATATACAAATGAGAAAGAAATATCGATTTGAATTATTTCGAATCTAAATCATTTTTCAT
TCTAAAACTTAGAAAGTCTTCTTTTCGAAGATCCAATGAATTCCCGGTCCAAAACTTTTT
TCATTTACTACTTTTGCGTTTCTTTTAATTGACATAGACCTAAGTCATCTCATAAAATGA
GAATGATACTTCGGTAATGGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCC
TTGTGTCACCAGTTCAAATCTGGTTCTTGGCATAGGATTGATTAATTTTGATAAGTTTCT
AGTCTTCAAATTAAACGTATCTTTAGTAAAAAAAGTGCAATCATCCTTTATCCCCCTCTC
TTTTTTTGTTCATGTTGTGGATCCATCCGTTCAAAAAA**TGTATAAGACTTTATACCTA
ATACATATTCGAAAG*AAAGTTCTGGTTG

QA 2 690 2 690
DS 



AS 2 7

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ACCACTGATCTTTTGAGCCTTTTCTCTTATTTTAAAAAAAAATTCACTTGACAAGGAGTG
ACTTTGGCTATTGAAAATATTTGTGAAGTCG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 10 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 15 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 10 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 10 10 10 

AF RR1EL93TF U 74
AF RR1AC01JQ C 1
AF RR1AC01TF U 1
AF RR1GK07TF U 1
AF RR1H539TF U 1
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RD RR1EL93TF 104 0 0
AT
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QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1AC01TF 511 0 0
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ACTTTGGCTATTGAAAATATTTGTGAA
GTCG

QA 1 507 1 507
DS 

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QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1H539TF 507 0 0
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QA 1 507 1 507
DS 



CO CL827Contig2 560 2 1 U
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CCTCAGTTGCTTAGATTGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CR65JQ C 1
AF RR1CR65TF U 1
BS 1 560 RR1CR65TF

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QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1CR65TF 560 0 0
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CTGTGAGGACTTCAAAAAGAATAGAGAACATCTCTAAAATGGCTGCAGAGAGCAAGGAGA
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AAGTTCTTCGAAGTCGGGTATTACATGGGTCAAAGCTCAAATAGTGAGAGGGGATGTTTG
CTATGTCTATATAAAAAGAATGCTTGAATGTAATAAGCTTGTGTGTTGAACACAACCACT
GATCTTTTGAGCCTTTTCTCTTATTGTTTTTTTTTTTAAAATCACTTGACAAGGAGTGAC
TTTGGCCAATGAAAATATCTGTGAAGTCTTAGCTTCTTGTTCTCTATTCATTAGAAGAAA
CCTCAGTTGCTTAGATTGTT

QA 1 560 1 560
DS 



AS 2 8

CO CL828Contig1 731 2 4 U
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CGTAATCTCTCTGATGAGGACTACAAACGCTTTGAAGAAAGCTTGGACATGGAGGACCCG
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TCTTCTTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ68TF U 1
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AACA

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TAAGAGCAAAATCTCTTTCAAGATCAATTGCTTGTGTATATGTCTACATATATGTGCGTG
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CTTGTTC

QA 1 667 1 667
DS 



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CCATCATGTTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV02TF U 21
AF RR1FE10TF U 1
AF RR1GJ28TF U 1
AF RR1GV02JQ C 121
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GG
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QA 3 657 3 657
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QA 1 766 1 766
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DS 

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ACCAGCCTGCTCTTGGATCTTTTGATTCACTGAAGAGAAAAAGGTTTTCGTCTTATGTAC
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TGTTTGTGTCTATGTACATTCATGCGTTACTGTTTCCATGTTAATGGATATGGACTTTAC
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DS 

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DS 

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ATATGAGCAAAATATCTTTCAAGATCATTTGTCTTGTGTATATCTACGTATGTGTGTGTG
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ATCATGTTTC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 2 8

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CA73TF U 1
AF RR1CA73JQ C 167
BS 1 687 RR1CA73TF

RD RR1CA73TF 687 0 0
GGATGCACTTAACCACTTCCAATCTCCAGAAAGAAAAATTAAAAAAAATGGCTCTCCGAT
CTGTCAAAACGCCGACCTTGACACCTCCCGGCGTCGTCTTCATCTCATCCTCAATTATCA
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CGCCGCAGCTGAGAGACACGCTGGAGAAGCTGGTGAACTCGGAGAAAGTGGTGCTGTTCA
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GGCTTAAAGAGTACTCCAGCTGGCCGACGTTTCCTCAGCTTTACATCGGCGGCGAGTTTT
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AGAGAGCTATGTGCTCGTGAAGCTGATCTTTTTTTATCCTGAACGAAGGTGCTGTTGATG
TGTTGAAAGAGTCTATGTCTGGTAACATTGTGGGACATGTTGTATGATGGAACTATACAC
TATGGTTATAGAACAACTATGTGTCTG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1CA73JQ 521 0 0
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GTCGGCGTCGCTCACGCCGCAGCTGAGAGACACGCTGGAGAAGCTGGTGAACTCGGAGAA
AGTGGTGCTGTTCATGAAAGGGACGAGGGATTTCCCGATGTGCGGGTTCTCGAACACGGT
GGTGCAGATCCTGAAGAATCTGAACGTTCCTTTCGAAGACGTGAACATTCTCGAGAACGA
GATGGTGAGGCAAGGGCTTAAAGAGTACTCCAGCTGGCCGACGTTTCCTCAGCTTTACAT
CGGCGGCGAGTTTTTCGTGGGCTGCGATATCACTCTCGAGGCGTTTCAGAGTGGTGAGTT
GCAGGAGGTTGTGGAGAGAGCTATGTGCTCGTGAAGCTGATCTTTTTTTATCCTGAACGA
AGGTGCTGTTGATGTGTTGAAAGAGTCTATGTCTGGTAACATTGTGGGACATGTTGTATG
ATGGAACTATACACTATGGTTATAGAACAACTATGTGTCTG

QA 1 521 1 521
DS 



CO CL829Contig2 750 6 13 U
GGACACACTTAACCACTTCCAATCTCCAGAAAGAAAAATAAAAAAAAATGGCTCTCCGAT
CTGTCAAAACGCCGACCTTGACACCTCCCGGCGTCGTCTTCATCTCATCCTCAATTATCA
ACAATCCTCAATCTCTCAGATTGGTCTCCTCATCACTCGCCGTCCGCTCCAATCTCAAAC
TCAAACCATCTCCCCACGCCGCGAAGTTCCGATGCTCCGCTTCTTCGTCGGCGTCGCTCA
CGCCGCAGCTGAGAGACACGCTGGAGAAGCTGGTGAAATCGGAGAAAGTGGTGCTGTTCA
TGAAAGGGACGAGGGATTTCCCGATGTGCGGATTCTCGAACACGGTGGTGCAGATCCTGA
AGAATCTGAACGTTCCTTTCGAAGACGTGAACATTCTCGAGAACGAGATGGTGAGGCAAG
GGCTTAAAGAGTACTCCAGCTGGCCGACGTTTCCTCAGCTTTACATCGGCGGCGAGTTTT
TCGGGGGATGTGATATCACTCTCGAGGCGTTTCAGAGTGGTGAGTTGCAGGAGGTTGTCG
AAAGAGCTATGTGCTCTTGAAGCTGATCTTTTTTTATCCTTAACGAAGGTGCTGTTGATG
TGCTAAAAGAGTCTATGTCTGGTAACATTGTGAGACATGTTGTATGATTATAAACAACTA
TGTTTGTCTGAAAAAAAAAATCTGTACTTTACTGTCTTAGAGTCTCCTTATTGATTGTTG
TTCAAAAAAAAAAGAGTCTCCTTATTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 25 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GG92JQ C 97
AF RR1GG92TF U 24
AF RR1EY94TF U 27
AF RR1GX07TF U 1
AF RR1GX07JQ C 224
AF RR1EY94JQ C 230
BS 1 47 RR1GX07TF
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BS 126 142 RR1GX07TF
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BS 681 732 RR1GX07TF
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RD RR1GG92JQ 558 0 0
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TCGCCGTCCGCTCCAATCTCAAACTCAAACCATCTCCCCACGCCGCGAAGTTCCGATGCT
CCGCTTCTTCGTCGGCGTCGCTCACGCCGCAGCCGAGAGACACGCTGGAGAAGCTGGTGA
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CGAACACGGTGGTGCAGATCCTGAAGAATCT*AACGTTCCTTTCGAAGACGTGAACATTC
TCGAGAACGAGATGGTGAGGCAAGGGCTTAAAGAGTACTCCAGCTGGCCGACGTTTCCTC
AGCTTTACATTGGCGGCGAGTTTTTCGGGGGATGTGATATCACTCTCGAGGCGTTTCAGA
GTGGTGAGTTGCAGGAGGTTGTCGAAAGAGCTATGTGCTCTTGAAGCTGATCTTTTTT*A
TCCTTAACGAAGGTGCTGTTGATGTGCTAAAAGAGTCTATGTCTGGTAACATTGTGAGAC
ATGTTGTATGATTATAAA

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1GG92TF 651 0 0
GGCCAGAAAG
AAAAATAAAAAAAAATGGCTCTCCGATCTGTCAAAACGCCGACCTTGACACCTCCCGGCG
TCGTCTTCATCTCATCCTCAATTATCAACAATCCTCAATCTCTCAGATTGGTCTCCTCAT
CACTCGCCGTCCGCTCCAATCTCAAACTCAAACCATCTCCCCACGCCGCGAAGTTCCGAT
GCTCCGCTTCTTCGTCGGCGTCGCTCACGCCGCAGCCGAGAGACACGCTGGAGAAGCTGG
TGAAATCGGAGAAAGTGGTGCTGTTCATGAAAGGGACGAGGGATTTCCCGATGTGCGGAT
TCTCGAACACGGTGGTGCAGATCCTGAAGAATCT*AACGTTCCTTTCGAAGACGTGAACA
TTCTCGAGAACGAGATGGTGAGGCAAGGGCTTAAAGAGTACTCCAGCTGGCCGACGTTTC
CTCAGCTTTACATTGGCGGCGAGTTTTTCGGGGGATGTGATATCACTCTCGAGGCGTTTC
AGAGTGGTGAGTTGCAGGAGGTTGTCGAAAGAGCTATGTGCTCTTGAAGCTGATCTTTTT
T*ATCCTTAACGAAGGTGCTGTTGATGTGCTAAAAGAGTCTATGTCTGGTAACATTGTGA
GACATGTTGTATGATTATAAACAACTATGTTTGTCTGAAAA

QA 11 651 11 651
DS 

RD RR1EY94TF 646 0 0
GGAGAGAAAAAATA
AAAAAAAATGGCTCTCCGATCTGTCAAAACGCCGACCTTGACACCTCCCGGCGTCGTCTT
CATCTCATCCTCAATTATCAACAAGCCCCAATCTCTCAGATTCGTCTCCTCATCACTCGC
CGTCCGCTCCAATCTCAAACTCAAACCATCTCCCCACGCCGCGAAGTTCCGATGCTCCGC
TTCTTCGTCGGCGTCGCTCACGCCGCAGCTGAGAGACACGCTGGAGAAGCTGGTGAAATC
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CACGGTGGTGCAGATCCTGAAGAATCTGAACGTTCCTTTCGAAGACGTGAACATTCTCGA
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TTACATCGGCGGCGAGTTTTTCGGGGGATGTGATATCACTCTCGAGGCGTTTCAGAGTGG
TGAGTTGCAGGAGGTTGTCGAAAGAGCTATGTGCTCTTGAAGCTGATCTTTTTTTATCTT
TAACGAAGGTGCTGTTGATGTGCTAAAAGAGTCTATGTCTGGTAACATTGTGAGACATGT
TGTATGATTATAAACAACTATGTTTGTCTGAA

QA 15 646 15 646
DS 

RD RR1GX07TF 750 0 0
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CTGTCAAAACGCCGACCTTGACACCTCCCGGCGTCGTCTTCATCTCATCCTCAATTATCA
ACAAGCCTCAATCTCTCAGATTCGTCTCCTCATCACTCGCCGTCCGCTCCAATCTCAAAC
TCAAACCATCTCCCCACGCCGCGAAGTTCCGATGCTCCGCTTCTTCGTCGGCGTCGCTCA
CGCCGCAGCTGAGAGACACGCTGGAGAAGCTGGTGAAATCGGAGAAAGTGATGCTGTTCA
TGAAAGGGACGAGGGATTTCCCGATGTGCGGATTCTCGAACACGGTGGTGCAGATCCTGA
AGAATCTGAACGTTCCTTTCGAAGACGTGAACATTCTCGAGAACGAGATGGTGAGGCAAG
GGCTTAAAGAGTACTCCAGCTGGCCGACGTTTCCTCAGCTTTACATCGGCGGCGAGTTTT
TCGGGGGATGTGATATCACTCTCGAGGCGTTTCAGAGTGGTGAGTTGCAGGAGGTTGTCG
AAAGAGCTATGTGCTCTTGAAGCTGATCTTTTTTTATCCTTAACGAAGGTGCTGTTGATG
TGCTAAAAGAGTCTATGTCTGGTAACATTGTGAGACATGTTGTATGATTATAAACAACTA
TGTTTGTCTGAAAAAAAAA*TCTGTACTTTACTGTCTTAGAGTCTCCTTATTGATTGTTG
TTCAAAAAAAAA*GAGTCTCCTTATTGATT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1GX07JQ 527 0 0
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GGTGGTGCAGATCCTGAAGAATTTGAACGTTCCTTTCGAAGACGTGAACATTCTCGAGAA
CGAGATGGTGAGGCAAGGGCTTAAAGAGTACTCCAGCTGGCCGACGTTTCCTCAGCTTTA
CATCGGCGGCGAGTTTTTCGGGGGATGTGATATCACTCTCGAGGCGTTTCAGAGTGGTGA
GTTGCAGGAGGTTGTCGAAAGAGCTATGTGCTCTTGAAGCTGATCTTTTTTTATCCTTAA
CGAAGGTGCTGTTGATGTGCTAAAAGAGTCTATGTCTGGTAACATTGTGAGACATGTTGT
ATGATTATAAACAACTATGTTTGTCTGAAAAAAAAAATCTGTACTTTACTGTCTTAGAGT
CTCCTTATTGATTGTTGTTCAAAAAAAAAAGAGTCTCCTTATTGATT

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1EY94JQ 494 0 0
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GGTGCTGTTCATGAAAGGGACGAGGGATTTCCCGATGTGCGGATTTTCGAACACGGTGGT
GCAGATCCTGAAGAATTTGAACGTTCCTTTCGAAGACGTGAACATTCTCGAGAACGAGAT
GGTGAGGCAAGGGCTTAAAGAGTACTCCAGCTGGCCGACGTTTCCTCAGCTTTACATCGG
CGGCGAGTTTTTCGGGGGATGTGATATCACTCTCGAGGCGTTTCAGAGTGGTGAGTTGCA
GGAGGTTGTCGAAAGAGCTATGTGCTCTTGAAGCTGATTTTTTTTTTTTTTTAACGAAGG
TGCTGTTGATGTGCTAAAAGAGTCTATGTCTGGTAACATTGTGAGACATGTTGTATGATT
ATAAACAACTATGTTTGTCTGAAAAAAAAAATCTGTACTTTACTGTCTTAGAGTCTCCTT
ATTGATTGTTGTTC

QA 1 494 1 494
DS 



AS 2 8

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GTTATCAAACTGATGCTTGAAAGAAAAGAATCGGATCCCCAAACACAAAACAAGACAGGT
GTTTAGTCTTCATATACAATATTTACCACTATGGGTAACTATTATATAAATATCAGAAAT
ACTTAAAATAAGAAAAGGACCTTTGTGTAACCATGCATCCTGATCCTGCATTGTTTTTTT
TTTTTGTCACTGATCCTTGCTGTTGTCAAGTTGAGGATAATGGTGTATATGTCAAATTAT
GAACTATACAGATGCTGCTGAAAAATAAGTCTCGAAAAGGTAAGACAGAATCTTCTGGTA
ATCACCTAACTGGGCACCAGTGTTTGGATCAACCAAGAATGGAACCTTATCGGACCCCGA
AACATTTAAAAGTGATCTCATCCGTGTGGACCCTTCTCCAATGTTGTGTAATACATAGGG
GAGCTCTAACTCACACAGTGCTTCACGCACCAACCGTGCATACGAATTGTTTTCGTAAGA
AAAAAACTGGAGCATTTCAGGTGGTGGATCTGATGAAGCCTTGTCCCATAATGACATGCC
TCTACCAGCTCGGAAAAGTGTTGGCATCCATCCTGTGAGCAAGGTGCTTTCCAAAAGTCC
TGTGGAAGGGCCTCTTCCATTACCATATTGATTATATAGGTACTTTACGATGTCACCACT
CTCGTACATGGAAGTATCAGTATTGGGGTCAATAAGGAAGGGAAACATCTCTTTACCACC
GGATCTTCTAACCATTTCCCTGTGTCTTACAGATCCTTTAGGACAAGGATAAACTTCTAC
AGAGAGGTCTAGCTCAGTCATGGCTTCGCGCACCCTCCGGCAAAAGGGACATGCCTCAAA
TTCAAAAAGCTGCAATCGCAAAGGTGGACTAGAAGAAACATCTTTACTCATGGATGATAC
TCGAGATCCCCATGGAAGTCTTGCAATAGATGCTAAAGAAGAAGTTGCGACCTCAAGAGC
ATGATTCCGTTGCTGAGAAGGGTCACCTCCAGAGAAGAGTTTAAGCAAGGGACAGAGAAG
AGACAAGAAGCTTCCGCTCGAAGTGCTTTCACTAGACGAAGTTTCTTCTTCATCAGCTTT
CGCCTCTGATTTCACGTATACTCTTCCTCTTTCGCGAATCCAGGCCCCGTTTCCTGAAAT
TCGCTGCTCGGGGAATCGACCAGGACGAAACGTCGATGCCGGAAACGACGCAGTTGGTCG
GCCGAGATTGCCATATGCCACCGGAAAACAAGAGGATGGAATCGACATTGGTCCTCCTGT
CTTGTTGAAATTGGATTTCATCGGAAATCTAGTTTGATAGTAGAACACCAAATGCTCACG
TCC


BQ
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10 10 10 

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AF RR1CZ09JQ U 15
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TTTT*GTCACTGATCCTTGCTGTTGTCAAGTTGAGGATAATGGTGTATATGTCAAATTAT
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CG

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TA

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QA 1 709 1 709
DS 



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GCCATGACTGAGCTAGACCTCTCTGTAGAAGTTTATCCTTGTCCTAAAGGATCTGTAAGA
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AATACTGATACTTCCATGTACGAGAGTGGTGACATCGTAAAGTACCTATATAATCAATAT
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CCACCTGAAATGCTCCAGCTCTTCTCTTACGAAAACAACTCGTATGCACGGTTGGTGCGT
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CGGATGAGATCACTTCTAAATGTTTCGGGGTCCGATAAGGTTCCATTCTTGGTTGATCCA
AACACTGGTGCCCAGTTAGGTGATTACCAGAAGATTCTGTCTTACCTCTTCAAGACTTAT
TCTTCAGCAGCATCTGTATAGTTCATAATCTGACATATACACCATTATCCTCAACTTGAC
AACAGCTAGGATCAGTGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL48TF U 7
AF RR1G151TF U 1
AF RR1G276TF U 1
AF RR1CZ09TF U 30
AF RR1GM88JQ C 352
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BS 674 674 RR1CZ09TF
BS 675 685 RR1G151TF
BS 686 686 RR1CZ09TF
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BS 698 708 RR1G151TF
BS 709 738 RR1CZ09TF
BS 739 1099 RR1GM88JQ

RD RR1AL48TF 371 0 0
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TCTTGTTTTCCGGTGGCATATGGCAATCTCGGCCGTCCAAAAGCGTCGTTTCGTTCTGGT
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TACGCGAAATCAGAGGCGAAAGCTGATGAAGAAGAAACATCGTCTAGCGAAAGCACTACG
AGCGGAAGCTTCTTGTCTCTTCTCTGTCCCTTGCTTAAACTCTTCTCTGGAGGTGACCCT
TCTCAGCAACGGAATCATGCTCTTGAGGTCGCAACTTCTTCTTTAGCATCTATTGCAAGA
CTTCCATGGGG

QA 1 371 1 371
DS 

RD RR1G151TF 708 0 0
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CCATCCTCTTGTTTTCCGGTGGCATATGGCAATCTCGGCCGTCCAAAAGCGTCGTTTCGT
TCTGGTCGATCCCCGGAGGAGCGAATTTCAGGAAACGGGGCCTGGATTCGCGAAAGAGGA
AGAGTATACGTGAAATCAGAGGCGAAAGCTGATGAAGAAGAAACATCGTCTAGTGAAAGC
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GACCCTTCTCAGCAACGGAATCATGCTCTTGAGGTCGCAACTTCTTCTTTAGCATCTATT
GCAAGACTTCCATGGGGATCTCGAGTAGCATCCATGACTAAAGATGTTTCTTCTACTCCA
CCTTTGCGATTGCAGCTTTTTGAATTTGAGGCATGTCCCTTTTGCCGGAGGGTGCGCGAA
GCCATGACTGAGCTAGACCTCTCTGTAGAAGTTTATCCTTGTCCTAAAGGATCTGTAAGA
CACAGGGAAATGGTTAGAAGATCCGGTGGAAAAGAGATGTTTCCCTTCCTCATTGACCCC
AATACTGATACTTCCATGTACGAGAGTGGTGACATCGTAAAGTACCTATATAATCAATAT
GGTAATGGAAGAG*CCCTTCCACAG*ACTTTTGGAA*GCACCTTGCTC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1G276TF 697 0 0
GGGATC
AATTGATTCATTTCGGTGAAATCCAATTTCAACAAAACAGGACCAATGTCGATTCCATCC
TCTTGTTTTCCGGTGGCATATGGCAATCTCGGCCGTCCAAAAGCGTCGTTTCGTTCTGGT
CGATCCCCGGAGGAGCGAATTTCAGGAAACGGGGCCTGGATTCGCGAAAGAGGAAGAGTA
TACGTGAAATCAGAGGCGAAAGCTGATGAAGAAGAAACATCGTCTAGTGAAAGCACTACG
AGCGGAAGCTTCTTGTCTCTTCTCTGTCCCTTGCTTAAACTCTTCTCTGGAGGTGACCCT
TCTCAGCAACGGAATCATGCTCTTGAGGTCGCAACTTCTTCTTTAGCATCTATTGCAAGA
CTTCCATGGGGATCTCGAGTAGCATCCATGACTAAAGATGTTTCTTCTACTCCACCTTTG
CGATTGCAGCTTTTTGAATTTGAGGCATGTCCCTTTTGCCGGAGGGTGCGCGAAGCCATG
ACTGAGCTAGACCTCTCTGTAGAAGTTTATCCTTGTCCTAAAGGATCTGTAAGACACAGG
GAAATGGTTAGAAGATCCGGTGGAAAAGAGATGTTTCCCTTCCTCATTGACCCCAATACT
GATACTTCCATGTACGAGAGTGGTGACATCGTAAAGTACCTATATAATCAATATGGTAAT
GGAAGAG*CCCTTCCACAG
ACTTTGGAAAGC

QA 7 685 7 685
DS 

RD RR1CZ09TF 709 0 0
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CAATCTCGGCCGTCCAAAAGCGTCGTTTCGTTCTGGTCGATCCCCGGAGGAGCGAATTTC
AGGAAACGGGGCCTGGATTCGCGAAAGAGGAAGAGTATACGTGAAATCAGAGGCGAAAGC
TGATGAAGAAGAAACATCGTCTAGTGAAGGCACTACGAGCGGAAGCTTCTTGTCTCTTCT
CTGTCCCTTGCTTAAACTCTTCTCTGGAGGTGACCCTTCTCAGCAACGGAATCATGCTCT
TGAGGTCGCAACTTCTTCTTTAGCATCTATTGCAAGACTTCCATGGGGATCTCGAGTAGC
ATCCATGACTAAAGATGTTTCTTCTACTCCACCTTTGCGATTGCAGCTTTTTGAATTTGA
GGCATGTCCCTTTTGCCGGAGGGTGCGCGAAGCCATGACTGAGCTAGACCTCTCTGTAGA
AGTTTATCCTTGTCCTAAAGGATCTGTAAGACACAGGGAAATGGTTAGAAGATCCGGTGG
AAAAGAGATGTTTCCCTTCCTCATTGACCCCAATACTGATACTTCCATGTACGAGAGTGG
TGACATCGTAAAGTACCTATATAATCAATATGGTAATGGAAGAGGCCCTTCCACAGGACT
TTTGGAAAGCACCTTGCTCACAGGATGGATGCCAACACTTCTCCGAGCT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1GM88JQ 748 0 0
GCATCTATTGCAAGACTTCCATGGGGATCTCGAGTATCATCCATGAGTAAAGATGTTTCT
TCTAGTCCACCTTTGCGATTGCAGCTTTTTGAATTTGAGGCATGTCCCTTTTGCCGGAGG
GTGCGCGAAGCCATGACTGAGCTAGACCTCTCTGTAGAAGTTTATCCTTGTCCTAAAGGA
TCTGTAAGACACAGGGAAATGGTTAGAAGATCCGGTGGTAAAGAGATGTTTCCCTTCCTT
ATTGACCCCAATACTGATACTTCCATGTACGAGAGTGGTGACATCGTAAAGTACCTATAT
AATCAATATGGTAATGGAAGAGGCCCTTCCACAGGACTTCTGGAAAGCACCTTGCTCACA
GGATGGATGCCAACACTTTTCCGAGCTGGTAGAGGCATGCCATTATGGGACAAGGCTTCA
TCAGATCCACCACCTGAAATGCTCCAGCTCTTCTCTTACGAAAACAACTCGTATGCACGG
TTGGTGCGTGAAGCACTGTGTGAGTTAGAGCTCCCCTATGTATTACACAACATTGGAGAA
GGGTCCACACGGATGAGATCACTTCTAAATGTTTCGGGGTCCGATAAGGTTCCATTCTTG
GTTGATCCAAACACTGGTGCCCAGTTAGGTGATTACCAGAAGATTCTGTCTTACCTCTTC
AAGACTTATTCTTCAGCAGCATCTGTATAGTTCATAATCTGACATATACACCATTATCCT
CAACTTGACAACAGCTAGGATCAGTGAC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 2 8

CO CL831Contig1 1085 2 2 U
GGTATTGTGAGTACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTATGGAGCTGGTGCTTTTGTCCTTC
TCTTGACCAGTCAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCTC
TTAACCCGGGTGGTTCTAGAGCTTGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTT
TCTTGATTGCTGAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGT
ACAGGAAGATGTGGAACATCGATGCCCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCCGTAAAGGTGTGT
TTGCTGCTGGTGCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTCTCTCAGTTCTACTACGTCT
GCTACTCTCGTGCTCGTGATGATTACAAGAACCCACCTTACTAAAAATGAGTGTCACTTC
ACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTTCCTTTAAGCTTTTTGATTACAA
GACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAATACTTATTTAACATCTACGTTGAGTATCTA
AGATTGTTTGTTGTTACAGTGACTTTTTTTAGAGTTCATAACCTGGAAACAGAGCTTGAG
TTGGCTCATTCATGTCGAGAAACATGTAGGCCATTCCTCCTATACCTTCAAAGAGAGAGA
ATGGTCTGTCTCCTCCATGCATCTTACCTTCTGAGATGAGCTTCTCCGACTTGTCTAGTA
AGAAAGATGCGAAAGCTTTAGCTTTGTACAAGTACTCTAGCTTTCCTGTTAACCGGTAGA
GAGAAAGAAACACATAAGTGTTTCCGCTGATGCCATGACAGATCCCTACTCGTTTAAGCA
ATCCACGGTTCCACACCACTTCTCCTGCTTCCATAGCCGCCTCTACAAACTCATCTGTCC
TAAAAACCTGAAAATACATCCAGAGAGTTTTGTAATTTAGGTAGAGAATACAGTAAACTA
CTCCCTCTGTTCCTGAAAGTATAATTTTTTAAATTTTATTTTTGTTCCACAAAGATAGAT
TTTCTATTTGTTTAAGGTACTTTTGTATACTTTTAAGAAGCATTAATTGTGAATATTTGA
ATTGT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1E214TF U 1
AF RR1E214JQ C 401
BS 1 724 RR1E214TF
BS 725 1085 RR1E214JQ

RD RR1E214TF 728 0 0
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TTAACCCGGGTGGTTCTAGAGCTTGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTT
TCTTGATTGCTGAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGT
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ACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTTCCTTTAAGCTTTTTGATTACAA
GACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAATACTTATTTAACATCTACGTTGAGTATCTA
AGATTGTTTGTTGTTACAGTGACTTTTTTTAGAGTTCATAACCTGGAAACAGAGCTTGAG
TTGGCTCATTCATGTCGAGAAACATGTAGGCCATTCCTCCTATACCTTCAAAGAGAGAGA
ATGGTCTGTCTCCTCCATGCATCTTACCTTCTGAGATGAGCTTCTCCGACTTGTCTAGTA
AGAA
GATG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1E214JQ 685 0 0
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GTCACTTCACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTTCCTTTAAGCTTTTT
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AGTATCTAAGATTGTTTGTTGTTACAGTGACTTTTTTTAGAGTTCATAACCTGGAAACAG
AGCTTGAGTTGGCTCATTCATGTCGAGAAACATGTAGGCCATTCCTCCTATACCTTCAAA
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GTCTAGTAAGAAAGATGCGAAAGCTTTAGCTTTGTACAAGTACTCTAGCTTTCCTGTTAA
CCGGTAGAGAGAAAGAAACACATAAGTGTTTCCGCTGATGCCATGACAGATCCCTACTCG
TTTAAGCAATCCACGGTTCCACACCACTTCTCCTGCTTCCATAGCCGCCTCTACAAACTC
ATCTGTCCTAAAAACCTGAAAATACATCCAGAGAGTTTTGTAATTTAGGTAGAGAATACA
GTAAACTACTCCCTCTGTTCCTGAAAGTATAATTTTTTAAATTTTATTTTTGTTCCACAA
AGATAGATTTTCTATTTGTTTAAGGTACTTTTGTATACTTTTAAGAAGCATTAATTGTGA
ATATTTGAATTGT

QA 13 685 13 685
DS 



CO CL831Contig2 748 6 2 U
GGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAAAATTTGCTGCTTGTGAGAGAGAATC
AAAATGGCGTCAAAGCTGGTGATAATCATTGTGTTCATACTAGATCTAATCGCCGTCGGT
TTAGCCATTGCCGCTGAGCAACGACGTAGCGTCGGTAAGGTTGTACCGGATAAGGAAAAG
GTGTATGAGTACTGTGAGTACGGCTCAGACATAGCTACAAGTTATGGAGCTGGTGCTTTT
GTGCTTCTCTTGACCAGTCAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTCTGCTGTGGG
AAGTCTCTTAACCCGGGTGGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGG
GCGTTTTTCTTGATTGCTGAGATTTGTCTGCTCGCTGCATCGATCAGAAACGCGTACCAC
ACTAAGTACAGGAAGATGTGGAACATCGACGAGCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCCGTAAA
GGTGTGTTTGCTGCTGGTGCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTCTCTCAGTTCTAC
TACGTCTGCTACTCTCGTGCTCGTGATGATTACAAGAACCCTCCTTACTAAAAATGAGTC
ACTTCACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTTCCTTTTAAGCTTTTTTG
ATTATCAAGACATTACCTTTTGTGTTTCATTGTATAAATACTTATATAACATTCAGTATC
TAAGATTGTTATTACACTTAACTTTATT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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TCG

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TAAGA

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CGCTGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGATGTGGAACATCGACGA
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QA 3 658 3 658
DS 



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AACCCTAATTTCTCTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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CTGACAAGCTCGTTGATGAAATTCTCCCTGTTTCCGGCATCACCACCTTCAACGTAGTGG
TTCCTCTTCTTCTTAAGTCCACCGAGCGGCGCCTTCAACTGGAATGGCCAAAGGAAGTTG
TTGGCTTCTTTGAAGTGAGGTCCAACGGTCATGATCTCGTGGATCAGATCCTCCACACAG
ATGATCTCGTGCTTGCCTAGACCTTCAGCCACTATTGAGTTGTCTGTAAGTGCTATCCTC
TGATGGTTCAGCTTTCCATAACCCCTCTTGTAGATCAGCTCCTTGACACTCTTCAAGTTT
GGGTATCCGTAAGTCACGTAAGGCTCAACACGACGCAACATGTTGATTGTTGCCTTGTTC
ACCTTAAGGAACACACCATTGAAGATTTGTCTCAAACGCAGGAGCTGCAGAATTTTCTTG
GTTTTCGGGTCAATGGCATTGATACCACGGATACGAATGATAAAGAGAAGCTTTGCCTCA
GGATCAACGT

QA 1 610 1 610
DS 

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AATCAAA
GCCTAATCTCCAACAAAGATCACATGGTCTCTGATACAAGGAA**AAAAAACTTCAGATC
CAACCAAAAATCTATGAAATGGGGAAAGATAAAGAAGGAAGTTTCCATCAATTCATCCTC
CTGACAAGCTCGTTGATGAAATTTTCCCTGTTTCCAGCATCACCACCTTCAACGTAGTGG
TTCCTCTTCTTCTTTAGTCCACCGAGCGGTGCCTTCAACTGGAATGGCCAAAGGAAGTTG
TTGGCTTCTTTGAAGTGAGGTCCAACGGTCATGATCTCGTGGATCAGATCCTCCACACAG
ATGATCTCGTGCTTGCCTAGACCTTCAGCGACTATCGAGTTGTCAGTAAGTGCTATCCTC
TGGTGGTTCAGCTTTCCATAACCCCTCTTGTAGATCAGCTCCTTGACACTCTTCAAGTTT
GGGTATCCGTAAGTCACGTAAGGCTCAACACGACGCAACATGTTGATTGTTGCCTTGTTC
ACCTTAAGGAACACACCATTGAAGATTTGTCTCAAACGCAGGAGCTGCAGAATTTTCTTG
GTTTTCGGGTCAATGGCATTGATACCACGGATACGAATGATAAAGAGAAGCTTTGCCTCA
GGATCAACGTAGAACCCTCCTTTCAACTTAGCCTCTCGCTTCAAACGGATCAACTCATTA
TCCTTCTCGGCGTATTCTTTGGCGTACTGCTCAGCTCTC

QA 8 706 8 706
DS 

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AAGAACCACAATCTTGGCAAACAGAGCAAACTAATCAAAGCCTAACCTCCAACAAAGATC
ACACGGTCTCTGATACAAGGAACAAAAAAACCTCAGATCCAACCAAAAATCTATGAAATG
GGGAAAGATAAAGAAGGAAGCTTCCGTCAATTCATCCTCCTGACAAGCTCGTTGATGAAA
TTCTCCCTGTTTCCGGCATCACCACCTTCAACGTAGTGGTTCCTCTTCTTCTTAAGTCCA
CCGAGCGGCGCCTTCAACTGGAATGGCCAAAGGAAGTTGTTGGCTTCTTTGAAGTGAGGT
CCAACGGTCATGATCTCGTGGATCAGATCCTCCACACAGATGATCTCGTGCTTGCCTAGA
CCTTCAGCCACTATTGAGTTGTCTGTAAGTGCTATCCTCTGATGGTTCAGCTTTCCATAA
CCCCTCTTGTAGATCAGCTCCTTGACACTCTTCAAGTTTGGGTATCCGTAAGTCACGCAA
GGCTCAACACGACGCAACATGTTGATTGTTGCCTTGTTCACCTTAAGGAACACACCATTG
AAGATTTGTCTCAAACGCAGGAGCTGCAGAATTTTCTTGGTTTTCGGGTCAATGGCATTG
ATACCACGGATACGAATGATAAAGAGAAGCTTTGCCTCAGGATCAACGTAGAACCCTCCT
TTCAACTTAGCCTCTCGCTTCAAACGGATCAACTCATTATCCTTCTCCGCGTATTCTTTG
GCGTACTGCTCAGCTCTCTTGAAGATAAGCTTGCGGGTCACAACGCTCTTCTTCTTAGCA
GCTTCAGCTTCCTGTTTCTTGGCCAATGCCCATTCCTCTTCCCTCTTGATCTTCTTTAGC
ACA

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR1CH94TF 670 0 0
ACTGGAATGGCCAAAGGAAGTTGTTGGCTTCTTTGAAGTGAGGTCCAACGGTCATGATCT
CGTGGATCAGATCCTCCACACAGATGATCTCGTGCTTGCCTAGACCTTCAGCCACTATTG
AGTTGTCTGTAAGTGCTATCCTCTGATGGTTCAGCTTTCCATAACCCCTCTTGTAGATCA
GCTCCTTGACACTCTTCAAGTTTGGGTATCCGTAAGTCACGTAAGGCTCAACACGACGCA
ACATGTTGATTGTTGCCTTGTTCACCTTAAGGAACACACCATTGAAGATTTGTCTCAAAC
GCAGGAGCTGCAGAATTTTCTTGGTTTTCGGGTCAATGGCATTGATACCACGGATACGAA
TGATAAAGAGAAGCTTTGCCTCAGGATCAACGTAGAACCCTCCTTTCAACTTAGCCTCTC
GCTTCAAACGGATCAACTCATTATCCTTCTCCGCGTATTCTTTGGCGTACTGCTCAGCTC
TCTTGAAGATAAGCTTGCGGGTCACAACGCTCTTCTTCTTAGCAGCTTCAGCTTCCTGTT
TCTTGGCCAATGCCCATTCCTCTTCCCTCTTGATCTTCTTTAGCACAGACTCTGGAACCA
CCATCTTTGAATCAGACATGTCTCTTTGAGAGGAAGAAGAGAGCTGAGAGGGAGAGGTTG
CGCGGCGC
CC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1BE62TF 749 0 0
TCTTAAGTCCACCGAGCGGCGCCTTCAACTGGAATGGCCAAAGGAAGTTGTTGGCTTCTT
TGAAGTGAGGTCCAACGGTCATGATCTCGTGGATCAGATCCTCCACACAGATGATCTCGT
GCTTGCCTAGACCTTCAGCCACTATTGAGTTGTCTGTAAGTGCTATCCTCTGATGGTTCA
GCTTTCCATAACCCCTCTTGTAGATCAGCTCCTTGACACTCTTCAAGTTTGGGTATCCGT
AAGTCACGCAAGGCTCAACACGACGCAACATGTTGATTGTTGCCTTGTTCACCTTAAGGA
ACACACCATTGAAGATTTGTCTCAAACGCAGGAGCTGCAGAATTTTCTTGGTTTTCGGGT
CAATGGCATTGATACCACGGATACGAATGATAAAGAGAAGCTTTGCCTCAGGATCAACGT
AGAACCCTCCTTTCAACTTAGCCTCTCGCTTCAAACGGATCAACTCATTATCCTTCTCCG
CGTATTCTTTGGCGTACTGCTCAGCTCTCTTGAAGATAAGCTTGCGGGTCACAACGCTCT
TCTTCTTAGCAGCTTCAGCTTCCTGTTTCTTGGCCAATGCCCATTCCTCTTCCCTCTTGA
TCTTCTTTAGCACAGACTCTGGAACCACCATCTTTGAATCAGACATGTCTCTTTGAGAGG
AAGAAGAGAGCTGAGAGGGAGAGGTTGCGCGGCGCAGAAGGAAGAAGAAATGGGTTTAGG
GTTTAATTCGTAACCCTAATTTCTCTTCC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 8

CO CL833Contig1 718 8 3 U
GGAGCCCTTTGGTAAAGAGGGAGAGACAGAGGAAAGGAAAAAAGAGAATCTGGTGGGGAG
AGAGAAGATTGATTGATTGATTGAATATCATCAAATGGCGACATCGAGGCTTCAAGCTCT
GTGGAATCACCCTGCCGGCCCTAAAACCATTCATTTCTGGGCGCCAACGTTCAAGTGGGG
AATAAGCATTGCTAACATTGCAGACTTTGCTAAACCTACTGACAAAATATCATACCCTCA
ACAGATTGCTGTTACATGCACTGGAGTTATCTGGTCTCGTTACAGCATGGTTATCACTCC
CAAAAACTGGAACCTCTTTAGCGTCAATGTTGCTATGGCTGGGACTGGCATGTACCAGCT
TGCTCGTAAAATCAAAAACGATTTTGCATCTGATGTGGAGCCTGTTGTTGCCAAAGAATG
ATTACGACGAAAAAAACAAGAAGATGAAAACATCAAAGGAAAGATGGGATGTCATCTCCA
*TATTGCTTGTGTTTGAAAATCTAGTTTCATGATATTTGATTTTTCCTTTTCATTCTCAG
ATCTCAAGGGTCGATTTACTATGAAATAAGTTCATCTTTTTAATACCCATAAACGCTTCT
CTCTGTCTTTGATGCGGTATCTATGGGATCTTTGTTTCAGTGAGCTTCTCCTGCGGCTGT
GATAAGTACCTTATAAGCTCTTCTTCCCTTTCTATACAATAACAGTCTTCTCTCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AP41JQ C 56
AF RR1AP41TF U 56
AF RR1C183TF U 39
AF RR1D533TF U 23
AF RR1BR60TF U 1
AF RR1FA27JQ C 20
AF RR1FA27TF U 20
AF RR1D533JQ C 32
BS 1 363 RR1BR60TF
BS 364 364 RR1AP41TF
BS 365 718 RR1BR60TF

RD RR1AP41JQ 594 0 0
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C

QA 1 593 1 593
DS 

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GCTCTGTGGAACCACCCTGCCGGCCCTAAAACCATTCATTTCTGGGCGCCAACGTTCAAG
TGGGGAATAAGCATTGCTAACATTGCAGACTTTGCTAAACCTACTGACAAAATATCATAC
CCTCAACAGATTGCTGTTACATGCACTGGAGTTATCTGGTCTCGTTACAGCATGGTTATC
ACTCCCAAAAACTGGAACCTCTTTAGCGTCAATGTTGCTATGGCTGGGACTGGCATGTAC
CAGCTTGCTCGTAAAATCAAAAACGATTTTGCATCTGATGTGGAGCCTGTTGTTGCCAAA
GAATGATTACGACGAAAAGAACAAGAAGATGAAAACATCAAAGGAAAGATGGGATGTCAT
CTCCA*TATTGCTTGTGTTTGAAAATCTAGTTTCATGATATTTGATTTTTCCCTTTCATT
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CTTCTCTCTGTCTTTGATGCGGTATCTATGGGATCTTTGTTTCAGTGAGCTTC
C

QA 1 593 1 593
DS 

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GG
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TACAGCATGGTTATCACTCCCAAAAACTGGAACCTCTTTAGTGTCAATGTTGCTATGGCT
GGGACTGGCATGTACCAGCTTGCTCGTAAAATCAAAAACGATTTTGCATCTGATGTGGAG
CCTGTTGTTGCCATAGAATGATTACGACGAAAAAAACAAGAAGATGAAA*CATCAAAGGA
AAGATGGGATATCATCTCCAATATTGCTTGTGTTTGAAAATCTAGTTTCATGATATTTGA
TTTTTCCTTTTCATTCTCAGATCTCAAGGGTCGATTTACTATGAAATAAGTTCATCTTTT
TAATACCCACAAACGCTTCTCTCT

QA 3 566 3 566
DS 

RD RR1D533TF 611 0 0
GG
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TGCATCTGATGTGGAGCCTGTTGTTGCCAAAGAATGATTACGACGAAAAAAACAAGAAGA
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GGGATCTTT

QA 3 611 3 611
DS 

RD RR1BR60TF 718 0 0
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AGAGAAGATTGATTGATTGATTGAATATCATCAAATGGCGACATCGAGGCTTCAAGCTCT
GTGGAATCACCCTGCCGGCCCTAAAACCATTCATTTCTGGGCGCCAACGTTCAAGTGGGG
AATAAGCATTGCTAACATTGCAGACTTTGCTAAACCTACTGACAAAATATCATACCCTCA
ACAGATTGCTGTTACATGCACTGGAGTTATCTGGTCTCGTTACAGCATGGTTATCACTCC
CAAAAACTGGAACCTCTTTAGCGTCAATGTTGCTATGGCTGGGACTGGCATGTACCAGCT
TGCCCGTAAAATCAAAAACGATTTTGCATCTGATGTGGAGCCTGTTGTTGCCAAAGAATG
ATTACGACGAAAAAAACAAGAAGATGAAAACATCAAAGGAAAGATGGGATGTCATCTCCA
*TATTGCTTGTGTTTGAAAATCTAGTTTCATGATATTTGATTTTTCCTTTTCATTCTCAG
ATCTCAAGGGTCGATTTACTATGAAATAAGTTCATCTTTTTAATACCCATAAACGCTTCT
CTCTGTCTTTGATGCGGTATCTATGGGATCTTTGTTTCAGTGAGCTTCTCCTGCGGCTGT
GATAAGTACCTTATAAGCTCTTCTTCCCTTTCTATACAATAACAGTCTTCTCTCTCTC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1FA27JQ 644 0 0
GGAGA
GACAGAGGAAAGGAAAAAAGAGAATCTGGTGGGGAGAGAGAAGATTGATTGATTGATTGA
ATATCATCAAATGGCGACATCGAGGCTTCAAGCTCTGTGGAATCACCCTGCCGGCCCTAA
AACCATTCATTTCTGGGCGCCAACGTTCAAGTGGGGAATAAGCATTGCTAACATTGCAGA
CTTTGCTAAACCTACTGACAAAATATCATACCCTCAACAGATTGCTGTTACATGCACTGG
AGTTATCTGGTCTCGTTACAGCATGGTTATCACTCCCAAAAACTGGAACCTCTTTAGCGT
CAATGTTGCTATGGCTGGGACTGGCATGTACCAGCTTGCTCGTAAAATCAAAAACGATTT
TGCATCTGATGTGGAGCCTGTTGTTGCCAAAGAATGATTACGACGAAAAAAACAAGAAGA
TGAAAACATCAAAGGAAAGATGGGATGTCATCTCCA*TATTGCTTGTGTTTGAAAATCTA
GTTTCATGATATTTGATTTTTCCTTTTCATTCTCAGATCTCAAGGGTCGATTTACTATGA
AATAAGTTCATCTTTTTAATACCCATAAACGCTTCTCTCTGTCTTTGATGCGGTATCTAT
GGGATCTTTGTTTCAGTGAGCTTCTCCTGCGGCTGTG
AT

QA 6 642 6 642
DS 

RD RR1FA27TF 642 0 0
GGAGA
GACAGAGGAAAGGAAAAAAGAGAATCTGGTGGGGAGAGAGAAGATTGATTGATTGATTGA
ATATCATCAAATGGCGACATCGAGGCTTCAAGCTCTGTGGAATCACCCTGCCGGCCCTAA
AACCATTCATTTCTGGGCGCCAACGTTCAAGTGGGGAATAAGCATTGCTAACATTGCAGA
CTTTGCTAAACCTACTGACAAAATATCATACCCTCAACAGATTGCTGTTACATGCACTGG
AGTTATCTGGTCTCGTTACAGCATGGTTATCACTCCCAAAAACTGGAACCTCTTTAGCGT
CAATGTTGCTATGGCTGGGACTGGCATGTACCAGCTTGCTCGTAAAATCAAAAACGATTT
TGCATCTGATGTGGAGCCTGTTGTTGCCAAAGAATGATTACGACGAAAAAAACAAGAAGA
TGAAAACATCAAAGGAAAGATGGGATGTCATCTCCA*TATTGCTTGTGTTTGAAAATCTA
GTTTCATGATATTTGATTTTTCCTTTTCATTCTCAGATCTCAAGGGTCGATTTACTATGA
AATAAGTTCATCTTTTTAATACCCATAAACGCTTCTCTCTGTCTTTGATGCGGTATCTAT
GGGATCTTTGTTTCAGTGAGCTTCTCCTGCGGCTGTG

QA 6 642 6 642
DS 

RD RR1D533JQ 685 0 0
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CAAATGGCGACATCGAGGCTTCAAGCTCTGTGGAATCACCCTGCCGTCCCTAAAACCATT
CATTTCTGGGCGCCAACGTTCAAGTGGGGAATAAGCATTGCTAACATTGCAGACTTTGCT
AAACCTACTGACAAAATATCATACCCTCAACAGATTGCTGTTACATGCACTGGAGTTATC
TGGTCTCGTTACAGCATGGTTATCACTCCCAAAAACTGGAACCTCTTTAGCGTCAATGTT
GCTATGGCTGGGACTGGCATGTACCAGCTTGCTCGTAAAATCAAAAACGATTTTGCATCT
GATGTGGAGCCTGTTGTTGCCAAAGAATGATTACGACGAAAAAAACAAGAAGATGAAAAC
ATCAAAGGAAAGATGGGATGTCATCTCCA*TATTGCTTGTGTTTGAAAATCTAGTTTCAT
GATATTTGATTTTTCCTTTTCATTCTCAGATCTCAAGGGTCGATTTACTATGAAATAAGT
TCATCTTTTTAATACCCATAAACGCTTCTCTCTGTCTTTGATGCGGTATCTATGGGATCT
TTGTTTCAGTGAGCTTCTCCTGCGGCTGTGATAAGTACCTTATAAGCTCTTCTTCCCTTT
CTATACAATAACAGTCTTCTCTCTC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 7

CO CL834Contig1 750 7 8 U
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TGGCTCTAATATCTCTACTATTATCCTTCTCGTTTGTCTATGGAGGAGGAGAGTCTGAAA
ACCCTCATTCTGCGGCCAGCCCAAGCAGTGATCCCACCGGAGGATCCAGCGGGGCAAGCG
GTTCGGCTCATGGACCTAATTGGGGATATGATTGGGGATGGGGATCAACCCCAGAAGGTG
GTTATGGCTATGGTTCTGGTTCTGGCTCAACACCAGATGGAAAAGGAAAAGGGACCGGAT
TTGGGTTTGGTTCTGGTTCTGGTTCTGGTTCAGGAACTGGGTTTGGGTTTGGTTCAGGAG
GAGGAGGGGCCACAGACGGTGGCTCTGGCCACGGAAGTGGGACTGGACACGCAAGTGAAG
CGGCTAGCTCAGGCGGTGGAAATGGTGGAGCTTCTCCAGGTCGAAGAGAGAGAAGCCAAC
ACCGCTAAAATTTTAAGCATTTCTCGTTCATCTTAACACAAGCATAGATACATAAGACTA
GAAAAAGAAAATGAAATTTTACTATGGTTGGCACCACATATATATGTATACTACTACCTT
AATGCATAAATAAGGATCAAACGAATAATTAAGTAGTTGGCCGTTACTTCAACTTTCTAT
TATATAACTAAACCTGGTGTATCTTGTGTTTATTTACGTAAGAACTGGTGTGTTAATATT
TTAAAGCTTAAATATTAATTATCATGTGTA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1GJ30TF U 1
AF RR1H370TF U 1
AF RR1H370JQ C 508
AF RR1GJ30JQ C 119
AF RR1F304JQ C 32
AF RR1GC22TF U 272
AF RR1F304TF U 32
BS 1 83 RR1GJ30TF
BS 84 84 RR1F304TF
BS 85 227 RR1GJ30TF
BS 228 414 RR1H370TF
BS 415 415 RR1GC22TF
BS 416 642 RR1H370TF
BS 643 722 RR1GC22TF
BS 723 750 RR1F304TF

RD RR1GJ30TF 235 0 0
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TGGCTCTAATATCTCTACTATTAGCCTTCTCGTTTGTCTATGGAGGAGGAGAGTCTGAAA
ACCCTCATTCTGCGGCCAGCCCAAGCAGTGATCCCACCGGAGGATCCAGCGGGGCAAGCG
GTTCGGCTCATGGACCTAATTGGGGATATGATTGGGGATGGGGATCA
CCCCAGAA

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR1H370TF 642 0 0
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TGGCTCTAATATCTCTACTATTAGCCTTCTCGTTTGTCTATGGAGGAGGAGAGTCTGAAA
ACCCTCATTCTGCGGCCAGCCCAAGCAGTGATCCCACCGGAGGATCCAGCGGGGCAAGCG
GTTCGGCTCATGGACCTAATTGGGGATATGATTGGGGATGGGGATCAACCCCAGAAGGTG
GTTATGGCTATGGTTCTGGTTCTGGCTCAACACCAGATGGAAAAGGAAAAGGGACCGGAT
TTGGGTTTGGTTCTGGTTCTGGTTCTGGTTCAGGAACTGGGTTTGGGTTTGGTTCAGGAG
GAGGAGGGGCCACAGACGGTGGCTCTGGCCACGGAAGTGGGACTGGACACGCAATTGAAG
CGGCTAGCTCAGGCGGTGGAAATGGTGGAGCTTCTCCAGGTCGAAGAGAGAGAAGCCAAC
ACCGCTAAAATTTTAAGCATTTCTCGTTCATCTTAACACAAGCATAGATACATAAGACTA
GAAAAAGAAAATGAAATTTTACTATGGTTGGCACCACATATATATGTATACTACTACCTT
AATGCATAAATAAGGATCAAACGAATAATTAAGTAGTTGGCC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1H370JQ 135 0 0
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TTGGCACCACATATATATGTATACTACTACCTTAATGCATAAATAAGGATCAAACGAATA
ATTAAGTAGTTGGCC

QA 1 135 1 135
DS 

RD RR1GJ30JQ 524 0 0
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CGGTTCGGCTCATGGACCTAATTGGGGATATGATTGGGGATGGGGATCAACCCCAGAAGG
TGGTTATGGCTATGGTTCTGGTTCTGGCTCAACACCAGATGGAAAAGGAAAAGGGACCGG
ATTTGGGTTTGGTTCTGGTTCTGGTTCTGGTTCAGGAACTGGGTTTGGGTTTGGTTCAGG
AGGAGGAGGGGCCACAGACGGTGGCTCTGGCCACGGAAGTGGGACTGGACACGCAATTGA
AGCGGCTAGCTCAGGCGGTGGAAATGGTGGAGCTTCTCCAGGTCGAAGAGAGAGAAGCCA
ACACCGCTAAAATTTTAAGCATTTTTCGTTCATCTTAACACAAGCATAGATACATAAGAC
TAGAAAAAGAAAATGAAATTTTACTATGGTTGGCACCACATATATATGTATACTACTACC
TTAATGCATAAATAAGGATCAAACGAATAATTAAGTAGTTGGCC

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1F304JQ 718 0 0
AAGGAAAATGAAAGGTGAGTTTCTCACATTGGCTCTAATATCTCTACTATTATCCTTCTC
GTTTGTCTATGGAGGAGGAGAGTCTGAAAACCCTCATTCTGCGGCCAGCCCAAGCAGTGA
TCCCACCGGAGGATCCAGCGGGGCAAGCGGTTCGGCTCATGGACCTAATTGGGGATATGA
TTGGGGATGGGGATCAACCCCAGAAGGTGGTTATGGCTATGGTTCTGGTTCTGGCTCAAC
ACCAGATGGAAAAGGAAAAGGGACCGGATTTGGGTTTGGTTCTGGTTCTGGTTCTGGTTC
AGGAACTGGGTTTGGGTTTGGTTCAGGAGGAGGAGGGGCCACAGACGGTGGCTCTGGCCA
CGGAAGTGGGACTGGACACGCAAGTGAAGCGGCTAGCTCAGGCGGTGGAAATGGTGGAGC
TTCTCCAGGTCGAAGAGAGAGAAGCCAACACCGCTAAAATTTTAAGCATTTCTCGTTCAT
CTTAACACAAGCATAGATACATAAGACTAGAAAAAGAAAATGAAATTTTACTATGGTTGG
CACCACATATATATGTATACTACTACCTTAATGCATAAATAAGGATCAAACGAATAATTA
AGTAGTTGGCCGTTACTTCAACTTTCTATTATATAACTAAACCTGGTGTATCTTGTGTTT
ATTTACGTAAGAACTGGTGTGTTAATATTTTAAAGCTTAAATATTAATTATCATGTGT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1GC22TF 451 0 0
G
CCAGATGGAAAAGGAAAAGGGACCGGATTTGGGTTTGGTTCTGGTTCTGGTTCTGGTTCA
GGAACTGGGTTTGGGTTTGGTTCAGGAGGAGGAGGGGCCACAGACGGTGGCTCTGGCCAC
GGAAGTGGGACTGGACACGCAAGTGAAGCGGCTAGCTCAGGCGGTGGAAATGGTGGAGCT
TCTCCAGGTCGAAGAGAGAGAAGCCAACACCGCTAAAATTTTAAGCATTTCTCGTTCATC
TTAACACAAGCATAGATACATAAGACTAGAAAAAGAAAATGAAATTTTACTATGGTTGGC
ACCACATATATATGTATACTACTACCTTAATGCATAAATAAGGATCAAACGAATAATTAA
GTAGTTGGCCGTTACTTCAACTTTCTATTATATAACTAAACCTGGTGTATCTTGTGTTTA
TTTACGTAAGAACTGGTGTGTTAATATTTT

QA 2 451 2 451
DS 

RD RR1F304TF 719 0 0
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GTTTGTCTATGGAGGAGGAGAGTCTGAAAACCCTCATTCTGCGGCCAGCCCAAGCAGTGA
TCCCACCGGAGGATCCAGCGGGGCAAGCGGTTCGGCTCATGGACCTAATTGGGGATATGA
TTGGGGATGGGGATCAACCCCAGAAGGTGGTTATGGCTATGGTTCTGGTTCTGGCTCAAC
ACCAGATGGAAAAGGAAAAGGGACCGGATTTGGGTTTGGTTCTGGTTCTGGTTCTGGTTC
AGGAACTGGGTTTGGGTTTGGTTCAGGAGGAGGAGGGGCCACAGACGGTGGCTCTGGCCA
CGGAAGTGGGACTGGACACGCAAGTGAAGCGGCTAGCTCAGGCGGTGGAAATGGTGGAGC
TTCTCCAGGTCGAAGAGAGAGAAGCCAACACCGCTAAAATTTTAAGCATTTCTCGTTCAT
CTTAACACAAGCATAGATACATAAGACTAGAAAAAGAAAATGAAATTTTACTATGGTTGG
CACCACATATATATGTATACTACTACCTTAATGCATAAATAAGGATCAAACGAATAATTA
AGTAGTTGGCCGTTACTTCAACTTTCTATTATATAACTAAACCTGGTGTATCTTGTGTTT
ATTTACGTAAGAACTGGTGTGTTAATATTTTAAAGCTTAAATATTAATTATCATGTGTA

QA 1 719 1 719
DS 



AS 2 8

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AGACATCAAAGGTGTGGGAGAAGGGAGCAGCACGTAAGGAGAACGTGTGGAGGAGTGTGT
TTCATCCAGGAAGCAACATAGCCACCAGAGGAATGGGTACTAACCTCTTTGATAAGCCTT
CTCACCCCAACTCTCCCACCGTATACGACTGGCTGTACAGCGACGATACCAGGAGTAAGC
ACCGCTAAAGCGAGAGGATCTAGTGACATGCCGGTGATGTAAAAAATGTGTTTTTTGTTG
TTTTTTTTGCTGTACTCGCAACTTTTTCTTTCTTTCCTTTTTGTTGTTAGTTACCGTTCG
ATCTCTAGTTTCTGTGATGGTTTTTAACGGTGGCGATGCGTCCATTTGTAAGGTTTGTAC
TGTTTGGTAAATGATATAGTACTGCATTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CJ49JQ C 1
AF RR1CJ49TF U 1
AF RR1BM02JQ C 173
AF RR1BM02TF U 173
BS 1 493 RR1CJ49TF
BS 494 510 RR1BM02TF

RD RR1CJ49JQ 493 0 0
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TGGACCTAAGCCGGAGCATGGCCTTGGACGTCTCCGCAATAAGATCACCGCTCAACCCAT
AGACATCAAAGGTGTGGGAGAAGGGAGCAGCACGTAAGGAGAACGTGTGGAGGAGTGTGT
TTCATCCAGGAAGCAACATAGCCACCAGAGGAATGGGTACTAACCTCTTTGATAAGCCTT
CTCACCCCAACTCTCCCACCGTATACGACTGGCTGTACAGCGACGATACCAGGAGTAAGC
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TTTTTTTTGCTGTACTCGCAACTTTTTCTTTCTTTCCTTTTTGTTGTTAGTTACCGTTCG
ATCTCTAGTTTCTGTGATGGTTTTTAACGGTGGCGATGCGTCCATTTGTAAGGTTTGTAC
TGTTTGGTAAATG

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR1CJ49TF 493 0 0
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TGGACCTAAGCCGGAGCATGGCCTTGGACGTCTCCGCAATAAGATCACCGCTCAACCCAT
AGACATCAAAGGTGTGGGAGAAGGGAGCAGCACGTAAGGAGAACGTGTGGAGGAGTGTGT
TTCATCCAGGAAGCAACATAGCCACCAGAGGAATGGGTACTAACCTCTTTGATAAGCCTT
CTCACCCCAACTCTCCCACCGTATACGACTGGCTGTACAGCGACGATACCAGGAGTAAGC
ACCGCTAAAGCGAGAGGATCTAGTGACATGCCGGTGATGTAAAAAATGTGTTTTTTGTTG
TTTTTTTTGCTGTACTCGCAACTTTTTCTTTCTTTCCTTTTTGTTGTTAGTTACCGTTCG
ATCTCTAGTTTCTGTGATGGTTTTTAACGGTGGCGATGCGTCCATTTGTAAGGTTTGTAC
TGTTTGGTAAATG

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR1BM02JQ 338 0 0
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AGCGAGAGGATCTAGTGACATGCCGGTGATGTAAAAAATGTGTTTTTTGTT*TTTTTTTT
GCTGTACTCGCAACTTTTTCTTTCTTTCCTTTT*GTTGTTAGTTACCGTTCGATCTCTAG
TTTCTGTGATGGTTTTTAACGGTGGCGATGCGTCCATTTGTAAGGTTTGTACTGTTTGGT
AAATGATATAGTACTGCATTTT

QA 17 338 17 338
DS 

RD RR1BM02TF 338 0 0
TTTTTGGGTGCCGGGG
GGAAGCAACATAGCCACCAGAGGAATGGGTACTAACCTCTTTGATAAGCCTTCTCACCCC
AACTCTCCCACCGTATACGACTGGCTGTACAGCGACGATACCAGGAGTAAGCACCGCTAA
AGCGAGAGGATCTAGTGACATGCCGGTGATGTAAAAAATGTGTTTTTTGTT*TTTTTTTT
GCTGTACTCGCAACTTTTTCTTTCTTTCCTTTT*GTTGTTAGTTACCGTTCGATCTCTAG
TTTCTGTGATGGTTTTTAACGGTGGCGATGCGTCCATTTGTAAGGTTTGTACTGTTTGGT
AAATGATATAGTACTGCATTTT

QA 17 338 17 338
DS 



CO CL835Contig2 555 4 3 U
GGAAAGTACATCACTACTAAATCAAACAAAGAAAAGCAAGAAAAAGATGTGGGATGAAAC
TGTTGCTGGACCTAAGCCGGAGCATGGCCTTGGCCGTCTCCGCAATAAGATCACCGCTCA
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GAGTCCTGGAACTCCGACGACGCCGGGGTCAGCACGTAAGGAGAACGTGTGGAGGAGTGT
GTTTCATCCAGGAAGCAACATAGCCACCAGAGGATTGGGTACTAACCTCTTTGACAAGCC
TTCTCACCCCAACTCTCCCACCGTATACGACTGGCTGTACAGCGACGATACCAGGAGTAA
GCACCGTTAAAGCGAGAGGATCTAGTGACATGCCGGTGATGTAAAAAATGTGTTTGTTGT
TGTTTTTTTTGCTGGACTCGCAACTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTGTTGTTAGTTACCGTT
CGATCTCTAGTTTCTGTGATGGTTTTTAACGGTGGCGATGCGTCCTCTTGTAAGGTTTGT
ACTGTTTGGTAAATG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1EF25TF U 1
AF RR1F761TF U 1
AF RR1CE30JQ C 267
AF RR1CE30TF U 267
BS 1 540 RR1EF25TF
BS 541 541 RR1CE30TF
BS 542 555 RR1EF25TF

RD RR1EF25TF 555 0 0
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GAGTCCTGGAACTCCGACGACGCCGGGGTCAGCACGTAAGGAGAACGTGTGGAGGAGTGT
GTTTCATCCAGGAAGCAACATAGCCACCAGAGGATTGGGTACTAACCTCTTTGACAAGCC
TTCTCACCCCAACTCTCCCACCGTATACGACTGGCTGTACAGCGACGATACCAGGAGTAA
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CGATCTCTAGTTTCTGTGATGGTTTTTAACGGTGGCGATGCGTCCTCTTGTAAGGTTTGT
GCTGTTTGGTAAATG

QA 1 555 1 555
DS 

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TGTTGCTGGACCTAAGCCGGAGCATGGCCTTGGCCGTCTCCGCAATAAGATCACCGCTCA
ACCCATAGACATCAAAGGTGTGGGAGAAGGGAGCAGCAGTAAGACTACCCCGGCGGCAGG
GAGTCCTGGAACTCCGACGACGCCGGGGTCAGCACGTAAGGAGAACGTGTGGAGGAGTGT
GTTTCATCCAGGAAGCAACATAGCCACCAGAGGATTGGGTACTAACCTCTTTGACAAGCC
TTCTCACCCCAACTCTCCCACCGTATACGACTGGCTGTACAGCGACGATACCAGGAGTAA
GCACCGTTAAAGCGAGAGGATCTAGTGACATGCCGGTGATGTAAAAAATGTGTTTGTTGT
TGTTTTTTTTGCTGGACTCGCAACTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTGTTGTTAGTTACCGTT
CGATCTCTAGTTTCTGTGATGGTTTTTAACGGTGGCGATGCGTCCTCTTGTAAGGTTTGT
GCTGTTTGGTAAATG

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1CE30JQ 289 0 0
G
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CGACTGGCTGTACAGCGACGATACCAGGAGTAAGCACCGTTAAAGCGAGAGGATCTAGTG
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AACGGTGGCGATGCGTCCTCTTGTAAGGTTTGTACTGTTTGGTAAATG

QA 2 289 2 289
DS 

RD RR1CE30TF 289 0 0
G
CAGAGGATTGGGTACTAACCTCTTTGACAAGCCTTCTCACCCCAACTCTCCCACCGTATA
CGACTGGCTGTACAGCGACGATACCAGGAGTAAGCACCGTTAAAGCGAGAGGATCTAGTG
ACATGCCGGTGATGTAAAAAATGTGTTTGTTGTTGTTTTTTTTGCTGGACTCGCAACTTT
TTCTTTCTTTCTTTTTTGTTGTTAGTTACCGTTCGATCTCTAGTTTCTGTGATGGTTTTT
AACGGTGGCGATGCGTCCTCTTGTAAGGTTTGTACTGTTTGGTAAATG

QA 2 289 2 289
DS 



AS 1 6

CO CL836Contig1 1233 6 10 U
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TCGTCGCGCCGTTAGAACCATAGCCGCCGCCCGGTTTATGAGCAACGTACCGGAGAACAC
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GCAGAAACATCGGAAAGGAGAGCCGATAACCGTCGTCACCGGTTACGATTACCCTTCCGC
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TGTTCACGGCTACGACACCACTCTTCCTATCTCCTTAGATGAGATGCTCGTTCACTGCCG
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TGAGTCCAGCACCAATCAGGCGGTTGATACTGCAGTTAGAGTGTTGAAAGAAGGAGG*AA
TGGATGCTATCAAACTTGAAGGAGGTTCACCTTCAA*GGATTACTGCTGCAAAATCCATT
GTGGAAGCAGGCATTGCGGTTATGGGACATGTTGGCTTGACTCCTCAAGCTATCAGTGTT
CTTGGGGGTTTCAGACCACAA*GGGAGAAACATAGCTAGTGCTGTTAAGGTTGTGGAAAC
TGCAATGGCTTTACAAGAAGCTGGATGTTTTTCGGTTGTGTTAGAATGTGCTCCGCCCCC
TGTGGCTGCTGCTGCAACCTCTGCCCTTCATATTCCAACCATTGGCATAGGAGCTGGCCC
TTTCTGCAGTGGACAGGTTTTAGTCTATCATGATCTCCTGGGAATGATGCAGCATCCACA
TCATGCTAAGGTCACTCCAAAGTTTTGCAAGCAGTACGCTCAAGTAGGAGAAGTGATCAA
CAGAGCACTGTTGGAGTATAAGGAAGAAGTAACCAAACACTCGTTTCCAGGTCCTTCTCA
CAGCCCTTACAAGATCTCCTCAAACGACCTGGACGGATTCTTAAGCGAGTTACAAAAAAT
GGGATTAGATAAAGCTGCTTCCGATGCAGCAGCATCTGCTGAAAAGATGGAGTCTTCAGA
TCCAGTGACAACAAAGCTGTAGAAACTCTCAGCATCTTCATTTTTAGTTAGTTAAGACAT
GGTTTGAAGAAGTAAAAAGTCCTTTAATAGCACTTGTTAGGAGTTCTGCTGGGCAGCATT
TGATGCGATAATAAAAAGATTAATTTCAGAGTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AG59TF U 1
AF RR1B279TF U 1
AF RR1CY84TF U 258
AF RR1FZ77TF U 429
AF RR1B279JQ C 392
AF RR1AG59JQ C 395
BS 1 764 RR1AG59TF
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BS 946 995 RR1FZ77TF
BS 996 1233 RR1B279JQ

RD RR1AG59TF 764 0 0
GGAATTTCGGCTCAGTTTTCAATCGACAACAATGGCTTCCTCGCTCATCAGGGGTTGCTC
TCGTCGCGCCGTTAGAACCATAGCCGCCGCCCGGTTTATGAGCAACGTACCGGAGAACAC
CGTTTACGGAGGACCCAAGCCGCAAAACCCGAACCAGAGATTCACTCTCACGCAGCTGAG
GCAGAAACATCGGAAAGGAGAGCCGATAACCGTCGTCACCGGTTACGATTACCCTTCCGC
CGTTCACATCGATACAGCCGGAATCGATGTTTGTCTCGTCGGAGATTCAGCTTCCATGGT
TGTTCACGGCTACGACACCACTCTTCCTATCTCCTTAGATGAGATGCTCGTTCACTGCCG
CGCCGTTGCTCGTGGAGCCAAAAGGCCCCTTCTTGTCGGCGATTTGCCCTTTGGCACGTA
TGAGTCCAGCACCAATCAGGCGGTTGATACTGCAGTTAGAGTGTTGAAAGAAGGAGG*AA
TGGATGCTATCAAACTTGAAGGAGGTTCACCTTCAA*GGATTACTGCTGCAAAATCCATT
GTGGAAGCAGGCATTGCGGTTATGGGACATGTTGGCTTGACTCCTCAAGCTATCAGTGTT
CTTGGGGGTTTCAGACCACAA*GGGAGAAACATAGCTAGTGCTGTTAAGGTTGTGGAAAC
TGCAATGGCTTTACAAGAAGCTGGATGTTTTTCGGTTGTGTTAGAATGTGCTCCGCCCCC
TGTGGCTGCTGCTGCAACCTCTGCCCTTCATATTCCAACCATTG

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1B279TF 763 0 0
GGAATTTCGGCTCAGTTTTCAATCGACAACAATGGCTTCCTCGCTCATCAGGGGTTGCTC
TCGTCGCGCCGTTAGAACCATAGCCGCCGCCCGGTTTATGAGCAACGTACCGGAGAACAC
CGTTTACGGAGGACCCAAGCCGCAAAACCCGAACCAGAGATTCACTCTCACGCAGCTGAG
GCAGAAACATCGGAAAGGAGAGCCGATAACCGTCGTCACCGGTTACGATTACCCTTCCGC
CGTTCACATCGATACAGCCGGAATCGATGTTTGTCTCGTCGGAGATTCAGCTTCCATGGT
TGTTCACGGCTACGACACCACTCTTCCTATCTCCTTAGATGAGATGCTCGTTCACTGCCG
CGCCGTTGCTCGTGGAGCCAAAAGGCCCCTTCTTGTCGGCGATTTGCCCTTTGGCACGTA
TGAGTCCAGCACCAATCAGGCGGTTGATACTGCAGTTAGAGTGTTGAAAGAAGGAGG*AA
TGGATGCTATCAAACTTGAAGGAGGTTCACCTTCAA*GGATTACTGCTGCAAAATCCATT
GTGGAAGCAGGCATTGCGGTTATGGGACATGTTGGCTTGACTCCTCAAGCTATCAGTGTT
CTTGGGGGTTTCAGACCACAAAGGGAGAAACATAGCTAGTGCTGTTAAGGTTGTGGAAAC
TGCAATGGCTTTACAAGAAGCTGGATGTTTTTCGGTTGTGTTAGAATGTGCTCCGCCCCC
TGTGGCTGCTGCTGCAACCTCTGCCCTTCATATTCCAACCATT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1CY84TF 688 0 0
G
CGGAATCGATGTTTGTCTCGTCGGAGATTCAGCTTCCATGGTTGTTCATGGCTACGACAC
CACCCTTCCTATCTCCTTAGATGAGATGCTCGTTCACTGTCGCGCCGTTGCTCGTGGAGC
CAAAAGGCCCCTTCTTGTCGGCGATTTGCCCTTTGGTACGTATGAGTCCAGCACCAAACA
GGCGGTTGATACTGCAGTTAGAGTGTTGAAAGAAGGAGG*AATGGATGCTATTAAACTTG
AAGGAGGTTCACCTTCAA*GGATTACTGCTGCAAAATCCATCGTGGAAGCAGGCATTGCG
GTTATGGGACATGTTGGCTTGACTCCTCAAGCTATCAGTGTTCTTGGTGGTTTCAGACCA
CAA*GGGAGAAACATAGCTAGTGCTGTTAAGGTTGTGGAAACTGCAATGGCTTTACAAGA
AGCTGGATGTTTTTCGGTCGTGTTAGAATGTGTTCCTCCCCCTGTGGCTGCTGCTGCAAC
CTCTGCCCTTCATATTCCAACCATTGGCATAGGAGCTGGCCCTTTCTGCAGTGGACAGGT
TTTAGTCTATCATGATCTCCTGGGAATGATGCAGCATCCACATCATGCTAAGGTGACTCC
AAAGTTTTGCAAGCAGTACGCTCAAGTAGGAGAAGTGATCAACAGAGCACTGTTGGAGTA
CAAG*AAGAAGTAACCAAACACTCGTT

QA 2 688 2 688
DS 

RD RR1FZ77TF 571 0 0
GCACCAATCAGGCGGTTGATACTGCAGTTAGAGTGTTGAAAGAAGGAGG*AATGGATGCT
ATCAAACTTGAAGGAGGTTCACCTTCAA*GGATTACTGCTGCAAAATCCATTGTGGAAGC
AGGCATTGCGGTTATGGGACATGTTGGCTTGACTCCTCAAGCTATCAGTGTTCTTGGGGG
TTTCAGACCACAA*GGGAGAAACATAGCTAGTGCTGTTAAGGTTGTGGAAACTGCAATGG
CTTTACAAGAAGCTGGATGTTTTTCGGTTGTGTTAGAATGTGTTCCGCCCCCTGTGGCTG
CTGCTGCAACCTCTGCCCTTCATATTCCAACCATTGGCATAGGAGCTGGCCCTTTCTGCA
GTGGACAGGTTTTAGTCTATCATGATCTCCTGGGAATGATGCAGCATCCACATCATGCTA
AGGTCACTCCAAAGTTTTGCAAGCAGTACGCTCAAGTAGGAGAAGTGATCAACAGAGCAC
TGTTGGAGTATAAGGAAGAAGTAACCAAACACTCGTTTCCAGGTCCTTCTCACAGCCCTT
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ATTC

QA 1 567 1 567
DS 

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TT

QA 1 842 1 842
DS 

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GTTGTGTTAGAATGTGCTCCGCCCCCTGTGGCTGCTGCTGCAACCTCTGCCCTTCATATT
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AAACACTCGTTTCCAGGTCCTTCTCACAGCCCTTACAAGATCTCCTCAAACGACCTGGAC
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TGTTAGGAGTTCTGCTGGGCAGCATTTGATGCGATAATAAAAAGATTAATTTCAGAGTT

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 8

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CGAGATCTTGTCGAAAAAACTGTTCAGAAATATGGAAAGATAGATATCGTTGTCTGTAAC
GCCGCTGCTAATCCATCTACGGACCCGATCTTGTCCACCAAAGAAGCTGTCCTCGACAAG
CTTTGGGAAATCAATGTCAAATCCTCTATACTTCTCCTTCAGGATATGGCTCCTCACTTA
GAGAAGGGTTCTTCTGTTATCTTCATTACTTCCATCGCTGGATTTCAACCACAAGGTTCC
ATGGCTATGTATGGTGTCACTAAGACTGCTCTTCTCGGACTAACCAAGGCTCTTGCTGCT
GAGATGGGTCCGGACACACGTGTCAACGCGGTTGCTCCCGGTTTTGTGCCCACACACTTT
GCTTCTTTCATCACCGGAAACTCCCAAGTGAGGGAGAGCATCGAAGAGAAGACTCTGCTT
AACAGGTTGGGAACAACAGGAGACATGGCTGCTGCTGCGGCTTTCTTAGCATCTGATGAT
TCTTCTTACATCACCGGTGAAACTTTGGTCGTCGCTGGAGGAATGCCCTCAAGGCTCTAA
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TCACGAAATAAGATTTTAAGAAAAACAAAAGAAGTTATAATAATATATCATAAAACCCAT
TATACCTCG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1FW30TF U 1
AF RR1HA57TF U 1
AF RR1C571TF U 1
AF RR1AK71TF U 1
AF RR1H463TF U 152
AF RR1AK71JQ C 112
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AF RR1C571JQ C 202
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QA 1 733 1 733
DS 

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GCTTCCGTCGTCGTTTCTTCCCGCAAGCAGGCAAATGTTGAGGAAGCAGTAGAAAAACTC
AAATCAAAAGGGATTGATGCTTATGGAATCGTCTGTCATGTTTCCAATGCTCAACATCGC
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GCCGCTGCTAATCCATCTACGGACCCGATCTTGTCCACCAAAGAAGCTGTCCTCGACAAG
CTTTGGGAAATCAATGTCAAATCCTCTATACTTCTCCTTCAGGATATGGCTCCTCACTTA
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ATGGCTATGTATGGTGTCACTAAGACTGCTCTTCTCGGACTAACCAAGGCTCTTGCTGCT
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AACAGGTTGGGAACAACAGGAGACATGGCTGCTGCTGCGGCTTTCTTAGCATCTGATGAT
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QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1H463TF 666 0 0
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QA 1 666 1 666
DS 

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CCTCACTTAGAGAAGGGTTCTTCTGTTATCTTCATTACTTCCATCGCTGGATTTCAACCA
CAAGGTTCCATGGCTATGTATGGTGTCACTAAGACTGCTCTTCTCGGACTAACCAAGGCT
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ACACACTTTGCTTCTCTCATCACCGGAAACTCCCAAGTGAGGGAGAGCATCGAAGAGAAG
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AGGCTCTAAACCAAGTAATAGTGTGCAAGAATAACCTAATTATAATGAAAGTCATTTTAT
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DS 

RD RR1FW30JQ 595 0 0
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TGGTGTCACTAAGACTGCTCTTTTCGGACTAACCAAGGCTCTTGCTGCTGAGATGGGTCC
GGACACACGTGTCAACGCGGTTGCTCCCGGTTTTGTGCCCACACACTTTGCTTCTTTCAT
CACCGGAAACTCCCAAGTGAGGGAGAGCATCGAAGAGAAGACTCTGCTTAACAG*TCGGG
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CACCGGTGAAACTTTGGTCGTCGCTGGAGGAATGCCCTCAAGGCTCTAAACCAAGTAATA
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DS 

RD RR1C571JQ 768 0 0
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GACCCGATCTTGTCCACCAAAGAAGCTGTCCTCGACAAGCTTTGGGAAATCAATGTCAAA
TCCTCTATACTTCTCCTTCAGGATATGGCTCCTCACTTAGAGAAGGGTTCTTCTGTTATC
TTCATTACTTCCATCGCTGGATTTCAACCACAAGGTTCCATGGCTATGTATGGTGTCACT
AAGACTGCTCTTCTCGGACTAACCAAGGCTTTTGCTGCTGAGATGGGTCCGGACACACGT
GTCAACGCGGTTGCTCCCGGTTTTGTGCCCACACACTTTGCTTCTTTCATCACCGGAAAC
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AAAACAAAAGAAGTTATAATAATATATCATAAAACCCATTATACCTCG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 2 7

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AGTTCTTCCTGAAACCTATGAACCTCCTTCTGATGAAAACTGGACCACTGGCATTTTCGC
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GGCGTAACATCGAAGCCGTGAGGGAAGAGATTCCCTGGACTCAACCATGTGTGTGCCATG
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TTGATCCTCAAACAACAGTCGTCATATGCGAAGGCCTCTTCTTTGCGTGGTGGATGTGTG
GAATCTACTCTGGCTTGTTCCGCCAAGAACTCCAGAAGAAGTATCATCTCAAGAATGCGC
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GGGAGATGAAGAATCATCTCTCTGATGCCGATGCTTCTTCTTCAACTACTATGGATCCTC
CTCCAGTTCAAGCAATGAACACCGAAGGGAACAAAGACGCTTCATCTTCTTCTTCGTCAT
CATCGTCTCCATCATCCGCCAAAAGCCAACACAATGATCTCGAGATGGTCCCTCTTTAGA
AAACATTCCTTTGTCATCTCTGCTGCTGCGTATCCTCGCTAAGCTGTTAACGTTTTTGTG
CAGAGAAGTTTTCTTACCAGCTGATTATGTTGGTTTTACAGATGCAAGTTTTATTCTAAG
ACCAAGTTCATTAGTATTTTTTTTTTACATTTTACTGAACTTAACTTTTGAGATCATTGA
ATGTCTTTGGATATGGAAGTAAATTATTTATTTTAGTTATCGTC


BQ
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GG
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GCTTCGCGTTACGTGAAATTGAGGAAAGAGCAGGCTCCTGTGGAAGATATCACCCCCGGC
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CAAGTTCTTCCTGAAACCTATGAACCTCCTTCTGATGAAAACTGGACCACTGGCATTTTC
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CATTGATCCTCAAACAACAGTCGTCATATGCGAAGGCCTCTTCTTTGCGTGGTGGATGTG
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TCCTCCA

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CTGTGTTGAGGGAGGAATGGCACTTGCAGCCGTAACCGCACTGTTTAGTGGCTACATTGA
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CTTTGGATATGGAAGTAAATTATTTATTTTAGTTATCGTC

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TATGTTGGTTTTACAGATGCAAGTTTTATTCTAAGACCAAGTTCATTAGTATTTTTTTTT
*ACATTTTACTGAACTTAACTTTTGAGATCATTGAATGTCTTTGGATATGGAAGTAAATT
ATTTATTTTAG
C

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DS 



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TTAAGTTCAGTAAAAGGTAAAAAAAATACTAATGAACTTGTTCTTAGGACAAACTTGAAT
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BQ
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AF RR1G775JQ U 73
AF RR1G604JQ U 1
BS 1 188 RR1G604JQ
BS 189 189 RR1G775JQ
BS 190 190 RR1G604JQ
BS 191 191 RR1G775JQ
BS 192 192 RR1G604JQ
BS 193 193 RR1G775JQ
BS 194 275 RR1G604JQ
BS 276 276 RR1G775JQ
BS 277 367 RR1G604JQ
BS 368 368 RR1G775JQ
BS 369 767 RR1G604JQ

RD RR1G775JQ 427 0 0
AAAAGGT
AAAAAAATACTAATGAACTTGTTCTTAGGACAAACTTGAATCTGTAAAACCAACATAATC
AGCTGGTAAGAAAACTTCTCTGCACAAAAACGTTGACAGCTACGTAGCAAAAACGACAAG
GAATGTTTTCTAAAGAGGGACCATCTCGAGATCATTGTGTTGGCTTTTGGCAGATGATGG
AGACGATGATGACGAAAAAGAAGATGAAGCGTCTTTGTTCCCTTCGGTGTTCATTGCTTG
AACTGGAGGAGGATCCATAGTAGTTGAAGACGAAGCATCTGCATCAGAAAGATGATTCCT
CATCTCCCTGTGTTCTTGACACAGAGCGCACCAATGCAAGCAGCAGTGAACCATGCAGTG
ATCACACGGCGCATTCTTGAGATGATACTTCTTCTGGAGTTCTTGGCGGAACAAGCCAGA

QA 8 427 8 427
DS 

RD RR1G604JQ 767 0 0
AACGATAACTAAAATAAATAATTTACTTCCATATCCAAAGACATTCAATGACCTCAAACG
TTAAGTTCAGTAAAAGGTAAAAAAAATACTAATGAACTTGTTCTTAGGACAAACTTGAAT
CTGTAAAACCAACATAATCAGCTGGTAAGAAAACTTCTCTGCACAAAAACGTTGACAGCT
ACGTAGCAGAGATGACAAGGAATGTTTTCTAAAGAGGGACCATCTCGAGATCATTGTGTT
GGCTTTTGGCAGATGATGGAGACGATGATAACGAAGAAGAAGATGAAGCGTCTTTGTTCC
CTTCGGTGTTCATTGCTTGAACTGGAGGAGGATCCATAGTAGTTGAAGACGAAGCATCTG
CATCAGAGAGATGATTCCTCATCTCCCTGTGTTCTTGACACAGAGCGCACCAATGCAAGC
AGCAGTGAACCATGAAGTGATCACACGGCGCATTCTTGAGATGATACTTCTTCTGGAGTT
CTTGGCGGAACAAGCCAGAGTAGATTCCACACATCCACCACGCAAAGAAGAGGCCTTCGC
ATATGACGACTGTTGTTTGAGGATCAATGTAGCCACTAAACAGTGCGGTTACGGCTGCAA
GTGCCATTCCTCCCTCAACACAGACAGCATGGCACACACACGGTTGAGTCCAAGGAATCT
CTTCCCTCACAGCTTCGATGTTACGCCCATAGAGTACACAGGGGCAAAAGAGACCAGTCC
TGCAGCTGTCGGGGTCTTCAGCGCAAGCAAAGATACCAGTGGTCCAG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 2 8

CO CL839Contig1 461 4 4 U
GTCAAAAGTAAATGATATAGTTTCATATTACTAAACCATAAAAAGGACAAAAATAAAACG
CATTGCAAACTTATATGAAAACATCATTTTTCCTCTAACATCATCATTTCACATTAACCA
TCGTTTATAAAAAGGTTTTAAGGACACTTGGGTCTGCCACCACGTGTCTTCATGTTGACG
TAACAAGATCCACATTTTTCCTTATTACCGTACGTGCCAGGAGGAACGCACTTGCAGCGG
TAGCAGCACGTGACGCACGCTCTCATACATACGTTCTTCCTCGAGTGTTGCCCACATCGA
GTCCCACATAAAGACACGCAATCTATTCGAGGTCTCACAGGAAACGGTGTAGGAGGTTTG
GCTGGCGGCTTAACCGGAGGTGATGGAGTTGGGTTGACGGATGGTTTGGATGGTGGTGGA
GACATAACTGGTGGTGCCTTAAAAGGAGGTATTGGGGTTGG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB64JQ U 27
AF RR1FN63JQ U 1
AF RR1GT73JQ U 4
AF RR1EG35JQ U 45
BS 1 246 RR1FN63JQ
BS 247 247 RR1GT73JQ
BS 248 420 RR1FN63JQ
BS 421 461 RR1EG35JQ

RD RR1DB64JQ 107 0 0
ATTACTAAACCATAAAAAGGACAAAAATAAAACCCATTGCAAACTTATATGAAAACATCA
TTTTTCCTCTAACATCATCATTTCACATTAACCATCCTTTATAAAAA

QA 1 107 1 107
DS 

RD RR1FN63JQ 429 0 0
GTCAAAAGTAAATGATATAGTTTCATATTACTAAACCATAAAAAGGACAAAAATAAAACG
CATTGCAAACTTATATGAAAACATCATTTTTCCTCTAACATCATCATTTCACATTAACCA
TCGTTTATAAAAAGGTTTTAAGGACACTTGGGTCTGCCACCACGTGTCTTCATGTTGACG
TAACAAGATCCACATTTTTCCTTATTACCGTACGTGCCAGGAGGAACGCACTTGCAGCGG
TAGCAGTACGTGACGCACGCTCTCATACATACGTTCTTCCTCGAGTGTTGCCCACATCGA
GTCCCACATAAAGACACGCAATCTATTCGAGGTCTCACAGGAAACGGTGTAGGAGGTTTG
GCTGGCGGCTTAACCGGAGGTGATGGAGTTGGGTTGACGGATGGTTTGGATGGTGGTGGA
AACGTAGCT

QA 1 420 1 420
DS 

RD RR1GT73JQ 415 0 0
C
AAAGTAAATGATATAGTTTCATATTACTAAACCATAAAAAGGACAAAAATAAAACGCATT
GCAAACTTATATGAAAACATCATTTTTCCTCTAACATCATCATTTCACATTAACCATAGT
TTATAAAAAGGTTTTAAGGACACTTGGGTCTGCCACCACGTGTCTTCATGTTGACGTAAC
AGGATCCACATTTTTCCTTATTACCGTACGTGCCAGGAGGAACGCACTTGCAGCGGTAGC
AGCACGTGACGCACGCTCTCATACATACGTTCTTCCTCGAGCGTTGCCCACATCGAGTCC
CACATAAAGACACGCAATCTATTCGAGGTCTCACAGGAAACGGTGTAGGAGGTTTGGCTG
GCGGCTTAACCGGAGGTGATGGAGTTGGGTTGACGGATGGTTTGGATGGTGGTG

QA 2 415 2 415
DS 

RD RR1EG35JQ 417 0 0
GGACAAAAATAAAACGCATTGCAAACTTATATGAAAACATCATTTTTCCTCTAACATCAT
CATTTCACATTAACCATCGTTTATAAAAAGGTTCTAAGGACACTTGGGTCTGCCACCACG
TGTCTTCATGTTGACGTAACAAGATCCACATTTTTCCTTATTACCGTACGTGCCAGGAGG
AACGCACTTGCAGCGGTAGCAGCACGTGACGCACGCTCTCATACATACGTTCTTCCTCGA
GTGTTGCCCACATCGAGTCCCACATAAAGACACGCAATCTATTCCAGGTCTCACAGGAGA
CGGTGTAGGAGGTTTGGCTGGCGGCTTAACCGGAGGTGATGGAGTTGGGTTGACGGATGG
TTTGGATGGTGGTGGAGACATAACTGGTGGTGCCTTAAAAGGAGGTATTGGGGTTGG

QA 1 417 1 417
DS 



CO CL839Contig2 779 4 3 U
GGGCACCGCTTCCTCATCTCTCACAACATGTCTCTCCCGCTTCTTTCAGTCTTCATTTTT
CTTCCAGTCTTTACCAATGTTGTTTTTGCGGCTTCAAACGAGGAATCCAGTGCATTAGTT
TCTTTACCAACGTCACCGACGTCCCCGGCAAACAAACCACCGTCTCCGTCATACAAGCCA
CCCTCACTGCCTACTACTCCTATTAAACCACCCACCGTAACACCTCCGGTTAAACCACCA
ACCACTCCGGCTACACCAACAAAACCACCAGCTACATCATACCCAACTCCTCCGGTTAAA
CCACCCACATCACCTCTGGTCAAACCACCTACATACAAACCCCCAACGCCACCGGTTAAG
CCACCCACGACACCACCACTCAAACCTCCACCTACGTACAAACCCCCAACGCCACCGGTT
AAGCCACCAACTATACCACCAGTCAAACCACCACCTACTTACAAACCCCCAACGCCAACG
GTTAAACCACCAACAACACCACCGGTCAAACCACCGTCGGTTCAACCACCTATGTACAAA
CCCCCAACGCCACAAGTTAAACCACCCACGATACCACCAGTCAAACCGCCTACAGCACCG
GTTAAACCAACCCCAATACCTCCATATAAGGCACCACCAGCTACGTCTCCACCACCATCC
AAACCATCCGTCAACCCAACTCCATCACCTCCGGTTAAGCCGCCAGCCAAACCTCCTACA
CCGTCTCCTGTGAGACCTCGAATAGATTGCGTGTCTTTATGTGGGACTCGATGTGGGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN63TF U 1
AF RR1GT73TF U 56
AF RR1EG35TF U 14
AF RR1DB64TF U 105
BS 1 182 RR1FN63TF
BS 183 768 RR1EG35TF
BS 769 779 RR1DB64TF

RD RR1FN63TF 182 0 0
GGGCACCGCTTCCTCATCTCTCACAACATGTCTCTCCCGCTTCTTTCAGTCTTCATTTTT
CTTCCAGTCTTTACCAATGTTGTTTTTGCGGCTTCAAACGAGGAATCCAGTGCATTAGTT
TCTTTACCAACGTCACCGACGTCCCCGGCAAACAAACCACCGTCTCCGTCATACAAGCCA
CC

QA 1 182 1 182
DS 

RD RR1GT73TF 197 0 0
TTTTTCTTCCAGTCTTTACCAATGTTGTTTTTGCGGCTTCAAACGAGGAATCCTGTGCAT
TAGTTTCTTTACCAACGTCACCGACGTCCCCGGCAAACAAACCACCGTCTCCGTCATACA
AGCCACCCTCACTGCCTACTACTCCTATTAAACCACCCACCGTAACACCTCCGGTTAAAC
CACCAACCACTCCGGCT

QA 1 197 1 197
DS 

RD RR1EG35TF 755 0 0
GG
ATCTCTCACAACATGTCTCTCCCGCTTCTTTCAGTCTTCATTTTTCTTCCAGTCTTTACC
AATGTTGTTTTTGCGGCTTCAAACGAGGAATCCAGTGCATTAGTTTCTTTACCAACGTCA
CCGACGTCCCCGGCAAACAAACCACCGTCTCCGTCATACAAGCCACCCTCACTGCCTACT
ACTCCTATTAAACCACCCACCGTAACACCTCCGGTTAAACCACCAACCACTCCGGCTACA
CCAACAAAACCACCAGCTACATCATACCCAACTCCTCCGGTTAAACCACCCACATCACCT
CTGGTCAAACCACCTACATACAAACCCCCAACGCCACCGGTTAAGCCACCCACGACACCA
CCACTCAAACCTCCACCTACGTACAAACCCCCAACGCCACCGGTTAAGCCACCAACTATA
CCACCAGTCAAACCACCACCTACTTACAAACCCCCAACGCCAACGGTTAAACCACCAACA
ACACCACCGGTCAAACCACCGTCGGTTCAACCACCTATGTACAAACCCCCAACGCCACAA
GTTAAACCACCCACGATACCACCAGTCAAACCGCCTACAGCACCGGTTAAACCAACCCCA
ATACCTCCATATAAGGCACCACCAGCTACGTCTCCACCACCATCCAAACCATCCGTCAAC
CCAACTCCATCACCTCCGGTTAAGCCGCCAGCCAAACCTCCTACACCGTCTCCTGTGAGA
CCTCGAATAGATTGCGTGTCTTTATGTGGGACT

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR1DB64TF 675 0 0
GGCCA
GTGCATTAGTTTCTTTACCAACGTCACCGACGTCCCCGGCAAACAAACCACCGTCTCCGT
CATACAAGCCACCCTCACTGCCTACTACTCCTATTAAACCACCCACCGTAACACCTCCGG
TTAAACCACCAACCACTCCGGCTACACCAACAAAACCACCAGCTACATCATACCCAACTC
CTCCGGTTAAACCACCCACATCACCTCTGGTCAAACCACCTACATACAAACCCCCAACGC
CACCGGTTAAGCCACCCACGACACCACCACTCAAACCTCCACCTACGTACAAACCCCCAA
CGCCACCGGTTAAGCCACCAACTATACCACCAGTCAAACCACCACCTACTTACAAACCCC
CAACGCCAACGGTTAAACCACCAACAACACCACCGGTCAAACCACCGTCGGTTCAACCAC
CTATGTACAAACCCCCAACGCCACAAGTTAAACCACCCACGATACCACCAGTCAAACCGC
CTACAGCACCGGTTAAACCAACCCCAATACCTCCATATAAGGCACCACCAGCTACGTCTC
CACCACCATCCAAACCATCCGTCAACCCAACTCCATCACCTCCGGTTAAGCCGCCAGCCA
AACCTCCTACACCGTCTCCTGTGAGACCTCGAATAGATTGCGTGTCTTTATGTGGGACTC
GATGTGGGCA

QA 6 675 6 675
DS 



AS 1 8

CO CL840Contig1 732 8 11 U
GGACGCGAAAGGAGAAAGAGAGGACGCCGTCACCCAGACACCTTCTCCGTCGTCTTCTCT
ATCGCCACCATGATTATGTCAGAGGAGAACCGTCGCGCAATCTCCAAGTACCTCTTCCAA
GAGGGAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAATTTAGCGCAGCATCCTTTGGTGGAAGGT
GTACCGAATCTGCAAGTCATAAAATTGATGCAGAGCTTCAAGTCTAAGGAGTACGTTCGC
GAGACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACGAAGGCATTGACTTTCTT
AGGACTTACCTCAATTTACCTTCTGAGATTGTTCCCGCCACTTTGAAGAAACAACAGAAG
CCTCTTGGTCGTCCCATGGGTGACCGTCCCCGTGGCCCACCTCGTTCTGATGGAGAGAGG
AGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGTACCAAGATCAGGTGGAGAGTTTGGTGAC
AAGAGTGGGGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCTTCAGAGGACCTGGAGCTGGATCTAGG
CCTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTAGTGCTGGTCCAGCTGCTGGATCAGATCTT
CCTTGAAAGGGAAATGTAATCCTTGTTTCTTTTTGGCTAAATTGCCCTTCAGATTTGAGA
AGGAATGTCTTTTACTCAACATGATTGTTTTTACGTACGTTAGAATTTTATAAAGGACGT
TTCAGTGTTTTG


BQ
10 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 15 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR1BJ95TF U 1
AF RR1GR86TF U 2
AF RR1DI14TF U 1
AF RR1EK81TF U 1
AF RR1AR91JQ C 3
AF RR1GR86JQ C 55
AF RR1AR91TF U 3
AF RR1BJ95JQ C 68
BS 1 278 RR1BJ95TF
BS 279 427 RR1DI14TF
BS 428 428 RR1GR86TF
BS 429 659 RR1DI14TF
BS 660 664 RR1EK81TF
BS 665 665 RR1AR91TF
BS 666 708 RR1EK81TF
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RD RR1BJ95TF 278 0 0
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GTACCGAATCTGCAAGTCATAAAATTGATGCAGAGCTTCAAGTCTAAGGAGTACGTTCGC
GAGACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCAC

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DS 

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GGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGTACCAAGATCAGGTGGAGAGTTTGGTGACA
AGAGTGGGGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCT

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1DI14TF 659 0 0
G
GACGCGAAAGGAGAAAGAGAGGACGCCGTCACCCAGACACCTTCTCCGTCGTCTTCTCTA
TCGCCACCATGATTATGTCAGAGGAGAACCGTCGCGCAATCTCCAAGTACCTCTTCCAAG
AGGGAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAATTTAGCGCAGCATCCTTTGGTGGAAGGTG
TACCGAATCTGCAAGTCATAAAATTGATGCAGAGCTTCAAGTCTAAGGAGTACGTTCGCG
AGACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACGAAGGCATTGACTTTCTTA
GGACTTACCTCAATTTACCTTCTGAGATTGTTCCCGCCACTTTGAAGAAACAACAGAAGC
CTCTTGGTCGTCCCATGGGTGACCGTCCCCGTGGCCCACCTCGTTCTGATGGAGAGAGGA
GGTTTGATGACAGAGATGGATACCGTGGAGTACCAAGATCAGGTGGAGAGTTTGGTGACA
AGAGTGGGGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCTTCAGAGGACCTGGAGCTGGATCTAGGC
CTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTAGTGCTGGTCCAGCTGCTGGATCAGATCTTC
CTTGAAAGGGAAATGTAATCCTTGTTTCTTTTTGGCTAAATTGCCCTTCAGATTTGAG

QA 2 659 2 659
DS 

RD RR1EK81TF 725 0 0
G
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TCGCCACCATGATTATGTCAGAGGAGAACCGTCGCGCAATCTCCAAGTACCTCTTCCAAG
AGGGAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAATTTAGCGCAGCATCCTTTGGTGGAAGGTG
TACCGAATCTGCAAGTCATAAAATTGATGCAGAGCTTCAAGTCTAAGGAGCACGTTCGCG
AGACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACGAAGGCATTGACTTTCTTA
GGACTTACCTCAATTTACCTTCTGAGATTGTTCCCGCCACTTTGAAGAAACAACAGAAGC
CTCTTGGTCGTCCCATGGGTGACCGTCCCCGTGGCCCACCTCGTTCTGATGGAGAGAGGA
GGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGTACCAAGATCAGGTGGAGAGTTTGGTGACA
AGAGTGGGGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCTTCAGAGGACCTGGAGCTGGATCTAGGC
CTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTAGTGCTGGTCCAGCTGCTGGATCAGATCTTC
CTTGAAAGGGAAATGTAATCCTTGTTTCTTTTTGGCTAAATTGCCCTTCAGATTTGAGAA
GGA*TGTCTTTTACTCAACATGATTGTTTTTACGTACGTTAGAATTT*ATAAAGGACGTT
TCAG

QA 2 725 2 725
DS 

RD RR1AR91JQ 727 0 0
GG
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TTGGTCGTCCCATGGGTGACCGTCCCCGTGGCCCACCTCGTTCTGATGGAGAGAGGAGGT
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GTG
TT

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DS 

RD RR1GR86JQ 675 0 0
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GTTCGCGAGACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACGAAGGCATTGAC
TTTTTTAGGACTTACCTCAATTTACCTTTTGAGATTGTTCCCGCCACTTTGAAGAAACAA
CAGAAGCCTTTTGGTCGTCCCATGGGTGACCGTCCCCGTGGCCCACCTCGTTTTGATGGA
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TCTAGGCCTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTAGTGCTGGTCCAGCTGCTGGATCA
GATCTTCCTTGAAAGGGAAATGTAATCCTTGTTTCTTTTTGGCTAAATTGCCCTTCAGAT
TTGAGAAGGAATGTCTTTTACTCAACATGATTGTTTTTACGTACGTTAGAATTTTATAAA
GGACGTTTCAGTG
CG

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DS 

RD RR1AR91TF 727 0 0
GG
GCGAAAGGAGAAAGAGAGGACGCCGTCACCCAGACACCTTCTCCGTCGTCTTCTCTATCG
CCACCATGATTATGTCAGAGGAGAACCGTCGCGCAATCTCCAAGTACCTCTTCCAAGAGG
GAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAATTTAGCGCAGCATCCTTTGGTGGAAGGTGTAC
CGAATCTGCAAGTCATAAAATTGATGCAGAGCTTCAAGTCTAAGGAGTACGTTCGCGAGA
CGTCTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCTC*AACGAAGGCATTGACTTTCTTAGGA
CTTACCTCAATTTACCTTCTGAGATTGTTCCCGCCACTTTGAAGAAACAACAGAAGCCTC
TTGGTCGTCCCATGGGTGACCGTCCCCGTGGCCCACCTCGTTCTGATGGAGAGAGGAGGT
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GTTGGGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCTTCAGAGGACCTGGAGCTGGATCTAGGCCTG
GGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTAGTGCTGGTCCAGCTGCTGGATCAGATCTTCCTT
GAAAGGGAAATGTAATCCTTGTTTCTTTTTGGCTAAATTGCCCTTCAGATTTGAGAAGGA
ATGTCTTTTACTCAACATGATTGTTTTTACGTACGTCAGAATTTTATAAAGGACGTTTCA
GTG
TT

QA 3 725 3 725
DS 

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AGGGAAATGTAATCCTTGTTTCTTTTTGGCTAAATTGCCCTTCAGATTTGAGAAGGAATG
TCTTTTACTCAACATGATTGTTTTTACGTACGTTAGAATTTTATAAAGGACGTTTCAGTG
TTTTG

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 8

CO CL841Contig1 758 8 7 U
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CACAAGGACTCTTCCATTGCCTTTCTCTTCGAGAAACTGACGGATCAAGCCATTGTCTTC
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CGGATGAAGAGAAGAAAACTCTCTGTCTGTCTGTGTGGTCAAGTATCAGAGAGATGGATG
GTGGAAGTGAGAGGTTTTATAAAAGGAGAACAAACCCC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 35 35 
35 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EQ08TF C 1
AF RR1DN35TF C 62
AF RR1DN35JQ U 3
AF RR1EQ08JQ U 5
AF RR1CB38JQ U 3
AF RR1CB38TF C 64
AF RR1BP24JQ U 57
AF RR1BP24TF C 111
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RD RR1EQ08TF 708 0 0
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ACAGGGTTGCAGAGCTCGGAGCTGACCACTACGGATCAGATCTTGATTCGCGTCACAAAC
TTCTGCAGTGGTCACAAACGCCATCTCTCTCCTTCTAACCTGCCTGAAATAGAAGAAACT
CGGATGAAGAGAAGAAAACTCTCTGTCTGTCTGTGTGGTCAAGTATC
C

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1DN35TF 635 0 0
CAAAGCTTTCTTTCAACATT*CAAAGTTCAAACAAATCAAGTAACACGTTCTTCTTTGGT
TTCTAAACCGATAGTTCGATATGAGAAACAAGGATACCATCAGTATCTGCATAAAGCCAC
TCGCCATCGCAAATCCTGGTGCCTGCTATGTTGAGTGGGACTCTCTGTTCACCGAGTCCT
TTCTTACTAGCCTTTATAGGATGAGAAGCCAAAGCTCTCACCCCAATGTCGCAACCGTTG
ATCTCATCAACGTCTCTGATGCAGCCGTTCACTATGATCCCCGCCCATCCGTTGTTCTGA
GCTTGTACTACTGGGTTTCCTCCGAGTATAGCACAGCGTAGACTTCCTCCACCATCCACC
ACAAGGACTCTTCCATTGCCTTTCTCTTCGAGAAACTGACGGATCAAGCCATTGTCTTCA
AAAACTTTGACAGTAACAACAGGACCTGAGAAGATTTGACGACGACCGTAAATTTGGAAA
CAGGGTTGCAGAGCTCGGAGCTGACCACTACGGATCAGATCTTGATTCGCGTCACAAACT
TCTGCAGTGGTCACAAACGCCATCTCTCTCCTTCTAACCTGCCTGAAATAGAAGAAACTC
GGATGAAGAGAAGAAAACTCTCTGTCTGTCTGT
CC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1DN35JQ 694 0 0
AA
GAGAAACGTTTTCTTCATTATTACCACAAAACGACAAAAAGATGCAATTTTTACCGACAA
AGCTTTCCTTCAACATT*CAAAGTTCAAACAAATCAAGTAACACGTTCTTCCTTGGTTTC
TAAACCGATAGTTCGATATGAGAAACAAGGATACCATCAGTATCTGCATAAAGCCACTCG
CCATCGCAAATCCTGGTGCCTGCTATGTTGAGTGGGACTCTCTGTTCACCGAGTCCTTTC
TTACTAGCCTTTATAGGATGAGAAGCCAAAGCTCTCACCCCAATGTCGCAACCGTTGATC
TCATCAACGTCTCTGATGCAGCCGTTCACTATGATCCCCGCCCATCCGTTGTTCTGAGCT
TGTACTACTGGGTTTCCTCCGAGTATAGCACAGCGTAAACTTCCTCCACCATCCACCACA
AGGACTCTTCCATTGCCTTTCTCTTCGAGAAACTGACGGATCAAGCCATTGTCTTCAAAA
ACTTTGACAGTAACAACAGGACCTGAGAAGATTTGACGACGACCGTAAATTTGGAAACAG
GGTTGCAGAGCTCGGAGCTGACCACTACGGATCAGATCTTGATTCGCGTCACAAACTTCT
GCAGTGGTCACAAACGCCATCTCTCTCCTTCTAACCTGCCTGAAATAGAAGAAACTCGGA
TGAAGAGAAGAAAACTCTCTGTCTGTCTGT
CC

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR1EQ08JQ 698 0 0
GAGAAACGTTTTCTTCATTATTACCACAAAACGACAAAAAGATGCAATTTTTACCGACAA
AACTTTCCTTCAACATT*CAAAGTTCAAACAAATCAAGTAACACGTTCTTCCTTGGTTTC
TAAACCGATAGTTCGATATGAGAAACAAGGATACCATCAGTATCTGCATAAAGCCACTCG
CCATCGCAAATCCTGGTGCCTGCTATGTTGAGTGGGACTCTCTGTTCACCGAGTCCTTTC
TTACTAGCCTTTATAGGATGAGAAGCCAAAGCTCTCACCCCAATGTCGCAACCGTTGATC
TCATCAACGTCTCTGATGCAGCCGTTCACTATGATCCCCGCCCATCCGTTGTTCTGAGCT
TGTACTACTGGGTTTCCTCCGAGTATAGCACAGCGTAGACTTCCTCCACCATCCACCACA
AGGACTCTTCCATTGCCTTTCTCTTCGAGAAACTGACGGATCAAGCCATTGTCTTCAAAA
ACTTTGACAGTAACAACAGGACCTGAGAAGATTTGACGACGACCGTAAATTTGGAAACAG
GGTTGCAGAGCTCGGAGCTGACCACTACGGATCAGATCTTGATTCGCGTCACAAACTTCT
GCAGTGGTCACAAACGCCATCTCTCTCCTTCTAACCTGCCTGAAATAGAAGAAACTCGGA
TGAAGAGAAGAAAACTCTCTGTCTGTCTGTGTGGTCAA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CB38JQ 707 0 0
AA
GAGAAACGTTTTCTTCATTATTACCACAAAACGACAAAAAGATGCAATTTTTACCGACAA
AGCTTTCCTTCAACATTTCAAAGTTCAAACAAATCAAG*AACACGTTCTTCCTTGGTTTC
TAAACCGATAGTTCGATATGAGAAACAAGGATACCATCAGTATCTGCATAAAGCCACTCG
CCATCGCAGATCCTAGTGCCTGCTATGTTGAGAGGGACTCTCTGTTCGCCGAGTCCTTTC
TTACTAGCCTTTATGGGATGAGAAGCCAAAGCTCTCACCCCAATGTCGCAACCGTTGATC
TCATCAACGTCTCTTATGCAGCCGTTCACTATGATCCCCGCCCATCCGTTGTTCTGAGCT
TGTACTACTGGGTTTCCTCCGAGTATAGCACAGCGTAAGCTTCCTCCACCATCCACCACA
AGGACTCTTCCATTGCCTTTCTCTTCGAGAAACTGACGGATCAAGCCATTGTCTTCAAAC
ACTTTGACAGTAACAACAGGACCTGAGAAGATTTGACGACGACCGTAAATTTGGAAACAG
GGTTGCAGAGCTCGGAGCTGACCACTACGGATCAGATCTTGATTCGCGTCACAAACTTCT
GCAGTGGTCACAAACGCCATCTCTCTCCTTCTAACCTGCCTGAAATAGAAGAAACTCGGA
TGAAGAGAAGAAAACTCTCTGTCTGTCTGTGTGGTCAAGTATC
CC

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR1CB38TF 646 0 0
AAAGCTTTCTTCAACAT
TTCAAAGTTCAAACAAATCAAG*AACACGTTCTTCCTTGGTTTCTAAACCGATAGTTCGA
TATGAGAAACAAGGATACCATCAGTATCTGCATAAAGCCACTCGCCATCGCAGATCCTAG
TGCCTGCTATGTTGAGAGGGACTCTCTGTTCGCCGAGTCCTTTCTTACTAGCCTTTATGG
GATGAGAAGCCAAAGCTCTCACCCCAATGTCGCAACCGTTGATCTCATCAACGTCTCTTA
TGCAGCCGTTCACTATGATCCCCGCCCATCCGTTGTTCTGAGCTTGTACTACTGGGTTTC
CTCCGAGTATAGCACAGCGTAAGCTTCCTCCACCATCCACCACAAGGACTCTTCCATTGC
CTTTCTCTTCGAGAAACTGACGGATCAAGCCATTGTCTTCAAACACTTTGACAGTAACAA
CAGGACCTGAGAAGATTTGACGACGACCGTAAATTTGGAAACAGGGTTGCAGAGCTCGGA
GCTGACCACTACGGATCAGATCTTGATTCGCGTCACAAACTTCTGCAGTGGTCACAAACG
CCATCTCTCTCCTTCTAACCTGCCTGAAATAGAAGAAACTCGGATGAAGAGAAGAAAACT
CTCTGTCTGTCTGTGTGGTCAAGTATC
CC

QA 18 644 18 644
DS 

RD RR1BP24JQ 702 0 0
AT
CGACAAAGCTTTCCTTCAACATT*CAAAGTTCAAACAAATCAAGTAACACGTTCTTCCTT
GGTTTCTAAACCGATAGTTCGATATGAGAAACAAGGATACCATCAGTATCTGCATAAAGC
CACTCGCCATCGCAAATCCTGGTGCCTGCTATGTTGAGTGGGACTCTCTGTTCACCGAGT
CCTTTCTTACTAGCCTTTATAGGATGAGAAGCCAAAGCTCTCACCCCAATGTCGCAACCG
TTGATCTCATCAACGTCTCTGATGCAGCCGTTCACTATGATCCCCGCCCATCCGTTGTTC
TGAGCTTGTACTACTGGGTTTCCTCCGAGTATAGCACAGCGTAGACTTCCTCCACCATCC
ACCACAAGGACTCTTCCATTGCCTTTCTCTTCGAGAAACTGACGGATCAAGCCATTGTCT
TCAAAAACTTTGACAGTAACAACAGGACCTGAGAAGATTTGACGACGACCGTAAATTCGG
AAACAGGGTTGCAGAGCTCGGAGCTGACCACTACGGATCAGATCTTGATTCGCGTCACAA
ACTTCTGCAGTGGTCACAAACGCCATCTCTCTCCTTCTAACCTGCCTGAAATAGAAGAAA
CTCGGATGAAGAGAAGAAAACTCTCTGTCTGTCTGTGTGGTCAAGTATCAGAGAGATGGA
TGGTGGAAGTGAGAGGTTTTATAAAAGGAGAACAAACCCC

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR1BP24TF 648 0 0
TCTTCCTTGGTTTCTAAACCGATAGTTCGATATGAGAAACAAGGATACCATCAGTATCTG
CATAAAGCCACTCGCCATCGCAAATCCTGGTGCCTGCTATGTTGAGTGGGACTCTCTGTT
CACCGAGTCCTTTCTTACTAGCCTTTATAGGATGAGAAGCCAAAGCTCTCACCCCAATGT
CGCAACCGTTGATCTCATCAACGTCTCTGATGCAGCCGTTCACTATGATCCCCGCCCATC
CGTTGTTCTGAGCTTGTACTACTGGGTTTCCTCCGAGTATAGCACAGCGTAGACTTCCTC
CACCATCCACCACAAGGACTCTTCCATTGCCTTTCTCTTCGAGAAACTGACGGATCAAGC
CATTGTCTTCAAAAACTTTGACAGTAACAACAGGACCTGAGAAGATTTGACGACGACCGT
AAATTCGGAAACAGGGTTGCAGAGCTCGGAGCTGACCACTACGGATCAGATCTTGATTCG
CGTCACAAACTTCTGCAGTGGTCACAAACGCCATCTCTCTCCTTCTAACCTGCCTGAAAT
AGAAGAAACTCGGATGAAGAGAAGAAAACTCTCTGTCTGTCTGTGTGGTCAAGTATCAGA
GAGATGGATGGTGGAAGTGAGAGGTTTTATAAAAGGAGAACAAACCCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 3

CO CL842Contig1 673 3 3 U
GAGAAGCAAGAAGAAAACAGAGTTTATCACAAGAAAGACCAAACTGTGAACTTATTGTCT
GAAAAAAAAAA*CAAATGGGAAGCGAAGGAGGATCAATAGTGAGGAAACCAAGGTTTCTG
TGTCTCCATGGGTTCCGTACGAGCGGAGAGATAATGAAGATACAGCTTCACAGATGGCCT
AAAGCTATTATCGACAGACTCGATCTCGTGTTCCTAGACGCACCATTTCCTTGTCAAGGT
AAATCTGATGTCGACGGAATCTTCGATCCTCCTTATTACGAGTGGTTCCAATTCAACAAG
GAGTTCACTGAGTATGAGAATTTTGAGAACTGTTTAGAGTATTTGGAAGATCGTATGATC
AAGCTTGGTCCCTTTGATGGTCTCATTGGCTTCTCTCAGGGGGGAATGTTGTCTGAGGGC
TTACCAGGACTGCAAGCTAAGGGACTTGCACTCCAGAAAGTGCCAAAGATCAAGTTTATC
ATCATTATTGGAGGAGCTATGTTTAGATCTACCGAGGTTGTGGAGGATGCTTATTCGCCT
TCCATTGATACTCCCTCCCTACACTTTCTAGGAGAGACTGATTTCTTGAAACCTTACGGA
ATCAAGCTGATAGAGTCGTTCAAGAATCCGGTGGTAGTCCATCATCCCAAAGCCACACGG
TCCCCAGACTTGA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN78TF U 12
AF RR1DW13TF U 2
AF RR1H890TF U 1
BS 1 71 RR1H890TF
BS 72 72 RR1EN78TF
BS 73 673 RR1H890TF

RD RR1EN78TF 240 0 0
AGAAAACAGAGTTTATCACAAGAAAGACCAAACTGTGAACTTATTGTCTGAAAAAAAAAA
*CAAATGGGAAGCGAAGGAGGATCAATAGTGAGGAAACCAAGGTTTCTGTGTCTCCATGG
GCTCCGTACGAGCGGAGAGATAATGAAGATACAGCTTCACAGATGGCCTAAAGCTATTAT
CGACAGACTCGATCTCGTGTTCCTAGACCCACCATTTCCTTGTCAAGGTAAATCTGATGT

QA 1 240 1 240
DS 

RD RR1DW13TF 287 0 0
G
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AAAAAAAA**CAAATGGGAAGCGAAGGAGGATCAATAGTGAGGAAACCAAGGTTTCTGTG
TCTCCATGGGTTCCGTACGAGCGGAGAGATAATGAAGATACAGCTTCACAGATGGCCTAA
AGCTATTATCGACAGACTCGATCTCGTGTTCCTAGACGCACCATTTCCTTGTCAAGGTAA
ATCTGATGTCGACGGAATCTTCGATCCTCCTTATTACGAGTGGTTC

QA 2 287 2 287
DS 

RD RR1H890TF 673 0 0
GAGAAGCAAGAAGAAAACAGAGTTTATCACAAGAAAGACCAAACTGTGAACTTATTGTCT
GAAAAAAAAAAACAAATGGGAAGCGAAGGAGGATCAATAGTGAGGAAACCAAGGTTTCTG
TGTCTCCATGGGTTCCGTACGAGCGGAGAGATAATGAAGATACAGCTTCACAGATGGCCT
AAAGCTATTATCGACAGACTCGATCTCGTGTTCCTAGACGCACCATTTCCTTGTCAAGGT
AAATCTGATGTCGACGGAATCTTCGATCCTCCTTATTACGAGTGGTTCCAATTCAACAAG
GAGTTCACTGAGTATGAGAATTTTGAGAACTGTTTAGAGTATTTGGAAGATCGTATGATC
AAGCTTGGTCCCTTTGATGGTCTCATTGGCTTCTCTCAGGGGGGAATGTTGTCTGAGGGC
TTACCAGGACTGCAAGCTAAGGGACTTGCACTCCAGAAAGTGCCAAAGATCAAGTTTATC
ATCATTATTGGAGGAGCTATGTTTAGATCTACCGAGGTTGTGGAGGATGCTTATTCGCCT
TCCATTGATACTCCCTCCCTACACTTTCTAGGAGAGACTGATTTCTTGAAACCTTACGGA
ATCAAGCTGATAGAGTCGTTCAAGAATCCGGTGGTAGTCCATCATCCCAAAGCCACACGG
TCCCCAGACTTGA

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 8

CO CL843Contig1 1243 8 12 U
AGGACAACGTTCTTGTCATCTCCTTCATATTCTCCTTCTTTATCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCAAATCTTTTTCAGGCGCAACCAAATAGAAACATAAACACTTAAGAGCATAAACCAACC
ATAGATTCTTGGGACACTTCTTAGTTTCGACCGATTCTGATCCGTTATAGTTGTTTCAAA
CGACACGGTGAAACGTTTGTTCTTATTTAAAATATCATACTCCTCTTTTCTTTCTCCTCC
TTCTCTATCTTGGAAACTAGGGTTCTTCAAGATCCTTTGTGAGCTAAATGGGTGTTGAGA
AAATGGTGTGTTTGGTTTCTCGCACTGGTCGTCAGTTTCAGAGATACAATAAAGGTCGTC
GTCAAGTCGTCGGATGTATACCGTACAGATTCAAGCTATCAAGTGATGGGAAAATTAGTG
ATGAATTAGAAATTCTTGTTATCTCTTCTCAAAAAGGTCATGCCATGATGTTCCCAAAGG
GTGGTTGGGAGCTTGATGAATCTGTAGAAGAAGCTGCTGCAAGAGAATCTCTCGAAGAAG
CTGGAGTTCTTGGCAATATTGGGCATCAACTAGGAAAATGGGATTTTTTGAGCAAAAGCA
GGGGAACATATTATGAAGGACTAATGTTCCCTATGCTTGTTACAGAACAACTTGAGCTTT
GGCCTGAACAACATGCTAGGCAAAGAATCTGGATGAATCTAGTTGACGCTAGAGAAGCTT
GTAGAGATTGGTGGATGAAAGAAGCATTAGATGTTTTGGTCGAGAGACTCTCATCACCAA
TGAATCAACCAAAGGAAGAGAAGAATATTTCAATATCTATCGAAACAATGTGCTGATGAT
TTGCTACAAAAAAATTGCGGCTGATTGTGATGGGAGTTTTATGGACTAATGGATCTCTGT
AGATAGAAATAGATGTGGTCTCCAATTAGAATTGAGAGAGTGATTTGAAGAGCAGGTGCA
GAACAGGAACAAAAAAGATGGGTAGATCTTTTAGGTTTAATTTGGAGCAATGAAAAAACA
TCATGTGATTTAAGAACTCCTGTGTGTTGTGTTTATAACGTTTCTGCATGATTTACTTAA
GGGATGATGAAGGATTAGGAAGATAAACAAAGAGTTCAAGCAAGACATGTACAATGTGTT
TCCCTCTGTTTATTTTTTAATCTCATCTCTCTTTAAAATTTGCAATGTAGACATTTGATT
TCATGTTGATTTTTGTGATTGAGAATTACTGAATTATGCGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DF53TF U 4
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AF RR1EO04TF U 7
AF RR1FJ96TF U 1
AF RR1FJ96JQ C 536
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AF RR1DF53JQ C 959
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BS 178 629 RR1FJ96TF
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BS 631 728 RR1FJ96TF
BS 729 987 RR1FJ96JQ
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BS 1175 1222 RR1D786JQ
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GGAAC
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TGTTTGGTTTCTCGCACTGGTCGTCAGTTTCAGAGATACAATAAAGGTCGTCGTCAAGTC
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CTTGGCAATATTGGGCATCAA

QA 6 566 6 566
DS 

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GGAAC
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TTTTCAGGCGCAACCAAATAGAAACATAAACACTTAAGAGCATAAACCAACCATAGATTC
TTGGGACACTTCTTAGTTTCGACCGATTCTGATCCGTTATAGTTGTTTCAAACGACACGG
TGAAACGTTTGTTCTTATTTAAAATATCATACTCCTCTTTTCTTTCTCCTCCTTCTCTAT
CTTGGAAACTAGGGTTCTTCAAGATCCTTTGTGAGCTAAATGGGTGTTGAGAAAATGGTG
TGTTTGGTTTCTCGCACTGGTCGTCAGTTTCAGAGATACAATAAAGGTCGTCGTCAAGTC
GTCGGATGTATACCGTACAGATTCAAGCTATCAAGTGATGGGAAAATTAGTGATGAATTA
GAAATTCTTGTTATCTCTTCTCAAAAAGGTCATGCCATGATGTTCCCAAAGGGTGGTTGG
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CTTGGCAATATTGGGCATCAACTAGGAAAATGGGATTTTTTGAGCAAAAGCAGGGGAACA
TATT

QA 6 609 6 609
DS 

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GG
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TTTTCAGGCGCAACCAAATAGAAACATAAACACTTAAGAGCATAAACCAACCATAGATTC
TTGGGACACTTCTTAGTTTCGACCGATTCTGATCCGTTATAGTTGTTTCAAACGACACGG
TGAAACGTTTGTTCTTATTTAAAATATCATACTCCTCTTTTCTTTCTCCTCCTTCTCTAT
CTTGGAAACTAGGGTTCTTCAAGATCCTTTGTGAGCTAAATGGGTGTTGAGAAAATGGTG
TGTTTGGTTTCTCGCACTGGTCGTCAGTTTCAGAGATACAATAAAGGTCGTCGTCAAGTC
GTCGGATGTATACCGTACAGATTCAAGCTATCAAGTGATGGGAAAATTAGTGATGAATTA
GAAATTCTTGTTATCTCTTCTCAAAAAGGTCATGCCATGATGTTCCCAAAGGGTGGTTGG
GAGCTTGATGAATCTGTAGAAGAAGCTGCTGCAAGAGAATCTCTCGAAGAAGCTGGAGTT
CTTGGCAATATTGGGCATCAACTAGGAAAATGGGATTTTTTGAGCAAAAGCAGGGGAACA
TATTATGAAGGACTAATGTTCCCTATGCTTGTTACAGAACAACTTGAGCTTTGGCCTGAA
CAACATG

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DS 

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TCAAATCTTTTTCAGGCGCAACCAAATAGAAACATAAACACTTAAGAGCATAAACCAACC
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CGACACGGTGAAACGTTTGTTCTTATTTAAAATATCATACTCCTCTTTTCTTTCTCCTCC
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GGGGAACATATTATGAAGGACTAATGTTCTCTATGCTTGTTACAGAACAACTTGAGCTTT
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GTAGAGAT

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DS 

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AAGCAGGGGAACATATTATGAAGGACTAATGTTCCCTATGCTTGTTACAGAACAACTTGA
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GTGTTTCCCTCTGTTTATTTTTTAATCTCATCTCTCTTT

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DS 

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AGAAGCTTGTAGAGATTGGTGGATGAAAGAAGCATTAGATGTTTTGGTCGAGAGACTCTC
ATCACCAATGAATCAACCAAAGGAAGAGAAGAATATTTCAATATCTATCGAAACAATGTG
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AATGTGTTTCCCTCTGTTTATTTTTTAATCTCATCTCTCTTT

QA 1 582 1 582
DS 

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TATGAAGGACTAATGTTCCCTATGCTTGTTACAGAACAACTTGAGCTTTGGCCTGAACAA
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ATTTTTTAATCTCATCTCTCTTTAAAATTTGCAATGTAGACATTTGATTTCATGTTGATT
TTTGTGATTGA
C

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DS 

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CATCATGTGATTTAAGAACTCCTGTGTGTTGTGTTTATAACGTTTCTGCATGATTTACTT
AAGGGATGATGAAGGATTAGGAAGATAAACAAAGAGTTCAAGCAAGACATGTACAATGTG
TTTCCCTCTGTTTATTTTTTAATCTCATCTCTCTTTAAAATTTGCAATGTAGACATTTGA
TTTCATGTTGATTTTTGTGATTGAGAATTACTGAATTATGCGAGT

QA 1 285 1 285
DS 



AS 1 8

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GCCACTTCAACAGCCGCTGCTGCTTCTTCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACATC
AACTCCGGTTCAGGCCGGTTCACAGCCCGGTTTGGATTCGGGACCAAGAAAGCAGCCGCT
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GTAATGATGTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTATAAACAAACTTCTTGAAAGGTT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EN24TF U 1
AF RR1EP18TF U 6
AF RR1AC38TF U 192
AF RR1EP18JQ C 291
AF RR1EL78TF U 360
AF RR1EN24JQ C 429
AF RR1GK78JQ C 735
AF RR1GK78TF U 735
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BS 48 48 RR1EP18TF
BS 49 627 RR1EN24TF
BS 628 628 RR1EP18TF
BS 629 646 RR1EN24TF
BS 647 647 RR1EP18TF
BS 648 678 RR1EN24TF
BS 679 740 RR1EP18TF
BS 741 808 RR1AC38TF
BS 809 809 RR1EL78TF
BS 810 821 RR1AC38TF
BS 822 876 RR1EL78TF
BS 877 877 RR1GK78TF
BS 878 979 RR1EL78TF
BS 980 1067 RR1GK78TF

RD RR1EN24TF 678 0 0
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GCCACTTCAACAGCCGCTGCTGCTTCTTCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACATC
AACTCCGGTTCAGGCCGGTTCACAGCCCGGTTTGGATTCGGGACCAAGAAAGCAGCCGCT
CCCAAGAAGGCTAAGACGGTTATCTCCGACCGGCCTCTGTGGTTCCCGGGCGCGAAATCC
CCCGAGTATCTCGACGGTTCGCTGGTCGGAGACTACGGTTTCGACCCTTTCGGTTTAGGT
AAACCGGCGGAGTATCTCCAGTTCGATCTCGACTCTCTGGATCAGAACTTAGCCAAGAAC
ATAGCCGGAGACGTGATCGGGACACGTACGGAGGCCGTTGACCCCAAGTCGACGCCGTTT
CAACCTTACAGCGAGGTATTTGGGATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGCTGATCCATGGG
AGATGGGCTATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGTTACT
TGGCAAGACGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGGACAGCCACTA
CCGTTCTCGATCTCGACACTGATTTGGGTCGAAGTGTTGGTGATTGTTTACATCGAGTTC
CAAAGAAACGCTGAGCTG

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DS 

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GG
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CAACAGCCGCTGCTGCTTCTTCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACATCAACTCCG
GTTCAGGCCGGTTCACAGCCCGGTTTGGATTCGGGACCAAGGAAGCAGCCGTTCCCAAGA
AGGCTAAGACGGTTATCTCCGACCGGCCTCTGTGGTTCCCGGGCGCGAAATCCCCCGAGT
ATCTCGACGGTTCGCTGGTCGGAGACTACGGTTTCGACCCTTTCGGTTTAGGTAAACCGG
CGGAGTATCTCCAGTTCGATCTCGACTCTCTGGATCAGAACTTAGCCAAGAACATAGCCG
GAGACGTGATCGGGACACGTACGGATGCCGTTGACCCCAAGTCGACGCCGTTTCAACCTT
ACAGCGAGGTATTTGGGATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGCTGATCCATGGGAGATGGG
CTATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGTTACTTGGCAAG
ACGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGGACAGCCACTACCGTTCT
CGATCTCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGGTGATTGGTTACATCGAGTTCCAAAGAA
ACGCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATCCAGGAGGCAAGTTTTTCGACCCGCTGG
GTCTAGCTTCTGA

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DS 

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G
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GACGGTTCGCTGGTCGGAGACTACGGTTTCGACCCTTTCGGTTTAGGTAAACCGGCGGAG
TATCTCCAGTTCGATCTCGACTCTCAGGATCAGAACTTAGCCAAGAACATAGCCGGAGAC
GTGATCGGGACACGTACGGAGGCCGTTGACCCCAAGTCGACGCCGTTTCAACCTTACAGC
GAGGTATTTGGGATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGCTGATCCATGGGAGATGGGCTATG
CTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGTTACTTGGCAAGACGCT
GGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGGACAGCCACTACCGTTCTCGATC
TCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGGTGATTGGTTACATCGAGTTCCAAAGAAACGCT
GAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATCCAGGAGGCAAGTTTTTCGACCCGCTGGGTCTA
GCTTCTGACCCGGAGAAGAAGGCTCAGCTTCAGTTGGCTGAGATCAAACACGCTCGTTTA
GCCATGGTTGCCTTCTAGGGATTTGCGGT

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DS 

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AGCCAAGAACATAGCCGGAGACGTGATCGGGACACGTACGGATGCCGTTGACCCCAAGTC
GACGCCGTTTCAACCTTACAGCGAGGTATTTGGGATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGCT
GATCCATGGGAGATGGGCTATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCAC
CGGTGTTACTTGGCAAGACGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGG
ACAGCCACTACCGTTCTCGATCTCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGGTGATTGGTTA
CATCGAGTTCCAAAGAAACGCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATCCAGGAGGCAA
GTTTTTCGACCCGCTGGGTCTAGCTTCTGACCCGGAGAAGAAGGCTCAGCTTCAGTTGGC
TGAGATCAAACACGCTCGTTTAGCCATGGTTGCCTTCTTGGGATTTGCGGTTCAGGCGGC
TGCAACGGGTAAAGGACCGCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACAC
CACCATCATCGACACCTTCTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTA
ATGTAATGATGTAATGATGTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTAT

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DS 

RD RR1EL78TF 626 0 0
G
ATAGCCGGAGACGTGATCGGGACACGTACGGAGGCCGTTGACCCCAAGTCGACGCCGTTT
CAACCTTACAGCGAGGTATTTGGGATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGCTGATCCATGGG
AGCTGGGCTATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGTTACT
TGGCAAGACGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGGACAGCCACTA
CCGTTCTCGATCTCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGGTGATTGGTTACATCGAGTTC
CAAAGAAACGCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATCCAGGAGGCAAGTTTTTCGAC
CCGCTGGGTCTAGCTTCTGACCCGTAGAAGAAGGCTCAGCTTCAGTTGGCTGAGATCAAA
CACGCTCGTTTAGCCATGGTTGCCTTCTTGGGATTTGCGGTTCAGGCGGCTGCAACGGGT
AAAGGACCGCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTAACCCGCTTCACACCACCATCATC
GACACCTTCTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGAT
GTAATGATGTCCATCTTTA
GACAAG

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DS 

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TATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGTTACTTGGCAAGA
CGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGGACAGCCACTACCGTTCTC
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CGCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATCCAGGAGGCAAGTTTTTCGACCCGCTGGG
TCTAGCTTCTGACCCGGAGAAGAAGGCTCAGCTTCAGTTGGCTGAGATCAAACACGCTCG
TTTAGCCATGGTTGCCTTCTTGGGATTTGCGGTTCAGGCGGCTGCAACGGGTAAAGGACC
GCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCGACACCTT
CTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATGTAATGAT
GTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTAT

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DS 

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G
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AACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCGACACCTTCTCGTCC
TCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATGTAATGATGTCCATC
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CGAGTGTCATTGGATTAATGATTATGAGCCGC

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DS 

RD RR1GK78TF 333 0 0
G
TCTGACCCGGGGAAGAAGGCTCAGCTTCAGTTGGCTGAAATCAAACACGCTCGTTTAGCC
ATGGTTGCCTTCTTGGGATTTGCGGTTCAGGCGGCTGCAACGGGTAAAGGACCGCTCAAC
AACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCGACACCTTCTCGTCC
TCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATGTAATGATGTCCATC
TTTAAGACAAGTTTGTATAACTATAAACAAACTTCTTGAAAGGTTTAGTGCTGAAATCTT
CGAGTGTCATTGGATTAATGATTATGAGCCGC

QA 2 333 2 333
DS 



AS 1 8

CO CL845Contig1 1142 8 14 U
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TCGAAGCTGAGACGACACAATGGAGACGAGATGTTCTTCCATGGCGGCTGTGTTCTTTTT
TGTGGCGGCTCTAATGGCGTCTTCCTCAATCACAGCTACACCGACACCGTCGTTCGAAGA
AAATTTCAATATAATGTGGTCCGAAAATCACTTCACGACTTCCGAGGGTGGACAGATCTG
GAATCTCGCTCTAGACAACGATACCGGATGTGGATTTCAGACAAAGCACATGTACAGATT
TGGATGGTTCAGTATGAAGCTAAAGCTTGTCGGCGGCGACTCAGCCGGCGTCGTTACCGC
TTACTACATGTGTTCGGAGAATGGAGCCGGACCGGAGAGAGACGAGATAGATTTTGAATT
TCTAGGGAACCGAACCGGAGAGCCGTACATCATTCAGACCAATGTGTTTAAGAACGGAAC
CGGGAATCGGGAGATGCGACATACTCTCTGGTTCGACCCAACCAAGGACTACCACACTTA
CTCCATTCTCTGGAATAACCACCAGCTCGTGTTCTTCGTGGATAGAGTACCGATTCGAGT
GTACAAGAACAGCGATAAGGTACCAAACAACGATTTCTTCCCGAACCAGAAGCCGATGTA
CTTGTTCTCCAGCATCTGGAACGCCGACGACTGGGCAACACGTGGTGGTCTCGAGAAGAC
CGACTGGAAAAAAGCTCCGTTCGTCTCTTCCTACAAGGACTTCGCCGTCGAGGGCTGTCG
CTGGAAGGATCCATTCCCTGCTTGCGTCTCCACCACGACAGACAACTGGTGGGACCAGTA
CGACGCTTGGCACTTGTCAAAGACACAGAAGATGGACTATGCGTGGGTGCAACGTAACCT
CGTCGTATACGATTATTGTCAGGACCGTGAGAGATTCCCTAAAATGCCTTGGGAGTGTTC
CATTAGCCCTTGGGCTTAATCTCAAATTTTGGTCTTTCATTCAAATGTATTAAGTTGAAA
TGGTTGCTGTAATAATTTTGTACGTTTTTTCTTCTTCATTTCATTTCTCATTGATTGTAT
CATCTGTTATTTGATTGATTATTTAGTCGGCTATGTCCCATAACTTTGCAATATAATTGA
CC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 
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30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1ET53TF U 1
AF RR1H127TF U 1
AF RR1GT04TF U 10
AF RR1ET37TF U 9
AF RR1H127JQ C 512
AF RR1GT04JQ C 810
AF RR1DX35TF U 525
AF RR1ET37JQ C 575
BS 1 48 RR1ET53TF
BS 49 50 RR1H127TF
BS 51 296 RR1ET53TF
BS 297 297 RR1H127TF
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BS 499 499 RR1H127TF
BS 500 618 RR1ET53TF
BS 619 619 RR1GT04TF
BS 620 732 RR1ET53TF
BS 733 1082 RR1DX35TF
BS 1083 1129 RR1H127JQ
BS 1130 1142 RR1ET37JQ

RD RR1ET53TF 732 0 0
GGACGGAACTCGTAACCAGTGAAATCACGTTCTCCCTCTCTCTCTCTC**TTCGAAAAAT
TCGAAGCTGAGACGACACAATGGAGACGAGATGTTCTTCCATGGCGGCTGTGTTCTTTTT
TGTGGCGGCTCTAATGGCGTCTTCCTCAATCACAGCTACACCGACACCGTCGTTCGAAGA
AAATTTCAATATAATGTGGTCCGAAAATCACTTCACGACTTCCGAGGGTGGACAGATCTG
GAATCTCGCTCTAGACAACGATACCGGATGTGGATTTCAGACAAAGCACATGTACATATT
TGGATGGTTCAGTATGAAGCTAAAGCTTGTCGGCGGCGACTCAGCCGGCGTCGTTACCGC
TTACTACATGTGTTCGGAGAATGGAGCCGGACCGGAGAGAGACGAGATAGATTTTGAATT
TCTAGGGAACCGAACCGGAGAGCCGTACATCATTCAGACCAACGTGTTTAAGAACGGAAC
CGGGAATCGGGAGATGCGGCATACTCTCTGGTTCGACCCAACCAAGGACTACCACACTTA
CTCCATTCTCTGGAATAACCACCAGCTCGTGTTCTTCGTGGATAGAGTACCGATTCGAGT
GTACAAGAACAGCGATAAAGTACCAAACAACGATTTCTTCCCGAACCAGAAGCCGATGTA
CTTGTTCTCCAGCATCTGGAACGCCGACGACTGGGCAACACGTGGTGGTCTCGAGAAGAC
CGACTGGAAAAA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1H127TF 729 0 0
GGACGGAACTCGTAACCAGTGAAATCACGTTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTTCGAAAAAT
TCGAAGCTGAGACGACACAATGGAGACGAGATGTTCTTCCATGGCGGCTGTGTTCTTTTT
TGTGGCGGCTCTAATGGCGTCTTCCTCAATCACAGCTACACCGACACCGTCGTTCGAAGA
AAATTTCAATATAATGTGGTCCGAAAATCACTTCACGACTTCCGAGGGTGGACAGATCTG
GAATCTCGCTCTAGACAACGATACCGGATGTGGATTTCAGACTAAGCACATGTACAGATT
TGGATGGTTCAGTATGAAGCTAAAGCTTGTCGGCGGCGACTCAGCCGGCGTCGTTACCGC
TTACTACATGTGTTCGGAGAATGGAGCCGGACCGGAGAGAGACGAGATAGATTTTGAATT
TCTAGGGAACCGAACCGGAGAGCCGTACATCATTCAGACCAATGTGTTTAAGAACGGAAC
CGGGAATCGGGAGATGCGACATACTCTCTGGTTCGACCCAACCAAGGACTACCACACTTA
CTCCATTCTCTGGAATAACCACCAGCTCGTGTTCTTCGTGGATAGAGTACCGATTCGAGT
GTACAAGAACAGCGATAA*GTACCAAACAACGATTTCTTCCCGAACCAGAAGCCGATGTA
CTTGTTCTCTAGCATCTGGAACGCCGACGACTGGGCA*CACGTGGTGGTCTCGAGA*GAC
CGACTGGAA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1GT04TF 723 0 0
GG
GTAACCAGTGAAATCACGTTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTTCGAAAAATTCGAAGCTGAG
ACGACACAATGGAGACGAGATGTTCTTCCATGGCGGCTGTGTTCTTCTTTGTGGCGGCTC
TAATGGCGTCTTCCTCAATCACAGCTACACCGACACCGTCGTTCGAAGAAAATTTCAATA
TAATGTGGTCCGAAAATCACTTCACGACTTCCGAGGGTGGACAGATCTGGAATCTCGCTC
TAGACAACGATACCGGATGTGGATTTCAGACAAAGCGCATGTACAGATTTGGATGGTTCA
GTATGAAGCTAAAGCTTGTCGGCGGCGACTCAGCCGGCGTCGTTACCGCTTACTACATGT
GTTCGGAGAATGGAGCCGGACCGGAGAGAGACGAGATAGATTTTGAATTTCTAGGGAACC
GAACCGGAGAGCCGTACATCATTCAGACCAATGTGTTTAAGAACGGAACCGGGAATCGGG
AGATGCGACATACTCTCTGGTTCGACCCAACCAAGGACTACCACACTTACTCCATTCTCT
GGAATAACCACCAGCTCGTGTTCTTCGTGGATAGAGTACCGATTCGAGTGTACAAGAACA
GCGATAAGGTACCAAACAACGATTTCTTCCCGAACCAGAAGCCGATGTACTTGTTCTCCA
GCATCTGGAACGCCGACGACTGGGCAACACGTGGTGGTCTCGAGA*GACCGACTGGAAAA
A

QA 3 723 3 723
DS 

RD RR1ET37TF 720 0 0
GGG
GTAACCAGTGAAATCACGTTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTTCGAAAAATTCGAAGCTGAG
ACGACACAATGGAGACGAGATGTTCTTCCATGGCGGCTGTGTTCTTTTTTGTGGCGGCTC
TAATGGCGTCTTCCTCAATCACAGCTACACCGACACCGTCGTTCGAAGAAAATTTCAATA
TAATGTGGTCCGAAAATCACTTCACGACTTCCGAGGGTGGACAGATCTGGAATCTCGCTC
TAGACAACGATACCGGATGTGGATTTCAGACAAAGCACATGTACAGATTTGGATGGTTCA
GTATGAAGCTAAAGCTTGTCGGCGGCGACTCAGCCGGCGTCGTTACCGCTTACTACATGT
GTTCGGAGAATGGAGCCGGACCGGAGAGAGACGAGATAGATTTTGAATTTCTAGGGAACC
GAACCGGAGAGCCGTACATCATTCAGACCAATGTGTTTAAGAACGGAACCGGGAATCGGG
AGATGCGACATACTCTCTGGTTCGACCCAACCAAGGACTACCACACTTACTCCATTCTCT
GGAATAACCACCAGCTCGTGTTCTTCGTGGATAGAGTACCGATTCGAGTGTACAAGAACA
ACGATAAGGTACCAAACAACGATTTCTTCCCGAACCAGAAGCCGATGTACTTGTTCTCCA
GCATCTGGAACGCCGACGACTGGGCAACACGTGGTGGTCTCGAGAAGACCGACTGGA

QA 4 720 4 720
DS 

RD RR1H127JQ 618 0 0
TTCGACCCAACCAAGGACTACCACACTTACTCCATTTTCTGGAATAACCACCAGCTCGTG
TTCTTCGTGGATAGAGTACCGATTCGAGTGTACAAGAACAGCGATAAGGTACCAAACAAC
GATTTCTTCCCGAACCAGAAGCCGATGTACTTGTTCTCTAGCATCTGGAACGCCGACGAC
TGGGCAACACGTGGTGGTCTCGAGAAGACCGACTGGAAAAAAGCTCCGTTCGTTTCTTCC
TACAAGGACTTCGCCGTCGAGGGCTGTCGCTGGAAGGATCCATTCCCTGCTTGCGTCTCC
ACCACGACAGACAACTGGTGGGACCAGTACGACGCTTGGCACTTGTCAAAGACACAGAAG
ATGGACTATGCGTGGGTGCAACGTAACCTCGTCGTATACGATTATTGTCAGGACCGTGAG
AGATTCCCTAAAATGCCTTGGGAGTGTTCCATTAGCCCTTGGGCTTAATCTCAAATTTTG
GTCTTTCATTCAAATGTATTAAGTTGAAATGGTTGCTGTAATAATTTTGTACGTTTTTTC
TTCTTCATTTCATTTCTCATTGATTGTATCATCTGTTATTTGATTGATTATTTAGTCGGC
TATGTCCCATAACTTTGC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1GT04JQ 310 0 0
CCACCACGACAGACAACTGGTGTGACCAGTACGACGCTTGGCACTTGTCAAAGACACAGA
AGATGGACTATGCGTGGGTGCAACGTAACCTCGTCGTATACGATTATTGTCAGGACCGTG
AGAGATTCCCTAAAATGCCTTGGGAGTGTTCCATTAGCCCTTGGGCTTAATCTCAAATTT
TGGTCTTTCATTCAAATGTATTAAGTTGAAATGGTTGCTGTAATAATTTTGTACGTTTTT
TTTTCTTCATTTCATTTCTCATTGATTGTATCATCTGTTATTTGATTGATTATTTAGTCG
GCTATGTCCC

QA 1 310 1 310
DS 

RD RR1DX35TF 558 0 0
G
GGACTACCACACTTACTCCATTCTCTGGAATAACCACCAGCTCGTGTTCTTCGTGGATAG
AGTACCGATTCGAGTGTACAAGAACAGCGATAAGGTACCAAACAACGATTTCTTCCCGAA
CCAGAAGCCGATGTACTTGTTCTCCAGCATCTGGAACGCCGACGACTGGGCAACACGTGG
TGGTCTCGAGAAGACCGACTGGAAAAAAGCTCCGTTCGTCTCTTCCTACAAGGACTTCGC
CGTCGAGGGCTGTCGCTGGAAGGATCCATTCCCTGCTTGCGTCTCCACCACGACAGACAA
CTGGTGGGACCAGTACGACGCTTGGCACTTGTCAAAGACACAGAAGATGGACTATGCGTG
GGTGCAACGTAACCTCGTCGTATACGATTATTGTCAGGACCGTGAGAGATTCCCTAAAAT
GCCTTGGGAGTGTTCCATTAGCCCTTGGGCTTAATCTCAAATTTTGGTCTTTCATTCAAA
TGTATTAAGTTGAAATGGTTGCTGTAATAATTTTGTACGTTTTTTCTTCTTCATTTCATT
TCTCATTGATTGTATCA

QA 2 558 2 558
DS 

RD RR1ET37JQ 568 0 0
TTCGTGGATAGAGTACCGATTCGAGTGTACAAGAACAACGATAAGGTACCAAACAACGAT
TTCTTCCCGAACCAGAAGCCGATGTACTTGTTCTCCAGCATCTGGAACGCCGACGACTGG
GCAACACGTGGTGGTCTCGAGAAGACCGACTGGAAAAAAGCTCCGTTCGTCTCTTCCTAC
AAGGACTTCGCCGTCGAGGGCTGTCGCTGGAAGGATCCATTCCCTGCTTGCGTCTCCACC
ACGACAGACAACTGGTGGGACCAGTACGACGCTTTGCACTTGTCAAAGACACAGAAGATG
GACTATGCGTGGGTGCAACGTAACCTCGTCGTATACGATTATTGTCAGGACCGTGAGAGA
TTCCCTAAAATGCCTTGGGAGTGTTCCATTAGCCCTTGGGCTTAATCTCAAATTTTGGTC
TTTCATTCAAATGTATTAAGTTGAAATGGTTGCTGTAATAATTTTGTACGTTTTTTCTTC
TTCATTTCATTTCTCATTGATTGTATCATCTGTTATTTGATTGATTATTTAGTCGGCTAT
GTCCCATAACTTTGCAATATAATTGACC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 8

CO CL846Contig1 844 8 4 U
TTTTTATAAAAGCCTCTTGGACTAAAGAAGAGTACAATATTGGCATTAAGGCCCAACACA
AATAAACAAAAGGATGACACAGCTTATAACACGTGTAGGGTAATTTTTGAGATGCTGCTA
CGTGGCAGGAACTTGATGTTAACGAGGACACCAATCTTCTCCACCGCTCTTGAGCTCTTG
ACGTAACCGCCTTCGACTTTGTCACCGGAGAAACAGTGCCGCCGGTATGGTTCTTCATCA
GGAGCCGCCACAACACCTTGATTTGCCAAGACTTGTACTCCCAACGAAACCTCTCGCTTT
AAACCGAAACTCATTAACCAGAAAGTCATGTTTCACCAATGTTTAATCCTGAGGAAATTT
AAGTCAGTTGAAATAGAGATTCTTTGACGGACCGTTAGAAACGCCATCTCTGCTGAATCT
TCTTCAAAAGACCTAAGAAATCCAAACAAACTTTACCCTTTTTTATTAGAGAAGCTTTGC
CTTAAGCCAAACATGGCTAGATCTAAGTCAGCAAAGACTGATTCTCCATTAAACAGTGGA
AAAGCTGATTAGGAGAAACATCATATATGATCAAGAGTTGACGGGATTAGAGTTACGCAT
GCGAAAGGTTGGAACTTGAAAACTAAACCATCGCCTAGCGAAGTTTGATCTGCAACGAAA
GAACATATCCGCTAAACGGAAGTATAAACATCAAAAAACAAAAGGCAAAGAAAATACTAA
TATGTTACAAACAAAAGGGGTGGTGACCGACGGTGGGGAACCGCCGGCCCCCGAAGCAAA
CTTCAATTAGACGCTTTTTAGTGAGAAGTTGGAGGTTTTAGAGAGAGAGTTTGTGTTGGA
ACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 

AF RR1GL35JQ U 10
AF RR1BO95JQ U 1
AF RR1A110JQ U 6
AF RR1AK19JQ U 10
AF RR1AK19TF C 30
AF RR1BO95TF C 193
AF RR1GL35TF C 261
AF RR1A110TF C 277
BS 1 685 RR1BO95JQ
BS 686 692 RR1A110JQ
BS 693 733 RR1AK19JQ
BS 734 844 RR1AK19TF

RD RR1GL35JQ 596 0 0
AAGCCTCTTGGACTAAAGAAGAGTACAATATTGGCATTAAGGCCCAACACAAATAAACAA
AAGGATGACACAGCTTATAACACGTGTAGGGTAATTTTTGAGATGCTGCTACGTGGCAGG
AACTTGATGTTAACGAGGACACCAATCTTCTCCACCGCTCTTGAGCTCTTGACGTAACCG
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CTCATTAACCAGAAAGTCATGTTTCACCAATGTTTAATCCTGAGGAAATTTAAGTCAGTT
GAAATAGAGATTCTTTGACGGACCGTTAGAAACGCCATCTCTGCTGAATCTTCTTCAAAA
GACCTAAGAAATCCAAACAAACTTTACCCTTTTTTATTAGAGAAGCTTTGCCTTAAGCCA
AACATGGCTAGATCTAAGTCAGCAAAGACTGATTCTCCATTAAACAGTGGAAAAGCTGAT
TAGGAGAAACATCATATATGATCAAGAGTTGACGGGATTAGAGTTACGCATGCGAA

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1BO95JQ 685 0 0
TTTTTATAAAAGCCTCTTGGACTAAAGAAGAGTACAATATTGGCATTAAGGCCCAACACA
AATAAACAAAAGGATGACACAGCTTATAACACGTGTAGGGTAATTTTTGAGATGCTGCTA
CGTGGCAGGAACTTGATGTTAACGAGGACACCAATCTTCTCCACCGCTCTTGAGCTCTTG
ACGTAACCGCCTTCGACTTTGTCACCGGAGAAACAGTGCCGCCGGTATGGTTCTTCATCA
GGAGCCGCCACAACACCTTGATTTGCCAAGACTTGTACTCCCAACGAAACCTCTCGCTTT
AAACCGAAACTCATTAACCAGAAAGTCATGTTTCACCAATGTTTAATCCTGAGGAAATTT
AAGTCAGTTGAAATAGAGATTCTTTGACGGACCGTTAGAAACGCCATCTCTGCTGAATCT
TCTTCAAAAGACCTAAGAAATCCAAACAAACTTTACCCTTTTTTATTAGAGAAGCTTTGC
CTTAAGCCAAACATGGCTAGATCTAAGTCAGCAAAGACTGATTCTCCATTAAACAGTGGA
AAAGCTGATTAGGAGAAACATCATATATGATCAAGAGTTGACGGGATTAGAGTTACGCAT
GCGAAAGGTTGGAACTTGAAAACTAAACCATCGCCTAGCGAAGTTTGATCTGCAACGAAA
GAACATATCCGCTAAACGGAAGTAT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1A110JQ 687 0 0
ATAA
AAGCCTCTTGGACTAAAGAAGAGTACAATATTGGCATTAAGGCCCAACACAAATAAACAA
AAGGATGACACAGCTTATAACACGTGTAGGGTAATTTTTGAGATGCTGCTACGTGGCAGG
AACTTGATGTTAACGAGGACACCAATCTTCTCCACCGCTCTTGAGCTCTTGACGTAACCG
CCTTCGACTTTGTCACCGGAGAAACAGTGCCGCCGGTATGGTTCTTCATCAGGAGCCGCC
ACAACACCTTGATTTGCCAAGACTTGTACTCCCAACGAAACCTCTCGCTTTAAACCGAAA
CTCATTAACCAGAAAGTCATGTTTCACCAATGTTTAATCCTGAGGAAATTTAAGTCAGTT
GAAATAGAGATTCTTTGACGGACCGTTAGAAACGACATCTCTGCTGAATCTTCTTCAAAA
GACCTAAGAAATCCAAACAAACTTTACCCTTTTTTATTAAAGAAGCTTTGCCTTAAGCCA
AACATGGCTAGATCTAAGTCAGCAAAGACCGATTCTCCATTAAACAGTGGAAAAGCTGAT
TAGGAGAAACATCATATATGATCAAGAGTTGACGGGATTAGAGTTACGCATGCGAAAGGT
TGGAACTTGAAAACTAAACCATCGCCTAGCGAAGTTTGATCTGCAACGAAGGAACATATC
CGCTAAACGGAAGTATAAACATC

QA 5 687 5 687
DS 

RD RR1AK19JQ 724 0 0
AAGCCTCTTGGACTAAAGAAGAGTACAATATTGGCATTAAGGCCCAACACAAATAAACAA
AAGGATGACGCAGCTTATAACACGTGTAGGGTAATTTTTGAGATGCTGCTACGTGGCAGG
AACTTGATGTTAACGAGGACACCAATCTTCTCCACCGCTCTTGAGCTCTTGACGTAACCG
CCTTCGACTTTGTCACCGGAGAAACAGTGCCGCCGGTATGGTTCTTCATCAGGAGCCGCC
ACAACACCTTGATTTGCCAAGACTTGTACTCCCAACGAAACCTCTCGCTTTAAACCGAAA
CTCATTAACCAGAAAGTCATGTTTCACCAATGTTTAATCCTGAGGAAATTTAAGTCAGTT
GAAATAGAGATTCTTTGACGGACCGTTAGAAACGCCATCTCTGCTGAATCTTCTTCAAAA
GACCTAAGAAATCCAAACAAACTTTACCCTTTTTTATTAGAGAAGCTTTGCCTTAAGCCA
AACATGGCTAGATCTAAGTCAGCAAAGACTGATTCTCCATTAAACAGTGGAAAAGCTGAT
TAGGAGAAACATCATATATGATCAAGAGTTGACGGGATTAGAGTTACGCGTGCGAAAGGT
TGGAACTTGAAAACTAAACCATCGCCTAGCGAAGTTTGATCTGCAACGAAAGAACATATC
CGCTAAACGGAAGTATAAACATCAAAAAACAAAAGGCAAAGAAAATACTAATATGTTACA
AACA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1AK19TF 815 0 0
AGAGTAC
ATATTGGCATTAAGGCCCAACACAAATAAACAAAAGGATGACGCAGCTTATAACACGTGT
AGGGTAATTTTTGAGATGCTGCTACGTGGCAGGAACTTGATGTTAACGAGGACACCAATC
TTCTCCACCGCTCTTGAGCTCTTGACGTAACCGCCTTCGACTTTGTCACCGGAGAAACAG
TGCCGCCGGTATGGTTCTTCATCAGGAGCCGCCACAACACCTTGATTTGCCAAGACTTGT
ACTCCCAACGAAACCTCTCGCTTTAAACCGAAACTCATTAACCAGAAAGTCATGTTTCAC
CAATGTTTAATCCTGAGGAAATTTAAGTCAGTTGAAATAGAGATTCTTTGACGGACCGTT
AGAAACGCCATCTCTGCTGAATCTTCTTCAAAAGACCTAAGAAATCCAAACAAACTTTAC
CCTTTTTTATTAGAGAAGCTTTGCCTTAAGCCAAACATGGCTAGATCTAAGTCAGCAAAG
ACTGATTCTCCATTAAACAGTGGAAAAGCTGATTAGGAGAAACATCATATATGATCAAGA
GTTGACGGGATTAGAGTTACGCGTGCGAAAGGTTGGAACTTGAAAACTAAACCATCGCCT
AGCGAAGTTTGATCTGCAACGAAAGAACATATCCGCTAAACGGAAGTATAAACATCAAAA
AACAAAAGGCAAAGAAAATACTAATATGTTACAAACAAAAGGGGTGGTGACCGACGGTGG
GGAACCGCCGGCCCCCGAAGCAAACTTCAATTAGACGCTTTTTAGTGAGAAGTTGGAGGT
TTTAGAGAGAGAGTTTGTGTTGGAACCC

QA 8 815 8 815
DS 

RD RR1BO95TF 652 0 0
TCGACTTTGTCACCGGAGAAACAGTGCCGCCGGTATGGTTCTTCATCAGGAGCCGCCACA
ACACCTTGATTTGCCAAGACTTGTACTCCCAACGAAACCTCTCGCTTTAAACCGAAACTC
ATTAACCAGAAAGTCATGTTTCACCAATGTTTAATCCTGAGGAAATTTAAGTCAGTTGAA
ATAGAGATTCTTTGACGGACCGTTAGAAACGCCATCTCTGCTGAATCTTCTTCAAAAGAC
CTAAGAAATCCAAACAAACTTTACCCTTTTTTATTAGAGAAGCTTTGCCTTAAGCCAAAC
ATGGCTAGATCTAAGTCAGCAAAGACTGATTCTCCATTAAACAGTGGAAAAGCTGATTAG
GAGAAACATCATATATGATCAAGAGTTGACGGGATTAGAGTTACGCATGCGAAAGGTTGG
AACTTGAAAACTAAACCATCGCCTAGCGAAGTTTGATCTGCAACGAAAGAACATATCCGC
TAAACGGAAGTATAAACATCAAAAAACAAAAGGCAAAGAAAATACTAATATGTTACAAAC
AAAAGGGGTGGTGACCGACGGTGGGGAACCGCCGGCCCCCGAAGCAAACTTCAATTAGAC
GCTTTTTAGTGAGAAGTTGGAGGTTTTAGAGAGAGAGTTTGTGTTGGAACCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1GL35TF 584 0 0
ATTTGCCAAGACTTGTACTCCCAACGAAACCTCTCGCTTTAAACCGAAACTCATTAACCA
GAAAGTCATGTTTCACCAATGTTTAATCCTGAGGAAATTTAAGTCAGTTGAAATAGAGAT
TCTTTGACGGACCGTTAGAAACGCCATCTCTGCTGAATCTTCTTCAAAAGACCTAAGAAA
TCCAAACAAACTTTACCCTTTTTTATTAGAGAAGCTTTGCCTTAAGCCAAACATGGCTAG
ATCTAAGTCAGCAAAGACTGATTCTCCATTAAACAGTGGAAAAGCTGATTAGGAGAAACA
TCATATATGATCAAGAGTTGACGGGATTAGAGTTACGCATGCGAAAGGTTGGAACTTGAA
AACTAAACCATCGCCTAGCGAAGTTTGATCTGCAACGAAAGAACATATCCGCTAAACGGA
AGTATAAACATCAAAAAACAAAAGGCAAAGAAAATACTAATATGTTACAAACAAAAGGGG
TGGTGACCGACGGTGGGGAACCGCCGGCCCCCGAAGCAAACTTCAATTAGACGCTTTTTA
GTGAGAAGTTGGAGGTTTTAGAGAGAGAGTTTGTGTTGGAACCC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1A110TF 568 0 0
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CAATGTTTAATCCTGAGGAAATTTAAGTCAGTTGAAATAGAGATTCTTTGACGGACCGTT
AGAAACGACATCTCTGCTGAATCTTCTTCAAAAGACCTAAGAAATCCAAACAAACTTTAC
CCTTTTTTATTAGAGAAGCTTTGCCTTAAGCCAAACATGGCTAGATCTAAGTCAGCAAAG
ACCGATTCTCCATTAAACAGTGGAAAAGCTGATTAGGAGAAACATCATATATGATCAAGA
GTTGACGGGATTAGAGTTACGCATGCGAAAGGTTGGAACTTGAAAACTAAACCATCGCCT
AGCGAAGTTTGATCTGCAACGAAGGAACATATCCGCTAAACGGAAGTATAAACATCAAAA
AACAAAAGGCAAAGAAAATACTAATATGTTACAAACAAAAGGGGTGGTGACCGACGGTGG
GGAACCGCCGGCCCCCGAAGCAAACTTCAATTAGACGCTTTTTAGTGAGAAGTTGGAGGT
TTTAGAGAGAGAGTTTGTGTTGGAACCC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 2 8

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GGACCGTAACTTTTATGTCTTTTGCTTTAAAAATTAGGCTGAAAAACAAAAATAACCAAC
TTCCCAACTTTCTTCTTTGTGACTGCTCTCCTCCACTT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A317JQ U 1
AF RR1D154JQ U 1
BS 1 158 RR1A317JQ

RD RR1A317JQ 158 0 0
AAAATAATCAAATTGACTTTTTATCACGTAATAAATGTAATAAATGGGGTTGATTGATAA
GGACCGTAACTTTTATGTCTTTTGCTTTAAAAATTAGGCTGAAAAACAAAAATAACCAAC
TTCCCAACTTTCTTCTTTGTGACTGCTCTCCTCCACTT

QA 1 158 1 158
DS 

RD RR1D154JQ 151 0 0
AA
AATAATCAAATTGACTTTTTATCACGTAATAAATGTAATAAATGGGGTTGATTGATAAGG
ACCGTAACTTTTATGTCTTTTGCTTTAAAAATTAGGCTGAAAAACAAAAATAGCCAACTT
CCCAACTTTCTTCTTTGTGACTGCTCTCC

QA 3 151 3 151
DS 



CO CL847Contig2 1191 6 9 U
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TTCCTCGGAGAAAATGCGTGAGTGGTACAAGATGGAGCGTGACTTTATGTTTAAAGTGAG
ACAATGTGGTGGGTTCGATATCGAGCATTTGATGGAGTCAAAACCAGGCTGCTGTAACTT
CTGGGCTTCCGAGATCATAAAAGATCAAATTGCCCCGAGGGACATCGTCCTATATGCTAG
GTTTGGTATCCATAAGTACAATATGATCCAGGGGACTAACTTGCAGCTGCATGGTGTAGA
GAAATACAATGCGTACACTAAAGTAGCTTATTCCAGTCACTATGTAACCGCAGTTGCAAA
GGATCCAGCTGCCGACGGTTCCCTTGTCACTTTTCAGACCAGTTTTTATGAAGAAGGCTT
TGGCATCAAGAGGTTGACTTGTTCTATTGCTAGACCTAAGCCTGGACCACACGAGGAGGA
TCAAGCATCTGAATCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATATGAATACTCAAGTAGTTTGCC
TGAGTGGCCTGGAGAGAATGCTTTCGATGATAAGAAGCATTATTACGTGGTGAAGAAATC
AGAGATTCGAAAAAATGACTGGATTCGTCTTTACTTGGAGCTTGCATTCTACACTGCAAA
TATGACCCTACCAAATCTTGATCTGTCGAAGTTGGTCATTACCAAAGTAGCCGTGTATAC
TAGCGACGAGAGCATTGCTGTGCCAAACGAGAGACTCAATGCCAGAAATGCAATCTTCTA
CATCAAGTACAAGTACTGCCCACATAAAAACAAGGCTCATGGTTGCAAGAGAACACGTGA
TCGCATAGCTATAGTAAGAAGAAACCTTGAAAAGTTTTCTGGAGATATCACTCTCACCTT
CGAGGGCACTTGCAAATTGTGGCGTACTTTTCTGTAGAGCATAGGATGGCCATCCTCAAG
CATACATCTTTTATTGATCGTAGACCAGTACAAAAACATCAATTTACTATGTGTAGAATA
AGAAGAGTGAAGTGGAGGAGAGCAGTCACAAAGAAGAAAGTTGCGAAGTTGGCCATTTTT
GTCTTTCAGCCTAATTTCTAAAGTAAAAGACATAAAAGTTACGGTCCTTATCAATCAACC
CCATTTATTACATTTATTACATGATAAAAAGTCAATTTGATTATTCTAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D154TF U 1
AF RR1CS58TF U 1
AF RR1A317TF U 1
AF RR1CS58JQ C 503
AF RR1EP65JQ C 620
AF RR1EP65TF U 620
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RD RR1D154TF 580 0 0
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QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1CS58TF 675 0 0
GGACACTAAAAGTAGCCGCCGCTTGCTTCCGTCTGAGCAAAGTGAAAAAAAAATGAGAGA
TTCCTCGGAGAAAATGCGTGAGTGGTACAAGATGGAGCATGACTTTATGTTTAAAGTGAG
ACAATGTGGTGGGTTCGATATCGAGCATTTGATGGAATCAAAACCAGGCTGCTGTAACTT
CTGGGCTTCCGAGATCATAAAAGATCAAATTGCCCCGAGGGACATCGTCCTATATGCTAG
GTTTGGTATCCATAAGTACAATATGATCCAGGGGACCAACTTGCAGCTGCATGGTGTAGA
GAAATACAATGCGTACACTAAAGTAGCTTATTCCAGTCACTATGTAACCGCAGTTGCAAA
GGATCCAGCTGCCGACGGTTCCCTTGTCACTTTTCAGACCAGTTTTTATGAAGAAGGCTT
TGGCATCAAGAGGTTGACTTGTTCTATTGCTAGACCTAAGCCTGGACCACACGAGGAGGA
TCAAGCATCTGAATCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATATGAATACTCAAGTAGTTTGCC
TGAGTGGCCTGGAGAGAATGCTTTCGATGATAAGAAGCATTATTACGTGGTGAAGAAATC
AGAGATTCGAAAAA*TGACTGGAT*CGTCTTTACTTGGAGCTTGCATTCTACACTGCAAA
TATGACC
TACAAATC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1A317TF 774 0 0
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ACAATGTGGTGGGTTCGATATCGAGCATTTGATGGAGTCAAAACCAGGCTGCTGTAACTT
CTGGGCTTCCGAGATCATAAAAGATCAAATTGCCCCGAGGGACATCGTCCTATATGCTAG
GTTTGGTATCCATAAGTACAATATGATCCAGGGGACTAACTTGCAGCTGCATGGTGTAGA
GAAATACAATGCGTACACTAAAGTAGCTTATTCCAGTCACTATGTAACCGCAGTTGCAAA
GGATCCAGCTGCCGACGGTTCCCTTGTCACTTTTCAGACCAGTTTTTATGAAGAAGGCTT
TGGCATCAAGAGGTTGACTTGTTCTATTGCTAGACCTAAGCCTGGACCACACGAGGAGGA
TCAAGCATCTGAATCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATATGAATACTCAAGTAGTTTGCC
TGAGTGGCCTGGAGAGAATGCTTTCGATGATAAGAAGCATTATTACGTGGTGAA**AATC
AGAGATTCGAAAAAATGACTGGATTCGTCTTTACTTGGAGCTTGCATTCTACACTGCAAA
TATGACCCTACCAAATCTTGATCTGTCGAAGTTGGT**TTACCAAAGTAGCCGTGTATAC
TAGCGACGAGAGCATTGCTGTGCCAAACGAGAGACTCAATGCCAGAAATGCAAT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1CS58JQ 680 0 0
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TTCGATGATAAGAAGCATTATTACGTGGTGAAGAAATCAGAGATTCGAAAAAATGACTGG
ATTCGTCTTTACTTGGAGCTTGCATTCTACACTGCAAATATGACCCTACCAAATCTTGAT
CTGTCGAAGTTGGTCATTACCAAAGTAGCCGTGTATACTAGCGACGAGAGCATTGCTGTG
CCAAACGAGAGACTCAATGCCAGAAATGCAATCTTTTACATCAAGTACAAGTACTGCCCA
CATAAAAACAAGGCTCATGGTTGCAAGAGAACACGTGATCGCATAGCTATAGTAAGAAGA
AACCTTGAAAAGTTTTCTGGAGAAATCACTCTCACCTTCGAGGGCACTTGCAAATGGTGG
CGTACTTTTCTGTAGAGCATAGGATGGCCATCCTCAAGCATACATCTTTTATTGATCGTA
GACCAGTACAAAAACATCAATTTACTATGTGTAGAATAAGAAGAGTGAAGTGGAGGAGAG
CAGTCACAAAGAAGAAAGTTGCGAAGTTGGCCATTTTTGTCTTTCAGCCTAATTTCTAAA
GCAAAAGACATAAAAGTTACGGTCCTTATCAATCAACCCCATTTATTACATTTATTACAT
GATAAAAAGTCAATTTGATT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1EP65JQ 572 0 0
G
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CACATAAAAACAAGGCTCATGGTTGCAAGAGAACACGTGATCGCATAGCTATAGTAAGAA
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GGCGTACTTTTCTGTAGAGCATAGGATGGCCATCCTCAAGCATACATCTTTTATTGATCG
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AAGTAAAAGACATAAAAGTTACGGTCCTTATCAATCAACCCCATTTATTACATTTATTAC
ATGATAAAAAGTCAATTTGATTATTCTAAGC

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DS 

RD RR1EP65TF 572 0 0
G
GGATTCGTCTTTACTTGGAGCTTGCATTCTACACTGCAAATATGACCCTACCAAATCTTG
ATCTGTCGAAGTTGGTCATTACCAAAGTAGCCGTGTATACTAGCGACGAGAGCATTGCTG
TGCCAAACTAGAGACTCAATGCCAGAAATGCAATCTTCTACATCAAGTACAAGTACTGCC
CACATAAAAACAAGGCTCATGGTTGCAAGAGAACACGTGATCGCATAGCTATAGTAAGAA
GAAACCTTGAAAAGTTCTCTGGAGATATCACTCTCACCTTCGAGGGCACTTGCAAATTGT
GGCGTACTTTTCTGTAGAGCATAGGATGGCCATCCTCAAGCATACATCTTTTATTGATCG
TAGACCAGTACAAAAACATCAATTTACTATGTGTAGAATAAGAAGAGTGAAGTGGAGGAG
AGCAGTCACAAAGAAGAAAGTTGCGAAGTTGGCCATTTTTGTCTTTCAGCCTAATTTCTA
AAGTAAAAGACATAAAAGTTACGGTCCTTATCAATCAACCCCATTTATTACATTTATTAC
ATGATAAAAAGTCAATTTGATTATT
CTAAGC

QA 2 566 2 566
DS 



AS 1 5

CO CL848Contig1 660 5 6 U
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ATGACAGTAGCAGCTTCGTCCTCCGTAGCAGTCATGATGCCACGTGTCACCTCCGTATAC
ACCCGCTTCTCAGCGGTTCCTTACCTTCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATCCTCTTTCACT
GCTCCGGTGAAGCTACTTTCAGGCAATGGTTTACACAAGGTTGAATCGATGAAGACGAGA
GCTTCTTCATCAGAAGATACATCAGCATCCATTGACACCAACGAGATCTTCAGAGACTTG
AAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAAAACAAGTCAACTGTAATAATATATGGAGGAGGAGCT
GTTGTTGCTGTTTGGTTATCTTCCATTGTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCTT
CCAAAGGTGATGGAACTTGTTGGTCTTGGGTACACAGGATGGTTCGTCTACAGATACCTT
CTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGATT
GCAGGGACTGAATAGATTCTTTCAAAAAATATAAACCAGCTTTCTCTATGGGATTTTCCT
GTAATATGATATGTTATACAATATATATATATATTTTAACAATGTATCTTCTGAGGTCTG


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1F478TF U 4
AF RR1CJ04JQ C 1
AF RR1CJ04TF U 1
AF RR1H584JQ C 15
AF RR1H584TF U 15
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*TCATCAGAAGATACATCAGCATCCATTGACACCAACGAGATCTTCAGAGACTTGAAGGA
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DS 

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GGGGT
GTGGAGAAATTAGAGAAGAAGGTGAAGAAGAAATA*TCGGTGTGCTTCGATGGCGATGAC
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CTTCTCAGCGGTTCCTTACCTTCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATCCTCTTTCACTGCTCC
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TGCTGTTTGGTTATCTTCCATTGTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCTTCCAAA
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CGAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGATTGCAGG
GACTGAATAGATTCTTTCAAAAAATATAAACCAGCTTTCTCTATGGGATTTTCCTGTAAT
ATGATATGTTATACAATATATATATATATTTTAACAATGTATCTTCTGAGGTCTG

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GG
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GG
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TTCCTTACCTTCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATCCTCTTTCACTGCTCCGGTGAAGCTAC
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ATACATCAGCATCCATTGACACCAACGAGATCTTCAGAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATG
GTCTTGAAAACAAGTCAACTGTAATAATATATGGAGGAGGAGCTGTTGTTGCTGTTTGGT
TATCTTCCATTGTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCTTCCAAAGGTGATGGAAC
TTGTTGGTCTTGGGTACACAGGATGGTTCGTCTACAGATACCTTCTCCTCAAGTCAAGCA
GAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGATTGCAGGGACTGAATAGA
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TACAATATATATATATATTTT

QA 3 623 3 623
DS 



AS 1 6

CO CL849Contig1 1025 6 16 U
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GCAGGGAGGAGGCTTTTTTTCTGTTTCGCAGAGATCTACCTCCTTCGTCCTCTCCCGAGA
CCATACCTTCTCCGATGGCGGCGGCGACTCCTCTCTCCCCTCTGCAGATCTTTCACGTTT
CGATTCTCACCACCGTAGTAACCTTGTAAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTCCTTACTCAAGG
AGGAAACGAGATAGGTTTTGGCTCGGAACCAGCCACCGTGGAGGCGGTCAAGACACCTAA
CTCAAAGATTGTCTACGACGACCATAACCATGAGCGTTACCCGCCTGGTGACCCTAGCAA
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CCTTCTTGTTCTGAAGCCCATTGTCAGCATGTCTGCGAGTAAAGACGTCCTTGCTCTTGC
ATCCCTCGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAACCGGGAACCACTGTGACTGTCAAGTGGCG
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GGATCTTGGATCTCTGAGGGATCCGCAGGAAGACTCGGTCAGAGTCAAGAATCCGGAGTG
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TGGTTTTTTGCTGAATAATAAAAACTTGTTCACATTTATTGTACAAGAAAGATCCGTTGG
TATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1B582TF U 172
AF RR1GO74TF U 1
AF RR1F305TF U 1
AF RR1F305JQ C 619
AF RR1GO74JQ C 378
AF RR1B582JQ C 236
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BS 815 815 RR1B582JQ
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RD RR1B582TF 218 0 0
TTCA
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AGCAAGCGTGCATTCGCTTACTTCGTCTTATCAG

QA 5 218 5 218
DS 

RD RR1GO74TF 712 0 0
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CGATTCTCACCACCGTAGTAACCTTGTAAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTCCTTACTCAAGG
AGGGAACGAGATAGGTTTTGGCTCGGAACCAGCCACCGTGGAGGCGGTCAAGACACCTAA
CTCAAAGATTGTCTACGACGACCATAACCATGAGCGTTACCCGCCTGGTGACCCTAGCAA
GCGTGCATTCGCTTACTTCGTCTTATCAGGCGGGAGGTTTGTTTACGCCTCTGTTCTCCG
CCTTCTTGTTCTGAAGCCCATTGTCAGCATGTCTGCGAGTAAAGACGTCCTTGCTCTTGC
ATCCCTCGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAACCGGGAACCACTGTGACTGTCAAGTGGCG
TGGGAAGCCTGTCTTCATCACGAGAAGAACAGAGGATGATATCAAGCTTGCCAATAGCGT
GGATCTTGGATCTCTGAGGGATCCGCAG*AAGACTCGGTCAGAGTCAAGAATCCCGAGTG
GTTAGTGGTTGTTGGAGTCTGCACTCACCTGGGGTGCATCCCTTTGCCTAAT

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DS 

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GCAGGGAGGAGGCTTTTTTTCTGTTTCGCAGAGATCTACCTCCTTCGTCCTCTCCCGAGA
CCATACCTTCTCCGATGGCGGCGGCGACTCCTCTCTCCCCTCTGCAGATCTTTCACGTTT
CGATTCTCACCACCGTAGTAACCTTGTAAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTCCTTACTCAAGG
AGGGAACGAGATAGGTTTTGGCTCGGAACCAGCCACCGTGGAGGCGGTCAAGACACCTAA
CTCAAAGATTGTCTACGACGACCATAACCATGAGCGTTACCCGCCTGGTGACCCTAGCAA
GCGTGCATTCGCTTACTTCGTCTTATCAGGCGGGAGGTTTGTTTACGCCTCTGTTCTCCG
CCTTCTTGTTCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCTGCGAGTAAAGACGTCCTTGCTCTTGC
ATCCCTCGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAACCGGGAACCACTGTGACTGTCAAGTGGCG
TGGGAAGCCTGTCTTCATCAGGAGAAGAACAGAGGATGATATCAAGCTTGCCAATAGCGT
GGATCTTGGATCTCTGAGGGATCCGCAGGAAGACTCGGTCAGAGTCAAGAATCCGGAGTG
GTTAGTGGTTGTTGGAGTCTGCACTCACCTGGGGTGCATCCCTTTGCCTAATGCTGGTGA
CTACGGTGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGCTCGCATTATGACATCTCAG*AAGGATTAG
GAAAGGTCCTGCACCGTATAACCTGGA*GTACCA*CCTACAGCTT*TTAGAAGAGAT**A
GTTACTCATTGGTTA
TGAC

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DS 

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GGATCCGCAGGAAGACTCGGTCAGAGTCAAGAATCCGGAGTGGTTAGTGGTTGTTGGAGT
CTGCACTCACCTGGGGTGCATCCCTTTGCCTAATGCTGGTGACTACGGTGGTTGGTTTTG
TCCGTGTCACGGCTCGCATTATGACATCTCAGGAAGGATTAGGAAAGGTCCTGCACCGTA
TAACCTGGAAGTACCAACCTACAGCTTCTTAGAAGAGAATAAGTTACTCATTGGTTAATG
ACGAATAAAAGCACCACAACAGACGGTTGTCTGTGTCTCAAAGATTCTCATCTGTTATAA
TTTTTT*CTTAAATACTCTGGCAATTTACAGCAAGATTGTCTTGGTTTTTTGCTGAATAA
TAAAAACTTGTTCAC
G

QA 1 375 1 375
DS 

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CCATTGTCAGCATGTTTGCGAGTAAAGACGTCCTTGCTCTTGCATCCCTCGAGGTCGACC
TCGGGAGCATCGAACCGGGAACCACTGTGACTGTCAAGTGGCGTGGGAAGCCTGTCTTCA
TCAGGAGAAGAACAGAGGATGATATCAAGCTTGCCAATAGCGTGGATCTTGGATCTCTGA
GGGATCCGCAGGAAGACTCGGTCAGAGTCAAGAATCCGGAGTGGTTAGTGGTTGTTGGAG
TCTGCACTCACCTGGGGTGCATCCCTTTGCCTAATGCTGGTGACTACGGTGGTTGGTTTT
GTCCGTGTCACGGCTCGCATTATGACATCTCAGGAAGGATTAGGAAAGGTCCTGCACCGT
ATAACCTGGAAGTACCAACCTACAGCTTCTTAGAAGAGAATAAGTTACTCATTGGTTAAT
GACGAATAAAAGCACCACAACAGACGGTTGTCTGTGTCTCAAAGATTCTCATCTGTTATA
ATTTTTTTCTTAAATACTCTGGCAATTTACAGCAAGATTGTCTTGGTTTTTTGCTGAATA
ATAAAAACTTGTTCAC
G

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1B582JQ 790 0 0
CAAGGAGGAAACGAGATAGGTTTTGGCTCGGAACCAGCCACCGTGGAGGCGGTCAAGACA
CCTAACTCAAAGATTGTCTACGACGACCATAACCATGAGCGTTACCCGCCTGGTGACCCT
AGCAAGCGTGCATTCGCTTACTTCGTCTTATCAGGCGGGAGGTTTGTTTACGCCTCTGTT
CTCCGCCTTCTTGTTCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCTGCGAGTAAAGACGTCCTTGCT
CTTGCATCCCTCGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAACCGGGAACCACTGTGACTGTCAAG
TGGCGTGGGAAGCCTGTCTTCATCAGGAGAAGAACAGAGGATGATATCAAGCTTGCCAAT
AGCGTGGATCTTGGATCTCTGAGGGATCCGCAGGAAGACTCGGTCAGAGTCAAGAATCCG
GAGTGGTTAGTGGTTGTTGGAGTCTGCACTCACCTGGGGTGCATCCCTTTGCCTAATGCT
GGTGACTACGGTGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGCTCGCATTATGACATCTCAGGAAGG
ATTAGGAAAGGTCCTGCACCGTATAACCTGGAAGTACCAACCTACAGCTTCTTAGAAGAG
AATAAGTTACTCATTGGTTAATGACGAATAAAAGCACCACAACAGACGGTTGTCTGTGTC
TCAAAGATTCTCATCTGTTATAATTTTTTTCTTAAATACTCTGGCAATTTACAGCAAGAT
TGTCTTGGTTTTTTGCTGAATAATAAAAACTTGTTCACATTTATTGTACAAGAAAGATCC
GTTGGTATCC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 7

CO CL850Contig1 826 7 4 U
GGAAGACAAAAACTGATCAATCATGAAGATCAAACTTAGCATAACCCTCATATTGTTATC
ATACACGGCGGCTATGGTGGCCGGACAACAGTGCGGCCGCCAAGCCAGTGGTCGGACTTG
CGCCGGCAACATCTGCTGCAGCCAGTACGGCTACTGCGGCACCACGGCGGACTACTGTTC
ACCGGACAACAACTGTCAAAGCAATTGTTGGGGAGGCGGGCCAAGCGGCTCCGGAGAGAG
CGCGTCTAACGTACGCGCCACCTACCATTACTACAATCCGGCGCAGAATAACTGGGATTT
GAATGCCGTGAGTGCCTACTGCTCCACATGGGATGCTAATAAACCATACTCGTGGCGGAG
TAAGTATGGCTGGACCGCCTTCTGTGGACCGGTTGGTCCTCGTGGTCAAGCTTCTTGCGG
CAAGTGCTTAAGGGTGAGGAACACAAGGACTAATGCAGCTGTAACTGTGAGAATAGTCGA
CCAATGCAGCAATGGAGGATTGGATTTGGACGTTGCAATGTTCAATCAAATAGATACCGA
TGGTAATGGCTATCAACAAGGCCATCTCATTGTTGATTACCAATTTGTTGACTGTGGCAA
TGAACTCATTGATCAGCCTGCTGATTTCAAAAACATCCTTATTTCAGCCACTGATCGCGT
TTGATATTATGTAATTAATGATGCTCGAGATCAAGATCTATCAAAACATAATATAATAAA
AGACCTCTATGTCGAGTGATACGTTTGTGTTGTTCTTGGCAGTTCTTAAAATTATCAATA
AAGAGATGCTCTTGTATTTTCGAATATTACTATAGATACTAATACC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DA07TF U 1
AF RR1A851JQ C 3
AF RR1A851TF U 3
AF RR1AS87TF U 26
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CGCGTCTAACGTACGCGCCACCTACCATTACTACAATCCGGCGCAGAATAACTGGGATTT
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GG
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GGCAACATCTGCTGCAGCCAGTACGGCTACTGCGGCACCACGGCGGACTACTGTTCACCG
GACAACAACTGTCAAAGCAATTGTTGGGGAGGCGGGCCAAGCGGCTCCGGAGAGAGCGCG
TCTAACGTACGCGCCACCTACCATTACTACAATCCGGCGCAGAATAACTGGGATTTGAAT
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TATGGCTGGACCGCCTTCTGTGGACCGGTTGGTCCTCGTGGTCAAGCTTCTTGCGGCAAG
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CTCTATGTCGAG
C

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DS 

RD RR1A851TF 735 0 0
GG
GACAAAAACTGATCAATCATGAAGATCAAACTTAGCATAACCCTCATATTGTTATCATAC
ACGGCGGCTATGGTGGCCGGACAACAGTGCGGCCGCCAAGCCAGTGGTCGGACTTGCGCC
GGCAACATCTGCTGCAGCCAGTACGGCTACTGCGGCACCACGGCGGACTACTGTTCACCG
GACAACAACTGTCAAAGCAATTGTTGGGGAGGCGGGCCAAGCGGCTCCGGAGAGAGCGCG
TCTAACGTACGCGCCACCTACCATTACTACAATCCGGCGCAGAATAACTGGGATTTGAAT
GCCGTGAGTGCCTACTGCTCCACATGGGATGCTAATAAACCATACTCGTGGCGGAGTAAG
TATGGCTGGACCGCCTTCTGTGGACCGGTTGGTCCTCGTGGTCAAGCTTCTTGCGGCAAG
TGCTTAAGGGTGAGGAACACAAGGACTAATGCAGCTGTAACTGTGAGAATAGTCGACCAA
TGCAGCAATGGAGGATTGGATTTGGACGTTGCAATGTTCAATCAAATAGATACCGATGGT
AATGGCTATCAACAAGGCCATCTCATTGTTGATTACCAATTTGTTGACTGTGGCAATGAA
CTCATTGATCAGCCTGCTGATTTCAAAAACATCCTTATTTCAGCCACTGATCGCGTTTGA
TATTATGTAATTAATGATGCTCGAGATCAAGATCTATCAAAACATAATATAATAAAAGAC
CTCTATGTCGAG
C

QA 3 734 3 734
DS 

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CAACAGTGCGGCCGCCAAGCCAGTGGTCGGACTTGCGCCGGCAACATCTGCTGCAGCCAG
TACGGCTACTGCGGCACCACGGCGGACTACTGTTCACCGGACAACAACTGTCAAAGCAAT
TGTTGGGGAGGCGGGCCAAGCGGCTCCGGAGAGAGCGCGTCTAACGTACGCGCCACCTAC
CATTACTACAATCCGGCGCAGAATAACTGGGATTTGAATGCCGTGAGTGCCTACTGCTCC
ACATGGGATGCTAATAAACCATACTCGTGGCGGAGTAAGTATGGCTGGACCGCCTTCTGT
GGACCGGTTGGTCCTCGTGGTCAAGCTTCTTGCGGCAAGTGCTTAAGGGTGAGGAACACA
AGGACTAATGCAGCTGTAACTGTGAGAATAGTCGACCAATGCAGCAATGGAGGATTGGAT
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CTCATTGTTGATTACCAATTTGTTGACTGTGGCAATGAACTCATTGATCAGCCTGCTGAT
TTCAAAAACATCCTTATTTCAGCCACTGATCGCGTTTGATATTATGTAATTAATGATGCT
CGAGATCAAGATCTATCAAAACATAATATAATAAAAGACCTCTATGTCGAGTGATACGTT
TGTGTTGTTCTTGGCAGTTCTTAAAATTATCAATAAAGAGATGCTCTTG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1AS87JQ 562 0 0
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TGGCGGAGTAAGTATGGCTGGACCGCCTTCTGTGGACCGGTTGGTCCTCGTGGTCAAGCT
TCTTGCGGCAAGTGCTTAAGGGTGAGGAACACAAGGACTAATGCAGCTGTAACTGTGAGA
ATAGTCGACCAATGCAGCAATGGAGGATTGGATTTGGACGTTGCAATGTTCAATCAAATA
GATACCGATGGTAATGGCTATCAACAAGGCCATCTCATTGTTGATTACCAATTTGTTGAC
TGTGGCAATGAACTCATTGATCAGCCTGCTGATTTCAAAAACATCCTTATTTCAGCCACT
GATCGCGTTTGATATTATGTAATTAATGATGCTCGAGATCAAGATCTATCAAAACATAAT
ATAATAAAAGACCTCTATGTCGAGTGATACGTTTGTGTTGTTCTTGGCAGTTCTTAAAAT
TATCAATAAAGAGATGCTCTTG

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1C962JQ 553 0 0
G
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GCTAATAAACCATACTCGTGGCGGAGTAAGTATGGCTGGACCGCCTTCTGTGGACCGGTT
GGTCCTCGTGGTCAAGCTTCTTGCGGCAAGTGCTTAAGGGTGAGGAACACAAGGACTAAT
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GCAATGTTCAATCAAATAGATACCGATGGTAATGGCTATCAACAAGGCCATCTCATTGTT
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GATACTAATACC

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DS 

RD RR1C962TF 553 0 0
G
AATCCGGCGCAGAATAACTGGGATTTGAATGCCGTGAGTGCCTACTGCTCCACATGGGAT
GCTAATAAACCATACTCGTGGCGGAGTAAGTATGGCTGGACCGCCTTCTGTGGACCGGTT
GGTCCTCGTGGTCAAGCTTCTTGCGGCAAGTGCTTAAGGGTGAGGAACACAAGGACTAAT
GCAGCTGTAACTGTGAGAATAGTCGACCAATGCGGCAATGGAGGATTGGATTTGGACGTT
GCAATGTTCAATCAAATAGATACCGATGGTAATGGCTATCAACAAGGCCATCTCATTGTT
GATTACCAATTTGTTGACTGTGGCAATGAACTCATTGATCAGCCTGCTGATTTCAAAAAC
ATCCTTATTTCAGCCACTGATCGCGTTTGATATTATGTAATTAATGATGCTCGAGATCAA
GATCTATCAAAACATAATATAATAAAAGACCTCTATGTCGAGTGATATGTTTGTGTTGTT
CTTGGCAGTTCTTAAAATTATCAATAAAGAGATGCTCTTGTATTTTCGAATATTACTATA
GATACTAATACC

QA 2 553 2 553
DS 



AS 1 7

CO CL851Contig1 721 7 3 U
TTTTTGGTTCACTTAGTACAGAGTTCGCGATGACAACAGTAGCCTCCGGCTTCGTATCAT
TTTCGCCGACGCTGTATCTGGCCAAATCTCGACGGTCCTGTCGCAACATTCGAACTCGGT
CTGCATGTCTTCCTGTAGTTTCCTCATCGTTAACCCAAGTCGAAGTAGACACAGCAACAA
CAAGCCTCTATTCAAGTATTATCTCGTCAAAACCGATCTCGGAGGCCTTGCATAACATAT
CTCTAGCAGATCTGGATCCAGGAACTGCAAAGCTTGCGATTGGGATCTTGGGTCCTGCCT
TATCAGCTTTTGGGTTTCTCTTTATTTTGAGGATTGTTATGTCTTGGTACCCGAAGCTTC
CCGTTGACAAGTTCCCTTACGTTTTGGCGTACGCTCCTACCGAACCAATCCTTGTTCAGA
CGAGGAAAGTGATTCCGCCACTTGCAGGAGTCGATGTAACTCCAGTGGTTTGGTTCGGGC
TTGTGAGTTTCCTTAGTGAGATTTTGGTTGGTCCACAGGGACTTCTCGTTCTTGTTTCTC
AACAACAAATTAGCTAGAATCTGAGGGTCATACTCCGTAATACATTTGTTTCTGTACGCT
CTTTTGGCCTCTGTTGATGGTATCTCTTTGTGTATGTGCTGCTCAGTATTCTTTGAACTC
TGGCATCGATATTTTGAGATTTTGGTGCATTAAGATGCAAATGCTCAAAAAGTCAAAATC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1AB57JQ C 6
AF RR1FQ61JQ C 341
AF RR1GA89TF U 11
AF RR1AB57TF U 6
AF RR1FQ61TF U 1
AF RR1F026TF U 16
AF RR1F026JQ C 16
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BS 671 710 RR1F026TF
BS 711 721 RR1F026JQ

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C

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DS 

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TCCAGTGGTTTGGTTCGGGCTTGTGAGTTTCCTTAGTGAGATTTTGGTTGGTCCACAGGG
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QA 1 289 1 289
DS 

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GGGG
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GTAGTTTCCTCATCGTTAACCCAAGTCGAAGTAGACACAGCAACAACAAGCCTCTATTCA
AGTATTATCTCGTCAAAACCGATCTCGGAGGCCTTGCATAACATATCTCTAGCAGATCTG
GATCCAGGAACTGCAAAGCTTGCGATTGGGATCTTGGGTCCTGCCTTATCAGCTTTTGGG
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CCTTACGTTTTGGCGTACGCTCCTACCGAACCAATCCTTGTTCAGACGAGGAAAGTGATT
CCGCCACTTGCAGGAGTCGATGTAACTCCAGTGGTTTGGTTCGGGCTTGTGAGTTTCCTT
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QA 5 620 5 620
DS 

RD RR1AB57TF 628 0 0
GGTTCACTT
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TATCTGGCCAAATCTCGACGGTCCTGTCGCAACATTCGAACTCGGTCTGCATGTCTTCCT
GTAGTTTCCTCATCGTTAACCCAAGTCGAAGTAGACACAGCAACAACAAGCCTCTATTCA
AGTATTATCTCGTCAAAACCGATCTCGGAGGCCTTGCATAACATATCTCTAGCAGATCTG
GATCCAGGAACTGCAAAGCTTGCGATTGGGATCTTGGGTCCTGCCTTATCAGCTTTTGGG
TTTCTCTTTATTTTGAGGATTGTTATGTCTTGGTACCCGAAGCTTCCCGTTGACAAGTTC
CCTTACGTTTTGGCGTACGCTCCTACCGAACCAATCCTTGTTCAGACGAGGAAAGTGATT
CCGCCACTTGCAGGAGTCGATGTAACTCCAGTGGTTTGGTTCGGGCTTGTGAGTTTCCTT
AGTGAGATTTTGGTTGGTCCACAGGGACTTCTCGTTCTTGTTTCTCAACAACAAATTAGC
TAGAATCTGAGGGTCATACTCCGTAATACATTTGTTTCTGTACGCTCTTTTGGCCTCTGT
TGATGGTATCTCTTTGTG
C

QA 10 627 10 627
DS 

RD RR1FQ61TF 670 0 0
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TTTCGCCGACGCTGTATCTGGCCAAATCTCGACGGTCCTGTCGCAACATTCGAACTCGGT
CTGCATGTCTTCCTGTAGTTTCCTCATCGTTAACCCAAGTCGAAGTAGACACAGCAACAA
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CTCTAGCAGATCTGGATCCAGGAACTGCAAAGCTTGCGATTGGGATCTTGGGTCCTGCCT
TATCAGCTTTTGGGTTTCTCTTTATTTTGAGGATTGTTATGTCTTGGTACCCGAAGCTTC
CCGTTGACAAGTTCCCTTACGTTTTGGCGTACGCTCCTACCGAACCAATCCTTGTTCAGA
CGAGGAAAGTGATTCCGCCACTTGCAGGAGTCGATGTAACTCCAGTGGTTTGGTTCGGGC
TTGTGAGTTTCCTTAGTGAGATTTTGGTTGGTCCACAGGGACTTCTCGTTCTTGTTTCTC
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CTTTTGGCCTCTGTTGATGGTATCTCTTTGTGTATGTGCTGCTCAGTATTCTTTGAACTC
TGGCATCGAT

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CCAGGAACTGCAAAGCTTGCGATTGGGATCTTGGGTCCTGCCTTATCAGCTTTTGGGTTT
CTCTTTATTTTGAGGATTGTTATGTCTTGGTACCCGAAGCTTCCCGTTGACAAGTTCCCT
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CCACTTGCAGGAGTCGATGTAACTCCAGTGGTTTGGTTCGGGCTTGTGAGTTTCCTTAGT
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GTC

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DS 

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GG
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CTGGCCAAATCTCGACGGTCCTGTCGCAACATTCGAACTCGGTCTGCATGTCTTCCTGTA
GTTTCCTCATCGTTAACCCAAGTCGAAGTAGACACAGCAACAACAAGCCTCTATTCAAGT
ATTATCTCGTCAAAACCGATCTCGGAGGCCTTGCATAACATATCTCTAGCAGATCTGGAT
CCAGGAACTGCAAAGCTTGCGATTGGGATCTTGGGTCCTGCCTTATCAGCTTTTGGGTTT
CTCTTTATTTTGAGGATTGTTATGTCTTGGTACCCGAAGCTTCCCGTTGACAAGTTCCCT
TACGTTTTGGCGTACGCTCCTACCGAACCAATCCTTGTTCAGACAAGGAAAGTGATTCCG
CCACTTGCAGGAGTCGATGTAACTCCAGTGGTTTGGTTCGGGCTTGTGAGTTTCCTTAGT
GAGATTTTGGTTGGTCCACAGGGACTTCTCGTTCTTGTTTCTCAACAACAAATTAGCTAG
AATCTGAGGGTCATACTCCGTAATACATTTGTTTCTGTACGCTCTTTTGGCCTCTGTTGA
TGGTATCTCTTTGTGTATGTGCTGCTCAGTATTCTTTGAACTCTGGCATCGATATTTTGA
GATTTTGGTGCATTAAGATGCAAATGCTCAAAAAGTCAAAATCT

QA 3 706 3 706
DS 



AS 1 7

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GGAGCTCTCTTCCTCCTGGCCCTCATTGTCTTCTCCTTGCTTCAAACCATGGTTATGGCC
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CTAATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAAGAAACG
GAGAGTGGCCTATGAATGAGATATTTTCTAAAATATTTTTGTGTTCCAA


BQ
35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1E875TF U 1
AF RR1DU29TF U 1
AF RR1BR74TF U 4
AF RR1EV17TF U 1
AF RR1F769JQ C 1
AF RR1BR74JQ C 20
AF RR1F769TF U 1
BS 1 105 RR1DU29TF
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C

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CTTATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAA

QA 1 594 1 594
DS 

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GG
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GTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAA

QA 3 591 3 591
DS 

RD RR1EV17TF 628 0 0
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QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1F769JQ 647 0 0
GGAACCAAAACTCCTCTCTGAGTACACTTATATTCAAACCTCAAACTGTTTTGAGATATT
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ATTTTGTTCTGCAACAAATGCTGCAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACCAGGGTACTATGGA
AACAAACAAGTTTGCTCTTGCTACAACAACTGGAAAACTCAAGAGGGTGGACCAAAATGC
CCTTAAACCCTCTCCTAATCCTTTTGATATATTGTTCCTTTTTATAATAAAAATTATCTG
ATGATAGTTTTATTCACTTTTGATCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTATCTTATTTTATTC
CTAATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAAGAAACG
GAGAGTGGCCTATGAATGAGATATTTTCTAAAATATTTTTGTGTTCC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1BR74JQ 610 0 0
GAGC
ACACTTATATTCAAACCTCAAACTGTTTTGAGATATTTAGAGGAGTGTTTGGTTCTTTGG
ATAATAGTATCCCAAACAAAACATGGCTAAGTCATATGGAGCTCTCTTCCTCCTGGTCCT
CATTGTCTTCT***TGCTTCAAACCATGGTTATGGCCTCAAGTGGATCTAGAGTGAAGTA
TGACCCGAAACGTTATGGACCAGGAAGCCTGAAACGTTCCCAATGCCCCAAGGAATGCGA
TAGGAGGTGTAGCCAGACACAGTACCACAACGCTTGCATTTTGTTCTGCAACAAATGCTG
CAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACCAGGGTACTATGGAAACAAACAAGTTTGCTCTTGCTA
CAACAACTGGAAAACTCAAGAGGGTGGACCAAAATGCCCTTAAACCCTCTCCTAATCCTT
TTGATATATTGTTCCTTTTTATAATAAAAATTATCTGATGATAGTTTTATTCACTTTTGA
TCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTATCTTATTTTATTCCTAATGTTGTAAGTTATGTCACT
CCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAAGAAACGGAGAGTGGCCTATGAATGAGATA
TTTTC
C

QA 5 609 5 609
DS 

RD RR1F769TF 649 0 0
GGAACCAAAACTCCTCTCTGAGTACACTTATATTCAAACCTCAAACTGTTTTGAGATATT
TAGAGGAGTGTTTGGTTCTTTGGATAATAGTATCCCAAACAAAACATGGCTAAGTCATAT
GGAGCTCTCTTCCTCCTGGCCCTCATTGTCTTCTCCTTGCTTCAAACCATGGTTATGGCC
TCAAGTGGATCTAGAGTGAAGTATAACCCGAAACGTTATGGACCAGGAAGCCTGAAACGT
TCCCAATGCCCCAAGGAATGCGATAGGAGGTGTAGCCAGACACAGTACCACAACGCTTGC
ATTTTGTTCTGCAACAAATGCTGCAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACCAGGGTACTATGGA
AACAAACAAGTTTGCTCTTGCTACAACAACTGGAAAACTCAAGAGGGTGGACCAAAATGC
CCTTAAACCCTCTCCTAATCCTTTTGATATATTGTTCCTTTTTATAATAAAAATTATCTG
ATGATAGTTTTATTCACTTTTGATCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTATCTTATTTTATTC
CTAATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAAGAAACG
GAGAGTGGCCTATGAATGAGATATTTTCTAAAATATTTTTGTGTTCCAA

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 6

CO CL853Contig1 610 6 8 U
GGATCGTCTCTGTCTACTACCTCTTTCTCTCCTTCTCTCGAGTCGGCGCAGATGGATCCC
GATGCTGTGGCGAAGGCCTTTGTCGAACACTACTACTCAACCTTCGACACAAACCGTGCC
GGTCTAGCAGGTCTCTACCAGGAAGCTTCGATGCTCACCTTCGAGGGTCAGAAGATCCAA
GGAGTCCAGAGCATCGTAGCCAAGCTCACCTCTCTCCCTTTCCAGCAGTGTAAGCACAAT
ATCTCCACTGTTGATTGCCAGCCTTCTGGTCCCGCCTCCGGTATGCTCGTTTTCGTCTCC
GGTAACCTCCAGCTCGCCGGCGAGGAGCACGCCCTCAAGTTCAGCCAGATGTTTCACTTG
ATGCCGACACCACAAGGAAGCTTTTACGTGTTCAACGATATCTTCAGGCTCAACTACTCC
TGAACATCTATCAGATTGTTGCATTCCCTTACTACACTATTTGTGCAATTTAATCATATC
CCGTTTGTCTTTCTTTTTTTT*CTTTATTCATATATGATTTGTCTTGGAAACAGAAGAAA
ACTCTTTGTCTGTTTGAGTATTTGCGTTGCTCATTTGTTATTTCTAATCTATTGGCTTTG
ATCAGACAAT


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 10 10 10 

AF RR1AR13TF U 1
AF RR1GR16JQ C 4
AF RR1GR16TF U 4
AF RR1DO43TF U 1
AF RR1C460JQ C 10
AF RR1C460TF U 10
BS 1 19 RR1AR13TF
BS 20 20 RR1GR16TF
BS 21 75 RR1AR13TF
BS 76 76 RR1GR16TF
BS 77 501 RR1AR13TF
BS 502 502 RR1GR16TF
BS 503 607 RR1AR13TF
BS 608 610 RR1C460JQ

RD RR1AR13TF 607 0 0
GGATCGTCTCTGTCTACTATCTCTTTCTCTCCTTCTCTCGAGTCGGCGCAGATGGATCCC
GATGCTGTGGCGAAGACCTTTGTCGAACACTACTACTCAACCTTCGACACAAACCGTGCC
GGTCTAGCAGGTCTCTACCAGGAAGCTTCGATGCTCACCTTCGAGGGTCAGAAGATCCAA
GGAGTCCAGAGCATCGTAGCCAAGCTCACCTCTCTCCCTTTCCAGCAGTGTAAGCACAAT
ATCTCCACTGTTGATTGCCAGCCTTCTGGTCCCGCCTCCGGTATGCTCGTTTTCGTCTCC
GGTAACCTCCAGCTCGCCGGCGAGGAGCACGCCCTCAAGTTCAGCCAGATGTTTCACTTG
ATGCCGACACCACAAGGAAGCTTTTACGTGTTCAACGATATCTTCAGGCTCAACTACTCC
TGAACATCTATCAGATTGTTGCATTCCCTTACTACACTATTTGTGCAATTTAATCATATC
CCGTTTGTCTTTCTTTTTTTTTCTTTATTCATATATGATTTGTCTTGGAAACAGAAGAAA
ACTCTTTGTCTGTTTGAGTATTTGCGTTGCTCATTTGTTATTTCTAATCTATTGGCTTTG
ATCAGAC

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1GR16JQ 604 0 0
GG
GTCTCTGTCTACTACCTCTTTCTCTCCTTCTCTCGAGTCGGCGCAGATGGATCCCGATGC
TGTGGCGAAGGCCTTTGTCGAACACTACTACTCAACCTTCGACACAAACCGTGCCGGTCT
AGCAGGTCTCTACCAGGAAGCTTCGATGCTCACCTTCGAGGGTCAGAAGATCCAAGGAGT
CCAGAGCATCGTAGCCAAGCTCACCTCTCTCCCTTTCCAGCAGTTTAAGCACAATATCTC
CACTGTTGATTGCCAGCCTTCTGGTCCCGCCTCCGGTATGCTCGTTTTCGTCTCCGGTAA
CCTCCAGCTCGCCGGCGAGGAGCACGCCCTCAAGTTCAGCCAGATGTTTCACTTGATGCC
GACACCACAAGGAAGCTTTTACGTGTTCAACGATATCTTCAGGCTCAACTACTCCTGAAC
ATCTATCAGATTGTTGCATTCCCTTACTACACTATTTGTGCAATTTAATCATATCCCGTT
TGTCTTTCTTTTTTTT*CTTTATTCATATATGATTTGTCTTGGAAACAGAAGAAAACTCT
TTGTCTGTTTGAGTATTTGCGTTGCTCATTTGTTATTTCTAATCTATTGGCTTTGATCAG
AC

QA 3 604 3 604
DS 

RD RR1GR16TF 604 0 0
GG
GTCTCTGTCTACTACCTCTTTCTCTCCTTCTCTCGAGTCGGCGCAGATGGATCCCGATGC
TGTGGCGAAGGCCTTTGTCGAACACTACTACTCAACCTTCGACACAAACCGTGCCGGTCT
AGCAGGTCTCTACCAGGAAGCTTCGATGCTCACCTTCGAGGGTCAGAAGATCCAAGGAGT
CCAGAGCATCGTAGCCAAGCTCACCTCTCTCCCTTTCCAGCAGTTTAAGCACAATATCTC
CACTGTTGATTGCCAGCCTTCTGGTCCCGCCTCCGGTATGCTCGTTTTCGTCTCCGGTAA
CCTCCAGCTCGCCGGCGAGGAGCACGCCCTCAAGTTCAGCCAGATGTTTCACTTGATGCC
GACACCACAAGGAAGCTTTTACGTGTTCAACGATATCTTCAGGCTCAACTACTCCTGAAC
ATCTATCAGATTGTTGCATTCCCTTACTACACTATTTGTGCAATTTAATCATATCCCGTT
TGTCTTTCTTTTTTTT*CTTTATTCATATATGATTTGTCTTGGAAACAGAAGAAAACTCT
TTGTCTGTTTGAGTATTTGCGTTGCTCATTTGTTATTTCTAATCTATTGGCTTTGATCAG
AC

QA 3 604 3 604
DS 

RD RR1DO43TF 604 0 0
GGATC
GTCTCTGTCTACTACCTCTTTCTCTCCTTCTCTCGAGTCGGCGCAGATGGATCCCGATGC
TGTGGCGAAGGCCTTTGTCGAACACTACTACTCAACCTTCGACACAAACCGTGCCGGTCT
AGCAGGTCTCTACCAGGAAGCTTCGATGCTCACCTTCGAGGGTCAGAAGATCCAAGGAGT
CCAGAGCATCGTAGCCAAGCTCACCTCTCTCCCTTTCCAGCAGTGTAAGCACAATATCTC
CACTGTTGATTGCCAGCCTTCTGGTCCCGCCTCCGGTATGCTCGTTTTCGTCTCCGGTAA
CCTCCAGCTCGCCGGCGAGGAGCACGCCCTCAAGTTCAGCCAGATGTTTCACTTGATGCC
GACACCACAAGGAAGCTTTTACGTGTTCAACGATATCTTCAGGCTCAACTACTCCTGAAC
ATCTATCAGATTGTTGCATTCCCTTACTACACTATTTGTGCAATTTAATC*TATCCCGTT
TGTCTTTCTTTTTTTT*CTTTATTCATATATGATTTGTCTTGGAAACAGAAGAAAACTCT
TTGTCTGTTTGAGTATTTGCGTTGCTCATTTGTTATTTCTAATCTATTGGCTTTGATCA

QA 6 604 6 604
DS 

RD RR1C460JQ 601 0 0
GG
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GAAGGCCTTTGTCGAACACTACTACTCAACCTTCGACACAAACCGTGCCGGTCTATCAGG
TCTCTACCAGGAAGCTTCGATGCTCACCTTCGAGGGTCAGAAGATCCAAGGAGTCCAGAG
CATCGTAGCCAAGCTCACCTCTCTCCCTTTCCAGCAGTGTAAGCACAATATCTCCACTGT
TGATTGCCAGCCTTCTGGTCCCGCCTCCGGTATGCTCGTTTTCGTCTCCGGTAACCTCCA
GCTCGCCGGCGAGGAGCACGCCCTCAAGTTCAGCCAGATGTTTCACTTGATGCCGACACC
ACAAGGAAGCTTTTACGTGTTCAACGATATCTTCAGGCTCAACTACTCCTGAACATCTAT
CAGATTGTTGCATTCCCTTACTACACTATTTGTGCAATTTAATCATATCCCGTTTGTCTT
TCTTTTTTTT*CTTTATTCATATATGATTTGTCTTGGAAACAGAAGAAAACTCTTTGTCT
GTTTGAGTATTTGCGTTGCTCATTTGTTATTTCTAATCTATTGGCTTTGATCAGACAAT

QA 3 601 3 601
DS 

RD RR1C460TF 601 0 0
GG
GTCTACTACCTCTTTCTCTCCTTCTCTCGAGTCGGCGCAGATGGATCCCGATGCTGTGGC
GAAGGCCTTTGTCGAACACTACTACTCAACCTTCGACACAAACCGTGCCGGTCTATCAGG
TCTCTACCAGGAAGCTTCGATGCTCACCTTCGAGGGTCAGAAGATCCAAGGAGTCCAGAG
CATCGTAGCCAAGCTCACCTCTCTCCCTTTCCAGCAGTGTAAGCACAATATCTCCACTGT
TGATTGCCAGCCTTCTGGTCCCGCCTCCGGTATGCTCGTTTTCGTCTCCGGTAACCTCCA
GCTCGCCGGCGAGGAGCACGCCCTCAAGTTCAGCCAGATGTTTCACTTGATGCCGACACC
ACAAGGAAGCTTTTACGTGTTCAACGATATCTTCAGGCTCAACTACTCCTGAACATCTAT
CAGATTGTTGCATTCCCTTACTACACTATTTGTGCAATTTAATCATATCCCGTTTGTCTT
TCTTTTTTTT*CTTTATTCATATATGATTTGTCTTGGAAACAGAAGAAAACTCTTTGTCT
GTTTGAGTATTTGCGTTGCTCATTTGTTATTTCTAATCTATTGGCTTTGATCAGAC
AAT

QA 3 598 3 598
DS 



AS 1 4

CO CL854Contig1 1254 4 11 U
GGACATTCCCCCTTTCTCCCAAACTCTCGAAGACGATAAAATCCCTAATTTCCCCAATCG
ATTCGTGCGAAGCCGATCTCTACATCTCCTTCGATCTCTCTCTTTTGAGCTTTCATCTGA
TTTAATTGAGCTGAAGATGTCGGACCCTTTGAGTATGTCTCTTGACGATATGGTGAAGAG
GAGCAAGGCCGCTAAAAAGTCTGGTGGTAAAGGAGTCTCCCGCGGTGGATCTGGAGCTAA
AGGTTTAACCGGAGGTGGAAGGGGAGCTGGTGGACCTGTTCGTAGAGGTCCTCTTGCTGT
GAAGGCTAGGCCATCATCCTTTTCCAACAAGCTTAACCGCAGGAAGAAGAACTTGCCATG
GCAGAATGGTTTGTTTGAAGAAAGCATGAGATCCGTTGGAGTAACCGGCATAGAAGTTGG
AACCACTGTTTATGTTACCAACCTCGATCAGGGAGTCACTAATGAAGATATCAGGGAACT
CTTTGGTGAGATTGGAGAGATGAAAAGATATGCAATTCACTATGACCAGAACGGGCGTCC
AAATGGCTCGGCGGAAGTTGTGTATATGAGAAGAAGTGATGCATTTCAAGCTATGAAGAG
ATACAACAATGTTCTGTTGGATGGAAGGTCAATGAAATTGGAGATTCTGGGTGGAAACAA
TGAGGTTGCTCCTGCT*CAGCTCGTGTTAATGTAACCGGGTTGAACGGAAGGATGAAGAG
AACTGTTTCCATTGGACAAGGAGTTAGAGGTGGGAGAGGAAGAGGAAGAAGTGCAGCTCC
TTCTATTAGACACCTTCCAATTGGCAACCAACAAGGAGGTGGTGTGAGAAGTGGCCGAGG
AGGGTTTCGTGGTAGAGGCCGAGGCCAAGCCGGTGGTGGAAGAGGGAATAAAGGCGGCCG
AGGCGGAAAGAAGGCGATGGAGAAGTCGGCTGAAGAACTAGACAAGGATCTTGAAACCTA
TCACGCAGAAGCGATGAACATCTTTTAAGCAAACGCGATGTCTTTGCATCTTGCTGTGTG
CTTTGTCCTTGTTTAATGTTGTCTTTTTCTTTCTGGATTACCCTCTTGCTATAATTTCTT
TTAGGATGCTTTGCTTTGGGTTGTTTTTTATCGTCGCTTTTACAGTCACCTTGGTTAAAG
TTTAAATGAGATTTAGGTGTAAATTAAAAGCTCTCTCGCATGATGGTGTTTACTTTGTAA
TTGGTGAACGCTGAATTATTTATCCGTCTTTCTATTCAAATTCATTGGTGCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI96TF U 1
AF RR1A915TF U 187
AF RR1GP64TF U 211
AF RR1A915JQ C 503
BS 1 587 RR1CI96TF
BS 588 588 RR1A915TF
BS 589 626 RR1CI96TF
BS 627 627 RR1A915TF
BS 628 676 RR1CI96TF
BS 677 677 RR1A915TF
BS 678 686 RR1CI96TF
BS 687 687 RR1A915TF
BS 688 727 RR1CI96TF
BS 728 902 RR1A915TF
BS 903 1254 RR1A915JQ

RD RR1CI96TF 727 0 0
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ATTCGTGCGAAGCCGATCTCTACATCTCCTTCGATCTCTCTCTTTTGAGCTTTCATCTGA
TTTAATTGAGCTGAAGATGTCGGACCCTTTGAGTATGTCTCTTGACGATATGGTGAAGAG
GAGCAAGGCCGCTAAAAAGTCTGGTGGTAAAGGAGTCTCCCGCGGTGGATCTGGAGCTAA
AGGTTTAACCGGAGGTGGAAGGGGAGCTGGTGGACCTGTTCGTAGAGGTCCTCTTGCTGT
GAAGGCTAGGCCATCATCCTTTTCCAACAAGCTTAACCGCAGGAAGAAGAACTTGCCATG
GCAGAATGGTTTGTTTGAAGAAAGCATGAGATCCGTTGGAGTAACCGGCATAGAAGTTGG
AACCACTGTTTATGTTACCAACCTCGATCAGGGAGTCACTAATGAAGATATCAGGGAACT
CTTTGGTGAGATTGGAGAGATGAAAAGATATGCAATTCACTATGACCAGAACGGGCGTCC
AAATGGCTCGGCGGAAGTTGTGTATATGAGAAGAAGTGATGCATTTCGAGCTATGAAGAG
ATACAACAATGTTCTGTTGGATGGAAAGTCAATGAAATTGGAGATTCTGGGTGGAAACAA
TGAGGTTGCTCCTGCTGCAGCTCGTGCTAATGTAACCGGGTTGAACGGAAGGATGAAGAG
AACTGTT

QA 1 727 1 727
DS 

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AACCGGAGGTGGAAGGGGAGCTGGTGGACCTGTTCGTAGTGGTCCTCTTGCTGTGAAGGC
TAGGCCATCATCCTTTTCCAACAAGCTTAACCGCAGGAAGAAGAACTTGCCATGGCAGAA
TGGTTTGTTTGAAGAAAGCATGAGATCCGTTGGAGTAACCGGCATAGAAGTTGGAACCAC
TGTTTATGTTACCAACCTCGATCAGGGAGTCACTAATGAAGATATCAGGGAACTCTTTGG
TGAGATTGGAGAGATGAAAAGATATGCAATTCACTATGACCAGAACGGGCGTCCAAATGG
CTCGGCGGAAGTTGTGTATATGAGAAGAAGTGATGCATTTCAAGCTATGAAGAGATACAA
CAATGTTCTGTTGGATGGAAGGTCAATGAAATTGGAGATTCTGGGTGGAAACAATGAGGT
TGCTCCTGCT*CAGCTCGTGTTAATGTAACCGGGTTGAACGGAAGGATGAAGAGAACTGT
TTCCATTGGACAAGGAGTTAGAGGTGGGAGAGGAAGAGGAAGAAGTGCAGCTCCTTCTAT
TAGACACCTTCCAATTGGCAACCAACAAGGAGGTGGTGTGAGAAGTGGCCGAGGAGGGTT
TCGTGGTAGAGGCCGAGGCCAAGCCGGTGGTGGAAGAGGGAATAAAGGCGGCCGAG
CGGAAAG

QA 1 716 1 716
DS 

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GGGAGTCTCCCGCGG
TGGATCTGGAGCTAAAGGTTTAACCGGAGGTGGAAGGGGAGCTGGTGGACCTGTTCGTAG
AGGTCCTCTTGCTGTGAAGGCTAGGCCATCATCCTTTTCCAACAAGCTTAACCGCAGGAA
GAAGAACTTGCCATGGCGGAATGGTTTGTTTGAAGAAAGCATGAGATCCGTTGGAGTAAC
CGGCATAGAAGTTGGAACCACTGTTTATGTTACCAACCTCGATCAGGGAGTCACTAATGA
AGATATCAGGGAACTCTTTGGTGAGATTGGAGAGATGAAAAGATATGCAATTCACTATGA
CCAGAACGGGCGTCCAAATGGCTCGGCGGAAGTTGTGTATATGAGAAGAAGTGATGCATT
TCAAGCTATGAAGAGATACAACAATGTTCTGTTGGATGGAAGGTCAATGAAATTGGAGAT
TCTGGGTGGAAACAATGAGGTTGCTCCTGCTGCAGCTCGTGTTAATGTAACCGGGTTGAA
CGGAAGGATGAAGAGAACTGTTTCCATTGGACAAGGAGTTAGAGGTGGGAGAGGAAGAGG
AAGAAGTGCAGCTCCTTCTATTAGACACCTTCCAATTGGCAACCAACAAGGAGGTGGTGT
GAGAAGTGGCCGAGGAGGGTTTCGTGGTAGAGGCCGAGGCCAAGCCGGTGGTGGAAGAGG
GAATAAAGGCGGCCGAG
CGGAAGA

QA 16 692 16 692
DS 

RD RR1A915JQ 752 0 0
AAAAGATATGCAATTCACTATGACCAGAACGGGCGTCCAAATGGCTCGGCGGAAGTTGTG
TATATGAGAAGAAGTGATGCATTTCAAGCTATGAAGAGATACAACAATGTTCTGTTGGAT
GGAAGGTCAATGAAATTGGAGATTCTGGGTGGAAACAATGAGGTTGCTCCTGCT*CAGCT
CGTGTTAATGTAACCGGGTTGAACGGAAGGATGAAGAGAACTGTTTCCATTGGACAAGGA
GTTAGAGGTGGGAGAGGAAGAGGAAGAAGTGCAGCTCCTTCTATTAGACACCTTCCAATT
GGCAACCAACAAGGAGGTGGTGTGAGAAGTGGCCGAGGAGGGTTTCGTGGTAGAGGCCGA
GGCCAAGCCGGTGGTGGAAGAGGGAATAAAGGCGGCCGAGGCGGAAAGAAGGCGATGGAG
AAGTCGGCTGAAGAACTAGACAAGGATCTTGAAACCTATCACGCAGAAGCGATGAACATC
TTTTAAGCAAACGCGATGTCTTTGCATCTTGCTGTGTGCTTTGTCCTTGTTTAATGTTGT
CTTTTTCTTTCTGGATTACCCTCTTGCTATAATTTCTTTTAGGATGCTTTGCTTTGGGTT
GTTTTTTATCGTCGCTTTTACAGTCACCTTGGTTAAAGTTTAAATGAGATTTAGGTGTAA
ATTAAAAGCTCTCTCGCATGATGGTGTTTACTTTGTAATTGGTGAACGCTGAATTATTTA
TCCGTCTTTCTATTCAAATTCATTGGTGCTTG

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 7

CO CL855Contig1 817 7 19 U
GGATTATAGTAGCTTTTAACTCTCAGCTTCTCTCCTCACTTGAGTAGAAGAAAATGTCGA
TCATTCCAATCAACGATGATCGCCGGAGAATCTCTCCCGGCGATAGAATCTGGGAGCCAT
TTGAACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCCATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACT
TTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATCCACCGTCGAGACCCAGC
TCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAAAGCGTATCTTCCGGGAACGACTC
AGTACGAAGCGATCGTGTTCGTGGATGACGAAGGATACCTCCAGATCTGCACGGGAGACA
ACAAGTTCATGAGCAGGTTCAAGCTCCCCGACAACGCTTTGATGGATCAGGTGACGGCGT
GGATGGAGGATTGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAAAGATGGTGCTGCTTCTTCGCAGT
CAACGCCGGGGATCGAGGAGAATCGCAATGTGAGAGTGGTGGAGATTACCGGCGATGATG
ATTAAATCAAGTCTTGGGACTTTTAAAGTCTGTGTAATAAAATAAACAGAGTAATCGCGT
ATTTAGATTTGTGATTGGAAGTCCTTTGTGATCTTGTGTGAAGTTCCTTTTGTTATAAAG
GAATCTGTGTCGTTTTGCTGAATTGGAAAAAAGTATGTATAATAGAGAAAATTTGAAGGT
CTGCAAAAATAACTCATCATCAAATAAGAACTAGCGGAAAATATAACATTTTGATAACAG
TGATGGATCTATACAGTATATCTTTTCGGCTTTGATT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 20 15 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA04TF U 1
AF RR1CR31JQ C 2
AF RR1CR31TF U 2
AF RR1HA04JQ C 115
AF RR1AB61TF U 35
AF RR1EU52JQ C 164
AF RR1EU52TF U 36
BS 1 94 RR1HA04TF
BS 95 95 RR1CR31TF
BS 96 320 RR1HA04TF
BS 321 321 RR1CR31TF
BS 322 457 RR1HA04TF
BS 458 458 RR1CR31TF
BS 459 537 RR1HA04TF
BS 538 538 RR1CR31TF
BS 539 580 RR1HA04TF
BS 581 662 RR1CR31TF
BS 663 663 RR1AB61TF
BS 664 681 RR1CR31TF
BS 682 682 RR1AB61TF
BS 683 691 RR1CR31TF
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BS 693 710 RR1CR31TF
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BS 719 817 RR1AB61TF

RD RR1HA04TF 580 0 0
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TCATTCCAATCAACGATGATCGCCGGAGAATCTCCCCCGGCGATAGAATCTGGGAGCCAT
TTGAACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCCATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACT
TTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATCCACCGTCGAGACCCAGC
TCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAAAGCGTATCTTCCGGGAACGACTC
AGTACGAAGCGATCGTGTTCTTGGATGACGAAGGATACCTCCAGATCTGCACGGGAGACA
ACAAGTTCATGAGCAGGTTCAAGCTCCCCGACAACGCTTTGATGGATCAGGTGACGGCGT
GGATGGAGGATTGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAAGGATGGTGCTGCTTCTTCGCAGT
CAACGCCGGGGATCGAGGAGAATCGCAATGTGAGAGTGGTGGAGATTACCGGCGATGGTG
ATTAAATCAAGTCTTGGGACTTTTAAAGTCTGTGTAATAA

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1CR31JQ 722 0 0
GGA
TATAGTAGCTTTTAACTCTCAGCTTCTCTCCTCACTTGAGTAGAAGAAAATGTCGATCAT
TCCAATCAACGATGATCGCCGGAGAATCTCTCCCGGCGATAGAATCTGGGAGCCATTTGA
ACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCCATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACTTTCC
TTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATCCACCGTCGAGACCCAGCTCAA
CTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAAAGCGTATCTTCCGGGAACGACTCAGTA
CGAAGCGATCGTGTTCGTGGATGACGAAGGATACCTCCAGATCTGCACGGGAGACAACAA
GTTCATGAGCAGGTTCAAGCTCCCCGACAACGCTTTGATGGATCAGGTGACGGCGTGGAT
GGAGGATTGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAAAGATGGTGCTGCTTCTTCGCAGTCAAC
GCCGGGGATCGAGGAGAATCGCAATGTGAGAGTGGTGGAGATTACCGGCGATGATGATTA
AATCAAGTCTTGGGACTTTTAAAGTCTGTGTAATAAAATAAACAGAGTAATCGCGTATTT
AGATTTGTGATTGGAAGTCCTTTGTGATCTTGTGTGAAGTTCCTTTTGTTATAAAGGAAT
CTGTGTCGTTTTGCTGAATTGGAAAAAAGTATGTATAATAGAGAAAATTTGAA
GGTCGG

QA 4 716 4 716
DS 

RD RR1CR31TF 720 0 0
GGA
TATAGTAGCTTTTAACTCTCAGCTTCTCTCCTCACTTGAGTAGAAGAAAATGTCGATCAT
TCCAATCAACGATGATCGCCGGAGAATCTCTCCCGGCGATAGAATCTGGGAGCCATTTGA
ACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCCATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACTTTCC
TTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATCCACCGTCGAGACCCAGCTCAA
CTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAAAGCGTATCTTCCGGGAACGACTCAGTA
CGAAGCGATCGTGTTCGTGGATGACGAAGGATACCTCCAGATCTGCACGGGAGACAACAA
GTTCATGAGCAGGTTCAAGCTCCCCGACAACGCTTTGATGGATCAGGTGACGGCGTGGAT
GGAGGATTGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAAAGATGGTGCTGCTTCTTCGCAGTCAAC
GCCGGGGATCGAGGAGAATCGCAATGTGAGAGTGGTGGAGATTACCGGCGATGATGATTA
AATCAAGTCTTGGGACTTTTAAAGTCTGTGTAATAAAATAAACAGAGTAATCGCGTATTT
AGATTTGTGATTGGAAGTCCTTTGTGATCTTGTGTGAAGTTCCTTTTGTTATAAAGGA*T
CTGTGTCGTTTTGCTGA*TTGGAAAAA*GTATGTATAATAGAGAAA
TTTGAAGTCGG

QA 4 709 4 709
DS 

RD RR1HA04JQ 610 0 0
AGCCATTTGAACTCATGAACACTTTCCTCGACTTCCCCTCGCCATCCCTCCTGCTCTCTC
GCCACTTTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATCCACCGTCGAGA
CCCAGCTCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAAAGCGTATCTTCCGGGAA
CGACTCAGTACGAAGCGATCGTGTTCTTGGATGACGAAGGATACCTCCAGATCTGCACGG
GAGACAACAAGTTCATGAGCAGGTTCAAGCTCCCCGACAACGCTTTGATGGATCAGGTGA
CGGCGTGGATGGAGGATTGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAAGGATGGTGCTGCTTCTT
CGCAGTCAACGCCGGGGATCGAGGAGAATCGCAATGTGAGAGTGGTGGAGATTACCGGCG
ATGGTGATTAAATCAAGTCTTGGGACTTTTAAAGTCTGTGTAATAAAATAAACAGAGTAA
TCGCGTATTTAGATTTGTGATTGGAAGTCCTTTGTGATCTTGTGTGAAGTTCCTTTTGTT
ATAAAGGAATCTGTGTCGTTTTGCTGAATTGGAAAAAAGTATGTATAATAGAGAAAATTT
GAAGGTC
TGC

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1AB61TF 783 0 0
GGG
ACTTGAGTAGAAGAAAATGTCGATCATTCCAATCAACGATGATCGCCGGAGAATCTCTCC
CGGCGATAGAATCTGGGAGCCATTTGAACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCC
ATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACTTTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTC
TCCATCCACCGTCGAGACCCAGCTCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAA
AGCGTATCTTCCGGGAACGACTCAGTACGAAGCGATCGTGTTCGTGGATGACGAAGGATA
CCTCCAGATCTGCACGGGAGACAACAAGTTCATGAGCAGGTTCAAGCTCCCCGACAACGC
TTTGATGGATCAGGTGACGGCGTGGATGGAGGATTGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAA
AGATGGTGCTGCTTCTTCGCAGTCAACGCCGGGGATCGAGGAGAATCGCAATGTGAGAGT
GGTGGAGATTACCGGCGATGATGATTAAATCAAGTCTTGGGACTTTTAAAGTCTGTGTAA
TAAAATAAACAGAGTAATCGCGTATTTAGATTTGTGATTGGAAATCCTTTGTGATCTTGT
GTGAAGTTCCTTTTGTTATAAAGGAATCTGTGTCGTTTTGCTGAATTGGAAAAAAGTATG
TATAATAGAGAAAATTTGAAAGTCTGCAAAAATAACTCATCATCAAATAAGAACTAGCGG
AAAATATAACATTTTGATAACAGTGATGGATCTATACAGTATATCTTTTCGGCTTTGATT

QA 4 783 4 783
DS 

RD RR1EU52JQ 636 0 0
CCTGCTCTCTCGCCACTTTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATC
CACCGTCGAGACCCAGCTCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAAAGCGTA
TCTTCCGGGAACGACTCAGTACGAAGCGATCGTGTTCGTGGATGACGAAGGATACCTCCA
GATCTGCACGGGAGACAACAAGTTCATGAGCAGGTTCAAGCTCCCCGACAACGCTTTGAT
GGATCAGGTGACGGCGTGGATGGAGGATTGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAAAGATGG
TGCTGCTTCTTCGCAGTCAACGCCGGGGATCGAGGAGAATCGCAATGTGAGAGTGGTGGA
GATTACCGGCGATGATGATTAAATCAAGTCTTGGGACTTTTAAAGTCTGTGTAATAAAAT
AAACAGAGTAATCGCGTATTTAGATTTGTGATTGGAAGTCCTTTGTGATCTTGTGTGAAG
TTCCTTTTGTTATAAAGGAATCTGTGTCGTTTTGCTGAATTGGAAAAAAGTATGTATAAT
AGAGAAAATTTGAAGGTCTGCAAAAATAACTCATCATCAAATAAGAACTAGCGGAAAATA
TAACATTTTGATAACAGTGATGGATCTATACAGTA
C

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1EU52TF 763 0 0
GG
ACTTGAGTAGAAGAAAATGTCGATCATTCCAATCAACGATGATCGCCGGAGAATCTCTCC
CGGCGATAGAATCTGGGAGCCATTTGAACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCC
ATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACTTTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTC
TCCATCCACCGTCGAGACCCAGCTCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAA
AGCGTATCTTCCGGGAACGACTCAGTACGAAGCGATCGTGTTCGTGGATGACGAAGGATA
CCTCCAGATCTGCACGGGAGACAACAAGTTCATGAGCAGGTTCAAGCTCCCCGACAACGC
TTTGATGGATCAGGTGACGGCGTGGATGGAGGATTGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAA
AGATGGTGCTGCTTCTTCGCAGTCAACGCCGGGGATCGAGGAGAATCGCAATGTGAGAGT
GGTGGAGATTACCGGCGATGATGATTAAATCAAGTCTTGGGACTTTTAAAGTCTGTGTAA
TAAAATAAACAGAGTAATCGCGTATTTAGATTTGTGATTGGAAGTCCTTTGTGATCTTGT
GTGAAGTTCCTTTTGTTATAAAGGAATCTGTGTCGTTTTGCTGAATTGGAAAAA*GTATG
TATAATAGAGAAAATTTGA*GGTCTGCAAAA*TAACTCATCATCAAATAAGAACTAGCGG
AAA*TATAACATTTTGATAACAGTGATGGATCTATACAGTA

QA 3 763 3 763
DS 



AS 1 5

CO CL856Contig1 809 5 23 U
GGACAAAAACTCAACTCATCATCTTATAATTATTCTCTCCGAAATAAGAAACCAAAACCC
AATTTCGTTACCTCTTCCCTCAATCCATAAGTCAA*AAAATCATCAAGCTTTAAGCTCAA
AAAACTCGATCTAGAACTGGTTTGGAGAAGATGGGCTCTGAAGGACCAAAAGCAATTACG
ATTCACGTGACTGGCTTCAAGAGGTTCCTTGGTGTAACCGAAAACCCTACTGAGAAAATC
GCTAGTAATCTGAAATCGTATGTGGAGAAACGAGGGTTGCCTTCTGGGCTAACTCTTGGT
AGCTGCACTGTTCTTGAGTCTGCTGGGGAAGGTGGAAAGGCTCGGCTTTATCAGGTTCTC
GAGTCTAGTGTTGCTGCTGCCTCTGGTGATAACAAGAACACCAATGGAACTGTTGTCTGG
CTTCATCTTGGAGTGAATAGCGGATCGGAAAAATTCGCAATTGAAAGACAAGCAGTGAAC
GAAGCTCATTTCCGTTGTCCTGATCAATTAGGCTGGCAACCACAGAGGCTTCCTATAGTT
TTTGAAGATGGAAGCATTTTAAAGGCAAAAGAGACTACATGTCCAACAGAGTCGATATTC
AATATACTAAAGAACAAAGGCTACGACGTCGTTCAATCAGACGACGCTGGACGGTTCGTG
TGCAACTACCTCTACTATCACTCCCTCAG*TTCGCTGAGCAAAAGGGACACAAGTCACTC
TTCCTCCACGTTCCTTTATTCTCCAAAATCGATGAAGATACTCAGATGCAGTTCGTGGTC
TCTCTCTTGGAGGCAATTGCAGCTACTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 10 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB29TF U 1
AF RR1CL82TF U 1
AF RR1C591TF U 41
AF RR1FH90JQ C 404
AF RR1FH90TF U 40
BS 1 317 RR1CB29TF
BS 318 318 RR1CL82TF
BS 319 344 RR1CB29TF
BS 345 375 RR1CL82TF
BS 376 376 RR1C591TF
BS 377 416 RR1CL82TF
BS 417 417 RR1FH90TF
BS 418 566 RR1CL82TF
BS 567 567 RR1FH90TF
BS 568 629 RR1CL82TF
BS 630 630 RR1FH90TF
BS 631 664 RR1CL82TF
BS 665 665 RR1C591TF
BS 666 737 RR1CL82TF
BS 738 738 RR1FH90TF
BS 739 739 RR1CL82TF
BS 740 740 RR1C591TF
BS 741 747 RR1CL82TF
BS 748 748 RR1C591TF
BS 749 755 RR1CL82TF
BS 756 756 RR1FH90TF
BS 757 769 RR1CL82TF
BS 770 809 RR1FH90TF

RD RR1CB29TF 344 0 0
GGACAAAAACTCAACTCATCATCTTATAATTATTCTCTCCGAAATAAGAAACCAAAACCC
AATTTCGTTACCTCTTCCCTCAATCCATAAGTCAA*AAAATCATCAAGCTTTAAGCTCAA
AAAACTCGATCTAGAACTGGTTTGGAGAAGATGGGCTCTGAAGGACCAAAAGCAATTACG
ATTCACGTGACTGGCTTCAAGAGGTTCCTTGGTGTAACCGAAAACCCTACTGAGAAAATC
GCTAGTAATCTGAAATCGTATGTGGAGAAACGAGGGTTGCCTTCTGGGCTAACTCTTGGT
AGCTGCACTGTTCTTGA*TCTGCTGGGGAAGGTGGAAAGGCTCG

QA 1 344 1 344
DS 

RD RR1CL82TF 769 0 0
GGACAAAAACTCAACTCATCATCTTATAATTATTCTCTCCGAAATAAGAAACCAAAACCC
AATTTCGTTACCTCTTCCCTCAATCCATAAGTCAA*AAAATCATCAAGCTTTAAGCTCAA
AAAACTCGATCTAGAACTGGTTTGGAGAAGATGGGCTCTGAAGGACCAAAAGCAATTACG
ATTCACGTGACTGGCTTCAAGAGGTTCCTTGGTGTAACCGAAAACCCTACTGAGAAAATC
GCTAGTAATCTGAAATCGTATGTGGAGAAACGAGGGTTGCCTTCTGGGCTAACTCTTGGT
AGCTGCACTGTTCTTGAGTCTGCTGGGGAAGGTGGAAAGGCTCGGCTTTATCAGGTTCTC
GAGTCTAGTGTTGCTTCTGCCTCTGGTGATAACAAGAACACCAATGGAACTGTTGTTTGG
CTTCATCTTGGAGTGAATAGCGGATCGGAAAAATTCGCAATTGAAAGACAAGCAGTGAAC
GAAGCTCATTTCCGTTGTCCTGATCAATTAGGCTGGCAACCACAGAGGCTTCCTATAGTT
TTTGAAGATGGAAGCATTTTAAAGGCGAAAGAGACTACATGTCCAACAGAGTCGATATTC
AATATACTAAAGAACAAAGGCTACGACGTTGTTCAATCAGACGACGCTGGACGGTTCGTG
TGCA*CTACCTCTACTATCACTCCCTCAG*TTCGCTGAGCAAAAGGGACACAAGTCACTC
TTCCTCCACGTTCCTTTGT*CTCCAAA*TCGATGA*GATACTCAGATGC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1C591TF 719 0 0
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TCATCAAGCTTTAAGCTCAAAAAACTCGATCTAGAACTGGTTTGGAGAAGATGGGCTCTG
AAGGACCAAAAGCAATTACGATTCACGTGACTGGCTTCAAGAGGTTCCTTGGTGTAACCG
AAAACCCTACTGAGAAAATCGCTAGTAATCTGAAATCGTATGTGGAGAAACGAGGGTTGC
CTTCTGGGCTAACTCTTGGTAGCTGCACTGTTCTTGAGTCTGCTGGGGAAGGTGGAAAGG
CTCGGCTTTATCAGGTTCTCGAGTCTAGTGTTGCTGCTGCCTCTGGTGATAACAAGAACA
CCAATGGAACTGTTGTTTGGCTTCATCTTGGAGTGAATAGCGGATCGGAAAAATTCGCAA
TTGAAAGACAAGCAGTGAACGAAGCTCATTTCCGTTGTCCTGATCAATTAGGCTGGCAAC
CACAGAGGCTTCCTATAGTTTTTGAAGATGGAAGCATTTTAAAGGCGAAAGAGACTACAT
GTCCAACAGAGTCGATATTCAATATACTAAAGAACAAAGGCTACGACGTTGTTCAATCAG
ACGACGCTGGACGGTTCGTGTGCAACTACCTCTACTATCACTCCCTCAG*TTCGCTGAGC
AAAAGGGACACAAGTCACTCTTCCTCCACGTTCCTTTGTTCTCCAAAATCGATGA
GATA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1FH90JQ 375 0 0
ATGGAACTGTTGTCTGGCTTCATCTTGGAGTGAATAGCGGATCGGAAAAATTCGCAATTG
AAAGACAAGCAGTGAACGAAGCTCATTTCCGTTGTCCTGATCAATTAGGCTGGCAACCAC
AGAGGCTTCCTATAGTTTTTGAAGATGGAAGCATTTTAAAGGCAAAAGAGACTACATGTC
CAACAGAGTCGATATTCAATATACTAAAGAACAAAGGCTACGACGTCGTTCAATCAGACG
ACGCTGGACGGTTCGTGTGCAACTACCTTTACTATCACTCCCTCAGGTTCGCTGAGCAAA
AGGGACACAAGTCACTTTTCCTCCACGTTCCTTTATTTTCCAAAATCGATGAAGATACTC
AGATGCAGTTCGT
GG

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR1FH90TF 770 0 0
G
GAAAGAAGAAACCAAAACCCAATTTTGTTACCTCTTCCCTCAATCCATAAGTCAAGAAAA
TCATCAAGCTCTAAGCTCAAAAAACTCGATCTAGAACTGGTTTGGAGAAGATGGGCTCTG
AAGGACCAAAAGCAATTACGATTCACGTGACTGGCTTCAAGAGGTTCCTTGGTGTATCCG
AAAACCCTACTGAGAAAATCGCTAGTAATCTGAAATCGTATGTGGAGAAACGAGGGTTGC
CTTCTGGGCTGACTCTTGGTACCTGCACTGTTCTTGAGTCTGCTGGGGAAGGTGGAAAGG
CTCGGCTTTATCAGGTTCTGGAGTCTAGTGTTGCTGCCCCCTCTGGAGATAACAAGAACA
CCAATGGAACTGTTGTCTGGCTTCATCTTGGAGTGAATAGCGGATCGGAAAAATTCGCAA
TTGAAAGACAAGCAGTGAACGAAGCTCATTTCCGTTGTCCTGATCAATTAGGCTGGCAAC
CACAGAGGCTTCCTATAGTTTTTGAAGATGGAAGCATTTTAAAGGCAAAAGAGACTACAT
GTCCAACAGAGTCGATATTCAATATACTAAAGAACAAAGGCTACGACGTCGTTCAATCAG
ACGACGCTGGACGGTTCGTGTGCAACTACCTCTACTATCACTCCCTCAG*TTCGCTGAGC
AAAAGGGACACAAGTCACTCTTCCTCCACGTTCCTTTATTCTCCAAAATCGATGAAGATA
CTCAGATGCAGTTCGTGGTCTCTCTCTTGGAGGCAATTGCAGCTACTTG

QA 2 770 2 770
DS 



AS 1 6

CO CL857Contig1 1194 6 27 U
CCCCAATTCTTCTTCTTTTGTTGATCAATCCAAACAAACATCAAAATGATTAAATGTTCA
AAATCAACATGGTTAAATGTTCAAAAAAAAAACATGATTTTAAATATTCACATCCTTTGT
GGCTTTTGATCTTAAGAAGACAACAACACATGAGAAACATAAAAGGAATTACAAATTATT
TCAATCCAAAATCATCAAATGTGTTCACAAATTCACAAGTGCAAACACCAAAACTGCCAT
CGTCATAGCAATTCTCCCAAATATTTGGTTTCCTTTAATAACGTTAGAAAACGACCCGCT
GCCCTGTGGCCGTGTGAAAACCAGCGGCGGCGGTGGCGTTTGCGATAAAGCAGGAGGCGG
GAAAAATAAAGCCGGTGACGGTGGAGGCGGCGGAAACGATAGAGGAGGTGGAGAGGATGG
AGGCGACGATGACAAAGCAGAGGTTTGATACCTCAAAAGACATTTAGGAGTAAAGATCAG
AGCAGAACTTGGTGAACCGCAACAAGTTGAAACTCTTAAGAGCGCAAATCTGAGACAAAC
GGTACAGTTTAACCGGTCAAGACCAGGACTACACTGAACCATTGACTCAAACCCATAAGA
ACCCTCTGCTTGAGTCACAAGTTCTTGATCTTCCACAAAATACGGAACCAAAGAGGACGA
AGACACGTTGAGAATCAGTTGGTTGAATTTATCAGCTAGCGTTTCATTGAACGTATTCGA
GTTCGGAGCAGAGCGAAGAGAGTAAAGGACGATGCTCGGTCTGACCTCAAGAACAGAGAA
GAAGGAAACATTGGAGTACCGAACCATGCACTCTTCGTAGTATATGACCGCTGCTTTGTT
AAGAGTACAGTTTGTAGCGATCTCGATTGTAGCGGTCTGGACGCAGTCTGAGCAAGACGC
TGCGGTGGTGTCTCCTCTGCAGAGGAACATGCCGTGGACTGTGTTGGGACTACGACCGAC
TGTGGCGTTTGAATAGGTTCCGAGGGAGGAACTTTCGCGGAGAGAGGAGAGTAGGAGGTC
TCGGTTTGCTTTGTATGAACTGGTTTGTGTGAAGTTGTCGGAAGGGTTGCAGAAAGTAGT
CAAGTGTTCAGGTTGAGACATGGTTTGGTGAGAGAGCAGAGAGAAGAGGAAGAAGAAAAA
CAGAGGAGTAGAGAGTGTAATTATGATTCTTGCCATTTTATTTTGTGTGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1F525JQ U 1
AF RR1BR29JQ U 102
AF RR1DK54JQ U 28
AF RR1BR29TF C 397
AF RR1F525TF C 613
AF RR1EP52TF C 519
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AAATCAACATGGTTAAATGTTCAAAAAAAAAACATGATTTTAAATATTCACATCCTTTGT
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TCAATCCAAAATCATCAAATGTGTTCACAAATTCACAAGTGCAAACACCAAAACTGCCAT
CGTCATAGCAATTCTCCCAAATATTTGGTTTCCTTTAATAACGTTAAAAAACGACCCGCT
GCCCTGGGGCCGTGCGAAAACCAGCGGCGGGGGTGGCGTTTGCGATAAAGCAGGAGGCGG
GAAAAATAAAGCCGGTGACGGTGGAGGCGGCGGAAACGATAGAGGAGGTGGAGAGGATGG
AGG

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G
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AAGGAATTACAAATTATTTCAATCCAAAATCATCAAATGTGTTCACAAATTCACAAGTGC
AAACACCAAAACTGCCATCGTCATAGCAATTCTCCCAAATATTTGGTTTCCTTTAATAAC
GTTAGAAAACGACCCGCTGCCCTGTGGCCGTGTGAAAACCAGCGGCGGTGGTGGCGTTTG
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CGGAACCAAAGAGGACGAA

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AGAAACATGATTTTAAATATTCACATCCTTTGTGGCTTTTGATCTTAAGAAGACAACAAC
ACATGAGAAACATAAAAGGAATTACAAATTATTTCAATCCAAAATCATCAAATGTGTTCA
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GTTTCCTTTAATAACGTTAGAAAACGACCCGCTGCCCTGTGGCCGTGTGAAAACCAGCGG
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ACTACACTGAACCATTGACTCAAACTCATAAGAACCCTCTGCTTGAGTCACAAGTTCTTG
ATCTTCCACAAAATACGGAACCAAAGAGGACGAAGACACGTTGAGAATCAGTTGGTTGAA
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GACGATGCTCGGTCT

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DS 

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CGGTCTGACCTCAAGAACAGAGAAGGAGGAAACATTGGAGTACCGAACCATGCACTCTTC
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GTCGGAAGGGTTGCAGAAAGTAGTCAAGTGTTCAGGTTGAGACATGGTTTGGTGAGAGAG
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TTTATTTTGTGTGTGTCC

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GGAGTACCGAACCATGCACTCTTCGTAGTATATGACCGCTGCTTTGTTAAGAGTACAGTT
TATAGCGATCTCGATTGTAGCGGTCTGGACGCAGTCTGAGCAAGACGCTGCGGTGGTGTC
TCCTCTGCAGAGGAACATGCCGTGGACTGTGTTGGGACTACGACCGACTGTGGCGTTTGA
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CC

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DS 

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CCATTGACTCAAACTCATAAGAACCCTCTGCTTGAGTCACAAGTTCTTGATCTCCCACAA
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GCGTTTCATTGAACGTATTCGAGTTCGGAGCAGAGCGAAGAGAGTAAAGGACGATGCTCG
GTCTGACCTCAAGAACAGAGAAGAAGGAAACATTGGAGTACCGAACCATGCACTCTTCGT
AGTATATGACCGCTGCTTTGTTAAGAGTACAGTTTGTAGCGATCTCGATTGTAGCGGTCT
GGACGCAGTCTGAGCAAGACGCTGCGGTGGTGTCTCCTCTGCAGAGGAACATGCCGTGGA
CTGTGTTGGGACTACGACCGACTGTGGCGTTTGAATAGGTTCCGAGGGAGGAACTTTCGC
GGAGAGAGGAGAGTAGGAGGTCTCGGTTTGCTTTGTATGAACTGGTTTGTGTGAAGTTGT
CGGAAGGGTTGCAGAAAGTAGTCAAGTGTTCAGGTTGAGACATGGTTTGGTGAGAGAGCA
GAGAGAAGAGGAAGAAGAAAAACAGAGGAGTAGAGAGTGTAATTATGATTCTTGCCATTT
TATTTTGTGTGTGT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 7

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AATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTGTCATCTTCTGC
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AGGACTTAAGTATGCAAATTCACATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTCAGTGGCTACTAT
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GAGTGAGATTATATCCCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAAGCTCGCTGA
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AAGCAACCCCGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAACGGAATACACCAAGTTCTGCGA
AGAGGAAGACGCTGCTCACTAGGGTTTCTTTGTCTTTGCCAGTATGTCCTAAGCAAAACA
AGAGAACCCATGCTACAGTTTCAATCTTTTCGCTACTTGTCAATGTTTCCTATCTTTTTT
TATCAGATTTGTATTTCTATACTGTTTTGGTTAAAGATCATTCGATGAGTCTCAAGAGAG
CTTTAACTAAAAGTAAC


BQ
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
20 30 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI81TF U 46
AF RR1DA02TF U 9
AF RR1DA02JQ C 10
AF RR1AY10JQ C 22
AF RR1AY10TF U 22
AF RR1FR29TF U 1
AF RR1FR29JQ C 41
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RD RR1DI81TF 680 0 0
GGG
GAAAACAGAAAAAATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCT
GTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCAGCGTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTC
CTCAGTATTGGAAGGACTTAAGTATGCAAATTCACATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTC
AGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGT
GGAGCTGCCTGAAGAAAAAAGTTCAGTGACCAAAGAGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAG
TGTTAAGGCAACGAGTGAGATTATATCCCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACAC
AAAGCTCGCTGATTCACCTGGCTTGATTAACTCGAGCCCTTACGAAGATGGTTGGATGAT
AAAGGTGAAACCAAGCAATCCCGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAACGGAATACAC
CAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGGGTTTCTTTGTCTTTGCCAGTATGTC
CTAAGCAAAACAAGAGAACCCATGCTACAGTTTCAATCTTTTCGCTACTTGTCAATGTTT
CCTATCTTTTTT**TCAGATTTGTATTTCTATACTGTTTTGGTTAAAGATCATTCGATGA
GTCTCAAGA
GAGCTTTA

QA 4 672 4 672
DS 

RD RR1DA02TF 675 0 0
GGG
GAGAAAGAAAACAGAACCAAGAAAAAAAAGAGAGAAAGAAAACAGAAAAAATGGCACTGA
GAATGTGGGCTTCCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTGTCATCTTCTGCATCCAAATCTC
ATCTCCTTCCAGCGTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTATTGGAAGGACTTAAGT
ATGCAAATTCACATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTG
ACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCTGAAGAAAAAAGTT
CAGTGACCAAAGAGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTCGAGGCAACGAGTGAGATTA
TATCCCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAAGCTCGCTGATTCACCTGGCT
TGATTAACTCGAGCCCTTACGAAGATGGTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCCG
CAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAACGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACG
CTGCTCACTAGGGTTTCTTTGTCTTTGCCAGTATGTCCTAAGCAAAACAAGAGAACCCAT
GCTACAGTTTCAATCTTTTCGCTACTTGTCAATGTTTCCTATCTTTTTTTATCAGATTTG
TATTTCTATACT

QA 4 675 4 675
DS 

RD RR1DA02JQ 661 0 0
GG
GAGAAAGAAAACAGAACCAAGAAAAAAAAGAGAGAAAGAAAACAGAAAAAATGGCACTGA
GAATGTGGGCTTCCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTGTCATCTTCTGCATCCAAATCTC
ATCTCCTTCCAGCGTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTATTGGAAGGACTTAAGT
ATGCAAATTCACATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTG
ACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCTGAAGAAAAAAGTT
CAGTGACCAAAGAGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTCGAGGCAACGAGTGAGATTA
TATCCCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAAGCTCGCTGATTCACCTGGCT
TGATTAACTCGAGCCCTTACGAAGATGGTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCCG
CAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAACGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACG
CTGCTCACTAGGGTTTCTTTGTCTTTGCCAGTATGTCCTAAGCAAAACAAGAGAACCCAT
GCTACAGTTTCAATCTTTTCGCTACTTGTCAATGTTTCCTATCTTTTTTTATCAGATTT

QA 3 661 3 661
DS 

RD RR1AY10JQ 697 0 0
GG
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CCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTGTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCAG
CGTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTATTGGAAGGACTTAAGTATGCAAATTCAC
ATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGG
ATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCTGAAGAAAAAAGTTCAGTGACCAAAG
AGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTTAAGGCAACGAGTGAGATTATATCCCCAATCT
CTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAATCTCGCTGATTCACCTGGCTTGATTAACTCGA
GCCCTTACGAAGATGGTTGGATGACAAAGGTGAAACCAAGCAACCCCGCAGAGTTGGAAT
CCTTGATGGGTCCAACGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGG
GTTTCTTTGTCTTTGCCAGTATGTCCTAAGCAAAACAAGAGAACCCATGCTACAGTTTCA
ATCTTTTCGCTACTTGTCAATGTTTCCTATCTTTTTTTATCAGATTTGTATTTCTATACT
GTTTTGGTTAAAGCTCATTCGATGAGTCTCAAGA
C

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR1AY10TF 697 0 0
GG
AGAACCAAGAAAAAAAAGAGAGAAAGAAAACAGAAAAAATGGCACTGAGAATGTGGGCTT
CCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTGTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCAG
CGTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTATTGGAAGGACTTAAGTATGCAAATTCAC
ATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGG
ATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCTGAAGAAAAAAGTTCAGTGACCAAAG
AGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTTAAGGCAACGAGTGAGATTATATCCCCAATCT
CTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAATCTCGCTGATTCACCTGGCTTGATTAACTCGA
GCCCTTACGAAGATGGTTGGATGACAAAGGTGAAACCAAGCAACCCCGCAGAGTTGGAAT
CCTTGATGGGTCCAACGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGG
GTTTCTTTGTCTTTGCCAGTATGTCCTAAGCAAAACAAGAGAACCCATGCTACAGTTTCA
ATCTTTTCGCTACTTGTCAATGTTTCCTATCTTTTTTTATCAGATTTGTATTTCTATACT
GTTTTGGTTAAAGCTCATTCGATGAGTCTCAAGA
C

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR1FR29TF 737 0 0
GACTTCCCTTTGAGAAAGAAAACAGAACCAAGAAAAAAAAGAGAGAAAGAAAACAGAAAA
AATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTGTCATCTTCTGC
ATCCAAATCTCATCTCCTTCCAGCGTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTATTGGA
AGGACTTAAGTATGCAAATTCACATGAGCGGGTGAAACATGAAGGCTCAGTGGCTACTAT
TGGCATCAGTGACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCTGA
AGAAAAA*GTTCAGTGACCAAAGAGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTTAAGGCAAC
GAGTGAGATTATATCCCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAAGCTCGCTGA
TTCACCTGGCTTGATTAACTCGAGCCCTTACGAAGATGGTTGGATGATAAAGGTGAAACC
AAGCAACCTCGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAACGGAATACACCAAGTTCTGCGA
AGAGGAAGACGCTGCTCACTAGGGTTTCTTTGTCTTTGCCAGTATGTCCTAAGCAAAACA
AGAGAACCCATGCTACAGTTTCAATCTTTTCGCTACTTGTCAATGTTTCCTATCTTTTTT
*ATCAGATTTGTATTTCTATACTGTTTTGGTTAAAGATCATTCGATGAGTCTCAAGAGAG
CTTTAACTAAAAGTAAC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1FR29JQ 688 0 0
GAGAGAAAGAAAACAGAAAAAATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCAACAGCAAACGCT
CTCAAGCTGTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCAGCGTTCTCCATCTCCAGA
TGCTTCTCCTCAGTATTGGAAGGACTTAAGTATGCAAATTCACATGAGCGGGTGAAACAT
GAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTT
GTGTTTGTGGAGCTGCCTGAAGAAAAA*GTTCAGTGACCAAAGAGAAAAACTTTGGAGCA
GTGGAGAGTGTTAAGGCAACGAGTGAGATTATATCCCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAG
GTTAACACAAAGCTCGCTGATTCACCTGGCTTGATTAACTCGAGCCCTTACGAAGATGGT
TGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCTCGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAACG
GAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGGGTTTCTTTGTCTTTGCC
AGTATGTCCTAAGCAAAACAAGAGAACCCATGCTACAGTTTCAATCTTTTCGCTACTTGT
CAATGTTTCCTATCTTTTTTTATCAGATTTGTATTTCTATACTGTTTTGGTTAAAGATCA
TTCGATGAGTCTCAAGAGAGCTTTA
ACT

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 7

CO CL859Contig1 612 7 5 U
GGAAAAAAAGGATATCTCACAAAAAAAA*TGAATAATTTCATAGTGTTTCTGTTTGTTAT
TGCTATATGTTTTGGATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTGTAGTATTCACGAACGA
ACTCGGTAATGGTAGTACTATTTTTCATGTCAAGTGTCAATCTTACAACCCATCCATTAA
TCATCCACAAATAGATATACAACCCGGCAAGAATCATATTTTCCGATTCGTCTCGGCTAA
AGAAAGAACAACGTATTATTGTACAGTCTTTTACCAGCTTCCGCCCGTTCCAGGTAATAC
TCGTCCTCGAATAAGACAGTTTCATGAACTCGAAGCATTTCGAGCAGGCACGCAGTCGAA
TAAATGTGGTCAGTACCGTGAATGGAGTGCCAGACGTGATGGGATTTATTTCAGAAGAAA
TCCTAATGAACCACTGGGGCATGCGCTTAAATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTT
CCTAAATGCTATAACAATATTTATGTACGTTGATTATTTTTATTTGTAAATAAAAATCCC
TAAATTGTATAAATAAATAAAGTGCTACAGTATGTAGCAAAATAATAAAATGAACTATAT
TTTTGTTTCCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 35 35 

AF RR1AO57TF U 1
AF RR1A668JQ C 10
AF RR1D420JQ C 304
AF RR1AO57JQ C 12
AF RR1D420TF U 10
AF RR1AC68TF U 10
AF RR1A668TF U 10
BS 1 9 RR1AO57TF
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BS 12 28 RR1AO57TF
BS 29 29 RR1D420TF
BS 30 612 RR1AO57TF

RD RR1AO57TF 612 0 0
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TCATCCACAAATAGATATACAACCCGGCAAGAATCATATTTTCCGATTCGTCTCGGCTAA
AGAAAGAACAACGTATTATTGTACAGTCTTTTACCAGCTTCCGCCCGTTCCAGGTAATAC
TCGTCCTCGAATAAGACAGTTTCATGAACTCGAAGCATTTCGAGCAGGCACGCAGTCGAA
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TCCTAATGAACCACTGGGGCATGCGCTTAAATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTT
CCTAAATGCTATAACAATATTTATGTACGTTGATTATTTTTATTTGTAAATAAAAATCCC
TAAATTGTATAAATAAATAAAGTGCTACAGTATGTAGCAAAATAATAAAATGAACTATAT
TTTTGTTTCCGT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1A668JQ 603 0 0
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TGGTAGTACTATTTTTCATGTCAAGTGTCAATCTTACAACCCATCCATTAATCATCCACA
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ACCACTGGGGCATGCGCTTAAATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTTCCTAAATGC
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TAAATAAATAAAGTGCTACAGTATGTAGCAAAATAATAAAATGAACTATATTTTTGTTTC
CGT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1D420JQ 309 0 0
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ATGTGGTCAGTACCGTGAATGGAGTGCCAGACGTGATGGGATTTATTTCAGAAGAAATCC
TAATGAACCACTGGGGCATGCGCTTAAATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTTCCT
AAATGCTATAACAATATTTATGTACGTTGATTATTTTTATTTGTAAATAAAAATCCCTAA
ATTGTATAAATAAATAAAGTG*TACAGTATGTAGCAAAATAATAAAATGAA*TATATTTT
TGTTTCCGT

QA 1 309 1 309
DS 

RD RR1AO57JQ 601 0 0
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TTGGATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTGTAGTATTCACGAACGAACTCGGTAATG
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TAGATATACAACCCGGCAAGAATCATATTTTCCGATTCGTTTCGGCTAAAGAAAGAACAA
CGTATTATTGTACAGTCTTTTACCAGCTTCCGCCCGTTCCAGGTAATACTCGTCCTCGAA
TAAGACAGTTTCATGAACTCGAAGCATTTCGAGCAGGCACGCAGTGGAATAAATGTGGTC
AGTACCGTGAATGGAGTGCCAGACGTGATGGGATTTATTTCAGAAGAAATCCTAATGAAC
CACTGGGGCATGCGCTTAAATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTTCCTAAATGCTA
TAACAATATTTATGTACGTTGATTATTTTTATTTGTAAATAAAAATCCCTAAATTGTATA
AATAAATAAAGTGCTACAGTATGTAGCAAAATAATAAAATGAACTATATTTTTGTTTCCG
T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1D420TF 594 0 0
GGATATCTCACAAAAAAAA*TGAATAATTTCATAGTGTTTCTGTTTGTTATTGCTATATG
TTTTGGATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTGTAGTATTCACGAACGAACTCGGTAA
TGGTAGTACTATTTTTCATGTCAAGTGTCAATCTTACAACCCATCCATTAATCATCCACA
AATAGATATACAACCCGGCAAGAATCATATTTTCCGATTCGTCTCGGCTAAAGAAAGAAC
AACGTATTATTGTACAGTCTTTTACCAGCTTCCGCCCGTTCCAGGTAATACTCGTCCTCG
AATAAGACAGTTTCATGAACTCGAAGCATTTCGAGCAGGCACGCAGTCGAATAAATGTGG
TCAGTACCGTGAATGGAGTGCCAGACGTGATGGGATTTATTTCAGAAGAAATCCTAATGA
ACCACTGGGGCATGCGCTTAAATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTTCCTAAATGC
TATAACAATATTTATGTACGTTGATTATTTTTATTTGTAAATAAAAATCCCTAAATTGTA
TAAATAAATAAAGTGCTACAGTATGTAGCAAAATAATAAAATGAACTATATTTT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1AC68TF 601 0 0
GGATATCTCACAAAAAAAA*TGAATAATTTCATAGTGTTTCTGTTTGTTATTGCTATATG
TTTTGGATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTGTAGTATTCACGAACGAACTCGGTAA
TGGTAGTACTATTTTTCATGTCAAGTGTCAATCTTACAACCCATCCATTAATCATCCACA
AATAGATATACAACCCGGCAAGAATCATATTTTCCGATTCGTCTCGGCTAAAGAAAGAAC
AGCGTATTATTGTACAGTCTTTTACCAGCTTCCGCCCGTTCCAGGTAATACTCGTCCTCG
AATAAGACAGTTTCATGAACTCGAAGCATTTCGAGCAGGCACGCAGTCGAATAAATGTGG
TCAGTACCGTGAATGGAGTGCCAGACGTGATGGGATTTATTTCAGAAGAAATCCTAATGA
ACCACTGGGGCATGCGCTTAAATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTTCCTAAATGC
TATAACAATATTTATGTACGTTGATTATTTTTATTTGTAAATAAAAATCCCTAAATTGTA
TAAATAAATAAAGTGCTACAGTATGTAGCAAAATAATAAAATGAACTATATTTTTGTTTC
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1A668TF 603 0 0
GGATATCTCACAAAAAAAA*TGAATAATTTCATAGTGTTTCTGTTTGTTATTGCTATATG
TTTTGGATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTGTAGTATTCACGAACGAACTCGGTAA
TGGTAGTACTATTTTTCATGTCAAGTGTCAATCTTACAACCCATCCATTAATCATCCACA
AATAGATATACAACCCGGCAAGAATCATATTTTCCGATTCGTCTCGGCTAAAGAAAGAAC
AACGTATTATTGTACAGTCTTTTACCAGCTTCCGCCCGTTCCAGGTAATACTCGTCCTCG
AATAAGACAGTTTCATGAACTCGAAGCATTTCGAGCAGGCACGCAGTCGAATAAATGTGG
TCAGTACCGTGAATGGAGTGCCAGACGTGATGGGATTTATTTCAGAAGAAATCCTAATGA
ACCACTGGGGCATGCGCTTAAATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTTCCTAAATGC
TATAACAATATTTATGTACGTTGATTATTTTTATTTGTAAATAAAAATCCCTAAATTGTA
TAAATAAATAAAGTGCTACAGTATGTAGCAAAATAATAAAATGAACTATATTTTTGTTTC
CGT

QA 1 603 1 603
DS 



AS 2 7

CO CL860Contig1 830 3 13 U
GGGAAAACCATCTCATCTCATCTTTGCTTGTTTCTCTTTATTTGTGTTCTTGTTTAGATA
AAAAA*GAATGGCTACTTCAGCTATCCAACACTCCTCTTTTGCTGGCCAAACGGCACTTA
AGCCCTCCAACGATCTCCTCCGCAAAGTCGGAGCTTCCAACGGTGGTGGTCGTGTCGTCA
TGCGTCGTACCGTCAAGTCTACTCCTCAGAGCATCTGGTATGGACCAGACCGTCCCAAGT
ACTTAGGACCATTCTCAGAGAACACACCATCATACCTAACCGGAGAATACCCAGGAGACT
ACGGCTGGGACACCGCCGGTCTCTCCGCCGACCCAGAAACCTTCGCAAAGAACCGTGAGC
TCGAAGTAATCCACAGCAGATGGGCAATGCTAGGAGCTTTAGGCTGCACCTTCCCAGAGA
TTCTCTCCAAAAACGGAGTCAAATTTGGTGAAGCCGTATGGTTCAAGGCAGGTTCCCAGA
TCTTCTCAGAAGGAGGACTTGACTACCTCGGAAACCCTAACTTGATCCACGCGCAAAGCA
TATTAGCTATATGGGCTTCTCAAGTTGTGCTAATGGGCTTAATCGAAGGGTACAGAATCG
GAGGTGGGCCTCTTGGTGAAGGTCTTGACCCGCTTTACCCGGGTGGAGCGTTTGACCCGT
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CGGCTTGCGATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTGTCCAGCAGTTGTTACTGGTAAAGTCCG
ATCGAGAACCTGTTTGATCATGTTGCGGACCTGTGGCTACAATGCATGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH07TF U 1
AF RR1FU87TF U 8
AF RR1H466TF U 8
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GAG*TGGGCCTCTTGGTGAAG*TCTTGACCCGCTTTACCCGGGTGGAGCGTTTGACCCGT
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CTGAAAG

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TGTCA

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CCGTCAAGTCTACTCCTCAGAGCATCTGGTATGGACCAGACCGTCCCAAGTACTTAGGAC
CATTCTCAGAGAACACACCATCATACCTAACCGGAGAATACCCAGGAGACTACGGCTGGG
ACACCGCCGGTCTCTCCGCCGACCCAGAAACCTTCGCAAAGAACCGTGAGCTCGAAGTAA
TCCACAGCAGATGGGCAATGCTAGGAGCTTTAGGCTGCACCTTCCCAGAGATTCTCTCCA
AAAACGGAGTCAAATTTGGTGAAGCCGTATGGTTCAAGGCAGGTTCCCAGATCTTCTCAG
AAGGAGGACTTGACTACCTCGGAAACCCTAACTTGATCCACGCGCAAAGCATATTAGCTA
TATGGGCTTCTCAAGTTGTGCTAATGGGCTTAATCGAAGGGTACAGAATCGGAGGTGGGC
CTCTTGGTGAAGGTCTTGACCCGCTTTACCCGGGTGGAGCGTTTGACCCGTTGAACTTAG
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QA 3 823 3 823
DS 



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C


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1FR62JQ U 2
AF RR1FR62TF C 2
AF RR1H466JQ U 1
AF RR1CH07JQ U 4
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C

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DS 

RD RR1FR62TF 202 0 0
AGA
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GACAAAGAATCCAAACAT
C

QA 4 201 4 201
DS 

RD RR1H466JQ 663 0 0
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CGG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1CH07JQ 778 0 0
G
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QA 2 778 2 778
DS 



AS 1 7

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GGAGACTATAGATGAGACCCTCGATGAGCTTCACGAGGCGCTCGAAGATCTCCATATGTA
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TCAAGGGTCTACGGTGAAAGCCGATGCCACCGTGGCGGCTGATGGTAGCGGTACATTCAC
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GTTTATGGGAGATGGTCGGACAAAAACTATTATTACCGCAAGTAGAAATGTCATCGACGG
TAGCACTACCTTTAACTCCGCCACCGTTGCTGCTGTCGGCGAGAGATTCCTAGCGCGAGA
CATCACTTTCCAGAATACGGCGGGTCCGTCAAAGCACCAAGCGGTAGCTCTCCGTGTCGG
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TCACTCCAACCGTCAGTTCTTTGTCAAATGCCTCATTGCCGGAACCGTCGACTTCATCTT
CGGAAATGCCGCCGTTGTTCTGCAAGACTGCGACATCCACGCTCGCCGGCCAAACTCCGG
CCAGAAAAACATGGTCACGGCCCAAGGACGGACAGACCCTAACCAAAACACTGGGATAGT
TATCCAAAAATGTAGAATCGGTGCCACGTCGGATTTACAGCCCGTGAAAAGTAGTTTTCC
AACGTATCTTGGTCGCCCGTGGAAAGAGTACTCGCAGACGGTGATAATGCAGTCGGATAT
CTCCGATGTGATCCGACCCGAAGGATGGTCAGAGTGGAGCGGGACATTCGCGTTGAACAC
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GTGGAAGGGCTTTAAGGTTATTACTTCTGCTGCTGAAGCTCAGCCATATACGGCTGGTCA
GTTTATTGGTGGTGG*TGGTTGGTTATCCTCGACCGGTTTCCCTTTCTCGCTCGGTCTTT
GAGATATTATCAGTTGTGTTTCTAGACATTGTTGGTTGAATAATCATTGATGTTATGAAT
AAAATAAATCAAAATATCTACTCCTTGGCTTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 
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CGTGGCTGCCGTCGCCGGAATCTCCGCCGGAGCTTCAAAAGCCAACGGAAAACGAACTCT
ATCACCATCTTCTCACGCCGTGCTAAGATCCGCATGCAGCTCCACGCTTTACCCTGAGCT
ATGCATCTCGGCCGTGGCCACCTCCGGCGGTGTCAAACTTACGTCGCAGAAAGACGCCAT
CGAGGCTTCGCTCAACCTAACAACAATCGCCGTGGAACACAATTACTTCGGCGTCAAGAA
ATTGATCAAGAACAGGAAGGGACTAACTCCTCGCGAGAAGACAGCGCTTCTTGACTGTTT
GGAGACTATAGATGAGACCCTCGATGAGCTTCACGAGGCGCTCGAAGATCTCCATATGTA
TCCTAACAAGAAATCTCTCCGGGAACACGCCGGTGATCTCAAAACACTAATTAGCTCTGC
CATTACCAACCAGGAGACTTGTCTCGACGGCTTCTCTCATGACAACGCCGACAAGAAAGT
CCGTAAGGCTTTGTTAAAGGGCCAGATGCACGTAGAGCACATGTGCAGCAACGCACTAGC
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GGCTTTGTTAAAGGGCCAGATGCACGTAGAGCACATGTGCAGCAACGCACTAGCAATGAT
CAAGAACAGGACTGATACCGACATAGCCAATTTCGAGCTGAAAGCTAAATTCAGCTCAAA
CAACCGTAAACTCAAGGAGGAGGAGACTACGGTGGCCGTAGATATTGCCGGTGCCGGAGA
ATTAGGTGCTGATGGGTGGCCGACTTGGTTATCTTCGGGAGACAGAAGACTTCTTCAAGG
GTCTACGGTGAAAGCCGATGCCACCGTGGCGGCTGATGGTAGCGGTACATTCACGACTAT
CTCGGCTGCCGTTGCTGCTGCCCCCGAGAATAGTAATAAGAGGTATGTAATACATATTAA
AGCAGGAGTTTATAGAGAGAATGTGGACGTGGCCAAGAAGAGAAAGAACATAATGTTTAT
GGGAGATGGTCGGACAAAAACTATTATTACCGCAAGTAGAAATGTCATCGACGGTAGCAC
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CTTCTCCGCTTTTTACCAATGCGACATGCTAGCGTACCAAGACACTCTTTACGTTCACTC
CAACCGTCAGTTCTTTGTCAAATGCCTCAT

QA 3 752 3 752
DS 

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GG
TACCGACATAGCCAATTTCGAGCTGAAAGCTAAATTCAGCTCAAACAACCGTAAACTCAA
GGAGGAGGAGACTACGGTGGCCGTAGATATTGCCGGTGCCGGAGAATTAGGTGCTGATGG
GTGGCCGACTTGGTTATCTTCGGGAGACAGAAGACTTCTTCAAGGGTCTACGGTGAAAGC
CGATGCCACCGTGGCGGCTGATGGTAGCGGTACATTCACGACTATCTCGGCTGCCGTTGC
TGCTGCCCCCGAGAATAGTAATAAGAGGTATGTAATACATATTAAAGCAGGAGTTTATAG
AGAGAATGTGGACGTGGCCAAGAAGAAAAAGAACATAATGTTTATGGGAGATGGTCGGAC
AAAAACTATTATTACCGCAAGTAGAAATGTCGTCGACGGTAGCACTACCTTTAACTCCGC
CACCGTTGCTGCTGTCGGCGAGAGATTCCTAGCGCGAGACATCACTTTCCAGAATACGGC
GGGTCCGTCAAAGCACCAAGCGGTAGCTCTCCGTGTCGGTTCCGACTTCTCCGCTTTTTA
CCAATGCGACATGCTAGCGTACCAAGACACTCTTTACGTTCACTCCAACCGTCAGTTCTT
TGTCAAATGCCTCATTGCCGGAACCGTCGACTTCATCTTCGGAAATGCCGCCGTTGTTCT
GCAAGACTGCGACATCCACGCTCGCCGGCCAAACTCCGGC*AGAAAA*CATGGTCACGGC
CCAAGG

QA 3 728 3 728
DS 

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G
AGAATACGGCGGGTCCGTCAAAGCACCAAGCGGTAGCTCTCCGTGTCGGTTCCGACTTCT
CCGCTTTTTACCAATGCGACATGCTAGCGTACCAAGACACTCTTTACGTTCACTCCAACC
GTCAGTTCTTTGTCAAATGCCTCATTGCCGGAACCGTCGACTTCATCTTCGGAAATGCCG
CCGTTGTTCTGCAAGACTGCGACATCCACGCTCGCCGGCCAAACTCCGGCCAGAAAAACA
TGGTCACGGCCCAAGGACGGACAGACCCTAACCAAAACACTGGGATAGTTATCCAAAAAT
GTAGAATCGGTGCCACGTCGGATTTACAGCCCGTGAAAAGTAGTTTTCCAACGTATCTTG
GTCGCCCGTGGAAAGAGTACTCGCAGACGGTGATAATGCAGTCGGATATCTCCGATGTGA
TCCGACCCGAAGGATGGTCAGAGTGGAGCGGGACATTCGCGTTGAACACTTTGACTTATA
GATAGTATGCGAATACAGGAGCAGGGGCTGGAACTTCAAATAGAGTGACGTGGAAGGGCT
TTAAGGTTATTACTTCTGCTGCTGAAGCTCAGCCATATACGGCTGGTCAGTTTATTGGTG
GTGGGTGGTTGGTTATCCTCGACCGGTTTCCCTTTCTCGCTCGGTCTTTGAGATATTATC
AGTTGTGTTTCTAGACATTGTTGGTTAAATAATCATTGATGTTAT

QA 2 706 2 706
DS 

RD RR1FK22JQ 804 0 0
GGTAGCACTACCTTTAACTCCGCCACCGTTGCTGCTGTCGGCGAGAGATTCCTAGCGCGA
GACATCACTTTCCAGAATACGGCGGGTCCGTCAAAGCACCAAGCGGTAGCTCTCCGTGTC
GGTTCCGACTTCTCCGCTTTTTACCAATGCGACATGCTAGCGTACCAAGACACTCTTTAC
GTTCACTCCAACCGTCAGTTCTTTGTCAAATGCCTCATTGCCGGAACCGTCGACTTCATC
TTCGGAAATGCCGCCGTTGTTCTGCAAGACTGCGACATCCACGCTCGCCGGCCAAACTCC
GGCCAGAAAAACATGGTCACGGCCCAAGGACGGACAGACCCTAACCAAAACACTGGGATA
GTTATCCAAAAATGTAGAATCGGCTCCACGTCGGATTTACAGCCCGTGAAAAGTAGTTTT
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ATCTCCGATGTGATCCGACCCGAAGGATGGTCAGAGTGGAGCGGGACATTCGCGTTGAAC
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TTGGGATATTATCAGTTGTGTTTCTAGACATTGTTGGTTGAATAATCATTGATGTTATGA
ATAAAATAAATCAAAATATCTACT

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DS 

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CATGCTAGCGTACCAAGACACTCTTTACGTTCACTCCAACCGTCAGTTCTTTGTCAAATG
CCTCATTGCCGGAACCGTCGACTTCATCTTCGGAAATGCCGCCGTTGTTCTGCAAGACTG
CGACATCCACGCTCGCCGGCCAAACTCCGGCCAGAAAAACATGGTCACGGCCCAAGGACG
GACAGACCCTAACCAAAACACTGGGATAGTTATCCAAA**TGTAGAATCGGTGCCACGTC
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TGCTGAAGCTCAGCCATATACGGCTGGCCAGTTTATTGGTGGTGG*TGGTTGGTTATCCT
CGACCGGTTTCCCTTTCTCGCTCGGTCTTTGAGATATTATCAGTTGTGTTTCTAGACATT
GTTGGTTGAATAATCATTGATGTTATGAATAAAATAAATCAAAATATCTACTCCTTGGCT
TGTGT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1CK59JQ 542 0 0
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CCAAGGACGGACAGACCCTAACCAAAACACTGGGATAGTTATCCAAAAATGTAGAATCGG
TGCCACGTCGGATTTACAGCCCGTGAAAAGTAGTTTTCCAACGTATCTTGGTCGCCCGTG
GAAAGAGCACTCGCAGACGGTGATAATGCAGTCGGATATTTCCGATGTGATCCGACCCGA
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GGTTATCCTCGACCGGTTTCCCTTTCTCGCTCGGTCTTTGAGATATTATCAGTTGTGTTT
CTAGACATTGTTGGTTGAATAATCATTGATGTTATGAATAAAATAAATCAAAATATCTAC
T
C

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 6

CO CL862Contig1 1176 6 5 U
GTCAGAAGACAAATGAAGAGCAGAAGAACAAAACAGGCAAACTTGAACGTGCTATTAAGA
TGGCTGAGGAAGAAATGTTGAGAACGAAGCTTGAGGCAACCTCAAAGACTAAGGAACTCC
TTGAGGCTCATGGTTCGTGGCTTCCTCCTTGGCTTGCTGTTCACTGGACTAGTTTTCAGG
CTTATACCGAGACACATTGGGAGGCCCATGGGAAGCCTGTTGTGGAGACAGTAATTCTAA
AGGTCACCGAAGCAAAAGCTCAAGCTGATAAGTGGGCTGAACCACATGTGGAAAACATCA
GAACTAAATATATTCCAGCGGTCAAGGAAACTGTCGCTACACATGTTCAGCCACACGTCC
GAACACTATCCATCAAAGCCAAAGAGGCTTACCATGCATCCAAGAGTGCTGTTTCCCCTC
ACATTGTCACGGTTCAAGAAATTGTAGACCCTTATTATCAGGAGGCTAAAAAGATTAGCA
AGCCATATGTTGAGCAAGTGGCAACGGCCACGAAACCACATGTTGATAAAATTAAGGTTG
CCGTGAAACCTTACACAACCAAGGTGGTCATCGTTTACACAGAGTTCCTTGAATCCGCCA
CGACTTATCATAATCAGGTCCAAGCCCATGTTGAACAAAAACTAAAGAGCCATGAGCTGA
CGGAGGCTTTTGCTACCAGTGAATTTGTTTGGTTTGCGGCTTCTGCGTTACTGGCGTTAC
CCATCTTCTTTGCATACAGAGTGCTTGTTTCCCTCTTCTGCACAAAGGCAAAGACACCTG
TTAAGCACCCTCATCACCATGGTCGCCGTAAGACCAAAAAGGGTCACAGTCACACTGAGA
AGTGAAGATTCATTGTTCCACGCGCTCAAAATAGTTGAGGAAACGACGTTAAACCGTGGA
CTCTTCTAAAGATCATGGGGTCACCAGTTGGGTTGCTTGCTCTTTGTGCAACCGTGTTAA
CCTCTTTCCTTTGTTGTTTTGGACAAATATTCAGTCTTTTTTTTACACAGAATATTAGAC
ATTACTAGAGAAAATCTAGCAAAGCTTGGTGTAACTTTAGTGTATTTTTCATGGATATAT
ATTGGGATTTGTTTCACGTTGTTTTTTTTTCTTTATTTAAATGGTCTTCTAGCATGTTCT
CTTTGTATCAAAATTAAAATCTTGTTATCTTGTCCT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H035TF U 1
AF RR1H789TF U 1
AF RR1H035JQ C 350
AF RR1H789JQ C 733
AF RR1GP28JQ C 539
AF RR1GP28TF U 539
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AGCCATATGTTGAGCAAGTGGCAACGGCCACGAAACCACATGTTGATAAA

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DS 

RD RR1H789TF 636 0 0
G
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GGCTGAGGAAGAAATGTTGAGAACGAAGCTTGAGGCAACCTCAAAGACTAAGGAACTCCT
TGAGGCTCATGGTTCGTGGCTTCCTCCTTGGCTTGCTGTTCACTGGACTAGTTTTCAGGC
TTATACCGAGACACATTGGGAGGCCCATGGGAAGCCTGTTGTGGAGACAGTAATTCTAAA
GGTCACCGAAGCAAAAGCTCAAGCTGATAAGTGGGCTGAACCACATGTGGAAAACATCAG
AACTAAATATATTCCAGCGGTCAAGGAAACTGTCGCTACACATGTTCAGCCACACGTCCG
AACACTATCCATCAAAGCCAAAGAGGCTTACCATGCATCCAAGAGTGCTGTTTCCCCTCA
CATTGTCACGGTTCAAGAAATTGTAGACCCTTATTATCAGGAGGCTAAAAAGATTAGCAA
GCCATATGTTGAGCAAGTGGCAACGGCCACGAAACCACATGTTGATAAAATTAAGGTTGC
CGTGAAACCTTACACAACCAAAGTGGTCATCGTTTACACAGAGTTCCTTGAATCCGCCAC
GACTTATCATAATCAGGTCCAAGCCCATGTTGAAC

QA 2 636 2 636
DS 

RD RR1H035JQ 746 0 0
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TGTTTCCCCTCACATTGTCACGGTTCAAGAAATTGTAGACCCTTATTATCAGGAGGCTAA
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TGAATCCGCCACGACTTATCATAATCAGGTCCAAGCCCATGTTGAACAAAAACTAAAGAG
CCATGAGCTGACGGAGGCTTTTGCTACCAGTGAATTTGTTTGGTTTGCGGCTTCTGCGTT
ACTGGCGTTACCCATCTTCTTTGCATACAGAGTGCTTGTTTCCCTCTTCTGCACAAAGGC
AAAGACACCTGTTAAGCACCCTCATCACCATGGTCGCCGTAAGACCAAAAAGGGTCACAG
TCACACTGAGAAGTGAAGATTCATTGTTCCACGCGCTCAAAATAGTTGAGGAAACGACGT
TAAACCGTGGACTCTTCTAAAGATCATGGGGTCACCAGTTGGGTTGCTTGCTCTTTGTGC
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CATGGATATATATTGGGATTTGTTTC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1H789JQ 363 0 0
CATACAGAGTGCTTGTTTCCCTCTTCTGCACAAAGGCAAAGACACCTGTTAAGCACCCTC
ATCACCATGGTCGCCGTAAGACCAAAAAGGGTCACAGTCACACTGAGAAGTGAAGATTCA
TTGTTCCACGCGCTCAAAATAGTTGAGGAAACGACGTTAAACCGTGGACTCTTCTAAAGA
TCATGGGGTCACCAGTTGGGTTGCTTGCTCTTTGTGCAACCGTGTTAACCTCTTTCCTTT
GTTGTTTTGGACAAATATTCAGTCTTTTTTTTACACAGAATATTAGACATTACTATAGAA
AATCTAGCAAAGCTTGGTGTAACTTTAGTGTATTTTTCATGGATATATATTGGGATTTGT
TTC

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR1GP28JQ 638 0 0
G
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ACGCCTTATCATAATCAGGTCCAAGCCCATGTTGAACAAAAACTAAAGAGCCATGAGCTG
ACGGAGGCTTTTGCTACCAGTGAATTTGTTTGGTTTGCGGCTTCTGCGTTACTGGCGTTA
CCCATCTTCTTTGCATACAGAGTGCTTGTTTCCCTCTTCTGCACAAAGGCAAAGACACCT
GTTAAGCACCCTCATCACCATGGTCGCCGTAAGACCAAAAAGGGTCACAGTCACACTGAG
AAGTGAAGATTCATTGTTCCACGCGCTCAAAATAGTTGAGGAAACGACGTTAAACCGTGG
ACTCTTCTAAAGATCATGGGGTCACCAGTTGGGTTGCTTGCTCTTTGTGCAACCGTGTTA
ACCTCTTTCCTTTGTTGTTTTGGACAAATATTCAGTCTTTTTTTTACACAGAATATTAGA
CATTACTAGAGAAAATCTAGCAAAGCTTGGTGTAACTTTAGTGTATTTTTCATGGATATA
TATTGGGATTTGTTTCACGTTGTTTTTTTTTCTTTATTTAAATGGTCTTCTAGCATGTTC
TCTTTGTATCAAAATTAAAATCTTGTTATCTTGTCCT

QA 2 638 2 638
DS 

RD RR1GP28TF 638 0 0
G
GCCGTGAAACCTTACACAACCAAGGTGGTCATCGTTTACACAGAGTTCCTTGAATCCGCC
ACGCCTTATCATAATCAGGTCCAAGCCCATGTTGAACAAAAACTAAAGAGCCATGAGCTG
ACGGAGGCTTTTGCTACCAGTGAATTTGTTTGGTTTGCGGCTTCTGCGTTACTGGCGTTA
CCCATCTTCTTTGCATACAGAGTGCTTGTTTCCCTCTTCTGCACAAAGGCAAAGACACCT
GTTAAGCACCCTCATCACCATGGTCGCCGTAAGACCAAAAAGGGTCACAGTCACACTGAG
AAGTGAAGATTCATTGTTCCACGCGCTCAAAATAGTTGAGGAAACGACGTTAAACCGTGG
ACTCTTCTAAAGATCATGGGGTCACCAGTTGGGTTGCTTGCTCTTTGTGCAACCGTGTTA
ACCTCTTTCCTTTGTTGTTTTGGACAAATATTCAGTCTTTTTTTTACACAGAATATTAGA
CATTACTAGAGAAAATCTAGCAAAGCTTGGTGTAACTTTAGTGTATTTTTCATGGATATA
TATTGGGATTTGTTTCACGTTGTTTTTTTTTCTTTATTTAAATGGTCTTCTAGCATGTTC
TCTTTGTATCAAAATTAAAATCTTGTTATCTTGTCCT

QA 2 638 2 638
DS 



AS 1 6

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TCACACTATCAGAATCTGATCCTCCCCACCTTTCTTTGATTCTCAGTCCAAAAGTTAAGT
CAAAGAGTTGAAAATGGAAGGGACTGTGTTCACGCCGTGTTTGGAAGGAATGAAGAACGT
CAAGTCTGAACAAGGGGAGATGCTTACTAAGCCTTTTCTAGACCTCTGCAAGACCATCTT
GCCTGTTATAGATAAGTTTGGAGCCGCTATGACTCTCGTGAAAGCTGACATTGGTGGCAA
CATATCGAGGTTGGAGAAGAACTACTTGTCTGATCCCGACAAGTACAAGTACTTGTACAC
CTTTGTTCAAGGTGAAATTGAGTCGAAGACAGCAAAAGGATCGTCTAGTTGTACCAACGG
TCTTCTCTGGTTAACCAGAGCAATGGATTTCTTAGTGGAGCTGTTCCGCAACTTGGTAGC
ACATCAAGACTGGCCAATGTCACAAGCTTGTGGTGAATCTTACCAAAAAACACTCAAGAA
ATGGCACGGATGGCTCGCCAGCTCTACCTTCTCTATGGCGTTAAAGCTTGCTCCAGACAG
GAAGAAGTTCATGGATGTCATATCTGG*TTCTGGTGACATATACGCTGACATGG*AAAGG
TTTTGCACTGAGTTTGGTCCATTCCTTCAAGAAAATCATAAGTTTCTGGCTAGCGTTGGT
TTGGATGACCTGAAAGCTTCTTGAGCCATCATATGATTATCACCTGTATCCAATCTGCTT
TTTTTCAGAAAAAAAAAATTGTCTGTTTTAAAGTTTCTCCTTTGGATTCTAAAACTTTTT
AGACTATCCAAAGAAACAGAATAATGTTCTCACTTTATATTATAAAGTTTATATAAAAAA
AGACCAAATACATGTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 10 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1G408TF U 1
AF RR1A216TF U 104
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AF RR1G408JQ C 169
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ATCAAGACTGGCCAATGTCACAAGCTTGTG*TGAATCTTACCAAAAAACACTCAAGAAAT
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TTGCACTGAGTTTGGTCCATTCCTT

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TTTT
CAGAAA

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CAAAAAACACTCAAGAAATGGCACGGATGGCTCGCCAGCTCTACCTTCTCTATGGCGTTA
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TCAG

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AAAA**TGTCTGTTTTAAAGTTTCTCCTTTGGATTCTAAAACTTTTTAGACTATCCAAAG
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ACATGG*AAAGGTTTTGCACTGAGTTTGGTCCATTCCTTCAAGAAAATCATAAGTTTCTG
GCTAGCGTTGGTTTGGATGACCTGAAAGCTTCTTGAGCCATCATATGATTATCACCTGTA
TCCAATCTGCTTTTTTTCAGAAAAAAAAAATTGTCTGTTTTAAAGTTTCTCCTTTGGATT
CTAAAACTTTTTAGACTATCCAAAGAAACAGAATAATTTTCTCACTTTATATTATAAAGT
TTATATAAAAAAAGACCAAATACATGTTTAG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 7

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ATACATGTATAATACATGTTGTCTCCAGTTCGACCAAAAAAAAAAAA*GTAAAATAACAG
GAACATGAAGAGATTCAGCAACGACTACATACGATCCACGACAATAAAAAAGAGCACATG
AGAAGACAAACTCCATTTTAAACTGACAACTGAGTGAATCCATGACCACGGACGAGTAAC
GAAGTTTGAACTTGGCATCCCCACAATATATAAGTAAAAATATGAACCAATGAGAGAAGA
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TTCTAAAACCAATGCTCTCTCAAATCCCATCGCTTCCAGCCTTTCAATTGCGTCACGTTC
CTCAGGTGTGACTTGAATCGCCTGTGGTTGTGGCATTCCTTCGCCCAAGAGGTTGGCCCC
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
25 25 25 25 25 35 35 20 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BR90JQ U 3
AF RR1F659JQ U 1
AF RR1C711JQ U 44
AF RR1GJ80JQ U 122
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AF RR1C711TF C 130
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ACATGTATAATACATGTTGTCTCCAGTTCGACCAAAAAAAAAAAA*GTAAAATAACAGGA
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AAGACAAACTCCATTTTAAACTGACAACTGAGTGAATCCATGACCACGGACGAGTAACGA
AGTTTGAACTTGGCATCCCCACAATATATAAGTAAAAATATGAACCAATGAGAGAAGAGA
CAACGAGAGAGACGAACAAAGGTAATTTTATTGAAGAAGCTTATTCCTCAAACTCATGCA
TGTGATCCAAAAGATAGTTTGCAGCCAACTCTTCGTTCTTGTTGTACGCAAAGAACACTT
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CTGCCCCTCCTTCAACGGGTTCATTGATTAAACGTAAGAAATCGGCTTGATGTTCTTGAA
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ATACATGTATAATACATGTTGTCTCCAGTTCGACCAAAAAAAAAAAAAGTAAAATAACAG
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AGAAGACAAACTCCATTTTAAACTGACAACTGAGTGAATCCATGACCACGGACGAGTAAC
GAAGTTTGAACTTGGCATCCCCACAATATATAAGTAAAAATATGAACCAATGAGAGAAGA
GACAACGAGAGAGACGAACAAAGGTAATTTTATTGAAGAAGCTTATTCCTCAAACTCATG
CATGTGATCCAGAAGATAGTTTGCAGCCAACTCTTCGTTCTTGTTGCACGCAAAGAACAC
TTCTAAAACCAATGCTCTCTCAAATCCCATCGCTTCCAGCCTTTCAATTGCGTCACGTTC
CTCAGGCGTGACTTGAATCGCCTGTGGTTGTGGCATTCCTTCGCCCAAGAGGTTGGCCCC
TTCTGCCCCTCCTTCAACGGGTTCATTGATTAAACGTAAGAAATCGGCTTGATGTTCTTG
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DS 

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AAAA*GTAAAATAACAGGAACATGAAGAGATTCAGCAACGACTACATACGATCCACGACA
ATAAAAAAGAGCACATGAGAAGACAAACTCCATTTTAAACTGACAACTGAGTGAATCCAT
GACCACGGACGAGTAACGAAGTTTGAACTTGGCATCCCCACAATATATAAGTAAAAATAT
GAACCAATGAGAGAAGAGACAACGAGAGAGACGAACAAAGGTAATTTTATTGAAGAAGCT
TATTCCTCAAACTCATGCATGTGATCCAAAAGATAGTTTGCAGCCAACTCTTCGTTCTTG
TTGCACGCAAAGAACACTTCTAAAACCAATGCTCTCTCAAATCCCATCGCTTCCAGCCTT
TCAATTGCGTCACGTTCCTCAGGTGTGACTTGAATCGCCTGTGGTTGTGGCATTCCTTCG
CCCAAGAGGTTGGCCCCTTCTGCCCCTCCTTCAACGGGTTCATTGATTAAACGTAAGAAA
TCGGCTTGATGTTCTTGAATCAACAGCATCAAGTTTGGGTTTTGCTTTCCCAGTTCCTGA
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TGGCTGTTGC

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DS 

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AAGTTTGAACTTGGCATCCCCACAATATATAAGTAAAAATATGAACCAATGAGAGAAGAG
ACAACGAGAGAGACGAACAAAGGTAATTTTATTGAAGAAGCTTATTCCTCAAACTCATGC
ATGTGATCCAGAAGATAGTTTGCAGCCAACTCTTCGTTCTTGTTGCACGCAAAGAACACT
TCTAAAACCAATGCTCTCTCAAATCCCATCGCTTCCAGCCTTTCAATTGCGTCACGTTCC
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TCTGCCCCTCCTTCAACGGGTTCATTGATTAAACGTAAGAAATCGGCTTGATGTTCTTGA
ATCAACAGCATCAAGTTTGGGTTTTGCTTTCCCAGTTCCTGAAGCATAGGCTGCAGAACT
TGAGGGTTTGCTTGCACCATTGCACGCAGAGCTTGGAACTGTTG*CTGTTGCGCAGGAAG
TCAAGTGTTCCACCACCAGGGTTTGCACCAACATTTGGCAACCCCTGTGGG
G

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DS 

RD RR1GJ80TF 660 0 0
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ATTTTAAACTGACAACTGAGTGAATCCATGACCACGGACGAGTAACGAAGTTTGAACTTG
GCATCCCCACAATATATAAGTAAAAATATGAACCAATGAGAGAAGAGACAACGAGAGAGA
CGAACAAAGGTAATTTTATTGAAGAAGCTTATTCCTCAAACTCATGCATGTGATCCAGAA
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CAACGGGTTCATTGATTAAACGTAAGAAATCGGCTTGATGTTCTTGAATCAACAGCATCA
AGTTTGGGTTTTGCTTTCCCAGTTCCTGAAGCATAGGCTGCAGAACTTGAGGGTTTGCTT
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CACCAGGGTTTGCACCAACATTTGGCAACCCCTGTGGGGAGAGATCT
C

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DS 

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TGAACTTGGCATCCCCACAATATATAAGTAAAAATATGAACCAATGAGAGAAGAGACAAC
GAGAGAGACGAACAAAGGTAATTTTATTGAAGAAGCTTATTCCTCAAACTCATGCATGTG
ATCCAGAAGATAGTTTGCAGCCAACTCTTCGTTCTTGTTGTACGCAAAGAACACTTCTAA
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TGTGACTTGAATCGCCTGTGGTTGTGGCATTCCTTCGCCCAAGAGGTTGGCCCCTTCTGC
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DS 

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GCATCCCCACAATATATAAGTAAAAATATGAACCAATGAGAGAAGAGACAACGAGAGAGA
CGAACAAAGGTAATTTTATTGAAGAAGCTTATTCCTCAAACTCATGCATGTGATCCAGAA
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CTCTCTCAAATCCCATCGCTTCCAGCCTTTCAATTGCGTCACGTTCCTCAGGTGTGACTT
GAATCGCCTGTGGTTGTGGCATTCCTTCGCCCAAGAGGTTGGCCCCTTCTGCCCCTCCTT
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AGTTTGGGTTTTGCTTTCCCAGTTCCTGAAGCATAGGCTGCAGGACTTGAGGGTTTGCTT
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CACCAGGGTTTGCACCAACATTTGGCAACCCCTGTGGGAAGAGATCTAACGGATTTGCAT
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GCCCACCACTTGCTGGGGCACGAGCAACTGGTGGAACTTCAGCTTGCTCAGGGATCCCAG
AGTAAAGATATTCCACAGCTCTTTCAGC

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DS 



AS 1 7

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TACTGTATGTTTCTTGGGAGGTTAAGCAATCTCTGCACGTTGAACCGACAGTACGGGCTC
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CTTTACTGGGGAATCTCCGCTGACGGGTCTGTTGTGATGTCTGATGATGTGAAGATCATA
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CTTTGTTGATTCAGTTGTTGAGTTGGTTCTTTTGTCTTTGTTGCATTTTACTTTTTACCT
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TATTGC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 0 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 0 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP19TF U 4
AF RR1A530TF U 1
AF RR1CV85TF U 1
AF RR1CE20TF U 128
AF RR1CE20JQ C 506
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AF RR1A530JQ C 147
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RD RR1DP19TF 554 0 0
GG
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CTCCCGCCCTAACAATTCTCTTCGCCAGAGGTTGTTCTGTGGGATAGACGGAGTCTACTG
TATGTTTCTTGGGAGGTTAAGCAATCTCTGCACGTTGAACCGACAGTACGGGCTCACGGG
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CGATACTCAAACCTCCTCTGTTTTCTCAGCTCTGAGCTCTGATGGAGGAGAGAGTCTTTA
CTGGGGAATCTC

QA 3 554 3 554
DS 

RD RR1A530TF 698 0 0
GGAGCATCACAACAACAACAAACCAAACAACAAAAGATTCGAACTTTGATCAAACAAAGA
AGAAACAGAATGTTGGCAATATTTCAGAAAGCGTTTGCTCACCCACCGGAGGAGCTCAAC
AACCCGGCGTCTCATTTATCCGGAAAAACCCCAAAACTTCCCGGAGATACTCTCTCCGAC
TTCCTCTCCCTCCACAAGGACACCGCTTTCTCCATGAACTTTGGAGACTCTGCCGTCTTA
GCTTACTCCCGCCCTAACAATTCTCTTCGCCAGAGGTTGTTCTGTGGGATAGACGGAGTG
TACTGTATGTTTCTTGGGAGGTTAAGCAATCTCTGCACGTTGAACCGACAGTACGGGCTC
ACGGGGAAGAACACGAACGAGGCCATGTTTGTGATCGAAGCTTACAGAACACTCCGTGAT
CGTGGTCCTTACCCTGCAGATCAAGTCCTCAGAGGTTTAGAAGGAAGCTACGCCTTTGTC
GTCTACGATACTCAAACCTCCTCTGTTTTCTCAGCTCTGAGCTCTGATGGAGGAGAGAGT
CTTTACTGGGGAATCTCCGCTGACGGGTCTGTTGTGATGTCTGATGATGTGAAGATCATA
AAGCAAGGATGTGCTAAGTCATTTGCTCCTTTCCCTACTGGGTGTATGTTTCACAGTGAG
ACGGGGCTTAAGAGCTTTGAGCATCCGAAGAACAAGAT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CV85TF 698 0 0
GGATC
ATCACAACAACAACAAACCAAACAACAAAAGATTCGAACTTTGATCAAACAAAGAAGAAA
CAGAATGTTGGCAATATTTCAGAAAGCTTTTGCTCACCCACCGGAGGAGCTCAACAGCCC
GGCGTCTCATTTATCCGGAAAAACCCCAAAACTTCCCGGAGATACTCTCTCCGACTTCCT
CTCCCTCCACAAGGACACCGCTTTCTCCATGAACTTTGGAGACTCTGCCGTCTTAGCTTA
CTCCCGCCCTAACAATTCTCTTCGCCAGAGGTTGTTCTGTGGGATAGACGGAGTGTACTG
TATGTTTCTTGGGAGGTTAAGCAATCTCTGCACGTTGAACCGACAGTACGGGCTCACGGG
GAAGAACACGAACGAGGCCATGTTTGTGATCGAAGCTTACAGAACACACCGTGATCGTGG
TCCTTACCCTGCAGATCAAGTCCTCAGAGGTTTAGAAGGAAGCTACGCCTTTGTCGTCTA
CGATACTCAAACCTCCTCTGTTTTCTCAGCTCTGAGCTCTGATGGAGGAGAGAGTCTTTA
CTGGGGAATCTCCGCTGACGGGTCTGTTGTGATGTCTGATGATGTGAAGATCATAAAGCA
AGGATGTGCTAAGTCATTTGCTCCTTTCCCTACTGGGTGTATGTTTCACAGTGAGACGGG
GCTTAAGAGCTTTGAGCATCCGAAGAACAAGAT

QA 6 698 6 698
DS 

RD RR1CE20TF 641 0 0
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CCCTCCACAAGGACACCGCTTTCTCCATGAACTTTGGAGACTCTGCCGTCTTAGCTTACT
CCCGCCCTAACAATTCTCTTCGCCAGAGGTTGTTCTGTGGGATAGACGGAGTCTACTGTA
TGTTTCTTGGGAGGTTAAGCAATCTCTGCACGTTGAACCGACAGTACGGGCTCACGGGGA
AGAACACGAACGAGGCCATGTTTGTGATCGAAGCTTACAGAACACTCCGTGATCGTGGTC
CTTACCCAGCAGATCAAGTCCTCAGAGGTTTAGAAGGAAGCTACGCCTTTGTCGTCTACG
ATACTCAAACCTCCTCTGTTTTCTCAGCCCTGAGCTCTGATGGAGGAGAGAGTCTTTACT
GGGGAATCTCCGCTGACGGGTCTGTTGTGATGTCTGATGATGTGGAGATTAAAAAGCAAG
GATGTGCCAAGTCATTTGCTCCTTTCCCTACTGGGTGTATGTTTCACAGTGAGACGGGGC
TTAAGAGCTTTGAGCATCCGAAGAACAAGATGAAGGCGATGCAGAGGATTGACAGTGAAG
GTGTGATATGTGGAGCTAACTTCAAAGTGGATGCTTGTAGT

QA 1 641 1 641
DS 

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GGTCTGTTGTGATGTCTGATGATGTGGAGATTAAAAAGCAAGGATGTGCCAAGTCATTTG
CTCCTTTCCCTACTGGGTGTATGTTTCACAGTGAGACGGGGCTTAAGAGCTTTGAGCATC
CGAAGAACAAGATGAAGGCGATGCAGAGGATTGACAGTGAAGGTGTGATATGTGGAGCTA
ACTTCAAAGTGGATGCTTGTAGTAAGGTCAATGCCATTCCTAGGAGAGGAAGTGAAGCTA
ACTGGGCTCTCGCTAATTCACGTTAATCTCTTCTTCTTTGTTGATTCAGTTGTTGAGTTG
GTTCTTTTGTCTTTGTTGCATTTTACTTTTTACCTACTTCCTCTGTGTAAATAGCATCTT
TAGTGTTACATCAATGAAGAAGC

QA 1 443 1 443
DS 

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TTAGCTTACTCCCGCCCTAACAATTCTCTTCGCCAGAGGTTGTTCTGTGGGATAGACGGA
GTCTACTGTATGTTTCTTGGGAGGTTAAGCAATCTCTGCACGTTGAACCGACAGTACGGG
CTCACGGGGAAGAACACGAACGAGGCCATGTTTGTGATCGAAGCTTACAGAACACTCCGT
GATCGTGGTCCTTACCCAGCAGATCAAGTCCTCAGAGGTTTAGAAGGAAGCTACGCCTTT
GTCGTCTACGATACTCAAACCTCCTCTGTTTTCTCAGCTCTGAGCTCTGATGGAGGAGAG
AGTCTTTACTGGGGAATCTCCGCTGACGGGTCTGTTGTGATGTCTGATGATGTGAAGATT
ATAAAGCAAGGATGTGCCAAGTCATTCGCTCCTT*CCCTACTGGGTGTATGTTTCACAGT
GAGACGGGGCTTAAGAGCTTTGAGCATCCGAAGAACAAGATGAAGGCGATGCAGAGGATT
GACAGTGAAGGTGTGATATGTGGAGCTAACTTCAAAGTGGATGCTTGTAGTAAGGTCAAT
GCCATTCCTAGGAGAGGAAGTGAAGCTAACTGGGCTCTCGCTAATTCACGTTAATCTCTT
CTTCTTTGTTGATTCAGTTGTTGAGTTGGTTCTTTTGTCTTTGTTGCATTTTACTTTTTA
CCTACTTCCTCTGTGTAAATAGCATCTTTAGTGTTACATCAATGAAGAAGC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1A530JQ 820 0 0
AACCCCAAAACTTCCCGGAGATACTCTCTCCGACTTCCTCTCCCTCCACAAGGACACCGC
TTTCTCCATGAACTTTGGAGACTCTGCCGTCTTAGCTTACTCCCGCCCTAACAATTCTCT
TCGCCAGAGGTTGTTCTGTGGGATAGACGGAGTGTACTGTATGTTTCTTGGGAGGTTAAG
CAATCTCTGCACGTTGAACCGACAGTACGGGCTCACGGGGAAGAACACGAACGAGGCCAT
GTTTGTGATCGAAGCTTACAGAACACTCCGTGATCGTGGTCCTTACCCTGCAGATCAAGT
CCTCAGAGGTTTAGAAGGAAGCTACGCCTTTGTCGTCTACGATACTCAAACCTCCTCTGT
TTTCTCAGCTCTGAGCTCTGATGGAGGAGAGAGTCTTTACTGGGGAATCTCCGCTGACGG
GTCTGTTGTGATGTCTGATGATGTGAAGATCATAAAGCAAGGATGTGCTAAGTCATTTGC
TCCTTTCCCTACTGGGTGTATGTTTCACAGTGAGACGGGGCTTAAGAGCTTTGAGCATCC
GAAGAACAAGATGAAGGCGATGCAGAGGATTGACAGTGAAGGTGTGATATGTGGAGCTAA
CTTCAAAGTGGATGCTTGTAGTAAGGTCAATGCCATTCCTAGGAGAGGAAGTGAAGCTAA
CTGGGCTCTCGCTAATTCACGTTAATCTCTTCTTCTTTGTTGATTCAGTTGTTGAGTTGG
TTCTTTTGTCTTTGTTGCATTTTA*TTTTTACCTACTTCCTCTGTGTAAATAGCATCTTT
AGTGTTACATCAATGAAGAAGCAAAAGCACTTTATATTGC

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 7

CO CL866Contig1 1164 7 20 U
GGAAGCACCAGATAAGATCCCCAAACCCTAAGCGCATCATTCATCATCGAACCACAAGAA
GCGGCGCATCTGACAATCCATCCAAAAAACGAGAAAGATGACGACGGCCGATTCTCAGCA
GAAAACGAGCAAGTTCCGATGGGGAGAGATGGACGAAGACGACGATCTCGATTTCCTTCT
CCCTCCGAAGCAGGTGATTGGCCCAGACGAGAACGGGTTGAAGACGGTGATCGAGTACAA
GTTCAACGACGAAGGCAACAAGGTCAAGATCACGACCAGGTCACGCGTCCGTAAGCTAGC
CTCCGCGAGGCTCAACAAACGAGCCATGGAGCGGAGGAGCTGGCCTAAGTTCGGAGACGC
CGCGAACGAGGACGCTGGTAGCCATCTCACCATGGTTTCGACCGAAGAGATTCTTCTGGA
ACGACCTAGGGCTCCTGGTACCAAAGCAGATGAATCAAAGGCAGCAGGAGACGGCTTGTC
TCAGCTGAGTAAAGGTGCAGTCCTCATGGTTTGCAGGACATGCGGCAAGAAAGGTGACCA
TTGGACATCAAAATGTCCTTACAAGGATCTAGCTGCACCAACCGATGTCTTTGTCGACAA
GCCACCCACAGGAGAAACATCTGCCGTACCCGCTGCACCTGGTGGCAAGGCCGCTTATGT
GCCTCCTAGCATGAGAGCAGGTGCAGACAGAAGCACTGGTGGTTCGGACATGAGGAGGAG
GAACGATGAGAACTCTGTGCGTGTGACTAACTTGTCTGAGGACACCCGTGAACCCGATTT
GATGGAGCTCTTCCATCCGTTTGGAGCTGTCTCCCGTGTCTATGTGGCGATTGATCAGAA
AACTGGAGTGAGCAGAGGGTTTGGTTTCGTCAATTTCGTGAGCAGAGAAGACGCCCAACG
AGCCATCAACAAGCTGAATGGTTATGGTTATGATAACCTCATCCTCAGGGTTGAGTGGGC
CACTCCAAGACCCACTTAGAAAATGTCTCGAGTCCTTCGTAAACTCTTCTCATTTTCGTC
TTTCCTGCTATGGCTTCTTGTTTATCAGACTGTTTGTCTGTTGGTTTGGTTTTGGTCGGA
TTAAGATCAGAAGATGTTATGTTCGTCTTTAATACATAAGCAATGTTTCGAATACTTGGA
AGTTTATTTAATCAATTTATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1CF67TF U 1
AF RR1FK81TF U 41
AF RR1EE75TF U 41
AF RR1FK81JQ C 342
AF RR1EE75JQ C 430
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AF RR1AU46JQ C 591
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GCGGCGCATCTGACAATCCATCCAAAAAACTAGAAAGATGACGACGGCCGATTCTCAGCA
GAAAACGAGCAAGTTCCGATGGGGAGAGATGGACGAAGACGACGATCTCGATTTCCTTCT
CCCTCCGAAGCAGGTGATTGGCCCAGACGAGAACGGGTTGAAGACGGTGATCGAGTACAA
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CTCCGCGAGGCTCAACAAACGAGCCATGGAGCGGAGGAGCTGGCCTAAGTTCGGAGACGC
CGCGAACGAGGACGCTGGTAGCCATCTCACCATGGTTTCGACCGAAGAGATTCTTCTGGA
ACGACCTAGGGCTCCTGGTACCAAAGCAGATGAATCAAAGGCAGCAGGAGACGGCTTGTC
TCAGCTGAGTAAAGGTGCAGTCCTCATGGTTTGCAGGACATGCGGCAAGAAAGGTGACCA
TTGGACATCAAAATGTCCTTACAAGGATCTAGCTGCACCAACCGATGTCTTTGTCGACAA
GCCACCCACAGGAGAAACATCTGCCGTACCCGCTGCACCTGGT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1FK81TF 671 0 0
GG
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CGATCTCGATTTCCTTCTCCCTCCGAAGCAGGTGATTGGCCCAGACGAGAACGGGTTGAA
GACGGTGATCGAGTACAAGTTCAACGACGAAGGCAACAAGGTCAAGATCACGACCAGGTC
ACGCGTCCGTAAGCTAGCCTCCGCGAGGCTCAACAAACGAGCCATGGAGCGGAGGAGCTG
GCCTAAGTTCGGAGACGCCGCGAACGAGGACGCTGGTAGCCATCTCACCATGGTTTCGAC
CGAAGAGATTCTTCTGGAACGACCTAGGGCTCCTGGTACCAAAGCAGATGAATCAAGGGC
AGCAGGAGACGGCTTGTCTCAGCTGAGTAAAGGTGCAGTCCTCATGGTTTGCAGGACATG
CGGCAAGAAAGGTGACCATTGGACATCAAAATGTCCTTACAAGGATCTAGCTGCACCAAC
CGATGTCTTTGTCGACAAGCCACCCACAGGAGAAACATCTGCCGTACCCGCTGCACCTGG
TGGCAAGGCCGCTTATGTGCCTCCTAGCATGAGAGCAGGTGCAGACAGAAGCACTGGTGG
TTCGGACAT

QA 3 671 3 671
DS 

RD RR1EE75TF 809 0 0
GG
ATCATCGAACCACAAGAAGCGGCGCATCTGACAATCCATCCAAAAAACGAGAAAGATGAC
GACGGCCGATTCTCAGCAGAAAACGAGCAAGTTCCGATGGGGAGAGATGGACGAAGACGA
CGATCTCGATTTCCTTCTCCCTCCGAAGCAGGTGATTGGCCCAGACGAGAACGGGTTGAA
GACGGTGATCGAGTACAAGTTCAACGACGAAGGCAACAAGGTCAAGATCACGACCAGGTC
ACGCGTCCGTAAGCTAGCCTCCGCGAGGCTCAACAAACGAGCCATGGAGCGGAGGAGCTG
GCCTAAGTTCGGAGACGCCGCGAACGAGGACGCTGGTAGCCATCTCACCATGGTTTCGAC
CGAAGAGATTCTTCTGGAACGACCTAGGGCTCCTGGTACCAAAGCAGATGAATCAAAGGC
AGCGGGAGACGGCTTGTCTCAGCTGAGTAAAGGTGCAGTCCTCATGGTTTGCAGGACATG
CGGCAAGAAAGGTGACCATTGGACATCAAAATGTCCTTACAAGGATCTAGCTGCACCAAC
CGATGTCTTTGTCGACAAGCCACCCACAGGAGAAACATCTGCCGTACCCGCTGCACCTGG
TGGCAAGGCCGCTTATGTGCCTCCTAGCATGAGAGCAG*TGCAGACAGAAGCACTGGTGG
TTCGGACATGAG*AGGAG*AACGATGAGAACTCTGTGCGTGTGACTAACTTGTCTGAG*A
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TGTGGCGAT*GATCAGAAAACTGGAGT

QA 3 809 3 809
DS 

RD RR1FK81JQ 789 0 0
TGG
CTAAGTTCGGAGACGCCGCGAACGAGGACGCTGGTAGCCATCTCACCATGGTTTCGACCG
AAGAGATTCTTCTGGAACGACCTAGGGCTCCTGGTACCAAAGCAGATGAATCAAGGGCAG
CAGGAGACGGCTTGTCTCAGCTGAGTAAAGGTGCAGTCCTCATGGTTTGCAGGACATGCG
GCAAGAAAGGTGACCATTGGACATCAAAATGTCCTTACAAGGATCTAGCTGCACCAACCG
ATGTCTTTGTCGACAAGCCACCCACAGGAGAAACATCTGCCGTACCCGCTGCACCTGGTG
GCAAGGCCGCTTATGTGCCTCCTAGCATGAGAGCAGGTGCAGACAGAAGCACTGGTGGTT
CGGACATGAGGAGGAGGAACGATGAGAACTCTGTGCGTGTGACTAACTTGTCTGAGGACA
CCCGTGAACCCGATTTGATGGAGCTCTTCCATCCGTTTGGAGCTGTCTCCCGTGTCTATG
TGGCGATTGATCAGAAAACTGGAGTGAGCAGAGGGTTTGGTTTCGTCAATTTCGTGAGCA
GAGAAGACGCCCAACGAGCCATCAACAAGCTGAATGGTTATGGTTATGATAACCTCATCC
TCAGGGTTGAGTGGGCCACTCCAAGACCCACTTAGAAAATGTCTCGAGTCCTTCGTAAAC
TCTTCTCATTTTCGTCTTTCCTGCTATGGCTTCTTGTTTATCAGACTGTTTGTCTGTTGG
TTTGGTTTTGGTCGGATTAAGATCAGAAGATGTTATGTTCGTCTTTAATACATAAGCAAT
GTTTCG

QA 4 789 4 789
DS 

RD RR1EE75JQ 734 0 0
GGCTCCTGGTACCAAAGCAGATGAATCAAAGGCAGCGGGAGACGGCTTGTCTCAGCTGAG
TAAAGGTGCAGTCCTCATGGTTTGCAGGACATGCGGCAAGAAAGGTGACCATTGGACATC
AAAATGTCCTTACAAGGATCTAGCTGCACCAACCGATGTCTTTGTCGACAAGCCACCCAC
AGGAGAAACATCTGCCGTACCCGCTGCACCTGGTGGCAAGGCCGCTTATGTGCCTCCTAG
CATGAGAGCAGGTGCAGACAGAAGCACTGGTGGTTCGGACATGAGGAGGAGGAACGATGA
GAACTCTGTGCGTGTGACTAACTTGTCTGAGGACACCCGTGAACCCGATTTGATGGAGCT
CTTCCATCCGTTTGGAGCTGTCTCCCGTGTCTATGTGGCGATTGATCAGAAAACTGGAGT
GAGCAGAGGGTTTGGTTTCGTCAATTTCGTGAGCAGAGAAGACGCCCAACGAGCCATCAA
CAAGCTGAATGGTTATGGTTATGATAACCTCATCCTCAGGGTTGAGTGGGCCACTCCAAG
ACCCACTTAGAAAATGTCTCGAGTCCTTCGTAAACTCTTCTCATTTTCGTCTTTCCTGCT
ATGGCTTCTTGTTTATCAGACTGTTTGTCTGTTGGTTTGGTTTTGGTCGGATTAAGATCA
GAAGATGTTATGTTCGTCTTTAATACATAAGCAATGTTTCGAATACTTGGAAGTTTATTT
AATCAATTTATA
CC

QA 1 732 1 732
DS 

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TGCACCAACCGATGTCTTTGTCGACAAGCCACCCACAGGAGAAACATCTGCCGTACCCGC
TGCACCTGGTGGCAAGGCCGCTTATGTGCCTCCTAGCATGAGAGCAGGTGCAGACAGAAG
CACTGGTGGTTCGGACATGAGGAGGAGGAACGATGAGAACTCTGTGCGTGTGACTAACTT
GTCTGAGGACACCCGTGAACCCGATTTGATGGAGCTCTTCCATCCGTTTGGAGCTGTCTC
CCGTGTCTATGTGGCGATTGATCAGAAAACTGGAGTGAGCAGAGGGTTTGGTTTCGTCAA
TTTCGTGAGCAGAGAAGACGCCCAACGAGCCATCAACAAGCTGAATGGTTATGGTTATGA
TAACCTCATCCTCAGGGTTGAGTGGGCCACTCCAAGACCCACTTAGAAAATGTCTCGAGT
CCTTCGTAAACTCTTCTCATTTTCGTCTTTCCTGCTATGGCTTCTTGTTTATCAGACTGT
TTGTCTGTTGGTTTGGTTTTGGTCGGATTAAGATCAGAAGATGTTATGTTCGTCTTTAAT
ACATAAGCAATGTTTCGA*TACTTGGAAGTTTATTTAATCAATTTATA
TCC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1AU46JQ 574 0 0
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CCGCTTATGTGCCTCCTAGCATGAGAGCAGGTGCAGACAGAAGCACTGGTGGTTCGGACA
TGAGGAGGAGGAACGATGAGAACTCTGTGCGTGTGACTAACTTGTCTGAGGACACCCGTG
AACCCGATTTGATGGAGTTCTTCCATCCGTTTGGAGCTGTCTCCCGTGTCTATGTGGCGA
TTGATCAGAAAACTGGAGTGAGCAGAGGGTTTGGTTTCGTCAATTTCGTGAGCAGAGAAG
ACGCCCAACGAGCCATCAACAAGCTGAATGGTTATGGTTATGATAACCTCATCCTCAGGG
TTGAGTGGGCCACTCCAAGACCCACTTAGAAAATGTCTCGAGTCCTTCGTAAACTCTTCT
CATTTTCGTCTTTCCTGCTATGGCTTCTTGTTTATCAGACTGTTTGTCTGTTGGTTTGGT
TTTGGTCGGATTAAGATCAGAAGATGTTATGTTCGTCTTTAATACATAAGCAATGTTTCG
AATACTTGGAAGTTTATTTAATCAATTTATATCC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 5

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GAGAAAAAGAGGTTCGGTTTCTGATAAAATCATACAAAGATACGACAAAGGAAGTTTCAC
AAATATACAAAACAAACTCTTTCTCTGCTGCTCACTCGCATGATAACAAACCTTTTAACT
CATTCACTTTCCGGGGACGAAGTTGGTGGCAAAGGCCCATGCGTTGTTGTTGACTGGATC
GGCCAAATGGTCGGCAAGATTCTCCAACGGTCCCTTTCCGGTAACGATGGCCTGAACGAA
GAATCCAAACATAGAGAACATAGCCAACCTACCGTTCTTGATCTCCTTCACCTTCAACTC
AGCGAAAGCTTCTGGATCAGTAGCAAGACCCAACGGGTCGAAGCTGCCTCCTGGGTAAAG
CAAGTCCTCTGCTTCTCCCAATGGTCCCTCTCCGGCGACTCTGTAACCTTCAACAGCTCC
CATGAGGATCACCTGAGTTGCCCAAATGGCTAAGATGCTTTGAGCGTGGACCAAGCTCGG
GTTTCCCAAGTAGTCGAGCCCTCCTTCGCTGAAGATCTGTGAACCAGCCTTGAACCAAAC
AGCTTCTCCGAACTTAACTCCGTTCCTAGCCAAAAGCTCAGGGAAAACGCAGCCTAGGGC
TCCAAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTTGCGAAGGTCTC
AGAGTCGGCAGATAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTAGTCACCAGGGAACTCTCCTGTAAG
GTAGCTTGGTGGCTCTCCCGAGAATGGACCCAAGTACTTGACCCTGTCGGATCCGTACCA
TGGGCTGCCAGATGGACCGGTGGGTTTGACGGTTTTACGCATGGTGACACGGCCTGTTCC
AAAGACTTCTGAGGCTCCCGGTGAGAGCTTCACGGCCTTTCCGGCAAAGGCAGGGGAGGA
GAGAGCCATGGTTGAAGCAGCCATTAGAACTTTTCTTCTTTTTTCAGTTTTTGTGTTTTG
TTGTTGTTGTGACTGGTGAGAGTGATCCCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY61JQ U 1
AF RR1DE03JQ U 1
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AGCTTCTCCGAACTTAACTCCGTTCCTAGCCAAAAGCTCAGGGAAAACGCAGCCTAGGGC
TCCAAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTTGC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1DE03JQ 711 0 0
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CGAAAGCTTCTGGATCAGTAGCAAGACCCAACGGGTCGAAGCTGCCTCCTGGGTAAAGCA
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QA 3 711 3 711
DS 

RD RR1FS03JQ 847 0 0
GA
GAAAAAGAGGTTCGGTTTCTGATAAAATCATACAAAGATACGACAAAGGAAGTTTCACAA
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TTCACTTTCCGGGGACGAAGTTGGTGGCAAAGGCCCACGCGTTGTTGTTGACTGGATCGG
CCAAATGGTCGGCAAGATTCTCCAACGGTCCCTTTCCGGTAACGATGGCCTGAACGAAGA
ATCCAAACATAGAGAACATAGCCAACCTACCGTTCTTGATCTCCTTCACCTTCAACTCAG
CGAAAGCTTCTGGATCAGTAGCAAGACCCAACGGGTCGAAGCTGCCTCCTGGGTAAAACA
AGTCCTCTGCTTCTCCCAATGGTCCCTCTCCGGCGACTCTGTAACCTTCAACAGCTCCCA
TGAGGATCACCTGAGTTGCCCAAATGGCTAAGATGCTTTGAGCGTGGACCAAGCTCGGGT
TTCCCAAGTAGTCGAGCCCTCCTTCGCTGAAGATCTGTGAACCAGCCTTGAACCAAACAG
CTTCTCCGAACTTAACTCCGTTCCTAGCCAAAAGCTCAGGGAAAACGCAGCCTAGGGCTC
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AGACT

QA 3 847 3 847
DS 

RD RR1CY61TF 707 0 0
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CTTCAACTCAGCGAAAGCTTCTGGATCAGTAGCAAGACCCAACGGGTCGAAGCTGCCTCC
TGGGTAAAGCAAGTCCTCTGCTTCTCCCAATGGTCCCTCTCCGGCGACTCTGTAACCTTC
AACAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTTGCCCAAATGGCTAAGATGCTTTGAGCGTGGAC
CAAGCTCGGGTTTCCCAAGTAGTCGAGCCCTCCTTCGCTGAAGATCTGTGAACCAGCCTT
GAACCAAACAGCTTCTCCGAACTTAACTCCGTTCCTAGCCAAAAGCTCAGGGAAAACGCA
GCCTAGGGCTCCAAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTTGC
GAAGGTCTCGGGGTCGGCAGATAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTAGTCACCAGGGAACTC
TCCTGTAAGGTAGCTTGGTGGCTCTCCCGAGAATGGACCCAAGTACTTGACCCTGTCGGA
TCCGTACCATGGGCTGCCAGATGGACCGGTGGGTTTGACGGTTTTACGCATGGTGACACG
GCCTGTTCCAAAGACTTCTGAGGCTCCCGGTGAGAGCTTCACGGCCTTTCCGGCAAAGGC
AGGGGAGGAGAGAGCCATGGTTGAAGCAGCCATTAGAACTTTTCTTCTTTTTTCAGTTTT
TGTGTTTTGTTGTTGTTGTGACTGGTGAGAGTG
CC

QA 13 705 13 705
DS 

RD RR1DE03TF 697 0 0
TCAACTCAGCGAAAGCTTCTGGATCAGTAGCAAGACCCAACGGGTCGAAGCTGC*TCCTG
GGTAAAGCAAGTCCTCTGCTTCTCCCAATGGTCCCTCTCCGGCGACTCTGTAACCTTCAA
CAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTTGCCCAAATGGCTAAGATGCTTTGAGCGTGGACCA
AGCTCGGGTTTCCCAAGTAGTCGAGCCCTCCTTCGCTGAAGATCTGTGAACCAGCCTTGA
ACCAAACAGCTTCTC*GAACTTAACTCCGTTCCTAGCCAAAAGCTCAGGGAAAACGCAGC
CTAGGGCTCCAAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTTGCGA
AGGTCTCAGAGTCGGCAGATAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTAGTCACCAGGGAACTCTC
CTGTAAGGTAGCTTGGTGGCTCTCCCGAGAATGGACCCAAGTACTTGACCCTGTCGGATC
CGTACCATGGGCTGCCAGATGGACCGGTGGGTTTGACGGTTTTACGCATGGTGACACGGC
CTGTTCCAAAGACTTCTGAGGCTCCCGGTGAGAGCTTCACGGCCTTTCCGGCAAAGGCAG
GGGAGGAGAGAGCCATGGTTGAAGCAGCCATTAGAACTTTTCTTCTTTTTTCAGTTTTTG
TGTTTTGTTGTTGTTGTGACTGGTGAGAGTGATCCCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 7

CO CL868Contig1 610 7 9 U
GGACTCATCACTACACACTTCTCATTTTACAAACAATCAATAGCCCCTAAAACAAAGAAA
AATGGCTGGTCTAATGAAGTTGGCATGCTTGGTCTTGGCCTGCATGATTGTGGCCGGTCC
AATCACAACGAACGCGGCTCTGAGCTGTGGAACCGTTAACAGTAACTTGGCAGCATGCAT
TGGCTACTTGACCCAAAATGCGCCCCTCGCCAGAGGTTGCTGCACCGGCGTTACTAATCT
GAACAACATGGCCCGTACAACCCCCGACCGTCAGCAAGCTTGTCGTTGCCTTGTAGGAGC
CGCTAACTCCTTCCCTAGTCTAAACGCTGCCCGTGCTGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGG
AGTCAATATTCCTTACAAAATCAGCAAAAGCACTAACTGCAACACCGTTAGATGAGCGGC
GACCGGATGAAGAAACTCAAGCGGACCTACGAATCTAATATAATGTATGAGAGTACTAAA
TAAAATGTTTGAATGGTTGTTTTTCTGGTGTTCTAAAATTTCATGTTTTCTCTTCTGTTG
TGTCGTTCTTTTACTTTGGTCGTATGTACTATTTTCGTAGTCCACGTACGTTATATGAAG
TTTCAGATCC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 10 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 20 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 

AF RR1DW55TF U 2
AF RR1BI78JQ C 1
AF RR1CI45JQ C 147
AF RR1G904JQ C 8
AF RR1G904TF U 8
AF RR1BI78TF U 1
AF RR1CI45TF U 1
BS 1 1 RR1BI78JQ
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GGCTACTTGACCCAAAATGCGCCCCTCGCCAGAGGTTGCTGCACCGGCGTTACTAATCTG
AACAACATGGCCCGTACAACCCCCGACCGTCAGCAAGCTTGTCGTTGCGTTGTAGGAGCC
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AAAATGTTTGAATGGTTGTTTTTCTGGTGTTCTAAAATTTCATGTTTTCTCTTCTGTTGT
GTCGTTCTTTTACTTTGGTCGTATGTACTATTTTCGTAGTCCACGTACGTTATATGAA

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DS 

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AATGGCTGGTCTAATGAAGTTGGCATGCTTGGTCTTGGCCTGCATGATTGTGGCCGGTCC
AATCACAACGAACGCGGTTTTGAGCTGTGGAACCGTTAACAGTAACTTGGCAGCATGCAT
TGGCTACTTGACCCAAAATGCGCCCCTCGCCAGAGGTTGCTGCACCGGCGTTACTAATTT
GAACAACATGGCCCGTACAACCCCCGACCGTCAGCAAGCTTGTCGTTGCCTTGTAGGAGC
CGCTAACTCCTTCCCTAGTTTAAACGCTGCCCGTGCTGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGG
AGTCAATATTCCTTACAAAATCAGCAAAAGCACTAACTGCAACACCGTTAGATGAGCGGC
GACCGGATGAAGAAACTCAAGCGGACCTACGAATTTAATATAATGTATGAGAGTACTAAA
TAAAATGTTTGAATGGTTGTTTTTCTGGTGTTCTAAAATTTCATGTTTTCTCTTCTGTTG
TGTCGTTCTTTTACTTTGGTCGTATGTACTATTTTCGTAGTCCACGTACGTTATATGAAG
TTTCAGATCC

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DS 

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TACTATTTTCGTAGTCCACGTACGTTATATGAAGTTTC

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DS 

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GG
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TGAATGGTTGTTTTTCTGGTGTTCTAAAATTTCATGTTTTCTCTTCTGTTGTGTCGTTCT
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C

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GG
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TCTAATGAAGTTGGCATGCTTGGTCTTGGCCTGCATGATTGTGGCCGGTCCAATCACAAC
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GACCCAAAATGCGCCCCTCGCCAGAGGTTGCTGCACCGGCGTTACTAATCTGAACAACAT
GGCCCGTACAACCCCCGGCCGTCAGCAAGCTTGTCGTTGCCTTGTAGGAGCCGCTAACTC
CTTCCCTAGTCTAAACGCTGCCCGTGCTGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGGAGTCAATAT
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AAGAAACTCAAGCGGACCTACGAATCTAATATAATGTATGAGAGTACTAAATAAAATGTT
TGAATGGTTGTTTTTCTGGTGTTCTAAAATTTCATGTTTTCTCTTCTGTTGTGTCGTTCT
TTTACTTTGGTCGTATGTACTATTTTCGTAGTCCACGTACGATATATGAAGTTTCAGATC
C

QA 3 603 3 603
DS 

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G
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AACAACATGGCCCGTACAACCCCCGACCGTCAGCAAGCTTGTCGTTGCCTTGTAGGAGCC
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AAAATGTTTGAATGGTTGTTTTTCTGGTGTTCTAAAATTTCATGTTTTCTCTTCTGTTGT
GTCGTTCTTTTACTTTGGTCGTATGTACTATTTTCGTAGTCCACGTACGTTATATGAAGT
TTCAGATCC

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DS 

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G
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ATCACAACGAACGCGGCTCTGAGCTGTGGAACCGTTAACAGTAACTTGGCAGCATGCATT
GGCTACTTGACCCAAAATGCGCCCCTCGCCAGAGGTTGCTGCACCGGCGTTACTAATCTG
AACAACATGGCCCGTACAACCCCCGACCGTCAGCAAGCTTGTCGTTGCCTTGTAGGAGCC
GCTAACTCCTTCCCTAGTCTAAACGCTGCCCGTGCTGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGGA
GTCAATGTTCCTTACAAAATCAGCAAAAGCACTAACTGCAGCACCGTTAGATGAGCGGCG
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AAAATGTTTGAATGGTTGTTTTTCTGGTGTTCTAAAATTTCATGTTTTCTCTTCTGTTGT
GTCGTTCTTTTACTTTGGTCGTATGTACTATTTTCGTAGTCCACGTACGTTATATGAAGT
TTCAGATC

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DS 



AS 1 6

CO CL869Contig1 834 6 33 U
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TTTCTGGCTTTCACTGATTTGGTTTATTTAATTATTGCACTCTGTTATTCATCACCAGAC
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CGCTGAAACTCCACTTGTTGTTGAATTGGCTTTTGCAGTAGCAG******CAGCAACAAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

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AF RR1EG90JQ U 65
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CCAAATAAATAAAGAACTTTTGAGTTTTACAACTTTCTCCATCATTATTGTATCATCAAC
CACTTTATTTCTTCTTTAGATTTTGTTGCCTTGTTCCATAGAACTTGTGAAACTTGAACT
CCCTTTTGTGTTTTGAGTGAAAAAGCTTAAAAGCTTTTTGCTGCCAATCTCCACTTTTTT
TT*CTGGCTTTCACTGATTTGGTTTATTTAATTCTTGCACTCTGTTATTCATCACCAGAC
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CGCTGAAACTCCACTTGTTGTTGAGTTGGCTTTTGCAGTAGCAGTAGCAGCAGCAACGAC
AGGCTTAGTAGTAGAGGACGGTGGGGATGGTGGCTCGTCATATGTATAATCATCATCACC
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QA 1 720 1 720
DS 

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ATACGGATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAGCGTCAAGGATAGATCCACGAACCGC
GGATCCGAACATGACGTCGCCGTTGCTCATAACGGTCGCGTTTATGAACCCTTGCTGGCC
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CTTGAGTTTCTTGATGT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1EG90JQ 736 0 0
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TTATTTCTTCCTTAGATTTTGTTGCCTTGTTCCATAAAACTTGTGAAACTTGAACTCCCT
TTTGTGTTTTGAGTGAAAAAGCTTAAAAGCTTTTTGCTGCCAATCTCCACTTTTTTTTTC
TGGCTTTCACTGATTTGGTTTATTTAATTATTGCACTCTGTTATTCATCACCAGACCGTA
ATGAAGAACCAAAAGTATGAGATCACAAACGCAAACGCCAAGTTATGAGTATTAATCGCT
GAAACTCCACTTGTTGTTGAATTGGCTTTTGCAGTAGCAG******CAGCAACAACAGGC
TTAGTAGTAGAGGACGGTGGGGATGGTGGCTCGTCATATGTATAATCATCATCACCGGGA
GGTTGTGGAGGAAGTGGTGAAGAAGATGAACCATGATCTGAAGGACCTTCAGGATTCATG
ATAGGTATGTAACTGCTAATATGAAGCACGGAGATGTTATACGGATGTGTCGCAACAGAG
TCTATAAGCTTAGCGTCAAGGATAGATCCACGAACCGCGGATCCGAACATGACGTCGCCG
TTGCTCATAACGGTCGCGTTTATGAACCCTTGCTGGCCTTTGGCTTGACCGCTTGATTGG
AAGAGAGTGGTGAGTATTACTGATTTTTTGTTTAGGTTCTTGAGTTTCTTGATGTCGTAG
TAATCTAGAATGACGT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1EG90TF 681 0 0
TT
CCATAGAACTTGTGAAACTTGAACTCCCTTTTGTGTTTTGAGTGAAAAAGCTTAAAAGCT
TTTTGCTGCCAATCTCCACTTTTTTTTTCTGGCTTTCACTGATTTGGTTTATTTAATTAT
TGCACTCTGTTATTCATCACCAGACCGTAATGAAGAACCAAAAGTATGAGATCACAAACG
CAAACGCCAAGTTATGAGTATTAATCGCTGAAACTCCACTTGTTGTTGAATTGGCTTTTG
CAGTAGCAG******CAGCAACAACAGGCTTAGTAGTAGAGGACGGTGGGGATGGTGGCT
CGTCATATGTATAATCATCATCACCGGGAGGTTGTGGAGGAAGTGGTGAAGAAGATGAAC
CATGATCTGAAGGACCTTCAGGATTCATGATAGGTATGTAACTGCTAATATGAAGCACGG
AGATGTTATACGGATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAGCGTCAAGGATAGATCCAC
GAACCGCGGATCCGAACATGACGTCGCCGTTGCTCATAACGGTCGCGTTTATGAACCCTT
GCTGGCCTTTGGCTTGACCGCTTGATTGGAAGAGAGTGGTGAGTATTACTGATTTTTTGT
TTAGGTTCTTGAGTTTCTTGATGTCGTAGTAATCTAGAATGACGTGGAGGCTGAGGATTT
TCTTGTTGTCTTCGGTTG
C

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR1A080TF 679 0 0
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TTTTGCTGCCAATCTCCACTTTTTTTTTCTGGCTTTCACTGATTTGGTTTATTTAATTAT
TGCACTCTGTTATTCATCACCAGACCGTAATGAAGAACCAAAAGTATGAGATCACAAACG
CAAACGCCAAGTTATGAGTATTAATCGCTGAAACTCCACTTGTTGTTGAATTGGCTTTTG
CAGTAGCAG******CAGCAACAACAGGCTTAGTAGTAGAGGACGGTGGGGATGGTGGCT
CGTCATATGTATAATCATCATCACCGGGAGGTTGTGGAGGAAGTGGTGAAGAAGATGAAC
CATGATCTGAAGGACCTTCAGGATTCATGATAGGTATGTAACTGCTAATATGAAGCACGG
AGATGTTATACGGATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAGCGTCAAGGATAGATCCAC
GAACCGCGGATCCGAACATGACGTCGCCGTTGCTCATAACGGTCGCGTTTATGAACCCTT
GCTGGCCTTTGGCTTGACCGCTTGATTGGAAGAGAGTGGTGAGTATTACTGATTTTTTGT
TTAGGTTCTTGAGTTTCTTGATGTCGTAGTAATCTAGAATGACGTGGAGGCTGAGGATTT
TCTTGTTGTCTTCGGTTGC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1EO84TF 662 0 0
GG
ATAGAACTTGTGAAACTTGAACTCCCTTTTGTGTTTTGAGTGAAAAAGCTTAAAAGCTTT
TTGCTGCCAATCTCCACTTTTTTTT*CTGGCTTTCACTGATTTGGTTTATTTAATTCTTG
CACTCTGTTATTCATCACCAGACCGTAATGAAGAACCAAAAGGATGAGATCACAAACGAA
AACGCCAAGTTATGAGTATTAATCGCTGAAACTCCACTTGTTGTTGAGTTGGCTTTTGCA
GTAGCAGTAGCAGCAGCAACGACAGGCTTAGTAGTAGAGGACGGTGGGGATGGTGGCTCG
TCATATGTATAATCATCATCACCGGGAGGTTGTGGAGGAAGTGGTGAAGAAGATGAACCA
TGATCTGAAGGACCACCAGGATTCATGATAGGTATGTAACTGCTAATATGAAGCACGGAG
ATGTTATACGGATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAGCATCAAGGATAGATCCGGGA
ACCGCGGAACCGAACATGACGTCGCCGTTGCTCATAACGGTTGCGTTTATGAAACCTTGT
TGGCCTTTGGCTTGACCGCTTGATTGGAAGAGAGTGGTGAGTATTACTGATTTTTTGTTG
AGGTTCTTGAGTTTCTTGATGTCGTAGTAATCTAGAATGACGTGGAGGCTGAGGATTTTC

QA 3 662 3 662
DS 



AS 2 7

CO CL870Contig1 1106 4 11 U
GGACCCACCCAAACGCCTCCATAAACCTCGTGCTCTAGAGGATCGTCCAAATCGAAAAAA
AATGGGAACCTTGGGAAGGGCAATCTACACAGTGGGTAACTGGATCCGCGGGACTGGCCA
AGCTCTTGATCGCGTCGGCTCTCTTCTCCAAGGGAGCCACCGCTTGGAAGAACACCTATC
GAGGCATCGGACGTTGATGAGTGTGTTTGATAAATCTCCATTGGTGGATAAGGATGCGTT
CGTGGCTCCGAGTGCCTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCTTCTATTTG
GTATGGCTGTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGGACGAATAT
CCAAGACAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTACCTAC
TACTATTGGGGACAACGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACTGTCGA
GGATGAGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCTACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAGAAGCA
TGCCATGGTTGCTGCTGGTTCCCTTGTGAGAGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGAGAGGT
ATGGGGAGGAAACCCAGCAAAGTTCATGAGAAAGTTAACAGATGAGGAGATGGCATATAT
CTCAAAGTCGGCTGAGAACTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAGAATTCAAA
GTCATTTGAAGAGATCGAGGTTGAGAGAGCCCTTAGGAAGAAGTATGCACGCAAGGATGA
GGATTACGATTCAATGCTTGGGATCGTCCGTGAAACTCCAGCCGAGTTGATTCTCCCCGA
CAATGTCTTACCGGAGAAAACAACCACCAGGGTTCCTACTACTCATTACTGATTCACGCG
GCTCAGCTTTGTTTTTAAGACAAAGATTGATTCTCTGGAAAGTCGAGAGAGATATTATCT
TTTGGTTTTGCCTTTTTCCTCCCGAGTAAACATGGGATTTATCATATTCTTGCTCAATAA
AGCCGAACAGAACATGTACTGTTGCGTTATGTCACATGTCTTGGATGAACAATTTCAGAA
AGAGGAACGAGCTGCATTAATTTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE77TF U 1
AF RR1AC47TF U 53
AF RR1DJ13TF U 53
AF RR1AC47JQ C 373
BS 1 462 RR1GE77TF
BS 463 463 RR1AC47TF
BS 464 565 RR1GE77TF
BS 566 566 RR1AC47TF
BS 567 592 RR1GE77TF
BS 593 593 RR1AC47TF
BS 594 646 RR1GE77TF
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BS 671 752 RR1AC47TF
BS 753 1106 RR1AC47JQ

RD RR1GE77TF 673 0 0
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CGTGGCTCCGAGTGCCTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCTTCTATTTG
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GGATGAGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCTACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAGAAGCA
TGCCATGGTTGCTGCTGGTTCCCTTATGAGAGAGAACACTCGAATCCCTTCCTGAGAGGT
ATGGGGAGGAAACCCAGCAAAGTTCATGAGAAAGTTAACAGATGAG*AGATGGCATATAT
CTCAAAGTCG
CTG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1AC47TF 700 0 0
GGG
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GGCCAAGCTCTTGATCGCGTCGGCTCTCTTCTCCAAGGGAGCCACCGCTTGGAAGAACAC
CTATCGAGGCATCGGACGTTGATGAGTGTGTTTGATAAATCTCCATTGGTGGATAAGGAT
GCGTTCGTGGCTCCGAGTGCCTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCTTCT
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AATATCCAAGACAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTA
CCTACTACTATTGGGGACAACGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACT
GTCGAGGATGAGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCTACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAG
AAGCATGCCATGGTTGCTGCTGGTTCCCTTGTGAGAGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGA
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TCAAAGTCATTTGAAGAGATCGAGGTTGAGAGAGCCC

QA 4 700 4 700
DS 

RD RR1DJ13TF 700 0 0
GGG
AAAAAAATGGGAACCTTGGGAAGGGCAATCTACACAGTGGGTAACTGGATCCGCGGGACT
GGCCAAGCTCTTGATCGCGTCGGCTCTCTTCTCCAAGGGAGCCACCGCTTGGAAGAACAC
CTATCGAGGCATCGGACGTTGATGAGTGTGTTTGATAAATCTCCATTGGTGGATAAGGAT
GCGTTCGTGGCTCCGAGTGCCTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCTTCT
ATTTGGTATGGCTGTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGGACG
AATATCCAAGACAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTA
CCTACTACTATTGGGGACAACGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACT
GTCGAGGATGAGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCTACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAG
AAGCATGCCATGGTTGCTGCTGGTTCCCTTGTGAGAGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGA
GAGGTATGGGGAGGAAACCCAGCAAAGTTCATGAGAAAGTTAACAGATGAGGAGATGGCA
TATATCTCAAAGTCGGCTGAGAACTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAGAAT
TCAAAGTCATTTGA*GAGATCGAGGTTGAGAGAGCCC

QA 4 700 4 700
DS 

RD RR1AC47JQ 734 0 0
TCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTACCTACTACTATTGGGGA
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TGTTGGCATGGGAGCTACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAGAAGCATGCCATGGTTGC
TGCTGGTTCCCTTGTGAGAGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGAGAGGTATGGGGAGGAAA
CCCAGCAAAGTTCATGAGAAAGTTAACAGATGAGGAGATGGCATATATCTCAAAGTCGGC
TGAGAACTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAGAATTCAAAGTCATTTGAAGA
GATCGAGGTTGAGAGAGCCCTTAGGAAGAAGTATGCACGCAAGGATGAGGATTACGATTC
AATGCTTGGGATCGTCCGTGAAACTCCAGCCGAGTTGATTCTCCCCGACAATGTCTTACC
GGAGAAAACAACCACCAGGGTTCCTACTACTCATTACTGATTCACGCGGCTCAGCTTTGT
TTTTAAGACAAAGATTGATTCTCTGGAAAGTCGAGAGAGATATTATCTTTTGGTTTTGCC
TTTTTCCTCCCGAGTAAACATGGGATTTATCATATTCTTGCTCAATAAAGCCGAACAGAA
CATGTACTGTTGCGTTATGTCACATGTCTTGGATGAACAATTTCAGAAAGAGGAACGAGC
TGCATTAATTTATG

QA 1 734 1 734
DS 



CO CL870Contig2 837 3 6 U
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TAAAATAAACAGGTTTAAATAAGTATAAACCAATCATAAATTAATGCAGCTCGTTCCTCT
TTGTGAAACTGTTCATCCAAGACATGTGACATAACGCAACAGTACATGTTCTGTTCGGCT
TTATTGAGCAAGAATATGATAGATCCCATGTTTTACTCGGGAGGAAAAAAGGGCAAAACC
AAAAGATAATATCTCTCTCGACTTTCCAGAAAATTAACAAAGCTGAGCCGGGTGAATCAG
TAATGAGTAGTAGGAACCCTGGTGGTTGTTTTCTCCGGTAAGACATTGTCGGGGAGAATC
AACTCGGCTGGAGTTTCACGGACAATCCCAAGCATTGAATCGTAATCCTCATCCTTGCGT
GCGTACTTCTTCCTAAGGGCTCTCTCAACCTCGATCTCTTCAAATGACTTTGAATTCTCC
GCGGCGTGATATGTGCGAGGTTGATGTAGTTCTCAGCCGACTTTGAGATATATGCCATCT
CTTCATCTGTTAACTTTCTCATGAACTTTGCTGGGTTTCCTCCCCATACCTCTCCGGAAG
GGATTCGAGTGTTCTCTCTCACAAGGGAGCCAGCAGCAACCATGGCATGCTTCTCAACAA
CCACACCATCGAGTAGTGTAGCTCCCATGCCAACAAAAGCCTCATCCTCGACAGTACACC
CATGTATGACAGCACTATGACCTATAGTGACATAGTCGCCAATAGTAGTAGGTAATTCCT
TGCCAGCTAGGTTGGTTTTTGCAACATGTACAAGAGAATTGTCTTGGATATTCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G203JQ U 123
AF RR1GP23JQ U 1
AF RR1GP23TF C 199
BS 1 193 RR1GP23JQ
BS 194 194 RR1G203JQ
BS 195 286 RR1GP23JQ
BS 287 287 RR1G203JQ
BS 288 501 RR1GP23JQ
BS 502 837 RR1GP23TF

RD RR1G203JQ 266 0 0
G
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TTGAGCAAGAATATGATAGATCCCATGTTTTACTCGGGAGGAAAAAAGGGCAAAACCAAA
AGATAATATCTCTCTCGACTTTCCAGAAAATTAACAAAGCTGAGCCGGGTGAATCAGTAA
TGAGTAGTAGGAACCCTGGTGGTTGTTTTCTCCGGTAAGACATTGTCGGGGAGAATCAAC
TCGGCTGGAGTTTCACGGACAATCC

QA 2 266 2 266
DS 

RD RR1GP23JQ 501 0 0
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TAAAATAAACAGGTTTAAATAAGTATAAACCAATCATAAATTAATGCAGCTCGTTCCTCT
TTGTGAAACTGTTCATCCAAGACATGTGACATAACGCAACAGTACATGTTCTGTTCGGCT
TTATTGAGCAAGACTATGATAGATCCCATGTTTTACTCGGGAGGAAAAAAGGGCAAAACC
AAAAGATAATATCTCTCTCGACTTTCCAGAAAATTAACAAAGCTGAACCGGGTGAATCAG
TAATGAGTAGTAGGAACCCTGGTGGTTGTTTTCTCCGGTAAGACATTGTCGGGGAGAATC
AACTCGGCTGGAGTTTCACGGACAATCCCAAGCATTGAATCGTAATCCTCATCCTTGCGT
GCGTACTTCTTCCTAAGGGCTCTCTCAACCTCGATCTCTTCAAATGACTTTGAATTCTCC
GCGGCGTGATATGTGCGAGGT

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR1GP23TF 639 0 0
ATAGATCCCATGTTTTACTCGGGAGGAAAAAAGGGCAAAACCAAAAGATAATATCTCTCT
CGACTTTCCAGAGAATTAACAAAGCTGAGCCGGGTGAATCAGTAATGAGTAGTAGGAACC
CTGGTGGTTGTTTTCTCCGGTAAGACATTGTCGGGGAGAATCAACTCGGCTGGAGTTTCA
CGGACAATCCCAAGCATTGAATCGTAATCCTCATCCTTGCGTGCGTACTTCTTCCTAAGG
GCTCTCTCAACCTCGATCTCTTCAAATGACTTTGAATTCTCCGCGGCGTGATATGTGCGA
GGTTGATGTAGTTCTCAGCCGACTTTGAGATATATGCCATCTCTTCATCTGTTAACTTTC
TCATGAACTTTGCTGGGTTTCCTCCCCATACCTCTCCGGAAGGGATTCGAGTGTTCTCTC
TCACAAGGGAGCCAGCAGCAACCATGGCATGCTTCTCAACAACCACACCATCGAGTAGTG
TAGCTCCCATGCCAACAAAAGCCTCATCCTCGACAGTACACCCATGTATGACAGCACTAT
GACCTATAGTGACATAGTCGCCAATAGTAGTAGGTAATTCCTTGCCAGCTAGGTTGGTTT
TTGCAACATGTACAAGAGAATTGTCTTGGATATTCGTCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 2 7

CO CL871Contig1 820 3 5 U
AAAAAGCATCACAAATCACATTAATTAATAAACAAACAGTTCTACAATTTTTACAATATG
CTCTCGCAAATTAGACTATTAAACAATTCATTTACCAATCGTTTAATTTTTTCCTTCTAC
AATGCGAGAGATAAATGGTAAAAAAAAAAGATAAAACAAAAGTGAAAGAAAAAAAAAGAC
AGTTAATCAGCTCAAAAAGCTAAAAAAACCGACCCTTTTTCATCATTTGTCTAAACTCCT
TGTAATCAACTCTACCACCACCATCAACATCCACTTGTATGATCATCTTCCTACATTCAC
CCAAGGTCTTACCTTGCTTGAGCCCCAAGGAAGACAACACCGCTTTCAACTCATCCACCG
TGATAAACCCATCTCCATTCCTATCGAAAACGTTGAACGCTTCCTTCATATCTTCTTCTC
CTATCTCGTCCTCGTCTTCCACCATTATCGTCTTGTAAAGCTCTCCGAACTCTTCAATGT
CAACGCAACCATCGCCATTCACATCGATCTTGTCGATCATCTGCCATAGCTCCTTTTCTG
GTATAATGATCCCTAGGTTTTTCAATGAGTCGTTTAGCTCCTTCTTAGTGATCCGACCGT
CTCCGTCCTTGTCGAACATTTGGAACACACGTTTTAGCTCGGTGGTATCCATTTTTAGGG
TTAGGTTTGGATTTGAGTTTGCGTGTGGATGAAGAAAGCGTTAAAAAGAGGGAAATGATG
AGACTCCGCGAAACCGAGAAAGCAGTACTTTCTTGGCCCCTTGGAGACCCGGTAAGGGGA
GTTTCAGAAACTACGGAGAATTTTATAGAAATGTGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY01JQ U 1
AF RR1D903JQ U 6
AF RR1DY01TF C 219
BS 1 360 RR1DY01JQ
BS 361 361 RR1D903JQ
BS 362 648 RR1DY01JQ
BS 649 703 RR1D903JQ
BS 704 820 RR1DY01TF

RD RR1DY01JQ 648 0 0
AAAAAGCATCACAAATCACATTAATTAATAAACAAACAGTTCTACAATTTTTACAATATG
CTCTCGCAAATTAGACTATTAAACAATTCATTTACCAATCGTTTAATTTTTTCCTTCTAC
AATGCGAGAGATAAATGGTAAAAAAAAAAGATAAAACAAAAGTGAAAGAAAAAAAAAGAC
AGTTAATCAGCTCAAAAAGCTAAAAAAACCGACCCTTTTTCATCATTTGTCTAAACTCCT
TGTAATCAACTCTACCACCACCATCAACATCCACTTGTATGATCATCTTCCTACATTCAC
CCAAGGTCTTACCTTGCTTGAGCCCCAAGGAAGACAACACCGCTTTCAACTCATCCACCG
GGATAAACCCATCTCCATTCCTATCGAAAACGTTGAACGCTTCCTTCATATCTTCTTCTC
CTATCTCGTCCTCGTCTTCCACCATTATCGTCTTGTAAAGCTCTCCGAACTCTTCAATGT
CAACGCAACCATCGCCATTCACATCGATCTTGTCGATCATCTGCCATAGCTCCTTTTCTG
GTATAATGATCCCTAGGTTTTTCAATGAGTCGTTTAGCTCCTTCTTAGTGATCCGACCGT
CTCCGTCCTTGTCGAACATTTGGAACACACGTTTTAGCTCGGTGGTAT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1D903JQ 702 0 0
GT
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AAATTAGACTATTAAACAATTCATTTACCAATCGTTTAATTTTTTCCTTCTACAATGCGA
GAGATAAATGGTAAAAAAAA**GATAAAACAAAAGTGAAAGAAAAAAAA*GACAGTTAAT
CAGCTCAAAAAGCTAAAAAAACCGACCCTTTTTCATCATTTGTCTAAACTCCTTGTAATC
AACTCTACCATCACCATCAACATCCACTTGTATGATCATCTTCCTACATTCATCCAAGGT
CTTACCTTGCTTGAGCCCCAAGGAAGACAACACCGCTTTCAACTCATCCACCGTGATAAA
CCCATCTCCATTCCTATCGAAAACGTTGAACGCTTCCTTCATATCTTCTTCTCCTATCTC
GTCCTCGTCTTCCACCATTATCGTCTTGTAAAGCTCTCCGAACTCTTCAATGTCAACGCA
ACCATCGCCATTCACATCGATCTTGTCGATCATCTGCCATAGCTCCTTTTCTGGTATAAT
GATCCCTAGGTTTTTCAATGAGTCGTTTAGCTCCTTCTTAGTGATCCGACCGTATCCGTC
CTTGTCGAACATTTGGAACACACGTTTTAGCTCGGTGGTATCCATTTTTAGGGTTAGGTT
TGGATTTGAGTTTGCGTGTGGATGAAGAAAGCGTTA
AAAA

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1DY01TF 602 0 0
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ATGATCATCTTCCTACATTCACCCAAGGTCTTACCTTGCTTGAGCCCCAAGGAAGACAAC
ACCGCTTTCAACTCATCCACCGTGATAAACCCATCTCCATTCCTATCGAAAACGTTGAAC
GCTTCCTTCATATCTTCTTCTCCTATCTCGTCCTCGTCTTCCACCATTATCGTCTTGTAA
AGCTCTCCGAACTCTTCAATGTCAACGCAACCATCGCCATTCACATCGATCTTGTCGATC
ATCTGCCATAGCTCCTTTTCTGGTATAATGATCCCTAGGTTTTTCAATGAGTCGTTTAGC
TCCTTCTTAGTGATCCGACCGTCTCCGTCCTTGTCGAACATTTGGAACACACGTTTTAGC
TCGGTGGTATCCATTTTTAGGGTTAGGTTTGGATTTGAGTTTGCGTGTGGATGAAGAAAG
CGTTAAAAAGAGGGAAATGATGAGACTCCGCGAAACCGAGAAAGCAGTACTTTCTTGGCC
CCTTGGAGACCCGGTAAGGGGAGTTTCAGAAACTACGGAGAATTTTATAGAAATGTGATT
CC

QA 1 602 1 602
DS 



CO CL871Contig2 838 4 11 U
GGATCACATTTCTGTAACATTCTCCTTAGTTTCTGAAACTCCCCTTACCGGGTCTCCAAG
AGGCCAAGAAAGTATTGCTTTCTCGGTTTCGCGGAGTCTCATCATTCCCTCTTTTTTTCT
AACGCTTTCTTCATCCACACGCAAACTCAAATCCAAACCTAACCCTAAAAATGGATACCA
CCGAGCTAAAACGCGTGTTCCAAATGTTCGACAAG*ACGGGGACGGTCGGATCACTAAGA
AGGAGCTAAACGATTCATTGAAAAACCTAGGGATCATTATACCAGAAAAGGAGCTATGGC
AGATGATCGACAAGATCGATGTGAATGGCGATGGTTGCGTTGACATTGAAGAGTTCGGAG
AGCTTTACAAGACGATAATGGTGGAAGACGAGGACGAGATAGGAGAAGAAGATATGAAGG
AAGCGTTCAACGTTTTCGATAGGAATGGAGATGGGTTTATCACAGTGGATGAATTGAAAG
AGGTGTTGTCTTCCTTGGGACTCAAGCAAGGTAAGACCTTGGAGGAATGTAGGAAGATGA
TCATACAAGTGGATGTTGATGGTGATGGTAGAGTTGATTACAAGGAGTTTAGACAAATGA
TGAAAAAGGGTCGGTTTTTTTAGCTCTTTGAGCTAATAATTAACGATCTTTTTTTCTCAC
TTTTGTTTTTTTTTAAAACCACTTATCTATCTCCCGCATTCTAGAATGAAAAATTAAACG
ATTGGTAAATGAATTGTTTAATAGTCTACTTTGCGAGTGCACATTGTAAAAATGTAGAAC
TGTTTGTCTATTAATTAATGGGATTTGTGATGCTTTTTAATAAGCTAAGTTCGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB11TF U 4
AF RR1FB42TF U 1
AF RR1CB11JQ C 162
AF RR1FB42JQ C 237
BS 1 80 RR1FB42TF
BS 81 81 RR1CB11TF
BS 82 215 RR1FB42TF
BS 216 216 RR1CB11TF
BS 217 220 RR1FB42TF
BS 221 221 RR1CB11TF
BS 222 668 RR1FB42TF
BS 669 673 RR1CB11JQ
BS 674 674 RR1FB42JQ
BS 675 825 RR1CB11JQ
BS 826 838 RR1FB42JQ

RD RR1CB11TF 600 0 0
GG
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CTAAACGATTCATTGAAAAACCTAGGGATCATTATACCAGAAAAGGAGCTATGGCAGATG
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CAAGTGGATGTTGATGGTGATGGTAGAGTTGATTACAAGGAGTTTAGACAAATGATGA

QA 3 600 3 600
DS 

RD RR1FB42TF 668 0 0
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AGGTGTTGTCTTCCTTGGGACTCAAGCAAGGTAAGACCTTGGAGGAATGTAGGAAGATGA
TCATACAAGTGGATGTTGATGGTGATGGTAGAGTTGATTACAAGGAGTTTAGACAAATGA
TGAAAAAGGGTCGGTTTTTTTAGCTCTTTGAGCTAATAATTAACGATCTTTTTTTCTCAC
TTTTGTTT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1CB11JQ 665 0 0
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GACATTGAAGAGTTCGGAGAGCTTTACAAGACGATAATGGTGGAAGACGAGGACGAGATA
GGAGAAGAAGATATGAAGGAAGCGTTCAACGTTTTCGATAGGAATGGAGATGGGTTTATC
ACAGTGGATGAATTGAAAGAGGTGTTGTCTTCCTTGGGACTCAAGCAAGGTAAGACCTTG
GAGGAATGTAGGAAGATGATCATACAAGTGGATGTTGATGGTGATGGTAGAGTTGATTAC
AAGGAGTTTAGACAAATGATGAAAAAGGGTCGGTTTTTTTAGCTCTT*GAGCTAATAATT
AACGATCTTTTTTTCTCACTTTTGTTTTTTTT*AAAACCACTTATCTATCTCCCGCATTC
TAGAATGAAAAATTAAACGATTGGTAAATGAATTGTTTAATAGTCTACTTTGCGAGTGCA
CATTGTAAAAATGTAGAACTGTTTGTCTATTAATTAATGGGATTTGTGATGCTTTTTAAT
AAGC
G

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1FB42JQ 602 0 0
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AAGGAAGCGTTCAACGTTTTCGATAGGAATGGAGATGGGTTTATCACAGTGGATGAATTG
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ATGATGAAAAAGGGTCGGTTTTTTTAGCTCTTTGAGCTAATAATTAACGATCTTTTTTTC
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GAACTGTTTGTCTATTAATTAATGGGATTTGTGATGCTTTTTAATAAGCTAAGTTCGTTT
CC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 7

CO CL872Contig1 610 7 2 U
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CCCCTTTTTAAGGGAAATCACGCTCTCGGTTGCGATGGAATTAACACTAAGAAATGCGAG
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TGACTTTCTAGACCCAAAAAGTGAATCAACCAAGTACAGCACAACTCTTTTGGTTAATTT
TTACAAATGACTTCTCCATATTAATGTCAGATGATTAATTTCATCTTATTGTTATTAATT
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ATATGTATTCTATCCGTTCACTATTTCAACAATTGTATAGCAAACTAATTGATTAAGCAA
TTGCTTTACC


BQ
10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GH07TF U 1
AF RR1H482JQ C 1
AF RR1H482TF U 1
AF RR1BQ30TF U 3
AF RR1GH07JQ C 245
AF RR1CR16JQ C 3
AF RR1CR16TF U 3
BS 1 582 RR1GH07TF
BS 583 610 RR1CR16TF

RD RR1GH07TF 582 0 0
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CCCCTTTTTAAGGGAAATCACGCTCTCGGTTGCGATGGAATTAACACTAAGAAATGCGAG
AGAAAAGAAGCCAATCCTTACGATAGAGGATGCACGGTAAGCCAACATTGTTTTCGTCCT
TGACTTTCTAGACCCAAAAAGTGAATCAACCAAGTACAGCACAACTCTTTTGGTTAATTT
TTACAAATGACTTCTCCATATTAATGTCAGATGATTAATTTCATCTTATTGTTATTAATT
TATACTCTGTGTGTTGGTTTCGTAATTGTTTCCCTATTATTGTGATCGTATAAAATAATT
ATATGTATTCTATCCGTTCACTATTTCAACAATTGTATAGCA

QA 1 582 1 582
DS 

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GGAC
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TATTTTTGGCTCTTGCAGCAACCAATATAGAGGCTGCAAGATACATAGAGTATCCTCCCC
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AAATGACTTCTCCATATTAATGTCAGATGATTAATTTCATCTTATTGTTATTAATTTATA
CTCTGTGTGTTGGTTTCGTAATTGTTTCCCTATTATTGTGATCGTATAAAATAATTATAT
GTATTCTATCCGTTCACTATTTCAACAATTGTATAGCA

QA 5 582 5 582
DS 

RD RR1H482TF 582 0 0
GGAC
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CGGAGTTTCATTTATAAACTATTTATTTATTAATTTATTTTGAAAATTACAAATAACAAA
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AAATGACTTCTCCATATTAATGTCAGATGATTAATTTCATCTTATTGTTATTAATTTATA
CTCTGTGTGTTGGTTTCGTAATTGTTTCCCTATTATTGTGATCGTATAAAATAATTATAT
GTATTCTATCCGTTCACTATTTCAACAATTGTATAGCA

QA 5 582 5 582
DS 

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GG
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CGGAGTTTCATTTATAAACTATTTATTTATTAATTTATTT*GAAAATTACAAATAACAAA
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GTATTCTATCCGTTCACTATTTCAACAATTGTATAGCA
A

QA 3 580 3 580
DS 

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GTATTCTATCCGTTCACTATTTCAACAATTGTATAGCA

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR1CR16JQ 608 0 0
GG
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AAGAAGCCAATCCTTACAATAGAGGATGCACGGTAAGCCAACATTGTTTTCGTCCTTGAC
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CTCTGTGTGTTGGTTTCGTAATTGTTTCCCTATTATTGTGATCGTATAAAATAATTATAT
GTATTCTATCCGTTCACTATTTCAACAATTGTATAGCAAACTAATTGATTAAGCAATTGC
TTTACC

QA 3 608 3 608
DS 

RD RR1CR16TF 608 0 0
GG
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CGGAGTTTCATTTATAAACTATTTATTTATTAATTTATTTTGAAAATTACAAATAACAAA
TTATTAATAATATGGGAATGTCTAAAAGTATCAAAGTTATTGTTTCTCTTGCTTTTATTG
TATTTTTGGCTCTTGCAGCAACCAATATAGAGGCTGCAAGATACATAGAGTATCCTCCCC
TTTTTAAGGGAAATCACGCTCTCGGTTGTGATGGAATTAACACTAAGAAATGCGAGAGAA
AAGAAGCCAATCCTTACAATAGAGGATGCACGGTAAGCCAACATTGTTTTCGTCCTTGAC
TTTCTAGACCCAAAAAGTGAATCAACCAAGTACAGCACAACTCTTTTGGTTAATTTTTAC
AAATGACTTCTCCATATTAATGTCAGATGATTAATTTCATCTTATTGTTATTAATTTATA
CTCTGTGTGTTGGTTTCGTAATTGTTTCCCTATTATTGTGATCGTATAAAATAATTATAT
GTATTCTATCCGTTCACTATTTCAACAATTGTATAGCAAACTAATTGATTAAGCAATTGC
TTTACC

QA 3 608 3 608
DS 



AS 2 6

CO CL873Contig1 1242 4 4 U
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TTACATCTGCAGGAGTTGCACTCTTCACCAAAGCTGCTTTCATGGAAGGACTCAATCCCA
CCGTCTTCGTAGTTTACCGTCAAGCCATCGCTACTCTTTTCATCTGTCCCATCTCTTTCT
TCTCCGCTTGGAGCAAAACAAGCAAACCTTCTCTTGGACTAAGAGGCTTATGGTGGGTGG
CTTTCACAGCTGTTTTTGGTGTTACTGTGAATCAGAACGCTTATTTTAAAGGGCTTGACT
TATCTTCTTCATCCATGGCTTGTGCCATGACCAATCTTATTCCTGCTGTCACCTTCATCA
TCTCCATCATTGTTGGATTCGAGAGGATAAAGAGGAGAAGTTTGAAGAGTGTAGCAAAGA
TAATAGGAACAGGTGTGTGTGTGGGAGGAGCCATTGCAATGACTTTTCTAAGAGGACCTA
AACTGCTCAACGCCCTGTTAAACCAAGACAACGACACCACTTGGTTACTCGGTTGCTTAT
GTCTTCTCGTCAGCGCATTTTCTTGGTCTTCTTGGTTGATCCTTCAGGTTCCAATTGCTA
ATCATTGTCATGATCACTTGTACACTTCCTCCTGGACTTGTTTCTTGGCTACCATAGCCT
CTTTCTTCATGGCCCTCGCCTTAGGCAACACTGACTTAACGTCCTGGAAGCTTGATTCCT
CGTTGAAACTCTCCTGCTGCATATACTCTGGACTTCAACTCGCGGTTTCTTTCTTTCTAC
AAGCTTGGTGCGTGTCGCGGAAAGGACCTCTTTTCTCTGCACTCTTCAACCCTCTTTCTA
CGGTCATCGTCACTTTCTTCGGCGCTCTGTATCTAAACGAGCAGACTTACCTTGGGAGCT
TGCTGGGGGCTTTGGCTATCATCGTTGGTCTCTATATTGTTCTCTGGGGCAAAACCGAAG
ACTATCAAGAAGAAGCAACAGACCTGAAACTGCAAAATGAATACAGCACTAGCTCCCAAT
CTGACTTTGTTCCCATTCTGATTGGCGACAGGGCTTTTAGTAGTTCTGAGCTCTTAGAAC
CTCTTCTCATGTAAACTCTTATCAAAAGTCAAAATTCTAGATGGGTGTAAGGATAAGTTT
TTGACAGAGTAAAAATGAAATGGGCACTTGTTTCACAAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E334TF U 8
AF RR1A876TF U 1
AF RR1A876JQ C 419
AF RR1E334JQ C 542
BS 1 647 RR1A876TF
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BS 649 740 RR1A876TF
BS 741 1242 RR1A876JQ

RD RR1E334TF 179 0 0
GGG
GTAGTGAGATACATTAAATCTTAAAATAAGAAAGAGAAATAGAGAGAAAGGTGCGCAAGA
GATGGAGATGGAGAAGTATAAGCCGGTGATGGCGTTAGTGCTGCTACAGTTTACATCTGC
AGGAGTTGCACTCTTCACCAAAGCTGCTTTCATGGAAGGACTCAATCCCACCGTCT

QA 4 179 4 179
DS 

RD RR1A876TF 740 0 0
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GTGCGCAAGAGATGGAGATGGAGAAGTACAAGCCGGTGATGGCGTTAGTGCTGCTACAGT
TTACATCTGCAGGAGTTGCACTCTTCACCAAAGCTGCTTTCATGGAAGGACTCAATCCCA
CCGTCTTCGTAGTTTACCGTCAAGCCATCGCTACTCTTTTCATCTGTCCCATCTCTTTCT
TCTCCGCTTGGAGCAAAACAAGCAAACCTTCTCTTGGACTAAGAGGCTTATGGTGGGTGG
CTTTCACAGCTGTTTTTGGTGTTACTGTGAATCAGAACGCTTATTTTAAAGGGCTTGACT
TATCTTCTTCATCCATGGCTTGTGCCATGACCAATCTTATTCCTGCTGTCACCTTCATCA
TCTCCATCATTGTTGGATTCGAGAGGATAAAGAGGAGAAGTTTGAAGAGTGTAGCAAAGA
TAATAGGAACAGGTGTGTGTGTGGGAGGAGCCATTGCAATGACTTTTCTAAGAGGACCTA
AACTGCTCAACGCCCTGTTAAACCAAGACAACGACACCACTTGGTTACTCGGTTGCTTAT
GTCTTCTCGTCAGCGCATTTTCTTGGTCTTCTTGGTTGATCCTTCAG*TTCCAATTGCTA
ATCATTGTCATGATCACTTGTACACTTCCTCCTGGACTTGTTTCTTGGCTACCATAGCCT
CTTTCTTCATGGCCCTCGCC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1A876JQ 824 0 0
CATCTCCATCATTGTTG
GATTCGAGAGGATAAAGAGGAGAAGTTTGAAGAGTGTAGCAAAGATAATAGGAACAGGTG
TGTGTGTGGGAGGAGCCATTGCAATGACTTTTCTAAGAGGACCTAAACTGCTCAACGCCC
TGTTAAACCAAGACAACGACACCACTTGGTTACTCGGTTGCTTATGTCTTCTCGTCAGCG
CATTTTCTTGGTCTTCTTGGTTGATCCTTCAGGTTCCAATTGCTAATCATTGTCATGATC
ACTTGTACACTTCCTCCTGGACTTGTTTCTTGGCTACCATAGCCTCTTTCTTCATGGCCC
TCGCCTTAGGCAACACTGACTTAACGTCCTGGAAGCTTGATTCCTCGTTGAAACTCTCCT
GCTGCATATACTCTGGACTTCAACTCGCGGTTTCTTTCTTTCTACAAGCTTGGTGCGTGT
CGCGGAAAGGACCTCTTTTCTCTGCACTCTTCAACCCTCTTTCTACGGTCATCGTCACTT
TCTTCGGCGCTCTGTATCTAAACGAGCAGACTTACCTTGGGAGCTTGCTGGGGGCTTTGG
CTATCATCGTTGGTCTCTATATTGTTCTCTGGGGCAAAACCGAAGACTATCAAGAAGAAG
CAACAGACCTGAAACTGCAAAATGAATACAGCACTAGCTCCCAATCTGACTTTGTTCCCA
TTCTGATTGGCGACAGGGCTTTTAGTAGTTCTGAGCTCTTAGAACCTCTTCTCATGTAAA
CTCTTATCAAAAGTCAAAATTCTAGATGGGTGTAAGGATAAGTTTTTGACAGAGTAAAAA
TGAAATGGGCACTTGTTTCACAAAATC

QA 18 824 18 824
DS 

RD RR1E334JQ 695 0 0
ACTGCTCAACGCCATGTTAAACCAAGACAACGACACCACTTGGTTACTCGGTTGCTTATG
TCTTCTCGTCAGCACATTTTCTTGGTCTTCTTGGTTGATCCTTCAGGTTCCAATTGCTAA
TCATTGTCATGATCACTTGTACACTTCCTCCTGGACTTGTTTCTTGGCTACCATAGCCTC
TTTCTTCATGGCCCTCGCCTTAGGCAACACTGACTTAACGTCCTGGAAGCTTGATTCCTC
GTTGAAACTCTCCTGCTGCATATACTCTGGACTTCAACTCGCGGTTTCTTTCTTTCTACA
AGCTTGGTGCGTGTCGCGGAAAGTACCTCTTTTCTCTGCACTCTTCAACCCTCTTTCTAC
GGTCATTGTCACTTTCTTCGGCGCTCTGTATCTAAACGAGCAGACTTACCTTGGGAGCTT
GCTGGGGGCTTTGGCTATCATCGTTGGTCTCTATATTGTTCTCTGGGGCAAAACCGAAGA
CTATCAAGAAGAAGCAACAGACCTGAAACTGCAAAATGAATACAGCACTAGCTCCCAATC
TGACTTTGTTCCCATTCTGATTGGCGACAGGGCTTTTAGTAGTTCTGAGCTCTTAGAACC
TCTTCTCATGTAAACTCTTATCAAAAGTCAAAATTCTAGATGGGTGTAAGGATAAGTTTT
TGACAGAGTAAAAATGAAATGGGCACTTGTTTCAC

QA 1 695 1 695
DS 



CO CL873Contig2 295 2 2 U
GGATTCATTTGTAGTGAGATACATTAAATCTTAAAATAAGAAAGAGAAATAGAGAGAAAG
GTGCGCAAGAGATGGAGATGGAGAAGTACAAGCCGGTGATGGCGTTAGTGCTGCTACAGT
TTACATCTGCAGGAGTTGCACTCTTCACCAAAGCTGCTTTCATGGAAGGACTCAATCCCA
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TCTCCGCTTGGTAAGTTCAAGCTTTTATCTCTAATGATATATTAACATAATATGC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GK17JQ C 1
AF RR1GK17TF U 1
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BS 4 295 RR1GK17TF

RD RR1GK17JQ 295 0 0
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GTGCGCAAGAGATGGAGATGGAGAAGTACAAGCCGGTGATGGCGTTAGTGCTGCTACAGT
TTACATCTGCAGGAGTTGCACTCTTCACCAAAGCTGCTTTCATGGAAGGACTCAATCCCA
CCGTCTTCGTAGTTTACCGTCAAGCCATCGCTACTCTTTTCATCTGTCCCATCTCTTTCT
TCTCCGCTTGGTAAGTTCAAGCTTTTATCTCTAATGATATATTAACATAATATGC

QA 1 295 1 295
DS 

RD RR1GK17TF 295 0 0
GGA
TTCATTTGTAGTGAGATACATTAAATCTTAAAATAAGAAAGAGAAATAGAGAGAAAGGTG
CGCAAGAGATGGAGATGGAGAAGTACAAGCCGGTGATGGCGTTAGTGCTGCTACAGTTTA
CATCTGCAGGAGTTGCACTCTTCACCAAAGCTGCTTTCATGGAAGGACTCAATCCCACCG
TCTTCGTAGTTTACCGTCAAGCCATCGCTACTCTTTTCATCTGTCCCATCTCTTTCTTCT
CCGCTTGGTAAGTTCAAGCTTTTATCTCTAATGATATATTAACATAATATGC

QA 4 295 4 295
DS 



AS 2 7

CO CL874Contig1 1043 5 9 U
CATTCGTTAAAAATAAATAATTTCAAATCGTACTTTCATACAAGAGAAGAATCATAAATC
TAGAACCACAACGATACAAGCAGAAGCGATAGATATGTGAAAGAATCAAAGGGAAAGGAT
TGGACATGATTAATACACGTGAAAGGAAAAACCAGAGCTCTGCCATTGTCTTCTCACTTT
TTTT*CTCCAAGTTATCCTTTAACTGGACTAAATTTCTCAAATGGAGCAAGTGTAGCCCG
GAGGTGGGTTTTTGCCACAGGTAAGAAGAAGCTGAAGAGCAACTGGAACGTACAGCTTAA
GGTTAAGAGCTTTAAGCTTAAGTGTAGTGCAAAGACAAGCTGCTGCTTCAACTTCAACGA
GGCCTTTAAGTATCGGACAGCATTTGTTAACGGCTGGGTCTCCTAACCCTATCTTTACTA
AACCTCCCAACAAGTCAACACACGCCCCCAACTTCAGCGTGTCTATTGGACATGTCGCCT
TCCCAGTGCCTGGTGGGGACTTATGGCTACCCGGGGG*TGGAGGGCAATCTTTTCCTCCT
GAACTAGGAGGGTTTGTCCCTGGAGGAAGAAGAGGACCCACAATCGGCAACGGTGGCAGT
GGCAATGTGGGTAGCCCTCCAACC*GGAGGTATGGGTAACCCTCCAACCGGAGGTATGGG
TAGCCCTCCAACCGGAGGTATGGGTAGCCCTCCAACCGGAGGTATGGGTAGCCCTCCAAC
CGGAGGAATGGGTAGCCCTCCAACCGGGGGAAGTGGTAGTTCTGGGACGGCCACGGGAGG
TACAGGTAGCTTTGGGACGGTGACTGGAGGAACAGGTAGCTTAGGAACTGTCACCGGAGG
AACTGGAAGCTTAGGTACGGTCACTGGAGGAACAGGTAACTTCGGAACGGTCACCGGGGG
TTTAGTGGAGTGTTTTCCACCCTTCCTGGGGTTGCAGGAGCCACATGAGAAGGATTTTTG
AGGAAAGAAGATAATGCAAATGAGAATGAAACAGAGAGAAATAGATGAGAGTTTGGATGA
CTTCATGTTAGAAGAGCGGATCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY39JQ U 5
AF RR1CU44JQ U 1
AF RR1GF05JQ U 1
AF RR1CU44TF C 451
AF RR1GF05TF C 532
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BS 519 776 RR1CU44JQ
BS 777 800 RR1CU44TF
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BS 802 1026 RR1CU44TF
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TCCCAACAAGTCAACACACGCCCCCAACTTCAGCGTGTCTATTGGACATGTCGCCTTCCC
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CCTCCAACCGGAGGTATGGGTAGCCCCCCAACCGGAGGAATGGGTAGCCCTCCAAC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1CU44JQ 776 0 0
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TGGACATGATTAATACACGTGAAAGGAAAAACCAGAGCTCTGCCATTGTCTTCTCACTTT
TTTT*CTCCAAGTTATCCTTTAACTGGACTAAATTTCTCAAATGGAGCAAGTGTAGCCCG
GAGGCGGGTTTTTGCCACAGGTAAGAAGAAGCTGAAGAGCAACTGGAACGTACAGCTTAA
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GGCCTTTAAGTATCGGACAGCATTTGTTAACGGCTGGGTCTCCTAACCCTATCTTTACTA
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TCCCAGTGCCTGGTGGGGACTTATGGCTACCCGGGGGGTGGAGGGCAATCTTTTCCTCCT
GAACTAGGAGGGTTTGTCCCTGGAGGAAGAAGAGGACCCACAATCGGCAACGGTGGCAGT
GGCAATGTGGGTAGCCCTCCAACC*GGAGGTATGGGTAACCCTCCAACCGGAGGTATGGG
TAGCCCTCCAACCGGAGGTATGGGTAGCCCTCCAACCGGAGGTATGGGTAGCCCTCCAAC
CGGAGGAATGGGTAGCCCTCCAACCGGGGGAAGTGGTAGTTCTGGGACGGCCACGG

QA 1 776 1 776
DS 

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CATT
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*CTCCAAGTTATCCTTTAACTGGACTAAATTTCTCAAATGGAGCAAGTGTAGCCCGGAGG
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AAAAGCTTTAAGCTTAAGTGTAGTGCAAAGACAAGCTGCTGCTTCAACTTCAACGAGGCC
TTTAAGTATCGGACAGCATTTGTTAACGGCTGGGTCTCCTAACCCTATCTTTACTAAACC
TCCCAACAAGTCAACACACGCCCCCAACTTCAGCGTGTCTATTGGACATGTCGCCTTCCC
AGTGCCTGGTGGGGACTTATGGCTACCCGGGGG*TGGAGGGCAATCTTTTCCTCCTGAAC
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GGAATGGGTAGCCCTCCAACCGGGG

QA 5 749 5 749
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TATGGGTAACCCTCCAACCGGAGGTATGGGTAGCCCTCCAACCGGAGGTATGGGTAGCCC
TCCAACCGGAGGTATGGGTAGCCCTCCAACCGGAGGAATGGGTAGCCCTCCAACCGGGGG
AAGTGGTAGTTCTGGGACGGCCACGGGAGGTACAGGTAGCTTTGGGACGG*GACTGGAGG
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GTTGCAGGAGCCACATGAGAAGGATTTTTGAGGAAAGAAGATAATGCAAATGAGAATGAA
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QA 1 576 1 576
DS 

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GGATTTTTGAGGAAAGAAGATAATGCAAATGAGAATGAAACAGAGAGAAATAGATGAGAG
TTTGGATGACTTCATGTTAGAAGAGCGGATCC

QA 1 512 1 512
DS 



CO CL874Contig2 779 2 5 U
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TCCAGTCACCGTCCCAAAGCTACCTGTACCTCCCGTGACCGTCCCAGAACTACCACTTCC
CCCGGTTGGAGGGCTACCCATTCCTCCGGTTGGGGGGCTACCCATACCTCCGGTTGGAGG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY39TF U 1
AF RR1AL12TF U 23
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BS 72 72 RR1AL12TF
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CATTCTCATTTGCATTATCTTCTTTCCTCAAAAATCCTTCTCATGTGGCTCCTGCAACCC
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CCTTAAGCTGTACGTTCCAGTTGCTCTTCAGCTTCTTCTTAC*TGTGGCAAACCCACCT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1AL12TF 747 0 0
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TTTCCTCAAAAATCCTTCTCATTTGGCTCCTGCAACCCCAGGAAGGGTGGAAAACACTCC
ACTAAACCCCCGGTGACCGTTCCGAAGTTACCTGTTCCTCCAGTGACCGTACCTAAGCTT
CCAGTTCCTCCGGTGACAGTTCCTAAGCTACCTGTTCCTCCAGTCACCGTCCCAAAGCTA
CCTGTACCTCCCGTGACCGTCCCAGAACTACCACTTCCCCCGGTTGGAGGGCTACCCATT
CCTCCGGTTGGGGGGCTACCCATACCTCCGGTTGGAGGGCTACCCATACCTCCGGTTGGA
GGGTTACCCATACCTCCGGTTGGAGGGCTACCCACATTGCCACTGCCACCGTTGCCGATT
GTGGGTCCTCTTCTTCCTCCAGGGACAACCCCTCCTAGTTCAGGAGGAAAAGATTGCCCT
CCACCCCCGGGTAGCCATAAGTCCCCACCAGGCACTGGGAAGGCGACATGTCCAATAGAC
ACGCTGAAGTTGGGGGCGTGTGTTGACTTGTTGGGAGGTTTAGTAAAGATAGGGTTAGGA
GACCCAGCCGTTAACAAATGCTGTCCGATACTTAAAGGCCTCGCTGAAGTTGAAGCAGCA
GCTTGTCTCTGCACTACACTTAAGCTTAAAGCTCTTAACCTTAAGCTGTACGTTCCAGTT
GCTCTTCAGCTTCTTCTTACCTGTGGC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 6

CO CL875Contig1 759 6 11 U
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CAAATGAAGAGAATATTTCAATTAGTCTTACTTTACATTATTAAACACAAATGAAGAAGA
AGAAAAATCACAAATCTTGAGAAGATTATGCTGAGAGAATGAACTTATTATATACACAAA
GTTGAAAGATTGTGGGAAACATCAGAATACATGCGTTTCTCAGGTTAGAGGATTCAGAAT
GAAGAAGCACCAAACGTGTTCTCGCCACTGTAAGTAATGTAAAGGAAGCCATCTTGGTCT
TTCTTCTCCTCGTAGACGCTTGACATGATCTCTCCAGTAGGAGGAAGAACATTGTCTACG
AATATGAAGATAGCTTTCTCTGCACTCAGTTTGATCCTCTTCCGAATCACATACACGAAT
TGCCCTACTGTTAGGTCTGATGGCACAAGGTATTTTTTCTTGTCAATGTTTGGGATATCA
CTTTTCTCTGCCTTTTCCACAATCACCGGGATTCTATCAGGGTACTTCTCTCTGATCCTA
TCAGCTTCAGCTTTCCTCTTTTCGTAATCGTTCTCAAGCTTAAAGCTGCTGCCTTTGTTC
ATCTTTACTCGTGAGAATTTCCACCAAATCTAAAGTCGAATGTAATAAGAATATAAGAAG
ATCAAATCAAACTGAAAGCTAAGAGAGAGAGAGAAATTGATGGAACGGATAAGGATGAAA
CTCTTAAACAGAGAGAAGATGTCAACAAAGGCTATTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DB26TF C 1
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QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1EA03JQ 597 0 0
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C

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1EA03TF 597 0 0
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TCTTACTTTACATTATTAAACACAAATGAAGAAGAAGAAAAATCACAAATCTTGAGAAGA
TTATGCTGAGAGAATGAACTTATTATATACACAAAGTTGAAAGATTGTGGGAAACATCAG
AATACATGCGTTTCTCAGGTTAGAGGATTCAGAATGAAGAAGCACCAAACGTGTTCTCGC
CACTGTAAGTAATGTAAAGGAAGCCATCTTGGTCTTTCTTCTCCTCGTAGACGCTTGACA
TGATCTCTCCAGTAGGAGGAAGAACATTGTCTACGAATATGAAGATAGCTTTCTCTGCAC
TCAGTTTGATCCTCTTCCGAATCACATACACGAATTGCCCTACTGTTAGGTCTGATGGCA
CAAGGTATTTTTTCTTGTCAATGTTTGGGATATCACTTTTCTCTGCCTTTTCCACAATTA
CCGGGATTCTATCGGGGTACTTCTCTCTGATCTTATCAGCTTCAGCTTTCCTCTTTTCGT
AATCGTTCTCAAGCTTAAAGCTGCTGCCTTTGTTCATCTTTACTCGTGAGAATTTC
C

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1CP83JQ 686 0 0
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AGACGCTTGACATGATCTCTCCAGTAGGAGGAAGAACATTGTCTACGAATATGAAGATAG
CTTTCTCTGCACTCAGTTTGATCCTCTTCCGAATCACATACACGAATTGCCCTACTGTTA
GGTCTGATGGCACAAGGTATTTTTTCTTGTCAATGTTTGGGATATCACTTTTCTCTGCCT
TTTCCACAATCACCGGGATTCTATCAGGGTACTTCTCTCTGATCCTATCAGCTTCAGCTT
TCCTCTTTTCGTAATCGTTCTCAAGCTTAAAGCTGCTGCCTTTGTTCATCTTTACTCGTG
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GAAAGCTAAGAGAGAGAGAGAAATTGATGGAACGGATAAGGATGAAACTCTTAAACAGAG
AGAAGATGTCAACAAAGGCTATTTCT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1CP83TF 685 0 0
TA
TTCAATTAGTCTTACTTTACATTATTAAACACAAATGAAGAAGAAGAAAAATCACAAATC
TTGAGAAGATTATGCTGAGAGAATGAACTTATTATATACACAAAGTTGAAAGATTGTGGG
AAACATCAGAATACATGCGTTTCTCAGGTTAGAGGATTCGGAATGAAGAAGCACCAAACG
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CGCTTGACATGATCTCTCCAGTAGGAGGAAGAACATTGTCTACGAATATGAAGATAGCTT
TCTCTGCACTCAGTTTGATCCTCTTCCGAATCACATACACGAATTGCCCTACTGTTAGGT
CTGATGGCACAAGGTATTTTTTCTTGTCAATGTTTGGGATATCACTTTTCTCTGCCTTTT
CCACAATCACCGGGATTCTATCAGGGTACTTCTCTCTGATCCTATCAGCTTCAGCTTTCC
TCTTTTCGTAATCGTTCTCAAGCTTAAAGCTGCTGCCTTTGTTCATCTTTACTCGTGAGA
ATTTACACCAAATCTAAAGTCGAATGTAATAAGAATATAAGAAGATCAAATCAAACTGAA
AGCTAAGAGAGAGAGAGAAATTGATGGAACGGATAAGGATGAAACTCTTAAACAGAGAGA
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QA 3 685 3 685
DS 



AS 1 7

CO CL876Contig1 1256 7 14 U
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ACGGCATGCCTCACTGTTTTTGTCGGTTGCTTTCGTTCCGTCAAGGATTCTCCTCCAACT
GAGACGATGTCGAAAGAGCATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTC
TCCCTTTTCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCCAAGGACTTGGTCAATGCTGTCCTCACTGCT
TACTTCTTTGTTCTTGGCACCGTCGCCCTTTCAGCGACACTGTTACCTGCCATCAGCAGA
TTTCTTCCCAACCTTTGGAATGACGTTGTTACCGTCTGGACTTTTCCTTATTTCAAATCT
TTGGAGGTAGAGTTCACAAAGTCCCAAGTTGTTGCGGGAATCCCTGGATTCTTCTTCTGC
GCCTGGTATGCCTGGAAGAAACATTGGCTCGCTAACAATATCCTTGGCCTTTCCTTCTGC
GTTCAGGGAATTGAGATGCTCTCTCTTGGATCATTCAAGACTGGTGGCATCCTTTTGGTT
GGACTGTTTTTCTATGATATTTTCTGGGTCTTCTTTACTCCGGTTATGGTTAGTGTTGCC
AAATCATTTGATGCTCCGATCAAGCTTTTGTTCCCTACGGGCGATGCTCTAAGACCCTAC
TCTATGCTTGGGCTTGGTGATATTGTCATCCCGGGTATTTTTGTTGCACTGGCTCTAAGA
TTTGACGTGTCAAGACGCAGTAAACCACAGTACTTCACAAGTGCATTTGTGGGATACGTT
GCTGGAGTTGTCCTCACTATCGTAGTCATGAACTGGTTTCAAGCAGCACAGCCTGCTTTG
TTGTACATTGTCCCAGCCGTCATTGGTTTTTTGGCTTCTCATTGCATTTGGAATGGTGAC
ATCAAACCGTTGATGGCGTTTGATGAATCGAAGAGTACAGAGGGGGAGGTTAATAAAGCT
CATGAAGAATGAAGACAATGGAGAAAGAAGGGAAGAGGAGTAACATTTATATACACATAA
AAATGTGTGTTTTATATGTATGGAAAAAATAGAGAAAGGAAAACATTTTTTTTTGTTTCC
AGTGATTATCAGTCCCTTCAAAATAGTTCTCAGCCCTTTTTGTTCTTTTTAGATTTTCAA
ACATCTTGCAAAGACTTATGTAAGTTATACAAGTTACAACAGGTTTTTCTTTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1CV07TF U 1
AF RR1C534TF U 1
AF RR1BJ26TF U 2
AF RR1F354TF U 8
AF RR1BJ26JQ C 410
AF RR1C534JQ C 499
AF RR1CV07JQ C 724
BS 1 792 RR1C534TF
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BS 794 805 RR1C534TF
BS 806 810 RR1BJ26TF
BS 811 853 RR1BJ26JQ
BS 854 855 RR1C534JQ
BS 856 908 RR1BJ26JQ
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BS 1036 1200 RR1BJ26JQ
BS 1201 1201 RR1C534JQ
BS 1202 1243 RR1BJ26JQ
BS 1244 1256 RR1C534JQ

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GGGGAAC
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GCCTCACTGTTTTTGTCGGTTGCTTTCGTTCCGTCAAGGATTCTCCTCCAACTGAGACGA
TGTCGAAAGAGCATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCCCTTT
TCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCCAAGGACTTGGTCAATGCTGTCCTCACTGCTTACTTCT
TTGTTCTTGGCACCGTCGCCCTTTCAGCGACACTGTTACCTGCCATCAGCAGATTTCTTC
CCAACTTTTGGAATGACGTTGTTACCGTCTGGACTTTTCCTTATTTCAAATCTTTGGAGG
TAGAGTTCACAAAGTCCCAAGTTGTTGCGGGAACCCCTGGATTCTTCTTCTGCGCCTGGT
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GAATTGAGATGCTCTCTCTTGGATCATTCAAGACTGGTGGCATCCTTTTGGTTGGACTGT
TTTTCTATGATATTTTCTGGGTCTTCTTTACTCCGGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATCAT
TTGATGCTCCGATCAAGCTTTTGTTCCCTACGGGCGATGCTCTAAGACCCTACTCTATGC
TTGGGCTTGGTGATATTGTCA

QA 8 748 8 748
DS 

RD RR1C534TF 808 0 0
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ACGGCATGCCTCACTGTTTTTGTCGGTTGCTTTCGTTCCGTCAAGGATTCTCCTCCAACT
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TCCCTTTTCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCCAAGGACTTGGTCAATGCTGTCCTCACTGCT
TACTTCTTTGTTCTTGGCACCGTCGCCCTTTCAGCGACACTGTTACCTGCCATCAGCAGA
TTTCTTCCCAACCTTTGGAATGACGTTGTTACCGTCTGGACTTTTCCTTATTTCAAATCT
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GCCTGGTATGCCTGGAAGAAACATTGGCTCGCTAACAATATCCTTGGCCTTTCCTTCTGC
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GGACTGTTTTTCTATGATATTTTCTGGGTCTTCTTTACTCCGGTTATGGTTAGTGTTGCC
AAATCATTTGATGCTCCGATCAAGCTTTTGTTCCCTACGGGCGATGCTCTAAGACCCTAC
TCTATGCTTGGGCTTGGTGATATTGTCATCCCGGGTATTTTTGTTGCACTGGCTCTAAGA
TTTGACGTGTCA*GACGCAGTAAAC
ACA

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DS 

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GGGAAC
ACGGAGGGATCTCAGTCATGAAGAATTGTGAGCGCATCGCTAATCTCGCTCTCGCAGGAT
TGACATTGGCACCACTTGTTGTGAGGGTGAACCCAAACTTGAATGTTGTCCTTACGGCAT
GCCTCACTGTTTTTGTCGGTTGCTTTCGCTCCGTCAAGGATTCTCCTCCAACTGAGACGA
TGTCGAAAGAACATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCCCTTT
TCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCCAAGGACTTGGTCAATGCTGTCCTCACTGCTTACTTCT
TTGTTCTTGGCACCGTCGCCCTTTCAGCGACACTGTTACCTGCCATCAGCAGATTTCTTC
CCAACCTTTGGAATGACGTTGTTACCGTCTGGACTTTTCCTTATTTCAAATCTTTGGAGG
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GAATTGAGATGCTCTCTCTTGGATCATTCAAGACTGGTGGCATCCTTTTGGTTGGACTGT
TTTTCTATGATATTTTCTGGGTCTTCTTTACTCCGGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATCAT
TTGATGCTCCGATCAAGCTTTTGTTCCCTACGGGCGATGCTCTAAGACCCTACTCTATGC
TTGGGCTTGGTGATATTGTCATCCCGGGTATTTTTGTTGCACTGGCTCTAAGATTTGACG
TGTCAAGACGCAGTAAACCACAG

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DS 

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TGACATTGGCACCACTTGTTGTGAGGGTGAACCCAAACTTGAATGTTGTCCTTACGGCAT
GCCTCACTGTTTTTGTCGGTTGCTTTCGTTCCGTCAAGGATTCTCCTCCAACTGAGACGA
TGTCGAAAGAGCATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCCCTTT
TCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCCAAGGACTTGGTCAATGCTGTCCTCACTGCTTACTTCT
TTGTTCTTGGCACCGTCGCCCTTTCAGCGACACTGTTACCTGCCATCAGCAGATTTCTTC
CCAACCTTTGGAATGACGTTGTTACCGTCTGGACTTTTCCTTATTTCAAATCTTTGGAGG
TAGAGTTCACAAAGTCCCAAGTTGTTGCGGGAATCCCTGGATTCTTCTTCTGCGCCTGGT
ATGCCTGGAAGAAACATTGGCTCGCTAACAATATCCTTGGCCTTTCCTTCTGCGTTCAGG
GAATTGAGATGCTCTCTCTTGGATCATTCAAGACTGGTGGCATCCTTTTGGTTGGACTGT
TTTTCTATGATATTTTCTGGGTCTTCTTTACTCCGGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATCAT
TTGATGCTCCGATCAAGCTTTTGTTCCCTACGGGCGATGCTCTAAGACCCTACTCTATGC
TTGGGCTTGGTGATATTGTCATCCCGGGTATTTTT*TTGCACTGGCTCTAAGATTTGACG
TGTCA*GACGCAGTAAAC
ACAGTA

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TCTTCTTCTGCGCCTGGTATGCCTGGAAGAAACATTGGCTCGCTAACAATATCCTTGGCC
TTTCCTTCTGCGTTCAGGGAATTGAGATGCTCTCTCTTGGATCATTCAAGACTGGTGGCA
TCCTTTTGGTTGGACTGTTTTTCTATGATATTTTCTGGGTCTTCTTTACTCCGGTTATGG
TTAGTGTTGCCAAATCATTTGATGCTCCGATCAAGCTTTTGTTCCCTACGGGCGATGCTC
TAAGACCCTACTCTATGCTTGGGCTTGGTGATATTGTCATCCCGGGTATTTTTGTTGCAC
TGGCTCTAAGATTTGACGTGTCAAGACGCAGTAAACCACAGTACTTCACAAGTGCATTTG
TGGGATACGTTGCTGGAGTTGTCC**ACTATCGTAGTCATGAACTGGTTTCAAGCAGCAC
AGCCTGCTTTGTTGTACATCGTCCCAGCCGTCATTGGTTTTTTGGCTTCTCATTGCATTT
GGAATGGTGACATCAAACCGTTGATGGCGTTTGATGAATCGAAGAGTACAGAGGGGGAGG
TTAATAAAGCTCATGAAGAATGAAGGCAATGGAGAAAGAAGGGAAGAGGAGTAACATTTA
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TTTTTGTTTCCAGTGATTATCAGTCCCTTCAAAATAGTTCTCAGCCCTTTTTGTTCTTTT
TAGATTTTCAAGCATCTTGCAAAGACTTATGTAAGTTATACAAGTTACAACAGG

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DS 

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AAACATTGGCTCGCTAACAATATCCTTGGCCTTTCCTTCTGCGTTCAGGGAATTGAGATG
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ATTTTCTGGGTCTTCTTTACTCCGGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATCATTTGATGCTCCG
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ATCGTAGTCATGAACTGGTTTCAAGCAGCACAGCCTGCTTTGTTGTACATTGTCCCAGCC
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TGGAGAAAGAAGGGAAGAGGAGTAACATTTATATACACATAAAAATGTGTGTTTTATATG
TATGGAAAAAATAGAGAAAGGAAAACATTTTTTTTTGTTTCCAGTGATTATCAGTCCCTT
CAAAATAGTTCTCAGCCCTTTTTGTTCTTTTTAGATTTTCAAACATCCTGCAAAGACTTA
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DS 

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GGAGTTGTCCTCACTATCGTAGTCATGAACTGGTTTCAAGCAGCACAGCCTGCTTTGTTG
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AAACCGTTGATGGCGTTTGATGAATCGAAGAGTACAGAGGGGGAGGTTAATAAAGCTCAT
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TGTGTGTTTTATATGTATGGAAAAAATAGAGAAAGGAAAACATTTTTTTTTGTTTCCAGT
GATTATCAGTCCCTTCAAAATAGTTTTCAGCCCTTTTTGTTCTTTTTAGATTTTCAAACA
TCTTGCAAAGACTTATGTAAGTTATACAAGTTACAACAGGTTTTTCTTT

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DS 



AS 1 6

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AATCGTCGACACCACTTGTCCTTGGGTCACAAAGGTGTGGAACATGGTTGAGAAGCACAA
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TATTGCAAACCAAACTACAATGCTCAAGGGAGAAACAGAGGAGATTGGAAAACTAATTGA
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CACTATATGCGACGCTACTCAAGAAAGGCAAGATGCAATCTATGAGCTAGTGGAAGAGAA
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TGGGAACAAAATAGCTTATAAGCTCCACTACGGAGAGCTGGTGGAGAAGGAGAACTTTCT
TCCAAAGGGGCCAATAACCATCGGTGTGACATCAGGTGCATCAACTCCAGATAAGGTCGT
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ATCCAGTCTTGTGGTTATAGACTCGATTTGTATGATGAATTTCAATAAACAAAAGTCGAT
AATAAGAATAACTCTCTTATTAATCTCTTGAGGAAAATAATTCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

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TATTGCAAACCAAACTACAATGCTCAAGGGAGAAACAGAGGAGATTGGAAAACTAATTGA
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CACTATATGCGACGCTACTCAAGAAAGGCAAGATGCAATCTATGAGCTAGTGGAAGAGAA
GATTGACCTCATGCTAGTGGTAG
TGG

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DS 

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GG
GGAGAATATACATCGATCATTCACGGTAAATATAATCATGAGGAGACCATTGCAACCGCA
TCTTTTGCAGGGAAGTACATCATTGTAAAGAACATGAAAGAGGCGAATTACGTTTGTGAT
TACATTCTTGGTGGTGAACTCGATGGGTCTAGCTCCACAAAAGAGGAATTCATGGAGAAA
TTCAAATATGCTGTGTCAAAGGGTTTTGACCCTGACAATGACCTTATCAAAGTTGGTATT
GCAAACCAAACTACAATGCTCAAGGGAGAAACAGAGGAGATTGGAAAACTAATTGAGAGG
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ATATGCGACGCTACTCAAGAAAGGCAAGATGCAATCTATGAGCTAGTGGAAGAGAAGATT
GACCTCATGCTAGTGGTAGGTGGGTGGAACTCAAGTAACACTTCTCACCTTCAGGAGATC
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AACAAAATAGCTTATAAGCTCCACTACGGAGAGCTGGTGGAGAAGGAGAACTTTCTTCCA
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GATGTTTTGGTGAAGGTGTTTGATATTAA*CGTGAAGAGTTGTTGCAGCTGGCTTGATCC
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TGCAAACCAAACTACAATGCTCAAGGGAGAAACAGAGGAGATTGGAAAACTAATTGAGAG
GACAATGATGCGAAAGTATGGAGTGGAAAACGTAAATGGACATTTCATCAGCTTCAACAC
TATATGGGACGCTACTCAAGAAAGGCAAGATGCAATTTATGAGTTAGTGGAAGAGAAGAT
TGACCTCATGCTAGTGGTAGGTGGGTGGAACTCAAGTAACACTTTTCACCTTCAGGAGAT
TTCAGAGGTCCGTGGAATCCCATCTTACTGGATTGACAGTGAGCAACGGATAGGTCCTGG
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AAAGGGGCCAATAACCATCGGTGTGACATCAGGTGCATCAACTCCAGATAAGGTCGTGGA
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CAGTCTTGTGGTTATAGACTCGATTTGTATGATGAATTTCAATAAACAAAAGTCGATAAT
AAGAATAACTCTCTTATTAATTTCTTGAGGAAAATAATTC

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DS 

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AATCTATGAGCTAGTGGAAGAGAAGATTGACCTCATGCTAGTGGTAGGTGGGTGGAACTC
AAGTAACACTTCTCACCTTCAGGAGATCTCAGAGGTCCGTGGAATCCCATCTTACTGGAT
TGACAGTGAGCAACGGATAGGTCCTGGGAACAAAATAGCTTATAAGCTCCACTACGGAGA
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TGCATCAACTCCAGATAAGGTCGTGGAAGATGTTTTGGTGAAGGTGTTTGATATTAAACG
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GAATTTCAATAAACAAAAGTCGATAATAAGAATAACTCTCTTATTAATCTCTTGAGGAAA
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G
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A

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G
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GATGCAATCTATGAGCTAGTGGAAGAGAAGATTGACCTCATGCTAGTGGTAGGTGGGTGG
AACTCAAGTAACACTTCTCACCTTCAGGAGATCTCAGAGGTCCGTGGAATCCCATCTTAC
TGGATTGACAGTGAGCAACGGATAGGTCCTGGGAACAAAATAGCTTATAAGCTCCACTAC
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AAACGTGAAGAGTTGTTGCAGCTGGCTTGATCCAGTCTTGTGGTTATAGACTCGATTTGT
ATGATGAATTTCAATAAACAAAAGTCGATAATAAGAATAACTCTCTT

QA 2 588 2 588
DS 



AS 1 7

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ACACACTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGACTTCCTTCAGTGAGCCTAGGTTGCT
CATTCTTACTGACACTAGGACTGACCATCAGCCAATCAAGGAAGGTGCTTTGGGAAACAT
CCCAATCATTGCTTTCTGTGACACAGACTCTCCAATGAGATTTGTCGACATTGGGATCCC
TGCTAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTTTTCTGGCTTCTTGCTCGCATGGT
TCTTCAGATGCGTGGAACCATCCGTCCTGCACAAAAGTGGGATGTCATGGTGGACCTGTT
CTTTTACAGAGAGCCCGAGGAGGCTAAGCAATCTGAAGACGAAGAAGCTGCACCTCTGGC
AGATTTTGGACTCCCTGCACCTGAGTATGGAGCTGCCGGTGGAGAATGGACCACTGCTCA
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CAAGAGTTGTAGCTTCTTGTTTTCTTTTCAAATTGTTTCTCATTAAGACCCTTTAGATAT
CAATTTTGTGGCTTTTCTTGTTGCTTTGAACTGAGTTTCAACTAAATTATCTCTAATGGC
ATCTGAGTTTTTACAAAGATTCTCTACATTATGTTTTTTAGATCAATAAGAGCTTATGAT
CTTTTAATATATGGGTTAACTTAGATTACAAGAACGATTGTACAGTTTTGAAACACTTTT
ATCTACAAGTGAAAGAAACTCTACTGCATC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 0 0 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GGCGAGTAACGTACAGCTCTCCCAGAAGGAATCTGACATCAAAATGATGTGTGCCGCCGA
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CAACGATGGTATATATATCTTCAACCTTGGGAAGACATGGGAGAAGTTGCAGATGGCTGC
TAGGGTTATTGTTGCTATTGAGAACCCACAAGACATTATTGTTCAGTCTGCTAGACCTTA
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ACACACTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGACTTCCTTCAGTGAGCCTAGGTTGCT
CATTCTTACTGACCCTAGGACTGACCATCAGCCAATCAAGGAAGGTGCTTTGGGAAACAT
CCCAATCATTGCTTTCTGTGACACAGACTCTCCAATGAGATTTGTCGACATTGGGATCCC
TGCTAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTTTTCTGGCTTCTTGCTCGCATGGT
TCTTCAGATGCGTGGAACCATCCGTCCTGCACAAAAGTGGGATGTCATGGTGGACCTGTT
CTTTTACAGAGAGCCCGAGGAG

QA 1 682 1 682
DS 

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GG
GCTCGTGATCTAAAGTTACTCCCCGGAGAAAAGAAGAAGAGAGTAACACAAAAATGGCGA
GTAACGTACAGCTCTCCCAGAAGGAATCTGACATCAAAATGATGTGTGCCGCTGAGGTTC
ACCTCGGTACCAAAAACTGCAATTACCAAATGGAGCGTTACGTCTTCAAGCGACGCAACG
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TCATTGCTTTCTGTGACACAGACTCTCCAATGAGATTTGTCGACATTGGGATCCCTGCTA
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ACAGAGAGCCCGAGGAGGCTAAGCAATCTGAAGACGAAGAAGCTGCACCTCTGGCAGATT
TTGGACTCCCTGCACCTGAGTATGGAGCTG

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DS 

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GG
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GATGTGTGCCGCTGAGGTTCACCTCGGTACCAAAAACTGCAATTACCAAATGGAGCGTTA
CGTCTTCAAGCGACGCAACGATGGTATATATATCTTCAACCTTGGGAAGACATGGGAGAA
GTTGCAGATGGCTGCTAGGGTTATTGTTGCTATTGAGAACCCACAAGACATTATTGTTCA
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CGCCATTGCTGGAAGACACACTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGACTTCCTTCAG
TGAGCCTAGGTTGCTCATTCTTACTGACACTAGGACTGACCATCAGCCAATCAAGGAAGG
TGCTTTGGGAAACATCCCAATCATTGCTTTCTGTGACACAGACTCTCCAATGAGATTTGT
CGACATTGGGATCCCTGCTAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTTTTCTGGCT
TCTTGCTCGCATGGTTC***AGATGCGTGGAACCATCCGTCCTGCACAAAAGTGGGATGT
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ATGGACCACTGCTCAGATTCCTGATGCTTCGTGGACAGGAGATGCTCAGCAGCCAATCAG
TGCTGCTCCTGCAGCTGGTTCTTGGAATGATGCCAGTGCTGCT

QA 3 825 3 825
DS 

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G
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CTGGAAGACACACTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGACTTCCTCCAGTGAGCCTA
GGTTGCTCATTCTTACTGACCCTAGGACTGACCATCAGCCAATCAAGGAAGGTGCTTTGG
GAAACATCCCAATCATTGCTTTCTGTGACACAGACTCTCCAATGAGATTTGTCGACATTG
GGATCCCTGCTAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTTTTCTGGCTTCTTGCTC
GCATGGTTCTTCAGATGCGTGGAACCATCCGTCCTGCACAAAAGTGGGATGTCATGGTGG
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CTCTGGCAGATTTTGGACTCCCTGCACCTGAGTATGGAGCTGCCGGTGGAGAATGGACCA
CTGCTCAGATTCCTGATGCTTCGTGGACAGGAGATGCTCAGCAGCCAATCAGTGCTGCTC
CTGCAGCTGGTTCTTGGAATGATGCCAGTGCTGCTCCAGGTGCAGATGGATGGGACACAG
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TGAGATTCAAGAGTTGTAGCTTCTTGTTTTCTTTTCAAATTGTTTCTCATTAAGACCCTT
TAGATATCAATTTTGTGGCTTTTCTTGTTGCTTTGAACTGAGTTTC

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DS 

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CTGGAAGACACACTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGACTTCCTTCAGTGAGCCTA
GGTTGCTCATTCTTACTGACACTAGGACTGACCATCAGCCAATCAAGGAAGGTGCTTTGG
GAAACATCCCAATCATTGCTTTCTGTGACACAGACTCTCCAATGAGATTTGTCGACATTG
GGATCCCTGCTAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTTTTCTGGCTTCTTGCTC
GCATGGTTC***AGATGCGTGGAACCATCCGTCCTGCACAAAAGTGGGATGTCATGGTGG
ACCTGTTCTTTTACAGAGAGCCCGAGGAGGCTAAGCAATCTGAAGACGAAGAAGCTGCAC
CTCTGGCAGATTTTGGACTCCCTGCACCTGAGTATGGAGCTGCCGGTGGAGAATGGACCA
CTGCTCAGATTCCTGATGCTTCGTGGACAGGAGATGCTCAGCAGCCAATCAGTGCTGCTC
CTGCAGCTGGTTCTTGGAATGATGCCAGTGCTGCTCCAGGTGCAGATGGATGGGACACAG
CTGTGCCACCTCCAGCAGCAGTTCCAGCTGCTGGTTGGGATTAATTTTTTTGGTCATGTT
TGAGATTCAAGAGTTGTAGCTTCTTGTTTTCTTTTCAAATTGTTTCTCATTAAGACCCTT
TAGATATCAATTTTGTGGCTTTTCTTGTTGCTTTGAACTGAGTTTCAACTAAATTATCT
CC

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DS 

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ATGGACCACTGCTGAGATTCCTGATGCTTCGTGGACAGGAGATGCTCAGCAGCCAATCAG
TGCTGCTCCTGCAGCTGGTTCTTGGAATGATGCCAGTGCTGCTCCAGGTGCAGATGGATG
GGACACAGCTGTGCCACCTCCAGCAGCAGTTCCAGCTGCTGGTTGGGATTAATTTTTTTG
GTCATGTTTGAGATTCAAGAGTTGTAGCTTTTTGTTTTTTTTTCAAATTGTTTTTCATTA
AGACCCTTTAGATATCAATTTTGTGGCTTTTCTTGTTGCTTTGAACTGAGTTTCAACTAA
ATTATCTTTAATGGCATTTGAGTTTTTACAAAGATTCTTTACATTAT

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DS 

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TACAGAGAGCCCGAGGAGGCTAAGCAATCTGAAGACGAAGAAGCTGCACCTCTGGCAGAT
TTTGGACTCCCTGCACCTGAGTATGGAGCTGCCGGTGGAGAATGGACCACTGCTCAGATT
CCTGATGCTTCGTGGACAGGAGATGCTCAGCAGCCAATCAGTGCTGCTCCTGCAGCTGGT
TCTTGGAATGATGCCAGTGCTGCTCCAGGTGCAGATGGATGGGACACAGCTGTGCCACCT
CCAGCAGCAGTTCCAGCTGCTGGTTGGGATTAATTTTTTTGGTCATGTTTGAGATTCAAG
AGTTGTAGCTTCTTGTTTTCTTTTCAAATTGTTTCTCATTAAGACCCTTTAGATATCAAT
TTTGTGGCTTTTCTTGCTGCTTTGAACTGAGTTTCAACTAAATTATCTCTAATGGCATCT
GAGTTTTTACAAAGATTCTCTACATTATGTTTTTTAGATCAATAAGAGCTTATGATCTTT
TAATATATGGGTTAACTTAGATTACAAGAACGATTGTACAGTTTTGAAACACTTTTATCT
ACAAGTGAAAGAAACTCTACTGCATC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 7

CO CL879Contig1 1097 7 16 U
GGCATATAATCCAGAATTCGAGAACGAGGCTAAGAAGAAAATCATCAATCAAACCCAAGA
TGGCGGGTCACCACGCGATCGAGGTTACAAAGACGGTGCTGGAGGTTGCGGACGTAGCGT
GGACCGCCGTGGAAGTCTACCACCAACACCACCACCACGACCATCACAGCGACGAAGGCG
AGAACCACGACGAGTCAACAGATCCGATCACCGATCCACGAGATCGAGAATTAGAAGCTC
TTCGCCAAGAGAATCTCCGTCTCAGGACCTTGCTTGAAGCGAATCTTAAGCTCTTTGAGA
CTCTCGCTGAATCCGCTGCTTTATCTCACGATTGCCCTAAAGACATCTATGCGAGGCTTG
TATCGATGGTTACATCGAGAGATTTCTTGGCCCGATTAGAGAGTCTGAGGCAAGCTTTAT
CTAATGGAACTCAAAATCAGTTTCCCTTCAAAGAGCCTACAGAAGATGATGTGCAGACTG
TTGAAGTTCTTATAGAAATTGATCACCAAGAACCAAGCTGGTGGGTTTTGGTGACAGACG
ACATGATCCCTAGCAATGTCGAGGAAAAAAGCGCTATCGATAACGACCATTACATTGTTG
TGAATGAGGAACATGTGGTTGATGCTGTTGCACACTTCTTAGCAAAATGCATCATGTCAA
ACCCCAAAGCTAAGATTCTCAAACCTGAAGAGCTTCAGAAGATTCTGGCACAAGAAGTTA
GTGCTCTGAGCAAGGTAGGGAGGGTAGTGGATATATGGCACGCTGGGAAAATGTTCTACA
CGTTTTCCACATGGGGACTTGCTTTCGGAGGGTTATATCAAGCTCGTGGTGCGTTGAAGA
TAGCTGCTAAGGGCGTTCATGCAACAAGCAAAGTTGTTCTGAGGGCTCTCTGAAAGTTGT
AAAA*GGGGTCTACTGCGATGAAAGCAGAGATGATTCTCCTCTTTCTCATGGTTTGTGTT
TCTGTGTTGTGTTGGAATGACTTTTATTTTAGTTACTACTATCATTGGGTCATTGCTTGT
GTAAATAGTGTAAAATGTGTGTGATCAGAATTGTACTTTACTTTACTTGAATTCTTCATT
TGTTCTTTGATTCTCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

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AF RR1GC36TF U 33
AF RR1A767TF U 1
AF RR1DE50TF U 193
AF RR1DE50JQ C 447
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AF RR1GC36JQ C 509
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GGAA
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ACCACGACCATCACAGCGACGAAGGCGAGAACCACGACGAGTCAACAGATCCGATCACCG
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AGCCTACAGA***TGATGTGCAGACTGTTGAAGTTCTTATAGAAATTGATCACCAAGAAC
CAAGCTGGTGGGTTTTGGTGACAGACGACATGATCCCTAGCAATGTCGAGGAAAAA*GCG
CTATCGATAACGACCATTACATTGTTGTGAATGAGGAACATGTGGTTGATACTGTTGCAC
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TTCAGA*GATTCTGGCACAAGAAGTTAGTGCTCTGA

QA 5 700 5 700
DS 

RD RR1GC36TF 698 0 0
G
GAAGAAAATCATCAATCAAACCCAAGATGGCGGGTCACCACGCGATCGAGGTTACAAAGA
CGGTGCTGGAGGTTGCGGACGTAGCGTGGACCGCCGTGGAAGTCTACCACCAACACCACC
ACCACGACCATCACAGCGACGAAGGCGAGAACCACGACGAGTCAACAGATCCGATCACCG
ATCCACGAGATCGAGAATTAGAAGCTCTTCGCCAAGAGAATCTCCGTCTCAGGACCTTGC
TTGAAGCGAATCTTAAGCTCTTTGAGACTCTCGTTGAATCCGCTGCTTTATCTCACGATT
GCCCTAAAGACATCTATGCGAGGCTTGTATCGATGGTTACATCGAGAGATTTCTTGGCCC
GATTAGAGAGTCTGAGGCAAGCTTTATCTAATGGAACTCAAAATCAGTTTCCCTTCAAAG
AGCCTACAGAAGATGATGTGT*GACTGTTGAAGTTCTTATAGAAATTGATCACCAAGAAC
CAAGCTGGTGGGTTTTGGTGACAGACGACATGATCCCTAGCAATGTCGAGGAAAAAAGCG
CTATCGATAACGACCATTACATTGTTGTGAATGAGGAACATGTGGTTGATGCTGTTGCAC
ACTTCTTAGCAAAATGCATCATGTCAAACCCCAAAGCTAAGATTCTCAAACCTGAAGAGC
TTCAGAAGATTCTGGCACAAGAAGTTAGTGCTCTGAG

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DS 

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GGCATATAATCCAGAATTCGAGAACGAGGCTAAGAAGAAAATCATCAATCAAACCCAAGA
TGGCGGGTCACCACGCGATCGAGGTTACAAAGACGGTGCTGGAGGTTGCGGACGTAGCGT
GGACCGCCGTGGAAGTCTACCACCAACACCACCACCACGACCATCACAGCGACGAAGGCG
AGAACCACGACGAGTCAACAGATCCGATCACCGATCCACGAGATCGAGAATTAGAAGCTC
TTCGCCAAGAGAATCTCCGTCTCAGGACCTTGCTTGAAGCGAATCTTAAGCTCTTTGAGA
CTCTCGCTGAATCCGCTGCTTTATCTCACGATTGCCCTAAAGACATCTATGCGAGGCTTG
TATCGATGGTTACATCGAGAGATTTCTTGGCCCGATTAGAGAGTCTGAGGCAAGCTTTAT
CTAATGGAACTCAAAATCAGTTTCCCTTCAAAGAGCCTACAGAAGATGATGTGCAGACTG
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ACACGATCCCTAGCAATGTCGAGGAAAAAAGCGCTATCGATAACGACCATTACATTGTTG
TGAATGAGGAACATGTGGTTGATGCTGTTGCACACTTCTTAGCAAAATGCATCATGTCAA
ACCCCAAAGCTAAGATTCTCAAACCTGAAGAGCTTCAGAAGATTCTGACACAAGAAGTTA
GTGCTCTGAGCAAGGTAGGGAGGGTAGTGGATATATGGCACGCTGGGAAA*TGTTCTACA
CGTTTTCCACATGGGGACTTGCT

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1DE50TF 687 0 0
G
GTCAACAGATCCGATCACCGATCCACGAGATCGAGAATTAGAAGCTCTTCGCCAAGAGAA
TCTCCGTCTCAGGACCTTGCTTGAAGCGAATCTTAAGCTCTT*GATACTCTCGCTGAATC
CGCTGCTTTATCTCACGATTGCCCTAAAGACATCTATGCGAGGCTTGTATCGATGGTTAC
ATCGAGAGATTTCTTGGCCCGATTAGAGAGTCTGAGGCAAGCTTTATCTAATGGAACTCA
AAATCAGTTTCCCTTCAAAGAGCCTACAGAAGATGATGTGCAGACTGTTGAAGTTCTTAT
AGAAATTGATCACCAAGAACCAAGCTGGTGGGTTTTGGTGACAGACGACATGATCCCTAG
CAATGTCGAGGAAAAAAGCGCTATCGATAACGACCATTACATTGTTGTGAATGAGGAACA
TGTGGTTGATGCTGTTGCACACTTCTTAGCAAAATGCATCATGTCAAACCCCAAAGCTAA
GATTCTCAAACCTGAAGAGCTTCAGAAGATTCTGGCACAAGAAGTTAGTGCTCTGAGCAA
GGTAGGGAGGGTAGTGGATATATGGCACGCTGGGAAAATGTTCTACACGTTTTC*ACATG
GGGACTTGCTTTCG*AGGGTTATATCAAGCTCGTGGTGCGTTGAAGATAGCTGCTAAGG*
CGTTCATGCAACAAGCAAAGTTGTT
C

QA 2 686 2 686
DS 

RD RR1DE50JQ 623 0 0
TTCAAAGAGCCTACAGAAGATGATGTGCAGACTGTTGAAGTTCTTATAGAAATTGATCAC
CAAGAACCAAGCTGGTGGGTTTTGGTGACAGACGACATGATCCCTAGCAATGTCGAGGAA
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GTTGCACACTTCTTAGCAAAATGCATCATGTCAAACCCCAAAGCTAAGATTCTCAAACCT
GAAGAGCTTCAGAAGATTCTGGCACAAGAAGTTAGTGCTCTGAGCAAGGTAGGGAGGGTA
GTGGATATATGGCACGCTGGGAAAATGTTCTACACGTTTTCCACATGGGGACTTGCTTTC
GGAGGGTTATATCAAGCTCGTGGTGCGTTGAAGATAGCTGCTAAGGGCGTTCATGCAACA
AGCAAAGTTGTTTTGAGGGCTCTCTGAAAGTTGTAAAA*GGGGTCTACTGCGATGAAAGC
AGAGATGATTCTCCTCTTTCTCATGGTTTGTGTTTCTGTGTTGTGTTGGAATGACTTTTA
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DS 

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AGA***TGATGTGCAGACTGTTGAAGTTCTTATAGAAATTGATCACCAAGAACCAAGCTG
GTGGGTTTTGGTGACAGACGACATGATCCCTAGCAATGTCGAGGAAAAA*GCGCTATCGA
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AGCAAAATGCATCATGTCAAACCCCAAAGCTAAGATTCTCAAACCTGAAGAGCTTCAGGA
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CGCTGGGAAAATGTTCTACACGTTTTCCACATGGGGACTTGCTTTCGGAGGGTTATATCA
AGCTCGTGGTGCGTTGAAGATAGCTGCTAAGGGCGTTCATGCAACAAGCAAAGTTGTTCT
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TCTTTCTCATGGTTTGTGTTTCTGTGTTGTGTTGGAATGACTTTTATTTTAGTTACTACT
ATCATTGGGTCATTGCTTGTGTAAATAGTGTAAAATGTGTGTGATCAGAATTGTACTTTA
CTTTACTTGAATTCTTCATTTGTTCTTTGATTCTCG
T

QA 1 756 1 756
DS 

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TGCACACTTCTTAGCAAAATGCATCATGTCAAACCCCAAAGCTAAGATTCTCAAACCTGA
AGAGCTTCAGAAGATTCTGGCACAAGAAGTTAGTGCTCTGAGCAAGGTAGGGAGGGTAGT
GGATATATGGCACGCTGGGAAAATGTTCTACACGTTTTCCACATGGGGACTTGCTTTCGG
AGGGTTATATCAAGCTCGTGGTGCGTTGAAGATAGCTGCTAAGGGCGTTCATGCAACAAG
CAAAGTTGTTCTGAGGGCTCTCTGAAAGTTGTAAAA*GGGGTCTACTGCGATGAAAGCAG
AGATGATTCTCCTCTTTCTCATGGTTTGTGTTTCTGTGTTGTGTTGGAATGACTTTTATT
TTAGTTACTACTATCATTGGGTCATTGCTTGTGTAAATAGTGTAAAATGTGTGTGATCAG
AATTGTACTTTACTTTACTTGAATTCTTCATTTGTTCTTTGATTCTCGG

QA 1 589 1 589
DS 



AS 2 7

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GTCTTCCTTCGAACCTAACCGCTTCGAATAACCCTAGTTTGGACTACGGTTTCAAAGGAG
CGGAGATCGCGATGGCTTCGTACTGTTCTGAGCTTCAGTACCTGGCCAATCCAGTGACTA
GCCATGTTCAATCTGCAGAGCAACATAATCAAGACGTGAACTCCTTAGGACTGATCTCAT
CTCGCAAGACAGCTGAAGCTGTCTACATACTCAAACTCATGTCAACCACGTTCCTTGTCG
GAATCTGCCAAGCTGTCGATCTAAGACACTTGGAGGAGAATCTAAAACAAACGGTCAAGA
ACACAGTCTCACAAGTGGCTAAGAAAGTCCTAACCACTGGAGTCAACGGTGAGCTTCACC
CATCACGCTTCTGCGAGAAAGATTTACTCAAAGTCGTGGACCGTGAGCAAGTCTTCACGT
ACGCGGACGATCCATGCAGCGCAACGTACCCGTTGATCCAGAAGCTGAGGCAAGTCATCG
TTGACCATGCTTTGGTCAACGGTGAGAGCGAGAAGAATGCAATGACTCCGATCTTCCATA
AAATTGGAGCTTTTGAGGAGGAGCTCAAAGCGGTGCTTCCTAAAGAAGTGGACGCAGCTA
GAGCGGCGTATGATAACGGTACGGCTGCTATACCGAACAGGATCAA*GGAGTGTAGGTCG
TATCCTTTGTATAGGTTCGTGAGGGAGGAGCTTGGAACAGAGCTTTTGACCGGAGAGAAA
GTCACGTCGCCGGGGGAAGAGTTTGATAAGGTTTTCACGGCGATTTGTGAAGGGAAGATC
ATTGATCCGTTGATGGAGTGTCTCGATGAGTGGAACGGAGCTCCCATTCCTATATGTTAA
GAGTGATTAAAGGTTCTCTGTTTTTTTTTTTACTATAAAGTTTTTTCTTTAAATGTCTGA
ATAATTTTACCAAATGATTGCCTGTGAAGTGGTCTCTATTTGTCTAGTTTACAACTTGTC
TTTAAAACTCATTGTAAGTTCTCAAATGAACATTTTTTTT*CTTGTTACAAGTGTGAAAT
GATACATTTTTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

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QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1A025TF 829 0 0
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TCTCTGTTTTTTTTTTTACTATAAAGTTTTTTCTTTAAATGTCTGAATAATTTTACCAAA
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QA 1 829 1 829
DS 

RD RR1A025JQ 869 0 0
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ACAAACGGTCAAGAACACAGTCTCACAAGTGGCTAAGAAAGTCCTAACCACTGGAGTCAA
CGGTGAGCTTCACCCATCACGCTTCTGCGAGAAATATTTACTCAAAGTCGTGGACCGTGA
GCAAGTCTTCACGTACGCGGACGATCCATGCAGCGCAACGTACCCGTTGATCCAGAAGCT
GAGGCAAGTCATCGTTGACCATGCTTTGGTCAACGGTGAGAGCGAGAAGAATGCAATGGC
TCCGATCTTCCATAAAATTGGAGCTTTTGAGGAGGAGCTCAAAGCGGTGCTTCCTAAAGA
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*GGAGTGTAGGTCGTATCCTTTGTATAGGTTCGTGAGGGAGGAGCTTGGAACAGAGCTTT
TGACCGGAGAGAAAGTCACGTCGCCGGGGGAAGAGTTTGATAAGGTTTTCACGGCGATTT
GTGAAGGGAAGATCATTGATCCGTTGATGGAGTGTCTCGATGAGTGGAACGGAGCTCCCA
TTCCTATATGTTAAGAGTGATTAAAGGTTCTCTGTTTTTTTTTTTACTATAAAGTTTTTT
CTTTAAATGTCTGAATAATTTTACCAAATGATTGCCTGTGAAGTGGTCTCTATTTGTCTA
GTTTACAACTTGTCTTTAAAACTCATTGTAAGTTCTCAAATGAACATTTTTTTTTCTTGT
TACAAGTGTGAAATGATACATTTTTCTCT

QA 1 869 1 869
DS 

RD RR1BC12JQ 751 0 0
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GACTTCGATCTTCCATAAAATTGGAGCTTTTGAGGAGGAGCTCAAAGCGGTGCTTCCTAA
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CAA*GGAGTGTAGGTCGTATCCTTTGTATAGGTTCGTGAGGGAGGAGCTTGGAACAGAGC
TTTTGACCGGAGAAAAAGTCACGTCGCCGGGGGAAGAGTTTGATAAGGTTTTCACGGCGA
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CCATTCCTATATGTTAAGAGTGATTAAAGGTTCTCTGTTTTTTTTT**ACTATAAAGTTT
TTTCTTTAAATGTCTGAATAATTTTACCAAATGATTGCCTGTGAAGTGGTCTCTATTTGT
CTAGTTTACAACTTGTCTTTAAAACCCATTGTAAGTTCTCAAATGAACATTTTTTTT*CT
TGTTACAAGTGTGAAATGATACATTTT
TCTC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1ER44TF 163 0 0
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GTCTCTATTTGTCTAGTTTACAACTTGTCTTTAAAACTCATTGTAAGTTCTCAAATGAAC
ATTTTTTTT*CTTGTTACAAGTGTGAAATGATACATTTT
TCTC

QA 1 159 1 159
DS 



CO CL880Contig2 608 2 2 U
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CTTTTAATTCATAATCTCGATCGATATTGCAATGGAGGTTAACGGATCATCACACGTAGG
AGATGTAGACGCTATGTTACGCGGTGGAGAGATCAAGAAGAATGTCACAGTGGTTGGAAC
GGATCCTCTCAACTGGGGAGCTGCGGCGGAGCAAATGAAAGGGAGCCATTTGGATGAGGT
GAAGAGAATGGTGAAGGAGTTTAGGAAGCCTGTGGTGAATCTCGGAGGAGAGAAAGTCAC
GTCGCCGGGAGAAGAGTTTGATAAGGTTTTCACGGCGATTTGTGAAGGGAAGATCATTGA
TCCGTTGATGGAGTGTCTCGGTGAGTGGAACGGAGCTCCCATACCTATATGTTAAGAGTG
ATTTAAGGTTTTCTGTTTTTTTTCTTTTACTACAAAGTTTTTTCTTTAAATGTCTGAATA
ATTTTACCAAATGATGGCCTGTGAAGTGGTTTCTATCTGTCTAGTTTACAACTTGTCTGT
AAAACTCATTGTAAGTTCTCAAATGAACATTTTTTTCTTGTTACAAGTGTGAAATGATAC
ATTTTCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D591TF U 1
AF RR1D591JQ C 1
BS 1 576 RR1D591TF
BS 577 608 RR1D591JQ

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DS 

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AGATGTAGACGCTATGTTACGCGGTGGAGAGATCAAGAAGAATGTCACAGTGGTTGGAAC
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GTCGCCGGGAGAAGAGTTTGATAAGGTTTTCACGGCGATTTGTGAAGGGAAGATCATTGA
TCCGTTGATGGAGTGTCTCGGTGAGTGGAACGGAGCTCCCATACCTATATGTTAAGAGTG
ATTTAAGGTTTTCTGTTTTTTTTCTTTTACTACAAAGTTTTTTCTTTAAATGTCTGAATA
ATTTTACCAAATGATGGCCTGTGAAGTGGTTTCTATCTGTCTAGTTTACAACTTGTCTGT
AAAACTCATTGTAAGTTCTCAAATGAACATTTTTTTCTTGTTACAAGTGTGAAATGATAC
ATTTTCTT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 4

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TCTGCTTCCACCCGGAGAAGATCTGTGGTTTCGGTGATTGTAGCTGATTCGCTGTTGAAG
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CTGCCATTGGATGGGCTGCTCCTAATCTGATCTCTCGAAAATGGACCCATCACATAACAA
CCTTGTTGTTCTTTGGTTTCGGGCTATGGTCTTTGTGGGACGGTTTCACAGAAGAAGGAG
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TCCTCACACAATTCTTCTCTCCTATTTTTCTCAAGGCCTTTTTCGATTAACTTCTTTGGT
GAATTTGGTGACAAGAGTCAGCTTGCTACTATTGGTTTAGCCGCTGATGAAAACCCGTTT
*GGGGTTGTCCTTGGTGGAATTGTGGCACAGCTCGTTTGTACCACTGCTGCTGTGATTGG
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TTTTATTATATTTGGCATCCAATCGTTCCTTACTTCTGTTGAGGCCTAATGCTTCTTTCT
GGGGTTGTAGGGAGAAGAGCTGAAGATGACGATGAAGAACTTTGCTATCTATACTTTCTT
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TTTATTTAACCTTGAAAAAAAACATTAAAAGGGGCGCTGAGAAAACATTAAAAGGGGCGC
TGAAGCAGCCATTTGACTTCAATAAAGTTCTGGTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CT30TF U 1
AF RR1BP38TF U 121
AF RR1BP38JQ C 218
AF RR1A858TF U 452
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CTGCCATTGGATGGGCTGCTCCTAATCTGATCTCTCGCAAATGGACCCATCACATAACAA
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CCCTCACACAATTCTTCTCTCCTATTTTTCTCAAGGCCTGTT*CGATTAACTTCTTTGGT
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DS 

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TA
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GTGTCGGAGATTGGCGACAAGACCTTCTTCGCCGCCGCTATTCTGGCTATGCGTTATCCA
AGGAGACTTGTGTTGGCTGGTTGTGTCTCGGCTCTGATTGTCACGACTATCCTCTCTGCT
GCCATTGGATGGGCTGCTCCTAATCTGATCTCTCGAAAATGGACCCATCACATAACAACC
TTGTTGTTCTTTGGTTTCGGGCTATGGTCTTTGTGGGACGGTTTCACAGAAGAAGGAGGG
GATTCTGACGAATTGGCCGAAGTGGAAGCAGAACTGGATTCTGATTTGAAGGCTAATGGT
AAAACTACAAAAGATAACAGTAAGATTGAAGATGAAAAAAAGAAACAGAAAAGGCCATTC
CTCACACAATTCTTCTCTCCTATTTTTCTCAAGGCCTTTTTCGATTAACTTCTTTGGTGA
ATTTGGTGACAAGAGTCAGCTTGCTACTATTGGTTTAGCCGCTGATGAAAACCCGTTTTG
GGGTTGTCCTTGGTGGAATTGTGGCACAGCTCGTTTGTACCACTGCTGCTGTGATTGGAG
GAAAGAGCTTAGCTTCTCAGATATCCGAACGAATAGTTGCTCTTTCTGGTGGA*TGCTTT
TTATTATATTTGGCATCCAATCGTTCCTTACTTCTGTTGAGGC
TATGCTC

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR1BP38JQ 841 0 0
GCGCTATTCTGCT
ATGCGTTATCCAAGGAGACTTGTGTTGGCTGGTTGTGTCTCGGCTCTGATTGTCACGACT
ATCCTCTCTGCTGCCATTGGATGGGCTGCTCCTAATCTGATCTCTCGAAAATGGACCCAT
CACATAACAACCTTGTTGTTCTTTGGTTTCGGGCTATGGTCTTTGTGGGACGGTTTCACA
GAAGAAGGAGGGGATTCTGACGAATTGGCCGAAGTGGAAGCAGAACTGGATTCTGATTTG
AAGGCTAATGGTAAAACTACAAAAGATAACAGTAAGATTGAAGATGAAAAAAAGAAACAG
AAAAGGCCATTCCTCACACAATTCTTCTCTCCTATTTTTCTCAAGGCCTTTTTCGATTAA
CTTCTTTGGTGAATTTGGTGACAAGAGTCAGCTTGCTACTATTGGTTTAGCCGCTGATGA
AAACCCGTTT*GGGGTTGTCCTTGGTGGAATTGTGGCACAGCTCGTTTGTACCACTGCTG
CTGTGATTGGAGGAAAGAGCTTAGCTTCTCAGATATCCGAACGAATAGTTGCTCTTTCTG
GTGGAATGCTTTTTATTATATTTGGCATCCAATCGTTCCTTACTTCTGTTGAGGCCTAAT
GCTTCTTTCTGGGGTTGTAGGGAGAAGAGCTGAAGATGACGATGAAGAACTTTGCTATCT
ATACTTTCTTTAGATATGTAATCTTGATACTAGATGTTTTACGCAAGTCATTACAAAACA
AATCGGAAAGTTTATTTAACCTTGAAAAAAAACATTAAAAGGGGCGCTGAGAAAACATTA
AAAGGGGCGCTGAAGCAGCCATTTGACTTCAATAAAGTTCTGGTAACC

QA 14 841 14 841
DS 

RD RR1A858TF 603 0 0
G
GAACTGGATTCTGATTTGAAGGCTAATGGTAAAACTACAAAAGATAACAGTAAGATTGAA
GATGAAAAAAAGAAACAGAAAAGGCCATTCCTCACACAATTCTTCTCTCCTATTTTTCTC
AAGGCCTTTT*CGATTAACTTCTTTGGTGAATTTGGTGACAAGAGTCAGCTTGCTACTAT
TGGTTTAGCCGCTGATGAAAACCCGTTT*GGCGTTGTCCTTGGTGGAATTGTGGCACAGC
TTGTTTGTACCACTGCTGCTGTGATTGGAGGAAAGAGCTTAGCTTCTCAGATATCCGAAC
GAATAGTTGCTCTTTCTGGTGGAATGCTTTTTATTATATTTGGCATCCAATCGTTCCTTA
CTTCTGTTGAGGCCTAATGCTTCTTTCTGGGGTTGTAGGGAGAAGAGCTGAAGATGACGA
TGAAGAACTTTGCTATCTATACTTTCTTTAGATATGTAATCTTGATACTAGATGTTTTAC
GCAAGTCATTACAAAACAAATCGGAAAGTTTATTTAACCTTGAAAAAAGACATTAAAAGG
GGCGCTGAGAAAACATTAAAAGGGGCGCTGAAGCAGCCATTTGACTTCAATAAAGTTCTG
GT

QA 2 603 2 603
DS 



AS 1 6

CO CL882Contig1 1414 6 45 U
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GACAAGAGAACCCAAGTAGGAAACAGTGACTCTAGGACCAGCTGTGCGTGATGGTGAGCA
AGTCTTTGGAGTTGTTCATATCTTTGCTTCCTTCAATGACACCTTCATCCATGTGACTGA
TCTGTCTGGAAGGGAAACTCTGCGTTGATACCACTGCTTACGGCCGGGGGGTAACCCCTT
TCCCTAAAACCCTAAAATCGACACACCACAAACGAAACGAGTTCCTTCGTAGCCTCTCTC
TCTCCCTCTCGACGAATCAAAGATGTTGCGCAGGAACGTTAGGTTGAGAAAGGAGTATCT
CTACAGGAAGAACTTGGAAGGTGATGAGCGTGAGATCTACGAGAAGAAGCGCAAGATAAG
AGAAGCCCTTCAAGAAGGGAAGCCGATTCCTACTGAGCTCCGTAACGAGGAGGCCAAGCT
TCGTCAGGAGATTGATCTCGAAGATCAGAACACTGCCGTACCGAGGAGTCATATAGATGA
TGAATACGCAAATGCAACTGAGAAAGAACCCAAGATTTTGTTGACAACGTCTAGGGATCC
AAGTGCTCCTCTTACCCGATTCGTCAAGGAATTGAACAATGTATTTCCTAACGCCAGTAG
ACTGAATCGTGGTAGTCAGGTTATTTCTGAGATTATTGAAACGGCGCGTTCTCATGATTT
TACTGATGTGATATTTGTTTCGGAGAACCGTGGTAAGCCTGACGGTCTTATTATCTCTCA
TCTCCCGTTCGGACCTACTGCCTACTTTCAGTTACTTAATGTGGTAACAAGACATGAAAT
TCAAACCAAGAAAGAAATGGGAAAAATGTCTGAGCAGTATCCTCATCTCATTTTTGAACG
TTTTACAACCCAGATGGGTAAAAGAGTTATGAACATCTTAAAACACATCTTCCCAGTTCC
TAAACTTGATGCAAAGCGCATAGTTACTTTTTCTAATGAATCTGATTACATTTCATTCAG
GAATCATGTGTATGATAAAGGAGAAGGAGGCCCGAAATCGATAGAGCTAAAAGAAATTGG
TCCTCGGTTTGAGTTGCGGCTCTACCAGGTGAAATTGGGAACACTGGAACAAGATGAAGC
AGAAGTCGAATGGGTCCTGAGACCTTACATGAACACTGCTAAAAAACGCCAGTTTCTCGG
TGAATGAAGACAATATGCTAAAACGCACCAACCGTTACTTATAAATTCTGTTTTACCTTC
TGATTTTGTTCAAGGAGCTGTTCAACCTTTATGTGATAGAGAATATTGCGGAAAACTTTT
ATGAGCTTAAATTAGCATTATTGATTTGTTGACCCTTTTCTTGGTGGAAAACGTTTCGCT
TCTAAAAGAAAAGAAAACATGCTCTTAAACTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TCTGTCTGGAAGGGAAACTCTGCGTTGATACCACTGCTTACGGCCGGGGGGTAACCCCTT
TCCCTAAAACCCTAAA*TCGCCACACCACAAACGAAACGAGTTCCTTCGTAGCCTCTC**
*CTCCCTCTCGACGAATCAAAGATGTTGCGCAGGAACGTTAGGTTGAGAAAGGAGTATCT
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TGAATACGCAAATGCAACTGAGAAAGAACCCAAGATTTTGTTGACTACGTCTAGGGATCC
AAGTGCTCCCCTTACGCGATTCGTCAAGGAATTGAACAATGTATTTCCTAACGCCAGTAG
ACTGAACCGTGGTAGTC

QA 1 677 1 677
DS 

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GGGT
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AAGATAAGAGAAGCCCTTCAAGAAGGGAAGCCGATTCCTACTGAGCTCCGTAACGAGGAG
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ATAGATGATGAATACGCAAATGCAACTGAGAAAGAACCCAAGATTTTGTTGACTACGTCT
AGGGATCCAAGTGCTCCCCTTACGCGATTCGTCAAGGAATTGAACAATGTATTTCCTAAC
GCCAGTAGACTGAACCGTGGTAGTCAGGTTATTTCTGAGATTATTGAAACTGCGCGTTCT
CATGATTTTACTGATGTGATATTTGTTTCTGAGAACCGTGGTAAGCCTGATGGTCTTATC
ATTTCTCATCTCCCGTTCGGACCAACTGCCTACTTTCAGTTACTTAATGTGGTAACAAGA
CATGAAATTCAAACCAAGAAAGAAATGGGAAAAATGTCTGAGCAGTATCCTCATCTCATT
TTTGAATGTTTTACAACCCAGATGGGTAAAAGAGTTATGAACATCTTAAAACACATCTT

QA 5 723 5 723
DS 

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GGGA
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GAGTATCTCTACAGGAAGAACTTGGAAGGTGATGAGCGTGAGATCTACGAGAAGAAGCGC
AAGATAAGAGAAGCCCTTCAAGAAGGGAAGCCGATTCCTACTGAGCTCCGTAACGAGGAG
GCCAAGCTTCGTCAGGAGATTGATCTCGAAGATCAGAACACTGCCGTACCGAGGAGTCAT
ATTGATGATGAATACGCAAATGCAACTGAGAAAGAACCCAAGATTTTGTTGACAACGTCT
AGGGATCCAAGTGCTCCTCTTACCCGATTCGTCAAGGAATTGAACAATGTATTTCCTAAC
GCCAGTAGACTGAATCGTGGTAGTCAGGTTATTTCTGAGATTATTGAAACGGCGCGTTCT
CATGATTTTACTGATGTGATATTTGTTTCGGAGAACCGTGGTAAGCCTGACGGTCTTATT
ATCTCTCATCTCCCGTTCGGACCTACTGCCTACTTTCAGTTACTTAATGTGGTAACAAGA
CATGAAATTCAAACCAAGAAAGAAATGGGAAAA*TGTCTGAGCAGTATCCTCATCTCATT
TTTGAACGTTTTACAACCCAGATGGGTAA

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CCTCTCTCTCTCCCTCTCGACGAATCAA*GATGTTGCGCAGGAACGTTAGGTTGAGAAAG
GAGTATCTCTACAGGAAGAACTTGGAAGGTGATGAGCGTGAGATCTATGAGAAGAAGCGC
AAGATAAGAGAAGCCCTTCAAGAAGGGAAGCCGATTCCTACTGAGCTCCGCAACGAGGAG
GCCAAGCTTCGTCAGGAGATTGATCTCGAAGATCAGAACACTGCCGTACCGAGGAGTCAT
ATTGATGATGAATACGCAAATGCAACTGAGAAAGAACCCAAGATTTTGTTGACAACGTCT
AGGGATCCAAGTGCTCCTCTTACCCGATTCGTCAAGGAATTGAACAATGTATTTCCTAAC
GCCAGTAGACTGAATCGTGGTAGTCAGGTTATTTCTGAGATTATTGAAACGGCGCGTTCT
CATGATTTTACTGATGTGATATTTGTTTCGGAGAACCGTGGTAAGCCTGACGGTCTTATT
ATCTCTCATCTCCCGTTCGGACCTACTGCCTACTTTCAGTTACTTAATGTGGTAACAAGA
CATGAAATTCAAACCAAGAAAGAAATGGGAAAAATGTCTGAGCAGTATCCTCATCTCATT
TTTGAACGTTTTACAACCCAGATGGGTAAAAGAGTTATGAACATCTTAAA*CACATCTTC
CCAGTTCCTAAACTTGATGCAAAGCGCAT

QA 5 753 5 753
DS 

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TCCAAGTGCTCCTCTTACCCGATTCGTCAAGGAATTGAACAATGTATTTCCTAACGCCAG
TAGACTGAATCGTGGTAGTCAGGTTATTTCTGAGATTATTGAAACGGCGCGTTCTCATGA
TTTTACTGATGTGATATTTGTTTCGGAGAACCGTGGTAAGCCTGACGGTCTTATTATCTC
TCATCTCCCGTTCGGACCTACTGCCTACTTTCAGTTACTTAATGTGGTAACAAGACATGA
AATTCAAACCAAGAAAGAAATGGGAAAAATGTTTGAGCAGTATCCTCATCTCATTTTTGA
ACGTTTTACAACCCAGATGGGTAAAAGAGTTATGAACATCTTAAAACACATCTTCCCAGT
TCCTAAACTTGATGCAAAGCGCATAGTTACTTTTTCTAATGAATCTGATTACATTTCATT
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TGGTCCTCGGTTTGAGTTGCGGCTCTACCAGGTGAAATTGGGAACACTGGAACAAGATGA
AGCAGAAGTCGAATGGGTTTTGAGACCTTACATGAACACTGCTAAAAAACGCCAGTTTCT
CGGTGAATGAAGACAATATGCTAAAACGCACCAACCGTTACTTATAAATTCTGTTTTGCC
TTCTGATTTTGTTCAAGGAGCTGTTCAACCTTTATGTGATAGAGAATATTGCGGAAAACT
TTTATGAGCTTAAATTAGCATTAT
CG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1FO38JQ 665 0 0
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AGTTACTTAATGTGGTAACAAGACATGAAATTCAAACCAAGAAAGAAATGGGAAAAATGT
CTGAGCAGTATCCTCATCTCATTTTTGAACGTTTTACAACCCAGATGGGTAAAAGAGTTA
TGAACATCTTAAAACACATCTTCCCAGTTCCTAAACTTGATGCAAAGCGCATAGTTACTT
TTTCTAATGAATCTGATTACATTTCATTCAGGAATCATGTGTATGATAAAGGAGAAGGAG
GCCCGAAATCGATAGAGCTAAAAGAAATTGGTCCTCGGTTTGAGTTGCGGCTCTACCAGG
TGAAATTGGGAACACTGGAACAAGATGAAGCAGAAGTCGAATGGGTCCTGAGACCTTACA
TGAACACTGCTAAAAAACGCCAGTTTCTCGGTGAATGAAGACAATATGCTAAAACGCACC
AACCGTTACTTATAAATTCTGTTTTACCTTCTGATTTTGTTCAAGGAGCTGTTCAACCTT
TATGTGATAGAGAATATTGCGGAAAACTTTTATGAGCTTAAATTAGCATTATTGATTTGT
TGACCCTTTTCTTGGTGGAAAACGTTTCGCTTCTAAAAGAAAAGAAAACATGCTCTTAAA
CTGGT

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 7

CO CL883Contig1 855 7 11 U
GGAATAGAAGAGAAAATTTCTATCTTCATCTCTCTATAATCTATCCCTCTCTGTTTCGAC
TAATCAACAGTGAACATTTGTGTATCTGCATTCCCCTCATGGCTGTTCTGTTTCTCTATC
TTCTCAGTCTCCTCATGGCTGGCCATTGTAGCGCCACATGGTGTGTGTGCAAAACAGGGC
TGAGTGACTCAGTGCTCCAAAGGACACTAGACTATGCTTGTGGAAATGGAGCTGACTGTA
ACCCAACTCACCCAAAAGGGTCTTGCTTTAACCCTGACAATGTTAGAGCTCATTGTAACT
ATGCTGTCAATAGCTTCTTTCAGAAGAAAAGTCAAGCTTCTGAGTCTTGTAACTTCACTG
GTACTGCCACTCCTACCACCACTGATCCCAGCTATTCAGGATGTCCATTCCCTTCTAGTG
TTAGTGGCACTGGAGGTGGTAGCAGCAGCACCGTGACGCCAGGTAAAAGCAGTCCAAAGG
GAAACAGCCCTATCACGACATTTCCCGGTGGAAACAGTCCATACACTGGCAGTCCATTCA
CTGGCACACCAACCACCGGACTGCTAGGAGGCAATATCACTGATGCTACCGGAACCGGGT
TAAACCCGGATTACTCAAACGAAAGCACCGGTTTCGTGCTGCGTAATTCCAACAATTTGT
TCCTCTGCTTGTTTTCTGTCTTGATGATGCTCTGAAGACGATGGATGGTCTGGTCTATCT
TTTGTTCACTATCTAAATATGTTATGTTCTAGCTCGTTTGGGTTCATGCTTATCTATTTT
AAGGAAAACAATTAACAATGTAAAACTGAATCGTTTTGGGACGAATTTGGTTTTTATTTA
ATATCTTTAAATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV71TF U 5
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AF RR1CR59TF U 18
AF RR1H714JQ C 111
AF RR1A450JQ C 131
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GG
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GCCCTATCACGACATT

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G
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G
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CT

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TTTT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 7

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TGGTTATGATGATTATTTGGTTAATGATTGCTGGACG


BQ
30 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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TGGTT

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DS 

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AAGATGTGGTTGTGGAAGAGTCAGAGCAAAAAGAAGAAGAAGCAGAGAAAGAAACGGAAG
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TGGTTATGATGATTATT
GGGG

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GG
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AGAAGGAGGAGGAGACTGAAACTCCAGCTGTTGTGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGACTG
AGGCAGAGGAAGTTGTGGCTGCTGAGGAAGTCGCCGCCGAGTATAGAGCAAGAAACTATA
TATGACCTTCTTTGGTCTCATTTCGTTGTCTTTTTAAATTATATTTTATCAAAATTTCAT
ATGTATTTTCTGTATCGTTTGTTTGGGTTTATGATGATGTAATCAGATCTTTGGTTATGA
TGATTATT
TGG

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GCCAAAGGTAGAAGAGGAAGAAGAGAAGACAGAAACTCCGGTGGTTGTGGAGGAGCCAAA
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AATTTCATATGTATTTTCTGTATCGTTTGTTTGGGTTTATGATGATGTAATCAGATCTTT
GGTTATGATGGTTATTTGGTTAATGATTGCTGGACG

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DS 



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TGGATCTGTTCTGTTGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR1DD92JQ U 1
AF RR1FE58JQ U 75
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AF RR1DD92TF C 1
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TGGATCTGTTCTGTT
CC

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GACCCAGCGACATCCTGAACTTGTTACCCGACGTTCCTCCCCGTCCTCGCTTCGACATTT
TGGATCTGTTCTGTT
CC

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CC

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DS 

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CCTTTCATTTCACCCTTGGGGTTCACGATGACTCCAGCATTATCTTCGAAGTACATGAAG
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TTACGGAGATCGGGCTTTCCCTTCTTGACGGTGGCCATCACCATGTCGCCGACGCAAGCA
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GTCC

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DS 



AS 1 7

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GTAACATTCGGTGGTTCAGCCGTGGCATTAATCGTATCCGCACCACTTTTCATCATATTT
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GAAGTCACATTGGCCTCAAACCCGTTACGAAGAATTATAATAAATAGAATTAAAGCAAGA
CTTGGGGGTGGCGGTGGCGGCGGTTCACGTTTGGCAATTCTCAAAAAAATTCTGGGACTC
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GCAGCTGAAGCAGCACCAGCAGCAGATCCTGCAGCGGCACCAGCGGCTGCACCTGCACCC
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AATTAACTTAAGAATTTATGATACGGAAACTAAAAATAAAATAGCCTTTTTACTAAGCTT
TATACATTATATTTTTCTATGTAACAATGTTTAATTTGCTTATAATTATAAAAGACGGAT
ACATAGTTGACTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 20 30 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 

AF RR1EU79TF U 1
AF RR1EU79JQ C 163
AF RR1G714TF U 3
AF RR1EX57TF U 5
AF RR1EX57JQ C 19
AF RR1G714JQ C 158
AF RR1E627TF U 593
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BS 583 612 RR1EU79TF
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BS 774 791 RR1G714TF
BS 792 794 RR1E627TF

RD RR1EU79TF 707 0 0
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AGTCCAATTCTCGTACCCGCCACTATTACCACTACCCTCCTAGCCAGTGGGCTCATGGCC
GGTACCACCCTCGGACTGACCGGCATAGGTCTCATCACGGGGCTCTTTAGGACTGCAGGA
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CTTGGGGGTGGCGGTGGCGGCGGTTCACGTTTGGCAATTCTCAAAAAAATTCTGGGACTC
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GCAGCTGAAGCAGCACCAGCAGCAGATCCTGCAGCGGCACCGGCGGCTGCACCTGCACCC
ACCTGATAAAAACCGTTGGTTTATACTGTTTCAATATGTAGCATATATAAATCATGTAAT
AATTAACTTAAGAATTTATGATACGGAAACTAAAAATAAAATAGCC
C

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1EU79JQ 545 0 0
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CCACTTTTCATCATATTTAGTCCAATTTTCGTACCCGCCACTATTACCACTACCCTCCTA
GCCAGTGGGCTCATGGCCGGTACCACCCTCGGACTGACCGGCATAGGTCTCATCACGGGG
CTCTTTAGGACTGCAGGAGAAGTCACATTGGCCTCAAACCCGTTACGAAGAATTATAATA
AATAGAATTAAAGCAAGACTTGGGGGTGGCGGTGGCGGCGGTTCACGTTTGGCAATTTTC
AAAAAAATTCTGGGACTCGTTAATAAATATCGTAGCATGGCTTCAGGTGGAGCTGCAGCA
GCACCAGCAGCTGCACCTGCAGCTGAAGCAGCACCAGCAGCAGATCCTGCAGCGGCACCG
GCGGCTGCACCTGCACCCACCTGATAAAAACCGTTGGTTTATACTGTTTCAATATGTAGC
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AGCC
C

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DS 

RD RR1G714TF 789 0 0
GGGA
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ATAAAGATTATTATAGCTTCCGTGACCTCCTTAGTCTTCTTAGCCCTTTCTTGTGTAACA
TTCGGTGGTTCAGCCGTGGCATTAATCGTATCCGCACCACTTTTCATCATATTTAGTCCA
ATTCTCGTACCCGCCACTATTACTACTACCCTCCTAGCCAGTGGGCTCATGGCCGGTACC
ACCCTCGGACTGACCGGCATAGGTCTCATCACGGGGCTCTTTAGGACTGCAGGAGAAGTC
ACATTGGCCTCAAACCCGTTACGAAGAATTATAATAAATAGAATTAAAGCAAGACTTGGG
GGTGGCGGTGGCGGCGGTTCACGTTTGGCAATTCTCAAAAAAATTCTGGGACTCGTTAAT
AAATATCGTAGCATGGCTTCAGGTGGAGCTGCAGCAGCACCGGCAGCTGCACCTGCAGCT
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TAAAAAACGTTGGTTTATACTGTTTCAATATGTAGCATATATAAATCATGTAATAATTAA
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TTGAC

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DS 

RD RR1EX57TF 788 0 0
GG
ACAACCATCCGATCTGAGAATATGAGCGAAGAACTCGTTCAACACGAATCTCATTCTCAG
CAATCGATATTTAGCCGTTTCTTCAAAATGTTCTCTTTTATCTTCCCATTGCTGAACGTT
ATAAAGATTATTATAGCTTCCGTGACCTCCTTAGTCTTCTTAGCCCTTTCTTGTGTAACA
TTCGGTGGTTCAGCCGTGGCATTAATCGTATCCGCACCACTTTTCATCATATTTAGTCCA
ATTCTCGTACCCGCCACTATTACCACTACCCTCCTAGCCAGTGGGCTCATGGCCGGTACC
ACCCTCGGACTGACCGGCATAGGTCTCATCACGGGGCTCTTTAGGACTGCAGGAGAAGTC
ACATTGGCCTCAAACCCGTTACGAAGAATTATAATAAATAGAATTAAAGCAAGACTTGGG
GGTGGCGGTGGCGGCGGTTCACGTTTGGCAATTCTCAAAAAAATTCTGGGACTCGTTAAT
AAATATCGTAGCATGGCTTCAGGTGGAGCTGCAGCAGCACCAGCAGCTGCACCTGCAGCT
GAAGCAGCACCAGCAGCAGATCCTGCAGCGGCACCAGCGGCTGCACCTGCACCCACCTGA
TAAAAAACGTTGGTTTATACTGTTTCAATATGTAGCATATATAAATCATGTAATAATTAA
CTTAAGAATTTATGATACGGAAACTAAAAT*AAAATAGCCTTTTTACTAAGCTTTATACA
TTATATTTTTCTATGTAACAATGTTTAATTTGCTTATAATTATAAA*GACG*ATACATAG
TTGAC
T

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR1EX57JQ 776 0 0
TCTGAGAATATGAGCGAAGAACTCGTTCAACACGAATCTCATTCTCAGCAATCGATATTT
AGCCGTTTCTTCAAAATGTTCTCTTTTATCTTCCCATTGCTGAACGTTATAAAGATTATT
ATAGCTTCCGTGACCTCCTTAGTCTTCTTAGCCCTTTCTTGTGTAACATTCGGTGGTTCA
GCCGTGGCATTAATCGTATCCGCACCACTTTTCATCATATTTAGTCCAATTCTCGTACCC
GCCACTATTACCACTACCCTCCTAGCCAGTGGGCTCATGGCCGGTACCACCCTCGGACTG
ACCGGCATAGGTCTCATCACGGGGCTCTTTAGGACTGCAGGAGAAGTCACATTGGCCTCA
AACCCGTTACGAAGAATTATAATAAATAGAATTAAAGCAAGACTTGGGGGTGGCGGTGGC
GGCGGTTCACGTTTGGCAATTCTCAAAAAAATTCTGGGACTCGTTAATAAATATCGTAGC
ATGGCTTCAGGTGGAGCTGCAGCAGCACCAGCAGCTGCACCTGCAGCTGAAGCAGCACCA
GCAGCAGATCCTGCAGCGGCACCAGCGGCTGCACCTGCACCCACCTGATAAAAAACGTTG
GTTTATACTGTTTCAATATGTAGCATATATAAATCATGTAATAATTAACTTAAGAATTTA
TGATACGGAAACTAAAAATAAAATAGCCTTTTTACTAAGCTTTATACATTATATTTTTCT
ATGTAACAATGTTTAATTTGCTTATAATTATAAAAGACGGATACATAGTTGAC
TAG

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DS 

RD RR1G714JQ 634 0 0
TAGTCTTCTTAGCCCTTTCTTGTGTAACATTCGGTGGTTCAGCCGTGGCATTAATCGTAT
CCGCACCACTTTTCATCATATTTAGTCCAATTCTCGTACCCGCCACTATTACTACTACCC
TCCTAGCCAGTGGGCTCATGGCCGGTACCACCCTCGGACTGACCGGCATAGGTCTCATCA
CGGGGCTCTTTAGGACTGCAGGAGAAGTCACATTGGCCTCAAACCCGTTACGAAGAATTA
TAATAAATAGAATTAAAGCAAGACTTGGGGGTGGCGGTGGCGGCGGTTCACGTTTGGCAA
TTCTCAAAAAAATTCTGGGACTCGTTAATAAATATCGTAGCATGGCTTCAGGTGGAGCTG
CAGCAGCACCGGCAGCTGCACCTGCAGCTGAAGCAGCACCAGCAGCAGATCCTGCAGCGG
CACCAGCGGCTGCACCTGCACCCACCTGATAAAAAACGTTGGTTTATACTGTTTCAATAT
GTAGCATATATAAATCATGTAATAATTAACTTAAGAATTTATGATACGGAAACTAAAAAT
AAAATAGCCTTTTTATTAAGCTTTATACATTATATTTTTCTATGTAACAATGTTTAATTT
GCTTATAATTATAAAAGACGGATACATAGTTGAC

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DS 

RD RR1E627TF 202 0 0
G
TGCACCCACCTGATAAAAAACGTTGGTTTATACTGTTTCAATATGTAGCATATATAAATC
ATGTAATAATTAACTTAAGAATTTATGATACGGAAACTAAAAATAAAATAGCCTTTTTAC
TAAGCTTTATACATTATATTTTTCTATGTAACAATGTTTAATTTGCTTATAATTATAAAA
GACGGATACATAGTTGACTAG

QA 2 202 2 202
DS 



AS 1 7

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GACCATCGATTTCCCGGAGTTCCTGAACCTGATGGCGAGGAAAATGAAGGACACTGACTC
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TGATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTT
CGTTAAAGTCATGATGGCTAAGTAAGTGAGTGACTGAGAGAGAGACGGTCTTATTATCCC
TTGTTAAAAAATTAAAAGCCTTAACCTAAAAGAATGATACATTGGCTTTGATTCTGGTTT
*GTGTTCTTTAGGACATGTTTTTGCTTCTTTCATGTTTTATTTTCCTGCTTTTGGCTTAA
GCTATCTCTTTAGTGTTATGTCAAGTATGAACTTCATGTTTTCAGTATCCTTTTTATTGG
TTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1G875TF U 1
AF RR1G875JQ C 4
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TGATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTT
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TGTGTTCTTTAGGACATGTTTTTGCTT

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DS 

RD RR1G875JQ 624 0 0
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AGGACATGTTTTTGCTT

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DS 

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GG
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ATGATGGCTAAGTAAGTGAGTGACTGAGAGAGAGACGGTCTTATTATCCCTTGTTAAAAA
ATTAAAAGCCTTAACCTAAAAGAATGATACATTGGCTTTGATTCTGGTTT*GTGTTCT

QA 3 600 3 600
DS 

RD RR1C863JQ 330 0 0
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TAGGACATGTTTTTGCTTCTTTCATGTTTTATTTTTCTGCTTTTGGCTTAAGCTATCTCT
TTAGTGTTATGTCAAGTATGAACTTCATGT

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR1B702TF 348 0 0
GG
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AAGCTGATGTTGATGGTGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTCGTTAAAGTCATGATGG
CTAAGTAAGTGAGTGACTGAGAGAGAGACGGTCTTATTATCCCTTGTTAAAAAATTAAAA
GCCTTAACCTAAAAGAATGATACATTGGCTTTGATTCTGGTTT*GTGTTCTTTAGGACAT
GTTTTTGCTTCTTTCATGTTTTATTTTTCTGCTTTTGGCTTAAGCTATCTCTTTAGTGTT
ATGTCAAGTATGAACTTCATGTTTTCAGTATCCTTTTTATT
GGTTT

QA 3 343 3 343
DS 

RD RR1AG36TF 709 0 0
G
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ACCGATGACCAGATCTCGGAGTTCAAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAGGATGGAGAT
GGTTGCATCACAACCAAGGAGCTCGGAACCGTGATGAGGTCTCTAGGGCAAAGCCCAACC
GAAGCTGAGCTCCAAGACATGATCAACGAGGTCGATGCAGACGGTAACGGGACCATCGAT
TTCCCGGAGTTCCTGAACCTGATGGCGAGGAAAATGAAGGACACTGACTCTGAGGAAGAG
CTCAAGGAAGCCTTTAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAACGGTTTCATCTCCGCGGCTGAG
CTTCGACATGTGATGACGAACCTTGGTGAGAAACTTACCGATGAGGAAGTTGATGAGATG
ATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTCGTTAAAGTC
ATGATGGCTAAGTAAGTGAGTGACTGAGAGAGAGACGGTCTTATTATCCCTTGTTAAAAA
ATTAAAAGCCTTAACCTAAAAGAATGATACATTGGCTTTGATTCTGGTTT*GTGTTCTTT
AGGACATGTTTTTGCTTCTTTCATGTTTTATTTTCCTGCTTTTGGCTTAAGCTATCTCTT
TAGTGTTATGTCAAGTATGAACTTCATGTTTTCAGTATCCTTTTTATT

QA 2 709 2 709
DS 

RD RR1AG36JQ 716 0 0
G
GAATCAGTCTCGAAACTTTTGTCGGATTTACCAAAGAAAAAAAA**TGGCGGATCAACTG
ACCGATGACCAGATCTCGGAGTTCAAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAGGATGGAGAT
GGTTGCATCACAACCAAGGAGCTCGGAACCGTGATGAGGTCTCTAGGGCAAAGCCCAACC
GAAGCTGAGCTCCAAGACATGATCAACGAGGTCGATGCAGACGGTAACGGGACCATCGAT
TTCCCGGAGTTCCTGAACCTGATGGCGAGGAAAATGAAGGACACTGACTCTGAGGAAGAG
CTCAAGGAAGCCTTTAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAACGGTTTCATCTCCGCGGCTGAG
CTTCGACATGTGATGACGAACCTTGGTGAGAAACTTACCGATGAGGAAGTTGATGAGATG
ATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTCGTTAAAGTC
ATGATGGCTAAGTAAGTGAGTGACTGAGAGAGAGACGGTCTTATTATCCCTTGTTAAAAA
ATTAAAAGCCTTAACCTAAAAGAATGATACATTGGCTTTGATTCTGGTTT*GTGTTCTTT
AGGACATGTTTTTGCTTCTTTCATGTTTTATTTTCCTGCTTTTGGCTTAAGCTATCTCTT
TAGTGTTATGTCAAGTATGAACTTCATGTTTTCAGTATCCTTTTTATTGGTTTCC

QA 2 716 2 716
DS 



AS 2 6

CO CL888Contig1 924 4 10 U
TTTTTTTGTCTACAGAGAAAACCTAAGTTGCAACCATGGGTATTTCTCGTGACTCAATCC
ACAAGAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTATGAGA
TGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTCTCCAGCAACAAGACGGTCAGAAGAATCCGTG
TTCGTGGAGGCAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGATACCGGTAACTACTCCTGGG
GAAGTGAAGCTGTCACCCGCAAGACCAGAGTCCTTGACGTTGTCTACAACGCCTCCAACA
ACGAGCTTGTCCGTACTAAGACACTTGTTAAGAGCGCCATTGTTCAGGTTGATGCCGCTC
CTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCACTATGGTGTTGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTG
CTCCTGCTGCCGCCAAGAAGGAAGGCGAGGATGGTGAGGATGCTGCACCAGCTGCTGCTG
CTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCATGTGCTGAGGAAGATTGAGAGCCGCCAAGAAG
GTCGCAGTCTTGATTCCCACATTGAGGACCAGTTTGCAAGCGGAAGGTTGTTGGCCTGCA
TCTCCTCAAGGCCCGGCCAATGTGGACGTGCTGATGGATACATTCTTGAAGGCAAGGAGC
TAGAATTCTACCAGAAGAAAATCCAAAAGAAGAAGGGCAAGGGTGCCGCTTAAAACTTGT
TGTTGGCTTGAAAGCTTTATGTTTACATGGGACATGTTTTGAGTTTTCAGTTTCTAGTGT
CTCTGAGATCGTATGTGTTGGATTAGCTTTTTGCTATATGCTATTTCGTAAACTCTGTTC
TTTACCCATGTTTCTCGTCACGTATTTTTTGTTTAATTTAAAACGTCTTTGATCATTATG
ATAGTCTCAAGTTGCGTTCTTGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E660TF U 1
AF RR1CR48TF U 1
AF RR1E660JQ C 486
AF RR1BC86JQ C 37
BS 1 597 RR1CR48TF
BS 598 599 RR1E660TF
BS 600 650 RR1CR48TF
BS 651 651 RR1BC86JQ
BS 652 691 RR1CR48TF
BS 692 692 RR1BC86JQ
BS 693 696 RR1CR48TF
BS 697 697 RR1BC86JQ
BS 698 744 RR1CR48TF
BS 745 924 RR1BC86JQ

RD RR1E660TF 606 0 0
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TGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTCTCCAGTAACAAGACGGTCAGAAGAATCCGTG
TTCGTGGAGGCGACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGATACCGGTAACTACTCCTGGG
GAAGTGAAGCTGTCACCCGCAAGACCAGAGTCCTTGACGGTGTCTACAACGCCTCCAACA
ACGAGCTTGTCCGTACTAAGACACTTGTTAAGAGCGCCATTGTTCAGGTTGATGCCGCTC
CTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCACTATGGTGTTGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTG
CTCCTGCTGCCGCCAAGAAGGAAGGCGAGGATGGTGAGGATGCTGCACCAGCTGCTGCTG
CTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCATGTGCTGAGGAAGATTGAGAGCCGCCAAGAAG
GTCGCAGTCTTGATTCCCACATTGAGGACCAGTTTGCAAGCGGAAGGTTGTTGGCCTGCA
TCTCCT

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1CR48TF 744 0 0
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ACAAGAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTATGAGA
TGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTCTCCAGCAACAAGACGGTCAGAAGAATCCGTG
TTCGTGGAGGCAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGATACCGGTAACTACTCCTGGG
GAAGTGAAGCTGTCACCCGCAAGACCAGAGTCCTTGACGTTGTCTACAACGCCTCCAACA
ACGAGCTTGTCCGTACTAAGACACTTGTTAAGAGCGCCATTGTTCAGGTTGATGCCGCTC
CTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCACTATGGTGTTGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTG
CTCCTGCTGCCGCCAAGAAGGAAGGCGAGGATGGTGAGGATGCTGCACCAGCTGCTGCTG
CTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCATGTGCTGAGGAAGATTGAGAGCCGCCAAGAAG
GTCGCAGTCTTGATTCCCACATTGAGGACCAGTTTGCAAGCGGAAGGTTGTTGGCCT**A
TCTCCTCAAGGCCCGGCCAATGTGGACGTGCTGATGGATACATTCTTGAAAGCAAGGAGC
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TGTTGGCTTGAAAGCTTTATGTTT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1E660JQ 409 0 0
GAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCATGTGCTGAGGAAGATTGAGAGCCGCCAAGAAGGTCGC
AGTCTTGATTCCCACATTGAGGACCAGTTTGCAAGCGGAAGGTTGTTGGCCTGCATCTCC
TCAAGGCCCGGCCAATGTGGACGTGCTGATGGATACATTCTTGAAGGCAAGGAGCTAGAA
TTCTACCAGAAGAAAATCCAAAAGAAGAAGGGCAAGGGTGCCGCTTAAAACTTGTTGTTG
GCTTGAAAGCTTTATGTTTACATGGGACGTGTTTTGAGTTTTCAGTTTCTAGTGTCTCTG
AGATCGTATGTGTTGGATTAGCTTTTTGCTATATGCTATTTCGTAAACTCTGTTCTTTAC
CCATGTTTCTCGTCACGTATTTTTTGTTTAATTTAAAACGTCTTTGA
CC

QA 1 407 1 407
DS 

RD RR1BC86JQ 888 0 0
TGGGTATTTCTCGTGACTCAATCCACAAGAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGAT
GGAGGAAGAAGCGAAAGTATGAGATGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTCTCCAGCA
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TCGATACCGGTAACTACTCCTGGGGAAGTGAAGCTGTCACCCGCAAGACCAGAGTCCTTG
ACGTTGTCTACAACGCCTCCAACAACGAGCTTGTCCGTACTAAGACACTTGTTATGAGCG
CCATTGTTCAGGTTGATGCCGCTCCTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCACTATGGTGTTG
AGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTGCTCCTGCTGCCGCCAAGAAGGAAGGCGAGGATGGTG
AGGATGCTGCACCAGCTGCTGCTGCTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCATGTGCTGA
GGAAGATTGAGAGCCACCAAGAAGGTCGCAGTCTTGATTCCCACATTGAGGACCAGTTTG
CAAGCGGAAGGTTGTTGGCCTGCATCTCCTCAAGGCCCGGCCAATGTGGACGTGCTGATG
GATACATTCTTGAAGGCAAGGAGCTAGAATTCTACCAGAAGAAAATCCAAAAGAAGAAGG
GCAAGGGTGCCGCTTAAAACTTGTTGTTGGCTTGAAAGCTTTATGTTTACATGGGACATG
TTTTGAGTTTTCAGTTTCTAGTGTCTCTGAGATCGTATGTGTTGGATTAGCTTTTTGCTA
TATGCTATTTCGTAAACTCTGTTCTTTACCCATGTTTCTCGTCACGTATTTTTTGTTTAA
TTTAAAACGTCTTTGATCATTATGATAGTCTCAAGTTGCGTTCTTGCC

QA 1 888 1 888
DS 



CO CL888Contig2 654 2 14 U
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ACAAGAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTATGAGA
TGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTCTCCAGCAACAAGACAGTCAGAAGAATCCGTG
TCCGTGGAGGTAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGATACCGGTAACTACTCCTGGG
GAAGCGAAGCTGCCACCCGCAAGACCAGAGTCCTTGACGTTGTCTACAACGCCTCCAACA
ACGAGCTTGTCCGTACCAAGACACTTGTTAAGAGCGCCATTGTTCAGGTTGATGCCGCTC
CTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCACTATGGTGTTGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTG
CTCCTGCTGCCGCCAAGAAGGAAGGCGAGGATGGTGAGGATGCTGCACCAGCTGCTGCTG
CTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCACGTGCTGAGGAAGATTGAGAGCCGTCAAGAAA
GTCGCAGTCTTGATTCCCACATTGACGACCAGTTTGCAAGCGGAAGGTTGTTGGCCTGCA
TCTCCTCAAGCCCGGCCAATGTGGACGTGCTGATGGATACATTCTTGAAGCAGA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH37TF U 1
AF RR1FB40TF U 1
BS 1 8 RR1DH37TF
BS 9 9 RR1FB40TF
BS 10 163 RR1DH37TF
BS 164 164 RR1FB40TF
BS 165 187 RR1DH37TF
BS 188 188 RR1FB40TF
BS 189 539 RR1DH37TF
BS 540 540 RR1FB40TF
BS 541 565 RR1DH37TF
BS 566 566 RR1FB40TF
BS 567 608 RR1DH37TF
BS 609 609 RR1FB40TF
BS 610 646 RR1DH37TF
BS 647 654 RR1FB40TF

RD RR1DH37TF 646 0 0
TTTTTTTGTCTACAGAGAAAACCTAAGTTGCAACCATGGGTATTTCTCGTGACTCAATCC
ACAAGAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTATGAGA
TGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTCTCCAGCAACAAGACGGTCAGAAGAATCCGTG
TCCGTGGGGGTAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGATACCGGTAACTACTCCTGGG
GAAGCGAAGCTGCCACCCGCAAGACCAGAGTCCTTGACGTTGTCTACAACGCCTCCAACA
ACGAGCTTGTCCGTACCAAGACACTTGTTAAGAGCGCCATTGTTCAGGTTGATGCCGCTC
CTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCACTATGGTGTTGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTG
CTCCTGCTGCCGCCAAGAAGGAAGGCGAGGATGGTGAGGATGCTGCACCAGCTGCTGCTG
CTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCACGTGCTGAGGAAGATTGAGAGCCGTCAAGAAG
GTCGCAGTCTTGATTCCCACATTGAGGACCAGTTTGCAAGCGGAAGGTTGTTGGCCTGCA
TCTCCTCAGGCCCGGCCAATGTGGACGTGCTGATGGATACATTCTT

QA 1 646 1 646
DS 

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ACAAGAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTATGAGA
TGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGCTCTCCAGCAACAAGACAGTCAGAAGAATCCGTG
TCCGTGGAGGTAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGATACCGGTAACTACTCCTGGG
GAAGCGAAGCTGTCACCCGCAAGACCAGAGTCCTTGACGTTGTCTACAACGCCTCCAACA
ACGAGCTTGTCCGTACCAAGACACTTGTTAAGAGCGCCATTGTTCAGGTTGATGCCGCTC
CTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCACTATGGTGTTGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTG
CTCCTGCTGCCGCCAAGAAGGAAGGCGAGGATGGTGAGGATGCTGCACCAGCTGCTGCTG
CTCCTGAGGAGGTGAAGAAGAGCAACCACGTGCTGAGGAAGATTGAGAGCCGTCAAGAAA
GTCGCAGTCTTGATTCCCACATTGACGACCAGTTTGCAAGCGGAAG*TTGTTGGCCTGCA
TCTCCTCAAGCCCGGCCAATGTGGACGTGCTGATGGATACATTCTTGAAGCAGA

QA 1 654 1 654
DS 



AS 2 7

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AAGATGAACTTTTTTCTTTCTTTAGTTACTATTTTAACAGGTATATCTGAAAAAACGATC
AAAAAGATAATAATCAAGGGTTAAATCCTAAACTATAACTTAACGAATACAAAAGAATCC
CAACTTAAGATAACAAATAACAAAACAAAAATCTTTTAGTGATAATCTTGATATGAAGCT
CTCACTCTGTATCTTAAGACAAGAGGACCCACACAAGCAAGCATCCTCATCTTCAAATTT
AAATGTTCCGCCTCTTCATAGATCGACTGGGACTCTCAAGCCATCATATGCAAGTTCTAC
*GAAATCCCTTCCCTTTTAGACCATTCTTCAAGAAACTCATTGTCTTTGTGGTGATCAAA
CTCGTGAGTCATTCCGATTAAAAGAGCCCTTTTCGGACTCAGTCTTTTGATCGTCTCTAG
TGTCTGTGGGAAACATAAGTGTGTGTTGTGGGATCCTGTCTTATATAATGTGTCCAAGAT
AAGGAGATCCAGTTGTCCACCACCAGATTTCGATATAACATACTCAGTGCTTGGAAGAAA
GCGTGACACATCGGATATATACGCCACTCTTGATTTTTCGCCAAAAAGGAAGCCAAGACA
GACATAGTCTTCTCCATGCATCACTGGAAGTGGCGTGAACGATAAGCCAGAAGCTACAAA
AGGCTTCTCACAATCTTCCTCGATCACTCTCCAATCCAGCTGCGCTACTCGCCTAACTTC
TTGCCCTTCTTTAAGTTTCTTCTGAACCAAATACGGGAACTTCACAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AC23JQ U 1
AF RR1AC23TF C 1
AF RR1EQ23JQ U 24
BS 1 310 RR1AC23JQ
BS 311 767 RR1EQ23JQ

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AAAAAGATAATAATCAAGGGTTAAATCCTAAACTATAACTTAACGAATACAAAAGAATCC
CAACTTAAGATAACAAATAACAAAACAAAAATCTTTTAGTGATAATCTTGATATGAAGCT
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AAATGTTCCGCCTCTTCATAGATCGACTGGGACTCTCAAGCCATCATATGCAAGTTCTAC
*GAAATCCCT
C

QA 1 310 1 310
DS 

RD RR1AC23TF 311 0 0
AAGATGAACTTTTTTCTTTCTTTAGTTACTATTTTAACAGGTATATCTGAAAAAACGATC
AAAAAGATAATAATCAAGGGTTAAATCCTAAACTATAACTTAACGAATACAAAAGAATCC
CAACTTAAGATAACAAATAACAAAACAAAAATCTTTTAGTGATAATCTTGATATGAAGCT
CTCACTCTGTATCTTAAGACAAGAGGACCCACACAAGCAAGCATCCTCATCTTCAAATTT
AAATGTTCCGCCTCTTCATAGATCGACTGGGACTCTCAAGCCATCATATGCAAGTTCTAC
*GAAATCCCT
C

QA 1 310 1 310
DS 

RD RR1EQ23JQ 744 0 0
AGTTACTATTTTAACAGGTATATCTGAAAAAACGATCAAAAAGATAATAATCAAGGGTTA
AATCCTAAACTATAACTTAACGAATACAAAAGAATCCCAACTTAAGATAACAAATAACAA
AACAAAAATCTTTTAGTGATAATCTTGATATGAAGCTCTCTCTCTGTATCTTAAGACAAG
AAGACCCACACAAGCAAGCATCCTCATCTTCAAATTTAAATGTTCCGCCTCTTCATAGAT
CGACTGGGACTCTCAAGCCATCATATGCAAGTTCTACCGAAATCCCTTCCCTTTTAGACC
ATTCTTCAAGAAACTCATTGTCTTTGTGGTGATCAAACTCGTGAGTCATTCCGATTAAAA
GAGCCCTTTTCGGACTCAGTCTTTTGATCGTCTCTAGTGTCTGTGGGAAACATAAGTGTG
TGTTGTGGGATCCTGTCTTATATAATGTGTCCAAGATAAGGAGATCCAGTTGTCCACCAC
CAGATTTCGATATAACATACTCAGTGCTTGGAAGAAAGCGTGACACATCGGATATATACG
CCACTCTTGATTTTTCGCCAAAAAGGAAGCCAAGACAGACATAGTCTTCTCCATGCATCA
CTGGAAGTGGCGTGAACGATAAGCCAGAAGCTACAAAAGGCTTCTCACAATCTTCCTCGA
TCACTCTCCAATCCAGCTGCGCTACTCGCCTAACTTCTTGCCCTTCTTTAAGTTTCTTCT
GAACCAAATACGGGAACTTCACAG

QA 1 744 1 744
DS 



CO CL889Contig2 1110 4 2 U
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TTCGCCGGAATATTCCAGATTCGTTTCAGCGACAATACGCATAATCTCCGATGATGGAAG
ACGGTTCGAATCCGACTGAGAACGGCTCCGATCGCGACGGATCGGCTCTGATATTCCTCG
GAACGGGATGCTCGAGCGCGGTCCCTAACGCAATGTGCCTGATCCAGAAATCCGATTCCC
CCTGCC*CGTCTGCTCTCAGTCTCTCTCGATCCCTCCCGAGAGAAACCCTAACTACAGGG
GAAACACTTCATTGCTCATCGGTTATTGCTCAGGTGATGAAGGCAAGCATAAGTACATTC
AAATCGACGTTGGCAAGACGTTCAGGGAACAAGTACTTCGTTGGTTCACTCTTCACAACA
TTCCTCAAGTTGATTCCATCATTTTGACTCATGAGCATGCTGATGCAGTACTTGGCCTGG
ATGATATACGTTCCGTGCAGCCATTTAGTCCCACCAATGATATAGATCCTACTCCTATTT
TTGTTAGCCAATATGCTATGGACAGCCTTGCTGTGAAGTTCCCGTATTTGGTTCAGAAGA
AACTTAAAGAAGGGCAAGAAGTTAGGCGAGTAGCGCAGCTGGATTGGAGAGTGATCGAGG
AAGATTGTGAGAAGCCTTTTGTAGCTTCTGGCTTATCGTTCACGCCACTTCCAGTGATGC
ATGGAGAAGACTATGTCTGTCTTGGCTTCCTTTTTGGCGAAAAATCAAGAGTGGCGTATA
TATCCGATGTGTCACGCTTTCTTCCAAGCACTGAGTATGTTATATCGAAATCTGGTGGTG
GACAACTGGATCTCCTTATCTTGGACACATTATATAAGACAGGATCCCACAACACACACG
TATGTTTCCCACAGACACTAGAGACGATCAAAAGACTGAGTCCGAAAAGGGTCTTCTTGT
CTTAAGATACAGAGAGAGAGCTTCATATCAAGATTATCACTAAAAGATTTTTGTTTTGTT
ATTTGTTATCTTAAGTTGGGATTCTTTTGTATTCGTTAAGTTATAGTTTAGGATTTAACC
CTTGATTATTATCTTTTTGATCGTTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1EQ23TF U 19
AF RR1BP67TF U 1
AF RR1BK41JQ C 223
AF RR1BP67JQ C 295
BS 1 750 RR1BP67TF
BS 751 1110 RR1BK41JQ

RD RR1EQ23TF 691 0 0
GGG
AGCCCACTGTTTTCTACCGTCGACTCGAGGATCCTCTCTTTCGCCGGAATATTCCAGATT
CGTTTCAGCGACAATACGCATAATCTCCGATGATGGAAGACGGTTCGAATCCGACTGAGA
ACGGCTCCGATCGCGACGGATCGGCTCTGATATTCCTCGGAACGGGATGCTCGAGCGCGG
TCCCTAACGCAATGTGCCTGATCCAGAAATCCGATTCCCCCTGCCACGTCTGCTCTCAGT
CTCTCTCGATCCCTCCCGAGAGAAACCCTAACTACAGGGGAAACACTTCATTGCTCATCG
ATTATTGCTCAGGTGATGAAGGCAAGCATAAGTACATTCAAATCGACGTTGGCAAGACGT
TCAGGGAACAAGTACTTCGTTGGTTCACTCTTCACAACATTCCTCAAGTTGATTCCATCA
TTTTGACTCATGAGCATGCTGATGCAGTACTTGGCCTGGATGATATACGTTCCGTGCAGC
CATTTAGTCCCACCAATGATATAGATCCTACTCCTATTTTTGTTAGCCAATATGCTATGG
ACAGCCTTGCTGTGAAGTTCCCGTATTTGGTTCAGAAGAAACTTAAAGAAGGGCAAGAAG
TTAGGCGAGTAGCGCAGCTGGATTGGAGAGTGATCGAGGAAGATTGTGAGAAGCCTTTTG
TAGCTTCTGGCTTATCGTTCACGCCACT

QA 4 691 4 691
DS 

RD RR1BP67TF 750 0 0
GGCTCCTTGCTTCGTTCTGTTAGCCCACTGTTTTCTACCGTCGACTCGAGGATCCTCTCT
TTCGCCGGAATATTCCAGATTCGTTTCAGCGACAATACGCATAATCTCCGATGATGGAAG
ACGGTTCGAATCCGACTGAGAACGGCTCCGATCGCGACGGATCGGCTCTGATATTCCTCG
GAACGGGATGCTCGAGCGCGGTCCCTAACGCAATGTGCCTGATCCAGAAATCCGATTCCC
CCTGCC*CGTCTGCTCTCAGTCTCTCTCGATCCCTCCCGAGAGAAACCCTAACTACAGGG
GAAACACTTCATTGCTCATCGGTTATTGCTCAGGTGATGAAGGCAAGCATAAGTACATTC
AAATCGACGTTGGCAAGACGTTCAGGGAACAAGTACTTCGTTGGTTCACTCTTCACAACA
TTCCTCAAGTTGATTCCATCATTTTGACTCATGAGCATGCTGATGCAGTACTTGGCCTGG
ATGATATACGTTCCGTGCAGCCATTTAGTCCCACCAATGATATAGATCCTACTCCTATTT
TTGTTAGCCAATATGCTATGGACAGCCTTGCTGTGAAGTTCCCGTATTTGGTTCAGAAGA
AACTTAAAGAAGGGCAAGAAGTTAGGCGAGTAGCGCAGCTGGATTGGAGAGTGATCGAGG
AAGATTGTGAGAAGCCTTTTGTAGCTTCTGGCTTATCGTTCACGCCACTTCCAGTGATGC
ATGGAGAAGACTATGTCTGTCTTGGCTTCC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1BK41JQ 888 0 0
TCCAGAAATCCGATTCCCC*TGCC**GTCTGCTCTCAGTCTCTCTCGATCCCTCCCGAGA
GAAACCCTAACTACAGGG*AAACACTTCATTGCTCATCGGTTATTGCTCAGGTGATGAAG
GCAAGCATAAGTACATTCAAATCGACGTTGGCAAGACGTTCAGGGAACAAGTACTTCGTT
GGTTCACTCTTCACAACATTCCTCAAGTTGATTCCATCATTTTGACTCATGAGCATGCTG
ATGCAGTACTTGGCCTGGATGATATACGTTCCGTGCAGCCATTTAGTCCCACCAATGATA
TAGATCCTACTCCTATTTTTGTTAGCCAATATGCTATGGACAGCCTTGCTGTGAAGTTCC
CGTATTTGGTTCAGAAGAAACTTAAAGAAGGGCAAGAAGTTAGGCGAGTAGCGCAGCTGG
ATTGGAGAGTGATCGAGGAAGATTGTGAGAAGCCTTTTGTAGCTTCTGGCTTATCGTTCA
CGCCACTTCCAGTGATGCATGGAGAAGACTATGTCTGTCTTGGCTTCCTTTTTGGCGAAA
AATCAAGAGTGGCGTATATATCCGATGTGTCACGCTTTCTTCCAAGCACTGAGTATGTTA
TATCGAAATCTGGTGGTGGACAACTGGATCTCCTTATCTTGGACACATTATATAAGACAG
GATCCCACAACACACACGTATGTTTCCCACAGACACTAGAGACGATCAAAAGACTGAGTC
CGAAAAGGGTCTTCTTGTCTTAAGATACAGAGAGAGAGCTTCATATCAAGATTATCACTA
AAAGATTTTTGTTTTGTTATTTGTTATCTTAAGTTGGGATTCTTTTGTATTCGTTAAGTT
ATAGTTTAGGATTTAACCCTTGATTATTATCTTTTTGATCGTTTTTTC

QA 1 888 1 888
DS 

RD RR1BP67JQ 816 0 0
TACA
GGGAAACACTTCATTGCTCATCGGTT*TTGCTCAGGTGATGAAGGCAAGCATAAGTACAT
TCAAATCGACGTTGGCAAGACGTTCAGGGAACAAGTACTTCGTTGGTTCACTCTTCACAA
CATTCCTCAAGTTGATTCCATCATTTTGACTCATGAGCATGCTGATGCAGTACTTGGCCT
GGATGATATACGTTCCGTGCAGCCATTTAGTCCCACCAATGATATAGATCCTACTCCTAT
TTTTGTTAGCCAATATGCTATGGACAGCCTTGCTGTGAAGTTCCCGTATTTGGTTCAGAA
GAAACTTAAAGAAGGGCAAGAAGTTAGGCGAGTAGCGCAGCTGGATTGGAGAGTGATCGA
GGAAGATTGTGAGAAGCCTTTTGTAGCTTCTGGCTTATCGTTCACGCCACTTCCAGTGAT
GCATGGAGAAGACTATGTCTGTCTTGGCTTCCTTTTTGGCGAAAAATCAAGAGTGGCGTA
TATATCCGATGTGTCACGCTTTCTTCCAAGCACTGAGTATGTTATATCGAAATCTGGTGG
TGGACAACTGGATCTCCTTATCTTGGACACATTATATAAGACAGGATCCCACAACACACA
CGTATGTTTCCCACAGACACTAGAGACGATCAAAAGACTGAGTCCGAAAAGGGTCTTCTT
GTCTTAAGATACAGAGAGAGAGCTTCATATCAAGATTATCACTAAAAGATTTTTGTTTTG
TTATTTGTTATCTTAAGTTGGGATTCTTTTGTATTCGTTAAGTTATAGTTTAGGATTTAA
CCCTTGATTATTATCTTTTTGATCGTTTTTTC

QA 5 816 5 816
DS 



AS 1 7

CO CL890Contig1 450 7 5 U
GGCTCCGCCGGTGGTTACGACGAGCGAGCAAAATCAGAACTGAAAATGCCTAAGCAAATC
CACGAGATCAAGGACTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTGAAGATC
AAGAGAAGCAAGGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAGGTACCTCTACACGCTA
TGCGTCTTCGACCAAGAGAAGGCTGATAAGCTTAAGCAGTCACTTCCTCCAGGTTTGAGT
GTTCAAGACCTTTGAAGATCTTCTTGAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATT
TTTGTTACCTTTTGAATTACTATTGTTCAGACTCTTTCCCATTTCTATTTCAAGACTGAG
TTTTTATTTTGTTATTTGCTATCAACGTGGTTAGTAAACATGAATGGTTCAAAATATTTT
GGTAAGAGTTTAAGAGCAGACTTTGAGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FS71JQ C 9
AF RR1FS71TF U 9
AF RR1EP34JQ C 1
AF RR1EU53TF U 5
AF RR1EP34TF U 1
AF RR1FK79JQ C 15
AF RR1FK79TF U 15
BS 1 6 RR1EP34JQ
BS 7 9 RR1EP34TF
BS 10 421 RR1EU53TF
BS 422 431 RR1EP34TF
BS 432 450 RR1FK79TF

RD RR1FS71JQ 314 0 0
G
GGTGGTTACGACGAGCGAGCAAAATCAGAACTGAAAATGCCTAAGCAAATCCACGAGATC
AAGGACTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTGAAGATCAAGAGAAGC
AAGGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAGGTACCTCTACACGCTATGCGTCTTC
GACCAAGAGAAGGCTGATAAGCTTAAGCAGTCACTTCCTCCAGGTTTGAGTGTTCAAGAC
CTTTGAAGATCTTCTTGAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATTTTTGTTACC
TTTTGAATTACTA

QA 2 314 2 314
DS 

RD RR1FS71TF 365 0 0
G
GGTGGTTACGACGAGCGAGCAAAATCAGAACTGAAAATGCCTAAGCAAATCCACGAGATC
AAGGACTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTGAAGATCAAGAGAAGC
AAGGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAGGTACCTCTACACGCTATGCGTCTTC
GACCAAGAGAAGGCTGATAAGCTTAAGCAGTCACTTCCTCCAGGTTTGAGTGTTCAAGAC
CTTTGAAGATCTTCTTGAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATTTTTGTTACC
TTTTGAATTACTATTGTTCAGACTCTTTCCCATTTCTATTTCAAGACTGAGTTTTTATTT
TGT
C

QA 2 364 2 364
DS 

RD RR1EP34JQ 431 0 0
GGCTCCGCCGGTGGTTACGACGAGCGAGCAAAATCAGAACTGAAAATGCCTAAGCAAATC
CACGAGATCAAGGACTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTGAGGATC
AAGAGAAGCAAGGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAGGTACCTCTACACGCTA
TGCGTCTTCGACCAAGAGAAGGCTGATAAGCTTAAGCAGTCACTACCTCCAGGTTTGAGT
GTTCAAGACCTTTGAAGATCTTCTTGAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATT
TTTGTTACCTTTTGAATTACTATTGTTCAGACTCTTTCCCATTTCTATTTCAAGACTGAG
TTTTTATTTTGTTATTTGCTATCAACGTGGTTAGTAAACATGAATGGTTCAAAATATTTT
GGTAAGAGTTT

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR1EU53TF 419 0 0
GGGCC
GGTGGTTACGACGAGCGAGCAAAATCAGAACTGAAAATGCCTAAGCAAATCCACGAGATC
AAGGACTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTGAAGATCAAGAGAAGC
AAGGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAGGTACCTCTACACGCTATGCGTCTTC
GACCAAGAGAAGGCTGATAAGCTTAAGCAGTCACTTCCTCCAGGTTTGAGTGTTCAAGAC
CTTTGAAGATCTTCTTGAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATTTTTGTTACC
TTTTGAATTACTATTGTTCAGACTCTTTCCCATTTCTATTTCAAGACTGAGTTTTTATTT
TGTTATTTGCTATCAACGTGGTTAGTAAACATGAATGGTTCAAAATATTTTG
AT

QA 6 417 6 417
DS 

RD RR1EP34TF 431 0 0
GGCTCC
GCCGGTGGTTACGACGAGCGAGCAAAATCAGAACTGAAAATGCCTAAGCAAATCCACGAG
ATCAAGGACTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTGAGGATCAAGAGA
AGCAAGGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAGGTACCTCTACACGCTATGCGTC
TTCGACCAAGAGAAGGCTGATAAGCTTAAGCAGTCACTACCTCCAGGTTTGAGTGTTCAA
GACCTTTGAAGATCTTCTTGAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATTTTTGTT
ACCTTTTGAATTACTATTGTTCAGACTCTTTCCCATTTCTATTTCAAGACTGAGTTTTTA
TTTTGTTATTTGCTATCAACGTGGTTAGTAAACATGAATGGTTCAAAATATTTTGGTAAG
AGTTT

QA 7 431 7 431
DS 

RD RR1FK79JQ 436 0 0
GG
ACGACGAGCGAGCAAAATCAGAACTGAAAATGCCTAAGCAAATCCACGAGATCAAGGACT
TCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTGAAGATCAAGAGAAGCAAGGACA
TTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAGGTACCTCTACACGCTATGCGTCTTCGACCAAG
AGAAGGCTGATAAGCTTAAGCAGTCACTTCCTCCAGGTTTGAGTGTTCAAGACCTTTGAA
GATCTTCTTCAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATTTTTGTTACCTTTTGAA
TTACTATTGTTCAGACTCTTTCCCATTTCTATTTCAAGACTGAGTTTTTATTTTGTTATT
TGCTATCAACGTGGTTAGTAAACATGAATGGTTCAAAATATTTTGGTAAGAGTTTAAGAG
CAGACTTTGAGTAG

QA 3 436 3 436
DS 

RD RR1FK79TF 436 0 0
GG
ACGACGAGCGAGCAAAATCAGAACTGAAAATGCCTAAGCAAATCCACGAGATCAAGGACT
TCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTGAAGATCAAGAGAAGCAAGGACA
TTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAGGTACCTCTACACGCTATGCGTCTTCGACCAAG
AGAAGGCTGATAAGCTTAAGCAGTCACTTCCTCCAGGTTTGAGTGTTCAAGACCTTTGAA
GATCTTCTTCAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATTTTTGTTACCTTTTGAA
TTACTATTGTTCAGACTCTTTCCCATTTCTATTTCAAGACTGAGTTTTTATTTTGTTATT
TGCTATCAACGTGGTTAGTAAACATGAATGGTTCAAAATATTTTGGTAAGAGTTTAAGAG
CAGACTTTGAGTAG

QA 3 436 3 436
DS 



AS 1 7

CO CL891Contig1 1174 7 11 U
GGACACAAAAGAAGAGAACCAAAACATGGCTAACTCTCTCATCTCTCTTCTCCCAATCTT
CCACTTGTTGGTGTTATTAGGATCCTCAGTGAATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTA
CTGGCCAAGCTCCAAGGTTGGGTCCTTGAACTTCTACAAAGGTTTTAAGAATCTTTGGGG
TCCTCAGCATCAGAGAATAGACCAAAATGCCCTCACCATCTGGCTTGATAGAACCTCCGG
AAGTGGATTCAAGTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGGCTACTTTGGAGCATCCATCAAACT
CCAGCCTGGTTACACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCACA
TCCAGGATTCCATGATGAGGTGGACATAGAATTCTTGGGGACAACATTTGGGAAGCCTTA
CACACTTCAGACAAATGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGGGA
GATGAAGTTTCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCGGATTTTCACCATTATGCTATTCTTTG
GAGCCCTAGAGAAATCATATTTTTGGTGGACGATATTCCTATAAGAAGATACCCAAAAAA
GAGTGCGGCTACATTTCCTCTAAGACCAATGTGG*CTTTACGGTTCCATATGGGATGCTT
CTTCTTGGGCAACTGAGAATGGTAAATACAAAGCTGACTACAAATATCAACCTTTCACTG
CCAAGTACACCAATTTTAAAGCGATTGGTTGCACCGCCTACTCACCCGCACGGTGCCATC
CACTGTCAGCTTCACCATACCGTTTTGGCGGATTAACTCGTAAGCAATACCAAGCAATGA
GATGGGTGCAAACACATAATATGGTATACAATTATTGCAAAGATTATAAACGCGACCATT
TTTTAACGCCGGAATGTGGGCGTTAGAAGAAAATTTGAAAAATGTTTTGAAGTTTGAAAT
TTTTAATTTTCATTAAGAAAGTTTTGCAAAAGAATTGGGAAAAATTCTGAAGGTTTTATG
CTACTACATTATTGTTTGTTTTTTTTTTGTTTCACAAAAAATAAAGGGTTTATTTTTTTT
TTTTATCATCTTGTGGAATATGTAAAGGTGTCCAATACCACATTGTTTGTCAAATGTGTT
AAAAAGATGTTTGGATGTTGTTTCGTTATTCCAC


BQ
10 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 5 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 5 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS68TF U 128
AF RR1DV84TF U 1
AF RR1E246TF U 1
AF RR1A263TF U 2
AF RR1A263JQ C 540
AF RR1E246JQ C 757
AF RR1GS68JQ C 667
BS 1 275 RR1DV84TF
BS 276 276 RR1E246TF
BS 277 634 RR1DV84TF
BS 635 642 RR1E246TF
BS 643 643 RR1A263TF
BS 644 703 RR1E246TF
BS 704 804 RR1A263TF
BS 805 805 RR1A263JQ
BS 806 826 RR1A263TF
BS 827 999 RR1A263JQ
BS 1000 1174 RR1GS68JQ

RD RR1GS68TF 193 0 0
G
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ATCAGAGAATAGACCAAAATGCCCTCACCATCTGGCTTGATAGAACCTCCGGAAGTGGAT
TCAAGTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGGCTACTTTGGAGC*TCCATCAAACTCCAGCCTG
GT
ACACTGCTGG

QA 2 183 2 183
DS 

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CCACTTGTTGGTGTTATTAGGATCCTCAGTGAATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTA
CTGGCCAAGCTCCAAGGTTGGGTCCTTGAACTTCTACAAAGGTTTTAAGAATCTTTGGGG
TCCTCAGCATCAGAGAATAGACCAAAATGCCCTCACCATCTGGCTTGATAGAACCTCCGG
AAGTGGATTCAAGTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGTCTACTTTGGAGCATCCATCAAACT
CCAGCCTGGTTACACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCACA
TCCAGGATTCCATGATGAGGTGGACATAGAATTCTTGGGGACAACATTTGGGAAGCCTTA
CACACTTCAGACAAATGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGGGA
GATGAAGTTTCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCGGATTTTCACCATTATGCTATTCTTTG
GAGCCCTAGAGAAATCATATTTTTGGTGGACGATATTCCTATAAGAAGATACCCAAAAAA
GAGTGCGGCTACATTTCCTCTAAGACCAATGTGG
CTT

QA 1 634 1 634
DS 

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G
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CACTTGTTGGTGTTATTAGGATCCTCAGTGAATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTAC
TGGCCAAGCTCCAAGGTTGGGTCCTTGAACTTCTACAAAGGTTTTAAGAATCTTTGGGGT
CCTCAGCATCAGAGAATAGACCAAAATGCCCTCACCATCTGGCTTGATAGAACCTCCGGA
AGTGGATTCAAGTCAATGAAGCCATTCAGATCAGGCTACTTTGGAGCATCCATCAAACTC
CAGCCTGGTTACGCTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCACAT
CCAGGATTCCATGATGAGGTGGACATAGAATTCTTGGGGACAACATTTGGGAAGCCTTAC
ACACTTCAGACAAATGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGGGAG
ATGAAGTTTCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCGGATTTTCACCATTATGCTATTCTTTGG
AGCCCTAGAGAAATCATATTTTTGGTGGACGATATTCCTATAAGAAGATACCCAAAAAAG
AGTGCGGCTACATCTCCTCTAAGACCAATGTGG*CTTTACG*TTCCATATGGGATGCTTC
TTCTTGGGCAACTGAGAATGGTAAATACAAAGCTGACTACAA
TATCACCTTT

QA 2 703 2 703
DS 

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GACACAAAAGAAGAGAACCAAAACATGGCTAACTCTCTCATCTCTCTTCTCCCAATCTTC
CACTTGTTGGTGTTATTAGGATCCTCAGTGAATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTAC
TGGCCAAGCTCCAAGGTTGGGTCCTTGAACTTCTACAAAGGTTTTAAGAATCTTTGGGGT
CCTCAGCATCAGAGAATAGACCAAAATGCCCTCACCATCTGGCTTGATAGAACCTCCGGA
AGTGGATTCAAGTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGGCTACTTTGGAGCATCCATCAAACTC
CAGCCTGGTTACACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCACAT
CCAGGATTCCATGATGAGGTGGACATAGAATTCTTGGGGGCAACATTTGGGAAGCCTTAC
ACACTTCAGACAAATGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGGGAG
ATGAAGTTTCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCGGATTTTCACCATTATGCTATTCTTTGG
AGCCCTAGAGAAATCATATTTTTGGTGGACGATATTCCTATAAGAAGATACCCAAAAAAG
AGTGCGGCTACATTTCCTCTAAGACCAATGTGGGCTTTACGGTTCCATATGGGATGCTTC
TTCTTGGGCAACTGAGAATGGTAAATACAAAGCTGACTACAAATATCAACCTTTCACTGC
CAAGTACACCAATTTTAAAGCGATTGGTTGCACCGCCTACTCACCCGCACGGTGCCATCC
ACTGTCAGCTTCACCATACCGTTCTGGCGGATTAACTCGTAAGCA
TACCA

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DS 

RD RR1A263JQ 460 0 0
GGAGCCCTAGAGAAATCATATTTTTGGTGGACGATATTCCTATAAGAAGATACCCAAAAA
AGAGTGCGGGTACATTTCCTTTAAGACCAATGTGG*CTTTACGGTTCCATATGGGATGCT
TTTTTTTGGGCAACTGAGAATGGTAAATACAAAGCTGACTACAAATATCAACCTTTCACT
GCCAAGTACACCAATTTTAAAGCGATTGGTTGCACCGCCTACTCACCCGCACGGTGCCAT
CCACTGTCAGCTTCACCATACCGTTTTGGCGGATTAACTTGTAAGCAATACCAAGCAATG
AGATGGGTGCAAACACATAATATGGTATACAATTATTGCAAAGATTATAAACGCGACCAT
TTTTTAACGCCGGAATGTGGGCGTTAGAAGAAAATTTGAAAAATGTTTTGAAGTTTGAAA
TTTTTAATTTTCATTAAGAAAGTTTTGCAAAAGAATTGGG

QA 1 460 1 460
DS 

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CCTACTCACCCGCACGGTGCCATCCACTGTCAGCTTCACCATACCGTTTTGGCGGATTAA
CTTGTAAGCAATACCAAGCAATGAGATGGGTGCAAACACATAATATGGTATACAATTATT
GCAAAGATTATAAACGCGACCATTTTTTAACGCCGGAATGTGGGGGTTAGAAGAAAATTT
GAAAAATGTTTTGAAGTTTGAAATTTTTAATTTTCATTAAGAAAGTTTTGCAAAAGAATT
GGG
AAAAA

QA 1 243 1 243
DS 

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ACACCAATTTTAAAGCGATTGGTTGCACCGCCTACTCACCCGCACGGTGCCATCCACTGT
CAGCTTCACCATACCGTTTTGGCGGATTAATTCGTAAGCAATACCAAGCAATGAGATGGG
TGCAAACACATAATATGGTATACAATTATTGCAAAGATTATAAACGCGACCATTTTCTAA
CGCCGGAATGTGGGCGTTAGAAGAAAATTTGAAAAATGTTCTGAAGTTTGAAATTTTTAA
TTTTCATTAAGAAAGTTTTGCAAAAGAATTGGGAAAAATTCTGAAGGTTTTATGCTACTA
CATTATTGTTTGTTTTTTTTTTGTTTCACAAAAAATAAAGGGTTTATTTTTTTTTTTTAT
CATCTTGTGGAATATGTAAAGGTGTCCAATACCACATTGTTTGTCAAATGTGTTAAAAAG
ATGTTTGGATGTTGTTTCGTTATTCCAC

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 7

CO CL892Contig1 1045 7 15 U
GGAAAGGCTTTCTTCTTCTCCCCCACTTCCTTCCCCTTTTTTTAGTCAGTGGAAAACTCT
TTTAAGATTTGTTTTATTTAACATAAAAAAATGCATTTGAGTTCGGTGTAGAAGCTAAAT
GAAGAGCCAATTTCCCTCAAAGAGTTCGTAAAGTTTGAATCGGAGATGGCTTTTTCTCAG
CCTCTGTCTTCTTCGTCTCTCACGATGATGAATCGGAGCATTGTAGCTAATAGCTCGGTG
ACAGCAAGTCTCTCTCTCAACAAGTCTAGAGTGTGCGTTGATTCTTTAAAGATTCAATTC
CAGAATCGCTGGAGCTTCATCGGAGGATCACGACTCGCTTTTCTCCCTAGTGTTTCGACG
AATTCATCCTCCTTTGTTCACAAGAAACCCTCCTGCGTACGAGCTTCATGGTTAGCTACT
TCTCAGATCGCAAGCAGTGTATTTGCTGTCGGAACAACCGCCGTTCTTCCTTTTTACACT
CTGATGGTTGTAGCTCCTAAAGCTGAAATTACCAAGAAGTGTATGGAGAGTAGCATACCG
TATGTCGTCTTAGGCCTATTATACGCGTATTTGTTATACCTTTCTTGGACACCTGATACG
CTCAAATACATGTTTTCCAGTAAATACTTGTTGCCAGAGTTGTCCGGAATAGCGAAAATG
TTCTCAAGTGAAATGACTCTTGCTTCTGCTTGGATCCATCTTCTTGTTATTGATCTTTTT
GCTGCTAGACAAGTTTTTAATGATGGCTTGGAGAATAAGATCGAGACTAGGCACTCGGTT
TCACTTTGCCTTCTCTTCTGTCCGGTTGGAATCGTTTCGCATGTGGTTACCAAAGCTTTA
ACCAACAGTTCTACATCCAATACCAATAACCAGTGCAAGTAAACTGATCATCTTGGTTGG
TCTCTCATCATTGTCTTTCTTAACTGCTTAATAAAAAATTTTGGTTTGAGATGGTTCATT
TTGCTTTAGCTTCGGTTAAGTTACAGTAGAACGAGTTTGTTGTGGATTTAGTTCTTGAAA
AAACCAAATAAGACCAAACAACTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E812TF U 1
AF RR1GH19TF U 105
AF RR1E336TF U 106
AF RR1H260TF U 115
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RD RR1E812TF 766 0 0
GGAAAGGCTTTCTTCTTCTCCCCCACTTCCTTCCCCTTTTTTTAGTCAGTGGAAAACTCT
TTTAAGATTTGTTTTATTTAACATAAAAAAATGCATTTGAGTTCGGTGTAGAAGCTAAAT
GAAGAGCCAATTTCCCTCAAAGAGTTCGTAAAGTTTGAATCGGAGATGGCTTTTTCTCAG
CCTCTGTCTTCTTCGTCTCTCACGATGATGAATCGGAGCATTGTAGCTAATAGCTCGGTG
ACAGCAAGTCTCTCTCTCAACAAGTCTAGAGTGTGCGTTGATTCTTTAAAGATTCAATTC
CAGAATCGCTGGAGCTTCATCGGAGGATCACGACTCGCTTTTCTCCCTAGTGTTTCGACG
AATTCATCCTCCTTTGTTCACAAGAAACCCTCCTGCGTACGAGCTTCATGGTTAGCTACT
TCTCAGATCGCAAGCAGTGTATTTGCTGTCGGAACAACCGCCGTTCTTCCTTTTTACACT
CTGATGGTTGTAGCTCCTAAAGCTGAAATTACCAAGAAGTGTATGGAGAGTAGCATACCG
TATGTCGTCTTAGGCCTATTATACGCGTATTTGTTATACCTTTCTTGGACACCTGATATG
CTCAAATACATGTTTTCCAGTAAATACTTGTTGCCAGAGTTGTCCGGAATAGCGAAAATG
TTCTCAAGTGAAATGACTCTTGCTTCTGCTTGGATCCATCTTCTTGTTATTGATCTTTTT
GCTGCTAGACAAGTTTTTAATGATGGCTTG*AGAATAAGATCGAGA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1GH19TF 684 0 0
GGG
GTAGAAGCTAAATGAAGAGCCAATTTCCCTCAAAGAGTTCGTAAAGTTTGAATCGGAGAT
GGCTTTTTCTCAGCCTCTGTCTTCTTCGTCTCTCACGATGATGAATCGGAGCATTGTAGC
TAATAGCTCGGTGACAGCAAGTCTCTCTCTCAACAAGTCTAGAGTGTGCGTTGATTCTTT
AAAGATTCAATTCCAGAATCGCTGGAGCTTCATCGGAGGATCACGACTCGCTTTTCTCCC
TAGTGTTTCGACGAATTCATCCTCCTTTGTTCACAAGAAACCCTCCTGCGTACGAGCTTC
ATGGTTAGCTATTTCTCAGATCGCAAGCAGTGTATTTGCTGTCGGAACAACCGCCGTTCT
TCCTTTTTACACTCTGATGGTTGTAGCTCCTAAAGCTGAAATTACCAAGAAGTGTATGGA
GAGTAGCATACCGTATGTCGTCTTAGGCCTATTATACGCGTATTTGTTATACCTTTCTTG
GACACCTGATACGCTCAAATACATGTTTTCCAGTAAATACTTGTTGCCAGAGTTGTCCGG
AATAGCGAAAATGTTCTCAAGTGAAATGACTCTTGCTTCTGCTTGGATCCATCTTCTTGT
TATTGATCTTTTTGCTGCTAGACAAGTTTTTAATGATGGCTTGGAGAATAAGATCGAGAC
TAG*CACTCGGTTTCACTTTG

QA 4 684 4 684
DS 

RD RR1E336TF 702 0 0
GG
GTAGAAGCTAAATGAAGAGCCAATTTCCCTCAAAGAGTTCGTAAAGTTTGAATCGGAGGT
GGCTTTTTCTCAGCCTCTGTCTTCTTCGTCTCTCACGATGATGAATCGGAGCATTGTAGC
TAATAGCTCGGTGACAGCAAGTCTCTCTCTCAACAAGTCTAGAGTGTGCGTTGATTCTTT
AAAGATTCAATTCCAGAATTGCTGGAGCTTCATCGGAGGATCACGACTCGCTTTTCTCCC
TAGTGTTTCGACGAATTCATCCTCCTTTGTTCACAAGAAACCCTCCTGCGTACGAGCTTC
ATGGTTAGCTACTTCTCAGATCGCAAGCAGTGTATTTGCTGTCGGAACAACCGCCGTTCT
TCCTTTTTACACTCTGATGGTTGTAGCTCCTAAAGCTGAAATTACCAAGAAGTGTATGGA
GAGTAGCATACCGTATGTCGTCTTAGGCCTATTATACGCGTATTTGTTATACCTTTCTTG
GACACCTGATACGCTCAAATACATGTTTTCCAGTAAACACTTGTTGCCAGAGTTGTCCGG
AATAGCGAAAATGTTCTCAAGTGAAATGACTCTTGCTTCTGCTTGGATCCATCTTCTTGT
TATTGATCTTTTTGCTGCTAGACAAGTTTTTAATGATGGCTTGGAGAATAAGATCGAGAC
TAGGCACTCGGTTTCACTTTGCCTTCTCTTCTGTCCG
TTG

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DS 

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GG
AAATGAAGAGCCAATTTCCCTCAAAGAGTTCGTAAAGTTTGAATCGGAGATGGCTTTTTC
TCAGCCTCTGTCTTCTTCGTCTCTCACGATGATGAATCGGAGCATTGTAGCTAATAGCTC
GGTGACAGCAAGTCTCTCTCTCAACAAGTCTAGAGTGTGCGTTGATTCTTTAAAGATTCA
ATTCCAGAATCGCTGGAGCTTCATCGGAGGATCACGACTCGCTTTTCTCCCTAGTGTTTC
GACGAATTCATCCTCCTTTGTTCACAAGAAACCCTCCTGCGTACGAGCTTCATGGTTAGC
TACTTCTCAGATCGCAAGCAGTGTATTTGCTGTCGGAACAACCGCCGTTCTTCCTTTTTA
CACTCTGATGGTTGTAGCTCCTAAAGCTGAAATTACCAAGAAGTGTATGGAGAGTAGCAT
ACCGTATGTCGTCTTAGGCCTATTATACGCGTATTTGTTATACCTTTCTTGGACACCTGA
TACGCTCAAATACATGTTTTCCAGTAAATACTTGTTGCCAGAGTTGTCCGGAATAGCGAA
AATGTTCTCAAGTGAAATGACTCTTGCTTCTGCTTGGATCCATCTTCTTGTTATTGATCT
TTTTGCTGCTAGACAAGTTTTTAATGATGGCTTGGAGAATAAGATCGAGACTAGGCACTC
GGTTTCACTTTGCCTTCTCTTCTGTCCGGTTGGAATCGTTTCGCATGTGGTTACCAAAGC
TTTAAC

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR1G550TF 765 0 0
TTTTTCTCAGCCTCTGTCTTCTTCGTCTCTCACGATGATGAATCGGAGCATTGTAGCTAA
TAGCTCGGTGACAGCAAGTCTCTCTCTCAACAAGTCTAGAGTGTGCGTTGATTCTTTAAA
GATTCAATTCCAGAATCGCTGGAGCTTCATCGGAGGATCACGACTCGCTTTTCTCCCTAG
TGTTTCGACGAATTCATCCTCCTTTGTTCACAAGAAACCCTCCTGCGTACGAGCTTCATG
GTTAGCTACTTCTCAGATCGCAAGCAGTGTATTTGCTGTCGGAACAACCGCCGTTCTTCC
TTTTTACACTCTGATGGTTGTAGCTCCTAAAGCTGAAATTACCAAGAAGTGTATGGAGAG
TAGCACACCGTATGTCGTCTTAGACCTATTATACGCGTATTTGTTATACCTTTCTTGGGC
ACCTGATACGCTCAAATACATGTTTTCCAGTAAATACTTGTTGCCAGAGTTGTCCGGAAT
AGCGAAAATGTTCTCAAGTGAAATGACTCTTGCTTCTGCTTGGATCCATCTTCTTGTTAT
TGATCTTTTTGCTGCTAGACAAGTTTTTAATGATGGCTTGGAGAATAAGATCGAGACTAG
GCACTCGGTTTCACTTTGCCTTCTCTTCTGTCCG*TTGGAATCGTTTCGCATGCGGTTAC
CAAAGCTTTAACCAACAGTTCTACATCCAATACCAATAACCAGTGCAAGTAAACTGATCA
TCTTGGTTGGTCTCTCATCAT*GTCTTTCTTA
CTGCTTATAAAAA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1E336JQ 716 0 0
CAGCAAGTCTCTCTCTCAACAAGTCTAGAGTGTGCGTTGATTCTTTAAAGATTCAATTCC
AGAATTGCTGGAGCTTCATCGGAGGATCACGACTCGCTTTTCTCCCTAGTGTTTCGACGA
ATTCATCCTCCTTTGTTCACAAGAAACCCTCCTGCGTACGAGCTTCATGGTTAGCTACTT
CTCAGATCGCAAGCAGTGTATTTGCTGTCGGAACAACCGCCGTTCTTCCTTTTTACACTC
TGATGGTTGTAGCTCCTAAAGCTGAAATTACCAAGAAGTGTATGGAGAGTAGCATACCGT
ATGTCGTCTTAGGCCTATTATACGCGTATTTGTTATACCTTTCTTGGACACCTGATACGC
TCAAATACATGTTTTCCAGTAAACACTTGTTGCCAGAGTTGTCCGGAATAGCGAAAATGT
TCTCAAGTGAAATGACTCTTGCTTCTGCTTGGATCCATCTTCTTGTTATTGATCTTTTTG
CTGCTAGACAAGTTTTTAATGATGGCTTGGAGAATAAGATCGAGACTAGGCACTCGGTTT
CACTTTGCCTTCTCTTCTGTCCGGTTGGAATCGTTTCGCATGTGGTTACCAAAGCTTTAA
CCAACAGTTCTACATCCAATACCAATAACCAGTGCAAGTAAACTGATCATCTTGGTTGGT
CTCTCATCATTGTCTTTCTTAACTGCTTAATAAAAAATTTTGGTTTGAGATGGT
CC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1H260JQ 451 0 0
GATACGCTCAAATACATGTTTTCCAGTAAATACTTGTTGCCAGAGTTGTCCGGAATAGCG
AAAATGTTCTCAAGTGAAATGACTCTTGCTTCTGCTTGGATCCATCTTCTTGTTATTGAT
CTTTTTGCTGCTAGACAAGTTTTTAATGATGGCTTGGAGAATAAGATCGAGACTAGGCAC
TCGGTTTCACTTTGCCTTTTCTTCTGTCCGGTTGGAATCGTTTCGCATGTGGTTACCAAA
GCTTTAACCAACAGTTCTACATCCAATACCAATAACCAGTGCAAGTAAACTGATCATCTT
GGTTGGTCTCTCATCATTGTCTTTCTTAACTGCTTAATAAAAAATTTTGGTTTGAGATGG
TTCATTTTGCTTTAGCTTCGGTTAAGTTACAGTAGAACGAGTTTGTTGTGGATTTAGTTC
TTGAAAAAACCAAATAAGACCAAACAACTTG

QA 1 451 1 451
DS 



AS 2 5

CO CL893Contig1 1017 3 9 U
GGTACAATCATCGATTTCAGTTCAAATATATGAAAAGCTTCGAACATGTCCACACAAAAC
CCCACAAGCAAACCACTTTATTTGACTCTGATACAAGTCCTTAGGAGAAATCCTTATTTG
AGATCGATCGGGGCATCACAAAACGTTTCAGGACGTACAAAAGAACACAAACTGAGAGAA
AGCACAATGCTTAATTAAGCCAAGTAATGTTTCATCCAGGAAGTGAAGCGAGACCAAGCA
AGCTCCACCGCAGCTTCATCTTCGTCAGAAAGCCCCATGCTCTTCCTTCTGCTCACCCCT
TCAGGACTCCTGTTCAAGAACGCGTGCCCGTTCCCCTCGTAAATATAAACCTCGTGCGCC
ACTCCAGACGCTTTCAGCTTCTCTTCGAGACTCTTAGCTGCCGTGACATCAGAGAAACCG
ACAAAGTTATCAAGCTCCCCAAAATGACCCTGAACAGGCGCCTTAGCTTGCCCCGGATCC
GCAAGCTCAGAGGAAGGAGTTCCGTAGAATCCAACAACAGCATCAACCTCAGGAACCAAA
ACAGAGCTAGCTATAGCCAACGCACCTCCCATACACATCCCAGTCACACCAACCTTCTTT
GATCCATTAGCTTTAAGCCAGTTAACAGAAGCACGGATATCTTTGACAGCACCTTGCCAG
TCGAGTCCGTCCATCAGATGCTGCGCCTCCGCAGTGTCAAGACCAACCTTTCCCCGATAC
AAATCGGGGATGAGAGCTTTGAAACCGGTGTCGAGGAGCTGTGAGATTTTGATGGCGTGG
TTTTTGATCTCGAAGTCAACACCCCACCATTCTTGAATCACGACGATTCCAGGCGCGTCG
TCTTTTCCGACCACATACGCATCGAATGTGGTGTCGTCTCTTTGGATTCGGATTTTCTTG
AAAGCGGAATCGGCCATTGATCTGATTGATGAGAGGTGAAACGAAGGAATCGAGGATCTA
CAGAGGGACGAAGGAGAGGAGAAGAATCTGGAAAGATGAAGATGAAACTAGTGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DL68JQ U 1
AF RR1DZ07JQ U 1
AF RR1AF19TF C 313
BS 1 102 RR1DL68JQ
BS 103 103 RR1DZ07JQ
BS 104 431 RR1DL68JQ
BS 432 432 RR1DZ07JQ
BS 433 701 RR1DL68JQ
BS 702 713 RR1DZ07JQ
BS 714 714 RR1AF19TF
BS 715 723 RR1DZ07JQ
BS 724 1017 RR1AF19TF

RD RR1DL68JQ 701 0 0
GGTACAATCATCGATTTCAGTTCAAATATATGAAAAGCTTCGAACATGTCCACACAAAAC
CCCACAAGCAAACCACTTTATTTGACTCTGATACAAGTCCTTGGGAGAAATCCTTATTTG
AGATCGATCGGGGCATCACAAAACGTTTCAGGACGTACAAAAGAACACAAACTGAGAGAA
AGCACAATGCTTAATTAAGCCAAGTAATGTTTCATCCAGGAAGTGAAGCGAGACCAAGCA
AGCTCCACCGCAGCTTCATCTTCGTCAGAAAGCCCCATGCTCTTCCTTCTGCTCACCCCT
TCAGGACTCCTGTTCAAGAACGCGTGCCCGTTCCCCTCGTAAATATAAACCTCGTGCGCC
ACTCCAGACGCTTTCAGCTTCTCTTCGAGACTCTTAGCTGCCGTGACATCAGAGAAACCG
ACAAAGTTATCGAGCTCCCCAAAATGACCCTGAACAGGCGCCTTAGCTTGCCCCGGATCC
GCAAGCTCAGAGGAAGGAGTTCCGTAGAATCCAACAACAGCATCAACCTCAGGAACCAAA
ACAGAGCTAGCTATAGCCAACGCACCTCCCATACACATCCCAGTCACACCAACCTTCTTT
GATCCATTAGCTTTAAGCCAGTTAACAGAAGCACGGATATCTTTGACAGCACCTTGCCAG
TCGAGTCCGTCCATCAGATGCTGCGCCTCCGCAGTGTCAAG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1DZ07JQ 723 0 0
GGTACAATC
ATCGATTTCAGTTCAAATATATGAAAAGCTTCGAACATGTCCACACAAAACCTCACAAGC
AAACCACTTTATTTGACTCTGATACAAGTCCTTAGGAGAAATCCTTATTTGAGATCGATC
GGGGCATCACAAAACGTTTCAGGACGTACAAAAGAACACAAACTGAGAGAAAGCACAATG
CTTAATTAAGCCAAGTAATGTTTCATCCAGGAAGTGAAGCGAGACCAAGCAAGCTCCACC
GCAGCTTCATCTTCGTCAGAAAGCCCCATGCTCTTCCTTCTGCTCACCCCTTCAGGACTC
CTGTTCAAGAACGCGTGCCCGTTCCCCTCGTAAATATAAACCTCGTGCGCCACTCCAGAC
GCTTTCAGCTTCTCTTCGAGACTCTTAGCTGCCGTGACATCAGAGAAACCGACAAAGTTA
TCAAGCTCCCCAAAATGACCCTGAACAGGCGCCTTAGCTTGCCCCGGATCCGCAAGCTCA
GAGGAAGGAGTTCCGTAGAATCCAACAACAGCATCAACCTCAGGAACCAAAACAGAGCTA
GCTATAGCCAACGCACCTCCCATACACATCCCAGTCACACCAACCTTCTTTGATCCATTA
GCTTTAAGCCAGTTAACAGAAGCACGGATATCTTTGACAGCACCTTGCCAGTCGAGTCCG
TCCATCAGATGCTGCGCCTCCGCAGTGTCAAGACCAACCTTTCCTCGATACAAA

QA 10 723 10 723
DS 

RD RR1AF19TF 705 0 0
TTCAAGAACGCGTGCCCGTTCCCCTCGTAAATATAAACCTCATGCGCCACTCCAGACGCT
TTCAGCTTCTCTTCGAGACTCTTCGCTGCCGTGACATCAGAGAAACCGACAAAGTTATCA
AGCTCCCCAAAATGAGCCTGAACAGGCGCCTTAGCTTGCCCCACATCCGCAAGCTCGGAG
GAAGGAGTACCGTAGAATCCAACAACAGCATCAACCTCCGGAACCAAAACAGAGCTAGCT
ATAGCCAACGCACCTCCCATACACATCCCAGTCACACCAACCTTCTTGGATCCATTAGCT
TTAAGCCAGTTAACAGAAGCACGGATATCTTTGACAGCACCTTGCCAGTCAAGTCCATCC
ATCAGATGCTGCGCCTCCGCAGTGTCAAGACCAACCTTTCCCCGATACAAATCGGGGATG
AGAGCTTTGAAACCGGTGTCGAGGAGCTGTGAGATTTTGATGGCGTGGTTTTTGATCTCG
AAGTCAACACCCCACCATTCTTGAATCACGACGATTCCAGGCGCGTCGTCTTTTCCGACC
ACATACGCATCGAATGTGGTGTCGTCTCTTTGGATTCGGATTTTCTTGAAAGCGGAATCG
GCCATTGATCTGATTGATGAGAGGTGAAACGAAGGAATCGAGGATCTACAGAGGGACGAA
GGAGAGGAGAAGAATCTGGAAAGATGAAGATGAAACTAGTGCTCC

QA 1 705 1 705
DS 



CO CL893Contig2 599 2 2 U
GATGGGAGGTGCGTTGGCTATAGCTAGCTCTGTTTTGGTTCCGGAGGTTGATGCTGTTGT
TAGATTCTACGGTACTCCTTCCTCCGAGCTTGCGGATGTGGGGCAAGCTAAGGCGCCTGT
TCAGGCTCATTTTGGGGAGCTTGATAACTTTGTCGGTTTCTCTGATGTCACGGCAGCGAA
GAGTCTCGAAGAGAAGCTGAAAGCGTCTGGAGTGGCGCATGAGGTTTATATTTACGAGGG
GAACGGGCACGCGTTCTTGAACAGGAGTCCTGAAGGAGTGAGCAGAAGGAAGAGCATGGG
GCTTTCTGACGAAGATGAAGCTGCGGTGGAGGTTGCTTGGTCTCGCTTCACTTCCTGGAT
GAAACATTACTTGGCTTAATTAAGCATTATGCTTTTTTCCCTCAGATTGTGTTCTTTGTA
CGTCCTGAAAACGTTTTGTGATGCCCCGATCGATCTCAAATAAGGATTTGCTCCTACGAC
TTGTGTCAGAGTCAAATAAAGTGGTTTGCTTGTGGGGTTTTGTGTGGACATGTTCGAAGC
TTTTTATATATTTGAACTGAAATCGATCACAGCGAGATAAATATTTGTTTTGGTCTCCG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1G821JQ C 1
AF RR1G821TF U 1
BS 1 1 RR1G821JQ
BS 2 599 RR1G821TF

RD RR1G821JQ 599 0 0
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GAGTCTCGAAGAGAAGCTGAAAGCGTCTGGAGTGGCGCATGAGGTTTATATTTACGAGGG
GAACGGGCACGCGTTCTTGAACAGGAGTCCTGAAGGAGTGAGCAGAAGGAAGAGCATGGG
GCTTTCTGACGAAGATGAAGCTGCGGTGGAGGTTGCTTGGTCTCGCTTCACTTCCTGGAT
GAAACATTACTTGGCTTAATTAAGCATTATGCTTTTTTCCCTCAGATTGTGTTCTTTGTA
CGTCCTGAAAACGTTTTGTGATGCCCCGATCGATCTCAAATAAGGATTTGCTCCTACGAC
TTGTGTCAGAGTCAAATAAAGTGGTTTGCTTGTGGGGTTTTGTGTGGACATGTTCGAAGC
TTTTTATATATTTGAACTGAAATCGATCACAGCGAGATAAATATTTGTTTTGGTCTCCG

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1G821TF 599 0 0
G
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AGATTCTACGGTACTCCTTCCTCCGAGCTTGCGGATGTGGGGCAAGCTAAGGCGCCTGTT
CAGGCTCATTTTGGGGAGCTTGATAACTTTGTCGGTTTCTCTGATGTCACGGCAGCGAAG
AGTCTCGAAGAGAAGCTGAAAGCGTCTGGAGTGGCGCATGAGGTTTATATTTACGAGGGG
AACGGGCACGCGTTCTTGAACAGGAGTCCTGAAGGAGTGAGCAGAAGGAAGAGCATGGGG
CTTTCTGACGAAGATGAAGCTGCGGTGGAGGTTGCTTGGTCTCGCTTCACTTCCTGGATG
AAACATTACTTGGCTTAATTAAGCATTATGCTTTTTTCCCTCAGATTGTGTTCTTTGTAC
GTCCTGAAAACGTTTTGTGATGCCCCGATCGATCTCAAATAAGGATTTGCTCCTACGACT
TGTGTCAGAGTCAAATAAAGTGGTTTGCTTGTGGGGTTTTGTGTGGACATGTTCGAAGCT
TTTTATATATTTGAACTGAAATCGATCACAGCGAGATAAATATTTGTTTTGGTCTCCG

QA 2 599 2 599
DS 



AS 2 7

CO CL894Contig1 754 4 3 U
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AGAAGGCGATCATGTCATCATTGGCCAATGCAGGCCGTTGTCAAAGACCGTGAGGTTCAA
TGTGCTGAAGGTGATCCCAGCAGGCGCATCTGCCTTTGCAAAGAAGGCATTCACTGGAAT
GTAATAGTTTTTGAAGTTATGGAGAAATTTCTTTGTTTCGTTTTTATGTTTCAGAATGTT
TTGTTTGTTGATCAATCCCTCTTGTGTGAGACTTGGTTTATCCAGACTGAATAGAAACCT
ACGTACTACTTTCGTCATCTGAAGTTACTACATTCGACTGTGTCTGTGACCTCTGTCTTT
TGGTATCGCTAGAAGAAATCAAGTACTGTGTGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1FM43JQ C 1
AF RR1FM43TF U 1
AF RR1E081TF U 21
AF RR1E081JQ C 128
BS 1 704 RR1FM43TF
BS 705 752 RR1E081TF
BS 753 754 RR1E081JQ

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TCCGTTCACTGGAACTGTTTCTGTGAGAGGACGTATCTTAGCTGGTACTTGCCACAGTGC
CAAGATGCAGAGGACCATCATTGTTCGCAGAAACTATCTCCACTTTGTCAAGAAGTATCA
AAGATACGAGAAGAGACATTCCAACATCCCTGCGCATGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAA
AGAAGGCGATCATGTCATCATTGGCCAATGCAGGCCGTTGTCAAAGACCGTGAGGTTCAA
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GTAATAGTTTTTGAAGTTATGGAGAAATTTCTTTGTTTCGTTTTTATGTTTCAGAATGTT
TTGTTTGTTGATCAATCCCTCTTGTGTGAGACTTGGTTTATCCAGACTGAATAGAAACCT
ACGTACTACTTTCGTCATCTGAAGTTACTACATTCGACTGTGTC
AG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1FM43TF 706 0 0
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AGCCATGGCGGAACAGACTGAGAAGGCATTTCTAAAGCATCCAAAGGTGTTCCTAAGCTC
GAAGAAATCAGGGAAAGGAAAGAGGCCTGGCAAAGGTGGAAACCGTTTCTGGAAGAACAT
TGGTTTGGGTTTCAAGACTCCCCGCGATGCCATTGAAGGACATTACATTGACAAGAAATG
TCCGTTCACTGGAACTGTTTCTGTGAGAGGACGTATCTTAGCTGGTACTTGCCACAGTGC
CAAGATGCAGAGGACCATCATTGTTCGCAGAAACTATCTCCACTTTGTCAAGAAGTATCA
AAGATACGAGAAGAGACATTCCAACATCCCTGCGCATGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAA
AGAAGGCGATCATGTCATCATTGGCCAATGCAGGCCGTTGTCAAAGACCGTGAGGTTCAA
TGTGCTGAAGGTGATCCCAGCAGGCGCATCTGCCTTTGCAAAGAAGGCATTCACTGGAAT
GTAATAGTTTTTGAAGTTATGGAGAAATTTCTTTGTTTCGTTTTTATGTTTCAGAATGTT
TTGTTTGTTGATCAATCCCTCTTGTGTGAGACTTGGTTTATCCAGACTGAATAGAAACCT
ACGTACTACTTTCGTCATCTGAAGTTACTACATTCGACTGTGTC
AG

QA 1 704 1 704
DS 

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GCAGAAACTATCTCCACTTTGTCAAGAAGTATCAAAGATACGAGAAGAGACATTCCAACA
TCCCTGCGCATGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAAAGAAGGCGATCATGTCATCATTGGCC
AATGCAGGCCGTTGTCAAAGACCGTGAGGTTCAATGTGCTGAAGGTGATCCCAGCAGGCG
CATCTGCCTTTGCAAAGAATGCATTCACTGGAATGTAATAGTTTTTGAAGTTATGGAGAA
ATTTCTTTGTTTCGTTTTTATGTTTCAGAATGTTTTGTTTGTTGATCAATCCCTCTTGTG
TGAGACTTGGTTTATCCAGACTGAATAGAAACCTACGTACTACTTTCGTCATCTGAAGTT
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TGTGTG

QA 7 732 7 732
DS 

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AAGGTGATCCCAGCAGGCGCATCTGCCTTTGCAAAGAATGCATTCACTGGAATGTAATAG
TTTTTGAAGTTATGGAGAAATTTCTTTGTTTCGTTTTTATGTTTCAGAATGTTTTGTTTG
TTGATCAATCCCTCTTGTGTGAGACTTGGTTTATCCAGACTGAATAGAAACCTACGTACT
ACTTTCGTCATCTGAAGTTACTACATTCGACTGTGTCTGTGACCTCTGTCTTTTGGTATC
GCTAGAAGAAATCAAGTACTGTGTGCC

QA 1 627 1 627
DS 



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AGGAAAGAGGCCTGGCAAAGGTGGAAACCGTTTCTGGAAGAACATTGGTTTGGGTTTCAA
GACTCCCCGCGATGCCATTGAAGGACATTACATTGACAAGAAATGTCCGTTCACTGGAAC
TGTTTCTGTGAGAGGACGTATCTTAGCTGGTACTTGCCACAGTGCCAAGATGCAGAGGAC
CATCATTGTTCGCAGAAACTATCTCCACTTTGTCAAGAAGTATCAAAGATACGAGAAGAG
ACATTCCAACATCCCTGCGCATGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAAAGAAGGTGATCATGT
CATCATTGGCCAATGCAGGCCGTTGTCAAAGACCGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGAT
CCCAGCCGGCGCATCTGCCTTTGCAAAGAAGGCCTTCACTGGAATGTAATAGTTTTTGAA
GTCATGGAGAGAGTTTCTTTGTTTCGTTTTTATGTTTCAGAATGTTTTGTTTGTTGATCC
CTCGTGTGTGAGACTTGGTTTATCCACAGACTGAATAGAAACCTACGTACTTCTTTCGCC


BQ
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 10 10 10 

AF RR1FS33TF U 1
AF RR1G414JQ C 12
AF RR1G414TF U 12
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BS 605 657 RR1FS33TF
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GACTCCCCGCGATGCCATTGAAGGACATTACATTGACAAGAAATGTCCGTTCACTGGAAC
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CATCATTGTTCGCAGAAACTATCTCCACTTTGTCAAGAAGTATCAAAGATACGAGAAGAG
ACATTCCAACATCCCTGCGCATGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAAAGAAGGTGATCATGT
CATCATTGGCCAATGCAGGCCGTTGTCAAAGACCGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGAT
CCCAGCCGGCGCATCTGCCTTTGCAAAGAAGGCCTTCACTGGAATGTAATAGTTTTTGAA
GTCATGGAGAGAGTTTCTTTGTTTCGTTTTTATGTTTCAGAATGTTTTGTTTGTTGATCC
CTCTTGTGTGAGACTTGGTTTATCCACAGACTGAATAGAAACCTACGTACTTCTTTC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1G414JQ 645 0 0
GG
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GGCAAAGGTGGAACCCGTTTCTGGAAGAACATTGGTTTGGGTTTCAAGACTCCCCGCGAT
GCCATTGAAGGACATTACATTGACAAGAAATGTCCGTTCACTGGAACTGTTTCTGTGAGA
GGACGTATCTTAGCTGGTACTTGCCACAGTGCCAAGATGCAGAGGACCATCATTGTTCGC
AGAAACTATCTCCACTTTGTCAAGAAGTATCAAAGATACGAGAAGAGACATTCCAACATC
CCTGCGCATGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAAAGAAGGTGATCATGTCATCATTGGCCAA
TGCAGGCCGTTGTCAAAGACCGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATCCCAGCCGGCGCA
TCTGCCTTTGCAAAGAAGGCCTTCACTGGAATGTAATAGTTTTTGAAGTCATGGAGAGAG
TTTCTTTGTTTCGTTTTTATGTTTCAGAATGTTTTGTTTGTTGATCCCTCGTGTGTGAGA
CTTGGTTTATCCACAGACTGAATAGAAACCTACGTACTTCTTT

QA 3 645 3 645
DS 

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GG
GGAGAGCAGCAGGAGCAGGAGGAGCAACTAGTAGCCATGGCGGAACAGACTGAGAAGGCA
TTTCTAAAGCAGCCAAAGGTGTTCCTAAGCTCGAAGAAATCAGGGAAAGGAAAGAGGCCT
GGCAAAGGTGGAAACCGTTTCTGGAAGAACATTGGTTTGGGTTTCAAGACTCCCCGCGAT
GCCATTGAAGGACATTACATTGACAAGAAATGTCCGTTCACTGGAACTGTTTCTGTGAGA
GGACGTATCTTAGCTGGTACTTGCCACAGTGCCAAGATGCAGAGGACCATCATTGTTCGC
AGAAACTATCTCCACTTTGTCAAGAAGTATCAAAGATACGAGAAGAGACATTCCAACATC
CCTGCGCATGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAAAGAAGGTGATCATGTCATCATTGGCCAA
TGCAGGCCGTTGTCAAAGACCGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATCCCAGCCGGCGCA
TCTGCCTTTGCAAAGAAGGCCTTCACTGGAATGTAATAGTTTTTGAAGTCATGGAGAGAG
TTTCTTTGTTTCGTTTTTATGTTTCAGAATGTTTTGTTTGTTGATCCCTCGTGTGTGAGA
CTTGGTTTATCCACAGACTGAATAGAAACCTACGTACTTCTTTCGCC

QA 3 649 3 649
DS 



AS 2 6

CO CL895Contig1 1013 2 2 U
TACTTAAACTGCTTGTACAAAATTAACATGCTATAAATCCTTATGTTTATTACAACACAA
GTAAAAAAAACAAAAGCTCTCGTCTTCCACAAAAAGTCCAGCAATCCCTAACTCCGGCCC
GATTTAATCCGGTGCCGGAGGAATCCCTCCTTCTCACTTATCTGTTTTTCATTTTGCTCT
GTGAATCTCCGTCTTGTTCATTGGCCGAGATGCTCGTTTATTCTGGGTTAGGGAGACTCA
TCTGAAGCCTTGTCTCAAGACTGACGGTGGCGAATCTCGACGAGATCTGGAGTGACAGCG
AGGCTGACTTGACAGCGGTGGTGCACAGAGTCGGCTTTTAGGGTTATGGAAAAACCAGAT
CTGTTTTCCCCTTTTTAGATCTCTGGTGTATCCGGTGTGGCGACAGCGCGTGAGTTGAAA
AGACGCCTCCTTTCACATGGATCTAGGAACTTACAAGGCGGTGAGATGTGCGGAGAAAAG
ATTTGAAGGCAAGGGGAAAGAGTATGGTCTCCCAATTCTCAGGCTCCACACGAACCGTAG
GCTTCGCCGATTAGGTGGAAACAGAAGAGTTGACGTAGCGGCAGTTCGTGGAGACAGTTC
TAGACCCCAGCAACAAAAAATTATTAAGGACTTCGCTTTTCGGACAACTTGAATTTGTTT
TTACTTTTACTCACGTCTGTCTGTCAAGGCCCGACTTTCATTACGGATCTATGTGTCCGA
TTTTTGGCTGAGGGTCGCAACTCTGAACACTAAGATGATGACTCTACCTCGAGGATGCAC
CGTTTGGTGAAGAAACTGCTGGCTCGTGTACTTACTTGTCGATCTTATGGAGCAGTAGAT
TAGCTTAATATTGTACTCGGGAGTAGTTGTGTTAATCTCTTGCGTTAGTAAGTGTTTGTC
GTACCGTTGGGTCGAATGTAGGGGTTATAGATTTTTGTTGGCTTAGGAGCAAAGCATTCG
GACTAGTGGTGTTGTGTCCAAGCAAGATATGCACCGTTAGGTGAAGAGACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CF52TF U 1
AF RR1CF52JQ C 372
BS 1 619 RR1CF52TF
BS 620 1013 RR1CF52JQ

RD RR1CF52TF 619 0 0
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GTAAAAAAAACAAAAGCTCTCGTCTTCCACAAAAAGTCCAGCAATCCCTAACTCCGGCCC
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AGGCTGACTTGACAGCGGTGGTGCACAGAGTCGGCTTTTAGGGTTATGGAAAAACCAGAT
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TAGACCCCAGCAACAAAAA

QA 1 619 1 619
DS 

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AGGGGAAAGAGTATGGTCTCCCAATTCTCAGGCTCCACACGAACCGTAGGCTTCGCCGAT
TAGGTGGAAACAGAAGAGTTGACGTAGCGGCAGTTCGTGGAGACAGTTCTAGACCCCAGC
AACAAAAAATTATTAAGGACTTCGCTTTTCGGACAACTTGAATTTGTTTTTACTTTTACT
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TCGAATGTAGGGGTTATAGATTTTTGTTGGCTTAGGAGCAAAGCATTCGGACTAGTGGTG
TTGTGTCCAAGCAAGATATGCACCGTTAGGTGAAGAGACATT

QA 1 642 1 642
DS 



CO CL895Contig2 1307 4 7 U
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TCCCTAACTCCGGCCCGGTTTAATCCGGTGCCGGAGGAATCCCTCCTTCTCCTTTATCTG
TTTTTCCTTTTGCTCTGTGAATCTCCGTCTTGTTCATTGGCCGAGATGCTCGTTTATTCT
GGGTTAAGGAGACTCATCTGAAGCCTTGTCTCAAGACTGACGGTGGCGAATCTCGACGAG
ATCTGGAGTGACGGCGAGGCTGACTTGACAGCGGTGGTGCACAGAGTCGGCTTTTAGGGT
TATGGAGAAACCAGATCTGTTTTTCCCTTTTTAGATCTCTGGTGTATCCGGTGTGGCGAC
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GATGTGGGGAGAAAAGATTTGAAGGCAAGTGGAAAGAGTATGGTCTCCCAATTCTCGGGC
TCCACACGAACCGTAGGCTTCGCCGATTAGGTGGAAACGGAAGAGTTGACATAGCGGCAG
TTCGTGGCGACAGTTCTAGACCCCAGCAACAAAAAAATAAAAATATTTCAACGAGGGTAA
GGACTTCGCTTCTCGGAAAACTTGAATTTGTTTTTACTTTGACTCACGTCTGTCTGTCAA
GGCCCGAATTTCATTACGGATCTATGTGTCCGATCTTTGGCTGAGGGTCGCAACTCTGAA
CACTAAGATGATGGCTCTACCTCGAGGATGCACCGTTTGGTGAAGAAACTGCTGGCTCAT
GTACTTACTTGTCGATCTTATGGAGCAGTAGATTAGCTTAATACTGTACTCGGGAGTAGT
TATGTTAATCTCTTGCGTTAGTAAGTGTTGGTCGTACCGTTGGGTCGAATGTAGGGGTTA
TAGATTTTTGTTGGCTTAGGAGCAAAGCATTCGGACTAATGGTGCTGTGTCCAAGCAAGA
TATGCACCGTTAGGTGAAGAGACATTGGTCTGGTGCAGCATTCGAATCTTTGGGAGACTA
ATGCCAAGCGTCAATAAGATATTTTGGTCAGTGATGAACACTGTCAGCCACATTGTCTTT
GTTTCCTGTGGTCCAAGTAGTGGTTAAGAACCAGCTCTTACCGGGTCGTGGGAAGAGTGT
TGTGTTCACTGGGTCAGAATTGCGACAAAGGTTTCAGATTGGTAGTGTAGGATCCAAGTA
GTGATTCTAGATGATACTAATTTCTTTGTTGCAAGTGTGGTTGAACACTAGTGTGGTGTA
AAATCATGTGTACCCTTCTTTGGTTAATGAAAAGTTGAAGTTGAGTC


BQ
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AAGTTGAG
CT

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DS 



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TATATACACACTCACTCTGCAAAAACTTTTACAAAAACTCGGAAGAAGAAGACTCCCCAA
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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BS 303 303 RR1DQ67JQ
BS 304 440 RR1EW47JQ
BS 441 441 RR1DQ67JQ
BS 442 459 RR1EW47JQ
BS 460 651 RR1DQ67JQ
BS 652 719 RR1FB05JQ
BS 720 781 RR1FB05TF
BS 782 782 RR1EW47TF
BS 783 819 RR1FB05TF
BS 820 820 RR1EW47TF
BS 821 913 RR1FB05TF
BS 914 922 RR1DQ67TF

RD RR1EW47JQ 459 0 0
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TTGTTCTGTGGCATACATGATCTCTGAATGTCTAACGGACTTGAGAATAGTAAGCATATT
TATATACACACTCACTCTGCAAAAACTTTTACAAAAACTCGGAAGAAGAAGACTCCCCAA
CGATACAAAGGTTTACACTTGACAAGTTTAGTTGCAGAGCAATGTGTCCCGTGTGGCATT
CCCAGTGGTGGCATTAACCCCATCGGCGATTTTGCAAAGGTATTCTCGTTGATCATCTCT
TAAAGGAACATCAGTGAAATCAGCGCCTGTAATGTTTGAACCCTTGAATGATGTGTTTCC
GGTAGCAGTTGCTCCTTCCAAGTTAGCGTTAGTTAAATTCACCTTTGTTACGTTAGCCAA
GGAGAAATCTGCACCTCGGAAATCAGTTTCGGATAAATC

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1DQ67JQ 617 0 0
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ACGGACTTGAGAATAGTAAGCATATTTATATACACACTCACTCTGCAAAAACTTTTACAA
AAACTCGGAAGAAGAAGACTCCCCAACGATACAAAGGTTTACACTTGACAAGTTCAGTTG
CAGAGCAATGTGTCCCGTGTGGCATTCCCAGTGGTGGCATTAACCCCATCGGCGATTTTG
CAAAGGTATTCTCGTTGATCATCTCTTAGAGGAACATCAGTGAAATCAGCGCCTGTAATG
TTTGAACCCTTGAATGATGTGTTTCCGGTAGCAGTTGCTCCTTCCAAGTTAGCGTTAGTT
AAATTCACCTTTGTTACGTTAGCCAAGGAGAAATCTGCACCTCAGAGATCAGTTTCGGAT
AAATCAGCACCTGTTAAGTCTGCATCAAAAAAGCTAGCACCTAACAACTTAGCACCCTTG
AAATTGGCTTGCCTTAGGATTGACGTCTTGAAGTCCTGTCTGATCAGAGTCTGGCCACTA
AAATCCTTGCCGGATAAGTCCTGTCCCCTGGTGACTCCTTGTCCATAGGGACCTCCACCC
TTAAAAGCAAGAGCAGG

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1FB05JQ 685 0 0
AACCATCATGTTTGGGGTTTTTTATATTGTTCTGTAGCATACATGATCTCTGAATGTCTA
ACGGACTTGAGAATAGTAAGCATATTTATATACACACTCACTCTGCAAAAACTTTTACAA
AAACTCGGAAGAAGAAGACTCCCCAACGATACAAAGGTTTACACTTGACAAGTTCAGTTG
CAGAGCAATGTGTCCCGTGTGGCATTCCCAGTGGTGGCATTAACCCCATCGGCGATTTTG
CAAAGGTATTC**GTTGATCATCTCTTAGAGGAACATCAGTGAAATCAGCGCCTGTAATG
TTTGAACCCTTGAATGATGTGTTTCCGGTAGCAGTTGCTCCTTCCAAGTTAGCGTTAGTT
AAATTCACCTTTGTTACGTTAGCCAAGGAGAAATCTGCACCTCGGAGATCAGTTTCGGAT
AAATCAGCACCTGTTAAGTCTGCATCAAAAAAGCTAGCACCTAACAACTTAGCACCCTTG
AAATTGGCTTGCCTTAGGATTGACGTCTTGAAGTCCTGTCTGATCAGAGTCTGGCCACTA
AAATCCTTGCCGGATAAGTCCTGTCCCCTGGTGACTCCTTGTCCATAGGGACCTCCACCC
TTAAAAGCAAGAGCAGGATCAACAAAGAAGAGAGAAGCAGAGACAAGTGCAAGTAAACTT
CTCTTTGAAACCTCTTCTCCTAATG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1FB05TF 775 0 0
AACTTTACAAAACTCGAAG
AGAAGACTCCCCAACGATACAAAG*TTTACACT*GACAAGT*CAGT*GCAGAGCAATGTG
TCCCGTGTGGCATTCCCAGTGGTGGCATTAACCCCATCGGCGATTTTGCAAAGGTATTC*
*GTTGATCATCTCTTAGAGGAACATCAGTGAAATCAGCGCCTGTAATGTTTGAACCCTTG
AATGATGTGTTTCCGGTAGCAGTTGCTCCTTCCAAGTTAGCGTTAGTTAAATTCACCTTT
GTTACGTTAGCCAAGGAGAAATCTGCACCTCGGAGATCAGTTTCGGATAAATCAGCACCT
GTTAAGTCTGCATCAAAAAAGCTAGCACCTAACAACTTAGCACCCTTGAAATTGGCTTGC
CTTAGGATTGACGTCTTGAAGTCCTGTCTGATCAGAGTCTGGCCACTAAAATCCTTGCCG
GATAAGTCCTGTCCCCTGGTGACTCCTTGTCCATAGGGACCTCCACCCTTAAAAGCAAGA
GCAGGATCAACAAAGAAGAGAGAAGCAGAGACAAGTGCAAGTAAACTTCTCTTTGAAACC
TCTTCTCCTAATGACCAAACCAACGGACTGACCACTCCTTTCCCTTCCTG***TGAGCAG
CGAATGAGACGACAGCGAGAACGAGAATAAAGAGACTTAGAGAGAGACGGTTT*AGAGAG
ATGTTGCTGCAGGAAAACGAGACGTTGCTGAGAATTGCCATTTGTTCGTCTTCTCCACGA
GATCAAATGTTTCAGTGCCAAACCAAA
CAGAGTTCC

QA 20 766 20 766
DS 

RD RR1EW47TF 752 0 0
GACTCCCCAACGATACAAAGGTTTACACTTGACAAGTTTAGTTGCAGAGCAATGTGTCCC
GTGTGGCATTCCCAGTGGTGGCATTAACCCCATCGGCGATTTTGCAAAGGTATTCTCGTT
GATCATCTCTTAGAGGAACATCAGTGAAATCAGCGCCTGTAATGTTTGAACCCTTGAATG
ATGTGTTTCCGGTAGCAGTTGCTCCTTCCAAGTTAGCGTTAGTTAAATTCACCTTTGTTA
CGTTAGCCAAGGAGAAATCTGCACCTCGGAGATCAGTTTCGGATAAATCAGCACCTGTTA
AGTCTGCATCAAAAAAGCTAGCACCTAACAACTTAGCACCCTTGAAATTGGCTTGCCTTA
GGATTGACGTCTTGAAGTCCTGTCTGATCAGAGTCTGGCCACTAAAATCCTTGCCGGATA
AGTCCTGTCCCCTGGTGACTCCTTGTCCATAGGGACCTCCACCCTTAAAAGCAAGAGCAG
GATCAACAAAGAAGAGAGAAGCAGAGACAAGTGCAGGTAAACTTCTCTTTGAAACCTCTT
CTCCTAATGACCAAACCAACGGACTGACCACTCCTTTCCCTTCCTG***TGAGCAGCGAA
TGAGACGACAGTGAGAACGAGAATAAAGAGACTTAGAGAGAGACGGTTTTAGAGAGATGT
TGCTGCAGGAAAACGAGACGTTGCTGAGAATTGCCATTTGTTCGTCTTCTCCACGAGATC
AAATGTTTCAGTGCCAAACCAAA
CAGAGTTCC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1DQ67TF 516 0 0
GTTACGTTAGCCAAGGAGAAATCTGCACCTCAGAGATCAGTTTCGGATAAATCAGCACCT
GTTAAGTCTGCATCAAAAAAGCTAGCACCTAACAACTTAGCACCCTTGAAATTGGCTTGC
CTTAGGATTGACGTCTTGAAGTCCTGTCTGATCAGAGTCTGGCCACTAAAATCCTTGCCG
GATAAGTCCTGTCCCCTGGTGACTCCTTGTCCATAGGGACCTCCACCCTTAAAAGCAAGA
GCAGGATCAACAAAGAAGAGAGAAGCAGAGACAAGTGCAAGTAAACTTCTCTTTGAAACC
TCTTCTCCTAATGACCAAACCAACGGACTGACCACTCCTTTCCCTTCCTGCTGTGAGCAG
CGAATGAGACGACAGTGAGAACGAGAATAAAGAGACTTAGAGAGA**CGGTTTTAGAGAG
ATGTTGCTGCAGGAAAACGAGACGTTGCTGAGAATTGCCATTTGTTCGTCTTCTCCACGA
GATCAAATGTTTCAGTGCCAAACCAAACAGAGTTCC

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 7

CO CL897Contig1 1760 7 30 U
GGAAGAAAAAATAGATTCTCAGCAGATATTGCAGGGTTTTGTTCGTTTTGGTCGAAAACC
ATGAAGAAAGTTTGTTTCTTGACGATCCTTGCCTGCTTAAACGCAGCGTCGTTTCTAGTG
ACTGCTGATCCACAAACGTGTCCGGCGGATTTGGGAGGGAAGTGCAGTGATTCTGATGAT
TGGCAAGGAGAGTTCTTCCCTGAGATCCCTCAGATTAAGTATGAGGGACCTTCTAGCAAG
AACCCACTTGCTTACAGGTGGTATAACGCTGAAGAGGAGATTCTTGGCAAAAAAATGAAG
GATTGGTTTAGATTCAGTGTTGCGTTTTGGCATACGTTCCGTGGGACTGGAGGTGACCCA
TTTGGTGCTGCTACAAAGTATTGGCCCTGGGAAGATGGTACTAACTCTGTCTCTATGGCC
AAGAGAAGAATGAGAGCCAACTTTGAGTTCTTGAAGAAACTTGGAGTTGATTGGTGGTGT
TTCCATGACAGAGACATCGCCCCTGATGGCAACACACTTGAGGAATCCAACAAAAATTTG
GATGAAGTTATCGAACTCGCCAAAGAACTCCAAAAGGGAAGCAAGATCAGACCATTATGG
GGAACAGCTCAGCTATTCTTGCATCCTCGTTACATGCATGGAGGAGCAACCAGCTCTGAG
GTTGGAGTCTATGCTTACGCCGCCGCTCAGTGAAGAAAGCCATGGAAGTGACACATTACC
TGGGAGGTGAAAACTATGTTTTCTGGGGTGGTCGTGAAAGGTTATCAGACACTCTTGAAC
ACTGATATGGAAAGAGAGCTTGATCATATGGGCCAGGTTCTTTGAAGCTGCTGTTGCTTA
CAAGAAGAAGATTGGATTCAACGGAACGCTTTTAATCGAGCCGAAGCCTCAAGAACCAAC
CAAGCACCAGTATGACTGGGATGCTGCAACAGCTGACAACTTCCTGAGGAAATACGGACT
TATCAACGAGTTTAAACTCAACATTGAGTGTAACCACGCAACGCTTTCTGGTCACACCTG
CCATCACGAGCTTGAAACTGCAAGAATTAACGGTTTACTTGGTAACATTGATGCAAACAC
TGGCGATGCTCAAACTGGATGGGATACAGATCAGTTTCTTACAGATGTTGGAGAAGCAAC
AATGGTTATGATGAGTGTCATCAAAAACGGTGGGATTGCTCCAGGAGGCTTCAACTTCGA
CGCTAAACTGCGAAGAGAGAGTACAGATGTTGAAGACTTGTTCATTGCTCATATTAGTGG
AATGGACACAGTCGCTCGTGGACTGAGAAATGCAGCCAAGATCTTGGAGGATGGACGTCT
AAGTGAATTGGTAGGAAAGAGATACTCAAGCTGGAACTCTGAACTTGGGAAGCAAATAGA
AGAAGGCAAAGCTGATTTTGAGTATCTTGAGAAGAAGGCTAAAGAGTTTGGAGAACCAAA
GGTTCCTTCTGCTAAACAGGAACTCGCTGAGATGATCTTCCAGTCGGCGATGTAATTGTG
GTTGAAGTAGAAACTCTCTCT*TTGTCTTGGAGAAGTTTGAAAAATAAAGGACTAAAACG
ATGATTAGAGATGTTGGTTTTAATTAGTTTCAGCTTATGTATTATGCTTTCACACTCCTA
CCGTCCTACGTCTTGCCTCAGATAGTCAAATTGAATAAGGAAAACTTTTTGGGCCTTACT
TGTATTCAACGTAGGTTTCAGTGCCAAAGCCCAAACCCTTGTCAGGTCCATCTTTATCTA
TATCCTTGTGTTGTGTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1EW46TF U 48
AF RR1AB16TF U 1
AF RR1AB16JQ C 733
AF RR1B984JQ C 1080
AF RR1B984TF U 1080
AF RR1EW46JQ C 980
AF RR1FF56TF U 1035
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BS 83 91 RR1AB16TF
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BS 93 101 RR1AB16TF
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BS 103 110 RR1AB16TF
BS 111 111 RR1EW46TF
BS 112 311 RR1AB16TF
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BS 313 449 RR1AB16TF
BS 450 450 RR1EW46TF
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BS 460 527 RR1AB16TF
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BS 1691 1756 RR1FF56TF
BS 1757 1760 RR1EW46JQ

RD RR1EW46TF 640 0 0
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GTCGTTTCTAGTGGCTGCTGATCCACAAACGTGTCCTGCGGATTTGGGAGGGAAGTGCAG
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ACCTTCTAGCAAGAACCCACTTGCTTACAGGTGGTATAACGCTGAAGAGGAGATTCTTGG
CAAGAAAATGAAGGATTGGTTTAGATTCAGTGTTGCGTTTTGGCATACGTTCCGTGGGAC
TGGAGGTGACCCATTTGGTGCTGCTACAAAGTATTGGCCCTGGGAAGATGGTACTAACTC
TGTCTCTATGGCCAAGAGAAGAATGAGAGCCAACTTTGAGTTCTTGAAGAAACTTGGAGT
TGATTGGTGGTGTTTCCATGATAGAGACATTGCCCCTGATGGCAACACACTTGAGGAATC
CAACAAAAATTTGGATGAAGTTATCGAACTCGCCAAAGAACTCCAAAAGGGAAGCAAGAT
CAGACCATTATGGGGAACAGCTCAGTTATTCTTGCATCCTCGTTACATGCATGGAGGAGC
AACCAGCTCTGAGGTTGGAGTCTATGCTTACGCCGCCGCT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1AB16TF 834 0 0
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ATGAAGAAAGTTTGTTTCTTGGCGATCCTTGTCTGCTTAAATGCAGCGTCTTTTCTAGTG
ACTGCTGATCCACAAACGTGTCCGGCGGATTTGGGAGGGAAGTGCAGTGATTCTGATGAT
TGGCAAGGAGAGTTCTTCCCTGAGATCCCTCAGATTAAGTATGAGGGACCTTCTAGCAAG
AACCCACTTGCTTACAGGTGGTATAACGCTGAAGAGGAGATTCTTGGCAAAAAAATGAAG
GATTGGTTTAGGTTCAGTGTTGCGTTTTGGCATACGTTCCGTGGGACTGGAGGTGACCCA
TTTGGTGCTGCTACAAAGTATTGGCCCTGGGAAGATGGTACTAACTCTGTCTCTATGGCC
AAGAGAAGAATGAGAGCCAACTTTGAGTTTTTGAAGAAGCTTGGAGTTGATTGGTGGTGT
TTCCATGACAGAGACATCGCCCCTGATGGCAACACACTTGAGGAATCTAACAAAAATTTG
GATGAAGTTATCGAACTCGCCAAAGAACTCCAAAAGGGAAGCAAGATCAGACCATTGTGG
GGAACAGCTCAGCTTTTCTTGCATCCTCGTTACATGCATGGAGGAGCAACCAGCTCTGAG
GTTGGAGTCTATGCTTACGCCGCCGCTCAGTGAAGAAAGCCATGGAAGTGACACATTACC
TGGGAGGTGAAAACTATGTTTTCTGGGGTGGTCGTGAAAGGTTATCAGACACTCTTGAAC
ACTGATATGGAAAGAGAGCTTGATCATATGGGCCAGGTTCTTTGAAGCTGCTGT

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR1AB16JQ 943 0 0
ACTATGTTTTCTGGGGTGGTCGTGAA*GGTTATCAGACACTCTTGAACACTGATATGGAA
AGAGAGCTTGATCATATGG*CCAGGTTCTTTGAAGCTGCTGTTGCTTACAAGAAGAAGAT
TGGATTCAACGGAACGCTTTTAATCGAGCCGAAGCCTCAAGAACCAACCAAGCACCAGTA
TGACTGGGATGCTGCAACAGCTGACAACTTCCTGAGGAAATACGGACTTATCAACGAGTT
TAAACTCAACATTGAGTGTAACCACGCAACGCTTTCTGGTCACACCTGCCATCACGAGCT
TGAAACTGCAAGAATTAACGGTTTGCTTGGTAACATTGATGCAAACACTGGCGATGCTCA
AACTGGATGGGATACAGATCAGTTTCTTACAGATGTTGGA**AGCAACAATGGTTATGAT
GAGTGTCATCAAAAACGGTGGAATTGCTCCAGGAGGCTTCAACTTCGACGCTAAACTGCG
AAGAGAGAGTACAGATGTTGAAGACTTGTTCATTGCTCATATTAGTGGAATGGACACAGT
CGCTCGTGGACTGAGAAATGCAGCCAAGATCTTGGAGGATGGACGTCTAAGTGAATTGGT
AGGAAAGAGATACTCAAGCTGGAACTCTGAACTTGGGAAGCAAATAGAAGAAGGCAAAGC
TGATTTTGAGTATCTTGAGAAGAAGGCTAAAGAGTTTGGAGAACCAAAGGTTCCTTCTGC
TAAACAGGAACTCGCTGAGATGATCTTCCAGTCGGCGATGTAATTGTGGTTGAAGTAGAA
ACTCTCTCT*TTGTCTTGGAGAAGTTTGAAAAATAAAGGACTAAAACGATGATTAGAGAT
GTTGGTTTTAATTAGTTTCAGCTTATGTATTATGCTTTCACACTCCTACCGTCCTACGTC
TTGCCTCAGATAGTCAAATTGAATAAGGAAAACTTTTTGGGCC

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DS 

RD RR1B984JQ 597 0 0
G
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AATGGTTATGATGAGTGTCATCAAAAACGGTGGGATTGCTCCAGGAGGCTTCAACTTCGA
CGCTAAACTGCGAAGAGAGAGTACAGATGTTGAAGACTTGTTCATTGCTCATATTAGTGG
AATGGACACAGTCGCTCGTGGACTGAGAAATGCAGCCAAGATCTTGGAGGATGGACGTCT
AAGTGAATTGGTAGGAAAGAGATACTCAAGCTGGAACTCTGAACTTGGGAAGCAAATAGA
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GGTTCCTTCTGCTAAACAGGAACTCGCTGAGATGATCTTCCAGTCGGCGATGTAATTGTG
GTTGAAGTAGAAACTCTCTCT*TTGTCTTGGAGAAGTTTGAAAAATAAAGGACTAAAACG
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CCGTCCTACGTCTTGCCTCAGATAGTCAAATTGAATAAGGAAAACTTTTTGGGCCT

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DS 

RD RR1B984TF 597 0 0
G
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AATGGTTATGATGAGTGTCATCAAAAACGGTGGGATTGCTCCAGGAGGCTTCAACTTCGA
CGCTAAACTGCGAAGAGAGAGTACAGATGTTGAAGACTTGTTCATTGCTCATATTAGTGG
AATGGACACAGTCGCTCGTGGACTGAGAAATGCAGCCAAGATCTTGGAGGATGGACGTCT
AAGTGAATTGGTAGGAAAGAGATACTCAAGCTGGAACTCTGAACTTGGGAAGCAAATAGA
AGAAGGCAAAGCTGATTTTGAGTATCTTGAGAAGAAGGCTAAAGAGTTTGGAGAACCAAA
GGTTCCTTCTGCTAAACAGGAACTCGCTGAGATGATCTTCCAGTCGGCGATGTAATTGTG
GTTGAAGTAGAAACTCTCTCT*TTGTCTTGGAGAAGTTTGAAAAATAAAGGACTAAAACG
ATGATTAGAGATGTTGGTTTTAATTAGTTTCAGCTTATGTATTATGCTTTCACACTCCTA
CCGTCCTACGTCTTGCCTCAGATAGTCAAATTGAATAAGGAAAACTTTTTGGGCCT

QA 2 597 2 597
DS 

RD RR1EW46JQ 781 0 0
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GTAAGAATTAACGGTTTACTTGGTAACATTGATGCAAACACTGGCGATGCTCAAACTGGA
TGGGATACAGATCAGTTTCTTACAGATGTTGGAGAAGCAACCATGGTTATGATGAGTGTC
ATCAAAAACGGTGGGATTGCTCCAAGAGGCTTCAACTTCGACGCCAAACTGCGAAGAGAG
AGTACAGATGTTGAAGACTTGTTCATTGCTCATATTAGTGGAATGGACACAGTCGCTCGT
GGACTGAGAAATGCAGCCAAGATCTTGGAGGATGGACGTCTAAGTGAATTGGTAGGAAAG
AGATACTCAAGCTGGAACTCTGAACTTGGGGGGCAAATAGAAGAAGGCAAAGCTGATTTT
GAGTATCTTGAGAAGAAGGCTAAAGAGTTTGGAGAACCAAAGGTTCCTTCTGCTAAACAG
GAACTCGCTGAGATGATCTTCCAGTCGGCGATGTAATGGTGGTTGAAGTAGAAACTTTCT
CTCTTGTCTTGGAGAAGTTTGAGAAATAAAGGACTAAAACGATGATTAGAGATGTTGGTT
TTAATTAGTTTCAGCTTATGTATTATGCTTTCACACTCCTACCGTCCTACGTCTTGCCTC
AAATAGTCAAATTGAATAAGAAAAACTATTTGGGCCTTACTTGTATTCAACGTAGGTTTC
AGTGCCAAAGCCCAAACCCTTGTCAGGTCCATCTTTATCTATATCCTTGTGTTGTGTGAT
C

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DS 

RD RR1FF56TF 722 0 0
G
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TGGATGGGATACAGATCAGTTTCTTACAGATGTTGGAGAAGCAACCATGGTTATGATGAG
TGTCATCAAAAACGGTGGGATTGCTCCAGGAGGCTTCAACTTCGACGCCAAACTGCGAAG
AGAGAGTACAGATGTTGAAGACTTGTTCATTGCTCATATTAGTGGAATGGACACAGTCGC
TCGTGGACTGAGAAATGCAGCCAAGATCTTGGAGGATGGACGTCTAAGTGAATTGGTAGG
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TTTTGAGTATCTTGAGAAGAAGGCTAAAGAGTTTGGAGAACCAAAGGTTCCTTCTGCTAA
ACAGGAACTCGCTGAGATGATCTTCCAGTCGGCGATGTAATGGTGGTTGAAGTAGAAACT
TTCTCTCTTGTCTTGGAGAAGTTTGAGAAATAAAGGACTAAAACGATGATTAGAGATGTT
GGTTTTAATTAGTTTCAGCTTATGTATTATGCTTTCACACTCCTACCGTCCTACGTCTTG
CCTCAAATAGTCAAATTGAATAAGAAAAACTATTTGGGCCTTACTTGTATTCAATGTAGG
TTTCAGTGCCAAAGCCCAAACCCTTGTCAGGTCCATCTTTATCTATATCCTTGTGTTGTG
T

QA 2 722 2 722
DS 



AS 1 7

CO CL898Contig1 1389 7 3 U
GAATAATTAGGACATGATAAAATAAAATAAGAAGTGCTCTCATTGCATACAAAAACACAT
TTTAATGTTACAGAAGAAGATAAATAGTTTCAGAAAGAAGAAACAAGAGAGAGAGAAGCT
AGAAAGTTGCATGAACAAGTGATAAACTTGGAAAATAAGGAACAGCTTAGCCATAGTAAC
CAGGATAATAGAGATGATAAACAGTTGAGTCAGGATCAAGATCAAAGTCAACAAGGCTTC
CTTCATAGGTAAGCGAGAGGACGACCTTGTTCTCAACCCTTGAAATGGCCAAAGGAGTGA
GAGGCAGTGAAGTGATACGACCAAACCAACAGGAAGTAGAATTCAAGTCAACTGAAAAGA
TTCTCTCCCACTTGTCGCCGCATTCTTCAACCCTCCACCAAAACTCTTGCTTACAATCGC
TCTTGAGCTCAGAAATGCACAGATGGCCGTCAAGATTGCATAGACCA*TTTTGTCACTAT
AGGCATTAGGGGAAATAAAAGGTGGTGTTGAGGTGACTCGAAACATCTCTGTATGAATAT
CGAAAACTATGAGCTTGGTTTGTGTTGATGGATCTCCTCGTTCGTCACCCGTAAGCCAGT
ATAAAGATCCGTTAGCAAACGATGGCATCTCTTTAGACAAGATTTGGTGATGATCAAGAG
GTCGGGTAGTCACAAATCTCCATCTCCATTCCTCAAAATCAAAAACCTCGCATCTGGTCT
TCTTCTTCTTGTTCAAAGTGGCAGGATATATATTATAGAGCCACACTATCTTATATCGTC
CTGTGACGTTGTCTTTCCCAAATCCGAACCTAGTATATAATACGAATGGCACTGGAACAG
GATTTCGATCATCTTCATCAATCACGTCCTCTATCTCCACCTCCAGATCTGGGTCTGGAT
GGTATTTATGGACCTGCTGAAATTTCGCCAAGGGGAGTGGTGGTACCAATGTTTTTGTGG
CCATATTTACCACTCTCACTGCATCCGTCAAGCTGTAAAAGCAGACAAGGCCATCGCAGC
ATTCGGAGATCGCAATAGCACCATTAATCTCTTCAATTTTCAAATAGAAGCTCTCTTCAA
CAGAAGCCGTCTCCAAGTCCCTTTGCTCAAAACGGATATGATTCTGACCATAAGAGACAA
ACATGAGTTTAGGATCTTTGCTGCTTCTCTGATGACTCATGTGTCTTGCCCCAAAATCTC
TTGACCTAATCACCGATTCCCAATGCTTTGAAACGGTTTGGAACCTCGCAATCGATCTCA
CCGGAAGCCTCATCACGATTTCTTCCATCACATCATCGGGGATCTCAATCTTCCACTCTC
TTCTTCCTTTTCTTCTTCGTTTGGTTTCTCTGACGATTCTCTGATAATTCTCCATCGACG
CCAACATCC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA48JQ U 1
AF RR1EU41JQ U 1
AF RR1DA48TF C 1
AF RR1EU41TF C 1
AF RR1BT42JQ U 195
AF RR1BV16JQ U 24
AF RR1BV16TF C 648
BS 1 631 RR1DA48JQ
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BS 741 1389 RR1BV16TF

RD RR1DA48JQ 631 0 0
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AGAAAGTTGCATGAACAAGTGATAAACTTGGAAAATAAGGAACAGCTTAGCCATAGTAAC
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TCTTGAGCTCAGAAATGCACAGATGGCCGTCAAGATTGCATAGACCA*TTTTGTCACTAT
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CGAAAACTATGAGCTTGGTTTGTGTTGATGGATCTCCTCGTTCGTCACCCGTAAGCCAGT
ATAAAGATCCGTTAGCAAACGATGGCATCTC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1EU41JQ 631 0 0
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TTTAATGTTACAGAAGAAGATAAATAGTTTCAGAAAGAAGAAACAAGAGAGAGAGAAGCT
AGAAAGTTGCATGAACAAGTGATAAACTTGGAAAATAAGGAACAGCTTAGCCATAGTAAC
CAGGATAATAGAGATGATAAACAGTTGAGTCAGGATCAAGATCAAAGTCAACAAGGCTTC
CTTCATAGGTAAGCGAGAGGACGACCTTGTTCTCAACCCTTGAAATGGCCAAAGGAGTGA
GAGGCAGTGAAGTGATACGACCAAACCAACAGGAAGTAGAATTCAAGTCAACTGAAAAGA
TTCTCTCCCACTTGTCGCCGCATTCTTCAACCCTCCACCAAAACTCTTGCTTACAATCGC
TCTTGAGCTCAGAAATGCACAGATGGCCGTCAAGATTGCATAGACCA*TTTTGTCACTAT
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CGAAAACTATGAGCTTGGTTTGTGTTGATGGATCTCCTCGTTCGTCACCCGTAAGCCAGT
ATAAAGATCCGTTAGCAAACGATGGCATCTC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1DA48TF 631 0 0
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AGAAAGTTGCATGAACAAGTGATAAACTTGGAAAATAAGGAACAGCTTAGCCATAGTAAC
CAGGATAATAGAGATGATAAACAGTTGAGTCAGGATCAAGATCAAAGTCAACAAGGCTTC
CTTCATAGGTAAGCGAGAGGACGACCTTGTTCTCAACCCTTGAAATGGCCAAAGGAGTGA
GAGGCAGTGAAGTGATACGACCAAACCAACAGGAAGTAGAATTCAAGTCAACTGAAAAGA
TTCTCTCCCACTTGTCGCCGCATTCTTCAACCCTCCACCAAAACTCTTGCTTACAATCGC
TCTTGAGCTCAGAAATGCACAGATGGCCGTCAAGATTGCATAGACCA*TTTTGTCACTAT
AGGCATTAGGGGAAATAAAAGGTGGTGTTGAGGTGACTCGAAACATCTCTGTATGAATAT
CGAAAACTATGAGCTTGGTTTGTGTTGATGGATCTCCTCGTTCGTCACCCGTAAGCCAGT
ATAAAGATCCGTTAGCAAACGATGGCATCTC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1EU41TF 631 0 0
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TTTAATGTTACAGAAGAAGATAAATAGTTTCAGAAAGAAGAAACAAGAGAGAGAGAAGCT
AGAAAGTTGCATGAACAAGTGATAAACTTGGAAAATAAGGAACAGCTTAGCCATAGTAAC
CAGGATAATAGAGATGATAAACAGTTGAGTCAGGATCAAGATCAAAGTCAACAAGGCTTC
CTTCATAGGTAAGCGAGAGGACGACCTTGTTCTCAACCCTTGAAATGGCCAAAGGAGTGA
GAGGCAGTGAAGTGATACGACCAAACCAACAGGAAGTAGAATTCAAGTCAACTGAAAAGA
TTCTCTCCCACTTGTCGCCGCATTCTTCAACCCTCCACCAAAACTCTTGCTTACAATCGC
TCTTGAGCTCAGAAATGCACAGATGGCCGTCAAGATTGCATAGACCA*TTTTGTCACTAT
AGGCATTAGGGGAAATAAAAGGTGGTGTTGAGGTGACTCGAAACATCTCTGTATGAATAT
CGAAAACTATGAGCTTGGTTTGTGTTGATGGATCTCCTCGTTCGTCACCCGTAAGCCAGT
ATAAAGATCCGTTAGCAAACGATGGCATCTC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1BT42JQ 438 0 0
TGATAAACAGTTGAGTCAGGATCAAGATCAAAGTCAACAAGGCTTCCTTCATAGGTAAGC
GAGAGGACGACCTTGTTCTCAACCCTTGAAATGGCCAAAGGAGTGAGAGGCAGTGAAGTG
ATACGACCAAACCAACAGGAAGTAAAATTCAAGTCAACTGAAAAGATTCTCTCCCACTTG
TCGCCCCATTCTTCAACCCTCCACCAAAACTCTTGCTTACAATCGCTCTTGAGCTCAAAA
ATGCACAAATGGCCGTCAAGATTGCATAAACCAATTTTGTCACTATAGGCATTAGGGGAA
ATAAAAGGGGGTGTTGAGGTGACTCGAAACATCTCTGTATGAATATCGAAAACTATGAGC
TTGGTTTGTGTTGATGGATCTCCTCGTTCGTCACCCGTAAGCCAGTATAAAGATCCGTTA
GCAAACGATGGCATCT
GT

QA 1 436 1 436
DS 

RD RR1BV16JQ 717 0 0
AAAATAAGAAGTGCTCTCATTGCATACAAAAACACATTTTAATGTTACAGAAGAAGATAA
ATAGTTTCAGAAAGAAGAAAAAAGAGAGAGAGAAGCTAGAAAGTTGCATGAACAAGTGAT
AAACTTGGAAAATAAGGAACAGCTAAGCCATAGTAACCAGGATAATAGAGATGATAAACA
GTTGAGTCAGGATCAAGATCAAAGTCAACAAGGCTTCCTTCATAGGTAAGCGAGAGGACG
ACCTTGTTCTCAACCCTTGAAATGGCCAAAGGAGTGAGAGGCAGTGAAGCGATACGACCA
AACCAACAGGAAGTAGAATTCAAGTCAACTGAAAAGATTCTCTCCCACTTGTCGCCGCAT
TCTTCAACCCTCCACCAAAACTCTTGCTTACAATCGCTCTTGAGCTCAAAAATGCACAGA
TGGCCGTCAAGATTGCATAGACCAATTTTGTCACTATAGGCATTAGGGGAAATAAAAGGT
GGTGTTGAGGTGACTCGAAACATCTCTGTATGAATATCGAAAACTATGAGCTTGGTTTGT
GTTGATGGATCTCCTCGTTCGTCACCCGTAAGCCAGTATAAAGATCCGTTAGCAAACGAT
GGCATCTGTTTAGACAAGATTTGGTGATGATCAAGAGGTCGGGTAGTCACAAATCTCCAT
CTCCATTCCTCAAAATCAAAAACCTCGCATCTGGTCTTCTTCTTCTTGTTCAAAGTG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1BV16TF 742 0 0
TGATGATCAAGAGGTCGGGTAGTCACAAATCTCCATCTCCAT*CCTCAAAATCAAAAACC
TCGCATCTGGTCTTCTTCTTCTTGTTCAAAGTGGCAGGATATATATTATAGAGCCACACT
ATCTTATATCGTCCTGTGACGTTGTCTTTCCCAAATCCGAACCTAGTATATAATACGAAT
GGCACTGGAACAGGATTTCGATCATCTTCATCAATCACGTCCTCTATCTCCACCTCCAGA
TCTGGGTCTGGATGGTATTTATGGACCTGCTGAAATTTCGCCAAGGGGAGTGGTGGTACC
AATGTTTTTGTGGCCATATTTACCACTCTCACTGCATCCGTCAAGCTGTAAAAGCAGACA
AGGCCATCGCAGCATTCGGAGATCGCAATAGCACCATTAATCTCTTCAATTTTCAAATAG
AAGCTCTCTTCAACAGAAGCCGTCTCCAAGTCCCTTTGCTCAAAACGGATATGATTCTGA
CCATAAGAGACAAACATGAGTTTAGGATCTTTGCTGCTTCTCTGATGACTCATGTGTCTT
GCCCCAAAATCTCTTGACCTAATCACCGATTCCCAATGCTTTGAAACGGTTTGGAACCTC
GCAATCGATCTCACCGGAAGCCTCATCACGATTTCTTCCATCACATCATCGGGGATCTCA
ATCTTCCACTCTCTTCTTCCTTTTCTTCTTCGTTTGGTTTCTCTGACGATTCTCTGATAA
TTCTCCATCGACGCCAACATCC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 6

CO CL899Contig1 743 6 4 U
TTTTTCAAGAAAACAAGATACAGTAGCGCTCTCTTCTCACTACAGCTTTGATCATATGGA
TGATCCAAAGGAGAACAAGAACTCGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGACTGGGA
TCAGAAAGGAGGAACCATTCCTGACTACTCAATGGATTTCACAAAGATCAGAGAGATGAG
GAAACAGAACAAGAGAGATCCTTCTCGAGCCAGTCTTGGCAACGAAGAAGACCTCATTAA
CCCTTTTCATAACCAACCTACTTCAGTTGGTAATACTAAGCCTAAACTCACGACTGTTCA
TAGCGACAACAACAGAACCAACACTGAATTCTCTCACCACCAGCCACTTTCTCCATCTAC
GAGGAGAGGAATCTTCAGCTGCTTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTAATTATCTTTTATAAT
AGAGACGATGAGGAATCTCCATGAGGTGTTCTTCGGATGTTTCGATTATTTATAATAATG
AAGACAGAAATGAAATGAGAAATGGTAGAGTGTGACACCATTACACTTATATTTTTCTGC
GGAAGCAGTAAAGTGTTAATCAAGTTCGTCTGCTGTTTACTGTTATCTTCTAATGTCTAA
CTATGTTTTTGGTATTAATTTGAAGTGTAGTTTTAACTTTTAAGTCTCTCCTTTCTATTT
TGTTGTAATTTTCCTTTTGTTTGGAGATTGATAAGTTTTCAGTATTGTGTAATGCAGAGT
AGACTAGTGTCTGCTTATCCAAA


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 10 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB54TF U 1
AF RR1CG47JQ C 16
AF RR1BE85JQ C 6
AF RR1BE85TF U 6
AF RR1DB54JQ C 6
AF RR1CG47TF U 16
BS 1 571 RR1DB54TF
BS 572 572 RR1BE85TF
BS 573 709 RR1DB54TF
BS 710 743 RR1CG47TF

RD RR1DB54TF 714 0 0
TTTTTCAAGAAAACAAGATACAGTAGCGCTCTCTTCTCACTACAGCTTTGATCATATGGA
TGATCCAAAGGAGAACAAGAACTCGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGACTGGGA
TCAGAAAGGAGGAACCATTCCTGACTACTCAATGGATTTCACAAAGATCAGAGAGATGAG
GAAACAGAACAAGAGAGATCCTTCTCGAGCCAGTCTTGGCAACGAAGAAGACCTCATTAA
CCCTTTTCATAACCAACCTACTTCAGTTGGTAATACTAAGCCTAAACTCACGACTGTTCA
TAGCGACAACAACAGAACCAACACTGAATTCTCTCACCACCAGCCACTTTCTCCATCTAC
GAGGAGAGGAATCTTCAGCTGCTTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTAATTATCTTTTATAAT
AGAGACGATGAGGAATCTCCATGAGGTGTTCTTCGGATGTTTCGATTATTTATAATAATG
AAGACAGAAATGAAATGAGAAATGGTAGAGTGTGACACCATTACACTTATATTTTTCTGC
GGAAGCAGTAAAGTGTTAATCAAGTTCGTCTACTGTTTACTGTTATCTTCTAATGTCTAA
CTATGTTTTTGGTATTAATTTGAAGTGTAGTTTTAACTTTTAAGTCTCTCCTTTCTATTT
TGTTGTAATTTTCCTTTTGTTTGGAGATTGATAAGTTTTCAGTATTGTG
CAAAA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CG47JQ 685 0 0
TACAACT
GTAGCGCTCTCTTCTCACTACAGCTTTGATCATATGGATGATCCAAAGGAGAACAAGAGC
TCGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGACTGGGATCAGAAAGGAGGAACCATTCCT
GACTACTCAATGGATTTCACAAAGATCAGAGAGATGAGGAAACAGAACAAGAGAGATCCT
TCTCGAGCCAGTCTTGGCAACGAAGAAGACCTCATTAACCCTTTTCATAACCAACCTACT
TCAGTTGGTAATACTAAGCCTAAACTCACGACTGTTCACAGCGACAACAACAGAACCAAC
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TTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTGAATATCTTTTATAATAGAGACGATGAGGAATCTCCAT
GAGGTGTTCTTCAGATGTTTCGATTATTTATAATAATGAAGACAGAAATGGAATGAGAAA
TGGTAGAGTGTGACACCATTACACTTGTATTTTTCTGCGGAAGCAGTAAAGTTTTAATCA
AGTTCGTCTGCTGTTTACTGTTATCTTCTAATGTCTAACTATGTTTTTGGTATTAGTTTG
AAGTGTAGTTTTAA*******GTCTCCCCTTTTTATGTTGTTGTAATTTTCGTTTTGTTT
GGAGATTGATAAGTTTTC

QA 8 685 8 685
DS 

RD RR1BE85JQ 697 0 0
CAAGAAAACAAGATACAGTAGCTCTCTCTTCTCACTACAGCTTTGATCATATGGATGATC
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TTCATAACCAACCTACTTCAGTTGGTAATACTAAGCCTAAACTCACGACTGTTCATAGCG
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CGATGAGGAATCTCCATGAGGTGTTCTTCGGATGTTTCGATTATTTATAATAATGAAGAC
AGAAATGAAATGAGAAATGGTAGAGTGTGACACCATTACACTTATATTTTTCTGCGGAAG
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TTTTTGGTATTAATTTGAAGTGTAGTTTTAACTTTTAAGTCTCTCCTTTCTATTTTGTTG
TAATTTTCCTTTTGTTTGGAGATTGATAAGTTTTCAG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1BE85TF 696 0 0
CAAGAAAACAAGATACAGTAGCTCTCTCTTCTCACTACAGCTTTGATCATATGGATGATC
CAAAGGAGAACAAGAACTCGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGACTGGGATCAGA
AAGGAGGAACCATTCCTGACTACTCAATGGACTTCACAAAGATCAGAGAGATGAGGAAAC
AGAACAAGAGAGATCCTTCTCGAGCCAGTCTTGGCAACGAAGAAGACCTCATTAACCCTT
TTCATAACCAACCTACTTCAGTTGGTAATACTAAGCCTAAACTCACGACTGTTCATAGCG
ACAACAACAGAACCAACACTGAATTCTCTCACCACCAGCCACTTTCTCCATCTACGAGGA
GAGGAATCTTCAGCTGCTTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTAATTATCTTTTATAATAGAGA
CGATGAGGAATCTCCATGAGGTGTTCTTCGGATGTTTCGATTATTTATAATAATGAAGAC
AGAAATGAAATGAGAAATGGTAGAGTGTGACACCATTACACTTATATTTTTCTGCGGAAG
CAGTAAAGTGTTAATCAAGTTCGTCTGCTGTTTACTGTTATCTTCTAATGTCTAACTATG
TTTTTGGTATTAATTTGAAGTGTAGTTTTAACTTTTAAGTCTCTCCTTTCTATTTTGTTG
TAATTTTCCTTTTGTTTGGAGATTGATAAGTTTTCA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1DB54JQ 705 0 0
CAAGAAAACAAGATACAGTAGCGCTCTCTTCTCACTACAGCTTTGATCATATGGATGATC
CAAAGGAGAACAAGAACTCGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGACTGGGATCAGA
AAGGAGGAACCATTCCTGACTACTCAATGGATTTCACAAAGATCAGAGAGATGAGGAAAC
AGAACAAGAGAGATCCTTCTCGAGCCAGTCTTGGCAACGAAGAAGACCTCATTAACCCTT
TTCATAACCAACCTACTTCAGTTGGTAATACTAAGCCTAAACTCACGACTGTTCATAGCG
ACAACAACAGAACCAACACTGAATTCTCTCACCACCAGCCACTTTCTCCATCTACGAGGA
GAGGAATCTTCAGCTGCTTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTAATTATCTTTTATAATAGAGA
CGATGAGGAATCTCCATGAGGTGTTCTTCGGATGTTTCGATTATTTATAATAATGAAGAC
AGAAATGAAATGAGAAATGGTAGAGTGTGACACCATTACACTTATATTTTTCTGCGGAAG
CAGTAAAGTGTTAATCAAGTTCGTCTACTGTTTACTGTTATCTTCTAATGTCTAACTATG
TTTTTGGTATTAATTTGAAGTGTAGTTTTAACTTTTAAGTCTCTCCTTTCTATTTTGTTG
TAATTTTCCTTTTGTTTGGAGATTGATAAGTTTTCAGTATTGTG
C

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1CG47TF 728 0 0
TACAACT
GTAGCGCTCTCTTCTCACTACAGCTTTGATCATATGGATGATCCAAAGGAGAACAAGAGC
TCGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGACTGGGATCAGAAAGGAGGAACCATTCCT
GACTACTCAATGGATTTCACAAAGATCAGAGAGATGAGGAAACAGAACAAGAGAGATCCT
TCTCGAGCCAGTCTTGGCAACGAAGAAGACCTCATTAACCCTTTTCATAACCAACCTACT
TCAGTTGGTAATACTAAGCCTAAACTCACGACTGTTCACAGCGACAACAACAGAACCAAC
ACTGAATTCTCTCACCACCAGCCACTTTCTCCATCTACGAGGAGAGGAATCTTCAGCTGC
TTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTGAATATCTTTTATAATAGAGACGATGAGGAATCTCCAT
GAGGTGTTCTTCAGATGTTTCGATTATTTATAATAATGAAGACAGAAATGGAATGAGAAA
TGGTAGAGTGTGACACCATTACACTTGTATTTTTCTGCGGAAGCAGTAAAGTTTTAATCA
AGTTCGTCTGCTGTTTACTGTTATCTTCTAATGTCTAACTATGTTTTTGGTATTAGTTTG
AAGTGTAGTTTTAA*******GTCTCGCCTTTTTATGTTGTTGTAATTTTCGTTTTGTTT
GGAGATTGATAAGTTTTCAGCATTGTGTAATGCAGAGTAGACTAGTGTCTGCTTATCCAA
A

QA 8 728 8 728
DS 



AS 2 7

CO CL900Contig1 759 3 2 U
GCAAAGCTAATGAATCAAAACGAGAGACTATCATCTGAGCTAGCAACAACACAGAGGAGC
TCAGTCTCACAACGCAGCAACTAAACAGGATAGTTCCATAAACCCAATCAAGAAAAAAAC
CCAAACAAAACATTAATCATCACAACTTAAAATAGTTTCTTATTACGAAAAATTAAAAAA
AAAAACAGTAATCAATCATAACTAACAGATCAGATCATCAGTTAGTCTTGGGATCAGGCA
TGGGGAACAAACCACCAGCACCAGCAGCACCACGCGGCGGAAAAAACCCTAGAAACTTCT
GAAGATTCGTCCTTATAATAATCGAACACAGCAAATACAAAAACGCCATCGAACAATCCG
TCGCATCCTCCCCTTTCAATCCCCTATGACTCATCTTCTTCACGATCGCGATCGGGTGGA
ACGGGAGCTTCGCCACGACTCTCCCTTCGAAGAGCGAGTTCAGAAGCCCGAAGACAACGA
ATAGCACGAGCGCCACCACGGCTCCCGATTTGAACTTGAATAAGGACAGATCTCGGCTCG
ACTCCTTCAGGCTCGTCTCGACGCGGTCGATCTTCTTCGTCTTCGATTTCTTGATCGTTA
GCTTGGAGGAAGGGTTCTCGGTCTTCATCGTCTCGAGCTTCTTGGCGGCGCGGTCGATGG
AGTGTTTGAGGGACTTGTAGGAGCTCGTGCGGTAGATTAGGATCCAGGAGATGGTTTCGC
AGACCAGGGCGGTGCAGAAGGAGATGACGACGACGGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX23JQ U 12
AF RR1CP79JQ U 1
AF RR1CP79TF C 14
BS 1 698 RR1CP79JQ
BS 699 759 RR1CP79TF

RD RR1GX23JQ 378 0 0
GG
ATCAAAACGAGAGACTATCATCTGAGCTAGCAACAACACAGAGGAGCTCAGTCTCACAAC
GCAGCAACTAAACAGGATAGTTCCATAAACCCAATCAAGAAAAAAACCCAAACAAAACAT
TAATCATCACAACTTAAAATAGTTTCTTATTACGAAAAATTAAAAAAAAAA*CAGTAATC
AATCATAACTAACAGATCAGATCATCAGTTAGTCTTGGGATCAGGCATGGGGAACAAACC
ACCAGCACCAGCAGCACCACGCGGCGGAAAAAACCCTAGAAACTTCTGAAGATTCGTCCT
TATACTAATCGAACACAGCAAATACAAAAACGCCATCGAACAATCCGTCGCATCCTCCCC
TTTCAATCCCCTATGA

QA 3 378 3 378
DS 

RD RR1CP79JQ 698 0 0
GCAAAGCTAATGAATCAAAACGAGAGACTATCATCTGAGCTAGCAACAACACAGAGGAGC
TCAGTCTCACAACGCAGCAACTAAACAGGATAGTTCCATAAACCCAATCAAGAAAAAAAC
CCAAACAAAACATTAATCATCACAACTTAAAATAGTTTCTTATTACGAAAAATTAAAAAA
AAAAACAGTAATCAATCATAACTAACAGATCAGATCATCAGTTAGTCTTGGGATCAGGCA
TGGGGAACAAACCACCAGCACCAGCAGCACCACGCGGCGGAAAAAACCCTAGAAACTTCT
GAAGATTCGTCCTTATAATAATCGAACACAGCAAATACAAAAACGCCATCGAACAATCCG
TCGCATCCTCCCCTTTCAATCCCCTATGACTCATCTTCTTCACGATCGCGATCGGGTGGA
ACGGGAGCTTCGCCACGACTCTCCCTTCGAAGAGCGAGTTCAGAAGCCCGAAGACAACGA
ATAGCACGAGCGCCACCACGGCTCCCGATTTGAACTTGAATAAGGACAGATCTCGGCTCG
ACTCCTTCAGGCTCGTCTCGACGCGGTCGATCTTCTTCGTCTTCGATTTCTTGATCGTTA
GCTTGGAGGAAGGGTTCTCGGTCTTCATCGTCTCGAGCTTCTTGGCGGCGCGGTCGATGG
AGTGTTTGAGGGACTTGTAGGAGCTCGTGCGGTAGATT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CP79TF 746 0 0
ATCAAAACGAGAGACTATCATCTGAGCTAGCAACAACACAGAGGAGCTCAGTCTCACAAC
GCAGCAACTAAACAGGATAGTTCCATAAACCCAATCAAGAAAAAA*CCCAAACAAAACAT
TAATCATCACAACTTAAAATAGTTTCTTATTACGAAAAATTAAAAAAAAAAACAGTAATC
AATCATAACTAACAGATCAGATCATCAGTTAGTCTTGGGATCAGGCATGGGGAACAAACC
ACCAGCACCAGCAGCACCACGCGGCGGAGAAAACCCTAGAAACTTCTGAAGATTCGTCCT
TATAATAATCGAACACAGCAAATACAAAAACGCCATCGAACAATCCGTCGCATCCTCCCC
TTTCAATCCCCTATGACTCATCTTCTTCACGATCGCGATCGGGTGGAACGGGAGCTTCGC
CACGACTCTCCCTTCGAAGAGCGAGTTCAGAAGCCCGAAGACAACGAATAGCACGAGCGC
CACCACGGCTCCCGATTTGAACTTGAATAAGGACAGATCTCGGCTCGACTCCTTCAGGCT
CGTCTCGACGCGGTCGATCTTCTTCGTCTTCGATTTCTTGATCGTTAGCTTGGAGGAAGG
GTTCTCGGTCTTCATCGTCTCGAGCTTCTTGGCGGCGCGGTCGATGGAGTGTTTGAGGGA
CTTGTAGGAGCTCGTGCGGTAGATTAGGATCCAGGAGATGGTTTCGCAGACCAGGGCGGT
GCAGAAGGAGATGACGACGACGGTTC

QA 1 746 1 746
DS 



CO CL900Contig2 911 4 12 U
GGGAGCGATAGAATCCATACTCTTCCTCCAGAAACCAAAGGGAAGTTGAATCTTAATGGC
GACTACGATCCCACTCTTCGCTTCCTTCAAGTATGCAGACAGCCTAACCGTCGTCGGCAT
CTCCTTCTGCACCGCCCTGGTCTGCGAAGCCATCTCCTGGATCCTAATCTACCGCACGAG
CTCCTACAAATCCCTCAAATACTCAATCGACAAAGCCGCCAAGAAGCTCGAGACGATGAA
GACCGAGAACCCTTCCTCCAAGCTGACGATCAAGAAATCGAAAACCAAGAAGATCGACCG
CGTCGAGACGAGCCTGAAGGAGTCGAGCCGAGATCTGTCCTTATTCAAGTTCAAATCTGG
CGCCGTGGTGGCGCTCGTGCTATTCGTCGTCTTCGGGCTGCTGAACTCGCTCTTCGAAGG
GAGAGTCGTGGCGAAGCTCCCGTTCCACCCGATCGCGATCGTGAAGAAGATGAGTCATAG
GGGGTTGAAAGGGAAGGATGCGACGGATTGCTCGATGGCGTTTTTGTATTTGCTGTGTTC
GATTAGTATAAGGACGAATCTTCAGAAGTTTCTAGGGTTTTCTCCGCCGCGTGGTGCTGC
TGGTGCTGGTAGTTTGTTCCCCATGCCTGACCCCAAGACTAACTGATGATCTGATCTGTT
AGTTATGATTGATTACTGTTTTTTTTTTTAATTTTTCGTAATAAGAAAATATTTTAAGTT
GTGATGATTATGTTTTTGTTTGGGTTTTTTTCTTGATTGGATTTATGGAACTATCCTGTT
TAGTTGCTGCGTTGTGAGACTGAGCTCCTCTGTGTTGTTGCTAGCTCAGCCGATAGTCTC
TCGTTTTGATTCATTAGCTTTGCAACTTCTTCGGATAATGCCTTTGAGCTCAGCTGCTGA
TGCGAGACTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX32TF U 1
AF RR1GX23TF U 3
AF RR1BW78TF U 6
AF RR1BW78JQ C 131
BS 1 493 RR1FX32TF
BS 494 494 RR1BW78TF
BS 495 558 RR1FX32TF
BS 559 610 RR1GX23TF
BS 611 611 RR1BW78TF
BS 612 630 RR1GX23TF
BS 631 631 RR1BW78TF
BS 632 685 RR1GX23TF
BS 686 688 RR1BW78TF
BS 689 689 RR1BW78JQ
BS 690 816 RR1BW78TF
BS 817 911 RR1BW78JQ

RD RR1FX32TF 564 0 0
GGGAGCGATAGAATCCATACTCTTCCTCCAGAAACCAAAGGGAAGTTGAATCTTAATGGC
GACTACGATCCCACTCTTCGCTTCCTTCAAGTATGCAGACAGCCTAACCGTCGTCGGCAT
CTCCTTCTGCACCGCCCTGGTCTGCGAAGCCATCTCCTGGATCCTAATCTACCGCACGAG
CTCCTACAAATCCCTCAAATACTCAATCGACAAAGCCGCCAAGAAGCTCGAGACGATGAA
GACCGAGAACCCTTCCTCCAAGCTGACGATCAAGAAATCGAAAACCAAGAAGATCGACCG
CGTCGAGACGAGCCTGAAGGAGTCGAGCCGAGATCTGTCCTTATTCAAGTTCAAATCTGG
CGCCGTGGTGGCGCTCGTGCTATTCGTCGTCTTCGGGCTGCTGAACTCGCTCTTCGAAGG
GAGAGTCGTGGCGAAGCTCCCGTTCCACCCGATCGCGATCGTGAAGAAGATGAGTCATAG
GGGGTTGAAAGGGGAGGATGCGACGGATTGCTCGATGGCGTTTTTGTATTTGCTGTGTTC
GATTAGTATAAGGACGAA
ATCTTC

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1GX23TF 683 0 0
GAGC
GATAGAATCCATACTCTTCCTCCAGAAACCAAAGGGAAGTTGAATCTTAATGGCGACTAC
GATCCCACTCTTCGCCTCCTTCAAGTACGCAGACAGCCTAACCGTCGTCGGCATCTCCTT
CTGCACCGCCCTGGTCTGCGAAGCCATCTCCTGGATCCTAATCTACCGCACGAGCTCCTA
CAAGTCCCTCAAACGCTCCATCGACCGCGCCGCCAAGAAGCTCGAGACGATGAAGACCGA
GAACCCTTCCTCCAAGCTAACGATCAAGAAATCGAAGACGAATAAGATCGACCGCGTCGA
GACGAGCCTGAAGGGGTCGAGCCGAGATCTGTCCTTATTCAAGTTCAAATCGGGAGCCGT
GGTGGCGCTCGTGCTATTCGTTGTCTTCGGGCTTCTGAACTCGCTCTTCGAAGGGAGAGT
CGTGGCGAAGCTCCCGTTCCACCCGATCGCGATCGTGAAGAAGATGAGTCATAGGGGATT
GAAAGGGGAGGATGCGACGGATTGTTCGATGGCGTTTTTGTATTTGCTGTGTTCGATTAG
TATAAGGACGAATCTTCAGAAGTTTCTAGGGTTTTCTCCGCCGCGTGGTGCTGCTGGTGC
TGGTGGTTTGTTCCCCATGCCTGATCCCAAGACTAACTGATGATCTGATCTGTTAGTTAT
GATTGATTACTGTTTTTTT

QA 5 683 5 683
DS 

RD RR1BW78TF 817 0 0
G
GATAGAATCCATACTCTTCCTCCAGAAACCAAAGGGAAGTTGAATCTTAATGGCGACTAC
GATCCCACTCTTCGCTTCCTTCAAGTATGCAGACAGCCTAACCGTCGTCGGCATCTCCTT
CTGCACCGCCCTGGTCTGCGAAGCCATCTCCTGGATCCTAATCTACCGCACGAGCTCCTA
CAAATCCCTCAAATACTCAATCGACAAAGCCGCCAAGAAGCTCGAGACGATGAAGACCGA
GAACCCTTCCTCCAAGCTGACGATCAAGAAATCGAAAACCAAGAAGATCGACCGCGTCGA
GACGAGCCTGAAGGAGTCGAGCCGAGATCTGTCCTTATTCAAGTTCAAATCTGGCGCCGT
GGTGGCGCTCGTGCTATTCGTCGTCTTCGGGCTGCTGAACTCGCTCTTCGAAGGGAGAGT
CGTGGCGAAGCTCCCGTTCCACCCGATCGCGATCGTGAAGAAGATGAGTCATAGGGGGTT
GAAAGGGAAGGATGCGACGGATTGCTCGATGGCGTTTTTGTATTTGCTGTGTTCGATTAG
TATAAGGACGAATCTTCAGAAGTTTCTAGGGTTTTCTCCGCCGCGTGGTGCTGCTGGTGC
TGGTAGTTTGTTCCCCATGCCTGACCCCAAGACTAACTGATGATCTGATCTGTTAGTTAT
GATTGATTACTGTTTTTTTTTT*AATTTTTCGTAATAAGAAAATATTTTAAGTTGTGATG
ATTATGTTTTTGTTTGGGTTTTTTTCTTGATTGGATTTATGGAACTATCCTGTTTAGTTG
CTGCGTTGTGAGACTGAGCTCCTCTGTGTT
TTGCTA

QA 2 811 2 811
DS 

RD RR1BW78JQ 781 0 0
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TCCCTCAAATACTCAATCGACAAAGCCGCCAAGAAGCTCGAGACGATGAAGACCGAGAAC
CCTTCCTCCAAGCTGACGATCAAGAAATCGAAAACCAAGAAGATCGACCGCGTCGAGACG
AGCCTGAAGGAGTCGAGCCGAGATCTGTCCTTATTCAAGTTCAAATCTGGCGCCGTGGTG
GCGCTCGTGCTATTCGTCGTTTTCGGGCTGCTGAACTCGCTCTTCGAAGGGAGAGTCGTG
GCGAAGCTCCCGTTCCACCCGATCGCGATCGTGAAGAAGATGAGTCATAGGGGGTTGAAA
GGGAAGGATGCGACGGATTGCTCGATGGCGTTTTTGTATTTGCTGTGTTCGATTAGTATA
AGGACGAATCTTCAGAAGTTTCTAGGGTTTTTTCCGCCGCGTGGTGCTGCTGGTGCTGGT
AGTTTGTTCCCCATGCCTGACCCCAAGACTAACTGATGATCTGATCTGTTAGTTATGATT
GATTACTGTTTTTTTTTTTAATTTTTCGTAATAAGAAAATATTTTAAGTTGTGATGATTA
TGTTTTTGTTTGGGTTTTTTTCTTGATTGGATTTATGGAACTATCCTGTTTAGTTGCTGC
GTTGTGAGACTGAGCTCCTCTGTGTTGTTGCTAGCTCAGCCGATAGTCTCTCGTTTTGAT
TCATTAGCTTTGCAACTTCTTCGGATAATGCCTTTGAGCTCAGCTGCTGATGCGAGACTT
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 7

CO CL901Contig1 720 7 7 U
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TTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTAAATCAATTATGCAAAAAACAATAAGACCATCCGAGTCA
TCGTGGACGAAGACCACACCGGGCAGCATCTTCCGTCCAAAGAATGAAGATAAAACATCA
TCATCATTATCATGGCTAACATCATCACCATCACCACAAAAGACACCATTTTCAAGCACT
AAGAAATCAAGCTATAACGTTTTGGTGATGGAGAATGCTGTGGTGGTGTTTGCGAGGAGA
GGCTGTTGTATGGGACATGTGGTAAAAAAGTTGCTACTGACACACGGCGTGAACCCATTG
GTCGTTGAGATTGATGCAGAAGACAACAACGATGACAGTATCATCATAAGTGAATTGGGT
AAAACCGTAATTAATAAAGAGAACTTACCAGTCATGTTCATAGGAGGAAAGTTGTTTGGA
GGATTGGAGAATCTGATGGCTGCTCATATTAATGGTGATTTAGTGCCTACTCTCAGACAA
GCAGGGGCTTTATGGCTTTGATTCATGATTTTCTTCCTAGTCTTTCTCCTTGTTGCATTA
TTTGTTATATGTTTTCGGTGATGTTTCAAACTATCTGAATTTGTAACTAATGTTATGTGA
TTCGTTTGATCATAGAGAAACACATAAAATTATAAAAGCACAAAAACACAATTTTCTTGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW55TF U 51
AF RR1DH80JQ C 1
AF RR1FW55JQ C 51
AF RR1FW73JQ C 51
AF RR1FW73TF U 51
AF RR1DH80TF U 1
AF RR1GH22TF U 117
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BS 698 706 RR1DH80TF
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RD RR1FW55TF 551 0 0
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TGTTGCATTAT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1DH80JQ 720 0 0
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AAAACCGTAATTAATAAAGAGAACTTACCAGTCATGTTCATAGGAGGAAAGTTGTTTGGA
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QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1FW55JQ 636 0 0
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TGCGAGGAGAGGCTGTTGTATGGGACATGTGGTAAAAAAGTTGCTACTGACACACGGCGT
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TGAATTGGGTAAAACCGTAATTAATAAAGAGAACTTACCAGTCATGTTCATAGGAGGAAA
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QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1FW73JQ 636 0 0
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TGCGAGGAGAGGCTGTTGTATGGGACATGTGGTAAAAAAGTTGCTACTGACACACGGCGT
GAACCCATTGGTCGTTGAGATTGATGCAGAAGACAACAACGATGACAGTATCATCATAAG
TGAATTGGGTAAAACCGTAATTAATAAAGAGAACTTACCAGTCATGTTCATAGGAGGAAA
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TGTTATGTGATTCGTTTGATCATAGAGAAACACATA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1FW73TF 636 0 0
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ATCCGAGTCATCGTGGACGAAGACCACACCGGGCAGCATCTTCCGTCCAAAGAATGAAGA
TAAAACATCATCATCATTATCATGGCTAACATCATCACCATCACCACAAAAGACACCATT
TTCAAGCACTAAGAAATCAAGCTATAACGTTTTGGTGATGGAGAATGCTGTGGTGGTGTT
TGCGAGGAGAGGCTGTTGTATGGGACATGTGGTAAAAAAGTTGCTACTGACACACGGCGT
GAACCCATTGGTCGTTGAGATTGATGCAGAAGACAACAACGATGACAGTATCATCATAAG
TGAATTGGGTAAAACCGTAATTAATAAAGAGAACTTACCAGTCATGTTCATAGGAGGAAA
GTTGTTTGGAGGATTGGAGAATCTGATGGCTGCTCATATTAATGGTGATTTAGTGCCTAC
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TGTTATGTGATTCGTTTGATCATAGAGAAACACATA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1DH80TF 706 0 0
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TTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTAAATCAGTTATGCAAAAAGCAATAAGACCATCCAAGTCA
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TCATCATTATCATGGCTAACATCATCACCATCACCACAAAAGACACCATTTTCAAGCACT
AAGAAATCATGCTATAACGTTTTGGTGATGGAGAATGCTGTGGTGGTGTTTGCGAGGAGA
GGCTGTTGTATGGGACATGTGGTAAAAAAGTTGCTACTGACACACGGCGTGAACCCATTG
GTCGTTGAGATGGATGCAGAAGACAACAACGATGACAATATCATCATAAGTGAATTGGGT
AAAACCGTAATTAATAAAGAGAACTTACCAGTCATGTTCATAGGAGGAAAGTTGTTTGGA
GGATTGGAGAATCTGATGGCCGCTCATATTAATGGTGATTTAGTGCCTACTCTCAGACAA
GCAGGGGCTTTATGGCTTTGATTCATGATTTTCTTCCTAGTCTTTCTCCTTGTTGCATTA
TTTGTTATATGTTTTCGGTGATGTTTCAAACTATCTGAATTTGTAACTAATGTTATGTGA
TTCGTTTGATCATAGAGAAACACATAAAATTATAAA*GCACAAAAA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1GH22TF 557 0 0
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ATTGGTCGTTGAGATGGATGCAGAAGACAACAACGATGACAATATCATCATAAGTGAATT
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TGGAGGATTGGAGAATCTGATGGCCGCTCATATTAATGGTGATTTAGTGCCTACTCTCAG
ACAAGCAGGGGCTTTATGGCTTTGATTCATGATTTTCTTCCTAGTCTTTCTCCTTGTTGC
ATTATTTGTTATATGTTTTCGGTGATGTTTCAAACTATCTGAATTTGTAACTAATGTTAT
GTGATTCGTTTGATCAT

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 7

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AAAACGCAATCTTTCGAATCTCCTCCGACCAATGGCTCTCCAAGCCACCACTACTACGTT
CTCCTTCTCCGCTCCTACTTTCCGATCAACTCCTCCTCCTCCTCACGCATTCACTTCGAA
GCGTCGTCTCTCCATCAAATCTTCTTCTTCTTCAGGACTCTCTTCTCCTCCTCCTCCCCT
CCTCTCTCTTTCACGATCTAATCTCAAAGGAAGAGCCTTTTCAAGTGATGGCTCAACAAC
GCAAGAGTCTCCCTCAGTGGTCTGTTTCGGAGAAATGCTGATCGACTTCGTACCAACCAC
TAGTGGGCTTTCATTGGCCCAAGCACCAGCTTTCAAAAAGGCTCCAGGTGGTGCCCCTGC
CAATGTCGCCGTTGGTATCGCTCGTCTCGGTGGCTCTTCAGCTTTCATTGGCAAGGTTGG
TGAAGATGAGTTTGGTTATATGCTTGCAAACATTCTCAAGGATAACAACGTGAACAACGA
AGGCATGCGTTTTGACCCTGGAGCCAGAACTGCTTTAGCTTTCGTCACTCTCACTAGCGA
AGGCGAACGCGAGTTCATGTTCTATCGAAACCCAAGCGCCGACATGCTGTTAGAAGAGTC
TGAGCTTGATCTGGATTTGATTAAAAAGGCGAAGATATTCCATTACGGTTCGATAAGTCT
GATAACGGAACCGTGCAAGTCAGCTCACATAGCTGCGGCGAAAGCAGCTAAGGACGCTGG
CGTGATTCTTTCGTACGATCCTAACCTTAGGCTCCCCCTGTGGCCTTCTGCAGACAGCGC
TAGGGATGAGATCCTCAGCGTTTGGGATACTGCTGATATCATAAAGATTAGCGAAGAGGA
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CCATCCTAAGCTGAAACTGCTCCTTGTCACCGAAGGCCCTGAAGGCTGTCGCTACTACAC
AAAGGATTTTAGCGGGAGAGTACATGGATTGAAGGTGGAAGTAGTGGACACAACAGGTGC
TGGGGATGCGTTTGTTGCCGGAATACTATCTCAACTAGCATGTGATCTCTCTTTGCTTCA
GGACGAAGAAAGACTGAGAGAGGCTCTAATGTTTGCGAATGCGTGTGGTGCCTTGACCGT
AAAGGAGAGAGGTGCAATACCTGCACTTCCTACAAAACAAGCTGCACTCGACGCCCTACT
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GTCAAGTCAAGAGGTATATTTAAAAATAAAAAAACCATTTCTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1EY26TF U 53
AF RR1BU28TF U 1
AF RR1B182TF U 67
AF RR1AC82TF U 75
AF RR1AA80TF U 75
AF RR1BU28JQ C 644
AF RR1EY26JQ C 661
BS 1 688 RR1BU28TF
BS 689 689 RR1B182TF
BS 690 707 RR1BU28TF
BS 708 708 RR1B182TF
BS 709 757 RR1BU28TF
BS 758 759 RR1B182TF
BS 760 771 RR1AA80TF
BS 772 772 RR1BU28JQ
BS 773 810 RR1AA80TF
BS 811 811 RR1AC82TF
BS 812 840 RR1AA80TF
BS 841 841 RR1BU28JQ
BS 842 914 RR1AA80TF
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BS 1187 1187 RR1EY26JQ
BS 1188 1426 RR1BU28JQ

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GG
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TACGTTCTCCTTCTCCGCTCCTACTTTCCGATCAACTCCTCCTCCTCCTCACGCATTCAC
TTCGAAGCGTCGTCTCTCCATCAAATCTTCTTCTTCTTCAGGACTCTCTTCTCCTCCTCC
TCCCCTCCTCTCTCTTTCACGATCTAATCTCAAAGGAAGAGCCTTTTCAAGTGATGGCTC
AACAACGCAAGAGTCTCCCTCAGTGGTCTGTTTCGGAGAAATGCTGATCGACTTCGTACC
AACCACTAGTGGGCTTTCATTGGCCCAAGCACCAGCTTTCAAAAAGGCTCCAGGTGGTGC
CCCTGCCAATGTCGCCGTTGGTATCGCTCGTCTCGGTGGCTCTTCAGCTTTCATTGGCAA
GGTTGGTGAAGATGAGTTTGGTTATATGCTTGCAAACATTCTCAAGGATAACAACGTGAA
CAACGAAGGCATGCGTTTTGACCCTGGAGCCAGAACTGCTTTAGCTTTCGTCACTCTCAC
TAGCGAAGGCGAATGCGAGTTCATGTTCTATCGAAACCCAAGCGCCGACATGCTGTTAGA
AGAGTCTGAGCTTGATCTGGATTTGATTAA

QA 3 632 3 632
DS 

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AAAACGCAATCTTTCGAATCTCCTCCGACCAATGGCTCTCCAAGCCACCACTACTACGTT
CTCCTTCTCCGCTCCTACTTTCCGATCAACTCCTCCTCCTCCTCACGCATTCACTTCGAA
GCGTCGTCTCTCCATCAAATCTTCTTCTTCTTCAGGACTCTCTTCTCCTCCTCCTCCCCT
CCTCTCTCTTTCACGATCTAATCTCAAAGGAAGAGCCTTTTCAAGTGATGGCTCAACAAC
GCAAGAGTCTCCCTCAGTGGTCTGTTTCGGAGAAATGCTGATCGACTTCGTACCAACCAC
TAGTGGGCTTTCATTGGCCCAAGCACCAGCTTTCAAAAAGGCTCCAGGTGGTGCCCCTGC
CAATGTCGCCGTTGGTATCGCTCGTCTCGGTGGCTCTTCAGCTTTCATTGGCAAGGTTGG
TGAAGATGAGTTTGGTTATATGCTTGCAAACATTCTCAAGGATAACAACGTGAACAACGA
AGGCATGCGTTTTGACCCTGGAGCCAGAACTGCTTTAGCTTTCGTCACTCTCACTAGCGA
AGGCGAACGCGAGTTCATGTTCTATCGAAACCCAAGCGCCGACATGCTGTTAGAAGAGTC
TGAGCTTGATCTGGATTTGATTAAAAAG*CGAAGATATTCCATTACG*TTCGATAAGTCT
GATAACGGAACCGTGCAAGTCAGCTCACATAGCTGCG

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DS 

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GG
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CCGCTCCTACTTTCCGATCAACTCCTCCTCTTCCTCACGCATTCACTTCGAAGCGTCGTC
TCTCCATCAAATCTTCTTCTTCTTCAGGACTCTCTTCTCCTCCTCCTCCCCTCCTCTCTC
TTTCACGATCTAATCTCAAAGGAAGAGCCTTTTCAAGTGATGGCTCAACAACGCAAGAGT
CTCCCTCAGTGGTCTGTTTCGGAGAAATGCTGATCGACTTCGTACCAACCACTAGTGGGC
TTTCATTGGCCCAAGCACCAGCTTTCAAAAAGGCTCCAGGTGGTGCCCCTGCCAATGTCG
CCGTTGGTATCGCTCGTCTCGGTGGCTCTTCAGCTTTCATTGGCAAGGTTGGTGAAGATG
AGTTTGGTTATATGCTTGCAAACATTCTCAAGGATAACAACGTGAACAACGAAGGCATGC
GTTTTGACCCTGGAGCCAGAACTGCTTTAGCTTTCGTCACTCTCACTAGCGAAGGCGAAC
GCGAGTTCATGTTCTATCGAAACCCAAGCGCCGACATGCTGTTAGAAGAGTCTGAGCTTG
ATCTGGATTTGATTAAAAAGGCGAAGATATTCCATTACGGTTCGATAAGTCTGATAACGG
AACCGTGCAAGTCAGCTCACATAGCTGCGGC

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G
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TACTTTCCGATCAACTCCTCCTCCTCCTCACGCATTCACTTCGAAGCGTCGTCTCTCCAT
CAAATCTTCTTCTTCTTCAGGACTCTCTTCTCCTCCTCCTCTCCTCCTCTCTCTTTCACG
ATCTAATCTCAAAGGAAGAGCCTTTTCAAGTGATGGCTCAACAACGCAAGAGT*TCCCTC
AGTGGTCTGTTTCGGAGAAATGCTGATCGACTTCGTACCAACCACTAGTGGGCTTTCATT
GGCCCAAGCACCAGCTTTCAAAAAGGCTCCAGGTGGTGCCCCTGCCAATGTCGCCGTTGG
TATCGCTCGTCTCGGTGGCTCTTCAGCTTTCATTGGCAAGGTTGGTGAAGATGAGTTTGG
TTATATGCTTGCAAACATTCTCAAGGATAACAACGTGAACAACGAAGGCATGCGTTTTGA
CCCTGGAGCCAGAACTGCTTTAGCTTTCGTCACTCTCACTAGCGAAGGCGAACGCGAGTT
CATGTTCTATCGAAACCCAAGCGCCGACATGCTGTTAGAAGAGTCTGAGCTTGATCTGGA
TTTGATTAAAAAGGCGAAGATATTCCATTACGGTTCGATAAGTCTGATAACGGAACCGTG
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CGATCCTAACCTTAGGCTCCCCCTGTGGCCTTCTGCAGACAGCG

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DS 

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G
GAATCTCCTCCGACCAATGGCTCTCCAAGCCACCACTACTACGTTCTCCTTCTCCGCTCC
TACTTTCCGATCAACTCCTCCTCCTCCTCACGCATTCACTTCGAAGCGTCGTCTCTCCAT
CAAATCTTCTTCTTCTTCAGGACTCTCTTCTCCTCCTCCTCTCCTCCTCTCTCTTTCACG
ATCTAATCTCAAAGGAAGAGCCTTTTCAAGTGATGGCTCAACAACGCAAGAGT*TCCCTC
AGTGGTCTGTTTCGGAGAAATGCTGATCGACTTCGTACCAACCACTAGTGGGCTTTCATT
GGCCCAAGCACCAGCTTTCAAAAAGGCTCCAGGTGGTGCCCCTGCCAATGTCGCCGTTGG
TATCGCTCGTCTCGGTGGCTCTTCAGCTTTCATTGGCAAGGTTGGTGAAGATGAGTTTGG
TTATATGCTTGCAAACATTCTCAAGGATAACAACGTGAACAACGAAGGCATGCGTTTTGA
CCCTGGAGCCAGAACTGCTTTAGCTTTCGTCACTCTCACTAGCGAAGGCGAACGCGAGTT
CATGTTCTATCGAAACCCAAGCGCCGACATGCTGTTAGAAGAGTCTGAGCTTGATCTGGA
TTTGATTAAAAAGGCGAAGATATTCCATTACGGTTCGATAAGTCTGATAACGGAACCGTG
CAAGTCAGCTCACATAGCTGCGGCGAAAGCAGCTAA*GACGCTGGCGTGATTCTTTCGTA
CGATCCTAACCTTAG*CTCCCCCTGTGGCCTTCTGCAGACAGCGCCAGGGATGAGATCCT
CAGCGTTTGGGATACTGCTGATATCATAAAGATTAGCGAAGAGGAGATCGAGTTTCTGA

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DS 

RD RR1BU28JQ 783 0 0
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TACGGTTCGATAAGTCTGATAACGGAACCGTGCAAGTCAGCTCACATAGCTGCGGCGAAG
GCAGCTAAGGACGCTGGCGTGATTCTTTCGTACGATCCTAACCTTAGGCTCCCCCTGTGG
CCTTCTGCAGACAGCGCTAGGGATGAGATCCTCAGCGTTTGGGATACTGCTGATATCATA
AAGATTAGCGAAGAGGAGATCGAGTTTCTGACGAAAGGAGAAGATCCTTATGATGATTCT
GTCGTCAGGAAGCTGTTCCATCCTAAGCTGAAACTGCTCCTTGTCACCGAAGGCCCTGAA
GGCTGTCGCTACTACACAAAGGATTTTAGCGGGAGAGTACATGGATTGAAGGTGGAAGTA
GTGGACACAACAGGTGCTGGGGATGCGTTTGTTGCCGGAATACTATCTCAACTAGCATGT
GATCTCTCTTTGCTTCAGGACGAAGAAAGACTGAGAGAGGCTCTAATGTTTGCGAATGCG
TGTTGTGCCTTGACCGTAAAGGAGAGAGGTGCAATACCTGCACTTCCTACAAAACAAGCT
GCACTCGACGCCCTACTCAAAGCCGTCGTCTAAAATTCAAATCTGTATTTGTTTTTTGTT
GTAACATAACTGTATGTTATTAGTTATTTGTCACATTGTTATTATGCTAGCAGCTAACTA
ATAAACTAGCCTGCTTTGTCAAGTCAAGAGGTATATTTAAAAATAAAAAAACCATTTCTT
TGC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1EY26JQ 766 0 0
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GATAACGGAACCGTGCAAGTCAGCTCACATAGCTGCGGCGAAGGCAGCTAAGGACGCTGG
CGTGATTCCTTCGTACGATCCTAACCTTAGGCTCCCCCTGTGGCCTTCTGCATACAGCGC
TAGGGATGAGATCCTCAGCGTTTGGGATACTGCTGATATCATAAAGATTAGCGAAGAGGA
GATCGAGTTTCTGACGAAAGGAGAAGATCCTTATGATGATTCTGTCGTCAGGAAGCTGTT
CCATCCTAAGCTGAAACTGCTCCTTGTCACCGAAGGCCCTGAAGGCTGTCGCTACTACAC
AAAGGATTTTAGCGGGAGAGTACATGGATTGAAGGTGGAAGTAGTGGACACAACAGGTGC
TGGGGATGCGTTTGTTGCCGGAATACTATCTCAACTAGCATGTGATCTCTCTTTGCTTCA
GGACGAAGAAAGACTGAGAGAGGCTCTAATGTTTGCGAATGCGTGTGGTGCCTTGACCGT
AAAGTAGAGAGGTGCAATACCTGCACTTCCTACAAAACAAGCTGTACTCGACGCCCTACT
CAAAGCCGTCGTCTAAAATTCAAATCTGTATTTGTTTTTTGTTGTAACATAACTGTATGT
TATTAGTTATTTGTCACATTGTTATTATGCTAGCAGCTAACTAATAAACTAGCCTGCTTT
GTCAAGTCAAGAGGTATATTTAAAAATAAAAAAACTATTTCTTTG
T

QA 1 765 1 765
DS 



AS 2 7

CO CL903Contig1 678 3 12 U
GGATTTCTACTGGTTCGGCGGCTCCCTAGGGTTTTTACT*GTAGCAGGAGAAAAAAATGC
CGGCAGGACATGGAGTTCGTGCTAGGACAAGAGATCTGTTCGCGAGAGGGTTCAGGAAGA
AGGGTACAATTCCATTGTCGACCTACCTCAGGACCTTCAAAGTCGGCGATTATGTCGATG
TTAAAGTGAACGGTGCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACCG
GTCGTGTCTGGAACGTCATCAAACGTGCTGTCGGTGTCGAAGTCAATAAACAGATTGGCA
ACAGGATCATAAGGAAGAGGCTTCATGTGCGTGTGGAGCACGTGCAGCAGTCTAGATGCG
CAGAGGAGTTCAAGCTGAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTCAAGGCTGCGGCCAAAGCCA
AAGGTGAGACAATAAGCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGCCCCAAACCAGGATTCATGGTTG
AGGGTATGACCTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCTTACGACGTCGTCAACGATCTCAAGG
GAGGCTATTAGTTTTCTACTTACCTTCCCCCCAGTGTTTTGTGTGTTTCGATCTTTCCTT
CATATGTTTTGTAGCAACTTAAGACTTTCGTCTTCAATCAAGAACATGATTTTATTATAT
AGCAGAAGTTTGTTATTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ48TF U 32
AF RR1AS62JQ C 1
AF RR1AS62TF U 1
BS 1 31 RR1AS62TF
BS 32 39 RR1FQ48TF
BS 40 40 RR1AS62TF
BS 41 110 RR1FQ48TF
BS 111 111 RR1AS62TF
BS 112 172 RR1FQ48TF
BS 173 173 RR1AS62TF
BS 174 208 RR1FQ48TF
BS 209 209 RR1AS62TF
BS 210 624 RR1FQ48TF
BS 625 667 RR1AS62TF
BS 668 678 RR1AS62JQ

RD RR1FQ48TF 593 0 0
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QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1AS62JQ 678 0 0
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QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1AS62TF 678 0 0
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CGGCAGGACATGGAGTTCGTGCTAGGACAAGAGATCTGTTCGCGAGAGGGTTCAGGAAGA
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GTCGTGTCTGGAACGTCATCAAACGTGCTGTCGGTGTCGAAGTCAATAAACAGATTGGCA
ACAGGATCATAAGGAAGAGGCTTCATGTGCGTGTGGAGCACGTGCAGCAGTCTAGATGCG
CAGAGGAGTTCAAGCTGAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTCAAGGCTGCGGCCAAAGCCA
AAGGTGAGACAATAAGCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGCCCCAAACCAGGATTCATGGTTG
AGGGTATGACCTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCTTACGACGTCGTCAACGATCTCAAGG
GAGGCTATTAGTTTTCTACTTACCTTCCCCCCAGTGTTTTGTGTGTTTCGATCTTTCCTT
CATATGTTTTGTAGCAACTTAAGACTTTCGTCTTCAATCAAGAACATGATTTTATTATAT
AGCAGAA
GTTTGTTATTG

QA 1 667 1 667
DS 



CO CL903Contig2 647 4 10 U
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CGTCTTCAATCAAGAACATGATTTTATTATATAGCAGAATTTTTGTT


BQ
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM67JQ C 1
AF RR1C514JQ C 1
AF RR1C514TF U 6
AF RR1BM67TF U 1
BS 1 5 RR1BM67TF
BS 6 389 RR1C514TF
BS 390 390 RR1BM67TF
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BS 511 511 RR1BM67TF
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BS 631 639 RR1BM67TF
BS 640 647 RR1BM67JQ

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QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1C514JQ 630 0 0
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CGTCTTCAATCAAGAACATGATTTTATTAT

QA 1 630 1 630
DS 

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QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1BM67TF 647 0 0
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CCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACCGGTCGTGTCTGGAACGTTACCAAACGTGCCGTC
GGTGTCGAAGTCAATAAACAGATTGGCAACAGGATCATAAGGAAGAGGCTTCATGTGCGT
GTGGAGCACGTGCAGCAGTCAAGGTGCGCAGAGGAGTTTAAGCTGAGGAAGAAGAAGAAT
GATGAGCTCAAGGCTGCAGCCAAAGCCAAGGGTGAGACAATAAGCACCAAGAGGCAGCCT
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CCTTACGATGTCGTCAACGATCTCAAAGGAAGCTATTAGGTTTTCTACTTTCTTCCCCCA
CCCAGTGTTTTTTGTGTTTGGATCTTTCCTTTCATATGTTTTGTAGCAACTTAAGACTTT
CGTCTTCAATCAAGAACATGATTTTATTATATAGCAGAA
TTTTTGTT

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 7

CO CL904Contig1 722 7 8 U
GGATTCCAATAACAATTACTTGGACGGTCTCTTCTTCCTCAGATAAACGAGAAAAAAATC
TCTAAATGGCGTCAGTTTCTGCAAGTTTGCCTCCACCATTGCTGCTCACTCAGAGAAAAC
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TTGGTTGCTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATATAAAGAATTAAGACATCAAGA
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 20 20 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 
10 10 

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AF RR1AY16TF U 46
AF RR1AO94TF U 1
AF RR1F628TF U 39
AF RR1F628JQ C 39
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TTTT
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DS 

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AATTGCCTGTTATCTCCTCTGGGTTTGAACTAGTTGGTATCTTGTTCTCCACGTGGTTTA
CATATCGATATCTCTTGTTCAAACCCGACAAAGAGGAGCTATCCCAAATTGTCAAGAAAT
CAGTGACGAATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCAAAAGGAAAAAAAAATATACT
TGGCCAGTAAGGCAGTAAATGCATGTGGTATCCTGAGATGATTTGTGTTTGTGACATGAT
AGATGTTGTTGTCTCTGGTTCATGTTCATGTTCTGAACCTGTAAATACTGTATTTGGGTT
TTGGTTGCTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATATAAAGAATTAAGACA
CC

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DS 

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TGGCGTCAGTTTCTGCAAGTTTGCCTCCACCATTGCTGCTCACTCAGAGAAAACCTAATC
TCACATCAGTTCAGAAACTCCCATTTTCTCTTATTCGAGATAGAAGAACCCCTAGCATGG
GTCTTATGGTGAAAGCTAATGGTAAAAGTTCTGAAACATCTACTGATCTTGACGTCATTG
GTTCAATTCAGAATGTTTGGGATAAGTCTGAAGATCGTTTAGGTCTTATTGGTTTGAGTT
TTGCTGCTATTGTAGCTCTTTGGGCGTCACTTAACATAATCACGGCAATCGACAAATTGC
CTGTTATCTCCTCTGGGTTTGAACTAGTTGGTATCTTGTTCTCCACGTGGTTTACATATC
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CGAATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCAAAAGGAAAAAAAAATA**CTTGGCCA
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GCTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATATAAAGAATT

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DS 

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TGATCTTGACGTCATTGGTTCAATTCAGAATGTTTGGGATAAGTCTGAAGATCGTTTAGG
TCTTATTGGTTTGAGTTTTGCTGCTATTGTAGCTCTTTGGGCGTCACTTAACATAATCAC
GGCAATCGACAAATTGCCTGTTATCTCCTCTGGGTTTGAACTAGTTGGTATCTTGTTCTC
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TGTCAAGAAATCAGTGACGAATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCAAAAGGAAAA
AAAAATA**CTTGGCCAGTAAGGCAGTAAATGCATGTGGTATCCTGAGATGATTTGTGTT
TGTGACATGATAGATGTTGTTATCTCTGGTTCATGTTCATGTTCTGAACCTGTAAATACT
GTATTTGGGTTTTGGTTGCTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATATAA
GAAT

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RD RR1AO94TF 716 0 0
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GTCTTATGGTGAAAGCTAATGGTAAAAGTTCTGAAACATCTACTGATCTTGACGTCATTG
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TTGCTGCTATTGTAGCTCTTTGGGCGTCACTTAACATAATCACGGCAATCGACAAATTGC
CTGTTATCTCCTCTGGGTTTGAACTAGTTGGTATCTTGTTCTCCACGTGGTTTACATATC
GATATCTCTTGTTCAAACCCGACAAAGAGGAGCTATCCCAAATTGTCAAGAAATCAGTGA
CGAATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCAAAAGGAAAAAAAAATATACTTGGCCA
GTAAGGCAGTAAATGCATGTGGTATCCTGAGATGATTTGTGTTTGTGACATGATAGATGT
TGTTGTCTCTGGTTCATGTTCATGTTCTGAACCTGTAAATACTGTATTTGGGTTTTGGTT
GCTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATATAAAGAATTAAGACA
CC

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CTTGTTCTCCACGTGGTTTACATATCGATATCTCTTGTTCAAACCCGACAGAGAGGAGCT
ATCCCAAATTGTCAAGAAATCAGTGACGAATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCA
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GTAAATACTGTATTTGGGTTTTGGTTGCTGTTTCTTGTG

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DS 

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GG
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GCTGCTCACTCAGAGAAAACCTAATCTCACATCAGTTCAGAAACTCCCATTTTCTCTTAT
TCGAGATAGAAGAACCCCTAGCATGGGTCTTATGGTGAAAGCTAATGGTAAAAGTTCTGA
AACATCTACTGATCTTGACGTCATTGGTTCAATTCAGAATGTTTGGGATAAGCCTGAAGA
TCGTTTAGGTCTTATTGGTTTGAGTTTTGCTGCTATTGTAGCTCTTTGGGCGTCACTTAA
CATAATCACGGCAATCGACAAATTGCCTGTTATCTCCTCTGGGTTTGAACTAGTTGGTAT
CTTGTTCTCCACGTGGTTTACATATCGATATCTCTTGTTCAAACCCGACAGAGAGGAGCT
ATCCCAAATTGTCAAGAAATCAGTGACGAATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCA
AAAGAAAAAAAAAA*ATACTTGGCCAGTAAGGCAGTAAATGCATGTGGTATCCTGAGATG
ATTTGTGTTTGTGACATGATAGATGTTGTTATCTCTGGTTCATGTTCATGTTCTGAACCT
GTAAATACTGTATTTGGGTTTTGGTTGCTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATAT
AAAGAATTAAGACATCAAGATC

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DS 



AS 1 7

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TGTTCATGTCTCTGTTCGCCGGTTTTGTTTCTGGATTCACTCTGCAAAACCTTCCAATCA
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AGTACGGTGTAAACTACAAATATGCCCCTTATGTCACGCAGCTCACTGACTTAGTCCTTC
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TTTGT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1H546TF U 1
AF RR1HA56TF U 1
AF RR1AR19TF U 6
AF RR1DQ36TF U 511
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TTTTTCTCTCTCTCTTTTGCCCGTCCTCTTTCTCTCTCTATACCTAAACGGCTAAACATA
TAGCTCTCCTACGCAAGCTCTTATCTCTTCCTCTTTAATCTTTTCCTATACTCAGACACA
CGGAACCGTTTGGTACTACAGATACCATCTTAAAAATGGAAACTCTGAGTCGTTTCTTAG
TGTTCATGTCTCTGTTCGCCGGTTTTGTTTCTGGATTCACTCTGCAAAACCTTCCAATCA
CATCTTTTGAAGAAAGT

QA 1 257 1 257
DS 

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TTTTT
CTCTCTCTCTTTTGCCCGTCCTCTTTCTCTCTCTATACCTAAACGGCTAAACATATAGCT
CTCCTACGCAAGCTCTTATCTCTTCCTCTTTAATCTTTTCCTATACTCAGACACACGGAA
CCGTTTGGTACTACAGATACCATCTTAAAAATGGAAACTCTGAGTCGTTTCTTAGTGTTC
ATGTCTCTGTTCGCCGGTTTTGTTTCTGGATTCACTCTGCAAAACCTTCCAATCACATCT
TTTGAAGAAAGTTACACGCAGCTTTTTGGTGACAAGAACTTGTTTGTTCATAAAGACGGC
AAATCTGTCCGGTCAACGCTCGATGAAAGGACCGGTTCTGGGTTTGTCTCAAATGATCTT
TATTTACATGGATTATTCAGTGCTTCAATCAAATTACCTTCTGATTATTCAGCTAGAGTA
GTTGTTGCCTTTTATATGTCAAATGGAGACATGTATGAGAAGAATCATGATGAGATTGAT
TTTGAGTTTCTTGGTAACATAAGAGGAAAAGAATGGAGGATTCAGACAAATATTTACGGT
AATGGAAGCACTCATCTAGGAAGAGAAGAGAGATCTAATCTCTGGTTTGATCCAACTGAA
GATTATCATCAATACAGTATCCTCTGGTCTGATTCTCACATCATATTCTTTGTAGACA*T
GTTCCTATCAGG

QA 6 677 6 677
DS 

RD RR1AR19TF 822 0 0
CTCTCTCTCTTTTGCCCGTCCTCTTTCTCTCTCTATACCTAAACGGCTAAACATATAGCT
CTCCTACGCAAGCTCTTATCTCTTCCTCTTTAATCTTTTCCTATACTCAGACACACGGAA
CCGTTTGGTACTACAGATACCATCTTAAAAATGGAAACTCTGAGTCGTTTCTTAGTGTTC
ATGTCTCTGTTCGCCGGTTTTGTTTCTGGATTCACTCTGCAAAACCTTCCAATCACATCT
TTTGAAGAAAGTTACACGCAGCTTTTTGGTGACAAGAACTTGTTTGTTCATAAAGACGGC
AAATCTGTCCGGTTAACGCTCGATGAAAGGACCGGTTCTGGGTTTGTCTCAAATGATCTT
TATTTACATGGATTATTCAGTGCTTCAATCAAATTACCTTCTGATTATTCAGCTGGAGTA
GTTGTTGCCTTTTATATGTCAAATGGAGACATGTATGAGAAGAATCATGATGAGATTGAT
TTTGAGTTTCTTGGTAACATAAGAGGAAAAGAATGGAGGATTCAGACAAATATTTACGGT
AATGGAAGCACTCATCTAGGAAGAGAAGAGAGATCTAATCTCTGGTTTGATCCAACTGAA
GATTATCATCAATACAGTATCCTCTGGTCTGATTCTCACATCATATTCTTTGTAGACAAT
GTTCCTATCAGGGAGGTAAAGCGAACAGCATCGATGGGCGGTGACTTCCCATCAAAGCCG
ATGTCTCTCTACACAACAATATGGGACGGTTCTAAATGGGCAACTAACGGTGGCAAGTAC
G*TGTAAACTACAAATATGCCCCTTATGTCACGCAGCTCACT

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1DQ36TF 712 0 0
GAAAAGAATGGAGGATTCAGACAAATATTTACGGTAATGGAAGCACTCATCTAGGAAGAG
AAGAGAGATCTAATCTCTGGTTTGATCCAACTGAAGATTATCATCAATACAGTATCCTCT
GGTCTGATTCTCACATCATATTCTTTGTAGACAATGTTCCTATCAGGGAGGTAAAGCGAA
CAGCATCGATGGGCGGTGACTTCCCATCAAAGCCGATGTCTCTCTACACAACAATATGGG
ACGGTTCTAAATGGGCAACTAACGGTGGCAAGTACGGTGTAAACTACAAATATGCCCCTT
ATGTCACGCAGCTCACTGACTTAGTCCTTCATGGCTGCGCTGTGGACCCAATTGAACAGT
TTCCTAAGTGCGACGAAGGAGCGGACGAGGATATCCGTGCGGCTCAGGAGATTAGCCCAT
CACAGAGGGTTAAGATGAGCATTTTCAGGAGGAAACACATGACGTACTCATATTGCTATG
ATCGGAACAGGTACAAAGTTGCTCTACCTGAGTGCGTAGTGAATCCCGCAGAGGCTCAGC
GGCTTAGGGTTCATGATCCCGTCACGTTTGGTGGGATTCCGAGGCGTCACCGCAACCGAA
AGCATCGGGGCAAGAGAAGCCGTGTTGATGGAACAGAGTCGATATGATGAATATAGTCCA
ACTATGTGATGGTGTTTGGAGGGGGTTCTATATAATAAGTCCATTTTTATTG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1AR19JQ 848 0 0
TATATGTCAAATGGAGACATGTATGAGAAGAATCATGATGAGATTGATTTTGAGTTTCTT
GGTAACATAAGAGGAAAAGAATGGAGGATTCAGACAAATATTTACGGTAATGGAAGCACT
CATCTAGGAAGAGAAGAGAGATCTAATCTCTGGTTTGATCCAACTGAAGATTATCATCAA
TACAGTATCCTCTGGTCTGATTCTCACATCATATTCTTTGTAGACAATGTTCCTATCAGG
GAGGTAAAGCGAACAGCATCGATGGGCGGTGACTTCCCATCAAAGCCGATGTCTCTCTAC
ACAACAATATGGGACGGTTCTAAATGGGCAACTAACGGTGGCAAGTACGGTGTAAACTAC
AAATATGCCCCTTATGTCACGCAGCTCACTGACTTAGTCCTTCATGGCTGCGCTGTGGAC
CCAATTGAACAGTTTCCTAAGTGCGACGAAGGAGCGGACGAGGATATCCGCGCGGCTCAG
GAGATTAGCCCATCACAGAGGGTTAAGATGAGCATTTTCAGGAGGAAACACATGACGTAC
TCATATTGCTATGATCGGAACAGGTACAAAGTTGCTCTACCTGAGTGCGTAGTGAATCCC
GCTGAGGCTCAGCGGCTTAGGGTTCATGATCCCGTCACGTTTGGTGGGATTCCGAGGCGT
CACCGCAACCGAAAGCATCGGGGCAAGAGAAGCCGTGTTGATGGAACAGAGTCGATATGA
TGAATATAGTCCAACTATGTGATGGTGTTTGGAGGGGGTTCTATATAATAAGTCCATTTT
TATTGGTATTTTTATGTTTGGTGCATTTTCACAGTTATAGTGGGCATTTGTTGCTTGTAT
ATGGAATA

QA 1 848 1 848
DS 

RD RR1HA56JQ 786 0 0
GTAA
ATAAGAGGAAAAGAATGGAGGAT*CAGACAAATATT*ACGGTAATGGAAGCACTCATCTA
GGAAGAGAAGAGAGATCTAATCTCTGGTTTGATCCAACTGAAGATTATCATCAATACAGT
ATCCTCTGGTCTGATTCTCACATCATATTCTTTGTAGACAATGTTCCTATCAGGGAGGTA
AAGCGAACAGCATCGATGGGCGGTGACTTCCCATCAAAGCCGATGTCTCTCTACACAACA
ATATGGGACGGTTCTAAATGGGCAACTAACGGTGGCAAGTACGGTGTAAACTACAAATAT
GCCCCTTATGTCACGCAGCTCACTGACTTAGTCCTTCATGGCTGCGCTGTGGACCCAATT
GAACAGTTTCCTAAGTGCGACGAAGGAGCGGACGAGGATATCCGTGCGGCTCAGGAGATT
AGCCCATCACAGAGGGTTAAGATGAGCATTTTCAGGAGGAAACACATGACGTACTCATAT
TGCTATGATCGGAACAGGTACAAAGTTGCTCTACCTGAGTGCGTAGTGAATCCCGCAGAG
GCTCAGCGGCTTAGGGTTCATGATCCCGTCACGTTTGGTGGGATTCCGAGGCGTCACCGC
AACCGAAAGCATCAGGGCAAGAGAAGCCGTGTTGATGGAACAGAGTCGATATGATGAATA
TAGTCCAACTATGTGATGGTGTTTGGAGGGGGTTCTATATAATAAGTCCATTTTTATTGG
TATTTTTATGTTTGGTGCATTTTCACAGTTATAGTGGGCATTTGTTGCTTGTATATGGAA
TA

QA 5 786 5 786
DS 

RD RR1DQ36JQ 654 0 0
ATCAGGGAGGTAAAGCGAACAGCATCGATGGGCGGTGACTTCCCATCAAAGCCGATGTCT
CTCTACACAACAATATGGGACGGTTCTAAATGGGCAACTAACGGTGGCAAGTACGGTGTA
AACTACAAATATGCCCCTTATGTCACGCAGCTCACTGACTTAGTCCTTCATGGCTGCGCT
GTGGACCCAATTGAACAGTTTCCTAAGTGCGACGAAGGAGCGGACGAGGATATCCGTGCG
GCTCAGGAGATTAGCCCATCACAGAGGGTTAAGATGAGCATTTTCAGGAGGAAACACATG
ACGTACTCATATTGCTATGATCGGAACAGGTACAAAGTTGCTCTACCTGAGTGCGTAGTG
AATCCCGCAGAGGCTCAGCGGCTTAGGGTTCATGATCCCGTCACGTTTGGTGGGATTCCG
AGGCGTCACCGCAACCGAAAGCATCGGGGCAAGAGAAGCCGTGTTGATGGAACAGAGTCG
ATATGATGAATATAGTCCAACTATGTGATGGTGTTTGGAGGGGGTTCTATATAATAAGTC
CATTTTTATTGGTATTTTTATGTTTGGTGCATTTTCACAGTTATAGTGGGCATTTGTTGC
TTGTATATGGAATAAAATAATTTATTTATTTATTTGAGAGATTTGGGGTTTTGT

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 7

CO CL906Contig1 745 7 6 U
GGGAGACACAGTTTACCTACCACTTCCGACAAGACTCTTTTATACCTTCTCCGCCGAGAT
CTCCTCCATGGCTCCGATTGCTGTCGGCGATGTTGTACCTGAAGGAACTATCTCCTTCTT
CGACGAGAACGATCAGCTCCAGACTGTCTCTGTTCACGCCCTCGCCGCCGGTAAGAAGGT
CATCCTCTTCGGTGTCCCTGGTGCTTTCACCCCCACCTGCAGTATGAAGCATGTGCCTGG
ATTCATTGAGAAAGCAGAGGAGCTCAAGTCAAAGGGTGTTGACGAGATCATTTGCTTTAG
TGTGAATGATCCGTTTGTCATGAAGGCATGGGGGAAGACATACCCGGAAAACAAGCATGT
CAAGTTTGTGGCAGACGGTTCAGGAGAATACACGAAGCTTCTTGGACTCGAGCTTGACCT
CACGGACAAGGGCCTTGGTGTTAGGTCAAGGAGATTTGCTCTGTTGCTCGATAACCTCAA
GGTCACTGTTGCCAACGTTGAATCTGGCGGCGAGTTCACTGTTTCCAGCGCCGATGATAT
CCTCAAGGCTCTCTAAGAAACTATATCATCTGTGTGTATGTGGAACCCGCTGCATGTGCT
AGTGAAGAGTGTATCTCTGGCCTTATTTCTGACAATGAATTAGGCATAATAATAAAGCGG
*TTTAAGTTGCTTATTTAATAATAAACTATTGG*TTCTTGTTGTTGTCATTCTTCGTATA
ATTTATGAAATAAATTTGAGTGATT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW15TF U 2
AF RR1G335TF U 2
AF RR1GT95TF U 2
AF RR1AB25TF U 1
AF RR1GW15JQ C 194
AF RR1GT95JQ C 92
AF RR1B556TF U 119
BS 1 160 RR1AB25TF
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RD RR1GW15TF 256 0 0
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GACGAGAACGATCAGCTCCAGACTGTCTCTGTTCACGCCCTCGCCGCCGGTAAGAAGGTC
ATCCTCTTCGGTGTCCCTGGTGCTTTCACCCCCACCTGCAGTATGAAGCATGTGCCTGGA
TTCATTGAGAAAGCAG

QA 1 256 1 256
DS 

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TCCTCCATGGCTCCGATTGCTGTCGGCGATGTTGTACCTGAAGGAACTATCTCCTTCTTC
GACGAGAACGATCAGCTCCAGACTGTCTCTGTTCACGCCCTCGCCGCCGGTAAGAAGGTC
ATCCTCTTCGGTGTCCCTGGTGCTTTCACCCCCACCTGCAGTATGAAGCATGTGCCTGGA
TTCATTGAGAAAGCAGAGGAGCTCAAGTCAAAGGGTGTTGACGAGATCATTTGCTTTAGT
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ACGGACAAGGGCCTTGGTGTTAGGTCAAGGAGATTTGCTCTGTTGCTCGATAACCTCAAG
GT*ACTGTTGCCAACGTTGAATCTGGCGGC

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1GT95TF 619 0 0
GGAGACACAGTTTACCTACCACTTCCGACAAGACTCTTTTATACCTTCTCCGCCGAGATC
TCCTCCATGGCTCCGATTGCTGTCGGCGATGTTGTACCTGAAGGAACTATCTCCTTCTTC
GACGAGAACGATCAGCTCCAGACTGTCTCTGTTCACGCCCTCGCCGCCGGTAAGAAGGTC
ATCCTCTTCGGTGTCCCTGGTGCTTTCACCCCCACCTGCAGTATGAAGCATGTGCCTGGA
TTCATTGAGAAAGCAGAGGAGCTCAAGTCAAAGGGTGTTGACGAGATCATTTGCTTTAGT
GTGAATGATCCGTTTGTCATGAAGGCATGGGGGAAGACATACCCGGAAAACAAGCATGTC
AAGTTTGTGGCAGACGGTTCAGGAGAATACACGAAGCTTCTTGGACTCGAGCTTGACCTC
ACGGACAAGGGCCTTGGTGTTAGGTCAAGGAGATTTGCTCTGTTGCTCGATAACCTCAAG
GTCACTGTTGCCAACGTTGAATCTGGCGGCGAGTTCACTGTTTCCAGCGCCGATGATATC
CTCAAGGCTCTCTAAGAAACTATATCATCTGTGTGTATGTGGAACCCGCTGCATGTGCTA
GTGAAGAGTGTATCTCTGG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1AB25TF 711 0 0
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CTCCTCCATGGCTCCGATTGCTGTCGGCGATGTTGTACCTGAAGGAACTATCTCCTTCTT
CGACGAGAACGATCAGCTCCAGACTGTCTCTGTTCACGCCTTCGCCGCCGGTAAGAAGGT
CATCCTCTCCGGTGTCCCTGGTGCTTTCACCCCCACCTGCAGTATGAAGCATGTGCCTGG
ATTCATTGAGAAAGCAGAGGAGCTCAAGTCAAAGGGTGTTGACGAGATCATTTGCTTTAG
TGTGAATGATCCGTTTGTCATGAAGGCATGGGGGAAGACATACCCGGAAAACAAGCATGT
CAAGTTTGTGGCAGACGGTTCAGGAGAATACACGAAGCTTCTTGGACTCGAGCTTGACCT
CACGGACAAGGGCCTTGGTGTTAGGTCAAGGAGATTTGCTCTGTTGCTCGATAACCTCAA
GGTCACTGTTGCCAACGTTGAATCTGGCGGCGAGTTCACTGTTTCCAGCGCCGATGATAT
CCTCAAGGCTCTCTAAGAAACTATATCATCTGTGTGTATGTGGAACCCGCTGCATGTGCT
AGTGAAGAGTGTATCTCTGGCCTTATTTCTGACAATGAATTAGGCATAATAATAAAGCGG
*TTTAAGTTGCTTATTTAATAATAAACTATTGG*TTCTTGTTGTTGTCATT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1GW15JQ 484 0 0
GTCCCTGGTGCTTTCACCCCCACCTGCAGTATGAAGCATGTGCCTGGATTCATTGAGAAA
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TTTGTCATGAAGGCATGGGGGAAGACATACCCGGAAAACAAGCATGTCAAGTTTGTGGCA
GACGGTTCAGGAGAATACACGAAGCTTTTTGGACTCGAGCTTGACCTCACGGACAAGGGC
CTTGGTGTTAGGTCAAGGAGATTTGTTTTGTTGCTCGATAACCTCAAGGTCACTGTTGCC
AACGTTGAATCTGGGGGGGAGTTCACTGTTTCCAGCGCCGATGATATCCTCAAGGCTTTT
TAAGAAACTATATCATCTGTGTGTATGTGGAACCCGCTGCATGTGCTAGTGAAGAGTGTA
TTTCTGGCCTTATTTTTGACAATGAATTAGGCATAATAATAAAGCGG*TTTAAGTTGCTT
ATTT

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR1GT95JQ 620 0 0
GTTGTACCTGAAGGAACTATCTCCTTCTTCGACGAGAACGATCAGCTCCAGACTGTCTCT
GTTCACGCCCTCGCCGCCGGTAAGAAGGTCATCCTCTTCGGTGTCCCTGGTGCTTTCACC
CCCACCTGCAGTATGAAGCATGTGCCTGGATTCATTGAGAAAGCAGAGGAGCTCAAGTCA
AAGGGTGTTGACGAGATCATTTGCTTTAGTGTGAATGATCCGTTTGTCATGAAGGCATGG
GGGAAGACATACCCGGAAAACAAGCATGTCAAGTTTGTGGCAGACGGTTCAGGAGAATAC
ACGAAGCTTCTTGGACTCGAGCTTGACCTCACGGACAAGGGCCTTGGTGTTAGGTCAAGG
AGATTTGCTCTGTTGCTCGATAACCTCAAGGTCACTGTTGCCAACGTTGAATCTGGCGGC
GAGTTCACTGTTTCCAGCGCCGATGATATCCTCAAGGCTCTCTAAGAAACTATATCATCT
GTGTGTATGTGGAACCCGCTGCATGTGCTAGTGAAGAGTGTATCTCTGGCCTTATTTCTG
ACAATGAATTAGGCATAATAATAAAGCGG*TTTAAGTTGCTTATTTAATAATAAACTATT
GG*TTCTTGTTGTTGTCATT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1B556TF 627 0 0
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GTCATCCTCTTCGGTGTCCCTGGTGCTTTCACCCCCACCTGCAGTATGAAGCATGTGCCT
GGATTCATTGAGAAAGCAGAGGAGCTCAAGTCAAAGGGTGTTGACGAGATCATTTGCTTT
AGTGTGAATGATCCGTTTGTCATGAAGGCATGGGGGAATACATACCCGGAAAACAAGCAT
GTCAAGTTTGTGGCAGACGGTTCAGGAGAATACACGAAGCTTCTTGGACTCGAGCTTGAC
CTCACGGACAAGGGCCTTGGTGTTAGGTCAAGGAGATTTGCTCTGTTGCTCGATAACCTC
AAGGTCACTGTTGCCAACGTTGAATCTGGCGGCGAGTTCACTGTTTCCAGCGCCGATGAT
ATCCTCAAGGCTCTCTAAGAAACTATATCATCTGTGTGTATGTGGAACCCGCTGCATGTG
CTAGTGAAGAGTGTATCTCTGGCCTTATTTCTGACAATGAATTAGGCATAATAATAAAGC
GGGTTTAAGTTGCTTATTTAATAATAAACTATTGGGTTCTTGTTGTTGTCATTCTTCGTA
TAATTTATGAAATAAATTTGAGTGATT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 2 7

CO CL907Contig1 798 5 26 U
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TTTTTTTACTCTCAAACAGAACCAAAACTATCCGACAAAAAAGAAGAATTAAAACAACAT
TGTATCTCCTCAAGCTTCAGCGACTGGGTACTCGAAAACTACATCTTTCCCTGTAAGTTT
CCTGTACACACCAACCATTGTCTCAAGCTTGTACTCAGTGTTATTCCTCTCCTTAGGCTC
CAAATAGACCTTCATGATCTTGGTGCCATCAACACGGTATCTGGTACGCTTTCCGACAAT
CTCCGCAGGGTAGGCGACATCCTCAAGCATGGCTTCATGGACGGAAGTGAGAGTCCTGTT
GCGTGGTCTCTGAACAGCAGAGCCTTTCTTAGGAGGACGCATGATTCTTCTGGTGGCAAC
AAAGATAACATCGTTACCACTGAACTTCTTCTCGAGTTCTCTGACGAGACGAGGATGGAT
CTTGCGGAAAGCTTTCCTCAGTCTGAATGGAACGTAGATCACAACAGCCTTGCGGTTGCC
AGCAATATCCATTGAAACAGCTTGGTTAATGTAGAGATCTTTCAAATCACTTTTCAACTC
CTGATTGGTGTTCTCCAAATCAAAGAAAGCCTGAGCAACTCGCTCCTCAAACTCAGTTGG
TGGAACACCCTTATCCTTGTGGATCTTGTTCTGTGCAGAGAACATCTTGGCAGTTTCAGT
TAACAACGACGAAGAACACTAGAAGGTGGAGGAGAAAAGGTTTTACGGCTTCCTGCTTTT
CCAGAGCTTCGTGGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS50JQ U 54
AF RR1FS42JQ U 15
AF RR1DT28JQ U 31
AF RR1B059JQ U 28
AF RR1B059TF C 1
BS 1 14 RR1B059TF
BS 15 36 RR1FS42JQ
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BS 38 303 RR1FS42JQ
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BS 457 457 RR1B059JQ
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BS 587 603 RR1FS42JQ
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BS 626 750 RR1B059JQ
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RD RR1CS50JQ 420 0 0
CCAAAGAG
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CTGTACACACCAACCATTGTCTCAAGCTTGTACTCAGTGTTATTCCTCTCCTTAGGCTCC
AAATAGACCTTCATGATCTTGGTGCCATCAACACGGTATCTGGTACGCTTTCCGACAATC
TCCGCAGGGTAGGCGACATCCTCAAGCATGGCTTCATGGACGGAAGTGAGAGTCCTGTTG
CGTGGTCTCTGAACAGCAGAACCTTTCTTAGGAGGACGCATGATTCTTCTGGTGGCAACA
AAGATAACATCGTTACCACTGAACTTCTTCTCGAGTTCTCTGACGAGACGAG

QA 9 420 9 420
DS 

RD RR1FS42JQ 611 0 0
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AACAGAACCAAAACTATCCGACAAAAAAGAAGAATTAAAACAACATTGTATCTCCTCAAG
CTTCAGCGACTGGGTACTCGAAAACTACATCTTTCCCTGTAAGTTTCCTGTACACACCAA
CCATTGTCTCAAGCTTGTACTCAGTGTTATTCCTCTCCTTAGGCTCCAAATAGACCTTCA
TGATCTTGGTGCCATCAACACGGTATCTGGTACGCTTTCCGACAATCTCAGCAGGGTAAG
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CAGCAGAGCCTTTCTTAGGAGGACGCATGATTCTTCTGGTGGCAACAAAGATAACATCGT
TACCACTGAACTTCTTCTCGAGCTCTCTGACAAGACGAGGATGGATCTTGCGGAAGGCTT
TCCTCAGTCTGAATGGAACATAGATCACAACAGCCTTGCGGTTGCCAGCAATATCCATCG
AAACAGCTTGGTTAATGTAGAGATCTTTCAAGTCACTTTTCAACTCCTGGTTGGTGTTCT
CCAGATCAAAG

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1DT28JQ 592 0 0
CG
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CGACAAAAAAGAGGAATTAAAACAACATTGTATCTCCTCAAGCTTCAGCGACTGGGTACT
CGAAAACTACATCTTTCCCTGTAAGTTTCCTGTACACACCAACCATTGTCTCAAGCTTGT
ACTCAGTGTTATTCCTCTCCTTAGGCTCCAAATAGACCTTCATGATCTTGGTGCCATCAA
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CTTCATGGACGGAAGTGAGAGTCCTGTTGCGTGGTCTCTGAACAGCAAAGCCTTTATTAG
GAGGACGCATGATTCTTCTGGTGGCAACAAAGATAACATCGTTACCACTGAACTTCTTCT
CGAGCTCTCTGACAAGACGAGGATGGATCTTGCGGAAGGCTTTCCTCAGTCTGAATGGAA
CATAGATCACAACAGCCTTGCGGTTGCCAGCAATATCCATCGAAACAGCTTGGTTAATGT
AGAGATCTTTCAAGTCACTTTTCAACTCCTGGTTGGTGTTCTCCAGATCA

QA 3 592 3 592
DS 

RD RR1B059JQ 728 0 0
AAGCA
ACTTGAACAAGAAAATCTTTCCAAAGAGTTTTTTTACTCTCAAACAGAACCAAAACTATC
CGACAAAAAAGAAGAATTAAAACAACATTGTATCTCCTCAAGCTTCAGCGACTGGGTACT
CGAAAACTACATCTTTCCCTGTAAGTTTCCTGTACACACCAACCATTGTCTCAAGCTTGT
ACTCAGTGTTATTCCTCTCCTTAGGCTCCAAATAGACCTTCATGATCTTGGTGCCATCAA
CACGGTATCTGGTACGCTTTCCGACAATCTCCGCAGGGTAGGCGACATCCTCAAGCATGG
CTTCATGGACGGAAGTGAGAGTCCTGTTGCGTGGTCTCTGAACAGCAGAGCCTTTCTTAG
GAGGACGCATGATTCTTCTGGTGGCAACAAAGATAACATCGTTACCACTGAACTTCTTCT
CGAGTTCTCTGACGAGACGAGGATGGATCTTGCGGAAAGCTTTCCTCAGTCTGAATGGAA
CGTAGATCACAACAGCCTTGCGGTTGCCAGCAATATCCATTGAAACAGCTTGGTTAATGT
AGAGATCTTTCAAATCACTTTTCAACTCCTGATTGGTGTTCTCCAAATCAAAGAAAGCCT
GAGCAACTCGCTCCTCAAACTCAGTTGGTGGAACACCCTTATCCTTGTGGATCTTGTTCT
GTGCAGAGAACATCTTGGCAGTTTCAGTTAACAACGACGAAGAACACTAGAAGGTGGA
GGAGA

QA 6 723 6 723
DS 

RD RR1B059TF 798 0 0
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TTTTTTTACTCTCAAACAGAACCAAAACTATCCGACAAAAAAGAAGAATTAAAACAACAT
TGTATCTCCTCAAGCTTCAGCGACTGGGTACTCGAAAACTACATCTTTCCCTGTAAGTTT
CCTGTACACACCAACCATTGTCTCAAGCTTGTACTCAGTGTTATTCCTCTCCTTAGGCTC
CAAATAGACCTTCATGATCTTGGTGCCATCAACACGGTATCTGGTACGCTTTCCGACAAT
CTCCGCAGGGTAGGCGACATCCTCAAGCATGGCTTCATGGACGGAAGTGAGAGTCCTGTT
GCGTGGTCTCTGAACAGCAGAGCCTTTCTTAGGAGGACGCATGATTCTTCTGGTGGCAAC
AAAGATAACATCGTTACCACTGAACTTCTTCTCGAGTTCTCTGACGAGACGAGGATGGAT
CTTGCGGAAAGCTTTCCTCAGTCTGAATGGAACGTAGATCACAACAGCCTTGCGGTTGCC
AGCAATATCCATTGAAACAGCTTGGTTAATGTAGAGATCTTTCAAATCACTTTTCAACTC
CTGATTGGTGTTCTCCAAATCAAAGAAAGCCTGAGCAACTCGCTCCTCAAACTCAGTTGG
TGGAACACCCTTATCCTTGTGGATCTTGTTCTGTGCAGAGAACATCTTGGCAGTTTCAGT
TAACAACGACGAAGAACACTAGAAGGTGGAGGAGAAAAGGTTTTACGGCTTCCTGCTTTT
CCAGAGCTTCGTGGTCCC

QA 1 798 1 798
DS 



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AGATCCACAAGGATAAGGGTGTTGCACCAACCGAGTTTGAAGAGCGAGTTGCTCAGGCTT
TCTTTGATCTGGAGAACACCAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTA
ACCAAGCTGTTTCGATGGATATTGCTGGCAACCGCAAGGCTGTTGTGATCTATGTTCCAT
TCAGACTGAGGAAAGCCTTCCGCAAGATCCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTCGAGAAGA
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CAGTCGCTGAAGCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FS42TF U 1
AF RR1DT28TF U 1
BS 1 418 RR1DT28TF
BS 419 419 RR1FS42TF
BS 420 482 RR1DT28TF
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RD RR1FS42TF 657 0 0
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CCTTCTAGTGTTCTTCGTCGTCGTTTACTGAAACTGCCAAGATGTTCTCTGCTCAGAACA
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TCTTTGATCTGGAGAACACCAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTA
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AAGGCTCTGCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCATGAAGCCATGC
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GCACCAAGATCATGAAAGTCTATTTGGAGCCTAAG*AGAGGAATAACACTGAGTACAAGC
TTGAGACAATGGTTGGTGTGTACAGGAAACTTACAGG*AAAGATGTAGTTTTCGAGT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1DT28TF 674 0 0
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CCTTCTAGTGTTCTTCGTCGTCGTTTACTGAAACTGCCAAGATGTTCTCTGCTCAGAACA
AGATCCACAAGGATAAGGGTGTTGCACCAACCGAGTTTGAAGAGCGAGTTGCTCAGGCTT
TCTTTGATCTGGAGAACACCAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTA
ACCAAGCTGTTTCGATGGATATTGCTGGCAACCGCAAGGCTGTTGTGATCTATGTTCCAT
TCAGACTGAGGAAAGCCTTCCGCAAGATCCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTCGAGAAGA
AGTTCAGTGGTAACGATGTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGTCCTCCTAATA
AAGGCTCTGCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCATGAAGCCATGC
TTTAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATG
GCACCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGC
TTGAGACAATGGTTGGTGTGTACAGGAAACTTACAGGGAAAGATGTAGTTTTCGAGTACC
CAGTCGCTGAAGCT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 7

CO CL908Contig1 970 7 15 U
GGACAAACCAACGATTCAAAATTTAGTTTCAGTCTAAAAATAACAATCGGGTTTCTAATA
TAAAACAAGCTCGGTGATTCACCAGAATAGTTGTCCTCTTCTCAAACATATCTCAGTTTA
TTGTTTGAAGCTAAGCTATTATAAAGAGATATCCAAAAGAAGAGAAGACCACCAAATAAA
AACAAAAAACAAAAAACAAAAATGACATCCAAAGCCTTTTTCTTCTCTTTCTTTGTCGTC
TCCTTCGTGTGTTTGTCCTCTCTGGCCGGATTTTCCGCCGCCGATGCTGATGATTTAGAC
CGTTTCCAGATTCAAGGATCAGTTTATTGTGACACTTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGT
CTCAGCAAATTCCTTGAAGGAGCGAAAGTGAAGTTGGAATGCAGGAGCAGAACAAACGGA
ACCCTAGCATTGACCAAAGAAGCCGTTACCGACAAAACGGGAAGCTACAAGATGGAAGTA
ACCGGCGACCACGAAGAAGAAGTTTGCGAGCTCGTGTTGGTGCAATCCCCAGACAGTGGT
TGCAGTGACGTCAGCAAAGATGCATACTTACGTAACGCCGCTAAGATCAGTCTAACAGCG
AATGACGGTATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTAAG
ACACCGTCAGCTGACTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGCTCGGTATTGTCCCTGACGTTACT
TTCTAAACGAAGATAGAAAATATTTATATATGAAATGGGAGATTTGATTTTCTATTTGCT
TCATTTTGAA*GGGGTTTCCGTCAAGTTTACCAATTATTATCATTATGAGTTTTAACATC
AACAGTAAAAACATTCAAAATTATTATTTTTATCTTTTTGTTCACTAATGATAGGTTGTT
ACTAAAGTCTACAAAGCCTCATCTTTGTTTACAGGCGCTAAAAATTCTATGATATTAAAA
GCCTAACGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1G593JQ C 139
AF RR1G593TF U 139
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AF RR1F607JQ C 305
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TTCT

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G

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GG
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AATGACATCCAAAGCCTTTTTCTTCTCTTTCTTTGTCGTCTCCTTCGTGTGTTTGTCCTC
TCTGGCCGGATTTTCCGCCGCCGATGCTGATGATTTAGACCGTTTCCAGATTCAAGGATC
AGTTTATTGTGACACTTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTCAGCAAATTCCTTGAAGG
AGCGAAAGTGAAGTTGGAATGCAGGAGCAGAACAAACGGAACCCTAGCATTGACCAAAGA
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CGAGACACGTATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTAAGACACCGTCAGCTGACTGTCC
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TATTTATATATGAAATGGGAGATTTGATTTTC
G

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TTTTTATTTGCTTCATTTTGAA*GGGGTTTCCGTCAAGTTTACCAATTATTATCATTATG
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CTTCTCTTTCTTTGTCGTCTCCTTCGTGTGTTTGTCCTCTCTGGCCGGATTTTCCGCCGC
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CATTATGAGTTTTAACATCAACAGTAAAAACATTCAAAATTATTATTTTTATCTTTTTGT
TCACTAATGATAGGT*GTTACTAAAGTCTACAAAGCCT

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TCCAGATTCAAGGATCAGTTTATTGTGACACTTGCCGTGTCCATTTCGTTACCCGTCTCA
GCAAATTCCTTGAAGGAGCGAAAGTGAAGTTGGAATGCAGGAGCAGAACAAACGGAACCC
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AAGTCTACAAAGCCTCATCTTTGTTTACAGGCGCTAAAAATTCTATGATATTAAAAGCCT
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QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 7

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CAGATCACCTCTTTAATCTGAGAAACAGTTTTTACCTAGGTGCGTATCAAGCGGCGATCA
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ACCGCGCTTACATCGCTCTTGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAATGAGATCGACGAAGCGT
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CTACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGAAGACTATAGCGAGGCTC
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TAAAGATGCACAGGTCAGATTATGCTGAGAAACAGCTGAGAGTGATGCAACAGTTTGATG
AAGACCACACTCTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCTGGCAGTTGGGGG*TTCC
AAGATACAGGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTCTCTGAGAAGTACCCAATGACAAGC
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GCATAAGGACTCTTTGTCTCACCTGGAGTCGTTGCTTTTATAATCTATCAGAATGAACAT
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GTAGCATTTTCTTTGATTTCTTCTCACCGAATCTTTTGTTGTCATTCTGTTCGAATTCGA
CAGTAGTAGAGATTTGTTCCTT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 40 40 40 40 40 40 40 10 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1BT75TF U 1
AF RR1CP44TF U 2
AF RR1ER32TF U 3
AF RR1AX20TF U 2
AF RR1CP44JQ C 296
AF RR1BT75JQ C 317
AF RR1ER32JQ C 457
BS 1 341 RR1BT75TF
BS 342 342 RR1AX20TF
BS 343 537 RR1BT75TF
BS 538 538 RR1AX20TF
BS 539 595 RR1BT75TF
BS 596 596 RR1AX20TF
BS 597 605 RR1BT75TF
BS 606 606 RR1AX20TF
BS 607 608 RR1BT75TF
BS 609 609 RR1AX20TF
BS 610 719 RR1BT75TF
BS 720 825 RR1AX20TF
BS 826 1083 RR1CP44JQ
BS 1084 1162 RR1BT75JQ

RD RR1BT75TF 719 0 0
GGGAGATCTGTGAGATCTAGAGGAAGAAGACGAGCAGAATGGCATCCATGGCGGCAGGAC
CAGATCACCTCTTTAATCTGAGAAACAGTTTTTACCTAGGTGCGTATCAAGCGGCGATCA
ACAACAGCGAGATCCCTAATCTTTCGCAGGAAGATATCATCGAGCGCGATTGCCTCGTCC
ACCGCGCTTACATCGCTCTTGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAATGAGATCGACGAAGCGT
CGGCTACTCCTCTTCAAGCAGTGAAGCTCCTCGCTATGTATCTATCGAGCCCTGAAAATA
AGGAATCAACCATTGCTAGCTTGAGGGAATGGTTGGCAGATTCAACTGGTGGAAACAATG
CTACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGAAGACTATAGCGAGGCTC
TTAAGCACACTCATTCTGGAGGAACCATGGACCTGCATGCTTTGAATGTCCAGATATTCA
TAAAGATGCACAGGTCAGATTATGCTGAGAAACAGCTGAGAGTGATGCAACAGTTTGGTG
AAGACCACACTCTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCTGGCAGTTGGGGGGTTCC
AAGATGCACGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTCTCTGAGAAGTACCCAATGACAAGC
TTGATCTTGAACAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCATATGGGCAACTTTGAAGAAGCTGA

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1CP44TF 672 0 0
G
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AACAGCGAGATCCCTAATCTTTCGCAGGAAGATATCATCGAGCGCGATTGCCTCGTCCAC
CGCGCTTACATCGCTCTTGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAATGAGATCGACGAAGCGTCG
GCTACTCCTCTTCAAGCAGTGAAGCTCCTCGCTATGTATCTATCGAGCCCTGAAAATAAG
GAATCAACCATTGCTAGCTTGAGGGAACGGTTGGCAGATCCAACTGGTGGAAACAATGCT
ACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGAAGACTATAGCGAGGCTCTT
AAGCACACTCATTCTGGAGGAACCATGGACCTGCATGCTTTGAATGTCCAGATATTCATA
AAGATGCACAGGTCAGATTATGCTGAGAAACAGCTGAGAGTGATGCAACAGTTTGATGAA
GACCACACTCTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCTGGCAGTTGGGGG*TTCCAA
GATACAGGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTCTCTGAGAAGTACCCAATGACAAGCTT
GATCTTGA
CAG

QA 2 669 2 669
DS 

RD RR1ER32TF 734 0 0
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GATCACCTCTTTAATCTGAGAAACAGTTTTTACCTAGGTGCGTATCAAGCGGCGATCAAC
AACAGCGAGATCCCTAATCTTTCGCAGGAAGATATCATCGAGCGCGATTGCCTCGTCCAC
CGCGCTTACATCGCTCTTGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAATGAGATCGACGAAGCGTCG
GCTACTCCTCTTCAAGCAGTGAAGCTCCTCGCTATGTATCTATCGAGCCCTGAAAATAAG
GAATCAACCATTGCTAGCTTGAGGGAATGGTTGGCAGATCCAACTGGTGGAAACAATGCT
ACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGAAGACTATAGCGAGGCTCTT
AAGCACACTCATTCTGGAGGAACCATGGACCTGCATGCTTTGAATGTCCAGATATTCATA
AAGATGCACAGGTCAGATTATGCTGAGAAACAGCTGAGAGTGATGCAACAGTTTGATGAA
GACCACACTCTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCTGGCAGTTGGGGGGTTCCAA
GATACAGGAAGCTTATCTAATCT**CAG*ATTTCTCTGAGAAGTACCCAATGACAAGCTT
GACCTTGA*CAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCATATGGGCAACTTTGAAGAAGCTGAGAC
TCCTCTGCTTGAAG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1AX20TF 824 0 0
G
GAGATCTGTGAGATCTAGAGGAAGAAGACGAGCAGAATGGCATCCATGGCGGCAGGACCA
GATCACCTCTTTAATCTGAGAAACAGTTTTTACCTAGGTGCGTATCAAGCGGCGATCAAC
AACAGCGAGATCCCTAATCTTTCGCAGGAAGATATCATCGAGCGCGATTGCCTCGTCCAC
CGCGCTTACATCGCTCTTGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAATGAGATCGACGAAGCGTCG
GCTACTCCTCTTCAAGCAGTGAAGCTCCTCGCTATGTATCTATCGAGCCCTGAAAATAAG
GAATCAACCATTGCTAGCTTGAGGGAATGGTTGGCAGATCCAACTGGTGGAAACAATGCT
ACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGAAGACTATAGCGAGGCTCTT
AAGCACACTCATTCTGGAGGAACCATGGACCTGCATGCTTTGAATGTCCAGATATTCATA
AAGATGCACAGGTCAGATTATGCTGAGAAACAGCTGAGAGTGATGCAACAGTTTGATGAA
GACCACACTCTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCTGGCAGTTGGGGG*TTCCAA
GATACAGGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTCTCTGAGAAGTACCCAATGACAAGCTT
GATCTTGAACAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCATATGGGCAACTTTGAAGAAGCTGAGAC
TCTTCTGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGCGAAAGACCCAGAAACTCTTGCAAACTTAGT
TGTGTGCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCATCACGTTAC

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DS 

RD RR1CP44JQ 788 0 0
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CAATGCTACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGAAGACTATAGCGA
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ATTCATAAAGATGCACAGGTCAGATTATGCTGAGAAACAGCTGAGAGTGATGCAACAGTT
TGATGAAGACCACACTCTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCTGGCAGTTGGGGG
*TTCCAAGATACAGGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTTTCTGAGAAGTACCCAATGA
CAAGCTTGATCTTGAACAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCATATGGGCAACTTTGAAGAAG
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ACTTAGTTGTGTGCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCATCACGTTACCTAAGCCAGC
TGAAACTGTCGCATCCAGAGCATGTACTTGTGAAGCGAGCAGCCTCTGCTGAAGATAACT
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ACAATGCATAAGGACTCTTTGTCTCACCTGGAGTCGTTGCTTTTATAATCTATCAGAATG
AACATCTTATTCTTACAACCCTATCGTGAAACTAGTATATGAATGTTTTTCTTTTCATTG
GACATGTA

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1BT75JQ 846 0 0
CTAGC
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ATGCTGAGAAACAGCTGAGAGTGATGCAACAGTTTGGTGAAGACCACACTCTCACTCAAC
TCGCCAGTGCATGGTTGAACCTGGCAGTTGGGGG*TTCCAAGATGCAGGAAGCTTATCTA
ATCTTCCAGGATTTCTCTGAGAAGTACCCAATGACAAGCTTGATCTTGAACAGCAAGGCG
GTTTGTTGCATGCATATGGGCAACTTTGAAGAAGCTGAGACTCTTCTGCTTGAAGCACTC
AACAAGGATGCGAAAGACCCAGAAACTCTTGCAAACTTAGTTGTGTGCAGTATTCATGTG
GGGAAACAATCATCATCACGTTACCTAAGCCAGCTGAAACTGTCGCATCCAGAGCATGTA
CTTGTGAAGCGAGCAGCCTCTGCTGAAGATAACTTCGAGAGAGCGCTTCAATCTTTCGCC
TGAAAGAACTCAAAATCCATGGTTCACTGCTAAAACAATGCATAAGGACTCTTTGTCTCA
CCTGGAGTTGTTGCTTTTATAATCTATCAGAATGAACATCTTATTCTTACAACCCTATCG
TGAAACTAGTATATGAATGTTTTTCTTTTCATTGGACATGTAGCATTTTCTTTGATTTCT
TCTCACCGAATCTTTTGTTGTCATTCTGTTCGAATTCGACAGTAGTAGAGATTTGTTCCT
T

QA 6 846 6 846
DS 

RD RR1ER32JQ 705 0 0
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TGAGAGTGATGCAACAGTTTGATGAAGACCACACTCTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGT
TGAACCTGGCAGTTGGGGG*TTCCAAGATACAGGAAGCTTATCTAATCT**CAGGATTTC
TCTGAGAAGTACCCAATGACAAGCTTGACCTTGAACAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCAT
ATGGGCAACTTTGAAGAAGCTGAGACTCCTCTGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGCGAAA
GACCCAGAAACTCTTGCAAACTTAGTTGTGTGCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCA
TCACGTTACCTAAGCCAGCTGAAACTGTCGCATCCAGAGCATGTACTTGTGAAGCGAGCA
GCCTCTGCTGAAGATAACTTCGAGAGAGCGCTTCAATCTTTCGCCTGAAAGAACTCAAAA
TCCATGGTTCACTGCTAAAACAATGCATAAGGACTCTTTGTCTCACCTGGAGTCGTTGCT
TTTATAATCTATCAGAATGAACATCTTATTCTTACAACCCTATCGTGAAACTAGTATATG
AATGTTTTTCTTTTCATTGGACATGTAGCATTTTCTTTGATTTCTTCTCACCGAATCTTT
TGTTGTCATTCTGTTCGAATTCGACAGTAGTAGAGATTTGTTCC
G

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 5

CO CL910Contig1 929 5 9 U
GGGTCCTTAAACGCGTAAATTCAATCTGAGAGGAGGAGAAAGATCAGATTCAAACGGCGG
GCGTCTATCTTAAGATCCAGAAAGAATCGTCATCGGAAATGTCTACGTTCAGTGGAGATG
AAACCGCTCCTTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCCGCAGCCCTCGTCTTCTCCTGCATGG
GAGCTGCATACGGAACAGCCAAGAGTGGCGTGGGAGTGGCATCGATGGGTGTGATGAGGC
CAGAGTTGGTGATGAAGTCTATCGTCCCTGTTGTCATGGCTGGTGTATTGGGTATCTATG
GTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGGATCAACCCCAAGGCCAAATCTTACTACC
TCTTCGACGGATATGCGCATCTCTCTTCTGGTCTCGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTTTCTG
CTGGAATGGCCATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTCAGGGCCAATGCTCAACAGCCAA
AGCTTTTCGTTGGTATGATTCTTATCCTCATTTTCGCTGAAGCTCTGGCTCTGTACGGTC
TCATCGTGGGGATCATCTTGTCCTCCCGAGCTGGTCAGTCCAGAGCCGAATGAGGAAGAG
TATGCTGCTTCTTCTTGGATTCTGCGTGATTCTTTCTTTTGCATTCCACCGGGATGTTCT
TATATTATTTATCAGGTTAGTAGGCACAACAGTGGTTTTGCTACGTGTAGACAAAAACCA
CACCTCATCAAAACTGTTGTTCTTTTTCAACTCTTCTGTTATGTTTTTTGTAATATTCGA
CCGTGACGGGTTCTTCTGTTCCCACTAAGATGTAACTGTGAGACACTATTATCACTCCAA
TAAATCACAGAAAACTCGATTTGATCTTGTTTTGTAAAGCTTCTTTTGGTTATAACTTCT
ATAACAATATTATCTCGAGGGATTGAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1DC39TF U 33
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GG
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AGTGGCATCGATGGGTGTGATGAGGCCAGAGTTGGTGATGAAGTCTATCGTCCCTGTTGT
CATGGCTGGTGTATTGGGTATCTATGGTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGGAT
CAACCCCAAGGCCAAATCTTACTACCTCTTCGACGGATATGCGCATCTCTCTTCTGGTCT
CGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTTTCTGCTGGAATGGCCATTGGTATTGTTGGTGATGCTGG
TGTCAGGGCCAATGCTCAACAGCCAAAGCTTTTCGTTGGTATGATTCTTATCCTCATTTT
CGCTGAAGCTCTGGCTCTGTACGGTCTCATCGTGGGGATCACCTTGTCCTCCCGAGCTGG
TCAGTCCAGAGCCGAATGAGGAAGAGTATGCTGCTTCTTCTTGGATTCTGCGTGATTCTT
TCTTTTGCTTTCCACCGGGATGTTCTTATATTATTTATC

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DS 

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GG
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CTTAAGATCCAGAAAGAATCGTCATCGGAAATGTCTACGTTCAGTGGAGATGAAACCGCT
CCTTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCCGCAGCCCTCGTCTTCTCCTGCATGGGAGCTGCA
TACGGAACAGCCAAGAGTGGCGTGGGAGTGGCATCGATGGGTGTGATGAGGCCAGAGTTG
GTGATGAAGTCTATCGTCCCTGTTGTCATGGCTGGTGTATTGGGTATCTATGGTTTGATT
ATTGCTGTTATCATCAGTACCGGGATCAACCCCAAGGCCAAATCTTACTACCTCTTCGAC
GGATATGCGCATCTCTCTTCTGGTCTCGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTTTCTGCTGGAATG
GCCATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTCAGGGCCAATGCTCAACAGCCAAAGCTTTTC
GTTGGTATGATTCTTATCCTCATTTTCGCTGAAGCTCTGGCTCTGTACGGTCTCATCGTG
GGGATCATCTTGTCCTCCCGAGCTGGTCAGTCCAGAGCCGAATGAGGAAGAGTATGCTGC
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AAACCGCTCCTTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCCGCAGCCCTCGTCTTCTCCTGCATGG
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CAGAGTTGGTGATGAAGTCTATCGTCCCTGTTGTCATGGCTGGTGTATTGGGTATCTATG
GTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGGATCAACCCCAAGGCCAAATCTTACTACC
TCTTCGACGGATATGCGCATCTCTCTTCTGGTCTCGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTTTCTG
CTGGAATGGCCATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTCAGGGCCAATGCTCAACAGCCAA
AGCTTTTCGTTGGTATGATTCTTATCCTCATTTTCGCTGAAGCTCTGGCTCTGTACGGTC
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TATGCTGCTTCTTCTTGGATTCTGCGTGATTCTTTCTTTTGCTTTCCACCGGGATGTTCT
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CCGTGACGGGTTCTTCTGTTCCCACTAAGATGTAACTGTGAGACACTATTATCACTCCA*
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G
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GCTGTTATCATCAGTACCGGGATCAACCCCAAGGCCAAATCTTACTACCTCTTCGACGGA
TATGCGCATCTCTCTTCTGGTCTCGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTTTCTGCTGGAATGGCC
ATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTCAGGGCCAATGCTCAACAGCCAAAGCTTTTCGTT
GGTATGATTCTTATCCTCATTTTCGCTGAAGCTCTGGCTCTGTACGGTCTCATCGTGGGG
ATCATCTTGTCCTCCCGAGCTGGTCAGTCCAGAGCCGAATGAGGAAGAGTATGCTGCTTC
TTCTTGGATTCTGCGTGATTCTTTCTTTTGCATTCCACCGGTATGTTCTTATATTATTTA
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ATCTCGAGGGATT

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TATCCTCATTTTCGCTGAAGCTCTGGCTCTGTACGGTCTCATCGTGGGGATCATCTTGTC
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TGCGTGATTCTTTCTTTTGCATTCCACCGGTATGTTCTTATATTATTTATCAGGTTAGTA
GGCACAACAGTGGTTTTGCTACGTGTAGACAAAAACCACACCTCATCAAAACTGTTGTTC
TTTTTCAACTCTTCTGTTATGTTTTTTGTAATATTCGACCGTGACGGGTTCTTCTGTTCC
CACTAAGATGTAACTGTGAGACACTATTATCACTCCAATAAATCACAGAAAACTCGATTT
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TTGAATG

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DS 



AS 1 7

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CTCACTTTTTTTCTTATCTTTTACCATCCCCTCTCAATCAAAATGGCGGTGAAAGCAACA
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CAGATCCTCATCGTCGCGGCGGATAACGTCGGGTCCACTCAGCTCCAGAACATACGGAAA
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AAGCTTCATGCTCAGAAGACGGGGAACGATGGGTTCCTCAATCTCATCCCTCTTCTTCAG
GGGAACGTTGGGCTTATCTTTACCAAGGGTGACTTGAAGGAAGTCAGTGAGGAGGTTGCT
AAGTACAAGGTTGGAGCTCCAGCTCGTGTTGGCTTAGTTGCTCCAATCGATGTGGTTGTG
CAACCAGGCAACACTGGCCTCGACCCATCCCAGACCTCTTTCTTCCAGGTGCTCAACATT
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GGCGACAAGGTCGGTTCATCCGAGGCAGCTCTTCTGGCCAAGCTCGGTATCAGGCCGTTC
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CTTAACCTCACTGAAGACGACCTTGTTGAAAAGTTTGCTGCTGGTGTCTCGCTGTTGACC
GCGTTTTCTCTTGCCATCTCTTACCCAACCATAGCAGCTGCGCCTCACATGTTCCTCAAT
GCTTACAAGAATGTTCTTGCTATTGCATTGGCTACTGAGTATTCTTTTCCTCAGGCTGAG
AATGTGAAGGAGTTCCTCAAGGATCCAAGCAAGTTTACTGTTGCTTCGGCGGCTGCACCT
GTTTCAGGAGAATCTAGTGGAGCTCCTGTGGTGGCAGCTGTGGAGGAAGAAGCTGCGGAG
GAGTCTGATGGAGACATGGGATTCGATCTGTTCGGCTAAAATATGCCCGTCTTAAGCTTT
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GAATTTCGTTGTTGCAATTTATGGATATTTTATTTTATCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1C212TF U 1
AF RR1DR84TF U 1
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DS 

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CAACCAGGCAACACTGGCCTCGACCCATCGCAGACCTCTTTCTTCCAAGTGCTCAACATT
CCAACCAAGATCAAC

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DS 

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AAAGCGACGGCGCTACTTCGCTGTCCGCCTTGTACGAGCTCGAGCTTCGTCTAGGCCCTC
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AAGCTTCATGCTCAGAAGACGGGGAACGATGGGTTCCTCAATCTCATGCCTCTTCTTCAG
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AAGTACAAGGTTGGAGCTCCAGCTCGTGTTGGCTTAGTTGCTCCAATTGATGTGGTTGTG
CAACCAGGCAACACTGGCCTCGACCCATCGCAGACCTCTTTCTTCCAAGTGCTCAACATT
CCAACCAAGATCAACAAAGGCACGGTTGAGATCATAACCCCTGTTGAGCTCATCAAGAAA
GGCGA

QA 1 665 1 665
DS 

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TTTTTATTTTTAGGGTTTCTCCTTTTCTCCTCCTAACCCACACAACACTCTCCCGAGGTT
AAAGCGACGGCGCTACTTCGCTGTCCGCCTTGTACGAGCTCGAGCTTCGTCTAGGCCCTC
CTCACTTTTTTTCTTATCTTTTACCATCCCCTCTCAATCAAAATGGCGGTGAAAGCAACA
AAGGCGGAGAAGAAGATCGTTTACGACTCGAAGCTGTGCCAGCTTCTGAATGAGTATCCT
CAGATCCTCATCGTCGCGGCGGATAACGTCGGGTCCACTCAGCTCCAGAACATACGGAAA
GGTCTCCGCGGAGATTCCGTTGTTCTCATGGGGAAGAACACGATGATGAAGAGATCTGTT
AAGCTTCATGCTCAGAAGACGGGGAACGATGGGTTCCTCAATCTCATCCCTCTTCTTCAG
GGGAACGTTGGGCTTATCTTTACCAAGGGTGACTTGAAGGAAGCCAGTGAGGAGGTTGCT
AAGTACAAGGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGCTTAGTTGCTCCAATCGATGTGGTTGTG
CAACCAGGCAACACTGGCCTCGACCCGTCCCAGACCTCTTTCTTCCAGGTGCTCAACATT
CCAACCAAGATCAACAAAGGCACGGTTGAGATCATAACCCCTGTGGAGCTCATCAAGAAG
GGCGACAAGGTCGGTTCATCCGAGGCAGCTCTTCTGGCCAAGCTCGGTATCAG*CCGTTC
TCTTAT

QA 1 726 1 726
DS 

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G
GAGGCAGCTCTTCTGGCCAAGCTCGGTATCAGGCCGTTCTCTTATGGTCTCGTCGTGGAG
TCAGTATACGACAACGGCTCTGTGTTTGACCCTGAGGTGCTTAACCTCACTGAAGACGAC
CTTGTTGAAAAGTTTGCTGCTGGTGTCTCGCTGTTGACCGCGTTTTCTCTTGCCATCTCT
TACCCAACCATAGCAGCTGCGCCTCACATGTTCCTCAATGCTTACAAGAATGTTCTTGCT
ATTGCATTGGCTACTGAGTATTCTTTTCCTCAGGCTGAGAATGTGAAGGAGTTCCTCAAG
GATCCAAGCAAGTTTACTGTTGCTTCGGCGGCTGCACCTGTTTCAGGAGAATCTAGTGGA
GCTCCTGTGGTGGCAGCTGTGGAGGAAGAAGCTGCGGAGGAGTCTGATGGAGACATGGGA
TTCGATCTGTTCGGCTAAAATATGCCCGTCTTAAGCTTTACACCTGTTATTTTTATGATT
ATCAGTTTAAGTTGAACTTTTTATT

QA 2 506 2 506
DS 

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CTGTTCGGCTAAAATATGCCCGTCTTAAGCTTTACCCCTGTTAT

QA 1 104 1 104
DS 

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CTTTCTTCCAGGTGCTCAACATTCCAACCAAGATCAACAAAGGCACGGTTGAGATCATAA
CCCCTGTGGAGCTCATCAAGAAGGGCGATAAGGTCGGTTCATCCGAGGCAGCTCTTCTGG
CCAAGCTCGGTATCAGGCCGTTCTCTTATGGTCTCGTCGTGGAGTCAGTATACGACAACG
GCTCTGTGTTTGACCCTGAGGTGCTTAACCTCACTGAAGACGACCTTGTTGAAAAGTTTG
CTGCTGGTGTCTCGCTGTTGACCGCGTTTTCTCTTGCCATCTCTTACCCAACCATAGCAG
CTGCGCCTCACATGTTCCTCAATGCTTACAAGAATGTTCTTGCTATTGCATTGGCTACTG
AGTATTCTTTTCCTCAGGCTGAGAATGTGAAGGAGTTCCTCAAGGATCCAAGCAAGTTTA
CTGTTGCTTCGGCGGCTGCACCTGTTTCAGGAGAATCTAGTGGAGCTCCTGTGGTGGCAG
CTGTGGAGGAAGAAGCTGCGGAGGAGTCTGATGGAGACATGGGATTCGATCTGTTCGGCT
AAAATATGCCCGTCTTAAGCTTTACACCTGTTATTTTTATGATTATCAGTTTAAGTTGAA
CTTTTTATTAAAATTTACTTTCAGAATTTCGTTGTTGCAATTTATGGATATTTTATTTTA
TCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 2 6

CO CL912Contig1 980 4 7 U
GGAAAGCAAAACAAACAAAGTAACAATAAAATGGAGATAGTGACGAGTTTTGTCTATCCA
CCGCCTCCGTCGATACTTCTCAACACTATGAGCGTCGTGGGTTTAGTCTCTCTGGCGAAG
GTCGGTTTGTCGGAAGTGAGAGGGATTCATCTCAAATACTCCAAATTCAACAACAACAAC
AACAAAGCATCTTCACCATCGCCACAACCAGAGAAACATCCTCTCGGCAGCTTCTCGAGC
CGAACCGGAATGCTTTTGTTATACACACCTGCCTTCCTAGCCGCTGCTGCTTCTTTCTTC
ATCTCACCTTCCGATGATCTCAGGTTTCTTCTCCTCAAATCCGCCCTCGCCCTCCATTTC
TTCAAGAGGATCTTCGAGGTTCTGTTCATTCACAAGTACAGTGGAGAGATGGCTATAGAC
TCAGCTCTCACCATAACCAGCAGCTACTTCTCATCCACGGCGTTGCTGCTATACAGCCAG
AACTTCACGCTTGGACTAACCGAGCCAGCTTTCGATCTGAAACCCCTCGGGATTGTGATG
TTTGTGGTGGGGATCGTTGGGAACCTGTATCACCATGTTTTGCTAGCTAAGCTAAGGAGT
GAAGATGGGACTAAAGAGTACAAGATACCCAAAGGCGGTCTCTTCGACACGATCATATGT
CCTCACTATTTGTTCGAGATCCTTGTCTTTTGGAGCTTCTTTATGGTTTCTCAGACCATT
TACTCGTTTTCTTTCGCCATGGGAACCACTTTCTATCTCGTTGGTCGGAGCTATGCTACG
AGGAGTTGGTATCTTTCTAAGTTCGATGACTTCCCTAAGCACATCAAGGCTCTGATTCCC
TTTGTGTTCTAGTGAGATTATCTCTGCTACCAAATACTTCTTTTCTTTTTTCTTTCACTT
AGAATTGTGGAAGACTGATTTCATATCACTACTAATAATGTTTTATGAGGATTATTTGCT
TATTTTTAATCACATTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1G790TF U 15
AF RR1ET70TF U 1
AF RR1G790JQ C 280
AF RR1ET70JQ C 312
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RD RR1G790TF 616 0 0
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AAAATGGAGATAGTGACGAGTTTTGTCTATCCACCGCCTCCGTCGATACTTCTCAACACT
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CTTCTCCTCAAATCCGCCCTCGCCCTCCATTTCTTCAAGAGGATCTTCGAGGTTCTGTTC
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GCTTTCGATCTGAAACCCCTCGGGATTGTGATGTTTGTGGTGGGGATCGTTGGGAACCTG
TATCACCATGTTTTGCTAGCTAAGCTAAGGAGTGAAGATGGGACTAAAGAGTACAAGATA
CCC

QA 14 616 14 616
DS 

RD RR1ET70TF 696 0 0
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GTCGGTTTGTCGGAAGTGAGAGGGATTCAT*TCAAATACTCCAAATTCAACAACAACAAC
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CGAACCGGAATGCTTTTGTTATACACACCTGCCTTCCTAGCCGCTGCTGCTTCTTTCTTC
ATCTCACCTTCCGATGATCTCAGGTTTCTTCTCCTCAAATCCGCCCTCGCCCTCCATTTC
TTCAAGAGGATCTTCGAGGTTCTGTTCATTCACAAGTACAGTGGAGAGATGGCTATAGAC
TCAGCTCTCACCATAACCAGCAGCTACTTCTCATCCACGGCGTTGCTGCTATACAGCCAG
AACTTCACGCTTGGACTAACCGAGCCAGCTTTCGATCTGAAACCCCTCGGGATTGTGATG
TTTGTGGTGGGGATCGTTGGGAACCTGTATCACCATGTTTTGCTAGCTAAGCTAAGGAGT
GAAGATGGGACTAAAGAGTACAAGATACCCAAAGGCGGTCTCTTCGACACGATCATATGT
CCTCACTATTTGTTCGAGATCCTTGTCTTTTGGAGC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1G790JQ 701 0 0
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TCCGCCCTCGCCCTCCATTTCTTCAAGAGGATCTTCGAGGTTCTGTTCATTCACAAGTAC
AGTGGAGAGATGGCTATAGACTCAGCTCTCACCATAACCAGCAGCTACTTCTCATCCACG
GCGTTGCTGCTATACAGCCAGAACTTCACGCTTGGACTAACCGAGCCAGCTTTCGATCTG
AAACCCCTCGGGATTGTGATGTTTGTGGTGGGGATCGTTGGGAACCTGTATCACCATGTT
TTGCTAGCTAAGCTAAGGAGTGAAGATGGGACTAAAGAGTACAAGATACCCAAAGGCGGT
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TTTATGGTTTCTCAGACCATTTACTCGTTTTCTTTCGCCATGGGAACCACTTTCTATCTC
GTTGGTCGTAGCTATGCTACGAGGAGTTGGTATCTTTCTAAGTTCGATGACTTCCCTAAG
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CTTTTCTTTTTTCTTTCACTTAGAATTGTGGAAGACTGATTTCATATCACTACTAATAAT
GTTTTATGAGGATTATTTGCTTATTTTTAATCACATTT
TTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1ET70JQ 669 0 0
CGATGATCTCAGGTTTCTTCTCCTCAAATCCGCCCTCGCCCTCCATTTCTTCAAGAGGAT
CTTCGAGGTTCTGTTCATTCACAAGTACAGTGGAGAGATGGCTATAGACTCAGCTCTCAC
CATAACCAGCAGCTACTTCTCATCCACGGCGTTGCTGCTATACAGCCAGAACTTCACGCT
TGGACTAACCGAGCCAGCTTTCGATCTGAAACCCCTCGGGATTGTGATGTTTGTGGTGGG
GATCGTTGGGAACCTGTATCACCATGTTTTGCTAGCTAAGCTAAGGAGTGAAGATGGGAC
TAAAGAGTACAAGATACCCAAAGGCGGTCTCTTCGACACGATCATATGTCCTCACTATTT
GTTCGAGATCCTTGTCTTTTGGAGCTTCTTTATGGTTTCTCAGACCATTTACTCGTTTTC
TTTCGCCATGGGAACCACTTTCTATCTCGTTGGTCGGAGCTATGCTACGAGGAGTTGGTA
TCTTTCTAAGTTCGATGACTTCCCTAAGCACATCAAGGCTCTGATTCCCTTTGTGTTCTA
GTGAGATTATCTCTGCTACCAAATACTTCTTTTCTTTTTTCTTTCACTTAGAATTGTGGA
AGACTGATTTCATATCACTACTAATAATGTTTTATGAGGATTATTTGCTTATTTTTAATC
ACATTTTTT

QA 1 669 1 669
DS 



CO CL912Contig2 949 2 2 U
GGACCCAACAGAGTAACAAAAAATGGAGATGGTGACGAGTTTTGTATATCCACCGCCTCC
GTCGATACTGCTCAACACCATGAGCGTCGTTGGTTTAGTCTCTCTGGCGAAGGTCGGTTG
GTCGGAAGTAAGAGGAATTCATCTCAAATACTCCAAATTCAACAAACCACAACAGCCGCA
GAAACCTCCTCTCGGCAGCTTCTCCAGCCGAACCGGAATGCTTCTGCTATACACACCTGC
CTTCCTAGCCGCGGCTGCTTCTTTCTTCCTCGTACCTTCTGATGATCTCAGGTTTCTTCT
CCTCAAATCCGCACTTGCCCTCCATTTCTTCAAAAGGATCTTCGAGGTTATGTTCATTCA
CAAGTACAGCGGAGAGATGGCTATAGAGTCAGCTCTCACCATAACCAGCAGCTACTTCTC
ATCCACGGCGTTGCTGCTATACAGCCAGAACTTCACGCTTGGACTAACCGAGCCAGCTTT
CGATCTGAAACCCCTCGGGATTGTGATGTTTGTGGTGGGGATCGTTGGGAACCTGTATCA
CCATGTTTTGCTAGCTAAGCTGAGGAGTGAAGATGGGACTAAAGAGTACAAGATACCCAA
AGGCGGTTTTTTCGACACGATCATATGTCCTCACTATTTGTTCGAGATCCTTGTCTTTTG
GAGCTTCTTTATGGTTTTTCAGACCATTTACTCGTTTTCTTTCGCCATGGGAACCACTTT
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CCCTAAGCACATCAAGGCTTTGATTCCCTTTGTGTTTTAGTGAGATTATCTGTGCTGCCA
AATGTTTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTCACTTAGAATTGTGGAAGCCTGATTTCATATCAC
TAATAATGTTTGTGAGGATTATTTGCTTATTTATAATCACATTTATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV19TF U 1
AF RR1GV19JQ C 445
BS 1 560 RR1GV19TF
BS 561 949 RR1GV19JQ

RD RR1GV19TF 560 0 0
GGACCCAACAGAGTAACAAAAAATGGAGATGGTGACGAGTTTTGTATATCCACCGCCTCC
GTCGATACTGCTCAACACCATGAGCGTCGTTGGTTTAGTCTCTCTGGCGAAGGTCGGTTG
GTCGGAAGTAAGAGGAATTCATCTCAAATACTCCAAATTCAACAAACCACAACAGCCGCA
GAAACCTCCTCTCGGCAGCTTCTCCAGCCGAACCGGAATGCTTCTGCTATACACACCTGC
CTTCCTAGCCGCGGCTGCTTCTTTCTTCCTCGTACCTTCTGATGATCTCAGGTTTCTTCT
CCTCAAATCCGCACTTGCCCTCCATTTCTTCAAAAGGATCTTCGAGGTTATGTTCATTCA
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ATCCACGGCGTTGCTGCTATACAGCCAGAACTTCACGCTTGGACTAACCGAGCCAGCTTT
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CCATGTTTTGCTAGCTAAGC

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1GV19JQ 505 0 0
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GATGTTTGTGGTGGGGATCGTTGGGAACCTGTATCACCATGTTTTGCTAGCTAAGCTGAG
GAGTGAAGATGGGACTAAAGAGTACAAGATACCCAAAGGCGGTTTTTTCGACACGATCAT
ATGTCCTCACTATTTGTTCGAGATCCTTGTCTTTTGGAGCTTCTTTATGGTTTTTCAGAC
CATTTACTCGTTTTCTTTCGCCATGGGAACCACTTTTTATCTCGTTGGTCGGAGCTATGC
TACGAGGAGTTGGTATCTTTCTAAGTTCGATGACTTCCCTAAGCACATCAAGGCTTTGAT
TCCCTTTGTGTTTTAGTGAGATTATCTGTGCTGCCAAATGTTTTTTTTTTTTCTTTTTCT
TTCACTTAGAATTGTGGAAGCCTGATTTCATATCACTAATAATGTTTGTGAGGATTATTT
GCTTATTTATAATCACATTTATTTG

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 7

CO CL913Contig1 801 7 12 U
GGAAAGGAAGAGAAAAGACGCACACCGAAGACTCGACTCCCAATCATCTCCTTCCTTCTT
CGTCTCTGAAACTAATTTTGATTCAGCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGAATGGCAGT
CCATGATGACTGCAAGCTCAAGTTTCTGGAGCTCAAGGCCAAGCGGACTTACCGTTTCAT
CGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAACAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCGAGCCTGG
TCAATCCCACGACGACTTTGCTGCTAGTCTCCCTGCCGATGAATGCCGTTACGCTGTTTT
CGATTTCGATTTCGTCACTGCTGAGAGCTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCGTCGCATG
GTCTCCGGACACAGCAAGGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTT
TAAGCGTGAGCTTGATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACTGATCCAACCGAGATGGA
TCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGACAATAT
ATTTGGTTGAATCCAACTACTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTGCTGTGA
AGGCAACCACCAACCAAAACAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGTCT
TTTATATTTTTTTTGGTCCTTGCAGTGTTTTGCTTAAAACTTTAAGAGATTTGGCTTGTG
CTCTTTTACCATTGTGTAAGAAACCCCCCCAAACCCTTTACCAAAAAAAATGAATCTTAT
TGGCAATGGCACATTGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G587TF U 16
AF RR1GY67TF U 1
AF RR1CC26TF U 18
AF RR1CP06TF U 18
AF RR1CC26JQ C 75
AF RR1G587JQ C 183
AF RR1GY67JQ C 347
BS 1 238 RR1GY67TF
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BS 240 374 RR1GY67TF
BS 375 375 RR1CC26TF
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BS 378 687 RR1GY67TF
BS 688 698 RR1CC26TF
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BS 700 745 RR1CC26TF
BS 746 762 RR1CC26JQ
BS 763 801 RR1G587JQ

RD RR1G587TF 184 0 0
GGTG
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GATTCAACAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGAATGGCAGCCCATGATGACTGCAAGCCC
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QA 5 184 5 184
DS 

RD RR1GY67TF 687 0 0
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CGTCTCTGAAACTAATTTTGATTCAGCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGAATGGCAGT
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CGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAACAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCGAGCCTAG
TCAATCCCACGACGACTTTGCTGCTAGTCTCCCTGCCGATGAATGCCGTTACGCTGTTTT
CGATTTCGATTTCGTCACTGCTGAGAGCTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCGTCGCATG
GTCTCCGGACACAGTAGGGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTT
TAAGCGTGAGCTTGATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACTGATCCAACCGAGATGGA
TCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGACAATAT
ATTTGGTTGAATCCAACTACTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTGCTGTGA
AGGCAACCACCAACCAAAACAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGTCT
TTTATATTTTTTTTGGTCCTTGCAGTG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1CC26TF 728 0 0
GG
GCACACCGAAGACTCGACTCCCAATCATCTCCTTCCTTCTTCGTCTCTGAAACTAATTTT
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AAGTTTCTGGAGCTCAAGGCCAAGCGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAG
CAGCAGAAACAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCGAGCCTGGTCAATCCCACGACGACTTT
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CGAGCCAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGACAATATATTTGGTTGAATCCAACTA
CTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTGCTGTGAAGGCAACCACCAACCAAAA
CAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTTGGTCC
TTGCAGTGTTTTGCTTAAA*CTTTAAGAGATTTGGCTTGTGCTCTTTTACCATTGTGTAA
GAAACC

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR1CP06TF 705 0 0
GG
GCACACCGAAGACTCGACTCCCAATCATCTCCTTCCTTCTTCGTCTCTGAAACTAATTTT
GATTCAGCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGAATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTC
AAGTTTCTGGAGCTCAAGGCCAAGCGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAG
CAGCAGAAACAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCGAGCCTGGTCAATCCCACGACGACTTT
GCTGCTAGTCTCCCTGCCGATGAATGCCGTTACGCTGTTTTCGATTTCGATTTCGTCACT
GCTGAGAGTTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCGTCGCATGGTCTCCGGACACAGCAAGG
GTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTAAGCGTGAGCTTGATGGA
ATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACTGATCCAACCGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGC
CGAGCCAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGACAATATATTTGGTTGAATCCAACTA
CTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTGCTGTGAAGGCAACCACCAACCAAAA
CAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTACTGTCTTTTATATTTTTTT*GGTCC
TTGCAGTGTTT*GCTTAAA*CTTTAAGAGATTTGGCTTGTGCT

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR1CC26JQ 688 0 0
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AGCTCAAGTTTCTGGAGCTCAAGGCCAAGCGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCG
AGGAGCAGCAGAAACAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCGAGCCTGGTCAATCCCACGACG
ACTTTGCTGCTAGTCTCCCTGCCGATGAATGCCGTTACGCTGTTTTCGATTTCGATTTCG
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CAAGGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTAAGCGTGAGCTTG
ATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACTGATCCAACCGAGATGGATCTCGATGTTTTCA
AAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGACAATATATTTGGTTGAATCC
AACTACTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTGCTGTGAAGGCAACCACCAAC
CAAAACAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTT
GGTCCTTGCAGTGTTTTGCTTAAAACTTTAAGAGATTTGGCTTGTGCTCTTTTACCATTG
TGTAAGAAACCCCCCCAAACCCTTTACC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1G587JQ 619 0 0
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AATCCCACGACGACTTTGCTGCTAGTCTCCCTGCCGATGAATGCCGTTACGCTGTTTTCG
ATTTCGATTTCGTCACTGCTGAGAGCTGCCAGAAGAGCAAGATTTTTTTCGTCGCATGGT
CTCCGGACACAGCAAGGGTGAGAAGCAAGATGATTTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTA
AGCGTGAGCTTGATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACTGATCCGACCGAGATGGATC
TCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGACAATATAT
TTGGTTGAATCCAACTACTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTGCTGTGAAG
GCAACCACCAGCCAAAACAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGTCTTT
TATATTTTTTTTGGTCCTTGCAGTGTTTTGCTTAAAACTTTAAGAGATTTGGCTTGTGCT
CTTTTACCATTGTGTAAGAAACCCCCCCAAACCCTTTACCAAAAAAAATGAATCTTATTG
GCAATGGCACATTGTGTCC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1GY67JQ 440 0 0
TTT
TTCGTCGCATGGTCTCCGGACACAGTAGGGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCT
AAGGATAGGTTTAAGCGTGAGCTTGATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACTGATCCA
ACCGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCT
CCAGACAATATATTTGGTTGAATCCAACTACTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAA
GTTTGCTGTGAAGGCAACCACCAACCAAAACAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCT
TCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTTGGTCCTTGCAGTGTTTTGCTTAAAACTTTAAGAGA
TTTGGCTTGTGCTCTTTTACCATTGTGTAAGAAACCCCCCCAAACCCTTTACCAAAAAAA
ATGAATCTTATTGGCA
T

QA 4 439 4 439
DS 



AS 1 7

CO CL914Contig1 999 7 12 U
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TCGTCTTCTTCGTCAAATTATCTTCTCTCCGATCAAAAAGTCGCTAGAGTGATCAGGTTA
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AACGTTGCAGCCATGGCGCTTAACCCTCAGTTGATGCCCAATGGGATGCCTGTTCCCTTT
GTTAATGAAATGTTTGTTCTCGTCAGAGATGGCGTTGAGTTTGAAGTCGACAAGATTCCT
GGAGGACATGGAGGTCATGTTAAGGCCAAGGGAGTGATATACTTGTCTAACATTCGGATG
GTCTTTGTTGCAAGCAAGCCTGTTGAGAACTTTGTTGCTTTTGACATGCCTATGCTTTAC
ATCCACGCGGAGAAATTCAACCAGCCAATATTCCACTGCAACAATATATCTGGACAAGTC
GAGCCTGTGGTACCAGAGAACGAGCACAGAGCACTGTATTCGACACACAGTTTCAAGATC
TTATTCAAGGAAGGTGGCTGCGGGACGTTTGTTCCTCTCTTCTTGAATCTCATATCGTCA
GTGAGGCAGTACAACAGACAAATGCAACAAGCAGCGGCAGCACCACGTGTTGATCCTCTT
CAAGCTGCACAGACCCCTGTTGATGAAATGATGAGACATGCATACGTGGACCCTAATGAT
CCAACGAAGATATATCTGCAGCAGCCATCTGGGGAATCTCAGTTGAGGCGTCGAGCTTAC
CATTCGAGTGCAGCGGAGCATTGATGACACAATAACAAAGAAGATACAAGAGGGTGGTGG
GGATGCAGATAAGCAGAGCAACAGATGTGTTGTTGTTGCAAATAAGTAAAAGCGTTGTTG
GTTTGTTCAAACATAAGTAAAACTAAAACCACTTTGTGTAATGAGAAAGAAAAAGACTTG
TTGGTTATGTATATGTGAAAATTTGGATTCTCTATAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 
35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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CAAGCTGCACAGACCCCTGTTGATGAA

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AA
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AAAAAGACTTGTTGGTT

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ATATCTGGACAAGTCGAGCCTGTGGTACCAGAGAACGAGCACAGAGCACTGT*TTCGACA
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AAAGAAAAAGACTTGTTGGTTATGTATATGTGAAAATTTGGATTCTCTATAATT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 7

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AAGGCATGACAATGATCAGATCCATCTCGATGGCAGCGCTCCTCGTGGCACTAGTTGCAT
CCATCTCCATGGTTTCATCCGCTTCAGCATCTCCTGAAACAGAGTTTGTTAAGAAGACCA
TCTCTTCCCACAAGATTGTCATCTTCTCCAAATCCTACTGCCCGTATTGCAGGAGAGCAA
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AATTACTGCAAGTTGAGTTAAAAA


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 10 10 10 10 10 

AF RR1D617TF U 1
AF RR1D617JQ C 214
AF RR1DU31TF U 9
AF RR1BJ53TF U 9
AF RR1AZ54TF U 9
AF RR1ED91JQ C 9
AF RR1ED91TF U 9
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BS 9 10 RR1DU31TF
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TCTCTTCCCACAAGATTGTCATCTTCTCCAAATCCTACTGCCCGTATTGCAGGAGAGCAA
AGTCTGTGTTCAGTGAGCTGAATCAGGTTCCTCATGTCGTTGAGCTTGACGAAAGAGAAG
ATGGGGGCAGTATCCAGAGTGCACTTGGAGAGATTGTCGGAAGGCGAACAGTGCCACAGG
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GGGAACTGGCCAAGCTTCTTGGCGTTTCCGGAAACACCAGAGCTGAACTCTAAGGCTGAA
ATATAGTTCAAATAACTGATAAAACTCTGTGTCTGTGTTTATCAGTTGTTCGAAAATTTG
TAATGGGGTCCTGAAGATTTTAGAACAGCTTGAGAAGACGTTGTTAAAACATATATTATC
AATTACTGCAAGTTGAGTTAAAAA

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ATGTCGTTGAGCTTGACGAAAGAGAAGATGGGGGCAGTATCCAGAGTGCACTTGGAGAGA
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TGTGTTTATCAGTTGTTCGAAAATTTGTAATGGGGTCCTGAAGATTTTAGAACAGCTTGA
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AAA

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CAAGTTGAGTT
AA

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CAAGTTGAGTT

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GACGGAAAGCACGTCGGAGGATCAGATGATACCGTAGACGCGCATGAGAGCGGGGAACTG
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TCCTGAAGATTTTAAAACAGCTTGAGAAGACGTTGTTAAAACATATATTATCAATTACTG
CAAGTTGAGTT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 6

CO CL916Contig1 1092 6 4 U
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CTTATCTTCTCCTCTGATGGCGGCAAGTTACAATCCCTTTGCTAGCCCTCGGTTTCTCTC
TTCGTCTTCTTCAGTACTCGTCCCCGGCGGCGGCGGCGGTCTCGCCGTGAAATGGCATGG
ACTAGCTTCGAAACCGGCGAGGACGGTGAATCTCTCGGTGAAGTCGCGCCAGACGGATTA
CTTCGAGAAGCAGAGGTTCGGTGACTCATCATCTTCTTCACAGAACGGTGAAGGAGGACC
TGCTAGGTTTTACGTGGGTCATTCGATATACAAAGGGAAAGCTGCGTTAACAGTGGAGCC
AAGAGCACCGGAGTTTGTGTCTTTAGACTCTGGAGCTTTCAAGTTGTCCAAAGACGGGTT
TCTACTGCTTCAGTTTGCTCCTGCAGCTGGTGTAAGGCAATACGATTGGAGCAAGAAACA
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TTGTGAGTTCTTCCATGATCCTAACAAGGGGAAAAGTGATGAGGGAAAGGTGAGGAAAGT
GTTGAAAGTTGAGCCTCTCCCTGATGGTTCTGGACACTTCTTTAACCTAAGTGTTCAAAA
CAAGCTGTTGAATGTTGATGAGAGCATTTACATACCAATCACTAGAGCAGAGTTTACTGT
TCTGGTCTCTGCTTTCAATTTCGTCTTGCCTTACCTTATAGGCTGGCACGCATTTGCGAA
CTCCATCAAACCAGAAGAGACAATCCGTACGAACAACGCTTCATCTAACTACGGAGGAGA
CTATGAATGGAATAGATAGATGAATTTTCTAAAGGCCCATAGGAGAATAATCTTATCCTT
GTTTGCGGATAGTGTTCTTGAAGAATGTTCTTTGTTCGTAGCTGGCAGAATAGACTAAAA
GTAGTGCTTTTTTTGACCAAACGTGGAAAGTGAACAACAAAATCCGTTGTATTGTATCTC
AAAACATCAGTTTATTGTCTTGTCTTATCTTATTTTAGCTGTTTTTTTATATTAGAGCAA
ATGTCAAAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT41TF U 35
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AF RR1G574TF U 23
AF RR1GV47TF U 25
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GGA
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GTTAGCCTAGGCCCCAGGGAGTCTTGT

QA 4 510 4 510
DS 

RD RR1C339TF 653 0 0
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ACTAGCTTCGAAACCGGCGAGGACGGTGAATCTCTCGGTGAAGTCGCGCCAGACGGATTG
CTTCGAGAAGCAGAGGTTCGGTGACTCATCATCTTCTTCACAGAACGGTGAAGGAGGACC
TGCTAGGTTTTACGTGGGTCATTCGATATACAAAGGGAAAGCTGCGTTAACAGTGGAGCC
AAGAGCACCGGAGTTTGTGTCTTTAGACTCTGGAGCTTTCAAGTTGTCCAAAGACGGGTT
TCTACTGCTTCAGTTTGCTCCTGCAGCTGGTGTAAGGCAATACGATTGGAGCAAGAAACA
GGTGTTCTCATTGTCGGTTTCAGAGATTGGAACTCTAGTTAGCCTAGGCCCAAGGGAGTC
TTGTGAGTTCTTCCATGATCCTAACAAGGGGAAAAGTGATGAGGGAAAGGTGAGGAAAGT
GTTGAAAGTTGAGCCTCTCCCTGATGGTTCTGGACACTTCTTTAACCTAAGTG

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DS 

RD RR1G574TF 594 0 0
GGAG
AGAGAGGAGACAAAACAAAAGCGATGTCGCAACTCTTATCTTCTCCTCTGATGGCGGCAA
GTTACAATCCCTTTGCTAGCCCTCGGTTTCTCTCTTCGTCTTCTTCAGTACTCGTCCCCG
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TGAATCTCTCGGTGAAGTCGCGCCAGACGGATTACTTCGAGAAGCAGAGTTTCGGTGACT
CGTCATCTTTTTCACAGAACGGTGAAGGAGGACCTGCTAGGTTTTACGTGGGTCATTCGA
TATACAAAGGGAAAGCTGCGTTAACAGTGGAGCCAAGAGCACCGGAGTTTGTGTCTTTAG
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AGGGGAAAAGTGATGAGGGAAAGGTGAGGAAAGTGTTGAAAGTTGAGCCT

QA 5 594 5 594
DS 

RD RR1GV47TF 618 0 0
GG
AGAGAGGAGACAAAACAAAAGCGATGTCGCAACTCTTATCTTCTCCTCTGATGGCGGCAA
GTTACAATCCCTTTGCTAGCCCTCGGTTTCTCTCTTCGTCTTCTTCAGTACTCGTCCCCG
GCGGCGGCGGCGGTCTCGCCGTGAAATGGCATGGACTAGCTTCGAAACCGGCGAGGACGG
TGAATCTCTCGGTGAAGTCGCGCCAGACGGATTACTTCGAGAAGCAGAGGTTCGGTGACT
CATCATCTTCTTCACAGAACGGTGAAGGAGGACCTGCTAGGTTTTACGTGGGTCATTCGA
TATACAAAGGGAAAGCTGCGTTAACAGTGGAGCCAAGAGCACCGGAATTTGTGTCTTTAG
ACTCTGGAGCTTTCAAGTTGTCCAAAGACGGGTTTCTACTGCTTCAGTTTGCTCCTGCAG
CTGGTGTAAGGCAATACGATTGGAGCAAGAAACAGGTGTTCTCATTGTCGGTTTCAGAGA
TTGGAACTCTAGTTAGCCTAGGCCCAAGGGAGTCTTGTGAGTTCTTCCATGATCCTAACA
AGGGGAAAAGTGATGAGGGAAAGGTGAGGAAAGTGTTGAAAGTTGAGCCTCTCCCTGATG
GTTCTGGACACTTCTT

QA 3 618 3 618
DS 

RD RR1GV47JQ 543 0 0
GAGATTGGAACTCTAGTTAGCCTAGGCCCAAGGGAGTCTTGTGAGTTCTTCCATGATCCT
AACAAGGGGAAAAGTGATGAGGGAAAGGTGAGGAAAGTGTTGAAAGTTGAGCCTCTCCCT
GATGGTTCTGGACACTTCTTTAACCTAAGTGTTCAAAACAAGCTGTTGAATGTTGATGAG
AGCATTTACATACCAATCACTAGAGCAGAGTTTACTGTTCTGGTCTCTGCTTTCAATTTC
GTCTTGCCTTACCTTATAGGCTGGCACGCATTTGCGAACTCCATCAAACCAGAAGAGACA
ATCCGTACGAACAACGCTTCATCTAACTACGGAGGAGACTATGAATGGAATAGATAGATG
AATTTTCTAAAGGCCCATAGGAGAATAATCTTATCCTTGTTTGCGGATAGTGTTCTTGAA
GAATGTTCTTTGTTCGTAGCTGGCAGAATAGACTAAAAGTAGTGCTTTTTTTGACCAAAC
GTGGAAAGTGAACAACAAAATCCGTTGTATTGTATCTCAAAACATCAGTTTATTGTCTTG
TCT

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1FT41JQ 779 0 0
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TTTGTGTCTTTAGACTCTGGAGCTTTCAAGTTGTCCAAAGACGGGTTTCTACTGCTTCAG
TTTGCTCCTGCAGCTGGTGTAAGGCAATACGATTGGAGCAAGAAACAGGTGTTCTCATTG
TCGGTTTCAGAGATTGGAACTCTAGTTAGCCTAGGCCCAAGGGAGTCTTGTGAGTTCTTC
CATGATCCTAACAAGGGGAAAAGTGATGAGGGAAAGGTGAGGAAAGTGTTGAAAGTTGAG
CCTCTCCCTGATGGTTCTGGACACTTCTTTAACCTAAGTGTTCAAAACAAGCTGTTGAAT
GTTGATGAGAGCATTTACATACCAATCACTAGAGCAGAGTTTACTGTTCTGGTCTCTGCT
TTCAATTTCGTCTTGCCTTACCTTATAGGCTGGCACGCATTTGCGAACTCCATCAAACCA
GAAGAGACAATCCGTACGAACAACGCTTCATCTAACTACGGAGGAGACTATGAATGGAAT
AGATAGATGAATTTTCTAAAGGCCCATAGGAGAATAATCTTATCCTTGTTTGCGGATAGT
GTTCTTGAAGAATGTTCTTTGTTCGTAGCTGGCAGAATAGACTAAAAGTAGTGCTTTTTT
TGACCAAACGTGGAAAGTGAACAACAAAATCCGTTGTATTGTATCTCAAAACATCAGTTT
ATTGTCTTGTCTTATCTTATTTTAGCTGTTTTTTTATATTAGAGCAAATGTCAAAAGCG

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 7

CO CL917Contig1 703 7 5 U
TTTTTATCATGAAAACTT*AGAAATTTGGTATTATCATCACCAGGGTTATTTTTGAAATA
CGGAATACACAACATAAGAAACACATATGCATACGAATATTAAGACATCATATAAAGACA
GTTTTTGCCAGGAATAAGAAGCTCCACAAGAATGACAGAAGGAGGACTTTTTTTTTTGAC
TGAGAAGGAGGACTTGGTGATAAGAAGATAGAGAGTGACACAGTTGTCCTCATTTATTAG
TTGCTGCCGCCACCACCACCAAAGAGGTAATTCAGAGACGAGCCACCTCCTGGAGCTGAG
TGAACCTTTGTAGAAGGCCGGTCCGTGAGGAAGTTGCCAGAGTTCTGCCCATCAGCGCGC
ATGTGATTGTTAGCAGAGTTGCTATTGAGACCAGCTGGACCTTGTTTGGTAATATCAACA
GGTTTTGGAGCAGCGTTTTTAGGAGGAGGAGGAGCTGGCTGAGTTTCAGTTGGGGCCTTG
TTAACAGCTGGCTTTGGAGCCTCTCCGCTCCCAAAAAGATATCCCAAAGAACTCTGTCCT
CCACCTGCACTAACTCCACGTCCCATTTTATCTCTCTTACTTCCTTGAAAGGTACTCAAA
CTCTGCCACGACTCTGATAAGAACAGATCCAAGGATTGCTCTCTGGATCGACAAGGTTGA
TGATCGGAGAGAGGATAAGAGTTAGTGAGAGAAAGCAAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 5 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR1EJ85TF C 1
AF RR1EJ85JQ U 6
AF RR1EY33JQ U 7
AF RR1EY33TF C 7
AF RR1BX03JQ U 8
AF RR1CB14JQ U 76
AF RR1CB14TF C 77
BS 1 7 RR1EJ85TF
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BS 697 703 RR1EY33JQ

RD RR1EJ85TF 698 0 0
TTTTTATCATGAAAACTT*AGAAATTTGGTATTATCATCACCAGGGTTATTTTTGAAATA
CGGAATACACAACATAAGAAACACATATGCATACGAATATTAAGACATCATATAAAGACA
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TGAACCTTTGTAGAAGGCCGGTCCGTGAGGAAGTTGCCAGAGTTCTGCCCATCAGCGCGC
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CCACCTGCACTAACTCCACGTCCCATTTTATCTCTCTTACTTCCTTGAAAGGTACTCAAA
CTCTGCCACGACTCTGATAAGAACAGATCCAAGGATTGCTCTCTGGATCGACAAGGTTGA
TGATCGGAGAGAGGATAAGAGTTAGTGAGAGAAAGC
CC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1EJ85JQ 693 0 0
AT
CATGAAAACTT*AGAAATTTGGTATTATCATCACCAGGGTTATTTTTGAAATACGGAATA
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CACTAACTCCACGTCCCATTTTATCTCTCTTACTTCCTTGAAAGGTACTCAAACTCTGCC
ACGACTCTGATAAGAACAGATCCAAGGATTGCTCTCTGGATCGACAAGGTTGATGATCGG
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CC

QA 3 691 3 691
DS 

RD RR1EY33JQ 697 0 0
C
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CACAACATAAGAAACACATATGCATACGAATATTAAGACATCATATAAAGACAGTTTTTG
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GAGGACTTGGTGATAAGAAGATAGAGAGTGACACAGTTGTCCTCATTTATTAGTTGCTGC
CGCCACCACCACCAAAGAGGTAATTCAGAGACGAGCCACCTCCTGGAGCTGAGTGAACCT
TTGTAGAAGGCCGGTCCGTGAGGAAGTTGCCAGAGTTCTGCCCATCAGCGCGCATGTGAT
TGTTAGCAGAGTTGCTATTGAGACCAGCTGGACCTTGTTTGGTAATATCAACAGGTTTTG
GAGCAGCGTTTTTAGGAGGAGGAGGAGCTGGCTGAGTTTCAGTTGGGGCCTTGTTAACAG
CTGGCTTTGGAGCCTCTCCGCTCCCAAAAAGATATCCCAAAGAACTCTGTCCTCCACCTG
CACTAACTCCACGTCCCATTTTATCTCTCTTACTTCCTTGAAAGGTACTCAAACTCTGCC
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QA 2 697 2 697
DS 

RD RR1EY33TF 697 0 0
C
CATGAAAACTT*AGAAATTTGGTATTATCATCACCAGGGTTATTTT*GAAATACGGAATA
CACAACATAAGAAACACATATGCATACGAATATTAAGACATCATATAAAGACAGTTTTTG
CCAGGAATAAGAAGCTCCACAAGAATGACAGAAGGAGGACTTTTTTTTTTGACTGAGAAG
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CGCCACCACCACCAAAGAGGTAATTCAGAGACGAGCCACCTCCTGGAGCTGAGTGAACCT
TTGTAGAAGGCCGGTCCGTGAGGAAGTTGCCAGAGTTCTGCCCATCAGCGCGCATGTGAT
TGTTAGCAGAGTTGCTATTGAGACCAGCTGGACCTTGTTTGGTAATATCAACAGGTTTTG
GAGCAGCGTTTTTAGGAGGAGGAGGAGCTGGCTGAGTTTCAGTTGGGGCCTTGTTAACAG
CTGGCTTTGGAGCCTCTCCGCTCCCAAAAAGATATCCCAAAGAACTCTGTCCTCCACCTG
CACTAACTCCACGTCCCATTTTATCTCTCTTACTTCCTTGAAAGGTACTCAAACTCTGCC
ACGACTCTGATAAGAACAGATCCAAGGATTGCTCTCTGGATCGACAAGGTTGATGATCGG
AGAGAGGATAAGAGTTAGTGAGAGAAAGCAAGATCC

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR1BX03JQ 696 0 0
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CACAACATAAGAAACACATATGCATACGAATATTAAGACATCATATAAAGACAGTTTTTG
CCAGGAATAAGAAGCTCCACAAGAATGACAGAAGGAGGACTTTTTTTTT*GACTGAGAAG
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CGCCACCACCACCAAAGAGGTAATTCAGAGACGAGCCACCTCCTGGAGCTGAGTGAACCT
TTGTAGAAGGCCGGTCCGTGAGGAAGTTGCCAGAGTTCTGCCCATCAGCGCGCATGTGAT
TGTTAGCAGAGTTGCTATTGAGACCAGCTGGACCTTGTTTGGTAATATCAACAGGTTTTG
GAGCAGCGTTTTTAGGAGGAGGAGGAGCTGGCTGAGTTTCAGTTGGGGCCTTGTTAACAG
CTGGCTTTGGAGCCTCTCCGCTCCCAAAAAGATATCCCAAAGAACTCTGTCCTCCACCTG
CACTAACTCCACGTCCCATTTTATCTCTCTTACTTCCTTGAAAGGTACTCAAACTCTGCC
ACGACTCTGATAAGAACAGATCCAAGGATTGCTCTCTGGATCGACAAGGTTGATGATCGG
AGAGAGGATAAGAGTTAGTGAGAGAAAGCAAGATCC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1CB14JQ 628 0 0
G
AGAAACACATATGCATAAGAATATTAAGACATCATATAAAGACAGTTTTTGCCAGGAATA
AGAAGCTCCACAAGAATGACAGAAGGAGGACTTTTTTTTTTGACTGAGAAGGAGGACTTG
GTGATACGAAGATAGAGAGTGACACAGTTGTCCTCATTTATTAGTTGCTGCCGCCACCAC
CACCAAAGAGGTAATTCAGAGACGAGCCACCTCCTGGAGCTGAGTGAACCTTTGTAGAAG
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TTTTAGGAGGAGGAGGAGCTGGCTGAGTTTCAGTTGGGGCCTTGTTAACAGCTGGCTTTG
GAGCCTCTCCGCTCCCAAAAAGATATCCCAAAGAACTCTGTCCTCCACCTGCACTAACTC
CACGTCCCATTTTATCTCTCTTACTTCCTTGAAGGGTACTCAAACTCTGCCACGACTCTG
ATAAGAACAGATCCAAGGATTGCTCTCTGGATCGACAAGGTTGATGATCGGAGAGAGGAT
AAGAGTTAGTGAGAGAAAGCAAGATCC

QA 2 628 2 628
DS 

RD RR1CB14TF 627 0 0
GAG
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ATACGAAGATAGAGAGTGACACAGTTGTCCTCATTTATTAGTTGCTGCCGCCACCACCAC
CAAAGAGGTAATTCAGAGACGAGCCACCTCCTGGAGCTGAGTGAACCTTTGTAGAAGGCC
GGTCCGTGAGGAAGTTGCCAGAGTTCTGCCCATCAGCGCGCATGTGATTGTTAGCAGAGT
TGCTATTGAGACCAGCTGGACCTTGTTTGGTAATATCAACAGGTTTTGGAGCAGCGTTTT
TAGGAGGAGGAGGAGCTGGCTGAGTTTCAGTTGGGGCCTTGTTAACAGCTGGCTTTGGAG
CCTCTCCGCTCCCAAAAAGATATCCCAAAGAACTCTGTCCTCCACCTGCACTAACTCCAC
GTCCCATTTTATCTCTCTTACTTCCTTGAAGGGTACTCAAACTCTGCCACGACTCTGATA
AGAACAGATCCAAGGATTGCTCTCTGGATCGACAAGGTTGATGATCGGAGAGAGGATAAG
AGTTAGTGAGAGAAAGCAAGATCC

QA 4 627 4 627
DS 



AS 1 7

CO CL918Contig1 662 7 8 U
GAGAGTGCCATACGGCCGGGGGACACACCAAAGCATCAAATACATTTTACTTCTCTTCTA
TTTCTCTTTATATCTATCATCTTTACCTTGTCGTTTGGAAATGGCCACCGTTGAGGTTGA
ACAAGTGATTGCTCCAGCAGCAGAGAACGTTGAGGTGGCAGCAAAGGCAGTGGTAGATCC
AGATGTGGAGACCAAACAGCCGGAAGAAGTCGTGGCCGCCACGACAGAATCTGCTGCTGC
TCCAGCCGCCGTAACTGAACAAGAATCTGAATCACCAGTCGTAGAAACGAGCAAAGAAGT
GGTTGTTGAAGAGGCAGATAAAAAAGATGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGAA
GACGGAAGCTCCGGTGGCTGAGGAGGAGGCGAAGATAGAAAAGAAGGAGGAGGTGACTGA
AACTCCGGCTGTTGTGGAGGAGGAGAAGACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGA
AGTCGCCGCCGAGAAGGCCGAGGAGTAAAGATGAAGAAACAATATGTGACCTTCTTTGGT
CTCATTTCGTTGTTTTAAAAAGATTACTTCGCAAAATTTCATAAGTATTTTCTATCGTGT
GTTATGATGAAATGATGTTTGGTTATGATGAAATGATATATTTGGGAGTTCTGATGGTTG
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 5 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1AZ87TF U 1
AF RR1D214JQ C 203
AF RR1D214TF U 203
AF RR1EF79JQ C 457
AF RR1D965TF U 21
AF RR1D965JQ C 21
AF RR1EF79TF U 21
BS 1 24 RR1AZ87TF
BS 25 25 RR1D965TF
BS 26 614 RR1AZ87TF
BS 615 615 RR1D214TF
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BS 617 617 RR1D965TF
BS 618 654 RR1AZ87TF
BS 655 662 RR1EF79TF

RD RR1AZ87TF 654 0 0
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TTTCTCTTTATATCTATCATCTTTACCTTGTCGTTTGGAAATGGCCACCGTTGAGGTTGA
ACAAGTGATTGCTCCAGCAGCAGAGAACGTTGAGGTGGCAGCAAAGGCAGTGGTAGATCC
AGATGTGGAGACCAAACAGCCGGAAGAAGTCGTGGCCGCCACGACAGAATCTGCTGCTGC
TCCAGCCGCCGTAACTGAACAAGAATCTGAATCACCAGTCGTAGAAACGAGCAAAGAAGT
GGTTGTTGAAGAGGCAGATAAAAAAGATGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGAA
GACGGAAGCTCCGGTGGCTGAGGAGGAGGCGAAGATAGAAAAGAAGGAGGAGGTGACTGA
AACTCCGGCTGTTGTGGAGGAGGAGAAGACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGA
AGTCGCCGCCGAGAAGGCCGAGGAGTAAAGATGAAGAAACAATATGTGACCTTCTTTGGT
CTCATTTCGTTGTTTTAAAAAGATTACTTCGCAAAATTTCATAAGTATTTTCTATCGTGT
GTTATGATGAAATGGTATTTGGTTATGATGAAATGATATATTTGGGAGTTCTGA

QA 1 654 1 654
DS 

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AAAGATGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGGAGACGGAAGCTCCGGTGGCTGAG
GAGGAGGCGAAGATAGAAAAGAAGGAGGAGGTGACTGAAACTCCGGCTGTTGTGGAGGAG
GAGAAGACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGAAGTCGCCGCCGAGAAGGCCGAG
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ATTACTTCGCAAAATTTCATAAGTATTTTCTATCGTGTGTTATGATGAAATGATATTTGG
TTATGA
CG

QA 1 426 1 426
DS 

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GAATCTGAATCACCAGTCGTAGAAACGAGCAAAGAAGTGGTTGTTGAAGAGGCAGATAAA
AAAGATGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGGAGACGGAAGCTCCGGTGGCTGAG
GAGGAGGCGAAGATAGAAAAGAAGGAGGAGGTGACTGAAACTCCGGCTGTTGTGGAGGAG
GAGAAGACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGAAGTCGCCGCCGAGAAGGCCGAG
GAGTAAAGATGAAGAAACAATATGTGACCTTCTTTGGTCTCATTTCGTTGTTTTAAAAAG
ATTACTTCGCAAAATTTCATAAGTATTTTCTATCGTGTGTTATGATGAAATGATATTTGG
TTATGA
CG

QA 1 426 1 426
DS 

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AAACAATATGTGACCTTCTTTGGTCTCATTTCGTTGTTTTAAAAAGATTACTTCGCAAAA
TTTCATAAGTATTTTCTATCGTGTGTTATGATGAAATGATGTTTGGTTATGATGAA

QA 1 176 1 176
DS 

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CTTTACCTTGTCGTTTGGAAATGGCCACCGTTGAGGTTGAACAAGTGATTGCTCCAGCAG
CAGAGAACGTTGAGGTGGCAGCAAAGGCAGTGGTAGATCCAGATGTGGAGACCAAACAGC
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AAAAAGATGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGAAGACGGAAGCTCCGGTGGCTG
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AGGAGAAGACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGAAGTCGCCGCCGAGAAGGCCG
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GG

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1D965JQ 642 0 0
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CTTTACCTTGTCGTTTGGAAATGGCCACCGTTGAGGTTGAACAAGTGATTGCTCCAGCAG
CAGAGAACGTTGAGGTGGCAGCAAAGGCAGTGGTAGATCCAGATGTGGAGACCAAACAGC
CGGAAGAAGTCGTGGCCGCCACGACAGAATCTGCTGCTGCTCCAGCCGCCGTAACTGAAC
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AAAAAGATGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGAAGACGGAAGCTCCGGTGGCTG
AGGAGGAGGCGAAGATAGAAAAGAAGGAGGAGGTGACTGAAACTCCGGCTGTTGTGGAGG
AGGAGAAGACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGAAGTCGCCGCCGAGAAGGCCG
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AGATTACTTCGCAAAATTTCATAAGTATTTTCTATCGTGTGTTATGATGAAATGATGTTT
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QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1EF79TF 642 0 0
GGACACACCAAAGCATCAAATACATTTTACTTCTCTTCTATTTCTCTTTATATCTATCAT
CTTTACCTTGTCGTTTGGAAATGGCCACCGTTGAGGTTGAACAAGTGATTGCTCCAGCAG
CAGAGAACGTTGAGGTGGCAGCAAAGGCAGTGGTAGATCCAGATGTGGAGACCAAACAGC
CGGAAGAAGTCGTGGCCGCCACGACAGAATCTGCTGCTGCTCCAGCCGCCGTAACTGAAC
AAGAATCTGAATCACCAGTCGTAGAAACGAGCAAAGAAGTGGTTGTTGAAGAGGCAGATA
AAAAAGATGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGAAGACGGAAGCTCCGGTGGCTG
AGGAGGAGGCGAAGATAGAAAAGAAGGAGGAGGTGACTGAAACTCCGGCTGTTGTGGAGG
AGGAGAAGACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGAAGTCGCCGCCGAGAAGGCCG
AGGAGTAAAGATGAAGAAACAATATGTGACCTTCTTTGGTCTCATTTCGTTGTTTTAAAA
AGATTACTTCGCAAAATTTCATAAGTATTTTCTATCGTGTGTTATGATGAAATGATGTTT
GGTTATGATGAAATGATATATTTGGGAGTTCTGATGGTTGTT

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 7

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CATCGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCC
GTCGAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAG
GAAGGCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGA
TGTTATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAA
GTTTAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGA
CAAGTGTACGGATCATTTCATTTCAATTTGGATTATGAGTTTGACTCAAAAAAAAA


BQ
25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU31TF U 1
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BS 1 656 RR1CR58TF

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TGTTA

QA 1 485 1 485
DS 

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GATGAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCAC
CGCCTCATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGC
GAAGTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGG
TACCTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCA
CATCGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCC
GTCGAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAG
GAAGGCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGA
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QA 1 656 1 656
DS 

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TCGAATGTTTTGCGGACAAGTGTACGGATCATTTCATTTCAATTTGGATTATGAGTTTGA
CT

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1DZ61JQ 590 0 0
TT
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TCATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGCGAAG
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TACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCACATC
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AAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAGGAAG
GCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGATGTT
ATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGTGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAAGTTT
AAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACAAG
TGTACGGATCATTTCATTTCAATTTGGATTATGAGTTTGACT
CTTTAC

QA 3 584 3 584
DS 

RD RR1DZ61TF 615 0 0
GGCTCGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAA
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GAAGTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGG
TACCTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCA
CATCTAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCC
GTCGAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAG
GAAGGCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGA
TGTTATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGTGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAA
GTTTAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGA
CAAGTGTACGGATCA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1CR58JQ 648 0 0
GGCTCGC
CCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAAGATGAA
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ATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGCGAAGTA
CAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGGTACCTA
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CAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGATGTTAT
GCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAAGTTTAA
ATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACAAGTG
TACGGATCATTTCATTTCAATTTGGATTATGAGTTTGACT
C

QA 8 647 8 647
DS 

RD RR1FF20TF 646 0 0
GGCTCGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAA
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CGCCTCATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGC
GAAGTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGG
TACCTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCA
CATCGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCC
GTCGAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAG
GAAGGCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGA
TGTTATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGTGTAAGGTGTTTTATCTTTTAA
GTTTAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGA
CAAGTGTACGGATCATTTCATTTCAATTTGGATTATGAGTTTGACT

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 7

CO CL920Contig1 754 7 7 U
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GCTCAGTCTCTCAATTGCCTCGCCGGGGACGGCGGTGACTTTCCTCCGAGGAAACACTTC
GACCTCTTCTTCGTTCCACGGCGTCAGAATCTCGCACAAAGCTTCCGCTCGCGTGCCCGC
GGCGGCGATTTCTTCGTACGGGAAACCTTCGGTGGTGATGATGTCGAAAAGAGAGGCGGA
GTTGAAAGATATCAGGGCGAAGACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTGATTGACCTTAA
AGGAGAGCTCTTTATGCTCCGTCTCCAGAAATCGGCGAGGAACGAGTTCAAATCGAGCGA
GTTTCGTCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTTAGAAGAGAGAGGGAGAT
AGAAGAAGGGATAGGGAAGAGGTTGTCGAGGAAACTTGACAGGCAATGGAAGAAAAGCAT
TGTTGTCAGACCACCTCCTTCTCTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCTGCTGAAGAGGC
TGCTGAAGCTGCCAAATCTGCTTGATATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTCTTGTTTC
CTCTCTGTTGATGTTACTCTCTGTTGCTGGAAACCATTTGCTATTTTGTTCTTCTTCTGT
TGGTGTAAAAACTTGTTTCATTAAGCAGTTTACATAATTTCTAGTGGCTTCTGTTCTTTG
ACCATTTTGAGGAATATGATCATGCTTCAGAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H610TF U 4
AF RR1A875TF U 1
AF RR1A875JQ C 122
AF RR1HA01JQ C 83
AF RR1GQ92TF U 5
AF RR1DV23TF U 4
AF RR1DV23JQ C 90
BS 1 13 RR1A875TF
BS 14 14 RR1DV23TF
BS 15 29 RR1A875TF
BS 30 30 RR1DV23TF
BS 31 695 RR1A875TF
BS 696 725 RR1DV23TF
BS 726 754 RR1DV23JQ

RD RR1H610TF 638 0 0
GGC
TCTCAAAACTCGCGAGTGAACTCTCTCATCTTCTTCTTCAGCTTCAGCCACAATGCTCAG
TCTCTCAATTGCCTCGCCGGGGACGGCGGTGACTTTCCTCCGAGGAAACACTTCGACCTC
TTCTTCGTTCCACGGCGTCAGAATCTCGCACAAAGCTTCCGCTCGCGTGCCCGCGGCGGC
GATTTCTTCGTACGGGAAACCTTCGGTGGTGATGATGTCGAAAAGAGAGGCGGAGTTGAA
AGATATCAGGGCGAAGACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTGATTGACCTTAAAGGAGA
GCTCTTTATGCTCCGTCTCCAGAAATCGGCGAGGAACGAGTTCAAATCGAGCGAGTTTCG
TCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTTAGAAGAGAGAGGGAGATAGAAGA
AGGGATAGGGAAGAGGTTGTCGAGGAAACTCGACAGGCAATGGAAGAAAAGCATTGTTGT
CAGACCTCCTCCTTCTCTCAAGAAGCTTG**GAGGAAGAAGCTGCTGAAGAGGCTGCTGA
AGCTGCCAAATCTGCTTGATATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTCTTGTTTCCTCTCT
GTTGATGTTACTCTCTGTTGCTGGAAACCATTTGC

QA 4 638 4 638
DS 

RD RR1A875TF 695 0 0
GGATCCTCTCAAAGCTCGCGAGTGAACTCCCTCATCTTCTTCTTCAGCTTCAGCCACAAT
GCTCAGTCTCTCAATTGCCTCGCCGGGGACGGCGGTGACTTTCCTCCGAGGAAACACTTC
GACCTCTTCTTCGTTCCACGGCGTCAGAATCTCGCACAAAGCTTCCGCTCGCGTGCCCGC
GGCGGCGATTTCTTCGTACGGGAAACCTTCGGTGGTGATGATGTCGAAAAGAGAGGCGGA
GTTGAAAGATATCAGGGCGAAGACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTGATTGACCTTAA
AGGAGAGCTCTTTATGCTCCGTCTCCAGAAATCGGCGAGGAACGAGTTCAAATCGAGCGA
GTTTCGTCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTTAGAAGAGAGAGGGAGAT
AGAAGAAGGGATAGGGAAGAGGTTGTCGAGGAAACTTGACAGGCAATGGAAGAAAAGCAT
TGTTGTCAGACCACCTCCTTCTCTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCTGCTGAAGAGGC
TGCTGAAGCTGCCAAATCTGCTTGATATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTCTTGTTTC
CTCTCTGTTGATGTTACTCTCTGTTGCTGGAAACCATTTGCTATTTTGTTCTTCTTCTGT
TGGTGTAAAAACTTGTTTCATTAAGCAGTTTACAT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1A875JQ 574 0 0
ACCTCTTCTTCGTTCCACGGCGTCAGAATCTCGCACAAAGCTTCCGCTCGCGTGCCCGCG
GCGGCGATTTCTTCGTACGGGAAACCTTCGGTGGTGATGATGTCGAAAAGAGAGGCGGAG
TTGAAAGATATCAGGGCGAAGACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTGATTGCCCTTAAA
GGAGAGCTCTTTATGCTCCGTCTCCAGAAATCGGCGAGGAACGAGTTCAAATCGAGCGAG
TTTCGTCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTTAGAAGAGAGAGGGAGATA
GAAGAAGGGATAGGGAAGAGGTTGTCGAGGAAACTTGACAGGCAATGGAAGAAAAGCATT
GTTGTCAGACCCCCTCCTTCTCTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCTGCTGAAGAGGCT
GCTGAAGCTGCCAAATCTGCTTGATATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTCTTGTTTCC
TCTCTGTTGATGTTACTCTCTGTTGCTGGAAACCATTTGCTATTTTGTTCTTCTTCTGTT
GGTGTAAAAACTTGTTTCATTAAGCAGTTTACAT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1HA01JQ 620 0 0
CCGGGGACGGCGGTGACTTTCCTCCGAGGAACCACTTCGACCTCTTCTTCGTTCCACGGC
GTCAGAATCTCGCACAAAGCTTCCGCTCGCGTGCCCGCGTCGGCGATTTCTTCGTACGGG
AAACCTTCGGTGGTGATGATGTCGAAAAGAGAGGCGGAGTTGAAAGATATCAGGGCGAAG
ACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTGATTGACCTTAAAGGAGAGCTCTTTATGCTCCGT
CTCCAGAAATCGGCGAGGAACGAGTTCAAATCGAGCGAGTTTCGTCGTATGAAGAAACAA
GTAGCTCGGATATTGACGGTTAGAAGAGAGAGGGAGATAGAAGAAGGGATAGGGAAGAGG
TTGTTGAGGAAACTTGACAGGCAATGGAAGAAAAGCATTGTTGTCAGACCCCCTCCTTCT
CTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCTGCTGAAGAGGCTGCTGAAGCTGCCAAATCTGCT
TGATATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTCTTGTTTCCTCTCTGTTGATGTTACTCTCT
GTTGCTGGAAACCATTTGCTATTTTGTTCTTCTTCTGTTGGTGTAAAAACTTGTTTCATT
AAGCAGTTTACATAATTTCT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1GQ92TF 702 0 0
GG
TCTCAAAACTCGCGAGTGAACTCTCTCATCTTCTTCTTCAGCTTCAGCCACAATGCTCAG
TCTCTCAATTGCCTCGCCGGGGACGGCGGTGACTTTCCTCCGAGGAAACACTTCGACCTC
TTCTTCGTTCCACGGCGTCAGAATCTCGCACAAAGCTTCCGCTCGCGTGCCCGCGGTGGC
GATTTCTTCGTACGGGAAACCTTCGGTGGTGATGATGTCGAAAAGAGAGGCGGAGTTGAA
AGATATCAGGGCGAAGACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTGATTGACCTTAAAGGAGA
GCTCTTTATGCTCCGTCTCCAGAAATCGGCGAGGAACGAGTTCAAATCGAGCGAGTTTCG
TCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTTAGAAGAGAGAGGGAGATAGAAGA
AGGGATAGGGAAGAGGTTGTCGAGGAAACTTGACAGGCAATGGAAGAAAAGCATTGTTGT
CAGACCTCCTCCTTCTCTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCTGCTGAAGAGGCTGCTGA
AGCTGCAAAATCTGCTTGATATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTCTTGTTTCCTCTCT
GTTGATGTTACTCTCTGTTGCTGGAAACCATTTGCTATTTTGTTCTTCTTCTGTTGGTGT
AAAAACTTGTTTCATTAAGCAGTTTACATAATTTCT
AGTG

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1DV23TF 722 0 0
GGC
TCTCAAAACTCGCGAGTGAACTCTCTCATCTTCTTCTTCAGCTTCAGCCACAATGCTCAA
TCTCTCAATTGCCTCGCCGGGGACGGCGGTGACTTTCCTCCGAGGAAACACTTCGACCTC
TTCTTCGTTCCACGGCGTCAGAATCTCGCACAAAGCTTCCGCTCGCGTGCCCGCGGCGGC
GATTTCTACGTACGGGAAACCTTCGGTGGTGATGATGTCGAAAAGAGAGGCGGAGTTGAA
AGATATCAGGGCGAAGACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTGATTGACCTTAAAGGAGA
GCTCTTTATGCTCCGTCTCCAGAAATCGGCGAGGAACGAGTTCAAATCGAGCGAGTTTCG
TCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTTAGAAGAGAGAGGGAGATAGAAGA
AGGGATAGGGAAGAGGTTGTCGAGGAAACTTGACAGGCAATGGAAGAAAAGCATTGTTGT
CAGACCACCTCCTTCTCTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCTGCTGAAGAGGCTGCTGA
AGCTGCCAAATCTGCTTGATATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTCTTGTTTCCTCTCT
GTTGATGTTACTCTCTGTTGCTGGAAACCATTTGCTATTTTGTTCTTCTTCTGTTGGTGT
AAAAACTTGTTTCATTAAGCAGTTTACATAATTTCTAGTGGCTTCTGTTCTTTGACCAT

QA 4 722 4 722
DS 

RD RR1DV23JQ 665 0 0
CGGCGGTGACTTTCCTCCGAGGAAACACTTCGACCTCTTCTTCGTTCCACGGCGTCAGAA
TCTCGCACAAAGCTTCCGCTCGCGTGCCCGCGGCGGCGATTTCTACGTACGGGAAACCTT
CGGTGGTGATGATGTCGAAAAGAGAGGCGGAGTTGAAAGATATCAGGGCGAAGACGACGG
AGGAGCTGAACGAGGAGGTGATTGACCTTAAAGGAGAGCTCTTTATGCTCCGTCTCCAGA
AATCGGCGAGGAACGAGTTCAAATCGAGCGAGTTTCGTCGTATGAAGAAACAAGTAGCTC
GGATATTGACGGTTAGAAGAGAGAGGGAGATAGAAGAAGGGATAGGGAAGAGGTTGTCGA
GGAAACTTGACAGGCAATGGAAGAAAAGCATTGTTGTCAGACCACCTCCTTCTCTCAAGA
AGCTTCAAGAGGAAGAAGCTGCTGAAGAGGCTGCTGAAGCTGCCAAATCTGCTTGATATA
ACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTCTTGTTTCCTCTCTGTTGATGTTACTCTCTGTTGCTG
GAAACCATTTGCTATTTTGTTCTTCTTCTGTTGGTGTAAAAACTTGTTTCATTAAGCAGT
TTACATAATTTCTAGTGGCTTCTGTTCTTTGACCATTTTGAGGAATATGATCATGCTTCA
GAGCG

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 6

CO CL921Contig1 1091 6 17 U
TTTTTTTGTTTAAACTGACAGAATTGCGAAGTTTAAACTTTAAGCAAAAGAATCCGGACG
AACAAGAGGTAACACAGTAATTTTATTTATTACATTATTAAACCATGCATATGAAAACGA
AACGCCCTCTTCTCGCTTCTTCTCCCAGCTTATCCTTCTTCAAATGTTCCTTTCAATACT
TGGACCGCGTTGGGTTAAGTCTGATTTGACGACCACGAAAGCCGTGGCTATGCTCCATCC
TTTTCATAAGACGCCATTCCATGTCTTCGAGAAGCAGCCTGTCCATCTCCTCTGATGATT
GACCCAAGGGCAAGTTTGCACGGATAGTACGATCAAGACCCGTTTTAGAAGCATAAGTGT
CCCACACGCCAAACTCATGTTCTACACTCTTGAGATGGGCGGTGAAATCTTCAAAGCTTT
TGACAGCAACAAAGCAATCTTCGCAAGCCCAGGGGTATCCATCATTGTACTTGCCCTGAC
TAAAAACAAGCCTCATTGTTGTTGTTAGCTCCTGTTCATCAAAGACTAAGGCATCCCAAT
TCCAATGGGCAGAAAAGGGACGTGGTAAGGGTGTGGTGGCTGGGTAACGATATGCAAGAA
GAATTCTGTATCCAGCATTTTCAAGATCGGAAAGTTGAGAAGCCATCCATCCTATTCGCT
CCTGATCATCTATGATCATCATAGTGCACGGAGCAGGATTCGCATTGGCCCACTCATCCA
AATCATTTGTATAGAGGTGGGAATGCTTAAGAGATATTGCACACGAAGAGAGTCTCCTCA
TAACGTCTTCACCAGGGATATTTGTTAGTTCGCTGCCGATTGCAGTGATAGAGATCTGAC
CATTGCGGCGGACGTGGCCTGACTTTTCCACCGCCATTAGTATTTTCCCAACTACCATAA
GAGGATCGTGACCATCTGGAATCGGACAGTTGCCTATGTCCCATAGCACAAAAGCTTTCT
CCACCGCCCCCCCATGCCCAGGCTGCTGCGTCGACATGTTCTCGATTTGGTTCATTCTCC
TCGAATCTGAAACGGCAAACGATGAGCGAGCGACGGATCAATGTGTGTGCGAAAGAGAGA
GCGAGCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BJ48JQ U 271
AF RR1E579JQ U 10
AF RR1BU18JQ U 17
AF RR1E579TF C 1
AF RR1BJ48TF C 343
AF RR1DG73TF C 414
BS 1 18 RR1E579TF
BS 19 274 RR1E579JQ
BS 275 336 RR1BJ48JQ
BS 337 337 RR1E579JQ
BS 338 347 RR1BJ48JQ
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BS 349 402 RR1BJ48JQ
BS 403 403 RR1E579JQ
BS 404 528 RR1BJ48JQ
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BS 641 718 RR1BU18JQ
BS 719 730 RR1E579TF
BS 731 802 RR1BJ48TF
BS 803 803 RR1DG73TF
BS 804 1081 RR1BJ48TF
BS 1082 1082 RR1DG73TF
BS 1083 1091 RR1BJ48TF

RD RR1BJ48JQ 258 0 0
AAAA
CAGCCTGTCCATCTCCTCTGATGATTGACCCAAGGGCAAGTTTGCACGGATAGTACGATC
AAAACCCGTTTTAAAAGCATAAGTGTCCCACACGCCAAACTCATGTTCTACACTCTTGAG
ATGGGCGGGGAAATCTTCAAAGCTTTTGACAGCAACAAAGCAATCTTCGCAAGCCCAGGG
GTATCCATCATTGTACTTGCCCTGACTAAAAACAAGCCTCATTGTTGTTGTTAGCTCCTG
TTCATCAAAGACTA

QA 5 258 5 258
DS 

RD RR1E579JQ 631 0 0
AAAACTTGA
CAGAATTGCGAAGTTTAAACTTTAAGCAAAAGAATCCGGACGAACAAGAGGTAACACAGT
AATTTTATTTATTACATTATTAAACCATGCATATGAAAACGAAACGCCCTCTTCTCGCTT
CTTCTCCCAGCTTATCCTTCTTCAAATGTTCCTTTCAATACTTGGACCGCGTTGGGTTAA
GTCTGATTTGACGACCACGAAAGCCGTGGCTATGCTCCATCCTTTTCATAAGACGCCATT
CCATGTCTTCGAGAAGCAGCCTGTCCATCTCCTCTGATGATTGACCCAAGGGCAAGTTTG
CACGGATAGTACGATCAAGACCCGTTTTAGAAGCATAAGTGTCCCACACGCCAAACTCAT
GTTCTACACTCTTGAGATGGGCGGTGAAATCTTCAAAGCTTTTGACAGCAACAAAGCAAT
CTTCGCAAGCCCAGGGGTATCCATCATTGTACTTGCCCTGACTAAAAACAAGCCTCATTG
TTGTTGTTAGCTCCTGTTCATCAAAGACTAAGGCATCCCAATTCCAATGGGCAGAAAAGG
GACGTGGTAAGGGTGTGGTGGCTGGGTAACGATATGCAAGAAGAATTCTGTATCCAGCAT
TTTCAAGATCGGAAAGTTGAGA

QA 10 631 10 631
DS 

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GC
CAGAATTGCGAAGTTTAAACTTTAAGCAAAAGAATCCGGACGAACAAGAGGTAACACAGT
AATTTTATTTATTACATTATTAAACCATGCATATGAAAACGAAACGCCCTCTTCTCGCTT
CTTCTCCCAGCTTATCCTTCTTCAAATGTTCCTTTCAATACTTGGACCGCGTTGGGTTAA
GTCTGATTTGACGACCACGAAAGCCGTGGCTATGCTCCATCCTTTTCATAAGACGCCATT
CCATGTCTTCGAGAAGCAGCCTGTCCATCTCCTCTGATGATTGACCCAAGGGCAAGTTTG
CACGGATAGTACGATCAAGACCCGTTTTAGAAGCATAAGTGTCCCACACGCCAAACTCAT
GTCCTACACTCTTGAGATGGGCGGTGAAATCTTCAAAGCTTTTGACAGCAACAAAGCAAT
CTTCGCAAGCCCAGGGGTATCCATCATTGTACTTGCCCTGACTAAAAACAAGCCTCATTG
TTGTTGTTAGCTCCTGTTCATCAAAGACTAAGGCATCCCAATTCCAATGGGCAGAAAAGG
GACGTGGTAAGGGTGTGGTGGCTGGGTAACGATATGCAAGAAGAATTCTGTATCCAGCAT
TTTCAAGATCGGAAAGTTGAGAAGCCATCCATCCTATTCGCTCCTGATCATCTATGATCA
TCATAGTGCACGGAGCAGGATTCGCATTGGCCCACTCATC

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR1E579TF 732 0 0
TTTTTTTGTTTAAACTGACAGAATTGCGAAGTTTAAACTTTAAGCAAAAGAATC*GGACG
AACAAGAGGTAACACAGTAATTTTATTTATTACATTATTAAACCATGCATATGAAAACGA
AACGCCCTCTTCTCGCTTCTTCTCCCAGCTTATCCTTCTTCAAATGTTCCTTTCAATACT
TGGACCGCGTTGGGTTAAGTCTGATTTGACGACCACGAAAGCCGTGGCTATGCTCCATCC
TTTTCATAAGACGCCATTCCATGTCTTCGAGAAGCAGCCTGTCCATCTCCTCTGATGATT
GACCCAAGGGCAAGTTTGCACGGATAGTACGATCAAGACCCGTTTTAGAAGCATAAGTGT
CCCACACGCCAAACTCATGTTCTACACTCTTGAGATGGGCGGTGAAATCTTCAAAGCTTT
TGACAGCAACAAAGCAATCTTCGCAAGCCCAGGGGTATCCATCATTGTACTTGCCCTGAC
TAAAAACAAGCCTCATTGTTGTTGTTAGCTCCTGTTCATCAAAGACTAAGGCATCCCAAT
TCCAATGGGCAGAAAAGGGACGTGGTAAGGGTGTGGTGGCTGGGTAACGATATGCAAGAA
GAATTCTGTATCCAGCATTTTCAAGATCGGAAAGTTGAGAAGCCATCCATCCTATTCGCT
CCTGATCATCTATGATCATCATAGTGCACGGAGCAGGATTCGAATTGGCCCACTCATCCA
AATCATTTGT
CC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1BJ48TF 749 0 0
TTTTAGAAGCATAAGTGTCCCACACGCCAAACTCATGTTCTACACTCTTGAGATGGGCGG
TGAAATCTTCAAAGCTTTTGACAGCAACAAAGCAATCTTCGCAAGCCCAGGGGTATCCAT
CATTGTACTTGCCCTGACTAAAAACAAGCCTCATTGTTGTTGTTAGCTCCTGTTCATCAA
AGACTAAGGCATCCCAATTCCAATGGGCAGAAAAGAGACGTGGTAAGGGTGTGGTGGCTG
GGTAACGATATGCAAGAAGAATTCTGTATCCAGCATTTTCAAGATCGGAAAGTTGAGAAG
CCATCCATCCTATTCGCTCCTGATCATCTATGATCATCATAGTGCACGGAGCAGGATTCG
CATTGGCCCACTCATCCAAATCATTTGTATAGAGGTGGGAATGCTTAAGAGATATTGCAC
ACGAAGAGAGTCTCCTCATAACGTCTTCACCAGGGATATT*GTTAGTTCGCTGCCGATTG
CAGTGATAGAGATCTGACCATTGCGGCGGACGTGGCCTGACTTTTCCACCGCCATTAGTA
TTTTCCCAACTACCATAAGAGGATCGTGACCATCTGGAATCGGACAGTTGCCTATGTCCC
ATAGCACAAAAGCTTTCTCCACCGCCCCCCCATGCCCAGGCTGCTGCGTCGACATGTTCT
CGATTTGGTTCATTCTCCTCGAATCTGAAACGGCAAACGATGAGCGAGCGACGGATCAAT
GTGTGTGCGAAAGAGAGAGTGAGCGATCC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1DG73TF 678 0 0
AAAGC
TTTGACAGCAACAAAGCAATCTTCGCAAGCCCAGGGGTATCCATCATTGTACTTGCC*TG
ACTAAAAACAAGCCTCATTGTTGTTGTTAGCTCCTGTTCATCAAAGACTAAGGCATCCCA
ATTCCAATGGGCAGAAAAGGGACGTGGTAAGGGTGTGGTGGCTGGGTAACGATATGCAAG
AAGAATTCTGTATCCAGCATTTTCAAGATCGGAAAGTTGAGAAGCCATCCATCCTATTCG
CTCCTGATCATCTATGATCATCATAGTGCACGGAGCAGGATTCGCATTGGCCCACTCATC
CAAATCATTTGTATAGAGGTGGGAATGCTTAAGAGATATTGCACACGAAGAGAGTCTCCT
CATAACGTCTTCACCAGGGATCTTTGTTAGTTCGCTGCCGATTGCAGTGATAGAGATCTG
ACCATTGCGGCGGACGTGGCCTGACTTTTCCACCGCCATTAGTATTTTCCCAACTACCAT
AAGAGGATCGTGACCATCTGGAATCGGACAGTTGCCTATGTCCCATAGCACAAAAGCTTT
CTCCACCGCCCCCCCATGCCCAGGCTGCTGCGTCGCCATGTTCTCGATTTGGTTCATTCT
CCTCGAATCTGAAACGGCAAACGATGAGCGAGCGACGGATCAATGTGTGTGCGAAAGAGA
GAGCGAGCGATCC

QA 6 678 6 678
DS 



AS 1 6

CO CL922Contig1 770 6 44 U
TTATATAGAGAGTCAACAGAGCCATAGAGAG*AGCCATAGATATTAGATCTGATCATTTG
CAAGTAAAACTAGTTGAAAGGAC**AGGGAAA*****AAAGAATGTCATCATCGGAGCAA
AAGGATGTAGAAGAAAAGGGATCGTTGATCTCAGGCTTGTTGGACAAAGCCAAAGGTTTC
TTCGCAGAGAAGCTTGCCAATATTCCGACGCCGGAAGCCACCGTGGACGACGTAGACTTC
GTACGTGTGACTGGTCAAGGAGCTGATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTAC
CCTCAAGCAATCCCTATTTGCCAGATCTCTTACCTCCTCAAGAGTGACACAAGGATGATA
GCGTCTGGCACGATACCGGATCCGGGTTCGTTGATTGCGAACGGGTCGACGGTTCTGGAC
GTACCGGTTAAGGTGCCTTACAGCATAGCGATAAGTTTGATGAAGGACATGTTTTTGGAC
TGGGACATCGACTATCAACTTGACATCGGACTAACCATCGACCTTCCTGTTATTGGTGAC
ATTACCATCCCTGTCTCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTTCCTTCCTTTGCCGACATCTTT
AACTCTAAACCCTCTGAGTGATTTTCAATAAGTACGATCCGTAAACGATCGTTGGATGTT
TCAGTTGTGGAGTACTCTTGTTTTGTTGTTGAATTAATAAAGGACTTTTATTTGGTTTCT
GTATGTGTTCCTTTGAACATGTTGGTAAGAATAAAAAAAATCTCAGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 20 35 20 35 35 20 20 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C166TF U 18
AF RR1FK29TF U 189
AF RR1FR17JQ C 16
AF RR1FR17TF U 16
AF RR1FI20TF U 1
AF RR1C166JQ C 26
BS 1 28 RR1FI20TF
BS 29 29 RR1C166TF
BS 30 30 RR1FI20TF
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BS 33 34 RR1FI20TF
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BS 45 45 RR1C166TF
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BS 98 134 RR1FI20TF
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BS 706 760 RR1FI20TF
BS 761 770 RR1C166JQ

RD RR1C166TF 189 0 0
GGGAAAAA
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AGGGAAA*****AAAGA*TGTCATCATCGGAGCAAAAGG*TGTAGAAGAAAAGGGATCGT
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C

QA 9 189 9 189
DS 

RD RR1FK29TF 125 0 0
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A
CTCC

QA 1 121 1 121
DS 

RD RR1FR17JQ 704 0 0
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AGAGAG*AGCCATAGATATTAGATCTGATCATTTGCAAGTAAAACTAGTTGAAAGGAC**
AGGGAAA*****AAAGAATGTCATCATCGGAGCAAAAGGATGTAGAAGAAAAGGGATCGT
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ATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACCCTCAAGCAATCCCTATTTGCCAGA
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QA 11 704 11 704
DS 

RD RR1FR17TF 704 0 0
GGGAGTCAAC
AGAGAG*AGCCATAGATATTAGATCTGATCATTTGCAAGTAAAACTAGTTGAAAGGAC**
AGGGAAA*****AAAGAATGTCATCATCGGAGCAAAAGGATGTAGAAGAAAAGGGATCGT
TGATCTCAGGCTTGTTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTCGCAGAGAAGCTTGCCAATATTC
CGACGCCGGAAGCCACCGTGGACGACGTAGACTTCGTACGTGTGACTGGTCAAGGAGCTG
ATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACCCTCAAGCAATCCCTATTTGCCAGA
TCTCTTACCTCCTCAAGAGTGACACAAGGATGATAGCGTCTGGCACGATACCGGATCCGG
GTTCGTTGATTGCGAACGGGTCGACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTGCCTTACAGCA
TAGCGATAAGTTTGATGAAGGACATGTTTTTGGACTGGGACATCGACTATCAACTTGACA
TCGGACTAACCATCGACCTTCCTGTTATTGGTGACATTACCATCCCTGTCTCTACTCAGG
GTGAGATCAAGCTTCCTTCCTTTGCCGACATCTTTAACTCTAAACCCTCTGAGTGATTTT
CAATAAGTACGATCCGTAAACGATCGTTGGATGTTTCAGTTGTGGAGTACTCTTGTTTTG
TTGTTGAATTAATAAAGGACTTTTATTTGGTTTC

QA 11 704 11 704
DS 

RD RR1FI20TF 760 0 0
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GAAGTAAAACTAGTTGAAAGGTCTAAAACAAACAGAGAAAGAATGTCATCATCGGAGCAA
AAGGATGTAGAAGAGAAGGGATCGTTGATCTCAGGCTTGTTGGACAAAGCCAAAGGTTTC
TTCGCAGAGAAGCTTGCCAATATTCCGACTCCGGAAGCCACCGTGGACGACGTAGACTTT
GTACGTGTGACTGGTCAAGGAGCTGATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTAC
CCTCAAGCAATCCCTATTTGCCAGATCTCTTACCTCCTCAAGAGTGACACAAGGATGATA
GCGTCTGGCACGATACCGGATCCGGGTTCGTTGATTGCGAACGGGTCGACGGTTCTGGAC
GTACCGGTTAAGGTGCCTTACAGCATAGCGATAAGTTTGATGAAGGACATGTTTTTGGAC
TGGGACATCGACTATCAACTAGACATCGGACTAACCATCGACCTTCCTGTTGTTGGTGAC
ATTACCATCCCTGTCTCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCTTTGCCGACATCTTT
AACTCTAAACCCGCTGAGTGATTTTCAATAAGTACGATCCGTAATCGATCGTTGGATGTT
TCAGTTGTGGAGTACTCTTGTTTTGTTGTGGGATTAATAAAGGATTTTTATTTGGTTTCT
GTATGTGTTCCTTTGAACATGTTGGTAAGAATAAAAAAAA

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1C166JQ 745 0 0
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AGGGAAA*****AAAGAATGTCATCATCGGAGCAAAAGGATGTAGAAGAAAAGGGATCGT
TGATCTCAGGCTTGTTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTCGCAGAGAAGCTTGCCAATATTC
CGACGCCGGAAGCCACCGTGGACGACGTAGACTTCGTACGTGTGACTGGTCAAGGAGCTG
ATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACCCTCAAGCAATCCCTATTTGCCAGA
TCTCTTACCTCCTCAAGAGTGACACAAGGATGATAGCGTCTGGCACGATACCGGATCCGG
GTTCGTTGATTGCGAACGGGTCGACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTGCCTTACAGCA
TAGCGATAGGTTTGATGAAGGACATGTTTTTGGACTGGGACATCGACTATCAACTTGACA
TCGGACTAACCATCGACCTTCCTGTTATTGGTGACATTACCATCCCTGTCTCTACTCAGG
GTGAGATCAAGCTTCCTTCCTTTGCCGACATCTTTAACTCTAAACCCTCTGAGTGATTTT
CAATAAGTACGATCCGTAAACGATCGTTGGATGTTTCAGTTGTGGAGTACTCTTGTTTTG
TTGTTGAATTAATAAAGGACTTTTATTTGGTTTCTGTATGTGTTCCTTTGAACATGTTGG
TAAGAATAAAAAAAATCTCAGTTTT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 2 6

CO CL923Contig1 964 4 6 U
AGTCACTTAGAAATCAATTACTAATGTTAAATTCTAATAAGAATCTCTTGATGGAAAACA
TATTTAAAAGGTCCAAAAGCACAGATTTATTTTTAATATGTTTCTGCAATAGCAACTATA
GCTAAAACTGATGATGGTTATCATTTTTCAATGGTAGCCAATCTAAATTCAAGAAAGAAG
CAAAAAGAAAAACGCACCCGACCAAACATCAAAAGGACACAAGCTTGTCGGCGAAAAGGA
CCAAGCAACCATTGTACTTGAAAATATCTCAGATCTATGAAATCTGACCGCAGTCGGCGA
TCACCACGGGCCAGGAAAGCTTGTCCCTAACAGATATCTTTGAAATGGTCCTGACCACAT
CCAATCCTTCAACAACTTGGCCGAACACGACGTGTTCATCGTCGAGTTCCGGGCACTCCG
TCAAGCAGATCATAAAGTTAGATTCGTTGGTGTCAGGACCACGGTTGTTCATGGAGATCA
TACCCGGACATGTGTGCTTTTTGATGAAGTTCTCATCCTCGAAAAACCCACTGTCGTAGA
TTGATTCGCCTCCGCATCCTTTCCCTTCGTTAGTGAAATCTCCTCCTTCAATCATATAAT
CGGCGCACCTATGGTAGATGACTGATCCTTTGTAATGGAGGGGCTTACCCTTCTTCCCCA
TGCCTTTC**GCCTGTACAGAGGGCGCGGAAATTCTCTGCCGTCCGTGGGGTCGTGTCGG
CAAAGAGCTCCATCACGATCCGACCAATAGGTTTACCGCAAGCAGCAGGAGGTTGAATTC
GGCCAAAGGCAGCCCCTACCTCGGCTCCCCCTGGAGCAGAGTTTGGGTTAATGTTAATGG
TAAATCCTTCACCCGCCGGAATGTTTATGTTGATGGTAAACCCACCAGCCATTCTCTGAG
ATGGATCTAAGAAATTATAGGTTTCCTGGGAGGAGCTATCGAGAGAGAGAGAACATATAG
TTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1GO26JQ U 36
AF RR1FE78JQ U 50
AF RR1A885JQ U 1
AF RR1A885TF C 187
BS 1 103 RR1A885JQ
BS 104 104 RR1GO26JQ
BS 105 768 RR1A885JQ
BS 769 769 RR1A885TF
BS 770 805 RR1A885JQ
BS 806 964 RR1A885TF

RD RR1GO26JQ 631 0 0
AATAAGAATCTCTTGATGGAAAACATATTTAAAAGGTCCAAAAGCACAGATTTATTTTTA
ATATGTTTCTGCAATAGCAACTATAGCTAAAACTGATGATGGTTATCATTTTTCAATGGT
AGCCAATCTAAATTCAAGAAAGAAGCAAAAAGAAAAACGCACCCGACCTAACATCAAAAG
GACACAAGCTTGTCGGCGAAAAGGACCAAGCAACCATTGTACTTGAAAATATCTCAAATC
TATGAAATCTGACCGCAGTCGGCGATCACCACGGGCCAGGAAAGCTTGTCCCTAACAGAT
ATCTTTGAAATGGTCCTGACCACATCCAATCCTTCAACAACTTGGCCGAACACGACGTGT
TCATCGTCGAGTTCCGGGCACTCCGTCAAGCAAATCATAAAGTTAGATTCGTTGGTGTCA
GGACCACGGTTGTTCATGGAGATCATACCCGGACATGTGTGCTTTTTGATGAAGTTCTCA
TCCTCGAAAAACCCACTGTCGTAAATTGATTCGCCTCCGCATCCTTTCCCTTCGTTAGTG
AAATCTCCTCCTTCAATCATATAATCGGCGCACCTATGGTAGATGACTGATCCTTTGTAA
TGGAGGGGCTTACCCTTCTTCCCCATGCCTT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1FE78JQ 725 0 0
GATGGAAAACATATTTAAAAGGTCCAAAAGCACAGATTTATTTTTAATATGTTTCTGCAA
TAGCAACTATAGCTAAAACTGATGATGGTTATCATTTTTCAATGGTAGCCAATCTAAATT
CAAGAAAGAAGCAAAAAGAAAAACGCACCCGACCAAACATCAAAAGGACACAAGCTTGTC
GGCGAAAAGGACCAAGCAACCATTGTACTTGAAAATATCTCAAATCTATGAAATCTGACC
GCAGTCGGCGATCACCACGGGCCAGGAAAGCTTGTCCCTAACAGATATCTTTGAAATGGT
CCTGACCACATCCAATCCTTCAACAACTTGGTCGAACACGACGTGTTCATCGTCGAGTTC
CGGGCACTCCGTCAAGCAAATCATAAAGTTAGATTCGTTGGTGTCAGGACCACGGTTGTT
CATGGAGATCATACCCGGACATGTGTGCTTTTTGATGAAGTTCTCATCCTCGAAAAACCC
ACTGTCGTAGATTGATTCGCCTCCGCATCCTTTCCCTTCGTTAGTGAAATCTCCTCCTTC
AATCATATAATCGGCGCACCTATGGTAGATGACTGATCCTTTGTAATGGAGGGGCTTACC
CTTCTTCCCCATGCCTTTCTCGCCTGTACAGAGGGCGCGGAAATTCTCAGCCGTCCGTGG
GGTCGTGTCGGCAAAGAGCTCCATCACGATCCGACCAATAGGTTTACCGCAAGCAGC
TGGAGGTT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1A885JQ 805 0 0
AGTCACTTAGAAATCAATTACTAATGTTAAATTCTAATAAGAATCTCTTGATGGAAAACA
TATTTAAAAGGTCCAAAAGCACAGATTTATTTTTAATATGTTT*TGCAATAGCAACTATA
GCTAAAACTGATGATGGTTATCATTTTTCAATGGTAGCCAATCTAAATTCAAGAAAGAAG
CAAAAAGAAAAACGCACCCGACCAAACATCAAAAGGACACAAGCTTGTCGGCGAAAAGGA
CCAAGCAACCATTGTACTTGAAAATATCTCAGATCTATGAAATCTGACCGCAGTCGGCGA
TCACCACGGGCCAGGAAAGCTTGTCCCTAACAGATATCTTTGAAATGGTCCTGACCACAT
CCAATCCTTCAACAACTTGGCCGAACACGACGTGTTCATCGTCGAGTTCCGGGCACTCCG
TCAAGCAGATCATAAAGTTAGATTCGTTGGTGTCAGGACCACGGTTGTTCATGGAGATCA
TACCCGGACATGTGTGCTTTTTGATGAAGTTCTCATCCTCGAAAAACCCACTGTCGTAGA
TTGATTCGCCTCCGCATCCTTTCCCTTCGTTAGTGAAATCTCCTCCTTCAATCATATAAT
CGGCGCACCTATGGTAGATGACTGATCCTTTGTAATGGAGGGGCTTACCCTTCTTCCCCA
TGCCTTTC**GCCTGTACAGAGGGCGCGGAAATTCTCTGCCGTCCGTGGGGTCGTGTCGG
CAAAGAGCTCCATCACGATCCGACCAATAGGTTTACCGCAAGCAGCAG*AGGTTGAATTC
GGCCAAAGGCAGCCCCTACCTCGGC

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1A885TF 778 0 0
GAAAAACGCACCCGACCAAACATCAAAAGGACACAAGCTTGTCGGCGAAAAGGACCAAGC
AACCATTGTACTTGAAAATATCTCAGATCTATGAAATCTGACCGCAGTCGGCGATCACCA
CGGGCCAGGAAAGCTTGTCCCTAACAGATATCTTTGAAATGGTCCTGACCACATCCAATC
CTTCAACAACTTGGCCGAACACGACGTGTTCATCGTCGAGTTCCGGGCACTCCGTCAAGC
AGATCATAAAGTTAGATTCGTTGGTGTCAGGACCACGGTTGTTCATGGAGATCATACCCG
GACATGTGTGCTTTTTGATGAAGTTCTCATCCTCGAAAAACCCACTGTCGTAGATTGATT
CGCCTCCGCATCCTTTCCCTTCGTTAGTGAAATCTCCTCCTTCAATCATATAATCGGCGC
ACCTATGGTAGATGACTGATCCTTTGTAATGGAGGGGCTTACCCTTCTTCCCCATGCCTT
TC**GCCTGTACAGAGGGCGCGGAAATTCTCTGCCGTCCGTGGGGTCGTGTCGGCAAAGA
GCTCCATCACGATCCGACCAATAGGTTTACCGCAAGCAGCAGGAGGTTGAATTCGGCCAA
AGGCAGCCCCTACCTCGGCTCCCCCTGGAGCAGAGTTTGGGTTAATGTTAATGGTAAATC
CTTCACCCGCCGGAATGTTTATGTTGATGGTAAACCCACCAGCCATTCTCTGAGATGGAT
CTAAGAAATTATAGGTTTCCTGGGAGGAGCTATCGAGAGAGAGAGAACATATAGTTCC

QA 1 778 1 778
DS 



CO CL923Contig2 731 2 3 U
AACTATATGTTCTCTCTCTCTCGATAGCTCCTCCCAGGAAACCTATAATTTCTTAGATCC
ATCTCAGAGAATGGCTGGTGGATTTACCATCAACATAAACATTCCGGCGGGTGAAGGATT
TACCATTAACATTAACCCAAACTCTGCTCCAGGGGGAGCCGAGGTAGGGGCTGCCTTTGG
CCGAATTCAACCTCCAGCTGGTAAACTAGATCCTCTCTCTATATGTACGAATCCCTCCTC
TCAAAAGCCCCGAGAATGCTCTGATCCATCTAACCCTAAGGTTTTCTTTGATATGACGGC
TTGCGGTAAACCTATTGGTCGGATCGTGATGGAGCTCTTTGCCGACACGACCCCACGGAC
GGCAGAGAATTTCCGCGCCCTCTGTACAGGCGAGAAAGGCATGGGGAAGAAGGGTAAGCC
CCTCCATTACAAAGGATCAGTCATCTACCATAGGTGCGCCGATTATATGATTGAAGGAGG
AGATTTCACTAACGAAGGGAAAGGATGCGGAGGCGAATCAATCTACGACAGTGGGTTTTT
CGAGGATGAGAACTTCATCAAAAAGCACACATGTCCGGGTATGATCCCCATGAACAACCG
TGGTCCTGACACCAACGAATCTAACTTTATGATCTGCTTGACGGAGTGCCCGGAACTCGA
CGATGAACACGTCGTGTTCGGCCAAGTTGTTGAAGGATTGGATGTGGTCAGGACCATTTC
AAAGATATCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO26TF U 75
AF RR1AK96TF U 1
BS 1 344 RR1AK96TF
BS 345 345 RR1GO26TF
BS 346 731 RR1AK96TF

RD RR1GO26TF 282 0 0
GG
GGTGGATTTACCATCAACATAAACATTCCGGCGGGTGAAGGATTTACCATTAACATTAAC
CCAAACTCTGCTCCAGGGGGAGCCGAGGTAGGGGCTGCCTTTGGCCGAATTCAACCTCCA
GCTGGTAAACTAGATCCTCTCTCTATATGTACGAATCCCTCCTCTCAAAAGCCCCGAGAA
TGCTCTGATCCATCTAACCCTAAGGTTTTCTTTGATATGACGGCTTGCGGTAAACCTATT
GGTCGGATCGTGATGGAGCTCTTTGCCGACACGACCCCAC

QA 3 282 3 282
DS 

RD RR1AK96TF 731 0 0
AACTATATGTTCTCTCTCTCTCGATAGCTCCTCCCAGGAAACCTATAATTTCTTAGATCC
ATCTCAGAGAATGGCTGGTGGATTTACCATCAACATAAACATTCCGGCGGGTGAAGGATT
TACCATTAACATTAACCCAAACTCTGCTCCAGGGGGAGCCGAGGTAGGGGCTGCCTTTGG
CCGAATTCAACCTCCAGCTGGTAAACTAGATCCTCTCTCTATATGTACGAATCCCTCCTC
TCAAAAGCCCCGAGAATGCTCTGATCCATCTAACCCTAAGGTTTTCTTTGATATGACGGC
TTGCGGTAAACCTATTGGTCGGATCGTGATGGAGCTCTTTGCCGTCACGACCCCACGGAC
GGCAGAGAATTTCCGCGCCCTCTGTACAGGCGAGAAAGGCATGGGGAAGAAGGGTAAGCC
CCTCCATTACAAAGGATCAGTCATCTACCATAGGTGCGCCGATTATATGATTGAAGGAGG
AGATTTCACTAACGAAGGGAAAGGATGCGGAGGCGAATCAATCTACGACAGTGGGTTTTT
CGAGGATGAGAACTTCATCAAAAAGCACACATGTCCGGGTATGATCCCCATGAACAACCG
TGGTCCTGACACCAACGAATCTAACTTTATGATCTGCTTGACGGAGTGCCCGGAACTCGA
CGATGAACACGTCGTGTTCGGCCAAGTTGTTGAAGGATTGGATGTGGTCAGGACCATTTC
AAAGATATCTG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 2 5

CO CL924Contig1 1019 3 9 U
GCTTCCCAAGTGGAACTACGATGGTTCAAGTACCGGACAAGCACCTGGTGAAGATAGTGA
AGTGATTCTCTATCCGCAAGCTATCTTCAGAGATCCTTTCCGTGGAGGCAATAACATATT
GGTTATCTGTGATACCTACACACCAGCTGGTGATCCAATTCCGACAAACAAACGGGCAAG
AGCTGCTGAGATTTTCAGCAACAAGAAGGTCAATGAAGAGATTCCATGGTTTGGCATCGA
ACAAGAGTACACTTTACTTCAGCCAAACGTGAACTGGCCTTTGGGTTGGCCCGTTGGAGC
ATATCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACTACTGTGGAGTTGGAGCTGAAAAGTCTTGGGGACG
TGACATTTCAGATGCTCATTACAAAGCTTGTTTGTATGCTGGAATTAACATCAGTGGTAC
TAATGGCGAAGTTATGCCAGGACAGTGGGAATTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATCGA
AGCAGGTGATCATGTTTGGTGTGCTAGATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCTGG
TGTCGTCCTAACCCTTGATCCCAAACCGATTGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCA
TACCAATTACAGTACAAAGAGCATGAGAGAGGATGGAGGATTTGAGGTGATTAAAAAGGC
CATCTTGAACCTCTCGCTTCGTCACATGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGCAACGA
GAGAAGGTTGACCGGAAAGCACGAGACAGCCAGTATCGACCAATTCTCATGGGGCGTGGC
TAACCGTGGATGCTCAATTCGTGTTGGACGTGATACAGAGAAGAAAGGAAAAGGTTACTT
GGAAGATAGGCGTCCAGCGTCTAACATGGACCCATACATTGTGACTTCACTGCTGGCAGA
GACACACTTCTCTGGGAGCAACCCTTGAGCTGAAGCACTTGCTGCTCAGAAGCTTTCTTT
GAAAGTTTAATTATTCCTGAACACGCATGTCTATTTATGTGGTCACCCGGATCATAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN77TF U 1
AF RR1GT48TF U 155
AF RR1FT16TF U 189
BS 1 486 RR1AN77TF
BS 487 487 RR1GT48TF
BS 488 567 RR1AN77TF
BS 568 568 RR1GT48TF
BS 569 706 RR1AN77TF
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BS 727 727 RR1FT16TF
BS 728 764 RR1GT48TF
BS 765 1019 RR1FT16TF

RD RR1AN77TF 709 0 0
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AGTGATTCTCTATCCGCAAGCTATCTTCAGAGATCCTTTCCGTGGAGGCAATAACATATT
GGTTATCTGTGATACCTACACACCAGCTGGTGATCCAATTCCGACAAACAAACGGGCAAG
AGCTGCTGAGATTTTCAGCAACAAGAAGGTCAATGAAGAGATTCCATGGTTTGGCATCGA
ACAAGAGTACACTTTACTTCAGCCAAACGTGAACTGGCCTTTGGGTTGGCCCGTTGGAGC
ATATCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACTACTGTGGAGTTGGAGCTGAAAAGTCTTGGGGACG
TGACATTTCAGATGCTCATTACAAAGCTTGTTTGTATGCTGGAATTAACATCAGTGGTAC
TAATGGCGAAGTTATGCCAGGACAGTGGGAATTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATCGA
AGCAGGAGATCATGTTTGGTGTGCTAGATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCTGG
TGTCGTCCTAACCCTTGATCCCAAACCAATTGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCA
TACCAATTACAGTACAAAGAGCATGAGAGAGGATGGAGGATTTGAGGTGATTAAAAAGGC
CATCTTGAACCTCTCGCTTCGTCACATGGAGCACATCAGTGCCTAC
AGT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1GT48TF 610 0 0
G
CAATTCCGACAAACAAACGTGCAAGAGCTGCTGAGATTTTCAGCAACAAGAAGGTCAATG
AAGAGATTCCATGGTTTGGCATCGAACAAGAGTACACTTTACTTCAGCCAAACGTGAACT
GGCCTTTGGGTTGGCCTGTTGGAGCATATCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACTACTGTGGAG
TTGGAGCTGAAAAGTCTTGGGGACGTGACATTTCAGATGCTCATTACAAAGCTTGTTTGT
ATGCTTGAATTAACATCAGTGGTACTAATGGTGAAGTTATGCCAGGACAGTGGGAATTCC
AAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATCGAAGCAGGTGATCATGTTTGGTGTGCTAGATACCTTC
TTGAGAGAATCACAGAACAAGCTGGTGTCGTCCTAACCCTTGATCCCAAACCGATTGAGG
GTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCATACCAATTACAGTACAAAGAGCATGAGAGAGGATG
GAGGATTTGAGGTGATTAAAAAGGCCATCTTGAACCTCTCGCTTCGTCACATGGAGCACA
TCAGTGCCTACGGTGAAGGCAACGAGAGAAG*TTGACCGGAAAGCACGAGACAGCCAGTA
TCGACCAAT

QA 2 610 2 610
DS 

RD RR1FT16TF 831 0 0
G
GATTTTCAACAACAACAAGGTCAATGAAGAGATTCCATGGTTTGGCATCGAACAAGAGTA
CACTTTACTTCAGCCAAACGTGAACTGGCCTTTGGGTTGGCCCGTTGGAGCATATCCTGG
TCCTCAGGGTCCTTACTACTGTGGAGTTGGAGCTGAAAAGTCTTGGGGACGTGACATTTC
AGATGCTCATTACAAAGCTTGTTTGTATGCTGGAATTAACATCAGTGGTACTAATGGCGA
AGTTATGCCAGGACAGTGGGAATTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATCGAAGCAGGTGA
TCATGTTTGGTGTGCTAGATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCTGGTGTCGTCCT
AACCCTTGATCCCAAACCGATTGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCATACCAATTA
CAGTACAAAGAGCATGAGAGAGGATGGAGGATTTGAGGTGATTAAAAAGGCCATCTTGAA
CCTCTCGCTTCGTCACATGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGCAACGAGAGAAGGTT
GACCGGAAAGCACGAGACAGCCAGTATCGACCAATTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGG
ATGCTCAATTCGTGTTGGACGTGATACAGAGAAGAAAGGAAAAGGTTACTTGGAAGATAG
GCGTCCAGCGTCTAACATGGACCCATACATTGTGACTTCACTGCTGGCAGAGACACACTT
CTCTGGGAGCAACCCTTGAGCTGAAGCACTTGCTGCTCAGAAGCTTTCTTTGAAAGTTTA
ATTATTCCTGAACACGCATGTCTATTTATGTGGTCACCCGGATCATAAAT

QA 2 831 2 831
DS 



CO CL924Contig2 253 2 1 U
GGTGACTTCACTGCTGGCAGAGACCACACTTCTCTGGGAGCCAACCCTTGAGGCTGAAGC
ACTTGCCGCTCAGAAGCTTTCTTTGAAAGTTTAATTTATTCCTGAACACGCATGTCTATT
TATGTGGTCAACCCCGGATCATAAATGCTGTTTAGAACACTGGTTCGGATTAAGACATTC
TTGCCTCCTTTTTTTTCATTTGCACTGTTGAAAAAACAAGAATTTCACGGGCAATCATCA
TTTTCTATTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F033TF U 1
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BS 1 253 RR1F033TF

RD RR1F033TF 253 0 0
GGTGACTTCACTGCTGGCAGAGACCACACTTCTCTGGGAGCCAACCCTTGAGGCTGAAGC
ACTTGCCGCTCAGAAGCTTTCTTTGAAAGTTTAATTTATTCCTGAACACGCATGTCTATT
TATGTGGTCAACCCCGGATCATAAATGCTGTTTAGAACACTGGTTCGGATTAAGACATTC
TTGCCTCCTTTTTTTTCATTTGCACTGTTGAAAAAACAAGAATTTCACGGGCAATCATCA
TTTTCTATTGGTT

QA 1 253 1 253
DS 

RD RR1F033JQ 224 0 0
TTTTT
TGGGAGCCAACCCTTGAGGCTGAAGCACTTGCCGCTCAGAAGCTTTCTTTGAAAGTTTAA
TTTATTCCTGAACACGCATGTCTATTTATGTGGTCAACCCCGGATCATAAATGCTGTTTA
GAACACTGGTTCGGATTAAGACATTCTTGCCTCCTTTTTTTTCATTTGCACTGTTGAAAA
AACAAGAATTTCACGGGCAATCATCATTTTTTATTGGTT

QA 6 224 6 224
DS 



AS 1 7

CO CL925Contig1 909 7 38 U
GGAGACCGCGACCATCGAAACTTTGCATCTAACTCTAGGCTGGCGATAATGGCGTCGAAG
CAAGAATACGGCATCCCTTATACACCTCTTCCTTCATCATCATCATCACAGCCTTCTCAA
ACCGTCATCGTTTTAACTCCTTATCGCCGCCACCGTCGCCCTTCCTTCCTCCGCACCCTC
CGCTGCTCTCTCCTCTTCACCGCCGCAATCCTCCTCCTCTCCGCCGCCGTTTACTTCCTC
TACCCTTCCGATCCAGAAATCAAAGTCTCTCGAATCCAGCTCAACCACATACGAGTACTC
GATTCGTTTAAACCCACCCTCGATCTCTCGTTCTCCCTCACGATCAAAGTCAGGAACCGC
GACTTCTTCTCCCTTGATTACGATTCGCTCGTGGTCTCGATTGGGTATAGAGGGAGAGAG
CTAGGGCTTGTCAAGTCTAATGGCGGACACCTCCGTGCTCGTGATAGCTCTTATGTTAAT
GCCACTCTTGAACTCGATGGTCTAGAGGTTGTTCACGATGTGATTTATTTGATCGGTGAT
TTGGCTAAAGGTGTTATTCCTTTTGATACGATCGCTCAGGTCAAAGGTGATCTTGGTGTT
CTTCTCTTCCAAATCCCTATTCAG*GGAAAAGTGTCATGCGAGGTGTTTGTTAATGTTAA
CAACCAAAAAATTTCACACCAAGATTGTCATCGTAAGTGAAACAAAATCCTGAGCTGGTC
CAAAGATGAGAGAGGAGTAGACCAGAGATACATATGTTGAATACTTGAATATCTTTTGGA
TATGGAGAAATGATTTGTAAGATATTTGTATAGATAAATACTACTG*ATTGCCATTTCTT
AGTCGTGTAATTTCGTACGTGAACTATACTTTAACGAGATAGTAACAATTGGGTTAATGG
TTCTCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 5 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 5 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BY63TF U 1
AF RR1EG38TF U 8
AF RR1BY93TF U 29
AF RR1BY93JQ C 144
AF RR1BY63JQ C 168
AF RR1GB04JQ C 255
AF RR1GB04TF U 255
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RD RR1BY63TF 830 0 0
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CAAGAATACGGCATCCCTTATACACCTCTTCCTTCATCATCATCATCACAACCTTCTCAA
ACTGTCATCGTTTTAACTCCTTATCGCCGCCACCGTCGCCCTTCCTTCCTCCGCACCCTC
CGCTGCTCTCTCCTCTTCACCGCCGCAATCCTCCTCCTCTCCGCCGCCGTTTACTTCCTC
TACCCTTCCGATCCAGAAATCAAAGTCTCTCGAATCCAGCTCAACCACATACGAGTACTC
GATTCGTTTAAACCCACGCTCGATCTCTCGTTCTCCCTCACGATCAAAGTCAGGAACCGC
GACTTCTTCTCCCTTGATTACGATTCGCTTGTGGTCTCGATCGGGTACAGAGGGAGAGAG
CTAGGGCTTGTGAAGTCTAATGGCGGACACCTCCGTGCTCGTGATAGCTCTTATGTTAAT
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TTGGCTAAAGGTGTTATTCCTTTTGATACGATCGCTCAGGTCAAAGGTGATCTTGGTGTT
CTTCTCTTCCAAATCCCTATTCAG*GGAAAAGTGTCATGCGAGGTGTTTGTTAATGTTAA
CAACCAAAAAATTTCACACCAAGATTGTCATCGTAAGTGAAACAAAATCCTGAGCTGGTC
*AAACATGAGAGAGGAGTAGAC*AGATATACATATGTTGA*TCCTTGA*TATCTTTTGGG
TATGGAGAAATGATTTGTA*GATATTTGTATAGATAA
TACTACTGGATGC

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DS 

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GG
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GGCATCCCTTATACACCTCTTCCTTCATCATCATCATCACAGCCTTCTCAAACCGTCATC
GTTTTAACTCCTTATCGCCGCCACCGTCGCCCTTCCTTCCTCCGCACCCTCCGCTGCTCT
CTCCTCTTCACCGCCGCAATCCTCCTCCTCTCCGCCGCCGTTTACTTCCTCTACCCTTCC
GATCCAGAAATCAAAGTCTCTCGAATCCAGCTCAACCACATACGAGTACTCGATTCGTTT
AAACCCACGCTCGATCTCTCGTTCTCCCTCACGATCAAAGTCAGGAACCGCGACTTCTTC
TCCCTTGATTACGATTCGCTTGTGGTCTCGATCGGGTACAGAGGGAGAGAGCTAGGGCTT
GTGAAGTCTAATGGCGGACACCTCCGTGCTCGTGATAGCTCTTATGTTAATGCGACTCTT
GAACTCGATGGTCTAGAGGTTGTTCACGATGTTATTTATTTGATCGGTGATTTGGCTAAA
GGTGTTATTCCTTTTGATACGATCGCTCAGGTCAAAGGTGATCTTGGTGTTCTTCTCTTC
CAAATCCCTATTCAG*GGAAAAGTGTCATGCGAGGTGTTTGTTAATGTTAACAACCAAAA
AATTTCACACCAAGATTGTCATCGTAAGTGAAACAAAATCCTGAGCTGGTCCAAACATGA
GAGAGGAGTAGACCAGATATACATATGTTGAATCCTTGA*TATCTTT*GGGTATGGAGAA
ATGATTTGTAAGATATT
G

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DS 

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GG
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CCTTCATCATCATCATCACAGCCTTCTCAAACCGTCATCGTTCTAACTCCTTATCGCCGC
CACCGTCGCCCTTCCTTCCTCCGCACCCTCCGCTGCTCTCTCCTCTTCACCGCCGCAATC
CTCCTCCTCTCCGCCGCCGTTTACTTCCTCTACCCTTCCGATCCAGAAATCAAAGTCTCT
CGAATCCAGCTCAACCACATACGAGTACTCGATTCGTTTAAACCCACCCCCGATCTCTCG
TTCTCCCTCACGATCAAAGTCAGGAACCGCGACTTCTTCTCCCTTGATTACGATTCGCTC
GTGGTCTCGATTGGGTATAGAGGGAGAGAGCTAGGGCTTGTCAAGTCTAATGGCGGACAC
CTCCGTGCTCGTGATAGCCCTTATGTTAATGCCACTCTTGAACTCGATGGTCTAGAGGTT
GTTCACGATGTGATTTATTTGATCGGTGATTTGGCTAAAGGTGTTATTCCTTTTGATACG
ATCGCTCAGGTCAAAGGTGATCTTGGTGTTCTTCTCTTCCAAATCCCTATTCAG*GGAAA
AGTGTCATGCGAGGTGTTTGTTAATGTTAACAACCAAAAAATTTCACACCAAGATTGTCA
TCGTAAGTGAAACAAAATCCTGAGCTGGTCCAAAGATGAGAGAGGAGTAGACCAGAGATA
CATATGTTGAATACTTGA*TATCTTTTGGATATGGAGAAATGATTT

QA 3 768 3 768
DS 

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CGCAATCCTCCTCCTCTCCGCCGCCGTTTACTTCCTCTACCCTTCCGATCCAGAAATCAA
AGTCTCTCGAATCCAGCTCAACCACATACGAGTACTCGATTCGTTTAAACCCACCCCCGA
TCTCTCGTTCTCCCTCACGATCAAAGTCAGGAACCGCGACTTCTTCTCCCTTGATTACGA
TTCGCTCGTGGTCTCGATTGGGTATAGAGGGAGAGAGCTAGGGCTTGTCAAGTCTAATGG
CGGACACCTCCGTGCTCGTGATAGCCCTTATGTTAATGCCACTCTTGAACTCGATGGTCT
AGAGGTTGTTCACGATGTGATTTATTTGATCGGTGATTTGGCTAAAGGTGTTATTCCTTT
TGATACGATCGCTCAGGTCAAAGGTGATCTTGGTGTTCTTCTCTTCCAAATCCCTATTCA
G*GGAAAAGTGTCATGCGAGGTGTTTGTTAATGTTAACAACCAAAAAATTTCACACCAAG
ATTGTCATCGTAAGTGAAACAAAATCCTGAGCTGGTCCAAAGATGAGAGAGGAGTAGACC
AGAGATACATATGTTGAATACTTGAATATCTTTTGGATATGGAGAAATGATTTGTAAGAT
ATTTGTATAGATAAATACTACTG*ATTGCCATTTCTTAGTCGTGTAATTTCGTACGTGAA
CTATACTTTAACGAGATAGTAACAATTGGGTT

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DS 

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CGTTTACTTCCTCTACCCTTCCGATCCAGAAATCAAAGTCTCTCGAATCCAGCTCAACCA
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AGTCAGGAACCGCGACTTCTTCTCCCTTGATTACGATTCGCTTGTGGTCTCGATCGGGTA
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CTCTTATGTTAATGCGACTCTTGAACTCGATGGTCTAGAGGTTGTTCACGATGTTATTTA
TTTGATCGGTGATTTGGCTAAAGGTGTTATTCCTTTTGATACGATCGCTCAGGTCAAAGG
TGATCTTGGTGTTCTTCTCTTCCAAATCCCTATTCAG*GGAAAAGTGTCATGCGAGGTGT
TTGTTAATGTTAACAACCAAAAAATTTCACACCAAGATTGTCATCGTAAGTGAAACAAAA
TCCTGAGCTGGTCCAAACATGAGAGAGGAGTAGACCAGATATACATATGTTGAATCCTTG
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ATTGCCATTTCTTAGTCGTGTAATTTCGTACGTGAACTATACTTTAACGAGATAGTA

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DS 

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G
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TCTAATGGCGGACATTTCCGTGCTCGTGATAGCTCTTATGTTAATGCCACTCTTGAACTC
GATGGTCTAGAGGTTGTTCACGATGTGATTTATTTGATCGGTGATTTGGCTAAAGGTGTT
ATTCCTCTTGATACGATCGCTCAGGTCAAAGGTGATCTTGGTGTTCTTCTCTTCCAAATC
CCTATTCAG*GGAAAAGTGTCATGCGAGGTGTTTGTTAATGTTAACAACCAAAAAATTTC
ACACCAAGATTGTCATCGTAAGTGAAACAAAATCCTGAGCTGGTCCAAAGATGAGAGAGG
AGTAGACCAGAGATACATATGTTGAATACTTGAATATCTTTTGGATATGGAGAAATGATT
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TACGTGAACTATACTTTAACGAGATAGTAACAATTGGGTTAATGGTTCTCTCTC

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DS 

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G
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ACCCTCGATCTCTCGTTCTCCCTCACGATCAAAGTCAGGAACCGCGACTTCTTCTCCCTT
GATTACGATTCGCTCGTGGTCTCGATTGGGTATAGAGGGAGAGAGCTAGGGCTTGTCAAG
TCTAATGGCGGACATTTCCGTGCTCGTGATAGCTCTTATGTTAATGCCACTCTTGAACTC
GATGGTCTAGAGGTTGTTCACGATGTGATTTATTTGATCGGTGATTTGGCTAAAGGTGTT
ATTCCTCTTGATACGATCGCTCAGGTCAAAGGTGATCTTGGTGTTCTTCTCTTCCAAATC
CCTATTCAGAGGAAAAGTGTCATGCGAGGTGTTTGTTAATGTTAACAACCAAAAAATTTC
ACACCAAGATTGTCATCGTAAGTGAAACAAAATCCTGAGCTGGTCCAAAGATGAGAGAGG
AGTAGACCAGAGATACATATGTTGAATACTTGAATATCTTTTGGATATGGAGAAATGATT
TGTAAGATATTTGTATAGATAAATACTACTG*ATTGCCATTTCTTAGTCGTGTAATTTCG
TACGTGAACTATACTTTAACGAGATAGTAACAATTGGGTTAATGGTTCTCTCTC

QA 2 655 2 655
DS 



AS 1 7

CO CL926Contig1 1220 7 17 U
GCGGATAAAGGTAAATTTGATAACTGATCGAAGTAGAGAAAATGTTACTATTACAGATGT
ATGAAACGGCCACTAAAATGAAGCAGCTTATTTTGGTCAAATGTAAAAAGATGATATTTC
AATTTGTACTTCTTTTTTTT*CTTATAAATTGCATTTTCAGAAACTGGATTCGTCAGTAG
ATGGACGCCTCAAGAAGTACCTCAGACTATTGGCAAGAACCTGCTGGAGAGGCTTGATTA
GGGCTTTGTTCCTGTAACTTACGTGGAACTTAACCTTAGCCAAGAGACCCTCGGTGTCAA
ATTCTCCAGATTCGACAGCTACACTGATATCTGTAATCATCTTCACAAGCTCAACTAATA
GTCCAGGCCTATCCGCTGTTTCTATGTATAGTAAACTGCGGTCTGCTCCATCATCTTCAA
TTTTTATATGTGTTGCAATGTCCACATCAACCTGTTCAGTTGGTGGAAGAACACCAAAAG
CTGCTCCCATTGCCAACTGAGAACTTGATTCAGGATGGAACTCGAGCAAATTGTTTATGA
CAGTGAGACGGATGGCCTCGAGCAACTCAGGGTCTTCTACTTTTCTTCCACTATCCGCTT
TAGTAATGGCAAATTTGTTGTGCTTGCCAGAAGAATCGAGATAGACATTAGCCTTGACGA
CATTCAGACCCAAGTTTTTGAGCGCATTCATAGTGTCAAGCAGAGCTCCGAGACGGTCTC
CAAATGTAACTTCCAGAACGGTTGCTTCAGGGTCAGAATCTTGGTCGATTATGACCACTG
GAGTTGGAACTTTGTCAGAATCAGCTGCACTTCCACCTTGCTCCACAGCAGTAGCGTTTG
CAGCTCGTGGCTTCAAACTTGATAATCTGAGTCGCTGAAGATTTATAATAGGCTTATCGA
CATAACCAAACGTGATTGTGCTAGGAGGAAGACAGAAAGCTCCAACATCACGTCTGATAG
CGGGAGAACTAGAAGCATCAGTAAAACAAAGAGCTGAACCAGAAGCAGAGGCCATAGCCA
CCATAGCTGACTTGAACCCGAAGCAAAAAAAAAAAGATAATAATAAGAAAGTGAGGAAAA
CGTTAGAGAGAAAAAGGGAAGAAGAACAAGAGCCTCTGGACTGGTCTCATCTTATCCGCC
ATGAGAGGACCATAATTAAAAAAAAAATACAAAAATTTTCTTCACCATTAGATAGTCATC
TCTCTAGCTTTCATTTCCTT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H250JQ U 1
AF RR1GD64JQ U 4
AF RR1G962JQ U 3
AF RR1BM75JQ U 19
AF RR1BM75TF C 373
AF RR1H250TF C 620
AF RR1G962TF C 561
BS 1 75 RR1H250JQ
BS 76 76 RR1G962JQ
BS 77 139 RR1H250JQ
BS 140 140 RR1G962JQ
BS 141 173 RR1H250JQ
BS 174 174 RR1G962JQ
BS 175 546 RR1H250JQ
BS 547 547 RR1G962JQ
BS 548 642 RR1H250JQ
BS 643 746 RR1G962JQ
BS 747 751 RR1BM75JQ
BS 752 752 RR1BM75TF
BS 753 845 RR1BM75JQ
BS 846 1044 RR1BM75TF
BS 1045 1053 RR1G962TF
BS 1054 1055 RR1H250TF
BS 1056 1220 RR1G962TF

RD RR1H250JQ 642 0 0
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ATGAAACGGCCACTAGAATGAAGCAGCTTATTTTGGTCAAATGTAAAAAGATGATATTTC
AATTTGTACTTCTTTTTTT**CTTATAAATTGCATTTTCAGAAACTGGATTCGCCAGTAG
ATGGACGCCTCAAGAAGTACCTCAGACTATTGGCAAGAACCTGCTGGAGAGGCTTGATTA
GGGCTTTGTTCCTGTAACTTACGTGGAACTTAACCTTAGCCAAGAGACCCTCGGTGTCAA
ATTCTCCAGATTCGACAGCTACACTGATATCTGTAATCATCTTCACAAGCTCAACTAATA
GTCCAGGCCTATCCGCTGTTTCTATGTATAGTAAACTGCGGTCTGCTCCATCATCTTCAA
TTTTTATATGTGTTGCAATGTCCACATCAACCTGTTCAGTTGGTGGAAGAACACCAAAAG
CTGCTCCCATTGCCAACTGAGAACTTGATTCAGGATGGAACTCGAGCAAATTGTTTATGA
CAGTGAAACGGATGGCCTCGAGCAACTCAGGGTCTTCTACTTTTCTTCCACTATCCGCTT
TAGTAATGGCAAATTTGTTGTGCTTGCCAGAAGAATCGAGAT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1GD64JQ 661 0 0
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AAACGGCCACTAAAATGAAGCAGCTTATTTTGGTCAAATGTAAAAAGATGATATTTCAAT
TTGTACTTCTTTTTTTT*CTTATAAATTGCATTTTCAGAAACTGGATTCGACAGTAGATG
GACGCCTCAAGAAGTACCTCAGACTATTGGCAAGAACCTGCTGGAGAGGCTTGATTAGAG
CTTTGTTCCTGTAACTTACGTGGAACTTAACCTTAGCCAAGAGACCCTCGGTGTCAAATT
CTCCAGATTCGACAGCTACACTGATATCTGTAATCATCTTCACAAGCTCAACTAATAGTC
CAGGCCTATCCGCTGTTTCTATGTATAGTAAACTGCGGTCTGCTCCATCATCTTCAATTT
TTATATGTGTTGCAATGTCCACATCAACCTGTTCAGTTGGTGGAAGAACACCAAAAGCTG
CTCCCATCGCCAACTGAGAACTTGATTCAGGATGGAACTCGAGCAAATTGTTTATGGCAG
TGAGACGGATGGCCTCGAGCAACTCAGGGTCTTCTACTTTTCTTCCACTATCCGCTTTAG
TAATGGCAAATTTGTTGTGCTTGCCAGAAGAATCGAGATAGACATTAGCCTTGACGACAT
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1G962JQ 744 0 0
G
GATAAAGGTAAATTTGATGACTGATCGAAGTAGAGAAAATGTTACTATTACAGATGTATG
AAACGGCCACTAAAACGAAGCAGCTTATTTTGGTCAAATGTAAAAAGATGATATTTCAAT
TTGTACTTCTTTTTTTT*CTTATAAATTGCATTTTCAGAAACTGGATTCGTCAGTAGATG
GACGCCTCAAGAAGTACCTCAGACTATTGGCAAGAACCTGCTGGAGAGGCTTGATTAGGG
CTTTGTTCCTGTAACTTACGTGGAACTTAACCTTAGCCAAGAGACCCTCGATGTCAAATT
CTCCAGATTCGACAGCTACACTGATATCTGTAATCATCTTCACAAGCTCAACTAATAGTC
CAGGCCTATCCGCTGTTTCTATGTATAGTAACCTGCGGTCTGCTCCATCACCTTCAATTT
TTATATGTGTTGCAATGTCCACATCAACCTGTTCAGTTGGTGGAAGAACACCAAAAGCTG
CTCCCATTGCCAACTGAGAACTTGATTCAGGATGGAACTCGAGCAAATTGTTTATGACAG
TGAGACGGATGGCCTCGAGCAACTCAGGGTCTTCTACTTTTCTTCCACTATCCGCTTTAG
TAATGGCAAATTTGTTGTGCTTGCCAGAAGAATCGAGATAGACATTAGCCTTGACGACAT
TCAGACCCAAGTTTTTGAGCGCATTCATAGTGTCAAGCAGAGCTCCGAGACGGTCTCCAA
ATGTAACTTCCAGAACGGTTGCT

QA 2 744 2 744
DS 

RD RR1BM75JQ 827 0 0
GATA
ACTGATCGAAGTAGAGAAAATGTTACTATTACAGATGTATGAAACGGCCACTAAAATGAA
GCAGCTTATTTTGGTCAAATGTAAAAAGATGATATTTCAATTTGCACTTCTTTTTTTTTC
TTATAAATTGCATTTTCAGAAACTGGATTCGTCAGTAGATGGACGCCTCAAGAAGTACCT
CAGACTATTGGCAAGAACCTGCTGGAGAGGCTTGATTAGGGCTTTGTTCCTGTAACTTAC
GTGGAACTTAACCTTAGCCAAGAGACCCTCGGTGTCAAATTCTCCAGATTCGACAGCTAC
ACTGATATCTGTAATCATCTTCACCAGCTCAACTAATAGTCCAGGCCTATCCGCTGTTTC
TATGTATAGTAAACTGCGGTCTGCTCCATCATCTTCAATTTTTATATGTGTTGCAATGTC
CACATCAACCTGTTCAGTTGGTGGAAGAACACCAAAAGCTGCTCCCATTGCCAACTGAGA
ACTTGATTCAGGATGGAACTCGAGCAAATTGTTTATGACAGTGAGACGGATGGCCTCGAG
CAACTCAGGGTCTTCTACTTTTCTTCCACTATCCGCTTTAGTAATGACAAATTTGTTGTG
CTTGCCAGAAGAATCGAGATAGACATTAGCCTTGACGACATTCAGACCCAAGTTTTTGAG
CGCATTCATAGTGTCAAGCAGAGCTCCGAGACGATCTCCAAATGTAACTTCCAGAACGGT
TGCTTCAGG*TCAGAATCTTGGTCGATTATGACCACTGGAGTTGGAACTTTGTCAGAATC
AGCTGCACTTCCACCTTGCTCCACAGCAGTAGCGTTTGCAGCT

QA 5 827 5 827
DS 

RD RR1BM75TF 672 0 0
CCGCTGTTTCTATGTATAGTAAACTGCGGTCTGCTCCATCATCTTCAATTTTTATATGTG
TTGCAATGTCCACATCAACCTGTTCAGTTGGTGGAAGAACACCAAAAGCTGCTCCCATTG
CCAACTGAGAACTTGATTCAGGATGGAACTCGAGCAAATTGTTTATGACAGTGAGACGGA
TGGCCTCGAGCAACTCAGGGTCTTCTACTTTTCTTCCACTATCCGCTTTAGTAATGACAA
ATTTGTTGTGCTTGCCAGAAGAATCGAGATAGACATTAGCCTTGACGACATTCAGACCCA
AGTTTTTGAGCGCATTCATAGTGTCAAGCAGAGCTCCGAGACGATCTCCAAATGTAACTT
CCAGAACGGTTGCTTCAGGGTCAGAATCTTGGTCGATTATGACCACTGGAGTTGGAACTT
TGTCAGAATCAGCTGCACTTCCACCTTGCTCCACAGCAGTAGCGTTTGCAGCTCGTGGCT
TCAAACTTGATAATCTGAGTCGCTGAAGATTTATAATAGGCTTATCGACATAACCAAACG
TGATTGTGCTAGGAGGAAGACAGAAAGCTCCAACATCACGTCTGATAGCGGGAGAACTAG
AAGCATCAGTAAAACAAAGAGCTGAACCAGAAGCAGAGGCCATAGCCACCATAGCTGACT
TGAACCCGAAGC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1H250TF 538 0 0
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GAGCGCATTCATAGTGTCAAGCAGAGCTCCGAGACGGTATCCAAATGTAACTTCCAGAAC
GGTTGCTTCAGGGTCAGAATCTTGGTCGATTATGACCACTGGAGTTGGAACTTTGTCAGA
ATCAGCTGCACTTCCACCTTGCTCCACAGCAGTAGCGTTTGCAGCTCGTGGCTTCAAACT
TGATAATCTGAGTCGCTGAAGATTTATAATAGGCTTATCGACATAACCAAACGTGATTGT
GCTAGGAGGAAGACAGAAAGCTCCAACATCACGTCTGATAGCGGGAGAACTAGAAGCATC
AGTAAAACAAAGAGCTGAACCAGAAGCAGAGGCCATAGCCACCATAGCTGACTTGAACCC
GAAGCAAAAAAAAAAAGATAATAATAAGAAAGTGAGGAAAACGTTAGAGAGAAAAAGGGA
AGAAGAACAAGAGCCTCTGGACTGGTCTCATCTTATCCGCCATGAGAGGACCATAATT

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1G962TF 660 0 0
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TGCTTGCCAGAAGAATCGAGATAGACATTAGCCTTGACGACATTCAGACCCAAGTTTTTG
AGCGCATTCATAGTGTCAAGCAGAGCTCCGAGACGGTCTCCAAATGTAACTTCCAGAACG
GTTGCTTCAGGGTCAGAATCTTGGTCGATTATGACCACTGGAGTTGGAACTTTGTCAGAA
TCAGCTGCACTTCCACCTTGCTCCACAGCAGTAGCGTTTGCAGCTCGTGGCTTCAAACTT
GATAATCTGAGTCGCTGAAGATTTATAATAGGCTTATCGACATAACCAAACGTGATTGTG
CTAGGAGGAAGACAGAAAGCTCCAACATCACGTCTGATAGCGGGAGAACTAGAAGCATCA
GTAAAACAAAGAGCTGAACCAGAAGCAGAGGCCATAGCCACCATAGCTGACTTGAACCCG
AAGCAAAAAAAAA**GATAATAATAAGAAAGTGAGGAAAACGTTAGAGAGAAAAAGGGAA
GAAGAACAAGAGCCTCTGGACTGGTCTCATCTTATCCGCCATGAGAGGACCATAATTAAA
AAAAAAATACAAAAATTTTCTTCACCATTAGATAGTCATCTCTCTAGCTTTCATTTCCTT

QA 1 660 1 660
DS 



AS 2 7

CO CL927Contig1 834 5 3 U
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TCTTTGATGAAGACGATTCAGATGTAGAGGAATTCTATAAGAGCAGCCGAAGCCACCACA
CTACTGTGTTACCGCACCACGGCAAAAACCACCACCAGCAGCCACCTCATATGAACTTCA
TGCCCCCACCTCCGATGTCTCAACCTCACCATAGTGTAAGCTATCTTGGAAAGATGGGTA
ATGGATGGCAGGGGAAGCATGAAGATGCATACCACGGTGGGCACGGGATGCAGCACCACG
GTGATCAGTATGGGATGCAGCACCACGGTGAGTACGGGATGAAGCAGCACGGGATGCAGC
ACCAAGGTGAGTACGGGATGAAGCACCAAGGTGAGTACGGGATAAAGCACCAGGACAGGC
TTATGGCTCCTCAGATGTCACCACATCATGTCTACATGAACCCAAACCATGGCACTGGCA
GTGGCCATGCTGTAGTGGTCAATGCTTCGGAAAACTGGCCAGTCAGCAACAGCGGTGGCG
GCCATTACAAGGCGGGGTGGGGGAGTAAGGGACTCTAGCTGCAACCAACTACTCTGCCAG
TTCAAAATAAAAGTAATGATTATGTATACTGAATAATAATATTATTAACTAAGACGTGTG
TGATGAACATGTTTCAGTACCGTACTACGACCAAACATGGGACTTTTAAGAACAAAAAAA
A*TAGAAAGAAAGTGTTCTTGCTTGATGAACTTATGATTACTAAAGAGTGTTGTTGTTGC
TGCTTATGTTGAATAAAAATGATGCAAGTATTATCAATTGATATTCCCATGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B066JQ C 1
AF RR1AD88TF U 557
AF RR1CM71TF U 557
AF RR1D870JQ C 557
AF RR1D870TF U 557
BS 1 556 RR1B066JQ
BS 557 815 RR1AD88TF
BS 816 834 RR1D870TF

RD RR1B066JQ 787 0 0
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TCTTTGATGAAGACGATTCAGATGTAGAGGAATTCTATAAGAGCAGCCGAAGCCACCACA
CTACTGTGTTACCGCACCACGGCAAAAACCACCACCAGCAGCCACCTCATATGAACTTCA
TGCCCCCACCTCCGATGTCTCAACCTCACCATAGTGTAAGCTATCTTGGAAAGATGGGTA
ATGGATGGCAGGGGAAGCATGAAGATGCATACCACGGTGGGCACGGGATGCAGCACCACG
GTGATCAGTATGGGATGCAGCACCACGGTGAGTACGGGATGAAGCAGCACGGGATGCAGC
ACCAAGGTGAGTACGGGATGAAGCACCAAGGTGAGTACGGGATAAAGCACCAGGACAGGC
TTATGGCTCCTCAGATGTCACCACATCATGTCTACATGAACCCAAACCATGGCACTGGCA
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GCCATTACAAGGCGGGGTGGGGGAGTAAGGGACTCTAGCTGCAACCAACTACTCTGCCAG
TTCAAAATAAAAGTAATGATTATGTATACTGAATAATAATATTATTAACTAAGACGTGTG
TGATGAACATGTTTCAGTACCGTACTACGACCAAACATGGGACTTTTAAGAACAAAAAAA
A*TAGAAAGAAAGTGTTCTTGCTTGATGAACTTATGATTACTAAAGAGTGTTGTTGTTGC
TGCTTAT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1AD88TF 264 0 0
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AAATGATGCAAGTATTATC
AATTG

QA 1 259 1 259
DS 

RD RR1CM71TF 259 0 0
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TCTTGCTTGATGAACTTATGATTACTAAAGAGTGTTGTTGTTGCTGCTTATGTTGAATAA
AAATGATGCAAGTATTATC

QA 1 259 1 259
DS 

RD RR1D870JQ 278 0 0
GTGGGGGAGTAAGGGACTCTAGCTGCAACCAACTACTCTGCCAGTTCAAAATAAAAGTAA
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GTACCGTACTACGACCAAACATGGGACTTTTAAGAACAAAAAAA**TAGAAAGAAAGTGT
TCTTGCTTGATGAACTTATGATTACTAAAGAGTGTTGTTGTTGCTGCTTATGTTGAATAA
AAATGATGCAAGTATTATCAATTGATATTCCCATGCAC

QA 1 278 1 278
DS 

RD RR1D870TF 278 0 0
GTGGGGGAGTAAGGGACTCTAGCTGCAACCAACTACTCTGCCAGTTCAAAATAAAAGTAA
TGATTATGTATGCTGAATAATAATATTATTAACTAAGACGTGTGTGATGAACATGTTTCA
GTACCGTACTACGACCAAACATGGGACTTTTAAGAACAAAAAAA**TAGAAAGAAAGTGT
TCTTGCTTGATGAACTTATGATTACTAAAGAGTGTTGTTGTTGCTGCTTATGTTGAATAA
AAATGATGCAAGTATTATCAATTGATATTCCCATGCAC

QA 1 278 1 278
DS 



CO CL927Contig2 772 2 6 U
GGACGTACTTGTATCTAAGAAAACTAAGCCAAGTATATTTATAAATAAATAAATGCTTGA
CAATCTTATCGCAGAGTACGGGCACGGATACGGCAATGGCTACGGCCACAAGGATCACAG
AAGCGGAGGCTACGGCTTTGAGGAGCACAAGGAGTACAAGTCTCATATGGAGTCAGAAGG
AGGCTACCTTGACCGTCAAGCCCGCTACGACCACCGCGTGAGGCTTCCGGCAAACCACGG
CCGTCCACCCATGGCTCACATGCCTCTCTTTGATGAAGACGATTCAGATGTAGAGGAATT
CTATAAGAGCAGCCGAAGCCACCACACTACTGTGTTACCGCACCACGGCAAAAACCACCA
CCAGCAGCCACCTCATATGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGTCTCAACCTCACCATAG
TGTAAGCTATCTTGGAAAGATGGGTAATGGATGGCAGGGGAAGCATGAAGATGCATACCA
CGGTGGGCACGGGATGCAGCACCACGGTGATCAGTACGGGATGCAGCACCACGGTGAGTA
CGGGATGAAGCAGCACGGGATGCAGCACCAAGGTGAGTACGGGATGAAGCACCAAGGTGA
GTACGGGATAAAGCACCAGGACAGGCTTATGGCTCCTCAGATGTCACCACATCATGTCTA
CATGAACCCAAACCATGGCACTGGCAGTAGCCATGCTGTAGTGGTCAATGCTTCGGAAAA
CTGGCCAGTCAGCAACAGCGGTGGCGGCCATTACAAGCGGGGGTGGGGGGAG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B066TF U 1
AF RR1C693TF U 2
BS 1 516 RR1B066TF
BS 517 517 RR1C693TF
BS 518 688 RR1B066TF
BS 689 689 RR1C693TF
BS 690 762 RR1B066TF
BS 763 772 RR1C693TF

RD RR1B066TF 767 0 0
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CCGTCCACCCATGGCTCACATGCCTCTCTTTGATGAAGACGATTCAGATGTAGAGGAATT
CTATAAGAGCAGCCGAAGCCACCACACTACTGTGTTACCGCACCACGGCAAAAACCACCA
CCAGCAGCCACCTCATATGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGTCTCAACCTCACCATAG
TGTAAGCTATCTTGGAAAGATGGGTAATGGATGGCAGGGGAAGCATGAAGATGCATACCA
CGGTGGGCACGGGATGCAGCACCACGGTGATCAGTATGGGATGCAGCACCACGGTGAGTA
CGGGATGAAGCAGCACGGGATGCAGCACCAAGGTGAGTACGGGATGAAGCACCAAGGTGA
GTACGGGATAAAGCACCAGGACAGGCTTATGGCTCCTCAGATGTCACCACATCATGTCTA
CATGAACCCAAACCATGGCACTGGCAGTGGCCATGCTGTAGTGGTCAATGCTTCGGAAAA
CTGGCCAGTCAGCAACAGCGGTGGCGGCCATTACAAGCGGGG
TGGGG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1C693TF 771 0 0
GACGTACTTGTATCTAAGAAAACTAAGCCAAGTATATTTATAAATAAATAAATGCTTGAC
AATCTTATCGCAGAGTACGGGCACGGATACGGCAATGGCTACGGCCACAAGGATCACAGA
AGCGGAGGCTACGGCTTTGAGGAGCACAAGGAGTACAAGTCTCATATGGAGTCAGAAGGA
GGCTACTTTGACCGTCAAGCCCGCTACGACCACCGCGTGAGGCTTCCGGCAAACCACGGC
CGTCCACCCATGGCTCACATGCCTCTCTTTGATGAAGACGATTCAGATGTAGAGGAATTC
TATAAGAGCAGTCGAAGCTACCACACTACTGTGTTACCGCACCACGGCAAAAACCACCAC
CAGCAGCCACCTCATATGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGTCTCAACCTCACCATAGT
G************GAAAGATGGGTAATGGATGGCAGGGGAAGCATGAAGATGCATACCAC
GGTGGGCACGGGATGCAGCACCACGGTGATCAGTACGGGATGCAGCACCACGGTGAGTAC
GGGATGAAGCAGCACGGGATGCAGCACCAAGGTGAGTACGGGATGAAGCACCAAGGTGAG
TACGGGATAAAGCACCAGGACAGGCTTATGGCTCCTCAGATGTCACCACATCATGTCTAC
ATGAACCCAAACCATGGCACTGGCAGTAGCCATGCTGTAGTGGTCAATGCTTCGGAAA*C
TGGCCAGTCAGCAACAGCGGTGGCGGC*ATTACAAGCGGGGGTGGGGGGAG

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 7

CO CL928Contig1 657 7 8 U
GGATTTCCCCACTTTCCTTTGAGAAAAGAAAGCAAAATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCC
TCTACAGCAAACGCTCTCAAGCTCTCTTCTTCTGCCTCCAAATCTCATCTCCTTCCGGCT
TTCTCCATCTCTAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTTAAATATGCAAATTCACAT
GAGTGGGTGAAACATGATGGCTCAGTGGCTACCATAGGCATCACTGACCATGCCCAGGAT
CATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGCTCAGTGAGCAAAGAA
AAGAACTTTGGAGCTGTGGAGAGTGTCAAGGCCACAAGTGAGATTCTATCTCCAATCTCT
GGTGAAGTCGTTGAGGTTAACACAAAGCTCACCGATTCGCCTGG*TTTGATCAACTCAAG
CCCTTATGAAGATGG*TTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGTAACCC*TGCAGAGTTGGAA
ACCTTGATGGGCTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAG
AGGGACTTCACTTGTCAATGTTCCTTACCCTATCTCTCTCAGCTTTGTATCTCTGTAATA
CTAATTTGGTTGAAAGATGATATCATTCAAATAAGACTCAAGAGAGCTTTTAACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1CL79TF U 145
AF RR1B227JQ C 1
AF RR1CL79JQ C 4
AF RR1B227TF U 1
AF RR1EN95TF U 5
AF RR1AH21TF U 7
AF RR1AH21JQ C 116
BS 1 6 RR1B227JQ
BS 7 134 RR1B227TF
BS 135 135 RR1EN95TF
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BS 327 632 RR1B227TF
BS 633 654 RR1EN95TF
BS 655 657 RR1AH21JQ

RD RR1CL79TF 380 0 0
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GTGGCTACCATAGGCATCACTGACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTG
GAGCTGCCAGAAGAGAAAAGCTCAGTGAGCAAAGAAAAGAACTTTGGAGCTGTGGAGAGT
GTCAAGGCCACAAGTGAGATTCTATCTCCAATCTCTGGTGAAGTCGTTGAGGTTAACACA
AAGCTCACCGATTCGCCTGGGTTTGATCAACTCAAGCCCTTATGAAGATGGGTTGGATGA
TAAAGGTGAAACCAAGTAACCCCTGCAGAGTTGGAAACCTTGATGGGCTCAAAGGAATAC
ACCAAGTTCTGCGAAGAGGA

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR1B227JQ 632 0 0
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TCTACAGCAAACGCTCTCAAGCTCTCTTCTTCTGCCTCCAAATCTCATCTCCTTCCGGCT
TTCTCCATCTCTAGGTGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTTAAATATGCAAATTCACAT
GAGTGGGTGAAACATGATGGCTCAGTGGCTACCATAGGCATCACTGACCATGCCCAGGAT
CATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGCTCAGTGAGCAAAGAA
AAGAACTTTGGAGCTGTGGAGAGTGCCAAGGCCACAAGTGAGATTCTATCTCCAATCTCT
GGTGAAGTCGTTGAGGTTAACACAAAGCTCACCGATTCGCCTGG*TTTGATCAACTCAAG
CCCTTATGAAGATGG*TTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGTAACCC*TGCAGAGTTGGAA
ACCTTGATGGGCTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAG
AGGGACTTCACTTGTCAATGTTCCTTACCCTATCTCTCTCAGCTTTGTATCTCTGTAATA
CTAATTTGGTTGAAAGATGATATCATTCAAAT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1CL79JQ 625 0 0
GGT
CCCCACTTTCCTTTGAGAAAAGAAAGCAAAATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCTACA
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ATCTCTAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTTAAATATGCAAATTCACATGAGTGG
GTGAAACATGATGGCTCAGTGGCTACCATAGGCATCACTGACCATGCCCAGGATCATTTA
GGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGCTCAGTGAGCAAAGAAAAGAAC
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GTCGTTGAGGTTAACACAAAGCTCACCGATTCGCCTGG*TTTGATCAACTCAAGCCCTTA
TGAAGATGG*TTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGTAACCC*TGCAGAGTTGGAAACCTTG
ATGGGCTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGAGGGAC
TTCACTTGTCAATGTTCCTTACCCTATCTCTCTCAGCTTTGTATCTCTGTAATACTAATT
TGGTTGAACGATGATATCATTC

QA 4 625 4 625
DS 

RD RR1B227TF 632 0 0
GGATTT
CCCCACTTTCCTTTGAGAAAAGAAAGCAAAATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCTACA
GCAAACGCTCTCAAGCTCTCTTCTTCTGCCTCCAAATCTCATCTCCTTCCGGCTTTCTCC
ATCTCTAGGTGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTTAAATATGCAAATTCACATGAGTGG
GTGAAACATGATGGCTCAGTGGCTACCATAGGCATCACTGACCATGCCCAGGATCATTTA
GGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGCTCAGTGAGCAAAGAAAAGAAC
TTTGGAGCTGTGGAGAGTGCCAAGGCCACAAGTGAGATTCTATCTCCAATCTCTGGTGAA
GTCGTTGAGGTTAACACAAAGCTCACCGATTCGCCTGG*TTTGATCAACTCAAGCCCTTA
TGAAGATGG*TTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGTAACCC*TGCAGAGTTGGAAACCTTG
ATGGGCTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGAGGGAC
TTCACTTGTCAATGTTCCTTACCCTATCTCTCTCAGCTTTGTATCTCTGTAATACTAATT
TGGTTGAAAGATGATATCATTCAAAT

QA 7 632 7 632
DS 

RD RR1EN95TF 650 0 0
GG
CCCCACTTTCCTTTGAGAAAAGAAAGCAAAATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCTACA
GCAAACGCTCTCAAGCTCTCTTCTTCTGCCTCCAAATCTCATCTCCTTCCGGCTTTCTCC
ATCTCTAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTTAAATATGCAAATTCACATGAGTGG
GTGAAACATGATGGCTCAGTGGCTACCATAGGCATCACTGACCATGCCCAGGATCATTTA
GGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGCTCAGTGAGCAAAGAAAAGAAC
TTTGGAGCTGTGGAGAGTGTCAAGGCCACAAGTGAGATTCTATCTCCAATCTCTGGTGAA
GTCGTTGAGGTTAACACAAAGCTCACCGATTCGCCTGG*TTTGATCAACTCAAGCCCTTA
TGAAGATGG*TTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGTAACCC*TGCAGAGTTGGAAACCTTG
ATGGGCTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGAGGGAC
TTCACTTGTCAATGTTCCTTACCCTATCTCTCTCAGCTTTGTATCTCTGTAATACTAATT
TGGTTGAAAGATGATATCATTCAAATAAGACTCAAGAGAGCTTTTAAC

QA 3 650 3 650
DS 

RD RR1AH21TF 651 0 0
GG
CCACTTTCCTTTGAGAAAAGAAAGCAAAATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCTACAGC
AAACGCTCTCAAGCTCTCTTCTTCTGCCTCCAAATCTCATCTCCTTCCGGCTTTCTCCAT
CTCTAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTTAAATATGCAAATTCACATGAGTGGGT
GAAACATGATGGCTCAGTGGCTACCATAGGCATCACTGACCATGCCCAGGATCATTTAGG
AGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGCTCAGTGAGCAAAGAAAAGAACTT
TGGAGCTGTGGAGAGTGTCAAGGCCACAAGTGAGATTCTATCTCCAATCTCTGGTGAAGT
CGTTGAGGTTAACACAAAGCTCACCGATTCGCCTGG*TTTGATCAACTCAAGCCCTTATG
AAGATGG*TTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGTAACCC*TGCAGAGTTGGAAACCTTGAT
GGGCTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGAGGGACTT
CACTTGTCAATGTTCCTTACCCTATCTCTCTCAGCTTTGTATCTCTGTAATACTAATTTG
GTTGAAAGATGATATCATTCAAATAAGACTCAAGAGAGCTTTTAAC
TTT

QA 3 648 3 648
DS 

RD RR1AH21JQ 542 0 0
CGGCTTTCTCCATCTCTAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTTAAATATGCAAATT
CACATGAGTGGGTGAAACATGATGGCTCAGTGGCTACCATAGGCATCACTGACCATGCCC
AGGATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGCTCAGTGAGCA
AAGAAAAGAACTTTGGAGCTGTGGAGAGTGTCAAGGCCACAAGTGAGATTCTATCTCCAA
TCTCTGGTGAAGTCGTTGAGGTTAACACAAAGCTCACCGATTCGCCTGG*TTTGATCAAC
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TAATACTAATTTGGTTGAAAGATGATATCATTCAAATAAGACTCAAGAGAGCTTTTAACT
TT

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 5

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TCACAATAACTATGTAACTTCAGTTTCCTCAGAGACTTCAACATTTGTTGTTATTACGAA
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AATTTGCCGTGTTTGAACTTACCATGACCGTGATGCCCATAGCCAAAGCCATGACCGTGG
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GCCGCTCCACCCGCTAACATCCCTCCCATACCTCCATGGTGGTGTCCAGAGTGAGATGGA
CCGGGATAACCGTGAGGTGGATAACCAGCTGGAGGGTAACCGGCAGGAGGGTAACCAGTT
GGAGGATAACCGGCTGGAGGGTAACCAGCGTGTGGAGGATAAGCAGCTGGTGGATAGCCA
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AGAGATTTCTGATCCTCGAGGATTTTGTCCAAAGACGAATGAAGAGATTTTATTTGATTT
TGAAATTTCTCAGAGTGCGATTTCTAATCGAAATATCACGACGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1FD37JQ U 115
AF RR1BI44JQ U 1
AF RR1C543JQ U 117
AF RR1C543TF C 213
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DS 

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DS 

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CG
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AAAGGATAATGTTTAGTCCCTGAATATGATCAATCTTTTGAGAGAGCAATCACTTCCATT
TCTTGAAGAATTTCCCCTTGTGCTTCCCAAACATGCCATGTTTCCCGAATTTCCCGTGCT
TGAATTTGCCGTGTTTGAACTTACCATGACCGTGATGCCCATAGCCAAAGCCATGACCGT
GGTGGTGACCATAGTGTCCGTGGTGAGATATATGATGAGCACCAACGGCCGCAGCTGCCA
AAGCCGCTCCACCCGCTAACATCCCTCCCATACCTCCATGGTGGTGTCCAGAGTGAGATG
GACCGGGATAACCGTGAGGTGGATAACCAGCTGGAGGGTAACCGGCAGGAGGGTAACCAG
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TAAGA

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR1C543TF 796 0 0
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AAAGCCATGACCGTGGTGGTGACCATAGTGTCCGTGGTGAGATATATGATGAGCACCAAC
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GTCC

QA 13 796 13 796
DS 

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GCTAACATCCCTCCCATACCTCCATGGTGGTGTCCAGAGTGAGATGGACCGGGATAACCG
TGAGGTGGATAACCAGCTGGAGGGTAACCGGCAGGAGGGTAACCAGTTGGAGGATAACCG
GCTGGAGGGTAACCAGCGTGTGGAGGATAAGCAGCTGGTGGATAGCCATGAGGAGGAGGG
GGAGGCGGGTATGGATAAGGAGCTCCGTGATGACCCTGGGGTGGGTAGTGTCCGGCTGCA
AATCCTGCTAAGTGGTGAAAGATTCCTTTGTCATTGTGATTATTATTCTGATCCTCTCCC
ATTTTTTCTCAAACTTTGATCTCAAAGTAATCAAACACAAGAAGCTTAAGAGATTTCTGA
TCCTCGAGGATTTTGTCCAAAGACGAATGAAGAGATTTTATTTGATTTTGAAATTTCTCA
GAGTGCGATTTCTAATCGAAATATCACGACGT
CC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 7

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TGGAGTTAACTCCATTCCTGGGATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTTAT
TCAGTTCACCAACCCCAAGGTGCAAGCTGCAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGG
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AGACAACATGGAGAATCTGAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGG
AGGTAATGTCCCCGCAACCATTCAAGAGGATGATGAGGACGATGATGACGTCCCGGATCT
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TCTTGTTTCCCAGATAATGATTTAAGGTTTTTATCTATTTGATCTGTTTCTTCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E935TF U 24
AF RR1FD04TF U 1
AF RR1AW26TF U 74
AF RR1FD04JQ C 69
AF RR1D219TF U 28
AF RR1E935JQ C 24
AF RR1D219JQ C 137
BS 1 115 RR1FD04TF
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BS 748 764 RR1FD04TF
BS 765 776 RR1D219JQ

RD RR1E935TF 682 0 0
GGGCCC
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CATCAAATCTCAAGATGAATCGTGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACTGTCCGCACTG
GCGGAAAGGGTACAGTTAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAACTGATG
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AAGTTAACATCTTCAAGAATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAACCCCAAGGTGCAAGCTG
CAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATA
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CAGAGCAGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCCGCAACCATTCAAGAGG
ATGATGAGGACGATGATGACGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTTCGAAGCTGCTG
CTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTACTTCTTCTTAAGACAGAAGAGCGAGAGACCACA
ACAGCAACAACCAAAACCGTACTTTAATTATTTCATATCTTTATAATTGCTTGTTCGCTC
TATCCTCTTTT
GTAGT

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DS 

RD RR1FD04TF 773 0 0
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GGTGAAGATGGCTAACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTTAGAAGAAAGAAGAA
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TGGAGTTAACTCCATTCCTGGGATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTTAT
TCAGTTCACCAACCCCAAGGTGCAAGCTGCAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCAG
TTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATATTCTTCCTCAGATTCTCAGCCATCTCGGACC
AGACAACATGGAGAATCTGAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGGAGCAATCTCCTGGTGG
AGGTAATGTCCCCGCAACCATTCAAGAGGATGATGAGGACGATGATGACGTCCCGGATCT
TGTAGCTGGTGAGACTTTCGAAGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTACTTC
TTCTTAAGACAGAAGAGCGAGAGACCACAACAGCAACAACCAAAACCGTACTTTAATTAT
TTCATATCTTTATAATTGCTTGTTCGCTCTATCCTCTTTTTGTAGTGTTTCCGACCGGAT
TCTTGTTTCCCAGATAATGATTTAAG*TTTTTATCTATTTGATC
AAAAAAAAA

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DS 

RD RR1AW26TF 669 0 0
G
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ACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTTAGAAGAAAGAAGAAGCC*GTGCACAAGA
CCAATACAACTGATGACAAGAAGCTCCAAAGCACCTTGAAGAGGATTGGAGTTAACTCCA
TTCCTGGGATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAACC
CCAAGGTGCAAGCTGCAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCA
AAAAATTGGAAGATATTCTTCCTCAGATTCTCAGCCATCTCGGACCAGACAACATGGAGA
ATCTGAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCCG
CAACCATTCAAGAGGATGATGAGGACGATGATGACGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGA
CTTTCGAAGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTACTTCTTCTTAAGACAGAA
GAGCGAGAGACCACAACAGCAACAACCAAAACCGTACTTTAATTATTTCATATCTTTATA
ATTGCTTGTTCGCTCTATCCTCTTTTTGTAGTGTTTCCGACCGGATTCTTGTTTCCCAGA
TAATGATT

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DS 

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TGGCTAACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTTAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGC
ACAAGACCAATACAACTGATGACAAGAAGCTCCAAAGCACCTTGAAGAGGATTGGAGTTA
ACTCCATTCCTGGGATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTCA
CCAACCCCAAGGTGCAAGCTGCAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCAGTTCTCCTC
AGACCAAAAAATTGGAAGATATTCTTCCTCAGATTTTCAGCCATCTCGGACCAGACAACA
TGGAGAATCTGAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGGAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATG
TCCCCGCAACCATTCAAGAGGATGATGAGGACGATGATGACGTCCCGGATCTTGTAGCTG
GTGAGACTTTCGAAGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTACTTCTTCTTAAG
ACAGAAGAGCGAGAGACCACAACAGCAACAACCAAAACCGTACTTTAATTATTTCATATC
TTTATAATTGCTTGTTCGCTCTATCCTCTTTTTGTAGTGTTTCCGACCGGATTCTTGTTT
CCCAGATAATGATTTAAGGTTTTTATCTATTTGATC

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DS 

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GG
GCGTCTCTCTTCACTTGTTATCTTCTTTCCACTCCTTCGAAGGAAAACAGAAACCCTAAT
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TTCTTCCTCAGATTCTCAGCCATCTCGGACCAGACAACATGGAGAATCTGAAGAAGCTAG
CAGAGCAGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATGTCTCCGCAACCATTCAAGAGG
ATGATGAGGACGATGATGACGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTTCGAAGCTGCTG
CTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCCACTTCTTCTTAAGACAGAAGAGCGAGAGACCACA
ACAGCAACAACCAAAACCGTACTTTAATTATTTCATATCTTTATAATTGCTTGTTCGCTC
TATCCTCTTTTTGTAGTGTTTCCGACCGGATTCTTGTTTCCCAGATAATGATT

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DS 

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GGGCCC
GCGTCTCTCTTCACTTGTTATCTTCTTTCCACTCCTTCGAAGGAAAACAGAAACCCTAAT
CATCAAATCTCAAGATGAATCGTGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACTGTCCGCACTG
GCGGAAAGGGTACAGTTAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAACTGATG
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AAGTTAACATCTTCAAGAATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAACCCCAAGGTGCAAGCTG
CAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATA
TTCTTCCTCAGATTCTCAGCC***TCGGACCAGACAACATGGAGAATCTGAAGAAGCTAG
CAGAGCAGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCCGCAACCATTCAAGAGG
ATGATGAGGACGATGATGACGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTTCGAAGCTGCTG
CTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTACTTCTTCTTAAGACAGAAGAGCGAGAGACCACA
ACAGCAACAACCAAAACCGTACTTTAATTATTTCATATCTTTATAATTGCTTGTTCGCTC
TATCCTCTTTTTGTAGTGTTTCCGACCGGATTCTTGTTTCCCAGATAATGATTTAAGGTT
TTTATCTATTTGATC
TGTTTCTTCACT

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DS 

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AAGGTGCAAGCTGCAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATTCTTCCTCAGATTTTCAGCCATCTCGGACCAGACAACATGGAGAAT
CTGAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATGTCTCCGCA
ACCATTCAAGAGGATGATGAGGACGATGATGACGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACT
TTCGAAGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCCACTTCTTCTTAAGACAGAAGA
GCGAGAGACCACAACAGCAACAACCAAAACCGTACTTTAATTATTTCATATCTTTATAAT
TGCTTGTTCGCTCTATCCTCTTTTTGTAGTGTTTCCGACCGGATTCTTGTTTCCCAGATA
ATGATTTAAGGTTTTTATCTATTTGATCTGTTTCTTCACT

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DS 



AS 1 6

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ATGGAGATATCAACAGCATCCCAGTTGTGCTCACGGGTTAAGTTCTCAATCTCTTCATCA
TCACTCTCCTGTTTAAATGGTAAGAGGAACCAAAACGGAGCTGTTTCAGTCAATTGCTTG
AAAGAGATCAGTAATATTAGCTTCACTGCCAAGAAGAAACACAGAAGCCATGCGCCAGTG
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GCCACCAAAAGAGAACGGTGGCTTCTCCAACCAGTTGGAGATGGAGACACAAGACACATT
GGTTACAAAGTGGAAATGCCTGCTCCTTTCGAGATCTCTTCCGGTCAAGTTACCATCGGA
CGGCTACCTGAAAAGGCTGACGTTGTGATTCCTGTGGCCACCGTCTCGGGAGTACATGCG
ACAATTGATACACAAAGAGACAACCTTCTTGTAACGGATATGAACAGTACAAATGGTACA
TTCATCGAAGACAAACGTCTGATCCCTGGTGTTGCTGCTCCTGCCTTTCCCGGAACCCGA
ATCACCTTTGGAGATACGAATCTAGCAATTTTCCGTGTTTTCAAGCTCCAAGATAGTCAA
GAAGAAGAAGAACCCACCGAGAAACCAGCCACAGAGTAACCAACCAAACCCCAAACCTGT
TCGGTTGTTTTACAACCATTGTTGAGCTTATATAACTCTATGTAAACAATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H733TF U 1
AF RR1H287TF U 5
AF RR1BD19TF U 1
AF RR1C191TF U 5
AF RR1GM89TF U 5
AF RR1H733JQ C 274
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TCCTGT

QA 7 132 7 132
DS 

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GG
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CCTGAAAAGGCTGACGTTGTGATTCCTGTGGCC***GTCTCGGGAGTACATGCGACAATT
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QA 3 656 3 656
DS 

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GGTTACAAAGTGGAAATGCCTGCTCCTTTCGAGATCTCTTCCGGTCAAGTTACCATCGGA
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GAAGAAGAAGAACCCACCGAGAAACCAGCCACAGAGTAACCAACCAAACCCCAAACCTG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1C191TF 714 0 0
GG
AATCAAAAGCAGGAATCTTGAGTTTATCAAGAAGTAACTTAGAAGAAGAGAAAAATGGAG
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CCTG

QA 3 710 3 710
DS 

RD RR1GM89TF 740 0 0
GG
AATCAAAAGCAGGAATCTTGAGTTTATCAAGAAGTAACTTAGAAGAAGAGAAAAATGGAG
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TCCTGCTTAAATGGTAAGAGGAACCAAAACGGAGCTGTTTCAGTCAATTGCTTGAAAGAG
ATCAGTAATATTAGCTTCACTGCCAAGAAGAAACACAGAAGCCATGCGCCAGTGGTGAGG
ACAACAACAACACGCGCCTCCGCCTCCGTGGATGGGAGTCAACCCCCAGCTTCTGCCACC
AAAAGAGAACGGTGGCTTCTCCAACCAGTTGGAGATGGAGACACAAGACACATTGGTTAC
AAAGTGGAAATGCCTGCTCCTTTCGAGATCTCTTCCGGTCAAGTTACCATCGGACGGCTA
CCTGAAAAGGCTGACGTTGTGATTCCTGTGGCCACCGTCTCGGGAGTACATGCGACAATT
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GAAGACAAACGTCTGATCCCTGGTGTTGCTGCTCCTGCCTTTCCCGGAACCCGAATCACC
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GTCTACAACCATTGTTGAG

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GTGGCCACCGTCTCGGGAGTACATGCGACAATTGATACACAAAGAGACAACCTTCTTGTA
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CGTGTTTTCAAGCTCCAAGATAGTCAAGAAGAAGAAGAACCCACCGAGAAACCAGCCACA
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AACTCTATGTAAACAATAT

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 6

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TACATAGTTATATAGCAAATAAATGCAAACCCATGCATCACATACATTTTTGTGTACCTC
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GAAGTAGTCTTTAATCCATCATTTCATTGTCCACAAGCTTACATTTTCGAGGTTATGCGG
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AACTTAACCATTGAAGGGTTTTCCTTGGATGAAAGATTTACAGGTAAAAAGTGAATATTT
GGCATTTTAAGGTGAATCGATGCTACATCAGCGAACCTTCTCAGTACAGCGCCTCCCATA
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GGAATGCTTGCAACAGACTCGTACGAATACCTCCAAGATGCATTCACCTCTGTAGCAAGC
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GACTGGGTTGTCTTAAGCAGAGCTAGTCCTGAAACACCGGAAGTTAAAGTTAGTGCACCA
GACTTATGTACTGTAGCCTCCACAGTATGGTTCTCTGACCCAAGCTTGAAACCATGTAAA
TGGGGTTTTCCATCGATGCATACACGCTCCCATGGCTTCTCAATGATATTAACAATAGCA
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BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D730JQ U 4
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AF RR1BN11TF C 693
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C
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T

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GAAGTAGTCTTTAATCCATCATTTCATTGTCCACAAGCTTACATTTTCGAGGTTATGCGG
CTTAGGGTTGCTTCAATAGATCCATGAGGTTCATCCGTTGGCAGGTAAACATCATCCTTA
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DS 

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TAAATGCAAACCCATGCATCACATACATTTTTGTGTACCTCATGAAGTGTGTCCCTCTTT
ATTTCATAAACAAGGCAAAAGCCAAAAGTTGTAGAACATGTGAAGTAGTCTTTAATCCAT
CATTTCATTGTCCACAAGCTTACATTTTCGAGGTTATGCGGCTTAGGGTTGCTTCAATAG
ATCCATGAGGTTCATCCGTTGGCAGGTAAACATCATCCTTAAACTTAACCATTGAAGGGT
TTTCCTTGGATGAAAGATTTACAGGTAAAAAGTGAATATTTGGCATTTTAAGGTGAATCG
ATGCTACATCAGCGAACCTTCTCAGTACAGCGCCTCCCATAAGATAGAGAGTGCGTCGGA
CAGAAGGGCTGTACACACCGGTTTCAGGAGGACCAAAGAAAGTATCCATCAGAACTTTCT
TTACTTCCATGAACTTCTCACTGAAGTAGAGTTCCTTTTTCGGAATGCTTGCAACAGACT
CGTACGAATACCTCCAAGATGCATTCACCTCTGTAGCAAGCATTCTCTCTCGAGTATCAG
GGAGAATGGTGTACTTGTCTCTCACAAACTTCTCAAATCCTGACTGGGTTGTCTTAAGCA
GAGCTAGTCCTGAAACACCGGAAGTTAAAGTTAGTGCACCAGACTTATGTACTGTAGCCT
CCACAGTATGGTTCTC

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TGAACTTCTCACTGAAGTAGAGTTCCTTTTTCGGAATGCTTGCAACAGACTCGTACGAAT
ACCTCCAAGATGCATTCACCTCTGTAGCAAGCATTCTCTCTCGAGTATCAGGGAGAATGG
TGTACTTGTCTCTCACAAACTTCTCAAATCCTGACTGGGTTGTCTTAAGCAGAGCTAGTC
CTGAAACACCGGAAGTTAAAGTTAGTGCACCAGACTTATGTACTGTAGCCTCCACAGTAT
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CCCATGGCTTCTCAATGATATTAACAATAGCAGTGTAAACCTGTGGATAAAAGGAGCAAA
AGTGATTCCCTAAAAGTATTGCAAATTCCTCAACAGAGAGACGATCTCCACACTCTTTCG
CC
C

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DS 

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GCAAGCATTCTCTCTCGAGTATCAGAGAGAATGGTGTACTTGTCTCTCACAAACTTCTCA
AATCCTGACTGGGTTGTCTTAAGCAGAGCTAGTCCTGAAACACCGGAAGTTAAAGTTAGT
GCACCAGACTTATGTACTGTAGCCTCCACAGTATGGTTCTCTGACCCAAGCTTGAAACCA
TGTAAATGGGGTTTTCCATCGATGCATACACGCTCCCATGGCTTCTCAAT**TATTAACA
ATAGCAGTGTAAACCTGTGGATAAAAGGAGCAAAAGTGATTCCCTAAAAGTATTGCAAAT
TCCTCAACAGAGAGGCGATCTCCACACTCTTTCGCCTTGACATAAACGGTGTTTTTCATG
GTATCGGTGGCGACGATGTCGGAGTTATCGTCACGGTGGTAAGAAGAGAGGCAGTGAGAG
AGAAGACTGATGCTAACGTTCCATTCGACAAAGTGATGAGATCCATCCAAGCCTTGACGC
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TGTGCCATTAAAATTTGAACAGATCGTACGATTACTTAGAGAATCAAAAGGTTACAGTTT
CTGAGATTCCTAGGAGATTAGTTGGATTGGTGGGGGCAAGAGAGAT
CC

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DS 

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TGGCTTCTCAATGATATTAACAATAGCAGTGTAAACCTGTGGATAAAAGGAGCAAAAGTG
ATTCCCTAAAAGTATTGCAAATTCCTCAACAGAGAGACGATCTCCACACTCTTTCGCCTT
GACATAAACGGTGTTTTTCATGGTATCGGTGGCGACGATGTCGGAGTTATCGTCACGGTG
GTAAGAAGAGAGGCAGTGAGAGAGAAGACTGATGCTAACGTTCCATTCGACAAAGTGATG
AGATCCATCCAAGCCTTGACGCCAAACTCTCCCAACTCTAACTCTAGCCTTTCCATGTCT
TTGATCTACTCTCAACCCTTCTTGTGCCATTAAAATTTGAACAGATCGTACGATTACTTA
GAGAATCAAAAGGTTACAGTTTCTGAGATTCCTAGGAGATTAGTTGGATTGGTGGGGGCA
AGAGAGATGAATAATAGAGGACAGGTATGATTATGAATAATAGAAAGCGTGTTGGGC

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DS 



AS 1 7

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CCGTCTACTTCCATAACTGAGGTCGAAGCTCCAGTGTCCGAGGACACCATTGGAACCACC
GACAACGATGCAGCTGCTTCTCCTGGTGATGATGACGTAGCTGTGGCTGGTCCTCTAGGA
AGTGACTCCTCTTATGGTAGCAATGGACCTTCGGGCTCTGCAGATTCTGCTGACAGTGGC
GTGGCTGCTCTTGGAGTATCTGCGGTCGTCGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCTTTC
TTGTTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACTATTTATT
TATTGATGATTGTGATGATCATATTGTAATTTGTTTCTCTTTGGTTATGAGAGACGATGC
CTCGAAATAAACTGAAGAAAAGGAAATTCCTTTACAATTATAAATAAAGAATTTACGGAT
TGATTAGTATGCC


BQ
10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 20 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DC02TF U 2
AF RR1D295TF U 1
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AF RR1GJ92TF U 2
AF RR1AB34TF U -2
AF RR1EY37TF U 2
AF RR1EY37JQ C 158
BS 1 90 RR1D295TF
BS 91 92 RR1BC30TF
BS 93 154 RR1D295TF
BS 155 155 RR1BC30TF
BS 156 209 RR1D295TF
BS 210 210 RR1BC30TF
BS 211 567 RR1D295TF
BS 568 568 RR1EY37TF
BS 569 597 RR1BC30TF
BS 598 613 RR1EY37TF

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TGTTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACTATTTATTT
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QA 1 532 1 532
DS 

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ACGGAGAGAAGAATGGGTCGCCAAAACGTT**CGTAATTTTTGGTCTCGTGTTCTTGGCC
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CCGTCTACTTCCATAACTGAGGTCGAAGCCCCAGTGTCCGAGGACACCATTGGAACCACC
GACAACGATGCAGCTGCTTCTCCTGGTGATGATGACGTAGCTGTGGCTGGTCCTCTAGGA
AGTGACTCCTCTTATGGTAGCAATGGACCTTCGGGCTCTGCAGATTCTGCTGACAGTGGC
GTGGCTGCTCTTGGAGTATCTGCGGTCGTCGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCTTTC
TTGTTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACTATTTATT
TATTGATGATTGTGATGATCATATTGTAATTTGTTTCTCTTTGGTTATGAGAGACGATGC
CTCGAAATAAACTGAAGAAAAGGAAAT

QA 1 567 1 567
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CGGAGAGAAGAATGGGTCGCCAAAACGTTGTCGTAATTTTTGGTCTCGTGTTCTTGGCCA
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TGTTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACTATTTATTT
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TCGAAATAAACTGAAGAAAAGGAATT*CCTTTACAATTATAAATAAAGAATTTACG

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1GJ92TF 558 0 0
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TCCTTGGTCTTGCCGCAGCTGCCTCTTCTCCGTCTCCTTCAACGTCCCCTTCCAAAGCTC
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TGGCTGCTCTTGGAGTATCTGCGGTCGTCGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCTTTCT
TGTTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACTATTTATTT
ATTGATGATTGTGATGATCATATTGTAATTTGTTTCTCTTTGGTTATGAGAGACGATGCC
TCGAAATAAACTGAAGAA

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1AB34TF 582 0 0
GGAATC
ATCACAATCTCTAACCTCAAACCCTAAAATAAATAAAAGAAAGCTACGTAGAAAGAGACG
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GACTCCTCTTATGGTAGCAATGGACCTTCGGGCTCTGCAGATTCTGCTGACAGTGGCGTG
GCTGCTCTTGGAGTATCTGCGGTCGTCGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCTTTCTTG
TTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACTATTTATTTAT
TGATGATTGTGATGATCATATTGTAATTTGTTTCTCTTTGGTTATGAGAGACGATGCCTC
GAAATAAACTGAAGAAAAGGAAATTCCTTTACAATT

QA 7 582 7 582
DS 

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CGGAGAGAAGAATGGGTCGCCAAAACGTTGTCGTAATTTTTGGTCTCGTGTTCTTGGCCA
TCCTTGGTCTTGCCGCAGCTGCCTCTTCTCCGTCTCCTTCAACGTCCCCTTCCAAAGCTC
CGTCTACTTCCATAACTGAGGTCGAAGCTCCAGTGTCCGAGGACACCATTGGAACCACCG
ACAACGATGCAGCTGCTTCTCCTGGTGATGATGACGTAGCTGTGGCTGGTCCTCTAGGAA
GTGACTCCTCTTATGGTAGCAATGGACCTTCGGGCTCTGCAGATTCTGCTGACAGTGGCG
TGGCTGCTCTTGGAGTATCTGCGGTCGTCGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCTTTCT
TGTTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACTATTTATTT
ATTGATGATTGTGATGATCATATTGTAATTTGTTTCTCTTTGGTTATGAGAGACGATGCC
TCGAAATAAACTGAAGAAAAGGAAATTCCTTTACAATTATAAATAAAGAATTTACGGATT
GATTAGTATGCC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1EY37JQ 456 0 0
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TAGCTGTGGCTGGTCCTCTAGGAAGTGACTCCTCTTATGGTAGCAATGGACCTTCGGGCT
CTGCAGATTCTGCTGACAGTGGCGTGGCTGCTCTTGGAGTATCTGCGGTCGTCGTTGGTG
TTACATCCATCGCCGGTTCTTTTTTGTTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCA
ATTTTGAGTAAAAACTATTTATTTATTGATGATTGTGATGATCATATTGTAATTTGTTTC
TCTTTGGTTATGAGAGACGATGCCTCGAAATAAACTGAAGAAAAGGAAATTCCTTTACAA
TTATAAATAAAGAATTTACGGATTGATTAGTATGCC

QA 1 456 1 456
DS 



AS 1 7

CO CL934Contig1 645 7 10 U
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GAGCAAATTGATCAAAATACGTGTGTCAATCTAGCCCTTGTTACAACTTTATTATATCCA
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CCTGTTTCTGGTTCTTCAGTGGATGGGAAAGCCTCTAATCCAGTAACCATGGCTGCAGGA
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GCTTCCACTGAACCGTCCCTGCGGTTCCTGACCCATCCTTTAATCCCGAGCTGCTCAGCA
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GACGGAAGAACGGGAGGACGAAGGAGAAAGGAGAGGCTACGAGGATTATGGATTCTCAAC
AGTGAAGCAGATACGTGCCCTAAACTCAGGAATCGGATTCGATTT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1CE40JQ U 5
AF RR1GI74JQ U 43
AF RR1EN54JQ U 295
AF RR1B192JQ U 103
AF RR1CE40TF C 1
AF RR1B192TF C 4
AF RR1GI74TF C 43
BS 1 4 RR1CE40TF
BS 5 83 RR1CE40JQ
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BS 160 294 RR1CE40JQ
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BS 563 627 RR1CE40TF
BS 628 645 RR1B192TF

RD RR1CE40JQ 292 0 0
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CACGGCGGCACCTCTGTTGCATCTCTTCCACAGCTTCAGTTGGTCCAGAGAA

QA 1 292 1 292
DS 

RD RR1GI74JQ 361 0 0
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ATCCCGAGCTGCTCAGCATTCTCAACGGTCCAGTTCCTGTAGCAAACTCCTTGTACTCTT
C

QA 1 361 1 361
DS 

RD RR1EN54JQ 188 0 0
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ATGGAGGA

QA 1 188 1 188
DS 

RD RR1B192JQ 460 0 0
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GTTGATCTGTATTCGAAACCTGTTTCTGGTTCTTCAGTGGATGGGAAAGCCTCTAATCCA
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GTTGGTCCAGAGAAGAGCGCTTCCACTGAACCGTCCCTGCGGTTCCTGACCCATCCTTTA
ATCCCGAGCTGCTCAGCATTCTCAACGGTCCAGTTCCTGTAGCAAACTCCTTGTACTCTT
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QA 1 460 1 460
DS 

RD RR1CE40TF 627 0 0
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CCTGTTTCTGGTTCTTCAGTGGATGGGAAAGCCTCTAATCCAGTAACCATGGCTGCAGGA
GGACCACGGCGGCACCTCTGTTGCATCTCTTCCACAGCTTCAGTTGGTCCAGAGAAGAGC
GCTTCCACTGAACCGTCCCTGCGGTTCCTGACCCATCCTTTAATCCCGAGCTGCTCAGCA
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ACCGTTTTGGAAGAATCGGATTGATGAGGAGCCCCAGATTCAGCCTGAGATGACATGGAG
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AGTGAAGCAGATACGTGCCCTAAACTC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1B192TF 642 0 0
A
ACGGTAATGAATCTCTTTATTGTTGCTATCAAGTTTTTAAAACACGACCCAGGCCAGAGC
AAATTGATCAAAATACGTGTGTCAATCTAGCCCTTGTTACAACTTTATTATATCCATAAG
TAACCACTGCAACATTCAAGGAACCCTCGAATCAGACAGTTGATCTGTATTCGAAACCTG
TTTCTGGTTCTTCAGTGGATGGGAAAGCCTCTAATCCAGTAACCATGGCTGCAGGAGGAC
CACGGCGGCACCTCTGTTGCATCTCTTCCACAGCTTCAGTTGGTCCAGAGAAGAGCGCTT
CCACTGAACCGTCCCTGCGGTTCCTGACCCATCCTTTAATCCCGAGCTGCTCAGCATTCT
CAACGGTCCAGTTCCTGTAGCAAACTCCTTGTACTCTTCCCTTTATCAACATCCTCACTG
TTTTGGAAGAATCGGATTGATGAGGAGCCCCAGATTCAGCCTGAGATGACATGGAGGATA
GAGGAGGAGATGAGCGAAGCCGAAGAAGAGGACGAACAGAGACGAAGCGACACCGTGACG
GAAGAACGGGAGGACGAAGGAGAAAGGAGAGGCTACGAGGATTATGGATTCTCAACAGTG
AAGCAGATACGTGCCCTAAACTCAGGAATCGGATTCGATTT

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR1GI74TF 603 0 0
AAAACACGACCCAGGCCAGAGCAAATTGATCAAAATACGTGTGTCAATCTAGCCCTTGTT
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QA 1 600 1 600
DS 



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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL93JQ U 79
AF RR1EU66JQ U 16
AF RR1EL08TF C 9
AF RR1EL08JQ U 22
AF RR1BA08JQ U 1
AF RR1EU66TF C 217
AF RR1BA08TF C 686
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TGAAGCTTGGAAAAAAGAAGAGACAAGAAACAAAAAATTTTAAAAAAA*GGACTTGAATC
ATGAAGCAAGATTTATCACCATTTGGGCAAGTCTGCAGGAGGAGGGAGAAGTTTCTGATT
AGGCTTATCTCCATCAAGAACAAGCCAAGCCATCCTCAGACCCCAACTTGTATGTACTTC
CAAGTGACAGTGCATGA

QA 1 317 1 317
DS 

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TTGACCTCATGTGTGTCAAACTGATAAATGGCCGGAAACAAACAAACAAAAAATACATGA
AGCTTGGAAAAAAGAAGAGACAAGAAACAAAAAATTTTAAAAAAAAGGACTTGAATCATG
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CTTATCTCCATCAAGAACAAGCCAAGCCATCCTCAGACCCCAACTTGTATGTACTCCCAA
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DS 

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TTGACCTCATGTGTGCCAAACTGATAAATGGCCGGAAACAAACAAACAAAAAATACATGA
AGCTTGGAAAAAAGAAGAGACAAGAAACAAAAAATTTTAAAAAAA*GGACTTGAATCATG
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CTTATCTCCATCAAGAACAAGCCAAGCCATCCTCAGACCCCAACTTGTATGTACTTCCAA
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ACCTGATGGCACACCAACCGTGTTCCTCTCTATTGGGTCAACAAGATTGAAGTTCTTAGG
GTCCTTGTTCGGGTCAAAGTTCCCAAACCCTTGGCCAACGACAAAGAAGTTGAACCCGTG
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ACTCGTATTATAACGCAGAACCATCAAGTTCGTCCCTTTGCTAACCATGGTGTTGTTAGG
TGGAGTGCCTGTGTAGTTAAAAGGAACAATAGGATTCCATGGG*AAGTTTGGAGAATACA
CTCCATTAGATTTTCCAGAGTAGTGAGATTGAAGAAGAGCTTTTGTTGGC
C

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DS 

RD RR1EL08JQ 771 0 0
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TGCAACAGAAAATTAACAGAACAGAAATTGACCTCATGTCAAATTATTGAACAGGACTTC
TTGACCTCATGTGTGCCAAACTGATAAATGGCCGGAAACAAACAAACAAAAAATACATGA
AGCTTGGAAAAAAGAAGAGACAAGAAACAAAAAATTTTAAAAAAA*GGACTTGAATCATG
AAGCAAGATTTATCAGCATTTGGGCAAGTCTGCAGGAGGAGGGAGAAGTTTCTGATTAGG
CTTATCTCCATCAAGAACAAGCCAAGCCATCCTCAGACCCCAACTTGTATGTACTTCCAA
GTGACAGTGCATGAACCACACTCCTGGGTTATCTGCAAGGAATCTAATAGCAGCCCATCC
ACCTGATGGCACACCAACCGTGTTCCTCTCTATTGGGTCAACAAGATTGAAGTTCTTAGG
GTCCTTGTTCGGGTCAAAGTTCCCAAACCCTTGGCCAACGACAAAGAAGTTGAACCCGTG
AAGGTGAAGAGGATGGCTTTCCGCCCCAAGAATGCTAGTGTCTTGCATCACCAGCTCTAT
ACTCGTATTATAACGCAGAACCATCAAGTTCGTCCCTTTGCTAACCATGGTGTTGTTAGG
TGGAGTGCCTGTGTAGTTAAAAGGAACAATAGGATTCCATGGG*AAGTTTGGAGAATACA
CTCCATTAGATTTTCCAGAGTAGTGAGATTGAAGAAGAGCTTTTGTTGGC
C

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DS 

RD RR1BA08JQ 862 0 0
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CAGTTACAGAAAACAGAGCTTTGCAACAGAAAATTAACAGAACAGAAATTGACCTCATGT
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AAACAAACAAAAAATACATGAAGCTTGGAAAAAAGAAGAGACAAGAAACAAAAAATTTTA
AAAAAA*GGACTTGAATCATGAAGCAAGATTTATCAGCATTTGGGCAAGTCTGCAGGAGG
AGGGAGAAGTTTCTGATTAGGCTTATCTCCATCAAGAACAAGCCAAGCCATCCTCAGACC
CCAACTTGTATGTACTTCCAAGTGACAGTGCATGAACCACACTCCTGGGTTATCTGCAAG
GAATCTAATAGCAGCCCATCCACCTGATGGCACACCAACCGTGTTCCTCTCTATTGGGTC
AACAAGATTGAAGTTCTTAGGGTCCTTGTTCGGGTCAAAGTTCCCAAACCCTTGGCCAAC
GACAAAGAAGTTGAACCCGTGAAGGTGAAGAGGATGGCTTTCCGCCCCAAGAATGCTAGT
GTCTTGCATCACCAGCTCTACACTCGTATTATAACGCAGAACCATCAAGTTCGTCCCTTT
GCTAACCATGGTGTTGTTAGGTGGAGTGCCTGTGTAGTTAAAAGGAACAATAGGATTCCA
TGGGGAAGTTTGGAGAATACACTCCATTAGATTTTCCAGAGTAGTGAGATTGAAGAAGAG
CTTTTGTTGGCAGCGTGAAGGAGATGTTGCTGATTGATGCAGCAAACATTGTGGTGTTAG
TAG*ACCCTGGCACGTCTGG
TT

QA 1 860 1 860
DS 

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GCATTTGGGCAAGTCTGCAGGAGGAGGGAGAAGTTTCTGATTAGGCTTATCTCCATCAAG
AACAAGCCAAGCCATCCTCAGACCCCAACTTGTATGTACTCCCAAGTGACAGTGCATGAA
CCACACTCCTGGGTTATCTGCAAGGAATCTAATAGCAGCCCATCCACCTGATGGCACACC
AACCGTGTTCCTCTCTATTGGGTCAACAAGATTGAAGTTCTTAGGGTCCTTGTTCGGGTC
AAAGTTCCCAAACCCTTGGCCAACGACAAAGAAGTTGAACCCGTGAAGGTGAAGAGGATG
GCTTTCCGCCCCAAGAATGCTAGTGTCCTGCATCACCAGCTCTACACTCGTATTATAACG
CAGAACCATCAAGTTCGTCCCTTTGCTAACCATGGTGTTGTTAGGTGGAGTGCCTGTGTA
GTTAAAAGGAACAATAGGATTCCATGGG*AAGTTTGGAGAATACACTCCATTAGATTTTC
CAGAGTAGTGAGATTGAAGAAGAGCTTTTGTTGGCAGCGTGAAGGAGATGTTGCTGATTG
ATGCAGCAAACATTGTGGTGTTAGTAGGACCCTGGCACGTCTGG
C

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1BA08TF 813 0 0
AGTG
CTGTGTAGTTAAAAGGAACAATAGGATTCCATGGG*AAGTTTGGAGAATACACTCCATTA
GATTTTCCAGAGTAGTGAGATTGAAGAAGAGCTTTTGTTGGCAGCGTGAAGGAGATGTTG
CTGATTGATGCAGCAAACATTGTGGTGTTAGTAGGACCCTGGCACGTCTGGTTGTTCTTA
TGGTTACACGGGTTTGTTCCCAATCCCACCGTGAAAAAGAACTTCCTATCAACCTTCTGA
GGCACGTTCGCCGGGAGCTTCTTGCTGTTCAAGCTACGCAGCTTATTACTGAACTTGGTA
GCAAAGTTTGTGTCGTTTAGAGCAGGAAGAACCGGTGTGAAGAGCTTAAGATTCTTGATA
GAGGTCTTTGCATGTTTAGGTTGTTCATATTCCAAGATGCCTGCGACTGTAGTGTTGTCA
AAAGTTCCTTGACCTGTGGCGTATGGTCTAGCGGTCATGAAGAAAGAGGCACTCGGGTAA
CTTGGTTTGGTCTTAAGCAGGACGTTTGTGGCCTGGCCAGGAGTGATCAAGATGGTGTCC
GTCTCGAATGGCTTGACGTAGATGGCATCAGCTTCAACAACTGTAACCGTGTGGTTTGCA
ATGCTGAAAAAGAGCTCGTCATTAAGTGCAGCGTTGATTATTCTGAGAAGGTATGTCTTT
CCTGGCTCCACTCTCAGTCTGAATGTATCTTTAGATGAGCAGTTGTATAGTGGACCAGGT
AGACCGTTGATGGTGTATGCATCAGAGACATTAGGACCACCTCCTGTCAGGGTAGCTTGG
CGGATGATTGCCTCAGTGTCTGTATTGAC

QA 5 813 5 813
DS 



AS 2 6

CO CL936Contig1 716 4 2 U
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ACACAGAAGCTACTGGAAGGAGGCAACGATCTCAGCCAAATCCAACAGGGACTGTTCATA
GGCTCAGTAGCTGAAGCAAACAACAAGGATTTGCTCAAAGCCTCCAACGTCACTCATGTC
TTAACCATAGCTGTCGCCCTCTCTCCTCCCTACCCTGACGACTTCGTCTATAAAGTCATC
GAAGTGGTGGACAGATCCGAGACAGATTTGACTGTGTATTTCGATGAGTGTTATGGATTC
ATCGACCAAGCTATTCAATCTGGAGGTGGTGTTTTGGTTCATTGCTTCATGGGGATCTCA
AGGAGTGTGACAATAGTTGTGGCTTATTTGATGAGAAAGCATGGTATGGGTTTCTCTAAA
GCTATGGAGCTCGTAAAGAGTAGACGTCCTCAAGCATTGCCTAACTTTGGTTTCGTTTCT
CAGCTTCAGCAATTTGAAAATTCCATCAAAGTACATGATGCCGATTCTTCTTCAGCTGAT
AAGAAGATAGTGTCATGAACTCCCAAGAGATTATGAAGAAGTCTCATGAACCCCCCATGA
TGACCAAATAAAAACTCAATTGTTTCGTGATTTGAATGATTTTTCTTGTGAACGATTGAT
GGTGAGCTATTTGCCATGTCCATTTGCCGAGTGAAATAAATAAAAACGCAGATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CE94TF U 5
AF RR1BE56JQ C 1
AF RR1BE56TF U 1
AF RR1B212TF U 5
BS 1 6 RR1BE56JQ
BS 7 716 RR1BE56TF

RD RR1CE94TF 291 0 0
GG
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QA 3 291 3 291
DS 

RD RR1BE56JQ 716 0 0
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GGCTCAGTAGCTGAAGCAAACAACAAGGATTTGCTCAAAGCCTCCAACGTCACTCATGTC
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ATCGACCAAGCTATTCAATCTGGAGGTGGTGTTTTGGTTCATTGCTTCATGGGGATCTCA
AGGAGTGTGACAATAGTTGTGGCTTATTTGATGAGAAAGCATGGTATGGGTTTCTCTAAA
GCTATGGAGCTCGTAAAGAGTAGACGTCCTCAAGCATTGCCTAACTTTGGTTTCGTTTTT
CAGCTTCAGCAATTTGAAAATTCCATCAAAGTACATGATGCCGATTCTTCTTCAGCTGAT
AAGAAGATAGTGTCATGAACTCCCAAGAGATTATGAAGAAGTCTCATGAACCCCCCATGA
TGACCAAATAAAAACTCAATTGTTTCGTGATTTGAATGATTTTTCTTGTGAACGATTGAT
GGTGAGCTATTTGCCATGTCCATTTGCCGAGTGAAATAAATAAAAACGCAGATACC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1BE56TF 716 0 0
GGAAGT
GGAGTCGAGAGGATGGAGAAAGTGGTAGATCTCTTCGGAGTGGGAGAAGCCAATACACAG
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GTAGCTGAAGCAAACAACAAGGATTTGCTCAAAGCCTCCAACGTCACTCATGTCTTAACC
ATAGCTGTCGCCCTCTCTCCTCCCTACCCTGACGACTTCGTCTATAAAGTCATCGAAGTG
GTGGACAGATCCGAGACAGATTTGACTGTGTATTTCGATGAGTGTTATGGATTCATCGAC
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GTGACAATAGTTGTGGCTTATTTGATGAGAAAGCATGGTATGGGTTTCTCTAAAGCTATG
GAGCTCGTAAAGAGTAGACGTCCTCAAGCATTGCCTAACTTTGGTTTCGTTTCTCAGCTT
CAGCAATTTGAAAATTCCATCAAAGTACATGATGCCGATTCTTCTTCAGCTGATAAGAAG
ATAGTGTCATGAACTCCCAAGAGATTATGAAGAAGTCTCATGAACCCCCCATGATGACCA
AATAAAAACTCAATTGTTTCGTGATTTGAATGATTTTTCTTGTGAACGATTGATGGTGAG
CTATTTGCCATGTCCATTTGCCGAGTGAAATAAATAAAAACGCAGATACC

QA 7 716 7 716
DS 

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GG
GGAGTCGAGAGGATGGAGAAAGTGGTAGATCTCTTCGGAGTGGGAGAAGCCAATACACAG
AAGCTACTGGAAGGAGGCAACGATCTCAGCCAAATCCAACAGGGACTGTTCATAGGCTCA
GTAGCTGAAGCAAACAACAAGGATTTGCTCAAAGCCTCCAACGTCACTCATGTCTTAACC
ATAGCTGTCGCCCTCTCTCCTCCCTACCCTGACGACTTCGTCTATAAAGTCATCGAAGTG
GTGGACAGATCCGAGACAGATTTGACTGTGTATTTCGATGAGTGTTATGGATTCATCGAC
CAAGCTATTCAATCTGGAGGTGGTGTTTTGGTTCATTGCTTCATGGGGATCTCAAGGAGT
GTGACAATAGTTGTGGCTTATTTGATGAGAAAGCATGGTATGGGTTTCTCTAAAGCTATG
GAGCTCGTAAAGAGTAGACGTCCTCAAGCATTGCCTAACTTTGGTTTCGTTTCTCAGCTT
CAGCAATTTGAAAATTCCATCAAAGTACATGATGCCGATTCTTCTTCAGCTGATAAGAAG
ATAGTGTCATGAACTCCCAAGAGATTATGAAGAAGTCTCATGAACCCCCCATGATGACCA
AATAAAAACTCAATTGTTTCGTGATTTGAATGATTTTTCTTGTGAACGTTTGATGGTGAG
CTATTTGCCATGTCCATTTGCCGAGTGAAATAAAT

QA 3 697 3 697
DS 



CO CL936Contig2 614 2 1 U
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CATCGAAGTGGTGGACAGATCCGAGACAGATTTGACTGTGTATTTCGATGAGTGTTATGG
ATTCATCGACCAAGCTATTCAATCTGGAGGTGGTGTTTTGGTTCATTGCTTCATGGGGAT
CTCAAGGAGTGTGACAATAGTTGTGGCTTATTTGATGAGAAAGCATGGTATGGGTTTCTC
TAAAGCTATGGAGCTCGTAAAGAGTAGACGTCCTCAAGCATTGCCTAACTTTGGTTTCGT
TTCCCAGCTTCAGCAATTTGAAAATTCCATCAAAGGTATTATTATATATGGTTTTCATCT
TTTCCTCTAAAAATGTATTATCATTCATGATTTTCATCTTCTCCTCTAAAAATATATTTT
CTCCCTTGGTTGTTATCTCCTCCTCCCAAAAATGTACTCTTTTCCAAGACTTTATTTGAG
GCATCAAGATTATGAAAAATCAAACACACTAAAAACATATTTTTAATAAAATGATTTGTA
ATAATTTTTCATAATAAAATATTTATTTGTAAATAATTGTTTGATGCATAATTTATAAAT
ATTCTATTCATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DF47TF U 1
AF RR1DF47JQ C 259
BS 1 614 RR1DF47TF

RD RR1DF47TF 614 0 0
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CATCGAAGTGGTGGACAGATCCGAGACAGATTTGACTGTGTATTTCGATGAGTGTTATGG
ATTCATCGACCAAGCTATTCAATCTGGAGGTGGTGTTTTGGTTCATTGCTTCATGGGGAT
CTCAAGGAGTGTGACAATAGTTGTGGCTTATTTGATGAGAAAGCATGGTATGGGTTTCTC
TAAAGCTATGGAGCTCGTAAAGAGTAGACGTCCTCAAGCATTGCCTAACTTTGGTTTCGT
TTCCCAGCTTCAGCAATTTGAAAATTCCATCAAAGGTATTATTATATATGGTTTTCATCT
TTTCCTCTAAAAATGTATTATCATTCATGATTTTCATCTTCTCCTCTAAAAATATATTTT
CTCCCTTGGTTGTTATCTCCTCCTCCCAAAAATGTACTCTTTTCCAAGACTTTATTTGAG
GCATCAAGATTATGAAAAATCAAACACACTAAAAACATATTTTTAATAAAATGATTTGTA
ATAATTTTTCATAATAAAATATTTATTTGTAAATAATTGTTTGATGCATAATTTATAAAT
ATTCTATTCATTTT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1DF47JQ 356 0 0
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TGAAAATTCCATCAAAGGTATTATTATATATGGTTTTCATCTTTTCCTCTAAAAATGTAT
TATCATTCATGATTTTCATCTTCTCCTCTAAAAATATATTTTCTCCCTTGGTTGTTATCT
CCTCCTCCCAAAAATGTACTTTTTTCCAAGACTTTATTTGAGGCATCAAGATTATGAAAA
ATCAAACACACTAAAAACATATTTTTAATAAAATGATTTGTAATAATTTTTCATAATAAA
ATATTTATTTGTAAATAATTGTTTGATGCATAATTTATAAATATTCTATTCATTTT

QA 1 356 1 356
DS 



AS 2 6

CO CL937Contig1 728 2 15 U
GGACTCTCGTTCGGCCGTTTCAGCTCTCTCTCTCTCAATCGCAAAACAAAGAATGGCTGG
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AGACGCGACAAACAAGAAGAAGAAAAAGAGCAAGAAGAACAAACACGCAGAGGTCCAAGT
GCCTCAAGAGGTCGTCGAGGAGTTGAGTAGTAAAGAGAAGAAGAAGAAGCGTAAAAGAGA
GGAGAAAGAGATGGAGAAGAAGAAGGATGAGAAGAAGAAGAAGGACGAAGAGAGTGAGAA
GGCGGAGCCTGAGGCTTCAAACGGAGGAGAAAGTGAGCAGAAGGTTGTTGTGACCGGGAA
AGGTGCAGGGGAAGCAAAGTACGCAGCTTTGACATCATTTGCTGAGTCGAAGTTGCCTGA
GAACGTTCTTGATTGCTGCAAGACTGTCCAGAAACCTTCTCCGATTCAGTCTCATTCGTG
GCCCTTTTTGTTGGATGGTCGCGATCTTATCGGGATCGCCAAAACCGGTTCAGGTAAGAC
ATTGGCGTTTGGGATTCCTGCGATTATGCACATGTTGAAGAAGAACAAGAGTGGTAAAGG
AACAAGGAACCCGACTTGTCTTGTTCTTTCTCCGACAAGAGAGTTAGCTGTTCAGATTTC
TGATGTTTTGAGTGAAGCTGGAGAACCGTGTGGTTTGAAATCAATTTGTGTGTATGGTGG
AAGCTCTA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER10TF U 1
AF RR1BO78TF U 1
BS 1 7 RR1BO78TF
BS 8 8 RR1ER10TF
BS 9 366 RR1BO78TF
BS 367 367 RR1ER10TF
BS 368 445 RR1BO78TF
BS 446 446 RR1ER10TF
BS 447 501 RR1BO78TF
BS 502 502 RR1ER10TF
BS 503 513 RR1BO78TF
BS 514 514 RR1ER10TF
BS 515 516 RR1BO78TF
BS 517 517 RR1ER10TF
BS 518 699 RR1BO78TF
BS 700 700 RR1ER10TF
BS 701 728 RR1BO78TF

RD RR1ER10TF 716 0 0
GGG
CTCTCGTTCGGCCGTTTCAGCTCTCTCTCTCTCAATCGCAAAAGAAAGAATGGCTGGACA
AAAGCAAGAGCTTCCCGTTTCCGGCGAACCCTTATCCGCCGTCGAGAGTCCGATGACAGA
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GGGGCCTGAGGCTTCAAACGGAGGAGAAAGTGAGCAGAAGGTTGTTGTGACCGGGAAAGG
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CGTTCTTGATTGCTGCAAGACTGTCCAGAAACCTTCTCCGATTCAGTCTCATTCGTGGCC
CTTTTTGTTGGATGGTCGCGATCTTATCGGGATCGCCAAAACCGGTTCAGGTAAGACATT
GGCGTTTGGGATTCCTGCGATTATGCACATGTTGAAGAAGGACAAGAGTGGTAAAGGAAC
AAGGAACCCGACTTGTCTTGTTCTTTCTCCGACAAGAGAGTTAGCTGTTCAGATTTCTGA
TGTTTTGAGTGAAGCTGGAGAACCGTGTGGTTTGAAATCGATTTGTGTGT
ATG

QA 4 713 4 713
DS 

RD RR1BO78TF 728 0 0
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ACAAAAGCAAGAGCTTCCCGTTTCCGGCGAACCCTTATCCGCCGTCGAGAGTCCGATGAC
AGACGCGACAAACAAGAAGAAGAAAAAGAGCAAGAAGAACAAACACGCAGAGGTCCAAGT
GCCTCAAGAGGTCGTCGAGGAGTTGAGTAGTAAAGAGAAGAAGAAGAAGCGTAAAAGAGA
GGAGAAAGAGATGGAGAAGAAGAAGGATGAGAAGAAGAAGAAGGACGAAGAGAGTGAGAA
GGCGGAGCCTGAGGCTTCAAACGGAGGAGAAAGTGAGCAGAAGGTTGTTGTGACCGGGAA
AGGTGCGGGGGAAGCAAAGTACGCAGCTTTGACATCATTTGCTGAGTCGAAGTTGCCTGA
GAACGTTCTTGATTGCTGCAAGACTTTCCAGAAACCTTCTCCGATTCAGTCTCATTCGTG
GCCCTTTTTGTTGGATGGTCGTGATCTTATCGGTATTGCCAAAACCGGTTCAGGTAAGAC
ATTGGCGTTTGGGATTCCTGCGATTATGCACATGTTGAAGAAGAACAAGAGTGGTAAAGG
AACAAGGAACCCGACTTGTCTTGTTCTTTCTCCGACAAGAGAGTTAGCTGTTCAGATTTC
TGATGTTTTGAGTGAAGCTGGAGAACCGTGTGGTTTGAA*TCAATTTGTGTGTATGGTGG
AAGCTCTA

QA 1 728 1 728
DS 



CO CL937Contig2 1182 4 5 U
ATATGTTATTCAGGCAGAGCCGACACACAAGACGAAAATCAAACTGAAGGTTTTTCATAT
CCACCTATAACAATAGTAAAACTAATCGAATAGGAAAAACTACTCGTCGTCAGAATCAGC
GAATGTGATCTTGGTAGCTTTTGGAGCATCGGCTGCTATTTCTTTGAAATGAGCTCCATA
AGTTTTGATTCCTTTTTCTTTACATGAGTGCCAAACTTCGTAAGATCAGTAGGCACGACT
TGTCCAGCTTCTCTGAGAACATTCACAAGCTCTCCAGCAAGACCCTTGTTCTGTTGTGTG
AAGAAGGTGTGGGCAACACCCTTTTTACCCGCTCGTCCCGTCCTCCCGATTCTGTGTACA
TAATCCTCTGTTGTTAAAGGGAAACTGTAGTTTATCACAACTTCCACGTCCGGGATATCA
AGCCCTCTTGCTGCCACATCAGTAGCCACCAGCAACGGACTCGATCCATCTTTGAACGAT
GCCAAAGATCTGGTACGTTCGCTCTGTGCTTTGTTTCCGTGTATGGATACAGCTTTCCAG
CCTCTTTGCTGCAGAAAACGCTCAAGACGTTCAGCTTCAATCTTGTACAAGGCAAATACC
AAAACCCTGTTCTTTTGTGATTTATGGTATTTTTCTAGTAAAGCAATAAGGCGCTGATCA
CGAGCACGATCGTCTATGACCTCGACGATTTGCATAACGTCGTGGTTGGCAGCCAAGTCT
TCAGAACCTATGACTATCTTGACCGGGTTTGGATCCATGAATTCCTGTGCCAATTTGTGA
ACATCAATAGGCCAAGTTGCACTGAACATAACCATCTGACGAACTTTATTCGTTTTGCTC
AGAATAAACCGGACTGGTTCCTCGAAACCCATATCAAGCATTCGATCTGCTTCATCCAAT
ACCACAAAGGAAACATCTGAGAGACGAAGCACATTAGATTCAATCAGGTCTCTCAAGCGA
CCTGGCGTACCAATGACAATATCAACTCCAGATCGAATGGCGTCAATTTGAGGCCTTTTA
GAGCTTCCACCACACACACAAATCGATTTCAAACCACACGGTTCTCCAGCTTCACTCAAA
ACATCAGAAATCTGAACAGCTAACTCTCTTGTCGGAGAAAGAACAAGACAAGTCGGGTTC
CTTGTTCCTTTACCACTCTTGTTCTTCTTCAACATGTGCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ER10JQ U 1
AF RR1EO77TF C 322
AF RR1BE40JQ U 216
AF RR1BE40TF C 350
BS 1 431 RR1ER10JQ
BS 432 432 RR1BE40JQ
BS 433 742 RR1ER10JQ
BS 743 1056 RR1BE40JQ
BS 1057 1182 RR1BE40TF

RD RR1ER10JQ 742 0 0
ATATGTTATTCAGGCAGAGCCGACACACAAGACGAAAATCAAACTGAAGGTTTTTCATAT
CCACCTATAACAATAGTAAAACTAATCGAATAGGAAAAACTACTCGTCGTCAGAATCAGC
GAATGTGATCTTGGTAGCTTTTGGAGCATCGGCTGCTATTTCTTTGAAATGAGCTCCATA
AGTTTTGATTCCTTTTTCTTTACATGAGTGCCAAACTTCGTAAGATCAGTAGGCACGACT
TGTCCAGCTTCTCTGAGAACATTCACAAGCTCTCCAGCAAGACCCTTGTTCTGTTGTGTG
AAGAAGGTGTGGGCAACACCCTTTTTACCCGCTCGTCCCGTCCTCCCGATTCTGTGTACA
TAATCCTCTGTTGTTAAAGGGAAACTGTAGTTTATCACAACTTCCACGTCCGGGATATCA
AGCCCTCTTGCCGCCACATCAGTAGCCACCAGCAACGGACTCGATCCATCTTTGAACGAT
GCCAAAGATCTGGTACGTTCGCTCTGTGCTTTGTTTCCGTGTATGGATACAGCTTTCCAG
CCTCTTTGCTGCAGAAAACGCTCAAGACGTTCAGCTTCAATCTTGTACAAGGCAAATACC
AAAACCCTGTTCTTTTGTGATTTATGGTATTTTTCTAGTAAAGCAATAAGGCGCTGATCA
CGAGCACGATCGTCTATGACCTCGACGATTTGCATAACGTCGTGGTTGGCAGCCAAGTCT
TCAGAACCTATGACTATCTTGA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1EO77TF 616 0 0
TTTTTACCCGCTCGTCCCGTCCTCCAGATTCTGTGTACATAATCCTCTGTTGTTAAAGGG
AAACTGTAGTTTATCACAACTTCCACGTCCGGGATATCAAGCCCTCTTGCTGCCACATCA
GTAGCCACCAGCAACGGACTCGATCCATCTTTGAACGATGCCAAAGATCTGGTACGTTCG
CTCTGTGCTTTGTTTCCGTGTATGGATACAGCTTTCCAGCCTCTTTGCTGCAGAAAACGC
TCAAGACGTTCAGCTTCAATCTTGTACAAGGCAAATACCAAAACCCTGTTCTTTTGTGAT
TTATGGTATTTTTCTAGTAAAGCAATAAGGCGCTGATCACGAGCACGATCGTCTATGACC
TCGACGATTTGCATAACGTCGTGGTTGGCAGCCAAGTCTTCAGAACCTATGACTATCTTG
ACCGGGTTTGGATCCATGAATTCCTGTGCCAATTTGTGAACATCAATAGGCCAAGTTGCA
CTGAACATAACCATCTGACGAACTTTATTCGTTTTGCTCAGAATAAACCGGACTGGTTCC
TCGAAACCCATATCAAGCATTCGATCTGCTTCATCCAATACCACAAAGGAAACATCTGAG
AGACGAAGCACATTA
C

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1BE40JQ 841 0 0
CTTC
GTAAGATCAGTAGGCACGACTTGTCCAGCTTCTCTGAGAACATTCACAAGCTCTCCAGCA
AGACCCTTGTTCTGTTGTGTGAAGAAGGTGTGGGCAACACCCTTTTTACCCGCTCGTCCC
GTCCTCCCGATTCTGTGTACATAATCCTCTGTTGTTAAAGGGAAACTGTAGTTTATCACA
ACTTCCACGTCCGGGATATCAAGCCCTCTTGCTGCCACATCAGTAGCCACCAGCAACGGA
CTCGATCCATCTTTGAACGATGCCAAAGATCTGGTACGTTCGCTCTGTGCTTTGTTTCCG
TGTATGGATACAGCTTTCCAGCCTCTTTGCTGCAGAAAACGCTCAAGACGTTCAGCTTCA
ATCTTGTACAAGGCAAATACCAAAACCCTGTTCTTTTGTGATTTATGGTATTTTTCTAGT
AAAGCAATAAGGCGCTGATCACGAGCACGATCGTCTATGACCTCGACGATTTGCATAACG
TCGTGGTTGGCAGCCAAGTCTTCAGAACCTATGACTATCTTGACCGGGTTTGGATCCATG
AATTCCTGTGCCAATTTGTGAACATCAATAGGCCAAGTTGCACTGAACATAACCATCTGA
CGAACTTTATTCGTTTTGCTCAGAATAAACCGGACTGGTTCCTCGAAACCCATATCAAGC
ATTCGATCTGCTTCATCCAATACCACAAAGGAAACATCTGAGAGACGAAGCACATTAGAT
TCAATCAGGTCTCTCAAGCGACCTGGCGTACCAATGACAATATCAACTCCAGATCGAATG
GCGTCAATTTGAGGCCTTTTAGAGCTTCCACCACACACACAAATCGATTTCAAACCA

QA 5 841 5 841
DS 

RD RR1BE40TF 833 0 0
TTCTGTGTACATAATC*TCTGTTGTTAAAGGGAAACTGTAGTTTATCACAACTTCCACGT
CCGGGATATCAAGCCCTCTTGCTGCCACATCAGTAGCCACCAGCAACGGACTCGATCCAT
CTTTGAACGATGCCAAAGATCTGGTACGTTCGCTCTGTGCTTTGTTTCCGTGTATGGATA
CAGCTTTCCAGCCTCTTTGCTGCAGAAAACGCTCAAGACGTTCAGCTTCAATCTTGTACA
AGGCAAATACCAAAACCCTGTTCTTTTGTGATTTATGGTATTTTTCTAGTAAAGCAATAA
GGCGCTGATCACGAGCACGATCGTCTATGACCTCGACGATTTGCATAACGTCGTGGTTGG
CAGCCAAGTCTTCAGAACCTATGACTATCTTGACCGGGTTTGGATCCATGAATTCCTGTG
CCAATTTGTGAACATCAATAGGCCAAGTTGCACTGAACATAACCATCTGACGAACTTTAT
TCGTTTTGCTCAGAATAAACCGGACTGGTTCCTCGAAACCCATATCAAGCATTCGATCTG
CTTCATCCAATACCACAAAGGAAACATCTGAGAGACGAAGCACATTAGATTCAATCAGGT
CTCTCAAGCGACCTGGCGTACCAATGACAATATCAACTCCAGATCGAATGGCGTCAATTT
GAGGCCTTTTAGAGCTTCCACCACACACACAAATCGATTTCAAACCACACGGTTCTCCAG
CTTCACTCAAAACATCAGAAATCTGAACAGCTAACTCTCTTGTCGGAGAAAGAACAAGAC
AAGTCGGGTTCCTTGTTCCTTTACCACTCTTGTTCTTCTTCAACATGTGCATC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 7

CO CL938Contig1 1158 7 10 U
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CCCTAAATTCTCTTCTGCTTCTTCTTCTCTCTCGTTCGTCGGTGGTTATCTCGGATGGTG
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ACTCCACCGGAAAAGGATTCTACACCGGAGTCTCTGGTGGTAAAATACTCAAGTATACTC
CTCAGACGGGGTATGTCGATTTTGCACAGATCACAGAATCATCGAACTCTTCATGGTGCG
ATGGAGTAGTTGGGACGGCTTTAGCCGGAAGATGCGGTCGACCGGCGGGGATAGCCTTCA
ATGAAAAAACAGGTGATCTCTACGTGGCCGATGCACCGTTGGGCCTTCATGTTGTTTCTC
CCGCCGGTGGCTTGGCCGTAAAGATCGCCGACAGTGTTGATGGAAAGCCCTTTAAATTTC
TCGATGGTCTTGACGTTGATCCAACTACTGGTGTCGTCTACTTCACTTCCTTCAGCTCAC
GCTTCACCCCAATCCAAGTGTTGATTGCATTGGGATTAAAGGACGCGACTGGAAAACTCT
TCAAATACGATCCATCAACTAAGGTCGTGACCGTGTTGATGGAAGGTCTTAGTGGCTCCG
CTGGCTGTGCCGTGAGCTCGGATGGTTCGTTCGTGCTGGTCAGTCAGTTCACAAAGAGCA
*CATCAAGAGGTATTGGATCAAGGGACCTAAAGCTGGTTCTTCTGAAGACTTCACAAACT
CGGTCTCGAACCCTGATAATATCAAGAGGATTGGTTCTACTGGAAACTTCTGGGTCGCTT
CGGTTGTGAACAAGATTGTCGTGCCTACTAACCCATCAGCGGTCAAAGTCAATTCTAATG
GTGAAGTGCTTCAGACAATTCCTCTAAAAGATAAATTTGGGGATACTTTGCTTAGCGAAG
TTAACGAGTTCGATGGTAGTTTATATATTGGGACTCTCACTGGTCCTTTTGCTGGAATTC
TTAAGCTTTAAATTTGTTTAAGAGTATGGTTGGATCTTTGATTCGAAGGCCGCAAGTGTT
TACCATATATGTGAAGTTTATATTTTTTTTAAGACTTATTCTTGTGTTCCCCCCTTAGGA
TGAACCTTTAGATTCCCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C803TF U 1
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AF RR1CF43TF U 17
AF RR1A333TF U 17
AF RR1CY78JQ C 621
AF RR1CF43JQ C 408
AF RR1A333JQ C 517
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BS 647 714 RR1C803TF
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ATGAAAAAACAGGTGATCTCTACGTGGCCGATGCACCGTTGGGCCTTCATGTTGTTTCTC
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TCGATGGTCTTGACGTTGATCCAACTACTGGTGTCGTCTACTTCACTTCCTTCAGCTCAC
GCTTCACCCCAATCCAAGTGTTGATTGCATTGGGATTAAAGGACGCGACTGGAAAACTCT
TCAAATACGATCCATCAACTAAGGTCGTGACCGTGTTGATGGAAG*TCTTAGTGGCTCCG
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*CATC
AG

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DS 

RD RR1CY78TF 726 0 0
GGA
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AAATTCTCTTCTGCTTCTTCTTCTCTCTCGTTCGTCGGTGGTTATCTCGGATGGTGAGTC
TTTCCAGAAACTTCCGGTGCCGGAAAATAGGTCAGGCCCTGAAGCTTTCGCCTTTGACTC
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AGTAGTTGGGACGGCTTTAGCCGGAAGATGCGGTCGACCGGCGGGGATAGCCTTCAATGA
AAAAACAGGTGATCTCTACGTGGCCGATGCACCGTTGGGCCTTCATGTTGTTTCTCCCGC
CGGTGGCTTGGCCGTAAAGATCGCCGACAGTGTTGATGGAAAGCCCTTTAAATTTCTCGA
TGGTCTTGACGTTGATCCAACTACTGGTGTCGTCTACTTCACTTCCTTCAGCTCACGCTT
CACCCCAATCCAAGTGTTGATTGCATTGGGATTAAAGGACGCGACTGGAAAACTCTTCAA
ATACGATCCATCAACTAAG*TCGTGACCGTGTTGATGGAAG*TCTTAGTGGCTCCGCTGG
CTGTGCCGTGAGCTCGGATGGTTCGTTCGTGCTGGTCAGTCAGTTCACAAAGAGCA*CAT
C
AA

QA 4 724 4 724
DS 

RD RR1CF43TF 709 0 0
GG
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ATTTTGCACAGATCACAGAATCATCGAACTCTTCATGGTGCGATGGAGTAGTTGGGACGG
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TAAAGATCGCCGACAGTGTTGATGGAAAGCCCTTTAAATTTCTCGATGGTCTTGACGTTG
ATCCAACTACTGGTGTCGTCTACTTCACTTCCTTCAGCTCACGCTTCACCCCAATCCAAG
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CTAAG*TCGTGACCGTGTTGATGGAAGGTCTTAGTGGCTCCGCTGGCTGTGCCGTGAGCT
CGGATGGTTCGTTCGTGCTGGTCAGTCAGTTCACAAAGAGCA*CATC

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DS 

RD RR1A333TF 720 0 0
AA
ACAGAACAACGCCTTAAAGAAACGACATGATGTCATTTTTCTCCCTAAATTCTCTTCTGC
TTCTTCTTCTCTCTCGTTCGTCGGTGGTTATCTCGGATGGTGAGTCTTTCCAGAAACTTC
CGGTGCCGGAAA*TAGGTCAGGCCCTGAAGCTTTCGCCTTTGACTCCACCGGAAAAGGAT
TCTACACCGGAGTCTCTGGTGGTAAAATACTCAAGTATACTCCTCAGACGGGGTATGTCG
ATTTTGCACAGATCACAGAATCATCGAACTCTTCATGGTGCGATGGAGTAGTTGGGACGG
CTTTAGCCGGAAGATGCGGTCGACCGGCGGGGATAGCCTTCAATGAAAAAACAGGTGATC
TCTACGTGGCCGATGCACCGTTGGGCCTTCATGTTGTTTCTCCCGCCGGTGGCTTGGCCG
TAAAGATCACCGACAGTGCTGATGGAAAGCCCTTTAAATTTCTCGATGGTCTTGACGTTG
ATCCAACTACTGGTGTCGTCTACTTCACTTCCTTCAGCTCACGCTTCACCCCAATCCAAG
TGTTGATTGCATTGGGATTAAAGGACGCGACTGGAAAACTCTTCAAATACGATCCATCAA
CTAAGGTCGTGACCGTGTTGATGGAAGGTCTTAGTGGCTCCGCTGGCTGTGCCGTGAGCT
CGGATGGTTCGTTCGTGCTGGTCAGTCAGTTCACAAAGAGCA*CATCAAGAGGTATTG

QA 3 720 3 720
DS 

RD RR1CY78JQ 139 0 0
AAGGTCGTGACCGTGTTGATGGAAGGTCTTAGTGGCTCCGCTGGCTGTGCCGTGAGCTCG
GATGGTTCGTTCGTGCTGGTCAGTCAGTTCACAAAGAGCAACATCAAGAGGTATTGGATC
AAGGGACCTAAAGCTGGTT

QA 1 139 1 139
DS 

RD RR1CF43JQ 709 0 0
CATGTTGTTTCTCCCGCCGGTGGCTTGGCCGTAAAGATCGCCGACAGTGTTGATGGAAAG
CCCTTTAAATTTCTCGATGGTCTTGACGTTGATCCAACTACTGGTGTCGTCTACTTCACT
TCCTTCAGCTCACGCTTCACCCCAATCCAAGTGTTGATTGCATTGGGATTAAAGGACGCG
ACTGGAAAACTCTTCAAATACGATCCATCAACTAAGGTCGTGACCGTGTTGATGGAAGGT
CTTAGTGGCTCCGCTGGCTGTGCCGTGAGCTCGGATGGTTCGTTCGTGCTGGTCAGTCAG
TTCACAAAGAGCAACATCAAGAGGTATTGGATCAAGGGACCTAAAGCTGGTTCTTCTGAA
GACTTCACAAACTCGGTCTCGAACCCTGATAATATCAAGAGGATTGGTTCTACTGGAAAC
TTCTGGGTCGCTTCGGTTGTGAACAAGATTGTCGTGCCTACTAACCCATCAGCGGTCAAA
GTCAATTCTAATGGTGAAGTGCTTCAGACAATTCCTCTAAAAGATAAATTTGGGGATACT
TTGCTTAGCGAAGTTAACGAGTTCGATGGTAGTTTATATATTGGGACTCTCACTGGTCCT
TTTGCTGGAATTCTTAAGCTTTAAATTTGTTTAAGAGTATGGTTGGATCTTTGATTCGAA
GGCCGCAAGTGTTTACCATATATGTGAATTTTATATTTTTTT
AAGACTT

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DS 

RD RR1A333JQ 642 0 0
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TAAAGGACGCGACTGGAAAACTCTTCAAATACGATCCATCAACTAAGGTCGTGACCGTGT
TGATGGAAGGTCTTAGTGGCTCCGCTGGCTGTGCCGTGAGCTCGGATGGTTCGTTCGTGC
TGGTCAGTCAGTTCACAAAGAGCAACATCAAGAGGTATTGGATCAAGGGACCTAAAGCTG
GTTCTTCTGAAGACTTCACAAACTCGGTCTCGAACCCTGATAATATCAAGAGGATTGGTT
TTACTGGAAACTTCTGGGTCGCTTCGGTTGTGAACAAGATTGTCGTGCCTACTAACCCAT
CAGCGGTCAAAGTCAATTCTAATGGTGAAGTGCTTCAGATAATTCCTCTAAAAGATAAAT
TTGGGGATACTTTGCTTAGCGAAGTTAACGAGTTCGATGGTAGTTTATATATTGGGACTC
TCACTGGTCCTTTTGCTGGAATTCTTAAGCTTTAAATTTGTTTAAGAGTATGGTTGGATC
TTTGATTCGAAGGCCGCAAGTGTTTACCATATATGTGAAGTTTATATTTTTTTTAAGACT
TATTCTTGTGTTCCCCCCTTAGGATGAACCTTTAGATTCCCC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 7

CO CL939Contig1 747 7 17 U
GCGTAGCCTCTTATATAAAGAAATCCATAGAACTAGGGTTTCGGCAGCAGCTTGAGAAAA
GGAGGAAGAAGAGGAGCAGCAG***AAACACGCCACCATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTG
TCGTTTCAGTGGCCACAAGATTTACCCAGGAAGGGGTATCAGATTCATCCGATCTGACTC
TCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAGTGTAAGCATTACTTTCATAACAAACTGAAGCC
TTCCAAGCTTTGTTGGACTACCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAAGGATGCAGCTCAAGA
AGCTGTCAAGAAGAGGAGACGTGCTACCAAGAAGCCTTACTCAAGGTCTATTGTTGGTGC
TACCTTGGAAGTGATCCAGAAGAAGAGAGCTGAGAAGCCTGAAGTTCGTGATGCCGCAAG
AGAAGCTGCTCTCCGTGATATCAAGGAGAGAATCAAGAAGACCAAGGATGAGAAGAAGGC
AAAGAAAGCTGAATTTGCCTCTAAGCAACAGAAGATTCAGGCTAAGGTCCCCAAGGCTGC
TGCAAAGGGAGGTCCTAAGTTGGGAGGTGGTGGTGGCAAACGCTGAAGAGCCCAAACCCA
TTTTATCTTTACTCATTTGTTAGTTATATGTTGAACTCGGAATATTCTGCCGAACGTAAA
CCTTTTGTTGTTGCCGTTTGTCTTTTTCCTTTTGCAACTCGTAATCTCAGACTTGAGAAT
TTTGGTGCTTATCAACTTCATTTCACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1AS19JQ C 1
AF RR1AS19TF U 1
AF RR1FR07JQ C 14
AF RR1AC34TF U 44
AF RR1FR07TF U 14
AF RR1AP26JQ C 44
AF RR1AP26TF U 44
BS 1 82 RR1AS19TF
BS 83 85 RR1AC34TF
BS 86 204 RR1AS19TF
BS 205 205 RR1AC34TF
BS 206 238 RR1AS19TF
BS 239 239 RR1AC34TF
BS 240 348 RR1AS19TF
BS 349 349 RR1AC34TF
BS 350 372 RR1AS19TF
BS 373 373 RR1AC34TF
BS 374 614 RR1AS19TF
BS 615 615 RR1AC34TF
BS 616 684 RR1AS19TF
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BS 727 744 RR1AC34TF
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RD RR1AS19JQ 684 0 0
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DS 

RD RR1AS19TF 684 0 0
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TCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCTAAGTGTAAGCATTACTTTCATAACAAACTGAAGTC
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AGCTGTCAAGAAGAGGAGACGTGCTACCAAGAAGCCTTACTCAAGGTCGATTGTTGGTGC
TACCTTGGAAGTAATCCAGAAGAAGAGAGCTGAGAAGCCTGAAGTTCGTGATGCCGCAAG
AGAAGCTGCTCTCCGTGATATCAAGGAGAGAATCAAGAAGACCAAGGATGAGAAGAAGGC
AAAGAAAGCTGAATTTGCCTCTAAGCAACAGAAGATTCAGGCTAAGGTCCCCAAGGCTGC
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G
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G
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AGCAGCAG***AAACACGCCACCATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTGTCGTTTCAGTGGCC
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ACT

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GGATGAGAAGAAGGCAAAGAAAGCTGAATTTGCCTCTAAGCAACAGAAGATTCAGGCTAA
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AAGAGCCCAAACCCATTTTATCTTTACTCATTTGTTAGTTATATGTTGAACTCGGAATAT
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ACT

QA 3 701 3 701
DS 



AS 1 7

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GCCATTGTCAATTCTTCATCTTTCTTCTGCATGTGATGATTTTCCATCAACAATCTAAAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 15 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E067TF U 1
AF RR1C395TF U 48
AF RR1C227TF U 232
AF RR1C227JQ C 537
AF RR1E067JQ C 599
AF RR1GP11TF U 676
AF RR1C395JQ C 545
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BS 248 684 RR1E067TF
BS 685 733 RR1C395TF
BS 734 881 RR1C227TF
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BS 1270 1301 RR1C227JQ

RD RR1E067TF 684 0 0
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CATGGCTGCTGCAATAGGTGCTGCAGTCTCTTATCCTTCATCCAAGTCCTCTTCTCTTCC
CTCCAAAACTTCCTTCGTCTCCCCTCAAAGGATTTTCCTCAACAACAAGAGCAGAGTGTG
CTACAGAGAGGCGTGTATTTATAGGGGAAGAGTGAAGGCTCAGGTGTCAACAGAGACGCC
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TCCCGGTGAAACCTGGCACATCGTCTTCAGCACCGAAGGGGAGGTTCCATACAGAGAAGG
GCAGTCGATAGGAGTGATTCCAGAAGGAATTGACAAGAACGGGAAGCCCCACAAGCTGAG
GTTATACTCTATCGCCAGCAGTGCCATTGGTGACTTTGGTGATTCCAAAACCGTTTCTCT
CTGTGTCAAGAGATTAGTTTACACTAACGAAAGCGGAGAGCTTGTTAAGGGAGTCTGCTC
CAACTTCTTGTGTGACTTGAAGCCTGGTGATGAGGCAAAGATCACTGGACCAGTTGGAAA
GGAAATGCTTATGCCTAAAGATCC

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DS 

RD RR1C395TF 686 0 0
GG
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AACAAATTCAAACCAAAGGAGCCTTACACTGGTAGATGCCTCTTGAACACCAGGATCACT
GGCGATGACGCTCCCGGTGAAACCTGGCACATCGTCTTCAGCACCGAAGGGGAGGTTCCA
TACAGAGAAGGGCAGTCGATAGGAGTGATTCCAGAAGGAATTGACAAGAACGGGAAGCCC
CACAAGCTGAGGTTATACTCTATCGCCAGCAGTGCCATTGGTGACTTTGGTGATTCCAAA
ACCGTTTCTCTCTGTGTCAAGAGATTAGTTTACACTAACGAAAGCGGAGAGCTTGTTAAG
GGAGTCTGCTCCAACTTCTTGTGTGACTTGAAGCCTGGTGATGAGGCAAAGATCACTGGA
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ACAGGAACTGGAATAGCACCATTC

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DS 

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G
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GATGACGCTCCCGGTGAAACCTGGCACATCGTCTTCAGCACCGAAGGGGAGGTTCCATAC
AGAGAAGGGCAGTCGATAGGAGTGATTCCAGAAGGAATTGACAAGAACGGGAAGCCCCAC
AAGCTGAGGTTATACTCTATCGCCAGCAGTGCCATTGGTGACTTTGGTGATTCCAAAACC
GTTTCTCTCTGTGTCAAGAGATTAGTTTACACTAACGAAAGCGGAGAGCTTGTTAAGGGA
GTCTGCTCCAACTTCTTGTGTGACTTGAAGCCTGGTGATGAGGCAAAGATCACTGGACCA
GTTGGAAAGGAAATGCTTATGCCTAAAGATTCTAATGCCACCATCATCATGCTTGGAACA
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DS 

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GCTCCAACTTCTTGTGTGACTTGAAGCCTGGTGATGAGGCAAAGATCACTGGACCAGTTG
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CTGGAATAGCACCATTCAGATCATTTTTGTGGAAAATGTTCTTTGAGGAGCATGAGGACT
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ACAAGGAGGAGTTTGAGAAGATGAAGGAGAAGAACCCGGAAAATTTCAGGTTGGACTTTG
CGGTGAGCAGAGAGCAGACAAACGAGAAGGGAGAGAAAATGTACATACAGACAAGAATGG
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ATGGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAAGAGTGAGCAGTGGAATGTGG
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AAAGAGACAATCGTTACCCCCAAAATGCTCTTTTTTTTCTACTCC

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DS 

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AAGTTCAACGGTTTGGCAAGGCTCTTCTTGGGTGTACCCACAAGCAGCTCATTGCTCTAC
AAGGAGGAGTTTGAGAAGATGAAGGAGAAGAACCCGGAAAATCTCAGGTTGGACTTTGCG
GTGAGCAGAGAGCAGACAAACGAGAAGGGAGAGAAAATGTACATACAGACAAGAATGGCA
GAGTATGCAGAAGAGCTGTGGGAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGCTTACATGTGT
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GGGATTGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAAGAGTGAGCAGTGGAATGTGGAA
GTCTACTAAGCAAGATTGTGAGAGGGTTTATTAA*TATTATTATGTAGATAAAGGAGCTG
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AGAGACAATCATTA
CCCCC

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DS 

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G
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TGGCTCTTCTTGGGTGTACCCACAAGCAGCTCATTGCTCTACAAGGAGGAGTTTGAGAAG
ATGAAGGAGAAGAACCCGGAAAATTTCAGGTTGGACTTTGCGGTGAGCAGAGAGCAGACA
AACGAGAAGGGAGAGAAAATGTACATACAGACAAGAATGGCAGAGTATGCAGAAGAGCTG
TGGGAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTCAAGGGTATGGAG
AAGGGTATCGATGAGATCATGGTCTCACTTGCTGCTAA*GATGGGATTGATTGGTTGGAG
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TGAGAGGGTTTATTAA*TATTATTATGTAGATAAAGGAGCTGATGCCATTGTCAATTCTT
CATCTTTCTTCTGCATGTGATGATTTTCCATCAACAATCTAAAGAGACAATC
ATTA

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DS 

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ATGCTTATGCCTAAAGATCCTAATGCCACCATCATCATGCTTGGAACAGGAACTGGAATA
GCACCATTCAGATCATTTTTGTGGAAAATGTTCTTTGAGGAGCATGAGGACTACAAGTTC
AACGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTACCCACAAGCAGCTCATTGCTCTACAAGGAG
GAGTTTGAGAAGATGAAGGAGAAGAACCCAGAAAATTTCAGGTTGGACTTTGCGGTGAGC
AGAGAGCAGACAAACGAGAAGGGAGAGAAA*TGTACATACAGACAAGAATGACAGAGTAT
GCAGAAGAGCTGTGGGAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTC
AAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGAGATCATGGTCTCACTTGCTGCTAAAGATGGGATC
GATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAAGAGTGAGCAGTGGAATGTGGAAGTCTAC
TAAGCAAGATTGTGAGAGGGTTTATTAAATATTATTATGTAGATAAAGGAGCTGATGCCA
TTGTCAATTCTTCATCTTTCTTCTGCATGTGATGATTTTCCATCAACAATCTAAAGAGAC
AATCATTA
CCCCCG

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 7

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GGAAATGCTTCGTTCCAAAGGTTTAGATACTCTTGAGACCGAAGTGGAGGATATTGATTG
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GTCAGACGAATACCGAGCGGCTATGAAAGATTTTGGGAAGAGGCTAGAGAGCCTAGCAGA
AGAACTGTTGGATTTGCTGTGTGAGAATCTAGGATTGGAGAAAGGGTACTTGAAGAAGGT
*TTTCGTGGTACAAAGGGTCCAACTTTTGGGACAAAGGTTAGCAACTATCCACCATGTCC
TAAACCTGAGATGATCAAAGGTCTTAGGGCCCACACAGATGCAGGAGGTCTCATCTTGCT
GTTTCAAGATGATAAGGTCAGTGGCCTTCAGCTTCTCAAAGATGGTGTTTGGGTTGATGT
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CGGGAAGTACAAGAGCGTAATGCATCGTGTAATGACTCAAAAAGAAGGAAACAGGATGTC
TATTGCATCGTTCTACAACCCTGGAAGCGATGCCGAGATCTTTCCGGCGCAGTCTCTTGG
GGACAAAGAATCGGAGTACCCGAGTTTTGTGTTTGACGACTATATGAAACTCTATGCCGG
AGTCAAGTTCCAGCCCAAGGAGCCACGGTTTGAGGCCATGAAGAATGCTGCAGCAACCAA
GGATGCGAATCCAGTTGCCACGGTCGAGACGTTCTAATTGGAAGTGGGGTATTCTATGAA
GGCAAGAAAGATGAAAAATAACAAAATGGGTTTGATGTGTGGGTAATAACGTCAATAAGT
ATTGAAGTTAATGTTATTAGAAGCAAAAACTAAGTGACTAGTGATCAACTGGTGTGTTTA
AGTGTGGGGTGTTTAAAATATATGAATATTGAAAAAAGACTTAAAATGAATATAAAAGTT
GCAATATTATAAAAGATCATTAACGTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1EZ03TF U 1
AF RR1BN09TF U 1
AF RR1BQ08TF U 6
AF RR1BN09JQ C 499
AF RR1ET55TF U 519
AF RR1BQ08JQ C 610
AF RR1EZ03JQ C 954
BS 1 50 RR1BN09TF
BS 51 52 RR1EZ03TF
BS 53 196 RR1BN09TF
BS 197 197 RR1EZ03TF
BS 198 769 RR1BN09TF
BS 770 770 RR1ET55TF
BS 771 799 RR1BN09TF
BS 800 881 RR1ET55TF
BS 882 882 RR1BN09JQ
BS 883 1040 RR1ET55TF
BS 1041 1041 RR1BN09JQ
BS 1042 1217 RR1ET55TF
BS 1218 1218 RR1BQ08JQ
BS 1219 1236 RR1ET55TF
BS 1237 1291 RR1BQ08JQ

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GGACATT
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AAGTTTATATTGAGAGAGTCCAGAGTAATGGAGAAGAACATCAAGTTTCCTGTTGTAGAC
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CAAAACTGGGGCTTCTTTGAGCTTCTAAACCATGGAATACCATATGATCTAATGGACAAC
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GAATACCGAGCGGCTATGAAAGATTTTGGGAAGAGGCTAGAGAGCCTAGCAGAAGAACTG
TTGGATTTGCTGTGTGAGAATCTAGGATTGGAGAAAGGGTACTTGAAGAAGGT
GTTTCGTGG

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DS 

RD RR1BN09TF 799 0 0
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ACTTTACAAGTTTATATTGAGAGAGTCCAGAGTAATGGAGAAGAACATCAAGTTTCCTGT
TGTAGACTTGTCTAAGCTCAATGGTGAAGAGAGAGACCAAACCATGGCTTTGATCGACGA
TGCTTGTCAAAACTGGTGCTTCTTTGAGCTTCTAAACCATGGAATACCATATGATCTAAT
GGACAACATTGAGAGGATGACAAAGGAACACTACAAGAAATTTATGGAACAAAAATTTAA
GGAAATGCTTCGTTCCAAAGGTTTAGATACTCTTGAGACCGAAGTGGAGGATATTGATTG
GGAAAGCACTTTCTTCCTTCGCCATCTCCCTCAGACCAATCTTTATGACATCCCTAATAT
GTCAGACGAATACCGAGCGGCTATGAAAGATTTTGGGAAGAGGCTAGAGAGCCTAGCAGA
AGAACTGTTGGATTTGCTGTGTGAGAATCTAGGATTGGAGAAAGGGTACTTGAAGAAGGT
*TTTCGTGGTACAAAGGGTCCAACTTTTGGGACAAAGGTTAGCAACTATCCACCATGTCC
TAAACCTGAGATGATCAAAGGTCTTAGGGCCCACACAGATGCAGGAGGTCTCATCTTGCT
GTTTCAAGATGATAAGGTCAGTGGCCTTCAGCTTCTCAAAGATGGTGTTTGGGTTGATGT
TCCTCCACTCAAGCACTCCATTGTCATCAATCTTGGTGACCAACTTGAG*TGATAACAAA
CGGGAAGTACAAGAGCGTA

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1BQ08TF 792 0 0
GG
AACGATTAACATCACCAAAGACATTAATTAAGTTGCCAATTAAGAAAACAGTGACTTTAC
GAGTTTATATTGAGAGAGTCCAGAGTAATGGAGAAGAACATCAAGTTTCCTGTTGTAGAC
TTGTCTAAGCTCAATGGTGAAGAGAGGGACCAAACCATGGCTTTGATCGACGATGCTTGT
CAAAACTGGGGCTTCTTTGAGCTTCTAAACCATGGAATACCATATGATCTAATGGACAAC
ATTGAGAGGATGACAAAGGAACACTACAAGAAATTTATGGAACAAAAATTTAAGGAAATG
CTTCGTTCCAAAGGTTTAGATACTCTTGAGACCGAAGTGGAGGATATTGATTGGGAAAGC
ACTTTCTTCCTTCGCCATCTCCCTCAGACCAATCTTTATGACATCCCTAATATGTCAGAC
GAATACCGAGCGGCTATGAAAGATTTTGGGAAGAGGCTAGAGAGCCTAGCAGAAGAACTG
TTGGATTTGCTGTGTGAGAATCTAGGATTGGAGAAAGGGTACTTGAAGAAGGTGTTTCGT
GGTACAAAGGGTCCAACTTTTGGGACAAAGGTTAGCAACTATCCACCATGTCCTAAACCT
GAGATGATCAAAGGTCTTAGGGCCCACACAGATGCAGGAGGTCTCATCTTGCTGTTTCAA
GATGATAAGGTCAGTGGCCTTCAGCTTCTCAAAGATGGTGTTTGGGTTGATGTTCCTCCA
CTCAAGCACTCCATTGTCATCAATCTTGGTGACCAACTTGAG*TGATAACAAACGGGAAG
TACAAGAGCG

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR1BN09JQ 726 0 0
GTGTGAGAATCTAGGATTGGAGAAAGGGTACTTGAAGAAGGT*TTTCGTGGTACAAAGGG
TCCAACTTTTGGGACAAAGGTTAGCAACTATCCACCATGTCCTAAACCTGAGATGATCAA
AGGTCTTAGGGCCCACACAGATGCAGGAGGTCTCATCTTGCTGTTTCAAGATGATAAGGT
CAGTGGCCTTCAGCTTCTCAAAGATGGTGTTTGGGTTGATGTTCCTCCACTCAAGCACTC
CATTGTCATCAATCTTGGTGACCAACTTGAGGTGATAACAAACGGGAAGTACAAGAGCGT
AATGCATCGTGTAATGACTCAAAAAGAAGGAAACAGGATGTCTATTGCATCGTTCTACAA
CCCTGGAAGCGATGCCGAGATCTTTCCGGCGCAGTCTCTTGGGGACAAAGAATCGGAGTA
CCCGAGTTTTGTGTTTGACGACTATATGAAACTTTATGCCGGAGTCAAGTTCCAGCCCAA
GGAGCCACGGTTTGAGGCCATGAAGAATGCTGCAGCAACCAAGGATGCGAATCCAGTTGC
CACGGTCGAGACGTTTTAATTGGAAGTGGGGTATTCTATGAAGGCAAGAAAGATGAAAAA
TAACAAAATGGGTTTGATGTGTGGGTAATAACGTCAATAAGTATTGAAGTTAATGTTATT
AGAAGCAAAAACTAAGTGACTAGTGATCAACTGGTGTGTTTAAGTGTGGGGTGTTTAAA
ATATATG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1ET55TF 718 0 0
G
GAAAGGGTACTTGAAGAAGGTGTTTCGTGGTACAAAGGGTCCAACTTTTGGGACAAAGGT
TAGCAACTATCCACCATGTCCTAAACCTGAGATGATCAAAGGTCTTAGGGCCCACACAGA
TGCAGGAGGTCTCATCTTGCTGTTTCAAGATGATAAGGTCAGTGGCCTTCAGCTTCTCAA
AGATGGTGTTTGGGTTGATGTTCCTCCACTCAAGCACTCCATTGTCATCAATCTTGGTGA
CCAACTTGAGGTGATAACAAACGGGAAGTACAAGAGCGTAATGCATCGTGTAATGACTCA
AAAAGAAGGAAACAGGATGTCTATTGCATCGTTCTACAACCCTGGAAGCGATGCCGAGAT
CTCTCCGGCGCAGTCTCTTGGGGACAAAGAATCGGAGTACCCGAGTTTTGTGTTTGACGA
CTATATGAAACTCTATGCCGGAGTCAAGTTCCAGCCCAAGGAGCCACGGTTTGAGGCCAT
GAAGAATGCTGCAGCAACCAAGGATGCGAATCCAGTTGCCATGGTCGAGACGTTCTAATT
GGAAGTGGGGTATTCTATGAAGGCAAGAAAGATGAAAAATAACAAAATGGGTTTGATGTG
TGGGTAATAACGTCAATAAGTATTGAAGTTAATGTTATTAGAAGCAAAAACTAAGTGACT
AGTGATCAACTGGTGTGTTTAAGTGTGGGGTGTTTAAA*TATATGAATATTGAAAAA

QA 2 718 2 718
DS 

RD RR1BQ08JQ 682 0 0
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TGATAAGGTCAGTGGCCTTCAGCTTCTCAAAGATGGTGTTTGGGTTGATGTTCCTCCACT
CAAGCACTCCATTGTCATCAATCTTGGTGACCAACTTGAGGTGATAACAAACGGGAAGTA
CAAGAGCGTAATGCATCGTGTAATGACTCAAAAAGAAGGAAACAGGATGTCTATTGCATC
GTTCTACAACCCTGGAAGCGATGCCGAGATCTTTCCGGCGCAGTCTCTTGGGGACAAAGA
ATCGGAGTACCCGAGTTTTGTGTTTGACGACTATATGAAACTCTATGCCGGAGTCAAGTT
CCAGCCCAAGGAACCACGGTTTGAGGCCATGAAGAATGCTGCAGCAACCAAGGATGCGAA
TCCAGTTGCCACGGTCGAGACGTTCTAATTGGAAGTGGGGTATTCTATGAAGGCAAGAAA
GATGAAAAATAACAAAATGGGTTTGATGTGTGGGTAATAACGTCAATAAGTATTGAAGTT
AATGTTATTAGAAGCAAAAACTAAGTGACTAGTGATCAACTGGTGTGTTTAAGTGTGGGG
TGTTTAAAATATATGAATATTGAAAAAAGACTTAAAATGAATATAAAAGTTGCAATATTA
TAAAAGATCATTAACGTTGACC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1EZ03JQ 338 0 0
ATGCCGGAGTCAAGTTCCAGCCCAAGGAGCCACGGTTTGAGGCCATGAAGAATGCTGCAG
CAACCAAGGATGCGAATCCAGTTGCCACGGTCGAGACGTTCTAATTGGAAGTGGGGTATT
CTATGAAGGCAAGAAAGATGAAAAATAACAAAATGGGTTTGATGTGTGGGTAATAACGTC
AATAAGTATTGAAGTTAATGTTATTAGAAGCAAAAACTAAGTGACTAGTGATCAACTGGT
GTGTTTAAGTGTGGGGTGTTTAAAATATATGAATATTGAAAAAAGACTTAAAATGAATAT
AAAAGTTGCAATATTATAAAAGATCATTAACGTTGA
TC

QA 1 336 1 336
DS 



AS 1 7

CO CL942Contig1 689 7 3 U
GGGCCGTCGTACGTTCTCAGATAATCTCACTGCTCGTGTGGGACCATGCAAAGCGACGTG
ACTATGAATCCACGACCATCGGCTGACTCTAGCTCCTCTGACGTCGAAGCTGAGATCAGC
GACGGCGATGGCTTTTTGCAGATCGATAGATCTCATACAGTCGCCGAAGACGAAGTGTCG
CTGCTGATTAGAGCAGAGACGTATCAAGGCTACATGAGGGAGCTTCCTCTTCCGACAAGT
CGCGGTTCTTTGATTCCGTTCACGAGCTGGGTTGGGCTAAGCATGTCGATCAAGGAGCTT
TACGGTCAGCCTTTGCATTACCTCACGAACGTTCTGTTACAGCGTTGGGATCAAGCAAGA
CTTGGTGCTGATTCTGAAGACCAGAGCTTGGATTTGATCATTCATCCTTCTAAAGCTGAA
GCTACTATCTGGCTTGTTGAAGAGATACATCGACTCACTTCTTCTCATCTTCAGATTGCT
CAGCTTTGGGGATCTGATCCTATGTATCACATGTTGATTGATCCTATCATTCCTAAGTTA
CCACAAACATGAACACTCCCTTTTTGTATCTATTTCTCTTTCTTTAACTTTAAGACAATG
TAATGTGAATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATTACAAGAACACTTGCCTTG
ACTGATGAAATGAAACCTGTTATTGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D131JQ C 7
AF RR1D131TF U 7
AF RR1E789JQ C 4
AF RR1E789TF U 4
AF RR1C233TF U 1
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AF RR1H474TF U 2
BS 1 669 RR1C233TF
BS 670 679 RR1H474TF
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RD RR1D131JQ 638 0 0
GG
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ATGAACACTCCCTTTTTGTATCTATTTCTCTTTCTTTAACTTTAAGACAATGTAATGTGA
ATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATTAC

QA 3 638 3 638
DS 

RD RR1D131TF 638 0 0
GG
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TCCACGACCATCGGCTGACTCTAGCTCCTCTGACGTCGAAGCTGAGATCAGCGACGGCGA
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TTTGATTCCGTTCACGAGCTGGGTTGGGCTAAGCATGTCGATCAAGGAGCTTTACGGTCA
GCCTTTGCATTACCTCACGAACGTTCTGTTACAGCGTTGGGATCAAGCAAGACTTGGTGC
TGATTCTGAAGACCAGAGCTTGGATTTGATCATTCATCCTTCTAAAGCTGAAGCTACTAT
CTGGCTTGTTGAAGAGATACATCGACTCACTTCTTCTCATCTTCAGATTGCTCAGCTTTG
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ATGAACACTCCCTTTTTGTATCTATTTCTCTTTCTTTAACTTTAAGACAATGTAATGTGA
ATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATTAC

QA 3 638 3 638
DS 

RD RR1E789JQ 639 0 0
GG
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TTGGGGATCTGATCCTATGTATCACATGTTGATTGATCCTATCATTCCTAAGTTACCACA
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TGAATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATT

QA 3 639 3 639
DS 

RD RR1E789TF 645 0 0
GG
GTCGTACGTTCTCAGATAATCTCACTGCTCGTGTGGGACCATGCAAAGCGACGTGACTAT
GAATCCACGACCATCGGCTGACTCTAGCTCCTCTGACGTCGAAGCTGAGATCAGCGACGG
CGATGGCTTTTTGCAGATCGATAGATCTCATACAGTCGCCGAAGACGAAGTGTCGCTGCT
GATTAGAGCAGAGACGTATCAAGGCTACATGAGGGAGCTTCCTCTTCCGACAAGTCGCGG
TTCTTTGATTCCGTTCACGAGCTGGGTTGGGCTAAGCATGTCGATCAGGGAGCTTTACGG
TCAGCCTTTGCATTACCTCACGAACGTTCTGTTACAGCGTTGGGATCAAGCAAGACTTGG
TGCTGATTCTGAAGACCAGAGCTTGGATTTGATCATTCATCCTTCTAAAGCTGAAGCTAC
TATCTGGCTTGTTGAAGAGATACATCGACTCACTTCTTCTCATCTTCAGATTGCTCAGCT
TTGGGGATCTGATCCTATGTATCACATGTTGATTGATCCTATCATTCCTAAGTTACCACA
AACATGAACACTCCCTTTTTGTATCTATTTCTCTTTCTTTAACTTTAAGACAATGTAATG
TGAATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATTACAA
AA

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR1C233TF 669 0 0
GGGCCGTCGTACGTTCTCAGATAATCTCACTGCTCGTGTGGGACCATGCAAAGCGACGTG
ACTATGAATCCACGACCATCGGCTGACTCTAGCTCCTCTGACGTCGAAGCTGAGATCAGC
GACGGCGATGGCTTTTTGCAGATCGATAGATCTCATACAGTCGCCGAAGACGAAGTGTCG
CTGCTGATTAGAGCAGAGACGTATCAAGGCTACATGAGGGAGCTTCCTCTTCCGACAAGT
CGCGGTTCTTTGATTCCGTTCACGAGCTGGGTTGGGCTAAGCATGTCGATCAAGGAGCTT
TACGGTCAGCCTTTGCATTACCTCACGAACGTTCTGTTACAGCGTTGGGATCAAGCAAGA
CTTGGTGCTGATTCTGAAGACCAGAGCTTGGATTTGATCATTCATCCTTCTAAAGCTGAA
GCTACTATCTGGCTTGTTGAAGAGATACATCGACTCACTTCTTCTCATCTTCAGATTGCT
CAGCTTTGGGGATCTGATCCTATGTATCACATGTTGATTGATCCTATCATTCCTAAGTTA
CCACAAACATGAACACTCCCTTTTTGTATCTATTTCTCTTTCTTTAACTTTAAGACAATG
TAATGTGAATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATTACAAGAACACTTGCCTTG
ACTGATGAA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1H474JQ 688 0 0
GGCC
GTCGTACGTTCTCAGATAATCTCACTGCCCGTGTGG*ACCATGCAAAGCGACGTGACTAT
GAATCCACGACCATCGGCTGACTCTAGCTCCTCTGACGTCGAAGCTGAGATCAGCGACGG
CGATGGCTTTTTGCAGATCGATAGATCTCATACAGTCGCCGAAGACGAAGTGTCGCTGCT
GATTAGAGCAGAGACGTATCAAGGCTACATGAGGGAGCTTCCTCTTCCGACAAGTCGCGG
TTCTTTGATTCCGTTCACGAGCTGGGTTGGGCTAAGCATGTCGATCAAGGAGCTTTACGG
TCAGCCTTTGCATTACCTCACGAACGTTCTGTTACAGCGTTGGGATCGAGCAAGACTTGG
TGCTGATTCTGAAGACCAGAGCTTGGATTTGATCATTCATCCTTCTAAAGCTGAAGCTAC
TATCTGGCTTGTTGAAGAGATACATCGACTCACTTCTTCTCATCTTCAGATTGCTCAGCT
TTGGGGATCTGATCCTATGTATCACATGTTGATTGATCCTATCATTCCTAAGTTACCACA
AACATGAACACTCCCTTTTTGTATCTATTTCTCTTTCTTTAACTTTAAGACAATGTAATG
TGAATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATTACAAGAACACTTGCCTTGACTGA
TGAAATGAAACCTGTTATTGTCTC

QA 5 688 5 688
DS 

RD RR1H474TF 678 0 0
GGCC
GTCGTACGTTCTCAGATAATCTCACTGCCCGTGTGG*ACCATGCAAAGCGACGTGACTAT
GAATCCACGACCATCGGCTGACTCTAGCTCCTCTGACGTCGAAGCTGAGATCAGCGACGG
CGATGGCTTTTTGCAGATCGATAGATCTCATACAGTCGCCGAAGACGAAGTGTCGCTGCT
GATTAGAGCAGAGACGTATCAAGGCTACATGAGGGAGCTTCCTCTTCCGACAAGTCGCGG
TTCTTTGATTCCGTTCACGAGCTGGGTTGGGCTAAGCATGTCGATCAAGGAGCTTTACGG
TCAGCCTTTGCATTACCTCACGAACGTTCTGTTACAGCGTTGGGATCGAGCAAGACTTGG
TGCTGATTCTGAAGACCAGAGCTTGGATTTGATCATTCATCCTTCTAAAGCTGAAGCTAC
TATCTGGCTTGTTGAAGAGATACATCGACTCACTTCTTCTCATCTTCAGATTGCTCAGCT
TTGGGGATCTGATCCTATGTATCACATGTTGATTGATCCTATCATTCCTAAGTTACCACA
AACATGAACACTCCCTTTTTGTATCTATTTCTCTTTCTTTAACTTTAAGACAATGTAATG
TGAATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATTACAAGAACACTTGCCTTGACTGA
TGAAATGAAACCTG

QA 5 678 5 678
DS 



AS 1 7

CO CL943Contig1 782 7 19 U
GGAAACTCCACTCCAAGCAAAGAAATAACACAAGACTTACAGTCTTAGGAAAACTAAGAC
ATATATGGCTATGGAGTTAGAGCTTGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACA
GATCTCTCTTCTCATTATGGATGAAGATGAACAGTTAAACCATGTCTCTCTCTCTACCTC
CTCTCTTGCGTTCCAGGGTATGTTCAGAGGAAGCTACCAAACAGCTCCATATATGTATCA
TAAAGAACCAAGCAAAGGAACTGGTGTGTTCATCCCTAAATCTTCTCAGTCCAGAAGAAG
ACCTCATCATCCGAAGCAAGGTAGGTTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACATAACCCTCT
TCATCAAAACAGACAACAGTATCAAGACAACTCAAGGTGTACCCTCACAACTCACAGCAA
CAACAAGAGCAGCATGATCACTAATAATGTTCATGCTTCTATCCCAAAAAGAACCTACAG
AGATGCAGCATCTATCTACACTTGATTAATTTTTAACAAATATTCTGTATTATTCATGGT
TTTTGTGTGATTGATTCATATAATATATATAGATGCATAAGATTTATTTATTTGTAGATC
AGCAAATAATAAGGATTCTTTCATAAGGAAGGTCTTGGAGATTTGTTCCAAGTTTGTTCT
TGTTTTAATGTAATTCTTTCATGTCATTTTAGAGATATTCACTGACTTATCTCGTTTTGT
AAAATATGTTTAAGGATTAAATCAAAAATCAACTTGTGAAATCTTGTTGGGTGATTACAA
CT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1EX61JQ C 3
AF RR1EX61TF U 427
AF RR1B674TF U 8
AF RR1GD21JQ C 8
AF RR1GD21TF U 8
AF RR1EJ81TF U 1
AF RR1EJ81JQ C 1
BS 1 9 RR1EJ81JQ
BS 10 197 RR1B674TF
BS 198 198 RR1GD21TF
BS 199 303 RR1B674TF
BS 304 304 RR1GD21TF
BS 305 426 RR1B674TF
BS 427 452 RR1EX61TF
BS 453 453 RR1B674TF
BS 454 472 RR1EX61TF
BS 473 473 RR1B674TF
BS 474 493 RR1EX61TF
BS 494 494 RR1B674TF
BS 495 575 RR1EX61TF
BS 576 645 RR1B674TF
BS 646 646 RR1GD21TF
BS 647 705 RR1B674TF
BS 706 720 RR1GD21TF
BS 721 723 RR1EJ81TF
BS 724 782 RR1EJ81JQ

RD RR1EX61JQ 573 0 0
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ATTGATTCATATAATATATATAGATG

QA 8 573 8 573
DS 

RD RR1EX61TF 149 0 0
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AGCATCTGTCTACACTTGATTAATTTTTAACAAATATTCTGTATTATTCATGGTTTTTGT
GTGATTGATTCATATAATATATATAGATG

QA 1 149 1 149
DS 

RD RR1B674TF 698 0 0
GG
ACTCCAAGCAAAGAAATAACACAAGACTTACAGTCTTAGGAAAACTAAGACATATATGGC
TATGGAGTTAGAGCTTGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCT
TCTCATTATGGATGAAGATGAACAGTTAAACCATGTCTCTCTCTCTACCTCCTCTCTTGC
GTTCCAGGATATGTTCAGAGGAAGCTACCAAACAGCTCCATATATGTATCATAAAGAACC
AAGCAAAGGAACTGGTGTGTTCATCCCTAAATCTTCTCAGTCCAGAAGAAGACC*CATCA
TCCGAAGCAAGGTAGGTTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACATAACCCTCTTCATCAAAA
CAGACAACAGTATCAAGACAACTCAAGGTGTACCCTCACAACTCACAGCAACAACAAGAG
CAGCATGATCACTAATAATGTTCATGCTTCTATCCCAAAAAGAACCTACAGAGATGCAGC
ATCTATCTACACTTGATTAATTTTTAACAAATATTCTGTATTATTCATGGTTTTTGTGTG
ATTGATTCATATAATATATATAGATGCATAAGATTTATTTATTTGTAGATCAGCAAATAA
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GTAATTCTTTCATGTCATTTTAGAGATATTCACTGA

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1GD21JQ 713 0 0
GG
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TATGGAGTTAGAGCTTGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAA*CAAACAGATCTCTCT
TCTCATTATGGATGAAGATGAACAGTTAAACCATGTCTCTCTCTCTACCTCCTCTCTTGC
GTTCCAGGGTATGTTCAGAGGAAGCTACCAAACAGCTCCATATATGTATCATAAAGAACC
AAGCAAAGGAACTGGTGTGTTCATCCCTAAATCTTCTCAGTCCAGAAGAAGACCTCATCA
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ATTGATTCATATAATATATATAGATGCATAAGATTTATTTATTTGTAGATCAGCAAATAA
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GTAATTCTTTCATGTCATTTTAGAGATATTCACTGACTTATCTCGTTTTGT

QA 3 713 3 713
DS 

RD RR1GD21TF 713 0 0
GG
ACTCCAAGCAAAGAAATAACACAAGACTTACAGTCTTAGGAAAACTAAGACATATATGGC
TATGGAGTTAGAGCTTGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAA*CAAACAGATCTCTCT
TCTCATTATGGATGAAGATGAACAGTTAAACCATGTCTCTCTCTCTACCTCCTCTCTTGC
GTTCCAGGGTATGTTCAGAGGAAGCTACCAAACAGCTCCATATATGTATCATAAAGAACC
AAGCAAAGGAACTGGTGTGTTCATCCCTAAATCTTCTCAGTCCAGAAGAAGACCTCATCA
TCCGAAGCAAGGTAGGTTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACATAACCCTCTTCATCAAAA
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CAGCATGATCACTAATAATGTTCATGCTTCTATCCCAAAAAGAACCTACAGAGATGCAGC
ATCTATCTACACTTGATTAATTTTTAACAAATATTCTGTATTATTCATGGTTTTTGTGTG
ATTGATTCATATAATATATATAGATGCATAAGATTTATTTATTTGTAGATCAGCAAATAA
TAAGGATTCTTTCATAAGGAAGGTCTTGGAGATTTGTTCCAAGTTTGTTCTTGTTTTAAT
GTAATTCTTTCATGTCATTTTAGAGATATTCACTGACTTATCTCGTTTTGT

QA 3 713 3 713
DS 

RD RR1EJ81TF 728 0 0
GGAAACTCC
ACTCCAAGCAAAGAAATAACACAAGACTTACAGTCTTAGGAAAACTAAGACATATATGGC
TATGGAGTTAGAGCTTGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCT
TCTCATTATGGATGAAGATGAACAGTTAAACCATGTCTCTCTCTCTACCTCCTCTCTTGC
GTTCCAGGGTATGTTCAGAGGAAGCTACCAAACAGCTCCATATATGTATCATAAAGAACC
AAGCAAAGGAACTGGTGTGTTCATCCCCAAATCTTCTCAGTCCAGAAGAAGACCTCATCA
TCCGAAGCAAGGTAGGTTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACATAACCCTCTTCATCAAAA
CAGACAACAGTATCAAGACAACTCAAGGTGTACCCTCACAACTCACAGCAACAACAAGAG
CAGCGTGATCACTAATAATGTTCATGCTTCTATCCCAAAAAGAACCTACAGAGATGCAGC
ATCTATCTACACTTGATTAATTTTTAACAAATATTCTGTATTATTCATGGTTTTTGTGTG
ATTGATTCATATAATATATATAGATGCATAAGATTTATTTATTTGTAGATCAGCAAATAA
TAAGGATTCTTTCATAAGGAAGGTCTTGGAGATTTGTTCCAAGTTTGTTCTTGTTTTAAT
GTAATTCTTTCATGTCATTTTAGAGATATTCACTGACTTATCTCGTTTTGTAAA
TATGT

QA 10 723 10 723
DS 

RD RR1EJ81JQ 782 0 0
GGAAACTCCACTCCAAGCAAAGAAATAACACAAGACTTACAGTCTTAGGAAAACTAAGAC
ATATATGGCTATGGAGTTAGAGCTTGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACA
GATCTCTCTTCTCATTATGGATGAAGATGAACAGTTAAACCATGTCTCTCTCTCTACCTC
CTCTCTTGCGTTCCAGGGTATGTTCAGAGGAAGCTACCAAACAGCTCCATATATGTATCA
TAAAGAACCAAGCAAAGGAACTGGTGTGTTCATCCCCAAATCTTCTCAGTCCAGAAGAAG
ACCTCATCATCCGAAGCAAGGTAGGTTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACATAACCCTCT
TCATCAAAACAGACAACAGTATCAAGACAACTCAAGGTGTACCCTCACAACTCACAGCAA
CAACAAGAGCAGCGTGATCACTAATAATGTTCATGCTTCTATCCCAAAAAGAACCTACAG
AGATGCAGCATCTATCTACACTTGATTAATTTTTAACAAATATTCTGTATTATTCATGGT
TTTTGTGTGATTGATTCATATAATATATATAGATGCATAAGATTTATTTATTTGTAGATC
AGCAAATAATAAGGATTCTTTCATAAGGAAGGTCTTGGAGATTTGTTCCAAGTTTGTTCT
TGTTTTAATGTAATTCTTTCATGTCATTTTAGAGATATTCACTGACTTATCTCGTTTTGT
AAAATATGTTTAAGGATTAAATCAAAAATCAACTTGTGAAATCTTGTTGGGTGATTACAA
CT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 2 7

CO CL944Contig1 793 4 3 U
AGTACCAAAGATCCTCGATGATTATTATGAATACAAATAAGAAACTTAAGAAGTGAAACA
TATAATCCAACCATAAGACTCAACACAAATCTTAAAGAGCATTTGAAGTAACACAGTAGA
GTTAAAGGCTTTTTATGCAGCCGCTGTGATGTACTCAATTGCCTCCTTGCAGATACCTGT
CATTGTTGCTTCAGGACCATACACCTCGATTGGGACACCGATTTCATCTCCAAGGGATCT
CATTTTAGCAAGTCCCTTTTGGTAGTTTGGTCCTCCTCTCCTCACATATATATGCATCCT
TGCTGCTTTCAGCTTTGCTTCCTTTTCCTTGAGAGCTCGGATAATGCCATTGAAGGTAGC
AGCAACATCGGTGAAGTTAGCAATTCCACCTCCGATCACTAGTGCTCTGGTTTTTCCATC
CGGATTTGCTGTAGCACAATCAATGACGACTCTAGCGTACTGCAAAACCTCGTCTTCTTT
TGGTGCTCCACTGTATTCAGCATAGTTTCCAAGCTCAGATGCATACCCGAGATCTCCAAC
CGTATCGGCATAGATGACACTTGCACCTCCTCCAGCGACCATAGTCCAAATCCTTCCCTT
GGGATTCAGAACAGTGAACTTCAAAGATGCGCTTGTCTTCTCATCTAGACCGTGGATGAA
GCTCTCTGTGGGGCTCATCACTCTTCCAAATGGCATGGGGAATTCAATGTCTCCCCACTT
CTTAAAGTTTTTGAAAGCAGCGGTGTCGTCAAGCTCACCCCTCATATCCAGAGGATAAGG
CTTCCCATCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FM70JQ U 1
AF RR1D088JQ U 170
AF RR1CD88TF C 51
AF RR1BN55TF C 14
BS 1 746 RR1FM70JQ
BS 747 748 RR1D088JQ
BS 749 793 RR1BN55TF

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TATAATCCAACCATAAGACTCAACACAAATCTTAAAGAGCATTTGAAGTAACACAGTAGA
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CATTGTTGCTTCAGGACCATACACCTCGATTGGGACACCGATTTCATCTCCAAGGGATCT
CATTTTAGCAAGTCCCTTTTGGTAGTTTGGTCCTCCTCTCCTCACATATATATGCATCCT
TGCTGCTTTCAGCTTTGCTTCCTTTTCCTTGAGAGCTCGGATAATGCCATTGAAGGTAGC
AGCAACATCGGTGAAGTTAGCAATTCCACCTCCGATCACTAGTGCTCTGGTTTTTCCATC
CGGATTTGCTGTAGCACAATCAATGACGACTCTAGCGTACTGCAAAACCTCGTCTTCTTT
TGGTGCTCCACTGTATTCAGCATAGTTTCCAAGCTCAGATGCATACCCGAGATCTCCAAC
CGTATCGGCATAGATGACACTTGCACCTCCTCCAGCGACCATAGTCCAAATCCTTCCCTT
GGGATTCAGAACAGTGAACTTCAAAGATGCGCTTGTCTTCTCATCTAGACCGTGGATGAA
GCTCTCTGTGGGGCTCATCACTCTTCCAAATGGCATGGGGAATTCAATGTCTCCCCACTT
CTTAAAGTTTTTGAAAGCAGCGGTGT

QA 1 746 1 746
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CCAAGGGATCTCATTTTAGCAAGTCCCTTTTGGTAGTTTGGTCCTCCTCTCCTCACATAT
ATATGCATCCTTGCTGCTTTCAGCTTTGCTTCCTTTTCCTTGAGGGCTCGGATGATGCCA
TTGAAGGTAGCAGCAACATCGGTGAAGTTAGCAATTCCACCTCCGATCACTAGTGCTCTG
GTTTTTCCATCCGGATTTGCTGTAGCACAATCAATGACGACTCTAGCGTACTGCAAAACC
TCGTCTTCTTTTGGTGCTCCACTGTATTCAGCATAGTTTCCAAGCTCAGATGCATACCCG
AGATCTCCAACCGTATCGGCATAGATGACACTTGCACCTCCTCCAGCGACCATAGTCCAA
ATCCTTCCCTTGGGATTCAGAACAGTGAACTTCAAAGATGCGCTTGTCTCCTCATCTAGA
CCGTGGATGAAGCTCTCTGTGGGGCTCATCACTCTTCCAAATGGCATGGGGAATTCA*TG
TCTCCCCACTTCTTAAAGTTTT*GAAAGCAGCGGTGTCG

QA 1 579 1 579
DS 

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ACACAGTAGAGTTAAAGGCTTTTTATGCAGCCGCTGTGATGTACTCAATTGCCTCCTTGC
AGATACCTGTCATTGTTGCTTCAGGACCATACACCTCGATTGGGACACCGATTTCATCTC
CAAGGGATCTCATTTTAGCAAGTCCCTTTTGGTAGTTTGGTCCTCCTCTCCTCACATATA
TATGCATCCTTGCTGCTTTCAGCTTTGCTTCCTTTTCCTTGAGAGCTCGGATAATGCCAT
TGAAGGTAGCAGCAACATCGGTGAAGTTAGCAATTCCACCTCCGATCACTAGTGCTCTGG
TTTTTCCATCCGGATTTGCTGTAGCACAATCAATGACGACTCTAGCGTACTGCAAAACCT
CGTCTTCTTTTGGTGCTCCACTGTATTCAGCATAGTTTCCAAGCTCAGATGCATACCCGA
GATCTCCAACCGTATCGGCATAGATGACACTTGCACCTCCTCCAGCGACCATAGTCCAAA
TCCTTCCCTTGGGATTCAGAACAGTGAACTTCAAAGATGCGCTTGTCTTCTCATCTAGAC
CGTGGATGAAGCTCTCTGTGGGGCTCATCACTCTTCCAAATGGCATGGGGAATTCAATGT
CTCCCCACTTCTTAGAGTTTTTGAAAGCAGCGGTGTCGTCAAGCTCACC
CCTCATATC

QA 1 709 1 709
DS 

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TCCTCGATGATA
TATGAATACAAATAAGAAACTTAAGAAGTGAAACATATAATCCAACCATAAGACTCAACA
CAAATCTTAAAGAGCATTTGAAGTAACACAGTAGAGTTAAAGGCTTTT*ATGCAGCCGCT
GTGATGTACTCAATTGCCTCCTTGCAGATACCTGTCATTGTTGCTTCAGGACCATACACC
TCGATTGGGACACCGATTTCATCTCCAAGGGACCTCATTTTAGCAAGTCCCTTTTGGTAG
TTTGGTCCTCCTCTCCTCACATATATATGCATCCTTGCTGCTTTCAGCTTTGCTTCCTTT
TCCTTGAGAGCTCGGATAATGCCATTGAAGGTAGCAGCAACATCGGTGAAGTTAGCAATT
CCACCTCCGATCACTAGTGCTCTGGTTTTTCCATCCGGATTTGCTGTAGCACAATCAATG
ACGATTCTAGCGTACTGCAAAACCTCGTCTTCTTTTGGTGCTCCACTGTATTCAGCATAG
TTTCCAAGCTCAGATGCATACCCGAGATCTCCAACCGTATCGGCATAGATGACACTTGCA
CCTCCTCCAGCGACCATAGTCCAAATCCTTCCCTTGGGATTCAGAACAGTGAACTTCAAA
GATGCGCTTGTCTTCTCATCTAGACCGTGGATGAAGCTCTCTGTGGGGCTCATCACTCTT
CCAAATGGCATGGGGAATTCAATGTCTCCCCACTTCTTAAAGTTTTTGAAAGCAGCGGTG
TCGTCAAGCTCACCCCTCATATCCAGAGGATAAGGCTTCCCATCAACC

QA 13 780 13 780
DS 



CO CL944Contig2 1167 3 12 U
GGAGAGGGTGTCGATTTAGTTCGCTAACTACCGAAGAAGAAACAAGCACCTACCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCAACGCTCAGAAGAAATGGCAAGGAAGAAGATCAGAGAGTACGACTC
AAAGAGACTCGTGAAGGAACACTTCAAAAGGCTTTCCGGTAAAGAACTCCCTATCAGATC
CGTTCAGATTAACCAAGAGACTGATCTCAATGAGCTAGTTGAGAAGGAGCCATGGCTCTC
TTCCGAGAAGCTTGTCGTCAAACCCGACATGTTGTTTGGTAAGCGTGGCAAGAGCGGTTT
GGTTGCCTTGAAACTCGATTTCGCTGAAGTTGTGACCTTTGTCAAAGAGCGCTTAGGCAA
AGAGGTGGAGATGAGTGGATGCAAAGGACCCATCACAACTTTCATTGTTGAGCCCTTTGC
CCCACACAATGAGGAGTTTTATCTCAACATTGTTTCGGATAGGCTTGGCTGCAGCATTAG
CTTTTCTGAGTGTGGAGGGATTGACATCGAGGAGAACTGGGACAAGGTCAAGACCATCTC
TGTGCCCACTGGTTCTTCCTTGACACCTGAGATATGCGCACCTCTTGTTGCTACCCTTCC
TCTTGAGATCAAAGGGGAACTTGAAGATTTTATTCAAGTTATTTTCACCCTTTTCCAAGA
TCTTGATTTCACTTTCTTGGAGATGAATCCTTTTGCACTGGTTGATGGGAAGCCTTATCC
TCTGGATATGAGGGGTGAGCTTGACGACACCGCTGCTTTCAAAAACTTTAAGAAGTGGGG
AGACATTGAATTCCCCATGCCATTTGGAAGAGTGATGAGCCCCACAGAGAGCTTCATCCA
CGGTCTAGATGAGGAGACAAGCGCATCTTTGAAGTTCACTGTTCTGAATCCCAAGGGAAG
GATTTGGACTATGGTCGCTGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCCGATACGGTTGGAGA
TCTCGGGTATGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGTGGAGCACCAAAAGAAGA
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CCAGAGCACTAGTGATCGGAGTGGAATTGCTACTTCACCGATGTTGCTGCTACCTTCATG
GCATCATCCGAGCCCTCAAGGAAAGGA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS26TF U 5
AF RR1FM70TF U 1
AF RR1D088TF U 427
BS 1 78 RR1FM70TF
BS 79 83 RR1GS26TF
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BS 766 795 RR1FM70TF
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RD RR1GS26TF 758 0 0
G
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CTCTCTCTCAACGCTCAGAAGAAATGGCAAGGAAGAAGATCAGAGAGTACGACTCAAAGA
GACTCGTGAAGGAACACTTCAAAAGGCTTTCCGGTAAAGAACTCCCTATCAGATCCGTTC
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CCTTGAAACTCGATTTCGCTGAAGTTGTGACCTTTGTCAAAGAGCGCTTAGGCAAAGAGG
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CCACTGGTTCTTCCTTGACACCTGAGATATGCGCACCTCTTGTTGCTACCCTTCCTCTTG
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ATTTCACTTTCTTGGAGATGAATCCTTTTGCACTGGTTGATGGGA*GCCTTATCCTCTGG
ATATGAGGGGTGAGCTTGACGACAC
GCTGCTTCAAAC

QA 2 746 2 746
DS 

RD RR1FM70TF 798 0 0
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TCTCTCTCTCTCTCAACG*****AAGAAATGGCAAGGAAGAAGATCAGAGAGTACGACTC
AAAGAGACTCGTGAAGGAACACTTCAAAAGGCTTTCCGGTAAAGAACTCCCTATCAGATC
CGTTCAGATTAACCAAGAGACTGATCTCAATGAGCTAGTTGAGAAGGAGCCATGGCTCTC
TTCCGAGAAGCTTGTCGTCAAACCCGACATGTTGTTTGGTAAGCGTGGCAAGAGCGGTTT
GGTTGCCTTGAAACTCGATTTCGCTGAAGTTGTGACCTTTGTCAAAGAGCGCTTAGGCAA
AGAGGTGGAGATGAGTGGATGCAAAGGACCCATCACAACTTTCATTGTTGAGCCCTTTGC
CCCACACAATGAGGAGTTTTATCTCAACATTGTTTCGGATAGGCTTGGCTGCAGTATTAG
CTTTTCTGAGTGTGGAGGGATTGACATCGAGGAGAACTGGGACAAGGTCAAGACCATCTC
TGTGCCCACTGGTTCTTCCTTGACACCTGAGATATGCGCACCTCTTGTTGCTACCCTTCC
TCTTGAGATCAAAGGGGAACTTGAAGATTTTATTCAAGTTATTTTCACCCTTTTCCAAGA
TCTTGATTTCACTTTCTTGGAGATGAATCCTTTTGCACTGGTTGATGGGAAGCCTTATCC
TCTGGATATGAAGG*TGAGCTTGACGACACCGCTGCTTTCAAAA*CTTTAAGAAGTGGGG
AGACATTGAATTCCC
ATG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1D088TF 741 0 0
CAATGAGGAGTTTTATCTCAACATTGTTTCGGATAGGCCTGGCTGCAGCATTAGCTTTTC
TGAGTGTGGAGGGATTGACATCGAGGAGAACTGGGACAAGGTCAAGACCATCTCTGTGCC
CACTGGTTCTTCCTTGACACCTGAGATATGCGCACCTCTTGTTGCTACCCTTCCTCTTGA
GATCAAAGGGGAACTTGACGATTTTATTCAAGTTATTTTCACCCTTTTCCAAGATCTTGA
TTTCACTTTCTTGGAGATGAGTCCTTTTGCACTGGTTGATGGGAAGCCTTATCCTCTGGA
TATGAGGGGTGAGCTTGACGACACCGCTGCTTTCAAAAACTTTAAGAAGTGGGGAGACAT
TGAATTCCCCATGCCATTTGGAAGAGTGATGAGCCCCACAGAGAGCTTCATCCACGGTCT
AGATGAGGAGACAAGCGCATCTTTGAAGTTCACTGTTCTGAATCCCAAGGGAAGGATTTG
GACTATGGTCGCTGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCCGATACGGTTGGAGATCTCGG
GTATGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGTGGAGCACCAAAAGAAGACGAGGT
TTTGCAGTACGCTAGAGTCGTCATTGATTGTGCTACAGCAAATCCGATGGAAAACCAGAG
CACTAGTGATCGGAGTGGAATTGCTACTTCACCGATGTTGCTGCTACCTTCATGGCATCA
TCCGAGCCCTCAAGGAAAGGA

QA 1 741 1 741
DS 



AS 2 5

CO CL945Contig1 748 3 12 U
CTCTCTCGAAGTTTCATTGGATCAGAAAAAAAAA**GAAAGGTGTCTATCAACTTGTTAA
TTAAAAATGGCGTACGAGGAGAACTTTCAGAAAACTTCCGGACCCAAGTATGATTGTCTT
TTATTCGATATAGATGATACTCTTTACCCTTTCAGTTCTGGTCTCGCTACACTTGTTAAA
AACAACATTCAAGAGTATATGACCCAGAAACTTGGTATTGAAGAAGATAAAGTCCAAGAA
CTTTGCCTTTCTCTTTACAAAATCTATGGAACTACTATGGCCGGTCTCAAGGCTGTGGGT
TATGACTTTGACTATGACGATTTCCATCGTTTTGTTCATGGGAGATTGCCATACGCAACA
CTCAAGCCTGACCCTGTACTGAGGAACATCATTCTCAGCTTGCCTATCCGCAAAGTTGTT
TTCACTAATGCAGACAAGGCTCATGCAGCCAAGATCATTGGCAGGCTAGGCCTAGAGGAC
TGCTTTGAAAGAATCATATCTTTCGAGACTCTCAACCCCACCACCAAAACTGAATCTCCT
GTCGCTGCTGCTGAAACCAGAGAGATCTTCGACATTAGCAGTTACATGGCAAATCCTGAC
CCAAGCGTTGAGCTCCCAAAGACTCCGGTTGTATGCAAACCATCTGAAGTGCATTCGAAC
AGGTTTCAAGATGACCAACATCAATCCTCACAAGACATTGTTCTTTGATGACAGCATCCG
TACATCAACCGGGAAACGTGTGGGTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 0 0 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FL72TF U 1
AF RR1CQ81TF U 1
AF RR1F039TF U 1
BS 1 328 RR1CQ81TF
BS 329 329 RR1FL72TF
BS 330 560 RR1CQ81TF
BS 561 561 RR1FL72TF
BS 562 666 RR1CQ81TF
BS 667 668 RR1F039TF
BS 669 675 RR1CQ81TF
BS 676 676 RR1F039TF
BS 677 683 RR1CQ81TF
BS 684 684 RR1F039TF
BS 685 722 RR1CQ81TF
BS 723 748 RR1F039TF

RD RR1FL72TF 619 0 0
CTCTCTCGAAGTTTCATTGGATCAGAAAAAAAAA**GAAAGGTGTCTATCAACTTGTTAA
TTAAAAATGGCGTACGAGGAGAACTTTCAGAAAACTTCCGGACCCAAGTATGATTGTCTT
TTATTCGATATAGATGATACTCTTTACCCTTTCAGTTCTGGTCTCGCTACACTTGTTAAA
AACAACATTCAAGAGTATATGACCCAGAAACTTGGTATTGAAGAAGATAAAGTCCAAGAA
CTTTGCCTTTCTCTTTACAAAATCTATGGAACTACTATGGCCGGTCTCAAGGCTGTGGGT
TATGACTTTGACTATGACGATTTCCATCGTTTTGTTCATGGGAGATTGCCATACGCAACA
CTCAAGCCTGACCCTGTACTGAGGAACATCATTCTCAGCTTGCCTATCCGCAAAGTTGTT
TTCACTAATGCAGACAAGGCTCATGCAGCCAAGATCATTGGCAGTCTAGGCCTAGAGGAC
TGCTTTGAAAGAATCATATCTTTCGAGACTCTCAACCCCACCACCAAAACTGAATCTCCT
GTCGCTGCTGCTGAAACCAGAGAGATCTTCGACATTAGCAGTTACATGGCAAATCCTGAC
CCAAGCGTTGAGCTCCCAA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1CQ81TF 727 0 0
CTCTCTCGAAGTTTCATTGGATCAGAAAAAAAAA**GAAAGGTGTCTATCAACTTGTTAA
TTAAAAATGGCGTACGAGGAGAACTTTCAGAAAACTTCCGGACCCAAGTATGATTGTCTT
TTATTCGATATAGATGATACTCTTTACCCTTTCAGTTCTGGTCTCGCTACACTTGTTAAA
AACAACATTCAAGAGTATATGACCCAGAAACTTGGTATTGAAGAAGATAAAGTCCAAGAA
CTTTGCCTTTCTCTTTACAAAATCTATGGAACTACTATGGCCGGTCTCAAGGCTGTGGGT
TATGACTTTGACTATGACGATTTCCATCTTTTTGTTCATGGGAGATTGCCATACGCAACA
CTCAAGCCTGACCCTGTACTGAGGAACATCATTCTCAGCTTGCCTATCCGCAAAGTTGTT
TTCACTAATGCAGACAAGGCTCATGCAGCCAAGATCATTGGCAGGCTAGGCCTAGAGGAC
TGCTTTGAAAGAATCATATCTTTCGAGACTCTCAACCCCACCACCAAAACTGAATCTCCT
GTCGCTGCTGCTGAAACCAGCGAGATCTTCGACATTAGCAGTTACATGGCAAATCCTGAC
CCAAGCGTTGAGCTCCCAAAGACTCCGGTTGTATGCAAACCATCTGAAGTGCATTCGAAC
AGGTTTTCAGATGAC*AACATCA*TCCTCACAAGACATTGTTCTTTGATGACAGCATCCG
TA
CATCA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1F039TF 748 0 0
CTCTCTCGAAGTTTCATTGGATCAGAAAAAAAAAAAGAAAGGTGTCTATCAACTTGTTAA
TTAAAAATGGCGTACGAGGAGAACTTTCAGAAAACTTCCGGACCCAAGTATGATTGTCTT
TTATTCGATATAGATGATACTCTTTACCCTTTCAGTTCTGGTCTCGCTACACTTGTTAAA
AACAACATTCAAGAGTATATGACCCAGAAACTTGGTATTGAAGAAGATAAAGTCCAAGAA
CTTTGCCTTTCTCTTTACAAAATCTATGGAACTACTATGGCCGGTCTCAAGGCTGTGGGT
TATGACTTTGACTATGACGATTTCCATCGTTTTGTTCATGGGAGATTGCCATACGCAACA
CTCAAGCCTGACCCTGTACTGAGGAACATCATTCTCAGCTTGCCTATCCGCAAATTTGTT
TTCACTAATGCAGACAAGGCTCATGCAGCCAAGATCATTGGCAGGCTAGGCCTAGAGGAC
TGCTTTGAAAGAATCATATCTTTCGAGACTCTCAACCCCACCACCAAAACTGAATCTCCT
GTCGCTGCTGCTGAAACCAGAGAGATCTTCGACATTAGCAGTTACATGGCAAATCCTGAC
CCAAGCGTTGAGCTCCCAAAGACTCCGGTTGTATGCAAACCATCTGAAGTGCATTCGAAC
AGTTTTCAATATGACCAACATCAATCCTCACA*GACATTGTTCTTTGATGACAGCATCCG
TACATCAACCGGGAAACGTGTGGGTCTC

QA 1 748 1 748
DS 



CO CL945Contig2 703 2 9 U
AAAATAAAACTCAACTTGTTTCATTACATTCCATGTTCCTCTCAATAAAAGGCTTGCTTT
AGATTACACTTATTATTATTTTTTTCTCCTCAAAGAGTGAGTATAGTGATGATAAGAAAT
GTGTTACTATCAGCAGCTGAAATGAAATGTTTGTTTTTAAGCTATGGTTTCAATGGCAAC
CTTCTGCCTGGCTCTAATCTCCTCGGCTTTGTCGTCAGCAGCATCCCACAGTTCAGGAAA
AGCTTCACGTATGTTGTGAATATGCTCCAGTGCAATATCCACCCCTTCAGCTTTGTGTGA
AGTCCCAACCCATACGGTGTGGAGACCCACACGTTTCCCGGTTTGAATGTTACGGATGCT
GTCATCAAAGAACAATGTCTTGTGAGGATTGATGTTGGTCATATTGAAAACCTGTTCGAA
TGCACCTTCAGATGGTTTGCATACAACCGGAGTCTTTGGGAGCTCAACGCTTGGGTCAGG
ATTTGCCATGTAACTGCTAATGTCGAAGATCTCTCTGGTTTCAGCAGCAGCGACAGGAGA
TTCAGTTTTGGTGGTGGGGTTGAGAGTCTCGAAAGATATGATTCTTTCAAAGCAGTCCTC
TAGGCCTAGACTGCCAATGATCTTGGCTGCATGAGCCTTGTCTGCATTAGTGAAAACAAA
TTTGCGGATAGGCAAGCTGAGAATGATGTTCCTCAGTACAGGG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FL72JQ U 1
AF RR1F039JQ U 2
BS 1 300 RR1FL72JQ
BS 301 301 RR1F039JQ
BS 302 402 RR1FL72JQ
BS 403 403 RR1F039JQ
BS 404 407 RR1FL72JQ
BS 408 408 RR1F039JQ
BS 409 659 RR1FL72JQ
BS 660 660 RR1F039JQ
BS 661 703 RR1FL72JQ

RD RR1FL72JQ 703 0 0
AAAATAAAACTCAACTTGTTTCATTACATTCCATGTTCCTCTCAATAAAAGGCTTGCTTT
AGATTACACTTATTATTATTTTTTTCTCCTCAAAGAGTGAGTATAGTGATGATAAGAAAT
GTGTTACTATCAGCAGCTGAAATGAAATGTTTGTTTTTAAGCTATGGTTTCAATGGCAAC
CTTCTGCCTGGCTCTAATCTCCTCGGCTTTGTCGTCAGCAGCATCCCACAGTTCAGGAAA
AGCTTCACGTATGTTGTGAATATGCTCCAGTGCAATATCCACCCCTTCAGCTTTGTGTGA
GGTCCCAACCCATACGGTGTGGAGACCCACACGTTTCCCGGTTTGAATGTTACGGATGCT
GTCATCAAAGAACAATGTCTTGTGAGGATTGATGTTGGTCATCTTGAGAACCTGTTCGAA
TGCACCTTCAGATGGTTTGCATACAACCGGAGTCTTTGGGAGCTCAACGCTTGGGTCAGG
ATTTGCCATGTAACTGCTAATGTCGAAGATCTCTCTGGTTTCAGCAGCAGCGACAGGAGA
TTCAGTTTTGGTGGTGGGGTTGAGAGTCTCGAAAGATATGATTCTTTCAAAGCAGTCCTC
TAGGCCTAGACTGCCAATGATCTTGGCTGCATGAGCCTTGTCTGCATTAGTGAAAACAAC
TTTGCGGATAGGCAAGCTGAGAATGATGTTCCTCAGTACAGGG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1F039JQ 669 0 0
AAATAAAACTCAACTTGTTTCATTACATTCCATGTTCCTCTCAATAAAAGGCTTGCTTTA
GATTACACTTATTATTATTTTTTTCTCCTCAAAGAGTGAGTATAGTGATGATAAGAAATG
TGTTACTATCAGCAGCTGAGATGAAATGTTTGTTTTTAAGCTATGGTTTCAATGGCAACC
TTCTGCCTGGCTCTAATCTCCTCGGCTTTGTCGTCAGCAGCATCCCACAGTTCAGGAAAA
GCTTCACGTATGTTGTGAATATGCTCCAGTGCAATATCCACCCCTTCAGCTTTGTGTGAA
GTCCCAACCCATACGGTGTGGAGACCCACACGTTTCCCGGTTTGAATGTTACGGATGCTG
TCATCAAAGAACAATGTCTTGTGAGGATTGATGTTGGTCATATTGAAAACCTGTTCGAAT
GCACCTTCAGATGGTTTGCATACAACCGGAGTCTTTGGGAGCTCAACGCTTGGGTCAGGA
TTTGCCATGTAACTGCTAATGTCGAAGATCTCTCTGGTTTCAGCAGCAGCGACAGGAGAT
TCAGTTTTGGTGGTGGGGTTGAGAGTCTCGAAAGATATGATTCTTTCAAAGCAGTCCTCT
AGGCCTAGCCTGCCAATGATCTTGGCTGCATGAGCCTTGTCTGCATTAGTGAAAACAAAT
TTGCGGATA

QA 1 669 1 669
DS 



AS 2 7

CO CL946Contig1 826 3 10 U
GCCCAAGTAATCTGTGTGCATTGACTTCTGAAAATTCACATGAAGAGATTTTGAACATAT
CGAAACAAATGAAAACAGATTCTAAATTGAGTTTTGAGACATGACAAGTTCCAAAGGAGT
TACAGAAGCAATAACCAACAAGTTTGTGCAACCCAGCAAGAAGAAACAAAATATAGTATT
TGGGACTCAAATCCTAGTCTGTTGCACGGCCAACTGAGAGTCTACTCGACTTCAGCCAAG
TAATCATCGATTTCTGCTGGAGTTAGCACCCTGAACACTTTGTCAGCACCAATTTTGCCA
ATCTCAATGTTTTTGCTTGAGATTTCTCCCTCGAAACCTTCCTTCAATGTCAATATGGCC
GTGTGAATGGCATCATCAAGCTCCATGTCTTCAGTGTACCTCTTCTCAAGAAATGTCTTG
GCATTCGAAACATTCTTTCCCATTGCAGAAGCTTTCCATGAGAAATAAGAGCCAGACGGA
TCCACCTGATACAACTGTGGACCCTTGTCATCATACCCAGCCACTAGTAGTGAAACTCCA
AACGGTCTCACACCACCTGATTGAGTGAACTCTTGCATCACCGTAGCTGTTTCCCTAACA
AGTTGCGTAACAGGGATAGGTTCTTTGTACAATCGGTTGTATTGCTCAGCCTGCTTCCTA
CTCTTACGTACAAGAACTCGGAAATCAGGACCCATACCACTGTAAACAACTCCAATGTTG
GGAGTCAAATGCTGAATCTTTTGAACAGAAGCTTCATCAACAAGAATAGAGGGAAGCTTC
TTTTCTGTTGCATGACAACTCCGTTTGAAGCTTTGATCCCCAGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A951JQ U 1
AF RR1BK86JQ U 63
AF RR1CB31JQ U 80
BS 1 115 RR1A951JQ
BS 116 116 RR1BK86JQ
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BS 340 340 RR1BK86JQ
BS 341 755 RR1A951JQ
BS 756 797 RR1BK86JQ
BS 798 798 RR1CB31JQ
BS 799 826 RR1BK86JQ

RD RR1A951JQ 755 0 0
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GCATTCGAAACATTCTTTCCCATTGCAGAAGCTTTCCATGAGAAATAAGAGCCAGACGGA
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CTCTTACGTACAAGAACTCGGAAATCAGGACCCATACCACTGTAAACAACTCCAATGTTG
GGAGTCAAATGCTGAATCTTTTGAACAGAAGCTTC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1BK86JQ 764 0 0
CTA
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AAGCAATAACCAACAAGTTTGTGCAACCCAGCAAGAAGAAACAAAATATAGTATTTGGGA
CTCAAATCCTAGTCTGTTGCACGGCCAACTGAGAGTCTACTCGACTTCAGCCAAGTAATC
ATCGATTTCTGCTGGAGTTAGCACCCTGAACACTTTGTCAGCACCAATTTTGCCAATCTC
AATGTTTTTGCTTGAGATTTCTCCCTCGAAACCTTCCTTCAATGTCAATATGGCCGTGTG
AATGGCATCATCAAGCTCCATGTCTTCAGTGTACCTCTTCTCAAGAAATGTCTTGGCATT
CGAAACATTCTTTCCCATTGCAGAAGCTTTCCATGAGAAATAAGAGCCAGACGGATCCAC
CTGATACAACTGTGGACCCTTGTCATCATACCCAGCCACTAGTAGTGAAACTCCAAACGG
TCTCACACCACCTGATTGAGTGAACTCTTGCATCACCGTAGCTGTTTCCCTAACAAGTTG
CGTAACAGGGATAGGTTCTTTGTACAATCGGTTGTATTGCTAAGCCTGCTTCCTACTCTT
ACGTACAAGAACTCGGAAATCAGGACCCATACCACTGTAAACAACTCCAATGTTGGGAGT
CAAATGCTGAATCTTTTGAACAGAAGCTTCATCAACAAGAATAGAGGGAAGCTTCTTTTC
TGTTGCATGACA*CTCCGTTTGAAGCTTTGATCCCCAGAGA

QA 4 764 4 764
DS 

RD RR1CB31JQ 738 0 0
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AAGTTTGTGCAACCCAGCAGGAAGAAACAAAATATAGTATTTGGGACTCAAATCCTAGTC
TGTTGCACGGCCAACTGAGAGTCTACTCGACTTCAGCCAAGTAATCATCGATTTCTGCTG
GAGTTAGCACCCTGAACACTTTGTCAGCACCAATTTTGCCAATCTCAATGTTTTTGCTTG
AGATTTCTCCCTCGAAACCTTCCTTAAATGTCAATATGGCCGTGCGAATGGCATCATCAA
GCTCCATGTCTTCAGTGTACCTCTTCTCAAGAAATGTCTTGGCATTCGAAACATTCTTTC
CCATTGCAGAAGCTTTCCATGAGAAATAAGAGCCAGACGGATCCACCTGATACAACTGTG
GACCCTTGTCATCATATCCAGCCACTAGTAGTGAAACTCCAAACGGTCTCACACCACCTG
ATTGAGTGAACTCTTGCATCACCGTAGCTGTTTCCCTAACAAGTTGCGTAACAGGGATAG
GTTCTTTGTACAATCGGTTGTATTGCTCAGCCTGCTTCCTACTCTTACGTACAAGAACTC
GGAAATCAGGACCCATACCACTGTAAACAACTCCAATGTTGGGAGTCAAATGCTGAATCT
TTTGAACAGAAGCTTCATCAACAAGAATAGAGGGAAGCTTCTTTTCTGTTGCATGACAAC
TCCGTTTGAAGCTTTGAT

QA 1 738 1 738
DS 



CO CL946Contig2 979 4 15 U
GGAAAACCCTTTGTTCAAGAAACTTAAGCTTAAGAAGAGTCTTCACTTCCTTCATCATCT
CTCTCCCTTCGTCATTCTTCGATCCGTACATCAAAAGGTTTTTGAGGTTAGCTTAAAGGT
GCAATGGGAGATAGTCAGTACTCGTTTTCTCTTACTACGTTCAGCCCATCAGGGAAGCTG
GTTCAGATAGAACATGCTCTAACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACATCTCTGGGGATCAAA
GCTTCAAACGGAGTTGTCATTGCAACAGAAAAGAAGCTTCCCTCTATTCTTGTTGATGAA
GCTTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTTTACAGTGGTATG
GGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTACGTAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAGCAATACAACCGA
TTGTACAAAGAACCTATCCCTGTTACGCAACTTGTTAGGGAAACAGCTACGGTGATGCAA
GAGTTCACTCAATCAGGTGGTGTGAGACCGTTTGGAGTTTCACTACTAGTGGCTGGGTAT
GATGACAAGGGTCCACAGTTGTATCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATGGAAA
GCTTCTGCAATGGGAAAGAATGTTTCGAATGCCAAGACATTTCTTGAGAAGAGGTACACT
GAAGACATGGAGCTTGATGATGCCATTCACACGGCCATATTGACATTGAAGGAAGGTTTC
GAGGGAGAAATCTCAAGCAAAAACATTGAGATTGGCAAAATTGGTGCTGACAAAGTGTTC
AGGGTGCTAACTCCAGCAGAAATCGATGATTACTTGGCTGAAGTCGAGTAAACTCTCAGT
TGGCCGTGCAACAAACCTAAACAAATACTATATTTTGTTTCTTCTTGCTGGGTTTCACAA
ACTTGTTGGCTATTACTTCTGTAACTTCTTTGGAACTTGTCATGTCTCAAAACTCAATTT
AGAATCTGTTTTCATTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BK86TF U 15
AF RR1CB31TF U 1
AF RR1A951TF U 15
AF RR1B001JQ C 104
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GG
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AGTTGTATCAGGTGGATCCGTCTGGC

QA 3 568 3 568
DS 

RD RR1CB31TF 681 0 0
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CTCTCCCTTCGTCATTCTTCGATCCGTACATCAAAAGGTTTTTGAGGTTAGCTTAAAGGT
GCAATGGGAGATAGTCAGTACTCGTTTTCTCTTACTACGTTCAGCCCATCAGGGAAGCTG
GTTCAGATAGAACATGCTCTAACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACATCTCTGGGGATCAAA
GCTTCAAACGGAGTTGTCATTGCAACAGAAAAGAAGCTTCCCTCTATTCTTGTTGATGAA
GCTTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTTTACAGTGGTATG
GGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTACGTAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAGCAATACAACCGA
TTGTACAAAGAACCTATCCCTGTTACGCAACTTGTTAGGGAAACAGCTACGGTGATGCAA
GAGTTCACTCAATCAGGTGGTGTGAGACCGTTTGGAGTTTCACTACTAGTGGCTGGATAT
GATGACAAGGGTCCACAGTTGTATCAG*TGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATGGAAA
GCTTCTGCAATGGGAAAGAATGTTTCGA*TGCCAAGACATTTCTTGAGAAGAG*TACACT
GAAGACATGGAGCTTGATGAT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1A951TF 822 0 0
GG
AAGAAACTTAAGCTTAAGAAGAGTCTTCACTTCCTTCATCATCTCTCTCCCTTCGTCATT
CTTCGATCCGTACATCAAAAGGTTTTTGAGGTTAGCTTAAAGGTGCAATGGGAGATAGTC
AGTACTCGTTTTCTCTTACTACGTTCAGCCCATCAGGGAAGCTGGTTCAGATAGAACATG
CTCTAACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACATCTCTGGGGATCAAAGCTTCAAACGGAGTTG
TCATTGCAACAGAAAAGAAGCTTCCCTCTATTCTTGTTGATGAAGCTTCTGTTCAAAAGA
TTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTTTACAGTGGTATGGGTCCTGATTTCCGAG
TTCTTGTACGTAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAGCAATACAACCGATTGTACAAAGAACCTA
TCCCTGTTACGCAACTTGTTAGGGAAACAGCTACGGTGATGCAAGAGTTCACTCAATCAG
GTGGTGTGAGACCGTTTGGAGTTTCACTACTAGTGGCTGGGTATGATGACAAGGGTCCAC
AGTTGTATCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATGGAAAGCTTCTGCAATGGGAA
AGAATGTTTCGAATGCCAAGACATTTCTTGAGAAGAGGTACACTGAAGACATGGAGCTTG
ATGATGCCATTCACACGGCCATATTGACATTGAAGGGAGGTTTCGAGGGAGAAATCTCAA
GCAAAAACATTGAGATTGGCAAAATTGGTGCTGACAAAGTGTTCAGGGTGCTAACTCCAG
CAGAAATCGATGATTACTTGGCTGAAGTCGAGTAGACTCT

QA 3 822 3 822
DS 

RD RR1B001JQ 876 0 0
GAGGTTAGCTTAAAGGTGCAATGGGAGATAGTCAGTACTCGTTTTCTCTTACTACGTTCA
GCCCATCAGGGAAGCTGGTTCAGATAGAACATGCTCTAACAGCTGTTGGATCAGGCCAAA
CATCCCTGGGAATCAAAGCTTCAAACGGAGTTGTCATTGCTACAGAAAAGAAGCTTCCCT
CTATTCTTGTTGATGAAGCCTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAG
TTGTTTACAGTGGTATGGGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTACGTAAGAGTAGGAAGCAGG
CTGAGCAATACAACCGATTGTACAAAGAACCTATCCCTGTTACGCAACTTGTTAGGGAAA
CAGCTACGGTGATGCAAGAGTTCACTCAATCAGGTGGTGTGAGACCGTTTGGAGTTTCAC
TACTAGTGGCTGGGTATGATGACAAGGGTCCACAGTTGTATCAGGTCGATCCGTCTGGCT
CTTATTTCTCATGGAAAGCTTCAGCAATGGGAAAGAATGTTTCGAATGCCAAGACATTCC
TTGAGAAGAGGTACACTGAAGACATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCCATATTGA
CATTGAAGGAAGGTTTCGAGGGAGAAATCTCAAGCAAAAACATTGAGATTGGCAAAATTG
GTGCTGACAAAGTGTTTAGGGTGCTAACTCCAGCAGAAATCGATGATTACTTGGCTGAAG
TCGAGTAAACTTTCAGTTGGCCGTGCAACAAACCTAAACAAATACTATATTTTGTTTCTT
CTTGCTGGGTTTCACAAACTTGTTGGCTATTACTTCTGTAACTTCTTTGGAACTTGTCAT
GTCTCAAAACTCAATTTAGAATCTGTTTTCATTTGC

QA 1 876 1 876
DS 



AS 1 7

CO CL947Contig1 893 7 26 U
GGATACCGCGTTGAGATATTTTCTCCGGTTGTCAATTTCTCCGATAGATCTAAATCGAAT
TCTAGAG**GAGGTGTAGAATCAA*TCGATCAAAACATGGGTAACACAGATAAGCTAATG
AACCAGATATTCGACCTCAAATTCACCTCCAAATCTCTGCAAAGGCAGTCAAGGAAGTGC
GAGAAAGAGGAAAAGGCAGAGAAACTCAAGGTCAAGAAGGCCATCGAGAAAGGGAACATG
GATGGTGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCCATCCGTAAACGCAGCGAGCAGATGAACTAC
CTCCGTCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTTGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATG
GCCACCATCACCAAATCCATGACTAACATCGTCAAGTCACTCGAGTCTTCCCTCGCCACA
GGCAATCTACAGAAGATGTCAGAGACTATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATG
GAGGTCCAGGCTGAGTTCATGGAGAACGCCATGGCTGGTTCTACATCATTGTCCACTCCT
GAAGGCGAGGTCAACAGCCTGATGCAGCAGGTTGCAGATGACTATGGTCTTGAAGTCTCT
GTTGGATTGCCTCAGCCTGCTGGTCATGCTATCCCTACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGAT
GAGGATGATTTGTCCAGGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATGAGTCAGGGGAACC
AACAACCATATGCTTTGGACTATCTTGCCATTTAGGACGAGGTCCTTACCAGAATGTTAC
AGCTATTATCTACAAAATTGGCATATTTGTGTATATTCCTCACTTTGAGATATGCTTTGT
TTATAAC***TTTATATAAATTTTACGGATTGCAATTATATGATTTCCTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F987TF U 1
AF RR1CN51TF U 22
AF RR1DK42TF U 22
AF RR1GD14TF U 110
AF RR1F987JQ C 90
AF RR1CN51JQ C 151
AF RR1GD14JQ C 153
BS 1 51 RR1F987TF
BS 52 52 RR1CN51TF
BS 53 60 RR1F987TF
BS 61 61 RR1CN51TF
BS 62 62 RR1F987TF
BS 63 63 RR1CN51TF
BS 64 67 RR1F987TF
BS 68 69 RR1CN51TF
BS 70 80 RR1F987TF
BS 81 81 RR1CN51TF
BS 82 84 RR1F987TF
BS 85 85 RR1CN51TF
BS 86 144 RR1F987TF
BS 145 145 RR1CN51TF
BS 146 501 RR1F987TF
BS 502 680 RR1CN51TF
BS 681 681 RR1GD14TF
BS 682 696 RR1CN51TF
BS 697 697 RR1GD14TF
BS 698 715 RR1CN51TF
BS 716 716 RR1GD14TF
BS 717 747 RR1CN51TF
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BS 749 751 RR1GD14TF
BS 752 873 RR1F987JQ
BS 874 893 RR1GD14JQ

RD RR1F987TF 501 0 0
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GATGGTGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCCATCCGTAAACGCAGCGAGCAGATGAACTAC
CTCCGTCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTTGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATG
GCCACCATCACCAAATCCATGACTAACATCGTCAAGTCACTCGAGTCTTCCCTCGCCACA
GGCAATCTACAGAAGATGTCAGAGACTATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATG
GAGGTCCAGGCTGAGTTCATG

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR1CN51TF 726 0 0
GGCCGTTTGTCAAT
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CATGGGTAATACAGATAAGCTAATGAACCAGATATTCGACCTCAAATTCACCTCCAAATC
TCTGCAAAGGCAGTCACGGAAGTGCGAGAAAGAGGAGAAGGCAGAGAAACTCAAGGTCAA
GAAGGCCATCGAGAAAGGTAACATGGATGGTGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCCATTCG
TAAACGCAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGTCTCGCTCCTCGCCTCGACGCTGTTGTTGC
TCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCCACCATCACCAAATCCATGACCAACATCGTCAA
GTCCCTCGAGTCTTCCCTCGCCACAGGCAATCTACAGAAGATGTCAGAGACTATGGATTC
ATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTCCAGGCTGAGTTCATGGAGAACGCCATGGC
TGGTTCTACATCATTGTCCACTCCTGAAGGCGAGGTCAACAGCCTGATGCAGCAGGTTGC
AGATGACTATGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGATTGCCTCAGCCTGCTGGTCATGCTATCCC
TACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATTTGTCCAGGAG*CTTGCAGAGCTCAA
G*CCAGAGGATGAGTCAGGG*AACCAACAACCATATGCTTTGGACTATCTTG

QA 15 726 15 726
DS 

RD RR1DK42TF 731 0 0
GGCCGTTTGTCAAT
TTTCTCCGATAGATCTAAATCGAATTCTAGAG**GAGGTGTAGAATCAA*TCGATCAAA*
CATGGGTAATACAGATAAGCTAATGAACCAGATATTCGACCTCAAATTCACCTCCAAATC
TCTGCAAAGGCAGTCAAGGAAGTGCGAGAAAGAGGAAAAGGCAGAGAAACTCAAGGTCAA
GAAGGCCATCGAGAAAGGGAACATGGATGGTGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCCATCCG
TAAACGCAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGTCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTTGTTGC
TCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCCACCATCACCAAATCCATGACTAACATCGTCAA
GTCACTCGAGTCTTCCCTCGCCACAGGCAATCTACAGAAGATGTCAGAGACTATGGATTC
ATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTCCAGGCTGAGTTCATGGAGAACGCCATGGC
TGGTTCTACATCATTGTCCACTCCTGAAGGCGAGGTCAACAGCCTGATGCAGCAGGTTGC
AGATGACTATGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGATTGCCTCAGCCTGCTGGTCATGCTATCCC
TACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATTTGTCCAGGAG*CTTGCAGAGCTCAA
G*CCAGAGGATGAGTCAGGG*AACCAACAACCATATGCTTTGGACTATCTTGC
ATTT

QA 15 727 15 727
DS 

RD RR1GD14TF 642 0 0
G
TAAGCTAATGAACCAGATATTCGACCTCAAATTCACCTCCAAATCTCTGCAAAGGCAGTC
AAGGAAGTGCGAGAAAGAGGAAAAGGCAGAGAAACTCAAGGTCAAGAAGGCCATCGAGAA
AGGGAACATGGATGGTGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCCATCCGTAAACGCAGCGAGCA
GATGAACTACCTCCGTCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTTGTTGCTCGCTTAGACACTCA
GGCTAAGATGGCCACCATCACCAAATCCATGACTAACATCGTCAAGTCACTCGAGTCTTC
CCTCGCCACAGGCAATCTACAGAAGATGTCAGAGACTATGGATTCATTTGAGAAGCAGTT
TGTGAACATGGAGGTCCAGGCTGAGTTCATGGAGAACGCCATGGCTGGTTCTACATCATT
GTCCACTCCTGAAGGCGAGGTCAACAGCCTGATGCAGCAGGTTGCAGATGACTATGGTCT
TGAAGTCTCTGTTGGATTGCCTCAGCCTGCTGGTCATGCTATCCCTACTGCGACAGAGGA
GAAAGTCGATGAGGATGATTTGTCCAGGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATGAGT
CACGGGAACCAACAACCATATGCTTTGGACTATCTTGCCAT

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR1F987JQ 790 0 0
TCA
AAACATGGGTAACACAGATAAGCTAATGAACCAGATATTCGAC*TCAAATTCGCCTCCAA
ATCTCTGCAAAGGCAGTCAAGGAAGTGCGAGAAAGAGGAAAAGGCAGAGAAACTCAAGGT
CAAGAAGGCCATCGAGAAAGGGAACATGGATGGTGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCCAT
CCGTAAACGCAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGTCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTTGT
TGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCCACCATCACCAAATCCATGACTAACATCGT
CAAGTCACTCGAGTCTTCCCTCGCCACAGGCAATCTACAGAAGATGTCAGAGACTATGGA
TTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTCCAGGCTGAGTTCATGGAGAACGCCAT
GGCTGGTTCTACATCATTGTCCACTCCTGAAGGCGAGGTCAACGGCCTGATGCAGCAGGT
TGCAGATGACTATGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGATTGCCTCAGCCTGCTGGTCATGCTAT
CCCTACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATTTGTCCAGGAGGCTTGCAGAGCT
CAAGGCCAGAGGATGAGTCAGGGGAACCAACAACCATATGCTTTGGACTATCTTGCCATT
TAGGACGAGGTCCTTACCAGAATGTTACAGCTATTATCTACAAAATTGGCATATTTGTGT
ATATTCCTCACTTTGAGATATGCTTTGTTTATAAC***TTTATATAAATTTTACGGATTG
C
AATTAT

QA 4 784 4 784
DS 

RD RR1CN51JQ 723 0 0
AAATCTCTGCAAAGGCAGTCACGGAAGTGCGAGAAAGAGGAGAAGGCAGAGAAACTCAAG
GTCAAGAAGGCCATCGAGAAAGGTAACATGGATGGTGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCC
ATTCGTAAACGCAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGTCTCGCTCCTCGCCTCGACGCTGTT
GTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCCACCATCACCAAATCCATGACCAACATC
GTCAAGTCCCTCGAGTCTTCCCTCGCCACAGGCAATCTACAGAAGATGTCAGAGACTATG
GATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTCCAGGCTGAGTTCATGGAGAACGCC
ATGGCTGGTTCTACATCATTGTCCACTCCTGAAGGCGAGGTCAACAGCCTGATGCAGCAG
GTTGCAGATGACTATGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGATTGCCTCAGCCTGCTGGTCATGCT
ATCCCTACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATTTGTCCAGGAGGCTTGCAGAG
CTCAAGGCCAGAGGATGAGTCAGGGGAACCAACAACCATATGCTTTGGACTATCTTGCCA
TTTAGGTCGAGGTCCTTACCAGAATGTTACAGCTATTATCTACAAAATTGGCATATTTGT
GTATATTCCTCACTTTGAGATATGCTTTGTTTATAACTACTTTATATAAATTTTACGAAT
TGC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1GD14JQ 741 0 0
ATCTCTGCAAAGGCAGTCAAGGAAGTGCGAGAAAGAGGAAAAGGCAGAGAAACTCAAGGT
CAAGAAGGCCATCGAGAAAGGGAACATGGATGGTGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCCAT
CCGTAAACGCAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGTCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTTGT
TGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCCACCATCACCAAATCCATGACTAACATCGT
CAAGTCACTCGAGTCTTCCCTCGCCACAGGCAATCTACAGAAGATGTCAGAGACTATGGA
TTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTCCAGGCTGAGTTCATGGAGAACGCCAT
GGCTGGTTTTACATCATTGTCCACTCCTGAAGGCGAGGTCAACAGCCTGATGCAGCAGGT
TGCAGATGACTATGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGATTGCCTCAGCCTGCTGGTCATGCTAT
CCCTACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATTTGTCCAGGAGGCTTGCAGAGCT
CAAGGCCAGAGGATGAGTCAGGGGAACCAACAACCATATGCTTTGGACTATCTTGCCATT
TAGGACGAGGTCCTTACCAGAATGTTACAGCTATTATTTACAAAATTGGCATATTTGTGT
ATATTCCTCACTTTGAGATATGCTTTGTTTATAAC***TTTATATAAATTTTACGGATTG
CAATTATATGATTTCCTTTTG

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 6

CO CL948Contig1 960 6 12 U
GGCTCTAAATATAAAATGGTATATTGATATAGAGTTGTCTTCAAGCTCATGTTTCCAACC
ACTTGTTCATTGCTATAACATCAATAAAAATGAAACCAAATTCAATTGCCAAAGAAGAAA
CAGTCTAATGATGTTCTCAGGTAGGTAATGAGGAAACAGAAAACAAGCAAGCATCAAAGC
CAGAAAGAAGAGATGAAAAAACTAGAATCTTGTAAAAGAGTTTTTTTTTT*GCATTCTAA
CGGGTTTTCTTCTTAATCTTAGTCTCCACACCGTTGGGACTTGCACAAATCTTGTTCCAG
CAACGGTAAGAAATGAGGAAAGGAATCAAAACCCACCATCCATTAGCGCCAATGTAGTAG
GAGTAGTAGTAGAAGGAGTTAGTAGCAAAGTTATCTCCTTCCAAGAAAGCAGTAATGAAA
TAGACAAGACATCCGTAGAGCTGGCCTAGCGAAATCGCAAGCTGAAGCACGTAGCTGTAA
GACTTCCCCTTAGCAATAGCATACACAGCAAGAAGAGAAGCAGGGCCTTCAATAACAGCA
GTGATGCCTTCAACAGCTATAACTGCAGAATCTCTCCCCGCGTATCTGGAATCGCCTTTG
CTGTATTCTTTCCAAACTTCAGCGAGGTAACAAGAAGTGTTGTCCTTGAAAAACTCAGGG
GAGAAAACGAAATAGCCCTCAAGAACCATGTGAGTGAGGCCGGTGAAAGCCCACCAGCAC
ATTAGCAATCTGTCAAGATGCGCCTTCTTCCTCCCGAGTAGAAACCAGACGAAGGTGACG
ACAAAGAGAGAAGCACCGAGGTAGACTGCGAGGATACTTGACATGGACATGGAGATGGGA
ACGTATCCAGGCAGTTTCAGATCTCTCGGAACGTAAGGATGCGCCGCTGCTTCCTCCATC
TCTTTTTTTTTTCCTTTTTTTTTGGGATAGAGAGAGGTATAGAACAAAACAGGTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H670JQ U 1
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CGGGTTTTCTTCTTAATCTTAGTCTCCACACCGTTGGGACTTGCACAAATCTTGTTCCAG
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CTGTATTCTTTCCAAACTTCAGCGAGGTAACAAGAAGTGTTGTCCTT

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DS 

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TGCATTCTAACGGGTTTTCTTCTTAATCTTAGTCTCCACACCGTTGGGACTTGCACAAAT
CTTGTTCCAGCAACGGTAAGAAATGAGGAAAGGAATCAAAACCCACCATCCATTAGCGCC
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GAA

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AACTCAGGGGAGAAAACGAAATAGCCCTCAAGAACCATGTGAGTGAGGCCGGTGAAAGCC
CACCAGCACATTAGCAATCTGTCAAGATGCGCCTTCTTCCTCCCGAGTAGAAACCAGACG
AAGGTGACGACAAAGAGAGAAGCACCGAGGTAGACTGCGAGGATACTTGACATGGACATG
GAGATGGGAACGTATCCAGGCAGTT

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AGTAGAAGGAGTTAGTAGCAAAGTTATCTCCTTCCAAGAAAGCAGTAATGAAATAGACAA
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TTTTT*CTTTTTTT
GGGATAGAGAGAGGTCCC

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GGAAAGGAATCAAAACCCACCATCCATTAGCGCCAATGTAGTAGGAGTAGTAGTAGAAGG
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TAGCATACACAGCAAGAAGAGAAGCAGGGCCTTCAATAACAGCAGTGATGCCTTCAACAG
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CTTTCCAAACTTCAGCGAGGTAACAAGAAGTGTTGTCCTTGAAAAACTCAGGGGAGAAAA
CGAAATAGCCCTCAAGAACCATGTGAGTGAGGCCGGTGAAAGCCCACCAGCACATTAGCA
ATCTGTCAAGATGCGCCTTCTTCCTCCCGAGTAGAAACCAGACGAAGGTGACGACAAAGA
GAGAAGCACCGAGGTAGACTGCGAGGATACTTGACATGGACATGGAGATGGGAACGTATC
CAGGCAGTTTCAGATCTCTCGGAACGTAAGGATGCGCCGCTGCTTCCTCCATCTCTTTTT
TTTTTCTTTTTTTTTTGGGATAGAGAGAGGTATAGAACAAAACAGGTCTTTCC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 7

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CTTCTTGGATTAGTTCCTGAATCTTTACTTTGTAGGATCAAGATTTTGTTGAAAGACAGT
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ATTTAAAGGTTAGTCTTGGGTGAATGTGACAAATTAAACGGTCTCCTTG


BQ
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU73TF U 5
AF RR1CE08TF U 3
AF RR1C419TF U 3
AF RR1AP43TF U 1
AF RR1BU73JQ C 125
AF RR1CE08JQ C 166
AF RR1AP43JQ C 219
BS 1 344 RR1AP43TF
BS 345 345 RR1BU73TF
BS 346 403 RR1AP43TF
BS 404 404 RR1BU73TF
BS 405 723 RR1AP43TF
BS 724 724 RR1BU73JQ
BS 725 815 RR1AP43TF
BS 816 816 RR1BU73JQ
BS 817 854 RR1AP43TF
BS 855 855 RR1BU73JQ
BS 856 873 RR1AP43TF
BS 874 900 RR1CE08JQ
BS 901 949 RR1AP43JQ

RD RR1BU73TF 732 0 0
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GAGTGAAGCCGTGAGAGAGGCGATATCCTCCATCATCACTCATTGCAAGGAGACAAAGCC
ACGCAAGTTCACTGAGACCATCGAACTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGACCCACAAAA
GGACAAGCGGTTTAGCGGATCCGTTAAGTTGCCTCACATTCC*********AATGAAGAT
TTGCATGCTCGGTGACGCTCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTAGACTCTAT
GGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGAACAAGAACAAGAAACTTGTTAAGAAGCTCGCCAA
GAAGTTCTATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCTGTCATTAAGCAGATTCCTCGTCTTCTTGG
TCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAATTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGA
ATCCAAGGTGAATGAGACAAAGGCAACAGTTAAGTTCCAGCTGAAGAAGGTTCTGTGCAT
GGGTGTCGCTGTTGGGAATCTCGGCATGGAAGAGAAGCAGATCTTTCAGAACGTTCAGAT
GAGCGTCAACTTCCTTGTTTCGCTCTTGAAGAAGAACTGGCGAAACGTGAGGTGCTTGTA
CTTGAAGAGCACAATGGGTCCACCAAACCGTGTTTTCTAAGATGTTCTTATTCTCTGAA*
GTGTCGTCAGCA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1CE08TF 734 0 0
GG
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GAGTGAAGCCGTGAGAGAGGCGATATCCTCCATCATCACTCATTGCAAGGAGACAAAGCC
ACGCAAGTTCACTGAGACCATCGAACTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGACCCACAAAA
GGACAAGCGGTTTAGCGGATCCGTTAAGTTGCCTCACATTCCGAGGCCCAAAATGAAGAT
TTGCATGCTCGGTGACGCTCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTAGACTCTAT
GGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGAACAAGAACAAGAAACTTGTTAAGAAGCTCGCCAA
GAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCTGTCATTAAGCAGATTCCTCGTCTTCTTGG
TCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAATTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGA
ATCCAAGGTGAATGAGACAAAGGCAACAGTTAAGTTCCAGCCGAAGAAGGTTCTGTGCAT
GGGTGTCGCTGTTGGGAATCTCGGCATGGAAGAGAAGCAGATCTTTCAGAACGTTCAGAT
GAGCGTCAACTTCCTTGTTTCGCTCTTGAAGAAGAACTGGCAAAACGTGAGGTGCTTGTA
CTTGAAGAGCACAATGAGTCCACCAAACCGTGTTTTCTAAGATGTTCTTATTCTCTGAA*
GTGTCGTCAGCA

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR1C419TF 806 0 0
GG
GTTCCCGATCTTCCACAGGGGGAATAGTATCTGAGAAACTGCCAAAATGAGTAAGCTCCA
GAGTGATGCCGTGAGAGAGGCGATATCCTCCATCATCACTCATTGCAAGGAGACAAAGCC
ACGCAAGTTCACTGAGACCATCGAACTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGACCCACAAAA
GGACAAGCGGTTTAGCGGATCCGTTAAGTTGCCTCACATTCCGAGGCCCAAAATGAAGAT
TTGCATGCTCGGTGACGCTCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTAGACTCTAT
GGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGAACAAGAACAAGAAACTTGTTAAGAAGCTCGCCAA
GAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCTGTCATTAAGCAGATTCCTCGTCTTCTTGG
TCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAATTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGA
ATCCAAGGTGAATGAGACAAAGGCAACAGTTAAGTTCCAGCTGAAGAAGGTTCTGTGCAT
GGGTGTCGCTGTTGGGAATCTCGGCATGGAAGAGAAGCAGATCTTTCAGAACGTTCAGAT
GAGCGTCAACTTCCTTGTTTCGCTCTTGAAGAAGAACTGGCAAAACGTGAGGTGCTTGTA
CTTGAAGAGCACAATGGGTCCACCAAGCCGTGTTTTCTAAGATGTTCTTATTCTCTGAA*
GTGTCGTCAGCAGACGGATAGAAA*GTTGATTTTCTTTC*AGTCATGAGCCTTCTTCTTC
TTGGAT
AGTCCTTATCTTTACTTT

QA 3 788 3 788
DS 

RD RR1AP43TF 873 0 0
CTCTGTTCCCGATCTTCCACAGGGGGAATAGTATCTGAGAAACTGCCAAAATGAGTAAGC
TCCAGAGTGAAGCCGTGAGAGAGGCGATATCCTCCATCATCACTCATTGCAAGGAGACAA
AGCCACGCAAGTTCACTGAGACCATCGAACTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGACCCAC
AAAAGGACAAGCGGTTTAGCGGATCCGTTAAGTTGCCTCACATTCCGAGGCCCAAAATGA
AGATTTGCATGCTCGGTGACGCTCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTAGACT
CTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGAACAAGAACAAGAAATTTGTTAAGAAGCTCG
CCAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCTGTCATTAATCAGATTCCTCGTCTTC
TTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAATTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTT
TGGAATCCAAGGTGAATGAGACAAAGGCAACAGTTAAGTTCCAGCTGAAGAAGGTTCTGT
GCATGGGTGTCGCTGTTGGGAATCTCGGCATGGAAGAGAAGCAGATCTTTCAGAACGTTC
AGATGAGCGTCAACTTCCTTGTTTCGCTCTTGAAGAAGAACTGGCAAAACGTGAGGTGCT
TGTACTTGAAGAGCACAATGGGTCCACCAAACCGTGTTTTCTAAGATGTTCTTATTCTCT
GAAAGTGTCGTCAGCAGACGGATAGAAAAGTTGATTTTCTTTCCAGTCATGAGCCTTCTT
CTTCTTGGATTAGTTCCTGAATCTTTACTTTGTAG*ATCAAGATTTTGTTGAAAGACAGT
TTTGTTTCTGTTAT*ATTAGTGGGATTTTCTCT

QA 1 873 1 873
DS 

RD RR1BU73JQ 741 0 0
ACGCAAGTTCACTGAGACCATCGAACTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGACCCACAAAA
GGACAAGCGGTTTAGCGGATCCGTTAAGTTGCCTCACATTCC*********AATGAAGAT
TTGCATGCTCGGTGACGCTCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTAGACTCTAT
GGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGAACAAGAACAAGAAACTTGTTAAGAAGCTCGCCAA
GAAGTTCTATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCTGTCATTAAGCAGATTCCTCGTCTTCTTGG
TCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAATTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGA
ATCCAAGGTGAATGAGACAAAGGCAACAGTTAAGTTCCAGCTGAAGAAGGTTCTGTGCAT
GGGTGTCGCTGTTGGGAATCTCGGCATGGAAGAGAAGCAGATCTTTCAGAACGTTCAGAT
GAGCGTCAACTTCCTTGTTTCGCTCTTGAAGAAGAACTGGCGAAACGTGAGGTGCTTGTA
CTTGAAGAGCACAATGGGTCCACCAAACCGTGTTTTTTAAGATGTTCTTATTCTCTGAAG
GTGTCGTCAGCAGACGGATAGAAAAGTTGATTTTCTTTCCAGTCATGAGCCTTCTTCTTC
TTGGATTAGTTCCTGAATCTTTACTTTGTAGGATCAAGATTTTGTTGAAAGACAGTTTTG
TTTCTGTTATTATTAGTGGGA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1CE08JQ 735 0 0
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CGAGGCCCAAAATGAAGATTTGCATGCTCGGTGACGCTCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGA
AGATTGGGTTAGACTCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGAACAAGAACAAGAAAC
TTGTTAAGAAGCTCGCCAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCTGTCATTAAGC
AGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAATTCCCAACTCTTGTTA
GCCACCAAGAGTCTTTGGAATCCAAGGTGAATGAGACAAAGGCAACAGTTAAGTTCCAGC
CGAAGAAGGTTCTGTGCATGGGTGTCGCTGTTGGGAATCTCGGCATGGAAGAGAAGCAGA
TCTTTCAGAACGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTTGTTTCGCTCTTGAAGAAGAACTGGC
AAAACGTGAGGTGCTTGTACTTGAAGAGCACAATGAGTCCACCAAACCGTGTTTTCTAAG
ATGTTCTTATTCTCTGAAGGTGTCGTCAGCAGACGGATAGAAAAGTTGATTTTCTTTCCA
GTCATGAGCCTTCTTCTTCTTGGATTAGTTCCTGAATCTTTACTTTGTAGGATCAAGATT
TTGTTGAAAGACAGTTTTGTTTCTGTTATTATTAGTGGGATTTTCTCTATTTTAATTATT
TCGTGACGACACATC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1AP43JQ 731 0 0
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GCTGAGAAGATTGGGTTAGACTCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGAACAAGAAC
AAGAAATTTGTTAAGAAGCTCGCCAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCTGTC
ATTAATCAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGAAAAATTCCCAACT
CTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAATCCAAGGTGAATGAGACAAAGGCAACAGTTAAG
TTCCAGCTGAAGAAGGTTCTGTGCATGGGTGTCGCTGTTGGGAATCTCGGCATGGAAGAG
AAGCAGATCTTTCAGAACGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTTGTTTCGCTCTTGAAGAAG
AACTGGCAAAACGTGAGGTGCTTGTACTTGAAGAGCACAATGGGTCCACCAAACCGTGTT
TTTTAAGATGTTCTTATTCTCTGAAGGTGTCGTCAGCAGACGGATAGAAAAGTTGATTTT
CTTTCCAGTCATGAGCCTTCTTCTTCTTGGATTAGTTCCTGAATCTTTACTTTGTAGGAT
CAAGATTTTGTTGAAAGACAGTTTTGTTTCTGTTATTATTAGTGGGATTTTCTCTATTTT
AATTATTTCGTGACGACACATCATTTAAAGGTTAGTCTTGGGTGAATGTGACAAATTAAA
CGGTCTCCTTG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 7

CO CL950Contig1 901 7 17 U
GGAAAAGCGTTTTGTTCTCACTCTCTGCCGTCTCTCTCTCACTCTCTGTAGCTTTGACCC
ATACTCTCTGTTTCTCTTACATTCATGGCCGCCACCGTAGAAATCGACGCCGAGATTCAG
CAGCAGCTTACCAACGAGGTCAAGCTCTTCAACCGCTGGACCTACGACGACGTTTCGGTG
ACAGACATCAGTCTTGTTGACTACATCGGAGTCCAGGCAGCTAAACACGCCACCTTCGTC
CCCCACACCGCCGGAAGATACTCTGTAAAGAGATTCAGGAAGGCTCAGTGTCCCATCGTC
GAGAGGCTAACAAACTCTCTCATGATGCACGGAAGAAACAACGGAAAGAAATTGATGGCT
GTGAGAATCATCAAGCACGCCATGGAGATCATCCACCTCTTGACCGACGCCAACCCTATC
CAGGTCATCATCGATGCCATTGTCAACAGTGGTCCACGTGAAGATGCCACGAGAATTGGA
TCTGCTGGTGTTGTGAGGAGACAAGCGGTTGATATCTCCCCTCTAAGACGTGTGAACCAA
GCTATCTTCCTTCTTACCACCGGTGCTCGTGAGGCTGCTTTCAGAAACATCAAGACAATT
GCCGAGTGCCTTGCTGATGAATTGATCAACGCTGCCAAGGGCTCCTCCAACAGCTATGCC
ATCAAGAAGAAGGATGAGATTGAAAGAGTTGCCAAGGCCAATCGTTAAGGATGTTCCTGG
TGGTGTCCTGAGTGTTACAATCTTATCAATGAAGTTATTGTTTTCTTTATCGGTAGATTG
GATGGAATATGTTTAAGATGTTTTACTCTGTTGTTTTATGAAAATTTGATTTCGTCTAGA
CTTTTGAATAGATAAATTTTGAATGCTTAAATGAAGAAATCTAAAGAGTTTGTTTTTGTC
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 20 20 20 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1EC43TF U 39
AF RR1AQ48TF U 32
AF RR1BU19TF U 1
AF RR1EC43JQ C 133
AF RR1BU19JQ C 107
AF RR1D789TF U 515
AF RR1AQ48JQ C 166
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BS 710 710 RR1D789TF
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BS 715 715 RR1D789TF
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BS 738 882 RR1D789TF
BS 883 901 RR1AQ48JQ

RD RR1EC43TF 625 0 0
GG
ACTCTCTGTAGCTTTGACCCATACTCTCTGTTTCTCTTACATTCATGGCCGCCACCGTAG
AAATCGACGCCGAGATTCAGCAGCAGCTTACCAACGAGGTCAAGCTCTTCAACCGC*GGA
CCTACGACGACGTTTCGGTGACAGACATCAGTCTTGTTGACTACATCGGAGTCCAGGCAG
CTAAACACGCCACCTTCGTCCCCCACACCGCCGGAAGATACTCTGTAAAGAGATTCAGGA
AGGCTCAGTGTCCCATCGTCGAGAGGCTAACAAACTCTCTCATGATGCACGGAGGAAACA
ACGGAAAGAAATTGATGGCTGTGAGAATCATCAAGCACGCCATGGAGATCATCCACCTCT
TGACCGACGCCAACCCTATCCAGGTCATCATCGATGCCATTGTCAACAGTGGTCCACGTG
AAGATGCCACGAGAATTGGATCTGCTGGTGTTGTGAGGAGACAAGCGGTTGATATCTCCC
CTCTAAGACGTGTGAACCAAGCTATCTTCCTTCTTACCACCGGTGCTCGTGAGGCTGCTT
TCAGAAACATCAAGACAATTGCCGAGTGCCTTGCTGATGAATTGATCAACGCTGCCAAGG
GCTCCTCCAACAGCTATGCCATC

QA 3 625 3 625
DS 

RD RR1AQ48TF 661 0 0
GGCTCTCTC
ACTCTCTGTAGCTTTGACCCATACTCTCTGTTTCTCTTACATCCATGGCCGCCACCGTAA
AAATCGACGCCGAGATTCAGCAGCAGCTTACCAACGAGGTCAAGCTCTTCAACCGCTGGA
CCTACGACGACGTTTCGGTGACAGACATCAGTCTTGTTGACTACATCGGAGTCCAGGCAG
CTAAACACGCCACCTTCGTCCCCCACACCGCCGGAAGATACTCTGTAAAGAGATTCAGGA
AGGCTCAGTGTCCCATCGTCGAGAGGCTAACAAACTCTCTCATGATGCACGGAAGAAACA
ACGGAAAGAAATTGATGGCTGTGAGAATCATCAAGCACGCCATGGAGATCATCCACCTCT
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DS 

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C

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DS 

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ACGACGTTTCGGTGACAGACATCAGTCTTGTTGACTACATCGGAGTCCAGGCAGCTAAAC
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TGATTTCGTCTAGACTTTTGAATAGATAAATTTTGAATGCT

QA 1 761 1 761
DS 

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G
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TGCTTTCAGAAACATCAAGACAATTGCCGAGTGCCTTGCTGATGAATTGATCAACGCTGC
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TTATGAAAATTTGATTTCGTCTAGACTTTTGAATAGATAAATTTTGAATGCTTAAATGAA
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DS 

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CAGTGTCCCATCGTCGAGAGGCTAACAAACTCTCTCATGATGCACGGAAGAAACAACGGA
AAGAAATTGATGGCTGTGAGAATCATCAAGCACGCCATGGAGATCATCCACCTCTTGACC
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GCCACGAGAATTGGATCTGCTGGTGTTGTGAGGAGACAAGCGGTTGATATCTCCCCTCTA
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QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 7

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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GAGAGGATGATGGAGAGGTGTTTGGGAGCTCACCGGTGCTGGAGAATCCAGAGAGCATTA
CGTCACTTGAAGGTAACGGTTCTATGTCTCGTTCTCACCGTAGTCGTCCTACGTGGCACA
ATCGGCGCCGGGAAGTTCGGAACTCCGGAGCAAGATCTCGACGAGATCCGTCAGCATATC
TACGCATCTCGTAAACGAGCGGAGCCTCACCGTGTGCTCGAAGAGATACAGACCGGCGGC
GATTCTTCTTCTTCTTCCTCCGGCGATGCAAACTCCGGCGGGAGTAATAACTACGAGACG
TTTGACATCAACAAGATATTCGTTGACGAAGGAGAAGAAGAGAAACCCGACCCGAATAAA
CCGTACACTCTCGGACCCAAGATATCCGATTGGGACGAACAGAGATCCGACTGGTTAGCT
AAGAACCCTAGCTTCCCCAACTTCATCGGACCGAGCAAGCCACGTGTCCTCTTGGTGACT
GGTTCTGCTCCGAAACCGTGTGAGAATCCTGTCGGAGACCATTACCTGTTGAAGTCGATC
AAGAACAAGATCGATTACTGTAGGCTTCACGGGATCGAGATCTTCTACAACATGGCTTTA
CTAGATGCCGAGATGGCTGGTTTCTGGGCGAAGTTGCCGTTGATCAGGAAGCTGTTGCTA
TCTCACCCTGAGATTGAGTTTCTGTG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1FW92TF 677 0 0
G
GATGCCGAGATGGCTGGTTTCTGGGCGAAGTTGCCGTTGATCAGGAAGCTGTTGCTATCT
CACCCTGAGATTGAGTTTCTGTGGTGGATGGATAGTGATGCGATGTTTACGGACATGGCG
TTTGAGCTTCCGTGGGAGAGGTATAAAGATTACAACTTGGTGATGCACGGGTGGAATGAG
ATGGTTTACGATGAGAAGAATTGGATTGGGTTGAACACTGGGAGTTTCTTGCTTAGGAAC
AATCAATGGGCGCTCGATTTGCTTGATACTTGGGCTCCTATGGGTCCTAAAGGGAAGATC
CGTGAGGAAGCCGGTAAGGTTTTGACCCGTGAGCTCAAGGGTAGGCCTGTTTTCGAAGCT
GATGATCAGTCTGCTATGGTTTATCTCTTGGCCACTCAGCGTGACACTTGGGGTAATAAG
GTATTCCTAGAAAATGGATACTATCTTCACGGCTACTGGGGAGTACTTGTCGACAAATAC
GAAGAAATGACAGAGAACTACCACCCGGGTCTAGGCGATCACAGATGGCCCTTGGTGACT
CACTTT*GTGGGTTGCAAACCATGCGGGAAGTTTGGGGATTACCCCGTGG*AACGGTGTC
TAAAGTAAATGGACAGAGCCCTTAACTTTGGGGATAACCAGATTCTGCAAATATATGGTT
TCACTCACAAATCTTT

QA 2 677 2 677
DS 

RD RR1GB79TF 712 0 0
G
GATGCCGAGATGGCTGGTTTCTGGGCGAAGTTGCCGTTGATCAGGAAGCTGTTGCTATCT
CACCCTGAGATTGAGTTTCTGTGGTGGATGGATAGTGATGCGATGTTTACGGACATGGCG
TTTGAGCTTCCGTGGGAGAGGTATAAAGATTACAACTTGGTGATGCACGGGTGGAATGAG
ATGGTTTACGATGAGAAGAATTGGATTGGGTTGAACACTGGGAGTTTCTTGCTTAGGAAC
AATCAATGGGCGCTCGATTTGCTTGATACTTGGGCTCCTATGGGTCCTAAAGGGAAGATC
CGTGAGGAAGCCGGTAAGGTTTTGACCCGTGAGCTCAAGGGTAGGCCTGTTTTCGAAGCT
GATGATCAGTCTGCTATGGTTTATCTCTTGGCCACTCAGCGTGACACTTGGGGTAATAAG
GTATTCCTAGAAAATGGATACTATCTTCACGGCTACTGGGGAGTACTTGTCGACAAATAC
GAAGAAATGACAGAGAACTACCACCCGGGTCTAGGCGATCACAGATGGCCCTTGGTGACT
CACTTTTGTGGGTTGCAAACCATGCGGGAAGTTTGGGGATTACCCCGTGGGAACGGTGTC
TAAAGTAAATGGACAGAGCCCTTAACTTTGGGGATAACCAGATTCTGCAA*TATATGGTT
TCACTCACAAATCTTTGGCTAGTCGTAA*GTCA*GAGAGTGAGGAACGAGA

QA 2 712 2 712
DS 

RD RR1GB79JQ 715 0 0
A
AGGGAAGATCCGTGAGGAAGCCGGTAAGGTTTTGACCCGTGAGCTCAAGGGTAGGCCTGT
TTTCGAAGCTGATGATCAGTCTGCTATGGTTTATCTCTTGGCCACTCAGCGTGACACTTG
GGGTAATAAGGTATTCCTAGAAAATGGATACTATCTTCACGGCTACTGGGGAGTACTTGT
CGACAAATACGAAGAAATGACAGAGAACTACCACCCGGGTCTAGGCGATCACAGATGGCC
CTTGGTGACTCACTTT*GTGGGTTGCAAACCATGCGGGAAGTTTGGGGATTACCCCGTGG
*AACGGTGTCTAAAGTAAATGGACAGAGCCCTTAACTTTGGGGATAACCAGATTCTGCAA
ATATATGGTTTCACTCACAAATCTTTGGCTAGTCGTAAAGTCAAGAGAGTGAGGAACGAG
ACTAGCAATCCACTTGAGATGAAGGACGAGCTTGGATTGCTTCATCCAGCGTTCAAGGCT
GTTAAGGTACAAACAAACCAAGTTTGAATTTGGATTCTTGCTTTATTTATTGTCTTTGCT
TGTTGTTGTACTAAGATGGATGAAAAAAATGTATTCTGCGGAGACATAAGTTTATTTTTT
GTTTTTGTTTCGTCTCTACGTCTACAATTTTATAAAGAGTTCAGATTGTTGCGTTTTCTT
TCTTATAGAACATGAGATTTTGTAGCTTCATAAATCAATACTCAATGTTAATTC

QA 2 715 2 715
DS 

RD RR1FW92JQ 714 0 0
AGGGAAGATCCGTGAGGAAGCCGGTAAGGTTTTGACCCGTGAGCTCAAGGGTAGGCCTGT
TTTCGAAGCTGATGATCAGTCTGCTATGGTTTATCTCTTGGCCACTCAGCGTGACACTTG
GGGTAATAAGGTATTCCTAGAAAATGGATACTATCTTCACGGCTACTGGGGAGTACTTGT
CGACAAATACGAAGAAATGACAGAGAACTACCACCCGGGTCTAGGCGATCACAGATGGCC
CTTGGTGACTCACTTT*GTGGGTTGCAAACCATGCGGGAAGTTTGGGGATTACCCCGTGG
*AACGGTGTCTAAAGTAAATGGACAGAGCCCTTAACTTTGGGGATAACCAGATTCTGCAA
ATATATGGTTTCACTCACAAATCTTTGGCTAGTCGTAAAGTCAAGAGAGTGAGGAACGAG
ACTAGCAATCCACTTGAGATGAAGGACGAGCTTGGATTGCTTCATCCAGCGTTCAAGGCT
GTTAAGGTACAAACAAACCAAGTTTGAATTTGGATTCTTGCTTTATTTATTGTCTTTGCT
TGTTGTTGTACTAAGATGGATGAAAAAAATGTATTCTGCGGAGACATAAGTTTATTTTTT
GTTTTTGTTTCGTCTCTACGTCTACAATTTTATAAAGAGTTCAGATTGTTGCGTTTTCTT
TCTTATAGAACATGAGATTTTGTAGCTTCATAAATCAATACTCAATGTTAATTC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1F944JQ 637 0 0
G
TATCTCTTGGCCACTCAGCGTGACACTTGGGGTAATAAGGTATTCCTAGAAAATGGATAC
TATCTTCACGGCTACTGGGGAATACTTGTCGACAAATACGAAGAAATGATAGAGAACTAC
CACCCGGGTCTAGGCGATCACAGATGGCCCTTGGTGACTCACTTT*GTGGGTTGCAAACC
ATGCGGGAAGTTTGGGGATTACCCCGTGG*AACGGTGTCTAAAGCAAATGGACAGAGCCT
TTAACTTTGGGGATAACCAGATTCTGCAAATATATAGTTTCACTCACAAATCTTTGGCTA
GTCGTAAAGTCAAGAGAGTGAGGAACGAGACTAGCAATCCACTTGAGATGAAAGACGAGC
TTGGATTGCTTCATCCAGCGTTCAAGGCTGTTAAGGTACAAACAAACCAAGTTTGAATTT
GGATTCTTGCTTTATTTATTGTCTTTGCTTGTTGTTGTACTAAGATGGATGAAAAAAATG
TATTCTGCGGAGACATAAGTTTATTTTTTGTTTTTGTTTCGTCTCTACGTCTACAATTTT
ATAAAGAGTTCAGATTGTTGCGTTTTCTTTCTTATAGAACATGAGATTTTGTAGCTTCAT
AAATCAATACTCAATGTTAATTCGAGAATTTTTGAC

QA 2 637 2 637
DS 

RD RR1F944TF 637 0 0
G
TATCTCTTGGCCACTCAGCGTGACACTTGGGGTAATAAGGTATTCCTAGAAAATGGATAC
TATCTTCACGGCTACTGGGGAATACTTGTCGACAAATACGAAGAAATGATAGAGAACTAC
CACCCGGGTCTAGGCGATCACAGATGGCCCTTGGTGACTCACTTT*GTGGGTTGCAAACC
ATGCGGGAAGTTTGGGGATTACCCCGTGG*AACGGTGTCTAAAGCAAATGGACAGAGCCT
TTAACTTTGGGGATAACCAGATTCTGCAAATATATAGTTTCACTCACAAATCTTTGGCTA
GTCGTAAAGTCAAGAGAGTGAGGAACGAGACTAGCAATCCACTTGAGATGAAAGACGAGC
TTGGATTGCTTCATCCAGCGTTCAAGGCTGTTAAGGTACAAACAAACCAAGTTTGAATTT
GGATTCTTGCTTTATTTATTGTCTTTGCTTGTTGTTGTACTAAGATGGATGAAAAAAATG
TATTCTGCGGAGACATAAGTTTATTTTTTGTTTTTGTTTCGTCTCTACGTCTACAATTTT
ATAAAGAGTTCAGATTGTTGCGTTTTCTTTCTTATAGAACATGAGATTTTGTAGCTTCAT
AAATCAATACTCAATGTTAATTCGAGAATTTTTGAC

QA 2 637 2 637
DS 



AS 1 7

CO CL952Contig1 297 7 5 U
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AAGATGATTTACGATGTCAACTCCGTTCTCTTCAGATCTTTCCTGAGCTCCAAGTTCTCT
ACCGACAAAAGGAGAGGCGAGGACAAGCCAAGAGAACAGAAGCCCAAAGCCAGCGACAAC
AAGCCTGTGATGAATGAATAAGATTTGTCCTTGTGTTTCGATGTTACGTTTCTATGTTCT
AAAAACATTTTCAGTTTGAATTCTTCATCTTTACTTAATTAGCTTTTGATCGTATCC


BQ
35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 

AF RR1A142JQ C 1
AF RR1A142TF U 1
AF RR1C004JQ C 1
AF RR1BT34JQ C 2
AF RR1BT34TF U 2
AF RR1CN02TF U 1
AF RR1C004TF U 1
BS 1 100 RR1A142TF
BS 101 101 RR1BT34TF
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QA 1 129 1 129
DS 

RD RR1A142TF 267 0 0
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AAGATGATTTACGATGTCAACTCCGTTCTCTTCAGATCTT*CCTGAGCTCCAAGTTCTCT
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AAAAACATTTTCAGTTTGAATTCTTCA

QA 1 267 1 267
DS 

RD RR1C004JQ 297 0 0
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AAAAACATTTTCAGTTTGAATTCTTCATCTTTACTTAATTAGCTTTTGATCGTATCC

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DS 

RD RR1BT34JQ 292 0 0
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A

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DS 

RD RR1BT34TF 291 0 0
GACCGTCATTTCTATTTGCAGCCAATCTGAGTTGGGAAGTTACCAGAGATTTGATCGAAA
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CCGACAAAAGGAGGGGCGAGGACAAGCCAAGAGAACAGAAGCCCAAAGCCAGCGACAACA
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AAAACATTTTCAGTTTGAATTCTTCATCTTTACTTAATTAGCTTTTGATCG

QA 1 291 1 291
DS 

RD RR1CN02TF 293 0 0
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AAAAACATTTTCAGTTTGAATTCTTCATCTTTACTTAATTAGCTTTTGATCG
T

QA 1 292 1 292
DS 

RD RR1C004TF 297 0 0
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AAGATGATTTACGATGTCAACTCCGTTCTCTTCAGATCTTTCCTGAGCTCCAAGTTCTCT
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AAAAACATTTTCAGTTTGAATTCTTCATCTTTACTTAATTAGCTTTTGATCG
TATCC

QA 1 292 1 292
DS 



AS 1 7

CO CL953Contig1 491 7 6 U
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TCTCTTCGCTGCTCTTGTTGTCTTTGCTGCTTTTGAAGCACCAACAGTGGTGGAAGCAAA
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GAATCAGTGCATTCGACTTGAAGGAGCACAACATGGATCTTGCAACTATGTGTTCCCTGC
TCACAAGTGTATCTGCTATTTCCCATGTTAATCTACCACAATCGTTGGTGCTTGTATGTT
TACTTACCGTTTCTTGTGTGCTTATTTGCATTAAATAAGTCTGTGTCACTATGAGTGACC
TCATGACATGTAGCAGATATGTTATGTTGGCTTTTCTTTTGTCACGAATATTCTATGTTG
GTTTGTTTTAATAAAATATAAACATTTGTCTTGGGTATCTAATATGTGTACACAATTTGG
AGTTAGTCGCC


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BZ52TF U 1
AF RR1DJ59JQ C 8
AF RR1DJ59TF U 8
AF RR1GF52JQ C 1
AF RR1GF52TF U 1
AF RR1CX87JQ C 1
AF RR1CX87TF U 1
BS 1 51 RR1BZ52TF
BS 52 52 RR1DJ59TF
BS 53 156 RR1BZ52TF
BS 157 157 RR1DJ59TF
BS 158 456 RR1BZ52TF
BS 457 491 RR1CX87TF

RD RR1BZ52TF 459 0 0
GGACAAACTACACATACATACATCAAAAATCATGGCTAAGTTTGCTTCTATTGTCGCCCT
TCTCTTCGCTGCTCTTGTTGTCTTTGCTGCTTTTGAAGCACCAACAGTGGTGGAAGCAAA
GTTGTGCGAGAGGTCAAGTGGAACATGGTCAGGAGTTTGTGGAAACAATAACGCATGCAA
GAATCAGTGCATTCGACTTGAAGGAGCACAACATGGATCTTGCAACTATGTGTTCCCTGC
TCACAAGTGTATCTGCTATTTCCCATGTTAATCTACCACAATCGTTGGTGCTTGTATGTT
TACTTACCGTTTCTTGTGTGCTTATTTGCATTAAATAAGTCTGTGTCACTATGAGTGACC
TCATGACATGTAGCAGATATGTTATGTTGGCTTTTCTTTTGTCACGAATATTCTATGTTG
GTTTGTTTTAATAAAATATAAACATTTGTCTTGGGT
ATC

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1DJ59JQ 449 0 0
GG
ACACATACATACAACAAAAATCATGGCTAAGTTTGCTTCTATCGTCGCCCTTCTCTTCGC
TGCTCTTGTTGTCTTTGCTGCTTTTGAAGCACCAACAGTGGTGGAAGCAAAGTTGTGCGA
GAGGTCAAGTGGAACATGGTCAGGAGTCTGTGGAAACAATAACGCATGCAAGAATCAGTG
CATTCGACTTGAAGGAGCACAACATGGATCTTGCAACTATGTGTTCCCTGCTCACAAGTG
TATCTGCTATTTCCCATGTTAATCTACCACAATCGTTGGTGCTTGTATGTTTACTTACCG
TTTCTCGTGTGCTTATTTGCATTAAATAAGTCTGTGTCACTATGAGTGACCTCATGACAT
GTAGCAGATATGTTATGTTGGCTTTTCTTTTGTCACGAATATTCTATGTTGGTTTGTTTT
AATAAAATATAAACATTTGTCTTGGGT

QA 3 449 3 449
DS 

RD RR1DJ59TF 449 0 0
GG
ACACATACATACAACAAAAATCATGGCTAAGTTTGCTTCTATCGTCGCCCTTCTCTTCGC
TGCTCTTGTTGTCTTTGCTGCTTTTGAAGCACCAACAGTGGTGGAAGCAAAGTTGTGCGA
GAGGTCAAGTGGAACATGGTCAGGAGTCTGTGGAAACAATAACGCATGCAAGAATCAGTG
CATTCGACTTGAAGGAGCACAACATGGATCTTGCAACTATGTGTTCCCTGCTCACAAGTG
TATCTGCTATTTCCCATGTTAATCTACCACAATCGTTGGTGCTTGTATGTTTACTTACCG
TTTCTCGTGTGCTTATTTGCATTAAATAAGTCTGTGTCACTATGAGTGACCTCATGACAT
GTAGCAGATATGTTATGTTGGCTTTTCTTTTGTCACGAATATTCTATGTTGGTTTGTTTT
AATAAAATATAAACATTTGTCTTGGGT

QA 3 449 3 449
DS 

RD RR1GF52JQ 456 0 0
GGACAAACTACACATACATACATCAAAAATCATGGCTAAGTTTGCTTCTATCGTCGCCCT
TTTTTTCGCTGCTCTTGTTGTCTTTGCTGCTTTTGAAGCACCAACAGTGGTGGAAGCAAA
GTTGTGCGAGAGGTCAAGTTGAACATGGTCAGGAGTCTGTGGAAACAATAACGCATGCAA
GAATCAGTGCATTCGACTTGAAGGAGCACAACATGGATCTTGCAACTATGTGTTCCCTGC
TCACAAGTGTATCTGCTATTTCCCATGTTAATCTACCACAATCGTTGGTGCTTGTATGTT
TACTTACCGTTTCTTGTGTGCTTATTTGCATTAAATAAGTCTGTGTCACTATGAGTGACC
TCATGACATGTAGCAGATATGTTATGTTGGCTTTTCTTTTGTCACGAATATTCTATGTTG
GTTTGTTTTAATAAAATATAAACATTTGTCTTGGG
C

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1GF52TF 456 0 0
GGACAAACTACACATACATACATCAAAAATCATGGCTAAGTTTGCTTCTATCGTCGCCCT
TCTCTTCGCTGCTCTTGTTGTCTTTGCTGCTTTTGAAGCACCAACAGTGGTGGAAGCAAA
GTTGTGCGAGAGGTCAAGTTGAACATGGTCAGGAGTCTGTGGAAACAATAACGCATGCAA
GAATCAGTGCATTCGACTTGAAGGAGCACAACATGGATCTTGCAACTATGTGTTCCCTGC
TCACAAGTGTATCTGCTATTTCCCATGTTAATCTACCACAATCGTTGGTGCTTGTATGTT
TACTTACCGTTTCTTGTGTGCTTATTTGCATTAAATAAGTCTGTGTCACTATGAGTGACC
TCATGACATGTAGCAGATATGTTATGTTGGCTTTTCTTTTGTCACGAATATTCTATGTTG
GTTTGTTTTAATAAAATATAAACATTTGTCTTGGG
C

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1CX87JQ 491 0 0
GGACAAACTACACATACATACATCAAAAATCATGGCTAAGTTTGCTTCTATCGTCGCCCT
TCTCTTCGCTGCTCTTGTTGTCTTTGCTGCTTTTGAAGCACCAACAGTGGTGGAAGCAAA
GTTGTGCGAGAGGTCAAGTGGAACATGGTCAGGAGTCTGTGGAAACAATAACGCATGCAA
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TCACAAGTGTATCTGCTATTTCCCATGTTAATCTACCACAATCGTTGGTGCTTGTATGTT
TACTTACCGTTTCTTGTGTGCTTATTTGCATTAAATAAGTCTGTGTCACTATGAGTGACC
TCATGACATGTAGCAGATATGTTATGTTGGCTTTTCTTTTGTCACGAATATTCTATGTTG
GTTTGTTTTAATAAAATATAAACATTTGTCTTGGGTATCTAATATGTGTACACAATTTGG
AGTTAGTCGCC

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1CX87TF 491 0 0
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GTTGTGCGAGAGGTCAAGTGGAACATGGTCAGGAGTCTGTGGAAACAATAACGCATGCAA
GAATCAGTGCATTCGACTTGAAGGAGCACAACATGGATCTTGCAACTATGTGTTCCCTGC
TCACAAGTGTATCTGCTATTTCCCATGTTAATCTACCACAATCGTTGGTGCTTGTATGTT
TACTTACCGTTTCTTGTGTGCTTATTTGCATTAAATAAGTCTGTGTCACTATGAGTGACC
TCATGACATGTAGCAGATATGTTATGTTGGCTTTTCTTTTGTCACGAATATTCTATGTTG
GTTTGTTTTAATAAAATATAAACATTTGTCTTGGGTATCTAATATGTGTACACAATTTGG
AGTTAGTCGCC

QA 1 491 1 491
DS 



AS 2 7

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TCACATTCATCCAACTCTCCAGGTATGTCTACATCCGAGAACAAAGTCGAAATCGTTAAC
AGAGCTCACAAGGAGGATGAAAAAGAAGAAGAAGAAGGTAAAGGTGGATTCCTAGACAAC
GTCAAAGGTTTCATTCACGGCATCGGCGAGAAGATACAGGGAACCGTTGGTTTCGGGAAG
CCAACAGCTGACGTCTCAGCCATCCACATCCCCAAGATCAATCTCGAGAGAGCAGACATC
GTCGTAGACGTGCTCGTCAAGAACCCCAACCCAGTTCCCATCCCTCTCATCGACATCAAC
TACTTGATCGACAGTGACGGGAGGAAACTCGTCTCTGGACTGATCCCTGACGCTGGAACC
ATCAAGGCGCATGGAGAAGAAACCGTCAAGATACCGTTGACTCTGATCTACGACGACATC
AAGAGCACTTACAACGACATTAACCCCGGGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTTGAT
CTCATCGTCGACGTGCCTGTCTTGGGGAGGCTCACGTTGCCGTTGGAGAAACGTGGAGAG
ATTCCCATCCCGAAGAAACCTGATGTTGACATCGAGAAGATCCAGTTCCAGAAGTTTTCT
CTGGAAGAAACCGTGGCGATACTCCACGTGAGGCTTGAGAACTTGAATGATTTTGATTTG
GGGGTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGTGGTTGGCTGATGTGAGTATTGGGAAAGCTGAG
ATATCTGACTCTGTAAAGCTTGATAAAAACGGAAGTGGGTTGATTAATGTGCCGATCACG
TTCAAGCCAAAGGACTTTGGGTCTGCGCTTTGGGATATGATACGTGGTAAAGGAACTGGG
TACACTATTAAAGGTAATGTGGATGTTGATACACCGTTTGGAGGTACGAAGCTTCCTATT
ATCAAGGAAGGTGGTGAGACTCGTCTGAAGAAGGAAGATGATGATGATGATGAGGAATAA
GGAAAAGAGGTCAAAAGAATGAGGGCTGAATCTCTGATGTTTAAAAATAATGTCTAAAAG
TTAAATGAAAGACTTGTTTGTTGTGTCTTATGGTGGATCAGACTTTTGAACAGAGCTGTC
TGAGTGTCTGGGCTTCTTTATCATCGTGGTTATTGGTTATGTTTTGTTTAAACCGGGTTT
GATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1GE89TF U 1
AF RR1BA14TF U 18
AF RR1GL60TF U 356
AF RR1GL60JQ C 473
AF RR1BA14JQ C 332
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BS 792 962 RR1GL60TF
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RD RR1GE89TF 806 0 0
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TACTTGATCGACAGTGACGGGAGGAAACTCTTCTCTGGACTGATCCCTGACGCTGGAACC
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AAGTGCACTTACAACGACATTAACCCCGGGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTTGAT
CTCATCGTCGACGTGCCTGTCTTGGGGAGGCTCACGTTGCCGTTGGAGAAACGTGGAGAG
ATTCCCATCCCGAAGAAACCTGATGTTGACATCGAGAAGATCCAGTTCCAGAAGTTTTCT
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ATATCTGACTC
TGTAAGCTTGATAAA

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1BA14TF 786 0 0
GGA
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AGGTATGTCTACATCCGAGAACAAAGTTGAAATCGTTAACAGAGCTCACAAGGAGGATGA
AAAAGAAGAAGAAGAAGGTAAAGGTGGATTCCTAGACAACGTCAAAGGTTTCATTCACGG
CATCGGCGAGAAGATACAGGGAACCGTTGGTTTCGGGAAGCCAACAGCTGACGTCTCAGC
CATTCACATCCCCAAGATCAATCTCGAGAGAGCAGACATTGTCGTAGACGTGCTCGTCAA
GAACCCCAACCCAGTTCCCATCCCTCTCATCGACATCAACTACTTGATCGACAGTGACGG
GAGGAAACTCGTCTCTGGACTGATCCCTGACGCTGGAACCATCAAGGCGCATGGAGAAGA
AACCGTCAAGATACCGTTGACTCTGATCTACGATGACATCAAGAGCACTTACAACGACAT
TAACCCCGGGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTCGATCTCATCGTCGACGTGCCTGT
CTTGGGGAGGCTCACGTTGCCTTTGGAGAAGCGTGGAGAGATTCCCATCCCGAAGAAACC
TGATGTTTACATCGAGAAGATCCAGTTCCAGAAGTTTTCTCTGGAAGAAACCGTGGCGAT
ACTCCACGTGAGGCTTGAGAACTTGAATGATTTTGATTTGGGGGTTAATGACTTGGACTG
TGAAGTGTGGTTGGTTGATGTGAGTATTGGGAAAGCTGAGATATCTGACTC
CATTAAGCTTGA

QA 4 774 4 774
DS 

RD RR1GL60TF 607 0 0
GCG
ACTACTTGATCGACAGTGACGGGAGGAAACTCGTCTCTGGACTGATCCCTGACGCTGGAA
CCATCAAGGCGCATGGAGAAGAAACCGTCAAGATACCGCTGACTCTGATCTACGACGACA
TCAAGAGCACTTACAACGACATCAACCCCGGGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTTG
ATCTCATCGTCGACGTCCCTGTCTTGGGGAGGCTCACGTTGCCGTTGGAGAAACGTGGAG
AGATTCCCATCCCGAAGAAACCTGATGTCGACATCGAGAAGATCAAGTTCCAGAAGTTTT
CTCTGGAAGAAACCGTGGCGATACTCCACGTGAGGCTTGAGAACTTGAATGATTTTGATT
TGGGGGTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGTGGTTGGCTGATGTGAGTATTGGGAAAGCAG
AGATATCTGACTCTGTAAAGCTTGATAAAAACGGAAGTGGGTTGATTAATGTGCCGATCA
CGTTCAAGCCAAAGGACTTTGGGTCTGCGCTTTGGGATATGATACGTGGTAAAGGAACTG
GGTACACTATTAAAGGTAATGTGGATGTTGATACACCGTTTGGAGGTACGAAGCTTCCTA
TTAT

QA 4 607 4 607
DS 

RD RR1GL60JQ 637 0 0
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AAGTTGATCTCATCGTCGACGTCCCTGTCTTGGGGAGGCTCACGTTGCCGTTGGAGAAAC
GTGGAGAGATTCCCATCCCGAAGAAACCTGATGTCGACATCGAGAAGATCAAGTTCCAGA
AGTTTTCTCTGGAAGAAACCGTGGCGATACTCCACGTGAGGCTTGAGAACTTGAATGATT
TTGATTTGGGGGTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGTGGTTGGCTGATGTGAGTATTGGGA
AAGCAGAGATATCTGACTCTGTAAAGCTTGATAAAAACGGAAGTGGGTTGATTAATGTGC
CGATCACGTTCAAGCCAAAGGACTTTGGGTCTGCGCTTTGGGATATGATACGTGGTAAAG
GAACTGGGTACACTATTAAAGGTAATGTGGATGTTGATACACCGTTTGGAGGTACGAAGC
TTCCTATTATCAAGGAAGGTGGTGAGACTCGTTTGAAGAAGGAAGATGATGATGATGATG
AGGAATAAGGAAAAGAGGTTAAGAGAATGAGGGCTGAATCTCTGATGTTTAAAAATAATG
TGTAAAAGTTAAATGAAAGACTTGTTTGTT
TGTGCTT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1BA14JQ 874 0 0
CA
GTTCCCATCCCTCTCATCGACATCAACTACTTGATCGACAGTGACGGGAGGAAACTCGTC
TCTGGACTGATCCCTGACGCTGGAACCATCAAGGCGCATGGAGAAGAAACCGTCAAGATA
CCGTTGACTCTGATCTACGATGACATCAAGAGCACTTACAACGACATTAACCCCGGGATG
ATCATACCTTACAGGATCAAAGTCGATCTCATCGTCGACGTGCCTGTCTTGGGGAGGCTC
ACGTTGCCTTTGGAGAAGCGTGGAGAGATTCCCATCCCGAAGAAACCTGATGTTTACATC
GAGAAGATCCAGTTCCAGAAGTTTTCTCTGGAAGAAACCGTGGCGATACTCCACGTGAGG
CTTGAGAACTTGAATGATTTTGATTTGGGGGTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGTGGTTG
GTTGATGTGAGTATTGGGAAAGCTGAGATATCTGACTCCATTAAGCTTGATAAAAACGGA
AGTGGGTTGATTAATGTGCCGATGACGTTTAGGCCAAAGGACTTTGGGTCTGCGCTTTGG
GATATGATACGTGGTAAAGGAACTGGGTACACTATTAAAGGTAATGTGGATGTTGATACA
CCGTTTGGAGGTATGAAGCTTCCTATTATCAAGGAAGGTGGTGAGACTCGTCTGAAGAAG
GAAGATGATGATGATGATGAGGAATAAGGAAAAGAGGTCAAAAGAATGAGGGCTGAATCT
CTGATGTTTAAAAATAATGTCTAAAAGTTAAATGAAAGACTTGTTTGTTGTGTCTTATGG
TGGATCAGACTTTTGAACAGAGCTGTCTGAGTGTCTGGGCTTCTTTATCATCGTGGTTAT
TGGTTATGTTTTGTTTAAACCGGGTTTGATAT

QA 3 874 3 874
DS 



CO CL954Contig2 684 2 2 U
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TCCAGGTATGTCTACATCCGAGAACAAAGTTGAAATCGTTGACAGAGCTCACAAGGAGGA
GGATGAAAAAGAAGAAGAAGGTAAAGGTGGATTCCTAGACAATGTCAAAGGTTTCATTCA
CGACATCGGCGAGAAGATACAGGGAACCGTTGGTTTCGGGAAGCCAACGGCTGACGTCTC
CGCCATTCACATCCCCAAGATCAATCTCGAGAGAGCAGACATTGTCGTAGACGTGCTCGT
CAAGAACCCCAACCCTGTTCCCATCCCTCTCATCGACATCGACTACTTGATCGACAGTGA
CGGGAGGAAACTCGTCTCTGGACTGATCCCTGACGCTGGAACCATCAAGGCGCATGGAGA
AGAAACCGTCAAGATACCGCTGACTCTGATCTACGACGACATCAAGAGCACTTACAACGA
CATCAACCCCGGGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTTGATCTCATCGTCGACGTCCC
TGTCTTGGGGAGGCTCACGTTGCCGTTGGAGAAACGTGGAGAGATTCCCATCCCGAAGAA
ACCTGATGTCGACATCGAGAGATCAAGTTCCAGAAGTTTTCTCTGGAAGAACCGTGGCGA
TACTCCACGTGAGCTTGAGAACTT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO09TF U 1
AF RR1GP41TF U 1
BS 1 282 RR1GO09TF
BS 283 684 RR1GP41TF

RD RR1GO09TF 286 0 0
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CGCCATTCACATCCCCAAGATCAATCTCGAGAGAGCAGACAT
TGTC

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR1GP41TF 684 0 0
GGAC
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GAAAAAGAAGAAGAAGGTAAAGGTGGATTCCTAGACAATGTCAAAGGTTTCATTCACGAC
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AACCCCGGGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTTGATCTCATCGTCGACGTCCCTGTC
TTGGGGAGGCTCACGTTGCCGTTGGAGAAACGTGGAGAGATTCCCATCCCGAAGAAACCT
GATGTCGACATCGAGAGATCAAGTTCCAGAAGTTTTCTCTGGAAGAACCGTGGCGATACT
CCACGTGAGCTTGAGAACTT

QA 5 684 5 684
DS 



AS 1 7

CO CL955Contig1 724 7 5 U
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GATGGAACTGGATATTGGGTCTATGAAACTCAAGAAGACATAGAAGAGAAGGCAAGAGCA
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GTTATCTGTTTTGTGTTCTGTATCATGGAATGAGCATGTTAGGAGCAATCGTCTCCTTCA
GACT


BQ
10 10 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR1BX36TF U -1
AF RR1BH41JQ C 1
AF RR1AQ23JQ C 3
AF RR1AQ23TF U 3
AF RR1BH41TF U 1
AF RR1AB03JQ C 3
AF RR1AB03TF U 3
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BS 3 397 RR1AQ23TF
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BS 668 724 RR1AB03TF

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TACTTCGGTTCCGCAAAAGATCCATTCTATGATTCGGAGGAGTACCGTGGAGATGGAGGT
GATGGAACTGGATATTGGGTCTATGAAACTCAAGAAGACATAGAAGAGAAGGCAAGAGCA
GAGCTATGGCGTGAAGAGCTTATCGAAGAAATTGAACAGAAAGTTGGTGGTTTAAGAGAG
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GTTATCT
CC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1AQ23JQ 665 0 0
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TATCT

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DS 

RD RR1AQ23TF 665 0 0
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TGGAACTGGATATTGGGTCTATGAAACTCAAGAAGACATAGAAGAGAAGGCAAGAGCAGA
GCTATGGCGTGAAGAGCTTATCGAAGAAATTGAACAGAAAGTTGGTGGTTTAAGAGAGCT
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TATCT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1BH41TF 669 0 0
AG
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GCTATGGCGTGAAGAGCTTATCGAAGAAATTGAACAGAAAGTTGGTGGTTTAAGAGAGCT
CGAAGAAGCTGTTAATAAGTAGACAACTAACATGTGAATCATACAGAAATTATACATATG
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TATCT
CC

QA 3 667 3 667
DS 

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GCTATGGCGTGAAGAGCTTATCGAAGAAATTGAACAGAAAGTTGGTGGTTTATGAGAGCT
CGAAGAAGCTGTTAATAAGTAGACAACTAACATGTGAATCATACAGAAATTATACATATG
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CT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1AB03TF 722 0 0
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TCATGGATGCTGGCTCTCTATGAAAAAGAATGAGAAGAGGCCGGAAAAGAATCTGATGAG
AGGAAGCTTGGGTGTGAGAAGGACTCTGCCACATGATATGCCACTAATGGCTGTGATGGT
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TGGAACTGGATATTGGGTCTATGAAACTCAAGAAGACATAGAAGAGAAGGCAAGAGCAGA
GCTATGGCGTGAAGAGCTTATCGAAGAAATTGAACAGAAAGTTGGTGGTTTATGAGAGCT
CGAAGAAGCTGTTAATAAGTAGACAACTAACATGTGAATCATACAGAAATTATACATATG
TAAAATATTGTTTTCTGATAATGGTCATAAACCACTCTTCATTTATATAATACTATATGT
TATCTGTTTTGTGTTCTGTATCATGGAATGAGCATGTTAGGAGCAATCGTCTCCTTCAGA
CT

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 7

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ATTCGATTGATGGGATTTGGTATGATACTTATGAGATCGATGAAGTTTATTTTCAAATCT
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TATTTGTACCCTGTCGAAGTAAAGAACCATGGCATATATGTTTGGAATAGATTCCATTTT
GAGAGAGTTGAAAAAGCACTATCTCGTTGAAAGGTTCTATCCATCTGCCCTTTGTCAACG
CATTTTTTTAGGCAAAGACTCCGTTTTTTCCTCTGTAAATC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE64JQ U 1
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GTCTTCTTAGAACGTATTGATTTGACCCCATAAGCGGGATCACCACCC**CATAGCATGT
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AAAGATTCTTTAACCAGAAAGAATTCTGTTCAGATGTAGGATACCTATCCAGAAGTTTTC
GCAACTCAATCATGTATGATGGAATCATCAAAGATTTGATCTTTTCGAACTCTGTCTGTA
ACTCACTATAGGCTCGGGAAACAAAGAGAAGATGTGTACGAACGATATATCCAGCAACAA
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AAGGCTTACTCGAAATCTCACTTATCAGATTCCTTTGTGGAAGACACAACTTTTT*CTGA
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AAGGCTTACTCGAAATCTCACTTATCAGATTCCTTTGTGGAAGACACAA*TTTTTTCTGA
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GAGAGAGTT

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T*CTGAAGAATTCGCCATGATATATCTAATCCATACATAATATCATGAAAAATGGATACA
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CATTTTGAGAGAGTTGAAAAAGCACTATCTCGTTGAA
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TTGTCAACGC

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DS 

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CCATCTGCCCTTTGTCAACGCATTTTTTTAGGCAAAGACTCCGTTTTTTCCTCTGTAAAT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 7

CO CL957Contig1 1424 7 8 U
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CCCATGGTATTCCGGATGCGCGTAACATTGGTCCGGATAAACCCCAATTTATTGCTTCTT
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CCATTCCTCTGTGTAAATAACCCAATATGGGTTCACAATCAACAACATCCTCACCGTCTA
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM88JQ U 1
AF RR1EM88TF C 182
AF RR1DX37JQ U 928
AF RR1DX37TF C 928
AF RR1G890JQ U 770
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AF RR1BH60JQ U 601
BS 1 696 RR1EM88JQ
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CCCCACCAATAATCCCAACGCCTTCAACTCGTTCTAAAAAAATAGGATTTCGTGTAATAA
GTTTTTGATATTCAACAACCTCTGTTAAAAAATAATCACAAAAATCCAAGCATTTATCTA
CCCAACCATAAGGTAAATCCGCCGCTATTCCTCCAATACGAAAAAAATTATGCATCATTC
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AAAAGGGAGTCTGTGCCCCAATATCTGCCATAAAAGGGCCAAGCCATAACAGATGAGAAG
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TATTTCCTAATTGTTCGGGTCCATTTACTGTTATTGCTTCTGTAAACATAGTAGCTAAAT
AATCCCACCGCGTTACATAAGGTAAATATTGTATAATTGCTCGGTTTTCTGCAATTTTTT
CCATTCCTCTGTGTAAATAACCCAATATGGGTTCACAATCAACAACATCCTCACCGTCTA
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AAAGGGAGTCTGTGCCCCAATATCTGCCATAAAAGGGCCAAGCCATAACAGATGAGAAGC
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C

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C

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DS 

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GAATGTATTTTTTATCATAAAAAGAAATCCTTCCCTTTTTAATATGAATTGAAAGATATG
AATTTTACTGATCAGTAATAATAATG
C

QA 1 266 1 266
DS 

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CGTTCTG
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TTAATTCTTTATAACGTACTCTATTTTTTTTGACAAATAAGCCAGCAGTCGTTGAGCGTT
TTCCCAGAATTTTTCGTAAACCTCTCTGAGATAAATAATCTTTTCTGTGTAATTCCAAAT
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TGCTTTCTTCTTTTTTTTCTTGAAATGAAATGAATGTATTTTTTATCATAAAAAGAAATC
CTTCCCTTTTTAATATGAATTGAAAGATATGAATTTTACTGATCAGTAATAATAATG
GCCC

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AAAGACATGAATTTTACTGATCAGTAATAATAATGGTAGTTTTTTTGTACAAGGATCCGA
ATTT

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DS 

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GAGTAACAATTAAGCGAAGAACACCGTGCATGGATGGGTGGTGAGGTCCCATATTGACTA
TCATAAGATCTTTTCCTGTAACTGGTTTCTTCATAAGTTTTTCCTTGATTCGTTCTGGTA
TGAATTAGATTG*CTGAAAAAGAAGTTTATTAAAAAATTCAAGA*TCTAAAAAATTAACT
AATTCACAATTTTGGAATTTAACGAGTTTTTAATTCCCGAATATTCAACTGATTAATTAA
TTCTTTATAACGTACTCTATTTTTTTTGACAAATAAGACAGCAGTCGTTG*GCGTTTTCC
CAGAATTTTTCGTAAACCTCTCTGAGATAAATAATCTTTTCTGTGTAATTCCAAATGTGA
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TTCTTCTTTTTTTTCTTGAAATGAAATGAATGTATTTTTTATCATAAAAAGAAATCCTTC
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TTTTGTACAAGGATCCGAATTTAATTATCAACTTCTTAATTCTTAATTTTATAAATTAAA
AGTTTTAATTTCGATCTAAAAAAGGAGGATTTTAAAAATTTATTTATGGATCCGCTCTGA
GTGGTATCTATATCATTAATTCAATGAATCTCATGTATAAAGATTTAATTTAAAGCAATA
CCTCACGTTTGTGCATCCAATTGTTTTCATATACCGTAACTTAT

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 7

CO CL958Contig1 1045 7 8 U
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CTTTCTTGTTTTTCATCACTTACCTCATCACCATCGCGTCATCGAAAGATTTATGTAACC
AAAACGACAAAAACACCCTCCTAAAGATCAAGAAGTCCCTAAACAACCCTTACCACCTCG
CCTCATGGGATCCTGATAGCGACTGCTGCTCCTGGTACTGCCTCGAATGCGGCGACGCCA
CCGTTAACTACCGCGTCGTCTCCCTAACCATATTCGCCGGTCAGATATCCGGTCAGATCC
CGCCTGAAGTCGGTGACTTACCGTATATTCAGAGACTTACGTTCCACAAGCTTACTAACA
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ACTTAAACCTTTCCTTCAATCAGCTTTCTGGTTCCATACCTAGCTCCCTTTCCTCGTTAC
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TTCACAACAAGTGTTTGTGTGGTGCACCTCTTGATAGTTGCAAGTAAAAACCAAGCTTAT
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BQ
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1DW71TF U 1
AF RR1GY15TF U 1
AF RR1GN11TF U 4
AF RR1GN11JQ C 416
AF RR1DW71JQ C 194
AF RR1AM13TF U 331
AF RR1AM13JQ C 451
BS 1 271 RR1DW71TF
BS 272 652 RR1GN11TF
BS 653 653 RR1DW71JQ
BS 654 681 RR1GN11TF
BS 682 682 RR1AM13TF
BS 683 722 RR1GN11TF
BS 723 1044 RR1AM13TF
BS 1045 1045 RR1AM13JQ

RD RR1DW71TF 273 0 0
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CTTTCTTGTTTTTCATCACTTACCTCATCACCATCGCGTCATCGAAAGATTTATGTAACC
AAAACGACAAAAACACCCTCCTAAAGATCAAGAAGTCCCTAAACAACCCTTACCACCTCG
CCTCATGGGATCCTGATAGCGACTGCTGCTCCTGGTACTGCCTCGAATGCGGCGACGCCA
CCGTTAACTACCGCGTCGTCTCCCTAACCAT
AT

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR1GY15TF 271 0 0
GGATTC
AAAACCAAACACCATACAACATGGATCATACGCCAAACACGACACTGCTTTTCTCTTTCT
TGTTTTTCATCACTTACCTCATCACCATCGCGTCATCGAAAGATTTATGTAACCAAAACG
ACAAAAACACCCTCCTAAAGATCAAGAAGTCCCCAAACAACCCTTACCACCTCGCCTCAT
GGGATCCTGATAGCGACTGCTGCTCCTGG*ACTGCCTCGAATGCGGCGACGCCACCGTTA
ACTACCGCGTCATCTCCCTAACCAT

QA 7 271 7 271
DS 

RD RR1GN11TF 719 0 0
GGA
AAAACCAAACACCATACAACATGGATCATACGCCAAACACGACACTGCTTTTCTCTTTCT
TGTTTTTCATCACTTACCTCATCACCATCGCGTCATCGAAAGATTTATGTAACCAAAACG
ACAAAAACACCCTCCTAAAGATCAAGAAGTCCCTAAACAACCCTTACCACCTCGCCTCAT
GGGATCCTGATAGCGACTGCTGCTCCTGGTACTGCCTCGAATGCGGCGACGCCACCGTTA
ACTACCGCGTCATCTCCCTAACCATATTCGCCGGTCAGATATCCGGTCAGATCCCGCCTG
AAGTCGGTGACTTACCGTATATTCAGAGACTTACGTTCCACAAGCTTACTAACATCACCG
GTCAGATCCCATCCACCATCACCAAGCTCAAGCATCTTCGTTTTCTCACGCTTAGCAGGT
TGAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAATCAGCTCATGAATCTTGAATACTTAA
ACCTTTCCTTCAATCAGCTTTCTGGTTCCATACCTAGCTCCCTTTCCTCGTTACCTAAAC
TTACGGGCATTGATATTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTACGATACCAGAGTCATTTGGAT
CATTTGCAGCACAAGTTCCTTACCTTATCTTATCACACAACCAGCTCTCCGGTTCGATAC
CCAAATCACTAGGAA*CAATGATTTTCAAGATGGCTTCAATGTTAGCTACAACAGA

QA 4 719 4 719
DS 

RD RR1GN11JQ 512 0 0
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TGAATACTTAAACCTTTCCTTCAATCAGCTTTCTGGTTCCATACCTAGCTCCCTTTCCTC
GTTACCTAAACTTACGGGCATTGATATTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTACGATACCAGA
GTCATTTGGATCATTTGCAGCACAAGTTCCTTACCTTATCTTATCACACAACCAGCTTTC
CGGTTCGATACCCAAATCACTAGGAAACAATGATTTTCAAGATGGCTTCAATGTTAGCTA
CAACAGACTTTGTGGACCCATCCCCACTGGAGGCAGTCTTCAGAGATTTGATTATTATAC
GTATTTTCACAACAGGTGTTTGTGTGGTGCACCTCTTGATAGTTGCAAGTAAAAACCAAG
CTTATCTCTAGGTTTCCCAAAAAAAAAAGTAACATCATCTGGATTTGATTAAATAAAACA
TGTATCACATCTTGTATTTGATGAGTTCTTAG

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1DW71JQ 807 0 0
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CGTCGTCTCCCTAACCATATTCGCCGGTCAGATATCCGGTCAGATCCCGCCTGAAGTCGG
TGACTTACCGTATATTCAGAGACTTACGTTCCACAAGCTTACTAACATCACCGGTCAGAT
CCCATCCACCATCACCAAGCTCAAGCATCTTCGTTTTCTCACGCTTAGCAGGTTGAACCT
CACTGGCCCGGTTCCTGAGTTTTTGAATCAGCTCATGAATCTTGAATACTTAAACCTTTT
CTTCAATCAGCTTTCTGGTTCCATACCTAGCTCCCTTTCCTCGTTACCTAAACTTACGGG
CATTGATATTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTACGATACCAGAGTCATTTGGATCATTTGC
AGCACAAGTTCCTTACCTTATCTTATCACACAACCGGCTTTCCGGTTCGATACCCAAATC
ACTAGGAAACAATGATTTTCAAGATGGCTTCAATGTTAGCTACAACAGACTTTGTGGACC
CATCCCCACTGGAGGCAGTCTTCAGAGATTTGATTATTATACGTATTTTCACAACAAGTG
TTTGTGTGGTGCACCTCTTGATAGTTGCAAGTAAAAACCAAGCTTATCTCTAGGTTTCCC
AAAAAAAAAAGTAACATCATCTGGATTTGATTAAATAAAACATGTATCACATCTTGTATT
TGATGAGTTCTTAGAACATTTTCAAAGTGAAGATGAAGGTAGATGTTATCCCACAAATAG
AGGAAAAACAAAGAAGAATTCTGGACG

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1AM13TF 714 0 0
G
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GCTCAAGCATCTTCGTTTTCTCACGCTTAGCAGGTTGAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGA
GTTTCTGAATCAGCTCATGAATCTTGAATACTTAAACCTTTCCTTCAATCAGCTTTCTGG
TTCCATACCTAGCTCCCTTTCCTCGTTACCTAAACTTACGGGCATTGATATTAGTAGGAA
TAAGCTTACAGGTACGATACCAGAGTCATTTGGATCATTTGCAGCACAAGTTCCTTACCT
TATCTTATCACACAACCAGCTCTCCGGTTCGATACCCAAATCACTAGGAAACAATGATTT
TCAAGATGGCTTCAATGTTAGCTACAACAGACTTTGTGGACCCATCCCCACTGGAGGCAG
TCTTCAGAGATTTGATTATTATACGTATTTTCACAACAAGTGTTTGTGTGGTGCACCTCT
TGATAGTTGCAAGTAAAAACCAAGCTTATCTCTAGGTTTCCCAAAAAAAAA*GTAACATC
ATCTGGATTTGATTAAATAAAACATGTATCACATCTTGTATTTGATGAGTTCTTAGAACA
TTTTCAAAGTGAAGATGAAGGTAGATGTTACCCCACAAATAGAGGAAAAACAAAGAAGAA
TTCTGGACGAATACTTATCCTCTGTTTTCACTTATAACGGTAGTAACTTACTC

QA 2 714 2 714
DS 

RD RR1AM13JQ 595 0 0
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ATAAGCTTACAGGTACGATACCAGAGTCATTTGGATCATTTGCAGCACAAGTTCCTTACC
TTATCTTATCACACAACCAGCTTTCCGGTTCGATACCCAAATCACTAGGAAACAATGATT
TTCAAGATGGCTTCAATGTTAGCTACAACAGACTTTGTGGACCCATCCCCACTGGAGGCA
GTTTTCAGAGATTTGATTATTATACGTATTTTCACAACAAGTGTTTGTGTGGTGCACCTC
TTGATAGTTGCAAGTAAAAACCAAGCTTATCTCTAGGTTTCCCAAAAAAAAA*GTAACAT
CATCTGGATTTGATTAAATAAAACATGTATCACATCTTGTATTTGATGAGTTCTTAGAAC
ATTTTCAAAGTGAAGATGAAGGTAGATGTTACCCCACAAATAGAGGAAAAACAAAGAAGA
ATTCTGGACGAATACTTATCCTCTGTTTTCACTTATAACGGTAGTAACTTACTCC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 2 5

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TGACTTTGATGCCCAATGTTGGTTACGGATCTGACAAGAAGACCCGTCACTATCTCCCCA
ACGGATTCAAGAAGTTTGTTGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTACTCATGATGCACA
ACAGGACTTACTGTGCAGAGATTGCTCACAATGTATCAACAAAGAAGAGGAAAGCCATTG
TGGAGAGAGCTTCCCAGCTTGACATCGTCGTTACCAACAGGCTTGCTAGGTTGCGTAGCC
AGGAAGACGAGTGATGAACGATCGCCCTTTGTTTCTTTTATCTGTCGTTATTGGCAAATT
TCTCAGTTGATCATAACTTAATTTTTGCGGATTAAAGAGTTAAGACTGAATGTTTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C238JQ C 1
AF RR1C238TF U 1
BS 1 1 RR1C238JQ
BS 2 536 RR1C238TF

RD RR1C238JQ 536 0 0
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ACAGGACTTACTGTGCAGAGATTGCTCACAATGTATCAACAAAGAAGAGGAAAGCCATTG
TGGAGAGAGCTTCCCAGCTTGACATCGTCGTTACCAACAGGCTTGCTAGGTTGCGTAGCC
AGGAAGACGAGTGATGAACGATCGCCCTTTGTTTCTTTTATCTGTCGTTATTGGCAAATT
TCTCAGTTGATCATAACTTAATTTTTGCGGATTAAAGAGTTAAGACTGAATGTTTT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1C238TF 536 0 0
G
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CGGATTCAAGAAGTTTGTTGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTACTCATGATGCACAA
CAGGACTTACTGTGCAGAGATTGCTCACAATGTATCAACAAAGAAGAGGAAAGCCATTGT
GGAGAGAGCTTCCCAGCTTGACATCGTCGTTACCAACAGGCTTGCTAGGTTGCGTAGCCA
GGAAGACGAGTGATGAACGATCGCCCTTTGTTTCTTTTATCTGTCGTTATTGGCAAATTT
CTCAGTTGATCATAACTTAATTTTTGCGGATTAAAGAGTTAAGACTGAATGTTTT

QA 2 536 2 536
DS 



CO CL959Contig2 536 3 5 U
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CGGTGATTCTGCGATCACTCTGGGGTCTGATGAATTTGGCAGACCTCTTCTTCACCACCT
TCTTCGTTAGCAACGGGACCGCCATTTCTGCTCCTTTCGTGAAGATCTCGAAGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EZ95JQ U 14
AF RR1EV55TF C 1
AF RR1EV55JQ U 47
BS 1 14 RR1EV55TF
BS 15 203 RR1EZ95JQ
BS 204 204 RR1EV55JQ
BS 205 263 RR1EZ95JQ
BS 264 536 RR1EV55JQ

RD RR1EZ95JQ 250 0 0
T
TTAACTCTTTAATCCGCAAAAATTAAGTTATGATCAAATGAGAAATGTGCCAATAAAGAC
AGATAAAAGAAACATAGGGCTTTCGTTCATCACTCATCTTCCTGGCTACGCAACCTAGCA
AGCCTGTTGGTAACGACGATGTCAAGCTGGGAAGCTCTCTCCACAATGGCTTTCCTCTTC
TTTGTTGATACATTGTGAGCAATCTCTGCACAGTAAGTCCTGTTGTGCATCATGAGTAAC
TCAAGATCA

QA 2 250 2 250
DS 

RD RR1EV55TF 536 0 0
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GTGCCAATAAAGACAGATAAAAGAAACATAGGGCTTTCGTTCATCACTCATCTTCCTGGC
TACGCAACCTAGCAAGCCTGTTGGTAACGACGATGTCAAGCTGGGAAGCTCTCTCCACAA
TGGCTTTCCTCTTCTTTGTTGATGCATTGTGAGCAATCTCTGCACAGTAAGTCCTGTTGT
GCATCATGAGTAACTCAAGATCAGCAGAGTTGTGAACAACAAACTTCTTGAATCCGTTGG
GGAGATAGTGACGGGTCTTCTTGTCAGATCCGTAACCAACATTGGGCATCAAAGTCACAC
CTTTGAACTTCCTTCTCACCCTGGAATCAATACCCTTTGGCCTCCTCCAGCTTTCCTTGA
CGGTGATTCTGCGATCACTCTGGGGTCTGATGAATTTGGCAGACCTCTTCTTCACCACCT
TCTTCGTTAGCAACGGGACCGCCATTTCTGCTCCTTTCGTGAAGATCTCGAAGGCC

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1EV55JQ 490 0 0
ATCAAATGAGAAATGTGCCAATAAAGACAGATAAAAGAAACATAGGGCTTTCGTTCATCA
CTCATCTTCCTGGCTACGCAACCTAGCAAGCCTGTTGGTAACGACGATGTCAAGCTGGGA
AGCTCTCTCCACAATGGCTTTCCTCTTCTTTGTTGATGCATTGTGAGCAATCTCTGCACA
GTAAGTCCTGTTGTGCATCATGAGTAACTCAAGATCAGCAGAGTTGTGAACAACAAACTT
CTTGAATCCGTTGGGGAGATAGTGACGGGTCTTCTTGTCAGATCCGTAACCAACATTGGG
CATCAAAGTCACACCTTTGAACTTCCTTCTCACCCTGGAATCAATACCCTTTGGCCTCCT
CCAGCTTTCCTTGACGGTGATTCTGCGATCACTCTGGGGTCTGATGAATTTGGCAGACCT
CTTCTTCACCACCTTCTTCGTTAGCAACGGGACCGCCATTTCTGCTCCTTTCGTGAAGAT
CTCGAAGGCC

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 7

CO CL960Contig1 1371 7 5 U
GGAGCGAGCGAGCGTGTGTCTTGGGTCCGATTCAATTCGATTTTAGCTATGGCGGCGGAG
AACTGTTTCGGAGGAGGCGATCAGAGCACGAAAGGATTGGCTACTCACGGTGGTAGCTAC
GTTCAGTACAATGTTTATGGAAACATCTTCGAAGTGAGTAGAAAGTATGTTCCTCCTCTT
CGTCCCATCGGCAGAGGCGCTTACGGCATCGTCTGTGCTGCTACAAACTCAGAGACGGGA
GAGGAAGTAGCGATCAAGAAGATCGGTAACGCTTTTGACAACATCATCGACGCCAAGAGG
ACTTTGAGAGAGATCAAGCTCCTCAAGCACATGGATCACGAGAACGTTATTGCTGTTAAG
GATATAATAAGACCACCTCTCAGAGAGAACTTCAACGATGTTTACATTGTTTATGAGCTT
ATGGATACTGATCTTCACCAGATTATACGCTCTAACCAACCCTTAACTGATGATCATTGC
CGGTTCTTCTTGTATCAGTTGCTGCGTGGGCTCAAGTATGTTCACTCAGCCAATGTGTTA
CACCGTGATTTAAAGCCCAGCAATTTGCTCCTGAATGCAAACTGTGATCTAAAGCTTGGT
GATTTCGGGCTTGCGAGGACCAAATCCGAGACTGACTTCATGACTGAGTACGTTGTTACA
CGCTGGTACCGTGCTCCAGAGCTGCTCCTTAACTGCTCCGAGTACACCGCAGCCATCGAT
ATTTGGTCCGTCGGTTGTATTCTCGGTGAAACAATGACAAGAGAGCCCTTGTTTCCCGGT
AAAGATTATGTTCATCAGCTTAGGCTTATCACTGAGCTTATAGGATCACCTGATGATTCA
AGCTTGGGGTTCTTAAGGAGCGACAACGCTAGGAGATACGTTAAACAGCTTCCACAGTAC
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GAGAAAATGCTCGTCTTTGATCCTAGCAGACGCATCACAGTTGATGAGGCGTTGTGCCAC
CCTTATTTGGCGCCGCTGCACGATATAAACGAGGAACCGGTGTGTGTGAGGCCGTTCAAT
TTCGATTTCGAACAACCTTCTTTGTCAGAAGAGAACATCAAGGAGCTTATATATCGTGAA
ACAGTCAAGTTCAATCCTCAGTAAGGAGAGTTCTAATGAAAAGAAACTCATCAAAATGCG
TGTATTTGTCTTGCTTTGTTTTTGTTATTGAATCTCTGATAATATCTGTTTATGTCTGTA
ATATTAATAACATCTTTGAGAAATTGAAAAAAAAAAAGAACAACCTCTGAGCTGTGTTTG
CAGAAACAGCCATATGCTTTAGAGTTCAATGTACATTTTGTATTATTCGCT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW91TF U 4
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AF RR1BL81TF U 5
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AF RR1DW91JQ C 700
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GG
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ATGGATACTGATCTTCACCAGATTATACGCTCTAACCAACCCTTAACTGATGATCATTGC
CGGTTCTTCTTGTATCAGTTGCTGCGTGGGCTCAAGTATGTTCACTCAGCCAATGTGTTA
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ATTTGGTCC

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G
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TTTCGGAGGAGGCGACCAGAGCACGAAAGGATTGGCTACTCACGGTGGTAGCTACGTTCA
GTACAATGTTTATGGAAACACCTTCGAAGTGAGTAGAAAGTATGTTCCTCCTCTTCGTCC
CATCGGCAGAGGCGCTTACGGCATCGTCTGTGCTGCTACAAACTCAGAGACGGGAGAGGA
AGTAGCGATCAAGAAGATCGGTAACGCTTTTGACAACATCATCGACGCCAAGAGGACTTT
GAGAGAGATCAAGCTCCTCAAGCACATGGATCACGAGAACGTTATTGCTGTTAAGGATAT
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TACTGATCTTCACCAGATTATACGCTCTAACCAACCCTTAACTGATGATCATTGCCGGTT
CTTCTTGTATCAGTTGCTGCGTGGGCTCAAGTATGTTCACTCAGCCAATGTGTTACACCG
TGATTTAAAGCCCAGCAATTTGCTCCTGAATGCAAACTGTGATCTAAAGCTTGGTGATTT
CGGTCTTGCGAGGACCAAATCCGAGACTGACTTCATGACTGAGTACGTTGTTACACGCTG
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GTCC
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CCGTTCAATTTCGATTTCGAACAACCTTCTTTGTCAGAAGAGAACATCAAGGAGCTTATA
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CAAAATGCGTGTATTTGTCTTGCTTTGTTTTTGTTATTGAATCTCTGATAATATCTGTTT
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RD RR1CC29TF 630 0 0
G
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GCCATCGATATTTGGTCCGTCGGTTGTATTCTCGGTGAAACAATGACAAGAGAGCCCTTG
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GATGATTCAAGCTTGGGGTTCTTAAGGAGCGACAACGCTAGGAGATACGTTAAACAGCTT
CCACAGTACCCGAGACAGAACTTTGCTGCTAGGTTCCCAAACATGTCAGCTGGAGCAGCA
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CCGTTCAATTTCGATTTCGAACAACCTTCTTTGTCAGAAGAGAACATCAAGGAGCTTATA
TATCGTGAAACAGTCAAGTTCAATCCTCAGTAAGGAGAGTTCTAATGAAAAGAAACTCAT
CAAAATGCGTGTATTTGTCTTGCTTTGTTTTTGTTATTGAATCTCTGATAATATCTGTTT
ATGTCTGTAATATTAATAACATCTTTGAG

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GTTGATGAGGCGTTGTGCCACCCTTATTTGGCGCCGCTGCACGATATAAACGAGGAACCG
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AAGGAGCTTATATATCGTGAAACAGTCAAGTTCAATCCTCAGTAAGGAGAGTTTTAATGA
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ACAACCTCTGAGCTGTGTTTGCAGAAACAGCCATATGCTTTAGAGTTCAATGTACATTTT
GTATTATTCGCT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 7

CO CL961Contig1 1006 7 29 U
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AACCCTCGTACTGCTCCTTCTTCGGATCCATGGCTCGGACTAGTTCCCTCCGCGAACACT
CGCAGTCGGCGACGCGTCGTCCTCACTCTCTCTAGCTCTGACTCAAACGGAAGCGTCAAA
TCCGCCGCACCTTCTCCTCCACCTTCCCAACAAGTCCCAGACGACACAGTCTTCGTCGGT
CAAGAGAATGTTCCCCTCGAAGGCGTTATTCAATTCGATAAACCAAAATCAAATGCATCA
CTCAAGAAATGGGGCCGTGTGGGTTTACTTGCTGGTGGGGATGTTTTGGCTTTGCTTATC
TTCTCTGCAGTTGGGAGATTCAGCCATGGATTCCCTGTCTTTAGCTTGGATACTCTTCAC
ACAGCCGACCCTTTCATTGCTGGATGGTTTCTGAGTGCTTATTTCTTGGGAGGATATGCG
GAGGAAGGGAGAGGAATGAAGGGTCAGTCCAAAGCTGTGCTAGCAGCCGCTAAGTCTTGG
GCTCTCGGTGTTCCGCTTGGGGTGATCATAAGGTCAACCTCGTCAGGCCACATCCCAGCT
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GATGATTACTTGTCCCAAACAATTCATATAATGTATGAATACTCTG


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1FM84TF U 1
AF RR1AB80TF U 11
AF RR1DV81TF U 41
AF RR1GD74TF U 42
AF RR1FM84JQ C 212
AF RR1GD74JQ C 471
AF RR1DV81JQ C 475
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BS 760 772 RR1AB80TF
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BS 821 1005 RR1FM84JQ
BS 1006 1006 RR1DV81JQ

RD RR1FM84TF 580 0 0
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AACCCTCGTACTGCTCCTTCTTCGGATCCATGGCTCGGACTAGTTCCCTCCGCGAACACT
CGCAGTCGGCGACGCGTCGTCCTCACTCTCTCTAGCTCTGACTCAAACGGAAGCGTCAAA
TCCGCCGCACCTTCTCCTCCACCTTCCCAACAAGTCCCAGACGACACAGTCTTCGTCGGT
CAAGAGAATGTTCCCCTCGAAGGCGTTATTCAATTCGATAAACCAAAATCAAATGCATCA
CTCAAGAAATGGGGCCGTGTGGGTTTACTTGCTGGTGGGGATGTTTTGGCTTTGCTTATC
TTCTCTGCAGTTGGGAGATTCAGCCATGGATTCCCTGTCTTTAGCTTGGATACTCTTCAC
ACAGCCGACCCTTTCGTTGCTGGATGGTTTCTGAGTGCTTATTTCTTGGGAGGATATGCG
TAGGAAGGGAGAGGAATGAAGGGTCAGTCCAAAGCTGTGC

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DS 

RD RR1AB80TF 762 0 0
GG
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CGCGCTCCCACAGGACCCGTGTCCGCCGTCAGATTCATCACCAAACCCAACCCTCGTACT
GCTCCTTCTTCGGATCCATGGCTCGGACTGGTTCCCTCCGCGAACACTCGCAGTCGGTGA
CGCGTCGTCCTCACTCTCTCTAGCTCTGACTCAAACGGAAGCGTCAAATCCGCCGCACCT
TCTCCTCCACCTTCCCAAGTAGTCCCAGACGACACAGTCTTCGTCGGTCAAGAGAATGTT
CCCCTCGAAGGCGTTATTCAATTCGATAAACCAAAATCAAATGCATCACTCAAGAAATGG
GGACGTGTGGGTTTACTTGCTGGTGGGGATGTTTTGGCTTTGCTTATCTTCTCTGCAATT
GGGAGATTCAGCCATGGATTCCCTGTCTTTAGCTTGGATACTCTTCACACAGCCGACCCT
TTCATTGCTGGATGGTTTCTGAGTGCTTATTTCTTGGGAGGATATGCGGAGGAAGGGAGA
GGAATTAAGGGTCAGTCCAAAGCTGTGCTAGCAGCCGCTAAGTCTTGGGCTCTCGGTGTT
CCGCTTGGGGTGATCATAAAGTCAACCTCGTCACGCCACATCCCAGCTTATAGCTTTGTC
TTGGTGACAATGGGAAGTACCGCTGTTTTACTTATTGGGTGGAGAGCACTGTTATTCAGT
GTGCTTCCTTCGGAGTCAAAGAAGAA*GATGATACATATA

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DS 

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CTCCGCGAACACTCGCAGTCGGCGACGCGTCGTCCTCACTCTCTCTAGCTCTGACTCAAA
CGGAAGCGTCAAATCCGCCGCACCTTCTCCTCCACCTTCCCAACAAGTCCCAGACGACAC
AGTCTTCGTCGGTCAAGAGAATGTTCCCCTCGAAGGCGTTATTCAATTCGATAAACCAAA
ATCAAATGCATCACTCAAGAAATGGGGCCGTGTGGGTTTACTTGCTGGTGGGGATGTTTT
GGCTTTGCTTATCTTCTCTGCAGTTGGGAGATTCAGCCATGGATTCCCTGTCTTTAGCTT
GGATACTCTTCACACAGCCGACCCTTTCATTGCTGGATGGTTTCTGAGTGCTTATTTCTT
GGGAGGATATGCGGAGGAAGGGAGAGGAATGAAGGGTCAGTCCAAAGCTGTGCTAGCAGC
CGCTAAGTCTTGGGCTCTCGGTGTTCCGCTTGGGGTGATCATAAGGTCAACCTCGTCAGG
CCACATCCCAGCTTATAGCTTTATCTTGATGACAATGGGAAGTACCGCTGTTTTACTTAT
TGGGTGGAGAGCTCTACTATTCAGTGTGCTTCCTTCAGAGTCAAAGAAGAAAGATGATAC
ATATAGAAAAG*CAGCGCATTCGAACTATTTGAGTTGCTTACTTCATTAATAA

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DS 

RD RR1GD74TF 759 0 0
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AATGTTGGTTCTTCGCGCTCCCACAGGACCCGTGTCCGCCGTCAGATTCATCACCAAACC
CAACCCTCGTACTGCTCCTTCTTCGGATCCATGGCTCGGACTAGTTCCCTCCGCGAACAC
TCGCAGTCGGCGACGCGTCGTCCTCACTCTCTCTAGCTCTGACTCAAACGGAAGCGTCAA
ATCCGCCGCACCTTCTCCTCCACCTTCCCAACAAGTCCCAGACGACACAGTCTTCGTCGG
TCAAGAGAATGTTCCCCTCGAAGGCGTTATTCAATTCGATAAACCAAAATCAAATGCATC
ACTCAAGAAATGGGGCCGTGTGGGTTTACTTGCTGGTGGGGATGTTTTGGCTTTGCTTAT
CTTCTCTGCAGTTGGGAGATTCAGCCATGGATTCCCTGTCTTTAGCTTGGATACTCTTCA
CACAGCCGACCCTTTCATTGCTGGATGGTTTCTGAGTGCTTATTTCTTGGGAGGATATGC
GGAGGAAGGGAGAGGAATGAAGGGTCAGTCCAAAGCTGTGCTAGCAGCCGCTAAGTCTTG
GGCTCTCGGTGTTCCGCTTGGGGTGATCATAAGGTCAACCTCGTCATGCCACATCCCAGC
TTATAGCTTTATCTTG*TGACAATGGGAAGTACCGCTGTTTTACTTATTGGGTGGAGAGC
TCTACTATTCAGTGTGCTTCCTTCAGAGTCAAAGA*GAA*GATGATACATATAGAAAAG*
CAGCGCAT
CGACTATTTGAGT

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DS 

RD RR1FM84JQ 794 0 0
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AATTCGATAAACCAAAATCAAATGCATCACTCAAGAAATGGGGCCGTGTGGGTTTACTTG
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TCCCTGTCTTTAGCTTGGATACTCTTCACACAGCCGACCCTTTCGTTGCTGGATGGTTTC
TGAGTGCTTATTTCTTGGGAGGATATGCGTAGGAAGGGAGAGGAATGAAGGGTCAGTCCA
AAGCTGTGCTAGCAGCCGCTAAGTCTTGGGCTCTCGGTGTTCCGCTTGGGGTGATCATAA
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CCGCTGTTTTACTTATTGGGTGGAGAGCTCTACTATTCAGTGTGCTTCCTTCAGAGTCAA
AGAAGAAAGATGATACATATAGAAAAGGCAGCGCATTCGAACTATTTGAGTTGCTTACTT
CATTAATAAGACGGTGGTGATGGAGCTTCGCATCCATTAATGTACGCGCGGATGGAACTT
TCTATTCCATATGCATATATCTAATCCTGTCAGCAGAGGAAATATTTGGAAAGTTCCAGA
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TGTATGAATACTCT

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DS 

RD RR1GD74JQ 536 0 0
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AGGATATGCGGAGGAAGGGAGAGGAATGAAGGGTCAGTCCAAAGCTGTGCTAGCAGCCGC
TAAGTCTTGGGCTCTCGGTGTTCCGCTTGGGGTGATCATAAGGTCAACCTCGTCATGCCA
CATCCCAGCTTATAGCTTTATCTTG*TGACAATGGGAAGTACCGCTGTTTTACTTATTGG
GTGGAGAGCTCTACTATTCAGTGTGCTTCCTTCAGAGTCAAAGAAGAAAGATGATACATA
TAGAAAAGGCAGCGCATTCGAACTATTTGAGTTGCTTACTTCATTAATAAGACGGTGGTG
ATGGAGCTTCGCATCCATTAATGTACGCGCGGATGGAACTTTCTATTCCATATGCATATA
TCTAATCCTGTCAGCAGAGGAAATATTTGGAAAGTTCTAGAACCAAATGTAATATTTAGT
TACAGGGAGGGATGATTACTTGTCCCAAACAATTCATATAATGTATGAATACTCT
G

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DS 

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TATGCGGAGGAAGGGAGAGGAATGAAGGGTCAGTCCAAAGCTGTGCTAGCAGCCGCTAAG
TCTTGGGCTCTCGGTGTTCCGCTTGGGGTGATCATAAGGTCAACCTCGTCAGGCCACATC
CCAGCTTATAGCTTTATCTTGATGACAATGGGAAGTACCGCTGTTTTACTTATTGGGTGG
AGAGCTCTACTATTCAGTGTGCTTCCTTCAGAGTCAAAGAAGAAAGATGATACATATAGA
AAAGGCAGCGCATTCGAACTATTTGAGTTGCTTACTTCATTAATAAGACGGTGGTGATGG
AGCTTCGCATCCATTAATGTACGCGCGGATGGAACTTTCTATTCCATATGCATATATCTA
ATCCTGTCAGCAGAGGAAATATTTGGAAAGTTCCAGAACCAAATGTAATATTTAGTTACA
GGGAGGGATGATTACTTGTCCCAAACAATTCATATAATGTATGAATACTCTG

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 7

CO CL962Contig1 569 7 11 U
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AAAAGACGTAATGGGTAAGAACAACACTAAAATCCTCATCGCAGCTCTTGTGATGGTTGT
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CGACTTGAAGAAATGCAGTCCGGCTGTCACTGGAAACAACCCACCACCTCCCACTCCCCA
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CGGGATTGACTCAGCAAAAATCAAGACTCTAGGGGCCAATTGTGGCATTACTAAGAAACC
CTCCTGTTTGCCATGATTTGAAGAACTGAGCTGGACTTGACACATTCCGGCCTGCCACAA
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TTGCAATTATTTTTCAGTCACCTTTTCTAAATAAAAGAACCACGTTCTATGTACTAATGA
AAAACAATAAATTACTGCTTTTGGCTTAG


BQ
30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1CD75JQ C 3
AF RR1A828TF U 1
AF RR1CD75TF U 21
AF RR1AK59JQ C 1
AF RR1AK59TF U 1
AF RR1CM72TF U 1
AF RR1EH19TF U 4
BS 1 31 RR1A828TF
BS 32 33 RR1AK59TF
BS 34 167 RR1A828TF
BS 168 168 RR1AK59TF
BS 169 434 RR1A828TF
BS 435 435 RR1AK59TF
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BS 540 565 RR1AK59TF
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RD RR1CD75JQ 220 0 0
GG
GACAGAGTTGAGAACTTGAGAGAGAGA**AAAAGAGGGTAAAGATAAACAAACAAAAAAA
GACGTAATGGGTAAGAACAACACTAAAATCCTCATCGCAGCTCTTGTGATGGTTGTAACC
GCTGCGATGATGATTGAAGAAGCTAAGAGTATTCCCATATGTAACGTCAACACAAACGAC
TTGAAGAAATGCAGTCCGGCTGTCACTGGAAACAACCC

QA 3 220 3 220
DS 

RD RR1A828TF 539 0 0
GGACGACAGAGTTGAGAACTTGAGAGAGAGAGAAAAAGAGGGTAAAGATAAACAAACAAA
AAAAGACGTAATGGGTAAGAACAACACTAAAATCCTCATCGCAGCTCTTGTGATGGTTGT
AACCGCTGCGATGATGATTGAAGAAGCTAAGAGTATTCCCATATGTAGCGTCAACACAAA
CGACTTGAAGAAATGCAGTCCGGCTGTCACTGGAAACAACCCACCACCTCCCACTCCCCA
ATGCTGCGCGGTGGCCAAAACCGCTAATCTTGAATGTCTCTGCCCTTACTTCACCAGGTC
CGGGATTGACTCAGCAAAAATCAAGACTCTAGGGGCCAATTGTGGCATTACTAAGAAACC
CTCCTGTTTGCCATGATTTGAAGAACTGAGCTGGACTTGACACATTCCGGCCTGCCACAA
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DS 

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CGGCTGTCACTGGAAACAACCCACCACCTCCCACTCCCCAATGCTGCGCGGTGGCCAAAA
CCGCTAATCTTGAATGTCTCTGCCCTTACTTCACCAGGTCCGGGATTGACCCAGCAAAAA
TCAAGACTCTAGGGGCCAATTGTGGCATTACTAAGAAACCCTCCTGTTTGCCATGATTTG
AAGAACTGAACTGGACTTGACACATTCCGGCCTGCCACAGGATTAAGTCTCTAAGTTATA
ATATGTCTTTTGTTGTTCTATTCGAATAAACCACCAGATTTTGCAATTATTTTTCAGTCA
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CGACTTGAAGAAATGCAGTCCGGCTGTCACTGGAAACAACCCACCACCTCCCACTCCCCA
ATGCTGCGCGGTGGCCAAAACCGCTAATCTTGAATGTCTCTGCCCTTACTTCACCAGGTC
CGGGATTGACTCAGCAAAAATCAAGACTCTAGGGGCCAATTGTGGCATTACTAAGAAACC
CTCCTGTTTGCCATGATTTGAAGAACTGAGCTGGACTTGACACATTCCGGCCTGCCACAA
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TTGCAATTATTTTTCAGTCACCTTTTCTAAATAAAAGAACCACGTTCTATGTACTAATGA
AAAACAATAAATTACTGCTTTTGGC

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AAA*GACGTAATGGGTAAGAACAACACTAAAATCCTCATCGCAGCTCTTGTGATGGTTGT
AACCGCTGCGATGATGATTGAAGAAGCTAAGAGTATTCCCATATGTAACGTCAACACAAA
CGACTTGAAGAAATGCAGTCCGGCTGTCACTGGAAACAACCCACCACCTCCCACTCCCCA
ATGCTGCGCGGTGGCCAAAACCGCTAATCTTGAATGTCTCTGCCCTTACTTCACCAGGTC
CGGGATTGACTCAGCAAAAATCAAGACTCTAGGGGCCAATTGTGGCATTACTAAGAAACC
CTCCTGTTTGCCATGATTTGAAGAACTGAGCTGGACTTGACACATTCCGGCCTGCCACAA
GATTAAGTCTCTAAGTTATAATATGTCTTTTGTTGTTCTATTCGAATAAACCACCAGATT
TTGCAATTATTTTTCAGTCACCTTTTCTAAATAAAAGAACCACGTTCTATGTACTAATGA
AAAACAATAAATTACTGCTTTTGGC

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GGACGACAGAGTTGAGAACTTGAGAGAGAGA**AAAAGAGGGTAAAGATAAACAAACAAA
AAAAGACGTAATGGGTAAGAACAACACTAAAATCCTCATCGCAGCTCTTGTGATGGTTGT
AACCGCTGCGATGATGATTGAAGAAGCTAAGAGTATTCCCATATGTAACGTCAACACAAA
CGACTTGAAGAAATGCAGTCCGGCTGTCACTGGAAACAACCCACCACCTCCCACTCCCCA
ATGCTGCGCGGTGGCCAAAACCGCTAGTCTTGAATGTCTCTGCCCTTACTTCACCAGGTC
CGGGATTGACTCAGCAAAAATCAAGACTCTAGGGGCCAATTGTGGCATTACTAAGAAACC
CTCCTGTTTGCCATGATTTGAAGAACTGAGCTGGACT*GACACATTCCGGCCTGCCACAA
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TTGCAATTATTTTTCAGTCACCTTTTCTAAATAAAAGAACCACGTTCTATGTACTAATGA
AAAACAATAAATTACTGCTTTTGGCTTAG

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DS 

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G
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GACGTAATGGGTAAGAACAACACTAAAATCCTCATCGCAGCTCTTGTGATGGTTGTAACC
GCTGCGATGATGATTGAAGAAGCTAAGAGTATTCCCATATGTAACGTCAACACAAACGAC
TTGAAGAAATGCAGTCCGGCTGTCACTGGAAACAACCCACCACCTCCCACTCCCCAATGC
TGCGCGGTGGCCAAAACCGCTAATCTTGAATGTCTCTGCCCTTACTTCACCAGGTCCGGG
ATTGACCCAGCAAAAATCAAGACTCTAGGGGCCAATTGTGGCATTACTAAGAAACCCTCC
TGTTTGCCATGATTTGAAGAACTGAGCTGGACTTGACACATTCCGGCCTGCCACAAGATT
AAGTCTCTAAGTTATAATATGTCTTTTGTTGTTCTATTCGAATAAACCACCAGATTTCGC
AATTATTTTTCAGTCACCTTTTCTAAATAAAAGAACCACGTTCTATGTACTAATGAAAAA

QA 2 541 2 541
DS 



AS 2 6

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GCCCACTGTGATCGACGAGGTCAGGACCGGTACTTACCGTCAGCTTTTCCACCCTGAGCA
GCTCATCAGCGGTAAAGAAGACGCTGCTAACAACTTCGCCCGTGGACATTACACCATTGG
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TCTCCAAGGGTTCCTTGTCTTCAACGCTGTTGGTGGAGGAACTGGATCTGGTCTTGGATC
TCTTCTCCTCGAGAGGCTTTCTGTCGACTATGGGAAGAAGTCCAAGCTCGGGTTCACTGT
TTACCCATCTCCTCACGTCTCTACCTCTGTTGTTGAGCCTTACAACAGTGTCCTCTCCAC
TCACTCACTCTTGGAACACACTGATGTCTCTATCCTCCTCGACAACGAAGCTATCTACGA
CATCTGCAGACGTTCCCTCAACATTGAGAGGCCAACCTACACCAACCTCAACCGTCTTGT
CTCTCAGGTTATCTCTTCCTTGACTGCTTCTCTAAGGTTCGATGGTGCCTTGAACGTGGA
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CTACGCCCCAGTCATCTCCGCGGAGAAAGCCTTCCACAAGCAGCTCTCTGTCGCTGAGAT
CACTAACAGTGCTTTCGAGCCAGCTTCCATGATGGCCAAGTGTGACCCACGTCACGGGAA
GTACATGGCTTGCTGTTTGATGTACCGTGGTGATGTCGTCCCCAAAGACGTCAACGCAGC
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CAAGTGCGGTATCAACTACCAGCCACCAACTGTTGTACCAGGAGGCGATCTTGCTAAAGT
GCAGAGGGCTGTGTGTATGATCTCCAACTCCACTAGTGTTGCTGAGGTGTTCTCGAGGAT
TGATCACAAGTTCGATCTCATGTACGCCAAGCGCGCTTTCGTTCACTGGTATGTGGGTGA
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ATACTCTATTTGGGTTTTAAATTCTCGTTCTCGTTTCGTCTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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AF RR1B102TF U 1
AF RR1C031TF U 630
AF RR1AH46JQ C 803
BS 1 787 RR1B102TF
BS 788 788 RR1C031TF
BS 789 812 RR1B102TF
BS 813 869 RR1C031TF
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BS 939 1110 RR1C031TF
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BS 1341 1341 RR1AH46JQ
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BS 1350 1373 RR1C031TF
BS 1374 1602 RR1AH46JQ

RD RR1B102TF 812 0 0
GGGAAACCAGATCTTAGATATATTTCCAGGAGAGCGTCTTTATACACGCCCTTCGTCTTC
GTAATTTTCTTTGTGTGATTCAAATCGAAAATGAGGGAGTGCATCTCGATCCACATTGGT
CAAGCTGGTATCCAGGTCGGAAACGCCTGTTGGGAGCTTTACTGCCTTGAACATGGCATT
CAGCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGCGGAGGTGACGATGCGTTCAAC
ACCTTTCAGTGAGACAGGCGCTGGGAAGCACGTTCCACGTGCCGTCTTTGTCGACCTTGA
GCCCACTGTGATCGACGAGGTCAGGACCGGTACTTACCGTCAGCTTTTCCACCCTGAGCA
GCTCATCAGCGGTAAAGAAGACGCTGCTAACAACTTCGCCCGTGGACATTACACCATTGG
GAAGGAGATTGTTGATCTGTGCTTGGACCGTATCGGGAAGCTTGCTGATAACTGTACCGG
TCTCCAAGGGTTCCTTGTCTTCAACGCTGTTGGTGGAGGAACTGGATCTGGTCTTGGATC
TCTTCTCCTCGAGAGGCTTTCTGTCGACTATGGGAAGAAGTCCAAGCTCGGGTTCACTGT
TTACCCATCTCCTCACGTCTCTACCTCTGTTGTTGAGCCTTACAACAGTGTCCTCTCCAC
TCACTCACTCTTGGAACACACTGATGTCTCTATCCTCCTCGACAACGAAGCTATCTACGA
CATCTGCAGACGTTCCCTCAACATTGAGAGGCCAACCTACACCAACCTCAACCGTCTTGT
CTCTCAG*TTATCTCTTCCTTGACTGCTTCTC

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1C031TF 744 0 0
GG
GTTGAGCCTTACAACAGTGTCCTCTCCACTCACTCACTCTTGGAACACACTGATGTCTCT
ATCCTCCTCGACAACGAAGCTATCTACGACATCTGCAGGCGTTCCCTCAACATTGAGAGG
CCAACCTACACCAACCTCAACCGTCTTGTCTCTCAGGTTATCTCTTCCTTGACTGCTTCT
CTAAGGTTCGATGGTGCCTTGAACGTGGATGTCACTGAGTTCCAGACCAACTTGGTCCTA
TACCCAAGAATCCACTTCATGCTTTCATCCTACGCCCCAGTCATCTCCGCTGAGAAAGCC
TTCCACGAGCAGCTCTCTGTCGCTGAGATCACTAACAGTGCTTTCGAGCCAGCTTCCATG
ATGGCCAAGTGTGACCCACGTCACGGGAAGTACATGGCTTGCTGTTTGATGTACCGTGGT
GATGTCGTCCCCAAAGACGTCAACGCAGCTGTTGGAACCATCAAGACCAAGCGTACCATT
CAGTTCGTTGACTGGTGTCCTACTGGATTCAAGTGCGGTATCAACTACCAGCCACCAACT
GTTGTACCAGGAGGCGATCTTGCTAAAGTGCAGAGGGCTGTGTGTATGATCTCCAACTCC
ACTAGTGTTGCTGAGGTGTTCTCGAGGATTGATCACAAGTTCGATCTCATGTACGCCAAG
CGCGCTTTCGTTCACTGGTATGTGGGTGAGGGTATGGAGGAAGGAGAGT*CTCTGAG*CT
CGTGAGGATCTCGCAGCTTTGG

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1AH46JQ 800 0 0
ACTGCTTCTCTAAGGTTCGATGGTGCCTTGAACGTGGATGTCACTGAGTTCCAGACCAAC
TTGGTCCCATACCCAAGAATCCACTTCATGCTTTCCTCCTACGCCCCAGTCATCTCTGCG
GAGAAAGCCTTCCACAAGCAGCTCTCTGTCGCTGAGATCACTAACAGTGCTTTCGAGCCA
GCTTCCATGATGGCCAAGTGTGACCCACGTCACGGGAAGTACATGGCTTGCTGTTTGATG
TACCGTGGTGATGTCGTCCCCAAAGACGTCAACGCAGCTGTTGGAACCATCAAGACCAAG
CGTACCATCCAGTTCGTTGACTGGTGTCCTACTGGATTCAAGTGCGGTATCAACTACCAG
CCACCAACTGTTGTCCCAGGAGGCGATCTTGCTAAAGTGCAGAGGGCTGTGTGTATGATC
TCCAACTCCACTAGTGTTGCTGAGGTGTTCTCGAGGATTGATCACAAGTTCGATCTCATG
TACGCCAAGCGCGCTTTCGTTCACTGGTATGTGGGTGAGGGTATGGAGGAAGGAGAGTTC
TCTGAGGCTCGTGAGGATCTTGCAGCTTTGGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGCGGAA
GGTGGTGATGATGAGGATGACGAAGGCGAGGAATACTGAGAAGATCAATGTTTCGAAAAT
TTAAATTCTGTTATCCTATGTGTTTACGTGTTGATGGGCTCGAAACACTCTTTTGACGAA
CCCTTTGTTTTTCTATTTCTGCTTGAATTTCTGTTCTGATACTCTATTTGGGTTTTAAAT
TCTCGTTCTCGTTTCGTCTT

QA 1 800 1 800
DS 



CO CL963Contig2 785 3 1 U
GGAGAAAACCAGATCTTAGATATATTCCCAGGAGAGCGTCTTCATACACGCCCTTCGTCT
TCGTAATTTTCTCTCTCTCTGTGTGATTCAAATCGAAAATGAGGGAGTGCATCTCGATCC
ACATTGGTCAAGCTGGTATCCAGGTCGGAAACGCCTGTTGGGAGCTTTACTGCCTTGAAC
ATGGCATTCAGCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGCGGAGGTGACGAT*
CGTTCAACACCTTCTTCAGTGAGACAGGCGCTGGGAAGCACGTCCCACGTGCCGTCTTTG
TCGACCTTGAGCCCACTGTGATCGACGAGGTCAGGACCGGTACTTACCGTCAGCTTTTCC
ACCCTGAGCAGCTTATCAGCGGTAAAGAAGACGCTGCTAACAACTTCGCCCGTGGACATT
ACACCATTGGGAAGGAGATTGTTGATCTGTGCTTGGACCGTATCAGGAAGCTTGCTGATA
ACTGTACCGGTCTCCAAGGGTTCCTTGTCTTCAACGCTGTTGGTGGAGGAACTGGATCTG
GTCTTGGATCTCTTCTCCTCGAGAGGCTTTCTGTCGACTATGGGAAGAAGTCCAAGCTCG
GGTTCACTGTTTACCCATCTCCACAGGTCTCTACCTCTGTTGTTGAGCCTTACAACAGTG
TCCTCTCCACTCACTCACTCTTGGAACACACTGATGTCTCTATCCTCCTCGAAACACTCT
TTTGACGAGCCCTTTGTTTTTCTATTTCTGCTTGAATTTCTGTTCTGATACTCTATTTGG
GTTTA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 

AF RR1DJ34TF U 85
AF RR1F974TF U 1
AF RR1FF67TF U 1
BS 1 785 RR1F974TF

RD RR1DJ34TF 604 0 0
GATTCAAATCGAAAATGAGGGAGTGCATCTCGATCCACATTGGTCAAGCTGGTATCCAGG
TCGGAAACGCCTGTTGGGAGCTTTACTGCCTTGAACATGGCATTCAGCCTGATGGCCAGA
TGCCGAGTGACAAGACTGTTGGCGGAGGTGACGATGCGTTCAACACCTTCTTCAGTGATA
CAGGCGCTGGGAAGCACGTCCCACGTGCCGTCTTTGTCGACCTTGAGCCCACTGTGATCG
ACGAGGTCAGGACCGGTACTTACCGTCAGCTTTTCCACCCTGAGCAGCTTATCAGCGGTA
AAGAAGACGCTGCTAACAACTTCGCCCGTGGACATTACACCATTGGGAAGGAGATTGTTG
ATCTGTGCTTGGACCGTATCAGGAAGCTTGCTGATAACTGTACCGGTCTCCAAGGGTTCC
TTGTCTTCAACGCTGTTGGTGGAGGAACTGGATCTGGTCTTGGATCTCTTCTCCTCGAGA
GGCTTTCTGTCGACTATGGGAAGAAGTCCAAGCTCGGGTTCACTGTTTACCCATCTCCAC
AGGTCTCTACCTCTGTTGTTGAGCCTTACAACAGTGTCCTCTCCACTCACTCGCTCTTGG
AACA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1F974TF 785 0 0
GGAGAAAACCAGATCTTAGATATATTCCCAGGAGAGCGTCTTCATACACGCCCTTCGTCT
TCGTAATTTTCTCTCTCTCTGTGTGATTCAAATCGAAAATGAGGGAGTGCATCTCGATCC
ACATTGGTCAAGCTGGTATCCAGGTCGGAAACGCCTGTTGGGAGCTTTACTGCCTTGAAC
ATGGCATTCAGCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGCGGAGGTGACGAT*
CGTTCAACACCTTCTTCAGTGAGACAGGCGCTGGGAAGCACGTCCCACGTGCCGTCTTTG
TCGACCTTGAGCCCACTGTGATCGACGAGGTCAGGACCGGTACTTACCGTCAGCTTTTCC
ACCCTGAGCAGCTTATCAGCGGTAAAGAAGACGCTGCTAACAACTTCGCCCGTGGACATT
ACACCATTGGGAAGGAGATTGTTGATCTGTGCTTGGACCGTATCAGGAAGCTTGCTGATA
ACTGTACCGGTCTCCAAGGGTTCCTTGTCTTCAACGCTGTTGGTGGAGGAACTGGATCTG
GTCTTGGATCTCTTCTCCTCGAGAGGCTTTCTGTCGACTATGGGAAGAAGTCCAAGCTCG
GGTTCACTGTTTACCCATCTCCACAGGTCTCTACCTCTGTTGTTGAGCCTTACAACAGTG
TCCTCTCCACTCACTCACTCTTGGAACACACTGATGTCTCTATCCTCCTCGAAACACTCT
TTTGACGAGCCCTTTGTTTTTCTATTTCTGCTTGAATTTCTGTTCTGATACTCTATTTGG
GTTTA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1FF67TF 784 0 0
GGAGA
AAACCAGATCTTAGATATATTCCCAGGAGAGCGTCTTCATACACGCCCTTCGTCTTCGTA
ATTTTCTCTCTCTCTGTGTGATTCAAATCGAAAATGAGGGAGTGCATCTCGATCCACATT
GGTCAAGCTGGTATCCAGGTCGGAAACGCCTGTTGGGAGCTTTACTGCCTTGAACATGGC
ATTCAGCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGCGGAGGTGACGAT*CGTTC
AACACCTTCTTCAGTGAGACAGGCGCTGGGAAGCACGTCCCACGTGCCGTCTTTGTCGAC
CTTGAGCCCACTGTGATCGACGAGGTCAGGACCGGTACTTACCGTCAGCTTTTCCACCCT
GAGCAGCTTATCAGCGGTAAAGAAGACGCTGCTAACAACTTCGCCCGTGGACATTACACC
ATTGGGAAGGAGATTGTTGATCTGTGCTTGGACCGTATCAGGAAGCTTGCTGATAACTGT
ACCGGTCTCCAAGGGTTCCTTGTCTTCAACGCTGTTGGTGGAGGAACTGGATCTGGTCTT
GGATCTCTTCTCCTCGAGAGGCTTTCTGTCGACTATGGGAAGAAGTCCAAGCTCGGGTTC
ACTGTTTACCCATCTCCACAGGTCTCTACCTCTGTTGTTGAGCCTTACAACAGTGTCCTC
TCCACTCACTCACTCTTGGAACACACTGATGTCTCTATCCTCCTCGAAACACTCTTTTGA
CGAGCCCTTTGTTTT*CTATTTCTGCTTGAATTTCTGTTCTGATACTCTATTTGGGTTT

QA 6 784 6 784
DS 



AS 1 7

CO CL964Contig1 967 7 17 U
GGAAAGAATATAACTGGAAGGGGTCTGATGATTGTTGATGACCCAACGCTACTGACATTG
AAGCGGAGACGACTCTCGATCAACAAAGATCCCATGGAACCTTCTTCTTCTTCATCTC**
*AGGCTAAGATCGCTGGAATACGAGAGAGATATGGGAGAGAGATTCGTGTTTTCGAGACT
TCGAGCATTTCTCAGAGGCCAAGTCAAGCTTCTTCTGTTGCTCAAGAGGAATCTGATGAG
TTCTACGAGCTCACACCCACAGATTATTACCGTCTTGTAGCATCTAAGAAAGAAGATAAA
TCGTTGAAGACAAGAAAGCTCCGTGAAGCAGAAGAAGCTGCTCGTCGAGCTAAGCTGACC
AAGGCTGTGATGCGGGTTCGTTTTCCTGATAACAACACATTGGAGGCGACGTTTCATCCC
TCGGAGAAGATCCAATGCTTGATTGATCTTGTTAAAAGAGTACTTGCGCAGCCAGAGATT
CCTTTCTACTTGTACACAACTCCTCCCAAGAAGCAGATTAAGGATTTCTCACAAGACTTC
TACTCTGCTGGGTTCGTTCCTGGTGCAATTGTCTACTTTGCAAATGATCAACCAAAAGAT
GATGGTGCAAATTCAACTCCTTACCTTAATGAAGAGATCTTGTCACTGAAAGATGTAGAG
GACATGGCCAAAGTAGAGGAACCCGCTGAGCCATCTTCAGAACCAGCCACGAGCGATGCT
GGTACTGTACCACTTGACCAAGAGCCCAAACCCGTGGAGAAGAAGAGCACAAAGCCTAAG
TGGTTTAAAATGTGATTGAATAATGGTTGATAGTTACAAAGGGAAAGAAAAAGCATGTTG
CCTTTGAATTGAAACGTGACAGTTAGTGTGACGGTAACAGTCTTATTGTGTCGGTCATGG
TTTGTTTGGATTTCCTCAGGCCTAAAAGTGATGTTTATCCATAATTTGATATATCATTTC
TTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 5 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 15 5 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 
30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1D402TF U 3
AF RR1CK26TF U 1
AF RR1BW83TF U 43
AF RR1DD10TF U 8
AF RR1GJ56TF U 14
AF RR1GJ56JQ C 550
AF RR1CK26JQ C 311
BS 1 90 RR1CK26TF
BS 91 91 RR1D402TF
BS 92 157 RR1CK26TF
BS 158 158 RR1D402TF
BS 159 635 RR1CK26TF
BS 636 636 RR1D402TF
BS 637 701 RR1CK26TF
BS 702 702 RR1DD10TF
BS 703 740 RR1CK26TF
BS 741 741 RR1BW83TF
BS 742 752 RR1CK26TF
BS 753 753 RR1DD10TF
BS 754 760 RR1CK26TF
BS 761 763 RR1BW83TF
BS 764 778 RR1CK26TF
BS 779 785 RR1DD10TF
BS 786 967 RR1CK26JQ

RD RR1D402TF 673 0 0
GGAAAGA
ATAACTGGAAGGGGTCTGATGATTGTTGATGACCCAACGCTACTGACATTGAAGCGGAGA
CGACTCTCGATCAACAAAGATCCCATGGAACCTTCTTCTTCTTCATCTC***AGGCTAAG
ATCGCTGGAATACGAGAGAGATATGGGAGAGAGATTCGTGTTTTCGAGACTTCGAGCATT
TCTCAGAGGCCAAGTCAAGCTTCTTCTGTTGCTCAAGAGGAATCTGATGAGTTCTACGAG
CTCACACCCACAGATTATTACCGTCTTGTAGCATCTAAGAAAGAAGATAAATCGTTGAAG
ACAAGAAAGCTCCGTGAAGCAGAAGAAGCTGCTCGTCGAGCTAAGCTGACCAAGGCTGTG
ATGCGGGTTCGTTTTCCTGATAACAACACATTGGAGGCGACGTTTCATCCCTCGGAGAAG
ATCCAATGCTTGATTGATCTTGTTAAAAGAGTACTTGCGCAGCCAGAGATTCCTTTCTAC
TTGTACACAACTCCTCCCAAGAAGCGGATTAAGGATTTCTCACAAGACTTCTACTCTGCT
GGGTTCGTTCCTGGTGCAATTGTCTACTTTGCAAATGATCAACCAAAAGATGATGGTGCA
AGTTCAATTCCTTACCTTAATGAAGAGATCTTGTCACTGAAAGATGTAGAGGACATGGCC
AAAGTA

QA 8 673 8 673
DS 

RD RR1CK26TF 790 0 0
GGAAAGAATATAACTGGAAGGGGTCTGATGATTGTTGATGACCCAACGCTACTGACATTG
AAGCGGAGACGACTCTCGATCAACAAAGATTCCATGGAACCTTCTTCTTCTTCATCTC**
*AGGCTAAGATCGCTGGAATACGAGAGAGATATGGGATAGAGATTCGTGTTTTCGAGACT
TCGAGCATTTCTCAGAGGCCAAGTCAAGCTTCTTCTGTTGCTCAAGAGGAATCTGATGAG
TTCTACGAGCTCACACCCACAGATTATTACCGTCTTGTAGCATCTAAGAAAGAAGATAAA
TCGTTGAAGACAAGAAAGCTCCGTGAAGCAGAAGAAGCTGCTCGTCGAGCTAAGCTGACC
AAGGCTGTGATGCGGGTTCGTTTTCCTGATAACAACACATTGGAGGCGACGTTTCATCCC
TCGGAGAAGATCCAATGCTTGATTGATCTTGTTAAAAGAGTACTTGCGCAGCCAGAGATT
CCTTTCTACTTGTACACAACTCCTCCCAAGAAGCAGATTAAGGATTTCTCACAAGACTTC
TACTCTGCTGGGTTCGTTCCTGGTGCAATTGTCTACTTTGCAAATGATCAACCAAAAGAT
GATGGTGCAAATTCAACTCCTTACCTTAATGAAGATATCTTGTCACTGAAAGATGTAGAG
GACATGGCCAAAGTAGAGGAACCCGCTGAGCCATCTTCAGA*CCAGCCACGAGCGATGCT
GGTACTGTACCACTTGACCA*GAGCCCAAACC*GTGGAGA**GAGAGCACAAAGCCTA
GTGGTTTAAATG

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1BW83TF 738 0 0
GG
AACGCTACTGACATTGAAGCGGAGACGACTCTCGATCAACAAAGATCCCATGGAACCTTC
TTCTTCTTCATCTCAGCAGGCTAAGATCGCTGGAATACGAGAGAGATATGGGAGAGAGAT
TCGTGTTTTCGAGACTTCGAGCATTTCTCAGAGGCCAAGTCAAGCTTCTTCTGTTGCTCA
AGAGGAATCTGATGAGTTCTACGAGCTCACACCCACAGATTATTACCGTCTTGTAGCATC
TAAGAAAGAAGATAAATCGTTGAAGACAGGAAAGCTCCGTGAAGCAGAAGAAGCTGCTCG
TCGAGCTAAGCTGACCAAGGCTGTGATGCGGGTTCGTTTTCCTGATAACAACACATTGGA
GGCGACGTTTCATCCCTCGGAGAAGATCCAATGCTTGATTGATCTTGTTAAAAGAGTACT
TGCGCAGCCAGAGATTCCTTTCTACTTGTACACAACTCCTCCCAAGAAGCAGATTAAGGA
TTTCTCACAAGACTTCTACTCTGCTGGGTTCGTTCCTGGTGCAATTGTCTACTTTGCAAA
TGATCAACCAAAAGATGATGGTGCAAATTCAACTCCTTACCTTAATGAAGAGATCTTGTC
ACTGAAAGATGTAGAGGACATGACCAAAGTAGAGGAACCCGCTGAGCCATCTTCAGAACC
AGCCACGAGCGATGCTGGTACTGTACCACTTGACCAAGAGCCCAAACCCGTGGAGAAGAA
GAGCACAAAGCCTAAG

QA 3 738 3 738
DS 

RD RR1DD10TF 778 0 0
GGATAACT
GGAAGGGGTCTGATGATTGTTGATGACCCAACGCTACTGACATTGAAGCGGAGACGACTC
TCGATCAACAAAGATCCCATGGAACCTTCTTCTTCTTCATCTC***AGGCTAAGATCGCT
GGAATACGGGAGAGATATGGGAGAGAGATTCGTGTTTTCGAGACTTCGAGCATTTCTCAG
AGGCCAAGTCAAGCTTCTTCTGTTGCTCAAGAGGAATCTGATGAGTTCTACGAGCTCACA
CCCACAGATTATTACCGTCTTGTAACATCTAAGAAAGAAGATAAATCGTTGAAGACAAGA
AAGCTCCGTGAAGCAGAAGAAGCTGCTCGTCGAGCTAAGCTGACCAAGGCTGTGATGCGG
GTTCGTTTTCCTGATAACAACACATTGGAGGCGACGTTTCATCCCTCGGAGAAGATCCAA
TGCTTGGTTGATCTTGTTAAAAGAGTACTTGCGCAGCCAGAGATTCCTTTCTACTTGTAC
ACAACTCCTCCCAAGAAGCAGATTAAGGATTTCTCACAAGACTTCTGCTCTGCTGGGTTC
GTTCCTGGTGTAATTGTCTACTTTGCAAATGATCAACCAAAAGATGATGGTGCAAATTCA
ACTCCTTACCTTAATGAAGAGATCTTGTCACTGAAAGATGTAGAGGACATGGCCAAAGTA
GAGGAACCCGCTGAGCCATCTTCAGAACCAGCCACGAGCGATGCTGGTACTGTACCACTT
GACCA*GAGCCCAAACCCGTGGAGA**GAGAGCACAAAGCCTAAGTGGTT

QA 9 778 9 778
DS 

RD RR1GJ56TF 772 0 0
GG
GGAAGGGGTCTGATGATTGTTGATGACCCAACGCTACTGACATTGAAGCGGAGACGACTC
TCGATCAACAAAGATCCCATGGAACCTTCTTCTTCTTCATCTC***AGGCTAAGATCGCT
GGAATACGAGAGAGATATGGGAGAGAGATTCGTGTTTTCGAGACTTCGAGCATTTCTCAG
AGGCCAAGTCAAGCTTCTTCTGTTGCTCAAGAGGAATCTGATGAGTTCTACGAGCTCACA
CCCACAGATTATTACCGTCTTGTAGCAT*TAAGAAAGAAGATAAATCGTTGAAGACAAGA
AAGCTCCGTGAAGCAGAAGAAGCTGCTCGTCGAGCTAAGCTGACCAAGGCTGTGATGCGG
GTTCGTTTTCCTGATAACAACACATTGGAGGCGACGTTTCATCCCTCGGAGAAGATCCAA
TGCTTGATTGATCTTGTTAAAAGAGTACTTGCGCAGCCAGAGATTCCTTTCTACTTGTAC
ACAACTCCTCCCAAGAAGCAGATTAAGGATTTCTCACAAGACTTCTACTCTGCTGGGTTC
GTTCCTGGTGCAATTGTCTACTTTGCAAATGATCAACCAAAAGATGATGGTGCAAATTCA
ACTCCTTACCTTAATGAAGAGATCTTGTCACTGAAAGATGTAGAGGACATGGCCAAAGTA
GAGGAACCCGCTGAGCCATCTTCAGAACCAGCCACGAGCGATGCTGGTACTGTACCACTT
GACAA*GAGCC*AAACCCGTGGAGAA*GAGAGCACAA*GCCTAAGTGGTT

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR1GJ56JQ 401 0 0
GGGTTCGTTCCTGGTGCAATTGTTTACTTTGCAAATGATCAACCAAAAGATGATGGTGCA
AATTCAACTCCTTACCTTAATGAAGAGATTTTGTCACTGAAAGATGTAGAGGACATGGCC
AAAGTAGAGGAACCCGCTGAGCCATTTTCAGAACCAGCCACGAGCGATGCTGGTACTGTA
CCACTTGACCAAGAGCCCAAACCCGTGGAGAAGAAGAGCACAAAGCCTAAGTGGTTTAAA
ATGTGATTGAATAATGGTTGATAGTTACAAAGGGAAAGAAAAAGCATGTTGCCTTTGAAT
TGAAACGTGACAGTTAGTGTGACGGTAACAGTCTTATTGTGTCGGTCATGGTTTGTTTGG
ATTTCCTCAGGCCTAAAAGTGATGTTTATCCATAATTTGAT

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1CK26JQ 657 0 0
CAAGAAAGCTCCGTGAAGCAGAAGAAGCTGCTCGTCGAGCTAAGCTGACCAAGGCTGTGA
TGCGGGTTCGTTTTCCTGATAACAACACATTGGAGGCGACGTTTCATCCCTCGGAGAAGA
TCCAATGCTTGATTGATCTTGTTAAAAGAGTACTTGCGCAGCCAGAGATTCCTTTCTACT
TGTACACAACTCCTCCCAAGAAGCAGATTAAGGATTTCTCACAAGACTTCTACTCTGCTG
GGTTCGTTCCTGGTGCAATTGTTTACTTTGCAAATGATCAACCAAAAGATGATGGTGCAA
ATTCAACTCCTTACCTTAATGAAGATATCTTGTCACTGAAAGATGTAGAGGACATGGCCA
AAGTAGAGGAACCCGCTGAGCCATCTTCAGAACCAGCCACGAGCGATGCTGGTACTGTAC
CACTTGACCAAGAGCCCAAACCCGTGGAGAAGAAGAGCACAAAGCCTAAGTGGTTTAAAA
TGTGATTGAATAATGGTTGATAGTTACAAAGGGAAAGAAAAAGCATGTTGCCTTTGAATT
GAAACGTGACAGTTAGTGTGACGGTAACAGTCTTATTGTGTCGGTCATGGTTTGTTTGGA
TTTCCTCAGGCCTAAAAGTGATGTTTATCCATAATTTGATATATCATTTCTTCTTCC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 6

CO CL965Contig1 1604 6 27 U
GAGGCTGGAAAGTTTGTGAAAGATGATGTGTGGCATGCACTGATTGTTGTCATAAGCAAT
GCATCAGAGCTTCACGGATATACAGTCAGAGCATTATACAAAGCAGTCTTGACATATTCA
GAACAGGAGACCCTTGTCCGAGTGGCGGTTTGGTGCATTGGGGAATATGGTGATTTGCTG
GTTAACAATGTGGGGATGCTTGGTATTGAAGATCCAATAACGGTAACGGAAAGTGATGCA
GTGGACGTAATCGAGGAAGCCATTACTCGCCATAACTCAGATATGACTACAAAAGCGATG
GCATTGGTTGCTCTACTGAAGCTGTCATCCCGCTTTCCTTCTATCTCAGAGAGGATTAAA
GATATAATTGTGAAGCAGAAAGGGAGCCTTCTCCTTGAAATGCAGCAGAGAGCTATTGAA
TTCAATTCTATTGTTGACAGGCATAAAAATATCAGGTCTTCTCTGGTTGAGAGAATGCCG
GTGCTAGATGAGGCTACCTTCAATGTGAGGAGGGCTGGCTCTTTGCCTGCGTCAGTTTCA
ACAATGGCCAAACCTTCCGTTAGTATTCCAAATGGTGTTGCTGCAGCTCCACTAGTGGAT
TTGCTGGACCTGGGTTCTGACGATATCATGGCTGCACCTAGTTCATCTGGTGCAGATTTC
CTTCAGGATCTTCTTGGTGTTGACTTAGGATCATCGC**GCACAATCTGGTGCAGCCCCG
GGTCCAAAAGCCGGCGCAGATCTGTTGATGGATATTTTATCAATTGGAACACCTTCTCCG
GCGCAAAACAACACATCATCAATTGATTTGTTATCGACAGCTGCCATTAACAATAGTCCT
TCTACTGCGCTAGGCACACTCTCTTCACCAGCTCCACCTCACGTAGCAACGACTGCTTCT
GCTGGTGGTATGTTTGATTTGTTAGATGGTCTTTCCCCAATCCCATCGAAGGAAGCAACC
AATGGTCCTGCATATCCACCTATTGTTGCATACGAGAGCAGCACCTTGAAGATTGAGTTC
ACCTTCCCAAAGCCATCAGAGAACCCACAAACAACAAATGTGCAAGCCACTTTTATAAAT
CTATCTCCTAATAATTTCACAGATTTTATCTTCCAGGCTGCTGTTCCAAAGTTCCTCCAG
CTGCACTTGGATCCAGCAAGCAGTAACACACTCCCGGCAAGCGGTAACATTATGCAGAAT
CTGAAAGTCACTAACAGCCAGCACGGAAAGAAATCTCTTGTGATGCGCATGAGGATTGGG
TACAAAGTAAATGGAAAAGATGTACTGGAGGAAGGACAGATCAACAACTTCCCTCGTGGC
TTGTGAGGCTGATTGTATTTTCAGCATAAGGAACTTTTGAGTATTTATTATCATATCATC
CGTATTCCAAAAAAAAAGATATGTATCGCCCACTGACGCAACAAAATCAGCTTTTACCTT
CCTATTTTTGTCATCCGTTTCCTGAAACTTTGGCTTTTGTTTGGGATTTGAGATTCTCCA
GGTTTCTTTTTGAACAAAATTCCATCTGTTTTTAGAGTCGGAAAGTGATGGAGGAAGCAC
ACAAGCTTGTCTCTCTCCTCTTGTATAAAACTTTTTAAAGAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G633TF U 1
AF RR1DK25TF U 221
AF RR1AB46TF U 485
AF RR1AB46JQ C 774
AF RR1G633JQ C 1335
AF RR1DK25JQ C 991
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BS 855 935 RR1DK25TF
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BS 937 939 RR1DK25TF
BS 940 941 RR1AB46TF
BS 942 951 RR1DK25TF
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GCATCAGAGCTTCACGGATATACAGTCAGAGCATTATACAAAGCAGTCTTGACATATTCA
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GTTAACAATGTGGGGATGCTTGGTATTGAAGATCCAATAACGGTAACGGAAAGTGATGCA
GTGGACGTAATCGAGGAAGCCATTACTCGCCATAACTCAGATATGACTACAAAAGCGATG
GCATTGGTTGCTCTACTGAAGCTGTCATCCCGCTTTCCTTCTATCTCAGAGAGGATTAAA
GATATAATTGTGAAGCAGAAAGGGAGCCTTCTCCTTGAAATGCAGCAGAGAGCTATTGAA
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GTGCTAGATGAGGCTACCTTCAATGTGAGGAGGGCTGGCTCTTTGCCTGCGTCAGTTTCA
ACAATGGCCAAACCTTCCGTTAGTATTCCAAATGGTGTTGCTGCAGCTCCACTAGTGGAT
TTGCTGGACCTGGGTTCTGACGATATCATGGCTGCACCTAGTTCATCTGGTGCAGATTTC
CTTCAG*ATCTTCTTGGTGTTGACTTAG*ATCATCGC**GCACAATCTG*TGCAGCCCCG
G
TCAAAG

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DS 

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G
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TATGACTACAAAAGCGATGGCATTGGTTGCTCTACTGAAGCTGTCATCCCGCTTTCCTTC
TATCTCAGAGAGGATTAAAGATATAATTGTGAAGCAGAAAGGGAGCCTTCTCCTTGAAAT
GCAGCAGAGAGCTATTGAATTCAATTCTATTGTTGACAGGCATAAAAATATCAGGTCTTC
TCTGGTTGAGAGAATGCCGGTGCTAGATGAGGCTACCTTCAATGTGAGGAGGGCTGGCTC
TTTGCCTGCGTCAGTTTCAACAATGGCCAAACCTTCCGTTAGTATTCCAAATGGTGTTGC
TGCAGCTCCACTAGTGGATTTGCTGGACCTGGGTTCTGACGATATCATGGCTGCACCTAG
TTCATCTGGTGCAGATTTCCTTCAGGATCTTCTTGGTGTTGACTTAGGATCGCCG***GC
ACAATCTGGTGCAGCCCCGGGTCCAAAAGCCGGCGCAGATCTGTTGATGGATATTTTATC
AATTGGGACACCTTCTCCGGCACAAAACAACACATCATCAATTGATTTGTTATCGACAGC
TGCCATTAACAATAGTCCATCTACTGCGCTAGACACACTCTCTTCACCAGCTCCACCTCA
CGTAGCAACGACTGCTTCTGCTGGTGGTATGTTTGATTTGTTAGATGGTCTTTCTCCAG*
CCCATCGAAG*AAGCAACCAATGGTCA*GCATATCCACCTATTGTTGCATACGAGAG

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DS 

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G
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GGCCAAACCTTCAGTTAGTATTCCAAATGGTGTTGCTGCAGCTCCACTAGTGGATTTGCT
GGATCTGGGTTCTGACGATATCATGGCTGCACCTAGTTCATCTGGTGCAGATTTCCTTCA
GGATCTTCTTGGTGTTGACTTAGGATCATCGCCGGCACAATCTGGTGCAGCCCCGGGTCC
AAAAGCCGGCGCAGATCTGTTGATGGATATTTTATCAATTGGAACACCTTCTCCGGCGCA
AAACAACACATCATCAATTGATTTGTTATCGACAGCTGCCATTAACAATAGTCCTTCTAC
TGCGCTAGGCACACTCTCTTCACCAGCTCCACCTCACGTAGCAACGACTGCTTCTGCTGG
TGGTATGTTTGATTTGTTAGATGGTCTTTCCCCAATCCCATCGAAGGAAGCAACCAATGG
TCCTGCATATCCACCTATTGTTGCATACGAGAGCAGCACCTTGAAGATTGAGTTCACCTT
CCCAAAGCCATCAGAGAACCCACAAACAACAAATGTGCAAGCCACTTTTATAAATCTATC
TCCTAATAATTTCACAGATTTTATCTTCCAGGCTGCTGTTCCAAAGTTCCTCCAGCTGCA
CTTGGATCCAGCAAGCAGTAACACACTCCCGGCAAGCGGTAACATTATGCAGAATCTGAA
AGTCACTAACAGCCAGCACGGAAAGAAATCTCTTGTGATGCGCATGAGGATTGGGTACAA
AGTAAATGGAAAAGATGTACTG

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DS 

RD RR1AB46JQ 615 0 0
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TAGTCCTTCTACTGCGCTAGGCACACTCTCTTCACCAGCTCCACCTCACGTAGCAACGAC
TGCTTCTGCTGGTGGTATGTTTGATTTGTTAGATGGTCTTTCCCCAATCCCATCGAAGGA
AGCAACCAATGGTCCTGCATATCCACCTATTGTTGCATACGAGAGCAGCACCTTGAAGAT
TGAGTTCACCTTCCCAAAGCCATCAGAGAACCCACAAACAACAAATGTGCAAGCCACTTT
TATAAATCTATCTCCTAATAATTTCACAGATTTTATCTTCCAGGCTGCTGTTCCAAAGTT
CCTCCAGCTGCACTTGGATCCAGCAAGCAGTAACACACTCCCGGCAAGCGGTAACATTAT
GCAGAATCTGAAAGTCACTAACAGCCAGCACGGAAAGAAATCTCTTGTGATGCGCATGAG
GATTGGGTACAAAGTAAATGGAAAAGATGTACTGGAGGAAGGACAGATCAACAACTTCCC
TCGTGGCTTGTGAGGCTGATTGTATTTTCAGCATAAGGAACTTTTGAGTATTTATTATCA
TATCATCCGTATTCC

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DS 

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TTG
TTTTCAGCATAAGGAACTTTTGAGTATTTATTATCATATCATCCGTATTCCAAAAAAAAA
GATATGTATCGCCCACTGACGCAACAAAATCAGCTTTTCCCTTCCTATTTTTGTCATCCG
TTTCCTGAAACTTTGGCTTTTGTTTGGGATTTGAGATTTTCCAGGTTTTTTTTTGAACAA
AATTCCATCTGTTTTTAGAGTCGGAAA

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DS 

RD RR1DK25JQ 614 0 0
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ACAACAAATGTCCAAGCCACTTTTATAAATCTATCTCCTAATACTTTCACAGATTTTATC
TTCCAGGCTGCTGTTCCAAAGTTCCTCCAGCTGCACTTGGATCCAGCAAGCAGTAACACA
CTCCCGGCAAGCGGTAACATCATGCAGAATCTGAAAGTCACTAACAGCCAGCACGGAAAG
AAATCTCTAGTGATGCGCATGAGGATTGGGTACAAAGTAAACGGAAAAGATGTACTGGAG
GAAGGACAGATCAACAACTTCCCTCGTGGCTTGTGAGGCTGATTGTATTTTCAGCATAAG
GAACTTTTGAGTATTTATTATCATATCATCCGTATTCCAAAAAAAAAGATATGTATCGCC
CACTGACGCAACAAAATCAGCTTTTACCTTCCTATTTTTGTCATCCGTTTCCTGAAACTT
TGGCTTTTGTTTGGGATTTGAGATTCTCCAGGTTTCTTTTTGAACAAAATTCCATCTGTT
TTTAGAGTCGGAAAGTGATGGAGGAAGCACACAAGCTTGTCTCTCTCCTCTTGTATAAAA
CTTTTTAAAGAGAT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 6

CO CL966Contig1 882 6 10 U
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CTTTCAGTGAAGATGATAAAGTCTGTTACTCTTCGACCGTTTCCTCTCCCTATAGAGTTT
CACGGCAAGCCTAAGTTCGTCCAAACGTCGAAGTCTTGTTTCCCGGTGGTCAGGTGTTCA
AGCACGAGAGACGTTCCTAAGCTTGAGCTCTTCAGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTT
CAAGATCCCCC*ATTAATAGAAAAAACCGAGACCGAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACT
CGAAGGTGATGACTCATACAGCTGCTGGAGAGCTTACTTTGAACTCAAAGACCTTGAGAA
AGAGAAGCCAAAGGTGGAAGTTGAGAACCTAATCTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCT
AATCGGGTGTTTACATGGAATCGCTTCAATGGAGAAGGAAAGCAAAACCAAGAATGGTTT
AGAGGTTAGAGAGGAATCAGATTCAGACAAGATGAAACTGCACGTTCATGTTCCTGATGG
TTTACCAAAATCTCAACAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGATTCTGC
TTTCACAAGATTGCTTAGAGCCAAAGGAACCATCCC*TGCTTGGTTCTCTCACCCTCCTG
ACCACAAAACAGACTGAAGAATCCATCTCACACAGTTTTACTT*CTATGTACATATAACT
ATTGTAATATATCTGTTTTTTTAATATATCTTCATAATGCCTATAAAATATAGCTGTCAA
TGTGTGATGATCTTGAATGGTTCGATGATAAAGTTGTTTCCGAGCCGTGTGCTTATTTTA
GTACCTGGTTTTGGTTACAAAGATATTTCTATTCTTGAAAAG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY19TF U 1
AF RR1AU06TF U 3
AF RR1AW63JQ C 34
AF RR1AW63TF U 3
AF RR1AU06JQ C 34
AF RR1B447TF U 649
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BS 67 67 RR1AU06TF
BS 68 599 RR1FY19TF
BS 600 636 RR1AU06TF
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RD RR1FY19TF 599 0 0
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CTTTCATTGAAGATGATAAAGTCTGTTACTCTTCGACCGTTTCCTCTCCCTATAGAGTTT
CACGGCAAGCCTAAGTTCGTCCAAACGTCGAAGTCTTGTTTCCCGGTGGTCAGGTGTTCA
AGCACGAGAGACGTTCCTAAGCTTGAGCTCTTCAGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTT
CAAGATCCCCC*ATTAATAGAAAAAACCGAGACCGAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACT
CGAAGGTGATGACTCATACAGCTGCTGGAGAGCTTACTTTGAACTCAAAGACCTTGAGAA
AGAGAAGCCAAAGGTGGAAGTTGAGAACCTAATCTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCT
AATCGGGTGTTTACATGGAATCGCTTCAATGGAGAAGGAAAGCAAAACCAAGAATGGTTT
AGAGGTTAGAGAGGAATCAGATTCAGACAAGATGAAACTGCACGTTCATGTTCCTGATGG
TTTACCAAAATCTCAACAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGATTCTG

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1AU06TF 834 0 0
GG
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QA 3 834 3 834
DS 

RD RR1AW63JQ 788 0 0
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TCTTGTTTCCCGGTGGTCAGGTGTTCAAGCACGAGAGACGTTCCTAAGCTTGAGCTCTTC
AGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTTCAAGATCCCCC*ATTAATAGAAAAAACCGAGAC
CGAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACTCGAAGGTGATGACTCATACAGCTGCTGGAGAGC
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CTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCTAATCGGGTGTTTACATGGAATCGCTTCAATGGA
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GAAACTGCACGTTCATGTTCCTGATGGTTTACCAAAATCTCAACAAGAATTGGAGGAAGA
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CCC*TGCTTGGTTCTCTCACCCTCCTGACCACAAAACAGACTGAAGAATCCATCTCACAC
AGTTTTACTT*CTATGTACATATAACTATTGTAATATATCTGTTTTTTTAATATATCTTC
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TTGTTTC
G

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1AW63TF 818 0 0
GG
ATAATCTCCAACTTCAAAAACCAACCTTCTTTCTTGCTACTTGCTAACAATTAGATCTTT
CAGTGAAGATGATAAAGTCTGTTACTCTTTGACCGTTTCCTCTCCCTATAGAGTTTCACG
GCAAGCCTAAGTTCGTCCAAACGTCGAAGTCTTGTTTCCCGGTGGTCAGGTGTTCAAGCA
CGAGAGACGTTCCTAAGCTTGAGCTCTTCAGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTTCAAG
ATCCCCC*ATTAATAGAAAAAACCGAGACCGAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACTCGAA
GGTGATGACTCATACAGCTGCTGGAGAGCTTACTTTGAACTCAAAGACCTTGAGAAAGAG
AAGCCAAAGGTGGAAGTTGAGAACCTAATCTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCTAATC
GGGTGTTTACATGGAATCGCTTCAATGGAGAAGGAAAGCAAAACCAAGAATGGTTTAGAG
GTTAGAGAGGAATCAGATTCAGACAAGATGAAACTGCACGTTCATGTTCCTGATGGTTTA
CCAAAATCTCAACAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGATTCTGCTTTC
ACAAGATTGCTTAGAGCCAAAGGAACCATCCC*TGCTTGGTTCTCTCACCCTCCTGACCA
CAAAACAGACTGAAGAATCCATCTCACACAGTTTTACTT*CTATGTACATATAACTATTG
TAATATATCTGTTTTTTTAATATATCTTCATAATGCCTATAAAATATAGCTGTCAATGTG
TGATGATCTTGAATGGTTCGATGATAAAGTTGTTTC

QA 3 818 3 818
DS 

RD RR1AU06JQ 849 0 0
TTTCTTGCTACTTGCTAACAATTATATCTTTCAGTGAAGATGATAAAGTCTGTTACTCTT
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TCTTGTTTCCCGGTGGTCAGGTGTTCAAGCACGAGAGACGTTCCTAAGCTTGAGCTCTTC
AGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTTCAAGATCCCCCCATTAATAGAAAAAACCGAGAC
CGAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACTCGAAGGTGATGACTCATACAGCTGCTGGAGAGC
TTACTTTGAACTCAAAGACCTTGAGAAAGAGAAGCCAAAGGTGGAAGTTGAGAACCTAAT
CTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCTAATCGGGTGTTTACATGGAATCGCTTCAATGGA
GAAGGAAAGCAAAACCAAGAATGGTTTAGAGGTTAGAGAGGAATCAGATTCAGACAAGAT
GAAACTGCACGTTCATGTTCCTGATGGTTTACCAAAATCTCAACAAGAAT**GAGGAAGA
AGAGAAATCAAGAATGCCAGATTCTGCTTTCACAAGATTGCTTAGAGCCAAAGGAACCAT
CCC*TGCTTGGTTCTCTCACCCTCCTGACCACAAAACAGACTGAAGAATCCATCTCACAC
AGTTTTACTT*CTATGTACATATAACTATTGTAATA**TCTGTTTTTTTAATATATCTTC
ATAATGCCTATAAAATATAGCTGTCAATGTGTGATGATCTTGAATGGTTCGATGATAAAG
TTGTTTCCGAGCCGTGTGCTTATTTTAGTACTTGGTTTTGGTTACAAAGATATTTCTATT
CTTGAAAAG

QA 1 849 1 849
DS 

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CCTGACCACAAAACAGACTGAAGAATCCATCTCACACAGTTTTACTTTCTATGTACATAT
AACTATTGTAATATATCTGTTTTTTTAATATATCTTCATAATGCCTATAAAATATAGCTG
TCAATGTGTGATGATCTTGAATGGTTCGATGATAAAGTTGTT*CCGAGCCGTGTGCTTAT
TTTAGTACCTGGTTTTGGTTACAAAGATATTTCTATT

QA 9 225 9 225
DS 



AS 2 7

CO CL967Contig1 1239 5 9 U
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TTGGATTCACATTCGTAAAGTTTGTATTCACATAATCTCATACAGCTTAGCTACATGGGT
CTAGATGCAAAACAAAGAGTCTCTGTATTGTTTTTTTTTTTTCAAGTTCCAAAAGCGATA
AGGTCTTGGCGCAGGAAAAAGTCGTCATCGTCTTCAACCACCATCCATGGCAATATAGGT
CCCTTGCCTTCACGTATGACCTTGGGATATGGTCCTGTCATATCAACAATAGTTGATGGT
TCTGCCACTCGTACACCTCCATCTACCACAAAATCCAAACCCTCTGGTCCATATATGTCA
CCAATTGCGGTTGGATCAATCATCCATTCATTTTCTTTTGCCCCTTTCACACTGGTGCAA
ATAAAAGGGGCGTCCAAGGCCTGCAAAATAGCTTGGCAGAAAGCATCATCTGAAATGCGC
ACACCCACGTTCTTCCTTGAAGCATACTTCACACTTGTCGTTCCATACCCTACGCATTGT
TTAGGTAACTCTTTGCTTGCAGTCAAAATGAAGGTGTAAGGTCCAGGCAAGCACTGCTTA
ACAGCACGAAAAACGTTAGCATGACCATGACCATCACCACGAGGGAACCCCATTGTATAT
GTGTCTATGTCCCTTAAGGAACGGCATAAGATACTAAGTGGCTGCACCATAGTCAAAAAA
AAAAAACAAAACAAAGAGTTAGCCCATACAACAAACAACCTATGTACAAGTCCATTTTGC
AGCTAATATGGTCCCGACCTTGGAAGATTCAATCTTTTTAATCCTACAAAGACCACACGA
GGTTTGTGTTAGGTAATAAAATCGATACAGAAGTGAAGTAGACACTCATTTAACAAGAGT
AACCTTCGGAGACGTCCTACAGCGGAGTGGTTCTTACAATCACAAACTATTGCATAGACC
GTATCAGTAGGGATAACACCAACGGCTCCTTGTTTGAGAAGCTCAATAACAGGTTCTAGT
TTCCACGAATCAGCACCTGAAGGGTCCACCTCTATCGACAGAAACTCCCCCTCCTTACTG
AATCGCGGAGTCGAGTATTTGAGTCGCTTAGGGCTTCTCTTTGCCGACGCCATCGCAACA
TTTCGCTTATGTGGAGTGAAAGAGGCCGAGCTCGGAAGCGTTGGGATACGGCGGTGCGTT
GACGGGAAAGGAAGACGTATCGCCATTTCGCCGCCGTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F421JQ U 32
AF RR1C318JQ U 1
AF RR1CC43JQ U 1
AF RR1C318TF C 534
AF RR1A272TF C 1040
BS 1 337 RR1C318JQ
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BS 1150 1239 RR1C318TF

RD RR1F421JQ 541 0 0
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ATAATCTCATACAGCTTAGCTACATGGGTCTAGATGCAAAACAAAGAGTCTCTGTATTGT
TTTTTTTTTT*CAAGTTCCAAAAGCGATAAGGTCTTGGCGCAGGAAAAAGTCGTCATCGT
CTTCAACCACCATCCATGGCAATATAGGTCCCTTGCCTTCACGTATGACCTTGGGATATG
GTCCTGTCATATCAACAATAGTTGATGGTTCTGCCACTCGTACACCTCCATCTACCACAA
AATCCAAACCCTCTGGTCCATATATGTCACCAATTGCGGTTGGATCAATCATCCATTCAT
TTTCTTTTGCCCCTTTCACACTGGTGCAAATAAAAGGGGCGTCCAAGGCCTGCAAAATAA
CTTGGCAGAAAGCATCATCTGAAATGCGCACACCCACGTTCTTCCTTGAAGCATACTTCA
CACTTGTCGTTCCATACCCTACGCATTGTTTAGGTAACTCTTTGCTTGCAGTCAAAATGA
A

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1C318JQ 674 0 0
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TTGGATTCACATTCGTAAAGTTTGTATTCACATAATCTCATACAGCTTAGCTACATGGGT
CTAGATGCAAAACAAAGAGTCTCTGTATTGTTTTTTTTTTTTCAAGTTCCAAAAGCGATA
AGGTCTTGGCGCAGGAAAAAGTCGTCATCGTCTTCAACCACCATCCATGGCAATATAGGT
CCCTTGCCTTCACGTATGACCTTGGGATATGGTCCTGTCATATCAACAATAGTTGATGGT
TCTGCCACTCGTACACCTCCATCTACCACAAAATCCAGACCCTCTGGTCCATATATGTCA
CCAATTGCGGTTGGATCAATCATCCATTCATTTTCTTTTGCCCCTTTCACACTGGTGCAA
ATAAAAGGGGCGTCCAAGGCCTGCAGAATAGCTTGGCAGAAAGCATCATCTGAAATGCGC
ACACCCACGTTCTTCCTTGAAGCATACTTCACACTTGTCGTTCCATACCCTACGCATTGT
TTAGGTAACTCTTTGCTTGCAGTCAAAATGAAGGTGTAAGGTCCAGGCAAGCACTGCTTA
ACAGCACGAAAAACGTTAGCATGACCATGACCATCACCACGAGGGAACCCCATTGTATAT
GTGTCTATGTCCCT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1CC43JQ 675 0 0
GA
AGAATCATGATATCTTTTATCAATCATTTGCGTCGACACAACTTGTATTGTATGGACATT
GGATTCACATTCGTAAAGTTTGTATTCACATAATCTCATACAGCTTAGCTACATGGGTCT
AGATGCAAAACAAAGAGTCTCTGTATTGTTTTTTTTTTTTCAAGTTCCAAAAGCGATAAG
GTCTTGGCGCAGGAAAAAGTCGTCATCGTCTTCAACCACCATCCATGGCAATATAGGTCC
CTTGCCTTCACGTATGACCTTGGGATATGGTCCTGTCATATCAACAATAGTTGATGGTTC
TGCCACTCGTACACCTCCATCTACCACAAAATCCAAACCCTCTGGTACATATATGTCACC
AATTGCGGTTGGATCAATCATCCATTCATTTTCTTTTGCCCCTTTCACACTGGTGCAAAT
AAAAGGGGCGTCCAAGGCCTGCAAAATAGCTTGGCAAAAAGCATCATCTGAAATGCGCAC
ACCCACGTTCTTCCTTGAAGCATACTTCACACTTGTCGTTCCATACCCTACGCATTGTTT
AGGTAACTCTTTGCTTGCAGTCAAAATGAAGGTGTAAGGTCCAGGCAAGCACTGCTTAAC
AGCACGAAAAACGTTAGCATGACCATGACCATCACCACGAGGGAACCCCATTGTATATGT
GTCTATGTCCCTT

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR1C318TF 706 0 0
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CTGCTTAACAGCACGAAAAACGTTAGCATGACCATGACCATCACCACGAGGGAACCCCAT
TGTATATGTGTCTATGTCCCTTAAGGAACGGCATAAGATACTAAGTGGCTGCACCATAGT
CAAAAAAAAAAAACAAAACAAAGAGTTAGCCCATACAACAAACAACCTATGTACAAGTCC
ATTTTGCAGCTAATATGGTCCCGACCTTGGAAGATTCAATCTTTTTAATCCTACAAAGAC
CACACGAGGTTTGTGTTAGGTAATAAAATCGATACAGAAGTGAAGTAGACACTCATTTAA
CAAGAGTAACCTTCGGAGACGTCCTACAGCGGAGTGGTTCTTACAATCACAAACTATTGC
ATAGACCGTATCAGTAGGGATAACACCAACGGCTCCTTGTTTGAGAAGCTCAATAACAGG
TTCTAGTTTCCACGAATCAGCACCTGAAGGGTCCACCTCTATCGACAGAAACTCCCCCTC
CTTACTGAATCGCGGAGTCGAGTATTTGAGTCGCTTAGGGCTTCTCTTTGCCGACGCCAT
CGCAACATTTCGCTTCTGTGGAGTGAAAGAGGCCGAGCTCGGAAGCGTTGGGATACGGCG
GTGCGTTGACGGGAAAGGAAGACGTATCGCCATTTCGCCGCCGTCC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1A272TF 199 0 0
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TGAGTCGCTTAGGGCTTCTCTTTGCCGACGCCATCGCAACATTTCGCTTATGTGGAGTGA
AAGAGGCCGAGCTCGGAAGCGTTGGGATACGGCGGTGCGTTGACGGGAAAGGAAGACGTA
TCGCCATTTCGCC
GCCGTC

QA 1 193 1 193
DS 



CO CL967Contig2 652 2 1 U
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CTTCCGAGCTCGGCCTCTTTCACTCCACAGAAGCGAAATGTTGCGATGGCGTCGGCAAAG
AGAAGCCCTAAGCGACTCAAATACTCGACTCCGCGATTCAGTAAGGAGGGGGAGTTTCTG
TCGATAGAGGTGGACCCTTCAGGTGCTGATTCGTGGAAACTAGAACCTGTTATTGAGCTT
CTCAAACAAGGAGCCGTTGGTGTTATCCCTACTGATACGGTCTATGCAATAGTTTGTGAT
TGTAAGAACCACTCCGCTGTAGAACGTCTCCGAAGGATTAAAAAGATTGAATCTTCCAAG
CCACTTAGTATCTTATGCCGTTCCTTAAGGGACATAGACACATATACAATGGGGTTCCCT
CGTGGTGATGGTCATGGTCATGCTAACGTTTTTCGTGCTGTTAAGCAGTGCTTGCCTGGA
CCTTACACCTTCATTTTGACTGCAAGCAAAGAGTTACCTAAACAATGCGTAGGGTATGGA
ACGACAAGTGTGAAGTATGCTTCAAGGAAGAACGTGGGTGTGCGCATTTCAGATGATGCT
CTCTGCCAAGCTATTCTGCAGCCTTGGACGCCCCTTTTATCTGCACAGTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F421TF U 5
AF RR1CC43TF U 1
BS 1 652 RR1CC43TF

RD RR1F421TF 524 0 0
GG
GGCGAAATGGCGATACGTCTTCCTTTCCCGTCAACGCACCGCCGTATCCCAACGCTTCCG
AGCTCGGCCTCTTTCACTCCACAGAAGCGAAATGTTGCGATGGCGTCGGCAAAGAGAAGC
CCTAAGCGACTCAAATACTCGACTCCGCGATTCAGTAAGGAGGGGGAGTTTCTGTCGATA
GAGGTGGACCCTTCAGGTGCTGATTCGTGGAAACTAGAACCTGTTATTGAGCTTCTCAAA
CAAGGAGCCGTTGGTGTTATCCCTACTGATACGGTCTATGCAATAGTTTGTGATTGTAAG
AACCACTCCGCTGTAGAACGTCTCCGAAGGATTAAAAAGATTGAATCTTCCAAGCCACTT
AGTATCTTATGCCGTTCCTTAAGGGACATAGACACATATACAATGGGGTTCCCTCGTGGT
GATGGTCATGGTCATGCTAACGTTTTTCGTGCTGTTAAGCAGTGCTTGCCTGGACCTTAC
ACCTTCATTTTGACTGCAAGCAAAGAGTTACCTAAACAATGC

QA 3 524 3 524
DS 

RD RR1CC43TF 652 0 0
GACGGCGGCGAAATGGCGATACGTCTTCCTTTCCCGTCAACGCACCGCCGTATCCCAACG
CTTCCGAGCTCGGCCTCTTTCACTCCACAGAAGCGAAATGTTGCGATGGCGTCGGCAAAG
AGAAGCCCTAAGCGACTCAAATACTCGACTCCGCGATTCAGTAAGGAGGGGGAGTTTCTG
TCGATAGAGGTGGACCCTTCAGGTGCTGATTCGTGGAAACTAGAACCTGTTATTGAGCTT
CTCAAACAAGGAGCCGTTGGTGTTATCCCTACTGATACGGTCTATGCAATAGTTTGTGAT
TGTAAGAACCACTCCGCTGTAGAACGTCTCCGAAGGATTAAAAAGATTGAATCTTCCAAG
CCACTTAGTATCTTATGCCGTTCCTTAAGGGACATAGACACATATACAATGGGGTTCCCT
CGTGGTGATGGTCATGGTCATGCTAACGTTTTTCGTGCTGTTAAGCAGTGCTTGCCTGGA
CCTTACACCTTCATTTTGACTGCAAGCAAAGAGTTACCTAAACAATGCGTAGGGTATGGA
ACGACAAGTGTGAAGTATGCTTCAAGGAAGAACGTGGGTGTGCGCATTTCAGATGATGCT
CTCTGCCAAGCTATTCTGCAGCCTTGGACGCCCCTTTTATCTGCACAGTGTG

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 7

CO CL968Contig1 505 7 6 U
GGACCCAATAATATATACTCAAAACTGATAGACAATTCCAACAGCTTTATAGAAATTAAA
AGACATGGGAGGTTCAAGAACAGCCTCTTCAGACATCACTGCTTGGTGTTCTGCTGTTGT
GTTGTTGTCTCTAATACTTCTGTTATCCGTTCGAGAGAACAACGCTTCTAATGATTCGGT
CAGAGGGTTTCAATTCTCAGAGAAACCTTGTGAAGAGATTTACGTCGTCGGAGAAGGAGA
AACGCTTCACACCATCGGAGATAAATGCGGCGACCCGTTTATTGTCGAGCGAAACCCGCA
TATCCATGACCCGGATGATGTCTTTCCCGGTCTTGTTCTCAGGATCGCACCTTTTTACTT
CTCTAGAAAAGTTCAAAATATTTGAAAAACGTTTCTTCTTTTCTTGTAGTTTTGTCTAAA
GCATACTCTTCCCTCTGTCTTTATGTATTTATGTATATACTAAAGAAGTTTTAAAGCAAA
TACAGAGATCTGGACGAAACAGAGC


BQ
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BF85JQ C 1
AF RR1CP89JQ C 1
AF RR1BF85TF U 1
AF RR1CP89TF U 1
AF RR1BK18TF U 13
AF RR1ES09JQ C -1
AF RR1ES09TF U -1
BS 1 270 RR1BF85TF
BS 271 271 RR1CP89TF
BS 272 427 RR1BF85TF
BS 428 428 RR1BK18TF
BS 429 477 RR1BF85TF
BS 478 505 RR1ES09TF

RD RR1BF85JQ 477 0 0
GGACCCAATAATATATACTCAAAACTGATAGACAATTCCAACAGCTTTATAGAAATTAAA
AGACATGGGAGGTTCAAGAACAGCCTCTTCAGACATCACTGCTTGGTGTTCTGCTGTTGT
GTTGTTGTCTCTAATACTTCTGTTATCCGTTCGAGAGAACAACGCTTCTAATGATTCGGT
CAGAGGGTTTCAATTTTCAGAGAAACCTTGTGAAGAGATTTACGTCGTCGGAGAAGGAGA
AACGCTTCACACCATCGGAGATAAATGCGGTGACCCGTTTATTGTCGAGCGAAACCCGCA
TATCCATGACCCGGATGATGTCTTTCCCGGTCTTGTTCTCAGGATCGCACCTTTTTACTT
CTCTAGAAAAGTTCAAAATATTTGAAAAACGTTTCTTCTTTTCTTGTAGTTTTGTCTAAA
GCATACTTTTCCCTCTGTCTTTATGTATTTATGTATATACTAAAGAAGTTTTAAAGC

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1CP89JQ 427 0 0
GGACCCAATAATATATACTCAAAACTGATAGACAATTCCAACAGCTTTATAGAAATTAAA
AGACATGGGAGGTTCAAGAACAGCCTCTTCAGACATCACTGCTTGGTGTTCTGCTGTTGT
GTTGTTGTCTCTAATACTTCTGTTATCCGTTCGAGAGAACAACGCTTCTAATGATTCGGT
CAGAGGGTTTCAATTCTCAGAGAAACCTTGTGAAGAGATTTACGTCGTCGGAGAAGGAGA
AACGCTTCACACCATCGGAGATAAATGCGGCGACCCGTTTATTGTCGAGCGAAACCCGCA
TATCCATGACCCGGATGATGTCTTTCCCGGTCTTGTTCTCAGGATCGCCCCTTTTTACTT
CTCTAGAAAAGTTCAAAATATTTGAAAAACGTTTCTTCTTTTCTTGTAGTTTTGTCTAAA
GCATACT

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1BF85TF 477 0 0
GGACCCAATAATATATACTCAAAACTGATAGACAATTCCAACAGCTTTATAGAAATTAAA
AGACATGGGAGGTTCAAGAACAGCCTCTTCAGACATCACTGCTTGGTGTTCTGCTGTTGT
GTTGTTGTCTCTAATACTTCTGTTATCCGTTCGAGAGAACAACGCTTCTAATGATTCGGT
CAGAGGGTTTCAATTCTCAGAGAAACCTTGTGAAGAGATTTACGTCGTCGGAGAAGGAGA
AACGCTTCACACCATCGGAGATAAATGCGGTGACCCGTTTATTGTCGAGCGAAACCCGCA
TATCCATGACCCGGATGATGTCTTTCCCGGTCTTGTTCTCAGGATCGCACCTTTTTACTT
CTCTAGAAAAGTTCAAAATATTTGAAAAACGTTTCTTCTTTTCTTGTAGTTTTGTCTAAA
GCATACTTTTCCCTCTGTCTTTATGTATTTATGTATATACTAAAGAAGTTTTAAAGC

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1CP89TF 427 0 0
GGACCCAATAATATATACTCAAAACTGATAGACAATTCCAACAGCTTTATAGAAATTAAA
AGACATGGGAGGTTCAAGAACAGCCTCTTCAGACATCACTGCTTGGTGTTCTGCTGTTGT
GTTGTTGTCTCTAATACTTCTGTTATCCGTTCGAGAGAACAACGCTTCTAATGATTCGGT
CAGAGGGTTTCAATTCTCAGAGAAACCTTGTGAAGAGATTTACGTCGTCGGAGAAGGAGA
AACGCTTCACACCATCGGAGATAAATGCGGCGACCCGTTTATTGTCGAGCGAAACCCGCA
TATCCATGACCCGGATGATGTCTTTCCCGGTCTTGTTCTCAGGATCGCACCTTTTTACTT
CTCTAGAAAAGTTCAAAATATTTGAAAAACGTTTCTTCTTTTCTTGTAGTTTTGTCTAAA
GCATACT

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1BK18TF 463 0 0
GG
ATACTCAAAACTGATAGACAATTCCAACAGCTTTATAGAAATTAAAAGACATGGGAGGTT
CAAGAACAGCCTCTTCAGACATCACTGCTTGGTGTTCTGCTGTTGTGTTGTTGTCTCTAA
TACTTCTGTTATCCGTTCGAGAGAACAACGCTTCTAATGATTCGGTCAGAGGGTTTCAAT
TCTCAGAGAAACCTTGTGAAGAGATTTACGTCGTCGGAGAAGGAGAAACGCTTCACACCA
TCGGAGATAAATGCGGCGACCCGTTTATTGTCGAGCGAAACCCGCATATCCATGACCCGG
ATGATGTCTTTCCCGGTCTTGTTCTCAGGATCGCACCTTTTTACTTCTCTAGAAAAGTTC
AAAATATTTGAAAAACGTTTCTTCTTTTCTTGTAGTTTTGTCTAGAGCATACTCTTCCCT
CTGTCTTTATGTATTTATGTATATACTAAAGAAGTTTTAAA

QA 3 463 3 463
DS 

RD RR1ES09JQ 507 0 0
GGAT
ACCCAATAATATATACTCAAAACTGATAGACAATTCCAACGGCTTTATAGAAATTAAAAG
ACATGGGAGGTTCAAGAACAGCCTCTTCAGACATCACTGCTTGGTGTTCTGCTGTTGTGT
TGTTGCCTCTAATACTTCTGTTATCCGTTCGAGAGAACAACGCTTCTAATGATTCGGTCA
GAGGGTTTCAATTCTCAGAGAAACCTTGTGAAGAGATTTACGTCGTCGGAGAAGGAGAAA
CGCTTCACACCATCGGAGATAAATGCGGCGACCCGTTTATTGTCGAGCGAAACCCGCATA
TCCATGACCCGGATGATGTCTTTCCCGGTCTTGTTCTCAGGATCGCACCTTTTTACTTCT
CTAGAAAAGTTCAAAATATTTGAAAAACGTTTCTTCTTTTCTTGTAGTTTTGTCTAAAGC
ATACTCTTCCCTCTGTCTTTATGTATTTATGTATATACTAAAGAAGTTTTAAAGCAAATA
CAGAGATCTGGACGAAACAGAGC

QA 5 507 5 507
DS 

RD RR1ES09TF 507 0 0
GGAT
ACCCAATAATATATACTCAAAACTGATAGACAATTCCAACGGCTTTATAGAAATTAAAAG
ACATGGGAGGTTCAAGAACAGCCTCTTCAGACATCACTGCTTGGTGTTCTGCTGTTGTGT
TGTTGCCTCTAATACTTCTGTTATCCGTTCGAGAGAACAACGCTTCTAATGATTCGGTCA
GAGGGTTTCAATTCTCAGAGAAACCTTGTGAAGAGATTTACGTCGTCGGAGAAGGAGAAA
CGCTTCACACCATCGGAGATAAATGCGGCGACCCGTTTATTGTCGAGCGAAACCCGCATA
TCCATGACCCGGATGATGTCTTTCCCGGTCTTGTTCTCAGGATCGCACCTTTTTACTTCT
CTAGAAAAGTTCAAAATATTTGAAAAACGTTTCTTCTTTTCTTGTAGTTTTGTCTAAAGC
ATACTCTTCCCTCTGTCTTTATGTATTTATGTATATACTAAAGAAGTTTTAAAGCAAATA
CAGAGATCTGGACGAAACAGAGC

QA 5 507 5 507
DS 



AS 1 7

CO CL969Contig1 807 7 9 U
GGATCCTCGTCTTATCGCCTTAAGTCGAACAGATACTTCGCAGCAGCAGCGGGGAGTTGC
AGAGTCGAGTCTGAACTGTTAAAAATGGCGACCATGACTTCTCTTCAGAGCTCGTTTACA
TCCCTTTCGATATCCACCAACTCCTCCTTCCTAGGCCAGCGTCTCCTTTCCCCGATTTCC
CTCTCCGCCGCTTCTCCGGTCAAGCCCGCCCAGAACCCATGTCTTGTTTCTGCAAAGCTT
AAGCGTTGGGAACGGAAGAAATGCAAACCAAACAGTCTTCCAATTCTGCACAAAATGCAT
GTCAAGTTTGGAGATACTGTCAAAGTTATCTCTGGGCGAGACAAGGGTAAGATTGGAGAA
GTCACTAAGATCTTTACCCACAACAGCACCATTGTCATCAACGATGTCAACCTCAAGACC
AAACACATGAAGAGCCGAGAAGAGGGAGAGCCTGGTCAAATTGTCAAGATTGAAGCACCG
ATACACAGCTCAAATGTGATGCTGTATTCGAAAGAAAAAGAGGTGGTAAGCCGAGTTGGT
CACAAGGTCCTTGAAGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATC
GACACCGTTGAGAAGTGGAAGCAACTTAAGGAGGCAAAGGATAAAGAAACATCTGCAGTT
ACAGTTGCCTCCACATCTTAGCATGTCACATGTTTCTTCTTCATTGCTTTGTTGGACTTA
TGTATTTGATGGATAAATTGAATCCCTTTCAAGAGGTAAAGTGTAAAATTTATACCAGAT
AAAGAACACCTTTTGCACGGACAATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 35 20 20 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FF52TF U 1
AF RR1CZ94TF U 51
AF RR1DO37TF U 59
AF RR1BO55TF U 38
AF RR1BO55JQ C 150
AF RR1CZ94JQ C 226
AF RR1FF52JQ C 155
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BS 414 660 RR1FF52TF
BS 661 661 RR1BO55TF
BS 662 744 RR1FF52TF
BS 745 755 RR1BO55TF
BS 756 756 RR1BO55JQ
BS 757 799 RR1BO55TF
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AGAGTCGAGTCTGAACTGTTAAAAATGGCGACCATGACTTCTCTTCAGAGCTCGTTTACA
TCCCTTTCGATATCCACCAACTCCTCCTTCCTAGGCCAGCGTCTCCTTTCCCCGATTTCC
CTCTCCGCCGCTTCTCCGGTCAAGCCCGCCCAGAACCCATGTCTTGTTTCTGCAAAGCTT
AAGCGTTGGGAACGGAAGAAATGCAAACCAAACAGTCTTCCAATTCTGCACAAAATGCAT
GTCAAGTTTGGAGATACTGTCAAAGTTATCTCTGGGCGAGACAAGGGTAAGATTGGAGAA
GTCACTAAGATCTTTACCCACAACAGCACCATTGTCATCAACGATGTCAACCCCAAGACC
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GCAGTTGCCTCCACATCTTAGCATGTCACATGTTTCTTCTTCATTGCTTTGTTGGACTTA
TGTATTTGATGGATAAATTGAATC

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DS 

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CTCGTTTACATCCCTTTCGATATCCACCAACTCCTCCTTCCTAGGCCAGCGTCTCCTTTC
CCCGATTTCCCTCTCCGCCGCTTCTCCGGTCAAGCCCGCCCAGAACCCATGTCTTGTTTC
TGCAAAGCTTAAGCGTTGGGAACGGAAGAAATGCAAACCAAACAGTCTTCCAATTCTGCA
CAAAATGCATGTCAAGTTTGGAGATACTGTCAAAGTTATCTCTGGGCGAGACAAGGGTAA
GATTGGAGAAGTCACTAAGATCTTTACCCACAACAGCACCATTGTCATCAACGATGTCAA
CCTCAAGACCAAACACATGAAGAGCCGAGAAGAGGGAGAGCCTGGTCAAATTGTCAAGAT
TGAAGCACCGATACACAGCTCAAATGTGATGCTGTATTCGAAAGAAAAAGAGGTGGTAAG
CCGAGTTGGTCACAAGGTCCTTGAAGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTGATCAAAACTGG
GGAACTTATCGACACCGTTGAGAAGTGGAAGCAACTTAAGGAGGCAAAGGATAAAGAAAC
ATCTGCAGTTACAGTTGCCTCCACATCTTAGCATGTCACATGTTTCTTCTTCATTGCTTT
GTTGGACTTATGTATTTGATGGATAAATTGAATCCCTTTCAGAGG*TAAAGTGTAAA

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DS 

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GG
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TCCCTTTCGATATCCACCAACTCCTCCTTCCTAGGCCAGCGTCTCCTTTCCCCGATTTCC
CTCTCCGCCGCTTCTCCGGTCAAGCCCGCCCAGAACCCATGTCTTGTTTCTGCAAAGCTT
AAGCGTTGGGAACGGAAGAAATGCAAACCAAACAGTCTTCCAATTCTGCACAAAATGCAT
GTCAAGTTTGGAGATACTGTCAAAGTTATCTCTGGGCGAGACAAGGGTAAGATTGGAGAA
GTCACTAAGATCTTTACCCACAACAGCACCATTGTCATCAACGATGTCAACCTCAAGACC
AAACACATGAAGAGCCGAGAAGAGGGAGAGCCTGGTCAAATTGTCAAGATTGAAGCACCG
ATACACAGCTCAAATGTGATGCTGTATTCGAAAGAAAAAGAGGTGGTAAGCCGAGTTGGT
CACAAGGTCCTTGAAGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATC
GACACCGTTGAGAAGTGGAAGCAACTTAAGGAGGCAAAGGATAAAGAAACATCTGCAGTT
ACAGTTGCCTCCACATCTTAGCATGTCACATGTTTCTTCTTCATTGCTTTGTTGGACTTA
TGTATTTGATGGATAAATTGAATCCCTTTC

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DS 

RD RR1BO55TF 764 0 0
GG
GCAGCAGCAGCGGGGAGTTGCAGAGTCGAGTCTGAACTGTTAAAAATGGCGACCATGACT
TCTCTTCAGAGCTCGTTTACATCCCTTTCGATATCCACCAACTCCTCCTTCCTAGGCCAG
CGTCCCCTTTCCCCGATTTCCCTCTCCGCCGCTTCTCCGGTCAAGCCCGCCCAGAACCCA
TGTCTTGTTTCTGCAAAGCTTAAGCGTTGGGAACGGAAGAAATGCAAACCAAACAGTCTT
CCAATTCTGCACAAAATGCATGTCAAGTTTGGAGATACTGTCAAAGTTATCTCTGGGCGA
GACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCTTTACCCACAACAGCACCATTGTCATC
AACGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGAGCCGAGAAGAGGGAGAGCCTGGTCAA
ATTGTCAAGATTGAAGCACCGATACACAGCTCAAATGTGATGCTGTATTCGAAAGAAAAA
GAGGTGGTAAGCCGAGTTGGTCACAAGGTCCTTGAAGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTG
ATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCGTTGAGAAGTGGAAGCAACTTAGGGAGGCAAAG
GATAAAGAAACATCTGCAGTTACAGTTGCCTCCACATCTTAGCATGTCACATGTTTCTTC
TTCATTGCTTTGTTGGACTTATGTATTTGATGGATAAATTTAATCCCTTTCAAGAG*TAA
AGTGTAAAATTTATACCAGATAAAGAACACCTTTTGCACG
AC

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DS 

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CT
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AGAACCCATGTCTTGTTTCTGCAAAGCTTAAGCGTTGGGAACGGAAGAAATGCAAACCAA
ACAGTCTTCCAATTCTGCACAAAATGCATGTCAAGTTTGGAGATACTGTCAAAGTTATCT
CTGGGCGAGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCTTTACCCACAACAGCACCA
TTGTCATCAACGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGAGCCGAGAAGAGGGAGAGC
CTGGTCAAATTGTCAAGATTGAAGCACCGATACACAGCTCAAATGTGATGCTGTATTCGA
AAGAAAAAGAGGTGGTAAGCCGAGTTGGTCACAAGGTCCTTGAAGATGGACAGAAGGTAA
GGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCGTTGAGAAGTGGAAGCAACTTAGGG
AGGCAAAGGATAAAGAAACATCTGCAGTTACAGTTGCCTCCACATCTTAGCATGTCACAT
GTTTCTTCTTCATTGCTTTGTTGGACTTATGTATTTGATGGATAAATTTAATCCCTTTCA
AGAGGTAAAGTGTAAAATTTATACCAGATAAAGAACACCTTTTGCACG
GAC

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DS 

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CTGCACAAAATGCATGTCAAGTTTGGAGATACTGTCAAAGTTATCTCTGGGCGAGACAAG
GGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCTTTACCCACAACAGCACCATTGTCATCAACGAT
GTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGAGCCGAGAAGAGGGAGAGCCTGGTCAAATTGTC
AAGATTGAAGCACCGATACACAGCTCAAATGTGATGCTGTATTCGAAAGAAAAAGAGGTG
GTAAGCCGAGTTGGTCACAAGGTCCTTGAAGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTGATCAAA
ACTGGGGAACTTATCGACACCGTTGAGAAGTGGAAGCAACTTAAGGAGGCAAAGGATAAA
GAAACATCTGCAGTTACAGTTGCCTCCACATCTTAGCATGTCACATGTTTTTTTTTCATT
GCTTTGTTGGACTTATGTATTTGATGGATAAATTGAATCCCTTTCAAGAGGTAAAGTGTA
AAATTTATACCAGATAAAGAACCCCTTTTGCACG
GAC

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DS 

RD RR1FF52JQ 653 0 0
GCCAGCGTCTCCTTTCCCCGATTTCCCTCTCCGCCGCTTCTCCGGTCAAGCCCGCCCAGA
ACCCATGTCTTGTTTCTGCAAAGCTTAAGCGTTGGGAACGGAAGAAATGCAAACCAAACA
GTCTTCCAATTCTGCACAAAATGCATGTCAAGTTTGGAGATACTGTCAAAGTTATCTCTG
GGCGAGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCTTTACCCACAACAGCACCATTG
TCATCAACGATGTCAACCCCAAGACCAAACACATGAAGAGCCGAGAAGAGGGAGAGCCTG
GTCAAATTGTCAAGATTGAAGCACCGATACACAGCTCAAATGTGATGCTGTATTCGAAAG
AAAAAGAGGTGGTAAGCCGAGTTGGTCACAAGGTCCTTGAAGATGGACAGAAGGTAAGGT
ATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCGTTGAGAAGTGGAAGCAACTTAAGGAGG
CAAAGGATAAAGAAACATCTGCAGTTGCAGTTGCCTCCACATCTTAGCATGTCACATGTT
TCTTCTTCATTGCTTTGTTGGACTTATGTATTTGATGGATAAATTGAATCCCTTTCAAGA
GGTAAAGTGTAAAATTTATACCAGATAAAGAACACCTTTTGCACGGACAATAG

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 5

CO CL970Contig1 934 5 2 U
GGCGCTTACCAAACAATATCAAATGCAAACACAGCACATGCAACAACACCACCACCACCA
TTTCGTGCTTGTCCACGGATCATGTCATGGAGCATGGTGCTGGTTCAAGCTGGCTGGAAA
GCTCAAGGCCAACGGTCAACGAGTGACAGCTATTGAACTAGGTGGGTCCGGTATCGACAA
GAGGAGGCTCGACGAGGTTCGTTCTGTTTCCGAGTATCTAGAGCCTTTGATGAGTTTCAT
GGAGGCCCTTCCTGAGGAAGAAAAGGTGGTCCTTGTTGGTCATAGCTATGGTGGCATTGG
AACCTCTCTCGCTATGGAAAGGTTTCCGACCAAAATCTCTGTCGGAATCTTCATCTCTGC
TTATATGCCACACCATGAGTCTCCTCCTTCCGTTCTCATTCAAGAGTATTTCAAACGTCT
CCCTGATGGATTCGCCATGGATTGTGAGTTTACATTCGAGGAAGGACCAGGACAGCCGCC
AAGTTCAGTTATGTTCGGTAATAGTTTCATGAAGGAGAAGGCTTACAGTAATTGCCAGTC
AGAGGATATAGAACTAGCCATGGCGTTGGTGAAACCGAGCTGGTTATACCCAAAGGAAAT
GGAAAGTAAAGATTTGCTGACCAAGGAAGGGTATGGATCTGGGAAGAGAGTGTATATCGT
CTGCGAAGGCGACAATGTGGTTCCAGAGGAGATTCAGAAGTGGATGATTAGTAACTACGA
ACCTAACGAAGTGAAAGTGGTTGAAGAAGCTGGTCACATGGCTATGATCACTAAACCTCA
ACAGCTTTCTCAACTGCTACAGGAAATAGCAGCAGAATACAACTGAAAAAAAAGAGTTGT
GACATTGTATTGAGTATGCTGAAACTAATGGAGTGTGTGTGTGTCTCTCACGCTTCGTTA
TATTTATGATATGAATAAGAGGGGGTTTTGTGGG


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY34TF U 2
AF RR1DP82TF U 1
AF RR1BP76TF U 2
AF RR1DC66TF U 2
AF RR1DC66JQ C 286
BS 1 621 RR1DP82TF
BS 622 934 RR1DC66JQ

RD RR1CY34TF 600 0 0
GG
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TGG

QA 3 597 3 597
DS 

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GGAGGCCCTTCCTGAGGAAGAAAAGGTGGTCCTTGTTGGTCATAGCTATGGTGGCATTGG
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GGAAAGTAAAGATTTGCTGAC
C

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DS 

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GG
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AAGTAAAGATTTGCTGAC

QA 3 620 3 620
DS 

RD RR1DC66TF 619 0 0
GG
GCTTACCAAACAATATCAA*TGCAAACACAGCACATGCAACGACACCACCACCACCATTT
CGTGCTTGTCCACGGATCATGTCATGGAGCATGGTGCTGGTTCAAGCTGGCTGGAAAGCT
CAAGGCCAACGGTCAACGAGTGACAGCTATTGAACTAGGTGGGTCCGGTATCGACAAGAG
GAGGCTCGACGAGGTTCGTTCTGTTTCCGAGTATCTAGAGCCTTTGATGAGTTTCATGGA
GGCCCTTCCTGAGGAAGAAAAGGTGGTCCTTGTTGGTCATAGCTATGGTGGCATTGGAAC
CTCTCTCGCTATGGAAAGGTTTCCGACCAAAATCTCTGTCGGAATCTTCATCTCTGCTTA
TATGCCACACCATGAGTCTCCTCCTTCCGTTCTCATTCAAGAGTATTTCAAACGTCTCCC
TGATGGATTCGCCATGGATTGTGAGTTTACATTCGAGGAAGGACCAGGACAGCCGCCAAG
TTCAGTTATGTTCGGTAATAGTTTCATGAAGGAGAAGGCTTACAGTAATTGCCAGTCAGA
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AAGTAAAGATTTGCTGA

QA 3 619 3 619
DS 

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AATCTTCATCTCTGCTTATATGCCACACCATGAGTCTCCTCCTTCCGTTCTCATTCAAGA
GTATTTCAAACGTCTCCCTGATGGATTCGCCATGGATTGTGAGTTTACATTCGAGGAAGG
ACCAGGACAGCCGCCAAGTTCAGTTATGTTCGGTAATAGTTTCATGAAGGAGAAGGCTTA
CAGTAATTGCCAGTCAGAGGATATAGAACTAGCCATGGCGTTGGTGAAACCGAGCTGGTT
ATACCCAAAGGAAATGGAAAGTAAAGATTTGCTGACCAAGGAAGGGTATGGATCTGGGAA
GAGAGTGTATATCGTCTGCGAAGGCGACAATGTGGTTCCAGAGGAGATTCAGAAGTGGAT
GATTAGTAACTACGAACCTAACGAAGTGAAAGTGGTTGAAGAAGCTGGTCACATGGCTAT
GATCACTAAACCTCAACAGCTTTCTCAACTGCTACAGGAAATAGCAGCAGAATACAACTG
AAAAAAAAGAGTTGTGACATTGTATTGAGTATGCTGAAACTAATGGAGTGTGTGTGTGTC
TCTCACGCTTCGTTATATTTATGATATGAATAAGAGGGGGTTTTGTGGG

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 7

CO CL971Contig1 920 7 34 U
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TTTGTAGAAACCATATTGGTTCTACAAATCATATCAACAATTACATATAGACTTTCTGTA
TAATCATAATATGGTGGTCAAACTATTTGGGCAGATAAAAGCAGGTAATCCACAAAGAGT
ATTGCTCTGTTTTCTGGAAAAGGGCATCGAGTTTGAAGTTATCCATGTCGATCTCAAAAA
ATTTGAGCAGAAAAAACCAGAGTATCTTCTTCGTCAGCCATTTGGTCAAATTCCAGCTAT
TGAAGATGGAGATCTTAAGCTTTTTGAATCACGAGCCATAGCGAGGTATTACGCGAACAA
GTATGCGGACCAAGGAACGGACCTATTGGGCAAGACCTTGGAGCAACGAGCCATCGTGGA
ACAGTGGGTGGAAGTTGAGGCTAACTACTTCGCCGTTGTGGTAGTACCTTTAATTATAAA
CATCGTGATTAGGCCCAAGTTCGACGTTGCTTTGGTGGAAGAGCTAAAGGTCAAGTTCGA
TAAGATCCTGGATGTATATGAGAACCAGTTAGCGACGGACCGGTATTTGGCCGGTCCTGA
GTACACACTGGCTGATCTGACTCATATGCCCGGTATGAGGTATATAATGAATGAAACCGG
TTTGGGGAGCATGGTTACGTCTCGGGAGAATGTTAACCGGTGGTGGAATGAGATTTCGGC
TAGACCGGCTTGGAAGAAACTTATGGAAATGGCTGCAAATTAAATTAGTTCTAGTGTATC
ATTGTTGGTGAGGACTAATGATGATGATGCATGTGGTATTCGGCCAAATAAGTGTTTTCA
AACATTTTCTGTCTTTTCCCCTAAATAAAGTTAATCTCAAGTGTTATTGTCTTTACCAAA
TAATGTTATTTTAAAACACG


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 25 40 40 15 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1D537TF U 1
AF RR1F993TF U 76
AF RR1C107TF U 2
AF RR1C725TF U 2
AF RR1F993JQ C 182
AF RR1C725JQ C 85
AF RR1C107JQ C 145
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BS 226 226 RR1C107TF
BS 227 356 RR1D537TF
BS 357 357 RR1C107TF
BS 358 427 RR1D537TF
BS 428 428 RR1C107TF
BS 429 462 RR1D537TF
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BS 608 608 RR1C107TF
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BS 719 719 RR1F993TF
BS 720 738 RR1C107TF
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BS 749 749 RR1C725JQ
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BS 759 759 RR1C725JQ
BS 760 760 RR1C107TF
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BS 798 798 RR1C725JQ
BS 799 815 RR1C725TF
BS 816 920 RR1C725JQ

RD RR1D537TF 692 0 0
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TTTGTAGAAACCATATTGGTTCTACAAATCATATCAACAATTACATATAGACTTTCTGTA
TAATCATAATATGGTGGTCAAACTATTTGGGCAGATAAAAGCAGGTAATCCACAAAGAGT
ATTGCTCTGTTTTCTGGAAAAGGGCATCGAGTTTGAAGTTATCCACGTCGATCTCAAAAA
ATTTGAGCAGAAAAAACCAGAGTATCTTCTTCGTCAGCCATTTGGTCAAATTCCAGCTAT
TGAAGATGGAGATCTTAAGCTTTTTGAATCACGAGCCATAGCGAGGTATTACGCGACCAA
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TAAGATCCTGGATGTATATGAGAACCAGTTAGCGACGGACCGGTATTTGGCCGGTCCTGA
GTACACATTGGCTGATCTGACTCATATGCCCGGTATGAGGTATATAATGAATGAAACCGG
TTTGGGGAGCATGGTTACGTCTCGGGAGA*AT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1F993TF 655 0 0
GG
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AAA*GGGCATCGAGTTTGAAGTTATCCATGTCGATCTCAAAAAATTTGAGCAGAAAAAAC
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AGCTTTTTGAATCACGAGCCATAGCGAGGTATTACGCGACCAAGTATGCGGACCAAGGAA
CGGACCTATTGGGCAAGACCTTGGAGCAACGAGCCATCGTGGAACAGTGGATGGAAGTTG
AGGCTAACTACTTCGCCGTTGTGGTTGTACCTTTAATTATAAACATCGTGATTAGGCCCA
AGTTCGACGTTGCTTTGGTGGAAGAGCTAGAGGTCAAGTTCGATAAGATCCTGGATGTAT
ATGAGAACCAGTTAGCGACGGACCGGTATTTGGCCGGTCCTGAGTACACATTGGCTGATC
TGACTCATATGCCCGGTATGAGGTATATAATGAATGAAACCGGTTTGGGGAGCATGGTTA
CGTCTCGGGAGAATGTTAACCGGTGGTGGAATGACATTTCGGCTAGACCGGCT

QA 3 655 3 655
DS 

RD RR1C107TF 794 0 0
GG
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GCTCTGTTTTCTGGAAAAGGGCATCGAGTTTGAAGTTATCCATGTCGATCTCAAAAAATT
TGAGCAGAAAAAACCAGAGTATCTTCTTCGTCAGCCATTTGGTCAAATTCCAGCTATTGA
AGATGGAGATCTTAAGCTTTTTGAATCACGAGCCATAGCGAGGTATTACGCGAACAAGTA
TGCGGACCAAGGAACGGACCTATTGGGCAAGACCTTGGAGCAACGAGCCATCGTGGAACA
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CGTGATTAGGCCCAAGTTCGACGTTGCTTTGGTGGAAGAGCTAAAGGTCAAGTTCGATAA
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CACACTGGCTGATCTGACTCATATGCCCGGTATGAGGTATATAATGAATGAAACCGGTTT
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GTTG
TGAGACTA

QA 3 786 3 786
DS 

RD RR1C725TF 820 0 0
GG
AAGCCACTGAGTCTTTCGAGTTTGAAATATACTCATATCCTTACTAAAATATTTGTATTT
GTAGAAACCATATTGGTTCTACAAATCATATCAACAATTACATATAGACTTTCTGTATAA
TCATAATATGGTGGTCAAACTATTTGGGCAGATAAAAGCAGGTAATCCACAAAGAGTATT
GCTCTGTTTTCTGGAAAAGGGCATCGAGTTTGAAGTTATCCATGTCGATCTCAAAAAATT
TGAGCAGAAAAAACCAGAGTATCTTCTTCGTCAGCCATTTGGTCAAATTCCAGCTATTGA
AGATGGAGATCTTAAGCTTTTTGAATCACGAGCCATAGCGAGGTATTACGCGAACAAGTA
TGCGGACCAAGGAACGGACCTATTGGGCAAGACCTTGGAGCAACGAGCCATCGTGGAACA
GTGGGTGGAAGTTGAGGCTAACTACTTCGCCGTTGTGGTAGTACCTTTAATTATAAACAT
CGTGATTAGGCCCAAGTTCGACGTTGCTTTGGTGGAAGAGCTAAAGGTCAAGTTCGATAA
GATCCTGGATGTATATGAGAACCAGTTAGCGACGGACCGGTATTTGGCCGGTCCTGAGTA
CACACTGGCTGATCTGACTCATATGCCCGGTATGAGGTATATAATGAATGAAACCGGTTT
GGGGAGCATGGTTACGTCTCGGGAGA*TGTTAACCGGTGGTGGAATGAGATT*CG*CTAG
ACCGGCTTGGAAGAA*CTTATGGAA*TGGCTGCAATT**AATTAGT*CTAGTGTATCATT
GTTG*TGAG*ACTA*TGATGATGATGCATGTG
TATTCG

QA 3 814 3 814
DS 

RD RR1F993JQ 704 0 0
TTGCTCTGTTTTCTGGAAA*GGGCATCGAGTTTGAAGTTATCCATGTCGATCTCAAAAAA
TTTGAGCAGAAAAAACCAGAGTATCTTCTTCGTCAGCCATTTGGTCAAATTCCAGCTATT
GAAGATGGAGATCTTAAGCTTTTTGAATCACGAGCCATAGCGAGGTATTACGCGACCAAG
TATGCGGACCAAGGAACGGACCTATTGGGCAAGACCTTGGAGCAACGAGCCATCGTGGAA
CAGTGGATGGAAGTTGAGGCTAACTACTTCGCCGTTGTGGTTGTACCTTTAATTATAAAC
ATCGTGATTAGGCCCAAGTTCGACGTTGCTTTGGTGGAAGAGCTAGAGGTCAAGTTCGAT
AAGATCCTGGATGTATATGAGAACCAGTTAGCGACGGACCGGTATTTGGCCGGTCCTGAG
TACACATTGGCTGATCTGACTCATATGCCCGGTATGAGGTATATAATGAATGAAACCGGT
TTGGGGAGCATGGTTACGTCTCGGGAGAATGTTAACCGGTGGTGGAATGACATTTCGGCT
AGACCGGCTTGGAAGAAACTTATGGAAATGGCTGCAAATTAAATTAGTTCTAGTGTATCA
TTGTTGGTGAGGACTAATGATGATGATGCATGTGGTATTCGGCCAAATAAGTGTTTTCAA
ACATTTTCTGTCTTTTCCCCTAAATAAAGTTAATCTCAAGTGTT

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DS 

RD RR1C725JQ 836 0 0
CAAATCATATCAACAATTACATATAGACTTTCTGTATAATCATAATATGGTGGTCAAACT
ATTTGGGCAGATAAAAGCAGGTAATCCACAAAGAGTATTGCTCTGTTTTCTGGAAAAGGG
CATCGAGTTTGAAGTTATCCATGTCGATCTCAAAAAATTTGAGCAGAAAAAACCAGAGTA
TCTTCTTCGTCAGCCATTTGGTCAAATTCCAGCTATTGAAGATGGAGATCTTAAGCTTTT
TGAATCACGAGCCATAGCGAGGTATTACGCGAACAAGTATGCGGACCAAGGAACGGACCT
ATTGGGCAAGACCTTGGAGCAACGAGCCATCGTGGAACAGTGGGTGGAAGTTGAGGCTAA
CTACTTCGCCGTTGTGGTAGTACCTTTAATTATAAACATCGTGATTAGGCCCAAGTTCGA
CGTTGCTTTGGTGGAAGAGCTAAAGGTCAAGTTCGATAAGATCCTGGATGTATATGAGAA
CCAGTTAGCGACGGACCGGTATTTGGCCGGTCCTGAGTACACACTGGCTGATCTGACTCA
TATGCCCGGTATGAGGTATATAATGAATGAAACCGGTTTGGGGAGCATGGTTACGTCTCG
GGAGAATGTTAACCGGTGGTGGAATGAGATTTCGGCTAGACCGGCTTGGAAGAAACTTAT
GGAAATGGCTGCAAATTAAATTAGTTCTAGTGTATCATTGTTGGTGAGGACTAATGATGA
TGATGCATGTGGTATTCGGCCAAATAAGTGTTTTCAAACATTTTCTGTCTTTTCCCCTAA
ATAAAGTTAATCTCAAGTGTTATTGTCTTTACCAAATAATGTTATTTTAAAACACG

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DS 

RD RR1C107JQ 776 0 0
ATTTGGGCAGATAAAAGCAGGTAATCCACAAAGAGTATTGCTCTGTTTTCTGGAAAAGGG
CATCGAGTTTGAAGTTATCCATGTCGATCTCAAAAAATTTGAGCAGAAAAAACCAGAGTA
TCTTCTTCGTCAGCCATTTGGTCAAATTCCAGCTATTGAAGATGGAGATCTTAAGCTTTT
TGAATCACGAGCCATAGCGAGGTATTACGCGAACAAGTATGCGGACCAAGGAACGGACCT
ATTGGGCAAGACCTTGGAGCAACGAGCCATCGTGGAACAGTGGGTGGAAGTTGAGGCTAA
CTACTTCGCCGTTGTGGTAGTACCTTTAATTATAAACATCGTGATTAGGCCCAAGTTCGA
CGTTGCTTTGGTGGAAGAGCTAAAGGTCAAGTTCGATAAGATCCTGGATGTATATGAGAA
CCAGTTAGCGACGGACCGGTATTTGGCCGGTCCTGAGTACACACTGGCTGATCTGACTCA
TATGCCCGGTATGAGGTATATAATGAATGAAACCGGTTTGGGGAGCATGGTTACGTCTCG
GGAGAATGTTAACCGGTGGTGGAATGAGATTTCGGCTAGACCGGCTTGGAAGAAACTTAT
GGAAATGGCTGCAAATTAAATTAGTTCTAGTGTATCATTGTTGGTGAGGACTAATGATGA
TGATGCATGTGGTATTCGGCCAAATAAGTGTTTTCAAACATTTTCTGTCTTTTCCCCTAA
ATAAAGTTAATCTCAAGTGTTATTGTCTTTACCAAATAATGTTATTTTAAAACACG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 7

CO CL972Contig1 522 7 5 U
GGAAGCACAAAACATCAAGTTGAATATCTTGCATTAATATAAATAAATAAAACAAACTGC
AAAAAAAATGGCCTCATCAAGATTTCAACTTGTTGCCCTTCTTGTCATCTTCTCTCTCGT
TATTACTGCCCAATCTGAAAGAGAAAAGGAAGAAATGGACGGACCATGCCGCTTGAGAGG
AACATGCGATGAGGACAGCGACTGCAACGCCCATTGCCACAGAAGCACGGACATTATACC
CATGAACGGCCATTGTCTCTTCGACAGACCCACCCCCGTATGCTGCTGCCTCTTTGATTA
AGTCCCATCCTTTTTTTATTCTTCAAGTTTCCATGCATGCATGATCCTAATTAAACTAAT
GATGTAAACATATACATAAATGTTCACGTCCTAACTACTTGAAGAATAGAAGAAGCGATC
TTGTGTTTCTTATACTTTTGATTTCTTGTTTACCATATGTTGTAAGAGAATGACTATTTA
TGAACATATTATACATATACATTTATATTTTTGAAGGAGATC


BQ
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AP91JQ C 1
AF RR1AP91TF U 1
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G

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G

QA 1 494 1 494
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TT

QA 1 509 1 509
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QA 1 509 1 509
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AS 1 7

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H920TF U 7
AF RR1AD30TF U 1
AF RR1EI10TF U 82
AF RR1AD30JQ C 205
AF RR1H920JQ C 391
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BS 1 708 RR1AD30TF
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G
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QA 2 504 2 504
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RD RR1AD30TF 785 0 0
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CATCCAAGACGACCTCGAGAAGATAAACGAGAAGGCTAGCGATGAAGTGTTGGAAGTGGA
GCAGAAGTACAACGGTATAAGGAAGCCTGTCTATGACAAGCGTGCCGATATCATCGAAGC
CATCCCTGATTTCTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTCTTGGTGATCTTTTGAC
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TATCAAGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGTGTGGAACACGAGAAGAATGGAAA
CAAACGTGCATTGCCTGAAGAGAGTTTCTTTACCTGGTTTAGTGATGGTCAACACAAGGA
CGAAGACGTTGAAGTTGAGATTCACGACGAGGTTGCGGATATCATCAAAGGAAGATTTAT
GGGCCAACCCTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCTGATGAAGAGGATTTTGATGATGAGG
GGGAA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1EI10TF 703 0 0
G
ATGGTGGCGGACAACAAGAGCAAGAAGGCTAAGACTGATGAGGAGAACGCCGAGCAAATC
GACGGAGAGCTTCTCCTTTCTATCGAAAAGCTTCAGTCCATCCAAGACGACCTCGAGAAG
ATAAACGAGAAGGCTAGCGATGAAGTGTTGGAAGTGGAGCAGAAGTACAACGGTATAAGG
AAGCCTGTCTATGACAAGCGTGCCGATATCATCAAAGCCATCCCTGATTTCTGGCTCACT
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GGCTTGCCAAATGGTGTGGAACACGAGAAGAATGGAAACAAACGTGCATTGCCTGAAGAG
AGTTTCTTTACCTGGTTTAGTGACGGTCAACACAAGGACGAAGACGTTGAAGTTGAGATT
CACGACGAGGTTGCGGATATCATCAA*GGAAGATTTATGGGCCAACCCTCTCACCTACTT
CAACAATGAGGCTGATGAAGAGGATTTTGATGATGAGGGGGA

QA 2 703 2 703
DS 

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AA
ACGAGAAGGCTAGCGATGAAGTGTTGGAAGTGGAGCAGAAGTACAACGGTATAAGGAAGC
CTGTCTATGACAAGCGTGCCGATATCATCGAAGCCATCCCTGATTTCTGGCTCACTGCTT
TCTTGAGCCACCCTGCTCTTGGTGATCTTTTGACTGAAGAAGACCAAAAGATATTCAAAT
ATCTAAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCCAAAGATGTGAAGTCTGGATACTCTATCACTT
TTAACTTCAATGCCAACCCTTATTTTGAGGATGAGAAACTAACCAAGACCTTTACCTTCC
TCGACGAAGGGACAACCGAAATCACAGCCACGCCTATCAAGTGGAAAGAGGGCAAGGGCT
TGCCAAATGGTGTGGAACACGAGAAGAATGGAAACAAACGTGCATTGCCTGAAGAGAGTT
TCTTTACCTGGTTTAGTGATGGTCAACACAAGGACGAAGACGTTGAAGTTGAGATTCACG
ACGAGGTTGCGGATATCATCAA*GGAAGATTTATGGGCCAACCCTCTCACCTACTTCAAC
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AAAATGGATCATGACAATAACATACAAGACTTAGTTTTTTCATGCTTCGAGAAAAGATAA
TACATTTTT
AGCT

QA 3 791 3 791
DS 

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CTTCAATGCCAACCCTTATTTTGAGGATGAGAAACTAACCAAGACCTTTACCTTCCTCGA
GGAAGGGACAACCGAAATCCCAGCCACGCCTATCAAGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCC
AAATGGTGTGGAACACGAGAAGAATGGAAACAAACGTGCATTGCCTGAAGAGAGTTTCTT
TACCTGGTTTAGTGATGGTCAACACAAGGACGAAGACGTTGAAGTTGAGATTCACGACGA
GGTTGCGGATATCATCAA*GGAAGATTTATGGGCCAACCCTCTCACCTACTTCAACAATG
AGGCTGATGAAGAGGATTTTGATGATGAGGGGGAAGAAGGTGATTCTGACGAAGACGGTG
AAGGAGAAGGCGAAGATGGTGAGGAATGATGGGAGAGGCTTACCCCCGGAAACCACATTT
GCTTACATGTCTTTCTTCTATAACAGAGTGTGTTGAAAGGGTTTTTAATTTTAATCAAAA
TGGATCATGACAATAACATACAAGACTTAGTTTTTTCATGCTTCGAGAAAAGATAATACA
TTTTT
AGCC

QA 1 605 1 605
DS 

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G
CAA*GGAAGATTTATGGGCCAACCCTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCTGATGAAGAGG
ATTTTGATGATGAGGGGGAAGAAGGTGATTCTGACGAAGACGGTGAAGGAGAAGGCGAAG
ATGGTGAGGAATGATGGGAGAGGCTTACCCCCGGAAACCACATTTGCTTACATGTCTTTC
TTCTATAACAGAGTGTGTTGAAAGGGTTTTTAATTTTAATCAAAATGGATCATGACAATA
ACATACAAGACTTAGTTTTTTCATGCTTCGAGAAAAGATAATACATTTTT

QA 2 291 2 291
DS 

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ATTTTGAGGATGAGAAACTAACCAAGACCTTTACCTTCCTCGACGAAGGGACAACCGAAA
TCACAGCCACGCCTATCAAGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGTGTGGAACACG
AGAAGAATGGAAACAAACGTGCATTGCCTGAAGAGAGTTTCTTTACCTGGTTTAGTGACG
GTCAACACAAGGACGAAGACGTTGAAGTTGAGATTCACGACGAGGTTGCGGATATCATCA
A*GGAAGATTTATGGGCCAACCCTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCTGATGAAGAGGAT
TTTGATGATGAGGGGGAAGAAGGTGATTCTGACGAAGACGGTGAAGGAGAAGGCGAAGAT
GGTGAGGAATGATGGGAGAGGCTTACCCCCGGAAACCACATTTGCTTACATGTCTTTCTT
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ATACAAGACTTAGTTTTTTCATGCTTCGAGAAAAGATAATACATTTTTAGCTATTTTAAT
CTTCTGTTTCTAGGAGTACCATTTTCAGTCTTTTGTTGCTCAGAGTCCTGCTTAAATTGT
TTCTATCGTCTTCTACTGTTCTTATATAATAGTATCTCCTCTCTC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 2 7

CO CL974Contig1 1427 5 13 U
TTTTTATAAATCGACATTAAAAAGAAAAAAAAAAATAGGGGATTGATAGAGCTTTATCTT
CACCGTTGGCTCCACTCGACGGAGGTTCAGAATCACAGAGACAGACTGTGAGGATGAGGA
TAATTTCAATGGCGTCCACCACCATCCGACCTTCCCTGGGCTGCTTCTCTTCATCTCCTC
GCTTCCCCTTCGTCTCCTCCCGGAATCTCTCTCGCCCCACCCTTTCTTCTTTCTCCCATG
TTAATCAGTCAAAGGCTTTGACTGTGAGAAGAAGCGTAAGGTGCTTAGGAGGAGTAGCTG
AATCCGGAAACGCGGCTCAAGCAGTTACGGAAGAGGATCTTCTCAAGTGGGTCAAAAATG
ATAACAGAAGAATGCTTCATGTCGTTTACCGTGTTGGCGATTTGGACCGAACTATTAAAT
TCTATACGGAATGTCTTGGGATGAAGCTTCTACGCAAGCGTGATATACCGGAAGAGAAGT
ATACTAATGCTTTCCTTGGTTATGGTCCTGAAGATTCACACTTCGTCATTGAGCTCACTT
ATAATTATGGAGTTGACAAGTATGACATTGGGGCAGGTTTTGGTCACTTTGGTATTGCCG
TCGACGACTTAGCGAAAACTGTAGAACTTATAAAAGCCAAGGGGG*AAAAGTAACAAGGG
AGCCTGGTGCTGTCAAAGGTGGCAAAACTGTTATCGCCTTCATTGAAGATCCTGATGGTT
ACAAATTCGAACTCTTGGAGAGAGGTCCTACACCTGAACCTCTTTGTCAAGTTATGCTCC
GTGTTGGTGATCTCGACAAGTCCATCAAATTCTATGAGAAGGCTTTTGGAATGGAGCTTC
TGCGCACAAGAGACAACCCGGAGTACAAGTACACAATAGCTATGATGGGATATGGTCCAG
AAGATAAAACTGCAGTCCTGGAGCTGACATATAACTATGGTGTCACTGAATATGATAAAG
GAAATGCTTATGCTCAGATTGCAATAGGGACGGATGACGTGTACAAAACCGCAGAGGCTG
TAAAACTCTTTGGTGGGAAAATCACGAGGGAACCTGGTCCTTTACCAGGTATAAGCACGA
AGATCACCGCGTGTTTGGATCCTGATGGTTGGAAGTCGGTGTTTGTGGACAACGTTGATT
TTCTCAAAGAACTGGAGTGATAGGAGAAAGAAGGCCACCAAAATGGCTAGTTTCATAGCC
TATGAAGGAAACAGGAGGATGGGTTTTTCGTTTTACATCAGTTGGGGTTTCGTATATCTC
TATCTCTCAGTGTGAGTATCTAGTTTGTTCAAAATGAATGATTTACTTTTCTAAGTCTAG
TGTAGTTATTCTACAGAATTATCCCTTGTTGCGTCTTGTATATCACTTTTACTTGAACCA
TTATTGCCGCTGAAATAAAATGATAAGTGAATGATCGATAAGAACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM19TF U 46
AF RR1EP19TF U 1
AF RR1FP43TF U 92
AF RR1FP43JQ C 559
AF RR1EP19JQ C 748
BS 1 608 RR1EP19TF
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BS 1172 1427 RR1FP43JQ

RD RR1DM19TF 590 0 0
GG
AGAGCTTTATCTTCACCGTTGGCTTCACTCGACGGAGGTTCAGAATCACAGAGACAGACT
GTGAGGATGAGGATAATTTCAATGGCGTCCACCACCATCCGACCTTCCCTGGGCTGCTTC
TCTTCATCTCCTCGCTTCCCCTTCGTCTCCTCCCGGAATCTCTCTCGCCCCACCCTTTCT
TCTTTCTCCCATGTTAATCAGTCAAAGGCTTTGACTGTGAGAAGAAGCGTAAGGTGCTTA
GGAGGAGTAGCTGAATCCGGAAACGCGGCTCAAGCAGTTACGGAAGAGGATCTTCTCAAG
TGGGTCAAAAATGATAACAGAAGAATGCTTCATGTCGTTTACCGTGTTGGCGATTTGGAC
CGAACTATTAAATTCTATACGGAATGTCTTGGGATGAAGCTTCTACGCAAGCGTGATATA
CCGGAAGAGAAGTATACTAATGCTTTCCTTGGTTATGGTCCTGAAGATTCACACTTCGTC
ATTGAGCTCACTTATAATTATGGAGTTGACAAGTATGACATTGGGGCAGGTTTTGGTCAC
TTTGGTATTGCCGTCGACGACGTAGCGAAAACTGTAGAACTGATAAAA

QA 3 590 3 590
DS 

RD RR1EP19TF 676 0 0
TTTTTATAAATCGACATTAAAAAGAAAAAAAAAAATAGGGGATTGATAGAGCTTTATCTT
CACCGTTGGCTCCACTCGACGGAGGTTCAGAATCACAGAGACAGACTGTGAGGATGAGGA
TAATTTCAATGGCGTCCACCACCATCCGACCTTCCCTGGGCTGCTTCTCTTCATCTCCTC
GCTTCCCCTTCGTCTCCTCCCGGAATCTCTCTCGCCCCACCCTTTCTTCTTTCTCCCATG
TTAATCAGTCAAAGGCTTTGACTGTGAGAAGAAGCGTAAGGTGCTTAGGAGGAGTAGCTG
AATCCGGAAACGCGGCTCAAGCAGTTACGGAAGAGGATCTTCTCAAGTGGGTCAAAAATG
ATAACAGAAGAATGCTTCATGTCGTTTACCGTGTTGGCGATTTGGACCGAACTATTAAAT
TCTATACGGAATGTCTTGGGATGAAGCTTCTACGCAAGCGTGATATACCGGAAGAGAAGT
ATACTAATGCTTTCCTTGGTTATGGTCCTGAAGATTCACACTTCGTCATTGAGCTCACTT
ATAATTATGGAGTTGACAAGTATGACATTGGGGCAGGTTTTGGTCACTTTGGTATTGCCG
TCGACGACGTAGCGAAAACTGTAGAACTGATAAAAGCCAAGGGGG*AAAAGTAACAAGGG
AGCCTGGTGCTGTCAA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1FP43TF 728 0 0
GGG
ACAGAGACAGACTGTGAGGATGAGGATAATTTCAATGGCGTCCACCACCATCCGACCTTC
CCTGGGCTGCTTCACTTCATCTCCTCGCTTCCCCTTCGTCTCCTCCCGGAATCTCTCTCG
CCCCACCCTTTCTTCTTTCTCCCATGTTAATCAGTCAAAGGCTTTGACAGTGAGAAGAAG
CGTAAGGTGCTTAGGAGGAGTAGCTGAATCCGGAAACGCGGCTCATGCAGTTACGGAAGA
GGATCTTCTCAAGTGGGTCAAAAATGATAACAGAAGAATGCTTCATGTCGTTTACCGTGT
TGGCGATTCGGACCGAACTATTAAATTCTATACGGAATGTCTTGGGATGAAGCTTCTACG
CAAGCGTGATATACCGGAAGAGAAGTATACTAATGCTTTCCTTGGTTATGGTCCTGAAGA
TTCACACTTCGTCATTGAGCTCACTTATAATTATGGAGTTGACAAGTATGACATTGGGGC
AGGTTTTGGTCACTTTGGTATTGCCGTCGACGACTTAGCGAAAACTGTAGAACTTATAAA
AGCCAAGGGGGGAAAAGTAACAAGGGAGCCTGGTGCTGTCAAAGGTGGCAAAACTGTTAT
CGCCTTCATTGAAGATCCTGATGGTTACAAATTCGAACTCTTGGAGAGAGGTCCTACACC
TGAACCTCTTTGTCAAGTTATGCTCCGTGTTGGTGATCTCGACAAGTCCATCAAATTCTA
TGAGA

QA 4 728 4 728
DS 

RD RR1FP43JQ 869 0 0
AGTATGACATTGGG*CAGGTTTTG*TCACTTTGGTAT*GCCGTCGACGACTTAGCGAAAA
CTGTAGAACTTATAAAAGCCAAGGGGG*AAAAGTAACAAGGGAGCCTGGTGCTGTCAAAG
GTGGCAAAACTGTTATCGCCTTCATTGAAGATCCTGATGGTTACAAATTCGAACTCTTGG
AGAGAGGTCCTACACCTGAACCTCTTTGTCAAGTTATGCTCCGTGTTGGTGATCTCGACA
AGTCCATCAAATTCTATGAGAAGGCTTTTGGAATGGAGCTTCTGCGCACAAGAGACAACC
CGGAGTACAAGTACACAATAGCTATGATGGGATATGGTC*AGAAGATAAA*CTGCAGTCC
TGGAGCTGACATATAACTATGGTGTCACTGAATATGATAAAGGAAATGCTTATGCTCAGA
TTGCAATAGGGACGGATGACGTGTACAAAACCGCAGAGGCTGTAAAACTCTTTGGTGGGA
AAATCACGAGGGAACCTGGTCCTTTACCAGGTATAAGCACGAAGATCACCGCGTGTTTGG
ATCCTGATGGTTGGAAGTCGGTGTTTGTGGACAACGTTGATTTTCTCAAAGAACTGGAGT
GATAGGAGAAAGGAGGCCACCAAAATGGCTAGTTTCATAGCCTATGAAGGAAACAGGAGG
ATGGGTTTTTCGTTTTACATCAGTTGGGGTTTCGTATATCTCTATCTCTCAGTGTGAGTA
TCTAGTTTGTTCAAAATGAATGATTTACTTTTCTAAGTCTAGTGTAGTTATTCTACAGAA
TTATCCCTTGTTGCGTCTTGTATATCACTTTTACTTGAACCATTATTGCCGCTGAAATAA
AATGATAAGTGAATGATCGATAAGAACAG

QA 1 869 1 869
DS 

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AATTCTATGAGAAGGCTTTTGGAATGGAGCTTCTGCGCACAAGAGACAACCCGGAGTACA
AGTACACAATAGCTATGATGGGATATGGTCCAGAAGATAAAACTGCAGTCCTGGAGCTGA
CATATAACTATGGTGTCACTGAATATGATAAAGGAAATGCTTATGCTCAGATTGCAATAG
GGACGGATGACGTGTACAAAACCGCAGAGGCTGTAAAACTCTTTGGTGGGAAAATCACGA
GGGAACCTGGTCCTTTACCAGGTATAAGCACGAAGATCACCGCGTGTTTGGATCCTGATG
GTTGGAAGTCGGTGTTTGTGGACAACGTTGATTTTCTCAAAGAACTGGAGTGATAGGAGA
AAGAAGGCCACCAAAATGGCTAGTTTCATAGCCTATGAAGGAAACAGGAGGATGGGTTTT
TCGTTTTACATCAGTTGGGGTTTCGTATATCTCTATCTCTCAGTGTGAGTATCTAGTTTG
TTCAAAATGAATGATTTACTTTTCTAAGTCTAGTGTAGTTATTCTACAGAATTATCCCTT
GTTGCGTCTTGTATATCACTTTTACTTGAACCATTATTGCCGCTGAAATAAAATGATAAG
TGAATG

QA 1 666 1 666
DS 



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GGGGCAGGTTTTGGTCACTTTGGTATTGCCGTCGACGACGTAGCGAAAACTGTAGAACTG
ATAAAAGCCAAGGGAGGGAAAGTAACAAGGGAGCCTGGTGCTGTCAAAGGTGGCAAAACT
GTAATCGCCTTCATTGAAGATCCTGATGGTTACAAATTTGAACTCTTGGAGAGAGGTCCT
ACACCTGAACCTCTTTGTCAAGTTATGCTCCGTGTCGGTGATCTCGACAAGTCCATCAAA
TTCTATGAGAAGGCTTTTGGAATGGAGCTTCTGCGCACAAGAGACAACCCAGAGTACAAG
TACACAATAGCTATGATGGGATATGGTCCAGAAGATAAAACTGCAGTCCTGGAGCTGACA
TATAACTATGGTGTCACTGAATATGATAAAGGAAATGCTTATGCTCAGATTGCAATAGGG
ACGGATGACGTGTACAAAACCGCAGAGGCTGTAAAACTCTTTGGTGGGAAAATCACGAGG
GAACCTGGTCCCTTGCCAGGTATAAGCACGAAGATCACGGCGTGTTTGGATCCCGATGGT
TGGAAGTCGGTGTTTGTGGACAACGTTGACTTTCTCAAAGAACTGGAGTGATAGGTGAAA
GGGGCCACCAAAATGGCTAGTTTCATAGCTATGAAGGAAACGTGAGGATGGGTTTTTCGT
TTTACATCAGCTGGGGTTTCGTATATCTGCCTCTCAGTGTGAGTATCTAGTTTGTTCAAA
GTGAATGATTTGCTTTTCTAAGTCTAGTGTAGTTATTCTACAGAACTATCCCATGTTGCG
TCTTGTATATCACTTTTACTTGAACCATTATTGCCGTTGAAATAAGATGATAAATGAATG
ATCGATAAGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EX77TF U 1
AF RR1EX77JQ C 223
BS 1 568 RR1EX77TF
BS 569 853 RR1EX77JQ

RD RR1EX77TF 568 0 0
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TACACAATAGCTATGATGGGATATGGTCCAGAAGATAAAACTGCAGTCCTGGAGCTGACA
TATAACTATGGTGTCACTGAATATGATAAAGGAAATGCTTATGCTCAGATTGCAATAGGG
ACGGATGACGTGTACAAAACCGCAGAGGCTGTAAAACTCTTTGGTGGGAAAATCACGAGG
GAACCTGGTCCCTTGCCAGGTATAAGCACGAAGATCACGGCGTGTTTGGATCCCGATGGT
TGGAAGTCGGTGTTTGTGGACAACGTTG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1EX77JQ 631 0 0
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GACAACCCAGAGTACAAGTACACAATAGCTATGATGGGATATGGTCCAGAAGATAAAACT
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GCTCAGATTGCAATAGGGACGGATGACGTGTACAAAACCGCAGAGGCTGTAAAACTCTTT
GGTGGGAAAATCACGAGGGAACCTGGTCCCTTGCCAGGTATAAGCACGAAGATCACGGCG
TGTTTGGATCCCGATGGTTGGAAGTCGGTGTTTGTGGACAACGTTGACTTTCTCAAAGAA
CTGGAGTGATAGGTGAAAGGGGCCACCAAAATGGCTAGTTTCATAGCTATGAAGGAAACG
TGAGGATGGGTTTTTCGTTTTACATCAGCTGGGGTTTCGTATATCTGCCTCTCAGTGTGA
GTATCTAGTTTGTTCAAAGTGAATGATTTGCTTTTCTAAGTCTAGTGTAGTTATTCTACA
GAACTATCCCATGTTGCGTCTTGTATATCACTTTTACTTGAACCATTATTGCCGTTGAAA
TAAGATGATAAATGAATGATCGATAAGAACC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 7

CO CL975Contig1 1084 7 7 U
GGAACCTGTGAAATTTGATTCTGCATCCTCCTGTCTTCTCACTCCTCATCGTTCGTATCG
TCGTTACACTCTGTAATCTCATTCTTAGACTTAAACTCTCTGTTCTCGAATCCTCAGTCC
TCCCTCCATGGCTTCGTGTAGCCTAGGAGTTCCGAAGATTAAAATCTCAGGGGTAGAACT
AAGTAGAGTAAGATCTGGAAGCTTACAGATTCCACACGGTCAAAGATCATTGTTTGCTCA
AAGGCCGGTTAAGTACTTGAGTCTGAGGACAAGTGTTGGATCTTTGAAAGCTGTCCAACT
GTCTACTGTCACAGCTGCGGAAACAGCTGCTACTGTGGAAGTAGAAGATGCTGAGAAGAC
CAAGTCATCTCCGTTGAACGCTCAGCTTGTTCCCAAGCCCCCTGAGGTGGAAGCTCTTGT
CACTGAGATATGTGATTCCTCATCAATTGCAGAGTTTGAACTGAAACTGGGAGGTTTCCG
CCTATATGTAGCAAGGAACTTAGCTGACAACAACATTAGTCCACCACAACCTCAGCCAAT
TCCTGCTGCCTTTTCTGCAACTACAGAGAGTGCTGATTCTAATGGATCAGCTTCCTCTAC
TTCATTAGCTATCACAAAACCAGCATCTTCAGCTGCTGATCAGGGTTTGATTATCCTCCA
ATCTCCTAAAGTAGGATTTTTCAGGAGATCCAAAACCATAAAGGGTAAACGCACTCCTTC
CTCCTGTAAAGAGAAAGACCAAGTGAAAGAAGGTCAAGTTTTTTGCTACATTGAACAACT
CGGTGGCCAGTTCCCTATCGAGTCTGATGTTTCCGGTGAGGTTGTCAAGATACTCCGAGA
AGATGGAGAGCCTGTAGGATACAATGATGCTCTTATCTCGATCCTTCCTTCCTTCCCTGG
GATCAAGAAGCTTCAGTAAAAACCAAATCCGAGCTTGGTTTTTTGAGTTGTGGAACTGTG
CCTTGTGTGTATGCTTTTAGAACAAAATAAACTTCATTCATATCTTTGTGTTTCTGTTTG
TCTGAAAGTTTTTCTTCAAGACATTGTTTTATTATGTTCTTTTATATATTAAAAACATTC
TGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
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25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 

AF RR1CU11TF U 1
AF RR1G035TF U 80
AF RR1CU11JQ C 382
AF RR1BE49JQ C 763
AF RR1DH64JQ C 763
AF RR1BE49TF U 763
AF RR1DH64TF U 763
BS 1 86 RR1CU11TF
BS 87 87 RR1G035TF
BS 88 353 RR1CU11TF
BS 354 354 RR1G035TF
BS 355 674 RR1CU11TF
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TCCCTCCATGGCTTCGTGTAGCCTAGGAGTTCCGAAGATTAAAATCTCAGGGGTAGAACT
AAGTAGAGTAAGATCTGGAAGCTTACAGATTCCACACGGTCAAAGATCATTGTTTGCTCA
AAGGCCGGTTAAGTACTTGAGTCTGAGGACAAGTGTTGGATCTTTGAAAGCTGTCCAACT
GTCTACTGTCACAGCTGCGGAAACAGCTGCTACTGTGGAAGTAGAAGATGCTGGGAAGAC
CAAGTCATCTCCGTTGAACGCTCAGCTTGTTCCCAAGCCCCCTGAGGTGGAAGCTCTTGT
CACTGAGATATGTGATTCCTCATCAATTGCAGAGTTTGAACTGAAACTGGGAGGTTTCCG
CCTATATGTAGCAAGGAACTTAGCTGACAACAACATTAGTCCACCACAACCTCAGCCAAT
TCCTGCTGCCTTTTCTGCAACTACAGAGAGTGCTGATTCTAATGGATCAGCTTCCTCTAC
TTCATTAGCTATCACAAAACCAGCATCTTCAGCTGCTGATCAGGGTTTGATTATCCTCCA
ATCTCCTAAAGTAG
ATTCT

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G
ATTCTTAGACTTAAACTCTCTGTTCTCGAATCCTCAGTCCTCCCTCCATGGCTTCGTGTA
GCCTAGGAGTTCCGAAGATTAAAATCTCAGGGGTAGAACTAAGTAGAGTAAGATCTGGAA
GCTTACAGATTCCACACGGTCAAAGATCATTGTTTGCTCAAAGGCCGGTTAAGTACTTGA
GTCTGAGGACAAGTGTTGGATCTTTGAAAGCTGTCCAACTGTCTACTGTCACAGCTGCGG
AAACAGCTGCTACTGTGGAAGTAGAAGATGCTGAGAAGACCAAGTCATCTCCGTTGAACG
CTCAGCTTGTTCCCAAGCCCTCTGAGGTGGAAGCTCTTGTCACTGAGATATGTGATTCCT
CATCAATTGCAGAGTTTGAACTGAAACTGGGAGGTTTCCGCCTATATGTAGCAAGGAACT
TAGCTGACGACAACATTAGTCCACCACAACCTCAGCCAATTCCTGCTGCCTTTTCTGCAA
CTACAGAGAGTGCTGATTCTAATGGATCAGCTTCCTCTACTTCATTAGCTATCACAAAAC
CAGCATCTTCAGCTGCTGATCAGGGTTTGATTATCCTCCAATCTCCTAAAGTAG

QA 2 595 2 595
DS 

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ATCAATTGCAGAGTTTGAACTGAAACTGGGAGGTTTCCGCCTATATGTAGCAAGGAACTT
AGCTGACAACAACATTAGTCCACCACAACCTCAGCCAATTCCTGCTGCCTTTTCTGCAAC
TACAGAGAGTGCTGATTTTAATGGATCAGCTTCCTTTACTTCATTAGCTATCACAAAACC
AGCATTTTCAGCTGCTGATCAGGGTTTGATTATCCTCCAATTTCCTAAAGTAGGATTTTT
CAGGAGATCCAAAACCATAAAGGGTAAACGCACTCCTTCCTCCTGTAAAGAGAAAGACCA
AGTGAAAGAAGGTCAAGTTTTTTGCTACATTGAACAACTCGGTGGCCAGTTCCCTATCGA
GTTTGATGTTTCCGGTGAGGTTGTCAAGATACTCCGAGAAGATGGAGAGCCTGTAGGATA
CAATGATGCTTTTATCTCGATCCTTCCTTCCTTCCTTGGGATCAAGAAGCTTCAGTAAAA
ACCAAATCCGAGCTTGGTTTTTTGAGTTGTGGAACTGTGCCTTGTGTTTATGCTTTTAGA
ACAAAATAAACTTCATTCATATCTTTGTGTTTCTGTTTGTTTGAAAGTTTTTTTTCAAGA
C

QA 1 661 1 661
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CCTTCCTTCCTTCCCTGGGATCAAGAAGCTTCAGTAAAAACCAAATCCGAGCTTGGTTTT
TTGAGTTGTGGAACTGTGCCTTGTGTGTATGCTTTTAGAACAAAATAAACTTCATTCATA
TCTTTGTGTTTCTGTTTGTCTGAAAGTTTTTCTTCAAGACATTGTTTTATTATGTTCTTT
TATATATTAAAAACATTCTGAT

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DS 

RD RR1BE49TF 322 0 0
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TTGAGTTGTGGAACTGTGCCTTGTGTGTATGCTTTTAGAACAAAATAAACTTCATTCATA
TCTTTGTGTTTCTGTTTGTCTGAAAGTTTTTCTTCAAGACATTGTTTTATTATGTTCTTT
TATATATTAAAAACATTCTGAT

QA 1 322 1 322
DS 

RD RR1DH64TF 322 0 0
TTGCTACATTGAACAACTCGGTGGCCAGTTCCCTATCGAGTCTGATGTTTCCGGTGAGGT
TGTCAAGATACTCCGAGAAGATGGAGAGCCTGTAGGATACAATGATGCTCTTATCTCGAT
CCTTCCTTCCTTCCCTGGGATCAAGAAGCTTCAGTAAAAACCAAATCCGAGCTTGGTTTT
TTGAGTTGTGGAACTGTGCCTTGTGTGTATGCTTTTAGAACAAAATAAACTTCATTCATA
TCTTTGTGTTTCTGTTTGTCTGAAAGTTTTTCTTCAAGACATTGTTTTATTATGTTCTTT
TATATATTAAAAACATTCTGAT

QA 1 322 1 322
DS 



AS 2 6

CO CL976Contig1 873 4 2 U
GGTTTAAAATATTAACCACCACTTCATATAGTGTATGTTTCGTTTTACAACAAAGCAAAG
TCAAACCTGACATGGATATTAGTATTTGACACCAAGTCTTTGTTGATTTAATACGTATTA
AGTTTTAAATATGGGAAAGTGGGCAATGGGGTAAGTGACTTGGAAAAAGATAAAAGGAAC
ATAGAACGTTGAAGTTGTCAAACCAGAAAGGGTTTAAGTCGGGGATCAGTACGGTGAGGA
AGACCAGTGCGAGCTCCCAAAGCTCGGCAGTTGCAAGCAGCCACTTGAGTAGCGAACGGT
AGCATCTTCTCTGGGGACATGCCGGCGCATAAAGCATAAAGAACTGCTCCTATGAATGCG
TCGCCTGCACCGGTGGTGTCAACAAGCTCTTCTGGAGGAATTTTCTCTGCTGTTCCGAGA
AACAATCTTCCGCTCAGTGTTCCTATCTCGTTGGCCTTTAGCTTAGCTTTCTCCGATGAA
ACGCATGTTGGAAATGCTGCGGTCGAGTCTGATCTTTGCTTCAGAGACTCCACCAAACTG
TCAATGTCTGTCTCTTTGGATTCTGATGTTTCTGTTGAATCTCTCTGGATCATTAAGCAT
CCTTCTTCACCTAAGGTTACGATCACAAACTTCAGCTTCGGCAATCTCAACATCATGGAC
ACAAGCGCACATGGAATTGAAGAAGCTTCTGTCCATGCCTGAGGGAATTTTGCTGTGCAG
ACAACGTAATCGGCGAGTTGCAAGAGATCGTCTAATCCATCTCTTTTCTTCTCTGCGTCA
CTAATATAGGTATCTTCTTCTGACTTGCCTCTTTTGCATCACCAAAGCGGTTTCGTGTAT
CTTACATCAAAGTATGCAATGCTTGCTCTGTCT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG71JQ U 1
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AF RR1CB75JQ U 6
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BS 617 873 RR1CB75JQ

RD RR1FG71JQ 616 0 0
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CCTTCTTCACCTAAGG

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DS 

RD RR1C458JQ 622 0 0
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ATGCTGCGGTCGAGTCTGATCTTTGCTTCAGAGACTCCACCAAACTGTCAATGTCTGTCT
CTTTGGATTCTGATGTTTCTGTTGAATCTCTCTGGATCATTAAGCATCCTTCTTCACCTA
AGGTTACGATCACAAACTTCAG

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1CJ68JQ 671 0 0
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CGGCAGTTGCAAGCAGCCACTTGAGTAGCGAACGGTAGCATCTTCTCTGGGGACATGCCG
GTGCATAAAGCATAAAGAACTGCTCCTATGAATGCGTCGCCTGCACCGGTGGTGTCAACA
AGCTCTTCTGGAGGAATTTTCTCTGCTGTTCCGAGAAACAATCTTCCGCTCAGTGTTCCT
ATCTCGTTGGCCTTTAGCTTAGCTT*CTCTGATGAAACGCATGTTGGAAATGCTGCGGTC
GAGTCTGATCTTTGCTTCAGAGACTCCACCAAACTGTCAATGTCTGTCTCTTTGGATTCT
GATGTTTCTGTTGAATCTCTCTGGATCATTAAGCATCCTTCTTCACCTAAGGTTACGATC
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DS 

RD RR1CB75JQ 868 0 0
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CCTGACATGGATATTAGTATTTGACACCAAGTCTTTGTTGATTTAATACGTATTAAGTTT
TAAATATGGGAAAGTGGGCAATGGGGTAAGTGACTTGGAAAAAGATAAAAGGAACATAGA
ACGTTGAAGTTGTCAAACCAGAAAGGGTTTAAGTCGGGGATCAGTACGGTGAGGAAGACC
AGTGCGAGCTCCCAAAGCTCGGCAGTTGCAAGCAGCCACTTGAGTAGCGAACGGTAGCAT
CTTCTCTGGGGACATGCCGGCGCATAAAGCATAAAGAACTGCTCCTATGAATGCGTCGCC
TGCACCGGTGGTGTCAACAAGCTCTTCTGGAGGAATTTTCTCTGCTGTTCCGAGAAACAA
TCTTCCGCTCAGTGCTCCTATCTCGTTGGCCTTTAGCTTAGCTTTCTCCGATGAAACGCA
TGTTGGAAATGCTGCGGTCGAGTCTGATCTTTGCTTCAGAGACTCCACCAAACTGTCAAT
GTCTGTCTCTTTGGATTCTGATGTTTCTGTTGAATCTCTCTGGATCATTAAGCATCCTTC
TTCACCTAAGGTTACGATCACAAACTTCAGCTTCGGCAATCTCAACATCATGGACACAAG
CGCACATGGAATTGAAGAAGCTTCTGTCCATGCCTGAGGGAATTTTGCTGTGCAGACAAC
GTAATCGGCGAGTTGCAAGAGATCGTCTAATCCATCTCTTTTCTTCTCTGCGTCACTAAT
ATAGGTATCTTCTTCTGACTTGCCTCTTTTGCATCACCAAAGCGGTTTCGTGTATCTTAC
ATCAAAGTATGCAATGCTTGCTCTGTCT

QA 1 868 1 868
DS 



CO CL976Contig2 845 2 6 U
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AGAAAAGGGCGGAAGCAAAAAAATGATGTGTTTCACTCATCTCACACCTCTTCCTCTCTT
CTCCGGCGTCTCTCTTCCGTCCTCCTCCCGTCGTCGGTCCACGAGTTTCAGGACTAGAAT
GTCTTCTTCCTCCATCGAATCTATTACTCCTCCTCCTCCGCCGGATAACGGCATTGTCCT
TGGTTGTGGCGGAACCACTGTGGATTTCCTGGCGACGGTGGGTTCTTATCCTAATCCCGA
TGACAAGATCCGAAGCACTAGCCTCAAGGTACAAGGAGGGGGCAATGCTGGAAACGCGTT
GACTTGCGCAGCTCGTCTGGGTTTGACTTGTAGGCTGATTAGTAAGGTAGCTAATGACTC
TCAAGGAAAAGGTATATTGGAAGAGCTTGAATCCGATGGTGTTGATACTTCCTTTCTTGT
GGTCTCTAAAGAGGGCAATACTCCATTTACCTACGTCATTGTTGATAAACAAACGCAAAC
GCGTACTTGTATTCATACGCCTGGATATCCACCCATGGTGCCAACTGATCTTCCTCAGTC
GAGCATGTTATCTGCTCTAGACAGAGCAAGCATTGCATACTTTGATGTAAGATTACACGA
AACCGCTTTGGTGATTGCAAAAGAGGCAAGTCAGAAGAAGATACCTATATTAGTTGACGC
AGAGAAGAAAAGAGATGGATTAGACGATCTCTTGCACTCGCCGATTACGTTGTCTGCACA
GCAAAATTCCCTCAGCATGGACAGAGCTTCTTCATTCATGTGCGCTTGTGTCATGATGTT
GAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1FG71TF U 1
AF RR1C458TF U 24
BS 1 158 RR1FG71TF
BS 159 159 RR1C458TF
BS 160 710 RR1FG71TF
BS 711 711 RR1C458TF
BS 712 740 RR1FG71TF
BS 741 845 RR1C458TF

RD RR1FG71TF 740 0 0
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CTCCGGCGTCTCTCTTCCGTCCTCCTCCCGTCGTCGGTTCACGAGTTTCAGGACTAGAAT
GTCTTCTTCCTCCATCGAATCTATTACTCCTCCTCCTCCGCCGGATAACGGCATTGTCCT
TGGTTGTGGCGGAACCACTGTGGATTTCCTGGCGACGGTGGGTTCTTATCCTAATCCCGA
TGACAAGATCCGAAGCACTAGCCTCAAGGTACAAGGAGGGGGCAATGCTGGAAACGCGTT
GACTTGCGCAGCTCGTCTGGGTTTGACTTGTAGGCTGATTAGTAAGGTAGCTAATGACTC
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GGTCTCTAAAGAGGGCAATACTCCATTTACCTACGTCATTGTTGATAAACAAACGCAAAC
GCGTACTTGTATTCATACGCCTGGATATCCACCCATGGTGCCAACTGATCTTCCTCAGTC
GAGCATGTTATCTGCTCTAGACAGAGCAAGCATTGCATACTTTGATGTAAGATTACACGA
AACCGCTTTGGTGATTGCAAAAGAGGCAAGTCAGAAGAAGATACCTATAT*AGTTGACGC
AGAGAAGAAAAGAGATGGAT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1C458TF 822 0 0
GG
GCACAGAAGTGACACCTCACTCAGATTAGATACAAAGAAAAGGGCGGAAGCAAAAAAATG
ATGTGTTTCACTCATCTCACACCTCTTCCTCTCTTCTCCGGCGTCTCTCTTCCGTCCTCC
TCCCGTCGTCGGTCCACGAGTTTCAGGACTAGAATGTCTTCTTCCTCCATCGAATCTATT
ACTCCTCCTCCTCCGCCGGATAACGGCATTGTCCTTGGTTGTGGCGGAACCACTGTGGAT
TTCCTGGCGACGGTGGGTTCTTATCCTAATCCCGATGACAAGATCCGAAGCACTAGCCTC
AAGGTACAAGGAGGGGGCAATGCTGGAAACGCGTTGACTTGCGCAGCTCGTCTGGGTTTG
ACTTGTAGGCTGATTAGTAAGGTAGCTAATGACTCTCAAGGAAAAGGTATATTGGAAGAG
CTTGAATCCGATGGTGTTGATACTTCCTTTCTTGTGGTCTCTAAAGAGGGCAATACTCCA
TTTACCTGCGTCATTGTTGATAAACAAACGCAAACGCGTACTTGTATTCATACGCCTGGA
TATCCACCCATGGTGCCAACTGATCTTCCTCAGTCGAGCATGTTATCTGCTCTAGACAGA
GCAAGCATTGCATACTTTGATGTAAGATTACACGAAACCGCTTTGGTGATTGCAAAAGAG
GCAAGTCAGAAGAAGATACCTATATTAGTTGACGCAGAGAAGAAAAGAGATGGATTAGAC
GATCTCTTGCACTCGCCGATTACGTTGTCTGCACAGCAAAATTCCCTCAGCATGGACAGA
GCTTCTTCATTCATGTGCGCTTGTGTCATGATGTTGAGAT

QA 3 822 3 822
DS 



AS 1 7

CO CL977Contig1 989 7 7 U
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AAACACAACAGAAGGAAAAAACATTTAGAGTGATGAAAGCTTAACGGTAAGATGGAGACA
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TGTAGAATGAAAGGAAAGCCGGTTGCTCGAGAGATTATTGAGCCCCGAGTTCAAGGAGTA
GTGTGTGGCTGAGAGCATCTGAACCAGGTCCCGTGAATTGGATTGGACCAGGGCTGATGT
ATCGGTTCTTCAAAGCCCATTCCTCACGCAGCGATGCGAATTTCTTAAACGGTGCACCTT
CAAGTTCCACCATTGCTTTCTTGATCACAGGCTTGAACTTACCGTGTCTCCTCTCGACAT
CCATCAAGGCTGTGAGAGCAGTTCCACCTACAGTCCATTCTTCCACAGGAGCAGCCAAGT
TCCCCACCGAAGAAATCAGTCCGGTCTTCCCACTGTTGAGGAGCACTCCAGCGCCATAAC
CAAGTGCATAACAGTAGGTGGCGTCAAAGTTTGTAGGCAAACCGCATCTTCCTTCATACC
CAAAGAAATGAGACTGGCCCATGAATTGTCCCTTGTATGAACCAGCTTCCTTTCTTTTCT
CCAATTCAGTTTCAACCATTTGAATAAGCATCTTCTCAGTCTCAATCTTGGCCACCTGGA
CATTTCCGTGTGGGTCTCTCTCGAGCATCAGCTGTTCCTGAATCGCTTCAGGCAGAAGAT
CAAACAGCTTCAGGGATTGCTCGGTGAGCTTCTTCTTCCACTCTCCACTTTCATCAACCA
CCTCATTTGCCAGAATTTCGTTCAGTTCTGCGATCAGCTCCTGAACCTCGGGAATGAAAT
CGATCAGACCTTCTGGAATTAGAATAACACCGTAGTTGTAACCAAGGTCAGCACGCTTGC
AGATAACATCAACCATGTAATCCGTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B415JQ U 23
AF RR1B415TF C 23
AF RR1CN05JQ U 1
AF RR1D470JQ U 28
AF RR1FK53JQ U 23
AF RR1FK53TF C 152
AF RR1D470TF C 449
BS 1 252 RR1CN05JQ
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AG
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C

QA 3 628 3 628
DS 

RD RR1B415TF 629 0 0
AG
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AAAA*GAGAAGTCCCAAGGAAAGCAGAAAATCGAGATGTAGAATGAAAGGAAAGCCGGTT
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CACCTACAGTCCATTCTTCCACAGGAGCAGCCAAGTTCCCCACCGAAGAAATCAGTCCGG
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C

QA 3 628 3 628
DS 

RD RR1CN05JQ 767 0 0
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T

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DS 

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A*GAGAAGTCCCAAGGAAAGCAGAAAATCGAGATGTAGAATGAAAGGAAAGCCGGTTGCT
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GCAGCGATGCGAATTTCTTAAACGGTGCACCTTCAAGTTCCACCATTGCTTTCTTGATCA
CAGGCTTGAACTTACCGTGTCTCCTCTCGGCATCCATCAGGGCTGTGAGAGCAGTTCCAC
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TCCCACTGTTGAGGAACACTCCAGCGCCATAACCAAGTGCATAACAGTAGGTGGCGTCAA
AGTTTGTAGGCAAACCGCATCTTCCTTCATACCCAAAGAAATGAGACTGGCCCATGAATT
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GCATCTTCTCAGTCTCAATCTTGGCCACCTGGACATTTCCGTGTGG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1FK53JQ 744 0 0
GG
ATTAGATGTAGGCTCCATATTATGATATATATGTGAAAACACAACAGAAGGAAAAAACAT
TTAGAGTGATGAAAGCTTAACGGTAAGGTGGAGACATGTAGGTTTCAAGATAAAAGAAAA
AAAAAGAGAAGTCCCAAGGAAAGCAGAAAATCGAGATGTAGAATGAAAGGAAAGCCGGTT
GCTCGAGAGATTATTGAGCCCCGAGTTCAAGGAGTAGTGTGTGGCTGAAAGCATCTGAAC
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CACGCAGCGATGCGAATTTCTTAAACGGTGCACCTTCAAGTTCCACCATTGCTTTCTTGA
TCACAGGCTTGAACTTACCGTGTCTCCTCTCGACATCCATCAAGGCTGTGAGAGCAGTTC
CACCTACAGTCCATTCTTCCACAGGAGCAGCCAAGTTCCCCACCGAAGAAATCAGTCCGG
TCTTCCCACTGTTGAGGAGCACTCCAGCGCCATAACCAAGTGCATAACAGTAGGTGGCGT
CAAAGTTTGTAGGCAAACCGCATCTTCCTTCATACCCAAAGAAATGAGACTGGCCCATGA
ATTGTCCCTTGTATGAACCAGCTTCCTTTCTTTTCTCCAATTCAGTTTCAACCATTTGAA
TAAGCATCTTCTCAGTCTCAATCTTGGCCACCTGGACATTTCCGTGTGGGTCTCTCTCGA
GCATCAGCTGTTCCTGAATCGC

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1FK53TF 701 0 0
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AGATTATTGAGCCCCGAGTTCAAGGAGTAGTGTGTGGCTGAGAGCATCTGAACCAGGTCC
CGTGAATTGGATTGGACCAGGGCTGATGTATCGGTTCTTCAAAGCCCATTCCTCACGCAG
CGATGCGAATTTCTTAAACGGTGCACCTTCAAGTTCCACCATTGCTTTCTTGATCACAGG
CTTGAACTTACCGTGTCTCCTCTCGACATCCATCAAGGCTGTGAGAGCAGTTCCACCTAC
AGTCCATTCTTCCACAGGAGCAGCCAAGTTCCCCACCGAAGAAATCAGTCCGGTCTTCCC
ACTGTTGAGGAGCACTCCAGCGCCATAACCAAGTGCATAACAGTAGGTGGCGTCAAAGTT
TGTAGGCAAACCGCATCTTCCTTCATACCCAAAGAAATGAGACTGGCCCATGAATTGTCC
CTTGTATGAACCAGCTTCCTTTCTTTTCTCCAATTCAGTTTCAACCATTTGAATAAGCAT
CTTCTCAGTCTCAATCTTGGCCACCTGGACATTTCCGTGTGGGTCTCTCTCGAGCATCAG
CTGTTCCTGAATCGCTTCAGGCAGAAGATCAAACAGCTTCAGGGATTGCTCGGTGAGCTT
CTTCTTCCACTCTCCACTTTCATCAACCACCTCATTTGCC
C

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1D470TF 541 0 0
TACAGTCCATTCTTCCACAGGAGCAGCCAAGTTCCCCACCGAAGAAATCAGTCCGGTCTT
CCCACTGTTGAGGAACACTCCAGCGCCATAACCAAGTGCATAACAGTAGGTGGCGTCAAA
GTTTGTAGGCAAACCGCATCTTCCTTCATACCCAAAGAAATGAGACTGGCCCATGAATTG
TCCCTTGTATGAACCAGCTTCCTTTCTTTTCTCCAATTCAGTTTCAACCATTTGAATAAG
CATCTTCTCAGTCTCAATCTTGGCCACCTGGACATTTCCGTGTGGGTCTCTCTCGAGCAT
CAGCTGTTCCTGAATCGCTTCAGGCAGAAGATCAAACAGCTTCAGGGATTGCTCGGTGAG
CTTCTTCTTCCACTCTCCACTTTCATCAACCACCTCATTTGCCAGAATTTCGTTCAGTTC
TGCGATCAGCTCCTGAACCTCGGGAATGAAATCGATCAGACCTTCTGGAATTAGAATAAC
ACCGTAGTTGTAACCAAGGTCAGCACGCTTGCAGATAACATCAACCATGTAATCCGTGAC
C

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 6

CO CL978Contig1 778 6 8 U
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GAAGAAGCTCAATCTCAGGTCTCACCAAGAAGGTGGTTTCTTCTATGAAACGTTCAGAGA
TTCTTCTGTCATCCTCTCCACCTCTCATCTCCCACCCACCTTCAAGGTGGACAGAGCTGT
GAGCACAAGCATCTACTTCTTGCTTCCTTCTGGTAACGTTTCACGTCTTCATCGCATTCC
AATGGCTGAAACCTGGCACTTCTATTTGGGTGAACCCCTCACTGTAGTGGAGATCCACGA
CGATGGGAAGTTGAAATTCACGTGTCTTGGTCCTGACTTGATTGAAGGCGACCAGAAGCC
TCAGTACACTGTCCCTCCAAACATCTGGTTTGGTTCGTTTCCGACAAAGGATTTTCATTT
CCCTCACGATGGGAATCTGCTTAGAACTGAGCCTAGAGACTCCGAGAACCATTTCTCTCT
TGTTGGATGCACCTGCGCTCCTGGTTTCCAGTTTGAGGACTTTGAGCTTGCGAAACGCTC
TCACCTCTTATCGCTGTTTCCTCAGCACGAGTCGCTTATCACAATGCTCTCTTATCCTGA
GTGAAGGAGGTTAATGATAATAAAAAGAATGACAACTCAGTTCACTATGTTGTTTTGTTT
CTTTCAACACCTTACTTATGAACCATGCGAGGTTGTAATTGTACTCTTTTGATTTTACTT
TTGAACTATCTTTCTTTGTGGTTTTTTCAAGTTGTGGATTGATCAAATCATGTTCAGT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI27TF U 1
AF RR1C636TF U 2
AF RR1C636JQ C 4
AF RR1GI27JQ C 381
AF RR1GU83TF U 189
AF RR1EC19JQ C 102
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BS 430 430 RR1C636TF
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RD RR1GI27TF 602 0 0
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TTCTTCTGTCATCCTCTCCACCTCTCATCTCCCACCCACCTTCAAGGTGGACAGAGCTGT
GAGCACAAGCATCTACTTCTTGCTTCCTTCTGGTAACGGTTCACGTCTTCATCGCATTCC
AATGGCTGAAACCTGGCACTTCTATTTGGGTGAACCCCTCACTGTAGTGGAGATCCACGA
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TCACCTCTTATCGCTGTTTCCTCAGCACGAGTCGCTTATCACAATGCTCTCTTATCCTGA
GT

QA 1 602 1 602
DS 

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GG
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GTACACTGTCCCTCCAAACATCTGGTTTGGTTCGTTTCCGACAAAGGATTTTCATTTCCC
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TGGATGCACCTGCGCTCCTGGTTTCCAGTTTGAGGACTTTGAGCTTGCGAAACGCTCTCA
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DS 

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TTCTGTCATCCTCTCCACCTCTCATCTCCCACCCACCTTCAAGGTGGACAGAGCTGTGAG
CACAAGCATCTACTTCTTGCTTCCTTCTGGTAACGTTTCACGTCTTCATCGCATTCCAAT
GGCTGAAACCTGGCACTTCTATTTGGGTGAACCCCTCACTGTAGTGGAGATCCACGACGA
TGGGAAGTTGAAATTCACGTGTCTTGGTCCTGACTTGATTGAAGGCGACCAGAAGCCTCA
GTACACTGTCCCTCCAAACATCTGGTTTGGTTCGTTTCCGACAAAGGATTTTCATTTCCC
TCACGATGGGAATCTGCTTAGAACTGAGCCTAGAGACTCCGAGAACCATTTCTCTCTTGT
TGGATGCACCTGCGCTCCTGGTTTCCAGTTTGAGGACTTTGAGCTTGCGAAACGCTCTCA
CCTCTTATCGCTGTTTCCTCAGCACGAGTCGCTTATCACAATGCTCTCTTATCCTGAGTG
AAGGAGGTTAATGATAATAAAAAGAATGACAACTCAGTTCACTATGTTGTTTTGTTTCTT
TCAACACCTTACTTATGAACCATGCGAGGTTGTAATTGTACTCTTTTGATTTTACTTTTG
AACTATCTTTCTTTGTGTTTTTTTCAAGTTGTGGATTGATCAAATCATGTTCAGT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1GI27JQ 363 0 0
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TAAAAAGAATGACAACTCAGTTCACTATGTTGTTTTGTTTCTTTCAACACCTTACTTATG
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TTT

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DS 

RD RR1GU83TF 584 0 0
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AAACCTGGCACTTCTATTTGGGTGAACCCCTCACTGTAGTGGAGATCCACGACGATGGGA
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CTGTCCCTCCAAACATCTGGTTTGGTTCGTTTCCGACAAAGGATTTTCATTTCCCTCACG
ATGGGAATCTGCTTAGAACTGAGCCTAGAGACTCCGAGAACCATTTCTCTCTTGTTGGAT
GCACCTGCGCTCCTGGTTTCCAGTTTGAGGACTCTGAGCTTGCGAAACGCTCTCACCTCT
TATCGCTGTTTCCTCAGCACGAGTCGCTTATCACAATGCTCTCTTATCCTGAGTGAAGGA
GGTTAATGATAATAAAAAGAATGACAACTCAGTTCACTATGTTGTTTTGTTTCTTTCAAC
ACCTTACTTACGAACCATGCGAGGTTGTAATTGTACTCTTTTGATTTTACTTTTGAACTA
TCTTTCTTTGTGGTTTTTTCAAGTTGTGGATTGATCAAATCATG

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1EC19JQ 643 0 0
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TCAAGGTGGACAGAGCTGTGAGCACAAGCATCTACTTCTTGCTTCCTTCTGGTAACGTTT
CACGTCTTCATCGCATTCCAATGGCTGAAACCTGGCACTTCTATTTGGGTGAACCCCTCA
CTGTAGTGGAGATCCACGACGATGGGAAGTTGAAATTCACGTGTCTTGGTCCTGACTTGA
TTGAAGGCGACCAGAAGCCTCAGTACACTGTCCCTCCAAACATCTGGTTTGGTTCGTTTC
CGACAAAGGATTTTCATTTCCCTCACGATGGGAATCTGCTTAGAACTGAGCCTAGAGACT
CCGAGAACCATTTTTCTCTTGTTGGATGCACCTGCGCTCCTGGTTTCCAGTTTGAGGACT
TTGAGCTTGCGAAACGCTCTCACCTCTTATCGCTGTTTCCTCAGCACGAGTCGCTTATCA
CAATGCTCTCTTATCCTGAGTGAAGGAGGTTAATGATAATAAAAAGAATGACAACTCAGT
TCACTATGTTGTTTTGTTTCTTTCAACACCTTACTTATGAACCATGCGAGGTTGTAATTG
TACTCTTTTGATTTTACTTTTGAACTATCTTTCTTTGTG
TTTT

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 6

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GCGGACGTGGCATTCAAAGCGTCGAGGACTATAGACTGGGAAGGAATGGCTAAGGTCCTT
GTCACCGACGAGGCTCGCAGAGAGTTCTCCAACCTCCGTCGCGCTTTCGACGAGGTCAAC
ACTCAGCTCCAAACCAAGTTCAGCCAGGAGCCTGAACCTATTGATTGGGATTTCTACAGA
AAGGGTATTGGATCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATT
CCCAAGTACGTGGACAATGTTACCCCTGAATACAAGCCAAAATTTGATGCTTTGTTGGTG
GAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGGCTGGAGAAAGAAATT
ATTGATGTCCAAGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACGATGACTACAGATGAGTACTTTGAG
AAGCACCCTGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATAC
TGATGATCATCACGTTTCTTGCATCTCCGGCCTTGAAAAGAAACTAAACTATCTCTCTTT
TTTCTTGTACTGTGATTTTTTTTT*CTTGAATAAGTACACTCCACTGTTGAGATCTTCAT
TGGAGATCCAATAAGACAATGATGATCAACTGG*CTATAGTTTATCCATTTCATAGATGA
GTTGATTACATTAAACGACATTTTCTATTTTCTTTACACTGAGTGACACTTTCACATGTG
AGATGTTT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK70TF U 3
AF RR1A657TF U 507
AF RR1FI15TF U 1
AF RR1B680TF U 15
AF RR1B680JQ C 18
AF RR1DV30TF U 18
BS 1 22 RR1FI15TF
BS 23 23 RR1B680TF
BS 24 30 RR1FI15TF
BS 31 31 RR1B680TF
BS 32 104 RR1FI15TF
BS 105 105 RR1B680TF
BS 106 149 RR1FI15TF
BS 150 150 RR1B680TF
BS 151 182 RR1FI15TF
BS 183 183 RR1B680TF
BS 184 218 RR1FI15TF
BS 219 219 RR1B680TF
BS 220 314 RR1FI15TF
BS 315 315 RR1B680TF
BS 316 331 RR1FI15TF
BS 332 332 RR1CK70TF
BS 333 356 RR1FI15TF
BS 357 357 RR1CK70TF
BS 358 462 RR1FI15TF
BS 463 463 RR1B680TF
BS 464 589 RR1FI15TF
BS 590 591 RR1B680TF
BS 592 726 RR1FI15TF
BS 727 739 RR1B680TF
BS 740 788 RR1DV30TF

RD RR1CK70TF 710 0 0
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GGATGTGGCATTCAAAGCGTCGAGGACTATAGACTGGGAAGGGATGGCTAAGGTCCTTGT
CACCGACGAGGCTCGCAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGCGCTTTCGACGAGGTCAACAC
CCAGCTCCAAACCAAGTTCAGCCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAA
GGGTATTGGATCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCC
CAAGTACGTGGATAATGTTACCCCTGAATACAAGCCAAAATTTGATGCTTTGTTGGTGGA
ACTGAAAGAAGCAGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCCGAACGGCTGGAGAAAGAAATTAT
TGATGTCCAAGATATAAGCAAAAAGCTCAGCACGATGACTGCAGTTGAGTACTTTGAGAA
GCACCCTGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTG
ATGATCATCACGTTTCTTGCATCTCCGGCCTTGAAAAGAAACTAAAC**TCTCTCTTTTT
TCTTGTACTGTGATTTTTTTTT*CTTGAATAAGTACACTCCACTGTTGAGATCTTCATTG
GAGATCCAATAAGACAATGATGATCAACTGG*CTATAGTTTATCCATTTC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1A657TF 210 0 0
G
GATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATGATCATCACGTTTCTTGCATCTC
CGGCCTTGAAAAGAAACTAAACTATCTCTCTTTTTTCTTGTACTGTGATTTTTTTTTTCT
TGAATAAGTACACTCCACTGTTGAGATCTTCATTGGAGATCCAATAAGACAATGATGATC
AACTGG*CTATAGTTTATCCATTTCATAG

QA 2 210 2 210
DS 

RD RR1FI15TF 726 0 0
GGGGTGTGTGTGTGTTTGGGTGAAAATCGAGAAAAAATGAGCGGAGCAGGAAAGAAAGTA
GCGGACGTGGCATTCAAAGCGTCGAGGACTATAGACTGGGAAGGGATGGCTAAGGTCCTT
GTCACCGACGAGGCTCGCAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGCGCTTTCGACGAGGTCAAC
ACCCAGCTCCAAACCAAGTTCAGCCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGA
AAGGGTATTGGATCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATT
CCCAAGTACGTGGATAATGTTACCCCTGAATGCAAGCCAAAATTTGATGCTTTGTTAGTG
GAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGGCTGGAGAAAGAAATT
ATTGATGTCCAAGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACGATGACTGCAGATGAGTACTTTGAG
AAGCACCCTGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATAC
TGATGATCATCACGTTTCTTGCATCTCCGGCCTTGAAAAGAAACTAAAC**TCTCTCTTT
TTTCTTGTACTGTGATTTTTTTTT*CTTGAATAAGTACACTCCACTGTTGAGATCTTCAT
TGGAGATCCAATAAGACAATGATGATCAACTGG*CTATAGTTTATCCATTTCATAGATGA
GTTGAT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1B680TF 725 0 0
TTT
GGGTGGAAATCGAAAAAAAATGAGCGGAGCAGGAAAGAAAGTAGCGGACGTGGCATTCAA
AGCGTCGAGGACTATAGACTGGGAAGGAATGGCTAAGGTCCTTGTCACCGACGAGGCTCG
CAGAGAGTTCTCCAACCTCCGTCGCGCTTTCGACGAGGTCAACACTCAGCTCCAAACCAA
GTTCAGCCAGGAGCCTGAACCTATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGGATCTGG
CATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGAT*CCCAAGTACGTGGACAA
TGTTACCCCTGAATACAAGCCAAAATTTGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGA
GCAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGGCTGGAGAAAGAAATTATTGATGTCCAAGAGAT
AATCAAAAAGCTCAGCACGATGACTACAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCTGAACTCAA
AAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATGATCATCACGTTT
CTTGCATCTCCGGCCTTGAAAAGAAACTAAACTATCTCTCTTTTTTCTTGTACTGTGATT
TTTTTTT*CTTGAATAAGTACACTCCACTGTTGAGATCTTCATTGGAGATCCAATAAGAC
AATGATGATCAACTGGGCTATAGTTTATCCATTTCATAGATGAGTTGATTACATTAAACG
AC

QA 4 725 4 725
DS 

RD RR1B680JQ 722 0 0
GGGTGGAAATCGAAAAAAAATGAGCGGAGCAGGAAAGAAAGTAGCGGACGTGGCATTCAA
AGCGTCGAGGACTATAGACTGGGAAGGAATGGCTAAGGTCCTTGTCACCGACGAGGCTCG
CAGAGAGTTCTCCAACCTCCGTCGCGCTTTCGACGAGGTCAACACTCAGCTCCAAACCAA
GTTCAGCCAGGAGCCTGAACCTATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGGATCTGG
CATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGAT*CCCAAGTACGTGGACAA
TGTTACCCCTGAATACAAGCCAAAATTTGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGA
GCAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGGCTGGAGAAAGAAATTATTGATGTCCAAGAGAT
AATCAAAAAGCTCAGCACGATGACTACAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCTGAACTCAA
AAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATGATCATCACGTTT
CTTGCATCTCCGGCCTTGAAAAGAAACTAAACTATCTCTCTTTTTTCTTGTACTGTGATT
TTTTTTT*CTTGAATAAGTACACTCCACTGTTGAGATCTTCATTGGAGATCCAATAAGAC
AATGATGATCAACTGG*CTATAGTTTATCCATTTCATAGATGAGTTGATTACATTAAACG
AC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1DV30TF 771 0 0
GGGTGGAAATCGAAAAAAAATGAGCGGAGCAGGAAAGAAAGTAGCGGACGTGGCATTCAA
AGCGTCGAGGACTATATACTGGGAAGGAATGGCTAAGGTCCTTGTCACCGACGAGGCTCG
CAGAGAGTTCTCCAACCTCCGTCGCGCTTTCGACGAGGTCAACACTCAGCTCCAAACCAA
GTTCAGCCAGGAGCCTGAACCTATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGGATCTGG
CATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTACGTGGACAA
TGTTACCCCTGAATACAAGCCAAAATTTGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGA
ACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGGCTGGAGAAAGAAATTATTGATGTCCAAGAGAT
AAGCAAAAAGCTCAGCACGATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCTGAACTCAA
AAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATGATCATCACGTTT
CTTGCATCTCCGGCCTTGAAAAGAAACTAAACTATCTCTCTTTTTTCTTGTACTGTGATT
TTTTTTT*CTTGAATAAGTACACTCCACTGTTGAGATCTTCATTGGAGATCCAATAAGAC
AATGATGATCAACTGG*CTATAGTTTATCCATTTCATAGATGAGTTGATTACATTAAACG
ACATTTTCTATTTTCTTTACACTGAGTGACACTTTCACATGTGAGATGTTT

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 7

CO CL980Contig1 623 7 3 U
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CCCCATCGACGGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCACGCATCAACACCAAAGCCT
TCTCTTCATCCTTTCTAAAACCAACATTAAGAGCAAAGAACCCTCTGAGAGTCAACGGAG
CATCAGGAGGAAGATTCACTTGCTTTGAGAGGAACTGGTTGAGGAGAGACCTAAACGTGG
TGGGGTTTGGACTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGATAAATGGGAAGA
GCTTGACGGGTCTCTTTTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCGCTCACTTCCCAACTCCTC
CATCACTCACTTCACAGTTCTGGTTGTGGTTGGTTACGTGGCACTTAGGTCTCTTCATCT
GTCTCACCTTCGGACAAATCGGATTCAAGGGTAGGACCGAGGATTACGTCGAGAGATAAA
CCATTTCTCGTTGTCCCATTTGTAATACATCTTTCTCGTTGTCCCCTCTCTTGTGTAATA
TTAATTATTACTCAAAACTAAGCTTTATTCCTTTGCTATGTTTGATGTTTCATTCAATAT
CGACAAAAGAGTTTGTTAACTGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 40 10 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 5 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E265JQ C 28
AF RR1FG75JQ C 28
AF RR1E265TF U 28
AF RR1FG75TF U 28
AF RR1FY66TF U 29
AF RR1EC40JQ C 1
AF RR1EC40TF U 1
BS 1 27 RR1EC40TF
BS 28 574 RR1E265TF
BS 575 623 RR1EC40TF

RD RR1E265JQ 549 0 0
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TAGGAACTGAGCTCGCTCACTTCCCAACTCCTCCATCACTCACTTCACAGTTCTGGTTGT
GGTTGGTTACGTGGCACTTAGGTCTCTTCATCTGTCTCACCTTCGGACAAATCGGATTCA
AGGGTAGGACCGAGGATTACGTCGAGAGATAAACCATTTCTCGTTGTCCCATTTGTAATA
CATCTTTCTCGTTGTCCCCTCTCTTGTGTAATATTAATTATTACTCAAAACTAAGCTTTA
TTCCTTT
AC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1FG75JQ 546 0 0
GGAAAAGAAGAAGAATGGCAACAGCATTTGCAACCCCATCGACGGTGATAGGTCTCGGAG
GATCATCTGTTTCACGCATCAACACCAAAGCCTTCTCTTCATCCTTTCTAAAACCAACAT
TAAGAGCAAAGAACCCTCTGAGAGTCAACGGAGCATCAGGAGGAAGATTCACTTGCTTTG
AGAGGAACTGGTTGAGGAGAGACCTAAACGTGGTGGGGTTTGGACTGATCGGATGGCTAG
CTCCGTCGAGTATTCCGGCGATAAATGGGAAGAGCTTGACGGGTCTCTTTTTCGAGAGCA
TAGGAACTGAGCTCGCTCACTTCCCAACTCCTCCATCACTCACTTCACAGTTCTGGTTGT
GGTTGGTTACGTGGCACTTAGGTCTCTTCATCTGTCTCACCTTCGGACAAATCGGATTCA
AGGGTAGGACCGAGGATTACGTCGAGAGATAAACCATTTCTCGTTGTCCCATTTGTAATA
CATCTTTCTCGTTGTCCCCTCTCTTGTGTAATATTAATTATTACTCAAAACTAAGCTTTA
TTCCTT

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1E265TF 549 0 0
GGAAAAGAAGAAGAATGGCAACAGCATTTGCAACCCCATCGACGGTGATAGGTCTCGGAG
GATCATCTGTTTCACGCATCAACACCAAAGCCTTCTCTTCATCCTTTCTAAAACCAACAT
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CTCCGTCGAGTATTCCGGCGATAAATGGGAAGAGCTTGACGGGTCTCTTTTTCGAGAGCA
TAGGAACTGAGCTCGCTCACTTCCCAACTCCTCCATCACTCACTTCACAGTTCTGGTTGT
GGTTGGTTACGTGGCACTTAGGTCTCTTCATCTGTCTCACCTTCGGACAAATCGGATTCA
AGGGTAGGACCGAGGATTACGTCGAGAGATAAACCATTTCTCGTTGTCCCATTTGTAATA
CATCTTTCTCGTTGTCCCCTCTCTTGTGTAATATTAATTATTACTCAAAACTAAGCTTTA
TTCCTTT
AC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1FG75TF 549 0 0
GGAAAAGAAGAAGAATGGCAACAGCATTTGCAACCCCATCGACGGTGATAGGTCTCGGAG
GATCATCTGTTTCACGCATCAACACCAAAGCCTTCTCTTCATCCTTTCTAAAACCAACAT
TAAGAGCAAAGAACCCTCTGAGAGTCAACGGAGCATCAGGAGGAAGATTCACTTGCTTTG
AGAGGAACTGGTTGAGGAGAGACCTAAACGTGGTGGGGTTTGGACTGATCGGATGGCTAG
CTCCGTCGAGTATTCCGGCGATAAATGGGAAGAGCTTGACGGGTCTCTTTTTCGAGAGCA
TAGGAACTGAGCTCGCTCACTTCCCAACTCCTCCATCACTCACTTCACAGTTCTGGTTGT
GGTTGGTTACGTGGCACTTAGGTCTCTTCATCTGTCTCACCTTCGGACAAATCGGATTCA
AGGGTAGGACCGAGGATTACGTCGAGAGATAAACCATTTCTCGTTGTCCCATTTGTAATA
CATCTTTCTCGTTGTCCCCTCTCTTGTGTAATATTAATTATTACTCAAAACTAAGCTTTA
TTCCTTT
AC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1FY66TF 547 0 0
GG
AAAGAAGAAGAATGGCAACAGCATTTGCAACCCCATCGACGGTGATAGGTCTCGGAGGAT
CATCTGTTTCACGCATCAACACCAAAGCCTTCTCTTCATCCTTTCTAAAACCAACATTAA
GAGCAAAGAACCCTCTGAGAGTCAACGGAGCATCAGGAGGAAGATTCACTTGCTTTGAGA
GGAACTGGTTGAGGAGAGACCTAAACGTGGTGGGGTTTGGACTGATCTGATGGCTAGCTC
CGTCGAGTATTCCGGCGATAAATGGGAAGAGCTTGACGGGTCTCTTTTTCGAGAGCATAG
GAACTGAGCTCGCTCACTTCCCAACTCCTCCAGCACTCACTTCACAGTTCTGGTTGTGGT
TGGTTACGTGGCACTTAGGTCTCTTCATCTGTCTCACCTTCGGACAAATCGGATTCAAGG
GTAGGACCGAGGATTACTTCGAGAGATAAACCATTTCTCGTTGTCCCATTTGTAATACAT
CTTTCTCGTTGTCCCCTCTCTTGTGTAATATTAATTATTACTCAAAACTAAGCTTTATTC
CTTT
G

QA 3 546 3 546
DS 

RD RR1EC40JQ 623 0 0
GGACAAAGAACGGTTTGGGAGAAAGAAGCAAAAGAAGAAGAATGGCAACAGCATTTGCAA
CCCCATCGACGGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCACGCATCAACACCAAAGCCT
TCTCTTCATCCTTTCTAAAACCAACATTAAGAGCAAAGAACCCTCTGAGAGTCAACGGAG
CATCAGGAGGAAGATTCACTTGCTTTGAGAGGAACTGGTTGAGGAGAGACCTAAACGTGG
TGGGGTTTGGACTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGATAAATGGGAAGA
GCTTGACGGGTCTCTTTTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCGCTCACTTCCCAACTCCTC
CAGCGCTCACTTCACAGTTCTGGTTGTGGTTGGTTACGTGGCACTTAGGTCTCTTCATCT
GTCTCACCTTCGGACAAATCGGATTCAAGGGTAGGACCGAGGATTACTTCGAGAGATAAA
CCATTTCTCGTTGTCCCATTTGTAATACATCTTTCTCGTTGTCCCCTCTCTTGTGTAATA
TTAATTATTACTCAAAACTAAGCTTTATTCCTTTGCTATGTTTGATGTTTCATTCAATAT
CGACAAAAGAGTTTGTTAACTGT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1EC40TF 623 0 0
GGACAAAGAACGGTTTGGGAGAAAGAAGCAAAAGAAGAAGAATGGCAACAGCATTTGCAA
CCCCATCGACGGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCACGCATCAACACCAAAGCCT
TCTCTTCATCCTTTCTAAAACCAACATTAAGAGCAAAGAACCCTCTGAGAGTCAACGGAG
CATCAGGAGGAAGATTCACTTGCTTTGAGAGGAACTGGTTGAGGAGAGACCTAAACGTGG
TGGGGTTTGGACTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGATAAATGGGAAGA
GCTTGACGGGTCTCTTTTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCGCTCACTTCCCAACTCCTC
CAGCGCTCACTTCACAGTTCTGGTTGTGGTTGGTTACGTGGCACTTAGGTCTCTTCATCT
GTCTCACCTTCGGACAAATCGGATTCAAGGGTAGGACCGAGGATTACTTCGAGAGATAAA
CCATTTCTCGTTGTCCCATTTGTAATACATCTTTCTCGTTGTCCCCTCTCTTGTGTAATA
TTAATTATTACTCAAAACTAAGCTTTATTCCTTTGCTATGTTTGATGTTTCATTCAATAT
CGACAAAAGAGTTTGTTAACTGT

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 7

CO CL981Contig1 738 7 34 U
GGACCATTTCTTCTGACATCAAATAGCGTTTGCGTCTGGATTGTAAAGTC*AACTCACTC
ATCAATGGAAGAGGTGAAGAAGAAGAAGGACGTATACTCTGTGTGGGCATTGCCCGACGA
GGAAACGGAACCGCGATTTGTAAAGCTAATGGAAGCCCTGAGATCCGAGTTCTCCGGCCC
AAGATTCGATCCTCACGTCACCGTCGTCGGAGCAACGAGTCTGACGGCAGACGAAGCGAA
GAAGATGTTCGAAGCAGCTTGCGAAAGTCTGAAAGCTTACACCGCCACCGTGGATCGCGT
CTCCACCGGAACTTTCTTCTACCAATGCGTTTTCTTGCTTCTCAAATCCACTCCAGAGGT
AATGAAAGCTGGTGAACACTGTAAGAACCATTTCAAGTGTTCCACTACAACACCTTACAT
GCCACATCTGAGTCTGCTTTACGCCGAGTTAGATGAAGAAGGGAAGAAGAAAGCGCAGGA
GAAAGCTTACGTCCTAGATAACAGCCTCGATGGCCTGAGTTTCCGGTTAACCCGTCTCGC
TCTCTGCAAAACCGATACGGAAGATAAGACTCTCGAGTCATGGGAGAAAGTGGCTGTATG
CAATCTCAATCCTTAAGAAGAAAAGACTTAAAGTTCGGTTCTGAGTCTGTAATAAAAGGT
CTCAATATACTTTTTT*CTGTGTACCATCTCTTCTTGCTCATCGAATAAAATCGCGATAC
TAATTCGCCGCATACTTC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 15 15 15 15 45 45 45 45 45 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CM02TF U 1
AF RR1G557TF U 30
AF RR1CM02JQ C 1
AF RR1FF40TF U 25
AF RR1FF40JQ C 25
AF RR1BO61TF U 16
AF RR1G557JQ C 30
BS 1 4 RR1CM02JQ
BS 5 28 RR1CM02TF
BS 29 50 RR1FF40TF
BS 51 51 RR1CM02TF
BS 52 57 RR1FF40TF
BS 58 58 RR1CM02TF
BS 59 156 RR1FF40TF
BS 157 157 RR1CM02TF
BS 158 213 RR1FF40TF
BS 214 214 RR1CM02TF
BS 215 219 RR1FF40TF
BS 220 220 RR1CM02TF
BS 221 252 RR1FF40TF
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BS 650 673 RR1FF40TF
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BS 715 728 RR1FF40TF
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RD RR1CM02TF 654 0 0
GGAG
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TTCGATCCTCACGTCACCGTCGTCGGAGCAACGAGTCTGACGGCAGACGAAGCGAAGAAG
ATGTTCGAAGCAGTTTGCGAAAGTCTGAAAGCTTACACCGCCACCGTGGATCGCGTCTCC
ACCGGAACTTTCTTCTACCAATGCGTTTTCTTGCTTCTCAAATCCACTCCAGAGGTAATG
AAAGCTGGTGAACACTGTAAGAACCATTTCAAGTGTTCCACTACAACACCTTACATGCCA
CATCTGAGTCTGCTTTACGCCGAGTTAGATGAAGAAGGGAAGAAGAAAGCGCAGGAGAAA
GCTTACGTCCTAGATAACAGCCTCGATGGCCTGAGTTTCCGGTTAACCCGTCTCGCTCTC
TGCAAAACCGATACGGAAGATAAGACTCTCGAGTCATGGGAGAAAGTGGCTGTATGCAAT
CTCAATCCTTAAGAAGAAA*GACTTAAAGTTCGGTTCTGAGTCTGTAATA

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DS 

RD RR1G557TF 674 0 0
GG
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GCAACGAGTCTGACGGCAGACGAAGCGAAGAAGATGTTCGAAGCAGCTTGCGAAAGTCTG
AAAGCTTACACCGCCACCGTGGATCGCGTCTCCACCGGAACTTTCTTCTACCAATGCGTT
TTCTTGCTTCTCAAATCCACTCCAGAGGTAATGAAAGCTGGTGAACACTGTAAGAACCAC
TTCAAGTGTTCCACTACAACACCTTACATGCCACATCTGAGTCTGCTTTACGCCGAGTTA
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GGCCTGAGTTTCCGGTTAACCCGTCTCGCTCTCTGCAAAACCGATACGGAAGATAAGACT
CTCGAGTCATGGGAGAAAGTGGCTGTATGCAATCTCAATCCTTAAGAAGAAAAGACTTAA
AGTTCGGTTCTGAGTCTGTAATAAAAG*TCTCAATATACTTTTTTTCTGTGTACCATCTC
TTCTTGCTCATC

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DS 

RD RR1CM02JQ 738 0 0
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ATCAATGGAAGAGGTGAAGAAGAAGAAGGACGTATACTCTGTGTGGGCATTGCCCGACGA
GGAAACGGAACCGCGATTTGTAAAGCTAATGGAAGCCCTGAGATCCGAGTTCTCCGGCCC
AAGATTCGATCCTCACGTCACCGTCGTCGGAGCAACGAGTCTGACGGCAGACGAAGCGAA
GAAGATGTTCGAAGCAGTTTGCGAAAGTCTGAAAGCTTACACCGCCACCGTGGATCGCGT
CTCCACCGGAACTTTCTTCTACCAATGCGTTTTCTTGCTTCTCAAATCCACTCCAGAGGT
AATGAAAGCTGGTGAACACTGTAAGAACCATTTCAAGTGTTCCACTACAACACCTTACAT
GCCACATCTGAGTCTGCTTTACGCCGAGTTAGATGAAGAAGGGAAGAAGAAAGCGCAGGA
GAAAGCTTACGTCCTAGATAACAGCCTCGATGGCCTGAGTTTCCGGTTAACCCGTCTCGC
TCTCTGCAAAACCGATACGGAAGATAAGACTCTCGAGTCATGGGAGAAAGTGGCTGTATG
CAATCTCAATCCTTAAGAAGAAAAGACTTAAAGTTCGGTTCTGAGTCTGTAATAAAAGGT
CTCAATATACTTTTTT*CTGTGTACCATCTCTTCTTGCTCATCGAATAAAATCGCGATAC
TAATTCGCCGCATACTTC

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DS 

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GGGT
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GACGTATACTCTGTGTGGGCATTGCCCGACGAGGAAACGGAACCGCGATTTGTAAAGCTA
ATGGAAGCTCTGAGATCCGAGTTCTCCGGCCCAAGATTCGATCCTCACGTCACCGTCGTC
GGAGCCACGAGCCTGACGGCAGACGAAGCGAAGAAGATGTTCGAGGCAGCTTGCGAAAGT
CTGAAAGCTTACACCGCCACCGTAGATCGCGTCTCCACCGGAACTTTCTTCTACCAATGC
GTTTTCTTGCTTCTCAAATCCACTCCAGAGGTAATGAAAGCTGGTGAACACTGTAAGAAC
CATTTCAAGTGTTCCACTACAACACCTTACATGCCGCATCTGAGTCTGCTTTACGCCGAG
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GATGGCCTGAGTTTCCGGTTAACCCGACTCGCTCTCTGCAAAACCGATACGGAAGATAAG
ACTCTCGAGTCATGGGAGAAAGTGGCTGTATGCAATCTCAATCCTTAAGAAGAAAAGACT
TAAAGTTCGGTTCTG******TAATAAAAGGTCTCAATATACTTTATG*C*GTGTACCAT
CTCTTCTTGCTCATCGAATAAAATTACGATACTAATTCGC
GGCAAAAA

QA 5 704 5 704
DS 

RD RR1FF40JQ 707 0 0
GGGT
TTTGCGTCTGGATTGTAAAGTCGAACTCATTCATCAATGGAAGAGGTGAAGAAGAAGAAG
GACGTATACTCTGTGTGGGCATTGCCCGACGAGGAAACGGAACCGCGATTTGTAAAGCTA
ATGGAAGCTCTGAGATCCGAGTTCTCCGGCCCAAGATTCGATCCTCACGTCACCGTCGTC
GGAGCCACGAGCCTGACGGCAGACGAAGCGAAGAAGATGTTCGAGGCAGCTTGCGAAAGT
CTGAAAGCTTACACCGCCACCGTAGATCGCGTCTCCACCGGAACTTTCTTCTACCAATGC
GTTTTCTTGCTTCTCAAATCCACTCCAGAGGTAATGAAAGCTGGTGAACACTGTAAGAAC
CATTTCAAGTGTTCCACTACAACACCTTACATGCCGCATCTGAGTCTGCTTTACGCCGAG
TTAGATGAAGAAGGGAAGAAGAAAGCGCAGGAGAAAGCTTACGTGCTAGATAACAGCCTC
GATGGCCTGAGTTTCCGGTTAACCCGACTCGCTCTCTGCAAAACCGATACGGAAGATAAG
ACTCTCGAGTCATGGGAGAAAGTGGCTGTATGCAATCTCAATCCTTAAGAAGAAAAGACT
TAAAGTTCGGTTCTG******TAATAAAAGGTCTCAATATACTTTATG*C*GTGTACCAT
CTCTTCTTGCTCATCGAATAAAATTACGATACTAATTCGC
GGC

QA 5 704 5 704
DS 

RD RR1BO61TF 714 0 0
GGG
TCAAATAGCGTTTGCGTCTGGATTGTAAAGTC*AACTCACTCATCAATGGAAGAGGTGAA
GAAGAAG***GACGTATACTCTGTGTGGGCATTGCCCGACGAGGAAACGGAACCGCGATT
TGTAAAGCTAATGGAAGCCCTGAGATCCGAGTTCTCCGGCCCAAGATTCGATCCTCACGT
CACCGTCGTCGGAGCAACGAGTCTGACGGCAGACGAAGCGAAGAAGATGTTCGAAGCAGC
TTGCGAAAGTCTGAAAGCTTACACCGCCACCGTGGATCGCGTCTCCACCGGAACTTTCTT
CTACCAATGCGTTTTCTTGCTTCTCAAATCCACTCCAGAGGTAATGAAAGCTGGTGAACA
CTGTAAGAACCATTTCAAGTGTTCCACTACAACACCTTACATGCCACATCTGAGTCTGCT
TTACGCCGAGTTAGATGAAGAAGGGAAGAAGAAAGCGCAGGAGAAAGCTTACGTCCTAGA
TAACAGCCTCGATGGCCTGAGTTTCCGGTTAACCCGTCTCGCTCTCTGCAAAACCGATAC
GGAAGATAAGACTCTCGAGTCATGGGAGAAAGTGGCTGTATGCAATCTCAATCCTTAAGA
AGAAA*GACTTAAAGTTCGGTTCTGAGTCTGTAATAAAAG*TCTCAATATACTTTTTT*C
TGTGTACCATCTCCTCT*GCTCATCGAT**AAATCGCGATACTAATTCGC
G

QA 4 713 4 713
DS 

RD RR1G557JQ 701 0 0
GG
GCGTCTGGATTGTAAAGTC*AACTCACTCATCAATGGAAGAGGTGAAGAAGAAGAAGGAC
GTATACTCTGTGTGGGCATTGCCCGACGAGGAAACGGAACCGCGATTTGTAAAGCTAATG
GAAGCCCTGAGATCCGAGTTCTCCGGCCCAAGATTCGATCCTCACGTCACCGTCGTCGGG
GCAACGAGTCTGACGGCAGACGAAGCGAAGAAGATGTTCGAAGCAGCTTGCGAAAGTCTG
AAAGCTTACACCGCCACCGTGGATCGCGTCTCCACCGGAACTTTCTTCTACCAATGCGTT
TTCTTGCTTCTCAAATCCACTCCAGAGGTAATGAAAGCTGGTGAACACTGTAAGAACCAC
TTCAAGTGTTCCACTACAACACCTTACATGCCACATCTGAGTCTGCTTTACGCCGAGTTA
GATGAAGAAGGGAAGAAGAAAGCGCAGGAGAAAGCTTACGTCCTAGATAACAGCCTCGAT
GGCCTGAGTTTCCGGTTAACCCGTCTCGCTCTCTGCAAAACCGATACGGAAGATAAGACT
CTCGAGTCATGGGAGAAAGTGGCTGTATGCAATCTCAATCCTTAAGAAGAAAAGACTTAA
AGTTCGGTTCTGAGTCTGTAATAAAAGGTCTCAATATACTTTTTT*CTGTGTACCATCTC
TTCTTGCTCATCGAATAAAATCGCGATACTAATTCGC
CG

QA 3 699 3 699
DS 



AS 2 7

CO CL982Contig1 1245 4 7 U
GGACCGATCACAAAGAAGATAAAGCTAAGCCCTTCACCACCGCGTCACACTGTACTTAGA
GTTTCCATGGCGTCAAGAAGAGTTTCCTCGCTCCTCTCTCGCTCCCTCGTGTCCTCTCTT
AGAGGGAAAGGCCCTCTCGTGAACAGAGGAGCTCGCAGACACAGCAACCTCGCTTCAGCT
CTGGAAGACACCATCTCTCCACCTGTGAAAGTCCAGCACACTCAGCTCCTACTCAACGGA
AAATTCGTTGATTCTGCCTCAGGAAAGACTTTCCCTACATTGGATCCAAGAACCGGAGAA
GTGATCGCTCAGGTGGCCGAGGGTGATGTAGAAGACGTGAACCGTGCGGTTGTAGCCGCC
CGCAAGGCCTTTGACCAGGGTCCATGGCCTAGAATGACTGCTTATGAGAGGTCGAAGATT
CTGTTTCGTTTCGCTGACTTGATCGAGAAACACAACGACGAGATTGCTGCTCTCGAGACT
TGGGACAACGGGAAGCCTTATGAACAGTCTGCCAAGATCGAAGTTCCTATGCTTGCTCGG
GTATTCCGTTACTATGCTGGTTGGGCAGACAAGATCCATGGAATGACGGTTCCAGGAGAC
GGTTCACACCATGTGCAGACGCTCCACGAACCGATTGGAGTCGCTGGACAGATCATCCCG
TGGAACTTCCCTCTTCTCATGCTCTCGTGGAAACTTGGACCAGCTTTAGCTTGCGGTAAC
ACCGTTGTCCTCAAGACGGCTGAGCAAACTCCCCTCTCTGCTCTTCTTGTCGGAAGACTA
CTTCACGAGGCTGGACTTCCCGAAGGAGTTGTGAATATAGTTTCTGGATTTGGTCCTACG
GCTGGTGCAGCCATTGCTAGTCACATGGACATTGATAAGGTTGCTTTCACAGGGTCTACT
GATGTTGGAAAGATTGTTCTGGAGTTGGCTTCAAAAAGTAACCTCAAGGCAGTGACTCTT
GAGCTTGGAGGCAAGTCACCGTTCATTGTGTGTGAAGATGCTGACGTGGATCAAGCCGTT
GAGCTCGCTCATTTCGCTTTGTTCTTTAACCAGGGGCAATGCTGCTGTGCTGGCTCGCGT
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AACCGCGCTGTTGGAGATCCCTTCAAGTCTGGCATCGAGCAAGTCCCCAGTGGACTCAGA
TCAGTTCGAGAAATCTTAAAGTACATAGACATGGAGTTGATAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E667TF U 223
AF RR1AW53TF U 1
AF RR1CA50TF U 383
AF RR1EJ45TF U 452
BS 1 751 RR1AW53TF
BS 752 752 RR1E667TF
BS 753 805 RR1AW53TF
BS 806 806 RR1CA50TF
BS 807 845 RR1AW53TF
BS 846 1137 RR1CA50TF
BS 1138 1245 RR1EJ45TF

RD RR1E667TF 546 0 0
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GATCTGAGAACCGGAGAAGTGATCGCTCAGGTGGCCGAGGGTGATGTAGAAGACGTGAAC
CGTGCGGTTGTAGCCGCCCGCAAGGCCTTTGACCAGGGTCCATGGCCTAGAATGACTGCT
TATGAGAGGTCGAGGATTCTGTTTCGTTTCGCTGACTTGATCGAGAAACACAACGACGAG
ATTGCTGCTCTCGAGACTTGGGACAACGGGAAGCCTTATGAACAGTCTGCCAAGATCGAA
GTTCCTATGCTTGCTCGGGTATTCCGTTACTATGCTGGTTGGGCAGACAAGATCCATGGA
ATGACAGTTCCAGGAGACGGTTCACACCATGTGCAGACGCTCCACGAACCGATTGGAGTC
GCTGGACAGATCATCCCGTGGAACTTCCCTCTTCTCATGCTCTCGTGGAAACTTGGACCA
GCTTTAGCTTGCGGTAACACCGTTGTCCTCAAGACGGCTGAGCAAACTCCCCTCTCTGCT
CTTCTT

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1AW53TF 845 0 0
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GTTTCCATGGCGTCAAGAAGAGTTTCCTCGCTCCTCTCTCGCTCCCTCGTGTCCTCTCTT
AGAGGGAAAGGCCCTCTCGTGAACAGAGGAGCTCGCAGACACAGCAACCTCGCTTCAGCT
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GTGATCGCTCAGGTGGCCGAGGGTGATGTAGAAGACGTGAACCGTGCGGTTGTAGCCGCC
CGCAAGGCCTTTGACCAGGGTCCATGGCCTAGAATGACTGCTTATGAGAGGTCGAAGATT
CTGTTTCGTTTCGCTGACTTGATCGAGAAACACAACGACGAGATTGCTGCTCTCGAGACT
TGGGACAACGGGAAGCCTTATGAACAGTCTGCCAAGATCGAAGTTCCTATGCTTGCTCGG
GTATTCCGTTACTATGCTGGTTGGGCAGACAAGATCCATGGAATGACGGTTCCAGGAGAC
GGTTCACACCATGTGCAGACGCTCCACGAACCGATTGGAGTCGCTGGACAGATCATCCCG
TGGAACTTCCCTCTTCTCATGCTCTCGTGGAAACTTGGACCAGCTTTAGCTTGCGGTAAC
ACCGTTGTCCTCAAGACGGCTGAGCAAACTCTCCTCTCTGCTCTTCTTGTCGGAAGACTA
CTTCACGAGGCTGGACTTCCCGAAG*AGTTGTGAATATAGTTTCTGGATTTGGTCCTACG
GCTGG

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR1CA50TF 756 0 0
G
ATGGCCTAGAATGACTGCTTATGAGAGGTCGAAGATTCTGTTTCGTTTCGCTGACTTGAT
CGAGAAACACAACGACGAGATTGCTGCTCTCGAGACTTGGGACAACGGGAAGCCTTATGA
ACAGTCTGCCAAGATCGAAGTTCCTATGCTTGCTCGGGTATTCCGTTACTATGCTGGTTG
GGCAGACAAGATCCATGGAATGACGGTTCCAGGAGACGGTTCACACCATGTGCAGACGCT
CCACGAACCGATTGGAGTCGCTGGACAGATCATCCCGTGGAACTTCCCTCTTCTCATGCT
CTCGTGGAAACTTGGACCAGCTTTAGCTTGCGGTAACACCGTTGTCCTCAAGACGGCTGA
GCAAACTCCCCTCTCTGCTCTTCTTGTCGGAAGACTACTTCACGAGGCTGGACTTCCCGA
AGGAGTTGTGAATATAGTTTCTGGATTTGGTCCTACGGCTGGTGCAGCCATTGCTAGTCA
CATGGACATTGATAAGGTTGCTTTCACAGGGTCTACTGATGTTGGAAAGATTGTTCTGGA
GTTGGCTTCAAAAAGTAACCTCAAGGCAGTGACTCTTGAGCTTGGAGGCAAGTCACCGTT
CATTGTGTGTGAAGATGCTGACGTGGATCAAGCCGTTGAGCTCGCTCATTTCGCTTTGTT
CTTTAACCAGGGGCAATGCTGCTGTGCTGGCTCGCGTACGTTTGTACACGAACGCGTGTA
CGATGAGTTTGTAGAGAAAGCTAAAGCTCGTGCA
T

QA 2 755 2 755
DS 

RD RR1EJ45TF 794 0 0
G
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CAAGATCGAAGTTCCTATGCTTGCTCGGGTATTCCGTTACTATGCTGGTTGGGCAGACAA
GATCCATGGAATGACGGTTCCAGGAGACGGTTCACACCATGTGCAGACGCTCCACGAACC
GATTGGAGTCGCTGGACAGATCATCCCGTGGAACTTCCCTCTTCTCATGCTCTCGTGGAA
ACTTGGACCAGCTTTAGCTTGCGGTAACACCGTTGTCCTCAAGACGGCTGAGCAAACTCC
CCTCTCTGCTCTTCTTGTCGGAAGACTACTTCACGAGGCTGGACTTCCCGAAGGAGTTGT
GAATATAGTTTCTGGATTTGGTCCTACGGCTGGTGCAGCCATTGCTAGTCACATGGACAT
TGATAAGGTTGCTTTCACAGGGTCTACTGATGTTGGAAAGATTGTTCTGGAGTTGGCTTC
AAAAAGTAACCTCAAGGCAGTGACTCTTGAGCTTGGAGGCAAGTCACCGTTCATTGTGTG
TGAAGATGCTGACGTGGATCAAGCCGTTGAGCTCGCTCATTTCGCTTTGTTCTTTAACCA
GGGGCAATGCTGCTGTGCTGGCTCGCGTACGTTTGTACACGAACGCGTGTACGATGAGTT
TGTAGAGAAAGCTAAAGCTCGTGCAATCAACCGCGCTGTTGGAGATCCCTTCAAGTCTGG
CATCGAGCAAGTCCCCAGTGGACTCAGATCAGTTCGAGAAATCTTAAAGTACATAGACAT
GGAGTTGATAGTG

QA 2 794 2 794
DS 



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AAATTTATCATCATAATCTAGAAAACCTAGAGATGGTACAACTCTCAAGGATTCACCATC
ATTAGGCATATAAGGGAGAGAGAAACCTTTTTAGAGCCAAGCGGGGTTCTTGATGGAAGT
GACAACAGCCTTGACTTGCAAGTAATTGTTGAGACTGTAGATACCTTTCTCTCTTCCAAT
GCCACTCATCTTATACCCTCCGAACGGGATTGTAGCATCAAACACATCGAAACAGTTTAT
CCAAACGCTTCCAACTCTGAGTGCTCTCATCAACCTATTCGCTGTGTCCAGATTCTGTGT
GAACACTCCTGCAGCTAAACCGTACCTTGAGTTGTTCGCCCTTGCAATCACCTCATCCAG
ATCCTTGAACTTTAGTATGGTTTGAACTGGTCCGAAAATCTCGTCTTTAGCTATGAGCAT
GTCGTCCTTGACGTCAGAAAAGACAGTGGGTTGAATGTAGTAACCCTTGGAACCATGACG
ATCACCACCAGCTTGTAAGGTGGCTCCACTATCAACTCCATGTCTAATGTACTTTAAGAT
TTTCTCGAACTGATCTGAGTCCACCTGGGGACCTTGCTCGATGCCAGACTTGAAGGGATC
TCCAACAGCGCGGTTGATTGCACGAGCTTTAGCTTTCTCTACAAACTCATCGTACACGCG
TTCGTGTACAAACGTACGCGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E667JQ U 148
AF RR1EJ45JQ U 1
AF RR1CA50JQ U 11
BS 1 119 RR1EJ45JQ
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RD RR1E667JQ 416 0 0
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GTTGAGACTGTAAATACCTTTCTCTCTTCCAATGCCACTCATCTTATACCCTCCGAACGG
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CATCAACCTATTCGCTGTGTCCAGATTCTGTGTGAACACTCCTGCAGCTAAACCGTACCT
TGAGTTGTTCGCCCTTGCAATCACCTCATCCAGATCCTTGAACTTTAGTATGGTTTGAAC
TGGTCCGAAAATCTCGTCTTTAGCTATGAACATGTCGTCCTTGACGTCAGAAAAGACAGT
GGGTTGAATGTAGTAACCCTTGGAACCATGACGATCACCACCAGCTTGTAAGGTGG

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR1EJ45JQ 651 0 0
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ATTAGGCATATAAGGGAGAGAGAAACCTTTTTAGAGCCAAGCGGGGTTCTTGATGGAAGT
GACAACAGCCTTGACTTGCAAGTAATTGTTGAGACTGTAGATACCTTTCTCTCTTCCAAT
GCCACTCATCTTATACCCTCCGAACGGGATTGTAGCATCAAACACATCGAAACAGTTTAT
CCAAACGCTTCCAACTCTGAGTGCTCTCATCAACCTATTCGCTGTGTCCAGATTCTGTGT
GAACACTCCTGCAGCTAAACCGTACCTTGAGTTGTTCGCCCTTGCAATCACCTCATCCAG
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ATCACCACCAGCTTGTAAGGTGGCTCCACTATCAACTCCATGTCTAATGTACTTTAAGAT
TTTCTCGAACTGATCTGAGTCCACCTGGGGACCTTGCTCGATGCCAGACTT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1CA50JQ 731 0 0
GTGGTTATTTCCCAATATCAAGAAATGTTTCGTACATCACACAATGCGTAAAATTTATCA
TCATAATCTAGAAAACCTAGAGATGGTACAACTCTCAAGGATTCACCATCATTAGGCATA
TAAGGGAGAGAGAAACCTTTTTAGAGCCAAGCGGGGTTCTTGATGGAAGTGACAACAGCC
TTGACTTGCAAGTAATTGTTGAGACTGTAGATACCTTTCTCTCTTCCAATGCCACTCATC
TTATACCCTCCGAACGGGATTGTAGCATCAAACACATCGAAACAGTTTATCCAAACGCTT
CCAACTCTGAGTGCTCTCATCAACCTATTCGCTGTGTCCAGATTCTGTGTGAACACTCCT
GCAGCTAAACCGTACCTTGAGTTGTTCGCCCTTGCAATCACCTCATCCAGATCCTTGAAC
TTTAGTATGGTTTGAACTGGTCCGAAAATCTCGTCTTTAGCTATGAGCATGTCGTCCTTG
ACGTCAGAAAAAACAGTGGGTTGAATGTAGTAACCCTTGGAACCATGACGATCACCACCA
GCTTGTAAGGTGGCTCCACTATCAACTCCATGTCTAATGTACTTTAAGATTTTCTCGAAC
TGCTCTGAGTCCACCTGGGGACCTTGCTCGATGCCAGACTTGAAGGGATCTCCAACAGCG
CGGTTGATTGCACGAGCTTTAGCTTTCTCTACAAACTCATCGTACACGCGTTCGTGTACA
AACGTACGCGA

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 7

CO CL983Contig1 576 7 9 U
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CGTAACAGTCAAAGGAAATGGCGAGCACTGTAATGACTACCCTGCCTCAGTTCAATGGTC
TTCGTGCCAGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGA
GACGTAAGGGAAATGGTGCATTAGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAACAA
ATCTGATAATGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCAC
CATCAGCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTCTAC
AAACGGGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTC
ATATCATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAACATTGGTGCTATATAAAACTTAT
TTTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGG
GGGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTG


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA90JQ C 1
AF RR1GH38TF U 1
AF RR1FA90TF U 1
AF RR1FT44TF U 4
AF RR1DG45JQ C 241
AF RR1CJ79TF U 0
AF RR1DG45TF U 241
BS 1 5 RR1FA90JQ
BS 6 124 RR1GH38TF
BS 125 125 RR1FA90TF
BS 126 226 RR1GH38TF
BS 227 227 RR1FA90TF
BS 228 565 RR1GH38TF
BS 566 568 RR1FA90TF
BS 569 569 RR1FT44TF
BS 570 576 RR1DG45TF

RD RR1FA90JQ 568 0 0
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TTCGTGCCAGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGA
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ATCTGATAATGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCAC
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TTTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGG
GGGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTC

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DS 

RD RR1GH38TF 565 0 0
GGAGA
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CAGTCAAAGGAAATGGCGAGCACTGTAATGACTACCCTGCCTCAGTTCAATGGTCTTCGG
GCCAGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGAGACGT
AAGGGAAATGGTGCATTAGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATCGGTTCATCAACAAATCTG
ATAATGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCACCATCA
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GGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTCATATC
ATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAACATTGGTGCTATATAAAACTTATTTTAT
TGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGGGGGAG
ATCTAAATAAATATTTAAGT

QA 6 565 6 565
DS 

RD RR1FA90TF 568 0 0
GGAGA
ACCAAAAAAAAAAAACTGAAAAACAGATCGCACAGTAAAATTTAAGTTTGTTTAACGTAA
CAGTCAAAGGAAATGGCGAGCACTGTAATGACTACCCTGCCTCAGTTCAATGGTCTTCGT
GCCAGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGAGACGT
AAGGGAAATGGTGCATTAGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAATCTG
ATAATGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCACCATCA
GCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTCTACAAACG
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ATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAACATTGGTGCTATATAAAACTTATTTTAT
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ATCTAAATAAATATTTAAGTGTC

QA 6 568 6 568
DS 

RD RR1FT44TF 571 0 0
GG
ACCAAAAAAAAAAAACTGAAAAACAGATCGCACAGTAAAATTTAAGTTTGTTTAACGTAA
CAGTCAAAGGAAATGGCGAGCACTGTAATGACTACCCTGCCTCAGTTCAATGGTCTTCGT
GCCAGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCGACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGAGACGT
AAGGGAAATGGTGCATTAGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAATCTG
ATAATGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCACCATCA
GCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTTGGGTCTACAAACG
GGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTCATATC
ATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAACATTGGTGCTATATAAAACTTATTTTAT
TGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGGGGGAG
ATCTAAATAAATATTTAAGTGTCT
TTATG

QA 3 566 3 566
DS 

RD RR1DG45JQ 329 0 0
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CATCAGCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTCTAC
AAACGGGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTC
ATATCATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAACATTGGTGCTATATAAAACTTAT
TTTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGG
GGGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTCT

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DS 

RD RR1CJ79TF 570 0 0
GGAGAACCA
AAAAAAAAAAAACTGAAAAACAGATCGCACAGTAAAATTTAAGTTTGTTTAACGTAACAG
TCAAAGGAAATGGCGAGCACTGTAATGACTACCCTGCCTCAGTTCAATGGTCTTCGTGCC
AGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGAGACGTAAG
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TTGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCACCATCAGCA
AATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTCTACAAACGGGT
GATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTCATATCATC
GGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAACATTGGTGCTATATAAAACTTATTTTATTGT
GTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAA*CAAAATTCTCAAGATACCTGAGGGGGAGATC
TAAATAAATATTTAAGTGTCT

QA 10 570 10 570
DS 

RD RR1DG45TF 336 0 0
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CATCAGCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTCTAC
AAACGGGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTC
ATATCATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAACATTGGTGCTATATAAAACTTAT
TTTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGG
GGGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTG

QA 1 336 1 336
DS 



AS 1 7

CO CL984Contig1 616 7 7 U
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CCCCGGTCAAACCGTTTTCTACGACAAGAAGATCGCCGGGAAGCTCAGCTTCGGATCCGT
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GAAATCGGATCCGAGCTCTGGAGATATTGTCTTCTCCGTCGGATTCGTATCCAAGTCTTT
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AATGAAATGAATCATAACCTGAATGTGTAAAAATCTTCCCTTCTTTTTATGTGTGTTTCA
TGAGAAAAAAA*TTCGAATCGGATACTAGTGGATATCGTGATTTGATTCGAACTATATAT
GAAAGACTATATTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1H807TF U 7
AF RR1GR64TF U 1
AF RR1H968JQ C 1
AF RR1H968TF U 1
AF RR1GD04JQ C 7
AF RR1GR64JQ C 88
AF RR1GD04TF U 7
BS 1 45 RR1GR64TF
BS 46 46 RR1H968TF
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GG
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ATCCGAGCTCTGGAGATATTGTCTTCTCCGTCGGATTCGTATCCAAGTCTTTACCGGCCT
CTATGTTCCTGAATGTTCCCTCTTGCTCCAAAACACTCAGTCTTGAAGCT

QA 3 472 3 472
DS 

RD RR1GR64TF 513 0 0
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ATCCCTCTCCACCGCTCTAGATCTCAACCGTCCATCTCTCGACGCCGGCGTCGACGTCCA
CGATCTCCTCCCTCGCTACGGATTCCCGAAAGGTCTTCTTCCAGATAACGTCAAATCGTA
CACTCTCTCCGACGGCGGAGACTTCACCGTAGACTTAAACACTCCCTGCTACGTCGATTT
CCCCGGTCAAACCGTTTTCTACGACAAGAAGATCGCCGGGAAGCTCAGCTTCGGATCCGT
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GAAATCGGATCCGAGCTCTGGAGATATTGTCTTCTCCGTCGGATTCGTATCCAAGTCTTT
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AATGAAATGAATCATAACCTGAATGTGTAAAAA

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1H968JQ 556 0 0
GGACAATC
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GAATCATAACCTGAATGTGTAAAAATCTTCCCTTCTTTTTATGTGTGTTTCATGAGAAAA
AAA*TTCG

QA 9 556 9 556
DS 

RD RR1H968TF 556 0 0
GGACAATC
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CCGACGGCGGAGACTTCACCGTAGACTCAAACACTCCCTGCTACGTCGATTTCCCCGGTC
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CTATGTTCCTGAATGTTCCCTCTTGCTCCAAAACACTCAGTCTTGAAGCTTAAATGAAAT
GAATCATAACCTGAATGTGTAAAAATCTTCCCTTCTTTTTATGTGTGTTTCATGAGAAAA
AAA*TTCG

QA 9 556 9 556
DS 

RD RR1GD04JQ 610 0 0
GG
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CTATGTTCCTGAATGTTCCCTCTTGCTCCAAAACACTCAGTCTTGAAGCTTAAATGAAAT
GAATCATAACCTGAATGTGTAAAAATCTTCCCTTCTTTTTATGTGTGTTTCATGAGAAAA
AAA*TTCGAATCGGATACTAGTGGATATCGTGATTTGATTCGAACTATATATGAAAGACT
ATATTTAC

QA 3 610 3 610
DS 

RD RR1GR64JQ 529 0 0
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GAAAGGTCTTCTTCCAGATAACGTCAAATCGTACACTCTCTCCGACGGCGGAGACTTCAC
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AGAACTCTTCATCTGGGCATCGATCACCGCCATGAAATCGGATCCGAGCTCTGGAGATAT
TGTCTTCTCCGTCGGATTCGTATCCAAGTCTTTACCGGCCTCTATGTTCCTGAATGTTCC
CTCTTGCCCCAAAACACTCAGTCTTGAAGCTTAAATGAAATGAATCATAACCTGAATGTG
TAAAAATCTTCCCTTCTTTTTATGTGTGTTTCATGAGAAAAAAAATTCGAATCGGATACT
AGTGGATATCGTGATTTGATTCGAACTATATATGAAAGACTATATTTAC

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1GD04TF 610 0 0
GG
ACACAGCAATGGCTTGTTCGATCACATTCTCCTGCCTCTTCCTCTCTCTGCTATCCCTCT
CCACCGCTCTAGATCTCAACCGTCCATCTCTCGACGCCGGCGTCGACGTCCACGATCTCC
TCCCTCGCTACGGATTCCCGAAAGGTCTTCTTCCAGATAACGTCAAATCGTACACTCTCT
CCGACGGCGGAGACTTCACCGTAGACTTAAACACTCCCTGCTACGTCGATTTCCCCGGTC
AAACCGTTTTCTACGACAAGAAGATCGCCGGGAAGCTCAGCTTCGGATCCGTGAAAGACG
TGGAAGGAATCAAAGCTAAAGAACTCTTCATCTGGGCATCGATCACCGCCATGAAATCGG
ATCCGAGCTCTGGAGATATTGTCTTCTCCGTCGGATTCGTATCCAAGTCTTTACCGGCCT
CTATGTTCCTGAATGTTCCCTCTTGCTCCAAAACACTCAGTCTTGAAGCTTAAATGAAAT
GAATCATAACCTGAATGTGTAAAAATCTTCCCTTCTTTTTATGTGTGTTTCATGAGAAAA
AAA*TTCGAATCGGATACTAGTGGATATCGTGATTTGATTCGAACTATATATGAAAGACT
ATATTTAC

QA 3 610 3 610
DS 



AS 2 4

CO CL985Contig1 646 2 3 U
CGGTCAAAAAAAGAGTTTATTCGTTACATTTCATCTGCTTACAATGCAATGTTTATCACA
ACAACGTTAAATAATTGAGGCAAAAACTTGTCTCTTTTTTCTTTTCTTTTGATGTTATTA
GATTTTTATGTTTGTAGAAAAAGAAACACTCATCTATACATACGATGAAAAGAGACAGAA
CAAGCGATGGGGGGTAATGTATGTGTTTGTATGATTGGCTTGCTTCAAAGAGGGATTCGA
TAAGTTGGATCAAACATCTTCAGTATAAACAAATTGCCCTTGTCACCCCTTGACAACCGT
AGCTCCTCGTCCACATAGGTAATCTCTAATTCACCCACGTGCGATTTCAGGTGCATTTAC
AGGGATAAGGCCGAAAATTTTGAACACTTTGAGCTGCACAGCAACCTTCCTTGAATTGAG
GGGTCTTATGTCTCCAGTTACCGAGTTGAAGAAAGGCCAAGTCTCCATGTTTTGAACCTT
GAGTGTATCCACATTGATAGATTGGTAGTTTGTTATTGACCTCAACAACCTTGGTTTCTT
AGCCTGCAGAATAGAAGCAGAGGTTGTGTAAATGAGCTCCCATTTCCCATTGATCAAATC
AGATTTCAAAGGCTCCTTCGTTGGATTCACTGCTTCCACTTTACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A187JQ U 77
AF RR1AA48JQ U 1
BS 1 335 RR1AA48JQ
BS 336 336 RR1A187JQ
BS 337 646 RR1AA48JQ

RD RR1A187JQ 327 0 0
GAGGCAAAAACTTGTCTCTTTTTTCTTTTCTTTTGATGTTATTAGATTTTTATGTTTGTA
GAAGAAGAAACATTCATCTATACATACGATGAAGAGAGACAGAACAAGCGATGGGGGGTA
ATGTATGTGTTTGTATGATTGGCTTGCTTCAGAGAGGGATTCGATAAGTTGGATCAAACA
TCTTCAGTATAAACAAATTGCCCTTGTCACCCCTTGACAACCGTAGCTCCTCGTCCACAT
AGGTAATCTCTAATTCACCCACGTGCGGTTTCAGGTGCATTTACAGGGATAAGGCCGAGA
ATTTTGAACACTTTGAGCTGCACAGCA

QA 1 327 1 327
DS 

RD RR1AA48JQ 646 0 0
CGGTCAAAAAAAGAGTTTATTCGTTACATTTCATCTGCTTACAATGCAATGTTTATCACA
ACAACGTTAAATAATTGAGGCAAAAACTTGTCTCTTTTTTCTTTTCTTTTGATGTTATTA
GATTTTTATGTTTGTAGAAAAAGAAACACTCATCTATACATACGATGAAAAGAGACAGAA
CAAGCGATGGGGGGTAATGTATGTGTTTGTATGATTGGCTTGCTTCAAAGAGGGATTCGA
TAAGTTGGATCAAACATCTTCAGTATAAACAAATTGCCCTTGTCACCCCTTGACAACCGT
AGCTCCTCGTCCACATAGGTAATCTCTAATTCACC*ACGTGCGATTTCAGGTGCATTTAC
AGGGATAAGGCCGAAAATTTTGAACACTTTGAGCTGCACAGCAACCTTCCTTGAATTGAG
GGGTCTTATGTCTCCAGTTACCGAGTTGAAGAAAGGCCAAGTCTCCATGTTTTGAACCTT
GAGTGTATCCACATTGATAGATTGGTAGTTTGTTATTGACCTCAACAACCTTGGTTTCTT
AGCCTGCAGAATAGAAGCAGAGGTTGTGTAAATGAGCTCCCATTTCCCATTGATCAAATC
AGATTTCAAAGGCTCCTTCGTTGGATTCACTGCTTCCACTTTACGC

QA 1 646 1 646
DS 



CO CL985Contig2 942 2 4 U
GGGAGACTCGTAACCATCCTCTGTTTCGGAACAGAGTATCTCTGAAAACGAAGCAGAGCA
GCGACTCCTGTTTTTTTTTTTCTTTTCGATTCCATGGCTTTGACTTCGTGCCTAAAGACT
GGGGTAGTTCCGATGTCTCCGACCACCGGACTGTATTTTTGCGGGAGTCTTGTGAAGTCG
GACAGTGGCTTCTCCGTTCCGACCAAGTCACAGAGCATTCGAAAAAGCAGCGACAGAGAG
AGGCTGAGAATCAAAGCGGTGTTCAGCTTTCCTCCGGCGTTTCTAACGAGAAACGGTCGA
GCAGAGAAGCATAAGCAGCTGAAGCAAGACCTTCTCGAAGCCATTGCCCCTCTCGAACGC
GGCGCCACGGCTTCTCCTGATGACCAGCTTCGCATTGATCAGTTGGCGCGAAAAGTGGAA
GCAGTGAATCCAACCAGGGAGCCTTTGAAATCTGATTTAATCAATGGGAAATGGGAGCTC
ATTTACACAACCTCTGCTTCTATTCTGCAGGCCAAGAAACCAAGGTTCTTGAGGTCAATA
ACAAACTACCAATCTATCAATGTGGATACACTCAAGGTTCAAAACATGGAGACTTGGCCT
TTCTTCAATTCGGTAACTGGAGACATAAGACCCCTCAATTCAAGGAAGGTTGCTGTGCAG
CTCAAAGTGTTTAAAATTCTCGGCCTTATCCCTGTAAATGCACCTGAAACCGCACGTGGT
GAACTAGAGATTACCTATGTTGACGAGGAGCTACGGTTGTCAAGGGGTGACAAGGGCAAT
TTGTTTATACTGAAGATGTTTGATCCAACTTATCGAATCCCTCTCTGAAGCAAGCCAATC
ATACAAACACATACATTACCCCCCATCGCATGTTCTGTCTCTCTTCATCGTATGTATAGA
TGAATGTTTCTTCCTGTACAAACATAAAAATATAATAAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX55TF U 1
AF RR1EO59JQ C 383
BS 1 697 RR1GX55TF
BS 698 698 RR1EO59JQ
BS 699 751 RR1GX55TF
BS 752 942 RR1EO59JQ

RD RR1GX55TF 751 0 0
GGGAGACTCGTAACCATCCTCTGTTTCGGAACAGAGTATCTCTGAAAACGAAGCAGAGCA
GCGACTCCTGTTTTTTTTTTTCTTTTCGATTCCATGGCTTTGACTTCGTGCCTAAAGACT
GGGGTAGTTCCGATGTCTCCGACCACCGGACTGTATTTTTGCGGGAGTCTTGTGAAGTCG
GACAGTGGCTTCTCCGTTCCGACCAAGTCACAGAGCATTCGAAAAAGCAGCGACAGAGAG
AGGCTGAGAATCAAAGCGGTGTTCAGCTTTCCTCCGGCGTTTCTAACGAGAAACGGTCGA
GCAGAGAAGCATAAGCAGCTGAAGCAAGACCTTCTCGAAGCCATTGCCCCTCTCGAACGC
GGCGCCACGGCTTCTCCTGATGACCAGCTTCGCATTGATCAGTTGGCGCGAAAAGTGGAA
GCAGTGAATCCAACCAGGGAGCCTTTGAAATCTGATTTAATCAATGGGAAATGGGAGCTC
ATTTACACAACCTCTGCTTCTATTCTGCAGGCCAAGAAACCAAGGTTCTTGAGGTCAATA
ACAAACTACCAATCTATCAATGTGGATACACTCAAGGTTCAAAACATGGAGACTTGGCCT
TTCTTCAATTCGGTAACTGGAGACATAAGACCCCTCAATTCAAGGAAGGTTGCTGTGCAG
CTCAAAGTGTTTAAAATTCTCGGCCTTATCCCTGTAA*TGCACCTGAAACCGCACGTGGT
GAACTAGAGATTACCTATGTTGACGAGGAGC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1EO59JQ 560 0 0
ACCAGCTTCGCATTGATCAGTTGGCGCGAAAAGTGGAAGCAGTGAATCCAACCAGGGAGC
CTTTGAAATCTGATTTAATCAATGGGAAATGGGAGCTCATTTACACAACCTCTGCTTCTA
TTCTGCAGGCCAAGAAACCAAGGTTCTTGAGGTCAATAACAAACTACCAATCTATCAATG
TGGATACACTCAAGGTTCAAAACATGGAGACTTGGCCTTTCTTCAATTCGGTAACTGGAG
ACATAAGACCCCTCAATTCAAGGAAGGTTGCTGTGCAGCTCAAAGTGTTTAAAATTTTCG
GCCTTATCCCTGTAAATGCACCTGAAACCGCACGTGGTGAACTAGAGATTACCTATGTTG
ACGAGGAGCTACGGTTGTCAAGGGGTGACAAGGGCAATTTGTTTATACTGAAGATGTTTG
ATCCAACTTATCGAATCCCTCTCTGAAGCAAGCCAATCATACAAACACATACATTACCCC
CCATCGCATGTTCTGTCTCTCTTCATCGTATGTATAGATGAATGTTTCTTCCTGTACAAA
CATAAAAATATAATAAGATC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 7

CO CL986Contig1 539 7 7 U
GGCTTCCTCCTCTGAAGCCGAAGAAGACGAAGAAGAATCATCCCTAGCTTTTTGGTGGCA
AGCAACTCGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTC
ACACACTGTGTGTGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTG
CTTGCGCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCAGGA
GGAAGACAACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCCGCCGTTTCAAGA
CTGGTTTCAGAGAAGGTACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCTTCCTCAG
CCTAAAAGAGTATCCTCAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCACTTTTCG
CTCTTATCTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATG
TTTTGAACCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCTTTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 10 

AF RR1AI56JQ C 1
AF RR1E773JQ C 15
AF RR1E773TF U 15
AF RR1C960TF U 4
AF RR1AI56TF U 1
AF RR1DB52JQ C 4
AF RR1DB52TF U 4
BS 1 5 RR1AI56JQ
BS 6 16 RR1C960TF
BS 17 288 RR1E773TF
BS 289 289 RR1C960TF
BS 290 537 RR1E773TF
BS 538 538 RR1C960TF
BS 539 539 RR1DB52JQ

RD RR1AI56JQ 538 0 0
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AGCAACTCGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTC
ACACACTGTGTGTGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTG
CTCGCGCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCAGGA
GTAAGACAACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCCGCCGTTTCAAGA
CTGGTTTCAGAGAAGGTACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCTTCCTCAG
CCTAAAAGAGTATCCTCAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCACTTTTCG
CTCTTATCTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATG
TTTTGAACCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCTTTGCC

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1E773JQ 523 0 0
GG
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GACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACACTGTGTGTGAG
ATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTGCTTGCGCTTACCCCGC
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TACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCTTCCTCAGCCTAAAAGAGTATCCT
CAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCACTTTTCGCTCTTATCTAATTTTG
AGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATGTTTTGAACCTGGATCA
TCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCTTTGC

QA 3 523 3 523
DS 

RD RR1E773TF 523 0 0
GG
GCCGAAGAAGACGAAGAAGAATCATCCCTAGCTTTTTGGTGGCAAGCAACTCGCTACAAT
GACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACACTGTGTGTGAG
ATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTGCTTGCGCTTACCCCGC
CGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCAGGAGGAAGACAACCGGAAC
CGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCCACCGTTTCAAGACTGGTTTCAGAGAAGG
TACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCTTCCTCAGCCTAAAAGAGTATCCT
CAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCACTTTTCGCTCTTATCTAATTTTG
AGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATGTTTTGAACCTGGATCA
TCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCTTTGC

QA 3 523 3 523
DS 

RD RR1C960TF 535 0 0
GG
CCTCCTCTGAAGCCGAAGAAGACGAAGAAGAATCATCCCTAGCTTTTTGGTGGCAAGCAA
CTCGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACA
CTGTGTGTGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTGCTTGC
GCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCAGGAGGAAG
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ATCTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATGTTTTG
AACCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAA*GTCTTCCTTTCTTTGCC

QA 3 535 3 535
DS 

RD RR1AI56TF 538 0 0
GGCTT
CCTCCTCTGAAGCCGAAGAAGACGAAGAAGAATCATCCCTAGCTTTTTGGTGGCAAGCAA
CTCGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACA
CTGTGTGTGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTGCTCGC
GCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCAGGAGTAAG
ACAACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCCGCCGTTTCAAGACTGGT
TTCAGAGAAGGTACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCTTCCTCAGCCTAA
AAGAGTATCCTCAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCACTTTTCGCTCTT
ATCTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATGTTTTG
AACCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCTTTGCC

QA 6 538 6 538
DS 

RD RR1DB52JQ 536 0 0
GG
CCTCCTCTGAAGCCGAAGAAGACGAAGAAGAATCATCCCTAGCTTTTTGGTGGCAAGCAA
CTCGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACA
CTGTGTGTGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTGCTTGC
GCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCAGGAGGAAG
ACAACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCCGCCGTTTCAAGACTGGT
TTCAGAGAAGGTACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCTTCCTCAGCCTAA
AAGAGTATCC*CAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCACTTTTCGCTCTT
ATCTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATGTTTTG
AACCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCTTTGCCC

QA 3 536 3 536
DS 

RD RR1DB52TF 536 0 0
GG
CCTCCTCTGAAGCCGAAGAAGACGAAGAAGAATCATCCCTAGCTTTTTGGTGGCAAGCAA
CTCGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACA
CTGTGTGTGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTGCTTGC
GCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCAGGAGGAAG
ACAACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCCGCCGTTTCAAGACTGGT
TTCAGAGAAGGTACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCTTCCTCAGCCTAA
AAGAGTATCC*CAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCACTTTTCGCTCTT
ATCTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATGTTTTG
AACCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCTTTGCC
C

QA 3 535 3 535
DS 



AS 2 6

CO CL987Contig1 820 2 5 U
GGGAAAACGAACGGAAAAAACGATCGAGTATGAGTTTAGGAGTGAGAGTTAGCGTGTGCT
CATATCCATCGCTTGCGTTATCCTCGAGGGATGTTTCTCTCCCTTCCCCATCTCTCTACT
TTGGTCGGAAAATTCACCGATCAAGCTTCGATACTGACCTGAAGCTACGTTGTAAATCAA
ACAGAACACGCAGAACCAAGCCAGTGTTGGCTGTTATAAACTCAAGTCGTGTTCCGGAGA
TTGATTCCTCTTCGGAACCAATTCAAGTGTTCGATGGCTCGACAAGGTTGTACATATCTT
ACTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGTAACTACAAGGGTTTGCAAGACA
AGATAGAACTTGTACCAATTGATCTCAAGAACAGACCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTGT
ACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCATTAGAGCACAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTTG
ACCTAATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCAACCACTAGTGTAG
AGAAGGAAACATTCGCTGATGAGTTAATCTCTTACACCGACTCCTTCTCCAAGGCCGTAC
GATCCACATTATCAGGTGCCGCCGACAGTGATGCAGCAGATGCTGCATTTGATTACATTG
AGCAGTCTCTTTCCAAATTCAAACAAAGGGCCTTTCTTCCTTGGCCTATTTAGTTTGGTT
GATATTGCATATATTCCATTCATAGAGAGATTCCATCTTATCTTTAAGACGTAATGAATG
TGGACATCACATCTGGTCGGCTAACCTCGCCCTTTGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H862TF U 10
AF RR1AM31TF U 1
BS 1 102 RR1AM31TF
BS 103 103 RR1H862TF
BS 104 107 RR1AM31TF
BS 108 108 RR1H862TF
BS 109 820 RR1AM31TF

RD RR1H862TF 566 0 0
GGGGGA
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CGTTATCCTCGAGGGATGTTTCTCTCCCTTCCCCATCTCTCTACTTTGGTCGGAAAATTC
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CCAAGCCAGTGTTGGCTGTTATAAACTCAAGTCGTGTTCCGGAGATTGATTCCTCTTCGG
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CGCAACGTGCGTGGATTGCTCGTAACTACAAGGGTTTGCAAGACAAGATAGAACTTGTAC
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TCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCAACCACTAGTGTAGAGAAGGAAACATTCG
CTGATGAGTTAATCTCTTAC

QA 7 566 7 566
DS 

RD RR1AM31TF 820 0 0
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ACAGAACACGCAGAACCAAGCCAGTGTTGGCTGTTATAAACTCAAGTCGTGTTCCGGAGA
TTGATTCCTCTTCGGAACCAATTCAAGTGTTCGATGGCTCGACAAGGTTGTACATATCTT
ACTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGTAACTACAAGGGTTTGCAAGACA
AGATAGAACTTGTACCAATTGATCTCAAGAACAGACCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTGT
ACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCATTAGAGCACAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTTG
ACCTAATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCAACCACTAGTGTAG
AGAAGGAAACATTCGCTGATGAGTTAATCTCTTACACCGACTCCTTCTCCAAGGCCGTAC
GATCCACATTATCAGGTGCCGCCGACAGTGATGCAGCAGATGCTGCATTTGATTACATTG
AGCAGTCTCTTTCCAAATTCAAACAAAGGGCCTTTCTTCCTTGGCCTATTTAGTTTGGTT
GATATTGCATATATTCCATTCATAGAGAGATTCCATCTTATCTTTAAGACGTAATGAATG
TGGACATCACATCTGGTCGGCTAACCTCGCCCTTTGGATT

QA 1 820 1 820
DS 



CO CL987Contig2 1062 4 9 U
GGGAGAAAACGAACGGAAAAACGATCGAGTATGAGTTTAGGAGTGAGAGTTAGCGTGTGC
TCATATCCATCGCTTGCGTTATCCTCGAGGGATGTTTCTCTCCCTTCCTCATCTCTCTAC
TTTGGTCGGAAAATTCACCGATCAAGCTTTGATACTGACCTGAAGCTACGTTGTAAATCA
AACGGAACACGCAGAACCAAGCCAGTGTCGGCTGTTATAAAGTCAAGTCGTGTTCCGGAG
ATTGATTCCTCTTCGGAACCAATTCAAGTGTTCGATGGCTCGACAAGGTTGTACATATCC
TACTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGGAACTACAAGGGTCTGCAAGAC
AAGATGGAACTTGTACCGATTGATCTCAAGAACAGACCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTG
TACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCACTAGAGCGCAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTT
GACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACTAGTGTA
GAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGCTAATCTCTTACACCGACTCTTTCTCCAAGGCCGTA
CGATCCACATTATCAGGTGCTGACAGTGATGCAGCAGGTGCTGCATTTGATTACATTGAG
CAGGCTCTTTCCAAATTCAAACAAGGGCCTTTCTTCCTTGACCTGTTTAGTTTGGTCGAT
ATTGCATATATTCCGTTCATAGAGAGATTCCATCTTATCTTTAAGGATGTAATGAATGTG
GACATCACATCTGGTCGGCCAAACCTCGCCCTTTGGATTGAGGAGATGAACAATATTGAA
GCTTACACAGAAACCCGTCAAGATCCACAAGAGATAGTTGAGAGATACAAGAAACGAGCA
CAAGCAGAAGCACGTCCCTAAGCAGATGAGAGTTTGAGTAATCAAAGATTTATTTTATAT
TATTATCATTTATATTGTATCCGGAAAAGAATGTAAAAGCATCTGCATGACACATGCAAC
AACTGTTTTTCATAATCTCAAGAGTTCATGAGACCACCAACT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BG49TF U 1
AF RR1AG75TF U 3
AF RR1BG49JQ C 201
AF RR1AG75JQ C 573
BS 1 633 RR1BG49TF
BS 634 764 RR1AG75TF
BS 765 765 RR1BG49JQ
BS 766 793 RR1AG75TF
BS 794 815 RR1BG49JQ
BS 816 816 RR1AG75JQ
BS 817 839 RR1BG49JQ
BS 840 840 RR1AG75JQ
BS 841 1062 RR1BG49JQ

RD RR1BG49TF 633 0 0
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TCATATCCATCGCTTGCGTTATCCTCGAGGGATGTTTCTCTCCCTTCCTCATCTCTCTAC
TTTGGTCGGAAAATTCACCGATCAAGCTTTGATACTGACCTGAAGCTACGTTGTAAATCA
AACGGAACACGCAGAACCAAGCCAGTGTCGGCTGTTATAAAGTCAAGTCGTGTTCCGGAG
ATTGATTCCTCTTCGGAACCAATTCAAGTGTTCGATGGCTCGACAAGGTTGTACATATCC
TACTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGGAACTACAAGGGTCTGCAAGAC
AAGATGGAACTTGTACCGATTGATCTCAAGAACAGACCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTG
TACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCACTAGAGCGCAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTT
GACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACTAGTGTA
GAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGCTAATCTCTTACACCGACTCTTTCTCCAAGGCCGTA
CGATCCACATTATCAGGTGCTGACAGTGATGCA

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1AG75TF 791 0 0
GG
GAAAACGAACGGAAAAACGATCGAGTATGAGTTTAGGAGTGAGAGTTAGCGTGTGCTCAT
ATCCATCGCTTGCGTTATCCTCGAGGGATGTTTCTCTCCCTTCCTCATCTCTCTACTTTG
GTCGGAAAATTCACCGATCAAGCTTTGATACTGACCTGAAGCTACGTTGTAAATCAAACG
GAACACGCAGAACCAAGCCAGTGTCGGCTGTTATAAAGTCAAGTCGTGTTCCGGAGATTG
ATTCCTCTTCGGAACCAATTCAAGTGTTCGATGGCTCGACAAGGTTGTACATATCCTGCT
CTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGGAACTACAAGGGTCTGCAAGACAAGA
TGGAACTTGTACCGATTGATCTCAAGAACAGACCT***TGGTACAAGGAGAAAGTGTACC
CGGCTAACAAGGTGCCTGCACTAGAGCACAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTTGACC
TGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACTAGTGTAGAGA
AGGAAGCATTCGCTGATGAGCTAATCTCTTACACCGACTCTTTCTCCAAGGCCGTACGAT
CCACATTATCAGGTGCTGACAGTGATGCAGCAGGTGCTGCATTTGATTACATTGAGCAGG
CTCTTTCCAAATTCAAACAAGGGCCTTTCTTCCTTGACCTGTTTAGTTTGGTCGATATTG
CATATATTCCGTTCATAGAGAGATTCCATCTTATCTTTAAAGATGTAATGAATGTGGACA
TCACATCTG

QA 3 791 3 791
DS 

RD RR1BG49JQ 862 0 0
GCCAGTGTCGGCTGTTATAAAGTCAAGTCGTGTTCCGGAGATTGATTCCTCTTCGGAACC
AATTCAAGTGTTCGATGGCTCGACAAGGTTGTACATATCCTACTCTTGCCCATTTGCGCA
ACGTGCGTGGATTGCTCGGAACTACAAGGGTCTGCAAGACAAGATGGAACTTGTACCGAT
TGATCTCAAGAACAGACCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTGTACCCGGCTAACAAGGTGCC
TGCACTAGAGCGCAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTTGACCTGATTAAGTACATCGA
CACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACTAGTGTAGAGAAGGAAGCATTCGCTGA
TGAGCTAATCTCTTACACCGACTCTTTCTCCAAGGCCGTACGATCCACATTATCAGGTGC
TGACAGTGATGCAGCAGGTGCTGCATTTGATTACATTGAGCAGGCTCTTTCCAAATTCAA
ACAAGGGCCTTTCCTCCTTGACCTGTTTAGTTTGGTCGATATTGCATATATTCCGTTCAT
AGAGAGATTCCATCATATCTTTAAGGATGTAATGAATGTGGACATCACATCTGGTCGGCC
AAACCTCGCCCTTTG*ATTGAGGAGATGAACAATATTGAGGCTTACACAGAAACCCGTCA
AGATCCACAAGAGATAGTTGAGAGATACAAGAAACGAGCACAAGCAGAAGCACGTCCCTA
AGCAGATGAGAGTTTGAGTAATCAAAGATTTATTTTATATTATTATCATTTATATTGTAT
CCGGAAAAGAATGTAAAAGCATCTGCATGACACATGCAACAACTGTTTTTCATAATCTCA
AGAGTTCATGAGACCACCAACT

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR1AG75JQ 483 0 0
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AGCAGGTGCTGCATTTGATTACATTGAGCAGGCTCTTTCCAAATTCAAACAAGGGCCTTT
CTTCCTTGACCTGTTTAGTTTGGTCGATATTGCATATATTCCGTTCATAGAGAGATTCCA
TCTTATCTTTAAGGATGTAATGAATGTGGACATCACATCTGGTCGGCCAAACCTCGCCCT
TTGGATTGAGGAGATGAACAATATTGAAGCTTACACAGAAACCCGTCAAGATCCACAAGA
GATAGTTGAGAGATACAAGAAACGAGCACAAGCAGAAGCACGTCCCTAAGCAGATGAGAG
TTTGAGTAATCAAAGATTTGTTTTATATTATTATCATTTATATTGTATCCGGAAAAGAAT
GTAAAAGCATCTGCATGACACATGCAACAACTGTTTTTCATAATCTCAAGAGTTCATGAG
ACC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 2 5

CO CL988Contig1 645 2 7 U
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CATTTTCACATGATAGCACCGACGACGACAGCGCAGGCCAGCGAAGCAACGACGGTGGAG
AATTGCAGCGACGAAGAAGAAGATTTCTGAGAGAGTGGGATAGATCCAAATGCATTTTGG
TAAGAGGGAGCATCGGCATCGGCAGAAGAGGAAGGAGACAAGGCGTCTGCTTCGGCGGAA
TAAGTGCCGACGGAGACAATGAGCTTATGGTACTTTAGACAGTGGCCAGGCTGTCCGCTG
GTGAAGTAAAAGGTTCCGTTTTGGGTGAGGTTGAAAAGAGAGTTGCCGTCGTTCATGTAC
AAGATTGGATCTTTGGTGTTGCAGCTCTTGAAGTTGGAAGGTGTCACTTGAATCATTGAA
TCTTCCCTTGGTGGGTACAAGAACAAGAGGGAGTCACCGATCTTGAAAGAGTGAGATTTG
GGCCATTTGGAGTAGACTTTAGCGTCAACCGGAATACCCCATGCGTCCAAGTTCCCAACT
TTGTATTGCGTCGAAGACACTTGCACTAACAGCATCATCACCAAAACCATTACGCAGCTC
AAACTCATCATCCCCATCCCTCCCTCTCCCTCTGTCTTGATTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL30TF C 1
AF RR1C947JQ U 168
BS 1 167 RR1BL30TF
BS 168 618 RR1C947JQ
BS 619 619 RR1BL30TF
BS 620 628 RR1C947JQ
BS 629 629 RR1BL30TF
BS 630 633 RR1C947JQ
BS 634 645 RR1BL30TF

RD RR1BL30TF 645 0 0
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TAAGTGCCGACGGAGACAATGAGCTTCTGGTACTTTAGACAGTGGCCAGGCTGTCCGCTG
GTGAAGTAAAAGGTTCCGTTTTGGGTGAGGTTGAAGAGAGAGTTGCCGTCGTTCATGTAC
AAGATTGGATCTTTGGTGTTGCAGCTCTTGAAGTTGGAAGGTGTCACTTGAATCATTGAA
TCTTCGCTTGGTGGGTACAAGAACAAGAGGGAGTCACCGATCTTGAAAGAGTGAGGTTTG
GGCCATTTGGAGTAGACTTTAGCGTCAACCGGAATACCCCATGCGTCCAAGTTCCCAACT
TTGTGTTGCGTCGAAGACACTTGCACTAACAGCATCATCACCAAAACCATTACGCTGCTC
AAACTCATCATTCCCATCCCTCTCTCTCCCTCTGTCTTGATTGCC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1C947JQ 484 0 0
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TGCTTCGGCGGAATAAGTGCCGACGGAGACAATGAGCTTATGGTACTTTAGACAGTGGCC
AGGCTGTCCGCTGGTGAAGTAAAAGGTTCCGTTTTGGGTGAGGTTGAAAAGAGAGTTGCC
GTCGTTCATGTACAAGATTGGATCTTTGGTGTTGCAGCTCTTGAAGTTGGAAGGTGTCAC
TTGAATCATTGAATCTTCCCTTGGTGGGTACAAGAACAAGAGGGAGTCACCGATCTTGAA
AGAGTGAGATTTGGGCCATTTGGAGTAGACTTTAGCGTCAACCGGAATACCCCATGCGTC
CAAGTTCCCAACTTTGTATTGCGTCGAAGACACTTGCACTAACAGCATCATCACCAAAAC
CATTACGCAGCTCAAACTCATCATCCCCATCTCTCCCTCTCTCTCT
CTGTCTTGATTGGTGGGT

QA 1 466 1 466
DS 



CO CL988Contig2 850 3 8 U
AAAGAAAATTCCAAATATTAAAATTATGGTAGTATTGATCCGAACCTCTATTTGGTTGAA
AGTTTCAGATTTGGAAATACATAATGGGAATTTAAGAAAACGACAAGAAATATAATAAAT
AATTAAGAGGAGATCAGAAAGAGAAAAAAAGGAACCAATCACTTTTTGCTAAATAATAAA
AAAA*TATTCAAAATTGCCCTCTTCAAAAAGAACCAATCACTTTTGCTTTTTGGACAGAA
CAAAATTAATAAAATATTCAATAATTTGCCATTTTCACATGATAGCACCGACGACGACAG
CGCAGGCCAGCGAAGCAACGACGGTGGAAAATCGCAGCGACGAAGAAGAAGATTTCTGAG
AGAGTGGGATAGATCCAAATGCGTTTTGGTAAGAGGGAGCATCGGCATCGGCAGAAGACG
AGGGAGACAAGGCGTCTGCTTCGGCGGAGTAAGTGCCGACGGAGACAATGAGCTTCTGGT
ACTTTTGACAGTGGCCAGGATGTCCGCTGGTGAAGTAAAATGTTCCGTTTTGGGTGAGGT
TGAAGAGAGAGTTGCCGTCGTTCATGTACAAGATTGGATCTTTGGTGTTGCAGCTCTTGA
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AGTCACCGATCTTGAAAGAGTGAGATTTGGGCCATTTGGAGTAGACTTTAGCATCAACCG
GGATACCCCATGAGTCCAAGTTCCCAACTTTGTACTGCGTCGAAGATACTTGCACTAACA
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TGATTGGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS46JQ U 1
AF RR1AY27TF C 66
AF RR1AY27JQ U 66
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DS 

RD RR1AY27JQ 785 0 0
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TTAATAAAATATTCAATAATTTGCCATTTTCACATGATAGCACCGACGACGACAGCGCAG
GCCAGCGAAGCAACGACGGTGGAAAATCGCAGCGACGAAGAAGAAGATTTCTGAGAGAGT
GGGATAGATCCAAATGCGTTTTGGTAAGAGGGAGCATCGGCATCGGCAGAAGACGAGGGA
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ATCACCAAAACCATTACGCTGCTCAAGCTCATCATTCCCATATCTCTCTCTCTCTTGATT
GGTCC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 6

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D378TF U 1
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GATTTTGCAACGGCAAGATCCCTGCTGATTTTATAGCGGAATTTTTAGGAGTAAAACCAA
CTTTACCGCCATACTTGAAGCCAGGGCTAACCCAAGAAGATCTCATCACTGGTGTATCAT
TTGCTTCAGGTGGTTCTGGCTTCGATCCTTTGACACCTATCGTTGTAAGCGCGATACCGA
TGTCAAACCAGTTGACATATTTTCAAGAATACATTGAGAAAGTGAAAGGCTTTGTGGGAA
AAGAGAAAGCGGAGCATATAATATCCAAAAGTCTAGCCATTGTGGTTGCGGGCAGCGATG
ATCTAGCTAATACATACTATGGTACACATGCAGAAGAATTATTATATGACATCGATGCAT
ATACCTCCTATATGGCTAGCTCTGCTGCAAGTTTCGCTATGCAACTATATGAATCTGGAG
CAAGAAAGATAGGATTCATTGGTATATCACCAATAGGGTGTATACCGATACAAAGAACCG
CAAGAGGGGGACTTAAGAGAAAGTGTGCTGATGAAGTAAACGTTGCAGCTCAGCTTTTCA
ATACCAAACTCTCCAGAAGTTTGCATTCTGTGGCTGAGACCTTGGAAAATGGCACTTTGG
TGTATATTGATGTCTACGCTCTCTTCGCTCAAATGATCCAAACCC**AAAGAATATGGAT
TTGATGAGATTGATA

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DS 

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TCATTTGCTTCAGGTGGTTCTGGCTTCGATCCTTTGACACCTATCGTTGTAAGCGCGATA
CCGATGTCAAACCAGTTGACATATTTTCAAGAATACATTGAGAAAGTGAAAGGCTTTGTG
GGAAAAGAGAAAGCGGAGCATATAATATCCAAAAGTCTAGCCATTGTGGTTGCGGGCAGC
GATGATCTAGCTAATACATACTATGGTACACATGCAGAAGAATTATTATATGACATCGAT
GCATATACCTCCTATATGGCTAGCTCTGCTGCAAGTTTCGCTATGCAACTATATGAATCT
GGAGCAAGAAAGATAGGATTCATTGGTATATCACCAATAGGGTGTATACCGATACAAAGA
ACCGCAAGAGGGGGACTTAAGAGAAAGTGTGCTGATGAAGTAAACGTTGCAGCTCAGCTT
TTCAATACCAAACTCTCCAGAAGTTTGCATTCTGTGGCTGAGACCTTGGAAAATGGCACT
TTGGTGTATATTGATGTCTACGCTCTCTTCGCTCAAATGATCCAAAACCCAAAAGAATAT
GGATTTGATGAGATTGATAGAGGATGTTGCGGGACGGGGCTGGTCGAATTATGCCCGCTT
TGCAACCAATTTACATCACTTCTGTGCAGCAATGTATCTTCTTATATGTTTTGGGACAGT
TACCATCCAACGGAAAGAGCTTATAGAATTT*AACCAAAA*GTTTATAGAGACTGACATG
AGCCCTTTCTATGACAA*TAGATTTAAGA

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AATATCCAAAAGTCTAGCCATTGTGGTTGCGGGCAGCGATGATCTGGCTAATACATACTA
TGGTACACATGCAGAAGAATTATTATATGACATCGATGCATATACCTCCTATATGGCTAG
CTCTGCTGCAAGTTTCGCTATGCAACTATATGAATCTGGAGCAAGAAAGATAGGATTCAT
TGGTATATCACCAATAGGGTGTATACCGATACAAAGAACCGCAAGAGGGGGACTTAAGAG
AAAGTGTGCTGATGAAGTAAACGTTGCAGCTCAGCTTTTCAATACCAAACTCTCCAGAAG
TCTGCATTCTGTGGCTGAGACCTTGGAAAATGGCACTTTGGTGTATATTGATGTCTACGC
TCTCTTCGCTCAAATGATCCAAAACCCAAAAGAATATGGATTTGATGAGATTGATAGAGG
ATGTTGCGGGACGGGGCTGGTCGAATTAGGCCCGCTTTGCAACCAATTTACATCACTTCT
GTGCAGCAATGTATCTTCTTATATGTTTTGGGACAGTTACCATCCAACGGAAAGAGCTTA
TAGAATTTTAACCAAAAAGTTTATAGAGACTGACATGAGCCCTTTCTATGACAAATAGAT
TTAAGATGTGTCTGTTGTGATAAAATTTGGCTAAATA

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GTGGTTGCGGGCAGCGATGATCTAGCTAATACATACTATGGTACACATGCAGAAGAATTA
TTATATGACATCGATGCATATACCTCCTATATGGCTAGCTCTGCTGCAAGTTTCGCTATG
CAACTATATGAATCTGGAGCAAGAAAGATAGGATTCATTGGTATATCACCAATAGGGTGT
ATACCGATACAAAGAACCGCAAGAGGGGGACTTAAGAGAAAGTGTGCTGATGAAGTAAAC
GTTGCAGTTCAGCTTTTCAATACCAAACTTTCCAGAAGTTTGCATTCTGTGGCTGAGACC
TTGGAAAATGGCACTTTGGTGTATATTGATGTTTACGCTCTCTTCGCTCAAATGATCCAA
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GAATTAGGCCCGCTTTGCAACCAATTTACATCACTTCTGTGCAGCAATGTATCTTTTTAT
ATGTTTTGGGACAGTTACCATCCAACGGAAAGAGCTTATAGAATTTTAACCAAAAAGTTT
ATAGAGACTGACATGAGCCCTTTCTATGACAAATAGATTTAAGATGTGTCTGTTGTGATA
AAATTTGGCTAAATAAAAGGTGTAACTCATTTGGTTT

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DS 

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G
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AGCATATAATATCCAAAAGTCTAGCCATTGTGGTTGCGGGCAGCGATGATCTGGCTAATA
CATACTATGGTACACATGCAGAAGAATTATTATATGACATCGATGCATATACCTCCTATA
TGGCTAGCTCTGCTGCAAGTTTCGCTATGCAACTATATGAATCTGGAGCAAGAAAGATAG
GATTCATTGGTATATCACCAATAGGGTGTATACCGATACAAAGAACCGCAAGAGGGGGAC
TTAAGAGAAAGTGTGCTGATGAAGTAAACGTTGCAGCTCAGCTTTTCAATACCAAACTCT
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CACTTCTGTGCAGCAATGTATCTTCTTATATGTTTTGGGACAGTTACCATCCAACGGAAA
GAGCTTATAGAATTTTAACCAAAAAGTTTATAGAGACTGACATGAGCCCTTTCTATGACA
AATAGATTTAAGATGTGTCTGTTGTGATAAAATTTGGCTAAATAAAAGGTGTAACTCATT
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DS 

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ACATCGATGCATATACCTCCTATATGGCTAGCTCTGCTGCAAGTTTCGCTATGCAACTAT
ATGAATCTGGAGCAAGAAAGATAGGATTCATTGGTATATCACCAATAGGGTGTATACCGA
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CTCAGCTTTTCAATACCAAACTCTCCAGAAGTTTGCATTCTGTGGCTGAGACCTTGGAAA
ATGGCACTTTGGTGTATATTGATGTTTACGCTCTCTTCGCTCAAATGATCCAAAACCCAA
AAGAATATGGATTTGATGAGATTGATAGAGGATGTTGCGGGACGGGGTTGGTCGAATTAG
GCCCGCTTTGCAACCAATTTACATCACTTCTGTGCAGCAATGTATCTTCTTATATGTTTT
GGGACAGTTACCATCCAACGGAAAGAGCTTATAGAATTTTAACCAAAAAGTTTATAGAGA
CTGACATGAGCCCTTTTTATGACAAATAGATTTAAGATGTGTCTGTTGTGATAAAATTTG
GCTAAATAAAAGGTGTAACTCATTTGGTTTAATGTTTCTTTTGGTACTTATTTGGTATAA
TGTATAATATTAACATGGAACTAGGAATTAATAAAAAGATGGAGGGCTTAATTTCC

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DS 



AS 1 6

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AAGAAGCCACTCGCAAATTCGCTGAGATCAACAACGCTTATGAAGTGCTATCGGATGAGG
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GTGGTGGTGGTTCGATGGAGGAAGAAGAGAAGGTTGTTAAGGGTGATGACGTGATTGTGG
AACTTGAGGCCACTCTAGAAGATTTATACATGGGAGGCTCTATGAAGGTATGGAGGGAGA
AGAATGTAATAAAACCAGCTCCTGGAAAGAGAAATTGCAACTGCAGGGATGAGGTTTATC
ACAAGCAAATTGGTCCTGGAATGTTCCAACAGATGACAGAGCAGGTCTGTGACAAATGCC
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AAGACGGAGAAGAAGTGTCTTTCTATGAAGATGGTGAGCCCATTCTCGACGGTGACCCTG
GTGACCTTAAGTTCCGAATAAAAACTGCACCACATACCCGTTTCCGGAGAGATGGCAACG
ATCTACACATGACCGTCAACATTACACTCGTTGAGGCGCTAGTTGGATTTGAGAAATCAT
TCAAACACTTGGATGAGCACGAAGTTGACATCGGTTCCAAGGGAATTACAAAGCCCAAGG
AAGTGAAGAAGTTTAAAGGAGAAGGGATGCCACTTCACTACAGCACAAAGAAAGGCAACC
TTTTTGTCACTTTCGAGGTTTTATTTCCTTCTTCTCTCACGGAGGATCAGAAGAAGAAGA
TTAAAGAAGTCTTGGCTTAGTTCTCTCTCTCTCTAGAAGTTTGGGGTCTTAAAGAGAACG
AACGTGTGAGGGTCCATAATGTAACATGGCTAGGTTTTAATATATAGGAAGAACAAAAAA
AACAGGGGAGACGAAGAGGAAGATGAGAAAAGCCAACATGAGGTTTTGATAAAATTATAT
TTTGCTTTTGTTGATCAAACTAATGAAAATATTTATAATTTCATCATTCTAAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AGAAGAGGGAGATATATAACAGATATGGTGAAGAAGGGCTCAAACAGCATGCTGCTAATG
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GTGGTGGTGGTTCGATGGAGGAAGAAGAGAAGGTTGTTAAGGGTGATGACGTGATTGTGG
AACTTGAGGCCACTCTAGAAGGTTTATACATGGGAGGCTCTATGAAGGTATGGAGGGAGA
AGAATGTAATAAAACCAGCTCCTGGAAAGAGAAATTGCAACTGCAGGGATGA
AGTTATCA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1D360TF 512 0 0
GG
GGGTGATGGCGTGATTGTGGAACTTGAGGCCACTCTAGAAGATTTATACATGGGAGGCTC
TATGAAGGTATGGAGGGAGAAGAATGTAATAAAACCAGCTCCTGGAAAGAGAAATTGCAA
CTGCAGGGATGAAGTTTATCACAGGCAAATTGGTCCTGGAATGTTCCAACAGATGACAGA
GCAGGTCTGTGACAAATGCCCAAATGTTAAGTTCGAACGTGAAGGATACTTTGTCACAGT
TGATATTGAGAAAGGAATGAAAGACGGAGAAGAAGTGTCTTTCTATGAAGATGGTGAGCC
CATTCTCGACGGTGACCCTGGTGACCTTAAGTTCCGAATAAAAACTGCACCACATACCCG
TTTCCGGAGAGATGGCAACGATCTACCCATGACCGTCAACATTACACTCGTTGAGGCGCT
AGTTGGATTTGAGAAATCATTCAAACACTTGGATGAGCACGAAGTTGACATCGGTTCCAA
GGGAATTACAAAGCCCAAGGAAGTGAAGAA

QA 3 512 3 512
DS 

RD RR1C858TF 701 0 0
GA
CGTGATTGTGGAACTTGAGGCCACTCTCGAAGATTTATACATGGGAGGCTCTATGAAGGT
ATGGAGGGAGAAGAATGTAATAAAACCAGCTCCTGGAAAGAGAAATTGCAACTGCAGGGA
TGAGGTTTATCACAAGCAAATTGGTCCTGGAATGTTCCAACAGATGACAGAGCAGGTCTG
TGACAAATGCCCAAATGTTAAGTTCGAACGCGAAGGATACTTTGTCACAGTTGATATCGA
GAAAGGAATGAAAGACGGAGAAGAAGTGTCTTTCTACGAAGATGGTGAGCCCATTCTCGA
CGGTGACCCTGGTGACCTTAAGTTCCGAATTAAAACTGCACCACATTCCCGTTTCCGGAG
AGATGGCAACGATCTACACGTGACCGTCAACATTACACTGGTTGAGGCGCTAGTTGGATT
TGAGAAATCATTCAAACACTTGGATGAGCACGAAGTTGACATCGGTTCCAAGGGAATTAC
AAAGCCCAAGGAAGTGAAGAAGTTTAAAGGAGAAGGGATGCCACTTCACTACAGCACAAA
GAAAGGCAACCTTTTTGTCACTTTCGAGGTTTTATTTCCTTCTTCTCTCACGGAGGATCA
GAAGAAGA*GATTAAAGAAGTCTTGGCTTAGTTCTCTCTCTCTCTAGAAGTTTGGGGTCT
TAA*GAGAACGA*CGTGTGAGGGTCCATAATGTA
CATGG

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR1C858JQ 624 0 0
TGCAACTGCAGGGATGAGGTTTATCACAAGCAAATTGGTCCTGGAATGTTCCAACAGATG
ACAGAGCAGGTCTGTGACAAATGCCCAAATGTTAAGTTCGAACGCGAAGGATACTTTGTC
ACAGTTGATATCGAGAAAGGAATGAAAGACGGAGAAGAAGTGTCTTTCTACGAAGATGGT
GAGCCCATTCTCGACGGTGACCCTGGTGACCTTAAGTTCCGAATTAAAACTGCACCACAT
TCCCGTTTCCGGAGAGATGGCAACGATCTACACGTGACCGTCAACATTACACTGGTTGAG
GCGCTAGTTGGATTTGAGAAATCATTCAAACACTTGGATGAGCACGAAGTTGACATCGGT
TCCAAGGGAATTACAAAGCCCAAGGAAGTGAAGAAGTTTAAAGGAGAAGGGATGCCACTT
CACTACAGCACAAAGAAAGGCAACCTTTTTGTCACTTTCGAGGTTTTATTTCCTTCTTCT
CTCACGGAGGATCAGAAGAAGAAGATTAAAGAAGTCTTGGCTTAGTTCTCTCTCTCTCTA
GAAGTTTGGGGTCTTAAAGAGAACGAACGTGTGAGGGTCCATAATGTAACATGGCTAGGT
TTTAATATATAGGAAGAACAAAAA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1D360JQ 702 0 0
G
GCAAATTGGTCCTGGAATGTTCCAACAGATGACAGAGCAGGTCTGTGACAAATGCCCAAA
TGTTAAGTTCGAACGTGAAGGATACTTTGTCACAGTTGATATTGAGAAAGGAATGAAAGA
CGGAGAAGAAGTGTCTTTCTATGAAGATGGTGAGCCCATTCTCGACGGTGACCCTGGTGA
CCTTAAGTTCCGAATAAAAACTGCACCACATACCCGTTTCCGGAGAGATGGCAACGATCT
ACCCATGACCGTCAACATTACACTCGTTGAGGCGCTAGTTGGATTTGAGAAATCATTCAA
ACACTTGGATGAGCACGAAGTTGACATCGGTTCCAAGGGAATTACAAAGCCCAAGGAAGT
GAAGAAGTTTAAAGGAGAAGGGATGCCACTTCACTACAGCACAAAGAAAGGCAACCTTTT
TGTCACTTTCGAGGTTTTATTTCCTTCTTCTCTCACGGAGGATCAGAAGAAGAAGATTAA
AGAAGTCTTGGCTTAGTTCTCTCTCTCT**AAAAGTTTGGGGTCT*AAAGAGAACGAACG
TGTGAGGGTCCATAATGTAACATGGCTAGGTTTTAATATATAGGAAGAACAAAAAAAACA
GGGGAGACGAAGAGGAAGATGAGAAAAGCCAACATGAGGTTTTGATAAAATTATATTTTG
CTTTTGTTGATCAAACTAATGAAAATATTTATAATTTCATC

QA 2 702 2 702
DS 

RD RR1C078JQ 694 0 0
ATGTTCCAACAGATGACAGAGCAGGTCTGTTCCAAATGCCCAAATGTTAAGTTCGAACGT
GAAGGATACTTTGTCACAGTTGATATTGAGAAAGGAATGAAAGACGGAGAAGAAGTGTCC
TTCTATGAAGATGGTGAGCCCATTCTCGACGGTGACCCTGGTGACCTTAAGTTCCGAATA
AAAACTGCACCACATACCCGTTTCCGGAGAGATGGCAACGATCTACACATGACCGTCAAC
ATTACACTCGTTGAGGCGCTAGTTGGATTTGAGAAATCATTCAAACACTTGGATGAGCAC
GAAGTTGACATCGGTTCCAAGGGAATTACAAAGCCCAAGGAAGTGAAGAAGTTTAAAGGA
GAAGGGATGCCACTTCACTACAGCACAAAGAAAGGCAACCTTTTTGTCACTTTCGAGGTT
TTATTTCCTTCTTCTCTCACGGAGGATCAGAAGAAGAAGATTAAAGAAGTCTTGGCTTAG
TTCTCTCTCTCTCTAAAAGTTTGGGGTCT*AAAGAGAACGAACGTGTGAGGGTCCATAAT
GTAACATGGCTAGGTTTTAATATATAGGAAGAACAAAAAAAACAGGGGAGACGAAGAGGA
AGATGAGAAAAGCCAACATGAGGTTTTGATAAAATTATATTTTGCTTTTGTTGATCAAAC
TAATGAAA*TATTTATAATTTCATCATTCTAAGC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 7

CO CL991Contig1 1053 7 16 U
GGGAGCTACTGTGATCAACGGTCTCTTCTTGAAGATGGATCTGCCGGAGAACTGGGACAC
GCCGTACGTGTTGCATTACACGGAGTACGACGGGAAAACGGGAGCTACGGGGCAGAAGAA
AACGATGGAGGTTGACGCCGTTATCGGAGCTGACGGGGCTAATTCGAGAGTTGCGAAGTC
CATCGGCGCCGGAAATTACGACTATGCCATCGCGTTTCAGGAGAGAATTAGAATCCCAGA
TGATAAGATGACATACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTCGGAGATGACGTGTCACC
CGATTTCTACGGATGGGTTTTCCCGAAATGCGACCACGTAGCTGTCGGAACAGGCACTGT
GACTCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACAAGAAACAGAGCCAAGGACAA
GATTCTAGGAGGAAAGATCATCCGCGTCGAGGCTCATCCTATCCCGGAACACCCGCGGCC
ACGTAGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGCAGGGTACGTGACTAAATG
CTCTGGTGAAGGGATCTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATTGT
TGAAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGACTTGAGGAAGTACTTGGA
GAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGATGTGTTGCAGAAAGTGTT
TTACAGATCTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAGCGATGAGTATGTTCA
GAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACAAGAGGGTTGCACCGGGTAGTCCATTGGAGGA
TTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTTTGAGGAGAGA
GATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGACAAATAAGAAGAGATTATTTCTTGTCTTTTTTAATT
TTAAAAGCATGTTTATGTTATCTGTTTATTGAATGGTCAGTCAAAAAGCATTTGGCTTTA
CAATCCAATTTCTCACTAAAACATTATTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E506TF U 1
AF RR1C730TF U 60
AF RR1DV93TF U 222
AF RR1ER28JQ C 561
AF RR1ER28TF U 587
AF RR1DV93JQ C 294
AF RR1C730JQ C 194
BS 1 174 RR1E506TF
BS 175 175 RR1C730TF
BS 176 338 RR1E506TF
BS 339 339 RR1C730TF
BS 340 480 RR1E506TF
BS 481 481 RR1C730TF
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BS 486 523 RR1E506TF
BS 524 524 RR1C730TF
BS 525 602 RR1E506TF
BS 603 736 RR1C730TF
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BS 749 978 RR1ER28TF
BS 979 1053 RR1C730JQ

RD RR1E506TF 611 0 0
GGGAGCTACTGTGATCAACGGTCTCTTCTTGAAGATGGATCTGCCGGAGAACTGGGACAC
GCCGTACGTGTTGCATTACACGGAGTACGACGGGAAAACGGGAGCTACGGGGCAGAAGAA
AACGATGGAGGTTGACGCCGTTATCGGAGCTGACGGGGCTAATTCGAGAGTTGCTAAGTC
CATCGGCGCCGGAAATTACGACTATGCCATCGCGTTTCAGGAGAGAATTAGAATCCCAGA
TGATAAGATGACATACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTCGGAGATGACGTGTCACC
CGATTTCTACGGATGGGTTTTCCCGAAATGCGACCACGCAGCTGTCGGAACAGGCACTGT
GACTCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACAAGAAACAGAGCCAAGGACAA
GATTCTAGGAGGAAAGATCATCCGCGTCGAGGCTCATCCTATCCCGGAACACCCGCGGCC
GCGTGGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGCACGGTACGTGACTAAATG
CTCTGGTGAAGGGATCTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATTGT
TG
AAGCTCGCA

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1C730TF 689 0 0
G
GCCGTACGTGTTGCATTACACGGAGTACGACGGGAAAACGGGAGCTACGGGGCAGAAGAA
AACGATGGAGGTTGACGCCGTTATCGGAGCTGACGGGGCTAATTCGAGAGTTGCGAAGTC
CATCGGCGCCGGAGATTACGACTATGCCATCGCGTTTCAGGAGAGAATTAGAATCCCAGA
TGATAAGATGACATACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTCGGAGATGACGTGTCACC
CGATTTCTACGGATGGGTTTTCCCGAAATGCGACCACGTAGCTGTCGGAACAGGCACTGT
GACTCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACAAGAAACAGAGCCAAGGACAA
GATTCTAGGAGGAAAGATCATCCGCGTCGAGGCTCATCCTATCCCGGAACACCCGCGGCC
ACGTAGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGCAGGGTACGTGACTAAATG
CTCTGGTGAAGGGATCTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATTGT
TGAAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGACTTGAGGAAGTACTTGGA
GAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGATGTGTTGCAGAAAGTGTT
TTACAGATCTAATCCG*CTAGAGAAGCG

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR1DV93TF 702 0 0
G
GAGAATTAGAATCCCAGATGATAAGATGACATACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGT
CGGAGATGACGTGTCACCCGATTTCTACGGATGGGTTTTCCCGAAATGCGACCACGTAGC
TGTCGGAACAGGCACTGTGACTCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACAAG
AAACAGAGCTAAGGACAAGATTCTAGGAGGAAAGATCATCCGCGTCGAGGCTCATCCTAT
CCCGGAACACCCGCGGCCACGTAGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGC
AGGGTACGTGACTAAATGCTCTGGTGAAGGGATCTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAAT
GTGTGCTGAAGCCATTGTTGGAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGA
CTTGATGAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGA
TGTGTTGCAGAAAGTGTTTTACAGATCTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTG
TAGCGATGAGTATGTTCAGAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACAAGAGGGTTGCACC
GGGTAGTCCATTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGC
TAATGCTTTGAGGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAG

QA 2 702 2 702
DS 

RD RR1ER28JQ 418 0 0
GT
GCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATTGTTGAAGGCTCGCAGAATGGTAAG
AAGATGATTGATGAGAGTGACTTGAGGAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACATACTTG
CCTACGTACAGGGTTCTTGATGTGTTGCAGAAAGTGTTTTACAGATCTAATCCGGCTAGA
GAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAGCGATGAGTATGTTCAGAAGATGACGTTCGATAGTTAT
CTGTACAAGAGGGTTGCACCGGGTAGTCCATTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTGAACACC
ATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTTTGAGGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAA
GACAAATAAGAAGAGATTATTTCTTGTCTTTTTTAATTTTAAAAGCATGTTTATGT

QA 3 418 3 418
DS 

RD RR1ER28TF 392 0 0
GCTGAAGCCATTGTTGAAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGACTTG
AGGAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGATGTG
TTGCAGAAAGTGTTTTACAGATCTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAGC
GATGAGTATGTTCAGAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACAAGAGGGTTGCACCGGGT
AGTCCATTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAAT
GCTTTGAGGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGACAAATAAGAAGAGATTATTTCT
TGTCTTTTTTAATTTTAAAAGCATGTTTATGT

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR1DV93JQ 713 0 0
TGTCACCCGATTTCTACGGATGGGTTTTCCCGAAATGCGACCACGTAGCTGTCGGAACAG
GCACTGTGACTCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACAAGAAACAGAGCTA
AGGACAAGATTCTAGGAGGAAAGATCATCCGCGTCGAGGCTCATCCTATCCCGGAACACC
CGCGGCCACGTAGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGCAGGGTACGTGA
CTAAATGCTCTGGTGAAGGGATCTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAG
CCATTGTTGGAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGACTTGATGAAGT
ACTTGGAGAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGATGTGTTGCAGA
AAGTGTTTTACAGATCTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAGCGATGAGT
ATGTTCAGAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACAAGAGGGTTGCACCGGGTAGTCCAT
TGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTTTGA
GGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGACAAATAAGAAGAGATTATTTCTTGTCTTT
TTTAATTTTAAAAGTATGTTTATGTTATCTGTTTATTGAATGGTCAGTCAAAA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1C730JQ 860 0 0
AGA
TACGACTATGCCATCGCGTTTCAGGAGAGAATTAGA*TCCCAGATGATAAGATGACATAC
TACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTCGGAGATGACGTGTCACCCGATTTCTACGGATGG
GTTTTCCCGAAATGCGACCACGTAGCTGTCGGAACAGGCACTGTGACTCACAAAGGTGAC
ATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACAAGAAACAGAGCCAAGGACAAGATTCTAGGAGGAAAG
ATCATCCGCGTCGAGGCTCATCCTATCCCGGAACACCCGCGGCCACGTAGGCTATCCAAG
CGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGCAGGGTACGTGACTAAATGCTCTGGTGAAGGGATC
TATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATTGTTGAAGGCTCGCAGAAT
GGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGACTTGAGGAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACA
TACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGATGTGTTGCAGAAAGTGTTTTACAGATCTAATCCG
GCTAGAGAAGCGTTTGTGGTGATGTGTAGCGATGAGTATGTTCAGAAGATGACGTTCGAT
AGTTATCTGTACAAGAGGGTTGCACCGGGTAGTCCATTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTG
AACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTTTGAGGAGAGAGATTGAGAAGCTAAAT
GTTTAAGACAAATAAGAAGAGATTATTTCTTGTCTTTTTTAATTTTAAAAGTATGTTTAT
GTTATCTGTTTATTGAATGGTCAGTCAAAAAGCATTTGGCTTTACAATCCAATTTCTCAC
TAAAACATTATTTCACC

QA 4 860 4 860
DS 



AS 1 7

CO CL992Contig1 839 7 5 U
GGAGTTAAGACAAGAGAGAGATGAAATGAGATAAGAATATGCGATGCTGAGCTTCCACTC
TCCATCTCCTTTCTTCTTCTCCGGCTACCAAAACCGGACCACCACTTCTTACTCTCCTCG
TGCATCCACCGAACTAACTTCTTCTCCTTCTCCGTCGCTAATCTCTCGCCGTCTCATCCT
TCTACGTCACGCTCACAGTTCCTGGGACCATCTTTCCCTCAAAGACCATGATCGTCCTCT
AACTAAGTCCGGTCAAGCCGATGCTGCTAAAGTTGCTCAAATCCTCTCCTCACTTGGCTG
GCTTCCCCAACTCATCCTCTCAAGCGACGCGACTCGGACCAAGGAGACGCTGAAGTCAAT
GCAAGCGCAAGTCGATGGCTTTATGGAGGCGAATGTACATTTCATCCCTAGCTTCTACTC
CATCGCCGCTATGGACGGCCAAACCGCCGACCATCTTCACCACATCATCTCCAAATACTC
ATCCCCTGACATCACCACTGTCATGTGTATGGGGCATAATAAGGGATGGGAAGAAGCAGC
CTCCATGCTCTCTGGTGCTTCCGTTAAGCTGAAAACTTGCAATGCTGCTTTGCTTCATGC
TTTTGGCAACTCCTGGGATGATGCTTTCTCTCTGGCTGGACCTGGTGGTTGGAAACTTGA
GGGTATTGTGGCTCCAGATACCACCATTTGTGTCTAAGAGATCCCATAGCTTCAAGTTGG
TTTACTTTCTTCTCCTCTATCCTTTGTAACTTTTGCTACAACACAATATACAAAAGGCTG
TGTAGTTTCATCCTTTCATGTGTCAACTAGTTATGAATGATGATAAACATGTCAAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C993TF U 20
AF RR1BB93TF U 1
AF RR1DQ01TF U 15
AF RR1FD55TF U 100
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AF RR1BB93JQ C 46
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ACCACCATTTGTGTCTA
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TGCATCCACCGAACTAACTTCTTCTCCTTCTCCGTCGCTAATCTCTCGCCGTCTCATCCT
TCTACGTCACGCTCACAGTTCCTGGGACCATCTTTCCCTCAAAGACCATGATCGTCCTCT
AACTAAGTCCGGTCAAGCCGATGCTGCTAAAGTTGCTCAAATCCTCTCCTCACTTGGCTG
GCTTCCCCAACTCATCCTCTCAAGCGACGCGACTCGGACCAAGGAGACGCTGAAGTCAAT
GCAAGCGCAAGTCGATGGCTTTATGGAGGCGAATGTACATTTCATCCCTAGCTTCTACTC
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TCAAGCGACGCGACTCGGACCAAGGAGACGCTGAAGTCAATGCAAGCGCAAGTCGATGGC
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CAAACCGCCGACCATCTTCACCACATCATCTCCAAATACTCATCCCCTGACATCACCACT
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TCCTTTGTAACTTT

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G
ACCACTTCTTACTCTCCTCGTGCATCCACCGAACTAACTTCTTCTCCTTCTCCGTCGCTA
ATCTCTCGCCGTCTCATCCTTCTACGTCACGCTCACAGTTCCTGGGACCATCTTTCCCTC
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ATCCTCTCCTCACTTGGCTGGCTTCCCCAACTCATCCTCTCAAGCGACGCGACTCGGACC
AAGGAGACGCTGAAGTCAATGCAAGCGCAAGTCGATGGCTTTATGGAGGCGAATGTACAT
TTCATCCCTAGCTTCTACTCCATCGCCGCTATGGACGGCCAAACCGCCGACCATCTTCAC
CACATCATCTCCAAATACTCATCCCCTGACATCACCACTGTCATGTGTATGGGGCATAAT
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CCTGGTGGTTGGAAACTTGAGGGTATTGTGGCTCCAGATACCACCATTTGTGTCTAAGAG
ATCCCATAGCTTCAAGTTGGTTTACTTTCTTCTCCTCTATCCTTTGTAACTTTTGCTACA
ACACAATATACA

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GATGCTGCTAAAGTTGCTCAAATCCTCTCCTCACTTGGCTGGCTTCCCCAACTCATCCTC
TCAAGCGATGCGACTCGGACCAAGGAGACGCTGAAGTCAATGCAAGCGCAAGTCGATGGC
TTTATGGAGGCGAATGTACATTTCATCCCTAGCTTCTACTCCATCGCCGCTATGGACGGC
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TCCGTTAAGCTGAAAACTTGCAATGCTGCTTTGCTTCATGCTTTTGGCAACTCCTGGGAT
GATGCTTTCTCTCTGGCTGGACCTGGTGGTTGGAAACTTGAGGGTATTGTGGCTCCAGAT
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TCCTTTGTAACTTTTGCTACAACACAATATACA

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RD RR1B054JQ 808 0 0
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TCTTCTCCTTCTCCGTCGCTAATCTCTCGCCGTCTCATCCTTCTACGTCACGCTCACAGT
TCCTGGGACCATCTTTCCCTCAAAGACCATGATCGTCCTCTAACTAAGTCCGGTCAAGCC
GATGCTGCTAAAGTTGCTCAAATCCTCTCCTCACTTGGCTGGCTTCCCCAACTCATCCTC
TCAAGCGATGCGACTCGGACCAAGGAGACGCTGAAGTCAATGCAAGCGCAAGTCGATGGC
TTTATGGAGGCGAATGTACATTTCATCCCTAGCTTCTACTCCATCGCCGCTATGGACGGC
CAAACCGCCGACCATCTTCACCACATCATCTCCAAATACTCATCCCCTGACATCACCACT
GTCATGTGTATGGGGCATAATAAGGGATGGGAAGAAGCAGCCTCCATGCTCTCTGGTGCT
TCCGTTAAGCTGAAAACTTGCAATGCTGCTTTGCTTCATGCTTTTGGCAACTCCTGGGAT
GATGCTTTCTCTCTGGCTGGACCTGGTGGTTGGAAACTTGAGGGTATTGTGGCTCCAGAT
ACCACCATTTGTGTCTAAGAGATCCCATAGCTTCAAGTTGGTTTACTTTCTTCTCCTCTA
TCCTTTGTAACTTTTGCTACAACACAATATACAAAAGGCTGTGTAGTTTCATCCTTTCAT
GTGTCAACTAGTTATGAATGATGATAAA

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DS 

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GACGCTGAAGTCAATGCAAGCGCAAGTCGATGGCTTTATGGAGGCGAATGTACATTTCAT
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TGCTTTGCTTCATGCTTTTGGCAACTCCTGGGATGATGCTTTCTCTCTGGCTGGACCTGG
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ATAGCTTCAAGTTGGTTTACTTTCTTCTCCTCTATCCTTTGTAACTTTTGCTACAACACA
ATATACAAAAGGCTGTGTAGTTTCATCCTTTCATGTGTCAACTAGTTATGAATGATGATA
AACATGTCAAGAGC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 5

CO CL993Contig1 1321 5 13 U
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TCTTGAACCCCAAAAGTATGAAGGTGCACGCAATGCTGAAGCATTGGCTGAATATGTCAA
CAAGGAAGGAGGCACCAACGTGAAATTAGCTGTAGCTCCGCAAAATGTAGTTGTGTTAAC
ACCTGATAATTTCGATGAGATTGTACTGGATCAGAACAAAGATGTCCTCGTCGAGTTTTA
TGCCCCATGGTGCGGCCACTGCAAGTCCCTCGCTCCTGTGTATGAGAAGGTAGCGACGGT
GTTTAAACAGGAAGAAGGTGTAGTAATTGCCAACTTGGATGCTGATGCACACAAAAGCCT
CGGCGAGAAGTATGGGAGTAAGTGGATTCCCAACACTAAAGTTCTTCCCAAAAGACAACA
AAGCCCGGTCAAGACTATGAGGGTGGAAGAGACTTAGATGACTTTGTAAGCTTCATTAAT
GAGAAAGTTGGGACCAGCAGAGACAGTCAAGGGCAGCTTACTTCAAAGCTGGTATAGTTG
AAAGCTTAGATGCGTTGGTAAAGGAGCTAGTTGCAGCCAGTGAAGATGAGAAGAAGGCAA
TCTTGTCTCGCATCGAAGAGGAAGCTAGTAACCTCAAGGGGTCCACAACAAGGTATGGGA
AGCTTTACTCGAAACTCGCAAAGAGCTATATAGAAAAAGGTTCAGGCTATGCTACAAAAG
AAGTGGAGCGGCTTGGACGCGTCCTTGGCAAGTCGATAAGTCCGGTGAAAGCTGATGAAT
TAACTCTGAAGAGAAATATCTTGAGCACGTTCGTTGCTTCAGCTTAAAAGGCAAAGCCCT
GAGAGTGTATAGGAGTCGACAGACTCTCTATATAAAAACTGATACAGTTTGTAGAGTCGG
TGTTTTGTGGACTTTTTTATGTCTGTTGTTATTTCTGTTTAGTTCCTCTATACATTATCG
ACTTAGTTCTTGTTTTGTATGGATTCAGTTTCAGGCTTTTCACCAACCAAAGAAAGAAAT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 5 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

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AF RR1AB55TF U 15
AF RR1FZ33TF U 835
AF RR1FY93TF U 835
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GGTGTTAGTGGTTATCCCACCATTCAGTGGTTTCCTAAAGGCTCTCTTGAACCCCAAAAG
TATGAAGGTGCACGCAATGCTGAAGCATTGGCTGAATATGTCAACAAGTAAGGAGGTACC
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CGGCG

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AAGTCTGTCTTGATTGCAAAGGTAGATTGTGATGAGCATAAGAGCGTCTGCACTAAATAT
GGTGTTAGTGGTTATCCCACCATTCAGTGGTTTCCTAAAGGCTCTCTTGAACCCCAAAAG
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AACGTGAAATTAGCTGTAGCTCCTCAAAATGTACTTGTGTTAACACCTGATAATTTCGAT
GAGATTGTACTGGATCAGAACAAAGATGTCCTCGTCGAGTTTTATGCCCCATGGTGCGGC
CACTGCAAGTCCCTCGCTCCTGTGTATGAGAAGGTAGCGACGGTGTTTAAGCAGGAAGAA
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G
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TATCGACTTAGTTCTTGTTT
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G
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TGGGAAGCTTTACTCGAAACTCGCAAAGAGCTATATAGAAAAAGGTTCAGGCTATGCTAC
AAAAGAAGTGGAGCGGCTTGGACGCGTCCTTGGCAAGTCGATAAGTCCGGTGAAAGCTGA
TGAATTAACTCTGAAGAGAAATATCTTGAGCACGTTCGTTGCTTCAGCTTAAAAGGCAAA
GCCCTGAGAGTGTATAGGAGTCGACAGACTCTCTATATAAAAACTGATACAGTTTGTAGA
GTCGGTGTTTTGTGGACTTTTTTATGTCTGTTGTTATTTCTGTTTAGTTCCTCTATACAT
TATCGACTTAGTTCTTGTTTTGTATGGATTCAGTTTCAGGCTTTTCACCAACCAAAGAAA
GAAATC

QA 2 487 2 487
DS 



AS 1 7

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CCCCACCTTGAGAAAAATAATCCAAAACAATGTACTCTTCATCGTCTGTATCAAAATGCG
TCATTTTGATCCATGTCTTCGCCATGCAACTTCTCCTTATAAACAGCGAATTGCCCTTAA
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ATAAAGAAGGTTTAGACCTTTTAGGCGGTGACGGTTTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGCG
GCGACTCCTACGGGCGCAAGTGCCGCGACTGCTATGCCACCGCCGTCGCTGCGCTTCATA
GGAAATGTCCGTGGTACAAGGCGAAAATAATATGGTATGACCAATGTCTTCTCTCGTTTG
ATACAAAATATTCTACTGGGATGATCGACTACGACAATAATTTTTGTATGTCAAACGCTA
AGAAGTTGGGAGGAGATAAACTCTCGTTTATGAGGACTTGGAATACTTTCATGGACAATC
TGATGGCTTTAGCCACGCGTGCTGATAATGACACAACATATCCACCATTGTACTCTGTGG
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CTTTTATTGCCAAGCAGGTCAGGAATATTTTAAGAGTCAAATAAATATTTATTTTTTTTT
TTAAATATTTTCAGTCAGAAGTTTATGTAACATCAAGTGCAACTCTTTTTTTTGATGAAT
GTTTGAAGAATAAAACAACAAAATAATGACTGAATAAGAGAATGCTCGTCTATTTTGTTG
CTTTCTGCTTTAATAAAATGTATTCTCTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C848TF U 76
AF RR1AU10TF U 1
AF RR1C945TF U 1
AF RR1EU94TF U 6
AF RR1GI77TF U 521
AF RR1GI77JQ C 850
AF RR1AU10JQ C 340
BS 1 266 RR1AU10TF
BS 267 267 RR1C945TF
BS 268 717 RR1AU10TF
BS 718 738 RR1GI77TF
BS 739 739 RR1AU10JQ
BS 740 1018 RR1GI77TF
BS 1019 1050 RR1AU10JQ

RD RR1C848TF 126 0 0
AATAATCCAAAACAATGTACTCTTCATCGTCTGTATCAAAATGCGTCATTTTGATCCATG
TCTTCGCCATGCAACTTCTCCTTATAAACAGCGAATTGCCCTTAAACACAACCAATGCGT
ATCTCA

QA 1 126 1 126
DS 

RD RR1AU10TF 717 0 0
GGAAATCACTAAGAGTCTCTTACATAAACATCAAATCCCAACAACTGATCTACTATAAAA
CCCCACCTTGAGAAAAATAATCCAAAACAATGTACTCTTCATCGTCTGTATCAAAATGCG
TCATTTTGATCCATGTCTTCGCCATGCAACTTCTCCTTATAAACAGCGAATTGCCCTTAA
ACACGACCAATGCGTATCTCAACCACAAATGCGTGGTTAGTCAAGGAAAATACAAGCCTG
GAAGTAAGTACGAGAAACAGTTAAAACTGACCATCAAAAATTTTTATTCTAGCAGTGAAA
ATAAAGAAGGTTTAGACCTTTTAGGCGGTGACGGTTTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGCG
GCGACTCCTACGGGCGCAAGTGCCGCGACTGCTATGCCACCGCCGTCGCTGCGCTTCATA
GGAAATGTCCGTGGTACAAGGCGAAAATAATATGGTATGACCAATGTCTTCTCTCGTTTG
ATACAAAATATTCTACTGGGATGATCGACTACGACAATAATTTTTGTATGTCAAACGCTA
AGAAGTTGGGAGGAGATAAACTCTCGTTTATGAGGACTTGGAATACTTTCATGGACAATC
TGATGGCTTTAGCCACGCGTGCTGATAATGACACAACATATCCACCATTGTACTCTGTGG
GGAAGACGAGGTTCAACGGTGATACGATGTATGGAATGGTGCAGTGTACAAAAGACA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1C945TF 666 0 0
GGAAATC
ACTAAGAGTCTCTTACATAAACATCAAATCCCAACAACTGATCTACTATAAAACCCCACC
TTGAGAAAAATAATCCAAAACAATGTACTCTTCATCGTCTGTATCAAAATGCGTCATTTT
GATCCATGTCTTCGCCATGCAACTTCTCCTTATAAACAGCGAATTGCCCTTAAACACGAC
CAATGCGTATCTCAACCACAAATGCGTGGTTAGTCAAGGAAAATACAAGCCTGGAAGTAA
GTACGAGAAACAGTTAAAATTGACCATCAAAAATTTTTATTCTAGCAGTGAAAATAAAGA
AGGTTTAGACCTTTTAGGCGGTGACGGTTTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGCGGCGACTC
CTACGGGCGCAAGTGCCGCGACTGCTATGCCACCGCCGTCGCTGCGCTTCATAGGAAATG
TCCGTGGTACAAGGCGAAAATAATATGGTATGACCAATGTCTTCTCTCGTTTGATACAAA
ATATTCTACTGGGATGATCGACTACGACAATAATTTTTGTATGTCAAACGCTAAGAAGTT
GGGAGGAGATAAACTCTCGTTTATGAGGACTTGGAATACTTTCATGGACAATCTGATGGC
TTTAGCCACGCGTGCTGATAATGACACAACATATCCACCATTGTACTCTGTGGGGAAGA

QA 8 666 8 666
DS 

RD RR1EU94TF 713 0 0
GG
ACTAAGAGTCTCTTACATAAACATCAAATCCCAACAACTGATCTACTATAAAACCCCACC
TTGAGAAAAATAATCCAAAACAATGTACTCTTCATCGTCTGTATCAAAATGCGTCATTTT
GATCCATGTCTTCGCCATGCAACTTCTCCTTATAAACAGCGAATTGCCCTTAAACACGAC
CAATGCGTATCTCAACCACAAATGCGTGGTTAGTCAAGGAAAATACAAGCCTGGAAGTAA
GTACGAGAAACAGTTAAAATTGACCATCAAAAATTTTTATTCTAGCAGTGAAAATAAAGA
AGGTTTAGACCTTTTAGGCGGTGACGGTTTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGCGGCGACTC
CTACGGGCGCAAGTGCCGCGACTGCTATGCCACCGCCGTCGCTGCGCTTCATAGGAAATG
TCCGTGGTACAAGGCGAAAATAATATGGTATGACCAATGTCTTCTCTCGTTTGATACAAA
ATATTCTACTGGGATGATCGACTACGACAATAATTTTTGTATGTCAAACGCTAAGAAGTT
GGGAGGAGATAAACTCTCGTTTATGAGGACTTGGAATACTTTCATGGACAATCTGATGGC
TTTAGCCACGCGTGCTGATAATGACACAACATATCCACCATTGTACTCTGTGGGGAAGAC
GAGGTTCAACGGTGATACGATGTATGGAATGGTGCAATGTACAAAAGACA
T

QA 3 712 3 712
DS 

RD RR1GI77TF 498 0 0
TTTTTGTATGTCAAACGCTAAGAAGTTGGGAGGAGATAAACTCTCGTTTATGAGGACTTG
GAATACTTTCATGGACAATCTGATGGCTTTAGCCACGCGTGCTGATAATGACACAACATA
TCCACCATTGTACTCTGTGGGGAAGACGAGGTTCAACGGTGATACGATGTATGGAATGGT
GCAGTGTACAAAAGACATACCCCCTAAAGCTTGTAAGGGGTGTCTGGTGTTTTATAGCAT
TCATTTTCAAGATTGCTTGAATGATAAACGAGGAGCGAGATTTATGAGTAGAAGCTGTAC
TTTTAGGTTTGAGTTTTACCCTTTTATTGCCAAGCAGGTCAGGAATATTTTAAGAGTCAA
ATAAATATTTATTTTTTTTTTTAAATATTTTCAGTCAGAAGTTTATGTAACATCAAGTGC
AACTCTTTTTTTTGATGAATGTTTGAAGAATAAAACAACAAAATAATGACTGAATAAGAG
AATGCTCGTCTATTTTGT

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1GI77JQ 137 0 0
CCAAGCAGGTCGGGAATATTTTAAGAGTCAAATAAATATTTTTTTTTTTTTTTAAATATT
TTCAGTCAGAAGTTTATGTAACATCAAGTGCAACTTTTTTTTTTGATGAATGTTTGAAGA
ATAAAACAACAAAA
AAA

QA 1 134 1 134
DS 

RD RR1AU10JQ 711 0 0
CCGCTATCCTCCAGTGCCGCGGCGACTCCTACGGGCGCAAGTGCCGCGACTGCTATGCCA
CCGCCGTCGCTGCGCTTCATAGGAAATGTCCGTGGTACAAGGCGAAAATAATATGGTATG
ACCAATGTCTTCTCTCGTTTGATACAAAATATTCTACTGGGATGATCGACTACGACAATA
ATTTTTGTATGTCAAACGCTAAGAAGTTGGGAGGAGATAAACTCTCGTTTATGAGGACTT
GGAATACTTTCATGGACAATTTGATGGCTTTAGCCACGCGTGCTGATAATGACACAACAT
ATCCACCATTGTACTCTGTGGGGAAGACGAGGTTCAACGGTGATACGATGTATGGAATGG
TGCAGTGTACAAAAGACATACCCCCTAAAGCTTGTAAGGAGTGTCTGGTGTTTTATAGCA
TTCATTTTCAAGATTGCTTGAATGATAAACGAGGAGCGAGATTTATGAGTAGAAGCTGTA
CTTTTAGGTTTGAGTTTTACCCTTTTATTGCCAAGCAGGTCAGGAATATTTTAAGAGTCA
AATAAATATTTATTTTTTTTTT*AAATATTTTCAGTCAGAAGTTTATGTAACATCAAGTG
CAACTCTTTTTTTTGATGAATGTTTGAAGAATAAAACAACAAAATAATGACTGAATAAGA
GAATGCTCGTCTATTTTGTTGCTTTCTGCTTTAATAAAATGTATTCTCTCG

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL995Contig1 725 2 8 U
GCTGATCTTTAAGCAGGCTTGTAAGATGTCAACTCTTCAGATCGAACAAAGTTTTTTAAA
ACAATCCAACTTGTAGTTTCATGAATAAGAATCGCAGACTTATATGAGAACAAAAAAAAT
AAAACCGTAAACACCAGTGTAGAGGTTTATCTAACTCAAATTCACAGTCCAGTTCATGTT
GTCCTCGTTCAGACCCATCTGTAGGATTGTCAGAACGGTGTAGAGTTTCTCCGAGACAGG
TCCAAAGCTACCTTCTCCATAAGATACTCTTTTGCCTTTGTGTGTAATGCTTCCAACTGG
AGAGACAACCACGGCGGTTCCTGTGCAGAAAACTTCATCTGCTTCTAGTAACTCGTCCAC
TGTCACATCCCGTTCCTCCACCTTAAACCCTTGGGTACGAGCCACATCGATTATGCTTTT
CCGCGTAATCCCAGGTAAAATGGTTCCTTTTATTTCAGGAGTAGATATCACATTGTCCTT
AACAATGAAGATATTGCAAGAGGAGACCTCTTCAAGATATCTTTTGTAAACGCAATCAAG
GTACAAAACATCAGAATATCCTTTAGATTTCGCAATCGACTGTGCTTTTAGTACTGCAGC
GTAATTGCCAATGGTCTTAACACCTCCAGTACCACCAGGTGTTGCACGGTGAAATTCACT
TTCCACAATCAAATTGATTGGTGCCACACCTCCCTTGAAGTAGTTTCCAACAGGAGAAAC
ATAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DD19JQ U 1
AF RR1EY69JQ U 11
BS 1 30 RR1DD19JQ
BS 31 31 RR1EY69JQ
BS 32 158 RR1DD19JQ
BS 159 159 RR1EY69JQ
BS 160 243 RR1DD19JQ
BS 244 244 RR1EY69JQ
BS 245 446 RR1DD19JQ
BS 447 725 RR1EY69JQ

RD RR1DD19JQ 446 0 0
GCTGATCTTTAAGCAGGCTTGTAAGATGTCGACTCTTCAGATCGAACAAAGTTTTTTAAA
ACAATCCAACTTGTAGTTTCATGAATAAGAATCGCAGACTTATATGAGAACAAAAAAAAT
AAAACCGTAAACACCAGTGTAGAGGTTTATCTAACTCAGATTCACAGTCCAGTTCATGTT
GTCCTCGTTCAGACCCATCTGTAGGATTGTCAGAACGGTGTAGAGTTTCTCCGAGACAGG
TCCGAAGCTACCTTCTCCATAAGATACTCTTTTGCCTTTGTGTGTAATGCTTCCAACTGG
AGAGACAACCACGGCGGTTCCTGTGCAGAAAACTTCATCTGCTTCTAGTAACTCGTCCAC
TGTCACATCCCGTTCCTCCACCTTAAACCCTTGGGTACGAGCCACATCGATTATGCTTTT
CCGCGTAATCCCAGGTAAAATGGTTC

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR1EY69JQ 715 0 0
AAGCAGGCTTGTAAGATGTCAACTCTTCAGATCGAACAAAGTTTTTTAAAACAATCCAAC
TTGTAGTTTCATGAATAAGAATCGCAGACTTATATGAGAACAAAAAAAATAAAACCGTAA
ACACCAGTGTAGAGGTTTATCTAACTCAAATTCACAGTCCAGTTCATGTTGTCCTCGTTC
AGACCCATCTGTAGGCTTGTCAGAACGGTGTAGAGTTTCTCCGAGACAGGTCCAAAGCTA
CCTTCTCCATAAGATACTCTTTTGCCTTTGTGTGTAATGCTTCCAACTGGAGAGACAACC
ACGGCGGTTCCTGTGCAGAAAACTTCATCTGCTTCTAGTAACTCGTCCACTGTCACATCC
CGTTCCTCCACCTTAAACCCTTGGGTACGAGCCACATCGATTATGCTTTTCCGCGTAATC
CCAGGTAAAATGGTTCCTTTTATTTCAGGAGTAGATATCACATTGTCCTTAACAATGAAG
ATATTGCAAGAGGAGACCTCTTCAAGATATCTTTTGTAAACGCAATCAAGGTACAAAACA
TCAGAATATCCTTTAGATTTCGCAATCGACTGTGCTTTTAGTACTGCAGCGTAATTGCCA
ATGGTCTTAACACCTCCAGTACCACCAGGTGTTGCACGGTGAAATTCACTTTCCACAATC
AAATTGATTGGTGCCACACCTCCCTTGAAGTAGTTTCCAACAGGAGAAACATAGA

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 7

CO CL996Contig1 242 7 2 U
AGGGGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTGTT
GGTCAATGGCTTCCGTCTTGACTCATAAGCTGTGGATTTCTTCTTTCTAAATTTCTTCTT
TAAATATCTGTCCAGTTAATGTTTGCTTTGTTCCTTTACTCGTGTTCTGGATTTGTTAAA
CGTTTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTTGTCCAGTGAAAAATATTATTGCTTTTGTTCTT
TT


BQ
10 10 10 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
10 10 

AF RR1CA03TF U 1
AF RR1A866TF U 4
AF RR1E775TF U 4
AF RR1F050TF U 4
AF RR1G810JQ C 4
AF RR1G810TF U 4
AF RR1CO32TF U 4
BS 1 216 RR1CA03TF
BS 217 242 RR1CO32TF

RD RR1CA03TF 216 0 0
AGGGGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTGTT
GGTCAATGGCTTCCGTCTTGACTCATAAGCTGTGGATTTCTTCTTTCTAAATTTCTTCTT
TAAATATCTGTCCAGTTAATGTTTGCTTTGTTCCTTTACTCGTGTTCTGGATTTGTTAAA
CGTTTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTTGTCCAGTG

QA 1 216 1 216
DS 

RD RR1A866TF 213 0 0
GGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTGTTGGT
CAATGGCTTCCGTCTTGACTCATAAGCTGTGGATTTCTTCTTTCTAAATTTCTTCTTTAA
ATATCTGTCCAGTTAATGTTTGCTTTGTTCCTTTACTCGTGTTCTGGATTTGTTAAACGT
TTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTTGTCCAGTG

QA 1 213 1 213
DS 

RD RR1E775TF 228 0 0
GGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTGTTGGT
CAATGGCTTCCGTCTTGACTCATAAGCTGTGGATTTCTTCTTTCTAAATTTCTTCTTTAA
ATATCTGTCCAGTTAATGTTTGCTTTGTTCCTTTACTCGTGTTCTGGATTTGTTAAACGT
TTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTTGTCCAGTGAAAAATATTATTGC
G

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR1F050TF 228 0 0
GGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTGTTGGT
CAATGGCTTCCGTCTTGACTCATAAGCTGTGGATTTCTTCTTTCTAAATTTCTTCTTTAA
ATATCTGTCCAGTTAATGTTTGCTTTGTTCCTTTACTCGTGTTCTGGATTTGTTAAACGT
TTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTTGTCCAGTGAAAAATATTATTGCT

QA 1 228 1 228
DS 

RD RR1G810JQ 236 0 0
GGTGAGGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTGTTGGT
CAATGGCTTCCGTCTTGACTCATAAGCTGTGGATTTCTTCTTTCTAAATTTCTTCTTTAA
ATATCTGTCCAGTTAATGTTTGCTTTGTTCCTTTACTCGTGTTCTGGATTTGTTAAACGT
TTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTTGTCCAGTGAAAAATATTATTGCTTTTGTTC
G

QA 1 235 1 235
DS 

RD RR1G810TF 236 0 0
GGTGAGGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTGTTGGT
CAATGGCTTCCGTCTTGACTCATAAGCTGTGGATTTCTTCTTTCTAAATTTCTTCTTTAA
ATATCTGTCCAGTTAATGTTTGCTTTGTTCCTTTACTCGTGTTCTGGATTTGTTAAACGT
TTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTTGTCCAGTGAAAAATATTATTGCTTTTGTTC
G

QA 1 235 1 235
DS 

RD RR1CO32TF 239 0 0
GGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTGTTGGT
CAATGGCTTCCGTCTTGACTCATAAGCTGTGGATTTCTTCTTTCTAAATTTCTTCTTTAA
ATATCTGTCCAGTTAATGTTTGCTTTGTTCCTTTACTCGTGTTCTGGATTTGTTAAACGT
TTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTTGTCCAGTGAAAAATATTATTGCTTTTGTTCTTTT

QA 1 239 1 239
DS 



AS 2 7

CO CL997Contig1 878 2 3 U
AAAAACTTCATAGGTCCCAATACATTATATAAAACCTTGAATAATATTACAGTCAGTTAT
ACCCGTCGTTAATTCTCCCCAAGCAACAAAAAACTTGGAAAAAAATATTACGACAAGGTA
AATTAATAAACATATTAAAAGAATTTTTAAAATGATACAAATATATAAAGTATGTATTCT
AGACTCGGATTAACTGAAATTCCAAAGAGGAATATAAGCATCTTCGTAATAGTACTCCTC
GACCATCATCGAGTTCAACTGAGGAGAGTAATTGAACGGAGCTACATCGTCGAATGAGAA
TAGCCCATTATGTTCATCACCATACCATGACGATGATGGATCCATCAAAGACACATGGCT
ATCTGTGAAAGACCCTATCAAAGATTGCATCCCATCATCATCATTATCATCGTGATGTTG
TTCTTGATCCGACGGCGAAGAAGAAGTTGAGGAAGAAGGGGATAAAAGGTCAAATGAGCT
GTTAGCAGCTTGAGCGGCGACTCTTTGGATGGATTTGGGGGACAAAAGGGTCTTTTCATC
AAGAAGATGCTGAGAAAGAGAATAAGAAGATGCAGGGAAGTTGAGACACAATAGTGCAAC
ATCGTAAGCCCTAGCTGCTGCCTCAGCTGTTGAGTAAGAGCCTAACCAAATCCTTGTCTT
TTGATTTGGTGCCCTGATCTCAGAAACCCATGATCCCCAAGTTCTCATCCTCACTCCTTT
GTACTTCTTAATCTTATTCTTCTTGTTCTTGATCTTAAGGGAAGTTGAAGATGATGAAGA
AGAGTGAGATGGTGAAGACAGAGAATTTTCTTTCTTGCTACGGTTTGTGTCTTGGGTTCT
TGTTTCACCATGGTACGTAATGTTGTTGTGTATATTGA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AA
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QA 1 878 1 878
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BQ
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A

QA 1 721 1 721
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ATT

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DS 

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CATCACGATGATAATGATGATGATGGGATGCAATCTTTGATAGGGTCTTTCATAGATAGC
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TCCTACGACGATGTAGCTCCGTTCAATTACTCTCCTCAGTTGAACTCGATGATGGTCGAG
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ATATGTTTATTAATTTACATTGTCGTAATATTTTTTTCCAAGTTTTTTGTTGCTCGGAGA
GAATTAACGACGGGTATAACTGACTGTAATATTATTCAAGGTTTTATATAATGTATTGGG
ACC

QA 1 363 1 363
DS 



AS 1 5

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CATACATGTTTAACCTTTTTTGCTTATTCAAAGTAAATAAAATCTTGGGTCAACCAAATT
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AACAGCCCAGCATATCTCTGATAAAACCCGATCCGGTCATTGACCCGCCCATCTCCAGCA
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TTAGCTGCCAAATCTGCCTCTGTAGGTCTGTATCTACCGATCATAACGTCATGGCACGAA
GGTTTGGGACTCTGCTCCGTCATCCAAAACCAAAGTGCTGTTTGGAAAGCTATCACTGAA
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CCGTAGTTATAGTTCCACGAGAGTTGAATTGGACCTCTTCCATGGTAAGTCTTGTTAGAG
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TTAAAACACAACCCCCAAGCATACGGTCCGTCCGGTGCCGTTGGCCACCCTCCAGTTGTT
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 1 732 1 732
DS 

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GCCTCTGGTTTTCACAGTCCGAGTTAGGCCCAGTTCCTACATTTAACAGCCCAGCATATC
TCTGATAAAACCCGATCCGGTCATTGACCCGCCCATCTCCAGCAATCCCGCACTCTAAAC
CGCCGTTTATAATGTTCGTGGTTAAACCGAATCCACCGGTCCGGTTAGCTGCCAAATCTG
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CCGTCATCCAAAACCAAAGTGCTGTTTGGAAAGCTATCACTGAATTATTCGCCACTATCT
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CTGTGGTAGCC

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DS 

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AGTCTTGTTAGAGAAACAAGGCCATTCAGTATTAGAAGAATCACAATAATTGCTTTGTGG
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CCCTCCAGTTGTTTCGTGTGAAATCTGAGCCAAAAACGCTGCCACCTCGCGTCTCCGCGT
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GTAAAGCGATTT*GGCACCAGACGCTCGACTGTGGTAGCCTCGGTTTGGTTGGAAAACAG
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AAGGATTT
TAGTGTTTTCTTGTGTCC

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CCACCGGTCCGGTTAGCTGCCAAATCTGCCTCTGTAGGTCTGTATCTACCGATCATAACG
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GCTATCACTGAATTATTCGCCACTATCTCGGGATTCCTTAGACCGTCGAATCCTAAAGCT
CGACCGGCCGGTCCGTAGTTATAGTTCCACGAGAGTTGAATTGGACCTCTTCCATGGTAA
GTCTTGTTAGAGAAACAAGGCCATTCAGTATTAGAAGAATCACAATAATTGCTTTGTGGA
CTTATTTCTTCTTTAAAACACAACCCCCAAGCATACGGTCCGTCCGGTGCCGTTGGCCAC
CCTCCAGTTGTTTCGTGTGAAATCTGAGCCAAAAACGCTGCCACCTCGCGTCTTCGCGTC
TCCATGGATCCGACGCTTCCAAATCTTGGAAACCGCCTCGTTGCCTTCACAAAGGATTCG
TAAGTGTAGAAACCATTTGCTGGACAAGCAGTATTTTCCTTGTGGATGAACATTGAGTCG
TAAAGCGATTTTGGCACCAGGCGCTCGACTGTGGTAGCCTCGGTTTGGTTGGAAAACAGT
ATTGAGAAGAATGAGAGGAAGATGCAAAAGAGAAGAGATAAGCGTTGAGCCATTTTTAGA
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DS 



AS 1 7

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CTCTTGCAGTGCCATTTACAACCCTCAGGTTAAGGTCAAAGAAGAAGGTCAACCCGAAAC
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TCTTTCAAAAGGGATCTAAACATTGAGCTTTTGTTTTTCACACCATTGATGACTGAGAAA
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ATCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ66TF U 1
AF RR1FH30TF U 37
AF RR1AW46TF U 42
AF RR1CU61TF U 223
AF RR1AW46JQ C 306
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BS 582 582 RR1FH30TF
BS 583 632 RR1DZ66TF
BS 633 695 RR1FH30TF
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BS 742 809 RR1AW46TF
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CGGCGGCGCTCTATGCTTCAACAACAGAAGAGCTTTGGTGCTGAAATCGAAGCGACCCTT
CTCTTGCAGTGCCATTTACAACCCTCAGGTTAAGGTCAAAGAAGAAGGTCAACCCGAAAC
CCTTGATTATCGCGTCTTCTTCCTCGATGGCTCCGGAAAGAAGGTTTCTCCATGGCATGA
TATACCATTGACCTTGGGAGATGGAGTTTACAATTTTATAGTTGAAATCCCTAAAGAGTC
AAAAGCCAAAATGGAGGTTGCTACTGATGAAGACTTCACTCCTATTAAGCAAGACACTAA
GAAGGGAAAGCTCAGATACTATGCGTACAACATTAACTGGAACTATGGGTTGCTTCCGCA
GACATGGGAAGATCCATCTCACGCAAACGCTGAAGTTGAAG*AGCTTTTGGGGATAATGA
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DS 

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CGAAATCCCTAAAGAGTCAAAAGCCAAAATGGAGGTTGCTACTGATGAAGACTTCACTCC
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AGCTTTTGGGGATAATGATCCAGTTGATGTTGTTGAGATTGGTGAAACCCAAAGGAAGAT
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GCTCATCTGTGA

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G
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TACTACAGCTTCCGCCACCACCTCGTGTTTCCTCGCCAAACGAGCTTTCCTTCTCCCGGC
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AGGGGAAGTTCTAAAAATCACGCCTTTAGCTGCTTTAGCTATGATTGATGAAGGAGAGCT
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TGAAATCCCTAAAGAGTCAAAAGCCAAAATGGAGGTTGCTACTGATGAAGACTTCACTCC
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CAAAAGGGATCTAAACATTGAGCTTTTGTTTTTCACACCATTGATGACTGAGAAATAATA
AAAGATACATTATTGT

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ACACCATTGATGACTGAGAAATAATAAAAGATACATTATTGT

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CGGTCTTGGAGACAAACCAGCAAACAAAGACTATGCATTGAAGATCATTCATGAAACAAA
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AACATTGAGCTTTTGTTTTTCACACCATTGATGACTGAGAAATAATAAAAGATACATTAT
TGTAAAATTTATATTTTGGAAATCATAAAATGAAGGAACCTTATCTAG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 7

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AGGCTTGTGTTCTTCTGCTTAGCTTGCCTTCTGTTCACCTTTTCTTACAACTCTGTGGCT
GGTGAATCCGACAAAGTGAAGCTCAATCTTTACTACGAATCACTTTGTCCCTATTGTCAG
AGTTTCATAGCCGATGGTCTAGTCAAGATATTTGACTCCGATCTCCACACAATCACTGAT
CTAAAGCTCGTTCCATTCGGTAACGCTCATGTCTCCGATAATCTGACTGTCACTTGCCAG
CATGGTGAAGAGGAATGCAAACTAAACGCCATTGAAGCTTGCGCCATAAGAACTTGGCCC
GATCCGAATGTACATTACTGGTTCATAAGGTGCATCGAAAACGACACAAAAAACTGGGAA
TCATCATGTTTCGCGCAATATGGAGGTGAGAAGGCCATCAAAGATTGTTATTCCAGTGAT
CTCTCTAAAATTCTCATATTTGGTTATGCAAACCAGACTTTAAGTTTGAAGCCGAAACAT
AAGTACGTACCATGGGTCACAGTAAACAGCAAACCACTATACAAGCTTAATGATTTAGTA
GCCCGGGTGTGCAAAGCGTACAAAGGAAAGGCTTCTCTCCCAAAAATCTGCCATTCCTCT
GCTCTGTCTAAGTCACCTGAGAGCAAAGTGATGAAGCTTCAAGTCTCCTATGCCGATGAA
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GAATGATAAATAAAAGATCTTCTAAAAACTTTTATGTTTACGCGTTCAATATATGAGTTA
GCCGTTTGATATTGGAAAACACTAAAAAAGCTTTAACT


BQ
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45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
20 20 35 35 10 10 10 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI86TF U 1
AF RR1CN49TF U 1
AF RR1CK58TF U 1
AF RR1EX27TF U 1
AF RR1CK58JQ C 232
AF RR1AY23TF U 114
AF RR1GI86JQ C 203
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BS 678 724 RR1CK58TF
BS 725 727 RR1AY23TF
BS 728 732 RR1CK58TF
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BS 734 740 RR1CK58TF
BS 741 741 RR1AY23TF
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BS 765 776 RR1EX27TF
BS 777 866 RR1AY23TF
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RD RR1GI86TF 626 0 0
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AGTTTCATAGCCGATGGTCTAGTCAAGATATTTGACTCCGATCTCCACACAATCACTGAT
CTAAAGCTCGTTCCATTCGGTAACGCTCATGTCTCCGATAATCTGACTGTCACTTGCCAG
CATGGTGAAGAGGAATGCAAACTAAACGCCATTGAAGCTTGCGCCATAAGAACTTGGCCC
GATCCGAATGTACATTACTGGTTCATAAGGTGCATCGAAAACGACACAAAAAACTGGGAA
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AAGTACGTACCATGGGTCACAGTAAACAGCAAACCACTATACAAGCTTAATGATTTAGTA
GCCCGGGTGTGCAAAGCGTACAAAGG

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DS 

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AGGCTTGTGTTCTTCTGCTTAGCTTGCCTTCTGTTCACCTTTTCTTACAACTCTGTGGCT
GGTGAATCCGACAAAGTGAAGCTCAATCTTTACTACGAATCACTTTGTCCCTATTGTCAG
AGTTTCATAGCCGATGGTCTAGTCAAGATATTTGACTCCGATCTCCACACAATCACTGAT
CTAAAGCTCGTTCCATTCGGTAACGCTCATGTCTCCGATAATCTGACTGTCACTTGCCAG
CATGGTGAAGAGGAATGCAAACTAAACGCCATTGAAGCTTGCGCCATAAGAACTTGGCCC
GATCCGAATGTACATTACTGGTTCATAAGGTGCATCGAAAACGACACAAAAAACTGGGAA
TCATCATGTTTCGCGCAATATGGAGGTGAGAAGGCCATCAAAGATTGTTATTCCAGTGAT
CTCTCTAAAATTCTCATATTTGGTTATGCAAACCAGACTTTAAGTTTGAAGCCGAAACAT
AAGTACGTACCATGGGTCACAGTAAACAGCAAACCACTATACAAGCTTAATGATTTAGTA
GCCCGGGTGTGCAAAGCGTACAAAGGAAAGGCTTCTCTCCCAAAAATCTGCCATTCCTCT
GCTCTGTCTAAGTCACCTGAGA

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AGTTTCATAGCCGATGGTCTAGTCAAGATATTTGACTCCGATCTCCACACAATCACTGAT
CTAAAGCTCGTTCCATTCGGTAACGCTCATGTCTCCGATAATCTGACTGTCACTTGCCAG
CATGGTGAAGAGGAATGCAAACTAAACGCCATTGAAGCTTGCGCCATAAGAACTTGGCCC
GATCCGAATGTACATTACTGGTTCATAAGGTGCATCGAAAACGACACAAAAAACTGGGAA
TCATCATGTTTCGCGCAATATGGAGGTGAGAAGGCCATCAAAGATTGTTATTCCAGTGAT
CTCTCTAAAATTCTCATATTTGGTTATGCAAACCAGACTTTAAGTTTGAAGCCGAAACAT
AAGTACGTACCATGGGTCACAGTAAACAGCAAACCACTATACAAGCTTAATGATTTAGTA
GCCCGGGTGTGCAAAGCGTACAAAGGAAAGGCTTCTCTCCCAAAAATCTGCCATTCCTCT
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GCT

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GGTGAATCCGACAAAGTGAAGCTCAATCTTTACTACGAATCACTTTGTCCCTATTGTCAG
AGTTTCATAGCCGATGGTCTAGTCAAGATATTTGACTCCGATCTCCACACAATCACTGAT
CTAAAGCTCGTTCCATTCGGTAACGCTCATGTCTCCGATAATCTGACTGTCACTTGCCAG
CATGGTGAAGAGGAATGCAAACTAAACGCCATTGAAGCTTGCGCCATAAGAACTTGGCCC
GATCCGAATGTACATTACTGGTTCATAAGGTGCATCGAAAACGACACAAAAAACTGGGAA
TCATCATGTTTCGCGCAATATGGAGGTGAGAAGGCCATCAAAGATTGTTATTCCAGTGAT
CTCTCTAAAATTCTCATATTTGGTTATGCAAACCAGACTTTAAGTTTGAAGCCGAAACAT
AAGTACGTACCATGGGTCACAGTAAACAGCAAACCACTATACAAGCTTAATGATTTAGTA
GCCCGGGTGTGCAAAGCGTACAAAGGAAAG*CTTCTCTCCCAAAA*TCTGCCATTCCTCT
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GTGGATGATAAAAAAA

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AACTGGGAATCATCATGTTTCGCGCAATATGGAGGTGAGAAGGCCATCAAAGATTGTTAT
TCCAGTGATCTCTTTAAAATTTTCATATTTGGTTATGCAAACCAGACTTTAAGTTTGAAG
CCGAAACATAAGTACGTACCATGGGTCACAGTAAACAGCAAACCACTATACAAGCTTAAT
GATTTAGTAGCCCGGGTGTGCAAAGCGTACAAAGGAAAGGCTTCTCTCCCAAAAATCTGC
CATTCCTTTGCTCTGTTTAAGTCACCTGAGAGCAAAGTGATGAAGCTTCAAGTCTCCTAT
GCCGATGAAGATTTCAATTACCAAGCAGAAGACTTAAACTAAGATGGATTTAAGCTTATG
TTATAAGTGGAATGATAAATAAAAGATTTTCTAAAAACTTT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1AY23TF 753 0 0
G
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ACTGATCTAAAGCTCGTTCCATTCGGTAACGCTCATGTCTCCGATAATCTGACTGTCACT
TGCCAGCATGGTGAAGAGGAATGCAAACTAAACGCCATTGAAGCTTGCGCCATAAGAACT
TGGCCCGATCCGAATGTACATTACTGGTTCATAAGGTGCATCGAAAACGACACAAAAAAC
TGGGAATCATCATGTTTCGCGCAATATGGAGGTGAGAAGGCCATCAAAGATTGTTATTCC
AGTGATCTCTCTAAAATTCTCATATTTGGTTATGCAAACCAGACTTTAAGTTTGAAGCCG
AAACATAAGTACGTACCATGGGTCACAGTAAACAGCAAACCACTATACAAGCTTAATGAT
TTAGTAGCCCGGGTGTGCAATGCGTACAAAGGAAAGGCTTCTCTCCCAAAAATCTGCCAT
TCCTCTGCTCTGTCTAAGTCACCTGAGAGCAAAGTGATGAAGCTTCAAGTCTCCTATGCC
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TAAGTGGAATGATAAATAAAAGATCTTCTAAAAACTTTTATGTTTACGCGTTCAATATAT
GAGTTAGCCGTTTGATATTGGAAAACACTAAA

QA 2 753 2 753
DS 

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TCATAAGGTGCATCGAAAACGACACAAAAAACTGGGAATCATCATGTTTCGCGCAATATG
GAGGTGAGAAGGCCATCAAGGATTGTTATTCCAGTGATCTCTCTAAAATTCTCATATTTG
GTTATGCAAACCAGACTTTAAGTTTGAAGCCGAAACATAAGTACGTACCATGGGTCACAG
TAAACAGCAAACCACTATACAAGCTTAATGATTTAGTAGCCCGGGTGTGCAAAGCGTACA
AAGGAAAGGCTTCTCTCCCAAAAATCTGCCATTCCTCTGCTCTGTCTAAGTCACCTGAGA
GCAAAGTGATGAAGCTTCAAGTCTCCTATGCCGATGAAGATTTCAATTACCAAGCAGAAG
ACTTAAACTAAGATGGATTTAAGCTTATGTTATAAGTGGAATGATAAATAAAAGGTCTTC
TAAAAACTTTTATGTTTACGCGTTCAATATATGAGTTAGCCGTTTGATATTGGAAAACAC
TAAAAAAGCTTTAACT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 7

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TCCTCGTCAGCGTCTCAGGTAAACTCCCCGACGATGTCAAGCCGAACCGCTTAGAGGTTT
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AGTCTAAGGAGGGACTCTCGAATCACCTGAGGCTGATGGCGAGCATGAAGAACGGATCGT
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ATGGGGCTAAATGGTTGGTTGAGAACACAGACATCAAACTTGTTGGGCTTGATTATCTTT
CCTTTGCTGCTTTTGAGGAGTCACCTGCAACCCATAAGGTTATACTAAGAGGAAGGGATA
TAATCCCTGTGGAAGCGCTGAAGCTGGATGGTGTGGAGGCAGGAATGTACTCGCTTCATT
GCTTACCGTTGAGACTGGTTGGAGCAGAAGGAGCACCGACAAGGTGCATTCTTATCAAGT
GATTCACTTCTCATCGTCTTCTTTGTATGTTGGTCAGTCAAATATAATGGAACTGATCAT
AAATAATATGCTTAGTATACTTTCAAGATCCCACAATCACAAAACAGATGTCAATGTAAA
AGGTAAACAATACCTTTACAAACTTATGTGTATGTTTGTGTGTAATTCTGAAAGATATGG
TAATAAAGTTCAGACCGAAACTATGTTTTAAGAATGCATGAACGATGCAGTGCAACCAAA
TTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 
35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1D412TF U 2
AF RR1EC13TF U 1
AF RR1AM69TF U 8
AF RR1EV06TF U 261
AF RR1EV06JQ C 262
AF RR1EC13JQ C 304
AF RR1AR35TF U 359
BS 1 434 RR1EC13TF
BS 435 435 RR1D412TF
BS 436 631 RR1EC13TF
BS 632 697 RR1AM69TF
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BS 1005 1086 RR1AR35TF

RD RR1D412TF 596 0 0
GGGAGACT
GATTGAATAGTTAGTTCGATACCATCAATAAACCCGTTGGCCCTATCCAAATGACCCGCT
CAGTCAACTCCCCTCTCCTCGGCCTCGCCGCCGCGCTCCTCCTCTCATCTCTCCTCGTCA
GCGTCTCAGGTAAACTCCCCGACGATGTCAAGCCGAACCGCTTAGAGGTTTACGGCGGAG
GGAAAATATTCGACATCAGCCACCGTTACACGCCGGAGATGCCGGCGTGGGAGTCTAAGG
AGGGACTCTCGAATCACCTGAGGCTGATGGCGAGCATGAAGAACGGATCGTTCGCCAACG
TGTCGGAGATGAAACTGTCTGTTCACTCGGGAACACACGTGGATGCTCCGGGCCACTTCA
TCGACGAGTATTACGACGCTGGTTTCGACTGCGATTCGCTTGACCTCCAAACTCTTAACG
GTCCTGCTTTGTTGGTTGATGTTCCGAGAGACAAGAACATAACTGCTGAGGTAATGGAAG
CACTTCATATTCCAAGGGGAGTTCGTCGTGTGCTCTTCAGAACATCCAACACTGACAAGC
GGCTTATGTTTAAGAAAGAGTTCGATTCAAGCCTTTCTGGTTTCATGA

QA 9 596 9 596
DS 

RD RR1EC13TF 631 0 0
GGAGAGACTGATTGAATAGTTAGTTCGATACCATCAATAAACCCGTTGGCCCTATCCAAA
TGACCCGCTCAGTCAACTCCCCTCTCCTCGGCCTCGCCGCCGCGCTCCTCCTCTCATCTC
TCCTCGTCAGCGTCTCAGGTAAACTCCCCGACGATGTCAAGCCGAACCGCTTAGAGGTTT
ACGGCGGAGGGAAAATATTCGACATCAGCCACCGTTACACGCCGGAGATGCCGGCGTGGG
AGTCTAAGGAGGGACTCTCGAATCACCTGAGGCTGATGGCGAGCATGAAGAACGGATCGT
TCGCCAACGTGTCGGAGTTGAAACTGTCTGTTCACTCGGGAACACACGTGGATGCTCCGG
GCCACTTCATCGACGAGTATTACGACGCTGGTTTCGACTGCGATTCGCTTGACCTCCAAA
CTCTTAACGGTCCTACTTTGTTGGTTGATGTTCCGAGAGACAAGAACATAACTGCTGAGG
TAATGGAAGCACTTCATATTCCAAGGGGAGTTCGTCGTGTGCTCTTCAGAACATCCAACA
CTGACAAGCGGCTTATGTTTAAGAAAGAGTTCGATTCAAGCTTTTCTGGTTTCATGACCG
ATGGGGCTAAATGGTTGGTTGAGAACACAGA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1AM69TF 705 0 0
GG
GATTGAATAGTTAGTTCGATACCATCAATAAACCCGTTGGCCCTATCCAAATGACCCGCT
CAGTCAACTCCCCTCTCCTCGGCCTCGCCGCCGCGCTCCTCCTCTCATCTCTCCTCGTCA
GCGTCTCAGGTAAACTCCCCGACGATGTCAAGCCGAACCGCTTAGAGGTTTACGGCGGAG
GGAAAATATTCGACATCAGCCACCGTTACACGCCGGAGATACCGGCGTGGGAGTCTAAGG
AGGGACTCTCGAATCACCTGAGGCTGATGGCGAGCATGAAGAACGGATCGTTCGCCAACG
TGTCGGAGTTGAAACTGTCTGTTCACTCGGGAACACACGTGGATGCTCCGGGCCACTTCA
TCGACGAGTATTACGACGCTGGTTTCGACTGCGATTCGCTTGACCTCCAAACTCTTAACG
GTCCTGCTTTGTTGGTTGATGTTCCGAGAGACAAGAACATAACTGCTGAGGTAATGGAAG
CACTTCATATTCCAAGGGGAGTTCGTCGTGTGCTCTTCAGAACATCCAACACTGACAAGC
GGCTTATGTTTAAGAAAGAGTTCGATTCAAGCTTTTCTGGTTTCATGACCGATGGGGCTA
AATGGTTGGTTGAGAACACAGACATCAAACTTGTTGGGCTTGATTATCTTTCCTTTGCTG
CTTTTGAGGAGTCACCTGCAACCCATAAAGTTATACTAAGAGG

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR1EV06TF 744 0 0
G
ATCACCTGAGGCTGATGGCGAGCATGAAGAACGGATCTTTCGCCAACGTGTCGGAGTTGA
AACTGTCTGTTCACTCGGGAACACACGTGGATGCTCCGGGCCACTTCATCGACGAGTATT
ACGACGCTGGTTTCGACTGCGATTCGCTTGACCTCCAAACTCTTAACGGTCCTGCTTTGT
TGGTTGATGTTCCGAGAGACAAGAACATAACTGCTGAGGTAATGGAAGCACTTCATATTC
CAAGGGGAGTTCGTCGTGTGCTCTTCAGAACATCCAACACTGACAAGCGGCTTATGTTTA
AGAAAGAGTTCGATTCAAGCTTTTCTGGTTTCATGACCGATGGGGCTAAATGGTTGGTTG
AGAACACAGACATCAAACTTGTTGGGCTTGATTATCTTTCCTTTGCTGCTTTTGAGGAGT
CACCTGCAACCCATAAGGTTATACTAAGAGGAAGGGATATAATCCCTGTGGAAGCGCTGA
AGCTGGATGGTGTGGAGGCAGGAATGTACTCGCTTCATTGCTTACCGTTGAGACTGGTTG
GAGCAGAAGGAGCACCGACAAGGTGCATTCTTATCAAGTGATTCACTTCTCATCGTCTTC
TTTGTATGTTGGTCAGTCAAATATAATGGAACTGATCATAAATAATATGCTTAGTATACT
TTCAAGATCCCACAATCACAAAACAGATGTCAATGTAAAAG*TAAACAATACCTTTACAA
ACTTATGTGTATGTTTGTGTGTA

QA 2 744 2 744
DS 

RD RR1EV06JQ 795 0 0
GATCA
CTGAGGCTGATGGCGAGCATGAAGAACGGATCTTTCGCCAACGTGTCGGAGTTGAAACTG
TCTGTTCACTCGGGAACACACGTGGATGCTCCGGGCCACTTCATCGACGAGTATTACGAC
GCTGGTTTCGACTGCGATTCGCTTGACCTCCAAACTCTTAACGGTCCTGCTTTGTTGGTT
GATGTTCCGAGAGACAAGAACATAACTGCTGAGGTAATGGAAGCACTTCATATTCCAAGG
GGAGTTCGTCGTGTGCTCTTCAGAACATCCAACACTGACAAGCGGCTTATGTTTAAGAAA
GAGTTCGATTCAAGCTTTTCTGGTTTCATGACCGATGGGGCTAAATGGTTGGTTGAGAAC
ACAGACATCAAACTTGTTGGGCTTGATTATCTTTCCTTTGCTGCTTTTGAGGAGTCACCT
GCAACCCATAAGGTTATACTAAGAGGAAGGGATATAATCCCTGTGGAAGCGCTGAAGCTG
GATGGTGTGGAGGCAGGAATGTACTCGCTTCATTGCTTACCGTTGAGACTGGTTGGAGCA
GAAGGAGCACCGACAAGGTGCATTCTTATCAAGTGATTCACTTCTCATCGTCTTCTTTGT
ATGTTGGTCAGTCAAATATAATGGAACTGATCATAAATAATATGCTTAGTATACTTTCAA
GATCCCACAATCACAAAACAGATGTCAATGTAAAAGGTAAACAATACCTTTACAAACTTA
TGTGTATGTTTGTGTGTAATTCTGAAAGATATGGTAATAAAGTTCAGACCGAAACTATGT
TTTAAG
AATG

QA 6 791 6 791
DS 

RD RR1EC13JQ 750 0 0
CCAACGTGTCGGAGTTGAAACTGTCTGTTCACTCGGGAACACACGTGGATGCTCCGGGCC
ACTTCATCGACGAGTATTACGACGCTGGTTTCGACTGCGATTCGCTTGACCTCCAAACTC
TTAACGGTCCTACTTTGTTGGTTGATGTTCCGAGAGACAAGAACATAACTGCTGAGGTAA
TGGAAGCACTTCATATTCCAAGGGGAGTTCGTCGTGTGCTCTTCAGAACATCCAACACTG
ACAAGCGGCTTATGTTTAAGAAAGAGTTCGATTCAAGCTTTTCTGGTTTCATGACCGATG
GGGCTAAATGGTTGGTTGAGAACACAGACATCAAACTTGTTGGGCTTGATTATCTTTCCT
TTGCTGCTTTTGAGAAGTCACCTGCAACCCATAAGGTTATACTAAGAGGAAGGGATATAA
TCCCTGTGGAGGCGCTGAAGCTGGATGGTGTGGAGGCAGGAATGTACTCGCTTCATTGCT
TACCGTTGAGACTGGTTGGAGCAGAAGGAGCACCGACAAGGTGCATTCTTATCAAGTGAT
TCACTTCTCATCGTCTTCTTTGTATGTTGGTCAGTCAAATATAATGGAACTGATCATAAA
TAATATGCTTAGTATACTTTCAAGATCCCACAATCACAAAACAGATGTCAATGTAAAAGG
TAAACAATACCTTTACAAACTTATGTATATGTTTGTGTGTAATTCTGAAAGATATGGTAA
TAAAGTTCAGACCGAAACTATGTTTTAAG
G

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1AR35TF 728 0 0
GGGCCACTTCATCGACGAGTATTACGACGCTGGTTTCGACTGCGATTCGCTTGACCTCCA
AACTCTTAACGGTCCTGCTTTGTTGGTTGATGTTCCGAGAGACAAGAACATAACTGCTGA
GGTAATGGAAGCACTTCATATTCCAAGGGGAGTTCGTCGTGTGCTCTTCAGAACATCCAA
CACTGACAAGCGGCTTATGTTTAAGAAAGAGTTCGATTCAAGCTTTTCTGGTTTCATGAC
CGATGGGGCTAAATGGTTGGTTGAGAACACAGACATCAAACTTGTTGGGCTTGACTATCT
TTCCTTTGCTGCTTTTGAGGAGTCACCTGCAACCCATAAGGTTATACTAAGAGGAAGGGA
TATAATCCCTGTGGAAGCGCTGAAGCTGGATGGTGTGGAGGCAGGAATGTACTCGCTTCA
TTGCTTACCGTTGAGACTGGTTGGAGCAGAAGGAGCACCGACAAGGTGCATTCTTATCAA
GTGATTCACTTCTAATCGTCTTCTTTGTATGTTGGTCAGTCAAATATAATGGAACTGATC
ATAAATAATATGCTTAGTATACTTTCAAGATCCCACAATCACAAAACAGATGTCAATGTA
AAAGGTAAACAATACCTTTACAAACTTATGTGTATGTTTGTGTGTAATTCTGAAAGATAT
GGTAATAAAGTTCAGACCGAAACTATGTTTTAAGAATGCATGAACGATGCAGTGCAACCA
AATTATCT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 6

CO CL1002Contig1 439 6 6 U
GGTAATAACAATCACAAAAGTCTATAGATATTTTTTTTTCTTACGTTACAAATGAAACAT
TACACAATAAACACCAAACACATAGAGAAAAAGCCAAGGCTAAGAGAGTTATTAGGCAAC
ATGATGCCAAATCTTTATTCAAACACACACATATCTCTTAACATCAAACACACTTTTCCC
CCAGTTTTTCCTGCACGCATGTGATTTACACCACAGTTTCTTCAACAGCTGCAGCTGTCG
CCGCAGCTGCAGTTTGATCCACAGCTGCAGTTGTCGCACTCCGTGTTGTAGTTCTTCTCG
CAACTGCAAGAGTCACCACATTTGCAAGCGGAACCACATCCACAGTTAGAACCTGCCATT
GCTTCTCTTACTTCTCTTTGATTTTAAACTTGTAATTTTGTTGTTTGTCTTCTTCTTTTG
ATGCCTTTATTTGCTGTCC


BQ
10 10 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 

AF RR1AS25TF C 7
AF RR1DI41JQ U 1
AF RR1DI41TF C 1
AF RR1FW68JQ U 1
AF RR1FW68TF C 1
AF RR1AS25JQ U 7
BS 1 43 RR1DI41JQ
BS 44 44 RR1FW68JQ
BS 45 189 RR1DI41JQ
BS 190 191 RR1FW68JQ
BS 192 438 RR1DI41JQ
BS 439 439 RR1FW68JQ

RD RR1AS25TF 398 0 0
AACAATCACAAAAGTCTATAGATATTTTTTTTTCTTACGTTACAAATGAAACATTACACA
ATAAACACCAAACACATAGAGAAAAAGCCAAGGCTAAGAGAGTTATTAGGCAACATGATG
CCAAATCTTTATTCAAACACACACATATCTCTTAACATCAAACACACTTTTCCCCCAGTT
TTTCCTGCACGCATGTGATTTACACCACAGTTTCTTCAACAGCTGCAGCTGTCGCCGCAG
CTGCAGTTTGATCCACAGCTGCAGTTGTCGCACTCCGTGTTGTAGTTCTTCTCGCAACTG
CAAGAGTCACCACATTTGCAAGCGGAACCACATCCACAGTTAGAACCTGCCATTGCTTCT
CTTACTTCTCTTTGATTTTAAACTTGTAATTTTGTTGT

QA 1 398 1 398
DS 

RD RR1DI41JQ 439 0 0
GGTAATAACAATCACAAAAGTCTATAGATATTTTTTTTTCTTAAGTTACAAATGAAACAT
TACACAATAAACACCAAACACATAGAGAAAAAGCCAAGGCTAAGAGAGTTATTAGGCAAC
ATGATGCCAAATCTTTATTCAAACACACACATATCTCTTAACATCAAACACACTTTTCCC
CCAGTTTTT**TGCACGCATGTGATTTACACCACAGTTTCTTCAACAGCTGCAGCTGTCG
CCGCAGCTGCAGTTTGATCCACAGCTGCAGTTGTCGCACTCCGTGTTGTAGTTCTTCTCG
CAACTGCAAGAGTCACCACATTTGCAAGCGGAACCACATCCACAGTTAGAACCTGCCATT
GCTTCTCTTACTTCTCTTTGATTTTAAACTTGTAATTTTGTTGTTTGTCTTCTTCTTTTG
ATGCCTTTATTTGCTGTC
T

QA 1 438 1 438
DS 

RD RR1DI41TF 439 0 0
GG
TAATAACAATCACAAAAGTCTATAGATATTTTTTTTTCTTAAGTTACAAATGAAACATTA
CACAATAAACACCAAACACATAGAGAAAAAGCCAAGGCTAAGAGAGTTATTAGGCAACAT
GATGCCAAATCTTTATTCAAACACACACATATCTCTTAACATCAAACACACTTTTCCCCC
AGTTTTT**TGCACGCATGTGATTTACACCACAGTTTCTTCAACAGCTGCAGCTGTCGCC
GCAGCTGCAGTTTGATCCACAGCTGCAGTTGTCGCACTCCGTGTTGTAGTTCTTCTCGCA
ACTGCAAGAGTCACCACATTTGCAAGCGGAACCACATCCACAGTTAGAACCTGCCATTGC
TTCTCTTACTTCTCTTTGATTTTAAACTTGTAATTTTGTTGTTTGTCTTCTTCTTTTGAT
GCCTTTATTTGCTGTC
T

QA 3 438 3 438
DS 

RD RR1FW68JQ 439 0 0
AA
TAATAACAATCACAAAAGTCTATAGATATTTTTTTTTCTTACGTTACAAATGAAACATTA
CACAATAAACACCAAACACATAGAGAAAAAGCCAAGGCTAAGAGAGTTATTAGGCAACAT
GATGCCAAATCTTTATTCAAACACACACATATCTCTTAACATCAAACACACTTTTCCCCC
AGTTTTTCCTGCACGCATGTGATTTACGCCACAGTTTCTTCAACAGCTGCAGCTGTCGCC
GCAGCTGCAGTTTGATCCACAGCTGCAGTTGTCGCACTCCGTGTTGTAGTTCTTCTCGCA
ACTGCAAGAGTCACTACATTTGCAAGCGGAACCACATCCACAGTTAGAACCTGCCAATGC
TTCTCTTACTTCTCTTTGATTTTAAACTTGTAATTTTGTTGTTTGTCTTCTTCTTTTGAT
GCCTTTATTTGCTGTCC

QA 3 439 3 439
DS 

RD RR1FW68TF 439 0 0
AA
TAATAACAATCACAAAAGTCTATAGATATTTTTTTTTCTTACGTTACAAATGAAACATTA
CACAATAAACACCAAACACATAGAGAAAAAGCCAAGGCTAAGAGAGTTATTAGGCAACAT
GATGCCAAATCTTTATTCAAACACACACATATCTCTTAACATCAAACACACTTTTCCCCC
AGTTTTTCCTGCACGCATGTGATTTACGCCACAGTTTCTTCAACAGCTGCAGCTGTCGCC
GCAGCTGCAGTTTGATCCACAGCTGCAGTTGTCGCACTCCGTGTTGTAGTTCTTCTCGCA
ACTGCAAGAGTCACTACATTTGCAAGCGGAACCACATCCACAGTTAGAACCTGCCAATGC
TTCTCTTACTTCTCTTTGATTTTAAACTTGTAATTTTGTTGTTTGTCTTCTTCTTTTGAT
GCCTTTATTTGCTGTCC

QA 3 439 3 439
DS 

RD RR1AS25JQ 433 0 0
AACAATCACAAAAGTCTATAAATATTTTTTTTTCTTACGTTACAAATGAAACATTACACA
ATAAACACCAAACACATAGAGAAAAAGCCAAGGGTAAAAAAGTTATTAGGCAACATGATG
CCAAATCTTTATTCAAACACACACATATCTCTTAACATCAAACACACTTTTCCCCCAGTT
TTTCCTGCACGCATGTGATTTACACCACAGTTTCTTCAACAGCTGCAGCTGTCGCCGCAG
CTGCAGTTTGATCCACAGCTGCAGTTGTCCCACTCCGTGTTGTAGTTCTTCTCGCAACTG
CAAAAGTCACCACATTTGCAAGCGGAACCCCATCCACAGTTAAAACCTGCCATTGCTTCC
CTTACTTCTCTTTGATTTTAAACTTGTAATTTTGTTGTTTGTCTTCTTCTTTTGATGCCT
TTATTTGCTGTCC

QA 1 433 1 433
DS 



AS 1 7

CO CL1003Contig1 859 7 22 U
GGGTAGACGAAAGCAGAGTGAACGAGTAGAAAAAGTGAGGAGACGATGAAGACGATCCTT
TCTTCCGAGACGATGGACATCCCCGAAGGCATTACCATCAAGGTTAACGCCAAGGTGATC
GAAGTGGAAGGGCCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTGAACCTCGATTTC
CAGCTCATCAAGGACGCCGAGAGTGGGAAGAGGAAGCTCAAGATCGATTCCTGGTTTGGA
TCTCGCAAATCAAGCGCGTCTATCAGAACCGCTCTCAGCCACGTCGATAACCTCATCACC
GGTGTTACGAGGGGTTTCCGTTACAAGATGAGGTTCGTGTACGCTCATTTTCCCATCAAC
GCTTCCATCGGTGGTGAGGGCAAGTCTATCGAGATCCGTAACTTCCTTGGTGAGAAGAAG
GTGAGAAAAGTGGAGATGTTGGACGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGAT
GAGATTGTTCTTGATGGTAACGACATCGAGCTTGTGTCGAGGTCTTGTGCTCTTATCAAC
CAGAAATGTCACGTAAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGATGGTATCTATGTAAGC
GAGAAGAGCAAGATTGTTGAAGAGGAATAGACAGAGTATATTCTCGTCATTATCATCTTT
TGAATGTTTAGTTTTGTTTTACAGACCAAAGCACCCGAGTTGCGAAACTTAGCTTCTCCT
TTGTTCCTTTCTGTTCGAGATTTTTATTTACTTGACAAGTTTTTGGAGACCCACTTTTTA
GCTTCATCCCTATCATTCCTCATTTTAGATTTTAATAATTTGGAAGGGTTTGAGTTTTCT
AATGAATTAATGACATTAA


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 0 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT49TF U 3
AF RR1AG43TF U 1
AF RR1A150JQ C 3
AF RR1A150TF U 3
AF RR1FV38TF U 14
AF RR1FV38JQ C 62
AF RR1FT49JQ C 264
BS 1 21 RR1AG43TF
BS 22 22 RR1A150TF
BS 23 183 RR1AG43TF
BS 184 184 RR1FT49TF
BS 185 230 RR1AG43TF
BS 231 231 RR1FT49TF
BS 232 338 RR1AG43TF
BS 339 339 RR1FT49TF
BS 340 407 RR1AG43TF
BS 408 408 RR1FT49TF
BS 409 550 RR1AG43TF
BS 551 551 RR1FT49TF
BS 552 632 RR1AG43TF
BS 633 633 RR1A150TF
BS 634 697 RR1AG43TF
BS 698 698 RR1A150TF
BS 699 715 RR1AG43TF
BS 716 716 RR1A150TF
BS 717 755 RR1AG43TF
BS 756 771 RR1A150TF
BS 772 778 RR1FV38TF
BS 779 859 RR1FT49JQ

RD RR1FT49TF 566 0 0
GG
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CCGAGACGATGGACATCCCCGAAGGCATTACCATCAAGGTTAACGCCAAGGTGATCGAAG
TGGAAGGGCCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTGAACCTCGATTTCCAGC
TCATCAAGGACGCCGAGAGTGGGAAGAGGAAGCTCAAGATCGATTCCTGGTTTGGATCTC
GCAAATCAAGCGCGTCTATCAGAACCGCTCTCAGCCACGTCGATAACCTCGTCACCGGTG
TTACGAGGGGTTTCCGTTACAAGATGAGGTTCGTGTACGCTCATTTTCCCATCAACGCTT
CCATCGGTGGTGAGGGCAAGTCTATCGAGATCCGTAACTTCCTTGGTGAGAAGAAGGTGA
GAAAAGTGGAGATGTTGGACGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGAGA
TTGTTCTTGATGGTAACGACATCGAGCTTGTGTCGAGGTCTTGTGCTCTTATCAACCAGA
AATGTCACGTAAAGAAGAAGGATA

QA 3 566 3 566
DS 

RD RR1AG43TF 755 0 0
GGGTAGACGAAAGCAGAGTGAGCGAGTAGAAAAAGTGAGGAGACGATGAAGACGATCCTT
TCTTCCGAGACGATGGACATCCCCGAAGGCATTACCATCAAGGTTAACGCCAAGGTGATC
GAAGTGGAAGGGCCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTGAACCTCGATTTC
CAGTTCATCAAGGACGCCGAGAGTGGGAAGAGGAAGCTCAAGATCGATTCGTGGTTTGGA
TCTCGCAAATCAAGCGCGTCTATCAGAACCGCTCTCAGCCACGTCGATAACCTCATCACC
GGTGTTACGAGGGGTTTCCGTTACAAGATGAGGTTCGTCTACGCTCATTTTCCCATCAAC
GCTTCCATCGGTGGTGAGGGCAAGTCTATCGAGATCCGTAACTTCCTCGGTGAGAAGAAG
GTGAGAAAAGTGGAGATGTTGGACGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGAT
GAGATTGTTCTTGATGGTAACGACATCGAGCTTGTGTCGAGGTCTTGTGCTCTTATCAAC
CAGAAATGTCGCGTAAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGATGGTATCTATGTAAGC
GAGAAGAGCAAGATTGTTGAAGAGGAATAGACGGAGTATATTCTCGTCATTATCATCTTT
TGAATGTTTAGTTTTGTTTTACAGACCAAAGCACCCGTGTTGCGAAACTTAGCTTGTCCT
TTGTTCCTTTCTGTTCGAGATTTTTATTTACTTGA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1A150JQ 769 0 0
GG
AGACGAAAGCAGAGTGAACGAGTAGAAAAAGTGAGGAGACGATGAAGACGATCCTTTCTT
CCGAGACGATGGACATCCCCGAAGGCATTACCATCAAGGTTAACGCCAAGGTGATCGAAG
TGGAAGGGCCACGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTGAACCTCGATTTCCAGC
TCATCAAGGACGCCGAGAGTGGGAAGAGGAAGCTCAAGATCGATTCCTGGTTTGGATCTC
GCAAATCAAGCGCGTCTATCAGAACCGCTCTCAGCCACGTCGATAACCTCATCACCGGTG
TTACGAGGGGTTTCCGTTACAAGATGAGGTTCGTGTACGCTCATTTTCCCATCAACGCTT
CCATCGGTGGTGAGGGCAAGTCTATCGAGATCCGTAACTTCCTTGGTGAGAAGAAGGTTA
GAAAAGTGGAGATGTTGGACGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGAGA
TTGTTCTTGATGGTAACGACATCGAGCTTGTGTCGAGGTCTTGTGCTCTTATCAACCAGA
AATGTCACGTAAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGATGGTATCTATGTAAGCGAGA
AGAGCAAGATTGTTGAAGAGGAATAGACAGAGTATATTCTCGTCATTATCATCTTTTGAA
TGTTTAGTTTTGTCTTACAGACCAAAGCACCTGAGTTGCGAAACTTAGCTTCTCCTTTGT
TCCTTTCTGTTGGAGATTTTTATTTACTTGACAAGTTTTTGGAGACC

QA 3 769 3 769
DS 

RD RR1A150TF 769 0 0
GG
AGACGAAAGCAGAGTGAACGAGTAGAAAAAGTGAGGAGACGATGAAGACGATCCTTTCTT
CCGAGACGATGGACATCCCCGAAGGCATTACCATCAAGGTTAACGCCAAGGTGATCGAAG
TGGAAGGGCCACGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTGAACCTCGATTTCCAGC
TCATCAAGGACGCCGAGAGTGGGAAGAGGAAGCTCAAGATCGATTCCTGGTTTGGATCTC
GCAAATCAAGCGCGTCTATCAGAACCGCTCTCAGCCACGTCGATAACCTCATCACCGGTG
TTACGAGGGGTTTCCGTTACAAGATGAGGTTCGTGTACGCTCATTTTCCCATCAACGCTT
CCATCGGTGGTGAGGGCAAGTCTATCGAGATCCGTAACTTCCTTGGTGAGAAGAAGGTTA
GAAAAGTGGAGATGTTGGACGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGAGA
TTGTTCTTGATGGTAACGACATCGAGCTTGTGTCGAGGTCTTGTGCTCTTATCAACCAGA
AATGTCACGTAAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGATGGTATCTATGTAAGCGAGA
AGAGCAAGATTGTTGAAGAGGAATAGACAGAGTATATTCTCGTCATTATCATCTTTTGAA
TGTTTAGTTTTGTCTTACAGACCAAAGCACCTGAGTTGCGAAACTTAGCTTCTCCTTTGT
TCCTTTCTGTTGGAGATTTTTATTTACTTGACAAGTTTTTGGAGACC

QA 3 769 3 769
DS 

RD RR1FV38TF 772 0 0
CAGAGTGAGCGAGTAGAAAAAGTGAGGAGACGATGAAGACGATCCTTTCTTCCGAGACGA
TGGACATCCCCGAAGGCATTACCATCAAGGTTAACGCCAAGGTGATCGAAGTGGAAGGGC
CTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTGAACCTCGATTTCCAGCTCATCAAGG
ACGCCGAGAGTGGGAAGAGGAAGCTCAAGATCGATTCGTGGTTTGGATCTCGCAAATCAA
GCGCGTCTATCAGAACCGCTCTCAGCCACGTCGATAACCTCATCACCGGTGTTACGAGGG
GTTTCCGTTACAAGATGAGGTTCGTCTACGCTCATTTTCCCATCAACGCTTCCATCGGTG
GTGAGGGCAAGTCTATCGAGATCCGTAACTTCCTCGGTGAGAAGAAGGTGAGAAAAGTGG
AGATGTTGGACGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGAGATTGTTCTTG
ATGGTAACGACATCGAGCTTGTGTCGAGGTCTTGTGCTCTTATCAACCAGAAATGTCACG
TAAAGAATAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGATGGTATCTATGTAAGCGAGAAGAGCAAGA
TTGTTGAAGAGGAATAGACGGAGTATATTCTCGTCATTATCATCTTTTGAATGTTTAGTT
TTGTTTTACAGACCAAAGCACCCGTGTTGCGAAACTTAACTTGTCCTTTGTTCCTTTCTG
TTCGAGATTTT*ATTTACTTGACAAGTTTT*GGAGACCCACTTTT
AGCCTAA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1FV38JQ 723 0 0
CTTCCGAGACGATGGACATCCCCGAAGGCATTACCATCAAGGTTAACGCCAAGGTGATCG
AAGTGGAAGGGCCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTGAACCTCGATTTCC
AGCTCATCAAGGACGCCGAGAGTGGGAAGAGGAAGCTCAAGATCGATTCGTGGTTTGGAT
CTCGCAAATCAAGCGCGTCTATCAGAACCGCTCTCAGCCACGTCGATAACCTCATCACCG
GTGTTACGAGGGGTTTCCGTTACAAGATGAGGTTCGTCTACGCTCATTTTCCCATCAACG
CTTCCATCGGTGGTGAGGGCAAGTCTATCGAGATCCGTAACTTCCTCGGTGAGAAGAAGG
TGAGAAAAGTGGAGATGTTGGACGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATG
AGATTGTTCTTGATGGTAACGACATCGAGCTTGTGTCGAGGTCTTGTGCTCTTATCAACC
AGAAATGTCACGTAAAGAATAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGATGGTATCTATGTAAGCG
AGAAGAGCAAGATTGTTGAAGAGGAATAGACGGAGTATATTCTCGTCATTATCATCTTTT
GAATGTTTAGTTTTGTTTTACAGACCAAAGCACCCGTGTTGCGAAACTTAACTTGTCCTT
TGTTCCTTTCTGTTCGAGATTTTTATTTACTTGACAAGTTTTTGGAGACCCACTTTT
TAGCCT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1FT49JQ 596 0 0
CAGAACCGCTCTCAGCCACGTCGATAACCTCGTCACCGGTGTTACGAGGGGTTTCCGTTA
CAAGATGAGGTTCGTGTACGCTCATTTTCCCATCAACGCTTCCATCGGTGGTGAGGGCAA
GTCTATCGAGATCCGTAACTTCCTTGGTGAGAAGAAGGTGAGAAAAGTGGAGATGTTGGA
CGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGTAACGA
CATCGAGCTTGTGTCGAGGTCTTGTGCTCTTATCAACCAGAAATGTCACGTAAAGAAGAA
GGATATCAGGAAGTTCCTTGATGGTATTTATGTAAGCGAGAAGAGCAAGATTGTTGAAGA
GGAATAGACAGAGTATATTTTCGTCATTATCATCTTTTGAATGTTTAGTTTTGTTTTACA
GACCAAAGCACCCGAGTTGCGAAACTTAGCTTCTCCTTTGTTCCTTTTTGTTGGAGATTT
TTATTTACTTGACAAGTTTTTGGAGACCCACTTTTTAGCTTCATCCCTATCATTCCTCAT
TTTAGATTTTAATAATTTGGAAGGGTTTGAGTTTTCTAATGAATTAATGACATTAA

QA 1 596 1 596
DS 



AS 2 7

CO CL1004Contig1 720 4 7 U
AGTGTGGAATGGTTCCTTTAACATGATCACACAGCCAGAACAATAGTTTCACTCCATTGT
CAGTAACAAAAAAAAA*CACTTGTGTTTAATTTAAGTGCGAAGTAAACAAAAACAAAGAC
TTGTTTTCCTCATGAGCTCTGTTTCGATCTCTTCATAAGCTCTATGAACTCTTTAAATGC
GTTATCAGAGTCGTGAGGTCCAGGGGAGGCTTCAGGGTGGTACTGGAGAGACATGACATT
CATCTCCGGGAAAGATAGACCCGCACAGCTCCCATCATTTAGATTCACATGTGTCACTTC
CACACCTCCAGGTAGTGAAGCCGGGTCAACCGCATAGTTATGGTTCTGAGCACTGATCTC
CACCTGACCAGTTCTGTTATTACGAACCGGATGGTTTCCACCATGATGACCAAACTTCAT
CTTGAAGGTCTTACCACCCAAAGCTTGGCCAAGCAACTGATGCCCCATGCAAATTCCATA
CACAGGAACTTTACCAAGAAGCTCTTTCACCGTCTCAACAGCGTACGGCACAGCAGAAGG
GTCTCCAGGACCGTTGCTGAACAGAATCCCGTCTGGATTCATTTTAAGCGCCTCAGAAGC
TGGAAATGTCGATGGAACAACAGTGATTTGACATCCGTAAGAGGACAGGCGTCTCAGGAT
GTTATGTTTGATGCCAAAGTCATAAGCAATAACTCTATAGGAGTTCCCGTCGCGTGTAGC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC35JQ U 4
AF RR1E202JQ U 1
AF RR1BZ39JQ U 128
AF RR1B295JQ U 4
BS 1 76 RR1E202JQ
BS 77 77 RR1B295JQ
BS 78 245 RR1E202JQ
BS 246 246 RR1BZ39JQ
BS 247 657 RR1E202JQ
BS 658 658 RR1BZ39JQ
BS 659 720 RR1E202JQ

RD RR1FC35JQ 528 0 0
GTGGAATGGTTCCTTTAACATGATCACACAGCCAGAACAATAGTTTCACTCCATTGTCAG
TAACAAAAAAAAA*CACTTGTGTTTAATTTAAGTGCGAAGTAAACAAAAACAAAAACTTG
TTTTCCTCATGAACTCTGTTTCGATCTCTTCATAAGCTCTATGAACTCTTTAAATGCGTT
ATCAGAGTCGTGAGGTCCAGGGGAGGCTTCAGGGTGGTACTGGAGAGACATGACATTCAT
CTCCGGGAAAGATAGACCCGCACAGCTCCCATCATTTAAATTCACATGTGTCACTTACAC
ACCTCCAGGTAGTGAAGCCGGGTCAACCGCATAGTTATGGTTCTGAACACTGATCTCCAC
CTGACCAGTTCTGTTATTACGAACCGGATGGTTTCCACCATGATGACCAAACTTCATCTT
GAAGGTCTTACCACCCAAAGCTTGGCCAAGCAACTGATGCCCCATGCAAATTCCATACAC
AGGAACTTTACCAAGAAGCTCTTTCACCGTCTCAACAGCGTACGGCAC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1E202JQ 720 0 0
AGTGTGGAATGGTTCCTTTAACATGATCACACAGCCAGAACAATAGTTTCACTCCATTGT
CAGTAACAAAAAAAAAACACTTGTGTTTAATTTAAGTGCGAAGTAAACAAAAACAAAGAC
TTGTTTTCCTCATGAGCTCTGTTTCGATCTCTTCATAAGCTCTATGAACTCTTTAAATGC
GTTATCAGAGTCGTGAGGTCCAGGGGAGGCTTCAGGGTGGTACTGGAGAGACATGACATT
CATCTACGGGAAAGATAGACCCGCACAGCTCCCATCATTTAGATTCACATGTGTCACTTC
CACACCTCCAGGTAGTGAAGCCGGGTCAACCGCATAGTTATGGTTCTGAGCACTGATCTC
CACCTGACCAGTTCTGTTATTACGAACCGGATGGTTTCCACCATGATGACCAAACTTCAT
CTTGAAGGTCTTACCACCCAAAGCTTGGCCAAGCAACTGATGCCCCATGCAAATTCCATA
CACAGGAACTTTACCAAGAAGCTCTTTCACCGTCTCAACAGCGTACGGCACAGCAGAAGG
GTCTCCAGGACCGTTGCTGAACAGAATCCCGTCTGGATTCATTTTAAGCGCCTCAGAAGC
TGGAAATGTCGATGGAACAACAGTGATTTGACATCCGTAAGAGGACAGGCGTCTCAG*AT
GTTATGTTTGATGCCAAAGTCATAAGCAATAACTCTATAGGAGTTCCCGTCGCGTGTAGC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1BZ39JQ 572 0 0
CCTCATGAGCTCTGTTTCGAACTCTTCATAAGCTCTATGAACTCTTTAAATGCGTTATCA
GAGTCGTGAGGTCCAGGGGAGGGTTCAGGGGGGTACTGGAGAGACATGACATTCATCTCC
GGGAAAGATAGACCCGCACAGCTCCCATCATTTAGATTCACATGTGTCACTTCCACACCT
CCAGGTAGTGAAGCCGGGTCAACCGCATAGTTATGGTCCTGAGCACTGATCTCCACCTGA
CCAGTTCTGTTATTACGAACCGGATGGTTTCCACCATGATGACCAAACTTCATCTTGAAG
GTCTTACCACCCAAAGCTTGGCCAAGCAACTGATGCCCCATGCAAATTCCATACACAGGA
ACTTTACCAAGAAGCTCTTTCACCGTCTCAACAGCGTACGGCACAGCAGAAGGGTCTCCA
GGACCGTTGCTGAACAGAATCCCGTCTGGATTCATTTTAAGCGCCTCAGAAGCTGGAAAT
GTCGATGGAACAACAGTGATTTGACATCCGTAAGAGGACAGGCGTCTCAGGATGTTATAT
TTGATGCCAAAGTCATAAGCAATAACTCTATA

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1B295JQ 684 0 0
GTGGAATGGTTCCTTTAACATGATCACACAGCCAAAACAATAGTTTCACTCCATTGTCAG
TAACAAAAAAAAA*CACTTGTGTTTAATTTAAGTGCGAAGTAAACAAAAACAAAGACTTG
TTTTCCTCATGAGCTCTGTTTCGATCTCTTCATAAGCTCTATGAACTCTTTAAATGCGTT
ATCAGAGTCGTGAGGTCCAGGGGAGGCTTCAGGGTGGTACTGGAGAGACATGACATTCAT
CTCCGGGAAAGATAGACCCGCACAGCTCCCATCATTTAGATTCACATGTGTCACTTCCAC
ACCTCCAGGTAGTGAAGCCGGGTCAACCGCATAGTTATGGTTCTGAGCACTGATCTCCAC
CTGACCAGTTCTGTTATTACGAACCGGATGGTTTCCACCATGATGACCAAACTTCATCTT
GAAGGTCTTACCACCCAAAGCTTGGCCAAGCAACTGATGCCCCATGCAAATTCCATACAC
AGGAACTTTACCAAGAAGCTCTTTCACCGTCTCAACAGCGTACGGCACAGCAAAAGGGTC
TCCAGGACCGTTGCTGAACAGAATCCCGTCTGGATTCATTTTAAGCGCCTCAGAAGCTGG
AAATGTCGATGGAACAACAGTGATTTGACATCCGTAAGAGGACAGGCGTCTCAGGATGTT
ATGTTTGATGCCAAAGCCATAAGC

QA 1 684 1 684
DS 



CO CL1004Contig2 848 3 6 U
GGAGAGCTCTGTACGCTGTCCTCGTCTGTTACCCAAACTTCAGTGTTGTCGAGAGTGAAA
GAAACACAACAATGGCGGCTACCACGACTCTTGGCTTCGTTCTACCGACTGGTTTATCTC
CCCGTCGCGGTGGCTTCAGGGTCTCACTGATCCGATGCTCCGCTTCTCCTCTCACTGGCC
TTGTGGAGAAGCCTTGGAATACATATGACGCTAGGCTTGTGTTAGAAGACGGCTCCATCT
GGCCAGCTAAGTCATTTGGTGCTCCTGGAACACGTGTTGCTGAATTGGTCTTTAACACCT
CATTGACAGGGTATCAAGAGATTCTGACTGATCCTAGTTACGCTGGGCAGTTTGTGTTGA
TGACAAACCCACAGATTGGTAACACCGGTGTGAATCTCGATGATGAAGAGTCTGAGCAAT
GCTTTCTTGCTGGTTTGGTGATAAGAAGTCTAAGCATCAGTACCTCAAACTGGAGATGCA
CTAAGACACTTGCTGACTATCTAACCCAAAGGAACCTCATGGGAGTTTATGATCTTGACA
CTCGTGCAATAACACGAAGGTTAAGAGAAGAAGGCAGTCTTAACGGTGTGCTGAGCACAG
AACAAACCAAAACTGACGAAGAGCTTCTGCACATGTCCCGTTCTTGGGATATTGTAGGTA
TTGATCTGATCAGTGATGTTTCCTGCAAATCTCCCTACGAGTGGATTAACAAGACAGACC
CTGAATGGGATTTCAACTCGGCTACACGCGACGGGAACTCCTATAGAGTTATTGCTTATG
ACTTTGGCATCAAACATAACATCCTGAGACGCTGTCTCTTACGATGTCAAATCACTGTTG
TTCCATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC35TF U 1
AF RR1E202TF U 40
AF RR1B295TF U 11
BS 1 283 RR1FC35TF
BS 284 657 RR1B295TF
BS 658 658 RR1E202TF
BS 659 780 RR1B295TF
BS 781 781 RR1E202TF
BS 782 848 RR1B295TF

RD RR1FC35TF 283 0 0
GGAGAGCTCTGTACGCTGTCCTCGTCTGTTACCCAAACTTCAGTGTTGTCGAGAGTGAAA
GAAACACAACAATGGCGGCTACCACGACTCTTGGCTTCGTTCTACCGACTGGTTTATCTC
CCCGTCGCGGTGGCTTCAGGGTCTCACTGATCCGATGCTCCGCTTCTCCTCTCACTGGCC
TTGTGGAGAAGCCTTGGAATACATATGACGCTAGGCTTGTGTTAGAAGACGGCTCCATCT
GGCCAGCTAAGTCATTTGGTGCTCCTGGAACACGTGTTGCTGA

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR1E202TF 780 0 0
GG
AGTGTTGTCGAGAGTGAAAGAAACACAACAATGGCGGCTACCACGACTCTTGGCTTCGTT
CTACCGACTGGTTTATCTCCCCGTCGCGGTGGCTTCAGGGTCTCACTGATCCGATGCTCC
GCTTCTCCTCTCACTGGCCTTGTGGAGAAGCCTTGGAATACATATGACGCTAGGCTTGTG
TTAGAAGACGGCTCCATCTGGCCAGCTAAGTCATTTGGTGCTCCTGGAACACGTGTTGCT
GAATTGGTCTTTAACACCTCATTGACAGGGTATCAAGAGATTCTGACTGATCCTAGTTAC
GCTGGGCAGTTTGTGTTGATGACAAACCCACAGATTGGTAACACCGGTGTGAATCTCGAT
GATGAAGAGTCTGAGCAATGCTTTCTTGCTGGTTTGGTGATAAGAAGTCTAAGCATCAGT
ACCTCAAACTGGAGATGCACTAAGACACTTGCTGACTATCTAACCCAAAGGAACCTCATG
GGAGTTTATGATCTTGACACTCGTGCAATAACACGAAGGTTAAGAGAAGAAGGCAGTCTT
AACGGTGTGCTGAGCACAGAACAAACCAAAACTGACGAAGAGCTTCTGCACATGTCCCGT
TCTTGGGATATTGTAGGTATTGATCTGATCAGTGATGTTTCCTGCAAATCTCCCTACGAG
TGGATTAACAAGACAGACCCTGAATGGGATTTCAACTCGGCTACACGCGACGGGA*CTCC
TATAGAGTTATTGCTTATGACTTTGGCATCAAACATAACATCCTGAGACGC
CTGTCCT

QA 3 773 3 773
DS 

RD RR1B295TF 838 0 0
GG
ACGCTGTCCTCGTCTGTTACCCAAACTTCAGTGTTGTCGAGAGCGAAAGAAACACAACAA
TGGCGGCTACCACGACTCTTGGCTTCGTTCTACCGACTGGTTTATCTCCCCGTCGCGGTG
GCTTCAGGGTCTCACTGATCCGATGCTCCGCTTCTCCTCTCACTGGCCTTGTGGAGAAGC
CTTGGAATACATATGACGCTAGGCTTGTGTTAGAAGACGGCTCCATCTGGCCAGCTAAGT
CATTTGGTGCTCCTGGAACACGTGTTGCTGAATTGGTCTTTAACACCTCATTGACAGGGT
ATCAAGAGATTCTGACTGATCCTAGTTACGCTGGGCAGTTTGTGTTGATGACAAACCCAC
AGATTGGTAACACCGGTGTGAATCTCGATGATGAAGAGTCTGAGCAATGCTTTCTTGCTG
GTTTGGTGATAAGAAGTCTAAGCATCAGTACCTCAAACTGGAGATGCACTAAGACACTTG
CTGACTATCTAACCCAAAGGAACCTCATGGGAGTTTATGATCTTGACACTCGTGCAATAA
CACGAAGGTTAAGAGAAGAAGGCAGTCTTAACGGTGTGCTGAGCACAGAACAAACCAAAA
CTGACGAAGAGCTTCTGCACATGTCCCGTTCTTGGGATATTGTAG*TATTGATCTGATCA
GTGATGTTTCCTGCAAATCTCCCTACGAGTGGATTAACAAGACAGACCCTGAATGGGATT
TCAACTCGGCTACACGCGACGGGAACTCCTATAGAGTTATTGCTTATGGCTTTGGCATCA
AACATAACATCCTGAGACGCTGTCTCTTACGATGTCAAATCACTGTTGTTCCATCG

QA 3 838 3 838
DS 



AS 1 7

CO CL1005Contig1 487 7 7 U
GGGAGATCTACCGTGTCGCTTCCCTTTATTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGG
CGCATAACCAGTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTC
ACACTCCCACCAGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGAGGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGC
ACAACGTCAAGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTAATTCTCTCTGA
GAGGTTTTTATGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACAAGAGAACCAATTTAATACATTTCGCG
TTATGTTTGGTTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCA
TGGATTTTCATTTCTTATAGTTTTGATTTTCTTTATTTGATTGGTTTTGCATAGGTTATC
TAGTACTGAAAAATGAAAGCTTGTAACCATCATATGTAACATTTATCTGAGACAAAATGC
TTGTTCT


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1BM79JQ C 1
AF RR1CW39TF U 224
AF RR1BM79TF U 1
AF RR1DA25TF U 270
AF RR1D802JQ C 2
AF RR1D802TF U 2
AF RR1CX92TF U 8
BS 1 1 RR1BM79JQ
BS 2 223 RR1BM79TF
BS 224 230 RR1CW39TF
BS 231 231 RR1BM79TF
BS 232 374 RR1CW39TF
BS 375 485 RR1D802TF
BS 486 487 RR1CX92TF

RD RR1BM79JQ 375 0 0
GGGAGATCTACCGTGTCGCTTCCCTTTATTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGG
CGCATAACCAGTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTC
ACACTCCCACCAGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGAGGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGC
ACAACGTCAAGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTAATTCTCTCTGA
GAGGTTTTTATGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACAAGAGAACCAATTTAATACATTTCGCG
TTATGTTTGGTTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCA
TGGATTTTCATTTC
C

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR1CW39TF 151 0 0
TTTTTAACTCTCTCTGAGAGGTTTTTATGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACAAGAGAACCA
ATTTAATACATTTCGCGTTATGTTTGGTTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTACT
CCTTAATTTTAATATCATGGATTTTCATTTC

QA 1 151 1 151
DS 

RD RR1BM79TF 375 0 0
G
GGAGATCTACCGTGTCGCTTCCCTTTATTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGGC
GCATAACCAGTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTCA
CACTCCCACCAGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGAGGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCA
CAACGTCAAGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTAATTCTCTCTGAG
AGGTTTTTATGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACAAGAGAACCAATTTAATACATTTCGCGT
TATGTTTGGTTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCAT
GGATTTTCATTTC
C

QA 2 374 2 374
DS 

RD RR1DA25TF 107 0 0
TAG
CAAGAGAACCAATTTAATACATTTCGCGTTATGTTTGGTTTGATTATGTTTAAGCATGCG
GTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCATGGATTTTCATTTCTT

QA 4 107 4 107
DS 

RD RR1D802JQ 484 0 0
GGAGATCTACCGTGTCGCTTCCCTTTATTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGGC
GCATAACCAGTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTCA
CACTCCCACCAGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGAGGAACCAGAGGTACACAAGGAAGCA
CAACGTCAAGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTAATTCTCTCTGAG
AGGTTTTTATGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACAAGAGAACCAATTTAATACATTTCGCGT
TATGTTTGGTTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCAT
GGATTTTCATTTCTTATAGTTTTGATTTTCTTTATTTGATTGGTTTTGCATAGGTTATCT
AGTACTGAAAAATGAAAGCTTGTAACCATCATATGTAACATTTATCTGAGACAAAATGCT
TGTT

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR1D802TF 484 0 0
GGAGATCTACCGTGTCGCTTCCCTTTATTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGGC
GCATAACCAGTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTCA
CACTCCCACCAGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGAGGAACCAGAGGTACACAAGGAAGCA
CAACGTCAAGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTAATTCTCTCTGAG
AGGTTTTTATGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACAAGAGAACCAATTTAATACATTTCGCGT
TATGTTTGGTTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCAT
GGATTTTCATTTCTTATAGTTTTGATTTTCTTTATTTGATTGGTTTTGCATAGGTTATCT
AGTACTGAAAAATGAAAGCTTGTAACCATCATATGTAACATTTATCTGAGACAAAATGCT
TGTT

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR1CX92TF 480 0 0
GG
ACCGTGTCGCTTCCCTTTATTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGGCGCATAACC
AGTCGGCTAGGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCAGCGTCACACTCCCA
CCAGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGAGGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCACAACGTCA
AGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTAATTCTCTCTGAGAGGTTTTT
ATGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACAAGAGAACCAATTTAATACATTTCGCGTTATGTTTG
GTTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCATGGATTTTC
ATTTCTTATAGTTTTGATTTTCTTTATTTGATTGGTTTTGCATAGGTTATCTAGTACTGA
AAAATGAAAGCTTGTAACCATCATATGTAACATTTATCTGAGACAAAATGCTTGTTCT

QA 3 480 3 480
DS 



AS 1 3

CO CL1006Contig1 791 3 10 U
GGTGTCTGTAAATCTTTTTTTTCTGGTCAACGATATGGGGTCTGTAAATCTAAGACAGAA
AAATACATAGAAAGGTTTCACAAAACTGAACAGTCATCTCTCCGCCAGCAACAACTCTTC
CTGAAACAAAAAAAGGTTCCATCTTTCAAAATCTAATCACCCACTAAGAACCGTTGGATC
AGAACTAGCTGAGATCTTTCTTGCTCTGAGTAAGCGTCTATTACCATTGGCATCGAGTTA
AATGTGTCACAAGTGCAACTATGTTGTCCTTCTCTGACTCTGCTCCACAACAGTAGAAAA
GCTCATGCCCACACCTAACCAAGCGATGCAATGATCTGGATATCTTTCATCAACCGGAAG
AATCTGAAACTCTTCAAAGCTCACAGAATCATGCCAAGGAACATCACAGTCAACACACAC
AAACCTCTCACAGAGTGGACACTTCACACAGCATCTATTCTTGTCCAACACTCTGATTCT
CCGTGACTTCATCTATCAGTGCTTCTCGATCAGCAGTAACCAAACTCTTTCTGAACAACA
CTATATATCCAGACTCATATAACAGTTGGGGATGCGCTCTTCACACTTTCAAGCTTAATT
GCGACCTCTTCGTTAGTCTGAACAAAAGTTCCTTAAATCACAAGTCTCAGACTTAGTCTG
TTTCCTTCCCAGATTTCTTCTAGCTTAGGAAGACCTTGGGTTGCTTAAGAAAAGCTTTCT
CTGTCTGTTCAGCCTTGGCTACTTTCTGTCTCTGCTCCATCTGTCTCTCCTTTATGAATC
AGAGGAGTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 

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AF RR1EA10TF U 1
AF RR1DJ42TF U 2
AF RR1ET83JQ U 471
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G
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AGTACAAAGGGTTTGATTCGAGATTTCATAAGAATTGGCTTAGTGAAATCCCATATTTCG
TATATAAGAAAAAGGAATAATCCGCCGGATTCGGGATTGATCTCTGCAGATTCCGTGAAT
CCGTTTTATTCGCTTTCTCCCAAGGCTGGCATTCTTCAACAATCGCTTAGACAAA*TCCC
GGAACTATTCGTATGTTCAGAAATAAG*AATCCCAATCCTTGTTAATTTTATCGTCCTCT
AATTGTTTTAGAATCGGTCCATTTA*TCATGTAAA
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QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1C835JQ 731 0 0
GAGAAAAAAAAAAAAGGATTGAACTAAAAATATTTTCGGGGGATATACATTTTCCGGACA
AGACAGATAAGATATCCCGACATAGTGGCATCTTGATACCGCCAGGAAGGGGAAAAACAA
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AATCCCAATCCTTGTTAATTTTATCGTCCTCTAATTGTTTTAGAATCGGTCCATTTAATC
ATGTAAAATAT

QA 1 731 1 731
DS 

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G
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GGCTGGCATTCTTCAACAATCGCTTAGACAAAATCCCGGAACTATTCGTATGTTCAGAAA
TAAGGAATCCCAATCTTTGTTAATTTTATCATCCTCTAATTGTTTTAGAATCGGTCCATT
TAATCATGTAAAATATCACAATGTTATAAACGAAGC

QA 2 217 2 217
DS 

RD RR1BQ85TF 217 0 0
G
GCCGGATTCGGGATTGATCTCTGCAGATTCCGTGAATCCGTTTTATTCGCTTTCTCCCAA
GGCTGGCATTCTTCAACAATCGCTTAGACAAAATCCCGGAACTATTCGTATGTTCAGAAA
TAAGGAATCCCAATCTTTGTTAATTTTATCATCCTCTAATTGTTTTAGAATCGGTCCATT
TAATCATGTAAAATATCACAATGTTATAAACGAAGC

QA 2 217 2 217
DS 

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G
CAACTATATCCTTTATGGAAATGGTAAACCAACTCGAGGAATTTCTGACACAAGTATTCA
ATTGGTTCGCACTTGTTTAGTCTTGAATTGGGACCAAGACAACAAAAATTCTTCCCTCGA
GGAGGTCCGCGCTTTCGTTGTTGAAGTAAGTACAAAGGGTTTGATTCGAGATTTCATAAG
AATTGGCTTATTGAAATCCCATATTTCGTATATAAGAAAAAGGAATAATCCGCCGGATTC
GGGATTGATCTCTGCAGATTCCGTGAATCCGTTTTATTCGCTTTCTCCCAAGGCTGGCAT
TCTTCAACAATCGCTTAGACAAAATCCCGGAACTATTCGTATGTTCAGAAATAAGGAATC
CCAATCTTTGTTAATTTTATCATCCTCTAATTGTTTTAGAATCGGTCCATTTAATCATGT
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TCGTCGGGCCCCTTAGGAACAGCCATTCAAATTTCGAATTTTTATTCATTTTTGCCTTTA
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AATAATAATTATTGTGAGGAAACGTCCACAATAATTAGTCTTGGACAATTTTTTTGTGAA
AATGTATGTATAGCC

QA 2 796 2 796
DS 

RD RR1A956TF 797 0 0
G
CAACTATATCCTTTATGGAAATGGTAAACCAACTCGAGGAATTTCTGACACAAGTATTCA
ATTGGTTCGCACTTGTTTAGTCTTGAATTGGGACCAAGACAACAAAAATTCTTCCCTCGA
GGAGGTCCGCGCTTTCGTTGTTGAAGTAAGTACAAAGGGTTTGATTCGAGATTTCATAAG
AATTGGCTTATTGAAATCCCATATTTCGTATATAAGAAAAAGGAATAATCCGCCGGATTC
GGGATTGATCTCTGCAGATTCCGTGAATCCGTTTTATTCGCTTTCTCCCAAGGCTGGCAT
TCTTCAACAATCGCTTAGACAAAATCCCGGAACTATTCGTATGTTCAGAAATAAGGAATC
CCAATCTTTGTTAATTTTATCATCCTCTAATTGTTTTAGAATCGGTCCATTTAATCATGT
AAAATATCACAATGTTATAAACGAAGCAATAAAAAAAAACCTCTAATTACAATTAAAAAT
TCGTCGGGCCCCTTAGGAACAGCCATTCAAATTTCGAATTTTTATTCATTTTTGCCTTTA
CTAACTTATAATCAGATCTCTGTAATTAAATATTTGCAACTTGATAACTTCAAATATATT
TTTCAAGTAATTCACTCTTATTTAATAGATGAAAACGGAAGAATTTTTAATCTAGATCCA
TACAGTAACCTTGTTTTGAATCCATTCAAATTAAATTGGTATTTTCTTCATCAAAATTAT
AATAATAATTATTGTGAGGAAACGTCCACAATAATTAGTCTTGGACAATTTTTTTGTGAA
AATGTATGTATAGCC
C

QA 2 796 2 796
DS 

RD RR1CD53TF 707 0 0
TTTTTATTCATTTTTGCCTTTACTAACTTATAATCAGATCTCTGTAATTAAATATTTGCA
ACTTGATAACTTCAAATATATTTTTCAAGTAATTCACTCTTATTTAATAGATGAAAACGG
AAGAATTTTTAATCTAGATCCATACAGTAACCTTGTTTTGAATCCATTCAAATTAAATTG
GTATTTTCTTCATCAAAATTATAATAATAATTATTGTGAGGAAACGTCCACAATAATTAG
TCTTGGACAATTTTTTTGTGAAAATGTATGTATAGCCAAAAAAGAACCATACCTAAAATC
GGGTCAAGTTTTAATTGTTCAAAGGGATTCTGTAGTAATAAGATCCGCTAAGCCCTATTT
GGCTACTCCGGGAGCAAAAGTTCATGGGCATTATAGAGAAAGTTCATACTCCACTTCCCG
ACGAGTCCAAAGCTCTTACCGTTGTTGAAAAACCTATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAAA
GTTCAGCTGGTTCGGTTGATAGAGATGTGAAGCTTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAA
CTTCATTCATCAAAGCATGGGGAAGAGAGTGAGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAA
AAGAAGATATCTGATGTGCTTGCTTGGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAA
CTCAGAAGATTGAAGAGAAACTAGAGAGAAAAGCAGAGTATGGTGAG

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 5

CO CL1009Contig1 1027 5 6 U
GGTCAGAACACATAAAATATTTCATATCAGTGGTTTTCTGTCTTTATTCATTAGTGGAAG
GAGCTTGTTTTTTTTTT*GTGTAGCAATACATGATCTCAGATTAAACCAAGACATGGCCT
TCCATAACAGTAACGGCTTTGCCTCTCAGGATAACCCTCTGCTTCTCCTTGTCTAAATGA
ATCCCAAGTGTTCCACTCCTACGCGAAGCTTGGTGAGCTAAGAAGCCACACTTGTTCATC
TTGAGGCTCCAATAATGTGCCAACGCACAATGTGCACTTCCACAAACAGGATCCTCATCG
ACACCAAGTTTAGGAGCAAAGTAACGACTGTGAAAATCATAAGCCGATCCTGCAGAACCA
GCAGCTGTGACGATGATGCCATCGCAAGGGCATTTCAATATAACATCCATTCTTGGCTGC
AACTCGGCGACAGATTCCAAAGATGGAAGCACAACGAGGATGTTGTTAGTCTTGGTCGCA
GTAGCTTTAATATCAAGAATGGTAGCTCCGTTCAAGGCCTTGGCGATCAAGGAGGAGGAA
GCATCAGTGAGATCGATATCACAAGTTGGAACCACAGGGAAATTCAGCTCGATCGAAAAG
GATCCTCTTTTCACTTCACCATCGTCATTGAGCTCTGAGACTCGCTTGGCTGTAAGAACC
CCTGACCTTGTGACAAACTCGACACTGTCTGAATCGACCAAATCATTGGAGAAGAGACAA
TGAGCAGATGCCAAAGTCGCATGTCCACAAAGATCCACCTCGGCTAGAGGGGTAAACCAA
CGGAGATTGAAGCGAGTTTGGAAACCGGTGATGGAAGTAAGGAAACTAGTTTGGGAGATG
TTGAATTCGGTGGCGATAGACTGAAGCCACGTGTCGTCTCTCTCGTTGTTGTTGTTGTTG
AGGAAACAAACGGCTGCTGGGTTCCCTTTGAAAGCAGAATCAGTGAAAGCATCCACCACA
AAGTACTTGACGCCTTTCTTCTTCGCCATGATTCTCAGCTGTTTGAGCAGAAAGAGGATG
AGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ30JQ U 23
AF RR1H591JQ U 1
AF RR1C914JQ U 23
AF RR1C914TF C 237
AF RR1H591TF C 244
BS 1 75 RR1H591JQ
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BS 1005 1027 RR1H591TF

RD RR1FZ30JQ 421 0 0
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AGCAATACATGATCTCAAATTAAACCAAGACATGGCCTTCCATAACAGTAACGGCTTTGC
CTCTCAGGATAACCCTCTGCTTCTCCTTGTCTAAATGAATCCCAAGTGTTCCACTCCTAC
CCGAAGCTTGGTGAGCTAAAAAGCCACACTTGTTCATCTTGAGGCTCCAATAATGGGCCA
ACGCACAATGGGCACTTCCACAAACAGGGTCCTCATCGACACCAAGTTTAGGAGCAAAGT
AACGACTGGGAAAATCATAAGCCGATCCTGCAAAACCAGCAGCTGTGACGATGATGCCAT
CCCACGGACATTTCAATATATCATCCATCCTTGGCTGCAACTCGGCGACAGATTCCAAA
AA

QA 1 419 1 419
DS 

RD RR1H591JQ 755 0 0
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GAGCTTGTTTTTTTT***GTGTAGCAATACATGATCTCAGATTAAACCAAGACATGGCCT
TCCATAACAGTAACGGCTTTGCCTCTCAGGATAACCCTCTGCTTCTCCTTGTCTAAATGA
ATCCCAAGTGTTCCACTCCTACGCGAAGCTTGGTGAGCTAAGAAGCCACACTTGTTCATC
TTGAGGCTCCAATAATGTGCCAACGCACAATGTGCACTTCCACAAACAGGATCCTCATCG
ACACCAAGTTTAGGAGCAAAGTAACGACTGTGAAAATCATAAGCCGATCCTGCAGAACCA
GCAGCTGTGACGATGATGCCATCGCAAGGGCATTTCAATATAACATCCATTCTTGGCTGC
AACTCGGCGACAGATTCCAAAGATGGAAGCACAACGAGGATGTTGTTAGTCTTGGTCGCA
GTAGCTTTAATATCAAGAATGGTAGCTCCGTTCAAGGCCTTGGCGATCAAGGAGGAGGAA
GCATCAGTGAGATCGATATCACAAGTTGGAACCACAGGGAAATTCAGCTCGATCGAAAAG
GATCCTCTTTTCACTTCACCATCGTCATTGAGCTCTGAGACTCGCTTGGCTGTAAGAACC
CCTGACCTTGTGACAAACTCGACACTGTCTGAATCGACCAAATCATTGGAGAAGAGACAA
TGAGCAGATGCCAAAGTCGCATGTCCACAAAGATC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1C914JQ 762 0 0
CATATCAGTGGTTTTCTGTCTTTATTCATTAGTGGAAGGAGCTTGTTTTTTTTTT*GTGT
AGCAATACATGATCTCAGATTAGACCAAGACATGGCCTTCCATAACAGTAACGGCTTTGC
CTCTCAGGATAACCCTCTGCTTCTCCTTGTCTAAATGAATCCCAAGTGTTCCACTCCTAC
GCGAAGCTTGGTGAGCTAAGAAGCCACACTTGTTCATCTTGAGGCTCCAATAATGTGCCA
ACGCACAATGTGCACTTCCACAAACAGGATCCTCATCGACACCAAGTTTAGGAGCAAAGT
AACGACTGTGAAAATCATAAGCCGATCCTGCAGAACCAGCAGCTGTGACGATGATGCCAT
CGCAAGGGCATTTCAATATAACATCCATTCTTGGCTGCAACTCGGCGACAGATTCCAAAG
ATGGAAGCACAACGAGGATGTTGTTAGTCTTGGTCGCAGTAGCTTTAATATCAAGAATGG
TAGCTCCGTTCAAGGCCTTGGCGATCAAGGAGGAGGAAGCATCAGTGAGATCGATATCAC
AAGTTGGAACCACAGGGAAATTCAGCTCGATCGAAAAGGATCCTCTTTTCACTTCACCAT
CGTCATTGAGCTCTGAGACTCGCTTGGCTGTAAGAACCCCTGACCTTGTGACAAACTCGA
CACTGTCTGAATCGACCAAATCATTGGAGAAGAGACAATGAGCAGATGCCAAAGTCGCAT
GTCCACAAAGATCCACCTCGGCTAGAGGGGTAAACCAACGGA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1C914TF 771 0 0
TCATC
TGAGGCTCCAATAATGTGCCA*CGCACAATGTGCACT*CCACAAACAGGATC*TCATCGA
CACCAAGTTTAGGAGCAAAGTAACGACTGTGAAAATCATAAGCCGATC*TGCAGAACCAG
CAGCTGTGACGATGATGCCATCGCAAGGGCATTTCAATATAACATCCATTCTTGGCTGCA
ACTCGGCGACAGATTCCAAAGATGGAAGCACAACGAGGATGTTGTTAGTCTTGGTCGCAG
TAGCTTTAATATCAAGAATGGTAGCTCCGTTCAAGGCCTTGGCGATCAAGGAGGAGGAAG
CATCAGTGAGATCGATATCACAAGTTGGAACCACAGGGAAATTCAGCTCGATCGAAAAGG
ATCCTCTTTTCACTTCACCATCGTCATTGAGCTCTGAGACTCGCTTGGCTGTAAGAACCC
CTGACCTTGTGACAAACTCGACACTGTCTGAATCGACCAAATCATTGGAGAAGAGACAAT
GAGCAGATGCCAAAGTCGCATGTCCACAAAGATCCACCTCGGCTAGAGGGGTAAACCAAC
GGAGATTGAAGCGAGTTTGGAAACCGGTGATGGAAGTAAGGAAACTAGTTTGGGAGATGT
TGAATTCGGTGGCGATAGACTGAAGCCACGTGTCGTCTCTCTCGTTGTTGTTGTTGTTGA
GGAAACAAACGGCTGCTGGGTTCCCTTTGAAAGCAGAATCAGTGAAAGCATCCACCACAA
AGTACTTGACGCCTTTCTTCTTCGCCATGATTCTCAGCTGTTT
TCC

QA 6 768 6 768
DS 

RD RR1H591TF 784 0 0
TGAGCTCC
ATAATGTGCCA*CGCACAATGTGCACTTCCACAAACAGGATC*TCATCGACACCAAGTTT
AGGAGCAAAGTAACGACTGTGAAAATCATAAGCCGATC*TGCAGAACCAGCAGCTGTGAC
GATGATGCCATCGCAAGGGCATTTCAATATAACATCCATTCTTGGCTGCAACTCGGCGAC
AGATTCCAAAGATGGAAGCACAACGAGGATGTTGTTAGTCTTGGTCGCAGTAGCTTTAAT
ATCAAGAATGGTAGCTCCGTTCAAGGCCTTGGCGATCAAGGAGGAGGAAGCATCAGTGAG
ATCGATATCACAAGTTGGAACCACAGGGAAATTCAGCTCGATCGAAAAGGATCCTCTTTT
CACTTCACCATCGTCATTGAGCTCTGAGACTCGCTTGGCTGTAAGAACCCCTGACCTTGT
GACAAACTCGACACTGTCTGAATCGACCAAATCATTGGAGAAGAGACAATGAGCAGATGC
CAAAGTCGCATGTCCACAAAGATCCACCTCGGCTAGAGGGGTAAACCAACGGAGATTGAA
GCGAGTTTGGAAACCGGTGATGGAAGTAAGGAAACTAGTTTGGGAGATGTTGAATTCGGT
GGCGATAGACTGAAGCCACGTGTCGTCTCTCTCGTTGTTGTTGTTGTTGAGGAAACAAAC
GGCTGCTGGGTTCCCTTTGAAAGCAGAATCAGTGAAAGCATCCACCACAAAGTACTTGAC
GCCTTTCTTCTTCGCCATGATTCTCAGCTGTTTGAGCAGAAAGAGGATGAGGATCC

QA 9 784 9 784
DS 



AS 1 4

CO CL1010Contig1 858 4 11 U
GGTCTACAGAAACATTGTATTCATAGAGAAGAATACGTTACACAAAGTGTGCGTCTCTTT
CCAAAAGCGTTTCACAACACACTCTCAAACAGTACAGCAAAAAGGAGGAAATGATTAAAG
ATCTACAGAGGGAACTTAAGGCACAAGAAAACGCATGGGAAATTAGATCTTCTTGGGTTT
AGATAAAGACTTGCAGAAAGAAGAGAAGGCTCCACTGATCTCTTCATGGATTGGGAGGGC
GAGAGAGAGTGTTAAAGGACGATGGTGATCTTGAAAGTTTCCGGTTTGGTGTCTCAAGGA
GACGGAGTGAGCCAGAGCTGTTTGTCTTTTGTTGAGTCCCTCAAGGATAAAAGAGAAAGC
ACCAAAAGTGAGGCAACTCTGTAGAAGAGCCTGTGGAGCACCAGGGAAACTAAGAGCAAG
GCCGGTGCAGCACCCAGCAACCCCAACATTAATGGCGTCATCTTTCCCACGCAATTGTTT
CAGAAGGCAAACAACCAAACTGTGTACTCCGGACAAAACAGCAAAAGTCTTTGCAGACTG
CCCTGCATCTGCAAACGATCCTTTAAACCCTTTCTTCTTGAACAATCCTGAACCGTATCC
AAAGATAGAGCCCATGACGGCGCCGCCAGCTGCATCTCCGGCGAAACGGACAAAACAAAC
GGCGGGAGCAGGGATAGTCAATGTCTTGGAGGAATCTTTATCCGTTCCATCATCGTCGTC
ACCGTCTGAGTGGAGTTTGACTTCGGTGTCTACAGCATTTGAAGAATCGTTGGCTGCCAT
AGCGAAGAAACCTCTGAAGGTACGTTTTGGTATCTACCTGCGGAATCTGGAAAATATACT
TTTTTTTCTTCAGTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G372JQ U 1
AF RR1FE02JQ U 6
AF RR1F406TF C 40
AF RR1G372TF C 489
BS 1 30 RR1G372JQ
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BS 735 837 RR1F406TF
BS 838 838 RR1G372TF
BS 839 858 RR1F406TF

RD RR1G372JQ 428 0 0
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AGATAAAGACTTGCAGAAAGAAGAGAAGGCTCCACTGATCTCTTCATGGATTGGGAGGGC
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GCCGGTGC

QA 1 428 1 428
DS 

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AGCGTTTCACAACACACTCTCAAACAGTACAGCAAAAAGGAGGAAATGATTAAAGATCTA
CAGAGGGAACTTAAGGCACAAGAAAACGCATGGGAAATTAGATCTTCTTGGGTTTAGATA
AAGACTTGCAGAAAGAAAAAAAGGCTCCACTGATCTCTTCATGGATTGGGAGGGCGAGAG
AGAGTGTTAAAGGACGATGGTGATCTTGAAAGTTTCCGGTTTGGTGTCTCAAGGAGACGG
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CATCTGCAAACGATCCTTTAAACCCTTTCTTCTTGAACAATCCTGAACCGTATCCAAAGA
TAGAGCCCATGACGGCGCCGCCAGCTGCATCTCCGGCGAAACGGACAAAACAAACGGCGG
GAGCAGGGATAGTCAATGTCTTGGAGGAATCTTTATCCGTTCCATCATCGTCGTCACCGT
CTGAGTGGA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1F406TF 819 0 0
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AAAAGA**GAAATGATTTA*GATCTACAGAGGGAACTTAAGGCACA*GAAAACGCATGGG
AAATTAGATCTTCTTGGGTTTAGATAAAGACTTGCAGAAAGAAGAGAAGGCTCCACTGAT
CTCTTCATGGATTGGGAGGGCGAGAGAGAGTGTTAAAGGACGATGGTGATCTTGAAAGTT
TCCGGTTTGGTGTCTCAAGGAGACGGAGTGAGCCAGAGCTGTTTGTCTTTTGTTGAGTCC
CTCAAGGATAAAAGAGAAAGCACCAAAAGTGAGGCAACTCTGTAGAAGAGCCTGTGGAGC
ACCAGGGAAACTAAGAGCAAGGCCGGTGCAGCACCCAGCAACCCCAACATTAATGGCGTC
ATCTTTCCCACGCAATTGTTTCAGAAGGCAAACAACCAAACTGTGTACTCCGGACAAAAC
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GAACAATCCTGAACCGTATCCAAAGATAGAGCCCATGACGGCGCCGCCAGCTGCATCTCC
GGCGAAACGGACAAAACAAACGGCGGGAGCAGGGATAGTCAATGTCTTGGAGGAATCTTT
ATCCGTTCCATCATCGTCGTCACCGTCTGAGTGGAGTTTGACTTCGGTGTCTACAGCATT
TGAAGAATCGTTGGCTGCCATAGCGAAGAAACCTCTGAAGGTACGTTTTGGTATCTACCT
GCGGAATCTGGAAAATATCCTTTTTTTTCTTCAGTTGTC

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DS 

RD RR1G372TF 365 0 0
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CTGCAAACGATCCTTTAAACCCTTTCTTCTTGAACAATCCTGAACCGTATCCAAAGATAG
AGCCCATGACGGCGCCGCCAGCTGCATCTCCGGCGAAACGGACAAAACAAACGGCGGGAG
CAGGGATAGTCAATGTCTTGGAGGAATCTTTATCCGTTCCATCATCGTCGTCACCGTCTG
AGTGGAGTTTGACTTCGGTGTCTACAGCATTTGAAGAATCGTTGGCTGCCATAGCGAAGA
AACCTCTGAAGGTACGTTTTGGTATCTACCTGCGGAATCTGGAAAATATACTTTTTTTTC
TTC
CC

QA 1 363 1 363
DS 



AS 1 7

CO CL1011Contig1 598 7 1 U
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ATCAACCTCCACAGACGCCTTCACAGCTGTACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCATA
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AAGTTGAACAAGCAGATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATTAGGGTG
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CTTGTTGTTTTCATTTCAAAAGGAGTTTTTGTCTTTCTTGGTAGTGTTGACGATGCAGTT
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BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW06TF U 1
AF RR1D239TF U 10
AF RR1D322JQ C 10
AF RR1D322TF U 10
AF RR1CL25JQ C 3
AF RR1FC19TF U 225
AF RR1CL25TF U 3
BS 1 598 RR1FW06TF

RD RR1FW06TF 598 0 0
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AAAGACAAGATGTCTGAGAAAAAGGGAAGGAAAGAGGAAGTGGTGACGAGAGAGTACACC
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AAGGAGATAAGGAAGTTTGCAGAGAAAGCCATGGGAACAAAGGACGTAAGGGTAGACGTG
AAGTTGAACAAGCAGATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATTAGGGTG
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ACCGTTGCTGAAATCCCTGCCGAAGGTCTCAGTGGACTTGGCACTAAGGTCATTGACGAG
GAGGATTGAAGATCCTTGTAGTCACTGAGACTAGTTTTGTGGGTTTTTATTTTTGTATTT
CTTGTTGTTTTCATTTCAAAAGGAGTTTTTGTCTTTCTTGGTAGTGTTGACGATGCAGTT
TATTGGAAAGACTCATTTTCTTCTGCAAGACCTAAAGATGAATCTGCTTTATGTTCTT

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DS 

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GG
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CTCATTTTCT

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DS 

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GG
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T

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RD RR1D322TF 564 0 0
GG
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CTCATTTTCTTCCGCAAGACC
T

QA 3 563 3 563
DS 

RD RR1CL25JQ 570 0 0
GGGTCTCTC
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CTCATTTTCTTCTGCAAGACC

QA 10 570 10 570
DS 

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AGGG
AGGGTAGACGTGAAGTTGAACAAGCAGATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGG
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ATTTTTGTATTTCTTGTTGTTTTCATTTCAAAAGGAGTTTTTGTCTTTCTTGGTAGTGTT
GACGATGCAGTTTATTGGAAAGA

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DS 

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GGGTCTCTC
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GTCTGAGAAAAAGGGAAGGAAAGAGGAAGTGGTGACGAGAGAGTACACCATCAACCTCCA
CAGACGCCTTCACAGCTGTACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCATAAAGGAGATAAG
GAAGTTTGCAGAGAAAGCCATGGGAACAAAGGACGTAAGGGTAGACGTGAAGTTGAACAA
GCAGATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATTAGGGTGCGTGTTGCGCG
TAAGAGAAACGACGATGAGGACGCAAAGGAAGAGTTTTTCTCACTTGTCACCGTTGCTGA
AATCCCTGCCGAAGGTCTCAGTGGACTTGGCACTAAGGTCATTGACGAGGAGGATTGAAG
ATCCTTGTAGTCACTGAGACTAGTTTTGTGGGTTTTTATTTTTGTATTTCTTGTTGTTTT
CATTTCAAAAGGAGTTTTTGTCTTTCTTGGTAGTGTTGACGATGCAGTTTATTGGAAAGA
CTCATTTTCTTCTGCAAGACC

QA 10 570 10 570
DS 



AS 1 7

CO CL1012Contig1 712 7 6 U
GGGCATTAGGAGAAGCCAAATTTTCTTTTGCGTCTCTGAGCTGTTTATTGAACTACATCT
CCTTCAATGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCT
ACCAGAATTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGCCGT
TTTCAGTCTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACCGTG
CAGAAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTCACT
GCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTGGAGATAGTGATG
GCTTTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACG
ATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGTTCATAAGAAACCTGCGGCCTAAGCT
TCGTAAACTATCCCGGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTTTT*CCTTCTTTCTGAGCT
TTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGTTATGATTTTTTGTTTTC
TTCTTTTGGAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTGGTACGTTGAGATTGA
TTCTTTGTGGTGATTGGTCTTTCATGAATTAAGCATATATCCAACTTTCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1DU51TF U 5
AF RR1C158JQ C 1
AF RR1C158TF U 1
AF RR1GN01TF U 7
AF RR1AQ24JQ C 53
AF RR1GN01JQ C 59
AF RR1AQ24TF U 53
BS 1 7 RR1C158JQ
BS 8 524 RR1C158TF
BS 525 525 RR1GN01TF
BS 526 672 RR1C158TF
BS 673 710 RR1AQ24TF
BS 711 712 RR1AQ24JQ

RD RR1DU51TF 524 0 0
AGG
AGGAGAAGCCAAATTTTCTTTTGCGTCTCTGAGCTGTGTATTGAACTACATCTCCTTCAA
TGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCTACCAGAA
TTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGCCGTTTTCAGT
CTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACCGTGCAGAAAG
TGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTCACTGCTGAGT
CTAAGTTCTCTGCTCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTGGAGATAGTGATGGCTTTGG
AGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAG
AGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGTTCATAAGAAACCTGCGGCCTAAGCTTCGTAAA
CTATCCCGGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTTTTC
TTT

QA 4 521 4 521
DS 

RD RR1C158JQ 634 0 0
GGGCATTAGGAGAAGCCAAATTTTCTTTTGCGTCTCTGAGCTGTTTATTGAACTACATCT
CCTTCAATGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCT
ACCAGAATTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGCCGT
TTTCAGTCTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACCGTG
CAGAAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTCACT
GCTGAGTCCAAGTTTTCTGCTCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTGGAGATAGTGATG
GCTTTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACG
ATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGTTCATAAGAAACCTGCGGCCTAAGCT
TCGTAAACTATCCCGGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTTTTTCCTTCTTTTTGAGCT
TTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGTTATGATTTTTTGTTTTC
TTCTTTTGGAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATG

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1C158TF 673 0 0
GGGCATT
AGGAGAAGCCAAATTTTCTTTTGCGTCTCTGAGCTGTTTATTGAACTACATCTCCTTCAA
TGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCTACCAGAA
TTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGCCGTTTTCAGT
CTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACCGTGCAGAAAG
TGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTCACTGCTGAGT
CCAAGTTCTCTGCTCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTGGAGATAGTGATGGCTTTGG
AGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAG
AGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGTTCATAAGAAACCTGCGGCCTAAGCTTCGTAAA
CTATCCCGGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTTTTTCCTTCTTTCTGAGCTTTCTTGG
TTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGTTATGATTTTTTGTTTTCTTCTTTT
GGAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTGGTACGTTGAGATTGATTCTTTG
TGGTG
C

QA 8 672 8 672
DS 

RD RR1GN01TF 663 0 0
G
AGGAGAAGCCAAATTTTCTTTTGCGTCTCTGAGCTGTGTATTGAACTACATCTCCTTCAA
TGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCTACCAGAA
TTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGCCGTTTTCAGT
CTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACCGTGCAGAAAG
TGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTCACTGCTGAGT
CCAAGTTCTCTGCTCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTGGAGATAGTGATGGCTTTGG
AGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAG
AGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGTTCATAAGAAACCTGCGGCCTAAGCTTCGTAAA
CTATCCCGGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTTTT*CCTTCTTTCTGAGCTTTCTTGG
TTTCAGACCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGTTATGATTTTTTGTTTTCTTCTTTT
GGAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTGGTACGTTGAGATTGATTCTTTG
TG

QA 2 663 2 663
DS 

RD RR1AQ24JQ 660 0 0
GG
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CAATCTACCAGAATTTCTCAGGCGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTT
GGCCGTTTTCAGTCTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAG
ACCGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCG
CTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTGGAGATA
GTGATGGCTTTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATT
ACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGTTCATAAGAAACCTGCGGCC
TAAGCTTCGTAAACTATCCCGGTTTAATACAAACCGGCTGTCTTTTTTTT*CCTTCTTTC
TGAGCTTTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGTTATGATTTTTT
GTTTTCTTCTTTTGGAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTGGTACGTTGA
GATTGATTCTTTGTGGTGATTGGTCTTTCATGAATTAAGCATATATCCAACTTTCCTC

QA 3 660 3 660
DS 

RD RR1GN01JQ 636 0 0
CTCCTTCAATGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAAT
CTACCAGAATTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGCC
GTTTTCAGTCTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACCG
TGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTCA
CTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTTTCGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTGGAGATAGTGA
TGGCTTTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGA
CGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGTTCATAAGAAACCTGCGGCCTAAG
CTTCGTAAACTATCCCGGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTTTT*CCTTCTTTTTGAG
CTTTTTTGGTTTCAGACCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGTTATGATTTTTTGTTT
TCTTCTTTTGGAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTGGTACGTTGAGATT
GATTCTTTGTGGTGATTGGTCTTTCATGAATTAAGC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1AQ24TF 658 0 0
GG
ACATCTCCTTCAATGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATA
CAATCTACCAGAATTTCTCAGGCGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTT
GGCCGTTTTCAGTCTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAG
ACCGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCG
CTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTGGAGATA
GTGATGGCTTTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATT
ACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGTTCATAAGAAACCTGCGGCC
TAAGCTTCGTAAACTATCCCGGTTTAATACAAACCGGCTGTCTTTTTTTT*CCTTCTTTC
TGAGCTTTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGTTATGATTTTTT
GTTTTCTTCTTTTGGAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTGGTACGTTGA
GATTGATTCTTTGTGGTGATTGGTCTTTCATGAATTAAGCATATATCCAACTTTCC

QA 3 658 3 658
DS 



AS 1 6

CO CL1013Contig1 989 6 9 U
GGATCTCTCTCTTTCCCTGTTTCTGAGATTTTCTTCGGCTTTTTTTCCCCTGTCTGTATC
TTTGTCATTGTTATCGCAGATCTCGAGGAAAGTTTACTCATCGATTCGAAGTTTGTGTGT
GTTTGTTTGATTGTCTTTTTTGCGATGGGATCGTCGTCGGGGCAGCCAGAATTTGATTAC
TTGTTCAAAGTGTTATTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGGAAAAGCTCTCTCTTGTTGAGT
TTCACATCTAATACCTTTGATGATCTTTCTCCCACTATCGGTGTGGATTTTAAGGTTAAG
TATCTTACCATTGGAGACAAGAAACTCAAGCTTGCCATTTGGGATACAGCTGGGCAAGAG
AGGTTTAGGACGCTAACAAGTTCATATTACAGAGGAGCTCAGGGCATAATAATGGTGTAT
GATGTGACACGACGAGACACTTTCACAAATCTATCAGATATATGGGCCAAGGAAATCGAC
CTGTACTCCACTAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGCAATAAAGTCGACAAGGAG
AGTGAAAGAGCTGTCTCTAAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGGAGTACGGATGTTTG
TTTCTCGAGTGTAGTGCAAAGACTCGTGTCAACGTTGAGCAATGTTTCGAAGAGCTTGTT
CTTAAGATTTTGGAAACGCCTAGTCTTACTGCTGAAGGTTCGTCTGGAGGGAAGAAGAAC
ATCTTCAAACAGAACCCAGCACAAACGAGCAGTGCTTCATCGAGCTACTGCTGCTCTTCT
TAGACATGGGCTTTACGGTTTATGATGCAAAGTGCACTCTTGTTTGTCTTCTTGCTTTCT
TGTTCTCGGTTTCTCTGTTTCCTAAAAATACTGCAGCATTCCGTCTTGGATGTAAAAATC
TTAACCCTGATTTCAAAGTTGTGTTCCCTGTTTTTCTAGTCTGGAACCATTCCGTCTTAT
TCAAAACAAAATGTTATTTTTACTTGACC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS14TF U 1
AF RR1CV63TF U 134
AF RR1CJ85TF U 2
AF RR1CJ85JQ C 136
AF RR1DS14JQ C 160
AF RR1CV63JQ C 259
BS 1 134 RR1DS14TF
BS 135 135 RR1CJ85TF
BS 136 546 RR1DS14TF
BS 547 547 RR1CV63TF
BS 548 697 RR1DS14TF
BS 698 698 RR1CJ85JQ
BS 699 715 RR1DS14TF
BS 716 932 RR1CJ85JQ
BS 933 989 RR1CV63JQ

RD RR1DS14TF 715 0 0
GGATCTCTCTCTTTCCCTGTTTCTGAGATTTTCTTCGGCTTTTTTTCCCCTGTCTGTATC
TTTGTCATTGTTATCGCAGATCTCGAGGAAAGTTTACTCATCGATTCGAAGTTTGTGTGT
GTTTGTTTGATTGTTTTTTTTGCGATGGGATCGTCGTCGGGGCAGCCAGAATTTGATTAC
TTGTTCAAAGTGTTATTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGGAAAAGCTCTCTCTTGTTGAGT
TTCACATCTAATACCTTTGATGATCTTTCTCCCACTATCGGTGTGGATTTTAAGGTTAAG
TATCTTACCATTGGAGACAAGAAACTCAAGCTTGCCATTTGGGATACAGCTGGGCAAGAG
AGGTTTAGGACGCTAACAAGTTCATATTACAGAGGAGCTCAGGGCATAATAATGGTGTAT
GATGTGACACGACGAGACACTTTCACAAATCTATCAGATATATGGGCCAAGGAAATCGAC
CTGTACTCCACTAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGCAATAAAGTCGACAAGGAG
AGTGAAGGAGCTGTCTCTAAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGGAGTACGGATGTTTG
TTTCTCGAGTGTAGTGCAAAGACTCGTGTCAACGTTGAGCAATGTTTCGAAGAGCTTGTT
CTTAAGATTTTGGAAACGCCTAGTCTTACTGCTGAAG*TTCGTCTGGAGGGAAGA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1CV63TF 552 0 0
TT
TTTTTTGCGATGGGATCGTCGTCGGGGCAGCCAGAATTTGATTACTTGTTCAAAGTGTTA
TTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGGAAAAGCTCTCTCTTGTTGAGTTTCACATCTAATACC
TTTGATGATCTTTCTCCCACTATCGGTGTGGATTTTAAGGTTAAGTATCTTACCATTGGA
GACAAGAAACTCAAGCTTGCCATTTGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGGTTTAGGACGCTA
ACAAGTTCATATTACAGAGGAGCTCAGGGCATAATAATGGTGTATGATGTGACACGACGA
GACACTTTCACAAATCTATCAGATATATGGGCCAAGGAAATCGACCTGTACTCCACTAAT
CAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGCAATAAAGTCGACAAGGAGAGTGAAAGAGCTGTC
TCTAAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGGAGTACGGATGTTTGTTTCTCGAGTGTAGT
GCAAAGACTCGTGTCAACGTTGAGCAATGTTTCGAAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAA
ACGCCTAGTC

QA 3 552 3 552
DS 

RD RR1CJ85TF 713 0 0
GATCTCTCTCTTTCCCTGTTTCTGAGATTTTCTTCGGCTTTTTTTCCCCTGTCTGTATCT
TTGTCATTGTTATCGCAGATCTCGAGGAAAGTTTACTCATCGATTCGAAGTTTGTGTGTG
TTTGTTTGATTGTCTTTTTTGCGATGGGATCGTCGTCGGGGCAGCCAGAATTTGATTACT
TGTTCAAAGTGTTATTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGGAAAAGTTCTCTCTTGTTGAGTT
TCACATCTAATACCTTTGATGATCTTTCTCCCACTATCGGTGTGGATTTTAAGGTTAAGT
ATCTTACCATTGGAGACAAGAAACTCAAGCTTGCCATTTGGGATACAGCTGGGCAAGAGA
GGTTTAGGACGCTAACAAGTTCATATTACAGAGGAGCTCAGGGCATAATAATGGTGTATG
ATGTGACACGACGAGACACTTTCACAAATCTATCAGATATATGGGCCAAGGAAATCGACC
TGTACTCCACTAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGCAATAAAGTCGACAAGGAGA
GTGAAAGAGCTGTCTCTAAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGGAGTACGGATGTTTGT
TTCTCGAGTGTAGTGCAAAGACTCGTGTCAACGTTGAGCAATGTTTCGAAGAGCTTGTTC
TTAAGATTTTGGAAACGCCTAGTCTTACTGCTGAAG*TTCGTCTGGAGGGA
GA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1CJ85JQ 798 0 0
TTTTTTGCGATGGGATCGTCGTCGGGGCAGCCAGAATTTGATTACTTGTTCAAAGTGTTA
TTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGGAAAAGTTCTCTCTTGTTGAGTTTCACATCTAATACC
TTTGATGATCTTTCTCCCACTATCGGTGTGGATTTTAAGGTTAAGTATCTTACCATTGGA
GACAAGAAACTCAAGCTTGCCATTTGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGGTTTAGGACGCTA
ACAAGTTCATATTACAGAGGAGCTCAGGGCATAATAATGGTGTATGATGTGACACGACGA
GACACTTTCACAAATCTATCAGATATATGGGCCAAGGAAATCGACCTGTACTCCACTAAT
CAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGCAATAAAGTCGACAAGGAGAGTGAAAGAGCTGTC
TCTAAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGGAGTACGGATGTTTGTTTCTCGAGTGTAGT
GCAAAGACTCGTGTCAACGTTGAGCAATGTTTCGAAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAA
ACGCCTAGTCTTACTGCTGAAGGTTCGTCTGGAGGGAAGAAGAACATCTTCAAACAGAAC
CCAGCACAAACGAGCAGTGCTTCATCGAGCTACTGCTGCTCTTCTTAGACATGGGCTTTA
CGGTTTATGATGCAAAGTGCACTCTTGTTTGTCTTCTTGCTTTCTTGTTCTCGGTTTCTC
TGTTTCCTAAAAATACTGCAGCATTCCGTCTTGGATGTAAAAATCTTAACCCTGATTTCA
AAGTTGTGTTCCCTGTT
T

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1DS14JQ 774 0 0
GGGCAGCCAGAATTTGATTACTTGTTCAAAGTGTTATTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGG
AAAAGCTCTCTCTTGTTGAGTTTCACATCTAATACCTTTGATGATCTTTCTCCCACTATC
GGTGTGGATTTTAAGGTTAAGTATCTTACCATTGGAGACAAGAAACTCAAGCTTGCCATT
TGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGGTTTAGGACGCTAACAAGTTCATATTACAGAGGAGCT
CAGGGCATAATAATGGTGTATGATGTGACACGACGAGACACTTTCACAAATCTATCAGAT
ATATGGGCCAAGGAAATCGACCTGTACTCCACTAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTT
GGCAATAAAGTCGACAAGGAGAGTGAAGGAGCTGTCTCTAAAAAAGAAGGCATTGACTTT
GCTCGGGAGTACGGATGTTTGTTTCTCGAGTGTAGTGCAAAGACTCGTGTCAACGTTGAG
CAATGTTTCGAAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAAACGCCTAGTCTTACTGCTGAAGGT
TCGTCTGGAGGGAAGAAGAACATCTTCAAACAGAACCCAGCACAAACGAGCAGTGCTTCA
TCGAGCTACTGCTGCTCTTCTTAGACATGGGCTTTACGGTTTATGATGCAAAGTGCACTC
TTGTTTGTCTTCTTGCTTTCTTGTTCTCGGTTTCTCTGTTTCCTAAAAATACTGCAGCAT
TCCGTCTTGGATGTAAAAATCTTAACCCTGATTTCAAAGTTGTGTTCCCTGTT
G

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1CV63JQ 731 0 0
GATGATCTTTCTCCCACTATCGGTGTGGATTTTAAGGTTAAGTATCTTACCATTGGAGAC
AAGAAACTCAAGCTTGCCATTTGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGGTTTAGGACGCTAACA
AGTTCATATTACAGAGGAGCTCAGGGCATAATAATGGTGTATGATGTGACACGACGAGAC
ACTTTCACAAATCTATCAGATATATGGGCCAAGGAAATCGACCTGTACTCCACTAATCAG
GATTGCATCAAGATGCTTGTTGGCAATAAAGTCGACAAGGAGAGTGAAAGAGCTGTCTCT
AAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGGAGTACGGATGTTTGTTTCTCGAGTGTAGTGCA
AAGACTCGTGTCAACGTTGAGCAATGTTTCGAAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAAACG
CCTAGTCTTACTGCTGAAGGTTCGTCTGGAGGGAAGAAGAACATCTTCAAACAGAACCCA
GCACAAACGAGCAGTGCTTCATCGAGCTACTGCTGCTCTTCTTAGACATGGGCTTTACGG
TTTATGATGCAAAGTGCACTCTTGTTTGTCTTCTTGCTTTCTTGTTCTCGGTTTCTCTGT
TTCCTAAAAATACTGCAGCATTCCGTCTTGGATGTAAAAATCTTAACCCTGATTTCAAAG
TTGTGTTCCCTGTTTTTCTAGTCTGGAACCATTCCGTCTTATTCAAAACAAAATGTTATT
TTTACTTGACC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 7

CO CL1014Contig1 487 7 11 U
GGATTATCATCATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTT
TAATTTTTTCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGG
TTGTTTTCATGATCTTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAG
TGGAAGCTCCAGCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTG
CATCTGTTGTTGCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAA*CAACCATTTATCAT
TCATTTTTTCTCCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTG
ATTCTAAAGCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCT
TTGTATGTATCATCATCATTTTTCATTGTTTCTGGATTCATTTTATCTTACAAACTATCC
ACAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR1FK15TF U 10
AF RR1ES79JQ C 266
AF RR1AU55JQ C 8
AF RR1AU55TF U 8
AF RR1ES79TF U 78
AF RR1B920JQ C 1
AF RR1B920TF U 1
BS 1 8 RR1B920JQ
BS 9 11 RR1AU55TF
BS 12 124 RR1FK15TF
BS 125 125 RR1AU55TF
BS 126 158 RR1FK15TF
BS 159 159 RR1AU55TF
BS 160 285 RR1FK15TF
BS 286 286 RR1AU55TF
BS 287 398 RR1FK15TF
BS 399 449 RR1AU55TF
BS 450 487 RR1B920TF

RD RR1FK15TF 389 0 0
GG
ATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTTTAATTTTTTCT
TGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGGTTGTCTTCATG
ATCTTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTATGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTGGAAGCTCCA
GCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCATCTGTTGTT
GCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAAACAACCATTTATCATTCATTTTTTCT
CCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATTCTAAAGCT
ATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTT

QA 3 389 3 389
DS 

RD RR1ES79JQ 211 0 0
TTTTT
TCTTTTGAGCCAAAA*CAACCATTTATCATTCATTTTTTCTCCTCTATTAATTTTTGTTG
TTTTTGTTAATGATTTGGGCGTGTGGTTTGATTCTAAAGCTATAGAGTGTTGTAGTATTT
TTAATTTTCCCATCCGTTTCTATGTGTGCTTTGTATGTATCATCATCATTTTTCATTGTT
TCGGGATTCATTTTTTTTTACAAAC
T

QA 6 210 6 210
DS 

RD RR1AU55JQ 442 0 0
G
ATCATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTTTAATTTTT
TCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGGTTGTTTTC
ATGATCTTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTGGAAGCT
CCAGCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCATCTGTT
GTTGCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAA*CAACCATTTATCATTCATTTTT
TCTCCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATTCTAAA
GCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCTTTGTATGT
ATCATCATCATTTTTCATTGT

QA 2 442 2 442
DS 

RD RR1AU55TF 442 0 0
G
ATCATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTTTAATTTTT
TCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGGTTGTTTTC
ATGATCTTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTGGAAGCT
CCAGCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCATCTGTT
GTTGCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAA*CAACCATTTATCATTCATTTTT
TCTCCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATTCTAAA
GCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCTTTGTATGT
ATCATCATCATTTTTCATTGT

QA 2 442 2 442
DS 

RD RR1ES79TF 398 0 0
TCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGGTTGTTTTCATGATCTTT
GCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTGGAAGCTCCAGCTCCA
AGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCTGCATTGTTTGCATCTGTTGTTGCTTTG
GCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAA*CAACCATTTATCATTCATTTTTTCTCCTCTA
TTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATTCTAAAGCTATAGAG
TGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCTTTGTATGTATCATCATC
ATTTTTCATTGTTTCTGGATTCATTTTATCTTACAAAC

QA 1 398 1 398
DS 

RD RR1B920JQ 487 0 0
GGATTATCATCATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTT
TAATTTTTTCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGG
TTGTTTTCATGATCTTTGCTGTGGCCTTTTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAG
TGGAAGCTCCAGCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTG
CATCTGTTGTTGCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAA*CAACCATTTATCAT
TCATTTTTTCTCCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTCGTGCGTGTGGTTTG
ATTCTAAAGCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCT
TTGTATGTATCATCATCATTTTTCATTGTTTCTGGATTCATTTTATCTTACAAACTATCC
ACAAATC

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1B920TF 487 0 0
GGATTATC
ATCATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTTTAATTTTT
TCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGGTTGTTTTC
ATGATCTTTGCTGTGGCCTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTGGAAGCT
CCAGCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCATCTGTT
GTTGCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAA*CAACCATTTATCATTCATTTTT
TCTCCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTCGTGCGTGTGGTTTGATTCTAAA
GCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCTTTGTATGT
ATCATCATCATTTTTCATTGTTTCTGGATTCATTTTATCTTACAAACTATCCACAAATC

QA 9 487 9 487
DS 



AS 2 7

CO CL1015Contig1 848 3 7 U
AGAAATAGTAAATTACACATAAAAGAACACGTTTTACAAAATACACATACATAGCATGTA
TAAAACTAATACAAACTTTATTGATAATTTGGTGTATACCGAAAGTAGATATATTATTTT
TTCCATTTCTTATTCTGCATTATCAAGTGTTACATGACGTGTCGTTCGAAGAACTTTTTA
GCAATTAAGGTGAGAACCAGGGTCCACACCAAGCTGTCGACAATAGTATCGGTAGTACCT
AATCCTTTCATTGACCGCATATGAATTACCACCGTTACATTCGATTCCGTTGATGGCTCT
TATTGTGGCTCCAAATCCTTGGTTAAGTACTGGCCTTACGCTATTCATCCAATACCACAA
ACTCGTTTTGAAACTTACAGTTGGGTTACCCACAGGCTCAGGTAGGCTATGAGGACCTGT
GCCCGGGCCACATGGTACTTGTTCAACGTTCTCATCGCAATCTTTACGACGTAACGTTCC
ATTTATTGCTTCAATGTTGCAAAAGTGTCCAGTAACGTGAGTGAAATGAGCAAACATGGT
AGCAATTTCACGCCTAGTAACGGAATTAGCAAATTTGGAAAAAGTATTAGCGGCGTGGAT
AAAAGAGTCACGAGTGTAAAATCTTTTTCCGGCGCATCCACTACCAACGTTTTTGATAAT
GTCGTTAAAGAATTGTTGGGTCACAATGCTACTGACCACGGTACCACCACCGATTAGTGT
TTCAGTGACTTTACAGGGACCTGATATGCATCCAGCACCGCAATGAGCATCGTTGGTACC
ACAATAACCAAACTGACTGCACAAAGTTGGGAGCGCAACCGCAGTTTGAGACTTGACTGT
TACAGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW68JQ U 175
AF RR1GY38JQ U 98
AF RR1BO64JQ U 1
BS 1 683 RR1BO64JQ
BS 684 684 RR1CW68JQ
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BS 780 780 RR1GY38JQ
BS 781 848 RR1BO64JQ

RD RR1CW68JQ 538 0 0
T
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TACCTAATCCTTTCATTGACCGCATATGAATTACCACCGTTACATTCGATTCCGTTGATG
GCTCTTATTGTGGCTCCAAATCCTTGGTTAAGTACTGGCCTTACGCTATTCATCCAATAC
CACAAACTCGTTTTGAAACTTACAGTTGGGTTACCCACAGGCTCAGGTAGGCTATGAGGA
CCTGTGCCCGGGCCACATGGTACTTGTTCAACGTTCTCATCGCAATCTTTACGACGTAAC
GTTCCATTTATTGCTTCAATGTTGCAAAAGTGTCCAGTAACGTGAGTGAAATGAGCAAAC
ATGGTAGCAATTTCACGCCTAGTAACGGAATTAGCAAATTTGGAAAAAGTATTAGCGGCG
TGGATAAAAGAGTCACGAGTGTAAAATCTTTTTCCGGCGCATCCACTACCAACGTTTTTG
ATAATGTCGTTAAAGAATTGTTGGGTCACAATGCTACTGACCACGGTACCACCACCG

QA 2 538 2 538
DS 

RD RR1GY38JQ 702 0 0
G
CCGAAAGTAGATATATTATTTTTTCCATTTCTTATTCTGCATTATCAAGTGTTACATGAC
GTGTCGTTCGAAGAACTTTTTAGCAATTAAGGTGAGAACCAGGGTCCACACCAAGCTGTC
GACAATAGTATCGGTAGTACCTAATCCTTTCATTGACCGCATATGAATTACCACCGTTAC
ATTCGATTCCGTTGATGGCTCTTATTGTGGCTCCAAATCCTTGGTTAAGTACTGGCCTTA
CGCTATTCATCCAATACCACAAACTCGTTTTGAAACTTACAGTTGGGTTACCCACAGGCT
CAGGTAGGCTATGAGGACCTGTGCCCGGGCCACATGGTACTTGTTCAACGCTCTCATCGC
AATCTTTACGACGTAACGCTCCATTTATTGCTTCAATGTTGCAAAAGTGTCCAGTAACGT
GAGTGAAATGAGCAAACATGGTAGCAATTTCACGCCTAGTAACGGAATTAGCAAATTTGG
AAAAAGTATTAGCGGCGTGGATAAAAGAGTCACGAGTGTAAAATCTTTTTCCGGCGCATC
CACTACCAACATTTTTGATAATGTCGTTAAAGAATTGTTGGGTCACAATGCTACTGACCA
CGGTACCACCACCGATTGGTGTTTCAGTGACTTTACAGGGACCTGATATGCATCCAGCAC
CGCAATGAGCATCGTTGGTACCACAATAACCAAACTGACTG

QA 2 702 2 702
DS 

RD RR1BO64JQ 848 0 0
AGAAATAGTAAATTACACATAAAAGAACACGTTTTACAAAATACACATACATAGCATGTA
TAAAACTAATACAAACTTTATTGATAATTTGGTGTATACCGAAAGTAGATATATTATTTT
TTCCATTTCTTATTCTGCATTATCAAGTGTTACATGACGTGTCGTTCGAAGAACTTTTTA
GCAATTAAGGTGAGAACCAGGGTCCACACCAAGCTGTCGACAATAGTATCGGTAGTACCT
AATCCTTTCATTGACCGCATATGAATTACCACCGTTACATTCGATTCCGTTGATGGCTCT
TATTGTGGCTCCAAATCCTTGGTTAAGTACTGGCCTTACGCTATTCATCCAATACCACAA
ACTCGTTTTGAAACTTACAGTTGGGTTACCCACAGGCTCAGGTAGGCTATGAGGACCTGT
GCCCGGGCCACATGGTACTTGTTCAACGTTCTCATCGCAATCTTTACGACGTAACGTTCC
ATTTATTGCTTCAATGTTGCAAAAGTGTCCAGTAACGTGAGTGAAATGAGCAAACATGGT
AGCAATTTCACGCCTAGTAACGGAATTAGCAAATTTGGAAAAAGTATTAGCGGCGTGGAT
AAAAGAGTCACGAGTGTAAAATCTTTTTCCGGCGCATCCACTACCAACGTTTTTGATAAT
GTCGTTAAAGAATTGTTGGGTCATAATGCTACTGACCACGGTACCACCACCGATTAGTGT
TTCAGTGACTTTACAGGGACCTGATATGCATCCAGCACCGCA*TGAGCATCGTTGGTAC*
ACAATAACCAAACTGACTGCACAAAGTTGGGAGCGCAACCGCAGTTTGAGACTTGACTGT
TACAGAGT

QA 1 848 1 848
DS 



CO CL1015Contig2 789 4 7 U
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GCTTCTTATGTTTATACTCTGTAACAGTCAAGTCTCAAAACTGCGGTTGCGCTCCCAACC
TTTGTTGCAGTCAGTTTGGTTATTGTGGTACCAACGATGCTCATTGCGGTGCTGGATGCA
TATCAGGTCCCTGTAAAGTCACTGAAACACCAATCGGTGGTGGTACCGTGGTCAGTAGCA
TTGTGACCCAACAATTCTTTAACGACATTATCAAAAACGTTGGTAGTGGATGCGCCGGAA
AAAGATTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAAATTTGCTA
ATTCCGTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGAC
ACTTTTGCAACATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAAAGATTGCGATGAGAACG
TTGAACAAGTACCATGTGGCCCGGGCACAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGTA
ACCCAACTGTAAGTTTCAAAACGAGTTTGTGGTATTGGATGAATAGCGTAAGGCCAGTAC
TTAACCAAGGATTTGGAGCCACAATAAGAGCCATCAACGGAATCGAATGTAACGGTGGTA
ATTCATATGCGGTCAATGAAAGGATTAGTACTACCGATACTATTGTCGACAGCTTGGTGT
GGACCTGGTTCTCACCTTATTGCTAAAAGTCTTCGACGACACGTCATGTACACTTGATAA
TGCAGATAG


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO64TF U 4
AF RR1CW68TF U 115
AF RR1DB46TF U 4
AF RR1GY38TF U 1
BS 1 277 RR1GY38TF
BS 278 278 RR1CW68TF
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RD RR1BO64TF 602 0 0
GG
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QA 3 602 3 602
DS 

RD RR1CW68TF 564 0 0
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GTAGCATTGTGACCCAACAATTCTTTAACGACATTATCAAAAACGTTGGTAGTGGATGCG
CCGGAAAAAGATTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAAAT
TTGCTAATTCCGTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTA
CTGGACACTTTTGCAACATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAAAGATTGCGATG
AGAACGTTGAACAAGTACCATGTGGCCCGGGCACAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTG
TGGGTAACCCAACTGTAAGTTTCAAAACGAGTTTGTGGTATTGGATGAATAGCGTAAGGC
CAGTACTTAACCAAGGATTTGGAGCCACAATAAGAGCCATCAACGGAATCGAATGTAACG
GTGGTAATTCATATGCGGTCAATG

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1DB46TF 675 0 0
GG
ACAAAAATAAACCTAGACATGACTTTCAGAAAAAATTCCTTAATCCTTTTCCTCTGCTTC
TTATGTTTATACTCTGTAACAGTCAAGTCTCAAAACTGCGGTTGCGCTCCCAACCTTTGC
TGCAGTCAGTTTGGTTATTGTGGTACCAACGATGCTCATTGCGGTGCTGGATGCATATCA
GGTCCCTGTAAAGTCACTGAAACACCAATCGGTGGTGGTACCGTGGTCAGTAGCATTGTG
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TTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAAATTTGCTAATTCC
GTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGACACTTT
TGCAACATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAAAGATTGCGATGAGAACGTTGAA
CAAGTACCATGTGGCCCGGGCACAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGTAACCCA
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CAAGGATTTGGAGCCACAATAAGAGCCATCAACGGAATCGAATTTAACGGTGGTAATTCA
TATGCGGTCAATG

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR1GY38TF 789 0 0
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GCTTCTTATGTTTATACTCTGTAACAGTCAAGTCTCAAAACTGCGGTTGCGCTCCCAACC
TTTGTTGCAGTCAGTTTGGTTATTGTGGTACCAACGATGCTCATTGCGGTGCTGGATGCA
TATCAGGTCCCTGTAAAGTCACTGAAACACCAATCGGTGGTGGTACCGTGGTCAGTAGCA
TTGTGACCCAACAATTCTTTAACGACATTATCAAAAATGTTGGTAGTGGATGCGCCGGAA
AAAGATTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAAATTTGCTA
ATTCCGTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGAC
ACTTTTGCAACATTGAAGCAATAAATGGAGCGTTACGTCGTAAAGATTGCGATGAGAGCG
TTGAACAAGTACCATGTGGCCCGGGCACAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGTA
ACCCAACTGTAAGTTTCAAAACGAGTTTGTGGTATTGGATGAATAGCGTAAGGCCAGTAC
TTAACCAAGGATTTGGAGCCACAATAAGAGCCATCAACGGAATCGAATGTAACGGTGGTA
ATTCATATGCGGTCAATGAAAGGATTAGTACTACCGATACTATTGTCGACAGCTTGGTGT
GGACCTGGTTCTCACCTTATTGCTAAAAGTCTTCGACGACACGTCATGTACACTTGATAA
TGCAGATAG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 7

CO CL1016Contig1 973 7 24 U
GGGAATCGTCGAAAATGTTGAGATCCTCCTTTCGGCTTCTCTATATAACAACAAGAAGTA
CCAATCTTCGTGTCCGAGCTTCATCATCATCATCATCGCTCTCTCTGTTCTCATCTAAGT
CCTCCAATTCTGCGAAACCACTTTTCACTTCTCATCGTCTGATTCCCTTATCAACAACGG
GAGCTAAACTCTCTAAGTCCGAACATTCCATGGCCACTTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCT
ATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGATGTTGATCTAAGCACTTACAAGGGGA
AGGTTCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGGTTTGACCAATTCAAACTATACTG
AGCTTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCT
GTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTA
CCCGTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGTTGATGTGAATGGTGACACGGCTG
CTCCAATCTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGGGCTCTTTGGAGACGGAATCAAGT
GGAACTTCGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAATGTTGTGGACCGTTACGCCCCAA
CTACTTCCCCTCTCAGCATTGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTTAAG
CAACGAAGAGGCGCTAGTACTCAAATAAAAGCTCCTACAGTATTGTAATAAGCTGTCTAT
GTTCTTGAGCGTCTTTGGGATGAGTTGTTTCCTACTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTT
ATGTGTGTAATATCGTCTACCTAAATATCATAATTGCTGTTCGTACTGTTTTTTGCCTGT
TTCCATGAACCATGGGGAGGAGAAAGCTAGCGACGGCGTAATATGGTATTTTATAAATTT
AGAGTTGAAAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1EM53TF U 1
AF RR1CQ24JQ C 437
AF RR1FF66TF U 6
AF RR1CQ24TF U 98
AF RR1FF66JQ C 318
AF RR1BT28JQ C 502
AF RR1BT28TF U 502
BS 1 28 RR1EM53TF
BS 29 29 RR1FF66TF
BS 30 158 RR1EM53TF
BS 159 159 RR1FF66TF
BS 160 199 RR1EM53TF
BS 200 200 RR1CQ24TF
BS 201 301 RR1EM53TF
BS 302 302 RR1FF66TF
BS 303 349 RR1EM53TF
BS 350 350 RR1FF66TF
BS 351 358 RR1EM53TF
BS 359 359 RR1FF66TF
BS 360 474 RR1EM53TF
BS 475 475 RR1FF66TF
BS 476 529 RR1EM53TF
BS 530 596 RR1FF66TF
BS 597 597 RR1CQ24TF
BS 598 667 RR1FF66TF
BS 668 668 RR1CQ24TF
BS 669 686 RR1FF66TF
BS 687 687 RR1CQ24TF
BS 688 811 RR1FF66TF
BS 812 971 RR1BT28TF
BS 972 973 RR1BT28JQ

RD RR1EM53TF 529 0 0
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CCAATCTTCGTGTCCGAGCTTCATCATCATCATCATCGCTCTCTCTGTTCTCATCTAAGT
CCTCCAATTCTGCGAAACCACTTTTCACTTCTCATCGTTTGATTCCCTTATCAACAACGG
GAGCTAAACTCTCTAAGTCTGAACATTCCATGGCCACTTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCT
ATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGATGTTGATCTAAGCACTTACAAGGGGA
AAGTTCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGGTTTGACCAATTCGAACTATACCG
AGCTTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCT
GTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGTCCAGTTTGTTTGTA
CCCGTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGTTGATGTGAATGG

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1CQ24JQ 295 0 0
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GTACCCGATTTTTGACAAGGTTGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAATTTATAAGTT
CCTGAAATCAAGCAAAGGTGGGCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGAACTTCGCCAAGTT
TTTGGTTGACAAAGATGGGAATGTTGTGGACCGTTACCCCCCAACTACTTCCCCTTTCAG
CATTGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTTAAGCAACGAAG
GGG

QA 1 292 1 292
DS 

RD RR1FF66TF 808 0 0
GG
GTCGAAAATGTTGAGATCCTCCTTTCGGCTTCTCTATATAACAA***GAAGTACTAATCT
TCGTGTCCGAGCTTCATCATCATCATCATCGCTCTCTCTGTTCTCATCTAAGTCCTCCAA
TTCTGCGAAACCACTTTTCACTTCTCATCGTCAGATTCCATTATCAACAACGGGAGCTAA
ACTCTCTAAGTCGGAACATTCCATGGCCACTTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCTATGATTT
CACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGATGTGGATCTAAGCACTTACAAGGGGAAGGTTCT
CTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGGTTTGACCAATTCAAACTATACTGAGCTTGC
ACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTAACCA
GTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCCGTTT
CAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGTTGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAAT
CTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGGGCTCTTTGGAGACGGAATCGAGTGGAACTT
CGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAATGTTGTGGACCGTTACGCCCCAACTACTTC
TCCTCTCAGCATTGAGAAG*ACCTGAAGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTTAAGCAACGAA
GAGGCGCTAGTACTCAAATAAAAGCTCCTACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTG
AGCGTCTTTGGGATGAGTTGTTTC
TG

QA 3 806 3 806
DS 

RD RR1CQ24TF 698 0 0
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TCTGATTCCCTTATCAACAACGGGAGCTAAACTCTCTAAGTCCGAACATTCCATGACCAC
TTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCTATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGATGT
TGATCTAAGCACTTACAAGGGGAAGGTTCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGG
TTTGACCAATTCGAACTATACCGAGCTTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAGAGATCATGG
GTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGA
AGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGT
TGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAATCTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGG
GCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGAACTTCGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAA
TGTTGTGGACCGTTACGCCCCAACTACTTCCCCTCTCAGCATTGAGAAGGACCTGAAGAA
ACTGTTGGGAGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCGCTAGTACTCAAATAAAAGCTTCTA
CAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1FF66JQ 656 0 0
AACGTTGCTTCTCAGTGTGGTTTGACCAATTCAAACTATACTGAGCTTGCACAGCTGTAC
CAGAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTAACCAGTTTGGGAAT
CAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCCGAG
TACCCGATCTTTGACAAGGTTGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAATCTATAAGTTC
CTGAAATCAAGCAAAGGTGGGCTCTTTGGAGACGGAATCGAGTGGAACTTCGCCAAGTTC
TTGGTTGACAAAGATGGGAATGTTGTGGACCGTTACGCCCCAACTACTTCCCCTCTCAGC
ATTGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCGCTAG
TACTCAAATAAAAGCTCCTACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTTTG
GGATGAGTTGTTTCCTGCTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTTATGTGTGTAATATCGTC
TACCCAAATATCATAATTGCTGTTCGTACTGTTTTTTGCCTGTTTCCATGAACCATGGGG
AGGAGAAAGCTAGGGACGGCGTAATATGGTATTTTATAAATTTAGAGTTGAAAG
CC

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DS 

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GC
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TCAAGCAAAGGTGGGCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGAACTTCGCCAAGTTCTTGGTT
GACAAAGATGGGAATGTTGTGGACCGTTACGCCCCAACTACTTCCCCTCTCAGCATTGAG
AAGGACCTGAAGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCGCTAGTACTCA
AATAAAAGCTCCTACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTTTGGGATGA
GTTGTTTCCTACTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTTATGTGTGTAATATCGTCTACCTA
AATATCATAATTGCTGTTCGTACTGTTTTTTGCCTGTTTCCATGAACCATGGGGAGGAGA
AAGCTAGCGACGGCGTAATATGGTATTTTATAAATTTAGAGTTGAAAGTC

QA 3 472 3 472
DS 

RD RR1BT28TF 472 0 0
GC
ATCTTTGACAAGGTTGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAATCTATAAGTTCCTGAAA
TCAAGCAAAGGTGGGCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGAACTTCGCCAAGTTCTTGGTT
GACAAAGATGGGAATGTTGTGGACCGTTACGCCCCAACTACTTCCCCTCTCAGCATTGAG
AAGGACCTGAAGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCGCTAGTACTCA
AATAAAAGCTCCTACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTTTGGGATGA
GTTGTTTCCTACTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTTATGTGTGTAATATCGTCTACCTA
AATATCATAATTGCTGTTCGTACTGTTTTTTGCCTGTTTCCATGAACCATGGGGAGGAGA
AAGCTAGCGACGGCGTAATATGGTATTTTATAAATTTAGAGTTGAAAG
TC

QA 3 470 3 470
DS 



AS 1 7

CO CL1017Contig1 772 7 4 U
GGGTACCACTTTTATTACAGAACAGAGAAAACGAAACAGCTGTTTATTTTTTCCGACAGA
TTGATTCCACTTTCCCCAAATCTTCTTCCAAACACACATATTCTCCTCTCTCGGCGGCAC
TCAGGTATGAGTAGCCCTATCGCTTTGTCACCGGCGTTCTCCGCCGCCGTTCTCCCTCCG
TCCTCACACGGGCTCAAATCTTGCATCGTCTCCCCTCTCGCCTCTCAATCTGGAATCAAA
CGAACCAGCTCGAGAAGAGCTTCCACGATGACGGTTCGATGCGACGTAGCTGTGTCAGTG
AACGCAGAGGAGGCCGAGCTTTCGGAAGAAGAGATCGAAGCGAAAGGAAAGGTGGGATCT
TTGGTCAGAGTGACTGCGCCGCTGAAGGTTTACCACGTGAACCGAGTCCCGGAGATTGAT
TTGGAAGGTATGGAAGGTAAGCTCAAGGACTACGTCGCCGTGTGGAAAGGGAAACGGATA
TCAGCTAATCTTCCTTACAAGGTCGAGTTCTTGAAAGATGTTGAAGGTCGTGGTCCTGTC
AAGTTCGTCGCTCATCTCAAGGAAGACGAGTTCGAGTTCATCGATACTTGATGGGACATT
CTTTCTCTTTCTCTCACTCTCTATTCTTGTGTTCACTGAAACTTGGGAGTGGAGAATGAT
TTGTATGTACTGAGAATATACTGATGTATGTGTATGTATACCTTTAGCAATCGTATACAT
AATCAGCTCTTGGTCCCCTATTTGTTATTGATTCATCCATTGCCTTATAGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B490TF U 71
AF RR1AH14JQ C 1
AF RR1EZ41JQ C 163
AF RR1FP05TF U 12
AF RR1EZ41TF U 47
AF RR1AH14TF U 1
AF RR1FP05JQ C 54
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BS 755 766 RR1AH14TF
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GTAGCCCTATCGCTTTGTCACCGGCGTTCTCCGCCGCCGTTCTCCCTCCGTCCTCACACG
GGCTCAAATCTTGCATCGTCTCCCCTCTCGCCTCTCAATCTGGAATCAAACGAACCAGCT
CGAGAAGAGCTTCCACGATGACGGTTCGATGCGACGTAGCTGTGTCAGTGAACGCAGAGG
AGGCCGAGCTTTCGGAAGAAGAGATCGAAGCGAAAGGAAAGGTGGGATCTTTGGTCAGAG
TGACTGCGCCGCTGAAGGTTTACCACGTGAACCGAGTCCCGGAGATTGATTTGGAAGGTA
TGGA

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DS 

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TCAGGTATGAGTAGCCCTATCGCTTTGTCACCGGCGTTCTCCGCCGCCGTTCTCCCTCCG
TCCTCACACGGGCTCAAATCTTGCATCGTCTCCCCTCTCGCCTCTCAATCTGGAATCAAA
CGAACCAGCTCGAGAAGAGCTTCCACGATGACGGTTCGATGCGACGTAGCTGTGTCAGTG
AACGCAGAGGAGGCCGAGCTTTCGGAAGAAGAGATCGAAGCGAAAGGAAAGGTGGGATCT
TTGGTCAGAGTGACTGCGCCGCTGAAGGTTTACCACGTGAACCGAGTCCCGGAGATTGAT
TTGGATGGTATGGAAGGTAAGCTCAAGGACTACGTCGCCGTGTGGAAAGGGAAACGGATA
TCAGCTAATCTTCCTTACAAGGTCGAGTTCTTGAAAGATGTTGAAGGTCGTGGTCCTGTC
AAGTTCGTCGCTCATCTCAAGGAAGACGAGTTCGAGTTCATCGATACTTGATGGGACATT
CTTTCTCTTTCTCTCACTCTCTATTCTTGTGTTCACTGAAACTTGGGAGTGGAGAATGAT
TTGTATGTACTGAGAATATACTGATGTATGTGTATGTATACCTTTAGCAATCGTATACAT
AATCAGCTCTTGGTCCCCTATTTGTTATTGATTCATCCATTGCCTT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1EZ41JQ 577 0 0
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TCTCAATCTGGAATCAAACGAACCAGCTCGAGAAGAGCTTCCACGATGACGGTTCGATGC
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AAAGGAAAGGTGGGATCTTTGGTCAGAGTGACTGCGCCGCTGAAGGTTTACCACGTGAAC
CGAGTCCCGGAGATTGATTTGGAAGGTATGGAAGGTAAGCTCAAGGACTACGTCGCCGTG
TGGAAAGGGAAACGGATATCAGCTAATCTTCCTTACAAGGTCGAGTTCTTGAAAGATGTT
GAAGGTCGTGGTCCTGTCAAGTTCGTCGCTCATCTCAAGGAAGACGAGTTCGAGTTCATC
GATACTTGATGGGACATTCTTTCTCTTTCTCTCACTCTCTATTCTTGTGTTCACTGAAAC
TTGGGAGTGGAGAATGATTTGTATGTACTGAGAATATACTGATGTATGTGTATGTATACC
TTTAGCAATCGTATACATAATCAGCTCTTGGTCCCC
C

QA 1 576 1 576
DS 

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GG
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CCCCAAATCTTCTTCCAAACACACATATTCTCCTCTCTCGGCGGCACTCAGGTATGAGTA
GCCCTATCGCTTTGTCACCGGCGTTCTCCGCCGCCGTTCTCCCTCCGTCCTCACACGGGC
TCAAATCTTGCATCGTCTCCCCTCTCGCCTCTCAATCTGGAATCAAACGAACCAGCTCGA
GAAGAGCTTCCACGATGACGGTTCGATGCGACGTAGCTGTGTCAGTGAACGCAGAGGAGG
CCGAGCTTTCGGAAGAAGAGATCGAAGCGAAAGGAAAGGTGGGATCTTTGGTCAGAGTGA
CTGCGCCGCTGAAGGTTTACCACGTGAACCGAGTCCCGGAGATTGATTTGGAAGGTATGG
AAGGTAAGCTCAAGGACTACGTCGCCGTGTGGAAAGGGAAACGGATATCAGCTAATCTTC
CTTACAAGGTCGAGTTCTTGAAAGATGTTGAAGGTCGTGGTCCTGTCAAGTTCGTCGCTC
ATCTCAAGGAAGACGAGTTCGAGTTCATCGATACTTGATGGGACATTCTTTCTCTTTCTC
TCACTCTCTATTCTTGTGTTCACTGAAACTTGGGAGTGGAGAATGATTTGTATGTACTGA
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TCCCCTATTTGTTATTGATTC

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DS 

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TCTCTCGGCGGCACTCAGGTATGAGTAGCCCTATCGCTTTGTCACCGGCGTTCTCCGCCG
CCGTTCTCCCTCCGTCCTCACACGGGCTCAAATCTTGCATCGTCTCCCCTCTCGCCTCTC
AATCTGGAATCAAACGAACCAGCTCGAGAAGAGCTTCCACGATGACGGTTCGATGCGACG
TAGCTGTGTCAGTGAACGCAGAGGAGGCCGAGCTTTCGGAAGAAGAGATCGAAGCGAAAG
GAAAGGTGGGATCTTTGGTCAGAGTGACTGCGCCGCTGAAGGTTTACCACGTGAACCGAG
TCCCGGAGATTGATTTGGAAGGTATGGAAGGTAAGCTCAAGGACTACGTCGCCGTGTGGA
AAGGGAAACGGATATCAGCTAATCTTCCTTACAAGGTCGAGTTCTTGAAAGATGTTGAAG
GTCGTGGTCCTGTCAAGTTCGTCGCTCATCTCAAGGAAGACGAGTTCGAGTTCATCGATA
CTTGATGGGACATTCTTTCTCTTTCTCTCACTCTCTATTCTTGTGTTCACTGAAACTTGG
GAGTGGAGAATGATTTGTATGTACTGAGAATATACTGATGTATGTGTATGTATACCTTTA
GCAATCGTATACATAATCAGCTCTTGGTCCCC

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DS 

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TTGATTCCACTTTCCCCAAATCTTCTTCCAAACACACATATTCTCCTCTCTCGGCGGCAC
TCAGGTATGAGTAGCCCTATCGCTTTGTCACCGGCGTTCTCCGCCGCCGTTCTCCCTCCG
TCCTCACACGGGCTCAAATCTTGCATCGTCTCCCCTCTCGCCTCTCAATCTGGAATCAAA
CGAACCAGCTCGAGAAGAGCTTCCACGATGACGGTTCGATGCGACGTAGCTGTGTCAGTG
AACGCAGAGGAGGCCGAGCTTTCGGAAGAAGAGATCGAAGCGAAAGGAAAGGTGGGATCT
TTGGTCAGAGTGACTGCGCCGCTGAAGGTTTACCACGTGAACCGAGTCCCGGAGATTGAT
TTGGATGGTATGGAAGGTAAGCTCAAGGACTACGTCGCCGTGTGGAAAGGGAAACGGATA
TCAGCTAATCTTCCTTACAAGGTCGAGTTCTTGAAAGATGTTGAAGGTCGTGGTCCTGTC
AAGTTCGTCGCTCATCTCAAGGAAGACGAGTTCGAGTTCATCGATACTTGATGGGACATT
CTTTCTCTTTCTCTCACTCTCTATTCTTGTGTTCACTGAAACTTGGGAGTGGAGAATGAT
TTGTATGTACTGAGAATATACTGATGTATGTGTATGTATACCTTTAGCAATCGTATACAT
AATCAGCTCTTGGTCCCCTATTTGTTATTGATTCATCCATTGCCTT

QA 1 766 1 766
DS 

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GCGGCACTCAGGTATGAGTAGCCCTATCGCTTTGTCACCGGCGTTCTCCGCCGCCGTTCT
CCCTCCGTCCTCACACGGGCTCAAATCTTGCATCGTCTCCCCTCTCGCCTCTCAATCTGG
AATCAAACGAACCAGCTCGAGAAGAGCTTCCACGATGACGGTTCGATGCGACGTAGCTGT
GTCAGTGAACGCAGAGGAGGCCGAGCTTTCGGAAGAAGAGATCGAAGCGAAAGGAAAGGT
GGGATCTTTGGTCAGAGTGACTGCGCCGCTGAAGGTTTACCACGTGAACCGAGTCCCGGA
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ACGGATATCAGCTAATCTTCCTTACAAGGTCGAGTTCTTGAAAGATGTTGAAGGTCGTGG
TCCTGTCAAGTTCGTCGCTCATCTCAAGGAAGACGAGTTCGAGTTCATCGATACTTGATG
GGACATTCTTTCTCTTTCTCTCACTCTCTATTCTTGTGTTCACTGAAACTTGGGAGTGGA
GAATGATTTGTATGTACTGAGAATATACTGATGTATGTGTATGTATACCTTTAGCAATCG
TATACATAATCAGCTCTTGGTCCCCTATTTGTTATTGATTCATCCATTGCCTTATAGAC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 5

CO CL1018Contig1 1054 5 25 U
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TGATTCTAGATGAAGCTTGTCTTTTAGTAAATCTCATCATCAGGTATCTCAGGAGTCAAA
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ACAGGCTCCAGAGGAATGATGCTGTCCCCATCAATAACCCCATCAATCAAACCATACTCA
ACCGCTTCAATCGGAGACATGTACCGGTCCCTGTCGATATCCTTCAGGACCTGCTCAAAC
GACCGGCCAGTACACCCAGCGATAATGCTGGTGACATTGTTCTTGTTGTGCATAACTTCT
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ATTATCCTCGTGTTGGGCATCGCAAAGCGCTTGCCTTTAGTTCCAGCACCGAGAATGATC
GATGCTGTTGATGCAGCGATGCCGAGAGCAATCGTGGAAACATCGGCTCTCACAAGTTGA
ACCACGTCGTAGATAGCCATGGTTGCACTGAGGGAGCCACCAGAGGAGTTGATGAAGAGT
TCGATGTCTTTCTTAGGATCTTTAGCATCTAAGAGCAGCAACTGACTCATTATGGCGTCG
GCGACGAAATCGTCGATGCTGCTGCCGAGAAAGACGATTCGTTCCCTGAGGAGAAGACCC
ATGACGTCGGATTCGGCGCCGCGAATAGCTGACTCCTGGGTCTGCGACATCTCGATTGAA
GCGTTCGCGAATCTCAGTGGCGACGGAGAGGTTCTCAAGGGAGGTGAGATGAGTTTGGTG
GGTTTGAGGGAGAGGTTGTTGGGTTTTGGGAAAGTAGAAGAGGATGCGGAGGAGGAAGAG
GAGCTGAGTCTTGATGAGACGAGTGAAGGTTTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GY23JQ U 1
AF RR1DB11JQ U 1
AF RR1DN18JQ U 1
AF RR1DB11TF C 614
AF RR1GI60TF C 415
BS 1 21 RR1DB11JQ
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BS 626 699 RR1DN18JQ
BS 700 721 RR1GI60TF
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RD RR1GY23JQ 577 0 0
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ATTATCCTCGTGTTGGGCATCGCAAAACGCTTGCCTT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1DB11JQ 625 0 0
CCCAGTAACTATCTTATAATT*GCAAGAGAGTAAAATTTAACAACAAATATCTTTCTGAA
CAAGCAGAATATGAAATACAAAGGCAAGCAGTGTCTGTCAACTTCGATTTCATAAAGCCT
TGTGAAATTGGTCAAGCTTTTTCCACTGAGCTTACAACTCTCAGTCGAATTGGAAGATCC
TGATTCTAGATGAAGCTTGTCTTTTAGTAAATCTCATCATCAGGTATCTCAGGAGTCAAA
AACTTCATCGGATCTTTGCTAATCTCCTCATAGTTTACTCTCGGTTTCACCCTATCAGGA
ACAGGCTCCAGAGGAATGATGCTGTCCCCATCAATAACCCCATCAATCAAACCATACTCA
ACCGCTTCAATCGGAGACATGTACCGGTCCCTGTCAATATCCTTCAGGACCTGCTCAAAC
GACCGGCCAGTACACCCAGCGATAATGCTGGTGACATTGTTCTTGTTGTGCATAACTTCT
TTCGCTTGGATCTCAACATCTATAGCTTGACCGCTCGCACCTCCAAGAGGCTGATGCATC
ATTATCCTCGTGTCGGGCATCGCAAAGCGCTTGCCTTTAGTTCCAGCACCGAGAATGATC
GATGCTGTTGATGCAGCGATGCCGA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1DN18JQ 699 0 0
CCCAGTAACTATCTTATAATTTGCAAGAGAGTAAT*TTTAACAACAAATATCTTTCTGAA
CAAACAAAATATGAGATACAAAAGCAAGCAGTGTCTGTCAACTTCGATTTCATAAAGCCT
TGTGAAATTGGTCAAGCTTTTTCCACTGAGCTTACAACTCTCAGTCGAATTGGAAGATCC
TGATTCTAGATGAAGCTTGTCTTTTAGTAAATCTCATCATCAGGTATCTCAGGAGTCAAA
AACTTCATCGGATCTTTGCTAATCTCCTCATAGTTTACTCTCGGTTTCACCCTATCAGGA
ACAGGCTCCAGAGGAATGATGCTGTCCCCATCAATAACCCCATCAATCAAACCATACTCA
ACCGCTTCAATCGGAGACATGTACCGGTCCCTGTCGATATCCTTCAGGACCTACTCAAAC
GACCGGCCAGTACACCCAGCGATAATGCTGGTGACATTGTTCTTGTTGTGCATAACTTCT
TTCGCTTGGATCTCAACATCTATAGCTTGACCGCTCGCACCTCCAAGAGGCTGATGCATC
ATTATCCTCGTGTTGGGCATCGCAAAGCGCTTGCCTTTAGTCCCAGCACCGAGAATGATC
GAAGCTGTTGATGCAGCGATGCCGAGAGCAATCGTGGAAACATCGGCTCTCACAAGTTGA
ACCACGTCGTAGATAGCCATGGTTGCACTGAGGGAGCCA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1DB11TF 158 0 0
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TAGCCATGGTTGCACTGAGGGAGCCACCAGAGGAGTTGATGAAGAGTTCGATGTCTTTCT
TAGGATCTTTAGCATCTAAGAGCAGCAACTGACTCATT

QA 1 158 1 158
DS 

RD RR1GI60TF 640 0 0
TCAAACGACCGGCCAGTGCACCCAGCGATAATGCTGGTGACATTGTTCTTGTTGTGCATA
ACTTCTTTCGCTTGGATCTCAACATCTATAGCTTGACCGCTCGCACCTCCAAGAGGCTGA
TGCATCATTATCCTCGTGTTGGGCATCGCGAAGCGCTTGCCTTTAGTTCCAGCACCGAGA
ATGATCGATGCTGTTGATGCAGCGATGCCGAGAGCAATCGTGGAAACATCGGCTCTCACA
AGTTGAACCACGTCGTATATAGCCATGGTTGCACTGAGGGAGCCACCAGAGGAGTTGATG
AAGAGTTTGATGTCTTTCTTAGGATCTTTAGCATCTAAGAGGAGCAACTGGCTCATTATG
GCGTCGGCGACGAAATCGTCGATGCTGCTGCCGAGAAAGACGATTCGTTCCCTGAGGAGA
AGACCCATGACGTCGGATTCGGCGCCGCGAATAGCTGACTCCTGGGTCTGCGACATCTCG
ATTGAAGCGTTCGCGAATCTCAGTGGCGACGGAGAGGTTCTCAAGGGAGGTGAGATGAGT
TTGGTGGGTTTGAGGGAGAGGTTGTTGGGTTTTGGGAAAGTAGAAGAGGATGCGGAGGAG
GAAGAGGAGCTGAGTCTTGATGAGACGAGTGAAGGTTTGC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 2 7

CO CL1019Contig1 1090 5 6 U
GGGAAACTCGTTAAGACCAAAAATGTTTAGAATCACCGGCAATCTCTCTGCGGTATCATC
TCCGGCGGCGACATCATTCTCCGCCGCACTGAGACTCTCCGTCTCCCACACTCTCGCTCT
CGCATCACCTCCTCCGCATCCCCACCGCTTCTCGACGTTCTCTCGTTCACTTCTCGGCAG
ACACATCTCTTCTCCCCGAGTCCGACCACGCGTTCCTTCCATGTACCCTATGAGACTCTC
TGGCTTCTCGGCTCTCAAAGCGAGAGCTTCGTTTAGCAGTGGGAGTAGTAGTAGT***CA
AAGCAGAGAGATTCTGGTGCAGCATGTGCTTGTTAAGGAGGGTGACTCTGAGCTCTTTGC
TGAACTCCAGAAGCGAATCTTGGATGGAGAGGATATGAGTGATCTTGCAGCTGAGTACTC
GATTTGTCCATCTAAAAAGGAGGGTGGTATACTTGGATGGGTTAAACTTGGTCAAATGGT
ACCAGAGTTTGAGGAAGCTGCGTTTAAAGCAGAGCCGAATCATGTGGTCAGGTGTAAAAC
CCAATTTGGCTGGCACTTGTTGCAAGTTCTATCTGAGAGGGAACCTGTGAAAGACATCCA
GGTGGAGGAGCTGCATTCCAAAATGCAAGATCCAGTTTTCATGGACGAGGCTCAGTTGAT
TGATGTCAGAGAACCTGACGAGATCGCCACAGCATCCTTGCCAGGATTTAAAGTGTTTCC
GCTCCGTCAATTCGGACCCTGGGCACCAGACATCACCTCAAAGCTGACCCCTGAGAAGGA
TACATTCGTCCTGTGTAAGGTTGGTGGCAGGTCGTTGCAGGCTGCGAACTGGCTGCAGTC
TCAGGGCTTCAAGAGTGTGTACAATGTAGCCGGTGGAATACAAGCCTATTCTCTCAAGGT
TGACCCATCAATTCCTACTTACTGAAACTGCCTCGTCAGAGATTCTAGAGCATCCCATAC
AATTTGCTCTCTTTATCCAAATAATTGCAAATCGTATTCGGAAAATCATTTGACATTAGA
ATATACAAGCGTTGGGAATCATTTTTCATCGCTGTTTCCTTTGTGACGTTATAAAACCTT
TCTTCTTCCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D639TF U 1
AF RR1DR11TF U 64
AF RR1AL53TF U 1
AF RR1DR11JQ C 894
AF RR1D639JQ C 230
BS 1 295 RR1AL53TF
BS 296 298 RR1D639TF
BS 299 778 RR1AL53TF
BS 779 779 RR1D639JQ
BS 780 799 RR1AL53TF
BS 800 1090 RR1D639JQ

RD RR1D639TF 670 0 0
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TCCGGCGGCGACATCATTCTCCGCCGCACTGAGACTCTCCGTCTCCCACACTCTCGCTCT
CGCATCACCTCCTCCGCATCCCCACCGCTTCTCGACGTTCTCTCGTTCACTTCTCGGCAG
ACACATCTCTTCTCCCCGAGTCCGACCACGCGTTCCTTCCATGTACCCTATGAGACTCTC
TGGCTTCTCGGCTCTCAAAGCGAGAGCTTCGTTTAGCAGTGGGAGTAGTAGTAGT***CA
AAGCAGAGAGATTCTGGTGCAGCATGTGCTTGTTAAGGAGGGTGACTCTGAGCTCTTTGC
TGAACTCCAGAAGCGAATCTTGGATGGAGAGGATATGAGTGATCTTGCAGCTGAGTACTC
GATTTGTCCATCTAAAAAGGAGGGTGGTATACTTGGATGGGTTAAACTTGGTCAAATGGT
ACCAGAGTTTGAGGAAGCTGCGTTTAAAGCAGAGCCGAATCATGTGGTCAGGTGTAAAAC
CCAATTTGGCTGGCACTTGTTGCAAGTTCTATCTGAGAGGGAACCTGTGAAAGACATCCA
GGTGGAGGAGCTGCATTCCAAAATGCAAGATCCAGTTTTCATGGACGAG*CTCAGTTGAT
TGATGTCAGA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1DR11TF 708 0 0
GGCGGCGACATCATTCTCCGCCGCACTGAGACTCTCCGTCTCCCACACTCTCGCTCTCGC
ATCACCTCCTCCGCATCCCCACCGCTTCTCGACGTTCTCTCGTTCACTTCTCGGCAGACA
CATCTCTTCTCCCCGAGTCCGACCACGCGTTCCTTCCATGTACCCTATGAGACTCTCTGG
CTTCTCGGCTCTCAAAGCGAGAGCTTCGTTTAGCAGTGGGAGTAGTAGTAGTAGTCAAAG
CAGAGAGATTCTGGTGCAGCATGTGCTTGTTAAGGAGGGTGACTCTGAGCTCTTTGCTGA
ACTCCAGAAGCGAATCTTGGATGGAGAGGATATGAGTGATCTTGCAGCTGAGTACTCGTT
TTGTCCATCTAAAAAGGAGGGTGGTATACTTGGATGGGTTAAACTTGGTCAAATGGTACC
AGAGTTTGAGGAGGCTGCGTTTAAAGCAGAGCCGAATCATGTGGTCAGGTGTAAAACCCA
ATTTGGCTGGCACTTGTTGCAAGTTCTATCTGAGAGGGAACCTGTGAAAGACATCCAGGT
GGAGGAGCTGCATTCCAAAATGCAAGATCCAGTTTTCATGGACGAGGCTCAGTTGATTGA
TGTCAGAGAACCTGACGAGATCGCCACAGCATCCTTGCCAGGATTTAAAGTGTTTCCGCT
CCGTCAATTCGGACCCTGGGCACCAGACATCACCTCAAAGCTGA
ACCC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1AL53TF 803 0 0
GGGAAACTCGTTAAGACCAAAAATGTTTAGAATCACCGGCAATCTCTCTGCGGTATCATC
TCCGGCGGCGACATCATTCTCCGCCGCACTGAGACTCTCCGTCTCCCACACTCTCGCTCT
CGCATCACCTCCTCCGCATCCCCACCGCTTCTCGACGTTCTCTCGTTCACTTCTCGGCAG
ACACATCTCTTCTCCCCGAGTCCGACCACGCGTTCCTTCCATGTACCCTATGAGACTCTC
TGGCTTCTCGGCTCTCAAAGCGAGAGCTTCGTTTAGCAGTGGGAGTAGTAGTAGTAGTCA
AAGCAGAGAGATTCTGGTGCAGCATGTGCTTGTTAAGGAGGGTGACTCTGAGCTCTTTGC
TGAACTCCAGAAGCGAATCTTGGATGGAGAGGATATGAGTGATCTTGCAGCTGAGTACTC
GATTTGTCCATCTAAAAAGGAGGGTGGTATACTTGGATGGGTTAAACTTGGTCAAATGGT
ACCAGAGTTTGAGGAAGCTGCGTTTAAAGCAGAGCCGAATCATGTGGTCAGGTGTAAAAC
CCAATTTGGCTGGCACTTGTTGCAAGTTCTATCTGAGAGGGAACCTGTGAAAGACATCCA
GGTGGAGGAGCTGCATTCCAAAATGCAAGATCCAGTTTTCATGGACGAGGCTCAGTTGAT
TGATGTCAGAGAACCTGACGAGATCGCCACAGCATCCTTGCCAGGATTTAAAGTGTTTCC
GCTCCGTCAATTCGGACCCTGGGCACCAGACATCACCTCAAAGCTGACCCCTGAGAAG*A
TACATTCGTCCTGTGTAAG
TTGG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1DR11JQ 156 0 0
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CCCATACAATTTGCTCTCTTTATCCAAATAATTGCAAATCGTATTCGGAAAATCATTTGA
CATTAGAATATACAAGCGTTGGGAATCATTTTTCAT

QA 1 156 1 156
DS 

RD RR1D639JQ 861 0 0
CTATGAGACTCTCTGC
TCTCGGCTCTCAAAGCGAGAGCTTCGTT*AGCAGTGGGAGTAGTAGTAGT***CAAAGCA
GAGAGATTCTGGTGCAGCATGTGCTTGTTAAGGAGGGTGACTCTGAGCTCTTTGCTGAAC
TCCAGAAGCGAATCTTGGATGGAGAGGATATGAGTGATCTTGCAGCTGAGTACTCGATTT
GTCCATCTAAAAAGGAGGGTGGTATACTTGGATGGGTTAAACTTGGTCAAATGGTACCAG
AGTTTGAGGAAGCTGCGTTTAAAGCAGAGCCGAATCATGTGGTCAGGTGTAAAACCCAAT
TTGGCTGGCACTTGTTGCAAGTTCTATCTGAGAGGGAACCTGTGAAAGACATCCAGGTGG
AGGAGCTGCATTCCAAAATGCAAGATCCAGTTTTCATGGACGAGGCTCAGTTGATTGATG
TCAGAGAACCTGACGAGATCGCCACAGCATCCTTGCCAGGATTTAAAGTGTTTCCGCTCC
GTCAATTCGGAACCTGGGCACCAGACATCACCTCAAAGCTGAGCCCTGAGAAGGATACAT
TCGTCCTGTGTAAGGTTGGTGGCAGGTCGTTGCAGGCTGCGAACTGGCTGCAGTCTCAGG
GCTTCAAGAGTGTGTACAATGTAGCCGGTGGAATACAAGCCTATTCTCTCAAGGTTGACC
CATCAATTCCTACTTACTGAAACTGCCTCGTCAGAGATTCTAGAGCATCCCATACAATTT
GCTCTCTTTATCCAAATAATTGCAAATCGTATTCGGAAAATCATTTGACATTAGAATATA
CAAGCGTTGGGAATCATTTTTCATCGCTGTTTCCTTTGTGACGTTATAAAACCTTTCTTC
TTCCG

QA 17 861 17 861
DS 



CO CL1019Contig2 217 2 1 U
GGAATACAAGCCTATTCTCTCAAGGTTGACCCATCAATTCCTACTTACTGAAACTGCTAC
TACATCAGAGAGATTCTAGAGCCATCCCATACAATTTGCTCTCTTTATCCAAATAATTGC
AAATCGTATTCGGGAAATCATTTGACATTAGAATATACAAGCGTTGGGAATCATTTTTCA
TCACTGTTTCCTTTGTGACGTTATAAAACCTTTCTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F404JQ C 1
AF RR1F404TF U 1
BS 1 217 RR1F404TF

RD RR1F404JQ 217 0 0
GGAATACAAGCCTATTCTCTCAAGGTTGACCCATCAATTCCTACTTACTGAAACTGCTAC
TACATCAGAGAGATTCTAGAGCCATCCCATACAATTTGCTCTCTTTATCCAAATAATTGC
AAATCGTATTCGGGAAATCATTTGACATTAGAATATACAAGCGTTGGGAATCATTTTTCA
TCACTGTTTCCTTTGTGACGTTATAAAACCTTTCTTC

QA 1 217 1 217
DS 

RD RR1F404TF 217 0 0
GGAATACAAGCCTATTCTCTCAAGGTTGACCCATCAATTCCTACTTACTGAAACTGCTAC
TACATCAGAGAGATTCTAGAGCCATCCCATACAATTTGCTCTCTTTATCCAAATAATTGC
AAATCGTATTCGGGAAATCATTTGACATTAGAATATACAAGCGTTGGGAATCATTTTTCA
TCACTGTTTCCTTTGTGACGTTATAAAACCTTTCTTC

QA 1 217 1 217
DS 



AS 1 7

CO CL1020Contig1 1201 7 13 U
GGAATGAGGTGAGATAAGTGATACTCTTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCGAGAGAC
AGCGAGAGAGAGGATAAGCACTGTAACCCTAGCTCCGACACGCCTATCCGGCGGTGTCGG
AGGCGACCTTCCCCTTCCCCTTCCCTCTTTTTCCTTTGCTTTCCTCCTCCTGCTCTAATC
TTGAGTCGATATGTTTTCCTCTCTGCCGTGGTGGTGGTTCGTTTCTCAGATCGATTAGAT
CTGTCGAAGTCGTTCATTGATTTCGTTTGGAAAGGCGACGAGACTTTGGAGAGGTTTAGG
AAAGGAGAGTCGGCGTTTAGGATCGAAAGTATACCAAGATCAATTTTTCCCTTTTCAGAT
CTAGGGTACACTTTCATGGCGGTGGCGCGTGAACAAGGTCAAACGACTCCATTACCTCGG
ATGCTCTTACCTACGGAGGCCGGCTAGCTGGTAGAGGAGAGGTGCGACTAGAGGTTGATA
GAAGGAGTTTCAAACCAGTTTGAAGCTTGAAAGAGATCCACTCGCGTTCCTCACCGCCAA
GGTCCGACTTTCATTCCGGAGTCACTTCCGGCTTGGCCTATGAAACGAGGTATTGATTGA
CGGCGGCAA*TAACTTCAACCTGTAACGCTCCCTGGGAGATTATGTTGTTGGTTCACGG*
ACTCGACGCTCACCATTTGGAACCATCACACGATACATGTCATAGAATATATGTTGATGT
TATGGTTTGCCTGTCCAGTTT*CTGCCTCGGCTTGTATGGCTTTTAGGTGTTAGGTTCAT
TCGGACTACTGTCCGTAGTTGGCTTAGGACTGGAGCAATGAACGCCAATTGATACAAACC
GTCATCAGTAAAGCGCCTATGGTGTTGATGCTAATGGGACATGAGCAGAAATCCTACCTT
ACGGGACCATAGCTTGGTGAAGAATGGTATGCTGCTTGTTTGGATTGTGTCTTTGTGTCA
CTAGTTGTTTTCAAGTCATAGTGGTCGAATGAAGGGTTCAAAGAGATGATTCACTCCGGG
TTGTGGGGTGGATTCATTCTCGATGTGGTCAAAAAATACATTGTTAGCTTTGGTCAAGTA
GCGTTAAGTCCAATCAAGTGACTTAGGGCAATACTAGATAGCTTCAATGTATTTGGTCTA
AGTCTGTAGTGGTGATAACCTTGTGTATCATGTTTGGTGAATTTGAAGTTTACGAAGAGT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1A643TF U 27
AF RR1BM17TF U 1
AF RR1BG16TF U 23
AF RR1EZ35TF U 363
AF RR1BM17JQ C 570
AF RR1BG16JQ C 417
AF RR1A643JQ C 435
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BS 764 811 RR1EZ35TF
BS 812 813 RR1BG16JQ
BS 814 985 RR1EZ35TF
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GCTTTCCTCCTCCTGCTCTAATCTTGAGTCGATATGTTTTCCTCTCTGCCGTGGTGGTGG
TTCGTTTCTCAGATCGATTAGATCTGTCGAAGTCGTTCATTGATTTCGTTTGGAAAGGCG
ACGAGACTTTGGAGAGGTTTAGGAAAGGAGAGTCGGCGTTTAGGATCGAAAGTATACCAA
GATCAATTTTTCCCTTTTCAGATCTAGGGTACACTTTCATGGCGGTGGCGCGTGAACAAG
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AGAGGTGCGACTAGAGGTTGATAGAAGGAGTTTCAAACCAGTTTGAAGCTTGAAAGAGAT
CCACTCGCGTTCCTCACCGCCAAGGTCCGACTTTCATTCCGGAGTCACTTCCGGCTTGGC
CTATGAAACGAGGTATTGATTGACGGCGGCAA*TAACTTCAACCTGTAACGCTCC

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DS 

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AGCGAGAGAGAGGATAAGCACTGTAACCCTAGCTCCGACACGCCTATCCGGCGGTGTCGG
AGGCGACCTTCCCCTTCCCCTTCCCTCTTTTTCCTTTGCTTTCCTCCTCCTGCTCTAATC
TTGAGTTGATATGTTTTCCTCTCTGCCGTGGTGGTGGTTCGTTTCTCAGATCGATTAGAT
CTGTCGAAGTCGTTCATTGATTTCGTTTGGAAAGGCGACGAGACTTTGGAGAGGTTTAGG
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CTAGGGTACACTTTCATGGCGGTGGCGCGTGAACAAGGTCAAACGACTCCATTACCTCGG
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GGTCCGACTTTCATTCCGGAGTCACTTCCGGCTTGGCCTATGAAACGAGGTATTGATTGA
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TATGGTTTGCCTGTC*AGTTT*CTGCCTCGGCTTGTATGGCT

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DS 

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AAAAAAAAAAAAAGAGCGAGAGACAGCGAGAGAGAGGATAAGCACTGTAACCCTAGCTCC
GACACGCCTATCCGGCGGTGTCGGAGGCGACCTTCCCCTTCCCCTTCCCTCTTTTTCCTT
TGCTTTCCTCCTCCTGCTCTAATCTTGAGTCGATATGTTTTCCTCTCTGCCGTGGTGGTG
GTTCGTTTCTCAGATCGATTAGATCTGTCGAAGTCGTTCATTGATTTCGTTTGGAAAGGC
GACGAGACTTTGGAGAGGTTTAGGAAAGGAGAGTCGACGTTTAGGATCGAAAGTATACCA
AGATCAATTTTTCCCTTTTCAGATCTAGGGTACACTTTCATGGCGGTGGCGCGTGAACAA
GGTCAAACGACTCCATTACCTCGGATGCTCTTACCTACGGAGGCCGGCTAGCTGGTAGAG
GAGAGGTGCGACTAGAGGTTGATAGAAGGAGTTTCAAACCAGTTTGAAGCTTGAAAGAGA
TCCACTCGCGTTCCTCACCGCCAAGGTCCGACTTTCATTCCGGAGTCACTTCCGGCTTGG
CCTATGAAACGAGGTATTGATTGACGGCGGCAA*TAACTTCAACTTGTAACGCTCCCTGG
GAGATTATGTTGTTGGTTCACGG*ACTCGACGCTCACCATTTGGAACCATCACACGATAC
ATGTCATAGAATATATGTTGATGTTATGGTTTGCCTGTCCAGTTT*CTGCCTCGGCTTGT
ATGGCTT

QA 15 741 15 741
DS 

RD RR1EZ35TF 689 0 0
G
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GGAGTTTCAAACCAGTTTGAAGCTTGAAAGAGATCCACTCGCGTTCCTCACCGCCAAGGT
CCGACTTTCATTCCGGAGTCACTTCCGGCTTGGCCTATGAAACGAGGTATTGATTGACGG
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CGACGCTCACCATTTGGAACCATCACACGATACATGTCATAGAATATATGTTGATGTTAT
GGTTTGCCTGTCCAGTTT*CTGCCTCGGCTTGTATGGCTTTTAGGTGTTAGGTTCATTCG
GACTACTGTCCGTAGTTGGCTTAGGACT**AGCAATGAACGCCAATTGATACAAACCGTC
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GGACCATAGCTTGGTGAAGAATGGTATGCTGCTTGTTTGGATTGTGTCTTTGTGTCACTA
GTTGTTTTCAAGTCATAGTGGT*GAATGAAGGGTTCAAAGAGATGATTCACTCCGGGTTG
TGGGGTGGATTCATTCTCGATGTGGTCA

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DS 

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TCCCTGGGAGATTATGTTGTTGGTTCACGGGACTCGACGCTCACCATTTGGAACCATCAC
ACGATACATGTCATAGAATATATGTTGATGTTATGGTTTGCCTGTCCAGTTTTCTGCCTC
GGCTTGTATGGCTTTTAGGTGTTAGGTTCATTCGGACTACTGTCCGTAGTTGGCTTAGGA
CTGGAGCAATGAACGCCAATTGATACAAACCGTCATCAGTAAAGCGCCTATGGTGTTGAT
GCTAATGGGACATGAGCAGAAACCCTACCTTACGGGACCATAGCTTGGTGAAGAATGGTA
TGCTGCTTGTTTGGATTGTGTCTTTGTGTCACTAGTTGTTTTCAAGTCATAGTGGTCGAA
TGAAGGGTTCAAAGAGATGATTCACTCCGGGTT

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1BG16JQ 785 0 0
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GATAGAAGGAGTTTCAAACCAGTTTGAAGCTTGAAAGAGATCCACTCGCGTTCCTCACCG
CCAAGGTCCGACTTTCATTCCGGAGTCACTTCCGGCTTGGCCTATGAAACGAGGTATTGA
TTGACGGCGGCAA*TAACTTCAACTTGTAACGCTCCCTGGGAGATTATGTTGTTGGTTCA
CGG*ACTCGACGCTCACCATTTGGAACCATCACACGATACATGTCATAGAATATATGTTG
ATGTTATGGTTTGCCTGTCCAGTTT*CTGCCTCGGCTTGTATGGCTTTTAGGTGTTAGGT
TCATTCGGACTACTGTCCGTAGTTGGCTTAGGACTGGAGCAATGAACGCCAATTGATACA
AACCGTCATCAGTAAAGCGCCTATGGTGTTGATGCTAATGGGACATGAGCAGAAATCCTA
CCTTACGGGACCATAGCTTGGTGAAGAATGGTATGCTGCTTGTTTGGATTGTGTCTTTGT
GTCACTAGTTGTTTTCAAGTCATAGTGGTCGAATGAAGGGTTCAAAGAGATGATTCACTC
CGGGTTGTGGGGGGGATTCATTCTCGATGTGGTCAAAAAATACATTGTTAGCTTTGGTCA
AGTAGCGTTAAGTCCAATCAAGTGACTTAGGGCAATACTAGATAGCTTCAATGTATTTGG
TCTAAGTCTGTAGTGGTGATAACCTTGTGTATCATGTTTGGTGAATTTGAAGTTTACGAA
GAGT
T

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1A643JQ 767 0 0
GGAGGCCGGCTAGCTGGTAGAGGAGAGGTGCGACTAGAGGTTGATAGAAGGAGTTTCAAA
CCAGTTTGAAGCTTGAAAGAGATCCACTCGCGTTCCTCACCGCCAAGGTCCGACTTTCAT
TCCGGAGTCACTTCCGGCTTGGCCTATGAAACGAGGTATTGATTGACGGCGGCAA*TAAC
TTCAACCTGTAACGCTCCCTGGGAGATTATGTTGTTGGTTCACGG*ACTCGACGCTCACC
ATTTGGAACCATCACACGATACATGTCATAGAATATATGTTGATGTTATGGTTTGCCTGT
CCAGTTT*CTGCCTCGGCTTGTATGGCTTTTAGGTGTTAGGTTCATTCGGACTACTGTCC
GTAGTTGGCTTAGGACTGGAGCAATGAACGCCAATTGATACAAACCGTCATCAGTAAAGC
GCCTATGGTGTTGATGCTAATGGGACATGAGCAGAAATCCTACCTTACGGGACCATAGCT
TGGTGAAGAATGGTATGCTGCTTGTTTGGATTGTGTCTTTGTGTCACTAGTTGTTTTCAA
GTCATAGTGGTCGAATGAAGGGTTCAAAGAGATGATTCACTCCGGGTTGTGGGGTGGATT
CATTCTCGATGTGGTCAAAAAATACATTGTTAGCTTTGGTCAAGTAGCGTTAAGTCCAAT
CAAGTGACTTAGGGCAATACTAGATAGCTTCAATGTATTTGGTCTAAGTCTGTAGTGGTG
ATAACCTTGTGTATCATGTTTGGTGAATTTGAAGTTTACGAAGAGTC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 2 7

CO CL1021Contig1 867 5 5 U
GCAAGAACACGATAACAAAAATAATATGATCCACACATAAACCCTATAAGTGAAGGCTCA
TCAAATGAGTACATTGTGGGGGAAAACAAAGCAAACAAGTCAAAAAAAAAGAAACAATGA
TAAGAATGCGTCTTAAAAGTAAGTCTGATAAAGAAACTAGTAAAATCCCAGAAGATTTAA
GATTTTATTCCCAGACCACAGAGATAGTAGAGAAGCAGCAATAAACTAAAAGAAACAGCG
GTACCAAACGGAGTAACTCGAACAGCCTTCTCATACGACTTGGTAATTCTGTGTTATTAG
CTGCGTCCTCTGCACAAACCTTGGAGTCGTACCACCACCACCTCTGAGAGGAATCATTCC
GTTCACCTTCAAGCCACTGTATGTAGTGGTGGCTGCAAACTGAACAGAGATAGGGAAGAA
CACCGACGAATCAACTGGTGGCACAACAAACTCCATTGACCCACTGCGGTTGGAGTTGTC
AATGAGAAGTATAGACCATTCCACAACAGAATTTCTTGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATC
GCATTGTTTAACGATCGGTGCATCTCTCAGAGCAGGAAGAGGAACCGAGATGATAACATT
AGTCAGATCAAACATGGACGAGGCTTCATACTCGATGCTCACATATGTCTCGTTTCCAGA
CACTGAAGGCCAGCAGTTGATTGTTAGTGGCACCATCGACTCATCTGCTCTTTGCATTCT
CCACCTCAGAAGACCAACACCATCTCCACCTTGACCAGTGGGAAATGGCTGATCAGGTCT
CTTCAGCCCTAGTATACTCTCGCTATTAAAGAGTTCCCTGTTGATGTTGGGATGTGTCTT
GAAAAGAATTTCAGGATTTCCACCGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC52TF C 28
AF RR1GN13JQ U 1
AF RR1H442JQ U 26
AF RR1AZ69JQ U 52
AF RR1AZ69TF C 98
BS 1 370 RR1GN13JQ
BS 371 371 RR1H442JQ
BS 372 772 RR1GN13JQ
BS 773 812 RR1AZ69JQ
BS 813 867 RR1AZ69TF

RD RR1BC52TF 607 0 0
GATCCACACATAAACCCTATAAGTGAAGGCTCATCAAATGAGTACATTGTGGGGGAAAAC
AAAGCAGACAAGTCAAAAAAAAAGAAACAATGATAAGAATGCGTCTTAGAAGTAAGTCTG
ATAAAGAAACTAGTAAAATCCCAGAAGATTTAAGATTTTATTCCCAGACCACAGAGATAG
TAGAGAAGCAGCAATAAACTAAAAGAAACAGCGGTACCAAACGGAGTAACTCGAACAGCC
TTCTCATACGACTTGGTAATTCTGTGTTAT*AGCTGCGTCCTCTGCACAAACCTTGGAGT
CGTACCACCACCACCTCTGAGAGGAATCATTCCGTTCACCTTCAAGCCACTGTATGCAGT
GGTGGCTGCAAACTGAACAGAGATAGGGAAGAACACCGACGAATCAACTGGTGGCACAAC
AAACTCCATTGACCCACTGCGGTTGGAGTTGTCAATGAGAAGTATAGACCATTCCACAAC
AGAATTTCTTGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATCGCATTGTTTAACGATCGGTGCATCTCT
CAGAGCAGGAAGAGGAACCGAGATGATAACATTAGTCAGATCAAACATGGACGAGGCTTC
ATACTC
C

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1GN13JQ 772 0 0
GCAAGAACACGATAACAAAAATAATATGATCCACACATAAACCCTATAAGTGAAGGCTCA
TCAAATGAGTACATTGTGGGGGAAAACAAAGCAAACAAGTCAAAAAAAAAGAAACAATGA
TAAGAATGCGTCTTAAAAGTAAGTCTGATAAAGAAACTAGTAAAATCCCAGAAGATTTAA
GATTTTATTCCCAGACCACAGAGATAGTAGAGAAGCAGCAATAAACTAAAAGAAACAGCG
GTACCAAACGGAGTAACTCGAACAGCCTTCTCATACGACTTGGTAATTCTGTGTTATTAG
CTGCGTCCTCTGCACAAACCTTGGAGTCGTACCACCACCACCTCTGAGAGGAATCATTCC
GTTCACCTTCGAGCCACTGTATGTAGTGGTGGCTGCAAACTGAACAGAGATAGGGAAGAA
CACCGACGAATCAACTGGTGGCACAACAAACTCCATTGACCCACTGCGGTTGGAGTTGTC
AATGAGAAGTATAGACCATTCCACAACAGAATTTCTTGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATC
GCATTGTTTAACGATCGGTGCATCTCTCAGAGCAGGAAGAGGAACCGAGATGATAACATT
AGTCAGATCAAACATGGACGAGGCTTCATACTCGATGCTCACATATGTCTCGTTTCCAGA
CACTGAAGGCCAGCAGTTGATTGTTAGTGGCACCATCGACTCATCTGCTCTTTGCATTCT
CCACCTCAGAAGACCAACACCATCTCCACCTTGACCAGTGGGAAATGGCTGA

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1H442JQ 747 0 0
AT
GATCCACACATAAACCCTATAAGTGAAGGCTCATCAAATGAGTACATTGTGGGGGAAAAC
AAAGCAAACAAGTCAAAAAAAAAGAAACAATGATAAGAATGCGTCTTAAAAGTAAGTCTG
ATAAAGAAACTAGTAAAATCCCGGAAGATTTAAAATTTTATTCCCAGACCACAGAGATAG
TAGAGAAGCAGCAATAAACTAAAAGAAACAGCGATACCAAACGGAGTAACTCGAACAGCC
TTCTCATACGACTTGGTAATTCTGTGTTATTAGCTGCGTCCTCTGCACAAACCTTGGAGT
CGTACCACCACCACCTCTGAAAGGAATCATTCCGTTCACCTTCAAGCCACTGTATGTAGT
GGTGGCTGCAAACTGAACAGAAATAGGGAAAAACACCGACGAATCAACTGGTGGCACAAC
AAACTCCATTGACCCACTGCGGTTGGAGTTGTCAATGAAAAGTATAGACCATTCCACAAC
AGAATTTCTTGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATCGCATTGTTTAACGATCGGTGCATCTCT
CAGAGCAGGAAAAGGAACCGAGATGATAACATTAGTCAGATCAAACATGGACGAGGCTTC
ATACTCGATGCTCACATATGTCTCGTT*CCAGACACTGAAGGCCAGCAGTTGATTGTTAG
TGGCACCATCGACTCATCTGCTCTTTGCATTCTCCACCTCAGAAGACCAACACCATCTCC
ACCTTGAC*AGTGGGAAATGGCTGA

QA 3 747 3 747
DS 

RD RR1AZ69JQ 761 0 0
GAAGGTTCATCAAATGAGTACATTGTGGGGGAAAACAAAGCAAACAAGTCAAAAAAAAAG
AAACAATGATAAGAATGCGTCTTAAAAGTAAGTCTGATAAAGAAACTAGTAAAATCCCAG
AAGATTTAAGATTTTATTCCCAGACCACAGAGATAGTAGAGAAGCAGCAATAAACTAAAA
GAAACAGCGGTACCAAACGGAGTAACTCGAACAGCCTTCTCATACGACTTGGTAATTCTG
TGTTATTAGCTGCGTCCTCTGCACAAACCTTGGAGTCGTACCACCACCACCTCTGAGAGG
AATCATTCCGTTCACCTTCAAGCCACTGTATGTAGTGGTGGCTGCAAACTGAACAGAGAT
AGGGAAGAACACCGACGAATCAACTGGTGGCACAACAAACTCCATTGACCCACTGCGGTT
GGAGTTGTCAATGAGAAGTATAGACCATTCCACAACAGAATTTCTTGAGTCGTACCTCCA
GTCCCCATCGCATTGTTTAACGATCGGTGCATCTCTCAGAGCAGGAAGAGGAACCGAGAT
GATAACATTAGTCAGATCAAACATGGACGAGGCTTCATACTCGATGCTCACATATGTCTC
GTTTCCAGACACTGAAGGCCAGCAGTTGATTGTTAGTGGCACCATCGACTCATCTGCTCT
TTGCATTCTCCACCTCAGAAGACCAACACCATCTCCACCTTGACCAGTGGGAAATGGCTG
ATCAGGTCTCTTCAGCCCTAGTATACTCTCGCTATTAAAGA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1AZ69TF 770 0 0
AAGTC
AAAAAAAAGAAACAATGATAAGAATGCGTCTTAGAAGTAAGTCTGATAAAGAAACTAGTA
AAATCCCAGAAGATTTAAGATTTTATTCCCAGACCACAGAGATAGTAGAGAAGCAGCAAT
AAACTAAAAGAAACAGCGGTACCAAACGGAGTAACTCGAACAGCCTTCTCATACGACTTG
GTAATTCTGTGTTATTAGCTGCGTCCTCTGCACAAACCTTGGAGTCGTACCACCACCACC
TCTGAGAGGAATCATTCCGTTCACCTTCAAGCCACTGTATGTAGTGGTGGCTGCAAACTG
AACAGAGATAGGGAAGAACACCGACGAATCAACTGGTGGCACAACAAACTCCATTGACCC
ACTGCGGTTGGAGTTGTCAATGAGAAGTATAGACCATTCCACAACAGAATTTCTTGAGTC
GTACCTCCAGTCCCCATCGCATTGTTTAACGATCGGTGCATCTCTCAGAGCAGGAAGAGG
AACCGAGATGATAACATTAGTCAGATCAAACATGGACGAGGCTTCATACTCGATGCTCAC
ATATGTCTCGTTTCCAGACACTGAAGGCCAGCAGTTGATTGTTAGTGGCACCATCGACTC
ATCTGCTCTTTGCATTCTCCACCTCAGAAGACCAACACCATCTCCACCTTGACCAGTGGG
AAATGGCTGATCAGGTCTCTTCAGCCCTAGTATACTCTCGCTATTAAAGAGTTCCCTGTT
GATGTTGGGATGTGTCTTGAAAAGAATTTCAGGATTTCCACCGGC

QA 6 770 6 770
DS 



CO CL1021Contig2 817 2 15 U
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GTCCAGCGTTTGGCATGATGTCAGATGTTGAGCCTATCAATACCAAGGCGAAAGATCGAT
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AGAATCAGTTAATGGAGTCCCTTAAAGCCGAAGGTGAAGACATTATTGAAGATGTTAAGC
CTACTGGCCAAACCAGACCAGCTGTTGCAGCTCCAACTGATCCTTTCACATTAACTGTTG
AAGAGAAGCTCAATGTCGCATTGAGACGAGATGGTGGAATCAGTAGCTTTGACATGCAGG
GAACCCTGTCGCTTCAAATTCTTAACCAAGAAGATGGGTTTGTCCAAGTTCAGATTGAAA
CCGGTGGAAATCCTGAAATTCTTTTCAAGACACATCCCAACATCAACAGGGAACTCTTTA
ATAGCGAGAGTATACTAGGGCTGAAGAGACCTGATCAGCCATTTCCCACTGGTCAAGGTG
GAGATGGTGTTGGTCTTCTGAGGTGGAGAATGCAAAGAGCAGATGAGTCGATGGTGCCAC
TAACAATCAACTGCTGGCCTTCAGTGTCTGGAAACGAGACATATGTGAGCATCGAGTATG
AGCCTCGTCCATGTTTGATCTGACTATGTTATCATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN13TF U 69
AF RR1H442TF U 1
BS 1 376 RR1H442TF
BS 377 377 RR1GN13TF
BS 378 655 RR1H442TF
BS 656 656 RR1GN13TF
BS 657 689 RR1H442TF
BS 690 690 RR1GN13TF
BS 691 717 RR1H442TF
BS 718 718 RR1GN13TF
BS 719 725 RR1H442TF
BS 726 726 RR1GN13TF
BS 727 729 RR1H442TF
BS 730 730 RR1GN13TF
BS 731 752 RR1H442TF
BS 753 754 RR1GN13TF
BS 755 817 RR1H442TF

RD RR1GN13TF 704 0 0
G
GAGGTGGTGATAAGGGATTTTCGTCTATGAGTTCACTGGGAGGTAGACTTGACAGTAGTT
TCAGTGACATGAGCATATCTCATGGTTCTGGCGGTGGTGGTTTTGGAAGTGGTCCAGCGT
TTGGCATGATGTCAGATGTTGAGCCTATCAATACCAAGGCGAAAGATCGATCAAGGTCTT
CCGTTACTGCTGCTCCTAAGAGTTCTGGCATGAAACTTGGCAAGTCGGGAAAGAATCAGT
TAATGGAGTCCCTTAAAGCCGAAGGTGAAGACATTATTGAAGATGTTAAGCCTACTGGCC
AAACCAGACCAGCTGTTGCAGCTCCAACTGATCCTTTCACATTAACTGTTGAAGAGAAGC
TCAATGTCGCATTGAGACGAGATGGTGGAATCAGTAGCTTTGACATGCAGGGAACCCTGT
CGCTTCAAATTCTTAACCAAGAAGATGGGTTTGTCCAAGTTCAGATTGAAACCGGTGGAA
ATCCTGAAATTCTTTTCAAGACACATCCCAACATCAACAGGGAACTCTTTAATAGCGAGA
GTATACTAGGGCTGAAGAGACCTGATCAGCCATTTCCCACTGGTCAAGGTGGAGATGGTG
TTGGTCTTCTGAGGTGGAGAATGCAAAGAGCAGATGAGTCGATGGTGCCACTAACAATCA
ACTGCTGGCCTTCAGTGTCTGGAAACGAGACATATGTGAGCAT

QA 2 704 2 704
DS 

RD RR1H442TF 817 0 0
GCAATGACACCAAAGACGTGATGAAGCGTAAGGCTAATGAGATTGACAAAAGCAAGATTG
AAAAGACTAGAGGTGGTGATAAGGGATTTTCGTCTATGAGTTCACTGGGAGGCAGACTTG
ACAGTAGTTTCAGTGACATGAGCATATCTCATGGTTCTGGCGGTGGTGGTTTTGGAAGTG
GTCCAGCGTTTGGCATGATGTCAGATGTTGAGCCTATCAATACCAAGGCGAAAGATCGAT
CAAGGTCTTCCGTTACTGCTGCTCCTAAGAGTTCTGGCATGAAACTTGGCAAGTCGGGAA
AGAATCAGTTAATGGAGTCCCTTAAAGCCGAAGGTGAAGACATTATTGAAGATGTTAAGC
CTACTGGCCAAACCAGCCCAGCTGTTGCAGCTCCAACTGATCCTTTCACATTAACTGTTG
AAGAGAAGCTCAATGTCGCATTGAGACGAGATGGTGGAATCAGTAGCTTTGACATGCAGG
GAACCCTGTCGCTTCAAATTCTTAACCAAGAAGATGGGTTTGTCCAAGTTCAGATTGAAA
CCGGTGGAAATCCTGAAATTCTTTTCAAGACACATCCCAACATCAACAGGGAACTCTTTA
ATAGCGAGAGTATACTAGGGCTGAAGAGACCTGATCAGCCATTTCCCACTGGTCA*GGTG
GAGATGGTGTTGGTCTTCTGAGGTGGAGA*TGCAAAGAGCAGATGAGTCGATGGTGC*AC
TAACA*TCA*CTGCTGGCCTTCAGTGTCTGGA**CGAGACATATGTGAGCATCGAGTATG
AGCCTCGTCCATGTTTGATCTGACTATGTTATCATCT

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 7

CO CL1022Contig1 924 7 5 U
GCCCCTTTAAACACACAAAGAAATTTTATTTTTTTGTCAACTTGTGGTTTTATTAACCAG
AAGCCCATTGGATAAAGATTACAAATAGACTCAATTTTGACCAAATAGAGTCCAAAACAT
CAACAGATAACGATTACATGCTAAGTGACGCATGTGAGGACTCGTGGCGTAACTCCTTTG
TCGAGAAGGAAGAAAGACGGTGCCGGATAACTGCCCGGTAATCCATCCATCTTCATCTCC
GATCACTTGAGGCTGTTTGCATGTTCTTCGTTCCTTCAATCTTCGGTGAAAGAGACATCT
TCAATCTAAACTGGTAGAATATGAGTCCAAAGAACACTTTAGTAGAAACGAGCACAAAAT
CTTATCGGAACACTGTCTATATGGCAGTTCCAACTCATCTAATTTCCGGACCGGATCTCC
AAAGCTTGTTCTAAACCTCAGTTTTTTGACCTTCGTGGAAACTCCGCACGACTGAAAGCG
AAGATTAATACCACCTCCGAATCAAAATTCTGAGCTTTTCTAACCAAAAAAAAGAAATCA
AATCTCTCAATCAACTGACATCACCATCTACCCAGAAGGACAAGAACTAGATCTAAAACT
TTATTTAGATTCAACACAAATCAGAGAGAGAAAGATAAGATTGGTAAGCATCTCTGATTG
GCCGACCATAACACTACCAAAATCGCCCAACGAAACAGATTATCGCCAAAGTGAAAACAA
AGCTAGATCCGCTACACGGAAAACATAACTCGGTTTCTAAACCGAAGGTTTGTATTTTAC
AACAAAAAAACAAATCTTTATCTCCCTGTGAAAGATATGAAGGTGGGAACAGGGAGAAAA
AGAGAGAGTTCTCTCTCTAGAGAGAAGAGAGACTCTTCACACAAAGAAAAATTTAATTAC
TAGCACATGGCTAAAGATGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B786JQ U 1
AF RR1DC47JQ U 10
AF RR1E335JQ U 42
AF RR1FD07JQ U 36
AF RR1B786TF C 73
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AAGAACTAGATCTAAAACTTTATTTAGATTCAACACAAATCAGAGAGAGAAAGATAAGAT
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A

QA 1 661 1 661
DS 

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ATTTCCGGACCGGATCTCCAAAGCTTGTTCTAAACCTCAGTTTTTTGACCTTCGTGGAAA
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AACCAAAAAAA*GAAATCAAATCTCTCAATCAACTGACATCACCATCTACCCAGAAGGAC
AAGAACTAGATCTAAAACTTTATTTAGATTCAACACAAATCAGAGAGAGAAAGATAAGAT
TGGTAAGCATCTCTGATTGGCCGACCATAACACTACCAAAATCGCCCAACGAAACAGATT
ATCGCCAAAGTGAAAACAAAGCTAGATCCGCTACACGGAAAACATAAC

QA 7 714 7 714
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ATTACATGCTAAGTGACGCATGTGAGGACTCGTGGCGTAACTCCTTTGTCGAGAAGGAAG
AAAGACGGTGCCGGATAACTGCCCGGTAATCCATCCATCTTCATCTCCGATCACTTGAGG
CTGTTTGCATGTTCTTCGTTCCTTCAATCTTCGGTGAAAGAGACATCTTCAATCTAAACT
GGTAGAATATGAGTCCAAAGAACACTTTAGTAGAAACGAGCACAAAATCTTATCGGAACA
CTGTCTATATGGCAGTTCCAACTCATCTAATTTCCGGACCGGATCTCCAAAGCTTGTTCT
AAACCTCAGTTTTTTGACCTTCGTGGAAACTCCGCACGACTGAAAGCGAAGATTAATACC
ACCTCCGAATCAAAATTCTGAGCTTTTCTAACCAAAAAAAAGAAATCAAATCTCTCAATC
AACTGACATCACCATCTACCCAGAAGGACAAGAACTAGATCTAAAACTTTATTTAGATTC
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AATCTTTATCTCCCTGTGAAAGATATGAAGGTGGGAACAGGGAGAAAAAGAGAGAGTTCT
CTCTCTAGAGAGAAGAGAGACTCTTCACAC
CC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1FD07TF 683 0 0
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CGTTCTTTCAATCTTCGGTGAAAGAGACATCTTCAATCTAAACTGGTAGAATATGAGTCC
AAAGAACACTTTAGTAGAAACGAGCACAAAATCTTATCGGAACACTGTCTATATGGCAGT
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ACCTTCGTGGAAACTCCGCACGACTGAAAGCGAAGATTAATACCACCTCCGAATCAAAAT
TCTGAGCTTTTCTAACCAAAAAAA*GAAATCAAATCTCTCAATCAACTGACATCACCATC
TACCCAGAAGGACAAGAACTAGATCTAAAACTTTATTTAGATTCAACACAAATCAGAGAG
AGAAAGATAAGATTGGTAAGCATCTCTGATTGGCCGACCATAACACTACCAAAATCGCCC
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CTCGGTTTCTAAACCGAAGGTTTGTATTTTACAACAAAAAAACAAATCTTTATCTCCCTG
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GAGACTCTTCACAC
AAAGAAAAA

QA 1 674 1 674
DS 

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TTCGTTC*TTCAATCTTCGGTGAAAGAGACATCTTCAATCTAAACTGGTAGAATATGAGT
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TGACCTTCGTGGAAACTCCGCACGACTGAAAGCGAAGATTAATACCACCTCCGAATCAAA
ATTCTGAGCTTTTCTAACCAAAAAAAAGAAATCAAATCTCTCAATCAACTGACATCACCA
TCTACCCAGAAGGACAAGAACTAGATCTAAAACTTTATTTAGATTCAACACAAATCAGAG
AGAGAAAGATAAGATTGGTAAGCATCTCTGATCGGCCGACCATAACACTACCAAAATCGC
CCAACGAAACAGATTATCGCCAAAGTGAAAACAAAGCTAGATCCGTTACACGGAAAACAT
AACTCGGTTTCTAAACCGAAGGTTTGTATTTTACAACAAAAAAACAAATCTTTATCTCCC
TGTGAAAGATATGAAGGTGGGAACAGGGAGAAAAAGAGAGAGTTCTCTCTCTAGAGAGAA
GAGAGACTCTTCACACAAAGAAAAATTTAATTACTAGCACATGGCTAAAGATGGGTCC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 5

CO CL1023Contig1 1495 5 11 U
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GCAATACAATCTGTTTCTGTCTTATCCGAAGTCGCTTTGCTATATCTCACCCCTGCTAAT
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CCCTGAGAAATTGAGGAAGCATCTCTCGAGTTATAAGCATGCACGCCAAGAGTCTGTATA
CCCTACGTACGAAGAAATCACCCGGGTAACGGAGCATTGGGGAAGGAACTACCCGGCAAC
GCCTGAATATGCGACAGCTAAAATACTGGTGTGGTGGGACATGTTTTACTGTCCTATCCC
CGAGGGATATGATGCTCGTCGGGTCCGTCCGAGTTTAGAAGAGGCATTTAAGAAACTTGG
CTACTCTGGTCCTGTCTCCATCACTGCCTATGGCAACTTAAACCACATCCCTGAGCACCT
CCAGCGAGGACTCGCTTCCACTGGAGTCAGTCTTGCACATGCCGTTCGCGATGTCACATA
CAAGCGCATGTATCAAGATTTGCTGGATGAGCAAGAACCTAATCCTACTCCGACTAATAT
TATGGTCATATCTGATACAGATGCACATGAGGCCTTCTCAACTGCCGTTGCCGACCTAGT
ACAAATGCAGAAACACAACCTTTTTCTGGCTTATTCATCTAGGCCTTACCAAATGTTAGT
CCTGCTCCCTTCTGCCGAGTGGCTATGGCATAGCTTACTTGAAGTTTCAGAGGAAAGGAA
ACACGTTCTTCAGAAATGCAGTAGTGAAAGTGATAGGGGTGGTGGATCTAGCGCAATGTT
TTATTGCAAATTGTGCCGTGATGGCAAAGGCCCTGATTACAAATGCCTTGACAATTTAAG
AACGCATCTCTCAACTGAAGAACATTTGCAAGAAGAGTGTAGTATTACTGCGTTTGTTCA
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CAGACGTCGTCATGGTGGCTCTCGACGTAGAGCTCCAAAATCTCAAAACATGTGGGGAAA
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TTCAATTTCAAGCGGTACTTATTTTTCTTTGCGTTTTACTTTGTTTAAAACCATCTTATT
ATTCACTCATGTAATGTTATTATTAACTAGAGTTTGATGTATTTCGTTTGAAGTCTAGTA
GTATAATTGTGGAACGTTTTCGGCTTTAGTAGTATTTCGTTTAAAGTTATGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TT
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DS 



AS 1 7

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BQ
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GG
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TCCAAACCCTACTTTTCGAATCAGGTCTCAGTTTCTCCGTAGTTTGCCCATCAGATCAAC
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TTAAGAG

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G
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QA 2 204 2 204
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AGATCAAAATGGTGGTCTTACCGCACAGGCTGTTGGTTATAGTGGTTCTTCTCCTTCTTC
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TTGACATCAATTGCAGAATCTTCCTCAGCCGGTTCAGACCCAGCAGCTTCACCTACAGCA
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TCATCCACATCATCATCACCTTCATCAAGAATATCTTCATCGCTTTCACTTTCCTCAACA
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CAAAGGGAGAATTTCAAATATATTGATCGAGAATCGGATGAGTTGAAAATGAAGGCTTGA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EA87JQ U 1
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AF RR1AL34TF C 718
AF RR1GR25TF C 899
BS 1 734 RR1EA87JQ
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RD RR1EA87JQ 734 0 0
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AGATCAAAATGGTGGTCTTACCGCACAGGCTGTTGGTTATAGTGGTTCTTCTCCTTCTTC
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TTAGTCTCTTCTTTCTTTTCTTCTTTAGCCTCTTTAGAGGCATCTTGGCCATTATCCTCC
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CTCTCTTTCTTGGA

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CCCCCCCAAACTTGTT

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AGCAAATTGGTGCTCTGGATCGTAATCGACCCTTCGTCTCTCCTGTTTCCACCTCCTCCA
GCCATCTTATCTTCCCCCCCCAAACTTGTTTTCGATTCAGACAAAAAAACAACAGTAAAA
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ACAAATTGGTGCTCTGGATCGTAATCGACCCTTCGTCTCTCCTGTTTCCACCTCCTCCAG
CCATCTTATCTTCCCCCCCCAAACTTGTTTTCGATTCAGACAAAAAAACAACAGTAAAAT
AACAAACAAGCTTCTTCGGACAAGTCTACACGGATAAACAAATGGACAAAGAGATCTAAA
AACAAAGGGAGAATTTCAAATATATTGATCGAGAATCGGATGAGTTGAAAATGAAGGCTT
GAGACAGAGATTGTGATTAGGTTTTTTTTTGGTTCTTTTTCTAATTAAGATGAGGAAATC
TGGGTGAAGCAGCCGTATAGGCTAGGGCT
CC

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 7

CO CL1026Contig1 867 7 19 U
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GAGATCCAAAAACAAGACTCTCACTCAATCCGTACCTAAATCCACCGCGAGATTCGTCTG
CTCCACCGATAACAACAACAAGTCCATGAAGGCATTCTCCGCGGCGGTGGCTCTCTCTTC
CATCCTCCTCTCATCCCCGATGCCAGCCGTCGCTGATATCTCGGGCCTAACCCCTTGCAA
GGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAGCAGATCAAGAAGCTCGAGTCATCTCT
CAAACTCTACGCTCCTGAGAGTGCTCCTGCTCTTGCTCTCAACGCTCAGATCGAGAAGAC
CAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTACGGACTTCTGTGCGGTGCAGACGGGCTACC
ACACTTGATAGTGAACGGAGACCAGAGGCATTGGGGAGAGTTCATAACTCCAGGACTTTT
GTTTCTCTACATTGCGGGATGGATCGGGTGGGTGGGGAGAAGCTACTTGATAGCGATTAG
TGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATCATTGATGTACCGTTGGCTAGTCGTCT
CGTCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGTTTCTCAATGGCGATCT
TATTGCCAAGGATGTTTAAGAAACAAACAAAAAAAATCTAAATATTTGATCCTTTGTTTG
CTTCGTATGTGTTTAAACTCTGGTTATTAACTCTTCCCTGTCAAAGAGTATGTCTGCAAT
ATGGGGAACTTGTTATTTGGATTAAATGTTGAAAATCCTACATTGGGAAATGAGAAGAAG
TTATAGATAAACATGGAATTACTGCTT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1D875TF U 1
AF RR1A588TF U 3
AF RR1AD87TF U 3
AF RR1A588JQ C 61
AF RR1H963TF U 516
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AF RR1D875JQ C 132
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BS 748 764 RR1D875TF
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BS 766 778 RR1D875TF
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BS 849 867 RR1A588JQ

RD RR1D875TF 779 0 0
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GTTTCTCTACATTGCGGGATGGATCGGGTGGGTGGGGAGAAGCTACTTGATAGCGATTAG
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T

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DS 

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QA 3 780 3 780
DS 

RD RR1AD87TF 782 0 0
GG
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CTCTACGCTCCTGAGAGTGCTCCTGCTCTTGCTCTCAACGCTCAGATCGAGAAGACCAAA
CGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTACGGACTTCTGTGCGGTGCAGACGGGCTACCACAC
TTGATAGTGAACGGAGACCAGAGGCATTGGGGAGAGTTCATAACTCCAGGACTTTTGTTT
CTCTACATTGCGGGATGGATCGGGTGGGTGGGGAGAAGCTACTTGATAGCGATTAGTGAT
GAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATCATTGATGTACCGTTGGCTAGTCGTCTCGTC
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GCCAAGGATGTTTAAGAAACAAACAAAAAAAATCTAAATATTTGATCCTTTGTTTGCTTC
GTATGTGTTTAAACTCTGGTTATTAACTCTTCCCTGTCAA*GAGTATGTCTGCAATATGG

QA 3 782 3 782
DS 

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CTCCACCGATAACAACAACAAGTCCATGAAGGCATTCTCCGCGGCGGTGGCTCTCTCTTC
CATCCTCCTCTCATCCCCGATGCCAGCCGTCGCTGATATCTCGGGCCTAACCCCTTGCAA
GGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAGCAGATCGAGAAGCTCGAGTTATCTCT
CAAACTCTACGCTCCTGAGAGTGCTCCTGCTCTTGCTCTCAACGCTCAGATCGAGAAGAC
CAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTACGGACTTCTGTGCGGTGCAGACGGGCTACC
ACACTTGATAGTGAACGGAGACCAGAGGCATTGGGGAGAGTTCATAACTCCAGGACTTTT
GTTTCTTTACATTGCGGGATGGATCGGGTGGGTGGGGAGAAGCTACTTGATAGCGATTAG
TGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATCATTGATGTACCGTTGGCTAGTCGTCT
CGTCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGTTTCTCAATGGCGATCT
TATTGCCAAGGATGTTTAAGAAACAAACAAAAAAAATCTAAATATTTGATCCTTTGTTTG
CTTCGTATGTGTTTAAACTCTGGTTATTAACTCTTCCCTGTCAAAGAGTATGTCTGCAAT
ATGGGGAACTTGTTATTTGGATTAAATGTTGAAAATCCTACATTGGGAAATGAGAAGAAG
TTATAGATAAACATGGAATTACTGCTT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1H963TF 333 0 0
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ACAGAGCGTTTCCCAATGGCGATCTTATTGCCAAGGATATTTAAGAAACAAACAAAAAAA
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CCCTGTCAAAGAGTATGTCTGCAATATGGGGAACTTGTTATTTGGATTAAATGTTGAAAA
TCCTACATTGGGAAATGAGAAGAAGTTATAGAT

QA 1 333 1 333
DS 

RD RR1AD87JQ 706 0 0
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TCGGGCCTAACCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAGCAGATC
AAGAAGCTCGAGTCATCTCTCAAACTCTACGCTCCTGAGAGTGCTCCTGCTCTTGCTCTC
AACGCTCAGATCGAGAAGACCAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTACGGACTTCTG
TGCGGTGCAGACGGGCTACCACACTTGATAGTGAACGGAGACCAGAGGCATTGGGGAGAG
TTCATAACTCCAGGACTTTTGTTTCTCTACATTGCGGGATGGATCGGGTGGGTGGGGAGA
AGCTACTTGATAGCGATTAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATCATTGAT
GTACCGTTGGCTAGTCGTCTCGTCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACAGA
GCGTTTCTCAACGGCGATCTTATTGCCAAGGATGTTTAAGAAACAAACAAAAAAAATCTA
AATATTTGATCCTTTGTTTGCTTCGTATGTGTTTAAACTCTGGTTATTAACTCTTCCCTG
TCAAAGAGTATGTCTGCAATATGGGGAACTTGTTATTTGGATTAAATGTTGAAAATCCTA
CATTGGGAAATGAGAAGAAGTTATAGATAAACATGGAATTACTGCT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1D875JQ 717 0 0
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CATCCCCGATGCCAGCCGTCGCTGATATCTCGGGCCTAACCCCTTGCAAGGAGTCGAAAC
AGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAGCAGATCAAGAAGCTCGAGTCATCTCTCAAACTCTACG
CTCCTGAGAGTGCTCCTGCTCTTGCTCTCAACGCTCAGATCGAGAAGACCAAACGCAGGT
TCGACAACTACGGCAAGTACGGACTTCTGTGCGGTGCAGACGGGCTACCACACTTGATAG
TGAACGGAGACCAGAGGCATTGGGGAGAGTTCATAACTCCAGGACTTTTGTTTCTCTACA
TTGCGGGATGGATCGGGTGGGTGGGGAGAAGCTACTTGATAGCGATTAGTGATGAGAAGA
AACCAGCGATGAAAGAGACCATCATTGATGTACCGTTGGCTAGTCGTCTCATCTTCCGTG
GTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGTTTCTCAATGGCGATCTTATTGCCAAGG
ATGTTTAAGAAACAAACAAAAAAAATCTAAATATTTGATCCTTTGTTTGCTTCGTATGTG
TTTAAACTCTGGTTATTAACTCTTCCCTGTCAAAGAGTATGTCTGCAATATGGGGAACTT
GTTATTTGGATTAAATGTTGAAAATCCTACATTGGGAAATGAGAAGAAGTTATAGAT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 4

CO CL1027Contig1 1170 4 3 U
AATGATAACCACATCATTTTGATAAATTTACAAAAAAAATTTGTACACTGGTTATCATTT
CCTTGTAACATGTCGTACATTCATAAAAATGATTATGAAACATGTAGTTTAGGATAAATT
AGGAATAATTTATGGAACCCAAACTACTCCGTTCAGCTATACCATGCGGGAGGTTTATTC
TCTCCAGCTGGTTTATCCGTTGATGCTCCAACTGGTTTATTTTTTTGGTTTTTCAGCCGG
TTTATTTGCTGCCCCTCCAGCAGGTTTATTTGCTGCCCCTCCGGTCGGTTTATCTGCTGG
TTTATCTGTTGGTCCTCCAGCAGGTTTATCTGCTGGTTTATCTGGTGGTCCTCCAGCTGG
TTTACTTCCTGGTTTATCTGTTGGTCCTCCAGCTGGTTTATCTTTTGGTTTATGAGCTGG
TTCTCCAGCTGGTTTACTTCCTGGCTTATTTGTTGGTCCTCCAGCAGGTTTATCTGGTTT
ATGTGCTGGTCCTCCATCTGGTTTACTTCCTGGTTTATCTGTTGCTCCTCCATCAGGTTT
ACCTCCTGGCTTATCTGCTGCTCCTCCAGCCGGTTTACCTCCTGGCTTATCCGCTGCTCC
TCCAGCCGGTTTATCTTCTGGCTTATCGGTTGCTCCTCCAGCTGGTTTATCATTTGGCTT
ACTTGTTGCTCCTCCAGTTGGATTATCTTTTGGTTTATCTGTTGCTCCACCAGCTGGTTT
AGCTGCTTCGGTGGGTGGAGCTCCTGCTGGAGGTGGATTATCCTTCGGGTGTACTCCCAT
TCTATGCTTAAGGAGCCAAACTATGAGAGCACCCGCCGTCACTCCAAATAAGGCAACGGC
CGAGAGATTGGTGGCTAAGAGAGTGGTAGCTATAGTTGCTGGTACGAGAACCGGACTGAA
TATCACGAAAAGAGGTGTGGCTACGATTAATCCCACGAGAGACGGCAAGGGTTACGCCGG
CCAAAGCAAACAAGACTGCAGTTACAATGACAGCACTAACAACCTGAAAAACCTGAAAAA
TTGGGATGAGACGAGAGAGCATTTTTTTGGATATAGATTTAGATTACAACGGCTGAAATT
TGGTTTGAATGGGTTCTATATCTTATTTTATTTTGGTTAAAAGTTTTGAAAATAATACTT
GGCTCCAAATTTTTGTTCGGATGGTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI06JQ U 24
AF RR1EI70JQ U 1
AF RR1G948JQ U 61
AF RR1G948TF C 498
BS 1 563 RR1EI70JQ
BS 564 765 RR1G948JQ
BS 766 1170 RR1G948TF

RD RR1GI06JQ 240 0 0
AAATTTACAAAGAAAATTTGTACACTGGTTATCATTTCCTTGTAACATGTCGTACATTCA
TAAAAATGATTATGAAACATGTAGTTTAGGATAAATTAGGAATAATTTATGGAACCCAAA
CTACTCCGTTCAGCTATACCATGCGGGAGGTTTATTCTCTCCAGCTGGTTTATCCGTTGA
TGCTCCAACTGGTTTATTTTTTTGGTTTTTCAGCCGGTTTATTTGCTGCCCCTCCAG
CAG

QA 1 237 1 237
DS 

RD RR1EI70JQ 563 0 0
AATGATAACCACATCATTTTGATAAATTTACAAAAAAAATTTGTACACTGGTTATCATTT
CCTTGTAACATGTCGTACATTCATAAAAATGATTATGAAACATGTAGTTTAGGATAAATT
AGGAATAATTTATGGAACCCAAACTACTCCGTTCAGCTATACCATGCGGGAGGTTTATTC
TCTCCAGCTGGTTTATCCGTTGATGCTCCAACTGGTTTATTTTTTTGGTTTTTCAGCCGG
TTTATTTGCTGCCCCTCCAGCAGGTTTATTTGCTGCCCCTCCGGTCGGTTTATCTGCTGG
TTTATCTGTTGGTCCTCCAGCAGGTTTATCTGCTGGTTTATCTGGTGGTCCTCCAGCTGG
TTTACTTCCTGGTTTATCTGTTGGTCCTCCAGCTGGTTTATCTTTTGGTTTATGAGCTGG
TTCTCCAGCTGGTTTACTTCCTGGCTTATTTGTTGGTCCTCCAGCAGGTTTATCTGGTTT
ATGTGCTGGTCCTCCATCTGGTTTACTTCCTGGTTTATCTGTTGCTCCTCCATCAGGTTT
ACCTCCTGGCTTATCTGCTGCTC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1G948JQ 705 0 0
C
CTTGTAACATGTCGTACATTCATAGAAATGATTATGAAACATGTAGTTTAGGATAAATTA
GGAATAATTTATGGAACCCAAACTACTCCGTTCAGCTATACCATGCGGGAGGTTTATTCT
CTCCAGCTGGTTTATCCGTTGATGCTCCAACTGGTTTATTTTTTTGGTTTTTCAGCCGGT
TTATTTGCTGCCCCTCCAGCAGGTTTATTTGCTGCCCCTCCGGTCGGTTTATCTGCTGGT
TTATCTGTTGGTCCTCCAGCAGGTTTATCTGCTGGTTTATCTGGTGGTCCTCCAGCTGGT
TTACTTCCTGGTTTATCTGTTGGTCCTCCAGCTGGTTTATCTTTTGGTTTATGAGCTGGT
TCTCCAGCTGGTTTACTTCCTGGCTTATTTGTTGGTCCTCCAGCAGGTTTATCTGGTTTA
TGTGCTGGTCCTCCATCTGGTTTACTTCCTGGTTTATCTGTTGCTCCTCCATCAGGTTTA
CCTCCTGGCTTATCTGCTGCTCCTCCAGCCGGTTTACCTCCTGGCTTATCCGCTGCTCCT
CCAGCCGGTTTATCTTCTGGCTTATCGGTTGCTCCTCCAGCTGGTTTATCATTTGGCTTA
CTTGTTGCTCCTCCAGTTGGATTATCTTTTGGTTTATCTGTTGCTCCACCAGCTGGTTTA
GCTGCTTCGGTGGGTGGAGCTCCTGCTGGAGGTGGATTATCCTT

QA 2 705 2 705
DS 

RD RR1G948TF 673 0 0
CTGGTTTACTTCCTGGTTTATCTGTTGCTCCTCCATCAGGTTTACCTCCTGGCTTATCTG
CTGCTCCTCCAGCCGGTTTACCTCCTGGCTTATCCGCTGCTCCTCCAGCCGGTTTATCTT
CTGGCTTATCGGTTGCTCCTCCAGCTGGTTTATCATTTGGCTTACTTGTTGCTCCTCCAG
TTGGATTATCTTTTGGTTTATCTGTTGCTCCACCAGCTGGTTTAGCTGCTTCGGTGGGTG
GAGCTCCTGCTGGAGGTGGATTATCCTTCGGGTGTACTCCCATTCTATGCTTAAGGAGCC
AAACTATGAGAGCACCCGCCGTCACTCCAAATAAGGCAACGGCCGAGAGATTGGTGGCTA
AGAGAGTGGTAGCTATAGTTGCTGGTACGAGAACCGGACTGAATATCACGAAAAGAGGTG
TGGCTACGATTAATCCCACGAGAGACGGCAAGGGTTACGCCGGCCAAAGCAAACAAGACT
GCAGTTACAATGACAGCACTAACAACCTGAAAAACCTGAAAAATTGGGATGAGACGAGAG
AGCATTTTTTTGGATATAGATTTAGATTACAACGGCTGAAATTTGGTTTGAATGGGTTCT
ATATCTTATTTTATTTTGGTTAAAAGTTTTGAAAATAATACTTGGCTCCAAATTTTTGTT
CGGATGGTTGTCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 7

CO CL1028Contig1 432 7 3 U
GGGAGGGTTTTCGAGTGTTTTCACGCCGTTCATCTTCGTCTTCTAGCTTCTCGCACTTGA
GCACTCGAAAACCATGGGTTTCGCTGCGATCTGGAACTCTCATCCCAAGAAGTACGGGCC
TGGTTCCCGCACCTTCCGTGTGTGCGGAAACTCGCACGGGCTAATCAGGAAGTATGGACT
TAACTGCTGTAGACAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGGAAATCGGATTCATCAAGTACCG
TTAAAGAGCCGGTGTTGCTTATGCAGTCAGTTGCTGTCGTTTGGATTTTTTTTCTTAAAG
CTTTTGAATGTTGTACTGGATCTTATAAATGCTTTATGATTTCCTCTTTGAACAATTGAG
CTTTCCTTGTTTTATCAACAATTTTTGGTTCTACTACAATATGATTATCGTTTAAATTTG
GAGTTTCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G566JQ C 96
AF RR1G451JQ C 35
AF RR1BY23TF U 2
AF RR1G451TF U 2
AF RR1G566TF U 8
AF RR1G002TF U 1
AF RR1G002JQ C 86
BS 1 134 RR1G002TF
BS 135 135 RR1G451TF
BS 136 432 RR1G002TF

RD RR1G566JQ 318 0 0
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ACGGGCTAATCAGGAAGTATGGACTTAACTGCTGTAGACAGTGCTTCCGCAGCAACGCCA
AGGAAATCGGATTCATCAAGTACCGTTAAAGAGCCGGTGTTGCTTATGCAGTCAGTTGCT
GTCGTTTGGATTTTTTTTCTTAAAGCTTTTGAATGTTGTACTGGATCTTATAAATGCTTT
ATGATTTCCTCTTTGAACAATTGAGCTTTCCTTGTTTTATCAACAATTTTTGGTTCTACT
ACAATATGATTATCGTTT

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR1G451JQ 379 0 0
TTCGTTTTCTAGCTTCTCGCACTTGAGCACTCGAAAACCATGGGTTTCGCTGCGATCTGG
AACTCTCATCCCAAGAAGTACGGGCCTGGTTCCCGCCCCTTCCGTGTGTGCGGAAACTCG
CACGGGCTAATCAGGAAGTATGGACTTAACTGCTGTAGACAGTGCTTCCGCAGCAACGCC
AAGGAAATCGGATTCATCAAGTACCGTTAAAGAGCCGGTGTTGCTTATGCAGTCAGTTGC
TGTCGTTTGGATTTTTTTTCTTAAAGCTTTTGAATGTTGTACTGGATCTTATAAATGCTT
TATGATTTCCTCTTTGAACAATTGAGCTTTCCTTGTTTTATCAACAATTTTTGGTTCTAC
TACAATATGATTATCGTTT

QA 1 379 1 379
DS 

RD RR1BY23TF 413 0 0
GGAGGG
TTTTCGAGTGTTTTCACGCCGTTCATCTTCGTCTTCTAGCTTCTCGCACTTGAGCACTCG
AAAACCATGGGTTTCGCTGCGATCTGGAACTCTCATCCCAAGAAGTACGGGCCTGGTTCC
CGCACCTGCCGTGTGTGCGGAAACTCGCACGGGCTAATCAGGAAGTATGGACTTAACTGC
TGTAGACAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGGAAATCGGATTCATCAAGTACCATTAAAGA
GCCGGTGTTGCTTATGCAGTCAGTTGCTGTCGTTTGGATTTTTTTTCTTAAAGCTTTTGA
ATGTTGTACTGGATCTTATAAATGCTTTATGATTTCCTCTTTGAACAATTGAGCTTTCCT
TGTTTTATCAACAATTTTTGGTTCTACCACAATATGATTATCGTTT
T

QA 7 412 7 412
DS 

RD RR1G451TF 412 0 0
GGAGGG
TTTTCGAGTGTTTTCACGCCGTTCATCTTCGTCTTCTAGCTTCTCGCACTTGAGCACTCG
AAAACCATGGGTTTCGCTGCGATCTGGAACTCTCATCCCAAGAAGTACGGGCCTGGTTCC
CGCACCTTCCGTGTGTGCGGAAACTCGCACGGGCTAATCAGGAAGTATGGACTTAACTGC
TGTAGACAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGGAAATCGGATTCATCAAGTACCGTTAAAGA
GCCGGTGTTGCTTATGCAGTCAGTTGCTGTCGTTTGGATTTTTTTTCTTAAAGCTTTTGA
ATGTTGTACTGGATCTTATAAATGCTTTATGATTTCCTCTTTGAACAATTGAGCTTTCCT
TGTTTTATCAACAATTTTTGGTTCTACTACAATATGATTATCGTTT

QA 7 412 7 412
DS 

RD RR1G566TF 406 0 0
TTTTCGAGTGTTTTCACGCCGTTCATCTTCGTCTTCTAGCTTCTCGCACTTGAGCACTCG
AAAACCATGGGTTTCGCTGCGATCTGGAACTCTCATCCCAAGAAGTACGGGCCTGGTTCC
CGCACCTTCCGTGTGTGCGGAAACTCGCACGGGCTAATCAGGAAGTATGGACTTAACTGC
TGTAGACAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGGAAATCGGATTCATCAAGTACCGTTAAAGA
GCCGGTGTTGCTTATGCAGTCAGTTGCTGTCGTTTGGATTTTTTTTCTTAAAGCTTTTGA
ATGTTGTACTGGATCTTATAAATGCTTTATGATTTCCTCTTTGAACAATTGAGCTTTCCT
TGTTTTATCAACAATTTTTGGTTCTACTACAATATGATTATCGTTT

QA 1 406 1 406
DS 

RD RR1G002TF 432 0 0
GGGAGGGTTTTCGAGTGTTTTCACGCCGTTCATCTTCGTCTTCTAGCTTCTCGCACTTGA
GCACTCGAAAACCATGGGTTTCGCTGCGATCTGGAACTCTCATCCCAAGAAGTACGGGCC
TGGTTCCCGCACCTGCCGTGTGTGCGGAAACTCGCACGGGCTAATCAGGAAGTATGGACT
TAACTGCTGTAGACAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGGAAATCGGATTCATCAAGTACCG
TTAAAGAGCCGGTGTTGCTTATGCAGTCAGTTGCTGTCGTTTGGATTTTTTTTCTTAAAG
CTTTTGAATGTTGTACTGGATCTTATAAATGCTTTATGATTTCCTCTTTGAACAATTGAG
CTTTCCTTGTTTTATCAACAATTTTTGGTTCTACTACAATATGATTATCGTTTAAATTTG
GAGTTTCTCTCC

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR1G002JQ 347 0 0
GCGATCTGGAACTCTCATCCCAAGAAGTACGGGCCTGGTTCCCGCCCCTGCCGTGTGTGC
GGAAACTCGCACGGGCTAATCAGGAAGTATGGACTTAACTGCTGTAGACAGTGCTTCCGC
AGCAACGCCAAGGAAATCGGATTCATCAAGTACCGTTAAAGAGCCGGTGTTGCTTATGCA
GTCAGTTGCTGTCGTTTGGATTTTTTTTCTTAAAGCTTTTGAATGTTGTACTGGATCTTA
TAAATGCTTTATGATTTCCTCTTTGAACAATTGAGCTTTCCTTGTTTTATCAACAATTTT
TGGTTCTACTACAATATGATTATCGTTTAAATTTGGAGTTTCTCTCC

QA 1 347 1 347
DS 



AS 1 6

CO CL1029Contig1 875 6 7 U
GGGCCCCTCAACGAGTTTCGAGACCCGAGTAGCCATGTCGCTCACGATCCCGACGAACCT
CGTCCTCAACCCGAGAGCCAACAAATCTCTCACTCAATCATTGCCTAAATCCACCGCCAG
ATTCGTCTGCTCCGATGACAAATCCGCGACGCAACAACAGCAGTCCATGAAGGCTTTCTC
TGCCGCAGTGGCTCTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCTGATAT
CTCGGGGTTGACCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAACAGAT
CAAGAAGCTTGAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAAAGTGCTCCTGCTCTTGCTCT
TAACGCCCAGATCGAGAAGACCAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTATGGACTTCT
GTGTGGTGCAGACGGTCTACCACACCTGATAGTGAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGA
GTTCATAACTCCAGGCCTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTTGGGAG
AAGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGA
TGTTCCTTTGG*CTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACA
GAGCGTTACTCAACGGCGATCTCATTGCCAAAGATGTCTAGAAAAACAAAAAACAAATCT
ATATTTGTTGTTTTGTTTGCTTCTCTTTCTCTCATGTTTTCCATTGTATGTATTGATATC
TCTAATTAACTCTTCCTTCAAAGAATATCTTTGCATTATGGAAAAACTTGTATTTTGGAT
TAAATGTTAATTGCGGAAAAACTCATTTCATACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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AF RR1AC41TF U 1
AF RR1B429TF U 132
AF RR1AC41JQ C 208
AF RR1BT08TF U 466
AF RR1CJ52JQ C 313
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BS 842 875 RR1AC41JQ

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CGTCCTCAACCCGAGAGCCAACAAATCTCTCACTCAATCATTGCCTAAATCCACCGCCAG
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TGCCGCAGTGGCTCTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCTGATAT
CTCGGGGTTGACCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAACAGAT
CAAGAAGCTTGAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAAAGTGCTCCTGCTCTTGCTCT
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GTGTGGTGCAGACGGTCTACCACACCTGATAGTGAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGA
GTTCATAACTCCAGGCCTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTTGGGAG
AAGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGA
TGTTCCTTTGG*CTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACA
GAGCGTTACTCAACGGCGATCTCATTGCCAAAGATGTCTAGAAAAACAAAAAACAAATCT
ATATTTGTTGTTTTGTTTGCTTCTCTTTCCCTCATGTTTTCCATTGTATGTATTGATATC
TCTAATTAACTCTTCCTTCAAAGAATAT

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DS 

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CCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAACAGATCAAGAAGCTTG
AATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAAAGTGCTCCTGCTCTTGCTCTTAACGCCCAGA
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TAGCGATCGGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGATGTTCCTTTGG
GCTAGTCGTCCCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGTTACTC
AACGGCGATCTCATTGCCAAAGATGTCTAGAAAAACAAAAA*CAAATCTATATTTGTTGT
TTTGTTTGCTTCTCTTTCTCTCACGTTTTCCATTGTATGTATTGATATCTCTAATTAACT
CTTCCT

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DS 

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CAGGTTCGACAACTACGGCAAGTATGGACTTCTGTGTGGTGCAGACGGTCTACCACACCT
GATAGTGAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGAGTTCATAACTCCAGGCCTTCTCTTCCT
CTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTTGGGAGAAGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGA
GAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGATGTTCCTTTGG*CTAGTCGTCTCATCT
TCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGTTACTCAACGGCGATCTCATTG
CCAAAGATGTCTAGAAAAACAAAAAACAAATCTATATTTGTTGTTTTGTTTGCTTCTCTT
TCCCTCATGTTTTCCATTGTATGTATTGATATCTCTAATTAACTCTTCCTTCAAAGAATA
TCTTTGCATTATGGAAAAACTTGTATTTTGGATTAAATGTTAATTGCGGAAAAACTCATT
TCATACCC

QA 1 668 1 668
DS 

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GG
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GGTGGGTTGGGAGAAGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAG
AGATCATTATTGATGTTCCTTTGG*CTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCT
GTTGCTGCTTACAGAGCGTTACTCAACGGCGATCTCATTGCCAAAGATGTCTAGAAAAAC
AAAAAACAAATCTATATTTGTTGTTTTGTTTGCTTCTCTTTCTCTCATGTTTTCCATTGT
ATGTATTGATATCTCTAATTAACTCTTCCTTCAAAGAATATCTTTGCATTATGGAAAAAC
TTGTATTTTGGATT

QA 3 376 3 376
DS 

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CGAGAAGACCAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTATGGACTTCTGTGTGGTGCAGA
CGGTCTACCACACCTGATAGTGAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGAGTTCATAACTCC
AGGCCTTTTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTTGGGAGAAGCTACTTGGT
ATCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGATGTTCCTTTGG*
CTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGTTACTCA
ACGGCGATCTCATTGCCAAAGATGTCTAGAAAAACAAAAAACAAATCTATATTTGTTGTT
TTGTTTGCTTCTCTTTCTCTCATGTTTTCCATTGTATGTATTGATATCTCTAATTAACTC
TTCCTTCAAAGAATATCTTTGCATTATGGAAAAACTTGTATTTTGGATTAAATGTTAATT
GCGGAAAAACTCATTTCATACCC

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DS 

RD RR1B429JQ 598 0 0
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GAAGCTTGAATCATCTCTTAAGCTTTACGCTCCTGAAAGTGCTCCTGCTCTTGCTTTTAA
CGCCCAGATCGAGAAGACCAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTATGGACTTTTGTG
TGGTGCAGACGGTTTACCACACCTGATAGTGAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGAGTT
CATAACTCCAGGCCTTTTTTTCCTTTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTTGGGAGAAG
CTACTTGATAGCGATCGGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGATGT
TCCTTTGG*CTAGTCGTCCCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAG
CGTTACTCAACGGCGATCTCATTGCCAAAGATGTCTAGAAAAACAAAAAACAAATCTATA
TTTGTTGTTTTGTTTGCTTCTCTTTCTCTCACGTTTTCCATTGTATGTATTGATATCTCT
AATTAACTCTTCCTTCAAAGAATATCTTTGCATTATGGAAAAACTTGTATTTTGGATT

QA 1 598 1 598
DS 



AS 3 7

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CCAAAGGAAAAAAAAGGAAGACGCAACCAAATACTCAAAGGTGCTGAGATGTGTCTGTTG
ATTGCTTCTGGTCTATGGGTTCCTGCGACATTCTGAGTGTGTTGTTCGGTTTAGGTGTTT
GGTGCATTGCTTATATATCAGTCGCCGTTTTCGCATCTTTTAGAATCCTTCACTCTGTTT
TCTCCCTTTGACTTTTTTTCTTTCTGGAAGATTTTTGCTTTGTTACAATGGGTTATGCTC
AGCTCGTTATCGGTCCAGCAGGCAGCGGAAAGTCAACTTATTGCTCATCTTTGTATGAAC
ACTGTGAAACCGTCGGCAGAACAATGAATGTTGTTAACTTGGATCCTGCTGCTGAAATCT
TTAACTATCCTGTGGCTATGGATATCAGAGAGCTTGTTTCTTTGGAAGATGTAATGGAGG
AGCTTGGGCTTGGTCCTAATGGTGCCCTCATGTACTGCATGGAATACCTTGAGGATAGCT
TACATGATTGGGTGGATGAAGAATTGGAGAACTACAGGGACGATGATTACCTTATATTTG
ATTGTCCAGGCCAGATAGAACTGTTTACACATGTTCCTGTGCTCAAGAACTTTGTGGCGC
ATTTGCAACAGAAGAACTTCGACGTCTGTGTTGTTTATCTGCTTGATTCACAGTTCATAA
CAGATGTCACCAAGTTTATCAGCGGTTGCATGTCGTCTCTCTCTGCAATGATCCAGCTTG
AATTACCACACATCAACATCCTGTCAAAGATGGATCTCTTGCAGGACAAAAGCAACATTG
ATAACCTCGCACATTGTTGGCAGAGTTAAACGAAAAGATGGGTCCACGATACGCGAAATT
GAACAAAGCCCTGATTGAGATGGTGGGAGAGTATGGGATGGTGAATTTCATTCCCCTTGA
CATAAGGAAAGAACGAAGTATTCAGTATGTTCTGTCTCAGATTGATGTCTGCATCCAGTT
TGGAGAAGACGCTGACGTTAAGATCAAAGATGAGGATGAAGATTTTGGTGATGATCAGTG
ATTTGTTACTCTGATTCACGGACGTTTCTCTTAAACTTCTGAACAATCTTAGTCTTATCA
AAGCCAATGAACTTGTGAAAACTATTTTATTTGCTGAATA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE74TF U 1
AF RR1BR04TF U 475
BS 1 578 RR1DE74TF
BS 579 579 RR1BR04TF
BS 580 635 RR1DE74TF
BS 636 1180 RR1BR04TF

RD RR1DE74TF 635 0 0
CATTGAAAACCCTAAAGAAGTCTTTAGAAGCAATAATCGCTCTCTTCTTCGTAGCCAGCC
CCAAAGGAAAAAAAAGGAAGACGCAACCAAATACTCAAAGGTGCTGAGATGTGTCTGTTG
ATTGCTTCTGGTCTATGGGTTCCTGCGACATTCTGAGTGTGTTGTTCGGTTTAGGTGTTT
GGTGCATTGCTTATATATCAGTCGCCGTTTTCGCATCTTTTAGAATCCTTCACTCTGTTT
TCTCCCTTTGACTTTTTTTCTTTCTGGAAGATTTTTGCTTTGTTACAATGGGTTATGCTC
AGCTCGTTATCGGTCCAGCAGGCAGCGGAAAGTCAACTTATTGCTCATCTTTGTATGAAC
ACTGTGAAACCGTCGGCAGAACAATGAATGTTGTTAACTTGGATCCTGCTGCTGAAATCT
TTAACTATCCTGTGGCTATGGATATCAGAGAGCTTGTTTCTTTGGAAGATGTAATGGAGG
AGCTTGGGCTTGGTCCTAATGGTGCCCTCATGTACTGCATGGAATACCTTGAGGATAGCT
TACATGATTGGGTGGATGAAGAATTGGAGAACTACAGG*ACGATGATTACCTTATATTTG
ATTGTCCAGGCCAGATAGAACTGTTTACACATGTT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1BR04TF 706 0 0
G
GGAGGAGCTTGGGCTTGGTCCTAATGGTGCCCTCATGTACTGCATGGAATACCTTGAGGA
TAGCTTACATGATTGGGTGGATGAAGAATTGGAGAACTACAGGGACGATGATTACCTTAT
ATTTGATTGTCCAGGCCAGATAGAACTGTTTACACATGTTCCTGTGCTCAAGAACTTTGT
GGCGCATTTGCAACAGAAGAACTTCGACGTCTGTGTTGTTTATCTGCTTGATTCACAGTT
CATAACAGATGTCACCAAGTTTATCAGCGGTTGCATGTCGTCTCTCTCTGCAATGATCCA
GCTTGAATTACCACACATCAACATCCTGTCAAAGATGGATCTCTTGCAGGACAAAAGCAA
CATTGATAACCTCGCACATTGTTGGCAGAGTTAAACGAAAAGATGGGTCCACGATACGCG
AAATTGAACAAAGCCCTGATTGAGATGGTGGGAGAGTATGGGATGGTGAATTTCATTCCC
CTTGACATAAGGAAAGAACGAAGTATTCAGTATGTTCTGTCTCAGATTGATGTCTGCATC
CAGTTTGGAGAAGACGCTGACGTTAAGATCAAAGATGAGGATGAAGATTTTGGTGATGAT
CAGTGATTTGTTACTCTGATTCACGGACGTTTCTCTTAAACTTCTGAACAATCTTAGTCT
TATCAAAGCCAATGAACTTGTGAAAACTATTTTATTTGCTGAATA

QA 2 706 2 706
DS 



CO CL1030Contig2 698 2 10 U
AGTTGTAAATATCTCACTAGTTAAGGTTTTGGTATTCAGCAAATAAAATAGTTTTCACAA
GTTCATCGGCCTTTGATAAGACTAAGATTGTTCAGAAGTTTAAGAGAAACGTCCGTGAAT
CAGAGTAACAAATCACTGATCATCACCAAAATCTTCATCCTCATCTTTGATCTTAACGTC
AGCGTCTTCTCCAAACTGGATGCAGACATCAATCTGAGACAGAACATACTGAATACTTCG
TTCTTTCCTTATGTCAAGCGGAATGAAATTCACCATCCCATACTCTCCCACCATCTCAAT
CAGGGCTTTGTTCAATTTCGCGTATCGTGGACCCATCTTTTCGTTTAACTCTGCCAACAA
TGTGCGAGGCTCCGGATCCAAGTAGTTATCAATGTTGCTTTTATCCTGCAAGAGATCCAT
CTTTGACAGGATGTTGATGTGTGGTAATTCAAGCTGGATCATTGCAGAGAGAGACGACAT
GCAACCGCTGATAAACTTGGTGACATCTGTTATGAACTGTGAATCAAGCAGATAAACAAC
ACAAACGTTGAAGTTCTTCTGTTGCAAATGCGCCACAAAGTTCTTGAGCACAGGAACATG
TGTAAACAGTTCTATCTGGCCTGGACAATCAAATATAAGGTAATCATCATCCCTGTAGTT
CTCCAACTCTTCATCCACCCAATCATGTAAGCTATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G021JQ U 1
AF RR1DX49JQ U 10
BS 1 66 RR1G021JQ
BS 67 67 RR1DX49JQ
BS 68 258 RR1G021JQ
BS 259 259 RR1DX49JQ
BS 260 402 RR1G021JQ
BS 403 403 RR1DX49JQ
BS 404 526 RR1G021JQ
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BS 528 565 RR1G021JQ
BS 566 698 RR1DX49JQ

RD RR1G021JQ 565 0 0
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GTTCATTGGCCTTTGATAAGACTAAGATTGTTCAGAAGTTTAAGAGAAACGTCCGTGAAT
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AGCGTCTTCTCCAAACTGGATGCAGACATCAATCTGAGACAGAACATACTGAATACTTCG
TTCTTTCCTTATGTCAAGGGGAATGAAATTCACCATCCCATACTCTCCCACCATCTCAAT
CAGGGCTTTGTTCAATTTCGCGTATCGTGGACCCATCTTTTCGTTTAACTCTGCCAACAA
TGTGCGAGGCTCCGGATCCAAGTAGTTATCAATGTTGCTTTTGTCCTGCAAGAGATCCAT
CTTTGACAGGATGTTGATGTGTGGTAATTCAAGCTGGATCATTGCAGAGAGAGACGACAT
GCAACCGCTGATAAACTTGGTGACATCTGTTATGAACTGTGAATCA*GCAGATAAACAAC
ACAAACGTTGAAGTTCTTCTGTTGC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1DX49JQ 689 0 0
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CCTTTGATAAGACTAAGATTGTTCAGAAGTTTAAGAGAAACGTCCGTGAATCAGAGTAAC
AAATCACTGATCATCACCAAAATCTTCATCCTCATCTTTGATCTTAACGTCAGCGTCTTC
TCCAAACTGGATGCAGACATCAATCTGAGACAGAACATACTGAATACTTCGTTCTTTCCT
TATGTCAAGCGGAATGAAATTCACCATCCCATATTCTCCCACCATCTCAATCAGGGCTTT
GTTCAATTTCGCGTATCGTGGACCCATCTTTTCGTTTAACTCTGCCAACAATGTGCGAGG
CTCCGGATCCAAGTAGTTATCAATGTTGCTTTTATCCTGCAAGAGATCCATCTTTGAGAG
GATGTTGATGTGTGGTAATTCAAGCTGGATCATTGCAGAGAGAGACGACATGCAACCGCT
GATAAACTTGGTGACATCTGTTATGAACTGTGAATCAAGCAGATAAACAACACAGACGTT
GAAGTTCTTCTGTTGCAAATGCGCCACAAAGTTCTTGAGCACAGGAACATGTGTAAACAG
TTCTATCTGGCCTGGACAATCAAATATAAGGTAATCATCATCCCTGTAGTTCTCCAACTC
TTCATCCACCCAATCATGTAAGCTATCCT

QA 1 689 1 689
DS 



CO CL1030Contig3 1028 3 9 U
GGCTAAAGAAGTCTTTAGAAGCAATAATCGCTCTCTTCTTCGTAGCCCCAAAGGAAAAAA
AAGGAAGACGCAACCAAATACTCAAAGGTGCTGAGATGTGTCTATTGATTGCTTCTGGTC
TATGGGTTCCTGCGACATTCTGAGTGTGTTGTTCGGTTTAGATTTTTGCTTTGTTACAAT
GGGTTATGCTCAGCTCGTTATCGGTCCAGCAGGCAGCGGAAAGTCAACTTATTGCTCATC
TTTGTATGAACACTGTGAAACCGTCGGCAGAACAATGAATGTTGTTAACTTGGATCCTGC
TGCTGAAATCTTTAACTATCCTGTGGCTATGGATTCAGAGAGCTTGTTTCTTTGGAAGAT
GTAATGGAGGAGCTTGGGCTTGGTCCTAATGGTGCCCTCATGTACTGCATGGAATACCTT
GAGGATAGCTTACATGATTGGGTGGATGAAGAATTGGAGAACTACAGGGACGATGATTAC
CTTATATTTGATTGTCCAGGCCAGATAGAACTGTTTACACATGTTCCTGTGCTCAAGAAC
TTTGTGGCGCATTTGCAACAGAAGAACTTCAACGTCTGTGTTGTTTATCTGCTTGATTCA
CAGTTCATAACAGATGTCACCAAGTTTATCAGCGGTTGCATGTCGTCTCTCTCTGCAATG
ATCCAGCTTGAATTACCACACATCAACATCCTGTCAAAGATGGATCTCTTGCAGGACAAA
AGCAACATTGAACAAAGCCCTGATTGAGATGGTGGGAGAGTATGGGATGGTGAATTTCAT
TCCCCTTGACATAAGGAAGGAACGAAGTATTCAGTATGTTCTGTCTCAGATTGATGTCTG
CATCCAGTTTGGAGAAGACGCTGACGTTAAGATCAAAGATGAGGATGAAGATTTTGGTGA
TGATCAGTGATTTGTTACTCTGATTCACGGACGTTTCTCTTAAACTTCTGAACAATCTTA
GTCTTATCAAAGGCCAATGAACTTGTGAAAACTATTTTATTTGCTGAATACCAAAACCTT
AACTAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G021TF U 1
AF RR1DX49TF U 40
AF RR1DE74JQ C 328
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TATGGGTTCCTGCGACATTCTGAGTGTGTTGTTCGGTT
AG

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GG
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GTACTGCATGGAATACCTTGAGGATAGCTTACATGATTGGGTGGATGAAGAGTTGGAGAA
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TTACACATGTTCCTGTGCTCAAGAACTTTGTGGCGCATTTGCAACAGAAGAACTTCAACG
TCTGTGTTGTTTATCTGCTTGATTCACAGTTCATAACAGATGTCACCAAGTTTATCAGCG
GTTGCATGTCGTCTCTCTCTGCAATGATCCAGCTTGAATTACCACACATCAACATCCTGT
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TTTTATTTGCTGAATACCAAAACCTTAACTAGTG

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DS 



AS 2 7

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TCCAAGTAGACCTTCATGATCTTGGAACCATCAAGACGGTAACGAGTACGTTTGCCAACA
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ATCTTGCGGAAAGCTTTCCTCAGTCTGAATGGGACGTAAATCACAACAGCCTTGCGGTTT
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ35TF C 1
AF RR1G459JQ U 49
AF RR1AK86JQ U 21
AF RR1F188JQ U 42
AF RR1AK86TF C 142
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C

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DS 

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QA 3 601 3 601
DS 

RD RR1AK86JQ 658 0 0
GG
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AACTGGGTACTCAAAAGTGACATCCTTT*CCAGTAAGTTTACGGTACACACCAATCATAG
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CACCCTTCTTGGGAGGACGCATGATCCTTCTTGTGGCAACAAAGATCACATCCTTTCCAC
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CTTGGTTGATGTAGAGATCTTTCAGCTCGCTTTTCAACTCCTGGTTGGTGTTCTC
C

QA 3 657 3 657
DS 

RD RR1F188JQ 758 0 0
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*CCAGTAAGTTTACGGTACACACCAATCATAGTCTCGAGCTTGTACTCTGTGTTGTTCCT
TTCCTTGGTATCCAAGTAGACCTTCATGATCTTGGAACCATCAAGACGGTAACGAGTACG
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AAGAGTTCTGTTGCGTGGCCTCTGAACAGCAGCACCCTTCTTGGGAGGACGCATGATCCT
TCTTGTGGCAACAAAGATTACATCCTTTCCACTAAACTTATTCTCAAGCTCTCTAACGAG
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GCACTCTGTTGGAGCAGCATTCTTGTCCTTCTTGATCTTGTTCTGAGCGGAGAACATCTT
TGCAGGATCAGATAAGC
AAAGACGGAGAA

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DS 

RD RR1AK86TF 738 0 0
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CAGGTTTTAATGTTTTCC

QA 1 738 1 738
DS 



CO CL1031Contig2 803 2 7 U
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TTCCTTCTCCGTCTTTGCTTATCTGATCCTGCAAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATC
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GCTGTTAACATGGACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTGTTGTGATTTACGTCCCATTCAGA
CTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTT
AGTGGAAAGGATGTAATCTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCTCCCAAGAAGGGT
GCTGCTGTTCAGAGGCCACGCAACAGAACTCTTACCTCTGTTCACGAAGCTATGCTCGAG
GACGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGCAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCC
AAGATCATGAAGGTCTACTTGGATACCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAG
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GAAGCTTGAAAGGAGAATGATTCTGAGAGAGAGAGCTTTTGATTCTGTTTTGTGATATTT
AGGATAAGTAAACTCTCATTTGGTTCAGTTCCCTCCCTTATTCACATCTTCATATTCAAT
TACAAAGACTAGTTTACTGTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F188TF U 21
AF RR1G459TF U 1
BS 1 182 RR1G459TF
BS 183 183 RR1F188TF
BS 184 360 RR1G459TF
BS 361 361 RR1F188TF
BS 362 374 RR1G459TF
BS 375 375 RR1F188TF
BS 376 803 RR1G459TF

RD RR1F188TF 649 0 0
GG
GACTTCTAAGAAGAAGCCGCAACCTCTCCTTTTTCTTCTTCCTTCTCCGTCTTTGCTTAT
CTGATCCTGCAAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCTGCTC
CAACAGAGTGCGATGAGCTAGTTGCTCAGGCTCTCTTTGAACTTGAGAACACCAACCAGG
AGTTGAAAAGCGAGCTGAAAGATCTCTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTG
GAAACCGCAAGGCTGTTGTGATTTACGTCCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGA
TTCATCCTCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAATAAGTTTAGTGGAAAGGATGTAATCTTTG
TTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCTCCCAAGAAGGGTGCTGCTGTTCAGAGGCCACGCA
ACAGAACTCTTACCTCTGTTCACGAAGCTATGCTCGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGA
TTGTTGGCAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTACTTGG
ATACCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAGACTATGATTGGTGTGTACCGTA
AACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCAGTTGAAGCTTGA

QA 3 649 3 649
DS 

RD RR1G459TF 803 0 0
GGACTTTACCACCAATTTGCTTGACTTCTAAGAAGAAGCCGCAACCTCTCCTTTTTCTTC
TTCCTTCTCCGTCTTTGCTTATCTGATCCTGCAAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATC
AAGAAGGACAAGAATGCTGCTACAACAGAGTGCGATGAGCTAGTTGCTCAGGCTCTCTTT
GATCTTGAGAACACCAACCAGGAGTTGAAAAGCGAGCTGAAAGATCTCTACATCAACCAA
GCTGTTAACATGGACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTGTTGTGATTTACGTCCCATTCAGA
CTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTT
GGTGGAAAGGATGTGATCTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCTCCCAAGAAGGGT
GCTGCTGTTCAGAGGCCACGCAACAGAACTCTTACCTCTGTTCACGAAGCTATGCTCGAG
GACGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGCAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCC
AAGATCATGAAGGTCTACTTGGATACCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAG
ACTATGATTGGTGTGTACCGTAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCAGTT
GAAGCTTGAAAGGAGAATGATTCTGAGAGAGAGAGCTTTTGATTCTGTTTTGTGATATTT
AGGATAAGTAAACTCTCATTTGGTTCAGTTCCCTCCCTTATTCACATCTTCATATTCAAT
TACAAAGACTAGTTTACTGTGCT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 7

CO CL1032Contig1 712 7 5 U
ACAAAAACAATGGCGGCTCAGATCATAATTTCCTCTTTCCTTTTCTTATTCTTCTCTGTC
TCCGTCTCTGCTCTTAACGTCGGTGTTCAGCTCACACATCCCACCGTTTCTCTGAGCAAA
GAATGTAGCCGGAAATGCGAATCAGAGTTCTGTTCAGTGCCTCCACTTTTGAGGTATGGG
AAGTACTGTGGACTATTGTACAGTGGATGTCCTGGAGAGAGACCTTGTGATGGTCTTGAT
TCATGTTGCATGAAGCATGATGCTTGTGTTCAATCCAAAAATAATGATTACCTAAGCCAA
GAGTGTAGTCAGAAGTTCATAAACTGCATGGACAATTTCAGCAATACGAAGCAACCGACG
TTTACAGGTAACACATGCGATCCCGATGAAGTCATTGATGTCATCTCCATTGTCATGGAC
GCCGCCCTTATCGCCGGCAGAGTCTTCCGCAAACCCTGAATATGTTTTTGTATTGGTTAA
TCGTTTCTCTTGTTTCTTAAGTACTCTCACACATTTGTCTTTTGTTTTATCTAATGTCTT
CATTTATATCATCTGTTTTACTGGAAAACACACTAATATTACGAATTGTATTACTATATA
GCTTTATGTGTCTCGGATTCTAAGGGCCGCACTAAGGCCATGTTAGAGAACTAGTGTATA
TGTACTTGATCAGGAATATGGTCACGAGGAAATAAATTGTCGTTTTGGTCAA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU55TF U 104
AF RR1A936JQ C 1
AF RR1A936TF U 1
AF RR1BT24TF U 1
AF RR1AB18JQ C 348
AF RR1AB18TF U 348
AF RR1BU55JQ C 55
BS 1 171 RR1A936TF
BS 172 172 RR1BT24TF
BS 173 545 RR1A936TF
BS 546 598 RR1BT24TF
BS 599 712 RR1BU55JQ

RD RR1BU55TF 276 0 0
CCGTTTCTCTGAGCAAAGAATGTAGCCGGAAATGCGAATCAGAGTTCTGTTCAGTGCCTC
CACTTTTGAGGTATGGGAAGTACTGTGGACTATTGTACAGTGGATGTCCTGGAGAGAGAC
CTTGTGATGGTCTTGATTCATGTTGCATGAAGCATGATGCTTGTGTTCAATCCAAAAATA
ATGATTACCTAAGCCAAGAGTGTAGTCAGAAGTTCATAAACTGCATGGACAATTTCAGCA
ATACGAAGCAACCGACGTTTACAGGTAACACATGCG

QA 1 276 1 276
DS 

RD RR1A936JQ 545 0 0
ACAAAAACAATGGCGGCTCAGATCATAATTTCCTCTTTCCTTTTCTTATTCTTCTCTGTC
TCCGTCTCTGCTCTTAACGTCGGTGTTCAGCTCACACATCCCACCGTTTCTCTGAGCAAA
GAATGTAGCCGGAAATGCGAATCAGAGTTCTGTTCAGTGCCTCCACTTTTGGGGTATGGG
AAGTACTGTGGACTATTGTACAGTGGATGTCCTGGAGAGAGACCTTGTGATGGTCTTGAT
TCATGTTGCATGAAGCATGATGCTTGTGTTCAATCCAAAAATAATGATTACCTAAGCCAA
GAGTGTAGTCAGAAGTTCATAAACTGCATGGACAATTTCAGCAATACGAAGCAACCGACG
TTTACAGGTAACACATGCGATCCCGATGAAGTCATTGATGTCATCTCCATTGTCATGGAC
GCCGCCCTTATCGCCGGCAGAGTCTTCCGCAAACCCTGAATATGTTTTTGTATTGGTTAA
TCGTTTCTCTTGTTTCTTAAGTACTCTCACACATTTGTCTTTTGTTTTATCTAATGTCTT
CATTT

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1A936TF 545 0 0
ACAAAAACAATGGCGGCTCAGATCATAATTTCCTCTTTCCTTTTCTTATTCTTCTCTGTC
TCCGTCTCTGCTCTTAACGTCGGTGTTCAGCTCACACATCCCACCGTTTCTCTGAGCAAA
GAATGTAGCCGGAAATGCGAATCAGAGTTCTGTTCAGTGCCTCCACTTTTGGGGTATGGG
AAGTACTGTGGACTATTGTACAGTGGATGTCCTGGAGAGAGACCTTGTGATGGTCTTGAT
TCATGTTGCATGAAGCATGATGCTTGTGTTCAATCCAAAAATAATGATTACCTAAGCCAA
GAGTGTAGTCAGAAGTTCATAAACTGCATGGACAATTTCAGCAATACGAAGCAACCGACG
TTTACAGGTAACACATGCGATCCCGATGAAGTCATTGATGTCATCTCCATTGTCATGGAC
GCCGCCCTTATCGCCGGCAGAGTCTTCCGCAAACCCTGAATATGTTTTTGTATTGGTTAA
TCGTTTCTCTTGTTTCTTAAGTACTCTCACACATTTGTCTTTTGTTTTATCTAATGTCTT
CATTT

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1BT24TF 598 0 0
ACAAAAACAATGGCGGCTCAGATCATAATTTCCTCTTTCCTTTTCTTATTCTTCTCTGTC
TCCGTCTCTGCTCTTAACGTCGGTGTTCAGCTCACACATCCCACCGTTTCTCTGAGCAAA
GAATGTAGCCGGAAATGCGAATCAGAGTTCTGTTCAGTGCCTCCACTTTTGAGGTATGGG
AAGTACTGTGGACTACTGTACAGTGGATGTCCTGGAGAGAGACCTTGTGATGGTCTTGAT
TCATGTTGCATGAAGCATGATGCTTGTGTTCAATCCAAAAATAATGATTACCTAAGCCAA
GAGTGTAGTCAGAAGTTCATAAACTGCATGGACAATTTCAGCAATACGAAGCAACCGACG
TTTACAGGTAACACATGCGATCCCGATGAAGTCATTGATGTCATCTCCATTGTCATGGAC
GCCGCCCTTATCGCCGGCAGAGTCTTCCGCAAACCCTGAATATGTTTTTGTATTGGTTAA
TCGTTTCTCTTGTTTCTTAAGTACTCTCACACATTTGTCTTTTGTTTTATCTAATGTCTT
CATTTATATCATCTGTTTTACTGGAAAACACACTAATATTACGAATTGTATTACTATA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1AB18JQ 203 0 0
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CATTGTCATGGACGCCGCCCTTATCGCCGGCAGAGTCTTCCGCAAACCCTGAATATGTTT
TTGTATTGGTTAATCGTTTCTCTTGTTTCTTAAGTACTCTCACACATTTGTCTTTTGTTT
TATCTAATGTCTTCATTTATATC

QA 1 203 1 203
DS 

RD RR1AB18TF 203 0 0
GAAGCAACCGACGTTTACAGGTAACACATGCGATCCCGATGAAGTCATTGATGTCATCTC
CATTGTCATGGACGCCGCCCTTATCGCCGGCAGAGTCTTCCGCAAACCCTGAATATGTTT
TTGTATTGGTTAATCGTTTCTCTTGTTTCTTAAGTACTCTCACACATTTGTCTTTTGTTT
TATCTAATGTCTTCATTTATATC

QA 1 203 1 203
DS 

RD RR1BU55JQ 658 0 0
TCTGTCTCCGTCTCTGCTCTTAACGTCGGTGTTCAGCTCACACATCCCACCGTTTCTCTG
AGCAAAGAATGTAGCCGGAAATGCGAATCAGAGTTCTGTTCAGTGCCTCCACTTTTGAGG
TATGGGAAGTACTGTGGACTATTGTACAGTGGATGTCCTGGAGAGAGACCTTGTGATGGT
CTTGATTCATGTTGCATGAAGCATGATGCTTGTGTTCAATCCAAAAATAATGATTACCTA
AGCCAAGAGTGTAGTCAGAAGTTCATAAACTGCATGGACAATTTCAGCAATACGAAGCAA
CCGACGTTTACAGGTAACACATGCGATCCCGATGAAGTCATTGATGTCATCTCCATTGTC
ATGGACGCCGCCCTTATCGCCGGCAGAGTCTTCCGCAAACCCTGAATATGTTTTTGTATT
GGTTAATCGTTTCTCTTGTTTCTTAAGTACTCTCACACATTTGTCTTTTGTTTTATCTAA
TGTCTTCATTTATATCATCTGTTTTACTGGAAAACACACTAATATTACGAATTGTATTAC
TATATAGCTTTATGTGTCTCGGATTCTAAGGGCCGCACTAAGGCCATGTTAGAGAACTAG
TGTATATGTACTTGATCAGGAATATGGTCACGAGGAAATAAATTGTCGTTTTGGTCAA

QA 1 658 1 658
DS 



AS 2 7

CO CL1033Contig1 733 3 4 U
GGAACACAAATTTCATCCATGTATTAAAAACTTCTGCTTAAATTTACAAAACACAAGACC
AAAAGAAAAAATTCAATCTGTTTTGTCTTCTCTCAAACATCACAAAGCTTGAACTTTTCT
CCCCTATATCTCTTAACAAATTAGAAATGGTTTATCGAGAGCCACGTTTATGCACGTTAC
TATGTTGTGGCCTGAGACCTCGAGTTAGAACGGCGAAGCTTAGCTCGAGCATCGGTGATG
GGTGATCCCGGAAGTGTATCGGGAATGTTGACTCCATCTTCTCCGTTGAATGTTCCGGCC
GAGTCTCGGCCTGGTGTTGGTGGTGGTGTCGGTGGTGGCCACTTCCTACCCCTGCTCGTT
TGCTTCTCTAGCGATCTCAACGCAGATAGCGATTTGTTCAACGGCCTTGGACCGGAAGGT
GTGTTCGTATCACTTTCAGTCTCCACCGGTGACCGCGTTTTCACGTTTACGTTCGGCTCC
ATAGGCGGTTGGTTAGCTGCAGCTGCGGCAGAAAACCGGACCGATTGGGCAAGTACGTAC
TGAAAAGCCTGGATCAAACTGGATTGACCAACCTGGGCAAAGTTTTGGAAGTAGAAGATG
AAAAAATCCCAAGCTCTAGCTCGCAACTCCATAATCTTTCTATCGATTTCTGTCCCATGT
TGGGCTATGACTGGCTTCAACAATGTCTCGTACACAAGTCTCGTTCCCTTCGTTTTAGGC
CACCAGAGATATA


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AC72JQ U 1
AF RR1AC72TF C 1
AF RR1CE31JQ U 2
BS 1 143 RR1AC72JQ
BS 144 144 RR1CE31JQ
BS 145 651 RR1AC72JQ
BS 652 733 RR1CE31JQ

RD RR1AC72JQ 652 0 0
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TATGTTGTGGCCTGAGACCTCGAGTTAGAACGGCGAAGCTTAGCTCGAGCATCGGTGATG
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TGCTTCTCTAGCGATCTCAACGCAGATAGCGATTTGTTCAACGGCCTTGGACCGGAAGGT
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ATAGGCGGTTGGTTAGCTGCAGCTGCGGCAGAAAACCGGACCGATTGGGCAAGTACGTAC
TGAAAAGCCTGGATCAAACTGGATTGACCAACCTGGGCAAAGTTTTGGAAGTAGAAGATG
AAAAAATCCCAAGCTCTAGCTCGCAACTCCATAATCTTTCTATCGATTTCT
C

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1AC72TF 652 0 0
GG
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AAGAAAAAATTCAATCTGTTTTGTCTTCTCTCAAACATCACAAAGCTTGAACTTTTCTCC
CCTATATCTCTTAACAAATTAGAAATGGTTTATCGAGAGCCACGTTTATGCACGTTACTA
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AAAATCCCAAGCTCTAGCTCGCAACTCCATAATCTTTCTATCGATTTCT
C

QA 3 651 3 651
DS 

RD RR1CE31JQ 732 0 0
A
AACACAAATTTCATCCATGTATTAAAAACTTCTGCTTAAATTTACAAAACACAAGACCAA
AAGAAAAAATTCAATCTGTTTTGTCTTCTCTCAAACATCACAAAGCTTGAACTTTTCTCC
CCTATATCTCTTAACAAATTAGAAATGGTTTATCGAGAGCCACGTTTATGTACGTTACTA
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CTTCTCTAGCGATCTCAACGCAAATAGCGATTTGTTCAACGGCCTTGGACCGGAAGGTGT
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AAAATCCCAAGCTCTAGCTCGCAACTCCATAATCTTTCTATCGATTTCTGTCCCATGTTG
GGCTATGACTGGCTTCAACAATGTCTCGTACACAAGTCTCGTTCCCTTCGTTTTAGGCCA
CCAGAGATATA

QA 2 732 2 732
DS 



CO CL1033Contig2 773 4 12 U
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AGACTCCTTGTATTGATATTAGGGTACACATACCCAGCGTTCGAATGCTACAAAACGGTG
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CTTGTGTACGAGACATTGTTGAAGCCAGTCATAGCCCAACATGAGACAGAAATCGATAGA
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GCCCAGGTTGGTCAATCCAGTTTGATCCAGGCTTTTCAGTACGTACTTGCCCAATCGGTC
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ACGCGGTCACCGGTGGAGACTGAAAGTGATACGAACACACCTTCCGGTCCAAGCCGTTGA
ACAAATCGCTATCTGCGCTGAGATCGCTAGAGAAGCAACGAGCAGGGGGGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK46TF U 1
AF RR1CE31TF U 23
AF RR1E590TF U 16
AF RR1FT53TF U 16
BS 1 33 RR1GK46TF
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GCCCAGGTTGGTCAATCCAGTTTGATCCAGGCTTTTCAGTACGTACTTGCCCAATCGGTC
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*CGCGGTCACCGGTGGAGACTGAAAGTGATACGAACACAC

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DS 

RD RR1CE31TF 682 0 0
G
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DS 

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QA 9 758 9 758
DS 

RD RR1FT53TF 753 0 0
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GCCAGTCATAGCCCAACATGAGACAGAAATCGATAGAAAGATTATGGAGTTGCGAGCTAG
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GATCCAGGCTTTTCAGTACGTACTTGCCCAATCGGTCCGGTTCTCTGCCGCAGCTGCAGC
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TCGCTAGAGA
GCAACGAGCAGGGGA

QA 9 738 9 738
DS 



AS 1 6

CO CL1034Contig1 622 6 6 U
GGACCCATTGTTAGCCACAACAACAGAAAATAGTGATCAAACCTCATGGCGCCTCTTGCA
ACCGTCGCCGCCGTGAAACCATCCGTCGCCGTTAAAGGCCTTGGGGGCAGCTCACTCGCC
GGAGCCAAGCTCTCCTTCAAGCCTTCCCGCCTAAGCATCAAAACCAAATCAATCCGGTCT
GGTGGTGTGGTGGCTAAGTATGGTGACAAAAGTGTTTACTTTGACTTAGAAGACTTGGGA
AACACAACAGGTCAATGGGATCTATACGGCTCTGATGCTCCTTCTCCTTACAACCCTCTT
CAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTCGCGGCACCATTCACAAAGAGAGGATTGCTCCTCAAG
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TGATTTAGATTCATGCACATGTTTTGTTACCTTCTTTCCCCCTCTTTATAATCCCCAAAA
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TCTGTTACATTTCCTTTTCCTA


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1CH89JQ C 5
AF RR1CH89TF U 5
AF RR1DF93TF U 5
AF RR1DF93JQ C 110
AF RR1F971TF U 1
AF RR1GP86TF U 338
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GG
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GCCGCCGTGAAACCATCCGTCGCCGTTAAAGGCCTTGGGGGCAGCTCACTCGCCGGAGCC
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CG

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DS 

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GG
ATTGTTAGCCACAACAACAGAAAATAGTGATCAAACCTCATGGCGTCTCTTGCAACCGTC
GCCGCCGTGAAACCATCCGTCGTCGTTAAAGGCCTTGGGGGCAGCTCACTCGCCGGAGCC
AAGCTCTCCTTCAAGCCTTCCCGCCTAAGCATCAAAACCAAATCAATCCGGTCTGGTGGT
GTGGTGGCTAAGTATGGTGACAAAAGTGTTTACTTTGACTTAGAAGACTTGGGAAACACA
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CCTATCAAGAGAGGTCCTCAGGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTCGCGGCAAACTCTGATTT
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CTCAATACTGCAAACTCTTTTAAGTGATTTTGATTTTATTGTA
C

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DS 

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AAGACTTGGGAAACACAACAGGTCAATGGGATCTATACGGCTCTGATGCTCCTTCTCCTT
ACAACCCTCTTCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTCGCGGCACCATTCACAAAGAGAGGAT
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CCACCGGAGATGTTCTTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAGGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTC
GCGGCAAACTCTGATTTAGATTCATGCACATGTTTTGTTACCTTCTTTCCCCCTCTTTAT
AATCCCCAAAAACATTTCTCAATACTGCAAACTCTTTTAAGTGATTTTGATTTTAT

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR1F971TF 620 0 0
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ACCGTCGCCGCCGTGAAACCATCCGTCGCCGTTAAAGGCCTTGGGGGCAGCTCACTCGCC
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TTCTTGATCATCGGAGGAGGATCTTTGCTTACTTATGTCAGCGCTTCCTCCACCGGAGAT
GTTCTTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAGGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTCGCGGCAAACTC
TGATTTAGATTCATGCACATGTTTTGTTACCTTCTTTCCCCCTCTTTATAATCCCCAAAA
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TCTGTTACATTTCCTTTTCC

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DS 

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A
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CAGCGCTTCCTCCACCGGAGATGTTCTTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAGGAGAATCCTAA
GCTCGGTCCTCGCGGCAAACTCTGATTTAGATTCATGCACATGTTTTGTTACCTTCTTTC
CCCCTCTTTATAATCCCCAAAAACATTTCTCAATACTGCAAACTCTTTTAAGTGATTTTG
ATTTTATTGTATATTCTGTTTCTCTGTTACATTTCCTTTTCCTA

QA 2 285 2 285
DS 



AS 1 7

CO CL1035Contig1 1205 7 19 U
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TCTTCTTGATGGGAAGACTCCTATGGAGGTTTATAGTGGCTTCTGCGAGAGCTTCAAGTC
TGCTTTCTCAGATTACATGGGGAACACAATCACGGGAATCACGTTAGGTA*GGGACCAGA
CGGGGAGCTAAAGTATCCTTCTCATCAACACGAGACTAAACTCTCTGGTGCAGGAGAGTT
CCAGTGTTACGACAAGCACATGCTTTCAGCTCTTAAACACTACGCTGAGTCCACAGGAAA
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TTGGTACTCGTCTCTCCTCACCTCCCATGCGGACCGAGTCCTCTCCGTTGCTTCGTCAGC
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GCTGAGATCTCAGCCTTCTGAGTTAACAGCGGGGTTCTACAGCTCTAACGGTCACGGCAG
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GGATCCATCAGACGAGCACCAGTCACCTGCCTCTCTCTCCAGCCCTGAGTCTTTACTTGC
AAACATCAAAACATCGTGCAAGAAACAAGGAGTGGTTGTTTTAGGGCAAAACTCGTCTGC
TTCTGTCTCTGGTGGGTTCGAGAGGATCGTTGAGAATCTGAAGGATGAGAGTGTAGGAGT
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ATGCTTTCACAGTCTTTGTTCGGAGCATGAAGCAGGACGAGCTGTCCACATACGATCAAG
CGGGAGAGGTTGAGGCTCAGACAGTGAGCATAGGTTCAGGCACTGGTGCACCTAGTTTGC
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CTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 

AF RR1A111TF U 1
AF RR1EA71TF U 151
AF RR1DH45TF U 151
AF RR1B331TF U 321
AF RR1A111JQ C 315
AF RR1EA71JQ C 427
AF RR1DH45JQ C 472
BS 1 170 RR1A111TF
BS 171 171 RR1DH45TF
BS 172 602 RR1A111TF
BS 603 603 RR1DH45TF
BS 604 606 RR1A111TF
BS 607 607 RR1DH45TF
BS 608 627 RR1A111TF
BS 628 823 RR1DH45TF
BS 824 824 RR1B331TF
BS 825 870 RR1DH45TF
BS 871 871 RR1B331TF
BS 872 888 RR1DH45TF
BS 889 889 RR1B331TF
BS 890 917 RR1DH45TF
BS 918 931 RR1B331TF
BS 932 1020 RR1A111JQ
BS 1021 1021 RR1EA71JQ
BS 1022 1157 RR1A111JQ
BS 1158 1205 RR1EA71JQ

RD RR1A111TF 627 0 0
GACGGATAGATATGGGAAACAGTATAAAGATTGCTTGTCGTTTGGAGTTGATGATGTTCC
TCTTCTTGATGGGAAGACTCCTATGGAGGTTTATAGTGGCTTCTGCGAGAGCTTCAAGTC
TGCTTTCTCAGATTACATGGGGAACACAATCACGGGAATCACGTTAGGTATGGGACCAGA
CGGGGAGCTAAAGTATCCTTCTCATCAACACGAGACTAAACTCTCTGGTGCAGGAGAGTT
CCAGTGTTACGACAAGCACATGCTTTCAGCTCTTAAACACTACGCTGAGTCCACAGGAAA
CCCTCTCTGGGGACTCGGTGGTCCACACGACGCTCCTACTTACGATCAACAGCCTCATTC
CACTTCTTTCTTCTCAGACGGCGGATCGTGGGAGTCTCAGTACGGAGATTTCTTCTTGAC
TTGGTACTCGTCTCTCCTCACCTCCCATGCGGACCGAGTCCTCTCCGTTGCTTCGTCAGC
GTTCAGCGGAAGTGGTGTGTCGATAAGTGGGAAGTTACCTCTCTTGCACCGATGGAACAA
GCTGAGATCTCAGCCTTCTGAGTTAACAGCGGGGTTCTACAGCTCTAACGGTCACGGCAG
GTGCGAAGCAATCGCGGAGATCTTTGC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1EA71TF 552 0 0
G
ACGGGAATCACGTTAGGTA*GGGACCAGACGGGGAGCTAAAGTATCCTTCTCATCAACAC
GAGACTAAACTCTCTGGTGCAGGAGAGTTCCAGTGTTACGACAAGCACATGCTTTCAGCT
CTTAAACACTACGCTGAGTCCACAGGAAACCCTCTCTGGGGACTCGGTGGTCCACACGAC
GCTCCTACTTACGATCAACAGCCTCATTCCACTTCTTTCTTCTCAGACGGCGGATCGTGG
GAGTCTCAGTACGGAGATTTCTTCTTGACTTGGTACTCGTCTCTCCTCCCCTCCCATGCG
GACCGAGTCCTCTCCGTTGCTTCGTCAGCGTTCAGCGGAAGTGGTGTGTCGATAAGTGGG
AAGTTACCTCTCTTGCACCGATGGAACAAGCTGAGATCTCAGCCTTCTGAGTTAACAGCG
GGGTTCTACAGCTCTAACGGTCACGGCAGGTACGAGGCAATCGCGGAGATCTTTGCGAAG
AACTCTTGTGGAATGATAATACCTGGAATGGATCCATCAGACGAGCACCAGTCACCTGCC
TCTCTCTCCAG

QA 2 552 2 552
DS 

RD RR1DH45TF 775 0 0
G
ACGGGAATCACGTTAGGTA*GGGACCAGACGGGGAGCTAAAGTATCCTTCTCATCAACAC
GAGACTAAACTCTCTGGTGCAGGAGAGTTCCAGTGTTACGACAAGCACATGCTTTCAGCT
CTTAAACACTACGCTGAGTCCACAGGAAACCCTCTCTGGGGACTCGGTGGTCCACACGAC
GCTCCTACTTACGATCAACAGCCTCATTCCACTTCTTTCTTCTCAGACGGCGGATCGTGG
GAGTCTCAGTACGGAGATTTCTTCTTGACTTGGTACTCGTCTCTCCTCCCCTCCCATGCG
GACCGAGTCCTCTCCGTTGCTTCGTCAGCGTTCAGCGGAAGTGGTGTGTCGATAAGTGGG
AAGTTACCTCTCTTGCACCGATGGAACAAGCTGAGATCTCAGCCTTCTGAGTTAACAGCG
GGGTTCTACAGCTCTAACGGTCACGGCAGGTACGAGGCAATCGCGGAGATCTTTGCGAAG
AACTCTTGTGGAATGATAATACCTGGAATGGATCCATCAGACGAGCACCAGTCACCTGCC
TCTCTCTCCAGCCCTGAGTCTTTACTTGCAAACATCAAAACATCGTGCAAGAAACAAGGA
GTGGTTGTTTTAGGGCAAAACTCGTCTGCTTCTGTCTCTGGTGGGTTCGAGAGGATCGTT
GAGAATCTGAAG*ATGAGAGTGTAGGAGTTGTTGATCTGTTCACTTACCAGAGAATGGGG
AGCTCTTTTCTTCTCTC*TGAGCATTTCCATGCTTTCACAGTCTTT
TTCGGAGC

QA 2 767 2 767
DS 

RD RR1B331TF 611 0 0
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GCGGATCGTGGGAGTCTCAGTACGGAGATTTCTTCTTGACTTGGTACTCGTCTCTCCTCA
CCTCCCATGCGGACCGAGTCCTCTCCGTTGCTTCGTCAGCGTTCAGCGGAAGTGGTGTGT
CGATAAGTGGGAAGTTACCTCTCTTGCACCGATGGAACAAGCTGAGATCTCAGCCTTCTG
AGTTAACAGCGGGGTTCTACAGCTCTAACGGTCACGGCAGGTACGAGGCAATCGCGGAGA
TCTTTGCGAAGAACTCTTGTGGAATGATAATACCTGGAATGGATCTATCAGACGAGCACC
AGTCACCTGCCTCTCTCTCCAGCCCTGAGTCTTTACTTGCAAACATCAAAACATCGTGCA
AGAAACAAGGAGTGGTTGTTTTAGGGCAAAACTCGTCTGCTTCTGTCTCTGGTGGGTTCG
AGAGGATCGTTGAGAATCTGAAGGATGAGAGTGTAGGAGTTGTTGATCTGTTTACTTACC
AGAGAATGGG*AGCTCTTTTCTTCTCTCCTGAGCATTTCCATGCTTTCACAGTCTTTGTT
CGGAGCATGAA

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1A111JQ 843 0 0
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CAGACGGCGGATCGTGGGAGTCTCAGTACGGAGATTTCTTCTTGACTTGGTACTCGTCTC
TCCTCACCTCCCATGCGGACCGAGTCCTCTCCGTTGCTTCGTCAGCGTTCAGCGGAAGTG
GTGTGTCGATAAGTGGGAAGTTACCTCTCTTGCACCGATGGAACAAGCTGAGATCTCAGC
CTTCTGAGTTAACAGCGGGGTTCTACAGCTCTAACGGTCACGGCAGGTGCGAAGCAATCG
CGGAGATCTTTGCGAAGAACTCTTGTGGAATGATAATACCTGGAATGGATCTATCAGACG
AGCACCAGTCACCTGCCTCTCTCTCCAGCCCTGAGTCTTTACTTGCAAACATCAAAACAT
CGTGCAAGAAACAAGGAGTGGTTGTTT*AGGGCAAAACTCGTCTGCTTCTGTCTCTGGTG
GGTTCGAGAGGATCGTTGAGAATCTGAAGGATGAGAGTGTAGGAGTTGTTGATCTGTTCA
CTTACCAGAGAATGGG*AGCTCTTTTCTTCTCTCCTGAGCATTTCCATGCTTTCACAGTC
TTTGTTCGGAGCATGAAGCAGGACGAGCTGTCCACATACGATCAAGCGGGAGAGGTTGAG
GCTCAGACAGTGAGCATAGGTTCAGGCACTGGTGCACCTAGTTTGCAAACCGCTTGATGA
ATATTCATTCATATTTGCACGTAAATAAGAAAGACCTGTTATGTAGCATTTATATAGATT
TTGTCGTGTTCCTGTACACTTATTTGTATCCATGTATTCATAAAACCGAATCCTGAAGTT
TAA

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR1EA71JQ 779 0 0
CTCGTCTCTCCTCCCCTCCCATGCGGACCGAGTCCTCTCCGTTGCTTCGTCAGCGTTCAG
CGGAAGTGGTGTGTCGATAAGTGGGAAGTTACCTCTCTTGCACCGATGGAACAAGCTGAG
ATCTCAGCCTTCTGAGTTAACAGCGGGGTTCTACAGCTCTAACGGTCACGGCAGGTACGA
GGCAATCGCGGAGATCTTTGCGAAGAACTCTTGTGGAATGATAATACCTGGAATGGATCC
ATCAGACGAGCACCAGTCACCTGCCTCTCTCTCCAGCCCTGAGTCTTTACTTGCAAACAT
CAAAACATCGTGCAAGAAACAAGGAGTGGTTGTTTTAGGGCAAAACTCGTCTGCTTCTGT
CTCTGGTGGGTTCGAGAGGATCGTTGAGAATCTGAAGGATGAGAGTGTAGGAGTTGTTGA
TCTGTTCACTTACCAGAGAATGGG*AGCTCTTTTCTTCTCTCCTGAGCATTTCCATGCTT
TCACAGTCTTTTTTCGGAGCATGAAGCAGGACGAGCTGTCCACATACGATCAAGCGGGAG
AGGTTGAGGCTCAGACAGTGAGCATAGGTTCAGGCACTGGTGCACCTAGTTTGCGAACCG
CTTGATGAATATTCATTCATATTTGCACGTAAATAAGAAAGACCTGTTATGTAGCATTTA
TATAGATTTTGTCGTGTTCCTGTACACTTATTTGTATCCATGTATTCATAAAACCGAATC
CTGAAGTTTAAGACAGAGATCTTGTAGTACTCTTGATTCAATTGTAATCCTCTTCTTCC

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1DH45JQ 734 0 0
TTCGTCAGCGTTCAGCGGAAGTGGTGTGTCGATAAGTGGGAAGTTACCTCTCTTGCACCG
ATGGAACAAGCTGAGATCTCAGCCTTCTGAGTTAACAGCGGGGTTCTACAGCTCTAACGG
TCACGGCAGGTACGAGGCAATCGCGGAGATCTTTGCGAAGAACTCTTGTGGAATGATAAT
ACCTGGAATGGATCCATCAGACGAGCACCAGTCACCTGCCTCTCTCTCCAGCCCTGAGTC
TTTACTTGCAAACATCAAAACATCGTGCAAGAAACAAGGAGTGGTTGTTTTAGGGCAAAA
CTCGTCTGCTTCTGTCTCTGGTGGGTTCGAGAGGATCGTTGAGAATCTGAAGGATGAGAG
TGTAGGAGTTGTTGATCTGTTCACTTACCAGAGAATGGG*AGCTCTTTTCTTCTCTCCTG
AGCATTTCCATGCTTTCACAGTCTTTTTTCGGAGCATGAAGCAGGACGAGCTGTCCACAT
ACGATCAAGCGGGAGAGGTTGAGGCTCAGACAGTGAGCATAGGTTCAGGCACTGGTGCAC
CTAGTTTGCGAACCGCTTGATGAATATTCATTCATATTTGCACGTAAATAAGAAAGACCT
GTTATGTAGCATTTATATAGATTTTGTCGTGTTCCTGTACACTTATTTGTATCCATGTAT
TCATAAAACCGAATCCTGAAGTTTAAGACAGAGATCTTGTAGTACTCTTGATTCAATTGT
AATCCTCTTCTTCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 6

CO CL1036Contig1 794 6 16 U
AAACCCAATGGAGCTACTACCATTTCAAGATGATTATCTTTCAAACTTCCATTTAAAGAA
ATTGCCTTTCAAATACAATAATAAAAAAAAAGA*TCTGAGACATCTCAAAGCTCAAGCAA
CTGTCTTCGTTACTGTTACAACATAAAAGACGCTCCCAAGACAGAACACATGTTTCCAAT
TATCTTAGTAAGGAGAGTGTCTGTTTCTTTGGCGGTTTCTTGCCGGCTTGACGACCAATT
CGTTTGAGGTCCAAGATCGGTTGTTGTTGTTCCCAGCAGCAGAATTGTCTTCGGACTTCC
AGCAACATAAGCGTCCATCTTCACCACCAGTCCATCCGAATAAACCTGCAGCTCCTCCAT
ACTCGCTTGGCATCTGCAAGACGCTCCTGACGACATCTATGTGACCTCCACTAAGAATGG
CTTGAGCAGGGCCTATTGATCCAGGGCTTTTATAGTTCACCGGAAAATAACCGATGGTAC
CAGCGCAGGTTCCACCTACCACCCATAAGTGTTCACCCCCTGGACAATAGCAATCAACGA
AATAGTCAACATTATCTTGACTCCAGCGATCAGATGCAAGCTCCCGAGCTTTCCCAAGGT
TGACTTCACAGCTTCCATCTTGCCAGTTCCAGATGCTAAGAGTTTCAATGTGAGTGAGGC
ACCAGAGCTTTTGGTAGAAATCTCCAAGGAAACCTATCTTGCCAACTGAGGTTCCCACGT
TGATCACAGAATCGAGATGGTCATCGTCGTTGATATCACCTTCAGTGTTGAAGAGACAAA
TCAAACCGTCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1F216JQ U 32
AF RR1F216TF C 32
AF RR1C232JQ U 1
AF RR1ED69JQ U 42
AF RR1BJ54JQ U 32
AF RR1BJ54TF C 72
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BS 711 711 RR1BJ54JQ
BS 712 726 RR1C232JQ
BS 727 728 RR1BJ54JQ
BS 729 771 RR1C232JQ
BS 772 794 RR1BJ54JQ

RD RR1F216JQ 276 0 0
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GCGGTTTCTTGCCGGCTTGACGACCAATTCGTTTGAGGTCCAAAATCGGTTGTTGTTGTT
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C

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR1F216TF 276 0 0
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GCGGTTTCTTGCCGGCTTGACGACCAATTCGTTTGAGGTCCAAGATCGGTTGTTGTTGTT
CCCAGCAGCAGAATTGTCTTCGGACTTCCAGCAAC
C

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR1C232JQ 773 0 0
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ATTGCCTTTCAAATACAATAATAAAAAAAAAGA*TCTGAGACATCTCAAAGCTCAAGCAA
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TATCTTAGTAAGGAGAGTGTCTGTTTCTTTGGCGGTTTCTTGCCGGCTTGACGACCAATT
CGTTTGAGGTCCAAGATCGGTTGTTGTTGTTCCCAGCAGCAGAATTGTCTTCGGACTTCC
AGCAACATAAGCGTCCATCTTCACCACCAGTCCATCCGAATAAACCTGCAGCTCCTCCAT
ACTCGCTTGGCATCTGCAAGACGCTCCTGACGACATCTATGTGACCTCCACTAAGAATGG
CTTGAGCAGGGCCTATTGATCCAGGGCTTTTATAGTTCACCGGAAAATAACCGATGGTAC
CAGCGCAGGTTCCACCTACCACCCATAAGTGTTCACCCCCTGGACAATAGCAATCAACGA
AATAGTCAACATTATCTTGACTCCAGCGATCAGATGCAAGCTCCCGAGCTTTCTCAAGGT
TGACTTCACAGCTTCCATCTTGCCAGTTACAGATGCTAAGAGTTTCAATGTGAGTGAGAC
ACCAGAGCTTTTGATAGCAATCTCCAAGGAAACCTATCTTGCCAACTGAG*TTCCCACGT
TGATCA**GAATCGAGATGGTCATCGTCGTTGATATCACCTTCAGTGTTGA
GA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1ED69JQ 708 0 0
CAAACTTCCATTTAAAGAAATTGCCTTTCAAATACAATAATAAAAAAAAAGA*TCTGAGA
CATCTCAAAGCTCAAGCAACTGTCTTCGTTACTGTTACAACATAAAAGACGCTCCCAAGA
CAGAACACATGTTTCCAATTATCTTAGTAAGGAGAGTGTCTGTTTCTTTGGCGGTTTCTT
GCCGGCTTGACGACCAATTCGTTTGAGGTCCAAGATCGGTTGTTGTTGTTCCCAGCAGCA
AAATTGTCTTCGGACTTCCAGCAACATAAGCGTCCATCTTCACCACCAGTCCATCCGAAT
AAACCTGCAGCTCCTCCATACTCGCTTGGCATCTGCAAGACGCTCCTGACGACATCTATG
TGACCTCCACTAAGAATGGCTTGAGCAGGGCCTATTGATCCAGGGCTTTTATAGTTCACC
GGAAAATAACCGATGGTACCAGCGCAGGTTCCACCTACCACCCATAAGTGTTCACCCCCT
GGACAATAGCAATCAACGAAATAGTCAACATTATCTTGACTCCAGCGATCAGATGCAAGC
TCCCGAGCTTTCTCAAGGTTGACTTCACAGCTTCCATCTTGCCAGTTCCAGATGCTAAGA
GTTTCAATGTGAGTGAGACACCAGAGCTTTTGATAGCAATCTCCAAGGAAACCTATCTTG
CCAACTGAGGTTCCCACGTTGATCACAGAATCGAGATGGTCATCGTCG

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1BJ54JQ 763 0 0
GATTATCTTTCAAACTTCCATTTAAAGAAATTGCCTTTCAAATACAATAATAAAAAAAAA
GA*TCTGAGACATCTCAAAGCTCAAGCAACTGTCTTCGTTACTGTTACAACATAAAAGAC
GCTCCCAAGACAGAACACATGTTTCCAATTATCTTAGTAAGGAGAGTGTCTGTTTCTTTG
GCGGTTTCTTGCCGGCTTGACGACCAATTCGTTTGAGGTCCAAGATCGGTTGTTGTTGTT
CCCAGCAGCAGAATTGTCTTCGGACTTCCAGCAACATAAGCGTCCATCTTCACCACCAGT
CCATCCGAATAAACCTGCAGCTCCTCCATACTCGCTTGGCATCTGCAAGACGCTCCTGAC
GACATCTATGTGACCTCCACTAAGAATGGCTTGAGCAGGGCCTATTGATCCAGGGCTTTT
ATAGTTCACCGGAAAATAACCGATGGTACCAGCGCAGGTTCCACCTACCACCCATAAGTG
TTCACCCCCTGGACAATAGCAATCAACGAAATAGTCAACATTATCTTGACTCCAGCGATC
AGATGCAAGCTCCCGAGCTTTCCCAAGGTTGACTTCACAGCTTCCATCTTGCCAGTTCCA
GATGCTAAGAGTTTCAATGTGAGTGAGGCACCAGAGCTTTTGGTAGAAATCTCCAAGGAA
ACCTATCTTGCCAACTGAGGTTCCCACGTTGATCACAGAATCGAGATGGTCATCGTCGTT
GATATCACCTTCAGTGTTGAAGAGACAAATCAAACCGTCAACC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1BJ54TF 723 0 0
AATACAATAATAAAAAAAAAGA*TCTGAGACATCTCAAAGCTCAAGCAACTGTCTTCGTT
ACTGTTACAACATAAAAGACGCTCCCAAGACAGAACACATGTTTCCAATTATCTTAGTAA
GGAGAGTGTCTGTTTCTTTGGCGGTTTCTTGCCGGCTTGACGACCAATTCGTTTGAGGTC
CAAGATCGGTTGTTGTTGTTCCCAGCAGCAGAATTGTCTTCGGACTTCCAGCAACATAAG
CGTCCATCTTCACCACCAGTCCATCCGAATAAACCTGCAGCTCCTCCATACTCGCTTGGC
ATCTGCAAGACGCTCCTGACGACATCTATGTGACCTCCACTAAGAATGGCTTGAGCAGGG
CCTATTGATCCAGGGCTTTTATAGTTCACCGGAAAATAACCGATGGTACCAGCGCAGGTT
CCACCTACCACCCATAAGTGTTCACCCCCTGGACAATAGCAATCAACGAAATAGTCAACA
TTATCTTGACTCCAGCGATCAGATGCAAGCTCCCGAGCTTTCCCAAGGTTGACTTCACAG
CTTCCATCTTGCCAGTTCCAGATGCTAAGAGTTTCAATGTGAGTGAGGCACCAGAGCTTT
TGGTAGAAATCTCCAAGGAAACCTATCTTGCCAACTGAGGTTCCCACGTTGATCACAGAA
TCGAGATGGTCATCGTCGTTGATATCACCTTCAGTGTTGAAGAGACAAATCAAACCGTCA
AC
C

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 7

CO CL1037Contig1 1269 7 4 U
GGATCCTTTGTAATTCCCTCACAGTTTCATTTTCATATCCTCTCCAATGGCGACTGCTCT
GAATGCTGCTGTCTCTCTCACGTCTTCAAAATCTTCTTCTCTCCCTGCTACTAGCTGTGC
CATTGCTCCTGAAAGGGTCAGGTTTGGTAAGGGTGCTTTTTACTACAAAAGCAACAATGT
AGTGACAAGCAGAAGAGTGGTTTCCGTAAGAGCTGAGGTCACAACAGATACTCCTCCTCC
AGTGAAGAAAGTAGAGAAAGAATCAAAGAAGAACGAGGAAGGAGTGATCACCAACAAGTA
CAGACCAAAAGAGCCTTACACCGGCAAAGTCCTTCTCAACACCAAGATCACAGCTGATGA
TGCCCCTGGAGAGACCTGGCACATGGTTTTCAGCCATCAAGGTGAAATACCGTACAGAGA
GGGACAATCTGTTGGTGTGATTGCAGATGGGATTGACAAGAATGGAAAGCCTAACAAGGT
CAGGCTTTACTCCATTGCGAGCAGCGCTCTTGGAGATTTTGGCAACTCTGAAACCGTCTC
TTTGTGCGTGAAAAGGCTTGTTTATACTAATGACGCAGGAGAGGTTGTTAAAGGAGTTTG
CTCAAACTTCTTGTGTGACTTGAAACCAGGGAGTGAGGTTAAGCTCACTGGTCCTGTAGG
GAAAGAAATGCTTATGCCTAAGGATCCAAACGCTACTGTTATTATGCTTGCCACAGGGAC
AGGAATAGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTGTGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTA
CAAGTTTAATGGCTTAGCTTGGCTGTTCTTGGGCGTACCAACCACTAGTTCATTGCTCTA
CACAGAGGAGTTTGGTAAGATGAAAGCTAAGGCACCTGAGAATTTCAGGGTTGATTACGC
TATAAGCAGAGAAGAAACTAACGATAAAGGAGAGAAAATGTATATTCAGACAAGAATGGC
GCAGTACGCACCTGAGTTATGGGAGTTGTTGAAGAAAGACAACACGTTTGTCTACATGTG
TGGGCTCAAGGGCATGGAGAAAGGAATTGATGACATTATGGTCTCATTAGCTGCTAATGA
CGGTATTGATTGGTTTGATTATAAGAAGCAGTTGAAGAAGGCAGAGCAATGGAACGTTGA
AGTCTACTGATTTAACATTCGGTGGCAAGTATAGTGGAACAGCAAGTGTAATTTTCACAT
CTAAGTTTGTGTAACCTGAAGATAAGCTATGTTTTTTTGATATATACTATACTATCATTT
TCATCATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI96TF U 19
AF RR1DJ52TF U 1
AF RR1BI96JQ C 524
AF RR1DJ52JQ C 568
AF RR1GS61TF U 816
AF RR1BZ65JQ C 1005
AF RR1BZ65TF U 1005
BS 1 574 RR1DJ52TF
BS 575 816 RR1BI96JQ
BS 817 1263 RR1GS61TF
BS 1264 1269 RR1BZ65JQ

RD RR1BI96TF 144 0 0
GG
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CGTCTTCGAAATCTTCTTCTCTCCCTGCTACTAGCTGTGCCATTGCTCCTGAAAGGGTCA
GGTTTGGTAAGGGTGCTTTTTA

QA 3 144 3 144
DS 

RD RR1DJ52TF 574 0 0
GGATCCTTTGTAATTCCCTCACAGTTTCATTTTCATATCCTCTCCAATGGCGACTGCTCT
GAATGCTGCTGTCTCTCTCACGTCTTCAAAATCTTCTTCTCTCCCTGCTACTAGCTGTGC
CATTGCTCCTGAAAGGGTCAGGTTTGGTAAGGGTGCTTTTTACTACAAAAGCAACAATGT
AGTGACAAGCAGAAGAGTGGTTTCCGTAAGAGCTGAGGTCACAACAGATACTCCTCCTCC
AGTGAAGAAAGTAGAGAAAGAATCAAAGAAGAACGAGGAAGGAGTGATCACCAACAAGTA
CAGACCAAAAGAGCCTTACACCGGCAAAGTCCTTCTCAACACCAAGATCACAGCTGATGA
TGCCCCTGGAGAGACCTGGCACATGGTTTTCAGCCATCAAGGTGAAATACCGTACAGAGA
GGGACAATCTGTTGGTGTGATTGCAGATGGGATTGACAAGAATGGAAAGCCTAACAAGGT
CAGGCTTTACTCCATTGCGAGCAGCGCTCTTGGAGATTTTGGCAACTCTGAAACCGTCTC
TTTGTGCGTGAAAAGGCTTGTTTATACTAATGAC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1BI96JQ 737 0 0
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GTTGTTAAAGGAGTTTGCTCAAACTTCTTGTGTGACTTGAAACCAGGGAGTGAGGTTAAG
CTCACTGGTCCTGTAGGGAAAGAAATGCTTATGCCTAAGGATCCAAACGCTACTGTTATT
ATGCTTGCCACAGGGACAGGAATAGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTGTGGAAGATGTTCTTT
GAGAAACATGATGACTACAAGTTTAATGGCTTAGCTTGGCTGTTCTTGGGCGTACCAACC
ACTAGTTCATTGCTCTACACAGAGGAGTTTGGTAAGATGAAAGCTAAGGCACCTGAGGAT
TTCAGGGTTGATTACGCTATAAGCAGAGAAGAAACTAACGATAAAGGAGAGAAAATGTAT
ATTCAGACAAGAATGGCGCAGTACGCACCTGAGTTATGGGAGTTGTTGAAGAAAGACAAC
ACGTTTGTCTACATGTGTGGGCTCAAGGGCATGGAGAAAGGAATTGATGACATTATGGTC
TCATTAGCTGCTAATGACGGTATTGATTGGTTTGATTATAAGAAGCAGTTGAAGAAGGCA
GAGCAATGGAACGTTGAAGTCTACTGATTTAACATTCGGTGGCAAGTATAGTGGAACAGC
AAGTGTAATTTTCACATCTAAGTTTGTGTAACCTGAAGATAAGCTATGTTTTTTTGATAT
ATACTATACTATCATTT

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DS 

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AGGGAGTGAGGTTAAGCTCACTGGTCCTGTAGGGAAAGAAATGCTTATGCCTAAGGATCC
AAACGCTACTGTTATTATGCTTGCCACAGGGACAGGAATAGCTCCTTTCAGGTCTTTCTT
GTGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGTTTAATGGCTTAGCTTGGCTGTT
CTTGGGCGTACCAACCACTAGTTCATTGCTCTACACAGAGGAGTTTGGTAAGATGAAAGC
TAAGGCACCTGAGAATTTCAGGGTTGATTACGCTATAAGCAGAGAAGAAACTAACGATAA
AGGAGAGAAAATGTATATTCAGACAAGAATGGCGCAGTACGCACCTGAGTTATGGGAGTT
GTTGAAGAAAGACAACACGTTTGTCTACATGTGTGGGCTCAAGGGCATGGAGAAAGGAAT
TGATGACATTATGGTCTCATTAGCTGCTAATGACGGTATTGATTGGTTTGATTATAAGAA
GCAGTTGAAGAAGGCAGAGCAATGGAACGTTGAAGTCTACTGATTTAACATTCGGTGGCA
AGTATAGTGGAACAGCAAGTGTAATTTTCACATCTAAGTTTGTGTAACCTGAAGATAAGC
TATGTTTTTTTGATATATACTATACTATCATTTTCA
CC

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DS 

RD RR1GS61TF 449 0 0
G
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TGAGAATTTCAGGGTTGATTACGCTATAAGCAGAGAAGAAACTAACGATAAAGGAGAGAA
AATGTATATTCAGACAAGAATGGCGCAGTACGCACCTGAGTTATGGGAGTTGTTGAAGAA
AGACAACACGTTTGTCTACATGTGTGGGCTCAAGGGCATGGAGAAAGGAATTGATGACAT
TATGGTCTCATTAGCTGCTAATGACGGTATTGATTGGTTTGATTATAAGAAGCAGTTGAA
GAAGGCAGAGCAATGGAACGTTGAAGTCTACTGATTTAACATTCGGTGGCAAGTATAGTG
GAACAGCAAGTGTAATTTTCACATCTAAGTTTGTGTAACCTGAAGATAAGCTATGTTTTT
TTGATATATACTATACTATCATTTTCA
T

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DS 

RD RR1BZ65JQ 265 0 0
G
GTTTGTCTACATGTGTGGGCTCAAGGGCATGGAGAAAGGAATTGATGACATTATGGTCTC
ATTAGCTGCTAATGACGGTATTGATTGGTTTGATTATAAGAAGCAGTTGAAGAAGGCAGA
GCAATGGAACGTTGAAGTCTACTGATTTAACATTCGGTGGCAAGTATAGTGGAACAGCAA
GTGTAATTTTCACATCTAAGTTTGTGTAACCTGAAGATAAGCTATGTTTTTTTGATATAT
ACTATACTATCATTTTCATCATTC

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DS 

RD RR1BZ65TF 265 0 0
G
GTTTGTCTACATGTGTGGGCTCAAGGGCATGGAGAAAGGAATTGATGACATTATGGTCTC
ATTAGCTGCTAATGACGGTATTGATTGGTTTGATTATAAGAAGCAGTTGAAGAAGGCAGA
GCAATGGAACGTTGAAGTCTACTGATTTAACATTCGGTGGCAAGTATAGTGGAACAGCAA
GTGTAATTTTCACATCTAAGTTTGTGTAACCTGAAGATAAGCTATGTTTTTTTGATATAT
ACTATACTATCATTTTCA
TCATTC

QA 2 259 2 259
DS 



AS 1 6

CO CL1038Contig1 945 6 5 U
TACGAAGGACGTAAATGTGCAAATATTCTCACAAGGTAATAGATCGGTGAGCTTCGTGCT
GCATCATCGTGTGCTCCTCGTCGTCGTCGAAAGAGAGAGAGACGAAAAAATGGTGAGAGA
AGTGGCGGAGAGCTGTGTAGACACTATGTTGATGGAGATGGTGGCGATGTACAGCGGCAG
ATTCTACGCCAACAAGCCGGAACTCGCCGCTCGGAGGATCGAGGCCATCGGTTATCAGGT
CGGCCACCAGCTCTCCGAGAGGTACACTATGGAAAGACCAAGGTTCAGCGACCATCTAGA
GGCAATCAAGTTTATCTGTAAAGACTTCTGGTCTGAGGTTTTCAAGAAGCAGATTGATAA
TCTCAAGACTAATCACCGGGGTACTTTTGTATTGCAAGACAACAAGTTCAGATGGCTATC
TCGTGTCTCGATTGACCCTTCGTCTGAGAAGGAAAGCGAAGATCCGTCTACTCCAGGGGA
AAGCAAAGCAGCACAAGCGGTGAGCATGTACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAGAGG
TGTCCTCTCCAACTTGGGGATACCTTGTGCTGTCTCTGCCGACATATCGAGCCTTCCCAC
TTGCTCCTTCGTGATTCGGGTCAAGGCTTGATTCTGGCATTAGCTTGGGGAGTCCTCTCA
TTTTCAGATTCCAGCTCGGCTTTATGGTTTTAACTTTCAAGGACGATAAAGAGTCTTTGA
GTCCTAAGAGATTCAACTAAAAGCCCTTCTCAAGGCTTCTGTTTGCTGCGGCTTCTTCCA
ATTCTCACAACTTTGAATTCCCTTCCCTGTAAAACAATATTTGAATGCCTAGTGGGCCTA
TCTCGTCCTAAAAAGCCTGTTAAGTAAGCTTTGCCATTCTTAGTCACGACTTTGAATTCC
GACTTTGGTATAGTTTTTGTCTTTTATCGAGTTGCTGCAAGTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL26TF U 1
AF RR1EC95TF U 71
AF RR1GZ34TFB U 57
AF RR1GZ34JQ C 306
AF RR1EC95JQ C 74
AF RR1EL26JQ C 448
BS 1 129 RR1EL26TF
BS 130 130 RR1GZ34TFB
BS 131 404 RR1EL26TF
BS 405 621 RR1GZ34TFB
BS 622 945 RR1EC95JQ

RD RR1EL26TF 404 0 0
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GCATCATCGTGTGCTCCTCGTCGTCGTCGAAAGAGAGAGAGACGAAAAAATGGTGAGAGA
AGTGGCGGATAGCTGTGTAGACACTATGTTGATGGAGATGGTGGCGATGTACAGCGGCAG
ATTCTACGCCAACAAGCCGGAACTCGCCGCTCGGAGGATCGAGGCCATCGGTTATCAGGT
CGGCCACCAGCTCTCCGAGAGGTACACTATGGAAAGACCAAGGTTCAGCGACCATCTAGA
GGCAATCAAGTTTATCTGTAAAGACTTCTGGTCTGAGGTTTTCAAGAAGCAGATTGATAA
TCTCAAGACTAATCACCGGGGTACTTTTGTATTGCAAGACAACA

QA 1 404 1 404
DS 

RD RR1EC95TF 529 0 0
GGG
CTCCTCGTCGTCGTCGAAAGAGAGAGAGACGAAAAAATGGTGAGAGAAGTGGCGGAGAGC
TGTGTAGACACTATGTTGATGGAGATGGTGGCGATGTACAGCGGCAGATTCTACGCCAAC
AAGCCGGAACTCGCCGCTCGGAGGATCGAGGCCATCGGTTATCAGGTCGGCCACCAGCTC
TCCGAGAGGTACACTATGGAAAGACCAAGGTTCAGCGACCATCTAGAGGCAATCAAGTTT
ATCTGTAAAGACTTCTGGTCTGAGGTTTTCAAGAAGCAGATTGATAATCTCAAGACTAAT
CACCGGGGTACTTTTGTATTGCAAGACAACAAGTTCAGATGGCTATCTCGTGTCTCGATT
GACCCTTCGTCTGAGAAGGAAAGCGAAGATCCGTCTACTCCAGGGGAAAGCAAAGCAGCA
CAAGCGGTGAGCATGTACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAGAGGTGTCCTCTCCAAC
TTGGGGATACCTTGTGCTGTCTCTGCCGACATATCGAGCCTTCCCA

QA 4 529 4 529
DS 

RD RR1GZ34TFB 565 0 0
G
GCTGCATCATCGTGTGCTCCTCGTCGTCGTCGAAAGAGAGAGAGACGAAAAAATGGTGAG
AGAAGTGGCGGAGAGCTGTGTAGACACTATGTTGATGGAGATGGTGGCGATGTACAGCGG
CAGATTCTACGCCAACAAGCCGGAACTCGCCGCTCGGAGGATCGAGGCCATCGGTTATCA
GGTCGGCCACCAGCTCTCCGAGAGGTACACTATGGAAAGACTAAGGTTCAGCGACCATCT
AGAGGCAATCAAGTTTATCTGTAAAGACTTCTGGTCTGAGGTTTTCAAGAAGCAGATTGA
TAATCTCAAGACTAATCACCGGGGTACTTTTGTATTGCAAGACAACAAGTTCAGATGGCT
ATCTCGTGTCTCGATTGACCCTTCGTCTGAGAAGGAAAGCGAAGATCCGTCTACTCCAGG
GGAAAGCAAAGCAGCACAAGCGGTGAGCATGTACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAG
AGGTGTCCTCTCCAACTTGGGGATACCTTGTGCTGTCTCTGCCGACATATCGAGCCTTCC
CACTTGCTCCTTCGTGATTCGGGT

QA 2 565 2 565
DS 

RD RR1GZ34JQ 595 0 0
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AGACTAATCACCGGGGTACTTTTGTATTGCAAGACAACAAGTTCAGATGGCTATCTCGTG
TCTCGATTGACCCTTCGTCTGAGAAGGAAAGCGAAGATCCGTCTACTCCAGGGGAAAGCA
AAGCAGCACAAGCGGTGAGCATGTACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAGAGGTGTCC
TCTCCAACTTGGGGATACCTTGTGCTGTCTCTGCCGACATATCGAGCCTTCCCACTTGCT
CCTTCGTGATTCGGGTCAAGGCTTGATTCTGGCATTAGCTTGGGGAGTCCTCTCATTTTC
AGATTCCAGCTCGGCTTTATGGTTTTAACTTTCAAGGACGATAAAGAGTCTTTGAGTCCT
AAGAGATTCAACTAAAAGCCCTTCTCAAGGCTTCTGTTTGCTGCGGCTTCTTCCAATTCT
CACAACTTTGAATTCCCTTCCCTGTAAAACAATATTTGAATGCCTAGTGGGCCTATCTCG
TCCTAAAAAGCCTGTTAAGTAAGCTTTGCCATTCTTAGTCACGACTTTGAATTC
T

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DS 

RD RR1EC95JQ 872 0 0
CTCCTCGTCGTCGTCGAAAGAGAGAGAGACGAAAAA*TGGTGAGAGAAGTGGCGGAGAGC
TGTGTAGACACTATGTTGATGGAGATGGTGGCGATGTACAGCGGCAGATTCTACGCCAAC
AAGCCGGAACTCGCCGCTCGGAGGATCGAGGCCATCGGTTATCAGGTCGGCCACCAGCTC
TCCGAGAGGTACACTATGGAAAGACCAAGGTTCAGCGACCATCTAGAGGCAATCAAGTTT
ATCTGTAAAGACTTCTGGTCTGAGGTTTTCAAGAAGCAGATTGATAATCTCAAGACTAAT
CACCGGGGTACTTTTGTATTGCAAGACAACAAGTTCAGATGGCTATCTCGTGTCTCGATT
GACCCTTCGTCTGAGAAGGAAAGCGAAGATCCGTCTACTCCAGGGGAAAGCAAAGCAGCA
CAAGCGGTGAGCATGTACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAGAGGTGTCCTCTCCAAC
TTGGGGATACCTTGTGCTGTCTCTGCCGACATATCGAGCCTTCCCACTTGCTCCTTCGTG
ATTCGGGTCAAGGCTTGATTCTGGCATTAGCTTGGGGAGTCCTCTCATTTTCAGATTCCA
GCTCGGCTTTATGGTTTTAACTTTCAAGGACGATAAAGAGTCTTTGAGTCCTAAGAGATT
CAACTAAAAGCCCTTCTCAAGGCTTCTGTTTGCTGCGGCTTCTTCCAATTCTCACAACTT
TGAATTCCCTTCCCTGTAAAACAATATTTGAATGCCTAGTGGGCCTATCTCGTCCTAAAA
AGCCTGTTAAGTAAGCTTTGCCATTCTTAGTCACGACTTTGAATTCCGACTTTGGTATAG
TTTTTGTCTTTTATCGAGTTGCTGCAAGTGTG

QA 1 872 1 872
DS 

RD RR1EL26JQ 475 0 0
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GTACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAGAGGTGTCCTCTCCAACTTGGGGATACCTTG
TGCTGTTTCTGCCGACATATCGAGCCTTCCCACTTGCTCCTTCGTGATTCGGGTCAAGGC
TTGATTCTGGCATTAGCTTGGGGAGTCCTCTCATTTTCAGATTCCAGCTCGGCTTTATGG
TTTTAACTTTCAAGGACGATAAAGAGTCTTTGAGTCCTAAGAGATTCAACTAAAAGCCCT
TCTCAAGGCTTCTGTTTGCTGCGGCTTCTTCCAATTCTCACAACTTTGAATTCCCTTCCC
TGTAAAACAATATTTGAACGCCTAGTGGGCCTATCTCGTCCTAAAAAGCCTGTTAAGTAA
GCTTTGCCATTCTTAGTCACGACTTTGAATTCCGACTTTGGTATAGTTTTTGTCT

QA 1 475 1 475
DS 



AS 2 6

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AATTAGAGTTCTTTCTAAAGATAATAAAACGAACGGAAATGCCCACATAGACATGAATGC
CTCATATTATAAAGAAAAATAGCCTTAAAATAGTGGAGAAACACAAACAATGTTCGAGAG
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GAGCTCCATAATGGCAGAAACGATATCTCCATCATTGGCTTTAAGAGCCTTAGTGGCTTT
GGCCTTTGAGACACCAGCTTGAGTCATCACGAGCTCAACATCCTTGGCTTCAACACCAGT
CTCATCAACATCTTCATCTTCCTCCTCCTCTTGTGCAGCAGTGGCTGCTTCAGAGGCATC
AGCGTTAGGGATCATAGATGCAACGTCTGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTTGAGCTTG
TAGCTGAGAGCTCATATCGTCAATCTTGGCCTCACCGAATATCACATAGGTGTCCGAGTT
TGGGCTCTTGAACACATCCGGCTTCGAGATGACAAACAAAACATTCTTTGATCTCTTGAT
TGTGACTCTGCTAACATCAGTAACAGGTTTCATTCCAAGTTTGAGCATTGCTTTGCGGCT
TTTCTTCTCGCTTCTACTTTGCTTAGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCGACGTTGTC
ATCGTCGTCGTCGTCATCAACATCGTCTTCCTCATCTCCGTCTTTGACATCTTCAACGAC
AACATCATCTTCCTTCTCGAGCTTGGTTTGCTCTTTGACGGCGTCCTTCAACAGCTCCTC
AACCTTCACTTCGTCGACGACGGGGCCTGGCATCTTCTTCTTCGAACGAAACGAAACCCT
TTCTAGAACAGCGCAGCTAAAATGGTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY33JQ U 1
AF RR1HA80JQ U 26
AF RR1HA80TF C 234
BS 1 338 RR1DY33JQ
BS 339 339 RR1HA80JQ
BS 340 349 RR1DY33JQ
BS 350 350 RR1HA80JQ
BS 351 584 RR1DY33JQ
BS 585 585 RR1HA80JQ
BS 586 756 RR1DY33JQ
BS 757 870 RR1HA80TF

RD RR1DY33JQ 756 0 0
AATTAGAGTTCTTTCTAAAGATAATAAAACGAACGGAAATGCCCACATAGACATGAATGC
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GAGCTCCATAATGGCAGAAACGATATCTCCATCATTGGCTTTAAGAGCCTTAGTGGCTTT
GGCCTTTGAGACACCAGCTTGAGTCATCACGAGCTCAACATCCTTGGCTTCAACACCAGT
CTCATCAACATCTTCATCTTCCTCCTCCTCTTGTGCAG*AGTGGCTGCTCCAGAGGCATC
AGCGTTAGGGATCATAGATGCAACGTCTGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTTGAGCTTG
TAGCTGAGAGCTCATATCGTCAATCTTGGCCTCACCGAATATCACATAGGTGTCCGAGTT
TGGGCTCTTGAACACATCCGGCTTCGAGATGACAAACAAAACATTCTTTGATCTCTTGAT
TGTGACTCTGCTAACATCAGTAACAGGTTTCATTCCAAGTTTGAACATTGCTTTGCGGCT
TTTCTTCTCGCTTCTACTTTGCTTAGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCGACGTTGTC
ATCGTCGTCGTCGTCATCAACATCGTCTTCCTCATCTCCGTCTTTGACATCTTCAACGAC
AACATCATCTTCCTTCTCGAGCTTGGTTTGCTCTTT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1HA80JQ 732 0 0
GG
AACGAACGGAAATGCCCACATAGACATGAATGCCTCATATTATAAAGAAAAATAGCCTTA
AAATAGTGGAGAAACACAAACAATGTTCGAGAGACGAGAAGTGAATTGAGAAACGAGAAC
CATTGCGAGCTTCTGCAACTCAACCTAGGTGGTGAGCTCCATAATGGCAGAAACGATATC
TCCATCATTGGCTTTAAGAGCCTTAGTGGCTTTGGCCTTTGAGACACCAGCTTGAGTCAT
CACGAGCTCAACATCCTTGGCTTCAACACCAGTCTCATCAACATCTTCATCTTCCTCCTC
CTCTTGTGCAGCAGTGGCTGCTTCAGAGGCATCAGCGTTAGGGATCATAGATGCAACGTC
TGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTTGAGCTTGTAGCTGAAAGCTCATATCGTCAATCTT
GGCCTCACCGAATATCACATAGGTGTCCGAATTTGGGCTCTTGAACACATCCGGCTTCGA
GATGACAAACAAAACATTCTTTGATCTCTTGATTGTGACTCTGCTAACATCAGTAACAGG
TTTCATTCCAAGTTTGAGCATTGCTTTGCGGCTTTTCTTCTCGCTTCTACTTTGCTTAGA
GCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCGACGTTGTCATCGTCGTCGTCGTCATCAACATCGTC
TTCCTCATCTCCGTCTTTGACATCTTCAACGACAACATCATCTTCCTTCTCGAGCTTGGT
TTGCTCTTT
G

QA 3 731 3 731
DS 

RD RR1HA80TF 637 0 0
TGGCTTTGGCCTTTGAGACACCAGCTTGAGTCATCACGAGCTCAACATCCTTGGCTTCAA
CACCAGTCTCATCAACATCTTCATCTTCCTCCTCCTCTTGTGCAGCAGTGGCTGCTTCAG
AGGCATCAGCGTTAGGGATCATAGATGCAACGTCTGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTT
GAGCTTGTAGCTGAGAGCTCATATCGTCAATCTTGGCCTCACCGAATATCACATAGGTGT
CCGAGTTTGGGCTCTTGAACACATCCGGCTTCGAGATGACAAACAAAACATTCTTTGATC
TCTTGATTGTGACTCTGCTAACATCAGTAACAGGTTTCATTCCAAGTTTGAGCATTGCTT
TGCGGCTTTTCTTCTCGCTTCTACTTTGCTTAGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCGA
CGTTGTCATCGTCGTCGTCGTCATCAACATCGTCTTCCTCATCTCCGTCTTTGACATCTT
CAACGACAACATCATCTTCCTTCTCGAGCTTGGTTTGCTCTTTGACGGCGTCCTTCAACA
GCTCCTCAACCTTCACTTCGTCGACGACGGGGCCTGGCATCTTCTTCTTCGAACGAAACG
AAACCCTTTCTAGAACAGCGCAGCTAAAATGGTACCC

QA 1 637 1 637
DS 



CO CL1039Contig2 977 3 5 U
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TTCGAAGAAGAAGATGCCAGGCCCCGTCGTCGACGAAGTGAAGGTTGAGGAGCTGTTGAA
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CAAAGACGGAGATGAGGAAGACGATGTTGATGACGACGACGACGATGACAACGTCGATGG
AGCTGGTGAGAATGAGAGCTCTAAGCAAAGTAGAAGCGAGAAGAAAAGCCGCAAAGCAAT
GCTCAAACTTGTAATGAAACCTGTTACTGATGTTAGCAGAGTACAATCAAGAGATCAAAG
AATGTGAGAACATGTCTTTTGCGTACATTACTTTTGTTTTAATCAAGCAGTGTTTTGATT
CTTTATGTGTGTTCCCTCAGGTTTTGTTTGTCATCTCGAAGCCGGATGTGTTCAAGAGCC
CAAACTCGGACACCTATGTGATATTCGGTGAGGCCAAGATTGACGATATGAGCTCTCAGC
TACAAGCTCAAGCTGCTCAGAGGTTCAAGATGCCAGACGTTGCATCTATGATCCCTAACG
CTGATGCCTCTGAAGCAGCCACTGCTGCACAAGAGGAGGAGGAAGATGAAGATGTTGATG
AGACTGGTGTTGAAGCCAAGGATGTTGAGCTCGTGATGACTCAAGCTGGTGTCTCAAAGG
CCAAAGCCACTAAGACTCTTAAAGCCAATGATGGAGATATCGTTTCTGCCATTATGGAGC
TCACCACCTAGGTTGAGTTGCAGAAGCTCGCAATGGTTCTCGTTTCTCAATTCACTTCTC
GTCTCTCGAACATTGTTTGTGTTTCTCCACTATTTTAAGGCTATTTTTCTTTATAATATG
AGGCATTCATGTCTATGTGGGCATTTCCGTTCGTTTTATTATCTTTAGAAAGAACTCTAA
TTGAATTCAATCTTAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY33TF U 1
AF RR1A718TF U 19
AF RR1A718JQ C 33
BS 1 163 RR1DY33TF
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QA 1 163 1 163
DS 

RD RR1A718TF 829 0 0
GG
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QA 3 829 3 829
DS 

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ATCTCGAAGCCGGATGTGTTCAAGAGCCCAAACTCGGACACCTATGTGATATTCGGTGAG
GCCAAGATTGACGATATGAGCTCTCAGCTACAAGCTCAAGCTGCTCAGAGGTTCAAGATG
CCAGACGTTGCATCTATGATCCCTAACGCTGATGCCTCTGAAGCAGCCACTGCTGCACAA
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GTGATGACTCAAGCTGGTGTCTCAAAGGCCAAAGCCACTAAGACTCTTAAAGCCAATGAT
GGAGATATCGTTTCTGCCATTATGGAGCTCACCACCTAGGTTGAGTTGCAGAAGCTCGCA
ATGGTTCTCGTTTCTCAATTCACTTCTCGTCTCTCGAACATTGTTTGTGTTTCTCCACTA
TTTTAAGGCTATTTTTCTTTATAATATGAGGCATTCATGTCTATGTGGGCATTTCCGTTC
GTTTTATTATCTTTAGAAAGAACTCTAATTGAATTCAATCTTAAA

QA 1 945 1 945
DS 



AS 1 7

CO CL1040Contig1 861 7 4 U
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TTTTTGTCACGGAAAGCGTCTTACTTTTGTTCACATGCTATAAAGTAAATACACTACTAT
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AAAAATTTAAAACATTTAGACTAGAGAAAATTGTCTAGATGTATGAATTCCACAGTTTAT
TTATATGATTACATGTATAAAGTATCCAAACAGTTTTGTTATAATGCTTTTTGCTCTTTC
AGGATATGGCCGTTGAATTCCACACTTTATATTATTGCTGCATGGCCGTTGGTAGTCCTT
CTTTTCAGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACCCCCACACTAACAC
CGCATTTACCAGGGAGTTGTTTGGCATTGTCATCGTTGAATCCGGATATAGCATTAGCTA
CACTCTTCAAGCATTGACAAGCTGCTTGTTTATCGGGTTTCCCCGGCGCTGAGGCTTTTA
GATTATTAAGCCCGGCGCAACACGGAGGAGGCGGGTTTCCTCCACCTTTTACATAAGACA
AACATGGTGCTAAGTACATGGTTATCTGTGAACATTGTATGGCTTCTCCCTCTTGGTACG
CAATCACCACTAAAAGTGTAACAACAAGCAGTAACATGGTCTGGTTTTTAGTAATGTTCC
TCATTTTCCACTTATGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1FY95JQ U 1
AF RR1FH19JQ U 249
AF RR1AK95JQ U 340
AF RR1AK95TF C 340
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RD RR1FY95JQ 305 0 0
TTAAATGTCGGGGCCTGTGTAATTAAATACAAAACTTCGCTAACTAACCCAAATATATGA
GCAAAAGACATATTTGCCCCCTATTTTTGCTGTTTAGGAACTGGAGATGGGGATCACACT
GTGGTGAAAGGTTGTGTGGTAAAAAAAGCATAAAAGCGTCTTACTTTTGTTCTTTTTTTT
TTTTTGTCACGGAAAGCGTCTTACTTTTGTTCACATGCTATAAAGTAAATACACTACTAT
ACTGTTTTCTGTTAATAGTACTAATCAAAAATAATTAACTTGGCTAATTACTCCTACTTA
AAAAA

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR1FH19JQ 613 0 0
CTGTTAATAGTACTAATCAAAGATAATTAACTTGGCTAATTACTCCTACTTAAAAAATTT
AAAACATTTAGACTAGAGAAAATTGTCTAGATGTATGAATTCCACAGTTTATTTATATGA
TTACATGTATAAAGTATCCAAACAGTTTTGTTATAATGCTTTTTGCTCTTTCAGGATATG
GCCGTTGAATTCCACACTTTATATTATTGCTGCATGGCCGTTGGTAGTCCTTCTTTTCAG
TTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACCCCCACACTAACACCGCATTTA
CCAGGGAGTTGTTTGGCATTGTCATCGTTGAATCCGGATATAGCATTAGCTACACTCTTC
AAGCATTGACAAGCTGCTTGTTTATCGGGTTTCCCCGGCGCTGAGGCTTTTAGATTATTA
AGCCCGGCGCAACACGGAGGAGGCGGGTTTCCTCCACCTTTTACATAAGACAAACATGGT
GCTAAGTACATGGTTATCTGTGAACATTGTATGGCTTCTCCCTCTTGGTACGCAATCACC
ACTAAAAGTGTAACAACAAGCAGTAACATGGTCTGGTTTTTAGTAATGTTCCTCATTTTC
CACTTATGGATCC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1AK95JQ 510 0 0
C
GTATGAATTCCACAGTTTATTTATATGATTACATGTATAAAGTATCCAAACAGTTTTGTT
ATAATGCTTCTTGCTCTTTCAGGATATGGCCGTTGAATTCCACACTTTATATTATTGCTG
CATGGCCGTTGGTAGTCCTTCTTTTCAGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAA
AGGGACCCCCACACTAACACCGCATTTACCAGGGAGTTGTTTGGCATTGTCATCGTTGAA
TCCGGATATAGCATTAGCTACACTCTTCAAGCATTGACAAGCTGCTTGTTTATCGGGTTT
CCCCGGCGCTGAGGCTTTTAGATTATTAAGCCCGGCGCAACACGGAGGAGGAGGGTTTCC
TCCACCTTTTACATAAGACAAACATGGTGCTAAGTACATGGTTATCTGTGAACATTGTAT
GGCTTCTCCCTCTTGGTACGCAATCACCACTAAAAGTGTAACAACAAGCAGTAACATGGT
CTGGTTTTTAGTAATGTTCCTCATTTTCC

QA 2 510 2 510
DS 

RD RR1AK95TF 510 0 0
C
GTATGAATTCCACAGTTTATTTATATGATTACATGTATAAAGTATCCAAACAGTTTTGTT
ATAATGCTTCTTGCTCTTTCAGGATATGGCCGTTGAATTCCACACTTTATATTATTGCTG
CATGGCCGTTGGTAGTCCTTCTTTTCAGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAA
AGGGACCCCCACACTAACACCGCATTTACCAGGGAGTTGTTTGGCATTGTCATCGTTGAA
TCCGGATATAGCATTAGCTACACTCTTCAAGCATTGACAAGCTGCTTGTTTATCGGGTTT
CCCCGGCGCTGAGGCTTTTAGATTATTAAGCCCGGCGCAACACGGAGGAGGAGGGTTTCC
TCCACCTTTTACATAAGACAAACATGGTGCTAAGTACATGGTTATCTGTGAACATTGTAT
GGCTTCTCCCTCTTGGTACGCAATCACCACTAAAAGTGTAACAACAAGCAGTAACATGGT
CTGGTTTTTAGTAATGTTCCTCATTTTCC

QA 2 510 2 510
DS 

RD RR1H664JQ 521 0 0
GA
ATGAATTCCACAGTTTATTTATATGATTACATGTATAAAGTATCCAAACAGTTTTGTTAT
AATGCTTTTTGCTCTTTCAGGATATGGCCGTTGAATTCCACACTTTATATTATTGCTGCA
TGGCCGTTGGTAGTCCTTCTTTTCAGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAG
GGACCCCCACACTAACACCGCATTTACCAGGGAGTTGTTTGGCATTGTCATCGTTGAATC
CGGATATAGCATTAGCTACACTCTTCAAGCATTGACAAGCTGCTTGTTTATCGGGTTTCC
CCGGCGCTGAGGCTTTTAGATTATTAAGCCCGGCGCAACACGGAGGAGGCGGGTTTCCTC
CACCTTTTACATAAGACAAACATGGTGCTAAGTACATGGTTATCTGTGAACATTGTATGG
CTTCTCCCTCTTGGTACGCAATCACCACTAAAAGTGTAACAACAAGCAGTAACATGGTCT
GGTTTTTAGTAATGTTCCTCATTTTCCACTTATGGATCC

QA 3 521 3 521
DS 

RD RR1H664TF 521 0 0
GA
ATGAATTCCACAGTTTATTTATATGATTACATGTATAAAGTATCCAAACAGTTTTGTTAT
AATGCTTTTTGCTCTTTCAGGATATGGCCGTTGAATTCCACACTTTATATTATTGCTGCA
TGGCCGTTGGTAGTCCTTCTTTTCAGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAG
GGACCCCCACACTAACACCGCATTTACCAGGGAGTTGTTTGGCATTGTCATCGTTGAATC
CGGATATAGCATTAGCTACACTCTTCAAGCATTGACAAGCTGCTTGTTTATCGGGTTTCC
CCGGCGCTGAGGCTTTTAGATTATTAAGCCCGGCGCAACACGGAGGAGGCGGGTTTCCTC
CACCTTTTACATAAGACAAACATGGTGCTAAGTACATGGTTATCTGTGAACATTGTATGG
CTTCTCCCTCTTGGTACGCAATCACCACTAAAAGTGTAACAACAAGCAGTAACATGGTCT
GGTTTTTAGTAATGTTCCTCATTTTCCACTTATGGATCC

QA 3 521 3 521
DS 

RD RR1FH19TF 613 0 0
CTGTTAATAGTACTAATCAAAGATAATTAACTTGGCTAATTACTCCTACTTAAAAAATTT
AAAACATTTAGACTAGAGAAAATTGTCTAGATGTATGAATTCCACAGTTTATTTATATGA
TTACATGTATAAAGTATCCAAACAGTTTTGTTATAATGCTTTTTGCTCTTTCAGGATATG
GCCGTTGAATTCCACACTTTATATTATTGCTGCATGGCCGTTGGTAGTCCTTCTTTTCAG
TTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACCCCCACACTAACACCGCATTTA
CCAGGGAGTTGTTTGGCATTGTCATCGTTGAATCCGGATATAGCATTAGCTACACTCTTC
AAGCATTGACAAGCTGCTTGTTTATCGGGTTTCCCCGGCGCTGAGGCTTTTAGATTATTA
AGCCCGGCGCAACACGGAGGAGGCGGGTTTCCTCCACCTTTTACATAAGACAAACATGGT
GCTAAGTACATGGTTATCTGTGAACATTGTATGGCTTCTCCCTCTTGGTACGCAATCACC
ACTAAAAGTGTAACAACAAGCAGTAACATGGTCTGGTTTTTAGTAATGTTCCTCATTTTC
CACTTATGGATCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 7

CO CL1041Contig1 481 7 5 U
TTTTTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAACTTAAGCAATTTCTTCATATTTCTGGAATTATGAG
GTTGGCTATTTTATTAATAGTTTTTGGTATTTTCATGTTCCTCGTTCTGAACCATGTTAA
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TGGTCCTAATGGAAGCAAGAAGTGTGAAAATGAAATGAAGTCACCACAAACCAGCCAAAG
TTTTGTTCGTTGTGACTGTGAAAACATTAAAATTGCACGTCAAGACGGCTATGGTTGCAC
TTGTTTTACTAAACTTCCGTGCGGCTAGTAATATATCAAAGCATAAACTAATGAATAAGA
TAAAAGAACATATTTGTTCTTTGCTTATTATATGACTGAATTTTTGTATATGTCAGTCTT
TTGTTTTATACTTTTACTTAGAAATTTAATAACCTTTTATTCTATATAATTACTTTTGCT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1EW77TF U 1
AF RR1DL56TF U 3
AF RR1DZ88TF U -2
AF RR1CT07JQ C 6
AF RR1CT07TF U 6
AF RR1A269JQ C 7
AF RR1A269TF U 7
BS 1 232 RR1EW77TF
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BS 261 463 RR1CT07TF
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RD RR1EW77TF 260 0 0
TTTTTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAACTTAAGCAATTTCTTCATATTTCTGGAATTATGAG
GTTGGCTATTTTATTAATAGTTTTTGGTATTTTCATGTTCCTCGTTCTGAACCATGTTAA
AGAAGTGGATGCACAGTATAATCCGCCGTGCAGATTTTTTAAGGGAAAACCTGGAACATG
TGGTCCTAATGGAAGCAAGAAGTGTGAAAATGAAATGAAGTCACCACAAACCGGCCAAAG
TTTTGTTCGTTGTGACTGTG

QA 1 260 1 260
DS 

RD RR1DL56TF 258 0 0
TTTTTAAGC
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GAAGCAAGAAGTGTGAAAATGAAATGAAGTCACCACAAACCAGCCAAAGTTTTGTTCGTT
GTGACTGTG

QA 10 258 10 258
DS 

RD RR1DZ88TF 263 0 0
TTTTTAAGCAAAAA
AAAAAAAAAAAAAACTTAAGCAATTTCTTCATATTTCTGGAATTATGAGGTTGGCTATTT
TATTAATAGTTTTTGGTATTTTCATGTTCCTCGTTCTGAACCATGTTAAAGAAGTGGATG
CACAGTATAATCCGCCGTGCAGATTTTTTAAGGGAAAACCTGGAACATGTGGTCCTAATG
GAAGCAAGAAGTGTGAAAATGAAATGAAGTCACCACAAACCAGCCAAAGTTTTGTTCGTT
GTGACTGTG

QA 15 263 15 263
DS 

RD RR1CT07JQ 458 0 0
TTTTTAAGC
AAAAAAAAAAACTTAAGCAATTTCTTCATATTTCTGGAATTATGAGGTTGGCTATTTTAT
TAATAGTTTTTGGTATTTTCATGTTCCTCGTTCTGAACCATGTTAAAGAAGTGGATGCAC
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TTCCGTGCGGCTAGTAATATATCAAAGCATAAACTAATGAATAAGATAAAAGAACATATT
TGTTCTTTGCTTATTATATGACTGAATTTTTGTATATGTCAGTCTTTTGTTTTATACTTT
TACTTAGAAATTTAATAACCTTTTATTCT

QA 10 458 10 458
DS 

RD RR1CT07TF 458 0 0
TTTTTAAGC
AAAAAAAAAAACTTAAGCAATTTCTTCATATTTCTGGAATTATGAGGTTGGCTATTTTAT
TAATAGTTTTTGGTATTTTCATGTTCCTCGTTCTGAACCATGTTAAAGAAGTGGATGCAC
AGTATAATCCGCCGTGCAGATTTTTTAAGGGAAAACCTGGAACATGTGGTCCTAATGGAA
GCAAGAAGTGTGAAAATGAAATGAAGTCACCACAAACCAGCCAAAGTTTTGTTCGTTGTG
ACTGTGAAAACATTAAAATTGCACGTCAAGACGGCTATGGTTGCACTTGTTTTACTAAAC
TTCCGTGCGGCTAGTAATATATCAAAGCATAAACTAATGAATAAGATAAAAGAACATATT
TGTTCTTTGCTTATTATATGACTGAATTTTTGTATATGTCAGTCTTTTGTTTTATACTTT
TACTTAGAAATTTAATAACCTTTTATTCT

QA 10 458 10 458
DS 

RD RR1A269JQ 475 0 0
AAGC
AAAAAAAAAAAAAAACTTAAGCAATTTCTTCATATTTCTGGAATTATGAGGTTGGCTATT
TTATTAATAGTTTTTGGTATTTTCATGTTCCTCGTTCTGAACCATGTTAAAGAAGTGGAT
GCACAGTATAATCCGCCGTGCAGATTTTTTAAGGGAAAACCTGGAACATGTGGTCCTAAT
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AAACTTCCGTGCGGCTAGTAATATATCAAAGCATAAACTAATGAATAAGATAAAAGAACA
TATTTGTTCTTTGCTTATTATATGACTGAATTTTTGTATATGTCAGTCTTTTGTTTTATA
CTTTTATTTAGAAATTTAATAACCTTTTATTCTATATAATTACTTTTGCTT

QA 5 475 5 475
DS 

RD RR1A269TF 475 0 0
AAGC
AAAAAAAAAAAAAAACTTAAGCAATTTCTTCATATTTCTGGAATTATGAGGTTGGCTATT
TTATTAATAGTTTTTGGTATTTTCATGTTCCTCGTTCTGAACCATGTTAAAGAAGTGGAT
GCACAGTATAATCCGCCGTGCAGATTTTTTAAGGGAAAACCTGGAACATGTGGTCCTAAT
GGAAGCAAGAAGTGTGAAAATGAAATGAAGTCACCACAAACCAGCCAAAGTT**GTTCGT
TGTGACTGTGAAAACATTAAAATTGCACGTCAAGACGGCTATGGTTGCACTTGTTTTACT
AAACTTCCGTGCGGCTAGTAATATATCAAAGCATAAACTAATGAATAAGATAAAAGAACA
TATTTGTTCTTTGCTTATTATATGACTGAATTTTTGTATATGTCAGTCTTTTGTTTTATA
CTTTTATTTAGAAATTTAATAACCTTTTATTCTATATAATTACTTTTGCTT

QA 5 475 5 475
DS 



AS 1 7

CO CL1042Contig1 954 7 11 U
TTTTTTGTAACAATGGCTATCAACAGAATCGCTATTGGAACGCCAGGAGAAGCTAGCCAT
CCAGATGCGATCAGAGCGGCTTTGGCGGAGTTTTTCTCCATGGTTATATTCGTTTTTGCG
GGTCAAGGTTCCGGTATGGCTTACGGAAAGCTAACAGGAGATGGTCCAGCTACACCTTCC
GGTTTAGTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGGT
GCAAACGTTTCAGGCGGCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGTGGA
AACATAACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTCGGAGCGGTCGTA
GCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGAAACAGCAGCGTTTTCTCTTTCC
CATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTAGTG
TACACCGTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCA
TTGGCAATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGTTGGTGGTGCTTTCGACGGTGCG
TCGATGAACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCTGGACTTGGACGAACCAT
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ATCTTTATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACTTCTTTCTAATGACTTCTAAGTTAGGGCT
TTTTCTTGTTTCTTGTTTGGAGAACAAGAAAACTGCTATTGTATATCCTACTATAGTACC
CGAGGGTACTTTGAGAGAGGTTGTTTTTTTTCATTCTCTCTAATGTTTCATGTGCTAAGA
TGCTACTTTTACTGCTTTTTGTGTTTTGAATAATTAACATATAAATCTTGGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1D054TF U 1
AF RR1B388TF U 7
AF RR1D125TF U 1
AF RR1D333TF U 1
AF RR1B388JQ C 180
AF RR1D333JQ C 273
AF RR1D054JQ C 279
BS 1 555 RR1D054TF
BS 556 669 RR1D125TF
BS 670 670 RR1B388TF
BS 671 766 RR1D125TF
BS 767 777 RR1D333TF
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BS 779 799 RR1D333TF
BS 800 869 RR1B388JQ
BS 870 870 RR1D333JQ
BS 871 950 RR1B388JQ
BS 951 954 RR1D333JQ

RD RR1D054TF 555 0 0
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GGTTTAGTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGGT
GCAAACGTTTCAGGCGGCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGTGGA
AACATAACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTCGGAGCGGTCGTA
GCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGAAACAGCAGCGTTTTCTCTTTCC
CATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTAGTG
TACACCGTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCA
TTGGCAATTGGGTTG

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DS 

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GCGATCAGAGCGGCTTTGGCGGAGTTTTTCTCCATGGTTATATTCGTTTTTGCGGGTCAA
GGTTCCGGTATGGCTTACGGAAAGCTAACAGGAGATGGTCCAGCTACACCTTCCGGTTTA
GTGGTCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGGTGCAAAC
GTTTCAGGCGGCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGTGGAAACATA
ACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTCGGAGCGGTCGTAGCTTGC
TTGTTGCTCAAGGTAAGCGCTGGTGGGATGGAAACAGCAGGGTTTTCTCTTTCCCATGGA
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GTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCATTGGCA
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TATTGGTTCGGTC

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DS 

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TTTTTT
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GGTTCCGGTATGGCTTACGGAAAGCTAACAGGAGATGGTCCAGCTACACCTTCCGGTTTA
GTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGGTGCAAAC
GTTTCAGGCGGCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGTGGAAACATA
ACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTCGGAGCGGTCGTAGCTTGC
TTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGAAACAGCAGCGTTTTCTCTTTCCCATGGA
GTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTAGTGTACACC
GTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCATTGGCA
ATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGTTGGTGGTGCTTTCGACGGTGCGTCGATG
AACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCTGGACTTGGACGAACCATTGGGTC
TATCGGTTCGGTCCATTTATTGGTGCAGCAATCGCAGCTATTGTTTATGACACTATCTTT
ATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACTTCTTTCTAATGACT

QA 7 766 7 766
DS 

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TTTTTT
GTAACAATGGCTATCAACAGAATCGCTATTGGAACGCCAGGAGAAGCTAGCCATCCAGAT
GCGATCAGAGCGGCTTTGGCGGAGTTTTTCTCCATGGTTATATTCGTTTTTGCGGGTCAA
GGTTCCGGTATGGCTTACGGAAAGCTAACAGGAGATGGTCCAGCTACACCTTCCGGTTTA
GTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGGTGCAAAC
GTTTCAGGCGGCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGTGGAAACATA
ACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTCGGAGCGATCGTAGCTTGC
TTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGAAACAGCAGCGTTTTCTCTTTCCCATGGA
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GTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCATTGGCA
ATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGTTGGTGGTGCTTTCGACGGTGCGTCGATG
AACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCTGGACTTGGACGAACCATTGGGTC
TATTGGTTCGGTCCATTTATTGGTGCAGCAATCGCAGCTATTGTTTATGACACTATCTTT
ATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACTTCTTTCTAATGACTTCTAAGTTAGG*CTTTTTCT
TGTTTCTTGTTTG

QA 7 799 7 799
DS 

RD RR1B388JQ 772 0 0
CGGTTTAGTGGTCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGG
TGCAAACGTTTCAGGCGGCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGTGG
AAACATAACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTCGGAGCGGTCGT
AGCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGCGCTGGTGGGATGGAAACAGCAGGGTTTTCTCTTTC
CCATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTAGT
GTACACCGTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCC
ATTGGCAATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGTTGGTGGTGCTTTCGACGGTGC
GTCGATGAACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCTGGACTTGGATGAACCA
TTGGGTCTATTGGTTCGGTCCATTTATTGGTGCAGCAATCGCAGCTATTGTTTATGACAC
TATCTTTATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACTTCTTTCTAATGACTTCTAAGTTAGGGC
TTTTTCTTGTTTCTTGTTTGGAGAACAAGAAAACTGCTATTGTATATCCTACTATAGTAC
CCGAGGGTACTTTGAGAGAGGTTGTTTTTTCTCATTCTCTCTAATGTTTCATGTGCTAAG
ATGCTACTTTTACTGCTTTTTGTGTTTTGAATAATTAACATATAAATCTTG
C

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DS 

RD RR1D333JQ 682 0 0
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GATGGAAACAGCAGCGTTTTCTCTTTCCCATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTT
CGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTAGTGTACACCGTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAA
GAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCATTGGCAATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATAT
TCTGGTTGGTGGTGCTTTCGACGGTGCGTCGATGAACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGC
TGTGGTGAGCTGGACTTGGACGAACCATTGGGTCTATTGGTTCGGTCCATTTATTGGTGC
AGCAATCGCAGCTATTGTTTATGACACTATCTTTATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACT
TCTTTCTAATGACTTCTAAGTTAGGGCTTTTTCTTGTTTCTTGTTTGGAGAACAAGAAAA
CTGCTATTGTATATCCTACTATAGTACCCGAGGGTACTTTGAGAGAGGTTGTTTTTTTTC
ATTCTCTCTAATGTTTCATGTGCTAAGATGCTACTTTTACTGCTTTTTGTGTTTTGAATA
ATTAACATATAAATCTTGGAAA

QA 1 682 1 682
DS 

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TCAATTACTCGGAGCGGTCGTAGCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGA
AACAGCAGCGTTTTCTCTTTCCCATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGAT
TGTGATGACGTTTGGGTTAGTGTACACCGTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGG
TGATATAGGAATCATTGCTCCATTGGCAATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGT
TGGTGGTGCTTTCGACGGTGCGTCGATGAACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGT
GAGCTGGACTTGGACGAACCATTGGGTCTATTGGTTCGGTCCATTTATTGGTGCAGCAAT
CGCAGCTATTGTTTATGACACTATCTTTATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACTTCTTTC
TAATGACTTCTAAGTTAGGGCTTTTTCTTGTTTCTTGTTTGGAGAACAAGAAAACTGCTA
TTGTATATCCTACTATAGTACCCGAGGGTACTTTGAGAGAGGTTGTTTTTTTTCATTCTC
TCTAATGTTTCATGTGCTAAGATGCTACTTTTACTGCT

QA 1 638 1 638
DS 



AS 2 4

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GAAAACAATACAAAAAATCATGGCCGTTCAGTACAAGATCCCGGACTACGTCCACATCTC
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CATTGCAGAAATCAAGAAACACCCATGGTTCACGAAGAACTTGCCAAGGGAGCTCACAGA
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AAGTGGAGAAGTGAAAGTCATTTGATTTTTTTTTAAATTTATGTCTCATGTAAGAAAGAA
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BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AR49JQ C 1
AF RR1AR49TF U 1
BS 1 2 RR1AR49JQ
BS 3 753 RR1AR49TF

RD RR1AR49JQ 753 0 0
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GACAGCTCAAGCTGCATTATTCAAGAAAGAGAACCCAACCTTCTCCCTCCAGACCGCTGA
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GGAAGAGGAAGACGAAGACGAAGAAGATGAATATGATAAGACTGTAAAGGAAGTACACGC
AAGTGGAGAAGTGAAAGTCATTTGATTTTTTTTTAAATTTATGTCTCATGTAAGAAAGAA
GTTGCCGTTGGTTCGCTGAAACGTAAAAAGTATCTGCTTTCTTTTTTGTCTTTGCCAATT
ACAATGCTTTGGTTTGGGTTTTTGAAAGATTTGTAAAATTCGCAGTATAAGAAGAAGAGA
GGTTGATTATGAGTCCCTCTACAGGTTTATGAACATTGTGACCTCATCTTGTAAATTAGA
TTTTTATTTTCGTGTTCATACTCTTGTGTTCCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1AR49TF 753 0 0
GG
ATGTCATGCTTGTTGGAGCATACCCTTTTGAAGACCAGGAAGACCCCAAAAACTTCAGGA
AAACAATACAAAAAATCATGGCCGTTCAGTACAAGATCCCGGACTACGTCCACATCTCAC
CAGATTGCAAACACCTCCTTTCCCGTATATTTGTGGCCAACTCACTCAAGAGGATAACCA
TTGCAGAAATCAAGAAACACCCATGGTTCACGAAGAACTTGCCAAGGGAGCTCACAGAGA
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AGATCATGAAGATAGTGGATGACGCCAAAACGCCTCCCCCTGTTTCCCGTTCCATAGGAG
GTTTTGGCTGGGGAGGTGAGGGAGATTCAGAGGGGAAAGAAGAAGAGGAAGAGGTGGAGG
AAGAGGAAGACGAAGACGAAGAAGATGAATATGATAAGACTGTAAAGGAAGTACACGCAA
GTGGAGAAGTGAAAGTCATTTGATTTTTTTTTAAATTTATGTCTCATGTAAGAAAGAAGT
TGCCGTTGGTTCGCTGAAACGTAAAAAGTATCTGCTTTCTTTTTTGTCTTTGCCAATTAC
AATGCTTTGGTTTGGGTTTTTGAAAGATTTGTAAAATTCGCAGTATAAGAAGAAGAGAGG
TTGATTATGAGTCCCTCTACAGGTTTATGAACATTGTGACCTCATCTTGTAAATTAGATT
TTTATTTTCGTGTTCATACTCTTGTGTTCCC

QA 3 753 3 753
DS 



CO CL1043Contig2 1152 2 2 U
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AAAATAAATAAAAATCGATTCAAATCGCTTTGCCTTCAAATCTCTCCAAACAAAATCTCA
ATCACCTTCCCTCATCATTACACCTCTTTCCTTTTTTTTTCTCACTTTCTCTGTGATTCG
CGAGATCTCGAGGAATCGAATCCTTGATTTTCGGATACTGAATGGTTTTCTTGTCGCTGT
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AGTACGAGCTGGTGAAAGACATAGGCGCGGGGAATTTCGGAGTGGCGAGGCTCATGAAGG
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AGAACGTGGCGAGAGAGATCATAAATCACAGATCGCTTCGTCATCCTAATATCATCCGCT
TTAAGGAGGTTGTGTTGACTCCGACTCATCTTGCTATTGCCATGGAGTATGCTGCTGGTG
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TCTTCCAGCAGCTTATATCAGGTGTTAGCTATTGCCATGCTATGCATATATGTCATAGAG
ATCTGAAGCTGGAGAATACACTCCTTGATGGAAGTCCTGCTCCACGTCTCAAAATCTGTG
ATTTTGGTTATTCCAAGTCCTCTCTACTGCACTCCAGGCCCAAATCAACAGTTGGTACTC
CAGCATATATTGCACCCGAGGTCCTTTCGAGGAGAGAATACGATGGCAAGATGGCCGATG
TATGGTCTTGTGGTGTAACTCTTTATGTCATGCTGGTTGGAGCCTACCCATTCGAAGACC
AGGAAGACCCCAAAAACTTCAGGAAAACAATACAAAAAATCATGGCTGTTCAGTACAAGA
TCCCGGACTACGTCCACATCTCACAGGATTGCAAACATCTCCTTTCCCGTATTTTTGTTG
CCAACTCACTCAAGAGGATAACCATTGCAGAAATCAAGAAACACCCATGGTTCCTGAGAC
TTGCCAGAGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV37TF U 1
AF RR1BI02TF U 321
BS 1 649 RR1EV37TF
BS 650 1152 RR1BI02TF

RD RR1EV37TF 652 0 0
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ATCACCTTCCCTCATCATTACACCTCTTTCCTTTTTTTTTCTCACTTTCTCTGTGATTCG
CGAGATCTCGAGGAATCGAATCCTTGATTTTCGGATACTGAATGGTTTTCTTGTCGCTGT
TTTGAATTGTCGTGTCTTCTTTTAGCTCGCTGGAGCTCAATTATAACGAGAATTAGGAGA
ATTTTTTTGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGGGAAATTAGGGTAAAAAAGATGGACA
AGTACGAGCTGGTGAAAGACATAGGCGCGGGGAATTTCGGAGTGGCGAGGCTCATGAAGG
TCAAAAACTCCAAGGAGCTCGTTGCCATGAAGTACATCGAGCGTGGTCCCAAGATTGATG
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TTAAGGAGGTTGTGTTGACTCCGACTCATCTTGCTATTGCCATGGAGTATGCTGCTGGTG
GTGAACTTTTCGAGCGTATTTGCAGTGCTGGAAGATTCAGTGAAGATGA
CGC

QA 1 649 1 649
DS 

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GGTTTGTTT
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AGATCGCTTCGTCATCCTAATATCATCCGCTTTAAGGAGGTTGTGTTGACTCCGACTCAT
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AGGAGAGAATACGATGGCAAGATGGCCGATGTATGGTCTTGTGGTGTAACTCTTTATGTC
ATGCTGGTTGGAGCCTACCCATTCGAAGACCAGGAAGACCCCAAAAACTTCAGGAAAACA
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TGCAAACATCTCCTTTCCCGTATTTTTGTTGCCAACTCACTCAAGAGGATAACCATTGCA
GAAATCAAGAAACACCCATGGTTCCTGAGACTTGCCAGAGACT

QA 10 832 10 832
DS 



AS 1 7

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM32TF U 12
AF RR1BK91TF U 5
AF RR1AT94TF U 1
AF RR1AT94JQ C 232
AF RR1E340JQ C 54
AF RR1E340TF U 5
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AAAACTAATTAATTTCGTCT

QA 6 625 6 625
DS 

RD RR1BK91TF 655 0 0
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CGAACGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGGGATGAACACGTTTTTGACCG
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CGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAACTGCTTGTCGTTGTCTA
CATTGGTTTAGATGATTGATTACAAATTACCATTTTTTTATTTTTTCTCAAAACAAACAC
AAAACTAATTAATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGAAAAAAAA

QA 13 655 13 655
DS 

RD RR1AT94TF 810 0 0
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AAAATGGCGGGCCGTGACATCTTCCAGCTGCGTTTTGCGGCTGTCGCGGTATCCGTCGCC
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TCTCACACTGCATATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAATCCAAGA
CGCGCCACGCACCGAACTATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTTAGCTGAA
GCAGCTAGGTACAAAGACGGTAACCAAGCGATCGCGACATGTTACGCGACGTTTAGCGAT
GCGGTTTATAATCTTGCGAACGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGGGATG
AACACGTTTTTGACCGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGGTTTATTGAC
GCGAACCAGGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAAC
TGCTTGTCGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATTGATTACAAGTTACCATTTTTTTATTTT
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TCTTGAATAATTAAAAAA*TGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTTTGAGGGGGAGAT
GTTTGCTGGATCATCATTTGTCATGTAAAACGCCACTGGGTGTTATTAATTATACTTGGT
TTCTTGTAAATTTATTGCTGTTAGAATTC
A

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1AT94JQ 578 0 0
AATCCAAGACGCGCCACGCACCGAACTATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCT
TTAGCTGAAGCAGCTAGGTACAAAGACGGTAACCAAGCGATCGCGACATGTTACGCGACG
TTTAGCGATGCGGTTTATAATCTTGCGAACGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTG
ATGGGGATGAACACGTTTTTGACCGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGG
TTTATTGACGCGAACCAGGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATT
AGCAGCAACTGCTTGTCGTTGTTTACATTGGTTTAGATGATTGATTACAAGTTACCATTT
TTTTATTTTTTTTCAAAACAAACACAAAACTAATTAATTTCGTTTAAATGAATAAGAAGG
AGAAAAAAATCTTGAATAATTAAAAAA*TGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTTTGA
GGGGGAGATGTTTGCTGGATCATCATTTGTCATGTAAAACGCCACTGGGTGTTATTAATT
ATACTTGGTTTCTTGTAAATTTATTGCTGTTAGAATTC

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1E340JQ 734 0 0
AAAAGTAAAAATGGCGGGCCGTGACATCTTCCAGCTGCGTTTTGCGGCTGTCGCGGTATC
CGTCGCCGTATTGACCTTCCTCGCTTCCAGCCAAGTCACAGAAGGGTCACGTATGATGAA
CCTCTGCTCTCACACTGCATATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAA
TCCAAGACGCGCCGCGCACCGAACTATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTT
AGCTGAAGCAGCTAGGTACAAAGACGGTAACCAAGCGATCGCGACATGTTACGCGACGTT
TAGCGATGCGGTTTATAATCTTGCGAACGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGAT
GGGGATGAACACGTTTTTGACCGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGGTT
TATTGACGCGAACCAGGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAG
CAGCAACTGCTTGTCGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATTGATTACAAATTACCATTTTT
TTATTTTTTCTCAAAACAAACACAAAACTAATTAATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGAA
AAAAAAATCTTGAATAATTAAAAAA*TGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTTTGAGG
GGGAGATGTTTGCTGGATCATCATTTGTCATGTAAAACGCCACTGGGTGTTATTAATTAT
ACTTGGTTTCTTGT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1E340TF 783 0 0
GGACACCAAGCT
AATTTATTCTCAGTTAAACTAAAACAGATTTTAAAACAAAAGTAAAAATGGCGGGCCGTG
ACATCTTCCAGCTGCGTTTTGCGGCTGTCGCGGTATCCGTCGCCGTATTGACCTTCCTCG
CTTCCAGCCAAGTCACAGAAGGGTCACGTATGATGAACCTCTGCTCTCACACTGCATATC
CATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAATCCAAGACGCGCCGCGCACCGAA
CTATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTTAGCTGAAGCAGCTAGGTACAAAG
ACGGTAACCAAGCGATCGCGACATGTTACGCGACGTTTAGCGATGCGGTTTATAATCTTG
CGAACGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGGGATGAACACGTTTTTGACCG
CGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGGTTTATTGACGCGAACCAGGTTAATA
CGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAACTGCTTGTCGTTGTCTA
CATTGGTTTAGATGATTGATTACAAATTACCATTTTTTTATTTTTTCTCAAAACAAACAC
AAAACTAATTAATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGA*AAAAAAATCTTGAATAATTAAAA
A**TGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTT*GAGGGGGAGATGTTTGCTGGATCATCA
TTTGTCATGTAAA*CGCCACTGGGTGTTATTA*TTATACTTGGTTTCTTGT

QA 13 783 13 783
DS 

RD RR1BK91JQ 722 0 0
GCCGTATTGACCTTCCTCGCTTCCAGCCAAGTCACAGAAGGGTCACGTATGATGAACCTC
TGCTCTCACACTGCATATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAATCCA
AGACGCGCCACGCACCGAACTATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTTAGCT
GAAGCAGCTAGGTACAAAGACGGTAACCAAGCGATCGCGACATGTTACGCGACGTTTAGC
GATGCGGTTTATAATCTTGCGAACGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGGG
ATGAACACGTTTTTGACCGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGGTTTATT
GACGCGAACCAGGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGC
AACTGCTTGTCGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATTGATTACAAATTACCATTTTTTTAT
TTTTTCTCAAAACAAACACAAAACTAATTAATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGAAAAAA
AAATCTTGAATAATTAAAAAAATGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTTTGAGGGGGA
GATGTTTGCTGGATCATCATTTGTCATGTAAAACGCCACTGGGTGTTATTAATTATACTT
GGTTTCTTGTAAATTTATTGCTGTTAGAATTCTTTTTTCTTATGGTAATTTTTCACATTT
TT

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 6

CO CL1045Contig1 1293 6 15 U
GGGAAGAGAATTGCAATTAGGGTTTAGAGGAAATCGGAGACGATGACTGAGATTGCGATC
TTGCTTCCAAGCATCGGAGATGAACAGCCGCAGCAGCGTAAACGAAAATTGGAATCTTCA
CGAAGCTCAGGCGCTGCTGCTGCTCCGATACAGAGTTTCCCGAAGGTTGATTACAATCCA
TGGGATGACGAAGAGGATGACCCTGTGATCGAGAAGGAGTACAACCGTCAATTCGTAGAG
TCCGACGGTTTT*GATGTTGATTACTTCTATCTCCCGTATGGTGGTGGACTAGTCCCTCA
CATAGTGGAAGACAAGTATGATTACCCATATGACGTTGGCTTGTTTAGTAGACTTGGCCT
TCACTGTTACAATCTTGAGAAGGGAACCAGCCTGAAATTGGCTGCTATAAACAAATACAA
CGATAAGCTGAGGTTCACTCGGTGCCTCTGCTACTACATAACGTTGGAGGCCATTGACAC
ATCCACCAACTCTCTCTGCAATTTTCAGACGTGTGTTTTCAAAGATTTCCTTCCGGAACA
GGCATCCTTTCTGGCACAGACCGAAATTTCCAGACTAAAAGTTCCTAGTGGCCCTCGACC
TCCTACATATGATGGGCCTGAGAGAATATGGAACGACGATGCAGTAGATGATTCTTACAA
AGGTAAAATGCCCAAGTGGTTCACCAA*GGATGAGATGGCTGCGATTAGCACTAA*GGGG
CAGTTTTATGAGTTGCAAGAATCAGACTTGCAAGGAAATGAGTGGCTTCATATGTATGCT
GAGTTTGCTTTCCACTATAAGTGGATGGCACATGAGAGCGAACTGAGGCCATTTCTACCA
TTGGAAATCAAGAAGGTAATTATACAAACCAAGGAAGAGTCGCAGCCATGCATGAAGCTC
AAGGCCAACAATGCCATCTTCTATATTATCTTCAAAGGCAATGGCGATCCGAGTGGTGCT
CCCGTGGAGTACCGAGCGGTTGTAAGGAAAACCATGGATGGGATTCCCGGACACATTTGC
TTGGAAGTCGACTGCTTAGCCTACAAATCCAGTTGAATGCAAATTTTCTTCTGAGGCTAA
TAAGATCTGATGTTTCTATTATCTTTTAATTTTATCAAGTGTTGCACTATATCGTAGTGG
ACATAGTCTTGGTGGTGTGTATTTATCTACAGTTTGGAGCTTTCCGGTGGTTCCTAATGT
TTTATTTATAATGCTTATGATCTGAAACATATATCAAAATCAGCAAAATACTATGCTTTG
TTTTAACTATGGAGGGATGATTGTTTCTTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1FS46TF U 15
AF RR1B014TF U 1
AF RR1F321TF U 13
AF RR1FS46JQ C 574
AF RR1AH58JQ C 396
AF RR1F321JQ C 667
BS 1 150 RR1B014TF
BS 151 151 RR1F321TF
BS 152 252 RR1B014TF
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BS 800 821 RR1F321TF
BS 822 979 RR1AH58JQ
BS 980 982 RR1F321JQ
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BS 1199 1293 RR1AH58JQ

RD RR1FS46TF 636 0 0
AATTAGGGTTTAGAGGAAATCGGAGACGATGACTGAGATTGCGATCTTGCTTCCAAGCAT
CGGAGATGAACAGCCGCAGCAGCGTAAACGAAAATTGGAATCTTCACGAAGCTCAGGCGC
TGCTGCTGCTCCGATACAGAGTTTCCCGAAGGTTGATTACAATCCATGGGATGACGAAGA
GGATGACCCTGTGATCGAGAAGGAGTACAACCGTCAATTCGTAGAGTCCGACGGTTTT*G
ATGTTGATTACTTCTATCTCCCGTATGGTGGTGGACTAGTCCCTCACATAGTGGAAGACA
AGTATGATTACCCATATGACGTTGGCTTGTTTAGTAGACTTGGCCTTCACTGTTACAATC
TTGAGAAGGGAACCAGCCTGAAATTGGCTGCTATAAACAAATACAACGATGAGCTGAGGT
TCACTCGGTGCCTCTGCTACTACATAACGTTGGAGGCCATTGACACATCCACCAACTCTC
TCTGCAATTTTCAGACGTGTGTTTTCAAAGATTTCCTTCCGGAACAGGCATCCTTTCTGG
CACAGACCGAAATTTCCAGACTAAAAGTTCCTAGTGGCCCTCGACCTCCTACAT**GATG
GGCCTGAGAGAATATGGAACGACGATGCAGTAGATG

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1B014TF 799 0 0
GGGAAGAGAATTGCAATTAGGGTTTAGAGGAAATCGGAGACGATGACTGAGATTGCGATC
TTGCTTCCAAGCATCGGAGATGAACAGCCGCAGCAGCGTAAACGAAAATTGGAATCTTCA
CGAAGCTCAGGCGCTGCTGCTGCTCCGATATAGAGTTTCCCGAAGGTTGATTACAATCCA
TGGGATGACGAAGAGGATGACCCTGTGATCGAGAAGGAGTACAACCGTCAATTCGTAGAG
TCCGACGGTTTTTGATGTTGATTACTTCTATCTCCCGTATGGTGGTGGACTAGTCCCTCA
CATAGTGGAAGACAAGTATGATTACCCATATGACGTTGGCTTGTTTAGTAGACTTGGCCT
TCACTGTTACAATCTTGAGAAGGGAACCAGCCTGAAATTGGCTGCTATAAACAAATACAA
CGATAAGCTGAGGTTCACTCGGTGCCTCTGCTACTACATAACGTTGGAGGCCATTGACAC
ATCCACCAACTCTCTCTGCAATTTTCAGACGTGTGTTTTCAAAGATTTCCTTCCGGAACA
GGCATCCTTTCTGGCACAGACCGAAATTTCCAGACTAAAAGTTCCTAGTGGCCCTCGACC
TCCTACATATGATGGGCCTGAGAGAATATGGAACGACGATGCAGTAGATGATTCTTACAA
AGGTAAAATGCCCAAGTGGTTCACCAAAGGATGAGATGGCTGCGATTAGCACTAAAGGGG
CAGTTTTATGAGTTGCAAGAATCAGACTTGCAAGGAAATGAGTGGCTTCATATGTATGCT
GAGTTTGCTTTCCACTATA

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1F321TF 813 0 0
GG
AATTAGGGTTTAGAGGAAATCGGAGACGATGACTGAGATTGCGATCTTGCTTCCAAGCAT
CGGAGATGAACAGCCGCAGCAGCGTAAACGAAAATTGGAATCTTCACGAAGCTCAGGCGC
TGCTGCTGCTCCGATACAGAGTTTCCCGAAGGTTGATTACAATCCATGGGATGACGAAGA
GGATGACCCTGTGATCGAGAAGGAGTACAACCGTCAATTCGTAGAGTCCGACGGTTTT*G
ATGTTGATTACTTCTATCTCCCGTATGGTGGTGGACTAGTCCCTCACATAGTGGAAGACA
AGTATGATTACCCATATGACGTTGGCTTGTTTAGTAGACTTGGCCTTCACTGTTACAATC
TTGAGAAGGGAACCAGCCTGAAATTGGCTGCTATAAACAAATACAACGATAAGCTGAGGT
TCACTCGGTGCCTCTGCTACTACATAACGTTGGAGGCCATTGACACATCCACCAACTCTC
TCTGCAATTTTCAGACGTGTGTTTTCAAAGATTTCCTTCCGGAACAGGCATCCTTTCTGG
CACAGACCGAAATTTCCAGACTAAAAGTTCCTAGTGGCCCTCGACCTCCTACATATGATG
GGCCTGAGAGAATATGGAACGACGATGCAGTAGATGATTCTTACAAAGGTAAAATGCCCA
AGTGGTTCACCAA*GGATGAGATGGCTGCGATTAGCACTAA**GGGCAGTTTTATGAGTT
GCAG**ATCAGACTTGCAAGGAAATGAGTGGCTTCATATGTATGCTGAGTTTGCTTTCCA
CTATAAGTGGATGGCACATGAGAGCGA
CTGA

QA 3 809 3 809
DS 

RD RR1FS46JQ 642 0 0
ACTAAAAGTTCCTAGTGGCCCTCGACCTCCTACAT**GATGGGCCTGAGAGAATATGGAA
CGACGATGCAGTAGATGATTCTTACAAAGGTAAAATGCCCAAGTGGTTCACCAA*GGATG
AGATGGCTGCGATTAGCACTAA*GGGGCAGTTTTATGAGTTGCAAGAATCAGACTTGCAA
GGAAATGAGTGGCTTCATATGTATGCTGAGTTTGCTTTCCACTATAAGTGGATGGCACAT
GAGAGCGAACTGAGGCCATTTCTACCATTGGAAATCAAGAAGGTAATTATACAAACCAAG
GAAGAGTCGCAGCCATGCATGAAGCTCAAGGCCAACAATGCCATCTTCTATATTATCTTC
AAAGGCAATGGCGATCCGAGTGGTGCTCCCGTGGAGTACCGAGCGGTTGTAAGGAAAACC
ATGGATGGGATTCCCGGACACATTTGCTTGGAAGTCGACTGCTTAGCCTACAAATCCAGT
TGAATGCAAATTTTCTTCTGAGGCTAATAAGATCTGATGTTTCTATTATCTTTTAATTTT
ATCAAGTGTTGCACTATATCGTAGTGGACATAGTCTTGGTGGTGTGTATTTATCTACAGT
TTGGAGCTTTCCGGTGGTTCCTAATGTTTTATTTATAATGC
C

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1AH58JQ 898 0 0
AATTGGCTGCTATAAACAAATACAACGATAAGCTGAGGTTCACTCGGTGCCTCTGCTACT
ACATAACGTTGGAGGCCATTGACACATCCACCAACTCTCTCTGCAATTTTCAGACGTGTG
TTTTCAAAGATTTCCTTCCGGAACAGGCATCCTTTCTGGCACAGACCGAAATTTCCAGAC
TAAAAGTTCCTAGTGGCCCTCGACCTCCTACATATGATGGGCCTGAGAGAATATGGAACG
ACGATGCAGTAGATGATTCTTACAAAGGTAAAATGCCCAAGTGGTTCACCAA*GGATGAG
ATGGCTGCGATTAGCACTAA*GGGGCAGTTTTATGAGTTGCAAGAATCAGACTTGCAAGG
AAATGAGTGGCTTCATATGTATGCTGAGTTTGCTTTCCACTATAAGTGGATGGCACATGA
GAGCGAACTGAGGCCATTTCTACCATTGGAAATCAAGAAGGTAATTATACAAACCAAGGA
AGAGTCGCAGCCATGCATGAAGCTCAAGGCCAACAATGCCATCTTCTATATTATCTTCAA
AGGCAATGGCGATCCGAGTGGTGCTCCCGTGGAGTACCGAGCGG***TAAGGAAAACCAT
GGATGGGATTCCCGGACACATTTGCTTGGAAGTCGACTGCTTAGCCTACAAATCCAGTTG
AATGCAAATTTTCTTCTGAGGCTAATAAGATCTGATGTTTCTATTATCTTTTAATTTTAT
CAAGTGTTGCACTATATCGTAGTGGACATAGTCTTGGTGGTGTGTATTTATCTACAGTTT
GGAGCTTTCCGGTGGTTCCTAACGTTTTATTTATAATGCTTATGATCTGAAACATATATC
AAAATCAGCAAAATACTATGCTTTGTTTTAACTATGGAGGGATGATTGTTTCTTGATT

QA 1 898 1 898
DS 

RD RR1F321JQ 624 0 0
AATGCCCAAGTGGTTCACCAA*GGATGAGATGGCTGCGATTAGCACTAA*GGGGCAGTTT
TATGAGTTGCAAGAATCAGACTTGCAAGGAAATGAGTGGCTTCATATGTATGCTGAGTTT
GCTTTCCACTATAAGTGGATGGCACATGAGAGCGAACTGAGGCCATTTCTACCATTGGAA
ATCAAGAAGGTAATTATACAAACCAAGGAAGAGTCGCAGCCATGCATGAAGCTCAAGGCC
AACAATGCCATCTTCTATATTATCTTCAAAGGCAATGGCGATCCGAGTGGTGCTCCCGTG
GAGTACCGAGCGGTTGTAAGGAAAACCATGGATGGGATTCCCGGACACATTTGCTTGGAA
GTCGACTGCTTAGCCTACAAATCCAGTTGAATGCAAATTTTCTTCTGAGGCTAATAAGAT
CTGATGTTTCTATTATCTTTTAATTTTATCAAGTGTTGCACTATATCGTAGTGGACATAG
TCTTGGTGGTGTGTATTTATCTACAGTTTGGAGCTTTCCGGTGGTTCCTAATGTTTTATT
TATAATGCTTATGATCTGAAACATATATCAAAATTAGCAAAGTACTATGCTTTGTTTTAA
CTATGGAGGGATGATTGTTTCT
CG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 7

CO CL1046Contig1 585 7 12 U
GGGGTTCTTCTCGACGTTCTTCAAACCTAAGGTAAGAGTACATCACAGGACAAAAGAGAA
GATGTCTGAGAAAAAGGGAAGGAAAGAGGAAGTGGTGACCAGAGAGTACACCATCAACCT
CCACAGACGCCTCCACAGCTGCACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCATCAAGGAGAT
CAGGAAGTTTGCAGAGAAAGCCATGGGGACAAAGGACGTTAGGGTGGACGTGAAGTTGAA
CAAGCAGATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATCAGGGTCCGTGTTGC
GCGCAAGAGAAACGACGACGAAGACGCAAAGGAGGAGTTTTTCTCACTCGTGACTGTTGC
TGAGATCCCTGCTGAAGGACTCAGTGGACTTGGCACTAAGGTCATCGATGAGGAGGATTG
AGAAGGGACTAGTCCTGTCATTTAGACAAGTTTTGTGGGTTTTCTAAAAAAGTTCTTGTT
GTTTTTGTTTTTAAAATCTTCAGTATTTTCTTTGTAGTATGACTCCGCATTGTCTGATGA
TGCAGTTTATTGAAAGGACTCGTTTTCTAAGTCAAAAGACCTTGA


BQ
10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1DP28JQ C 67
AF RR1DP28TF U 1
AF RR1BE31JQ C 2
AF RR1AD05TF U 0
AF RR1DD25JQ C 21
AF RR1BE31TF U 2
AF RR1DD25TF U 2
BS 1 84 RR1DP28TF
BS 85 85 RR1AD05TF
BS 86 108 RR1DP28TF
BS 109 109 RR1AD05TF
BS 110 119 RR1DP28TF
BS 120 120 RR1AD05TF
BS 121 181 RR1DP28TF
BS 182 182 RR1AD05TF
BS 183 454 RR1DP28TF
BS 455 455 RR1AD05TF
BS 456 566 RR1DP28TF
BS 567 585 RR1BE31TF

RD RR1DP28JQ 464 0 0
TGAGAAAAAGGGAAGGAA*GAGGAAGTGGTGACCAGAGAGTATACCATCAACCCCCACAG
ACGCCTCCACAGCTGCACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCATCAAGGAGATCGGGAA
GTTTGCAGAGAAAGCCATGGGGACAAAGGACGTTAGGGTGGACGTGAAGTTGAACAAGCA
GATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATCAGGGTCCGTGTTGCGCGCAA
GAGAAACGACGACGAAGACGCAAAGGAGGAGTTTTTCTCACTCGTGACTGTTGCTGAGAT
CCCTGCTGAAGGACTCAGTGGACTTGGCACTAAGGTCATCGATGAGGAGGATTGAGAAGG
GACTAGTCCTGTCATTTAGACAAGTTTTTTGGGTTTTCTAAAAAAGTTCTTGTTGTTTTT
GTTTTTAAAATCTTCAGTATTTTCTTTGTAGTATGACTCCGCAT

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1DP28TF 568 0 0
GGGGTTCTTCTCGACGTTCTTCAAACCTAAGGTAAGAGTACATCACAGGACAAAAGAGAA
GATGTCTGAGAAAAAGGGAAGGAA*GAGGAAGTGGTGACCAGAGAGTATACCATCAACCC
CCACAGACGCCTCCACAGCTGCACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCATCAAGGAGAT
CGGGAAGTTTGCAGAGAAAGCCATGGGGACAAAGGACGTTAGGGTGGACGTGAAGTTGAA
CAAGCAGATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATCAGGGTCCGTGTTGC
GCGCAAGAGAAACGACGACGAAGACGCAAAGGAGGAGTTTTTCTCACTCGTGACTGTTGC
TGAGATCCCTGCTGAAGGACTCAGTGGACTTGGCACTAAGGTCATCGATGAGGAGGATTG
AGAAGGGACTAGTCCTGTCATTTAGACAAGTTTTTTGGGTTTTCTAAAAAAGTTCTTGTT
GTTTTTGTTTTTAAAATCTTCAGTATTTTCTTTGTAGTATGACTCCGCATTGTCTGATGA
TGCAGTTTATTGAAAGGACTCGTTTT
CT

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1BE31JQ 584 0 0
GGGTTCTTCTCGACGTTCTTCAAACCTAAGGTAAGAGTACATCACAGGACAAAAGAGAAG
ATGTCTGAGAAAAAGGGAAGGAAAGAGGAAGTGGTGACCAGAGAGTACACCATCAACCTC
CACAGACGCCTCCACAGCTGCACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCATCAAGGAGATC
AGGAAGTTTGCAGAGAAAGCCATGGGGACAAAGGACGTTAGGGTGGACGTGAAGTTGAAC
AAGCAGATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATCAGGGTCCGTGTTGCG
CGCAAGAGAAACGACGACGAAGACGCAAAGGAGGAGTTTTTCTCACTCGTGACTGTTGCT
GAGATCCCTGCTGAAGGACTCAGTGGACTTGGCACTAAGGTCATCGATGAGGAGGATTGA
GAAGGGACTAGTCCTGTCATTTAGACAAGTTTTGTGGGTTTTCTAAAAAAGTTCTTGTTG
TTTTTGTTTTTAAAATCTTCAGTATTTTCTTTGTAGTATGACTCCGCATTGTCTGATGAT
GCAGTTTATTGAAAGGACTCGTTTTTTAAGTCAAAAGACCTTGA

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1AD05TF 552 0 0
GGCT
GTTCTTCTCGACGTTCTTCAAACCTAAGGTAAGAGTACATCACAGGACAAAAGAGAAGAT
GTCTGAGAAAAAGGGAAGGAAAGAGGAAGTGGTGACCAGAGAGTACACCATCAACCTCCA
CAGACGCCTCCACAGCTGCACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCATCAAGGAGATCAG
GAAGTTTGCAGAGAAAGCCATGGGGACAAAGGACGTTAGGGTGGACGTGAAGTTGAACAA
GCAGATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATCAGGGTCCGTGTTGCGCG
CAAGAGAAACGACGACGAAGACGCAAAGGAGGAGTTTTTCTCACTCGTGACTGTTGCTGA
GATCCCTGCTGAAGGACTCAGTGGACTTGGCACTAAGGTCATCGATGAGGAGGATTGAGA
AGGGACTAGTCCTGTCATTTAGACAAGTTTTGTGGGTTTTCTAAAAAAGTTCTTGTTGTT
TTTGTTTTTAAAATCTTCAGTATTTTCTTTGTAGTATGACTCCGCATTGTCTGATGATGC
AGTT
ATTG

QA 5 548 5 548
DS 

RD RR1DD25JQ 565 0 0
TCAAACCTAAGGTAAGAGTACATCACAGGACAAAAGAGAAGATGTCTGAGAAAAAGGGAA
GGAAAGAGGAAGTGGTGACCAGAGAGTACACCATCAACCTCCACAGACGCCTCCACAGCT
GCACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCATCAAGGAGATCAGGAAGTTTGCAGAGAAAG
CCATGGGGACAAAGGACGTTAGGGTGGACGTGAAGTTGAACAAGCAGATATGGAGCAAAG
GAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATCAGGGTCCGTGTTGCGCGCAAGAGAAACGACGACG
AAGACGCAAAGGAGGAGTTTTTCTCACTCGTGACTGTTGCTGAGATCCCTGCTGAAGGAC
TCAGTGGACTTGGCACTAAGGTCATCGATGAGGAGGATTGAGAAGGGACTAGTCCTGTCA
TTTAGACAAGTTTTGTGGGTTTTCTAAAAAAGTTCTTGTTGTTTTTGTTTTTAAAATCTT
CAGTATTTTCTTTGTAGTATGACTCCGCATTGTCTGATGATGCAGTTTATTGAAAGGACT
CGTTTTTTAAGTCAAAAGACCTTGA

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1BE31TF 584 0 0
GGGTTCTTCTCGACGTTCTTCAAACCTAAGGTAAGAGTACATCACAGGACAAAAGAGAAG
ATGTCTGAGAAAAAGGGAAGGAAAGAGGAAGTGGTGACCAGAGAGTACACCATCAACCTC
CACAGACGCCTCCACAGCTGCACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCATCAAGGAGATC
AGGAAGTTTGCAGAGAAAGCCATGGGGACAAAGGACGTTAGGGTGGACGTGAAGTTGAAC
AAGCAGATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATCAGGGTCCGTGTTGCG
CGCAAGAGAAACGACGACGAAGACGCAAAGGAGGAGTTTTTCTCACTCGTGACTGTTGCT
GAGATCCCTGCTGAAGGACTCAGTGGACTTGGCACTAAGGTCATCGATGAGGAGGATTGA
GAAGGGACTAGTCCTGTCATTTAGACAAGTTTTGTGGGTTTTCTAAAAAAGTTCTTGTTG
TTTTTGTTTTTAAAATCTTCAGTATTTTCTTTGTAGTATGACTCCGCATTGTCTGATGAT
GCAGTTTATTGAAAGGACTCGTTTTCTAAGTCAAAAGACCTTGA

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1DD25TF 584 0 0
GGGTTCTTCTCGACGTTCTTCAAACCTAAGGTAAGAGTACATCACAGGACAAAAGAGAAG
ATGTCTGAGAAAAAGGGAAGGAAAGAGGAAGTGGTGACCAGAGAGTACACCATCAACCTC
CACAGACGCCTCCACAGCTGCACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCATCAAGGAGATC
AGGAAGTTTGCAGAGAAAGCCATGGGGACAAAGGACGTTAGGGTGGACGTGAAGTTGAAC
AAGCAGATATGGAGCAAAGGAATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATCAGGGTCCGTGTTGCG
CGCAAGAGAAACGACGACGAAGACGCAAAGGAGGAGTTTTTCTCACTCGTGACTGTTGCT
GAGATCCCTGCTGAAGGACTCAGTGGACTTGGCACTAAGGTCATCGATGAGGAGGATTGA
GAAGGGACTAGTCCTGTCATTTAGACAAGTTTTGTGGGTTTTCTAAAAAAGTTCTTGTTG
TTTTTGTTTTTAAAATCTTCAGTATTTTCTTTGTAGTATGACTCCGCATTGTCTGATGAT
GCAGTTTATTGAAAGGACTCGTTTTCTAAGTCAAAAGACCTTGA

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 7

CO CL1047Contig1 979 7 38 U
GGACAGTCTCTCCTCTCTTCACGTCTCTGATCTCACTTCCAAATTCGAAATATCTCAAAT
TTTCGATTTTTTAAATTAAAATTTCAAAAAAAAACAACTGGTTCTGGCTATTTACAGTGT
TATTTATCTAATCTATCTGGTGGTGATTGTTTGTGGGTCTGATTAAATTCGAGTGGGGAA
GAGATGGTGTTCTTGAGCTGGGGCCGTCCATCTACCGAGCAACAACAACAAGTTATCAAC
AAATCAGGAACGTTCAATTACGACAGCAAGTACAGAGGAGCTTCGTCTAGAACAGCATCT
AAACTAAAAGAAGATTCAGAAGTCAACAAAGATGGGTTCTTTATCAACCACTCTCGTGTC
CTAGTTGGTTCTGGTAAAGAGAGTTACGACAAGGGGAAACAAGCTCTTCAGAACTGGAAG
CACATTGGTATGGATTGGGCATTTGTTGAT***AAAACTCCGGTTGAAACCGGTAAGAAG
TTTTGCGTATGTGTGAAAGAAGTTCTTCCGTGGGTGATGCTTCCTCTTCAAGTGGCTTAC
GTGGACGAAAGAAAGAAGTCTAGGAAAGGCCCCGCGCATTTCGGTTACGGATGCGGCACT
CTCGAGGGACATTTACTAGCTGGAGAAGAGCGGTTCTCGATTGAGCTGGATGGAGATGGT
AAAGTGTGGTATGAGATAACGTCCTTGTCAAAGCCAGCTCATTTCTTGTCCTTCCTTGGT
TATCCTTATGTCAAGCTCAGGCAGAAGCACTTTGCTCATCATTCTTCTGATGCTGTCCTT
AAACATCTTACTGCTTCTTCTT******GAAAATGATATGAGGATATATTTGAAGTTGTA
TGTTTACAGTAAACCAGTGTTGCATCTTTTCTTCTCTCATTTATATCGAATAGAAGTTCT
TATGGATGCATAATTTATTAGCACAACTTGTTGAAGAGATTGCATGGAGATTGAATTTTC
TATAAAATTTCATTTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 10 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 15 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
5 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 
35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 10 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AA22TF U 1
AF RR1EC21TF U 147
AF RR1F049TF U 144
AF RR1F049JQ C 163
AF RR1CN54JQ C 147
AF RR1CN54TF U 147
AF RR1EC21JQ C 215
BS 1 152 RR1AA22TF
BS 153 153 RR1F049TF
BS 154 164 RR1AA22TF
BS 165 165 RR1EC21TF
BS 166 284 RR1AA22TF
BS 285 285 RR1F049TF
BS 286 341 RR1AA22TF
BS 342 342 RR1EC21TF
BS 343 347 RR1AA22TF
BS 348 348 RR1EC21TF
BS 349 360 RR1AA22TF
BS 361 361 RR1EC21TF
BS 362 365 RR1AA22TF
BS 366 366 RR1EC21TF
BS 367 386 RR1AA22TF
BS 387 387 RR1F049TF
BS 388 430 RR1AA22TF
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BS 451 453 RR1EC21TF
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BS 484 736 RR1AA22TF
BS 737 802 RR1F049TF
BS 803 808 RR1CN54TF
BS 809 823 RR1F049TF
BS 824 824 RR1CN54TF
BS 825 831 RR1F049TF
BS 832 832 RR1CN54TF
BS 833 847 RR1F049TF
BS 848 849 RR1CN54TF
BS 850 853 RR1F049TF
BS 854 854 RR1CN54TF
BS 855 880 RR1F049TF
BS 881 881 RR1CN54TF
BS 882 882 RR1CN54JQ
BS 883 909 RR1CN54TF
BS 910 979 RR1EC21JQ

RD RR1AA22TF 736 0 0
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TTTCGATTTTTTAAATTAAAATTTCAAAAAAAAACAACTGGTTCTGGCTATTTACAGTGT
TATTTATCTAATCTATCTGGTGGTGATTGTTTATGGGTCTGATTCAATTCGAGTGGGGAA
GAGATGGTGTTCTTGAGCTGGGGCCGTCCATCTACCGAGCAACAACAACAAGTTATCAAC
AAATCAGGAACGTTCAATTACGACAGCAAGTACAGAGGAGCTTCTTCTAGAACAGCATCT
AAACTAAAAGAAGATTCAGAAGTCAACAAAGATGGGTTCTTCATCAATCACTCTCGTGTC
TTAGTGGGTTCTGGTAAAGAGAGTTATGACAAGGGGAAACAAGCTCTTCAGAACTGGAAG
CACATTGGTACGGATTGGGCATTTGTTGATCCTAAAACTCCGGTTGAAACCGGTAAGAAG
TTGTGCGTATGTGTGAAAGAAGTTCTTCCGTGGGTGATGCTTCCTCTTCAAGTGGCTTAC
GTGGACGAAAGAAAGAAGTCTAGGAAAGGCCCCGCGCATTTCGGTTACGGATGCGGCACT
CTCGAGGGACATTTACTAGCTGGAGAAGAGCGGTTCTCGATTGAGCTGGATGGAGATGGT
AAAGTGTGGTATGAGATAACGTCCTTGTCAAAGCCAGCTCATTTCTTGTCCTTCCTTGGT
TATCCTTATGTCAAGC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1EC21TF 592 0 0
GG
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AGTACAGAGGAGCTTCGTCTAGAACAGCATCTAAACTAAAAGAAGATTCAGAAGTCAACA
AAGATGGGTTCTTTATCAACCACTCTCGTGTCCTAGTTGGTTCTGGTAAAGAGAGTTACG
ACAAGGGGAAACAAGCTCTTCAGAACTGGAAGCACATTGGTATGGATTGGGCATTTGTTG
AT***AAAACTCCGGTTGAAACCGGTAAGAAGTTTTGCGTATGTGTGAAAGAAGTTCTTC
CGTGGGTGATGCTTCCTCTTCAAGTGGCTTACGTGGACGAAAGAAAGAAGTCTAGGAAAG
GCCCCGCGCATTTCGGTTACGGATACGGCACTCTCGAGGGACATTTACTAGCTGGAGAAG
AGCGGTTCTCGATTGAGCTGGATGGAGATGGTAAAGTGTGGTATGAGATAACGTCCTTGT
CAAAGCCAGCTCATTTCTTGTCCTTCCTTGGTTATCCTTATGTCAAGCTC

QA 3 592 3 592
DS 

RD RR1F049TF 739 0 0
GGATT
GTTTGTGGGTCTAATTCAATTCGAGTGGGGAAGAGATGGTGTTCTTGAGCTGGGGCCGTC
CATCTACCGAGCAACAACAACAAGTTATCAACAAATCAGGAACGTTCAATTACGACAGCA
AGTACAGAGGAGCTTCGTCTAGAACAGCATCTAAACTAAAAGAAGATTCAGAAGTCAACA
AAGATGGGTTCTTCATCAGTCACTCTCGTGTCTTAGTGGGTTCTGGTAAAGAGAGTTACG
ACAAGGGGAAACAAGCTCTTCAGAACTGGAAGCACATTGGTACGGATTGGGCATTTGTTG
ATCCTAAAACTCCGGTTGAAACCGGTAAGAAGTTGTGCGTATGTGTGAAAGAAGTTCTTC
CGTGGGTGATGCTTCCTCTTCAAGTGGCTTACGTGGACGAAAGAAAGAAGTCTAGGAAAG
GCCCCGCGCATTTCGGTTACGGATGCGGCACTCTCGAGGGACATTTACTAGCTGGAGAAG
AGCGGTTCTCGATTGAGCTGGATGGAGATGGTAAAGTGTGGTATGAGATAACGTCCTTGT
CAAAGCCAGCTCATTTCTTGTCCTTCCTTGGTTATCCTTATGTCAAGCTCAGGCAGAAGC
ACTTTGCTCATCATTCTTCTGATGCTGTCCTTAAACATCTTACTGCTTCTTCTTCATCTT
GAAAATGATATGAGGGTATATTTTAAGTTGTATGTTTACGATAAATCAGTGTTGCATCTT
TTCTTCTCTCAT
AT

QA 6 737 6 737
DS 

RD RR1F049JQ 720 0 0
TTC
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CAACAAGTTATCAACAAATCAGGAACGTTCAATTACGACAGCAAGTACAGAGGAGCTTCG
TCTAGAACAGCATCTAAACTAAAAGAAGATTCAGAAGTCAACAAAGATGGGTTCTTCATC
AGTCACTCTCGTGTCTTAGTGGGTTCTGGTAAAGAGAGTTACGACAAGGGGAAACAAGCT
CTTCAGAACTGGAAGCACATTGGTACGGATTGGGCATTTGTTGATCCTAAAACTCCGGTT
GAAACCGGTAAGAAGTTGTGCGTATGTGTGAAAGAAGTTCTTCCGTGGGTGATGCTTCCT
CTTCAAGTGGCTTACGTGGACGAAAGAAAGAAGTCTAGGAAAGGCCCCGCGCATTTCGGT
TACGGATGCGGCACTCTCGAGGGACATTTACTAGCTGGAGAAGAGCGGTTCTCGATTGAG
CTGGATGGAGATGGTAAAGTGTGGTATGAGATAACGTCCTTGTCAAAGCCAGCTCATTTC
TTGTCCTTCCTTGGTTATCCTTATGTCAAGCTCAGGCAGAAGCACTTTGCTCATCATTCT
TCTGATGCTGTCCTTAAACATCTTACTGCTTCTTCTTCATCTTGAAAATGATATGAGGGT
ATATTTTAAGTTGTATGTTTACGATAAATCAGTGTTGCATCTTTTCTTCTCTCAT
AT

QA 4 718 4 718
DS 

RD RR1CN54JQ 763 0 0
GG
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CATCTACCGAGCAACAACAACAAGTTATCAACAAATCAGGAACGTTCAATTACGACAGCA
AGTACAGGGGAGCTTCGTCTAGAACAGCATCTAAACTAAAAGAAGATTCAGAAGTCAACA
AAGATGGGTTCTTTATCAACCACTCTCGTGTCCTAGTTGGTTCTGGTAAAGAGAGTTACG
ACAAGGGGAAACAAGCTCTTCAGAACTGGAAGCACATTGGTATGGATTGGGCATTTGTTG
AT***AAAACTCCGGTTGAAACCGGTAAGAAGTTTTGCGTATGTGTGAAAGAAGTTCTTC
CGTGGGTGATGCTTCCTCTTCAAGTGGCTTACGTGGACGAAAGAAAGAAGTCTAGGAAAG
GCCCCGCGCATTTCGGTTACGGATGCGGCACTCTCGAGGGACATTTACTAGCTGGAGAAG
AGCGGTTCTCGATTGAGCTGGATGGAGATGGTAAAGTGTGGTATGAGATAACGTCCTTGT
CAAAGCCAGCTCATTTCTTGTCTTTCCTTGGTTATCCTTATGTCAAGCTCAGGCAGAAGC
ACTTTGCTCATCATTCTTCTGATGCTGTCCTTAAACATCTTACTGCTTCTTCTT******
GAAAATGATATGAGGATATATTTGAAGTTGTATGTTTACAGTAAACCAGTGTTGCATCTT
TTCTTCTCTCATTTATATCGAATAGAAGTTCTTATGGATGC

QA 3 763 3 763
DS 

RD RR1CN54TF 764 0 0
GG
GTTTGTGGGTCTGATTAAATTCTAGTGGGGAAGAGATGGTGTTCTTGAGCTGGGGCCGTC
CATCTACCGAGCAACAACAACAAGTTATCAACAAATCAGGAACGTTCAATTACGACAGCA
AGTACAGGGGAGCTTCGTCTAGAACAGCATCTAAACTAAAAGAAGATTCAGAAGTCAACA
AAGATGGGTTCTTTATCAACCACTCTCGTGTCCTAGTTGGTTCTGGTAAAGAGAGTTACG
ACAAGGGGAAACAAGCTCTTCAGAACTGGAAGCACATTGGTATGGATTGGGCATTTGTTG
AT***AAAACTCCGGTTGAAACCGGTAAGAAGTTTTGCGTATGTGTGAAAGAAGTTCTTC
CGTGGGTGATGCTTCCTCTTCAAGTGGCTTACGTGGACGAAAGAAAGAAGTCTAGGAAAG
GCCCCGCGCATTTCGGTTACGGATGCGGCACTCTCGAGGGACATTTACTAGCTGGAGAAG
AGCGGTTCTCGATTGAGCTGGATGGAGATGGTAAAGTGTGGTATGAGATAACGTCCTTGT
CAAAGCCAGCTCATTTCTTGTCTTTCCTTGGTTATCCTTATGTCAAGCTCAGGCAGAAGC
ACTTTGCTCATCATTCTTCTGATGCTGTCCTTAAACATCTTACTGCTTCTTCTT******
GAAAATGATATGAGGATATATTTGAAGTTGTATGTTTACAGTAAACCAGTGTTGCATCTT
TTCT*CTCTCATT*ATATCGAATAGAAGTTCTTATGGATGC
A

QA 3 763 3 763
DS 

RD RR1EC21JQ 765 0 0
CCGAGCAACAACAACAAGTTATCAACAAATCAGGAACGTTCAATTACGACAGCAAGTACA
GAGGAGCTTCGTCTAGAACAGCATCTAAACTAAAAGAAGATTCAGAAGTCAACAAAGATG
GGTTCTTTATCAACCACTCTCGTGTCCTAGTTGGTTCTGGTAAAGAGAGTTACGACAAGG
GGAAACAAGCTCTTCAGAACTGGAAGCACATTGGTATGGATTGGGCATTTGTTGAT***A
AAACTCCGGTTGAAACCGGTAAGAAGTTTTGCGTATGTGTGAAAGAAGTTCTTCCGTGGG
TGATGCTTCCTCTTCAAGTGGCTTACGTGGACGAAAGAAAGAAGTCTAGGAAAGGCCCCG
CGCATTTCGGTTACGGATACGGCACTCTCGAGGGACATTTACTAGCTGGAGAAGAGCGGT
TCTCGATTGAGCTGGATGGAGATGGTAAAGTGTGGTATGAGATAACGTCCTTGTCAAAGC
CAGCTCATTTCTTGTCCTTCCTTGGTTATCCTTATGTCAAGCTCAGGCAGAAGCACTTTG
CTCATCATTCTTCTGATGCTGTCCTTAAACATCTTACTGCTTTTTCTT******GAAAAT
GATATGAGGATATATTTGAAGTTGTATGTTTACAGTAAAACAGTGTTGCATCTTTTCTTC
TCTCATATATATCGAATAGAAGTTTTTATGGATGCATAATTTATTAGCACAACTTGTTGA
AGAGATTGCATGGAGATTGAATTTTCTATAAAATTTCATTTGATT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 5

CO CL1048Contig1 892 5 22 U
ACACCAACGACGCGTTTCACTCGTTTCTCTCCCAAAGCTTTCTCACTTTTCGATTCCAAG
CAAGCAAGATGAGTGGAGAAACCAAAGAGAATCAGAAACAGCTGCAGCGACCAGCTCCTC
GTCTTAACGAGAGGATTCTCTCTTCCTTGTCTAGACGATCCGTTGCTGCTCATCCCTGGC
ACGATCTTGAGATTGGTCCTGGAGCTCCACAGATTTTCAATGTGGTAGTTGAGATCACAA
AGGGAAGCAAGGTCAAATATGAACTTGACAAAAAGACTGGACTCATCAAGGTTGATCGTA
TTCTCTACTCCTCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGTTTCGTTCCTCGCACCCTTTGTG
AAGACAATGACCCTATTGATGTTTTAGTCATCATGCAGGAACCTGTGCTTCCAGATTGTT
TTCTGCGTGCTCGTGCTATTGGATTAATGCCTATGATTGACCAGGGTGAGAAAGATGACA
AGATTATAGCAGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTACAAGCATTACACTGACATCAAAGAAC
TCCCTCCTCACCGTCTCTCTGAGATCCGTCGTTTCTTTGAAGACTACAAGAAGAATGAGA
ACAAGGAAGTTGCTGTTAATGATTTTCTCCCATCTGAGAAAGCTATTGAAGCTATCCAGT
ACTCAATGGACCTTTATGCTGAGTACATTCTCCATACTCTGAGACGTTGAAGCTTTCTCC
TCTCAACATTTCTGGAACCTTTTGTTTCTGTTTCTTTCCTTGATATTACTTTCTCTGCAT
TTTCTTGTTGAACTTTGAATTTGTCATTTTGTCCTTGTCAACTCAATAATATTTTTTTTC
TAAATCATCTTTGTTACGCCTTAGAAATTGGAATACTTTCAATGAAACTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DH49TF U 24
AF RR1FV76TF U 1
AF RR1DH49JQ C 313
AF RR1EV15TF U 328
AF RR1EV15JQ C 431
BS 1 44 RR1FV76TF
BS 45 45 RR1DH49TF
BS 46 50 RR1FV76TF
BS 51 51 RR1DH49TF
BS 52 82 RR1FV76TF
BS 83 83 RR1DH49TF
BS 84 226 RR1FV76TF
BS 227 227 RR1DH49TF
BS 228 355 RR1FV76TF
BS 356 356 RR1DH49TF
BS 357 414 RR1FV76TF
BS 415 415 RR1DH49TF
BS 416 487 RR1FV76TF
BS 488 488 RR1DH49TF
BS 489 535 RR1FV76TF
BS 536 536 RR1DH49TF
BS 537 538 RR1FV76TF
BS 539 539 RR1DH49TF
BS 540 541 RR1FV76TF
BS 542 542 RR1DH49TF
BS 543 601 RR1FV76TF
BS 602 892 RR1EV15TF

RD RR1DH49TF 555 0 0
TTTT
TCTCCCAAAGCTTTCTCACTTTTCGATTCCAAGCAAGCAAGATGAGTGGAGAAACCAAAG
AGAATCAGAAGCAGCTGCAGCGACCTGCTCCTCGTCTTAACGAGAGGATTCTCTCTTCCT
TGTCTAGACGATCCGTTGCTGCTCATCCCTGGCACGATCTTGAGATTGGTCCTGGAGCTC
CACAGATTTTCAATGTGGTAGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAGGTCAAATATGAACTTG
ACAAAAAGACTGGACTCATCAAGGTTGATTGTATTCTCTACTCCTCAGTTGTTTACCCTC
ACAACTATGGTTTCGTTCCTCGCACCCTTTGTGAAGACAATGACCCTATTGATGTTTTAG
TCATCATGCAGGAACCTGTGCTTCCAGATTGTTTTCTGCGTGCTCGTGCTATTGGATTAA
TGCCTATGATTGACCAGGGTGAGAAAGATGACAAGATTATAGCAGTTTGTGTTGATGATC
CTGAGTACAAGCATTACACTGACATCAAAGAACTCCCTCCTCACCGTCTCTCTGAGATCC
GTCGTTTCTTT

QA 5 555 5 555
DS 

RD RR1FV76TF 601 0 0
ACACCAACGACGCGTTTCACTCGTTTCTCTCCCAAAGCTTTCTCCCTTTTTGATTCCAAG
CAAGCAAGATGAGTGGAGAAACGAAAGAGAATCAGAAACAGCTGCAGCGACCAGCTCCTC
GTCTTAACGAGAGGATTCTCTCTTCCTTGTCTAGACGATCCGTTGCTGCTCATCCCTGGC
ACGATCTTGAGATTGGTCCTGGAGCTCCACAGATTTTCAATGTGGTTGTTGAGATCACAA
AGGGAAGCAAGGTCAAATATGAACTTGACAAAAAGACTGGACTCATCAAGGTTGATCGTA
TTCTCTACTCCTCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGTTTCGTTCCTCGCACCCTATGTG
AAGACAATGACCCTATTGATGTTTTAGTCATCATGCAGGAACCTGTGCTTCCAGGTTGTT
TTCTGCGTGCTCGTGCTATTGGATTAATGCCTATGATTGACCAGGGTGAGAAAGATGACA
AGATTATTGCAGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTACAAGCATTACACTGACATCAAGGAGC
TTCCTCCTCACCGTCTCTCTGAGATCCGTCGTTTCTTTGAAGACTACAAGAAGAATGAGA
A

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1DH49JQ 528 0 0
CAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGTTTCGTTCCTCGCACCCTTTGTGAAGACAATGACC
CTATTGATGTTTTAGTCATCATGCAGGAACCTGTGCTTCCAGATTGTTTTCTGCGTGCTC
GTGCTATTGGATTAATGCCTATGATTGACCAGGGTGAGAAAGATGACAAGATTATAGCAG
TTTGTGTTGATGATCCTGAGTACAAGCATTACACTGACATCAAAGAACTCCCTCCTCACC
GTCTCTCTGAGATCCGTCGTTTCTTTGAAGACTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTG
CTGTTAATGATTTTCTCCCATCTGAGAAAGCTATTGAAGCTATCCAGTACTCAATGGACC
TTTATGCTGAGTACATTCTCCATACTCTGAGACGTTGAAGCTTTCTCCTCTCAACATTTC
TGGAACCTTTTGTTTCTGTTTCTTTCCTTGATATTACTTTCTCTGCATTTTCTTGTTGAA
CTTTGAATTTGTCATTTTGTCCTTGTCAACTCAATAATATTTTTTT
CC

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1EV15TF 565 0 0
G
CAACTATGGTTTCGTTCCTCGCACCCTTTGTGAAGACAATGACCCTATTGATGTTTTAGT
CATCATGCAGGAACCTGTGCTTCCAGGTTGTTTTCTGCGTGCTCGTGCTATTGGATTAAT
GCCTATGATTGACCAGGGTGAGAAAGATGACAAGATTATAGCAGTTTGTGTTGATGATCC
TGAGTACAAGCATTACACTGACATCAAAGAACTCCCTCCTCACCGTCTCTCTGAGATCCG
TCGTTTCTTTGAAGACTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTTAATGATTTTCT
CCCATCTGAGAAAGCTATTGAAGCTATCCAGTACTCAATGGACCTTTATGCTGAGTACAT
TCTCCATACTCTGAGACGTTGAAGCTTTCTCCTCTCAACATTTCTGGAACCTTTTGTTTC
TGTTTCTTTCCTTGATATTACTTTCTCTGCATTTTCTTGTTGAACTTTGAATTTGTCATT
TTGTCCTTGTCAACTCAATAATATTTTTTTTCTAAATCATCTTTGTTACGCCTTAGAAAT
TGGAATACTTTCAATGAAACTTTT

QA 2 565 2 565
DS 

RD RR1EV15JQ 462 0 0
TCGTGCTATTGGATTAATGCCTATGATTGACCAGGGTGAGAAAGATGACAAGATTATAGC
AGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTACAAGCATTACACTGACATCAAAGAACTCCCTCCTCA
CCGTCTTTTTGAGATCCGTCGTTTCTTTGAAGACTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGT
TGCTGTTAATGATTTTTTCCCATTTGAGAAAGCTATTGAAGCTATCCAGTACTCAATGGA
CCTTTATGCTGAGTACATTTTCCATACTTTGAGACGTTGAAGCTTTTTCCTCTCAACATT
TTTGGAACCTTTTGTTTTTGTTTCTTTCCTTGATATTACTTTTTTTGCATTTTTTTGTTG
AACTTTGAATTTGTCATTTTGTCCTTGTCAACTCAATAATATTTTTTTTTTAAATCATTT
TTGTTACGCCTTAGAAATTGGAATACTTTCAATGAAACTTTT

QA 1 462 1 462
DS 



AS 1 7

CO CL1049Contig1 844 7 10 U
GAGGATTCATCTTCTCTACATTTATTAGTTTCTTTGAGAAAAAATGAAATTCTTCATTTG
TATTCTTGCGTTACAACAACTGTACGTACTAAGTGTCGCTCAAGATTTCGATTTCTTCTA
CTTTGTTGTACAGTGGCCTGGAGCGTATTGTGATTCAAGACATACTTGTTGCTATCCGAA
AACCGGGAAACCAGCTGCGGATTTTGGAATTCATGGTCTTTGGCCTAACTACAAAACTGG
TGGATGGCCTCAGAACTGTAATCCTGATAGCACATTTGATGAATTACGGGTATCTGATCT
GGTGAGCAACTTACAAAGAGAATGGCCAACATTGTCGTGTCCCAGCAACGATGGTGTGCA
CTTTTGGACACACGAATGGGAGAAGCACGGAACGTGTGCTGAATCTGAGCTCGACCAACA
CGATTATTTTGAAGCCGCTCTCAAACTCAAACAGAAAGCTAACCTCCTTCATGCCCTTAC
CAATGCTGGTATCAAACCAGATGATAAATTTTATGAAATAAAAGATATTGAGAGAGTGAT
CAAAGAAGCAATTGGATTTGCTCCGGGAATAGAATGTAACAAGGATTCGTCGCATAATAG
CCAACTTTATCAGATTTATTTATGCGTTGACACTTCGGCCTCCAATTTCATCAACTGTCC
TGTTATGCTACATGGTCGATGCGACTCTCGAGTTCAATTTCCCAAGTTCTAGATCTCGCG
GCTGATTTTTTATTTTATTTACATAAACAGTATTGTACTTATTTGGTTTCTGTTTGTGTT
TCTGCAACTTCTAATTGCAATAAAAATGTATGATCCCATGATACCGTTTAATTATTTGCT
TGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1DD41TF U 7
AF RR1C453TF U 1
AF RR1ET81TF U 6
AF RR1BH21TF U 16
AF RR1DD41JQ C 388
AF RR1BH21JQ C 120
AF RR1C453JQ C 115
BS 1 163 RR1C453TF
BS 164 164 RR1DD41TF
BS 165 644 RR1C453TF
BS 645 645 RR1ET81TF
BS 646 693 RR1C453TF
BS 694 694 RR1ET81TF
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BS 712 722 RR1ET81TF
BS 723 801 RR1BH21TF
BS 802 844 RR1C453JQ

RD RR1DD41TF 569 0 0
GG
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CGTTACAACAACTGTACGTACTAAGTGTCGCTCAAGATTTCGATTTCTTCTACTTTGTTG
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AACCAGCTGCGGATTTTGGAATTCATGGTCTTTGGCCTAACTACAAAACTGGTGGATGGC
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ACTTACAAAGAGAATGGCCAACATTGTCGTGTCCCAGCAACGATGGTGTGCACTTTTGGA
CACACGAATGGGAGAAGCACGGAACGTGTGCTGAATCTGAGCTCGACCAACACGATTATT
TTGAAGCCGCTCTCAAACTCAAACAGAAAGCTAACCTCCTTCATGCTCTTACCAATGCTG
GTATCAAACCAGATGATAAATTTTATGAAATAAAAGATATTGAGAGAGTGATCAAAGAAG
CAATTGGATTTGCTCCGGGAATAGAAT

QA 3 569 3 569
DS 

RD RR1C453TF 711 0 0
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TATTCTTGCGTTACAACAACTGTACGTACTAAGTGTCGCTCAAGATTTCGATTTCTTCTA
CTTTGTTGTACAGTGGCCTGGAGCGTATTGTGATTCAAGACATTCTTGTTGCTATCCGAA
AACCGGGAAACCAGCTGCGGATTTTGGAATTCATGGTCTTTGGCCTAACTACAAAACTGG
TGGATGGCCTCAGAACTGTAATCCTGATAGCACATTTGATGAATTACGGGTATCTGATCT
GGTGAGCAACTTACAAAGAGAATGGCCAACATTGTCGTGTCCCAGCAACGATGGTGTGCA
CTTTTGGACACACGAATGGGAGAAGCACGGAACGTGTGCTGAATCTGAGCTCGACCAACA
CGATTATTTTGAAGCCGCTCTCAAACTCAAACAGAAAGCTAACCTCCTTCATGCCCTTAC
CAATGCTGGTATCAAACCAGATGATAAATTTTATGAAATAAAAGATATTGAGAGAGTGAT
CAAAGAAGCAATTGGATTTGCTCCGGGAATAGAATGTAACAAGGATTCGTCGCATAATAG
CCAACTTTATCAGATTTATTTATGCGTTGACACTTCGGCCTCCA*TTTCATCAACTGTCC
TGTTATGCTACATGGTCGATGCGACTCTCGAGT*CAATTTCCCAAGTTCTA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1ET81TF 717 0 0
GGC
ATCTTCTCTACATTTATTAGTTTCTTTGAGAAAAAATGAAATTCTTCATTTGTATTCTTG
CGTTACAACAACTGTACGTACTAAGTGTCGCTCAAGATTTCGATTTCTTCTACTTTGTTG
TACAGTGGCCTGGAGCGTATTGTGATTCAAGACATACTTGTTGCTATCCGAAAACCGGGA
AACCAGCTGCGGATTTTGGAATTCATGGTCTTTGGCCTAACTACAAAACTGGTGGATGGC
CTCAGAACTGTAATCCTGATAGCACATTTGATGAATTACGGGTATCTGATCTGGTGAGCA
ACTTACAAAGAGAATGGCCAACATTGTCGTGTCCCAGCAACGATGGTATGCACTTTTGGA
CACACGAATGGGAGAAGCACGGAACGTGTGCTGAATCTGAGCTCGACCAACACGATTATT
TTGAAGCCGCTCTCAAACTCAAACAGAAAGCTAACCTCCTTCATGCCCTTACCAATGCTG
GTATCAAACCAGATGATAAATTTTATGAAATAAAAGATATTGAGAGAGTGATCAAAGAAG
CAATTGGATTTGCTCCGGGAATAGAATGTAACAAGGATTCGTCGCATAATAGCCAACTTT
ATCAGATTTATTTATGCGTTGGCACTTCGGCCTCCAATTTCATCAACTGTCCTGTTATGC
TACATGGTCGATGCGACTCTCGAGTTCAATTTCCCAAGTTCTAGATCTCGCGGC

QA 4 717 4 717
DS 

RD RR1BH21TF 786 0 0
GG
ACATTTATTAGTTTCTTTGAGAAAAAATGAAATTCTTCATTTGTATTCTTGCGTTACAAC
AACTGTACGTACTAAGTGTCGCTCAAGATTTCGATTTCTTCTACTTTGTTGTACAGTGGC
CTGGAGCGTATTGTGATTCAAGACATACTTGTTGCTATCCGAAAACCGGGAAACCAGCTG
CGGATTTTGGAATTCATGGTCTTTGGCCTAACTACAAAACTGGTGGATGGCCTCAGAACT
GTAATCCTGATAGCACATTTGATGAATTACGGGTATCTGATCTGGTGAGCAACTTACAAA
GAGAATGGCCAACATTGTCGTGTCCCAGCAACGATGGTGTGCACTTTTGGACACACGAAT
GGGAGAAGCACGGAACGTGTGCTGAATCTGAGCTCGACCAACACGATTATTTTGAAGCCG
CTCTCAAACTCAAACAGAAAGCTAACCTCCTTCATGCCCTTACCAATGCTGGTATCAAAC
CAGATGATAAATTTTATGAAATAAAAGATATTGAGAGAGTGATCAAAGAAGCAATTGGAT
TTGCTCCGGGAATAGAATTTAACAAGGATTCGTCGCATAATAGCCAACTTTATCGGATTT
ATTTATGCGTTGACACTTCGGCCTCCAATTTCATCAACTGTCCTGTTATGCTACATGGTC
GATGCGACTCTCGAGTTCAATTTCCCAAGTTCTAGATCTCGCGGCTGATTTTTTATTTTA
TTTACATAAACAGTATTGTACTTATTTGGTTTCTGTTTGTGTTTCTGCAACTTCTAATTG
CAAT

QA 3 786 3 786
DS 

RD RR1DD41JQ 430 0 0
CGGAACGTGTGCTGAATCTGAGCTCGACCAACACGATTATTTTGAAGCCGCTCTCAAACT
CAAACAGAAAGCTAACCTCCTTCATGCTCTTACCAATGCTGGTATCAAACCAGATGATAA
ATTTTATGAAATAAAAGATATTGAGAGAGTGATCAAAGAAGCAATTGGATTTGCTCCGGG
AATAGAATGTAACAAGGATTCGTCGCATAATAGCCAACTTTATCAGATTTATTTATGCGT
TGACACTTCGGCCTCCAATTTCATCAACTGTCCTGTTATGCTACATGGTCGATGCGACTC
TCGAGTTCAATTTCCCAAGTTCTAGATCTCGCGGCTGATTTTTTATTTTATTTACATAAA
CAGTATTGTACTTATTTGGTTTCTGTTTGTGTTTCTGCAACTTCTAATTGCAATAAAAAT
GTATGATCCC

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR1BH21JQ 701 0 0
ACTTTGTTGTACAGTGGCCTGGAGCGTATTGTGATTCAAGACATACTTGTTGCTATCCGA
AAACCGGGAAACCAGCTGCGGATTTTGGAATTCATGGTCTTTGGCCTAACTACAAAACTG
GTGGATGGCCTCAGAACTGTAATCCTGATAGCACATTTGATGAATTACGGGTATTTGATC
TGGTGAGCAACTTACAAAGAGAATGGCCAACATTGTCGTGTCCCAGCAACGATGGTGTGC
ACTTTTGGACACACGAATGGGAGAAGCACGGAACGTGTGCTGAATCTGAGCTCGACCAAC
ACGATTATTTTGAAGCCGCTCTCAAACTCAAACAGAAAGCTAACCTCCTTCATGCCCTTA
CCAATGCTGGTATCAAACCAGATGATAAATTTTATGAAATAAAAGATATTGAGAGAGTGA
TCAAAGAAGCAATTGGATTTGCTCCGGGAATAGAATTTAACAAGGATTCGTCGCATAATA
GCCAACTTTATCGGATTTATTTATGCGTTGACACTTCGGCCTCCAATTTCATCAACTGTC
CTGTTATGCTACATGGTCGATGCGACTCTCGAGTTCAATTTCCCAAGTTCTAGATCTCGC
GGCTGATTTTTTATTTTATTTACATAAACAGTATTGTACTTATTTGGTTTCTGTTTGTGT
TTCTGCAACTTCTAATTGCAATAAAAATGTATGATCCC
ATG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1C453JQ 730 0 0
CTTCTACTTTGTTGTACAGTGGCCTGGAGCGTATTGTGATTCAAGACATTCTTGTTGCTA
TCCGAAAACCGGGAAACCAGCTGCGGATTTTGGAATTCATGGTCTTTGGCCTAACTACAA
AACTGGTGGATGGCCTCAGAACTGTAATCCTGATAGCACATTTGATGAATTACGGGTATC
TGATCTGGTGAGCAACTTACAAAGAGAATGGCCAACATTGTCGTGTCCCAGCAACGATGG
TGTGCACTTTTGGACACACGAATGGGAGAAGCACGGAACGTGTGCTGAATTTGAGCTCGA
CCAACACGATTATTTTGAAGCCGCTCTCAAACTCAAACAGAAAGCTAACCTCCTTCATGC
CCTTACCAATGCTGGTATCAAACCAGATGATAAATTTTATGAAATAAAAGATATTGAGAG
AGTGATCAAAGAAGCAATTGGATTTGCTCCGGGAATAGAATGTAACAAGGATTCGTCGCA
TAATAGCCAACTTTATCAGATTTATTTATGCGTTGACACTTCGGCCTCCAATTTCATCAA
CTGTCCTGTTATGCTACATGGTCGATGCGACTCTCGAGTTCAATTTCCCAAGTTCTAGAT
CTCGCGGCTGATTTTTTATTTTATTTACATAAACAGTATTGTACTTATTTGGTTTCTGTT
TGTGTTTCTGCAACTTCTAATTGCAATAAAAATGTATGATCCCATGATACCGTTTAATTA
TTTGCTTGGG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 7

CO CL1050Contig1 812 7 14 U
GGAGAACCAATCGTCCATTTGTTCTTCTGCACAATCTCTCACACTTCTATTTCTCCCTCT
CTTTTCACAAGGGAAGGGTGTAGAAGAAACCAAAAAAAAAACTTAAGCAAAAGAGTAATA
ATATAACTCAAAAAACCAAAAAAAA*TAATAATACAGAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTAT
TCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCGACCTACCCAT
TGACTAAATCTTGCATCAATGGACAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAACTTGAATCTC
TAATGGATTCAGAGACAAACCGTCGTCAGCTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTATG
ATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCA
AGAAGAGGAGAAGGAACAATCCTTACAGACGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGTTATA
GGTACGCTAAGTGAGAACAAAATGATAGAGAGAGAGGATGATTTGATTCAACCACGGTCT
ATCTCTATTCTTCATTCTTGATCGTTAATGATTTCCTTTCTTAACGTACCCTATGTTATA
CGTATGATTTCTTATGTCTTTTTTTTTATCTAATCATCATCATGATGCATATAAGCTTTT
GATTCGTTGATATATCGCCTATTTTCCTTTGTTGTTGTCCTTCCATTTCGTTTCGTTCAT
ATATTAAGTTCCGTTTGTCTATTATATACATCATGATGTTTTTGTATTTCTACAATTAAG
CATTTGTTTATATACTACGCCTTAATTGGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E229TF U 29
AF RR1DK40TF U 1
AF RR1FI06TF U 19
AF RR1FI06JQ C 20
AF RR1DR52TF U 78
AF RR1DK40JQ C 193
AF RR1DR52JQ C 167
BS 1 625 RR1DK40TF
BS 626 627 RR1FI06TF
BS 628 644 RR1DK40TF
BS 645 645 RR1FI06TF
BS 646 699 RR1DK40TF
BS 700 700 RR1FI06TF
BS 701 702 RR1DK40TF
BS 703 703 RR1FI06TF
BS 704 762 RR1DK40TF
BS 763 763 RR1FI06TF
BS 764 774 RR1DK40TF
BS 775 778 RR1FI06TF
BS 779 804 RR1DR52TF
BS 805 812 RR1DR52JQ

RD RR1E229TF 661 0 0
GG
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CAAAAAAAAAACTTAAGCAAAAGAGTAATAATATAACTCAAAAAACCAAAAAAAAATAAT
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TAGCTAAATCCGTCAAAGCGACCTACCCATTGACTAAATCTTGCATCAATGGACAAGGTT
GCATCGGAGATGATGATGAACTTGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGTCGTCAGC
TCGCTAGAGGATGTCGTTACATTGGCTATGATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCA
ATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCAAAAAGAGGAGAAGGAACAATCCTTACAGAC
GTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGTTATAGGTACGCTAAGTGAGAACAAAATGATAGAG
AGAGAGGATGATTTGATTCAACCACGGTCTATCTCTATTCTTCATTCTTGATCGTTAATG
ATTTCCTTTCTTAACGTACCCTATGTTATACGTATGATTTCTTATGTCTTTTTTTTTATC
TAATCATCATCATGATGCATATAAGCTTTTGATTCGTTGATATATCGCCTATTTTCCTT

QA 3 661 3 661
DS 

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CTTTTCACAAGGGAAGGGTGTAGAAGAAACCAAAAAAAAAACTTAAGCAAAAGAGTAATA
ATATAACTCAAAAAACCAAAAAAAA*TAATAATACAGAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTAT
TCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCGACCTACCCAT
TGACTAAATCTTGCATCAATGGACAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAACTTGAATCTC
TAATGGATTCAGAGACAAACCGTCGTCAGCTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTATG
ATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCA
AGAAGAGGAGAAGGAACAATCCTTACAGACGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGTTATA
GGTACGCTAAGTGAGAACAAAATGATAGAGAGAGAGGATGATTTGATTCAACCACGGTCT
ATCTCTATTCTTCATTCTTGATCGTTAATGATTTCCTTTCTTAACGTACCCTATGTTATA
CGTATGATTTCTTATGTCTTTTTTT**ATCTAATCATCATCATGGTGCATATAAGCTTTT
GATTCGTTGATATATCGCCTATTTTCCTTTGTTGTTGTC*TTTCATTTCGTTTCGTTCAT
ATATTAAGTTCCGTTTGTCTATTATATACATCATGATGTTTT*GTATTTCTACA
TTA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1FI06TF 760 0 0
GG
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TAGAAGAAACCAAAAAAAAA*CTTAAGCAAAAGAGTAATAATATAACTCAAAAAACCAAA
AAAAA*TAATAATACAGAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTATTCATCTTTGGTCTCTTGATC
TTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCGACCTACCCATTGACTACATCTTGCATCAAT
GGACAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAACTTGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAAC
CGTCGTCAGCTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTATGATGCTCTCAAAAAGAACAAT
GTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCAAGAAGAGGAGAAGGAACAAT
CCTTACAGACGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGTTATAGGTACGCTAAGTGAGAACAA
AATGATAGAGAGAGAGGATGATTTGATTCAACCACGGTCTATCTCTATTCTTCATTCTTG
ATCGTTAATGATTTCCTTTCTTAACGTACCCTATGCTATACGTATGATTTCTTATGTCTT
TTTTTTTATCTAATCATCATCATGATGCATATAAGCTTTTGATTCGTTGATATATCGCCT
ATTTTCCTTTGTTGTTGTCCTTCCATTTCGTTTCGTTCATATATTAAGTTCCGTTTGTCT
ATTATATACATCATGATGTTTTTGTATTTCTACAATTA

QA 3 760 3 760
DS 

RD RR1FI06JQ 772 0 0
G
GTTCTTCTGCACAATCTCTCACACTTCTATTTCTCCCTCTCTTTTCACAAGGGAAGGGTG
TAGAAGAAACCAAAAAAAAA*CTTAAGCAAAAGAGTAATAATATAACTCAAAAAACCAAA
AAAAA*TAATAATACAGAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTATTCATCTTTGGTCTCTTGATC
TTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCGACCTACCCATTGACTACATCTTGCATCAAT
GGACAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAACTTGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAAC
CGTCGTCAGCTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTATGATGCTCTCAAAAAGAACAAT
GTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCAAGAAGAGGAGAAGGAACAAT
CCTTACAGACGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGTTATAGGTACGCTAAGTGAGAACAA
AATGATAGAGAGAGAGGATGATTTGATTCAACCACGGTCTATCTCTATTCTTCATTCTTG
ATCGTTAATGATTTCCTTTCTTAACGTACCCTATGCTATACGTATGATTTCTTATGTCTT
TTTTTTTATCTAATCATCATCATGATGCATATAAGCTTTTGATTCGTTGATATATCGCCT
ATTTTCCTTTGTTGTTGTCCTTCCATTTCGTTTCGTTCATATATTAAGTTCCGTTTGTCT
ATTATATACATCATGATGTTTTTGTATTTCTACAATTAAGCATTTGTTTA
C

QA 2 771 2 771
DS 

RD RR1DR52TF 734 0 0
GG
GTAGAAGAAACCAAAAAAAAAACTTAAGCAAAAGAGTAATAATATAACTCAAAAAACCAA
AAAAAAATAATAATACAGAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTATTCACCTTTGGTCTCTTGAT
CTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCGACCTACCCATTGACTAAATCTTGCATCAA
TGGACAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAACTTGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAA
CCGTCGTCAGCTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTATGATGCTCTCAAAAAGAACAA
TGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCAAGAAGAGGAGAAGGAACAA
TCCTTACAGACGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGTTATAGGTACGCTAAGTGAGAACA
AAATGATAGAGAGAGAGGATGATTTGATTCAACCACGGTCTATCTCTATTCTTCATTCTT
GATCGTTAATGATTTCCTTTCTTAACGTACCCTATGTTATACGTATGATTTCTTATGTCT
TTTTTTTTATCTAATCATCATCATGATGCATATAAGCTTTTGATTCGTTGATATATCGCC
TATTTTCCTTTGTTGTTGTCCTTCCATTTCGTTTCGTTCATATATTAAGTTCCGTTTGTC
TATTATATACATCATGATGTTTTTGTATTTCTACAATTAAGCATTTGTTTATATACTACG
CCTTA
TTGGACC

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR1DK40JQ 604 0 0
TCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCGACCTACCCATTGACTAAATCTT
GCATCAATGGACAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAACTTGAATCTCTAATGGATTCAG
AGACAAACCGTCGTCAGCTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTATGATGCTCTCAAAA
AGAACAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCAAGAAGAGGAGAA
GGAACAATCCTTACAGACGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGTTATAGGTACGCTAAGT
GAGAACAAAATGATAGAGAGAGAGGATGATTTGATTCAACCACGGTCTATCTCTATTCTT
CATTCTTGATCGTTAATGATTTCCTTTCTTAACGTACCCTATGTTATACGTATGATTTCT
TATGTCTTTTTTT**ATCTAATCATCATCATGGTGCATATAAGCTTTTGATTCGTTGATA
TATCGCCTATTTTCCTTTGTTGTTGTCCTTCCATTTCGTTTCGTTCATATATTAAGTTCC
GTTTGTCTATTATATACATCATGATGTTTTTGTATTTCTACAATTAAGCATTTGTTTA
TATACC

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DS 

RD RR1DR52JQ 646 0 0
TGTCAAGTTGTTATTCACCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAA
AGCGACCTACCCATTGACTAAATCTTGCATCAATGGACAAGGTTGCATCGGAGATGATGA
TGAACTTGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGTCGTCAGCTCGCTAGAGGACGTCG
TTACATTGGCTATGATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTC
TTACTACGATTGCAAGAAGAGGAGAAGGAACAATCCTTACAGACGTGGATGCAGTGCGAT
CACGCATTGTTATAGGTACGCTAAGTGAGAACAAAATGATAGAGAGAGAGGATGATTTGA
TTCAACCACGGTCTATCTCTATTCTTCATTCTTGATCGTTAATGATTTCCTTTCTTAACG
TACCCTATGTTATACGTATGATTTCTTATGTCTTTTTTTTTATCTAATCATCATCATGAT
GCATATAAGCTTTTGATTCGTTGATATATCGCCTATTTTCCTTTGTTGTTGTCCTTCCAT
TTCGTTTCGTTCATATATTAAGTTCCGTTTGTCTATTATATACATCATGATGTTTTTGTA
TTTCTACAATTAAGCATTTGTTTATATACTACGCCTTAATTGGACC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 7

CO CL1051Contig1 537 7 5 U
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AAACAATATGTCATCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCATTATCTTGGTTGCTTTATTTCC
TCTTCATGAATGTGTCGATGCAGCTAAAGATTCTTGCAACCATACCACATGCGGCAAAAA
CACCAAAGTTAAGAATTGCTTTTGTTGTTCCTACAAT***AAGGGTTGTTTCCCGACCAG
AAAAGGGTGTGCAGTTTGGTGTCCAACTCGATAAGCTACATCAAGGATTTAAGAAAACCC
GAATAACTATTTTATTTAATTATTCCTAATATCTACTTTTGTTTTATATGGAAAAACATG
CTCATCTGAAGACCACAAAATACATATGCATATTGTATTT*GTGTTTAGAAACTTTCATA
TTTTATTCTATATAATGCACATAAGTTAAACTTATTTTCTCTTATTTTGTTTTAATTT*G
TTATTAATTT*CTTAATATTTTCCGGGTTAATATCTAACAATAAATTTTTAAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED25TF U 156
AF RR1D433JQ C 7
AF RR1D433TF U 7
AF RR1C311JQ C 1
AF RR1C311TF U 1
AF RR1CV40JQ C 1
AF RR1CV40TF U 57
BS 1 19 RR1C311JQ
BS 20 300 RR1C311TF
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RD RR1ED25TF 297 0 0
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AT***AAGGGTTGTTTCCCGACCAGAAAAGGGTGTGCAGTTTGGTGTCCAACTCGATAAG
CTACATCAAGGATTTAAGAAAACCCGAATAACTATTTTATTTAATTATTCCTAATATCTA
CTTTTGTTTTATATGGAAAAACATGCTCATCTGAAGACCACAAAATACATATGCATATTG
TATTT*GTGTTTAGAAACTTTCATATTTTATTCTATATAATGCACATAAGTTAAACT

QA 1 297 1 297
DS 

RD RR1D433JQ 446 0 0
GGATCAAACAAGT
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TGTCCAACTCGATAAGCTACATCAAGGATTTAAGAAAACCCGAATAACGATTTTATTTAA
TTATTCCTAATATCTACTTTTGTTTTATATG*AAAAACATGCTCATCTGAAGACCAAAAA
ATACATATGCATATTGTATTT*GTGTTTAGAAACTTTCATATTTTATTCTATATAATACA
CATAAGTTAAAC
C

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DS 

RD RR1D433TF 446 0 0
GGATCAAACAAGT
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CAGTTCGCTATCTTTTGCATTATCTTGATTGCTTTATTTCCTCTTCATGAATTTGTCGAT
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TGTCCAACTCGATAAGCTACATCAAGGATTTAAGAAAACCCGAATAACGATTTTATTTAA
TTATTCCTAATATCTACTTTTGTTTTATATG*AAAAACATGCTCATCTGAAGACCAAAAA
ATACATATGCATATTGTATTT*GTGTTTAGAAACTTTCATATTTTATTCTATATAATACA
CATAAGTTAAAC
C

QA 14 445 14 445
DS 

RD RR1C311JQ 516 0 0
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AAAAGGGTGTGCAGTTTGGTGTCCAACTCGATAAGCTACATCAAGGATTTAAGAAAACCC
TAATAACTATTTTATTTAATTATTCCTAATATCTACTTTTGTTTTATATGGAAAAACATG
CTCATCTGAAGACCACAAAATACATATGCATATTGTATTT*GTGTTTAGAAACTTTCATA
TTTTATTCTATATAATGCACATAAGTTAAACTTATTTTCTCTTATTTTGTTTTAATTT*G
TTATTAATTT*CTTAATATTTTCCGGGTTAATATCT

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1C311TF 516 0 0
GGAACCATCAAACAAGTAA
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TGTCCAACTCGATAAGCTACATCAAGGATTTAAGAAAACCCTAATAACTATTTTATTTAA
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ATACATATGCATATTGTATTT*GTGTTTAGAAACTTTCATATTTTATTCTATATAATGCA
CATAAGTTAAACTTATTTTCTCTTATTTTGTTTTAATTT*GTTATTAATTT*CTTAATAT
TTTCCGGGTTAATATCT

QA 20 516 20 516
DS 

RD RR1CV40JQ 523 0 0
GGAACCATCAAACAAGTAA
AAGATTATTCAAAAGAATTAATAATAAAGCGTGTGTATCATAAACAATATGTCATCATCA
CAGTTTGCTATCTTTTGCATTATCTTGGTTGCTTTATTTCCTCTTCATGAATGTGTCGAT
GCAGCTAAAGATTCTTGCAACCATACCACATGCGGCAAAAACACCAAAGTTAAGAATTGC
TTTTGTTGTTCCTACAAT***AAGGGTTGTTTCCCGACCAGAAAAGGGTGTGCAGTTTGG
TGTCCAACTCGATAAGCTACATCAAGGATTTAAGAAAACCCGAATAACTATTTTATTTAA
TTATTCCTAATATCTACTTTTGTTTTATATGGAAAAACATGCTCATCTGAAGACCACAAA
ATACATATGCATATTGTATTT*GTGTTTAGAAACTTTCATATTTTATTCTATATAATGCA
CATAAGTTAAACTTATTTTCTCTTATTTTGTTTTAATTT*GTTATTAATTT*CTTAATAT
TTTCCGGGTTAATATCT
AACAATA

QA 20 516 20 516
DS 

RD RR1CV40TF 481 0 0
TCATAAACAATATGTCATCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCATTATCTTGGTTGCTTTAT
TTCCTCTTCATGAATGTGTCGATGCAGCTAAAGATTCTTGCAACCATACCACATGCGGCA
AAAACACCAAAGTTAAGAATTGCTTTTGTTGTTCCTACAAT***AAGGGTTGTTTCCCGA
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C

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 7

CO CL1052Contig1 1670 7 14 U
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CCAATGACAATATGATTAAGGTTATGGCAAACACAGATGGTTTAAGGCTATTGCACACGG
TCGACAACTTATCTTCTGAATCCTCCAAGCCTGCAATCAACAACATTGCGGTGGCAGAGA
GAGCTGCTGAGAGACCTGCCTCCGTAGTTTCCATCCCTGGAATGAATGGAGATTCACGGA
ACATGGTAGACGTGAAGCCAGTGATCACTGAAGAATCAAATGATAAGTCTAAGATATGGA
AGCTTACTGAAGTCGGTGAACCCTCTCAGTGCCGCTCGTTGAGACTCCCTGAGAATATGA
GAGTCACCAAGATATCGAGATTGATCTTCACAAATTCTGGAAATGCGATATTGGCATTGG
CATCAAATGCTACTCATCTGCTTTGGAAATGGCAGCGAAATGACCGTAACGCAACTGGAA
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ATTCCTATGTGATGTCAGTATCTGGAGGAAAGATCTCTTTATTTAATATGATGACATTTA
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AGGACAACAATATAATTGCAATTGGAATGGATGATAGTACGATACAGATTTACAATGTTC
GCGTTGATGAGGTCAAGAGCAAGCTCAAAGGACATTCCAAGAGAATAACCGGCCTCGCCT
TCTCCAACGTACTAAACGTTCTGGTTTCGTCTGGAGCAGACGCTCAGATTTGTGTATGAA
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CGGGTGCTCTTTCAGACACGCGTGTTCAGTTTCATCAAGATCAAGTACACTTCCTCGTGG
TCCATGAAACTCAGCTCGCTATATACGAAACAACAAAGCTTGAATGCATGAAACAGTGGC
CTGTGCGTGAATCATCAGCTCCAATCACATAGGCCACATTCTCATGTGATAGCCAATTGA
TATACGCAAGTTTCATGGATGCTACAATATGCGTCTTCACCTCTGCAAACCTTCGATTGC
GTTGCAGAGTCAATCCCTCTGCGTATCTGCCTGCTTCTCTCAGCAACTCGAACGTCCACC
CGCTGGTGATAGCAGCTCATCCGCAAGAATCCAATATGTTTGCTGTGGGTCTCTCAGACG
GTGGGGTCCATATATTTGAGCCGCTGGAGTCGGAAGGTAAATGGGGAGTGGCTCCACCAC
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AAGGTGAAACAGTTTCCTAATTGGTTGATTCGTTGGTACCTTTGTTTTTGAATAGTGAAT
AATTCGTTGTTGCTTGCTTCTTATGTTCTCTAAAGTTTGGATGTTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1E114TF U 1
AF RR1F041TF U 364
AF RR1DA78TF U 364
AF RR1CR39JQ C 1230
AF RR1F041JQ C 843
AF RR1CR39TF U 1097
AF RR1DA78JQ C 994
BS 1 495 RR1E114TF
BS 496 496 RR1DA78TF
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GAGTCACCAAGATATCGAGATTGATCTTCACAAATTCTGGAAATGCGATATTGGCATTGG
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ACGATGTGACTGAAGCTAATTCAGAGGAAGCCGTGCCGTGTTTTGCTTTATCCAAGAATG
ATTCCTATGTGATGTCAGCATCTGGAGGAAAGATCTCTTTATTTAATATGATGACATTTA
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AG*ACAACAATATAATTGCA*TTGGAATGGATGATAGTACGATACAGATTTACAATGTTC
GCGTTGA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1F041TF 564 0 0
G
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QA 2 564 2 564
DS 

RD RR1DA78TF 752 0 0
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AAATGCTACTCATCTGCTTTGGAAATGGCAGCGAAATGACCGTAACGCAACTGGAAAGGC
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TGTGACTGAAGCTAATTCAGAGGAAGCCGTGCCGTGTTTTGCTTTATCCAAGAATGATTC
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TATGGCTACTTTCATGCCGCCTCCGCCTGCTGCAACGTTTCTGGCTTTTCACCCTCAGGA
CAACAATATAATTGCAATTGGAATGGATGATAGTACGATACAGATTTACAATGTTCGCGT
TGATGAGGTCAAGAGCAAGCTCAAAGGACATTCCAAGAGAATAACCGGCCTCGCCTTCTC
CAACGTACTAAACGTTCTGGTTTCGTCTGGAGCAGACGCTCAGATTTGTGTATGAAACAC
AGATGGATGGGAGAAGCAGAGGAGCAAGGTTCTGCAAGTTCCACGGGGAAGATCAACGGG
TGCTCTTTCAGACACGCGTGTTCAGTTTCATCAAGATCAAGTACACTTCCTCGTGGTCCA
TGAAACTCAGCTCGCTATATACGAAACAACAAAGCTTGAATGCATGAAACAGTGGCCTGT
GCGTGAATCATCAGCTCCAATCACATAG
CCA

QA 2 749 2 749
DS 

RD RR1CR39JQ 241 0 0
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TCGGAAGGTAAATGGGGAGTGGCTCCACCACCTGAGAATGGCTCATCCAGCGTTTTGGCG
TCTACCCCTTCCGTTGGAGCTTCCGCTTCCGACCAGCCTCAGAGATGATATATGAAACAG
A

QA 1 241 1 241
DS 

RD RR1F041JQ 828 0 0
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TACGCAAGTTTCATGGATGCTACAATATGCGTCTTCACCTCTGCAAACCTTCGATTGCGT
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GGGGTCCATATATTTGAGCCGCTGGAGTCGGAAGGTAAATGGGGAGTGGCTCCACCACCT
GAGAATGGCTCATCCAGCGCTTTGGCGTCTACACCTTCCGTTGGAGCTTCCGCATCCGAC
CAGCCTCAGAGATGATATATGAAACAGAACCTGCTCCACTATGTTTTATTTTTGTTTGTT
TGGGAAGAAAGCATTCTAGCAAGGGTGAGTGTATTAATGTAACATAAATATCTATAGCAA
GGTGAAACAGTTTCCTAATTGGTTGATTCGTTGGTACCTTTGTTTTTGAATAGTGAATAA
TTCGTTGTTGCTTGCTTCTTATGTTCTCTAAAGTTTGGATGTTTCTCC

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1CR39TF 541 0 0
G
GCTCCAATCACATATGCCACATTCTCATGTGATAGCCAATTGATATACGCAAGTTTCATG
GATGCTACAATATGCGTCTTCACCTCTGCAAACCTTCGATTGCGTTGCAGAGTCAATCCC
TCTGCGTATCTGCCTGCTTCTCTCAGCAACTCGAACGTCCACCCGCTGGTGATAGCAGCT
CATCCGCAAGAATCCAATATGTTTGCTGTGGGTCTCTCAGACGGTGGGGTCCATATATTT
GAGCCGCTGGAGTCGGAAGGTAAATGGGGAGTGGCTCCACCACCTGAGAATGGCTCATCC
AGCGTTTTGGCGTCTACACCTTCCGTTGGAGCTTCCGCATCCGACCAGCCTCAGAGATGA
TATATGAAACAGAACCTGCTCCACTATGTTTTATTTTTGTTTGTTTGGGAAGAAAGCATT
CTAGCAAGGGTGAGTGTATTAATGTAACATAAATATCTATAGCAAGGTGAAACAGTTTCC
TAATTGGTTGATTCGTTGGTACTTTTGTTTTTGAATAGTGAATAATTCGTTGTTGCTTGC

QA 2 541 2 541
DS 

RD RR1DA78JQ 677 0 0
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CAAAGCTTGAATGCATGAAACAGTGGCCTGTGCGTGAATCATCAGCTCCAATCACATAGG
CCACATTCTCATGTGATAGCCAATTGATATACGCAAGTTTCATGGATGCTACAATATGCG
TCTTCACCTCTGCAAACCTTCGATTGCGTTGCAGAGTCAATCCCTCTGCGTATCTGCCTG
CTTCTCTCAGCAACTCGAACGTCCACCCGCTGGTGATAGCAGCTCATCCGCAAGAATCCA
ATATGTTTGCTGTGGGTCTTTCAGACGGTGGGGTCCATATATTTGAGCCGCTGGAGTCGG
AAGGTAAATGGGGAGTGGCTCCACCACCTGAGAATGGCTCATCCAGCGCTTTGGCGTCTA
CACCTTCCGTTGGAGCTTCCGCATCCGACCAGCCTCAGAGATGATATATGAAACAGAACC
TGCTCCACTATGTTTTATTTTTGTTTGTTTGGGAAGAAAGCATTCTAGCAAGGGTGAGTG
TATTAATGTAACATAAATATCTATAGCAAGGTGAAACAGTTTCCTAATTGGTTGATTCGT
TGGTACCTTTGTTTTTGAATAGTGAATAATTCGTTGTTGCTTGCTTCTTATGTTCTCTAA
AGTTTGGATGTTTCTCC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 2 7

CO CL1053Contig1 652 3 12 U
GAAACTTACTCCGTCTTCCTTCCTGCTGCGTCCTCATCAACATCAATCGTTGCTGCTGTC
GATCGATCGTTAGGTCTTACTCTTAATTGATTGAAAGGCTTGCTTAGATAGAGTATGGCG
TTTTTGCTAAACAACACCTCGATTGCATCTCACCTCCGATCTTCTTCCCAGAAGCCGGAT
GGTGCCTTTGCTCAATCCCGTCGTGGGTTCCATGTTGAGTTAGGAACTCGCGAGAAAGAC
CTCTTGGCTGAGAATGATGCTTTGAGGAGATTCAAGTCGCATAAGAAAGGAGTGCGCCAG
TTGAAAAGGGTCGGAGATGTTCTCACTCTTGTCGTTCTTGCTGGGTGCTGCTATGAGATC
TATGCGAGAGCAACATTGCAAAAGGAAGATTAAGCTGCTGCAGGAGTAAGCTCATGAGTT
TGATCATCATCCTTCCTTCTTCCTCTTTCTTTTTTAGTAAATCTCACAAGTTCATCTTCG
CTTTTACTCTGAATAAGTGTATAAACCAAAAAGGATTTGGTGTTTTTGTTTCCTTGTATT
TGTTGTTTTTGAGAGAAACCCAAATCGGACCAGGACTCGTTTGACTCGAGCTCAGAGATT
GTGTACAAGATTGATCAAATCTTCAATTAACCAAGAGTCTTAAGGTTCTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DD03JQ C 1
AF RR1E442TF U 43
AF RR1DD03TF U 1
BS 1 44 RR1DD03TF
BS 45 132 RR1E442TF
BS 133 133 RR1DD03TF
BS 134 273 RR1E442TF
BS 274 274 RR1DD03TF
BS 275 499 RR1E442TF
BS 500 500 RR1DD03TF
BS 501 551 RR1E442TF
BS 552 552 RR1DD03TF
BS 553 623 RR1E442TF
BS 624 642 RR1DD03TF
BS 643 652 RR1DD03JQ

RD RR1DD03JQ 652 0 0
GAAACTTACTCCGTCTTCCTTCCTGCTGCGTCCTCATCAACATCAATCGTTGCTGCTGTC
GATCGATCGTTAGGTCTTACTCTTAATTGATTGAAAGGCTTGCTTAGATAGAGTATGGCG
TTTTTGCTAAACAACACCTCGATTGCATCTCACCTCCGATCTTCTTCCCAGAAGCCGGAT
GGTGCCTTTGCTCAATCCCGTCGTGGGTTCCATGTTGAGTTAGGAACTCGCGAGAAAGAC
CTCTTGGCTGAGAATGATGCTTTGAGGAGATTCAAGTCGCATAAGAAAGGAGTGCGCCAG
TTGAAAAGGGTCGGAGATGTTCTCACTCTTGTCGTTCTTGCTGGGTGCTGCTATGAGATC
TATGCGAGAGCAACATTGCAAAAGGAAGATTAAGCTGCTGCAGGAGTAAGCTCATGAGTT
TGATCATCATCCTTCCTTCTTCCTCTTTCTTTTTTAGTAAATCTCACAAGTTCATCTTCG
CTTTTACTCTGAATAAGTGTATAAACCAAAAAGGATTTGGTGTTTTTGTTTCCTTGTATT
TGTTGTTTTTGAGAGAAACCCAAATCGGACCAGGACTCGTTTGACTCGAGCTCAGAGATT
GTGTACAAGATTGATCAAATCTTCAATTAACCAAGAGTCTTAAGGTTCTTCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1E442TF 585 0 0
GG
AATCGTTGCTGCTGTCGATCGATCGTTAGGTCTTACTCTTAATTGATTGAAAGGCTTGCT
TAGATAGAGTATGGCGTTTTTGCTAAACGACACCTCGATTGCATCTCACCTCCGATCTTC
TTCCCAGAAGCCGGATGGTGCCTTTGCTCAATCCCGTCGTGGGTTCCATGTTGAGTTAGG
AACTCGCGAGAAAGACCTCTTGGCTGAGAATGATGCTTTGAGGAGATTCGAGTCGCATAA
GAAAGGAGTGCGCCAGTTGAAAAGGGTCGGAGATGTTCTCACTCTTGTCGTTCTTGCTGG
GTGCTGCTATGAGATCTATGCGAGAGCAACATTGCAAAAGGAAGATTAAGCTGCTGCAGG
AGTAAGCTCATGAGTTTGATCATCATCCTTCCTTCTTCCTCTTTCTTTTTTAGTAAATCT
CACAAGTTCATCTTCGCTTTTACTCTGAATAAGTGAATAAACCAAAAAGGATTTGGTGTT
TTTGTTTCCTTGTATTTGTTGTTTTTGGGAGAAACCCAAATCGGACCAGGACTCGTTTGA
CTCGAGCTCAGAGATTGTGTACAAGATTGATCAAATCTT
TAAT

QA 3 581 3 581
DS 

RD RR1DD03TF 644 0 0
GAAACTTACTCCGTCTTCCTTCCTGCTGCGTCCTCATCAACATCAATCGTTGCTGCTGTC
GATCGATCGTTAGGTCTTACTCTTAATTGATTGAAAGGCTTGCTTAGATAGAGTATGGCG
TTTTTGCTAAACAACACCTCGATTGCATCTCACCTCCGATCTTCTTCCCAGAAGCCGGAT
GGTGCCTTTGCTCAATCCCGTCGTGGGTTCCATGTTGAGTTAGGAACTCGCGAGAAAGAC
CTCTTGGCTGAGAATGATGCTTTGAGGAGATTCAAGTCGCATAAGAAAGGAGTGCGCCAG
TTGAAAAGGGTCGGAGATGTTCTCACTCTTGTCGTTCTTGCTGGGTGCTGCTATGAGATC
TATGCGAGAGCAACATTGCAAAAGGAAGATTAAGCTGCTGCAGGAGTAAGCTCATGAGTT
TGATCATCATCCTTCCTTCTTCCTCTTTCTTTTTTAGTAAATCTCACAAGTTCATCTTCG
CTTTTACTCTGAATAAGTGTATAAACCAAAAAGGATTTGGTGTTTTTGTTTCCTTGTATT
TGTTGTTTTTGAGAGAAACCCAAATCGGACCAGGACTCGTTTGACTCGAGCTCAGAGATT
GTGTACAAGATTGATCAAATCTTCAATTAACCAAGAGTCTTA
GG

QA 1 642 1 642
DS 



CO CL1053Contig2 572 4 12 U
CAAATCATAACTGCGTTGCTTTATTCCATCAATAGCGATTTGGGTTTCTCGAAAAAAAAC
AACAAATACAAGGAAACAAAAACACCAAATCCTTTTTGGTTTATTCACTTATTCAGAGCA
AAAGCCAACATGAACTTTTGAGATTTACTAAAAAAAAAAAAAAGAGGAAGAAGGAAGGAT
GATGACCAAACTCATGAGCCTTACTGCTGCAGCAGCTTAATCTTCCTTTTGCAATGTTGC
TCTCGCATAGATCTCATAGCAGCACCCAGCAAGAACGACAAGAGTGAGAACATCTCCGAC
CCTTTTCAACTGGCGTACTCCTTTCTTATGCGACTTGAATCTCCTCAAAGCATCATTCTC
AGCTAACAGATCTTTCTCGCGAGTTCCTAGCTCAACATGGAACCCACGACGGGATTGAGC
TAAGACGCCATCCGGCTTCTGGGAAGAAGATCGGAGGTGAGATGCAATCGAGGTATTGTT
TAGCAAAAACGCCATTTCTATCTATCTATCTATCTAAGCAAGCCTTTCAATCAATTAAGA
GTAAGACCTAACGATCGATTCGATAGCAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV43JQ U 39
AF RR1GV43TF C 1
AF RR1BX38TF C 7
AF RR1BX38JQ U 51
BS 1 50 RR1GV43TF
BS 51 54 RR1BX38JQ
BS 55 160 RR1GV43JQ
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BS 212 212 RR1BX38JQ
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BS 270 357 RR1GV43JQ
BS 358 572 RR1BX38JQ

RD RR1GV43JQ 319 0 0
TTTGGGTTTCTCGAAA
AAAAACAACAAATACAAGGAAACAAAAACACCAAATCCTTTTTGGTTTATTCACTTATTC
AGAGCAAAAGCCAACATGAACTTTTGAGATTTACTAAAAAAAAAAA**AGAGGAAAAAGG
AAGGATGATGACCAAACTCATGAGCCTTACTGCTGCACCAGCTTAATCTTCCTTTTGCAA
TGTTGCTCTCGCATAGATCTCATAGCAGCACCCACCAAGAACGACAAGAGTGAGAACATC
TCCGACCCTTTTCAACTGGCGTACTCCTTTCTTATGCGACTTGAATCTCCTCAAAGCATC
ATT

QA 17 319 17 319
DS 

RD RR1GV43TF 544 0 0
CAAATCATAACTGCGTTGCTTTATTCCATCAATAGCGATTTGGGTTTCTCGAAAAAAAAC
AACAAATACAAGGAAACAAAAACACCAAATCCTTTTTGGTTTATTCACTTATTCAGAGCA
AAAGCCAACATGAACTTTTGAGATTTACTAAAAAAAAAAA**AGAGGAAGAAGGAAGGAT
GATGACCAAACTCATGAGCCTTACTGCTGCAGCAGCTTAATCTTCCTTTTGCAATGTTGC
TCTCGCATAGATCTCATAGCAGCACCCAGCAAGAACGACAAGAGTGAGAACATCTCCGAC
CCTTTTCAACTGGCGTACTCCTTTCTTATGCGACTTGAATCTCCTCAAAGCATCATTCTC
AGCTAACAGATCTTTCTCGCGAGTTCCTAGCTCAACATGGAACCCACGACGGGATTGAGC
TAAGACGCCATCCGGCTTCTGGGAAGAAGATCGGAGG*GAGATGCAATCGAGGTGTTGTT
TAGCAAAAACGCCATTTCTATCTATCTATCTATCTAAGCAAGCCTTTCAATCAATTAAGA
GT
CC

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1BX38TF 559 0 0
ATAACTGCGTTGCTTTATTCCATCAATAGCGATTTGGGTTTCTCGAAAAAAAACAACAAA
TACAAGGAAACAAAAACACCAAATCCTTTTTGGTTTATTCACTTATTCAGAGCAAAAGCC
AACATGAACTTTTGAGATTTACTAAAAAAAAAAAAAAGAGGAAGAAGGAAGGATGATGAT
CAAACTCATGAGCTTTACTGCTGCAGCAGCTTAATCTTCCTTTTGCAATGTTGCTCTCGC
ATAGATCTCATAGCAGCACCCAGCAAGAACGACAAGAGTGAGAACATCTCCGACCCTTTT
CAACTGGCGTACTCCTTTCTTATGCGACTTGAATCTCCTCAAAGCATCATTCTCAGCTAA
CAGATCTTTCTCGCGAGTTCCTAGCTCAACATGGAACCCACGACGGGATTGAGCTAAGAC
GCCATCCGGCTTCTGGGAAGAAGATCGGAGGTGAGATGCAATCGAGGTATTGTTTAGCAA
AAACGCCATTTCTATCTATCTATCTATCTAAGCAAGCCTTTCAATCAATTAAGAGTAAGA
CCTAACGATCGATTCGATA

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1BX38JQ 522 0 0
GAAAAAAAACAACAAATACAAGGAAACAAAAACACCAAATCCTTTTTGGTTTATTCACTT
ATTCAGAGCAAAAGCCAACATGAACTTTTGAGATTTACTAAAAAAAAAAAAAAGAGGAAG
AAGGAAGGATGATGATCAAACTCATGAGCTTTACTGCTGCAGCAGCTTAATCTTCCTTTT
GCAATGTTGCTCTCGCATAGATCTCATAGCAGCACCCAGCAAGAACGACAAGAGTGAGAA
CATCTCCGACCCTTTTCAACTGGCGTACTCCTTTCTTATGCGACTTGAATCTCCTCAAAG
CATCATTCTCAGCTAACAGATCTTTCTCGCGAGTTCCTAGCTCAACATGGAACCCACGAC
GGGATTGAGCTAAGACGCCATCCGGCTTCTGGGAAGAAGATCGGAGGTGAGATGCAATCG
AGGTATTGTTTAGCAAAAACGCCATTTCTATCTATCTATCTATCTAAGCAAGCCTTTCAA
TCAATTAAGAGTAAGACCTAACGATCGATTCGATAGCAACCC

QA 1 522 1 522
DS 



AS 1 6

CO CL1054Contig1 1064 6 21 U
GTATGTCGGCTCTTCGATCAAATATTCAAGGATCATCTCGATGGAGTGCGTGCTGGTGGT
GAAAAGGTGTATAACGTGTTTGATAACCAGCTTCCGGCCGCTCTGAAGAGACTTCAATTC
GACAAGCAGCTAGCAATGGACAACATCCGCAAGCTGGTCACTGAGGCTGATGGTTACCAG
CCTCACTTGATTGCCCCTGAGCAAGGTTACCGTCGTCTCATTGAGTCTTCTATTGTGTCC
ATCCGAGGCCCTGCTGAAGCATCTGTTGACACTGTTCATGCAATCTTGAAGGATCTGGTT
CACAAGTCTGTGAATGAGACGGTGGAATTAAAGCAATACCCAGCTCTGAGAGTGGAGGTA
ACAAACGCGGCCATAGAGTCGTTGGACAAAATGCGAGAGGGAAGTAAGAAAGCAACACTG
CAGCTGGTGGACATGGAGTGCAGTTACCTCACTGTTGATTTCTTCAGAAAGCTTCCCCAG
GATGCTGAGAAGGGTGGTAACCCCACGCACTCCATTTTCGACCGCTACAACGACTCCTAT
CTCAGACGAATCGGATCCAATGTTCTGTCTTACGTGAACATGGTATGTGCTGGACTGCGG
AATTCAATCCCCAAGTCCATCGTCTACTGCCAAGTCCGAGAAGCCAAGCGCAGCCTCCTC
GACCACTTCTTTGCCGAGCTCGGTACCATGGACATGAAGAGGCTCTCGTCGCTTTTGAAC
GAAGATCCAGCGGTGATGGAGAGACGCAGCGCCATATCTAAGCGGCTGGAGTTGTACCGA
GCTGCCCAGTCGGAGATCGACGCTGTCGCTTGGTCCAGGTGAAACCGGGCATCACATGCC
CACTGTTTTGCTTGGTTCTGGTCGGTGTGGTCCAGACCCGGAAGAAACATTTATAGGTTA
TGTAATTTT*ATAAGATGGTATTCCGTGTCGTTTATTACTACATCACAATGTTTCTTCTG
CTGCCTCTTTGTTTGTGTTCGTTTTTGGTCATCACCCATGTGCATGAGCTCTTGACATAT
TCATGACATTTGCTTTGTTATATATCTTTATTTTTGGGTGTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
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35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1D821TF U 1
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AF RR1FS30TF U 208
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GAAAAGGTGTATAACGTGTTTGATAACCAGCTTCCGGCCGCTCTGAAGAGACTTCAATTT
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CCTCACTTGATTGCCCCTGAGCAAGGTTACCGTCGTCTCATTGAGTCTTCTATTGTGTCC
ATCCGAGGCCCTGCTGAAGCATCTGTTGACACTGTTCATGCAATCTTGAAGGATCTGGTT
CACAAGTCTGTGAATGAGACAGTGGAATTAAAGCAATACCCAGCTCTGAGAGTGGAGGAG
ACAAACGCGGCCATAGAGTCGTTGGACAAAATGCGAGAGGGAAGTAAGAAAGCAACACTG
CAGCTGGTGGACATGGAGTGCAGTTACCTCACTGTTGATTTCTTCAGAAAGCTTCCCCAG
GATGCTGAGAAGGGTGGTAACCCCACGCACTCCATTTTCGACCGCTACAACGACTCCTAT
CTCAGACGAATCGGATCCAATGTTCTGTCTTACGTGAACATGGTATGTGCTGGACTGCGG
AATTCAATCCCCAAGTCCATCGTCTACTGCCAAGTCCGAGAAGCCAAGCGCAGCCTCCTC
GACCACTTCTTTG

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DS 

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AG
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GTCTTCTATTGTGTCCATCCGAGGCCCTGCTGAAGCATCTGTTGACACTGTTCATGCGAT
ATTGAAGGATCTGGTTCACAAGTCTGTGAATGAGACGGTGGAATTAAAGCAATACCCAGC
TCTGAGAGTGGAGGTAACAAACGCGGCCATAGAGTCGTTGGACAAAATGCGAGAGGGAAG
TAAGAAAGCAACACTGCAGCTGGTGGATATGGAGTGCAGTTACCTCACTGTTGATTTCTT
CAGGAAGCTTCCCCAAGATGCTGAGAAGGGTGGTAACCCCACGCACTCCATTTTCGACCG
TTACAATGATTCCTATCTCAGAAGAATCGGATCCAATGTTCTGTCTTATGTGAACATGGT
ATGTGCTGGACTGCGGAATTCAATCCCCAAGTCCATCGTCTACTGCCAAGTCCGAGAAGC
CAAGCGCAGCCTCCTCGACCACTTCTTTGCCGAGCTCGGTACCATGGACATGAAGAGGCT
CTCGTCGCTTTTGAACGAAGATCCAGCGGTGATGGAGAGACGCAGCGTCATATCTAAGCG
GCTGGAGTT

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DS 

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G
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ACACTGTTCATGCAATCTTGAAGGATCTGGTTCACAAGTCTGTGAATGAGACAGTGGAAT
TAAAGCAATACCCAGCTCTGAGAGTGGAGGTGACAAACGCGGCCATAGAGTCGTTGGACA
AAATGCGAGAGGGAAGTAAGAAAGCAACACTGCAGCTGGTGGACATGGAGTGCAGTTACC
TCACTGTTGATTTCTTCAGAAAGCTTCCCCAGGATGCTGAGAAGGGTGGTAACCCCACGC
ACTCCATTTTCGACCGCTACAACGACTCCTATCTCAGACGAATCGGATCCAATGTTCTGT
CTTACGTGAACATGGTATGTGCTGGACTGCGGAATTCAATCCCCAAGTCCATCGTCTACT
GCCAAGTCCGAGAAGCCAAGCGCAGCCTCCTCGACCACTTCTTTGCCGAGCTCGGTACCA
TGGACATGAAGAGGCTCTCGTCACTTTTGAACGAAGATCCAGCGGTCATGGAGAGACGCA
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CTTGGTCCAGGTGAAACCGGGCATCACATGCCCACTGTTTTGCTTGGTTCTGGTCGGTGT
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DS 

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A
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AAGAAAGCAACACTGCAGCTGGTGGATATGGAGTGCAGTTACCTCACTGTTGATTTCTTC
AGGAAGCTTCCCCAAGATGCTGAGAAGGGTGGTAACCCCACGCACTCCATTTTCGACCGT
TACAATGATTCCTATCTCAGAAGAATCGGATCCAATGTTCTGTCTTATGTGAACATGGTA
TGTGCTGGACTGCGGAATTCAATCCCCAAGTCCATCGTCTACTGCCAAGTCCGAGAAGCT
AAGCGCAGCCTCCTCGACCACTTCTTTGCCGAGCTCGGTACCATGGACATGAAGAGGCTC
TCGTCGCTTTTGAACGAAGATCCAGCGGTGATGGAGAGACGCTGCGCCATATTTAAGCGG
CTGGAGTTGTACCGAGCTGCCCAGTCGGAGATCGACGCTGTCGCTTGGTCCAGGTGAAAC
CGG*CATCATATGCCCACTGTTTTGCTTGGTTCTGGTCGGTGTGGTCCAGACCCGGAAGA
AACATTTGTAGGTTATGTAATTTTTATAAGATGGTATTCCGTGTCGTTTATTACTACATC
ACAATGTTTCTTCTGCTGCCTCTTTGTTTGTGTTCGTTTTTGGTCATCACCCATGTGCAT
GAGCTCTTGACATATTCATGACATTTGCTTTGTTATATATCTTTATTTTTGGGTGTG
TT

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DS 

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TTGCCGAGCTCGGTACCATGGACATGAAGAGGCTCTCGTCGCTTTTGAACGAAGATCCAG
CGGTGATGGAGAGACGCAGCGTCATATTTAAGCGGCTGGAGTTGTACCGAGCTGCCCAGT
CGGAGATCGACGCTGTCGCTTGGTCCAGGTGAAACCGG*CATCATATGCCCACTGTTTTG
CTTGGTTCTGGTCGGTGTGGTCCAGACCCGGAAGAAACATTTATAGGTTATGTAATTTTT
ATAAGATGGTATTCCGTGTCGTTTATTACTACATCACAATGTTTCTTCTGCTGCCTCTTT
GTTTGTGTTCGTTTTTGGTCATCACCCATGTGCATGAGCTCTTGACATATTCATGACATT
TGCTTTGTTATATATCTTT

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TTTCGACCGCTACAACGACTCCTATCTCAGACGAATCGGATCCAATGTTCTGTCTTACGT
GAACATGGTATGTGCTGGACTGCGGAATTCAATCCCCAAGTCCATCGTCTACTGCCAAGT
CCGAGAAGCCAAGCGCAGCCTCCTCGACCACTTCTTTGCCGAGCTCGGTACCATGGACAT
GAAGAGGCTCTCGTCACTTTTGAACGAAGATCCAGCGGTCATGGAGAGACGCAGCGCCAT
ATCTAAGCGGCTGGAGTTGTACCGAGCTGCCCAGTCGGAGATCGACGCTGTCGCTTGGTC
CAGGTGAAACCGGGCATCACATGCCCACTGTTTTGCTTGGTTCTGGTCGGTGTGGTCCAG
ACCCGGAAGAAACATTTATAGGTTATGTAATTTT*ATAAGATGGTATTCCGTGTCGTTTA
TTACTACATCACAATGTTTCTTCGGCTGCCTCTTTGTTTGTGTTCGTTTTTGGTCATCAC
CCATGTGCATGAGCTCTTGACATATTCATGACATTTGCTTTGTTATATATCTTTATTTTT
GGGTGTGCT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 7

CO CL1055Contig1 892 7 8 U
GCAGTATAAGCTACCATTTATTCAATTGATGAAAAATAAAGACTTAAAACAGATCGTCCC
CACCGAATCTGTAGTTGAATACAATTAGGGAATTTATACCAAGTGTAAAGTTCTGTACAA
TGAATGATTTATAAAACACTTGTGACTTGTGAGGTTAGAGCACCATTATTATAGAAGTTT
CATGATGATTCACAAGAAATCCCATTGCCAATAAACTTTGTCAACAATGCCTCCACCAGT
TCGAACAGCAAGGTGAAGCCTCTCTGCAGTGGGAGGAACTCCCCAGAGATATGGAACGGC
CACTGACATTTTTAACTTCTCTTGTAAACCCCCTTTGCTCTCTTTCTCTGCAGCAACAAC
CTCTCCACCATATTCTAAGACAGCGTCTTCAACAACATCACTGAGCATCTCAACGGAACG
ACAGAATCCATAGATACAGAGTCTTCTTCCCATATCAAGTCCGTTTGTAGCAGCGATGTC
GAAAAGAGCTCCAAGGCATAGACCTTGCGCAGGATCCATGTAAGAACTTTCCTGAAACTT
TGGATGTTTCTTGGACTTCCCATGTTTCTTATTAGATGAGTTGATGCGACGAGGAACCAT
ATTGCCACCGATCTGAATCAGCCCATCAGAGGTGAAAAGTGTGATTCTTTCTTCATGAAC
CCATTCAATGCCTTTATCTCCTCCATCGGACCATGGGAAGAAGGCATCGTCATCGGAGAA
GCTACCGTAATGCGATGATGCCTTAGCTGCAAAACGAGCCGAACGAGAAGGCCGAGCGCG
AGAAAGAAGAGAGAATCGAGAAGAAGAAGAAGTCGTGGCCAAGACGCGAGAGATGGTGAG
GTGAGA***GAGAAGCGCAGATGTCTCCGCCATAACCAAATTCTAATCACCC


BQ
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30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1F859JQ U 1
AF RR1GQ33JQ U 55
AF RR1BE95JQ U 3
AF RR1BE59JQ U 3
AF RR1BE59TF C 61
AF RR1BE95TF C 237
AF RR1F859TF C 211
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CACCGAATCTGTAGTTGAATACAATTAGGGAATTTATACCAAGTGTAAAGTTCTGTACAA
TGAATGATTTATAAAACACTTGTGACTTGTGAGGTTAGAGCACCATTATTATAGAAGTTT
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TCGAACAGCAAGGTGAAGCCTCTCTGCAGTGGGAGGAACTCCCCAGAGATATGGAACGGC
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CTCTCCACCATATTCTAAGACAGCGTCTTCAACAACATCACTGAGCATCTCAACGGAACG
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CA
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CAGTTCGAACAGCAAGGTGAAGCCTCTCTGCAGTGGGAGGAACTCCCCAAAAATATGGAA
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CAACCTCTCCACCATATTCTAAAACAGTGTCTTCAACAACATCACTGAGCATCTCGACGG
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TGATGATTCACAAGAAATCCCATTGCCAATAAACTTTGTCAACAATGCCTCCACCAGTTC
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TGCCACCGATCTGAA

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CCGAATCTGTAGTTGAATACAATTAGGGAATTTATACCAAGTGTAAAGTTCTGTACAATG
AATGATTTATAAAACACTTGTGACTTGTGAGGTTAGAGCACCATTATTATAGAAGTTTCA
TGATGATTCACAAGAAATCCCATTGCCAATAAACTTTGTCAACAATGCCTCCACCAGTTC
GAACAGCAAGGTGAAGCCTCTCTGCAGTGGGAGGAACTCCCCAGAGATATGGAACGGCCA
CTGACATTTTTAACTTCTCTTGTAAACCCCCTTTGCTCTCTTTCTCTGCAGCAACAACCT
CTCCACCATATTCTAAGACAGCGTCTTCAACAACATCACTGAGCATCTCAACGGAACGAC
AGAATCCATAGATACAGAGTCTTCTTCCCATATCAAGTCCGTTTGTAGCAGCGATGTCGA
AAAGAGCTCCAAGGCATAGACCTTGCGCAGGATCCATGTAAGAACTTTCCTGAAACTTTG
GATGTTTCTTGGACTTCCCATGTTTCTTATTAGATGAGTTGATGCGACGAGGAACCATAT
TGCCACCGATCTGAATCAGCCCATCAGAGGTGAAAAGTGTGATTCTTTCTTCATGAACCC
ATTCAATGCCTTTATCTCCTCCATCGGACCATGGGAAGAAGGCATCGTCATCGGAGAAGC
TACCGTAATGCGATGATGCCTTAGCTGCAAAACGAGCCGAACGAGAAGGCCGAGCGCGAG
AAAGAAGAGAGAATCGAGAAGAAG

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DS 

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CCA
CGAATCTGTAGT*GAATACAATTAGGGAATTTATACCAAGTGTAAAGTTCTGTACAATGA
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GATGATTCACAAGAAATCCCATTGCCAATAAACTTTGTCAACAATGCCTCCACCAGTTCG
AACAGCAAGGTGAAGCCTCTCTGCAGTGGGAGGAACTCCCCAGAGATATGGAACGGCCAC
TGACATTTTTAACTTCTCTTGTAAACCCCCTTTGCTCTCTTTCTCTGCAGCAACAACCTC
TCCACCATATTCTAAGACAGCGTCTTCAACAACATCACTGAGCATCTCAACGGAACGACA
GAATCCATAGATACAGAGTCTTCTTCCCATATCAAGTCCGTTTGTAGCAGCGATGTCGAA
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ATGTTTCTTGGACTTCCCATGTTTCTTATTAGATGAGTTGATGCGACGAGGAACCATATT
GCCACCGATCTGAATCAGCCCATCAGAGGTGAAAAGTGTGATTCTTTCTTCATGAACCCA
TTCAATGCCTTTATCTCCTCCATCGGACCATGGGAAGAAGGCATCGTCATCGGAGAAGCT
ACCGTAATGCGATGATGCCTTAGCTGCAAAACGAGCCGAACGAGAAGGCCGAGCGCGAGA
AAGAAGAGAGAATCGAGAAGAAGAAGAAGTCGTGGCCAAGACGCGAGAGATGGTGAGGTG
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DS 

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CAGTTCGAACAGCAAGGTGAAGCCTCTCTGCAGTGGGAGGAACTCCCCAGAGATATGGAA
CGGCCACTGACATTTTTAACTTCTCTTGTAAACCCCCTTTGCTCTCTTTCTCTGCAGCAA
CAACCTCTCCACCATATTCTAAGACAGCGTCTTCAACAACATCACTGAGCATCTCAACGG
AACGACAGAATCCATAGATACAGAGTCTTCTTCCCATATCAAGTCCGTTTGTAGCAGCGA
TGTCGAAAAGAGCTCCAAGGCATAGACCTTGCGCAGGATCCATGTAAGAACTTTCCTGAA
ACTTTGGATGTTTCTTGGACTTCCCATGTTTCTTATTAGATGAGTTGATGCGACGAGGAA
CCATATTGCCACCGATCTGAATCAGCCCATCAGAGGTGAAAAGTGTGATTCTTTCTTCAT
GAACCCATTCAATGCCTTTATCTCCTCCATCGGACCATGGGAAGAAGGCATCGTCATCGG
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CGCGAGAAAGAAGAGAGAATCGAGAAGAAGAAGAAGTCGTGGCCAAGACGCGAGAGATGG
TGAGGTGAGA***GAGAAGCGCAGATGTCTCCGCCATAACCAAATTCTAATCACC

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DS 

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GAGAGGAACTCCCCAGAGATATGGAACGGCCACTGACATTTTTAACTTCTCTTGTAAACC
CCCTTTGCTCTCTTTCTCTGCAGCAACAACCTCTCCACCATATTCTAAGACAGCGTCTTC
AACAACATCACTGAGCATCTCAACGGAACGACAGAATCCATAGATACAGAGTCTTCTTCC
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AGGATCCATGTAAGAACTTTCCTGAAACTTTGGATGTTTCTTGGACTTCCCATGTTT***
ATTAGATGAGTTGATGCGACGAGGAACCATGTTGCCACCGATCTGAATCAGCCCATCAGA
GGTGAAAAGTGTGATTCTTTCTTCATGAACCCATTCAATGCCTTTATCTCCTCCATCGGA
CCATGGGAAGAAGGCATCGTCATCGGAGAAGCTACCGTAATGCGATGATGCCTTAGCTGC
AAAACGAGCCGAACGAGAAGGCCGAGCGCGAGAAAGAAGAGAGAATCGAGAAGAAGAAGA
AGTCGTGGCCAAGACGCGAGAGATGGTGAGGTGAGAGAAGAGAAGCGCAGATGTCTCCGC
CATAACCAAATTCTAATCACCC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 7

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ATATGCAGAGAGAAGACAAAATGTTTCCTCGAGGAAATATCTATGCCTAATGGCTTACTA
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TTCAAGTCACCAACCACACTGTCTAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTCCCAGAG
GAAGTGGAACCTGCCAAGGAAGAAGCTCTCAAGGAAAAGAGCAGTGAAGCCGCCGAGGTC
AAGGAGGCTGTTGCAGTCAAGGAGGCCTAATCAAGCTCTCACTGCTTCTACAGTTAAAAG
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TACTGCTCTTACTCATGTATTACCTACCACTCGTTTCTGCTTGTTTTTCATGTAATAAGA
TGTCAACATCATCCTGCTTGACAAAAAAA


BQ
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FL58JQ C 1
AF RR1FL58TF U 1
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AF RR1AI48TF U 4
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RD RR1FL58JQ 742 0 0
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TGTCAACATCATCCTGCTTGAC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1FL58TF 749 0 0
GGAC
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AACATCATCCTGCTTGACAAAAAAA

QA 5 749 5 749
DS 

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GG
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CTCTTACTCATGTATTACCTACCACTCGTTTCTGCTTGTTTTTCATGTAATAAGATGTCA
ACATCATCCTGCTTGAC

QA 3 739 3 739
DS 

RD RR1AI48TF 739 0 0
GG
ATACACAACTTCAGCTT*GAGGTAAAGCTTAAACTTAAAAAAAATAAACATAACAGAGAT
GGGTTTGGTCACAGAGGAGGTGAGAGCTAAGGCAGAGATGTACACCGGAGATGAGATATG
TAGAGAGAAGACAAAATGTTTCCTCGAGGAAATATCTATGCCTAATGGCTTACTACCATT
GAAGGACATTGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGTGTCGTGTGGCTGAAGCAGAA
ACAGAACATCACCCACAAGTTTGAAAAGATCGATAAGCTTGTCTCCTACGGAACCGAGGT
CACTGCCGTGGTCCAGACCGGCAAGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGGCCAAGGAGCT
TCTTATCTGGGTCTCTATCAGTGATATCTATACAGATGACAAAGAGAAGATCACTTTCAA
GTCACCAACCACACTGTCTAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTCCCAGAGGAAGT
GGAACCTGCCAAGGAAGAAGCTCTCAAGGAAAAGAGCAGTGAAGCCGCCGAGGTCAAGGA
GGCTGTTGCAGTCAAGGAGGCCTAATCAAGCTCTCACTGCTTCTACAGTTAAAAGAGACC
AAAATCTATTGAAGTGTACTTCAACAATGTAAAGAGTATTGAGAGTTGGTGTTCTTACTG
CTCTTACTCATGTATTACCTACCACTCGTTTCTGCTTGTTTTTCATGTAATAAGATGTCA
ACATCATCCTGCTTGAC

QA 3 739 3 739
DS 

RD RR1AK36JQ 740 0 0
GG
AATACACAACTTCAGCTT*GAGGTAAAGCTTAAACTTAAAAAAAATAAACATAACAGAGA
TGGGTTTGGTCACAGAGGAGGTGAGAGCTAAGGCAGAGATGTACACCGGAGATGAGATAT
GCAGAGAGAAGACAAAATGTTTCCTCGAGGAAATATCTATGCCTAACGGCTTACTACCAT
TGAAGGACATTGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGTGTCGTGTGGCTGAAGCAGA
AACAGAGCATCACCCACAAGTTTGAAAAGATCGATAAGCTTGTCTCCTACGGAACCGAGG
TCACTGCCGTGGTCCAGACCGGCAAGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGGCCAAGGAGC
TTCTTATCTGGGTCTCTATCAGTGATATCTATACAGATGACAAAGAGAAGATCACTTTCA
AGTCACCAACCACACTGTCTAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTCCCAGAGGAAG
TGGAACCTGCCAAGGAAGAAGCTCTCAAGGAAAAGAGCAGTGAAGCCGCCGAGGTCAAGG
AGGCTGTTGCAGTCAAGGAGGCCTAATCAAGCTCTCACTGCTTCTACAGTTAAAAGAGAC
CAAAATCTATTGAAGTGTACTTCAACAATGTAAAGAGTATTGAGAGTTGGTGTTCTTACT
GCTCTTACTCATGTATTACCTACCACTCGTTTCTGCTTGTTTTTCATTTAATAAGATGTC
AACATCATCCTGCTTGAC

QA 3 740 3 740
DS 

RD RR1AW30TF 738 0 0
GG
AATACACAACTTCAGCTT*GAGGTAAAGCTTAAACTTAAAAAAAATAAACATAACAGAGA
TGGGTTTGGTCACAGAGGAGGTGAGAGCTAAGGCAGAGATGTACACCGGAGATGAGATAT
GCAGAGAGAAGACAAAATGTTTCCTCGAGGAAATATCTATGCCTAATGGCTTACTACCAT
TGAAGGACATTGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGTGTCGTGTGGCTGAAGCAGA
AACAGAGCATCACCCACAAGTTTGAAAAGATCGATAAGCTTGTCTCCTACGGAACCGAGG
TCACTGCCGTGGTCCAGACCGGCAAGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGGCCAAGGAGC
TTCTTATCTGGGTCTCTATCAGTGATATCTATACAGATGACAAAGAGAAGATCACTTTCA
AGTCACCAACCACACTGTCTAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTCCCAGAGGAAG
TGGAACCTGCCAAGGAAGAAGCTCTCAAGGAAAAGAGCAGTGAAGCCGCCGAGGTCAAGG
AGGCTGTTGCAGCCAAGGAGGCCTAATCAAGCTCTCACTGCTTCTACAGTTAAAAGAGAC
CAAAATCTATTGAAGTGTACTTCAACAATGTAAAGAGTATTGAGAGTTGGTGTTCTTACT
GCTCTTACTCATGTATTACCTACCACTCGTTTCTGCTTGTTTTTCATGTAGTAAGATGTC
AACATCATCCTGCTTG

QA 3 738 3 738
DS 

RD RR1AK36TF 740 0 0
GG
AATACACAACTTCAGCTT*GAGGTAAAGCTTAAACTTAAAAAAAATAAACATAACAGAGA
TGGGTTTGGTCACAGAGGAGGTGAGAGCTAAGGCAGAGATGTACACCGGAGATGAGATAT
GCAGAGAGAAGACAAAATGTTTCCTCGAGGAAATATCTATGCCTAACGGCTTACTACCAT
TGAAGGACATTGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGTGTCGTGTGGCTGAAGCAGA
AACAGAGCATCACCCACAAGTTTGAAAAGATCGATAAGCTTGTCTCCTACGGAACCGAGG
TCACTGCCGTGGTCCAGACCGGCAAGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGGCCAAGGAGC
TTCTTATCTGGGTCTCTATCAGTGATATCTATACAGATGACAAAGAGAAGATCACTTTCA
AGTCACCAACCACACTGTCTAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTCCCAGAGGAAG
TGGAACCTGCCAAGGAAGAAGCTCTCAAGGAAAAGAGCAGTGAAGCCGCCGAGGTCAAGG
AGGCTGTTGCAGTCAAGGAGGCCTAATCAAGCTCTCACTGCTTCTACAGTTAAAAGAGAC
CAAAATCTATTGAAGTGTACTTCAACAATGTAAAGAGTATTGAGAGTTGGTGTTCTTACT
GCTCTTACTCATGTATTACCTACCACTCGTTTCTGCTTGTTTTTCATTTAATAAGATGTC
AACATCATCCTGCTTGAC

QA 3 740 3 740
DS 



AS 1 7

CO CL1057Contig1 1001 7 25 U
GGGGATCTACGTCGTCCCTCTCTCCAATCTCCCTCTGCGCCACAGATTTCTCGAAATCTC
TCCAAACCATCCGATCGTCAACGATCTCCGGCAAAGATGAACGATGCCGACGTGTCGAGT
CAGATCCAGCAGATGGTGAGATTCATCCGCCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATC
TCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAGCTGCAGTTAGTCGAGGCGGAGAAG
AAGAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCCGATGTTCGCAAGAAGATT
GATTACTCGATGCAGTTAAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCGCAGGATGATATT
GTCAATGCTATGAAAGATCAAGCAGCAAAGGATCTTCTCAACGTCAGCGGCGATGAGGAT
GCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTCCAGTGTTTGCTAAGGTTAAAAGAGCCT
TCTGTCTTGTTGCGTTGCCGTGAAGAGGATTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGATGAT
GCAAAGGAGGAGTATGCTGGTAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCTGTGGACACA
ACCATCTTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTCCACTGCTCTGGA
GGTGTTGTGTTGGCTTCTCGGGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACACTCGATGCGCGT
CTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTTCCAGTGATCCGCAGGTCGTTGTTCGGCCAAGTT
GCTGCCTAATGAATGAAAAGAGACAGAGAAGTGATTCAGACCGGTTTGTGTTTGGTTTTT
TACCCATCTGGGAAAGATTTCTATATGTTGTGATTCTTTTATGTTCTCTTTCATGCCATA
AAACCCATCGAACTCTTTGTTTATGCATCTGTATTTTTTCCTCATGCCCGAGTGTTATCA
TTGGCTATAGAAATAAATAAAGAAACGAAAGACTTTGTTCT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1H719TF U 2
AF RR1BG72TF U 2
AF RR1AQ75TF U 1
AF RR1EV26TF U 155
AF RR1G783JQ C 153
AF RR1H719JQ C 530
AF RR1EV26JQ C 173
BS 1 220 RR1AQ75TF
BS 221 221 RR1BG72TF
BS 222 308 RR1AQ75TF
BS 309 309 RR1H719TF
BS 310 315 RR1AQ75TF
BS 316 316 RR1H719TF
BS 317 344 RR1AQ75TF
BS 345 345 RR1H719TF
BS 346 347 RR1AQ75TF
BS 348 348 RR1H719TF
BS 349 377 RR1AQ75TF
BS 378 378 RR1H719TF
BS 379 470 RR1AQ75TF
BS 471 471 RR1BG72TF
BS 472 476 RR1AQ75TF
BS 477 477 RR1BG72TF
BS 478 485 RR1AQ75TF
BS 486 486 RR1BG72TF
BS 487 539 RR1AQ75TF
BS 540 540 RR1BG72TF
BS 541 590 RR1AQ75TF
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BS 758 999 RR1G783JQ
BS 1000 1001 RR1EV26JQ

RD RR1H719TF 580 0 0
GGGATCTACGTCGTCCCTCTCTCCAATCTCCCTCTGCGCCACAGATTTCTCGAAATCTCT
CCAAACC*TCCGATCGTCAACGATCTCCGGCAAGGATGAACGATGCCGACGTGTCGAGTC
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CCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAGCTGCAGTTAGTCGAGGCGGAGAAGA
AGAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCCGATGTTCGCAAGAAGATTG
ATTACTCGATGCAGTTAAACGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCGCAGGATGATATTG
TCAATGCTATGAAAGATCAAGCAGCAAAGGATCTTCTCAACGTCAGCGGCGATGAGGATG
CCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTCCAGTGTTTGCTAAGGTTAAAAGAGCCTT
CTGTCTTGTTGCGTTGCCGTGAAGAGGATTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGATGATG
CAAAGGAGGAGTATGCTGGTAAAGCAAATGTTCATTCTCC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1BG72TF 612 0 0
GGGATCTACGTCGTCCCTCTCTCCAATCTCCCTCTGCGCCACAGATTTCTCGAAATCTCT
CCAAACCATCCGATCGTCAACGATCTCCGGCAAAGATGAACGATGCCGACGTGTCGAGTC
AGATCCAGCAGATGGTGAGATTCATCCGCCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATCT
CCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAGCTGCAGTTAGTCGAGGCGGAGAAGA
AGAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCCGATGTTCGCAAGAAGATTG
ATTACTCTATGCAGCTAAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAGGCTCAGGATGATATTG
TCAATGCTATGAAAGACCAAGCAGCAAAGGATCTTCTCAACGTCAGCGGCGATGAGGATG
CCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTCCAGTGTTTGCTAAGGTTAAAAGAGCCTT
CTGTCTTGTTGCGTTGCCGTGAAGAGGATTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGATGATG
CAAAGGAGGAGTATGCTGGTAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCTGTGGACACAA
CCATCTTCCTTC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1AQ75TF 757 0 0
GGGGATCTACGTCGTCCCTCTCTCCAATCTCCCTCTGCGCCACAGATTTCTCGAAATCTC
TCCAAACCATCCGATCGTCAACGATCTCCGGCAAAGATGAACGATGCCGACGTGTCGAGT
CAGATCCAGCAGATGGTGAGATTCATCCGCCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATC
TCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAGCTGCGGTTAGTCGAGGCGGAGAAG
AAGAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCCGATGTTCGCAAGAAGATT
GATTACTCTATGCAGCTAAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAGGCTCAGGATGATATT
GTCAATGCTATGAAAGACCAAGCAGCAAAGGATCTTCTCAACGTCAGCGGCGATGAGGAT
GCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTCCAGTGTTTGCTAAGGTTGAAAGAACCT
TCTGTGTTGTTGCGTTGCCGTGAAGAGGATTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGATGAC
GCAAAGGAGGAGTATGCTGGTAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACA
ACCATCTTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTCCACTGCTCTGGA
GGTGTTGTGTTGGCTTCTCGGGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACACTCGATGCGCGT
CTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTTCCAGTGATCC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1EV26TF 603 0 0
G
GGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATCTCCGTCTCCGCTGTAGAAGAATTCAACATCGAGAA
GCTGCAGTTAGTCGAGGCGGAGAAGAAGAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAA
GCAAGCCGATGTTCGCAAGAAGATTGATTACTCGATGCAGTTAAATGCGTCAAGGATCAA
AGTTCTTCAAGCGCAGGATGATATTGTCAATGCTGTGAAAGATCAAGCAGCAAAGGATCT
TCTCAACGTCAGCGGCGATGAGGATGCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTCCA
GTGTTTGCTAAGGTTAAAAGAGCCTTCTGTCTTGTTGCGTTGCCGTGAAGAGGATTTGGG
TTTAGTTGAATCTATTCTTGATGATGCAAAGGAGGAGTATGCTGGTAAAGCAAATGTTCA
TGCTCCAGAGGTTGCTGTGGACACAACCATCTTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGA
TTCTCATGGTCTCCACTGCTCTGGAGGTGTTGTGTTGGCTTCTCGGGATGGGAAAATCGT
GTGCGAGAACGCACTCGATGCGCGTCTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTTCCAGTGAT
CC

QA 2 603 2 603
DS 

RD RR1G783JQ 849 0 0
AGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATCTC*GTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGA
GAAGCTGCAGTTAGTCGAGGCGGAGAAGAAGAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGA
GAAGCAAGCCGATGTTCGCAAGAAGATTGATTACTCGATGCAGTTAAATGCGTCAAGGAT
CAAAGTTCTTCAAGCGCAGGATGATATTGTCAATGCTATGAAAGATCAAGCAGCAAAGGA
TCTTCTCAACGTCAGCGGCGATGAGGATGCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGT
CCAGTGTTTACTAAGGTTAAAAGAGCCTTCTGTCTTGTTGCGTTGCCGTGAAGAGGATTT
GGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGATGATGCAAAGGAGGAGTATGCTGGTAAAGCAAATGT
TCATGCTCCAGAGGTTGCTGTGGACACAACCATCTTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAG
TGATTCTCATGGTCTCCACTGCTCTGGAGGTGTTGTGTTGGCTTCTCGGGATGGGAAAAT
CGTGTGCGAGAACACACTCGATGCGCGTCTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTTCCAGT
GATCCGCAGGTCGTTGTTCGGCCAAGTTGCTGCCTAATGAATGAAAAGAGACAGAGAAGT
GATTCAGACCGGTTTGTGTTTGGTTTTTTACCCATCTGGGAAAGATTTCTATATGTTGTG
ATTCTTTTATGTTCTCTTTCATGCCATAAAACCCATCGAACTCTTTGTTTATGCATCTGT
ATTTTTTCCTCATGCCCGAGTGTTATCATTGGCTATAGAAATAAATAAAGAAACGAAAGA
CTTTGTT
TT

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1H719JQ 441 0 0
TTCTTGATGATGCAAAGGAGGAGTATGCTGGTAAAGCAAATGTTCATTCTCCAGAGGTTG
CTGTGGACACAACCATCTTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTTTAGTGATTCTCATGGTCTCC
ACTGCTCTGGAGGTGTTGTGTTGGCTTCTCGGGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACAC
TCGATGCGCGTCTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTTCCAGTGATCCGCAGGTCGTTGT
TCGGCCAAGTTGCTGCCTAATGAATGAAAAGAGACAGAGTAGTGATTCAGACCGGTTTGT
GTTTGGTTTTTTACCCATTTGGGAAAGATTTCTATATGTTGTGATTCTTTTATGTTTTCT
TTCATGCCATAAAACCCATCGAACTCTTTGTTTATGCATCTGTATTTTTTCCTCATGCCC
GAGTGTTATCATTGGCTATAG

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR1EV26JQ 829 0 0
ACGAGATCTC*GTCTCCGCTGTAGAAGAATTCAACATCGAGAAGCTGCAGTTAGTCGAGG
CGGAGAAGAAGAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCCGATGTTCGCA
AGAAGATTGATTACTCGATGCAGTTAAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCGCAGG
ATGATATTGTCAATGCTGTGAAAGATCAAGCAGCAAAGGATCTTCTCAACGTCAGCGGCG
ATGAGGATGCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTCCAGTGTTTGCTAAGGTTAA
AAGAGCCTTCTGTCTTGTTGCGTTGCCGTGAAGAGGATTTGGGTTTAGTTGAATCTATTC
TTGATGATGCAAAGGAGGAGTATGCTGGTAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCTG
TGGACACAACCATCTTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTCCACT
GCTCTGGAGGTGTTGTGTTGGCTTCTCGGGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACGCACTCG
ATGCGCGTCTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTTCCAGTGATCCGCAGGTCGTTGTTCG
GCCAAGTTGCTGCCTAATGAATGAAAAGAGACAGAGAAGTGATTCAGACCGGTTTGTGTT
TGGTTTTTTACCCATCTGGGAAAGATTTCTATATGTTGTGATTCTTTTATGTTCTCTTTC
ATGCCATAAAACCCATCGAACTCTTTGTTTATGCATCTGTATTTTTTCCTCATGCCCGAG
TGTTATCATTGGCTATAGAAATAAATAAAGAAACGAAAGACTTTGTTCT

QA 1 829 1 829
DS 



AS 2 7

CO CL1058Contig1 487 3 2 U
TTTTTCAGAAGCTTGGATCGATTTGGGAATTTAGGGTTTTTGTTTCTGCGAAGACTACGA
CATAGGAATCGACGATGACGCTGCCTCCAGGACTTTACTCCGGCACCAGCTCTCTTGCTC
TTGTGGCTCGTGCTTCGGCTTTTAGCCTGGGTCTCGTCTACGGGAGCATGAAGCTCAAGT
TCTTGAAGATGACGAAGCCTCGCAAGGTTGAAGCCAATGCTCATCATTAAACGAGTTTTT
CCCTCTTTACAATAAAGCAGGGGGGAGGTTATGTCTCCCCATCCCGGTTCTCAATTTTTC
TTATTCATTTTTCAGCGCTAAAAAGAAACCAGCTTTGTGTCTGAAAAGCTTGTTATACGT
TTCCTAAGACCATCTCCAATGTATTTTGCTATTTTCATCTCTAAAATAGAGGAATTCTAT
AATAGAGGTGGGATATGCTCCAATGTATTTCTCTAAAATAGCAATCTCTATTTTATAGAG
TAAAAAA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CQ95JQ C 1
AF RR1CQ95TF U 1
AF RR1DN60TF U 1
BS 1 402 RR1CQ95TF
BS 403 487 RR1DN60TF

RD RR1CQ95JQ 402 0 0
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DS 

RD RR1CQ95TF 402 0 0
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CATAGGAATCGACGATGACGCTGCCTCCAGGACTTTACTCCGGCACCAGCTCTCTTGCTC
TTGTGGCTCGTGCTTCGGCTTTTAGCCTGGGTCTCGTCTACGGGAGCATGAAGCTCAAGT
TCTTGAAGATGACGAAGCCTCGCAAGGTTGAAGCCAATGCTCATCATTAAACGAGTTTTT
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TTCCTAAGACCATCTCCAATGTATTTTGCTATTTTCATCTCT

QA 1 402 1 402
DS 

RD RR1DN60TF 487 0 0
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CATAGGAATCGACGATGACGCTGCCTCCAGGACTTTACTCCGGCACCAGCTCTCTTGCTC
TTGTGGCTCGTGCTTCGGCTTTTAGCCTGGGTCTCGTCTACGGGAGCATGAAGCTCAAGT
TCTTGAAGATGACGAAGCCTCACAAGGTTGAAGCCAATGCTCATCATTAAACGAGTTTTT
CTCTCTTTACAATAAAGCAGGGGGGAGGTTATGTCTCCCCATCCCGGTTCTCAATTTTTC
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AATAGAGGTGGGATATGCTCCAATGTATTTCTCTAAAATAGCAATCTCTATTTTATAGAG
TAAAAAA

QA 1 487 1 487
DS 



CO CL1058Contig2 1096 4 3 U
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GACCAGTAGGGAAAAAAAGTTTTCAGGTACCTGCAGATTGGTGTAATGATGAAAAAATCT
GACTTTCTTACTCTTGGAATCTGAAAAGTTTCATCATTACAACCTTTTCTACATACGTTT
ATAGTAGTATCTCGAGTTTTTTCTGCGCTGCTATGATTGTGATATGATTGCTTTTTTTGT
CAGGAAGAATTAAGTTATAAAATTGGATCTTCTTGGTCATGCATGATGATGACCAGATCT
GTCTGTTTTTTACCATACCAGATCTCCTAGATTTGAATCTTAATTCCTTATTAACTACTT
ACGACATAAGACCATCTCCAATGTATTTTGCTATTTTCACCTCTAAAATAGAGGAACTCT
ATAATAGAGGTGAGATATGCTCCAATGTATTTCTCTATAATAGCAATTTCTATTTTATAG
AGTAAAAAATAGAGGAATGCTATTTCTTCCTCTATAAATGGAGAAAAAAATAGAGATCTC
TACTATAGAGGAAGAAATAGAGGTGGGTTGGAGCAATTTCACCTCTAAATGCTATTATAG
AGGTGAAAATAGCAATGGGTTGGAGATGCTCTAACTAGGGTTTTCTTGATCCTCTTCTAG
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TGTTTTCTACTTCTAGATTAGTCGCACTGTATGAAAGTGTAAACATTTTATATACCACTC
AAAATGTAAAAACATCTCATTTAGCCTCTCGGAATAAACTTAATTTTGTATGATCTATTG
TTGTAACTTTTTTTTTGGTAAAAATGTTAAGATCTATTGTTATAACTTGATTGCTACTAT
TATAAAATCCTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DA67TF U 1
AF RR1EU35TF U 78
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AF RR1DA67JQ C 476
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BS 770 1096 RR1EU35JQ

RD RR1DA67TF 609 0 0
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GGTTTCAGATCTTTGGATTGAACCCATGTTAAAGGTTTGATATTTTAAGTTTGATTTCTC
TGATACACTTTTATTGATTTTTGTTTGCATTAAACACGGTTTTTATCTACGTGTGTTTGG
GACCAGTAGGGAAAAAAAGTTTTCAGGTACCTGCAGATTGGTGTAATGATGAAAAAATCT
GACTTTCTTACTCTTGGAATCTGAAAAGTTTCATCATTACAACCTTTTCTACATACGTTT
ATAGTAGTATCTCGAGTTTTTTCTGCGCTGCTATGATTGTGATATGATTGCTTTTTTTGT
CAGGAAGAATTAAGTTATAAAATTGGATCTTCTTGGTCATGCATGATGATGACCAGATCT
GTCTGTTTTTTACCATACCAGATCTCCTAGATTTGAATCTTAATTCCTTATTAACTACTT
ACGACATAAGACCATCTCCAATGTATTTTGCTATTTTCACCTCTAAAATAGAGGAACTCT
ATAATAGAGGTGAGATATGCTCCAATGTATTTCTCTATAATAGCAATTTCTATTTTATAG
AGTAAAAAA

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1EU35TF 692 0 0
G
TGAACCCATGTTAAAGGTTTGATATTTTAAGTTTGATTTCTCTGATACACTTTTATTGAT
TTTTGTTTGCATTAAACACGTTTTTTATCTACGTGTGTTTGGGACCAGTAGGGAAAAAAA
GTTTTCAGGTACTTGCAGATTGGTGTAATGATGAAAAAATCTGACTTTCTTACTCTTGGA
ATCTGAAAAGTTTCATCATTACAACCTTTTCTACATACGTTTATAGTAGTATCTCGAGTT
TTTTCTGCGCTGCTATGATTGTGATATGATTGCTTTTTTTGTCAGGAAGAATTAAGTTAT
AAAATTGGATCTTCTTGGTCATGCATGATGATGACCAGATCTGTCTGTTTTTTACCATAC
CAGATCTCCTAGATTTGAATCTTAATTCCTTATTAACTACTTATGACATAAGACCATCTC
CAATGTATTTTGCTATTTTCACCTCTAAAATAGAGGAACTCTATAATAGAGGTGAGATAT
GCTCCAATGTATTTCTCTATAATAGCAATTTCTATTTTATAGAGTAAAAAATAGAGGAAT
GCTATTTCTTCCTCTATAAATGGAGAAAAAAATAGAGATCTCTACTATAGAGGAAGAAAT
AGAGGTGGGTTGGAGCAATTTCACCTCTAAATGCTATTATAGAGGTGAAAATAGCAATGG
GTTGGAGATGCTCTAACTAGGGTTTTCTTGA

QA 2 692 2 692
DS 

RD RR1EU35JQ 729 0 0
AATTAAGTTATAAAATTGGATCTTCTTGGTCATGCATGATGATGACCAGATCTGTCTGTT
TTTTACCATACCAGATCTCCTAGATTTGAATCTTAATTCCTTATTAACTACTTATGACAT
AAGACCATCTCCAATGTATTTTGCTATTTTCACCTCTAAAATAGAGGAACTCTATAATAG
AGGTGAGATATGCTCCAATGTATTTCTCTATAATAGCAATTTCTATTTTATAGAGTAAAA
AATAGAGGAATGCTATTTCTTCCTCTATAAATGGAGAAAAAAATAGAGATCTCTACTATA
GAGGAAGAAATAGAGGTGGGTTGGAGCAATTTCACCTCTAAATGCTATTATAGAGGTGAA
AATAGCAATGGGTTGGAGATGCTCTAACTAGGGTTTTCTTGATCCTCTTCTAGACTTAAG
AAGAGCTATATATATGCGAGAACAATATTGTACTAACACTTTTATTCCAAGGATAACTAA
TGCAGATACTTTTTGCATGGGAAGATGAAGAGCTATGGTCAAGAGCTTGAATTTGTTTTC
TACTTCTAGATTAGTCGCACTGTATGAAAGTGTAAACATTTTATATACCACTCAAAATGT
AAAAACATCTCATTTAGCCTCTCGGAATAAACTTAATTTTGTATGATCTATTGTTGTAAC
TTTTTTTTTGGTAAAAATGTTAAGATCTATTGTTATAACTTGATTGCTACTATTATAAAA
TCCTCTTTT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1DA67JQ 621 0 0
TACTTACGACATAAGACCATCTCCAATGTATTTTGCTATTTTCACCTCTAAAATAGAGGA
ACTCTATAATAGAGGTGAGATATGCTCCAATGTATTTCTCTATAATAGCAATTTCTATTT
TATAGAGTAAAAAATAGAGGAATGCTATTTCTTCCTCTATAAATGGAGGAAAAAATAGAG
ATCTCTACTATAGAGGAAGAAATAGAGGTGGGTTGGAGCAATTTCACCTCTAAATGCTAT
TATAGAGGTGAAAATAGCAATGGGTTGGAGATGCTCTAACTAGGGTTTTCTTGATCCTCT
TCTAGACTTAAGAAGAGCTATATATATGCGAGAACAATATTGTACTAACACTTTTATTCC
AAGGATAACTAATGCAGATACTTTTTGCATGGGAAGATGAAGAGCTATGGTCAAGAGCTT
GAATTTGTTTTCTACTTCTAGATTAGTCGCACTGTATGAAAGTGTAAACATTTTATATAC
CACTCAAAATGTAAAAACATTTCATTTAGCCTCTCGGAATAAACTTAATTTTGTATGATC
TATTGTTGTAACTTTTTTTTTGGTAAAAATGTTAAGATCTATTGTTATAACTTGATTGCT
ACTATTATAAAATCCTCTTTT

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 7

CO CL1059Contig1 627 7 22 U
GGGATATCAAACAACAAAACATAAGTAGAGACAAATATTCATATTTT*ATCACAAAAACA
AAGAAAGAAAAGCAAATACACAAATGGCTTTGGCTCTGAGGTTCTTCACTTGCATTGTTC
TGACAGTGTGCATAGTTGCATCAGTAGATGCAGAAATCTCATGTGGCACAGTGGCAAGTA
GCTTGGCTCCTTGTGCCAACTATCTATCGAACGGTGGGGATGTTCCACCTCCGTGCTGTG
CTGGAGTCACTAAGTTGAATGGCATGGCTCAAACCACACCAGACCGTCAACAAGCATGCA
AATGCCTACAGTCCGCTGCAAAGAGCGTTGCTGGTCTTAACCCAAGTCTAGCCGCTGGTC
TTCCTGGAAAGTGCGGTGTTACCATTCCTTATCCCATCTCCATGAGCACTAACTGCGACA
ACGTCAAGTGAAGTGGAAGTTTAATTATATCAGCATGTGTATGGAGAGTATGGTTTAGCA
TAAATAAAATAAA*ACACGTCTATGGACGCTGCTATCACACTACGCCTTTGTCCTATGGT
TTTCCTAAGTTGTATCTTAATATGTTTGAGATATGATGATATCATTGTAATCCTATGAAT
CTAATATATATTAGCATAACTTATAAA


BQ
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AT

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A

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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BS 950 950 RR1C923TF
BS 951 977 RR1G658TF
BS 978 985 RR1C923TF

RD RR1C923JQ 471 0 0
AAATTC
TCTAAAATGTCAACTATTAAAAAAAGGGATGAAGTGATATATAAAGGATTACATAAAGAA
ACAGAGGATTTTCTAAAACACGACATTTATTTCTTTTCTTCTTCGACAGAAATTTTCCAG
TTTAAACAACGGAGGGTGACTTATGGTGCTGAACCGCTGTTTTGACTTCCGTTTTTATGA
TTTGAAAAACCAGTTTCGGTGCTTACACCAATTTGAATGTTTGATCCTGTTTTAGTATTG
CTTTCTGATCTGGGGGTTGTGACTCTTCCGGAAGTGGAAACGTCCCTTTCCCCTCCGGTG
TTGGTGTTTGAAAAACCAGTTTGGGTTCTTTCACTTCCATTTTCAACAATGGAGTTAACA
TCAACGTCAAGCCCTAGCTTCGATATATCCATCGACTTTCCTACTCTCAACTCCACAGCA
GTTTTCACCAATATAGCGATCGTTTTAGTCCAATGCACCATAGCC

QA 7 471 7 471
DS 

RD RR1GQ53JQ 645 0 0
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TGGAACCAAAAAAGATTCTCTAAAATGTCAACTATTAAGAAAAGGGATGAAGTGATATAT
AAAGGATTACATAGAGAAACAGAGGATTTTCTAAAACACGACATTTATTTCTTTTCTTCT
TCGACAGAGATTTTCCAGTTTAGACAACGGAGGGTGACTTATGGTGCTGAACCGCTGTTT
TGACTTCCGTTTTTATGATTTGAAGAACCAGTTTCGGTGCTTACACCAATTTGAATGTTT
GATCCTGTTTTAGTATTGCTTTCTGATCTGGTGGTTGTGACTCTTCCGGAAGTGGAAACG
TCGCTTTCGCCTCCGGTGTTGGTGTTTGAAGAACCAGTTTGGGTTCTTTCACTTCCATTT
TCAACAATGGAGTTAACATCAACGTCAAGCCCTAGCTTCGATATATCCATCGACTTTCCT
ACTCTCAACTCCACAGCAGTTTTCACCAATATAGCGATCGTTTTAGTCCAATGCACCATA
GCCACGACCAACCCTTTCCTTTGCTGAAATGTCATACTCTGTGAACCACTTTTCTTCTGC
TCAATCAAAGTCTTTCCCATTGACAGCATTGCATCTCTAAAATCC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1E348JQ 565 0 0
G
TCTAAAATGTCAACTATTAAGAAAAGGGATGAAGTGATATATAAAGGATTACATAGAGAA
ACAGAGGATTTTCTAAAACACGACATTTATCTCTTTTCTTCTTCGACAGAGATTTTCCAG
TTTAGACAACGGAGGGTGACTTATGGTGCTGAACCGCTGTTTTGACTTCCGTTTTTATGA
TTTGAAGAACCAGTTTCGGTGCTTACACCAATTTGAATGTTTGATCCTGTTTTAGTATTG
CTTTCTGATCTGGTGGTTGCGACTCTTCCGGAAGTGGAAACGTCGCTTTCGCCTCCGGTG
TTGGTGTTTGAAGAACCAGTTTGGGTTCTTTCACTTCCATTTTCAACAATGGAGTTAACA
TCAACGTCAAGCCCTAGCTTCGATATATCCATCGACTTTCCTACTCTCAACTCCACAGCG
GTTTTCACCAATATAGCGATCGTTTTAGTCCAATGCACCATAGCCACGACCAACCCTTTC
CTTTGCTGAAATGTCATACTCTGTGAACCACTTTTCTTCTGCTCAATCAAAGTCTTTCCC
ATTGACAGCATTGCATCTCTAAAA

QA 2 565 2 565
DS 

RD RR1G658TF 765 0 0
TGACTTAT
GTGCTGAACCGCTGTTTTGACTTCCGCTTTTATGATT*GAAGAACCAGTTTCGGTGCTTA
CACCAATTTGAATGTTTGATC*TGTTTTAGTATTGCTTTCTGATCTGGTGGTTGTGACTC
TTCCGGAAGTGGAAACGTCGCTTTCGCCTCCGGTGTTGGTGTTTGAAGAACCAGTTTGGG
TTCTTTCACTTCCATTTTCAACAATGGAGTTAACATCAACGTCAAGCCCTAGCTTCGATA
TATCCATCGACTTTCCTACTCTCAACTCCACAGCAGTTTTCACCAATATAGCGATCGTTT
TAGTCCAATGCACCATAGCCACGACCAACCCTTTCCTTTGCTGAAATGTCATACTCTGTG
AACCACTTTTCTTCTGCTCAATCAAAGTCTTTCCCATTGACAGCATTGCATCTCTAAAAT
CCGTATTTGATGGTGCTCTGCCTTTAACAGCAGTTAATTCAGACATAGCACTGGCTAGGC
CATCAACTTGTGATGTGATCTGTGTATCTGTGCTTTTCGATGTGGCCGAGGCATTGCGTT
GCATGCGAATGGTGTAAAGTCCGTGGCCCTTCGTACGAATTTCCTCCTCAAGTACATCTT
CAGCAAGAACGTTCCTTGCGCCTCGTACACCACACTTGATGCTACTAGAAACATCAGACA
TATTGCTAGTACATTTTTATTAACCATTTTCTTATTCGTTTTTTT**TCTTTAAATGTTT
TTTTTT*GTTTTTTTGTAATTTTTGGAAATTTCT
CCC

QA 9 762 9 762
DS 

RD RR1C923TF 732 0 0
TTATGA
TTGAAGAACCAGTTTCGGTGCTTACACCAATTTGAATGTTTGATCCTGTTTTAGTATTGC
TTTCTGATCTGGTGGTTGTGACTCTTCCGGAAGTGGAAACGTCGCTTTCGCCTCCGGTGT
TGGTGTTTGAAGAACCAGTTTGGGTTCTTTCACTTCCATTTTCAACAATGGAGTTAACAT
CAACGTCAAGCCCTAGCTTCGATATATCCATCGACTTTCCTACTCTCAACTCCACAGCAG
TTTTCACCAATATAGCGATCGTTTTAGTCCAATGCACCATAGCCACGACCAACCCTTTCC
TTTGCTGAAATGTCATACTCTGTGAACCACTTTTCTTCTGCTCAATCAAAGTCTTTCCCA
TTGACAGCATTGCATCTCTAAAATCCGTATTTGATGGTGCTCTGCCTTTAACAGCAGTTA
ATTCAGACATAGCACTGGCTAGGCCATCAACTTGTGATGTGATCTGTGTATCTGTGCTTT
TCGATGTGGCCGAGGCATTGCGTTGCATGCGAATGGTGTAAAGTCCGTGGCCCTTCGTAC
GAATTTCCTCCTCAAGTACATCTTTAGCAAGAACGTTCCTTGCGCCTCGTACACCACACT
TGATGCTACTAGAAACATCAGACGTATTGCTAGTACATTTTTATTAACCATTTTCTTATT
CGTTTTTTTTTTCTTTAAATGTTTTTTTTTTGTTTTTTTGTAATTTTTGGAAATTTCTGA
TGATCC

QA 7 732 7 732
DS 



AS 1 7

CO CL1061Contig1 705 7 9 U
GGGGTGCTATCGCAATTCTGAATCTGAAATCAGAAAGATTCCCGAGCTTTTGATTTGAGA
AGAGAGAGAGATGGCTTCAGAGAAGAAGGTTCTAGCTTTCGAAGAAGTTTCACAGCACAA
CAAAACCAAGGATTGTTGGCTTATTATCTCTGGCAAGGTCTATGATGTGACCCCTTTCAT
GGATGATCATCCTGGTGGCGACGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAA
TGACTTTGAAGACGTTGGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACAT
TGGCGAGATCGATTCGTCTACTGTTCCAGCGACAAGGACATACGTTGCACCGGTGCAACC
GGCGTACAACCAAGACAAGACACCAGAATTCATCATCAAGATTCTCCAGTTCCTTGTTCC
GATCGTGATCTTGGGTCTTGCTCTCCTCGTCCGTCAGTATACCAAGAAAGAGTAGAGAAG
CAGAGAGGCTTCAACTTTTGCTTCCCCATTGGATAAATCTTTCTGATCTCTCTGTATTTG
CAAAAAAAAAAAAAATACATTTACGGTTGTTTTGTACTAGTCTAGACTGCATCGATGTTC
TTAAAATTATTCTTGTTGAAGCTACTTCGAACCAATAATCAATGTGTTGATTGAGATGTT
TTCAACTTTGGTGATCAGATAAAAGAGGGCTTCTTTGTTGGTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 15 45 45 30 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CQ77JQ C 197
AF RR1BS83TF U 1
AF RR1CQ77TF U 16
AF RR1EQ54TF U 13
AF RR1C975TF U 18
AF RR1EQ54JQ C 22
AF RR1BS83JQ C 197
BS 1 144 RR1BS83TF
BS 145 147 RR1EQ54TF
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BS 555 633 RR1EQ54TF
BS 634 705 RR1BS83JQ

RD RR1CQ77JQ 286 0 0
GT
CGACGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGTTACGAATGACTTTGAAGACGTTGG
TCACAGGGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGGGGAGATCGATTTGTT
TACTGTTCCAGGGACAAGGGCATACGTTGGGCCGGTGCAACCGGGGTACAACCAAGACAA
GACCCCAGAATTCATCATCAAGATTTTCCAGTTCCTTGTTCCGATCGTGATCTTGGGTCT
TGCTCTCCTCGTCCGTCAGTATACCAAGAAAGAGTAGAAAAGCA

QA 3 286 3 286
DS 

RD RR1BS83TF 541 0 0
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AGAGAGAGAGATGGCTTCAGAGAAGAAGGTTCTAGCTTTCGAAGAAGTTTCACAGCACAA
CAAAACCAAGGATTGTTGGCTTAT***CTCTGGCAAGGTCTATGATGTGACCCCTTTCAT
GGATGATCATCCTGGTGGCGACGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAA
TGACTTTGAAGACGTTGGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACAT
TGGCGAGATCGATTCGTCTACTGTTCCAGCGACAAGGACATACGCTGCACCGGTGCAACC
GGCGTACAACCAAGACAAGACACCAGAATTCATCATCAAGATTCTCCAGTTCCTTGTTCC
GATCGTGATCTTGGGTCTTGCTCTCCTCGTCCGTCAGTATACCAAGAAAGAGTAGAGAAG
CAGAGAGGCTTCAACTTTTGCTTCCCCATTGGATAAATCTTTCTGATCTCTCTGTATTTG
C

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1CQ77TF 526 0 0
GGCT
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GAGAAGAAGGTTCTAGCTTTCGAAGAAGTTTCACAGCACAACAAAACCAAGGATTGTTGG
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ACTGTTCCAGCGACAAGGGCATACGTTGCGCCGGTGCAACCGGCGTACAACCAAGACAAG
ACACCAGAATTCATCATCAAGATTCTCCAGTTCCTTGTTCCGATCGTGATCTTGGGTCTT
GCTCTCCTCGTCCGTCAGTATACCAAGAAAGAGTAGAGAAGCAGAGAGGCTTCAACTTTT
GCTTCCCCATTGGATAAATCTTTCTGATCTCTCTGTATTTGC

QA 5 526 5 526
DS 

RD RR1EQ54TF 622 0 0
CAATTCT
GAATCTGAAATCAGAAAGATTCCCGAGCTTTTGATTTGAGAAGAGAGAGAGATGGCTTCA
GAGAAGAAGGTTCTAGCTTTCGAAGAAGTTTCACAGCACAACAAAACCAAGGATTGTTGG
CTTATTATCTCTGGCAAGGTCTATGATGTGACCCCTTTCATGGATGATCATCCTGGTGGC
GACGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAATGACTTTGAAGACGTTGGT
CACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGGCGAGATCGATTCGTCT
ACTGTTCCAGCGACAAGGACATACGTTGCACCGGTGCAACCGGCGTACAACCAAGACAAG
ACACCAGAATTCATCATCAAGATTCTCCAGTCCCTTGTTCCGATCGTAATCTTGGGTCTT
GCTCTCCTCGTCCGTCAGTATACCAAGAAAGAGTAGAGAAGCAGAGAGGCTTCAACTTTT
GCTTCCCCATTGGATAAATCTTTCTGATCTCTCTGTATTTGCAAAAAAAAAAA**ATACA
TTTACGGTTGTTTTGTACTAGTCTAGACTGCATCGATGTTCTTAAAATTATTCTTGTTGA
AGCTACTTCGAACC
G

QA 8 621 8 621
DS 

RD RR1C975TF 605 0 0
GG
GAATCTGAAATCAGAAAGATTCCCGAGCTTTTGATTTGAGAAGAGAGAGAGATGGCTTCA
GAGAAGAAGGTTCTAGCTTTCGAAGAAGTTTCACAGCACAGCAAAACCAAGGATTGTTGG
CTTATTATCTCTGGCAAGGTCTATGATGTGACCCCTTTCATGGATGATCATCCTGGTGGC
GACGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAATGACTTTGAAGACGTTGGT
CACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGGCGAGATCGATTCGTCT
ACTGTTCCAGCGACAAGGACATACGTTGCACCGGTGCAACCGGCGTACAACCAAGACAAG
ACACCAGAATTCATCATCAAGATTCTCCAGTTCCTTGTTCCGATCGTGATCTTGGGTCTT
GCTCTCCTCGTCCGTCAGTATACCAAGAAAGAGTAGAGAAGCAGAGAGGCTTCAACTTTT
GCTTCCCCATTGGATAAATCTTTCTGATCTCTCTGTATTTGCAAAAAAAAAAAAAATACA
TTTACGGTTGTTTTGTACTAGTCTAGACTGCATCGATGTTCTTAAA*TTATTCTTGTTGA
AGC

QA 3 605 3 605
DS 

RD RR1EQ54JQ 613 0 0
ATCTGAAATCAGAAAGATTCCCGAGCTTTTGATTTGAGAAGAGAGAGAGATGGCTTCAGA
GAAGAAGGTTCTAGCTTTCGAAGAAGTTTCACAGCACAACAAAACCAAGGATTGTTGGCT
TATTATTTCTGGCAAGGTTTATGATGTGACCCCTTTCATGGATGATCATCCTGGTGGCGA
CGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAATGACTTTGAAGACGTTGGTCA
CAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGGCGAGATCGATTCGTTTAC
TGTTCCAGCGACAAGGACATACGTTGCACCGGTGCAACCGGCGTACAACCAAGACAAGAC
ACCAGAATTCATCATCAAGATTCTCCAGTCCCTTGTTCCGATCGTAATCTTGGGTCTTGC
TCTCCTCGTCCGTCAGTATACCAAGAAAGAGTAGAGAAGCAGAGAGGCTTCAACTTTTGC
TTCCCCATTGGATAAATCTTTCTGATCTCTCTGTATTTGCAAAAAAAAAAA**ATACATT
TACGGTTGTTTTGTACTAGTCTAGACTGCATCGATGTTCTTAAAATTATTCTTGTTGAAG
CTACTTCGAACC
G

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1BS83JQ 509 0 0
GGCGACGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAATGACTTTGAAGACGTT
GGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGGCGAGATCGATTCG
TTTACTGTTCCAGCGACAAGGACATACGCTGCACCGGTGCAACCGGCGTACAACCAAGAC
AAGACACCAGAATTCATCATCAAGATTCTCCAGTTCCTTGTTCCGATCGTGATCTTGGGT
CTTGCTCTCCTCGTCCGTCAGTATACCAAGAAAGAGTAGAGAAGCAGAGAGGCTTCAACT
TTTGCTTCCCCATTGGATAAATCTTTCTGATCTCTCTGTATTTGCAAAAAAAAAAAAAAT
ACATTTACGGTTGTTTTGTACTAGTCTAGACTGCATCGATGTTCTTAAAATTATTCTTGT
TGAAGCTACTTCGAACCAATAATCAATGTGTTGATTGAGATGTTTTCAACTTTGGTGATC
AGATAAAAGAGGGCTTCTTTGTTGGTGCT

QA 1 509 1 509
DS 



AS 1 7

CO CL1062Contig1 668 7 8 U
GGAGGTGATGACATATTGTATCAAAAACTAAAATAAATGTTTTGAATAAAATTTGACATA
AATATTTTAGGATAGGAAGAAAATAAAATCAACCAATCATTTTAAAACAGTATTTCTGGA
TAATTCTAAAAATAGTCAACAAAGAATTATATATATGTACATGTTCAAATCGAAGGTTTC
CTACAAAAAAAAACACACTAAACATTTATTTAATGTGGAGAGTTACAATGTCGGCATCCA
AAGTTGCTTTATTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGCC
CTCAAAGAAAACCTAAGGGAACATGCTCTAAAGAACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCAGCT
CCACTACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGTGACAAACATTGTATCTATTAGCATC
TGGGGCCGTTGAATTTTTATGAAGAGAATTTCCATAATTATATGTTCCAAATATTTTCAT
ACTTCATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATAATTCATATTCCACAGGAGGAGCAGCT
AGTATTATGTACTAAATGTTTTGGAATTTCTTTGAAAATTCAATAAATAGTTATTTTCTG
ACTTTCTTCAATTGTATTTTAGAAATTTATAAATGTTACATAAAATGAGAATAAACCCAT
TTAAGACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 5 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BQ87JQ C 181
AF RR1BQ87TF U 181
AF RR1DQ74JQ C 1
AF RR1DQ74TF U 1
AF RR1CO39TF U 182
AF RR1A162JQ C 182
AF RR1A162TF U 278
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GGGCCGTTGAATTTTTCTGAAGAGAATTTCCATAATTATATGTTCCAAATATTTTCATAC
TTCATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATAATTCATATTCCACAGGAGGAGCAGCTAG
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DS 

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GG
ACAAAAAAAAACACACTAAACATTTATTTAATGTGGAGAGTTACAATGTCGGCATCCAAA
GTTGCTTTATTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGCCCT
CAAAGAAAACCTAAGGGAACATGCTCTAAAGAACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCAGCTCC
ACTACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGTGACAAACATTGTATCTATTAGCATCTG
GGGCCGTTGAATTTTTCTGAAGAGAATTTCCATAATTATATGTTCCAAATATTTTCATAC
TTCATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATAATTCATATTCCACAGGAGGAGCAGCTAG
TATTATGTACTAAATGTTTTGGAATTTCTTTGAAAATTCAATAAATAGTTATTTTC
CG

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DS 

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CTACAAAAAAAAACACACTAAACATTTATTTAATGTGGAGAGTTACAATGTCGGCATCCA
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AC
G

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DS 

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AATATTTTAGGATAGGAAGAAAATAAAATCAACCAATCATTTTAAAACAGTATTTCTGGA
TAATTCTAAAAATAGTCAACAAAGAATTATATATATGTACATGTTCAAATCGAAGGTTTC
CTACAAAAAAAAACACACTAAACATTTATTTAATGTGGAGAGTTACAATGTCGGCATCCA
AAGTTACTTTATTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTACCAGCC
CTCAAAGAAAACCTAAGGGAACATGCTCTAAAGAACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCAGCT
CCACTACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGTGACAAACATTGTATCTATTAGCATC
TGGGGCCGTTGAATTTTTCTGAAGAGAATTTCCATAATTATATGTTCCAAATATTTTCAT
ACTTCATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATAATTCATATTCCACAGGAGGAGCAGCT
AGTATTATGTACTAAATGTTTTGGAATTTCTTTGAAAATTCAATAAATAGTTATTTTCTG
AC
G

QA 1 602 1 602
DS 

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GGAC
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GCTTTATTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGCCCTCAA
AGAAAACCTAAGGGAACATGCTCTAAAGAACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCTGCTCCACT
ACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGCGACAAACATTGTATCTGGTAGCATCTGGGG
CCGTTGAATATTTATGAAGAGAAATTCCATAATTATATGTTCCAAATATTTTCATACTTA
ATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATAATTCCTATTCCACAGGAGGAGCAGCTAGTAT
TATGTACTAAATGTTTTTGAATTTCTTTGAAAATTCAATAAATAGTTATTTTCTGAC
TT

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DS 

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GGAC
AAAAAAAACACACTAAACATTTATTTAAAGTGGAGAGTTACAATGTCGGCATCCAAAGTT
GCTTTATTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGCCCTCAA
AGAAAACCTAAGGGAACATGCTCTAAAGAACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCAGCTCCACT
ACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGCGACAAACATTGTATCTGGTAGCATCTGGGG
CCGTTGAATATTTATGAAGAGAAATTCCATAATTATATGTTCCAAATATTTTCATACTTA
ATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATAATTCCTATTCCACAGGAGGAGCAGCTAGTAT
TATGTACCAAATGTTTTTGAATTTCTTTGAAAATTCAATAAATAGTTATTTTCTGACTTT
CTTCAATTGTATTTTAGAAATTTATAAATGTTACATAAAATGAGAATAAACCCTTTTAAG
ACT

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DS 

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TTATATGTTCCAAATATTTTCATACTTAATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATAATT
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ATTCAATAAATAGTTATTTTCTGACTTTCTTCAATTGTATTTTAGAAATTTATAAATGTT
ACATAAAATGAGAATAAACCCATTTAAGACT

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DS 



AS 1 7

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AAACTAATAAAAATAATGCTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
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AF RR1A141TF U 1
AF RR1BV33TF U 1
AF RR1AJ38TF U 1
AF RR1A141JQ C 335
AF RR1AJ38JQ C 398
AF RR1GT11TF U 563
AF RR1BV33JQ C 436
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RD RR1A141TF 723 0 0
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AAAA*TGGCGACCCTTAAGGTTCCATCTCATGTTCCTTCCCCATCTGAAGATGCTGAGCA
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CTGGACCCTTGAACCTGGTGAACGTGATGCCTTGTTGGCCAATGAAGCTACCAAAAGATG
GACTTCAAGCAACCAAGTGCTCATGGAAGTAGCCTGCACGAGGACCTCAACGCAGCTGCT
TCACGCTAGGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCA
CCACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTATCTCTAGTTACCTCATACAGGTACGA
AGGAGACGAGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAAGAAGCGAAGCTGATCCATGAGAAAAT
CAAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTGTCCACAAGGAGCAGAGC
TCAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGCGAGGAAATCCTCAAGAG
CCT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1BV33TF 725 0 0
GGAACATACATACACTTCACCATCGAGACAGTTAAAGATCTAAGAACCTGCAACAGCAAA
AAAA*TGGCGACCCTTAAGGTTCCATCTCATGTTCCTTCCCCATCTGAAGATGCTGAGCA
ACTGAAAAGTTCCTTTGAGGGATGGGGTACAAACGAGGACTTGATCATATCAATTTTGGC
TCACAGAAGCGCTGAACAGAGGAAGCTGATCAGGCAGACATACCATGAAGCCTGTGGAGA
AGACCTTCTCAAGACTCTTGACAAGGAACTCACTAGCGACTTCGAGAGAGCCATCTTGCT
CTGGACCCTTGAACCTGGTGAACGTGATGCCTTGTTGGCCAATGAAGCTACCAAAAGATG
GACTTCAAGCAACCAAGTGCTCATGGAAGTAGCCTGCACGAGGACCTCAACGCAGCTGCT
TCACGCTAGGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCA
CCACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTATCTCTAGTTACCTCATACAGGTACGA
AGGAGACGAGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAAGAAGCGAAGCTGATCCATGAGAAAAT
CAAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTGTCCACAAG*AGCAGAGC
TCAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGCGAGGAAATCCTCAAGAG
TCTTG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1AJ38TF 807 0 0
GGAACATACATACGCTTCACCATCGAGACAGTTAAAGATCTAAGAACCTGCAACAGCAAA
AAAAATGGCGACCCTTAAGGTTCCATCTCATGTTCCTTCCCCATCTGAAGATGCTGAGCA
ACTGAAAAGTGCCTTTGAGGGATGGGGTACAAACGAGGACTTGATCATATCAATTTTGGC
TCACAGAAGCGCTGAACAGAGGAAGCTGATCAGGCAGACATACTATGAAGCCTGTGGAGA
AGACCTTCTCAAGACTCTTGACAAGGAACTCACTAGCGACTTCGAGAGAGCCATCTTGCT
CTGGACCCTTGAACCTGGTGAACGTGATGCCTTGTTGGCCAATGAAGCTACCAAAAGATG
GACTTCAAGCAACCAAGTGCTCATGGAAGTAGCCTGCGCGAGGACCTCAACGCAGCTGCT
TCACGCTAGGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCA
CCACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTATCTCTAGTTACCTCATACAGGTACGA
AGGAGACGAGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAAGAAGCGAAGCTGATCCATGAGAAAAT
CAAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTGTCCACAAGGAGCAGAGC
TCAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGCGAGGAAATCCTCAAGAG
TCTTGAGGAAGGAGATGAGGACGACAAGTTCCTCGGACTGTTGAGGTCAACCATTCAATG
CTTGACAAGACCAGAGCTCTACTTTGT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1A141JQ 889 0 0
TTGGCCAATGAAGCTACCAAAAGATGGACTTCAAGCAACCAAGTGCTCATGGAAGTAGCC
TGCACGAGGACCTCAACGCAGCTGCTTCACGCTAGGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAG
AAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCACCACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTA
TCTCTAGTTACCTCATACAGGTACGAAGGAGACGAGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAA
GAAGCGAAGCTGATCCATGAGAAAATCAAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATT
AGGATTTTGTCCACAAGGAGCAGAGCTCAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTACCAAGAT
GAGCACGGCGAGGAAATCCTCAAGAGTCTTGAGGAAGGAGATGAGGACGACAAGTTCCTC
GGACTGTTGAGGTCAACCATTCAATGCTTGACAAGACCAGAGCTCTACTTTGTGGATGTT
CTTCGTTCTGCTATCAACAAAACCGGAACAGACGAAGGAGCTCTCACTAGAATTGTGACT
ACAAGAGCTGAGATTGACTTGAAGGTGATCGGAGACGAGTATCAGAGGAGGAACAGCATT
CCGCTGGAGAAAGCCATTACCAAAGACACTCGCGGAGATTACGAGAAGGTGCTCGTCGCA
CTTCTCGGTGAAGATGATGCTTAAATCCTCCATAGAGAAACAAAAGCTTCTCT*GGCTTC
TGTTTTCTCTCATCTCCCTCTCTC**TTTCTTGTCTTGAAATCGTTTGATTCTGTTCTTT
GAAAACTTGTCTGTTGTTTCTGTTGTGTGTTTTGAGTTTCCAAATAATGCGCGAGAGAGA
AAGAGAGTCTGTCTCTTAAGTTATATAAACTAATAAAAATAATGCTTTC

QA 1 889 1 889
DS 

RD RR1AJ38JQ 826 0 0
G
CGAGGACCTCAACGCAGCTGCTTCACGCTAGGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAGAAGT
CTATTGAAGAGGATGTCGCTCACCACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTATCTC
TAGTTACCTCATACAGGTACGAAGGAGACGAGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAAGAAG
CGAAGCTGATCCATGAGAAAATCAAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGA
TTTTGTCCACAAGGAGCAGAGCTCAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTACCAAGATGAGC
ACGGCGAGGAAATCCTCAAGAGTCTTGAGGAAGGAGATGAGGACGACAAGTTCCTCGGAC
TGTTGAGGTCAACCATTCAATGCTTGACAAGACCAGAGCTCTACTTTGTGGATGTTCTTC
GTTCTGCTATCAACAAAACCGGAACAGACGAAGGAGCTCTCACTAGAATTGCGACTACAA
GAGCTGAGATTGACTTGAAGGTGATCGGAGACGAGTATCAGAGGAGGAACAGCATTCCGC
TGGAGAAAGCCATTACCAAAGACACTCGCGGAGATTACGAGAAGATGCTCGTCGCACTTC
TCGGTGAAGATGATGCTTAAATCCTCCAGAGAGAAACAAAAGCTTCTCT*GGCTTCTGTT
TTCTCTCATCTCCCTCTCTC**TTTCTTGTCTTGAAATCGTTTGATTCTGTTCTTTGAAA
ACTTGTCTGTTGTTTCTGTTGTGTGTTTTGAGTTTCCAAATAATGCGCGAGAGAGAAAGA
GAGTCTGTCTCTTAAGTTATATAAACTAATAAAAATAATGCTT
TC

QA 2 824 2 824
DS 

RD RR1GT11TF 651 0 0
G
TGGCAAAGCAAGAAGCAAAGCTGATCCATGAGAAAATCAAGGACAAGCACTACAGCGACG
AGGATGTCATTAGGATTTTGTCCACAAGGAGCAGAGCTCAGATCAATGCAACTTTCAATC
GCTACCAAGATGAGCACGGCGAGGAAATCCTCAAGAGTCTTGAGGAAGGAGGTGAGGACG
ACAAGTTCCTCGGACTGTTGAGGTCAACCATTCAATGCTTGACAAGACCAGAGCTCTACT
TTGTGGATGTTCTTCGTTCTGCTATCAACAAAACCGGAACAGACGAAGGAGCTCTCACCA
GGATTGTGACTACAAGAGCTGAGATTGACTTGAAGGTGATCGGAGAAGAGTATCAGAGGA
GGAACAGCATTCCACTGGAGAAGGCCATTACCAAAGACACTCGCGGAGATTACGAGAAGA
TGCTCGTCGCACTTCTCGGTGAAGATGATGCTTAAATCCTCCAGAGAGAAACAAAAGCTT
CTCTTGGCTTTTGTTTTCTCTCATCTCCCTCTCTCTCTTTCTTGTCTTGAAATCGTTTGA
TTCTGTTCTTTGAAAACTTGGCTGTTGTTTCTGTTGTGTGTTTTGAGTTTCCAAATAATG
CGCGAGAGAGAAAGAGAGTCTGTCTCTTAAGTTATATAAACTAATAAAAA

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR1BV33JQ 788 0 0
TTACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCACCACACCACCGGTGA
CTTCAGAAAGCTTTTGGTATCTCTAGTTACCTCATACAGGTACGAAGGAGACGAGGTGAA
CATGACATTGGCGAAGCAAGAAGCGAAGCTGATCCATGAGAAAATCAAGGACAAGCACTA
CAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTGTCCACAAGGAGCAGAGCTCAGATCAATGCTAC
TTTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGCGAGGAAATCCTCAAGAGTCTTGAGGAAGGAGA
TGAGGACGACAAGTTCCTCGGACTGTTGAGGTCAACCATTCAATGCTTGACAAGACCAGA
GCTCTACTTTGTGGATGTTCTTCGTTCTGCTATCAACAAAACCGGAACAGACGAAGGAGC
TCTCACTAGAATTGTGACTACAAGAGCTGAGATTGACTTGAAGGTGATCGGAGACGAGTA
TCAGAGGAGGAACAGCATTCCGCTGGAGAAAGCCATTACCAAAGACACTCGCGGAGATTA
CGAGAAGATGCTCGTCGCACTTCTCGGTGAAGATGATGCTTAAATCCTCCAGAGAGAAAC
AAAGGCTTCTCT*GGCTTCTGTTTTCTCTCATCTCCCTCTCTC**TTTCTTGTCTTGAAA
TCGTTTGATTCTGTTCTTTGAAAACTTGTCTGTTGTTTCTGTTGTGTGTTTTGAGTTTCC
AAATAATGCGCGAGAGAGAAAGAGAGTCTGTCTCTTAAGTTATATAAACTAATAAAAATA
ATGCTT
CC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 2 7

CO CL1064Contig1 605 4 2 U
GGGAATTAAGAAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACAATGGC
AACTATTGCTACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGCCA
ACCAGCTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGGATATTGGTTCAAGAGC
AACGAACCGCATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGA
CAAAGTGGAGAAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGCGG
AGAGTGTGTGGCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAG
AGACAAGAAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCCGA
GACAGACGAATGTCGTACTTACGACAACTGAAAACTTATCGTTCATGTTCTAGGACTCCG
TTCATAAATTACATACAAATCTTTGTTCCGGTCAGTTTAGTAATACAATACGATGTGAAA
GTTGTATTTGAGACTTAAAAAGCTCTGTAAACATTGTAATTTGGTAATGGTAATATTCAT
AAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1FT93JQ C 7
AF RR1FT93TF U 7
AF RR1DH67TF U 1
AF RR1DH67JQ C 0
BS 1 588 RR1DH67TF
BS 589 605 RR1DH67JQ

RD RR1FT93JQ 507 0 0
G
AAGAAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACGATGGCAACTATT
GCTACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGCCAACCAGCT
CGTCTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGGATATTGGTTCAAGAGCAACGAAC
CGCATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGACAAAGTG
GAGAAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGCGGAGAGTGT
GTGGCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACAAG
AAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCCGAGACAGAC
GAATGTCGTACTTACGACAACTGAAAACTTATCGTTCATGTTCTAGGACTCCGTTCATAA
ATTACATACAAATCTTTGTTCCGGTC

QA 2 507 2 507
DS 

RD RR1FT93TF 507 0 0
G
AAGAAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACGATGGCAACTATT
GCTACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGCCAACCAGCT
CGTCTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGGATATTGGTTCAAGAGCAACGAAC
CGCATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGACAAAGTG
GAGAAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGCGGAGAGTGT
GTGGCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACAAG
AAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCCGAGACAGAC
GAATGTCGTACTTACGACAACTGAAAACTTATCGTTCATGTTCTAGGACTCCGTTCATAA
ATTACATACAAATCTTTGTTCCGGTC

QA 2 507 2 507
DS 

RD RR1DH67TF 605 0 0
GGGAATTAAGAAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACAATGGC
AACTATTGCTACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGCCA
ACCAGCTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGGATATTGGTTCAAGAGC
AACGAACCGCATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGA
CAAAGTGGAGAAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGCGG
AGAGTGTGTGGCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAG
AGACAAGAAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCCGA
GACAGACGAATGTCGTACTTACGACAACTGAAAACTTATCGTTCATGTTCTAGGACTCCG
TTCATAAATTACATACAAATCTTTGTTCCGGTCAGTTTAGTAATACAATACGATGTGAAA
GTTGTATTTGAGACTTAAAAAGCTCTGTAAACATTGTAATTTGGTAAT
GGTAATATTCATAAGCT

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1DH67JQ 606 0 0
GGGAATTAAGA
AAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACAATGGCAACTATTGCT
ACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGCCAACCAGCTCGT
CTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGGATATTGGTTCAAGAGCAACGAACCGC
ATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGACAAAGTGGAG
AAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGCGGAGAGTGTGTG
GCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACAAGAAG
AAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCCGAGACAGACGAA
TGTCGTACTTACGACAACTGAAAACTTATCGTTCATGTTCTAGGACTCCGTTCATAAATT
ACATACAAATCTTTGTTCCGGTCAGTTTAGTAATACAATACGATGTGAAAGTTGTATTTG
AGACTTAAAAAGCTCTGTAAACATTGTAATTTGGTAATGGTAATATTCATAAGCT

QA 12 606 12 606
DS 



CO CL1064Contig2 623 3 3 U
GAGTGAATTAAGAAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACGATG
GCAACTATTGCTACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGC
CAACCAGCTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGAATATTGGTTCAAGA
GCAACGAACCGCATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCG
GACAAAGTGGAGAAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGC
GGAGAGTGTGTGGCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCT
AGAGACGAGAAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCA
GAGACTGACGAATGTCGTACTTACGACAACTGAAACTTATCGTTCATGTTACAGGACTCC
GTCCATAAATTGCATACTAAGCTTTGTTTTGGTCAGTTTAGTAATACGATATGATGTGAA
AGCTTGTATTTGAGACTCAAGAAGATCTGTAAACATTGTAATTTGGTAATATTCGTAGAT
TTAAAATCGAAGAAACCATATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1GE71JQ C 1
AF RR1GE71TF U 1
AF RR1EC25TF U 4
BS 1 12 RR1GE71JQ
BS 13 621 RR1GE71TF
BS 622 623 RR1EC25TF

RD RR1GE71JQ 621 0 0
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GCAACTATTGCTACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGC
CAACCAGCTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGAATATTGGTTCAAGA
GCAACGAACCGCATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCG
GACAAAGTGGAGAAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGC
GGAGAGTGTGTGGCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCT
AGAGACGAGAAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCA
GAGACTGACGAATGTCGTACTTACGACAACTGAAACTTATCGTTCATGTTACAGGACTCC
GTCCATAAATTGCATACTAAGCTTTGTTTTGGTCAGTTTAGTAATACGATATGATGTGAA
AGCTTGTATTTGAGACTCAAGAAGATCTGTAAACATTGTAATTTGGTAATATTCGTAGAT
TTAAAATCGAAGAAACCATAT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1GE71TF 621 0 0
GAGTGAATTAAG
AAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACGATGGCAACTATTGCT
ACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGCCAACCAGCTCGT
CTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGAATATTGGTTCAAGAGCAACGAACCGC
ATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGACAAAGTGGAG
AAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGCGGAGAGTGTGTG
GCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACGAGAAG
AAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCAGAGACTGACGAA
TGTCGTACTTACGACAACTGAAACTTATCGTTCATGTTACAGGACTCCGTCCATAAATTG
CATACTAAGCTTTGTTTTGGTCAGTTTAGTAATACGATATGATGTGAAAGCTTGTATTTG
AGACTCAAGAAGATCTGTAAACATTGTAATTTGGTAATATTCGTAGATTTAAAATCGAAG
AAACCATAT

QA 13 621 13 621
DS 

RD RR1EC25TF 620 0 0
GGGAATTAAG
AAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACGATGGCAACTATTGCTA
CCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGCCAACCAGCTCGTC
TCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGAATATTGGTTCAAGAGCAACGAACCGCA
TGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGACAAAGTGGAGA
AGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGCGGAGAGTGTGTGG
CCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACGAGAAGA
AAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCAGAGACTGACGAAT
GTCGTACTTACGACAACTGAAACTTATCGTTCATGTTACAGGACTCCGTCCATAAATTGC
ATACTAAGCTTTGTTTTGGTCAGTTTAGTAATACGATATGATGTGAAAGCTTGTATTTGA
GACTCAAGAAGATCTGTAAACATTGTAATTTGGTAATATTCGTAGATTTAAAATCGAAGA
AACCATATAA

QA 11 620 11 620
DS 



AS 1 7

CO CL1065Contig1 917 7 36 U
GGATCATCGGCGTTCGTGAAAAATATATTTTAAAGAAAATAAAAAAAAACCTATATCCTT
TTTTCAGTTTTCTCTCACACATTATTTTCATCATCTTCACTCGAATCCGGAAGAAACAAA
GACACACCCAGAAGAAAGGGAGATGTCTTCGCCGAGCAAACGCAGAGAAATGGACATGAT
GAAGCTGATGATGAGCGACTATAAAGTGGAGACGATCAACGATGGCATGCAGGAGTTCTT
TGTTGAATTCAATGGCCCCAAAGACAGTCTGTATGAAGGAGGAGTGTGGAAGATAAGGGT
TGAGCTTCCAGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCGTTGGTTTCATCACCAAGATTTA
TCACCCTAATGTTGATGAACTGTCCGGTTCTGTTTGCTTAGATGTGATCAACCAGACTTG
GAGTCCTATGTTTGACCTTGTGAATGTGTTTGAGACATTTCTTCCTCAGCTTCTTTTGTA
TCCAAACCCATCTGATCCTTTGAATGGAGAAGCTGCTGCATTGATGATGCGTGATCGTCC
TACTTATGAACTACGAGTTAAAGAATACTGTGAGAAGTATGCAAAACCAGGGGAAGGTTC
AGAAGATAAGTCTAGCGATGAAGAGCTAAGTGATGAGGAATATGGTTCTGATGACAATGA
AGATGATGATGATGTTGCAATTGCAGGCAACCCAGATCCTTAAACCGGGA*TTTGCTAGA
GCACTTGCTTTTT*ATGTATATCATGCATTTCTATTTATGCTTATAAGCTGCCGAACTGT
GAAATCTGTCTGCTGTTTCTCCCTTTTGTGCTTGTTCCCCTGTTTAAATGTACCGGTTCC
GGACGTTTGTGTACATTATTAGACAGAACCGTATTGTTAAATCTTTCCGATTTCAAAATA
AACGGGTCATTCCGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 30 45 30 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 10 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV39TF U 1
AF RR1EZ08TF U 75
AF RR1C014JQ C 92
AF RR1C014TF U 104
AF RR1EZ08JQ C 142
AF RR1CP23TF U 120
AF RR1CP23JQ C 541
BS 1 138 RR1EV39TF
BS 139 139 RR1EZ08TF
BS 140 174 RR1EV39TF
BS 175 175 RR1EZ08TF
BS 176 297 RR1EV39TF
BS 298 298 RR1EZ08TF
BS 299 336 RR1EV39TF
BS 337 337 RR1EZ08TF
BS 338 579 RR1EV39TF
BS 580 580 RR1EZ08TF
BS 581 674 RR1EV39TF
BS 675 675 RR1EZ08TF
BS 676 686 RR1EV39TF
BS 687 687 RR1EZ08TF
BS 688 706 RR1EV39TF
BS 707 707 RR1EZ08TF
BS 708 711 RR1EV39TF
BS 712 712 RR1EZ08TF
BS 713 713 RR1EV39TF
BS 714 714 RR1EZ08TF
BS 715 727 RR1EV39TF
BS 728 728 RR1EZ08TF
BS 729 733 RR1EV39TF
BS 734 734 RR1EZ08TF
BS 735 745 RR1EV39TF
BS 746 747 RR1EZ08TF
BS 748 748 RR1C014TF
BS 749 819 RR1EZ08TF
BS 820 820 RR1CP23TF
BS 821 856 RR1EZ08TF
BS 857 857 RR1CP23TF
BS 858 867 RR1C014TF
BS 868 868 RR1CP23TF
BS 869 880 RR1C014TF
BS 881 897 RR1CP23TF
BS 898 917 RR1CP23JQ

RD RR1EV39TF 745 0 0
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TTTTCAGTTTTCTCTCACACATTATTTTCATCATCTTCACTCGAATCCGGAAGAAACAAA
GACACACCCAGAAGAAAGAGAGATGTCTTCGCCGAGCAAACGCAGAGAAATGGATATGAT
GAAGCTGATGATGAGCGACTATAAAGTGGAGACGATCAACGATGGCATGCAGGAGTTCTT
TGTTGAATTCAATGGCCCCAAAGACAGTCTGTATGAAGGAGGAGTGTGGAAGATAAGAGT
TGAGCTTCCAGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCTGTTGGTTTCATCACCAAGATTTA
TCACCCTAATGTTGATGAACTGTCCGGTTCTGTTTGCTTAGATGTGATCAACCAGACTTG
GAGTCCTATGTTTGACCTTGTGAATGTGTTTGAGACATTTCTTCCTCAGCTTCTTTTGTA
TCCAAACCCATCTGATCCTTTGAATGGAGAAGCTGCTGCATTGATGATGCGTGATCGTCC
TACTTATGAACTACGAGTTAAAGAATACTGTGAGAAGTACGCAAAACCAGGGGAAGGTTC
AGAAGATAAGTCTAGCGATGAAGAGCTAAGTGATGAGGAATATGGTTCTGATGACAATGA
AGATGATGATGATGCTGCAATTGCAG*CAACCCAGATCCTTAAACCAGGA**TCGCTAGA
GCACTTGGTTTTTTATGTATATCAT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1EZ08TF 782 0 0
GG
ACACATTATTTTCATCATCTTCACTCGAATCCGGAAGAAACAAAGACACACCCAGAAGAA
AGGGAGATGTCTTCGCCGAGCAAACGCAGAGAAATGGACATGATGAAGCTGATGATGAGC
GACTATAAAGTGGAGACGATCAACGATGGCATGCAGGAGTTCTTTGTTGAATTCAATGGC
CCCAAAGACAGTCTGTATGAAGGAGGAGTGTGGAAGATAAGGGTTGAGCTTCCAGACGCT
TATCCTTACAAATCTCCTTCCGTTGGTTTCATCACCAAGATTTATCACCCTAATGTTGAT
GAACTGTCCGGTTCTGTTTGCTTAGATGTGATCAACCAGACTTGGAGTCCTATGTTTGAC
CTTGTGAATGTGTTTGAGACATTTCTTCCTCAGCTTCTTTTGTATCCAAACCCATCTGAT
CCTTTGAATGGAGAAGCTGCTGCATTGATGATGCGTGATCGTCCTACTTATGAACTACGA
GTTAAAGAATACTGTGAGAAGTATGCAAAACCAGGGGAAGGTTCAGAAGATAAGTCTAGC
GATGAAGAGCTAAGTGATGAGGAATATGGTTCTGATGACAATGAAGATGATGATGATGTT
GCAATTGCAGGCAACCCAGATCCTTAAACCGGGGATTTGCTAGAGCACTTGCTTTTT*AT
GTATATCATGCGTTTCTATTTATGCTTATAAGCTGCCGAACTGTGAAATCTGTCTGCTGT
TTCTCCCTTTTGTGCTTGTTCCC*TGTTTAAATGTACCGGTTCCGGACGTTTGTGTACAT

QA 3 782 3 782
DS 

RD RR1C014JQ 803 0 0
G
ATCTTCACTCGA*TCCGGAAGAAACAAAGACACACCCAGAAGAAAGGGAGATGTCTTCGC
CGAGCAAACGCAGAGAAATGGACATGATGAAGCTGATGATGAGCGACTATAAAGTGGAGA
CGATCAACGATGGCATGCAGGAGTTCTTTGTTGAATTCAATGGCCCCAAAGACAGTCTGT
ATGAAGGAGGAGTGTGGAAGATAAGGGTTGAGCTTCCAGATGCTTATCCTTACAAATCTC
CTTCCGTTGGTTTCATCACCAAGATTTATCACCCTAATGTTGATGAACTGTCCGGTTCTG
TTTGCTTAGATGTGATCAACCAGACTTGGAGTCCTATGTTTGACCTTGTGAATGTGTTTG
AGACATTTCTTCCTCAGCTTCTTTTGTATCCAAACCCATCTGATCCTTTGAATGGAGAAG
CTGCTGCATTGATGATGCGTGATCGTCCTACTTATGAACTACGAGTTAAAGAATACTGTG
AGAAGTATGCAAAACCAGGGGAAGGTTCAGAAGATAAGTCTAGCGATGAAGAGCTAAGTG
ATGAGGAATATGGTTCTGATGACAATGAAGATGATGATGATGTTGCAATTGCAGGCAACC
CAGATCCTTAAACCGGGA*TTTGCTAGAGCACTTGCTTTTT*ATGTATATCATGCATTTC
TATTTATGCTTATAAGCTGCCGAACTGTGAAATCTGTCTGCTGTTTCTCCCTTTTGTGCT
TGTTCCCCTGTTTAAATGTACCGGTTCCGGACGTTTGTGTACATTATTAGACAGAACCGT
ATTGTTAAATCTTTCCGAT
TCC

QA 2 800 2 800
DS 

RD RR1C014TF 789 0 0
A
ATCCGGAAGAAACAAAGACACACCCAGAAGAAAGGGAGATGTCTTCGCCGAGCAAACGCA
GAGAAATGGACATGATGAAGCTGATGATGAGCGACTATAAAGTGGAGACGATCAACGATG
GCATGCAGGAGTTCTTTGTTGAATTCAATGGCCCCAAAGACAGTCTGTATGAAGGAGGAG
TGTGGAAGATAAGGGTTGAGCTTCCAGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCGTTGGTT
TCATCACCAAGATTTATCACCCTAATGTTGATGAACTGTCCGGTTCTGTTTGCTTAGATG
TGATCAACCAGACTTGGAGTCCTATGTTTGACCTTGTGAATGTGTTTGAGACATTTCTTC
CTCAGCTTCTTTTGTATCCAAACCCATCTGATCCTTTGAATGGAGAAGCTGCTGCATTGA
TGATGCGTGATCGTCCTACTTATGAACTACGAGTTAAAGAATACTGTGAGAAGTATGCAA
AACCAGGGGAAGGTTCAGAAGATAAGTCTAGCGATGAAGAGCTAAGTGATGAGGAATATG
GTTCTGATGACAATGAAGATGATGATGATGTTGCAATTGCAGGCAACCCAGATCCTTAAA
CCGGGA*TTTGCTAGAGCACTTGCTTTTT*ATGTATATCATGCATTTCTATTTATGCTTA
TAAGCTGCCGAACTGTGAA*TCTGTCTGCTGTT*CTCCCTTTTGTGCTTGTTCCC*TGTT
TAA*TGTACCGGTTCCGGACGTT*GTGTACAT*ATTAGACAGA*CCGTATTGTTAA
TCTTTCCGATCC

QA 2 777 2 777
DS 

RD RR1EZ08JQ 742 0 0
GATGTCTTCGCCGAGCAAACGCAGAGAAATGGACATGATGAAGCTGATGATGAGCGACTA
TAAAGTGGAGACGATCAACGATGGCATGCAGGAGTTCTTTGTTGAATTCAATGGCCCCAA
AGACAGTCTGTATGAAGGAGGAGTGTGGAAGATAAGGGTTGAGCTTCCAGACGCTTATCC
TTACAAATCTCCTTCCGTTGGTTTCATCACCAAGATTTATCACCCTAATGTTGATGAACT
GTCCGGTTCTGTTTGCTTAGATGTGATCAACCAGACTTGGAGTCCTATGTTTGACCTTGT
GAATGTGTTTGAGACATTTCTTCCTCAGCTTCTTTTGTATCCAAACCCATCTGATCCTTT
GAATGGAGAAGCTGCTGCATTGATGATGCGTGATCGTCCTACTTATGAACTACGAGTTAA
AGAATACTGTGAGAAGTATGCAAAACCAGGGGAAGGTTCAGAAGATAAGTCTAGCGATGA
AGAGCTAAGTGATGAGGAATATGGTTCTGATGACAATGAAGATGATGATGATGTTGCAAT
TGCAGGCAACCCAGATCCTTAAACCGGGA*TTTGCTAGAGCACTTGCTTTTT*ATGTATA
TCATGCGTTTCTATTTATGCTTATAAGCTGCCGAACTGTGAAATCTGTCTGCTGTTTCTC
CCTTTTGTGCTTGTTCCCCTGTTTAAATGTACCGGTTCCGGACGTTTGTGTACATTATTA
GACAGAACCGTATTGTTAAA
CC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1CP23TF 788 0 0
G
GACACACCCAGAAGAAAGGGAGATGTCTTCGCCGAGCAAACGCAGAGAAATGGACATGAT
GAAGCTGATGATGAGCGACTATAAAGTGGAGACGATCAACGATGGCATGCAGGAGTTCTT
TGTTGAATTCAATGGCCCCAAAGACAGTCTGTATGAAGGAGGAGTGTGGAAGATAAGGGT
TGAGCTTCCAGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCGTTGGTTTCATCACCAAGATTTA
TCACCCTAATGTTGATGAACTGTCCGGTTCTGTTTGCTTAGATGTGATCAACCAGACTTG
GAGTCCTATGTTTGACCTTGTGAATGTGTTTGAGACATTTCTTCCTCAGCTTCTTTTGTA
TCCAAACCCATCTGATCCTTTGAATGGAGAAGCTGCTGCATTGATGATGCGTGATCGTCC
TACTTATGAACTACGAGTTAAAGAATGCTGTGAGAAGTATGCAAAACCAGGGGAAGGTTC
AGAAGATAAGTCTAGCGATGAAGAGCTAAGTGATGAGGAATATGGTTCTGATGACAATGA
AGATGATGATGATGTTGCAATTGCAGGCAACCCAGATCCTTAAACCGGGA*TTTGCTAGA
GCACTTGCTTTTT*ATGTATATCATGCATTTCTATTTATGCTTATAAGCTGCCGAACTGT
GAAATCTGTCTGCTGTTTCTCCCTTTTGTGCTTGTTCCCCTGTTTAAATGTACCGGTTCC
GGACGTTTGTGTACATTATTAGACAGAACCGTATTGTTAAATCTTTCCGATTTCAAA
TAAACGCGTC

QA 2 778 2 778
DS 

RD RR1CP23JQ 377 0 0
TACTTATGAACTACGAGTTAAAGAATGCTGTGAGAAGTATGCAAAACCAGGGGAAGGTTC
AGAAGATAAGTCTAGCGATGAAGAGCTAAGTGATGAGGAATATGGTTTTGATGACAATGA
AGATGATGATGATGTTGCAATTGCAGGCAACCCAGATCCTTAAACCGGGA*TTTGTTAGA
GCACTTGCTTTTT*ATGTATTTCATGCATTTTTATTTATGCTTATAAGCTGCCGAACTGT
GAAATCTGTTTGCTGTTTTTCCCTTTTGTGCTTGTTCCCCTGTTTAAATGTACCGGTTCC
GGACGTTTGTGTACATTATTAGACAGAACCGTATTGTTAAATTTTTCCGATTTCAAAATA
AACGGGTCATTCCGGTT

QA 1 377 1 377
DS 



AS 1 4

CO CL1066Contig1 1427 4 20 U
GGACGCTTCTCTCAGACAAAGAGAGAGAAGATAGAGAGTAGAGACCACAATGCCTGTGTC
CGTACATTCCGTCATCGCCACGAACCTAGTAGCAGCAGCTTCATCATCTAATCGGTTTTA
CCGCAATGTTTCGCGCCGTCGAATCGGTTCCAGCTCCGTGAGCTGCTCGGTGGAGACGAA
GGAGGCTGAACGGTGGGCGAAGCTGAAAAACGGGAACGACTCGCTCGAGGTTTGCAGAGT
GGTTAATGGAATGTGGCAGACGAGCGGAGGATGGGGAAAGATCGATCGAAACGACGCCGT
CGAAGCTATGCTCCGATACGCCGACGCAGGTCTCTCTACTTTCGACATGGCCGATCACTA
TGGTCCTGCAGAAGATCTCTACGGCATTTTTATCAATAGGGTTCGTAGAGAGCGTCCACC
AGAGTATTTGGAAAAGGTTAAAGGTTTGACAAAATGGGTGCCTCCTCCAGTGAAGATGAC
GAGCAGCTATGTTCGTCAAAACATTGACATATCTCGGAAGAGAATGGATGTGGCTTCTCT
TGATATGCTTCAGTTTCACTGGTGGG*ATTACGCGAATGATGGTTATCTTGATGCTTTGA
AACACCTCACTGACTTAAAAGAAGAAGGTAAGATCAAGACTGTTGCTTTGACAAATTTTG
ATACAAAGAGACTTGAGATCATCCTAGAGAATGGAATCCCTGTTGTTAGCAACCAGGTGC
AACACTCCATTGTAGACATGCGTCCTCAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGTGAGCTTACTG
GCGTCAAACTTATAACATATGGGACAGTAATGGGTGGTCTACTGTCAGAGAAGTTCCTTG
ATGCCAATCTAACCATCCCTTTTGCTGGCCCTAGTTTGAATACTCCTTCTCTCCAAAAGT
ACAAAAGGATGGTTGATGCATGGGGAGGGTGGAATCTATTCCAAGGTTTGCTTCGCACGA
TGAAGAGCATTGCCACAAAACATGGAGTTTCTATTCCGACCGTGGCCGTGAGATACGTAC
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TTACCCTATTTTGACTCGAACTGTCTCAAAAACTAAACTATGTATTGTACTATTGTTACA
TGGGCTAAAACCTTAAAAATATATTAAATTTAAAGTATTAATCTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B486TF U 1
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AF RR1B486JQ C 625
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G
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QA 2 766 2 766
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TGTACTATTGTTACATGGGCTAAAACCTT

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ATCTTCTTCGAGTGATTGGTGACTGTGGAGACGAGTACCGACGTGCCTGATCTTGTAGAA
TACCGTACACATGTACTCAAGACACAAGATCTGTGTTAGGATTCGTATATATGAGTTCAA
TACTTGACCAAATTTGAGATGGTTTAAATGGATGTATTACCCTATTTTGACTCGAACTGT
CTCAAAAACTAAACTATGTATTGTACTATTGTTACATGGGCTAAAACCTTAAAAATATAT
TAAATTTAAAGTATTAATCTTTT

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DS 



AS 1 6

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TTCTCCAAGATTTCTTCAACGGTAAAGAGCTCTGCAAGTCTATTAACCCGGACGAGGCCG
TGGCTTATGGTGCAGCGGTTCAGGGTGCTATTCTGAGCGGTGAAGGGAACGAGAAGGTTC
AGGACCTTCTTCTCTTGGATGTTACTCCTCTTTCTCTCGGTCTTGAGACTGCCGGTGGAG
TCATGACCACCTTGATCCAAAGGAACACAACTATCCCGACCAAAAAGGAGCAGGTCTTCT
CCACTTATTCCGACAACCAGCCTGGTGTGTTGATCCAAGTCTACGAAGGTGAGAGGGCTA
GGACCAAGGACAACAACCTTCTCGGAAAGTTCGAGCTCTCTGGCATTCCTCCTGCTCCAC
GTGGTGTCCCTCAGATCACAGTCTGTTTCGATATTGATGCAAACGGTATCCTCAACGTCT
CTGCCGAGGACAAGACCACCGGTCAAAAGAACAAGATCACCATCACCAACGACAAGGGTC
GCTTGTCTAAAGACGAGATTGAGAAGATGGTGCAAGAGGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGG
ATGAGGAGCACAAGAAGAAGGTGGAGGCCAAGAATGCTCCTGAGAACTATGCTTACAACA
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AGATGTACCAAGGAGCTGGTGGTGAGGCTGGTGGTCCCGCTGGAATGGATGACGATGAAG
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TTTACATGATTTTGGCTTGATTTTCAGTATCGGTATAATGTTTGGTTCTATTTGAGCCAT
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TGCCCGCATGGATATGTATCTTATCTTTATTCTATGTTGTTTTCCTGTGGGGCTAATGTA
AGGGGAGTCATCAACTGTTGTTCGTACAAAGTTATAAATATCTGTTATAG


BQ
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ER16TF U 1
AF RR1DS54TF U 168
AF RR1DS54JQ C 382
AF RR1BG75JQ C 416
AF RR1BE78JQ C 697
AF RR1BE78TF U 697
BS 1 184 RR1ER16TF
BS 185 185 RR1DS54TF
BS 186 312 RR1ER16TF
BS 313 313 RR1DS54TF
BS 314 639 RR1ER16TF
BS 640 640 RR1DS54TF
BS 641 722 RR1ER16TF
BS 723 733 RR1DS54TF
BS 734 734 RR1BE78TF
BS 735 745 RR1DS54TF
BS 746 746 RR1BE78TF
BS 747 806 RR1DS54TF
BS 807 807 RR1BE78TF
BS 808 817 RR1DS54TF
BS 818 818 RR1BE78TF
BS 819 845 RR1DS54TF
BS 846 1190 RR1BE78TF

RD RR1ER16TF 722 0 0
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AG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1DS54TF 678 0 0
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CCTCCTGCTCCACGTGGTGTCCCTCAGATCACAGTCTGTTTCGATATTGATGCAAACGGT
ATCCTCAACGTCTCTGCCGAGGACAAGACCACCGGTCAAAAGAACAAGATCACCATCACC
AACGACAAGGGTCGCTTGTCTAAAGACGAGATTGAGAAGATGGTGCAAGAGGCTGAGAAG
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TATGCTTACAACATGAGGAACACCATTCGTGATGACAAGATTGGTGAGAAGCTTCCTGCT
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CCCATCATTGCGAAGATG

QA 1 678 1 678
DS 

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TCTGTTTCGATATTGATGCAAACGGTATCCTCAACGTCTCTGCCGAGGACAAGACCACCG
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TGGAGGCCAAGAATGCTCCTGAGAACTATGCTTACAACATGAGGAACACCATTCGTGATG
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CTGGCCCCAAGATTGAGGAAGTCGACTAATCTTGTTATGTTCACATGATTTTGGCTTGAT
TTTCAGTATCGGT*TTATGTTTGGTTCTATTTGAGCCATGTACTCTCTATTTCTGTTGAA
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AT

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DS 

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TGAGGATGAGGAGCACAAGAAGAAGGTGGAGGCCAAGAATGCTCTTGAGAACTATGCTTA
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TGAAGCAGATGAGTTTGAGGACAAGATGAAGGAGTTGGAGAGCGTTTGCAACCCCATCAT
TGCGAAGATGTACCAAGGAGCTGGTGGTGAGGCTGGTGGTCCCGCTGGAATGGATGACGA
TGAAGCTCCTCCTTCTACCGGAGGTGCTGGCCCCAAGATTGAGGAAGTCGACTAATCTTG
TTATGTTTACATGATTTTGGCTTGATTTTCAGTATCGGTATAATGTTTGGTTCTATTTGA
GCCATGTACTCTCTATTTCTGTTGAACCTTTTTCTATATTTTTAAACTAGAGTAATCAAT
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ATGTAAGGGGAGTCATC

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DS 

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G
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ATATCTGTTATAG

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DS 

RD RR1BE78TF 494 0 0
G
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CGCTGGAATGGATGACGATGAAGCTCCTCCTTCTACCGGAGGTGCTGGCCCCAAGATTGA
GGAAGTCGACTAATCTTGTTATGTTTACATGATTTTGGCTTGATTTTCAGTATCGGTATA
ATGTTTGGTTCTATTTGAGCCATGTACTCTCTATTTCTGTTGAACCTTTTTCTTTATTTT
TAAACTAGAGTAATCAATTGTCATGCCCGCATGGATATGTATCTTATCTTTATTCTATGT
TGTTTTCCTGTGGGGCTAATGTAAGGGGAGTCATCAACTGTTGTTCGTACAAAGTTATAA
ATATCTGTTATAG

QA 2 494 2 494
DS 



AS 1 7

CO CL1068Contig1 497 7 5 U
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GTGGATTTTGATTCCTCCCTTTCTTTTGGTGTTCCCGTACACTTAAATAAATCTTACAGT
CCTGAATGATTGAATCC


BQ
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D110TF U 1
AF RR1D110JQ C 1
AF RR1BN12JQ C 1
AF RR1GC04JQ C 21
AF RR1GC04TF U 21
AF RR1AL82TF U 8
AF RR1BN12TF U 1
BS 1 79 RR1D110TF
BS 80 80 RR1GC04TF
BS 81 391 RR1D110TF
BS 392 482 RR1GC04TF
BS 483 497 RR1BN12TF

RD RR1D110TF 391 0 0
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GGGAAAGTCCTTATGAAAAAACTATTTTGAGTGCTTCGGCTTTCAAAACTATTCTAATAA
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CAGTGCAAGTTCTACTTTTGTTGATTCAATC

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GGGAAAGTCCTTATGAAAAAACTATTTTGAGTGCTTCGGCTTTCAAAACTATTCTAATAA
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CAGTGCAAGTTCTACTTTTGTTGATTC

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR1BN12JQ 497 0 0
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CAGTGCAAGTTCTACTTTTGTTGATTCAATCTTTTTCTCCCCCGTATGTTTGACTTAGAA
GTGGATTTTGATTCCTCCCTTTCTTTTGGTGTTCCCGTACACTTAAATAAATCTTACAGT
CCTGAATGATTGAATCC

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1GC04JQ 463 0 0
GG
ACCACCAGAGAGCGAGAGAGAAGAGAGATGAGGTTGTTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTC
AAGAGGGAGTGGAAACGCTGTTGGCCGTTTCTCACCGGATTCGCCTTTACCGGCGTCCTT
ATCACCAAGCTCACGGCTGGATTCACCGAGGAAGACGCCAAGAACTCCAAGTTTGTCCAA
CAACACAGGCGCTAGGTGAACATGTAGAAGCTGAGAAAGGGAAAGTCCTTATGAAAAAAC
TATTTTGAGTGCTTCGGCTTTCAAAACTATTCTAATAACATAGAAGAGAGGATTATTGAT
ACTGTTCGTCTCTCTTTTCTTTTTTCATAACTCTTGAACAGTGCAAGTTCTACTTTTGTT
GATTCAATCTTTTTCTCCCCCGTATGTTTGACTTAGAAGTGGATTTTGATTCCTCCCTTT
CTTTTGGTGTTCCCGTACACTTAAATAAATCTTACAGTCC
C

QA 3 462 3 462
DS 

RD RR1GC04TF 463 0 0
GG
ACCACCAGAGAGCGAGAGAGAAGAGAGATGAGGTTGTTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTC
AAGAGGGAGTGGAAACGCTGTTGGCCGTTTCTCACCGGATTCGCCTTTACCGGCGTCCTT
ATCACCAAGCTCACGGCTGGATTCACCGAGGAAGACGCCAAGAACTCCAAGTTTGTCCAA
CAACACAGGCGCTAGGTGAACATGTAGAAGCTGAGAAAGGGAAAGTCCTTATGAAAAAAC
TATTTTGAGTGCTTCGGCTTTCAAAACTATTCTAATAACATAGAAGAGAGGATTATTGAT
ACTGTTCGTCTCTCTTTTCTTTTTTCATAACTCTTGAACAGTGCAAGTTCTACTTTTGTT
GATTCAATCTTTTTCTCCCCCGTATGTTTGACTTAGAAGTGGATTTTGATTCCTCCCTTT
CTTTTGGTGTTCCCGTACACTTAAATAAATCTTACAGTCC
C

QA 3 462 3 462
DS 

RD RR1AL82TF 481 0 0
CAACG
CGAATCAGTCACCACCAGAGAGCGAGAGAGAAGAGAGATGAGGTTGTTCGATCCATGGCC
AGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGCTGTTGGCCGTTTCTCACCGGATTCGCCGTTAC
CGGCGTCCTTATCACCAAGCTCACGGCTGGATTCACCGAGGAAGACGCCAAGAACTCCAA
GTTTGTCCAACAACACAGGCGCTAGGTGAACATGTAGAAGCTGAGAAAGGGAAAGTCCTT
ATGAAAAAACTATTTTGAGTGCTTCGGCTTTCAAAACTATTCTAATAACATAGAAGAGAG
GATTATTGATACTGTTCGTCTCTCTTTTCTTTTTTCATAACTCTTGAACAGTGCAAGTTC
TACTTTTGTTGATTCAATCTTTTTCTCCCCCGTATGTTTGACTTAGAAGTGGATTTTGAT
TCCTCCCTTTCTTTTGGTGTTCCCGTACACTTAAATAAATCTTACAGTCC
TGAATG

QA 6 475 6 475
DS 

RD RR1BN12TF 497 0 0
GGATCGTCGACTCGAATCAGTCACCACCAGAGAGCGAGAGAGAAGAGAGATGAGGTTGTT
CGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGCTGTTGGCCGTTTCTCACCGG
ATTCGCCGTTACCGGCGTCCTTATCACCAAGCTCACGGCTGGATTCACCGAGGAAGACGC
CAAGAACTCCAAGTTTGTCCAACAACACAGGCGCTAGGTGAACATGTAGAAGCTGAGAAA
GGGAAAGTCCTTATGAAAAAACTATTTTGAGTGCTTCGGCTTTCAAAACTATTCTAATAA
CATAGAAGAGAGGATTATTGATACTGTTCGTCTCTCTTTTCTTTTTTCATAACTCTTGAA
CAGTGCAAGTTCTACTTTTGTTGATTCAATCTTTTTCTCCCCCGTATGTTTGACTTAGAA
GTGGATTTTGATTCCTCCCTTTCTTTTGGTGTTCCCGTACACTTAAATAAATCTTACAGT
CCTGAATGATTGAATCC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 7

CO CL1069Contig1 631 7 8 U
GGAAAGGCAAAAAGCTTATCTTCTTCTTTTCACAAATCAGAGTAGTGAGTTCCAAAAGAG
ATTCAAAAGTCGCCGAGGGCACAATGGCGTCTCTCTCCATGGCTTCCGTTAACATCAGGT
TCTCTCCTTTACGCTCGTCTCCAAAGGTCTCCGTTCAATTCGCTCGGTCGAGTCTTGCTC
TTGCCTCAACTCACTGCATTTCTGGGATTCGTGCTGTTCTTCCTCAGAAGATATCCACTG
TTGTCTCTCCCAGTTCTCAAAGGCTTCAGACTCTCACCGTTTTCGCTCATAAGGGCTACA
AAATGAAGACCCACAAGGCCTCAGCGAAGAGGTTCAGGGTGACGGGTAGGGGGAAGATAG
TGAGGAGGAGATCCGGGAAGCAGCATTTGTTAGCTAAGAAGAACAACAAGAGGAAGCTCC
GTCTTTCCAAAATGCATGAAGTGAGCCGCAGTGACTATGACAATGTGATCGGCGCTCTTC
CCTACCTGAAAGTCAACCGAAAGGCGACTTAAGCAGAGCCGGCTTGATTCCTTTTCTTAC
CTGCATTTCTCATTTTGTAATCTAAGTTATGATAATACTCTCTTTTGTTTTGTGATTTTT
TGGTCAATTAGTTGATCCTTCTTCCACCTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA39TF U 16
AF RR1F878JQ C 1
AF RR1F593JQ C 37
AF RR1F593TF U 37
AF RR1F878TF U 1
AF RR1B750TF U 16
AF RR1B750JQ C 22
BS 1 17 RR1F878TF
BS 18 117 RR1HA39TF
BS 118 119 RR1F593TF
BS 120 494 RR1HA39TF
BS 495 495 RR1F878TF
BS 496 588 RR1HA39TF
BS 589 625 RR1F593TF
BS 626 631 RR1B750JQ

RD RR1HA39TF 573 0 0
GG
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GGCACAATGGCGTCTCTCTCCATGGCTTCCGTTAACATCACCTTCTCTCCTTTACGCTCG
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ATTTCTGGGATTCGTGCTGTTCTTCCTCAGAAGATATCCACTGTTGTCTCTCCCAGTTCT
CAAAGGCTTCAGACTCTCACCGTTTTCGCTCATAAGGGCTACAAAATGAAGACCCACAAG
GCCTCAGCGAAGAGGTTCAGGGTGACGGGTAGGGGGAAGATAGTGAGGAGGAGATCCGGG
AAGCAGCATTTGTTAGCTAAGAAGAACAACAAGAGGAAGCTCCGTCTTTCCAAAATGCAT
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CGAAAGGCGACTTAAGCAGAGCCGGCTTGATTCCTTTTCTTACCTGCATTTCTCATTTTG
TAATCTAAGTTATGATAATACTCTCTTTTGT

QA 3 573 3 573
DS 

RD RR1F878JQ 628 0 0
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TCTCTCCTTTACGCTCGTCTCCAAAGGTCTCCGTTCAATTCGCTCGGTCGAGTCTTGCTC
TTGCCTCAACTCACTGCATTTCTGGGATTCGTGCTGTTCTTCCTCAGAAGATATCCACTG
TTGTCTCTCCCAGTTCTCAAAGGCTTCAGACTCTCACCGTTTTCGCTCATAAGGGCTACA
AAATGAAGACCCACAAGGCCTCAGCGAAGAGGTTCAGGGTGACGGGTAGGGGGAAGATAG
TGAGGAGGAGATCCGGGAAGCAGCATTTGTTAGCTAAGAAGAACAACAAGAGGAAGCTCC
GTCTTTCCAAAATGCATGAAGTGAGCCGCAGTGACTATGACAATGTGATCGGCGCTCTTC
CCTACCTGAAAGTCAACCGAAAGGCGACTTAAGCAGAGCCGGCTTGATTCCTTTTCTTAC
CTGCATTTCTCATTTTGTAATCTAAGTTATGATAATACTCTCTTTTGTTTTGTGATTTTT
TGGTCAATTAGTTGATCCTTCTTCC
ACC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1F593JQ 589 0 0
GG
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GTGACGGGTAGGGGGAAGATAGTGAGGAGGAGATCCGGGAAGCAGCATTTGTTAGCTAAG
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CCGGCTTGATTCCCTTTCTTACCTGCATTTCTCATTTTGTAATCTAAGTTATGATAATAC
TCTCTTTTGTTTTGTGATTTTTTGGTCAATTAGTTGATCCTTCTTCC

QA 3 589 3 589
DS 

RD RR1F593TF 589 0 0
GG
AGAGTAGTGAGTTCCAAAAGAGATTCAAAAGTCGCCGAGGGCACAATGGCGTCTCTCTCC
ATGGCTTCCGTTAACATCAGGTTCTCTCCTTTACGCTCGTCTCCAAAGGTCTCCGTTCAA
TTCGCTCGGTCGAGTCTTGCTCTTGCCTCAACTCACTGCATTTCTGGGATTCGTGCTGTT
CTTCCTCAGAAGATATCCACTGTTGTCTCTCCCAGTTCTCAAAGGCTTCAGACTCTCACC
GTTTTCGCTCATAAGGGCTACAAAATGAAGACCCACAAGGCCTCAGCGAAGAGGTTCAGG
GTGACGGGTAGGGGGAAGATAGTGAGGAGGAGATCCGGGAAGCAGCATTTGTTAGCTAAG
AAGAACAACAAGAGGAAGCTCCGTCTTTCCAAAATGCATGAAGTGAGCCGCAGTGACTAT
GACAATGTGATCGGCGCTCTTCCCTACCTGAAAGTCGACCGAAAGGCGACTTAAGCAGAG
CCGGCTTGATTCCCTTTCTTACCTGCATTTCTCATTTTGTAATCTAAGTTATGATAATAC
TCTCTTTTGTTTTGTGATTTTTTGGTCAATTAGTTGATCCTTCTTCC

QA 3 589 3 589
DS 

RD RR1F878TF 622 0 0
GGAAAGGCAAAAAGCTTATCTTCTTCTTTTCACAAATCAGAGTAGTGAGTTCCAAAAGAG
ATTCAAAAGTCGCCGAGGGCACAATGGCGTCTCTCTCCATGGCTTCCGTTAACATCAGGT
TCTCTCCTTTACGCTCGTCTCCAAAGGTCTCCGTTCAATTCGCTCGGTCGAGTCTTGCTC
TTGCCTCAACTCACTGCATTTCTGGGATTCGTGCTGTTCTTCCTCAGAAGATATCCACTG
TTGTCTCTCCCAGTTCTCAAAGGCTTCAGACTCTCACCGTTTTCGCTCATAAGGGCTACA
AAATGAAGACCCACAAGGCCTCAGCGAAGAGGTTCAGGGTGACGGGTAGGGGGAAGATAG
TGAGGAGGAGATCCGGGAAGCAGCATTTGTTAGCTAAGAAGAACAACAAGAGGAAGCTCC
GTCTTTCCAAAATGCATGAAGTGAGCCGCAGTGACTATGACAATGTGATCGGCGCTCTTC
CCTACCTGAAAGTCAACCGAAAGGCGACTTAAGCAGAGCCGGCTTGATTCCTTTTCTTAC
CTGCATTTCTCATTTTGTAATCTAAGTTATGATAATACTCTCTTTTGTTTTGTGATTTTT
TGGTCAATTAGTTGATCCTTCT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1B750TF 616 0 0
GG
ATCTTCTTCTTTTCACAAATCAGAGTAGTGAGTTCCAAAAGAGATTCAAAAGTCGCCGAG
GGCACAATGGCGTCTCTCTCCATGGCTTCCGTTAACATCAGGTTCTCTCCTTTACGCTCG
TCTCCAAAGGTCTCCGTTCAATTCGCTCGGTCGAGTCTTGCTCTTGCCTCAACTCACTGC
ATTTCTGGGATTCGTGCTGTTCTTCCTCAGAAGATATCCACTGTTGTCTCTCCCAGTTCT
CAAAGGCTTCAGACTCTCACCGTTTTCGCTCATAAGGGCTACAAAATGAAGACCCACAAG
GCCTCAGCGAAGAGGTTCAGGGTGACGGGTAGGGGGAAGATAGTGAGGAGGAGATCCGGG
AAGCAGCATTTGTTAGCTAAGAAGAACAACAAGAGGAAGCTCCGTCTTTCCAAAATGCAT
GAAGTGAGCCGCAGTGACTATGACAATGTGATCGGCGCTCTTCCCTACCTGAAAGTCAAC
CGAAAGGCGACTTAAGCAGAGCCGGCTTGATTCCTTTTCTTACCTGCATTTCTCATTTTG
TAATCTAAGTTATGATAATACCCTCTTTTGTTTTGTGATTTTTTGGTCAATTAGTTGATC
CTTCTTCC
ACCTTG

QA 3 610 3 610
DS 

RD RR1B750JQ 610 0 0
TCTTCTTTTCACAAATCAGAGTAGTGAGTTCCAAAAGAGATTCAAAAGTCGCCGAGGGCA
CAATGGCGTCTCTCTCCATGGCTTCCGTTAACATCAGGTTCTCTCCTTTACGCTCGTCTC
CAAAGGTCTCCGTTCAATTCGCTCGGTCGAGTCTTGCTCTTGCCTCAACTCACTGCATTT
CTGGGATTCGTGCTGTTCTTCCTCAGAAGATATCCACTGTTGTCTCTCCCAGTTCTCAAA
GGCTTCAGACTCTCACCGTTTTCGCTCATAAGGGCTACAAAATGAAGACCCACAAGGCCT
CAGCGAAGAGGTTCAGGGTGACGGGTAGGGGGAAGATAGTGAGGAGGAGATCCGGGAAGC
AGCATTTGTTAGCTAAGAAGAACAACAAGAGGAAGCTCCGTCTTTCCAAAATGCATGAAG
TGAGCCGCAGTGACTATGACAATGTGATCGGCGCTCTTCCCTACCTGAAAGTCAACCGAA
AGGCGACTTAAGCAGAGCCGGCTTGATTCCTTTTCTTACCTGCATTTCTCATTTTGTAAT
CTAAGTTATGATAATACCCTCTTTTGTTTTGTGATTTTTTGGTCAATTAGTTGATCCTTC
TTCCACCTTG

QA 1 610 1 610
DS 



AS 2 7

CO CL1070Contig1 981 4 26 U
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TCTCATATAGACTCAGCAAGTAAACATGATGACACTGACAAAACATGTATCAATTTCAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAGCCAAGTCTCTGATGGATTTAAAACATAGGAGGCTGTAAATTAA
GTAGCCTTGGGTGTTTGTTGTACAAGGCATATGCATCTTACGCTGAGGGGACAGTCTCCT
CGGTTTTCTTTTCTTCAACAGCTTTCTCTACCTTCTCCACTGGTTTCTCTTCCTTCTTCT
CCTCCTCCTCCTCCGTGTTTTTCTCTTCCACTGTTAACTTCTCAAGAAAACCAGCAGCCT
CAAAAGCGTCTTTACTCTCCTCTTTCTCTTCTTCAAATTCAGCAACTTCCTTGAACTTTT
GCATGAATGCTTTGCAGTTCTCAACATTAGCAAAGCGGATACAGAAAAGCTCATCCTTCA
ACTCCCCATCGGAGAAATCACGAGCGTGCCACACACAAGACTTGTCATTCCCAGCGTGTT
CCTGAACACTCATCCCCGACGTAACGAGATGATTAGCACAGATCTTGAGAGTTTTGGATT
GCCTCATAACGAGACGAATCTTCCCAGTCTCCTTGTGCTTCAAGAACTTGACAGTCCCAG
CTCCTCTCTCCTTCCACTGACTCCCATCTTTATCGAACCTATACAACTTCGATTTCAGAT
CGAGGATGGTATCTTCGTTTTCTTCACCGGTAGTGACGGCGACTTCTTCGAGTTTGATGA
TGGGAGCGACCTGAGCGCCGGTGTCTTCGTCCTCGTTGGCTCCGGACTCTTCTTCGTCTC
TGTGCTCACGCTCCGGCTCGTTGCTGATGCTCGCCATCTTATCAGATCAGATCAGATCAA
AAGCTTTGGTGGTTGTTGTTGTTGTTGGATGCACAGTGCGTAACAGCGAGATTGGAGGAG
AGAATGTCTGGGGAGAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BS48JQ U 1
AF RR1BD43JQ U 57
AF RR1BS48TF C 230
AF RR1BD43TF C 323
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BS 166 299 RR1BS48JQ
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RD RR1BS48JQ 572 0 0
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TCTCATATAGACTCAGCAAGTAAACATGATGACACTGACAAAACATGTATCAATTTCAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAGCCAAGTCTCTGATGGATTTAAAACATATGAGGCTGTAAATTAA
GTAGCCTTGGGTGTTTGTTGTACAAGGCATATGCATCTTACGCTGAGGGGACAGTCTCCT
CGGTTTTCTTTTCTTCAACAGCTTTCTCTACCTTCTCCACTGGTTTCTCTTCCTTCTTCC
CCCCCCCCCCCTCCGGGTTTTTCTCTTCCACTGTTAACTTCTCAAGAAAACCAGCAGCCT
CAAAAGCGTCTTTACTCTCCTCTTTCTCTTCTTCAAATTCAGCAACTTCCTTGAACTTTT
GCATGAATGCTTTGCAGTTCTCAACATTAGCAAAGCGGAAACAAAAAAGCTCATCCTTCA
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CCTGAACACTCATCCCCGACGTAACGAGATGA

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DS 

RD RR1BD43JQ 592 0 0
AG
AATCTCATATAGACTCAGCAAGTAAACATGATGACACTGACAAAACATGTATCAATTTCA
AGAAAAAAAGAAAAGAAAGCCAAGTCTCTGATGGATTTAAAACATAGGAGGCTGTAAATT
AAGTAGCCTTGTGTGTTTGTTGTACAAGGCATATGCATCTTACGCTGAGGGGACAGTCTC
CTCGGTTTTCTTTTCTTCAACAGCTTTCTCTACCTTCTCCACTGGTTTCTCTTCCTTCTT
CTCCTCCTCCTCCTCCGTGTTTTTCTCCTCCACTGTTAACTTCTCAAGAAAACCAGCAGC
CTCAAAAGCGTCTTTACTCTCCTCTTTCTCTTCTTCAAATTCAGCAACTTCCTTGAACTT
TTGCATGAATGCTTTGCAGTTCTCAACATTAGCAAAGCGGATACAGAAAAGCTCATCCTT
CAACTCCCCATCGGAGAAATCACGAGCGTGCCACACACAAGACTTGTCATTCCCAGCGTG
TTCCTGAACACTCATCCCCGACGTAACGAGATGATTAGCACAGATCTTGAGAGTTTTGGA
TTGCCTCATAACGAGACGAATCTTCCCAGTCTCCTTGTGCTTCAAGAACT

QA 3 592 3 592
DS 

RD RR1BS48TF 653 0 0
GACA
GTCTCCTCGGTTTTCTTTTCTTCAACAGCTTTCTCTACCTTCTCCACTGGTTTCTCTTCC
TTCTTCTCCTCCTCCTCCTCCGTGTTTTTCTCTTCCACTGTTAACTTCTCAAGAAGACCA
GCAGCCTCAGAAGCGTCTTTACTCTCCTCTTTCTCTTCTTCAGATTCAGCAACTTCCTTG
AACTTTTGCATGAATGCTTTGCAGTTCTCAACATTAGCAAAGCGGATACAGAAAAGCTCA
TCCTTCAACTCCCCATCGGAGAAATCACGAGCGTGCCACACACAAGACTTGTCATTCCCA
GCGTGTTCCTGAACACTCATCCCCGACGTAACGAGATGAT*AGCACAGATCTTGAGAGTT
TTGGATTGCCTCATAACGAGACGAATCTTCCCAGTCTCCTTATGCTTCAGGAACTTGACA
GTCCCAGCTCCTCTCTCCTTCCACTGACTCCCATCTTTATCGAACCTATACAACTTCGAT
TTCAGATCGAGGATTGTATCTTCGTTTTCTTCACCGGTAGTGACGGCGACTTCTTCGAGT
TTGATGATGGGAGCGACCTGAGCGCCGGTGTCTTCGTCCTCGTTGGCTCCGGACTCTTCT
TCGTCTCTGTGCTCACGCTCCGGCTCGTTGCTGATGCTCGCCATCTTAT

QA 5 653 5 653
DS 

RD RR1BD43TF 659 0 0
CTCC
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TCTTCTTCAGATTCAGCAACTTCCTTGAACTTTTGCATGAATGCTTTGCAGTTCTCAACA
TTAGCAAAGCGGATACAGAAAAGCTCATCCTTCAACTCCCCATCGGAGAAATCACGAGCG
TGCCACACACAAGACTTGTCATTCCCAGCGTGTTCCTGAACACTCATCCCCGACGTAACG
AGATGATTAGCACAGATCTTGAGAGTTTTGGATTGCCTCATAACGAGACGAATCTTCCCA
GTCTCCTTGTGCTTCAAGAACTTGACAGTCCCAGCTCCTCTCTCCTTCCACTGACTCCCA
TCTTTATCGAACCTATACAACTTCGATTTCAGATCGAGGATGGTATCTTCGTTTTCTTCA
CCGGTGGTGACGGCGACTTCTTCGAGTTTGATGATGGGAGCGACCTGAGCGCCGGTGTCT
TCGTCCTCGTTGGCTCCGGACTCTTCTTCGTCTCTGTGTTCACGCTCCGG*TCGTTGCTG
ATGCTCGCCATCTTATCAGATCAGATCAGATCAAAAGCTTTGGTGGTTGTTGTTGTTGTT
GGATGCACAGTGCGTAACAGCGAGATTGGAGGAGAGAATGTCTGGGGAGAGAGCC

QA 5 659 5 659
DS 



CO CL1070Contig2 1004 3 4 U
GGGCTCTCTCCCCAAACATTCTCTCCCCCAATCTCGCTGTTACGCACTGTGTATCCATCC
AACAACAACCAGCAAAGCTTTTGATCTGATCTGATAAGATGGCGAGCATCAGCAACGAGC
CGGAGCGTGAGCACAGAGACGAAGAAGAGTCCGGAGCCAACGAGGACGAAGACACCGGTG
CTCAGGCCGCTCCCATCATCAAACTCGAAGAAGTCGCCGTCACTACCGGTGAAGAAAACG
AAGATACCATCCTCGATCTGAAATCGAAGCTGTATAGGTTCGATAAAGATGGGAGTCAGT
GGAAGGAGAGAGGTGCTGGGACTGTCAAGTTCTTGAAGCATAAGGAGACTGGGAAGATTC
GTCTCGTTATGAGGCAATCCAAAACTCTCAAGATCTGTGCTAATCATCTCGTTACATCGG
GGATGAGTGTTCAGGAACACGCTGGGAATGACAAGTCTTGTGTGTGGCACGCTCGTGATT
TCTCCGATGGGGAGTTGAAGGATGAGCTTTTCTGTATCCGCTTTGCCAATGTTGAGAACT
GCAAAGCATTCATGCAAAAGTTCAAGGAAGTTGCTGAATCTGAAGAAGAGAAAG**GAGA
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CGGAGGAGGAGGAGAAGAAGGAAGAGAAACCAGTGGAGAAGGCAGAGAAAGCTGTTGAAG
AAAAGAAAACCGAGGAGACCGTGCCCTCAGCGTAAGATGCATATGCCTTGTACAACAAAC
ACACAAGGCTACTTAATTTACAGCCTCATATGTTTTAAATCCATCAGAGACTTGGCTTTC
TTTTCTTTCTTTCTTGAAGTTGATACACGTCCTGTCAGTGTCATCATGTTTACTTGCTGA
GTCTATATGAGATTCTGGGGTTGTTTTTGGGATTCGTTTTGTGGAAAGAATATCCCTTTG
TTTTGATTTTACAAAATGTATGCATTGGTGTGTTTTTTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH12TF U 1
AF RR1C951TF U 12
AF RR1CH12JQ C 257
BS 1 186 RR1CH12TF
BS 187 187 RR1C951TF
BS 188 655 RR1CH12TF
BS 656 1004 RR1CH12JQ

RD RR1CH12TF 657 0 0
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AAGATACCATCCTCGATCTGAAATCGAAGCTGTATAGGTTCGATAAAGATGGGAGTCAGT
GGAAGGAGAGAGGTGCTGGGACTGTCAAGTTCTTGAAGCATAAGGAGACTGGGAAGATTC
GTCTCGTTATGAGGCAATCCAAAACTCTCAAGATCTGTGCTAATCATCTCGTTACATCGG
GGATGAGTGTTCAGGAACACGCTGGGAATGACAAGTCTTGTGTGTGGCACGCTCGTGATT
TCTCCGATGGGGAGTTGAAGGATGAGCTTTTCTGTATCCGCTTTGCCAATGTTGAGAACT
GCAAAGCATTCATGCAAAAGTTCAAGGAAGTTGCTGAATCTGAAGAAGAGAAAG**GAGA
GTAAAGACGCTTCTGAGGCTGCTGGTCTTCTTGAGAAGTTAACAGTGGAAGAGAA
GA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1C951TF 647 0 0
GGAA
ACATTCTCTCCCCCAATCTCGCTGTTACGCACTGTGTATCCATCCAACAACAACCAGCAA
AGCTTTTGATCTGATCTGATAAGATGGCGAGCATCAGCAACGAGCCGGAGCGTGAGCACA
GAGACGAAGAAGAGTCCGGAGCCAACGAGGACGAAGACACCGGTGCTCAGGCCGCTCCCA
TCATCAAACTCGAAGAAGTCGCCGTCACTACCGGTGAAGAAAACGAAGATACCATCCTCG
ATCTGAAATCGAAGCTGTATAGGTTCGATAAAGATGGGAGTCAGTGGAAGGAGAGAGGTG
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AATCCAAAACTCTCAAGATCTGTGCTAATCATCTCGTTACATCGGGGATGAGTGTTCAGG
AACACGCTGGGAATGACAAGTCTTGTGTGTGGCACGCTCGTGATTTCTCCGATGGGGAGT
TGAAGGATGAGCTTTTCTGTATCCGCTTTGCCAATGTTGAGAACTGCAAAGCATTCATGC
AAAAGTTCAAGGAAGTTGCTGAATCTGAAGAAGAGAAAGAGGAGAGTAAAGACGCTTCTG
AG*CTGCTGGTCTTCTTGAGAAGTTAACAGTGGAAGAGAA
GAC

QA 5 644 5 644
DS 

RD RR1CH12JQ 748 0 0
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TGGGACTGTCAAGTTCTTGAAGCATAAGGAGACTGGGAAGATTCGTCTCGTTATGAGGCA
ATCCAAAACTCTCAAGATCTGTGCTAATCATCTCGTTACATCGGGGATGAGTGTTCAGGA
ACACGCTGGGAATGACAAGTCTTGTGTGTGGCACGCTCGTGATTTCTCCGATGGGGAGTT
GAAGGATGAGCTTTTCTGTATCCGCTTTGCCAATGTTGAGAACTGCAAAGCATTCATGCA
AAAGTTCAAGGAAGTTGCTGAATCTGAAGAAGAGAAAG**GAGAGTAAAGACGCTTCTGA
GGCTGCTGGTCTTCTTGAGAAGTTAACAGTGGAAGAGAAGAACACGGAGGAGGAGGAGAA
GAAGGAAGAGAAACCAGTGGAGAAGGCAGAGAAAGCTGTTGAAGAAAAGAAAACCGAGGA
GACCGTGCCCTCAGCGTAAGATGCATATGCCTTGTACAACAAACACACAAGGCTACTTAA
TTTACAGCCTCATATGTTTTAAATCCATCAGAGACTTGGCTTTCTTTTCTTTCTTTCTTG
AAGTTGATACACGTCCTGTCAGTGTCATCATGTTTACTTGCTGAGTCTATATGAGATTCT
GGGGTTGTTTTTGGGATTCGTTTTGTGGAAAGAATATCCCTTTGTTTTGATTTTACAAAA
TGTATGCATTGGTGTGTTTTTTTTTTCC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 6

CO CL1071Contig1 783 6 25 U
GGCCGCCTCTCTCTAGTCACTAATCTGATTCTTCCTCCTCCAACAAACCTGTTTCTCCCT
CAATAAATCAAATGGCTGCAGCTTTGGCTTCCAGATTATCTCGTGGACGCTCATTGCTTG
GAGGTCTTAAAAATGATTTCTCCGGTTCAATGATTACTTCCACTGGAATGATGAATGAGA
GTATCCTCTCTCAGCA***ACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTCAAAG
TGGTGGACAACTCAGGAGCCAAGAAAGTGATGTGTATCCAAGCGCTAAAGGGTAAGAAAG
GAGCTAGGCTTGGGGACACGATCGTTGCTTCGGTGAAAGAAGCGATGCCGAACGGTAAAG
TGAAGAAAGGAGCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTG
TTGATGGAAGCGAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAGACA
AGAAGACTAAAACCGATCGCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCATG
AGCTCCGTAAGAAGAAGCATCTCAAGATTCTTGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACA
ACAA**CAACATCAAGCGCTAGAACCAGCTACTGTCT*ATCTTTTTTTTTATGTTCTCTT
TGTAAACTCTCATCAATAGTTTCATGAACTATGCAACTCAGAAATACAAGTTAGAAATAA
TTTTGCTCGGCTTTGATTAAGTTTTTTAATTATGTTACACTTGCTTCTTAAGGCTAAATT
TCC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1EK85TF U 17
AF RR1CH02TF U 3
AF RR1CN69TF U 1
AF RR1B564JQ C 1
AF RR1CN69JQ C 53
AF RR1B564TF U 1
BS 1 4 RR1B564JQ
BS 5 18 RR1CH02TF
BS 19 133 RR1EK85TF
BS 134 134 RR1CH02TF
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BS 200 422 RR1EK85TF
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BS 545 545 RR1CN69TF
BS 546 602 RR1EK85TF
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BS 639 649 RR1EK85TF
BS 650 716 RR1CN69TF
BS 717 719 RR1B564TF
BS 720 737 RR1CN69TF
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RD RR1EK85TF 633 0 0
GG
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AACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTCAAAGTGGTGGACAACTCAGGAG
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TGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTGTTTATGGAAGCGAAGTTA
GGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAGACAAGAAGACTAAAACCGATC
GCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCATGAGCTTCGTAAGAAGAAGC
ATCTCAAGATTCTTGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACAACCAACCAACATCAAGCT
CTAGAACCAGCTACTGTCTTATCTTTTTTTT

QA 3 633 3 633
DS 

RD RR1CH02TF 639 0 0
GG
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CCTCTCTCAGCAGCAACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTCAAAGTGGT
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GAAGGGAGCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTGTTGA
TGGAAGCGAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAGACAAGAA
GACTAAAACCGATCGCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCATGAGCT
TCGTAAGAAGAAGCATCTCAAGATTCTTGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACAACCA
ACCAACATCAAGCTCTAGAACCAGCTACTGTCT
TATC

QA 3 635 3 635
DS 

RD RR1CN69TF 740 0 0
GGCC
GCCTCTCTCTAGTCACTAATCTGATTCTTCCTCCTCCAACAAACCTGTTTCTCCCTCAAT
AAATCAAATGGCTGCAGCTTTGGCTTCCAGATTATCTCGTGGACGCTCATTGCTTGGAGG
TCTTAAAAATGATTTCTCCGGTTCAATGATTACTTCCACTGGAATGATGAATGAGAGTAT
CCTCTCTCAGCA***ACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTCAAAGTGGT
GGACAACTCAGGAGCCAAGAAAGTGATGTGTATCCAAGCGCTAAAGGGTAAGAAAGGAGC
TAGGCTTGGGGACACGATCGTTGCTTCGGTGAAAGAAGCGATGCCGAACGGTAAAGTGAA
GAAAGGAGCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTGTTGA
TGGAAGCGAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAGACAAGAA
GACTAAAACCGATCGCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCATGAGCT
CCGTAAGAAGAAGCATCTCAAGATTCTTGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACAACAA
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AACTCTCATCAATAGTTTCATGAACTATGCAACTCAGAAATACAAGTTAGAAT**ATTTT
GCTCGGCTTTGAT
AAG

QA 5 737 5 737
DS 

RD RR1B564JQ 783 0 0
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GTATCCTCTCTCAGCA***ACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTCAAAG
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GAGCTAGGCTTGGGGACACGATCGTTGCTTCGGTGAAAGAAGCGATGCCGAACGGTAAAG
TGAAGAAAGGAGCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTG
TTGATGGAAGCGAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAGACA
AGAAGACTAAAACCGATCGCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCATG
AGCTCCGTAAGAAGAAGCATCTCAAGATTCTTGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACA
ACAA**CAACATCAAGCGCTAGAACCAGCTACTGTCT*ATCTTTTTTTTTATGTTCTCTT
TGTAAACTCTCATCAATAGTTTCATGAACTATGCAACTCAGAAATACAAGTTAGAAATAA
TTTTGCTCGGCTTTGATTAAGTTTTTTAATTATGTTACACTTGCTTCTTAAGGCTAAATT
TCC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1CN69JQ 731 0 0
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ATTGCTTGGAGGTCTTAAAAATGATTTCTCCGGTTCAATGATTACTTCCACTGGAATGAT
GAATGAGAGTATCCTCTCTCAGCA***ACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGT
TCTCAAAGTGGTGGACAACTCAGGAGCCAAGAAAGTGATGTGTATCCAAGCGCTAAAGGG
TAAGAAAGGAGCTAGGCTTGGGGACACGATCGTTGCTTCGGTGAAAGAAGCGATGCCGAA
CGGTAAAGTGAAGAAAGGAGCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAG
AGGTCGTGTTGATGGAAGCGAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAA
TAAAGACAAGAAGACTAAAACCGATCGCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGT
TCCTCATGAGCTCCGTAAGAAGAAGCATCTCAAGATTCTTGCTTTGGCTCAACACATTGC
TTGAGACAACAA**CAACATCAAGCGCTAGAACCAGCTACTGTCT*ATCTTTTTTTTTAT
GTTCTCTTTGTAAACTCTCATCAATAGTTTCATGAACTATGCAACTCAGAAATACAAGTT
AGAAATAATTTTGCTCGGCTTTGATTAAGTTTTTTAATTATGTTACACTTGCTTCTTAAG
GCTAAATTTCC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1B564TF 783 0 0
GGCC
GCCTCTCTCTAGTCACTAATCTGATTCTTCCTCCTCCAACAAACCTGTTTCTCCCTCAAT
AAATCAAATGGCTGCAGCTTTGGCTTCCAGATTATCTCGTGGACGCTCATTGCTTGGAGG
TCTTAAAAATGATTTCTCCGGTTCAATGATTACTTCCACTGGAATGATGAATGAGAGTAT
CCTCTCTCAGCA***ACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTCAAAGTGGT
GGACAACTCAGGAGCCAAGAAAGTGATGTGTATCCAAGCGCTAAAGGGTAAGAAAGGAGC
TAGGCTTGGGGACACGATCGTTGCTTCGGTGAAAGAAGCGATGCCGAACGGTAAAGTGAA
GAAAGGAGCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTGTTGA
TGGAAGCGAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAGACAAGAA
GACTAAAACCGATCGCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCATGAGCT
CCGTAAGAAGAAGCATCTCAAGATTCTTGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACAACAA
**CAACATCAAGCGCTAGAACCAGCTACTGTCT*ATCTTTTTTTTTATGTTCTCTTTGTA
AACTCTCATCAATAGTTTCATGAACTATGCAACTCAGAAATACAAGTTAGAAATAATTTT
GCTCGGCTTTGATTAAGTTTTTTAATTATGTTACACTTGCTTCTTAAAGCTAAATTTCC

QA 5 783 5 783
DS 



AS 1 7

CO CL1072Contig1 941 7 14 U
TTTTTCATATTCTATTTCATAACCACTATTTATATGCCTCTATATTAACGTCTTCTTCCT
CCTCCAGATCTCATTATAATACATTTCTTACCCTTTCTTCATTTAAACATATACACCTGT
TTTAATGAAGTTCGGTAAGAGGATTAAGGAGCAGATACAAGAGTCGTTGCCGGAGTGGCG
TGACAAGTTTTTGCGTTACAAAGAACTCAAGAATCTGATCTCTTCTCCTGCTCCAGCTGA
ATCTATCTTCGTCTGTTTGCTGAACGCCGAGATTGAGAAGTTTAATGCTTTCTTCGTCGA
GCAAGAAGAAGATTTCATCATCCACCATAAGGAATTGCAATATCGGATTCAGAGATTGGT
AGAAAAATGTGGAGACAATGATGATGTAATGTTCAGAGAAGAGATTGGTGAGATCAGAAA
GGATATTGTTAACTTCCATGGGGAGATGGTACTTCTCGTTAATTACAGCAACATAAACTA
CACTGGGTTAGCAAAGATCCTGAAGAAGTACGACAAGAGAACAGGAGGAGCATTGCGATC
GCCGTTTATCCAAAAAGTTCTTCGTCAACCGTTTTTCAAGACTGATCTGGTGTCGAGGCT
TGTAAGAGAGTGGGAGACGACAATGGACGCGATGTTTCCGGCGCTGACTAGGGAGGTGGA
GGGATACGAGAGATCTGCGGCGGTGAGTTCGGCTGCAGCGGGAGAAGGGATATTTAGGAA
TACGGTTGCGGCGTTGATGACGATGAGAGAGATGAGAAGAGGGAGTTCTACTTACGGTGT
TTACTCGCTTCCGCCGCTTAATCTTTCTGATTCCGATCTTGTTTTACGGCCGGTCCACGT
CCCTTCTCCGATACCTATTCCTTATTGATAAATCTTAATAGATATTTAATCACACGGGAA
ATGGACTTATCATAATATTTGTATTTTTTTCGTTTGACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FO40TF U 1
AF RR1CZ37TF U 71
AF RR1BD57TF U 74
AF RR1AY76TF U 76
AF RR1BD57JQ C 414
AF RR1FO40JQ C 152
AF RR1CZ37JQ C 195
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BS 824 824 RR1BD57TF
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RD RR1FO40TF 678 0 0
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CCTCCAGATCTCATTATAATACATTTCTTACCCTTTCTTCATTTAAACATATACACCTGT
TTTAATGAAGTTCGGTAAGAGGATTAAGGAGCAGATACAAGAGTCGTTGCCGGAGTGGCG
TGACAAGTTTTTGCGTTACAAAGAACTCAAGAATCTGATCTCTTCTCCTGCTCCAGCTGA
ATCTATCTTCGTCTGTTTGCTGAACGCCGAGATTGAGAAGTTTAATGCTTTCTTCGTCGA
GCAAGAAGAAGATTTCATCATCCACCATAAGGAATTGCAATATCGGATTCAGAGATTGGT
AGAAAAATGTGGAGACAATGATGATGTAATGTTCAGAGAAGAGATTGGTGAGATCAGAAA
GGATATTGTTAACTTCCATGGGGAGATGGTACTTCTCGTTAATTACAGCAACATAAACTA
CACTGGGTTAGCAAAGATCCTGAAGAAGTACGACAAGAGAACAGGAGGAGCATTGCGATC
GCCGTTTATCCAAAAAGTTCTTCGTCAACCGTTTTTCAAGACTGATCTGGTGTCGAGGCT
TGTAAGAGAGTGGGAGACGACAATGGACGCGATGTTTCCG*CGCTGACTAGGGAGGTGGA
GGGATACGAGAGATCTGC

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DS 

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GGATTAT
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ACAAAGAACTCAAGAATCTGATCTCTTCTCCTGCTCCAGCTGAATCTATCTTCGTCTGTT
TGCTGAACGCCGAGATTGAGAAGTTTAATGCTTTCTTCGTCGAGCAAGAAGAAGATTTCA
TCATCCACCATAAGGAATTGCAATATCGGATTCAGAGATTGGTAGAAAAATGTGGAGACA
ATGATGATGTAATGTTCAGAGAAGAGATTGGTGAGATCAGAAAGGATATTGTTAACTTCC
ATGGGGAGATGGTACTTCTCGTTAATTACAGCAACATAAACTACACTGGGTTAGCAAAGA
TCCTGAAGAAGTACGACAAGAGAACAGGAGGAGCATTGCGATCGCCGTTTATCCAAAAAG
TTCTTCGTCAACCGTTTTTCAAGACTGATCTGGTGTCGGGGCTTGTAAGAGAGTGGGAGA
CGACAATGGACGCGATGTTTCCGGCGCTGACTAGGGAGGTGGAGGGATACGAGAGATCTG
CGGCGGTGAGTTCGGCTGCAGCGGGAGAAGGGATATTTAGGAATACGGTTGCGGCGTTGA
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TTA*TCTTTCTGATTCCGATCTTGTT

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DS 

RD RR1BD57TF 751 0 0
GGAT
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ACAAAGAACTCAAGAATCTGATCTCTTCTCCTGCTCCAGCTGAATCTATCTTCGTCTGTT
TGCTGAACGCCGAGATTGAGAAGTTTAATGCTTTCTTCGTCGAGCAAGAAGAAGATTTCA
TCATCCACCATAAGGAATTGCAATATCGGATTCAGAGATTGGTAGAAAAATGTGGAGACA
ATGATGATGTAATGTTCAGAGAAGAGATTGGTGAGATCAGAAAGGATATTGTTAACTTCC
ATGGGGAGATGGTACTTCTCGTTAATTACAGCAACATAAACTACACTGGGTTAGCAAAGA
TCCTGAAGAAGTACGACAAGAGAACAGGAGGAGCATTGCGATCGCCGTTTATCCAAAAAG
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CGGCGGTGAGTTCGGCTGCAGCGGGAGAAGGGATATTTAGGAATACGGTTGCGGCGTTGA
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TTAATCTTTCTGATTCCGATCTTGTTT

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DS 

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GG
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ACAAAGAACTCAAGAATCTGATCTCTTCTCCTGCTCCAGCTGAATCTATCTTCGTCTGTT
TGCTGAACGCCGAGATTGAGAAGTTTAATGCTTTCTTCGTCGAGCAAGAAGAAGATTTCA
TCATCCACCATAAGGAATTGCAATATCGGATTCAGAGATTGGTAGAAAAATGTGGAGACA
ATGATGATGTAATGTTCAGAGAAGAGATTGGTGAGATCAGAAAGGATATTGTTAACTTCC
ATGGGGAGATGGTACTTCTCGTTAATTACAGCAACATAAACTACACTGGGTTAGCAAAGA
TCCTGAAGAAGTACGACAAGAGAACAGGAGGAGCATTGCGATCGCCGTTTATCCAAAAAG
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CGACAATGGACGCGATGTTTCCGGCGCTGACTAGGGAGGTGGAGGGATACGAGAGATCTG
CGGCGGTGAGTTCGGCTGCAGCGGGAGAAGGGATATTTAGGAATACGGTTGCGGCGTTGA
TGACGATGAGAGAGATGAGAAGAGGGAGTTCTACTTACGGTGTTTACTCGCTTCCGCCGC
TTAATCTTTCTGATTCCGATCTTGTTT

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DS 

RD RR1BD57JQ 392 0 0
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TAAACTACACTGGGTTAGCAAAGATCCTGAAGAAGTACGACAAGAGAACAGGAGGAGCAT
TGCGATCGCCGTTTATCCAAAAAGTTTTTCGTCAACCGTTTTTCAAGACTGATTTGGTGT
CGAGGCTTGTAAGAGAGTGGGAGACGACAATGGACGCGATGTTTCCGGCGCTGACTAGGG
AGGGGGAGGGATACGAGAGATTTGCGGCGGTGAGTTCGGCTGCAGCGGGAGAAGGGATAT
TTAGGAATACGGTTGCGGCGTTGATGACGATGAGAGAGATGAGAAGAGGGAGTTTTACTT
ACGGTGTTTACTCGCTTCCCCCGCTTAATCTT

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DS 

RD RR1FO40JQ 790 0 0
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ATTGAGAAGTTTAATGCTTTCTTCGTCGAGCAAGAAGAAGATTTCATCATCCACCATAAG
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TTCAGAGAAGAGATTGGTGAGATCAGAAAGGATATTGTTAACTTCCATGGGGAGATGGTA
CTTCTCGTTAATTACAGCAACATAAACTACACTGGGTTAGCAAAGATCCTGAAGAAGTAC
GACAAGAGAACAGGAGGAGCATTGCGATCGCCGTTTATCCAAAAAGTTCTTCGTCAACCG
TTTTTCAAGACTGATCTGGTGTCGAGGCTTGTAAGAGAGTGGGAGACGACAATGGACGCG
ATGTTTCCGGCGCTGACTAGGGAGGTGGAGGGATACGAGAGATCTGCGGCGGTGAGTTCG
GCTGCAGCGGGAGAAGGGATATTTAGGAATACGGTTGCGGCGTTGATGACGATGAGAGAG
ATGAGAAGAGGGAGTTCTACTTACGGTGTTTACTCGCTTCCGCCGCTTAATCTTTCTGAT
TCCGATCTTGTTTTACGGCCGGTCCACGTCCCTTCTCCGATACCTATTCCTTATTGATAA
ATCTTAATAGATATTTAATCACACGGGAAATGGACTTATCATAATATTTGTATTTTTTTC
GTTTGACTTC

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DS 

RD RR1CZ37JQ 747 0 0
GTTACAAAGAACTCAAGAATCTGATCTCTTCTC*TGCTCCAGCTGAATCTATCTTCGTCT
GTTTGCTGAACGCCGAGATTGAGAAGTTTAATGCTTTCTTCGTCGAGCAAGAAGAAGATT
TCATCATCCACCATAAGGAATTGCAATATCGGATTCAGAGATTGGTAGAAAAATGTGGAG
ACAATGATGATGTAATGTTCAGAGAAGAGATTGGTGAGATCAGAAAGGATATTGTTAACT
TCCATGGGGAGATGGTACTTCTCGTTAATTACAGCAACATAAACTACACTGGGTTAGCAA
AGATCCTGAAGAAGTACGACAAGAGAACAGGAGGAGCATTGCGATCGCCGTTTATCCAAA
AAGTTCTTCGTCAACCGTTTTTCAAGACTGATCTGGTGTCGGGGCTTGTAAGAGAGTGGG
AGACGACAATGGACGCGATGTTTCCGGCGCTGACTAGGGAGGTGGAGGGATACGAGAGAT
CTGCGGCGGTGAGTTCGGCTGCAGCGGGAGAAGGGATATTTAGGAATACGGTTGCGGCGT
TGATGACGATTAGAGAGATGAGAAGAGGGAGTTCTACTTACGGTGTTTACTCGCTTCCGC
CGCTTAATCTTTCTGATTCCGATCTTGTTTTACGGCCGGTCCACGTCCCTTCTCCGATAC
CTATTCCTTATTGATAAATCTTAATAGATATTTAATCACACGGGAAATGGACTTATCATA
ATATTTGTATTTTTTTCGTTTGACTTC

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DS 



AS 2 7

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ATCAATCAAAGACTTATGATTAGTAGTTAGAACTACTAACTTAGTTTATAAACAGATATA
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TTTTCATTTTTTTTCTTTCTTTCTTGTAAACCATGGGTCAATTTTCGTTTTGGAATCTTC
TAAAAGAGTTTGCGAGTATGTTAAACGAATCCCGCAAACTCTTTCTGAAGAACAAGAAGT
TGATGTTCTCTGTCTCGGTGTTTTATCTCTTGCTCAATGGTTTACTTTACTCGTTCAACG
TCCTTACCATTACACCCGAGATAACAAACATGACCCAAGATTTAAACGTGTTATCTACGA
TGGATCCTAGCAGCCCGGAATACATGGCCCAACTCATGAAAGTCTTTGCAGATTTTCGCC
TATTTGTCGTTTCTTCAGACATATTTAACGTTGTCTCCTTCATCATCAACGTTTTATCTG
TTATAGTCATCGTCCACGCTTCGGCTCTTACTTATAAACACGAAAACGTCAAGTTCAAAG
ATTTTGTGGTTCTATTCCTTAAATCTTGGAAGGGACCTCTTGTGACCTCTTTCTACATTT
CTCTCTTTGGTCTTAGCTATTGCTTGTTCTTCCTTATAATCCTTTTTCCTATTATTTTGT
CATCTTTGAGTATTGCTTCCTTGTTTTCCTTGGTAGCCAAAATTTTCGTTTTGCTTGTTC
TGTTCACATTGTTTGCGTCTTATTTAGCTATTGTCTGGTACCTATCTATGGTCATATCAA
TAGTAGAGGAAACTTACGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F148TF U 27
AF RR1BT23TF U 1
AF RR1H001TF U 151
AF RR1AS28JQ C 124
AF RR1AS28TF U 124
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BS 65 129 RR1BT23TF
BS 130 130 RR1AS28TF
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BS 141 141 RR1AS28TF
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BS 195 219 RR1BT23TF
BS 220 220 RR1AS28TF
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BS 317 614 RR1BT23TF
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BS 725 725 RR1AS28TF
BS 726 760 RR1H001TF
BS 761 859 RR1AS28TF

RD RR1F148TF 531 0 0
GGG
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ACCATGGGTCGATTTTCGTTTTGGAATCTTCTAAAAGAGTTTGCGAGTATGTTAAACGAA
TCCCGCAAACTCTTTCTGAAGAACAAGAAGTTGATGTTCTCTGTCTTGGTGTTTTATCTC
TTGCTCAATGGTTTACTTTACTCGTTCAACGTCCTTACCATTACACCCGAGATAACAAAC
ATGACCCAAGATTTAAACGTGTTATCTACGATGGATCCTAGCAGCCCGGAATACATGGCC
CAACTCATGAAAGTCTTTGCAGATTTTCGCCTATTTGTCGTTTCTTCAGACATATTTAAC
GTTGTCTCCTTCATCATCAACGTTTTATCTGTTATAGTCATCGTCCAC

QA 4 531 4 531
DS 

RD RR1BT23TF 701 0 0
GAACTTTGGATAAAGAAATACAAACCAAAGACTTTTCCTCCATTGAAAAGTAGCGAATCA
ATCGATCAAAGACTTATGATTAGTAGTTAGAACTACTAACTTAGTTTATAAACAGATATA
GGTATGAATGTATGATCTTAAAAACCCTCACCTTCATTTCCAAAACCAATATCCAAGAGC
TTTTCATTTTTTT*CTTTCTTTCTTGTAAACCATGGGTCGATTTTCGTTTTGGAATCTTC
TAAAAGAGTTTGCGAGTATGTTAAACGAATCCCGCAAACTCTTTCTGAAGAACAAGAAGT
TGATGTTCTCTGTCTTGGTGTTTTATCTCTTGCTCAATGGTTTACTTTACTCGTTCAACG
TCCTTACCATTACACCCGAGATAACAAACATGACCCAAGATTTAAACGTGTTATCTACGA
TGGATCCTAGCAGCCCGGAATACATGGCCCAACTCATGAAAGTCTTTGCAGATTTTCGCC
TATTTGTCGTTTCTTCAGACATATTTAACGTTGTCTCCTTCATCATCAACGTTTTATCTG
TTATAGTCATCGTCCACGCTTCGGCTCTTACTTATAAACACGAAAACGTCAAGTTCAAAG
ATTTTGTGGTTCTAGTCCTTAAATCTTGGAAAGGACCTCTTGTGACCTCTTTCTACATTT
CTCTCTTTAGTCTTGGCTATTGCTTGTTCTTCCTTATAATA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1H001TF 613 0 0
G
CTTCATTTCCAAAACCAATATCCAAGAGCTTTTCATTTTTTT*CTTTCTTTCTTGTAAAC
CATGGGTCGATTTTCGTTTTGGAATCTTCTAAAAGAGTTTGCGAGTATGTTAAACGAATC
CCGCAAACTCTTTCTGAAGAACAAGAAGTTGATGTTCTCTGTCTTGGTGTTTTATCTCTT
GCTCAATGGTTTACTTTACTCGTTCAACGTCCTTACCATTACACCCGAGATAACAAACAT
GACCCAAGATTTAAACGTGTTATCTACGATGGATCCTAGCAGCCCGGAATACATGGCCCA
ACTCATGAAAGTCTTTGCAGATTTTCGCCTATTTGTCGTTTCTTCAGACATATTTAACGT
TGTCTCCTTCATCATCAACGTTTTATCTGTTATAGTCATCGTCCACGCTTCGGCTCTTAC
TTATAAACACGAAAACGTCAAGTTCAGAGATTTTGTGGTTCTAGTCCTTAAATCTTGGAA
GGGACCTCTTGTGACCTCTTTCTACATTTCTCTCTTTAGTCTTGGCTATTGCTTGTTCTT
CCTTATAATACTTCTTCCTATTATTTTGTCATCCTTGAGTATTGCTTCCTTGTTTTCCTT
GGTAGCCAA
GAT

QA 2 610 2 610
DS 

RD RR1AS28JQ 736 0 0
GG
GAATATATGATCTTATAAACCCTCACCTTCATTTCCAAAACCAATATCCAAGAGCTTTTC
ATTTTTTTTCTTTCTTTCTTGTAAACCATGGGTCAATTTTCGTTTTGGAATCTTCTAAAA
GAGTTTGCGAGTATGTTAAACGAATCCCGCAAACTCTTTCTGAAGAACAAGAAGTTGATG
TTCTCTGTCTCGGTGTTTTATCTCTTGCTCAATGGTTTACTTTACTCGTTCAGCGTCCTT
ACCATTACACCCGAGATAACAAACATGACTCAAGATTTAAATGTGTTATCTACGATGGAT
TCTAGCAGCCCGGAATACATGGCCCAACTTATGAAAGTCTTTGCAGATTTTCGCCTATTT
GTCGTTTGTTCAGACATCTTTAACGTTGTCTCCTTCATCATCAACGTTTTATCTGTTATA
GTCATCGTCCACGCTTCGGCTCTTACTTATAAACACGAAAACGTCAAGTTCAAAGATTTT
GTGGTTCTATTCCTTAAATCTTGGAAGGGACCTCTTGTGACCTCTTTCTACATTTCTCTC
TTTGGTCTTAGCTATTGCTTGTTCTTCCTTATAATCCTTTTTCCTATTATTTTGTCATCT
TTGAGTATTGCTTCCTTGTTTTCCTTGGTAGCCAAAATTTTCGTTTTGCTTGTTCTGTTC
ACATTGTTTGCGTCTTATTTAGCTATTGTCTGGTACCTATCTATGGTCATATCAATAGTA
GAGGAAACTTACGG

QA 3 736 3 736
DS 

RD RR1AS28TF 736 0 0
GG
GAATATATGATCTTATAAACCCTCACCTTCATTTCCAAAACCAATATCCAAGAGCTTTTC
ATTTTTTTTCTTTCTTTCTTGTAAACCATGGGTCAATTTTCGTTTTGGAATCTTCTAAAA
GAGTTTGCGAGTATGTTAAACGAATCCCGCAAACTCTTTCTGAAGAACAAGAAGTTGATG
TTCTCTGTCTCGGTGTTTTATCTCTTGCTCAATGGTTTACTTTACTCGTTCAGCGTCCTT
ACCATTACACCCGAGATAACAAACATGACTCAAGATTTAAATGTGTTATCTACGATGGAT
TCTAGCAGCCCGGAATACATGGCCCAACTTATGAAAGTCTTTGCAGATTTTCGCCTATTT
GTCGTTTGTTCAGACATCTTTAACGTTGTCTCCTTCATCATCAACGTTTTATCTGTTATA
GTCATCGTCCACGCTTCGGCTCTTACTTATAAACACGAAAACGTCAAGTTCAAAGATTTT
GTGGTTCTATTCCTTAAATCTTGGAAGGGACCTCTTGTGACCTCTTTCTACATTTCTCTC
TTTGGTCTTAGCTATTGCTTGTTCTTCCTTATAATCCTTTTTCCTATTATTTTGTCATCT
TTGAGTATTGCTTCCTTGTTTTCCTTGGTAGCCAAAATTTTCGTTTTGCTTGTTCTGTTC
ACATTGTTTGCGTCTTATTTAGCTATTGTCTGGTACCTATCTATGGTCATATCAATAGTA
GAGGAAACTTACGG

QA 3 736 3 736
DS 



CO CL1073Contig2 717 2 3 U
ATAAAAGAAGAAATATACTGCTAGAGCCTTTTATTATTATCAACCACACCTTTGATTATT
TATAACCAAATCCCAAAACAAAACAAAACAAGCAAAACAAGCAAATCCATTCATGAGACT
ATATATATATTCCATATATTATGTCCGTCTCTTTCAAGCTTTCAAGGCAATGCTCCTATA
AGCGAAGTAGTGGGTAGTGTCGTATATTCAACATCCCGCAGCGACTCAGCGTCTTGGCCG
TGGGGGCTCTTACATTGGAAATATGCAACGGTGTAAGTCATGAGTAGAAACACCCCCATA
AATGCTGACACCACTAGAACCAAAACGATGGCTAAGGTAACCGCAAACGACTGGCTCCTA
TCGACCACTAGGCTCACTACAGTCACGATCTGAGCTAAACCAGAGATCAATAAAACGTAG
AAAATATTAAAGAGGAATAGTTTTGGCTTCATCCCTTTAACAATCTTTGCAGCTTCCCCC
AAAGCTTGTATCCCGTAAGTTTCCTCCACTATTGATATGACCATAGATAGGTACCAGACA
ATAGCTAAATAAGACCCAAACAATGTGAACAGAACAAGCAAAACGAAAATCTTGGCTACC
AAGGAAAACAAGGAAGCAATACTCAAAGATGACAAAATAATAGGAAGAAGTATTATAAGG
AAGAACAAGCAATAGCCAAGACTAAAGAGAGAAATGTAGAAAGAGGTCACAAGAGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F148JQ U 1
AF RR1BT23JQ U 7
BS 1 685 RR1F148JQ
BS 686 686 RR1BT23JQ
BS 687 717 RR1F148JQ

RD RR1F148JQ 717 0 0
ATAAAAGAAGAAATATACTGCTAGAGCCTTTTATTATTATCAACCACACCTTTGATTATT
TATAACCAAATCCCAAAACAAAACAAAACAAGCAAAACAAGCAAATCCATTCATGAGACT
ATATATATATTCCATATATTATGTCCGTCTCTTTCAAGCTTTCAAGGCAATGCTCCTATA
AGCGAAGTAGTGGGTAGTGTCGTATATTCAACATCCCGCAGCGACTCAGCGTCTTGGCCG
TGGGGGCTCTTACATTGGAAATATGCAACGGTGTAAGTCATGAGTAGAAACACCCCCATA
AATGCTGACACCACTAGAACCAAAACGATGGCTAAGGTAACCGCAAACGACTGGCTCCTA
TCGACCACTAGGCTCACTACAGTCACGATCTGAGCTAAACCAGAGATCAATAAAACGTAG
AAAATATTAAAGAGGAATAGTTTTGGCTTCATCCCTTTAACAATCTTTGCAGCTTCCCCC
AAAGCTTGTATCCCGTAAGTTTCCTCCACTATTGATATGACCATAGATAGGTACCAGACA
ATAGCTAAATAAGACCCAAACAATGTGAACAGAACAAGCAAAACGAAAATCTTGGCTACC
AAGGAAAACAAGGAAGCAATACTCAAAGATGACAAAATAATAGGAAGAAGTATTATAAGG
AAGAACAAGCAATAGCCAAGACTAA*GAGAGAAATGTAGAAAGAGGTCACAAGAGGT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1BT23JQ 697 0 0
GAAGAAATATACTGCTAGAGCCTTTTATTATTATCAACCACACCTTTGATTATTTATAAC
CAAATCCCAAAACAAAACAAAACAAGCAAAACAAGCAAATCCATTCATGAGACTATATAT
ATATTCCATATATTATGTCCGTCTCTTTCAAGCTTTCAAGGCAATGCTCCTATAAGCGAA
GTAGTGGGTAGTGTCGTATATTCAACATCCCGCAGCGACTCAGCGTCTTGGCCGTGGGGG
CTCTTACATTGGAAATATGCAACGGTGTAAGTCATGAGTAGAAACACCCCCATAAATGCT
GACACCACTAGAACCAAACCGATGGCTAAGGTAACCGCAAACGACTGGCTCCTATCGACC
ACTAGGCTCACTACAGTCACGATCTGAGCTAAACCAGAGATCAATAAAACGTAGAAAATA
TTAAAGAGGAATAGTTTTGGCTTCATCCCTTTAACAATCTTTGCAGCTTCCCCCAAAGCT
TGTATCCCGTAAGTTTCCTCCACTATTGATATGACCATAGATAGGTACCAGACAATAGCT
AAATAAGACCCAAACAATGTGAACAGAACAAGCAAAACGAAAATCTTGGCTACCAAGGAA
AACAAGGAAGCAATACTCAAAGATGACAAAATAATAGGAAGAAGTATTATAAGGAAGAAC
AAGCAATAGCCAAGACTAAAGAGAGAAATGTAGAAAG

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 7

CO CL1074Contig1 757 7 7 U
GGGAACATAACATATCATAACTCAGAAAGAAAAGTTTAAGAGAGAAGAAGAAGATGTCGT
GGCAAACTTACGTTGATGAACATTTGATGTGTGATGTCGGAGATGGTCAGGGTCATCACC
TAGCCGCAGCCGCAATCCTCGGTCATGACGGTAGTGTTTGGGCTCAGAGCGCCAACTTCC
CTCAGTTCAAGGGAGAAGAGTTCGCCAACATAATGAAAGATTTTGATGAACCGGGCCACT
TAGCACCCACAGGGTTATTTCTAGCAGGAGCCAAATACATGGTGATCCAAGGCGAGCCTG
GCGCTGTGATCCGTGGTAAGAAGGGAGCAGGAGGCATAACCATAAAGAAAACAGGACAGT
CGTGTGTGTTTGGGCTCTACGAAGAGCCTGTGACACCAGGACAGTGCAACATGGTCGTCG
AGAGGTTGGGTGATTACCTCATCGAACAGGATCTCTAGATCCTCACATCCTCAAAACCTA
TTAGAATGTTTCCACCTTCCACATTTTTATTTATAAACTTATATTTGGTATTGGGTTTGT
GAAGCCTGATTGAGAGACTGATTTTTGAGAAATTTTTGTGTGTTTTCCTCTTTTTA**TT
TTCTTTGGTTTGCTTCATGTTTTGTCAACCATGTTTAATTAATTTGACACTTTTGGTTAT
TTTCTCTTCTGTTTTTTT*CTTCTTTTGACGAATTGTTCCTTTCTGTCTATTACATCAAT
TGTTAAACATATATAAAGAATATAATGTCTTACGAGC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1GR75TF U 1
AF RR1F211TF U 1
AF RR1G959TF U 10
AF RR1F868TF U 1
AF RR1F868JQ C 1
AF RR1GR75JQ C 29
AF RR1F211JQ C 100
BS 1 316 RR1F211TF
BS 317 317 RR1GR75TF
BS 318 609 RR1F211TF
BS 610 610 RR1G959TF
BS 611 659 RR1F211TF
BS 660 754 RR1F868JQ
BS 755 757 RR1GR75JQ

RD RR1GR75TF 480 0 0
GGGAACATAACATATCATAACTCAGAAAGAAAAGTTTAAGAGAGAAGAAGAAGATGTCGT
GGCAAACTTACGTTGATGAACATTTGATGTGTGATGTCGGAGATGGTCAGGGTCATCACC
TAGCCGCAGCCGCAATCCTCGGTCATGACGGTAGTGTTTGGGCTCAGAGCGCCAACTTCC
CTCAGTTCAAGGGAGAAGAGTTCGCCAACATAATGAAAGATTTTGATGAACCGGGCCACT
TAGCACCCACAGGGTTATTTCTAGCAGGAGCCAAATACATGGTGATCCGAGGCGAGCCTG
GCGCTGTGATCCGTGGTAAGAAGGGAGCAGGAGGCATAACCATAAAGAAAACAGGACAGT
CGTGTGTGTTTGGGCTCTACGAAGAGCCTGTGACACCAGGACAGTGCAACATGGTCGTCG
AGAGGTTGGGTGATTACCTCATCGAACAGGATCTCTAGATCCTCACATCCTCAAAACCTA

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR1F211TF 659 0 0
GGGAACATAACATATCATAACTCAGAAAGAAAAGTTTAAGAGAGAAGAAGAAGATGTCGT
GGCAAACTTACGTTGATGAACATTTGATGTGTGATGTCGGAGATGGTCAGGGTCATCACC
TAGCCGCAGCCGCAATCCTCGGTCATGACGGTAGTGTTTGGGCTCAGAGCGCCAACTTCC
CTCAGTTCAAGGGAGAAGAGTTCGCCAACATAATGAAAGATTTTGATGAACCGGGCCACT
TAGCACCCACAGGGTTATTTCTAGCAGGAGCCAAATACATGGTGATCCAAGGCGAGCCTG
GCGCTGTGATCCGTGGCAAGAAGGGAGCAGGAGGCATAACCATAAAGAAAACAGGACAGT
CGTGTGTGTTTGGGCTCTACGAAGAGCCTGTGACACCAGGACAGTGCAACATGGTCGTCG
AGAGGTTGGGTGATTACCTCATCGAACAGGATCTCTAGATCCTCACATCCTCAAAACCTA
TTAGAATGTTTCCACCTTCCACATTTTTATTTATAAACTTATATTTGGTATTGGGTTTGT
GAAGCCTGATTGAGAGACTGATTTTTGAGAAATTTTTGTGTGTTTTCCTCTTTTTA**TT
TTCTTTGGTATGCTTCATGTTTTGTCAACCATGTTTAATTAATTTGACACTTTTGGTTA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1G959TF 648 0 0
GG
ATATCACAACTCAGAAAGAAAAGTTTAAGAGAGAAGAAGAAGATGTCGTGGCAAACTTAC
GTTGATGAACATTTGATGTGTGATGTCGGAGATGGTCAGGGTCATCACCTAGCCGCAGCC
GCAATCCTCGGTCATGACGGTAGTGTTTGGGCTCAGAGCGCCAACTTCCCTCAGTTCAAG
GGAGAAGAGTTCGCCAACATAATGAAAGATCTTGATGAACCGGGCCACTTAGCACCCACA
GGGTTATTTCTAGCAGGAGCCAAATACATGGTGATCCAAGGCGAGCCTGGCGCTGTGATC
CGTGGCAAGAAGGGAGCAGGAGGCATAACCATAAAGAAAACAGGACAGTCGTGTGTGTTT
GGGCTCTACGAAGAGCCTGTGACACCAGGACAGTGCAACATGGTCGTCGAGAGGTTGGGT
GATTACCTCATCGAACAGGATCTCTAGATCCTCACATCCTCAAAACCTATTAGAATGTTT
C*ACCTTCCACATTTTTATTTATAAACTTATATTTGGTATTGGGTTTGTGAAGCCTGATT
GAGAGACTGATTTTTGAGAAATTTTTGTGTGTTTTCCTCTTTTTTTGTTTTCTTTGGTTT
GCTTCATGTTTTGTCAACCATGTTTAATTAATTTGACACTTTTGGT

QA 3 648 3 648
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GAAGCCTGATTGAGAGACTGATTTTTGAGAAATTTTTGTGTGTTTTCCTCTTTTTA**TT
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ATTTCTCTTCTGTT

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GGCAAACTTACGTTGATGAACATTTGATGTGTGATGTTGGAGATGGTCAGGGTCATCACC
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CTCAGTTCAAGGGAGAAGAGTTCGCCAACATAATGAAAGATTTTGATGAACCGGGCCACT
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GCGCTGTGATCCGTGGTAAGAAGGGAGCAGGAGGCATAACCATAAAGAAAACAGGACAGT
CGTGTGTGTTTGGGCTCTACGAAGAGCCTGTGACACCAGGACAGTGCAACATGGTCGTCG
AGAGGTTGGGTGATTACCTCATCGAACAGGATCTCTAGATCCTCACATCCTCAAAACCTA
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GAAGCCTGATTGAGAGACTGATTTTTGAGAAATTTTTGTGTGTTTTCCTCTTTTTA**TT
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TTTCTCTTCTGTTTTTTT*CTTCTTTTGACGAATTGTTCCTTTCTGTCTATTACATCAAT
TGTTAAACATATATAAAGAATATAATGTCTTACG

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GTGTGATGTCGGAGATGGTCAGGGTCATCACCTAGCCGCAGCCGCAATCCTCGGTCATGA
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CTTACGAGC

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GGGCTCAGAGCGCCAACTTCCCTCAGTTCAAGGGAGAAGAGTTCGCCAACATAATGAAAG
ATTTTGATGAACCGGGCCACTTAGCACCCACAGGGTTATTTCTAGCAGGAGCCAAATACA
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GACAGTGCAACATGGTCGTCGAGAGGTTGGGTGATTACCTCATCGAACAGGATCTCTAGA
TCCTCACATCCTCAAAACCTATTAGAATGTTTCCACCTTCCACATTTTTATTTATAAACT
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GTGTTTTCCTCTTTTTA**TTTTCTTTGGTATGCTTCATGTTTTGTCAACCATGTTTAAT
TAATTTGACACTTTTGGTTATTTTCTCTTCTGTTTTTTTTCTTCTTTTGACGAATTGTTC
CTTTCTGTCTATTACATCAATTGTTAAACATATATAAAGAATATAATGTCTTACG

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DS 



AS 1 7

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AACAAGTAATATGTACACATCACGCTACATACATATTTAACACATTACATTTTTCTTTTT
GTTTCTGGGACAATGGGTTAAGTGTAGAAGCATTCTTAAATATCCGAAGACTCTGCTTCT
TCCTCCACTTTGATCCCGACAATGACCACCTTCTTATTATGTACACAGACCAATACTTGT
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GCTATGTTAATTGCATCTGAAGGGCGAAGGTCAAAGCTGATATAGTCAGATGCATTACCC
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AGTCTAACTTCGTAACCCATCTTGTCCACCAAGACAATAATGGGAAGGAGGAGACCGGTC
CCATCTTCCATCTTCAAGACAATAGCAGGGTGTGGAGCATAATCAGGTAAATGGCCTCCT
TGAGGATTGTTGTGAACACACCGTAACTGCCTACCGTCTCTCATCTTCACCATGAAACCA
TCAGCTCCACTCTTCACCTCAACAGCTTCCAGTATGGTAGAGTTGACGTATTCCTCGTCG
TTCTCGTTGAAATTCTCGGCGGTGCTTCCGTTACCGTCGGAGTGAGAGCTGAAAACACAC
TTGATGATGCTAATCCTCTTGTTTCTGCACCCCCAGAGAGTGACCTGAGACTTGTTGGTC
CGGTGACCGAAGAATTGGCTTCTGAGAAGAAGCGTGGGTTTTGTCAGAGCGCATGGACGA
CGAATCGCGGGGCAAACTACTGGTGCTTGAAGCTACCTCATCTTCAATTTTTCGAGCGGG
AGATCGGTGGATCAGATGATCGCAGATGGCGGGAACAGTCACGGAGCGAGAGAATCGAAC
GGATCGGATGAGATTATCCGAACAAGACGAAGAGGATGATCAACGGAGGAAGAAGAAGAT
GGATAGAGAGAGATTCTTTGCTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

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GG
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CC

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GG
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ATACATATTTAACACATTACATTTTTCTTTTTGTTTCTGGGACAATGGGTTAAGTGTAGA
AGCATTCTTAAATATCCGAAGACTCTGCTTCTTCCTCCACTTTGATCCC
CC

QA 3 171 3 171
DS 

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AACAAGTAATATGTACACATCACGCTACATACATATTTAACACATTACATTTTTCTTTTT
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TCCTCCACTTTGATCCCGACAATGACCACCTTCTTATTATGTACACAGACCAATACTTGT
TGATCGAGTTCTCTTATGTGTATTTCCTCAGGTTACGCTTGGCCCTAAACTGGCCAAGCT
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TCAGAATATTGAACTATTTCGTATCAAGGCAAGCTTGACCATTTGGTTTGTCTTGCTCAG
TAAACAGTAAACCATCGGAAGCAGGTGTCTGTTGTGACAGCTTCCCTGACTCGATGACTC
TCATTCC*ATCACTATACGCAAGGTACTTGTTCACTTGGATAGGTACCTTGCATCTAACA
GCTATGTTAATTGCATCTGAAGGGCGAAGGTCAAAGCTGATATAGTCAGATGCATTACCC
ACCTTTGAAAGGTAGAGTTGGGCAAAATACGCCTCGTGAACTCTT

QA 1 645 1 645
DS 

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TAACACATTACATTTTTCTTTTTGTTTCTGGGACAATGGGTTAAGTGTAGAAGCATTCTT
AAATATCCGAAGACTCTGCTTCTTCCTCCACTTTGATCCCGACAATGACCACCTTCTTAT
TATGTACACAGACCAATACTTGTTGATCGAGTTCTCTTATGTGTATTTCCCCAGGTTACG
CTTGGCCCTAAACTGGCCAAGCTCGTCTCTCCATTCAGCGGCTTCATCATATCGCTCTTC
ATTAACGGCTTGCATCATGTTGCTCAGAATATTGAACTCTTTCGTATCAAGGCAAGCTTG
ACCATTTGGTTTGTCTTGCTCAGTAAACAGTAAACCATCGGAAGCAGGTGTCTGTTGTGA
CAGCTTCCCTGACTCGACGACTCTCACTCC*ATCACTATACGCAAGGTACTTGTTCACTT
GGATAGGTACCTTGCATCTAACAGCTATGTTAATTGCATCTGAAGGGCGAAGGTCAAAGC
TGATATAGTCAGATGCATTACCCACCTTTGAAAGGTAGAGTTGGGCAAAATACGCCTCGT
GAACTCTTTTGGTCACTCTAACAAGTCTAACTTCGTAACCCATCTTGTCCACCAAGACAA
TAATGGGAAGGAGGAGACCGGTCCCATCTTCCATCTTCAAGACAATAGCAGGGTGTGGAG
CATAATCAGGTAAATGGCCTCCTTGAGGATTGTTGTGAACACACCGTAACTGCCTACCGT
CTCTCATCTTCACCATGAAACCATCAGCTCCACTCTTCACCTCAACAGCTTCCAGTATGG
TAGAGTTGACGTATTCCTCGT
CGTTC

QA 1 861 1 861
DS 

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TC
TGCTCAGTAAACAGTAAACCATCGGAAGCAG*TGTCTGTTGTGACAGCTTCC*TGACTCG
ACGACTCTCACTCC*ATCACTATACGCAAGGTACTTGTTCACTTGGATAGGTAC*TTGCA
TCTAACAGCTATGTTTATTGCATCTGAAGGGCGAAGGTCAAAGCTGATATAGTCAGATGC
ATTACCCACCTTTGAAAGGTAGAGTTGGGCAAAATACGCCTCGTGAACTCTTTTGGTCAC
TCTAACAAGTCTAACTTCGTAACCCATCTTGTCCACCAAGACAATAATGGGAAGGAGGAG
ACCGGTCCCATCTTCCATCTTCAAGACAATAGCAGGGTGTGGAGCATAATCAGGTAAATG
GCCTCCTTGAGGATTGTTGTGAACACACCGTAACTGCCTACCGTCTCTCATCTTCACCAT
GAAACCATCAGCTCCACTCTTCACCTCAACAGCTTCCAGTATGGTAGAGTTGACGTATTC
CTCGTCGTTCTCGTTGAAATTCTCGGCGGTGCTTCCGTTACCGTCGGAGTGAGAGCTGAA
AACACACTTGATGATGCTAATCCTCTTGTTTCTGCACCCCCAGAGAGTGACCTGAGACTT
GTTGGTCCGGTGACCGAAGAATTGGCTTCTGAGAAGAAGCGTGGGTTTTGTCAGAGCGCA
TGGACGACGAATCGCGGGGCAAACTACTGGTGCTTGAAGCTACCTCATCTTCAATTTTTC
GAGCGGGAGATCGGTGGATCAGATGATCGCAGATGGCGGGAACAGTCACGGAGCGAGAGA
ATCGAACGGATCGGATGAGATTATCCGAACAAGACGAAGAGGATGATCAACGGAGGAAGA
AGAAGATGGATAGAGAGAGATTCTTTGCTTGCC

QA 3 875 3 875
DS 

RD RR1A977TF 848 0 0
GAAGCA
GTGTCTGTTGTGACAGCT**CCTGACTCGACGACTCTCACTCCCATCACTATACGCAAGG
TACT*GTTCACTGGGATAGGTACCTTGCATCTAACAGCTATGTTTATTGCATCTGAAGGG
CGAAGGTCAAAGCTGATATAGTCAGATGCATTACCCACCTTTGAAAGGTAGAGTTGGGCA
AAATACGCCTCGTGAACTCTTTTGGTCACTCTAACAAGTCTAACTTCGTAACCCATCTTG
TCCACCAAGACAATAATGGGAAGGAGGAGACCGGTCCCATCTTCCATCTTCAAGACAATA
GCAGGGTGTGGAGCATAATCAGGTAAATGGCCTCCTTGAGGATTGTTGTGAACACACCGT
AACTGCCTACCGTCTCTCATCTTCACCATGAAACCATCAGCTCCACTCTTCACCTCAACA
GCTTCCAGTATGGTAGAGTTGACGTATTCCTCGTCGTTCTCGTTGAAATTCTCGGCGGTG
CTTCCGTTACCGTCGGAGTGAGAGCTGAAAACACACTTGATGATGCTAATCCTCTTGTTT
CTGCACCCCCAGAGAGTGACCTGAGACTTGTTGGTCCGGTGACCGAAGAATTGGCTTCTG
AGAAGAAGCGTGGGTTTTGTCAGAGCGCATGGACGACGAATCGCGGGGCAAACTACTGGT
GCTTGAAGCTACCTCATCTTCAATTTTTCGAGCGGGAGATCGGTGGATCAGATGATCGCA
GATGGCGGGAACAGTCACGGAGCGAGAGAATCGAACGGATCGGATGAGATTATCCGAACA
AGACGAAGAGGATGATCAACGGAGGAAGAAGAAGATGGATAGAGAGAGATTCTTTGCTTG
CC

QA 7 848 7 848
DS 



AS 1 6

CO CL1076Contig1 677 6 10 U
GGAAAAGAGGAGGCGAAGATTTGTTAACACTCAGGGCAAAACAAGAGAGAGAGAAAGATG
CAGATCTTCGTGAAAACCCTCACCGGAAAAACGATAACCCTAGAGGTGGAGAGCAGCGAC
ACCATCGACAATGTCAAAGCCAAAATCCAGGACAAAGAAGGTATACCACCAGACCAACAA
AGGCTCATCTTCGCCGGTAAGCAGCTTGAAGACGGCCGAACCCTAGCCGATTACAACATC
CAGAAAGAGTCTACTCTCCATCTCGTCTTGAGGCTCAGAGGTGGCACCATGATCAAGGTC
AAGACTCTCACCGGCAAAGAAATCGAGATTGATATCGAACCAACCGACACTATTGACCGT
ATCAAGGAACGTGTCGAAGAGAAAGAAGGCATCCCTCCCGTCCAACAAAGGCTTATCTAT
GCAGGGAAGCAGCTTGCTGATGACAAAACTGCCAAAGACTACAACATAGAGGGTGGCTCT
GTTCTTCATTTGGTTCTTGCTCTTAGGGGTGGTGGTTGTGTTTGAAATCAAAACATGTAT
CTTTCTCTTCTTATCTATATTTGAAA*TATTTATCATCTTTTCTCTGATTGTGTTTTGGA
CTTCATATGAACCCCCTGATTTGATATGATGATATTGGCATGTTGGTTATATATTGTCTC
GTGGATAATGCATCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ85TFB U 131
AF RR1CH06TF U 219
AF RR1DJ87TF U 7
AF RR1AF26JQ C 1
AF RR1AF26TF U 1
AF RR1CK83TF U 1
BS 1 8 RR1AF26JQ
BS 9 35 RR1DJ87TF
BS 36 36 RR1AF26TF
BS 37 130 RR1DJ87TF
BS 131 170 RR1GZ85TFB
BS 171 171 RR1DJ87TF
BS 172 233 RR1GZ85TFB
BS 234 650 RR1CH06TF
BS 651 668 RR1AF26TF
BS 669 677 RR1CK83TF

RD RR1GZ85TFB 103 0 0
ATGTCAAAGCCAAAATCCAGGACAAAGAAGGTATACCACCGGACCAACAAAGGCTCATCT
TCGCCGGTAAGCAGCTTGAAGACGGCCGAACCCTAGCCGATTA

QA 1 103 1 103
DS 

RD RR1CH06TF 432 0 0
AACCCTAGCCGATTACAACATCCAGAAAGAGTCTACTCTCCATCTCGTCTTGAGGCTCAG
AGGTGGCACCATGATCAAGGTCAAGACTCTCACCGGCAAAGAAATCGAGATTGATATCGA
ACCAACCGACACTATTGACCGTATCAAGGAACGTGTCGAAGAGAAAGAAGGCATCCCTCC
CGTCCAACAAAGGCTTATCTATGCAGGGAAGCAGCTTGCTGATGACAAAACTGCCAAAGA
CTACAACATAGAGGGTGGCTCTGTTCTTCATTTGGTTCTTGCTCTTAGGGGTGGTGGTTG
TGTTTGAAATCAAAACATGTATCTTTCTCTTCTTATCTATATTTGAAA*TATTTATCATC
TTTTCTCTGATTGTGTTTTGGACTTCATATGAACCCCCTGATTTGATATGATGATATTGG
CATGTTGGTTAT

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR1DJ87TF 646 0 0
GG
GGAGGCGAAGATTTGTTAACACTCAGGACAAAACAAGAGAGAGAGAAAGATGCAGATCTT
CGTGAAAACCCTCACCGGAAAAACGATAACCCTAGAGGTGGAGAGCAGCGACACCATCGA
CAATGTCAAAGCCAAAATCCAGGACAAAGAAGGTATACCACCAGACCAACAAAGGCTCAT
CTTCGCCGGTAAGCAGCTTGAAGACGGCCGAACCCTAGCCGATTACAACATCCAGAAAGA
GTCTACTCTCCATCTCGTCTTGAGGCTCAGAGGTGGCACCATGATCAAGGTCAAGACTCT
CACCGGCAAAGAAATCGAGATTGATATCGAACCAACCGACACTATTGACCGTATCAAGGA
ACGTGTCGAAGAGAAAGAAGGCATCCCTCCCGTCCAACAAAGGCTTATCTATGCAGGGAA
GCAGCTTGCTGATGACAAAACTGCCAAAGACTACAACATAGAGGGTGGCTCTGTTCTTCA
TTTGGTTCTTGCTCTTAGGGGTGGTGGTTGTGTTTGAAATCAAAACATGTATCTTTCTCT
TCTTATCTATATTTTAAAATATTTATCATCTTTTCTCTGATTGTGTTTTGGACTTCATAT
GAACCCCCTGATTTGATATGATGATATTGGCATGTTGGTTA
AAA

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR1AF26JQ 671 0 0
GGAAAAGAGGAGGCGAAGATTTGTTAACACTCAGGGCAAAACAAGAGAGAGAGAAAGATG
CAGATCTTCGTGAAAACCCTCACCGGAAAAACGATAACCCTAGAGGTGGAGAGCAGCGAC
ACCATCGACAATGTCAAAGCCAAAATCCAGGACAAAGAAGGTATACCACCAGACCAACAA
AGGCTCATCTTCGCCGGTAAGCAGCTTGAAGACGGCCGAACCCTAGCCGATTACAACATC
CAGAAAGAGTCTACTCTCCATCTCGTCTTGAGGCTCAGAGGTGGCACCATGATCAAGGTC
AAGACTCTCACCGGCAAAGAAATCGAGATTGATATCGAACCAACCGACACTATTGACCGT
ATCAAGGAACGTGTCGAAGAGAAAGAAGGCATCCCTCCCGTCCAACAAAGGCTTATCTAT
GCAGGGAAGCGGCTTGCTGATGACAAAACTGCCAAAGACTACAACATAGAGGGTGGCTCT
GTTCTTCATTTGGTTCTTGCTCTTAGGGGTGGTGGTTGTGTTTGAAATCAAAACATGTAT
CTTTCTCTTCTTATCTATATTTGAAA*TATTTATCATCTTTTCTCTGATTGTGTTTTGGA
CTTCATATGAACCCCCTGATTTGATATGATGATATTGGCATGTTGGTTATATATTGTCTC
GTGGATAA
AAC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1AF26TF 671 0 0
GGAAAAGA
GGAGGCGAAGATTTGTTAACACTCAGGGCAAAACAAGAGAGAGAGAAAGATGCAGATCTT
CGTGAAAACCCTCACCGGAAAAACGATAACCCTAGAGGTGGAGAGCAGCGACACCATCGA
CAATGTCAAAGCCAAAATCCAGGACAAAGAAGGTATACCACCAGACCAACAAAGGCTCAT
CTTCGCCGGTAAGCAGCTTGAAGACGGCCGAACCCTAGCCGATTACAACATCCAGAAAGA
GTCTACTCTCCATCTCGTCTTGAGGCTCAGAGGTGGCACCATGATCAAGGTCAAGACTCT
CACCGGCAAAGAAATCGAGATTGATATCGAACCAACCGACACTATTGACCGTATCAAGGA
ACGTGTCGAAGAGAAAGAAGGCATCCCTCCCGTCCAACAAAGGCTTATCTATGCAGGGAA
GCGGCTTGCTGATGACAAAACTGCCAAAGACTACAACATAGAGGGTGGCTCTGTTCTTCA
TTTGGTTCTTGCTCTTAGGGGTGGTGGTTGTGTTTGAAATCAAAACATGTATCTTTCTCT
TCTTATCTATATTTGAAA*TATTTATCATCTTTTCTCTGATTGTGTTTTGGACTTCATAT
GAACCCCCTGATTTGATATGATGATATTGGCATGTTGGTTATATATTGTCTCGTGGATAA
AAC

QA 9 668 9 668
DS 

RD RR1CK83TF 677 0 0
GGAAAAGA
GGAGGCGAAGATTTGTTAACACTCAGGGCAAAACAAGAGAGAGAGAAAGATGCAGATCTT
CGTGAAAACCCTCACCGGAAAAACGATAACCCTAGAGGTGGAGAGCAGCGACACCATCGA
CAATGTCAAAGCCAAAATCCAGGACAAAGAAGGTATACCACCAGACCAACAAAGGCTCAT
CTTCGCCGGTAAGCAGCTTGAAGACGGCCGAACCCTAGCCGATTACAACATCCAGAAAGA
GTCTACTCTCCATCTCGTCTTGAGGCTCAGAGGTGGCACCATGATCAAGGTCAAGACTCT
CACCGGCAAAGAAATCGAGATTGATATCGAACCAACCGACACTATTGACCGTATCAAGGA
ACGTGTCGAAGAGAGAGAAGGCATCCCTCCCGTCCAACAAAGGCTTATCTATGCAGGGAA
GCAGCTTGCTGATGACAAAACTGCCAAAGACTACAACATAGAGGGTGGCTCTGTTCTTCA
TTTGGTTCTTGCTCTTAGGGGTGGTGGTTGTGTTTGAAATCAAAACATGTATCTTTCTCT
TCTTATCTATATTTGAAA*TATTTATCATCTTTTCTCTGATTGTGTTTTGGACTTCATAT
GAACCCCCTGATTTGATATGATGATATTGGCATGTTGGTTATATATCGTCTCGTGGATAA
TGCATCAAA

QA 9 677 9 677
DS 



AS 1 7

CO CL1077Contig1 857 7 4 U
GGGAGTTCTTTCCAGAATAATTCGTGTGGCCAATCCTTCAAAATCTGATCAAATAAAAAA
AAACACTCATAATCAATTATCCTTGGAAAAGCCATACGAGAGATAGAGAGAAAAAAGGAA
AAAAAACATGAACCTAGGATCGGTTACGCGGTATCTTGAGGGAGAAGTAATTGAGAATGA
TCAAAAGGACAAGGAATCAAAAGTTGCGAAACTACCATCCAGATTCATCGAGCGATTCGT
GATGAAAGGTATAAAAGTAGATTTCATGGAACCTGGTCGAATTGTCTGCTCCATGAAAGT
CCAACCACATCTCCTGAACGCAGGAAAATTCTTACATGGAGGAGCAATGGCGACAGTGGT
GGATTTGATAGGAACAGCTGCAATTTACACAAGCGTAGATTCAGATCTGGCGGAGGGAGT
GTCAGTGGAGATCAATGTTTCATACCTTGATGCTGCTTTCCTTGACGAAGAGCTAGAGAT
TGAATCGAGGGCACTGCGTGTGGGTAAAGCTGTTGCGGTTGCGAGTGTTGAGCTGAGGAG
TAAGAAGAATGGTAATATTATTGCTCAAGGTCGCCATACTAAGTACCTTGCTCCCCGTCC
TAAGCTTTGAATGAATTTTAATTATTTCTTTACTATATCTCTTTCTTTTACCTCATGCAA
ATAAGAATATCGGTTTGTTTTTTATCTGATCATGCATGAGTTTGCGTGAATCAGATACTT
CATAATAATAATGCTAATAAAACCTCAGGGATCTACAATATTTGTAATGGCCATCTTTGT
TGGTAACTTAGAATTTGATTATGTTGTATCTCTGTTTTAGTTTCGCATCATGATTCATAT
TACTTTGTGTTTTTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 10 10 10 10 
40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV70TF U 96
AF RR1AM12TF U 1
AF RR1AH30JQ C 83
AF RR1AH30TF U 83
AF RR1GQ44TF U 112
AF RR1GQ44JQ C 126
AF RR1AM12JQ C 40
BS 1 753 RR1AM12TF
BS 754 756 RR1AH30TF
BS 757 817 RR1GQ44TF
BS 818 857 RR1AM12JQ

RD RR1GV70TF 563 0 0
GG
GAGAGATAGAGAGAAAAAAGGAAAAAAAACATGAACCTAGGATCGGTTACGCGGTATCTT
GAGGGAGAAGTAATTGAGAATGATCAAAAGGACAAGGAATCAAAAGTTGCGAAACTACCA
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GG
GGAAAAGCCATACGAGAGATAGAGAGAAAAAA****AAAAAACATGAACCTAGGATCGGT
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TCAGGGATCTAC

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TCTTTCTTTTACCTCATGCAAATAAGAATATCGGTTTGTTTTTTATCTGATCATGCATGA
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GTTTCGCATCATGATTCATATTACTTTGTGTTTTTGCG

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DS 



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AATTCGACTTC*****ACCATGGTTCGTTGTAGTAACAACCTCGTAGGTATACTCAACTT
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CTCAACGGAGTGTGAGCGTTTCCTGGACAAACCCGTGATCGCTCTCGGAGTTTTCCTCAT
GGTTGTAGCAATCGCTGGTTTGATTGGTTCCTGTTGCAGAGTCACATGGCTTCTCTGGAC
TTACCTCTTTGTCATGTTCCTCTTGATTCTCCTCGTCTTCTCAGTTACGGTTTTCGCCTT
TGTCGTTACTAACAAAGGCGCAGGCGAGAAGGTTCCTGGGAGAGGGTATAAAGAGTATAG
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GATTAGGAGTTGTCTCGTTGACAGCAAGGTTTGTTCTAAGCTTGAAGCTAAGCTTGTTAA
TGTTCCTGTCACCAACTTCTACAACGAACATCTTACTGCCCTTCAGTCTGGTTGCTGCAA
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ACCACATGCTAATCCAGACTGCCAAAGCTGGGACAACGCACCAAACAAGCTCTGCTTCGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D446TF U 3
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AF RR1FG08JQ C 194
AF RR1D446JQ C 446
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CTTC*****ACCATGGTTCGTTGTAGTAACAACCTCGTAGGTATACTCAACTTCATCGTC
TTCCTCCTCTCTATTCCCATCTTAGCTGGAGGAATCTGGCTCAGCCAAAACGGCTCAACG
GAGTGTGAGCGTTTCCTGGACAAACCCGTGATCGCTCTCGGAGTTTTCCTCATGGTTGTA
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TTTGTCATGTTCCTCTTGATTCTCCTCGTCTTCTCAGTTACGGTTTTCGCCTTTGTCGTT
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GAACAATGCCAATTTACTTACATAAGTGCCACAAACTGGACCAAGACGGCTGGACCACAT
GCTAATCCAGACTGCCAAAGCTGGGACA
CGC

QA 6 693 6 693
DS 

RD RR1FG08TF 772 0 0
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GAG

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DS 

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CCTCCTCTCTATTCCCATCTTAGCAGGAGGAATCTGGCTCAGCCAAAACGGCTCAACGGA
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AATCGCTGGTTTGATTGGTTCCTGTTGCAGAGTCACATGGCTTCTCTGGACTTACCTCTT
TGTCATGTTCCTCTTGATTCTCCTCGTCTTCTCAGTTACGGTTTTCGCCTTTGTCGTTAC
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CACCAACTTCTACAACGAACATCTTACTGCCCTTCAGTCTGGTTGCTGCAAACCCTCAGA
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TAATCCAGACTGCCAAAGCTGGGACAACGCACCAAACAAGCTCTGCTTCGATTGCCAATC
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CAGCATC

QA 12 798 12 798
DS 

RD RR1FG08JQ 872 0 0
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CCGTGATCGCTCTCGGAGTTT**CTCATGGT*GTAGCAATCGCTGGTTTGATTGGTTC*T
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TCGTCTTCTCAGTTACGGTTTTCGCCTTTGTCGTTACTAACAAAGGCGCAGGCGAGAAGG
TTCCTGGGAGAGGGTATAAAGAGTATAGACTTGGAGATTACTCTAACTGGTTGCAGAAAC
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GTTCTAAGCTTGAAGCTAAGCTTGTTAATGTTCCTGTCACCAACTTCTACAACGAACATC
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GTGCCACAAACTGGACCAAGACGGCTGGGCCACATGCTAATCCAGACTGCCAAAGCTGGG
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TCATTGTCTACTCTGTTGGTTGCTGTGCTTTTAGGAACAACAAGAGAGATGACAGTTATG
GCTATGGATATAAGCCTTGAAGGCTTTTGAGTGTTTTAGAACAGAGATTGGTTCGTTGTT
CTTTATGACACGCAGTGCTGGAGTTTGCTTTTATGTTTTATGGATTTACATCTTGGTGTT
TTGAGACCTATTGCTTGTACAGCTCTCTTATGATACTTGTTAGTATGTTCTGGCTAAACC
ATGATATTGTTTT

QA 20 872 20 872
DS 

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GAACATCTTACTGCCCTTCAGTCTGGTTGCTGCAAACCCTCAGAACAATGCCAATTTACT
TACATAAGTGCCACAAACTGGACCAAGACGGCTGGACCACATGCTAATCCAGACTGCCAA
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CTCGACAACGTCAAGAGCGCATGGAAGAAAGTTGCAGTAGTCAACAGCATCTTCCTTGTC
TTCCTTATCATTGTCTACTCTGTTGGTTGCTGCGCTTTTAGGAACAACAAGAGAGATGAC
AGTTATGGCTATGGATATAAGCCTTGAAGGCTTTTGAGTGTTTTAGAACAGAGATTGGTT
CGTTGTTCTTTATGACACGCAGTGCTGGAGTTTGCTTTTATGTTTTATGGATTTACATCT
TGGTGTTTTGAGACCTATTGCTTGTACAGCTCTCTTATGATACTTGTTAGTATGTTCTGG
CTAAACCATGATATTGTTTTATTATATGTTCTTTTTCCG

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 6

CO CL1079Contig1 993 6 18 U
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GTCTCTCAACGCGTTGTCTCGGCTTCCACTGAAGAAGAATACAGGAAGACTGGAAGAGGT
CGGTTTAGCGAGACACTCTCTGGTGAGAACACCGAAACAACGACGGCGGATGGTGTTCGT
GGTGGAGGCGAAAGGGAAGAAAGGAATGGCGGCTCGACAGTATCAACGTACGCCTCCTCC
TATGCCTAAGATTGAAGACGACGGAAACCCTAGATTCGTTATCTTCATCCGTATGGCCAA
TGTGTATCTTTGGTATCCACTTAGTATAATAGCAGGTGGCACAACGGCCAAGATCATGGT
TGCTGCTAAAGATAACCTCTTGGGGAAGTATATCTACAAAGACACCATTGCTAGAAACAT
TGCTGCTGTTATTTACAGAGATGAGAAGGAGATACAAAAGACTGCGATTAAGCAGCATCG
TGTCTTGCGGACTGCCACTGAGTTTCGTTATGGCTACAAACTTGTTGAGAACGGAAACAT
GAGAGCTGCACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACTCAGGACCAGCTAAAAAC
AGTGTTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTCGGGGATGCAAAAGAGTCATTCGGGAAGATATC
ATCGTTGAATCCTGGGGCAGATGAAGAAAGCCCTGATGACAAAGCCAAGCAAGTATAGAC
AGGGACCAAGGCTGGAGAATTGACACTTGATCGGCTGATTCCTAATGTCACAACCGTCTT
GATATGGGATCCAGAAGGTCCACTGGATACCATGAACGAGATTCCCGCTATTTTGTGCAC
ATTTTTTTTCTTTTATACACCTCTCAGAGAGAAACAGTTTCTCTTAAAAATCTCTTGTAA
ACTTATTGCGTCTGTAGATTTGTTGAAAGAAAGAGCTGTTTGGTGGCAACTTGCGAGTTC
AACTTTTCTTAGAAAGAAAGAGTATTGGTTAGT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY62TF U 1
AF RR1BL87TF U 1
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GA

QA 1 542 1 542
DS 

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DS 

RD RR1CQ76TF 716 0 0
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QA 1 702 1 702
DS 

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GGTGGAGGCGAAAGGGAAGAAAGGAATGGC***TCGACAGTATCAACGTACGCCTCCTCC
TATGCCTAAGATTGAAGACGACGGAAACCCTAGATTCGTTATCTTCATCCGTATGGCCAA
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TGCTGCTAAAGATAACCTCTTGGGGAAGTATATCTACAAAGACACCATTGCTAGAAACAT
TGCTGCTGTTATTTACAGAGATGAGAAGGAGATACAAAAGACTGCGATTAAGCAGCATCG
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GAGAGCTGCACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACTCAGGACCAGCTAAAAAC
AGTGTTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTCGGGGATGCAAAAGAGTCATTCGGGAAGATATC
ATCGTTGAATCCTGGGGCAGATGAAGAAAGCCCTGATGACAA*GCCAAGCAAGTATAGAC
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GATATGGGATC
AGAAGTCCACTGGAT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1C187JQ 698 0 0
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TTGGTATCCACTTAGTATAATAGCAGGTGGCACAACGGCCAAGATCATGGTTGCTGCTAA
AGATAACCTCTTGGGGAAGTATATCTACAAAGACACCATTGCTAGAAACATTGCTGCTGT
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GACTGCCACTGAGTTTCGTTATGGCTACAAACTTGTTGAGAACGGAAACATGAGAGCTGC
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QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1DY62JQ 564 0 0
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GACTGCCACTGAGTTTCGTTATGGCTACAAACTACTTGAGAACGGAAACATGAGAGCTGC
ACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAACTCCCAACTCAGGACCAGCTAAAAACAGTGTTGGA
CAAAGTGAAAGACTTTTTCGGGGATGCAAAAGAGTCATTCGGGAAGATATCATCGTTGAA
TCCTGGGGCAGATGAAGAAAGCCCTGATGACAAAGCCAAGCAAGTATAGACAGGGACCAA
GGCTGGAGAATTGACACTTGATCGGCTGATTCCTAATGTCACAACCGTCTTGATATGGGA
TCCAGAAGGTCCACTGGATACCATGAACGAGATTCCCGCTATTTTGTGCACATTTTTTTT
CTTTTATACACCTCTCAGAGAGAAACAGTTTCTCTTAAAAATCTCTTGTAAACTTATTGC
GTCTGTAGATTTGTTGAAAGAAAGAGCTGTTTGGTGGCAACTTGCGAGTTCAACTTTTCT
TAGAAAGAAAGAGTATTGGTTAGT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 2 7

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GATCTCTGAGAAACCAAATCCATCTGGTATTCTAATTTCAATCCTGATCCGGGAGGCTCG
ATTATTATTTTTGTTGGAAATGGTGTTGGTATTGGCATTGGGGGATATACATGTACCCCA
AAGAGCGGCTGATCTACCCCCAAAGTTCAAATCCATGCTTGTTCCTGGCAAAATTCAACA
CATCCTCTGCACTGGCAACCTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCTG
CCCTGATTTGCATATAGTTCGAGGCGAGTTTGACGAAGATGCACGTTATCCTGACACTAA
AACCTTGTCTATTGGCCAATTCAAGCTCGGCCTCTGCCACGGCCACCAGGTGATCCCATG
GGGTGATTTAGACTCACTGGCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGATATACTTGTCAC
TGGACATACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATAAATCCTGG
CTCTGCTACTGGAGCTTATAGTAGCATAAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCTTAT
GGATATCGATGGTCTTCGTGTTGTCGTCTATGTCTACAAGCTCATCGATGGCGAGGTTAA
AGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAGGCCTCCTCCACTTCTGCTCCTTAACAAACTTAAAC
CCGTTTTGGAACTTTCTTTAGCTTCAATAATCTTTATAGACTTTTGGTTTAAGCGTTCTA
TTTGTTCAACTAAAAGATAATGTTTGACACTCTATCATAAAGAACTTCAAATATTTGCAA
CCTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CR36TF U 1
AF RR1CR36JQ C 128
BS 1 682 RR1CR36TF
BS 683 847 RR1CR36JQ

RD RR1CR36TF 682 0 0
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GATCTCTGAGAAACCAAATCCATCTGGTATTCTAATTTCAATCCTGATCCGGGAGGCTCG
ATTATTATTTTTGTTGGAAATGGTGTTGGTATTGGCATTGGGGGATATACATGTACCCCA
AAGAGCGGCTGATCTACCCCCAAAGTTCAAATCCATGCTTGTTCCTGGCAAAATTCAACA
CATCCTCTGCACTGGCAACCTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCTG
CCCTGATTTGCATATAGTTCGAGGCGAGTTTGACGAAGATGCACGTTATCCTGACACTAA
AACCTTGTCTATTGGCCAATTCAAGCTCGGCCTCTGCCACGGCCACCAGGTGATCCCATG
GGGTGATTTAGACTCACTGGCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGATATACTTGTCAC
TGGACATACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATAAATCCTGG
CTCTGCTACTGGAGCTTATAGTAGCATAAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCTTAT
GGATATCGATGGTCTTCGTGTTGTCGTCTATGTCTACAAGCTCATCGATGGCGAGGTTAA
AGTCGACAAGATCGATTTCAAG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1CR36JQ 720 0 0
TTTTTGTTGGAAATGGTGTTGGTATTGGCATTGGGGGATATACATGTACCCCAAAGAGCG
GCTGATCTACCCCCAAAGTTCAAATCCATGCTTGTTCCTGGCAAAATTCAACACATCCTC
TGCACTGGCAACCTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCTGCCCTGAT
TTGCATATAGTTCGAGGCGAGTTTGACGAAGATGCACGTTATCCTGACACTAAAACCTTG
TCTATTGGCCAATTCAAGCTCGGCCTCTGCCACGGCCACCAGGTGATCCCATGGGGTGAT
TTAGACTCACTGGCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGATATACTTGTCACTGGACAT
ACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATAAATCCTGGCTCTGCT
ACTGGAGCTTATAGTAGCATAAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCTTATGGATATC
GATGGTCTTCGTGTTGTCGTCTATGTCTACAAGCTCATCGATGGCGAGGTTAAAGTCGAC
AAGATCGATTTCAAGAAGGCCTCCTCCACTTCTGCTCCTTAACAAACTTAAACCCGTTTT
GGAACTTTCTTTAGCTTCAATAATCTTTATAGACTTTTGGTTTAAGCGTTCTATTTGTTC
AACTAAAAGATAATGTTTGACACTCTATCATAAAGAACTTCAAATATTTGCAACCTTTAC

QA 1 720 1 720
DS 



CO CL1080Contig2 835 5 11 U
GGATCAGACAGAGAGCTAGAAGAGAAAAAAAAAGGAAAAAAGAAAGGGATCTTCTCATGG
ACGATCTCTGAGAAACCAAATCCATCTGGTATTCTAATTTCAATCCTGATCCGGGAGGCT
CGATTTTTTTTTTTTTTTGGAAATGGTGTTGGTATTGGCATTGGGGGATATTCATGTACC
CCAAAGAGCGGCTGATCTACCCCCAAAGTTCAAATCCATGCTCGTTCCTGGCAAGATTCA
ACACATCCTCTGCACTGGCAACCTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAAT
CTGCCCTGATTTGCATATAGTTCAAGGCGAGTTTGACGAAGATGCACGTTACCCCGACAC
TAAAACCTTGTCTATTGGCCAATTCAAGCTCGGCCTCTTCCACGGCCACCAGGTGATCCC
ATGGGGCGATTTAGACTCACTGGCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGACATACTCGT
GACTGGACATACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTTGTCATCAACCC
GGGCTCTGCTACTGGTGCTTACAGCACCATTAACCAAGATGTTAACCCCAGCTTTGTTCT
TATGGATATCGATGGCCTTCGTGTTGTAGTCTATGTCTATGAGCTCATCGATGGCGAGGT
TAAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAGGCCTCTTCCACTTCTGCTCCTTAACAAACTGA
ACCTTTCTTTAGCTTCAATAATCTTTTTAAATACTTTGAACCCACTCAGAACAATGTTCT
GAAAGTCATTTGAAGTTTATAGACACTCATCATGACTTTTAAATATTTGCAACCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FZ51TF U 1
AF RR1FZ44TF U 1
AF RR1CF29TF U 33
AF RR1FZ44JQ C 139
AF RR1FZ51JQ C 139
BS 1 665 RR1FZ44TF
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BS 795 818 RR1CF29TF
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RD RR1FZ51TF 513 0 0
GG
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GATCTCTGAGAAACCAAATCCATCTGGTATTCTAATTTCAATCCTGATCCGGGAGGCTCG
ATTTTTTTTTTTTTTTGGAAATGGTGTTGGTATTGGCATTGGGGGATATTCATGTACCCC
AAAGAGCGGCTGATCTACCCCCAAAGTTCAAATCCATGCTCGTTCCTGGCAAGATTCAAC
ACATCCTCTGCACTGGCAACCTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCT
GCCCTGATTTGCATATAGTTCAAGGCGAGTTTGACGAAGATGCACGTTACCCCGACACTA
AAACCTTGTCTATTGGCCAATTCAAGCTCGGCCTCTTCCACGGCCACCAGGTGATCCCAT
GGGGCGATTTAGACTCACTGGCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGACATACTCGTGA
CTGGACATACCCACCAGTTCACTGCCTACAA

QA 3 513 3 513
DS 

RD RR1FZ44TF 665 0 0
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ACGATCTCTGAGAAACCAAATCCATCTGGTATTCTAATTTCAATCCTGATCCGGGAGGCT
CGATTTTTTTTTTTTTTTGGAAATGGTGTTGGTATTGGCATTGGGGGATATTCATGTACC
CCAAAGAGCGGCTGATCTACCCCCAAAGTTCAAATCCATGCTCGTTCCTGGCAAGATTCA
ACACATCCTCTGCACTGGCAACCTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAAT
CTGCCCTGATTTGCATATAGTTCAAGGCGAGTTTGACGAAGATGCACGTTACCCCGACAC
TAAAACCTTGTCTATTGGCCAATTCAAGCTCGGCCTCTTCCACGGCCACCAGGTGATCCC
ATGGGGCGATTTAGACTCACTGGCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGACATACTCGT
GACTGGACATACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTTGTCATCAACCC
GGGCTCTGCTACTGGTGCTTACAGCACCATTAACCAAGATGTTAACCCCAGCTTTGTTCT
TATGGATATCGATGGCCTTCGTGTTGTAGTCTATGTCTATGAGCTCATCGATGGCGAGGT
TAAAG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1CF29TF 786 0 0
G
GGAAAAAAGAAAGGGATCTTCCCATGGACGATCTCTGAGAAACCAAATCCATCTGGTAT*
CTAATTTCAATCCTGATCCGGGAGGCTCGATTTTTTTTTTT****GGAAATGGTGTTGGT
ATTGGCATTGGGGGATATTTATGTACCCCAAAGAGCGGCTGATCTACCCCCAAAGTTCAA
ATCCACGCTCGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCCTCTGCACTGGCAACCTCTCCATCAA
AGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCTGCCCTGATTTGCATATAGTTCAAGGCGAGTT
TGACGAAGATGCACGTTACCCCGACACTAAAACCTTGTCTATTGGCCAATTCAATCTCGG
CCTCTGCCACGGCCACCAGGTGATCCCATGGGGCGATTTAGACTCACTGGCCATGCTTCA
GAGACAGCTCGACGTGGACATACTCGTGACTGGACATACCCACCAGTTCACTGCCTACAA
ACACGAGGGAGGAGTTGTCATCAACCCGGGCTCTGCTACTGGTGCTTACAGCACCATTAA
CCAAGATGTTAACCCCAGCTTTGTTCTTATGGATATCGATGACCTTCGTGTTGTAGTCTA
TGTCTATGAGCTCATCGATGGCGAGGTTAAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAGGCCTC
TTCCACTTCTGCTCCTTAACAAACTGAACCTTTCTTTAGCTTCAATAATCTTTTTAA*TA
CTTTGAACCCACTCAGAACA*TGTTCTGAA*GTCATTTGA*GTTTATAGACACTCATCAT
GACTT

QA 2 786 2 786
DS 

RD RR1FZ44JQ 697 0 0
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ACCCCCAAAGTTCAAATCCATGCTCGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCCTCTGCACTGG
CAACCTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCTGCCCTGATTTGCATAT
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CCAATTCAAGCTCGGCCTCTTCCACGGCCACCAGGTGATCCCATGGGGCGATTTAGACTC
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GTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTTGTCATCAACCCGGGCTCTGCTACTGGTGC
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TAATCTTTTTAAATACTTTGAACCCACTCAGAACAATGTTCTGAAAGTCATTTGAAGTTT
ATAGACACTCATCATGACTTTTAAATATTTGCAACCC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1FZ51JQ 697 0 0
GGAAATGGTGTTGGTATTGGCATTGGGGGATATTCATGTACCCCAAAGAGCGGCTGATCT
ACCCCCAAAGTTCAAATCCATGCTCGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCCTCTGCACTGG
CAACCTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCTGCCCTGATTTGCATAT
AGTTCAAGGCGAGTTTGACGAAGATGCACGTTACCCCGACACTAAAACCTTGTCTATTGG
CCAATTCAAGCTCGGCCTCTTCCACGGCCACCAGGTGATCCCATGGGGCGATTTAGACTC
ACTGGCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGACATACTCGTGACTGGACATACCCACCA
GTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTTGTCATCAACCCGGGCTCTGCTACTGGTGC
TTACAGCACCATTAACCAAGATGTTAACCCCAGCTTTGTTCTTATGGATATCGATGGCCT
TCGTGTTGTAGTCTATGTCTATGAGCTCATCGATGGCGAGGTTAAAGTCGACAAGATCGA
TTTCAAGAAGGCCTCTTCCACTTCTGCTCCTTAACAAACTGAACCTTTCTTTAGCTTCAA
TAATCTTTTTAAATACTTTGAACCCACTCAGAACAATGTTCTGAAAGTCATTTGAAGTTT
ATAGACACTCATCATGACTTTTAAATATTTGCAACCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 6

CO CL1081Contig1 914 6 3 U
GGAATTCTCTACGGATCTGCAAACTCTGTTGATTCCTTCTTCTTCTTCATCTCCTAGTAC
CGAAGCAGTAGCTCTTGATTTTTTCAGACAAAAGGAATATCTAATGGGACCCAAAGCTGG
AGTCTTTGTTCTTTTCTTGCTGGGTTTGTCCCTTCTTTCTCACGCTAGATCCTTCCTTCC
CTCCACCCTCTCAGAGGAAGTGTACAAGGATGAAAAGGTTTGCAGTCTATGTGAGGAGTA
TGTTAACTCTGCTCTCAGCTACCTTGAGAAAAACGAAACACAGAGTCAGATATTAGAGGA
CCTTCATGACCAGTGTTCCCATATCCGCGGATTTGAACAACAGTGCATAACTTTGGTTGA
CTACTACCTCCCTCTCTTCTTCTTGCATCTTGAGTCCTTTCAACCTCATTATTTCTGCAA
GCGGTTGAATCTTTGTGGTCACGTCGTAGCTCTTGTTGAAGAAGCTCGTCAGGATACTTG
CGATGTTTGCCACAGGACTGTTTCTGAGATTCTCATCAAACTACAAGATCCCGACACACA
GT*******TGGATATAGTTGAGCTGCTTCTTAAGGGATGCAAATCGTTCAAAAACCACG
AGTACGAGAAGAAGTGCAAGAAGTTGGTGTTCGAGTATGGACCTTTGATCCTCGTGAATG
CAGAGGAATTCCTAGTGAAAAACGACATCTGCACACTCTTACGCGCATGTCCCAACCAGC
AAACGGTTCTAAGGCAGTCAGCAGCAGGCTTGGCGGATTCTTGAACAACAAGTTTGATTG
TGTATTTGTCCATAAGAATTGTCGCATAGGGTTTGTGAACTTGTTGGATTTAGATACAGA
CTCTCTCTATCTGTCCATTGGACCATCACCAACTGCTTGTATTATACAAAATAAAATATA
CTCTTTATTCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1DX56TF U 216
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AF RR1CV22JQ C 216
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G
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AGTCTTTGTTCTTTTCTTGCTGGGTTTGTCCCTTCTTTCTCACGCTAGATCCTTCCTTCC
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GT*******TGGATATAGTTGAGCTGCTTCTTAAGGGATGCAAATCGTTCAAAAACCACG
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TGTATTTGTCCA

QA 1 792 1 792
DS 

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CTTGAGTCCTTTCAACCTCATTATTTCTGCAAGCGGTTGAATCTTTGTGGTCACGTCGTA
GCTCTTGTTGAAGAAGCTCGTCAGGATACTTGCGATGTTTGCCACAGGACTGTTTCTGAG
ATTCTCATCAAACTACAAGATCCCGACACACAGT*******TGGATATAGTTGAGCTGCT
TCTTAAGGGATGCAAATCGTTCAAAAACCACGAGTACGAGAAGAAGTGCAAGAAGTTGGT
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CCTTTCAACCTCATTATTTCTGCAAGCGGTTGAATCTTTGTGGTCACGTCGTAGCTCTTG
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TCAAACTACAAGATCCCGACACACAGTATTCAGTTGGATATAGTTGAGCTGCTTCTTAAG
GGATGCAAATCGTTCAAAAACCACGAGTACGAGAAGAAGTGCAAGAAGTTGGTGTTCGAG
TATGGACCTTTGATCCTCGTGAATGCAGAGGAATTCCTAGTGAAAAACGACATTTGCACA
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GATTCTTGAACAACAAGTTTGATTGTGTATTTGTCCATAAGAATTGTCGCATAGGGTTTG
TGAACTTGTTGGATTTAGATACAGACTCTCTCTATCTGTCCATTGGACCATCACCAACTG
CTTGTATTATACAAAATAAAATATACTCTTTATTCTT

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AACGAAACACAGAGTCAGATATTAGAGGACCTTCATGACCAGTGTTCCCATATCCGCGGA
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CTTGTTGAAGAAGCTCGTCAGGATACTTGCGATGTTTGCCACAGGACTGTTTCTGAGATT
CTCATCAAACTACAAGATCCCGACACACAGTATTCAGTTGGATATAGTTGAGCTGCTTCT
TAAGGGATGCAAATCGTTCAAAAACCACGAGTACGAGAAGAAGTGCAAGAAGTTGGTGTT
CGAGTATGGACCTTTGATCCTCGTGAATGCAGAGGAATTCCTAGTGAAAAACGACATCTG
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GGCGGATTCTTGAACAACAAGTTTGATTGTGTATTTGTCCATAAGAATTGTCGCATAGGG
TTTGTGAACTTGTTGGATTTAGATACAGACTCTCTCTATCTGTCCATTGGACCATCACCA
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TTCATGACCAGTGTTCCCATATCCGCGGATTTGAACAACAGTGCATAACTTTGGTTGACT
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ATGTTTGCCACAGGACTGTTTCTGAGATTCTCATCAAACTACAAGATCCCGACACACAGT
*******TGGATATAGTTGAGCTGCTTCTTAAGGGATGCAAATCGTTCAAAAACCACGAG
TACGAGAAGAAGTGCAAGAAGTTGGTGTTCGAGTATGGACCTTTGATCCTCGTGAATGCA
GAGGAATTCCTAGTGAAAAACGACATCTGCACACTCTTACGCGCATGTCCCAACCAGCAA
ACGGTTCTAAGGCAGTCAGCAGCAGGCTTGGCGGATTCTTGAACAACAAGTTTGATTGTG
TATTTGTCCATAAGAATTGTCGCATAGGGTTTGTGAACTTGTTGGATTTAGATACAGACT
CTCTCTATCTGTCCATTGGACCATCACCAACTGCTTGTATTATACAAAATAAAATATACT
CTTTATTCTT
CT

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DS 



AS 1 7

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GATTTGCAGCTCCGGCGGCTTCCATAGCGTCGGAGCTGTGCTTCCATATTTATAGATCTT
CTCGGCGTGGTTCTTTTAAGATCC*ATCTAGTATTTGTTTTTTTTTCCTCTGTCTCTTCT
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CAGACTCCGGAGGAAGCAGTTGCCGTTCGATAGTCTCTTGGTGGATGATGTTGGGCTTTG
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G


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI89TF U 20
AF RR1C332TF U 2
AF RR1BQ80TF U 1
AF RR1AA06TF U 2
AF RR1AA06JQ C 96
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BS 1 601 RR1BQ80TF
BS 602 602 RR1AA06TF
BS 603 726 RR1BQ80TF
BS 727 727 RR1AA06TF
BS 728 761 RR1BQ80TF
BS 762 823 RR1AA06TF
BS 824 841 RR1BQ80JQ

RD RR1CI89TF 646 0 0
GG
CTCCGCCTTCTCTCTTCTCCAAGAACTCTCAGATTTTCAGATTTGCAGCTCCGGCGGCTT
CCATAGCGTCGGAGCTGTGCTTCCATATTTATAGATCTTCTCGGCGTGGTTCTTTTAAGA
TCC*ATCTAGTATTTGTTTTTTTTTCCTCTGTCTCTTCTGTAGAAATCTTCTTGTGTTAA
GTGTCTGGTTCTTTAGATGTTTGTGGGTTTGAGGAGAGTCTTCGGTTGTCTGTAAGATGT
GGACAGTTTGATTTCTTCGTCGCTGCGGTGGCTCGTTAGATTGATTTTACTAGATTTGTA
ATTTTTTCTGGTGTACGGTGCTAGTTGATGGCCGTCTCTGATGTGGATTGTTAATTCTTC
CATCAGATTTAGTTAAATCTCTGTTTTCTGAGTCATTTGTGGTCGGCGTTTAAGTCTTTG
TGTTCATATCTTCTTTGGTGTCTGGCTATCGAAGAGTCTCCACTTTTATCTCTCCATGGT
TGGAGCTGTTGGCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACCATCTTCGCCGGCTTTCGTC
TCCGGAAAGGGGTGATTCCTTTACACCATCTTCACCGGCGTTTATCTGGTTTTATTAAGC
TACTGGTTTCTGTTGGCGGAGTTCCGGCGTGCATGATTTCAGAC

QA 3 646 3 646
DS 

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ATTTGCAGCTCCGGCGGCTTCCATAGCGTCGGAGCTGTGCTTCCATATTTATAGATCTTC
TCGGCGTGGTTCTTTTAAGATCC*ATCTAGTATTTGTTTTTTTTTCCTCTGTCTCTTCTG
TAGAAATCTTCTTGTGTTAAGTGTCTGGTTCTTTAGATGTTTGTGGGTTTGAGGAGAGTC
TTCGGTTGTCTGTAAGATGTGGACAGTTTGATTTCTTCGTCGCTGCGGTGGCTCGTTAGA
TTGATTTTACTAGATTTGTAATTTTTTCTGGTGTACGGTGCTAGTTGATGGCCGTCTCTG
ATGTGGATTGTTAATTCTTCCATCAGATTTAGTTAAATCTCTGTTTTCTGAGTCATTTGT
GGTCGGCGTTTAAGTCTTTGTGTTCATATCTTCTTTGGTGTCTGGCTATCGAAGAGTCTC
CACTTTTATCTCTCCATGGTTGGAGCTGTTGGCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACAC
CATCTTCGCCGGCTTTCGTCTCCGGAAAGAGGTGATTCCTTTACACCATCTTCACCGGCG
TTTATCTGGTTTTATTAAGCTACTGGTTTCTGTTGGCGGAGTTCCGGCGTGCATGATTTC
AGACTCCGGAG*AAGCAGTTGCCGTTCGATAGTCTCTTGGTGGATGATGTTGGGCTTT

QA 1 718 1 718
DS 

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GATTTGCAGCTCCGGCGGCTTCCATAGCGTCGGAGCTGTGCTTCCATATTTATAGATCTT
CTCGGCGTGGTTCTTTTAAGATCC*ATCTAGTATTTGTTTTTTTTTCCTCTGTCTCTTCT
GTAGAAATCTTCTTGTGTTAAGTGTCTGGTTCTTTAGATGTTTGTGGGTTTGAGGAGAGT
CTTCGGTTGTCTGTAAGATGTGGACAGTTTGATTTCTTCGTCGCTGCGGTGGCTCGTTAG
ATTGATTTTACTAGATTTGTAATTTTTTCTGGTGTACGGTGCTAGTTGATGGCCGTCTCT
GATGTGGATTGTTAATTCTTCCATCAGATTTAGTTAAATCTCTGTTTTCTGAGTCATTTG
TGGTCGGCGTTTAAGTCTTTGTGTTCATATCTTCTTTGGTGTCTGGCTATCGAAGAGTCT
CCACTTTTATCTCTCCATGGTTGGAGCTGTTGGCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACA
CCATCTTCGCCGGCTTTCGTCTCCGGAAAGAGGTGATTCCTTTACACCATCTTCACCGGC
GGTTATCTGGTTTTATTAAGCTACTGGTTTCTGTTGGCGGAGTTCCGGCGTGCATGATTT
CAGACTCCGGAGGAAGCAGTTGCCGTTCGATAGTCTCTTGGTGGATGATGTTGGGCTTTG
TTAGGC*TTAAACCTAATTAAAATTAATGTGTTTGATGTTT
GGGTTTGTAA

QA 1 761 1 761
DS 

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GGTTCTCTCTCTCATAAACTCTCCGCCTTCTCTCTTCTCCAAGAACTCTCAGATTTTCAG
ATTTGCAGCTCCGGCGGCTTCCATAGCGTCGGAGCTGTGCTTCCATATTTATAGATCTTC
TCGGCGTGGTTCTTTTAAGATCC*ATCTAGTATTTGTTTTTTTTTCCTCTGTCTCTTCTG
TAGAAATCTTCTTGTGTTAAGTGTCTGGTTCTTTAGATGTTTGTGGGTTTGAGGAGAGTC
TTCGGTTGTCTGTAAGATGTGGACAGTTTGATTTCTTCGTCGCTGCGGTGGCTCGTTAGA
TTGATTTTACTAGATTTGTAATTTTTTCTGGTGTACGGTGCTAGTTGATGGCCGTCTCTG
ATGTGGATTGTTAATTCTTCCATCAGATTTAGTTAAATCTCTGTTTTCTGAGTCATTTGT
GGTCGGCGTTTAAGTCTTTGTGTTCATATCTTCTTTGGTGTCTGGCTATCGAAGAGTCTC
CACTTTTATCTCTCCATGGTTGGAGCTGTTGGCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACAC
CATCTTCGCCGGCTTTCGTCTCCGGAAAGAGGTGATTCCTTTACACCATCTTCACCGGCG
TTTATCTGGTTTTATTAAGCTACTGGTTTCTGTTGGCGGAGTTCCGGCGTGCATGATTTC
AGACTCCGGAGGAAGCAGTTGCCGTTCGATAGTCTCTTGGTGGATGATGTTGGGCTTTGT
TAGGCCTTAAACCTAATTAAAATTAATGTGTTTGATGTTTTGGGTTTTGTTAAGCCTTTG
AATTTGTTGTAAGTGTTGGGTTTTGTTGGATTTGGACCTTTA
TAAATACTAGATGA

QA 1 822 1 822
DS 

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CTGTGCTTCCATATTTATAGATCTTCTCGGCGTGGTTCTTTTAAGATCCCATCTAGTATT
TGTTTTTTTTTCCTCTGTCTCTTCTGTAGAAATCTTCTTGTGTTAAGTGTCTGGTTCTTT
AGATGTTTGTGGGTTTGAGGAGAGTCTTCGGTTGTCTGTAAGATGTGGACAGTTTGATTT
CTTCGTCGCTGCGGTGGCTCGTTAGATTGATTTTACTAGATTTGTAATTTTTTCTGGTGT
ACGGTGCTAGTTGATGGCCGTCTCTGATGTGGATTGTTAATTCTTCCATCAGATTTAGTT
AAATCTCTGTTTTCTGAGTCATTTGTGGTCGGCGTTTAAGTCTTTGTGTTCATATCTTCT
TTGGTGTCTGGCTATCGAAGAGTCTCCACTTTTATCTCTCCATGGTTGGAGCTGTTGGCT
CTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACCATCTTCGCCGGCTTTCGTCTCCGGAAAGAGGTG
ATTCCTTTACACCATCTTCACCGGCGTTTATCTGGTTTTATTAAGCTACTGGTTTCTGTT
GGCGGAGTTCCGGCGTGCATGATTTCAGACTCCGGAGGAAGCAGTTGCCGTTCGATAGTC
TCTTGGTGGATGATGTTGGGCTTTGTTAGGCCTTAAACCTAATTAAAATTAATGTGTTTG
ATGTTTTGGGTTTTGTTAACCCTTTGAATTTGTTGTAAGTGTTGGGTTTTGTTGGATTTG
GACCTTTA
ATAAAATACTAGATGAC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1C332JQ 764 0 0
GGCTTCCATAGCGTCGGAGCTGTGCTTCCATATTTATAGATCTTCTCGGCGTGGTTCTTT
TAAGATCC*ATCTAGTATTTGTTTTTTTTTCCTCTGTCTCTTCTGTAGAAATCTTCTTGT
GTTAAGTGTCTGGTTCTTTAGATGTTTGTGGGTTTGAGGAGAGTCTTCGGTTGTCTGTAA
GATGTGGACAGTTTGATTTCTTCGTCGCTGCGGTGGCTCGTTAGATTGATTTTACTAGAT
TTGTAATTTTTTCTGGTGTACGGTGCTAGTTGATGGCCGTCTCTGATGTGGATTGTTAAT
TCTTCCATCAGATTTAGTTAAATCTCTGTTTTCTGAGTCATTTGTGGTCGGCGTTTAAGT
CTTTGTGTTCATATCTTCTTTGGTGTCTGGCTATCGAAGAGTCTCCACTTTTATCTCTCC
ATGGTTGGAGCTGTTGGCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACCATCTTCGCCGGCTT
TCGTCTCCGGAAAGAGGTGATTCCTTTACACCATCTTCACCGGCGTTTATCTGGTTTTAT
TAAGCTACTGGTTTCTGTTGGCGGAGTTCCGGCGTGCATGATTTCAGACTCCGGAGGAAG
CAGTTGCCGTTCGATAGTCTCTTGGTGGATGATGTTGGGCTTTGTTAGGCCTTAAACCTA
ATTAAAATTAATGTGTTTGATGTTTTGGGTTTTGTTAAGCCTTTGAATTTGTTGTAAGTG
TTGGGTTTTTTTGGATTTGGACCTTTA
ATAAAATACTAGATGAC

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DS 

RD RR1BQ80JQ 802 0 0
CCAAGAACTCTCAGATTT*CAGATTTGCAGCTCCGGCGGCTTCCATAGCGTCGGAGCTGT
GCTTCCATATTTATAGATCTTCTCGGCGTGGTTCTTTTAAGATCC*ATCTAGTATTTGTT
TTTTTTTCCTCTGTCTCTTCTGTAGAAATCTTCTTGTGTTAAGTGTCTGGTTCTTTAGAT
GTTTGTGGGTTTGAGGAGAGTCTTCGGTTGTCTGTAAGATGTGGACAGTTTGATTTCTTC
GTCGCTGCGGTGGCTCGTTAGATTGATTTTACTAGATTTGTAATTTTTTCTGGTGTACGG
TGCTAGTTGATGGCCGTCTCTGATGTGGATTGTTAATTCTTCCATCAGATTTAGTTAAAT
CTCTGTTTTCTGAGTCATTTGTGGTCGGCGTTTAAGTCTTTGTGTTCATATCTTCTTTGG
TGTCTGGCTATCGAAGAGTCTCCACTTTTATCTCTCCATGGTTGGAGCTGTTGGCTCTGG
GAAGAGGTGGTTCACATAACACCATCTTCGCCGGCTTTCGTCTCCGGAAAGAGGTGATTC
CTTTACACCATCTTCACCGGCGGTTATCTGGTTTTATTAAGCTACTGGTTTCTGTTGGCG
GAGTTCCGGCGTGCATGATTTCAGACTCCGGAGGAAGCAGTTGCCGTTCGATAGTCTCTT
GGTGGATGATGTTGGGCTTTGTTAGGCCTTAAACCTAATTAAAATTAATGTGTTTGATGT
TT*GGGTTTTGTTAAGCCTTTGAATTTGTTGTAAGTGTTGGGTTTTGTTGGATTTGGACC
TTTAATAAAATACTAGATGACG

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 7

CO CL1083Contig1 983 7 8 U
GAAACATAAAAGATTTTTTTTATTCCTTGCAAATAGTGAGAGAATTAGATATATTGAAAT
GAGTTGCAAAGACTAGAGAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAACATGGTACATATTATA
CTAGACTGGTTGTTGTCGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTTCTTATTAAAACAT
AAATTATTAAAAGCTCCTGCAACAACCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGG
ACTTTGAAAGAACGATCGGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTA
TTTCCATGGAGTCTGTAGCCTTTCTTTACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGT
GCAGCTGCTTTCCCTTGATCTTGGTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAA
CCGGCGTCCAGGAGATTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGC
AGAATGAGAGTGAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAA
CCTGGGGCTGTACCTTGTAGCACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGAC
CCGTAACCATGAGCCTTGTAATACTCGAGGTTTGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAG
ACCCAAGCGTCCTTGCCGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAA
CCAGCGACTACACTGTAGTCCTTGTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAG
CTTACACATTGGGAAGGAACCGTCGTCCACTTTCCGGCATTGTCGGTCTCGACGGCCAGT
CTCCAGCTTACGCAGTAGGACTCAAGAGAGGAAGAGAGGGACTCATCGAGGGAGGCGGGG
AGCTTGATGAAGGATGAGACGCGAGAAGAGATGGCGGGACTGACTAAGACAGCGAATAGA
AGGAAGGTGAAGAAACTGCTACG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ64JQ U 26
AF RR1DS41JQ U 36
AF RR1FT32JQ U 1
AF RR1G735JQ U 2
AF RR1A131JQ U 38
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AF RR1A131TF C 377
BS 1 648 RR1FT32JQ
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CCTTGC
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CATAAAAA*GGAACATGGTACATATTATACTAAACTGGTTGTTGTCGGACCAATCACGAA
AGACTTTCGTAACTTTCTTATTAAAACATAAATTATTAAAAGCTCCTGCAACAACCGATG
ATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGAACGATCGGCCACAGAAAAAC
CTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATGGAGTCTGTAGCCTTTCTTTACCA
TTCTTGATCGTTGCTCTGATTTGTACTGGGCAGCTGCTTTCCCTTGATCTTGG

QA 7 359 7 359
DS 

RD RR1DS41JQ 495 0 0
C
TGAGAGAATTAGATATATTGAAATGAGTTGCAAAGACTAGAGAAGGAACATGGTACATAA
AAA*GGAACATGGTACATATTATACTAGACTGGTTGTTGTCGGACCAATCACGAAAGACT
TTCGTAACTTTCTTATTAAAACATAAATTATTAAAAGCTCCTGCAACAACCGATGATCAA
GCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGAACGATCGGCCACAGAAAAACCTTGA
AGGTCACTCCACTGATCACCAGTATTTCCATGGAGTCTGTAGCCTTTCTTTACCATTCTT
GATCGTTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGCTTTCCCTTGATCTTGGTGACCCCTCAAC
AGGAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAGGAGATTTTTCTCGGTAACACTCCTT
TGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGTGAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTA
AACAGTTTCAAACT

QA 2 495 2 495
DS 

RD RR1FT32JQ 704 0 0
GAAACATAAAAGATTTTTTTTATTCCTTGCAAATAGTGAGAGAATTAGATATATTGAAAT
GAGTTGCAAAGACTAGAGAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAACATGGTACATATTATA
CTAGACTGGTTGTTGTCGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTTCTTATTAAAACAT
AAATTATTAAAAGCTCCTGCAACAACCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGG
ACTTTGAAAGAACGATCGGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTA
TTTCCATGGAGTCTGTAGCCTTTCTTTACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGT
GCAGCTGCTTTCCCTTGATCTTGGTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAA
CCGGCGTCCAGGAGATTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGC
AGAATGAGAGTGAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAA
CCTGGGGCTGTACCTTGTAGCACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGAC
CCGTAACCATGAGCCTTGTAATACTCGAGGTTTGAGAGGAGCGTCTCACCAATGTCAAAG
ACCCAAGCGTCCTTGCCGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTT
GGC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1G735JQ 791 0 0
AAACATAAAAGATTTTTTTTATTCCTTGCAAATAGTGAGAGAATTAGATATATTGAAATG
AGTTGCAAAGACTAGAGAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAACATGGTACATATTATAC
TAGACTGGTTGTTGTCGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTTCTTATTAAAACATA
AATTATTAAAAGCTCCTGCAACAACCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGA
CTTTGAAAGAACGATCGGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTAT
TTCCATGGAGTCTGTAGCCTTTCTTTACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTG
CAGCTGCTTTCCCTTGATCTTGGTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAAC
CGGCGTCCAGGAGATTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCA
GAATGAGAGTGAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAAC
CTGGGGCTGTACCTTGTAGCACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACC
CGTAACCATGAGCCTTGTAATACTCGAGGTTTGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGA
CCCAAGCGTCCTTGCCGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAAC
CAGCGACTACACTGTAGTCCTTGTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGC
TTACACATTGG

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1A131JQ 833 0 0
GAGAGAATTAGATATATTGAAATGAGTTGCAAAGACTAGAGAAGGAACATGGTACATAAA
AAAGGAACATGGTACATATTATACTAGACTGGTTGTTGTCGGACCAATCACGAAAGACTT
TCGTAACTTTCTTATTAAAACATAAATTATTAAAAGCTCCTGCAACAACCGATGATCAAG
CAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGAACGATCGGCCACAGAAAAACCTTGAA
GGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATGGAGTCTGTAGCCTTTCTTTACCATTCTTG
ATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGCTTTCCCTTGATCTTGGTGACCCCTCAACA
GGAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAGGAGATTTTTCTCGGTAACACTCCTTT
GAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGTGAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTAA
ACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAACCTGGGGCTGTACCTTGTAGCACCCACTCGTTGAAAG
CAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATGAGCCTTGTAATACTCGAGGTTTGAGA
GGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTCCTTGCCGTCTCCCTTCAGCTTGATCG
TTTTAGCGTAAGCGTAGGCGTAACCAGCGACTACACTGTAGTCCTTGTCGAACTGGCCTT
TGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTGGGAAGGAACCGTCGTCCACTTTCCGG
CATTGTCGGTCTCGACGGCCAGTCTCCAGCTTACGCAGTAG*ACTCAAGAGAG

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR1G735TF 101 0 0
GAACTGCCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTGGGAAGGAACCGTCGT
CCACTTTCCGGCATTGTCGGTCTCGACGGCCAGTCTCCAGC

QA 1 101 1 101
DS 

RD RR1A131TF 607 0 0
GATCTTGGTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAGGAGAT
TTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGTGAAAC
CAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAACCTGGGGCTGTACCTT
GTAGCACCCACTCGTTGATAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATGAGCCT
TGTAATACTCGAGGTTTGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTCCTTGC
CGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGACTACACTGT
AGTCCTTGTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTGGGAAG
GAACCGTCGTCCACTTTCCGGCATTGTCGGTCTCGACGGCCAGTCTCCAGCTTACGCAGT
AGGACTCAAGAGAGGAAGAGAGGGACTCATCGAGGGAGGCGGGGAGCTTGATGAAGGATG
AGACGCGAGAAGAGATGGCGGGACTGACTAAGACAGCGAATAGAAGGAAGGTGAAGAAAC
TGCTACG

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 6

CO CL1084Contig1 893 6 10 U
GGGAGTCTGGTTTAAAGATATGTTCTTTGATTGAAACACCAATGCGTGCACGGTGAATTC
GAGGATCGAGGAGCTTGAAATCGGTCGGACACTTTGTCTGTCATCACCTGTCGTCATCAT
CGTCGCTTAAAGTTCCGACCTTTCGTTGCCGGAAGGGAAGATGCTCGCTTGAAGTCGACC
TCCACCGTTCTCGCCTCTATCTTTTACCTTTTTTTAGCTCAACAAGTAAGAAGGAAGGAA
GGAGATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGA
CCCACCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAACATCATGCTCTGGAATGCTGT
TATCTTCGGGCCTGATGATACCCCATGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTT
TTCAGAAGATTATCCAAACAAACCACCAACGGTTCGGTTTGTTTCAAGGATGTTCCATCC
TAATATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTCCAAAACCAGTGGAGTCCAAT
TTATGATGTCGCTGCTATCCTTACCTCCATCCAGTCATTACTCTGTGATCCTAATCCGAA
TTCTCCTGCCAACTCGGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGAGAGTACAACAG
AAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAGTAAAAATAATAGTAGCA
TTTGTCTTTTATTGTCATTGAACCTTCCTCTCTTGTTTTTCATTCCGCAACACTTCTTTC
TCGTTTCCTTTCTTTGTCTTTGTATGTTTCTTTTTTCTCAAACTCTGTGATTTGTTGCTT
TTAATGCTTCTATATATGTATTATCTTCATAATTATCGAATGCATTCATGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CX10TF U 48
AF RR1DK59TF U 1
AF RR1D111TF U 36
AF RR1CX10JQ C 113
AF RR1D111JQ C 217
AF RR1DK59JQ C 309
BS 1 708 RR1DK59TF
BS 709 709 RR1D111TF
BS 710 729 RR1DK59TF
BS 730 732 RR1D111TF
BS 733 759 RR1DK59TF
BS 760 760 RR1D111TF
BS 761 785 RR1DK59TF
BS 786 804 RR1D111TF
BS 805 870 RR1CX10JQ
BS 871 893 RR1D111JQ

RD RR1CX10TF 605 0 0
GG
ACGGTGAATTCGAGGATCGAGGAGCTTGAAATCGGTCGGACACTTTGTCTGTCATCACCT
GTCGTCATCATCGTCGCTTAAAGTTCCGACCTTTCGTTGCCGGAAGGGAAGATGCTCGCT
TGAAGTCGACCTCCACCGTTCTCGCCTCTATCTTTTACCTTTTTTTAGCTCAACAAGTAA
GAAGGAAGGAAGGAGATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGAGGGATTTCAAGAGG
TTGCAGCAAGACCCACCTGC**GAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAACATCATGCTC
TGGAATGCTGTTATCTTCGGGCCTGATGATACCCCATGGGATGGAGGTACTTTCAAACTC
TCACTGCAGTTTTCAGAAGATTATCCAAACAAACCACCAACGGTTCGGTTTGTTTCAAGG
ATGTTCCATCCTAATATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTCCAAAACCAG
TGGAGTCCAATTTATGATGTCGCTGCTATCCTTACCTCCATCCAGTCATTACTCTGTGAT
CCTAATCCGAATTCTCCTGCCAACTCGGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGA
GAG

QA 3 605 3 605
DS 

RD RR1DK59TF 793 0 0
GGGAGTCTGGTTTAAAGATATGTTCTTTGATTGAAACACCAATGCGTGCACGGTGAATTC
GAGGATCGAGGAGCTTGAAATCGGTCGGACACTTTGTCTGTCATCACCTGTCGTCATCAT
CGTCGCTTAAAGTTCCGACCTTTCGTTGCCGGAAGGGAAGATGCTCGCTTGAAGTCGACC
TCCACCGTTCTCGCCTCTATCTTTTACCTTTTTTTAGCTCAACAAGTAAGAAGGAAGGAA
GGAGATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGA
CCCACCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAACATCATGCTCTGGAATGCTGT
TATCTTCGGGCCTGATGATACCCCATGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTT
TTCAGAAGATTATCCAAACAAACCACCAACGGTTCGGTTTGTTTCAAGGATGTTCCATCC
TAATATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTCCAAAACCAGTGGAGTCCAAT
TTATGATGTCGCTGCTATCCTTACCTCCATCCAGTCATTACTCTGTGATCCTAATCCGAA
TTCTCCTGCCAACTCGGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGAGAGTACAACAG
AAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAGTAAAA*TAATAGTAGCA
TTTGTCTTTA**TGTCATTGAACCTTCCTCTCTTGTTTT*CATTCCGCAACACTTCTTTC
TCGTT
CCTTTCTT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1D111TF 769 0 0
CGGGGAATT
CGTGCACGGTGAATTCGAGGATCGAGGAGCTTGAAATCGGTCGAACACTTTGTCTGTCAT
CACCTGTCGTCATCATCGTCGCTTAAAGTTCCGACCTTTCGTTGCCGGAAGGGAAGATGC
TCGCTTGAAGTCGACCTCCACCGTTCTCGCCTCTATCTTTTACCTTTTTTTAGCTCAACA
AGTAAGAAGGAAGGAAGGAGATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGAGGGATTTCA
AGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAACATCA
TGCTCTGGAATGCTGTTATCTTCGGGCCTGATGATACCCCATGGGATGGAGGTACTTTCA
AACTCTCACTGCAGTTTTCAGAAGATTATCCAAACAAACCACCAACGGTTCGGTTTGTTT
CAAGGATGTTCCATCCTAATATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTCCAAA
ACCAGTGGAGTCCAATTTATGATGTCGCTGCTATCCTTACCTCCATCCAGTCATTACTCT
GTGATCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAACTCGGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCA
AACGAGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAGT
AAAAATAATAGTAGCATTTGTCTTTTATTGTCATTGAACCTTCCTCTCTTGTTTTTCATT
CCGCAACACTTCTTTCTCGTTTCCTTTCTTTGTCTTTGTA

QA 10 769 10 769
DS 

RD RR1CX10JQ 758 0 0
GTCATCATCGTCGCTTAAAGTTCCGACCTTTCGTTGCCGGAAGGGAAGATGCTCGCTTGA
AGTCGACCTCCACCGTTCTCGCCTCTATCTTTTACCTTTTTTTAGCTCAACAAGTAAGAA
GGAAGGAAGGAGATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGAGGGATTTCAAGAGGTTG
CAGCAAGACCCACCTGC**GAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAACATCATGTTCTGG
AATGCTGTTATCTTCGGGCCTGATGATACCCCATGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCA
CTGCAGTTTTCAGAAGATTATCCAAACAAACCACCAACGGTTCGGTTTGTTTCAAGGATG
TTCCATCCTAATATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTCCAAAACCAGTGG
AGTCCAATTTATGATGTCGCTGCTATCCTTACCTCCATCCAGTCATTACTCTGTGATCCT
AATCCGAATTCTCCTGCCAACTCGGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGAGAG
TACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAGTAAAAATAA
TAGTAGCATTTGTCTTTTATTGTCATTGAACCTTCCTCTCTTGTTTTTCATTCCGCAACA
TTTCTTTCTCGTTTCCTTTCTTTGTCTTTGTATGTTTCTTTTTTCTCAAACTCTGTGATT
TGTTGCTTTTAATGCTTCTATATATGTATTATCTTCAT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1D111JQ 677 0 0
GCTCAACAAGTAAGAAGGAAGGAAGGAGATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGAG
GGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACAA
CAACATCATGCTCTGGAATGCTGTTATCTTCGGGCCTGATGATACCCCATGGGATGGAGG
TACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTTTCAGAAGATTATCCAAACAAACCACCAACGGTTCG
GTTTGTTTCAAGGATGTTCCATCCTAATATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACAT
TCTCCAAAACCAGTGGAGTCCAATTTATGATGTCGCTGCTATCCTTACCTCCATCCAGTC
ATTACTCTGTGATCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAACTCGGAAGCTGCACGAATGTTCAG
CGAAAGCAAACGAGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGC
TGACTAGTAAAAATAATAGTAGCATTTGTCTTTTATTGTCATTGAACCTTCCTCTCTTGT
TTTTCATTCCGCAACACTTCTTTCTCGTTTCCTTTCTTTGTCTTTGTATGTTTCTTTTTT
CTCAAACTCTGTGATTTGTTGCTTTTAATGCTTCTATATATGTATTATCTTCATAATTAT
CGAATGCATTCATGTTC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1DK59JQ 585 0 0
CTGGAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAACATCATGCTCTGGAATGCTGTTATCTTCG
GGCCTGATGATACCCCATGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTTTCAGAAG
ATTATCCAAACAAACCACCAACGGTTCGGTTTGTTTCAAGGATGTTCCATCCTAATATAT
ATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTCCAAAACCAGTGGAGTCCAATTTATGATG
TCGCTGCTATCCTTACCTCCATCCAGTCATTACTCTGTGATCCTAATCCGAATTCTCCTG
CCAACTCGGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGAGAGTACAACAGAAGAGTCC
GCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAGTAAAAATAATAGTAGCATTTGTCTT
TTATTGTCATTGAACCTTCCTCTCTTGTTTTTCATTCCGCAACACTTCTTTCTCGTTTCC
TTTCTTTGTCTTTGTATGTTTCTTTTTTCTCAAACTCTGTGATTTGTTGCTTTTAATGCT
TCTATATATGTATTATCTTCATAATTATCGAATGCATTCATGTTC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 6

CO CL1085Contig1 1220 6 6 U
GGCAAAACAGATGAATTTTATATATAATAAGAATTTATAGGACCGAATCAAACAACCAAT
ACGACTACAAAGACACAACAAAAAGAAGAGTTTTCATAAAACGTGACTAAGTTGATTAGA
GAGATCTCCAATGCAATGCTAAGAGTGGTCATCATCATCAACCTAGAAACAACCCTCTAG
TTTCACTGACTCTCTTGATTGTTACACACGAAGACAAGATAACAGGAAAAGAGAACAACT
GACTGAACTCCCTCTTTTTTAGCATGGACTTACATGATGGTGCATCGACCCTTTTCTTCA
TTTGGTTGCGCCGGCATTTGCTGGAACCGGTGCGACTCTGAGGGATTGTATGTGAACTCA
GATGTGTCAAGCCCATACTTCTCCCTCATACGTGCACTCCAAGGGTCACTGCGGCTCGGG
CGTTGGTCCAAAGTAGGAGCAACTGGGACACCGGTGACAGGGGCGGGCTGGCGGTTGATG
AATGGCTGCCTGATCTGTTGCCTTGGAGGAGTAATAAACTCATCATCACTGTCATACTCC
GCTGGTGTATTAGCTGCCCTAACCATAAGGGCAAGCAAGAAAAGCAAAGCCTCGAAAACA
ACGGCTCCTAGAGCTACCCATCTTACGATGTTCCAGTTTTCTCTGAGAAAATTATAGATG
GTATCGAAGTTCCCAGTCCTGTCAGAAGGAATTTCATCTCTCCAGCTGTTGTCGAAGAAT
ATAAACGCAGCAGCTCCAAGCTCCGCCAAGATCAACAAGATGAGAAGCAGAGAGTAACAA
GATAAGCAGCAGACGTTCCTTGAACAAGTACCAACACAGCCACAGCATGAGATAACAAAC
AGAGCCACGCCGATACCAATGAACAAGTAGATGAACCAAGCTTTGGGGAGATTGTCAAAG
ACATTGGAAGAGAGAGCAAGAGACATAAGCATGGGCCTCCCAAAAGAGACGTAACTCTGG
TGGTCGTCGGCACTGAAGTGAAGAGAGTTGTCGGATGCTCTCTTGAACTCGACAAACAAG
TAGATACCATAACCAATCATGCCAAGTCCAGCAACCGCCAGAATAAAATTTAGTAGCTTT
AGCAAACACTCTAAACAACCTCTACATGCCATTTTTTACAACTCAGCTTAAGAATTCTCG
GAGAATGAGTCTTCGATCTTCTACCAGCTCCGGGTACTTTTTTATTTTTCTTGTCGCCGA
GTCGAGAGGAAGAGGAAAGC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CL40JQ U 1
AF RR1C180JQ U 1
AF RR1AW04JQ U 20
AF RR1CL40TF C 467
AF RR1C180TF C 466
AF RR1AW04TF C 533
BS 1 660 RR1C180JQ
BS 661 662 RR1AW04JQ
BS 663 684 RR1C180JQ
BS 685 797 RR1AW04JQ
BS 798 1175 RR1C180TF
BS 1176 1220 RR1AW04TF

RD RR1CL40JQ 654 0 0
GA
CAAAACAGATGAATTTTATATATAATAAGAATTTATAGGACCGAATCAAACAACCAATAC
GACTACAAAGACACAAAAAAAAGAAGAGTTTTCATAAAACGTGACTAAGTTGATTAGAGA
GATCTCCAATGCAATGCTAAGAGTGGTCATCATCATCAACCTAGAAACAACCCTCTAGTT
TCACTGACTCTCTTGATTGTTACACACGAAGACAAGATAACAGGAAAAGAGAACAACTGA
CTGAACTCCCTCTTTTTTAGCATGGACTTACATGATGGTGCATCGACCCTTTTCTTCATT
TGGTTGCGCCGGCATTTGCTGGAACCGGTGCGACTCTGAGGGATTGTATGTGAACTCAGA
TGTGTCAAGCCCATACTTCTCCCTCATACGTGCACTCCAAGGGTCACTGCGGCTCGGGCG
TTGGTCCAAAGTAGGAGCAACTGGGACACCGGTGACAGGGGCGGGCTGGCGGTTGATGAA
TGGCTGCCTGATCTGTTGCCTTGGAGGAGTAATAAACTCATCATCACTGTCATACTCCGC
TGGTGTATTAGCTGCCCTAACCATAAGGGCAAGCAAGAAAAGCAAAGCCTCGAAAACAAC
GGCTCCTAGAGCTACCCATCTTACGATGTTCCAGTTTTCTCTGAGAAAATTA

QA 3 654 3 654
DS 

RD RR1C180JQ 684 0 0
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ACGACTACAAAGACACAACAAAAAGAAGAGTTTTCATAAAACGTGACTAAGTTGATTAGA
GAGATCTCCAATGCAATGCTAAGAGTGGTCATCATCATCAACCTAGAAACAACCCTCTAG
TTTCACTGACTCTCTTGATTGTTACACACGAAGACAAGATAACAGGAAAAGAGAACAACT
GACTGAACTCCCTCTTTTTTAGCATGGACTTACATGATGGTGCATCGACCCTTTTCTTCA
TTTGGTTGCGCCGGCATTTGCTGGAACCGGTGCGACTCTGAGGGATTGTATGTGAACTCA
GATGTGTCAAGCCCATACTTCTCCCTCATACGTGCACTCCAAGGGTCACTGCGGCTCGGG
CGTTGGTCCAAAGTAGGAGCAACTGGGACACCGGTGACAGGGGCGGGCTGGCGGTTGATG
AATGGCTGCCTGATCTGTTGCCTTGGAGGAGTAATAAACTCATCATCACTGTCATACTCC
GCTGGTGTATTAGCTGCCCTAACCATAAGGGCAAGCAAGAAAAGCAAAGCCTCGAAAACA
ACGGCTCCTAGAGCTACCCATCTTACGATGTTCCAGTTTTCTCTGAGAAAATTATAGATG
**ATCGAAGTTCCCAGTCCTGTCA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1AW04JQ 778 0 0
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AAAAAGAAGAGTTTTCATAAAACGTGACTAAGTTGATTAGAGAGATCTCCAATGCAATGC
TAAGAGTGGTCATCATCATCAACCTAGAAACAACCCTCTAGTTTCACTGACTCTCTTGAT
TGTTACACACGAAGACAAGATAACAGGAAAAGAGAACAACTGACTGAACTCCCTCTTTTT
TAGCATGGACTTACATGATGGTGCATCGACCCTTTTCTTCATTTGGTTGCGCCGGCATTT
GCTGGAACCGGTGCGACTCTGAGGGATTGTATGTGAACTCAGATGCGTCAAGCCCATACT
TCTCCCTCATACGTGCACTCCAAGGGTCACTGCGGCTCGGGCGTTGGTCCAAAGTAGGAG
CAACTGGGACACCGGTGACAGGGGCGGGCTGGCGGTTGATGAATGGCTGCCTGATCTGTT
GCCTTGGAGGAGTAATAAACTCATCATCACTGTCATACTCCGCTGGTGTATTAGCTGCCC
TAACCATAAGGGCAAGCAAGAAAAGCAAAGCCTCGAAAACAACGGCTCCTAGAGCTACCC
ATCTTACGATGTTCCAGTTTTCTCTGAGAAAATTATAGATGGTATCGAAGTTCCCAGTCC
TGTCAGAAGGAATTTCATCTCTCCAGCTGTTGTCGAAGAATATAAACGCAGCAGCTCCAA
GCTCCGCCAAGATCAACAAGATGAGAAGCAGAGAGTAACAAGATAAGCAGCAGACGTT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1CL40TF 688 0 0
GGCTGGC
GTTGATGAATGGCTGC*TGATCTGTTGC*TTGGAGGAGTAATAAACTCATCATCACTGTC
ATACTCCGCTGGTGTATTAGCTGCCCTAACCATAAGGGCAAGCAAGAAAAGCAAAGCCTC
GAAAACAACGGCTCCTAGAGCTACCCATCTTACGATGTTCCAGTTTTCTCTGAGAAAATT
ATAGATGGTATCGAAGTTCCCAGTCCTGTCAGAAGGAATTTCATCTCTCCAGCTGTTGTC
GAAGAATATAAACGCAGCAGCTCCAAGCTCCGCCAAGATCAACAAGATGAGAAGCAGAGA
GTAACGAGATAAGCAGCAGACGTTCCTTGAACAAGTACCAACACAGCCACAGCATGAGAT
AACAAACAGAGCCACGCCGATACCAATGAACAAGTAGATGAACCAAGCTTTGGGGAGATT
GTCAAAGACATTGGAAGAGAGAGCAAGAGACATAAGCATGGGCCTCCCAAAAGAGACGTA
ACTCTGGTGGTCGTCGGCACTGAAGTGAAGAGAGTTGTCGGATGCTCTCTTGAACTCGAC
AAACAAGTAGATACCATAACCAATCATGCCAAGTCCAGCAACCGCCAGAATAAAATTTAG
TAGCTTTAGCAAACACTCTAAACAACCTCTACATGCCATTTTTTACAACTCAGCTTAAGA
ATTCTC
GGAGAATGAGTCTTC

QA 8 673 8 673
DS 

RD RR1C180TF 713 0 0
GGCTGGCGGTTGATGAATGGCTGCCTGATCTGTTGCCTTGGAGGAGTAATAAACTCATCA
TCACTGTCATACTCCGCTGGTGTATTAGCTGCCCTAACCATAAGGGCAAGCAAGAAAAGC
AAAGCCTCGAAAACAACGGCTCCTAGAGCTACCCATCTTACGATGTTCCAGTTTTCTCTG
AGAAAATTATAGATG**ATCGAAGTTCCCAGTCCTGTCAGAAGGAATTTCATCTCTCCAG
CTGTTGTCGAAGAATATAAACGCAGCAGCTCCAAGCTCCGCCAAGATCAACAAGATGAGA
AGCAGAGAGTAACAAGATAAGCAGCAGACGTTCCTTGAACAAGTACCAACACAGCCACAG
CATGAGATAACAAACAGAGCCACGCCGATACCAATGAACAAGTAGATGAACCAAGCTTTG
GGGAGATTGTCAAAGACATTGGAAGAGAGAGCAAGAGACATAAGCATGGGCCTCCCAAAA
GAGACGTAACTCTGGTGGTCGTCGGCACTGAAGTGAAGAGAGTTGTCGGATGCTCTCTTG
AACTCGACAAACAAGTAGATACCATAACCAATCATGCCAAGTCCAGCAACCGCCAGAATA
AAATTTAGTAGCTTTAGCAAACACTCTAAACAACCTCTACATGCCATTTTTTACAACTCA
GCTTAAGAATTCTCGGAGAATGAGTCTTCGATCTTCTACCAGCTCCGGGT
CAC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1AW04TF 688 0 0
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CGAAAACAACGGCTCCTAGAGCTACCCATCTTACGATGTTCCAGTTTTCTCTGAGAAAAT
TATAGATGGTATCGAAGTTCCCAGTCCTGTCAGAAGGAATTTCATCTCTCCAGCTGTTGT
CGAAGAATATAAACGCAGCAGCTCCAAGCTCCGCCAAGATCAACAAGATGAGAAGCAGAG
AGTAACAAGATAAGCAGCAGACGTTCCTTGAACAAGTACCAACACAGCCACAGCATGAGA
TAACAAACAGAGCCACGCCGATACCAATGAACAAGTAGATGAACCAAGCTTTGGGGAGAT
TGTCAAAGACATTGGAAGAGAGAGCAAGAGACATAAGCATGGGCCTCCCAAAAGAGACGT
AACTCTGGTGGTCGTCGGCACTGAAGTGAAGAGAGTTGTCGGATGCTCTCTTGAACTCGA
CAAACAAGTAGATACCATAACCAATCATGCCAAGTCCAGCAACCGCCAGAATAAAATTTA
GTAGCTTTAGCAAACACTCTAAACAACCTCTACATGCCATTTTTTACAACTCAGCTTAAG
AATTCTCGGAGAATGAGTCTTCGATCTTCTACCAGCTCTGGGTACTTTTTTATTTTTCTT
GTCGCCGAGTCGAGAGGAAGAGGAAAGC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 7

CO CL1086Contig1 592 7 9 U
GGGCGAAACCTCAACTCACTAATAAACTCATCCCATATTTAATCAAAAAAAAGAACAGCC
CTAAAAATGGCAAGCTTATCAGCTATTGCAATTTCCCTCCGCAACAAGGCACTCATCACT
CCGAGAGTTTTCTCTTCCGTCCCGACAAGACTCATCCATGGGAGTACGATGAAAGAAGCT
TCCGTCTGTGACAAAGCCACCCAGGCTCAACAAAAGGTGGCCAAGAAGGCGGACGAAGGA
GCACAAACCATCTCCGAGGCCGCCGGTAACTTGAAGGATAAGGCGAAGAACACTGCAGAG
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ACCGAGGAAACCAAGGAGTCTATCAAAGCCAAAGCCAAGACCGTCGAGAAAAGCATGAAT
ACCAAGAACCTCAAATAATAAACATACTGTCAGTTTTAAGTTATCCCTAAATCAAATAAT
TTATTTTAAGAAACAATCAAATAAAATGTACTTACGTAATGTATGGAGCTTGGTTCAGTA
TGTTTACACC*TGGTTTT*GTATTATCAAAATAAATTACTTTATCAGGTAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E637TF U 161
AF RR1EE72JQ C 1
AF RR1EE72TF U 1
AF RR1D344JQ C 16
AF RR1A592JQ C 19
AF RR1D344TF U 319
AF RR1A592TF U 19
BS 1 169 RR1EE72TF
BS 170 170 RR1E637TF
BS 171 538 RR1EE72TF
BS 539 550 RR1D344TF
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BS 560 582 RR1D344TF
BS 583 592 RR1A592JQ

RD RR1E637TF 118 0 0
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CCAAGAAGGCGGACGAAGGAGCACAAACCATCTCCGAGGCCGCCGGTAACTTGAA
AGA

QA 1 115 1 115
DS 

RD RR1EE72JQ 539 0 0
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CTAAAAATGGCAAGCTTATCAGCTATTGCAATTTCCCTCCGCAACAAGGCACTCATCACT
CCGAGAGTTTTTTCTTCCGTCCCGACAAGACTCATCCATGGGAGTACGAGGAAAGAAGCT
TCCGTCTGTGACAAAGCCACCCAGGCTCAACAAAAGGTGGCCAAGAAGGCGGACGAAGGA
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GAGGCCTGGGATAAGGTGAAGGACACTACAGAAAAGATCAAAGATACCGTCACAGGAAAA
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ACCAAGAACCTCAAATAATAAACATACTGTCAGTTTTAAGTTATCCCTAAATCAAATAAT
TTATTTTAAGAAACAATCAAATAAAATGTACTTACGTAATGTATGGAGCTTGGTTCAG
C

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1EE72TF 539 0 0
GGGCGAAACCTCAACTCACTAATAAACTCATCCCATATTTAATCAAAAAAAAGAACAGCC
CTAAAAATGGCAAGCTTATCAGCTATTGCAATTTCCCTCCGCAACAAGGCACTCATCACT
CCGAGAGTTTTCTCTTCCGTCCCGACAAGACTCATCCATGGGAGTACGAGGAAAGAAGCT
TCCGTCTGTGACAAAGCCACCCAGGCTCAACAAAAGGTGGCCAAGAAGGCGGACGAAGGA
GCACAAACCATCTCCGAGGCCGCCGGTAACTTGAAGGATAAGGCGAAGAACACTGCAGAG
GAGGCCTGGGATAAGGTGAAGGACACTACAGAAAAGATCAAAGATACCGTCACAGGAAAA
ACCGAGGAAACCAAGGAGTCTATCAAAGCCAAAGCCAAGACCGTCGAGAAAAGCATGAAT
ACCAAGAACCTCAAATAATAAACATACTGTCAGTTTTAAGTTATCCCTAAATCAAATAAT
TTATTTTAAGAAACAATCAAATAAAATGTACTTACGTAATGTATGGAGCTTGGTTCAG
C

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1D344JQ 525 0 0
GGACT
AATAAACTCATCCCATATTTAATCAAAAAAAAGAACAGCCCTAAAAATGGCAAGCTTATC
AGCTATTGCAATTTCCCTCCGCAACAAGGCACTCATCACTCCGAGAGTTTTCTCTTCCGT
CCCGACAAGACTCATCCATGGGAGTACGATGAAAGAAGCTTCCGTCTGTGACAAAGCCAC
CCAGGCTCAACAAAAGGTGGCCAAGAAGGCGGACGAAGGAGCACAAACCATCTCCGAGGC
CGCCGGTAACTTGAAGGATAAGGCGAAGAACACTGCAGAGGAGGCCTGGGATAAGGTGAA
GGACACCACAGAAAAGATCAAAGATACCGTCACAGGAAAAACCGAGGAAACCAAGGAGTC
TATCAAAGCCAAAGCCAAGACCGTCGAGAAAAGCATGAATACCAAGAACCTCAAATAATA
AACATACTGTCAGTTTTAAGTTATCCCTAAATCAAATAATTTATTTTAAGAAACAATCAA
ATAAAATGTACTTACGCAATGTATGGAGCTTGGTTCAGTA

QA 6 525 6 525
DS 

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GG
AATAAACTCATCCCATATTTAATCAAAAAAAAGAACAGCCCTAAAAATGGCAAGCTTATC
AGCTATTGCAATTTCCCTCCGCAACAAGGCACTCATCACTCCGAGAGTTTTCTCTTCCGT
CCCGACAAGACTCATCCATGGGAGTACGATGAAAGAAGCTTCCGTCTGTGACAAAGCCAC
CCAGGCTCAACAAAAGGTGGCCAAGAAGGCGGACGAAGGAGCACAAACCATCTCCGAGGC
CGCCGGTAACTTGAAGGATAAGGCGAAGAACACTGCAGAGGAGGCCTGGGATAAGGTGAA
GGACACTACAGAAAAGATCAAAGATACCGTCACAGGAAAAACCGAGGAAACCAAGGAGTC
TATCAAAGCCAAAGCCAAGACCGTCGAGAAAAGCATGAATACCAAGAACCTCAAATAATA
AACATACTGTCAGTTTTAAGTTATCCCTAAATCAAATAATTTATTTTAAGAAACAATCAA
ATAAAATGTACTTACGTAATGTATGGAGCTTGGTTCAGTATGTTTACACC*TGGTTTT*G
TATTATCAAAATAAATTACTTTATCAGGTAAG

QA 3 574 3 574
DS 

RD RR1D344TF 272 0 0
AAGGACACCACAGAAAAGATCAAAGATACCGTCACAGGAAAAACCGAGGAAACCAAGGAG
TCTATCAAAGCCAAAGCCAAGACCGTCGAGAAAAGCATGAATACCAAGAACCTCAAATAA
TAAACATACTGTCAGTTTTAAGTTATCCCTAAATCAAATAATTTATTTTAAGAAACAATC
AAATAAAATGTACTTACGCAATGTATGGAGCTTGGTTCAGTATGTTTACACCCTGGTTTT
TGTATTATCAAAATAAATTACTTT
TATCAGGT

QA 1 264 1 264
DS 

RD RR1A592TF 574 0 0
GG
AATAAACTCATCCCATATTTAATCAAAAAAAAGAACAGCCCTAAAAATGGCAAGCTTATC
AGCTATTGCAATTTCCCTCCGCAACAAGGCACTCATCACTCCGAGAGTTTTCTCTTCCGT
CCCGACAAGACTCATCCATGGGAGTACGATGAAAGAAGCTTCCGTCTGTGACAAAGCCAC
CCAGGCTCAACAAAAGGTGGCCAAGAAGGCGGACGAAGGAGCACAAACCATCTCCGAGGC
CGCCGGTAACTTGAAGGATAAGGCGAAGAACACTGCAGAGGAGGCCTGGGATAAGGTGAA
GGACACTACAGAAAAGATCAAAGATACCGTCACAGGAAAAACCGAGGAAACCAAGGAGTC
TATCAAAGCCAAAGCCAAGACCGTCGAGAAAAGCATGAATACCAAGAACCTCAAATAATA
AACATACTGTCAGTTTTAAGTTATCCCTAAATCAAATAATTTATTTTAAGAAACAATCAA
ATAAAATGTACTTACGTAATGTATGGAGCTTGGTTCAGTATGTTTACACC*TGGTTTT*G
TATTATCAAAATAAATTACTTT
ATCAGGTAAG

QA 3 564 3 564
DS 



AS 1 7

CO CL1087Contig1 901 7 9 U
GGGGGAAACGGAAGCGGAAGCGAGAGGTCGAGTTCGAGAGGGAGAGAGAGAGATGTCTTA
TTACTCGAGGAGAACCACACGCAGCTCTGTAAAACAAAGGCTCCAGTATATACAAGTTAT
CCAAGATTTGCAGGAGGAGATCAAGTTGTTACAGATTTCAAACGAGAAACTGAATGGTGT
GGGTCTAGACGATCTGAGCTACACCGAGCTGGCTTCGCTTAAAAGTATGTTAAACGAGGG
CATCCCCAATCTGGAAGAACACACGGATAAGGCATTCGAGGAGTTATCAGTCAAGCAGGT
TGTTGAGTGCGATGTTATGGGATGGGATTGGCTTAACCAAAAAGAGAAAGATGACCTGGC
CTACCAATCTCTTCAGGCTAAGAGAAGAAGAGAATTAAGGAACAAGGCTAGAGAACTCCG
CCTCAGCCCTCCTCAAAAAA*GCCAACAGCAGTATAGCTACAACCCTGAAAGACTGATGT
TAGACATCGACTCTTTGAAGATCGAGAAAGAGAGACTACGTCTTTTAAACCAGAGAATGA
TTGGTAAAGAGCTCGACGGTATGGGTTACTTTGAAGCGTTGGTGTTTAAAGCTGAGGTAC
TGCAAGGTTTGATGAATGCCACGAGGAAGATAGAACGTGCATGGCTGGTCAACAAGGAGC
CAATCTCCCCGGGGACAGATATGATGGTGACTTTATAGGTGGGCAGGTTCTTTGGCTCGG
TGACATTAAGAGAGAGTGAGATGGAATCGTTTTTT*CTCTTTTTTTTTTTTAAAATAAAA
AGAGTCTTTGTGAGACTATCTACTTGAAAGATAATTTTATTGTTTTCCTGACTTTGTGTT
TTGTCTCTCTCTGGTTATATATATATGGTTAAGCTAAAGACTGACTCGATATGGTTTTGC
T


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 5 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C257TF U 1
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AF RR1AP73TF U 3
AF RR1AP73JQ C 47
AF RR1CB57JQ C 196
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AF RR1FL26TF U 444
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RD RR1C257TF 700 0 0
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GGGTCTAGACGATCTGAGCTACACCGAGCTGGCTTCGCTTAAAAGTATGTTAAACGAGGG
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TGTTGAGTGCGATGTTATGGGATGGGATTGGCTTAACCAAAAAGAGAAAGATGACCTGGC
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TTGGTAAAGAGCTCGACGGTATGGGTTACTTTGAAGCGTTGGTGTTTAAAGCTGAGGTAC
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CAATCTCCCCGGGGACAGATATGATGGTGACTTTATAGGT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1CB57TF 692 0 0
GGA
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CCAATCTGGAAGAACACACGGATAAGGCATTCGAGGAGTTATCAGTCAAGCAGGTTGTTG
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TCCC*GGGGACAGATATGATGGTGACTTT

QA 4 692 4 692
DS 

RD RR1AP73TF 812 0 0
GGA
AAACGGAAGCGGAAGCGAGAGGTCGAGTTCGAGAGGGAGAGAGAGA**TGTCTTATTACT
CGAGGAGAACCACACGCAGCTCTGTAAAACAAAGGCTCCAGTATATACAAGTTATCCAAG
ATTTGCAGGAGGAGATCAAGTTGTTACAGATTTCAAACGAGAAACTGAATGGTGTGGGTC
TAGACGATCTGAGCTACACCGAGCTGGCTTCGCTTAAAAGTATGTTAAACGAGGGCATCC
CCAATCTGGAAGAACACACGGATAAGGCATTCGAGGAGTTATCAGTCAAACAGGTTGTTG
AGTGCGATGTTATGGGATGGGATTGGCTTAACCAAAAAGAGAAAGATGACCTGGCCTACC
AATCTCTTCAGGCTAAGAGAAGAAGAGAATTAAGGAACAAGGCTAGAGAACTCCGCCTCA
GCCCTCCTCAAAAAAAGCCAACAGCAGTATAGCTACAACCCTGAAAGACTGATGTTAGAC
ATCGACTCTTTGAAGATCGAGAAAGAGAGACTACGTCTTTTAAACCAGAGAATGATTGGT
AAAGAGCTCGACGGTATGGGTTACTTTGAAGCGTTGGTGTTTAAAGCTGAGGTACTGCAA
GGTTTGATGAATGCCACGAGGAAGATAGAACGTGCATGGCTGGTCAACAAGGAGCCAATC
TCCCCGGGGACAGATATGATGGTGACTTTATAGGTGGGCAGGTTCTTTGGCTCGGTGACA
TTAAGAGAGAGTGAGATGGAATCGTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTTTAAAATAAAAAGAGT
CTTTGTGAGACTATCTACTTGAAAGATAA

QA 4 812 4 812
DS 

RD RR1AP73JQ 842 0 0
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AAACTGAATGGTGTGGGTCTAGACGATCTGAGCTACACCGAGCTGGCTTCGCTTAAAAGT
ATGTTAAACGAGGGCATCCCCAATCTGGAAGAACACACGGATAAGGCATTCGAGGAGTTA
TCAGTCAAACAGGTTGTTGAGTGCGATGTTATGGGATGGGATTGGCTTAACCAAAAAGAG
AAAGATGACCTGGCCTACCAATCTCTTCAGGCTAAGAGAAGAAGAGAATTAAGGAACAAG
GCTAGAGAACTCCGCCTCAGCCCTCCTCAAAAAAAGCCAACAGCAGTATAGCTACAACCC
TGAAAGACTGATGTTAGACATCGACTCTTTGAAGATCGAGAAAGAGAGACTACGTCTTTT
AAACCAGAGAATGATTGGTAAAGAGCTCGACGGTATGGGTTACTTTGAAGCGTTGGTGTT
TAAAGCTGAGGTACTGCAAGGTTTGATGAATGCCACGAGGAAGATAGAACGTGCATGGCT
GGTCAACAAGGAGCCAATCTCCCCGGGGACAGATATGATGGTGACTTTATAGGTGGGCAG
GTTCTTTGGCTCGGTGACATTAAGAGAGAGTGAGATGGAATCGTTTTTTTCTCTTTTTTT
TTTTTAAAATAAAAAGAGTCTTTGTGAGACTATCTACTTGAAAGATAATTTTATTGTTTT
CCTGACTTTGTGTTTTGTCTCTCTCTGGTTATATATATATGGTTAAGCTAAAGACTGACT
CG

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR1CB57JQ 680 0 0
GAGCTACACCGAGCTGGCTTCGCTTAAAAGTATGTTAAACGAGGGCATCCCCAATCTGGA
AGAACACACGGATAAGGCATTCGAGGAGTTATCAGTCAAGCAGGTTGTTGAGTGCGATGT
TATGGGATGGGATTGGCTTAACCAAAAAGAGAAGGATGACCTGGCCTACCAATTTCTTCA
GGCTAAGAGAAGAAGAGAATTAAGGAACAAGGCTAGAGAACTCCGCCTCAGCCCTCCTCA
AAAAA*GCCAACAGCAGTATAGCTACAACCCTGAAAGACTGATGTTAGACATCGACTCTT
TGAAGATCGAGAAAGAGAGACTACGTCTTTTAAACCAGAGAATGATTGGTAAAGAGCTCG
ACGGTATGGGTTACTTTGAAGCGTTGGTGTTTAAAGCTGAGGTACTGCAAGGTTTGATGA
ATGCCACGAGGAAGATAGAACGTGCATGGCTGGTCAACAAGGAGCCAATCTCCCCGGGGA
CAGATATGATGGTGACTTTATAGGTGGGCAGGTTCTTTGGCTCGGTGACATTAAGAGAGA
GTGAGATGGAATCGTTTTTT*CTCTTTTTTTTTTTTAAAATAAAAAGAGTCTTTGTGAGG
CTATCTACTTGAAAGATAATTTTATTGTTTTCCTGACTTTGTGTTTTGTCTCTCTCTGGT
TATATATATATGGTTAAGC
C

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1C257JQ 748 0 0
TTGCAGGAGGAGATCAAGTTGTTACAGATTTCAAACGAGAAACTGAATGGTGTGGGTCTA
GACGATCTGAGCTACACCGAGCTGGCTTCGCTTAAAAGTATGTTAAACGAGGGCATCCCC
AATCTGGAAGAACACACGGATAAGGCATTCGAGGAGTTATCAGTCAAGCAGGTTGTTGAG
TGCGATGTTATGGGATGGGATTGGCTTAACCAAAAAGAGAAAGATGACCTGGCCTACCAA
TCTCTTCAGGCTAAGAGAAGAAGAGAATTAAGGAACAAGGCTAGAGAACTCCGCCTCAGC
CCTCCTCAAAAAA*GCCAACAGCAGTATAGCTACAACCCTGAAAGACTGATGTTAGACAT
CGACTCTTTGAAGATCGAGAAAGAGAGACTACGTCTTTTAAACCAGAGAATGATTGGTAA
AGAGCTCGACGGTATGGGTTACTTTGAAGCGTTGGTGTTTAAAGCTGAGGTACTGCAAGG
TTTGATGAATGCCACGAGGAAGATAGAACGTGCATGGCTGGTCAACAAGGAGCCAATCTC
CCCGGGGACAGATATGATGGTGACTTTATAGGTGGGCGGGTTCTTTGGCTCGGTGACATT
AAGAGAGAGTGAGATGGAATCGTTTTTT***CTCTTTTTTTTTTAAAATAAAAAGAGTCT
TTGTGAGACTATCTACTTGAAAGATAATTTTATTGTTTTCCTGACTTCGTGTTTTGTCTC
TCTCTGGTTATATATATATGGTTAAGC
T

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1FL26TF 458 0 0
G
AACAGCAGTACAGCTACAACCCTGAAAGACTGATGTTAGACATCGACTCTTTGAAGATCG
AGAAAGAGAGACTACGTCTTTTAAACCAGAGAATGATTGGTAAAGAGCTCGACGGTATGG
GTTACTTTGAAGCGTTGGTGTTTAAAGCTGAGGTACTGCAAGGTTTGATGAATGCCACGA
GGAAGATAGAACGTGCATGGCTGGTCAACAAGGAGCCAATCTCCCCGGGGACAGAT**GA
TGGTGACTTTATAGGTGGGCAGGTTCTTTGGCTCGGTGACATTAAGAGAGAGTGAGATGG
AATCGTTTTTT*CTCT*TTTTTTTTTTAAAATAAAAAGAGTCTTTGTGAGACTATCTACT
TGAAAGATAATTTTATTGTTTTCCTGACTTTGTGTTTTGTCTCTCTCTGGTTATATATAT
ATGGTTAAGCTAAAGACTGACTCGATATGGTTTTGCT

QA 2 458 2 458
DS 



AS 1 7

CO CL1088Contig1 1146 7 15 U
GGAAGGTGTGTCTCTCTCACTTCCCCTCGTCATCGTCTGAGCTTACCAAACTCCGGTCAA
ATGGCGATGACAACGACTACACTCTTCCATGCACTTGTTCCTTCCAACAGTTACAAATCC
GGAGCTGTTTCCTCTTCGTTCGTCTCAGTTCCGTCTTCTTCGTCGTCTCTCCAATTCCGC
TCGCTTGTCTCGGACTCAACGTCGGTTTATGCCCGGAGGAAGTTAACCGGAGATCTCAGA
AGAGTATCCTTAACTGTCTCCGCCGCCGCAGCAACTGAGCCTCTCACCGTTCTCGTCACC
GGTGCCGGTGGAAGAACAGGGCAAATCGTGTACAAGAAGTTGAAGGAGAGGTCGGATCAG
TTCGTGGCGAGAGGTTTGGTGAGGACGAAAGAGAGCAAGGAGAAGATCGGTGGAGAGGAG
GAAGTGTTCGTTGGAGACATTCGAGACCTTGAAGCCATTGCTCCTGCTGTTCAAGGGATT
GATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTGTACCGAAGATGAAACCTGGTTTTGATCCTAGC
AAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTGAAGAAGGAGCTTATCCTGAACAGGTTGATTGG
ATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCGCTAAGGCAGCTGGAGTTAAGCAGATTGTTTTG
GTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAACAACCCCTTGAATAGCATTGGCAATGCCAAC
ATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGCAGTACTTGGCTGACTCCGGTATTCCATACACC
ATCATCAGGGCGGGTGGTCTGCAGGACAAGGAAGGTGGCATCCGGGAACTAATTGTGGGG
AAAGATGACGAGATTCTTGAGACAGAGACGAGAACAATAGCAAGGGCTGATGTTGCAGAA
GTCTGCGTTCAGGCGTTGCAGCTCGAGGAGGCAAAGTTTAAAGCACTTGATCTGGCCTCA
AAGCCTGAGGGAACAGGCACCCCAACAAAGGATTTCAAGGCACTTTTCGCTCAAGTTACC
GCTCGGTTCTAATCTTCTGTTACTCTGTCTTTGTAGCAGAGTCATAGGATTAGAGACTTC
GAGGAATAATAAATACATTTTGTGAGATACACTTGTTTAAATCGGCTCTTTCTATATTTT
TGAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

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GGAGCTGTTTCCTCTTCGTTCGTCTCAGTTCCGTCTTCT

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DS 

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G
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GTCTCTCCAATTCCGCTCGCTTGTCTCGGACTCAACGTCGGTTTATGCTCGGAGGAAGTT
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CACCGTTCTCGTCACCTGTGCCGGTGGAAGAACAGGGCAAATCGTGTACAAGAAGTTGAA
GGAGAGGTCGGATCAGTTCGTGGCGAGAGGTTTGGTGAGGACGAAAGAGAGCAAGGAGAA
GATCGGTGGAGAGGAGGAAGTGTTCGTTGGAGACATTCGAGACCTTGAAGCCATTGCTCC
TGCTGTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTGTACCGAAGATGAAACC
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TGAACAGGTTGATTGGATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCGCTAAG*CAGCTGGAGT
TAAGCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAACA*CCCCTTGAATA

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GG
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CACTTGTTCCTTCCAACAGTTACAAATCCGGAGCTGTTTCCTCTTCGTTCGTCTCAGTTC
CGTCTTCTTCGTCGTCTCTCCAATTCCGCTCGCTTGTCTCGGACTCAACGTCGGTTTATG
CCCGGAGGAAGTTAACCGGAGATCTCAGAAGAGTATCCTTAACTGTCTCCGCCGCCGCAG
CAACTGAGCCTCTCACCGTTCTCGTCACCGGTGCCGGTGGAAGAACAGGGCAAATCGTGT
ACAAGAAGTTGAAGGAGAGGTCGGATCAGTTCGTGGCGAGAGGTTTGGTGAGGACGAAAG
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AAGCCATTGCTCCTGCTGTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTGTAC
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AAGGAGCTTATCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCGCTA
AGGCAGCTGGAGTTAAGCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACGTAAACA
ACCCCTTGAATAGCATTGGCAATGCCAACATTCTGGTTTGGA*GAG*AAAGCTGAGCAGT
ACTTGGCTGACTCCG
TATTCATACACATCA

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CTGTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTGTACCGAAGATGAAACCTG
GTTTTGATCCTAGCAAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTGAAGAAGGAGCTTATCCTG
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AACTAATTGTGGGGAAAGATGACGAGATTCTTGAGACAGAGACGAGAACAATAGCAAGGG
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TTGATCT

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DS 

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AC
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GTTACTCTGTCTTTGTAGCAGAGTCATAGGATTAGAGACTTCGAGGAATAATAAGTACAT
TTTGTGAGA

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GCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAACAACCCCTTGAATAGCAT
TGGCAATGCCAACATTTTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGCAGTACTTGGCTGACTCCGG
TATTCCATACACCATCATCAGGGCGGGTGGTTTGCAGGACAAGGAAGGTGGCATCCGGGA
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TGATGTTGCAGAAGTTTGCGTTCAGGCTTTGCAGCTCGAGGAGGCAAAGTTTAAAGCACT
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CGCTCAAGTTACCGCTCGGTTCTAATCTTCTGTTACTCTGTCTTTGTAGCAGAGTCATAG
GATTAGAGACTTCGAGGAATAATAAATACATTTTGTGAGATACACTTGTTTAAATCGGCT
CTTTCTAT

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DS 

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CGAAGATGAAACCTGGTTTTGATCCTAGCAAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTGAAG
AAGGAGCTTATCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCGCTA
AGGCAGCTGGAGTTAAGCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAACA
ACCCCTTGAATAGCATTGGCAATGCCAACATTTTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGCAGT
ACTTGGCTGACTCCGGTATTCCATACACCATCATCAGGGCGGGTGGTTTGCAGGACAAGG
AAGGTGGCATCCGGGAACTAATTGTGGGGAAAGATGACGAGATTCTTGAGACAGAGACGA
GAACAATAGCAAGGGCTGATGTTGCAGAAGTTTGCGTTCAGGCGTTGCAGCTCGAGGAGG
CAAAGTTTAAAGCACTTGATCTGGCCTCAAAGCCTGAGGGAACAGGCACCCCAACAAAGG
ATTTCAAGGCACTTTTCGCTCAAGTTACCGCTCAGTTTTAATTTTCTGTTACTCTGTCTT
TGTAGCAGAGTCATAGGATTAGAGACTTCGAGGAATAATAAATACATTTTGTGAGATACA
CTTGTTTAAATCGGCTCTTTCTATATTTTTGAAGT

QA 1 695 1 695
DS 



AS 2 6

CO CL1089Contig1 988 4 8 U
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GATCCGCAGCTAACGGAAGTATCGCAGCAGTTGGAGAGGTTCAAGGCGGCGTTTGTTAGG
AAGGATTACAGTACCTGTAGTGATCTCTTGTCCCGGCTTAAGGTTCTTCTGACGAAATTC
ACAAGTCTTCCTCCGTTGTTTGAGAACACACCTAATGCAGCTCAGGAGCTCACTCTTGCA
AGGGATATCTATGAGCACGCTGTTGTTCTGAGCGTTAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTC
GAGAGAGATTTCTTCCAGCTCAAACCCTACTATGTCGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCA
TCTCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTCAACCTTCTCAGGCTGCTTGTGCAGAACAGA
ATTGCTGAATTCCACACCGAGCTCGAGTTACTCTCCTCTGCTACTCTGGAGAATCCTTGC
ATCAAGCATGCCGTTGAACTTGAGCAGTCCTTCATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTC
AGTGCTAGGCAGACCGCACCTGATGCTACTTACGTTTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAG
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GATGCCAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGATCAGGAACTCTTGACCTATGTCAATGAG
GAGCACCCTGAGTGGGAAGTGAAGGAAGGGTTTGTTGTGTTCCAGAAAGCCAAAGAAACT
GCACCTTGCAAAGAGATTCCGTCTCTTCAACTCATCAACCAGACTCTAAGCTACGCCAGA
GAGCTGGAGCGTATCGTGTAAGATCGTCGGCACGCGTCACTTCCAATTTGTTTCTGGAAA
GACTATCTTCAGATCGTAAAACTTTTTTTATCATGTAATGGACTCAGTATTTCCCAAAGA
AGTGATTATTCAGATAATTGGATTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EU37TF U 1
AF RR1AO17TF U 21
AF RR1AX48TF U 116
AF RR1EU37JQ C 542
BS 1 696 RR1EU37TF
BS 697 697 RR1AO17TF
BS 698 731 RR1EU37TF
BS 732 869 RR1AO17TF
BS 870 870 RR1AX48TF
BS 871 885 RR1AO17TF
BS 886 898 RR1AX48TF
BS 899 988 RR1EU37JQ

RD RR1EU37TF 731 0 0
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GATCCGCAGCTAACGGAAGTATCGCAGCAGTTGGAGAGGTTCAAGGCGGCGTTTGTTAGG
AAGGATTACAGTACCTGTAGTGATCTCTTGTCCCGGCTTAAGGTTCTTCTGACGAAATTC
ACAAGTCTTCCTCCGTTGTTTGAGAACACACCTAATGCAGCTCAGGAGCTCACTCTTGCA
AGGGATATCTATGAGCACGCTGTTGTTCTGAGCGTTAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTC
GAGAGAGATTTCTTCCAGCTCAAACCCTACTATGTCGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCA
TCTCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTCAACCTTCTCAGGCTGCTTGTGCAGAACAGA
ATTGCTGAATTCCACACCGAGCTCGAGTTACTCTCCTCTGCTACTCTGGAGAATCCTTGC
ATCAAGCATGCCGTTGAACTTGAGCAGTCCTTCATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTC
AGTGCTAGGCAGACCGCACCTGATGCTACTTACGTTTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAG
ACCATTAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCCATCAGC
GATGCCAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGATCAG*AACTCTTGACCTATGTCAATGAG
GAGCACCCTGA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1AO17TF 866 0 0
GGAAG
CCAAAATCGAATCGTCGCCGGAAAAAGAAAAGATGGATCCGCAGCTAACGGAAGTATCGC
AGCAGTTGGGGAGGTTCAAGGCGGCGTTTGTTAGGAAGGATTACAGTACCTGTAGTGATC
TCTTGTCCCGGCTTAAGGTTCTTCTGACGAAATTCACAAGTCTTCCTCCGTTGTTTGAGA
ACACACCTAATGCAGCTCAGGAGCTCACTCTTGCAAGGGATATCTATGAGCACGCTGTTG
TTCTGAGCGTTAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTCGAGAGAGATTTCTTCCAGCTCAAAC
CCTACTATGTCGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCATCTCCACAGGAGAATCTTATCCTTG
GTCTCAACCTTCTCAGGCTGCTTGTGCAGAACAGAATTGCTGAATTCCACACCGAGCTCG
AGTTACTCTCCTCTGCTACTCTGGAGAATCCTTGCATCAAGCATGCCGCTGAACTTGAGC
AGTCCTTCATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCAGTGCTAGGCAGACCGCACCTGATG
CTACTTACGTTTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCATTAGAGATGAAATAGCTGGAT
GCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCCATCAGCGATGCCAAGCAGATGTTGCTCTTCT
CTTCTGATCAGGAACTCTTGACCTATGTCAATGAGGAGCACCCTGAGTGGGAAGTGAAGG
AAGGGTTTGTTGTGTTCCAGAAAGCCAAAGAAACTGCACCTTGCAAAGAGATTCCGTCTC
TTCAACTCATCAACCAGACTCTAAGCTACGCCAGAGAGCTGGAGCGTATCGTGTAAGATC
GTCG*CACGCGTCACTTCCA
T

QA 6 865 6 865
DS 

RD RR1AX48TF 783 0 0
GT
AGGAAGGATTACAGTACCTGTAGTGATCTCTTGTCCCGGCTTAAGGTTCTTCTGACGAAA
TTCACAAGTCTTCCTCCGTTGTTTGAGAACACACCTAATGCAGCTCAGGAGCTCACTCTT
GCAAGGGATATCTATGAGCACGCTGTTGTTCTGAGCGTTAAAACTGAGGATCAAGACGCT
TTCGAGAGAGATTTCTTCCAGCTCAAACCCTACTATGTCGATGCCAGGAACCGTCTTCCA
CCATCTCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTCAACCTTCTCAGGCTGCTTGTGCAGAAC
AGAATTGCTGAATTCCACACCGAGCTCGAGTTACTCTCCTCTGCTACTCTGGAGAATCCT
TGCATCAAGCATGCCGTTGAACTTGAGCAGTCCTTCATGGAAGGTGCCCATAACCGTGTG
CTCAGTGCTAGGCAGACCGCACCTGATGCTACTTACGTTTATTTCATGGACCTCTTGGCA
AAGACCATTAGAGATGAAATGGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCCATC
AGCGATGCCAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGATCAGGAACTCTTGACCTATGTCAAT
GAGGAGCACCCTGAGTGGGAAGTGAAGGAAGGGTTTGTTGTGTTCCAGAAAGCCAAAGAA
ACTGCACCTTGCAAAGAGATTCCGTCTCTTCAACTCATCAACCAGACTCTAAGCTACGCC
AGAGAGCTGGAGCGTATCGTGTAAGATCGTCGGCACGCGTCACTTCCAATTTGTTTCTGG
A

QA 3 783 3 783
DS 

RD RR1EU37JQ 447 0 0
GTGCTAGGCAGACCGCACCTGATGCTACTTACGTTTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGA
CCATTAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCCATCAGCG
ATGCCAAGCAGATGTTGTTCTTTTCTTCTGATCAGGAACTCTTGACCTATGTCAATGAGG
AGCACCCTGAGTGGGAAGTGAAGGAAGGGTTTGTTGTGTTCCAGAAAGCCAAAGAAACTG
CACCTTGCAAAGAGATTCCGTTTCTTCAACTCATCAACCAGACTTTAAGCTACGCCAGAG
AGCTGGAGCGTATCGTGTAAGATCGTCGGCACGCGTCACTTCCAATTTGTTTCTGGAAAG
ACTATCTTCAGATCGTAAAACTTTTTTTATCATGTAATGGACTCAGTATTTCCCAAAGAA
GTGATTATTCAGATAATTGGATTTAGC

QA 1 447 1 447
DS 



CO CL1089Contig2 991 2 2 U
GGGGAAAAAGAAAAGATGGATCCGCAGCTAACGGAAGTATCGCAGCAGCTGGAGAGGTTC
AAGGCAGCGTTTGTGAGGAAAGATTACAGTACCTGCAGTGATCTCTTGTCCCGGCTTAAG
GTTCTTCTGACGAAATTCACAAGTCTTCCTCCGTTGTTTGAGAACACACCTAATGCAGCT
CAGGAGCTCACTCTTGCAAGGGATATCTATGAGCACGCTGTTGTTCTAAGTGTCAAAACC
GAGGATCAAGACGCTTTCGAGAGAGATTTCTTCCAGCTCAAACCTTACTATGTCGATGCC
AGGAACCGTCTTCCACCATCCCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTCAATCTCCTCAGG
CTGCTTGTGCAAAACCGAATTGCTGAATTCCACACCGAGCTCGAGTTACTCTCCTCTGCT
ACTCTGGACAATCCTTGCATCAAGCATGCCGTTGAGCTTGAGCAGTCCTTCATGGAAGGT
GCCTATAACCGTGTGCTCAGTGCTAGGCAGACCGCACCTGATGCTACTTACGTCTATTTC
ATGGACCTCTTGGCAAAGACCATTAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTAT
GATTATGTCTCTATCAGCGATGCCAGGCAGATGTTGCTCTTTTCTTCTGATCAAGAACTC
TTGACCTATGTCAATGAGGAGCACCCTGAGTGGGAAGTGAAGGAAGGGTTTGTTGCGTTC
CAGAAAGCCAAAGAAACTGCACCCTGCAAAGAGATTCCATCTCTTCAACTCATCAACCAG
ACTCTAAGCTACGCCAGAGAGCTGGAGCGTATCGTGTAAGATGGGACTTTTACTCATTGC
TCGTCTCTTCCATTTTGTTGTTAAAGAAAAAGATCTTCAGGTCATAAAAAGCTTCGTTAT
CAATGTAATGACTGATTTGGAGAGACTCAGTACTCGTCTTTGGGTAATCGGGTTTGGCAA
ATGAGATTATTCGCTCTTACATTGTTACATT


BQ
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AF RR1FK50TF U 1
AF RR1FK50JQ C 395
BS 1 461 RR1FK50TF
BS 462 991 RR1FK50JQ

RD RR1FK50TF 461 0 0
GGGGAAAAAGAAAAGATGGATCCGCAGCTAACGGAAGTATCGCAGCAGCTGGAGAGGTTC
AAGGCAGCGTTTGTGAGGAAAGATTACAGTACCTGCAGTGATCTCTTGTCCCGGCTTAAG
GTTCTTCTGACGAAATTCACAAGTCTTCCTCCGTTGTTTGAGAACACACCTAATGCAGCT
CAGGAGCTCACTCTTGCAAGGGATATCTATGAGCACGCTGTTGTTCTAAGTGTCAAAACC
GAGGATCAAGACGCTTTCGAGAGAGATTTCTTCCAGCTCAAACCTTACTATGTCGATGCC
AGGAACCGTCTTCCACCATCCCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTCAATCTCCTCAGG
CTGCTTGTGCAAAACCGAATTGCTGAATTCCACACCGAGCTCGAGTTACTCTCCTCTGCT
ACTCTGGACAATCCTTGCATCAAGCATGCCGTTGAGCTTGA

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR1FK50JQ 597 0 0
CCGAGCTCGAGTTACTCTCCTCTGCTACTCTGGACAATCCTTGCATCAAGCATGCCGTTG
AGCTTGAGCAGTCCTTCATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCAGTGCTAGGCAGACCG
CACCTGATGCTACTTACGTCTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCATTAGAGATGAAA
TAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGCGATGCCAGGCAGATGT
TGCTCTTTTCTTCTGATCAAGAACTCTTGACCTATGTCAATGAGGAGCACCCTGAGTGGG
AAGTGAAGGAAGGGTTTGTTGCGTTCCAGAAAGCCAAAGAAACTGCACCCTGCAAAGAGA
TTCCATCTCTTCAACTCATCAACCAGACTCTAAGCTACGCCAGAGAGCTGGAGCGTATCG
TGTAAGATGGGACTTTTACTCATTGCTCGTCTCTTCCATTTTGTTGTTAAAGAAAAAGAT
CTTCAGGTCATAAAAAGCTTCGTTATCAATGTAATGACTGATTTGGAGAGACTCAGTACT
CGTCTTTGGGTAATCGGGTTTGGCAAATGAGATTATTCGCTCTTACATTGTTACATT

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 7

CO CL1090Contig1 589 7 6 U
GGATATCAAAGATTAAAACATCAATAACTTATTACAATTTCTCTAATAAAAAATGTGGAC
GATCAACAAGTTTTTCTTCCTTCTTCCAGTTGCATTCATGGCCGTGTTCGGTACAGCTCA
AACGTTACCTTCGCAGCCTATACCTGGACCGGACCCAACAGATTGTATGTCATCCCTGTA
TGCTATTCCCAACTGTCTCCAAGAAATTGTCCAATCGTTTGTAAACGGAGAAATCGGGAC
TATTGGTCACTCTTGTTGTCATGCCTTCTTGGGTCTCAGTGCAGATTGTATTACTGAGAG
GTTTGCCTTCGCTCCCGACTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCATTGTTCCGGACATTTATG
ATAATAACAATTAATGCCATTATCCTTTCGAGTCTTCGTTTCAAGGGAGTTTATTGTTAT
TATCCGACATGTTCTAGGTCATAAAGATTTGCTATCAAACAAAATTTACTGTTTCTGCTC
AAAAAACAACTTTTAACTGCCATATATATTTTGTTGTTAAAAAACTGCCATATTTCATGT
TGATGTAAACATCTTGCGTATAACTAAATAATAATAAGGATAATTTCAT


BQ
35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1FP52JQ C 2
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AF RR1C515JQ C 1
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AF RR1C823TF U 1
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C

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QA 1 589 1 589
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QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 7

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AAAAAATTATAGGCT


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 15 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY70TF U 10
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GG
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C

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G
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T

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RD RR1FO64JQ 683 0 0
G
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CGAATTTCTCAAATGCCTGTTTTATCTTGGTTTTAATATTTTAGCAGACAGCTCTCGAGG
TTTGTTTGGAACATGATTAGTTTTGCTGTTATGTAAGCTCGACTCTTACAGGTCCTATTT
T*ATTGGAGTTTTTCTTTGCC
C

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RD RR1FO64TF 658 0 0
G
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TTACGTCAAGCTTGTTAAGGCTCTCTGCGCTGATCACAGCATCAACTTGCTTACTGTTCC
AAGTGCCAAGACCCTTGGTGAATGGGCTGGTCTCTGTAAGATTGACTCTGAGGGCAATGC
CAGAAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTGC
ACTCAATATCGTCAAGAAGCACATTGAATCTAACTAAGTTTTAAGGAGCATTTCGAATCT
CGAATTTCTCAAATGCCTGTTTTATCTTGGTTTTAATATTTTAGCAGACAGCTCTCGAGG
TTTGTTTGGA*CATGATTAGTTTTGCTGTTATGTAAGCTCGACTCTTACAG
TCCTAT

QA 2 652 2 652
DS 

RD RR1GA57JQ 469 0 0
TGTGGTT
CAGCTTTGTGTTTAGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTGATTACGTCAAGCTTGTTAAGGCT
TTTTGCGCTGATCACAGCATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGTGAA
TGGGCTGGTTTTTGTAAGATTGACTTTGAGGGCAATGCCAGAAAGGTTGTTGGATGCTCA
TGTTTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTGCACTCAATATCGTCAAGAAGCAC
ATTGAATCTAACTAAGTTTTAAGGAGCATTTCGAATCTCGAATTTTTCAAATGCCTGTTT
TATTTTGGTTTTAATATTTTAGCAGACAGCTCTCGAGGTTTGTTTGGAACATGATTAGTT
TTGCTGTTATGTAAGTTCGACTCTTACAGGTCCTATTTT*ATTGGAGTTTTTTTTTGCCT
ATTTGTTTTTTTTTTAAATAAAAGGTTAAAAAATTATAGGCT

QA 8 469 8 469
DS 



AS 2 7

CO CL1092Contig1 703 5 8 U
GGATCACAAATCTCATAACCTCTTCACTGCATTAGAATCATATCACTCGTCTAAATCGAT
CTTCGCCGCGATGGAAACCACCGGAAAAGTGAAGAAGGCATTCGGAGGAAGGAAAGCCGG
CGGACCAAAAACCAAATCGGTTTCGAAATCGATCAAAGCCGGCCTCCAATTCCCGGTCGG
AAGAATCACTCGTTTTCTGAAGAAGGGACGGTACGCACAGAGACTCGGCGGTGGAGCTCC
GGTTTACATGGCCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCAGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAA
CGCGGCGAGAGACAACAAGAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAG
GAACGATGAGGAGTTGGGGAAGCTTCTGAGTGGTGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTT
GCCTAACATCAACTCCGTTTTGCTGCCTAAGAAGTCTTCTGCTAAGTCGACCGAGGAACC
TGCGTCCAAGTCACCGGCTAAGTCTCCTAAGAAGGCTTAAGCCACACGAGTGTTGGTTTT
TTATTTGTGTTCTTTGTGTTGAAGATTGGTGAATGCATATGTAGAAAATCTCTTAGCTTT
TTTTCTTTTAAGTTTTATTTATGTAATTTGGGGTTTGGTTTCTCTTCAGATCCAACTTTC
TAAGTTTGATAATTTATAAAATCTTTGCAGTTTGCTCAAAAAA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H824TF U 42
AF RR1BO81JQ C 1
AF RR1BO81TF U 1
AF RR1F244TF U 1
AF RR1F244JQ C 30
BS 1 44 RR1BO81TF
BS 45 315 RR1H824TF
BS 316 318 RR1BO81TF
BS 319 586 RR1H824TF
BS 587 587 RR1BO81TF
BS 588 612 RR1H824TF
BS 613 696 RR1BO81TF
BS 697 703 RR1F244TF

RD RR1H824TF 571 0 0
GTT
ACTCGTCTAAATCGATCTTCGCCGCGATGGAAACCACCGGAAAAGTGAAGAAGGCATTCG
GAGGAAGGAAAGCCGGCGGACCAAAAACCAAATCGGTTTCGAAATCGATCAAAGCCGGCC
TCCAATTCCCGGTCGGAAGAATCACTCGTTTTCTGAAGAAGGGACGGTACGCACAGAGAC
TCGGCGGTGGAGCTCCGGTTTACATGGCCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCAGCCGAAGTTT
TGGAGCTTGCTGGTAACGCGGCGAGAGACAA***GAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATC
TTCTTTTGGCGATTAGGAACGATGAGGAGTTGGGGAAGCTTCTGAGTGGTGTCACGATCG
CTCACGGTGGTGTGTTGCCTAACATCAACTCCGTTTTGCTGCCTAAGAAGTCTTCTGCTA
AGTCGACCGAGGAACCTGCGTCCAAGTCACCGGCTAAGTCTCCTAAGAAGGCTTAAGCCA
CACGAGTGTTGGTTTTTTATTTGTGTTCTTTGTGTTGAAGATTGGTGAATGCATATGTAG
AACATCTCTTAGCTTTTTTTCTTTTAAG

QA 4 571 4 571
DS 

RD RR1BO81JQ 697 0 0
GGATCACAAATCTCATAACCTCTTCACTGCATTAGAATCATATCACTCGTCTAAATCGAT
CTTCGCCGCGATGGAAACCACCGGAAAAGTGAAGAAGGCATTCGGAGGAAGGAAAGCCGG
CGGACCAAAAACCAAATCGGTTTCGAAATCGATCAAAGCCGGCCTCCAATTCCCGGTCGG
AAGAATCACTCGTTTTCTGAAGAAGGGACGGTACGCACAGAGACTCGGCGGTGGAGCTCC
GGTTTACATGGCCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCAGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAA
CGTGGCGAGAGACAACAAGAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAG
GAACGATGAGGAGTTGGGGAAGCTTCTGAGTGGTGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTT
GCCTAACATCAACTCCGTTTTGCTGCCTAAGAAGTCTTCTGCTAAGTCGACCGAGGAACC
TGCGTCCAAGTCACCGGCTAAGTCTCCTAAGAAGGCTTAAGCCACACGAGTGTTGGTTTT
TTATTTGTGTTCTTTGTGTTGAAGATTGGTGAATGCATATGTAGAAAATCTCTTAGCTTT
TTTTCTTTTAAGTTTTATTTATGTAATTTGGGGTTTGGTTTCTCTTCAGATCCAACTTTC
TAAGTTTGATAATTTATAAAATCTTTGCAGTTTGCT
T

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1BO81TF 697 0 0
GGATCACAAATCTCATAACCTCTTCACTGCATTAGAATCATATCACTCGTCTAAATCGAT
CTTCGCCGCGATGGAAACCACCGGAAAAGTGAAGAAGGCATTCGGAGGAAGGAAAGCCGG
CGGACCAAAAACCAAATCGGTTTCGAAATCGATCAAAGCCGGCCTCCAATTCCCGGTCGG
AAGAATCACTCGTTTTCTGAAGAAGGGACGGTACGCACAGAGACTCGGCGGTGGAGCTCC
GGTTTACATGGCCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCAGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAA
CGTGGCGAGAGACAACAAGAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAG
GAACGATGAGGAGTTGGGGAAGCTTCTGAGTGGTGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTT
GCCTAACATCAACTCCGTTTTGCTGCCTAAGAAGTCTTCTGCTAAGTCGACCGAGGAACC
TGCGTCCAAGTCACCGGCTAAGTCTCCTAAGAAGGCTTAAGCCACACGAGTGTTGGTTTT
TTATTTGTGTTCTTTGTGTTGAAGATTGGTGAATGCATATGTAGAAAATCTCTTAGCTTT
TTTTCTTTTAAGTTTTATTTATGTAATTTGGGGTTTGGTTTCTCTTCAGATCCAACTTTC
TAAGTTTGATAATTTATAAAATCTTTGCAGTTTGCT
T

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1F244TF 703 0 0
GGATCACAAATCTCATAACCTCTTCACTGCATTAGAATCATATCACTCGTCTAAATCGAT
CTTCGCCGCGATGGAAACCACCGGAAAAGTGAAGAAGGCATTCGGAGGAAGGAAAGCCGG
CGGACCAAAAACCAAATCGGTTTCGAAATCGATCAAAGCCGGTCTCCAATTCCCGGTCGG
AT*AATCACTCGTTTCCTGAAGAAGGGACGGTACGCACAGAGACTCGGCGGTGGAGCTCC
GGTTTACATGGCCGCCGTGCTCGAGTACCTCGCAGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAA
CGCGGCGAGGGACAACAAGAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAG
GAACGATGAGGAGTTGGGGAAGCTTCTGAGTGGTGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTT
GCCCAACATCAACTCTGTTTTGCTGCCTAAGAAGTCTTCTGCTAAGTCGACCGAGGAACC
TGCGTCCAAGTCACCGGCTAAGTCTCCTAAGAAGGCTTAAGCCACACGAGTGTTGGTTTT
TTATTTGTGTTCTTTGTGTTGAAGATTGGTTAATGCATATGTAGAAAATCTCTTAGCTTT
TTTTCTTTTAAGTTTTATTTATGTAATTTGGGGTTTGGTTTCTCTTCAGATCCAACTTTC
TAAGTTTGATAATTTATAAAATCTTTGCAGTTTGCTCAAAAAA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1F244JQ 668 0 0
CATTAGAATCATATCACTCGTCTAAATCGATCTTCGCCGCGATGGAAACCACCGGAAAAG
TGAAGAAGGCATTCGGAGGAAGGAAAGCCGGCGGACCAAAAACCAAATCGGTTTCGAAAT
CGATCAAAGCCGGTCTCCAATTCCCGGTCGGAT*AATCACTCGTTTCCTGAAGAAGGGAC
GGTACGCACAGAGACTCGGCGGTGGAGCTCCGGTTTACATGGCCGCCGTGCTCGAGTACC
TCGCAGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAACGCGGCGAGGGACAACAAGAAGTCGAGGA
TCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAGGAACGATGAGGAGTTGGGGAAGCTTCTGA
GTGGTGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTTGCCCAACATCAACTCTGTTTTGCTGCCTA
AGAAGTCTTCTGCTAAGTCGACCGAGGAACCTGCGTCCAAGTCACCGGCTAAGTCTCCTA
AGAAGGCTTAAGCCACACGAGTGTTGGTTTTTTATTTGTGTTCTTTGTGTTGAAGATTGG
TTAATGCATATGTAGAAAATCTCTTAGCTTTTTTTCTTTTAAGTTTTATTTATGTAATTT
GGGGTTTGGTTTCTCTTCAGATCCAACTTTCTAAGTTTGATAATTTATAAAATCTTTGCA
GTTTGCT
C

QA 1 667 1 667
DS 



CO CL1092Contig2 694 2 2 U
GGATCACAAATCTCATAACCTCTTCACTGCATTAGAATCATATCACTCGTCTAAATCGAT
CTTCGCCGCGATGGAAACCACCGGAAAAGTGAAGAAGGCATTCGGAGGAAGGAAAGCCGG
CGGACCAAAAACCAAATCGGTTTCGAAATCGATCAAAGCCGGCCTCCAATTCCCGGTCGG
AAGAATCACTCGTTTCCTGAAGAAGGGACGGTACGCGCAGAGGCTCGGCGGCGGAGCTCC
GGTTTACATGGCCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCAGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAA
CGCGGCGAGAGACAACAATAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAG
GAACGATGAGGAGTTGGGGAAGCTTCTGAGTGGTGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTT
GCCTAACATCAACTCTGTTTTGTTGCCTAAGAAGTCTTCTGCTAAGTCGACCGAGGAACC
TGCGTCCAAGTCACCGGCTAAGTCTCCTAAGAAGGCTTAAGCCACACGATGTTGCTTTTT
TATTTGTGTTCTTTGTTTTGAGATTGGTGAATGCATATGTAGAAAATCTCTTAGGTTTTT
TTCTTTTATGTTTTAATTATGTAATTTGGGGTTTGGTGGATCTTCAGATCCAACTTTCTA
AGTTTGATAATTTAATAAAATCTTCGCAGTTTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1EQ22JQ C 1
AF RR1EQ22TF U 1
BS 1 692 RR1EQ22TF
BS 693 694 RR1EQ22JQ

RD RR1EQ22JQ 694 0 0
GGATCACAAATCTCATAACCTCTTCACTGCATTAGAATCATATCACTCGTCTAAATCGAT
CTTCGCCGCGATGGAAACCACCGGAAAAGTGAAGAAGGCATTCGGAGGAAGGAAAGCCGG
CGGACCAAAAACCAAATCGGTTTCGAAATCGATCAAAGCCGGCCTCCAATTCCCGGTCGG
AAGAATCACTCGTTTCCTGAAGAAGGGACGGTACGCGCAGAGGCTCGGCGGCGGAGCTCC
GGTTTACATGGCCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCAGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAA
CGCGGCGAGAGACAACAATAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAG
GAACGATGAGGAGTTGGGGAAGCTTCTGAGTGGTGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTT
GCCTAACATCAACTCTGTTTTGTTGCCTAAGAAGTCTTCTGCTAAGTCGACCGAGGAACC
TGCGTCCAAGTCACCGGCTAAGTCTCCTAAGAAGGCTTAAGCCACACGATGTTGCTTTTT
TATTTGTGTTCTTTGTTTTGAGATTGGTGAATGCATATGTAGAAAATCTCTTAGGTTTTT
TTCTTTTATGTTTTAATTATGTAATTTGGGGTTTGGTGGATCTTCAGATCCAACTTTCTA
AGTTTGATAATTTAATAAAATCTTCGCAGTTTAC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1EQ22TF 694 0 0
GGATCACAAATCTCATAACCTCTTCACTGCATTAGAATCATATCACTCGTCTAAATCGAT
CTTCGCCGCGATGGAAACCACCGGAAAAGTGAAGAAGGCATTCGGAGGAAGGAAAGCCGG
CGGACCAAAAACCAAATCGGTTTCGAAATCGATCAAAGCCGGCCTCCAATTCCCGGTCGG
AAGAATCACTCGTTTCCTGAAGAAGGGACGGTACGCGCAGAGGCTCGGCGGCGGAGCTCC
GGTTTACATGGCCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCAGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAA
CGCGGCGAGAGACAACAATAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAG
GAACGATGAGGAGTTGGGGAAGCTTCTGAGTGGTGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTT
GCCTAACATCAACTCTGTTTTGTTGCCTAAGAAGTCTTCTGCTAAGTCGACCGAGGAACC
TGCGTCCAAGTCACCGGCTAAGTCTCCTAAGAAGGCTTAAGCCACACGATGTTGCTTTTT
TATTTGTGTTCTTTGTTTTGAGATTGGTGAATGCATATGTAGAAAATCTCTTAGGTTTTT
TTCTTTTATGTTTTAATTATGTAATTTGGGGTTTGGTGGATCTTCAGATCCAACTTTCTA
AGTTTGATAATTTAATAAAATCTTCGCAGTTT
AC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 7

CO CL1093Contig1 1532 7 9 U
GCACCACCACCCGCGTAAGGTCGATGACTGCGCCGTGAACTTCGCCTTCCTCGGTCCGTT
CCTCTTCTCAGGCAACAACGGCCTCCTCTCCTCCAACACCTTCCTCAAACCCGTCTGGAA
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CTTGCCTGAGTTTATTGATCTCTCTTCCAGGAAGAGGCTGGTTTACATTGATATCGGAGC
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AAGTCCTGGTGTAACCTTCATCTATCATCCGGGACTGGCGGGAACAGTGGCTAGTCCGAG
AGAGCATGAAGAAGAAGAACCTTTTGTAGAAGATGACAGCTTTGATTTTCTGGCATGGTT
CAAGGAAACAGCAAGCTTTGCTGATTTTGTGGTTCTGAAGATGAACACAGGCGAAGCCGA
GCTGAAGTTTCTGTCGGAGCTGATAAAGACTGGTGAGATTTGCTCAGTTGATGAACTGTT
TCTTCACTGCACAGGGTATGGAGACTGCACTAGTATCATAAAGAGCCTCAGAAACAGTGG
CGTCTTTGTTCATCAGTGGTGGGAAGACGAAGAGCTCAGCAGCTAAATGAAGCTTAAAAA
CTATGTTGTTTGATAAGTTATGTTGTTGTGTTTTCTATGTTTGCTACAATCTTTGCTCAT
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GTGTGTTTCTACTTATTTTAATGCTCTGTTTATTCAACTAATCACAAGACCTGGACTCTT
CATACAGTACCAAGATATACTGATCGTATACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ59TFB U 1
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TTTCTCGGCTCTTCTCGCCATGAACTCGCAAGGGATCTCCGACGCTCGCGTGAGCCACCA
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CGACGCTTCGTTCGGTTTCGTCTTGTCTACCGATCTCGAGACGGTTTCTGTCGTTTATGA
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AGAA

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G
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CCTGTTTCTTCCCTGCTGAAGAACTCGAGTGTTGTCCACGTTGGTTCCTTAGGTGAAGAG
GTTTTGGTTGTGTTCAGGAGAAACGGTGAAGAAAGTTACCGTTTTGATCAACCTCTTCCG
GGTGATTGCTCGTCTGTGCTTAATAGCAAACCCTACGTTGGGTTGTTGGAGCCTCTCCTC
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TCTTCCAGGAAGAGGCTGGTTTACATTGATATCGGAGCAGCGGATCATCTGACAACACCG
AGATCGAATTGGTTCTTCCCGTCGTACCCTATCGACAAGAAAGCTTTTAACAGCTATTTT
GTGCATCACAACACGTCTATCTTGACTTCTTATGTTAAAAGTCCTGGTGTAACCTTCATC
TATCATCCGGGACTGGCGGGAACAGTGGCTAGTCCGAGAGAGCATGAAGAAGAAGAACCT
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GATTT*GTGGTTCTGA
GATGAC

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G
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TTATTGATCTCTCTTCCAGGAAGAGGCTGGTTTACATTGATATCGGAGCAGCGGATCATC
TGACAACACCGAGATCGAATTGGTTCTTCCCGTCGTACCCTATCGACAAGAAAGCTTTTA
ACAGCTATTTTGTGCATCACAACACGTCTATCTTGACTTCTTATGTTAAAAGTCCTGGTG
TAACCTTCATCTATCATCCGGGACTGGCGGGAACAGTGGCTAGTCCGAGAGAGCATGAAG
AAGAAGAACCTTTTGTAGAAGATGACAGCTTTGATTTTCTGGCATGGTTCAAGGAAACAG
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TGTCGGAGCTGATAAAGACTGGTGAGATTTGCTCAGTTGATGAACTGTTTCTTCACTGC

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DS 

RD RR1C862TF 759 0 0
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TCGAATTGGTTCTTCCCGTCGTACCCTATCGACAAGAAAGCTTTTAACAGCTATTTTGTG
CATCACAACACGTCTATCTTGACTTCTTATGTTAAAAGTCCTGGTGTAACCTTCATCTGT
CATCCGGGACTGGCGGGAACAGTGGCTAGTCCGAGAGAGCATGAAGAAGAAGAACCTTTT
GTAGAAGATGACAGCTTTGATTTTCTGGCATGGTTCAAGGAAACAGCAAGCTTTGCTGAT
TTTGTGGTTCTGAAGATGAACACAGGCGAAGCCGAGCTGAAGTTTCTGTCGGAGCTGATA
AAGACTGGTGAGATTTGCTCAGTTGATGAACTGTTTCTTCACTGCACAGGGTATGGAGAC
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TAAAAAA

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ATAAAGAGCCTCAGAAACAGTGGCGTCTTTGTTCATCAGTGGTGGGAAGACGAAGAGCTC
AGCAGCTAAATGAAGCTTAAAAACTATGTTGTTTGATAAGTTATGTTGTTGTGTTTTCTA
TGTTTGCTACAATCTTTGCTCATGTATAGAGCAAAGCCACAGAAGTTAGCCCCAGCGACC
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RD RR1H125JQ 562 0 0
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ACAGTGGCTAGTCCGAGAGAGCATGAAGAAGAAGAACCTTTTGTAGAAGATGACAGCTTT
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AACACAGGCGAAGCCGAGCTGAAGTTTCTGTCGGAGCTGATAAAGACTGGTGAGATTTGC
TCAGTTGATGAACTGTTTCTTCACTGCACAGGGTATGGAGACTGCACTAGTATCATAAAG
AGCCTCAGAAACAGTGGCGTCTTTGTTCATCAGTGGTGGGAAGACGAAGAGCTCAGCAGC
TAAATGAAGCTTAAAAACTATGTTGTTTGATAAGTTATGTTGTTGTGTTTTCTATGTTTG
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TTCTATGGTTCTACCTAAAATAAGCAGTCGCCATTATGAACTATCTGTATGTGTGTTTTC
AATGAAGTTGCTATGTTGTGTG

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1C862JQ 717 0 0
TCTTCCCGTCGTACCCTATCGACAAGAAAGCTTTTAACAGCTATTTTGTGCATCACAACA
CGTCTATCTTGACTTCTTATGTTAAAAGTCCTGGTGTAACCTTCATCTGTCATCCGGGAC
TGGCGGGAACAGTGGCTAGTCCGAGAGAGCATGAAGAAGAAGAACCTTTTGTAGAAGATG
ACAGCTTTGATTTTTTGGCATGGTTCAAGGAAACAGCAAGCTTTGCTGATTTTGTGGTTC
TGAAGATGAACACAGGCGAAGCCGAGCTGAAGTTTCTGTCGGAGCTGATAAAGACTGGTG
AGATTTGCTCAGTTGATGAACTGTTTCTTCACTGCACAGGGTATGGAGACTGCACTAGTA
TCATAAAGAGCCTCAGAAACAGTGGCGTCTTTGTTCATCAGTGGTGGGAAGACGAAGAGC
TCAGCAGCTAAATGAAGCTTAAAAACTATGTTGTTTGATAAGTTATGTTGTTGTGTTTTC
TATGTTTGCTACAATCTTTGCTCATGTATAGAGCAAAGCCACAGAAGTTAGCCCCAGCGA
CCCGGCGCTTCTATGGTTCTACCTAAAATAAGCAGTCGCCATTATGAACTATCTGTATGT
GTGTTTTCAATGAAGTTGCTATGTTGTGTGTTTCTACTTATTTTAATGCTCTGTTTATTC
AACTAATCACAAGACCTGGACTCTTCATACAGTACCAAGATATACTGATCGTATACG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 5

CO CL1094Contig1 981 5 12 U
GGAAATCAATTTGAGAGAGATATTTCTAGGGTTTGTTCGATACTCCCGGCAGCGATGGAA
CTCGAGGATGTGAAAGCGAAACGAGATTCGACGGAGATGGAATCTGACTCTTCTGTCTCT
AAAAAACTGAAGATCGAAGATGAAGACGACGACACAAGCATGGAAGAAGACGACGACACA
AGCATGGAAGAAGACGAAGAAGAAAGCGATAGCGACAGTACCGATAGCGGACGCGCATGG
AGTGTCGAGGCAAAAGACGATGAGGAAGTCGTGAAATCTCCTAACTATTTAAACATGCGA
GATCCGGACCCGGAGTGGGATAAGGACAGCTACGACGGTTACGAATTGGTATTCGATGCT
GACGGCCGTGAAGGCTTCCCCAACGACGAGGAGTACGAAGACTTCCGCGCGTATAAAACC
ATGTGCTTTAAGAATAGGGGGTTTTTCGAAGATCCATTCAGATCCATCTACGCTATTGTA
GATCTGGAAGAGATTTGGTCAGACAGGATAAACGTGTCTAGGAGGCAATACTTGACAAAT
ATTGCTTCCCTGTGTGTTAAGAAATTCAACGAGGAAAAGCGTTTGTCTGTGGAAGTTTTA
AGCATTGTGAGAGCCAATCTAAAAGCAGGAGGTGGGTATAAGCTTTACATCACCTTTATG
GCTCGAGAGCATCC*GGATGGTCCTCCCATGGAGTATCAAGCCAAGGCCATGGATTTTGC
AGGAGGTAGAAAACCTCCCTTTCCCATTTTCTGCAGGCCAGCCTGTAGCATGCCCTAGTT
TATGGCTTACATAAGATTGGGTATGATCTTCTTCTAGGGGAAGATGAAGATCAAAATAAG
GCTTTCCATTCATAAGTAACATGCGTCCATGTGGTTTTTTTTTT*GGGGCGTTCAAACTT
ATGCCCCTACTACCTTTTTAGTTGTTTCGTATGATTATGGATTTTAATAATGGTTGCTAT
ATTATGTTTAATGTTTATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BV12TF U 168
AF RR1FX87TF U 1
AF RR1BV12JQ C 248
AF RR1GM48TF U 346
AF RR1GM48JQ C 371
BS 1 210 RR1FX87TF
BS 211 211 RR1BV12TF
BS 212 631 RR1FX87TF
BS 632 632 RR1GM48TF
BS 633 674 RR1FX87TF
BS 675 675 RR1GM48TF
BS 676 705 RR1FX87TF
BS 706 748 RR1GM48TF
BS 749 749 RR1BV12JQ
BS 750 779 RR1GM48TF
BS 780 780 RR1BV12JQ
BS 781 981 RR1GM48TF

RD RR1BV12TF 321 0 0
G
GACGACGACACAAGCATGGAAGAAGACGAAGAAGAAAGCGATAGCGACAGTACCGATAGC
GGACGCGCATGGAGTGTCGAGGCAAAAGACGATGAGGAAGTCGTGAAATCTCCTAACTAT
TTAAACATGCGAGATCCGGACCCGGAGTGGGATAAGGACAGCTACGACGGTTACGAATTG
GTATTCGATGCTGACGGCCGTGAAGGCTTCCCCAACGACGAGGAGTACGAAGACTTCCGC
GCGTATAAAACCATGTGCTTTAAGAATAGGGGGTTTTTCGAAGATCCATTCAGATCCATC
TACGCTATTGTAGATCTGGA

QA 2 321 2 321
DS 

RD RR1FX87TF 705 0 0
GGAAATCAATTTGAGAGAGATATTTCTAGGGTTTGTTCGATACTCCCGGCAGCGATGGAA
CTCGAGGATGTGAAAGCGAAACGAGATTCGACGGAGATGGAATCTGACTCTTCTGTCTCT
AAAAAACTGAAGATCGAAGATGAAGACGACGACACAAGCATGGAAGAAGACGACGACACA
AGCATGGAAGAAGACGAAGAAGAAAGCGATGGCGACAGTACCGATAGCGGACGCGCATGG
AGTGTCGAGGCAAAAGACGATGAGGAAGTCGTGAAATCTCCTAACTATTTAAACATGCGA
GATCCGGACCCGGAGTGGGATAAGGACAGCTACGACGGTTACGAATTGGTATTCGATGCT
GACGGCCGTGAAGGCTTCCCCAACGACGAGGAGTACGAAGACTTCCGCGCGTATAAAACC
ATGTGCTTTAAGAATAGGGGGTTTTTCGAAGATCCATTCAGATCCATCTACGCTATTGTA
GATCTGGAAGAGATTTGGTCAGACAGGATAAACGTGTCTAGGAGGCAATACTTGACAAAT
ATTGCTTCCCTGTGTGTTAAGAAATTCAACGAGGAAAAGCGTTTGTCTGTGGAAGTTTTA
AGCATTGTGAGAGCCAATCTAAAAGCAGGAG*TGGGTATAAGCTTTACATCACCTTTATG
GCTCGAGAGCATCCCGGATGGTCCTCCCATGGAGTATCAAGCCAA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1BV12JQ 711 0 0
AGGCAAAAGACGATGAGGAAGTCGTGAAATCTCCTAACTATTTAAACATGCGAGATCCGG
ACCCGGAGTGGGATAAGGACAGCTACGACGGTTACGAATTGGTATTCGATGCTGACGGCC
GTGAAGGCTTCCCCAACGACGAGGAGTACGAAGACTTCCGCGCGTATAAAACCATGTGCT
TTAAGAATAGGGGGTTTTTCGAAGATCCATTCAGATCCATCTACGCTATTGTAGATCTGG
AAGAGATTTGGTCAGACAGGATAAACGTGTTTAGGAGGCAATACTTGACAAATATTGCTT
CCCTGTGTGTTAAGAAATTCAACGAGGAAAAGCGTTTGTCTGTGGAAGTTTTAAGCATTG
TGAGAGCCAATTTAAAAGCAGGAGGTGGGTATAAGCTTTACATCACCTTTATGGCTCGAG
AGCATCC*GGATGGTCCTCCCATGGAGTATCAAGCCAAGACCATGGATTTTGCAGGAGGT
AGAAAACCTCCCTTTCCCATTTTCTGCAGGCCAGCCTGTAGCATGCCCTAGTTTATGACT
TACATAAGATTGGGTATGATCTTCTTCTAGGGGAAGATGAAGATCAAAATAAGGCTTTCC
ATTCATAAGTAACATGCGTCCATGTGGTTTTTTTTTTTGGGGCGTTCAAACTTATGCCCC
TACTACCTTTTTAGTTGTTTCGTATGATTATGGATTTTAATAATGGTTGC
C

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1GM48TF 636 0 0
GG
GGTATTCGATGCTGACGGCCGTGAAGGCTTCCCCAACGACGAGGAGTACGAAGACTTCCG
CGCGTATAAAACCATGTGCTTTAAGAATAGGGGGTTTTTCGAAGATCCATTCAGATCCAT
CTACGCTATTGTAGATCTGGAAGAGATTTGGTCAGACAGGATAAACGTGTCTAGGAGGCA
ATACTTGACAAATATTGCTTCCCTGTGTGTTAAGAAATTCAACGAGGAAAAGCGTTTGTC
TGTGGAAGTTTTAAGCATTGTGAGAGCCAATCTAAAAGCAGGAGGTGGGTATAAGCTTTA
CATCACCTTTATGGCTCGAGAGCATCC*GGATGGTCCTCCCATGGAGTATCAAGCCAAGG
CCATGGATTTTGCAGGAGGTAGAAAACCTCCCTTTCCCATTCTCTGCAGGCCAGCCTGTA
GCATGCCCTAGTCTATGGCTTACATAAGATTGGGTATGATCTTCTTCTAGGGGAAGATGA
AGATCAAAATAAGGCTTTCCATTCATAAGTAACATGCGTCCATGTGGTTTTTTTTTT*GG
GGCGTTCAAACTTATGCCCCTACTACCTTTTTAGTTGTTTCGTATGATTATGGATTTTAA
TAATGGTTGCTATATTATGTTTAATGTTTATTTT

QA 3 636 3 636
DS 

RD RR1GM48JQ 611 0 0
AAGGCTTCCCCAACGACGAGGAGTACGAAGACTTCCGCGCGTATAAAACCATGTGCTTTA
AGAATAGGGGGTTTTTCGAAGATCCATTCAGATCCATTTACGCTATTGTAGATTTGGAAG
AGATTTGGTCAGACAGGATAAACGTGTTTAGGAGGCAATACTTGACAAATATTGCTTCCC
TGTGTGTTAAGAAATTCAACGAGGAAAAGCGTTTGTTTGTGGAAGTTTTAAGCATTGTGA
GAGCCAATTTAAAAGCAGGAGGTGGGTATAAGCTTTACATCACCTTTATGGCTCGAGAGC
ATCC*GGATGGTCCTCCCATGGAGTATCAAGCCAAGGCCATGGATTTTGCAGGAGGTAGA
AAACCTCCCTTTCCCATTTTTTGCAGGCCAGCCTGTAGCATGCCCTAGTTTATGGCTTAC
ATAAGATTGGGTATGATCTTTTTTTAGGGGAAGATGAAGATCAAAATAAGGCTTTCCATT
CATAAGTAACATGGGTCCATGTGGTTTTTTTTTT*GGGGGGTTCAAACTTATGCCCCTAC
TACCTTTTTAGTTGTTTCGTATGATTATGGATTTTAATAATGGTTGCTATATTATGTTTA
ATGTTTATTTT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 6

CO CL1095Contig1 580 6 4 U
GGGGACAACCATCAAACTAGTAAACCAAAAAAA*GAAAACTCTAATTAATAAACCTGTCT
TTATCATAATAATATCACAAAGATCAAAATGTCTTCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCGT
CATCCTGATTGCATTATTTCCTCTTCATGAATTTGTTGATGGCCAAAACACTCAAGGAAA
ACCATTCTGCGCACCAGTCAATTGCGACGCTAAAGACAAAAATCGCAGTTGTGCTCACTG
TCACTATCTCTCCCCACGCAAGACAACTATTTTCAAGAGCTTAGCAGAATGTAATGCTGG
GTGCAAGTAGGGTGCAAGGCATAAGTTATCTCAGAGGCATGAAAATAATACCTAATTTAT
CGGCTTCCTACTTTGATTATAACACATAAGCTTATTTTAAGTCCAACAAATAAAATTTAT
GCATAATGTATGTATGTTTAAAGATTTCCATAGTCTACACAATAGTTTAACCTATTTTCT
CTCCTTCTGTTTTGTTTTAATTTTCTTAAAAGAATATTTCTTCTGATTAATGACTAATAA
GAGTAAGTTTTTATGGTAAATGGTAAGTTTTTTTTTTCTG


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F879JQ C 1
AF RR1GA03TF U 2
AF RR1F879TF U 1
AF RR1H393JQ C 114
AF RR1BY80TF U 2
AF RR1H393TF U 2
BS 1 1 RR1F879JQ
BS 2 486 RR1F879TF
BS 487 487 RR1BY80TF
BS 488 580 RR1F879TF

RD RR1F879JQ 528 0 0
GGGGACAACCATCAAACTAGTAAACCAAAAAAA*GAAAACTCTAATTAATAAACCTGTCT
TTATCATAATAATATCACAAAGATCAAAATGTCTTCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCGT
CATCCTGATTGCATTATTTCCTCTTCATGAATTTGTTGATGGCCAAAACACTCAAGGAAA
ACCATTTTGCGCACCAGTCAATTGCGACGCTAAAGACAAAAATCGCAGTTGTGCTCACTG
TCACTATCTCTCCCCACGCAAGACAACTATTTTCAAGAGCTTAGCAGAATGTAATGCTGG
GTGCAAGTAGGGTGCAAGGCATAAGTTATCTCAGAGGCATGAAAATAATACCTAATTTAT
CGGCTTCCTACTTTGATTATAACACATAAGCTTATTTTAAGTCCAACAAATAAAATTTAT
GCATAATGTATGTATGTTTAAAGATTTCCATAGTCTACACAATAGTTTAACCTATTTTCT
CTCCTT*TGTTTTGTTTTAATTTTCTTAAAAGAATATTTCTTCTGATT

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1GA03TF 527 0 0
GGGACAACCATCAAACTAATAAACCAAAAAAA*GAAAACTCTAATTAATAAACCTGTCTT
TATCATAATAATATCACAAAGATCAAAATGTCTTCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCGTC
ATCCTGATTGCATTATTTCCTCTTCATGAATTTGTTGATGGCCAAAACACTCAAGGAAAA
CCATTCTGCGCACCAGTCAATTGCGACGCTAAAGACAAAAATCGCAGTTGTGCTCACTGT
CACTATCTCTCCCCACGCAAGACAACTATTTTCAAGAGCTTAGCAGAATGTAATGCTGGG
TGCAAGTAGGATGCAAGGCATAAGTTATCTCAGAGGCATGAAAATAATACCTAATTTATC
GGCTTCCTACTTTGATTATAACACATAAGCTTATTTTAAGTCCAACAAATAAAATTTATG
CATAATGTATGTATGTTTAAAGATTTCCATAGTCTACACAATAGTTTAACCTATTTTCTC
TCCTTCTGTTTTGTTTTAATTTTCTTAAAAGAATATTTCTTCTGATT

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1F879TF 580 0 0
G
GGGACAACCATCAAACTAGTAAACCAAAAAAA*GAAAACTCTAATTAATAAACCTGTCTT
TATCATAATAATATCACAAAGATCAAAATGTCTTCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCGTC
ATCCTGATTGCATTATTTCCTCTTCATGAATTTGTTGATGGCCAAAACACTCAAGGAAAA
CCATTCTGCGCACCAGTCAATTGCGACGCTAAAGACAAAAATCGCAGTTGTGCTCACTGT
CACTATCTCTCCCCACGCAAGACAACTATTTTCAAGAGCTTAGCAGAATGTAATGCTGGG
TGCAAGTAGGGTGCAAGGCATAAGTTATCTCAGAGGCATGAAAATAATACCTAATTTATC
GGCTTCCTACTTTGATTATAACACATAAGCTTATTTTAAGTCCAACAAATAAAATTTATG
CATAATGTATGTATGTTTAAAGATTTCCATAGTCTACACAATAGTTTAACCTATTTTCTC
TCCTT*TGTTTTGTTTTAATTTTCTTAAAAGAATATTTCTTCTGATTAATGACTAATAAG
AGTAAGTTTTTATGGTAAATGGTAAGTTTTTTTTTTCTG

QA 2 580 2 580
DS 

RD RR1H393JQ 444 0 0
TTTGCGTCATCCTGACTGCATTATTTCCTCTTCATGAATTTGTTGATGGCCAAAACACTC
AAGGAAAACCATTCTGCGCACCAGTCAATTGCGACGCTAAAGACAAAAATCGCAGTTGTG
CTCACTGTCACTATCTCTCCCCACGCAAGACAACTATTTTCAAGAGCTTAGCAGAATGTA
ATGCTGGGTGCAAGTAGGGTGCAAGGCATAAGTTATTTCAGAGGCATGAAAATAATACCT
AATTTATCGGCTTCCTACTTTGATTATAACACATAAGCTTATTTTAAGTCCAACAAATAA
AATTTATGCATAATGTATGTATGTTTAAAGATTTCCATAGTCTACACAATAGTTTAACCT
ATTTTCTCTCCTTCTGTTTTGTTTTAATTTTCTTAAAAGAATATTTCTTCTGATTAATGA
CTAATAAGAGTAAGTTTTTATGGT

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR1BY80TF 556 0 0
GGGACAACCATCAAACTAGTAAACCAAAAAAA*GAAAACTCTAATTAATAAACCTGTCTT
TATCATAATAATATCACAAAGATCAAAATGTCTTCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCGTC
ATCCTGATTGCATTATTTCCTCTTCATGAATTTGTTGATGGCCAAAACACTCAAGGAAAA
CCATTCTGCGCACCAGTCAATTGCGACGCTAAAGACAAAAATCGCAGTTGTGCTCACTGT
CACTATCTCTCCCCACGCAAGACAACTATTTTCAAGAGCTTAGCAGAATGTAATGCTGGG
TGCAAGTAGGGTGCAAGGCATAAGTTATCTCAGAGGCATGAAAATAATACCTAATTTATC
GGCTTCCTACTTTGATTATAACACATAAGCTTATTTTAAGTCCAACAAATAAAATTTATG
CATAATGTATGTATGTTTAAAGATTTCCATAGTCTACACAATAGTTTAACCTATTTTCTC
TCCTTCTGTTTTGTTTTAATTTTCTTAAAAGAATATTTCTTCTGATTAATGACTAATAAG
AGTAAGTTTTTATGGT

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1H393TF 556 0 0
GGGACAACCATCAAACTAGTAAACCAAAAAAAAGAAAACTCTAATTAATAAACCTGTCTT
TATCATAATAATATCACAAAGATCAAAATGTCTTCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCGTC
ATCCTGACTGCATTATTTCCTCTTCATGAATTTGTTGATGGCCAAAACACTCAAGGAAAA
CCATTCTGCGCACCAGTCAATTGCGACGCTAAAGACAAAAATCGCAGTTGTGCTCACTGT
CACTATCTCTCCCCACGCAAGACAACTATTTTCAAGAGCTTAGCAGAATGTAATGCTGGG
TGCAAGTAGGGTGCAAGGCATAAGTTATCTCAGAGGCATGAAAATAATACCTAATTTATC
GGCTTCCTACTTTGATTATAACACATAAGCTTATTTTAAGTCCAACAAATAAAATTTATG
CATAATGTATGTATGTTTAAAGATTTCCATAGTCTACACAATAGTTTAACCTATTTTCTC
TCCTTCTGTTTTGTTTTAATTTTCTTAAAAGAATATTTCTTCTGATTAATGACTAATAAG
AGTAAGTTTTTATGGT

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 7

CO CL1096Contig1 1329 7 19 U
GCTCGAAATAAATTGGTACACTGATGATGGTGGTGCCCAGAAAAAGTTTGATACTAAACA
TGAATGGAAACACATTAACATGATGTAATAACGATCTATTTTCTTTTTTAGCAGAAACCA
TTGCTTATCTATTTTGTACTAAGATCCTCCTATCCTCACTTAGCT*AAGGCTCTCTGAGA
CAGCCTCCTGGTAAGAGAAAACGAAAGCGGGGGGCATTCTGAATCAAAAACGCAGGTAGA
TGCACAGCAGATGCAGAAGGCGGGATCGGTCCGATTTTGCTAATCAAATCTCTGAAGCTG
TATTCTTCAGGAAGCATGTCAAAGAGATCATACCCTTTACAAATACGTTTCTGTATCCTG
GAGTAGTCAAGAAACTCCTTGCGCCTCACTCTATCCGCATGGCTATACCCTTTCATCTTG
AACACAAACTCGCTGAGACGTCTGAAACAGAAGCTACAATGCCACCCGGCGTCAGACAGT
ATCAAGTCGGTTTGCCGCGAGTGGCGGTAGTGAGTCCATTTCCTGCTGTATAAATGCACG
GACGCTCTCCAGCTGCTGTAATCAACAGGGAACTCGAAGGAGTACATGTAATCTCTCATC
TCCAGATGCATCACGTCGGGTATCCCGTCGCACCACTGTAGGAGCTTGACGGTATGAGGA
CTGGGAATCTCATCCGCATCGGACATTATCACCGCGTCTCCATCAGAGACGTTAGCTTCT
CTGAGGAGCCAGTTCATAGCAACCCGTTGCCGGCCTTCGAGCAAGAATGGATCTTCTTCT
TGTAAACTACTACGCTTCTGACCAGGGAACACCCCGTGGACTATCTTACCCTCCGCGAAG
GCGAATCTCGCCTTCTCGGAGTCGAAAAAGAGAGGCTTGGGGATGCCAGTGAAGGTGGTG
TTGGATTCAAGAATGACGAATTTTGAAACGTAGGGTCCAAGCTCCTGCCATCTCACCTCT
AGGAGGTCGAGCTCGTTGCTGAAGATGATGGCGTCGAAGACTCGCCTTGGAGAAGTACGG
GGAGTCCATCCGTGGAGGTGGCAGAGGTGTGACATGGAGACGTTCTCGGCGTAGTAATGC
GGGATTCGTCTGAATGGTGGTGGTGGTTTGTCCCAGAGAGGACGGAAGAGATATGATAAG
GTTTGAAGGTTTGTGAGGATGCCAAACAAACATGTTGAGGAAAGGATAAGAAGAGCTGGC
AATAGAACAAGTTTAGGTGGCGATTTGGGCAACGCTCTCTTACTCATTTCATTCCCTTAT
TCCAGATTTATCGAGGTTTCAGATTTTCCTTAGCTACGAGATTGGAGTAATTTAGAAGAG
GAGAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1EN40JQ U 1
AF RR1CY11JQ U 15
AF RR1EA09JQ U 35
AF RR1EJ03JQ U 32
AF RR1EJ03TF C 526
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AF RR1EN40TF C 810
BS 1 294 RR1EN40JQ
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BS 303 466 RR1EN40JQ
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BS 468 628 RR1EN40JQ
BS 629 721 RR1CY11JQ
BS 722 840 RR1EJ03JQ
BS 841 841 RR1EJ03TF
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BS 869 869 RR1EJ03TF
BS 870 892 RR1EJ03JQ
BS 893 1026 RR1EJ03TF
BS 1027 1027 RR1CY11TF
BS 1028 1308 RR1EJ03TF
BS 1309 1329 RR1CY11TF

RD RR1EN40JQ 628 0 0
GCTCGAAATAAATTGGTACACTGATGATGGTGGTGCCCAGAAAAAGTTTGATACTAAACA
TGAATGGAAACACATTAACATGATGTAATAACGATCTATTTTCTTTTTTAGCAGAAACCA
TTGCTTATCTATTTTGTACTAAGATCCTCCTATCCTCACTTAGCT*AAGGCTCTCTGAGA
CAGCCTCCTGGTAAGAGAAAACGAAAGCGGGGGGCATTCTGAATCAAAAACGCAGGTAGA
TGCACAGCAGATGCAGAAGGCGGGATCGGTCCGATTTTGCTAATCAAATCTCTGGAGCTG
TGTTCTTCAGGAAGCATGTCAAAGAGATCATACCCTTTACAAATACGTTTCTGTATCCTG
GAGTAGTCAAGAAACTCCTTGCGCCTCACTCTATCCGCATGGCTATACCCTTTCATCTTG
AACACAAACTCGCTGAGACGTCTGAAACAGAAGCTACAATGCCACCTGGCGTCAGACAGT
ATCAAGTCGGTTTGCCGCGAGTGGCGGTAGTGAGTCCATTTCCTGCTGTATAAATGCACG
GACGCTCTCCAGCTGCTGTAATCAACAGGGAACTCGAAGGAGTACATGTAATCTCTCATC
TCCAGATGCATCACGTCGGGTATCCCGT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1CY11JQ 707 0 0
GGTACACTGATGATGGTGGTGCCCAGAAAAAGTTTGATACTAAACATGAATGGAAACACA
TTAACATGATGTAATAACGATCTATTTTCTTTTTTAGCAGAAACCATTGCTTATCTATTT
TGTACTAAGATCCTCCTATCCTCACTTAGCT*AAGGCTCTCTGAGACAGCCTCCTGGTAA
GAGAAAACGAAAGCGGGGGGCATTCTGAATCAAAAACGCAGGTAGATGCACAGCAGATGC
AGAAGGCGGGATCGGTCCGATTTTGCTAATCAAATCTCTGAAGCTGTATTCTTCAGGAAG
CATGTCAAAGAGATCATACCCTTTACAAATACGTTTCTGTATCCTGGAGTAGTCAAGAAA
CTCCTTGCGCCTCACTCTATCCGCATGGCTATACCCTTTCATCTTGAACACAAACTCGCT
GAGACGTCTGAAACAGAAGCTACAATGCCACCCGGCGTCAGACAGTATCAAGTCGGTTTG
CCGCGAGTGGCGGTAGTGAGTCCATTTCCTGCTGTATAAATGCACGGACGCTCTCCAGCT
GCTGTAATCAACAGGGAACTCGAAGGAGTACATGTAATCTCTCATCTCCAGATGCATCAC
GTCGGGTATCCCGTCGCACCACTGTAGGAGCTTGACGGTATGAGGACTGGGAATCTCATC
CGCATCGGACATTATCACCGCGTCTCCATCAGAGACGTTAGCTTCTC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1EA09JQ 704 0 0
A
CCCAGAAAAAGTTTGATACTAAACATTAATGGAAACACATTAACATGATGTAATAACGAT
CTATTTTCTTTTTCAGCAGAAACCATTGCTTATCTATTTTGTACTAAGATCCTCCTATCC
TCACTTAGCTTAAGGCTCTCTGAGACAGCCTCCTGGTAGGAGAAACCGAAAGCGAGGCGC
ATTCTGAATCAAAAACGCAGGTAGATGTACAGCAGATGCAGAAGGCGGGATGGGTCCGAT
TTTGCTAATCAAATCTTTGAAGCTGTATTCTTCAGGAAGCATGTCAAAGAGATCATATCC
TTTACAAATATGTTTCTGTATCCTGGAGTAGTCAAGAAACTCCTTGCGCTTCACTCTATC
CGCATGGCTATACCCTTTCATCTTGAACACAAACTCGCTTAGACGTCTGAAACAGAAGCT
ACAATGCCACCCAGCGTCAGACAGTATCAAGTCGGTTTGCCGGGAGTGGCGGTAGTGAGT
CCATTTCCTGCTGTATAAATGCACGGACGCTCTCCAGCTGCTGTAATCAACAGGGAACTC
GGAGGAGTACATGTAATCTCTCATCTCCAGATGCATCACGTCGGGTATCCCGTCGCACCA
CTGTAGGAGCTTGACGGTATGAGGACTGGGAATCTCATCCGCATCGGACATTATCACCGC
GTCTCCATCAGAGACGTTAGCTTCTCTGAGGAGCCAGTTCATA

QA 2 704 2 704
DS 

RD RR1EJ03JQ 861 0 0
GGTG
CCCAGAAAAAGTTTGATACTAAACATGAATGGAAACACATTAACATGATGTAATAACGAT
CTATTTTCTTTTTTAGCAGAAACCATTGCTTATCTATTTTGTACTAAGATCCTCCTATCC
TCACTTAGCT*AAGGCTCTCTGAGACAGCCTCCTGGTAAGAGAAAACGAAAGCGGGGGGC
ATTCTGAATCAAAAACGCAGGTAGATGCACAGCAGATGCAGAAGGCGGGATCGGTCCGGT
TTTGCTAATCAAATCTCTGAAGCTGTATTCTTCAGGAAGCATGTCAAAGAGATCATACCC
TTTACAAATACGTTTCTGTATCCTGGAGTAGTCAAGAAACTCCTTGCGCCTCACTCTATC
CGCATGGCTATACCCTTTCATCTTGAACACAAACTCGCTGAGACGTCTGAAACAGAAGCT
ACAATGCCACCCGGCGTCAGACAGTATCAAGTCGGTTTGCCGCGAGTGGCGGTAGTGAGT
CCATTTCCTACTGTATAAATGCACGGACGCTCTCCAGCTGCTGTAATCAACAGGGAACTC
GAAGGAGTACATGTAATCTCTCATCTCCAGATGCATCACGTCGGGTATCCCGTCGCACCA
CTGTAGGAGTTTGACGGTATGAGGACTGGGGATCTCATCCGCATCGGACATTATCACCGC
GTCTCCATCAGAGACGTTAGCTTCTCTGAGGAGCCAGTTCATAGCAACCCGTTGCCGGCC
TTCGAGCAAGAATGGATCTTCTTCTTGTAAACTACTACGCTTCTGACCAGGGAACACCCC
GTGGACTATCTTACCCTCCGCGAAG*CGAATCTCGCCTTCTCG*AGTCGAAAA*GAGAGG
CTTGGGGATGCCAGTGA

QA 5 861 5 861
DS 

RD RR1EJ03TF 785 0 0
CTGTATAAATGCACGGACGCTCTCCAGCTGCTGTAATCAACAGGGAACTCGAAGGAGTAC
ATGTA*TCTCTCATCTCCAGATGCATCACGTCGGGTATCCCGTCGCACCACTGTAGGAGT
TTGACGGTATGAGGACTGGGGATCTCATCCGCATCGGACATTATCACCGCGTCTCCATCA
GAGACGTTAGCTTCTCTGAGGAGCCAGTTCATAGCAACCCGTTGCCGGCCTTCGAGCAAG
AATGGATCTTCTTCTTGTAAACTACTACGCTTCTGACCAGGGAACACCCCGTGGACTATC
TTACCCTCCGCGAAGGCGAATCTCGCCTTCTCGGAGTCGAAAAAGAGAGGCTTGGGGATG
CCAGTGAAGGTGGTGTTGGATTCAAGAATGACGAATTTTGAAACGTAGGGTCCAAGCTCC
TGCCATCTCACCTCTAGGAGGTCGAGCTCGTTGCTGAAGATGATGGCGTCGAAGACTCGC
CTTGGAGAAGTACGGGGAGTCAATCCGTGGAGGTGGCAGAGGTGTGACATGGAGACGTTC
TCGGCGTAGTAATGCGGGATTCGTCTGAATGGTGGTGGTGGTTTGTCCCAGAGAGGACGG
AAGAGATATGATAAGGTTTGAAGGTTTGTGAGGATGCCAAACAAACATGTTGAGGAAAGG
ATAAGAAGAGCTGGCAATAGAACAAGTTTAGGTGGCGATTTGGGCAACGCTCTCTTACTC
ATTTCATTCCCTTATTCCAGATTTATCGAGGTTTCAGATTTTCCTTAGCTACGAGATTGG
AGT
CC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1CY11TF 732 0 0
ATCTCCAGATGCATCACGTCGGGTATCCCGTCGCACCACTGTAGGAGCTTGACGGTATGA
GGACTGGGAATCTCATCCGCATCGGACATTATCACCGCGTCTCCATCAGAGACGTTAGCT
TCTCTGAGGAGCCAGTTCATAGCAACCCGTTGCCGGCCTTCGAGCAAGAATGGATCTTCT
TCTTGTAAACTACTACGCTTCTGACCAGGGAACACCCCGTGGACTATCTTACCCTCCGCG
AAGGCGAATCTCGCCTTCTCGGAGTCGAAAAAGAGAGGCTTGGGGATGCCAGTGAAGGTG
GTGTTGGATTCAAGAATGACGAATTTTGAAACGTAGGGTCCAAGCTCCTGCCATCTCACC
TCTAGGAGGTCGAGCTCGTTGCTGAAGATGATGGCGTCGAAGACTCGCCTTGGAGAAGTA
CGGGGAGTCCATCCGTGGAGGTGGCAGAGGTGTGACATGGAGACGTTCTCGGCGTAGTAA
TGCGGGATTCGTCTGAATGGTGGTGGTGGTTTGTCCCAGAGAGGACGGAAGAGATATGAT
AAGGTTTGAAGGTTTGTGAGGATGCCAAACAAACATGTTGAGGAAAGGATAAGAAGAGCT
GGCAATAGAACAAGTTTAGGTGGCGATTTGGGCAACGCTCTCTTACTCATTTCATTCCCT
TATTCCAGATTTATCGAGGTTTCAGATTTTCCTTAGCTACGAGATTGGAGTAATTTAGAA
GAGGAGAGATCC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1EN40TF 520 0 0
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GAGAGGCTTAGGGATGCCAGTGAAGGTGGTGTTGGATTCAAGAATGACGAATTTTGAAAC
GTAGGGTCCAAGCTCCTGCCATCTCACCTCTAGGAGGTCGAGCTCGTTGCTGAAGATGAT
GGCGTCGAAGACTCGCCTTGGAGAAGTACGGGGAGTCCATCCGTGGAGGTGGCAGAGGTG
TGACATGGAGACGTTCTCGGCGTAGTAATGCGGGATTCGTCTGAATGGTGGTGGTGGTTT
GTCCCAGAGAGGACGGAAGAGATATGATAAGGTTTGAAGGTTTGTGAGGATGCCAAACAA
ACATGTTGAGGAAAGGATAAGAAGAGCTGGCAATAGAACAAGTTTAGGTGGCGATTTGGG
CAACGCTCTCTTACTCATTTCATTCCCTTATTCCAGATTTATCGAGGTTTCAGATTTTCC
TTAGCTACGAGATTGGAGTAATTTAGAAGAGGAGAGATCC

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 7

CO CL1097Contig1 1131 7 10 U
GGACTCAGAACACAACCACTCAGAATCACAATGAAGTTCCTTCTTCATCTCTCTGTCTTG
TTGTCCATACTCTTCATCTCTCTCCCATCTTCTCACAGCTCCTCCTCAAATGACAAGATT
GCCCTCCTCGAAATCAAGAAAGCCTTAAACAACCCTCCACTCCTCTCCTCCTGGAACCCC
CAAACCGACTCCTGCACCACCTGGACCGGCGTAGAGTGCACCAACGGCCGTGTCACCGCC
CTCGCCATATCCTCCGGCGAAATATCCGGCCAGATCCCGGTTCAGATCGGCGACCTCCTT
GAGCTCCGTACGCTTGACTTCAGTTACTTGACTCATCTCACTGGGAACATTCCACACACT
ATCACCAAACTCAAGTACCTGGACCTCCTCCGGTTAAAGGAGACCAATCTCTCCGGTTCA
ATTCCTGATTTCATCAGCGAGCTCAAGAGCGTTACGTTTTTAGACCTTTCCTTTAACCAG
TTTACCGGTCCAATTCCCGGGTCGCTTTCTCAGATGCCGAAGCTAGGAGCCCTTCAGATC
AACAACAATAAGTTAACCGGTTCAATACCAGACTCTTTCGGTTCTTTTGTAGGCACCGTT
CCTAATCTCTACCTGTATAACAATAAGCTCTCAGGAAAGGTACCAGAGTCGTTGTCAAAG
TACGACTTTAACGCAGTGGATCTGTCGGGAAACGGTTTCACAGGAGATGGTTCGATGTTT
TTCGGACGTAACAAAACAACAGTACGTGTGAATCTATGCAGGAACATGTTTGAGTTCGAT
CTCTCCAAGGTTAAGTTTGCTAGGAGCATAGTGTCGTTGGATCTGAGCCATAACAAAATC
TTCGGGAAGTTTCCTAGGGAGCTGAGTAAGCTGCGTCTCGAGCATTTCGACGTTAGTTAC
AATCATCTATGCGGAAAAATCCCACGTGGTGGTCTACTTCAGACATTTGAACCTTCTGCT
TTCTCTCACAACCTCTGTCTTTGTGGGACCCCACTTAAGGCTTGTTGATTTGGTTTAATG
GCGTGAGAAGAAATAAGTATGTCTTTATCTGTATGATGATGATGTGTTAATTATCAGGCC
GCCTATCAAGTGAATTGTTCTATTTAATAAAATTAATGTTAAGAGTTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1BN79TF U 1
AF RR1EW91TF U 5
AF RR1D237TF U 10
AF RR1D237JQ C 264
AF RR1BN79JQ C 407
AF RR1FB72TF U 734
AF RR1EW91JQ C 408
BS 1 231 RR1BN79TF
BS 232 232 RR1EW91TF
BS 233 318 RR1BN79TF
BS 319 319 RR1EW91TF
BS 320 617 RR1BN79TF
BS 618 699 RR1EW91TF
BS 700 734 RR1D237JQ
BS 735 1092 RR1FB72TF
BS 1093 1130 RR1D237JQ
BS 1131 1131 RR1BN79JQ

RD RR1BN79TF 617 0 0
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TTGTCCATACTCTTCATCTCTCTCCCATCTTCTCACAGCTCCTCCTCAAATGACAAGATT
GCCCTCCTCGAAATCAAGAAAGCCTTAAACAACCCTCCACTCCTCTCCTCCTGGAACCCC
CAAACCGACTCCTGCACCACCTGGACCGGCGTAGAGTGCACCAACGGCCGTATCACCGCC
CTCGCCATATCCTCCGGCGAAATATCCGGCCAGATCCCGGTTCAGATCGGCGACCTCCTT
GAGCTCCGTACGCTTGACCTCAGTTACTTGACTCATCTCACTGGGAACATTCCACACACT
ATCACCAAACTCAAGTACCTGGACCTCCTCCGGTTAAAGGAGACCAATCTCTCCGGTTCA
ATTCCTGATTTCATCAGCGAGCTCAAGAGCGTTACGTTTTTAGACCTTTCCTTTAACCAG
TTTACCGGTCCAATTCCCGGGTCGCTTTCTCAGATGCCGAAGCTAGGAGCCCTTCAGATC
AACAACAATAAGTTAACCGGTTCAATACCAGACTCTTTCGGTTCTTTTGTAGGCACCGTT
CCTAATCTCTACCTGTA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1EW91TF 695 0 0
GGAGAAC
ACAACCACTCAGAATCACAATGAAGTTCCTTCTTCATCTCTCTGTCTTGTTGTCCATACT
CTTCATCTCTCTCCCATCTTCTCACAGCTCCTCCTCAAATGACAAGATTGCCCTCCTCGA
AATCAAGAAAGCCTTAAACAACCCTCCACTCCTCTCCTCCTGGAACCCCCAAACCGACTC
CTGCACCACCTGGACCGGCGTAGAGTGCACCAACGGCCGTGTCACCGCCCTCGCCATATC
CTCCGGCGAAATATCCGGCCAGATCCCGGTTCAGATCGGCGACCTCCTTGAGCTCCGTAC
GCTTGACTTCAGTTACTTGACTCATCTCACTGGGAACATTCCACACACTATCACCAAACT
CAAGTACCTGGACCTCCTCCGGTTAAAGGAGACCAATCTCTCCGGTTCAATTCCTGATTT
CATCAGCGAGCTCAAGAGCGTTACGTTTTTAGACCTTTCCTTTAACCTGTTTACCGGTCC
AATTCCCGGGTCGCTTTCTCAGATGCCGAAGCTAGGAGCCCTTCAGATCAACAACAATAA
GTTAACCGGTTCAATACCAGACTCTTTCGGTTCTTTTGTAGGCACCGTTCCTAATCTCTA
CCTGTATAACAATAAGCTCTCAGGAAAGGTACCAGAGTCGTTGTCAAAGTACGACTTTAA
CGCAGTGGATCTGTCGGGAAACGGTTTC

QA 8 695 8 695
DS 

RD RR1D237TF 681 0 0
GG
ACAACCACTCAGAATCACAATGAAGTTCCTTCTTCATCTCTCTGTCTTGTTGTCCATACT
CTTCATCTCTCTCCCATCTTCTCACAGCTCCTCCTCAAATGACAAGATTGCCCTCCTCGA
AATCAAGAAAGCCTTAAACAACCCTCCACTCCTCTCCTCCTGGAACCCCCAAATCGACTC
CTGCACCACCTGGACCGGCGTTGAGTGCACCAACGGCCGTGTCACCGCCCTCGCCATATC
CTCCGGCGAAATATCCGGCCAGATCCCGGTTCAGATCGGCGACCTCCTTGAGCTCCGTAC
GCTTGACTTCAGTTACTTGACTCATCTCACTGGGAACATTCCACACACTATCACCAAACT
CAAGTACCTGGACCTCCTCCGGTTAAAGGAGACCAATCTCTCCGGTTCAATTCCTGATTT
CATCAGCGAGCTCAAGAGCGTTACGTTTTTAGACCTTTCCTTTAACCAGTTTACCGGTCC
AATTCCCGGGTCGCTTTCTCAGATGCCGAAGCTAGGAGCCCTTCAGATCAACAACAATAA
GTTAACCGGTTCAATACCAGACTCTTTCGGTTCTTTTGTAGGCACCGTTCCTAATCTCTA
CCTGTATAACAATAAGCTCTCAG*AAAGGTACCAGAGTCGTTGTCAAAGTACGACTTTAA
CGCAGTGGATCTGTCGGGA

QA 3 681 3 681
DS 

RD RR1D237JQ 868 0 0
ATCCGGCCAGATCCCGGTTCAGATCGGCGACCTC*TTGAGCTC*GTACGCTTGACTTCAG
TTACTTGACTCATCTCACTGGGAACATTCCACACACTATCACCAAACTCAAGTACCTGGA
CCTCCTCCGGTTAAAGGAGACCAATCTCTCCGGTTCAATTCCTGATTTCATCAGCGAGCT
CAAGAGCGTTACGTTTTTAGACCTTTCCTTTAACCAGTTTACCGGTCCAATTCCCGGGTC
GCTTTCTCAGATGCCGAAGCTAGGAGCCCTTCAGATCAACAACAATAAGTTAACCGGTTC
AATACCAGACTCTTTCGGTTCTTTTGTAGGCACCGTTCCTAATCTCTACCTGTATAACAA
TAAGCTCTCAGGAAAGGTACCAGAGTCGTTGTCAAAGTACGACTTTAACGCAGTGGATCT
GTCGGGAAACGGTTTCACAGGAGATGGTTCGATGTTTTTCGGACGTAACAAAACAACAGT
ACGTGTGAATCTATGCAGGAACATGTTTGAGTTCGATCTCTCCAAGGTTAAGTTTGCTAG
GAGCATAGTGTCGT**GATCTGAGCCATAACAAAATCTTCGGGAAGTTTCCTAGGGAGCT
GAGTAAGCTGCGTCTCGAGCATTTCGACGTTAGTTACAATCATCTATGCGGAAAAATCCC
ACGTGGTGGTCTACTTCAGACATTTGAACCTTCTGCTTTCTCTCACAACCTCTGTCTTTG
TGGGACCCCACTTAAGGCTTGTTGATTTGGTTTAATGGCGTGAGAAGAAATAAGTATGTC
TTTATCTGTATGATGATGATGTGTTAATTATCAGGCCGCCTATCAAGTGAATTGTTCTAT
TTAATAAAATTAATGTTAAGAGTTCAG
T

QA 1 867 1 867
DS 

RD RR1BN79JQ 725 0 0
ATCTCTCCGGTTCAATTCCTGATTTCATCAGCGAGCTCAAGAGCGTTACGTTTTTAGACC
TTTCCTTTAACCAGTTTACCGGTCCAATTCCCGGGTCGCTTTCTCAGATGCCGAAGCTAG
GAGCCCTTCAGATCAACAACAATAAGTTAACCGGTTCAATACCAGACTCTTTCGGTTCTT
TTGTAGGCACCGTTCCTAATCTCTACCTGTATAACAATAAGCTCTCAGGAAAGGTACCAG
AGTCGTTGTCAAAGTACGACTTTAACGCAGTGGATCTGTCGGGAAACGGTTTCACAGGAG
ATGGTTCGATGTTTTTCGGACGTAACAAAACAACAGTACGTGTGAATCTATGCAGGAACA
TGTTTGAGTTCGATCTCTCCAAGGTTAAGTTTGCTAGGAGCATAGTGTCGTTGGATCTGA
GCCATAACAAAATCTTCGGGAAGTTTCCTAGGGAGCTGAGTAAGCTGCGTCTCGAGCATT
TCGACGTTAGTTACAATCATCTATGCGGAAAAATCCCACGTGGTGGTCTACTTCAGACAT
TTGAACCTTCTGCTTTCTCTCACAACCTCTGTCTTTGTGGGACCCCACTTAAGGCTTGTT
GATTTGGTTTAATGGCGTGAGAAGAAATAAGTATGTCTTTATCTGTATGATGATGATGTG
TTAATTATCAGGCCGCCTATCAAGTGAATTGTTCTATTTAATAAAATTAATGTTAAGAGT
TCAGC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1FB72TF 359 0 0
G
AACAACAGTACGTGTGAATCTATGCAGGAACATGTTTGAGTTCGATCTCTCCAAGGTTAA
GTTTGCTAGGAGCATAGTGTCGTTGGATCTGAGCCATAACAAAATCTTCGGGAAGTTTCC
TAGGGAGCTGAGTAAGCTGCGTCTCGAGCATTTCGACGTTAGTTACAATCATCTATGCGG
AAAAATCCCACGTGGTGGTCTACTTCAGACATTTGAACCTTCTGCTTTCTCTCACAACCT
CTGTCTTTGTGGGACCCCACTTAAGGCTTGTTGATTTGGTTTAATGGCGTGAGAAGAAAT
AAGTATGTCTTTATCTGTATGATGATGATGTGTTAATTATCAGGCCGCCTATCAAGTG

QA 2 359 2 359
DS 

RD RR1EW91JQ 724 0 0
TCTCTCCGGTTCAATTCCTGATTTCATCAGCGAGCTCAAGAGCGTTACGTTTTTAGACCT
TTCCTTTAACCTGTTTACCGGTCCAATTCCCGGGTCGCTTTCTCAGATGCCGAAGCTAGG
AGCCCTTCAGATCAACAACAATAAGTTAACCGGTTCAATACCAGACTCTTTCGGTTCTTT
TGTAGGCACCGTTCCTAATCTCTACCTGTATAACAATAAGCTCTCAGGAAAGGTACCAGA
GTCGTTGTCAAAGTACGACTTTAACGCAGTGGATCTGTCGGGAAACGGTTTCACAGGAGA
TGGTTCGATGTTTTTCGGACGTAACAAAACAACAGTACGTGTGAATCTATGCAGGAACAT
GTTTGAGTTCGATCTCTCCAAGGTTAAGTTTGCTAGGAGCATAGTGTCGTTGGATCTGAG
CCATAACAAAATCTTCGGGAAGTTTCCTAGGGAGCTGAGTAAGCTGCGTCTCGAGCATTT
CGACGTTAGTTACAATCATCTATGCGGAAAAATCCCACGTGGTGGTCTACTTCAGACATT
TGAACCTTCTGCTTTCTCTCACAACCTCTGTCTTTGTGGGACCCCACTTAAGGCTTGTTG
ATTTGGTTTAATGGCGTGAGAAGAAATAAGTATGTCTTTATCTGTATGATGATGATGTGT
TAATTATCAGGCCGCCTATCAAGTGAATTGTTCTATTTAATAAAATTAATGTTAAGAGTT
CAG
C

QA 1 723 1 723
DS 



AS 2 7

CO CL1098Contig1 649 3 7 U
GGGTACACTCCGCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATCTCCCTCTCGAGCAGATCTCTC
TCGTGAATATCGACAATGTCGACCACTTTCAGCTCTTCTGTCTCCATGCAAGCTACTTCT
CTGGCAACATTCCAGAAGCCAGCTGCTTTGGTGTCAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTG
CGCCGTTCGATCCCCACTCGCTTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACAGTAGAG
AAAGTGTCAAAGATCGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAGGTCGTTGCA
GAAACCAAATTTGCTGATCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGT
TTGGAGGAAGAGTTTGGCATCGAAATGGCTGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTG
GAGCAAGCTGCTGAGCTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAATAAGTAATTTTAGTATTAA
GAGAGAACCAAAGGCTTTGTTGGGTTTGTTGTTTTCATAATGTTTCTCTCATTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTAATGTGTCATGCGACTCTGTTGGTTTAAGTAGTATCTGTATGCCAT
GGATATCATCTCTATTTGTCGACGGAAAACTTTTGGTTACACATGAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG31TF U 2
AF RR1CR80TF U 1
AF RR1GG31JQ C 464
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BS 218 218 RR1GG31TF
BS 219 551 RR1CR80TF
BS 552 554 RR1GG31JQ
BS 555 623 RR1CR80TF
BS 624 624 RR1GG31JQ
BS 625 649 RR1CR80TF

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GGTACACTCCGCCA
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATCTCCCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAATATCGACA
ATGTCGACCACTTTCAGCTCTTCTGTCTCCATGCAAGCTACTTCTCTGGCAACATTCCAG
AAGCCAGCTGCTTTGGTGTCAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTGCGCCGTTCGATCCCC
ACTCGCTTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACAGTAGAGAAAGTGTCAAAGATC
GTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAGGTCGTTGCAGAAACCAAATTTGCT
GATCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTTGGAGGAAGAGTTT
GGCATCGAAATGGCTGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAG
CTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAATAAGTAATTTTAGTATTAAGAGAGAACCAAAGGC
TTTGTTGGGTTTGTTGTTTTCATAATGTTTCTCTCATTTTT
TTTTTTTTTTTTT

QA 15 535 15 535
DS 

RD RR1CR80TF 649 0 0
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TCGTGAATATCGACAATGTCGACCACTTTCAGCTCTTCTGTCTCCATGCAAGCTACTTCT
CTGGCAACATTCCAGAAGCCAGCTGCTTTGGTGTCAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTG
CGCCGTTCGATCCCCACTCGCTTCTCAATCTCTTGCGTGGCCAAACCAGAGACAGTAGAG
AAAGTGTCAAAGATCGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAGGTCGTTGCA
GAAACCAAATTTGCTGATCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGT
TTGGAGGAAGAGTTTGGCATCGAAATGGCTGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTG
GAGCAAGCTGCTGAGCTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAATAAGTAATTTTAGTATTAA
GAGAGAACCAAAGGCTTTGTTGGGTTTGTTGTTTTCATAATGTTTCTCTCATTTTTTTTT
TTTTTTTTTTT***AATGTGTCATGCGACTCTGTTGGTTTAAGTAGTATCTGTATGCCAT
GGATATCATCTCTATTTGTCGACTGAAAACTTTTGGTTACACATGAAGG

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1GG31JQ 177 0 0
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TTCTCTCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGTGTCATGCGACTCTGTTGGTTTAAG
TAGTATCTGTATGCCATGGATATCATCTCTATTTGTCGACGGAAAACTTTTGGTTAC

QA 1 177 1 177
DS 



CO CL1098Contig2 619 4 2 U
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TGGTTCTCTCTTAATACTAAAATTACTTATTGGCTTCCACGAGCTCTTCAATGAGCTCAG
CAGCTTGCTCCACAGTTGCAATCTTCTGTGCTTTCTCTTCAGCCATTTCGATGCCAAACT
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ATTTGGTTTCTGCAACGACCTTTTGATCGTCTTTGAGTGAGAGTTGCTTCTTGACGATCT
TTGACACTTTCTCTACTGTCTCTGGTTTGGCCGCGCAAGAAATTGAGAAGCGAGTGGGGA
TCGAACGGCGCAGGTTGAAGGAGAGATTAGTCCTTGACACCAAAGCAGCTGGCTTCTGGA
ATGTTGCCAGGGAAGTAGCTTGCATGGAGGAGACAGAAGAGCTGAAAGTGGTCGACATTG
TCGATATTCACGAGAGAGATCTGCTCGAGAGGGAGATTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGATGGCGGAGTGTCC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GU13JQ U 1
AF RR1GU13TF C 1
AF RR1CO30JQ U 3
AF RR1CO30TF C 299
BS 1 299 RR1GU13JQ
BS 300 619 RR1CO30JQ

RD RR1GU13JQ 300 0 0
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CAGCTTGCTCCACAGTTGCAATCTTCTGTGCTTTCTCTTCAGCCATTTCGATGCCAAACT
CTTCCTCCAAACCCATCACTATCTCAACAGTGTCGAGAGAATCAGCTCCGAGATCAGCA
C

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR1GU13TF 300 0 0
GT
AACCAAAAGTTTTCAGTCGACAAATAGAGATACTACTTAAACCAACAGAGTCGCATGACA
TATT*AAAAAGGAAAAATGACAGAAAGATTATGGAAACAACAAACCCAACAAAGACTTTG
GTTCTCTCTTAATACTAAAATTACTTATTGGCTTCCACGAGCTCTTCAATGAGCTCAGCA
GCTTGCTCCACAGTTGCAATCTTCTGTGCTTTCTCTTCAGCCATTTCGATGCCAAACTCT
TCCTCCAAACCCATCACTATCTCAACAGTGTCGAGAGAATCAGCTCCGAGATCAGCA
C

QA 3 299 3 299
DS 

RD RR1CO30JQ 617 0 0
AACCAAAAGTTTTCAGTCGACAAATAGAGATACTACTTAAACCAACAGAGTCGCATGACA
TATTTAAAAAGGAAAAATGACAGAAAGATTATGGAAACAACAAACCCAACAAAGACTTTG
GTTCTCTCTTAATACTAAAATTACTTATTGGCTTCCACGAGCTCTTCAATGAGCTCAGCA
GCTTGCTCCACAGTTGCAATCTTCTGTGCTTTCTCTTCAGCCATTTCGATGCCAAACTCT
TCCTCCAAACCCATCACTATCTCAACAGTGTCGAGAGAATCAGCTCCGAGATCAGCAAAT
TTGGTTTCTGCAACGACCTTTTGATCGTCTTTGAGTGAGAGTTGCTTCTTGACGATCTTT
GACACTTTCTCTACTGTCTCTGGTTTGGCCGCGCAAGAAATTGAGAAGCGAGTGGGGATC
GAACGGCGCAGGTTGAAGGAGAGATTAGTCCTTGACACCAAAGCAGCTGGCTTCTGGAAT
GTTGCCAGGGAAGTAGCTTGCATGGAGGAGACAGAAGAGCTGAAAGTGGTCGACATTGTC
GATATTCACGAGAGAGATCTGCTCGAGAGGGAGATTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGATGGCGGAGTGTCC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1CO30TF 321 0 0
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ACGACCTTTTGATCGTCTTTGAGTGAGAGTTGCTTCTTGACGATCTTTGACA*TTTCTCT
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TTGAAGGAGAGATTAGTCCTTGACACCAAAGCAGCTGGCTTCTGGAATGTTGCCAGGGAA
GTAGCTTGCATGGAGGAGACAGAAGAGCTGAAAGTGGTCGACATTGTCGATATTCACGAG
AGAGATCTGCTCGAGAGGGAGATTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA*GGCGGAG
TGTCC

QA 17 321 17 321
DS 



AS 1 7

CO CL1099Contig1 963 7 13 U
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AATCGTACATTAATTACTACTCAGTCATTAGTCACTCTTTAGCTGGTAAACTCCAAGCGT
AAAGGGACTATTGCCTATTTATTCGACAAAAAAAAACTTAACATAATTTAATACTCCATC
TAATGGAATCATCTCCACCAGATCGGATGAAAGCTTGGTGGGCAAGCGAATTATTTTTTA
TCCGGTTTACATTCTTCGGTGCAAGCCGGTGGAATCATTTTCCCGGTGACAATAGGCTTG
ACGTTAGAACATGCCGAGACAGCTGCACCCTCTTTACCGCTGCTGACCAAGTTTATGTCA
AACAAAGTAACTTTTTGGCAAGGAGCGCCTGGACTGCAGTTTAGTTGCACAGCAATCTTT
GTTGATGATGTGCCATGAATGTTCTTGAAGTTCAGGTTCTCCAACTGTACTTTTGATGCC
CCACTTTTGCATTTGCCATGAGGGCAGTACACTTGGTCGATGAAAACGGGCAAGCTAACA
TTGTCCATAGTGATATCTTCAAAAATAACGTTGGAGACGAGACCAGGGGGAGATCCAGGC
CATGTTTTGATACGAACACCATTATCGGTATGCTTAATGATGCATTTACGGATGGTGATT
CCTTTCACTGGTTGCTCATTAGGGTGCTTTCCAAGACTTCCGATGGAAAGACCGTGTCCT
GGTCCACATTCTACGCCCTCGACAAGTAAATTTTCAGTACCGCCTCCAATGGAAATGCAG
TCATCTCCGGTTCTAATCTTTGACCCTCTTATGGTGACGCCTACGGACTTTCCGACGTGG
ATACCATCGGTGTTGAGACTCTCAGGTGGTGCCTCAATATGAACATGATGGGGAGATTGT
TGCATTTGCCGGTTTGTTTGCAGTCATTGACCTTCCAAGCCACTGAGCCTTGACCGTCAA
AAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1G182JQ U 9
AF RR1B160JQ U 6
AF RR1GD58JQ U 6
AF RR1CG75JQ U 1
AF RR1B160TF C 25
AF RR1CE26JQ U 9
AF RR1CE26TF C 235
BS 1 360 RR1CG75JQ
BS 361 361 RR1G182JQ
BS 362 764 RR1CG75JQ
BS 765 768 RR1CE26JQ
BS 769 769 RR1CE26TF
BS 770 774 RR1CE26JQ
BS 775 775 RR1CE26TF
BS 776 791 RR1CE26JQ
BS 792 792 RR1CE26TF
BS 793 795 RR1CE26JQ
BS 796 796 RR1CE26TF
BS 797 811 RR1CE26JQ
BS 812 963 RR1CE26TF

RD RR1G182JQ 557 0 0
CAG
TGATGTCCTCCTTTATTAAATAAAAGTTTAAACATTCTCCCATGATTCGAATCGTACATT
AATTACTACTCAGTCATTATTCACTCTTTAGCTGGTAAACTCCAAGCGTAAAGGGACTAT
TGCCTATTTATTCGACAAAAAAAA*CTTAACATAATTTAATACTCCATCTAATGGAATCA
TCTCCACCAAATCGGATGAAAGCTTGGTGGGCAAGCGAATTATTTTTTATCCGGTTTACA
TTCTTCGGTGCAAGCCGGTGGAATCATTTTCCCGGTGACAATAGGCTCGACGTTAAAACA
TGCCGAAACAGCTGCACCCTCTTTACCGCTGCTGACCAAGTTTATGTCAAACAAAGTAAC
TTTTTGGCAAGGAGCGCCTGGACTGCAGTTTATTTGCACAGCAATCTTTGTTGATGATGT
GCCATGAATGTTCTTGAAGTTCAGGTTCTCCAACTGTACTTTTGATGCCCCACTTTTGCA
TTTGCCATGAGGGCAGTACACTTGGTCGATGAAAACGGGCAAGCTAACATTGTCCATAGT
GATATCTTCAAAAA

QA 4 557 4 557
DS 

RD RR1B160JQ 553 0 0
CTT
CAATGATGTCCTCCTTTATTAAATAAAAGTTTAAACATTCTCGCATGATTCGAATCGTAC
ATTAATTACTACTCAGTCATTAGTCACTCTTTAGCTGGTAAACTCCAAGCGTAAAGGGAC
TATTGCCTATTTATTCGACAAAAAAAAACTTAACATAATTTAATACTCCATCTAATGGAA
TCATCTCCACCAGATCGGATGAAAGCTTGGTGGGCAAGCGAATTATTTTTTATCCGGTTT
ACACTCTTCGGTGCAAGCCGGTGGAATCATTTTCCCGGTGACAATAGGCTTGACGTTAGA
ACATGCCGAGACAGCTGCACCCTCTTTACCGCTGCTGACCAAGTTTATGTCAAACAAAGT
AACTTTTTGGCAAGGAGCGCCTGGACTGCAGTTTAGTTGCACAGCAATCTTTGTTGATGA
TGTGCCATGAATGTTCTTGAAGTTCAGGTTCTCCAACTGTACTTTTGATGCCCCACTTTT
GCATTTGCCATGAGGGCAGTACACTTGGTCGATGAGAACGGGCAAGCTAACATTGTCCAT
AGT
AATCTTC

QA 4 546 4 546
DS 

RD RR1GD58JQ 560 0 0
ACT
CAATGATGTCCTCCTTTATTAAATAAAAGTTTAAACATTCTCGCATGATTCGAATCGTAC
ATTAATTACTACTCAGTCATTAGTCACTCTTTAGCTGGTAAACTCCAAGCGTAAAGGGAC
TATTGCCTATTTATTCGACAAAAAAAA*CTTAACATAATTTAATACTCCATCTAATGGAA
TCATCTCCACCAGATCGGATGAAAGCTTGGTGGGCAAGCGAATTATTTTTTATCCGGTTT
ACATTCTTCGGTGCAAGCCGGTGGAATCATTTTCCCGGTGACAATAGGCTTGACGTTAGA
ACATGCCGAGACAGCTGCACCCTCTTTACCGCTGCTGACCAAGTTTATGTCAAACAAAGT
AACTTTTTGGCAAGGAGCGCCTGGACTGCAGTTTAGTTGCACAGCAATCTTTGTTGATGA
TGTGCCATGAATGTTCTTGAAGTTCAGGTTCTCCAACTGTACTTTTGATGCCCCACTTTT
GCACTTGCCATGAGGGCAGTACACTTGGTCGATGAAAACGGGCAAGCTAACATTGTCCAT
AGTGATATCTTCAAAAA

QA 4 560 4 560
DS 

RD RR1CG75JQ 764 0 0
AAATTATTCAATGATGTCCTCCTTTATTAAATAAAAGTTTAAACATTCTCGCATGATTCG
AATCGTACATTAATTACTACTCAGTCATTAGTCACTCTTTAGCTGGTAAACTCCAAGCGT
AAAGGGACTATTGCCTATTTATTCGACAAAAAAAAACTTAACATAATTTAATACTCCATC
TAATGGAATCATCTCCACCAGATCGGATGAAAGCTTGGTGGGCAAGCGAATTATTTTTTA
TCCGGTTTACATTCTTCGGTGCAAGCCGGTGGAATCATTTTCCCGGTGACAATAGGCTTG
ACGTTAGAACATGCCGAGACAGCTGCACCCTCTTTACCGCTGCTGACCAAGTTTATGTCA
GACAAAGTAACTTTTTGGCAAGGAGCGCCTGGACTGCAGTTTAGTTGCACAGCAATCTTT
GTTGATGATGTGCCATGAATGTTCTTGAAGTTCAGGTTCTCCAACTGTACTTTTGATGCC
CCACTTTTGCATTTGCCATGAGGGCAGTACACTTGGTCGATGAAAACGGGCAAGCTAACA
TTGTCCATAGTGATATCTTCAAAAATAACGTTGGAGACGAGACCAGGGGGAGATCCAGGC
CATGTTTTGATACGAACACCATTATCGGTATGCTTAATGATGCATTTACGGATGGTGATT
CCTTTCACTGGTTGCTCATTAGGGTGCTTTCCAAGACTTCCGATGGAAAGACCGTGTCCT
GGTCCACATTCTACGCCCTCGACAAGTAAATTTTCAGTACCGCC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1B160TF 702 0 0
TATTAAATAAAAGTTTAAACATTCTCGCATGATTCGAATCGTACATTAATTACTACTCAG
TCATTAGTCACTCTTTAGCTGGTAAACTCCAAGCGTAAAGGGACTATTGCCTATTTATTC
GACAAAAAAAAACTTAACATAATTTAATACTCCATCTAATGGAATCATCTCCACCAGATC
GGATGAAAGCTTGGTGGGCAAGCGAATTATTTTTTATCCGGTTTACACTCTTCGGTGCAA
GCCGGTGGAATCATTTTCCCGGTGACAATAGGCTTGACGTTAGAACATGCCGAGACAGCT
GCACCCTCTTTACCGCTGCTGACCAAGTTTATGTCAGACAAAGTAACTTTTTGGCAAGGA
GCGCCTGGACTGCAGTTTAGTTGCACAGCAATCTTTGTTGATGATGTGCCATGAATGTTC
TTGAAGTTCAGGTTCTCCAACTGTACTTTTGATGCCCCACTTTTGCATTTGCCATGAGGG
CAGTACACTTGGTCGATGAGAACGGGCAAGCTAACATTGTCCATAGTAAT**CTTCAAAA
ATAACGTTGGAGACGAGACCAGGGGGAGATCCAGGCCATGTTTTGATACGAACACCATTA
TCGGTATGCTTAATGATGCATTTACGGATGGTGATTCCTTTCACTGGTTGCTCATTAGGG
TGCTTTCCAAGACTTCCGATGGAAAGACCGTGTCCTGGTCC
C

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1CE26JQ 803 0 0
CAATGATGTCCTCCTTTATTAAATAAAAGTTTAAACATTCTCGCATGATTCGAATCGTAC
ATTAATTACTACCCAGTCATTAGTCACTCTTTAGCTGGTAAACTCCAAGCGTAAAGGGAC
TATTGCCTATTTATTCGACAAAAAAAAACTTAACATAATTTAATACTCCATCTAATGGAA
TCATCTCCACCAGATCGGATGAAAGCTTGGTGGGCAAGCGAATTATTTTTTATCCGGTTT
ACATTCTTCGGTGCAAGCCGGTGGAATCATTTTCCCGGTGACAATAGGCTTGACGTTAGA
ACATGCCGAGACAGCTGCACCCTCTTTACCGCTGCTGACCAAGTTTATGTCAAACAAAGT
AACTTTTTGGCAAGGAGCGCCTGGACTGCAGTTTAGTTGCACAGCAATCTTTGTTGATGA
TGTGCCATGAATGTTCTTGAAGTTCAGGTTCTCCAACTGTACTTTTGATGCCCCACTTTT
GCATTTGCCATGAGG*CAGTACACTTGGTCGATGAAAACGGGCAAGCTAACATTGTCCAT
AGTGATATCTTCAAAAATAGCGTTGGAGACGAGACCAGGGGGAGATCCAGGCCATGTTTT
GATACGAACACCATTATCGGTATGCTTAATGATGCATTTACGGATGGTGATTCCTTTCAC
TGGTTGCTCATTAGGGTGCTTTCCAAGACTTCCGATGGAAAGACCGTGTCCTGGTCCACA
TTCTACGCCCTCGACAAGTAAATTTTCAGTACCGCCTCCA*TGGAA*TGCAGTCATCTCC
GGT*CTA*TCTTTGACCCTCTTA

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1CE26TF 729 0 0
TTTTTATCCGGTT*ACATTCTTCGGTGCAAGCCGGTGGAATCATTT*CCCGGTGACAATA
GGCTTGACGTTAGAACATGCCGAGACAGCTGCACCCTCTTTACCGCTGCTGACCAAGTTT
ATGTCAGACAAAGTAACTTTTTGGCAAGGAGCGCCTGGACTGCAGTTTAGTTGCACAGCA
ATCTTTGTTGATGATGTGCCATGAATGTTCTTGAAGTTCAGGTTCTCCAACTGTACTTTT
GATGCCCCACTTTTGCATTTGCCATGAGG*CAGTACACTTGGTCGATGAGAACGGGCAAG
CTAACATTGTCCATAGTGATATCTTCAAAAATAGCGTTGGAGACGAGACCAGGGGGAGAT
CCAGGCCATGTTTTGATACGAACACCATTATCGGTATGCTTAATGATGCATTTACGGATG
GTGATTCCTTTCACTGGTTGCTCATTAGGGTGCTTTCCAAGACTTCCGATGGAAAGACCG
TGTCCTGGTCCACATTCTACGCCCTCGACAAGTAAATTTTCAGTACCGCCTCCAATGGAA
ATGCAGTCATCTCCGGTTCTAATCTTTGACCCTCTTATGGTGACGCCTACGGACTTTCCG
ACGTGGATACCATCGGTGTTGAGACTCTCAGGTGGTGCCTCAATATGAACATGATGGGGA
GATTGTTGCATTTGCCGGTTTGTTTGCAGTCATTGACCTTCCAAGCCACTGAGCCTTGAC
CGTCAAAAA

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 7

CO CL1100Contig1 1031 7 45 U
GGCCATCTTCCAAGAAAGACTTCACATCTTACCATCATTTGCTCAGGAAGAGTCAAAGGA
AGCAATGGCAAAGATGCAGTTTACAATCTTCATCGCCGTCGCCTTCCTCGTCTTCTCTGC
ATCAACAAACGCCAAAACCGCAAGCCCACCAGCACCAATGCTACCACCGACACCAGCTCC
AGCACCTGCTCCACACCACGTGAATCTCACCGAGCTTCTAAGCGTAGCCGGTCCGTTCCA
CACGTTCCTCGACTACCTCCTCTCGTCAGGAGTCATCGAAACGTTCCAGAACCAAGCCAA
CAACACAGAGGAAGGCGTCACGATCTTCGTCCCCAAAGACGACGCTTTCAAGGCTCAGAA
GAACCCTCCTCTCTCAAACCTCACGAAGGACCAGCTCAAGCAGCTTCTTCTCTCCCACGC
CCTCCCTCACTACTACTCCCTCTCCGAGTTCAAGAACCTGAGCCAGTCCGGTCCGGTCAG
CACTTTCGCCGGTGGACAGTACCCTCTGAAATTCACAGACGTCTCCGGTACGGTTAGGAT
CGAGACGCTCTGGACCAGGACTAAAGTCAGCAGCAGCGTTTTCTCCACCGACCCTGTGGC
GGTTTACCAGGTGAACCGGGTGCTTCTACCTGAAGCTATCTTTGGAACTGACGTCCCTCC
AATGCCTGCTCCGGCTCCTGCTCCCGTGGTTAGCGCTCCTTCTGATTCGCCTACTGCTGA
TTCTGATGACGCCAAGGCTTCTTCGCCTAAGTCATCGCACAAGAACTCCGCGCAGACGCT
TGCTTTTGGTCCAGTCGCTATGGTGGTTTCCGGTTTGGTGGCATTGTTCTTGTGAGAATA
ATAATAAGGATGGATTTGTTTTGCAGGTTGAGTATGTCGTAAGTTCCCAATTGTCAAAGA
GATTTGTATTACATCATCATTCCAAATTTGTCTTTTTGATTTTTTCTTTTTTTAAGCACC
ATTTTTTATTTTATACATTTTACCATTATTATTGTCATTTATCAGTGTTTGTGAATTGAG
CTTTTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 10 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 
40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 15 40 0 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO92TF U 1
AF RR1CB17TF U 3
AF RR1DV10TF U 3
AF RR1E715TF U 11
AF RR1DV10JQ C 705
AF RR1EO92JQ C 261
AF RR1E715JQ C 252
BS 1 24 RR1EO92TF
BS 25 26 RR1CB17TF
BS 27 27 RR1EO92TF
BS 28 28 RR1CB17TF
BS 29 46 RR1EO92TF
BS 47 50 RR1CB17TF
BS 51 153 RR1EO92TF
BS 154 154 RR1CB17TF
BS 155 192 RR1EO92TF
BS 193 193 RR1CB17TF
BS 194 258 RR1EO92TF
BS 259 259 RR1CB17TF
BS 260 294 RR1EO92TF
BS 295 295 RR1CB17TF
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BS 385 385 RR1CB17TF
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BS 409 409 RR1CB17TF
BS 410 429 RR1EO92TF
BS 430 430 RR1CB17TF
BS 431 438 RR1EO92TF
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BS 440 516 RR1EO92TF
BS 517 517 RR1CB17TF
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BS 637 637 RR1CB17TF
BS 638 648 RR1EO92TF
BS 649 649 RR1CB17TF
BS 650 651 RR1EO92TF
BS 652 652 RR1CB17TF
BS 653 660 RR1EO92TF
BS 661 661 RR1CB17TF
BS 662 669 RR1EO92TF
BS 670 673 RR1CB17TF
BS 674 674 RR1DV10TF
BS 675 706 RR1CB17TF
BS 707 707 RR1DV10TF
BS 708 734 RR1CB17TF
BS 735 735 RR1DV10TF
BS 736 736 RR1CB17TF
BS 737 737 RR1E715JQ
BS 738 761 RR1CB17TF
BS 762 764 RR1E715JQ
BS 765 786 RR1E715TF
BS 787 1031 RR1E715JQ

RD RR1EO92TF 669 0 0
GGCCATCTTCCAAGAAAGACTTCA**TTTTACCATCATTTGCTCAG****AGTCAAAGGA
AGCAATGGCAAAGATGCAGTTTACAATCTTCATCGCCGTCGCCTTCCTCGTCTTCTCTGC
ATCAACAAACGCCAAAACCGCAAGCCCACCAGCTCCAATGCTACCACCGACACCAGCTCC
AGCACCTGCTCCCCACCACGTGAATCTCACCGAGCTTCTAAGCGTAGCCGGTCCGTTCCA
CACGTTCCTCGACTACCTTCTCTCGTCAGGAGTCATCGAAACGTTCCAGAACCAGGCCAA
CAACACAGAGGAAGGCGTCACGATCTTCGTCCCCAAAGACGACGCTTTCAAGGCTCAGAA
GAACCCTCCTCTCTCAAACCTCACCAAGGACCAGCTCAAGCAGCTTCTCCTCTCCCACGC
CCTCCCTCATTACTACTCTCTCTCCGAGTTCAAGAACCTGAGCCAGTCCGGTCCGGTCAG
CACTTTCGCCGGTGGACAGTACCCTCTGAAATTCACCGACGTCTCCGGTACGGTTAGGAT
CGAGACGCTCTGGACCAGGACTAAAGTCAGCAGCAGCGTTTTCTCCACCGACCCTGTGGC
GGTTTACCAGGTGAACCGGGTGCTTCTACCTGAAGCCATCTTTGGAACCGATGTCCCTCC
GATGCCTGC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1CB17TF 764 0 0
GG
ATCTTCCAAGAAAGACTTCACATCTTACCATCATTTGCTCAGGAAGAGTCAAAGGAAGCA
ATGGCAAAGATGCAGTTTACAATCTTCATTGCCGTCGCCTTCCTCGTCTTCTCTGCATCA
ACAAACGCCAAAACCGCAAGCCCACCGGCACCAATGCTACCACCGACACCAGCTCCAGCA
CCTGCTCCACACCACGTGAATCTCACCGAGCTTCTAAGCGTAGCCGGTCCGTTCCACACG
TTCCTCGACTATCTCCTCTCGTCAGGAGTCATCGAAACGTTCCAGAACCAAGCCAACAAC
ACAGAGGGAGACGTCACGATCTTCGTCCCCAAAGACGACGCTTTCAAGGCTCAGAAGAAC
CCTCCTCTCTCAAACCTCACGAAGGACCAGCTCAAGCAGCTTCTTCTCTCCCACGCCCTC
CCTCACTACTACTCCCTC*CCGAGTTCAAGAACCTGAGCCAGTCCGGTCCGGTCAGCACT
TTCGCCGGTGGACAGTACCCTCTGAAATTCACAGACGTCTCCGGTACGGCTAGGATCGGG
ACGCTCTGGACCAGGACTGAAGTCAGCAGCAGCGTTTTCTCCACCGACCCTGTGGCGGTT
TACCAGGTGAACCGGGTGCTTCTACCTGAAGCTATCTTTGGAACTGACGTCCCTCCAATG
CCTGCTCCG*CTCCTGCTCCCGTGGTTAGCGCTCCTTCTGAT*CGCCTACTGCTGATTCT
GATGACGCCA*G*CTTCTTCGCCTAAGTCATCGCACA
GACTC

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR1DV10TF 760 0 0
GG
ATCTTCCAAGAAAGACTTCACATCTTACCATCATTTGCTCAGGAAGAGTCAAAGGAAGCA
ATGGCAAAGATGCAGTTTACAATCTTCATTGCCGTCGCCTTCCTCGTCTTCTCTGCATCA
ACAAACGCCAAAACCGCAAGCCCACCGGCACCAATGCTACCACCGACACCAGCTCCAGCA
CCTGCTCCACACCACGTGAATCTCACCGAGCTTCTAAGCGTAGCCGGTCCGTTCCACACG
TTCCTCGACTATCTCCTCTCGTCAGGAGTCATCGAAACGTTCCAGAACCAAGCCAACAAC
ACAGAGGGAGACGTCACGATCTTCGTCCCCAAAGACGACGCTTTCAAGGCTCAGAAGAAC
CCTCCTCTCTCAAACCTCACGAAGGACCAGCTCAAGCAGCTTCTTCTCTCCCACGCCCTC
CCTCACTACTACTCCCTC*CCGAGTTCAAGAACCTGAGCCAGTCCGGTCCGGTCAGCACT
TTCGCCGGTGGACAGTACCCTCTGAAATTCACAGACGTCTCCGGTACGGCTAGGATCGGG
ACGCTCTGGACCAGGACTGAAGTCAGCAGCAGCGTTTTCTCCACCGACCCTGTGGCGGTT
TACCAGGTGAACCGGGTGCTTCTACCTGAAGCTATCTTTGGAACTGACGTCCCTCCAATG
CCTGCTCCGGCTCCTGCTCCCGTGGTTAGCGCTCCTTCTGATTCGCCTACTGCTGATTCT
GATGACGCCAAG*CTTCTTCGCCTAAGTCATCGCACA
A

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR1E715TF 782 0 0
GGCAAGAAAGACTTCATT
TTACCATCATTTGCTCAGGAAGAGTCAAAGGCAGCAATGGCAAAGATGCAGTTTACAATC
TTCATCTCCCTCGCCTTCCTCGTCTTCTCTGCATCAACAAACGCCAAAACCGCAAGCCCA
CCAGCTCCAATGCTACCACCGACACCAGCTCCAGCACCTGCTCCCCACCACGTGAATCTC
ACCGAGCTTCTAAGCGTAGCCGGTCCGTTCCACACGTTCCTCGACTACCTCCTCTCGTCA
GGAGTCATCGAAACGTTCCAGAACCAAGCCAACAACACAGAGGAAGGCGTCACGATCTTC
GTCCCCAAAGACGACGCTTTCAAGGCTCAGAAGAACCCTCCTCTCTCAAACCTCACGAAG
GACCAGCTCAAGCAGCTTCTTCTCTCCCACGCCCTCCCTCACTACTACTCCCTCTCCGAG
TTCAAGAACCTGAGCCAGTCCGGTCCGGTCAGCACTTTCTCCGGTGGACAGTACCCTCTG
AAATTCACAGACGTCTCCGGTACGGTTAGGATCGAGACGCTCTGGACCAGGACTAAAGTC
AGCAGCAGCGTTTTCTCCACCGACCCTGTGGCGGTTTACCAGGTGAACCGGGTGCTTCTA
CCTGAAGCTATCTTTGGAACTGACGTCCCTCCAATGCCTGCTCCGGCTCCTGCTCCCGTG
GTTAGCGCTCCTTCTGATTCGCCTACTGCTGATTCTGATGACGCCA*G*CTTCTTCGCCT
AAGTCATCGCACAG**ACTCCGCGCAGACGCTTGCTTT
GGTCAG

QA 19 776 19 776
DS 

RD RR1DV10JQ 311 0 0
AT
TCGCCTACTGCTGATTCTGATGACGCCAAGGCTTTTTCGCCTAAGTCATCGCACAAGAAC
TCCGCGCAGACGCTTGCTTTTGGTCCAGTCGCTATGGTGGTTTCCGGTTTGGGGGCATTG
TTCTTGTGAGAATAATAATAAGGATGGATTTGTTTTGCAGGCTGAGTATGTCGTAAGTTC
CCAATTGTCAAAGAGATTTGTATTACATCATCATTCCAAATTTGTCTTTTTGATTTTTTC
TTTTTTTAAGCACCATTTTTTATTTTATACATTTTACCATTATTATTGTCATTTATCAGT
GTTTGTGAA

QA 3 311 3 311
DS 

RD RR1EO92JQ 725 0 0
TCTCGTCAGGAGTCATCGAAACGTTCCAGAACCAGGCCAACAACACAGAGGAAGGCGTCA
CGATCTTCGTCCCCAAAGACGACGCTTTCAAGGCTCAGAAGAACCCTCCTCTCTCAAACC
TCACCAAGGACCAGCTCAAGCAGCTTCTCCTCTCCCACGCCCTCCCTCATTACTACTCTC
TCTCCGAGTTCAAGAACCTGAGCCAGTCCGGTCCGGTCAGCACTTTCGCCGGTGGACAGT
ACCCTCTGAAATTCACCGACGTCTCCGGTACGGTTAGGATCGAGACGCTCTGGACCAGGA
CTAAAGTCAGCAGCAGCGTTTTCTCCACCGACCCTGTGGCGGTTTACCAGGTGAACCGGG
TGCTTCTACCTGAAGCCATCTTTGGAACCGATGTCCCTCCGATGCCTGCTCCGGCTCCTG
CTCCGGTTGTTAGCGCTCCTTCTGACTCGCCTACTGCTGATTCTGATGATGCCAAGGCTT
CTTCGCCTAAGTCATCGCACAAGAACTCCGCGCAGACGCTTGCTTTTGGTCCAGTCGCTA
TGGTGGTTTCCGGTTTGGTGGCATTGTTCTTGTGAGAATATTGATAAGGATGGATT*GTT
TTGCAGGTTGAGTATGTCGTAAGTTCCCAATTGTCAAAGAGATTTGTATTACATCATCAT
TCCGAATTTGTCTTTATGATTTTTT******TTAAGCACCATTTTTTATTTTATACATTT
TACC
G

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1E715JQ 780 0 0
ACTACCTCCTCTCGTCAGGAGTCATCGAAACGTTCCAGAACCAAGCCAACAACACAGAGG
AAGGCGTCACGATCTTCGTCCCCAAAGACGACGCTTTCAAGGCTCAGAAGAACCCTCCTC
TCTCAAACCTCACGAAGGACCAGCTCAAGCAGCTTCTTCTCTCCCACGCCCTCCCTCACT
ACTACTCCCTCTCCGAGTTCAAGAACCTGAGCCAGTCCGGTCCGGTCAGCACTTTCTCCG
GTGGACAGTACCCTCTGAAATTCACAGACGTCTCCGGTACGGTTAGGATCGAGACGCTCT
GGACCAGGACTAAAGTCAGCAGCAGCGTTTTCTCCACCGACCCTGTGGCGGTTTACCAGG
TGAACCGGGTGCTTCTACCTGAAGCTATCTTTGGAACTGACGTCCCTCCAATGCCTGCTC
CGGCTCCTGCTCCCGTGGTTAGCGCTCCTTCTGATTCGCCTACTGCTGATTCTGATGACG
CCAAGGCTTCTTCGCCTAAGTCATCGCACAAGAACTCCGCGCAGACGCTTGCTTTTGGTC
CAGTCGCTATGGTGGTTTCCGGTTTGGTGGCATTGTTCTTGTGAGAATAATAATAAGGAT
GGATTTGTTTTGCAGGTTGAGTATGTCGTAAGTTCCCAATTGTCAAAGAGATTTGTATTA
CATCATCATTCCAAATTTGTCTTTTTGATTTTTTCTTTTTTTAAGCACCATTTTTTATTT
TATACATTTTACCATTATTATTGTCATTTATCAGTGTTTGTGAATTGAGCTTTTTCTTCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 7

CO CL1101Contig1 804 7 14 U
AATAGAAAGAGGGTATTTTAATGGATCATTAAAAGCAAACCATTTTGCAAATCGTCCAAT
AAGACGTTTCAGACAACTACTAGGTTTTGTAATGGTGATACAGATTTGCTGGTGTTCAAG
TATGTATGGAATATAATGTAAAGAGAGAGGGAGAGAGACTCGATATTACTACGACCGTTT
GCATAGCAGCAAACCTGGTCGCTTATTCTTCTGTAAAA*TTGACTTGTGATATGTTTTTG
TTCATGACTTGATGTCTTCTTTCGCGTCAGCAGTATCGTTGCCTCCATCATCCTTGGCAA
CTGATGCGCTAGCTTGGTCATCGAGAGGTTCGTTGTTGTCAGCATCAGCGTCTTCAGTGT
TGTCGCCTGAAGATAAAGCCATCCGTCTAGCTCTAGGCTGCTGGTGCGGGGTTGGCTGCA
GTTTTGGTCGGAGAGCTTCCAAAGGCCCTTTAGGCTTTTGTCCTTTTTGCTTGCCTAATG
CCCAATCAGCAGAGTCAAAAAACGCGCGCTCATGATCCTTGGATATCAAAGGAATCTTCT
TTGGCAATAATCCTCCATACTTTTTCTTGATCGCATTTTCCTCTGACTCAGATGATGGCT
GTTTATGAATCTCAGTTTCATTCTTGTTATCATTTTGGTCAACAGGAGGTGGAGTATCAT
CAACAAGCTCCTTTCCCTTGACGTCTTCCATGACAACGAAAGGTTGTGGATGAGGAACGC
CGGTTAACCGTGAAGAGATTCCGACGAGAACCGGGGGTTAGATCGGATCTTGTTTAGTTA
TGTGAGCTCCACGTTCCACGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU25JQ U 1
AF RR1AZ82TF C 5
AF RR1ES63JQ U 23
AF RR1AZ82JQ U 22
AF RR1FN11JQ U 22
AF RR1FN11TF C 22
AF RR1ES63TF C 91
BS 1 71 RR1GU25JQ
BS 72 72 RR1ES63JQ
BS 73 257 RR1GU25JQ
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BS 259 427 RR1GU25JQ
BS 428 428 RR1ES63JQ
BS 429 435 RR1GU25JQ
BS 436 436 RR1ES63JQ
BS 437 487 RR1GU25JQ
BS 488 713 RR1ES63JQ
BS 714 714 RR1AZ82JQ
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BS 740 790 RR1FN11JQ
BS 791 804 RR1ES63TF

RD RR1GU25JQ 487 0 0
AATAGAAAGAGGGTATTTTAATGGATCATTAAAAGCAAACCATTTTGCAAATCGTCCAAT
AAGACGTTTCAAACAACTACTAGGTTTTGTAATGGTGATACAGATTTGCTGGTGTTCAAG
TATGTATGGAATATAATGTAAAGAGAGAGGGAGAGAGACTCGATATTACTACGACCGTTT
GCATAGCAGCAAACCTGGTCGCTTATTCTTCTGTAAAA*TTGACTTGTGATATGTTTTTG
TTCATGACTTGATGTCTCCTTTCGCGTCAGCAGTATCGTTGCCTCCATCATCCTTGGCAA
CTGATGCGCTAGCTTGGTCATCGAGAGGTTCGTTGTTGTCAGCATCAGCGTCTTCAGTGT
TGTCGCCTGAAGATAAAGCCATCCGTCTAGCTCTAGGCTGCTGGTGCGGGGTTGGCTGCA
GTTTTGGCCGGAGAGATTCCAAAGGCCCTTTAGGCTTTTGTCCTTTTTGCTTGCCTAATG
CCCAATC

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1AZ82TF 775 0 0
TTTT
GAGGGTATTTTAATGGATCATTAAAAGCAAACCATTTTGCAAATCGTCCAATAAGACGTT
TCAGACAACTACTAGGTTTTGTAATGGTGATACAGATTTGCTGGTGTTCAAGTATGTATG
GAATATAATGTAAAGAGAGAGGGAGAGAGACTCGATATTACTACGACCGTTTGCATAGCA
GCAAACCTGGTCGCTTATTCTTCTGTAAAAATTGACTTGTGATATGTTTTTGTTCATGAC
TTGATGTCTTCTTTCGCGTCAGCAGTATCGTTGCCTCCATCATCCTTGGCAACTGATGCG
CTAGCTTGGTCATCGAGAGGTTCGTTGTTGTCAGCATCAGCGTCTTCAGTGTTGTCGCCT
GAAGATAAAGCCATCCGTCTAGCTCTAGGCTGCTGGTGCGGGGTTGGCTGCAGTTTTGGT
CGGAGAGCTTCCAAAGGCCCTTTAGGCTTTTGTCCTTTTTGCTTGCCTAATGCCCAATCA
GCAGAGTCAAAAAACGCGCGCTCATGATCCTTGGATATCAAAGGAATCTTCTTTGGCAAT
AATCCTCCATACTTTTTCTTGATCGCATTTTCCTCTGACTCAGATGATGGCTGTTTATGA
ATCTCAGTTTCATTCTTGTTATCATTTTGGTCAACAGGAGGTGGAGTATCATCAACAAGC
TCCTTTCCCTTGACGTCTTCCATGACAACGAAAGGTTGAGGATGAGGAACGCCGGTTAAC
CGTGAAGAGATTCCGACGAGAACCGGGGGTTAGATCGGATCTTGTTTAGTT

QA 5 775 5 775
DS 

RD RR1ES63JQ 717 0 0
GGATCATTAAAAGCAAACCATTTTGCAAATCGTCCAATAAGACGTTTCAGACAACTACTA
GGTTTTGTAATGGTGATACAGATTTGCTGGTGTTCAAGTATGTATGGAATATAATGTAAA
GAGAGAGGGAGAGAGACTCGATATTACTACGACCGTTTGCATAGCAGCAAACCTGGTCGC
TTATTCTTCTGTAAAA*TTGACTTGTGATATGTTTTTGTTCATGACTTGATGTCTTCTTT
CGCGTCAGCAGTATCGTTGCCTCCATCATCCTTGGCAACTGATGCGCTAGCTTGGTCATC
GAGAGGTTCGTTGTTGTCAGCATCAGCGTCTTCAGTGTTGTCGCCTGAAGATAAAGCCAT
CCGTCTAGCTCTAGGCTGCTGGTGCGGGGTTGGCTGCAGTTTTGGTCGGAGAGCTTCCAA
AGGCCCTTTAGGCTTTTGTCCTTTTTGCTTGCCTAATGCCCAATCAGCAGAGTCAAAAAA
CGCGCGCTCATGATCCTTGGATATCAAAGGAATCTTCTTTGGCAATAATCCTCCATACTT
TTTCTTGATCGCATTTTCCTCTGACTCAGATGATGGCTGTTTATGAATCTCAGTTTCATT
CTTGTTATCATTTTGGTCAACAGGAGGTGGAGTATCATCAACAAGCTCCTTTCCCTTGAC
GTCTTCCATGACAACGAAAGGTTGTGGATGATGAACGCCGGTTAACCGTGAAGAGAT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1AZ82JQ 716 0 0
T
GGATCATTAAAAGCAAACCATTTTGCAAATCGTCCAATAAGACGTTTCAGACAACTACTA
GGTTTTGTAATGGTGATACAGATTTGCTGGTGTTCAAGTATGTATGGAATATAATGTAAA
GAGAGAGGGAGAGAGACTCGATATTACTACGACCGTTTGCATAGCAGCAAACCTGGTCGC
TTATTCTTCTGTAAAA*TTGACTTGTGATATGTTTTTGTTCATGACTTGATGTCTTCTTT
CGCGTCAGCAGTATCGTTGCCTCCATCATCCTTGGCAACTGATGCGCTAGCTTGGTCATC
GAGAGGTTCGTTGTTGTCAGCATCAGCGTCTTCAGTGTTGTCGCCTGAAGATAAAGCCAT
CCGTCTAGCTCTAGGCTGCTGGTGCGGGGTTGGCTGCAGTTTTGGTCGGAGAGCTTCCAA
AGGCCCTTTAGGCTTTTGTCCTTTTTGCTTGCCTAATGCCCAATCAGCAGAGTCAAAAAA
CGCGCGCTCATGATCCTTGGATATCAAAGGAATCTTCTTTGGCAATAATCCTCCATACTT
TTTCTTGATCGCATTTTCCTCTGACTCAGATGATGGCTGTTTATGAATCTCAGTTTCATT
CTTGTTATCATTTTGGTCAACAGGAGGTGGAGTATCATCAACAAGCTCCTTTCCCTTGAC
GTCTTCCATGACAACGAAAGGTTGAGGATGAGGAACGCCGGTTAACCGTGAAGAG

QA 2 716 2 716
DS 

RD RR1FN11JQ 771 0 0
C
GGATCATTAAAAGCAAACCATTTTGCAAATCGTCCAATAAGACATTTCAGACAACTACTA
GGTTTTGTAATGGTGATACAGATTTGCTGGTGTTCAAGTATGTATGGAATATAATGTAAA
GAGAGAGGGAGAGAGACTCGATATTACTACGACCGTTTGCATAGCAGCAAACCTGGTCGC
TTATTCTTCTGTAAAA*TTGACTTGTGATATGTTTTTGTTCATGACTTGATGTCTTCTTT
CGCGTCAGCAGTATCGTTGCCTCCATCATCCTTGGCAACTGATGCGCTAGCTTGGTCATC
GAGAGGTTCGTTGTTGTCAGCATCAGCGTCTTCAGTGTTGTCGCCTGAAGATAAAGCCAT
CCGTCTAGCTCTAGGCTGCTGGTGCGGGGTTGGCTGCAGTTTTGGTCGGAGAGCTTCCAA
AGGCCCTTTAGGCTTTTGTCCTTTTTGCTTGCCTAATGCCCAATCAGCAGAGTCAAAAAA
CGCGCGCTCATGATCCTTGGATATCAAAGGAATCTTCTTTGGCAATAATCCTCCTTACTT
TTTCTTGATCGCATTTTCCTCTGACTCAGATGATGGCTGTTTATGAATCTCAGTTTCATT
CTTGTTATCATTTTGGTCAACAGGAGGTGGAGTATCATCAACAAGCTCCTTTCCCTTGAC
GTCTTCCATGACAACGAAAGGTTGTGGATGAGGAACGCCGGTTAACCGTGAAGAGATTCC
GACGAGAACCGGGGGTTAGATCGGATCTTGTTTAGTTATGTGAGCTCC
CC

QA 2 769 2 769
DS 

RD RR1FN11TF 771 0 0
C
GGATCATTAAAAGCAAACCATTTTGCAAATCGTCCAATAAGACATTTCAGACAACTACTA
GGTTTTGTAATGGTGATACAGATTTGCTGGTGTTCAAGTATGTATGGAATATAATGTAAA
GAGAGAGGGAGAGAGACTCGATATTACTACGACCGTTTGCATAGCAGCAAACCTGGTCGC
TTATTCTTCTGTAAAA*TTGACTTGTGATATGTTTTTGTTCATGACTTGATGTCTTCTTT
CGCGTCAGCAGTATCGTTGCCTCCATCATCCTTGGCAACTGATGCGCTAGCTTGGTCATC
GAGAGGTTCGTTGTTGTCAGCATCAGCGTCTTCAGTGTTGTCGCCTGAAGATAAAGCCAT
CCGTCTAGCTCTAGGCTGCTGGTGCGGGGTTGGCTGCAGTTTTGGTCGGAGAGCTTCCAA
AGGCCCTTTAGGCTTTTGTCCTTTTTGCTTGCCTAATGCCCAATCAGCAGAGTCAAAAAA
CGCGCGCTCATGATCCTTGGATATCAAAGGAATCTTCTTTGGCAATAATCCTCCTTACTT
TTTCTTGATCGCATTTTCCTCTGACTCAGATGATGGCTGTTTATGAATCTCAGTTTCATT
CTTGTTATCATTTTGGTCAACAGGAGGTGGAGTATCATCAACAAGCTCCTTTCCCTTGAC
GTCTTCCATGACAACGAAAGGTTGTGGATGAGGAACGCCGGTTAACCGTGAAGAGATTCC
GACGAGAACCGGGGGTTAGATCGGATCTTGTTTAGTTATGTGAGCTCC
CC

QA 2 769 2 769
DS 

RD RR1ES63TF 714 0 0
AATGGTGATACAGATTTGCTGGTGTTCAAGTATGTATGGAATATAATGTAAAGAGAGAGG
GAGAGAGACTCGATATTACTACGACCGTTTGCATAGCAGCAAACCTGGTCGCTTATTCTT
CTGTAAAA*TTGACTTGTGATATGTTTTTGTTCATGACTTGATGTCTTCTTTCGCGTCAG
CAGTATCGTTGCCTCCATCATCCTTGGCAACTGATGCGCTAGCTTGGTCATCGAGAGGTT
CGTTGTTGTCAGCATCAGCGTCTTCAGTGTTGTCGCCTGAAGATAAAGCCATCCGTCTAG
CTCTAGGCTGCTGGTGCGGGGTTGGCTGCAGTTTTGGTCGGAGAGCTTCCAAAGGCCCTT
TAGGCTTTTGTCCTTTTTGCTTGCCTAATGCCCAATCAGCAGAGTCAAAAAACGCGCGCT
CATGATCCTTGGATATCAAAGGAATCTTCTTTGGCAATAATCCTCCATACTTTTTCTTGA
TCGCATTTTCCTCTGACTCAGATGATGGCTGTTTATGAATCTCAGTTTCATTCTTGTTAT
CATTTTGGTCAACAGGAGGTGGAGTATCATCAACAAGCTCCTTTCCCTTGACGTCTTCCA
TGACAACGAAAGGTTGTGGATGATGAACGCCGGTTAACCGTGAAGAGATTCCGACGAGAA
CCGGGGGTTAGATCGGATCTTGTTTAGTTATGTGAGCTCCACGTTCCACGATCC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 7

CO CL1102Contig1 1035 7 20 U
GGAAGTTTCAATCAAACGTGAAAAGACAGATCCGTGAGTTGTCTCTCTTCAAACCAAACC
AAAAGCTACTTGTCCGTCCCTTTGTTTCCGAGAGAGATGTCTGTCTTCGATGATTCTTTC
GTTATACTCGGAGACGATGCATCTGAGTCCGTTCCTGTCTCAGGCTCCTTCGACACCACC
ACTGATCATCACTCCTTCTCACACCACGTAGATGACTCCATCGACGATGTTTTCGCTGCG
CCGTCTTCCGACTACGGAGCTTACACTAACGCAGACGACGTCTTCGGATCCAACGGTGGA
CACGACGGTCCCATCTTGCCACCGCCGTCGGAGATGGAATCTGATGAAGGGTATGCTCTT
AGGGAGTGGAGAAGACACAATGCAGTTCTCCTTGAGGAGAAGGAGAAGAAGGAAAAGGAG
TTACGGAACCAAATCATTGAAGAGGCTAATCAATTCAAAGAGGAGTTCCATAAGAAGAGG
GAACTAACTTGTGAAAACAACAAAGCAGCTAATAGGGAGAAGGAAAAGCTATACATGGAG
ACACAAGAGAAGTTCTACGCGGAAGCCAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATCGCAGAGCTA
GTTCCTAAAGAAGTTCCAACCATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAAAGAGCAAGACCCTAAG
AAGCCAACTATCTCTGTCATTCAAGGTCCCAAACCCGGTAAGCCAACCGATCTCGCGAGA
ATGAGACAGATTTTGCTCAAGCTCAAACAGAACCCACCAGCTCACCTGAAACTAGCTCCT
CAACCTCCACCAGAGGCGGCTGCTGCTGCTACTACTCCTACTCCTCCAAAGAATGCTCCT
GAAACCAAGCCCACCGAAGCAGTTGCTGCTGCTTAAGAAACCCTCTTTGGTTTTGTTTTT
TTTT*CATTTGCTTACATCTATGTGATTCTCTCTTTGCATTTCATTATGTGTGTGTGATA
TAAACAGCTTATTTACTATCGGATTATACTTTATGACATTCATGTTTGAATTCAATAAGA
GGAGTGGTTAAACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 30 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D278TF U 1
AF RR1CW25TF U 41
AF RR1CY95TF U 64
AF RR1A581TF U 69
AF RR1CY95JQ C 562
AF RR1A581JQ C 257
AF RR1D278JQ C 357
BS 1 464 RR1D278TF
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BS 466 647 RR1D278TF
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BS 649 679 RR1D278TF
BS 680 684 RR1CW25TF
BS 685 685 RR1A581JQ
BS 686 725 RR1CW25TF
BS 726 726 RR1CY95TF
BS 727 746 RR1CW25TF
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BS 748 782 RR1CW25TF
BS 783 783 RR1CY95TF
BS 784 795 RR1CW25TF
BS 796 875 RR1A581TF
BS 876 972 RR1A581JQ
BS 973 973 RR1CY95JQ
BS 974 990 RR1A581JQ
BS 991 991 RR1CY95JQ
BS 992 1035 RR1A581JQ

RD RR1D278TF 679 0 0
GGAAGTTTCAATCAAACGTGAAAAGACAGATCCGTGAGTTGTCTCTCTTCAAACCAAACC
AAAAGCTACTTGTCCGTCCCTTTGTTTCCGAGAGAGATGTCTGTCTTCGATGATTCTTTC
GTTATACTCGGAGACGATGCATCTGAGTCCGTTCCTGTCTCAGGCTCCTTCGACACCACC
ACTGATCATCACTCCTTCTCACACCACGTAGATGACTCCATCGACGATGTTTTCGCTGCG
CCGTCTTCCGACTACGGAGCTTACACTAACGCAGACGACGTCTTCGGATCCAACGGTGGA
CACGACGGTCCCATCTTGCCACCGCCGTCGGAGATGGAATCTGATGAAGGGTATGCTCTT
AGGGAGTGGAGAAGACACAATGCAGTTCTCCTTGAGGAGAAGGAGAAGAAGGAAAAGGAG
TTACGGAACCAAATCATTGAAGAGGCTAATCAATTCAAAGAGGATTTCCATAAGAAGAGG
GAACTAACTTGTGAAAACAACAAAGCAGCTAATAGGGAGAAGGAAAAGCTATACATGGAG
ACACAAGAGAAGTTCTACGCGGAAGCCAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATCGCAGAGCTA
GTTCCTAAAGAAGTTCCAACCATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAAAGATCAAGACCCTAAG
AAGCCAACTATCTCTGTCA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1CW25TF 755 0 0
GG
CTCTCTTCAAACCAAACCAAAAGCTACTTGTCCGTCCCTTTGTTTCCGAGAGAGATGTCT
GTCTTCGATGATTCTTTCGTTATACTCGGAGACGATGCATCTGAGTCCGTTCCTGTCTCA
GGCTCCTTCGACACCACCACTGATCATCACTCCTTCTCACACCACGTAGATGACTCCATC
GACGATGTTTTCGCTGCGCCGTCTTCCGACTACGGAGCTTACACTAACGCAGACGACGTC
TTCGGATCCAACGGTGGACACGACGGTCCCATCTTGCCACCGCCGTCGGAGATGGAATCT
GATGAAGGGTATGCTCTTAGGGAGTGGAGAAGACACAATGCAGTTCTCCTTGAGGAGAAG
GAGAAGAAGGAAAAGGAGTTACGGAACCAAATCATTGAAGAGGCTAATCAATTCAAAGAG
GATTTCCATAAGAAGAGGGAACTAACTTGTGAAAACAACAAAGCAGCTAATAGGGAGAAG
GAAAAGCTATACATGGAGACACAAGAGAAGTTCTACGCGGAAGCCAGCAAGAACTACTGG
AAGGCAATCGCAGAGCTAGTTCCTAAAGAAGTTCCAACCATAGAGAAAAGAAGAGGGAAG
AAAGAGCAAGACCCTAAGAAGCCAACTATCTCTGTCATTCAA*GTCCCAAACCCGGTAAG
CCAACCGATCTCGCGAGAATGAG*CAGATTTTGCTCAAGCTCAA*CAGAACCCACCAGCT
CACCTGAAACTAGCTCCTCA*CCTCCACCAGAG

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR1CY95TF 728 0 0
AGCTA
CTTGTCCGTCCCTTTGTTTCCGAGAGAGATGTCTGTCTTCGATGATTCTTTCGTTATACT
CGGAGACGATGCATCTGAGTCCGTTCCTGTCTCAGGCTCCTTCGACACCACCACTGATCA
TCACTCCTTCTCACACCACGTAGATGACTCCATCGACGATGTTTTCGCTGCTCCGTCTTC
CGACTACGGAGCTTACACTAACGCAGACGACGTCTTCGGATCCAACGGTGGACACGACGG
TCCCATCTTGCCACCGCCGTCGGAGATGGAATCTGATGAAGGGTATGCTCTTAGGGAGTG
GAGAAGACACAATGCAGTTCTCCTTGAGGAGAAGGAGAAGAAGGAAAAGGAGTTGCGGAA
CCAAATCATTGAAGAGGCTAATCAATTCAAAGAGGAGTTCCATAAGAAGAGGGAACTAAC
TTGTGAAAACAACAAAGCAGCTAATAGGGAGAAGGAAAAGCTATACATGGAGACACAAGA
GAGGTTCTACGCGGAAGCCAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATCGCAGAGCTAGTTCCTAA
AGAAGTTCCAACCATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAAAGAGCAAGACCCTAAGAAGCCAAC
TATCTCTGTCATTCAA*GTCCCAAACCCGGTAAGCCAACCGATCTCGCGAGAATGAGACA
GATTTTGCTCAAGCTCAAACAGAACCCACCAGCTCACCTGAAACTAGCTCCTCAACCTC
TACC

QA 6 724 6 724
DS 

RD RR1A581TF 809 0 0
CTTGTCCGTCCCTTTGTTTCCGAGAGAGATGTCTGTCTTCGATGATTCTTTCGTTATACT
CGGAGACGATGCATCTGAGTCCGTTCCTGTCTCAGGCTCCTTCGACACCACCACTGATCA
TCACTCCTTCTCACACCACGTAGATGACTCCATCGACGATGTTTTCGCTGCGCCGTCTTC
CGACTACGGAGCTTACACTAACGCAGACGACGTCTTCGGATCCAACGGTGGACACGACGG
TCCCATCTTGCCACCGCCGTCGGAGATGGAATCTGATGAAGGGTATGCTCTTAGGGAGTG
GAGAAGACACAATGCAGTTCTCCTTGAGGAGAAGGAGAAGAAAGAAAAGGAGTTGCGGAA
CCAAATCATTGAAGAGGCTAATCAATTCAAAGAGGAGTTCCATAAGAAGAGGGAACTAAC
TTGTGAAAACAACAAAGCAGCTAATAGGGAGAAGGAAAAGCTATACATGGAGACACACGA
GAAGTTCTACGCGGAAGCCAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATCGCAGAGCTAGTTCCTAA
AGAAGTTCCAACCATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAAAGAGCAAGACCCTAAGAAGCCAAC
TATCTCTGTCATTCAAAGTCCCAAACCCGGTAAGCCAACCGATCTCGCGAGAATGAGACA
GATTTTGCTCAAGCTCAAACAGAACCCACCAGCTCACCTGAAACTAGCTCCTCAACCTCC
ACCAGAGGCGGCTGCTGCTGCTACTACTCCTACTCCTCCAAAGAATGCTCCTGAAACCAA
GCCCACCGAAGCAGTTGCTGCTGCTTA
GA

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1CY95JQ 454 0 0
GAAGCCAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATCGCAGAGCTAGTTCCTAAAGAAGTTCCAACC
ATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAAAGAGCAAGACCCTAAGAAGCCAACTATTTCTGTCATT
CAAGGTCCCAAACCCGGTAAGCCAACCGATCTCGCGAGAATGAGACAGATTTTGCTCAAG
CTCAAACAGAACCCACCAGCTCACCTGAAACTAGCTCCTCAACCTCCACCAGAGGGGGCT
GCTGCT***ACTACTCCTACTCCTCCAAAGAATGCTCCTGAAACCAAGCCCACCGAAGCA
GTTGCTGCTGCTTAAGAAACCCTCTTTGGTTTTGTTTTTTTTTTCATTTGCTTACATTTA
TGTGATTCTCTCTTTGCATTTCATTATGTGTGTGTGATATAAACAGCTTATTTACTATCG
GATTATACTTTATGACATTCATGTTTGAATTCA
G

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1A581JQ 779 0 0
GAGCTTACACTAACGCAGACGACGTCTTCGGATCCAACGGTGGACACGACGGTCCCATCT
TGCCACCGCCGTCGGAGATGGAATCTGATGAAGGGTATGCTCTTAGGGAGTGGAGAAGAC
ACAATGCAGTTCTCCTTGAGGAGAAGGAGAAGAAAGAAAAGGAGTTGCGGAACCAAATCA
TTGAAGAGGCTAATCAATTCAAAGAGGAGTTCCATAAGAAGAGGGAACTAACTTGTGAAA
ACAACAAAGCAGCTAATAGGGAGAAGGAAAAGCTATACATGGAGACACACGAGAAGTTCT
ACGCGGAAGCCAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATCGCAGAGCTAGTTCCTAAAGAAGTTC
CAACCATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAAAGAGCAAGACCCTAAGAAGCCAACTATCTCTG
TCATTCAAGGTCCCAAACCCGGTAAGCCAACCGATCTCGCGAGAATGAGACAGATTTTGC
TCAAGCTCAAACAGAACCCACCAGCTCACCTGAAACTAGCTCCTCAACCTCCACCAGAGG
CGGCTGCTGCTGCTACTACTCCTACTCCTCCAAAGAATGCTCCTGAAACCAAGCCCACCG
AAGCAGTTGCTGCTGCTTAAGAAACCCTCTTTGGTTTTGTTTTTTTTT*CATTTGCTTAC
ATCTATGTGATTCTCTCTTTGCATTTCATTATGTGTGTGTGATATAAACAGCTTATCTAC
TATCGGATTATACTCTATGACATTCATGTTTGAATTCAATAAGAGGAGTGGTTAAACAT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1D278JQ 673 0 0
TCTTAGGGAGTGGAGAAGACACAATGCAGTTCTCCTTGAGGAGAAGGAGAAGAAGGAAAA
GGAGTTACGGAACCAAATCATTGAAGAGGCTAATCAATTCAAAGAGGATTTCCATAAGAA
GAGGGAACTAACTTGTGAAAACAACAAAGCAGCTAATAGGGAGAAGGAAAAGCTATACAT
GGAGACACAAGAGAAGTTTTACGCGGAAGCCAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATCGCAGA
GCTAGTTCCTAAAGAAGTTCCAACCATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAAAGATCAAGACCC
TAAGAAGCCAACTATTTTTGTCATTCAAGGTCCCAAACCCGGTAAGCCAACCGATCTCGG
GAGAATGAGACAGATTTTGCTCAAGCTCAAACAGAACCCACCAGCTCACCTGAAACTAGC
TCCTCAACCTCCACCAGAGGCGGCTGCTGCTGCTACTACTCCTACTCCTCCAAAGAATGC
TCCTGAAACCAAGCCCACCGAAGCAGTTGCTGCTGCTTAAGAAACCCTCTTTGGTTTTGT
TTTTTTTT*CATTTGCTTACATCTATGTGATTCTCTCTTTGCATTTCATTATGTGTGTGT
GATATAAACAGCTTATTTACTATCGGATTATACTTTATGACATTCATGTTTGAATTCAAT
AAGAGGAGTGGTT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 7

CO CL1103Contig1 860 7 10 U
GGGTTCACCAATTCGTTCGAAACAATCTTCTCAATTCCTGTCGGTTGTTATAATCTGAGT
TAAAAAAGAAAAATGGGAGGAGGTAAAGACAAGCATCATGATGAGCAAGACAAAGGGTTC
CATGGGTTTCCAGGAGGTGGACATCATTACCCACCCGCTCCTGGAGGTTACCCACCCGCT
GGATACCCTCCACAGCAAGGGTATCCTCCAGCTGGAGGTTATCCACCTGCTGGTTACCCG
CCCGGTGCTTACCCTCCTGGACCTGGTGGTTATCCTCCTGCTCCAGGCCACGGTGGTTAT
CCTCCTGCAGGCTATCCTGCCCCTCACCACTCAGGACATTCTAGTGGTGGACTCGGAGGT
GTGATTGCTGGTGCAGCTGGTGCCGCCGCAGCAGCCTATGGAGCTCACCACGTTGGTCAT
GCATCACACAACCCTTACGGGCATGCAGGGCACGGAGGGTTTGGCCACGTTGGTCATGCA
TCTCATGGGTATGGTCATGGTGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGCATGGAGGCAAG
CATGGAGGCAAGTTCAAGCATGGAAAGCACGGGAAACATGGCATGTTTGGAGGAGGAGGC
AAATTCAAGAAGTGGAAGTAATCTATAAAGAAACCACCCTTTGATTCTCTCCTCCGGTAG
TCTCATTTACTTGACCGATGTTTTCTAATAATCCTCTCTACAACTCTTTATATTTTAACT
ATATCGGTTTAGAGATTACTGGTTCGGAGAAAATAAATGGAGACTGGTAGTATAATGTAA
AACTTATGGCATCTGCAGAAGAGGTTTCTTCAATCTCTTTGTAGCAGATGCCCTGAAACT
TATCTATAATTTGGTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H985TF U 7
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AF RR1C827JQ C 170
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GGG
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GGCTATCCTGCCCCTCACCACTCAGGACATTCTAGTGGTGGACTCGGAGGTATGATTGCT
GGTGCAGCTGGTGCCGCCGCAGCAGCCTATGGAGCTCACCACGTTGGTCATGCATCACAC
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TATGGTCATGGTGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGCATGGAGGCAA

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GG
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CCAGGAGGTGGACATCATTACCCACCCGCTCCTGGAGGTTACCCACCCGCTGGATACCCT
CCACAGCAAGGGTATCCTCCAGCTGGAGGTTATCCACCTGCTGGTTACCCACCCGGTGCT
TACCCTCCTGGACCTGGTGGTTATCCTCCTGCTCCAGGCCACGGTGGTTATCCTCCTGCA
GGCTATCCTGCCCCTCACCACTCAGGACATTCTAGTGGTGGACTCGGAGGTATGATTGCT
GGTGCAGCTGGTGCCGCCGCAGCAGCCTATGGAGCTCACCACGTTGGTCATGCATCACAC
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TATGGTCATGGTGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGCATGGAGGCAAGCATGGAGGC
AAGTTCAAGCATGGAAAGCACGGGAA

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DS 

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GGGTTCACC
AATTCGTTCGAAACAATCTTCTCAATTCCTGTCGGTTGTTATAATCTGAGTTAAAAAAGA
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CCAGGAGGTGGACATCATTACCCACCCGCTCCTGGAGGTTACCCACCCGCTGGATACCCT
CCACAGCAAGGGTATCCTCCAGCTGGAGGTTATCCACCTGCTGGTTACCCGCCCGGTGCT
TACCCTCCTGGACCTGGTGGTTATCCTCCTGCTCCAGGCCACGGTGGTTATCCTCCTGCA
GGCTATCCTGCCCCTCACCACTCAGGACATTCTAGTGGTGGACTCGGAGGTGTGATTGCT
GGTGCAGCTGGTGCCGCCGCAGCAGCCTATGGAGCTCACCACGTTGGTCATGCATCACAC
AACCCTTACGGGCATGCAGGGCACGGAGGGTTTGGCCACGTTGGTCATGCATCTCATGGG
TATGGTCATGGTGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGCATGGAGGCAAGCATGGAGGC
AAGTTCAAGCATGGAAAGCACGGGAAACATGGCATGTTTGGAGGAGGAGGCAAATTCAAG
AAGTGGAAGTAATCTATAAAGAAAC
A

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DS 

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TAAAAAAGAAAAATGGGAGGAGGTAAAGACAAGCATCATGATGAGCAAGACAAAGGGTTC
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GGATACCCTCCACAGCAAGGGTATCCTCCAGCTGGAGGTTATCCACCTGCTGGTTACCCG
CCCGGTGCTTACCCTCCTGGACCTGGTGGTTATCCTCCTGCTCCAGGCCACGGTGGTTAT
CCTCCTGCAGGCTATCCTGCCCCTCACCACTCAGGACATTCTAGTGGTGGACTCGGAGGT
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GCATCACACAACCCTTACGGGCATGCAGGGCACGGAGGGTTTGGCCACGTTGGTCATGCA
TCTCATGGGTATGGTCATGGTGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGCATGGAGGCAAG
CATGGAGGCAAGTTCAAGCATGGAAAGCACGGGAAACATGGCATGTTTGGAGGAGGAGGC
AAATTCAAGAAGTGGAAGTAATCTATAAAGAAACCACCCTTTGATTCTCTCCTCCGGTAG
TCTCATTTACTTGACCGATGTTTTCTAATAATCCTCTCTACAACTCTTTATATTT
TAACTATAT

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DS 

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GGGTTCACC
AATTCGTTCGAAACAATCTTCTCAATTCCTGTCGGTTGTTATAATCTGAGTTAAAAAAGA
AAAATGGGAGGAGGTAAAGACAAGCATCATGATGAGCAAGACAAAGGGTTCCATGGGTTT
CCAGGAGGTGGACATCATTACCCACCCGCTCCTGGAGGTTACCCACCCGCTGGATACCCT
CCACAGCAAGGGTATCCTCCAGCTGGAGGTTATCCACCTGCTGGTTACCCACCCGGTGCT
TACCCTCCTGGACCTGGTGGTTATCCTCCTGCTCCAGGCCACGGTGGTTATCCTCCTGCA
GGCTATCCTGCCCCTCACCACTCAGGACATTCTAGTGGTGGACTCGGAGGTATGATTGCT
GGTGCAGCTGGTGCCGCCGCAGCAGCCTATGGAGCTCACCACGTTGGTCATGCATCACAC
AACCCTTACGGGCATGCAGGGCACGGAGGGTTTGGCCACGTTGGTCATGCATCTCATGGG
TATGGTCATGGTGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGCATGAAGGCAAGCATGGAGGC
AAGTTCAAGCATGGAAAGCACGGGAAACATGGCATGTTTGGAGGAGGAGGCAAATTCAAG
AAGTGGAAGTAATCTATAAAGAAACCACCCTTTGAT*CTCTCCTCCGGTAGTCTCATTTA
CTTGACCGATGTTTTCTAATAATCCTCTCTACA*CTCTTTATATTT*AACTATATCGGTT
TAGAGAT*ACTGGTTCG*AGAAAT**AATGGAGACTGGTAGTATAATGTA

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ACGTTGGTCATGCATCACACAACCCTTACGGGCATGCAGGGCACGGAGGGTTTGGCCACG
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GAGGAGGAGGCAAATTCAAGAAGTGGAAGTAATCTATAAAGAAACCACCCTTTGATTCTC
TCCTCCGGTAGTCTCATTTACTTGACCGATGTTTTCTAATAATCCTCTCTACAACTCTTT
ATATTTTAACTATATCGGTTTAGAGATTACTGGTTCG
GAG

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DS 

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AGGCCACGGTGGTTATCCTCCTGCAGGCTATCCTGCCCCTCACCACTCAGGACATTCTAG
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TCACCACGTTGGTCATGCATCACACAACCCTTACGGGCATGCAGGGCACGGAGGGTTTGG
CCACGTTGGTCATGCATCTCATGGGTATGGTCATGGTGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGG
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GTTTGGAGGAGGAGGCAAATTCAAGAAGTGGAAGTAATCTATAAAGAAACCACCCTTTGA
TTCTCTCCTCCGGTAGTCTCATTTACTTGACCGATGTTTTCTAATAATCCTCTCTACAAC
TCTTTATATTTTAACTATATCGGTTTAGAGATTACTGGTTCGGAGAAAATAAATGGAGAC
TGGTAGTATAATGTAAAACTTATGGCATCTGCAGAAGAGGTTTCTTCAATCTCTTTGTAG
CAGATGCCCTGAAACTTATCTATAATTTGGTTTTAT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 7

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TGTCCGTGTCTCAAACCCTCAAAAGAACATTAGGAAAGAAGAACCATGGATCCGGCTGAG
ATGAGGTACTTGGAAGAAGAGGACGGTCCCATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTGACT
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TATAGAGGAAAGAGAGATTTTTTCAATGGTACTATTGGTGGGTTTGTTGCTGGTTCTTCT
GTCCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACACTAGCA
GTTACATCTGCTTTGATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGGAGAGAG
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CCTACAATAAAGATATCAACTTTGTCTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A112TF U 4
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AF RR1F716JQ C 70
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AF RR1A112JQ C 203
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GG
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GTGTCTCAAACCCTCAAAAGAACATTAGGAAAGAAAAACCATGGATCCGGCTGAGATGAG
GTACTTGGAAGAAGAGGACGGTCCCATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTGACTGGTTT
CGCCGCTGGGACGATCTACGGAACCATTCTGGCCACGTGGAAGGACGTTCCGAGAGTGGA
GAGGAACGTGGCGCTTCCGGGGCTCATCAGGACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCT
CACTTTCGCTGCCATTGGTGGAGCGTACATCGGTGTTGAGCAGGTGGTTCAGAGTTATAG
AGGAAAGAGAGATTTTTTCAATGGTGCTATTGGTGGGTTTGTTGCTGGTTCTTCTGTCCT
TGGCTATAGAGCAAGGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACACTAGCAGTTAC
ATCTGCTTTGATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGGAGAGAGTATTA
TCCTTACACCCCCGTCGATAAAACAGCTAAAGCTGATGCCTGATTTCTATTTTTGGC

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CGTGACTGGTTTCGCCGCTGGGACGATCTACGGAACCATTCTGGCCACGTGGAAAGACGT
TCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCGCTTCCGGGGCTCATCAGGACGCTGAAGATGATGGG
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TCAGAGTTATAGAGGAAAGAGAGATTTTTTCAATGGTACTATTGGTGGGTTTGTTGCTGG
TTCTTCTGTCCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAAC
ACTAGCAGTTACATCTGCTTTGATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGG
GAGAGAGTATTATCCTTACACCCCCGTCGAGAAAACAGCTAAAGCTGATGCCTGATTTCT
ATTTTTGGCGTCTCTGAAGTCAATAAAGCTTATCCCAGCTAGGCCTCTTGAAGATTGTCT
CTCTTCGTTGTCATCTCTTTTTTTTTT

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DS 

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GG
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AACATTAGGAAAGAAGAACCATGGATCCGGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAGAGGACG
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GGCTCATCAGGACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTCGCTGCCATTGGTG
GAGTGTACATCGGTGTTGAGCAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGAAAGAGAGATTTTTTCA
ATGGTACTATTGGTGGGTTTGTTGCTGGTTCTTCTGTCCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCA
TCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACACTAGCAGTTACATCTGCTTTGATTGACTCTG
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AAACAGCTAAAGCTGATGCCTGATTTCTATTTTTGGCGTCTCTGAAGTCAATAAAGCTTA
TCCCAGCTAGGCCTCTTGAAGATTGTCTCTCTTCGTTGTCATCTCTTTTTTTTT
A

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CGGGGCTCATCAGGACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTCGCTGCCATTG
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AGAAAACAGCTAAAGCTGATGCCTGATTTCTATTTTTGGCGTCTCTGAAGTCAATAAAGC
TTATCCCAGCTAGGCCTCTTGAAGATTGTCTCTCTTCGTTGTCATCTCTTTTTTTTTTTT
AATCTACTGTTGTATCTGGAGATATGAAATCATAGAACTCTTGTTTACTCCTGTGTTTAT
GGAGATTGAGACTTTCATCTTTTGT

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DS 

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TCT
AAACCCTCAAAAGAACATTAGGAAAGAAGAACCATGGATCCGGCTGAGATGAGGTACTTG
GAAGAAGAGGACGGTCCCATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTGACTGGTTTCGCCGCT
GGGACGATCTACGGAACCATTCTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAAC
GAGGCGCTTCCGGGGCTCATCAGGACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTC
GCTGCCATTGGTGGAGTGTACATCGGTGTTGAGCAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGAAAG
AGAGATTTTTTCAATGGTACTATTGGTGGGTTTGTTGCTGGTTCTTCTGTCCTTGGCTAT
AGAGCAAGGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACACTAGCAGTTACATCTGCT
TTGATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGGAGAGAGTATTATCCTTAC
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TTTTTTTT**AATCTACTGTTGTATTTGGAGATATGAAATCATAGAACTCTTGTTTACTC
CTGCGTTTATGGAGATTGAGACTTTC

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DS 

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TGTCCGTGTCTCAAACCCTCAAAAGAACATTAGGAAAGAAAAACCATGGATCCGGCTGAG
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GGTTTCGCCGCTGGGACGATCTACGGAACCATTCTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGA
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GGGCTCACTTTCGCTGCCATTGGTGGAGTGTACATCGGTGTTGAGCAGGTGGTTCAGAGT
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GTCCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACACTAGCA
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TTGTCATCTCTTTTTTTTTT**AATCTACTGTTGTATCTGGAGATATGAAATCATAGAAC
TCTTGTTTACTCCTGTGTTTATGGAGATTGAGACTTTCATCTTTTGTCTGAACGTTGATT
CCT

QA 1 783 1 783
DS 

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CGGGGCTCATCAGGACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTCGCTGCCATTG
GTGGAGCGTACATCGGTGTTGAGCAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGAAAGAGAGATTTTT
TCAATGGTGCTATTGGTGGGTTTGTTGCTGGTTTTTCTGTCCTTGGCTATAGAGCAAGGA
GCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACACTAGCAGTTACATCTGCTTTGATTGACT
CTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGGAGAGAGTATTATCCTTACACCCCCGTCG
ATAAAACAGCTAAAGCTGATGCCTGATTTCTATTTTTGGCGTCTCTGAAGTCAATAAAGC
TTATCCCAGCTAGGCCTCTTGAAGATTGTCTCTCTTCGTTGTCATCTCTTTTTTTTTTT*
AATCTACTGTTGTATCTGGAGATATGAAATCATAGAACTCTTGTTTACTCCTGTGTTTAT
GGAGATTGAGACTTTCATCTTTTGTCTGAACGTTGATTCCTACAATAAAGATATCAACTT
TGTCTT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 6

CO CL1105Contig1 1010 6 24 U
GGATCCAAAAGTGATATTCACAAACCCCTGAAAACTTTCAACCTCTCATAACCAAAAAAA
AAAATGGCTTCCGCATCTCTCGTCCCGACATCAAACATCTTCCATGTCTCTCCTACATTC
ACAGCTTCAGTCAGAACAAGAGCTAGTAGCTTCATTGTTGCATCCTCACAACAACAACAA
CAACAACCGAGAAGGAGAGAGTTACTCCTGAAAACAACGGTGGCTATTCCAGCGATTCTG
AACTTGAAGGAAGCTCCTATCTCTGAGGCCCGTGAGGTGGAAGTGGGATCCTTCTTACCA
CCTTCTGAGACTGACCCTTCTTTCGTCCTCTTCAAAGCCAAAACCTTCTGATACTCCTGC
TCTCCGCGCAG***********GAAACGTGCAGCCGTATCAGTTTGTTCTACCACCGAAC
TGGAAACAGCTGAGAATAGCCAACATCTTGTCAGGCAACTACTGCCAACCGAAATGCGCA
GAGCCATGGATAGAAGTGAAGTTCGAGAACGAGAAGCAAGGCAAAGTTCAAGTAGTTGCA
TCTCCTCTGATTCGTCTGACCAACAAGCCGAATGCAACTATTGAAGATCTCGGTGAGCCT
GAGAGAGTGATCGCTTCTCTTGGTCCCTTTGTCACTGGAAACTCTTATGATTCTGATGAG
CTTGTGAATACATCAGTCGAAAAGATTGGTGATCAAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAG
ACGCCATTTGCGCTAACGGGAAGTCATAACCTTGCGAAAGCGACGGCAAAGGGGAACACG
GTGGTTCTGTTTGTGGTGAGTGCTACTGAGAAGCAATGGCAGAGCTCGCAGAAGACTCTT
CAAGCCATTCTTGATTCTTTTCAGCTGTAAATTATTGTTATGACTCTTAAAAACTATAGA
GCAAAACGGTTTGTATTGAGTTGGATTAACATTTCATCCTCTTGTATCTGCCTCTAGTGT
TTCAAACATGTGACATTGAATAGACCTGATGGTTATTACTTTCATTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1A286TF U 1
AF RR1H651TF U 30
AF RR1FE44TF U 131
AF RR1FE44JQ C 280
AF RR1H651JQ C 635
AF RR1A286JQ C 363
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RD RR1A286TF 761 0 0
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AAA*TGGCTTCCGCATCTCTCGTCCCGACATCAAACATCTTCCATGTCTCTCCTACATTC
ACAGCTTCAGTCAGAACAAGAGCTAGTAGCTTCATTGTTGCATCCTCACAACAACAACAA
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CCTTCTGAGACTGACCCTTCTTTCGTCCTCTTCAAAGCCAAA*CCTTCTGATACTCCTGC
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GAGAGAGTGATCGCTTCTCTTGGTCCCTTTGTCACTGGAAACTCTTATGATTCTGATGAG
CTTGTGAATACATCAGTCGAAAAGATTGGTGATCAAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAG
ACGCCATTTGCGCTAACGGGAAGTCATAACCTTGCGAAAGC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1H651TF 798 0 0
GG
AAACTTTCAACCTCTCATAACCAAAAAAAAAAATGGCTTCCGCATCTCTCGTCC**ACAT
CAAACATCTTCCATGTCTCTCCTACATTCACAGCTTCAGTCAGAACAAGAGCTAGTAGCT
TCATTGTTGCATCCTCACAACAACAACAACAACAACCGAGAAGGAGAGAGTTACTCCTGA
AAACAACGGTGGCTATTCCAGCGATTCTGAACTTGAAGGAAGCTCCTATCTCTGAGGCCC
GTGAGGTGGAGGTGGGATCCTTCTTACCACCTTCTGAGACTGACCCTTCTTTCGTCCTCT
TCAAAGCCAAA*CCTTCTGATACTCCTGCTCTCCGCGCAG***********GAAACGTGC
AGCCGTATCAGTTTGTTCTACCACCGAACTGGAAACAGCTGAGAATAGCCAACATCTTGT
CAGGCAACTACTGCCAACAGAAATGCGCAGAGCCATGGATAGAAGTGAAGTTCGAGAACG
AGAAGCAAGGCAAAGTTCAAGTAGTTGCATCTCCTCTGATTCGTCTGACCAACAAGCCGA
ATGCAACTATTGAAGATCTCGGTGAGCCTGAGAGAGTGATCGCTTCTCTTGGTCCCTTTG
TCACTGGAAACTCTTATGATTCTGATGAGCTTGTGAATACATCAGTCGAAAAGATTGGTG
ATCAAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAGACGCCATTTGCGCTAACGGGAAGTCATAACC
TTGCGAAAGCGACG*CAAAGGG*AACACG*TGGTTCTGTTTGTGGTGAGTGCTACTGAGA
GCATGGCAGAGCTCGC

QA 3 782 3 782
DS 

RD RR1FE44TF 770 0 0
GGAGAACA
AGAGCTAGTAGCTTCATTGTTGCATCCTCACAACAACAACAACAACAACCGAGAAGGAGA
GAGTTACTCCTGAAAACAACGGTGGCTATTCCAGCGATTCTGAACTTGAAGGAAGCTCCT
ATCTCTGAGGCCCGTGAGGTGGAAGTGGGATCCTTCTTACCACCTTCTGAGACTGACCCT
TCTTTCGTCCTCTTCAAAGCCAAAACCTTCTGATACTCCTGCTCTCCGCGCAG*******
****GAAACGTGCAGCCGTATCAGTTTGTTCTACCACCGAACTGGAAACAGCTGAGAATA
GCCAACATCTTGTCAGGCAACTACTGCCAACCGAAATGCGCAGAGCCATGGATAGAAGTG
AAGTTCGAGAACGAGAAGCAAGGCAAAGTTCAAGTAGTTGCATCTCCTCTGATTCGTCTG
ACCAACAAGCCGAATGCAACTATTGAAGATCTCGGTGAGCCTGAGAGAGTGATCGCTTCT
CTTGGTCCCTTTGTCACTGGAAACTCTTATGATTCTGATGAGCTTGTGAATACATCAGTC
GAAAAGATTGGTGATCAAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAGACGCCATTTGCGCTAACG
GGAAGTCATAACCTTGCGAAAGCGACGGCAAAGGGGAACACGGTGGTTCTGTTTGTGGTG
AGTGCTACTGAGAAGCAATGGCAGAGCTCGCAGAAGACTCTTCAAGCCATTCTTGATTCT
TTTCAGCTGTAA*TTATTGTTATGACTCTTAAAA
CTATAGAG

QA 9 762 9 762
DS 

RD RR1FE44JQ 731 0 0
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AAAACCTTCTGATACTCCTGCTCTCCGCGCAG***********GAAACGTGCAGCCGTAT
CAGTTTGTTCTACCACCGAACTGGAAACAGCTGAGAATAGCCAACATCTTGTCAGGCAAC
TACTGCCAACCGAAATGCGCAGAGCCATGGATAGAAGTGAAGTTCGAGAACGAGAAGCAA
GGCAAAGTTCAAGTAGTTGCATCTCCTCTGATTCGTCTGACCAACAAGCCGAATGCAACT
ATTGAAGATCTCGGTGAGCCTGAGAGAGTGATCGCTTCTCTTGGTCCCTTTGTCACTGGA
AACTCTTATGATTCTGATGAGCTTGTGAATACATCAGTCGAAAAGATTGGTGATCAAACG
TACTATAAGTATGTGTTGGAGACGCCATTTGCGCTAACGGGAAGTCATAACCTTGCGAAA
GCGACGGCAAAGGGGAACACGGTGGTTCTGTTTGTGGTGAGTGCTACTGAGAAGCAATGG
CAGAGCTCGCAGAAGACTCTTCAAGCCATTCTTGATTCTTTTCAGCTGTAAATTATTGTT
ATGACTCTTAAAAACTATAGAGCAAAACGGTTTGTATTGAGTTGGATTAACATTTCATCC
TCTTGTATCTGCCTCTAGTGTTTCAAACATGTGACATTGAATAGACCTGATGGTTATTAC
TTTCATTGTGC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1H651JQ 366 0 0
CTGGAAACTCTTATGATTCTGATGAGCTTGTGAATACATCAGTCGAAAAGATTGGTGATC
AAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAGACGCCATTTGCGCTAACGGGAAGTCATAACCTTG
CGAAAGCGACGGCAAAGGGGAACACGGTGGTTCTGTTTGTGGTGAGTGCTACTGAGAAGC
AATGGCAGAGCTCGCAGAAGACTCTTCAAGCCATTCTTGATTCTTTTCAGCTGTAAATTA
TTGTTATGACTCTTAAAAACTATAGAGCAAAACGGTTTGTATTGAGTTGGATTAACATTT
CATCCTCTTGTATCTGCCTCTAGTGTTTCAAACATATGACATTGAATAGACCTGATGGTT
ATTACT

QA 1 366 1 366
DS 

RD RR1A286JQ 648 0 0
TCCGCGCAGTCTGGTT
GCAGGAAACGTGCAGCCGTATCAGTTTGTTCTACCACCGAACTGGAAACAGCTGAGAATA
GCCAACATCTTGTCAGGCAGCTACTGCCAACCGAGATGCGCAGAGCCATGGATAGAAGTG
AAGTTCGAGAACGAGAAGCAAGGCAAAGTTCAAGTAGTTGCATCTCCTCTGATTCGTCTG
ACCAACAAGCCGAATGCAACTATTGAAGATCTCGGTGAGCCTGAGAGAGTGATCGCTTCT
CTTGGTCCCTTTGTCACTGGAAACTCTTATGATTCTGATGAGCTTGTGAATACATCAGTC
GAAAAGATTGGTGATCAAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAGACGCCATTTGCGCTAACG
GGAAGTCATAACCTTGCGAAAGCGACGGCAAAGGGGAACACGGTGGTTCTGTTTGTGGTG
AGTGCTACTGAGAAGCAATGGCAGAGCTCGCAGAAGACTCTTCAAGCCGTTCTTGATTCT
TTTCAGCTGTAAATTATTGTTATGACTCTTAAAAACTATAGAGCAAAACGGTTTGTATTG
AGTTGGATTAACATTTCATCCTCTTGTATCTGCCTCTAGTGTTTCAAACATGTGACATTG
AATAGACCTGATGGTTATTACTTTCATTGTGC

QA 17 648 17 648
DS 



AS 1 7

CO CL1106Contig1 700 7 3 U
GGGCCGGCACAAGTCTCATTCTCTCTATTCCGCCGTTGTCTAGTTATTCAATTTGCAAGG
AGATCGAAATGACAACAGTTCCAGGACAGCTGGTGTGGGAGATCGTGAAGAGAAACAACT
GTTTCTTGGTGAAACAGTTCGGTAGAGGCAATGCTAAGGTTCAGTTCAGCAAAGAGAGCA
ACAACCTCTACAACCTCAACTCTTACAAGCACTCTGGTTTGGCAAACAAGAAGACGGTGA
CCATTCAGCCAGCTGACAAGGATCAAGGTGTGGTACTTGGAACCACCAAGACCAAGAAGC
AAAACAAGCCAAAGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCCAGGATGG
CCAAAGCTGTTGCCAGCCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAAAAGGCAG
CGCTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAAGGCCTCAGAGTCGCCAAGTCC**CCCCAAGA
GGAGGAACAGACAGGCTTGAAGAATCCGCCATTGAATGAAATATTTTTCTTCTAAATAAG
CTCGTTTTGAGTGTTTCAGACAGTGTTTGTAGGTTAAAAGATTGTTCCTGAACAGCTAAA
AGTTTTGTTTGAACCACCTCCCTAGTGCGTGCAAGTGCCAGACTTGTAGCGTTTATGGTT
TATTCTTCACACAGACAAGCAATAATTGCCATCTGATCAT


BQ
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ER62JQ C 18
AF RR1DD70JQ C 1
AF RR1DD70TF U 1
AF RR1ER62TF U 1
AF RR1AT01JQ C 1
AF RR1C816TF U -1
AF RR1AT01TF U 1
BS 1 599 RR1DD70TF
BS 600 673 RR1C816TF
BS 674 700 RR1AT01TF

RD RR1ER62JQ 582 0 0
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TCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCCAGGATGGCCAAAGCTGTTGCCAGC
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QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1DD70JQ 599 0 0
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CCAAAGCTGTTGCCAGCCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAAAAGGCAG
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QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1DD70TF 599 0 0
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AAAACAAGCCAAAGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCCAGGATGG
CCAAAGCTGTTGCCAGCCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAAAAGGCAG
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CTCGTTTTGAGTGTTTCAGACAGTGTTTGTAGGTTAAAAGATTGTTCCTGAACAGCTAA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1ER62TF 599 0 0
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CCAAAGCTGTTGCCAGCCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAAAAGGCAG
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CTCGTTTTGAGTGTTTCAGACAGTGTTTGTAGGTTAAAAGATTGTTCCTGAACAGCTAA

QA 1 599 1 599
DS 

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CCAAAGCTGTTGCCAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAAAAGGCAG
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1C816TF 682 0 0
GGAC
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TTCTTGGTGAAACAGTTCGGTAGGGGCAATGCTAAGGTTCAGTTCAGCAAAGAGAGCAAC
AACCTCTGCAACCTCAACTCTTACAAGCACTCTGGTTTGGCAAACAAGAAGACGGCGACC
ATTCAGCCAGCTGACAAGGATCAAGGTGTGGTACTTGGAACCACCAAGACCAAGAAGCAA
AACAAGCCAAAGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCCAGGATGGCC
AAAGCTGTTGCCAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAAAAGGCAGCG
CTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAAGGCCTCAGAGTCGCCAAGTCTGGCCCCAAGAGG
AGGAACAGATAGGCTTGAAGAATCCGCCATTGAATGAAATATTTTTCTTCTAAATAAGCT
CGTTTTGAGTGTTTCAGACAGTGTCTGTAGGTTAAAAGATTGTTCCTGAACAGCTAAAAG
TTTTGTTTGAACCACCTCCCTAGTGCGTGCAAGTGCCAGACTTGTAGCGTTTATGGTTTA
TTCTTCACACA
AAAAAAA

QA 5 675 5 675
DS 

RD RR1AT01TF 700 0 0
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AGATCGAAATGACAACAGTTCCAGGACAGCTGGTGTGGGAGATCGTGAAGAGAAACAACT
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ACAACCTCTACAACCTCAACTCTTACAAGCACTCTGGTTTGGCAAACAAGAAGACGGTGA
CCATTCAGCCAGCTGACAAGGATCAAGGTGTGGTACTTGGAACCACCAAGACCAAGAAGC
AAAACAAGCCAAAGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCCAGGATGG
CCAAAGCTGTTGCCAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAAAAGGCAG
CGCTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAAGGCCTCAGAGCCGCCAAGTCTGGCCCCAAGA
GGAGGAACAGACAGGCTTGAAGAATCCGCCATTGAATGAAATATTTTTCTTCTAAATAAG
CTCGTTTTGAGTGTTTCAGACAGTGTTTGTAGGTTAAAAGATTGTTCCTGAACAGCTAAA
AGTTTTGTTTGAACCACCTCCCTAGTGCGTGCAAGTGCCAGACTTGTAGCGTTTATGGTT
TATTCTTCACACAGACAAGCAATAATTGCCATCTGATCAT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 2 6

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ACAGCAATGGTAAAATGTAATGACAAAATTCAAAAAAAAACCGACACAAGTGTTTAATAT
GTTGTTTCCTCAGGAGAGTGTCGTATTTTTATTTGTCAACTGGTGGTAAAATCATCACAT
GCACGTTTCTTTAGGGGGAGAGTCTTCAAAGGTTGGTGAAGTCAACAGGCTCACAGAGAA
GCCTCTCCATCTGCTGTGCCCTTGTCCTGATAGACATGTCCAACACCTTTTGTTGAAACT
CTACTATTAACCCTCCGTAGATACTCGGATCAATCTTTTGTTCCACAGTTACTTTCTTCC
CTTCTCCAATAATCTCCTGGAGTGTCTCCTTCAGCTCCTTCTCCTCAGCAGGGGGAAGCG
GCATGACAGTGGTAACCAAAACCTTGACATCTCCTCTATGCGCTGTTGTCAGCTGCATGA
ATTTTTTCACAATCACGTCCAAATTCTTCAGCTTCCCGTTCTCAGCTAACAGAGAGAGAA
AGTTCTTGGTGGGTTCTGCAAACTTGGCTTTATCACAAACATCCACGATAGCAGCGAGTC
TCGTCTCTCTAGGAACAGAGGGATCTTTAGTGAACTGCGAAAAAATAGGGCTCGTCTTCA
TAGCCTCGACCAGCTCAGAGAGATCAGACTCGATCTTCTCCAAGGAGTTCATTTTCACAG
CTGCAATGTACAGCCACGAGGCGAAGTTGCCAGATTCACCAACTAAAGCCACAGGCACCT
TAACATTGGCGGTCTTCTGAGCCGAAGCTGTTGCGTAATCTCTCAACGAGGGGATGAGCG
GCGCTCCACGGAGGTGAGATCTAGCAGATGAGACGGAGATGGTCTTGAAGAAGGAGATCC
CGGATCTGATACGACCAGCCAACGCCATTTTTTTGTTGTTGTTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AB48JQ U 65
AF RR1EI63JQ U 1
AF RR1AB48TF C 271
AF RR1EI63TF C 271
BS 1 92 RR1EI63JQ
BS 93 93 RR1AB48JQ
BS 94 234 RR1EI63JQ
BS 235 235 RR1AB48JQ
BS 236 770 RR1EI63JQ
BS 771 947 RR1AB48TF

RD RR1AB48JQ 612 0 0
CAATG
GTAAAATGTAATGACAAAATTCAAAAAAAAACCGACACAAGTGTTTAATATGTTGTTTCC
TCAGGAGAGTGTCGTATTTTTATTTGTCAACTGGTGGTAAAATCATCACATGCACGTTTC
TTTAGGGGGAGAGTCTTCAAAGGTTGGTGAAGTCAACAGGCTCACAGAGAAGCCTCTCCA
TCTGCTGTGCCCTTGTCCTGATAGACATGTCCAACACCTTTTGTTGAAACTCTACTATTA
ACCCTCCGTAAATACTCGGATCAATCTTTTGTTCCACAGTTACTTTCTTCCCTTCTCCAA
TAATCTCCTGGAGTGTCTCCTTCAGCTCCTTCTCCTCAGCAGGGGGAAGCGGCATGACAG
TGGTAACCAAAACCTTGACATCTCCTCTATGCGCTGTTGTCAGCTGCATGAATTTTTTCA
CAATCACGTCCAAATTCTTCAGCTTCCCGTTCTCAGCTAACAGAGAGAGAAAGTTCTTGG
TGGGTTCTGCAAACTTGGCTTTATCACAAACATCCACGATAGCAGCGAGTCTCGTCTCTC
TAGGAACAGAGGGATCTTTAGTGAACTGCGAAAAAATAGGGCTCGTCTTCATAGCCTCGA
CCAGCTC

QA 6 612 6 612
DS 

RD RR1EI63JQ 770 0 0
AATCGTAAACCCAAATATCATTCAAATTTGATGTCTTCAAAAGCTTATTTCGAAGCAAAA
ACAGCAATGGTAAAATGTAATGACAAAATTCAGAAAAAAACCGACACAAGTGTTTAATAT
GTTGTTTCCTCAGGAGAGTGTCGTATTTTTATTTGTCAACTGGTGGTAAAATCATCACAT
GCACGTTTCTTTAGGGGGAGAGTCTTCAAAGGTTGGTGAAGTCAACAGGCTCACGGAGAA
GCCTCTCCATCTGCTGTGCCCTTGTCCTGATAGACATGTCCAACACCTTTTGTTGAAACT
CTACTATTAACCCTCCGTAGATACTCGGATCAATCTTTTGTTCCACAGTTACTTTCTTCC
CTTCTCCAATAATCTCCTGGAGTGTCTCCTTCAGCTCCTTCTCCTCAGCAGGGGGAAGCG
GCATGACAGTGGTAACCAAAACCTTGACATCTCCTCTATGCGCTGTTGTCAGCTGCATGA
ATTTTTTCACAATCACGTCCAAATTCTTCAGCTTCCCGTTCTCAGCTAACAGAGAGAGAA
AGTTCTTGGTGGGTTCTGCAAACTTGGCTTTATCACAAACATCCACGATAGCAGCGAGTC
TCGTCTCTCTAGGAACAGAGGGATCTTTAGTGAACTGCGAAAAAATAGGGCTCGTCTTCA
TAGCCTCGACCAGCTCAGAGAGATCAGACTCGATCTTCTCCAAGGAGTTCATTTTCACAG
CTGCAATGTACAGCCACGAGGCGAAGTTGCCAGATTCACCAACTAAAGCC

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1AB48TF 677 0 0
TAGACATGTCCAACACCTTTTGTTGAAACTCTACTATTAACCCTCCGTAGATACTCGGAT
CAATCTTTTGTTCCACAGTTACTTTCTTCCCTTCTCCAATAATCTCCTGGAGTGTCTCCT
TCAGCTCCTTCTCCTCAGCAGGGGGAAGCGGCATGACAGTGGTAACCAAAACCTTGACAT
CTCCTCTATGCGCTGTTGTCAGCTGCATGAATTTTTTCACAATCACGTCCAAATTCTTCA
GCTTCCCGTTCTCAGCTAACAGAGAGAGAAAGTTCTTGGTGGGTTCTGCAAACTTGGCTT
TATCACAAACATCCACGATAGCAGCGAGTCTCGTCTCTCTAGGAACAGAGGGATCTTTAG
TGAACTGCGAAAAAATAGGGCTCGTCTTCATAGCCTCGACCAGCTCAGAGAGATCAGACT
CGATCTTCTCCAAGGAGTTCATTTTCACAGCTGCAATGTACAGCCACGAGGCGAAGTTGC
CAGATTCACCAACTAAAGCCACAGGCACCTTAACATTGGCGGTCTTCTGAGCCGAAGCTG
TTGCGTAATCTCTCAACGAGGGGATGAGCGGCGCTCCACGGAGGTGAGATCTAGCAGATG
AGACGGAGATGGTCTTGAAGAAGGAGATCCCGGATCTGATACGACCAGCCAACGCCATTT
TTTTGTTGTTGTTGCCC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1EI63TF 675 0 0
TAGACATGTCCAACAC*TTTTGTTGAAACTCTACTATTAACCCTCCGTAGATACTCGGAT
CAATCTTTTGTTCCACAGTTACTTTCTTCCCTTCTCCAATAATCTCCTGGAGTGTCTCCT
TCAGCTCCTTCTCCTCAGCAGGGGGAAGCGGCATGACAGTGGTAACCAAAACCTTGACAT
CTCCTCTATGCGCTGTTGTCAGCTGCATGAATTTTTTCACAATCACGTCCAAATTCTTCA
GCTTCCCGTTCTCAGCTAACAGAGAGAGAAAGTTCTTGGTGGGTTCTGCAAACTTGGCTT
TATCACAAACATCCACGATAGCAGCGAGTCTCGTCTCTCTAGGAACAGAGGGATCTTTAG
TGAACTGCGAAAAAATAGGGCTCGTCTTCATAGCCTCGACCAGCTCAGAGAGATCAGACT
CGATCTTCTCCAAGGAGTTCATTTTCACAGCTGCAATGTACAGCCACGAGGCGAAGTTGC
CAGATTCACCAACTAAAGCCACAGGCACCTTAACATTGGCGGTCTTCTGAGCCGAAGCTG
TTGCGTAATCTCTCAACGAGGGGATGAGCGGCGCTCCACGGAGGTGAGATCTAGCAGATG
AGACGGAGATGGTCTTGAAGAAGGAGATCCCGGATCTGATACGACCAGCCAACGCCATTT
TT
TTGTTGTTGTTCC

QA 1 662 1 662
DS 



CO CL1107Contig2 973 2 2 U
GTGATACTCTCATTTGCTAGGGTTCGAATCAGATTATCTGCAACAACAAAAATGGCGTTG
GCTGGTCGTATCAGATCCGGGATCTCCTTCTTCAAGACCACCTCCGTCCCATCCGCTAGA
TCTCACCTCCGTGGAGCGCCGCTCATCCCCGCGTTGAGAGATTACGCAACAGATTCGGCT
CAGAAGACCGCCAATGTTAAGGTGCCTGTGGCTTTAGTTGGTGAATCTGGCAACTTCGCC
TCGTGGCTGTACATAGCAGCAGTGAAAATGAACTCCTTGGAGAAGATCGAGTCTGATCTC
TCCGAGCTCGTCGAGGCTATGAAGACGAGCCCTATTTTTTCGCAGTTCACTAAAGATCCC
TCTGTTCCTAGAGAGACGAGACTCGCTGCTATCGTGGATGTTTGTGATAAAGCCAAGTTT
GCAGAACCCACCAAGAACTTTCTCTCTCTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAATTTG
GATGTGATTGTCAAAAAATTCATGCAGTTGACGACAGCACATAGAGGGGATGTCAAGGTT
TTGGTTACCACTGTCATGCCGCTTCCCCCTGCTGAGGAAAAGGAGTTGAAGGAGACACTC
CAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGTAACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTATC
TACGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAAAAGGTGTTGGACATGTCTATCAGGACAAGG
GCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGAGCCTGTTGACTTCACCAACCTCTGAAGAAAT
TTCCCACAAGAAACGTTCTTCTGATGATTTTACCACCAGTTGACAAATAAAATATGACAC
TGTCCTGAGAAACAACATATAAACACTTGTGTCGGTTTGTTTGAATTTTGTCATTTCATT
TTACAGTTGTTTTTGCTTCGAAATAAGCTTTTGAAGACATCAAATTTCAATGATATCTGA
GTTTACGTTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G322TF U 1
AF RR1G322JQ C 450
BS 1 616 RR1G322TF
BS 617 973 RR1G322JQ

RD RR1G322TF 616 0 0
GTGATACTCTCATTTGCTAGGGTTCGAATCAGATTATCTGCAACAACAAAAATGGCGTTG
GCTGGTCGTATCAGATCCGGGATCTCCTTCTTCAAGACCACCTCCGTCCCATCCGCTAGA
TCTCACCTCCGTGGAGCGCCGCTCATCCCCGCGTTGAGAGATTACGCAACAGATTCGGCT
CAGAAGACCGCCAATGTTAAGGTGCCTGTGGCTTTAGTTGGTGAATCTGGCAACTTCGCC
TCGTGGCTGTACATAGCAGCAGTGAAAATGAACTCCTTGGAGAAGATCGAGTCTGATCTC
TCCGAGCTCGTCGAGGCTATGAAGACGAGCCCTATTTTTTCGCAGTTCACTAAAGATCCC
TCTGTTCCTAGAGAGACGAGACTCGCTGCTATCGTGGATGTTTGTGATAAAGCCAAGTTT
GCAGAACCCACCAAGAACTTTCTCTCTCTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAATTTG
GATGTGATTGTCAAAAAATTCATGCAGTTGACGACAGCACATAGAGGGGATGTCAAGGTT
TTGGTTACCACTGTCATGCCGCTTCCCCCTGCTGAGGAAAAGGAGTTGAAGGAGACACTC
CAGGAGATAATTGGAG

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1G322JQ 524 0 0
GTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAATTTGGATGTGATTGTCAAAAAATTCATGCAGTT
GACGACAGCACATAGAGGGGATGTCAAGGTTTTGGTTACCACTGTCATGCCGCTTCCCCC
TGCTGAGGAAAAGGAGTTGAAGGAGACACTCCAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGT
AACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTATCTACGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACA
AAAGGTGTTGGACATGTCTATCAGGACAAGGGCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGA
GCCTGTTGACTTCACCAACCTCTGAAGAAATTTCCCACAAGAAACGTTCTTCTGATGATT
TTACCACCAGTTGACAAATAAAATATGACACTGTCCTGAGAAACAACATATAAACACTTG
TGTCGGTTTGTTTGAATTTTGTCATTTCATTTTACAGTTGTTTTTGCTTCGAAATAAGCT
TTTGAAGACATCAAATTTCAATGATATCTGAGTTTACGTTTGAG

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 7

CO CL1108Contig1 871 7 18 U
GGATTGCCGGTGTTGACATTGATCAGATCGGCGACGAAAATGGGAAACACGAGAATCTCG
ATCTTCATTTTGTCGTGTGTATCCTTACTCTCCCTAGTCAAAGCTCTTTCTAACGAACCA
GAACTTGGCTCAGCTCGTGTCGTCTTCCAGACTAGTTATGGGGATATCGAGTTTGGGTTC
TATCCCACGGTTGCGCCAAAGACGGTGGATCACATCTTCAAGCTCGTTCGTTTAGGTGGA
TACAATACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTTGTTGCTCAAGTTGCTGACGTG
GCGAGTGGAAGATCAGCCCCGATGAACGAGGAGCAAAGGAAAGAAGCTGAGAAGACTATT
GTTGGAGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCACTCTTTCCATGGGAAGATATGAA
GATCCAAACAGTGCACAATCTTCATTTTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCATCTTGAT
CGTCAGTACGCTGTGTTTGGTAAAGTGACTAAAGGTGATGAAACATTGAGGAAGCTAGAA
GAAGTTCCTACTCGCCGCGAGGGGATTTTTGTAATGCCGACGGAGAGGATCACAATTTTG
TCGACATACTACTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGCTCTGTCCTGAAA
AGAAGGCTTGAAGCATCTTTTGTTGAGGTCGAAAGACAGAGAATGAAGTGCTTCCCGTGA
AACTGTGTTGTTAATGACTTTTTTTCTAAGTAAAGAACTGTTCATAAACAGAGCCTAAAA
CAAAGTTAAAGCCGACATCTTTGTTTCATTTGGTGTAAGTGTAACTCACGATTCTAAGAC
ACATATTCATTAGTTTTTGAGTCTAAGCCGC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 10 
10 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX42TF U 4
AF RR1D806TF U 4
AF RR1AX14TF U 1
AF RR1EJ40TF U 1
AF RR1D806JQ C 111
AF RR1EJ40JQ C 269
AF RR1DX42JQ C 396
BS 1 17 RR1AX14TF
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BS 19 457 RR1AX14TF
BS 458 458 RR1D806TF
BS 459 660 RR1AX14TF
BS 661 661 RR1EJ40TF
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BS 666 773 RR1AX14TF
BS 774 779 RR1EJ40TF
BS 780 782 RR1D806JQ
BS 783 786 RR1EJ40TF
BS 787 787 RR1D806JQ
BS 788 805 RR1EJ40TF
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BS 807 817 RR1EJ40TF
BS 818 850 RR1D806JQ
BS 851 871 RR1DX42JQ

RD RR1DX42TF 557 0 0
GG
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CACGGTTGCGCCAAAGACGGTGGATCACATCTTCAAGCTCGTTCGTTTAGGTGGATACAA
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TCCTACTCGCCGCGA

QA 3 557 3 557
DS 

RD RR1D806TF 652 0 0
GG
GCCGGTGTTGACTTTGATCAGATCGGCGACGAAAATGGGAAACACGAGAATCTCGATCTT
CATTTTGTCGTGTGTATCCTTACTCTCCCTAGTCAAAGCTCTTTCTAACGAACCAGAACT
TGGCTCAGCTCGTGTCGTCTTCCAGACTAGTTATGGGGATATCGAGTTTGGGTTCTATCC
CACGGTTGCGCCAAAGACGGTGGATCACATCTTCAAGCTCGTTCGTTTAGGTGGATACAA
TACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTTGTTGCTCAAGTTGCTGACGTGGCGAG
TGGAAGATCAGCCCCGATGAACGAGGAGCAAAGGAAAGAAGCTGAGAAGACTATTGTTGG
AGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCACTCTTTCCATGGGAAGATATGAAGATCC
AAACAGTGCACAATCTTCATTTTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCATCTTGATCGTCA
GTACGCTGTGTTTGGTAAAGTGACTAAAGGTGATGAAACATTGAGGAAGCTAGAAGAAGT
TCCTACTCGCCGCGAGGGGATTTTTGTAATGCCGACGGAGAGGATCACAATTTTGTCGAC
ATACTACTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGCTCTGTCC

QA 3 652 3 652
DS 

RD RR1AX14TF 773 0 0
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ATCTTCATTTTGTCGTGTGTATCCTTACTCTCCCTAGTCAAAGCTCTTTCTAACGAACCA
GAACTTGGCTCAGCTCGTGTCGTCTTCCAGACTAGTTATGGGGATATCGAGTTTGGGTTC
TATCCCACGGTTGCGCCAAAGACGGTGGATCACATCTTCAAGCTCGTTCGTTTAGGTGGA
TACAATACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTTGTTGCTCAAGTTGCTGACGTG
GCGAGTGGAAGATCAGCCCCGATGAACGAGGAGCAAAGGAAAGAAGCTGAGAAGACTATT
GTTGGAGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCACTCTTTCCATGGGAAGATATGAA
GATCCAAACAGTGCACAATCTTCATTTTCGATGCTTCGTGGTGATGCTCCTCATCTTGAT
CGTCAGTACGCTGTGTTTGGTAAAGTGACTAAAGGTGATGAAACATTGAGGAAGCTAGAA
GAAGTTCCTACTCGCCGCGAGGGGATTTTTGTAATGCCGACGGAGAGGATCACAATTTTG
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TGAAAGCTTGAAGCATCTTTTGTTGAGGTCGAAAGACAGAGAATGAAGTGCTTCCCGTGA
AACTGTGTTGTTAATGACTTTTTTTCTAAGTAAAGAACTGTTCATAAACAGAG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1EJ40TF 830 0 0
GGATT
GCCGGTGTTGACATTGATCAGATCGGCGACGAAAATGGGAAACACGAGAATCTCGATCTT
CATTTTGTCGTGTGTATCCTTACTCTCCCTAGTCAAAGCTCTTTCTAACGAACCAGAACT
TGGCTCAGCTCGTGTCGTCTTCCAGACTAGTTATGGGGATATCGAGTTTGGGTTCTATCC
CACGGTTGCACCAAAGACGGTGGATCACATCTTCAAGCTCGTTCGTTTAGGTGGATACAA
CACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTTGTTGCTCAAGTTGCTGACGTGGCGAG
TGGAAGATCAGCCCCGATGAACGAGGAGCAAAGGAAAGAAGCTGAGAAGACTATTGTTGG
AGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCACTCTTTCCATGGGAAGATATGAAGATCC
AAACAGTGCACAATCTTCATTTTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCATCTTGATCGTCA
GTACGCTGTGTTTGGTAAAGTGACTAAAGGTGATGAAACATTGAGGAAGCTAGAAGAAGT
TCCTACTCGCCGCGAGGGGATTTTTGTAATGCCGACGGAGAGGATCACAATTTTGTCGAC
ATACTACTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGCTCTGTCCTGAAAAGAA*
GCTTGAAGCATCTTTTGTTGAGGTCGAAAGACAGAGAATGAAGTGCTTCCCGTGAAACTG
TGTTGTTAATGACTTTTTT*CTAAGTAAAGAACTGTTCATAAACAGAGCCTAAAC**AAG
T*AAAGCCGACATCTTTGTT*CATTTGGTGTA
GTGTACTCACGAT

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DS 

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GTTTGGGTTCTATCCCACGGTTGCGCCAAAGACGGTGGATCACATCTTCAAGCTCGTTCG
TTTAGGTGGATACAATACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTTGTTGCTCAAGT
TGCTGACGTGGCGAGTGGAAGATCAGCCCCGATGAACGAGGAGCAAAGGAAAGAAGCTGA
GAAGACTATTGTTGGAGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCACTCTTTCCATGGG
AAGATATGAAGATCCAAACAGTGCACAATCTTCATTTTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCC
TCATCTTGATCGTCAGTACGCTGTGTTTGGTAAAGTGACTAAAGGTGATGAAACATTGAG
GAAGCTAGAAGAAGTTCCTACTCGCCGCGAGGGGATTTTTGTAATGCCGACGGAGAGGAT
CACAATTTTGTCGACATACTACTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGCTC
TGTCCTGAAAAGAAGGCTTGAAGCATCTTTTGTTGAGGTCGAAAGACAGAGAATGAAGTG
CTTCCCGTGAAACTGTGTTGTTAATGACTTTTTTTCTAAGTAAAGAACTGTTCATAAACA
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ATTCTAAGACACATATTCAT
T

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DS 

RD RR1EJ40JQ 583 0 0
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TCAGAGGCACTCTTTCCATGGGAAGATATGAAGATCCAAACAGTGCACAATCTTCATTTT
CGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCATCTTGATCGTCAGTACGCTGTGTTTGGTAAAGTGA
CTAAAGGTGATGAAACATTGAGGAAGCTAGAAGAAGTTCCTACTCGCCGCGAGGGGATTT
TTGTAATGCCGACGGAGAGGATCACAATTTTGTCGACATACTACTACGACACTAAGATGG
AGAGCTGTGAAGAGGAGAGCTCTGTCCTGAAAAGAAGGCTTGAAGCATCTTTTGTTGAGG
TCGAAAGACAGAGAATGAAGTGCTTCCCGTGAAACTGTGTTGTTAATGACTTTTTTTCTA
AGTAAAGAACTGTTCATAAACAGAGCCTAAAACAAAGTTAAAGCCGACATCTTTGTTTCA
TTTGGTGTAAGTGTAACTCACGATTCTAAGACACATATTCAT
C

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1DX42JQ 476 0 0
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TCTTGGTGATGCTCCTCATCTTGATCGTCAGTACGCTGTGTTTGGTAAAGTGACTAAAGG
TGATGAAACATTGAGGAATCTAGAAGAAGTTCCTACTCGCCGCGAGGGGATTTTTGTAAT
GCCGACGGAGAGGATCACAATTTTGTCGACATACTACTACGACACTAAGATGGAGAGCTG
TGAAGAGGAGAGCTCTGTCCTGAAAAGAAGGCTTGAAGCATCTTTTGTTGAGGTCGAAAG
ACAGAGAATGGAGTGCTTCCCGTGAAACTGTGTTGTTAATGACTTTTTTTCTAAGTAAAG
AACTGTTCATAAACAGAGCCTAAAACAAAGTTAAAGCCGACATCTTTGTTTCATTTGGTG
TAAGTGTAACTCACGATTCTAAGACACATATTCATTAGTTTTTGAGTCTAAGCCGC

QA 1 476 1 476
DS 



AS 1 7

CO CL1109Contig1 634 7 7 U
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GTAGCCAAGGAGATCACCACAGAAGAAACCGCTGAGAAGCAGAACCAGACGGGGACCACT
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GCAGCAGCAACTGAGAAAGTTGAGAACGTCGTGGCTGCAACAGAAAACGTTGAGGCGGTT
GCGGTGAAAGAGGCTGAGGCCGAACCAGTGAAGGAAGAGAAAGAAGTTGTTGTCACCGTT
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TTGCTACTACATGATTTAATTAATTGGCTTTGGTTTTTCTTTGTGTGTCATAATAATTCT
TCTTTGATTCATTTAAATATAAATCAGTTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 30 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1CG03JQ C 1
AF RR1CG03TF U 1
AF RR1C335TF U 2
AF RR1GB15JQ C 8
AF RR1GV85JQ C 431
AF RR1GV85TF U 431
AF RR1GB15TF U 8
BS 1 9 RR1CG03JQ
BS 10 232 RR1CG03TF
BS 233 233 RR1C335TF
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RD RR1CG03JQ 549 0 0
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TGATTGGATTAAAAATGTGAAAATATTTTGAACGTTGCTGTAAA*CCCCCTTGATTTGAT
TTGTTACTA

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1CG03TF 576 0 0
GGAATCCTC
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TAAAAATGTGAAAATATTTTGAACGTTGCTGTAAA*CCACCTTGATTTGATTTGCTACTA
CATGATTTAATTAATTGGCTTTGGTTT

QA 10 576 10 576
DS 

RD RR1C335TF 577 0 0
GGATCCTC
GGGTCGACAATAATAAATCGCAAAGCAAAATAATTTTTTACACTCCACAGCCTAAACCCA
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TAAAAATGTGAAAATATTTTGAACGTTGCTGTAAAACCACCTTGATTTGATTTGCTACTA
CATGATTTAATTAATTGGCTTTGGTT
GTT

QA 9 574 9 574
DS 

RD RR1GB15JQ 627 0 0
GG
GGGTCGACAATAATAAATCGCAAAGCAAAATAATTTTTTACACTCCACAGCCTAAACCCA
ACCCTAAACCACAAAAACAATAAATAAATAATGGGTGGCTGTGCGAGTAGACCCAAGGAG
TCAGACATGAACAACGAAGGCTCTGTTCCTAAGCCTGTGTCTGAAGACGTAGTAGCCAAG
GAGATCACCACAGAAGAAACCGCTGAGAAGCAGAACCAGACGGGGACCACTGAAACAACT
CCTGAGGAAACTAAGGAGACATCTGAGGTCGAACCGACCAAGGAAACAGCTCCTACTGCT
GAAGCAGAGGTTGCAGCAGCCGTGGAAGAGTCATCTTCTGCTGGTGAGGTTGCAGCAGCA
ACTGAGAAAGTTGAGAACGTCGTGGCTACAACAGAAAACGTTGAGGCGGTTGCGGTGAAA
GAGGCTGAGGC*GAACCAGTGAAGGAAGAGAAAGAAGTTGTTGTCACCGTTTGATTGGAT
TAAAAATGTGAAAATATTTTGAACGTTACTGTAAA*CCACCTTGATTTGATTTGCTACTA
CATGATTTAATTAATTGGCTTTGGTTTTTCTTTGTGTGTCATAATAATTCTTCTTTGATT
CATTTAAATATAAATCAGTTTTGCC

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR1GV85JQ 204 0 0
G
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QA 2 204 2 204
DS 

RD RR1GV85TF 204 0 0
G
GGCTGAGGCCGAACCAGTGAAGGAAGAGAAAGAAGTTGTTGTCACCGTTTGATTGGATTA
AAAATGTGAAAATATTTTGAACGTTGCTGTAAA*CCACCTTGATTTGATTTGCTACTACA
TGATTTAATTAATTGGCTTTGGTTTTTCTTTGTGTGTCATAATAATTCTTCTTTGATTCA
TTTAAATATAAATCAGTTTTGCC

QA 2 204 2 204
DS 

RD RR1GB15TF 627 0 0
GG
GGGTCGACAATAATAAATCGCAAAGCAAAATAATTTTTTACACTCCACAGCCTAAACCCA
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CATGATTTAATTAATTGGCTTTGGTTTTTCTTTGTGTGTCATAATAATTCTTCTTTGATT
CATTTAAATATAAATCAGTTTTGCC

QA 3 627 3 627
DS 



AS 1 6

CO CL1110Contig1 1140 6 25 U
GAAACATTCTTTGAATCTTCTATCTTCTCTTCTATAATAATGATCTTGAAACCACTTCAC
ATGGGAGAGACATAACACAAACCCCACTTGGCTCCAATAATTCAAAAGATCTCACTTTCT
CACTTTCTGACCGAGGCTCCAATGAGATCGGCTCAAGAAGAGATGGATCTTGAGGAATGG
GAGTTACTCCCCAGTCCCAAGAACAGCTTCAAGGATCTTGATCACGACGAGGATCATCAT
GGAGGCATGGTGATGGACTACTTCCTCTGTCCATCTGCTCAACAAGAACCTCTCCACAAG
GTAGAGTCTCCTCCAAGATCCAAAGTGATCCCCACAAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCT
TGGGAACCCGTGTTGGATCACGAGAACAAGAAGATATCTAATGACCCGGATCCAACACAA
ACCCTTTTGACGGACTCTGTTCTGTCACCAACAGTATCCTTCAAGAAAACGAAGGAAACC
GAATTTGCCGACATGAAAGTGGACCCACCAGCAAGGATCACGAGTCCTGTGTCTTTGATC
GATGCTGCGAAACCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGATGACGTGCGAGAGAAGAAAGAAGAT
GATGATGTGAGGAGTGATCATGGTGGTGGTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGTCTG
AATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCTGCAGCTACCGTGTGTGTC
TTATTCCTCGGACACAACGACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAGCTTAGGTTT
CAGTTTTACTCCGATGATAACAAGCAGATGAGGGAAGCTGTGAATCATGCAACAAAGGTC
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GGTTACTACGATGGACTTTGAATTTCAGCCATCGATAATCCTCTATGGAATCATGGGGTC
AGCTCGAGCCTACATCACCCACCAGCTTCTTCATAAGTTCAATAGTTTTTTTTTTTTTT*
*GAAAAGCATAAGTTCAATAGTTAATAGCGTGCATGCATGATTATTGTCTATAAACTTTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV41TF U 1
AF RR1BZ58TF U 72
AF RR1FZ10TF U 131
AF RR1GG80TF U 360
AF RR1BZ58JQ C 402
AF RR1FZ10JQ C 547
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RD RR1EV41TF 767 0 0
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GAGTTACTCCCCAGTCCCAAGAACAGCTTCAAGGATCTTGATCACGACGAGGATCATCAT
GGAGGCATGGTGGTGGACTACTTCCTCTGTCCATCTGCTCAACAAGAACCTCTCCACAAG
GTAGAGTCTCCTCCAAGATCCAAAGTGATCCCCACAAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCT
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AATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCTGCAGCTACCGTGTGTGTC
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CAGAACACAA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1BZ58TF 700 0 0
GG
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TGGACTACTTCCTCTGTCCATCTGCTCAACAAGAACCTCTCCACAAGGTAGAGTCTCCTC
CAAGATCCAAAGTGATCCCCACAAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCTTGGGAACCCGTGT
TGGATCACGAGAACAAGAAGATATCTAATGACCCGGATCCAACACAAACCCTTTTGACGG
ACTCTGTTCTGTCACCAACAGTATCCTTCAAGAAAACGAAGGAAACCGAATTTGCCGACA
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CCTCTGATTCCGAAGGAAGTGATGACGTGCGAGAGAAGAAAGAAGATGATGATGTGAGGA
GTGATCATGGTGGTGGTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGTCTGAATGGGATCGGAG
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ACAACGACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAG

QA 3 700 3 700
DS 

RD RR1FZ10TF 700 0 0
GG
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ATGGACTACTTCCTCTGTCCATCTGCTCAACAAGAACCTCTCCACAAGGTAGAGTCTCCT
CCAAGATCCAAAGTGATCCCCACAAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCTTGGGAACCCGTG
TTGGATCACGAGAACAAGAAGATATCTAATGACCCGGATCCAACACAAACCCTTTTGACG
GACTCTGTTCTGTCACCAACAGTATCCTTCAATAAAACGAAGGAAACCGAATTTGCCGAC
ATGAAAGTGGACCCACCAGCAAGGATCACGAGTCCTGTGTCTTTGATCGATGCTGCGAAA
CCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGATGACGTGCGAGAGAAGAAAGAAGATGATGATGTGAGG
AGTGATCATGGTGGTGGTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGTCTGAATGGGATCGGA
GCAATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCTGCAGCTACCGTGTGTGTCTTATTCCTCGGA
CACAACGACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAGCTTAGGTTTCAGTTTTACTCC
GATGATAACAAGCAGATGAGGGAAGCTGTGAATCATGC

QA 3 700 3 700
DS 

RD RR1GG80TF 764 0 0
G
TGGGAACCCGTGTTGGATCACGAGAACAAGAAGATATCTAATGACCCGGATCCAACACAA
ACCCTTTTGACGGACTCTGTTCTGTCACCAACAGTATCCTTCAAGAAAACGAAGGAAACC
GAATTTGCCGACATGAAAGTGGACCCACCAGCAAGGATCACGAGTCCTGTGTCTTTGATC
GATGCTGCGAAACCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGATGACGTGCGAGAGAAGAAAGAAGAT
GATGATGTGAGGAGTGATCATGGTGGTGGTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGTCTG
AATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCTGCAGCTACCGTGTGTCTC
TTATTCCTCGGACACAACGACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAGCTTAGGTTT
CAGTTTTACTCCGATGATAACAAG***ATGAGGGAAGCTGTGAATCATGCAGCAAAGGTC
AATGAAACAATCTTTGCCATGAAAGGTGTTCCTGTCGTAAGAGCTCAAATATCTTTTGGA
GGTTACTACGATGGACTTTGAATCTCAGCCATCGATAATCCTCTATGGAATCATGGGGTC
AGCTCGAGCCTACATCACCCACCAGCTTCTTCATAAGTTCAATAGTTTTTTTTTTTTTTT
TGAAAAGCATAAGTTCAATAGTTAATAGCGTGCATGCATGATTATTGTCTATAAACTTTG
TAA*TCAACTTATTTTGTTAAAA*TCAGATTTGTTAATATATC

QA 2 764 2 764
DS 

RD RR1BZ58JQ 727 0 0
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CAAGAAAACGAAGGAAACCGAATTTGCCGACATGAAAGTGGACCCACCAGCAAGGATCAC
GAGTCCTGTGTCTTTGATCGATGCTGCGAAACCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGATGACGT
GCGAGAGAAGAAAGAAGATGATGATGTGAGGAGTGATCATGGTGGTGGTGAGAAGGCTAA
TCTGTGGAAGATTGGTTTGAATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGC
TGCAGCTACCGTGTGTGTTTTATTCCTCGGACACAACGACATCAAAGTTTGTAAGAACAA
GAACCACAAGCTTAGGTTTCAGTTTTACTCCGATGATAACAAG***ATGAGGGAAGCTGT
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AGCTCAAATATCTTTTGGAGGTTACTACGATGGACTTTGAATTTCAGCCATCGATAATCC
TCTATGGAATCATGGGGTCAGCTCGAGCCTACATCACCCACCAGCTTTTTCATAAGTTCA
ATAGTTTTTTTTTTTTT***GAAAAGCATAAGTTCAATAGTTAATAGCGTGCATGCATGA
TTATTGTCTATAAACTTTGTAAATCAACTTATTTTGTTAAAAATCAGATTTGTTAATATA
TC
ATCGG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1FZ10JQ 594 0 0
GCGAAACCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGATGACGTGCGAGAGAAGAAAGAAGATGATGAT
GTGAGGAGTGATCATGGTGGTGGTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGTCTGAATGGG
ATCGGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCTGCAGCTACCGTGTGTGTCTTATTC
CTCGGACACAACGACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAGCTTAGGTTTCAGTTT
TACTCCGATGATAACAAGCAGATGAGGGAAGCTGTGAATCATGCAACAAAGGTCAATGAA
GCAAGCTTTGCCATGAAAGGTGTTCCTGTCGTAAGAGCTCAAATATCTTTTGGAGGTTAC
TACGATGGACTTTGAATTTCAGCCATCGATAATCCTCTATGGAATCATGGGGTCAGCTCG
AGCCTACATCACCCACCAGCTTCTTCATAAGTTCAATAGTTTTTTTTTTTTTT**GAAAA
GCATAAGTTCAATAGTTAATAGCGTGCATGCATGATTATTGTCTATAAACTTTGTAAATC
AACTTATTTTGTTAAAAATCAGATTTGTTAATATATCATCGTAAAATGTCAACT

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 6

CO CL1111Contig1 1446 6 4 U
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TTGTAAAACGCAAATATACAGTTGACGTAGAGTGAGAGAGAAACAAGAAAGAAATTAAAG
AAGAGGTTCCTTGTAGATCAAGAAATTACAATGAGGAAAATCAAATCTCAGGCTGCATTT
TCTCGCACTCTTCACGGATCGACTGGAAAAGCATTGTCGAGAGGTAACGTTCCCCAAAGC
TCGGGAACACAACAGCTATGAGTTTCCCGGCGTTTTCAGGTCTCTTTGCGACCTGGATTG
CAGCAGCAGCAGCAGCTCCAGAAGATATACCAACCAACAAGCCTTCTTGTAGAGCAAGTT
GCTTTGCGGTTTCAATAGCTTCATCACTGGAAATCGCTATGTATTCATCGACAATAGTCT
GATCCAAATTCTTAGGAATAAATCCAGCTCCAATCCCTTGAATCTTGTGAGGTCCTGGTT
TTCCTCCAGCAAGTATGGCGCTTTCCGTTGGTTCAACACCAATAACCTTGAGTTCAGGTT
TTCTTTCTTTAATGTATCGACCAACACCAGTAATGGTTCCACCAGTTCCAATTCCAGCAA
CCAATATATCCACTTTCCCTCTTGTATCTTCCCAAATCTCAGGACCAGTAGTCTCGTAAT
GAATCTTGGGATTGGCTGGGTTGTCAAACTGTTGGAGCATGTAGGAGTTGGGAGTGTTCT
TCAAGATCTCTTCAGCCTTCTGAATAGCTCCGGTCATGCCTTTTGCAGGTTCGGTCAACA
CAAGCTCAGCTCCAAACGCCCTCAAAAGAACCCTTCTTTCCAAACTCATGGACGCAGGCA
TCGTCAAGATAAGTTTGTATCCTTTCGAAGCGGCAATAAACGCAAGACCAATCCCTGTGT
TTCCACTTGTAGATTCCACTAGCACACTCTTTCCAGGTGTGATAAGTCCTTTCTCCTCAG
CATCAGTAATCATACTATACCCAATCCTATCCTTGACACTGCAACATGGTTCCATGATCT
CAAGCTTAGCAGCAACACTTGCAACAGAGCCCTTGACTATATTGTTCAAGTACACCATAG
GAGTTTTCCCAATAAGCTGAGCGGCATTCTCAGCGATATTGAGCCCTTCAACACCAGCTT
CGACCTTTGCAGAGACAGCCTTGCACACGACAACAACATCGCTACACCTCTGGCTCTTGA
GAGCGAGAGAAGCAGGGGGAGAATCGAAAGTAGCCGCCTTTCTAGAGGATAAGGAGAGAG
AGGAGTGATTGAAAGGACGGTGGCGAGAAGTCAACGGATTAAGGAGGAAAGCAGAGGAAG
AAGATGTAGCAGCAGCCATGGTTTGATCTCTCTTTCGTCCTCACTTTCCCAATATCACAA
AGATAAGTAAAGAGAGATGCTTTTCTCTCTCTCCTTTGAAGAAGAGTCGCTCTACTGTAG
CTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

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AF RR1GD05JQ U 1
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GGGATTGGCAGGGTTGTCAAACTGTTGGA

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AGCAAGTATGGCGCTTTCCGTTGGTTCAACACCAATAACCTTGAGTTCAGGTTTTCTTTC
TTTAATGTATCGACCAACACCAGTAATGGTTCCACCAGTTCCAATTCCAGCAACCAATAT
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GATCCAAATTCTTAGGAATAAATCCAGCTCCAATCCCTTGAATCTTGTGAGGTCCTGGTT
TTCCTCCAGCAAGTATGGCGCTTTCCGTTGGTTCAACACCAATAACCTTGAGTTCAGGTT
TTCTTTCTTTAATGTATCGACCAACACCAGTAATGGTTCCACCAGTTCCAATTCCAGCAA
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CC

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CC

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ATGCCTTTTGCAGGTTCGGTCAACACAAGCTCAGCTCCAAACGCCCTCAAAAGAACCCTT
CTTTCCAAACTCATGGACGCAGGCATCGTCAAGATAAGTTTGTATCCTTTCGAAGCGGCA
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ATATTGAGCCCTTCAACACCAGCTTCGACCTTTGCAGAGACAGCCTTGCACACGACAACA
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CGTCCTCACTTTCCCAATATCACAAAGATAAGTAAAGAGAGATGCTTTTCTCTCTCTCCT
TTGAAGAAGAGTCGCTCTACTGTAGCTATCC

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DS 



AS 1 6

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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CO03TF U 1
AF RR1DT36TF U 1
AF RR1EF68JQ C 127
AF RR1EF68TF U 127
AF RR1DT36JQ C 213
AF RR1CO03JQ C 218
BS 1 778 RR1CO03TF
BS 779 789 RR1EF68TF
BS 790 804 RR1EF68JQ
BS 805 831 RR1DT36JQ

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TTACATGAGAGCATCTGTTGACACAGAAGTGTTCTTGAGAGGGAAGAAGCAGATTGAAAC
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TTGATCTATCTTTTAGATTCCTCACTTTGTTTGTTGTTTGAACCATCTTGTTCCACTTGT
TTCTAGTTTTGTCCTTGTAGAATAGCTCTGTCTTTTCCACAGCTGTTGTTCGTTTCGT
ACTT

QA 1 778 1 778
DS 

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GCATAATAAGAAGAATAGGTTGGGTCTTCATCTCGTGGAGGACTTTAGGGTCACGCCCAT
GAAGCTTTCTGATGTCAAAGATACGTTGATCATGAGGAAGTTCGGGTCCGTTGAGCCTGA
TAACTACTGGTACAGAGTTTGCGAAGGAGATGCAGAATCTGTTGTTAAAAGACCCTGGCA
TCTTCTGTGGAAGTCAAGAAGGTTGATGGAGATTGTCTCTGCCATTGCGTCCAGGTTAAA
CTGGGATTACGATGCGGTACACATTGAGAGAGGGGAGAAAGCAAGAAACACGGAGCTTTG
GCCTAATCTTGATAAAGATACTTCTCCGAGTGCTCTCTTGTCGACCTTGCAGGACAAAGT
AGAAGAAGGAAGGAATCTCTACATCGCAACAAATGAAGGGGAGCTATCATTCTTCAATCC
TTTGAAAGACAAGTACGCTACTCATTTCCTTGACGAGTACAAAGATTTGTGGGACGAGAG
CAGCGAGTGGTATTCGGAGACCACAAAGCTTAATGGAGGCAACCCGGTCGAGTTTGACGG
TTACATGAGAGCATCTGTTGACACAGAAGTGTTCTTGAGAGGGAAGAAGCAGATTGAAAC
ATTCAATGATCTTACAAACGACTGCAAAGATGGAGTTGGGACTTGCAACGTTGCAGCTAC
TTGATCTATCTTTTAGATTCCTCACTTTGTTTGTTGTTTGAACCATCTTGTTCCACTTGT
TTCTAGTTTTGTCCTTGTAGAAT

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DS 

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G
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TGGAAGTCAAGAAGGTTGATGGAGATTGTCTCTGCCATTGCGTCCAGGTTAAACTGGGAT
TACGATGCGGTACACATTGAGAGAGGGGAGAAAGCAAGAAACACGGAGCTTTGGCCTAAT
CTTGATAAAGATACTTCTCCGAGTGCTCTCTTGTCGACCTTGCAGGACAAAGTAGAAGAA
GGAAGGAATCTCTACATCGCAACAAATGAAGGGGAGCTATCATTCTTCAATCCTTTGAAA
GACAAGTACGCTACTCATTTCCTTGACGAGTACAAAGATTTGTGGGACGAGAGCAGCGAG
TGGTATTCGGAGACCACAAAGCTTAATGGAGGCAACCCGGTCGAGTTTGACGGTTACATG
AGAGCATCTGTTGACACAGAAGTGTTCTTGAGAGGGAAGAAGCAGATTGAAACATTCAAT
GATCTTACAAACGACTGCAAAGATGGAGTTGGGACTTGCAACGTTGCAGCTACTTGATCT
ATCTTTTAGATTCCTCACTTTGTTTGTTGTTTGAACCATCTTGTTCCACTTGTTTCTAGT
TTTGTCCTTGTAGAATAGCTCTGTCTTTTCCACAGCTGTTGTTCGTTTCGTTACTTTTAG
ACCTGTATTTTGACCTT
TTG

QA 2 678 2 678
DS 

RD RR1EF68TF 668 0 0
G
TGGTACAGAGTTTGCGAAGGAGATGCAGAATCTGTTGTTAAAAGACCCTGGCATCTTCTG
TGGAAGTCAAGAAGGTTGATGGAGATTGTCTCTGCCATTGCGTCCAGGTTAAACTGGGAT
TACGATGCGGTACACATTGAGAGAGGGGAGAAAGCAAGAAACACGGAGCTTTGGCCTAAT
CTTGATAAAGATACTTCTCCGAGTGCTCTCTTGTCGACCTTGCAGGACAAAGTAGAAGAA
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GACAAGTACGCTACTCATTTCCTTGACGAGTACAAAGATTTGTGGGACGAGAGCAGCGAG
TGGTATTCGGAGACCACAAAGCTTAATGGAGGCAACCCGGTCGAGTTTGACGGTTACATG
AGAGCATCTGTTGACACAGAAGTGTTCTTGAGAGGGAAGAAGCAGATTGAAACATTCAAT
GATCTTACAAACGACTGCAAAGATGGAGTTGGGACTTGCAACGTTGCAGCTACTTGATCT
ATCTTTTAGATTCCTCACTTTGTTTGTTGTTTGAACCATCTTGTTCCACTTGTTTCTAGT
TTTGTCCTTGTAGAATAGCTCTGTCTTTTCCACAGCTGTTGTTCGTTTCGTTACTTTTAG
AC
TGTAT

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DS 

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CTCTCTTGTCGACCTTGCAGGACAAAGTAGAAGAAGGAAGGAATCTCTACATCGCAACAA
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TCTTGAGAGGGAAGAAGCAGATTGAAACATTCAATGATCTTACAAACGACTGCAAAGATG
GAGTTGGGACTTGCAACGTTGCAGCTACTTGATCTATCTTTTAGATTCCTCACTTTGTTT
GTTGTTTGAACCATCTTGTTCCACTTGTTTCTAGTTTTGTCCTTGTAGAATAGCTCTGTC
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TCTATAGTTTGGGTTCTCG

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DS 

RD RR1CO03JQ 614 0 0
TCTGCCATTGCGTCCAGGTTAAACTGGGATTACGATGCGGTACACATTGAGAGAGGGGAG
AAAGCAAGAAACACGGAGCTTTGGCCTAATCTTGATAAAGATACTTTTCCGAGTGCTCTC
TTGTCGACCTTGCAGGACAAAGTAGAAGAAGGAAGGAATCTTTACATCGCAACAAATGAA
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TACAAAGATTTGTGGGACGAGAGCAGCGAGTGGTATTCGGAGACCACAAAGCTTAATGGA
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GGGACTTGCAACGTTGCAGCTACTTGATCTATCTTTTAGATTCCTCACTTTGTTTGTTGT
TTGAACCATCTTGTTCCACTTGTTTCTAGTTTTGTCCTTGTAGAATAGCTCTGTCTTTTC
CACAGCTGTTGTTCGTTTCGTTACTTTTAGACCTGTATTTTGACCTTCTGATCCTTCTAT
AGTTTGGGTTCTCG

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 6

CO CL1113Contig1 1035 6 11 U
GGACCGCACTCTGTCTTCTTCTTCCCTCTCTCTCTCTCATTTATCTCTCCATTTTGTTTG
GAACTATGGATAAGGTTAAACTCGTAAAGAATGGTGTTATGAGATTGCCACCTGGATTCA
GATTTCATCCCACTGATGAAGAGCTTGTGGTTCAGTATCTCAAGAGAAAAGTCCTGTGTT
CTCCATTACCAGCTTCCATCATTCCTGACTTTGATGTTTGTAGAGCTGATCCTTGGGACT
TGCCTGGCAATTTGGAGAAGGAGAGGTACTTCTTCAGCACAAGGGAAGCTAAGTACCCAA
ATGGGAACCGGTCTAATAGAGCAACGGGTTCGGGTTATTGGAAAGCTACCGGTATTGATA
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ACAAGGGCAAACCACCTCATGGCTCAAGAACCGATTGGATCATGCACGAATATCGTCTAT
CTTCTTCCCCACCGAGTTCAATGGGTCCTACTCAGAACTGGGTTCTTTGTCGTATCTTCC
TTAAAAAGAGAGCTGGTAACAAGAGCGACGACGACGACGGAGATAACCGGAGTATTAGAT
ATGATAATGACCAAATTGAAATAATTACAACGAACCAAACCGAAGATAAAACTAAACCAA
TCTTCTTCGACTTCATGAGAAAAGAAAGGACCGCAGACTTGAACCTTTTACCTAGCTCTC
CTTCTTCCAACCACGCTTCAAGTGGACTCACGACGGAGCTCTTCTCTTCTGATGAAGAGA
CCAGTAGTTGCAATAGTTTCAGAAGAAATCTTTAATTTAATATTAATGTTGACTATCTTT
AATAACTGTTATAATAATTTTATATTAATACGATTCTGCTTCTTTTTTTCATTTTAAAAA
AAAAAAAAGGCCGCAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTCGGGGGGAACAATGAACACAAGA
GAAAGAAAGAAGAAGAGAGAGAGAAGACACTCTTTTAGTCTTTAGTAAAGGTCTCTCTCT
CTGTATTGTTCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ92TF U 1
AF RR1FZ92JQ C 86
AF RR1CI33TF U 241
AF RR1EC86JQ C 300
AF RR1EC86TF U 300
AF RR1CI33JQ C 486
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BS 900 1035 RR1CI33JQ

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TCTTCTTCGACTTCATGAGAAAAGAA*GGACCGCAGACTT

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DS 

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DS 

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G
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ATAACTGTTATAATAATTTTATATTAATACGATTCTGCTTCTTTTTTTCATTTTAAAA

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DS 

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TCTTCCCCACCGAGTTCAATGGGTCCTACTCAGAACTGGGTTCTTTGTCGTATCTTCCTT
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TAACTGTTATAATAATTTTATATTAATACGATTCTGCTTCTTTTTTTC

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DS 

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TT
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QA 3 550 3 550
DS 



AS 1 6

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ATCTCAGACACTCTTTCGATCGTCATATCACTTTGGGGCCTAAATTTTCAGTGTGTAAAT
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TGAAAATGTTAAATCCAAGCCTGTGAGAGAGACAAAAACTCATGATGAGAGAGATGAGAC
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TGACTACACAGTGGAGCCAATATATGTTGATGCAGAACGCTTGTGCAAGCACAAGAAGCC
GAAGAGTATTGAAGAATACAGAAAATGTAGTGGTGGAAAAGGATTGATTGCGTCCAAGAT
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CTTCCGCCGGTTCACTGTTGAGACCACTAAGAAAGTGGCGGAAGATCTTCAAACGCGGGC
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TCGTAAAACAACACATCAAATAGTGTTTTAAAATCGCGTTATCATAAATTCGAATAGCAG
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TTGCCAGGGATGAAAGTGATGAACAAATTTTCCTAGACATGATATTAATTATGTTATATC
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ACTATACTATATGGTGTAATATACAGTAGTGGAAACAAAGCATTTTGTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1FK68TF U 1
AF RR1AZ88TF U 1
AF RR1D319TF U 1
AF RR1FK68JQ C 486
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AF RR1D319JQ C 499
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BS 1173 1250 RR1AZ88JQ

RD RR1FK68TF 654 0 0
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CTTCCTTTTCTTTTCAGGAACTATCCCAATACGTCTATATGTCCTCGAAAAGCCAGAAGA
ACTTTCTGCATATAACTGGAAAAGTAGAAAAGGAATGGACTACATGGAAACGTT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1AZ88TF 757 0 0
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ATCTCAGACACTCTTTCGATCGTCATATCACTTTGGGGCCTAAATTTTCAGTGTGTAAAT
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QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1D319TF 768 0 0
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ATCTCAGACACTCTTTCGATCGTCATATCACTTTGGGGCCTAAATTTTCAGTGTGTAAAT
GGGTATATTTCCTGAGTTTGGTGGCTGGATCAGTCAGAACACTCAACAGCCTAAAGAATC
TGAAAATGTTAAATCCAAGCCTGTGAGAGAGACAAAAACTCATGATGAGAGAGATGAGAC
AAGGGAGCAATTAAAACTGTGGAGAGATGCAAATAAGAAGAAACAATATAATGAACCTTC
TCCTACGGTGAAGGTGCATACAGACCCTAATATTGATAGCTTTTCCAATATGGAAATGGA
ATTTACATTAAGATTGCCACCTCAAGCAGCTTACGACTTTTTAACTAATCATGACAACAA
AACATACTCTAGAGAAATCAATGGCCGCCCACTTCTGAAAGCCATATCAAGAAAAGTTAC
ATCAGAGAGAGGTTTAGGGGATAGGCCGATCCTGGAGGTTGATAAAGAGTTGTCATGGAA
CTTCCTTTTCTTTTCAGGAACGATCCCAATACGTCTATATGTCCTCGAAAAGCCAGAAGA
ACTTTCTGCATATAACTGGAAAAGTAGAAAAGGAATGGACTACATGGAAACGTTCGGGGT
TGACTACACAGTGGAGCCAATATATGTTGATGCAGAACGCTTGTGCAAGCACAG**AGCC
GA*GAGTATTGAG**ATACAGAAAATGTAGTGGTGGAAAAGGATTGAT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1FK68JQ 687 0 0
AGAGAGGTCTAGGGGATAGGCCGATCCTGGAGGTTGATAAAGAGTTGTCATGGAACTTCC
TTTTCTTTTCAGGAACTATCCCAATACGTCTATATGTCCTCGAAAAGCCAGAAGAACTTT
CTGCATATAACTGGAAAAGTAGAAAAGGAATGGACTACATGGAAACGTTCAGGGTTGACT
ACACAGTGGAGCCAATATATGTTGATGCAGAACGCTTGTGCAAGCACAAGAAGCCGAAGA
GTATTGAAGAATACAGAAAATGTAGTGGTGGAAAAGGATTGATTGCGTCCAAGATTACAG
TGGACCAGAGTTTTAGGCTTTCTTTTCCTTGGAATCTGCCTCTACTGTCTTTGTACTTTC
GCCGGTTCACTGTTGAGACCA*TAAGAAAGTGGCGGAAGATCTTCAAATGCGGGCTGGTG
ATATCCGAGGTTTTTGAAATACACAAAACCCAGGTATCCGTCGGTTGTAACGTCTTCGTA
AAACAACACATCAAATAGTGTTTTAAAATCGCGTTATCATAAATTCGAATAGCAGAATTT
TTAAAGTTAAAATCTTGATATTTTCACGAATAAGTACTGGGGAAAGATATGCACCTTGCC
AGCGATGAAAGTGATGAACAAATTTTCCTAGACATGATATTAATTATGTTATATCGATTA
TTTGCATCGGTAAAATAAGGAATTTT
A

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1AZ88JQ 788 0 0
CATATCAAGAAAAGTTACATCAGAGAGAGGTTTAGGGGATAGGCCGATCCTGGAGGTTGA
TAAAGAGTTGTCATGGAACTTCCTTTTCTTTTCAGGAACGATCCCAATACGTCCATATGT
CCTCGAAAAGCCAGAAGAACTTTCTGCATATAACTGGAAAAGTAGAAAAGGAATGGACTA
CATGGAAACGTTCAGGGTTGACTACACAGTGGAGCCAATATATGTTGATGCAGAACGCTT
GTGCAAGCACAAGAAGCCGAAGAGTATTGAAGAATACAGAAAATGTAGTGGTGGAAAAGG
ATTGATTGCGTCCAAGATTAAAGTGGACCAGAGTTTTAGGCTTTCTTTTCCTTGGAATCT
GCCTCTGCTGTCTTTGTACTTCCGCCGGTTCACTGTTGAGACCACTAAGAAAGTGGCGGA
AGATCTTCAAACGCGGGCTGGTGATATCCGAGGTTTTTGAAATACACAAAACCCCGGTAT
CCGTCGGTTGTAACGTCTTCGTAAAACAACACATCAAATAGTGTTTCAAAATCGCGTTAT
CATAAATTCGAATATCAGAATTTTTAAAGTTAAAATCTTGATATTTTCACGAATAAGTAC
TGGGGAAA*ATTTGCACCTTGCCAGGGATGAAAGTGATGAACAAATTTTCCTAGACATGA
TATTAATTATGTTATATCGATTATTTGCATCGGTAAAATAAGAAATTTTGCAACCCTGAA
AAGGCAGAAAATAGATGTACTATACTATATGGTGTAATATACAGTAGTGGAAACAAAGCA
TTTTGTGC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1D319JQ 752 0 0
GGATAGGCCGATCCTGGAGGTTGATAAAGAGTTGTCATGGAACTTCCTTTTCTTTTCAGG
AACGATCCCAATACGTCTATATGTCCTCGAAAAGCCAGAAGAACTTTCTGCATATAACTG
GAAAAGTAGAAAAGGAATGGACTACATGGAAACGTTCGGGGTTGACTACACAGTGGAGCC
AATATATGTTGATGCAGAACGCTTGTGCAAGCACAAGAAGCCGAAGAGTATTGAAGAATA
CAGAAAATGTAGTGGTGGAAAAGGATTGATTGCGTCCAAGATTAAAGTGGACCAGAGTTT
TAGGCTTTCTTTTCCTTGGAATCTGCCTCTGCTGTCTTTGTACTTCCGCCGGTTCACTGT
TGAGACCACTAAGAAAGTGGCGGAAGATCTTCAAACGCGGGCTGGTGATATCCGAGGTTT
TTGAAATACACAAAACCCCGGTATCCGTCGGTTGTAACGTCTTCGTAAAACAACACATCA
AATAGTGTTTTAAAATCGCGTTATCATAAATTCGAATAGCAGAATTTTTAAAGTTAAAAT
CTTGATATTTTCACGAATAAGTACTGGGGAAA*ATTTGCACCTTGCCAGGGATGAAAGTG
ATGAACAAATTTTCCTAGACATGATATTAATTATGTTATATCGATTATTTGCATCGGTAA
AATAAGAAATTTTACAACCCTGAAAAGGCAGAAAATAGATGTACTATACTATATGGTGTA
ATATACAGTAGTGGAAACAAAGCATTTTGTG
T

QA 1 751 1 751
DS 



AS 2 6

CO CL1115Contig1 747 4 4 U
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CTGACGAAGAGCACCACTTCGAGTCCTCCGACGCCGGAGCTTCCAAGACCTACCCTCAGC
AGGCTGGTAACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGTTG
TTGAGGTTTCGACTTCCAAGACTGGCAAGCACGGTCACGCGAAGTGTCACTTCGTTGCTA
TTGATATCTTCACTGCTAAGAAGCTCGAGGATATCGTTCCCTCTTCCTACAATTGTGATG
TTCCTCATGTGAACCGTATTGATTACCAGTTGATTGATATCTCTGAGGATGGCTTTGTTA
GCCTTTTGACCGACAGTGGTGGCACTAAGGACGACCTCAAGCTTCCCACCGATGATAATC
TCAGCGCTCTGATGAAATGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTGGTGGTGTCTGTCATGT
CTTCGATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAAACC
AACAAGTGTTATCATTCTCTCTTTACACAGAGGATAAATCTTATTTACCCCAGCAGTTGT
TATAAGAACAAAAACATGTTTTTTTCTTCCTTTTTTTCTCTGATTTAGACCATTAATGTG
TGTTTCTTGTTGCAAGACGACGACCATATCTATTGGTTTTGGATTGTTGAAATATTTGGT
GTTTTAAAACAGTGAAAGTTTCCTACC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1BJ80JQ C 1
AF RR1BJ80TF U 1
AF RR1AA20TF U 211
AF RR1FI92TF U 463
BS 1 2 RR1BJ80JQ
BS 3 728 RR1BJ80TF
BS 729 729 RR1AA20TF
BS 730 747 RR1BJ80TF

RD RR1BJ80JQ 747 0 0
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CTGACGAAGAGCACCACTTCGAGTCCTCCGACGCCGGAGCTTCCAAGACCTACCCTCAGC
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TCAGCGCTCTGATGAAATGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTGGTGGTGTCTGTCATGT
CTTCGATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAAACC
AACAAGTGTTATCATTCTCTCTTTACACAGAGGATAAATCTTATTTACCCCAGCAGTTGT
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TGTTTCTTGTTGCAAGACGACGACCATATCTATTGGTTTTGGATTGTTGAAATATTTGGT
GTTTTAAAACAGTGAAAGTTTCCTACC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1BJ80TF 747 0 0
GG
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GCTGGTAACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGTTGTT
GAGGTTTCGACTTCCAAGACTGGCAAGCACGGTCACGCGAAGTGTCACTTCGTTGCTATT
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CCTCATGTGAACCGTATTGATTACCAGTTGATTGATATCTCTGAGGATGGCTTTGTTAGC
CTTTTGACCGACAGTGGTGGCACTAAGGACGACCTCAAGCTTCCCACCGATGATAATCTC
AGCGCTCTGATGAAATGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTGGTGGTGTCTGTCATGTCT
TCGATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAAACCAA
CAAGTGTTATCATTCTCTCTTTACACAGAGGATAAATCTTATTTACCCCAGCAGTTGTTA
TAAGAACAAAAACATGTTTTTTTCTTCCTTTTTTTCTCTGATTTAGACCATTAATGTGTG
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TTTAAA*CAGTGAAAGTTTCCTACC

QA 3 747 3 747
DS 

RD RR1AA20TF 537 0 0
G
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TATCGTTCCCTCTTCCCACAATTGTGATGTTCCTCATGTGAACCGTATTGATTACCAGTT
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CGACCTCAAGCTTCCCACCGATGATAATCTCAGCGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGA
GGGAAAGGATGTGGTGGTGTCTGTCATGTCTTCGATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGT
CAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAAACCAACAAGTGTTATCATTCTCTCTTTACACAGA
GGATAAATCTTATTTACCCCAGCAGTTGTTATAAGAACAAAAACATGTTTTTTTCTTCCT
TTTTTTCTCTGATTTAGACCATTAATGTGTGTTTCTTGTTGCAAGACGACGACCATATCT
ATTGGTTTTGGATTGTTGAAATATTTGGTGTTTTAAAACAGTGAAAGTTTCCTACC

QA 2 537 2 537
DS 

RD RR1FI92TF 285 0 0
G
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TGGTGGCAAGTAAAACCAACAAGTGTTATCATTCTCTCTTTACACAGAGGATAAATCTTA
TTTACCCCAGCAGTTGTTATAAGAACAAAAACGTGTTTTTTTCTTCCTTTTTTTCTCTGA
TTTAGACCATTAATGTGTGTTTCTTGTTGCAAGACGACGACCATATCTATTGGTTTTGGA
TTGTTGAAATATTTGGTGTTTTAAAACAGTGAAAGTTTCCTACC

QA 2 285 2 285
DS 



CO CL1115Contig2 711 2 10 U
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TGTCTGACGAAGAGCACCACTTCGAGTCCTCCGACGCCGGAGCTTCCAAGACCTACCCTC
AGCAGGCTGGTAACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGG
TTGTTGAGGTTTCGACTTCGAAGACTGGCAAGCACGGTCACGCGAAGTGTCACTTCGTTG
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AATGTGTGTTTCTTGTTGCGAGACGACCATATCTATTGGTTTTGGATTGTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH28TF U 1
AF RR1H142TF U 4
BS 1 66 RR1CH28TF
BS 67 67 RR1H142TF
BS 68 618 RR1CH28TF
BS 619 619 RR1H142TF
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RD RR1CH28TF 666 0 0
GGGTTGCTCATTCATTCTCACAATCCAATCTCAATTCCAATATCTCTCTCTCTCACAACA
TGTCTGTCGAAGAGCACCACTTCGAGTCCTCCGACGCCGGAGCTTCCAAGACCTACCCTC
AGCAGGCTGGTAACATCCGTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGG
TTGTTGAGGTTTCGACTTCGAAGACTGGCAAGCACGGTCACGCGAAGTGTCACTTCGTTG
CTATTGATATCTTCACTGCTAAGAAGCTCGAGGATATTGTTCCCTCTTCCCACAATTGTG
ATGTTCCTCATGTGAACCGTATTGATTACCAGTTGATTGATATCTCTGAGGATGGCTTTG
TTAGCCTTTTGACCGACAGTGGTGGCACTAAGGACGACCTCAAGCTTCCCACCGATGATA
ATCTGAGCGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTGGTTGTGTCTGTCA
TGTCTTCGATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAA
ACCAACAAGTGTTATCATTCTCTCTTTACACAGAGGATAATCTTATTTACCTTACCCCAG
TTGTTATAAGAACAAAAA*CATGTTTTTTT*CTTCCTTTTTT*CTCTGATTTAGACCATT
AATGTG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1H142TF 708 0 0
GG
GCTCATTCATTCTCACAATCCAATCTCAATTCCAATATCTCTCTCTCTCACAACATGTCT
GACGAAGAGCACCACTTCGAGTCCTCCGACGCCGGAGCTTCCAAGACCTACCCTCAGCAG
GCTGGTAACATCCTTAAAGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGTTGTT
GAGGTTTCGACTTCGAAGACTGGCAAGCACGGTCACGCGAAGTGTCACTTCGTTGCTATT
GATATCTTCACTGCTAAGAAGCTCGAGGATATTGTTCCCTCTTCCCACAATTGTGATGTT
CCTCATGTGAACCGTATTGATTACCAGTTGATTGATATCTCTGAGGATGGCTTTGTTAGC
CTTTTGACCGACAGTGGTGGCACTAAGGACGACCTCAAGCTTCCCACCGATGATAATCTG
AGCGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTGGTTGTGTCTGTCATGTCT
TCGATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAAACCAA
CAAGTGTTATCATTCTCTCTTTACACAGAGGATAATCTTATTTACCTTACCCCAGTTGTT
ATAAGAACAAAAAACATGTTTTTTTTCTTCCTTTTTTTCTCTGATTTAGACCATTAATGT
GTGTTTCTTGTTGCGAGACGACCATATCTATTGGTTTTGGATTGTT

QA 3 708 3 708
DS 



AS 2 5

CO CL1116Contig1 692 2 1 U
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GCTAGAAAGTCCAACTCACCAGAAAACATTCTCAAAGAAACAAAAACGTTAAACTTCTAC
ATCAACACAGAAATATTCATTGCAGATGAATGGGACCATCAAGAGTGATCATCAGGCTTT
GTGGTCACGGTAATGAACAATGGCTTCAGGTTTAAGACGACCTGTGCAGATTTGGTGAAC
CGTTGAAAACAGCGGAAACATCTCCATCCATCCACAGTGGTTCAAGACCTCGTAGACCTC
TCTTGCCGTGGAAACACCCTGTAGCTTTTGCCCTTGTAGCATCTCTGCTTCAAGCTCATC
AAAAGACCTTTTTCCTCCACTTTGGGCAAATGCTTCTGCTACTCTTCTGTTTCTTCCTCC
TAAGCAAGTTGTTATGACATCTGCTACACCACAGCTCTCGAAGAAAGTACTGTCTTTAAC
AGATGGAAACAGAAGCTTCGAGAGTGCTCTCATCTCTCTCAAACCAATCCTCATGATTGC
AGCCTTTGTGTTATTACCCATATCCAAACCATCAACGAAACCCGCTGCAATAGCCACAAC
ATTCTTCAAGGTCCCACACAACTCTACTCCTTCAACATCATGAACCGGTGTGACCATAAA
ATAGGGAGTACTAAACAACTGAACCCAAGTGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E249JQ U 1
AF RR1DG77JQ U 1
BS 1 692 RR1DG77JQ

RD RR1E249JQ 659 0 0
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GCTAGAAAGTCCAACTCACCAGAAAACATTCTCAAAGAAACAAAAACGTTAAACTTCTAC
ATCAACACAGAAATATTCATTGCAGATGAATGGGACCATCAAGAGTGATCATCAGGCTTT
GTGGTCACGGTAATGAACAATGGCTTCAGGTTTAAGACGACCTGTGCAGATTTGGTGAAC
CGTTGAAAACAGCGGAAACATCTCCATCCATCCACAGTGGTTCAAGACCTCGTAGACCTC
TCTTGCCGTGGAAACACCCTGTAGCTTTTGCCCTTGTAGCATCTCTGCTTCAAGCTCATC
AAAAGACCTTTTTCCTCCACTTTGGGCAAATGCTTCTGCTACTCTTCTGTTTCTTCCTCC
TAAGCAAGTTGTTATGACATCTGCTACACCACAGCTCTCGAAGAAAGTACTGTCTTTAAC
AGATGGAAACAGAAGCTTCGAGAGTGCTCTCATCTCTCTCAAACCAATCCTCATGATTGC
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ATTCTTCAAGGTCCCACACAACTCTACTCCTTCAACATCATGAACCGGTGTGACCATAA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1DG77JQ 692 0 0
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GCTAGAAAGTCCAACTCACCAGAAAACATTCTCAAAGAAACAAAAACGTTAAACTTCTAC
ATCAACACAGAAATATTCATTGCAGATGAATGGGACCATCAAGAGTGATCATCAGGCTTT
GTGGTCACGGTAATGAACAATGGCTTCAGGTTTAAGACGACCTGTGCAGATTTGGTGAAC
CGTTGAAAACAGCGGAAACATCTCCATCCATCCACAGTGGTTCAAGACCTCGTAGACCTC
TCTTGCCGTGGAAACACCCTGTAGCTTTTGCCCTTGTAGCATCTCTGCTTCAAGCTCATC
AAAAGACCTTTTTCCTCCACTTTGGGCAAATGCTTCTGCTACTCTTCTGTTTCTTCCTCC
TAAGCAAGTTGTTATGACATCTGCTACACCACAGCTCTCGAAGAAAGTACTGTCTTTAAC
AGATGGAAACAGAAGCTTCGAGAGTGCTCTCATCTCTCTCAAACCAATCCTCATGATTGC
AGCCTTTGTGTTATTACCCATATCCAAACCATCAACGAAACCCGCTGCAATAGCCACAAC
ATTCTTCAAGGTCCCACACAACTCTACTCCTTCAACATCATGAACCGGTGTGACCATAAA
ATAGGGAGTACTAAACAACTGAACCCAAGTGT

QA 1 692 1 692
DS 



CO CL1116Contig2 765 3 3 U
GGATAACAGTTACTACACGTACCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTGTAACGTACGTGTCCTCT
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CCGTTCCCCTTCTCCTTCCTCTCGTTTCTCCTCCTCTCTCTCCTCCGCTATGTCTCCAGG
CGCTAATGGTGATTTGATGAAATCT**GGTTACGGTCGTGGGCAGTGGCAATTGGGGAAG
CGTTGCTGCTAAGCTCATCGCTTCTAATGCCCTCAAGCTTCCTTCTTTCCATGATGAAGT
TAGGATGTGGGTGTTTGAGGAAGTTCTCCCAAATGGTGAGAAGCTCACTGATGTAATCAA
CAAAACCAATGAAAATGTCAAGTATCTCCCTGGAATCAAGTTAGGAAGAAATGTTGTTGC
AGATCCTGACCTTGAAAACGCAGTGAAGGAAGCAAACATGTTGGTTTTTGTTACACCGCA
TCAATTCATGGGTGGTATATGCAAGAAGCTTAAGGGAAAGGTAACAGGTGAGTTTGAGGC
TATATCTCTTGTTAAAGGGATGGAAGTCAAGAAGGAAGGTCCCTGCATGATCTCTACTCT
CATCTCCAAGGAACTTGGTATCAACTGTTGTGTTCTTATGGGCGCTAACATCGCCAACGA
GATTGCTGTGGAGAAGTTTAGCGAAGCAACGGTTGGATACAGAGAGAGTAAAGAAATAGC
TGACACTTGGGTTCAGTTGTTTAGTACTCCCTATTTATGGTCACA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG77TF U 1
AF RR1E249TF U 1
AF RR1CK38TF U 28
BS 1 715 RR1DG77TF
BS 716 756 RR1E249TF
BS 757 765 RR1CK38TF

RD RR1DG77TF 720 0 0
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CAAATCGGGTCGGGTCCTATCTTCAATGCGAATACGTTCCTCATTCTTCTCTATCTTCCT
CCGTTCCCCTTCTCCTTCCTCTCGTTTCTCCTCCTCTCTCTCCTCCGCTATGTCTCCAGG
CGCTAATGGTGATTTGATGAAATCT**GGTTACGGTCGTGGGCAGTGGCAATTGGGGAAG
CGTTGCTGCTAAGCTCATCGCTTCTAATGCCCTCAAGCTTCCTTCTTTCCATGATGAAGT
TAGGATGTGGGTGTTTGAGGAAGTTCTCCCAAATGGTGAGAAGCTCACTGATGTAATCAA
CAAAACCAATGAAAATGTCAAGTATCTCCCTGGAATCAAGTTAGGAAGAAATGTTGTTGC
AGATCCTGACCTTGAAAACGCAGTGAAGGAAGCAAACATGTTGGTTTTTGTTACACCGCA
TCAATTCATGGGTGGTATATGCAAGAAGCTTAAGGGAAAGGTAACAGGTGAGTTTGAGGC
TATATCTCTTGTTAAAGGGATGGAAGTCAAGAAGGAAGGTCCCTGCATGATCTCTACTCT
CATCTCCAAGGAACTTGGTATCAACTGTTGTGTTCTTATGGGCGCTAACATCGCCAACGA
GATTGCTGTGGAGAAGTTTAGCGAAGCAACGGTTGGATACAGAGAGAGTAAAGAA
TAGCT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1E249TF 764 0 0
GGATAACAGTTACTACACGTACCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTGTAACGTACGTGTCCTCT
CAAATCGGGTCGGGTCCTATCTTCAATGCGAATACGTTCCTCATTCTTCTCTATCTTCCT
CCGTTCCCCTTCTCCTTCCTCTCGTTTCTCCTCCTCTCTCTCCTCCGCTATGTCTCCAGG
CGCTAATGGTGATTTGATGAAATCT**GGTTACGGTCGTGGGCAGTGGCAATTGGGGAAG
CGTTGCTGCTAAGCTCATCGCTTCTAATGCCCTCAAGCTTCCTTCTTTCCATGATGAAGT
TAGGATGTGGGTGTTTGAGGAAGTTCTCCCAAATGGTGAGAAGCTCACTGATGTAATCAA
CAAAACCAATGAAAATGTCAAGTATCTCCCTGGAATCAAGTTAGGAAGAAATGTTGTTGC
AGATCCTGACCTTGAAAACGCAGTGAAGGAAGCAAACATGTTGGTTTTTGTTACACCGCA
TCAATTCATGGGTGGTATATGCAAGAAGCTTAAGGGAAAGGTAACAGGTGAGTTTGAGGC
TATATCTCTTGTTAAAGGGATGGAAGTCAAGAAGGAAGGTCCCTGCATGATCTCTACTCT
CATCTCCAAGGAACTTGGTATCAACTGTTGTGTTCTTATGGGCGCTAACATCGCCAACGA
GATTGCTGTGGAGAAGTTTAGCGAAGCAACGGTTGGATACAGAGAGAGTAAAGAAATAGC
TGACACTTGGGTTCAGTTGTTTAGTACTCCCTATTT
TATGGTCA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1CK38TF 738 0 0
TCTCTCTCTCTCTCTGTAACGTACGTGTCCTCTCAAATCGGGTCGGGTCCTATCTTCAAT
GCGAATACGTTCCTCATTCTTCTCTATCTTCCTCCGTTCCTCTTCTCCTTCCTCTCGTTT
CTCCTCCTCTCTCTCCTCCGCTATGTCTCCAGGCGCTAATGGTGATTTGATGAAATCTAG
GGTTACGGTCGTGGGCAGTGGCAATTGGGGAAGCGTTGCTGCTAAGCTCATCGCTTCTAA
TGCCCTCAAGCTTCCTTCTTTCCATGATGAAGTTAGGATGTGGGTGTTTGAGGAAGTTCT
CCCAAATGGTGAGAAGCTCACTGATGTAATCAACAAAACCAATGAAAATGTCAAGTATCT
CCCTGGAATCAAGTTAGGAAGAAATGTTGTTGCAGATCCTGACCTTGAAAACGCAGTGAA
GGAAGCAAACATGTTGGTTTTTGTTACACCGCATCAATTCATGGGTGGTATATGCAAGAA
GCTTAAGGGAAAGGTAACAGGTGAGGTTGAGGCTATATCTCTTGTTAAAGGGATGGAAGT
CAAGAAGGAAGGTCCCTGCATGATCTCTACTCTCATCTCCAAGGAACTTGGTATCAACTG
TTGTGTTCTTATGGGCGCTAACATCGCCA*CGAGATTGCTGTGGAGAAGTTTAGCGAAGC
AACGGTTGG*TACAGAGAGAGTAAAGAA*TAGCTGACACTTGGGT*CAGTTGTTTAGTAC
TCCCTATTTATGGTCACA

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 6

CO CL1117Contig1 834 6 18 U
AAATATGAAATGAGCTTAGCTCAAAGGATAGAAGACAAAGCTATAATTTTACATACAGTC
GTTCTCAATAAAGGGTTTTAGCAACTTCGTCTGGTTATCAAACCGCAGAACAACACTAGT
ATCAAAACAAGAATCAACTTGGACATAAATAAAAGCATTATCCATGAAAGCCTAATCATG
TATTCATATTGCATAAATGTTAAAGCTTTATCAAACATTGCCTACACTTAAAAA*TAGAA
TATAACATGATCTTGAAACAACCCCTTTTGGGATTCTTCTTAGTCTCTACTACTCATTCT
GAAAACGATACGACCTTTCGTAGAATCATAAACACTCATTTCAACTTTCACTTTATCACC
AGGGAGAATTCGTATGAAATTCTTCCTGATCTTACCACAAATGTACCCAAGAATGTTATC
TCCATTCTCAAGATCAACTCGAAACATGCCGTTGGGAAGCGATTCGGTGACTAAACCTTC
GATCACTGTTTTGTTGCTACCTTCTTTAACAGGAGGCTTGGCGGGTTTGCTTCGGTTAGC
TCCTCCTCGACCTCCACTAACTCTCTGGCAACGTATCACTGGACGGATACTCACAACTGA
ATTGCTCGAACCAAAGTTTAGTTGGCGAATCAAAACTCCATCTGTGAATCGGATTTGGGG
AGAAAAGAGAAGTTGAGGACGGAAAGTGGAGCAGAGTTGAAGCATTTTTGTGTTTGTTTA
TGGGCTTCTCTCTTATCTTCAAAGCGTCTCTCTTGTTAATAATCTCCTTGTATCCCCCCT
TCTATAGAAACCACCACAAGTTTCGAGTCTCTGGTCGAAAATTGGCGTGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H371JQ U 30
AF RR1FL48JQ U 1
AF RR1H371TF C 54
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AF RR1FL48TF C 162
AF RR1BD53TF C 162
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G
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CC

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ATCTCCTTGTATCCCCCCTTCTATAGAAACCACCACAAGTTTCGAGTCTCTGGTCGAAAA
TTGGCGTGTCTCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 2 6

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AACTTGTCCTATACAGTGTCGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AC28JQ U 1
AF RR1AC28TF C 1
AF RR1E903JQ U 112
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RD RR1AC28JQ 525 0 0
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AGTTGCCCTGTTTGGGCAAACAATCATCGCTGAAACAATTCCACGCAAACTCTCAATGTG
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C

QA 1 524 1 524
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AGTTGCCCTGTTTGGGCAAACAATCATCGCTGAGACAATTCCACGCAAACTCTCAATGTG
AAACTCATTCACTTAATCTCCACCTAATTTACTTATCGTATTCGCACGTCTATGTATACA
TATATAATCACACGACCGCGACGGCGGCTGGACGGCCCATTCCGGCTGATAAATCACCAA
AAATACCATAATTCAACATAGAAACCCTATGCTTGATCGCCATCACACTCTTATCCTCCT
CCTCCTTCTGCGTCTGAGTCTCCGGAGCCAGGTTCACGGATTTTCTTTCGCAGGTGCCGT
GCCATTTGGCTTGCATGTACTTGTGTTTTCTCCAAGGACCCATGTGCATTTTCTTGTCTT
TCATACACTTTTTAGCCGCCGTGCACAATATTTTTATGAGCGATTTTAGCCTCTCTGTTT
TTCCGACGTACACTTCAGGTAATATTCCAATGAGTCGCTTGTAC
C

QA 1 524 1 524
DS 

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TATCCTCCTCCTCCTTCTGCGTCTGAGTCTCCGGAGCCAGGTTCACGGATTTTCTTTCGC
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TCTTGTCTTTCATACACTTTTTAGCCGCCGTGCACAATATTTTTATGAGCGATTTTAGCC
TCTCTGTTTTTCCGACGTACACTTCAGGTAATATTCCAATGAGTCGCTTGTACTCCTCAC
TACCTCTCGCCATCTCAAACTCCGCCCTAAAAGATAGCTCAATCACCACACGGATCTCGC
CTTTCTTTGATCCAGATTTGTCCACGATTTCCAGATATTCATGCTCACCTGCAGGAATCT
CGTGATTGCTTCTCCACTTGGATTTGCAAATGACGCAATCATAGCCGGCGTCTCGGAGAC
GGCTAGCCACTTCACCGCGCAAACAGCTACGGCAACCGATCATCGGTCTCCGGCAAACAC
ATTGCAAACCCTTTGATCTCACTTCTTTCAACGCTTCTTTTGTTGCTTGTCGAATCTTTG
TCTCAACTGAACTTGTCCTATACAGTGTCGC

QA 1 751 1 751
DS 



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TCTTCTTGAAAAGCAATGGATCGGCAAAACTCCGATGACATCATGAAGTTTCTTGACGGA
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GATTACCCTGATGCCGGTAGCTTCGCCGGCGGCGAAGAATCCGATGCTGACAACGATGCC
GCCGGTTGCAATTCCGAAGAGAGCAAAACGTTTTGGCACGAACAAGAACAACTTCTCCAG
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TGCCGTAGCTGTCTGCGCGGTGAAGTGACTAGCCGTCCCCGAGACGCCGGCTATGATTGC
GTCATTTGCAAATCCAAGTGGAGAAGCAATCACGAGATTCCTGCAGGTGAGCATGAATAT
CTGGAAATCGTGGACAAATCTGGATCAAAGAAAGGCGAGATCCGTGTGGTGATTGAGCTA
TCTTTTAGGGCGGAGTTTGAGATGGCGAGAGGTAGTGAGGAGTACAAGCGACTCATTGGA
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TGCACGGCGGCTAAAAAGTGTATGAAAGACAAGAAAATGCACATGGGTCCTTGGAGAAAA
CACAGGTACATGCAAGCCAAATGGCACGGCACCTGCGAAAGAAAATCCGTGAACCTGGCT
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GTTCTATGTTGAATTATGGTATTTTTGGTGATTTATCAGCCGGAATGGGCCGTCCAGCCG
CCGTCGCGGTCGTGTGATTATATATGTATACATAGACGTGCGAATACGATAAGTAAATTA
GGTGGAGATTAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E903TF U 1
AF RR1CE45TF U 83
AF RR1CE45JQ C 304
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QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1CE45TF 608 0 0
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GAAAA
CAG

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1CE45JQ 732 0 0
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GAAATCGTGGACAAATTTGGATCAAAGAAAGGCGAGATCCGTGTGGTGATTGAGCTATCT
TTTAGGGCGGAGTTTGAGATGGCGAGAGGTAGTGAGGAGTACAAGCGACTCATTGGAATA
TTACCTGAAGTGTACGTCGGAAAAACAGAGAGGCTAAAATCGCTCATAAAAATATTGTGC
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AGGTACATGCAAGCCAAATGGCACGGCACCTGCGAAAGAAAATCCGTGAACCTGGCTCCG
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CTATGTTGAATTATGGTATTTTTGGTGATTTATCAGCCGGAATGGGCCGTCCAGCCGCCG
TCGCGGTCGTGTGATTATATATGTATACATAGACGTGCGAATACGATAAGTAAATTAGGT
GGAGATTAAGCG

QA 1 732 1 732
DS 



AS 2 6

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ACCAGCTCCTGCACTTTACCCTCGATTCCCAAACTACTTGATAGAAGTAGAACGGGAAAA
TCCAGCGGCTTTGTTTGTAAGAAAACCGACAATGTTCAGGAACAACAACAGCTCACAAGA
CGGATGGCTTTGGGATTTGCTGTCTCCATATCTCTAACTGGAGCTTTCGGCCAAAGTAAT
GTCTCTCTGGCACAAGACAACAATGGTTTTTGGATCGATGGTCCTCTTCCAACTCCTCCT
ATTTACAACAACATCGTGAACGAGCAGACGGGTACAAGAACGTTCTTGAAGAAAGGAGTG
TATGTAGCTGACATCGGGGCGAAAGGCAGAACATATAGAGTTAAAAAGAATGCATTCGAT
CTCTTGGCAATGGAGGACTTGATCGGAGCAGACACGTTAAACTATGTTAAAAAGTACTTG
AGGCTTAAGTCCACCTTCTTGTTCTACGATTTCGACAACCTCATCTCTGTTGCTGCCCCT
CAAGACAAGCAGCCTCTCACTGATTTGGCCAATAGACTCTTCGACAACTTTGAAAAGCTC
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ATAATTCTTCAAGAGGTTATGATCAGAATGGCGTGAAAAGCCCCAGTTCCGTTCTAAAAC
ACCGTTTTATTGCTATTGAAGAAGAGATGATCCATGGTTCATAACTCTTCCATGGTCATG
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 20 20 20 20 20 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1AD53TF U 1
AF RR1AK17TF U 13
AF RR1B110TF U 14
AF RR1C825TF U 13
BS 1 198 RR1AD53TF
BS 199 199 RR1AK17TF
BS 200 393 RR1AD53TF
BS 394 394 RR1AK17TF
BS 395 700 RR1AD53TF
BS 701 781 RR1C825TF

RD RR1AD53TF 709 0 0
GGACTGAAAAACTTTGCTCTGTTAACTACAATGGCTCACTTCCTAGACCTTAACACTCTC
ACCAGCTCCTGCACTTTACCCTCGATTCCCAAACTACTTGATAGAAGTAGAACGGGAAAA
TCCAGCGGCTTTGTTTGTAAGAAAACCGACAATGTTCAGGAACAACAACAGCTCACAAGA
CGGATGGCTTTGGGATTTTCTGTCTCCATATCTCTAACTGGAGCTTTCGGCCAAAGTAAT
GTCTCTCTGGCACAAGACAACAATGGTTTTTGGATCGATGGTCCTCTTCCAACTCCTCCT
ATTTACAACAACATCGTGAACGAGCAGACGGGTACAAGAACGTTCTTGAAGAAAGGAGTG
TATGTAGCTGACATCGGGGCGAAAGGCAGAACACATAGAGTTAAAAAGAATGCATTCGAT
CTCTTGGCAATGGAGGACTTGATCGGAGCAGACACGTTAAACTATGTTAAAAAGTACTTG
AGGCTTAAGTCCACCTTCTTGTTCTACGATTTCGACAACCTCATCTCTGTTGCTGCCCCT
CAAGACAAGCAGCCTCTCACTGATTTGGCCAATAGACTCTTCGACAACTTTGAAAAGCTC
GAAGATGCAGCAAAAAGGAAGAACTTAGCTGAGACAGAAGCGTGTTATAAAGATACAAAG
ATAATTCTTCAAGAGGTTATGATCAGAATGGCGTGAAAAG
GCCCCAGTT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1AK17TF 679 0 0
TTT
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TTACCTTCGATTCCCAAACTACTTGATAGAAGTAGAACGGGAAAATCCAGCGGCTTTGTT
TGTAAGAAAACCGACAATGTTCAGGAGCAACAACAGCTCACAAGACGGATGGCTTTGGGA
TTTGCTGTCTCCATATCTCTAACTGGAGCTTTCGGCCAAAGTAATGTCTCTCTGGCACAA
GACAACAATGGTTTTTGGATCGATGGTCCTCTTCCAACTCCTCCTATTTACAACAACATC
GTGAACGAGCAGACGGGTACAAGAACGTTCTTGAAGAAAGGAGTGTATGTAGCTGACATC
GGGGCGAAAGGCAGAACATATAGAGTTAAAAAGAATGCATTCGATCTCTTGGCAATGGAG
GACTTGATCGGAGCAGACACGTTAAACTATGTTAAAAAGTACTTGAGGCTTAAGTCCACC
TTCTTGTTCTACGATTTCGACAACCTCATCTCTGTTGCTGCCTCTCAAGACAAGCAGCCT
CTCACTGATTTGGCCAATAGACTCTTCGACAACTTTGAAAAGCTCGAAGATGCAGCAAAA
AGGAAGAACTTAGCTGAGACAGAAGCGTGTTATAAAGATACAAAGATAATTCTTCAAGAG
GTTATGATCAGAATGG

QA 4 679 4 679
DS 

RD RR1B110TF 683 0 0
GG
GCTCTGTTAACTACAATGGCTCACTTCCTAGACCTTAACACTCTCACCAGCTCCTGCACT
TTACCCTCGATTCCCAAACTACTTGATAGAAGTAGAACGGGAAAATCCAGCGGCTTTGTT
TGTAAGAAAACCGACAATGTTCAGGAACAACAACAGCTCACAAGACGGATGGCTTTGGGA
TTTGCTGTCTC*ATATCTCTAACTGGAGCTTTCGGCCAAAGTAATGTCTCTCTGGCACAA
GACAACAATGGTTTTTGGATCGATGGTCCTCTTCCAACTCCTCCTATTTACAACAACATC
GTGAACGAGCAGACGGGTACAAGAACGTTCTTGAAGAAAGGAGTGTATGTAGCTGACATC
GGGGCGAAAGGCAGAACATATAGAGTTAAAAAGAATGCATTCGATCTCTTGGCAATGGAG
GACTTGATCGGAGCAGACACGTTAAACTATGTTAAAAAGTACTTGAGGCTTAAGTCCACC
TTCTTGTTCTACGATTTCGACAACCTCATCTCTGTTGCTGCCTCTCAAGACAAGCAGCCT
CTCACTGATTTGGCCAATAGACTCTTCGACAACTTTGAAAAGCTCGAAGATGCAGCAAAA
AGGAAGAACTTAGCTGAGACAGAAGCGTGTTATAAAGATACAAAGATAATTCTTCAAGAG
GTTATGATCAGAATGGCGTGA

QA 3 683 3 683
DS 

RD RR1C825TF 769 0 0
TTT
GCTCGGTTAACTACAATGGCTCACTTCCTAGACCTTAACACTCTCACCAGCTCCTGCACT
TTACCCTCGATTCCCAAACTACTTGATAGAAGTAGAACGGGAAAATCCAGCGGCTTTGTT
TGTAAGAAAACCGACAATGTTCAGGAACAACAACAGCTCACAAGACGGATGGCTTTGGGA
TTTGCTGTCTCCATATCTCTAACTGGAGCTTTCGGCCAAAGTAATGTCTCTCTGGCACAA
GACAACAATGGTTTTTGGATCGATGGTCCTCTTCCAACTCCTCCTATTTACAACAACATC
GTGAACGAGCAGACGGGTACAAGAACGTTCTTGAAGAAAGGAGTGTATGTAGCTGACATC
GGGGCGAAAGGCAGAACATATAGAGTTAAAT*GAATGCATTCGATCTCTTGGCAATGGAG
GACTTGATCGGAGCAGACACGTTAAACTATGTTAAAAAGTACT*GAGGCTTAAGTCCACC
TTCTTGTTCTACGATTTCGACAACCTCATCTCTGTTGCTGCCCCTCAAGACAAGCAGCCT
CTCACTGATTTGGCCAATATACTCTTCGACAACTTTGAAAAGCTCGAAGATGCAGCAAAA
AGGAAGAACTTAGCTGAGACAGAAGCGTGTTATAAAGATACAAAGATA*TTCTTCAAGAG
*TTATGATCAGA*TGGCGTGAAAAGCCCCAGTTCCGTTCTAAAACACCGTTTTATTGCTA
TTGAAGAAGAGATGATCCATGGTTCATAACTCTTCCATGGTCATGA

QA 4 769 4 769
DS 



CO CL1119Contig2 558 2 5 U
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GTTATGAACCATGGAATCATCTCTTCTTCAATAGCAATTAAAACGGGGTTTTAAAACCGG
AACTGGGGCCTTTTCACGCCATTCTGATCATAACCTCTTGAAAAATTATCTTTGTATCTT
TATAACACGCTTCTGTCTCAGCTAAGTTCTTCCTTTTTGCTGCATCTTCGAGCTTTTCAA
AGTTGTCGAAAAGTATATTGGCCAAATCAGTGAGAGGCTGCTTGTCTTGAGAGGCAGCAA
CAGAAATGAGGTTGTCGAAATCGTAAAACAAGAAGGGGGACTTAAGCCTCAAGTACTTTT
TAACATAGTTTAACGTGTCTGCTCCGATCAAGTCCTCCATTGCCAAAAAATCGAATGCAT
TCTTTTTAACTCTATATGTTCTGCCTTTCGCCCCGATGTCAGCTACATACACTCCTTTCT
TCAAGAACGTTCTTGTACCCGTCTGCTCGTTCACGATGTTGTTGTAAATAGGAGGAGTTG
GAAGAGGACCATCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C825JQ U 17
AF RR1B110JQ U 1
BS 1 162 RR1B110JQ
BS 163 163 RR1C825JQ
BS 164 254 RR1B110JQ
BS 255 255 RR1C825JQ
BS 256 558 RR1B110JQ

RD RR1C825JQ 390 0 0
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TCATCTCTTCTTCAATAGCAATTAAAACGGTGTTTTAAAACCGGAACTGGGGCCTTTTCA
CGCCATTCTGATCATAACCTCTTGAAAAATTATCTTTGTATCTTTATAACACGCTTCTGT
CTCAGCTAAGTTCTTCCTTTTTGCTGCATCTTCGAGCTTTTCAAAGTTGTCGAAAAGTAT
ATTGGCCAAATCAGTGAGAGGCTGCTTGTCTTGGGGGGCAGCAACAGAAATGAGGTTGTC
GAAATCGTAAAACAAGAAGGGGGACTTAAGCCTCA*GTACTTTTTAACATAGTTTAACGT
GTCTGCTCCGATCAAGTCCTCCATTGCCAA

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1B110JQ 558 0 0
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GTTATGAACCATGGAATCATCTCTTCTTCAATAGCAATTAAAACGGGGTTTTAAAACCGG
AACTGGGGCCTTTTCACGCCATTCTGATCATAACCTCTTGAAGAATTATCTTTGTATCTT
TATAACACGCTTCTGTCTCAGCTAAGTTCTTCCTTTTTGCTGCATCTTCGAGCTTTTCAA
AGTTGTCGAAAAGTCTATTGGCCAAATCAGTGAGAGGCTGCTTGTCTTGAGAGGCAGCAA
CAGAAATGAGGTTGTCGAAATCGTAAAACAAGAAGGGGGACTTAAGCCTCAAGTACTTTT
TAACATAGTTTAACGTGTCTGCTCCGATCAAGTCCTCCATTGCCAAAAAATCGAATGCAT
TCTTTTTAACTCTATATGTTCTGCCTTTCGCCCCGATGTCAGCTACATACACTCCTTTCT
TCAAGAACGTTCTTGTACCCGTCTGCTCGTTCACGATGTTGTTGTAAATAGGAGGAGTTG
GAAGAGGACCATCGATCC

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 5

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ATATAGTAGACTGTAGAAAGGACAGTTGGCAGATAAAATTATATTTTTGAAAGACGGGAG
AATAGAGAAGCGAAGACAGCAAAAGTAAGCTGAGAGATCACGTGGGGACGGAGAAGGAGG
CGTTGGTATATGATTGGACCGACCAGTTTGCACTGTTTCATGTTATCGCCAAACATCAAG
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TATTATTACTTTTATAGCAAAGAAAAGTGTCTAGAATCAAGAAAATCGGAAGAGGAAAAG
AGAGGAAGAACAAGAGTTATGTCATACAACACCGGATCTTCATCATCTTTTGCTAATGTG
TTACTCGTCGTGTCACTTATGCTTCTGAGTTTGTCGGCTGATGCGTACAAGAACTATACT
GTGGGAGGGTCCACGGGATGGTTCGATATCCAGGAGAAATCGTCTGCAAATTATCAGAAA
TGGGCTGATTCCAAAACATTTTCTTTGGGTGATTTCCTCATTTTCAACACAGATAGCAAC
CATTCGGTGGTACAAACATATGATTTCAAAACTTACAAAGAATGTGATTACAACAATGGT
GAAGACAATAGTACAACAGAGTGGTCGGCTGCAAACCCTTCAGCGACATCTCCAGTTCCG
GTCTCAGTTAGTGTTCCTCTAGTTAAAGAAGGTTCCAATTATTTCTTCTCAGGAAATTAT
GACGGTGAACAATGTAAATTTGGACAGCATTTCATGATAAATGTAACACATGGTCAGGGC
CTACCATCACCAGATGAAGATGGTGAAACGGCCCCTGGACCAGGTCAATCCTCTCAATCC
GGTGATGACGATGAAGTTGCTCCAGATACCATAGTTCCCGCCAATTTTGACCATCCTAAA
GATATTGAGAGTGATGATGATGATAGTTTGGTTAAGGGTCGTAAAAGTTCTTCTTCCGTT
ACAAAATATAATTTGTTATGTTTAGTTTTAATGGGGTTCCTAGCATCATTCTTTTGATCA
AATTATTCTTCTGTGTGTATTATAATCATTGTCTTTTGGAGATATCAGTATAATTATCTT
AGCTGATAATTATCATAATAATATTTACGAAATTCTATACATAGAATGCGTTTCTGGAGG
TGTAATAATAAGTATCCTAGTAAAAGAAATGAAATCAGTATAAGTTTAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY02JQ U 1
AF RR1BC32TF U 33
AF RR1DK63TF U 312
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CTTTATGTATAGACGACTCCTCTTCCTATTATTACTTTTATAGCAAAGAAAAGTGTCTAG
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CGGCTGATGCGTACAAGAACTATACTGTGGGAGGGTCCACGGGATGGTTCGATATCCAGG
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TCCTCATTTTCAACACAGATAGCAACCATTCGGTGGTACAAACATATGATTTCAAAACTT
ACAAAGAATGTGATTACAACAATGGTGAAGACAATAGTACAACAGAGTGGTCGGCTGCAA
ACCCTTCAGCGACATCTCCAGTTCCGGTCTCAGTTAGTGTTCCTCTAGTTAAAGAAAGTT
CCAATTATTTCTTCTCACGAAATTATGACGGTGAACAATGTAA*TTTGGACAGCATTTCA
TGATAAATGTAACACATGGTCAGG*CCTACCATCAC*AGATGA*GATGGTGAAACG*CCC
CTGGAC
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DS 

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GG
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CACTTATGCTTCTGAGTTTGTCGGCTGATGCGTACAAGAACTATACTGTGGGAGGGTCCA
CGGGATGGTTCGATATCCAGGAGAAATCGTCTGCAAATTATCAGAAATGGGCTGATTCCA
AAACATTTTCTTTGGGTGATTTCCTCATTTTCAACACAGATAGCAACCATTCGGTGGTAT
AAACATATGATTTCAAAACTTACAAAGAATGTGATTACAACAATGGTGAAGACAATGGTA
CAACAGAGTGGTCGGCTGCAAACCCTTCAGCGACATCTCCAGTTCCGGTCTCAGTTAGTG
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GTAAATTTGGACAGCATTTCATGATAAATGTAACACATGGTCAGGGCCTACCATCACCAG
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TTATGTCATACAACACCGGATCTTCATCATCTTTTGCTAATGTGTTACTCGTCGTGTCAC
TTATGCTTCTGAGTTTGTCGGCTGATGCGTACAAGAACTATACTGTGGGAGGGTCCACGG
GATGGTTCGATATCCAGGAGAAATCGTCTGCAAATTATCAGAAATGGGCTGATTCCAAAA
CATTTTCTTTGGGTGATTTCCTCATTTTCAACACAGATAGCAACCATTCGGTGGTACAAA
CATATGATTTCAAAACTTACAAAGAATGTGATTACAACAATGGTGAAGACAATAGTACAA
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CTCTAGTTAAAGAAGGTTCCAATTATTTCTTCTCAGGAAATTATGACGGTGAACAATGTA
AATTTGGACAGCATTTCATGATAAATGTAACACATGGTCAGGGCCTACCATCACCAGATG
AAGATGGTGAAACGGCCCCTGGACCAGGTCAATCCTCTCAATCCGGTGATGATGATGAAG
TTGCTCCAGATACCATAGTTCCCGCCAATTTTGACCATCCTAAAGATATTGAGAGTGATG
ATGATGATAGTTTGGTTAAGGGTCGTAAAAGTTCTTCTTCCGTTACAAAATATAATTTGT
TATGTTTAGTTTTAATGGGGTTCCTAGCATCATTCTTTTGA
CC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1DK63JQ 671 0 0
TTTTCAACACAGATAGCAACCATTCGGTGGTATAAACATATGATTTCAAAACTTACAAAG
AATGTGATTACAACAATGGTGAAGACAATGGTACAACAGAGTGGTCGGCTGCAAACCCTT
CAGCGACATCTCCAGTTCCGGTCTCAGTTAGTGTTCCTCTAGTTAAAGAAGGTTCCAATT
ATTTCTTCTCAGGAAATTATGACGGTGAACAATGTAAATTTGGACAGCATTTCATGATAA
ATGTAACACATGGTCAGGGCCTACCATCACCAGATGAAGATGGTGAAACGGCCCCTGGAC
CAGGTCAATCCTCTCAATCCGGTGATGACGATGAAGTTGCTCCAGATACCATAGTTCCCG
CCAATTTTGACCATCCTAAAGATATTGAGAGTGATGATGATGATAGTTTGGTTAAGGGTC
GTAAAAGTTCTTCTTCCGTTACAAAATATAATTTGTTATGTTTAGTTTTAATGGGGTTCC
TAGCATCATTCTTTTGATCAAATTATTCTTCTGTGTGTATTATAATCATTGTCTTTTGGA
GATATCAGTATAATTATCTTAGCTGATAATTATCATAATAATATTTACGAAATTCTATAC
ATAGAATGCGTTTCTGGAGGTGTAATAATAAGTATCCTAGTAAAAGAAATGAAATCAGTA
TAAGTTTAGCC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 5

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CTTCCCATCTCCCGCCAATGTCACCGCCCCTGCTTCCCTTCCACTTCATTTAAGGGAAAT
GTAAGCGTCTTATTAGGAGCAAACCCACGTCAGATTCTTTCTCTGAAACTCCACCACAAG
CGTCGAACAGGACCCCTTGTTGTGTTCAACCAAACGTCGTCGTCTTCTCCTTCTTCTTCT
CCAGCAGCTTCAGAGAGGTTCCGTCTGGATAATTTGGGACCACAGCCTGGTTCGAGGAAG
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AGGAAACTCCCTCTTAAGATTCTTGGTACTGGTGAACTAAGCGTGAAGCTCAACTTCAAA
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TCTGCTTAAACTTTTCATTTTCAAGCTTTTCAATGTTGTAAAGATTTTGTAAAACGGTAA
AAATTATTATTGAACATTTTGTTTCTCAATTAGAAAAAAAAAAGAAAGTTTTTTCTCAAA
G


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 
20 20 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1EG69TF U 11
AF RR1BC42TF U 1
AF RR1DT61TF U 2
AF RR1BC42JQ C 104
AF RR1AO83JQ C 230
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RD RR1EG69TF 692 0 0
GG
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CGCCAATGTCACCGCCCCTGCTTCCCTTCCACTTCATTTAAGGGAAATGTAAGCGTCTTA
TTAGGAGCAAACCCACGTCAGATTCTTTCTCTGAAACTCCACCACAAGCGTCGAACGGGA
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AAAGGTAGAGGTATCTCTGCAGGACAAGGAGCGAGCTGTGGTTTCGGGATGAGAGGTCAG
AAGTCACGATCTGGTCCTGGAATCATGAGAGGTTTTGAAGGTGGTCAAACCGCTCTTTAT
CGCCGTCTCCCCAAACTTAGAGGAATCGCAGGAGGTATGCGTGCAGGACTGCCTAAGTAC
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CTTGAGACGTTGAAGCTTAAGGGTTTGATCAATCCTTCTGGAAGGGAAAGGAAACTCTCT
CTTAAGATTCTTGGTACTGGTGAACTAAGCGTGAAGCTCAACTTCAAAGCTCGTGCATTC
TCAACATCAGCCAAAGAGAAGCTTGAAGCT

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR1BC42TF 748 0 0
GGGAAGCTTTTCATCTGGTGTATGCCCTCTATGGCTGTTCCACTCTCTATCTCAACAAAT
CTTCCCATCTCCCGCCAATGTCACCGCTCCTGCTTCCCTTCCACTTCATTTAAGGGAAAT
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CGTCGAACAGGACCCCTTGTTGTGTTCAACCAAACGTCGTCGTCTTCTCCTTCTTCTTCT
CCAGCAGCTTCAGAGAGGTTCCGTCTGGATAATTTGGGACCACAGCCTGGTTCGAGGAAG
AGGGCGAAGAGAAAAGGTAGAGGTATCTCTGCAGGACAAGGAGCGAGCTGTGGTTTCGGG
ATGAGAGGTCAGAAGTCACGATCTGGTCCTGGAATCATGAGAGGTTTTGAAGGTGGTCAA
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CTGCCTAAGTACGTACCAGTTAATCTCAAAGACATTGAAACAGCTGGGTTTGAAGATGGG
GATGAAGTGTCACTTGAGACGTTGAAGCTTAAGGGTTTGATCAATCCTTCTGGAAGGGAA
AGGAAACTCCCTCTTAAGATTCTTGGTACTGGTGAACTAAGCGTGAAGCTCAACTTCAAA
GCTCGTGCATTCTCAACATCAGCCAAAGAGAAGCTTGAAGCTTCACGCTGTACACTCACA
GTGCTCCCCGGAAGAAAGAA
ATGGGTGA

QA 1 740 1 740
DS 

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GGAAGCTTTTCATCTGGTGTATGCCCTCTATGGCTGTTCCACTCTCTATCTCAACAAATC
TTCCCATCTCCCGCCAATGTCACCGCCCCTGCTTCCCTTCCACTTCATTTAAGGGAAATG
TAAGCGTCTTATTAGGAGCAAACCCACGTCAAATTCTTTCTCTGAAACTCCACCACAAGC
GTCGAACGGGACCCCTTGTTGTGTTCAACCAAACGTCGTCGTCTTCTCCTTCTTCTTCTC
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GGGCGAAGAGAAAAGGTAGAGGTATCTCTGCAGGACAAGGAGCGAGCTGTGGTTTCGGGA
TGAGAGGTCAGAAGTCACGATCTGGTCCTGGAATCATGAGAGGTTTTGAAGGTGGTCAAA
CCGCTCTTTATCGCCGTCTCCCCAAACTTAGAGGAATCGCCGGGGGTATGCGTGCAGGAC
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ATGAAGTGTCACTTGAGACGTTGAAGCTTAAGGGTTTGATCAATCCTTCTGGAAGGGAAA
GGAAACTCCCTCTTAAGATTCTTGGTACTGGTGAACTAAGCGTGAAGCTCAACTTCAAAG
CTCGTGCATTCTCAACATCAGCCAAAGAGAAGCTTGAAGCTTCA*GCTGTACACTCACAG
TGCTCCCCGGAAGAAAGAA
TGGGTGA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1BC42JQ 823 0 0
CTTCATTTAAGGGAAATGTAAGCGTCTTATTAGGAGCAAACCCACGTCAGATTCTTTCTC
TGAAACTCCACCACAAGCGTCGAACAGGACCCCTTGTTGTGTTCAACCAAACGTCGTCGT
CTTCTCCTTCTTCTTCTCCAGCAGCTTCAGAGAGGTTCCGTCTGGATAATTTGGGACCAC
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CGAGCTGTGGTTTCGGGATGAGAGGTCAGAAGTCACGATCTGGTCCTGGAATCATGAGAG
GTTTTGAAGGTGGTCAAACCGCTCTTTATCGCCGTCTCCCCAAACTTAGAGGAATCGCCG
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CTGGGTTTGAAGATGGGGATGAAGTGTCACTTGAGACGTTGAAGCTTAAGGGTTTGATCA
ATCCTTCTGGAAGGGAAAGGAAACTCCCTCTTAAGATTCTTGGTACTGGTGAACTAAGCG
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CAGGCTGTACACTCACAGTGCTCCCCGGAAGAAAGAAATGGGTGAAGCCTTCAGTTGCAA
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CTTCAGAACCAGCTACTTCTGCTTAAACTTTTCATTTTCAAGCTTTTCAATGTTGTAAAG
ATTTTGTAAAACGGTAAAAATTATTATTGAACATTTTGTTTCT

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR1AO83JQ 732 0 0
CTTCTTCTCCAGCAGCATCATCAGAGAGGTTCCGTCTGGATAATCTGGGACCACAGCCTG
GTTCGAGGAAAAGGGCGAAGAGAAAAGGTAGAGGTATCTCTGCAGGACAAGGAGCGAGTT
GTGGTTTCGGAATGAGAGGGCAGAAGTCACGATCTGGTCCTGGAATCATGAGAGGTTTTG
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TGCGTGCAGGATTGCCCAAGTACGTACCAGTTAATCTCAAAGACATTGAAACAGCTGGGT
TTGAAGATGGAGATGAAGTGTCACTAGAGACGTTGAAGCTAAAGGGTTTGATCAATCCTT
CTGGAAGGGAAAGGAAACTCCCTCTTAAGATTCTTGGTACTGGAGAACTAAGCGTGAAGC
TCAACTTCAAAGCTCGCGCATTCTCAACATCAGCCAAAGAGAAGCTTGAAACTTCAGGTT
GTACACTCACAGTGCCCCCCGGAAGAAAGAAATGGGTGAAGCCATCAGTTGCAAAGAACC
TTGCACGTGCAGATGAATACTTTGCTAAGAAGAGAGCTGAAGCAGCAGCTTCTTCTTCAG
AACCGGCTACTTCTGCTTAAACTTTTCATTTTCAAGCTTTTCAATGTTGTAAAGATTTTG
TAAAACGGTAAAAATTATTATTGAACATTTTGTTTCTCAATTAGAAAAAAAAAAGAAAGT
TTTTTCTCAAAG

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 6

CO CL1122Contig1 1372 6 9 U
GGACTATAGGCTAAGGGGAAAACTCCGTCTCTCTCTCTTTCTATTTCTTAATCTTTCTGC
AATTTGAATTGCGTCCTTGGATAAACTAAGATGATGATGATCCGATAATTAAAAAAATCG
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TTCTAATAGTCCCCTTTGTCTTCCATCTTTCTCTTTTTTACTTTCAACCCCAATCCTCTC
TCTCTTTCTTAAGTTTCTTCTTCCTTCTTCTTCTGCTGGTAAAATCGAATCGAATGGAAT
CCAATAAGTTTTTCTTCAATCCGTCTACTTCTCATGGCAACATGTTCTTCCTCACTAATC
TCAATCCCGTCGTCCAAGGATCGATGATGAACATGGAGGAGGAATCATCGAAACGAAGAC
CCTTCTTTTGCTCTCCTGATGATCTTCTCTACGACGACGTTGACTATTACGACGACCAAA
CACCCGACAAAAAGCGTCGCCTTACTCATGAACAGGTGCATCTGCTGGAGAAAAGCTTCG
AGACGGAGAACAAGCTGGAGCCAGAGCGCAAGACTCAGCTTGCTAAGAAGCTTGGTCTTC
AGCCTCGTCAAGTTTCCGTCTGGTCTCAAAACCGCCGCGCTCGATGGAAAACAAAGCAGC
TCGAGAGAGACTTCAATCTCCTCAAGTCCTCTTACGACCAACTCCTCTCTAACTACGACT
CCATCCTCAAGGACAACCATCATCTCAGATCCCAGGTGACTTCCCTCGCCGGCAAGGTCC
AAGCCAAAGAAGAGACAGCTACTGGTCAGGTGCCAGAACCAAACCAGCTCGATCCGGTGA
ACATGAACCCGGCAATCAAAACAGAGGACCGGTTAAGTTCAGGGAGTGCGGTACTAGACG
AAGACGCACCTCATCAACTAAGAGACAGCTGCGACTCTTACTTCCCAAGCATTGTACCCA
TCCACCACCACTCGGGGCAAGACACCAACAACAACAACGGCTGTGGTAATGACACGGGCT
GTTTCGCTGACGTCTTTGTGCAAGGTGAATCATTTGGATTATGGGGCTGCTGGACTTGAA
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GTATTTTATCGGTTATATATTTTATGTTTTTTATGAACACAGGATTCAGTCT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F672TF U 1
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AF RR1BS82TF U 4
AF RR1BS82JQ C 599
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BS 1 163 RR1F672TF
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BS 1017 1372 RR1BS82JQ

RD RR1F672TF 210 0 0
GGACTATAGGCTAAGGGGAAAACTCCGTCTCTCTCTCTTTCTATTTCTTAATCTTTCTGC
AATTTGAATTGCGTCCTTGGATAAACTAAGATGATGATGATCCGATAATTAAAAAAATCG
AAATAAAGAAAACAAAGTCTTGTCTTGTCTTTTTTTT*GGTTGGATAGATCTGTGGTTCC
CTCTGGTTGAGGAGGGGGGGGG**G
GGGTA

QA 1 205 1 205
DS 

RD RR1FJ16TF 234 0 0
GG
ATAGGCTAAGGGGAAAACTCCGTCTCTCTCTCTTTCTATTTCTTAATCTTTCTGCAATTT
GAATTGCGTCCTTGGATAAACTAAGATGATGATGATCCGATAATTAAAAAAATCGAAATA
AAGAAAACAAAGTCTTGTCTTGTCTTTTTTTTTGGTTGAATAGATCTGTGGTTCCCTCTG
GTTGAGGAGGGGGGGGGGGGTATTGCGGTTGATGATGGGATTTTGCTTGTGT

QA 3 234 3 234
DS 

RD RR1BS82TF 700 0 0
GG
ATAGGCTAAGGGGAAAACTCCGTCTCTCTCTCTTTCTATTTCTTAATCTTTCTGCAATTT
GAATTGCGTCCTTGGATAAACTAAGATGATGATGATCCGATAATTAAAAAAATCGAAATA
AAGAAAACAAAGTCTTGTCTTGTCTTTTTTTT*GGTTGAATAGATCTGTGGTTCCCTCTG
GTTGAGGAGGGGGGGGG**GTATTGCGGTTGATGATGGGATTTTGCATGTGTCAGTTGGA
GTGTCCAGCAAGATTAGTGTGGAGTACTAGCTTCTTCCGCCATAAGTTTATCATCTTCTA
ATAGTCCCCTTTGTCTTCCATCTTTCTCTTTTTTACTTTCAACCCCAATCCTCTCTCTCT
TTCTTAAGTTTCTTCTTCCTTCTTCTTCTGCTGGTAAAATCGAATCGAATGGAATCCAAT
AAGTTTTTCTTCAATCCGTCTACTTCTCATGGCAACATGTTCTTCCTCACTAATCTCAAT
CCCGTCGTCCAAGGATCGATGATGAACATGGAGGAGGAATCATCGAAACGAAGACCCTTC
TTTTGCTCTCCTGATGATCTTCTCTACGACGACGTTGACTATTACGACGACCAAACACCC
GACAAAAAGCGTCGCCTTACTCATGAACAGGTGCATCTGCTGGAGAAAAGCTTCGAGACG
GAGAACAAGCTGGAGCCAGAGCGCAAGACTCAGCTTGC

QA 3 700 3 700
DS 

RD RR1BS82JQ 774 0 0
AACACCCGACAAAAAGCGTCGC*TTACTCATGAACAGGTGCATCTGCTGGAGAAAAGCTT
CGAGACGGAGAACAAGCTGGAGCCAGAGCGCAAGACTCAGCTTGCTAAGAAGCTTGGTCT
TCAGCCTCGTCAAGTTTCCGTCTGGTCTCAAAACCGCCGCGCTCGATGGAAAACAAAGCA
GCTCGAGAGAGACTTCAATCTCCTCAAGTCCTCTTACGACCAACTCCTCTCTAACTACGA
CTCCATCCTCAAGGACAACCATCATCTCAGATCCCAGGTGACTTCCCTCGCCGGCAAGGT
CCAAGCCAAAGAAGAGACAGCTACTGGTCAGGTGCCAGAACCAAACCAGCTCGATCCGGT
GGACATGAACCCGGCAATCAAAACAGAGGACCGGTTAAGTTCAGGGAGTGCGGTACTGGA
CGAAGACGCACCTCATCAACTAAGAGACAGCTGCGACTCTTACTTCCCAAGCATTGTACC
CATCCACCACCACTCGGGGCAAGACACCAACAACAACAACGGCTGTGGTAATGACACGGG
CTGTTTCGCTGACGTCTTTGTGCAAGGTGAATCATTTGGATTATGGGGCTGCTGGACTTG
AAACTTCAAAAGCCAATCCTTATATTTATATAATGTTTTATGTGCGTTTGTTTTATCAAG
TACAGTCTATGTTGACGTAACCCTCTGCATAAATTTGTGGACTAATTCCGCAATTCCACA
CGGTATTTTATCGGTTATATATTTTATGTTTTTTATGAACACAGGATTCAGTCT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1F672JQ 282 0 0
TTACTTCCCAAGCATTGTACCCATCCACCACCACTCGGGGCAAGACACCAACAACAACAA
CGGCTGTGGTAATGACACGGGCTGTTTCGCTGACGTCTTTGTGCAAGGTGAATCATTTGG
ATTATGGGGGTGCTGGACTTGAAACTTCAAAAGCCAATCCTTATATTTATATAATGTTTT
ATGTGCGTTTGTTTTATCAAGTACAGTTTATGTTGACGTAACCCTTTGCATAAATTTGTG
GACTAATTCCGCAATTCCCCACGGTATTTTATCGGTTATATA

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR1FJ16JQ 729 0 0
CATGAACAGGTGCATCTGCTGGAGAAAAGCTTCGAGACGGAGAACAAGCTGGAGCCAGAG
CGCAAGACTCAGCTTGCTAAGAAGCTTGGTCTTCAGCCTCGTCAAGTTTCCGTCTGGTTT
CAAAACCGCCGCGCTCGTTGGAAAACAAAGCAGCTCGAGAGAGATTTCAATCTCCTCAAG
TCCTCTTACGACCAACTCCTCTCTAACTACGACTCCATCCTCAAGGACAACCATCATCTC
AGATCCCAGGTGACTTCCCTCGCCGGCAAGGTCCAAGCCAAAGAAGAGACAGCTACTGGT
CAGGTGCCAGAACCAAACCAGCTCGATCCGGTGAACATGAACCCGGCAATCAAAACAGAG
GACCGGTTAAGTTCAGGGAGTGCGGTACTAGACGAAGACGCACCTCATCAACTAAGAGAC
AGCTGCGACTCTTACTTCCCAAGCATTGTACCCATCCACCACCACTCGGGGCAAGACACC
AACAACAACAACGGCTGTGGTAATGACACGGGCTGTTTCGCTGACGTCTTTGTGCAAGGT
GAATCATTTGGATTATGGGGCTGCTGGACTTGAAACTTCAAAAGCCAATCCTTATATTTA
TATAATGTTTTATGTGCGTTTGTTTTATCAAGTACAGTCTATGTTGACGTAACCCTCTGC
ATAAATTTGTGGACTAATTCCGCAATTCCACACGGTATTTTATCGGTTATATATTTTATG
TTTTTTATG

QA 1 729 1 729
DS 



AS 2 6

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GCAACAAAACCAGCTTTGATCTGCGCCACCGATCGTCCAGATCCACACTTTTCGCATCTG
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ATGACGTACTCAGTGACGTAACGCCTCAGTATCCCTTCGAAATTCTTGGGAGCAAATCTT
CCCTCGACAACCAATCGTTGCTGCCCGTCAAGCGAACCACTCGTACCCAACTCAGCAAGA
AGGAAATTCATCACATGATCCGGCTGACGATGCATCGTCTTGCAAAGGTCCATAAAGTTG
ACAAACACAGTCTTCTTCGTTCCCTCGCGAAGAACTTGAGGAGGCCTCATAACCGTACGA
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TGCTGTAAATCTATTCCCTCTGCATCTTCCTCGTCATCATTAGCATGCTCATCCAAATCT
TCTGCAGTATCGAGACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN71TF C 1
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BS 1 61 RR1DN71TF
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CCCTTGACAACCAATCGTT
C

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR1BQ33JQ 737 0 0
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GGAAATTCATCACATGATCCGGCTGACGATGCATCGTCTTGCAAAGGTCCATAAAGTTGA
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GTCTATCTCCAGCAAGTTCCGGATTGTTTTCACGGAGAATGTTAAAGACTCTGCCAAGAA
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GCTGTAAATCTATTCCCTCTGCATCTTCCTCGTCATCATTAGCATGCTCATCCAAATCTT
CTGCAGTATCGAGACTT

QA 1 737 1 737
DS 



CO CL1123Contig2 1169 4 19 U
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TACCCATTGTCCTGCTGATTTCATTCGTCTGCGCCGCGTGCTTGATTTGATTCCTCGCAA
GCAAACCTTCTTCCATCACACCTTTTTGGCACCACATCTCTTTTACTTCCACATCGTCGT
AGCAAATCATGGCTGATGAAAATAATGAGATAAAGGAAGTGAAGGACGAGCAAGATCTCG
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AGGACTGTACAGAGTCATCACAGCCCGAGAAGTCTGATTCACTGCCTGCTAATGATGGCC
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TTCGTGAGGGAACGGAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGATCTTTGCAAGACGATGC
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TTGACGGGCAGCAACGATTGGTTGTCAAGGGAAGATTTGCTCCCAAGAATTTCGAAGGGA
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CCGTTTTTTTAAAGAATATGACGCATAATCTACTTTGGTCTCCATACTATGTCTTTAAAA
AAAAATCAAATATGGGATAGGTTTTGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ33TF U 6
AF RR1GF90TF U 1
AF RR1F247TF U 375
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GG
ACTTTTCTCTTAAAAGGAAACCTAGCGACCGTATCAGAAAAGAGAAGAAGCCTTACCCAT
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TGATCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCATTCAAGATCCTATCGAGGACTG
TACAGAGTCATCACAGCCCGAGAAGTCTGATTCACTGCCTGCTAATGATGGCCTTGAGAG
TTCCTTTGCTGGTCTGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCCTGTTGAAATT*CAAGCTCATTGAA
TGAAGAAAGTCTCGATACTGCAGAAGATTTGGATGAGCATGCTAATGATGACGAGGAAGA
TGCAGAGGGAATAGATTTACAGCAGCAGCAGCAGCAACGTTACCCCTGGGAGGGGAGTGA
TAGGGATTACATATACGACGAGCTTCTTGGCAGAGTCTTTAACATTCTCCGTGAAAACAA
TCCGGAACTTGCTGGAGATAGACGTCGTACGGTTATGAGGCCTCCTCAAGTTCTTCGCGA
GGGAACGAAGAAGACTGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCA*GACGATGCATCGTCA
GCCGGATCATGTGATGAATTTCCTTCTTGCTGAG

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DS 

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TACCCATTGTCCTGCTGATTTCATTCGTCTGCGCCGCGTGCTTGATTTGATTCCTCGCAA
GCAAACCTTCTTCCATCACACCTTTTTGGCACCACATCTCTTTTACTTCCACATCGTCGT
AGCAAATCATGGCTGATGAAAATAATGAGATAAAGGAAGTGAAGGACGAGCAAGATCTCG
CACCCTTTGATCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCATTCAAGATCCTATCG
AGGACTGTACAGAGTCATCACAGCCCGAGAAGTCTGATTCACTGCCTGCTAATGATGGCC
TTGAGAGTTCCTTTGCTGGTCTGAAGAAAAAGAAGAAGCAGCCTGTTGAAATTTCAAGCT
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AGGAAGATGCAGAGGGGATAGATTTACAGCAGCAGCAGC***AACGTTACCCCTGGGAGG
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TTGACGG*CAGCAACGAT*GGTTGTCAAGGGA

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GGGATAGATTTACAGCAGCAGCAGC***AACGTTACCCCTGGGAGGGAAGTGATAGGGAT
TACATATACGACGAGCTTCTTGGCAGAGTCTTTAACATTCTCCGTGAAAACAATCCGGAA
CTTGCTGGAGATAGACGGCGTACGGTTATGAGGCCTCCTCAAGTTCTTCGTGAGGGAACG
AAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGATCTTTGCAAGACGATGCATCGTCAGCCGGAT
CATGTGATGAATTTCCTTCTTGCTGAGTTGGGTACGAGTGGTTCGCTTGACGGGCAGCAA
CGATTGGTTGTCAAGGGAAGATTTGCTCCCAAGAATTTCGAAGGGATACTGAGGCGTTAC
GTCACTGAGTACGTCATTTGCCTTGGTTGCAAGAGTCCGGACACAATTCTCTCAAAGGAG
AATCGTCTCTTCTTTCTCAGATGCGAAAAGTGTGGATCTGGACGATCGGTGGCGCAGATC
AAAGCTGGTTTTGTTGCTCGTGTTGGTCGCAGGAAGACTTGAGAAATTGGTGGGTGAAGT
GAACACTAAAGAGCTTGTTATGGAGTTGAGAAACTTGTTTTGTTTTTCGTTTTTTTAAAG
AATATTACGCATAATCTACTTTGGTCTCCATACTATGTCTTTAAAAAAAA

QA 1 770 1 770
DS 

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ACAGCAGCAGCAGC***AACGTTACCCCTGGGAGGGAAGTGATAGGGATTACATATACGA
CGAGCTTCTTGGCAGAGTCTTTAACATTCTCCGTGAAAACAATCCGGAACTTGCTGGAGA
TAGACGGCGTACGGTTATGAGGCCTCCTCAAGTTCTTCGTGAGGGAACGGAGAAGACAGT
GTTTGTCAACTTTATGGATCTTTGCAAGACGATGCATCGTCAGCCGGATCATGTGATGAA
TTTCCTTCTTGCTGAGTTGGGTACGAGTGGTTCGCTTGACGGGCAGCAACGATTGGTTGT
CAAGGGAAGATTTGCTCCCAAGAATTTCGAAGGGATACTGAGGC**TACGTCACTGAGTA
CGTCATTTGCCTTGGTTGCAAGAGTCCGGACACAATTCTCTCAAAGGAGAATCGTCTCTT
CTTTTTCAGATGCGAAAAGCGTGGATCTGGACGATCGGTGGCGCAGATCAAAGCTGGTTT
TGTTGCTCGTGTTGGTCGCAGGAAGACTTGAGAAATTGGTGGGTGAAGTGAACACTAAAG
AGCTTGTTATGGAGTTGAGAAACTTGTTTTGTTTTCGTTTTTTTTAAAGAATATGAGGCA
TAATCTACTTTGGTCTCCATACTATGTCTTTAAAAAAAAATCAAATATGGGATAGGTTTT
GGAC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 4

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1FN47TF C 9
AF RR1E542JQ U 1
AF RR1BE16JQ U 131
AF RR1BE16TF C 131
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RD RR1FN47TF 282 0 0
GAAG
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ATAACAAAGTAAATCAAATAAATTAAAGATTTGTTCCCACAGATAACAAAAATAACCATT
ATTCTTCTTCCTTTGATTTGGGTTCTGACAAGTACAGTATGGTAACACATCTAGTTTCAA
ATATCAGACCTTGGTTGAGATTTGAACCGGTAGAGCAC

QA 5 282 5 282
DS 

RD RR1E542JQ 404 0 0
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AAAATAACCATTATTCTTCTTCCTTTGATTTGGGTTCTGACAAGTACAGTATGGTAACAC
ATCTAGTTTCAAATATCAGACCTTGGTTGAAATTTGAACCGGTAGAGCACTTTCTTTTTC
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CCAGTTATCACCGGTTCGTCACTTAACCCAATCTTTCGGTTCTT

QA 1 404 1 404
DS 

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CC

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DS 

RD RR1BE16TF 302 0 0
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AAATATCAGACCTTGGTTGAGATTTGAACCGGTAGAGCACTTTCTTTTTCTTGGAAGTCT
GGTTATCGATTGTGATCACAATCTTTCCCGGTTCACCAACCTTGAAAGAACCAGTTATCA
CCGGTTCGTCACTTAACCCAATCTTTCGGTTCTTAGAGACGATCACATCATAGCTTCCCT
C
C

QA 1 301 1 301
DS 



AS 1 6

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GCTTAACTACTTTGTTAAGTGTTTCTCGTAAAAAAAACTCTTTGTGGATGATGATATAGG
AATGGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT73JQ U 6
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AF RR1FH38TF C 78
AF RR1CZ22JQ U 117
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RD RR1CT73JQ 736 0 0
G
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TGCCTTGGTGAAAGGCTTGCTCTAGCTCCAGCTGTGTTGGCTGCCTTGAACCATCTCCTG
CGAATGTTCCAGCTCCATAAGGGCTCCCACCTTTAACTTTCTCCATCTCGAACATTCCAG
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GGAGTGCTTCTTCTGGAAGCGTCTCTGGTACCTGCCATAGTTTGACTTCAACACCTTCAA
CAGAAGCAGCTCCTT

QA 2 736 2 736
DS 

RD RR1FH38JQ 816 0 0
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ATCTATACGTAAAACAAAGACAAGAATATATTATTGCTGTGAAATAATATTAAAGTGAAA
GAACTTATATATTATTAATAAAGCAGAACAAAACCGGTAATGTTTTTTGTTCTTATTGAT
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AGGCTTTGAACTGAGCAGCCATCATACCGAACCTCGTTGGGAAACCAAAGAAAAAGCCAT
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TCTTAAGGAGTGCTTCTTCTGGAAGCGTCTCTGGTACCTGCCATAGTTTGACTTCAACAC
CTTCAACAGAAGCAGCTCCTTTCCTTATTTCTTCAGCCAATTTCTGCACATGGCCGTACA
TTGAGTAGTACACGATATATACTTTGGTCGCCAT
CC

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1FH38TF 739 0 0
AGACAAGAATATATTATTGCTGTGAAATAATATTAAAGTGAAAGAACTTATATATTAT*A
ATAAAGCAGAACAAAACCGGTAATGTTTTT*GTTCTTATTGATACCAAATCATTAGAAAG
CATTAAGCAGTAGATCCCTTAAGCTTCTTGGTGATGGTTGCAACGTATTTGCCTTGGTGA
AAGGCTTGCTCTAGCTCCAGCTGTGTTGGCTGCCTTGAACCATCTCCTGCGAATGTTCCA
GCTCCATAAGGGCTCCCACCTTTAACTTTCTCCATCTCGAACATTCCAGCACCAAATGTG
TAACCGATTGGGACAAATATCATCCCGTGGTGGACCAGCTGAGTTATCGCCGTCAATGCG
GTGGTTTCTTGGCCACCACCTTGAGAGCCAGTACTGTAGAAGATACCAGCTGGTTTACCG
GCGAGTGCCTGAGTCCTCCAGAGTCCACCGGTTGCGTCCAAGAAGGCTTTGAACTGAGCA
GCCATCATACCGAACCTCGTTGGGAAACCAAAGAAAAAGCCATCAGCTTCAGTTAGGTCG
TTGGGTGTGATGATTGGTGATCCACTCTTTGGTGGTGCGCTCATCTTAAGGAGTGCTTCT
TCTGGAAGCGTCTCTGGTACCTGCCATAGTTTGACTTCAACACCTTCAACAGAAGCAGCT
CCTTTCCTTATTTCTTCAGCCAATTTCTGCACATGGCCGTACATTGAGTAGTACACGATA
TATACTTTGGTCGCCAT
CC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1CZ22JQ 737 0 0
GG
AAGAACTTATATATTATTAATAAAGCAGAACAAAACCGGTAATGTTTTTTGTTCTTATTG
ATACCAAATCATTAGAAAGCATTAAGCAGTAGATCCCTTAAGCTTCTTGGTGATGGTTGC
AACGTATTTGCCTTGGTGAAAGGCTTGCTCTAGCTCCAGCTGTGTTGGCTGCCTTGAACC
ATCTCCTGCGAATGTTCCAGCTCCATAAGGGCTCCCACCTTTAACTTTCTCCATCTCGAA
CATTCCAGCACCAAATGTGTAACCGATTGGGACAAATATCATCCCGTGGTGGACCAGCTG
AGTTATCGCCGTCAATGCGGTGGTTTCTTGGCCACCACCTTGAGAGCCAGTACTGTAGAA
GATACCAGCTGGTTTACCGGCGAGTGCCTGAGTCCTCCAGAGTCCACCGGTTGCGTCCAA
GAAGGCTTTGAACTGAGCAGCCATCATACCGAACCTCGTTGGGAAACCAAAGACAAAGCC
ATCAGCTTCAGTTAGGTCGTTGGGTGTGATGATTGGTGATCCACTCTTTGGTGGTGCGCT
CATCTTAAGGAGTGCTTCTTCTGGAAGCGTCTCTGGTACCTGCCATAGTTTGACTTCAAC
ACCTTCAACAGAAGCAGCTCCTTTCCTTATTTCTTCAGCCAATTTCTGCACATGACCGTA
CATTGAGTAGTACACGATATATACTTTGGTCGCCATGGGGATCGTTTCTTAGTTTTTCTG
AAGCTTAACTACTTT

QA 3 737 3 737
DS 

RD RR1CZ22TF 689 0 0
TTGTTCTTATTGATACCAAATCATTAGAAAGCATTAAGCAGTAGATCCCTTAAGCTTCTT
GGTGATGGTTGCAACGTATTTGCCTTGGTGAAAGGCTTGCTCTAGCTCCAGCTGTGTTGG
CTGCCTTGAACCATCTCCTGCGAATGTTCCAGCTCCATAAGGGCTCCCACCTTTAACTTT
CTCCATCTCGAACATTCCAGCACCAAATGTGTAACCGATTGGGACAAATATCATCCCGTG
GTGGACCAGCTGAGTTATCGCCGTCAATGCGGTGGTTTCTTGGCCACCACCTTGAGAGCC
AGTACTGTAGAAGATACCAGCTGGTTTACCGGCGAGTGCCTGAGTCCTCCAGAGTCCACC
GGTTGCGTCCAAGAAGGCTTTGAACTGAGCAGCCATCATACCGAACCTCGTTGGGAAACC
AAAGACAAAGCCATCAGCTTCAGTTAGGTCGTTGGGTGTGATGATTGGTGATCCACTCTT
TGGTGGTGCGCTCATCTTAAGGAGTGCTTCTTCTGGAAGCGTCTCTGGTACCTGCCATAG
TTTGACTTCAACACCTTCAACAGAAGCAGCTCCTTTCCTTATTTCTTCAGCCAATTTCTG
CACATGACCGTACATTGAGTAGTACACGATATATACTTTGGTCGCCATGGGGATCGTTTC
TTAGTTTTTCTGAAGCTTAACTACTTT
CC

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1CT73TF 603 0 0
GAATGTTCCAGCTCCATAAGGGCTCCCACCTTTAACTTTCTCCATCTCGAACATTCCAGC
ACCAAATGTGTAACCGATTGGGACAAATATCATCCCGTGGTGGACCAGCTGAGTTATCGC
CGTCAATGCGGTGGTTTCTTGGCCACCACCTTGAGAGCCAGTACTGTAGAAGATACCAGC
TGGTTTACCGGCGAGTGCCTGAGTCCTCCAGAGTCCACCGGTTGCGTCCAAGAAGGCTTT
GAACTGAGCAGCCATCATACCGAACCTCGTTGGGAAACCAAAGACAAAGCCATCAGCTTC
AGTTAGGTCGTTGGGTGTGATGATTGGTGATCCACTCTTTGGTGGTGCGCTCATCTTAAG
GAGTGCTTCTTCTGGAAGCGTCTCTGGTACCTGCCATAGTTTGACTTCAACACCTTCAAC
AGAAGCAGCTCCTTTCCTTATTTCTTCAGCCAATTTCTGCACATGACCGTACATTGAGTA
GTACACGATATATACTTTGGTCGCCATGGGGATCGTTTCTTAGTTTTTCTGAAGCTTAAC
TACTTTGTTAAGTGTTTCTCGTAAAAAAAACTCTTTGTGGATGATGATATAGGAATGGTT
CCC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 6

CO CL1126Contig1 884 6 4 U
GGACCTCTTTTGAATCAACTGCAAATCCAGCAATTGAGTAATCGAAGAAGAAGATGAGCG
ACGTGTTCGAAGGGTACGAGCGGCAGTACTGCGAGCTATCAACTAATCTC*ACCCGTAAA
TCCAATTCAGCTTCCCTTCTCCCCCATGGAGATGATAAGAAAGGGAAGCTTGGTGAGATC
AAATCTGGAATTGATGAAGCTGATGTCTTGATCAGAAAAATGGACCTTGAGGCGAGGAGT
TTACAGCCGAGTGCTAAGGCTACCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTC
AACCAACTCAAGAAGGAATTCAAGAGAGTTTCTTCTCCAGATGTTAATCAATCTGCACGT
GAAGAGTTGATGGAATCTGGAATGGCAGATCCCCACTCGGTTTCTACTGATCAAAGAGAG
AGGTTGGCAATGTCCGTGGAGAGGCTTGATCAGTCTAGCGACAGAATCAGAGAGAGTAGA
AGAACCATGATGGAGACCGAAGAGCTTGGTGTCTCCATTCTCCAAGATCTTAGTCAGCAG
CGCCAAACTCTCCTTCACTCCCACAGCAAGCTTCATGGTGTGGATGAGGCCATTGACAAG
AGCAAGAAGGTCTTGACGGCTATGTCGAGAAGAATGACGAGGAACAAATGGATCGTTACT
TCAGTGATCATTGCTCTCATTCTCGCCATCATCCTCATCATTTCATTCAAACTTTCTCAT
TGATATATGCTCTCAGCCATTTGTGTATAAGATTGCTGGTACTTTCCTTTGTAATGAGTG
GGCTTGGATCTCTTTGTCTCCCCCAGGTTTCCACTTGTATGACCCAAAAATGTGTTATGA
CATGTTTTTACATATTACTATTACAAAGTGGTACAAGTCCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H639TF U 1
AF RR1EI18TF U 7
AF RR1AS26TF U 1
AF RR1AS26JQ C 2
AF RR1H639JQ C 302
AF RR1EI18JQ C 140
BS 1 145 RR1AS26TF
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BS 803 884 RR1AS26JQ

RD RR1H639TF 637 0 0
GGACCT
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AAGGTCTTGACGGCTATGTCGAGAAGAATGA

QA 7 637 7 637
DS 

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TCGAAGGGTACGAGCGGCAGTACTGCGAGCTATCAACTAATCTC*ACCCGTAAATCCAAT
TCAGCTTCCCTTCTCCCCCATGGAGATGATAAGAAAGGGAAGCTTGGTGAGATCAAATCT
GGAATTGATGAAGCTGATGTCTTGATCAGAAAAATGGACCTTGAGGCGAGGAGTTTACAG
CCGAGTGCTAAGGCTACCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTCAACCAA
CTCAAGAAGGAATTCAAGAGAGTTTCTTCTCCAGATGTTAATCAATCTGCACGTGAAGAG
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GCAATGTCCGTGGAGAGGCTTGATCAGTCTAGCGACAGAATCAGAGAGAGTAGAAGAACC
ATGATGGAGACCGAAGAGCTTGGTGTCTCCATTCTCCAAGATCTTAGTCAGCAGCACCAA
ACTCTCCTTCACTCCCACAGCAGGCTTCATGGTGTGGATGAGGCCATTGACAAGAGCAAG
AAGGCCTTGACGGCTATGTCGAGAAGAATGACGAGGAACAAATGGATCGTTACTTCAGTG
ATCATTGCTCTCATTCTCGCCATCATCCTCATCATTTCATTCAAACTTTCTCATTGATAT
ATGCTCTCAGCCATTTGTGTA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1AS26TF 802 0 0
GGACCTCTTTTGAATCAACTGCAAATCCAGCAATTGAGTAATCGAAGAAGAAGATGAGCG
ACGTGTTCGAAGGGTACGAGCGGCAGTACTGCGAGCTATCAACTAATCTC*ACCCGTAAA
TCCAATTCAGCTTCCCTTCTCCCCCGTGGAGATGATAAGAAAGGGAAGCTTGGTGAGATC
AAATCTGGAATTGATGAAGCTGATGTCTTGATCAGAAAAATGGACCTTGAGGCGAGGAGT
TTACAGCCGAGTGCTAAGGCTACCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTC
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CGCCAAACTCTCCTTCACTCCCACAGCAAGCTTCATGGTGTGGATGAGGCCATTGACAAG
AGCAAGAAGGTCTTGACGGCTATGTCGAGAAGAATGACGAGGAACAAATGGATCGTTACT
TCAGTGATCATTGCTCTCATTCTCGCCATCATCCTCATCATTTCATTCAAACTTTCTCAT
TGATATATGCTCTCAGCCATTTGTGTATAAGATTGCTGGTACTTTCCTTTGTAATGAGTG
GGCTTGGATCTCTTTGTCTCCC

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1AS26JQ 883 0 0
GGACT
CTTTTGAATCAACTGCAAATCCAGCAATTGAGTAATCGAAGAAGAAGATGAGCGACGTGT
TCGAAGGGTACGAGCGGCAGTACTGCGAGCTATCAACTAATCTCCACCCGTAAATCCAAT
TCAGCTTCCCTTCTCCCCCGTGGAGATGATAAGAAAGGGAAGCTTGGTGAGATCAAATCT
GGAATTGATGAAGCTGATGTCTTGATCAGAAAAATGGACCTTGAGGCGAGGAGTTTACAG
CCGAGTGCTAAGGCTACCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTCAACCAA
CTCAAGAAGGAATTCAAGAGAGTTTCTTCTCCAGATGTTAATCAATCTGCACGTGAGGAG
TTGATGGAATCTGGAATGGCAGATCCCCACTCGGTTTCTACTGATCAAAGAGAGAGGTTG
GCAATGTCCGTGGAGAGGCTTGATCAGTCTAGCGACAGAATCAGAGAGAGTAGAAGAACC
ATGATGGAGACCGAAGAGCTTGGTGTCTCCATTCTCCAAGATCTTAGTCAGCAGCGCCAA
ACTCTCCTTCACTCCCACAGCAAGCTTCATGGTGTGGATGAGGCCATTGACAAGAGCAAG
AAGGTCTTGACGGCTATGTCGAGAAGAATGACGAGGAACAAATGGATCGTTACTTCAGTG
ATCATTGCTCTCATTCTCGCCATCATCCTCATCATTTCATTCAAACTTTCTCATTGATAT
ATGCTCTCAGCCATTTGTGTATAAGATTGCTGGTACTTTCCTTTGTAATGAGTGGGCTTG
GATCTCTTTGTCTCCCCCAGGTTTCCACTTGTATGACCCAAAAATGTGTTATGACATGTT
TTTACATATTACTATTACAAAGTGGTACAAGTCCTCCC

QA 6 883 6 883
DS 

RD RR1H639JQ 563 0 0
ACCAACTCAAGAAGGAATTCAAGAGAGTTTCTTCTCCAGATGTTAATCAATCTGCACGTG
AAGAGTTGATGGAATCTGGAATGGCAGATCCCCACTCGGTTTCTACTGATCAAAGAGAGA
GGTTGGCAATGTCCGTGGAGAGGCTTGATCAGTCTAGCGACAGAATCAGAGAGAGTAGAA
GAACCATGATGGAGACCGAAGAGCTTGGTGTCTCCATTCTCCAAGATCTTAGTCAGCAGC
GCCAAACTTTCCTTCACTCCCACAGCAAGCTTCATGGTGTGGATGAGGCCATTGACAAGA
GCAAGAAGGTCTTGACGGCTATGTCGAGAAGAATGACGAGGAACAAATGGATCGTTACTT
CAGTGATCATTGCTCTCATTCTCGCCATCATCCTCATCATTTCATTCAAACTTTCTCATT
GATATATGCTTTCAGCCATTTGTGTATAAGATTGCTGGTACTTTCCTTTGTAATGAATGG
GCTTGGATCTCTTTGTCTCCCCCAGGTTTCCACTTGTATGACCCAAAAATGTGTTATGAC
ATGTTTTTACATATTACTATTAC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1EI18JQ 712 0 0
TCCCCCATGGAGATGATAAGAAAGGGAAGCTTGGTGAGATCAAATCTGGAATTGATGAAG
CTGATGTCTTGATCAGAAAAATGGACCTTGAGGCGAGGAGTTTACAGCCGAGTGCTAAGG
CTACCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTCAACCAACTCAAGAAGGAAT
TCAAGAGAGTTTCTTCTCCAGATGTTAATCAATCTGCACGTGAAGAGTTGATGGAATCTG
GAATGGCAGATCCCCACTCGGTTTCTACTGATCAAAGAGAGAGGTTGGCAATGTCCGTGG
AGAGGCTTGATCAGTCTAGCGACAGAATCAGAGAGAGTAGAAGAACCATGATGGAGACCG
AAGAGCTTGGTGTCTCCATTCTCCAAGATCTTAGTCAGCAGCACCAAACTCTCCTTCACT
CCCACAGCAGGCTTCATGGTGTGGATGAGGCCATTGACAAGAGCAAGAAGGCCTTGACGG
CTATGTCGAGAAGAATGACGAGGAACAAATGGATCGTTACTTCAGTGATCATTGCTCTCA
TTCTCGCCATCATCCTCATCATTTCATTCAAACTTTCTCATTGATATATGCTTTCAGCCA
TTTGTGTATAAGATTGCTGGTACTTTCCTTTGTAATGAATGGGCTTGGATCTCTTTGTCT
CCCCCAGGTTTCCACTTGTATGACCCAAAAATGTGTTATGACATGTTTTTAC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 5

CO CL1127Contig1 1005 5 9 U
CTTTTATTAAAAACATTTATTTTTTTATGAAATCAAAATTCAAAACATATGGTA*TCAGT
ATCCCAAACATACTTTTCTCTCTGTTTCTTTGTGATGTAAATAATCATAAGTTGTAAGAA
ATTCACCAAGAATAATCAAACTCTGACACT*GTGTTCTTGAGATGGATAG*TGTTTCAAG
ACATGAACAGAGCCTTGCATTTTGCCATTGTGTCATCTGGACTCGTAACTGAATGGCCTA
TTGTTTTTGGTGATTCATAGATTTCATAGTCGTTTCCTCCCTCATAGGTTTTGTCACCGA
AGAAATGGATTTCAGTAAAGTCTTCAAGGTATTGCAAGCAGTAAGTCTTGTCCCAACCTT
TAGGAAAGACATCGAAGCTAATCTGTCCTCCAATGGAGAAAGTAAGGTTCAGATGCGCAA
ACCGCTCACGAAGTTCAGCCACCATCTTTGGTCTAATGTTTTGAACCTTATCATATCTCT
CGAATTCGTCTCTTTCTTCTTGACTGCAATTGCGACCAATAGGTGATACATTGAGCATGC
CATTTCGGAACTCTATGAATGTTCCCCTTTTGATTGGAATATCCAAGTCTGCAATGCAGT
GCAGCGTAAATTTTATCAACTCCTTGAGTTTATCTTCTCCCAAATGCAGCTTCAGGCTCT
GGATCCCAATGGGTTTTCCATCTTTATGAGCAACAAGACCATTCTCAGAGAAACAATAAT
CATAGTCGGTAGTGACTGTTTTGCTAAGCTGCTCAGATATCTTGGTTAAATCAGATCCAC
CGACGACTCCAACAGTGACGACCTTGCGCAATTCTCGGATGAAATCGAGAAGTTCTGGAG
TAGCTTCCTTCCTTGGAGCTGTGAGAGTCCCGTCCACGTCGAACAAAGCGATCACTCCTG
CCTTCTTGGCCGCCATTGAATGTGGATGAAGAGTTTTCACAATGGGATATGATAATTAAT
GGAGAGCAAGAAGATGATGTGAATGTCAATTTTGGACCGATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DK41JQ U 31
AF RR1G639JQ U 31
AF RR1A483JQ U 1
AF RR1A483TF C 111
AF RR1G639TF C 353
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BS 503 503 RR1G639JQ
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BS 510 596 RR1A483JQ
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BS 788 925 RR1A483TF
BS 926 1005 RR1G639TF

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TGTGATGTAAATAATCATAAGTTGTAAGAAATTCACCAATAATAATCAAACTCTGACACT
TGTGTTCTTGAGATGGATAGGTCTTTCAAGACATGAACAGAGCCTTGCATTTTGCCATTG
TATCATCTGGACTCGTAACTGAATGGCCTATTGTTTTTGGTGATTCATAGATTTCATAGT
CGTTTCCTCCCTCATAGGTTTTGTCACCGAAGAAATGGATTTCAGTAAAGTCTTCAAGGT
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CAATGGAGAAAGTAAGGTTC

QA 1 380 1 380
DS 

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TGTGATGTAAATAATCATAAGTTGTAAGAAATTCACCAAGAATAATCAAACTCTGACACT
*GTGTTCTTGAGATGGATAG*TGTTTCAAGACATGAACAGAGCCTTGCATTTTGCCATTG
TGTCATCTGGACTCGTAACTGAATGGCCTATTGTTTTTGGTGATTCATAGATTTCATAGT
CGATTCCTCCCTCATAGGTTTTGTCACCGAAGAAATGGATTTCAGTAAAGTCTTCAAGGT
ATTGCAAGCAGTAAGTCTTGTCCCAACCTTTAGGAAAGACATCGAAGCTAATCTGTCCTC
CAATGGAGAAAGTAAGGTTCAGATGCGCAAACCGCTCACGAAGTTCAGCCACCATCTTTG
GTCTAATGTTTTGAACCTTATCATATCTCTCGAATTCGTCTCTTTCTTCTTGACTGCAAT
TGCGACCAATAGGTGATACATTGAGCATGCCATTTCGGAACTCTATGAATGTTCCCCTTT
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TATCTTCTCCCAAATGCAGCT

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DS 

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ATCCCAAACATACTTTTCTCTCTGTTTCTTTGTGATGTAAATAATCATAAGTTGTAAGAA
ATTCACCAAGAATAATCAAACTCTGACACT*GTGTTCTTGAGATGGATAG*TGTTTCAAG
ACATGAACAGAGCCTTGCATTTTGCCATTGTGTCATCTGGACTCGTAACTGAATGGCCTA
TTGTTTTTGGTGATTCATAGATTTCATAGTCGTTTCCTCCCTCATAGGTTTTGTCACCGA
AGAAATGGATTTCAGTAAAGTCTTCAAGGTATTGCAAGCAGTAAGTCTTGTCCCAACCTT
TAGGAAAGACATCGAAGCTAATCTGTCCTCCAATGGAGAAAGTAAGGTTCAGATGCGCAA
ACCGCTCACGAAGTTCAGCCACCATCTTTGGTCTAATGTTTTGAACCTTATCATATCTCT
CGAATTCGTCTCTTTCTTCTTGGCTGCAGTTGCGACCAATAGGTGATACATTGAGCATGC
CATTTCGGAACTCTATGAATGTTCCCCTTTTGATTGGAATATCCAAGTCTGCAATGTAGT
GCAGCGTAAATTTTATCAACTCCTTGAGTTTATCTTCTCCCAAATGCAGCTTCAGGCTCT
GGATCCCAATGGGTTTTCCATCTTTATGAGCAACAAGACCATTCTCAGAGAAACAATAAT
CATAGTCGGTAGTGACTGTTTTGCTAAGCTGCTCAGATATCTTGGTTAAATCAGATCCAC
CGACGAC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1A483TF 822 0 0
AG
TGTAAGAAAT*CACCAAGAATAATCAAACTCTGACACT*GTGTTCTTGAGATGGATAG*T
GTTTCAAGACATGAACAGAGCCTTGCATTTTGCCATTGTGTCATCTGGACTCGTAACTGA
ATGGCCTATTGTTTTTGGTGATTCATAGATTTCATAGTCGTTTCCTCCCTCATAGGTTTT
GTCACCGAAGAAATGGATTTCAGTAAAGTCTTCAAGGTATTGCAAGCAGTAAGTCTTGTC
CCAACCTTTAGGAAAGACATCGAAGCTAATCTGTCCTCCAATGGAGAAAGTAAGGTTCAG
ATGCGCAAACCGCTCACGAAGTTCAGCCACCATCTTTGGTCTAATGTTTTGAACCTTATC
ATATCTCTCGAATTCGTCTCTTTCTTCTTGGCTGCAGTTGCGACCAATAGGTGATACATT
GAGCATGCCATTTCGGAACTCTATGAATGTTCCCCTTTTGATTGGAATATCCAAGTCTGC
AATGTAGTGCAGCGTAAATTTTATCAACTCCTTGAGTTTATCTTCTCCCAAATGCAGCTT
CAGGCTCTGGATCCCAATGGGTTTTCCATCTTTATGAGCAACAAGACCATTCTCAGAGAA
ACAATAATCATAGTCGGTAGTGACTGTTTTGCTAAGCTGCTCAGATATCTTGGTTAAATC
AGATCCACCGACGACTCCAACAGTGACGACCTTGCGCAATTCTCGGATGAAATCGAGAAG
TTCTGGAGTAGCTTCCTTCCTTGGAGCTGTGAGAGTCCCGTCCACGTCGAACAAAGCGAT
CACTCCTGCCTTCTTGGCCGCCATTGAATGTGG
ATGAAGA

QA 3 815 3 815
DS 

RD RR1G639TF 653 0 0
CCCAA
CTTTAGGAAAGACATCGAAGCTAATCTGTCCTCCAATGGAGAAAGTAAGGTTCAGATGCG
CAAACCGCTCACGAAGTTCAGCCACCATCTTTGGTCTAATGTTTTGAACCTTATCATATC
TCTCGAATTCGTCTCTTTCTTCTTGACTGCAATTGCGACCAATAGGTGATACATTGAGCA
TGCCATTTCGGAACTCTATGAATGTTCCCCTTTTGATTGGAATATCCAAGTCTGCAATGC
AGTGCAGCGTAAATTTTATCAACTCCTTGAGTTTATCTTCTCCCAAATGCAGCTTCAGGC
TCTGGATCCCAATGGGTTTTCCATCTTTATGAGCAACAAGACCATTCTCAGAGAAACAAT
AATCATAGTCGGTAGTGACTGTTTTGCCAAGCTGCTCAGATATCTTGGTTAAATCAGATC
CACCGACGACTCCAACAGTGACGACCTTGCGCAATTCTCGGATGAAATCGGGAAGTTCTG
GAGTAGCTTCCTTCCTTGGAGCTGTGAGAGTCCCGTCCACGTCGAACAAAGCGATCACTC
CTGCCTTCTTGGCCGCCATTGAATGTGGATGAAGAGTTTTCACAATGGGATATGATAATT
AATGGAGAGCAAGAAGATGATGTGAATGTCAATTTTGGACCGATCTCC

QA 6 653 6 653
DS 



AS 1 6

CO CL1128Contig1 1034 6 50 U
GGACCGAACCAAAACACAATCTCTCTCTCTCTCCTCTAATCTCTAATCTCT*********
************CTCTCTATCATCTCAATGGAGAACTCGCCCAGATACAGAATTGCTTCA
ACGAATCTGATTCCATCTCCTCGATGCCACAACAACAGCAGCTGCAGTATGAACAGCAGC
ACTGAGAGCAACAAACCACCCATAACTCCGACCCGACACGTAACCACCAGATCCGAATCT
GGAAACCCGTACCCAACCACTTTCGTCCAAGCAGATACCTCTTCATTCAAACAAGTCGTC
CAGATGCTAACCGGATCCTCCGACAGACCCAAACAACACAACACCTCCTCTCTTAAACCC
AACCCGGCCCATCAACCCGACCCGAGATCCTCCCC*TTCCCAATTCTCAATCCCTGCAAT
CAAAGCCGTAAACAAGAAACAGTCTTCTTCCCCCTCAGGGTTCCGTCTCTACGAGCGCCG
TAACTCGATGAAGAATCTCAAAATCAACCCGTTAGACCCTGTTTTCAACCCGGCTTTCTC
GCCCCGGAAACCCGAGATCCTCTCTCCAAGCATCCTCGATTTCCCGTCTCTCGTTTTAAG
CCCGGTCACTCCTCTTATACCCGACCCGTTTAATCGATCCGGGTCATCGAGTCAAAGCCC
CGACGATGCTGAGGAGAAGGCGATGAAAGAGAAAGGCTTTTATTTGCATCCGTCTCCGGC
GACAACTCCGATGGATTCAGAGCCTCGTCTTCTTCCTCTGTTTCCGGTTACTTCTCCTCG
AGTCTCAGGTTCTTCCACAGATTCTAGTTCTTGAATGAAACCAAACTCTAATTTTTTTTA
AATATCATTTCCTTTGTGATTTTTATTTATATATTATAAATGGGAATT*GAGATGAATCC
TGATGAGAATTGTTAT*ATATGAGAGATTATTGTAATGCTGAGATGATATGTTTGCCAAA
AGCCAACTGATATTTGAGATTGTACTAATCTCTAAGGTGTTTATTGGTTTCGTTGCTCAT
ATTTGACTTGATCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E208TF U 1
AF RR1CL66TF U 1
AF RR1EJ86TF U 1
AF RR1E208JQ C 252
AF RR1EJ86JQ C 280
AF RR1CL66JQ C 290
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BS 112 113 RR1CL66TF
BS 114 117 RR1E208TF
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BS 119 223 RR1E208TF
BS 224 224 RR1CL66TF
BS 225 227 RR1E208TF
BS 228 228 RR1CL66TF
BS 229 533 RR1E208TF
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BS 535 553 RR1E208TF
BS 554 554 RR1CL66TF
BS 555 631 RR1E208TF
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BS 791 814 RR1EJ86TF
BS 815 820 RR1E208JQ
BS 821 821 RR1EJ86JQ
BS 822 888 RR1E208JQ
BS 889 889 RR1EJ86JQ
BS 890 911 RR1E208JQ
BS 912 913 RR1EJ86JQ
BS 914 916 RR1E208JQ
BS 917 917 RR1EJ86JQ
BS 918 977 RR1E208JQ
BS 978 978 RR1EJ86JQ
BS 979 986 RR1E208JQ
BS 987 1034 RR1CL66JQ

RD RR1E208TF 673 0 0
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TCTCTAATCTCTCTCTCTATCATCTCAATGGAGAACTCGCCCAGATACAGAGATGCTGCA
ACGAATCTGATTCCATCTCCTCGATGCCACAACAACAGCAGCTGCAGTATGAACAGCAGC
ACTGAGAGCAACAAACCACCCATAACTCCGACCCGACACGTAATCACTAGATCCGAATCT
GGAAACCCGTACCCAACCACTTTCGTCCAAGCAGATACCTCTTCATTCAAACAAGTCGTC
CAGATGCTAACCGGATCCTCCGACAGACCCAAACAACACAACACCTCCTCTCTTAAACCC
AACCCGGCCCATCAACCCGACCCGAGATCCTCCCC*TTCCCAATTCTCAATCCCTGCAAT
CAAAGCCGTAAACAAGAAACAGTCTTCTTCCCCCTCAGGGTTCCGTCTCTACGAGCGCCG
TAACTCGATGAAGAATCTCAAAATCAACCCGTTAGACCCTGTTTTCAACCCGGTTTTCTC
GCCCCGGAAACCCTAGATCCTCTCTCCAAGCATCCTCGATTTCCCGTCTCTCGTTTTAAG
CCCGGTCACTCCTCTTATACCCGACCCGTTTGATCGATCCGGGTCATCGAGTCAAAGCCC
CGACGATGCTGAG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1CL66TF 801 0 0
GGACCGAACCAAAACACAATCTCTCTCTCTCTCCTCTAATCTCTAATCTCT*********
************CTCTCTATCATCTCAATGGAGAACTCGCCCAGATACAGAATTGCTTCA
ACGAATCTGATTCCATCTCCTCGATGCCACAACAACAGCAGCTGCAGTATGAACAGCAGC
ACTGAGAGCAACAAACCACCCATAACTCCGACCCGACACGTAACCACCAGATCCGAATCT
GGAAACCCGTACCCAACCACTTTCGTCCAAGCAGATACCTCTTCATTCAAACAAGTCGTC
CAGATGCTAACCGGATCCTCCGACAGACCCAAACAACACAACACCTCCTCTCTTAAACCC
AACCCGGCCCATCAACCCGACCCGAGATCCTCCCC*TTCCCAATTCTCAATCCCTGCAAT
CAAAGCCGTAAACAAGAAACAGTCTTCTTCCCCCTCAGGGTCCCGTCTCTACGAGCGCCG
TAACTCGATGAAGAATCTCAAAATCAACCCGTTAGACCCTGTTTTCAACCCGGCTTTCTC
GCCCCGGAAACCCGAGATCCTCTCTCCAAGCATCCTCGATTTCCCGTCTCTCGTTTTAAG
CCCGGTCACTCCTCTTATACCCGACCCGTTTAATCGATCCGGGTCATCGAGTCAAAGCCC
CGACGATGCTGAGGAGAAG*CGATGAAAGAGAAACGCTTTTATTTGCATCCGTCTCCG*C
GACA*CTCCGATGGAT*CAGAGCCTCGTCTTCTTCCTCTGTTTC**GGTACTTCTC*TCG
AGTCTCAG*T
CTCACAGATTC

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1EJ86TF 825 0 0
GGACCGAACCAAAACACAATCTCCCTCTCTCTCCTCTAATCTCTAATCTCT*********
************CTCTCTATCATCTCAATGGAGAACTCGCCCAGATACAGAATTGCTTCA
ACGAATCTGATTCCATCTCCTCGATGCCACAACAACAGCAGCTGCAGTATGAACAGCAGC
ACTGAGAGCAACAAACCACCCATAACTCCGACCCGACACGTAACCACCAGATCCGAATCT
GGAAACCCGTACCCAACCACTTTCGTCCAAGCAGATACCTCTTCATTCAAACAAGTCGTC
CAGATGCTAACCGGATCCTCCGACAGACCCAAACAACACAACACCTCCTCTCTTAAACCC
AACCCGGCCCATCAACCCGATCCGAGATCCTCCCC*TTCCCAATTCTCAATCCCTGCAAT
CAAAGCCGTAAACAAGAAACAGTCTTCTTCCTCCTCAGGGTTCCGTCTCTACGAACGCCG
TAACTCGATGAAGGATCTCAAAATCAACCCGTTAGACCCGGTTTTCAACCCGGCTTTCTC
GCCCCGGAAACCCGAGATCCTCTCTCCAAGCATCCTCGATTTCCCGTCTCTCGTTTTAAG
CCCGGTCACTCCTCTTATACCCGACCCGTTTAATCGATCCGGGTCATCGAGTCAAAGCCC
CGACGATGCTGAGGAGAAGGCGATGAAAGAGAAAGGCTTTTATTTGCATCCGTCTCCG*C
GACA*CTCCGATGGATTCAGAGCCTCGTCTTCTTC*TCTGTTTCC*GTTACTTCTCCTCG
AGTCTCAG*TTCTTCCACAGATTCTAGTTCTTGA
TGAAACCAACT

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DS 

RD RR1E208JQ 735 0 0
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CGGATCCTCCGACAGACCCAAACAACACAACACCTCCTCTCTTAAACCCAACCCGGCCCA
TCAACCCGACCCGAGATCCTCCCC*TTCCCAATTCTCAATCCCTGCAATCAAAGCCGTAA
ACAAGAAACAGTCTTCTTCCCCCTCAGGGTTCCGTCTCTACGAGCGCCGTAACTCGATGA
AGAATCTCAAAATCAACCCGTTAGACCCTGTTTTCAACCCGGTTTTCTCGCCCCGGAAAC
CCTAGATCCTCTCTCCAAGCATCCTCGATTTCCCGTCTCTCGTTTTAAGCCCGGTCACTC
CTCTTATACCCGACCCGTTTGATCGATCCGGGTCATCGAGTCAAAGCCCCGACGATGCTG
AGGAGAAGGCGATGAAAGAGAAAGGCTTTTATTTGCATCCGTCTCCGGCGACAACTCCGA
TGGATTCAGAGCCTCGTCTTCTTCCTCTGTTTCCCGTTACTTCTCCTCGAGTCTCAGGTT
CTTCCACAGATTCTAGTTCTTGAATGAAAACAAACTCTAATTTTTTTTAAATATCATTTC
CTTTGTGATTTTTATTTATATATTATAAATGGGAATTTGAGATGAATCCTGATGAGAATT
TGTATTATATGAGAGATTATTGTAATGCTGAGATGATATGTTTGCCAAAAGCCAACTGAT
ATTTGAAATTGTACT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1EJ86JQ 711 0 0
TCTTCATTCAAACAAGTCGTCCAGATGCTAACCGGATCCTCCGACAGACCCAAACAACAC
AACACCTCCTCTCTTAAACCCAACCCGGCCCATCAACCCGATCCGAGATCCTCCCC*TTC
CCAATTCTCAATCCCTGCAATCAAAGCCGTAAACAAGAAACAGTCTTCTTCCTCCTCAGG
GTTCCGTCTCTACGAACGCCGTAACTCGATGAAGGATCTCAAAATCAACCCGTTAGACCC
GGTTTTCAACCCGGCTTTCTCGCCCCGGAAACCCGAGATCCTCTCTCCAAGCATCCTCGA
TTTCCCGTCTCTCGTTTTAAGCCCGGTCACTCCTCTTATACCCGACCCGTTTAATCGATC
CGGGTCATCGAGTCAAAGCCCCGACGATGCTGAGGAGAAGGCGATGAAAGAGAAAGGCTT
TTATTTGCATCCGTCTCCGGCGACAACTCCGATGGATTCAGAGCCTCGTCTTCTTCCTCT
GTTTCCGGTTACTTCTCCTCGAGTCTCAGGTTCTTCCACAGATTCTAGTTCTTGAATGAA
ACCAAACTCTAATTTTTTTTAAATATCATTTCCTTTGTGATTTTTATTTATATATTATAA
ATGGGAATT*GAGATGAATCCTGATGAGAATTGTTAT*ATATGAGAGATTATTGTAATGC
TGAGATGATATGTTTGCCAAAAGCCAACTGATATTTGAGATTGTACT
AACC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1CL66JQ 745 0 0
AACAAGTCGTCCAGATGCTAACCGGATCCTCCGACAGACCCAAACAACACAACACCTCCT
CTCTTAAACCCAACCCGGCCCATCAACCCGACCCGAGATCCTCCCCCTTCCCAATTCTCA
ATCCCTGCAATCAAAGCCGTAAACAAGAAACAGTCTTCTTCCCCCTCAGGGTCCCGTCTC
TACGAGCGCCGTAACTCGATGAAGAATCTCAAAATCAACCCGTTAGACCCTGTTTTCAAC
CCGGCTTTCTCGCCCCGGAAACCCGAGATCCTCTCTCCAAGCATCCTCGATTTCCCGTCT
CTCGTTTTAAGCCCGGTCACTCCTCTTATACCCGACCCGTTTAATCGATCCGGGTCATCG
AGTCAAAGCCCCGACGATGCTGAGGAGAAGGCGATGAAAGAGAAAGGCTTTTATTTGCAT
CCGTCTCCGGCGACAACTCCGATGGATTCAGAGCCTCGTCTTCTTCCTCTGTTTCCGGTT
ACTTCTCCTCGAGTCTCAGGTTCTTCCACAGATTCTAGTTCTTGAATGAAACCAAACTCT
AATTTTTTTTAAATATCATTTCCTTTGTGATTTTTATTTATATATTATAAATGGGAATT*
GAGATGAATCCTGATGAGAATTGTTAT*ATATGAGAGATTATTGTAATGCTGAGATGATA
TGTTTGCCAAAAGCCAACTGATATTTGAGATTGTACTAATCTCTAAGGTGTTTATTGGTT
TCGTTGCTCATATTTGACTTGATCG

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 6

CO CL1129Contig1 1282 6 8 U
GGGTTTCTGGTCCGTTAGACTCGTCTGGTTCCTTGAAGACGCATGTGCCTTCTGTTGTAC
ACAACCCGGCTGTAACTACACTCGGTCCTCCGGATGACTTCTCTAGCCTGAAGAGCTTCC
CGAGGCCTGTGCTGTGGCTGGTCGTTCTTATATTTATAATGGGGTTCCTTGCCGGAGGCT
TCATCCTTGGCGCGGTTCACAATCCGATGCTCCTCATCGTTGTTGCCATCTTCTTTGCGG
TCGTTGCTTCGCTTTTTGTTTGGAATATTTGTTGGGGGAGACGTGATGTCACTGATTTCG
TTGCTCGTTATCCTGATGCTGACCTTAGAACTGCCAAAAATGGTCAATACGTGAAGGTCA
CTGGGGTGGTTACATGTGGTAATGTGCCGCTTGAGTCATCCTATCAGAGAGTTCCGAGAT
GTGTGTACACATCCACATGTCTATATGAGTATCGTGGATGGGGTTCTAAACCAGCCAATT
CTTCACATCGTTCCTTCACATGGGGACTGAGATCATCAGAGAGACATGTGGTGGACTTTT
ACATATCAGACTTTCAGTCTGGACTCAGAGCCTTAGTCAAAACCGGAAACAGTGCAAAGG
TGACACCTCTTGTAGATGATTCTGCTGTCATCGATTTTAGGCACGGAAATGAGCAGATGT
CTCCAGATTTTGTTCGATGGTTACGGAAGAAGAATCTTTCAAGCGATGATCGAATAATGC
GACTCAAAGAAGGGTATATAAAAGAAGGAAGCACAGTGAGTGTGATTGGAGTGGTACAGA
GAAACGATAATGTGTTGATGATAGTGCCACCATCTGAGCCACTTGCAGCTGGCTGGCAGT
GGAGGAGATGCACTTTCCCAACAACCCTTGAAGGTATTGTTCTGAGATGTGAAGACTCAT
CAAACGTTGATGCAATACCGGTTTAAGTCCATCATCATCACAGCAACATCAGAGTTTGGT
TTCATTGAATATTTTTTTTCATAAAATCTTTTAAATATGTGGTTTCTTCTTGGTGCGTCG
GTTTGGTGGTGGGTGGTGTGGTTTCATATATACCTAAAATGAGCTAATTGTATTCTTTTT
CTTTTTTGGTTTTGTATAGCTCTTTTAAGTAAGTTCTTTTAAATAGAACTTGTCTTTTAC
TCAAGGTGTTATATAGTGTAATATGTTATGGTCAAATCTTTCTTTTTGTGGAAGAACAGA
ACTCATTTTGATTCAATTGTTTTCTATTCATTTATTTTGTTCCTATTTGGTATAATCCGT
TTAATTGTATTGCATTTACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A207TF U 1
AF RR1F006JQ C 831
AF RR1F006TF U 772
AF RR1B133TF U 510
AF RR1B133JQ C 510
AF RR1A207JQ C 439
BS 1 699 RR1A207TF
BS 700 772 RR1B133TF
BS 773 832 RR1F006TF
BS 833 833 RR1B133TF
BS 834 978 RR1F006TF
BS 979 979 RR1B133TF
BS 980 1140 RR1F006TF
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RD RR1A207TF 699 0 0
GGGTTTCTGGTCCGTTAGACTCGTCTGGTTCCTTGAAGACGCATGTGCCTTCTGTTGTAC
ACAACCCGGCTGTAACTACACTCGGTCCTCCGGATGACTTCTCTAGCCTGAAGAGCTTCC
CGAGGCCTGTGCTGTGGCTGGTCGTTCTTATATTTATAATGGGGTTCCTTGCCGGAGGCT
TCATCCTTGGCGCGGTTCACAATCCGATGCTCCTCATCGTTGTTGCCATCTTCTTTGCGG
TCGTTGCTTCGCTTTTTGTTTGGAATATTTGTTGGGGGAGACGTGATGTCACTGATTTCG
TTGCTCGTTATCCTGATGCTGACCTTAGAACTGCCAAAAATGGTCAATACGTGAAGGTCA
CTGGGGTGGTTACATGTGGTAATGTGCCGCTTGAGTCATCCTATCAGAGAGTTCCGAGAT
GTGTGTACACATCCACATGTCTATATGAGTATCGTGGATGGGGTTCTAAACCAGCCAATT
CTTCACATCGTTCCTTCACATGGGGACTGAGATCATCAGAGAGACATGTGGTGGACTTTT
ACATATCAGACTTTCAGTCTGGACTCAGAGCCTTAGTCAAAACCGGAAACAGTGCAAAGG
TGACACCTCTTGTAGATGATTCTGCTGTCATCGATTTTAGGCACGGAAATGAGCAGATGT
CTCCAGATTTTGTTCGATGGTTACGGAAGAAGAATCTTT

QA 1 699 1 699
DS 

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GGT
TGGCAGTGGAGGAGATGCACTTTCCCAACAACCCTTGAAGGTATTGTTTTGAGATGTGAA
GACTCATCAAACGTTGATGCAATACCGGTTTAAGTCCATCATCATCACAGCAACATCAGA
GTTTGGTTTCATTGAATATTTTTTT*CATAAAATCTTTTAAATATGTGGTTTCTTCTTGG
TGCGTCGGTTTGGTGGTGGGTGGTGTGGTTTCATATATACCTAAAATGAGCTAATTGTAT
TCTTTTTCTTTTTTGGTTTTGTATAGCTCTTTTAAGTAAGTTCTTTTAAATAGAACTTGT
CTTTTAC
CC

QA 4 310 4 310
DS 

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G
GGTACAGAGAAACGATAATGTGTTGATGATAGTGCCACCATCTGAGCCACTTGCAGCTGG
TTGGCAGTGGAGGAGATGCACTTTCCCAACAACCCTTGAAGGTATTGTTCTGAGATGTGA
AGACTCATCAAACGTTGATGCAATACCGGTTTAAGTCCATCATCATCACAGCAACATCAG
AGTTTGGTTTCATTGAATATTTTTTT*CATAAAATCTTTTAAATATGTGGTTTCTTCTTG
GTGCGTCGGTTTGGTGGTGGGTGGTGTGGTTTCATATATACCTAAAATGAGCTAATTGTA
TTCTTTTTCTTTTTTGGTTTTGTATAGCTCTTTTAAGTAAGTTCTTTTAAATAGAACTTG
TCTTTTAC
CC

QA 2 369 2 369
DS 

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G
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TCGATTTTAGGCACGGAAATGAGCAGATGTCTCCAGATTTTGTTCGATGGTTACGGAAGA
AGAATCTTTCAAGCGATGATCGAATAATGCGACTCAAAGAAGGGTATATAAAAGAAGGAA
GCACAGTGAGTGTGATTGGAGTGGTACAGAGAAACGATAATGTGTTGATGATAGTGCCAC
CATCTGAGCCACTTGCAGCTGGCTGGCAGTGGAGGAGATGCACTTTCCCAACAACCCTTG
AAGGTATTGTTCTGAGAAGTGAAGACTCATCAAACGTTGATGCAATACCGGTTTAAGTCC
ATCATCATCACAGCAACATCAGAGTTTGGTTTCATTGAATACTTTTTTTCATAAAATCTT
TTAAATATGTGGTTTCTTCTTGGTGCGTCGGTTTGGTGGTGGGTGGTGTGGTTTCATATA
TACCTAAAATGAGCTAATTGTATTCTTTTTCTTTTTTGGTTTTGTATAGCTCTTTTAAGT
AAGTTCTTTTAAATAGAACTTGTCTTTTA

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DS 

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G
GATCATCAGAGAGACATGTGGTGGACTTTTACATATCAGACTTTCAGTCTGGACTCAGAG
CCTTAGTCAAAACCGGAAACAGTGCAAAGGTGACACCTCTTGTAGATGATTCTGCTGTCA
TCGATTTTAGGCACGGAAATGAGCAGATGTCTCCAGATTTTGTTCGATGGTTACGGAAGA
AGAATCTTTCAAGCGATGATCGAATAATGCGACTCAAAGAAGGGTATATAAAAGAAGGAA
GCACAGTGAGTGTGATTGGAGTGGTACAGAGAAACGATAATGTGTTGATGATAGTGCCAC
CATCTGAGCCACTTGCAGCTGGCTGGCAGTGGAGGAGATGCACTTTCCCAACAACCCTTG
AAGGTATTGTTCTGAGAAGTGAAGACTCATCAAACGTTGATGCAATACCGGTTTAAGTCC
ATCATCATCACAGCAACATCAGAGTTTGGTTTCATTGAATACTTTTTTTCATAAAATCTT
TTAAATATGTGGTTTCTTCTTGGTGCGTCGGTTTGGTGGTGGGTGGTGTGGTTTCATATA
TACCTAAAATGAGCTAATTGTATTCTTTTTCTTTTTTGGTTTTGTATAGCTCTTTTAAGT
AAGTTCTTTTAAATAGAACTTGTCTTTTACTCAAGGTGTTATATAGTGTAATATGTTATG
GTCAAATCTTTCTTTTTGTGGAAGAATAGAACTCATTTTGATTCAATTGTTTTCTATTCA
TTTATTTTGTTCC

QA 2 734 2 734
DS 

RD RR1A207JQ 844 0 0
GTCTATATGAGTATCGTGGATGGGGTTCTAAACCAGCCAATTCTTCACATCGTTCCTTCA
CATGGGGACTGAGATCATCAGAGAGACATGTGGTGGACTTTTACATATCAGACTTTCAGT
CTGGACTCAGAGCCTTAGTCAAAACCGGAAACAGTGCAAAGGTGACACCTCTTGTAGATG
ATTCTGCTGTCATCGATTTTAGGCACGGAAATGAGCAGATGTCTCCAGATTTTGTTCGAT
GGTTACGGAAGAAGAATCTTTCAAGCGATGATCGAATAATGCGACTCAAAGAAGGGTATA
TAAAAGAAGGAAGCACAGTGAGTGTGATTGGAGTGGTACAGAGAAACGATAATGTGTTGA
TGATAGTGCCACCATTTGAGCCACTTGCAGCTGGTTGGCAGTGGAGGAGATGCACTTTCC
CAACAACCCTTGAAGGTATTGTTTTGAGATGTGAAGACTCATCAAACGTTGATGCAATAC
CGGTTTAAGTCCATCATCATCACAGCAACATCAGAGTTTGGTTTCATTGAATATTTTTTT
TCATAAAATCTTTTACATATGTGGTTTCTTCTTGGTGCGTCGGTTTGGTGGTGGGTGGTG
TGGTTTCATATATACCTAAAATGAGCTAATTGTATTCTTTTTCTTTTTTGGTTTTGTATA
GCTCTTTTAAGTAAGTTCTTTTAAATAGAACTTGTCTTTTACTCAAGGTGTTATATAGTG
TAATATGTTATGGTCAAATCTTTCTTTTTGTGGAAGAACAGAACTCATTTTGATTCAATT
GTTTTCTATTCATTTATTTTGTTCCTATTTGGTATAATCCGTTTAATTGTATTGCATTTA
CTTT

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 4

CO CL1130Contig1 1096 4 21 U
CTGTAACACGTATAAAACAAATCAGACATGAATATAAATTTGAAAGTTACATAGTAATCA
TGATTGAACTGCAATCACATGTCCACTATTGCTCGCTCTGTTTCTCTTTATGCCTTTATC
CAAATGTTTTAAAAAAAAAAAATCTCCCAAGATGAACAAAAATGTCAAAGCGCAGCGTTG
TATGCGAAAGTTAATCAACTCAAAAGCTAAAAGTGGAGCAAAAAAACAGCTTCTGTAGCT
CAACACAAACTATTGATTTTTCTAGAGAAGTCATGTAACATACATATTAAAGCTTCAGAG
CCATTAAACCCGCTTGGCCGCTTAGACAGTATCCTTCAAGTCGTAGGAGCCATGCGTTTG
TTACAAAATCTCAGAAATATTGATAGGCATCTCTGCGATGATAATGCCGCTGGTTTCTTC
AAGGCTTTTGAGAGTGGTTACTTCACCTCCAACAACCATGTTTATGACAATCCCACCTGA
AGCTAGGCAAGATGTTAAACGCCTAGTATAAGTTTCCTTCTTAGTAGGAAGCTCGTAGTT
GATGAGAACTCGCGAGGAAAGAGAAGACTCTCCAGATGAAAGCATGGGAAGACAAACATC
AGTCACAACCACCAGATGAGATTTCTTTTCATCTTCTTCTTCTCCGACTTCACTCTCTGC
CAAACCTTCTTCCACTGCAGAGTTAAGGTGATGGTTCCAGTTTACTGTAGCTTGTCGGAA
ATTCTCTAAAACCATAGCTCGGTCCCTCTCTCCCAGATCACTGTACAAAGCTGCAAAGGA
GATGTAAGGGAGAGTAGACAAGGAAGAGGAGACGGCGTCGAGTTCGTCGCGAGAGCTGCA
ACAGACTACAATGGGAAACCATGGACGACGACCTAACACTCCTAGTAACTCCACCACTGT
CTCCATTTTGAATTGGGGACGGTCCACGGCTAGGTAGAAATGCAATTGTTGTTGACTGGA
ACGAGAGGGAGATTGAAAAGCTGCAGATGGAGCTACTTCCATGGATTCCATTACTGTTAC
GATCACGCCGCCGCTCCGAACAGAGAAGAAGAGAAGCTCTCTGTTTCTTTTGCGGTTCCT
TTTTTTTAGTCAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE96JQ U 27
AF RR1FA26JQ U 1
AF RR1FA26TF C 286
AF RR1C361TF C 312
BS 1 131 RR1FA26JQ
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BS 785 875 RR1FA26TF
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BS 1088 1096 RR1C361TF

RD RR1EE96JQ 587 0 0
CATGAATATAAATTTGAAAGTTACATAGTAATCATGATTGAACTGCAATCACATGTCCAC
TATTGCTCGCTCTGTTTCTCTTTATGCCTTTATCCAAATGTTTTAAAAAAAAAAAATCTC
CCAAGATGAACAAAAATGTCAAAGCGCAGCGTTGTATGCGAAAGTTAATCAACTCAAAAG
CTAAAAGTGGAGCAAAAAAACAGCTTCTGTAGCTCAACACAAACTATTGATTTTTCTAGA
GAAGTCATGTAACATACATATTAAAGCTTCAAAGCCATTAAACCCGCTTGGCCGCTTAAA
CAGTATCCTTCAAGTCGTAGGAGCCATGCGTTTGTTACAAAATCTCAAAAATATTGATAG
GCATCTCTGCGATGATAATGCCGCTGGTTTCTTCAAGGCTTTTGAGAGTGGTTACTTCAC
CTCCAACAACCATGTTTATGACAATCCCACCTGAAGCTAGGCAAGATGTTAAACGCCTAG
TATAAGTTTCCTTCTTAGTAGGAAGCTCGTAGTTGATGAGAACTCGCGAGGAAAGAGAAG
ACTCTCCAGATGAAAGCATGGGAAGACAAACATCAGTCACAACCACC

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1FA26JQ 784 0 0
CTGTAACACGTATAAAACAAATCAGACATGAATATAAATTTGAAAGTTACATAGTAATCA
TGATTGAACTGCAATCACATGTCCACTATTGCTCGCTCTGTTTCTCTTTATGCCTTTATC
CAAATGTTTTAGAAGAAAAAAATCTCCCAAGATGAACAAAAATGTCAAAGCGCAGCGTTG
TATGCGAAAGTTAATCAACTCAAAAGCTAAAAGTGGAGCAGAGAAACAGCTTCTGTAGCT
CAACACAAACTATTGATTTTTCTAGAGAAGTCATGTAACATACATATTGAAGCTTCAGAG
CCATTAAACCCGCTTGGCCGCTTAGACAGTATCCTTCAAGTCGTAGGAGCCATGCGTTTG
TTACAAAATCTCAGAAATATTGATAGGCATCTCTGCGATGATAATGCCGCTGGTTTCTTC
AAGGCTTTTGAGAGTGGTTACTTCACCTCCAACAACCATGTTTATGACAATCCCACCTGA
AGCTAGGCAAGATGTTAAACGCCTAGTATAAGTTTCCT*CTTAGTAGGAAGCTCGTAGTT
GATGAGAACTCGCGAGGAAAGAGAAGACTCTCCAGATGAAAGCATGGGAAGGCAAACATC
AGTCACAACCACCAGATGAGATTTCTTTTCATCTTCTTCTTCTCCGACTTCACTCTCTGC
CAAACCTTCTTCCACTGCAGAGTTAAGGTGATGGTTCCAGTTTACTGTAGCTTGTCGGAA
ATTCTCTAAAACCATAGCTCGGTCCCTCTCTCCCAGATCACTGTACAAAGCTGCAAAGGA
GATG

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1FA26TF 808 0 0
TATG
AAGCTTCAGAGCCATTAAACCCGCTTGGCCGCTTAGACAGTATCCTTCAAGTCGTAGGAG
CCATGCGTTTGTTACAAA*TCTCAGAAATATTGATAGGCATCTCTGCGATGATAATGCCG
CTGGTTTCTTCAAGGCTTTTGAGAGTGGTTACTTCACCTCCAACAACCATGTTTATGACA
ATCCCACCTGAAGCTAGGCAAGATGTTAAACGCCTAGTATAAGTTTCCT*CTTAGTAGGA
AGCTCGTAGTTGATGAGAACTCGCGAGGAAAGAGAAGACTCTCCAGATGAAAGCATGGGA
AGGCAAACATCAGTCACAACCACCAGATGAGATTTCTTTTCATCTTCTTCTTCTCCGACT
TCACTCTCTGCCAAACCTTCTTCCACTGCAGAGTTAAGGTGATGGTTCCAGTTTACTGTA
GCTTGTCGGAAATTCTCTAAAACCATAGCTCGGTCCCTCTCTCCCAGATCACTGTACAAA
GCTGCAAAGGAGATGTAAGGGAGAGTAGACAAGGAAGAGGAGACGGCGTCGAGTTCGTCG
CGAGAGCTGCAACAGACTACAATGGGAAACCATGGACGACGACCTAGCACTCCTAGTAAC
TCCACCACTGTCTCCATTTTGAATTGGGGGCGGTCCACGGCTAGGTAGAAATGCAATTGT
TGTTGACTGGAACGAGAGGGAGATTGAAAAGCTGCAGATGGAGCTACTTCCATGGATTCC
ATTACTGTTACGATCACGCCGCCGCTCCGAACAGAGAAGAAGAGAAGCTCTCTGTTTCTT
TTGCGGTTCCTTTTTTTT
AGTCCC

QA 5 802 5 802
DS 

RD RR1C361TF 785 0 0
CCGCTTGCCGC
TAGACAGTATC*TTCAAGTCGTAGGAGCCATGCGTT*GTTACAAA*TCTCAGAAATATTG
ATAGGCATCTCTGCGATGATAATGCCGCTGGTTTCTTCAAGGCTTTTGAGAGTGGTTACT
TCACCTCCAACAACCATGTTTATGACAATCCCACCTGAAGCTAGGCAAGATGTTAAACGC
CCAGTATAAGTTTCCTTCTTAGTAGGAAGCTCGTAGTTGATGAGAACTCGCGAGGAAAGA
GAAGACTCTCCAGATGAAAGCGTGGGAAGACAAACATCAGTCACAACCACCAGATGAGAT
TTCTTTTCATCTTCTTCTTCTCCGACTTCACTCTCTGCCAAACCTTCTTACACTGCAGAG
TTAAGGTGATGGTTCCAGTTTACTGTAGCTTGTCGGAAATTCTCTAAAACCATAGCTCGG
TCCCTCTCTCCCAGATCACTGTACAAAGC*GCAAAGGAGATGTAAGGGAGAGTAGACAAG
GAAGAGGAGACGGCGTCGAGTTCGTCGCGAGAGCTGCAACAGACTACAATGGGAAGCCAT
GGACGACGACCTAACACTCCTAGTAACTCCACCACTGTCTCCATTTTGAATTGGGGACGG
TCCGCGGCTAGGTAGAAATGCAATTGTTGTTGACTGGAACGAGAGGGAGATTGAAAAGCT
GCAGATGGAGCTACTTCCATGGATTCCATTACTGTTACGATCACGCCGCCGCTCCGAACA
GAGAAGAAGAGAAGCTCTCTGTTTCTTTTGCGGTTCCTTTTTTTTAGTCAACCC

QA 12 785 12 785
DS 



AS 1 5

CO CL1131Contig1 933 5 5 U
GGAAAGTCGTGATTTGGTTTTCTTTCTCCCTTAAAAAGAGTTTTTATTTCCTTTCCGACC
AGAAAACGGTAAGTGGAGGAGAGATGCAATTGTTTGCGCTGAATTCAGCAGCCATGTCGG
CGCCACGAACCCTAGGCCTCGAGCCGTCCTCTTCCTCGTCCTCTCGTCTTCTTTCTTCTG
CTCAGATTTTGAGCTCTCATCGCGCTTTTGGTCTCCTAGTCCTAGCTAGGCCTCGTCACC
GATTCCGAGGATTATCTCGATCTCAAGTTGTAAAGGCAGTGGCAACCCCAGACCCACTGT
TGGAAGTACCCCTGACTGAGGAAAATGTAGAGAGCGTTCTGGACGAAATCAGACCATACC
TCATGTCTGATGGTGGTAATGTGGCATTACATGAGATCGATGGAAATATTGTGCGAGTCA
AATTGCAGGGAGCTTGCGGGTCATGCCCAAGTTCTGTTATGACTATGAAAATGGGTATTG
AGCGTCGCCTTATGGAAAAGATACCTGAGATTGTGGCTGTCGAATCAGTTCCAGATGAAG
AGACTGGCCTTGAACTCAATGACGAAAACATTGAAAAGGTGCTGGAAGAGATCAGGCCTT
ACTTAATTGGAACAGCTGATGGGTCGCTTGAGCTGGTGGAGATCGAAGAGCCGATCGTGA
AGATAAGAATCACAGGACCTGCTGCTGGAGTCATGACAGTACGAGTAGCGGTAACTCAGA
AACTCAGAGAGAAAATTCCTGCAATTGCAGCTGTTCAACTTATATAAACACGACCTTCCT
TTCTTGTATCTGTTTCTCTTTCTTTCCTTTGTATTACTAGCCTC**CTTGTATAGTGTAT
AGATACTGTGTTGACGTTTGATATTTGTCTCCAAAATAAGGTTTTAACATTTTTGGTCAA
CTTCATTTCTAAGCAATCTTTATATTGTGCAAG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR1A437TF U 1
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AF RR1AE54JQ C 243
AF RR1AE54TF U 243
AF RR1A437JQ C 165
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GTCTGATGGTGGTAATGTGGCATTACATGAGATCGATGGAAATATTGTGCGAGTCAAATT
GCAGGGAGCTTGCGGGTCATGCCCAAGTTCTGTTATGACTATGAAAATGGGTATTGAGCG
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TGGCCTTGAACTCAATGACGAAAACATTGAAAAGGTGCTGGAAGAGATCAGGCCTTACTT
AATTGGAACAGCTGATGGGTCGCTTGAGCTGGTGGAGATCGAAGAGCCGATCGTGAAGAT
AAGAATCACAGGACCTGCTGCTGGAGTCATGACAGTACGAGTAGCGGTAACTCAGAAACT
CAGAGAGAAAATTCCTGCAATTGCAGCTGTTCAACTTATATAAACACGACCTTCCTTTCT
TGTATCTGTTTCTCTTTCTTTCCTTTGTATTACTAGCCTC**CTTGTATAGTGTATAGAT
ACTGTGTT
AACTTTTGA

QA 3 610 3 610
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ATGAAAATGGGTATTGAGCGTCGCCTTATGGAAAAGATACCTGAGATTGTGGCTGTCGAA
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GAAGAGCCGATCGTGAAGATAAGAATCACAGGACCTGCTGCTGGAGTCATGACAGTACGA
GTAGCGGTAACTCAGAAACTCAGAGAGAAAATTCCTGCAATTGCAGCTGTTCAACTTATA
TAAACACGACCTTCCTTTCTTGTATCTGTTTCTCTTTCTTTCCTTTGTATTACTAGCCTC
TCCTTGTATTGTGTATAGATACTGTGTTGACGTTTGATATTTGTCTCCAAAATAAGGTTT
TAACATTTTTGGTCAACTTCATTTCTAAGCAATCTTTATATTGTGCAAG

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DS 



AS 1 6

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GAAGGAAGATGACCTGGTAACCGGTTTGCCTGGCCAACCACCGGCTAACTTCAGACATTA
CGCCGGCTACGTGAATCTCGGTCCACGACAGATGCAAAAGGCACTTTTCTACTGGTTCTT
CGAAGCCCAACAAAACTCCTCCGGTCGTCCTCTTGTCCTTTGGCTCAACGGAGGACCTGG
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TCGTCTACTAACTTCACACGACTTGTGGGATAGCTTGCCGGCTGGTTACGATCCATGTAC
TGAAGGTTATGCCGAAAAATATTTTAACCGGAAAGATGTGCAGGTTGCACTTCATGCGAA
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AGCTGGATGGGTTGAAACTTACACCGGAGGACTAACTTTTGCCACTGTGAGAGGAGCCGG
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CATAATTTTGGAGATTAAATTTGTGCGCACATAAATATTAATTTTATATATATAACTTTT
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT38TF U 1
AF RR1A569TF U 294
AF RR1B839TF U 511
AF RR1AT38JQ C 765
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G
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CGACAATTTCAAAGCTTTCATGGAAGCTTACAACGATATCGATATATATAGCATCTATAC
TCCCGTTTGCCTCTCCTCTTACTCGTCGTCTTCGTCTCCAAGAAAACCTAAACTCATCGT
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ATGTACTGAA
TGT

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G
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AACTCATCGTGTCTCCTCGTCTACTAACTTCACACGACTTGTGGGATAGCTTGCCGGCTG
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TAAAGAGATGGAATGATGCTCCTCCCACCGTGATTCCAATCATCCAGAAGCTTTTGGCAG
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TATCTGTCTTCATATT

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AAGTCATGGCAAGTTGTTATGTTTTAGTATCCGTCGTTTGGTACTTAGTACCCAACTAAA
GTAATGAGTTTCAAAAGATCAATAAGAAAACATTGCGTTTGTTGGAATTAATTTTTATAT
ATCTGTCTTCATATTCATAATTTTGGAGATTAAATTTGTGCGCACATAAATATTAATTTT
ATATATATAACTTTTTTTTTTT

QA 1 742 1 742
DS 



AS 2 6

CO CL1133Contig1 789 2 4 U
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GCGGCTTCGTTCTCACTCACGAGCTTCATATCCTTCATCTCCCCATTCAAATCCCACACC
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AGAAACGATCTTGCCATCGAATCAACGGCAACGGCCGTGGACGAGCCTCATTCTTCCAAC
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GGGAGATGCCTGGTGGAGATGTACCTTCTTGAACCACGGTTTCAGTACATAGATCTCCCC
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TTTCATTTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT05TF U 1
AF RR1CT05JQ C 151
BS 1 716 RR1CT05TF
BS 717 717 RR1CT05JQ
BS 718 730 RR1CT05TF
BS 731 789 RR1CT05JQ

RD RR1CT05TF 743 0 0
GGAATCTCTTTCTTCTTCGTCTTCGTCTTCGTCTTCGTCTTCGTCACAGAGACTTTAATG
GCGGCTTCGTTCTCACTCACGAGCTTCATATCCTTCATCTCCCCATTCAAATCCCACACC
AAACCAACCCCGCCTCCCAACCTCACTCTCCCCACCCCAACAACAGTCTCCCACAGACGT
AGAAACGATCTTGCCATCGAATCAACGGCAACGGCCGTGGACGAGCCTCATTCTTCCAAC
GCTTCACTTTCCTCCTCCGAGCTCGCCTCAGTGATATGCCCGTCGCTCGCTTACTCGAAC
ACGCTCCTCTTCAGCAGCTCGGGGTACAACGTGCAGGTGTTCGTGGAGGACAACGAGTCC
GAGGAGAGGCTGGTGAATCGGTTCAGAAGGGAGGTGATGAGGACGGGGGTTATACAGGAA
TGCAAGAGGAGGAGGTACTTTGAGAACAAGCAGGACGAGAGGAAGCGGAGGACTCGTGAT
GCTGCTAAGCGTAACAAGAAAGGCGTCCGTTTGCAAAGTTTACTCAAGAGACCAGAGAAG
AAGCAGCAGCGGCAGCAACCAAGGGTAAGAAGAAGGATGAACAAGAAGATAACTGGGACT
GGGAGATGCCTGGTGGAGATGTACCTTCTTGAACCACGGTTTCAGTACATAGATCTCCCC
TTCCTTTTCTGTCTATTTTGATTACTCGGTGACATTGTATGTTCAAATTGCGTGTA*CTT
GCCTCTCTGG
GATGAGTTCTTGT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1CT05JQ 639 0 0
CCCACCCCAA
CAACAGTCTCCCACAGACGTAGAAACGATCTTGCCATCGAATCAACGGCAACGGCCGTGG
ACGAGCCTCATTCTTCCAACGCTTCACTTTCCTCCTCCGAGCTCGCCTCAGTGATATGCC
CGTCGCTCGCTTACTCGAACACGCTCCTCTTCAGCAGCTCGGGGTACAACGTGCAGGTGT
TCGTGGAGGACAACGAGTCCGAGGAGAGGCTGGTGAATCGGTTCAGAAGGGAGGTGATGA
GGACGGGGGTTATACAGGAATGCAAGAGGAGGAGGTACTTTGAGAACAAGCAGGACGAGA
GGAAGCGGAGGACTCGTGATGCTGCTAAGCGTAACAAGAAAGGCGTCCGTTTGCAAAGTT
TACTCAAGAGACCAGAGAAGAAGCAGCAGCGGCAGCAACCAAGGGTAAGAAGAAGGATGA
ACAAGAAGATAACTGGGACTGGGAGATGCCTGGTGGAGATGTACCTTCTTGAACCACGGT
TTCAGTACATAGATCTCCCCTTCCTTTTCTGTCTATTTTGATTACTCGGTGACATTGTAT
GTTCAAATTGCGTGTAACTTGCCTCTCTGGTAATGAGTTCTTGTCAATGTTAAAGACATC
TTTTTATTTTGACTAAAAATTTTCATTTC

QA 11 639 11 639
DS 



CO CL1133Contig2 835 4 6 U
GGAATCTCTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATCATCATCACAGAG
GCGTAAATGGCGGCTTCGTTCTCACTCACGAGCTTCATCTCCTTCATCTCCCCATTCAAA
TCCCACACCAAACCAACCCCGCCTCCAAACCTCACTCTCCCCACTCCAACAGTCTCCCAC
AGACGTAGAAACGATCTCGCCGTCGAAACAAAGGCCGTGGACGCTGACGAGCCTCCTTCT
TCCAACGCTTCTCTCTCCTCCGAGCTCGCCTCAGTGATATGCCCGTCGCTCGCTTACTCG
AACACGCTCCTCTTCAGCAGCTCGGGGTACAACGTGCAGGTGTTCGTGGAGGACAACGAG
TCTGAGGAGAGGCTGGTGAATCGGTTCAGAAGGGAGGTGATGAGGACGGGGGTCATACAG
GAATGCAAGAGGAGGAGGTACTTTGAGAACAAGCAGGACGAGAAGAAGCGGAGGACTCGC
GATGCTGCTAAGCGTAACAAGAAAAGGCGTCCTTTTGCAAAGTTTACTCAAGAGACCAGA
GAAGAAGCAGCAGCGGCAGCAACCAAGGGTAAGAAGAAGGATGAACAAGAAGATAACTGG
GACTGGGAGATGCCTGGTGGAGATGTACCTTCTTGAACCACGGTTTCAGTACATAGATCT
CCCCTTCCTTTTCTGTCTATTTTGATTACTCGGTGACATTGTATGTTCAAATTGCGTGTA
ACTTGCCTCTCTGGTAATGAGCTCTTGTCAATGTTAAAGACTTCTTTTTATTATGACTAA
AAATTTCATGTCAATTTGGTTCGGTGTTTTCTCATATATGCAGATTGTTTATCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM69TF U 1
AF RR1GI73TF U 4
AF RR1D020TF U 1
AF RR1EM69JQ C 310
BS 1 381 RR1D020TF
BS 382 382 RR1EM69TF
BS 383 403 RR1D020TF
BS 404 404 RR1EM69TF
BS 405 777 RR1D020TF
BS 778 835 RR1EM69JQ

RD RR1EM69TF 527 0 0
GGAATCTCTTTC
TTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATCATCATCATCACAGAGGCGTAAATGGCG
GCTTCGTTCTCACTCACGAGCTTCATCTCCTTCATCTCCCCATTCAAATCCCACACCAAA
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QA 13 527 13 527
DS 

RD RR1GI73TF 589 0 0
GGAATCTCTTTCTTC
TTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATCATCATCACAGAGGCGTAAATGGCGGCTTCG
TTCTCACTCACGAGCTTCATCTCCTTCATCTCCCCATTCAAATCCCACACCAAACCAACC
CCGCCTCCAAACCTCACTCTCCCCACTCCAACAGTCTCCCACAGACGTAGAAACGATCTC
GCCGTCGAAACAAAGGCCGTGGACGCTGACGAGCCTCCTTCTTCCAACGCTTCTCTCTCC
TCCGAGCTCGCCTCAGTGATATGCCCGTCGCTCGCTTACTCGAACACGCTCCTCTTCAGC
AGCTCGGGGTACAACGTGCAGGTGTTCGTGGAGGACAACGAGTCTGAGGAGAGGCTGGTG
AATCGGTTCAGAAGGGAGGTGATGAGGACGGGGGTCATACAGGAATGCAAGAGGAGGAGG
TACTTTGAGAACAAGCAGGACGAGAAGAAGCGGAGGACTCGCGATGCTGCTAAGCGTAAC
AAGAAAAGGCGTCCTTTTGCAAAGTTTACTCAAGAGACCAGAGAAGAAGCAGCAGCGGCA
GCAACCAAGGGTAAGAAGAAAGATGAACAAGAAG

QA 16 589 16 589
DS 

RD RR1D020TF 777 0 0
GGAATCTCTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATCATCATCACAGAG
GCGTAAATGGCGGCTTCGTTCTCACTCACGAGCTTCATCTCCTTCATCTCCCCATTCAAA
TCCCACACCAAACCAACCCCGCCTCCAAACCTCACTCTCCCCACTCCAACAGTCTCCCAC
AGACGTAGAAACGATCTCGCCGTCGAAACAAAGGCCGTGGACGCTGACGAGCCTCCTTCT
TCCAACGCTTCTCTCTCCTCCGAGCTCGCCTCAGTGATATGCCCGTCGCTCGCTTACTCG
AACACGCTCCTCTTCAGCAGCTCGGGGTACAACGTGCAGGTGTTCGTGGAGGACAACGAG
TCTGAGGAGAGGCTGGTGAATTGGTTCAGAAGGGAGGTGATGATGACGGGGGTCATACAG
GAATGCAAGAGGAGGAGGTACTTTGAGAACAAGCAGGACGAGAAGAAGCGGAGGACTCGC
GATGCTGCTAAGCGTAACAAGAAAAGGCGTCCTTTTGCAAAGTTTACTCAAGAGACCAGA
GAAGAAGCAGCAGCGGCAGCAACCAAGGGTAAGAAGAAGGATGAACAAGAAGATAACTGG
GACTGGGAGATGCCTGGTGGAGATGTACCTTCTTGAACCACGGTTTCAGTACATAGATCT
CCCCTTCCTTTTCTGTCTATTTTGATTACTCGGTGACATTGTATGTTCAAATTGCGTGTA
ACTTGCCTCTCTGGTAATGAGCTCTTGTCAATGTTAAAGACTTCTTTTTATTATGAC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1EM69JQ 526 0 0
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AGGCTGGTGAATCGGTTCAGAAGGGAGGTGATGAGGACGGGGGTCATACAGGAATGCAAG
AGGAGGAGGTACTTTGAGAACAAGCAGGACGAGAAGAAGCGGAGGACTCGCGATGCTGCT
AAGCGTAACAAGAAAAGGCGTCCTTTTGCAAAGTTTACTCAGGAGACCAGAGAAGAAGCA
GCAGCGGCAGCAACCAAGGGTAAGAAGAAGGATGAACAAGAAGATAACTGGGACTGGGAG
ATGCCTGGTGGAGATGTACCTTCTTGAACCACGGTTTCAGTACATAGATCTCCCCTTCCT
TTTCTGTCTATTTTGATTACTCGGTGACATTGTATGTTCAAATTGCGTGTAACTTGCCTC
TCTGGTAATGAGTTCTTGTCAATGTTAAAGACTTCTTTTTATTATGACTAAAAATTTCAT
GTCAATTTGGTTCGGTGTTTTCTCATATATGCAGATTGTTTATCTG

QA 1 526 1 526
DS 



AS 1 6

CO CL1134Contig1 829 6 6 U
TTGATCAAAAGATCATATATAGAGCTTCCTAACGAACTAAAAGTTCATATTTGTAAACAT
TTTCTCCCCAATAATCTTGCGGAACAGAAGAGAACCGATAGACTTTATTATTCAAAGTAA
ATACCATTAAAAGGACAATCTGATTAAAAGTTCATTCAGTATTATTCATACAATAGATGC
ATGTTTCACTTGGTAGGGGTGATGGGAACAACAGTAACTCCAACACTGTGAAGAACATCA
CTAGCTTGCCCATGGAACCCGACGATCTTGTGGCCTTTCTCCCCGAGTGAGAACTTCTCA
CCGGAATTCATTCCAAACGGAATTGAATCCCTTTTGTTTGTCTTGAACTTAAGAGAGATA
ATCACCGGTTCCTGCACTCCAAAGATCTTATCGTAGTAGCCTTCCAAAACCGTGAGGTAT
TCACCATCTTCTAACACAAACTCTTCAGCTCCGAGTATTGTCTTCTTCCCATGGTCATCT
CCAGATACCAAGTTTGTCCCTTTAACGTACTCAAACTTAACAAAGGACACACCATCATTA
CCTTGTCCTACGTATATCTTCCTAACACCATCGTAGACACCATCATCCCATGCAACTCCT
CCCTTTCCACCTACCGCTGGTAGTTTTGTGGCTGGAATCACAGGAACAGGAGTAGGAATA
GGTGCAAAATAGGCTCCAACTGCATCAATAGCGTCGCCTTCTCTTCCATGGAATCCCACA
AGTCTCCGATCCTTTTGTTTCAGGACAAACATTTTACCCGTCTTATACCCAAAGAAACTT
GTTCTCCCCGCTGATGTTTCGAGCTTAAGCGACGTAAGGACCGTGTTGC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 5 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 15 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU96TF C 1
AF RR1BU96JQ U 3
AF RR1BJ88JQ U 231
AF RR1D885JQ U 85
AF RR1DE85JQ U 85
AF RR1BX82JQ U 86
BS 1 2 RR1BU96TF
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TTTCTCCCCAATAATCTTGCGGAACAGAAGAGAACCGATAGACTTTATTATTCAAAGTAA
ATACCATTAAAAGGACAATCTGATTAAAAGTTCATTCAGTATTATTCATACAATAGATGC
ATGTTTCACTTGGTAGGGGTGATGGGAACAACAGTAACTCCAACACTGTGAAGAACATCA
CTAGCTTGCCCATAGAACCCGACGATCTTGTGGCCTTTCTCCCCGAGTGAGAACTTCTCA
CCGGAATTCATTCCAAACGGAATTGAATCCCTTTTGTTTGTCTTGAACTTAAGAGAGATA
ATCACCGGTTCCTGCACTCCAAAGATCTTATCGTAGTAGCCTTCCAAAACCGTGAGGTAT
TCACCATCTTCTAACACAAACTCTTCAGCTCCGAGTATTGTCTTCTTCCCATGGTCATCT
CCAGATACCAAGTTTGTCCCTTTAACGTACTCAAACTTAACAAAGGACACACCATCATTA
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CCCTTTCCACCTACCGCTGGTAGTTTTGTGGCTGGAATCACAGGAAC
C

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DS 

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TCTCCCCAATAATCTTGCGGAACAGAAGAGAACCGATAGACTTTATTATTCAAAGTAAAT
ACCATTAAAAGGACAATCTGATTAAAAGTTCATTCAGTATTATTCATACAATAGATGCAT
GTTTCACTTGGTAGGGGTGATGGGAACAACAGTAACTCCAACACTGTGAAGAACATCACT
AGCTTGCCCATAGAACCCGACGATCTTGTGGCCTTTCTCCCCGAGTGAGAACTTCTCACC
GGAATTCATTCCAAACGGAATTGAATCCCTTTTGTTTGTCTTGAACTTAAGAGAGATAAT
CACCGGTTCCTGCACTCCAAAGATCTTATCGTAGTAGCCTTCCAAAACCGTGAGGTATTC
ACCATCTTCTAACACAAACTCTTCAGCTCCGAGTATTGTCTTCTTCCCATGGTCATCTCC
AGATACCAAGTTTGTCCCTTTAACGTACTCAAACTTAACAAAGGACACACCATCATTACC
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CTTTCCACCTACCGCTGGTAGTTTTGTGGCTGGAATCACAGGAAC
C

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DS 

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AAAAAAAATAATCACCGGTTCCTGCACTCCAAAAATCTTATCGTAGTAGCCTTCCAAAAC
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ATGGTCATCTCCAAATACCAAGTTTGTCCCTTTAACGTACTCAAACTTAACAAAGGACAC
ACCATCATTACCTTGTCCTACGTATATCTTCCTAACACCATCGTAAACACCATCATCCCA
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AGTAGGAATAGG

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DS 

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CAAAAAAA
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CATTCAGTATTATTCATACAATAGATGCATGTTTCACTTGGTAGGGGTGATGGGAACAAC
AGTAACTCCAACACTGTGAAAAACATCACTAGCTTGCCCATGGAACCCGACGATCTTGTG
GCCTTTCTCCCCGAGTGAAAACTTCTCACCGGAATTCATTCCAAACGGAATTGAATCCCT
TTTGTTTGTCTTGAACTTAAAAAAGATAATCACCGGTTCCTGCACTCCAAAGATCTTATC
GTAGTAGCCTTCCAAAACCGTGAGGTATTCACCATCTTCTAACACAAACTCTTCAGCTCC
GAGTATTGTCTTCTTCCCATGGTCATCTCCAAATACCAAGTTTGTCCCTTTAACGTACTC
AAACTTAACAAAGGACACACCATCATTACCTTGTCCTACGTATATCTTCCTAACACCATC
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GTCGCCTTCTCTTCCATGGAATCCCACAAG

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DS 

RD RR1DE85JQ 698 0 0
C
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AAAAGTTCATTCAGTATTATTCATACAATAGATGCATGTTTCACTTGGTAGGGGTGATGG
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DS 

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AAAAGTTCATTCAGTATTATTCATACAATAGATGCATGTTTCACTTGGTAGGGGTGATGG
GAACAACAGTAACTCCAACACTGTGAAGAACATCACTAGCTTGCCCATGGAACCCGACGA
TCTTGTGGCCTTTCTCCCCGAGTGAGAACTTCTCACCGGAATTCAGTCCAAACGGAATTG
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TCTTATCGTAGTAGCCTTCCAAAACCGTGAGGTATTCACCATCTTCTAACACAAACTCTT
CAGCTCCGAGTATTGTCTTCTTCCCATGGTCATCTCCAGATACCAAGTTTGTCCCTTTAA
CGTACTCAAACTTAACAAAGGACACCCCATCATTACCTTGTCCTACGTATATCTTCCTAA
CACCATCGTAGACACCATCATCCCATGCAACTCCTCCCTTTCCACCTACCGCTGGTAGTT
TTGTGGCTGGAATCACAGGAACAGGAGTAGGAATAGGTGCAAAATAGGCTCCAACTGCAT
CAATAGCGTCGCCTTCTCTTCCATGGAATCCCACAAGTCTTCGATCCTTTTGTTTCAGGA
CAAACATTTTACCCGTCTTATACCCAAAGAAACTTGTTCTCCCCGCTGATGTTTCGAGCT
TAAGCGACGTAAGGACCGTGTTGC

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DS 



AS 2 6

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CTCTCAACAGCTCCTTGATTATTCTCCCTCTCTGCTAATATCTGAATCTAATCGATCTTC
TTCGCGAGCTCCATTTTCAACCAGCGATTCGTTTTCTCTCTGAGTTGAAGAAACAACCAT
AAGTTTTCAAAATGTCACCGGAAGAGAAGCTACAGAGCAACGTCTCTGATGGAGGACTCA
AGGAGCATAACTACTTGGGTCTCTCTGACTGTTCCTCTGTTGGAAGCTCAAATCTCTCCG
GCCTTGCAGATGATGACAAAGCCACTATCAGCCTCAAGGCCACTGAGCTCACACTCGGCC
TGCCTGGATCACAGTCTCCTCCTCGAGACAACACCGAGCTCAACTTACTTGGCCCGGCTA
AGCTCGATGAGAAACCTTTCTTTCCTTTGCTTCCTTCCAAGGATGAGATAAGCTGCTCCT
CTTCTCAGAAGAACCTTGCCTCGGGGAACAAAAGAGGCTTCTCTGACACTATGGATAAGT
TCTCTGAAGCTAAAGTCTCTGTTTATACTGAAAAAAACTGGATGTTTCCTGAAGCGGTGG
TAGCCAACCAATCTGTTGTGAAGAAGGAAGTGCCACAGAACATACCTAAAGGAAAGCAGA
GCACTACAAACAATAGCTCTAGCCCACCTGCGGCCAAGGCACAGATTGTTGGTTGGCCTC
CAGTGAGATCCTACAGGAAGAACACATTGGCCACCACTTGTAAGAACAGTGATGAAGTTG
ATGGGAAGCCAGGTTCTGGGCCTCTCTTTGTGAAGGTCAGTATGGATGGTGCTCCATATC
TGAGGAAAGTTGACCTGAGGAGCTACAACAACTATGGGGAGCTTTCTGCAGCCTTGGAGA
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TGCGTAATTAGACCAGACTCAAGGATCTTCTGAATGGAAAGGACTATGTGCTCACCTATG
AGGACAAGGATGGGGACTGGATGCTTGTTGGCGATTTCTCATGGGAGATATTTATTGGTG
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ATCAAAGCATTCTACATCTTTAGCTTCTGAGATAATTATTATTAAGAAAAAAAAAAGACT
TCGTTTGTAAGGAAATGAAGAATTTAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G285TF U 65
AF RR1BE57TF U 1
AF RR1BE57JQ C 593
BS 1 298 RR1BE57TF
BS 299 299 RR1G285TF
BS 300 356 RR1BE57TF
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BS 381 381 RR1G285TF
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BS 395 395 RR1G285TF
BS 396 469 RR1BE57TF
BS 470 470 RR1G285TF
BS 471 494 RR1BE57TF
BS 495 495 RR1G285TF
BS 496 697 RR1BE57TF
BS 698 698 RR1G285TF
BS 699 732 RR1BE57TF
BS 733 1350 RR1BE57JQ

RD RR1G285TF 651 0 0
GG
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AGCTCCATTTTCAACCAGCGATTCGTTTTCTCTCTGAGTTGAGGAAACAACCATAAGTTT
TCAAAATGTCACCGGAAGAGAAGCTACAGAGCAATGTCTCTGATGGAGGACTGAAGGAGC
ATAACTACTTGGGTCTCTCTGACTGTTCCTCTGTTGGAAGCTCAAATCTCTCCGGCCTTG
CAGATGATGACAAAGCCACTATCAGCCTCGAGGCCACTGAGCTCACACTTGGCCTTCCTG
GATCACAGTCTCCTCCTCGAGACAACACCGAGCTCAACTTACTTGGCCCGGCTAAGCTCG
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AGAAGAACCTTGCCTCGGGGAACAAGAGAGGCTTCTCTGACACTATGGATAAGTTCTCTG
AAGCTAAAGTCTCTGTTTATACTGAGAAAAACTGGATGTTTCCTGAAGCTGTGGTAGCCA
ATCAATCTGTTGTAAAGAAGGAAGCGCCACAGAACATACCTAAAGGAAAGCAGAGCACTA
CAAACAACAGCTCTAGCCCACCTGCGGCCAAGGCACAGATTGTTGGTTG

QA 3 651 3 651
DS 

RD RR1BE57TF 732 0 0
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CTCTCAACAGCTCCTTGATTATTCTCCCTCTCTGCTAATATCTGAATCTAATCGATCTTC
TTCGCGAGCTCCATTTTCAACCAGCGATTCGTTTTCTCTCTGAGTTGAAGAAACAACCAT
AAGTTTTCAAAATGTCACCGGAAGAGAAGCTACAGAGCAACGTCTCTGATGGAGGACTCA
AGGAGCATAACTACTTGGGTCTCTCTGACTGTTCCTCTGTTGGAAGCTCAAATCTCTCTG
GCCTTGCAGATGATGACAAAGCCACTATCAGCCTCAAGGCCACTGAGCTCACACTCTGCC
TGCCTGGATCGCAGTCTCCTGCTCGAGACAACACTGAGCTCAACTTACTTGGCCCGGCTA
AGCTCGATGAGAAACCTTTCTTTCCTTTGCTTCCTTCCAAGGATGAGATCAGCTGCTCCT
CTTCTCAGAAGAACGTTGCCTCGGGGAACAAAAGAGGCTTCTCTGACACTATGGATAAGT
TCTCTGAAGCTAAAGTCTCTGTTTATACTGAAAAAAACTGGATGTTTCCTGAAGCGGTGG
TAGCCAACCAATCTGTTGTGAAGAAGGAAGTGCCACAGAACATACCTAAAGGAAAGCAGA
GCACTACAAACAATAGCTCTAGCCCACCTGCGGCCAAAGCACAGATTGTTGGTTGGCCTC
CAGTGAGATCCT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1BE57JQ 758 0 0
AGCG
GTGGTAGCCAACCAATCTGTTGTGAAGAAGGAAGTGCCACAGAACATACCTAAAGGAAAG
CAGAGCACTACAAACAATAGCTCTAGCCCACCTGCGGCCAAGGCACAGATTGTTGGTTGG
CCTCCAGTGAGATCCTACAGGAAGAACACATTGGCCACCACTTGTAAGAACAGTGATGAA
GTTGATGGGAAGCCAGGTTCTGGGCCTCTCTTTGTGAAGGTCAGTATGGATGGTGCTCCA
TATCTGAGGAAAGTTGACCTGAGGAGCTACAACAACTATGGGGAGCTTTCTGCAGCCTTG
GAGAAAATGTTCAGCACTTTCACTCTTGGTCAACCTGGATCTAGTGGAGCTACAGGGAAA
GATGTGCGTAATTAGACCAGACTCAAGGATCTTCTGAATGGAAAGGACTATGTGCTCACC
TATGAGGACAAGGATGGGGACTGGATGCTTGTTGGCGATTTCTCATGGGAGATATTTATT
GGTGTCTGCAAGAAGCTCAAGATAATGAAAGGCTCTGATGCCATTGGGTTAGCTGCAGCT
CCAGCACCGAGAACTATGGAGAAATCGAAGATGAGAGCTTAAAAGACACTGTTGGAAAAT
GAATGATTCAGAAGCTTTCTAATTATTACTAAATATGTGCAATTCCCTTTTGGTGGTGTT
TTAAATCAAAGCATTCTACATCTTTAGCTTCTGAGATAATTATTATTAAGAAAAAAAAAA
GACTTCGTTTGTAAGGAAATGAAGAATTTAAATT

QA 5 758 5 758
DS 



CO CL1135Contig2 739 3 7 U
GATACCTAAAGGAAAGCAGAGCACTACAAACAACAGCTCTAGCCCACCTGCGGCCAAGGC
ACAGATTGTTGGTTGGCCTCCAGTGAGATCCTACAGGAAGAACACATTGGCCACCACTTG
TAAGAACAGTGATGAAGTTGATGGGAAGCCAGGTTCCGGGCCCCTCTTTGTGAAGGTCAG
TATGGATGGTGCTCCATATCTGAGGAAAGTTGACCTGAGGAGCTACAATAACTATGGGGA
GCTTTCTTCAGCCTTGGAGAAAATGTTCAGCACTTTCACTCTTGGTCAACCTGGATCTAG
CGGAGCTACAGGGAAAGATGTGCGTAATGAGACCAGACTCAAGGATCTTCTGAATGGAAA
GGACTATGTGCTCACCTATGAGGACAAGGATGGGGACTGGATGCTTGTTGGCGATTTCTC
ATGGGAGATATTTATTGGTGTCTGCAAGAAGCTCAAGATAATGAAAGGCTCTGATGCCAT
TGGGTTAGCTGCAGCTCCAGCACCAAGAACTATGGAGAAATCGAAGATGAGAGCTTAAAA
GACTTCGTTGGAAAATGATTCAGAAGCTTTCTAATTATTACTAAATATGTGCAATTCCCT
TTTGGTGGTGTTTTAAATCAAAGCATTCTACATCTTTAGCTTCTGAGATAATTATTATTA
AGAAAAAAAAAAGACTTCGTTTGTAAGGAAATGAAGAAGAATTTAAATTATCTGTTTTCT
TTTTTGTTTTGTTGCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR15TF U 128
AF RR1CH73TF U 1
AF RR1GR15JQ C 348
BS 1 671 RR1CH73TF
BS 672 672 RR1GR15JQ
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BS 689 697 RR1CH73TF
BS 698 700 RR1GR15JQ
BS 701 739 RR1CH73TF

RD RR1GR15TF 532 0 0
G
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GTGCTCCATATCTGAGGAAAGTTGACCTGAGGAGCTACAATAACTATGGGGAGCTTTCTT
CAGCCTTGGAGAAAATGTTCAGCACTTTCACTCTTGGTCAACCTGGATCTAGCGGAGCTA
CAGGGAAAGATGTGCGTAATGAGACCAGACTCAAGGATCTTCTGAATGGAAAGGACTATG
TGCTCACCTATGAGGACAAGGATGGGGACTGGATGCTTGTTGGCGATTTCTCATGGGAGA
TATTTATTGGTGTCTGCAAGAAGCTCAAGATAATGAAAGGCTCTGATGCCATTGGGTTAG
CTGCAGCTCCAGCACCAAGAACTATGGAGAAATCGAAGATGAGAGCTTAAAAGACTTCGT
TGGAAAATGATTCAGAAGCTTTCTAATTATTACTAAATATGTGCAATTCCCTTTTGGTGG
TGTTTTAAATCAAAGCATTCTACATCTTTAGCTTCTGAGATAATTATTATT

QA 2 532 2 532
DS 

RD RR1CH73TF 739 0 0
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ACAGATTGTTGGTTGGCCTCCAGTGAGATCCTACAGGAAGAACACATTGGCCACCACTTG
TAAGAACAGTGATGAAGTTGATGGGAAGCCAGGTTCCGGGCCCCTCTTTGTGAAGGTCAG
TATGGATGGTGCTCCATATCTGAGGAAAGTTGACCTGAGGAGCTACAATAACTATGGGGA
GCTTTCTTCAGCCTTGGAGAAAATGTTCAGCACTTTCACTCTTGGTCAACCTGGATCTAG
CGGAGCTACAGGGAAAGATGTGCGTAATGAGACCAGACTCAAGGATCTTCTGAATGGAAA
GGACTATGTGCTCACCTATGAGGACAAGGATGGGGACTGGATGCTTGTTGGCGATTTCTC
ATGGGAGATATTTATTGGTGTCTGCAAGAAGCTCAAGATAATGAAAGGCTCTGATGCCAT
TGGGTTAGCTGCAGCTCCAGCACCAAGAACTATGGAGAAATCGAAGATGAGAGCTTAAAA
GACTTCGTTGGAAAATGATTCAGAAGCTTTCTAATTATTACTAAATATGTGCAATTCCCT
TTTGGTGGTGTTTTAAATCAAAGCATTCTACATCTTTAGCTTCTGAGATAATTATTATTA
AGAAAAAAAAA*GACTTCGTTTGTAAG*AAATGAAGA**GATTTAAATTATCTGTTTTCT
TTTTTGTTTTGTTGCTTCT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1GR15JQ 378 0 0
TTT
TGAATGGAAAGGACTATGTGCTCACCTATGAGGACAAGGATGGGGACTGGATGCTTGTTG
GCGATTTTTCATGGGAGATATTTATTGGTGTCTGCAAGAAGCTCAAGATAATGAAAGGCT
CTGATGCCATTGGGTTAGCTGCAGCTCCAGCACCAAGAACTATGGAGAAATCGAAGATGA
GAGCTTAAAAGACTTCGTTGGAAAATGATTCAGAAGCTTTCTAATTATTACTAAATATGT
GCAATTCCCTTTTGGTGGTGTTTTAAATCAAAGCATTCTACATCTTTAGCTTTTGAGATA
ATTATTATTAAGAAAAAAAAAAGACTTCGTTTGTAAGGAAATGAAGAAGAATTTAAATTA
TCTGTTTTCTTTT
AC

QA 4 376 4 376
DS 



AS 1 6

CO CL1136Contig1 1398 6 16 U
CTCGACCAGATTTGATCGTCCGAAAGGAACTACATCTCAGGTGAATCACAAGAAAGATGG
ACAAATTGAAGATAGCTGAATGGGGAGAGAAGCTGAAGACAGGAGGAGCTCAGATGAGCA
GGATGGTGAGCGAGAAGTTCAAAGACATCCTCCAAGCTCCGACCCTGAAATCCAAAATGG
TCGACGAAGCAACTCCGGAGACTCTCGAGGAGCCCAACTGGGGAATGAACATGAGGATAT
GCGCTCAGATCAACAGCCGGGAGTTCAACGCCGTCGAGATCGTCAGAGCCATCAAGAGGA
AGATCTCTGGTAATAATAAAAGCCCCGTGAGCCAGAGGCTGAGCCTTGAGCTTCTCGAGG
CTTGTGCTATGAACTGTGAGAAGATTTTCTCTGAAGTTGCTTCTGAGGGTGTTCTTGATG
AGATGGTTTGGTTGGTTAAGAACGGTGAAGCTGATTCCGAGAACAGGAGCAGAGCTTTTC
AGCTTATTAGAGCTTGGGGACGGTCTAAAGATCTTGCTTATCTTCCTGTTTTCAAGCAGA
CTTATATGAGCTTGGAGGGAGATAATGGTTTAAACGCTCGTAACGAGGAGAATCCAGTGG
CGGGACAGAGTTCTCTGGAGTCTCTCATGCAACGGCCTGTTCCAGTTCCTCCACCTGGTA
GCTATCCTGTTCCTCCTAATCAAGAACAGGCTCGTGGAGACCGTGATGGTGGTCTTCTTG
ACTATAACTTTGGGAACTTATCGATCAAGGATAAGAAAGAACAGATCGAGATTACACGGA
ACAGCCTCGAGTTGCTCTCTAGCATGTTGAACTCTGATGGAAAGCCGAATCACACAGAGG
ACGAGCTAACAGTAAGCCTGATGGAGAAATGCAAGCAGTCACAACCGTTGATTCAAATGA
TCATAGAGAGCACAACAGACGATGAGAGTGTTCTTTTTGAAGCACTGCATCTGAACGATG
AGCTCCAACGCGTTCTATCCATTTACGAGAAGCCTGATGAAACTGAGATGAAGGCGTCCA
TGGTGGACCAAGAATCATCAGGAAGTAAAGATGCTGGTAGTCCGAAACCAGCAGAATCAC
AGCTTGTGAAACAAAAGGATGAACAACATCCAGAATCACCAGGATCCTCCAACAAGACTG
GTAAAGAAGATAAGCAGGTGAAAATAGAACTCGGGTTATCCAGTGATGAAGATGAGAAAT
GAGCAAGTCTAATGTTTGTCTTCTTACGACATGGTTATCAGAATGTTGGAGAAGATTTCA
TTGTTCTTTTGATGTTTACTTCTGCAATGTACTTTCTACTATATGTTTATGGAACCTTTC
TTAGCTTCATTTTCTTTGCTATCGTTTCTCTTGACATTATAAAGGTGAATCTTCACCCGA
CACCGTATGTATTCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C408TF U 1
AF RR1DR71TF U 682
AF RR1C058TF U 792
AF RR1FP81TF U 792
AF RR1DR71JQ C 682
AF RR1C408JQ C 641
BS 1 689 RR1C408TF
BS 690 690 RR1DR71TF
BS 691 749 RR1C408TF
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BS 774 783 RR1C408TF
BS 784 792 RR1DR71TF
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BS 852 852 RR1DR71TF
BS 853 1195 RR1C058TF
BS 1196 1196 RR1DR71TF
BS 1197 1241 RR1C058TF
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RD RR1C408TF 783 0 0
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ACAAATTGAAGATAGCTGAATGGGGAGAGAAGCTGAAGACAGGAGGAGCTCAGATGAGCA
GGATGGTGAGCGAGAAGTTCAAAGACATCCTCCAAGCTCCGACCCTGAAATCCAAAATGG
TCGACGAAGCAACTCCGGAGACTCTCGAGGAGCCCAACTGGGGAATGAACATGAGGATAT
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AGATCTCTGGTAATAATAAAAGCCCCGTGAGCCAGAGGCTGAGCCTTGAGCTTCTCGAGG
CTTGTGCTATGAACTGTGAGAAGATTTTCTCTGAAGTTGCTTCTGAGGGTGTTCTTGATG
AGATGGTTTGGTTGGTTAAGAACGGTGAAGCTGATTCCGAGAACAGGAGCAGAGCTTTTC
AGCTTATTAGAGCTTGGGGACGGTCTAAAGATCTTGCTTATCTTCCTGTTTTCAAGCAGA
CTTATATGAGCTTGGAGGGAGATAATGGTTTAAACGCTCGTAACGAGGAGAATCCAGTGG
CGGGACAGAGTTCTCTGGAGTCTCTCATGCAACGGCCTGTTCCAGTTCCTCCACCTGGTA
GCTATCCTGTTCCTCCTAATCAAGAACAG*CTCGTGGAGACCGTGATGGTGGTCTTCTTG
ACTATAACTTTGGGAACTTATCGATCAAG*ATAAGAAAGAACAGATCGAGAT*ACACGGA
ACA

QA 1 783 1 783
DS 

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GAGAACAG
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TGCAAGCAGTCACAACCGTTGATTCAAATGATCATAGAGAGCACAACAGACGATGAGAGT
GTTCTTTTTGAAGCACTGCATCTGAACGATGAGCTCCAACGCGTTCTATCCATTTACGAG
AAGCCTGATGAAACTGAGATGAAGGCGTCCATGGTGGACCAAGAATCATCAGGAAGTAAA
GATGCTGGTAGTCCGAAACCAGCAGAATCACAGCTTGTGAAACAAAAGGATGAACAACAT
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TACTTTCTACTATATGTTTATGGAAC

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DS 

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G
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AATCATCAGGAAGTAAAGATGCTGGTAGTCCGAAACCAGCAGAATCACAGCTTGTGAAAC
AAAAGGATGAACAACATCCAGAATCACCAGGATCCTCCAACAAGACTGGTAAAGAAGATA
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DS 

RD RR1FP81TF 534 0 0
G
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TAAGCCTGATGGAGAAATGCAAGCAGTCACAACCGTTGATTCAAATGATCATAGAGAGCA
CAACAGACGATGAGAGTGTTCTTTTTGAAGCACTGCATCTGAACGATGAGCTCCAACGCG
TTCTATCCATTTACGAGAAGCCTGATGAAACTGAGATGAAGGCGTCCATGGTGGACCAAG
AATCATCAGGAAGTAAAGATGCTGGTAGTCCGAAACCAGCAGAATCACAGCTTGTGAAAC
AAAAGGATGAACAACATCCAGAATCACCAGGATCCTCCAACAAGACTGGTAAAGAAGATA
AGCAGGTGAAAATAGAACTCGGGTTATCCAGTGATGAAGATGATAAATGAGCAAGTCTAA
TGTTTGTCTTCTTACGACATGGTTATCAGGATGTTGGAGAAGATTTCATTGTTCTTTTGA
TGTTTACTTCTGCAATGTACTTTCTACTATATGTTTATGGAACCTTTCTTAGC

QA 2 534 2 534
DS 

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GAGAACAG
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GATAAGAAAGAACAGATCGAGATTACACGGAACAGCCTCGAGTTGCTCTCTAGCATGTTG
AACTCTGATGGAAAGCCGAATCACACAGAGGACGAGCTAACAGTAAGCCTGATGGAGAAA
TGCAAGCAGTCACAACCGTTGATTCAAATGATCATAGAGAGCACAACAGACGATGAGAGT
GTTCTTTTTGAAGCACTGCATCTGAACGATGAGCTCCAACGCGTTCTATCCATTTACGAG
AAGCCTGATGAAACTGAGATGAAGGCGTCCATGGTGGACCAAGAATCATCAGGAAGTAAA
GATGCTGGTAGTCCGAAACCAGCAGAATCACAGCTTGTGAAACAAAAGGATGAACAACAT
CCAGAATCACCAGGATCCTCCAACAAGACTGGTAAAGAAGATAAGCAGGTGAAAATAGAA
CTCGGGTTATCCAGTGATGAAGATGAGAAATGAGCAAGTCTAATGTTCGTCTTCTTACGA
CATGGTTATCAGAATGTTGGAGAAGATTTCATTGTTCTTTTGATGTTTACTTCTGCAATG
TACTTTCTACTATATGTTTATGGAACCTTTCTTAGC
TTC

QA 9 644 9 644
DS 

RD RR1C408JQ 758 0 0
TCCAGTTCCTCCACCTGGTAGCTATCCTGTTCCTCCTAATCAAGAACAGGCTCGTGGAGA
CCGTGATGGTGGTCTTCTTGACTATAACTTTGGGAACTTATCGATCAAGGATAAGAAAGA
ACAGATCGAGATTACACGGAACAGCCTCGAGTTGCTCTCTAGCATGTTGAACTCTGATGG
AAAGCCGAATCACACAGAGGACGAGCTAACAGTAAGCCTGATGGAGAAATGCAAGCAGTC
TCAACCGTTGATTCAAATGATCATAGAGAGCACAACAGACGATGAGAGTGTTCTTTTTGA
AGCACTGCATCTGAACGATGAGCTCCAACGCGTTCTATCCATTTACGAGAAGCCTGATGA
AACTGAGATGAAGGCGTCCATGGTGGACCAAGAATCATCAGGAAGTAAAGATGCTGGTAG
TCCGAAACCAGCAGAATCACAGCTTGTGAAACAAAAGGATGAGCAACATCCAGAATCACC
AGGATCCTCCAACAAGACTGGTAAAGAAGATAAGCAGGTGAAAATAGAACTCGGGTTATC
CAGTGATGAAGATGAGAAATGAGCAAGTCTAATGTTTGTCTTCTTACGACATGGTTATCA
GAATGTTGGAGAAGATTTCATTGTTCTTTTGATGTTTACTTCTGCAATGTACTTTCTACT
ATATGTTTATGGAACCTTTCTTAGCTTCATTTTCTTTGCTATCGTTTCTCTTGACATTAT
AAAGGTGAATCTTCACCCGACACCGTATGTATTCATTT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 6

CO CL1137Contig1 948 6 7 U
GGAGAGAGAGATTCCAACCTAACAAAACATAATTTGAATACCTTGCTACAAGTTAACCGG
ACAGAACAGTAAACTAAAAACCACATGGACTGTCTTATATATTGTTCCAAACGACGATTT
TACATCCGGTTCGAATAAAGCTAGGGACTAACCAATCAATCAAAATCTCACACGCTCCGG
TACAAAGGGCTTTGACGTTCAAGAGGAATCAGAAGCGGGTGGTGGTGGCGCTTGTCTTGG
TTTCCTCTGCTGCTCAGGAGGTGGTGGACCGTCTCTTTTTCTTTCGTACCTCTTACTTTG
ATACTTGGAGTTATTGCGCTGCTTTGGTTGGTATGTTGGGTATGTGCAGGGGATAATCTC
TCCATTGATGTACTTGTCGCCTCCATAGTCCTTGTTCTTGACATCTATGTAGGAGTCAGG
CAAAACCCAGAGAACTCCCGGCAAACCCTTGAACTTCTCAGAAGTTTCTTCGTCAATGGT
GCATTGGAATCCAGTATACGTGGTAGTACTGAATGCATACATATTCTTCTTTGCCTCTTC
CATACTTCCAAGAACAGTAGCAAGAGTGTTGAGGTAAGTATCAATCATCTGCTCCCTCGT
TGCCGCTGGATCCTTGGGGAACTCCATCACTATCAGCCAGTGATTGTAATCGCACCCTGG
AAGCATTATCGTCTCCCTCTGCTCGTTGCTGCTACTCCTTCTCGACGAGTAATCCGAATC
CACCGTCGCTGCCTTGACCATCGCAACCCGACGCCGAGACCCGGCGGCGGAGATGATGCT
CCGGAGCAGAGGATTCCGTTTTTCGGTGAGGCGGATACTGGAGGAGAGTGTAGGGAAGCG
TGCCAGGTGGCTTGAGGGAAGTAGGGTCTTGGGGAGAAGCAAGGAAGAAGATGTTGTGAA
GGAAGCCATTTCGAATTGCAGACAGCAAGAGAGACGAGACTGTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB72JQ U 71
AF RR1CM37JQ U 1
AF RR1BG56JQ U 22
AF RR1BG56TF C 66
AF RR1GB72TF C 364
AF RR1CM37TF C 276
BS 1 212 RR1CM37JQ
BS 213 213 RR1BG56JQ
BS 214 745 RR1CM37JQ
BS 746 802 RR1BG56JQ
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RD RR1GB72JQ 632 0 0
AAACTA
AAAACCACATGGACTGTCTTATATATTGTTCCAAACGACGATTTTACATCCGGTTCGAAT
AAAGCTAGGGACTAACCAATTAATCAAAATCTCACACGCTCCGGTACAAAGGGCTTTGAC
GTTCAAGAGGAATCAGAAGCGGGTGGTGGTGGCGCTTGTCTTGGTTTCCTCTGCTGCTCA
GGAGGTGGTGGACCGTCTCTTTTTCTTTCGTACCTCTTACTTTGATACTTGGAGTTATTG
CGCTGCTTTGGTTGGTATGTTGGGTATGTGCAGGGGATAATCTCTCCATTGATGTACTTG
TCGCCTCCATAGTCCTTGTTCTTGACATCTATGTAGGAGTCAGGCAAAACCCAGAGAACT
CCCGGCAAACCCTTGAACTTCTCAGAAGTTTCTTCGTCAATGGTGCATTGGAATCCAGTA
TACGTGGTAGTACTGAATGCATACATATTCTTCTTTGCCTCTTCCATACTTCCAAGGACA
GTAGCAAGAGTGTTGAGGTAAGTATCAATCATCTGCTCCCTCGTTGGCGCTGGATCCTTG
GGGAACTCCATCACTATCAGCCAGTGATTGTAATCGCACCCTGGAAGCATTATCGTCTCC
CTCTGCTCGTTGCTGCTACTCCTTCT

QA 7 632 7 632
DS 

RD RR1CM37JQ 745 0 0
GGAGAGAGAGATTCCAACCTAACAAAACATAATTTGAATACCTTGCTACAAGTTAACCGG
ACAGAACAGTAAACTAAAAACCACATGGACTGTCTTATATATTGTTCCAAACGACGATTT
TACATCCGGTTCGAATAAAGCTAGGGACTAACCAATCAATCAAAATCTCACACGCTCCGG
TACAAAGGGCTTTGACGTTCAAGAGGAATCAGTAGCGGGTGGTGGTGGCGCTTGTCTTGG
TTTCCTCTGCTGCTCAGGAGGTGGTGGACCGTCTCTTTTTCTTTCGTACCTCTTACTTTG
ATACTTGGAGTTATTGCGCTGCTTTGGTTGGTATGTTGGGTATGTGCAGGGGATAATCTC
TCCATTGATGTACTTGTCGCCTCCATAGTCCTTGTTCTTGACATCTATGTAGGAGTCAGG
CAAAACCCAGAGAACTCCCGGCAAACCCTTGAACTTCTCAGAAGTTTCTTCGTCAATGGT
GCATTGGAATCCAGTATACGTGGTAGTACTGAATGCATACATATTCTTCTTTGCCTCTTC
CATACTTCCAAGAACAGTAGCAAGAGTGTTGAGGTAAGTATCAATCATCTGCTCCCTCGT
TGCCGCTGGATCCTTGGGGAACTCCATCACTATCAGCCAGTGATTGTAATCGCACCCTGG
AAGCATTATCGTCTCCCTCTGCTCGTTGCTGCTACTCCTTCTCGACGAGTAATCCGAATC
CACCGTCGCTGCCTTGACCATCGCA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1BG56JQ 781 0 0
ACAAAACATGATTTGAATACCTTGCTACAAGTTAACCGGACAGAACAGTAAACTAAAAAC
CACATGGACTGTCTTATATATTGTTCCAAACGACGATTTTACATCCGGTTCGAATAAAGC
TAGGGACTAACCAATCAATCAAAATCTCACACGCTCCGGTACAAAGGGCTTTGACGTTCA
AGAGGAATCAGAAGCGGGTGGTGGTGGCGCTTGTCTTGGTTTCCTCTGCTGCTCAGGAGG
TGGTGGACCGTCTCTTTTTCTTTCGTACCTCTTACTTTGATACTTGGAGTTATTGCGCTG
CTTTGGTTGGTATGTTGGGTATGTGCAGGGGATAATCTCTCCATTGATGTACTTGTCGCC
TCCATAGTCCTTGTTCTTGACATCTATGTAGGAGTCAGGCAAAACCCAGAGAACTCCCGG
CAAACCCTTGAACTTCTCAGAAGTTTCTTCGTCAATGGTGCATTGGAATCCAGTATACGT
GGTAGTACTGAATGCATACATATTCTTCTTTGCCTCTTCCATACTTCCAAGAACAGTAGC
AAGAGTGTTGAGGTAAGTATCAATCATCTGCTCCCTCGTTGCCGCTGGATCCTTGGGGAA
CTCCATCACTATCAGCCAGTGATTGTAATCGCACCCTGGAAGCATTATCGTCTCCCTCTG
CTCGTTGCTGCTACTCCTTCTCGACGAGTAATCCGAATCCACCGTCGCTGCCTTGACCAT
CGCAACCCGACGCCGAGACCCGGCGGCGGAGATGATGCTCCGGAGCAGAGGATTCCGTTT
T

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1BG56TF 883 0 0
GACAGTAAACT
AAAACCACATGGACTGTCTTATATATG**TCCAAACGACGATTTTACATCCGGTTCGAAT
AAAGCTAGGGACTAACCAATCAATCAAAATCTCACACGCTCCGGTACAAAGGGCTTTGAC
GTTCAAGAGGAATCAGAAGCGGGTGGTGGTGGCGCTTGTCTTGGTTTCCTCTGCTGCTCA
GGAGGTGGTGGACCGTCTCTTTTTCTTTCGTACCTCTTACTTTGATACTTGGAGTTATTG
CGCTGCTTTGGTTGGTATGTTGGGTATGTGCAGGGGATAATCTCTCCATTGATGTACTTG
TCGCCTCCATAGTCCTTGTTCTTGACATCTATGTAGGAGTCAGGCAAAACCCAGAGAACT
CCCGGCAAACCCTTGAACTTCTCAGAAGTTTCTTCGTCAATGGTGCATTGGAATCCAGTA
TACGTGGTAGTACTGAATGCATACATATTCTTCTTTGCCTCTTCCATACTTCCAAGAACA
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GGGAACTCCATCACTATCAGCCAGTGATTGTAATCGCACCCTGGAAGCATTATCGTCTCC
CTCTGCTCGTTGCTGCTACTCCTTCTCGACGAGTAATCCGAATCCACCGTCGCTGCCTTG
ACCATCGCAACCCGACGCCGAGACCCGGCGGCGGAGATGATGCTCCGGAGCAGAGGATTC
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GGAAGTAGGGTCTTGGGGAGAGGCAAGGAAGAAGATGTTGTGAAGGAAGCCATTTCGAAT
TGCAGACAGCAAGAGAGACGAGACTGTTCCCC

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DS 

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AACCCAGAGAACTCCCGGCAAACCCTTGAACTTCTCAGAAGTTTCTTCGTCAATGGTGCA
TTGGAATCCAGTATACGTGGTAGTACTGAATGCATACATATTCTTCTTTGCCTCTTCCAT
ACTTCCAAGGACAGTAGCAAGAGTGTTGAGGTAAGTATCAATCATCTGCTCCCTCGTTGG
CGCTGGATCCTTGGGGAACTCCATCACTATCAGCCAGTGATTGTAATCGCACCCTGGAAG
CATTATCGTCTCCCTCTGCTCGTTGCTGCTACTCCTTCTCGACGAGTAATCCGAATCCAC
CGTCGCTGCCTTGACCATCGCAACCCGACGCCGAGACCCGGCGGCGGAGATGATGCTCCG
GAGCAGAGGATTCCGTTTTTCGGTGAGGCGGATACTGGAGGAGAGTGTAGGGAAGCGTGC
CAGGTGGCTTGAGGGAAGTAGGGTCTTGGGGAGAAGCAAGGAAGAAGATGTTGTGAAGGA
AGCCATTTCGAATTGCAGACAGC
AAGAGAC

QA 1 563 1 563
DS 

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TTGGGTATGTGCAGGGGATAATCTCTCCATTGATGTACTTGTCGCCTCCATAGTCCTTGT
TCTTGACATCTATGTAGGAGTCAGGCAAAACCCAGAGAACTCCCGGCAAACCCTTGAACT
TCTCAGAAGTTTCTTCGTCAATGGTGCATTGGAATCCAGTATACGTGGTAGTACTGAATG
CATACATATTCTTCTTTGCCTCTTCCATACTTCCAAGAACAGTAGCAAGAGTGTTGAGGT
AAGTATCAATCATCTGCTCCCTCGTTGCCGCTGGATCCTTGGGGAACTCCATCACTATCA
GCCAGTGATTGTAATCGCACCCTGGAAGCATTATCGTCTCCCTCTGCTCGTTGCTGCTAC
TCCTTCTCGACGAGTAATCCGAATCCACCGTCGCTGCCTTGACCATCGCAACCCGACGCC
GAGACCCGGCGGCGGAGATGATGCTCCGGAGCAGAGGATTCCGTTTTTCGGTGAGGCGGA
TACTGGAGGAGAGTGTAGGGAAGCGTGCCAGGTGGCTTGAGGGAAGTAGGGTCTTGGGGA
GAAGCAAGGAAGAAGATGTTGTGAAGGAAGCCATTTCGAATTGCAGACAGC
CC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 6

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AGTGAGAATGGGAAGTGGCTCTTTATAGTTTTTTCACAGAGTAGGAAGCAACAAATCAAG
AGTTGAAAACTTAAACTATGTTTCTCCCTCTGTTATTTGATATAGTTCAAATCTCAAAGC
AGCGGAACAGAAGAAAAAAAAAA**TCACATCATTGATGGGTTCTTCCTAGAGAAAACCT
AAGGATGTGCCTTTTGAGAAAACTCTTCAAGTCATCACTTTGGATACAACACCAGCTCCA
ACTGTTCTGCCTCCTTCCCTCAGAGCAAATCTTTGACCTATTTCGAGTGGGACAGGCATG
ATAAGCTCAAACACTGCAGTGACATTGTCACCAGGCATAACCATCTTCACCTCTTCTGGT
AACTCTACTCTTCCAGTGATATCTGCAGTCCTCAAGTAAAACTGAGGCCTGTAGTTTGAT
AAAAAGGCAGTGTGACGTCCACCTTCATCCTTGGTGAGCACGTAGATCTCTGCTTCAAAC
TTCTTGTATGTCTTGCATGAACCAGGCTTAGCAATCACCATTCCACGTTGAATGTCTTCT
CTCTTGAGCCCACGCAGAAGAAGTCCTACGTTATCACCAGCCTGTCCATTATCCAGAATC
TTCTTGAACATCTCGACCCCAGTTACAGTTGATTTCATTGGAGGTCCGTCTTTTAAACCC
AATATCTCAACTTCTTCACCAACTTTGATGACTCCTTGTTCAATACGACCGGTTGCAACA
GTTCCACGTCCTTGGATTGAGAAAACATCTTCAATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DF76JQ U 71
AF RR1DF76TF C 71
AF RR1ER47TF C 124
AF RR1AY73JQ U 1
AF RR1A784JQ U 65
AF RR1A784TF C 95
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C

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CACGCAGAAGAAGTCCTACGTTATCACCAGCCTGTCCATTATCCA
C

QA 1 585 1 585
DS 

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G
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C

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AAAAAGGCAGTGTGACGTCCACCTTCATCCTTGGTGAGCACGCAGATCTCTGCTTCAAAC
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TTCTTGAACATCTCGACCCCAGTTACAGTTGATTTCATTGGAGGTCCGTCTTTTAAACCC
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AAA

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CTTTTGAGAAAACTCTTCAAGTCATCACTTTGGATACAACACCAGCTCCAACTGTTCTGC
CTCCTTCCCTCAGAGCAAATCTTTGACCTATTTCGAGTGGGACAGGCATGATAAGCTCAA
ACACTGCAGTGACATTGTCACCAGGCATAACCATCTTCACCTCTTCTGGCAACTCTACTC
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CACGCAGAAGAAGTCCTACGTTATCACCAGCCTGTCCATTATCCAGAATCTTCTTGAACA
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CTTGGATTGAG

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DS 

RD RR1A784TF 723 0 0
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TGATGGGTTCTTCCTAGAGAAAACCTAAGGATGTGCCTTTTGAGAAAACTCTTCAAGTCA
TCACTTTGGATACAACACCAGCTCCAACTGTTCTGCCTCCTTCCCTCAGAGCAAATCTTT
GACCTATTTCGAGTGGGACAGGCATGATAAGCTCAAACACTGCAGTGACATTGTCACCAG
GCATAACCATCTTCACCTCTTCTGGCAACTCTACTCTTCCAGTGATATCTGCAGTCCTCA
AGTAAAACTGAGGCCTGTAGTTTGATAAAAAGGCAGTGTGACGTCCACCTTCATCCTTGG
TGAGCACGTAGATCTCTGCTTCAAACTTCTTGTATGTCTTGCATGAACCAGGCTTAGCAA
TCACCATTCCACGTTGAATGTCTTCTCTCTTGAGCCCACGCAGAAGAAGTCCTACGTTAT
CACCAGCCTGTCCATTATCCAGAATCTTCTTGAACATCTCGACCCCAGTTACAGTTGATT
TCATTGGAGGTCCGTCTTTTAAACCCAATATCTCAACTTCTTCACCAACTTTGATGACTC
CTTGTTCAATACGACCGGTTGCAACAGTTCCACGTCCTTGGATTGAGAAAACATCTTCAA
TAC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 5

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AACTGCGTTTCCGGCCGACGGTTCCGGCTCTCCGAGTCACCGTCGGTCGGATTTTGTTTT
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TATCCGATTGTAGATCTAGATCTA**TTTCAAGATCTGGGTTTTGGTGTTGAGCTCCGCC
GGTGGGTTATACGGCTCTGTTCGTGTTACCTCTGTTCTGGTCCTGTCTCGCCCTTTTAAA
TCCGATGGATCTGCTTATGGTTTTGTTTGCTTCTTGTGGCGGATCAACCAGTTGAGGAAA
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ATCTGGATCTGTTTACTCCGGCTCGTTTACAAGGATTTGGAGCTGTGGCTCATGGCACCT
AGCGTTGAGGTTTGATGGTTAAAAAGCTGGGTCTTCATCATCCTCTGGGGTTTGTGTTCT
GCAGTTTCTCTTGGCTCGGCTAGTGAAAGTCGGAGCATTGTAATGAGAAGTAGTTCTTCC
CCTAATAAGTTTCGCTCTTTGGTGTGCGCTTATTTCTTCGGTCCTCATCTGGTGTATCTG
GTTACTTTGGGTGTTTTGTTGAATTGATCTAGTATCTTTGATTGGGTTCTCTTTTAACTT
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CTCTAGGAGTTTAATAACTCGCTAGCTTTGGTTGTGTATCATGTAAGGTTCTGGCCTTTC
ATCAATGGAATGTTTCTGAGG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ37TF U 3
AF RR1G975TF U 5
AF RR1BG33TF U 1
AF RR1G975JQ C 105
AF RR1F491TF U 680
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BS 205 206 RR1G975TF
BS 207 281 RR1BG33TF
BS 282 282 RR1G975TF
BS 283 675 RR1BG33TF
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RD RR1FQ37TF 597 0 0
GG
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GTTTAGATGTTCTCTTCTTGTTTTAGTTTGTATGCATCTTAGTCAAGTTTGAAGATTATC
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QA 3 597 3 597
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GCGTTTCCGGCCGACGGTTCCGGCTCTCCGAGTCACCGTCGGTCGGATTTTGTTTTGTGT
GTTTAGATGTTCTCTTCTTGTTTTAGTTTGTATGCATCTTAGTCAAGTTTGAAGATTATC
CGATTGTAGATCTAGATCTA**TTTCAAGATCTGGGTTTTGGTGTTGAGCTCCGCCGGTG
GGTTATACGGCTCTGTTCGTGTTACCTCTGTTCTGGTCCTGTCTCGCCCTTTTAAATCCG
ATGGATCTGCTTATGGTTTTGTTTGCTTCTTGTGGCGGATCAACCAGTTGAGGAAAGTTG
TGCTTATCCTTGTCTCTCCTGCAACGGGTCAATCTGGAAAGGTGTTCGTTGTCCTGATCT
GGATCTGTTTACTCCGGCTCGTTTACAAGGATTTGGAGCTGTGGCTCATGGCACCTAGCG
TTGAGGTTTGATGGTTAAAAAGCTGGGTCTTCATCATCCTCTGGGGTTTGTGTTCTGCAG
TTTCTCTTGGCTCGGCTAGTGAAAGTCGGAGCATTGTAATGAGAAGTAGTTCTTCCCCTA
ATAAGTTTCGCTCTTTGGTGTGCGCTTATTTCTTCGGTCCTCATCTGGTGTATCTGGTTA
CTTTGGGTGTTTTGTTGAATTGATCTAGTATCTTTGATTGGGTTCTCTTTTAACTTTTGT
TA

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DS 

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AACTGCGTTTCCGGCCGACGGTTCCGGCTCTCCGAGTCACCGTCGGTCGGATTTTGTTTT
GTGTGTTTAGATGTTCTCTTCTTGTTTTAGTTTGTATGCATCTTAGTCAAGTTTGAAGAT
TATCCGATTGTAGATCTAGATCTAGATTTCAAGATCTGGGTTTTGGTGTTGAGCTCCGCC
GGTGGGTTATACGGCTCTGTTCGTGTTACCTCTGTTCTGGTTCTGTCTCGCCCTTTTAAA
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GTTGTGCTTATCCTTGTCTCTCCTGCAACGGGTCAATCTGGAAAGGTGTTCGTTGTCCTG
ATCTGGATCTGTTTACTCCGGCTCGTTTACAAGGATTTGGAGCTGTGGCTCATGGCACCT
AGCGTTGAGGTTTGATGGTTAAAAAGCTGGGTCTTCATCATCCTCTGGGGTTTGTGTTCT
GCAGTTTCTCTTGGCTCGGCTAGTGAAAGTCGGAGCATTGTAATGAGAAGTAGTTCTTCC
CCTAATAAGTTTCGCTCTTTGGTGTGCGCTTATTTCTTCGGTCCTCATCTGGTGTATCTG
GTTACTTTGGGTGTTCTGTTGAATTGATCTAGTATCTTTGATTGGGTTCTCTTTTAACTT
TTGTTAATTATGGTTTGTTTAAGCTTCCAGAGTGCGATCTTGTGTACTGCTGGCTTTAGT
CTCTAGGAGTTTAATAACTCGCTAGCTTTGGTTGTGTATCATGT

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DS 

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AGTCAAGTTTGAAGATTATCCGATTGTAGATCTAGATCTA**TTTCAAGATCTGGGTTTT
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GTCTCGCCCTTTTAAATCCGATGGATCTGCTTATGGTTTTGTTTGCTTCTTGTGGCGGAT
CAACCAGTTGAGGAAAGTTGTGCTTATCCTTGTCTCTCCTGCAACGGGTCAATCTGGAAA
GGTGTTCGTTGTCCTGATCTGGATCTGTTTACTCCGGCTCGTTTACAAGGATTTGGAGCT
GTGGCTCATGGCACCTAGCGTTGAGGTTTGATGGTTAAAAAGCTGGGTCTTCATCATCCT
CTGGGGTTTGTGTTCTGCAGTTTCTCTTGGCTCGGCTAGTGAAAGTCGGAGCATTGTAAT
GAGAAGTAGTTCTTCCCCTAATAAGTTTCGCTCTTTGGTGTGCGCTTATTTCTTCGGTCC
TCATCTGGTGTATCTGGTTACTTTGGGTGTTTTGTTGAATTGATCTAGTATCTTTGATTG
GGTTCTCTTTTAACTTTTGTTAATTATGGTTTGTTTAAGCTTCCAGAGTGCGATCTTGTG
TACTGCTGGCTTTAGTCTCTAGGAGTTTAATAACTCGCTAGCTTTGGTTGTGTATCATGT
AAGGTTCTGGCCTTTCATCAATGGAATGTTTCTGAGG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1F491TF 181 0 0
G
GAATTGATCTAGTATCTTTGATTGGGTTCTCTTTTAACTTTTGTTAATTATGGTTTGTTT
AAGCTTCCAGAGTGCGATCTTGTGTACTGCTGGCTTTAGTCTCTAGGAGTTTAATAACTC
GCTAGTTTTGGTTGTGTATCATGTAAGGTTCTGGCCTTTCATCAATGGAATGTTT
CTGAG

QA 2 176 2 176
DS 



AS 1 6

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CTCGGTATCGTCACCGTCTTCGCCCCCGCGAAGCTCAGTTCGAAGATGTTCACGGCGGAT
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TTGAAGAGATCTCTTTACTGTTTGTTCTCACAGTTTGGGAGGATACTTGATGTGGTTGCT
TTGAAGACTCCTAAGCTCCGTGGTCAAGCTTGGGTTGCCTTTAGTGACGTCACTGCTGCT
ACTAATGCCGTTCGCCAGATGCAGAACTTCCCTTTCTATGATAAGCCTATGCGCATACAG
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AAGAAGAGGAAGAAACAAGAGAAAGCTGAAAGAAAGCGTGAAGAAACCCAACGACCAAAC
ACAGCTAATGGCCCAACTCCACAGAACGGAGCCCCTCCGCCATCATCGTTCAAGCCGAGC
GGACAAGATGCAATGCCACCAAACAACATACTCTTCATTCAGAATCTTCCGCACGATACA
ACAACCGCTATGCTTGAGTTTCTCTTCCGTCAGTATCCTGGATTCAAAGAGATAAGAATG
GTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTGCTGAGTTCGAAGACGATGTTAAATCTTCCATG
GCTATGCACGGTCTTCAGGACTTCAAAATCACTCCCCAGTATCCGATGCTCATCTCTTTC
GCCAAGAAATGAAGAGAAATTGCTTGTGTTTGTTGTGTCTTTTAAGATGATGACAATGAG
ACTGTTAGTGTGTATAACCGACGGTTTAATGTTTTAGTTCGATTGACTCCGGTTTGGTTT
TAATCAGGGACCCCTTAATACGCGGTTTCACACT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ89TF U 10
AF RR1E045TF U 1
AF RR1FD05TF U 1
AF RR1FZ89JQ C 392
AF RR1AK05TF U 31
AF RR1E045JQ C 231
BS 1 226 RR1E045TF
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BS 837 866 RR1AK05TF
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GG
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CACCGTCTTCGCCCCCGCGAAGCTCAGTTCGAAGATGTTCACGGCGGATATACCACCGAA
TCAGTCAATCTACATCAAAAACCTCAATGAGA**ATCAAGAAAGAAGAATTGAAGAGATC
TCTTTACTGTTTGTTCTCACAGTTTGGGAGGATACTTGATATGGTTGCTTTGAAGACTCC
TAAGCTCCGTGGTCAAGCTTGGGTTGCCTTTAGTGACGTCACTGCTGCTACTAATGCCGT
TCGCCAGATGCAGAACTTCCCTTTCTATGATAAGCCTATGCGCATACAGTTCGCAAAGGA
AAAGTCAGATTGTATTGCTAAAGAGGAAGGAACTTTCGTTCCCAAAGATAAGAAGAGGAA
GAAACAAGAGAAAGCTGAAAGAAAGCATGAAGAAACCCAACGACCAAACACAGCTAATGG
CCCAACTCCACAGAACGGAGCCCCTCCGCCATCA

QA 3 516 3 516
DS 

RD RR1E045TF 726 0 0
GGAGGGCTTCCGCGTCTCTCTTGCTCTCTCTCAAATCACGTTCATTAGGGTTCTCTCAGA
CTCGGTATCGTCACCGTCTTCGCCCCCGCGAAGCTCAGTTCGAAGATGTTCACGGCGGAT
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TTGAAGACTCCTAAGCTCCGTGGTCAAGCTTGGGTTGCCTTTAGTGACGTCACTGCTGCT
ACTAATGCCGTTCGCCAGATGCAGAACTTCCCTTTCTATGATAAGCCTATGCGCATACAG
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GTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTGCTGAGTTCGAAGACGATGTTAA*TCTTCCATG
GCTATG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1FD05TF 743 0 0
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CTCGGTATCGTCACCGTCTTCGCCCCCGCGAAGCTCAGTTCGAAGATGTTCACGGCGGAT
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TTGAAGAGATCTCTTTACTGTTTGTTCTCACAGTTTGGGAGGATACTTGATGTGGTTGCT
TTGAAGACTCCTAAGCTCCGTGGTCAAGCTTGGGTTGCCTTTAGTGACGTCACTGCTGCT
ACTAATGCCGTTCGCCAGATGCAGAACTTCCCTTTCTATGATAAGCCTATGCGCATACAG
TTCGCAAAGGAAAAGTCAGATTGTATTGCTAAAGAGGAAGGAACTTTCGTTCCCAAAGAT
AAGAAGAGGAAGAAACAAGAGAAAGCTGAAAGAAAGCGTGAAGAAACCCAACGACCAAAC
ACAGCTAATGGCCCAACTCCACAGAACGGAGCCCCTCCGCCATCATCGTTCAAGCCGAGC
GGACAAGATGCAATGCCACCAAACAACATACTCTTCATTCAGAATCTTCCGCACGATACA
ACAACCGCTATGCTTGAGTTTCTCTTCCGTCAGTATCCTGGATTCAAAGAGATAAGAATG
GTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTGCTGAGTTCGAAGACGATGTTAAATCTTCCATG
GCTATGCACGGTCTTCAG
ACTTC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1FZ89JQ 437 0 0
AAGAGGAAGGAACTTTCGTTCCCAAAGATAAGAAGAGGAAGAAACAAGAGAAAGCTGAAA
GAAAGCATGAAGAAACCCAACGACCAAACACAGCTAATGGCCCAACTCCACAGAACGGAG
CCCCTCCGCCATCATCGTTCAAGCCGAGCGGACAAGATGCAATGCCCCCAAACAACATAC
TTTTCATTCAGAATTTTCCGCACGATACAACAACCGCTATGCTTGAGTTTTTCTTCCGTC
AGTATCCTGGATTCAAAGAGATAAGAATGGTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTGCTG
AGTTCGAAGACGATGTTAAATTTTCCATGGCTATGCACGGTTTTCAGGACTTCAAAATCA
CTCCCCAGTATCCGATGCTCATCTCTTTCGCCAAGAAATGAAGAGAAATTGCTTGTGTTT
GTTGTGTTTTTTA
AGAT

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR1AK05TF 843 0 0
GG
AAATCACGTTCATTAGGGTTCTCTCAGACTCGGTATCGTCACCGTCTTCGCCCCCGCGAA
GCTCAGTTCGAAGATGTTCACGGCGGATATACCACCGAATCAGTCAATCTACATCAAAAA
CCTCAACGAGAGAATCAAGAAAGAAGAATTGAAGAGATCTCTTTACTGTTTGTTCTCGCA
GTTTGGGAGGATACTTGATGTGGTTGCTTTGAAGACTCCTAAGCTCCGTGGTCAAGCTTG
GGTTGCCTTTAGTGACGTCACTGCTGCTACTAATGCCGTTCGCCAGATGCAGAACTTCCC
TTTCTATGATAAGCCTATGCGCATACAGTTCGCAAAGGAAAAGTCAGATTGTATTGCTAA
AGAGGAAGGAACTTTCGTTCCCAAAGATAAGAAGAGGAAGAAACAAGAGAAAGCTGAAAG
AAAGCGTGAAGAAACCCAACGACCAAACACAGCTAATGGCCCAACTCCACAGAACGGAGC
CCCTCCGCCATCATCGTTCAAGCCGAGCGGACAAGATGCAATGCCACCAAACAACATACT
CTTCATTCAGAATCTTCCGCACGATACAACAACCGCTATGCTTGAGTTTCTCTTCCGTCA
GTATCCTGGATTCAAAGAGATAAGAATGGTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTGCTGA
GTTCGAAGACGATGTTAAATCTTCCATGGCTATGCACGGTCTTCAGGACTTCAAAATCAC
TCCCCAGTATCCGATGCTCATCTCTTTCGCCAAGAAATGAAGAGAAATTGCTTGTGTTTG
TTGTGTCTTTTA*GATGATGACA*TGAGACTGTTAGTGTGTATAACCGACGGTT
AATGTTT

QA 3 836 3 836
DS 

RD RR1E045JQ 704 0 0
TGTGGTTGCTTTGAAGACTCCTAAGCTCCGTGGTCAAGCTTGGGTTGCCTTTAGTGACGT
CACTGCTGCTACTAATGCCGTTCGCCAGATGCAGAACTTCCCTTTCTATGATAAGCCTAT
GCGCATACAGTTCGCAAAGGAAAAGTCAGATTGTATTGCTAAAGAGGAAGGAACTTTCGT
TCCCAAAGATAAGAAGAGGAAGAAACAAGAGAAAGCTGAAAGAAAGCGTGAAGAAACCCA
ACGACCAAACACAGCTAATGGCCCAACTCCACAGAACGGAGCCCCTCCGCCATCATCGTT
CAAGCCGAGCGGACAAGATGCAATGCCACCAAACAACATACTCTTCATTCAGAATCTTCC
GCACGATACAACAACCGCTATGCTTGAGTTTCTCTTCCGTCAGTATCCTGGATTCAAAGA
GATAAGAATGGTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTGCTGAGTTCGAAGACGATGTTAA
ATCTTCCATGGCTATGCACGGTCTTCAGGACTTCAAAATCACTCCCCAGTATCCGATGCT
CATCTCTTTCGCCAAGAAATGAAGAGAAATTGCTTGTGTTTGTTGTGTCTTTTAAGATGA
TGACAATGAGACTGTTAGTGTGTATAACCGACGGTTTAATGTTTTAGTTCGATTGACTCC
GGTTTGGTTTTAATCAGGGACCCCTTAATACGCGGTTTCACACT

QA 1 704 1 704
DS 



AS 2 6

CO CL1141Contig1 670 4 4 U
GGGCGCGGCGAAAGCAATCTTGGAAATTTCATCGATTTATTTTGTTTATATAAATCTCTC
AGCCATCACTGTTTCGAAGGCATTAACTCTCGGAGAATCATAAAAAGTAAGGATGTCTGC
AACACAGGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGGTGGTGACGGAGGAGCTCACATCAATCTTAA
GGTCAAGGGACAGGACGGGAATGAGGTGTCCTTTAGGATCAAGAGAAGCACTCAGCTGAA
GAAGCTGATGAATGCTTACTGTGACAGGCAATCTGTGGACATGAACGCCATTGCCTTCTT
GTTTGATGGTCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGACGG
TGATGAGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGTTGGTATTGGTGGAGGTGG
CCTGACATTTGTCCGGGTTTAGGGTTTCGTGATGTGTGATAGGAATGGTTTAAGGAGTAA
TCGGCATTAGGAATTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTTTTAATCGTGACCATTGGCGTTAA
AAAAGCTAATATGGTCATGAAGGCTTAAGAAAAACCTTTTGTTAAATTGTTGGTCTTGTT
CCTTTGGTATTGGATCCTTCTATGTTATGACAATGTTTGCGCTTAAGATTGTTATTTAAC
CTTGTTGGAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1ET54JQ C 32
AF RR1DO38JQ C 1
AF RR1ET54TF U 32
AF RR1DO38TF U 1
BS 1 36 RR1DO38TF
BS 37 518 RR1ET54TF
BS 519 519 RR1DO38TF
BS 520 670 RR1ET54TF

RD RR1ET54JQ 608 0 0
GGCAC
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CGATGAGCTTGAAATGGAGGACGGTGATGAGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGG
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TGATAGGAATGGTTTAAGGAGTAATCGGCATTAGGAATTGCAGACTTGTTTTT*TTTTTT
TTTAATCGTGACCATTGGCGTTAAAAAAGCTAATATGGTCATGAAGGCTTAAGAAAAACC
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TTG

QA 6 608 6 608
DS 

RD RR1DO38JQ 670 0 0
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GTTTGATGGTCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGACGG
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CCTGACATTTGTCCGGGTTTAGGGTTTCGTGATGTGTGATAGGAATGGTTTAAGGAGTAA
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CCTTTGGTATTGGATCCTTCTATGTTATGACAATGTTTGCGCTTAAGATTGTTATTTAAC
CTTGTTGGAG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1ET54TF 639 0 0
GGCAC
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CGGAGGAGCTCACATCAATCTTAAGGTCAAGGGACAGGACGGGAATGAGGTGTCCTTTAG
GATCAAGAGAAGCACTCAGCTGAAGAAGCTGATGAATGCTTACTGTGACAGGCAATCTGT
GGACATGAACGCCATTGCCTTCTTGTTTGATGGTCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCC
CGATGAGCTTGAAATGGAGGACGGTGATGAGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGG
CTGTGTTGGTATTGGTGGAGGTGGCCTGACATTTGTCCGGGTTTAGGGTTTCGTGATGTG
TGATAGGAATGGTTTAAGGAGTAATCGGCATTAGGAATTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTT
TT*AATCGTGACCATTGGCGTTAAAAAAGCTAATATGGTCATGAAGGCTTAAGAAAAACC
TTTTGTTAAATTGTTGGTCTTGTTCCTTTGGTATTGGATCCTTCTATGTTATGACAATGT
TTGCGCTTAAGATTGTTATTTAACCTTGTTGGAG

QA 6 639 6 639
DS 

RD RR1DO38TF 670 0 0
GGGCGCGGCGAAAGCAATCTTGGAAATTTCATCGATTTATTTTGTTTATATAAATCTCTC
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AACACAGGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGGTGGTGACGGAGGAGCTCACATCAATCTTAA
GGTCAAGGGACAGGACGGGAATGAGGTGTTCTTTAGGATCAAGAGAAGCACTCAGCTGAA
GAAGCTGATGAATGCTTACTGTGACAGGCAATCTGTGGACATGAACGCCATTGCCTTCTT
GTTTGATGGTCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGACGG
TGATGAGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGTTGGTATTGGTGGAGGTGG
CCTGACATTTGTCCGGGTTTAGGGTTTCGTGATGTGTGATAGGAATGGTTTAAGGAGTAA
TCGGCATTAGGAATTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTTTTAATCGTGACCATTGGCGTTAA
AAAAGCTAATATGGTCATGAAGGCTTAAGAAAAACCTTTTGTTAAATTGTTGGTCTTGTT
CCTTTGGTATTGGATCCTTCTATGTTATGACAATGTTTGCGCTTAAGATTGTTATTTAAC
CTTGTTGGAG

QA 1 670 1 670
DS 



CO CL1141Contig2 649 2 2 U
GGGCGCGGCGAAAGCAATCTTGGAAATTTCATCGATTTATTTTGTTTATATAAATCTCTC
AGCCATCACTGTTTCGAAGGCATTAACTCTCGGAGAATCATAAAAAGTAAGGATGTCTGC
AACACAGGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGGTGGTGACGGAGGAGCTCACATCAATCTTAA
GGTCAAGGGACAGGATGGGAATGAGGTGTTCTTTAGGATCAAGAGAAGCACTCAGCTGAA
GAAGTTGATGAATGCTTACTGTGACAGGCAATCTGTGGACATGAACGCCATTGCCTTCTT
GTTTGATGGGCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGATGG
TGATGAGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGTGGAGGTGGCCTGAC
ATTTATCCGGGTTTAGGGTTTCATGATGTGTGATAGGAATGGTTAAGGAGTAATCGGCAT
TAGGAATTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTTTTTCTTAAATCGTGACCATTGGCGTTAAAA
AACTAATATGGTCATGAAGGCTTAAAAAACCCTTTTGTTAATTGTTGGTCTTGTTCCTTT
GGTATTGGATCCTACTATGTTATGATAATGTTTGCGCTTAAAAATTGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FS17JQ C 1
AF RR1FS17TF U 1
BS 1 630 RR1FS17TF
BS 631 649 RR1FS17JQ

RD RR1FS17JQ 649 0 0
GGGCGCGGCGAAAGCAATCTTGGAAATTTCATCGATTTATTTTGTTTATATAAATCTCTC
AGCCATCACTGTTTCGAAGGCATTAACTCTCGGAGAATCATAAAAAGTAAGGATGTCTGC
AACACAGGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGGTGGTGACGGAGGAGCTCACATCAATCTTAA
GGTCAAGGGACAGGATGGGAATGAGGTGTTCTTTAGGATCAAGAGAAGCACTCAGCTGAA
GAAGTTGATGAATGCTTACTGTGACAGGCAATCTGTGGACATGAACGCCATTGCCTTCTT
GTTTGATGGGCGTCGTTTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGATGG
TGATGAGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGTGGAGGTGGCCTGAC
ATTTATCCGGGTTTAGGGTTTCATGATGTGTGATAGGAATGGTTAAGGAGTAATCGGCAT
TAGGAATTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTTTTTCTTAAATCGTGACCATTGGCGTTAAAA
AACTAATATGGTCATGAAGGCTTAAAAAACCCTTTTGTTAATTGTTGGTCTTGTTCCTTT
GGTATTGGATCCTACTATGTTATGATAATGTTTGCGCTTAAAAATTGTT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1FS17TF 630 0 0
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GGTCAAGGGACAGGATGGGAATGAGGTGTTCTTTAGGATCAAGAGAAGCACTCAGCTGAA
GAAGTTGATGAATGCTTACTGTGACAGGCAATCTGTGGACATGAACGCCATTGCCTTCTT
GTTTGATGGGCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGATGG
TGATGAGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGTGGAGGTGGCCTGAC
ATTTATCCGGGTTTAGGGTTTCATGATGTGTGATAGGAATGGTTAAGGAGTAATCGGCAT
TAGGAATTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTTTTTCTTAAATCGTGACCATTGGCGTTAAAA
AACTAATATGGTCATGAAGGCTTAAAAAACCCTTTTGTTAATTGTTGGTCTTGTTCCTTT
GGTATTGGATCCTACTATGTTATGATAATG

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 6

CO CL1142Contig1 1372 6 14 U
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GAAAAGAAAGCTTTAGGATGGGCAGCAAGAGATCCTTCTGGTGTTCTCTCTCCTTATTCC
TACACTCTGAGGAGCACAGGGCCAGCTGATGTGTACATAAAGGTTATATGCTGTGGAATC
TGCCATACTGATATTCACCAGATTAAAAATGATCTCGGAATGTCCAACTATCCTATGGTT
CCTGGACACGAGGTGGTAGGTGAAGTGGTTGAAGTGGGATCAGATGTGAGCAAATTCACC
GTAGGTGATGTGGTCGGAGTCGGCGTCATCGTCGGCTGCTGCGGTAGCTGCAACCCCTGC
AGCTCAGATCTTGAACAGTACTGTAACAAGAGGATCTGGAGTTACAACGATGTGTACACC
GACGGAAAACCAACTCAAGGTGGCTTCGCAGACACTATGATCGTCAATCAGAAGTTTGTC
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ACTGTGTACAGTCCGTTGAGCCACTTCGGTCTAATGTCAAGCGGGCTCAAAGGAGGGATT
CTAGGGTTAGGAGGAGTTGGGCACATGGGTGTGAAGATAGCTAAAGCAATGGGACATCAC
GTGACGGTGATAAGCTCGTCAGAGAGGAAAAGAGAAGAAGCAATGGATCATCTAGGAGCT
GACGACTACGTAGTGAGTTCTGATCAAGCAGAGATGCAAAGAATCGCAGATTCTCTTGAC
TATATCATCGATACCGTACCGGTGTTTCACCCACTGGAGCCTTACTTGGCTTGTCTTAAA
CTCGACGGGAAGTTGATTCTCATGGGCGTTATTAACACTCCTCTTCAGTTCGTCACCCCT
CTCATCATTCTTGGGAGGAAAGTAATATCAGGAAGCTTTATTGGGAGCATTAAAGAGACA
GAAGAAGTGTTGGCTTTCTGCAAAGAGAAAGGTCTTACGTCGACAATTGAAGTGGTGAAG
ATGGGTGAGCTCAACACTGCTTTTGAGAGGCTTCACAAGAACGATGTGCGTTACAGGTTT
GTGGTTGATGTTGCCGGAAGCAATCTGGTCGAGGAGGCTGCAACAGCTACAAAATGAAAC
AGAGTAACTAAGTAATGCGATATGGGTCCTATGTATGTTTTGTGGTGTCTTATTCAATGG
TTCAGAAGTGAATGCTTTGGTGTATCATTTGATGTTTACTTTTGCTTTAAATGTGGATTT
TATGTCATTGTCTTTTTCACCTAAAGATAAAAGAATAAATATTAATATGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CP05TF U 1
AF RR1BZ68TF U 6
AF RR1AA60TF U 36
AF RR1BZ68JQ C 527
AF RR1CP05JQ C 554
AF RR1AA60JQ C 579
BS 1 224 RR1CP05TF
BS 225 225 RR1BZ68TF
BS 226 269 RR1CP05TF
BS 270 275 RR1BZ68TF
BS 276 276 RR1AA60TF
BS 277 353 RR1BZ68TF
BS 354 354 RR1AA60TF
BS 355 648 RR1BZ68TF
BS 649 775 RR1AA60TF
BS 776 819 RR1BZ68JQ
BS 820 821 RR1CP05JQ
BS 822 974 RR1BZ68JQ
BS 975 975 RR1CP05JQ
BS 976 1372 RR1BZ68JQ

RD RR1CP05TF 269 0 0
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AAAATAAAAAGTCAGAGAAACCAAGAAAGAACTAGAAGAATGGGAAGTGTAGAAGTTGGA
GAAAAGAAAGCTTTAGGATGGGCAGCAAGAGATCCTTCTGGTGTTCTCTCTCCTTATTCC
TACACTCTGAGGAGCACAGGGCCAGCTGATGTGTACATAAAGGT*ATATGCTGTGGAATC
TGCCATACTGATATTCACCAGATTAAAAA

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DS 

RD RR1BZ68TF 643 0 0
GG
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AAAGTCAGAGAAACCAAGAAAGAACTAGAAGAATGGGAAGTGTAGAAGTTGGAGAAAAGA
AAGCTTTAGGATGGGCAGCAAGAGATCCTTCTGGTGTTCTCTCTCCTTATTCCTACACTC
TGAGGAGCACAGGGCCAGCTGATGTGTACATAAAGGTTATATGCTGTGGAATCTGCCATA
CTGATATTCACCAGATTAAAAATGATCTTGGAATGTCCAACTATCCTATGGTTCCTGGAC
ACGAGGTGGTAGGTGAAGTGGTTGAAGTGGGATCAGATGTGAGCAAGTTCACCGTAGGTG
ATGTGGTCGGAGTCGGCGTCATCGTCGGCTGCTGCGGTAGCTGCAACCCCTGCAGCTCAG
ATCTTGAACAGTACTGTAACAAGAGGATCTGGAGTTACAACGATGTGTACACCGACGGAA
AACCAACTCAAGGTGGCTTCGCAGACACTATGATCGTCAATCAGAAGTTTGTCGTGAAGA
TTCCCGAAGGTATGCCAGTGGAACAGGCTGCCCCGCTGCTCTGCGCTGGAGTAACTGTGT
ACAGTCCGTTGAGCCACTTCGGTCTAATGTCAAGCGGGCTC

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DS 

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GG
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GAATGGGAAGTGTAGAAGTTGGAGAAAAGAAAGCTTTAGGATGGGCAGCAAGAGATCCTT
CTGGTGTTCTCTCTCCTTATTCCTACACTCTGAGGAGCACAGGGCCAGCTGATGTGTACA
TAAAGGTTATATGCTGTGGAATCTGCCATACTGATATTCACCAGATTAAAAATGATCTCG
GAATGTCCAACTATCCTATGGTTCCTGGACACGAGGTGGTAGGTGAAGTGGTTGAAGTGG
GATCAGATGTGAGCAAATTCACCGTAGGTGATGTGGTCGGAGTCGGCGTCATCGTCGGCT
GCTGCGGTAGCTGCAACCCCTGCAGCTCAGATCTTGAACAGTACTGTAACAAGAGGATCT
GGAGTTACAACGATGTGTACACCGACGGAAAACCAACTCAAGGTGGCTTCGCAGACACTA
TGATCGTCAATCAGAAGTTTGTCGTGAAGATTCCCGAAGGTATGCCAGTGGAACAGGCTG
CCCCGCTGCTCTGCGCTGGAGTAACTGTGTACAGTCCGTTGAGCCACTTCGGTCTAATGT
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TAGCTAAAGCAATGGGACATCACGTGACGGTGATAAGCTCGTCAGAGAGGAAAAGAGAAG
AAGCAATGGATCATCTAG
GAGC

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DS 

RD RR1BZ68JQ 846 0 0
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TCTGCGCTGGAGTAACTGTGTACAGTCCGTTGAGCCACTTCGGTCTAATGTCAAGCGGGC
TCAAAGGAGGGATTCTAGGGTTAGGAGGAGTTGGGCACATGGGTGTGAAGATAGCTAAAG
CAATGGGACATCACGTGACGGTGATAAGCTCGTCAGAGAGGAAAAGAGAAGAAGCAATGG
ATCATCTAGGAGCTGACGACTACGTAGTGAGTTCTGATCAAGCAGAGATGCAA**AATCG
CAGATTCTCTTGACTATATCATCGATACCGTACCGGTGTTTCACCCACTGGAGCCTTACT
TGGCTTGTCTTAAACTCGACGGGAAGTTGATTCTCATGGGCGTTATTAACACTCCTCTTC
AGTTCGTCACCCCTCTCATCATTCTTGG*AGGAAAGTAATATCAGGAAGCTTTATTGGGA
GCATTAAAGAGACAGAAGAAGTGTTGGCTTTCTGCAAAGAGAAAGGTCTTACGTCGACAA
TTGAAGTGGTGAAGATGGGTGAGCTCAACACTGCTTTTGAGAGGCTTCACAAGAACGATG
TGCGTTACAGGTTTGTGGTTGATGTTGCCGGAAGCAATCTGGTCGAGGAGGCTGCAACAG
CTACAAAATGAAACAGAGTAACTAAGTAATGCGATATGGGTCCTATGTATGTTTTGTGGT
GTCTTATTCAATGGTTCAGAAGTGAATGCTTTGGTGTATCATTTGATGTTTACTTTTGCT
TTAAATGTGGATTTTATGTCATTGTCTTTTTCACCTAAAGATAAAAGAATAAATATTAAT
ATGAGC

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DS 

RD RR1CP05JQ 819 0 0
AAGGTATGCCAGTGGAACAGGCTGCCCCGCTGCTCTGCGCTGGAGTAACTGTGTACAGTC
CGTTGAGCCACTTCGGTCTAATGTCAAGCGGGCTCAAAGGAGGGATTCTAGGGTTAGGAG
GAGTTGGGCACATGGGTGTGAAGATAGCTAAAGCAATGGGACATCACGTGACGGTGATAA
GCTCGTCAGAGAGGAAAAGAGAAGAAGCAATGGATCATCTAG*AGCTGACGACTACGTAG
TGAGTTCTGATCAAGCAGAGATGCAAAGAATCGCAGATTCTCTTGACTATATCATCGATA
CCGTACCGGTGTTTCACCCACTGGAGCCTTACTTGGCTTGTCTTAAACTCGACGGGAAGT
TGATTCTCATGGGCGTTATTAACACTCCTCTTCAGTTCGTCACCCCTCTCATCATTCTTG
GGAGGAAAGTAATATCAGGAAGCTTTATTGGGAGCATTAAAGAGACAGAAGAAGTGTTGG
CTTTCTGCAAAGAGAAAGGTCTTACGTCGACAATTGAAGTGGTGAAGATGGGTGAGCTCA
ACACTGCTTTTGAGAGGCTTCACAAGAACGATGTGCGTTACAGGTTTGTGGTTGATGTTG
CCGGAAGCAATCTGGTCGAGGAGGCTGCAACAGCTACAAAATGAAACAGAGTAACTAAGT
AATGCGATATGGGTCCTATGTATGTTTTGTG*TGTCTTATTCAATGGTTCAGAAGTGAAT
GCTTTGGTGTATCATTTGATGTTTACTTTTGCTTTAAATGTGGATTTTATGTCATTGTCT
TTTTCACCTAAAGATAAAAGAATAAATATTAATATGAGC

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DS 

RD RR1AA60JQ 751 0 0
CCCGCTGCTCTGCGCTGGAGTAACTGTGTACAGTCCGTTGAGCCACTTCGGTCTAATGTC
AAGCGGGCTCAAAGGAGGGATTCTAGGGTTAGGAGGAGTTGGGCACATGGGTGTGAAGAT
AGCTAAAGCAATGGGACATCACGTGACGGTGATAAGCTCGTCAGAGAGGAAAAGAGAAGA
AGCAATGGATCATCTAGGAGCTGACGACTACGTAGTGAGTTCTGATCAAGCAGAGATGCA
AAGAATCGCAGATTCTCTTGACTATATCATCGATACCGTACCGGTGTTTCACCCACTGGA
GCCTTACTTGGCTTGTCTTAAACTCGACGGGAAGTTGATTCTCATGGGCGTTATTAACAC
TCCTCTTCAGTTCGTCACCCCTCTCATCATTCTTGGGAGGAAAGTAATATCAGGAAGCTT
TATTGGGAGCATTAAAGAGACAGAAGAAGTGTTGGCTTTCTGCAAAGAGAAAGGTCTTAC
GTCGACAATTGAAGTGGTGAAGATGGGTGAGCTCAACACTGCTTTTGAGAGGCTTCACAA
GAACGATGTGCGTTACAGGTTTGTGGTTGATGTTGCCGGAAGCAATCTGGTCGAGGAGGC
TGTAACAGCTACAAAGTGAAACAGAGTAACTAAGTAATGCGATATGGGTCCTATGTATGT
TTTGTGGTGTCTTATTCAATGGTTCAGAAGTGAATGCTTTGGTGTATCATTTGATGTTTA
CTTTTGCTTTAAATGTGGATTTTATGTCA
AG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 5

CO CL1143Contig1 860 5 6 U
GGGTTTAAGCGAAGGTGACCATACTATTTCAATCCCCCCCCCCCCAACAACTCTTCCCTC
AACACATTATCATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACCATGGGATTGCTCGATCTGGAGA
AGCACTTCGCCTTCTACGGCGCATACCACAGCAACCCAATCAACATCGCGATCCACATCA
TCTTCGTATGGCCCATCGTCTTCACAGCCTTGCTTCTCCTCTACCCAGCCTCCCCAATTT
ACGACCTTTCTCAATTAGGGTTTCCTCAGTCGATGACCCTCGACGGCGTTCTGAGGTTAG
ACGTCGGGTTCGCCGTCACGGTGGCTTATGCTCTGTTCTACATCTGTTTGGATAAGAAAT
CCGGGTTCGTTGCGGCTCTCATGTGTTTCGCTTGCTGGGTTGGGTCCAGTGTCCTCGCTG
TTCGGTTAGGACCTTCTCTTGCCGTAAAGGTTGGGTTAGCATCTCAGCTGTTATGTTGGA
CCGGGCAGTTTCTTGGACATGGATTATTCGAGAAACGAGCACCTGCGCTTTTAGACAATC
TAGCCCAAGCTTTTCTCATGGCTCCTTTCTTTGTGTTGCTTGAGATTCTTCAAATGGTTT
TCGGGTACGAGCCATATCCAGGTTTTCAAGCTCGTGTCAATGCCAAGGTAGAAAGTAGCA
TAAAGGAATGGAGAGAAAAGAAGCAGATGAAGAATAATAAGCTCACATAAGCTTTGGATT
AATATAACTGAAGAACCTAAAACCCATTGTCATGTTTATTACATTAAAACCCCACGTAAT
AATAAGACCACCATTGATTGATGGGTTTGTGTATAACTATGTTTCAATATAGTTGACAAA
AAAAAATTGCGTTTCAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AATATAACTGA

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DS 

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TCATGTGTTTCGCTTGCTGGGTTGGGTCCAGTGTCCTCGCTGTTCGGTTAGGACCTTCTC
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CCGGGTTCGTTGCGGCTCTCATGTGTTTCGCTTGCTGGGTTGGGTCCAGTGTCCTCGCTG
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TAAAGGAATGGAGAGAAAAGAAGCAGATGAAGAATAATAAGCTCACATAAGCTTTGGATT
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AATAAGACCACCATTGAT

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CGGGCAGTTTCTTGGACATGGATTATTCGAGAAACGAGCACCTGCGCTTTTAGACAATCT
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CGGGTACGAGCCATATCCAGGTTTTCAAGCTCGTGTCAATGCCAAGGTAGAAAGTAGCAT
AAAGGAATGGAGAGAAAAGAAGCAGATGAAGAATAATAAGCTCACATAAGCTTTGGATTA
ATATAACTGAAGAACCTAAAACCCATTGTCATGTTTATTACATTAAAACCCCACGTAATA
ATAAGACCACCATTGATTGATGGGTTTGTGTATAACTATGTTTCAATATAGTTGACAAAA
AAAAATTGCGTTTCAGTCC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 6

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GGAGTAATCCAACTTACGGAGAGAGACGAATGCGCATATCAGGAGATGATCACTCATCTT
CCTTTATCCTCTATCCCTAACCCAAAGAAGGTGTTGGTCATTGGAGGAGGAGATGGAGGT
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CAGGCCGAAAGCTTGTGGCTTCACATGGACATCATCGAAGACATTGTTTCCAATTGTCGT
GAGATCTTCAAGGGCTCTGTCAACTACGCGTGGACTAGTGTTCCAACATACCCGAGTGGG
GTTATTGGATTTATGCTATGTTCAACTGAGGGACCTGACGTTGACTTCAAACACCCTGTC
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BQ
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20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E584TF U 1
AF RR1C872TF U 1
AF RR1AI21TF U 7
AF RR1C872JQ C 479
AF RR1E584JQ C 568
AF RR1AI21JQ C 579
BS 1 41 RR1E584TF
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BS 47 264 RR1E584TF
BS 265 265 RR1C872TF
BS 266 323 RR1E584TF
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BS 325 395 RR1E584TF
BS 396 396 RR1C872TF
BS 397 425 RR1E584TF
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BS 485 624 RR1E584TF
BS 625 652 RR1C872TF
BS 653 764 RR1AI21TF
BS 765 1082 RR1C872JQ
BS 1083 1083 RR1E584JQ
BS 1084 1121 RR1C872JQ
BS 1122 1270 RR1E584JQ
BS 1271 1375 RR1AI21JQ

RD RR1E584TF 624 0 0
GGATCCTGCAAAAACCCTAATCCGTTTTCAGCAGAGCAGAG*****CAGCAGCAATGGAT
GCCACCAAAGAAGCCTCCGTCACCGATTTGAAGAGACCGAGAGAAGAGGATGATGACTCC
ACCGTCGCCGTCGCTTCAATGGAGACGGATAACTCAGCTCCGGCTGCTAACGGAGAGCAG
ACGAAGGAGCCAGCTTGTTTCTCCTCTGTGATTCCCGGGTGGTTCTCTGAGATGAGTCCC
ATGTGGCCAGGAGAGGCACACTCTCTGAAGGTTGAGAAAGTTTTGTTTCAAGGCAAATCA
GATTACCAAGATGTTATTGTTTTTCAGTCAGCGACATATGGGAAAGTTTTGGTATTGGAT
GGAGTAATCCAACTTACGGAGAGAGACGAATGCGCCTATCAGGAGATGATCACTCATCTT
CCTTTGTCCTCTATCCCTAACCCAAAGAAGGTCTTGGTGATTGGAGGAGGAGATGGAGGT
GTCCTGCGGGAAGTTGCACGCCATGCTTCTGTTGAGCAGATTGACATGTGTGAGATTGAT
AAAATGGTCGTTGATGTCTCTAAGCAGTTTTTCCCTGATGTGGCAATTGGATTCGAGGAT
CCTCGTGTGAACCTCGTCATTGGC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1C872TF 656 0 0
GGATCC
TGCAAAAACCCTAATCCGTTTTCAGCAGAGCAGAGCAGAGCAGCAGCAATGGATGCCACC
AAAGAAGCCTCCGTCACCGATTTGAAGAGACCGAGAGAAGAGGGTGATGACTCCACCGTC
GCCGTCGCTTCAATGGAGACGGATAACTCAGCTCCGGCTGCTAACGGAGAGCAGACGAAG
GAGCCAGCTTGTTTCTCCTCTGTGATTCCCGGGTGGTTCTCTGAGATGAGTCCCATGTGT
CCAGGAGAGGCACACTCTTTGAAGGTTGAGGAAGTTTTGTTTCAAGGCAAATCAGATTAC
CAAGATGTTATTGTTTTCCAGTCAGCGACATATGGGAAAGTTTTGGTATTGGATGGAGTA
ATCCAACTTACGGAGAGAGACGAATGCGCATATCAGGAGATGATCACTCATCTTCCTTTA
TCCTCTATCCCTAACCCAAAGAAGGTGTTGGTCATTGGAGGAGGAGATGGAGGTGTATTG
CGGGAAGTTGCACGCCATGCTTCTGTTGAGCAGATTGACATGTGTGAGATTGATAAAATG
GTCGTTGATGTCTCTAAGCAGTTTTTCCCTGATGTGGCAATTGGATTCGAGGATCCTCGT
GTGAACCTCGTCATTGGCGACGGTGTTGCTTACTTGAAGAATGCTG
CTGA

QA 7 652 7 652
DS 

RD RR1AI21TF 775 0 0
TGCAAAAACCCTAATCCGTTTTCAGCAGAGCAGAGCAGAGCAGCAGCAATGGATGCCACC
AAAGAAGCCTCCGTCACCGATTTGAAGAGACCGAGAGAAGAGGATGATGACTCCACCGTC
GCCGTCGCTTCAATGGAGACGGATAACTCAGCTCCGGCTGCTAACGGAGAGCATACGAAG
GAGCCATTTTGTTTCTCCTCTGTGATTCCCGGGTGGTTCTCTGAGATGAGTCCCATGTGG
CCAGGAGAGGCACACTCTTTGAAGGTTGAGAAAGTTTTGTTTCAAGGCAAATCAGATTAC
CAAGATGTTATTGTTTTCCAGTCAGCGACATATGGGAAAGTTTTGGTATTGGATGGAGTA
ATCCAACTTACGGAGAGAGACGAATGCGCATATCAGGAGATGATCACTCATCTTCCTTTA
TCCTCTATCCCTAACCCAAAGAAGGTGTTGGTCATTGGAGGAGGAGATGGAGGTGTATTG
CGGGAAGTTGCACGCCATGCTTCTGTTGAGCAGATTGACATGTGTGAGATTGATAAAATG
GTCGTTGATGTCTCTAAGCAGTTTTTCCCTGATGTGGCAATTGGATTCGAGGATCCTCGT
GTGAACCTCGTCATTGGCGACGGTGTTGCTTACTTGAAGAATGCTGATGAAGGTTCATAC
GATGCAGTCATTGTTGATTCATCAGATCCAATTGGTCCTGCAAAGGAGCTGTTTGAGAAA
CCTTTCTTCCAATCCGTGGCTAGAGCTCTTCGCCCTGG
GTGGGAGTTGTGTGCAC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1C872JQ 643 0 0
GTGTAT
TGCGGGAAGTTGCACGCCATGCTTCTGTTGAGCAGATTGACATGTGTGAGATTGATAAAA
TGGTCGTTGATGTCTCTAAGCAGTTTTTCCCTGATGTGGCAATTGGATTCGAGGATCCTC
GTGTGAACCTCGTCATTGGCGACGGTGTTGCTTACTTGAAGAATGCTGCTGAAGGTTCAT
ACGATGCAGTCATTGTTGATTCATCAGATCCAATTGGTCCTGCAAAGGAGCTGTTTGAGA
AACCTTTCTTCCAATCCGTGGCTAGAGCTTTTCGCCCTGGTGGAGTTGTGTGCACTCAGG
CCGAAAGCTTGTGGCTTCACATGGACATCATCGAAGACATTGTTTCCAATTGTCGTGAGA
TCTTCAAGGGCTCTGTCAACTACGCGTGGACTAGTGTTCCAACATACCCGAGTGGGGTTA
TTGGATTTATGCTATGTTCAACTGAGGGACCTGACGTTGACTTCAAACACCCTGTCAACC
CCATTGATGACAGCTCCAGCCAATCATATGGACCCTTGAAGTTCTACAACGCTGAGATTC
ATTCAGCTGCGTTCTGCTTGCCTTCTTTCGCCAAGAAGGTCATTGAGTCAAAAGCCAACT
GAAAAGAGGGAAGAAGTATATGAAGGATGGTTGCATT

QA 7 643 7 643
DS 

RD RR1E584JQ 703 0 0
TTTTTCCCTGATGTGGCAATTGGATTCGAGGATCCTCGTGTGAACCTCGTCATTGGCGAC
GGTGTTGCTTACTTGAAGAATGCTGCTGAAGGTTCATACGATGCAGTCATTGTTGATTCA
TCAGATCCAATTGGTCCCGCAAAGGAGCTGTTTGAGAAACCTTTCTTCCAATCCGTGGCT
AGAGCTCTTCGACCTGGTGGAGTTGTGTGCACTCAGGCCGAAAGCTTGTGGCTTCACATG
GACATCATCGAAGACATTGTTTCCAATTGTCGTGAGATCTTCAAGGGCTCTGTCAACTAC
GCGTGGACTAGTGTTCCAACATACCCGAGTGGGGTTATTGGATTTATGCTATGTTCAACT
GAGGGACCTGACGTTGACTTCAAACACCCTGTCAACCCCATTGATGACAGCTCCAGCCAA
TCATATGGACCCTTGAAGTTCTACAACGCTGAGATTCATTCAGCTGCGTTCTGCTTGCCT
TCTTTCGCCAAGAAGGTCATTGAGTCAAAAGCCAATTGAAAAGAGGGAAGAAGTATATGA
AGGATGGTTGCATTTATCAAAATAAAAAGCTTTTTGTTTTACAGTTTCTAGAATGTTATG
GTTTGTTTCAAGCATGTTTCTATGACACTACTGCAAGATAATGCCTTCTTTTCGCATAAT
AGTGTACCCATCACATGTTATCAAGGCTTATCAGCATTTTGAG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1AI21JQ 797 0 0
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CTTGAAGAATGCTGATGAAGGTTCATACGATGCAGTCATTGTTGATTCATCAGATCCAAT
TGGTCCTGCAAAGGAGCTGTTTGAGAAACCTTTCTTCCAATCCGTGGCTAGAGCTCTTCG
CCCTGGTGGAGTTGTGTGCACTCAGGCCGAAAGCTTGTGGCTTCACATGGACATCATCGA
AGACATTGTTTCCAATTGTCGTGAGATCTTCAAGGGCTCTGTCAACTACGCGTGGACTAG
TGTTCCAACATACCCGAGTGGGGTTATTGGATTTATGCTATGTTCAACTGAGGGACCTGA
CGTTGACTTCAAACACCCTGTCAACCCCATTGATGACAGCTCCAGCCAATCATATGGACC
CTTGAAGTTTTACAACGCTGAGATTCATTCAGCTGCGTTCTGCTTGCCTTCTTTCGCCAA
GAAGGTCATTGAGTCAAAAGCCAATTGAAAAGAGGGAAGAAGTATATGAAGGATGGTTGC
ATTTATCAAAATAAAAAGCTTTTTGTTTTACAGTTTCTAGAATGTTATGGTTTGTTTCAA
GCATGTTTCTATGACACTACTGCAAGATAATGCCTTCTTTTCGCATAATAGTGTACCCAT
CACATGTTATCAAGGCTTATCAGCATTTTGAGAAAGTTTAATTAGCTTTTTATTTAAGGA
CTCGAACTTTGGTTTAAGTTGCATTTTATATCATTCGTGGACGGGTTAAAATTCTATCAA
CAGAGCTGGTTTTATGT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 6

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GGAAGGCTCCTGAACATTTAGGTGCTAGCAGGGATTACAATGTTGACATGATGCCTAAGT
TTATGATGGGAAATGGCAAGCTTGTTCGTACCCTTTTTCACACTGACGTTACAAAGTATT
TGTCCTTTAAAGCCGTTGATGGAAGCTATGTTTTCGTTAAAGGCAAGGTTCAAAAGGTGC
CAGTCACTCCTATGGAGGCCCTGAAATCTCCTCTCATGGGTATATTTGAGAAGCGTCGAG
CTGGCAAGTTTTTCAGTTATGTTCAGGATTACGACGAGAAGGATCCCAAAACACACAACG
GCATGGATTTGACCAAACTTACAACTAAGGAACTGATTGCGAAATTTGGTCTTGATGACA
ACACCATTGACTTTATTGGTCACGCAGTGGCACTTCACACTAATGACCAACACCTCAATC
AACCCGCCTTGGATACCGTTATGAGAATGAAGCTCTATGCTGAATCTCTTGCACGTTTCC
AAGGAACCTCTCCATATATTTATCCTCTCTATGGGCTGGGCGAACTACCTCAGGCATTTG
CACGACTGAGTGCTGTATATGGTGGCACATATATGCTGTGCAAACCTGAGTGCAAAGTAG
AGTTTGATGAAGAAGGTAAGGTTATTGGTGTAACATCTGAGGGAGAGACTGCCAAATGCA
AAAAGATTGTGTGTGACCCTTCCTACCTTCCGAACAAGGTTAGGAAGATTGGTAGAGTTG
CTCGGGCCATCGCAATTATGAGCCACCCTATTCCAAACACCAATGACTCTCACTCGGTGC
AGGTCATCATACCTCAGAAGCAGTTGGGCCGCAAATCAGACATGTATGTCTTCTGCTGTT
CCTACTCCCACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAGTTCATCGCATTTGTATCTACAGATGCAG
AGACTGATAACCCTCAGACCGAACTAAAGGCTGGAATTGATCTCTTGGGTCCTGTTGATG
AGATATTCTTTGACATGTATGATAGATACGAGCCTGTCAACGAGCCAGCTTTGGACAACT
GCTTTATATCAACGAGCTATGATGCTACAACACACTTCGAGACAACTGTTTCTGATGTGT
TGAACATGTATACCCTAATCACTGGAAAGCAACTGGACCTAAGTGTTGATCTGAGTGCAG
CAAGCGCTGCAGAGGAATGAGGGTGTATCTCTTTCTCTAGTTGCTTTTTTT*CCTACTCT
TGCTTCTGTTCTTTTTGTTTGGGTTTAAACTTTAAAGACAAAATCAGACCGATGCTCGTG
TTTAGCAAACTGATGTTGAATTCTCGGTTAAGGCTTATAAAAACTCTTCAAACCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1EH85TF U 1
AF RR1E623TF U 275
AF RR1FJ86TF U 622
AF RR1EH85JQ C 594
AF RR1E623JQ C 727
AF RR1FJ86JQ C 622
BS 1 534 RR1EH85TF
BS 535 535 RR1E623TF
BS 536 664 RR1EH85TF
BS 665 909 RR1E623TF
BS 910 913 RR1FJ86TF
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TGTCCTTTAAAGCCGTTGATGGAAGCTATGTTTTCGTTAAAGGCAAGGTTCAAAAGGTGC
CAGTCACTCCTATGGAGGCCCTGAAATCTCCTCTCATGGGTATATTTGAGAAGCGTCGAG
CTGGCAAGTTTTTCAGTTATGTTCAGGATTACGACGAGAAGGATCCCAAAACACACAACG
GCATGGATTTGACCAAACTTACAACTAAGGAACTGATTGCGAAATTTGGTCTTGATGACA
ACACCATTGACTTTATTGGTCACGCAGTGGCACTTCACACTAATGACCAACACCTCAATC
AACCCGCCTTGGATACCGTTATGAGAATGAAGCTCTATGCTGAATCTCTTGCACGTTTCC
AAGGAACCTCTCCATATATTTATCCTCTCTATGGGCTGGGCGAACTACCTCAGGTATTTG
CACGACTGAGTGCTGTATATGGTGGCACATATATGCTGTGCAAACCTGAGTGCAAAGTAG
AGTTTGATGAAGAAGGTAAGGTTATTGGTGTAACATCTGAGGGAGAGACTGCCAAATGCA
AAAA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1E623TF 635 0 0
G
GAGAAGGATCCCAAAACACACAACGGCATGGATTTGACCAAACTTACAACTAAGGAACTG
ATTGCGAAATTTGGTCTTGATGACAACACCATTGACTTTATTGGTCACGCAGTGGCACTT
CACACTAATGACCAACACCTCAATCAACCCGCCTTGGATACCGTTATGAGAATGAAGCTC
TATGCTGAATCTCTTGCACGTTTCCAAGGAACCTCTCCATATATTTATCCTCTCTATGGG
CTGGGCGAACTACCTCAGGCATTTGCACGACTGAGTGCTGTATATGGTGGCACATATATG
CTGTGCAAACCTGAGTGCAAGGTAGAGTTTGATGAAGAAGGTAAGGTTATTGGTGTAACA
TCTGAGGGAGAGACTGCCAAATGCAAAAAGATTGTGTGTGACCCTTCCTACCTTCCGAAC
AAGGTTAGGAAGATTGGTAGAGTTGCTCGGGCCATCGCAATTATGAGCCACCCTATTCCA
AACACCAATGACTCTCACTCGGTGCAGGTCATCATACCTCAGAAGCAGTTGGGCCGCAAA
TCAGACATGTATGTCTTCTGCTGTTCCTACTCCCACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAGTTC
ATCGCATTTGTATCTACAGATGCAGAGACTGATA

QA 2 635 2 635
DS 

RD RR1FJ86TF 292 0 0
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CCTACCTTCCGAACAAGGTTAGGAAGATTGGTAGAGTTGCTCGGGCCATCGCAATTATGA
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AGTTGGGCCGCAAATCAGACATGTATGTCTTCTGCTGTTCCTACTCCCACAACGTTGTTC
CCAAGGGAAAGTTCATCGCATTTGTATCTACAGATGCAGAGACTGATAACCC

QA 1 292 1 292
DS 

RD RR1EH85JQ 722 0 0
AAG
GTAGAGTTTGATGAAGAAGGTAAGGTTATTGGTGTAACATCTGAGGGAGAGACTGCCAAA
TGCAAAAAGATTGTGTGTGACCCTTCCTACCTTCCGAACAAGGTTAGGAAGATTGGTAGA
GTTGCTCGGGCCATCGCAATTATGAGCCGCCCTATTCCAAACACCAATGACTCTCACTCG
GTGCAGGTCATCATACCTCAGAAGCAGTTGGGCCGCAAATCAGACATGTATGTCTTCTGC
TGTTCCTACTCCCACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAGTTCATCGCATTTGTATCTACAGAT
GCAGAGACTGATAACCCTCAGACCGAACTAAAGGCTGGAATTGATCTCTTGGGTCCTGTT
GATGAGATATTCTTTGACATGTATGATAGATACGAGCCTGTCAACGAGCCAGCTTTGGAC
AACTGCTTTATATCAACGAGCTATGATGCTACAACACACTTCGAGACAACTGTTTCTGAT
GTGTTGAACATGTATACCCTAATCACTGGAAAGCAACTGGACCTAAGTGTTGATCTGAGT
GCAGCAAGCGCTGCAGAGGAATGAGGGTGTATCTCTTTCTCTAGTTGCTTTTTTTTCCTA
CTCTTGCTTCTGTTCTTTTTGTTTGGGTTTAAACTTTAAAGACAAAATCAGACCGATGCT
CGTGTTTAGCAAACTGATGTTGAATTCTCGGTTAAGGCTTATAAAAACTCTTCAAACCC

QA 4 722 4 722
DS 

RD RR1E623JQ 588 0 0
CCATCGCAATTATGAGCCACCCTATTCCAAACACCAATGACTCTCACTCGGTGCAGGTCA
TCATACCTCAGAAGCAGTTGGGCCGCAAATCAGACATGTATGTCTTCTGCTGTTCCTACT
CCCACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAGTTCATCGCATTTGTATCTACAGATGCAGAGACTG
ATAACCCTCAGACCGAACTAAAGGCTGGAATTGATTTCTTGGGTCCTGTTGATGAGATAT
TCTTTGACATGTATGATAGATACGAGCCTGTCAACGAGCCAGCTTTGGACAACTGCTTTA
TATCAACGAGCTATGATGCTACAACACACTTCGAGACAACTGTTTCTGATGTGTTGAACA
TGTATACCCTAATCACTGGAAAGCAACTGGACCTAAGTGTTGATCTGAGTGCAGCAAGCG
CTGCAGAGGAATGTGGGTGTATCTCTTTCTCCAGTTGCTTTTTTT*CCTACCCTTGCTTC
TGTTCTTTTTGTTTGGGTTTAAACTTTAAAGACAAAATCAGACCGATGCTCGTGTTTAGC
CAACTGATGTTGAATTTTCGGTTAAGGCTTATAAAAACTCTTCAAACC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1FJ86JQ 693 0 0
TTATTGGTGTAACATCTGAGGGAGAGACTGCCAAATGCAAAAAGATTGTGTGTGACCCTT
CCTACCTTCCGAACAAGGTTAGGAAGATTGGTAGAGTTGCTCGGGCCATCGCAATTATGA
GCCACCCTATTCCAAACACCAAGGACTCTCACTCGGTGCAGGTCATCATACCTCAGAAGC
AGTTGGGCCGCAAATCAGACATGTATGTCTTCTGCTGTTCCTACTCCCACAACGTTGTTC
CCAAGGGAAAGTTCATCGCATTTGTATCTACAGATGCAGAGACTGATAACCCTCAGACCG
AACTAAAGGCTGGAATTGATCTCTTGGGTCCTGTTGATGAGATATTCTTTGACATGTATG
ATAGATACGAGCCTGTCAACGAGCCAGCTTTGGACAACTGCTTTATATCAACGAGCTATG
ATGCTACAACACACTTCGAGACAACTGTTTCTGATGTGTTGAACATGTATACCCTAATCA
CTGGAAAGCAACTGGACCTAAGTGTTGATCTGAGTGCAGCAAGCGCTGCAGAGGAATGAG
GGTGTATCTCTTTCTCTAGTTGCTTTTTTT*CCTACTCTTGCTTCTGTTCTTTTTGTTTG
GGTTTAAACTTTAAAGACAAAATCAGACCGATGCTCGTGTTTAGCAAACTGATGTTGAAT
TCTCGGTTAAGGCTTATAAAAACTCTTCAAACC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 2 6

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GGGGAGAAAGAAAAGAAAAAGTAAAAGAAGGCTCTTTCTGATCTCTCTCTCTTTTACTTG
GATCATTCGTGAATCTGTTTCTCCTTAGATCCAAACCATTTCAATTTCATAAATTTTCGA
TTTTCGCGTTCCTGGTCTGTCAAACCAGAAAAAGGGGATGGCGGCGGTGAATGGGTACCA
AGGAAATACTCCGGCGGAGACAACGCCGGCAGCCACCGGATCGAAGCAACCTGCTCCTCC
GACTAAGACCGTCGATAGCCAATCCGTTCTCAAAAGGTTGCAATCTGAACTAATGGGTTT
AATGATGGGAGGTGATCCGGGGATATCGGCTTTCCCAGAGGAAGACAACATATTCTGCTG
GAAAGGAACAATCACAGGGAGCAAAGAGACTGTGTTTGAAGGAACTGAGTACAGACTCTC
ACTCGCTTTCTCCAACGATTATCCTTTCAAACCTCCCAAGATCAAGTTTGAGACTTGCTG
CTTCCATCCTAATGTCGATCTCTATGGCAATATTTGCTTGGATATTCTTCAGGATAAATG
GTCATCTGCCTATGATGTGAGGACGATATTACTCTCTATTCAAAGCCTTCTTGGAGAACC
GAACATCAGCTCACCATTGAACAACCAAGCCGCTCAGCTTTGGAGCAACCAAGAAGAGTA
TAGGAAGATGGTAGAGAAGCTCTACAAACCGTTAAACGCATGATTCTGAAAAGCCTCTTG
TCACTGCATTCAAATGATCATGTTACCTTTTTATTAA*CTTTGTAATCTCAATTCGTGCC
AGTCTTAGCAATCAAAACTAGTAATATCTTCCATGCAACCAGATCAAAACTCTTTTTTTC
CCAATCAATGGAAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D508TF U 1
AF RR1BL38TF U 2
AF RR1FD45JQ C 238
AF RR1D508JQ C 245
BS 1 477 RR1D508TF
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BS 767 803 RR1BL38TF
BS 804 857 RR1D508JQ

RD RR1D508TF 659 0 0
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GATCATTCGTGAATCTGTTTCTCCTTAGATCCAAACCATTTCAATTTCATAAATTTTCGA
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AGGAAATACTCCGGCGGAGACAACGCCGGCAGCCACCGGATCGAAGCAACCTGCTCCTCC
GACTAAGACCGTCGATAGCCAATCCGTTCTCAAAAGGTTGCAATCTGAACTAATGGGTTT
AATGATGGGAGGTGATCCGGGGATATCGGCTTTCCCAGAGGAAGACAACATATTCTGCTG
GAAAGGAACAATCACAGGGAGCAAAGAGACTGTGTTTGAAGGAACTGAGTACAGACTCTC
ACTCGCTTTCTCCAACGATTATCCTTTCAAACCTCCCAAGATCAAGTTTGAGACTTGTTG
CTTCCATCCTAATGTCGATCTCTATGGCAATATTTGCTTGGATATTCTTCAGGATAAATG
GTCATCTGCCTATGATGTGAGGACGATATTACTCTCTATTCAAAGCCTTCTTGGAGAACC
GAACATCAGCTCACCATTGAACAACCAAGCCGCTCAGCTTTGGAGCAACCAAGAAGAGT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1BL38TF 808 0 0
GGGAGAAAGA
AAAGAAAAAGTAAAAGAAGGCTCTTTCTGATCTCTCTCTCTTTTACTTGGATCATTCGTG
AATCTGTTTCTCCTTAGATCCAAACCATTTCAATTTCATAAATTTTCGATTTTCGCGTTC
CTGGTCTGTCAAACCAGAAAAAGGGGATGGCGGCGGTGAATGGGTACCAAGGAAATACTC
CGGCGGAGACAACGCCGGCAGCCACCGGATCGAAGCAACCTGCTCCTCCGACTAAGACCG
TCGATAGCCAATCCGTTCTCAAAAGGTTGCAATCTGAACTAATGGGTTTAATGATGGGAG
GTGATCCGGGGATATCGGCTTTCCCAGAGGAAGACAACATATTCTGCTGGAAAGGAACAA
TCACAGGGAGCAAAGAGACTGTGTTTGAAGGAACTGAGTACAGACTCTCACTCGCTTTCT
CCAACGATTATCCTTTCAAACCTCCCAAGATCAAGTTTGAGACTTGCTGCTTCCATCCTA
ATGTCGATCTCTATGGCAATATTTGCTTGGATATTCTTCAGGATAAATGGTCATCTACCT
ATGATGTGAGGACGATATTACTCTCTATTCAAAGCCTTCTTGGAGAACCGAACATCAGCT
CACCATTGAACAACCAAGCCGCTCAGCTTTGGAGCAACCAAGAAGAGTATAGGAAGATGG
TAGAGAAGCTCCACAAACCGTTAAACGCATGATTCTGAAAAGCCTCTTGTCACTGCATTC
AAATGATCATGTTACCTTTTTATTAA*CTTTGTA*TCTCAATTCGTGCCAGTCTTAGCAA
TCAAAACTAGTA
TATCTT

QA 11 802 11 802
DS 

RD RR1FD45JQ 575 0 0
TCCGACTAAGACCGTCGATAGCCAATCCGTTCTCAAAAGGTTGCAATCTGAACTAATGGG
TTTAATGATGGGAGGTGATACGGGGATATCGGCTTTCCCAGAGGAAGACAACATATTCTG
CTGGAAAGGAACTATCACAGGAAGCAAAGATACTGTGTTTGAAGGAACTGAGTACAGACT
CTCACTCGCTTTCTCCAACGATTATCCTTTCAAACCTCCCAAGATCAAGTTTGAGACTTG
CTGCTTCCATCCTAATGTGGATCTCTTTGGCAATATTTGCTTGGATATTCTTCAGGATAA
ATGGTCATCTGCCTATGATGTGAGGACGATATTACTCTCTATTCAAAGCCTTCTTGGAGA
ACCGAACATCAGCTCACCATTGAACAACCAAGCAGCTCAGCTTTGGAGCAACCAAGAAGA
GTATAGGAAGATGGTAGAGAAGCTCTACAAACCGTTAAACGCATGATTCTGAAAAGCCTC
TTGTCACTGCATTCAAATGATCATGTTACTTTTTTATTAAACTTTGTAATCTCAATTCGT
GCCAGTCTTAGCAATCAAAACTAGTA
ATATCTTCC

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1D508JQ 613 0 0
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ATGGGAGGTGATCCGGGGATATCGGCTTTCCCAGAGGAAGACAACATATTCTGCTGGAAA
GGAACAATCACAGGGAGCAAAGAGACTGTGTTTGAAGGAACTGAGTACAGACTCTCACTC
GCTTTCTCCAACGATTATCCTTTCAAACCTCCCAAGATCAAGTTTGAGACTTGTTGCTTC
CATCCTAATGTCGATCTCTATGGCAATATTTGCTTGGATATTCTTCAGGATAAATGGTCA
TCTGCCTATGATGTGAGGACGATATTACTCTCTATTCAAAGCCTTCTTGGAGAACCGAAC
ATCAGCTCACCATTGAACAACCAAGCCGCTCAGCTTTGGAGCAACCAAGAAGAGTATAGG
AAGATGGTAGAGAAGCTCTACAAACCGTTAAACGCATGATTCTGAAAAGCCTCTTGTCAC
TGCATTCAAATGATCATGTTACCTTTTTATTAA*TTTTGTAATCTCAATTCGTGCCAGTC
TTAGCAATCAAAACTAGTAATATCTTCCATGCAACCAGATCAAAACTCTTTTTTTCCCAA
TCAATGGAAGTTC

QA 1 613 1 613
DS 



CO CL1146Contig2 801 2 3 U
GGATCGTTTCTTCTATAGCACACGTTTTATAACCCAGACTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCT
CTCTCCGGAGAAAGAAAAAGTAAAAGAAGGCTCTTTCTGATCTCTCTCTTTAACTTGGAT
CGTTTCGTGAATCTGTTTCTCCTTAGATCCAAACCATTTCAATCTCATAAAAATATCGAT
TTCGCGTTTCTGGTCTGTCACAATCAGAAGCCAGAAAAAAGGGGATGGCGGCGGTGAATG
GGTACCAAGGAAATACTCCGGCGGAGACAACGCCGGCAGCCACCGGATCGAAGCATCCTG
CTCCTCCGACTAAGACCGTCGATAGCCAATCCGTTCTCAAAAGGTTGCAATCTGAACTAA
TGGGTTTAATGATGGGAGGTGATACGGGGATATCGGCTTTCCCAGAGGAAGACAACATAT
TCTGCTGGAAAGGAACTATCACAGGAAGCAAAGATACTGTGTTTGAAGGAACTGAGTACA
GACTCTCACTCGCTTTCTCCAACGATTATCCTTTCAAACCTCCCAAGATCAAGTTTGAGA
CTTGCTGCTTCCATCCTAATGTGGATCTCTTTGGCAATATTTGCTTGGATATTCTTCAGG
ATAAATGGTCATCTGCCTATGATGTGAGGACGATATTACTCTCTATTCAAAGCCTTCTTG
GAGAACCGAACATCAGCTCACCATTGAACAACCAAGCAGCTCAGCTTTGGAGCAACCAAG
AAGAGTATAGGAAGATGGTAGAGAGCTCTACAACCGTTAAACGCATGATTCTGAAAGCCT
CTTGTCACTGCATTCAAATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BL23TF U 55
AF RR1FD45TF U 1
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BS 722 722 RR1BL23TF
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GAA

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DS 

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CGTTTCGTGAATCTGTTTCTCCTTAGATCCAAACCATTTCAATCTCATAAAAATATCGAT
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CTCCTCCGACTAAGACCGTCGATAGCCAATCCGTTCTCAAAAGGTTGCAATCTGAACTAA
TGGGTTTAATGATGGGAGGTGATACGGGGATATCGGCTTTCCCAGAGGAAGACAACATAT
TCTGCTGGAAAGGAACTATCACAGGAAGCAAAGATACTGTGTTTGAAGGAACTGAGTACA
GACTCTCACTCGCTTTCTCCAACGATTATCCTTTCAAACCTCCCAAGATCAAGTTTGAGA
CTTGCTGCTTCCATCCTAATGTGGATCTCTTTGGCAATATTTGCTTGGATATTCTTCAGG
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A*GAGTATAGGAAGATGGTAGAGAGCTCTACAACCGTTAAACGCATGATTCTGAAAGCCT
CTTGTCACTGCATTCAAATGA

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 6

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BQ
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AF RR1CO90JQ C 1
AF RR1CO90TF U 1
AF RR1H793JQ U 423
AF RR1BU39TF C 482
AF RR1BU39JQ U 485
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ACTCAAAGATGAACAAGGAAGACCCAGAGGAGTTGCTTCACAGGAGAGCCAAGTTCTTGA
TCTCCAAAAAGCTTCAAGAAGCCGACTTGATTTCTCATCGTTCTCCTCCAACGTCGTTGT
TTCTACGTATGAAGATATTCCGATTGAAAGTCATGGTCGGAAGTAGTTTGGCAAATCTGC
GTCGCAGCATAGTATCCACCATTAAATTTGGCGGAATCCGAAAGCACTCGCTAGGCGGCT
TGAGAGGGTTTAAGAAGATGTTCCACGGTGGTGCAACAACCGGACTATCTAGGCCTATTT
TCACTCTCGAAGTTTGATTTATATTCATATTCTTGTTTTGTGATTTTCTCTTGAGATCTC
TATTACAAGTTTTATCTTAACATCAAAACCACATATCCAACATTGCCAAAGTGTTTTATC
CGTATACATTAGAGATCTCTCTCTCTC

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DS 

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TTACAAGTTTTATCTTAACATCAAAACCACATATCCAACATTGCAAAAGTGTTTTATCCG
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AATTTTCTTTGCTTCTTCAAGTGGATCATCCATTGGTTTGTTGGAAGCAGAAATAGTATC
TTCTCCTCTCTGTTTAGAAGCTTCGTCTTTGTTCAAGGCTATGAATAAAAAATATGCAAA
TCCCATTGTACCCAATACAAAGAAAGCAGTTGATACAAAA*GACTTGAGAACAAACAATG
AAACCGCCAATGCTGCAATTGTCACTGAGATCCTAGCAACAGGTCTAGGCACAGAAACAG
GTACTAGATTGGTTCCTGCTTCGATTCCATCTTTCCCAATATTCCACGCGGTTCTAAGAA
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AAGGGGCGAGGAAATGAGAACTTAGGGTTTGTGAGAATCTTGCAGTGTGAGGC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1BU39TF 650 0 0
ATT
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TACATTAGAGAACTCTCTCTCTCAAAAACTGATAAGCTGCTTACTTGTACTTGTCCATAA
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CTCCTCTCTGTTTAGAAGCTTCGTCTTTGTTCAAGGCTATGAATAAGAAATATGCAAATC
CCATTGTACCCAATACAAAGAAAGCAGTTGATACAAAACGACTTGAGAACAAACAATGAA
ACCGCCAATGCTGCAATTGTCACTGAGATCCTAGCAACAGGTCTAGGCACAGAAACAGGT
ACTAGGTTGGTTCCTGCTTCGATTCCATCTTTCCCAATATTCCACGCGGTTCTAAGAACT
TTCAGGAGACTAGTCTGGGCAGACACAACAACGAGTGTTTTTGTCCGCACACGACGAGAG
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GGGGCGAGGAAATGAGAACTTAGGGTTTGTGAGAATCTTGGAGTGTGAGGCGATGGAAAC
GCAGAGATAGAAGAAGAAGAAGAAGCCATGACCATGTAAAAACGCTT

QA 4 650 4 650
DS 

RD RR1BU39JQ 652 0 0
ACAAGTTTTATCTTAACATCAAAACCACATATCCAACATTGCCAAAGTGTTTTATCCGTA
TACATTAGAGATCTCTCTCTCTCAAAAACTGATAAGCTGCTTACTTGTACTTGTCCATAA
TTTTCTTTGCTTCTTCAAGTGGATCATCCATTGGTTTGTTGGAAGCAGAAATAGTATCTT
CTCCTCTCTGTTTAGAAGCTTCGTCTTTGTTCAAGGCTATGAATAAGAAATATGCAAATC
CCATTGTACCCAATACAAAGAAAGCAGTTGATACAAA*CGACTTGAGAACAAACAATGAA
ACCGCCAATGCTGCAATTGTCACTGAGATCCTAGCAACAGGTCTAGGCACAGAAACAGGT
ACTAGGTTGGTTCCTGCTTCGATTCCATCTTTCCCAATATTCCACGCGGTTCTAAGAACT
TTCAGGAGACTAGTCTGGGCAGACACAACAACGAGTGTTTTTGTCCGCACACGACGAGAG
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GGGGCGAGGAAATGAGAACTTAGGGTTTGTGAGAATCTTGGAGTGTGAGGCGATGGAAAC
GCAGAGATAGAAGAAGAAGAAGAAGCCATGACCATGTAAAAACGCTTAAAAA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1H793TF 592 0 0
TACATTAGAGATCTCTCTCTCTCAAAAACTGATAAGCTGCTTACTTGTACTTGTCCATAA
TTTTCTTTGCTTCTTCAAGTGGATCATCCATTGGTTTGTTGGAAGCAGAAATAGTATCTT
CTCCTCTCTGTTTAGAAGCTTCGTCTTTGTTCAAGGCTATGAATAAGAAATATGCAAATC
CCATTGTACCCAATACAAAGAAAGCAGTTGATACAAAA*GACTTGAGAACAAACAATGAA
ACCGCCAATGCTGCAATTGTCACTGAGATCCTAGCAACAGGTCTAGGCACAGAAACAGGT
ACTAGATTGGTTCCTGCTTCGATTCCATCTTTCCCAATATTCCACGCGGTTCTAAGAACT
TTCAGGAGACTAGTCTGGGCAGACACAACAACGAGTGTTTTTGTCCGCACACGACGAGAG
GAGATTCGAATCCTCGATTTAAGGAGCGAAGATGCGTGTTTTAGGTTCAAAACAGAACAA
GGGGCGAGGAAATGAGAACTTAGGGTTTGTGAGAATCTTGCAGTGTGAGGCGATGGAAAC
GCAGAGATAGAAGAAGAAGAAGAAGCCATGACCATGTAAAAACGCTT
AAAAA

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 3

CO CL1148Contig1 964 3 16 U
AATGTCAAAAAAAAAAATCAGTCACGTAACCCCACACGCGTGTGCGACTAAAAAACCAGA
GACATATGGTTTGGTATGGTTATCACAGTGACCTTCACACACATTATATCCATGTGTATG
TCTTGACCAAAAACATGGTTTGGTTTGGTAAAGTTCATGTTTTATTGTTTTCTATCTTCC
TAAAGGGAACCAAAAGGAAAGAAAAAAGGGAATGGAACTTTTTTGGGAGATGTGGTTGAC
TAGTCTCTCAGCTAATGATCATCTTGTTGAAGAACTCAGCCTGGTCAGGGAAGAACTCCA
AAAGCTCATCTTTGGTTACCCACACAAAGTCTTCGCAGTTACTTATGTTGTACTTCGATG
CTGCTACTACACTGCATTTGAAGAAGAACCTCTTGTAAGATGGCAAATCAGGTGTTTGTT
CAGTAGGTTGAATAGCCATGTGAGCCATTGGAGCATTTCCGACAAAGTAGGTGTGAGTGA
GGTCTCCCAAGACTGACTTCAAAGCAGATTCAGCACACTTGCGAAGAGTAGGCTCAGAAT
CGTAAAGTTTTTCAGGGAAATGCCAAACAGGTTTGTCACTAGTAGCTCCAAATGGCTTGC
CGAAGACCAGAAGATAAAACTTCTTGTCCAGAGCTCTATATAATGACTTCCTATCGTTAT
TCTTGTCAGCCTCTGTAACTCTGGGAGCAGGTACATAGTCCATTTGATATTCACCCTTGG
CTCTGTTTTTAGCAATGTCCAAGAACTCATCAGGGTATCTACGGCGAAACTGCTGCTGCC
AATTGAATTTGAACTCCTGAAAAGCGTAAACGTTAGGATCTGGTTTTGGTATCACAACTC
GCAGTCTCTCGAAAAGCACCGAAGCTACGATCTTTTCGGATGAGGAGGAGCTCGTGCAAT
ACCCTCGCAGCCTGCTGCTCTCCTCCAAGAGAGGCCTGGCCAGTAGCTGAGATCTCAGTC
TCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1H170JQ U 23
AF RR1AW49JQ U 1
AF RR1AW49TF C 225
BS 1 271 RR1AW49JQ
BS 272 272 RR1H170JQ
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BS 400 506 RR1AW49JQ
BS 507 507 RR1H170JQ
BS 508 536 RR1AW49JQ
BS 537 537 RR1H170JQ
BS 538 612 RR1AW49JQ
BS 613 964 RR1AW49TF

RD RR1H170JQ 521 0 0
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TCACAGTGACCTTCACACACATTATATCCATGTGTATGTCTTGACCAGAAACATGGTTTG
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GAAAAGGGAATGGAACTTTTTTGGGAGATGTGGTTGACTAGTCTCTCAGCTAATGATCAT
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QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1AW49JQ 612 0 0
AATGTCAAAAAAAAAAATCAGTCACGTAACCCCACACGCGTGTGCGACTAAAAAACCAGA
GACATATGGTTTGGTATGGTTATCACAGTGACCTTCACACACATTATATCCATGTGTATG
TCTTGACCAAAAACATGGTTTGGTTTGGTAAAGTTCATGTTTTATTGTTTTCTATCTTCC
TAAAGGGAACCAAAAGGAAAGAAAAAAGGGAATGGAACTTTTTTGGGAGATGTGGTTGAC
TAGTCTCTCAGCTAATGATCATCTTGTTGAAAAACTCAGCCTGGTCAGGGAAAAACTCCA
AAAGCTCATCTTTGGTTACCCACACAAAGTCTTCGCAGTTACTTATGTTGTACTTCGATG
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CAGTAGGTTGAATAGCCATGTGAGCCATTGGAGCATTTCCGACAAAGTAGGTGTGAGTGA
GGTCTCCCAAGACTGACTTCAAAGCAAATTCAGCACACTTGCGAAGAGTAGGCTCAAAAT
CGTAAAGTTTTTCAGGGAAATGCCAAACAGGTTTGTCACTAGTAGCTCCAAATGGCTTGC
CGAAGACCAGAA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1AW49TF 740 0 0
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TCAGGGAAGAACTCCAAAAGCTCATCTTTGGTTACCCACACAAAGTCTTCGCAGTTACTT
ATGTTGTACTTCGATGCTGCTACTACACTGCATTTGAAGAAGAACCTCTTGTAAGATGGC
AAATCAGGTGTTTGTTCAGTAGGTTGAATAGCCATGTGAGCCATTGGAGCATTTCCGACA
AAGTAGGTGTGAGTGAGGTCTCCCAAGACTGACTTCAAAGCAGATTCAGCACACTTGCGA
AGAGTAGGCTCAGAATCGTAGAGTTTTTCAGGGAAATGCCAGACAGGTTTGTCACTAGTA
GCTCCAAATGGCTTGCCGAAGACCAGAAGATAAAACTTCTTGTCCAGAGCTCTATATAAT
GACTTCCTATCGTTATTCTTGTCAGCCTCTGTAACTCTGGGAGCAGGTACATAGTCCATT
TGATATTCACCCTTGGCTCTGTTTTTAGCAATGTCCAAGAACTCATCAGGGTATCTACGG
CGAAACTGCTGCTGCCAATTGAATTTGAACTCCTGAAAAGCGTAAACGTTAGGATCTGGT
TTTGGTATCACAACTCGCAGTCTCTCGAAAAGCACCGAAGCTACGATCTTTTCGGATGAG
GAGGAGCTCGTGCAATACCCTCGCAGCCTGCTGCTCTCCTCCAAGAGAGGCCTGGCCAGT
AGCTGAGATCTCAGTCTCTC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 6

CO CL1149Contig1 961 6 14 U
GGACAGTTTGATTCGTGGAGTGACGATGGAGAATAACAAAAGATGGTCCCTCGCCGGAAA
AACCGCTCTGGTAACCGGTGGTACTCGCGGAATTGGGCGAGCGGTAGTGGAGGAGCTAGC
GAGATTCGGTGCAACAGTTCACACATGTTCAAGGAACCAGGAGGAGCTCAAATCATGCTT
GGATGATTGGAAGTCCAATGGTTTAGTGGTAACCGGTTCGGTTTGCGATGCTTCGGATAG
GGATCAGAGGGAGAAGTTGATTCAGGAAGTCTCTTCTGCCTTTAGCGGCAAGCTCAACAT
CCTTATAAACAATGTTGGAACTAACATAAGGAAACCAACAGTGGAGTACACGAGTGAGGA
GTATGCTAAAATCATGTCGGTCAACTTGGAATCCGCTTTCCATTTTTCGCAAATTGCACA
TCCTCTTTTAAAAGCATCTGGGGTTGGTAGCATTGTGTTCATCTCCTCTGTGGCTGGACT
GGTTCATCTTAGTAGTGGATCTGTCTATGGTGCAACTAAAGGAGCACTTAATCAGCTTAC
AAGGAACCTAGCTTGCGAATGGGCAGGGG*ACAACATCAGAACCAATTGCGTGGCGCCGT
GGTACATCAAGACCTCACTTGTGAAACCGCTACTTGAGAAGAAAGGTTTTGAGGAGGCGG
TGGTTTCGCGTACCCCACTTGGGCGCGTTGGAGAACCAGAGGAAGTCTCGTCGCTGGCTG
CTTTCCTCTGCCTTCCCGCAGCTTCTTACATCACCGGTCAGGTCATTTCTGTTGACGGAG
GATTCACAGTCAACGGCTTCAGTTACACCATGTAGTCAAAACCTCTCATCGCAGCTTTTA
CTAATAATAAAACAAGAGCTCGTTCGTGTGGTTTCTTCCCATTAGTCTTGTTTGCCTGTA
GCCCAAAAAAA*GTCTTGTTTGCCTTTGTTATTAATAATATTCTCACATTTGCAAAAAAA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1DC83TF U 1
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GGATGATTGGAAGTCCAATGGTTTAGTGGTAACCGGTTCGGTTTGCGATGCTTCGGATAG
GGATCAGAGGGAGAAGTTGATTCAGGAAGTTTCGTCTGCCTTTAGCGGCAAGCTCAGCAT
CCTTATAAACAATGTTGGAACTAACATAAGGAAACCAACAGTGGAGTACACGAGTGAGGA
GTATGCTAAAATCATGTCGGTCAACTTGGAATCCGCTTTCCATTTTTCGCAAATTGCACA
TCCTCTTTTAAAAGCATCTGGGGTTGGTAGCATTGTGTTCATCTCCTCTGTGGCTGGACT
GGTTCATCTTAGTAGTGGATCTGTCTATGG

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DS 

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GG
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CCGGTGGTACTCGCGGAATTGGGCGAGCGGTAGTGGAGGAGCTAGCGAGATTCGGTGCAA
CAGTTCACACATGTTCAAGGAACCAGGAGGAGCTCAAATCATGCTTGGATGATTGGAAGT
CCAATGGTTTAGTGGTAACCGGTTCGGTTTGCGATGCTTCGGATAGGGATCAGAGGGAGA
AGTTGATTCAGGAAGTCTCTTCTGCCTTTAGCGGCAAGCTCAACATCCTTATAAACAATG
TTGGAACTAACATAAGGAAACCAACAGTGGAGTACACGAGTGAGGAGTATGCTAAAATCA
TGTCGGTCAACTTGGAATCCGCTTTCCATTTTTCGCAAATTGCACATCCTCTTTTAAA*G
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GTGGATCTGTCTATGGTGCAACTAAAGGAGCACTTAATCAGCTTACAAGGAACTTAGCTT
GCGAATGGGCAGGGG*ACAACATCAGAACCAATTGCGTGGCGCCGTGGTACATCAAGACC
TCACTTGTGAAACCGCTACTTGAGAAGAAAGGTTTTGAGGAGGCGGTGGTTTCGCGTACC

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DS 

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ATGTTGGAACTAACATAAGGAAACCAACAGTGGAGTACACGAGTGAGGAGTATGCTAAAA
TCATGTCGGTCAACTTGGAATCCGCTTTCCATTTTTCGCAAATTGCACATCCTCTTTTAA
A*GCATCTGGGGTTGGTAGCATTGTGTTCATCTCCTCTGTGGCTGGACTGGTTCATCTTA
GTAGTGGATCTGTCTATGGTGCAACTAAAGGAGCACTTAATCAGCTTACAAGGAACTTAG
CTTGCGAATGGGCAGGGG*ACAACATCAGAACCAATTGCGTGGCGCCGTGGTACATCAAG
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AACGGCTTCAGTTACACCATGTAGTCAAAACCTCTCATCGCAGCTTTTACTAATAATAAA
ACAAGAGCTCGTTCGTGTGGTTTCTTCCCATTAGTCTTGTTTGCCTGTAGCCCAAAAAAA
AGTCTTGTCTGCCTTTGTTATTAATAATATTCTCACATTTGC

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DS 

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AAGTTTCG
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CCAACAGTGGAGTACACGAGTGAGGAGTATGCTAAAATCATGTCGGTCAACTTGGAATCC
GCTTTCCATTTTTCGCAAATTGCACATCCTCTTTTAAAAGCATCTGGGGTTGGTAGCATT
GTGTTCATCTCCTCTGTGGCTGGACTGGTTCATCTTAGTAGTGGATCTGTCTATGGTGCA
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CATCAGAACCAATTGCGTGGCGCCGTGGTACATCAAGACCTCATTTGTGAAACCGCTACT
TGAGAAGAAAGGTTTTGAGGAGGCGGTGGTTTCGCGTACCCCACTTGGGCGCGTTGGAGA
ACCAGAGGAAGTCTCGTCGCTGGCTGCTTTCCTCTGCCTTCCCGCAGCTTCTTACATCAC
CGGTCAGGTCATTTCTGTTGACGGAGGATTCACAGTCAACGGCTTCAGTTACACCATGTA
GTCAAAACCTCTCATCGCAGCTTTTACTAATAATAAAACAAGAGCTCGTTCGTGTGGTTT
CTTCCCATTAGTCTTGTTTGCCTGTAGCCCAAAAAA**GTCTTGTTTGCCTTTGTTATTA
ATAATATTCTCACATTTGC
AAAAAA

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DS 

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GTTTTGAGTAGGCGGTGGTTTCGCGTACCCCACTTGGGCGCGTTGGAGAACCAGAGGAAG
TCTCGTCGCTGGTTGCTTTCCTCTGCCTTCCCGCAGCTTCTTACATCACCGGTCAGGTCA
TTTCTGTTGACGGAGGATTCACAGTCAACGGCTTCAGTTACACCATGTAGTCAAAACCTC
TCATCGCAGCTTTTACTAATAATAAAACAAGAGCTCGTTCGTGTGGTTTCTTCCCATTAG
TCTTGTTTGCCTGTAGCCCAAAAAAA*GTCTTGTTTGCCTTTG

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DS 

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CATTTTTCGCAAATTGCACATCCTCTTTTAAAAGCATCTGGGGTTGGTAGCATTGTGTTC
ATCTCCTCTGTGGCTGGACTGGTTCATCTTAGTAGTGGATCTGTCTATGGTGCAACTAAA
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AACCAATTGCGTGGCGCCGTGGTACATCAAGACCTCATTTGTGAAACCGCTACTTGAGAA
GAAAGGTTTTGAGGAGGCGGTGGTTTCGCGTACCCCACTTGGGCGCGTTGGAGAACCAGA
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GGTCATTTCTGTTGACGGAGGATTCACAGTCAACGGCTTCAGTTACACCATGTAGTCAAA
ACCTCTCATCGCAGCTTTTACTAATAATAAAACAAGAGCTCGTTCGTGTGGTTTCTTCCC
ATTAGTCTTGTTTGCCTGTAGCCCAAAAAAA*GTCTTGTTTGCCTTTGTTATTAATAATA
TTCTCACATTTGCAAAAAAAA

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 5

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TCCCTCACCTCTCCGGCTGCTTCCGTCTATGGAGGAGCCACTCAAACCTCGTCGCAGTTA
CCTCTCCCAACCACTCGCTCTCGTCTCCCTCGCAGAGTTTCCTTCCGTCTCTCCTCCGCC
AAGCCTAAGCTTCGCTTTCTCTCCAAGCCTACTCGCAGTAGCTACCCTGTGGTGAAAGCC
CTATCTAACCAGGTTGGTGGAGGTGCATCATCAAATGCTTCAGCTCCTGCAGGACCCTCA
GCTGAAGGAAAGGATACAAACTCATCAAAAGACTCTTCTTCACCTGATTTAGCTACAGAG
GAGTCTATCTCTGAGTTCCTGACCCAAGTCACAACTCTTGTCAAGCTTGTGGATTCTAGA
GACATTGTCGAGTTGCAGTTGAAACAGCTCGACTGTGAGCTTGTCATCCGGAAAAAGGAA
GCCTTACCTCAACCACAAGCCCCTGCGCCTTATGTTATGATGCAGCAACCAAACCAACCA
TCCTATGTGCAAGCAGCGGCTCCTCCTCCTTCTGCACCTGCTGCCTCACCTCCACCTTCT
TCTACTCCAGCCTCTTTGCCCGCACCATCCCCACCTAGTCCAGCGAAATCATCGCTTCCA
ACTGTTAAAAGTCCCATGGCAGGCACATTCTACCGCAGTCCAGGACCTGGTGAACCACCT
TTTATCAAGGTTGGAGACAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTCTATGCATCGTCGAAGCCATG
AAGTTAATGAATGAAATAGAGTCTGATCAAACCGGAACCGTAGTGGATATCGTTGCAGAA
GACGGCAAGCCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCAACCGTAGAATCGACAC
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GTGAGGAGGAAGAAAGAGTTTTTAGTTTCTATTGGTTAAACAAAAAAGAAAAAGAAAAAA
AGATGAGACCTCTGTTTTATTTCTTTCTTATACACACGCACATTCTTGGTTCTGTTTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CN59TF U 1
AF RR1CM30TF U 302
AF RR1EN86TF U 303
AF RR1EN86JQ C 660
AF RR1CM30JQ C 478
BS 1 387 RR1CN59TF
BS 388 388 RR1CM30TF
BS 389 666 RR1CN59TF
BS 667 668 RR1CM30TF
BS 669 669 RR1EN86TF
BS 670 944 RR1CM30TF
BS 945 945 RR1EN86TF
BS 946 990 RR1CM30TF
BS 991 991 RR1EN86TF
BS 992 995 RR1CM30TF
BS 996 996 RR1EN86TF
BS 997 1012 RR1CM30TF
BS 1013 1013 RR1EN86TF
BS 1014 1036 RR1CM30TF
BS 1037 1037 RR1EN86TF
BS 1038 1052 RR1CM30TF
BS 1053 1053 RR1EN86TF
BS 1054 1061 RR1CM30TF
BS 1062 1062 RR1CM30JQ
BS 1063 1074 RR1CM30TF
BS 1075 1198 RR1CM30JQ

RD RR1CN59TF 666 0 0
TATCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGAGCTGGAGTGAGCTGTTGAGCCCTTTG
GTTTCATGAGAGACCCCTAAAACCCGATCTAGGTGAAGAATGGCGTCTTCTTCTTCCTTC
TCCCTCACCTCTCCGGCTGCTTCCGTCTATGGAGGAGCCACTCAAACCTCGTCGCAGTTA
CCTCTCCCAACCACTCGCTCTCGTCTCCCTCGCAGAGTTTCCTTCCGTCTCTCCTCCGCC
AAGCCTAAGCTTCGCTTTCTCTCCAAGCCTACTCGCAGTAGCTACCCTGTGGTGAAAGCC
CTATCTAACCAGGTTGGTGGAGGTGCATCATCAAATGCTTCAGCTCCTGCAGGACCCTCA
GCTGAAGGAAAGGATACAAACTCATCACAAGACTCTTCTTCACCTGATTTAGCTACAGAG
GAGTCTATCTCTGAGTTCCTGACCCAAGTCACAACTCTTGTCAAGCTTGTGGATTCTAGA
GACATTGTCGAGTTGCAGTTGAAACAGCTCGACTGTGAGCTTGTCATCCGGAAAAAGGAA
GCCTTACCTCAACCACAAGCCCCTGCGCCTTATGTTATGATGCAGCAACCAAACCAACCA
TCCTATGTGCAAGCAGCGGCTCCTCCTCCTTCTGCACCTGCTGCCTCACCTCCACCTTCT
TCTACT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1CM30TF 773 0 0
G
ATCTAACCAGGTTGGTGGAGGTGCATCATCAAATGCTTCAGCTCCTGCAGGACCCTCAGC
TGAAGGAAAGGATACAAACTCGTCAAAAGACTCTTCTTCACCTGATTTAGCTACAGAGGA
GTCTATCTCTGAGTTCCTGACCCAAGTCACAACTCTTGTCAAGCTTGTGGATTCTAGAGA
CATTGTCGAGTTGCAGTTGAAACAGCTCGACTGTGAGCTTGTCATCCGGAAAAAGGAAGC
CTTACCTCAACCACAAGCCCCTGCGCCTTATGTTATGATGCAGCAACCAAACCAACCATC
CTATGTGCAAGCAGCGGCTCCTCCTCCTTCTGCACCTGCTGCCTCACCTCCACCTTCTTC
TACTCCGGCCTCTTTGCCCGCACCATCCCCACCTAGTCCAGCGAAATCATCGCTTCCAAC
TGTTAAAAGTCCCATGGCAGGCACATTCTACCGCAGTCCAGGACCTGGTGAACCACCTTT
TATCAAGGTTGGAGACAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTCTATGCATCGTCGAAGCCATGAA
GTTAATGAATGAAATAGAGTCTGATCAAACCGGAACCGTAGTGGATATCGTTGCAGAAGA
CGGCAAGCCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCA*CCGTAGAATCGACACCA
TGAGAAACGGAGAAACGTCGCTACTTTA*TTCA*TCTCTCTGCTTTGGTA*TACTGTTTT
CTTGAGTTTTACGA*TGTCTTCTTCATTGT*ACTGTCAA*CTCTCTAGTTTT

QA 2 773 2 773
DS 

RD RR1EN86TF 756 0 0
ATCTAACCAGGTTGGTGGAGGTGCATCATCAAATGCTTCAGCTCCTGCAGGACCCTCAGC
TGAAGGAAAGGATACAAACTCATCAAAAGACTCTTCTTCACCTGATTTAGCTACAGAGGA
GTCTATCTCTGAGTTCCTGACCCAAGTCACAACTCTTGTCAAGCTTGTGGATTCTAGAGA
CATTGTCGAGTTGCAGCTGAAACAACTCGACTGTGAACTTGTCATCCGGAAAAAGGAAGC
CTTACCTCAGGCACAAGCCCCTGCGCCTTATGTTATGATGCAGCAACCAAACCAACCATC
TTATGTGCAAGCAACGGCTCCTCCTCCTTCTGCTCCTGCTGCCTCACCTCCACCTTCTTC
TACTCCAGCTTCTTTGCCCGCACCATCCCCACCTAGTCCAGCGAAATCATCGCTTCCAAC
TGTTAAAAGTCCCATGGCAGGCACATTTTACCGCAGTCCAGGACCTGGTGAACCACCTTT
TATCAAGGTTGGAGACAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTCTATGCATCGTCGAAGCCATGAA
GTTAATGAATGAAATAGGGTCTGATCAAACCGGAACCGTAGTGGATATCGTTGCAGAAGA
CGGCAAGCCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCAACCGTAGAATCGACACCA
TGAGAAACGGAGAAATGTGGCTACTTTAATTCAATCTCTCTGCTTTGGTAATACTGTTTT
CTTGAGTTTTACGAATGTCTTCTTCATTGTTACTGT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1EN86JQ 444 0 0
TTC
TACTCCAGCTTCTTTGCCCGCACCATCCCCACCTAGTCCAGCGAAATCATCGCTTCCAAC
TGTTAAAAGTCCCATGGCAGGCACATTTTACCGCAGTCCAGGACCTGGTGAACCACCTTT
TATCAAGGTTGGAGACAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTCTATGCATCGTCGAAGCCATGAA
GTTAATGAATGAAATAGGGTCTGATCAAACCGGAACCGTAGTGGATATCGTTGCAGAAGA
CGGCAAGCCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCAACCGTAGAATCGACACCA
TGAGAAACGGAGAAATGTGGCTACTTTAATTCAATCTTTCTGCTTTGGTAATACTGTTTT
CTTGAGTTTTACGAATGTTTTCTTCATTGTTACTGTCAAACTCTTTAGTTTTTTTTTTGT
GAGGAGGAAGAAAGAGTTTTT

QA 4 444 4 444
DS 

RD RR1CM30JQ 721 0 0
AGAGACATTGTCGAGTTGCAGTTGAAACAGCTCGACTGTGAGCTTGTCATCCGGAAAAAG
GAAGCCTTACCTCAACCACAAGCCCCTGCGCCTTATGTTATGATGCAGCAACCAAACCAA
CCATCCTATGTGCAAGCAGCGGCTCCTCCTCCTTCTGCACCTGCTGCCTCACCTCCACCT
TCTTTTACTCCGGCCTCTTTGCCCGCACCATCCCCACCTAGTCCAGCGAAATCATCGCTT
CCAACTGTTAAAAGTCCCATGGCAGGCACATTCTACCGCAGTCCAGGACCTGGTGAACCA
CCTTTTATCAAGGTTGGAGACAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTCTATGCATCGTCGAAGCC
ATGAAGTTAATGAATGAAATAGAGTCTGATCAAACCGGAACCGTAGTGGATATCGTTGCA
GAAGACGGCAAGCCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCAACCGTAGAATCGA
CACCATGAGAAACGGAGAAACGTCGCTACTTTAATTCAATCTCTCTGCTTTGGTAATACT
GTTTTCTTGAGTTTTACGAATGTCTTCTTCATTGTTACTGTCAAACTCTCTAGTTTTTTT
TTTGTGAGGAGGAAGAAAGAGTTTTTAGTTTCTATTGGTTAAACAAAAAAGAAAAAGAAA
AAAAGATGAGACCTCTGTTTTATTTCTTTCTTATACACACGCACATTCTTGGTTCTGTTT
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 4

CO CL1151Contig1 1048 4 11 U
GTTGCTTCGGATATTGTGCCCACGATGGATGGTGAAATCCGCAAGCAGTTCCAACGTTCG
CTAGAGAAGCAGAAGATGAAGTTCATGCTCAAGACTAAAGTTGTGGGCGTGGATTCATCA
GGAGATGGTGTGAAGCTCACAGTGGAACCTGCAGAAGGTGGAGACCAGACCACTCTCGAA
GCTGATGTTGTCCTCGTCTCAGCATGAAGATCTCCCTTCACATCTGGACTTGATCTTGAC
AAAATCGGTGTTGAAACGGACAAAGTCGGGAGGATTCTAGTGAATGAGAGATTCTCAACC
AATGTTTCAGGCGTTTATGCTATCGGAGATGTGATTCCAGGACCAATGCTGGCTCACAAA
GCTGAAGAAGACGGTGTGGCTTGTGTTGAGTTTATAGCAGGCAAACACGGCCATGTGGAT
TACGACAAGGTCCCTGGTGTTGTCTACACATATCCCGAAGTTGCCTCTGTGGGTAAAACC
GAGGAGCAGCTGAAGAAAGACGGTGTGAGCTACCGAGTTGGGAAGTTCCCGTTCATGGCG
AATAGCAGAGCAAAGGCTATAGATACAGCAGAGGGAATGGTCAAGATTTTGGCTGATAAA
GAGACAGACAAGATCTTGGGAGTTCACATTATGTCCCCAAACGCAGGAGAGTTGATCCAC
GAGGCGGTTCTAGCGATCAACTATGATGCTTCTAGTGAAGACATTGCTCGAGTGTGTCAC
GCTCATCCCACCATGAGTGAGGCTATCAAGGAAGCTGCAATGGCTACCTACGACAAGCCC
ATTCACATGTAAGAAGAAGCCCCACAGGTAAAATCACGGTTTAGTTTTGGTCCTGTTTAG
GCCAAATCGAGAACTTAAACCGGAGTTGTTTTGGTTATATTTGGTTTGGTTTTATATTTT
*CGGTTTAAACCTTGATTTTTCTTTTTACTTTCCCGTTGATGTGGGATGAGCTCAAAGAA
TATAACTTTACCACTCCTTTGTAATAATTTGAAATGCTCAAGTAACCATTTTTAATTGAG
TAAACCAAAATTCGGTGTGAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP34TF U 1
AF RR1AI24TF U 225
AF RR1AB26JQ C 189
AF RR1D762TF U 423
BS 1 352 RR1CP34TF
BS 353 353 RR1AI24TF
BS 354 646 RR1CP34TF
BS 647 647 RR1AI24TF
BS 648 663 RR1CP34TF
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BS 665 748 RR1CP34TF
BS 749 900 RR1AI24TF
BS 901 901 RR1D762TF
BS 902 1005 RR1AI24TF
BS 1006 1048 RR1D762TF

RD RR1CP34TF 748 0 0
GTTGCTTCGGATATTGTGCCCACGATGGATGGTGAAATCCGCAAGCAGTTCCAACGTTCG
CTAGAGAAGCAGAAGATGAAGTTCATGCTCAAGACTAAAGTTGTGGGCGTGGATTCATCA
GGAGATGGTGTGAAGCTCACAGTGGAACCTGCAGAAGGTGGAGACCAGACCACTCTCGAA
GCTGATGTTGTCCTCGTCTCAGCATGAAGATCTCCCTTCACATCTGGACTTGATCTTGAC
AAAATCGGTGTTGAAACGGACAAAGTCGGGAGGATTCTAGTGAATGAGAGATTCTCAACC
AATGTTTCAGGCGTTTATGCTATCGGAGATGTGATTCCAGGACCAATGCTGGTTCACAAA
GCTGAAGAAGACGGTGTGGCTTGTGTTGAGTTTATAGCAGGCAAACACGGCCATGTGGAT
TACGACAAGGTCCCTGGTGTTGTCTACACATATCCCGAAGTTGCCTCTGTGGGTAAAACC
GAGGAGCAGCTGAAGAAAGACGGTGTGAGCTACCGAGTTGGGAAGTTCCCGTTCATGGCG
AATAGCAGAGCAAAGGCTATAGATACAGCAGAGGGAATGGTCAAGATTTTGGCTGATAAA
GAGACAGACAAGATCTTGGGAGTTCACATTATGTCCCCAAACGCAG*AGAGTTGATCCAC
GAG*CGGTTCTAGCGATCAACTATGATGCTTCTAGTGAAGACATTGCTCGAGTGTGTCAC
GCTCATCCCACCATGAGTGAGGCTATCA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1AI24TF 781 0 0
G
GGACTTGATCTTGACAAAATCGGTGTTGAAACGGACAAAGTCGGGAGGATTCTAGTGAAT
GAGAGATTCTCAACCAATGTTTCAGGCGTTTATGCTATCGGAGATGTGATTCCAGGACCA
ATGCTGGCTCACAAAGCTGAAGAAGACGGTGTGGCTTGTGTTGAGTTTATAGCAGGCAAA
CACGGCCATGTGGATTACGACAAGGTCCCTGGTGTTGTCTACACATATCCCGAAGTTGCC
TCTGTGGGTAAAACCGAGGAGCAGCTGAAGAAAGACGGTGTGAGCTACCGAGTTGGGAAG
TTCCCGTTCATGGCGAATAGCAGAGCAAAGGCTATAGATACAGCAGAGGGAATGGTCAAG
ATTTTGGTTGATAAAGAGACAGACAAGATCTTGGGAGTTCACATTATGTCCCCAAACGCA
GGAGAGTTGATCCACGAGGCGGTTCTAGCGATCAACTATGATGCTTCTAGTGAAGACATT
GCTCGAGTGTGTCACGCTCATCCCACCATGAGTGAGGCTATCAAGGAAGCTGCAATGGCT
ACCTACGACAAGCCCATTCACATGTAAGAAGAAGCCCCACAGGTAAAATCACGGTTTAGT
TTTGGTCCTGTTTAGGCCAAATCGAGAACTTAAACCGGAGTTGTTTTGGTTATATTTGGT
TTGGTTTTATATTTTTCGGTTTAAACCTTGATTTTTCTTTTTACTTTCCCGTTGATGTGG
GATGAGCTCAAAGAATATAACTTTACCACTCCTTTGTAATAATTTGAAATGCTCAAGTAA

QA 2 781 2 781
DS 

RD RR1AB26JQ 841 0 0
ATTCGACTCTTCTTCAAA
AAGATCTCCCTTCACATCTGGACTTGATCTTGACAAAATCGGTGTTGAAACGGACAAAGT
CGGGAGGATTCTAGTGAATGAGAGATTCTCAACCAATGTTTCAGGCGTTTATGCTATCGG
AGATGTGATTCCAGGACCAATGCTGGCTCACAAAGCTGAAGAATACGGTGTGGCTTGTGT
TGAGTTTATAGCAGGCAAACACGGCCATGTGGATTACGACAAGGTCCCTGGTGTTGTCTA
CACATATCCCGAAGTTGCCTCTGTGGGTAAAACCGAGGAGCAGCTGAAGAAAGACGGTGT
GAGCTACCGAGTTGGGAAGTTCCCGTTCATGGCGAATAGCAGAGCAAAGGCTATAGATAC
AGCAGAGGGAATGGTCAAGATTTTGGCTGATAAAGAGACAGACAAGATCTTGGGAGTTCA
CATTATGTCCCCAAACGCAGGAGAGTTGATCCACGAGGCGGTTCTAGCGATCAACTATGA
TGCTTCTAGTGAAGACATTGCTCGAGTGTGTCACGCTCATCCCACCATGAGTGAGGCTAT
CAAGGAGGCTGCAATGGCTACCTACGACAAGCCCATTCACATGTAAGAAGAAGCCCCACA
GGTAAAATCACGGTTTAGTTTTGGTCCTGTTTAGGCCAAATCGAGAACTTAAACCGGAGT
TGTTTTGGTTATATTTGGTTTGGTTTTATATTTT*CGGTTTAAACCTTGATTTTTCTTTT
TACTTTCCCGTTGATGTGGGATGAGCTCAAAGAATATAACTTTACCACTCCTTTGTAATA
ATTTGAAATGCTCAAGTAACCATTTTTAATTGAGTAA
ACCAAT

QA 19 835 19 835
DS 

RD RR1D762TF 626 0 0
G
GACAAGGTCCCTGGTGTTGTCTACACATATCCCGAAGTTGCCTCTGTGGGTAAAACCGAG
GAGCAGCTGAAGAAAGACGGTGTGAGCTACCGAGTTGGGAAGTTCCCGTTCATGGCGAAT
AGCAGAGCAAAGGCTATAGATACAGCAGAGGGAATGGTCAAGATTTTGGCTGATAAAGAG
ACAGACAAGATCTTGGGAGTTCACATTATGTCCCCAAACGCAGGAGAGTTGATCCACGAG
ACGGTTCTAGCGATCAACTATGATGCTTCTAGTGAAGACATTGCTCGAGTGTGTCACGCT
CATCCCACCATGGGTGAGGCTATCAAGGAAGCTGCAATGGCTACCTACGACAAGCCCATT
CACATGTAAGAAGAAGCCCCACAGGTAAAATCACGGTTTAGTTTTGGTCCTGTTTAGGCC
AAATCGAGAACTTAAACCGGAGTTGTTTTGGTTATATTTGGTTTGGTTTTATATTTT*CG
GTTTAAACCTTGATTTTTCTTTTTACTTTCCCGTTGATGTGGGATGAGCTCAAAGAATAT
AACTTTACCACTCCTTTGTAATAATTTGAAATGCTCAAGTAACCATTTTTAATTGAGTAA
ACCAAAATTCGGTGTGAAAAAAAAA

QA 2 626 2 626
DS 



AS 1 5

CO CL1152Contig1 833 5 9 U
GGACGGAATCAAGATCATCAACACCAACATCAAAACGGGAGACGACTGCATCTCTGTCGG
GGACGGGATGAAAAACCTTCTTGTCGAAGGAGTCTCATGCGGTCCGGGACACGGGATCAG
TATTGGAAGCCTTGGATTATACGGGCACGAGGAAGACGTCACTGGCATCAGGGTCGTGAA
CTGCACCCTCAGAAATACTGACAATGGTGTGAGGATCAAGACATGGCCCTCTGCAGCTTG
CTCCACGACCGCCTCTGGTATCAGTTTCGAGAATATTATGCTCCACAACGTTAGCAACCC
TATCCTCATCGACCAAGAGTACTGCCCATGGAACCGATGCAACAAGAATAAACCATCAAC
TATCAAGCTGGTCGACATAAAGTTCAAGAATATCAGAGGAACCTCAGGGAACAAAGACGC
AGTTAAGCTATTGTGCAGCAAGGCATTTCCGTGTAAGAACGTGGAGATCGGCGACATTGA
TATTAAATATACTGGTAAAGACGGTCCAGCAACGTTTCCAGTGCTGTAACATATCCCCGA
AGCTCGTGGGGAAACAGTGTCCTAAAGCATGTAGCAGCCCACTGACGAAGGCACCAGGGC
ACTAGAAACTCGGAGTGTATATAATATATACCCGTACGCAATACTAAAATGTACACCCTA
GTGTATGTTATTTCCTTTGAATCTTTGTAAAAAAAAA**TCTGTTTTCTTTTTGCCGTTT
TGGCCCCTAAAATTTTGCATTTTTGCTAGCTTTATTGATTGTATAAGATGCATCATTCCT
GTAAAAAAAATT*CTAATATAGCAATGAGAAACTAAGATTTCACTGCTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL37TF U 1
AF RR1DS19TF U 313
AF RR1E443TF U 406
AF RR1DS11JQ C 467
AF RR1DS11TF U 467
BS 1 516 RR1EL37TF
BS 517 517 RR1DS11TF
BS 518 674 RR1EL37TF
BS 675 697 RR1DS19TF
BS 698 699 RR1E443TF
BS 700 792 RR1DS19TF
BS 793 793 RR1E443TF
BS 794 826 RR1DS19TF
BS 827 833 RR1E443TF

RD RR1EL37TF 674 0 0
GGACGGAATCAAGATCATCAACACCAACATCAAAACGGGAGACGACTGCATCTCTGTCGG
GGACGGGATGAAAAACCTTCTTGTCGAAGGAGTCTCATGCGGTCCGGGACACGGGATCAG
TATTGGAAGCCTTGGATTATACGGGCACGAGGAAGACGTCACTGGCATCAGGGTCGTGAA
CTGCACCCTCAGAAATACTGACAATGGTGTGAGGATCAAGACATGGCCCTCTGCAGCTTG
CTCCACGACCGCCTCTGGTATCAGTTTCGAGAATATTATGCTCCACAACGTTAGCAACCC
TATCCTCATCGACCAAGAGTACTGCCCATGGAACCGATGCAACAAGAATAAACCATCAAC
TATCAAGCTGGTCGACATAAAGTTCAAGAATATCAGAGGAACCTCAGGGAACAAAGACGC
AGTTAAGCTATTGTGCAGCAAGGCATTTCCGTGTAAGAACGTGGAGATCGGCGACATTGA
TATTAAATATACTGGTAAAGACGGTCCAGCAACGTT*CCAGTGCTGTAACATATCCCCGA
AGCTCGTGGGGAAACAGTGTCCTAAAGCATGTAGCAGCCCACTGACGAAGGCACCAGGGC
ACTAGAAACTCGGAGTGTATATAATATATACCCGTACGCAATACTAAAATGTACACCCTA
GTGTATGTTATTTC

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1DS19TF 514 0 0
G
CAAGAGTACTGCCCATGGAACCGATGCAACAAGAATAAACCATCAACTATCAAGCTGGTC
GACATAAAGTTCAAGAATATCAGAGGAACCTCAGGGAACAAAGACGCAGTTAAGCTATTG
TGCAGCAAGGCATTTCCGTGTAAGAACGTGGAGATCGGCGACATTGATATTAAATATACT
GGAAAAGACGGTCCAGCAACGTT*CCAGTGCTGTAACATATCCCCGAAGCTGGTGGGGAA
ACAGTGTCCTAAAGCATGTAGCAGCCCACTGACGAAGGCACCAGGCCACTAGAAACTCGG
AGTGTATATAATATATACCCGTACGCAATACTAAAATGTACACCCTAGTGTATGTTATTT
CCTTTGAATCTTTGTAAAAAAAAAAATCTGTTTTCTTTTTGCCGTTTTGGCCCCTAAAAT
TTTGCATTTTTGCTAGCTTTATTGATTGTATAAGATGCATCATTCCTGTAAAAAAAATTT
CTAATATAGCAATGAGAAACTAAGATTTCACTG

QA 2 514 2 514
DS 

RD RR1E443TF 428 0 0
G
GGGAACAAAGACGCAGTTAAGCTATTGTGCAGCAAGGCATTTCCGTGTAAGAACGTGGAG
ATCGGCGACATTGATATTAAATATACTGGTAAAGACGGTCCAGCAACGTT*CCAGTGCTG
TAACATATCCCCGAAGCTCGTGGGGAAACAGTGTCCTAAAGCATGTAGCAGCCCACTGAC
GAAGGCACCAGGGCACTAGAAACTCGGAGTGTATATAATATATACCCGTACGCAATACTA
AAATGTACACCCTAGTGTATGTTATTTCCTTTGAATCTTTGTAAAAAAAAA**TCTGTTT
TCTTTTTGCCGTTTTGGCCCCTAAAATTTTGCATTTTTGCTAGCTTTATTGATTGTATAA
GATGCATCATTCCTGTAAAAAAAATT*CTAATATAGCAATGAGAAACTAAGATTTCACTG
CTAAAAA

QA 2 428 2 428
DS 

RD RR1DS11JQ 361 0 0
GG
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ACATATCCCCGAAGCTCGTGGGGAAACAGTGTCCTAAAGCATGTAGCAGCCCACTGACGA
AGGCACCAGGGCACTAGAAACTCGGAGTGTATATAATATATACCCGTACGCAATACTAAA
ATGTACACCCTAGTGTATGTTATTTCCTTTGAATCTTTGTAAAAAAAAA**TCTGTTTTC
TTTTTGCCGTTTTGGCCCCTAAAATTTTGCATTTTTGCTAGCTTTATTGATTGTATAAGA
TGCATCATTCCTGTAAAAAAAATT*CTAATATAGCAATGAGAAACTAAGATTTCACTG
C

QA 3 360 3 360
DS 

RD RR1DS11TF 361 0 0
GG
CGGCGACATTGATATTAAATATACTGGTAAAGACGGTCCAGCAACGTTTCCAGTGCTGTA
ACATATCCCCGAAGCTCGTGGGGAAACAGTGTCCTAAAGCATGTAGCAGCCCACTGACGA
AGGCACCAGGGCACTAGAAACTCGGAGTGTATATAATATATACCCGTACGCAATACTAAA
ATGTACACCCTAGTGTATGTTATTTCCTTTGAATCTTTGTAAAAAAAAA**TCTGTTTTC
TTTTTGCCGTTTTGGCCCCTAAAATTTTGCATTTTTGCTAGCTTTATTGATTGTATAAGA
TGCATCATTCCTGTAAAAAAAATT*CTAATATAGCAATGAGAAACTAAGATTTCACTG
C

QA 3 360 3 360
DS 



AS 1 6

CO CL1153Contig1 739 6 9 U
GGTCTCGACCAGATATCAAAGAAGAAGAGTGAGAGAATGGCGGCGAAGATAGTGGTGGCT
TTGGCATGTATGGTGGTGATGTTAGGGCTGAGTGAAGCTGCGGTGTACAAAGTTGGCGAC
TCAGCTGGCTGGACAACCATAGCCAATGTAGACTATAAGCTATGGGCCTCTACCAAAACT
TTCCACATTGGTGATACTGTCTTGTTTGAATACAACCCACAATTCCACAACGTGATGAGA
GTGACGCATGCAATGTATAGAAGCTGCAACAACTCAAACCCAATCTCCACCTTCACCACC
GGTAATGACTCAGTCACACTCACCAACCACGGCCACCATTTCTTCTTCTGCGGCGTTCCC
GGCCATTGTATGGCCGGTCAGAAACTTGACCTCAACGTCATAAATCACCCCGTCTCCTCC
ACCCCACTCTCTGATCCACCGATTTCCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCCGACTACTACCCTT
CCTGCAGCTGGAGTCCCCGGTCCATCTCCTAGCCACGCGGCCTTTCTCCCGAGTGTGGTG
GCATCTGTGGTGTCTCTCCTTGTCTCTTTGGTCTTTGCAAATTTTGCGTCTTAACTAGGA
TTATACAAACATTGCAATGATTGCATATACAGTATACCTTTT*GTTATGTTTTCGTCTAT
CTACCGTATTGTTCTTTCCCCTGAGTTGATTCAAAATGTAGAGACTACGTCAATAAAAAG
AAAAAA*GTATTAAGTATG


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1CY36JQ C 4
AF RR1DU15TF U 16
AF RR1CY36TF U 4
AF RR1G938JQ C 1
AF RR1G938TF U 1
AF RR1DU15JQ C 16
BS 1 5 RR1G938JQ
BS 6 399 RR1G938TF
BS 400 400 RR1CY36TF
BS 401 492 RR1G938TF
BS 493 493 RR1CY36TF
BS 494 642 RR1G938TF
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BS 644 737 RR1G938TF
BS 738 739 RR1DU15JQ

RD RR1CY36JQ 450 0 0
GG
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ATGTATGGTGGTGATGTTAGGGCTGAGTGAAGCTGCGGTGTACAAAGTTGGCGACTCAGC
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CATTGGTGATACTGTCTTGTTTGAATACAACCCACAATTCCACAACGTGATGAGAGTGAC
GCATGCAATGTATAGAAGCTGCAACAACTCAAACCCAATCTCCACCTTCACCACCGGTAA
TGACTCAGTCACACTCACCAACCACGGCCACCATTTTTTTTTTTGCGGCGTTCCCGGCCA
TTGTATGGCCGGTCAGAAACTTGACCTCAACGTCATAAATCACCCCGTCTCCTCCACCCC
ACTCTTTGATCCACCGATTTCCTCCT
TT

QA 3 448 3 448
DS 

RD RR1DU15TF 573 0 0
GG
AAAGAAGAAGAGTGAGAGAATGGCGGCGAAGATAGTGGTGGCTTTGGCATGTATGGTGGT
GATGTTAGGGCTGAGTGAAGCTGCGGTGTACAAAGTTGGCGACTCAGCTGGCTGGACAAC
CATAGCCAATGTAGACTATAAGCTATGGGCCTCTACCAAAACTTTCCACATTGGTGATAC
TGTCTTGTTTGAATACAACCCACAATTCCACAACGTGATGAGAGTGAGGCATGCAATGTA
TAGAAGCTGCAACAACTCAAACCCAATCTCCACCTTCACCACCGGTAATGACTCAGTCAC
ACTCACCAACCACGGCCACCATTTCTTCTTCTGCGGCGTTCCCGGCCATTGTATGGCCGG
TCAGAAACTTGACCTCAACGTCATAAATCACCCCGTCTCCTCCACCCTACTCTCTGATCC
ACCGATTTCCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCCGACTACTACCCTTCCTGCAGCTGGAGTCCC
CGGTCCATCTCCTAGCCACGCGGCCTTTCTCCCGAGTGTGGTGACATCTGTGGTGTCTCT
CCTTGTCTCTTTGGTCTTTGCAAATTTTGCG

QA 3 573 3 573
DS 

RD RR1CY36TF 671 0 0
GG
CGACCAGATATCAAAGAAGAAGAGTGAGAGAATGGCGGCGAAGATAGTGGTGGCTTTGGC
ATGTATGGTGGTGATGTTAGGGCTGAGTGAAGCTGCGGTGTACAAAGTTGGCGACTCAGC
TGGCTGGACAACCATAGCCAATGTAGACTATAAGCTATGGGCCTCTACCAAAACTTTCCA
CATTGGTGATACTGTCTTGTTTGAATACAACCCACAATTCCACAACGTGATGAGAGTGAC
GCATGCAATGTATAGAAGCTGCAACAACTCAAACCCAATCTCCACCTTCACCACCGGTAA
TGACTCAGTCACACTCACCAACCACGGCCACCATTTCTTCTTCTGCGGCGTTCCCGGCCA
TTGTATGGCCGGTCAGAAACTTGACCTCAACGTCATAAATCACCCCGTCTCCTCCACCCC
ACTCTCTGATCCACCGATTTCCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCCGACTACTACCCTTCCTGC
AGCTGGAGTCCCCGGTCCATCTCCTAGCCACGCGGCCTTTCTCCCGAGTGTGGTGGCATC
TGTGGTGTCTCTCCTTGTCTCTTTGGTCTTTGCAAATTTTGCGTCTTAACTAGGATTATA
CAAACATTGCAATGATTGCATATACAGTATACCTTTT*GTTATGTTTTCGTCTATCTACC
GTATTGTTC

QA 3 671 3 671
DS 

RD RR1G938JQ 739 0 0
GGTCTCGACCAGATATCAAAGAAGAAGAGTGAGAGAATGGCGGCGAAGATAGTGGTGGCT
TTGGCATGTATGGTGGTGATGTTAGGGCTGAGTGAAGCTGCGGTGTACAAAGTTGGCGAC
TCAGCTGGCTGGACAACCATAGCCAATGTAGACTATAAGCTATGGGCCTCTACCAAAACT
TTCCACATTGGTGATACTGTCTTGTTTGAATACAACCCACAATTCCACAACGTGATGAGA
GTGACGCATGCAATGTATAGAAGCTGCAACAACTCAAACCCAATCTCCACCTTCACCACC
GGTAATGACTCAGTCACACTCACCAACCACGGCCACCATTTTTTTTTTTGCGGCGTTCCC
GGCCATTGTATGGCCGGTCAGAAACTTGACCTCAACGTCGTAAATCACCCCGTCTCCTCC
ACCCCACTCTCTGATCCACCGATTTCCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCCGACTACTACCCTT
CCTGCAGCTGGATTCCCCGGTCCATCTCCTAGCCACGCGGCCTTTCTCCCGAGTGTGGTG
GCATCTGTGGTGTCTCTCCTTGTCTCTTTGGTCTTTGCAAATTTTGCGTCTTAACTAGGA
TTATACAAACATTGCAATGATTGCATATACAGTATACCTTTT*GTTATGTTTTCGTCTAT
CTACCGTATTGTTCTTTCCCCTGAGTTGATTCAAAATGTAGAGACTACGTCAATAAAAAG
AAAAAA*GTATTAAGTA
CG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1G938TF 739 0 0
GGTCT
CGACCAGATATCAAAGAAGAAGAGTGAGAGAATGGCGGCGAAGATAGTGGTGGCTTTGGC
ATGTATGGTGGTGATGTTAGGGCTGAGTGAAGCTGCGGTGTACAAAGTTGGCGACTCAGC
TGGCTGGACAACCATAGCCAATGTAGACTATAAGCTATGGGCCTCTACCAAAACTTTCCA
CATTGGTGATACTGTCTTGTTTGAATACAACCCACAATTCCACAACGTGATGAGAGTGAC
GCATGCAATGTATAGAAGCTGCAACAACTCAAACCCAATCTCCACCTTCACCACCGGTAA
TGACTCAGTCACACTCACCAACCACGGCCACCATTTCTTCTTCTGCGGCGTTCCCGGCCA
TTGTATGGCCGGTCAGAAACTTGACCTCAACGTCGTAAATCACCCCGTCTCCTCCACCCC
ACTCTCTGATCCACCGATTTCCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCCGACTACTACCCTTCCTGC
AGCTGGATTCCCCGGTCCATCTCCTAGCCACGCGGCCTTTCTCCCGAGTGTGGTGGCATC
TGTGGTGTCTCTCCTTGTCTCTTTGGTCTTTGCAAATTTTGCGTCTTAACTAGGATTATA
CAAACATTGCAATGATTGCATATACAGTATACCTTTTTGTTATGTTTTCGTCTATCTACC
GTATTGTTCTTTCCCCTGAGTTGATTCAAAATGTAGAGACTACGTCAATAAAAAGAAAAA
A*GTATTAAGTA
CG

QA 6 737 6 737
DS 

RD RR1DU15JQ 724 0 0
GG
AAAGAAGAAGAGTGAGAGAATGGCGGCGAAGATAGTGGTGGCTTTGGCATGTATGGTGGT
GATGTTAGGGCTGAGTGAAGCTGCGGTGTACAAAGTTGGCGACTCAGCTGGCTGGACAAC
CATAGCCAATGTAGACTATAAGCTATGGGCCTCTACCAAAACTTTCCACATTGGTGATAC
TGTCTTGTTTGAATACAACCCACAATTCCACAACGTGATGAGAGTGAGGCATGCAATGTA
TAGAAGCTGCAACAACTCAAACCCAATCTCCACCTTCACCACCGGTAATGACTCAGTCAC
ACTCACCAACCACGGCCACCATTTCTTCTTTTGCGGCGTTCCCGGCCATTGTATGGCCGG
TCAGAAACTTGACCTCAACGTCATAAATCACCCCGTCTCCTCCACCCTACTCTCTGATCC
ACCGATTTCCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCCGACTACTACCCTTCCTGCAGCTGGAGTCCC
CGGTCCATCTCCTAGCCACGCGGCCTTTCTCCCGAGTGTGGTGACATCTGTGGTGTCTCT
CCTTGTCTCTTTGGTCTTTGCAAATTTTGCGTCTTAACTAGGATTATACAAACATTGCAA
TGATTGCATATACAGTATACCTTTT*GTTATGTTTTCGTCTATCTACCGTATTGTTCTTT
CCCCTGAGTTGATTCAAAATGTAGAGACTACGTCAATAAAAAGAAAAAAAGTATTAAGTA
TG

QA 3 724 3 724
DS 



AS 1 6

CO CL1154Contig1 704 6 10 U
GTAAAAATAATGAGATGAATTAAGTTTTATAGGAAATGTGCTGAAAATGGAGATCATATG
ATTTCTTACTGATTCTGTCCTTCACAAACTTTTATAAGACGGACAGAGTTTCATTACAAA
GAAATAAAGAAGAGTTTTTTAATTATTAAAATTCATCCTCACGGACAGATAGATAATAAC
ACAGCGTCAGCCCATGGCGTACTTTTGGGTCCAGGTCCGAGCAGTGGACTCGTACTTGGT
CTTGTCTGTCTTGTACATGTGAGCTATCTCCGGAACCAAGGGATCATCTGGGTTTGGATC
CGTTAACAGCGAACAGATCGATAGCAGCACCTTGGAGATAGTGAGGGCAGGACTCCACTG
CTCCTTCAAGATGTCGAGACAGATGCTCCCATTGCTGTTAATGTTTGGGTGGAACACCTT
CGTCCTAAAAGCCACCTTAGGAGGTTTAAAGGGATAATCAGGAGGGAAATGAATGGTAAC
AAGAAAAACACCACCAGAGTAAGGGCTGTCGGATGGACCCATTATCGTAGCTTGCCAATG
AAACATGTCTTCAGCTACAGGTCCTGCGCTACAAGAAGTCGGAGGATCCTTCTGGAGATC
CTTCAACTCTTTCAAAATCCGTTTCGATGCCATCTCCGAAACCTTTCGATCGAGCTTAGA
TTCTTCGGAATTAGGGATTTAGGAGAAGAAAGGGAAGAGAAGCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1E708JQ U 40
AF RR1EQ41JQ U 1
AF RR1EQ41TF C 2
AF RR1AB70JQ U 40
AF RR1E708TF C 40
AF RR1AB70TF C 40
BS 1 168 RR1EQ41JQ
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BS 170 315 RR1EQ41JQ
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BS 317 366 RR1EQ41JQ
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BS 368 375 RR1EQ41JQ
BS 376 376 RR1AB70JQ
BS 377 435 RR1EQ41JQ
BS 436 704 RR1AB70JQ

RD RR1E708JQ 380 0 0
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AATGTTTGGGTGGAACACCT

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR1EQ41JQ 435 0 0
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GAAATAAAGAAGAGTTTTTTAATTATTAAAATTCATCCTCACGGACAGGTAGATAATAAC
ACAGCGTCAGCCCATGGCGTACTTTTGGGTCCAGGTCCGAGCAGTGGACTCGTACTTGGT
CTTGTCTGTCTTGTACATGTGAGCTATCTCCGGAACCAAGGGATCATCTGGGTTTGGATC
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CTCCTTAAAGATGTCCAGACAGATGCTCCCATTGCTGTTAATGTTTGGGTGGAACACCTT
CGTCCTAAAAGCCAC

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR1EQ41TF 700 0 0
TAG
AAATAATGAGATGAATTAAGTTTTATAGGAAATGTGCTGAAAATGGAGATCATATGATTT
CTTACTGATTCTGTCCTTCACAAACTTTTATAAGACGGACAGAGTTTCATTACAAAGAAA
TAAAGAAGAGTTTTTTAATTATTAAAATTCATCCTCACGGACAGGTAGATAATAACACAG
CGTCAGCCCATGGCGTACTTTTGGGTCCAGGTCCGAGCAGTGGACTCGTACTTGGTCTTG
TCTGTCTTGTACATGTGAGCTATCTCCGGAACCAAGGGATCATCTGGGTTTGGATCCGTT
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TTAAAGATGTCGAGACAGATGCTCCCATTGCTGTTAATGTTTGGGTGGAACACCTTCGTC
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AAAACACCACCAGAGTAAGGGCTGTCGGATGGACCCATTATCGTAGCTTGCCAATGAAAC
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AACTCTTTCAAAATCCGTTTCGATGCCATCTCCGAAACCTTTCGATCGAGCTTAGATTCT
TCGGAATTAGGGATTTAGGAGAAGAAAGGG
AAGAGCC

QA 4 693 4 693
DS 

RD RR1AB70JQ 665 0 0
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CACGGACAGATAGATAATAACACAGCGTCAGCCCATGGCGTACTTTTGGGTCCAGGTCCG
AGCAGTGGACTCGTACTTGGTCTTGTCTGTCTTGTACATGTGAGCTATCTCCGGAACCAA
GGGATCATCTGGGTTTGGATCCGTTAACAGCGAACAGATCGATAGCAGCACCTTGGAGAT
AGTGAGGGCAGGACTCCACTGCTCCTTCAAGATGTCGAGACAGATGCTCCCATTGCTGTT
AATGTTTGGGTGGAACACCTTCGTCCTAAAAGCCACCTTAGGAGGTTTAAAGGGATAATC
AGGAGGGAAATGAATGGTAACAAGAAAAACACCACCAGAGTAAGGGCTGTCGGATGGACC
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CGGAGGATCCTTCTGGAGATCCTTCAACTCTTTCAAAATCCGTTTCGATGCCATCTCCGA
AACCTTTCGATCGAGCTTAGATTCTTCGGAATTAGGGATTTAGGAGAAGAAAGGGAAGAG
AAGCC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1E708TF 657 0 0
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CACGGACAGATAGATAATAACACAGCGTCAGCCCATGGCGTACTTTTGGGTCCAGGTCCG
AGCAGTGGACTCGTACTTGGTCTTGTCTGTCTTGTACATGTGAGCTATCTCCGGAACCAA
GGGATCATCTGGGTTTGGATCCGTTAACAGCGAACAGATCGATAGCAGCACATTGGAGAT
AGTGAGGGCAGGACTCCACTGCTCCTTCAAGATGTCGAGACAGATGCTCCCATTGCTGTT
AATGTTTGGGTGGAACACCTTCGTCCTAAAAGCCTCCTTAGGAGGTTTAAAGGGATAATC
AGGAGGGAAATGAATGGTAACAAGAAAAACACCACCAGAGTAAGGGCTGTCGGATGGACC
CATTATCGTAGCTTGCCAATGAAACATGTCTTCAGCTACAGGTCCTGCGCTACAAGAAGT
CGGAGGATCCTTCTGGAGATCCTTCAACTCTTTCAAAATCCGTTTCGATGCCATCTCCGA
AACCTTTCGATCGAGCTTAGATTCTTCGGAATTAGGGATTTAGGAGAAGAAAGGG
CC

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1AB70TF 665 0 0
GCTGAAAATGGAGATCATATGATTTCTTACTGATTCTGTCCTTCACAAACTTTTATAAGA
CGGACAGAGTTTCATTACAAAGAAATAAAGAAGAGTTTTTTAATTATTAAAATTCATCCT
CACGGACAGATAGATAATAACACAGCGTCAGCCCATGGCGTACTTTTGGGTCCAGGTCCG
AGCAGTGGACTCGTACTTGGTCTTGTCTGTCTTGTACATGTGAGCTATCTCCGGAACCAA
GGGATCATCTGGGTTTGGATCCGTTAACAGCGAACAGATCGATAGCAGCACCTTGGAGAT
AGTGAGGGCAGGACTCCACTGCTCCTTCAAGATGTCGAGACAGATGCTCCCATTGCTGTT
AATGTTTGGGTGGAACACCTTCGTCCTAAAAGCCACCTTAGGAGGTTTAAAGGGATAATC
AGGAGGGAAATGAATGGTAACAAGAAAAACACCACCAGAGTAAGGGCTGTCGGATGGACC
CATTATCGTAGCTTGCCAATGAAACATGTCTTCAGCTACAGGTCCTGCGCTACAAGAAGT
CGGAGGATCCTTCTGGAGATCCTTCAACTCTTTCAAAATCCGTTTCGATGCCATCTCCGA
AACCTTTCGATCGAGCTTAGATTCTTCGGAATTAGGGATTTAGGAGAAGAAAGGGAAGAG
AAGCC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 6

CO CL1155Contig1 2105 6 11 U
GAATCTTATTGTGCTACTTAACTTATTTCCTTGTGTTGCAGTTTTAAAAGTTGGTCTTCA
AACCCACAAATCAAAAGAGTACAAGTGTCTTTCTCAACACTAAAATAACTCAAAAATCTC
CATCATTGATTAGACAATTCTGATCAGACAAACATAACTTATGGAGAGTGTTTTCTATAA
CTCATATATCCTCTTCTTAAGCTTCGGATCACAACTCGTCCTTGGAGTCACTTTCGGTAG
TCTTTATGGTGCTATCAGGTTTGCCTTTGGTCTCAGTAGTTTCTACTTTTGGTGTGGACT
CAACAGGTTTAGTAGATTCAGTTGATGCAGCAGGTTTCTCCAGTTTGAACGGAATGGTTG
CGTGTTTCCTCAAAAACTTGTAGAATGCAACCACAGTGCGGTCTGTATCTACAGTTATCG
GTTCTGCGGTCTTGTTTCCTGCAGGGAAGAAGAGAATTGTAGGGAATCCTTCGGCCTTCG
CCTTGGGATGTTCATTGGTTGTTCCATCCATCTTGGCTATGACAAGAGAGTCAATGTCTC
GTAAATGTTTAGCAAGCTTGTTATACATTGGCTCAAGGGCTTGGCAATGGCCACACCATG
GTGCGTAGACCTCGAGAAGAACATCCTTGGACTCGTCCAGGACAATGTCATCAAAGTTAT
CTCCAACCACGATTTTCACATCTTCATCATTCTTTTCAGGAATAGGGTCAGACTTATAGA
AAGGCTTTAGCTTGTCGCTCAAGAACTCTTCCCCGAATGCCTTGATTTTATCAGACTTGA
TTTCACCATCGAAGAAGTGTTTTTTAGGATCTTCGTTTCCTGTGTAGGCAATAAGTTTAG
GACCATTCCCAGACACACCAAAGTATTCAGCAACTGGCTTCCCATAATCTTCATTATCCA
GATCCACAGATACAAATATGAGCTTTCCTTTAAATGATTTCGCTGCTTCTTCAAACTCTG
GAAGAACCTTTTCAGATTCATTTTGGGTTACAAACAACAACACCTGCTTCTTGATTGCAC
TCTCGAAAATCTCGGGCGCACTCTCTCTGGTGAAAACAGAGACCAAAGGAAGCTTGTTGG
CAGACACAAAACTAGCTATATCAGACTTAACAAACTCCCCATCAAAATGGCTAATCTTCT
CTGCTTCCCTCTTAACTAGAACAAGAGCAGGCCGTTTAGACTCAGGATCGATGTGGAACA
TCTTGGCAACATCAGGGTTCACTGTCTGATAGAAGTTCACATCGTCTTCAGCTTTGGACG
CAGCAGCAAGCTGGTCGTGCTCAACACCCACCAAAGAGTTCAAGTAACCCAAGACCACTT
TGTTCCCAGAAGTCAACACTTTCTCCGCATCATCTAACGTGGTTAGGTTATACACACCAG
GACCTATCTTCTTCTTCACCCATGTCACAATAGTTTCTTTGGTCCTGCCTCCATTGTAAG
GCTTGTGCTCTCCATCTACGAAGAACAGTATGGTGGGGAAGCCCTGAACACTATACTGAT
GAGCGAGCTCGTTCTCTTCCGTGGCATCGATCTTAGCAAAAACAACACCGTCTCCTTTAA
GCTCAGTCGCGGCCGCAGCGTACTCGGGAGCAAGAGACTGGCAGTGACCGCACCAGGGAG
CGTAGAACTCGACCATAACGTACTGGTTCTTCTCGATCACGTCCGTGAAGTTGCGCTCTT
TGATGACCACCACGTCTTTCTCGTCGACTTCCGCCGGCGCCGCCGGGAACGGATCTGAGT
CCGGATTGCCTAGATCGGAGAGATCTTCTCCTCCTTCGTCTTCGTCTTCGTCGCCGTACA
TCTCCGGATCTTCTTCTTCTCCTTCGTTGAACTCGTCGAGCTCGGAGTCGGTGGAGGGAA
GTGGATTGGTGGGGTGGTCGGATTCTTCTTTGGGGTCTTCGAGGAAGCTGAGATCTTCAT
CTTCGACGTTGTCGGAGGTGGCGAGAGAAGGAGAAACGGCGGAGAAAACGAGGAGAGCGG
TGAGGAGAGAGAGGAGGAGGAAAACGCGGAACGCCATTTCTAGTGCGACTGTCTGAAATT
GCTGTGTGATCAGTATCAGACAGGGATGTTGTTGAGATCTGACGATTACTACAATACTTA
GTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

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GT
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CCTTGGAGTCACTTTCGGTAGTCTTTATGGTGCTATCAGGTTTGCCTTTGGTCTCAGTAG
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GC
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TATGGAGAGTGTTTTCTATAACTCATATATCCTCTTCTTAAGCTTCGGATCACAACTCGT
CCTTGGAGTCGCTTTCGGTAGTCTTTATGGTGCTATCAGGTTTGCCTTTGGTCTCAGTAG
TTTCTACTTTTGGTGTGGACTCAACAGGTTTAGTAGATTCAGTTGATGCAGCAGGTTTCT
CCAGTTTGAACGGAATGGTTGCGTGTTTCCTCAAAAACTTGTAGAATGCAACCACAGTGT
GGTCTGTATCTACAGTTATCGGTTCTGCGGTCTTGTTTCCTGCAGGGAAGAAGAGAATTG
TAGGGAATCCTTCGGCCTTCGCCTTGGGATGTTCATTGGTTGTTCCATCCATCTTGGCTA
TGACAAGAGAGTCAATGTCTCGTAAATGTTTAGCAAGCTTGTTATACATTGGCTCAAGGG
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TCGCTGCTTCTTCAAACTCTG

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A
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GGCAATAAGTTTAGGACCATTCCCAGACACACCAAAGTATTCAGCAACTGGCTTCCCATA
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GTTATACACACCAGGACCTATCTTCTTCTTCACCCATGTCACAATAGTTTCTTTGGTCCT
GCC
C

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ACCATAAC
C

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DS 

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GCTAT
GACGCAGCAGCAAGCTGGTCGTGCTCAACACCCACCAAAGAGTTCAAGTAACCCAAGACC
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AATTGCTGTGTGATCAGTATCAGACAGGGATGTTGTTGAGATCTGACGATTACTACAATA
CTTAGTTCC

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DS 



AS 1 6

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TCTCTCAGCCCTCTGTCCCTAAACCACCGCGTTCCACGTCATCATCATCCAGACTCTCCG
TTTCCGCAGTCGCCGTGACCGTCACGGTTGGCGGAGTAGCTGCGATCGCGGCGTCCCGGA
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CCAGCTCTACCTCCGAATCCAACGTTGTTGTTGAGCCTAAGAGCGGTTTCTCCTTCCCGG
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CATTTGTCGATGATCTCATGGATGCCGATATAAAGATGACTATAAGGCTACAGATCGTCT
ACGGCAAACTCAACATCCGTTCCGTTCGCACTGCTTTCAAAGATTCTGTCGGTAACAGAC
TCAAGAAGTTTGGTGGCTTATTAGACAACGATGACTTGCTCCAAAGCTTCACTAGCCTCT
TCAAAGACGAGTATAAAATTCCAAGAAATTCCACTATTGATATGACGCGAGAACCAGGGC
ATGTACTCAACGTAGCAATTGAGGGAAACCAAGTTGGGAGTGTGAAGAGCAAACTCTTGT
GTAGGTCAATCTTAGACTTGTACATTGGTGAAGAACCGTTTGATAAGAATGCAAGAGAGG
ATTTTCTAGACAATGTGGCTTCTATAGCCGCCAAGTAGTAGCAGATAATGAGATTTTAGA
AGAAAAGAAAATGATAAAACAAACCAAGTGTTCTTTGTTATCGTATTCTCTGTAATATAA
TACTGTTGAGGTATTTTTAATGAAACAAATTGCTACCTTGAGAGATGGTTCAGGGTTTTG
TTTAAGTCCAAATATGTACAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 15 15 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY71TF U 1
AF RR1D766TF U 25
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TCTCTCAGCCCTCTGTCCCTAAACCACCGCGTTCCACGTCATCATCATCCAGACTCTCCG
TTTCCGCAGTCGCCGTGACCGTCACGGTTGGCGGAGTAGCTGCGATCGCGGCGTCCCGGA
ATCCGTGGGTGTTCTCATCTCAGCGTTCGTCTCTGTTACCATGGGGATCTATAGCTCTAG
CCAGCTCTACCTCCGAATCCAACGTTGTTGTTGAGCCTAAGAGCGGTTTCTCCTTCCCGG
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TTGGATTGAAGAACATCGATGTCTACGCATTCGGCATGTATGCTGACTGTGATGATGTCA
AGAAACTTGTTGGTGAGAAATACGCGAATCTTCCGGCTTCTGAGC

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DS 

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GG
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CCGCGTTCCACGTCATCATCATCCAGACTCTCCGTTTCCGCAGTCGTCGTGACCGTCACG
GTTGGCGGAGTAGCTGCGATCGCGGCGTCCCGGAATCCGTGGGTGTTCTCATCTCAGCGT
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CGCACTGCTTTCAAAGATTCTGTCGGTAACAGACTCAAGAAGTTTGGTGGCTTATTAGAC
AACGATGACTTGCTCCAAAGCTTCACTAGCCTCTTCAAAGACGAGTATAAAAT

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GTCTCTGTTACCATGGGGATCTATAGCTCTAGCCAGCTCTACCTCCGAATCCAACGTTGT
TGTTGAGCCTAAGAGCGGTTTCTCCTTCCCGGCTACAATCGGAGGATGTTCGAGGAGATT
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CCAAGTTGGGAGTGTGAAGAGCAAACTCTTGTGTAG*TCAATCTTAGACTTGTACATTGG
TGAAGAACCGTTTGATA**GATGCAAGAGAGGATTT
CTAGACATGTG

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AGACTTGTACATTGGTGAAGAACCGTTTGATAAGAATGCAAGAGAGGATTTTCTAGACA*
TGTGGCTTCTATAGCCGCCA*GTAGTAGCAGATGATGAGATT

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DS 

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GAAACTTGTTGGTGAGAAATACGCGAATCTTCCGGCTTCTGAGCTCAGGGGAAACAAGGC
ATTTGTCGATGATCTCATGGATGCCGATATAAAGATGACTATAAGGCTACAGATCGTCTA
CGGCAAACTCAACATCCGTTCCGTTCGCACTGCTTTCAAAGATTCTGTCGGTAACAGACT
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DS 

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CGAGGAGATTACTAGGCGTGGGGCTGAGGAAGAAGAGC*TACTTGGATTGAAGAACATCG
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TATTAGACAACGATGACTTGCTCCAAAGCTTCACTAGCCTCTTCAAAGACGAGTATAAAA
TTCCAAGAAATTCCACTATTGATATGACGCGAGAACCAGGGCATGTACTCAACGTAGCAA
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TGTACATTGGTGAAGAACCGTTTGATAAGAATGCAAGAGAGGATTTTCTAGACAATGTGG
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ACAAACCAAGTGTTCTTTGTTATCGTATTCTCTGTAATATAATACTGTTGAGGTATTTTT
AATGAAACAAATTGCTACCTTGAGAGATGGTTCAGGGTTTTGTTTAAGTCCAAATATGTA
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QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 3

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CTCTCGGCCTCACCAAACCCAACTCCACCGATCATCCCAAGATCTCGTTCGCCGCGAAGG
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TGACGAAGGACGGTAGCTCCAAGTTCGAGAACCCGATCTTGAACAAGCTCGACGCACACA
CGAGCGGACTCTTGGGTTTAGTCTCTTCCGAGGAAGATTTCACCGGTAAACCCGGTCAGT
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AATCATCTCCCGCGGCTTTTCAGAGCCTTGGTGAAGGTGTGGCTAACGTGTCCAAAGCTT
CTCAGTCGAGTACCGTTGCTGTTGCTCTTGCCTCACCTGAGAGTGAATCTAGCTATGCTT
CAGCTATAGCTTCAGGCGTAGTGCTGGGGCTATTCGAAGACGGGAGGTATAAGTCTGAGT
CAAAGAAACCATCTTTGAAGTCTGTGGATATCATTGGGTTTGGAGCTGGATCTGAATTGG
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CTTCTACGTACAGTGATGTGTTTACAGCGAACATCTTGAGCGAGGAGCAGTGCAGAGAGT
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TGCGTCAGAGAAGAGTGAGAGA


BQ
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G
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GCTGCTCCATTGAGCTCATGAAATTCGACATGGGTGGCTCCGCTGCTGTTCTTGGCGCTG
CGAAAGCCATTGGTGAGATTAAGCCTCCTGGTGTTGAGGTTCATTTCATCGTTGCAGCCT
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GAAAGTGGCTTCTACGTACAGTGATGTGTTTACAGCGAACATCTTGAGCGAGGAGCAGTG
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CATTGAGGTGAACAACACAGATGCTGAAGGACGTTTAACACTTGCTGATGCTCTAGTGTA
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TATTGCTCTTGGAACATCAGTGGGCAGGATCTACACACCTAACGACGAGCTTGCAAAGAA
GTAATTGCTGCGTCAGAGAAGAGTGAGAGA

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DS 



AS 1 6

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CAAAAGTAAGAATATAGAGTAATAAACAATGAGGAAGAAGAATAACAAAAGCTCAGAGGT
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GCCACCAATCCAGACACTGTACTTCCTTTCAGGTGGAGCCACCACTTTGATCTTCATACT
ACTTGGAGCCAAGGCGGTGATCTCTTTACTCATCCTATCACCAATTCCACCGAACATTGT
GGTTCCACCACTAAGCACAATGTTACCATAAAGATCCTTCCTGATATCAACATCACATTT
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TGGAAACTCAAAGCTCTTCTCGACCGAAGAACTGGTGTTGGAAGTCTCGAGCTCTTGCTC
GTAGTCCAAGGCAATGTAAGAGAGCTCCTCCTTCATGTCTCTAACGATTTCACGCTCAGC
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ACGACCTGCAAGGTCCAGACGCAGGATTGCGTGTGGTAGAGCATAACCCTCGTAGATTGG
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AACCGGGTGTTCTTCCGGAGC


BQ
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AF RR1D059JQ U 29
AF RR1FQ85TF C 293
AF RR1D059TF C 504
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BS 798 871 RR1FQ85TF
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CAAAAGTAAGAATATAGAGTAATAAACAATGAGGAAGAAGAATAACAAAAGCTCAGAGGT
AAGGAAAGATGACAAATGGCTTCAGCGTTAAAAGAATGATATCAAATTTTTTAGCGCACT
TGTATCACTTGGTGACTGTGATCAGAAGCACTTTCTGTGGACAATGGACGGTCCAGATTC
ATCATACTCGGCTTTCGCAATCCACATCTGCTGGAAAGTGCTGAGGGAAGCCAAGATAGA
GACACCAATCCAGACACTGTACTTCCTTTCAGGTGGAGCCACCACTTTGATCTTCATACT
ACTTGGAGCCAAGGCGGTGATCTCTTTACTCATCCTATCACCAATTCCACCGAACATTGT
GGTTCCACCACTAAGCACAATGTTACCATAAAGATCCTTCC
C

QA 1 461 1 461
DS 

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CAAAAGTAAGAATATAGAGTAATAAACAATGAGGAAGAAGAATAACAAAAGCTCAGAGGT
AAGGAAAGATGACAAATGGCTTCAGCGTTAAAAGAATGATATCAAATTTTTTAGCGCACT
TGTATCACTTGGTGACTGTGATCAGAAGCACTTTCTGTGGACAATGGACGGTCCAGATTC
ATCATACTCGGCTTTCGCAATCCACATCTGCTGGAAAGTGCTGAGGGAAGCCAAGATAGA
GACACCAATCCAGACACTGTACTTCCTTTCAGGTGGAGCCACCACTTTGATCTTCATACT
ACTTGGAGCCAAGGCGGTGATCTCTTTACTCATCCTATCACCAATTCCACCGAACATTGT
GGTTCCACCACTAAGCACAATGTTACCATAAAGATCCTTCC
C

QA 1 461 1 461
DS 

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G
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ATGAGGAAGAAGAATAACAAAAGCTCAGAGGTAAGGAAAGATGACAAATGGCTTCAGCGT
TAAAAGAATGATATCAAATTTTTTAGCGCACTTGTATCACTTGGTGACTGTGATCAGAAG
CACTTTCTGTGGACAATGGACGGTCCAGATTCATCATACTCGGCTTTCGCAATCCACATC
TGCTGGAAAGTGCTGAGGGAAGCCAAGATAGAGCCACCAATCCAGACACTGTACTTCCTT
TCAGGTGGGGCCACCACTTTGATCTTCATACTACTTGGAGCCAAGGCGGTGATCTCTTTA
CTCATCCTATCACCAATCCCACCGAACATTGTGGTTCCACCACTAAGCACAATGTTACCA
TAAAGATCCTTCCTGATATCAACATCACATTTCATGATTGAGTTGTAAGTAGTTTCATGG
ATTCCCGGGTTTTCCATTCCGATCATCGATGGCTGGAATAGGACTTCGGGGCACCGGAAA
CGCTCTGCCCCAATGGTTATCACTTGACCGTCTGGAAACTCAAAGCTCTTCTCGACCGAA
GAACTGGTGTTGGAAGTCTCGAGCTCTTGCTCGTAGTCCAAGGCAATGTAAGAGAGCTTC
TCCTTCATGTCTCTAACGATTTCACGCTC

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ATGAGGAAGAAGAATAACAAAAGCTCAGAGGTAAGGAAAGATGACAAATGGCTTCAGCGT
TAAAAGAATGATATCAAATTTTTTAGCGCACTTGTATCACTTGGTGACTGTGATCAGAAG
CACTTTCTGTGGACAATGGACGGTCCAGATTCATAATACTCGGCTTTCGCAATCCACATC
TGCTGGAAAGTGCTGAGGGAAGCCAAGATAGAGCCACCAATCCAGACACTGTACTTCCTT
TCAGGTGGAGCCACCACTTTGATCTTCATACTACTTGGAGCCAAGGCGGTGATCTCTTTA
CTCATCCTATCACCAATTCCACCGAACATTGTGGTTCCACCACTAAGCACAATGTTACCA
TAAAGATCCTTCCTGATATCAACATCACATTTCATGATTGAGTTGTAAGTAGTTTCATGG
ATTCCCGGGTTTTCCATTCCGATCATCGATGGCTGGAATAGGACTTCAGGGCACCGGAAA
CGCTCTGCCCCAATGGTTATCACTTGACCGTCTGGAAGCTCAAAGCTCTTCTCGACCGAA
GAACTGGTGTTGGAAGTCTCGAGCTCTTGCTCGTAGTCCAAGGCAATGTAAGAGAGCTCC
TCCTTCATGTCTCTAACGATTTCACGCTCAGCAGTTGTGGTGAAGGAGTAACCACGCTCT
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DS 

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AACATTGTGGTTCCACCACTAAGCACAATGTTACCATAAAGATCCTTCCTGATATCAACA
TCACATTTCATGATTGAGTTGTAAGTAGTTTCATGGATTCCCGGGTTTTCCATTCCGATC
ATCGATGGCTGGAATAGGACTTCGGGGCACCGGAAACGCTCTGCCCCAATGGTTATCACT
TGACCGTCTGGAAACTCAAAGCTCTTCTCGACCGAAGAACTGGTGTTGGAAGTCTCGAGC
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TAGATTGGAACCGTGTGGCTTACACCATCTCCAGAGTCC
C

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DS 

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CCGAAGAACTGGTGTTGGAAGTCTCGAGCTCTTGCTCGTAGTCCAAGGCAATGTAAGAGA
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GCTCTGTTAGGATTTTCATGAGGTAGTCAGTCAGATCACGACCTGCAAGGTCCAGACGCA
GGATTGCGTGTGGTAGAGCATAACCCTCGTAGATTGGAACCGTGTGGCTTACACCATCTC
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TGGCAACATACATAGCAGGAGCGTTGAACGTCTCAAACATGATCTGAGTCATCTTCTCCC
TATTTGCCTTTGGATTAAGCGGGGCTTCGGTTAGCAGAACCGGGTGTTCTTCCGGAGC

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DS 



AS 1 5

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CGAGTCAAATGGTTTGTCTCAACAGAAGAAGATATAGAGATACGATATTACAATGGAAAG
CTTAGTTCTTCTCCTCCGCAGCATACAGAGCCTTAATCTCCTCTACATCGTCATAGCTTC
CAAGAAATATCGGAGAACGCTCATGGATCTTCTCCGGGACAAGGTCCAGTGCCCTTTTCT
TGCCAGTGAAGGCCTGACCTCCAGCTTGCTCCATCAAGAACGCCATTGGGAAGACTTCAT
ACAGGACACGCAATTTCCCATTGGGGCTTTTCTTGTCAGCCGGGTACAAGAAGATTCCTC
CATAAAGCAGCGTGCGATGAACATCAGCTACCATACTTCCGACATATCTAAGAGATTTTG
CAGGAGAACCGTCTTTGGGATACTTGCATCTCTCTACGTACTTTGTGGTTGGACCATCCC
AGTTCTGAGCATTGCCTTCATTCACTGAGTAGATGTTTCCCTTATTTGGAATCTTAATGT
CTGGGTGAGTTAATATGAACTCTCCTAGAGATGGGTCCAGGGTAAATCCGTGGACACCTG
TTCCAGTGCTCAACACAAGCATGCAGGAGCTTCCGTACATACAGTAACCAGCTGCAACCA
TTTCGTTCCCAGGTTTCAGAACATCCTCGGTACTTGGCTCATCACTGTGGTTCATTGTGT
AAATTCCAAAGATTGTTCCAATGGAGACACCACAGTCAATGTTTGAGGATCCATCAAGTG
GATCAAAAACAACACAGTACTTTCCACGCTTGGATGACTCGACAAACGTAGCTTCCTCAT
CTTCTTCCGAGACAAGAACAGAAGTTCTGCCACTGCTAACCAAAGCTTTGATAAAAACAT
CGTTAGAGAGCACATCCAGTTTCTTTTGCTCTTCACCCTGGATATTTGTCTCTCCAGCAA
GTCCAATAAGCTTGGCCAAACCAGCCTTGTTGACGGCACTGCAGACGAATTTGCAACCCA
AAACGATGTTGCTGAGCAAAATCGTGAAATCCCCACGAGACTCTGGGTACTTTGATTGCT
CATTCAGCACGAATCTCGTGATCGTCATCAAATCCGTACGGTACGCATCTGCTTCGTGAT
CCACCTCTGTTTCTCTCTCTCTCTGACACTCACTCACTCTCTATCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE11JQ U 4
AF RR1HB41JQ U 1
AF RR1AR85JQ U 36
AF RR1AR85TF C 499
AF RR1HB41TF C 525
BS 1 143 RR1HB41JQ
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RD RR1GE11JQ 605 0 0
GG
AAGAAGGTATATATTATTTTTATTTTTTTAACCAGTCTTCTTGGCATACATGAGTCGAGT
CAAATGGTTTGTCTCAACAGAAGAAGATATAGAGATACGATATTACAATGGAAAGCTTAG
TTCTTCTCCTCCGCAGCATACGGAGCCTTAATCTCCTCTACATCGTCATAGCTTCCAAGA
AATATCGGAAAACGCTCATGGATCTTCTCCGGGACAAGGTCCAGTGCCCTTTTCTTGCCA
GTGAAGGCCTGACCTCCAACTTGCTCCATCAAGAACGCCATTGGGAAGACTTCATACAGG
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GAACCGTCTTTGGGATACTTGCATCTCTCTACGTACTTTGTGGTTGGACCATCCCAGTTC
TGAGCATTGCCTTCATTCACTGAGTAGATGTTTCCCTTATTTGGAATCTTAATGTCTGGG
TGAGTTAATATGAACTCTCCTAGAGATGGGTCCAGGGTAAATCCGTGGACACCTGTTCCA
GTG

QA 3 605 3 605
DS 

RD RR1HB41JQ 685 0 0
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CGAGTCAAATGGTTTGTCTCAACAGAAGAAGATATAGAGATACGATATTACAATGGAAAG
CTTAGTTCTTCTCCTCCGCAGCACACAGAGCCTTAATCTCCTCTACATCGTCATAGCTTC
CAAGAAATATCGGAGAACGCTCATGGATCTTCTCCGGGACAAGGTCCAGTGCCCTTTTCT
TGCCAGTGAAGGCCTGACCTCCAGCTTGCTCCATCAAGAACGCCATTGGGAAGACTTCAT
ACAGGACACGCAATTTCCCATTGGGGCTTTTCTTGTCAGCCGGGTACAAGAAGATTCCTC
CATAAAGCAGCGTGCGATGAACATCAGCTACCATACTTCCGACATATCTAAGAGATTTTG
CAGGAGAACCGTCTTTGGGTTACTTGCATCTCTCTACGTACTTTGTGGTTGGACCATCCC
AGTTCTGGGCATTGCCTTCATTCACTGAGTAGATGTTTCCCTTATTTGGAATCTTAATGT
CTGGGTGAGTTAATATGAACTCTCCTAGAGATGGGTCCAGGGTAAATCCGTGGACACCTG
TTCCAGTGCTCAACACAAGCATGCAGGAGCTTCCGTACATACAGTAACCAGCTGCAACCA
TTTCGTTCCCAGGTTTCAGAACATC

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DS 

RD RR1AR85JQ 749 0 0
C
CCAGTCTTCTTGGCATACATGAGTCGAGTCAAATGGTTTGTCTCAACAGAAGAAGATATA
GAGATACGATATTACAATGGAAAGCTTAGTTCTTCTCCTCCGCAGCATACAGAGCCTTAA
TCTCCTCTACATCGTCATAGCTTCCAAGAAATATCGGAGAACGCTCATGGATCTTCTCCG
GGACAAGGTCCAGTGCCCTTTTCTTGCCAGTGAAGGCCTGACCTCCAGCTTGCTCCATCA
AGAACGCCATTGGGAAGACTTCATACAGGACACGCAATTTCCCATTGGGGCTTTTCTTGT
CAGCCGGGTACAAGAAGATTCCTCCATAAAGCAGCGTGCGATGAACATCAGCTACCATAC
TTCCGACATATCTAAGAGATTTTGCAGGAGAACCGTCTTTGGGATACTTGCATCTCTCTA
CGTACTTTGTGGTTGGACCATCCCAGTTCTGAGCATTGCCTTCATTCACTGAGTAGATGT
TTCCCTTATTTGGAATCTTAATGTCTGGGTGAGTTAATATGAACTCTCCTAGAGATGGGT
CCAGGGTAAATCCGTGGACACCTGTTCCAGTGCTCAACACAAGCATGCAGGAGCTTCCGT
ACATACAGTAACCAGCTGCAACCATTTCGTTCCCAGGTTTCAGAACATCCTCGGTACTTG
GCTCATCACTGTGGTTCATTGTGTAAATTCCAAAGATTGTTCCAATGGAGACACCACAGT
CAATGTTTGAGGATCCATCAAGTGGATC

QA 2 749 2 749
DS 

RD RR1AR85TF 659 0 0
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ACTCTCCTAGAGATGGGTCCAGGGTAAATCCGTGGACACCTGTTCCAGTGCTCAACACAA
GCATGCAGGAGCTTCCGTACATACAGTAACCAGCTGCAACCATTTCGTTCCCAGGTTTCA
GAACATCCTCGGTACTTGGCTCATCACTGTGGTTCATTGTGTAAATTCCAAAGATTGTTC
CAATGGAGACACCACAGTCAATGTTTGAGGATCCATCAAGTGGATCAAAAACAACACAGT
ACTTTCCACGCTTGGATGACTCGACAAACGTAGCTTCCTCATCTTCTTCCGAGACAAGAA
CAGAAGTTCTGCCACTGCTAACCAAAGCTTTGATAAAAACATCGTTAGAGAGCACATCCA
GTTTCTTTTGCTCTTCACCCTGGATATTTGTCTCTCCAGCAAGTCCAATAAGCTTGGCCA
AACCAGCCTTGTTGACGGCACTGCAGACGAATTTGCAACCCAAAACGATGTTGCTGAGCA
AAATCGTGAAATCCCCACGAGACTCTGGGTACTTTGATTGCTCATTCAGCACGAATCTCG
TGATCGTCATCAAATCCGTATGGTACGCATCTGCTTCGTGATCCACCTCTGTTTC
CACC

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1HB41TF 662 0 0
TTTGGAATCTTAATGTCTGGGTGAGTTAATATGAACTCTCCTAGAGATGGGTCCAGGGTA
AATCCGTGGACACCTGTTCCAGTGCTCAACACAAGCATGCAGGAGCTTCCGTACATACAG
TAACCAGCTGCAACCATTTCGTTCCCAGGTTTCAGAACATCCTCGGTACTTGGCTCATCA
CTGTGGTTCATTGTGTAAATTCCAAAGATTGTTCCAATGGAGACACCACAGTCAATGTTT
GAGGATCCATCAAGTGGATCAAAAACAACACAGTACTTTCCACGCTTGGATGACTCGACA
AACGTAGCTTCCTCATCTTCTTCCGAGACAAGAACAGAAGTTCTGCCACTGCTAACCAAA
GCTTTGATAAAAACATCGTTAGAGAGCACATCCAGTTTCTTTTGCTCTTCACCCTGGATA
TTTGTCTCTCCAGCAAGTCCAATAAGCTTGGCCAAACCAGCCTTGTTGACGGCACTGCAG
ACGAATTTGCAACCCAAAACGATGTTGCTGAGCAAAATCGTGAAATCCCCACGAGACTCT
GGGTACTTTGATTGCTCATTCAGCACGAATCTCGTGATCGTCATCAAATCCGTACGGTAC
GCATCTGCTTCGTGATCCATCTCTGTTTCTCTCTCTCTCTGACACTCACTCACTCTCTAT
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 6

CO CL1160Contig1 451 6 1 U
AGGGGCCGCCGCACTGCTCTCTCTCTCTGTTCAGATTTTTCTTCCGCGCAGATCGATTTT
TGCAAGCTCAAAAATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCGAG
GAAATGCTCGGCAACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTCAG
CATTGGTCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTG
CGGCTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTCGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAAGTCGAAGCCAAACAACAGTGAGAGATAGAGATTAATCTATAAGCTGCCCTCTCTTG
TTGTTTTTT*GACATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACTCGTGTCTTTTTTTCT
CATCTATAAAGGATATTTAAGTTTCGGTGCC


BQ
30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 

AF RR1CG53JQ C 1
AF RR1GQ06JQ C 1
AF RR1GQ06TF U 1
AF RR1CG53TF U 1
AF RR1A934JQ C 0
AF RR1A934TF U 0
BS 1 451 RR1GQ06TF

RD RR1CG53JQ 451 0 0
AGGGGCCGCCGCACTGCTCTCTCTCT**GTTCAGATTTTTCTTCCGCGCAGATCGATTTT
TGCAAGCTCAAAAATCGTGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCGAG
GAAATGCTCGGCAACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTCAG
CATTGGTCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTG
CGGCTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTCGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAAGTCGAAGCCAAACAACAGTGAGAGATAGAGATTAATCTATAAGCTGCCCTCTCTTG
TTGTTTTTT*GACATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACTCGTGTCCTTTTTTCT
CATCTATAAAGGATATTTAAGTTTCTGTGCC

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1GQ06JQ 451 0 0
AGGGGCCGCCGCACTGCTCTCTCTCTCTGTTCAGATTTTTCTTCCGCGCAGATCGATTTT
TGCAAGCTCAAAAATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCGAG
GAAATGCTCGGCAACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTCAG
CATTGGTCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTG
CGGCTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTCGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAAGTCGAAGCCAAACAACAGTGAGAGATAGAGATTAATCTATAAGCTGCCCTCTCTTG
TTGTTTTTT*GACATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACTCGTGTCTTTTTTTCT
CATCTATAAAGGATATTTAAGTTTCGGTGCC

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1GQ06TF 451 0 0
AGGGGCCGCCGCACTGCTCTCTCTCTCTGTTCAGATTTTTCTTCCGCGCAGATCGATTTT
TGCAAGCTCAAAAATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCGAG
GAAATGCTCGGCAACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTCAG
CATTGGTCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTG
CGGCTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTCGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAAGTCGAAGCCAAACAACAGTGAGAGATAGAGATTAATCTATAAGCTGCCCTCTCTTG
TTGTTTTTT*GACATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACTCGTGTCTTTTTTTCT
CATCTATAAAGGATATTTAAGTTTCGGTGCC

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1CG53TF 451 0 0
AGGGGCCGCCGCACTGCTCTCTCTCT**GTTCAGATTTTTCTTCCGCGCAGATCGATTTT
TGCAAGCTCAAAAATCGTGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCGAG
GAAATGCTCGGCAACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTCAG
CATTGGTCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTG
CGGCTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTCGACAGGCTCTGGCAGAAGAA
GAAAGTCGAAGCCAAACAACAGTGAGAGATAGAGATTAATCTATAAGCTGCCCTCTCTTG
TTGTTTTTT*GACATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACTCGTGTCCTTTTTTCT
CATCTATAAAGGATATTTAAGTTTCTGTGCC

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1A934JQ 452 0 0
GGATC
GCCGCCGCACTGCTCTCTCTCTCTGTTCAGATTTTTCTTCCGCGCAGATCGATTTTTGCA
AGCTCAAAAATCATGCATAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCGAGGAAA
TGCTCGGCAACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTCAACATT
GGTCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGC
TTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTCGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAA
GTCGAAGCCAAACAACAGTGAGAGATAGAGATTAATCTATAAGCTGCCCTCTCTTGTTGT
TTTTTTGACATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACTCGTGTCTTTTTTTCTCATC
TATAAAGGATATTTAAGTTTCGGTGCC

QA 6 452 6 452
DS 

RD RR1A934TF 452 0 0
GGATC
GCCGCCGCACTGCTCTCTCTCTCTGTTCAGATTTTTCTTCCGCGCAGATCGATTTTTGCA
AGCTCAAAAATCATGCATAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCGAGGAAA
TGCTCGGCAACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTCAACATT
GGTCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGC
TTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTCGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAA
GTCGAAGCCAAACAACAGTGAGAGATAGAGATTAATCTATAAGCTGCCCTCTCTTGTTGT
TTTTTTGACATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACTCGTGTCTTTTTTTCTCATC
TATAAAGGATATTTAAGTTTCGGTGCC

QA 6 452 6 452
DS 



AS 1 6

CO CL1161Contig1 929 6 10 U
GGAAGCTAGGATTAAAACTCTCTCTCGACGACGGCGATGAAAGTAGCGGAGAAGATCGTT
CTCCTCTGGAAGGACTCCGATGGATTCGCGGCGACCATCGCCGATGCTCTGAACCCTAAT
CCAACCTCCTCTCTTCGTAAACTAGAAGAGCAGATCCAGCTTCCGTTGGTTAATTACGGC
GTCGAAGACGGCGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGAGCTTAC
CAGGTCTCTGTTTTTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAATGAAC
GAACTGCTTGACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTTTGTG
CCGGCATCTAAGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAAACTAGT
CTTCGTTACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACTCGCGTG
GAGAAACCGCCACCGTTGATGCAGATCCATCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCATCTA
GCTCGTGTCAAATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATCT
CATAAAGCACTAAACGAAGAGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGCCAGT
TGGACTGGATTGACTTTTGAAAGAGACGGGATCATGTGGAACGCATCAAAGACATCAAAA
GAAGAAGAAAGTCCATGGCGAGCTCTTTACGGTTAATCTTCTCAGGAGGTCAGGTCTTTT
TTTTCTCATGGCCCAACACTATTGCTACAGTATGGGCTTGGATCTTTGCACTTTATTTCC
CATATTGTTGTAGCTCTTTGTTAAGACTTTTTTGCTCATCTGAATCAAAAAAACATGTCA
CTATGCTTTCCTCTTATGATTTCTTTAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB88TF U 1
AF RR1BY78TF U 6
AF RR1GH82TF U 70
AF RR1BY78JQ C 140
AF RR1GB88JQ C 177
AF RR1GH82JQ C 420
BS 1 627 RR1GB88TF
BS 628 628 RR1BY78TF
BS 629 685 RR1GB88TF
BS 686 696 RR1BY78TF
BS 697 697 RR1GH82TF
BS 698 719 RR1BY78TF
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BS 721 747 RR1BY78TF
BS 748 751 RR1GH82TF
BS 752 929 RR1BY78JQ

RD RR1GB88TF 685 0 0
GGAAGCTAGGATTAAAACTCTCTCTCGACGACGGCGATGAAAGTAGCGGAGAAGATCGTT
CTCCTCTGGAAGGACTCCGATGGATTCGCGGCGACCATCGCCGATGCTCTGAACCCTAAT
CCAACCTCCTCTCTTCGTAAACTAGAAGAGCAGATCCAGCTTCCGTTGGTTAATTACGGC
GTCGAAGACGGCGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGAGCTTAC
CAGGTCTCTGTTTTTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAATGAAC
GAACTGCTTGACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTTTGTG
CCGGCATCTAAGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAAACTAGT
CTTCGTTACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACTCGCGTG
GAGAAACCGCCACCGTTGATGCAGATCCATCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCATCTA
GCTCGTGTCAAATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATCT
CATAAAGCACTAAACGAAGAGCTTCAG*TGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGCCAGT
TGGACTGGATTGACTTTTGAAAGAG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1BY78TF 742 0 0
GG
AGGATTAAAACTCTCTCTCGACGACGGCGATGAAAGTAGCGGAGAAGATCGTTCTCCTCT
GGAAGGACTCCGATGGATTCGCGGCGACCATCGCCGATGCTCTGAACCCTAATCCAACCT
CCTCTCTTCGTAAACTAGAAGAGCAGATCCAGCTTCCGTTGGTTAATTACGGCGTCGAAG
ATGGCGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGAGCTTACCAGGTCT
CTGTTTTTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAATGAACGAACTGC
TTGACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTTTGTGCCGGCAT
CTAAGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGGAACTAGTCTTCGTT
ACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACTCGCGTGGAGAAAC
CGCCACCGTTGATGCAGATCCGTCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCATCTAGCTCGTG
TCAAATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATCTCATAA*G
CACTAAACGAAGAGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGCCAGTTGGACTG
GATTGACTTTTGAAAGAGACGGGATCATGCGGAACGCATCAAAGACATCAAA*GAAGAAG
AAAGTCCATGGCGAGCTCTT

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR1GH82TF 691 0 0
GG
GGACTCCGATGGATTCGCGGCGACCATCGCCGATGCTCTGAACCCTAATCCAACCTCCTC
TCTTCGTAAACTAGAAGAGCAGATCCAGCTTCCGTTGGTTAATTACGGCGTCGAAGACGG
CGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGAGCTTACCAGGTCTCTGT
TTTTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAATGAACGAACTGCTTGA
CATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTTTGTGCCGGTATCTAA
GCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAAACTAGTCTTCGTTACTT
TCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACTCGCGTGGAGAAACCGCC
ACCGTTGATGCAGATCCATCATGGGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCATCTAGCTCGTGTCAA
ATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATCTCATAAAGCACT
AAACGAAGAGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGCCAGTTGGACTGGATT
GACTTTTGAAAGAGACGGGATCATGTGGAACGCATCAAAGACATCAAAAGAAGAAGAAAG
TCCATGGCGAGCTCTTTACG
TTGATCTTC

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR1BY78JQ 790 0 0
AACTAGAAGAGCAGATCCAGCTTCCGTTGGTTAATTACGGCGTCGAAGATGGCGGAAACG
GCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGAGCTTACCAGGTCTCTGTTTTTCTGT
TGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAATGAACGAACTGCTTGACATGATTA
CAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTTTGTGCCGGCATCTAAGCTTAAGT
TCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGGAACTAGTCTTCGTTACTTTCATGTTG
GTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACTCGCGTGGAGAAACCGCCACCGTTGA
TGCAGATCCGTCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCATCTAGCTCGTGTCAAATGCTTGC
CTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATCTCATAAAGCACTAAACGAAG
AGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGCCAGTTGGACTGGATTGACTTTTG
AAAGAGACGGGATCATGCGGAACGCATCAAAGACATCAAAAGAAGAAGAAAGTCCATGGC
GAGCTCTTTACGGTTAATCTTCTCAGGAGGTCAGGTCTTTTTTTTCTCATGGCCCAACAC
TATTGCTACAGTATGGGCTTGGATCTTTGCACTTTATTTCCCATATTGTTGTAGCTCTTT
GTTAAGACTTTTTTGCTCATCTGAATCAAAAAAACATGTCACTATGCTTTCCTCTTATGA
TTTCTTTAAG

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1GB88JQ 739 0 0
CGGCGTCGAAGACGGCGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGAGC
TTACCAGGTCTCTGTTTTTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAAT
GAACGAACTGCTTGACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTT
TGTGCCGGCATCTAAGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAAAC
TAGTCTTCGTTACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACTCG
CGTGGAGAAACCGCCACCGTTGATGCAGATCCATCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCA
TCTAGCTCGTGTCAAATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGT
ATCTCATAAAGCACTAAACGAAGAGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGC
CAGTTGGACTGGATTGACTTTTGAAAGAGACGGGATCATGTGGAACGCATCAAAGACATC
AAAAGAAGAAGAAAGTCCATGGCGAGCTCTTTACGGTTAATCTTCTCAGGAGGTCAGGTC
TTTTTTTTCTCATGGCCCAACACTATTGCTACAGTATGGGCTTGGATCTTTGCACTTTAT
TTCCCATATTGTTGTAGCTCTTTGTTAAGACTTTTTTGCTCATCTGAATCAAAAAAACAT
GTCACTATGCTTTCC
TCTT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1GH82JQ 494 0 0
TCTTCGTTACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACTCGCGT
GGAGAAACCGCCACCGTTGATGCAGATCCATCATGGGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCATCT
AGCTCGTGTCAAATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATC
TCATAAAGCACTAAACGAAGAGCTCCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGCCAG
TTGGACTGGATTGACTTTTGAAAGAGACGGGATCATGTGGAACGCATCAAAGACATCAAA
AGAAGAAGAAAGTCCATGGCGAGCTCTTTACGGTTGATCTTCTCAGGAGGTCAGGTCTTT
TTTTTCTCATGGCCCAACACTATTGCTACAGTATGGGCTTGGATCTTTGCACTTTATTTC
CCATATTGTTGTAGCTCTTTGTTAAGACTTTTTTGCTCATCTGAATCAAAAAAACATGTC
ACTATGCTTTCC
CC

QA 1 492 1 492
DS 



AS 2 5

CO CL1162Contig1 564 2 3 U
GCGTTATGAACCGACTGGTTCAAATGGATGTTTATCCAAAAGATACTTACTGGGTTTTGG
CCCATTAATGGTCCATCTTGTAACCGGCCCATTAGGGTTTCAGACATTGTACCTCCCTAT
ATAAGGAGCTCATATTCGACATTAATAATACACACATTCACAACAGTAACATATATTTTG
GTAGCCACATACTAAGATACTATTCTCATATAGAGCTAACAAAATCAACGATTTCAACCA
CATCTTGGAGTAAAGAGTTGGAGTTCACCACGCTACAATTCAATCTGATCTCTCCTTGAG
TGCCCGTAAGAGGTGTAATGTTGCCCATCCTATTCATCGCCTCCACAAATGCATTAAAGA
ATTTTTGTGTGCCATCAGCATATTCTCTCACCAAGGGGAGTGTGTCAGTGGCATCGGGGC
TAGAGAACAACTCTTGGTCAGTCTGGATAAAACCTTTCTGTTCTTTGAGATTCACATAGT
ATTTGTTGTCGAAAACCGTAGGGGTACGCAGATCAAAATCCACCAAGGCACTTTGGTTAC
CATTAAGGGGACATAGTCCACGAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AN28JQ U 1
AF RR1AN40JQ U 1
BS 1 450 RR1AN28JQ
BS 451 451 RR1AN40JQ
BS 452 564 RR1AN28JQ

RD RR1AN28JQ 564 0 0
GCGTTATGAACCGACTGGTTCAAATGGATGTTTATCCAAAAGATACTTACTGGGTTTTGG
CCCATTAATGGTCCATCTTGTAACCGGCCCATTAGGGTTTCAGACATTGTACCTCCCTAT
ATAAGGAGCTCATATTCGACATTAATAATACACACATTCACAACAGTAACATATATTTTG
GTAGCCACATACTAAGATACTATTCTCATATAGAGCTAACAAAATCAACGATTTCAACCA
CATCTTGGAGTAAAGAGTTGGAGTTCACCACGCTACAATTCAATCTGATCTCTCCTTGAG
TGCCCGTAAGAGGTGTAATGTTGCCCATCCTATTCATCGCCTCCACAAATGCATTAAAGA
ATTTTTGTGTGCCATCAGCATATTCTCTCACCAAGGGGAGTGTGTCAGTGGCATCGGGGC
TAGAGAACAACTCTTGGTCAGTCTGGATAAGACCTTTCTGTTCTTTGAGATTCACATAGT
ATTTGTTGTCGAAAACCGTAGGGGTACGCAGATCAAAATCCACCAAGGCACTTTGGTTAC
CATTAAGGGGACATAGTCCACGAA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1AN40JQ 564 0 0
GCGTTATGAACCGACTGGTTCAGATGGATGTTTATCCAAAAGATACTTACTGGGTTTTGG
CCCATTAATGGTCCATCTTGTAACCGGCCCATTAGGGTTTCAGACATTGTACCTCCCTAT
ATAAGGAGCTCATATTCGACATTAATAATACACACATTCACAACAGTAACATATATTTTG
GTAGCCACATACTAAGATACTATTCTCATATAGAGCTAACAAAATCAACGATTTCAACCA
CATCTTGGAGTAAAGAGTTGGAGTTCACCACGCTACAATTCAATCTGATCTCTCCTTGAG
TGCCCGTAAGAGGTGTAATGTTGCCCATCCTATTCATCGCCTCCACAAATGCATTAAAGA
ATTTTTGTGTGCCATCAGCATATTCTCTCACCAAGGGGAGTGTGTCAGTGGCATCGGGGC
TAGAGAACAACTCTTGGTCAGTCTGGATAAAACCTTTCTGTTCTTTGAGATTCACATAGT
ATTTGTTGTCGAAAACCGTAGGGGTACGCAGATCAAAATCCACCAAGGCACTTTGGTTAC
CATTAAGGGGACATAGTCCACGAA

QA 1 564 1 564
DS 



CO CL1162Contig2 834 3 2 U
GGATCTTCTCTTGTAAACCCAATCATATAATTTTCTGTTCTTTAGAAAATGCATTCCTCT
TATTCTTTTTCTACTTCGTCCACGTTGACAATCTTAATCACATTAGCATGTCTTGTGCTT
AGTGCGCATCTGTCCGATGCTCAACTTACTCCTACCTTCTACGACACTTCATGTCCTAAC
GTCACTAACATCGTACGAGAGACCATTATCAACGAGCTAAGATCGGACCCTCGTATCGCC
GCGAGCATTCTTCGTCTTCACTTCCACGATTGCTTTGTCAATGGCTGTGATGCATCGATC
TTGTTAGACAATACGACATCGTTCCAAACAGAGAAAGATGCAGTCGGCAACGTAAACTCG
GCTAGAGGATTCCCTGTGATTGATACAATGAAAGCCGCAGTGGAGAAAGCTTGCCCGAGA
ACCGTTTCTTGCGCAGATATGCTCACCATCGCTGCTCAACAATCTGTCACATTGGCAGGA
GGTCCTTCTTGGAGGGTTCCTTTGGGGAGAAGAGACAGCTTACAAGCATTTTTCAACCTA
GCTACTGATAATCTTCCTTCTCCATTCCTCACACTTCCACAACTTAAAGCCAACTTTAGA
AACGTTGGCCTCGACCGCCCTTCTGATCTCGTTGCTCTCTCTGGCGGTCACACATTTGGT
AAAAATCAATGCCGGTTCATTATGCGCAGACTATACAATTTCAGCAACACCGGTTTACCT
GATCCTACCCTCAACACTACTTACCTCCAAACTCTTCGTGGACTATGTCCCCTTAATGGT
AACCAAAGTGCCTTGGTGGATTTTGATCTGCGTACCCCTACGGTTTCGAAACAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN40TF U 1
AF RR1AN28TF U 1
AF RR1EJ38TF U 1
BS 1 822 RR1AN28TF
BS 823 834 RR1EJ38TF

RD RR1AN40TF 767 0 0
GGATCTTCTCTTGTAAACCCAATCATATAATTTTCTGTTCTTTAGAAAATGCATTCCTCT
TATTCTTTTTCTACTTCGTCCACGTTGACAATCTTAATCACATTAGCATGTCTTGTGCTT
AGTGCGCATCTGTCCGATGCTCAACTTACTCCTACCTTCTACGACACTTCATGTCCTAAC
GTCACTAACATCGTACGAGAGACCATTATCAACGAGCTAAGATCGGACCCTCGTATCGCC
GCGAGCATTCTTCGTCTTCACTTCCACGATTGCTTTGTCAATGGCTGTGATGCATCGATC
TTGTTAGACAATACGACATCGTTCCAAACAGAGAAAGATGCAGTCGGCAACGTAAACTCG
GCTAGAGGATTCCCTGTGATTGATACAATGAAAGCCGCAGTGGAGAAAGCTTGCCCGAGA
ACCGTTTCTTGCGCAGATATGCTCACCATCGCTGCTCAACAATCTGTCACATTGGCAGGA
GGTCCTTCTTGGAGGGTTCCTTTGGGGAGAAGAGACAGCTTACAAGCATTTTTCAACCTA
GCTACTGATAATCTTCCTTCTCCATTCCTCACACTTCCACAACTTAAAGCCAACTTTAGA
AACGTTGGCCTCGACCGCCCTTCTGATCTCGTTGCTCTCTCTGGCGGTCACACATTTGGT
AAAAATCAATGCCGGTTCATTATGCGCAGACTATACAATTTCAGCAACACCGGTTTACCT
GATCCTACCCTCAACACTACTTACCTCCAAACTCTTCGTGGACTATG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1AN28TF 823 0 0
GGATCTTCTCTTGTAAACCCAATCATATAATTTTCTGTTCTTTAGAAAATGCATTCCTCT
TATTCTTTTTCTACTTCGTCCACGTTGACAATCTTAATCACATTAGCATGTCTTGTGCTT
AGTGCGCATCTGTCCGATGCTCAACTTACTCCTACCTTCTACGACACTTCATGTCCTAAC
GTCACTAACATCGTACGAGAGACCATTATCAACGAGCTAAGATCGGACCCTCGTATCGCC
GCGAGCATTCTTCGTCTTCACTTCCACGATTGCTTTGTCAATGGCTGTGATGCATCGATC
TTGTTAGACAATACGACATCGTTCCAAACAGAGAAAGATGCAGTCGGCAACGTAAACTCG
GCTAGAGGATTCCCTGTGATTGATACAATGAAAGCCGCAGTGGAGAAAGCTTGCCCGAGA
ACCGTTTCTTGCGCAGATATGCTCACCATCGCTGCTCAACAATCTGTCACATTGGCAGGA
GGTCCTTCTTGGAGGGTTCCTTTGGGGAGAAGAGACAGCTTACAAGCATTTTTCAACCTA
GCTACTGATAATCTTCCTTCTCCATTCCTCACACTTCCACAACTTAAAGCCAACTTTAGA
AACGTTGGCCTCGACCGCCCTTCTGATCTCGTTGCTCTCTCTGGCGGTCACACATTTGGT
AAAAATCAATGCCGGTTCATTATGCGCAGACTATACAATTTCAGCAACACCGGTTTACCT
GATCCTACCCTCAACACTACTTACCTCCAAACTCTTCGTGGACTATGTCCCCTTAATGGT
AACCAAAGTGCCTTGGTGGATTTTGATCTGCGTACCCCTACG
T

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1EJ38TF 834 0 0
GGATCTTCTCTTGTAAACCCAATCATATAATTTTCTGTTCTTTAGAAAATGCATTCCTCT
TATTCTTTTTCTACTTCGTCCACGTTGACAATCTTAATCACATTAGCATGTCTTGTGCTT
AGTGCGCATCTGTCCGATGCTCAACTTACTCCTACCTTCTACGACACTTCATGTCCTAAC
GTCACTAACATCGTACGGCAGACCATTATCAACGAGCTAAGATCGGACCCTCGTATCGCC
GCGAGCATTCTTCGTCTTCACTTCCACGATTGCTTTGTCAATGGCTGTGATGCATCGATC
TTGTTAGACAATACGACATCGTTCCAAACAGAGAAAGATGCAGTCGGCAACGTAAACTCG
GCTAGAGGATTCCCTGTGATTGATACAATGAAAGCCGCAGTGGAGAGAGCTTGCCCGAGA
ACCGTTTCTTGCGCAGATATGCTCACCATCGCTGCTCAACAATCTGTCACATTGGCAGGA
GGTCCTTCTTGGAGGGTTCCTTTGGGGAGAAGAGACAGCTTACAAGCATTTTTCAACCTA
GCTACTGATAATCTTCCTTCTCCATTCCTCACACTTCCACAACTTAAAGCCAACTTTAGA
AACGTTGGCCTCGACCGTCCTTCTGATCTCGTTGCTCTCTCTGGCGGTCACACATTTGGT
AAAAATCAATGCCGGTTCATTATGCGCAGACTATACAATTTCAGCAACACCGGTTTACCT
GATCCTACCCTCA*CACTACTTACCTCCAAACTCTTCGTGGACTATGTCCCTT**ATGGT
AACCAAAGTGCCTTGGTGGATTT*GATCTGCGTACCCCTACGGTTTCGAAACAA

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 6

CO CL1163Contig1 794 6 10 U
TTTTTGTTCTCTCTGTCATAACAATCTTTTTTTTTCTGGAGGAAGAGATGGGAAACTGTC
AGGCGGTTGATGCGGCGGCGTTAGTTCTACAACATCCCGGCGGCAAAATCGATAGATATT
ACGGTCCTGTCTCAGTCGCCGAAATCATGCGTATGCATCCTGGTCACTACGTTTCTCTTA
TCATTCCTTTGCCGGAGGCAGACATTCCAGCAAAGACGAGGGCGGAGGAAGAAGATGGTA
AGACTCAGAAAAGGGTCGTGAAGTTCACGCGCGTGAAACTTCTCCGACCAACAGAGAATC
TCGTACTTGGTCATGCTTACCGTCTCATCACTTCACAAGAGGTTATGAAAGTTATAAGAG
CGAAGAAGTATGCGAAGACAAAGAAGCATCAGAATGAAACGACTAGAGAGAAGAAAAAGC
CATCGCTGGAGAAGAAGGTTGATGAAGTATCCGACAAGCATCAGGATCTGGAAACAAATG
ATGAGAAGCAACGTGCAGTGTTAACGAGCTCAGGTTCGTCAAAATCAAAAACATGGAGGC
CATCATTGCATAGCATCTCTGAAGCTACGAGTTGATGTTTATTTTAGTTTTTGCTTAAGG
AACAAGAAGCAAAGTCTCTGTGTGAGATCATCAGGAGATGGAATCTTCAAGTTAAAGAGA
TGTAAATTCTTCTCTTTTATGCTATTTTCTGGTTTTCACATATATCAAGAGAAAAAAACT
CTATAGAGATTAAATCGAGTCCCTTTTTTCTGTTAGCCAATGTATATAAGTTCTCAAGAT
GAATGAATCGATTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1F621TF U 1
AF RR1F621JQ C 285
AF RR1DH81TF U 1
AF RR1FF34TF U 36
AF RR1FF34JQ C 36
AF RR1DH81JQ C 135
BS 1 133 RR1DH81TF
BS 134 134 RR1FF34TF
BS 135 599 RR1DH81TF
BS 600 600 RR1FF34TF
BS 601 608 RR1DH81TF
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BS 636 716 RR1DH81TF
BS 717 794 RR1FF34JQ

RD RR1F621TF 595 0 0
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AGGCGGTTGATGCGGCGGCGTTAGTTCTACAACATCCCGGCGGCAAAATCGATAGATATT
ACGG*CCTGTCTCCGTCGCCGAAATCATGCGTATGCATCCTGGTCACTACGTTTCTCTTA
TCATTCCTTTGCCGCAGGCAGACATTCCAGCAAAGACGAGGGCGGAGGAAGAAGATGGTA
AGACTCAGAAAAGGGTCGTGAAGTTCACGCGCGTGAAACTTCTCCGACCAACAGAGAATC
TCGTACTTGGTCATGCTTACCGTCTCATCACTTCACAAGAGGTTATGAAAGTTATAAGAG
CGAAGAAGTATGCGAAGACAAAGAAGCATCAGAATGAAACGACTAGAGAGAAGAAAAAGC
CATCGCTGGAGAAGAAGGTTGATGAAGTATCCGACAAGCATCAGGATCTGGAAACAAATG
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CATCATTGCATAGCATCTCTGAAGCTACGAGTTGATGTTTATTTTAGTTTTTGCT

QA 1 595 1 595
DS 

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ATGAAAGTTATAAGAGCGAAGAAGTATGCGAAGACAAAGAAGCATCAGAATGAAACGACT
AGAGAGAAGAAAAAGCCATCGCTGGAGAAGAAGGTTGATGAAGTATCCGACAAGCATCAG
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TCAAAAACATGGAGGCCATCATTGCATAGCATTTTTGAAGCTACGAGTTGATGTTTATTT
TAGTTTTTGCTTAAGGAACAAGAAGCAAAGTTTCTGTG

QA 1 338 1 338
DS 

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AGGCGGTTGATGCGGCGGCGTTAGTTCTACAACATCCCGGCGGCAAAATCGATAGATATT
ACGGTCCTGTCTCCGTCGCCGAAATCATGCGTATGCATCCTGGTCACTACGTTTCTCTTA
TCATTCCTTTGCCGGAGGCAGACATTCCAGCAAAGACGAGGGCGGAGGAAGAAGATGGTA
AGACTCAGAAAAGGGTCGTGAAGTTCACGCGCGTGAAACTTCTCCGACCAACAGAGAATC
TCGTACTTGGTCATGCTTACCGTCTCATCACTTCACAAGAGGTTATGAAAGTTATAAGAG
CGAAGAAGTATGCGAAGACAAAGAAGCATCAGAATGAAACGACTAGAGAGAAGAAAAAGC
CATCGCTGGAGAAGAAGGTTGATGAAGTATCCGACAAGCATCAGGATCTGGAAACAAATG
ATGAGAAGCAACGTGCAGTGTTAACGAGCTCAGGTTCGTCAAAATCAAAAACATGGAGGC
CATCATTGCATAGCATCTCTGAAGCTACGAGTTGATGTTTATTTTAGTTTTTGCTTAAG*
AACAAGAATCAAAGTCTCTGTGTGAGATCATCAG*AGATGGAATCTTCAAGTTAAAGAGA
TGTAAATTCTTCTCTTTTATGCTATTTTCTGGTTTTCACATATATCAAGAGAAAAA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1FF34TF 669 0 0
CTGGAGGAAGAGATGGGAAACTGTCAGGCGGTTGATGCGGCGGCGTTAGTTCTACAACAT
CCCGGCGGCAAAATCGATAGATATTACGGTCCTGTCTCAGTCGCCGAAATCATGCGTATG
CATCCTGGTCACTACGTTTCTCTTATTATTCCTTTGCCGGAAGCAGACATTCCAGCAAAG
ACGAGGGCGGAGGAAGAAGATGGCAAGACTCAGAAAAGGGTCGTGAAGTTCACGCGCGTA
AAACTTCTCCGACCAACAGAGAATCTCGTACTTGGTCATGCTTACCGTCTCATCACTTCA
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GAAACGACTAGAGAGAAGAAAAAGCCATCGCTGGAGAAGAAGGTTGATGAAGTATCCGAC
AAGCATCAGGATCTGGAAACAAATGATGAGAAGCAACGTGCAGTGTTAACGAGCTCAGGT
TCGTCAAAATCAAAAACATGGAGGCCATCATTGCATAGCATCTCTGAAGCTACGAGTTGA
TGTTTATTTTAGTTTTTGCTTAAGGAACAAGAAGCAAAGTCTCTGTGTGAGATCATCAG*
AGATGGAATCTTCAAGTTAAAGAGATGTAAATTCTTCTCTTTTATGCTATTTTCTGGTTT
TCACATATA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1FF34JQ 759 0 0
CTGGAGGAAGAGATGGGAAACTGTCAGGCGGTTGATGCGGCGGCGTTAGTTCTACAACAT
CCCGGCGGCAAAATCGATAGATATTACGGTCCTGTCTCAGTCGCCGAAATCATGCGTATG
CATCCTGGTCACTACGTTTCTCTTATTATTCCTTTGCCGGAAGCAGACATTCCAGCAAAG
ACGAGGGCGGAGGAAGAAGATGGCAAGACTCAGAAAAGGGTCGTGAAGTTCACGCGCGTA
AAACTTCTCCGACCAACAGAGAATCTCGTACTTGGTCATGCTTACCGTCTCATCACTTCA
CAAGAGGTTATGAAAGTTATAAGAGCGAAGAAGTATGCGAAGACAAAGAAGCATCAGAAT
GAAACGACTAGAGAGAAGAAAAAGCCATCGCTGGAGAAGAAGGTTGATGAAGTATCCGAC
AAGCATCAGGATCTGGAAACAAATGATGAGAAGCAACGTGCAGTGTTAACGAGCTCAGGT
TCGTCAAAATCAAAAACATGGAGGCCATCATTGCATAGCATCTCTGAAGCTACGAGTTGA
TGTTTATTTTAGTTTTTGCTTAAGGAACAAGAAGCAAAGTCTCTGTGTGAGATCATCAGG
AGATGGAATCTTCAAGTTAAAGAGATGTAAATTCTTCTCTTTTATGCTATTTTCTGGTTT
TCACATATATCAAGAGAAAAAAACTCTATAGAGATTAAATCGAGTCCCTTTTTTCTGTTA
GCCAATGTATATAAGTTCTCAAGATGAATGAATCGATTG

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1DH81JQ 660 0 0
GTCGCCGAAATCATGCGTATGCATCCTGGTCACTACGTTTCTCTTATCATTCCTTTGCCG
GAGGCAGACATTCCAGCAAAGACGAGGGCGGAGGAAGAAGATGGTAAGACTCAGAAAAGG
GTCGTGAAGTTCACGCGCGTGAAACTTCTCCGACCAACAGAGAATCTCGTACTTGGTCAT
GCTTACCGTCTCATCACTTCACAAGAGGTTATGAAAGTTATAAGAGCGAAGAAGTATGCG
AAGACAAAGAAGCATCAGAATGAAACGACTAGAGAGAAGAAAAAGCCATCGCTGGAGAAG
AAGGTTGATGAAGTATCCGACAAGCATCAGGATCTGGAAACAAATGATGAGAAGCAACGT
GCAGTGTTAACGAGCTCAGGTTCGTCAAAATCAAAAACATGGAGGCCATCATTGCATAGC
ATCTCTGAAGCTACGAGTTGATGTTTATTTTAGTTTTTGCTTAAGGAACAAGAATCAAAG
TCTCTGTGTGAGATCATCAGGAGATGGAATCTTCAAGTTAAAGAGATGTAAATTCTTCTC
TTTTATGCTATTTTCTGGTTTTCACATATATCAAGAGAAAAAA*CTCTATAGAGTTTAAA
TCGAGTCCCTTTTTTCTGTTAGCCAATGTATATAAGTTCTCAAGATGAATGAATCGATTG

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 6

CO CL1164Contig1 1152 6 12 U
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GAAGAGGAGGAGAAATGGGATCCTTATCGGCAGCCACTGTCTTACCGTTCCATCTCCGTC
GCCAAAACAAGCAGCGATCAGGAGGTCTCTACGACCGTCGCCATGAGAATCTACCCGTCG
GCGTTTCGTCTTCACAGAAGAGATGGCTCCTCTACGTCCCGGAGACGAAGCTGAAACGAG
AGACTCTGAGGCTCGGTTTCGTGGCAAGAGCTGCTGACTCCACGAGCTCGTCTCCTTCCG
TGGTGTCTTCCGCTGATAAAACTTTGATCCCTGACGATGAATTCACTCTAGCCAAGATTT
CATTTGGTGTTATTGGGCTAGGTCTCGGTGTCTCGCTCCTCTCTTACGGTTTCGGGGCGT
ACTTTAACATCCTTCCTGGATCTGAGTGGTCTGCTATTATGCTCACTTATGGATTCCCAC
TTGCTATTATCGGTATGGCTCTCAAGTACGCAGAACTCAAGCCAGTTCCTTGCTTGAGTT
ATGCAGATGCGGTGAAGCTTAGGGAGAGCTCTGCTACTCCTATTTTAACCCAGGTTAGAA
ATGATGTGACGAGATACCGTTATGGAGATGAACAACATTTGGAAGAAGCACTAAAACGGA
TCTTTCAGTATGGATTGGGCGGAGGAATACCAAGACGTAGTGCACCTATCTTAACGATGA
TAAAGGAAGAGGTCATGACCGATGGTCGTTACTGCCTCGTCCTTGTATTTGAGGCCAAAG
CTCTCGAGTTGTCAGATTTCGAAAAAAGACAGGCGAAATTCACTTCCTTCTTTGGACCAA
ACATCACTGCAGAAGTCGGTGTAGGAGAAAGTGACAATCTCTATGAAGTAAGACTGATTT
CTAACGTCTCTGCATCTGCAACGGCCTCTTGAATATGAACAAAGCATATACGATCACTTT
CCTCTTGTATATCAACTTTGTATAATCATCATCATATGTATAAAAAGTTCAGATATCTCT
TTTTTTTGGCAACGTGTATTATGTCAATCTTTATGATTAGTTCAGCATCGGGTCAGTCCT
CATAACTAATGTAAACCTAAGGATTAGAGTTTGACACTGACGGTTAATTATAATCCTAGT
GGACTTAGGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BT43TF U 1
AF RR1F967TF U 193
AF RR1BF16TF U 26
AF RR1BT43JQ C 335
AF RR1F967JQ C 335
AF RR1BF16JQ C 456
BS 1 50 RR1BT43TF
BS 51 51 RR1BF16TF
BS 52 376 RR1BT43TF
BS 377 377 RR1BF16TF
BS 378 686 RR1BT43TF
BS 687 687 RR1BF16TF
BS 688 727 RR1BT43TF
BS 728 804 RR1BF16TF
BS 805 958 RR1BT43JQ
BS 959 959 RR1F967JQ
BS 960 1018 RR1BT43JQ
BS 1019 1152 RR1BF16JQ

RD RR1BT43TF 727 0 0
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GCGTTTCGTCTTCACAGAAGAGATGGCTCCTCTACGTCCCGGAGACGAAGCTGAAACGAG
AGACTCTGAGGCTCGGTTTCGTGGCAAGAGCTGCTGACTCCACGAGCTCGTCTCCTTCCG
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CATTTGGTGTTATTGGACTAGGTCTCGGTGTCTCGCTCCTCTCTTACGGTTTCGGGGCGT
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TTGCTATTATCGGTATGGCTCTCAAGTACGCAGAACTCAAGCCAGTTCCTTGCTTGAGTT
ATGCAGATGCGGTGAAGCTTAGGGAGAGCTCTGCTACTCCTATTTTAACCCAGGTTAGAA
ATGATGTGACGAGATACCGTTATGGAGATGAACAACATTTGGAAGAAGCACTAAAACGGA
TCTTTCAGTATGGATTGGGCGGAGGA*TACCAAGACGTAGTGCACCTATCTTAACGATGA
TAAAGGA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1F967TF 577 0 0
G
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CGGTTTCGTGGCAAGAGCTGCTGACTCCACGAGCTCGTCTCCTTCCGTGGTGTCTTCCGC
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TGGGCTAGGTCTCGGTGTCTCGCTCCTCTCTTACGGTTTCGGGGCGTACTTTAACATCCT
TCCTGGATCTGAGTGGTCTGCTATTATGCTCACTTATGGATTCCCACTTGCTATTATCGG
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GAAGCTTAGGGAGAGCTCTGCTACTCCTATTTTAACCCAGGTTAGAAATGATGTGACGAG
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ATTGGGCGGAGGAATACCAAGACGTAGTGCACCTATCTTAACGATGATAAAGGAAGAGGT
CATGACCGATGGTCGTTACTGCCTCGTCCTTGTATT

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DS 

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GGATAC
TACTCACTCTCTTCCCACAGGTACAGAGAGAAGAGGAGGAGAAATGGGATCCTTATCGGC
AGCCACTGTCTTACCGTTCCATCTCCGTCGCCAAAACAAGCAGCGATCAGGAGGTCTCTA
CGACCGTCGCCATGAGAATCTACCCGTCGGCGTTTCGTCTTCACAGAAGAGATGGCTCCT
CTACGTCCCGGAGACGAAGCTGAAACGAGAGACTCTGAGGCTCGGTTTCGTGGCAAGAGC
TGCTGACTCCACGAGCTCGTCTCCTTCCGTGGTGTCTTCCGCTGATAAAACTTTGATCCC
TGACGATGAATTCACTCTAGCCAAGATTTCATTTGGTGTTATTGGGCTAGGTCTCGGTGT
CTCGCTCCTCTCTTACGGTTTCGGGGCGTACTTTAACATCCTTCCTGGATCTGAGTGGTC
TGCTATTATGCTCACTTATGGATTCCCACTTGCTATTATCGGTATGGCTCTCAAGTACGC
AGAACTCAAGCCAGTTCCTTGCTTGAGTTATGCAGATGCGGTGAAGCTTAGGGAGAGCTC
TGCTACTCCTATTTTAACCCAGGTTAGAAATGATGTGACGAGATACCGTTATGGAGATGA
ACAACATTTGGAAGAAGCACTAAAACGGATCTTTCAGTATGGATTGGGCGGAGGAATACC
AAGACGTAGTGCACCTATCTTAACGATGATAAAGGAAGAGGTCATGACCGATGGTCGTTA
CTGCCTCGTCCTTGTATTTGAGGCCAAAGCTCTCGAGTTGTCAGATTTCGAAA

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DS 

RD RR1BT43JQ 684 0 0
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GCTCCTCTCTTACGGTTTCGGGGCGTACTTTAACATCCTTCCTGGATCTGAGTGGTCTGC
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CAATCTCTATGAAGTAAGACTGATTTCTAACGTCTCTGCATCTGCAACGGCCTCTTGAAT
ATGAACAAAGCATATACGATCACTCTCCTCTTGTATATCAACTTTGTATAATCATCATCA
TATGTATAAAAAGTTCAGATATCT

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DS 

RD RR1F967JQ 684 0 0
CGATGAATTCACTCTAGCCAAGATTTCATTTGGTGTTATTGGGCTAGGTCTCGGTGTCTC
GCTCCTCTCTTACGGTTTCGGGGCGTACTTTAACATCCTTCCTGGATCTGAGTGGTCTGC
TATTATGCTCACTTATGGATTCCCACTTGCTATTATCGGTATGGCTCTCAAGTACGCAGA
ACTCAAGCCAGTTCCTTGCTTGAGTTATGCAGATGCGGTGAAGCTTAGGGAGAGCTCTGC
TACTCCTATTTTAACCCAGGTTAGAAATGATGTGACGAGATACCGTTATGGAGATGAACA
ACATTTGGAAGAAGCACTAAAACGGATCTTTCAGTATGGATTGGGCGGAGGAATACCAAG
ACGTAGTGCACCTATCTTAACGATGATAAAGGAAGAGGTCATGACCGATGGTCGTTACTG
CCTCGTCCTTGTATTTGAGGCCAAAGCTCTCGAGTTGTCAGATTTCGAAAAAAGACAGGC
GAAATTCACTTCCTTCTTTGGACCAAACATCACTGCAGAAGTCGGTGTAGGAGAAAGTGA
CAATCTCTATGAAGTAAGACTGATTTCTAACGTCTCTGCATCTGCAACGGCCTCTTGAAT
ATGAACAAAGCATATACGATCACTTTCCTCTTGTATATCAACTTTGTATAATCATCATCA
TATGTATAAAAAGTTCAGATATCT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1BF16JQ 697 0 0
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CTCAAGCCAGTTCCTTGCTTGAGTTATGCAGATGCGGTGAAGCTTAGGGAGAGCTCTGCT
ACTCCTATTTTAACCCAGGTTAGAAATGATGTGACGAGATACCGTTATGGAGATGAACAA
CATTTGGAAGAAGCACTAAAACGGATCTTTCAGTATGGATTGGGCGGAGGAATACCAAGA
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CTCGTCCTTGTATTTGAGGCCAAAGCTCTCGAGTTGTCAGATTTCGAAAAAAGACAGGCG
AAATTCACTTCCTTCTTTGGACCAAACATCACTGCAGAAGTCGGTGTAGGAGAAAGTGAC
AATCTCTATGAAGTAAGACTGATTTCTAACGTCTCTGCATCTGCAACGGCCTCTTGAATA
TGAACAAAGCATATACGATCACTTTCCTCTTGTATATCAACTTTGTATAATCATCATCAT
ATGTATAAAAAGTTCAGATATCTCTTTTTTTTGGCAACGTGTATTATGTCAATCTTTATG
ATTAGTTCAGCATCGGGTCAGTCCTCATAACTAATGTAAACCTAAGGATTAGAGTTTGAC
ACTGACGGTTAATTATAATCCTAGTGGACTTAGGATC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 6

CO CL1165Contig1 766 6 9 U
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TCCGTCGCTGACATCGTCAAGAGCCGTGGATACAAGGAGGATGTGAGTCTGAGCAATCTC
AAGCTGATCTTAGGGACGATTATCATCGTGGTGGCTCTCGTTGCACAGTTCTACAACAAG
AAGTTTCCGGAGAACAGAGACTTTTTGATCGGATGCATCGCATCGTATGTGGTGCTGAAT
GGGGTGTTGCAGCTGATTCTGTACACTAAGGAGAAGAATGCCATTTTGTTCACCTATCCT
CCTGAGGGATCATTCACCAGCACTGGATTGGTTGTGTCTTCAAAGCTGCCGAGGTTCTCT
GATGAGTACACTCTCACCATTGACAGTGCTGATCCAAAATCGATCTCAGCTGGGAAGTCA
GTCCAACTCACCAAAAGTGTCACTCAATGGTTCACGAAAGATGGAGTTCTTGTTGAGGGT
TTGTTTTGGAAAGACGTGGAAGCATTGATCAAGGACTATGCAAAAGAAGAACCAAAGAAG
AAGAAATGATGATTATATTATGGAGAAAATTATGTTCTTTAAA*CTCCTAAATGTTTCGT
TTTAGATAATTAAAAATCAATGGCGACATTTGGTCGAGATGACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1A229TF U 1
AF RR1A229JQ C 593
AF RR1BQ25TF U 17
AF RR1EQ05TF U 39
AF RR1CT32JQ C 41
AF RR1CT32TF U 41
BS 1 43 RR1A229TF
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GGGGTGTTGCAGCTGATTCTGTACACTAAGGAGAAGAATGCCATTTTGTTCACCTATCCT
CCTGAGGGATCATT

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR1A229JQ 124 0 0
TG
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AAGAAGAAGAAATGATGATTATATTATGGAGAAAATTATGTTCTTTAAAACTCCTAAATG
TT

QA 3 124 3 124
DS 

RD RR1BQ25TF 748 0 0
GGGTCTT
CCTCTTCGATACATTTCGCAGAAACCTAGAGATTATTGGTGTATTCTCTGGATCCGATCT
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CATCGTGGTGGCTCTCGTTGCACAGTTCTACAACAAGAAGTTTCCGGAGAACAGAGACTT
TTTGATCGGATGCATCGCATCGTATGTGGTGCTGAATGGGGTGTTGCAGCTGATTCTGTA
CACTAAGGAGAAGAATGCCATTTTGTTCAC*TATCCTCCTGAGGGATCATTCACCAGCAC
TGGATTGGTTGTGTCTTCAAAGCTGCCGAGGTTCTCTGATGAGTACACTCTCACCATTGA
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AGAAAATTATGTTCTTTAAA*CTCCTAAATGTTTCGTTTTAGATAATTAAAAATCAATGG
CGACATTTGGTCGAGATGACA

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DS 

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GGGC
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AAGCACATCCTCGACGAGTCCGTCGCTGACATCGTCAAGAGCCGTGGATACAAGGAGGAT
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A*CTCCTAAATGTTTCGTTTTAGATAATTAAAAATCAATGGCGACATTTGGTCGAGATGA
CA
C

QA 5 726 5 726
DS 

RD RR1CT32JQ 726 0 0
GG
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AAGGTAGAATCGACGAACAAGAACGTTAAGAAGGCAAATCTTCTGGAGCACAACTCGATC
AAGCACATCCTCGACGAGTCCGTCGCTGACATCGTCAAGAGCCGTGGATACAAGGAGGAT
GTGAGTCTGAGCAATCTCAAGCTGATCTTAGGGACGATTATCATCGTGGTGGCTCTCGTT
GCACAGTTCTACAACAAGAAGTTTCCGGAGAACAGAGACTTTTTGATCGGATGCATCGCA
TCGTATGTGGTGCTGAATGGGGTGTTGCAGCTGATTCTGTACACTAAGGAGAAGAATGCC
ATTTTGTTCACCTATCCTCCTGAGGGATCATTCACCAGCACTGGATTGGTTGTGTCTTCA
AAGCTGCCGAGGTTCTCTGATGAGTACACTCTCACCATTGACAGTGCTGATCCAAAATCG
ATCTCAGCTGGGAAGTCAGTCCAACTCACCAAAAGTGTCACTCAATGGTTCACGAAAGAT
GGAGTTCTTGTTGAGGGTTTGTTTTGGAAAGACGTGGAAGCATTGATCAAGGACTATGCA
AAAGAAGAACCAAAGAAGAAGAAATGATGATTATATTATGGAGAAAATTATGTTCTTTAA
AACTCCTAAATGTTTCGTTTTAGATAATTAAAAATCAATGGCGACATTTGGTCGAGATGA
CATT

QA 3 726 3 726
DS 

RD RR1CT32TF 726 0 0
GG
AGAAACCTAGAGATTATTGGTGTATTCTCTGGATCCGATCTGTTCGCCATGGAAGATAAG
AAGGTAGAATCGACGAACAAGAACGTTAAGAAGGCAAATCTTCTGGAGCACAACTCGATC
AAGCACATCCTCGACGAGTCCGTCGCTGACATCGTCAAGAGCCGTGGATACAAGGAGGAT
GTGAGTCTGAGCAATCTCAAGCTGATCTTAGGGACGATTATCATCGTGGTGGCTCTCGTT
GCACAGTTCTACAACAAGAAGTTTCCGGAGAACAGAGACTTTTTGATCGGATGCATCGCA
TCGTATGTGGTGCTGAATGGGGTGTTGCAGCTGATTCTGTACACTAAGGAGAAGAATGCC
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AAGCTGCCGAGGTTCTCTGATGAGTACACTCTCACCATTGACAGTGCTGATCCAAAATCG
ATCTCAGCTGGGAAGTCAGTCCAACTCACCAAAAGTGTCACTCAATGGTTCACGAAAGAT
GGAGTTCTTGTTGAGGGTTTGTTTTGGAAAGACGTGGAAGCATTGATCAAGGACTATGCA
AAAGAAGAACCAAAGAAGAAGAAATGATGATTATATTATGGAGAAAATTATGTTCTTTAA
A*CTCCTAAATGTTTCGTTTTAGATAATTAAAAATCAATGGCGACATTTGGTCGAGATGA
CA
TT

QA 3 724 3 724
DS 



AS 1 6

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AACACATCCTTTGTTTCTTCAATTTAACAAAAAAAAAATCAAAATACAAAAAATTGCTGT
GAATACAACAACAATAAAAACACCAAATAATAACAAGTTAATTAATACATTTTCAAATAT
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AAATACTGAGTTCAGGACCTTCGTTTTCGTCAGGGTTCATCAGGTAAAATGCCTCCGAAT
CACGGCTCCCCACGGCTCGTTCAAATGTACCTCTCATATACAACAACTCTCCAAGCTCCG
TTCCACCACCTGACACGTCATTCTCCGTCGGAATAACTCCAGCTCCAACCGTTACACTCG
ACACCGTATTCAGCACGCGCCAATCCATCTCGGTACGCGCTCCTCCACGCGACACCGCGG
AACCGTACTTCCTGCCGTTGCAATACATGGTCCACTTGGGCTCGTGGAAAAGCTTAGTCC
CCGAACGGTGACGATTCTCGCACTCCAACGCGATCCTGACGAGCCCTGATGACATCTCTT
TGCCTAGAGTTTCCGTTGACATGGCTAGGTCTAAGAGAAACACTGGTTCGGTTCTCGGAC
CTTCCTGGACTGAAAACGTGACGTGGCCTCTTCTGTGTCCGTACAAAGTCCCGGTGACCC
TTCTCCCGAGTGAAGAGGATCTAACGGTGATCATCTGGTTAGAAACACCGGAGGAGGAGG
AAGAAGATGGCGGTAGGCTAACGAGGTTGATGATAGCACGTGAGAAGAATGAAAGCTTCG
CGTTGACTTTCACTATGTGTTTAGAGGAGGAGATGATGCTCTGGAAAGGTACGAGGAAGA
GTTCGTGCTCAGGGATGGGTGGGATCAAGGAGGAAGAACGAGAACGGGAGTGCGACCTAC
GCGCCGGAGAGGTCTCTGCACTGATCTTTCTTGTGTTGCAGCTGAAGCTTCTTTGAAGAG
CGAGTTCTTTGCGCTGCAACATTCTTTTATGATATGTCTCGAAATCACTGAGACATTTGG
AGAACCGTTGATTTTTATAAAGAGAAAAGAGATGTTTGAGGAGGGAGAAAGGAAGAAAGC
AGCCGACCAAAGTGATTATGTATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD42JQ U 86
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AF RR1FS60TF C 488
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TAGGTCTA

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TGCCTAGAGTTTCCGTTGACATGGCTAGGTCTAAGAGAAACACTGGTTCGGTTCTCGGAC
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DS 

RD RR1FE86JQ 714 0 0
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AAAAAAA*TACTGAGTTCAGGACCTTCGTTTTCGTCAGGGTTCATCAGGTAAAATGCCTC
CGAATCACGGCTCCCCACGGCTCGTTCAAATGTACCTCTCATATACAACAACTCTCCAAG
CTCCGTTCCACCACCTGGCACGTCATTCTCCGTCGGAATAACTCCAGCTCCAACCGTTAC
ACTCGACACCGTATTCAGCACGCGCCAATCCATCTCGGTACGCGCTCCTCCACGCGACAC
CGCGGAACCGTACTTCCTGCCGTTGCAATACATGGTCCACTTGGGCTCGTGGAAAAGCTT
AGTCACCGAACGGTGACGATTCTCGCACTCCAACGCGATCCTGACGAGCCCTGATGACAT
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CGGACCTTCCTGGACTGAAAACGTGACGTGGCCTCTTCTGTGTCCGTACAAAGTCCCGGT
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DS 

RD RR1FS60TF 668 0 0
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CAAAGTGA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1CD42TF 678 0 0
CTTCTGCCG
TGCAATACATGGTCCACTTGGGCTCGTGGAAAAGCTTAGTCCCCGAACGGTGACGATTCT
CGCACTCCAACGTGATCCTGACGAGCCCTGATGACACCTCTTTGCCTTGAGTTTCCGTTG
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TGACGTGGCCTCTTCTGTGTCCGTACAAAGTCCCGGTGACCCTTCTCCCGAGTGAAGAGG
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GTGGGATCAAGGAGGAAGAACGAGGACGGGAGTGCGACCTACGCGCCGGAGAGGTCTCTG
CACTGATCTTTCTTGTGTTGCAGCTGAAGCTTCTTTGAAGAGCGAGTTCTTTGCGCTGCA
ACATTCTTTTATGATATGTCTCGAAATCACTGAGACATTTGGAGAACCGTTGATTTTTAT
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TGTATATCC

QA 10 678 10 678
DS 

RD RR1FE86TF 489 0 0
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CGAGTGAAGAGGATCTAACGGTGATCATCTGGTTAGAAACACCGGAGGAGGAGGAAGAAG
ATGGCGGTAGGCTAACGAGGTTGATGATAGCACGTGAGAAGAATGAAAGCTTCGCGTTGA
CTTTCACTATGTGTTTAGAGGAGGAGATGATGCTCTGGAAAGGTACGAGGAAGAGTTCGT
GCTCAGGGATGGGTGGGATCAAGGAGGAAGAACGAGAACGGGAGTGCGACCTACGCGCCG
GAGAGGTCTCTGCACTGATCTTTCTTGTGTTGCAGCTGAAGCTTCTTTGAAGAGCGAGTT
CTTTGCGCTGCAACATTCTTTTATGATATGTCTCGAAATCACTGAGACATTTGGAGAACC
GTTGATTTTTATAAAGAGAAAAGAGATGTTTGAGGAGGGAGAAAGGAAGAAAGCAGCCGA
CCAAAGTGA

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 6

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ACACTCTCAACCTCAAGCACACAAAATAAAAAAAGAAATGGGAACAGAGATGGTAATGGT
TCACGAGGTTCCTTTTCCTCCACAGATCATCACTTCCAAGCCCCTCTCTCTTCTTGGACA
AGGCATCACTGACATCGAGATCCATTTTCTCCAAGTGAAGTTCACGGCCATAGGAGTTTA
CTTAGATCCATCAGATGTTAAAACCCATCTTGACAAATGGAAAGGCAAGACCGGAAAGGA
TCTCGCCGGCGATGACGACTTCTTCGACGCCCTGGCCTCCGGGGAGATTGAGAAAGTTAT
AAGAGTGGTGGTGATAAAAGAAATAAAAGGAGCTCAGTACGGAGTGCAGCTAGAGAATGC
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TTTCTCAGCCAAAGATGGCATTTGCGAGATCGGATTTGAGACGGAAGGTAAAGAAGAGGA
GAAATTGAAAGTAGAGAATGCTAATGTGGTGGGGATGATGCAGAAGTGGTACTTGTCTGG
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AACCTAAAACTACTTATATAAGCACCTATCATCTTGTTGCCCCAAAAAAAAGCACCTAGC
ATCTATGTGTGTTTTATGTTGTTGTATTATGCCGTTCTTAAGCGAGGCATCGTGTTAATT
GGCTATCTTTATAAAATGTTTAATGGCTGTCTTTAT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1EP59TF U 1
AF RR1FH57TF U 6
AF RR1A857JQ C 54
AF RR1A857TF U 54
AF RR1FH57JQ C 142
AF RR1EP59JQ C 327
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RD RR1EP59TF 750 0 0
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CTTAGATCCATCAGATGTTAAAACCCATCTTGACAAATGGAAAGGCAAGACCGGAAAGGA
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GAAATTGAAAGTAGAGAATGCTAATGTGGTGGGGATGATGCAGAAGTGGTACTTGTCTGG
AAGTAGAGGAGTTTCACCGTCCACCATCGTCTCCCTCGCCGATTCTCTGTCCGCGGTTT*
AACCTAAA*CTACT*ATATAAGCACCTATC

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DS 

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GGA
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CTGACATCGAGATCCATTTTCTCCAAGTGAAGTTCACGGCCATAGGAGTTTACTTAGATC
CATCAGATGTTAAAACCCATCTTGACAAATGGAAAGGCAAGACCGGAAAGGATCTCGCCG
GCGATGACGACTTCTTCGACGCCCTGGCCTCCGGGGAGATTGAGAAAGTTATAAGAGTGG
TGGTGATAAAAGAAATAAAAGGAGCTCAGTACGGAGTGCAGCTAGAGAATGCGGTGAGAG
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ACTACTTATATAAGCACCTATCATCTTGTTGCCCAAAAAAA

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DS 

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GGG
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DS 

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GGG
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TGGTTCACGAGGTTCCTTTTCCTCCACAGATCATCACTTCCAAGCCCCTCTCTCTTCTTG
GACAAGGCATCACTGACATCGAGATCCATTTTCTCCAAGTGAAGTTCACGGCCATAGGAG
TTTACTTAGATCCATCAGATGTTAAAACCCATCTTGACAAATGGAAAGGCAAGACCGGAA
AGGATCTCGCCGGCGATGACGACTTCTTCGACGCCCTGGCCTCCGGGGAGATTGAGAAAG
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ATGCGGTGAGAGATCGTTTGGCTGCTGAGGATAAGTACGAGGAGGAAGAAGAAACCGAGC
TCGAGAAAGTTGTTGGATTTTTTCAGTCTAAGTACTTCAAGACTCATTCTATCATTACTT
ACCGTTTCTCAGCCAAAGATGGCATTTGCGAGATCGGATTTGAGACGGAAGGTAAAGAAG
AGGAGAAATTGAAAGTAGAGAATGCTAATGTGGTGGGGATGATGCAGAAGTGGTACTTGT
CTGGAAGTAGAGGAGTTTCACCGTCCACCATCGTCTCCCTCGCCGATTCTCTGTCCGCGG
TTTTAACCTAAAACTACTTATATAAGCACCTATCATCTTGTTGCCCCAAAAAAAAGCACC
TAGCATCTATGTGTGTTTTATGTTGTTGTATTATGCCGTTCTTAAGCGAGGCATCGTGTT
AATTGGCTATCTTT

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DS 

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CCATTTTCTCCAAGTGAAGTTCACGGCCATAGGAGTTTACTTAGATCCATCAGATGTTAA
AACCCATCTTGACAAATGGAAAGGCAAGACCGGAAAGGATCTCGCCGGCGATGACGACTT
TTTCGACGCCCTGGCCTCCGGGGAGATTGAGAAAGTTATAAGAGTGGTGGTGATAAAAGA
AATAAAAGGAGCTCAGTACGGAGTGCAGCTAGAGAATGCGGTGAGAGATCGTTTGGCTGC
TGAGGATAAGTACGAGGAGGAAGAAGAAACCGAGCTCGAGAAAGTTGTTGGATTTTTTCA
GTCTAAGTACTTCAAGACTCATTCTATCATTACTTACCGTTTTTCAGCCAAAGATGGCAT
TTGCGAGATCGGATTTGAGACGGAAGGTAAAGAAGAGGAGAAATTGAAAGTAGAGAATGC
TAATGTGGTGGGGATGATGCAGAAGTGGTACTTGTCTGGAAGTAGAGGAGTTTCACCGTC
CACCATCGTCTCCCTCGCCGATTCTCTGTCCGCGGTTTTAACCTAAAACTACTTATATAA
GCACCTATCATCTTGTTGCCCCAAAAAAAAGCACCTAGCATCTATGTGTGTTTTATGTTG
TTGTATTATGCCGTTCTTAAGCGAGACATCGTGTTAATTGGCTATCTTTATAAAATGTTT
AATGGCTGTCTTT
AT

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DS 

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ATTTGAGACGGAAGGTAAAGAAGAGGAGAAATTGAAAGTAGAGAATGCTAATGTGGTGGG
GATGATGCAGAAGTGGTACTTGTCTGGAAGTAGAGGAGTTTCACCGTCCACCATCGTCTC
CCTCGCCGATTCTCTGTCCGCGGTTTTAACCTAAAACTACTTATATAAGCACCTATCATC
TTGTTGCCCCAAAAAAAAGCACCTAGCATCTATGTGTGTTTTATGTTGTTGTATTATGCC
GTTCTTAAGCGAGACATCGTGTTAATTGGCTATCTTTATAAAATGTTTAATGGCTGTCTT
TAT

QA 8 550 8 550
DS 



AS 1 6

CO CL1168Contig1 932 6 12 U
ATAACATACATAATTGCTTTGAAAGTATTGTTTGGAGTACAACACAAGCACAAATCATTA
CATCTCTCTCTATACGTAAAACAAAGACAAGCTGTGAAATAATACCATGTAACTGATACA
TAATTAAACCCGAAAAAAATCACAAAAGAGAGAAAGAATCTATTATTATAAAAAAAAAAA
AACAGAACCAAACCGGTCTTGTTTTCTTTTTTCTTATTGATATGTAGTTTTTTTTTTCTT
TTTCAAAAAGCTCTAAGCAGAATTAGAGCCCTTGAGCTTCTTGGTGATGGTAGCAATGTA
CTTGCCCTGGTGAAACGCTTGCTGTAGCTCCAGCTCCGTTGGCTGCCTCGACCCATCTCC
TGCAAATGTTCCAGCTCCATAAGGGCTACCTCCTTTCACATTCTCCATCTCGAACATTCC
CGCACCGAAAGTGTAACCGATGGGGACAAACACCATCCCGTGGTGAACCAGCTGAGTTAT
CGCAGTCAATGCGGTGGTTTCTTGGCCACCACCTTGAGAGCCAGTGCTGTAGAAGATACC
AGCTGGTTTGCCAGCGAGCGACTGAGTCCTCCAGAGTCCACCGGTAGCGTCCAAGAAGGC
CTTGAACTGAGCAGCCATCATACCGAACCTTGTTGGGAATCCGAAGACGAAGCCATCGGC
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AGAGAGTACTTCTTCCGGAAGTGTCTCAGGTACCTGCCAGAGTTTGGCTTCAACACCTTC
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GTAGTACACGATATACACTTTGGTCGCCATATCGAAA*ATAGTTGTCTCTGCAGTAGAAG
AATCTCTGAAGCTTTTTTGATTGGATGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1AR09JQ U 12
AF RR1E765JQ U 1
AF RR1FV92JQ U 47
AF RR1AR09TF C 165
AF RR1FV92TF C 212
AF RR1E765TF C 244
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AATTGCTTTGAAAGTATTGTTTGGAGTACAACACAAGCACAAATCATTACATCTCTCTCT
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GAAAAAAATCACAAAA*AGAGAAAGAATCTATTATTATAAAAAAAAAAAAACAAAACCAA
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G
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DS 

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DS 

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DS 



AS 2 6

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G105JQ U 2
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AF RR1EO08TF C 646
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RD RR1G105JQ 561 0 0
GG
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QA 3 561 3 561
DS 

RD RR1F089JQ 690 0 0
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CCTCCATCTCCCTCTTCTTCCCTCCATCCTCAACCCTATCCCAAACCCCACTCACTGTAA
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TCTCCGGGAGATGATGAGTGTCCACAACAACAGCATTCACCACCTTCTGTGTTTTTTTCA
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TCTTCCTCGGTTTAGCAGGAAGCACACCGTCACTTCCCCAAATCTTCCTCGACAACTCGA
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GAGCCTTGGAAGCGTTGAAGTCGATCAAGG

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DS 

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TAAGGGGGCATAAAGAACATTACTGACTAAAAAACTTGAAACAAACCATCAATGTAACTC
ATCATGAAGAGGAGGAGGATGCGTTGTTTTTGAATATCATCTTTGCAGTGTAGTCCACGA
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CCATCTCCCTCTTCTTCCCTCCATCCTCAACCCTATCCCAAACCCCACTCACTGTAAACT
CATCCAAGCCCATAACACTCACGTTCTCCTTCTTAAAGAACAGCCCCATCTCTCTACTCT
CCGAGAGATGATGAGTGTCCACAACAACAGCATTCACCACCTTCTGTGTTTTTTTCACCT
CTACTACTTCTTTCTTGGGCGTTGTCGAAACCAACTCATCCTCTTTCGACAACTTCTTCT
TCCTCGGTTTAGCAGGAAGCACACCGTCGCTTCCCCAAATCTTCCTCGACAACTCGAAGG
CCTTCTGGTCAAGATCCTTAGCACACGTGATCTTGTCTTCAGTCTTTCCTTTCTTGAGGG
CGTTCTTGACTATATTCGCAAACTTCTTCTTACACCTCTGGAGCTTGGTAACGATCTGAG
CCTTGGAAGCGTTGAAGTCGATCAAGGTCTTGACGTAATCGCAGAAGGCGTCCATGTTCT

QA 1 720 1 720
DS 

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GAAGCATCGCGATCTCGTCCGTCTCGCTGAACAGCCTCTGAAACAACATCTTCTTGGCTT
CTTCTCCCGATATCTTCTTCTTGACATCTTCATCTTTCGTTGTTGTTGTTGGCTTCTTCT
TCTTCACTTGCTCGGTGGTTGATGATGTCTTTGCCTTCTTCTTAGGCTCGTTGTTGTTAT
CTGCTTGCTTCAGAGAACGCTTCGCTGCCGTGGAGCTCTCCGGTGGGATCGGTTTGGTCG
CGACAGTGTTGAGAGGCTTAGTCTTGGTCGCAGGCTCGGAGTCGGAGTCGGATTCTGATT
CGGTTTCGCCTTCTTCGGAGTCGGATTCAGACTTCTTGGTAGCAGAAGTAGGAGGAGGAG
GAGCAGGTTTCTGAGTGAGTTTGGACTGGACATCTCCAGCTTCTTCATCGGAAGAGTCGG
ATTATTCTCCAGATGAACCAGACTCTTCTTCTTCCTCTTCACTGGAAGAGGCAACGGGAG
GGTTCTCGATCTTGTCCGCCTGCTTTGGTGCCATCGAACAAAAGTAATAGAGAGAGAAGA
GACAAAGATCTGTGGTCTGAAATATTAACTTCTTTGTTCTCTTTCCCTGTCGCCGTTCGT
TGCTTTTAGGTTTGTTAAGACTTCC

QA 1 745 1 745
DS 



CO CL1169Contig2 823 2 8 U
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TCGATGGCACCAAAGCAGGCGGACAAGATCGAGAACCCTCCCGTTGCCTCTTCCAGTGAA
GAGGAAGAAGAAGAGTCTGGTTCATCTGGAGAAGAATCCGACTCTTCCGATGAAGAAGCT
GGAGACGTCCAGTCCAAACTCACTCAGAAACCTGCTCCTCCTCCTCCTGCTTCTGCTACC
AAGAAGTCTGAATCCGACTCCGAAGAAGGCGAAACCGAATCAGAATCCGACTCCGACTCC
GAGCCTGCGACCAAGACTAAGCCTCTCAACACTGTCGTGACCAAACCGATCCCACCAGAT
AGCTCCACAGCGAAGAAACGTTCTCTGAAGCAAGCGGATAACAACAACGAGCCTAAGAAG
AAGGCAAAGACATCATCGACCACTGAGCAAGTGAAGAAGAAGAAGCCAACAACAACAACA
ACAACAAAAGATGAAGATGTCAAGAAGAAGATATCCGGAGAAGAAGCCAAGAAGATGTTG
TTTCAGAGGCTGTTCAGCGAGACGGACGAGATCGCGATGCTTCAAGGCTTTCTAGACTTC
ACTTCCACCAAAGGAGACCCTTACGAGAACATGGACGCCTTCTGCGATTACGTCAAGACC
TTGATCGACTTCAACGCTTCCAAGGCTCAGATCGTTACCAAGCTCCAGAGGCGTAAGAAG
AAGTTTGCGAATATAGTCAAGAACGCCCTCAAGAAAGGAAGACTGAAGACAAGATCGCGT
GCGCTAAGATCTCGACCAGAAGCCTTCGAGTGTCGAGGAGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G105TF U 1
AF RR1F089TF U 51
BS 1 59 RR1G105TF
BS 60 60 RR1F089TF
BS 61 185 RR1G105TF
BS 186 186 RR1F089TF
BS 187 680 RR1G105TF
BS 681 682 RR1F089TF
BS 683 711 RR1G105TF
BS 712 823 RR1F089TF

RD RR1G105TF 715 0 0
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TCGATGGCACCAAAGCAGGCGGACAAGATCGAGAACCCTCCCGTTGCCTCTTCCAGTGAA
GAGGAAGAAGAAGAGTCTGGTTCATCTGGAGAAGAATCCGACTCTTCCGATGAAGAAGCT
GGAGATGTCCAGTCCAAACTCACTCAGAAACCTGCTCCTCCTCCTCCTGCTTCTGCTACC
AAGAAGTCTGAATCCGACTCCGAAGAAGGCGAAACCGAATCAGAATCCGACTCCGACTCC
GAGCCTGCGACCAAGACTAAGCCTCTCAACACTGTCGTGACCAAACCGATCCCACCAGAT
AGCTCCACAGCGAAGAAACGTTCTCTGAAGCAAGCGGATAACAACAACGAGCCTAAGAAG
AAGGCAAAGACATCATCGACCACTGAGCAAGTGAAGAAGAAGAAGCCAACAACAACAACA
ACAACAAAAGATGAAGATGTCAAGAAGAAGATATCCGGAGAAGAAGCCAAGAAGATGTTG
TTTCAGAGGCTGTTCAGCGAGACGGACGAGATCGCGATGCTTCAAGGCTTTCTAGACTTC
ACTTCCACCAAAGGAGACCCTTACGAGAACATGGACGCCTTCTGCGATTACGTCAAGACC
TTGATCGACTTCAACGCTTC**AGGCTCAGATCGTTACCAAGCTCCAGAGG
TGTA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1F089TF 773 0 0
GG
ACTTTTGCTCGATGGCACCAAAGCAGGCGGACAAGATCGAGAACCCTCCCGTTGCCTCTT
CCAGTGAAGAGGAAGAAGAAGAGTCTGGTTCATCTGGAGAAGAATCCGACTCTTCCGATG
AAGAAGCTGGAGACGTCCAGTCCAAACTCACTCAGAAACCTGCTCCTCCTCCTCCTGCTT
CTGCTACCAAGAAGTCTGAATCCGACTCCGAAGAAGGCGAAACCGAATCAGAATCCGACT
CCGACTCCGAGCCTGCGACCAAGACTAAGCCTCTCAACACTGTCGTGACCAAACCGATCC
CACCAGATAGCTCCACAGCGAAGAAGCGTTCTCTGAAGCAAGCGGATAACAACAACGAGC
CTAAGAAGAAGGCAAAGACATCATCGACCACTGAGCAAGTGAAGAAGAAGAAGCCAACAA
CAACAACAACAACAAAAGATGAAGATGTCAAGAAGAAGATATCCGGAGAAGAAGCCAAGA
AGATGTTGTTTCAGTGGCTGTTCAGCGAGACGGACGAGATCGCGATGCTTCAAGGCTTTC
TAGACTTCACTTCCACCAAAGGAGACCCTTACGAGAACATGGACGCCTTCTGCGATTACG
TCAAGACCTTGATCGACTTCAACGCTTCCAAGGCTCAGATCGTTACCAAGCTCCAGAGGC
GTAAGAAGAAGTTTGCGAATATAGTCAAGAACGCCCTCAAGAAAGGAAGACTGAAGACAA
GATCGCGTGCGCTAAGATCTCGACCAGAAGCCTTCGAGTGTCGAGGAGATT

QA 3 773 3 773
DS 



AS 2 6

CO CL1170Contig1 1124 2 2 U
GAGTGAGAGCCGATGCTACCGAGGCTGCTGACGGTAGCGGTAAATTCAAGACAATTGCGG
CTGCGGTTGCAGCGGCCCCGGATAATAGTAAGAATAGGTATGTGATACATATAAAAGCAG
GTGTTTATAGAGAGAGTGTGGAAGTTTCGAAGAAGAAAAAGAATATAATGTTTATGGGTG
ATGGTCGGACAAGAACTATTATTACCGCAAATAGAAATGTCGTCGACGGTAGCACCACCT
TTCACTCTGCCACCGTTGCTGCTGTCGGCGAAAGGTTTCTAGCACGTGACATCACTTTCC
AAAATACGGCAGGTCCGTCGAAGCACCAAGCGGTGGCTCTCCGTGTCGGTTCTGACTTCT
CCGCTTTTTACCAATGCGACATATTAGCTTACCAAGACACTCTCTACGTCCACTCTAACC
GTCAGTACTTCGTCAAATGCCCCATCGCTGGAACCGTCGACTTTATCTTCGGAAACGCTG
CCGTCGTTCTCCAAGATTGTGACATCCATGCTCGCCGACCAAACTCCGGCCAGAAAAACA
TGGTCACAGCCCAAGGAAGGACCGATCCTAACCAGAACACAGGGATTGTTATCCAAAAAT
GTAGGATCGGTGCCACGTCGGATTTGCAGCCCGTGAAAAGTAGTTTCCCGACGTATCTTG
GTCGGCCGTGGAAAGAGTACTCGCAGACAGTGATCATGCAGTCGGATATCTCCGACGTCA
TCCGACCAGAAAGGTGGTCCGAGTGGACCGGGACTTTTGCGTTGAACACTTTGACATATA
GAGAGTATGCAAACAAAGGAGCAGGGGCTGGAACTGCAAGGAGAGTGAAGTGGAGAGGCT
TTAAGGTAATCACCGCTGCTGCTGAAGCCCAGAGATATACTGCTGGTCAGTTTATCGGTG
GTGGGGGCTGGTTAGGTTCGACCGGTTTCCCTTTCTCGCTCGGTCTTTGAGATGTTATTG
TTGTGAAGTGTAACCTACATGTTGTTGGTCGAATAATTATTGATTTTATCAGTAAATTCA
AATGTGTTTGTTTTGTGTATTTTCATATCTTTAGTTGAGATTGATCACCATAATTAGTGT
TGTGAAGTGTACCCTTTGATATGCAATACGACTTACATTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AJ30TF U 1
AF RR1AJ30JQ C 484
BS 1 795 RR1AJ30TF
BS 796 1124 RR1AJ30JQ

RD RR1AJ30TF 795 0 0
GAGTGAGAGCCGATGCTACCGAGGCTGCTGACGGTAGCGGTAAATTCAAGACAATTGCGG
CTGCGGTTGCAGCGGCCCCGGATAATAGTAAGAATAGGTATGTGATACATATAAAAGCAG
GTGTTTATAGAGAGAGTGTGGAAGTTTCGAAGAAGAAAAAGAATATAATGTTTATGGGTG
ATGGTCGGACAAGAACTATTATTACCGCAAATAGAAATGTCGTCGACGGTAGCACCACCT
TTCACTCTGCCACCGTTGCTGCTGTCGGCGAAAGGTTTCTAGCACGTGACATCACTTTCC
AAAATACGGCAGGTCCGTCGAAGCACCAAGCGGTGGCTCTCCGTGTCGGTTCTGACTTCT
CCGCTTTTTACCAATGCGACATATTAGCTTACCAAGACACTCTCTACGTCCACTCTAACC
GTCAGTACTTCGTCAAATGCCCCATCGCTGGAACCGTCGACTTTATCTTCGGAAACGCTG
CCGTCGTTCTCCAAGATTGTGACATCCATGCTCGCCGACCAAACTCCGGCCAGAAAAACA
TGGTCACAGCCCAAGGAAGGACCGATCCTAACCAGAACACAGGGATTGTTATCCAAAAAT
GTAGGATCGGTGCCACGTCGGATTTGCAGCCCGTGAAAAGTAGTTTCCCGACGTATCTTG
GTCGGCCGTGGAAAGAGTACTCGCAGACAGTGATCATGCAGTCGGATATCTCCGACGTCA
TCCGACCAGAAAGGTGGTCCGAGTGGACCGGGACTTTTGCGTTGAACACTTTGACATATA
GAGAGTATGCAAACA

QA 1 795 1 795
DS 

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TCGTTCTCCAAGATTGTGACATCCATGCTCGCCGACCAAACTCCGGCCAGAAAAACATGG
TCACAGCCCAAGGAAGGACCGATCCTAACCAGAACACAGGGATTGTTATCCAAAAATGTA
GGATCGGTGCCACGTCGGATTTGCAGCCCGTGAAAAGTAGTTTCCCGACGTATCTTGGTC
GGCCGTGGAAAGAGTACTCGCAGACAGTGATCATGCAGTCGGATATTTCCGACGTCATCC
GACCAGAAGGGTGGTCCGAGTGGACCGGGACTTTTGCGTTGAACACTTTGACATATAGAG
AGTATGCAAACAAAGGAGCAGGGGCTGGAACTGCAAGGAGAGTGAAGTGGAGAGGCTTTA
AGGTAATCACCGCTGCTGCTGAAGCCCAGAGATATACTGCTGGTCAGTTTATCGGTGGTG
GGGGCTGGTTAGGTTCGACCGGTTTCCCTTTCTCGCTCGGTCTTTGAGATGTTATTGTTG
TGAAGTGTAACCTACATGTTGTTGGTCGAATAATTATTGATTTTATCAGTAAATTCAAAT
GTGTTTGTTTTGTGTATTTTCATATCTTTAGTTGAGATTGATCACCATAATTAGTGTTGT
GAAGTGTACCCTTTGATATGCAATACGACTTACATTCTCCC

QA 1 641 1 641
DS 



CO CL1170Contig2 856 4 5 U
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GATCAATCTCAACTAAAGATATGAAAATACACAAAACAAACACATTTGAATTTATTGATA
AAATCAATAATTATTCGACCAACAACATGTAGGTTACACTTCACAACAATAACATCTCAA
AGACCGAGCAAGAAAGGGAAACCGGTCGAACCTAACCAGCCCCCACCACCGATAAACTGA
CCAGCAGTATATCTCTGGGCTTCAGCAGCAGCAGTGATTACCTTAAAGCCTCTCCACTTC
ACTCTCCTTGCAGTTCCAGCCCCTGCTCCTTTGTTCGCATACTCTCTATATGTCAGAGTG
TTCAACGCAAAAGTTCCGGTCCACTCGGACCACCCCTCTGGTCGGATCACGTCGGAGATA
TCCGACTGCATGATCACTGTCTGAGAATACTCTTTCCACGGTCGACCAAGATATGTCGGG
AAACTACTTTTCACGGGCTGCAAATCCGATGTGGCACCGATCCTACATTTTTGGATAACG
ATCCCTGTGTTCTGGTTAGGATCGGTTCTTCCTTGAGCTGTGACCATATTTTTTTGGCCG
GAGTTTGGCCGGCGAGCGTGGATGTCGCAGTCTTGGAGAACGACAGCGGCGTTTCCAAAG
ATGAAGTCGACGGTTCCGGCAATGAGACAATTGACGAAGTACTGACGGTTAGAGTGGACG
TAAAGAGTGTCTTGGTAAGCTAATATGTCGCATTGATAAAAAGCGGAGAAGTCAGAACCG
ACACGGAGAGCCACCGCTTGGTGCTTCGATGGACCCGCTGTGTTTTGGAAAGTGATGTCA
CGCGCTATAAATCTCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG31JQ U 1
AF RR1DG31TF C 1
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AF RR1D838TF C 157
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BS 827 839 RR1D838JQ
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RD RR1DG31JQ 507 0 0
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QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1DG31TF 507 0 0
C
GGGAGAATGTAAGTCGTATTGCATATCAAAGGAGTACACTTCACAACAATATATATGGTG
ATCAATCTCAACTAAAGATATGAAAATACACAAAACAAACACATTTGAATTTATTGATAA
AATCAATAATTATTCGACCAACAACATGTAGGTTACACTTCACAACAATAACATCTCAAA
GACCGAGCAAGAAAGGGAAACCGGTCGAACCTAACCAGCCCCCACCACCGATAAACTGAC
CAGCAGTATATCTCTGGGCTTCAGCAGCAGCAGTGATTACCTTAAAGCCTCTCCACTTCA
CTCTCCTTGCAGTTCCAGCCCCTGCTCCTTTGTTCGCATACTCTCTATATGTCAGAGTGT
TCAACGCAAAAGTTCCGGTCCACTCGGACCACCCCTCTGGTCGGATCACGTCGGAGATAT
CCGACTGCATGATCACTGTCTGAGAATACTCTTTCCACGGTCGACCAAGATATGTCGGGA
AACTACTTTTCACGGGCTGCAAATCC

QA 2 507 2 507
DS 

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GTAGGTTACACTTCACAACAATAACATCTCAAAGACCGAGCAAGAAAGGGAAACCGGTCG
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CAGCAGTGATTACCTTAAAGCCTCTCCACTTCACTCTCCTTGCAGTTCCAGCCCCTGCTC
CTTTGTTCGCATACTCTCTATATGTCAGAGTGTTCAACGCAAAAGTTCCGGTCCACTCGG
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ACTC****CACGGTCGACCAAGATATGTCGGGAAACTACTTTTCACGGGCTGCAAATCCG
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CGCATTGATAAAAAGCGGAGAAGTCAGAACCGACACGGAGAGCCACCGCTTGGTGCTTCG
ATGGACCCGCTGTGTTT*GGAAAGTGATGTC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1D838TF 700 0 0
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ATTAC*TTAAAGCCTCTCCACTTCACTCTCCTTGCAGTTCCAGCCCCTGCTCCTTTGTTC
GCATACTCTCTATATGTCAGAGTGTTCAACGCAAAAGTTCCGGTCCACTCGGACCACCCT
TCTGGTCGGATCACGTCGGAGATATCCGACTGCATGATCACTGTCTGAGAATACTC****
CACGGTCGACCAAGATATGTCGGGAAACTACTTTTCACGGGCTGCAAATCCGATGTGGCA
CCGATCCTACATTTTTGGATAACGATCCCTGTGTTCTGGTTAGGATCGGTTCTTCCTTGA
GCTGTGACCATATTTTTTTGGCCGGAGTTTGGCCGGCGAGCGTGGATGTCGCAGTCTTGG
AGAACGACAGCGGCGTTTCCAAAGATGAAGTCGACGGTTCCGGCAATGAGACAATTGACG
AAGTACTGACGGTTAGAGTGGACGTAAAGAGTGTCTTGGTAAGCTAATATGTCGCATTGA
TAAAAAGCGGAGAAGTCAGAACCGACACGGAGAGCCACCGCTTGGTGCTTCGATGGACCC
GCTGTGTTTTGGAAAGTGATGTCACGCGCTATAAATCTCC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 6

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GATTTCTTTATTTTCGACCCTGATAAGTGGTTTTACGCTTTAGACATCAAAGCTGCGGTA
ATATTTTTTCTTAAAACCGTGTAAACCGATTTCCACCCTTCTTGGGTAGGGTGAATTGGA
TCCCAGAAGAAAGCAGACCTAGGATCATCACATAAGGTAGAATTCTTGAACTCATTCAAG
TCGATTTTAAAACATTCTACGAACGGGGTTTCAAACACCAGAATATCTGGGATTTCTCCT
TTGTTATTGATGACAGTCAAGAAGGCATTATAGTAATCTATGATGGTAAAAGCCGAATGA
TTGGTCTCATTGTTGAGTTTGGCCACTACTTTTTGCAACAAGCTGTTATGTTTTGCTACC
AGAATGTTGTTGACAGTGTCTCTGATAAGTTTGGAGCCGTTTGCAAATAAGGGGATGTAC
CCGAGCGGTGTCAATGATGGTATTGCTATCTTCTTTACTCCCAAGGTGTGGATTCGCCTC
AAATTCACCTCGATTTGATTCACAACTTTCTCGATGAGTGGTCCGATCCCAAAAATTATT
TCGGGAATGCTGTGATTCCCGGCAAGGAAATAAAGGTAGTCGTTGCCAGCAACACTAACG
AGAGCGACGGAGGAAGAAAGGTCGGATGGAGAGTAGACATTGCCGAGGAGTTGCTCGAAG
AGATCGATTTGAACTGTCATGTTAAGATAAGTAGCCTTAGTGTCGAACACTCCTGTTCCT
CCGTACGCAAAGCTCATTCCGTATTGTAACCGTGTCTTATCAACGTCATCTTTCTTGGAG
TAGGTCACTGGTAACTTAATCCTTAGCAATTGGGCTAGAAAATCTGTGGAGATATGGCCG
TCGGAGAATCTGCCAGAGGGTTTACCCGGATAAGTGATACCGTAAGGGAAATCCCATGCC
CCCTTATCAGTAGTCTTTGTGTTTCCAGTATCGACATAAGAATCTCCAAACACAAACAAT
TTATTTCGACCGGAAAACCGATGATTCTGATTTGAACTCTCAACTACATCGACATCTCCA
AAGAGGAGAGAAGAGAAAACGAACAGTAACAGCGTGGCAAAGAGTTTCACATAGGAATTC
ATCTTAATGTTTAGAGAGACAATGTGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ74JQ U 1
AF RR1H617JQ U 6
AF RR1GJ74TF C 108
AF RR1B313JQ U 8
AF RR1H617TF C 456
AF RR1B313TF C 663
BS 1 49 RR1GJ74JQ
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CAAGAGATGACACACAATACAGAATATTTGAAAGAAGAAATCTTAAAACGCCAAATACAT
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CCGAGCGGTGTCAACGATGGTATTGCTATCTTCTTTACACCCAAGGTGTGGATTCGCCTC
AAAT

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DS 

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GA
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TGACACACAATACAGAATATTTGAAAGAAGAAATCTTAAAACGCCAAATACATGATTTCT
TTATTTTCGACCCTGATAAGTGGTTTTACGCTTTAGACATCAAAGCTGCGGTAATATTTT
TTCTTAAAACCGTGTAAACCGATTTCCACCCTTCTTGGGTAGGGTGAATTGGATCCCAGA
AGAAAGCAGACCTAGGATCATCACATAAGGTAGAATTCTTGAACTCATTCAAGTCGATTT
TAAAACATTCTACGAACGGGGTTTCAAACACCAGAATATCTGGGATTTCTCCTTTGTTAT
TGATGACAGTCAAGAAGGCATTATAGTAATCTATGATGGTAAAAGCCGAATGATTGGTCT
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DS 

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TGGGATTTCTCCTTTGTTATTGATGACAGTCAAGAAGGCATTATAGTAATCTATGATGGT
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ATGTTTTGCTACCAGAATGTTGTTGACAGTGTCTCTGATAAGTTTGGAGCCGTTTGCAAA
TAAGGGGATGTACCCGAGCGGTGTCAACGATGGTATTGCTATCTTCTTTACACCCAAGGT
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CCCAAAAATTATTTCGGGAATGCTGTGATTCCCGGCAAGGAAATAAAGGTAGTCGTTGCC
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GAGTTGCTC
CC

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TTATTTTCGACCCTGATAAGTGGTTTTACGCTTTAGACATCAAAGCTGCGGTAATATTTG
TTCTTAAAACCGTGTAAACCGATTTCCACCCTTCTTGGGTAGGGTGAATTGGATCCCAGA
AGAAAGCAGACCTAGGATCATCACATAAGGTAGAATTCTTGAACTCATTCAAGTCGATTT
TAAAACATTCTACGAACGGGGTTTCAAACACCAGAATATCTGGGATTTCTCCTTTGTTAT
TGATGACAGTCAAGAAGGCATTATAGTAATCTATGATGGTAAAAGCCGAATGATTGGTCT
CATTGTTGAGTTTGGCAACTACTTTTTGCAACAAGCTGTTATGTTTTGCTACCAGAATGT
TGTTGACAGTGTCTCTGATAAGTTTGGAGCCGTTTGCAAATAAGGGGATGTACCCGAGCG
GTGTCAATGATGGTATTGCTATCTTCTTTACTCCCAAGGTGTGGATTCGCCTCAAATTCA
CCTCGATTTGATTCACAACTTTCTCGATGAGTGGTCCGATCCCAAAAATTATTTCGGGAA
TGCTGTGATTCCCGGCAAGGAAATAAAGGTAGTCGTTGCCAGCAACACTAACGAGAGCGA
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CAAAGCTCATTCCGTATTGTAACCGTGTCTTATCAACGTCATCTT

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DS 

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GAGTGGTCCGATCCCAAAAATTATTTCGGGAATGCTGTGATTCCCGGCAAGGAAATAAAG
GTAGTCGTTGCCAGCAACACTAACGAGAGCGACGGAGGAAGAAAGGTCGGATGGAGAGTA
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ATAAGAATCTCCAAACACAAAC
C

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DS 

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GGAGAATCTGCCAGAGGGTTTACCCGGATAAGTGATACCGTAAGGGAAATCCCGTGCCCC
CTTATCAGTAGTCTTTGTGTTTCCAGTATCGACATAAGAATCTCCAAACACAAACAATTT
ATTTCGACCGGAAAACCGATGATTCTGATTTGAACTCTCAACTACATCGACATCTCCAAA
GAGGAGAGAAGAGAAAACGAACAGTAACAGCGTGGCAAAGAGTTTCACATAGGAATTCAT
CTTAATGTTTAGAGAGACAATGTGGATCC

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DS 



AS 1 4

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GATTGCTCCTTAATCATATAGTTAATGGAATCTCTTCGATTTCTCATTCTGAACTCTATG
GAACGTTTCGGTTTGATTCCTGTTAGATCCTATATAAATCTCTTCTTAGGTTTTAGTTTT
TCTCCAAACAATTGTTCAATCCTCTCGACTGCTCATTACGATGACGTTATCCGACTCACA
GAAAACGATCGGCGAATCCGTGGTCTCCTCCGGTCCGGTCAAACCCGTCGATCAGACAAG
GCTTCTGGGCCAATAATAATTCTTAGTGGTCCCACTTGAACCCCATCTCAAAAAACCTAT
AAACTCCGATGAGAGCGATTATCGGTCGACTTCTCTTCGTCGTCGTTTGGTATCACAGCA
ATTCACCGTTATCAGATACCCTTTTTGATTTAGCTTGATGGGTTGTGATTAAATTCTCAA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV91TF U 31
AF RR1C283TF U 1
AF RR1E730TF U 177
AF RR1DC46TF U 239
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BS 882 882 RR1DC46TF
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RD RR1GV91TF 276 0 0
GG
ACGATCAATCAATTCTCTCCCCACTCCTGATTGCTCCTTAATCGTATAGTTAATGGAATC
TCTTCGATTTCTCATTCTGAACTCTATGGAACGTTTCGGTTTGATTCCTGTTAGATCCTA
TATAAATCTCTTCTTAGGTTTTAGTTTTTCTCCAAACAATTGTTCAATCCTCTCGACTGC
TCATTACGATGACGTTATCCGACTCACAGAAAACGATCGGCGAATCCGTGGTCTCCTCCG
GTCCGGTCAAACCCGTCGATCAGACGAGGCTTCT

QA 3 276 3 276
DS 

RD RR1C283TF 550 0 0
GGCTCTTCTTCTCTTCGTTCATGTTCCTTCTTACGATCAATCAATTCTCTCCCCACTCCT
GATTGCTCCTTAATCATATAGTTAATGGAATCTCTTCGATTTCTCATTCTGAACTCTATG
GAACGTTTCGGTTTGATTCCTGTTAGATCCTATATAAATCTCTTCTTAGGTTTTAGTTTT
TCTCCAAACAATTGTTCAATCCTCTCGACTGCTCATTACGATGACGTTATCCGACTCACA
GAAAACGATCGGCGAATCCGTGGTCTCCTCCGGTCCGGTCGAACCCGTCGATCAGACAAG
GCTTCTGGGCCAATAATAATTCTTAGTGGTCCCACTTGAACCCCATCTCAAAAAACCTAT
AAACTCCGATGAGAGCGATTATCGGTCGACTTCTCTTCGTCGTCGTTTGGTATCACAGCA
ATTCACCGTTATCAGATACCCTTTTTGATTTAGCTTGATGGGTTGTGATTAAATTCTCAA
GCTTTTGGCTTCCATGAGCTTCGTGTACTGTTTTTTTTTTTCTGCTTTGTTGTTTTGTTG
TTGCTGGTAC

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1E730TF 741 0 0
TTTTTCTCCAAACAATTGTTCAATCCTCTCGACTGCTCATTACGATGACGTTATCCGACT
CACAGAAAACGATCGGCGAATCCGTGGTCTCCTCCGGTCCGGTCAAACCCGTCGATCAGA
CAAGGCTTCTGGGCCAATAATAATTCTTAGTGGTCCCACTTGAACCCCATCTCAAAAAAC
CTATAAACTCCGATGAGAGCGATTATCGGTCGACTTCTCTTCGTCGTCGTTTGGTATCAC
AGCAATTCACCGTTATCAGATACCCTTTTTGATTTAGCTTGATGGGTTGTGATTAAATTC
TCAAGCTTTTGGCTTCCATGAGCTTCGTGTACTGTTTTTTTTTT*CTGCTTTGTTGTTTT
GTTGTTGCTGGTACAGTTTGTTCATTGGAACTTGGATTAAGGACAGTCTCATGAGACATT
ACCTCTTCAGCGCATGAGCTCTCTGATAACAATGAAAGTCACAAGAAGCAAGAACGTCCA
GATTCCCAAACCCCACCACCGGCTCCTTCAGGACCGTGTTCTGAATCTACAAGCTCCGCC
TACTCTGAGCCGATGATTCGATGTGGCATCAATAGACTGAGAACTCAAGTGGTGCTATTG
GAGCTAGGCTTTCTGCTGATGTTGCCACGGATTGTGGTTTAAG*ACGAGAATGAACGAGG
AAACAAGCCAAGAAGCGGACATGAGTATAGGAACCGTTCCTTCAT*CTCAGAGAAAGTGA
TGAAA*CATATATGA
GAAATC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1DC46TF 776 0 0
G
AGAAAACGATCGGCGAATCCGTGGTCTCCTC*GGTCCGGTCAAACCCGTCGATCAGACAA
GGCTTCTGGGCCAATAATAATTCTTAGTGGTCCCACTTGAACCCCATCTCAAAAAATCTA
TAAACTCCGATGAGAGCGATTATCGGTCGACTTCTCTTCGTCGTCGTTTGGTATCACAGC
AATTCACCGTTATCAGATACCCTTTTTGATTTAGCTTGATGGGTTGTGATTAAATTCTCA
AGCTTTTGGCTTCCATGAGCTTCGTGTACTGTTTTTTTTTT*CTGCTTTGTTGTTTTGTT
GTTGCTGGTACAGTTTGTTCATTGGAACTTGGATTAAGGACAGTCTCATGAGACATTACC
TCTTCAGCGCATGAGCTCTCTGATAACAATGAAAGTCACAAGAAGCAAGAACGTCCAGAT
TCCCAAACCCCACCACCGGCTCCTTCAGGACCGTGTTCTGAATCTACAAGCTCCGTCTAC
TCTGAGCCGATGATTCGATGTGGCATCAATAGACTGAGAACCCAAGTGGTGCTATTGGAG
CTAGGCTTTCTGCTGATGTTGCCACGGATTGTGGTTTAAGGACGAGAATGAACGAGGAAA
CAAGCCTAGAAGCGGACATGAGTATAAGAACCGTTCCTTCATTCTCAGAGAAAGTGATGA
AAACATATATGAAGAAATCTGCAATGTTCTACAAAGCAAGAATACTTCAAAACATAGTTA
GTGCTTTGGTTTGAGAGAGCAGAATCGGGAAAGCAACAGTAACTGAGCTGCTGTT

QA 2 776 2 776
DS 



AS 1 6

CO CL1173Contig1 972 6 4 U
GCATTCCACCGGTCTCATGGACTCCGCAGCACACAACCACTTCAAACGCCCCTGTTTGTT
TGAAGACCTTGAAGATGAAGATGCTGAGACCACTTTACATGCCAATAAAGAGCATGCTAG
TTCAGCCATCCAGAGCTTCTTCACTGGACCTGTTAAAGCCGAAGAGGCAACTCCAACGCC
AACTCTAAAAGTTACTAAAAAGAGAGGGAGGAAGAAGAAGAACTCTGATCCTGTCAATCC
AGAGGAAGTAAACTCATCTGCTCCAAGAGATGATGACTCTGAGAGCCGTTCAAAGTTCTA
CGAGAGTGCTTCTGCGAGAAAGAGAACAGTGACTGCAGAAGAGAGAGAGAGGGCCATCAA
TGCATCCAAAACGTATGAGCCAACAAACCCTTTCTTCAGAGTTGTTCTGCGACCATCTTA
TCTATACAGAGGTTGTATCATGTATTTGCCTTCTGGTTTTGCTGAGAAGTACTTAAGTGG
GATCTCGGGGTTCATCAAGGTCCAGCTCGGGGAGAAACAATGGCCTGTGAGATGCCTTTA
CAAAGCAGGGAGAGCTAAGTTCAGTCAAGGTTGGTATGAGTTTACTGTGGAGAATAACTT
AGGAGAAGGTGATGTCTGCGTGTTTGAGCTTCTAAGAACCAGAGATTTCGTTCTCAAAGT
GACGGCCTTTCGAGTCAATTGACTATGTCTGAGACATGAGATCACTCACTGTAAGGTACT
ATGGCGTAGGGTGTCTTGATTTAAAACTGATAAACTTGTTTTCTATCTATGTGTGCATTG
CGTTAGTTTCTCATTTCTTGCTGGTGTGGATAAGTTAAAACCTCTTCGGAGTGAAACTAA
AATTGTTTGTGTAAGTTAGGGTTAAGATGTTTTTTGGAAATTTGTAAATCCCTAATCTCC
ACAAGTTTGGTGCTGAAACGTGTGTCCCAAGAAAGATGTTATGATGAAGATGGGTTTGTT
GTTTTTGTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GI57TF U 1
AF RR1H749TF U 403
AF RR1H749JQ C 261
AF RR1G032JQ C 569
AF RR1G032TF U 569
AF RR1GI57JQ C 621
BS 1 538 RR1GI57TF
BS 539 568 RR1H749JQ
BS 569 963 RR1G032TF
BS 964 972 RR1H749JQ

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TTCAGCCATCCAGAGCTTCTTCACTGGACCTGTTAAAGCCGAAGAGGCAACTCCAACGCC
AACTCTAAAAGTTACTAAAAAGAGAGGGAGGAAGAAGAAGAACTCTGATCCTGTCAATCC
AGAGGAAGTAAACTCATCTGCTCCAAGAGATGATGACTCTGAGAGCCGTTCAAAGTTCTA
CGAGAGTGCTTCTGCGAGAAAGAGAACAGTGACTGCAGAAGAGAGAGAGAGGGCCATCAA
TGCATCCAAAACGTATGAGCCAACAAACCCTTTCTTCAGAGTTGTTCTGCGACCATCTTA
TCTATACAGAGGTTGTATCATGTATTTGCCTTCTGGTTTTGCTGAGAAGTACTTAAGTGG
GATCTCGGGGTTCATCAAGGTCCAGCTCGGGGAGAAACAATGGCCTGTGAGATGCCTT
TACAAA

QA 1 538 1 538
DS 

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TGAGAAGTACTTAAGTGGGATCTCGGGGTTCATCAAGGTCCAGCTCGGGGAGAAACAATG
GCCTGTGAGATGCCTT

QA 1 136 1 136
DS 

RD RR1H749JQ 712 0 0
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AGAGAACAGTGACTGCAGAAGAGAGAGAGAGGGCCATCAATGCATCCAAAACGTATGAGC
CAACAAACCCTTTCTTCAGAGTTGTTCTGCGACCATCTTATCTATACAGAGGTTGTATCA
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TCCAGCTCGGGGAGAAACAATGGCCTGTGAGATGCCTTTACAAAGCAGGGAGAGCTAAGT
TCAGTCAAGGTTGGTATGAGTCTACTGTGGAGAATAACTTAGGAGAAGGTGATGTTTGCG
TTTTTGAGCTTTTAAGAACCAGAGATTTCGTTCTCAAAGTGACGGCCTTTCGAGTCAATT
GACTATGTTTGAGACATGAGATCACTCACTGTAAGGTACTATGGTGTAGGGTGTCTTGAT
TTAAAACTGATAAACTTGTTTTCTATCTATGTGTGCATTGCGTTAGTTTCTCATTTCTTG
CTGGTGTGGATAAGTTAAAACCTCTTCGGAGTGAAACTAAAATTGTTTGTGTAAGTTAGG
GTTAAGATGTTTTTTGGAAATTTGTAAATCCCTAATCTCCACAAGTTTGGTGTTGAAACG
TGTGTCCCAAGAAAGATGTTATGATGAAGATGGGTTTGTTGTTTTTGTTGCT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1G032JQ 395 0 0
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CTTCTAAGAACCAGAGATTTCGTTCTCAAAGTGACGGCCTTTCGAGTCAATTGACTATGT
CTGAGACATGAGATCACTCACTGTAAGGTACTATGGCGTAGGGTGTCTTGATTTAAAACT
GATAAACTTGTTTTCTATCTATGTGTGCATTGCGTTAGTTTCTCATTTCTTGCTGGTGTG
GATAAGTTAAAACCTCTTCGGAGTGAAACTAAAATTGTTTGTGTAAGTTAGGGTTAAGAT
GTTTTTTGGAAATTTGTAAATCCCTAATCTCCACAAGTTTGGTGCTGAAACGTGTGTCCC
AAGAAAGATGTTATGATGAAGATGGGTTTGTTGTT

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR1G032TF 395 0 0
GGTTGGTATGAGTTTACTGTGGAGAATAACTTAGGAGAAGGTGATGTCTGCGTGTTTGAG
CTTCTAAGAACCAGAGATTTCGTTCTCAAAGTGACGGCCTTTCGAGTCAATTGACTATGT
CTGAGACATGAGATCACTCACTGTAAGGTACTATGGCGTAGGGTGTCTTGATTTAAAACT
GATAAACTTGTTTTCTATCTATGTGTGCATTGCGTTAGTTTCTCATTTCTTGCTGGTGTG
GATAAGTTAAAACCTCTTCGGAGTGAAACTAAAATTGTTTGTGTAAGTTAGGGTTAAGAT
GTTTTTTGGAAATTTGTAAATCCCTAATCTCCACAAGTTTGGTGCTGAAACGTGTGTCCC
AAGAAAGATGTTATGATGAAGATGGGTTTGTTGTT

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR1GI57JQ 352 0 0
TT
TTTGAGCTTCTAAGAACCAGAGATTTCGTTCTCAAAGTGACGGCCTTTCGAGTCAATTGA
CTATGTTTGAGACATGAGATCACTCACTGTAAGGTACTATGGTGTAGGGTGTCTTGATTT
AAAACTGATAAACTTGTTTTCTATCTATGTGTGCATTGCGTTAGTTTCTCATTTCTTGCT
GGTGTGGATAAGTTAAAACCTCTTCGGAGTGAAACTAAAATTGTTTGTGTAAGTTAGGGT
TAAGATGTTTTTTGGAAATTTGTAAATCCCTAATCTCCACAAGTTTGGTGTTGAAACGTG
TGTCCCAAGAAAGATGTTATGATGAAGATGGGTTTGTTGTTTTTGTTGCT

QA 3 352 3 352
DS 



AS 1 6

CO CL1174Contig1 1144 6 28 U
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AGGAAGAGATCACAGCTTCGGTTGCTGAACTCAACGAGGCAAAAGTGAGTTTAGCTAGGA
CCGAAGAGAGGTCAAGACTCAAGCCTGGATTGCCTAAAGCTGATGATGGGAAGATTGATT
ACTCGCACGATTTCTTCAGTCGTCAAGCGTTCTTGACGGTGTCTGGTCAGCTACAAGTGG
AAACTTACGCTTGTGGTCTGAGCGATGTGTATACGTTTGGTCCTACGTTCCGGGCAGAGA
ACTCTCACACCTCGAGGCATCTTGCTGAGTTCTGGATGGTTGAGCCTGAGCTAGCTTTTG
CTGATCTAGAGGACGATATGAACTGCGCAGAGGCGTATGTGAGATACATGTGCAAGTGGC
TGCTTGAGAAACGTTACGATGACATGGAGCTCATGGCGAAGAACTTCGACAAAGGCTGCA
TTGATAGGCTGAAACTGGTTGCGTCGAGTCCGTTTGGTCGGTTAACGTACACCAAAGCGA
TAGAAGTGCTTGAGGAAGCTGTGGCGAAAGGAAAGAAATTTGAGAACGCAGTGGAGTGGG
GGATCGACTTAGCATCTGAGCACGAGAGGTACTTGACAGAGGTTGTGTTTCAAAAGCCTT
TGATTGTGTACAACTACCCAAAAGGAATCAAAGCATTCTACATGAGACTTAACGATGATG
GAAAGACAGT*GGCTGCTATGGATGTCCTCGTTCCAAAG*GTTGGAGAACTCATAGGTGG
AAGCCAAAGGGAAGAACGAATT*GACGTCATCATGGAAAGGATTGAGGAGATGGGACTAC
CAGTGGAGCCATACGAGTGG*TACTTGGACTTGAGACGTTACGGGACAGCGAAGCATTCA
GGGTTCGGACTTGGATTCGAACGTATGGTTCTGTTTGCGACAGGAATGG*ACAACATCAG
AGACGTTATTCCCTTCCCTCGCTATCCTGGCAGAGCTGACCTCTAAAGAATTACTTTGCA
CAAAACACATTTTTAATGTTTTTATGTTGCTTTTGAGAACTGGTTTCTGTTAATACGTTG
CTAAATGAATGATTTGGATATTTTACTTTTATATATGGAACTAGTTTTGTTCGGTTATCT
GGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C734TF U 1
AF RR1G677TF U 296
AF RR1B630TF U 643
AF RR1B630JQ C 350
AF RR1G677JQ C 377
AF RR1C734JQ C 291
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BS 997 997 RR1B630JQ
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RD RR1C734TF 780 0 0
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AGGAAGAGATCACAGCTTCGGTTGCTGAACTCAACGAGGCAAAAGTGAGTTTAGCTAGGA
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ACTCGCACGATTTCTTCAGTCGTCAAGCGTTCTTGACGGTGTCTGGTCAGCTACAAGTGG
AAACTTACGCTTGTGGTCTGAGCGATGTGTATACGTTTGGTCCTACGTTCCGGGCAGAGA
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CTGATCTAGAGGACGATATGAACTGCGCAGAGGCGTATGTGAGACACATGTGCAAGTGGC
TGCTTGAGAAACGTTACGATGACATGGAGCTCATGGCGAAGAACTTCGACAAAGGCTGCA
TTGATAGGCTGAAACTGGTTGCGTCGACTCCGTTTGGTCGTTTAACGTACACCAAAGCAA
TAGAAGTGCTTGAGGAAGCTGTGGCGAAAGGAAAGAAATTTGAGAACCCAGTGGAGTGGG
GGATCGACTTAGCATCTGAGCACGAGAGATACTTGACAGAGGTTGTGTTTCAAAAGCCGC
TGATTGTGTACAACTACCCAAAAG*AATCAAAGCATTCTACATGAGACTTAACGATGATG
GAA*GACAGT*GGCTGCTATGGATGTCCTCGTTCCAAAG**TTGGAGAACTCATAG
TGGA

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DS 

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G
GAGAACTCTCACACCTCGAGGCATCTTGCTGAGTTCTGGATGGTTGAACCTGAGTTAGCT
TTCGCTGATCTAGAGGACGATATGAACTGCGCAGAGGCGTATGTGAGATACATGTGCAAG
TGGCTGCTTGAGAAACGTTACGATGACATGGAGCTCATGGCGAAGAACTTCGACAAAGGC
TGCATTGATAGGCTGAAACTGGTTGCGTCGAGTCCGTTTGGTCGGTTAACGTACACCAAA
GCGATAGAAGTGCTTGAGGAAGCTGTGGCGAAAGGAAAGAAATTTGAGAACGCAGTGGAG
TGGGGGATCGACTTAGCATCTGAGCACGAGAGGTACTTGACAGAGGTTGTGTTTCAAAAG
CCTTTGATTGTGTACAACTACCCAAAAGGAATCAAAGCATTCTACATGAGACTTAACGAT
GATGGAAAGACAGT*GGCTGCTATGGATGTCCTCGTTCCAAAG*GTTGGAGAACTCATAG
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CTACCAGTGGAGCCATACGAGTGG*TACTTGGACTTGAGACGT

QA 2 584 2 584
DS 

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TGAGACTTAACGATGATGGAAAGACATTTGGCTGCTATGGATGTCCTCGTTCCAAAGAGT
TGGAGAACTCATAGGTGGAAGCCAAAGGGAAGAACGAATTTGACGTCATCATGGAAAGGA
TTGAGGAGATGGGACTACCAGTGGAGCCATACGAGTGGGTACTTGGACTTGAGACGTTAC
GGGACAGCGAAGCATTCAGGGTTCGGACTTGGATTCGAACGTATGGTTCTGTTTGCGACA
GGAATGGGACAACATCAGAGACGTTATTC
TC

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DS 

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GTTAGCT
TTTGCTGATCTAGAGGACGATATGAACTGCGCAGAGGCGTATGTGAGATACATGTGCAAG
TGGCTGCTTGAGAAACGTTACGATGACATGGAGCTCATGGCGAAGAACTTCGACAAAGGC
TGCATTGATAGGCTGAAACTGGTTGCGTCGAGTCCGTTTGGTCGGTTAACGTACACCAAA
GCGATAGAAGTGCTTGAGGAAGCTGTGGCGAAAGGAAAGAAATTTGAGAACGCAGTGGAG
TGGGGGATCGACTTAGCATCTGAGCACGAGAGGTACTTGACAGAGGTTGTGTTTCAAAAG
CCTTTGATTGTGTACAACTACCCAAAAGGAATCAAAGCATTCTACATGAGACTTAACGAT
GATGGAAAGACATT*GGCTGCTATGGATGTCCTCGTTCCAAAG*GTTGGAGAACTCATAG
GTGGAAGCCAAAGGGAAGAACGAATT*GACGTCATCATGGAAAGGATTGAGGAGATGGGA
CTACCAGTGGAGCCATACGAGTGG*TACTTGGACTTGAGACGTTACGGGACAGCGAAGCA
TTCAGGGTTCGGACTTGGATTCGAACGTATGGTTCTGTTTGCGACAGGAATGG*ACAACA
TCAGAGACGTTATTCTCTTCCCTCGCTATCCTGGCAGAGCTGACCTCTAAAGAATTACTT
TGCACAAAACACATTTTTAATGTTTTTATGTTGCTTTTGAGAACTGGTTTCTGTTAATAC
GTTGCTAAATGAATGATTTGGATATTTTACTTTTAT

QA 8 763 8 763
DS 

RD RR1G677JQ 716 0 0
TATGAACTGCGCAGAGGCGTATGTGAGATACATGTGCAAGTGGCTGCTTGAGAAACGTTA
CGATGACATGGAGCTCATGGCGAAGAACTTCGACAAAGGCTGCATTGATAGGCTGAAACT
GGTTGCGTCGAGTCCGTTTGGTCGGTTAACGTACACCAAAGCGATAGAAGTGCTTGAGGA
AGCTGTGGCGAAAGGAAAGAAATTTGAGAACGCAGTGGAGTGGGGGATCGACTTAGCATC
TGAGCACGAGAGGTACTTGACAGAGGTTGTGTTTCAAAAGCCTTTGATTGTGTACAACTA
CCCAAAAGGAATCAAAGCATTCTACATGAGACTTAACGATGATGGAAAGACAGT*GGCTG
CTATGGATGTCCTCGTTCCAAAG*GTTGGAGAACTCATAGGTGGAAGCCAAAGGGAAGAA
CGAATT*GACGTCATCATGGAAAGGATTGAGGAGATGGGACTACCAGTGGAGCCATACGA
GTGG*TACTTGGACTTGAGACGTTACGGGACAGCGAAGCATTCAGGGTTCGGACTTGGAT
TCGAACGTATGGTTCTGTTTGCGACAGGAATGG*ACAACATCAGAGACGTTATTCCCTTC
CCTCGCTATCCTGGCAGAGCTGACCTCTAAAGAATTACTTTGCACAAAACACATTTTTAA
TGTTTTTATGTTGCTTTTGAGAACTGGTTTCTGTTAATACGTTGCTAAATGAATGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1C734JQ 854 0 0
CGGGCAGAGA*CTCTCACACCTCGAGGCATCT*GCTGAGT*CTGGATG**TGAGC*TGAG
CTAGCTTT*GCTGATCTAGAGGACGATATGAACTGCGCAGAGGCGTATGTGAGACACATG
TGCAAGTGGCTGCTTGAGAAACGTTACGATGACATGGAGCTCATGGCGAAGAACTTCGAC
AAAGGCTGCATTGATAGGCTGAAACTGGTTGCGTCGACTCCGTTTGGTCGTTTAACGTAC
ACCAAAGCAATAGAAGTGCTTGAGGAAGCTGTGGCGAAAGGAAAGAAATTTGAGAACCCA
GTGGAGTGGGGGATCGACTTAGCATCTGAGCACGAGAGATACTTGACAGAGGTTGTGTTT
CAAAAGCCGCTGATTGTGTACAACTACCCAAAAGGAATCAAAGCATTCTACATGAGACTT
AACGATGATGGAAAGACAGT*GGCTGCTATGGATGTCCTCGTTCCAAAG*GTTGGAGAAC
TCATAGGTGGAAGCCAAAGGGAAGAACGAATT*GACGTCATCATGGAAAGGATTGAGGAG
ATGGGACTACCAGTGGAGCCATACGAGTGG*TACTTGGACTTGAGACGTTACGGAACAGC
GAAGCATTCAGGGTTCGGACTTGGATTCGAGCGTATGGTTCTGTTTGCGACAGGAATGG*
ACAACATCAGAGACGTTATTCCCTTCCCTCGCTATCCTGGCAGAGCCGACCTCTAAAGAA
TTACTTTGCACAAAACACATTTTTAATGTTTTTATGTTGCTTTTGAGAACTGGTTTCTGT
TAATACGTTGCTAAATGAATGATTTGGATATTTTACTTTTATATATGGAACTAGTTTTGT
TCGGTTATCTGGAG

QA 1 854 1 854
DS 



AS 1 6

CO CL1175Contig1 876 6 7 U
GGGGCACAAATGATAAACCGCTAGCTAATGCTGCAGCTATATCCGCCGTGCCTCTCATGA
TCCTCACCGGTTTAGCACTTGCCGGTACGGCCGTGGTGTTAATGGTTATGACGCCGGTTT
TTTTAGTTCTTAGTCCGATTCTCGTAACGGCGGTTATCACTTCGAGTTTCTTGGTCACGG
GGTTCTTAGCTTCTGGTAGGCTTGGAGCATCGGCGATCGCCCTCTTCGTCTGGCTCTACA
AGGAGTTAATTAAGAAAGAAGAGTACTCTAGATCCATTATGCATGCGCGAGTTCGACCTA
ACGAGGATAAAATTGCGAAGCTGTCCAGAGGAGATAAACCTCCAGAGGAAGAAAGGCCGC
CTGAAATAAATAAGACGGCGGAGGAAATTAGCTCGACGGGAAGAGACAAGGCGGAGGAAT
ACAATCAGTCAGAAATAGAAAAATTGTCGGAGATAGATCATAATCCGGCGGAGGAAAAAT
CGCTACGAGGAGTCAAGCATGCGGAGGAAGGGCCACTTATAATCCCCGAGATATCAAAGG
TTTTACTGGTGGAGCAAAATTCAATTGGCTCCAAGCCTAGCGGTCCAGGTACTTTGCAAA
GATCTCATCAACTTCGATTTGCCATGGATCCTGGAAAGGTACAATCTATTTTCATGAAAG
AGTACCAAAAAGTCCCTCGTGTCGGAGCTTTTGCATATAAATATTCTACATCGCGCGACA
AGAAATACACAAACCATTTTCATATATGACATTGACATCTATCCAAAACAACTACATAAT
TATGCAGCATCTTTACGAGTAGTAACATTATAATACCCACAATGATGCTAAGTCAGATGA
GAATACAACTTGTTCTACATAGCCAAAATTACTTGC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D759TF U 4
AF RR1CB32TF U 3
AF RR1EO14TF U 1
AF RR1CB32JQ C 632
AF RR1EO14JQ C 132
AF RR1D759JQ C 200
BS 1 526 RR1EO14TF
BS 527 527 RR1D759TF
BS 528 607 RR1EO14TF
BS 608 608 RR1D759TF
BS 609 746 RR1EO14TF
BS 747 863 RR1EO14JQ
BS 864 876 RR1D759JQ

RD RR1D759TF 644 0 0
GG
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ACCGGTTTAGCACTTGCCGGTACGGCCGTGGTGTTAATGGTTATGACGCCGGTTTTTTTA
GTTCTTAGTCCGATTCTCGTAACGGCGGTTATCACTTCGAGTTTCTTGGTCACGGGGTTC
TTAGCTTCTGGTAGGCTTGGAGCATCGGCGATCGCCCTCTTCGTCTGGCTCTACAAGGAG
TTAATTAAGAAAGAAGAGTACTCTAGATCCATTATGCATGCGCGAGTTCGACCTAACGAG
GATAAAATTGCGAAGCTGTCCAGAGGAGATAAACCTCCAGAGGAAGAAAGGCCGCCTGAA
ATAAATAAGACGGCGGAGGAAATTAGCTCGACGGGAAGAGACAAGGCGGAGGAATACAAT
CAGTCAGAAATAGAAAAATTGTCGGAGATAGATCATAATCCGGCGGAGGAAAAATCGCTA
CGAGGAGTCAAGCATGCGGAGGAAGGGCCACTTATAATCCCCGAGATATCAAAGGTTTTA
CTGGTGGAGCAAAATTCAATTGGCTCCAAGCCTAGCGGTCCAGGTACTTTGCAAAGATCT
CATCAACTTCGATTTGCCATGGATCCTGGAAAGGTACAATCT

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR1CB32TF 687 0 0
GGC
ACAAATGATAAACCGCTAGCTAATGCTGCAGCTATATCCGCCGTGCCTCTCATGATCCTC
ACCGGTTTAGCACTTGCCGGTACGGCCGTGGTGTTAATGGTTATGACGCCGGTTTTTTTA
GTTCTTAGTCCGATTCTCGTAACGGCGGTTATCACTTCGAGTTTCTTGGTCACGGGGTTC
TTAGCTTCTGGTAGGCTTGGAGCATCGGCGATCGCCCTCTTCGTCTGGCTCTACAAGGAG
TTAATTAAGAAAGAAGAGTACTCTAGATCCATTATGCATGCGCGAGTTCGACCTAACGAG
GATAAAATTGCGAAGCTGTCCAGAGGAGATAAACCTCCAGAGGAAGAAAGGCCGCCTGAA
ATAAATAAGACGGCGGAGGAAATTAGCTCGACGGGAAGAGACAAGGCGGAGGAATACAAT
CAGTCAGAAATAGAAAAATTGTCGGAGATAGATCATAATCCGGCGGAGGAAAAATCGCTA
CGAGGAGTCAAGCATGCGGAGGAAGGGCCACTTATAATCCCCGAGATATCAAAGGTTTTA
CTGGTGGAGCAAAATTCAATCGGCTCCA*GCCTAGCGGTCCAGGTACTTTGCAAAGATCT
CATCAACTTCGATTTGCCATGGATCCTGGAAAGGTACAATCTATTTTCATGAAAGAGTAC
CAAAA*GTCCCTCGTGTCGGAGCT

QA 4 687 4 687
DS 

RD RR1EO14TF 746 0 0
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TCCTCACCGGTTTAGCACTTGCCGGTACGGCCGTGGTGTTAATGGTTATGACGCCGGTTT
TTTTAGTTCTTAGTCCGATTCTCGTAACGGCGGTTATCACTTCGAGTTTCTTGGTCACGG
GGTTCTTAGCTTCTGGTAGGCTTGGAGCATCGGCGATCGCCCTCTTCGTCTGGCTCTACA
AGGAGTTAATTAAGAAAGAAGAGTACTCTAGATCCATTATGCATGCGCGAGTTCGACCTA
ACGAGGATAAAATTGCGAAGCTGTCCAGAGGAGATAAACCTCCAGAGGAAGAAAGGCCGC
CTGAAATAAATAAGACGGCGGAGGAAATTAGCTCGACGGGAAGAGACAAGGCGGAGGAAT
ACAATCAGTCAGAAATAGAAAAATTGTCGGAGATAGATCATAATCCGGCGGAGGAAAAAT
CGCTACGAGGAGTCAAGCATGCGGAGGAAGGGCCACTTATAATCCCTGAGATATCAAAGG
TTTTACTGGTGGAGCAAAATTCAATTGGCTCCAAGCCTAGCGGTCCAGGTACTTTGCAAA
GATCTCACCAACTTCGATTTGCCATGGATCCTGGAAAGGTACAATCTATTTTCATGAAAG
AGTACCAAAAAGTCCCTCGTGTCGGAGCTTTTGCATATAAATATTCTACATCGCGCGACA
AGAAATACACAAACCATTTTCATATA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1CB32JQ 144 0 0
TGGAAAGGTACAATCTATTTTCATGAAAGAGTACCAAAAAGTCCCTCGTGTCGGAGCTTT
TGCATATAAATATTCTACATCGCGCGACAAGAAATACACAAACCATTTTCATATATGACA
TTGACATCTATCCAAAACAACTAC

QA 1 144 1 144
DS 

RD RR1EO14JQ 733 0 0
AGTCCGATTCTCGTAACGGCGGTTATCACTTCGAGTTTCTTGGTCACGGGGTTCTTAGCT
TCTGGTAGGCTTGGAGCATCGGCGATCGCCCTCTTCGTCTGGCTCTACAAGGAGTTAATT
AAGAAAGAAGAGTACTCTAGATCCATTATGCATGCGCGAGTTCGACCTAACGAGGATAAA
ATTGCGAAGCTGTCCAGAGGAGATAAACCTCCAGAGGAAGAAAGGCCGCCTGAAATAAAT
AAGACGGCGGAGGAAATTAGCTCGACGGGAAGAGACAAGGCGGAGGAATACAATCAGTCA
GAAATAGAAAAATTGTCGGAGATAGATCATAATCCGGCGGAGGAAAAATCGCTACGAGGA
GTCAAGCATGCGGAGGAAGGGCCACTTATAATCCCTGAGATATCAAAGGTTTTACTGGTG
GAGCAAAATTCAATTGGCTCCAAGCCTAGCGGTCCAGGTACTTTGCAAAGATCTCACCAA
CTTCGATTTGCCATGGATCCTGGAAAGGTACAATCTATTTTCATGAAAGAGTACCAAAAA
GTCCCTCGTGTCGGAGCTTTTGCATATAAATATTCTACATCGCGCGACAAGAAATACACA
AACCATTTTCATATATGACATTGACATCTATCCAAAACAACTACATAATTATGCAGCATC
TTTACGAGTAGTAACATTATAATACCCACAATGATGCTAAGTCAGATGAGAATACAACTT
GTTCTACATAGC
G

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1D759JQ 677 0 0
GCTTGGAGCATCGGCGATCGCCCTCTTCGTCTGGCTCTACAAGGAGTTAATTAAGAAAGA
AGAGTACTCTAGATCCATTATGCATGCGCGAGTTCGACCTAACGAGGATAAAATTGCGAA
GCTGTCCAGAGGAGATAAACCTCCAGAGGAAGAAAGGCCGCCTGAAATAAATAAGACGGC
GGAGGAAATTAGCTCGACGGGAAGAGACAAGGCGGAGGAATACAATCAGTCAGAAATAGA
AAAATTGTCGGAGATAGATCATAATCCGGCGGAGGAAAAATCGCTACGAGGAGTCAAGCA
TGCGGAGGAAGGGCCACTTATAATCCCCGAGATATCAAAGGTTTTACTGGTGGAGCAAAA
TTCAATTGGCTCCAAGCCTAGCGGTCCAGGTACTTTGCAAAGATCTCATCAACTTCGATT
TGCCATGGATCCTGGAAAGGTACAATCTATTTTCATGAAAGAGTACCAAAAAGTCCCTCA
TGTCGGAGCTTTTGCATATAAATATTCTACATCGCGCGACAAGAAATACACAAACCATTT
TCATATATGACATTGACATCTATCCAAAACAACTACATAATTATGCAGCATCTTTACGAG
TAGTAACATTATAATACCCACAATGATGCTAAGTCAGATGAGAATACAACTTGTTCTACA
TAGCCAAAATTACTTGC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 6

CO CL1176Contig1 708 6 7 U
GGACATCAAAAACAAATCTCGCCTCTCTGCAAGTTCATCCATCGAGAAAAGTCGCATCTT
TGAGAGAAGAAGAGAATGGCTCGTACGAAGCAAACCGCTAGGAAGTCCACCGGAGGTAAA
GCTCCCAGGAAGCAGCTCGCCACCAAGGCGGCGAGAAAATCTGCGCCGACGACCGGAGGA
GTCAGGAAGCCACACCGTTACCGTCCAGGAACCGTCGCGCTTCGTGAGATCAGAAAGTAC
CAGAAGAGCACGGAGCTTTTGATCCGTAAGCTTCCGTTCCAGCGTCTGGTTCGTGAGATC
GCCCAGGACTTTAAGACGGATCTGAGGTTCCAGAGCCACGCCGTGTTGGCTCTTCAAGAG
GCGGCTGAGGCGTACCTTGTTGGTTTGTTCGAGGATACCAATCTGTGCGCGATTCACGCC
AAGAGGGTTACGATCATGCCTAAGGACATTCAGTTGGCGAGGAGGATCCGTGGCGAACGC
GCTTAAGATGTTTCTCTCTGTTCGATTTAGGTTATGATGGTGTATTGTTATTACTAGTGT
TCTTCGGGTTCTTTCCCTTATGTTTTTTTGTTGTCTTAAACTTTCAACCTGCTCGTTTAA
TCAAAACAATGATATTAATCTCTTATTTCATGACCAAACTTGTTTGTTTAATCGAATGTC
AATTGATGATTTGTATCGAAGACGAAAGTTATAGACTTCTTTGTTTTG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF26JQ C 312
AF RR1CA86TF U 1
AF RR1CM85JQ C 1
AF RR1EF26TF U 312
AF RR1CM85TF U 1
AF RR1B187TF U 1
BS 1 184 RR1B187TF
BS 185 185 RR1CM85TF
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RD RR1EF26JQ 311 0 0
G
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TCTCTCTGTTCGATTTAGGTTATGATGGTGTATTGTTATTACTAGTGTTCTTCGGGTTCT
TTCCCTTATGTTTTTTTGTTGTCTTAAACTTTCAACCTGCTCGTTTAATCAAAACAATGA
TATTAATCTC

QA 2 311 2 311
DS 

RD RR1CA86TF 624 0 0
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A

QA 1 623 1 623
DS 

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TCTTCGGGTTCTTTCCCTTATGTTTTTTTGTTGTCTTAAACTTTCAACCTGCTCGTTTAA
TCAAAACAATGATATTAATCTCTTATTTCATGACC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1EF26TF 311 0 0
G
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TACCTTGTTGGTTTGTTCGAGGATACCAATCTGTGCGCGATTCACGCCAAGAGGGTTACG
ATCATGCCTAAGGACATTCAGTTGGCGAGGAGGATCCGTGGCGAACGCGCTTAAGATGTT
TCTCTCTGTTCGATTTAGGTTATGATGGTGTATTGTTATTACTAGTGTTCTTCGGGTTCT
TTCCCTTATGTTTTTTTGTTGTCTTAAACTTTCAACCTGCTCGTTTAATCAAAACAATGA
TATTAATCTC

QA 2 311 2 311
DS 

RD RR1CM85TF 635 0 0
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TGAGAGAAGAAGAGAATGGCTCGTACGAAGCAAACCGCTAGGAAGTCCACCGGAGGTAAA
GCTCCCAGGAAGCAGCTCGCCACCAAGGCGGCGAGAAAATCTGCGCCGACGACCGGAGGA
GTCAGGAAGCCACACCGTTACCGTCCAGGAACCGTCGCGCTTCGTGAGATCAGAAAGTAC
CAGAAGAGCACGGAGCTTTTGATCCGTAAGCTTCCGTTCCAGCGTCTGGTTCGTGAGATC
GCCCAGGACTTTAAGACGGATCTGAGGTTCCAGAGCCACGCCGTGTTGGCTCTTCAAGAG
GCGGCTGAGGCGTACCTTGTTGGTTTGTTCGAGGATACCAATCTGTGCGCGATTCACGCC
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GCTTAAGATGTTTCTCTCTGTTCGATTTAGGTTATGATGGTGTATTGTTATTACTAGTGT
TCTTCGGGTTCTTTCCCTTATGTTTTTTTGTTGTCTTAAACTTTCAACCTGCTCGTTTAA
TCAAAACAATGATATTAATCTCTTATTTCATGACC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1B187TF 708 0 0
GGACATCAAAAACAAATCTCGCCTCTCTGCAAGTTCATCCATCGAGAAAAGTCGCATCTT
TGAGAGAAGAAGAGAATGGCTCGTACGAAGCAAACCGCTAGGAAGTCCACCGGAGGTAAA
GCTCCCAGGAAGCAGCTCGCCACCAAGGCGGCGAGAAAATCTGCGCCGACGACCGGAGGA
GTCAAGAAGCCACACCGTTACCGTCCAGGAACCGTCGCGCTTCGTGAGATCAGGAAGTAC
CAGAAGAGCACGGAGCTTTTGATCCGTAAGCTTCCGTTCCAGCGTCTGGTTCGTGAGATC
GCCCAGGACTTTAAGACGGATCTGAGGTTCCAGAGCCACGCCGTGTTGGCTCTTCAAGAG
GCGGCTGAGGCGTACCTTGTTGGTTTGTTCGAGGATACCAATCTGTGCGCGATTCACGCC
AAGAGGGTTACGATCATGCCTAAGGACATTCAGTTGGCGAGGAGGATCCGTGGTGAACGC
GCTTAAGATGTTTCTCTCTGTTCGATTTAGGTTATGATGGTGTATTGTTATTACTAGTGT
TCTTCGGGTTCTTTCCCTTATGTTTTTTTGTTGTCTTAAACTTTCAACCTGCTCGTTTAA
TCAAAACAATGATATTAATCTCTTATTTCATGACCAAACTTGTTTGTTTAATCGAATGTC
AATTGATGATTTGTATCGAAGACGAAAGTTATAGACTTCTTTGTTTTG

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 6

CO CL1177Contig1 1017 6 10 U
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TTTACTCAAAGTTCTTTCCTTCTTTCAGTAAATCATGAGTCACCATCCAGAAGTGAAGTG
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TGTTAAGCTTGACCCTGAAGGTGTTTTTGATTTCTCTGCCAAAGCTGGACCTGAGAACCA
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CATTGGGTTAAGAAGCATATTCTGCATCGTGGAGAAAGCAGAGCCGAAATGGTGGAGTAA
GCTTTTGCGTGTTGGGAAACCGCCTCACTATGTTAAAGTTGACTGGGACAAGTGGGTGGA
TGAGGATGAAGATCCCGCCACTGGTCCTGGAGATATGGATATGGGCGGAATGGGTGGCAT
GGGAGGGATGGATTTCTCGAACTTTGGTGGAATGGGAGGAATGGGAGGTATGGG*TGGAA
TGGGCGGTATGGGAGGTCTCGAGGGGCTTGGTGGAATGGGCGGGCTTGAAGGTCTCGGTG
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ATGATGAAGGAGAAGAAGCCAATTCTGGAGAGAAAAAGGAGGAAGCTCAACCTCCTGCAA
CAGAGGAAATGAAAACCGAAGAGCAGACAACTGCTAAGAGTGACAAATGAAGACACTATC
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GGTTTGCTCTTTTAAATCTTTTTTTCCCTATGCTTTTTACTTCCTGGATTGTTGTATTCC
CGATTCGGGTCTTATATGGTTTGCTCTTTTTTTGTTTTATTGTTGTTCGTTCTTGAACTT
GCAATATTTTTGTTGCTTGTAGTGACTTAAAAGAGTTTGTGAGAAGAAGCTCTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET61TF U 4
AF RR1DT94TF U 4
AF RR1DQ07TF U 1
AF RR1EM85TF U 9
AF RR1ET61JQ C 257
AF RR1DT94JQ C 333
BS 1 155 RR1DQ07TF
BS 156 157 RR1ET61TF
BS 158 534 RR1DQ07TF
BS 535 535 RR1DT94TF
BS 536 629 RR1DQ07TF
BS 630 630 RR1ET61TF
BS 631 669 RR1DQ07TF
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BS 698 1003 RR1ET61JQ
BS 1004 1017 RR1DT94JQ

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GGGATC
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AGTTCTTTCCTTCTTTCAGTAAATCATGAGTCACCATCCAGAAGTGAAGTGGGCAGAGAG
AGAGGATAAGGTTTACTTAACAGTGCTATTGCCTGATGCTAAGGATGCGAATGTTAAGCT
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AAGAAGCATATTCTGCATCGTGGAGAAAGCAGAGCCGAAATGGTGGAGTAAGCTTTTGCG
TGTTGGGAAACCGCCTCACTATGTTAAAGTTGACTGGGACAAGTGGGTGGATGAGGATGA
AGATCCCGCCACTGGTCCTGGAGATATGGATATGGGCGGAATGGGTGGCACGGGAGGGAT
GGATTTCTCGAACTTTGGTGGAATGGGAGGAATGGGAGGTATGGGGTGGAATGGGCGGTA
TGGGAGGTCTCAAGGGGCTTGGTGGAATGGGCGGGCTTGAAGGTCTCGGTGGAATGGGCG
GTATGGGAGGGCTTGGTGGAATGGGTGGTATGGA

QA 7 640 7 640
DS 

RD RR1DT94TF 638 0 0
GGGATT
GAAATAAAAATATCTTCGCGTCGTTGTCGTTGTCGTTCCGTCCTTCTAGGGTTTACTCAA
AGTTCTTTCCTTCTTTCAGTAAATCATGAGTCACCATCCAGAAGTGA*GTGGGCAGAGAG
AGAGGATAAGGTTTACTTAACAGTGCTATTGCCTGATGCTAAGGATGCGAATGTTAAGCT
TGACCCTGAAGGTGTTTTTGATTTCTCTGCCAAAGCTGGACCTGAGAACCAGCTTTATGA
GCTTAAGCTTGAGCTTAGTGACAAGGTCAATGTAGAGGAAAGCAAAATCAACATTGGGTT
AAGAAGCATATTCTGCATCGTGGAGAAAGCAGAGCCGAAATGGTGGAGTAAGCTTTTGCG
TGTTGGGAAACCGCCTCACTATGTTAAAGTTGACTGGGACAAGTGGGTGGATGAGGATGA
AGATCCCGCCACTGGTCCTGGAGATATGGATATGGGCGGAATGGGTGGCATGGGAGGGAT
GGATTTCTCGAACTTTGGTGAAATGGGAGGAATGGGAGGTATGGG*TGGAATGGGCGGTA
TGGGAGGTCTCGAGGGGCTTGGTGGAATGGGCGGGCTTGAAGGTCTTGGTGGAATGGGCG
GTATGGGAGGGCTTGGTGGAATGGGTGGTATG

QA 7 638 7 638
DS 

RD RR1DQ07TF 673 0 0
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GCTTTATGAGCTTAAGCTTGAGCTTAGTGACAAGGTCAATGTAGAGGAAAGCAAAATCAA
CATTGGGTTAAGAAGCATATTCTGCATCGTGGAGAAAGCAGAGCCGAAATGGTGGAGTAA
GCTTTTGCGTGTTGGGAAACCGCCTCACTATGTTAAAGTTGACTGGGACAAGTGGGTGGA
TGAGGATGAAGATCCCGCCACTGGTCCTGGAGATATGGATATGGGCGGAATGGGTGGCAT
GGGAGGGATGGATTTCTCGAACTTTGGTGGAATGGGAGGAATGGGAGGTATGGGGTGGAA
TGGGCGGTATGGGAGGTCTCGAGGGGCTTGGTGGAATGGGCGGGCTTGAAGGTCTCGGTG
GAATGGGCGGTATGGGAGGGCTTGGTGGAGTGGGTGGTATGGAAGAATTTGAAGATAGTG
ATGATGAAG
AGAA

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DS 

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G
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AGTTCTTTCCTTCTTTCAGTAAATCATGAGTCACCATCCAGAAGTGAAGTGGGCAGAGAG
AGAGGATAAGGTTTACTTAACAGTGCTATTGCCTGATGCTAAGGATGCGAATGTTAAGCT
TGACCCTGAAGGTGTTTTTGATTTCTCTGCCAAAGCTGGACCTGAGAACCAGCTTTATGA
GCTTAAGCTTGGGCTTAGTGACAAGGTCAATGTAGAGGAAAGCAAAATCAACATTGGGTT
AAGAAGCATATTCTGCATCGTGGAGAAAGCAGAGCCGAAATGGTGGAGTAAGCTTTTGCG
TGTTGGGAAACCGCCTCACTATGTTAAAGTTGACTGGGACAAGTGGGTGGATGAGGATGA
AGATCCCGCCACTGGTCCTGGAGATATGGATATGGGCGGAATGGGTGGCATGGGAGGGAT
GGATTTCTCGAACTTTAGTGGAATGGGAGGAATGGGAGGTATGGG*TGGAATGGGCGGTA
TGGGAGGTCTCGAGGGGCTTGGTGGAATGGGCGGGCTTGAAGGTCTCGGTGGAATGGGCG
GTATGGGAGGGCTTGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGAATTTGAAGATAGTGATGATGAAG
GAGAAGAAGCCAATTCTGGAGAGAAAAA

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR1ET61JQ 747 0 0
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ATATTCTGCATCGTGGAGAAAGCAGAGCCGAAATGGTGGAGTAAGCTTTTGCGTGTTGGG
AAACCGCCTCACTATGTTAAAGTTGACTGGGACAAGTGGGTGGATGAGGATGAAGATCCC
GCCACTGGTCCTGGAGATATGGATATGGGCGGAATGGGTGGCACGGGAGGGATGGATTTC
TCGAACTTTGGTGGAATGGGAGGAATGGGAGGTATGGG*TGGAATGGGCGGTATGGGAGG
TCTCAAGGGGCTTGGTGGAATGGGCGGGCTTGAAGGTCTCGGTGGAATGGGCGGTATGGG
AGGGCTTGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGAATTTGAAGATAGTGATGATGAAGGAGAAGA
AGCCAATTCTGGAGAGAAAAAGGAGGAAGCTCAACCTCCTGCAACAGAGGAAATGAAAAC
CGAAGAGCAGACAACTGCTAAGAGTGACAAATGAAGACACTATCCTTAAACCGTATGGTA
TGGCTGACCAAGAGTTGTTTATGCGTTTATGAAAACTGCTGATTGGTTTGCTCTTTTAAA
TCTTTTTTTCCCTATGCTTTTTACTTCCTGGATTGTTGTATTCCCGATTCGGGTCTTATA
TGGTTTGCTCTTTTTTTGTTTTATTGTTGTTCGTTCTTGAACTTGCAATATTTTTGTTGC
TTGTAGTGACTTAAAAGAGTTTGTGAG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1DT94JQ 685 0 0
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TTAAAGTTGACTGGGACAAGTGGGTGGATGAGGATGAAGATCCCGCCACTGGTCCTGGAG
ATATGGATATGGGCGGAATGGGTGGCATGGGAGGGATGGATTTCTCGAACTTTGGTGAAA
TGGGAGGAATGGGAGGTATGGG*TGGAATGGGCGGTATGGGAGGTCTCGAGGGGCTTGGT
GGAATGGGCGGGCTTGAAGGTCTTGGTGGAATGGGCGGTATGGGAGGGCTTGGTGGAATG
GGTGGTATGGAAGAATTTGAAGATAGTGATGATGAAGGAGAAGAAGCCAATTCTGGAGAG
AAAAAGGAGGAAGCTCAACCTCCTGCAACAGAGGAAATGAAAACCGAAGAGCAGACAACT
GCTAAGAGTGACAAATGAAGACACTATCCTTAAACCGTATGGTATGGCTGACCAAGAGTT
GTTTATGCGTTTATGAAAACTGCTGATTGGTTTGCTCTTTTAAATCTTTTTTTCCCTATG
CTTTTTACTTCCTGGATTGTTGTATTCCCGATTCGGGTCTTATATGGTTTGCTCTTTTTT
TGTTTTATTGTTGTTCGTTCTTGAACTTGCAATATTTTTGTTGCTTGTAGTGACTTAAAA
GAGTTTGTGAGAAGAAGCTCTTTAT

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 6

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GTCCATCTACGGTGATAAGTTCGCCGACGAGAATTTCGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGG
GATCCTCTCCATGGCCAACGCTGGTCCAAACACCAATGGATCTCAGTTCTTTATCTGCAC
TGTTAAAACCGATTGGCTTGATGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTT
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TTGCTTTTGTGTTCTTTTTTTTT**GATCAAAGCTTTTGTGTTCTTTTCATTTGGTGTAG
TCATGAAAGCTTGGTGTGTGTTCGGTCTCATGTCACCCTAATTAGTAGCTAGTTCCATAA
ATAATGAATGAGCTTGTGTTTTTAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 
10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR1AD36TF U 1
AF RR1E643TF U 3
AF RR1AC76TF U 5
AF RR1AD36JQ C 103
AF RR1E643JQ C 300
AF RR1AC76JQ C 11
BS 1 23 RR1AD36TF
BS 24 24 RR1AC76TF
BS 25 83 RR1AD36TF
BS 84 84 RR1E643TF
BS 85 191 RR1AD36TF
BS 192 192 RR1E643TF
BS 193 212 RR1AD36TF
BS 213 213 RR1E643TF
BS 214 281 RR1AD36TF
BS 282 282 RR1E643TF
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BS 683 683 RR1E643TF
BS 684 775 RR1AD36TF
BS 776 808 RR1AC76TF

RD RR1AD36TF 775 0 0
GGATCCACGACTGATCCATACCATTCCTCAAACCTCTCATTATCAATCAACAATGGCGTT
CCCTAAGGTTTTCTTCGACATGATGGTCGGTGGCCAGCCTGCTGGAAGGATCGTGATGGA
GCTGTACACGGACAAGACTCCCAAGACCGCCGAGAATTTCAGAGCTCTCTGCACCGGAGA
GAAAGGAGTAGAACGCAGCGGCAAGCCTCTCCGCTTCAAGGGGTCTTCCTTCCACCGCGT
GATCCCTAACTTCATGTGCCAGGGAGGTGACTTCACCGCCGAGAACGGGACGGGAGGCGA
GTCCATCTACGGTGATAAGTTCGCCGACGAGAATTTCGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGG
GATCCTCTCCATGGCCAACGCTGGTCCAAACACCAATGGATCTCAGTTCTTTATCTGCAC
TGTTAAAACCGATTGGCTTGATGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTT
GGACGTGGTGAAGGCCATCGAGAAGGTGGGATCGGCGTCTGGGAAGACGTCGAAGCCTGT
GGTCGTGGCAGACTGTGGTCAGCTCTCTTAGATCGCATGAGATCTATCCTCAGTTTTAAA
ATTAGCGTCGTGGTCGTACTCTAGTGAGTGGTGTTGGGTCCTCATCGTGTGTCTCTGCTT
TTGCTTTTGTGTTCTTTTTTTT***GATCAAAGCTTTTGTGTTCTTTTCATTTGGTGTAG
TCATGAAAGCTTGGTGTGTGTTCGGTCTCATGTCACCCTAATTAGTAGCTAGTTC

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DS 

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AGGG
ACGACTGATCCATACCATTCCTCAAACCTCTCATTATCAATCAACAATGGCGTTCCCTAA
GGTTTTCTTCGACATGACGGTCGGTGGCCAGCCTGCTGGAAGGATCGTGATGGAGCTGTA
CACGGACAAGACTCCCAAGACCGCCGAGAATTTCAGAGCTCTCTACACCGGAGAGAAAGG
AGTAGGACGCAGCGGCAAGCCTCTCCACTTCAAGGGGTCTTCCTTCCACCGCGTGATCCC
TAACTTCATGTGCCAGGGAGGTGACTTCACCGCCGGGAACTGGACGGGAGGCGAGTCCAT
CTACGGTGATAAGTTCGCCGACGAGAATTTCGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGGGATCCT
CTCCATGGCCAACGCTGGTCCAAACACCAATGGATCTCAGTTCTTTATCTGCACTGTTAA
AACCGATTGGCTTGATGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTTGGACGT
GGTGAAGGCCATCGAGAAGGTGGGATCGGCGTCTGGGAAGACGTCGAAGCCTGTGGTCGT
GGCAGACTGTGGTCAGCTCTCTTAGATCGCATGAGATCTATCCTCAGTTTTAAAATTAGC
GTCGTGGTCGTACTCTAGTGAGTGGTGTTGGGTCCTCATCGTGTGTCTCTGCTTTTGCTT
TTGTGTTCTTTTTTTTTT*GATCAAAGCTTTTGTGTTCTTTTCATTTGGTGTAGTCATGA
AATCTTGGTGTGTG

QA 5 738 5 738
DS 

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GGACGA
CTGATCCATACCACTCCTCAAACCTCTCATTATCAATCAACAATGGCGTTCCCTAAGGTT
TTCTTCGACATGACGGTCGGTGGCCAGCCTGCTGGAAGGATCGTGATGGAGCTGTACACG
GACAAGACTCCCAAGACCGCCGAGAATTTCAGAGCTCTCTGCACCGGAGAGAAAGGAGTA
GGACGCAGCGGCAAGCCTCTCCACTTCAAGGGGTCTTCCTTCCACCGCGCGATCCCTAAC
CTCATGTGCCAGGGAGGTGACTTCACCGCCGGGAACGGGACGGGAGGCGATTCCATCTAC
GGTGATAAGTTCGCCGACGAGAATTTCGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGGGATCCTCTCC
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GACTGTGGTCAGCTCTCTTAGATCGCATGAGATCTATCCTCAGTTTTAAAATTAGCGTCG
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GTTCTTTTTTTTT**GATCAAAGCTTTTGTGTTCTTTTCATTTGGTGTAGTCATGAAAGC
TTGGTGTGTGTTCGGTCTAATGTCACCCTAATTAGTAGCTAGTTCCATAAATAATGAATG
AGCTTGTGTTTTTAAAAG

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DS 

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AGCTCTCTGCACCGGAGAGAAAGGAGTAGAACGCAGCGGCAAGCCTCTCCGCTTCAAGGG
GTCTTCCTTCCACCGCGTGATCCCTAACTTCATGTGCCAGGGAGGTGACTTCACCGCCGA
GAACGGGACGGGAGGCGAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGCCGACGAGAATTTCGAGAG
GAAGCACACCGGTCCTGGGATCCTCTCCATGGCCAACGCTGGTCCAAACACCAATGGATC
TCAGTTCTTTATCTGCACTGTTAAAACCGATTGGCTTGATGGTAAGCACGTGGTGTTCGG
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GAAGACGTCGAAGCCTGTGGTCGTGGCAGACTGTGGTCAGCTCTCTTAGATCGCATGAGA
TCTATCCTCAGTTTTAAAATTAGCGTCGTGGTCGTACTCTAGTGAGTGGTGTTGGGTCCT
CATCGTGTGTCTCTGCTTTTGCTTTTGTGTTCTTTTTTTT***GATCAAAGCTTTTGTGT
TCTTTTCATTTGGTGTAGTCATGAAAGCTTGGTGTGTGTTCGGTCTCATGTCACCCTAAT
TAGTAGCTAGTTCCATAAATAATGAATGAGCTTGTGTTTTT
ACCCC

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DS 

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AGTCCATTTACGGTGATAAGTTCGCCGACGAGAATTTCGAGAGGAAGCACACCGGTCCTG
GGATCCTCTCCATGGCCAACGCTGGTCCAAACACCAATGGATTTCAGTTCTTTATCTGCA
CTGTTAAAACCGATTGGCTTGATGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGT
TGGACGTGGTGAAGGCCATCGAGAAGGTGGGATCGGCGTCTGGGAAGACGTCGAAGCCTG
TGGTCGTGGCAGACTGTGGTCAGCTTTCTTAGATCGCATGAGATCTATCCTCAGTTTTAA
AATTAGCGTCGTGGTCGTACTTTAGTGAGTGGTGTTGGGTCCTCATCGTGTGTCTCTGCT
TTTGCTTTTGTGTTCTTTTTTTTTTTGATCAAAGCTTTTGTGTTCTTTTCATTTGGTGTA
GTCATGAAATCTTGGTGTGTGTTCGGTCTCATGTCACCCTAATTAGTAGCTAGTTCCATA
AATAATGAATGAGCTTGTGTTTTT
ACCC

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DS 

RD RR1AC76JQ 793 0 0
CTGATCCATACCACTCCTCAAACCTCTCATTATCAATCAACAATGGCGTTCCCTAAGGTT
TTCTTCGACATGACGGTCGGTGGCCAGCCTGCTGGAAGGATCGTGATGGAGCTGTACACG
GACAAGACTCCCAAGACCGCCGAGAATTTCAGAGCTCTCTGCACCGGAGAGAAAGGAGTA
GGACGCAGCGGCAAGCCTCTCCACTTCAAGGGGTCTTCCTTCCACCGCGCGATCCCTAAC
CTCATGTGCCAGGGAGGTGACTTCACCGCCGGGAACGGGACGGGAGGCGATTCCATCTAC
GGTGATAAGTTCGCCGACGAGAATTTCGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGGGATCCTCTCC
ATGGCCAACGCTGGTCCAAACACCAATGGATCTCAGTTCTTTATTTGCGCTGTTAAAACC
GATTGGCTTGATGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTTGGACGTGGTG
AAGGCCATCGAGAAGGTGGGATCGGCGTCTGGGAAGACGTCGAATCCTGTGGTCGTGGCA
GACTGTGGTCAGCTCTCTTAGATCGCATGAGATCTATCCTCAGTTTTAAAATTAGCGTCG
TGGTCGTACTCTAGTGAGTGGTGTTGGGTCCTCATCGTGTGTCTCTGCTTTTGCTTTTGT
GTTCTTTTTTTTT**GATCAAAGCTTTTGTGTTCTTTTCATTTGGTGTAGTCATGAAAGC
TTGGTGTGTGTTCGGTCTAATGTCACCCTAATTAGTAGCTAGTTCCATAAATAATGAATG
AGCTTGTGTTTTT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 6

CO CL1179Contig1 1098 6 26 U
GGCCTCACATTCTCGTTAAAATCGCGCAACACCTTACCCATCTCCGGACGGCGAGCATCT
TCAAATCCTCGACGACGGCAAACCCAATTTCTCAAAATCCAAAAGTTTCAAACTTTTGAT
TTTGATTTGGTGGTGGAGCGATATGGACGATTACACTAGAGAGATGATGGATCTCAAGAC
CTTAGTCACTCGAACCCTCGAGAAGAAGGGTGTTCTCGCTAAGATCCGGGCTGAGCTACG
AGCGAGTGTGTTTGAGGCAATTGAAGAAGAGGATCGAGTGATTGAGAACAACGAAGGGCT
GCCACCAGCTTTGTTGGGCAGCTGTAATGATCGTGCAAGGCAGCTTCACGCTCTTCCCTC
AGGTAGGTTGCTGTGTGCGTTAGTTTGTGAGTACTTGGAATGGGCGCAACTCGATCACAC
GCTCAAAGTGTATCAACCCGAATGCAATTTGCAAAAGGATTCTTGGAAGTCTGAATTAAG
CGACTTTAGCAGCAACCATGGTTATGAGCTCAACAGAAATGGAGATAGCGCACCTCTCCT
TCTCGATGTTCTTGAAGGATTCTTGAAGTTCGAGAGCATGACACAGATTAGTAATTCAAG
GAGAGACTCTGAAACTGAGTCTTCATCAAGCCTTGACTCTAGGAATCCTCCTCGCAGATC
ATCTGCATCTGACAACTTGCCTCCTCTAAGAAGGACGGGTTCTGGATCCCAAGGAGCAGA
TAGAAGAGGTGGGAGTAATTACAGAAAAGATGAAATCAACTGGAGACACGGTAATCAAGA
TGCGCATGAAGAGGTGATGAGAGCTTCAGCGGCACTTGAGAATCTTCAGCTTGATAGGAA
AACTCGGAACATGACATCCTCTTGGAGGAATGTGAGGGATGGAGCAAATGAAGATGAAGG
GAGGGATTGAGTTAGGAGGTTGCTAACTAAAAAAACGCATCTTCTGAGAATTGAGTGTTG
GTTTGTGTACGTGTGATATGTATGTATGCTCTTTATTTGCAAACTGTGTGTTTCGCGGGA
ACCCCTTCTGTTTCTTTTAAGGTTATTCATGAGATCATATTGAACTGTTTAATGTTTATT
TCTGAAATTTTTACACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 0 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1H915TF U 95
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AF RR1E422TF U 156
AF RR1BQ19JQ C 233
AF RR1H915JQ C 690
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RD RR1H915TF 608 0 0
G
AATCCAAAAGTTTCAAACTTTTGATTTTGATTTGGTGGTGGAGCGATATGGACGATTACA
CTAGAGAGATGATGGATCTCAAGACCTTAGTCACTCGAACCCTCGAGAAGAAGGGTGTTC
TCGCTAAGATCCGGGCTGAGCTACGAGCGAGTGTGTTTGAGGCAATTGAAGAAGAGGATC
GAGTGATTGAGAACAACGAAGGGCTGTCACCAGCTTTGTTGGGAAGCTGTAATGATCGTG
CAAGGCAGCTTCATGCTCTTCCCTCAGGTAGGTTGCTGTGTGCGTTAGTTTGTGAGTACT
TGGAATGGGCGCAACTCGATCACACGCTCAAAGTGTATCAACCCGAATGCAATTTGCAAA
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ACTCTAGGAATCCTCCTCGCAGATCATCTGCATCTGACAACTTGCCTCCTCTAAGAAAGA
CGGGTTC

QA 2 608 2 608
DS 

RD RR1BQ19TF 765 0 0
GGCCTCACATTCTCGTTAAAATCGCGCAACACCTTACCCATCTCCGGACGGCGAGCATCT
TCAAATCCTCGACGACGGCAAACCCAATTTCTCAAAATCCAAAAGTTTCAAACTTTTGAT
TTTGATTTGGTGGTGGAGCGATATGGACGATTACACTAGAGAGATGATGGATCTCAAGAC
CTTAGTCACTCGAACCCTCGAGAAGAAGGGTGTTCTCACTAAGATCCGGGCTGAGCTACG
AGCGAGTGTGTTTGAGGCACTTGAAGAAGAGGATCGAGTGATTGAGAACAACGAAGGGCT
GCCACCAGCTTTGTTGGGCAGCTGTAATGATCGTGCAAGGCAGCTTCACGCTCTTCCCTC
AGGTAGGTTGCTGTGTGCGTTAGTTTGTGAGTACTTGGAATGGGCGCAACTCGATCACAC
GCTCAAAGTGTATCAACCCGAATGCAATTTGCAAAAGGATTCTTGGAAGTCTGAATTAAG
CGACTTTAGCAGCAACCATGGTTATGAGCTCAACAGAAATGGAGATAGCGCACCTCTCCT
TCTCGATGTTCTTGAAGGATTCTTGAAGTTCGAGAGCATGACACAGATTAGTAATTCAAG
GAGAGACTCTGAA*CTGAGTCTTCATCAAGCCTTGACTCTAGGAATCCTCCTCGCAGATC
ATCTGCATCTGACAACTTGCCTCCTCTAAGAAAGACGGGTTCTGGATCCCAAG*AGCAGA
TAGAAGAG*TGGGAGTA*TTACAGAAA*GATGAAATCA
CTGGAGA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1CF63TF 703 0 0
CTAGAGAGATGATGGATCTCAAGACCTTAGTCACTCGAACCCTCGAGAAGAAGGGTGTTC
TCGCTAAGATCCGGGCTGAGCTACGAGCGAGTGTGTTTGAGGCAATTGAAGAAGAGGATC
GAGTGATTGAGAACAACGAAGGGCTGCCACCAGCTTTGTTGGGCAGCTGTAATGATCGTG
CAAGGCAGCTTCATGCTCTTCCCTCAGGTAGGTTGCTGTGTGCGTTAGTTTGTGAGTACT
TGGAATGGGCGCAACTCGATCACACGCTCAAAGTGTATCAACCCGAATGCAATTTGCAAA
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TCAACTGGAGACACGGTAATCAAGATGCGCATGAAGAGGTGATGAGAGCTTCAGCGGCAC
TTGAGAATCTTCAGCTTGATAGGAAA*CTCGGAACATGACATC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1E422TF 739 0 0
CTAGAGAGATGATGGATCTCAAGACCTTAGTCACTCGAACCCTCGAGAAGAAGGGTGTTC
TCGCTAAGATCCGGGCTGAGCTACGAGCGAGTGTGTTTGAGGCAATTGAAGAAGAGGATC
GAGTGATTGAGAACAACGAAGGGCTGCCACCAGCTTTGTTGGGCAGCTGTAATGATCGTG
CAAGGCAGCTTCATGCTCTTCCCTCAGGTAGGTTGCTGTGTGCGTTAGTTTGTGAGTACT
TGGAATGGGCGCAACTCGATCACACGCTCAAAGTGTATCAACCCGAATGCAATTTGCAAA
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GAAATGGAGATAGCGCACCTCTCCTTCTCGATGTTCTCGAAGGATTCTTGAAGTTCGAGA
GCATGACACAGATTAGTAATTCAAGGAGAGACTCTGAAACTGGGTCTTCATCAAGCCTTG
ACTCTAGGAATCCTCCTCGCAGATCATCTGCATCTGACAACTTGCCTCCTCTAAGAAGGA
CGGGTTCTGGATCCCAAGGAGCAGATAGAAGAGGTGGGAGTAATTACAGAAAAGATGAAA
TCAACTGGAGACACGGTAATCAAGATGCGCATGAAGAGGTGATGAGAGCTTCAGCGGCAC
TTGAGAATCTTCAGCTTGATAGGAAA*CTCGGA*CATGACATCCTCTTGGAGGA*TGTGA
GGGATGGAGCAA
TGAGATG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1BQ19JQ 866 0 0
GAGCTACGAGCGAGTGTGTT*GAGGCACT*GAAGAAGAG*ATCGAGTGAT*GAGAACAAC
GAAGGGCTGCCACCAGCTTTGTTGGGCAGCTGTAATGATCGTGCAAGGCAGCTTCACGCT
CTTCCCTCAGGTAGGTTGCTGTGTGCGTTAGTTTGTGAGTACTTGGAATGGGCGCAACTC
GATCACACGCTCAAAGTGTATCAACCCGAATGCAATTTGCAAAAGGATTCTTGGAAGTCT
GAATTAAGCGACTTTAGCAGCAACCATGGTTATGAGCTCAACAGAAATGGAGATAGCGCA
CCTCTCCTTCTCGATGTTCTTGAAGGATTCTTGAAGTTCGAGAGCATGACACAGATTAGT
AATTCAAGGAGAGACTCTGAAACTGAGTCTTCATCAAGCCTTGACTCTAGGAATCCTCCT
CGCAGATCATCTGCATCTGACAACTTGCCTCCTCTAAGAAGGACGGGTTCTGGATCCCAA
GGAGCAGATAGAAGAGGTGGGAGTAATTACAGAAAAGATGAAATCAACTGGAGACACGGT
AATCAAGATGCGCATGAAGAGGTGATGAGAGCTTCAGCGGCACTTGAGAATCTTCAGCTT
GATAGGAAAACTCGGAACATGACATCCTCTTGGAGGAATGTGAGGGATGGAGCAAATGAA
GATGAAGGGAGGGATTGAGTTAGGAGGTTGCTAACTAAAAAAATGCATCTTCTGAGAATT
GAGTGTTGGTTTGTGTACGTGTGATATGTATGTATGCTCTTTATTTGCAAACTGTGTGTT
TCGCGGGAACCCCTTCTGTTTCTTTTAAGGTTATTCATGAGATCATATTGAACTGTTTAA
TGTTTATTTCTGAAATTTTTACACAT

QA 1 866 1 866
DS 

RD RR1H915JQ 407 0 0
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ATGAAATCAACTGGAGACACGGTAATCAAGATGCGCATGAAGAGGTGATGAGAGCTTCAG
CGGCACTTGAGAATCTTCAGCTTGATAGGAAAACTCGGAACATGACATCCTCTTGGAGGA
ATGTGAGGGATGGAGCAAATGAAGATGAAGGGAGGGATTGAGTTAGGAGGTTGCTAACTA
AAAAAACGCATCTTCTGAGAATTGAGTGTTGGTTTGTGTACGTGTGATATGTATGTATGC
TCTTTATTTGCAAACTGTGTGTTTCGCGGGAACCCCTTCTGTTTCTTTTAAGGTTATTCA
TGAGATCATATTGAACTGTTTAATGTTTATTTCTGAATTTTTTACAC

QA 1 407 1 407
DS 



AS 2 6

CO CL1180Contig1 1000 2 2 U
GAGAGCTTGCCAAAGCTTTGGCAGCTTATTACTTTGGATCTGAAGAAGCCATGATTCGTC
TAGATATGAGTGAGTTCATGGAGAGGCACACAGTCTCAAAACTCATAGGTTCGCCTCCTG
GATACGTCGGTTACACTGAAGGAGGTCAGCTAACAGAAGCAGTTAGGCGTCGTCCTTACA
CAGTCGTGCTGTTCGACGAGATAGAGAAAGCCCACCCAGATGTTTTCAACACGATGCTTC
AGATCCTCGAAGATGGGGCTAACAGACAGCAAAGGAAGAACAGTGGACTTCAAAAACACG
CTTCTCATCATGACATCAAACGTCGGAAGCAGTGTGATTGAGAAAGGAGGAAGACGTATT
GGTTTTGACTTGGACTACGACGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGAATCAAGAGCCTTGTG
ACCGAGGAGCTGAAACAGTACTTCAGACCGGAGTTCCTCAACAGGCTCGACGAGATGATT
GTGTTCAGACAGCTAACGAAGCTGGAAGTGAAGGAAATTGCAGACATTCTGTTACAGGAA
GTGTTCGAGAGGCTGAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAAGTGACCGAGAGGTTCAGAGAG
AGAGTGGTGGACGAAGGTTATAACCCGAGCTATGGAGCGAGACCGTTGAGAAGAGCCATC
ATGAGACTTTTAGAGGATAGTATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGAGAGATCAAGGAAGGA
GACTCGGTGGTTGTGGACCTTGACTCTGAAGGTAAAGTGACTGTGCTAAATGGTGGAAGT
GGCACTCCGACAACATCCTTGGAGGAGCAGGAAGATTCTCTCCCCGTTGCTTGAAATAAA
AAAAGAGAAGTGTGTCTCTTCTCTCTTCTTTTGCTTTTCCCCCCTTGAACGAATTTGGCA
AAAGAAGAGTCTCAATGAGATACCTGGGGGGTTTCGTAATATACATTTCTATATATGTAA
CCAATGTAATGTATAGATGACATTGTGTAGCTTCTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D240TF U 1
AF RR1D240JQ C 171
BS 1 712 RR1D240TF
BS 713 1000 RR1D240JQ

RD RR1D240TF 712 0 0
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CAGTCGTGCTGTTCGACGAGATAGAGAAAGCCCACCCAGATGTTTTCAACACGATGCTTC
AGATCCTCGAAGATGGGGCTAACAGACAGCAAAGGAAGAACAGTGGACTTCAAAAACACG
CTTCTCATCATGACATCAAACGTCGGAAGCAGTGTGATTGAGAAAGGAGGAAGACGTATT
GGTTTTGACTTGGACTACGACGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGAATCAAGAGCCTTGTG
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GTGTTCGAGAGGCTGAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAAGTGACCGAGAGGTTCAGAGAG
AGAGTGGTGGACGAAGGTTATAACCCGAGCTATGGAGCGAGACCGTTGAGAAGAGCCATC
ATGAGACTTTTAGAGGATAGTATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGAGAGATCA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1D240JQ 830 0 0
TCGT
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AACACGCTTCTCATCATGACATCAAACGTCGGAAGCAGTGTGATTGAGAAAGGAGGAAGA
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CTTGTGACCGAGGAGCTGAAACAGTACTTCAGACCGGAGTTCCTCAACAGGCTCGACGAG
ATGATTGTGTTCAGACAGCTAACGAAGCTGGAAGTGAAGGAAATTGCAGACATTCTGTTA
CAGGAAGTGTTCGAGAGGCTGAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAAGTGACCGAGAGGTTC
AGAGAGAGAGTGGTGGACGAAGGTTATAACCCGAGCTATGGAGCGAGACCGTTGAGAAGA
GCCATCATGAGACTTTTAGAGGATAGTATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGAGAGATCAAG
GAAGGAGACTCGGTGGTTGTGGACCTTGACTCTGAAGGTAAAGTGACTGTGCTAAATGGT
GGAAGTGGCACTCCGACAACATCCTTGGAGGAGCAGGAAGATTCTCTCCCCGTTGCTTGA
AATAAAAAAAGAGAAGTGTGTCTCTTCTCTCTTCTTTTGCTTTTCCCCCCTTGAACGAAT
TTGGCAAAAGAAGAGTCTCAATGAGATACCTGGGGGGTTTCGTAATATACATTTCTATAT
ATGTAACCAATGTAATGTATAGATGACATTGTGTAGCTTCTTTTTC

QA 5 830 5 830
DS 



CO CL1180Contig2 907 4 13 U
GGAGATAGAGAAAGCCCACCCAGATGTTTTCAACATGATGCTTCAGATCCTCGAAGATGG
TAGACTAACAGACAGCAAAGGAAGAACAGTTGACTTCAAAAACACGCTTCTCATAATGAC
ATCGAACGTAGGAAGCAGTGTGATTGAGAAAGGAGGAAGACGTATTGGTTTCGGCTTGGA
CTACGACGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGAATCAAGAGCCTTGTGACCGAGGAGCTGAA
ACAGTACTTCAGACCGGAGTTCCTCAACAGGCTCGACGAGATGATTGTGTTCAGACAGCT
AACGAAGCTGGAAGTGAAGGAAATTGCAGACATTCTGTTACAGGAAGTGTTCGAGAGGCT
GAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAAGTGACCGAGAGGTTCAGAGAGAGAGTGGTGGACGA
AGGTTACAACCCGAGCTATGGAGCGAGACCGTTGAGAAGAGCCATCATGAGACTTTTAGA
GGATAGTATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGAGAGATCAAGGAAGGAGACTCGGTGATTGT
GGACGTTGACTCGGAAGGCAAAGTGACTGTGCTAAATGGTGGAAGTGGCACCCCAACGAC
ATCTTTGGAGGAGCAGGAAGATTCTCTCCCCGTTGCTTGAAATAAAAAAGGGAAGTGTGT
TTCTCTTTTGCCTTTGCCCCTTAAAACAAAATTATGGCAAGAGAAAGAGTCTCAGTGAGA
TACTTGGGGGGTTTCGTAATATACATTTCTATATATGTAACCAATGTGATGTATAGATGA
CATTGTGTAGCTTCTTTTTCAATGCTTTTTAAGGACTTGCTTTGGTGCCAATGTGTGTGT
TAATGGGTTTAGAATGTGTGCTTTACGCTATCAACAGTTTGGTGGTCTTAGCCCCCAACC
CAATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE13TF U 1
AF RR1CN63JQ C 175
AF RR1CN63TF U 175
AF RR1EE13JQ C 105
BS 1 214 RR1EE13TF
BS 215 215 RR1CN63TF
BS 216 240 RR1EE13TF
BS 241 241 RR1CN63TF
BS 242 530 RR1EE13TF
BS 531 531 RR1CN63TF
BS 532 591 RR1EE13TF
BS 592 592 RR1CN63TF
BS 593 616 RR1EE13TF
BS 617 617 RR1CN63TF
BS 618 646 RR1EE13TF
BS 647 895 RR1CN63TF
BS 896 907 RR1EE13JQ

RD RR1EE13TF 646 0 0
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TAGACTAACAGACAGCAAAGGAAGAACAGTTGACTTCAAAAACACGCTTCTCATAATGAC
ATCGAACGTAGGAAGCAGTGTGATTGAGAAAGGAGGAAGACGTATTGGTTTCGGCTTGGA
CTACGACGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGAATCGAGAGCCTTGTGACCGAGGAGCTGAA
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AACGAAGCTGGAAGTGAAGGAAATTGCAGACATTCTGTTACAGGAAGTGTTCGAGAGGCT
GAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAAGTGACCGAGAGGTTCAGAGAGAGAGTGGTGGACGA
AGGTTACAACCCGAGCTATGGAGCGAGACCGTTGAGAAGAGCCATCATGAGACTTTTAGA
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GGACGTTGACTCGGAAGGCAAAGTGACTGTGCTAAATGGTGGAAGTGGCACTCCAACGAC
ATCTTTGGAGGAGCAG*AAGATTCTCTCCCCGTTGCTTGAAATAAA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1CN63JQ 727 0 0
AGG
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GCTGAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAAGTGACCGAGAGGTTCAGAGAGAGAGTGG***A
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AGAGGATAGTATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGAGAGATCAAGGAAGGAGACTCGGTGAT
TGTGGACGTTGACTCGGAAGGCAAAGTGACTGTGCTAAATGGTGGAAGTGGCACCCCAAC
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TGTTTCTCTTTTGCCTTTGCCCCTTAAAACAAAATTATGGCAAGAGAAAGAGTCTCAGTG
AGATACTTGGGGGGTTTCGTAATATACATTTCTATATATGTAACCAATGTGATGTATAGA
TGACATTGTGTAGCTTCTTTTTCAATGCTTTTTAAGGACTTGCTTTGGTGCCAATGTGTG
TGTTAATGGGTTTAGAATGTGTGCTTTACGCTATCAACAGTTTGGTGGTCTTAGCCCC
CAACCC

QA 4 721 4 721
DS 

RD RR1CN63TF 726 0 0
AGG
GGACTACGACGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGAATCAAGAGCCTTGTGACCGAGGAGCT
GAAACAGTACTTCAGACCGGAGTTCCTCAACAGGCTCGACGAGATGATTGTGTTCAGACA
GCTAACGAAGCTGGAAGTGAAGGAAATTGCAGACATTCTGTTACAGGAAGTGTTCGAGAG
GCTGAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAAGTGACCGAGAGGTTCAGAGAGAGAGTGG***A
CGAAGGTTACAACCCGAGCTATGGAGCGAGACCGTTGAGAAGAGCCATCATGAGACTTTT
AGAGGATAGTATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGAGAGATCAAGGAAGGAGACTCGGTGAT
TGTGGACGTTGACTCGGAAGGCAAAGTGACTGTGCTAAATGGTGGAAGTGGCACCCCAAC
GACATCTTTGGAGGAGCAGGAAGATTCTCTCCCCGTTGCTTGAAATAAAAAAGGGAAGTG
TGTTTCTCTTTTGCCTTTGCCCCTTAAAACAAAATTATGGCAAGAGAAAGAGTCTCAGTG
AGATACTTGGGGGGTTTCGTAATATACATTTCTATATATGTAACCAATGTGATGTATAGA
TGACATTGTGTAGCTTCTTTTTCAATGCTTTTTAAGGACTTGCTTTGGTGCCAATGTGTG
TGTTAATGGGTTTAGAATGTGTGCTTTACGCTATCAACAGTTTGGTGGTCTTAGCCCC
AACCC

QA 4 721 4 721
DS 

RD RR1EE13JQ 803 0 0
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TTGGTTTCGGCTTGGACTACGACGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGAATCGAGAGCCTTG
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AAGTGTTCGAGAGGCTGAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAAGTGACCGAGAGGTTCAGAG
AGAGAGTGGTGGACGAAGGTTACAACCCGAGCTATGGAGCGAGACCGTTGAGAAGAGCCA
TCATGAGACTTTTAGAGGATAGTATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGAGAGATCAAGGAAG
GAGACTTGGTGATTGTGGACGTTGACTCGGAAGGCAAAGTGACTGTGCTAAATGGTGGAA
GTGGCACTCCAACGACATCTTTGGAGGAGCAGGAAGATTCTCTCCCCGTTGCTTGAAATA
AAAAAGGGAAGTGTGTTTCTCTTTTGCCTTTGCCCCTTAAAACAAAATTATGGCAAGAGA
AAGAGTCTCAGTGAGATACTTGGGGGGTTTCGTAATATACATTTCTATATATGTAACCAA
TGTGATGTATAGATGACATTGTGTAGCTTCTTTTTCAATGCTTTTTAAGGACTTGCTTTG
GTGCCAATGTGTGTGTTAATGGGTTTAGAATGTGCGCTTTACGCTATCAACAGTTTGGTG
GTCTTAGCCCCCAACCCAATATT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 2 6

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CAAGGACTTTGTCTTTTCCGGTTTAGGCACTCCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCGC
TGCGGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTGAACGGTCTAGGTCTCTCTAC
AGCTAGACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTC
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TTTCCAGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCAGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGTGCTAG
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CTCTGGTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTCGGAGG
AACTGGCTAAAAGATACTTGTGCTTTCATTGACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCTTGTCT
TCTATGTTTTGTAGTCCTTGTAATACCTGTCTACATTATTACATTGTATGTGAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB56TF U 1
AF RR1EB56JQ C 428
BS 1 642 RR1EB56TF
BS 643 778 RR1EB56JQ

RD RR1EB56TF 642 0 0
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TGCGGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTGAACGGTCTAGGTCTCTCTAC
AGCTAGACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTC
TGAGGTTCTTTTTGTCCTTGACGGCTACATTACCGCTGGGTTTGTCTCCTCTGCGAACGC
TGTCTACGTGCAGACGCTAAAACCAGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGCCTGCTTCA
TTTCCAGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCAGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGTGCTAG
TCCAGGTCTCCAGATTCTAGATTTCGCGCTTTTTGCTAACAGTCTTCCTACTGAACTTGT
CTCTGGTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAAGCT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1EB56JQ 351 0 0
GTG
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AATGCGGGGAAATCAGCTGCAGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGTGCTAGTCCAGGTCTC
CAGATTCTAGATTTCGCGCTTTTTGCTAACAGTCTTCCTACTGAACTTGTTTCTGGTACT
ACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTCGGAGGAACTGGCTAA
AAGATACTTGTGCTTTCATTGACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCTTGTCTTCTATGTTTT
GTAGTCCTTGTAATACCTGTCTACATTATTACATTGTATGTGAGTTCC

QA 4 351 4 351
DS 



CO CL1181Contig2 807 4 13 U
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ATCTTCCTCTTATCTCTCCTTTTTGCTCTATCCAATGCCTCTGTCCAAGACTTCTGTGTG
GCCAACCTGAAACGTGCTAAAACCCCTGCGGGTTACCCATGCATTCGTCCCATTCACGTC
AAAGCCAAGGACTTTGTCTTTTCCGGTTTAGGCACTCCTGGGAACACTACAAACATCATC
AGCGCTGCGGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTGAACGGTCTAGGCCTC
TCTACAGCTAGACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGT
GCCTCTGAGGTTCTTTTTGTCCTTGACGGCTACATTACCGCTGGGTTTATCTCCTCTGCG
AATTCTGTTTACGTCCAGACACTAAAACCAGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTG
CTTCACTTCCAGATCAATGCGGGGAAATCAGATGCTGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGC
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CTCGTCTCTGGTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTC
GGAGGAACTGGCTAAAAGATACTTGGTGCTTTCATTGACACTTTTCTCTTTGATGGGTTC
TTGTCTTCTATGTTTTGTAGTCCTTGTAATACCTGTCTACATTATTACATT**ATGTGAG
TTTCTAAATTAAGATCCTGAGTTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1GC25TF U 1
AF RR1GE62TF U 1
AF RR1GC25JQ C 126
AF RR1GE62JQ C 150
BS 1 661 RR1GC25TF
BS 662 676 RR1GE62TF
BS 677 677 RR1GC25JQ
BS 678 721 RR1GE62TF
BS 722 722 RR1GC25JQ
BS 723 735 RR1GE62TF
BS 736 736 RR1GC25JQ
BS 737 748 RR1GE62TF
BS 749 749 RR1GC25JQ
BS 750 762 RR1GE62TF
BS 763 763 RR1GC25JQ
BS 764 785 RR1GE62TF
BS 786 807 RR1GC25JQ

RD RR1GC25TF 661 0 0
GGAGAACAGAAAAAAAAACAGAGTCAGTTCTTAAACCAATCAATCAAAATGTTGCGCATT
ATCTTCCTCTTATCTCTCCTTTTTGCTCTATCCAATGCCTCTGTCCAAGACTTCTGTGTG
GCCAACCTGAAACGTGCTAAAACCCCTGCGGGTTACCCATGCATTCGTCCCATTCACGTC
AAAGCCAAGGACTTTGTCTTTTCCGGTTTAGGCACTCCTGGGAACACTACAAACATCATC
AGCGCTGCGGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTGAACGGTCTAGGCCTC
TCTACAGCTAGACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGT
GCCTCTGAGGTTCTTTTTGTCCTTGACGGCTACATTACCGCTGGGTTTATCTCCTCTGCG
AATTCTGTTTACGTCCAGACACTAAAACCAGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTG
CTTCACTTCCAGATCAATGCGGGGAAATCAGATGCTGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGC
GCTAGTCCTGGTCTTCAGATTCTTGATTTCGCGCTTTTTGCAAACAGTCTTCCTACTGAA
CTCGTCTCTGGTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTC
G

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1GE62TF 785 0 0
GGAGAACAGAAAAA
AAAACAGAGTCAGTTCTTAAACCAATCAATCAAAATGTTGCGCATTATCTTCCTCTTATC
TCTCCTTTTTGCTCTATCCAATGCCTCTGTTCAAGACTTCTGTGTGGCCAACCTGAAACG
TGCTGAAACCCCTGCGGGTTACCCATGCATTCGTCCCATTCACGTCAAAGCCAAGGACTT
TGTCTTTTCCGGTTTAGGCACTCCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCGCTGCGGTCAC
GCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTGAACGGTCTAGGCCTCTCTACAGCTAGACT
TGACCTAGCTCCTAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTCTGAGGTTCT
TTTTGTCCTTGACGGCTACATTACCGCTGGGTTTATCTCCTCTGCGAATTCTGTTTACGT
CCAGACACTAAAACCAGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTGCTTCACTTCCAGAT
CAATGCGGGGAAATCAGATGCTGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCCTGGTCT
TCAGATTCTTGATTTCGCGCTTTTTGCAAACAGTCTTCCTACTGAACTCGTCTCTGGTAC
TACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAGGCTAGAGGGTGTTCTCGGAGGAACTGGCTA
AA*GATACTTGGTGCTTTCATTGACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCT*GTCTTCTATGTT
T*GTAGTCCTTGTA*TACCTGTCTACAT*ATTACATT**ATGTGAGTTTCT

QA 15 785 15 785
DS 

RD RR1GC25JQ 682 0 0
CCTGAAACGTGCTAAAACCCCTGCGGGTTACCCATGCATTCGTCCCATTCACGTCAAAGC
CAAGGACTTTGTCTTTTCCGGTTTAGGCACTCCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCGC
TGCGGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTGAACGGTCTAGGCCTCTCTAC
AGCTAGACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTC
TGAGGTTCTTTTTGTCCTTGACGGCTACATTACCGCTGGGTTTATCTCCTCTGCGAATTC
TGTTTACGTCCAGACACTAAAACCAGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTGCTTCA
CTTCCAGATCAATGCGGGGAAATCAGATGCTGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAG
TCCTGGTCTTCAGATTCTTGATTTCGCGCTTTTTGCAAACAGTCTTCCTACTGAACTCGT
CTCTGGTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTCGGAGG
AACTGGCTAAAAGATACTTGGTGCTTTCATTGACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCTTGTC
TTCTATGTTTTGTAGTCCTTGTAATACCTGTCTACATTATTACATTGTATGTGAGTTTCT
AAATTAAGATCCTGAGTTGGTC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1GE62JQ 658 0 0
GGGTTACCCATGCATTCGTCCCATTCACGTCAAAGCCAAGGACTTTGTCTTTTCCGGTTT
AGGCACTCCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCGCTGCGGTCACGCCCGGTTTCGCCGC
TCAGTTCCCGGGTCTGAACGGTCTAGGCCTCTCTACAGCTAGACTTGACCTAGCTCCTAA
AGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTCTGAGGTTCTTTTTGTCCTTGACGG
CTACATTACCGCTGGGTTTATCTCCTCTGCGAATTCTGTTTACGTCCAGACACTAAAACC
AGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTGCTTCACTTCCAGATCAATGCGGGGAAATC
AGATGCTGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCCTGGTCTTCAGATTCTTGATTT
CGCGCTTTTTGCAAACAGTCTTCCTACTGAACTCGTCTCTGGTACTACTTTCCTTGACCC
TGCTATAGTCAAGAGGCTAGAGGGTGTTCTCGGAGGAACTGGCTAAAAGATACTTGGTGC
TTTCATTGACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCTTGTCTTCTATGTTTTGTAGTCCTTGTAA
TACCTGTCTACATTATTACATT**ATGTGAGTTTCTAAATTAAGATCCTGAGTTGG
GC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 6

CO CL1182Contig1 837 6 10 U
TTTTTTTGAAAAGTCAAGCTTTCTACTTTTATTGAGTTTATAAATATAATTACCGATTAC
ATTACATATCCAAAAGAGCTCATACATCAACTCAATTTTTATTAAATAACTGTAATTCAT
TCTTAACTGGACTATTGTCTTCTTTATTATGATGCACCTGAACAGGTTTATATGTGTAAA
TCTTGGCACACCATAGATAGTATACAAGGTTAACGGCTTGTAACACAGTGATCACCCAGT
AAAAATACTCAAGTCTTCCACGGTTTAGATTGTTATCTGGTAACCAATTGTTTCCATCTG
GTTTAGCGCTGAATTTATGAACCAACGTCACAAGCAAAGTGCTTACATAGTTCCCAATCG
AAATTGCCATCCAGAACAACGCTGTTGCAGTACTCCTCATGCTTTCTGGAGCTTGGTCGT
AGAAGAACTCCATATGTCCGATCGACATGAAAGCCTCAGCAATTCCATGGAGACTATACT
GAGGAACCAACCAAAGAAACGAGATTGGAACCATTGTATGTGGTTTATCCAAAAGTCCAT
GCTCTATTGCAACGTGTTTGCGTTTGATCTCAATAAATCCGGCTACAAGTGTTGCGAAGA
TTGAGATTACGAAACCGATTCCCATACGATGGAGGAACGTGATGCCTCGCTCGAGACCAG
TGAACTTTCTGGCAATTTTGACAAAAATACGGTCGTAGACGACGATTGTGGAAAGCATAG
CAACAGTTGTGAAGACAGACATTGAACCCGCTGGTATTTGGAATGATTTTGTTAAATGTC
GATCCATGGTTTTGGTTTGCTGAAGAGAAAATGTTCCTTGTTGAGCATAGGCGGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG86JQ U 8
AF RR1FV12JQ U 34
AF RR1FV12TF C 34
AF RR1D680JQ U 7
AF RR1GG86TF C 1
AF RR1D680TF C 163
BS 1 8 RR1GG86TF
BS 9 33 RR1D680JQ
BS 34 267 RR1FV12JQ
BS 268 268 RR1D680JQ
BS 269 608 RR1FV12JQ
BS 609 674 RR1D680JQ
BS 675 739 RR1GG86TF
BS 740 740 RR1D680TF
BS 741 785 RR1GG86TF
BS 786 837 RR1D680TF

RD RR1GG86JQ 366 0 0
A
AAAAGTCAAGCTTTCTACTTTTATTGAGTTTATAAATATAATTACCGATTACATTACATA
TCCAAAAGAGCTCATACATCAACTCAATTTTTATTAAATAACTGTAATTCATTCTTAACT
GGACTATTGTCTTCTTTATTATGATGCACCTGAACAGGTTTATATGTGTAAATCTTGGCA
CACCATAGATAGTATACAAGGTTAACGGCTTGTAAAACAGTGATCACCCAGTAAAAATAC
TCAAGTCTTCCACGGTTTAGATTGTTATCTGGTAACCAATTGTTTCCATCTGGTTTAGCG
CTGAATTTATGAACCAACGTCACAAGCAAAGTGCTTACATAGTTCCCAATCGAAATTGCC
ATCCA

QA 2 366 2 366
DS 

RD RR1FV12JQ 576 0 0
GAGTTTATAAATATAATTACCGATTACATTACATATCCAAAAGAGCTCATACATCAACTC
AATTTTTATTAAATAACTGTAATTCATTCTTAACTGGACTATTGTCTTCTTTATTATGAT
GCACCTGAACAGGTTTATATGTGTAAATCTTGGCACACCATAGATAGTATACAAGGTTAA
CGGCTTGTAACACAGTGATCACCCAGTAAAAATACTCAAGTCTTCCACGGTTTAAATTGT
TATCTGGTAACCAATTGTTTCCATCTGGTTTAGCGCTGAATTTATGAACCAACGTCACAA
GCAAAGTGCTTACATAGTTCCCAATCGAAATTGCCATCCAGAACAACGCTGTTGCAGTAC
TCCTCATGCTTTCTGGAGCTTGGTCGTAGAAGAACTCCATATGTCCGATCGACATGAAAG
CCTCAGCAATTCCATGGAGACTATACTGAGGAACCAACCAAAGAAACGAGATTGGAACCA
TTGTATGTGGTTTATCCAAAAGTCCATGCTCTATTGCAACGTGTTTGCGTTTGATCTCAA
TAAATCCGGCTACAAGTGTTGCGAAGATTGAGATT
C

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1FV12TF 576 0 0
GAGTTTATAAATATAATTACCGATTACATTACATATCCAAAAGAGCTCATACATCAACTC
AATTTTTATTAAATAACTGTAATTCATTCTTAACTGGACTATTGTCTTCTTTATTATGAT
GCACCTGAACAGGTTTATATGTGTAAATCTTGGCACACCATAGATAGTATACAAGGTTAA
CGGCTTGTAACACAGTGATCACCCAGTAAAAATACTCAAGTCTTCCACGGTTTAGATTGT
TATCTGGTAACCAATTGTTTCCATCTGGTTTAGCGCTGAATTTATGAACCAACGTCACAA
GCAAAGTGCTTACATAGTTCCCAATCGAAATTGCCATCCAGAACAACGCTGTTGCAGTAC
TCCTCATGCTTTCTGGAGCTTGGTCGTAGAAGAACTCCATATGTCCGATCGACATGAAAG
CCTCAGCAATTCCATGGAGACTATACTGAGGAACCAACCAAAGAAACGAGATTGGAACCA
TTGTATGTGGTTTATCCAAAAGTCCATGCTCTATTGCAACGTGTTTGCGTTTGATCTCAA
TAAATCCGGCTACAAGTGTTGCGAAGATTGAGATT
C

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1D680JQ 668 0 0
GA
AAAAGTCAAGCTTTCTACTTTTATTGAGTTTATAAATATAATTACCGATTACATTACATA
TCCAAAAGAGCTCATACATCAACTCAATTTTTATTAAATAACTGTAATTCATTCTTAACT
GGACTATTGTCTTCTTTATTATGATGCACCTGAACAGGTTTATATGTGTAAATCTTGGCA
CACCATAGATAGTATACAAGGTTAACGGCTTGTAACACAGTGATCACCCAGTAAAAATAC
TCAAGTCTTCCACGGTTTAGATTGTTATCTGGTAACCAATTGTTTCCATCTGGTTTAGCG
CTGAATTTATGAACCAACGTCACAAGCAAAGTGCTTACATAGTTCCCAATCGAAATTGCC
ATCCAGAACAACACTGTTGCAGTACTCCTCATGCTTTCTGGAGCTTGGTCGTAGAAGAAC
TCCATATGTCCGATCGACATGAAAGCCTCAGCAATTCCATGGAGACTATACTGAGGAACC
AACCAAAGAAACGAGATTGGAACCATTGTATGTGGTTTATCCAAAAGTCCATGCTCTATT
GCAACGTGTTTGCGTTTGACCTCAATAAATCCGGCTACAAGTGTTGCGAAGATTGAGATT
ACGAAACCGATTCCCATACGATGGAGGAACGTGATGCCTCGCTCGAGACCAGTGAACTTT
CTGGCA

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR1GG86TF 785 0 0
TTTTTTTGAAAAGTCAAGCTT*CTACTTTTATTGAGTTTATAAATATAATTACCGATTAC
ATTACATATCCAAAAGAGCTCATACATCAACTCAATTTTTATTAAATAACTGTAATTCAT
TCTTAACTGGACTATTGTCTTCTTTATTATGATGCACCTGAACAGGTTTATATGTGTAAA
TCTTGGCACACCATAGATAGTATACAAGGTTAACGGCTTGTAAAACAGTGATCACCCAGT
AAAAATACTCAAGTCTTCCACGGTTTAGATTGTTATCTGGTAACCAATTGTTTCCATCTG
GTTTAGCGCTGAATTTATGAACCAACGTCACAAGCAAAGTGCTTACATAGTTCCCAATCG
AAATTGCCATCCAGAACAACGCTGTTGCAGTACTCCTCATGCTTTCTGGAGCTTGGTCGT
AGAAGAACTCCATATGTCCGATCGACATGAAAGCCTCAGCAATTCCATGGAGACTATACT
GAGGAACCAACCAAAGAAACGAGATTGGAACCATTGTATGTGGTTTATCCAAAAGTCCAT
GCTCTATTGCAACGTGTTTGCATTTGATCTCAATAAATCCGGCTACAAGTGTTGCGAAGA
TTGAGATTACGAAACCGATTCCCATACGATGGAGGAACGTGATGCCTCGCTCGAGACCAG
TGAACTTTCTGGCAATTTTGACAAAAATACGGTCGTAGACGACGATTGTGGAAAGCATAG
CAACAGTTGTGAAGACAGATATTGAACCCGCTGGTATTTGGAATGATTTTGTTAAATGTC
GATCC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1D680TF 675 0 0
CAGGTTTATATGTGTAAATCTTGGCACACCATAGATAGTATACAAGGTTAACGGCTTGTA
ACACAGTGATCACCCAGTAAAAATACTCAAGTCTTCCACGGTTTAGATTGTTATCTGGTA
ACCAATTGTTTCCATCTGGTTTAGCGCTGAATTTATGAACCAACGTCACAAGCAAAGTGC
TTACATAGTTCCCAATCGAAATTGCCATCCAGAACAACACTGTTGCAGTACTCCTCATGC
TTTCTGGAGCTTGGTCGTAGAAGAACTCCATATGTCCGATCGACATGAAAGCCTCAGCAA
TTCCATGGAGACTATACTGAGGAACCAACCAAAGAAACGAGATTGGAACCATTGTATGTG
GTTTATCCAAAAGTCCATGCTCTATTGCAACGTGTTTGCGTTTGACCTCAATAAATCCGG
CTACAAGTGTTGCGAAGATTGAGATTACGAAACCGATTCCCATACGATGGAGGAACGTGA
TGCCTCGCTCGAGACCAGTGAACTTTCTGGCAATTTTGACAAAAATACGGTCGTAGACGA
CGATTGTGGAAAGCATAGCAACAGTTGTGAAGACAGACATTGAACCCGCTGGTATTTGGA
ATGATTTTGTTAAATGTCGATCCATGGTTTTGGTTTGCTGAAGAGAAAATGTTCCTTGTT
GAGCATAGGCGGTAC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 6

CO CL1183Contig1 420 6 11 U
AACTACTAAACAAGCTGAACCAAAATCAAGAAACGCAATTTTCTTCAAGGAGAATACGAT
GATAAATCAAGGCCTGGATAAAACGAGTACGTAAACATAGTCAAAACGAACTGAAACAGT
CTCAACTTCATTAATAAAAAAAA*CCTCAAAATGTATTCTCATACAAAATCAAAACAGCT
TATTCTTCAGCGCTAGCATTCTCGCCGCTCTTAACGTTGTGCTTCCTCGCGTACCTCTGG
TTCCTCAAGAACTTAGGGTCCATTCCTCTGGTGGGAGTGTGACGGTGTCTCCTAGGCTTC
TTGATTCCGTTCTTGTGTGCCTTGGCAGACTGGTTATGCGCTGTGTGATTCTTCGACTTG
GCCATCTCTGCGTCGGATAGATCTGCTCGGCTAGAGTTGCTTACGGCGATACAAATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1GA91JQ U 95
AF RR1GA91TF C 1
AF RR1E183JQ U 53
AF RR1E183TF C 53
AF RR1B240JQ U 76
AF RR1B240TF C 76
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BS 53 94 RR1E183JQ
BS 95 150 RR1GA91JQ
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DS 

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TCGACTTGGCCATCTCTGCGTCGGATAGATCTGCTCGGCTAGAGTTGCTTACGGCGAT
CC

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DS 

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GAAACAGTCTCAACTTCATTAATAAAAAAAAACCTCAAAATGTATTCTCATACAAAATCA
AAACAGCTTATTCTTCAGCGCTAGCATTCTCGCCGATCTTAACGTTGTGCTTCCTCGTGT
ACCTCTGGTTCCTCAAGAACTTAGGGTCCATTCCTCTGGTGGGAGTGTGACGGTGTCTCC
TAGGCTTCTTGATTCCGTTCTTGTGTGCCTTGGCAGACTGGTTATGCGCTGTGTGATTCT
TCGACTTGGCCATCTCTGCGTCGGATAGATCTGCTCGGCTAGAGTTGCTTACGGCGAT
CC

QA 1 358 1 358
DS 

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QA 1 345 1 345
DS 

RD RR1B240TF 345 0 0
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AAAAAAA**CCTCAAAATGTATTCTCATACAAAATCAAAACAGCTTATTCTTCAGTGCTA
GCATTCTCGCCGCTCTTAACGTTGTGCTTCCTCGCGTACCTCTGGTTCCTCGAGAACTTA
GGGTCCATTCCTCTGGTGGGAGTGTGACGGTGTCTCCTAGGCTTCTTGATTCCGTTCTTG
TGTGCCTTGGCAGACTGGTTATGCGCTGTGTGATTCTTCGACTTGGCCATCTCTGCGTCG
GATAGATCTGCTCGGCTAGAGTTGCTTACGGCGATACAAATATCC

QA 1 345 1 345
DS 



AS 1 5

CO CL1184Contig1 1354 5 19 U
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GGCTGATGGTAAAAAGTTCGAGGATAAGATTGTTGCAACTTTGAAGAAATATGGATACAA
AGGCTCATATATGTCTCGAGATTGGCTGAAGCAGCCAATATTTATCCAGTCTTTTGCTGC
AACTTCGCTAGTTTACATTTCAAACATGACAGACTCACCAAAAGTGTTCTTGATCGACGA
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TTTAGATTACATTAAACCATATGTGGTTGGGATTGGTCCATGGAAAGACACTATTGTTCC
TGTTAGCAATAACCGTCTGACTACACCAACGGATCTGGTTGCAAGAGCACATTCACGTAA
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TCAAGATGCGTATTTGGAGTATGATTATTGGATCAACAAGATTGGTGTTGATGGTCTGTT
CACTGACTTCACCGGAAGTCTTCACAATTTCCAGGAGTTGACTTCTCCTTTGCCTAAACT
TCAGTGATTATGCAATGGATTCTGGGCTGTTTTTCTTTTGCCTTCTTAAGCTAGTTTAAT
CTCCTGTTAGTTATTTTTGTAGGAATCCTTTGAAACTTTTCAATTCTCTTCTCTTTAATA
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AGGCAGCAACTCAGTCTTAACTGGAATAATTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU81TF U 12
AF RR1DS58TF U 1
AF RR1BC63TF U 1
AF RR1BC63JQ C 463
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BS 1125 1125 RR1AQ26JQ
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BS 1163 1247 RR1BC63JQ
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TGTCTCGAGATTGGCT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1DS58TF 710 0 0
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GAGAACTTATGAAGTCCAAGGGATGAACATGACCGGCTTCTTTACTGTTGATTTTACTCT
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TGGGAAGTTTCCAATTATTACTTTGGACGAGTATATAGCAATAGCACTGGATGCACCTAG
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AG*CTCATATATGTCTCGAGATTGGCTGAAGCAGCCAATATT
ATCCAGTC

QA 1 702 1 702
DS 

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ACTGTCATTGTTGATTGCTGAATGTGCCTCAAGGCCATTGTATACGCTCCCAAGTCTAGC
AAAAGCTGGAACCAAGAAACCGCTTCAGACTTCTCGTCCGTTCAATGTTGCACACAGAGG
AGCAAACGGCGAGTTCCCTGAAGAAACTGCTCCTGCATATATGAGGGCCATCGAGGAAGG
TGCAGATTTCATAGAATCTGATATTCTATCTACGAAAGACGGTGTTCTTATATACCATCA
CGATGTGAATCTCGATGATACAACCGATGTTGCGGACCACAAGGAGTTTGCAGACCGTAA
GAGAACTTATGAAGTCCAAGGGATGAACATGACCGGCTTCTTTACTGTTGATTTTACTCT
CGAGGAGCTGAGAACACTTGGAGCTAAGCAGAGGTATCCTTTCAGGGATCAACAGTACAA
TGGGAAGTTTCCAATTATTACTTTGGACGAGTATATAGCAATAGCACTGGATGCACCTAG
AGTTGTTGGGATATATCCAGAGATCAAGAACCCTGTTTTCATCAATCAGCAAGTGAAATG
GGCTGATGGTAAAAAGTTCGAGGATAAGATTGTTGCAACTTTGAAGAAATATGGATACAA
AG*CTCATATATGTCTCGAGATTGGCTGAAGCAGCCAATATTTATCCAGTCTTTTGCTGC
AACTTCGCTAGTTTACATTTCAAACATGACAGACTCACCAAAAGTGTTCTTGATCGACGA
TGTCACTATCTTAACCGA*GACACTAATA*GACATACGCTGAGATTACATCAGACGCATA
TTTAGAT

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1BC63JQ 824 0 0
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AGCACTGGATGCACCTAGAGTTGTTGGGATATATCCAGAGATCAAGAACCCTGTTTTCAT
CAATCAGCAAGTGAAATGGGCTGATGGTAAAAAGTTCGAGGATAAGATTGTTGCAACTTT
GAAGAAATATGGATACAAAGGCTCATATATGTCTCGAGATTGGCTGAAGCAGCCAATATT
TATCCAGTCTTTTGCTGCAACTTCGCTAGTTTACATTTCAAACATGACAGACTCACCAAA
AGTGTTCTTGATCGACGATGTCACTATTTTAACCGAAGACACTAATAAGACATACGCTGA
GATTACATCAGACGCATATTTAGATTACATTAAACCATATGTGGTTGGGATTGGTCCATG
GAAAGACACTATTGTTCCTGTTAGCAATAACCGTCTGACTACACCAACGGATCTGGTTGC
AAGAGCACATTCACGTAACCTTCAGGTGCATCCATACACATACCGTAACGAGAACCAGTT
TTTGCATTCCGGGTTTCATCAAGATGCGTATTTGGAGTATGATTATTGGATCAACAAGAT
TGGTGTTGATGGTCTGTTCACTGACTTCACCGGAAGTTTTCACAATTTCCAGGAGTTGAC
TTTTCCTTTGCCTAAACTTCAGTGATTATGCAATGGATTTTGGGCTGTTTTTCTTTTGCC
TTCTTAAGCTAGTTTAATCTCCTGTTAGTTATTTTTGTAGGAATCCTTTGAAACTTTTCA
ATTCTTTTCTCTTTAATAAAAAGAAGCAACTGCTCCTTTTATG
G

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR1AQ26JQ 814 0 0
AGTTGTTGGGATATATCCAGAGATCAAGAACCCTGTTTTCATCAATCAGCAAGTGAAATG
GGCTGGTGGTAAAAAGTTCGAGGATAAGATTGTTGCAACTTTGAAGAAATATGGATACAA
AGGCTCATATATGTCTCGAGATTGGCTGAAGCAGCCAATATTTATCCAGTCTTTTGCTGC
AACTTCGCTAGTTTACATTTCAAACATGACAGACTCACCAAAAGTGTTCTTGATCGACGA
TGTCACTATCTTAACCGAAGACACTAATAAGACATACGCTGAGATTACATCAGACGCATA
TTTAGATTACATTAAACCATATGTGGTTGGGATTGGTCCATGGAAAGACACTATTGTTCC
TGTTAGCAATAACCGTCTGACTACACCAACGGATCTGGTTGCAAGAGCACATTCACGTAA
CCTTCAGGTGCATCCATACACATACCGTAACGAGAACCAGTTTT*GCATTCCGGGTTTCA
TCAAGATGCGTATTTGGAGTATGATTATTGGATCAACAAGATTGGTGTTGATGGTCTGTT
CACTGACTTCACCGGAAGTCTTCACAATTTCCAGGAGTTGACTTCTCCTTTGCCTAAACT
TCAGTGATTATGCAATGGATTCTGGGCTGTTTTTCTTTTGCCTTCTTAAGCTAGTTTAAT
CTCCTGTTAGTTATTTTTGTAGGAATCCTTTGAAACTTTTCAATTCTCTTCTCTTTAATA
AAAAGAAGCAACTGCTCCTTTTATGTTTTTTTACAATGCCTTGAGAATGTATTTTTGTCT
AGGCAGCAACTCAGTCTTAACTGGAATAATTTTT

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 6

CO CL1185Contig1 557 6 2 U
ACTGAAAATGAACATCTGCTCCGATTTATATATAAATTATCAGACATACAAAACATCAAA
CTGAAAAGATGACAAATAACAGAGACGACATCAAATACGCAACAGCTCAAGCAAAGCAAT
CGGAGGACGAGGCAATTCGAGTACGATATATATGTTATACTTTTCTCAATAAAAAAAGGG
GCAAAATAAGAGTACGTTTTACCAATGAAGCTTCTTTAAAACAATATATTTCAAATAAAC
AGAAGAAGATATCCAAAAAATTAGAAGGCGTACGTAATAAACCTCTGCTTTATAGATAGA
TGATAAAAGGTAGTGAGCAAAGCATGTTTCTACACACCATTGTTCCAACTTCAAATGTAA
AAGATAACACAATGCATAAAAAAAGGTTCAAGAACGAAACTAGAAAGGAACGACAGAGAT
TCATGGATTTTGAAACACAAGACTACTTGGATCGCTGTCTCATCTTCCTGCGCTTCCTCT
TCAGTCTCCTCATGCGTTTCTTCTTCCACTTCGCCCTCATCGTCAAGTCGCCGAAATCAG
ATTCTCCTCCGCTTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1EW84JQ U 1
AF RR1EW84TF C 1
AF RR1C129JQ U 264
AF RR1E356JQ U 269
AF RR1E356TF C 269
AF RR1C129TF C 264
BS 1 550 RR1EW84JQ
BS 551 557 RR1C129JQ

RD RR1EW84JQ 552 0 0
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CTGAAAAGATGACAAATAACAGAGACGACATCAAATACGCAACAGCTCAAGCAAAGCAAT
CGGAGGACGAGGCAATTCGAGTACGATATATATGTTATACTTTTCTCAATAAAAAAAGGG
GCAAAATAAGAGTACGTTTTACCAATGAAGCTTCTTTAAAACAATATATTTCAAATAAAC
AGAAGAAGATATCCAAAAAATTAGAAGGCGTACGTAATAAACCTCTGCTTTATAGATAGA
TGATAAAAGGTAGTGAGCAAAGCATGTTTCTACACACCATTGTTCCAACTTCAAATGTAA
AAGATAACACAATGCATAAAAAAAGGTTCAAGAACGAAACTAGAAAGGAACGACAGAGAT
TCATGGATTTTGAAACACAAGACTACTTGGATCGCTGTCTCATCTTCCTGCGCTTCCTCT
TCAGTCTCCTCATGCGTTTCTTCTTCCACTTCGCCCTCATCGTCAAGTCGCCGAAATCAG
ATTCTCCTCC
CC

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1EW84TF 552 0 0
ACTGAAAATGAACATCTGCTCCGATTTATATATAAATTATCAGACATACAAAACATCAAA
CTGAAAAGATGACAAATAACAGAGACGACATCAAATACGCAACAGCTCAAGCAAAGCAAT
CGGAGGACGAGGCAATTCGAGTACGATATATATGTTATACTTTTCTCAATAAAAAAAGGG
GCAAAATAAGAGTACGTTTTACCAATGAAGCTTCTTTAAAACAATATATTTCAAATAAAC
AGAAGAAGATATCCAAAAAATTAGAAGGCGTACGTAATAAACCTCTGCTTTATAGATAGA
TGATAAAAGGTAGTGAGCAAAGCATGTTTCTACACACCATTGTTCCAACTTCAAATGTAA
AAGATAACACAATGCATAAAAAAAGGTTCAAGAACGAAACTAGAAAGGAACGACAGAGAT
TCATGGATTTTGAAACACAAGACTACTTGGATCGCTGTCTCATCTTCCTGCGCTTCCTCT
TCAGTCTCCTCATGCGTTTCTTCTTCCACTTCGCCCTCATCGTCAAGTCGCCGAAATCAG
ATTCTCCTCC
CC

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1C129JQ 294 0 0
A
AAGGCGTACGTAATAAACCTCTGCTTTATAGATAGATGATAAAAGGTAGTGAGCAAAGCA
TGTTTCTACACACCATTGTTCCAACTTCTAATGTAAAAGATAACACAATGCATAAAAAAA
GGTTCAAGAACGAAACTAGAAAGGAACGACAGAAATTCATGGATTTTGAAACACAAGACT
ACTTGGATCGCTGTCTCATCTTCCTGCGCTTCCTCTTCAGTCTCCTCATGCGTTTCTTCT
TCCACTTCGCCCTCATCGTCAAGTCGCCGAAATCAAATTCTCCTCCGCTTTCC

QA 2 294 2 294
DS 

RD RR1E356JQ 289 0 0
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TCTACACACCATTGTTCCAACTTCAAATGTAAAAGATAACACAATGCATAAAAAAAGGTT
CAAGAACGAAACTAGAAAGGAACGACAGAGATTCATGGATTTTGAAACACAAGACTACTT
GGATCGCTGTCTCATCTTCCTGCGCTTCCTCTTCAGTCTCCTCATGCGTTTCTTCTTCCA
CTTCGCCCTCATCGTCAAGTCGCCGAAATCAGATTCTCCTCCGCTTTCC

QA 1 289 1 289
DS 

RD RR1E356TF 289 0 0
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TCTACACACCATTGTTCCAACTTCAAATGTAAAAGATAACACAATGCATAAAAAAAGGTT
CAAGAACGAAACTAGAAAGGAACGACAGAGATTCATGGATTTTGAAACACAAGACTACTT
GGATCGCTGTCTCATCTTCCTGCGCTTCCTCTTCAGTCTCCTCATGCGTTTCTTCTTCCA
CTTCGCCCTCATCGTCAAGTCGCCGAAATCAGATTCTCCTCCGCTTTCC

QA 1 289 1 289
DS 

RD RR1C129TF 294 0 0
G
AAGGCGTACGTAATAAACCTCTGCTTTATAGATAGATGATAAAAGGTAGTGAGCAAAGCA
TGTTTCTACACACCATTGTTCCAACTTCTAATGTAAAAGATAACACAATGCATAAAAAAA
GGTTCAAGAACGAAACTAGAAAGGAACGACAGAGATTCATGGATTTTGAAACACAAGACT
ACTTGGATCGCTGTCTCATCTTCCTGCGCTTCCTCTTCAGTCTCCTCATGCGTTTCTTCT
TCCACTTCGCCCTCATCGTCAAGTCGCCGAAATCAGATTCTCCTCCGCTTTCC

QA 2 294 2 294
DS 



AS 1 6

CO CL1186Contig1 732 6 13 U
GAAAGACAACAATACAGAAAGACAACGATTACTTTTCTTGTAATAACTAACGATCGAAAA
TGTCGATGATTCCGAGCTTCTTCGGGAACAACAGGCGTGGAGGCAACAGCTTCTTCGACC
CCTTCTCTCTCGACGTTTGGGACCCGCTCAAGGACTTTCCATCTTCTTCCTTCTCTCGGG
AGAACTCTGCGATCGCGAACGCGCGCGTGGACTGGAGGGAGACTCCCGAGGCGCACGTGT
TCAAGGCGGATTTGCCCGGGCTGAAGAAGGAGGAAGTGAAGGTGGAAATTGAGGATGACA
GCGTGCTGAAGATCAGCGGGGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACACGTGGC
ACCGTGTCGAGAGGTCGAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTGCCCGAGAATGTGA
AGATGGATCAGGTGAAGGCGGCGATTGAGAACGGAGTTTTGACTGTGACTGTGCCGAAGG
CTGAGGTGAAGAAACCTGATGTCAAATCTATCCAGATCTCTGGCTGAGCATCCGACTCGG
CGAACTTCGTACATCAATGTGTTCATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGTTGTGG
TCTTAGTGAGTGTTTGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGAAATGGCTATGATGTGTAATAAA
CTATATTAGTACAAAGTTTCTCTTTGTTTTGTTTTGAAATGCTATTAGTACAAAGTTAAA
TTGCCTAAAAAA


BQ
10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC72TF U 3
AF RR1E908JQ C 1
AF RR1E908TF U 1
AF RR1GC72JQ C 3
AF RR1E032TF U 3
AF RR1E032JQ C 176
BS 1 4 RR1E908JQ
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BS 561 561 RR1E032TF
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BS 639 672 RR1E908TF
BS 673 732 RR1E032TF

RD RR1GC72TF 651 0 0
GG
GACAACAATACAGAAATACAACGATTACTTTTCTTGTAATAACTAACGATCGAAAATGTC
GATGATTCCGAGCTTCTTCGGGAACAACAGGCGTGGAGGCAACAGCTTCTTCGACCCCTT
CTCTCTCGACGTTTGGGACCCGCTCAAGGACTTTCCATCTTCTTCCTTCTCTCGGGAGAA
CTCTGCGATCGCGAACGCGCGCGTGGACTGGAGGGAGACTCCCGAGGCGCACGTGTTCAA
GGCGGATTTGCCCGGGCTGAAGAAGGAGGAAGTGAAGGTGGAAATTGAGGATGACAGCGT
GCTGAAGATCAGCGGGGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACACGTGGCACCG
TGTCGAGAGGTCTAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTGCCCGAGAATGTGAAGAT
GGATCAGGTGAAGGCGGCGATTTAGAACGGAGTTTTGACTGTGACTGTGCCGAAGGCTGA
GGTGAAGAAACCTGATGTCAAATCTATCCAGATCTCTGGCTGAGCATCCGACTCGGCGAA
CTTCGTACATCAATGTGCTCATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGTTGTGGTCTT
AGTGAGTGTTTGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGAAATGGCTATGATGTG

QA 3 651 3 651
DS 

RD RR1E908JQ 672 0 0
GAAAGACAACAATACAGAAAGACAACGATTACCTTTCTTGTAATAACTAACGATCGAAAA
TGTCGATGATTCCGAGCTTCTTCGGGAACAACAGGCGTGGAGGCAACAGCTTCTTCGACC
CCTTCTCTCTCGACGTTTGGGACCCGCTCAAGGACTTTCCATCTTCTTCCTTCTCTCGGG
AGAACTCTGCAATCGCGAACGCGCGCGTGGACTGGAGGGAGACTCCCGAGGCGCACGTGT
TCAAGGCGGATTTGCCCGGGCTGAAGAAGGAGGAAGTGAAGGTGGAAATTGAGGATGACA
GCGTGCTGAAGATCAGCGGGGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACACGTGGC
ACCGTGTCGAGAGGTCGAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTGCCCGAGAATGTGA
AGATGGATCAGGTGAAGGCGGCGATTGAGAACGGAGTCTTGACTGTGACTGTGCCGAAGG
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CGAACTTCGTACATCAATGTTTTCATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGTTGTGG
TCTTAGTGAGTGTTTGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGGAATGGCTATGATGTGTAATAAA
CTATATTAGTAC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1E908TF 678 0 0
GAAA
GACAACAATACAGAAAGACAACGATTACCTTTCTTGTAATAACTAACGATCGAAAATGTC
GATGATTCCGAGCTTCTTCGGGAACAACAGGCGTGGAGGCAACAGCTTCTTCGACCCCTT
CTCTCTCGACGTTTGGGACCCGCTCAAGGACTTTCCATCTTCTTCCTTCTCTCGGGAGAA
CTCTGCAATCGCGAACGCGCGCGTGGACTGGAGGGAGACTCCCGAGGCGCACGTGTTCAA
GGCGGATTTGCCCGGGCTGAAGAAGGAGGAAGTGAAGGTGGAAATTGAGGATGACAGCGT
GCTGAAGATCAGCGGGGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACACGTGGCACCG
TGTCGAGAGGTCGAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTGCCCGAGAATGTGAAGAT
GGATCAGGTGAAGGCGGCGATTGAGAACGGAGTCTTGACTGTGACTGTGCCGAAGGCTGA
GGTGAAGAAACCTGATGTCAAATCTATCCAGATCTCTGGCTGAGCATCCGACTCGGCGAA
CTTCGTACATCAATGTTTTCATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGTTGTGGTCTT
AGTGAGTGTTTGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGGAATGGCTATGATGTGTAATAAACTAT
ATTAGTAC
AAAAAA

QA 5 672 5 672
DS 

RD RR1GC72JQ 670 0 0
GG
GACAACAATACAGAAATACAACGATTACTTTTCTTGTAATAACTAACGATCGAAAATGTC
GATGATTCCGAGCTTCTTCGGGAACAACAGGCGTGGAGGCAACAGCTTCTTCGACCCCTT
CTCTCTCGACGTTTGGGACCCGCTCAAGGACTTTCCATCTTCTTCCTTCTCTCGGGAGAA
CTCTGCGATCGCGAACGCGCGCGTGGACTGGAGGGAGACTCCCGAGGCGCACGTGTTCAA
GGCGGATTTGCCCGGGCTGAAGAAGGAGGAAGTGAAGGTGGAAATTGAGGATGACAGCGT
GCTGAAGATCAGCGGGGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACACGTGGCACCG
TGTCGAGAGGTCTAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTGCCCGAGAATGTGAAGAT
GGATCAGGTGAAGGCGGCGATTTAGAACGGAGTTTTGACTGTGACTGTGCCGAAGGCTGA
GGTGAAGAAACCTGATGTCAAATCTATCCAGATCTCTGGCTGAGCATCCGACTCGGCGAA
CTTCGTACATCAATGTGCTCATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGTTGTGGTCTT
AGTGAGTGTTTGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGAAATGGCTATGATGTGTAATAAACTAT
ATTAGTAC

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR1E032TF 730 0 0
GG
GACAACAATACAGAAAGACAACGATTACTTTTCTTGTAATAACTAACGATCGAAAATGTC
GATGATTCCGAGCTTCTTCGGGAACAACAGGCGTGGAGGCAACAGCTTCTTCGACCCCTT
CTCTCTCGACGTTTGGGACCCGCTCAAGGACTTTCCATCTTCTTCCTTCTCTCGGGAGAA
CTCTGCGATCGCGAACGCGCGCGTGGACTGGAGGGAGACTCCCGAGGCGCACGTGTTCAA
GGCGGATTTGCCTGGGCTGAAGAAGGAGGAAGTGAAGGTGGAAATTGAGGATGACAGCGT
GCTGAAGATCAGCGGGGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACACGTGGCACCG
TGTCGAGAGGTCGAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTGCCCGAGAATGTGAAGAT
GGATCAGGTGAAGGCGGCGATTGAGAACGGAGTTTTGACTGTGACTGTGCCGAAGGCTGA
GGTGAAGAAACCTGATGTCAAATCTATCCAGATCTCTGGCTGAGCATCCGACTCGGCGAA
CTTCGTACATCAATGTGTTCATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGTTGTGGTCTT
AGTGAGTGTTTGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGAAATGGCTATGATGTGTAATAAACTAT
ATTAGTACAAAGTTTCTCTTTGTTTTGTTTTGAAATGCTATTAGTACAAAGTTAAATTGC
CTAAAAAA

QA 3 730 3 730
DS 

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CGTGTTCAAGGCGGATTTGCCTGGGCTGAAGAAGGAGGAAGTGAAGGTGGAAATTGAGGA
TGACAGCGTGCTGAAGATCAGCGGGGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACAC
GTGGCCCCGTGTCGAGAGGTCGAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTGCCCGAGAA
TGTGAAGATGGATCAGGTGAAGGCGGCGATTGAGAACGGAGTTTTGACTGTGACTGTGCC
GAAGGCTGAGGTGAAGAAACCTGATGTCAAATCTATCCAGATCTCTGGCTGAGCATCCGA
CTCGGCGAACTTCGTACATCAATGTGTTCATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGT
TGTGGTCTTAGTGAGTGTTTGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGAAATGGCTATGATGTGTA
ATAAACTATATTAGTACAAAGTTTCTCTTTGTTTTGTTTTGAAATGCTATTAGTACAAAG
TTAAATTGCCT

QA 1 551 1 551
DS 



AS 1 6

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AGCCGTTTGTGGGCACGACCACGTGGCTTCTTCTTCTTGTCCTGCTTAGCCACTTTAGGC
GTCTGTCCTCTCACCTTACCGGCACGAGCCAATGAACCGTGAACCTTACCCATAGTAGTT
CTGACGACTGAATCGGCGCTACCTCCGGCAAATGCGTGACGACAGCTTTTTGTTAGACTA
GGCC


BQ
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 10 40 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR1GY62JQ U 1
AF RR1H995JQ U 1
AF RR1GY62TF C 1
AF RR1H995TF C 1
AF RR1G356JQ U 1
AF RR1G356TF C 165
BS 1 184 RR1GY62JQ
BS 185 364 RR1G356JQ

RD RR1GY62JQ 184 0 0
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QA 1 184 1 184
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RD RR1H995JQ 184 0 0
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AGCC

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR1GY62TF 184 0 0
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AGCC

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR1H995TF 184 0 0
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AGCC

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR1G356JQ 364 0 0
A
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TAAAACAAAATCCGCAAAACTTCAAATCCAAAGCGTTCATCATCTATTTCTCAGATGAGT
TGGGTCCTCTCTTCTTGCCAAATCCAACAACGGCGGTGACGAAACGGCGGTTATGTTGAA
GACGTTTGTGGGCACGACCACGTGGCTTCTTCTTCTTGTCCTGCTTAGCCACTTTAGGCG
TCTGTCCTCTCACCTTACCGGCACGAGCCAATGAACCGTGAACCTTACCCATAGTAGTTC
TGACGACTGAATCGGCGCTACCTCCGGCAAATGCGTGACGACAGCTTTTTGTTAGACTAG
GCC

QA 2 364 2 364
DS 

RD RR1G356TF 200 0 0
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CTTAGCCACTTTAGGCGTCTGTCCTCTCACCTTACCGGCACGAGCCAATGAACCGTGAAC
CTTACCCATAGTAGTTCTGACGACTGAATCGGCGCTACCTCCGGCAAATGCGTGACGACA
GCTTTTTGTTAGACTAGGCC

QA 1 200 1 200
DS 



AS 1 4

CO CL1188Contig1 913 4 2 U
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AAAAGGTCGTTTCTTCCTAACATCAATTGTAAGAAATTACTTTCCCTCGGTCACATATGC
ACCAAGTAGGCGTCTGCTGTGTACAACCCCCTATGATGATGATTATGATATAGATTCAAC
TTATGGTAGGCCTTTCCCTAGACTCGTGGAGATAGATCTCTTTGATAGACCATTGCCTTC
TGAGAAAATCTTGTCGCTGATTGAGACTTTGGAACATCTAACTATAAAAAAAAAACACGA
GTTTAGGTTTATATTTAGTGAAGCGTTGGGACTTCCAACCCCTCCCAAAACTCCAAGAAG
AGCAGATCAGAGGTTTCTTGTGAAGTTGATGGAGTGTGAAAAGCCTTATTATAATGGTGT
GCTTAAAGAAGTTGCATGGGCCCAAACTACCGAAGACAAGACATCATTGTACCAGTTTTA
CATGGGCGATAGTTATGAGATTGCTGAAAATGTCCCTTCCATTGTTAAACAATATATCAC
AAAGGAAGAAGCTGAAGACCTTGCAGCGAAGCTCAATGCTGCTGGTGGAGTCGCTGTTGT
CGAGGAGGTTGATGGAGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAACGAGAAGGAGAAGGAGAATGA
GAATGAGAATGAGAATGAGAATGAAAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGGAATG
ACTGAGAAATTGTCCTAATGATGTGGAAGCTTGTCTTTTATTGTGTGTGTTTGGCATAAG
ACTATTATCATCTTCTAATTATGTTTTCGCTTTTCAATTTGGTGTTGAGACTTACCTTTA
TATGATCTGGTGTTGTGGCTACATGTAAAACACTTTTCACTTGTGTCTATCTATATATAT
TATGAGTTGTGAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO91TF U 1
AF RR1DQ33TF U 1
AF RR1BF25TF U 1
AF RR1BF25JQ C 155
BS 1 681 RR1BF25TF
BS 682 913 RR1BF25JQ

RD RR1BO91TF 624 0 0
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CTTTAGGTTTATATTTAGTGAAGCGTTGGGACTTCCAACCCCTCCCAAAACTCCAAGAAG
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AAAGGAAGAAGCTGAAGACCTTGCAGCGAAGCTCAATGCTGCTGGTGGAGTCGCTGTTGT
CGAGGAGGTTGATGGAGAGAAGGA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1DQ33TF 638 0 0
GGACATTCATCCCCCCAACCAACACAGAGCCGAACATATGTATAATATGATGAAGTCTGG
AAAAGGTCATTTCTTCCTAACATCAATTGTAAGAAATTACTTTCCCTCGGTCACATATGC
ACCAAGTAGGCGTCTGCTGTGTACAACCCCCTATGATGATGATTATGATATAGATTCAAC
TTATGGTAGGCCTTTCCCTAGACTCGTGGAGATAGATCTCTTTGATAGACCATTGCCTTC
TGAGAAAATCTTGTCGCTGATTGAGACTTTGGAACATCTAACTATAAAAGAAAAACACGA
GTTTAGGTTTATATTTAGTGAAGCGTTGGGACTTCCAACCCCTCCCAAAACTCCAAGAAG
AGCAGATCAGAGGTTTCTTGTGAAGTTGATGGAGTGTGAAAAGCCTTATTATAATGGTGT
GCTTAAAGAAGTTGCATGGGCCCAAACTACCGAAGACAAGACATCATTGTACCAGTTTTA
CATGGGCGATAGTTATGAGATTGCTGAAAATGTCCCTTCCATTGTTAAACAATATATCAC
AAAGGAAGAAGCTGAAGACCTTGCAGCGAATCTCAATGCTGCTGGTGGAGTCGCTGTTGT
CGAGGAGGTTGATGGAGAGAAGGAGAAG
AGAAAGAGAA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1BF25TF 690 0 0
GGACATTCATCCCCCCAACCAACACAGAGCCGAACATATGTATAATATGATGAAGTCTGG
AAAAGGTCGTTTCTTCCTAACATCAATTGTAAGAAATTACTTTCCCTCGGTCACATATGC
ACCAAGTAGGCGTCTGCTGTGTACAACCCCCTATGATGATGATTATGATATAGATTCAAC
TTATGGTAGGCCTTTCCCTAGACTCGTGGAGATAGATCTCTTTGATAGACCATTGCCTTC
TGAGAAAATCTTGTCGCTGATTGAGACTTTGGAACATCTAACTATAAAAAAAAAACACGA
GTTTAGGTTTATATTTAGTGAAGCGTTGGGACTTCCAACCCCTCCCAAAACTCCAAGAAG
AGCAGATCAGAGGTTTCTTGTGAAGTTGATGGAGTGTGAAAAGCCTTATTATAATGGTGT
GCTTAAAGAAGTTGCATGGGCCCAAACTACCGAAGACAAGACATCATTGTACCAGTTTTA
CATGGGCGATAGTTATGAGATTGCTGAAAATGTCCCTTCCATTGTTAAACAATATATCAC
AAAGGAAGAAGCTGAAGACCTTGCAGCGAAGCTCAATGCTGCTGGTGGAGTCGCTGTTGT
CGAGGAGGTTGATGGAGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAACGAGAAGGAGAAGGAGAATGA
GAATGAGAATGAGAATGAGAA
TGAAAAGGA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1BF25JQ 759 0 0
G
ATGATGATTATGATATAGATTCAACTTATGGTAGGCCTTTCCCTAGACTCGTGGAGATAG
ATCTCTTTGATAGACCATTGCCTTCTGAGAAAATCTTGTCGCTGATTGAGACTTTGGAAC
ATCTAACTATAAAAAAAAAACACGAGTTTAGGTTTATATTTAGTGAAGCGTTGGGACTTC
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GTGAAAAGCCTTATTATAATGGTGTGCTTAAAGAAGTTGCATGGGCCCAAACTACCGAAG
ACAAGACATCATTGTACCAGTTTTACATGGGCGATAGTTATGAGATTGCTGAAAATGTCC
CTTCCATTGTTAAACAATATATCACAAAGGAAGAAGCTGAAGACCTTGCAGCGAAGCTCA
ATGCTGCTGGTGGAGTCGCTGTTGTCGAGGAGGTTGATGGAGAGAAGGAGAAGGAGAAGG
AGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAATGAGAATGAGAATGAGAATGAGAATGAAAAGGAGAAGG
AGAAGGAGAAGGAGAAGGAGGAATGACTGAGAAATTGTCCTAATGATGTGGAAGCTTGTC
TTTTATTGTGTGTGTTTGGCATAAGACTATTATCATCTTCTAATTATGTTTTCGCTTTTC
AATTTGGTGTTGAGACTTACCTTTATATGATCTGGTGTTGTGGCTACATGTAAAACACTT
TTCACTTGTGTCTATCTATATATATTATGAGTTGTGAT

QA 2 759 2 759
DS 



AS 1 6

CO CL1189Contig1 1383 6 17 U
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CGACACATTGTTGCACAAAGTTCCGAACACCGGGATGTGGGAGTGTGTTGACTTTTATCC
AGTGTCCAAGACCTTGGTTAAGGGGCTCGACACATCAGTCAATGGACCAGATGTGAAGCA
CATCGTGAAGGCTAGTATGGACGACACCAGGATCGACCATTATGCCATAGGAACATATTC
CGATTCGAACGGGACATGGATCCCGGATGATCCTACTATCGACGTTGGGATTAGTACTAG
TTTAAGATATGATTACGGAAAGTTCTATGCTTCGAAGACGTTTTATGACCAAAACAAGGG
TAGGAGAATCTTGTGGGGTTGGATTGGTGAATCTGACAGTGAGTCTGCTGATGTACAAAA
GGGCTGGTCTTCTCTTCAGGGTATCCCAAGAACCGTTGTTCTTGACACAAAGACAGGTAA
GAACTTGGTTCAATGGCCAGTGGAAGAAGTAAAGTCTCTTAGATTAAGCAGCAAGAAGTT
CAATATGGAAGTGGGTCCCGGATCATTGGTACACATTGATGTGGGTTCTGCAGCTCAGCT
CGATATAGAAGCAGAGTTCGAGATCAGCAAAGAATCTCTAGACAAAATCCTCGGAGACGC
TTCGGCAACGGCTGAAGCTGAGGAATTTAGCTGCCAGAAAAGCGGAGGCTCCACCGTTCG
TGGTGCTTTAGGACCGTTTGGATTCTCGGTTCTCGCCGATGAGAGCTTGTCGGAGCAAAC
TCCTGTTTACTTCTATGTGGCTAAAGGAAAAGATTCTAAGCTCAAAACATTCTTCTGTAC
AGACAGCTCAAGGTCATCTTTTGCGAACGATGTCGTTAAACCGGTTTACGGTAGTTCTGT
ACCGGTTCTGAAAGGGGAGAAACTGACCATGAGAATATTGGTGGATCATTCGATAGTAGA
AGCATTCGGACAAGGCGGAAGAACATGCATAACGTCAAGGGTGTATCCAACAAAAGCAAT
CTATGGAGCAGCCAAGCTTTTCTTGTTCAACAATGCCATTGATGCGACTATTACGGCATC
GTTTAACGTGTGGCAGATGAACAGTGCTTTTATTCATCCTTACTCTGAGGAGGCCGTCCG
TGCTCTCTCTCGTACCTGATTATACACCCACCGCCAGCAATTTTTTTTGTAGATTTACTT
GTAATAAATTATGTTTTTGTGTTCCTTTTCCAATTTAATCGTTTAATTATTCTATTGGGT
TTGATTTGATTCATCATATTCTTATGTAACATAAAAGGGTGATTGTTGAGAGCTTTTTTC
TCACTATCGTTATTTAACATTTTGGCTGTATTCAAATTATGAATTCCTTTAAGAGGAAAC
TGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 

AF RR1FP33TF U 1
AF RR1GD84TF U 385
AF RR1CI04TF U 502
AF RR1CI04JQ C 550
AF RR1FP33JQ C 572
AF RR1GD84JQ C 720
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BS 648 661 RR1FP33TF
BS 662 1071 RR1GD84TF
BS 1072 1187 RR1CI04TF
BS 1188 1188 RR1CI04JQ
BS 1189 1203 RR1CI04TF
BS 1204 1206 RR1CI04JQ
BS 1207 1230 RR1CI04TF
BS 1231 1231 RR1CI04JQ
BS 1232 1248 RR1CI04TF
BS 1249 1249 RR1CI04JQ
BS 1250 1270 RR1CI04TF
BS 1271 1287 RR1CI04JQ
BS 1288 1372 RR1FP33JQ
BS 1373 1373 RR1GD84JQ
BS 1374 1383 RR1FP33JQ

RD RR1FP33TF 661 0 0
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CGACACATTGTTGCACAAAGTTCCGAACACCGGGATGTGGGAGTGTGTTGACTTTTATCC
AGTGTCCAAGACCTTGGTTAAGGGGCTCGACACATCAGTCAATGGACCAGATGTGAAGCA
CATCGTGAAGGCTAGTATGGACGACACCAGGATCGACCATTATGCCATAGGAACATATTC
CGATTCGAACGGGACATGGATCCCGGATGATCCTACTATCGACGTTGGGATTAGTACTAG
TTTAAGATATGATTACGGAAAGTTCTATGCTTCGAAGACGTTTTATGACCAAAACAAGGG
TAGGAGAATCTTGTGGGGTTGGATTGGTGAATCTGACAGTGAGTCTGCTGATGTACAAAA
GGGCTGGTCTTCTCTTCAGGGTATCCCAAGAACCGTTGTTCTTGACACAAAGACAGGTAA
GAACTTGGTTCAATGGCCAGTGGAAGAAGTAAAGTCTCTTAGATTAAGCAGCAAGAAGTT
CAATATGGAAGTGGGTCCCGGATCATTGGTACACATTGATGTGGGTTCTGCAGCTCAGCT
CGATATAGAAGCAGAGTTCGAGATCAGCAAAGAATCTCTAGACAAA*TCCTCGGAGACGC
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1GD84TF 687 0 0
G
GGTGAATCTGACAGTGAGTCTGCTGATGTACAAAAGGGCTGGTCTTCTCTTCAGGGTATC
CCAAGAACCGTTGTTCTTGACACAAAGACAGGTAAGAACTTGGTTCAATGGCCAGTGGAA
GAAGTAAAGTCTCTTAGATTAAGCAGCAAGAAGTTCAATATGGAAGTGGGTCCCGGATCA
TTGGTACACATTGATGTGGGTTCTGCAGCTCAGCTCGATATAGAAGCAGAGTTCGAGATC
AGCAAAGAATCTCTAGACAAAATCCTCGGAGACGCTTCGGCAACGGCTGAAGCTGAGGAA
TTTAGCTGCCAGAAAAGCGGAGGCTCCACCGTTCGTGGTGCTTTAGGACCGTTTGGATTC
TCGGTTCTCGCCGATGAGAGCTTGTCGGAGCAAACTCCTGTTTACTTCTATGTGGCTAAA
GGAAAAGATTCTAAGCTCAAAACATTCTTCTGTACAGACAGCTCAAGGTCATCTTTTGCG
AACGATGTCGTTAAACCGGTTTACGGTAGTTCTGTACCGGTTCTGAAAGGGGAGAAACTG
ACCATGAGAATATTGGTGGATCATTCGATAGTAGAAGCATTCGGACAAGGCGGAAGAACA
TGCATAACGTCAAGGGTGTATCCAACAAAAGCAATCTATGGAGCAGCCAAGCTTTTCTTG
TTCAACAATGCCATTGATGCGACTAT

QA 2 687 2 687
DS 

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ATCATTGGTACACATTGATGTGGGTTCTGCAGCTCAGCTCGATATAGAAGCAGAGTTCGA
GATCAGCAAAGAATCTCTAGACAAAATCCTCGGAGACGCTTCGGCAACGGCTGAAGCTGA
GGAATTTAGCTGCCAGAAAAGCGGAGGCTCCACCGTTCGTGGTGCTTTAGGACCGTTTGG
ATTCTCGGTTCTCGCCGATGAGAGCTTGTCGGAGCAAACTCCTGTTTACTTCTATGTGGC
TAAAGGAAAAGATTCTAAGCTCAAAACATTCTTCTGTACAGACAGCTCAAGGTCATCTTT
TGCGAACGATGTCGTTAAACCGGTTTACGGTAGTTCTGTACCGGTTCTGAAAGGGGAGAA
ACTGACCATGAGAATATTGGTGGATCATTCGATAGTAGAAGCATTCGGACAAGGCGGAAG
AACATGCATAACGTCAAGGGTGTATCCAACAAAAGCAATCTATGGAGCAGCCAAGCTTTT
CTTGTTCAACAATGCCATTGATGCGACTATTACGGCATCGTTTAACGTGTGGCAGATGAA
CAGTGCTTTTATTCATCCTTACTCTGAGGAGGCCGTCCGTGCTCTCTCTCGTACCTGATT
ATACACCCACCGCCAGCAATTTTTTT*GTAGATTTACTTGTA**TAATTATGTTTTTGTG
TTCCTTTTC*AATTTAATCGTTTAATT*TTCTATTGGGTTTGATTTGAT
CATCAT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1CI04JQ 738 0 0
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AGCAGAGTTCGAGATCAGCAAAGAATCTCTAGACAAAATCCTCGGAGACGCTTCGGCAAC
GGCTGAAGCTGAGGAATTTAGCTGCCAGAAAAGCGGAGGCTCCACCGTTCGTGGTGCTTT
AGGACCGTTTGGATTCTCGGTTCTCGCCGATGAGAGCTTGTCGGAGCAAACTCCTGTTTA
CTTCTATGTGGCTAAAGGAAAAGATTCTAAGCTCAAAACATTCTTCTGTACAGACAGCTC
AAGGTCATCTTTTGCGAACGATGTCGTTAAACCGGTTTACGGTAGTTCTGTACCGGTTCT
GAAAGGGGAGAAACTGACCATGAGAATATTGGTGGATCATTCGATAGTAGAAGCATTCGG
ACAAGGCGGAAGAACATGCATAACGTCAAGGGTGTATCCAACAAAAGCAATCTATGGAGC
AGCCAAGCTTTTCTTGTTCAACAATGCCATTGATGCGACTATTACGGCATCGTTTAACGT
GTGGCAGATGAACAGTGCTTTTATTCATCCTTACTCTGAGGAGGCCGTCCGTGCTCTCTT
TCGTACCTGATTATACACCCACCGCCAGCAATTTTTTTTGTAGATTTACTTGTAATAAAT
TATGTTTTTGTGTTCCTTTTCCAATTTAATCGTTTAATTATTCTATTGGGTTTGATTTGA
TTCATCATATTCTTATGT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1FP33JQ 812 0 0
GTACACATGATGTGG
TCTGCAGCTCAGCTCGATATAGAAGCAGAGTTCGAGATCAGCAAAGAATCTCTAGACAAA
*TCCTCGGAGACGCTTCGGCAACGGCTGAAGCTGAGGAATTTAGCTGCCAGAAAAGCGGA
GGCTCCACCGTTCGTGGTGCTTTAGGACCGTTTGGATTCTCGGTTCTCGCCGATGAGAGC
TTGTCGGAGCAAACTCCTGTTTACTTCTATGTGGCTAAAGGAAAAGATTCTAAGCTCCAA
ACATTCTTCTGTACAGACAGCTCAAGGTCATCTTTTGCGAACGATGTCGTTAAACCGGTT
TACGGTAGTTCTGTACCGGTTCTGAAAGGGGAGAAACTGACCATGAGAATATTGGTGGAT
CATTCGATAGTAGAAGCATTCGGACAAGGCGGAAGAACATGCATAACGTCAAGGGTGTAT
CCAACAAAAGCAATCTATGGAGCAGCCAAGCTTTTCTTGTTCAACAATGCCATTGATGCG
ACTATTACGGCATCGTTTAACGTGTGGCAGATGAACAGTGCTTTTATTCATCCTTACTCT
GAGGAGGCCGTCCGTGCTCTCTCTCGTACCTGATTATACACCCACCGCCAGCAATTTTTT
TTGTAGATTTACTTGTAATAAATTATGTTTTTGTGTTCCTTTTCCAATTTAATCGTTTAA
TTATTCTATTGGGTTTGATCTGATTCATCATATTCTTATGTAACATAAAAGGGTGATTGT
TGAGAGCTTTTTTCTCACTATCGTTATTTAACATTTTGGCTGTATTCAAATTATGAATTC
CTTTAATAGGAAACTGG

QA 16 812 16 812
DS 

RD RR1GD84JQ 664 0 0
GTGGTGCTTTAGGACCGTTTGGATTCTCGGTTCTCGCCGATGAGAGCTTGTCGGAGCAAA
CTCCTGTTTACTTCTATGTGGCTAAAGGAAAAGATTCTAAGCTCAAAACATTCTTCTGTA
CAGACAGCTCAAGGTCATCTTTTGCGAACGATGTCGTTAAACCGGTTTACGGTAGTTCTG
TACCGGTTCTGAAAGGGGAGAAACTGACCATGAGAATATTGGTGGATCATTCGATAGTAG
AAGCATTCGGACAAGGCGGAAGAACATGCATAACGTCAAGGGTGTATCCAACAAAAGCAA
TCTATGGAGCAGCCAAGCTTTTCTTGTTCAACAATGCCATTGATGCGACTATTACGGCAT
CGTTTAACGTGTGGCAGATGAACAGTGCTTTTATTCATCCTTACTCTGAGGAGGCCGTCC
GTGCTCTCTCTCGTACCTGATTATACACCCACCGCCAGCAATTTTTTTTGTAGATTTACT
TGTAATAAATTATGTTTTTGTGTTCCTTTTCCAATTTAATCGTTTAATTATTCTATTGGG
TTTGATTTGATTCATCATATTCTTATGTAACATAAAAGGGTGATTGTTGAGAGCTTTTTT
CTCACTATCGTTATTTAACATTTTGGCTGTATTCAAATTATGAATTCCTTTAAGAGGAAA
CTGG

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 6

CO CL1190Contig1 1706 6 11 U
GTGGTTGCGTCCTCTGCGGTTAGAGCCCCTATGTCTCTGGATTTCGAGACGTCTGTGTTC
AAAAAGGAGAAAGTGTCTCTTGCTGGTCATGAAGAGTACATTGTGAGGGGAGGAAGGGAC
TTGTTCAAGCATCTTCCTGATGCTTTCAAAGGGATTAAGCAGATTGGTGTCATTGGCTGG
GGTTCTCAGGGACCTGCTCAAGCTCAGAATTTAAGGGATTCGCTTGTGGAGGCAAAGTCT
GACATTGTTGTTAAGATTGGGCTTAGAAAGGGCTCTCGCTCATTTGAGGAGGCACGTGCT
GTTGACTTCACCGAAGAAAGTGGTACTCTGGGTGATATATGGGAAACTATCTCTGCAGCG
ATCTTGTGCTACTTTTGATCTCTGATGCTGCTCAGGCTGATAACTATGAGAAAATATTCT
CCCACATGAAGCCAAACAGCATTCTCGGTTTGTCACACGGGTTTCTACTGGGGCATTTGC
AGTCCATGGGACTTGATTTCCCAAAGAACATCAGCGTGGTAGCTGTTTGCCCTAAGGGAA
TGGGTCCATCTGTTAGAAGGCTTTATGTCCAGGGAAAAGAAATCAACGGTGCTGGAATCA
ACGCCAGTTTTGCAGTCCACCAGGATGTTGACGGTAGAGCCGCTGATGTTGCTCTGGGAT
GGTCAGTAGCACTTGGTTCCCCTTTTACTTTTGCTACTACTCTTGAGCAAGAGTACAAGA
GTGACATCTTTGGAGAAAGAGGCATTTTGCTTGGCGCTGTCCACGGAATCGTGGAGTCTC
TGTTCAGAAGGTACACCGAAAATGGAATGAGTGAAGACTTGGCTTACAAGAACACTGTAG
AGTGCATCACAGGAAATATCTCGAGAACTATCTCTACCCAGGGAATGTTGGCTGTCTACA
ACTCCTTGTCTGAAGAAGGCAAAAAGGATTTCGAGACTGCGTACAGTGCATCCTTCTACC
CTTGTATGGAGATCCTCTACGAATGTTACGAGGATGTAGCAGCTGGCAGCGAAATCAGGA
GCGTTGTCTTAGCCGGTCGTCGCTTCTACGATAAGGAGGGCTTACCTGCATTCCCAATGG
GAAAGATTGATCAGACAAGAATGTGGAAGGTCGGTGAACGCGTCAGGAAGTCCAGACCAG
CTGGTGACTTGGGTCCCTTGTATCCCTTCACCGCTGGAGTTTACGTTGCTCTTATGATGG
CTCAGATTGAGATCTTGAGGAAGAAGGGTCACTCCTACTCGGAGATCATCAACGAGAGTG
TGATTGAGTCTGTTGATTCTCTGAACCCGTTTATGCACGCTAGAGGAGTGTCCTTCATGG
TGGACAACTGCTCGACCACAGCAAGATTGGGATCGAGGAAATGGGCACCACGGTTTGACT
ACAACCTGACACAACAAGCTTTGGTGGCTGTGGACAATGGTGCACCAATCAACAAAGACT
TGATCAGCAACTTCTTCGCTGATCCAGTCCATGGTGCTATCCAGGTCTGTGCGGAGCTCA
GGCCCACCGTGGATATCTCAGTGCCTCAAGATGCAGATTTCGTTCGACCAGAGCTCCGTC
AGTCCAACTGAGTGAAGGGTTTGAAATGTTATCAGTCTCTTTCAATGTAATCGTGTTTTG
AAGAAAGACAATGGTCTTTGGAAGTTGTAGGCGTGAATGAATGTTTTGTTTGGACTACTT
CAGTAATAATGATGTTTCGTTGTCTC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AP37TF U 1
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AF RR1AW14TF U 798
AF RR1AP37JQ C 837
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TGGGTCCATCTGTTAGAAGGCTTTATTTCCAGGGAAAAGAAATCAACGGTGCTGGAATCA
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G
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GATGTTGCTCTGGGATGGTCAGTAGCACTTGGTTCCCCTTTTACTTTTGCTACTACTCTT
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TACGAATGTTACGAGGATGTAGCAGCTGGCAGCGAAATCAGGAGCGTTGTCTTAGCCGG*
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GACTTGATCAGCAACTTCTTCGCTGATCCAGTCCATGGTGCTATCCAGGTCTGTACGGAG
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TC

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CC

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DS 

RD RR1AB40JQ 527 0 0
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CTAGAGGAGTGTCCTTCATGGTGGACAACTGCTCGACCACAGCAAGATTGGGATCGAGGA
AATGGGCACCACGGTTTGACTACAACCTGACACAACAAGCTTTGGTGGCTGTGGACAATG
GTGCACCAATCAACAAAGACTTGATCAGCAACTTCTTCGCTGATCCAGTCCATGGTGCTA
TCCAGGTCTGTGCGGAGCTCAGGCCCACCGTGGATATCTCAGTGCCTCAAGATGCAGATT
TCGTTCGACCAGAGCTCCGTCAGTCCAACTGAGTGAAGGGTTTGAAATGTTATCAGTCTC
TTTCAATGTAATCGTGTTTTGAAGAAAGACAATGGTCTTTGGAAGTTGTAGGCGTGAATG
AATGTTTTGTTTGGACTACTTCAGTAATAATGATGTTTCGTTGTCTC

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DS 



AS 1 5

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AGTTGTTCTTACGGCATTTCCCTCTGTAATCCGTGGTCTCTCTCTGCGAAGTGTCTGTCT
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TGTTGAAACTTCACGCATGGTGGTCAAATCCGCAGCTTCTTCAGTTGGAAATGCAGATGA
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TTCTACCACGCTCTCCTTGCTCGGCACTGGGTTTAGGGAGAAGAAGTTTGCTATCATTGG
TGTCAAAGTCTATGCTGCGGGTTTATACGTGAATGAATCTATCTTAACCGGGTTAAGCGC
TTGGAAAGGGCGGTCTGCTGATGAGATTCAGAGAGATTCATCACTCTTTAGTTCAATCTT
TCAAGATCAAGCAGAGAAGTCATTGCAGATTGTTCTTGTGAGAGATGTTGATGGCAAAAC
CTTCTGGGATGCATTGGACGATGCCATTTCACCTAGAATCAAATCTCCTACATCTGATGA
TAAAACCGCTCTCTCTACATTCCAAGGGATCTTCCAAAACAGACCTCTCAACAAAGGAAG
TGTCATTCTCTTGACTTGGATCAATCCTTCTAAAATGCTTGTTTCTGTGTCTTCTGGAGG
GCTACCAAAAGACGTGGATGCAGAGATCGAGTCAGGTAGTGTTACATCTGCTTTGTTTGA
TGTGTTCTTTGGGGACTCTCCTGTTTCTCCTACATTGAAATCTTCAGTGGCTAACCAATT
AGCTATGGTCCTCAAGTAAACACTCTAAATGTAACATATCATGTTGTAGTATGAATATCT
TGAATCGTGTGATGTGTTAGGTCTATGTTTGTATTATCTTTTATAACCAAAGACACCATG
TTTTGAGCTTAAAAATGATGCATGTTTTGAAATTTTCATTGATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY12TF U 1
AF RR1F387TF U 17
AF RR1A489TF U 17
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AF RR1A489JQ C 464
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CTTCTGGGATGCATTGGACGATGCCATTTCACCTAGAATCAAATCTCCTACATCTGATGA
TAAAACCTCTCTCTCTACATTC

QA 1 682 1 682
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RD RR1F387TF 668 0 0
GG
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GCTCGGCACTGGGTTTAGGGAGAAGAAGTTTGCTATCATTGGTGTCAAAGTCTATGCTGC
GGGTTTATACGTGAATGAATCTATCTTAACCGGGTTAAGCGCTTGGAAAGGGCGGTCTGC
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CGATGCCATTTCACCTAGAATCAAATCTCCTACATCTGATGATAAAACCGCTCTCTCTAC
ATTCCA

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GG
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TCCCTCTGTAATCCGTGGTCTCTCTCTGCGAAGTGTCTGTCTGAACAGAGTTAATGCTGG
ATCCAGACACCAGTCCCCGAATCGAGTTTCAGTGCTTCCAACTGTGAATTGCGTTTCATC
TCTCTCCATCCACCCATCTAAGAAAGGAAGCTCCTTTCATTGTGTTGAAACTTCACGCAT
GGTGGTCAAATCCGCAGCTTCTTCAGTTGGAAATGCAGATGAGAACGTGGAAGAACCGGC
TACAAGTGTGAAGTTTCAGAGATCAGTGGCATTACCTGGTTGTTCTACCACGCTCTCCTT
GCTCGGCACTGGGTTTAGGGAGAAGAAGTTTGCTATCATTGGTGTCAAAGTCTATGCTGC
GGGTTTATACGTGAATGAATCTATCTTAACCGGGTTAAGCGCTTGGAAAGGGCGGTCTGC
TGATGAGATTCAGAGAGATTCATCACTCTTTAGTTTAATCTTTCAAGATCAAGCAGAGAA
GTCATTGCAGATTGTTCTTGTGAGAAATGTTGATGGCAAAACCTTCTGGGATGCATTGGA
CGATGCCATTTCACCTAGAATCAAATCTCCTACATCTGATGATAAAACCGCTCTCTCTAC
ATTCCAAGGGATCTTCCAAAACAGACCTCTCAACAAAGGAAGTGTCATTCTCTTGACTTG
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GTTTATACGTGAATGAATCTATCTTAACCGGGTTAAGCGCTTGGAAAGGGCGGTCTGCTG
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ATGCCATTTCACCTAGAATCAAATCTCCTACATCTGATGATAAAACCGCTCTCTCTACAT
TCCAAGGGATCTTCCAAAACAGACCTCTCAACAAAGGAAGTGTCATTCTCTTGACTTGGA
TCAATCCTTCTAAAATGCTTGTTTCTGTGTCTTCTGGAGGGCTACCAAAAGACGTGGATG
CAGAGATCGAGTCAGGTAGTGTTACATCTGCTTTGTTTGATGTGTTCTTTGGGGACTCTC
CTGTTTCTCCTACATTGAAATCTTCAGTGGCTAACCAATTAGCTATGGTCCTCAAGTAAA
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AATGTTGATGGCAAAACCTTTTGGGATGCATTGGACGATGCCATTTCACCTAGAATCAAA
TTTCCTACATCTGATGATAAAACCGCTCTCTCTACATTCCAAGGGATCTTCCAAAACAGA
CCTCTCAACAAAGGAAGTGTCATTTTCTTGACTTGGATCAATCCTTTTAAAATGCTTGTT
TCTGTGTTTTCTGGAGGGCTGCCAAAAGACGTGGATGCAGAGATCGAGTCAGGTAGTGTT
ACATCTGCTTTGTTTGATGTGTTCTTTGGGGACTCTCCTGTTTCTCCTACATTGAAATCT
TCAGTGGCTAACCAATTAGCTATGGTCCTCAAGTAAACACTCTAAATGTAACATATCATG
TTGTAGTATGAATATCTTGAATCGTGTGATGTGTTAGGTCTATGTTTGTATTATCTTTTA
TAACCAAAGACACCATGTTTTGAGCTTAAAAATGATGTATGTTTTGAAATT

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 4

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CCATGGCGCCGATTCTCAGATCCACGTCCCTTCTCGCTTTGCTCGTCTTTCAGATTTCTC
TCTTCTTCTTTGCCTCTACTCTGCCAACCTCGTCTGGGACTGAGGATAGTTACACGATCA
CGGGTCGTGTAAGGATCCCAGCAAGCACTGCGATTGGTCACGCAGCAAAATTCTCAAATA
TCAAAGTTGTCCTCAATGGTGGACAGAATATTACTTTCCTCAGGCCTGATGGCTACTTTA
CATTCCACAAAGTGACAGCTGGGACTCATCTGATTGAAGTCTATGCGTTGGGCTTCTTCT
TCTCTCCAGTGCGAGTTGATGTTAGCGCTAGGCACCATGGCAAGGTTCAAGCAACACTAA
CAGAAACCAGGAGGAGTCTTACCGAGCTGGTTTTGGAGCCTCTACGGGCAGACCAATACT
ATGAGATGCGTGAACCTTTCAATGTAATGGCAATTTTGAAAAGTCCAATGGGTCTTATGG
TGGGATTCATGGTTGTTGTTGTGTTCTTAATGCCCAAGTTGATGGAGAACATAGATCCAG
AGGAAATGAAGAGAACACAAGAGGAGCTGAGAAACCAAGGAGTGCCTTCACTCTCTAGCT
TGTTGCCCGCTAGCCGCTAAGGAGATCTCCTCAGCACTAATCAAAAGTCCCAAGACCCAG
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GAAATTCCTTAAGCGATCTAACTAACTTGAGGTTGCTAATGATGGTGTTTTGTTAGTGCA
TCATTTGGGTTTGGACTGTTGTTAGATGTGACACTCAAGCTGACCTTTAAATCTGCTTTT
TTTTCTTACTCTTTCTTGTTAAACGTTTTGCTTCTCTTCTACTTCTTTGGTTTGGAATGT
TTCAAGTGAGTATATTGCATTCATCCTCTTGATATAATGTGGCAACTATGTTTACTATCT
TGAAGGAACTACACGAATTGGATTTATTCAGATCACTAGTGTTTATGTGAACTGAATACA
GACCGTGTGCGTTTAATAGAGAAGCTTGTAATAAGTCTTGAGCAAGTTTCTATTGTAGTG
C


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1E213TF U 117
AF RR1DH78TF U 1
AF RR1FE51JQ C 173
AF RR1DH78JQ C 425
BS 1 238 RR1DH78TF
BS 239 239 RR1E213TF
BS 240 680 RR1DH78TF
BS 681 681 RR1FE51JQ
BS 682 715 RR1DH78TF
BS 716 870 RR1FE51JQ
BS 871 871 RR1DH78JQ
BS 872 902 RR1FE51JQ
BS 903 904 RR1DH78JQ
BS 905 920 RR1FE51JQ
BS 921 1141 RR1DH78JQ

RD RR1E213TF 183 0 0
TCTCTCTTCTTCTTTGCCTCTACTCTGCCAACCTCGTCTGGGACTGAGGATAGTTACACG
ATCACGGGTCGTGTAAGGATCCCAGCAAGCACTGCGATTGGTCACGCAGCAAAATTCTCA
AATATCAAAGTTGTCCTCAATGGTGGACAGAATATTACTTTCCTCAGGCCTGATGGCTAC
TTT

QA 1 183 1 183
DS 

RD RR1DH78TF 715 0 0
GGGGAGAAGGATTAAAAATTCGTCGTTTGGCTTTCAACAATCTGCGCACGACGACGACGA
CCATGGCGCCGATTCTCAGATCCACGTCCCTTCTCGCTTTGCTCGTCTTTCAGATTTCTC
TCTTCTTCTTTGCCTCTACTCTGCCAACCTCGTCTGGGACTGAGGATAGTTACACGATCA
CGGGTCGTGTAAGGATCCCAGCAAGCACTGCGATTGGTCACGCAGCAAAATTCTCAAACA
TCAAAGTTGTCCTCAATGGTGGACAGAATATTACTTTCCTCAGGCCTGATGGCTACTTTA
CATTCCACAAAGTGACAGCTGGGACTCATCTGATTGAAGTCTATGCGTTGGGCTTCTTCT
TCTCTCCAGTGCGAGTTGATGTTAGCGCTAGGCACCATGGCAAGGTTCAAGCAACACTAA
CAGAAACCAGGAGGAGTCTTACCGAGCTGGTTTTGGAGCCTCTACGGGCAGACCAATACT
ATGAGATGCGTGAACCTTTCAATGTAATGGCAATTTTGAAAAGTCCAATGGGTCTTATGG
TGGGATTCATGGTTGTTGTTGTGTTCTTAATGCCCAAGTTGATGGAGAACATAGATCCAG
AGGAAATGAAGAGAACACAAGAGGAGCTGAGAAACCAAGGAGTGCCTTCACTCTCTAGCT
TGTTGCCCGCTAGCCGCTAAAGAGATCTCCTCAGCACTAATCAAAAGTCCCAAGA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1FE51JQ 748 0 0
CACGATCACGGGTCGTGTAAGGATCCCAGCAAGTACTGCGATTGGTCACGCAGCAAAATT
CTCAAATATCAAAGTTGTCCTCAATGGTGGACAGAATATTACTTTCCTCAGGCCTGATGG
CTACTTTACATTCCACAAAGTGACAGCTGGGACTCATCTGATTGAAGTCTATGCGTTGGG
CTTCTTCTTCTCTCCAGTGCGAGTTGATGTTAGCGCTAGGCACCATGGCAAGGTTCAAGC
AACACTAACAGAAACCAGGAGGAGTCTTACCGAGCTGGTTTTGGAGCCTCTACGGGCAGA
CCAATACTATGAGATGCGTGAACCTTTCAATGTAATGGCAATTTTGAAAAGTCCAATGGG
TCTTATGGTGGGATTCATGGTTGTTGTTGTGTTCTTAATGCCCAAGTTGATGGAGAACAT
AGATCCAGAGGAAATGAAGAGAACACAAGAGGAGCTGAGAAACCAAGGAGTGCCTTCACT
CTCTAGCTTGTTGCCCGCTAGCCGCTAAGGAGATCTCCTCAGCACAAATCAAAAGTCCCA
AGACCCAGAACTTCTTGCATGTACCGGCATAACACTTCTGACGAGCATTTGGAAGAAATC
AACGTCAGGAAATTCCTTAAGCGATCTAACTAACTTGAGGTTGCTAATGATGGTGTTTTG
TTAGTGCATCATTTGGGTTTGGACTGTTGTTAGATGTGGCACTCAAGCTGACCTTTAAAT
CTGCTTTTTT**CTTACTCTTTCTTGTT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1DH78JQ 717 0 0
AACCAGGAGGAGTCTTACCGAGCTGGTTTTGGAGCCTCTACGGGCAGACCAATACTATGA
GATGCGTGAACCTTTCAATGTAATGGCAATTTTGAAAAGTCCAATGGGTCTTATGGTGGG
ATTCATGGTTGTTGTTGTGTTCTTAATGCCCAAGTTGATGGAGAACATAGATCCAGAGGA
AATGAAGAGAACACAAGAGGAGCTGAGAAACCAAGGAGTGCCTTCACTCTCTAGCTTGTT
GCCCGCTAGCCGCTAAGGAGATCTCCTCAGCACTAATCAAAAGTCCCAAGACCCAGAACT
TCTTGCATGTACCGGCATAACACTTCTGACGAGCATTTGGAAGAAATCAACGTCAGGAAA
TTCCTTAAGCGATCTAACTAACTTGAGGTTGCTGATGATGGTGTTTTGTTAGTGCATCAT
TTGGGTTTGGACTGTTGTTAGATGTGACACTCAAGCTGACCTTTAAATCTGCTTTTTTTT
CTTACTCTTTCTTGTTAAACGTTTTGCTTCTCTTCTACTTCTTTGGTTTGGAATGTTTCA
AGTGAGTATATTGCATTCATCCTCTTGATATAATGTGGCAACTATGTTTACTATCTTGAA
GGAACTACACGAATTGGATTTATTCAGATCACTAGTGTTTATGTGAACTGAATACAGACC
GTGTGCGTTTAATAGAGAAGCTTGTAATAAGTCTTGAGCAAGTTTCTATTGTAGTGC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 2 4

CO CL1193Contig1 713 2 10 U
AGAAAAAGAGACAGAACATACTGCCGATAATTTGGCAAAATGTAAGGATAGTTTTCAGTA
AATAGATGTAACTTTTATTGGAGAAGGGATTCTCTCAGGTCGTACTCAGTACCCGAACCA
TTGAGTTCCAAGTTTTAAAAAGGGTTTCAAGTGTTTTATCACAATGGATTTTTGAGATGA
CCCTCTCATCTCCCTCCCTTCAATAGTCTATCATCCTTCCTCTTAGTATCGCCTCCGCCT
TACGCACCTCCTTCACGGGTCCAATCACAAATATCTTGTCAGGTAGACCCTTTGCCCCTC
CAATTAGAATTTCAGCATTGCAAGCTTCCTTAATGGCAAGGATTGATGCTCCTTTCCTTC
CAATCACACGTCCCATCTTTCCTGGTGGAACATCAAGCACTGACAAGATTTCTTCTTCAG
GACATTGATCTCCGATCTTCAAGTTATCTGGAAGCGGCGGGACAGTTGGCCAATTAGCAA
AATCAGTATCATTCATGCAGCAGAGACACCTACAGTACAAAGAGCCACGAACTGCCAGGT
GCCATAATGACCGCTGGCTCAGTTTGGCCATCATTTTGTGATAGAGATACAGAAGGAAGC
GGACATCATCTGCGGCTGCACGGATCATGAGCTCAGTCATTGGCCTGTATGTCCAGAACT
TTGGGTCCTGCCGCATGAGCACACGAACTTCTTCTTTCTCTTCATAAGATATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E953JQ U 1
AF RR1DD52JQ U 56
BS 1 69 RR1E953JQ
BS 70 70 RR1DD52JQ
BS 71 172 RR1E953JQ
BS 173 173 RR1DD52JQ
BS 174 284 RR1E953JQ
BS 285 285 RR1DD52JQ
BS 286 418 RR1E953JQ
BS 419 419 RR1DD52JQ
BS 420 508 RR1E953JQ
BS 509 713 RR1DD52JQ

RD RR1E953JQ 508 0 0
AGAAAAAGAGACAGAACATACTGCCGATAATTTGGCAAAATGTAAGGATAGTTTTCAGTA
AATAGATGTGACTTTTATTGGAGAAGGGATTCTCTCAGGTCGTACTCAGTACCCGAACCA
TTGAGTTCCAAGTTTTAAAAAGGGTTTCAAGTGTTTTATCACAATGGATTTT*GAGATGA
CCCTCTCATCTCCCTCCCTTCAATAGTCTATCATCCTTCCTCTTAGTATCGCCTCCGCCT
TACGCACCTCCTTCACGGGTCCAATCACAAATATCTTGTCAGGTGGACCCTTTGCCCCTC
CAATTAGAATTTCAGCATTGCAAGCTTCCTTAATGGCAAGGATTGATGCTCCTTTCCTTC
CAATCACACGTCCCATCTTTCCTGGTGGAACATCAAGCACTGACAAGATTTCTTCTTCGG
GACATTGATCTCCGATCTTCAAGTTATCTGGAAGCGGCGGGACAGTTGGCCAATTAGCAA
AATCAGTATCATTCATGCAGCAGAGACA

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1DD52JQ 658 0 0
CAGTAATA
AGATGTAACTTTTATTGGAGAAGGGATTCTCTCAGGTCGTACTCAGTACCCGAACCATTG
AGTTCCAAGTTTTAAAAAGGGTTTCAAGTGTTTTATCACAATGGATTTTTGAGATGACCC
TCTCATCTCCCTCCCTTCAATAGTCTATCATCCTTCCTCTTAGTATCGCCTCCGCCTTAC
GCACCTCCTTCACGGGTCCAATCACAAATATCTTGTCAGGTAGACCCTTTGCCCCTCCAA
TTAGAATTTCAGCATTGCAAGCTTCCTTAATGGCAAGGATTGATGCTCCTTTCCTTCCAA
TCACACGTCCCATCTTTCCTGGTGGAACATCAAGCACTGACAATATTTCTTCTTCAGGAC
ATTGATCTCCGATCTTCAAGTTATCTGGAAGCGGCGGGACAGTTGGCCAATTAGCAAAAT
CAGTATCATTCATGCAGCAGAGACACCTACAGTACAAAGAGCCACGAACTGCCAGGTGCC
ATAATGACCGCTGGCTCAGTTTGGCCATCATTTTGTGATAGAGATACAGAAGGAAGCGGA
CATCATCTGCGGCTGCACGGATCATGAGCTCAGTCATTGGCCTGTATGTCCAGAACTTTG
GGTCCTGCCGCATGAGCACACGAACTTCTTCTTTCTCTTCATAAGATATG

QA 9 658 9 658
DS 



CO CL1193Contig2 805 2 3 U
GGACGATGCTGCTGCTGTGATCGAAATGGCGTCGTCTTCTCCAACTCAGCGTACTCACGT
CCCGATCCCTCCTGAGCCAGGAGGAAGGTCACTGACGCAAGATGCTAATGAGCCACCTGT
TCCTATTCACATAGTGACAGAGCCATTGCAGCTTCCCGCTGATTTCTTAAACCCTCCTCC
TGAAAACAAGCTGGTCGTTGGTTTTGACTGCGAGGGTGTTGACCTCTGCCGACATGGCAA
GCTTTGTATCATGCAGATTGCATTCCCTAATGCAATATACCTGGTTGATGTCATCCAAGG
TGGAGAGGTGCTTATGAGAGCATGTAAGCCTGCACTCGAGTCTACCTACATCACAAAAGT
CATTCACGATTGCAAACGTGACAGTGAGGCCTTGTACTTTCAGTTTGGGATAAGGTTGCA
CAATGTTGTGGACACTCAAATTGCTTTTTCTCTGATAGAAGAACAAGAAGGCAGGAGGAG
ACCTCTAGATGACTACATATCGTTTGTTTCCCTCCTTGCTGATCCACGCTACTGCGGCAT
ATCTTATGAAGAGAAAGAAGAAGTTCGTGTGCTCATGCGGCAGGACCCAAAGTTCTGGAC
ATACAGGCCAATGACTGAGCTCATGATCCGTGCAGCCGCAGATGATGTCCGCTTCCTTCT
GTATCTCTATCACAAAATGATGGCCAAACTGAGCCAGCGGTCATTATGGCACCTGGCAGT
TCGTGGCTCTTTGTACTGTAGTGTCTCTGCTGCATGATGATACTGATTTGCTAATTGGCC
ACTGTCCCGCCGCTTCAGATACTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E953TF U 1
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AT

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ACCTCTAGATGACTACATATCGTTTGTTTCCCTCCTTGCTGATCCACGCTACTGCGGCAT
ATCTTATGAAGAGAAAGAAGAAGTTCGTGTGCTCATGCGGCAGGACCCAAAGTTCTGGAC
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DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G837TF U 1
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AATGGTTTGGCTAATAGATTTT*CACGGTTTCAACATGTCGCATATATCAGTCAAAGTAT
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TATACAATCCGCCTA
GATTTT

QA 1 735 1 735
DS 

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C***AGACACGCA
CAAGTGAGATCGTCTACTC

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DS 

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TTAGATTCTTGGTATACTGCATGGAGAACGCAATCTTGAACCTACCGGAACACCAAGAAC
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CTATACAATCCGCCTAAGATTTTCGAACCCTTTTGGAAGATGGTGAAACCGTTTCTAGAC
CCAAAGACACGCAACAAGGTGAGATTCGTCTACTCAGATGATAACGTAAGCAAGAAGACT
CTGGAGGATATCTTCGATATGGAGCAACTCGAGGTTGCGTTTGGTGGGAACAACAGTGAC
TCCAGTTTCAACTTTGAGAAATA

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DS 

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AGGAGATTCGATGGGAAGAGATTTCACGGGAAGCCGAGACCGGGAAGATATACCGAGCTG
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AATCTCCAAAAGGGCAGATTAGATTCTTGGTATACTGCATGGAGAACGCAATCTTGAACC
TACCGGAACACCAAGAACAAATGGTTTGGCTAATAGATTTT*CACGGTTTCAACATGTCG
CATATATCAGTCAAAGTATCTCGAGAAACCGCTCATGTGTTACAAGAACATTACCCTGAA
CGCTTAGGCTTGGCCGTCCTATACAATCCGCCTAAGATTTTCGAACCCTTTTGGAAGATG
GTGAAACCGTTTCTAGACCC**AGACACGCAACAAGGTGAGATTCGTCTACTCAGATGAT
AACGTAAGCAAGAAGACTCTGGAGGATATCTTCGATATGGAGCAACTCGAGGTTGCGTTT
GGTGGGAACAACAGTGACTCCAGTTTCAACTTTGAGAAATATGCGGAGAGAATGAGAGAG
GATGATTTGAAGTTCTTTGGAAATACCATAGTGTCGTCGACCTCAGCTCGTTTGACAGGC
TCGGATTCTGAAGTTTCAGACTCTGAAATAAAGCACTTGGAGGACAAAGAAGATGGGAAG
ATCAAGAATGGAGCCTCTTTAGATACAACAAGAACCTAAACTTGAAGCCGAGAATAGAAG
AAACTTCTGGTTACTAAAATCAAACTGCAGCTTCTTAAATGTTTCACACGGTATAATGTT
TATGTTCTTTAAGATATTGGCAACAGTTATTTCTTATCCAAGTTGGCGTTTACATTAAAT
TCAGAATTATATCACAACC

QA 1 919 1 919
DS 

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CGGTTTTGGTTATGAGACCAAGTTGGCAGAATACAAAATCTCTAAAAGGGCAGATTAGAT
TCTTGGTATACTGCATGGAGAACGCAATCTTGAACCTACCGGAACACCAAGAACAAATGG
TTTGGCTAATAGATTTT*CACGGTTTCAACATGTCGCATATATCAGTCAAAGTATCTCGA
GAAACCGCTCATGTGTTACAAGAACATTACCCTGAACGCTTAGGCTTGGCCGTCCTATAC
AATCCGCCTAAGATTTTCGAACCCTTTTGGAAGATGGTGAAACCGTTTCTAGACCCAAAG
ACACGCAACAAGGTGAGATTCGTCTACTCAGATGATAACGTAAGCAAGAAGACTCTGGAG
GATATTTTCGATATGGAGCAACTCGAGGTTGCGTTTGGTGGGAACAACAGTGACTCCAGT
TTCAACTTTGAGAAATATGCGGAGAGAATGAGAGAGGATGACTTGAAGTTCTTTGGAAAT
ACCATAGTGTCGTCGACCTCAGCTCGTTTGACAGGCTCGGATTCTGAAGTTTCAGACTCT
GAAATAAAGCACTTGGAGGACAAAGAAGATGGGAAGATCAAGAATGGAGCCTCTTTAGAT
ACAACAAGAACCTAAACTTGAAGCCGAGAATAGAAGAAACTTCTGGTTACTAAAATCAAA
CTGCAGCTTCTTAAATGTTTCACACGGTATAATGTTTATGTTCTTTAAGATATTGGCAAC
AGTTATTTTTTATC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1G837JQ 733 0 0
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AGAACGCAATCTTGAACCTACCGGAACACCAAGAACAAATGGTTTGGCTAATAGATTTT*
CACGGTTTCAACATGTCGCATATATCAGTCAAAGTATCTCGAGAAACCGCTCATGTGTTA
CAAGAACATTACCCTGAACGCTTAGGCTTGGCCGTCCTATACAATCCGCCTAAGATTTTC
GAACCCTTTTGGAAGATGGTGAAACCGTTTTTAGACCCAAAGACACGCAACAAGGTGAGA
TTCGTCTACTCAGATGATAACGTAAGCAAGAAGACTCTGGAGGATATCTTCGATATGGAG
CAACTCGAGGTTGCGTTTGGTGGGAACAACAGTGACTCCAGTTTCAACTTTGAGAAATAT
GCGGAGAGAATGAGAGAGGATGATTTGAAGTTCTTTGGAAATACCATAGTGTCGTCGACC
TCAGCTCGTTTGACAGGCTCGGATTCTGAAGTTTCAGACTCTGAAATAAAGCACTTGGAG
GACAAAGAAGATGGGAAGATCAAGAATGGAGCCTCTTTAGATACAACAAGAACCTAAACT
TGAAGCCGAGAATAGAAGAAACTTCTGGTTACTAAAATCAAACTGCAGCTTCTTAAATGT
TTCACACGGTATAATGTTTATGTTCTTTAAGATATTGGCAACAGTTATTTCTTATCCAAG
TTGGCGTTTACAT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 6

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CTGGTGTGGAGATTGAGTCATACTGGCCAATGCTATTCGCCGAGATGGCTGAGAAGCGTA
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CTGCTGCCCCAGCTGCCGGTGGTGGTGCTGCCGCGGCTGCACCTGCCGCTGAGGAGAAGA
AGAAGGAAGAAGTAGCAGAAGAGAGTGATGGTGATTTGGGTTTCGGCTTGTTCGACTAAG
CTTGAGCGATTTGCCTTTGTTATTTCTTGTTCGTAGTTGTTGGTTGATTAATCGTTCTGA
GTTGAGACCATCCTTTGTTTAGTTACTTCTTCGTTTCGTCTTGGCTTTAAAAAGTTTTTG
TTGCATTTTTTTTGTGCTGAATATCACCTCTTGTATTACTCAAAGTCTTACCGAGCAAGA
CCATCGTCTCTGGCTTTTTGCCAGAATGGATTTTTCACACATTCCTTTATCTATTC


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1E723JQ C 1
AF RR1E723TF U 1
AF RR1E384TF U 1
AF RR1CL96JQ C 1
AF RR1E384JQ C 292
AF RR1CL96TF U 1
BS 1 221 RR1E723TF
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BS 223 302 RR1E723TF
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TATT
C

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RD RR1CL96TF 655 0 0
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CCATCGTCTCTGGCTTTTTGCCAGAATGGATTTTTCACACATTCCTTTATCTATT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 2 6

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GGTGATTTCAGACATGCTACTGATGTCACTAGCGACGACGAGGAAGAAGAGGAAGATGAT
GAAGAGGAACAAAAGACTGTTTTCTCCAAATGGTTTATGGTTTTACAAGAGGAAGAACAA
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AAGAAGAAGAATAAGAAGGATTTGGGATCACTAATGGAGGAAGAGAATATGGAACTAGTG
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TTCTCACTATTAATCATCGTATTTTAAAGATATGATTAAGATTTTTTATACTATCATTTA
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TCTAGGGTTACTCTGTTTCGTATCTCAAAAGGTTTGTTTTTACTTTGTTTCAGTGTGTTT
TTTTTCATCACGACGTGTGTAACGTAACGTAAATATGTACATGGTCTTTTATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BL34TF U 1
AF RR1BK11TF U 1
AF RR1BK11JQ C 476
AF RR1BL34JQ C 506
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BS 730 778 RR1BK11TF
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GAAGAGGAACAAAAGACTGTTTTCTCCAAATGGTTTATGGTTTTACAAGAGGAAGA

QA 1 656 1 656
DS 

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CCAATGATCAAAGGAAGAGATGGAAACAGAGGATCCTCTTCTTCTGGTTACTCTGCAGAT
TTGTTGGTATGTTTCCCTTCAAGAACCCACTTAGCTTTTGCACCTAAACCCATTTGCAGC
CCATCTCGTCCTTCCATCTCCACCAACCGTCGTCCACACCACCGTCGCCAACTCAGCAAA
CTCTCAAACGGAGGAGGAGGACACGGGAGTCCTGCTCTGTGGGCTAAACAAGCAAGTAGT
AAGAACATGGGTAATGACGAAACAGCCGAGCCCACTTCTCCTAAAGTTACTTGCGCCGGT
CAGATCAAAGTCCGGCCGAGAAAATGCGGCGGGAAAGGAAAGAACTGGCGGTCTGTGATG
GAGGAGATAGAGAGGATACATAGCAGCAACAAGTCGCAGAGCAAGTTTCTTGGACTAAAG
AAAGATGTGATGGGTTTCTTGGCTTGTCTAAGGAACATCAAGTTCGATATCAGGTGTTTT
GGTGATTTCAGACATGCTACTGATGTCACTAGCGACGACGAGGAAGAAGAGGAAGATGAT
GAAGAGGAACAAAAGACTGTTTTCTCCAAATGGTTTATGGTTTTACAAGAGGAAGAACAA
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CTGATGAG*TGTAGATCGGCTCCATCGAAGAGTTGGTTAGAAGAGAGGATGCAAGTGA

QA 1 778 1 778
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RD RR1BK11JQ 778 0 0
TA
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AATAAGAAGAAGAATAAGAAGGATTTGGGATCACTAATGGAGGAAGAGAATATGGAACTA
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QA 3 778 3 778
DS 

RD RR1BL34JQ 748 0 0
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TCACTAGCGACGACGAGGAAGAAGAGGAAGATGATGAAGAGGAACAAAAGACTGTTTTCT
CCAAATGGTTTATGGTTTTACAAGAGGAAGAACAAAGCACTAACGACGACAACAAGAACA
ACAAGAAGTGCGTGGTTGATGAAAACGCGCTTTTGCTGATGAGGTGTAGATCGGCTCCAT
CGAAGAGTTGGTTAGAAGAGAGGATGCAAGTGAAAACAGAGCATGGAAACAGAGAAGAAG
AAGAAGAAACAGAGGATCAAGAGATGAGTGTGAATAAGAAGAAGAATAAGAAGGATTTGG
GATCACTAATGGAGGAAGAGAATATGGAACTAGTGTTGATGAGATACGATACTGATTATT
ACAGACTCTCTTCAGACATAGCTAAGGAGACTTGGGTTGTCGGAGGAATTAATCAAGATC
CTCTGTCTCGTAGTCGAAGCTGGAAAAGCTAATATTTCTCACTATTAATCATCGTATTTT
AAAGATATGATTAAGATTTTTTATACTATCATTTAGATTTTGTGTTTATTAATTTTGGTA
CTTGTTTTCACTTTTTTTCTTTGGTTTCTTGAGTTTCTAGGGTTACTCTGTTTCGTATCT
CAAAAGGTTTGTTTTTACTTTGTTTCAGTGTGTTTTTTTTCATCACGACGTGTGTAACGT
AACGTAAATATGTACATGGTCTTTTATC

QA 1 748 1 748
DS 



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TTGCTGATGAGGTGTAGATCGGCTCCAGCGAAGAGTTGGTTAGAAGAGAGAATGCAAGTG
AAAACAGAGCATGGAAACAGAGAAGAAGAAGAAGAAACAGAGGATCAAGAGATGAGTGTG
AATAAGAAGAAGAATAAGAAGGGTTTGAGATCACTAATGGAGGAAGAGAATATGGAACTA
GTGTTGATGAGATACGATACTGATTATTACAGACTCTCTTCAGACATAGCTAAGGAGACT
TGGGTTGTCGGAGGAATTAATCAAGATCCTCTGTCTCGTAGTCGAAGCTGGAAAAGCTAA
TATTTCTCACTATTAATCATCGTATTTTAAAGATATGATTAAGATTTTTTATACTATCAT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN56TF U 1
AF RR1CN56JQ C 52
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BS 701 840 RR1CN56JQ

RD RR1CN56TF 700 0 0
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AGGAACATCAAGTTCGATATCAGGTGTTTTGGTGATTTCAGACATGCTACTGATGTCACT
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AAGTGCGTGGTTGATGAAAACGCAGACGCGGAACCGGCGGTTCCGCCGCCGAACGCGCTT
TTGCTGATGAGGTGTAGATCGGCTCCAGCGAAGAGTTGGTTAGAAGAGAGAATGCAAGTG
AAAACAGAGCATGGAAACAGAGAAGAAGAAGAAGAAACAGAGGATCAAGAGATGAGTGTG
AATAAGAAGAAGAATAAGAAGGGTTTGAGATCACTAATGGAGGAAGAGAATATGGAACTA
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TGGGTTGTCGGAGGAATTAATCAAGATCCTCTGTCTCGTAGTCGAAGCTGGAAAAGCTAA
TATTTCTCACTATTAATCATCGTATTTTAAAGATATGATTAAGATTTTTTATACTATCAT
TTAGATTTTGTGTTTATTAATTTTGGTACTTGTTTTCACT

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DS 

RD RR1CN56JQ 789 0 0
GAC
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GTCACTAGCGACGACGAGGAAGAAGAGGAAGATGATGAAGAGGAACAAAAGACTGTTTTC
TCCAAATGGTTTATGGTTTTACAAGAGGAAGAACAAAGCACTAACGACGACAACAAGAAC
AACAAGAAGTGCGTGGTTGATGAAAACGCAGACGCGGAACCGGCGGTTCCGCCGCCGAAC
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CAAGTGAAAACAGAGCATGGAAACAGAGAAGAAGAAGAAGAAACAGAGGATCAAGAGATG
AGTGTGAATAAGAAGAAGAATAAGAAGGGTTTGAGATCACTAATGGAGGAAGAGAATATG
GAACTAGTGTTGATGAGATACGATACTGATTATTACAGACTCTCTTCAGACATAGCTAAG
GAGACTTGGGTTGTCGGAGGAATTAATCAAGATCCTCTGTCTCGTAGTCGAAGCTGGAAA
AGCTAATATTTCTCACTATTAATCATCGTATTTTAAAGATATGATTAAGATTTTTTATAC
TATCATTTAGATTTTGTGTTTATTAATTTTGGTACTTGTTTTCACTTTTTTTTCTTTGGT
TTCTTGAGTTTCTAGGGTTACTCTGTTTCGTATCTCAAAAGGTTTGTTTTTACTTTGTTT
CAGTGTGTTTTTTTTTCATCACGACGTGTGTAACGTAACGTAAATATGTACATGGTCTTT
TATCTC

QA 4 789 4 789
DS 



AS 1 6

CO CL1197Contig1 636 6 2 U
GGATTTGTTTGGCCCCTCTTACAACATCGCACGGATCCAAATCCAGATCATACCGAAGGA
GAAGAAGAAGAATACACGCACCATCCATCCATCTCCAAGAGGGAGCTTTGATTTGAATCT
GAATTTGATCAAAAGATGGGTTTCCTGATAACAAGCCTAATCTTCGTGGTCGTTGGGATA
ATTGCTTCTCTGTGTGTTCGAATCTGCTTCGCTAGAGGTCCCTCCACAAATCTGCTTCAC
TTCACCTTGGTCATTACTGCCACGGTCTGCTGCTGGATGATGTGGGCGATTGTATACATT
GCACAGATGAATCCTCTGATTGTCCCAATCCTAAGCGAAACAGAGTAGCATCCTCTCACT
CAAACTCACGCTATGAGCAAAAGTGAGTAGTAATACCGGGTTGCTTACCTTTCTTCTGTT
TTCCATTCTTGTGTATCTTCAATCTTTTAAATGGTTTGTATTTTCTGTTTCCTAGTGTGT
GAACAAATCCATAAACTTTTTGCCTCTGTATTATTGGAAATTTCCATGTATTCTATTCCC
AAAACAAGCTGAGATCCTCAAAACAATGTATCATTGTTGATGAAATAATGTCTTTGACAG
TGAGGGAGGAGTTTTATTCATCCTTTTATCACACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ67TFB U 1
AF RR1GZ67JQ C 17
AF RR1B863JQ C 95
AF RR1B863TF U 95
AF RR1BX91TF U 19
AF RR1G687JQ C 234
BS 1 559 RR1GZ67TFB
BS 560 636 RR1BX91TF

RD RR1GZ67TFB 559 0 0
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ATTGCTTCTCTGTGTGTTCGAATCTGCTTCGCTAGAGGTCCCTCCACAAATCTGCTTCAC
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TCTT
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AATCTGCTTCGCTAGAGGTCCCTCCACAAATTTGCTTCACTTCACCTTGGTCATTACTGC
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ATGATGTGGGCGATTGTATACATTGCACAGATGAATCCTCTGATTGTCCCAATCCTAAGC
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CGGGTTGCTTACCCTTCTTCTGTTTTCCATTCTTGTGTATCTTCAATCTTTTAAATGGTT
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TTGATGAAATAATGTCTTTGAC

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GG
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CCATCCATCCATCTCCAAGAGGGAGCTTTGATTTGAATCTGAATTTGATCAAAAGATGGG
TTTCCTGATAACAAGCCTAATCTTCGTGGTCGTTGGGATAATTGCTTCTCTGTGTGTTCG
AATCTGCTTCGCTAGAGGTCCCTCCACAAATCTGCTTCACTTCACCTTGGTCATTACTGC
CACGGTCTGCTGCTGGATGATGTGGGCGATTGCATACATTGCACAGATGAATCCTCTGAT
TGTCCCAATCCTAAGCGAAACAGAGTAGCATCCTCTCACTCAAACTCACGCTATGAGCAA
AAGTGAGTAGTAATACCGGGTTGCTTACCTTTCTTCTGTTTTCCATTCTTGTGTATCTTC
AATCTTTTAAATGGTTTGTATTTTCTGTTTCCTAGTGTGTGAACAAATCCATAAACTTTT
TGCCTCCGTATTATTGGAAATTTCCATGTATTCTATTCCCAAAACAAGCTGAGATCCTCA
AAACAATGTATCATTGTTGATGAAATAATGTCTTTGACAGTGAGGGAGGAGTTTTATTCA
TCCTTTTATCACACAG

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DS 

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ATACATCGCACAGATGAATCCTCTGATTGTCCCAATCCTAAGCGAAACAGAGTAGCATCC
TCTCACTCAAACTCACGCTATGAGCAAAAGTGAGTAGTAATACCGGGTTGCTTACCTTTC
TTCTGTTTTCCATTCTTGTGTATCTTCAATCTTTTAAATGGTTTGTATTTTCTGTTTCCT
AGTGTGTGAACAAATCCATAAACTTTTTGCCTCTGTATTATTGGAAATTTCCATGTATTC
TATTCCCAAAACAAGCTGAGATCCTCAAAACAATGTATCATTGTTGATGAAA*AATGTCT
TTGACAGTGAGGGAGGAGTTTTATTCATCCTTTTATC

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DS 



AS 2 5

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AAAATCCGATCCGTTAGATACACTATGGCGACGACCAACGAACCCGAGCACGAGCACAGA
GACGCGGAAGAAGCTGGAGCTAACGAGGACGAGGACACCGGAGCTCAGGTCGCTCCGATC
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CACGTTGGAAATGAAAAGTCTTGTGTGTGGCACGCACGCGACTTTGCTGATGGTGAACTC
AAGGATGAGCTTTTCTGCATCCGTTTCGCTTCTATTGAGAACTGCAAAGCATTTATGCAG
AAGATCAATGAAGTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCGTCTGAC
ACCGCTGGTCTTCTCGAGAAGCTGAGCGTTGAAGAGTCGAAAACAGAGGAGAAACCTGTG
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GATGAAGTAAAGAAAACCGAAGAGGCTAGTCCCTCGACTTAAGTTGCATCAACTTTTAAG
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TCTACTATTGC


BQ
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0 0 0 0 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR90TF U 1
AF RR1A943TF U 1
BS 1 29 RR1A943TF
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DS 

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GACGCGGAAGAAGCTGGAGCTAACGAGGACGAGGACACCGGAGCTCAGGTCGCTCCGATC
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TCGAAAACTCTTAAGATCTGTGCTAATCACTTCGTTAAACAGGGGATGAGTGTTCAGGAA
CACGTTGGAAATGAAAAGTCTTGTGTGTGGCACGCTCGTGACTTTGCTGATGGTGAACTC
AAGGATGAGCTTTTCTGCATCCGTTTCGCTTCTATTGAGAACTGCAAAGCATTTATGCAG
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TCTACTATTGC

QA 1 851 1 851
DS 



CO CL1198Contig2 871 3 6 U
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AAATCTTTCATATCATTCCACCGACACTTTCAGACTCAAAAACTATAGACCCAAAAACGA
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ACCGG*ACAATAGTAGACTCGAGAGAGATGCATCCAACACTAGATATATAGCTATAAATA
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TCGGTTTTCTTTACTTCAACAGCTTTCTCTGGCTCGCTTTTTTTCTTCTCCTCTGCTTCA
GTCTTCTCCTTCTCCACAGGTTTCTCCTCTGGTTTTGTTTCTTCCACGCTCAGCTTCTCG
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AGCTTCACAGTACCACCACCTCTCTCCTTCCACTGATTCGCCTCCTTATCGAACCGATAC
AGCTTCGATTTCAGATCGAGGACGGCGTCTTCGTATTCCTCGCCGGTAGTGACGGCGACT
TCTTCAAGCCTAACGATCGGAGCGACCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AU31JQ U 6
AF RR1EL44JQ U 1
AF RR1AU31TF C 87
BS 1 365 RR1EL44JQ
BS 366 367 RR1AU31JQ
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RD RR1AU31JQ 654 0 0
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TTTCATATCATTCCACCGACACTTTCAGACTCAAAAACTATAGACCCAAAAACGACACTG
CAAAACCCGACCCCAAGCGATCTGACTCGACAAAACATGTGTAGATAGAAAGGTGACCGG
*ACAATAGTAGACTCGAGAGAGATGCATCCAACACTAGATATATAGCTATAAATAACTCG
CCAAGATTTGGGAGCTTTAAAAGTTGATGCAACTTAAGTCGAGGGACTAGCCTCTTCGGT
TTTCTTTACTTCAACAGCTTTCTCTGGCTCGCTTTTTTTCTTCTCCTCTGCTTCAGTCTT
CTCCTTCTCCACAGGTTTCTCCTCTGGTTTTGTTTCTTCCACGCTCAGCTTCTCGAGAAG
ACCAGCCGTGTCAGAGGCATCTTTGCTCTCTTCTTTCTCTACTTCAGATTCAGCAACTTC
ATTGAACTTCTGCATAAATGCTTTGCAGTTCTCAATAGAAGCGAAACGGATGCAGAAAAG
CTCATCCTTGAGTTCACCATCAGCAAAGTCACGTGCGTGCCACACACAAGACTTTTCATT
TCCAACGTGTTCCTGAACACTCATCCCCTGTTTAACGAAGTGATTAGCACAGAT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1EL44JQ 684 0 0
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AAATCTTTCATATCATTCCACCGACACTTTCAGACTCAAAAACTATAGACCCAAAAACGA
CACTGCAAAACCCGACCCCAAGCGATCTGACTCGACAAAACATGTGTAGATAGAAAGGTG
ACCGG*ACAATAGTAGACTCGAGAGAGATGCATCCAACACTAGATATATAGCTATAAATA
ACTCGCCAAGATTTGGGAGCTTTAAAAGTTGATGCAACTTAAGTCGAGGGACTAGCCTCT
TCGGTTTTCTTTACTTCAACAGCTTTCTCTGGCTCGCTTTTTTTCTTCTCCTCTGCTTCA
GTCTT**CCTTCTCCACAGGTTTCTCCTCTGGTTTTGTTTCTTCCACGCTCAGCTTCTCG
AGAAGACCAGCCGTGTCAGAGGAATCTTTGCTCTCTTCTTTCTCTACTTCAGATTCAGCA
ACTTCATTGAACTTCTGCATAAATGCTTTGCAGTTCTCAATAGAAGCGAAACGGATGCAG
AAAAGCTCATCCTTGAGTTCACCATCAGCAAAGTCACGTGCGTGCCACACACAAGACTTT
TCATTTCCAACGTGTTCCTGAACACTCATCCCCTGTTTAACGAAGTGATTAGCACAGATC
TTGAGAGTTTTCGATTGCCTCATG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1AU31TF 785 0 0
AC
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GACTCGACAAAACATGTGTAGATAGAAAGGTGACCGGGACAATAGTAGACTCGAGAGAGA
TGCATCCAACACTAGATATATAGCTATAAATAACTCGCCAAGATTTGGGAGCTTTAAAAG
TTGATGCAACTTAAGTCGAGGGACTAGCCTCTTCGGTTTTCTTTACTTCAACAGCTTTCT
CTGGCTCGCTTTTTTTCTTCTCCTCTGCTTCAGTCTTCTCCTTCTCCACAGGTTTCTCCT
CTGGTTTTGTTTCTTCCACGCTCAGCTTCTCGAGAAGACCAGCCGTGTCAGAGGCATCTT
TGCTCTCTTCTTTCTCTACTTCAGATTCAGCAACTTCATTGAACTTCTGCATAAATGCTT
TGCAGTTCTCAATAGAAGCGAAACGGATGCAGAAAAGCTCATCCTTGAGTTCACCATCAG
CAAAGTCACGTGCGTGCCACACACAAGACTTTTCATTTCCAACGTGTTCCTGAACACTCA
TCCCCTGTTTAACGAAGTGATTAGCACAGATCTTGAGAGTTTTCGATTGCCTCATGGCGA
GACGAATCTTCCCAGTGCTCTTATGCTTCAACAGCTTCACAGTACCACCACCTCTCTCCT
TCCACTGATTCGCCTCCTTATCGAACCGATACAGCTTCGATTTCAGATCGAGGACGGCGT
CTTCGTATTCCTCGCCGGTAGTGACGGCGACTTCTTCAAGCCTAACGATCGGAGCGACCT
GCC

QA 3 785 3 785
DS 



AS 1 5

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AAGACTATCAATCAATCTCCACTCTTCGTCAATGGCTTCTCTGAAGCTTTCACCTTCTTC
GCCAATCTCTATCCCTAAGAGCAGTGGATATGTAGGTAGGAGAGGAGTTTCATTTCTTGT
CCGAGCTGAGCAGTCCCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACG
TGTGGTGGTAACGTTGGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCGTTGCTTAGTAAAGCTCCATC
ATCATTTGCTGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCATA
TGCCTTTGTATATCCCTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTATA
CAAAGATGTGATTGAGCCGTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACA
GACTATCAAAGATTTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTT
GGCACCACCAAATCAGAAGACAACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAA
GACTTATTATCAGTTTGAGTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACCCGCCATGCTTTGGG
CGTAATTACAGTTTTTAATGGAAAATTCTACACATTGACAACTGGGGCTAATGAGAGGAG
GTGGGACAAGATGAAAGATAGGCTTCACACTGTGATAGATTCTTTCAAGATCACTGTTTG
AAAAAAATATCAAGTTTGGTTTGGTCACTTTATGTTTTGAAAAAGCCTGAGTTGTATTTT
TTGTTCATTCTTCCTCTCTCTCTTTCCCTTAACATTATTCTTCTCCATTAAGAGAGATTC
AATACTCTGACTTTTTCACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB95TF U 1
AF RR1A734TF U 128
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AF RR1DD07JQ C 346
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RD RR1FB95TF 627 0 0
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AAGACTATCAATCAATCTCCACTCTTCGTCAATGGCTTCTCTGAAGCTTTCACCTTCTTC
GCCAATCTCTATCCCTAAGAGCAGTGGATATGTTGGTAGGAGAGGAGTTTCATTTCTTGT
CCGAGCTGAGCAGTCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACG
TGTGGTGGTAACGTTGGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCATC
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TGCCTTTGTATATCCCCTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTATA
CAAAGATGTGATTGAGCCGTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACA
GACTATCAAAGATTTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTT
GGCACCACCAAATCAGAAGACAACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAA
GACTTATTATCAGTTTGAGTTCACTGC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1A734TF 612 0 0
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GAGCAGTCCCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGTGTGGTG
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GCTGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCATATGCCTTT
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TATCAGTTTGAGTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACCCGCCATGCTTTGGGCGTAATT
ACAGTTTTTAATGGAAAATTCTACACATTGACAACTGGGGCTAATGAGAGGAGGTGGGAC
AAGATGAAAGAT

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GGG
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GTCCGAGCTGAGCAGTCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGA
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TCATCATTTGCTGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCA
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TTT*GTTCATTCTTC
TCTCT

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ACACCCGCCATGCTTTGGGGGTAATTACAGTTTTTAATGGAAAATTTTACACATTGACAA
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AAAGCCTGAGTTGTATTTTTTGTTCATTCTTCCTCTCTCTCTTTCCCTTAACATTATTTT
TTTCCATTAAGAGAGATTCAATACTTTGACTTTTTCACATT

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CCCTACTAGCAAACAGACTATCAAAGATTTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACT
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CCGCCATGCTTTGGGCGTAATTACAGTTTTTAATGGAAAATTCTACACATTGACAACTGG
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CAAGATCACTGTTTGAAAAAAATATCAAGTTTGGTTTGGTCACTTTATGTTTTGAAAAAG
CCTGAGTTGTATTTTTTGTTCATTCTTCCTCTCTCTCTTTCCCTTAACATTATTCTTCTC
CATTAAGAGAGATTCAATACTCTGACTT
CTTCGC

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DS 



AS 1 5

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AAGAGTGTTCAGACACAACAAAAAAATCATCGAAGAGTGTAAGAATCTCGTCTAAACAAA
ATGCAAAGCGATAGATAGAGA*AGAGAGGAAACTGGCAAAAGAGATAATCTCAATCCTTT
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TTCTGTCCATCAAGAGCAGCGATGGCGTCGTTGAGTTCAGTCTCGTTAGACATTGTGACA
AAACCGAACCCACGTGAGCGACCCGTCTCACGGTCATAAACCACACGAGCTTCCACAACT
TTGCCATGCTCACTGAAAACTTGTTCTAGACGACCGTTGTCAACATCCCACGGTAGGTTC
CCCACATAGACTCTGAACGCAGGTTCATATACCCGAGGCTGGCGTTCTGGACGTGATCCT
CTTGGTGCTGCCTTGTTTACTGTCAGAAGCCTTCCGTTCAAATCATAACGGTTGAACTTC
TCAACAGCAGTCTCAGCTTCTTCCACGGTACTCATTGTCACAAATCCAAACCCACGACTC
TGGTCTGTCTCCCTATTGTAGATAACCTCAGCGATTTCAACAGTACCGGCTTGCTCAAAG
AGCATAGCCAAGGCTTGACTGTCAACGTCGTAAGCCAAGTTTCCGACGAAGAGTTTCGCT
TCCTCCAGCGGCTCCGGGAAGTCACCTCCTTCGCCGACATCTCCCTCCGAGAACGTTGCC
TCAGGCTCGTTCTCCTCAACGGCGACGGAAGCGCTCACGTCCCCACCTTCTTCCGCGTCC
CAATCCGAAGTCTGAGCGACGAAGGAGACGAAAGGAGACTTCTTTAGGTTGGTTTTGGCT
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GAGCAGCGAGAAGAGATGGTGGAGAGTGAAGGATGGGAGAAGATGGTGGAAGAGGAAGAG
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GAAGTGTGGGAGAGAGAGATAGGGATAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AV91JQ U 1
AF RR1AV91TF C 1
AF RR1C203JQ U 18
AF RR1A757JQ U 41
AF RR1A757TF C 314
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RD RR1AV91JQ 520 0 0
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C

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DS 

RD RR1AV91TF 520 0 0
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ATGCAAAGCGATAGATAGAGA*AGAGAGGAAACTGGCAAAAGAGATAATCTCAATCCTTT
TAAAACCCACGCCTCGGACGCTCCTCCGCTACGTTCACTCTGATTGCTCTACCCTCCATG
TTCTGTCCATCAAGAGCAGCGATGGCGTCGTTGAGTTCAGTCTCGTTAGACATTGTGACA
AAACCGAACCCACGTGAGCGACCCGTCTCACGGTCATAAACCACACGAGCTTCCACAACT
TTGCCATGCTCACTGAAAACTTGTTCTAGACGACCGTTGTCAACATCCCACGGTAGGTTC
CCCACATAGACTCTGAACGCAGGTTCATATACCCGAGGCTGGCGTTCTGGACGTGATCCT
CTTGGTGCTGCCTTGTTTACTGTCAGAAGCCTTCCGTTC
C

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1C203JQ 689 0 0
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GCGACCCGTCTCACGGTCATAAACCACACGAGCTTCCACAACTTTGCCATGCTCACTGAA
AACTTGTTCTAGACGACCGTTGTCAACATCCCACGGTAGGTTCCCCACATAGACTCTGAA
CGCAGGTTCATATACCCGAGGCTGGCGTTCTGGACGTGATCCTCTTGGTGCTGCCTTGTT
TACTGTCAGAAGCCTTCCGTTCAAATCATAACGGTTGAACTTCTCAACAGCAGTCTCAGC
TTCTTCCACGATACTCATTGTCACAAATCCAAACCCACGACTCTGGTCTGTCTCCCCATT
GTAGATAACCTCAGCGATTTCAACAGTACCGGCTTGCTCAAAGAGCATAGCCAAGGCTTG
ACTGTCAACGTCGTAAGCCAAGTTTCCGA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1A757JQ 820 0 0
G
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AGAATCTCGTCTAAACAAAATGCAAAGCGATAGATAGAGAGAGAGAGGAAACTGGCAAAA
GAGATAATCTCAATCCTTTTAAAACCCACGCCTCGGACGCTCCTCCGCTACGTTCACTCT
GATTGCTCTACCCTCCATGTTCTGTCCATCAAGAGCAGCGATAGCGTCGTTGAGTTCAGT
CTCGTTAGACATTGTGACAAAACCGAACCCACGTGAGCGACCCGTCTCACGGTCATAAAC
CACACGAGCTTCCACAACTTTGCCATGCTCACTGAAAACTTGTTCTAGACGACCGTTGTC
AACATCCCACGGTAGGTTCCCCACATAGACTCTGAACGCAGGTTCATATACCCGAGGCTG
GCGTTCTGGACGTGATCCTCTTGGTGCTGCCTTGTTTACTGTCAGAAGCCTTCCGTTCAA
ATCATAACGGTTGAACTTCTCAACAGCAGTCTCAGCCTCTTCCACGGTACTCATTGTCAC
AAATCCAAACCCACGACTCTGGTCTGTCTCCCTATTGTAGATAACCTCAGCGATTTCAAC
AGTACCGGCTTGCTCAAAGAGCATAGCCAAGGCTTGACTGTCAACGTCGTAAGCCAAGTT
TCCGACGAAGAGTTTCGCTTCCTCCAGCGGCTCCGGGAAGTCACCTCCTTCGCCGACATC
TCCCTCCGAGAACGTTGCCTCAGGCTCGTTCTCCTCAACGGCGACGGAAGCGCTCACGTC
CCCACCTTCTTCCGCGTCCCAATCCGAAGTCTGAGCGAC

QA 2 820 2 820
DS 

RD RR1A757TF 795 0 0
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TGAACGCAGGTTCATATACCCGAGGCTGGCGTTCTGGACGTGATCCTCTTGGTGCTGCCT
TGTTTACTGTCAGAAGCCTTCCGTTCAAATCATAACGGTTGAACTTCTCAACAGCAGTCT
CAGCTTCTTCCACGGTACTCATTGTCACAAATCCAAACCCACGACTCTGGTCTGTCTCCC
TATTGTAGATAACCTCAGCGATTTCAACAGTACCGGCTTGCTCAAAGAGCATAGCCAAGG
CTTGACTGTCAACGTCGTAAGCCAAGTTTCCGACGAAGAGTTTCGCTTCCTCCAGCGGCT
CCGGGAAGTCACCTCCTTCGCCGACATCTCCCTCCGAGAACGTTGCCTCAGGCTCGTTCT
CCTCAACGGCGACGGAAGCGCTCACGTCCCCACCTTCTTCCGCGTCCCAATCCGAAGTCT
GAGCGACGAAGGAGACGAAAGGAGACTTCTTTAGGTTGGTTTTGGCTTTGAGAGATAGGG
AGACGCGGGAGAAGGAGAGCGGGAGGTTAGTACGTCCGCTGAGGAAGGAGCAGCGAGAAG
AGATGGTGGAGAGTGAAGGATGGGAGAAGATGGTGGAAGAGGAAGAGTCCGCCATGGCTA
AAGGCTTGAAGCTTGAGGTTACTATTGATGAAGCCATTGCAGAGGAAGAAGTGTGGGAGA
GAGAGATAGGGATAA

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 5

CO CL1201Contig1 864 5 6 U
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TCACTGTGTTTGATCAGTCTTCTCCTTATCTTGCCTTCTATCTTCGCTGCTTCTTCTTCT
AAAGATTTCGATTTCTTCTACTTCGTCCAACAATGGCCAGGATCATACTGTGACACAGAG
AAGAGTTGTTGCTTTCCAACTTCGGGCAAACCAGCTGCTGATTTTGGAATCCACGGTCTT
TGGCCTAATTACGAAGATGGAACTTATCCTTCTAACTGTGACGACACTAAACCATTTGAT
TCATCATCGATATCGGATCTGATCAGCTCAATGGAGAAGAGCTGGCCGACACTGGCTTGC
CCGAGCGGCTCAGGCGAAGCCTTTTGGGAACATGAATGGGAGAAGCATGGTACTTGCTCC
GAATCGGTTATTGACCAACATGAGTATTTCCAAACCGCTCTTAACCTTAAGCAGAAAACC
GATCTTCTTGGAGCTCTAACTAAAGCCGGAATCAATCCGGATGGAAAATCTTACAGTATA
GAGAGCATTAGAGACGCGATTAAAGAGTCAACGGGTTTCACTCCATGGATTCAATGCAAC
ACAGATGGGTCTGGGAATAGCCAATTGTACCAAGTCTATCTTTGTGTTGACCGGTCTGGT
TCCGGTTTAATCGAATGTCCGGTTTTCCCTCATGGAAAATGTGGAGCCGATCTCGAATTC
CCTACTTTCTAATACTCTTTTTCTAATTTCTTAATCTACTGAATCGGATATTGCGTTCGT
TATTATAAATTTATAATTGGTGCTGTAATAAAAATCTATATATGGAATTGGAGTTGATTG
ATTCGTGGTTTATATATTGTACCT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA61TF U 1
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AF RR1AU47TF U 1
AF RR1GL77JQ C 113
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G
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CATCATCGATATCGGATCTGATCAGCTCAATGGAGAAGAGCTGGCCGACACTGGCTTGCC
CGAGCGGCTCAGGCGAAGCCTTTTGGGAACATGAATGGGAGAAGCATGGTACTTGCTCCG
AATCGGTTATTGACCAACATGAGTATTTCCAAACCGCTCTTAACCTTAAGCAGAAAACCG
ATCTTCTTGGAGCTCTAGCTAAAGCCGGAATCAATCCGGATGGAAAATCTTACAGTATAG
AGAGCATTAGAGACGCGATTAAAGAGTCAACGGGTTTCACTCCATGGATTCAATGCAACA
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AAGAGTTGTTGCTTTCCAACTTCGGGCAAACCAGCTGCTGATTTTGGAATCCACGGTCTT
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TCTATATA

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TCGAATTCCCTACTTTCTAATACTCTTTTTCTAATTTCTTAATCTACTGAATCGGATATT
GCGTTCGTTATTATAAATTTATAATTGGTGCTGTAATAAAA
ATCTATATATGGAA

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GGATGGAAAATCTTACAGTATAGAGAGCATTAGAGACGCGATTAAAGAGTCAACGGGTTT
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TCTTTGTGTTGACCGGTCTGGTTCCGGTTTAATCGAATGTCCGGTTTTCCCTCATGGAAA
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TATATGGAATTGGAGTTGATTGATTCGTGGTTTATATATTGTACCT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 5

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CTTTCGAGCTAGGAATGAACCAAACATTTCGAATAGATTGAGATTCAAACTGAACAAAGA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1C695JQ U 1
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G
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TCCTTGAAGATGCGAGGGAGAATCTCATGTGCACCGATATCTAGACCTTGAGGCTCCCTG
CATAATGTTTGCCCCTTTTCTTTCGAGCTAGGAATGAACCAAGCATTTCGAATAGATTGA
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T

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DS 

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AACACACAAGAAACTCCTTTTTTT*CTTTAGTACTGATCAAAATCTGGATACAGAGTTGA
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CCTTTTCTTTCGAGCTAGGAATGAACCAAACATTTCGAATAGATGGGGATTCAAACTGAA
CAAAGATTCCGTCGTTTTGTCCGAGCTTCCACTTCCTTGAGCCTTGACCTTTCCACACCT
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AAAAGCTCTCAAGTAAGAAACAAAACAACACAGGTGAATTGTCTGAGTAGCACAAACACA
CAAGAAACTCCTTTTTTTTCTTCAGTACTGATCAAAATCTGGATACAGAGTTGAGAAGCA
AACAGCAACAAAATAAATGGCCTTACGAGCTCTTCGATACTTCCTTGAAGATGCGAGGGA
GAATCTCATGTGCACCGATATCTAGACCTTGAGGCTCCCTGCATAATGTTTGCCCCTTTT
CTTTCGAGCTAGGAATGAACCAAACATTTCGAATAGATTGAGATTCAAACTGAACAAAGA
TTCCATCGTTTTGTCCGAGCTTCCACTTCCTTGAGCCTTGACCTTTCCACACCTGCGGGT
AAGATATACTACTCTTTGATGTCACTAGGCAAGCAGCTTTGGAAAAGGACTCTTCTGCGT
ATTGCCTCAGATATGTGAAGCAGTTACTGTGTGTGTGTGGTGACTCAAAAGCCTTATCGA
TGTTGACTACTGGTGCGTACTTATCGGTTTGTGTTTTCTCTTTGTCAAGAAGGAAATAGA
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ATTTAAAGCTGTCAAGATGCTTGGCCATGTTGGCATTAGACCTCAAGTTC

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DS 

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AATAGATTGAGATTCAAACTGAACAAAGATTCCATCGTTTTGTCCGAGCTTCCACTTCCT
TGAGCCTTGACCTTTCCACACCTGCGGGTAAGATATACTACTCTTTGATGTCACTAGGCA
AGCAGCTTTGGAAAAGGACTCTTCTGCGTATTGCCTCAGATATGTGAAGCAGTTACTGTG
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TGTTTTCTCTTTGTCAAGAAGGAAATAGACTCTACTATCCACTTTAGATGTCTCGTGCCA
CGACTTGACAGCTGTTTCCATGGTCTCAACAAGAAAAGAAAACATCTCTTTCCAACACTC
TTCAGCTCCATAGTTTGCAGACAGTTCAGATTTAAAGCTGTCAAGATGCTTGGCCATGTT
GGCATTAGACCTCAAGTTCTCGAGTTCTTGAGCTCTCTGTTTCTCCTTCTGCAGCTGACC
GAGCCTCTTGATATTCCTTGAAACTTCTGCGCTTTGTGGGTTGTACTGTAGAGCCATTTC
AAATGCAGCC

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DS 

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ATG
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AAAGAGAACATCTCTTTCCAACACTCTTCAGCTCCATAGTTTGCAGACAGTTCAGATTTA
AAGCTGTCAAGATGCTTGGCCATGTTGACATTAGACCTCAAGTTCTCGAGTTCTTGAGCT
CTCTGTTTCTCCTTCTGCAGCTGACCGAGCCTCTTGATCTTCCTTGAAACTTCTGCGCTT
TGTGGGTTGTACTGTAGAGCCATTTCAAATGCAGCCAAGGCCTCATCATATTTCTCCATG
GCTTCAAGAATAGAACCTTTCCTGAAGTAACCCTTCTCCCATTGCGGGTTGAGTTTGATG
GTTGTCTCAGCATCAGCCAAGGCTTTGCTAAGCTTAACGAGACTCAAGAAGGCAGCAGCT
CGGTTACTGTAAAGAGTAGCGTTAGAAGGATCGAGCTTGATGGCCTGAGTGTAGAGAGCT
GCGGCTTTAAGGTAGTTCCCAGCTTTGAAGAACTCGTTACCTTTCTCCTTTAGAGATTTC
TCGCCTGTTTCCACTCCTTTCTCCGCCATCGCCAATCCAAGAGAGAAATCTGGTGACTGT
TTCTCC

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DS 



AS 1 4

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TCACAAACAATAAGGGCAACCAACAAAAACGTTGATGAATGTAATATGTGTATAGTTTGC
TTACTTACAGATAAATAATTGCGAGTCCCAGTATCAGTATCACAAGTTGGGACCATATAA
AATAAATTCTTTGTAAAAAAAAATCCCCAAAAATGTGTTTTATGATTGTTTGGTAAGGTC
TTGTACCCAAGATATTCCACCGGGAAACGCTCTGTGAACTCTGGTTCTTGTCACCATGGC
AGCTTTTGGTTTCTCCTCCACCACCAACGGGCTTTCTTTCCCCAAAAGAGGCTTGTTGTG
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AGATGATGGTTTTGCATCGATAGGTAGTCTCGCACCAACATCCTGAATGACTTTAGTGGC
CGGGCTGTCTTTAACTCCTGCAATTTGACACAAATGCCATAGTCCTGAAAGTGTCACATC
TTGTTTGCTTTCAAGACTGTCAATCTTCCCTTCTATTCCGGATATCATTTCATTAATTTG
TTGAAAGTCAAACCCAAGTTGTGAAATACTTGATTTCACATCTGTTACATCACTTAGAAT
CATTTTAGATATCTCGGTCTGCTCTTCCACCTTCCAATCCAATTTCGATAGCTCCTTAGA
AAGATGTTTCTTTGTTGACGCTAGTGATTCCTGCAAGTCGTTTAGTTGTTTTGAAAAAGA
TGCAACTGCATTAGCCATATTTTTCTTTGTCACAAACATTGCATCCGAAAATGACCAACC
CTTCCACCACATGTAACAGTATCCCATAGCTCCAACGGCTGCCGCTGGAACCAGGTAAGA
AGCATAGCCACTGTTGTTTGAATCTCCGTTAAATATGGTAACAGGATTAATCGTACTTAG
TTCTTTGATTTCATTTGCGAGCTGTCGAATCTGAGCAGCGAGGGCGGCACTATCATACTT
ATAACTAAAAGGGGTGCTTTCAACTCCTTCAGCACCCTTGAGTAATTCTTGAAGCTGCGC
TATTAGGTCAGACAACCTCCCATGTCTCAGTACAATCGAACCAGAGACCCCTGCGCCGAG
CAAGATGAGAACTTTGGAGGTCTGAACGCCGGCTTGAACAGCCATGGATTCCGATTCAAG
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CCACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK79JQ U 1
AF RR1D972JQ U 73
AF RR1DK79TF C 573
AF RR1D972TF C 575
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RD RR1DK79JQ 678 0 0
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TTACTTACAGATAAATAATTGCGAGTCCCAGTATCAGTATCACAAGTTGGGACCATATAA
AGTAAATTCTTTGTAAGAAAAAATCCCCAAAAATGTGTTTTATGATTGTTTGGTAAGGTC
TTGTACCCAAGATATTCCACCGGGAAACGCTCTGTGAACTCTGGTTCTTGTCACCATGGC
AGCTTTTGTTTTCTCCTCCACCACCAATGGGCTTTCTTTCCCCAAAAGAGGCTTGTTGTG
TATTACATTTACACCCTCCTCTCCTTCTGTTAGGAACCGCAGACCCGAAAGAGAATTGTT
AGATGATGGTTTTGCATCGATAGGTAGTCTCGCACCAACATCCTGAATGACTTTAGTGGC
CGGGCTGTCTTTAACTCCTGCAATTTGACACAAATGCCATAGTCCTGAGAGTGTCACATC
TTGTTTGCTTTCAAGACTGTCAATCTTCCCTTCTATTCCGGATATCATTTCATTAATTTG
TTGAAAGTCAAACCCAAGTTGTGAAATACTTGATTTCACATCTGTTACATCACTTAGAAT
CATTTTAGATATCTCGGT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1D972JQ 684 0 0
G
GGGCAACCAACAAAAACGTTGATGAATGTAATATGTGTATAGTTTGCTTACTTACAGATA
AATAATTGCGAGTCCCAGTATCAGTATCACAAGTTGGGACCATATAAAATAAATTCTTTG
TAAAAAAAAATCCCCAAAAATGTGTTTTATGATTGTTTGGTAAGGTCTTGTACCCAAGAT
ATTCCACCGGGAAACGCTCTGTGAACTCTGGTTCTTGTCACCATGGCAGCTTTTGGTTTC
TCCTCCACCACCAACGGGCTTTCTTTCTCCAAAAGAGGCTTGTTGTGTATTACATTTACA
CCCTCCTCTCCTTCTGTTAGGAACCGCAGACCCGAAAGAAAATTGTTAGATGATGGTTT*
GCATCGATAGGTAGTCTCGCACCAACATCCTGAATGACTTTAGTGGCCGGGCTGTCTTTA
ACTCCTGCAATTTGACACAAATGCCATAGTCCTGAAAGTGTCACATCTTGTTTGCTTTCA
AGACTGTCAATCTTCCCTTCTATTCCGGATATCATTTCATTAATTTGTTGAAAGTCAAAC
CCAAGTTGTGAAATACTTGATTTCACATCTGTTACATCACTTAGAATCATTTTAGATATC
TCGGTCTGCTCTTCCACCTTCCAATCCAATTTCGATAGCTCCTTAGAAAGATGTTTCTTT
GTTGACGCTAGTGATTCCTGCAA

QA 2 684 2 684
DS 

RD RR1DK79TF 679 0 0
CTATTCCGGATATCATTTCATTAATTTGTTGAAAGTCAAACCCAAGTTGTGAAATACTTG
ATTTCACATCTGTTACATCACTTAGAATCATTTTAGATATCTCGGTCTGCTCTTCCACTT
TCCAATCCAATTTCGATAGCTC*TTAGAAAGATGTTTCTTTGTTGACGCTAGTGATTCCT
GCAAGTCGTTTAGTTGTTTTGAAAAAGATGCAACTGCATTAGCCATATTTTTCTTTGTCA
CAAACATTGCATCCGAAAATGACCAACCCTTCCACCACATGTAACAGTATCCCATAGCTC
CAACGGCTGCCGCTGGAACCAGGTAAGAAGCATAGCCACTGTTGTTTGAATCTCCGTTAA
ATATGGTAACAGGATTAATCGTACTTAGTTCTTTGATTTCATTTGCGAGCTGTCGAATCT
GAGCAGCGAGGGCGGCACTATCATACTTATAACTAAAAGGTGTGCTTTCAACTCCTTCAG
CACCCTTGAGTAATTCTTGAAGCTGCGCTATTAGGTCAGACAACCTCCCATGTCTCAGTA
CAATCGAACCAGAGACCCCTGCGTCGAGCAAGATGAGAACTTTGGAGGTCTGAACGCCGG
CTTGAACAGCCATGGATTCCGATTCAAGGTAAGAGACTTTAGAGGCCGGCTGGCTCTTCT
CGATTGTTCTGTTCCGT
CC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1D972TF 693 0 0
ATTCCGGATATCATTTCATTAATTTGTTGAAAGTCAAACCCAAGTTGTGAAATACTTGAT
TTCACATCTGTTACATCACTTAGAATCATTTTAGATATCTCGGTCTGCTCTTCCACCTTC
CAATCCAATTTCGATAGCTCCTTAGAAAGATGTTTCTTTGTTGACGCTAGTGATTCCTGC
AAGTCGTTTAGTTGTTTTGAAAAAGATGCAACTGCATTAGCCATATTTTTCTTTGTCACA
AACATTGCATCCGAAAATGACCAACCCTTCCACCACATGTAACAGTATCCCATAGCTCCA
ACGGCTGCCGCTGGAACCAGGTAAGAAGCATAGCCACTGTTGTTTGAATCTCCGTTAAAT
ATGGTAACAGGATTAATCGTACTTAGTTCTTTGATTTCATTTGCGAGCTGTCGAATCTGA
GCAGCGAGGGCGGCACTATCATACTTATAACTAAAAGGGGTGCTTTCAACTCCTTCAGCA
CCTTTGAGTAATTCTTGAAGCTGCGCTATTAGGTCAGACAACCTCCCATGTCTCAGTACA
ATCGAACCAGAGACCCCTGCGCCGAGCAAGATGAGAACTTTGGAGGTCTGAACGCCGGCT
TGAACAGCCATGGATTCCGATTCAAGGTAAGAGACTTTAGAGGCCGGCTGGCTCTTCTCG
ATTGTTCTGTTCCGTGACGCCTTTAGCCACCCC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 2 4

CO CL1204Contig1 819 2 16 U
GGGTCTGCCACTCCCGTTAATGTCGGTTCTCGTTTTCCACTCACAATGACCCTCCAAAAA
ATAGAGGACAAGGAACGAAGCAAAAGATTAATAGCAGTTTCTAGTGGTAGATCAGATCAG
ATCATCAAGAAAGGGTTTTGAGAATGTCGACAAACATATTCTGGCAAGAATCACCCATTG
GGAAAACTGAGAGGCAGAAGCTGATAAACCAGAAGGGTTGTGTGGTGTGGATCACAGGGC
TCAGTGGCTCAGGAAAAAGCACGTTGGCTTGCTCGCTAAGCAGAGAGTTGTACACCCGGG
GAAAGCTATCATACATTCTCGACGGGGATAATCTTCGTCATGGTTTGAACAAAGATCTTG
GTTTCAAGGCAGAGGATAGAGTGGAAAACATACGCAGAGTCGGAGAAGTAGCAAAACTCT
TTGCTGATGCTGGTTTGATCTGCATTGCCAGCCTCATATCGCCATACAGGAAAGACCGTG
ACGCATGTAGGGAAATGATGCAGGGCTCATCTTTTATCGAGGTGTACATGAACATGTCTC
TACAATTATGCGAAGCAAGAGACCCTAAAGGCTTATACAAGCTTGCACGTGCAGGAAAGA
TCAAAGGCTTCACAGGGATTGATGATCCATATGAATCTCCCTTGAATTGTGAGATAGAGC
TGAAAGAGAAGGAAGGAGAGTGTCCTTCACCTGTAGCAATGGCAGAGGAAGTCATCGCTT
ATTTAGAAGACAAAGGCTTCCTTCAAAACCAGTAGTAGTAACCCCTCCACCACCATGAAT
CCAACAAAGTCACATTTGATTTGATTTTATTTATGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA14TF U 1
AF RR1E057TF U 75
BS 1 255 RR1DA14TF
BS 256 257 RR1E057TF
BS 258 319 RR1DA14TF
BS 320 320 RR1E057TF
BS 321 448 RR1DA14TF
BS 449 449 RR1E057TF
BS 450 463 RR1DA14TF
BS 464 464 RR1E057TF
BS 465 484 RR1DA14TF
BS 485 485 RR1E057TF
BS 486 550 RR1DA14TF
BS 551 551 RR1E057TF
BS 552 610 RR1DA14TF
BS 611 611 RR1E057TF
BS 612 649 RR1DA14TF
BS 650 819 RR1E057TF

RD RR1DA14TF 649 0 0
GGGTCTGCCACTCCCGTTAATGTCGGTTCTCGTTTTCCACTCACAATGACCCTCCAAAAA
ATAGAGGACAAGGAACGAAGCAAAAGATTAATAGCAGTTTCTAGTGGTAGATCAGATCAG
ATCATCAAGAAAGGGTTTTGAGAATGTCGACAAACATATTCTGGCAAGAATCACCCATTG
GGAAAACTGAGAGGCAGAAGCTGATAAACCAGAAGGGTTGTGTGGTGTGGATCACAGGGC
TCAGTGGCTCAGGAA**AGCACGTTGGCTTGCTCGCTAAGCAGAGAGTTGTACACCCGGG
GAAAGCTATCATACATTCTTGACGGGGATAATCTTCGTCATGGTTTGAACAAAGATCTTG
GTTTCAAGGCAGAGGATAGAGTGGAAAACATACGCAGAGTCGGAGAAGTAGCAAAACTCT
TTGCTGATGCTGGTTTGATCTGCATTGCTAGCCTCATATCGCCTTACAGGAAAGACCGTG
ACGCTTGTAGGGAAATGATGCAGGGCTCATCTTTTATCGAGGTGTACATGAACATGTCTC
TACAATTATGTGAAGCAAGAGACCCTAAAGGCTTATACAAGCTTGCACGTGCAGGAAAGA
TCAAAGGCTTTACAGGGATTGATGATCCATATGAATCTCCCTTGAATTG

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1E057TF 745 0 0
GGA
AAGCAAAAGATTAATAGCAGTTTCTAGTGGTAGATCAGATCA*****TCAAGAAAGGGTT
TTGAGAATGTCGACAAACATATTCTGGCAAGAATCACCCATTGGGAAAACTGAGAGGCAG
AAGCTGATAAACCAGAAGGGTTGTGTGGTGTGGATCACAGGGCTCAGTGGCTCAGGAAAA
AGCACGTTGGCTTGCTCGCTAAGCAGAGAGTTGTACACCCGGGGAAAGCTATCATACATT
CTCGATGGGGATAATCTTCGTCATGGTTTGAACAAAGATCTTGGTTTCAAGGCAGAGGAT
AGAGTGGAAAACATACGCAGAGTCGGAGAAGTAGCCAAACTCTTTGCTGATGCTGGTTTG
ATCTGCATTGCCAGCCTCATATCTCCATACAGGAAAGACCGTGATGCATGTAGGGAAATG
ATGCAGGGCTCATCTTTTATCGAGGTTTACATGAACATGTCTCTACAATTGTGCGAAGCA
AGAGACCCTAAAGGCTTATACAAGCTTGCACGTGCAGGAAAGATCAAAGGCTTCACAGGG
ATTGATGATCCATATGAATCTCCCTTGAATTGTGAGATAGAGCTGAAAGAGAAGGAAGGA
GAGTGTCCTTCACCTGTAGCAATGGCAGAGGAAGTCATCGCTTATTTAGAAGACAAAGGC
TTCCTTCAAAACCAGTAGTAGTAACCCCTCCACCACCATGAATCCAACAAAGTCACATTT
GATTTGATTTTATTTATGTTTC

QA 4 745 4 745
DS 



CO CL1204Contig2 781 2 4 U
ATGTTGAATGACTTGTTTGCTTTTATTATTCTTTTTTTTATAAGAAAACAAGAAAAAGTA
AGTTGCAAAGGAAGAAAGCTACAACATGTCTTTCATAGTTCAAACTTCTTTATGATATGC
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TTCATGGTGGTGGAGGGGTTACTACTACTGGTTTTGAAGGAAGCCTTTGTATTCTAAATA
AGCGATGACTTCCTCTGCCATTGCTACAGGTGAAGGACACTCTCCTTCCTTCTCTTTCAG
CTCTATCTCACAATTCAAGGGAGATTCATATGGATCATCAATCCCTGTGAAGCCTTTGAT
CTTTCCTGCACGTGCAAGCTTGTATAAGCCTTTAGGGTCTCTTGCTTCGCACAATTGTAG
AGACATGTTCATGTAAACCTCGATAAAAGATGAGCCCTGCATCATTTCCCTACATGCATC
ACGGTCTTTCCTGTATGGAGATATGAGGCTGGCAATGCAGATCAAACCAGCATCAGCAAA
GAGTTTGGCTACTTCTCCGACTCTGCGTATGTTTTCCACTCTATCCTCTGCCTTGAAACC
AAGATCTTTGTTCAAACCATGACGAAGATTATCCCCATCGAGAATGTATGATAGCTTTCC
CCGGGTGTACAACTCTCTGCTTAGCGAGCAAGCCAACGTGCTTTTTCCTGCACAAGTCTC
CGGCTTAGAATTTCATATTCAGACAAGAGACTTATGTATCATAAGAAGAACTTTAGACAT
T


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1E057JQ U 1
AF RR1ET19JQ U 6
BS 1 230 RR1E057JQ
BS 231 231 RR1ET19JQ
BS 232 703 RR1E057JQ
BS 704 781 RR1ET19JQ

RD RR1E057JQ 703 0 0
ATGTTGAATGACTTGTTTGCTTTTATTATTCTTTTTTTTATAAGAAAACAAGAAAAAGTA
AGTTGCAAAGGAAGAAAGCTACAACATGTCTTTCATAGTTCAAACTTCTTTATGATATGC
ATTATTTCAGGAGAGTGAAAGAAACATAAATAAAATCAAATCAAATGTGACTTTGTTGGA
TTCATGGTGGTGGAGGGGTTACTACTACTGGTTTTGAAGGAAGCCTTTGTCTTCTAAATA
AGCGATGACTTCCTCTGCCATTGCTACAGGTGAAGGACACTCTCCTTCCTTCTCTTTCAG
CTCTATCTCACAATTCAAGGGAGATTCATATGGATCATCAATCCCTGTGAAGCCTTTGAT
CTTTCCTGCACGTGCAAGCTTGTATAAGCCTTTAGGGTCTCTTGCTTCGCACAATTGTAG
AGACATGTTCATGTAAACCTCGATAAAAGATGAGCCCTGCATCATTTCCCTACATGCATC
ACGGTCTTTCCTGTATGGAGATATGAGGCTGGCAATGCAGATCAAACCAGCATCAGCAAA
GAGTTTGGCTACTTCTCCGACTCTGCGTATGTTTTCCACTCTATCCTCTGCCTTGAAACC
AAGATCTTTGTTCAAACCATGACGAAGATTATCCCCATCGAGAATGTATGATAGCTTTCC
CCGGGTGTACAACTCTCTGCTTAGCGAGCAAGCCAACGTGCTT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1ET19JQ 776 0 0
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CAAAGGAAGAAAGCTACAACATGTCTTTCATAGTTCAAACTTCTTTATGATATGCATTAT
TTCAGGAGAGTGAAAGAAACATAAATAAAATCAAATCAAATGTGACTTTGTTGGATTCAT
GGTGGTGGAGGGGTTACTACTACTGGTTTTGAAGGAAGCCTTTGTATTCTAAATAAGCGA
TGACTTCCTCTGCCATTGCTACAGGTGAAGGACACTCTCCTTCCTTCTCTTTCAGCTCTA
TCTCACAATTCAAGGGAGATTCATATGGATCATCAATCCCTGTGAAGCCTTTGATCTTTC
CTGCACGTGCAAGCTTGTATAAGCCTTTAGGGTCTCTTGCTTCGCACAATTGTAGAGACA
TGTTCATGTAAACCTCGATAAAAGATGGGCCCTGCATCATTTCCCTACATGCATCACGGT
CTTTCCTGTATGGAGATATGAGGCTGGCAATGCAGATCAAACCAGCATCAGCAAAGAGTT
TGGCTACTTCTCCGACTCTGCGTATGTTTTCCACTCTATCCTCTGCCTTGAAACCAAGAT
CTTTGTTCAAACCATGACGAAGGTTATCCCCATCGAGAATGTATGATAGCTTTCCCCGGG
TGTACAACTCTCTGCTTAGCGAGCAAGCCAACGTGCTTTTTCCTGCACAAGTCTCCGGCT
TAGAATTTCATATTCAGACAAGAGACTTATGTATCATAAGAAGAACTTTAGACATT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 4

CO CL1205Contig1 803 4 9 U
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CAAAAA*CAAAAGCAGACCAAACGGAGGCTGAAGGACCAAATCGGAGAGAGCCTTACTTT
CCCAGAGTAGGGAAGTGTGCAGCATCTTCGATCTTTGGTGCAGGCGCAGCAGCCTTTCTG
TCAGCTCCTCCTTTTGGTCCACGACCACCTTCGGCTCCACCTCTTGGTCCACGACCCCCC
TCATCAGCTCCTCTTGGTCCACGACCTCCTCTTCCACCACGGTAACCACCTCTGTACCTC
TCTCCATTGGCAGGTTTCAGAAAATCGTTTATGCTCAACGACTTCTTGGTCTTCTCTTCC
TTCTCAGCTGGGCGCTTGTCCTTGTCTGTTCCCAGCTTGATGAAGACCTCATCGTTGTTG
CTCTTTTTGCTAGAGAGCTGTTGCATGGACTCAAAGACTTTGGTGTCAACCTTCCTCTCC
TCAATCCTGGTTGCCTGCAGAGCTTTCCTCTTCTCTTCCAAAACCTTCTCATACTCTTCA
AGAGTCATCTCCTTGTCCTCAGGCTCTTTCTCTGCTTGAGCTTCCACAGGTGTCTCTTTG
TTAGCATCAGTTGCTTCACCTTCACCACCTTCCTTCTCAACAGCCACCACTGTTGTGGAT
TCTTCAGTCACCGGAGGAATCTCATCCTCATGGTTCCCCAGTTGCCACGGCCAGCACCAT
CACGTTTGAACTCATTTCCGTGC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB61JQ U 1
AF RR1DB61TF C 1
AF RR1E530JQ U 1
AF RR1CL45TF C 62
BS 1 166 RR1DB61JQ
BS 167 167 RR1E530JQ
BS 168 325 RR1DB61JQ
BS 326 326 RR1E530JQ
BS 327 338 RR1DB61JQ
BS 339 546 RR1E530JQ
BS 547 547 RR1CL45TF
BS 548 732 RR1E530JQ
BS 733 803 RR1CL45TF

RD RR1DB61JQ 339 0 0
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C

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR1DB61TF 339 0 0
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CAAAAA*CAAAAGCAGACCAAACGGAGGCTGAAGGACCAAATCGGAGAGAGCCTTACTTT
CCCAGAGTAGGGAAGTGTGCAGCATCTTCGATCTTTGGTGCAGGCGCAGCAGCCTTTCTG
TCAGCTCCTCCTTTTGGTCCACGACCACCTTCGGCTCCACCTCTTGGTCCACGACCCCCC
TCATCAGCTCCTCTTGGTCCACGACTTCCTCTTCCACC
C

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR1E530JQ 732 0 0
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CAAAAAACAAAAGCAGACCAAACGGAGGCTGAAGGACCAAATCGGAGAGAGCCTTACTTT
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TCAGCTCCTTCTTTTGGTCCACGACCACCTTCGGCTCCACCTCTTGGTCCACGACCCCCC
TCATCAGCTCCTCTTGGTCCACGACCTCCTCTTCCACCACGGTAACCACCTCTGTACCTC
TCTCCATTGGCAGGTTTCAGAAAATCGTTTATGCTCAACGACTTCTTGGTCTTCTCTTCC
TTCTCAGCTGGGCGCTTGTCCTTGTCTGTTCCCAGCTTGATGAAGACCTCATCGTTGTTG
CTCTTTTTGCTAGAGAGCTGTTGCATGGACTCAAAGACTTTGGTGTCAACCTTCCTCTCC
TCAATCTTGGTTGCCTGCAGAGCTTTCCTCTTCTCTTCCAAAACCTTCTCATACTCTTCA
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TTAGCATCAGTTGCTTCACCTTCACCACCTTCCTTCTCAACAGCCACCACTGTTGTGGAT
TCTTCAGTCACC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1CL45TF 742 0 0
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AAAAA*CAAAAGCAGACCAAACGGAGGCTGAAGGACCAAATCGGAGAGAGCCTTACTTTC
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CTCCATTGGCAGGTTTCAGAAACTCGTTTATGCTCAACGACTTCTTGGTCTTCTCTTCCT
TCTCAGCTGGGCGCTTGTCCTTGTCTGTTCCCAGCTTGATGAAGACCTCATCGTTGTTGC
TCTTTTTGCTAGAGAGCTGTTGCATGGACTCAAAGACTTTGGTGTCAACCTTCCTCTCCT
CAATCCTGGTTGCCTGCAGAGCTTTCCTCTTCTCTTCCAAAACCTTCTCATACTCTTCAA
GAGTCATCTCCTTGTCCTCAGGCTCTTTCTCTGCTTGAGCTTCCACAGGTGTCTCTTTGT
TAGCATCAGTTGCTTCACCTTCACCACCTTCCTTCTCAACAGCCACCACTGTTGTGGATT
CTTCAGTCACCGGAGGAATCTCATCCTCATGGTTCCCCAGTTGCCACGGCCAGCACCATC
ACGTTTGAACTCATTTCCGTGC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 6

CO CL1206Contig1 877 6 14 U
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CGCTAGCGGGTTTAAAAGAGCATTCAAAATCAAGGACTTTGGTGATAGTATTCCAGGACA
TGGTGGAATCACTGATCGAATGGACTGCCGGATGGTAATGGCAGTATTTGCTTACATATA
TCTCCAGTCCTTTATCGTCTCCCAAAGCGTTTCCGTTGACAAAATCCTGGACCAGATATT
GACGAACCTTAGCTTCGAGGAACAACAAGCTCTCTTCACGAGATTAGGGCAAATGATCGG
TAACTCGTAGTTCCCACTGCCCAAAAAAACTTCTCTTCAGATTCTGCAACTCTGGATTGG
CCTTTTATCTATCAGTACTAGAGACAAATAAGTTTGAAAATTGGATAACATTTGTTTGCT
GGCATTGTAAATCCTCTTGAAGGGTGTCCAACGTAGAAGTTTTTTAAAAAAGTCTTCACA
TTTGATACAAATAGGTTTTGAAGGTGTATCTTACTATCTACTTATGTAGTAGCATCGGTG
CTTCATTTGTTTTTTTTTTTGTATATGGTTAAAGTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1A801TF U 1
AF RR1FL43TF U 1
AF RR1EF52JQ C 501
AF RR1FL43JQ C 56
AF RR1A801JQ C 57
AF RR1EF52TF U 114
BS 1 741 RR1A801TF
BS 742 743 RR1FL43TF
BS 744 744 RR1EF52TF
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BS 758 770 RR1EF52TF
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BS 796 803 RR1EF52TF
BS 804 804 RR1FL43JQ
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BS 838 838 RR1FL43JQ
BS 839 849 RR1EF52TF
BS 850 877 RR1FL43JQ

RD RR1A801TF 746 0 0
AGGGAACGACATCTTTGCTTACATTTTCGGTTTCTTCTTTGGAAGAACGCCCTTGATAAA
GCTGTCTCCAAAGAAAACATGGGAGGGCTTCATCGGAGCCTCTGTAACAACCATCATCTC
TGCATTTGTTCTGGCAAATGTTTTGGGTCGTTTCCCATGGTTGACATGCCCACGTCAGGA
TTTGTCCACTGGCTGGCTACAATGTGATGCTGATCCATTGTTCAAACCTGAACCTTTTAC
TTTACCTGCGTGGATTCCTGGATGGTTTCCTTGGAAGGAAATGGAGGTTCTCCCTGTTCA
GTGGCATGCTTTATGCCTCGGTTTGTTCGCATCAATCATAGCACCTTTCGGAGGGTTTTT
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TGGTGGAATCACTGATCGAATGGACTGCCGGATGGTAATGGCAGTATTTGCTTACATATA
TCTCCAGTCCTTTATCGTCTCCCAAAGCGTTTCCGTTGACAAAATCCTGGACCAGATATT
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TAACTCGTAGTTCCCACTGCCCAAAAAAACTTCTCTTCAGATTCTGCAACTCTGGATTGG
CCTTTTATCTATCAGTACTAGAGACAAATAAGTTTGAAAATTGGATAACATTTGTTTGCT
GGCATTGTAAATCCTCTTGAA
AGGGT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1FL43TF 768 0 0
AGGGAACGACATCTTTGCTTACATTTTCGGTTTCTTCTTTGGAAGAACGCCCTTGATAAA
GCTGTCTCCAAAGAAAACATGGGAGGGCTTCATCGGAGCCTCTGTAACAACCATCATCTC
TGCATTTGTTCTGGCAAATGTTTTGGGTCGTTTCCCATGGTTGACATGCCCACGTCAGGA
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TTTACCTGCGTGGATTCCTGGATGGTTTCCTTGGAAGGAAATGGAGGTTCTCCCTGTTCA
GTGGCATGCTTTATGCCTCGGTTTGTTCGCATCAATCATAGCACCTTTCGGAGGGTTTTT
CGCTAGCGGGTTTAAAAGAGCATTCAAAATCAAGGACTTTGGTGATAGTATTCCAGGACA
TGGTGGAATCACTGATCGAATGGACTGCCGGATGGTAATGGCAGTATTTGCTTACATATA
TCTCCAGTCCTTTATCGTCTCCCAAAGCGTTTCCGTTGACAAAATCCTGGACCAGATATT
GACGAACCTTAGCTTCGAGGAACAACAAGCTCTCTTCACGAGATTAGGGCAAATGATCGG
TAACTCGTAGTTCCCACTGCCCAAAAAAACTTCTCTTCAGATTCTGCAACTCTGGATTGG
CCTTTTATCTATCAGTACTAGAGACAAATAAGTTTGAAAATTGGATAACATTTGTTTGCT
GGCATTGTAAATCCTCTTGAAGG*TGTCCAACGTAGA
GTTTTTAAAAA

QA 1 757 1 757
DS 

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CCCAAAGGGTTTCCGTTGACAAAATCCTGGACCAGATATTGACGAACCTTAGCTTCGAGG
AACAACAAGCTCTTTTCACGAGATTAGGGCAAATGATCGGTAACTTGTAGTTCCCACTGC
CCAAAAAAACTTTTTTTCAGATTTTGCAACTTTGGATTGGCCTTTTTTTTATCAGTACTA
GAGACAAAAAAGTTTGAAAATTGGATAACATTTGTTTGCTGGCATTGTAAATCCTCTTGA
AGGGTGTCCAACGTAGAAGTTTTTTAAAAAAGTTTTCACATTTGATACAAATAG
GTTTTGAAGGTGT

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR1FL43JQ 822 0 0
A
TAAAGCTGTCTCCAAAGAAAACATGGGAGGGCT*CATCGGAGC*TCTGTAACAACCATCA
TCTCTGCATTTGTTCTGGCAAATGTTTTGGGTCGTTTCCCATGGTTGACATGCCCACGTC
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TTACTTTACCTGCGTGGATTCCTGGATGGTTTCCTTGGAAGGAAATGGAGGTTCTCCCTG
TTCAGTGGCATGCTTTATGCCTCGGTTTGTTCGCATCAATCATAGCACCTTTCGGAGGGT
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TATTGACGAACCTTAGCTTCGAGGAACAACAAGCTCTCTTCACGAGATTAGGGCAAATGA
TCGGTAACTCGTAGTTCCCACTGCCCAAAAAAACTTCTCTTCAGATTCTGCAACTCTGGA
TTGGCCTTTTATCTATCAGTACTAGAGACAAATAAGTTTGAAAATTGGATAACATTTGTT
TGCTGGCATTGTAAATCCTCTTGAAGGGTGTCCAACGTAGAAGTTTTTTAAAAAAGTCTT
CACATTTGATACAAATAGGTTTTGAAGGTGTATCTTACTATCTACTTATGTAGTAGCATC
GGTGCTTCATTTGTTTTTTTTTTTGTATATGGTTAAAGTTC

QA 2 822 2 822
DS 

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TAAAGCTGTCTCCAAAGAAAACATGGGAGGGCTTCATCGGAGCCTCTGTAACAACCATCA
TCTCTGCATTTGTTCTGGCAAATGTTTTGGGTCGTTTCCCATGGTTGACATGCCCACGTC
AGGATTTGTCCACTGGCTGGCTACAATGTGATGCTGATCCATTGTTCAAACCTGAACCTT
TTACTTTACCTGCGTGGATTCCTGGATGGTTTCCTTGGAAGGAAATGGAGGTTCTCCCTG
TTCAGTGGCATGCTTTATGCCTCGGTTTGTTCGCATCAATCATAGCACCTTTCGGAGGGT
TTTTCGCTAGCGGGTTTAAAAGAGCATTCAAAATCAAGGACTTTGGTGATAGTATTCCAG
GACATGGTGGAATCACTGATCGAATGGACTGCCGGATGGTAATGGCAGTATTTGCTTACA
TATATCTCCAGTCCTTTATCGTCTCCCAAAGCGTTTCCGTTGACAAAATCCTGGACCAGA
TATTGACGAACCTTAGCTTCGAGGAACAACAAGCTCTCTTCACGAGATTAGGGCAAATGA
TCGGTAACTCGTAGTTCCCACTGCCCAAAAAAACTTCTCTTCAGATTCTGCAACTCTGGA
TTGGCCTTTTATCTATCAGTACTAGAGACAAATAAGTTTGAAAATTGGATAACATTTGTT
TGCTGGCATTGTAAATCCTCTTGAAGGGTGTCCAACGTAGAAGTTTTTTAAAAAAGTCTT
CACATTTGATACAAATAGGTTTTGAAGGTGTATCTTACTATCTACTTATGTAGTAGCATC
GGTGCTTCATTTGTTTTTTTTTTTGTATATGGTTAAAGTTC

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1EF52TF 736 0 0
G
CATCTCTGCATTTGTTCTGGCAAATGTTTTGGGTCGTTTCCCATGGTTGACATGCCCACG
TCAGGATTTGTCCACTGGCTGGCTACAATGTGATGCTGATCCATTGTTCAAACCTGAACC
TTTTACTTTACCTGCGTGGATTCCTGGATGGTTTCCTTGGAAGGAAATGGAGGTTCTCCC
TGTTCAGTGGCATGCTTTATGCCTCGGTTTGTTCGCATCAATCATAGCACCTTTCGGAGG
GTTTTTCGCTAGCGGGTTTAAAAGAGCATTCAAAATCAAGGACTTTGGTGATAGTATTCC
AGGACATGGTGGAATCACTGATCGAATGGACTGCCAGATGGTAATGGCAGTATTTGCTTA
CATATATCTCCAGTCCTTTATCGTCTCCCAAAGCGTTTCCGTTGACAAAATCCTGGACCA
GATATTGACGAACCTTAGCTTCGAGGAACAACAAGCTCTCTTCACGAGATTAGGGCAAAT
GATCGGTAACTCGTAGTTCCCACTGCCCAAAAAAACTTCTCTTCAGATTCTGCAACTCTG
GATTGGCCTTTTATCTATCAGTACTAGAGACAAATAAGTTTGAAAATTGGATAACATTTG
TTTGCTGGCATTGTAAATCCTCTTGAAGGGTGTC*AACGTAGAAGTTTTTTAAAAA*GTC
TTCACATTTGATACAAATAG*TTTTGAAG*TGTATCTTACTATCTACTTATGTAGTAGCA
TCG*TGCTTCATTTG

QA 2 736 2 736
DS 



AS 1 6

CO CL1207Contig1 1164 6 18 U
GGGAGCTGGAGAAATATCAATGGCGATCCTGAATTTCACACCTTCCTCTAGGTTCCCGGT
GACCATAGATTCAGCTCGAAGAACAAGAGTTAGAGGTTCTGTCATCAAAATGCAGAAGAG
TCTTATTACTACGGATTCTCCAGCCTCACATGGTTTCAGCTTGTGTACGTGCGGAAGAAA
GCATTTCCTAGGAGAAGCTACGACGCCGTTTCTTCCAATCTCACCTTCCTACGCTTCTCA
ATCCACTGCTTCTAGCTCAACGGAAGTCTTGAACCAATTGCGTCCTCCAAAGCCTGATTG
GTATTTTGAGCTATATGGTTATTTTAGGAGTGCAGGGATGGAAAGATATGAGAAAGAGAT
TGCTGTTTACAAGAAGAAACTCTTTGCAAATTTGGTGGGAAAAGCAGAAACTGTTTTGGA
GATTGGTATTGGAGCTGGTCCGAACATCAAGTACTACAACAATATTCCAAACGTCTCTGT
TCTTGGTGTTGATCCAAACCCTAAGATGGAAAGTCACGCACGCAAATCCGCTATAGAAGC
AGGAGTGAAATCTGAAAACTTCAAGTTCATTCACGCGGTCGCAGAATCTATGCCATTAGA
AGATGCATCAGTGGATGCAGTTGTGGGAAGTCTCGTGATGTGTTCTGTCTCGGATATCCC
TCAAACACTCAAAGAGATAAAACGGATCCTAAAACCAGGAGGGCTTTACCTCTTCGTGGA
ACATGTTGCAGCAGAAGATGGAACATTTCTGAGGATGGTGCAGAATGTGTTGGATCCATT
ACAACAAGTTGTAGCCGACGGATGTCATTTAACTAGGAACACAGAAGACTACCTTCTAGA
AGCTGGGTTCAGTGGTGGTGTAGATATCAACAAGGTCTCACTTTCTGCCTTCTACCACTT
AAGCCCTCATCTTTATGGAGTTGCTTATAATTAAAAAGTTGGGGAATATCTTAACACAAC
AGCTCATCTTTGGACTGAACACAAGGCTTTCTTTCACGTTTGAAAATATCAACATTTTCA
ACACTCTGTTCCTAAATCTGTTTATGATCTAGTGTTTGTAAATGAATAATGCTCCATAAA
CAGAAAACAATGTAAAATTATTAGACGTTTGGAACTTTATCTTCTACTAATCAGTAATAA
AAAAAATCCAAAAGGGTAATAGAG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C415TF U 2
AF RR1FC51TF U 1
AF RR1HB12JQ C 423
AF RR1C415JQ C 303
AF RR1EF74TF U 821
AF RR1FC51JQ C 548
BS 1 78 RR1FC51TF
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BS 1157 1164 RR1C415JQ

RD RR1C415TF 749 0 0
GGAGCTGGAGAAATATCAATGGCGATCCTGAATTTCACACCTTCCTCTAGGTTCCCGGTG
ACCATAGATTCAGCTCGAAGAACAAGAGTTAGAGGTTCTGTCATCAAAATGCAGAAGAGT
CTTATTACTACGGATTCTCCAGCCTCACATGGTTTCAGCTTGTGTACGTGCGGAAGAAAG
CATTTCCTAGGAGAAGCTACGACGCCGTTTCTTCCAATCTCACCTTCCTACGCTTCTCAA
TCCACTGCTTCTAGCTCAACGGAAGTCTTGAACCAATTGCGTCCTCCAAAGCCTGATTGG
TATTTTGAGCTATATGGTTATTTTAGGAGTGCAGGGATGGAAAGATATGAGAAAGAGATT
GCTGTTTACAAGAAGAAACTCTTTGCAAATTTGGTGGGAAAAGCAGAAACTGTTTTGGAG
ATTGGTATTGGAGCTGGTCCGAACATCAAGTACTACAACAATATTCCAAACGTCTCTGTT
CTTGGTGTTGATCCAAACCCTAAGATGGAAAGTCACGCACGCAAATCCGCTATAGAAGCA
GGAGTGAAATCTGAAAACTTCAAGTTCATTCACGCGGTCGCAGAATCTATGCCATTAGAA
GATGCATCAGTGGATGCAGTTGTGGGAAGTCTCGTGATGTGTTCTGTCTCGGATATCCCT
CAAACACTCAAAGAGATAAAACGGATCCTAAAACCAGGAGGGCTTTACCTCTTCGTGGA*
CATGTTGCAGCAGA*GATGGAACATT
CTG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1FC51TF 817 0 0
GGGAGCTGGAGAAATATCAATGGCGATCCTGAATTTCACACCTTCCTCTAGGTTCCCGGT
GACCATAGATTCAGCTCGTAGAACAAGAGTTAGAGGTTCTGTCATCAAAATGCAGAAGAG
TCTTATTACTACGGATTCTCCAGCCTCACATGGTTTCAGCTTGTGTACGTGCGGAAGAAA
GCATTTCCTAGGAGAAGCTACGACGCCGTTTCTTCCAATCTCACCTTCCTACGCTTCTCA
ATCCACTGCTTCTAGTTCAACGGAAGTCTTGAACCAATTGCGTCCTCCAAAGCCTGATTG
GTATTTTGAGCTATATGGTTATTTTAGGAGTGCAGGGATGGAAAGATATGAGAAAGAGAT
TGCTGTTTACAAGAAGAAACTCTTTGCAAATTTGGTGGGAAAAGCAGAAACTGTTTTGGA
GATTGGTATTGGAGCTGGTCCGAACATCAAGTACTACAACAATATTCCAAACGTCTCTGT
TCTTGGTGTTGATCCAAACCCTAAGATGGAAAGTCACGCACGCAAATCCGCTATAGAAGC
AGGAATGAAATCTGAAAACTTCAAGTTCATTCACGCGGTCGCAGAATCTATGCCATTAGA
AGATGCATCAGTGGATGCAGTTGTGGGAAGTCTCGTGATGTGTTCTGTCTCGGATATCCC
TCAAACACTCAAAGAGATAAAACGGATCCTAAAACCAGGAGGGCTTTACCTCTTCGTGGA
*CATGTTGCAGCAGA*GATGGAACATTTCTGAG*ATGGTGCAGAATGTGTTGGATCCATT
ACAACAAGT*GTAGCCGACGGATGTCATTTAACTAGG

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1HB12JQ 697 0 0
TTGGTATTGGAGCTGGTCCGAACATCAAGTACTACAACAATATTCCAAACGTCTCTGTTC
TTGGTGTTGATCCAAACCCTAAGATGGAAAGTCACGCACGCAAATCCGCTATAGAAGCAG
GAGTGAAATCTGAAAACTTCAAGTTCATTCACGCGGTCGCAGAATCTATGCCATTAGAAG
ATGCATCAGTGGATGCAGTTGTGGGAAGTCTCGTGATGTGTTCTGTCTCGGATATCCCTC
AAACACTCAAAGAGATAAAACGGATCCTAAAACCAGGAGGGCTTTACCTCTTCGTGGAAC
ATGTTGCAGCAGAAGATGGAACATTTCTGAGGATGGTGCAGAATGTGTTGGATCCATTAC
AACAAGTTGTAGCCGACGGATGTCATTTAACTAGGAACACAGAAGACTACCTTCTAGAAG
CTGGGTTCAGTGGTGGTGTAGATATCAACAAGGTCTCACTTTCTGCCTTCTACCACTTAA
GCCCTCATCTTTATGGAGTTGCTTATAATTAAAAAGTTGGGGAATATCTTAACACAACAG
CTCATCTTTGGACTGAACACAAGGCTTTCTTTCACGTTTGAAAATATCAACATTTTCAAC
ACTCTGTTCCTAAATCTGTTTATGATCTAGTGTTTGTAAATGAATAATGCTCCATAAACA
GAAAACAATGTAAAATTATTAGACGTTTGGAACTTTA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1C415JQ 862 0 0
ATTTTGAGCTATATGGTTATTT*AGGAGTGCAGGGATGGAAAGATATGAGAAAGAGATTG
CTGTTTACAAGAAGAAACTCTTTGCAAATTTGGTGGGAAAAGCAGAAACTGTTTTGGAGA
TTGGTATTGGAGCTGGTCCGAACATCAAGTACTACAACAATATTCCAAACGTCTCTGTTC
TTGGTGTTGATCCAAACCCTAAGATGGAAAGTCACGCACGCAAATCCGCTATAGAAGCAG
GAGTGAAATCTGAAAACTTCAAGTTCATTCACGCGGTCGCAGAATCTATGCCATTAGAAG
ATGCATCAGTGGATGCAGTTGTGGGAAGTCTCGTGATGTGTTCTGTCTCGGATATCCCTC
AAACACTCAAAGAGATAAAACGGATCCTAAAACCAGGAGGGCTTTACCTCTTCGTGGAAC
ATGTTGCAGCAGAAGATGGAACATTTCTGAGGATGGTGCAGAATGTGTTGGATCCATTAC
AACAAGTTGTAGCCGACGGATGTCATTTAACTAGGAACACAGAAGACTACCTTCTAGAAG
CTGGGTTCAGTGGTGGTGTAGATATCAACAAGGTCTCACTTTCTGCCTTCTACCACTTAA
GCCCTCATCTTTATGGAGTTGCTTATAATTAAAAAGTTGGGGAATATCTTAACACAACAG
CTCATCTTTGGACTGAACACAAGGCTTTCTTTCACGTTTGAAAATATCAACATTTTCAAC
ACTCTGTTCCTAAATCTGTTTATGATCTAGTGTTTGTAAATGAATAATGCTCCATAAACA
GAAAACAATGTAAAATTATTAGACGTTTGGAACTTTATCTTCTACTAATCAGTAATAAAA
AAAATCCAAAAGGGTAATAGAG

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR1EF74TF 337 0 0
G
CAGAAGACTACCTTCTAGAAGCTGGGTTCAGTGGTGGTGTAGATATCAACAAGGTCTCAC
TTTCTGCCTTCTACCACTTAAGCCCTCATCTTTATGGAGTTGCTTATAATTAAAAAGTTG
GGGAATATCTTAACACAACAGCTCATCTTTGGACTGAACACAAGGCTTTCTTTCACGTTT
GAAAATATCAACATTTTCAACACTCTGTTCCTAAATCTGTTTATGATCTAGTGTTTGTAA
ATGAATAATGCTCCATAAACAGAAAACAATGTAAAATTATTAGACGTTTGGAACTTTATC
TTCTACTAATCAGTAATAAAAAAAATCCAAAAGGG
T

QA 2 336 2 336
DS 

RD RR1FC51JQ 610 0 0
AAATCTGAAAACTTCAAGTTCATTCACGCGGTCGCAGAATCTATGCCATTAGAAGATGCA
TCAGTGGATGCAGTTGTGGGAAGTCTCGTGATGTGTTCTGTCTCGGATATCCCTCAAACA
CTCAAAGAGATAAAACGGATCCTAAAACCAGGAGGGCTTTACCTCTTCGTGGAACATGTT
GCAGCAGAAGATGGAACATTTCTGAGGATGGTGCAGAATGTGTTGGATCCATTACAACAA
GTTGTAGCCGACGGATGTCATTTAACTAGGAACACAGAAGACTACCTTCTAGAAGCTGGG
TTCAGTGGTGGTGTAGATATCAACAAGGTCTCACTTTCTGCCTTCTACCACTTAAGCCCT
CATCTTTATGGAGTTGCTTATAATTAAAAAGTTGGGGAATATCTTAACACAACAGCTCAT
CTTTGGACTGAACACAAGGCTTTTTTTCACGTTTGAAAATATCAACATTTTCAACACTCT
GTTCCTAAATCTGTTTATGATCTAGTGTTTGTAAATGAATAATGCTCCATAAACAGAAAA
CAATGTAAAATTATTAGACGTTTGGAACTTTATCTTCTACTAATCAGTAATAAAAAAAAT
CCAAAAGGG
C

QA 1 609 1 609
DS 



AS 2 6

CO CL1208Contig1 849 4 15 U
GGGTCTACACGCAGACGCCACTGGATACAGTTTGAATCGGGTATATGCCTTATGGATTCT
TCTTCTTCTCCTCCTTCTCTCTCTACCTAAAGCTAAAGCTATCGCGCGATTGATCCATCC
ACCATCGGCGCTATGGAGGATTCTACGGCTACAACGACTCATCATTATTTCACCATTTTC
ACGAATTACCCTCTCATCTCCTCCCTCACGGCTTTCACCATCGCTCAATTCATCAAACTC
TTCACCTCCTGGTATAGGGAAAGGAGATGGGATCTGAAACAGCTTATTGGGTCCGGAGGA
ATGCCTTCTTCTCACTCAGCTACCGTTACTGCTCTCGCTGTTGCTATCGGTTTGCAAGAG
GGCTTTGGTGGTTCTCATTTCGCTATTGCTCTCATCTTAGCTTCTGTTGTGATGTATGAT
GCTACTGGTGTGAGGTTACATGCCGGTCGCCAAGCTGAGGTTCTCAATCAGATCGTGTAC
GAACTTCCTGCAGAACATCCTCTGGCTGAAAGCAGACCATTGCGTGAACTTCTCGGCCAT
ACCCCTCCCCAGGTAGTTGCTGGCGGAATGCTTGGAAGTGTCACGGCAGTCACTGGATAT
TTATTTACCAGGGATGCTACTAGCTAACGTAAACGAACAATCATAGACCACAAGTCGCCT
GCTTCATTCCCTAGTGAAACCGCTGGACACTGGACAGAACCGAAAGCAGATCTACAATCA
AAGCCTTAGTTTAATTCACTATATATATAATCATATTCATGAATATTCAATGTAAAGAAA
ACTTGAACACCATTAAAAAAAAAAAAACGTAATCTTATTTGGAAAATAATACAAAGAATT
TGTCGAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C833JQ C 559
AF RR1C833TF U 1
AF RR1BR78TF U 33
AF RR1BR78JQ C 128
BS 1 370 RR1C833TF
BS 371 371 RR1BR78TF
BS 372 372 RR1C833TF
BS 373 373 RR1BR78TF
BS 374 550 RR1C833TF
BS 551 551 RR1BR78TF
BS 552 748 RR1C833TF
BS 749 762 RR1BR78TF
BS 763 763 RR1BR78JQ
BS 764 769 RR1BR78TF
BS 770 770 RR1BR78JQ
BS 771 780 RR1BR78TF
BS 781 781 RR1BR78JQ
BS 782 794 RR1BR78TF
BS 795 849 RR1BR78JQ

RD RR1C833JQ 149 0 0
GCTGGCGGAATGCTTGGAAGTGTCACGGCAGTCACTGGATATTTTTTTACCAGGGATGTT
ACTAGCTAACGTAAACGAACAATCATAGACCACAAGTCGCCTGTTTCATTCCCTAGTGAA
ACCGCTGGACACTGGACAGAACCGAAAGC

QA 1 149 1 149
DS 

RD RR1C833TF 748 0 0
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TCTTCTTCTCCTCCTTCTCTCTCTACCTAAAGCTAAAGCTATCGCGCGATTGATCCATCC
ACCATCGGCGCTATGGAGGATTCTACGGCTACAACGACTCATCATTATTTCACCATTTTC
ACGAATTACCCTCTCATCTCCTCCCTCACGGCTTTCACCATCGCTCAATTCATCAAACTC
TTCACCTCCTGGTATAGGGAAAGGAGATGGGATCTGAAACAGCTTATTGGGTCCGGAGGA
ATGCCTTCTTCTCACTCAGCTACCGTTACTGCTCTCGCTGTTGCTATCGGTTTGCAAGAG
GGCTTTGGTGATCCTCATTTCGCTATTGCTCTCATCTTAGCTTCTGTTGTGATGTATGAT
GCTACTGGTGTGAGGTTACATGCCGGTCGCCAAGCTGAGGTTCTCAATCAGATCGTGTAC
GAACTTCCTGCAGAACATCCTCTGGCTGAAAGCAGACCATTGCGTGAACTTCTCGGCCAT
ACCCCTCCCCGGGTAGTTGCTGGCGGAATGCTTGGAAGTGTCACGGCAGTCACTGGATAT
TTATTTACCAGGGATGCTACTAGCTAACGTAAACGAACAATCATAGACCACAAGTCGCCT
GCTTCATTCCCTAGTGAAACCGCTGGACACTGGACAGAACCGAAAGCAGATCTACAATCA
AAGCCTTAGTTTAATTCACTATATATAT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1BR78TF 762 0 0
G
GAATCGGGTATATGCCTTATGGATTCTTCTTCTTCTCCTCCTTCTCTCTCTACCTAAAGC
TAAAGCTATCGCGCGATTGATCCATCCACCATCGGCGCTATGGAGGATTCTACGGCTACA
ACGACTCATCATTATTTCACCATTTTCACGAATTACCCTCTCATCTCCTCCCTCACGGCT
TTCACCATCGCTCAATTCATCAAACTCTTCACCTCCTGGTATAGGGAAAGGAGATGGGAT
CTGAAACAGCTTATTGGGTCCGGAGGAATGCCTTCTTCTCACTCAGCTACCGTTACTGCT
CTCGCTGTTGCTATCGGTTTGCAAGAGGGCTTTGGTGGTTCTCATTTCGCTATTGCTCTC
ATCTTAGCTTCTGTTGTGATGTATGATGCTACTGGTGTGAGGTTACATGCCGGTCGCCAA
GCTGAGGTTCTCAATCAGATCGTGTACGAACTTCCTGCAGAACATCCTCTGGCTGAAAGC
AGACCATTGCGTGAACTTCTCGGCCATACCCCTCCCCAGGTAGTTGCTGGCGGAATGCTT
GGAAGTGTCACGGCAGTCACTGGATATTTATTTACCAGGGTTGCTACTAGCTAACGTAAA
CGAACAATCATAGACCACAAGTCGCCTGCTTCATTCCCTAGTGAAACCGCTGGACACTGG
ACAGAACCGAAAGCAGATCTACAATCAAAGCCTTAGTTTAATTCACTATATATATAATCA
TATTCATGA*TATTCA*TGTAAAGAAA*CTTGAACACCATT

QA 2 762 2 762
DS 

RD RR1BR78JQ 722 0 0
GCGCTATGGAGGATTCTACGGCTACAACGACTCATCATTATTTCACCATTTTCACGAATT
ACCCTCTCATCTCCTCCCTCACGGCTTTCACCATCGCTCAATTCATCAAACTCTTCACCT
CCTGGTATAGGGAAAGGAGATGGGATCTGAAACAGCTTATTGGGTCCGGAGGAATGCCTT
CTTCTCACTCAGCTACCGTTACTGCTCTCGCTGTTGCTATCGGTTTGCAAGAGGGCTTTG
GTGGTTCTCATTTCGCTATTGCTCTCATCTTAGCTTCTGTTGTGATGTATGATGCTACTG
GTGTGAGGTTACATGCCGGTCGCCAAGCTGAGGTTCTCAATCAGATCGTGTACGAACTTC
CTGCAGAACATCCTCTGGCTGAAAGCAGACCATTGCGTGAACTTTTCGGCCATACCCCTC
CCCAGGTAGTTGCTGGCGGAATGCTTGGAAGTGTCACGGCAGTCACTGGATATTTATTTA
CCAGGGTTGCTACTAGCTAACGTAAACGAACAATCATAGACCACAAGTCGCCTGCTTCAT
TCCCTAGTGAAACCGCTGGACACTGGACAGAACCGAAAGCAGATCTACAATCAAAGCCTT
AGTTTAATTCACTATATATATAATCATATTCATGAATATTCAATGTAAAGAAAACTTGAA
CACCATTAAAAAAAAAAAAACGTAATCTTATTTGGAAAATAATACAAAGAATTTGTCGAG
TG

QA 1 722 1 722
DS 



CO CL1208Contig2 763 2 2 U
GGAATCGGGTATATGCCTTATGGATTCTTCTTCTTCTTCTCCTTCTCTCTCTACCTAAAG
CTAAAGCTATCGCGCGATTGATCCATCCACCATCGGCGCTATGGAGGATTCTACGGCTAC
AACGACTCATCATTATTTCACCATTTTCACGAATTACCCTCTCATCTCCTCCCTCACAGC
TTTCACCATCGCTCAATTCATCAAACTCTTCACCTCCTGGTATAGGGAAAGGAGATGGGA
TCTGAAACAGCTTATTGGGTCCGGAGGAATGCCTTCTCACTCAGCTACCGTTACTGCTCT
CGCTGTTGCTATTGGTTTGCAAGAGGGCTTTGGTGGTTCTCATTTCGCTATTGCTCTCAT
CTTAGCTTCTGTTGTGATGTATGATGCTACTGGTGTGAGGTTACACGCGGGTCGCCAGGC
TGAGGTTCTCAATCAGATTGTCTACGAACTTCCTGCAGAACATCCTCTGGCTGAAAGCAG
ACCATTGCGTGAACTTCTCGGCCATACCCCTCCCCAGGTAGTTGCTGGAGGAATGCTTGG
AAGTGTCACAGCAGTCACTGGATATTTATTTACCAGGGTTGCTACTAGCTAACGTGTGAA
CGAACAATCATAGACCACAACTCGCCTGCTTCATTCCCTAGTGCAACCGCTGGACAGTGG
ACAGAACCGAAAGCAGATTTACAATCAAAGCCTTAGTTTAATTCACTATATATATAATCG
TATTCATGAATATTCAATGTAAAGAAAACCTGAACACCATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV80TF U 1
AF RR1GV80JQ C 59
BS 1 656 RR1GV80TF
BS 657 763 RR1GV80JQ

RD RR1GV80TF 660 0 0
GGAATCGGGTATATGCCTTATGGATTCTTCTTCTTCTTCTCCTTCTCTCTCTACCTAAAG
CTAAAGCTATCGCGCGATTGATCCATCCACCATCGGCGCTATGGAGGATTCTACGGCTAC
AACGACTCATCATTATTTCACCATTTTCACGAATTACCCTCTCATCTCCTCCCTCACAGC
TTTCACCATCGCTCAATTCATCAAACTCTTCACCTCCTGGTATAGGGAAAGGAGATGGGA
TCTGAAACAGCTTATTGGGTCCGGAGGAATGCCTTCTCACTCAGCTACCGTTACTGCTCT
CGCTGTTGCTATTGGTTTGCAAGAGGGCTTTGGTGGTTCTCATTTCGCTATTGCTCTCAT
CTTAGCTTCTGTTGTGATGTATGATGCTACTGGTGTGAGGTTACACGCGGGTCGCCAGGC
TGAGGTTCTCAATCAGATTGTCTACGAACTTCCTGCAGAACATCCTCTGGCTGAAAGCAG
ACCATTGCGTGAACTTCTCGGCCATACCCCTCCCCAGGTAGTTGCTGGAGGAATGCTTGG
AAGTGTCACAGCAGTCACTGGATATTTATTTACCAGGGTTGCTACTAGCTAACGTGTGAA
CGAACAATCATAGACCACAACTCGCCTGCTTCATTCCCTAGTGCAACCGCTGGACA
GTGG

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1GV80JQ 705 0 0
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ACAACGACTCATCATTATTTCACCATTTTCACGAATTACCCTCTCATCTCCTCCCTCACA
GCTTTCACCATCGCTCAATTCATCAAACTCTTCACCTCCTGGTATAGGGAAAGGAGATGG
GATCTGAAACAGCTTATTGGGTCCGGAGGAATGCCTTCTCACTCAGCTACCGTTACTGCT
CTCGCTGTTGCTATTGGTTTGCAAGAGGGCTTTGGTGGTTCTCATTTCGCTATTGCTCTC
ATCTTAGCTTCTGTTGTGATGTATGATGCTACTGGTGTGAGGTTACACGCGGGTCGCCAG
GCTGAGGTTCTCAATCAGATTGTCTACGAACTTCCTGCAGAACATCCTCTGGCTGAAAGC
AGACCATTGCGTGAACTTCTCGGCCATACCCCTCCCCAGGTAGTTGCTGGAGGAATGCTT
GGAAGTGTCACAGCAGTCACTGGATATTTATTTACCAGGGTTGCTACTAGCTAACGTGTG
AACGAACAATCATAGACCACAACTCGCCTGCTTCATTCCCTAGTGCAACCGCTGGACAGT
GGACAGAACCGAAAGCAGATTTACAATCAAAGCCTTAGTTTAATTCACTATATATATAAT
CGTATTCATGAATATTCAATGTAAAGAAAACCTGAACACCATTAC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 5

CO CL1209Contig1 954 5 33 U
ATGATTCTGGTTTACGTCGTTTACAGTAATCGAAATACACTTGTGCTGTTCAAAATTTAT
TTTTCAAAACATATATCATCCTCGATTCAAACATTGCATATTTGAATATACATACACAAA
AATGATTATAATTGCCTCATCGGATTGAATTCTGGATCCGATTTAAGTAGGTGTAGACAC
GGTTCGCGCCCGGTTCATGTACATACCGGTTCTAGTATCCACCAAAATTTCTTCGCCAAT
GTTAACAAAGAGCGGTACGGTAACTACTGCCCCTGTTTCCACTGTTGCAGGCTTTGATCC
ACCTTGTGCAGTGTCACCGCGAAGACCAGGATCAACATCAACCACTTTGAGCGTAACCGT
ATTTGGTAGTTCGAAATCGATAACCTTGTCTTTCCAGTACAGCAAACTGCATTCCATTCC
TTCTTTCAGGCATCTCGTCTTGTCGCCCATATCGGATTCGTTGAGACGTGTTTCTTCGTA
TGTGCTCAAATCCATGAAAACAAACTGAGACCCGTCTTTGTATGTGAACTGTTTGGTTTC
TTTGAATACATTTGCTTCCTCGACAGAGATTCCAGCACGAAATGTTCTCTCCACTGTGCT
ACCATTAACATAGTTCCTGATCTTAGTTCTCACAAAGGCCGCACCTTTTCCTGGTTTGAC
ATGAAGAAACTCAGGTACACGCCAAGGGGCACCATCGACCTCGATGTTGGTTCCGGCTTT
GATGTCATTGGCAGACAAAGAGCAGCAAATCCCGGAAAATCTGTTGGTTCGAGTAGAAAT
CCGCACAGAGAGTGCAGATCGGTTCGAGAAAGATAGTGAGAGCGAAGTAGTTGAGTAAGG
TATGCAGAGTGAAGGAGACGAAGATACAGAGAAAGCCGCTCTTCCCGCCATTTTTTTCTT
CTCTCGCCGGCGAGAAGAAGATAAAGCAGGGGAGCAGCTGTGTCTGAAAAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO41JQ U 1
AF RR1FB86JQ U 45
AF RR1FK09JQ U 51
AF RR1FK09TF C 50
AF RR1FB86TF C 576
BS 1 104 RR1FO41JQ
BS 105 105 RR1FK09JQ
BS 106 185 RR1FO41JQ
BS 186 186 RR1FK09JQ
BS 187 252 RR1FO41JQ
BS 253 253 RR1FB86JQ
BS 254 273 RR1FO41JQ
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BS 275 285 RR1FO41JQ
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BS 551 622 RR1FO41JQ
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BS 665 701 RR1FK09JQ
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BS 775 954 RR1FB86TF

RD RR1FO41JQ 622 0 0
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TTTTCAAAACATATATCATCCTCGATTCAAACATTGCATATTTGCATATACATACACAAA
AATGATTATAATTGCCTCATCGGATTGAATTCTGGATCCGATTTAAGTAGGTGTAGACAC
GGTTCACGCCCGGTTCATGTACATACCGGTTCTAGTATCCACCAAAATTTCTTCGCCAAT
GTTAACAAAGAGTGGTACGGTAACTACTGCCCCCGTTTCCACTGTAGCCGGCTTTGATCC
ACCTTGTGCAGTGTCACCGCGAAGACCAGGATCAACATCAACCACTTTGAGGGTAACAGT
ATTAGGTAGTTCGAAATCGATAACCTTGTCTTTCCAGTAAAGCAAACTACATTCTATTCC
TTCTTTCAGCCATCTCGTCTTGTCGCCCATATCGGATTCGTTGAGACGTGTTTCTTCGTA
TGTGCTCAAATCCATGAAAACAAACTGAGACCCGTCTTTGTATGTGAACTGTTTGGTTTC
TTTGAATACGTTTGCTTCCTCGACAGAGATTCCAGCACGAAATGTTCTCTCCACTGTGCT
ACCATTAACATAGTTCCTGATC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1FB86JQ 620 0 0
ACTGTT
CAAAATTTATTTTTCAAAACATATATCATCCTCGATTCAAACATTGCATATTTGCATATA
CATACACAAAAATGATTATAATTGCCTCATCGGATTGAATTCTGGATCCGATTTAAGTAG
GTGTAGACACGGTTCACGCCCGGTTCATGTACATACCGGTTCTAGTATCCACCAAAATTT
CTTCGCCAATGTTAACAAAGAGCGGTACGGTAACTACTGCCCCTGTTTCCACTGTTGCAG
GCTTTGATCCACCTTGTGCAGTGTCACCGCGAAGACCAGGATCAACATCAACCACTTTGA
GCGTAACCGTATTTGGTAGTTCGAAATCGATAACCTTGTCTTTCCAGTACAGCAAACTGC
ATTCCATTCCTTCTTTCAGCCATCTCGTCTTGTCGCCCATATCGGATTCGTTGAGACGTG
TTTCTTCGTATGTGCTCAAATCCATGAAAACAAACTGAGACCCGTCTTTGTATGTGAACT
GTTTGGTTTCTTTGAATACATTTGCTTCCTCGACAGAGATTCCAGCACGAAATGTTCTCT
CCACTGTGCTACCATTAACATAGTTCCTGATCTTAGTTCTCACAAAGGCCGCACCTTTTC
CTGGTTTGACATGA

QA 7 620 7 620
DS 

RD RR1FK09JQ 651 0 0
CAAAATTTATTTTTCAAAACATATATCATCCTCGATTCAAACATTGCATATTTGAATATA
CATACACAAAAATGATTATAATTGCCTCATCGGATTGAATTCTGGATCCGATTTAAGTAG
GTGTAGACACGGTTCGCGCCCGGTTCATGTACATACCGGTTCTAGTATCCACCAAAATTT
CTTCCCCAATGTTAACAAAGAGCGGTACGGTAACTACTGCCCCTGTTTCCACTGTTGCAG
GCTTTGATCCACCTTGTGCAGTGTCACCGCGAAAACCAGGATCAACATCAACCACTTTGA
GCGTAACCGTATTTGGTAGTTCGAAATCGATAACCTTGTCTTTCCAGTACAGCAAACTGC
ATTCCATTCCTTCTTTCAGGCATCTCGTCTTGTCCCCCATATCGGATTCGTTGAAACGTG
TTTCTTCGTATGTGCTCAAATCCATGAAAACAAACTGAAACCCGTCTTTGTATGTGAACT
GTTTGGTTTCTTTGAATACATTTGCTTCCTCGACAGAAATTCCAGCACGAAATGTTCTCT
CCACTGTGCTACCATTAACATAGTTCCTGATCTTAGTTCTCACAAAGGCCGCACCTTTTC
CTGGTTTGACATGAAGAAACTCAGGTACACGCCAAGGGGCACCATCGACCT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1FK09TF 726 0 0
T
CAAAATTTATTTT*CAAAACATATATCATCCTCGATTCAAACATTGCATATTTGAATATA
CATACACAAAAATGATTATAATTGCCTCATCGGATTGAATTCTGGATCCGATTTAAGTAG
GTGTAGACACGGTTCGCGCCCGGTTCATGTACATACCGGTTCTAGTATCCACCAAAATTT
CTTCGCCAATGTTAACAAAGAGCGGTACGGTAACTACTGCCCCTGTTTCCACTGTTGCAG
GCTTTGATCCACCTTGTGCAGTGTCACCGCGAAGACCAGGATCAACATCAACCACTTTGA
GCGTAACCGTATTTGGTAGTTCGAAATCGATAACCTTGTCTTTCCAGTACAGCAAACTGC
ATTCCATTCCTTCTTTCAGGCATCTCGTCTTGTCGCCCATATCGGATTCGTTGAGACGTG
TTTCTTCGTATGTGCTCAAATCCATGAAAACAAACTGAGACCCGTCTTTGTATGTGAACT
GTTTGGTTTCTTTGAATACATTTGCTTCCTCGACAGAGATTCCAGCACGAAATGTTCTCT
CCACTGTGCTACCATTAACATAGTTCCTGATCTTAGTTCTCACAAAGGCCGCACCTTTTC
CTGGTTTGACATGAAGAAACTCAGGTACACGCCAAGGGGCACCATCGACCTCGATGTTGG
TTCCGGCTTTGATGTCATTGGCAGACAAAGAGCAGCAAATCCCGGAAAATCTGTTGGTTC
GAGT
C

QA 2 725 2 725
DS 

RD RR1FB86TF 379 0 0
CAG
GAAATGTTCTCTCCACTGTGCTACCATTAACATAGTTCCTGATGTTAGTTCTCACAAAGG
CCGCACCTTTTCCTGGTTTGACATGAAGAAACTCAAGTACACGCCAAGGGGCACCATCGA
CCTCGATGTTGGTTCCGGCTTTGATGTCATTGGCAGACAAAGAGCAGCAAATCCCGGAAA
ATCTGTTGGTTCGAGTAGAAATCCGCACAGAGAGTGCAGATCGGTTCGAGAAAGATAGTG
AGAGCGAAGTAGTTGAGTAAGGTATGCAGAGTGAAGGAGACGAAGATACAGAGAAAGCCG
CTCTTCCCGCCATTTTTTTCTTCTCTCGCCGGCGAGAAGAAGATAAAGCAGGGGAGCAGC
TGTGTCTGAAAAGATC

QA 4 379 4 379
DS 



AS 1 6

CO CL1210Contig1 845 6 14 U
GGATCACTCTAAGGAATCTGCTCTCTCTCAAAAAGTGGCGATAACACAGGTTTAACAACA
ATGTCAGGCATTCACGGGAATCATGATTTATGTCCTTTGGTCAAGAACATTCTTCTCCTG
GACTCTGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGATGACTGGCCAACTAATGCT
GCCAAGTTGAGTTTTGAGAAGTACGTTTTCTCCAAGACCTCTAAGACCAATGCTCGCACT
GAAGCGGAGATCACACTCTTGGACAGCAATATTATTGTCTATAAGTTCGCCCAGGACCTT
CACTTCTTTGTTACTGGAGGCGACAATGAAAACGAGCTCGTCTTATCCTCTGTTCTTCAG
GGCTTTTTCGATGCTGTTGCACTTCTTCTAAGGAACAATGTGGAAAAGATGGAAGCCCTT
GAGAACTTGGATCTCATCTTTCTGTGCCTCGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTT
GAAACAGACCCGAGCGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGGT
TCACTCTCTGAACAGACACTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGCGAACATCTCGCTAGA
AGTCTGCTTACATGAGAGTTTCCTCACCTCATATGCATTATGCATAATAACTGTTGTGGG
ATTTATCTCATAACCTGTGAAAGGCTTCTAATAATTCATGCACATTGCACTTAATCTGGA
GTTTTGGGTATTATATTCTGTGTGCAATGCTGGAATTGTTTTTTTTTTTCTGGAGTTAAA
TATCTTTTGATTCGTGGTATGTTCTATATCTTCTTGATATGCCTCTTTTATTGAACTTTT
CTAGT


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 15 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1FJ50TF U 4
AF RR1E744TF U 1
AF RR1FB63TF U 4
AF RR1FJ50JQ C 5
AF RR1FB63JQ C 129
AF RR1E744JQ C 308
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BS 391 391 RR1FB63TF
BS 392 538 RR1E744TF
BS 539 539 RR1FB63TF
BS 540 683 RR1E744TF
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BS 781 790 RR1FB63TF
BS 791 816 RR1FJ50JQ
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RD RR1FJ50TF 676 0 0
GG
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AGGCATTCACGGGAATCATGATTTATGTCCTTTGGTCAAGAACATTCTTCTCCTGGACTC
TGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGATGACTGGCCAACTAATGCTGCCAA
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GGAGATCACACTCTTGGACAGCAATATTATTGTCTATAAGTTCGCCCAGGACCTTCACTT
CTTTGTTACTGGAGGCGACAATGAAAACGAGCTCGTCTTATCCTCTGTTCTTCAGGGCTT
TTTCGATGCTGTTGCACTTCTTCTAAGGAACAATGTGGAAAAGATGGAAGCCCTTGAGAA
CTTGGATCTCATCTTTCTGTGCCTCGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTTGAAAC
AGACCCGAGCGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGGTTCACT
CTCTGAACAGACACTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGCGAACATCTCGCTAGAAGTCT
GCTTACATGAGAGTTTCCTCACCTCATATGCATTATGCATAATAACTGTTGTGGGATTTA
TCTCATAACCTGTG

QA 3 676 3 676
DS 

RD RR1E744TF 775 0 0
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ATGTCAGGCATTCACGGGAATCATGATTTATGTCCTTTGGTCAAGAACATTCTTCTCCTG
GACTCTGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGATGACTGGCCAACTAATGCT
GCCAAGTTGAGTTTTGAGAAGTACGTTTTCTCCAAGACCTCTAAGACCAATGCTCGCACT
GAAGCGGAGATCACACTCTTGGACAGCAATATTATTGTCTATAAGTTCGCCCAGGACCTT
CACTTCTTTGTTACTGGAGGCGACAATGAAAACGAGCTCGTCTTATCCTCTGTTCTTCAG
GGCTTTTTCGATGCTGTTGCACTTCTTCTAGGGAACAATGTGGAAAAGATGGAAGCCCTT
GAGAACTTGGATCTCATCTTTCTGTGCCTCGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTT
GAAACAGACCCGAGCGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGTT
TCACTCTCTGAACAGACACTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGCGAACATCTCGCTAGA
AGTCTGCTTACATGAGAGTTTCCTCACCTCATATGCATTATGCATAATAACTGTTGTGGG
ATTTATCTCATAACCTGTGAAAG*CTTCTAATAATTCATGCACATTGCACTTAATCTGGA
GTTT*GGGTATTATATTCTGTGTGCAATGCTGGAATTGTTTTTTTTTT
CTGGAGT

QA 1 768 1 768
DS 

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GG
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AGGCATTCACGGGAATCATGATTTATGTCCTTTGGTCAAGAACATTCTTCTCCTGGACTC
TGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGATGACTGGCCAACTAATGCTGCCAA
GTTGAGTTTTGAGAAGTACGTTTTCTCCAAGACCTCTAAGACCAATGCTCGCACTGAAGC
GGAGATCACACTCTTGGACAGCAATATTATTGTTTATAAGTTCGCCCAGGACCTTCACTT
CTTTGTTACTGGAGGCGACAATGAAAACGAGCTCGTCTTATCCTCTGTTCTTCAGGGCTT
TTTCGATGCTGTTGCACTTCTTCTAAGGAACAATGTGGAAAAGATGGAAGCCCTTGAGAA
CTTGGATCTCATCTTTCTGTGCCTCGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTTGAAAC
AGACCCGAGCGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGGTTCACT
CTCTGAACAGACACTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGCGAACATCTCGCTAGAAGTCT
GCTTACATGAGAGTTTCCTCACCTCATATGCATTATGCATAATAACTGTTGTGGGATTTA
TCTCATAACCTGTGAAAGGCTTCTAATAATTCATGCACATTGCACTTAATCTGGAGTTT*
GGGTATTATATTCTGTGTGCAATGCTGGAATTGTTTTTTTTTTTCTGGAGTTAA*TATCT
TTTGA

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR1FJ50JQ 812 0 0
G
ACTCTAAGGAATCTGCTCTCTCTCAAAAAGTGGCGATAACACAGGTTTAACAACAATGTC
AGGCATTCACGGGAATCATGATTTATGTCCTTTGGTCAAGAACATTCTTCTCCTGGACTC
TGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGATGACTGGCCAACTAATGCTGCCAA
GTTGAGTTTTGAGAAGTACGTTTTCTCCAAGACCTCTAAGACCAATGCTCGCACTGAAGC
GGAGATCACACTCTTGGACAGCAATATTATTGTCTATAAGTTCGCCCAGGACCTTCACTT
CTTTGTTACTGGAGGCGACAATGAAAACGAGCTCGTCTTATCCTCTGTTCTTCAGGGCTT
TTTCGATGCTGTTGCACTTCTTCTAAGGAACAATGTGGAAAAGATGGAAGCCCTTGAGAA
CTTGGATCTCATCTTTCTGTGCCTCGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTTGAAAC
AGACCCGAGCGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGGTTCACT
CTCTGAACAGACACTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGCGAACATCTCGCTAGAAGTCT
GCTTACATGAGAGTTTCCTCACCTCATATGCATTATGCATAATAACTGTTGTGGGATTTA
TCTCATAACCTGTGAAAGGCTTCTAATAATTCATGCACATTGCACTTAATCTGGAGTTTT
GGGTATTATATTCTGTGTGCAATGCTGGAATTGTTTTTTTTT**CTGGAGTTAAATATCT
TTTGATTCGTGGTATGTTCTATATCTTCTTG

QA 2 812 2 812
DS 

RD RR1FB63JQ 670 0 0
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GATCACACTCTTGGACAGCAATATTATTGTTTATAAGTTCGCCCAGGACCTTCACTTCTT
TGTTACTGGAGGCGACAATGAAAACGAGCTCGTCTTATCCTCTGTTCTTCAGGGCTTTTT
CGATGCTGTTGCACTTCTTTTAAGGAACAATGTGGAAAAGATGGAAGCCCTTGAGAACTT
GGATCTCATCTTTCTGTGCCTCGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTTGAAACAGA
CCCGAGCGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGGTTCACTCTC
TGAACAGACACTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGCGAACATCTCGCTAGAAGTCTGCT
TACATGAGAGTTTCCTCACCTCATATGCATTATGCATAATAACTGTTGTGGGATTTATCT
CATAACCTGTGAAAGGCTTCTAATAATTCATGCACATTGCACTTAATCTGGAGTTTTGGG
TATTATATTCTGTGTGCAATGCTGGAATTGTTTTTTTTTTTCTGGAGTTAAATATCTTTT
GATTCGTGG
C

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DS 

RD RR1E744JQ 538 0 0
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TCGATGCTGTTGCACTTTTTTTAGGGAACAATGTGGAAAAGATGGAAGCCCTTGAGAACT
TGGATTTCATCTTTCTGTGCCTCGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTTGAAACAG
ACCCGAGCGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGTTTCACTCT
CTGAACAGACACTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGCGAACATCTCGCTAGAAGTCTGC
TTACATGAGAGTTTCCTCACCTCATATGCATTATGCATAATAACTGTTGTGGGATTTATC
TCATAACCTGTGAAAGGCTTCTAATAATTCATGCACATTGCACTTAATCTGGAGTTTTGG
GTATTATATTCTGTGTGCAATGCTGGAATTGTTTTTTTTTTTCTGGAGTTAAATATCTTT
TGATTCGTGGTATGTTCTATATCTTCTTGATATGCCTCTTTTATTGAACTTTTCTAGT

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 6

CO CL1211Contig1 1006 6 12 U
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AACATAATACTATTGCCCTAAATACCCATCAAGTATTTAAATTACAACACGCATATAGGA
GATAGAAATACATAAAAATCATAAAAATGCAAATCAAGAACCCGTCATATGGACATTGAT
GGTTCTTTTTTTCTTCTTATTATAAAATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATTG
CTCTGGGAGCAAGTCCAATTGCTTCAGATCCCTT*CATGATGCGCAAACGTTTGCACGAC
TGGACGAACATTTCCCATGGGACATCTCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCG
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ATCTATCATTCCTTGTGCTCCATAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAA
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AGCTCCATCCATGGATACCTTCACCAAGGCAGCTCCTCCACCATTTCCGGCCTTCTCGCT
GCTGGCCTCCTCCTCGGCGCTTGTTTTCTGCTGAGTCATCATGTTCTTCCTGTAGTTCCT
CACAGGTGGCCATCCCACCACTTGGGCTTTAGCAGGAGGCTTAGCAGGGTCTTTGAGGAG
AGTCTTCTCTTTGGAAGCTGTGGCGTTGTTAAGATCGACGGTTTCTTCTTTGTTGCACTG
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GGCCGGGCTCTCGACGGCTTTAGTGCCGCCAGGGAGGCCGAGACAGAGCTCCGTCGCGTT
AAGGTTCATAAGCTGTCCGATCATGTTACTTCTAATAGATTAGAGATGTTATTTCTCTCT
CTGATTTGGTAAGAGGGGAAGAAGAAGGGAGAGGAAATAGCAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B675JQ U 67
AF RR1G346JQ U 80
AF RR1HA02TF C 117
AF RR1G346TF C 80
AF RR1EC28JQ U 1
AF RR1B675TF C 195
BS 1 80 RR1EC28JQ
BS 81 81 RR1B675JQ
BS 82 414 RR1EC28JQ
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BS 416 431 RR1EC28JQ
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BS 737 785 RR1EC28JQ
BS 786 786 RR1B675TF
BS 787 815 RR1EC28JQ
BS 816 1006 RR1B675TF

RD RR1B675JQ 648 0 0
AGTG
TATTGCCCTAAATACCCATCAAGTATTTAAATTACAACACGCATATAGGAGATAGAAATA
CATAAAAATCATAAAAATGCAAATCAAGAACCCGTCATATGGACATTGATGGTTCTTTTT
TTCTTCTTATTATAAAATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATTGCTCTGGGAGC
AAGTCCAATTGCTTCAAATCCCTT*CATGATGTGCAAACGTTTGCACGACTGGACGAACA
TTTCCCATGGGACATCTCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCGTAGCTTGGAA
CATATTCGG*AACTGTTCAACAAATTCATGAGCTTGCTCTCGTTCATGAAATCTATCATT
CCTTGTGCTCCATAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAAGCATCAAAA
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ATGGATACCTTCACCAAGGCAGCTCCTCCACCATTTCCGGCCTTCTCGCTGCTGGCCTCC
TCCTCGGCGCTTGTTTTCTGCTGAGTCATCATGTTCTTCCTGTAGTTCCTCACAGGTGGC
CATCCCACCACTTGGGCTTTAGCAGGAGGCTTAACAGGGTCTTT

QA 5 648 5 648
DS 

RD RR1G346JQ 623 0 0
CGG
TACCCATCAAGTATTTAAATTACAACACGCATATAGGAGATAGAAATACATAAAAATCAT
AAAAATGCAAATCAAGAACCCGTCATATGGACATTGATGGTTCTTTTTTTCTTCTTATTA
TAAAATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATTGCTCTGGGAGCAAGTCCAATTGC
TTCAGATCCCTT*CATGATGCGCAAACGTTTGCACGACTGGACGAACATTTCCCATGGGA
CATCTCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCGTAGCTTGGAACATATTCGG*AA
CTGTTCAACAGATTCATGAGCTTGCTCTCGTTCATGAAATCTATCATTCCTTGTGCTCCA
TAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAAGCATCAAAAAGATCCTGATAG
CTTTTGTACATCGTGAGGTTAATTTTTCTTAGGTAAGGAGCTCCACCCATGGATACCTTC
ACCAAGGCAGATCCTCCACCATTTCCGGCCTTCTCGCTGCTGGCCTCCTCCTCGGCGCTT
GTTTTCTGCCGAGTCATCATGTTCTTCCTGTAGTTCCTCACAGGTGGCCATCCCACCACT
TGGGCTTTAGCAGGAGGCTT

QA 4 623 4 623
DS 

RD RR1HA02TF 629 0 0
AGGAGATAGAAATACATAAAAATCATAAAAATGCAAATCAAGAACCCGTCATATGGACAT
TGATGGTTCTTTTTTTCTTCTTATTATAAAATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCC
ATTGCTCTGGGAGCAAGTCCAATTGCTTCAGATCCCTT*CATGATGCGCAAACGTTTGCA
CGACTGGACGAACATTTCCCATGGGACATCTCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTC
CTCGTAGCTTGGAACATATTCGG*AACTGTTCAACAGATTCATGAGCTTGCTCTCGTTCA
TGAAATCTATCATTCCTTGTGCTCCATAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGG
CCAAAGCATCAGAGAGATCCTGATAGCTTTTGTACATCGTGAGGTTAATTTTTCTTAGGT
AAGGAGCTCCATCCATGGATACCTTCACCAAGGCAGCTCCTCCACCATTTCCGGCCTTCT
CGCTGCTGGCCTCCTCCTCGGCGCTTGTTTTCTGCTGAGTCATCATGTTCTTCCTGTAGT
TCCTCACAGGTGGCCATCCCACCACTTGGGCTTTAGCAGGAGGCTTAGCAGGGTCTTTGA
GGAGAGTCTTCTCTTTGGA
AGCTGTGGCC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1G346TF 664 0 0
CGG
TACCCATCAAGTATTTAAATTACAACACGCATATAGGAGATAGAAATACATAAAAATCAT
AAAAATGCAAATCAAGAACCCGTCATATGGACATTGATGGTTCTTTTTTTCTTCTTATTA
TAAAATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATTGCTCTGGGAGCAAGTCCAATTGC
TTCAGATCCCTT*CATGATGCGCAAACGTTTGCACGACTGGACGAACATTTCCCATGGGA
CATCTCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCGTAGCTTGGAACATATTCGG*AA
CTGTTCAACAGATTCATGAGCTTGCTCTCGTTCATGAAATCTATCATTCCTTGTGCTCCA
TAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAAGCATCAGAGAGATCCTGATAG
CTTTTGTACATCGTGAGGTTAATTTTTCTTAGGTAAGGAGCTCCACCCATGGATACCTTC
ACCAAGGCAGATCCTCCACCATTTCCGGCCTTCTCGCTGCTGGCCTCCTCCTCGGCGCTT
GTTTTCTGCCGAGTCATCATGTTCTTCCTGTAGTTCCTCACAGGTGGCCATCCCACCACT
TGGGCTTTAGCAGGAGGCTTAGCAGGGTCTTTGAGGAGAGTCTTCTCTTTGGA
AGCTGTGC

QA 4 656 4 656
DS 

RD RR1EC28JQ 822 0 0
GAGATATTTTCAGTTTCCTCTCTTTTGGTCACATTACATCTTTTTCCACACCTTACTGGC
AACATAATACTATTGCCCTAGATACCCATCAAGTATTTAAATTACAACACGCATATAGGA
GATAGAAATACATAAAAATCATAAAAATGCAAATCAAGAACCCGTCATATGGACATTGAT
GGTTCTTTTTTTCTTCTTATTATAAAATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATTG
CTCTGGGAGCAAGTCCAATTGCTTCAGATCCCTT*CATGATGCGCAAACGTTTGCACGAC
TGGACGAACATTTCCCATGGGACATCTCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCG
TAGCTTGGAACATATTCGG*AACTGTTCAACAGATTCATGAGCTTGCTCTCGTTAATGAA
ATCTATCATTC***GTGCTCCATAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAA
AGCATCAGAAAGATCCTGATAGCTTTTGTACATCGTGAGGTTAATTTTTCTTAGGTAAGG
AGCTCCATCCATGGATACCTTCACCAAGGCAGCTCCTCCACCATTTCCGGCCTTCTCGCT
GCTGGCCTCCTCCTCGGCGCTTGTTTTCTGCTGAGTCATCATGTTCTTCCTGTAGTTCCT
CACAGGTGGCCATCCCACCACTTGGGCTTTAGCAGGAGGCTTAGCAGGGTCTTTGAGGAG
AGTCTTCTCTTTGGA*GCTGTGGCGTTGTTAAGATCGACGGTTTCTTCTTTGTTGCACTG
AAGAT*GAGCATGAGATCCACAGTCTCGGAGAAGC
TCTCTTG

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1B675TF 812 0 0
CTC
TATTATAAAATTCATGATCTGTC**TGCAGTACTTCTCCATTGCTCTGGGAGCAAGTCCA
ATTGCTTCAGATCCCTTTCATGATGTGCAAACGTTTGCACGACTGGACGAACATTTCCCA
TGGGACATCTCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCGTAGCTTGGAACATATTC
GGGAACTGTTCAACAGATTCATGAGCTTGCTCTCGTTCATGAAATCTATCATTCCTTGTG
CTCCATAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAAGCATCAGAGAGATCCT
GATAGCTTTTGTACATCGTGAGGTTAATTTTTCTTAGGTAAGGAGCTCCATCCATGGATA
CCTTCACCAAGGCAGCTCCTCCACCATTTCCGGCCTTCTCGCTGCTGGCCTCCTCCTCGG
CGCTTGTTTTCTGCTGAGTCATCATGTTCTTCCTGTAGTTCCTCACAGGTGGCCATCCCA
CCACTTGGGCTTTAGCAGGAGGCTTAGCAGGGTCTTTGAGGAGAGTCTTCTCTTTGGAAG
CTGTGGCGTTGTTAAGATCGACGGTTTCTTCTTTGTTGCACTGAAGATTGAGCATGAGAT
CCACAGTCTCGGAGAAGCCTCTCTTGTTCCTCACCGACGATCTGGCCGGGCTCTCGACGG
CTTTAGTGCCGCCAGGGAGGCCGAGACAGAGCTCCGTCGCGTTAAGGTTCATAAGCTGTC
CGATCATGTTACTTCTAATAGATTAGAGATGTTATTTCTCTCTCTGATTTGGTAAGAGGG
GAAGAAGAAGGGAGAGGAAATAGCAATCC

QA 4 812 4 812
DS 



AS 2 5

CO CL1212Contig1 754 2 5 U
TGGTGGTGTTCTCAGGGAGATTTCTCGCCATAGCTCTGTTGAGGTTATTGACATTTGTGA
GATAGACAAGATGGTCATAGATGTGTCTAAGAAGTTCTTCCCCGAGTTAGCGGTTGGATT
TGAGGATCCTCGTGTTCATCTTCACATTGGTGATGCTGTTGAGTTCCTTCGTAAGTCCCC
TGAAGGGAAGTGTGATGCCATTATTGTGGATTCTTCAGACCCTGTTGGTCCTGCTCAGGC
GCTTGTTGAGAAGCCTTTCTTTGAGACTATAGCTAGAGCGTTGAAGCCTGGAGGAGTTCT
TTGCAACATGGCGGAAAGCATGTGGCTCCACACTCATCTCATTGAAGACATGATCTCCAT
TTGCCGCCAAACATTCAAAAACGTTCAATATGCGTGGAGCAGCGTCCCAACATACCCAAG
CGGCGTGATTGGTTTTATCTTGTGCTCTACGGGCGGTCCCGCTGTTGATTTCAAGAACCC
TATCAACCCTATTGAGAAACTAGACGGCGCCATGACCTACAAGCGAGAAATGAAGTTTTA
CAACTCGGATATGCACAGAGCAGCTTTCGCTTTGCCTACATTCCTTAGAAGAGAAGTGGC
TTCACTTCTGTCTTCTTCTTGACTTATGTTTGTCTTAAACATTTTACTATATCCAATCAT
ATAAAAACCTCTGTAAAAAGAGGAAATAATTGCATGGTAGGAGGCTTTGTATCACTAAGC
TCACTCCTTTTAATATTTAAAGACTTCTATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW87JQ C 1
AF RR1AC13TF U 402
BS 1 401 RR1AW87JQ
BS 402 579 RR1AC13TF
BS 580 580 RR1AW87JQ
BS 581 734 RR1AC13TF
BS 735 754 RR1AW87JQ

RD RR1AW87JQ 754 0 0
TGGTGGTGTTCTCAGGGAGATTTCTCGCCATAGCTCTGTTGAGGTTATTGACATTTGTGA
GATAGACAAGATGGTCATAGATGTGTCTAAGAAGTTCTTCCCCGAGTTAGCGGTTGGATT
TGAGGATCCTCGTGTTCATCTTCACATTGGTGATGCTGTTGAGTTCCTTCGTAAGTCCCC
TGAAGGGAAGTGTGATGCCATTATTGTGGATTCTTCAGACCCTGTTGGTCCTGCTCAGGC
GCTTGTTGAGAAGCCTTTCTTTGAGACTATAGCTAGAGCGTTGAAGCCTGGAGGAGTTCT
TTGCAACATGGCGGAAAGCATGTGGCTCCACACTCATCTCATTGAAGACATGATCTCCAT
TTGCCGCCAAACATTCAAAAACGTTCAATATGCGTGGAGCAGCGTCCCCACATACCCAAG
CGGCGTGATTGGTTTTATCTTGTGCTCTACGGGCGGTCCCGCTGTTGATTTCAAGAACCC
TATCAACCCTATTGAGAAACTAGACGGCGCCATGACCTACAAGCGAGAAATGAAGTTTTA
CAACTCGGATATGCACAGAGCAGCTTTCGCTTTGCCTACATTCCTTAGAAGAGAAGTGGC
TTCACTTCTGTCTTCTTCTTGACTTCTGTTTGTCTTAAACATTTTACTATATCCAATCAT
ATAAAAACCTCTGTAAAAAGAGGAAATAATTGCATGGTAGGAGGCTTTGTATCACTAAGC
TCACTCCTTTTAATATTTAAAGACTTCTATTTTC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1AC13TF 333 0 0
GCGTCCCAACATACCCAAGCGGCGTGATTGGTTTTATCTTGTGCTCTACGGGCGGTCCCG
CTGTTGATTTCAAGAACCCTATCAACCCTATTGAGAAACTAGACGGCGCCATGACCTACA
AGCGAGAAATGAAGTTTTACAACTCGGATATGCACAGAGCAGCTTTCGCTTTGCCTACTT
TCCTTAGAAGAGAAGTGGCTTCACTTCTGTCTTCTTCTTGACTTATGTTTGTCTTAAACA
TTTTACTATATCCAATCATATAAAAACCTCTGTAAAAAGAGGAAATAATTGCATGGTAGG
AGGCTTTGTATCACTAAGCTCACTCCTTTTAAT

QA 1 333 1 333
DS 



CO CL1212Contig2 819 3 10 U
GGAGCTCCCGATTCGTTTCTCACTCTTCTTTGCCGTTAACCACAAGTAAACAGAGGCTGG
AGCTGGGGAAGAAAAGGATTGTCTATGGAGGGAGACGGCGTAAAAGGTTTGGGATGCCAG
AAGACTATGGATGGGAAGGCGAGTAACGGGAACAAGGCTGTACCTTCTTGTTGCCTCAAG
GCCATGGCTTGCTTACCTGAGGAAGATGCTAAGTGCCACTCCACTGTTGTTTCTGGATGG
TTCTCCGAACCTCACTCTCGCTCTGGGAAAAAAGGGGAAGCTGTCTATTTCAATAACCCT
ATGTGGCCTGGTGAAGCACACTCACTGAAAGTTGAGAAAGTTCTGTTTAAGGACAAGTCA
GAGTATCAGGAAGTCCTAGTGTTTGAGTCAGCTACCTACGGGAAAGTGCTTGTTCTAGAT
GGTATTGTACAGCTGACTGAAAAAGACGAATTCGCATATCAGGAGATGATAGCACATCTG
CCTCTTTGCTCTACACCTTCTCCTAAAAATGTTCTAGTTGTTGGGGGAGGTGACGGTGGT
GTTCTCAGGGAGATTTCTCGCCATAGCTCTGTTGAGGTTATTGACATTTGCGAGATAGAC
AAGATGGTTATAGATGTGTCTAAGAAGTTCTTCCCCGAGTTAGCGGTTGGATTTGAAGAT
CCTCGTGTTCAACTTCACATTGGTGATGCTGTTGAGTTCCTTCGTAAGTCCCCTGCAGGG
AAGTATGACGCCATTATTGTCGATTCTTCAGATCCTGTTGGTCCTGCTCAGCGCTTGTTG
AGAAGCCTTTCTTTGAAACGTTAGCTAGAGCGTGAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO45TF U 30
AF RR1DI69TF U 1
AF RR1E163TF U 30
BS 1 164 RR1DI69TF
BS 165 165 RR1FO45TF
BS 166 326 RR1DI69TF
BS 327 327 RR1FO45TF
BS 328 461 RR1DI69TF
BS 462 462 RR1FO45TF
BS 463 719 RR1DI69TF
BS 720 720 RR1E163TF
BS 721 766 RR1DI69TF
BS 767 819 RR1E163TF

RD RR1FO45TF 685 0 0
GG
GCCGTTAACCACAAGTAAACAGAGGCTGGAGCTGGGGAAGAAAAGGATTGTCTATGGAGG
GAGACGGCGTAAAAGGTTTGGGATGCCAGAAGACTATGGATGGGAAGGCGAGTAACGGGA
ACAAGGCTGTACCTTCTTGTTGCCTCAAGGCCATGGCTTGCTTACCTGAGGAAGATGCTA
AGTGCCACTCCACTGTTGTTTCTGGATGGTTCTCCGAACCTCACTCTCGCTCTGGGAAAA
AAGGGGAAGCTGTCTATTTCAATAACCCTATGTGGCCTGGTGAAGCACACTCACTGAAAG
TTGAGAAAGTTCTGTTTAAGGACAAGTCAGAGTATCAGGAAGTCCTAGTGTTTGAGTCAG
CTACCTACGGGAAAGTGCTTGTTCTAGATGGTATTGTACAGCTGACTGAAAAAGACGAAT
TCGCATATCAGGAGATGATAGCACATCTGCCTCTTTGCTCTACACCTTCTCCTAAAAATG
TTCTAGTTGTTGGGGGAGGTGACGGTGGTGTTCTCAGGGAGATTTCTCGCCATAGCTCTG
TTGAGGTTATTGACATTTGCGAGATAGACAAGATGGTTATAGATGTGTCTAAGAAGTTCT
TCCCCGAGTTAGCGGTTGGATTTGAAGATCCTCGTGTTCAACTTCACATTGGTGATGCTG
TTGAGTTCCTTCGTAAGTCCC
TG

QA 3 683 3 683
DS 

RD RR1DI69TF 766 0 0
GGAGCTCCCGATTCGTTTCTCACTCTTCTTTGCCGTTAACCACAAGTAAACAGAGGCTGG
AGCTGGGGAAGAAAAGGATTGTCTATGGAGGGAGACGGCGTAAAAGGTTTGGGATGCCAG
AAGACTATGGATGGGAAGGCGAGTAACGGGAACAAGGCTGTACCCTCTTGTTGCCTCAAG
GCCATGGCTTGCTTACCTGAGGAAGATGCTAAGTGCCACTCCACTGTTGTTTCTGGATGG
TTCTCCGAACCTCACTCTCGCTCTGGGAAAAAAGGGGAAGCTGTCTATTTCAATAACCCT
ATGTGGCCTGGTGAAGCACACTCACTAAAAGTTGAGAAAGTTCTGTTTAAGGACAAGTCA
GAGTATCAGGAAGTCCTAGTGTTTGAGTCAGCTACCTACGGGAAAGTGCTTGTTCTAGAT
GGTATTGTACAGCTGACTGAAAAAGACGAATTCGCATATCAAGAGATGATAGCACATCTG
CCTCTTTGCTCTACACCTTCTCCTAAAAATGTTCTAGTTGTTGGGGGAGGTGACGGTGGT
GTTCTCAGGGAGATTTCTCGCCATAGCTCTGTTGAGGTTATTGACATTTGCGAGATAGAC
AAGATGGTTATAGATGTGTCTAAGAAGTTCTTCCCCGAGTTAGCGGTTGGATTTGAAGAT
CCTCGTGTTCAACTTCACATTGGTGATGCTGTTGAGTTCCTTCGTAAGTCCCCTGCAGG*
AAGTATGACGCCATTATTGTCGATTCTTCAGATCCTGTTGGTCCTG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1E163TF 790 0 0
GG
GCCGTTAACCACAAGTAAACAGAGTCTGGAGCTGGGGAAGAAAAGGATTGTCTATGGAGG
GAGACGGCGTAAAAGGTTTGGGATGCCAGAAGACTATGGATGGGAAGGCGAGTAACTGGA
ACAAGGCTGTACCTTCTTGTTGCCTCAAGGCCATGGCTTGCTTACCTGAGGAAGATGCTA
AGTGCCACTCCACTGTTGTTTCTGGATGGTTCTCCGAACCTCACTCTCGCTCTGGGAAAA
AAGGGGAAGCTGTCTATTTCAATAACCCTATGTGGCCTGGTGAAGCACACTCACTGAAAG
TTGAGAAAGTTCTGTTTAAGGACAAGTCAGAGTATCAGGAAGTCCTAGTGTTTGAGTCAG
CTACCTACGGGAAAGTGCTTGTTCTAGATGGTATTGTACAGCTGACTGAAAAAGACGAAT
TCGCATATCAGGAGATGGTAGCACATCTGCCTCTTTGCTCTACACCTTCTCCTAAAAATG
TTCTAGTTGTTGGGGGAGGTGACGGTGGTGTTCTCAGGGAGATCTCTCGCCATAGCTCTT
TTGAGGTTATTGACATTTGCGAGATAGACAAGATGGTTATAGATGTGTCTAAGAAGTTCT
TCCCCGAGTTAGCGGTTGGATTTGAAGATCCTCGTGTTCAACTTCACATTGGTGATGCTG
TTGAGTTCCTTCGTAAGTCCCCTGCAGGGAAGTATGACGCCATTATTGTCGATTCTTCAG
ATCCTGTTGGTCCTGCTCAGCGCTTGTTGAGAAGCCTTTCTTTGAAACGTTAGCTAGAGC
GTGAAGCC

QA 3 790 3 790
DS 



AS 1 6

CO CL1213Contig1 769 6 8 U
GCAAAGACGAAGCGTGCCTATAGGATTCATCTTTGATAAAGGGTTTTACACAAAGGTAAA
AGAGCACACGCCAGATCTCTTTAGTTTTAAGACAAGACTGTAAGGACCAAAACAAAATAA
AGACAGAGACTGATAAAATGTAGCTGTTTTTGGCAGTTGCCGTCACAGCAAACCTTAGGT
AAAAGCATATCACTCGGTAACAATAGAGAAAATAAGTTCGGTTCAACCGTTCCTCAATTG
GCTCGGCTTTTGAAAACATCAAGATCCATCTCGGTTGGATCGGTAGCTTGAAGCTCTACT
TGAATCCCGTCTAGCTCTCTCTTGAACCTGTCCTTAGAGCTCGCGTAGATCATCTTGCTT
CTCACTCTTGCCGTGTCCGGAGACCATGCAACGAAGAAGATCTTGCTCTTTTGGCAGTTC
TCAGCAGTGACGAAATCAAAATCGAAGATGGCGTATCGGCATTCATCAGCTGGAAGACTC
GCTGCAAAGTCGTCATGGGATTGACCAGGCTCTCCGAGTTTCTCAACGACCACTTGCTTC
TGCTGCTCCTCGATCTTGTAAACGATGAAACGGTATGTCCTCTTGGCCTTCAATTCAAGA
AACTTGAGTTTGCAGTCGTCGTGGACCGCCATTCCTGACGCTGCATTAGCCATGGCTGAA
TCAAACTAGTTTCTTGCTGAGACGAAGAAGCTGGAGATGGTGATGATGAAGTCTTTTTTT
TTT*ATTCGGTGTGCGTCTTTTCTCTTCCTTTTCCTCAGCTTTCTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1GT91JQ U 1
AF RR1GL74JQ U 48
AF RR1BN08JQ U 34
AF RR1GL74TF C 45
AF RR1GT91TF C 160
AF RR1BN08TF C 47
BS 1 612 RR1GT91JQ
BS 613 641 RR1BN08JQ
BS 642 644 RR1GL74JQ
BS 645 723 RR1BN08JQ
BS 724 724 RR1GL74TF
BS 725 757 RR1BN08JQ
BS 758 765 RR1GL74TF
BS 766 769 RR1BN08TF

RD RR1GT91JQ 612 0 0
GCAAAGACGAAGCGTGCCTATAGGATTCATCTTTGATAAAGGGTTTTACACAAAGGTAAA
AGAGCACACGCCAGATCTCTTTAGTTTTAAGACAAGACTGTAAGGACCAAAACAAAATAA
AGACAGAGACTGATAAAATGTAGCTGTTTTTGGCAGTTGCCGTCACAGCAAACCTTAGGT
AAAAGCATATCACTCGGTAACAATAGAGAAAATAAGTTCGGTTCAACCGTTCCTCAATTG
GCTCGGCTTTTGAAAACATCAAGATCCATCTCGGTTGGATCGGTAGCTTGAAGCTCTACT
TGAATCCCGTCTAGCTCTCTCTTGAACCTGTCCTTAGAGCTCGCGTAGATCATCTTGCTT
CTCACTCTTGCCGTGTCCGGAGACCATGCAACGAAGAAGATCTTGCTCTTTTGGCAGTTC
TCAGCAGTGACGAAATCAAAATCGAAGATGGCGTATCGGCATTCATCAGCTGGAAGACTC
GCTGCAAAGTCGTCATGGGATTGACCAGGCTCTCCGAGTTTCTCAACGACCACTTGCTTC
TGCTGCTCCTCGATCTTGTAAACGATGAAACGGTATGTCCTCTTGGCCTTCAATTCAAGA
AACTTGAGTTTG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1GL74JQ 634 0 0
ACACAAAGGTAAAAGAGCACACGCCAGATCTCTTTAGTTTTAAGACAAGACTGTAAGGAC
CAAAACAAAATAAAGACAGAGACTGATAAAATGTAGCTGTTTTTGGCAGTTGCCGTCACA
GCAAACCTTAGGTAAAAGCATATCACTCGGTAACAATAGAGAAAATAAGTTCGGTTCAAC
CGTTCCTCAATTGGCTCGGCTTTTGAAAACATCAAGATCCATCTCGGTTGGATCGGTAGC
TTGAAGCTCTACTTGAATCCCGTCTAGCTCTCTCTTGAACCTGTCCTTAGAGCTCGCGTA
AATCATCTTGCTTCTCACTCTTGCCGTGTCCGGAGACCATGCAACGAAAAAAATCTTGCT
CTTTTGGCAGTTCTCAGCAGTGACGAAATCAAAATCGAAGATGGCGTATCGGCATTCATC
AGCTGGAAGACTCGCTGCAAAGTCGTCATGGGATTGACCAGGCTCTCCGAGTTTCTCAAC
GACCACTTGCTTCTGCTGCTCCTCGATCTTGTAAACGATGAAACGGTATGTCCTCTTGGC
CTTCAATTCAAGAAACTTGAGTTTGCAGTCGTCGTGGACCGCCATTCCTGACGCTGCATT
AGCCATGGCTGAATCAAACTAGTTTCTTGCTGAG

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1BN08JQ 732 0 0
C
GATAAAGGGTTTTACACAAAGGTAAAAGAGCACACGCCAGATCTCTTTAGTTTTAAGACA
AGACTGTAAGGACCAAAACAAAATAAGGACAGAGACTGATAAAATGTAGCTGTTTTTGGC
AGTTGCCGTCACAGCAAACCTTAGGTAAAAGCATATCACTCGGTGACAATAGAGAAAATA
AGTTCGGTTCAACCGTTCCTCAATTGGCTCGGCTTTTGAAAATATCAAGATCCATCTCGG
TTGGATCGGTAGCTTGAAGCTCTACTTGAATCCCGTCTAGCTCTCTCTTGAACCTGTCCT
TAGAGCTCGCGTAAATCATCTTGCTTCTCACTCTTGCCGTGTCCGGAGACCATGCAACGA
AAAAAATCTTGCTCTTTTGGCAGTTCTCAGCAGTGACGAAATCAAAATCGAAGATGGCGT
ATCGGCATTCATCAGCTGGAAGACTCGCTGCAAAGTCGTCATGGGATTGACCAGGCTCTC
CGAGTTTCTCAACGACCACTTGCTTCTGCTGCTCCTCGATCTTGTAAACGATGAAACGGT
ATGTCCTCTTGGCCTTCAATTCAAGAAACTTGAGTTTGCAGTCGTCGTGGACCGCCATTC
CTGACGC***ATTAGCCATGGCTGAATCAAACTAGTTTCTTGCTGAGACGAAGAAGCTGG
AGATGGTGATGATGAAGTCTTTTTTTTTTTATTCGGTGTGCGTCTTTTCTCTTCCTTTTC
CTC
AGCTTTCT

QA 2 724 2 724
DS 

RD RR1GL74TF 723 0 0
TT
TACACAAAGGTAAAAGAGCACACGCCAGATCTCTTTAGTTTTAAGACAAGACTGTAAGGA
CCAAAACAAAATAAAGACAGAGACTGATAAAATGTAGCTGTTTTTGGCAGTTGCCGTCAC
AGCAAACCTTAGGTAAAAGCATATCACTCGGTAACAATAGAGAAAATAAGTTCGGTTCAA
CCGTTCCTCAATTGGCTCGGCTTTTGAAAACATCAAGATCCATCTCGGTTGGATCGGTAG
CTTGAAGCTCTACTTGAATCCCGTCTAGCTCTCTCTTGAACCTGTCCTTAGAGCTCGCGT
AGATCATCTTGCTTCTCACTCTTGCCGTGTCCGGAGACCATGCAACGAAGAAGATCTTGC
TCTTTTGGCAGTTCTCAGCAGTGACGAAATCAAAATCGAAGATGGCGTATCGGCATTCAT
CAGCTGGAAGACTCGCTGCAAAGTCGTCATGGGATTGACCAGGCTCTCCGAGTTTCTCAA
CGACCACTTGCTTCTGCTGCTCCTCGATCTTGTAAACGATGAAACGGTATGTCCTCTTGG
CCTTCAATTCAAGAAACTTGAGTTTGCAGTCGTCGTGGACCGCCATTCCTGACGCTGCAT
TAGCCATGGCTGAATCAAACTAGTTTCTTGCTGAGACGAAGAAGCTGGAGATGGTGATGA
TGAAGTCTTTTTTTTT**ATTCGGTGTGCGTCTTTTCTCTTCCTTTTCCTCAGCTTTCT
CC

QA 3 721 3 721
DS 

RD RR1GT91TF 600 0 0
CCGTCACAGCAAACCTTAGGTAAAAGCATATCACTCGGTAACAATAGAGAAAATAAGTTC
GGTTCAACCGTTCCTCAATTGGCTCGGCTTTTGAAAACATCAAGATCCATCTCGGTTGGA
TCGGTAGCTTGAAGCTCTACTTGAATCCCGTCTAGCTCTCTCTTGAACCTGTCCTTAGAG
CTCGCGTAGATCATCTTGCTTCTCACTCTTGCCGTGTCCGGAGACCATGCAACGAAGAAG
ATCTTGCTCTTTTGGCAGTTCTCAGCAGTGACGAAATCAAAATCGAAGATGGCGTATCGG
CATTCATCAGCTGGAAGACTCGCTGCAAAGTCGTCATGGGATTGACCAGGCTCTCCGAGT
TTCTCAACGACCACTTGCTTCTGCTGCTCCTCGATCTTGTAAACGATGAAACGGTATGTC
CTCTTGGCCTTCAATTCAAGAAACTTGAGTTTGCAGTCGTCGTGGACCGCCATTCCTGAC
GCTGCATTAGCCATGGCTGAATCAAACTAGTTTCTTGCTGAGACGAAGAAGCTGGAGATG
GTGATGATGAAGTCTTTTTTTTT**ATTCGGTGTGCGTCTTTTCTCTTCCTTTTCCTC
CC

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1BN08TF 723 0 0
TACACAAAGGTAAAAGAGCACACGCCAGATCTCTTTAGTTTTAAGACAAGACTGTAAGGA
CCAAAACAAAATAAGGACAGAGACTGATAAAATGTAGCTGTTTTTGGCAGTTGCCGTCAC
AGCAAACCTTAGGTAAAAGCATATCACTCGGTGACAATAGAGAAAATAAGTTCGGTTCAA
CCGTTCCTCAATTGGCTCGGCTTTTGAAAATATCAAGATCCATCTCGGTTGGATCGGTAG
CTTGAAGCTCTACTTGAATCCCGTCTAGCTCTCTCTTGAACCTGTCCTTAGAGCTCGCGT
AGATCATCTTGCTTCTCACTCTTGCCGTGTCCGGAGACCATGCAACGAAGAAGATCTTGC
TCTTTTGGCAGTTCTCAGCAGTGACGAAATCAAAATCGAAGATGGCGTATCGGCATTCAT
CAGCTGGAAGACTCGCTGCAAAGTCGTCATGGGATTGACCAGGCTCTCCGAGTTTCTCAA
CGACCACTTGCTTCTGCTGCTCCTCGATCTTGTAAACGATGAAACGGTATGTCCTCTTGG
CCTTCAATTCAAGAAACTTGAGTTTGCAGTCGTCGTGGACCGCCATTCCTGACGC***AT
TAGCCATGGCTGAATCAAACTAGTTTCTTGCTGAGACGAAGAAGCTGGAGATGGTGATGA
TGAAGTCTTTTTTTTTT*ATTCGGTGTGCGTCTTTTCTCTTCCTTTTCCTCAGCTTTCTG
CCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 6

CO CL1214Contig1 645 6 9 U
GGGTAAATAAATAAAAGAAAAATACCCATTAAACATTTGTAAAAAAAACGTTTTTTGGGG
ATTATTAACTAACATAATGGCGCGCCTTCACGTAGCTCTCCTTATTCTCTTCATCGCCGT
CTCCACCGTCATCGTATCAGCTACTGATAAACCGTCGGTGACCACCTCTGGACCCCCAAC
CGCAACAGCTCCGACCAGTGGAGATATCGAGGTAGCAGAGGCTCCAGCAGACGACAACGC
CATCGGAACAACCGACGACGATGCGCCTGCTACTCCCGGAGATGATGATGTGGCAGTCGC
CGGACCTATCGGAAGCGAAACTTCGTACGCAAACTATCCGCCACCTCAGCAAACTTCAGG
AAGTGGCCTCACCGCTATGATTGGAACCGTTTCTATTGCTGCTACGATGGTTGGATCGCT
CTTATTTTTCTGAGGTGTGATTGGTGCATGTAATCTAAGAAATTAATATGTTTTTTT*AA
TGAATATTTTGTAATATTTTTCTTGTGTAGATGTATCATGTATAAGCATTTTGCTTGTCC
CTTCATGTATAACATTGGGACGGTACAGATCATTACAACATAAAAACTTTGTGTATGTGA
TTCATATATATGGTTTATAATACCTTGTGATATTCATAAACCGGC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1BB11TF U 1
AF RR1F731TF U 3
AF RR1AL44JQ C 22
AF RR1GZ63TFB U 22
AF RR1GZ63JQ C 111
AF RR1AL44TF U 22
BS 1 47 RR1BB11TF
BS 48 48 RR1AL44TF
BS 49 475 RR1BB11TF
BS 476 476 RR1F731TF
BS 477 581 RR1BB11TF
BS 582 632 RR1F731TF
BS 633 637 RR1GZ63TFB
BS 638 640 RR1AL44TF
BS 641 645 RR1AL44JQ

RD RR1BB11TF 581 0 0
GGGTAAATAAATAAAAGAAAAATACCCATTAAACATTTGTAAAAAAA*CGTTTTTTGGGG
ATTATTAACTAACATAATGGCGCGCCTTCACGTAGCTCTCCTTATTCTCTTCATCGCCGT
CTCCACCGTCATCGTATCAGCTACTGATAAACCGTCGGTGACCACCTCTGGACCCCCAAC
CGCAACAGCTCCGACCAGTGGAGATATCGAGGTAGCAGAGGCTCCAGCAGACGACAACGC
CATCGGAACAACCGACGACGATGCGCCTGCTACTCCCGGAGATGATGATGTGGCAGTCGC
CGGACCTATCGGAAGCGAAACTTCGTACGCAAACTATCCGCCACCTCAGCAAACTTCAGG
AAGTGGCCTCACCGCTATGATTGGAACCGTTTCTATTGCTGCTACGATGGTTGGATCGCT
CTTATTTTTCTGAGGTGTGATTGGTGCATGTAATCTAAGAAATTAATATGTTTTTCT*AA
TGAATATTTTGTAATATTTTTCTTGTGTAGATGTATCATGTATAAGCATTTTGCTTGTCC
CTTCATGTATAACATTGGGACGGTACAGATCATTACAACAT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1F731TF 630 0 0
GG
AAATAAATAAAAGAAAAATACCCATTAAACATTTGTAAAAAAA*CGTTTTTTGGGGATTA
TTAACTAACATAATGGCGCGCCTTCACGTAGCTCTCCTTATTCTCTTCATCGCCGTCTCC
ACCGTCATCGTATCAGCTACTGATAAACCGTCGGTGACCACCTCTGGACCCCCAACCGCA
ACAGCTCCGACCAGTGGAGATATCGAGGTAGCAGAGGCTCCAGCAGACGACAACGCCATC
GGAACAACCGACGACGATGCGCCTGCTACTCCCGGAGATGATGATGTGGCAGTCGCCGGA
CCTATCGGAAGCGAAACTTCGTACGCAAACTATCCGCCACCTCAGCAAACTTCAGGAAGT
GGCCTCACCGCTATGATTGGAACCGTTTCTATTGCTGCTACGATGGTTGGATCGCTCTTA
TTTTTCTGAGGTGTGATTGGTGCATGTAATCTAAGAAATTAATATGTTTTTTT*AATGAA
TATTTTGTAATATTTTTCTTTTGTAGATGTATCATGTATAAGCATTTTGCTTGTCCCTTC
ATGTATAACATTGGGACGGTACAGATCATTACAACATAAAAACTTTGTGTATGTGATTCA
TATATATGGTTTATAATACCTTGTGATA

QA 3 630 3 630
DS 

RD RR1AL44JQ 624 0 0
ATACCCATTAAACATTTGTAAAAAAAACGTTTTTTGGGGATTATTAACTAACATAATGGC
GCGCCTTCACGTAGCTCTCCTTATTCTCTTCATCGCCGTCTCCACCGTCATCGTATCAGC
TACTGATAAACCGTCGGTGACCACCTCTGGACCCCCAACCGCAACAGCTCCGACCAGTGG
AGATATCGAGGTAGCAGAGGCTCCAGCAGACGACAACGCCATCGGAACAACCGACGACGA
TGCGCCTGCTACTCCCGGAGATGATGATGTGGCAGTCGCCGGACCTATCGGAAGCGAAAC
TTCGTACGCAAACTATCCGCCACCTCAGCAAACTTCAGGAAGTGGCCTCACCGCTATGAT
TGGAACCGTTTCTATTGCTGCTACGATGGTTGGATCGCTCTTATTTTTCTGAGGTGTGAT
TGGTGCATGTAATCTAAGAAATTAATATGTTTTTTT*AATGAATATTTTGTAATATTTTT
CTTGTGTAGATGTATCATGTATAAGCATTTTGCTTGTCCCTTCATGTATAACATTGGGAC
GGTACAGATCATTACAACATAAAAACTTTGTGTATGTGATTCATATATATGGTTTATAAT
ACCTTGTGATATTCATAAACCGGC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1GZ63TFB 623 0 0
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GCGCCTTCACGTAGCTCTCCTTATTCTCTTCATCGCCGTCTCCACCGTCATCGTATCAGC
TACTGATAAACCGTCGGTGACCACCTCTGGACCCCCAACCGCAACAGCTCCGACCAGTGG
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TGCGCCTGCTACTCCCGGAGATGATGATGTGGCAGTCGCCGGACCTATCGGAAGCGAAAC
TTCGTACGCAAACTATCCGCCACCTCAGCAAACTTCAGGAAGTGGCCTCACCGCTATGAT
TGGAACCGTTTCTATTGCTGCTACGATGGTTGGATCGCTCTTATTTTTCTGAGGTGTGAT
TGGTGCATGTAATCTAAGAAATTAATATGTTTTTTTTAATGAATATTTTGTAATATTTTT
CTTGTGTAGATGTATCATGTATAAGCATTTTGCTTGTCCCTTCATGTATAACATTGGGAC
GGTACAGATCATTACAACATAAAAACTTTGTGTATGTGATTCATATATATGGTTTATAAT
ACCTTGTGATATTCAT
AAAAAAA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1GZ63JQ 527 0 0
TCATCGCCGTCTCCACCGTCATCGTATCAGCTACTGATAAACCGTCGGTGACCACCTCTG
GACCCCCAACCGCAACAGCTCCGACCAGTGGAGATATCGAGGTAGCAGAGGCTCCAGCAG
ACGACAACGCCATCGGAACAACCGACGACGATGCGCCTGCTACTCCCGGAGATGATGATG
TGGCAGTCGCCGGACCTATCGGAAGGGAAACTTCGTACGCAAACTATCCGCCACCTCAGC
AAACTTCAGGAAGTGGCCTCACCGCTATGATTGGAACCGTTTTTATTGCTGCTACGATGG
TTGGATCGCTCTTATTTTTTTGAGGTGTGATTGGTGCATGTAATTTAAGAAATTAATATG
TTTTTTTTAATGAATATTTTGTAATATTTTTCTTGTGTAGATGTATCATGTATAAGCATT
TTGCTTGTCCCTTCATGTATAACATTGGGACGGTACAGATCATTACAACATAAAAACTTT
GTGTATGTGATTCATATATATGGTTTATAATACCTTGTGATATTCAT

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1AL44TF 624 0 0
ATACCCATTAAACATTTGTAAAAAAAACGTTTTTTGGGGATTATTAACTAACATAATGGC
GCGCCTTCACGTAGCTCTCCTTATTCTCTTCATCGCCGTCTCCACCGTCATCGTATCAGC
TACTGATAAACCGTCGGTGACCACCTCTGGACCCCCAACCGCAACAGCTCCGACCAGTGG
AGATATCGAGGTAGCAGAGGCTCCAGCAGACGACAACGCCATCGGAACAACCGACGACGA
TGCGCCTGCTACTCCCGGAGATGATGATGTGGCAGTCGCCGGACCTATCGGAAGCGAAAC
TTCGTACGCAAACTATCCGCCACCTCAGCAAACTTCAGGAAGTGGCCTCACCGCTATGAT
TGGAACCGTTTCTATTGCTGCTACGATGGTTGGATCGCTCTTATTTTTCTGAGGTGTGAT
TGGTGCATGTAATCTAAGAAATTAATATGTTTTTTT*AATGAATATTTTGTAATATTTTT
CTTGTGTAGATGTATCATGTATAAGCATTTTGCTTGTCCCTTCATGTATAACATTGGGAC
GGTACAGATCATTACAACATAAAAACTTTGTGTATGTGATTCATATATATGGTTTATAAT
ACCTTGTGATATTCATAAA
CCGGC

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 6

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TGAGATTATACATCAAAATGGGTTATTTGACAAAATTATTTTCCATAGATTCTAAAGAAC
CTATCATAACAAAAAAGAGTTTTGTTATCTCGTAGAGCCCCTCCTCAATATATATATATA
TTTACTGCAAGAGAAGAGCCAAGAAGGCGGAGAATGATGCAGCAACGATGGAGCCAACCA
CCGGAAAAGCCACGGTGGCAGAGGAAGCACCTGGTGCTGGTGCTGGAGACTCCATGGTAG
CTGCTGTGGCTGAGCTCACTAACACAACCGAGACAAAGAGGGCGACAAAGAAGTTGTTGA
TGTTCTTCATTGCCATTATTTCTTTTTT*GTTTATTTTGTTGATGTTAGTTTTGTATTTT
TCTTTTTGGATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 

AF RR1F990JQ U 1
AF RR1F990TF C 1
AF RR1AX77JQ U 133
AF RR1BQ06JQ U 133
AF RR1BQ06TF C 133
AF RR1AX77TF C 133
BS 1 274 RR1F990JQ
BS 275 275 RR1AX77JQ
BS 276 331 RR1F990JQ
BS 332 332 RR1AX77JQ
BS 333 553 RR1F990JQ

RD RR1F990JQ 553 0 0
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ACAAAGCAATAAAGTTACTAATCAGATTTATAAAATCTGATCAACAAGCGCTTATATAGG
ACAATATTATTTTATTATTATCATATACTCATAAAAGTATTAGTGTAATAACTTATACAA
TGAGATTATACATCAAAATGGGTTATTTGACAAAATTATTTTCCATAGATTCTAAAGAAC
CTATCATAACAAAAAAGAGTTTTGTTATCTCGTAAAGCCCCTCCTCAATATATATATATA
TTTACTGCAAGAGAAGAGCCAAGAAGGCGGAAAATGATGCAGCAACGATGGAGCCAACCA
CCGGAAAAGCCACGGTGGCAGAGGAAGCACCTGGTGCTGGTGCTGGAGACTCCATGGTAG
CTGCTGTGGCTGAGCTCACTAACACAACCGAGACAAAGAGGGCGACAAAGAAGTTGTTGA
TGTTCTTCATTGCCATTATTTCTTTTTT*GTTTATTTTGTTGATGTTAGTTTTGTATTTT
TCTTTTTGGATCC

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1F990TF 553 0 0
AGAAAGAAACACTAAACTCAACTTTTTCATGCAGCCATTTTGTGTATAAAGATATTAATC
ACAAAGCAATAAAGTTACTAATCAGATTTATAAAATCTGATCAACAAGCGCTTATATAGG
ACAATATTATTTTATTATTATCATATACTCATAAAAGTATTAGTGTAATAACTTATACAA
TGAGATTATACATCAAAATGGGTTATTTGACAAAATTATTTTCCATAGATTCTAAAGAAC
CTATCATAACAAAAAAGAGTTTTGTTATCTCGTAGAGCCCCTCCTCAATATATATATATA
TTTACTGCAAGAGAAGAGCCAAGAAGGCGGAGAATGATGCAGCAACGATGGAGCCAACCA
CCGGAAAAGCCACGGTGGCAGAGGAAGCACCTGGTGCTGGTGCTGGAGACTCCATGGTAG
CTGCTGTGGCTGAGCTCACTAACACAACCGAGACAAAGAGGGCGACAAAGAAGTTGTTGA
TGTTCTTCATTGCCATTATTTCTTTTTT*GTTTATTTTGTTGATGTTAGTTTTGTATTTT
TCTTTTTGGATCC

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1AX77JQ 421 0 0
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CCATTATTTCTTTTTT*GTTTATTTTGTTGATGTTAGTTTTGTATTTTTCTTTTTGGATC
C

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1BQ06JQ 421 0 0
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AAAGGGCCAAGAAGGCGGAAAATGATGCAGCAACGATGGAGCCAACCACCGGAAAAGCCA
CGGTGGCAGAGGAAGCACCTGGTGCTGGTGCTGGAAACTCCATGGTAGCTGCTGTGGCTG
AGCTCACTAACACAACCGAAACAAAGAGGGCGACAAAAAAGTTGTTGATGTTCTTCATTG
CCATTATTTCTTTTTTTGTTTATTTTGTTGATGTTAGTTTTGTATTTTTCTTTTTGGATC
C

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1BQ06TF 421 0 0
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TCAAAATGGGTTATTTGACAAAATTATTTTCCATAGATTCTAAAGAACCTATCATAACAA
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GAAGGGCCAAGAAGGCGGAGAATGATGCAGCAACGATGGAGCCAACCACCGGAAAAGCCA
CGGTGGCAGAGGAAGCACCTGGTGCTGGTGCTGGAGACTCCATGGTAGCTGCTGTGGCTG
AGCTCACTAACACAACCGAGACAAAGAGGGCGACAAAGAAGTTGTTGATGTTCTTCATTG
CCATTATTTCTTTTTTTGTTTATTTTGTTGATGTTAGTTTTGTATTTTTCTTTTTGGATC
C

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1AX77TF 421 0 0
TATTATTATCATATACTCATAAAAGTATTAGTGTAATAACTTATACAATGAGATTATACA
TCAAAATGGGTTATTTGACAAAATTATTTTCCATAGATTCTAAAGAACCTATCATAACAA
AAAAGAGTTTTGTTATCTCGTAGAGCCCCTCCTCAATATATATATATATTTACTGCAAGA
GAAGAGCCAAGAAGGCGGAGAATGATGCAGCAACGATGGAGCCAACCACCGGAAAAGCCA
CGGTGGCAGAGGAAGCACCTGGTGCTGGTGCTGGAGACTCCATGGTAGCTGCTGTGACTG
AGCTCACTAACACAACCGAGACAAAGAGGGCGACAAAGAAGTTGTTGATGTTCTTCATTG
CCATTATTTCTTTTTT*GTTTATTTTGTTGATGTTAGTTTTGTATTTTTCTTTTTGGATC
C

QA 1 421 1 421
DS 



AS 2 5

CO CL1216Contig1 1011 3 18 U
GCGAATCAAGTTTAAAGTATATAAACGGATGATGATAATATGAGCAGTCTCATAACAGGT
TTGCATACTACAGAAGTACAAAATGTGTCGAAGTTTCTCTTTTGAAAGAAAGAAGATATT
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TAGCCTTAGGTTCCTCCTGTCTCTTTACCATAGCTTGTTCTTGACCCAGAAAAGAAGGAA
AACTACACCCAACACGATCGCTACTGGTGCCCATTTCCTGATCAAAGCCTGACGATTCAA
ATCTTTAGCTTTATCAGCATATATACGAGATTCAGAAGTTAGCCTACTCGACATCTCGCT
CACCTGGTCCAGCTTTTCACCAACACCTAAGACTTCCTGCACATTCCGCGTCATTATCTG
ATGGACCTCATAGAGTTCATCATTCAACTTGGCGATATTTCGTTGCGTACGAGTGTCTTG
GTACAGTTTCTTGGTTTTCTGTATGAAAGTATCAAATTTAATAAAAGCATAAGGTATAGC
AGCAGTTTCAATGTTAGGCCCATTGACACGTTCGAACTCATTCTTGAGATCTTCCAGGTA
CTGGAACGCGAGTTTCTTCGGGTAAGAGCGGTCACACATCGTCAAGTAGCAAACACGTCC
TTCTATGATGTAATGGAAAACATAAGGGCCAGTTTCAACAGACATTCGTGAAGCTTCGTT
ATGACCTCGGGAGAGATTCTTGAACAGAGACTTAACCTGTTGCTTATACATGTCGGAATC
TGGCAAGTCACGACCATCGTCGAGTCCCTCTGCTAGAGGCAAACCGTCAGTAACACGAGC
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TCACTGCAACTGGTACGAGTGTTCAAATGCTTCTTCTCGATTCAAGGATCTGAGAGCCAG
AACCAGAAGATAGACGATGATCCAAGGAGAGTGAATTATTGTCTTTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1E631JQ U 15
AF RR1AW20JQ U 1
AF RR1E631TF C 401
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TTTTCTGTATGAAAGTATCAAATTTAATAAAAGCATAAGGTATAGCAGCAGTTTCAATGT
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TCTTCGGGTAAGAGCGGTCACACATCGTCAAGTAGCAAACACGTCCTTCTATGATGTAAT
GGAAAACA

QA 1 668 1 668
DS 

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TTGCATACTACAGAAGTACAAAATGTGTCGAAGTTTCTGTTTTGAAAGAAAGAAGATATT
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TAGCCTTAGGTTCCTCCTGTCTCTTTACCATAGCTTGTTCTTGACCCAGAAAAGAAGGAA
AACTACACCCAACACGATCGCTACTGGTGCCCATTTCCTGATCAAAGCCTGACGATTCAA
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ATGACCTCGGGAGAGATTCTTGAACAGAGACTTAACCTGTTGCTTATACATGTCTGAATC
TGGCAAGTCACGACCA

QA 1 796 1 796
DS 

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ACATTCCGCGTCATTATCTGATGGACCTCATAGAGTTCATCATTCAACTTGGCGATATTT
CGTTGCGTACGAGTGTCTTGGTACAGTTTCTTGGTTTTCTGTATGAAAGTATCAAATTTA
ATAAAAGCATAAGGTATAGCAGCAGTTTCAATGTTAGGCCCATTGACACGTTCGAACTCA
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GTCAAGTAGCAAACACGTCCTTCTATGATGTAATGGAAAACATAAGGGCCAGTTTCAACA
GACATTCGTGAAGCTTCGTTATGACCTCGGGAGAGATTCTTGAACAGAGACTTAACCTGT
TGCTTATACATGTTGGAATCTGGTAAGTCACGACCATCGTCGAGTCCCTCTGCTAGAGGC
AAACCGTCAGTAACACGAGCTATCAATGTCATCTTCACCATCTCCGCCCTGGTTCCTTCT
TCTCCAATTACAAAAAAATCTCACTGCAACTGGTACGAGTGTTCAAATGCTTCTTCTCGA
TTCAAGGATCTGAGAGCCAGAACCAGAAGATAGACGATGATCCAAGGAGAGTGAATTATT
GTCTTTATTCC

QA 1 611 1 611
DS 



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GGAAAGACAATAATTCACTCCTCTGGATCATCGTCTATCTTCTGGTTCTGGTTCTCAGAT
CCTTGAATCGAGAAGAAGCATTTGAACACTCGTATCAGGTTAGTTCAAAATCTGGACTTG
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AACTGGCCCTTATGTTTTCCAGTATCCTTCTCAACATCTCCAATCGATTTCGATAGATTT
TTCATGTTGATATTTGATTTTAAGAGTAGTTGCATCTGTCTCTATCTACAGTAGTCTCTC
TTTCTCGTTTGCACCAGTTAATTGCCTTATCATGTGTGATTATTTGTCATGTGCATATCC
ATCCATGTCATTCCTTGATCAGAGAACTTCAGTTACATCATAGAAGGACGTGTTTGCTAC
TTGACGATGTGTGACCGCTCTTACCCGAAGAAACTCGCGTTCCAGTACCTGGAAGATCTC
AAGAATGAGTTCGAACGTGTCAATGGGCCTAACATTGAAACAGCTGCTAGACCTTATGCT
TTTATTAAATTTGATACTTTCATACAGAAAACCAAGAAACTGTACCAAGACACTCGTACG
CAACGAAATATCGCCAAGTTGAATGATGAACTCTATGAGGTCCATCAGATAATGACGCGG
AATGTGCAGGAAGTCTTAGGTGTTGGTGAAAAGCTGGACCAGGTGAGCGAGATGTCGAGT
AGGCTAACTTCTGAATCTCGTATATATGCCGATAAAGCTAAAGATTTGAATCGCCAGGCT
TTGATCAGGAAATGGGCACCAGTAGCGATCGTGTTGGGTGTAGTTTTCCTTCTTTTCTGG
GTCAAGAACAAGCTATGGTAAAGAGACAGGAGGAACCTAAGGCTATTTTCGTAATTTAGC
AGACTTTTCCGGACATATATATCAGCCTGATTCCGGCGCCACCAAAATATCTTCTTTCTT
TCAAAACAGAAACTTCGACACATTTTGTACTTCTGTAGTATGCAAACTGTTATGAGACTG
CTCATATTATCATCATCCGTTTATACACTTTAAACTTGATTCTCAAATTTCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GW16TF U 1
AF RR1GW16JQ C 562
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ATCCATGTCAT

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DS 

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ATTTTGTACTTCTGTAGTATGCAAACTGTTATGAGACTGCTCATATTATCATCATCCGTT
TATACACTTTAAACTTGATTCTCAAATTTCTC

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 6

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AGTTTAATTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F040TF U 1
AF RR1DE89TF U 1
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GGAAAAACGCATTTTCAAGTTTCTTGAGAATACCAAGCTCCTCCTCCTCTAGCACAAGCG
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GG
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DS 

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DS 

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DS 

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TTTTTCAATCCGCATATGTTTATAAAGGATGATGTGGTAGTGGTTGTAAGTATATGAGTT
TAATTTG

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 6

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AACAAAGCTATAACTAGCTCTCCTTTTCCATCCAAGCATCAATGAATCACAATTCGCTAC
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CCATTCACAGCCGCCGCTTGAGAAGTCAGTAGTTCTTATCCCATCATTCCTCTCGGAGAA
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*AGAAAGTGAAAAGGGAACCCAGAGTCTTCGCTAGGTCTCTGATTAGGAAGAGATTCCGG
TTCGTAGTTTTAGAAAGTGAAAAGGGAACCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AGCGGCGCCAGCAGCGGCTGCGGCGGCAGAAGCAGCAGCAGATTTAATCTTATCCTTGTC
CAGTTCAGCTTTGAGATCCCACAGAGTCAATTCCACATTTCTGACCCTATCATCGAGTTC
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TTTAGAATTGAACCATTCGAGCTTGAAGCCTGTTGCTTCCTCCAGCACATTCAGCTCGCT
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CATTCCTCTCGGAGAAGTTGTCTATCTCCCAAGTCAAGGTATCCTCCATCTGTAGATCTC
TCCTGATCGAAGCGGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCTTCGCTAGGTCTCTGAT
TAGGAAGAGATTCCGGTTCGTAGTTTTAGAAAGTGAAAAGGGAACCC

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DS 



AS 2 6

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN05JQ U 10
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AAGAATCTCTAACTCTCCGACCACCATCAGAACTAAACATAACCCAAATCTCTCTCCCAT

QA 8 247 8 247
DS 

RD RR1EN05TF 735 0 0
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AAACCCTAATTCTAGGAATCAAGAACATACCATGCGCCACCAGATCTAGCAGTGTTACCA
TTACCTTCATGACCAGAAGAATCTCTAACTCTCCGACCACCATCAGAACTAAACATAACC
CAAATCTCTCTCCCATCGTTTCTTTTCTTCTCAACCCCATCTCCCTCAACAGGCATCTCG
TGCCTACAAACAGGACACGACCCATGAAACCCTAACCATTTCTCTATGCAACCTCCATGG
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QA 1 735 1 735
DS 



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TCTTAGGCTTCTCAGATGGAAACGACAACGTTGTTTCGTGGCGTGAGAGAATCATTCTAG
TCAACCCTTTTACACAAGGAATGATCGTCCTCGAGGAGTCATCAGGATCGAATCCTCTAC
TTCGTGACTTACTTGAGTCACGCGAGGAAGGTCATCCTCCAGCGTCCAAGGCTTCCATCG
ATGCGATGCGGGTCGTTGATACCGACGGCTGGGGAGGAGTGTGTGTGATCTGTTTGGAGG
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TTTCTTGAATTTCATGTATTTAATTTTGGTATTTTCAAAAACTTTTTTTACTTTTCCACC
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TTAGCATATCTTATTAAAAGGCTCAGGTTTCTTGTAACCCAATAGACTAGTCCTATTTTT
TGGACTTGGAACATGTTTCCACAACCTTGAAACTATTTAAACTCAGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI13TF U 1
AF RR1G206TF U 43
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AF RR1G206JQ C 227
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GATGGAAGGAGGAGGATACGGTGAAGGATATGCCGTGTAAGCATAGGTTTCATGGAGGTT
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GTTCTGATGGTGGTCGGAGAGTTAGAGATTCTTCTGGTCATGACGGTAATGGTAACACTG
CTGGATCTGGTGGCACATGATGTGTTTTTGATTCCTAGAATTAGGGTTTAAAATAAACTT
ATGTAAAAAGCCTTGTGCCTTTTTTTTTT*ATTTTCTTCCATGAAGACTTAGGG

QA 1 714 1 714
DS 

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GG
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CTCTTTTTGCCTTCCCTCTTAGGCTTCTCAGATGGAAACGACAACGTTGTTTCGTGGCGT
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GGATCGAATCCTCTACTTCGTGACTTACTTGAGTCACGCGAGGAAGGTCATCCTCCAGCG
TCCAAGGCTTCCATCGATGCGATGCGGGTCGTTGATACCGACGGCTGGGGAGGAGTGTGT
GTGATCTGTTTGGAGGGATGGAAGGAGGAGGATACGGTGAAGGATATGCCGTGTAAGCAT
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AGGCACGAGATGCCTGTTGAGGGAGATGAGGTTGAGAAGAAAAGAAACGATGGGAGAGAG
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QA 3 627 3 627
DS 

RD RR1GI13JQ 356 0 0
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CCTGTTGAGGGAGATGAGGTTGAGAAGAAAAGAAACGATGGGAGAGAGACTTGGGTTATG
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ACTTATGTAAAAAGCCTTGTGCCTTTTTTTTTTTATTTTTTTCCATGAAGACTTAGGGTT
TTTGTTTCTTGAATTTCATGTATTTAATTTTGGTATTT
TCAAAAACTTTTTTTACT

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR1G206JQ 724 0 0
ATC
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GGCTTCCATCGATGCGATGCGGGTCGTTGATACCGACGGCTGGGGAGGAGTGTGTGTGAT
CTGTTTGGAGGGATGGAAGGAGGAGGATACGGTGAAGGATATGCCGTGTAAGCATAGGTT
TCATGGAGGTTGCATAGAGAAATGGCTAGGGCTTCATGGGTCGTGTCCTGTTTGTAGGCA
CGAGATGCCTGTTGAGGGAGATGAGGTTGAGAAGAAAAGAAACGATGGGAGAGAGACTTG
GGTTATGTTTAGTTCTGATGGTGGTCGGAGAGTTAGAGATTCTTCTGGTCATGACGGTAA
TGGTAACACTGCTGGATCTGGTGGCACATGATGTGTTTTTGATTCCTAGAATTAGGGTTT
AAAATAAACTTATGTAAAAACCCTTGTCCCTTTTTTTTTT*ATTTTCTTCCATGAAGACT
TAGGGTTTTTGTTTCTTGAATTTCATGTATTTAATTTTGGTATTTTCAAAAACTTTTTTT
ACTTTTCCACCCACAAGAATCTATGTAATATATATATGGACGGATAATGCATAGACACGA
TGTAGTATATTTTAGCATATCTTATTAAAAGGCTCAGGTTTCTTGTAACCCAATAGACTA
GTCCTATTTTTTGGACTTGGAACATGTTTCCACAACCTTGAAACTATTTAAACTCAGACC
C

QA 4 724 4 724
DS 



AS 1 4

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AATAAAATAACATACACGTAACACGCCTGAAGCTACATATATCTCTTCCAACAGTCAGTT
AGGTATCACATTTTTGATATTTTAAGAATTTGACATTTTTATGCACAAGAACAAACCAAA
CCAAACTTTGAATCTAAAAGGACAAGCAGTATATCTTCTCTTCTTCAGCAAAACAGAACA
CTTTTACTCCCCCAGAAAGAATATGCAATCGGACTCTAGCGACCCGAGAAAACGAGTACA
AGAACGGTGATCACAAGTGCAACAGTGAATATCAACGCAGCAATAGCAGAGGCAGCAAGA
CCAGATCTTTCCCGAGGATCTCTACGGTAATAGTTGGAGAGATAAAGAAATGTGGCAAAG
TACCACGCAAAAGGGAAGACGAATCCAAGAAGAAACGAGAACCATCCGATTCCAAAACCG
AAGCAAGGAAGAGGCTTATAGAAGAGTCCTCCTAACTCAGTGGTGTCCTCCTCATCAGCG
TCACGGATCAGAATATACTTGCCCTTCTTCTTTTCCTCTAAATTCTCGTTCATGGCGAAT
GAATTATACGGAGTACTATTTATTCTCGCCGGTTAAAGAAACTCCCCTGTTAAGACATTA
CTGATGTAAGAAAGACAAAAGCTGGTTCCTTTGGATACCCAACATTTGGGAATGTCGGAA
GATTATGAAGGATGATCCAATTACAGAAAGAACAACGAATTGACAATAAAAAAATACTAC
AAGTCTGAGAAAGCAATCGAGAAAAAAGAGAGACGAAAAA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AGTACAAGAACGGTGATCACAAGTGCAACAGTGAATATCAACGCAGCAATAGCAGAGGCA
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CTTTTACTCCCCCAGAAAGAATATGCAATCGGACTCTAGCGACCCGAGAAAACGAGTACA
AGAACGGTGATCACAAGTGCAACAGTGAATATCAACGCAGCAATAGCAGAGGCAGCAAGA
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TCACGGATCAGAATATACTTGCCCTTCTTCTTTTCCTCTAAATTCTCGTTCATGGCGAAT
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DS 

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AAAATAACATACACGTAACACGCCTGAAGCTACATATATCTCTTCCAACAGTCAGTTAGG
TATCACATTTTTGATATTTTAAGAATTTGACATTTTTATGCACAAGAACAAACCAAACCA
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TTACTCCCCCAGAAAGAATATGCAATCGGACTCTAGCGACCCGGGAAAACGAGTACAAGA
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CTCTTAAAGGGACGAACGAT

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DS 

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CTAGCGACCCGAGAAAACGAGTACAAGAACGGTGATCACAAGTGCAACAGTGAATATCAA
CGCAGCAATAGCAGAGGCAGCAAGACCAGATCTTTCCCGAGGATCTCTACGGTAATAGTT
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CGAATTGACAATAAAAAAATACTACAAGTCTGAGAAAGCAATCGAGAAAAAAGAGAGACG
AAAAA

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 5

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TCATTTTCTTGTAGGGCTATGGGAGCCCTAATATTGGGTTGCCTTCTCCTGCAAGCATCA
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ATCGTTGGGAAAGTCATCGTCGAAGAATTGGGGAGTGATCCTCGTATTGCTGCTAGCCTC
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CTTCGTCAAGGGAAAGGTGTAATCCAGAGCGATCAAGAACTCTTCTCGACTCCAGGAGCC
GACACAATTCGACTGGTGGAACTATACAGCAAAAACACGTTCGAGTTCTTTACGGCATTC
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TAATGAAAGTTGGCAAAAAGTTGACACT


BQ
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15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1F340TF U 1
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AF RR1FD39TF U 760
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TGGCCGGTTTCACTGGGGAGGAAAGACGGGTTCGAGGCTTTCTTTGATCTATCTAATACA
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CTAAACCGCACCTCAGATCTAGTTGCTCTTTCTGGCGCTCACACATTTGGAAGAGCACAA
TGTATAGTAATCACACCTCGTCTCTACA
CTTC

QA 1 688 1 688
DS 

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G
CCGAACTCCGTAATCTGTGCCCTGAAAACGGGAACCCGACAGTTCTAGCCAACTTTGACC
GAGCGACTCCAAATACTTTCGATAGTCATTACTACACCAATCTTCGTCAAGGGAAAGGTG
TAATCCAGAGCGATCAAGAACTCTTCTCGACTCCAGGAGCCGACACAATTCGACTGGTGG
AACTATACAGCAAAAACACGTTCGAGTTCTTTACGGCATTCTCTAAATCAATGGTTCGGA
TGGGAAAACTTAAGCCTTTGACTGGAACTCAAGGCGAGGTAAGACTGAATTGCAGGGTTG
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TATGTCGAGGTTATGGATATGTAAGAAAGTATACAATGCGTGGGGGAACTTTATATGTAT
TTAGACTTAAATAAATGTCGTATCGAGTTTTGTATT

QA 2 457 2 457
DS 

RD RR1F340JQ 714 0 0
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TCAAAACAGTTTTTAGTGACGCTGGTCTAAACCGCACCTCAGATCTAGTTGCTCTTTCTG
GCGCTCACACATTTGGAAGAGCACAATGTATAGTAATCACACCTCGTCTCTACAACTTCA
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TGTGCCCTGAAAACGGGAACCCGACAGTTCTAGCCAACTTTGACCGAGCGACTCCAAATA
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CTTTGACTGGAACTCAAGGCGAGGTAAGACTGAATTGCAGGGTTGTGAACTCGAGAACTA
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TGTCGTATCGAGTTTTGTATTAAAAATAATGAAAGTTGGCAAAAAGTTGACACT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1DE75JQ 632 0 0
ATTGCT
TCTAAACCGCACCTCAGATCTAGTTGCTCTTTCTGGCGCTCACACATTTGGAAGAGCACA
ATGTATAGTAATCACACCTCGTCTCTACAACTTCAACGGTACCAATAAACCTGACCCAAG
TATAAACCCAACCTTCCTCACCGAACTCCGTAATCTGTGCCCTGAAAACGGGAACCCGAC
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TCTTCGTCAAGGGAAAGGTGTAATCCAGAGCGATCAAGAACTCTTCTCGACTCCAGGAGC
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AAGACTGAATTGCAGGGTTGTGAACTCGAGAACTAGGGGTGTGGAGAATGAAGATGATGG
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TGGGGGAACTTTATATGTATTTAGACTTAAATAAATGTCGTATCGAGTTTTGTATTAAAA
ATAATGAAAGTTGGCAAAAAGTTG
AC

QA 7 630 7 630
DS 

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G
CTGAAAACGGGAACCCGACAGTTCTAGCCAACTTTGACCGAGCGACTCCAAATACTTTCG
ATAGTCATTACTACACCAATCTTCGTCAAGGGAAAGGTGTAATCCAGAGCGATCAAGAAC
TCTTCTCGACTCCAGGAGCCGACACAATTCGACTGGTGGAACTATACAGCAAAAACACGT
TCGAGTTCTTTACGGCATTCTCTAAATCAATGGTTCGGATGGGAAAACTTAAGCCTTTGA
CTGGAACTCAAGGCGAGGTAAGACTGAATTGCAGGGTTGTGAACTCGAGAACTAGGGGTG
TGGAGAATGAAGATGATGGAGTTGTGAGCTCGATTTAATTATGTCGAGGTTATGGATATG
TAAGAAAGTATACAATGCGTGGGGGAACTTTATATGTATTTAGACTTAAATAAATGTCGT
ATCGAGTTTTGTATTAAAAATAATGAAAGTTGGCAAAAAGTTG
GC

QA 2 464 2 464
DS 



AS 1 6

CO CL1222Contig1 1191 6 17 U
GGATAAACGATACTCATTCACTCACATTCGATCGGAAATAGAGGTAATACTCAGTGATCA
GGCGCACACACACATACACATACACATACACATACACAGACATAAACACACATTACTCAA
CCATTACAAGTTCGAACTTTTACTTTTTACATATATGAAACTCGCCTCTTGGACGTTGTA
CATTAGGTGCTTCTATGAAATCTCTTCAGGAGAAGTGACTGAGATACTCGTCAATGCTCG
TGTACTTAACATCAGGGTAAAGCTCAGAGGCTTCAAGACCATACGAAGGTTCTATAGTGA
AATTGGTCTGATCTCCCTTCACAAAAACCGAGTGGTTTATGGCGAGAAGAACATTGATAG
GAACTGGAGACTCTTGGATGAGTTTAAGGACTTGCTCCTCTGGGATGTGAGTCTTCTCAA
GAGACTTGCCGATCTTGGTCTCCCACAAGGCGACCATTTCATTCATCGACAAAGTGTTCT
TAGGAGGATTAATGTAAAGGATTTTGTTAAGAGTCCTTGGATCATCCACCGTCTTGATTG
TGTAAGCAGCAATATCTTCCTCCTTGTTGATCACAGCTTTGGCATTTCCATCGCCCAGTA
TGGTGACTTTCTCTCTAGGAGGAGAAGTGAGACCAGGCTCAAACTGAATCAACGTGGGCA
AGTAATAACCAGCAAAGCAATTGTTAACAACGTAAGTGTATGGTACTCCTTCTGCTTCGA
TGGCTCTCCTAATCTGAATCTTCACTGAAAAAGCAGTTTTTGCCGGCTCAACCGCACTTG
TTCTGTCCACGTCCGTCCCAAACTCAGACGGCAAGAATCTCTTGACGTTACCAGCTTCTT
TGATAGCAGAAATGACCTTGGTTTGATCCAAGATTTGCATGCTTCCAATACTCGATATCA
CCACATCAACCTGTTTTATTGCCTTCAGTAGGCTCTCGTGATCGTTCACATCTCCTTGTA
GTATTGTCACGCCGAGATCTTTAAAGTTCTGGACGGTTTTGCTCTTCACTGGGTCGGAAA
GAGAAGCTTCTCTAACGAGAGCGAATGTTTTGTGGCCAGACTTGGCGCTTTCTGCGACGA
TGAACTTTCCAATGTAACCAGTTCCTCCGATCACGAGAATCTTGCTTTTCTCAGTCGCCA
TGTTTCTTGACAATAAGTGAGTAATGCGATTTGAATGGTATAGAGAGAATC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F685JQ U 2
AF RR1F685TF C 27
AF RR1EI49JQ U 1
AF RR1EK24JQ U 1
AF RR1EI49TF C 534
AF RR1AN66TF C 583
BS 1 52 RR1EI49JQ
BS 53 53 RR1F685JQ
BS 54 63 RR1EI49JQ
BS 64 65 RR1F685JQ
BS 66 210 RR1EI49JQ
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BS 1163 1191 RR1AN66TF

RD RR1F685JQ 618 0 0
GG
TAAACGATACTCATTCACTCACATTCGATCGGAAATAGAGGTAATACTCAGTGATCAGGC
GCACACACACATACACATACACATACACATACACAGACATAAACACACATTACTCAACCA
TTACAAGTTCGAACTTTTACTTTTTACATATATGAAACTCGCCTCTTGGACGTTGTACAT
TAGGTGCTTCTATGAAATCTCTTCAGGAGAAGTGACTGAAATACTCGTCAATGCTCGTGT
ACTTAACATCAGGGTAAAGCTCAGAGGCTTCAAGACCATACGAAGGTTCTATAGTGAAAT
TGGTCTGATCTCCCTTCACAAAAACCGAGTGGTTTATGGCGAGAAGAACATTGATAGGAA
CTGGAGACTCTTGGATGAGTTTAAGGACTTGCTCCTCTGGGATGTGAGTCTTCTCAAGAG
ACTTGCCGATCTTGGTCTCCCACAAGGCGACCATTTCATTCATCGACAAAGTGTTCTTAG
GAGGATTAATGTAAAGGATTTTGTTAAGAGTCCTTGGATCATCCACCGTCTTGATTGTGT
AAGCAGCAATATCTTCCTCCTTGTTGATCACAGCTTTGGCATTTCCATCGCCCAGTATGG
TGACCTTCTCTCTAGG

QA 3 618 3 618
DS 

RD RR1F685TF 632 0 0
TTCGATCGGAAATAGAGGTAATACTCAGTGATCAGGCGCACACACACATACACATACACA
TACACATACACAGACATAAACACACATTACTCAACCATTACAAGTTCGAACTTTTACTTT
TTACATATATGAAACTCGCCTCTTGGACGTTGTACATTAGGTGCTTCTATGAAATCTCTT
CAGGAGAAGTGACTGAGATACTCGTCAATGCTCGTGTACTTAACATCAGGGTAAAGCTCA
GAGGCTTCAAGACCATACGAAGGTTCTATAGTGAAATTGGTCTGATCTCCCTTCACAAAA
ACCGAGTGGTTTATGGCGAGAAGAACATTGATAGGAACTGGAGACTCTTGGATGAGTTTA
AGGACTTGCTCCTCTGGGATGTGAGTCTTCTCAAGAGACTTGCCGATCTTGGTCTCCCAC
AAGGCGACCATTTCATTCATCGACAAAGTGTTCTTAGGAGGATTAATGTAAAGGATTTTG
TTAAGAGTCCTTGGATCATCCACCGTCTTGATTGTGTAAGCAGCAATATCTTCCTCCTTG
TTGATCACAGCTTTGGCATTTCCATCGCCCAGTATGGTGACCTTCTCTCTAGGAGGAGAA
GTGAGACCAGGCTCAAACTGAATCAACGTGGG

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1EI49JQ 702 0 0
GGATAAACGATACTCATTCACTCACATTCGATCGGAAATAGAGGTAATACTCTGTGATCA
GGC**ACACACACATACACATACACATACACATACACAGACATAAACACACATTACTCAA
CCATTACAAGTTCGAACTTTTACTTTTTACATATATGAAACTCGCCTCTTGGACGTTGTA
CATTAGGTGCTTCTATGAAATCTCTTCAGGCGAAGTGACTGAGATACTCGTCAATGCTCG
TGTACTTAACATCAGGGTAAAGCTCAAAGGCTTCAAGACCAAACGAAGGTTCTATAGTGA
AATTGGTCTGATCTCCCTTCACAAAAACCGAGTGGTTTATGGCGAGAAGAACATTGATAG
GAACTGGAGACTCTTGGATGAGTTTAAGGACTTGCTCCTCTGGGATGTGAGTCTTCTCAA
GAGACTTGCCGATCTTGGTCTCC*ACAAGGCGACCATTTCATTCATCGACAAAGTGTTCT
TAGGAGGATTAATGTAAAGGATTTTGTTAAGAGTCCTTGGATCATCCACCGTCTTGATTG
TGTAAGCAGCAATATCTTCCTCCTTGTTGATCACAGCTTTGGCATTTCCATCGCCCAGTA
TGGTGACTTTCTCTCTAGGAGGAGAAGTGAGACCAGGCTCAAACTGAATCAACGTGGGCA
AGTAATAACCAGCAAAGCAATTGTTAACAACGTAAGTGTATG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1EK24JQ 661 0 0
GGA
TAAACGATACTCATTCACTCACATTCGATCGGAAATAGAGGTAATACTCTGTGATCAGGC
**ACGCACACATACACATACACATACACATACACAGACATAAACACACATTACTCAACCA
TTACAAGTTCGAACTTTTACTTTTTACATATATGAAACTCGCCTCTTGGACGTTGTACAT
TAGGTGCTTCTATGAAATCTCTTCAGGCGAAGTGACTGAGATACTCGTCAATGCTAGTGT
ACTTAACATCAGGGTAAAGCTCAAAGGCTTCAAGACCAAACGAAGGTTCTATAGTGAAAT
TGGTCTGATCTCCCTTCACAAAAACCGAGTGGTTTATGGCGAGAAGAACATTGATAGGAA
CTGGAGACTCTTGGATGAGTTTAAGGACTTGCTCCTCTGGGATGTGAGTCTTCTCAAGAG
ACTTGCCGATCTTGGTCTCCCACAAGGCGACCATTTCATTCATCGACAAAGTGTTCTTAG
GAGGATTAATGTAAAGGATTTTGTTAAGAGTCCTTGGATCATCCACCGTCTTGATTGTGT
AAGCAGCAATATCTTCCTCCTTGTTGATCACAGCTTTGGCATTTCCATCGCCCAGTATGG
TGACTTTCTCTCTAGGAGGAGAAGTGAGACCAGGCTCAAACTGAATCAACGTGGGCAA

QA 4 661 4 661
DS 

RD RR1EI49TF 631 0 0
TTGATTGTGTAAGCAGCAATATCTTCCTCCTTGTTGATCACAGCTTTGGCATTTCCATCG
CCCAGTATGGTGACTTTCTCTCTAGGAGGAGAAGTGAGACCAGGCTCAAACTGAATCAAC
GTGGGCAAGTAATAACCAGCAAAGCAATTGTTAACAACGTAAGTGTATGGTACTCCTTCT
GCTTCGATGGCTCTCCTAATCTGAATCTTCACTGAAAAAGCAGTTTTTGCCGGCTCAACC
GCACTTGTTCTGTCCACGTCCGTCCCAAACTCAGACGGCAAGAATCTCTTGACGTTACCA
GCTTCTTTGATAGCAGAAATGACCTTGGTTTGATCCAAGATTTGCATGCTTCCAATACTT
GATATCACCACATCAACCTGTTTTATTGCCTTCAGTAGGCTCTCGTGATCGTTCACATCT
CCTTGTAGTATTGTCACGCCGAGATCTTTAAAGTTCTGGACGGTTTTGCTCTTCACTGGG
TCGGAAAGAGAAGCTTCTCTAACGAGAGCGAATGTTTTGTGGCCAGACTTGGCGCTTTCT
GCGACGATGAACTTTCCAATGTAACCAGTTCCTCCGATCACGAGAATCTTGCTTTTCTCA
GTCGCCATGTTTCTTGACAATAAGTGAGT
CC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1AN66TF 609 0 0
CATTTCCATCGCCCAGTATGGTGACTTTCTCTCTAGGAGGAGAAGTGAGACCAGGCTCAA
ACTGAATCAACGTGGGCAAGTAATAACCAGCAAAGCAATTGTTAACAACGTAAGTGTATG
GTACTCCTTCTGCTTCGATGGCTCTCCTAATCTGAATCTTCACTGAAAAAGCAGTTTTTG
CCGGCTCAACCGCACTTGTTCTGTCCACGTCCGTCCCAAACTCAGACGGCAAGAATCTCT
TGACGTTACCAGCTTCTTTGATAGCAGAAATGATCTTGGTTTGATCCAAGATTTGCATGC
TTCCAATACTCGATATCACCACATCAACCTGTTTTATTGCCTTCAGTAGGCTCTCGTGAT
CGTTCACATCTCCTTGTAGTATTGTCACGCCGAGATCTTTAAAGTTCTGGACGGTTTTGC
TCTTCACTGGGTCGGAAAGAGAAGCTTCTCTAACGAGAGCGAATGTTTTGTGGCCAGACT
TGGCGCTTTCTGCGACGATGAACTTTCCAATGTAACTAGTTCCTCCGATCACGAGAATCT
TGCTTTTCTCAGTCGCCATGTTTCTTGACAATAAGTGAGTAATGCGATTTGAATGGTATA
GAGAGAATC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 5

CO CL1223Contig1 1128 5 10 U
GGGATGTTTTCCCGGTGAAGCGAGAGAGGATTCGATGTACGGACGAATCGGGAGTCTCAA
GAGAGTACTCGAAAAACCAAGGAAGCAATCTCACACATTGCTGCCCTTTCTCTCTTTCTC
TACAGAGGACGGTAGTGGTTATGGCGGTGGCGGTGGCGGTGGCGGTGAGTCTCAGCAGCA
GAATAGCTCCTCGAGGGTGAAGATCTTCGATCGAGATCTCAAGCGCGTACATCGTGACAG
AGCGGCGTGGCTGTCTCGCAATAAAAACGACACCTTTGTCGACGCTGTTGCTGAGAATCT
TCTTGACCGCTTAGAGGATTGTAAGAAGAGTTTTCCATCTGCATTGTGTTTGGGAGGATC
TCTTGGTGCTGTTCAGCGTTTACTACGTGCTCGCGGTGGGATTGAAAAGCTAATCATGAT
GGATACCTCAAATGACATGATTAAATCATGTAGAGATGCTGCTCAACATGATGTTTCACT
CGGTAACTCCTCCATCGACACATCTTACTTGGTTGGTGACGAAGAGTTTCTCCCTATCAA
AGAGAGTTCGGTTGATTTGATCATAAGTTCCTTGGGGCTTCATTGGACAAACGATCTTCC
AGGTTCCATGATACAGTGCAAACTGGCTCTGAATCCTGATGGCTTGTTTTTAGCAGCCAT
TCTTGGTGGAGAAACCTTAAAGGAGCTGAGAATAGCATGCACTTTGGCTCACATGGAGCG
CGAAGGAGGGATTAGTCCCCGCCTATCTCCTTTGGCACAGGTTAGGGACGCAGGGAATCT
GTTGACCAGGGCGGGTTTTAGTCTTCCTGGTGTTGACGTTGACGAATATGTTGTTAAATA
CAAGAGTGCGCTGGATCTTATAGAGCATCTTCGTGCAATGGGTGAAACCAACGCTCTTCT
CCAGAGAAACAAGATATTAAATCGTGAAACTGCTCTTGCAACGGCCGCCATATATGACTC
CATGTTCGCTACAGAAGACGGCACTATACCTGCTACTTTTCAGGTGATTTACATGACGGG
ATGGAGAGAACACACGTCTCATCCTCAGGCCAAACGCAGAGGTTCAGCCACCGTATCCTT
CACCGATATCCACAAGCAATTCGGTGGTCAATAAAGCGACACTTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AZ05TF U 1
AF RR1CX28TF U 19
AF RR1ET67TF U 4
AF RR1AZ05JQ C 351
AF RR1ET67JQ C 351
BS 1 724 RR1AZ05TF
BS 725 725 RR1ET67TF
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RD RR1AZ05TF 724 0 0
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GAGAGTACTCGAAAAACCAAGGAAGCAATCTCACACATTGCTGCCCTTTCTCTCTTTCTC
TACAGAGGACGGTAGTGGTTATGGCGGTGGCGGTGGCGGTGGCGGTGAGTCTCAGCAGCA
GAATAGCTCCTCGAGGGTGAAGATCTTCGATCGAGATCTCAAGCGCGTACATCGTGACAG
AGCGGCGTGGCTGTCTCGCAATAAAAACGACACCTTTGTCGACGCTGTTGCTGAGAATCT
TCTTGACCGCTTAGAGGATTGTAAGAAGAGTTTTCCATCTGCATTGTGTTTGGGAGGATC
TCTTGGTGCTGTTCAGCGTTTACTACGTGCTCGCGGTGGGATTGAAAAGCTAATCATGAT
GGATACCTCAAATGACATGATTAAATCATGTAGAGATGCTGCTCAACATGATGTTTCACT
CGGTAACTCCTCCATCGACACATCTTACTTGGTTGGTGACGAAGAGTTTCTCCCTATCAA
AGAGAGTTCGGTTGATTTGATCATAAGTTCCTTGGGGCTTCATTGGACAAACGATCTTCC
AGGTTCCATGATACAGTGCAAACTGGCTCTGAATCCTGATGGCTTGTTTTTAGCAGCCAT
TCTTGGTGGAGAAACCTTAAAGGAGCTGAGAATAGCATGCACTTTGGCTCACATGGAGCG
CGAA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1CX28TF 703 0 0
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AAGGAAGCAATCTCACACATTGCTGCCCTTTCTCTCTTTCTCTACAGAGGACGGTAGTGG
TTATGGCGGTGGCGGTGGCGGTGGCGGTGAGTCTCAGCAGCAGAATAGCTCCTCGAGGGT
GAAGATCTTCGATCGAGATCTCAAGCGCGTACATCGTGACAGAGCGGCGTGGCTGTCTCG
CAATAAAAACGACACCTTTGTCGACGCTGTTGCTGAGAATCTTCTTGACCGCTTAGAGGA
TTGTAAGAAGAGTTTTCCATCTGCATTGTGTTTGGGAGGATCTCTTGGTGCTGTTCAGCG
TTTACTACGTGCTCGCGGTGGGATTGAAAAGCTAATCATGATGGATACCTCAAATTACAT
GATTAAATCATGTAGAGATGCTGCTCAACATGATGTTTCACTCGGTAACTCCTCCATCGA
CACATCTTACTTGGTTGGTGACGAAGAGTTTCTCCCTATCAAAGAGAGTTCGGTTGATTT
GATCATAAGTTCCTTGGGGCTTCATTGGACAAACGATCTTCCAGGTTCCATGATACAGTG
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AAAGGAGCTGAGAATAGCATGCACTTTGGCTCACATGGAGCGC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1ET67TF 753 0 0
GG
GTTTTCCCGGTGAAGCGAGAGAGGATTCGATGTACGGACGAATCGGGAGTCTCAAGAGAG
TACTCGAAAAACCAAGGAAGCAATCTCACACATTGCTGCCCTTTCTCTCTTTCTCTACAG
AGGACGGTAGTG*TTATGGCGGTGGCGGTGGCGGTGGCGGTGAGTCTCAGCAGCAGAATA
GCTCCTCGAGGGTGGAGATCTTCGATCGAGATCTCAAGCGCGTACATCGTGACAGAGCGG
CGTGGCTGTCTCGCAATAAAAACGACACCTTTGTCGACGCTGTTGCTGAGAATCTTCTTG
ACCGCTTAGAGGATTGTAAGAATAGGTTTCCATCTGCATTGTGTTTGGGAGGATCTCTTG
GTGCTGTTCAGCGTTTACTACGTGCTCGCGGTGGGATTGAAAAGCTAATCATGATGGATA
CCTCAAATGACATGATTAAATCATGTAGAGATGCTGCTCAACATGATGTTTCACTCGGTA
ACTCCTCCATCGACACATCTTACTTGATTGGTGACGAAGAGTTTCTCCCTATCAAAGAGA
GTTCGGTTGATTTGATCATAAGTTCCTTGGGGCTTCATTGGACAAACGATCTTCCAGGTT
CCATGATACAGTGCAAACTGGCTCTGAATCCTGATGGCTTGTTTTTAGCAGCCATTCTTG
GTGGAGAA*CCTTAAAG*AGCTGAGA*TAGCATGCACTTTGGCTCACATGGAGCGCGAAG
*AGGGATTAGTCCCCGCCTATCTCCTTTGGC

QA 3 753 3 753
DS 

RD RR1AZ05JQ 778 0 0
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ATGTTTCACTCGGTAACTCCTCCATCGACACATCTTACTTGGTTGGTGACGAAGAGTTTC
TCCCTATCAAAGAGAGTTCGGTTGATTTGATCATAAGTTCCTTGGGGCTTCATTGGACAA
ACGATCTTCCAGGTTCCATGATACAGTGCAAACTGGCTCTGAATCCTGATGGCTTGTTTT
TAGCAGCCATTCTTGGTGGAGAAACCTTAAAGGAGCTGAGAATAGCATGCACTTTGGCTC
ACATGGAGCGCGAAGGAGGGATTAGTCCCCGCCTATCTCCTTTGGCACAGGTTAGGGACG
CAGGGAATCTGTTGACCAGGGCGGGTTTTAGTCTTCCTGGTGTTGACGTTGACGAATATG
TTGTTAAATACAAGAGTGCGCTGGATCTTATAGAGCATCTTCGTGCAATGGGTGAAACCA
ACGCTCTTCTCCAGAGGAACAAGATATTAAATCGTGAAACTGCTCTTGCAACGGTCGCCA
TATATGACTCCATGTTCGCTACAGAAGACGGCACTATACCTGCTACTTTTCAGGTGATTT
ACATGACGGGATGGAGAGAACACACGTCTCATCCTCAGGCCAAACGCAGAGGTTCAGCCA
CCGTATCCTTCACCGATATCCACAAGCAATTCGGTGGTCAATAAAG
CGGCACTTTTAC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1ET67JQ 778 0 0
TGGGAGGATCTCTTGGTGCTGTTCAGCGTTTACTACGTGCTCGCGGTGGGATTGAAAAGC
TAATCATGATGGATACCTCAAATGACATGATTAAATCATGTAGAGATGCTGCTCAACATG
ATGTTTCACTCGGTAACTCCTCCATCGACACATCTTACTTGATTGGTGACGAAGAGTTTC
TCCCTATCAAAGAGAGTTCGGTTGATTTGATCATAAGTTCCTTGGGGCTTCATTGGACAA
ACGATCTTCCAGGTTCCATGATACAGTGCAAACTGGCTCTGAATCCTGATGGCTTGTTTT
TAGCAGCCATTCTTGGTGGAGAAACCTTAAAGGAGCTGAGAATAGCATGCACTTTGGCTC
ACATGGAGCGCGAAGGAGGGATTAGTCCCCGCCTATCTCCTTTGGCACAGGTTAGGGACG
CAGGGAATCTGTTGACCAGGGCGGGTTTTAGTCTTCCTGGTGTTGACGTTGACGAATATG
TTGTTAAATACAAGAGTGCGCTGGATCTTATAGAGCATCTTCGTGCAATGGGTGAAACCA
ACGCTCTTCTCCAGAGAAACAAGATATTAAATCGTGAAACTGCTCTTGCAACGGCCGCCA
TATATGACTCCATGTTCGCTACAGAAGACGGCACTATACCTGCTACTTTTCAGGTGATTT
ACATGACGGGATGGAGAGAACACACGTTTCATCCTCAGGCCAAACGCAGAGGTTCAGCCA
CCGTATCCTTCACCGATATCCACAAGCAATTCGGTGGTCAATAAAGCGACACTTTTAC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 3

CO CL1224Contig1 642 3 4 U
AATCTCTACCAAATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCCGTGTGTTCAAGAACGCT
AAGGATCTAGGAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGG
AACGCTGACGATTGGGCCACAAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCACCC
TTCATAGCTTCCTACAGAGGATTCCACATCGACGGCTGCCAAGCTTCCGTGGAGGCCAAG
TACTGTGCTACCCAAGGCCGCATGTGGTGGGACCAGAATGAATTCCGTGACCTTGATGCC
GAACAATATCGTCGTCTCAAATGGGTTCGCATGAAATGGACCATCTACAACTACTGTACC
GACCGTACAAGGTTCCCAGTTATGCCAGCCGAATGTAAAAGGGACAGAGACGTGTGAGTA
CTACTAAGGATTTCGAACTTTCAATGGACCGGATATCATGCATCTGTTCAAAAGATTGCT
ATGAAATATGTATGCCTGTTGGTACGTTATGTTTATGCTTTGTTTGGACCTGAATTTATG
TTATTATTCTATTGTTTAGCTATGTTTCTTATTAGTTCCAAAAAGAGAGCTATGTTTCTT
GTATGTTACGTGATTTATAAAACTTACAAGTCTTTTGTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO64TF U 90
AF RR1BZ55JQ C 1
AF RR1CP13TF U 385
BS 1 89 RR1BZ55JQ
BS 90 271 RR1EO64TF
BS 272 385 RR1BZ55JQ
BS 386 642 RR1CP13TF

RD RR1EO64TF 182 0 0
CCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGGAACGCTGACGATTGGGCCACAAGAGGAGG
TCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCACCCTTCATAGCTTCCTACAGAGGATTCCACAT
CGACGGCTGCCAAGCTTCCGTGGAGGCCAAGTACTGTGCTACCCAAGGCCGCATGTGGTG
GG

QA 1 182 1 182
DS 

RD RR1BZ55JQ 618 0 0
AATCTCTACCAAATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCCGTGTGTTCAAGAACGCT
AAGGATCTAGGAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGG
AACGCTGACGATTGGGCCACAAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCACCC
TTCATAGCTTCCTACAGAGGATTCCACATCGACGGCTGCCAAGCTTCCGTGGAGGCCAAG
TACTGTGCTACCCAAGGCCGCATGTGGTGGGACCAGAATGAATTCCGTGACCTTGATGCC
GAACAATATCGTCGTCTCAAATGGGTTCGCATGAAATGGACCATCTACAACTACTGTACC
GACCGTACAAGGTTCCCAGTTATGCCAGCCGAATGTAAAAGGGACAGAGACGTGTGAGTA
CTACTAAGGATTTCGAACTTTCAATGGACCGGATATCATGCATCTGTTCAAAAGATTGCT
ATGAAATATGTATGCCTGTTGGTACGTTATGTTTATGCTTTGTTTGGACCTGAATTTATG
TTATTATTCTATTGTTTAGCTATGTTTCTTATTAGTTCCAAAAAGAGAGCTATGTTTCTT
GTATGTTACGTGATTTAT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1CP13TF 258 0 0
G
CAGCCGAATGTAAAAGGGACAGAGACGTGTGAGTACTACTAAGGATTTCGAACTTTCAAT
GGACCGGATATCATGCATCTGTTCAAAAGATTGCTATGAAATATGTATGCCTGTTGGTAC
GTTATGTTTATGCTTTGTTTGGACCTGAATTTATGTTATTATTCTATTGTTTAGCTATGT
TTCTTATTAGTTCCAAAAAGAGAGCTATGTTTCTTGTATGTTACGTGATTTATAAAACTT
ACAAGTCTTTTGTTGGC

QA 2 258 2 258
DS 



AS 1 6

CO CL1225Contig1 760 6 8 U
CACCAGATCTTTTGTTTCATCCATCTCCTTCCGCCTCCTCGTCTCTTCCGTGGTCTCACT
CATTTTCATCGATAGGCACGAGAATGGCTTTTTTTCGTTCGATAGGCTCTTTAACTTCTC
TCACTCATTCTCCTCGTGATGTTCCACGCTCCTCAGGCATTGTCTTAACTTCATGCTCTG
TTATTCCCATCACGCGCTCCTCCTTCATCGGCTCTCCCATCTCCCTCCCGCGCGTCCATC
CACCATCATCTCAAACCCCTCCAAGACCGCGTAACCTCCTCCTCCCAATCACGATGATGG
TGAAACCAACGCTCCAGTTCATCCAAGGCACAGACGAGATGACCATCCCTGACGTGAAGC
TGACTCGGTCAAGAGACGGATCCAACGGGATGGCGCTCTTCAATTTCGACCAGCCATCGG
TTTTCGACTCGAGCGGTGAGGTAGGGGAGATAACCGGGCTGTACATGATCGACGAGGAAG
GTGTGATTCAGTCAACGGACGTGAACGCGAGATTCGTCAACGGGAAACCTGAAGGCATCG
TGGCCAAGCACGTGATGCGCACGCCCAAGGAATGGGATAGGTTCATGAGGTTTATGGAAC
GGTACTCTGACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAAAAGCAATGAGGTGGAGACATTGATT
GTCCTATGAACAAAATGTTATTTTTAAATCATTCATTAGAGCTTTGACTATACTATAATT
CCAAAAAAACCTAAATATTTTGAAACAAGAACGGTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CI19TF U 9
AF RR1CV70TF U 9
AF RR1CI19JQ C 1
AF RR1GX06JQ C 166
AF RR1CV70JQ C 106
AF RR1GX06TF U 56
BS 1 9 RR1CI19JQ
BS 10 57 RR1CI19TF
BS 58 90 RR1GX06TF
BS 91 91 RR1CI19TF
BS 92 728 RR1GX06TF
BS 729 729 RR1CI19JQ
BS 730 742 RR1GX06TF
BS 743 760 RR1CI19JQ

RD RR1CI19TF 706 0 0
T
TTTTGTTTCATCCATCTCCTTCCGCCTCCTCGTCTCTTCCGTGGTCTCACTCATTTTCAT
CGATAGGCACGAGAATGGCTTTTTTTCGTTCGATAGGCTCTTTAACTTCTCTCACTCATT
CTCCTCGTGATGTTCCACGCTCCTCAGGCATTGTCTTAACTTCATGCTCTGTTATTCCCA
TCACGCGCTCCTCCTTCATCGGCTCTCCCATCTCCCTCCCGCGCGTCCATCCACCATCAT
CTCAAACCCCTCCAAGACCGCGTAACCTCCTCCTCCCAATCACGATGATGGTGAAACCAA
CGCTCCAGTTCATCCAAGGCACAGACGAGATGACCATCCCTGACGTGAAGCTGACTCGGT
CAAGAGACGGATCCAACGGGATGGCGCTCTTCAATTTCGACCAGCCATCGGTTTTCGACT
CGAGCGGTGAGGTAGGGGAGATAACCGGGCTGTACATGATCGACGAGGAAGGTGTGATTC
AGTCAACGGACGTGAACGCGAGATTCGTCAACGGGAAACCTGAAGGCATCGTGGCCAAGC
ACGTGATGCGCACGCCCAAGGAATGGGATAGGTTCATGAGGTTTATGGAACGGTACTCTG
ACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAAA*GCAATGAGGTGGAGACATTGATTGTCCTATGA
ACAAAATGTTATTTTTAAATCATTCATTAGAGCTTTGACTATACT

QA 2 706 2 706
DS 

RD RR1CV70TF 662 0 0
T
TTTTGTTTCATCCATCTCCTTCCGCCTCCTCGTCTCTTCCGTGGTCTCACTCATTTTCAT
CGATAGGCACGAGAATGGCTTTTTTTCGTTCGATAGGCTCTTTAACTTCTCTCACTCATT
CTCCTCGTGATGTTCCACGCTCCTCAGGCATTGTCTTAACTTCATGCTCTGTTATTCCCA
TCACGCGCTCCTCCTTCATCGGCTCTCCCATCTCCCTCCCGCGCGTCCATCCACCATCAT
CTCAAACCCCTCCAAGACCGCGTAACCTCCTCCTCCCAATCACGATGATGGTGAAACCAA
CGCTCCAGTTCATCCAAGGCACAGACGAGATGACCATCCCTGACGTGAAGCTGACTCGGT
CAAGAGACGGATCCAACGGGATGGCGCTCTTCAATTTCGACCAGCCATCGGTTTTCGACT
CGAGCGGTGAGGTAGGGGAGATAACCGGGCTGTACATGATCGACGAGGAAGGTGTGATTC
AGTCAACGGACGTGAACGCGAGATTCGTCAACGGGAAACCTGAAGGCATCGTGGCCAAGC
ACGTGATGCGCACGCCCAAGGAATGGGATAGGTTCATGAGGTTTATGGAACGGTACTCTG
ACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAAA*GCAATGAGGTGGAGACATTGATTGTCCTATGA
A

QA 2 662 2 662
DS 

RD RR1CI19JQ 760 0 0
CACCAGATCTTTTGTTTCATCCATCTCCTTCCGCCTCCTCGTCTCTTCCGTGGTCTCACT
CATTTTCATCGATAGGCACGAGAATGGCTTTTTTTCGTTCGATAGGCTCTTTAACTTCTC
TCACTCATTCTCCTCGTGATGTTCCACGCTCCTCAGGCATTGTCTTAACTTCATGCTCTG
TTATTCCCATCACGCGCTCCTCCTTCATCGGCTCTCCCATCTCCCTCCCGCGCGTCCATC
CACCATCATCTCAAACCCCTCCAAGACCGCGTAACCTCCTCCTCCCAATCACGATGATGG
TGAAACCAACGCTCCAGTTCATCCAAGGCACAGACGAGATGACCATCCCTGACGTGAAGC
TGACTCGGTCAAGAGACGGATCCAACGGGATGGCGCTCTTCAATTTCGACCAGCCATCGG
TTTTCGACTCGAGCGGTGAGGTAGGGGAGATAACCGGGCTGTACATGATCGACGAGGAAG
GTGTGATTCAGTCAACGGACGTGAACGCGAGATTCGTCAACGGGAAACCTGAAGGCATCG
TGGCCAAGCACGTGATGCGCACGCCCAAGGAATGGGATAGGTTCATGAGGTTTATGGAAC
GGTACTCTGACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAAAAGCAATGAGGTGGAGACATTGATT
GTCCTATGAACAAAATGTTATTTTTAAATCATTCATTAGAGCTTTGACTATACTATAATT
CCAAAAAAACCTAAATATTTTGAAACAAGAACGGTTATAT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1GX06JQ 577 0 0
TAACTTCATGCTCTGTTATTCCCATCACGCGCTCCTCCTTCATCGGCTCTCCCATCTCCC
TCCCGCGCGTCCATCCACCATCATCTCAAACCCCTCCAAGACCGCGTAACCTCCTCCTCC
CAATCACGATGATGGTGAAACCAACGCTCCAGTTCATCCAAGGCACAGACGAGATGACCA
TCCCTGACGTGAAGCTGACTCGGTCAAGAGACGGATCCAACGGGATGGCGCTCTTCAATT
TCGACCAGCCATCGGTTTTCGACTCGAGCGGTGAGGTAGGGGAGATAACCGGGCTGTACA
TGATCGACGAGGAAGGTGTGATTCAGTCAACGGACGTGAACGCGAGATTCGTCAACGGGA
AACCTGAAGGCATCGTGGCCAAGCACGTGATGCGCACGCCCAAGGAATGGGATAGGTTCA
TGAGGTTTATGGAACGGTACTCTGACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAAAAGCAATGAG
GTGGAGACATTGATTGTCCTATGAACAAAATGTTATTTTTAAATCATTCATTAGAGCTTT
GACTATACTATAATTCCAAAAAAACCTAAATATTTTG

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1CV70JQ 655 0 0
GCTCTTTAACTTCTCTCACTCATTCTCCTCGTGATGTTCCACGCTCCTCAGGCATTGTCT
TAACTTCATGCTCTGTTATTCCCATCACGCGCTCCTCCTTCATCGGCTCTCCCATCTCCC
TCCCGCGCGTCCATCCACCATCATCTCAAACCCCTCCAAGACCGCGTAACCTCCTCCTCC
CAATCACGATGATGGTGAAACCAACGCTCCAGTTCATCCAAGGCACAGACGAGATGACCA
TCCCTGACGTGAAGCTGACTCGGTCAAGAGACGGATCCAACGGGATGGCGCTCTTCAATT
TCGACCAGCCATCGGTTTTCGACTCGAGCGGTGAGGTAGGGGAGATAACCGGGCTGTACA
TGATCGACGAGGAAGGTGTGATTCAGTCAACGGACGTGAACGCGAGATTCGTCAACGGGA
AACCTGAAGGCATCGTGGCCAAGCACGTGATGCGCACGCCCAAGGAATGGGATAGGTTCA
TGAGGTTTATGGAACGGTACTCTGACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAAAAGCAATGAG
GTGGAGACATTGATTGTCCTATGAACAAAATGTTATTTTTAAATCATTCATTAGAGCTTT
GACTATACTATAATTCCAAAAAAACCTAAATATTTTGAAACAAGAACGGTTATAT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1GX06TF 687 0 0
GG
ACTCATTTTCATCGATAGGCACGAGAATGGCTTGTTTTCGTTCGATAGGCTCTTTAACTT
CTCTCACTCATTCTCCTCGTGATGTTCCACGCTCCTCAGGCATTGTCTTAACTTCATGCT
CTGTTATTCCCATCACGCGCTCCTCCTTCATCGGCTCTCCCATCTCCCTCCCGCGCGTCC
ATCCACCATCATCTCAAACCCCTCCAAGACCGCGTAACCTCCTCCTCCCAATCACGATGA
TGGTGAAACCAACGCTCCAGTTCATCCAAGGCACAGACGAGATGACCATCCCTGACGTGA
AGCTGACTCGGTCAAGAGACGGATCCAACGGGATGGCGCTCTTCAATTTCGACCAGCCAT
CGGTTTTCGACTCGAGCGGTGAGGTAGGGGAGATAACCGGGCTGTACATGATCGACGAGG
AAGGTGTGATTCAGTCAACGGACGTGAACGCGAGATTCGTCAACGGGAAACCTGAAGGCA
TCGTGGCCAAGCACGTGATGCGCACGCCCAAGGAATGGGATAGGTTCATGAGGTTTATGG
AACGGTACTCTGACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAAAAGCAATGAGGTGGAGACATTG
ATTGTCCTATGAACAAAATGTTATTTTTAAATCATTCATTAGAGCTTTGACTATACTATA
ATTCCAAAAAA*CCTAAATATTTTG

QA 3 687 3 687
DS 



AS 1 6

CO CL1226Contig1 1027 6 7 U
TTTGGTAAACTCACCTTGCTATAGAATCTTTCCGGGTTTGAATCATTCAAATACACACAA
CAATTATATATAATCATTTCCTCAAATAGAATCGGATCTTCTCCATTAACAGATCCCATA
AAACCACAAAGAGAAAAAAAAACAAAGCGGGCGGGTCGCTCCGGAAGAGAAGAAACAGAG
ACACAGAGCGCGACCACAGCCAATAACTCTTCAGACAGACAGACAAACAAAACAATCTTA
AAACTGAACTCTTGAAGAATAAGTCTGTCCGAAAGACCAAGAAGAAGGAACAACATTGAG
GAAGACTCTTGTAGCACCATCAGTAGTAGTAATGGAGAAAGAAAGAGATTGACCATCGAG
ATAAGCGTTTGATTGCCAATTAGCTCCCCAATTGCGAGACATAGCTAACCAGCCAGTCTT
TGATCCTTTAATGGATACAGACTGAATCGAACCAGCTCCTCCTACGTTCGATATGTTCAC
TAGCTCGAAGTAATCTCTTCCGTTGATTCTGAATCTCACTCCACCTCTCTTGTAACAGCT
TACTCTTTGGAACACGACGGGGACGATTCCTCCTCTGTAGATTCCGATCTTTTCCCAAGC
GGGTTGTGCCATGTCGAAATGTTTGAGCGGCGGGTTGCACCAACCACCGTCGTTATTGGG
AAGAGCGAAGTTCGGTGGGCAGAAGTTGGTTGCTGTAATGACCACCGAAGCTCCTTTCCT
GCACCACCGTGAGTCCGCCGCGTAATCACACGTTATCCTATAGCATTCGCCGCAAGAAGC
TCCGTTGTTAAACAGAGCCGTGCTTAACGCCGCCGTCATTATCCCGTACCCCGCCGAGTA
GAGATCTCCGTACCCACAAGCTCCGCCCATTGTTCCAGAAGCGTCACTCCCTCCATAGAA
TGTGGCATGACCATTGGTTAAACCAGAAGGCCTAAACCCATCAACCGCCACAAAAAGAGC
GGCCAAAAGCGCCAATCCAGCTAGAGACTTTGCCATTGCTTATAACTCGTTGAAGAAGAA
AGAGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CJ72JQ U 53
AF RR1D208JQ U 1
AF RR1EG43JQ U 73
AF RR1EG43TF C 235
AF RR1CJ72TF C 251
AF RR1D208TF C 466
BS 1 453 RR1D208JQ
BS 454 454 RR1CJ72JQ
BS 455 737 RR1D208JQ
BS 738 800 RR1EG43JQ
BS 801 969 RR1EG43TF
BS 970 970 RR1CJ72TF
BS 971 1027 RR1EG43TF

RD RR1CJ72JQ 628 0 0
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ACATTGAGGAAGACTCTTGTAGCACCATCAGTAGTAGTAATGGAGAAAGAAAGAGATTGA
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CCAGTCTTTGATCCTTTAATGGATACAGACTGAATCGAACCAGCTCCTCCTACGTTCGAT
ATGTTCACTAGCTCGAAGTAATCTCTTCCGTTGATTCTGAATCTCACTCCACCTCTCTTG
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TCCCAAGCGGGTTGTGCCGTGTCGAAATGTTTGAGCGGCGGGTTGCACCAACCACCGTCG
TTATTGGGAAGAGCGAAGTTCGGTGGGC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1D208JQ 737 0 0
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CAATTATATATAATCATTTCCTCAAATAGAATCGGATCTTCTCCATTAACAGATCCCATA
AAACCACAAAGAGAAAAAAAAACAAAGCGGGCGGGTCGCTCCGGAAGAGAAGAAACAGAG
ACACAGAGCGCGACCACAGCCAATAACTCTTCAGACAGACAGACAAACAAAACAATCTTA
AAACTGAACTCTTGAAGAATAAGTCTGTCCGAAAGACCAAGAAGAAGGAACAACATTGAG
GAAGACTCTTGTAGCACCATCAGTAGTAGTAATGGAGAAAGAAAGAGATTGACCATCGAG
ATAAGCGTTTGATTGCCAATTAGCTCCCCAATTGCGAGACATAGCTAACCAGCCAGTCTT
TGATCCTTTAATGGATACAGACTGAATCGAACCGGCTCCTCCTACGTTCGATATGTTCAC
TAGCTCGAAGTAATCTCTTCCGTTGATTCTGAATCTCACTCCACCTCTCTTGTAACAGCT
TACTCTTTGGAACACGACGGGGACGATTCCTCCTCTGTAGATTCCGATCTTTTCCCAAGC
GGGTTGTGCCATGTCGAAATGTTTGAGCGGCGGGTTGCACCAACCACCGTCGTTATTGGG
AAGAGCGAAGTTCGGTGGGCAGAAGTTGGTTGCTGTAATGACCACCGAAGCTCCTTTCCT
GCACCACCGTGAGTCCG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1EG43JQ 728 0 0
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GAAAAAAAAACAAAGCGGGCGGGTCGCTCCGGAAGAGAAGAAACAGAGACACAGAGCGCG
ACCACAGCCAATAACTCTCCAGACAGACAGACAAACAAAACAATCTTAAAACTGAACTCT
TGAAGAATAAGTCTGTCCGAAAGACCAAGAAGAAGGAACAACGTTGAGGAAGACTCTTGT
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TTGCCAATTAGCTCCCCAATTGCGAGACATAGCTAACCAGCCAGTATTTGATCCTTTAAT
GGATACAGACTGAATCGAACCAGCTCCTCCTACGTTCGATATGTTCACTAGCTCGAAGTA
ATCTCTTCCGTTGATTCTGAATCTCACTCCACCTCTCTTGTAACAGCTTACTCTTTGGAA
CACGACGGGGACGATTCCTCCTCTGTAGATTCCGATCTTTTCCCAAGCGGGTTGTGCCAT
GTCGAAATGTTTGAGCGGCGGGTTGCACCAACCACCGTCGTTATTGGGAAGAGCGAAGTT
CGGTGGGCAGAAGTTGGTTGATGTAATGACCACCGAAGCTCCTTTCCTGCACCACCGTGA
GTCCGCCGCGTAATCACACGTTATCCTATAGCATTCGCCGCAAGAAGCTCCGTTGTTAAA
CAGAGCCG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1EG43TF 793 0 0
AAAATCTAAAACTGACTC
TGAAGAATAAGTCTGTCCGAAAGACCAAGAAGAAGGAACAACGTTGAGGAAGACTCTTGT
AGCACCATCAGTAGTAGTAATGGAGAAAGAAAGAGATTGACCATCGAGATAAGCGTTTGA
TTGCCAATTAGCTCCCCAATTGCGAGACATAGCTAACCAGCCAGTATTTGATCCTTTAAT
GGATACAGACTGAATCGAACCAGCTCCTCCTACGTTCGATATGTTCACTAGCTCGAAGTA
ATCTCTTCCGTTGATTCTGAATCTCACTCCACCTCTCTTGTAACAGCTTACTCTTTGGAA
CACGACGGGGACGATTCCTCCTCTGTAGATTCCGATCTTTTCCCAAGCGGGTTGTGCCAT
GTCGAAATGTTTGAGCGGCGGGTTGCACCAACCACCGTCGTTATTGGGAAGAGCGAAGTT
CGGTGGGCAGAAGTTGGTTGATGTAATGACCACCGAAGCTCCTTTCCTGCACCACCGTGA
GTCCGCCGCGTAATCACACGTTATCCTATAGCATTCGCCGCAAGAAGCTCCGTTGTTAAA
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CCCACAAGCTCCGCCCATTGTTCCAGAAGCGTCACTCCCTCCATAGAATGTGGCATGACC
ATTGGTTAAACCAGAAGGCCTAAACCCATCAACCGCCACAAAAAGAGCGGCCAAAAGTGC
CAATCCAGCTAGAGACTTTGCCATTGCTTATAACTCGTTGAAGAAGAAAGAGATT

QA 19 793 19 793
DS 

RD RR1CJ72TF 777 0 0
TC
TGAAGAATAAGTCTGTCCGAAAGACCAAGAAGAAGGAACAACATTGAGGAAGACTCTTGT
AGCACCATCAGTAGTAGTAATGGAGAAAGAAAGAGATTGACCATCGAGATAAGCGTTTGA
TTGCCAATTAGCTCCCCAATTGCGAGACATAGCTAACCAGCCAGTCTTTGATCCTTTAAT
GGATACAGACTGAATCGAACCAGCTCCTCCTACGTTCGATATGTTCACTAGCTCGAAGTA
ATCTCTTCCGTTGATTCTGAATCTCACTCCACCTCTCTTGTAACAGCTTACTCTTTGGAA
CACGACGGGGACGATTCCTCCTCTGTAGATTCCGATCTTTTCCCAAGCGGGTTGTGCCGT
GTCGAAATGTTTGAGCGGCGGGTTGCACCAACCACCGTCGTTATTGGGAAGAGCGAAGTT
CGGTGGGCAGAAGTTGGTTGCTGTAATGACCACCGAAGCTCCTTTCCTGCACCACCGTGA
GTCCGCCGCGTAATCACACGTTATCCTATAGCATTCGCCGCAAGAAGCTCCGTTGTTAAA
CAGAGCCGTGCTTAACGCCGCCGTCATTATCCCGTACCCCGCCGAGTAGAGATCTCCGTA
CCCACAAGCTCCGCCCATTGTTCCAGAAGCGTCACTCCCTCCATAGAATGTGGCATGACC
ATTGGTTAAACCAGAAGGCCTAAACCCATCAACCGCCACAAAAAGAGCGGCCAAAAGCGC
CAATCCAGCTAGAGACTTTGCCATTGCTTATAACTCGTTGAAGAAGAAAGAGATT

QA 3 777 3 777
DS 

RD RR1D208TF 562 0 0
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TCTCTTGTAACAGCTTACTCTTTGGAACACGACGGGGACGATTCCTCCTCTGTAGATTCC
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ACCGTCGTTATTGGGAAGAGCGAAGTTCGGTGGGCAGAAGTTGGTTGCTGTAATGACCAC
CGAAGCTCCTTTCCTGCACCACCGTGAGTCCGCCGCGTAATCACACGTTATCCTATAGCA
TTCGCCGCAAGAAGCTCCGTTGTTAAACAGAGCCGTGCTTAACGCCGCCGTCATTATCCC
GTACCCCGCCGAGTAGAGATCTCCGTACTCACAAGCTCCGCCCATTGTTCCAGAAGCGTC
ACTCCCTCCATAGAATGTGGCATGACCATTGGTTAAACCAGAAGGCCTAAACCCATCAAC
CGCCACAAAAAGAGCGGCCAAAAGCGTCAATCCAGCTAGAGACTTTGCCATTGCTTATAA
CTCGTTGAAGAAGAAAGAGATT

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 4

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TGGTAACGGAGGAAATTGAGGTAGACGTGGAGATCAAATCTCCGGCTAATAAGTTCCACA
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GGATTGATGAGAACGTTGCTCACCCTGAGAGGCAGCTCCAGTTCTTGGTCGAAGTGACTA
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AATAATTAATGCTTCACATACAACATGTTTGTGTGGAAGAGTTATTGTTACGTAATAGAG
GACTCCTCTTGTGTGTTTGTATGTGTTTCTCAATAATGTGACATTTATCGGAG


BQ
10 10 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1EM18TF U 1
AF RR1E044JQ C -2
AF RR1E044TF U -2
AF RR1AS86TF U 1
BS 1 3 RR1EM18TF
BS 4 4 RR1E044TF
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BS 13 14 RR1E044TF
BS 15 20 RR1EM18TF
BS 21 21 RR1E044TF
BS 22 31 RR1EM18TF
BS 32 32 RR1E044TF
BS 33 44 RR1EM18TF
BS 45 45 RR1E044TF
BS 46 50 RR1EM18TF
BS 51 51 RR1E044TF
BS 52 53 RR1EM18TF
BS 54 54 RR1E044TF
BS 55 136 RR1EM18TF
BS 137 137 RR1E044TF
BS 138 449 RR1EM18TF
BS 450 450 RR1E044TF
BS 451 590 RR1EM18TF
BS 591 652 RR1E044TF
BS 653 653 RR1E044JQ

RD RR1EM18TF 594 0 0
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AGGTGAGCCCTAACCATGGAGGACCAGGAAGCACGGTAAAGTGGAACGTGAAGTACGAGA
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AATAATTAATGCTTCACATACAACATGTTTGTGTGGAAGAGTTATTGTTA
AGTA

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1E044JQ 656 0 0
GGAAT
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QA 6 656 6 656
DS 

RD RR1E044TF 656 0 0
GGAAT
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CTCCTCTTGTGTGTTTGTATGTGTTTCTCAATAATGTGACATTTATCGGA
G

QA 6 655 6 655
DS 

RD RR1AS86TF 652 0 0
GG
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CTCCTCTTGTGTGTTTGTATGTGTTTCTCAATAATGTGACATTTATCGGA

QA 3 652 3 652
DS 



AS 1 5

CO CL1228Contig1 1042 5 20 U
AATGCATCATAACTCAATTCTAAAACATACAATCTTTTTGAAACAGAGGAAATACAAACT
TGTAATAATCAGATTATATTTACAAACAGAAATGATGTCAAAAGGCAAAATCAATATTGT
TTAAAAACCAAAGAAAGATGTTTCTACAGACATTAAGAAACATAAAAAGTGTTGCAGGTT
CAGAATAAGGAAGAAAGGTCAAGGTTTCTTCTGCTGCTTCTCTATATCATACAGTACACA
GACATCTGCAGCTGTTTTCATCTGAATGATGTTGACTGTTTGTTTCATCGACCAACCGAA
CAATGTCAAAGCCAATAGAAAAGAGAGTGGTGAGATCTGAGTTAAAGTGGAAACTACGAC
ATTGATGAGATTTTCGGTTTGGTTCTTTGCAATGAGAAGGAGGATGATATACAGAACCTC
GCAAGAAACACAACAGTAACACATAAAGATCCGGTTTCCATAGTAGAGTCTGAAAAGCCA
GCTAGTGCTGTCTTTCACGTCCTTATGGCTGCTCTTCCCTGCTAGAAACGTACTGTACAT
CTGAAGCCAATGACTAGCAATATCTAAAGCAAGCAACGAAAGGAAGACCAAGCTAGGCCT
GTAGACTTGAGAGAGAATCACGAGTAGACAGGCTGTGCTAACTCTATCTGTCACCATGTC
GAGAACAGCTCCAAATGTTGAAACTTGGTTGAATCTACGAGCGCACCAGCCATCCACAGC
ATCACAACAAAAGCTAAAGAAGTAGAGCAGGGAGAAGAGTGTTTTGTTGGAGAAACAGAC
AGCAAAGGCAACACAGTTCAAGAGAACTCTCATGTACCCAACAATATTAGGTATATAAAG
GTAAACAGACAACATTTCTGGTCTAGCTCTCTCCTCCTTCTTACCCATTTTCACTTGGTG
ACGCTGCTGCTAGAGTTGTGAGGATCAAAGAAGAAGAGATCTGTAGTAGAAGGAGGCTCT
CTCAAGTTACTTCAATGCAAATCCAATCGAATCAGATTCGCTGCCATTGCCAGGTAATGA
ATGTTATATCAATCTGGGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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RD RR1DT10JQ 587 0 0
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GCTAGTGCCGTCTTTCACGTCCTTATGGCTGCTCTTCCCTGCTAGAAACGTACTGTACAT
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DS 

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TAAGGAAGAAAGGTCAAGGTTTCTTCTGCTGCTTCTCTATATCATACAGTACACAGACAT
CTGCAGCTGTTTTCATCTGAATGATGTTGACTGTTTGTTTCATCGACCAACCGAACAAAG
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CAC

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TGGAAACTACGACATTGATGAGATTTTCGGTTTGGTTCTTTGCAATGAGAAGGAGGATGA
TATACAGAACCTCGCAAGAAACACAACAGTAACACATAAAGATCCGGTTTCCATAGTAGA
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TTTTCACTTGGTGACGCTGCTGCTAGA

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DS 

RD RR1DT10TF 728 0 0
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TTAAAGTGGAAACTACGACATTGATGAGATTTTCGGTTTGGTTCTTTGCAATGAGAAGGA
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CTAGAAACGTACTGTACATCTGAAGCCAATGACTAGCAATATCTAAAGCAAGCAACGAAA
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TACCCATTTTCACTTGGTGACGCTGCTGCTAGAGTTGTGAGGATCAAAGAAGAAGAGATC
TGTAGTAGAAGGAGGCTCTCTCAAGTTACTTCAATGCAAATCCAATCGAATCAGATTCGC
TGCCATTG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1BY72TF 773 0 0
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TCCGGTTTCCATAGTAGAGTCTGAAAAGCCAGCTAGTGCTGTCTTTCACGTCCTTATGGC
TGCTCTTCCCTGCTAGAAACGTACTGTACATCTGAAGCCAATGACTAGCAATATCTAAAG
CAAGCAACGAAAGGAAGACCAAGCTAGGCCTGTAGACTTGAGAGAGAATCACGAGTAGAC
AGGCTGTGCTAACTCTATCTGTCACCATGTCGAGAACAGCTCCAAATGTTGAAACTTGGT
TGAATCTACGAGCGCACCAGCCATCCACAGCATCACAACAAAAGCTAAAGAAGTAGAGCA
GGGAGAAGAGTGTTTTGTTGGAGAAACAGACAGCAAAGGCAACACAGTTCAAGAGAACTC
TCATGTACCCAACAATATTAGGTATATAAAGGTAAACAGACAACATTTCTGGTCTAGCTC
TCTCCTCCTTCTTACCCATTTTCACTTGGTGACGCTGCTGCTAGAGTTGTGAGGATCAAA
GAAGAAGAGATCTGTAGTAGAAGGAGGCTCTCTCAAGTTACTTCAATGCAAATCCAATCG
AATCAGATTCGCTGCCATTGCCAGGTAATGAATGTTATATCAATCTGGGCTCC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 2 6

CO CL1229Contig1 787 4 19 U
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CACAAAAATGTATTTCGCAGCCATAGCTTCTTCACGACATAGCTTTTTGTCAGACTCTTT
CAGTTCCCGACACAGCTTCAAACCCAGACACAGTAATAAGCTCACACGTCCCAATTCAAT
CTGTTGCAAATCTCCACACCACGACGACGAAACTGATTCTTCTCGGAAAAATGAGAATCA
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AGATGCGTCTGCGGCTAAGAGCGGCGGGAGAATAGGCGGTCAAGCGTTTCGGTCTTCAGC
TCCTCGGCCTCCTCCTAGAATTAACAACCGATCAAGGACCAACATCTACGTGAATCCTCA
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CCTCGTTCTCTTCATGTTTTTTGGAGCCGCTTCAGCCGTGGCCAGAAACATTTTCCGGTC
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GCATGTCTTATTACAAACATAGTCGAATATACGATTTTGTGTTAAAAGTTAATGATGGAA
AAGACGGTTTGTAATTTGTAAACCTTGAGACAATTTACTAAAGAAAAATCTGAAAAACTT
ATATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN18TF U 19
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AF RR1EN18JQ C 19
AF RR1CE64JQ C 71
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G
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GGTGGCTATGGATATGGCTACCGCGGTTGGGGATGGTCACCGTTTTCTTACTTTGCCCCC
GGTCCTGC

QA 2 489 2 489
DS 

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CACAAAAATGTTTTTCGCAGCCATAGCTTCTTCACGACATAGCTTTTTGTCAGACTCTTT
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CTGTTGCAAATCTCCACACCACGACGACGAAACTGATTCTTCTCGGAAAAATGAGAATCA
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GTTTTCTTACTTTGCCCCCGGTCCTGCGGTAGCAGTTGGTGGCGGCGGTGGCTTCGACCT
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*CATGTCTTATTACAA*CATAGTCGA*TATACGATTTTGT

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DS 

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G
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GCCATAGCTTCTTCACGACATAGCTTTTTGTCAGACTCTTTCAGTTCCCGACACAGCTTC
AAACCCAGACACAGTAATAAGCTCACACGTCCCAATTCAATCTGTTGCAAATCTCCACAC
CACGACGACGAAACTGATTCTTCTCGGAAAAATGAGAATCAGCTGGCGAAAATAGCAATC
GCGACGTTAGCGGTTGGCGTTTTGGCTTTGGGATCCGTTGGAGATGCGTCTGCGGCTAAG
AGCGGCGGGAGAATAGGCGGTCAAGCGTTTCGGTCTTCAGCTCCTCGGCCTCCTCCTAGA
ATTAACAACCGATCAAGGACCAACATCTACGTGAATCCTCAGGTTGCACCACCTTTGATC
GGTGGCTATGGATATGGCTACGGCGGTTGGGGATGGTCACCGTTTTCTTACTTTGCCCCC
GGTCCTGCGGTAGCAGTTGGTGGCGGCGGTGGCTTCGACCTCCTCGTTCTCTTCATGTTT
TTTGGATCCGCTTCAGCCGTGGCCAGAAACATTTTCCGGTCAAGAAATGAAGAAGATGAC
GAAGATGACTATTAGGGCTGGGAAAGAATAAAATCAGAGAGGCATGTCTTATTACAAACA
TGGTCGAATATACGATTTTGTGTTAAAAGTTAATGATGG

QA 2 700 2 700
DS 

RD RR1CE64JQ 717 0 0
TT
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CAGCTTCAAACCCAGACACAGTAATAAGCTCACACGTCCCAATTCAATCTGTTGCAAATC
TCCACACCACGACGACGAAACTGATTCTTCTCGGAAAAATGAGAATCAGCTGGCGAAAAT
AGCAA**GCGACGTTAGCGGTTGGCGTTTTGGCTTTGGGATCCGTTGGAGATGCGTCTGC
GGCTAAGAGCGGCGGGAGAATAGGCGGTCAAGCGTTTCGGTCTTCAGCTCCTCGGCCTCC
TCCTAGAATTAACAACCGATCAAGGACCAACATCTACGTGAATCCTCAGGTTGCACCACC
TTTGATCGGTGGCTATGGATATGGCTACGGCGGTTGGGGATGGTCACCGTTTTCTTACTT
TGCCCCCGGTCCTGCGGTAGCAGTTGGTGGCGGCGGTGGCTTCGACCTCCTCGTTCTCTT
CATGTTTTTTGGAGCCGCTTCAGCCGTGGCCAGAAACATTTTCCGGTCAAGAAATGAAGA
AGATGACGAAGATGACTATTAGGGCTGGGAAAGAATAAAATCAGAGAGGCATGTCTTATT
ACAAACATAGTCGAATATACGATTTTGTGTTAAAAGTTAATGATGGAAAAGACGGTTTGT
AATTTGTAAACCTTGAGACAATTTACTAAAGAAAAATCTGAAAAACTTATATAGC

QA 3 717 3 717
DS 



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GGGATGGTCACCGTTTTCTTACTTTGCCCCTGGTCCTGCGGTAGCAGTTGGTGGCGGCGG
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TCTGAAAAACTTATATAGCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC41TF U 1
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GGGATGGTCACCGTTTTCTTACTTTGCCCCTGGTCCTGCGGTAGCAGTTGGTGGCGGCGG
TGGCTTCGACCTCCTCGTTCTCTTCATGTTTTTTGGAGCCGCTTCAGCCGTGGCAAGAAA
CGTTTTCCGGTCAAGAAATGAAGAAGATGACGAAGATGACTATTAGGGCTGGGAAAGAAT
AAAATCAGAGAGGCATGTCTTATTACAAACATAGTCGAATATACGATTTTGTGTTAAAAG
TTAATGATGGAAAAGACGGTTTGTAATTTGTAA*CCTTGAGACA
T

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1FC41JQ 739 0 0
AG
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AGACTCTTTCAGTTCCCGACACAGCTTCAAACCCAGACACAGTAATAAGCTCACACGTCC
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TGAGAATCATCTGGCTAAATTGGCAATAGCGACGTTAGCGGTTGGCGTTTTGGCTTTGGG
ATCCGTTGGAGATGCGTCTGCGGCTAAGAGCGGCGGAAGAATCGGTGGTCAAGCGTTTCG
GTCTTCAGCTCCTCGGCCTCCTCCTAGAATTAACAACCGATCGAGGACCAACATCTACGT
GAATCCTCAGGTTGCACCACCTTTGATCGGTGGCTATGGATATGGCTACGGCGGTTGGGG
ATGGTCACCGTTTTCTTACTTTGCCCCTGGTCCTGCGGTAGCAGTTGGTGGCGGCGGTGG
CTTCGACCTCCTCGTTCTCTTCATGTTTTTTGGAGCCGCTTCAGCCGTGGCAAGAAACGT
TTTCCGGTCAAGAAATGAAGAAGATGACGAAGATGACTATTAGGGCTGGGAAAGAATAAA
ATCAGAGAGGCATGTCTTATTACAAACATAGTCGAATATACGATTTTGTGTTAAAAGTTA
ATGATGGAAAAGACGGTTTGTAATTTGTAAACCTTGAGACAATTTACTAAAGAAAAATCT
GAAAAACTTATATAGCC

QA 3 739 3 739
DS 



AS 2 4

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GGGTGAGGGTTTATCCAAACGTGTCCTCACTTTTCTGATATTGATCTCGTTAGTGGCGGT
GGCAATGAACCTTCTGTCCACGGTAGAGGCACAGGATAAGAAGAAGCCGAGGAGAGATGT
TCCTCTAGTGAAAGGTCTCTCATGGAGCTTTTACCAGAAAGCATGTCCAAAAGTGGAAAG
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TGGATCAGCGAGTGGACCAGGAGAGCAATCATCGATCCCGAATCTGACACTCCGTCAAGC
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GCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DP32TF U 1
AF RR1C768TF U 2
BS 1 207 RR1DP32TF
BS 208 208 RR1C768TF
BS 209 332 RR1DP32TF
BS 333 333 RR1C768TF
BS 334 621 RR1DP32TF
BS 622 622 RR1C768TF
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BS 634 634 RR1C768TF
BS 635 636 RR1DP32TF
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BS 638 660 RR1DP32TF
BS 661 661 RR1C768TF
BS 662 693 RR1DP32TF
BS 694 694 RR1C768TF
BS 695 696 RR1DP32TF
BS 697 697 RR1C768TF
BS 698 729 RR1DP32TF
BS 730 730 RR1C768TF
BS 731 742 RR1DP32TF
BS 743 785 RR1C768TF

RD RR1DP32TF 742 0 0
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GGGTGAGGGTTTATCCAAACGTGTCCTCACTTTTCTGATATTGATCTCGTTAGTGGCGGT
GGCAATGAACCTTCTGTCCACGGTAGAGGCACAGGATAAGAAGAAGCCGAGGAGAGATGT
TCCTCTAGTGAAAGGTCTCTCATGGAGTTTTTACCAGAAAGCATGTCCAAAAGTGGAAAG
CATCATCAGGAAAGAGCTCAAGAAAATCTTCAAGAGAGATATTGGTTTAGCCGCAGCCAT
CCTTCGTATACATTTCCATGACTGCTTCGTTCGGGGATGTGAAGCATCCGTGCTGCTAGA
TGGATCAGCGAGTGGACCAGGAGAGCAATCATCGATCCCGAATCTGACACTCCGTCAAGC
CGCCTTTGTCGTCATCAATAACCTTCGTGCCCTTGTCCACAAGCAATGTGGTCAAGTCGT
CTCTTGTTCTGACATCCTCGCTCTAGCCGCCCGTGACTCCGTCGTCCTATCAGGAGGGCC
AGACTATGCTGTACCACTTGGCCGACGTGACTCACTAGCATTCGCGAGCCAGAACACGAC
GTTAAACAACTTACCACCACCTTTCGCCAAGGCGGATCAGCTCATCGCCGACTTCGCCAA
TAGAAACCTCAACATCACCGACTTAGTAGCACTTTCTGGTGGACACACCATCGGGATCGC
GCATTGTCCGTCTTTCACAGAC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1C768TF 784 0 0
GGAGCAA
AGGCAGAGAAGAGAAAAACTTTTAAAACAAAACACCAACAAGAGAGGAAAATGGGTGAGG
GTTTATCCAAACGTGTCCTCACTTTTCTGATATTGATCTCGTTAGTGGCGGTGGCAATGA
ACCTTCTGTCCACGGTAGAGGCACAGGATAAGAAGAAGCCGAGGAGAGATGTTCCTCTAG
TGAAAGGTCTCTCATGGAGCTTTTACCAGAAAGCATGTCCAAAAGTGGAAAGCATCATCA
GGAAAGAGCTCAAGAAAGTCTTCAAGAGAGATATTGGTTTAGCCGCAGCCATCCTTCGTA
TACATTTCCATGACTGCTTCGTTCAGGGATGTGAAGCATCCGTGCTGCTAGATGGATCAG
CGAGTGGACCAGGAGAGCAATCATCGATCCCGAATCTGACACTCCGTCAAGCCGCCTTTG
TCGTCATCAATAACCTTCGTGCCCTTGTCCACAAGCAATGTGGTCAAGTCGTCTCTTGTT
CTGACATCCTCGCTCTAGCCGCCCGTGACTCCGTCGTCCTATCAGGAGGGCCAGACTATG
CTGTACCACTTGGCCGACGTGACTCACTAGCGTTCGCGAGCCAGAACACGACGTTAAACA
ACTTACCACCACCATTCGCCAAGGCAGACCAGCTCATCGCCGACTTTGCCAACAGAAACC
TCAACATCACCGACTTAGTTGCACTCTCCG*TGGACACACCATCGGGATCGCGCATTGTC
CATCTTTCACAGACAGCTCTACCCGAACAAGACCCACATGAACAAGTCTTTCGCCAC

QA 8 784 8 784
DS 



CO CL1230Contig2 786 2 4 U
CGAAGCAACACTCTTATTTATCATATAGTCTTAAGCATTCCACAAACCACAAGTGCGTTA
ACTAAGATGAAGCATACGTGCATGAAATTCAAATCAAAGCTAAGATGAAGCAACACTCTT
ATTTATCAGATAGTCTTAAGCATTCCACAAACCACAAATGCGTTAACTAAGAAAACAAAG
TCAAAGGAAAATAAGAGACGATAGTTATATGGGTTTCATCTAGATCATGGAAAGAGCCTC
CCCGAGTATGCCATCTTCCAAAACAGACATGAAACTTTCAGTGTTTCTGGCGGAACAGTT
TGCACGAATCTCTCCTTGTGACCCCGTCAAAACACTCATCTGACCCATCTTGATCATCCC
CACCACAAAATGATCAAAAAACAGCTTCTGGTCGATCGCAAAGCTCTCCACGATACCACG
TGTCCTCTTGTCCGTGAACAGGTCCTGGTCGGATGTGAATAGCCCTTGTCGGTTCATGAG
ATCAACGTAGTACTTGTTGTCAAACACGCCAGGGCTCCTTATGTCATTCACTCGCGTGTT
GCTCGAGTTAGCAGTGGGGCAAGTGCGTTTGAGGTTGTTGGCGAAAGACTTGTTCATTGT
TGGGTCTTGGTTCGGGTAGAGCCTGTCTGTGAAAGACGGACAATGCGCGATCCCGATGGT
GTGTCCACCAGAAAGTGCTACTAAGTCGGTGATGTTGAGGTTTCTATTGGCGAAGTCGGC
GATGAGCTGATCCGCCTTGGCGAAAGGTGGTGGTAAGTTGTTTAACGTCGTGTTCTGGCT
CGCGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1F381JQ U 1
AF RR1DP32JQ U 103
BS 1 241 RR1F381JQ
BS 242 242 RR1DP32JQ
BS 243 714 RR1F381JQ
BS 715 786 RR1DP32JQ

RD RR1F381JQ 714 0 0
CGAAGCAACACTCTTATTTATCATATAGTCTTAAGCATTCCACAAACCACAAGTGCGTTA
ACTAAGATGAAGCATACGTGCATGAAATTCAAATCAAAGCTAAGATGAAGCAACACTCTT
ATTTATCAGATAGTCTTAAGCATTCCACAAACCACAAATGCGTTAACTAAGAAAACAAAG
TCAAAGGAAAATAAGAGACGATAGTTATATGGGTTTCATCTAGATCATGGAAAGAGCCTC
CTCGAGTATGCCATCTTCCAAAACAGACATGAAACTTTCAGTGTTTCTGGCGGAACAGTT
TGCACGAATCTCTCCTTGTGACCCCGTCAAAACACTCATCTGACCCATCTTGATCATCCC
CACCACAAAATGATCAAAAAACAGCTTCTGGTCGATCGCAAAGCTCTCCACGATACCACG
TGTCCTCTTGTCCGTGAACAGGTCCTGGTCGGATGTGAATAGCCCTTGTCGGTTCATGAG
ATCAACGTAGTACTTGTTGTCAAACACGCCAGGGCTCCTTATGTCATTCACTCGCGTGTT
GCTCGAGTTAGCAGTGGGGCAAGTGCGTTTGAGGTTGTTGGCGAAAGACTTGTTCATTGT
TGGGTCTTGGTTCGGGTAGAGCCTGTCTGTGAAAGACGGACAATGCGCGATCCCGATGGT
GTGTCCACCAGAAAGTGCTACTAAGTCGGTGATGTTGAGGTTTCTATTGGCGAA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1DP32JQ 684 0 0
A
GATGAAGCAACACTCTTATTTATCAGATAGTCTTAAGCATTCCACAAACCACAAGTGCGT
TAACTAAGAAAACAAAGTCAAAGGAAAATAAGAGACGATAGTTATATGGGTTTCATCTAG
ATCATGGAAAGAGCCTCCCCGAGTATGCCATCTTCCAAAACAGACATGAAACTTTCAGTG
TTTCTGGCGGAACAGTTTGCACGAATCTCTCCTTGTGACCCCGTCAAAACACTCATCTGA
CCCATCTTGATCATCCCCACCACAAAATGATCAAAAAACAGCTTCTGGTCGATCGCAAAG
CTCTCCACGATACCACGTGTCCTCTTGTCCGTGAACAGGTCCTGGTCGGATGTGAATAGC
CCTTGTCGGTTCATGAGATCAACGTAGTACTTGTTGTCAAACACGCCAGGGCTCCTTATG
TCATTCACTTGCGTGTTGCTCGAGTTAGCAGTGGGGCAAGTGCGTTTGAGGTTGTTGGCG
AAAGACTTGTTCATTGTTGGGTCTTGGTTCGGGTAGAGCCTGTCTGTGAAAGACGGACAA
TGCGCGATCCCGATGGTGTGTCCACCAGAAAGTGCTACTAAGTCGGTGATGTTGAGGTTT
CTATTGGCGAAGTCGGCGATGAGCTGATCCGCCTTGGCGAAAGGTGGTGGTAAGTTGTTT
AACGTCGTGTTCTGGCTCGCGAA

QA 2 684 2 684
DS 



AS 1 6

CO CL1231Contig1 786 6 7 U
CGGGGTGGTCAATATCAATAAAAATTAGCTTGTGATTCTACTGTTTAAAAGTGGTCTAAA
CCACAAAATGACCAGTCTTTTAAATTGTATTTTCTTCTTAAAACAACATGACCATAAGGG
TGTGACAAAACGAGAGTCCCATGCCTCTCCAAAGAAGTCAATCAATCTTTGGACGTTATA
ACGAGTAAACCCAATGCTCCTATGAGAATGTACTTGATGATAGGCTTTTCTGTCATAATG
ATAGTCACCCATCCAACGTAAGGCAAGAACCCAACCGCACGACCCATTATATGATGTCGA
TGAAGCCACTGCTGTCCTTCAGCATAAAGAAGTCTATCATCTCCATAGTTATTATCACCT
TTGGTCAAAACATCGACTTCTCCTGTATTCTCCCTTTCGTGAACCTTAATGACACGATGT
ACAATGGGAATATCACGACCATCAACATTGAAAACAACAATCTCTCCTGCTCGAATAGGG
TCCTTACTCATGTGCAAGAAGAGTATATCTCCCCTCTTGAAGCCAGGTTCCATACTTCCA
GAGAGAACAACAACCACAGGAGATTCGCTGCCGGTGACACACATCAAAGCTTTCCATATG
ATCAAAGCTGATGTAACAATCATCCCAAGACTGATGGCCTGAGTGAGATGCTGACGGATC
TGAATTGATTTGATTGAATCTATGGTTTCTCCGACCAAACCCATCTTTTGACTTTCTGAT
TCTCGACGGGATAGTTCAGATAGCAGACACCAACCTTGTTTCAAGCGAAGCAGAGGAGGA
GGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 

AF RR1HA96JQ U 30
AF RR1HA55JQ U 1
AF RR1HA55TF C 327
AF RR1BW90JQ U 44
AF RR1BW90TF C 99
AF RR1HA96TF C 277
BS 1 205 RR1HA55JQ
BS 206 206 RR1BW90JQ
BS 207 484 RR1HA55JQ
BS 485 485 RR1BW90JQ
BS 486 500 RR1HA55JQ
BS 501 771 RR1BW90JQ
BS 772 786 RR1BW90TF

RD RR1HA96JQ 446 0 0
TTGTGATTCTACTGTTTAAAAGTGGTCTAAACCACAAAATGACCAGTCTTTTAAATTGTA
TTTTCTTCTTAAAACAACATGACCATAAGGGTGTGACAAAACGAGAGTCCCATGCCTCTC
CAAAGAAGTCAATCAATCTTTGGACGTTATAACGAGTAAACCCAATGCTCCTATGAAAAT
GTACTTGATGATAGGCTTTTCTGTCATAATGATAGTCACCCATCCAACGTAAGGGAAGAA
CCCAACCGCACGACCCATTATATGATGTCGATGAAGCCACTGCTGTCCTTCAGCATAAAG
AAGTCTATCATCTCCATAGTTATTATCACCTTTGGTCAAAACATCGACTTCTCCTGTATT
CTCCCTTTCGTGAACCTTAATGACACGATGTACAATGGGAATATCACGACCATCAACATT
GAAAACAACAATCTCTCCTGCTCGAA

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR1HA55JQ 500 0 0
CGGGGTGGTCAATATCAATAAAAATTAGCTTGTGATTCTACTGTTTAAAAGTGGTCTAAA
CCACAAAATGACCAGTCTTTTAAATTGTATTTTCTTCTTAAAACAACATGACCATAAGGG
TGTGACAAAACGAGAGTCCCATGCCTCTCCAAAGAAGTCAATCAATCTTTGGACGTTATA
ACGAGTAAACCCAATGCTCCTATGAAAATGTACTTGATGATAGGCTTTTCTGTCATAATG
ATAGTCACCCATCCAACGTAAGGCAAGAACCCAACCGCACGACCCATTATATGATGTCGA
TGAAGCCACTGCTGTCCTTCAGCATAAAGAAGTCTATCATCTCCATAGTTATTATCACCT
TTGGTCAAAACATCGACTTCTCCTGTATTCTCCCTTTCGTGAACCTTAATGACACGATGT
ACAATGGGAATATCACGACCATCAACATTGAAAACAACAATCTCTCCTGCTCGAATAGGG
TCCTCACTCATGTGCAAGAA

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1HA55TF 320 0 0
AAGAAGTCTATCATCTCCATAGTTATTATCACCTTTGGTCAAAACATCGACTTCTCCTGT
ATTCTCCCTTTCGTGAACCTTAATGACACGATGTACAATGGGAATATCACGACCATCAAC
ATTGAAAACAACAATCTCTCCTGCTCGAATAGGGTCCTCACTCATGTGCAAGAAGAGTAT
ATCTCCCCTCTTGAAGCCAGGTTCCATACTTCCAGAGAGAACAACAACCACAGGAGATTC
GCTGCCGGTGACACACATCAAAGCTTTCCATATGATCAAAGCTGATGTAACAATCATCCC
AAGACTGATGGCCTGAGTG
C

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR1BW90JQ 728 0 0
TTTAAAAGTGGTCTAAACCACAAAATGACCAGTCTTTTAAATTGTATTTTCTTCTTAAAA
CAACATGACCATAAGGGTGTGACAAAACGAGAGTCCCATGCCTCTCCAAAGAAGTCAATC
AATCTTTGGACGTTATAACGAGTAAACCCAATGCTCCTATGAGAATGTACTTGATGATAG
GCTTTTCTGTCATAATGATAGTCACCCATCCAACGTAAGGCAAGAACCCAACCGCACGAC
CCATTATATGATGTCGATGAAGCCACTGCTGTCCTTCAGCATAAAGAAGTCTATCATCTC
CATAGTTATTATCACCTTTGGTCAAAACATCGACTTCTCCTGTATTCTCCCTTTCGTGAA
CCTTAATGGCACGATGTACAATGGGAATATCACGACCATCAACATTGAAAACAACAATCT
CTCCTGCTCGAATAGGGTCCTTACTCATGTGCAAGAAGAGTATATCTCCCCTCTTGAAGC
CAGGTTCCATACTTCCAGAGAGAACAACAACCACAGGAGATTCGCTGCCGGTGACACACA
TCAAAGCTTTCCATATGATCAAAGCTGATGTAACAATCATCCCAAGACTGATGGCCTGAG
TGAGATGCTGACGGATCTGAATTGATTTGATTGAATCTATGGTTTCTCCGACCAAACCCA
TCTTTTGACTTTCTGATTCTCGACGGGATAGTTCAGATAGCAGACACCAACCTTGTTTCA
AGCGAAGC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1BW90TF 688 0 0
TAAAACAACATGACCATAAGGGTGTGACAAAACGAGAGTCCCATGCCTCTCCAAAGAAGT
CAATCAATCTTTGGACGTTATAACGAGTAAACCCAATGCTCCTATGAGAATGTACTTGAT
GATAGGCTTTTCTGTCATAATGATAGTCACCCATCCAACGTAAGGCAAGAACCCAACCGC
ACGACCCATTATATGATGTCGATGAAGCCACTGCTGTCCTTCAGCATAAAGAAGTCTATC
ATCTCCATAGTTATTATCACCTTTGGTCAAAACATCGACTTCTCCTGTATTCTCCCTTTC
GTGAACCTTAATGGCACGATGTACAATGGGAATATCACGACCATCAACATTGAAAACAAC
AATCTCTCCTGCTCGAATAGGGTCCTTACTCATGTGCAAGAAGAGTATATCTCCCCTCTT
GAAGCCAGGTTCCATACTTCCAGAGAGAACAACAACCACAGGAGATTCGCTGCCGGTGAC
ACACATCAAAGCTTTCCATATGATCAAAGCTGATGTAACAATCATCCCAAGACTGATGGC
CTGAGTGAGATGCTGACGGATCTGAATTGATTTGATTGAATCTATGGTTTCTCCGACCAA
ACCCATCTTTTGACTTTCTGATTCTCGACGGGATAGTTCAGATAGCAGACACCAACCTTG
TTTCAAGCGAAGCAGAGGAGGAGGAGCC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1HA96TF 510 0 0
GCACGACCCATTATATGATGTCGATGAAGCCACTGCTGTCCTTCAGCATAAAGAAGTCTA
TCATCTCCATAGTTATTATCACCTTTGGTCAAAACATCGACTTCTCCTGTATTCTCCCTT
TCGTGAACCTTAATGACACGATGTACAATGGGAATATCACGACCATCAACATTGAAAACA
ACAATCTCTCCTGCTCGAATAGGGTCCTTACTCATGTGCAAGAAGAGTATATCTCCCCTC
TTGAAGCCAGGTTCCATACTTCCAGAGAGAACAACAACCACAGGAGATTCGCTGCCGGTG
ACACACATCAAAGCTTTCCATATGATCAAAGCTGATGTAACAATCATCCCAAGACTGATG
GCCTGAGTGAGATGCTGACGGATCTGAATTGATTTGA****ATCTATGGTTTCTCCGACC
AAACCCATCTTTTGACTTTCTGATTCTCGACGGGATAGTTCAGATAGCAGACACCAACCT
TGTTTCAAGCGAAGCAGAGGAGGAGGAGCC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 6

CO CL1232Contig1 998 6 3 U
GGGAGAGAGAGAGATGGGGGTGTGGTGGAGGAAGCTCACAACGTGAAGGTGATTGGCTCA
GGAAATCAAGGGACGATCGTATTAGGTCACGGGTTTGGCACGGACCAGTCAGTGTGGAAA
CACTTGGTTCCACATCTGGTCGATGATTACCGCATCGTGCTCTACGACAACATGGGAGCC
GAGGATCTTCAAATCGAGTCTTGTATCTTTGTTGGTCACTCTCTATCCGCCATGGTTGGT
GTCTTGGCTTCTCTTAACCGACCTGACCTCTTCTCCAAAATTGTCATGATTTCTGCTTCC
CCACGATACGTGAACGATGCTGATTACCAAGGTGGGTTCGAGCAAGACGATCTAAACCAA
CTTTTTGAAGCGATGCGAAGCAACTACAAAGCGTGGTGCTTAGGTTTCGCTCCACTCGCG
GTAGGTGGAGACTTAGACTCAGTAGCCGTTCAAGAATTCAGCAGAACGCTCTTCAACATG
CGTCCGGACATAGCACTTTCCCTGGCTCAGACCATTTTCCAAAGCGACATGAGACAATTG
TTACCTTTTGTCTCTGTCCCTTGTCACATCGTCCAAAGCGTTAAAGATTTAGCCGTGCCG
GTCGCCGTATCCGAGTATCTTCACAAAAATCTCGGATGTGAATCTGTCGTCGAGGTTATG
TCTTCAGATGGTCACCTTCCTCAGCTTAGCTCGCCGGACTCTGTTATTCCCGTTCTACTC
CGTCATATCCGCAACGACATTGCTGTATGATGATGAGAGGAGATGTTAATTAAGTTTAGC
GAAATTAAATGTATGATGTGATATGTCTGGCTGGGTAAGTGAGTATATCGTATCGTTGTC
GTTTGTTCTTGGATTCTGAATTTGATCAGTTTGTTGTTGTTCTTATCTTTGTGTTAAACG
AAAAGTCTTGGTCTCTTGTGTCCAGCTTTACTCGACCTCGTTATTTGTTCTTATTTGTTG
TACTCAATATAAATGCAGTAATAACGATGTTCGTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1EZ66TF U 1
AF RR1CE32TF U 60
AF RR1EZ66JQ C 196
AF RR1DW72JQ C 542
AF RR1DW72TF U 542
AF RR1CE32JQ C 274
BS 1 690 RR1EZ66TF
BS 691 995 RR1DW72TF
BS 996 998 RR1EZ66JQ

RD RR1EZ66TF 690 0 0
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GGAAATCAAGGGACGATCGTATTAGGTCACGGGTTTGGCACGGACCAGTCAGTGTGGAAA
CACTTGGTTCCACATCTGGTCGATGATTACCGCATCGTGCTCTACGACAACATGGGAGCC
GAGGATCTTCAAATCGAGTCTTGTATCTTTGTTGGTCACTCTCTATCCGCCATGGTTGGT
GTCTTGGCTTCTCTTAACCGACCTGACCTCTTCTCCAAAATTGTCATGATTTCTGCTTCC
CCACGATACGTGAACGATGCTGATTACCAAGGTGGGTTCGAGCAAGACGATCTAAACCAA
CTTTTTGAAGCGATGCGAAGCAACTACAAAGCGTGGTGCTTAGGTTTCGCTCCACTCGCG
GTAGGTGGAGACTTAGACTCAGTAGCCGTTCAAGAATTCAGCAGAACGCTCTTCAACATG
CGTCCGGACATAGCACTTTCCCTGGCTCAGACCATTTTCCAAAGCGACATGAGACAATTG
TTACCTTTTGTCTCTGTCCCTTGTCACATCGTCCAAAGCGTTAAAGATTTAGCCGTGCCG
GTCGCCGTATCCGAGTATCTTCACAAAAATCTCGGATGTGAATCTGTCGTCGAGGTTATG
TCTTCAGATGGTCACCTTCCTCAGCTTAGC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1CE32TF 623 0 0
AGGAAATCAAGGGACGATCGTATTAGGTCACGGGTTTGGCACGGACCAGTCAGTGTGGAA
ACACTTGGTTCCACATCTGGTCGATGATTACCGCATCGTGCTCTACGACAACATGGGAGC
CGAGGATCTTCAAATCGAGTCTTGTATCTTTGTTGGTCACTCTCTATCCGCCATGGTTGG
TGTCTTGGCTTCTCTTAACCGACCTGACCTCTTCTCCAAAATTGTCATGATTTCTGCTTC
CCCACGATACGTGAACGATGCTGATTACCAAGGTGGGTTCGAGCAAGACGATCTAAACCA
ACTTTTTGAAGCGATGCGAAGCAACTACAAAGCGTGGTGCTTAGGTTTCGCTCCACTCGC
GGTAGGTGGAGACTTAGACTCAGTAGCCGTTCAAGAATTCAGCAGAACGCTCTTCAACAT
GCGTCCGGACATAGCACTTTCCCTGGCTCAGACCATTTTCCAAAGCGACATGAGACAATT
GTTACCTTTTGTCTCTGTCCCTTGTCACATCGTCCAAAGCGTTAAAGATTTAGCCGTGCC
GGTCGCCGTATCCGAGTATCTTCACAAAA*TCTCGGATGTGAATCTGTCGTCGAGGTTAT
GTCTTCAGATGGTCACCTTCCTC

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1EZ66JQ 803 0 0
GAGTCTTGTATCTTTGTTGGTCACTCTCTATCCGCCATGGTTGGTGTCTTGGCTTCTCTT
AACCGACCTGACCTCTTCTCCAAAATTGTCATGATTTCTGCTTCCCCACGATACGTGAAC
GATGCTGATTACCAAGGTGGGTTCGAGCAAGACGATCTAAACCAACTTTTTGAAGCGATG
CGAAGCAACTACAAAGCGTGGTGCTTAGGTTTCGCTCCACTCGCGGTAGGTGGAGACTTA
GACTCAGTAGCCGTTCAAGAATTCAGCAGAACGCTCTTCAACATGCGTCCGGACATAGCA
CTTTCCCTGGCTCAGACCATTTTCCAAAGCGACATGAGACAATTGTTACCTTTTGTCTCT
GTCCCTTGTCACATCGTCCAAAGCGTTAAAGATTTAGCCGTGCCGGTCGCCGTATCCGAG
TATCTTCACAAAAATCTCGGATGTGAATCTGTCGTCGAGGTTATGTCTTCAGATGGTCAC
CTTCCTCAGCTTAGCTCGCCGGACTCTGTTATTCCCGTTCTACTCCGTCATATCCGCAAC
GACATTGCTGTATGATGATGAGAGGAGATGTTAATTAAGTTTAGCGAAATTAAATGTATG
ATGTGATATGTCTGGCTGGGTAAGTGAGTATATCGTATCGTTGTCGTTTGTTCTTGGATT
CTGAATTTGATCAGTCTGTTGTTGTTCTTATCTTTGTGTTAAACGAAAAGTCTTGGTCTC
TTGTGTCCAGCTTTACTCGACCTCGTTATTTGTTCTTATTTGTTGTACTCAATATAAATG
CAGTAATAACGATGTTCGTGATT

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1DW72JQ 454 0 0
G
ACCTTTTGTCTCTGTCCCTTGTCACATCGTCCAAAGCGTTAAAGATTTAGCCGTGCCGGT
CGCCGTATCCGAGTATCTTCACAAAAATCTCGGATGTGAATCTGTCGTCGAGGTTATGTC
TTCAGATGGTCACCTTCCTCAGCTTAGCTCGCCGGACTCTGTTATTCCCGTTCTACTCCG
TCATATCCGCAACGACATTGCTGTATGATGATGAGAGGAGATGTTAATTAAGTTTAGCGA
AATTAAATGTATGATGTGATATGTCTGGCTGGGTAAGTGAGTATATCGTATCGTTGTCGT
TTGTTCTTGGATTCTGAATTTGATCAGTTTGTTGTTGTTCTTATCTTTGTGTTAAACGAA
AAGTCTTGGTCTCTTGTGTCCAGCTTTACTCGACCTCGTTATTTGTTCTTATTTGTTGTA
CTCAATATAAATGCAGTAATAACGATGTTCGTG

QA 2 454 2 454
DS 

RD RR1DW72TF 454 0 0
G
ACCTTTTGTCTCTGTCCCTTGTCACATCGTCCAAAGCGTTAAAGATTTAGCCGTGCCGGT
CGCCGTATCCGAGTATCTTCACAAAAATCTCGGATGTGAATCTGTCGTCGAGGTTATGTC
TTCAGATGGTCACCTTCCTCAGCTTAGCTCGCCGGACTCTGTTATTCCCGTTCTACTCCG
TCATATCCGCAACGACATTGCTGTATGATGATGAGAGGAGATGTTAATTAAGTTTAGCGA
AATTAAATGTATGATGTGATATGTCTGGCTGGGTAAGTGAGTATATCGTATCGTTGTCGT
TTGTTCTTGGATTCTGAATTTGATCAGTTTGTTGTTGTTCTTATCTTTGTGTTAAACGAA
AAGTCTTGGTCTCTTGTGTCCAGCTTTACTCGACCTCGTTATTTGTTCTTATTTGTTGTA
CTCAATATAAATGCAGTAATAACGATGTTCGTG

QA 2 454 2 454
DS 

RD RR1CE32JQ 722 0 0
TCCAAAATTGTCATGATTTCTGCTTCCCCACGATACGTGAACGATGCTGATTACCAAGGT
GGGTTCGAGCAAGACGATCTAAACCAACTTTTTGAAGCGATGCGAAGCAACTACAAAGCG
TGGTGCTTAGGTTTCGCTCCACTCGCGGTAGGTGGAGACTTAGACTCAGTAGCCGTTCAA
GAATTCAGCAGAACGCTCTTCAACATGCGTCCGGACATAGCACTTTCCCTGGCTCAGACC
ATTTTCCAAAGCGACATGAGACAATTGTTACCTTTTGTCTCTGTCCCTTGTCACATCGTC
CAAAGCGTTAAAGATTTAGCCGTGCCGGTCGCCGTATCCGAGTATCTTCACAAAAATCTC
GGATGTGAATCTGTCGTCGAGGTTATGTCTTCAGATGGTCACCTTCCTCAGCTTAGCTCG
CCGGACTCTGTTATTCCCGTTCTACTCCGTCATATCCGCAACGACATTGCTGTATGATGA
TGAGAGGAGATGTTAATTAAGTTTAGCGAAATTAAATGTATGATGTGATATGTCTGGCTG
GGTAAGTGAGTATATCGTATCGTTGTCGTTTGTTCTTGGATTCTGAATTTTATCAGTTTG
TTGTCGTTCTTATCTTTGTGTTAAACGAAAAGTCTTGGTCTCTTGTGTCCAGCTTTACTC
GACCTCGTTATTTGTTCTTATTTGTTGTACTCAATATAAATGCAGTAATAACGATGTTCG
TG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 6

CO CL1233Contig1 1154 6 9 U
GGGGGGGTGAACTTTGAGAGCAAAGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AG**GTCAGAGATCTTTTGAGAATGGCAACTTCAGGAGAATCATCCTCAGAGACGATGGA
AGACTCACACTCACCGGCGGCGATTCCACAATCTCCGCCACCGGCTCCTCTCCTCACTTC
GATTCCAAGCGCTAAGATCGCAACGACGACGGTTGAAAACGCAGCTTCCTGGATCGAGGA
CGCGATGCGTCAGGCGCTCGTGTACCAGAACACGATCCTGGAGACGCTGGATTCCAAAAT
CGACGCATCGAAGTCTCGATTGAGCCAAATTCGAGATACTTCAATCGCTCACACCAGCCA
AACAATCGATTCTATTAGAGAGATTGCTTCTGAGTATAACGTATACGAGCATATGGTGTT
TGCGAAGATCAAAGATGGTGTGAACGTTGCTGCATCTCATCCTCTTATATCAGGAGGTTT
AGCTTTTGGTGTTGGGATCTTTGCTTTGAAAAAGACGAGAAGATTTGTGTACTACAATGC
TGTACGCATGTTTTCAAGCGAAGAGGCGTTGCTTTCTAGAGCGGATCTTAGAGTAAAAGA
GCTGAGACAATCGCTGGATCGTCTTACAGCCGAAAGTGAAAAGTTAGAGCGAGTTGCAAC
TGTGGCAGAAGATGAGCTGATCAGAGGAAGGATGAAACTCAGACAAGCAGGCAAACAGAT
ACGAGGTGTTGTTAACTCAGCTTATAAGATTGAAAAGCAAGCAGCAGGTTTAAAAGATGT
ACTTAAAGAATTACCCACGAGAGAAGCTTCTCGGTTCCGTTCTCAAATATCGAACCGTGC
TTCTGAGGTAAAGCAAGAGAGAAAGGCTTTGACAAAGGAAGTGAACAAGATCAGCAACTA
TGGTATCTCCGTATGAGGAAAATCAAAACCCATTTTTCTAGTTACGGATTTGAATACACT
CTTGAGTTCTTAGATGATGGAGCAATATTATATACACTATTAATAATGTCTAAAACATGA
TTAAGACTAATCTTTTTGTTTGGTTTCAAATGCGAAAGATGCAATCTCATGTTGTCTTTT
GTTTTCGAGTGCTTTGGTTCTTTGGCAATTAGTTTAGCAATACAAATTGATGTTTGCAAC
CATTTGGTGCGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC11TF U 1
AF RR1BR61TF U 3
AF RR1CN89TF U 7
AF RR1BR61JQ C 315
AF RR1GC11JQ C 394
AF RR1CN89JQ C 303
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RD RR1GC11TF 668 0 0
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AGACTCACACTCACCGGCGGCGATTCCACAATCTCCGCCACCGGCTCCTCTCCTCACTTC
GATTCCAAGCGCTAAGATCGCAACGACGACGGTTGAAAACGCAGCTTCCTGGATCGAGGA
CGCGATGCGTCAGGCGCTCGTGTACCAGAACACGATCCTGGAGACGCTGGATTCCAAAAT
CGACGCATCGAAGTCTCGATTGAGCCAAATTCGAGATACTTCAATCGCTCACACCAGCCA
AACAATCGATTCTATTAGAGAGATTGCTTCTGAGTATAACGTATACGAGCATATGGTGTT
TGCGAAGATCAAAGATGGTGTGAACGTTGCTGCATCTCATCCTCTTATATCAGGAGGTTT
AGCTTTTGGTGTTGGGATCTTTGCTTTGAAAAAGACGAGAAGATTTGTGTACTACAATGC
TGTACGCATGTTTTCAAGCGAAGAGGCGTTGCTTTCTAGAGCGGATCTTAGAGTAAAAGA
GCTGAGACAATCGCTGGATCGTCTTACAGCCGAAAGTGAAAAGTTAGAGCGAGTTGCAAC
TGTGGCAG

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1BR61TF 680 0 0
GGGGGT
GAACTTTGAGAGCAAAGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAG****GTCA
GAGATCTTTTGAGAATGGCAACTTCAGGAGAATCATCCTCAGAGACGATGGAAGACTCAC
ACTCACCGGCGGCGATTCCACAATCTCCGCCACCGGCTCCTCTCCTCACTTCGATTCCAA
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GTCAGGCGCTCGTGTACCAGAACACGATCCTGGAGACGCTGGATTCCAAAATCGACGCAT
CGAAGTCTCGATTGAGCCAAATTCGAGATACTTCAATCGCTCACACCAGCCAAACAATCG
ATTCTATTAGAGAGATTGCTTCTGAGTATAACGTATACGAGCATATGGTGTTTGCGAAGA
TCAAAGATGGTGTGAACGTTGCTGCATCTCATCCTCTTATATCAGGAGGTTTAGCTTTTG
GTGTTGGGATCTTTGCTTTGAAAAAGACGAGAAGATCTGTGTACTACAATGCTGTACGCA
TGTTTTCAAGCGAAGAGGCGTTGCTTTCTAGAGCGGATCTTAGAGTAAAAGAGCTGAGAC
AATCGCCGGATCGTCTTACAGCCGAAAGTGAAAAGTTAGAGCGAGTTGCAACTGTGGCAG
AAGATGAGCTGATC

QA 7 680 7 680
DS 

RD RR1CN89TF 676 0 0
GG
GAACTTTGAGAGCAAAGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG**GTCA
GAGATCTTTTGAGAATGGCAACTTCAGGAGAATCATCCTCAGAGACGATGGAAGACTCAC
ACTCACCGGCGGCGATTCCACAATCTCCGCCACCGGCTCCTCTCCTCACTTCGATTCCAA
GCGCTAAGATCGCAACGACGACGGTTGAAAACGCAGCTTCCTGGATCGAGGACGCGATGC
GTCAGGCGCTCGTGTACCAGAACACGATCCTGGAGACGCTGGATTCCAAAATCGACGCAT
CGAAGTCTCGATTGAGCCAAATTCGAGATACTTCAATCGCTCACACCAGCCAAACAATCG
ATTCTATTAGAGAGATTGCTTCTGAGTATAACGTATACGAGCATATGGTGTTTGCGAAGA
TCAAAGATGGTGTGAACGTTGCTGCATCTCATCCTCTTATATCAGGAGGTTTAGCTTTTG
GTGTTGGGATCTTTGCTTTGAAAAAGACGAGAAGATTTGTGTACTACAATGCTGTACGCA
TGTTTTCAAGCGAAGAGGCGTTGCTTTCTAGAGCGGATCTTAGAGTAAAAGAGCTGAGAC
AATCGCTGGATCGTCTTACAGCCGAAAGTGAAAAGTTAGAGCGAGTTGCAACTGTGGCAG
A*GATGAGCTGATC

QA 3 676 3 676
DS 

RD RR1BR61JQ 754 0 0
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ATGGTGTGAACGTTGCTGCATCTCATCCTCTTATATCAGGAGGTTTAGCTTTTGGTGTTG
GGATCTTTGCTTTGAAAAAGACGAGAAGATCTGTGTACTACAATGCTGTACGCATGTTTT
CAAGCGAAGAGGCGTTGCTTTCTAGAGCGGATCTTAGAGTAAAAGAGCTGAGACAATCGC
CGGATCGTCTTACAGCCGAAAGTGAAAAGTTAGAGCGAGTTGCAACTGTGGCAGAAGATG
AGCTGATCAGAGGAAGGATGAAACTCAGACAAGCAGGCAAACAGATACGAGGTGTTGTTA
ACTCAGCTTATAAGATTGAAAAACAAGCAGCAGGTTTAAAAGATGTACTTAAAGAATTAC
CCACGAGAGAAGCTTCTCGGTTCCGTTCTCAAATATCGAACCGTGCTTTTGAGGTAAAGC
AAGAGAGAAAGGCTTTGACAAAGGAAGTGAACAAGATCAGCAACTATGGTATCTCCGTAT
GAGGAAAATCAAAACCCATTTTTCTAGTTACGGATTTGAATACACTCTTGAGTTCTTAGA
TGATGGAGCAATATTATATACACTATTAATAATGTCTAAAACATGATTAAGACTAATCTT
TTTGTTTGGTTTCAAATGCGAAAGATGCAATCTC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1GC11JQ 717 0 0
GTATAACGTATACGAGCATATGGTGTTTGCGAAGATCAAAGATGGTGTGAACGTTGCTGC
ATCTCATCCTCTTATATCAGGAGGTTTAGCTTTTGGTGTTGGGATCTTTGCTTTGAAAAA
GACGAGAAGATTTGTGTACTACAATGCTGTACGCATGTTTTCAAGCGAAGAGGCGTTGCT
TTCTAGAGCGGATCTTAGAGTAAAAGAGCTGAGACAATCGCTGGATCGTCTTACAGCCGA
AAGTGAAAAGTTAGAGCGAGTTGCAACTGTGGCAGAAGATGAGCTGATCAGAGGAAGGAT
GAAACTCAGATAAGCAGGCAAACAGATACGAGGTGTTGTTAACTCAGCTTATAAGATTGA
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GTTCCGTTCTCAAATATCGAACCGTGCTTCTGAGGTAAAGCAAGAGAGAAAGGCTTTGAC
AAAGGAAGTGAACAAGATCAGCAACTATGGTATCCCCGTATGAGGAAAATCAAAACCCAT
TTTTCTAGTTACGGATTTGAATACACTCTTGAGTTCTTAGATGATGGAGCAATATTATAT
ACACTATTAATAATGTCTAAAACATGATTAAGACTAATCTTTTTGTTTGGTTTCAAATGC
GAAAGATGCAATCTCATGTTGTCTTTTGTTTTCGAGTGCTTTGGTTCTTTGGCAATT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1CN89JQ 852 0 0
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CAATCGATTCTATTAGAGAGAT*GCTTCTGAGTATAACGTATACGAGCATATGGTGTTTG
CGAAGATCAAAGATGGTGTGAACGTTGCTGCATCTCATCCTCTTATATCAGGAGGTTTAG
CTTTTGGTGTTGGGATCTTTGCTTTGAAAAAGACGAGAAGATTTGTGTACTACAATGCTG
TACGCATGTTTTCAAGCGAAGAGGCGTTGCTTTCTAGAGCGGATCTTAGAGTAAAAGAGC
TGAGACAATCGCTGGATCGTCTTACAGCCGAAAGTGAAAAGTTAGAGCGAGTTGCAACTG
TGGCAGAAGATGAGCTGATCAGAGGAAGGATGAAACTCAGACAAGCAGGCAAACAGATAC
GAGGTGTTGTTAACTCAGCTTATAAGATTGAAAAGCAAGCAGCAGGTTTAAAAGATGTAC
TTAAAGAATTACCCACGAGAGAAGCTTCTCGGTTCCGTCCTCAAATATCGAACCGTGCTT
CTGAGGTAAAGCAAGAGAGAAAGGCTTTGACAAAGGAAGTGAACAAGATCAGCAACTATG
GTACCTCCGTATGAGGAAAATCAAAACCCATTTTTCTAGTTACGGATTTGAATACACTCT
TGAGTTCTTAGATGATGGAGCAATATTATATACACTATTAATAATGTCTAAAACATGATT
AAGACTAATCTTTTTGTTTGGTTTCAAATGCGAAAGATGCAATCTCATGTTGTCTTTTGT
TTTCGAGTGCTTTGGTTCTTTGGCAATTAGTTTAGCAATACAAATTGATGTTTGCAACCA
TTTGGTGCGTCT

QA 1 852 1 852
DS 



AS 2 6

CO CL1234Contig1 703 3 15 U
AAATAAGAAATCTCGTTTGTTTCATCCGCCATTAACGACCTCTCAAGGTTTTCTTCTCTG
AGCAATGATAAGAGCGTTGGGAGGTGTTGCTACAGACATGTTCACCATGTGTCAACCACT
TCGGTCTCGAGGAAACTTGGTGATGCTGTTTAAAGGATGTAGAAGGTTTGTGAGAACAAC
ATGCCGAGTTTCAATCCCTGGTGGTTCTTTAGGGAATGAATTAAAAGCACCTCCGAGGTT
TCTTAGGGATAAAAAGATAGTTCCTGATGCTGATCCTCCTCATAAGGAAGATATCCATAA
GCTGTATCAGCTTTTTGAGCAAAGTAAAAGACTCACCATCTTGACTGGAGCTGGGATTAG
CACTGAATGTGGCATCCCTGATTATAGAAGTCCCAACGGAGCATACAGTTCTGGTTTCAA
ACCAATTACCCATCAGGAGTTCACTCGATCAAGCCGATCCCGTAGGCGGTATTGGGCAAG
GAGTTATGCTGGTTGGAGACGCTTCACTGCAGCACAACCAGGTCCAGCTCATACTGCTTT
AGCATCACTAGAGAGAGCTGGACGAATTGATTGTATCATAACCCAAAACGTTGACAGGTT
GCATCATCGTGCTGGGAGTGATCCTCTTGAATTACATGGCACAGTATATACTGTTATGTG
CTTAGATTGTGGCTTCTCTTTTCCCCGAGACTCGTTTCAGATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU29TF U 1
AF RR1GG59TF U 32
AF RR1EY88TF U 1
BS 1 39 RR1BU29TF
BS 40 40 RR1GG59TF
BS 41 411 RR1BU29TF
BS 412 412 RR1GG59TF
BS 413 597 RR1BU29TF
BS 598 598 RR1GG59TF
BS 599 632 RR1BU29TF
BS 633 633 RR1GG59TF
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BS 655 655 RR1GG59TF
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BS 669 681 RR1BU29TF
BS 682 682 RR1GG59TF
BS 683 703 RR1BU29TF

RD RR1BU29TF 703 0 0
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TCTTAGGGATAAAAAGATAGTTCCTGATGCTGATCCTCCTCATAAGGAAGATATCCATAA
GCTGTATCAGCTTTTTGAGCAAAGTAAAAGACTCACCATCTTGACTGGAGCTGGGATTAG
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ACCAATTACCCATCAGGAGTTCACTCGATCAAGCCGATCCCGTAGGCGGTATTGGGCAAG
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GCATCATCGTGCTGGGAGTGATCCTCTTGAAT*ACATGGCACAGTATATACTGT*ATGTG
CTTAGAT*GTGGCTTCTCTTT*CCCCGAGACTCGTTTCAGATC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1GG59TF 665 0 0
GG
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AGACATGTTCGCCATGTGTCAACCACTTCGGTCTCGAGGAAACTTGGTGATGCTGTTTAA
AGGATGTAGAAGGTTTGTGAGAACAACATGCCGAGTTTCAATCCCTGGTGGTTCTTTAGG
GAATGAATTAAAAGCACCTCCGAGGTTTCTTAGGGATAAAAAGATAGTTCCTGATGCTGA
TCCTCCTCATAAGGAAGATATCCATAAGCTGTATCAGCTTTTTGAGCAAAGTAAAAGACT
CACCATCTTGACTGGAGCCGGGATTAGCACTGAATGTGGCATCCCTGATTATAGAAGTCC
CAACGGAGCATACAGTTCTGGTTTCAAACCAATTACCCATCAGGAGTTCACTCGATCAAG
CCGATCCCGTAGGCGGTATTGGGCAAGGAGTTATGCTGGTTGGAGACGCTTCACTGCAGC
ACAACCAGGTCCAGCTCATACTGCTTTAGCATCACTAGAGAGAGCTGGACGAATTGATTG
TATCATAACCCAAAACGTTGACAGGTTGCATCATCGTGCTGGGAGTGATCCTCTTGAATT
ACATGGCACAGTATATACTGTTATGTGCTTAGATTGTGGCTTCTCTTTTCCCCGAGACTC
GTT

QA 3 665 3 665
DS 

RD RR1EY88TF 681 0 0
AAATAAGAAATCTCGTTTGTTTCATCCGCCATTAACGACCTCTCAAGGTTTTCTTCTCTG
AGCAATGATAAGAGCGTTGGGAGGTGTTGCTACAGACATGTTCACCATGTGTCAACCACT
TCGGTCTCGAGGAAACTTGGTGATGCTGTTTAAAGGATGTAGAAGGTTTGTGAGAACAAC
ATGCCGAGTTTCAATCCCTGGTGGTTCTTTAGGGAATGAATTAAAAGCACCTCCGAGGTT
TCTTAGGGATAAAAAGATAGTTCCTGATGCTGATCCTCCTCATAAGGAAGATATCCATAA
GCTGTATCAGCTTTTTGAGCAAAGTAAAAGACTCACCATCTTGACTGGAGCTGGGATTAG
CACTGAATGTGGCATCCCTGATTATAGAAGTCCCAACGGAGCATACAGTTCTGGTTTCAA
ACCAATTACCCATCAGGAGTTCACTCGATCAAACCGATCCCGTAGGCGGTATTGGGCAAG
GAGTTATGCTGGTTGGAGACGCTTCACTGCAGCACAACCAGGTCCAGCTCATACTGCTTT
AGCATCACTAGAGAGAGCTGGACGAATTGATTGTATCATAACCCAAAACGTTGACAGGTT
GCATCATCGTGCTGGGAGTGATCCTCTTGAATTACATGGCACAGTATATACTGTTATGTG
CTTAGATTGTGGCTTCTCTTT

QA 1 681 1 681
DS 



CO CL1234Contig2 791 3 8 U
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CTCTGGTTCGTGAACATACATTACTGGAATCGAAGTATGCATTAAACAATTGATTAATCA
CAGTCGCTTAATTGATCAACCTCTGGTTCGTGAACATATTGTCCTATAGAGCTGGTACAC
CGAGTGATCCCACATCAAGAACTCTGGGTAATATCTCACCAACCCTTGCACTGATTTTCA
AAGGAACAATGTCATCAGCTCTGGTAACGCCTATATTTACAATTGCAGTCACTGCACCAG
CTTCATGAGCCGCTCTGACAAGACGAAAAGCAGACATTGTCATCAAAGACGAACCCAACA
CTAGAAATGCATCGCTCTGTTTCGCAGCTTCCATTGCTTGAGTGGCTCTTTCCTTTGGGA
TATTGTCTCCAAAGAAAATAACATCAGGTTTTAAAACTCCTTCGCATTTCTCGCAAACTG
GTATATGAAAACCTTCTTCCCAAAACTTTTCGTCAATCTCAATATCACCATCAGGTCTTT
GTTTCATGCCAAAGGTCTTCTCTGATCCAGGTTCTCCATGATCAATACTTTCTAAAGCTT
CTGCCCACTTAGGATTGAGAGCTTTTAGCTGATCCTGAAACGAGTCTCGGGGAAAAGAGA
AGCCACAATCTAAGCACATAACAGTATATACTGTGCCATGTAATTCAAGAGGATCACTCC
CAGCACGATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG59JQ U 95
AF RR1EY88JQ U 1
AF RR1BU29JQ U 20
BS 1 96 RR1EY88JQ
BS 97 97 RR1BU29JQ
BS 98 496 RR1EY88JQ
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BS 515 740 RR1EY88JQ
BS 741 791 RR1BU29JQ

RD RR1GG59JQ 360 0 0
GAT
TAATCACAGTCACTTAATTGATCCTCTGGTTCGTGAACATACATTACTGGAATCGAAGTA
TGCATTAAACAATTGATTAATCACAGTCGCTTAATTGATCAACCTCTGGTTCGTGAACAT
ATTGTCCTATAGAGCTGGTACACCGAGTGATCCCACATCAAGAACTCTGGGTAATATCTC
ACCAACCCTTGCACTGATTTTCAAAGGAACAATGTCATCAGCTCTGGTAACGCCTATATT
TACAATTGCAGTCACTGCACCAGCTTCATGAGCCGCCCTGACAAGACGAAAAGCAGACAT
TGTCATCAAAGACGAACCCAACACTGGAAATGCATCGCTCTGTTTCGCAGCTTCCAT

QA 4 360 4 360
DS 

RD RR1EY88JQ 740 0 0
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CAGTCGCTTAATTGATCAACCTCTGGTTCGTGAACATATTGTCCTATAGAGCTGGTACAC
CGAGTGATCCCACATCAAGAACTCTGGGTAATATCTCACCAACCCTTGCACTGATTTTCA
AAGGAACAATGTCATCAGCTCTGGTAACGCCTATATTTACAATTGCAGTCACTGCACCAG
CTTCATGAGCCGCTCTGACAAGACGAAAAGCAGACATTGTCATCAAAGACGAACCCAACA
CTAGAAATGCATCGCTCTGTTTCGCAGCTTCCATTGCTTGAGTGGCTCTTTCCTTTGGGA
TATTGTCTCCAAAGAAGATAACATCAGGTTTTAGAACTCCTTCGCATTTCTCGCAAACTG
GTATATGAAAACCTTCTTCCCAAAACTTTTCGTCAATCTCAATATCACCATCAGGTCTTT
GTTTCATGCCAAAGGTCTTCTCTGATCCAGGTTCTCCATGATCAATACTTTCTAAAGCTT
CTGCCCACTTAGGATTGAGAGCTTTTAGCTGATCCTGAAACGAGTCTCGGGGAAAAGAGA
AGCCACAATCTAAGCACATA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1BU29JQ 772 0 0
CTCTTTTTATTTTTCTGTTGGAAATTACAACTTGAAAAGATACATTACAGGAATTGAAGT
ATGCATTAAACAATTGACTAATCACAGTCACTTAATTGATCCTCTGGTTCGTGAACATAC
ATTACTGGAATCGAAGTATGCATTAAACAATTGATTAATCACAGTCCCTTAATTGATCAA
CCTCTGGTTCGTGAACATATTGTCCTATAGAGCTGGTACACCGAGTGATCCCACATCAAG
AACTCTGGGTAATATCTCACCGACCCTTGCACTGATTTTCAAAGGAACAATGTCATCAGC
TCTGGTAACGCCTATATTTACAATTGCAGTCACTGCACCAGCTTCATGAGCCGCTCTGAC
AAGACAAAAAGCAAACATTGTCATCAAAGACAAACCCAACACTAAAAATGCATCGCTCTG
TTTCGCAGCTTCCATTGCTTGAGTGGCTCTTTCCTTTGGGATATTGTCTCCAAAGAAAAT
AACATCAGGTTTTAAAACTCCTTCGCATTTCTCGCAAACTGGTATATGAAAACCTTCTTC
CCAAAACTTTTCGTCAATCTCAATATCACCATCAGGTCTTTGTTTCATGCCAAAGGTCTT
CTCTGATCCTGGTTCTCCATGATCAATACTTTCTAAAGCTTCTGCCCACTTAGGATTGAG
AGCTTTTAGCTGATCCTGAAACGAGTCTCGGGGAAAAGAGAAGCCACAATCTAAGCACAT
AACAGTATATACTGTGCCATGTAATTCAAGAGGATCACTCCCAGCACGATGA

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 6

CO CL1235Contig1 833 6 12 U
GGAAAACCTAAAAGTCAGCAAACTAAAGGCATATTCCTCTTCTCCTCATAAGCCTTATTT
TCCACATATTCAGATTCAAGAATCCATGGCGATCACGAAGCTCCTCTTCGCTTCACTTCT
AATATGCTCCATGATCCAATCCAGTCATGGTGCTACCAAAGAGAGACTCTTCACCGACCT
GGAGAAAGGTGCACTTGAGGTCACCGCTACACCCAGCCGAACTGGACAAGGTGTCGTTTT
GGCTGCCGGAGTTGATAAGCTGAGCATTACATGGAAGGTAAGCTCGACGGCTACAAAGGA
GGCTGAATTTAAGATCATTAAAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTCAGCCAAGTGGACCG
ACCATGGCGCAAGACCCATAATGAGCTCTTCAAGGACAAGAGCTGCCCACACAAGATCTC
TTCATTTCCCTATGACCCCACTGTCAAAACCGCTCAATCATTCGACTATACCCTCGAGCG
CGACATCCCCACAGGGACCTACTACGTTCGTGCCTACGCAGTTGATGCCCAGGACCATGA
AGTTGCCTTTGGACAGACCACAAACGAGGCCAAGACAACCGATCTCTTCAGCGTTCAGGC
TATTAGTGGCCGCCACAAATCCTTAGATATTGCCTCTGTCTGTTTCAGCGTCTTCTCCGT
CGTGGCTCTTCTCGTCTTCTTTGTTAACGAAAAGAGAAAGGCTAAGATAGAGCAAAGCAA
ATGAGTCGTTTGCGTATTGCGACGTTGAAAAAAAGGCGTTGACTTTAAATTTTCATTTCT
ATCAATTTGCGTATGATTGTTAAAGTTTCTTTGTTAAAACGCTTACTTCTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 0 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1GZ33TFB U 1
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AF RR1EK17TF U 6
AF RR1FO02JQ C 44
AF RR1GZ33JQ C 141
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BS 161 279 RR1GZ33TFB
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BS 281 416 RR1GZ33TFB
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TCCACATATTCAGATTCAAGAATCCATGGCGATCACGAAGCTCCTCTTCGCTTCACTTCT
AATATGCTCCATGATCCAATCCAGTCATGGTGCTACCAAGGAGAGACTCTTCACCGACCT
GGAGAAAGGTGCACTTGAGGTCACCGCTACACCCAGCCGAACTGGACAAGGTGTCGTTTT
GGCTGCCGGAGTTGATAAGCTGAGCATTACATGGAAGGTGAGCTCGACGGCTACAAAGGA
GGCTGAATTTAAGATCATTAAAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTCAGCCAAGTGGACCG
ACCATGGCGCAAGACCCATAATGAGCTCTTCAAGGACAAGAGCTGCCCACACAAGACCTC
TTCATTTCCCTATGACCCCACTGTCAAAACCGCTCAATCATTCGACTATACCCTCGAGCG
CGACATCCCCACAGGGACCTACTACGTTCGTGCCTACGCAGTTGATGCCCAGGACCATGA
AGTTGCCTTTGGACAGACCAC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1FO02TF 740 0 0
GGAAC
CTAAAAGTCAGCAAACTAAAGGCATATTCCTCTTCTCCTCATAAGCCTTATTTTCCACAT
ATTCAGATTCAAGAATCCATGGCGATCACGAAGCTCCTCTTCGCTTCACTT**AATATGC
TCCATGATCCAATCCAGTCATGGTGCTACCAAAGAGAGACTCTTCACCGACCTGGAGAAA
GGTGCACTTGAGGTCACCGCTACACCCAGCCGAACTGGACAAGGTGTCGTTTTGGCTGCC
GGAGTTGATAAGCTGAGCATTACATGGAAGGTAAGCTCGACGGCTACAAAGGAGGCTGAA
TTTAAGATCATTAAAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTCAGCCAAGTGGACCGACCATGG
CGCAAGACCCATAATGAGCTCTTCAAGGACAAGAGCTGCCCACACAAGATCTCTTCATTT
CCCTATGACCCCACTGTCAAAACCGCTCAATCATTCGACTATACCCTCGAGCGCGACATC
CCCACAGGGACCTACTACGTTCGTGCCTACGCAGTTGATGCCCAGGACCATGAAGTTGCC
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GGCCGCCACAAATCCTTAGATATTGCCTCTGTCTGTTTCAGCGTCTTCTCCGTCGTGGCT
CTTCTCGTCTTCTTTGTTAACGAAAAGAGAAAGGCTAAGATAGAGCAAAGCAAATGAGTC
GTTTGCGTATTGCGA

QA 6 740 6 740
DS 

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GGAC
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ATTCAGATTCAAGAATCCATGGCGATCACGAAGCTCCTCTTCGCTTCACTTCTAATACGC
TCCATGATCCAATCCAGTCATGGTGCTACCAAAGAGAGACTCTTCACCGACCTGGAGAAA
GGTGCACTTGAGGTCACCGCTACACCCAGCCGAACTGGACAAGGTGTCGTTTTGGCTGCC
GGAGTTGATAAGCTGAGCATTACATGGAAGGTAAGCTCGACGGCTACAAAGGAGGCTGAA
TTTAAGATCATTAAAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTCAGCCAAGTGGACCGACCATGG
CGCAAGACCCATAATGAGCTCTTCAAGGACAAGAGCTGCCCACACAAGATCTCTTCATTT
CTCTATGACCCCACTGTCAAAACCGCTCAATCATTCGACTATACCCTCGAGCGCGACATC
CCCACAGGGACCTACTACGTTCGTGCCTACGCAGTTGATGCCCAGGACCATGAAGTTGCC
TTTGGACAGACCACAAACGAGGCCAAGACAACCGATCTCTTCAGCGTTCAGGCTATTAGT
GGCCGCCACAAATCCTTAGATATTGCCTCTGTCTGTTTCAGCGTCTTCTCCGTCGTGGCT
CTTCTCGTCTTCTTTGTTAACGAAAAGAGAAAGGCTAAGATAGAGCAAAGCAAATGAGTC
GTTTGCGTATTGCGACGT
TGAA

QA 5 742 5 742
DS 

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GG
CTAAAAGTCAGCAAACTAAAGGCATATTCCTCTTCTCCTCATAAGCCTTATTTTCCACAT
ATTCAGATTCAAGAATCCATGGCGATCACGAAGCTCCTCTTCGCTTCACTTCTAATATGC
TCCATGATCCAATCCAGTCATGGTGCTACCAAAGAGAGACTCTTCACCGACCTGGAGAAA
GGTGCACTTGAGGTCACCGCTACACCCAGCCGAACTGGACAAGGTGTCGTTTTGGCTGCC
GGAGTTGATAAGCTGAGCATTACATGGAAGGTAAGCTCGACGGCTACAAAGGAGGCTGAA
TTTAAGATCATTAAAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTCAGCCAAGTGGACCGACCATGG
CGCAAGACCCATAATGAGCTCTTCAAGGACAAGAGCTGCCCACACAAGATCTCTTCATTT
CCCTATGACCCCACTGTCAAAACCGCTCAATCATTCGACTATACCCTCGAGCGCGACATC
CCCACAGGGACCTACTACGTTCGTGCCTACGCAGTTGATGCCCAGGACCATGAAGTTGCC
TTTGGACAGACCACAAACGAG*CCAAGACAACCGATCTCTTCAGCGTTCACGCTATTAGT
GGCCGCCACAAATCCTTAGATATTGCCTCTGTCTGTTTCAGCGTCTTCTCCGTCGTGGCT
CTTCTCGTCTTCTTTGTTA*CGAAA*GAGAAAG*CTA*GATAGAGCAA*GCAA*TGAGTC
GTTTGCGTATTGCGACGT
GAAAAAA

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DS 

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TTTCCACATAT*CAGATTCAAGAATCCATGGCGATCACGAAGCTCCTCTTCGCTTCACTT
**AATATGCTCCATGATCCAATCCAGTCATGGTGCTACCAAAGAGAGACTCTTCACCGAC
CTGGAGAAAGGTGCACTTGAGGTCACCGCTACACCCAGCCGAACTGGACAAGGTGTCGTT
TTGGCTGCCGGAGTTGATAAGCTGAGCATTACATGGAAGGTAAGCTCGACGGCTACAAAG
GAGGCTGAATTTAAGATCATTAAAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTCAGCCAAGTGGAC
CGACCATGGCGCAAGACCCATAATGAGCTCTTCAAGGACAAGAGCTGCCCACACAAGATC
TCTTCATTTCCCTATGACCCCACTGTCAAAACCGCTCAATCATTCGACTATACCCTCGAG
CGCGACATCCCCACAGGGACCTACTACGTTCGTGCCTACGCAGTTGATGCCCAGGACCAT
GAAGTTGCCTTTGGACAGACCACAAACGAGGCCAAGACAACCGATCTCTTCAGCGTTCAG
GCTATTAGTGGCCGCCACAAATCCTTAGATATTGCCTCTGTCTGTTTCAGCGTCTTCTCC
GTCGTGGCTCTTCTCGTCTTCTTTGTTAACGAAAAGAGAAAGGCTAAGATAGAGCAAAGC
AAATGAGTCGTTTGCGTATTGCGACGTTGAAAAAAAGGCGTTGACTTTAAATTTTCATTT
CTATCAATTTGCGTATGATTGTTAAAGTTTCTTTGTTAAAACGCTTACTTCTTAC

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DS 

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AAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTCAGCCAAGTGGACCGACCATGGCGCAAGACCCATA
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CAAACGAGGCCAAGACAACCGATCTCTTCAGCGTTCAGGCTATTAGTGGCCGCCACAAAT
CCTTAGATATTGCCTCTGTCTGTTTCAGCGTCTTTTCCGTCGTGGCTCTTCTCGTCTTCT
TTGTTAACGAAAAGAGAAAGGCTAAGATAGAGCAAAGCAAATGAGTCGTTTGCGTATTGC
GACGTTGAAAAAAAGGCGTTGACTTTAAATTTTCATTTCTATCAATTTGCGTATGATTGT
TAAAGTTTCTTTGTTAAAACGCTTACTTCTT

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 4

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TGCTTTCCCGAGAAGAATGGCGGCAACATCACCACTCTACAATCAGCTTAAGGATGCTGA
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GGCAAAACACATCAAACACATTGCCACAAAAGTTGGGTTGCCACTGGTTTTCAAGTCGAG
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TCTCAAGATTCTTGAGAAGGTGAAATTAGCATATGACTTACCAATTGTAACTGATGTTCA
TGAGGCGTATCAGTGTGAAGAAGTTGGCAAGGTTGCTGATATAATTCAGATACCAGCATT
CTTATGTCGCCAGACAGATCTTCTGGTTGCCGCAGCCCAAACTGGAAAAATTATCAATAT
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GGCTGGGAATCCGAATGTGATGGTTTGTGAAAGAGGAACCATGTTTGGATACAATGACTT
GATAGTAGATCCACGAAACTTCGAATGGATAAGGGAAGCTAATTGTCCTGTTGTTGCTGA
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TGGAGGCCTTCGGGAGTTAATACCCTACATTGCCAGAACAGCTGTAGCAGTTGGTGTCGA
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GTGGCCTTTGCGTCATCTAGAAGAACTCCTAGAGGAGCTCATCACGATTGCTAGGGTCAC
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TAGTAATCTCTAGGTCTCCTCCTCGGACATATGGGTCCCCGCAAAATCCTGGAGACCTTA
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TATTTTTTATTTATCCAAACTTTGAACATATATATAAACTTTTATTCAAAATTTCTTCAA
TTTAAGAGTGTTCAAACATATGATAACTATAATGAAGTCTGTTTACATTCGATAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF25TF U 1
AF RR1F386TF U 111
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AF RR1GF25JQ C 412
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BS 452 534 RR1GF25TF
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BS 866 908 RR1F386TF
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BS 910 919 RR1F386TF
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BS 1118 1118 RR1GF25JQ
BS 1119 1197 RR1F386JQ

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ACCATTCTTCTTGTTGGCTGGTCCAAATGTGATCGAATCCGAGGAGCATATTCTTCGAAT
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TTTTGATAAAGCTAACAGAACTTCTTCTAAGTCCTTCCGAGGTCCTGGCATTGCTGAGGG
TCTCAAGATTCTTGAGAAGGTGAAATTAGCATATGACTTACCAATTGTAACTGATGTTCA
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CTTATGTCGCCAGACAGATCTTCTGGTTGCGGCAGCCCAAACTGGAAAAATTATCAATAT
TAAGAAAGGACAGTTTTGTGCTCCTTCTGTCATGGAAAATTCAGCTGAGAAGAT

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DS 

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G
GGATGCTGAACCATTCTTCTTGTTGGCTGGTCCAAATGTGATCGAATCCGAGGAGCATAT
TCTTCGAATGGCAAAACACATCAAACACATTGCCACAAAAGTTGGGTTGCCACTGGTTTT
CAAGTCGAGTTTTGATAAAGCTAACAGAACTTCTTCTAAGTCCTTCCGAGGTCCTGGCAT
TGCTGAGGGTCTCAAGATTCTTGAGAAGGTGAAATTAGCATATGACTTACCAATTGTAAC
TGATGTTCATGAGGCGTATCAGTGTGAAGAAGTTGGCAAGGTTGCTGATATAATTCAGAT
ACCAGCATTCTTATGTCGCCAGACAGATCTTCTGGTTGCC*CAGCCCAAACTGGAAAAAT
TATCAATATTAAGAAAGGACAGTTTTGTGCTCCTTCTGTCATGGAAAATTCAGCTGAGAA
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TGTTGCTGACATAACCCATGCACTCCAACAACCTGCAGGCAAAAAGTTGGAAGGTGGTGG
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TCAG
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ATTATCAATATTAAGAAAGGACAGTTTTGTGCTCCTTCTGTCATGGAAAATTCAGCTGAG
AAGATCAGGCTGGCTGGGAATCCGAATGTGATGGTTTGTGAAAGAGGAACCATGTTTGGA
TACAATGACTTGATAGTAGATCCACGAAACTTCGAATGGATAAGGGAAGCTAATTGTCCT
GTTGTTGCTGACATAACCCATGCACTCCAACAACCTGCAGGCAAAAAGTTGGAAGGTGGT
GGTGTTGCTAGTGGAGGCCTTCGGGAGTTAATACCCTACATTGCCAGAACAGCTGTAGCA
GTTGGTGTCGATGGAATTTTCATGGAGGTTCATGATGATCCTCTAAGTGCTCCAGTTGAT
GGTCCAACTCAGTGGCCTTTGCGTCATCTAGAAGAACTCCTAGAGGAGCTCATCACGATT
GCTAGGGTCACAAAAGGAAAGCAGCGGTTCCAGATCGATCTCACACCTTACCGCGACTAG
GATTGAAAGTGTAGTAATCTCTAGGTCTCCTCCTCGGACATATGGGTCCCCGCAAAATCC
TGGAGACCTTATCGCGGTTGCGAACTCTCCGTAAAGGATATCTATCATCTACTTGAGCAA
AGAATGTTATTTATTTTTTATTTATCCAAACTTTGAACATATATATAAGCTTTTATTCAA
AATTTCTTCAATTTAAGAGTGTTCAAACATATGATAACTATAATGAAGTCTGTTTACATT
CGATAGGC

QA 5 792 5 792
DS 

RD RR1GF25JQ 742 0 0
ACCAGCATTCTTATGTCGCCAGACAGATCTTCTGGTTGCGGCAGCCCAAACTGGAAAAAT
TATCAATATTAAGAAAGGACAGTTTTGTGCTCCTTCTGTCATGGAAAATTCAGCTGAGAA
GATCAGGCTGGCTGGGAATCCGAATGTGATGGTTTGTGAAAGAGGAACCATGTTTGGATA
CAATGACTTGATAGTAGATCCACGAAACTTCGAATGGATGAGGGAAGCTAATTGTCCTGT
TGTTGCTGACATAACCCATGCACTCCAACAACCTGCAGGCAAAAAGTTGGAAGGTGGTGG
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TCCAACTCAGTGGCCTTTGCGTCATCTAGAAGAACTCCTAGAGGAGCTCATCACGATTGC
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TTGAAAGTGTAGTAATCTCTAGGTCTCCTCCTCGGACATATGGGTCCCCGCAAAATCCTG
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AATGTTATTTATTTTTTATTTATCCAAACTTTGAACATATATATAAACTTTTATTCAAAA
TTTCTTCAATTTAAGAGTGTTC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 6

CO CL1237Contig1 1562 6 21 U
ACTATGTTCCTCCACCACCTCCTCCTGGTCCCAAAGCTGGAGGACCTTACGGTGGACAAC
AGCAACAATGGCGCCAACAAAACGCGTTACCACCGTCAGATCATGTCGTGACGTCACTAC
CACCACCTAAGGCTCCATCTCCACCACGGCAACCTCCTCCACCTCCACCACCTCCTTTCA
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CTCTTGTTGGTTATTGCATCGCTGGTGCTAAAAGATTGCTTGTCTATGAGTTTGTTCCTA
ACAACAATCTCGAGTTTCACCTCCATGGTGAGGGACGGCCTACAATGG*AATGGAGGACC
AGATTGAAGATTGCTCTTGGATCTGCTAAAGGACTTTCTTATCTTCATGAAGATTGCAAT
CCTAAAATCATTCACCGTGATATCAAGGCTGCTAACATATTGATAGATTTCAAGTTTGAG
GCTAAGGTTGCTGATTTTGGTCTTGCTAAGATTGCTTCTGATACAAACACTCATGTATCT
ACACGTGTGATGGGAACCTTTGGGTATTTGGCTCCTGAGTACGCTGCAAGCGGAAAGCTC
ACGGAGAAGTCTGATGTTTTCTCATTTGGCGTTGTGCTTTTGGAGCTCATTACCGGACGT
CGACCCGTTGATGCCAACAATGTCTATGTAGATGACAGCTTAGTTGACTGGGCACGTCCA
TTGCTTAACCGAGCATCTGAACAAGGAGACTTTGAGGGTTTAGCTGATGCAAAGATGAAT
AACGAGTATGACAGAGAGGAGATGGCTCGCATGGTCGCTTGTGCTGCGGCTTGTGTTCGC
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GGAGGAAGCACTGATTACGACTCGAGCCAATACAATGAAGACATGAAGAAGTTTAGGAAA
ATGGCACTTGGAACTCAAGAGTACAACGCCACAGGTGAGTACAGTAATCCAACAAGTGAC
TATGGACTTTACCCGTTTGGTTCAAGCAGCGAGGGCCAAACCACACGTGAAATGGAGATG
GGGAAGATTAAGAGAACCGGTCAAGGTTATAGTGGACCTTCTCTTTAAACCAGAGGGGAG
AGAGAATTTGGAGGTTTTTTTTTT*GTCATTATTTTTTAACTGTAAAGATTTGAGGAAAT
TGCCTTGCTCTAATTAAAACCACTACTATATAAGGTTATAATACGTTTTGAATTGTTTTT
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1AT30TF U 1
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BS 590 697 RR1AT30TF
BS 698 698 RR1B881TF
BS 699 701 RR1AT30TF
BS 702 702 RR1B881TF
BS 703 725 RR1AT30TF
BS 726 726 RR1B881TF
BS 727 808 RR1AT30TF
BS 809 809 RR1B881TF
BS 810 835 RR1AT30TF
BS 836 1135 RR1B881TF
BS 1136 1136 RR1GV88JQ
BS 1137 1204 RR1B881TF
BS 1205 1206 RR1GV88JQ
BS 1207 1225 RR1B881TF
BS 1226 1509 RR1GV88JQ
BS 1510 1535 RR1B881JQ
BS 1536 1562 RR1AT30JQ

RD RR1AT30TF 835 0 0
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AGCAACAATGGCGCCAACAAAACGCGTTACCACCGTCAGATCATGTCGTGACGTCACTAC
CACCACCTAAGGCTCCATCTCCACCACGGCAACCTCCTCCACCTCCACCACCTCCTTTCA
TGAGCAGCAGCGGCGGCTCCGACTACTCGGACCGTCCAGTTCTTCCTCCACCGTCTCCAG
GGCTCGTGTTAGGCTTCTCCAAAAGCACTTTCACATACGAGGAGCTAGCAAGGGCCACGA
ACGGCTTCTCTGAGGCTAATCTGTTGGGACAAGGAGGGTTCGGTTACGTGCACAAAGGTG
TGTTGCCTAGTGGGAAAGAAGTCGCCGTGAAGCAGTTGAAAGTAGGGAGTGGTCAGGGAG
AGAGAGAGTTCCAGGCGGAGGTTGAGATCATCAGCAGAGTTCACCACAGGCATTTGGTTT
CTCTTGTTGGTTATTGCATCGCTGGTGCTAAAAGATTGCTTGTCTATGAGTTTGTTCCTA
ACAACAATCTCGAGTTTCACCTCCATGGTGAGGGACGGCCTACAATGGGAATGGAGGACC
AGATTGAAGATTGCTCTTGGATCTGCTAAAGGACTTTCTTATCTTCATGAAGATTGCAAT
CCTAAAATCATTCACCGTGATATCAAGGCTGCTAACACATT*ATAGATTTCAAGTTTGAG
GCTAAAGTTGCTGATTTTGGTCTTGCTAAGATTGCTTCTGATACAAACACTCATGTATCT
ACACGTGTGATGGGAACCTTTGGGTATT*GGCTCCTGAGTACGCTGCAAGCGGAA

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR1GV88TF 573 0 0
G
GTTGAAAGTAGGGAGTGGTCAGGGAGAGAGAGAGTTTCAGGCGGAGGTTGAGATCATCAG
CAGAGTTCACCACAGGCATTTGGTTTCTCTTGTTGGTTATTGCATCGCTGGTGCTAAAAG
ATTGCTTGTCTATGAGTTTGTTCCTAACAACAATCTCGAGTTTCACCTCCATGGTGAGGG
ACGGCCTACAATGG*AATGGAGGACCAGATTGAAGATTGCTCTTGGATCTGCTAAAGGAC
TTTCTTATCTTCATGAAGATTGCAATCCTAAAATCATTCACCGTGATATCAAGGCTGCTA
ACATATTGATAGATTTCAAGTTTGAGGCTAAGGTTGCTGATTTTGGTCTTGCTAAGATTG
CTTCTGATACAAACACTCATGTATCTACACGTGTGATGGGAACCTTTGGGTATTTGGCTC
CTGAGTACGCTGCAAGCGGAAAGCTCACGGAGAAGTCTGATGTTTTCTCATTTGGCGTTG
TGCTTTTGGAGCTCATTACCGGACGTCGACCCGTTGATGCCAACAATGTCTATGTAGATG
ACAGCTTAGTTGACTGGGCACGTCCATTGCTT

QA 2 573 2 573
DS 

RD RR1B881TF 851 0 0
GG
AGAAGTCGCCGTGT*GCAGTTGAAAGTAGGGAGTGGTCAGGGAGAGAGAG**TTTCAGGC
GGAGGTTGAGATCATCAGCAGAGTTCACCACAGGCATTTGGTTTCTCTTGTTGGTTATTG
CATCGCTGGTGCTAAAAGATTGCTTGTCTATGAGTTTGTTCCTAACAACAATCTCGAGTT
TCACCTCCATGGTGAGGGACGGCCTACAATGG*AATGGAGGACCAGATTGAAGATTGCTC
TTGGATCTGCTAAAGGACTTTCTTATCTTCATGAAGATTGCAATCCTAAAATCATTCACC
GTGATATCAAGGCTGCTAACATATTGATAGATTTCAAGTTTGAGGCTAAGGTTGCTGATT
TTGGTCTTGCTAAGATTGCTTCTGATACAAACACTCATGTATCTACGCGTGTGATGGGAA
CCTTTGGGTATTTGGCTCCTGAGTACGCTGCAAGCGGAAAGCTCACGGAGAAGTCTGATG
TTTTCTCATTTGGCGTTGTGCTTTTGGAGCTCATTACCGGACGTCGACCCGTTGATGCCA
ACAATGTCTATGTAGATGACAGCTTAGTTGACTGGGCACGTCCATTGCTTAACCGAGCAT
CTGAACAAGGAGACTTTGAGGGTTTAGCTGATGCAAAGATGAATAACGAGTATGACAGAG
AGGAGATGGCTCGCATGGTCGCTTGTGCTGCGGCTTGTGTTCGCCATTCAGCTCGCCGCA
GACCTCGTATGAGCCAGATTGTGCGTGCGTTAGAAGGAA*CGTATCGCTGTCAGATCTCA
ACGAAGGGATGAGACCAGGTCAAAGCAATGTATACAGCTCATATGGAG**AGCACTGATT
ACGACTCGA

QA 3 851 3 851
DS 

RD RR1GV88JQ 693 0 0
GTACGCTGCAAGCGGAAAGCTCACGGAGAAGTCTGATGTTTTCTCATTTGGCGTTGTGCT
TTTGGAGCTCATTACCGGACGTCGACCCGTTGATGCCAACAATGTCTATGTAGATGACAG
CTTAGTTGACTGGGCACGTCCATTGCTTAACCGAGCATCTGAACAAGGAGACTTTGAGGG
TTTAGCTGATGCAAAGATGAATAACGAGTATGACAGAGAGGAGATGGCTCGCATGGTCGC
TTGTGCTGCGGCTTGTGTTCGCCATTCAGCTCGCCGCAGACCTCGCATGAGCCAGATTGT
GCGTGCGTTAGAAGGAAACGTATCGCTGTCAGATCTCAACGAAGGGATGAGACCAGGTCA
AAGCAATGTATACAGCTCATATGGAGGAAGCACTGATTACGACTCGAGCCAATACAATGA
AGACATGAAGAAGTTTAGGAAAATGGCACTTGGAACTCAAGAGTACAACGCCACAGGTGA
GTACAGTAATCCAACAAGTGACTATGGACTTTACCCGTTTGGTTCAAGCAGCGAGGGCCA
AACCACACGTGAAATGGAGATGGGGAAGATTAAGAGAACCGGTCAAGGTTATAGTGGACC
TTCTCTTTAAACCAGAGGGGAGAGAGAATTTGGAGGTTTTTTTTTT*GTCATTATTTTTT
AACTGTAAAGATTTGAGGAAATTGCCTTGCT
CT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1B881JQ 681 0 0
TGTTTTCTCATTTGGCGTTGTGCTTTTGGAGCTCATTACCGGACGTCGACCCGTTGATGC
CAACAATGTCTATGTAGATGACAGCTTAGTTGACTGGGCACGTCCATTGCTTAACCGAGC
ATCTGAACAAGGAGACTTTGAGGGTTTAGCTGATGCAAAGATGAATAACGAGTATGACAG
AGAGGAGATGGCTCGCATGGTCGCTTGTGCTGCGGCTTGTGTTCGCCATTCAGCTCGCCG
CAGACCTCGTATGAGCCAGATTGTGCGTGCGTTAGAAGGAAACGTATCGCTGTCAGATCT
CAACGAAGGGATGAGACCAGGTCAAAGCAATGTATACAGCTCATATGGAGGAAGCACTGA
TTACGACTCGAGCCAATACAATGAAGACATGAAGAAGTTTAGGAAAATGGTACTTGGAAC
TCAAGAGTACAACGCCACAGGTGAGTACAGTAATCCAACAAGTGACTATGGACTTTACCC
GTCTGGTTCAAGCAGCGAGGGCCAAACCACACGTGAAATGGAGATGGGGAAGATTAAGAG
AACCGGTCAAGGTTATAGTGGACCTTCTCTTTAAACCAGAGGGGAGAGAGAATTTGGAGG
TTTTTTTTTTTGTCATTATTTTTTAACTGTAAAGATTTGAGGAAATTGCCTTGCTCTAAT
TAAAACCACTACTATATAAGG

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1AT30JQ 644 0 0
AATGTCTATGTAGATGACAGCTTAGTTGACGGGGCACGTCCATTGCTTAACCGAGCATCT
GAACTAGGAGACTTTGAGGGTTTAGCTGATGCAAAGATGAATAACGAGTATGACAGAGAG
GAGATGGCTCGCATGGTCGCTTGTGCTGCGGCTTGTGTTCGCCATTCAGCTCGCCGCAGA
CCTCGCATGAGCCAGATTGTGCGTGCGTTAGAAGGAAACGTATCGCTGTCAGATTTCAAC
GAAGGGATGAGACCAGGTCAAAGCAATGTATACAGCTCATATGGAGGAAGCACTGATTAC
GACTCGAGCCAATACAATGAAGACATGAAGAAGTTTAGGAAAATGGCACTTGGAACTCAA
GAGTACAACGCCACAGGTGAGTACAGTAATCCAACAAGTGACTATGGACTTTACCCGTTT
GGTTCAAGCAGCGAGGGCCAAACCACACGTGAAATGGAGATGGGGAAGATTAAGAGAACC
GGTCAAGGTTATAGTGGACCTTTTCTTTAAACCAGAGGGGAGAGAGAATTTGGAGGTTTT
TTTTTT*GTCATTATTTTTTAACTGTAAAGATTTGAGGAAATTGCCTTGCTTTAATTAAA
ACCACTACTATATAAGGTTATAATACGTTTTGAATTGTTTTTTT

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 6

CO CL1238Contig1 736 6 6 U
GGATGAGAGAACATGCCTTTTGTCTCCTAACCTCCTATATTATCATCATTACCATCAATA
ATCCTATTTTTATTCCATTTCACAGCGAAGATAAGTAGAGGTTTCGTTATAAGGAAAGGA
GAAAACCTCAGATAAGAGCATAGCAGAGAAGATGTATCAAGATCAACAGCATCCCGTTGG
TGCTCCTCCTCCTCAAGGGTATCCACCACAGGGATATCCTCCGGCAGGTTATCCTCCACC
ACCGCAGGGATATGGTCAGGCATATCCAGCACAAGGTTATCCTCCACCGCAGTATCCTCA
AGGTCCACCACCTCAGTATCCTTATCAGGGTCCTCCGCCACCACAGTATGGTCAGGCTCC
GCAAAAGAAGAAGAAAGACAAGGACTCAGGATTTGTCGAAGGATGTTTGGCTATGCTCTG
CTGTTGCTGTCTCTTGGAAGCTTGCTTTTGATAGAAGGATGAGATGATATTTGCCGTTGA
CCTTCTTCGGATTGTATTCTATAAGAAAGACGTGTTTGATTAAAACATTTAGACAAAATG
ATATTTTTCGGATACGTGTGTGTGTGCGCGTGCGTGCGTTCACGCTTTGTGTTTGGTTCT
GTTCTTTATTTCTTGGCTATCATGAATTGGAATTTTACTTCAGGTCTTGTTTTATTTTAG
GTCTTATTTTATTTTATTAACAGTGCTATTCCGGCGTTACGCGCGAGTCGTTGATTTTAT
TCTTACATTAATTTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS31TF U 67
AF RR1E705TF U 123
AF RR1G462JQ C 1
AF RR1G462TF U 1
AF RR1DS31JQ C 283
AF RR1E705JQ C 123
BS 1 66 RR1G462TF
BS 67 91 RR1DS31TF
BS 92 92 RR1G462TF
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BS 250 686 RR1G462TF
BS 687 736 RR1E705JQ

RD RR1DS31TF 183 0 0
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CTCAGATAAGAGCATAGCAGAGAAGATGTATCAAGATCAACAGCATCCCGTTGGTGCTCC
TCCTCCTCAAGGGTATCCACCACAGGGATATCCTCCGGCAGGTTATCCTCCACCACCGCA
GGG

QA 1 183 1 183
DS 

RD RR1E705TF 516 0 0
GGTG
CTCAGATAAGAGCATAGCAGAGAAGATGTATCAAGATCAACAGCATCCCGTTGGTGCTCC
TCCTCCTCAAGGGTATCCACCACATGGATATCCTCCGGCAGGTTATCCTCCACCACCGCA
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TTCGGATACGTGTGTGTGTGCGCGTGCGTGCGTTCACGCTTTGTGTTTGGTTCTGTTCTT
TATTTCTTGGCTATCATGAATTGGAATTTTAC

QA 5 516 5 516
DS 

RD RR1G462JQ 687 0 0
GGATGAGAGAACATGCCTTTTGTCTCCTAACCTCCTATATTATCATCATTACCATCAATA
ATCCTATTTTTATTCCATTTCACAGCGAAGATAAGTAGAGGTTTCGTTATAAGGAAAGGA
GAAAACCTCAGATAAGAGCATAGCAGAGAAGATGTATCAAGATCAACAGCATCCCGTTGG
TGCTCCTCCTCCTCAAGGGTATCCACCACAGGGATATCCTCCGGCAGGTTATCCTCCACC
ACCGCAGGGATATGGTCAGGCATATCCAGCACAAGGTTATCCTCCACCGCAGTATCCTCA
AGGTCCACCACCTCAGTATCCTTATCAGGGTCCTCCGCCACCACAGTATGGTCAGGCTCC
GCAAAAGAAGAAGAAAGACAAGGACTCAGGATTTGTCGAAGGATGTTTGGCTATGCTCTG
CTGTTGCTGTCTCTTGGAAGCTTGCTTTTGATAGAAGGATGAGATGATATTTGCCGTTGA
CCTTCTTCGGATTGTATTCTATAAGAAAGACGTGTTTGATTAAAACATTTAGACAAAATG
ATATTTTTCGGATACGTGTGTGTGTGCGCGTGCGTGCGTTCACGCTTTGTGTTTGGTTCT
GTTCTTTATTTCTTGGCTATCATGAATTGGAATTTTACTTCAGGTCTTGTTTTATTTTAG
GTCTTATTTTATTTTATTAACAGTGC
G

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1G462TF 687 0 0
GGATGAGAGAACATGCCTTTTGTCTCCTAACCTCCTATATTATCATCATTACCATCAATA
ATCCTATTTTTATTCCATTTCACAGCGAAGATAAGTAGAGGTTTCGTTATAAGGAAAGGA
GAAAACCTCAGATAAGAGCATAGCAGAGAAGATGTATCAAGATCAACAGCATCCCGTTGG
TGCTCCTCCTCCTCAAGGGTATCCACCACAGGGATATCCTCCGGCAGGTTATCCTCCACC
ACCGCAGGGATATGGTCAGGCATATCCAGCACAAGGTTATCCTCCACCGCAGTATCCTCA
AGGTCCACCACCTCAGTATCCTTATCAGGGTCCTCCGCCACCACAGTATGGTCAGGCTCC
GCAAAAGAAGAAGAAAGACAAGGACTCAGGATTTGTCGAAGGATGTTTGGCTATGCTCTG
CTGTTGCTGTCTCTTGGAAGCTTGCTTTTGATAGAAGGATGAGATGATATTTGCCGTTGA
CCTTCTTCGGATTGTATTCTATAAGAAAGACGTGTTTGATTAAAACATTTAGACAAAATG
ATATTTTTCGGATACGTGTGTGTGTGCGCGTGCGTGCGTTCACGCTTTGTGTTTGGTTCT
GTTCTTTATTTCTTGGCTATCATGAATTGGAATTTTACTTCAGGTCTTGTTTTATTTTAG
GTCTTATTTTATTTTATTAACAGTGC
G

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1DS31JQ 416 0 0
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ACAGTATGGTCAGGCTCCGCAAAAGAAGAAGAAAGACAAGGACTCAGGATTTGTCGAAGG
ATGTTTGGCTATGCTCTGCTGTTGCTGTCTCTTGGAAGCTTGCTTTTGATAGAGGGATGA
GATGATATTTGCCGTTGACCTTCTTCGGATTGTATTCTATAAGAAAGACGTGTTTGATTA
AAACATTTAGACAAAATGATATTTTTCGGATACGTGTGTGTGTGCGCGTGCGTGCGTTCA
CGCTTTGTGTTTGGTTCTGTTCTTTATTTCTTGGCTATCATGAATTGGAATTTTACTTCA
GGTCTTGTTTTATTTTAGGTCTTATTTTATTTTATTAACAGTGCTATTCCGGCGTT

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR1E705JQ 614 0 0
GGTG
CTCAGATAAGAGCATAGCAGAGAAGATGTATCAAGATCAACAGCATCCCGTTGGTGCTCC
TCCTCCTCAAGGGTATCCACCACATGGATATCCTCCGGCAGGTTATCCTCCACCACCGCA
GGGATATGGTCAGGCATATCCAGCACAAGGTTATCCTCCACCGCAGTATCCTCAAGGTCC
ACCACCTCAGTATCCTTATCAGGGTCCTCCGCCACCACAGTATGGTCAGGCTCCGCAAAA
GAAGAAGAAAGACAAGGACTCAGGATTTGTCGAAGGATGTTTGGCTATGCTCTGCTGTTG
CTGTCTCTTGGAAGCTTGCTTTTGA**GAAGGATGAGATGATATTTGCCGTTGACCTTCT
TCGGATTGTATTCTATAAGAAAGACGTGTTTGATTAAAACATTTAGACAAAATGATATTT
TTCGGATACGTGTGTGTGTGCGCGTGCGTGCGTTCACGCTTTGTGTTTGGTTCTGTTCTT
TATTTCTTGGCTATCATGAATTGGAATTTTACTTCAGGTCTTGTTTTATTTTAGGTCTTA
TTTTATTTTATTAACAGTGCTATTCCGGCGTTACGCGCGAGTCGTTGATTTTATTCTTAC
ATTAATTTGC

QA 5 614 5 614
DS 



AS 1 5

CO CL1239Contig1 1112 5 20 U
GGACTCATCTCTCACACCAAAGCTTCTTCGCTTCGCCTAAAACAATGGTGTTTGTGAAGC
CATCCAAGTCGAATGCTTACTTCAAGAGGTACCAAGTCAAGTTCAGGAGAAGAAGAGCTG
GTAAGACCGATTACAGAGCAAGAATCCGTCTCATTAACCAAGACAAAAACAAGTACAACA
CACCCAAGTACCGTTTCGTCGTCCGATTCACCAACAAAGACATCGTGGCCCAAATCGTGT
CCGCAAGCATAGCCGGTGACATTGTCAAGGCCTCTGCTTACGCACACGAGTTGCCTCAGT
ATGGACTCACTGTTGGTCTTACCAACTACGCTGCAGCTTACTGTACCGGCCTTCTTTTGG
CTCGCCGTGTTCTCAAGATGTTAGAAATGGATGCCGAGTATGAGGGCAACGTTGAGGCCA
CTGGAGAAGACTTCTCCGTGGAACCAACTGAGTCAAGGAGGCCTTTCCGTGCTCTTCTTG
ATGTTGGACTCATCAGGACCACCACAGGGAACCGTGTCTTCGGTGCCCTCAAGGGTGCCT
TGGACGGAGGACTTGATATCCCCCACAGCGACAAGAGGTTTGCTGGTTTCAACAAAGAGA
ACAAACAGCTCGATGCTGAGACCCACAGGAACTACATCTTTGGTGGCCATGTCTCAAACT
ACATGAAGATGTTGAACGAAGATGAGCCAGAGAAGTTTCAGACTCACTTCAGTCAGTACT
TGAAGAAAGGAGTTGACGCTGAGAAGATGGAGGAGCTGTACAAGAAGGTTCATGCAGCTA
TCCGTGCTGACCCCAACCCCAAGAAGACCGTGAAACCTGCCCCCAAGGCACACAAGAGGT
ACAATTTGAAGAAGTTGACCTATGAGGAGAGGAAGAACAAGTTGATCGAGAGAGTCAAGG
CATTGAACGGAGCAGCAGGTGGTGACGATGATGATGAGGACGACGAAGAGTAAATCACCA
CAGCTTTCGTTGCCTCGTAATGATGTTTAGCTGTTTACTTCTTAAGCTTATTGTCTCAGT
TTTT*CTATCTTTCAGACCTAAACACTTGGTTTCTTTCACATTCCATTTGCGTTCGAGGA
TTTTGAATTTAAGGATACTTTTCTCTAAAAGA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FX55TF U 1
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AF RR1AG48JQ C 375
AF RR1CT34JQ C 520
AF RR1AG48TF U 375
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BS 207 346 RR1CT34TF
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C
TAAAAG

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CTAAAAGA

QA 11 738 11 738
DS 



AS 2 6

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CATGACACATGTGTTTGGAGGTTAGTTCCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1FO17JQ U 1
AF RR1H155JQ U 78
AF RR1D384JQ U 353
AF RR1D384TF C 353
BS 1 281 RR1FO17JQ
BS 282 282 RR1H155JQ
BS 283 507 RR1FO17JQ
BS 508 512 RR1H155JQ
BS 513 737 RR1FO17JQ
BS 738 760 RR1H155JQ
BS 761 761 RR1D384JQ
BS 762 802 RR1H155JQ
BS 803 812 RR1D384JQ

RD RR1FO17JQ 737 0 0
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CTCTCTTACACAACTTTAATAAAAATAATTATATAAAAAATAATAATTTGAACATCCACA
TTATAATATATGTGACTATACTTTGCTCAGGCATTCATTCCAGACTGCAAGCATTACTGG
ACTTACCTATCGTATATGAACACTGAGAAAAAGGTTTATAAGACCTTATAGAGCATACTG
AGAAATTTAACTGGAAGTGGATCCATATTTTCCTAAAATCATATCGCCAAGGCTGCAAAC
TGGGACTCGGGTTCCTGCGTGGTGGGTGGGCGGTAGTTGTTGTATCTGTTTTGCTGTGTT
TGTTTCTGATTCTGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTTGGTGCTTTCGAAACTTCAGATTTCCT
ATCTCTCTTTCAAGGAATTGTTGCTCAACATGTTTAAGTTTTTGGATTTCTGCTAAACTA
TCCAGACGTTGTTTCAAGGCTCTATTT*****ACCAAGCATGACCAGCTGTTGATCCAAA
TAGTGAATGGCAGATGACATTTCACATCCTTGAGCTTGTAGCACTTGGATGGTTCTTTCC
AGATCTGATATGTACTCAAGCCTCCTTAAACGTGCCCGGTGAGCATTTTGGTGTTTGATA
CGTTTAGAGTCAATTTTTGATCCAGGACCGTCTGGTTTTGTTAAAGAGCCTTCTTTCATT
TTACTTGCTTGTATTTC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1H155JQ 725 0 0
G
ATAAAAATAATTATATAAAAAATAATAATTTGAACATCCACATTATAATATATGTGACTA
TACTTTGCTCAGGCATTCATTCCAGACTGCAAGCATTACTGGACTTACCTATCGTATATG
AACACTGAGAAAAAGGTTTATAAGACCTTATAGAGCATACTGAGAAATTTAACTGGAAGT
GGATCCATATTTTCCTAAAATCACATCGCCAAGGCTGCAAACTGGGACTCGGGTTCCTGC
GTGGTGGGTGGGCGGTAGTTGTTGTATCTGTTTTGCTGTGTTTGTTTCTGATTCTGTTGT
GATTGTGGTTGTTGTTGGTGCTTTCGAAACTTCAGATTTCCTATCTCTCTTTCAAGGAAT
TGTTGCTCAACATGTTTAAGTTTTTGGATTTCTGCTAAACTATCCAGACGTTGTTTCAAG
GCTCTATTTTCCATACCAAGCATGACCAGCTGTTGATCCAAATAGTGAATGGCAGATGAC
ATTTCACATCCTTGAGCTTGTAGCACTTGGATGGTTCTTTCCAGATCTGATATGTACTCA
AGCCTCCTTAAACGTGCCCGGTGAGCATTTTGGTGTTTGATACGTTTAGAGTCAATTTTT
GATCCAGGACCGTCTGGCTTTGTTAAAGAGCCTTCTTTCATTTTACTTGCTTGTATTTCA
GCTGATTTCGAGGCAGAGGTACATGCTCTATTTACAGCTCCCCATGACACATGTGTTTGG
AGGT

QA 2 725 2 725
DS 

RD RR1D384JQ 460 0 0
GCTGTGTTTGTTTCTGATTCTGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTTGGTGCTTTCGAAACTTCA
GATTTCCTATCTCTCTTTCAAGGAATTGTTGCTCAACATGTTTAAGTTTTTGGATTTCTG
CTAAACTATCCAGACGTTGTTTCAAGGCTCTATTTTCCATACCAAGCATGACCAGCTGTT
GATCCAAATAGTGAATGGCAGATGACATTTCACATCCTTGAGCTTGTAGCACTTGGATGG
TTCTTTCCAGATCTGATATGTACTCAAGCCTCCTTAAACGTGCCCGGTGAGCATTTTGGT
GTTTGATACGTTTAGAGTCAATTTTTGATCCAGGACCGTCTGGTTTTGTTAAAGAGCCTT
CTTTCATTTTACTTGCTTGTATTTCAGCTGATTTCGAGGCAGAGGTACGTGCTCTATTTA
CAGCTCCCCATGACACATGTGTTTGGAGGTTAGTTCCAGC

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR1D384TF 460 0 0
GCTGTGTTTGTTTCTGATTCTGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTTGGTGCTTTCGAAACTTCA
GATTTCCTATCTCTCTTTCAAGGAATTGTTGCTCAACATGTTTAAGTTTTTGGATTTCTG
CTAAACTATCCAGACGTTGTTTCAAGGCTCTATTTTCCATACCAAGCATGACCAGCTGTT
GATCCAAATAGTGAATGGCAGATGACATTTCACATCCTTGAGCTTGTAGCACTTGGATGG
TTCTTTCCAGATCTGATATGTACTCAAGCCTCCTTAAACGTGCCCGGTGAGCATTTTGGT
GTTTGATACGTTTAGAGTCAATTTTTGATCCAGGACCGTCTGGTTTTGTTAAAGAGCCTT
CTTTCATTTTACTTGCTTGTATTTCAGCTGATTTCGAGGCAGAGGTACGTGCTCTATTTA
CAGCTCCCCATGACACATGTGTTTGGAGGTTAGTTCCAG
C

QA 1 459 1 459
DS 



CO CL1240Contig2 816 2 5 U
GGGCATTCAAAGAAAGAAGGGGTAATCGGCACTAACACAGGAGGAGATTACATCGAGGGA
GATACCATTTTCCTCCACGTCGGAGGTTTGGTACTACACGTCTCCTAAGTTTGTCCTGTC
AGAATGGAAGGTTCAAGCAGTCTATCCAACGCAGGAAATTTTGGATCTATTGGAAGACAA
TCACAAGCTTCCCCAAATAACAGGGATAATAGTATTTCTCCTCCAAGTAATATGCACCAT
CATCATAGTGCTTCTTTAAATAATCTTCTCATAGATGAGCAACCAGCTTGGCTCGATGAT
CTCCTAAGCGAGCCAGCGTCTCCCAAGATCAACAAAGGTCACAGGCGTTCAGCTAGTGAC
ACATCTGCCTACTTAAACTCGTCTTTAATGCCTTTTAGAGAAGATGACCTTCTGAATAGT
CATCTTTCTGGGCCATCTTGGCTAGTCCAGAATATTCACCAACATGATGATTTGTGGCAT
CCTAACTCTTACGACAACCACAGTAAATTGGGATGGGAGTTTTCTAACAAAACTGGAACT
AACCTCCAAACACATGTGTCATGGGGAGCTGTAAATAGAGCATGTACCTCTGCCTCGAAA
TCAGCTGAAATACAAGCAAGTAAAATGAAAGAAGGCTCTTTAACAAAGCCAGACGGTCCT
GGATCAAAAATTGACTCTAAACGTATCAAACACCAAAATGCTCACCGGGCACGTTTAAGA
GCTTGAGTACATATCAGATCTGGAAGACCATCAAGTGCTACAGCTCAAGGATGTGAATGT
CATCTGCATCACTATTTGGATCAACAGCTGGTCATG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO17TF U 3
AF RR1H155TF U 1
BS 1 311 RR1H155TF
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BS 313 461 RR1H155TF
BS 462 462 RR1FO17TF
BS 463 816 RR1H155TF

RD RR1FO17TF 718 0 0
GG
ATTCAAAGAAAGAAGGGGTAATCGGCACTAACACAGGAGGAGATTACATCGAGGGAGATA
CCATTTTCCTCCACGTCGGAGGTTTGGTACTACACGTCTCCTAAGTTTGTCCTGTCAGAA
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AAGCTTCCCCAAATAACAGGGATAATAGTATTTCTCCTCCAAGTAATATGCACCATCATC
ATAGTGCTTCTTTAAATAATCTTCTCATAGATGAGCAACCAGCTTGGCTCGATGATCTCC
TAAGCGAGCCAGCGTCTCCCAAGATCAACAAAGGTCACAGGCGTTCAGCTAGTGACACAT
CTGCCTACTTAAACTCGTCTTTAATGCCTTTTAGAGAAGATGACCTTCTGAATAGTCATT
TTTCTGGGCCATCTTGGCTAGTCCAGAATATTCACCAACATGATGATTTGTGGCATCCTA
ACTCTTACGACAACCACAGTAAATTGGGATGGGAGTTTTCTAACAAAACTGGAACTAACC
TCCAAACACATGTGTCATGGGGAGCTGTAAATAGAGCATGTACCTCTGCCTCGAAATCAG
CTGAAATACAAGCAAGTAAAATGAAAGAAGGCTCTTTAACAAA*CCAGACGGTCCTGGAT
CAAAAATTGACTCTAAACGTATCAAACACCAAAATGCTCACCGGGCACGTTTAAG
A

QA 3 717 3 717
DS 

RD RR1H155TF 816 0 0
GGGCATTCAAAGAAAGAAGGGGTAATCGGCACTAACACAGGAGGAGATTACATCGAGGGA
GATACCATTTTCCTCCACGTCGGAGGTTTGGTACTACACGTCTCCTAAGTTTGTCCTGTC
AGAATGGAAGGTTCAAGCAGTCTATCCAACGCAGGAAATTTTGGATCTATTGGAAGACAA
TCACAAGCTTCCCCAAATAACAGGGATAATAGTATTTCTCCTCCAAGTAATATGCACCAT
CATCATAGTGCTTCTTTAAATAATCTTCTCATAGATGAGCAACCAGCTTGGCTCGATGAT
CTCCTAAGCGATCCAGCGTCTCCCAAGATCAACAAAGGTCACAGGCGTTCAGCTAGTGAC
ACATCTGCCTACTTAAACTCGTCTTTAATGCCTTTTAGAGAAGATGACCTTCTGAATAGT
CATCTTTCTGGGCCATCTTGGCTAGTCCAGAATATTCACCAGCATGATGATTTGTGGCAT
CCTAACTCTTACGACAACCACAGTAAATTGGGATGGGAGTTTTCTAACAAAACTGGAACT
AACCTCCAAACACATGTGTCATGGGGAGCTGTAAATAGAGCATGTACCTCTGCCTCGAAA
TCAGCTGAAATACAAGCAAGTAAAATGAAAGAAGGCTCTTTAACAAAGCCAGACGGTCCT
GGATCAAAAATTGACTCTAAACGTATCAAACACCAAAATGCTCACCGGGCACGTTTAAGA
GCTTGAGTACATATCAGATCTGGAAGACCATCAAGTGCTACAGCTCAAGGATGTGAATGT
CATCTGCATCACTATTTGGATCAACAGCTGGTCATG

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 3

CO CL1241Contig1 792 3 3 U
GTAGAATATTAGTATAGTGATATATAAAGAGCATAAGCTCTCAGTGAACCTTAGTTGAGT
ATATAATATATATAACATTACACTATGATTTGGATTTGTTCTTGCATAGACAGAAGTAAA
AGTGTAAAGAACAACAAAAACACATAGATTCACAAGGGGGGTTGAAGGAACAAGGTTGTA
TCCGTGTGATGATATTCTTATAAACTACTGAACTTTGTTTCATCCATTCTTGGATGCTAC
CGCCTGCATAGCATTACATTCTTCAAGTAGATTAAGCAAGTTGTGTTCAGGGGCACTGAG
TGACGGCAATATAGAACGGTTTGGCTGGCTAGGGCGAGGCGGTTTTGGTGCAGATCCATC
AGATTCAGCAATCTGCAAATCACCTTTTATCCTCATAGATGCCGATACCCTCTCCTTCCA
GATTCTTCCATCATTTAGAATGGATGGTTCGGGTAGTGGACACTGAATTGGTTGATCATT
GTCCAAAGGCTCGACCGGATGTTCCACTGGTTTAAACTCCGTTGCTACCTCAATTCCATG
AGTAGCAGTTGTGGTAGTAACATCAGGATTTGGAGCTAATACTTCCTTATCATCGATTGC
ACTTTGAGTCCGTCGATGGCTGCTTCTACCAACAGAAAATCTTGAAAAAATACCAACCAT
GGTTTTATTGAATTTGAAATTCTTTTTTCTTTTTTTGAATCTGAAATTCTTGTGATCAAA
AAACACGTACTCTCCCTTTGATCTTGAGTTCCAATAAAGAAACAGTTACGAAGACGAAGA
AAGAGACGGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E950JQ U 1
AF RR1EJ46JQ U 42
AF RR1EJ46TF C 43
BS 1 645 RR1E950JQ
BS 646 767 RR1EJ46JQ
BS 768 792 RR1EJ46TF

RD RR1E950JQ 645 0 0
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ATATAATATATATAACATTACACTATGATTTGGATTTGTTCTTGCATAGACAGAAGTAAA
AGTGTAAAGAACAACAAAAACACATAGATTCACAAGGGGGGTTGAAGGAACAAGGTTGTA
TCCGTGTGATGATATTCTTATAAACTACTGAACTTTGTTTCATCCATTCTTGGATGCTAC
CGCCTGCATAGCATTACATTCTTCAAGTAGATTAAGCAAGTTGTGTTCAGGGGCACTGAG
TGACGGCAATATAGAACGGTTTGGCTGGCTAGGGCGAGGCGGTTTTGGTGCAGATCCATC
AGATTCAGCAATCTGCAAATCACCTTTTATCCTCATAGATGCCGATACCCTCTCCTTCCA
GATTCTTCCATCATTTAGAATGGATGGTTCGGGTAGTGGACACTGAATTGGTTGATCATT
GTCCAAAGGCTCGACCGGATGTTCCACTGGTTTAAACTCCGTTGCTACCTCAATTCCATG
AGTAGCAGTTGTGGTAGTAACATCAGGATTTGGAGCTAATACTTCCTTATCATCGATTGC
ACTTTGAGTCCGTCGATGGCTGCTTCTACCAACAGAAAATCTTGA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1EJ46JQ 726 0 0
CAGTGA
ACCTTAGTTGAGTATATAATATATATAACATTACACTATGATTTGGATTTGTTCTTGCAT
AGACAGAAGTAAAAGTGTAAAGAACAACAAAAACACATAGATTCACAAGGGGGGTTGAAG
GAACAAGGTTGTATCCGTGTGATGATATTCTTATAAACTACTGAACTTTGTTTCATCCAT
TCTTGGATGCTACCGCCTGCATAGCATTACATTCTTCAAGTAGATTAAGCAAGTTGTGTT
CAGGGGCACTGAGTGACGGCAATATAGAACGGTTTGGCTGGCTAGGGCGAGGCGGTTTTG
GTGCAGATCCATCAGATTCAGCAATCTGCAAATCACCTTTTATCCTCATAGATGCCGATA
CCCTCTCCTTCCAGATTCTTCCATCATTTAGAATGGATGGTTCGGGTAGTGGACACTGAA
TTGGTTGATCATTGTCCAAAGGCTCGACCGGATGTTCCACTGGTTTAAACTCCGTTGCTA
CCTCAATTCCATGAGTAGCAGTTGTGGTAGTAACATCAGGATTTGGAGCTAATACTTCCT
TATCATCGATTGCACTTTGAGTCCGTCGATGGCTGCTTCTACCAACAGAAAATCTTGAAA
AAATACCAACCATGGTTTTATTGAATTTGAAATTCTTTTTTCTTTTTTTGAATCTGAAAT
TCTTGTGATCAAAAAACACGTACTCTCCCTTTGATCTTGAGTTCCAATAAAGAAACAGTT

QA 7 726 7 726
DS 

RD RR1EJ46TF 750 0 0
CAGTG
ACCTTAGTTGAGTATATAATATATATAACATTACACTATGATTTGGATTTGTTCTTGCAT
AGACAGAAGTAAAAGTGTAAAGAACAACAAAAACACATAGATTCACAAGGGGGGTTGAAG
GAACAAGGTTGTATCCGTGTGATGATATTCTTATAAACTACTGAACTTTGTTTCATCCAT
TCTTGGATGCTACCGCCTGCATAGCATTACATTCTTCAAGTAGATTAAGCAAGTTGTGTT
CAGGGGCACTGAGTGACGGCAATATAGAACGGTTTGGCTGGCTAGGGCGAGGCGGTTTTG
GTGCAGATCCATCAGATTCAGCAATCTGCAAATCACCTTTTATCCTCATAGATGCCGATA
CCCTCTCCTTCCAGATTCTTCCATCATTTAGAATGGATGGTTCGGGTAGTGGACACTGAA
TTGGTTGATCATTGTCCAAAGGCTCGACCGGATGTTCCACTGGTTTAAACTCCGTTGCTA
CCTCAATTCCATGAGTAGCAGTTGTGGTAGTAACATCAGGATTTGGAGCTAATACTTCCT
TATCATCGATTGCACTTTGAGTCCGTCGATGGCTGCTTCTACCAACAGAAAATCTTGAAA
AAATACCAACCATGGTTTTATTGAATTTGAAATTCTTTTTTCTTTTTTTGAATCTGAAAT
TCTTGTGATCAAAAAACACGTACTCTCCCTTTGATCTTGAGTTCCAATAAAGAAACAGTT
ACGAAGACGAAGAAAGAGACGGAGC

QA 6 750 6 750
DS 



AS 1 6

CO CL1242Contig1 753 6 8 U
GGGAACCAATCGGTTCTTGGAAGGGTTGAGACTAGAGCGAGAGATGAGCAGCTTCGCGGT
TCCACTTTCTTCCTCGTCCTCTCTCTCCAATGCCTATCATCAACCTTCTCGTGTTCGCTT
TGATTTCCACAATCCTCGTTCCATGTTTGAGATTCGCGGGATACGACTAAGTGGGAGGGT
TCGAAGAACATCTTTAAAGTGCAATTGCTGCAGCAAAGGGAGCGGAGGTGAAAACGAAAA
CAGAAATGTGTTAGATGCTTTCTTTCTGGGAAAGGCACTAGCTGAGGTTATCAACGAGCG
AATTGAGTCCGCAGTTGGCGAAGTTTTGGGTAATATTGGAAGGTTTCAAGCTGAGCAACA
GAAGCAAGTTCAAGAGATTCAGGGAGAGGTGCTAGAAAGAGCCAAGAAAGCTAAAGAAAT
AGCAGCTAGGGAAACCGTGGAGGCACAAGGACTCGTACCCGAATCCACAAACCCAAAACC
AGCTGCTGGTGTTGTTGCCTCTGTTGTAACCCCTATCTCGATCGTTGAAAGCAAGTCTAT
AAGAAATGATGAAAAGCTGCCGGGTTTCTCCGGATCTTCAGAGCCCGACATTATGGATAG
CTCGAGTTCTAGTGACGAAGAAAGTGACTAAGGGATTGTTCCTTGGGCCAATTTCAAGGT
TTGGTTATAGTATCAGGCTTGTTTGAAACGGTTGAGAACATCTTCGTTGATATATGTACT
TATAACGATGGAAGTTGAGAATAAATAACCTTG


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV20TF U 1
AF RR1DF12TF U 1
AF RR1GD86TF U 1
AF RR1GD86JQ C 2
AF RR1GV20JQ C 74
AF RR1DF12JQ C 213
BS 1 419 RR1DF12TF
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BS 421 535 RR1DF12TF
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BS 537 558 RR1DF12TF
BS 559 675 RR1GD86TF
BS 676 743 RR1GD86JQ
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RD RR1GV20TF 298 0 0
G
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CCACTTTCTTCCTCGTCCTCTCTCTCCAATGCCTATCATCAACCTTCTCGTGTTCGCTTT
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CGAAGAACATCTTTAAAGTGCAATTGCTGCAGCAAAGGGAGCGGAGGTGAAAACGAAAAC
AGAAATGTGT*AGATGCTTTCTTTCTGGGAAAGG*ACTAGCTGAGGT*ATCAACGAG

QA 2 298 2 298
DS 

RD RR1DF12TF 558 0 0
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TCCACTTTCTTCCTCGTCCTCTCTCTCCAATGCCTATCATCAACCTTCTCGTGTTCGCTT
TGATTTCCACAATCCTCGTTCCATGTTTGAGATTCGCGGGATACGACTAAGTGGGAGGGT
TCGAAGAACATCTTTAAAGTGCAATTGCTGCAGCAAAGGGAGCGGAGGTGAAAACGAAAA
CAGAAATGTGTTAGATGCTTTCTTTCTGGGAAAGGCACTAGCTGAGGTTATCAACGAGCG
AATTGAGTCCGCAGTTGGCGAAGTTTTGGGTAATATTGGAAGGTTTCAAGCTGAGCAACA
GAAGCAAGTTCAAGAGATTCAGGGAGAGGTGCTAGAAAGAGCCAAGAAAGCTAAAGAAAG
AGCAGCTAGGGAAACCGTGGAGGCACAAGGACTCGTACCCGAATCCACAAACCCAAAACC
AGCTGCTGGTGTTGTTGCCTCTGTTGTAACCCCTATCTCGATCGTTGAAAGCAAGGCTAT
AAGAAATGATGAAAAGCT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1GD86TF 675 0 0
G
GGAACCAATCGGTTCTTGGAAGGGTTGAGACTAGAGCGAGAGATGAGCAGCTTCGCGGTT
CCACTTTCTTCCTCGTCCTCTCTCTCCAATGCCTATCATCAACCTTCTCGTGTTCGCTTT
GATTTCCACAATCCTCGTTCCATGTTTGAGATTCGCGGGATACGACTAAGTGGGAGGGTT
CGAAGAACATCTTTAAAGTGCAATTGCTGCAGCAAAGGGAGCGGAGGTGAAAACGAAAAC
AGAAATGTGTTAGATGCTTTCTTTCTGGGAAAGGCACTAGCTGAGGTTATCAACGAGCGA
ATTGAGTCCGCAGTTGGCGAAGTTTTGGGTAATATTGGAAGGTTTCAAGCTGAGCAACAG
AAGCAAGTTCAAGAGATTCAGGGAGAGGTGCTAGAAAGAGCCAAGAAAGCTAAAGAAATA
GCAGCTAGGGAAACCGTGGAGGCACAAGGACTCGTACCCGAATCCACAAACCCAAAACCA
GCTGCTGGTGTTGTTGCCTCTGTTGTAACCCCTATCTCGATCGTTGAAAGCAAGTCTATA
AGAAATGATGAAAAGCTGCCGGGTTTCTCCGGATCTTCAGAGCCCGACATTATGGATAGC
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TGGTTATAGTATCA

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR1GD86JQ 742 0 0
GGAACCAATCGGTTCTTGGAAGGGTTGAGACTAGAGCGAGAGATGAGCAGCTTCGCGGTT
CCACTTTCTTCCTCGTCCTCTCTCTCCAATGCCTATCATCAACCTTCTCGTGTTCGCTTT
GATTTCCACAATCCTCGTTCCATGTTTGAGATTCGCGGGATACGACTAAGTGGGAGGGTT
CGAAGAACATCTTTAAAGTGCAATTGCTGCAGCAAAGGGAGCGGAGGTGAAAACGAAAAC
AGAAATGTGTTAGATGCTTTCTTTCTGGGAAAGGCACTAGCTGAGGTTATCAACGAGCGA
ATTGAGTCCGCAGTTGGCGAAGTTTTGGGTAATATTGGAAGGTTTCAAGCTGAGCAACAG
AAGCAAGTTCAAGAGATTCAGGGAGAGGTGCTAGAAAGAGCCAAGAAAGCTAAAGAAATA
GCAGCTAGGGAAACCGTGGAGGCACAAGGACTCGTACCCGAATCCACAAACCCAAAACCA
GCTGCTGGTGTTGTTGCCTCTGTTGTAACCCCTATCTCGATCGTTGAAAGCAAGTCTATA
AGAAATGATGAAAAGCTGCCGGGTTTCTCCGGATCTTCAGAGCCCGACATTATGGATAGC
TCGAGTTCTAGTGACGAAGAAAGTGACTAAGGGATTGTTCCTTGGGCCAATTTCAAGGTT
TGGTTATAGTATCAGGCTTGTTTGAAACGGTTGAGAACATCTTCGTTGATATATGTACTT
ATAACGATGGAAGTTGAGAATA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1GV20JQ 670 0 0
TCGTCCTCTCTCTCCAATGCCTATCATCAACCTTCTCGTGTTCGCTTTGATTTCCACAAT
CCTCGTTCCATGTTTGAGATTCGCGGGATACGACTAAGTGGGAGGGTTCGAAGAACATCT
TTAAAGTGCAATTGCTGCAGCAAAGGGAGCGGAGGTGAAAACGAAAACAGAAATGTGTTA
GATGCTTTCTTTCTGGGAAAGGCACTAGCTGAGGTTATCAACGAGCGAATTGAGTCCGCA
GTTGGCGAAGTTTTGGGTAATATTGGAAGGTTTCAAGCTGAGCAACAGAAGCAAGTTCAA
GAGATTCAGGGAGAGGTGCTAGAAAGAGCCAAGAAAGCTAAAGAAATAGCAGCTAGGGAA
ACCGTGGAGGCACAAGGACTCGTACCCGAATCCACAAACCCAAAACCAGCTGCTGGTGTT
GTTGCCTCTGTTGTAACCCCTATCTCGATCGTTGAAAGCAAGTCTATAAGAAATGATGAA
AAGCTGCCGGGTTTCTCCGGATCTTCAGAGCCCGACATTATGGATAGCTCGAGTTCTAGT
GACGAAGAAAGTGACTAAGGGATTGTTCCTTGGGCCAATTTCAAGGTTTGGTTATAGTAT
CAGGCTTGTTTGAAACGGTTGAGAACATCTTCGTTGATATATGTACTTATAACGATGGAA
GTTGAGAATA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1DF12JQ 541 0 0
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AGGCACTAGCTGAGGTTATCAACGAGCGAATTGAGTCCGCAGTTGGCGAAGTTTTGGGTA
ATATTGGAAGGTTTCAAGCTGAGCAACAGAAGCAAGTTCAAGAGATTCAGGGAGAGGTGC
TAGAAAGAGCCAAGAAAGCTAAAGAAAGAGCAGCTAGGGAAACCGTGGAGGCACAAGGAC
TCGTACCCGAATCCACAAACCCAAAACCAGCTGCTGGTGTTGTTGCCTCTGTTGTAACCC
CTATCTCGATCGTTGAAAGCAAGGCTATAAGAAATGATGAAAAGCTGCCGGGTTTTTCCG
GATCTTCAGAGCCCGACATTATGGATAGCTCGAGTTCTAGTGACGAAGAAAGTGACTAAG
GGATTGTTCCTTGGGCCAATTTCAAGGTTTGGTTATAGTATCAGACTTGTTTGAAACGGT
TGAGAACATCTTCTTTGATATATGTACTTATAACGATGGAAGTTGAGAATAAATAACCTT
G

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 6

CO CL1243Contig1 985 6 3 U
CACCAAAACTTGATTTTTATTTGTCTATATATAAGCATAATAAATAAGCTTCTGGGAATG
ATGGTTACTGATCATAACATGTACAAACATGAGCATGCGTTTTACGTGGTAAAACAAGGT
GGTGGCGATCAAACAGATACAGAGAATCATGACGAGCATTTAAAACCACCACAAGCAACA
ACCCAAACGATGAGAATAAAGGACAAAACAGCACCTCCCACCATCAGCTTCATCTGCAGG
CTCTGTATCCACATCTTCCTTCTAAGTTGCCTTCCTTGCCTCTGGAAGCTATCTGCCTGG
AACTGAAGGTTCTCCGTTTTGTCAACCAGAAGTTCTATCTTCTCTCCCCTGTCCAGAACC
TTCTCAATGTTGTCCATCATGATCCCCTTGACATCATTTATCTGAGCCTTCAACTTCGAA
AGTTTGCTCATCTCTTCAGGATGGCTCATACAATACTGCATATGCTCCTTAAGTATAGGC
CCGAACTCCCTGTCAAGATTGTAAGCGATGCTAAACCGATTCCCAAACAAATCATCATCC
TCGTCATCATCATCTGCAAGAGGGTGTGGCTCATCGTTCTTTATACTCGCCTCATACCGT
TTCTTGAAATCTTCTTTGACCCGTTCAAGGAACACGAAAGGAACACTTCTTCCAGTAGAC
TCATCAGCAACCACAAGAAACACAAAACCGTTGTTTTCGACAAGGAAGTTGAAGGTGTGG
CCATCGCAGGAGTAAGTATACTTGCTGCTGTTATTGGGAAGCTTCTGGAGACATTGAACA
GCGATGGTGCTGAAGTTTCCAGAGTAAGGAGTATGCTCGGCTAGAACGACGGTTCCTTTG
GCTACGAAGCTGTAAATCAAACCTTTCTGCTGACTCATTTCTCTAGAGAAGACGAAGTCA
ACGAACGTGTACGATCAGATCTTGAGGAGGAGACTTGGCTTTGGTGATGATGAAGGAGAT
GAAAGCAAAGAGATGTATTCAACCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D922JQ U 2
AF RR1FL59JQ U 1
AF RR1FO65JQ U 46
AF RR1FO65TF C 290
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G
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CCAAACGATGAGAATAAAGGACAAAACAGCACCTCCCACCATCAGCTTCATCTGCAGGCT
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CTCAATGTTGTCCATCATGATCCCCTTGACATCATTTATCTGAGCCTTCAACTTCGAAAG
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CTTGAAATCTTCTTTGACCCGTTCAAGGAACACGAAAGGAACACTTCTTCCAGTAGACTC
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AACTGAAGGTTCTCCGTTTTGTCAACCAGAAGTTCTATCTTCTCTCCCCTGTCCAGAACC
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TCGTCATCATCATCTGCAAGAGGGTGTGGCTCATCGTTCTTTATACTCGCCTCATACCGT
TTCTTGAAATCTTCTTTGACCCGTTCAAGGAACACGAAAGGAACACTTCTTCCAGTAGAC
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GGTGATTCC

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CGTCATCATCATCTGCAAGAGGGTGTGGCTCATCGTTCTTTATACTCGCCTCATACCGTT
TCTTGAAATCTTCTTTGACCCGTTCAAGGAACACGAAAGGAACACTTCTTCCAGTAGACT
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CGATGGTGCTGAAGTTTCCAGAGTAAGGAGTATGCTCGGCTAGAACGACGGTTCCTTTGG
CTACGAAGCTGTAAATCAAACCTTTCTGCTGACTCATTTCTCTAGAGAAGACGAAGTCAA
CGAACGTGTACGATCAGATCTTGAGGAGGAGACTTGGCTTTGGTGATGATGAAGGAGAT
CC

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TCAACTTCGAAAGTTTGCTCATCTCTTCAGGATGGCTCATACAATACTGCATATGCTCCT
TAAGTATAGGCCCGAACTCCCTGTCAAGATTGTAAGCGATGCTAAACCGATTCCCAAACA
AATCATCATCCTCGTCATCATCATCTGCAAGAGGGTGTGGCTCATCGTTCTTTATACTCG
CCTCATACCGTTTCTTGAAATCTTCTTTGACCCGTTCAAGGAACACGAAAGGAACACTTC
TTCCAGTAGACTCATCAGCAACCACAAGAAACACAAAACCGTTGTTTTCGACAAGGAAGT
TGAAGGTGTGGCCATCGCAGGAGTAAGTATACTTGCTGCTGTTATTGGGAAGCTTCTGGA
GACATTGAACAGCGATGGTGCTGAAGTTTCC*GAGTAAGGAGTATGCTCGGCTAGAACGA
CGGTTCCTTTGGCTACGAAGCTGTAAATCAAACCTTTCTGCTGACTCATTTCTCTAGAGA
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ATGAAGGAGATGAAAGCAAAGAGATGTATTCAACCC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 5

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TTAGAGACACTTTAAAAAAAA**CAAAAGCAATAAGAGATGATAGTCTACTAAACACACA
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CTTTTAACATGTAATCAAAGGCCTTGTTGATTTCAGAGAATGGGACTGTGTGAGTGATGA
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TGGGTTTGTAGTTCCCAAAGAAAGTACCCTTGAGTGTCCTCTCGTTCAGCAGGTTCATCG
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CATCGTGAACACATTCAAAAGCTTGAATCATGGCTTGGACGCTTCCAGTGCACTCCACAC
TCCGGTCCACACCACCGTCTGTCATCTCAGCGATGACTTGCTGAACCGGTTTGTCATGTT
CTCTAGGGTTCACAAACTCAGTCACACCAAACTTCTTAGCTTCCTCGAATCTCTTGGGGT
TAAGATCAACACCAATGATCCTACCAGCACCAGCCATCCTAGCACCTTCCGCAGCGGCCA
AACCAACAGCACCGAGCCCGAAAACCGCAACGCTCTGACCTTTCTTCGGTTTCGCCACGT
TCAAAGTAGCTCCCATCCCGGTGGACAATCTTGACTCGCCGTCGTGTATCATCCCTCCTC
TCTCGGTGTTGATCCTGAGAAGGTCGCACATGTTTGACTCCTCCGAGTGGCAGTGACGGC
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GAATCTTGATACGGACTTCGTGTTTCGGCGGTGGAGCAACCTCTACTTCCTCCATCACCA
GTGGCTTTCCAGCTTCCCATGCCACAGCAGCTTTGCATCGAA


BQ
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1EI76JQ U 0
AF RR1BY79JQ U 1
AF RR1BY79TF C 492
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CTTTTAACATGTAATCAAAGGCCTTGTTGATTTCAGAAAATGGGACTGTGTGAGTGATGA
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C

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C

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DS 

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GCTCCAGCTCCTTGTTCATGTACTTTTCGACGACCCCGGGAATGTCGGTTTTGGGTTTGT
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GGAACACAT
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CTTTAAAAAAAAAACAAAAGCAATAAGAGATGATAGTCTACTAAACACACACAAAGTAGA
CATTTATTGGTAGTTAAGCACCCATGGTGATGATGCAACGGATGCTCTCTCCTTTTAACA
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AGTTGCCAAAGAAAGTACCCTTGAGTGTCATCTCGTTCAGCAGGTTCATCGGATGAGTCT
TGAAGGCGTCGTCTTTGCTCGGCACACCAACCAGCACCGCAACACCCCAGCCATCGTGAA
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CACCACCGTCTGTCATCTCAGCGATGACTTGCTGAACCGGTTTGTCATGTTCTCTAGGGT
TCACAAACTCAGTCACACCAAACTTCTTAGCTTCCTCGAATCTCTTGGGGTTAAGATCAA
CACCAATGATCCTACCAGCACCAGCCATCCTAGCACCTTCCGCAGCGGCCAAACCAACAG
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CT

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DS 

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TCCCGGTGGACAATCTTGACTCGCCGTCGTGTATCATCCCTCCTCTCTCGGTGTTGATCC
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CTTCGTGTTTCGGCGGTGGAGCAACCTCTACTTCCTCCATCACCAGTGGCTTTCCAGCTT
CCCATGCCACAGCAGCTTTGCATCGAA

QA 5 631 5 631
DS 



AS 1 6

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GGATTGGTCTTTGTAATGTTATATAGTTTTGATGTTGTTAGCTATATATATGTGGGTTTT
ATGCTAAATCTCTTGCTTTAAAAGTGAGGAAGCCGTTAAACCATGCTGCAGATTTCTGTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1EF43TF U 1
AF RR1EF43JQ C 130
AF RR1CF46TF U 198
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AF RR1B573JQ C 452
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DS 

RD RR1EF43JQ 754 0 0
CG
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AGTTTCAGAAGGTTATGGTTCCTTTGTTCTTGAGGATTGCTTGTTGTGTCAACAGTTGCC
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AGATGGACGAGGATTTGTTCATGTCTTGCCACGCACGGTTTCAGGAGGACGAAGCAGAGC
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TGAAGCCTGTTACTGGAAAGACGGCTGTTCTTGTAACTCCTTTAGCAACCTCCATCGCCT
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DS 

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AGGTTTCAGAAAGAACGTTGTTCTTGTGGAACAACGATCAGATTGTGAATTTGATTGCGC
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QA 1 657 1 657
DS 

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GGTTTCAGAAAGAACGTTGTTCTTGTGGAACAACGATCAGATTGTGAATTTGATTGCGCA
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CGAGGATTTGTTCATGTCTTGCCACGCACGGTTTCAGGAGGACGAAGCAGAGCAATGCTC
TGCAGAGGAGAAGAGGAAAGAAGTGTGGGCGAGGCTGGAGAAGGCAGCGAGTATGAAGCC
TGTTACTGGAAAGACGGCTGTTCTTGTAACTCCTTTAGCAACCTCCATCGCCTGCTAAGT
GAATGATGATGGAATGAATGGCTGTTGGTTAAGCTATGGTCTGGATTGGTCTTTGTAATG
TTATATAGTTTTGATGTTGTTAGCTATATAT**GTGGGTTTTATGCTAAATCTCTTGTTC
TAAAAGTGAGGAAGCCGTTAAACCATGCTGCAGATTTCTGTATGAAACTCTTTGTATTAT
TCAGTTAAGTTATATAAGAAACCCCTTT
TC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1B573JQ 557 0 0
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ATAAGAAACCCCTTTCC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1B573TF 557 0 0
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ATCTTACCGATCATGTTCACTGCCTTGGAGAAGAACGCTGAGAGCCACTGGAACCAGTCT
GTGCTGAACTTAACTCTAAACGTGAGGAAAATGTTCTGTGAGATGGACGAGGATTTGTTC
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AGGAAAGAAGTATGGGCGAGGCTGGAGAAGTCAGCGAGTATGAAGCCTGTTACTGGAAAG
ACGGCTGTTCTTGTAACTCCTTTAGCAACCTCCATCGCCTGCTAAGTGAATGATGATGGA
ATGAATGGCTGTTGGTTAAGCTATGGTCTGGATTGGTCTTTGTAATGTTATATAGTTTTG
ATGTTGTTAGCTATATATATGTGGGTTTTATGCTAAATCTCTTGCTTTAAAAGTGAGGAA
GCCGTTAAACCATGCTGCAGATTTCTGTATGAAACTCTTCGTATTATTCAGTTAAGTTAT
ATAAGAAACCCCTTT
CC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 6

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GAAATTGGAGGGACAGTGGCATCGTGATCTAGTCAACAAATGCTAAAGAACCCAACCTTG
GACGAAATTAGTCTCACGTGCCACATTACTCTTTGATACCGAAGACCCTTCACCTTGCAC
GTAGTAATGTTGTTGGAACCCTATTTGTAAAAAGGGTTCGGTGTTGCAATCCAATGAACT
AGGATGAGAAGGCTGAACCGGAAATCCAGAATTGTTAGGATCATCAGCCACCGATGCTGC
CGAGTTTGGCCATAAGTCTTGAAATGATTTGGAAGCAAGGCCTTCGGCCTCAAACTTAAT
CTTGAGTTGTTTGTTTATATCTCCGAGTTGCCGCTCCTTTTTCCGAAGATCTTCCATTTC
TTCCATCATAACTTGTGTCTTGCGTTGTCGAGTCGCAGTAAGAGCGGTTTCCAGCTTTCT
CTCCAACGCTTGCAGTTCCTTCACGCTCATATCTCGGAGATCTTCTCCAAGCAAATGCCT
ATTAGTGCGAACAAGCGATTCGTATTTGGCTTTCAGCTTCGTCACCTCCTGAGACCAGTT
CTGTGTAGACTCTTCAGGCCTATTATTGGTCAGAGAAGAGTTGTAGCAACGATGATACCG
TTCAATTGTTCTTCCAACTCCGACACTGCCGAACTCGTAGAGCTTGCCACGGCTAGAGAA
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ACCATTTCTTCTTTTTGAGAAGGTCACTTGCCTATTGATTTTGTTCTCTATCCTCTTCAT
CTCCACTCTCCCTCTTCCCATATTTTCTCTCTCTTT***TTGATTCTGATTTCTTCTCTC
TCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1H360JQ U 1
AF RR1BU13JQ U 1
AF RR1B018JQ U 70
AF RR1H360TF C 385
AF RR1BU13TF C 340
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BS 1 35 RR1BU13JQ
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G
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TCCATCATAACTTGTGTCTTGCGTTGT

QA 2 568 2 568
DS 

RD RR1BU13JQ 716 0 0
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GACCATAAGTTTTTCTTGTAAAGAAAAATAATTCTAACTGAAGAATCCAACTTTAGAGCT
GAAATTGGAGGGACAGTGGCATCGTGATCTAGTCAACAAATGCTAAAGAACCCAACCTTG
GACGAAATTAGTCTCACGTGCCACATTACTCTTTGATACCGAAGACCCTTCACCTTGCAC
GTAGTAATGTTGTTGGAACCCTATTTGTAAAAAGGGTTCGGGGTTGCAATCCAATGAACT
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CGAGTTTGGCCATAAGTCTTGAAATGATTTGGAAGCAAGGCCTTCGGCCTCAAACTTAAT
CTTGAGTTGTTTGTTTATATCTCCGAGTTGCCGCTCCTTTTTCCGAAGATCTTCCATTTC
TTCCATCATAACTTGTGTCTTGCGTTGTCGAGTCGCAGTAAGAGCGGTTTCCAGCTTTCT
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QA 1 716 1 716
DS 

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AGTCTCACGTGCCACATTACTCTTTGATACCGAAGACCCTTCACCTTGCACGTAGTAATG
TTGTTGGAACCCTATTTGTAAAAAGGGTTCGGTGTTGCAATCCAATGAACTAGGATGAGA
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CCATAAGTCTTGAAATGATTTGAAAGCAAGGCCTTCGGCCTCAAACTTAATCTTGAGTTG
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TTGCAGTTCCTTCACGCTCATATCTCGGAGATCTTCTCCAAGCAAATGCCTATTAGTGCG
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TCTTCCAACTCCGACACTGCCGAACTCGTAGAGCTTGCCACGGCTAGAGAAGACGATGAG
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QA 1 836 1 836
DS 

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GAGTTGCCGCTCCTTTTTCCGAAGATCTTCCATTTCTTCCATCATAACTTGTGTCTTGCG
TTGTCGAGTCGCAGTAAGAGCGGTTTCCAGCTTTCTCTCCAACGCTTGCAGTTCCTTCAC
GCTCATATCTCGGAGATCTTCTCCAAGCAAATGCCTATTAGTGCGAACAAGCGATTCGTA
TTTGGCTTTCAGCTTCGTCACCTCCTGAGACCAGTTCTGTGTAGACTCTTCAGGCCTATT
ATTGGTCAGAGAAGAGTTGTAGCAACGATGATACCGTTCAATTGTTCTTCCAACTCCGAC
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ACAGAGAACAGAGAGCTCATAAGCTTTCTTCAACAAACCATTTCTTCTTTTTGAGAAGGT
CACTTGCCTATTGATTTTGTTCTCTATCCTCTTCATCTCCACTCTCCCTCTTCCCATATT
TTCTCTCTCTTTTTCTTGATTCTGATTTCTTCTCT
CC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1BU13TF 684 0 0
GGTGTTGCAATCCAATGAACTAGGATGAGAAGGCTGAACGGGAAATCCAGAATTGTTAGG
ATCATCAGCCACCGATGCTGCCGAGTTTGGCCATAAGTCTTGAAATGATTTGGAAGCAAG
GCCTTCGGCCTCAAACTTAATCTTGAGTTGTTTGTTTATATCTCCGAGTTGCCGCTCCTT
TTTCCGAAGATCTTCCATTTCTTCCATCATAACTTGTGTCTTGCGTTGTCGAGTCGCAGT
AAGAGCGGTTTCCAGCTTTCTCTCCAACGCTTGCAGTTCCTTCACGCTCATATCTCGGAG
ATCTTCTCCAAGCAAATGCCTATTAGTGCGAACAGGCGATTCGTATTTGGCTTTCAGCTT
CGTCACCTCCTGAGACCAGTTCTGTGTAGACTCTTCAGGCCTATTATTGGTCAGAGAAGA
GTTGTAGCAACGATGATACCGTTCAATTGTTCTTCCAACTCCGACACTGCCGAACTCGTA
GAGCTTGCCACGGCTAGAGAAGACGATGAGAGCAACTTCAGCATCACAGAGAACAGAGAG
CTCATAAGCTTTCTTCAACAAACCATTTCTTCTTTTTGAGAAGGTAACTTGCCTATTGAT
TTTGTTCTCTATCCTCTTCATCTCCACTCTCCCTCTTCCCATATTTTCTCTCTCTTT***
TTGATTCTGATTTCTTCTCT
AATC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1B018TF 699 0 0
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TCCAGAATTGTTAGGATCATCAGCCACCGATGCTGCCGAGTTTGGCCATAAGTCTTGAAA
TGATTTGAAAGCAAGGCCTTCGGCCTCAAACTTAATCTTGAGTTGTTTGTTTATATCTCC
GAGTTGCCGCTCCTTTTTCCGAAGATCTTCCATTTCTTCCATCATAACTTGTGTCTTGCG
TTGTCGAGTCGCAGTAAGAGCGGTTTCCAGCTTTCTCTCCAACGCTTGCAGTTCCTTCAC
GCTCATATCTCGGAGATCTTCTCCAAGCAAATGCCTATTAGTGCGAACAAGCGATTCGTA
TTTGGCTTTCAGCTTCGTCACCTCCTGAGACCAGTTCTGTGTAGACTCTTCAGGCCTATT
ATTGGTCAGAGAAGAGTTGTAGCAACGATGATACCGTTCAATTGTTCTTCCAACTCCGAC
ACTGCCGAACTCGTAGAGCTTGCCACGGCTAGAGAAGACGATGAGAGCAACTTCAGCATC
ACAGAGAACAGAGAGCTCATAAGCTTTCTTCAACAAACCATTTCTTCTTTTTGAGAAGGT
CACTTGCCTATTGATTTTGTTCTCTATCCTCTTCATCTCCACTCTCCCTCTTCCCATATT
TTCTCTCTCTTT***TTGATTCTGATTTCTTCTCTCTCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 4

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GTTCCTCTCAGCTTCCATCAGCCGTCGTAACCTCCTCCTCTCCACCACCACAATCGCCAC
CGTATCTCCCTCCCCTCAGATCCCTTCCCCACCAGACGTAACAATCACCGACCGCGTCTT
CCTCGATTTCTCCCTCTGCCCAACTTACTTCCGCTCTGATCCCTCCGCCACACTCTCCTC
CACCACTCCTTGCCCCGACTCCACTCCTCTCGGCCGCGTCGTTCTCGGACTATACGGCCG
TCATGTTCCTCTCACTGTCTCCACTTTCAAACTCATGTGCACTTCCTCCTCCTCCTCCTC
ATCCTCTACCTCTTACGAGAACACTCCCATCCACAAAATCTTCCCCGGCCAGTTTTTCCT
CGCCGGAAGACAAGGATTACGGCGAGACACGGCGGAGGTCGGTCCTCTTCTGAAGAGTTT
GCCTCGGAACACCGACGTCGTCAATTCCAAGTCGTTCCTCATCCCTCACGCTCGTCCCGG
ACTCGTCTCTCTTTGCTTGTCTGAAAACGACGACGACGATGAGACCAGACTCGATCCTGA
GTACAGAAACGTCGAGTTCTTGATCACTACGGGACCTGGTCCTTGTCCGCAGCTCGACGG
TGGCAACATTGTCTTCGGTACTGTTCTTGAAGGGTTAGATGTGGTGACGAGTATAGCTGC
GGTGCCAACGTTTAAGCCGTCGGAGAGGATTCGACAGTTCAACGATTTCGCAGAGTTTCT
GGGAGACGAAAGAGCTCAGAACGCAAGATCATTGCGGAACAGACCTCTTAAGACGGTTTT
CATTAGTGACTGTGGAGAACTTAAGGTCACTAAGCCTTCTCTCTCTCCTTCTCTGCCTTA
AGTATATATGAATGTATATGTGTGTTTATAGTAAGCATCTACTTCTTCTACTCTCAACCG
TTATAATTCAATTCTACTCGAGAGTTCTTCGGCTGGTTGCTAAAGACTAAGAGATGTACA
AGAGCTTGTAATCAAAACAACTTGTTATATAAATCTGAACATGGCTAAAATGTCAGGACA
AATTGTCTCATCTTATCTTCAATGAAGTTTGTTTTTCTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GF78TF U 1
AF RR1CW49TF U 3
AF RR1GF78JQ C 370
AF RR1CW49JQ C 413
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BS 661 674 RR1GF78TF
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BS 748 750 RR1GF78JQ
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BS 798 814 RR1GF78JQ
BS 815 815 RR1CW49JQ
BS 816 1122 RR1GF78JQ

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GTTCCTCTCAGCTTCCATCAGCCGTCGTAACCTCCTCCTCTCCACCACCACAATCGCCAC
CGTATCTCCCTCCCCTCAGATCCCTTCCCCACCAGACGTAACAATCACCGACCGCGTCTT
CCTCGATTTCTCCCTCTGCCCAACTTACTTCCGCTCTGATCCCTCCGCCACACTCTCCTC
CACCACTCCTTGCCCCGACTCCACTCCTCTCGGCCGCGTCGTTCTCGGACTATACGGCCG
TCATGTTCCTCTCACTGTCTCCACTTTCAAACTCATGTGCACTTCCTCCTCCTCCTCCTC
ATCCTCTACCTCTTACGAGAACACTCCCATCCACAAAATCTTCCCCGGCCAGTTTTTCCT
CGCCGGAAGACAAGGATTACGGCGAGACACGGCGGAGGTCGGTCCTCTTCTGAAGAGTTT
GCCTCGGAACACCGACGTCGTCAATTCCAAGTCGTTCCTCATCCCTCACGCTCGTCCCGG
ACTCGTCTCTCTTTGCTTGTCTGAAAACGACGACGACGATGAGACCAGACTCGATCCTGA
GTACAGAAACGTCGAGTTCTTGATCACTACGGGACCTGGTCCTTGTCCGCAGCTCGACG*
TGGCAACATTGTCT

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DS 

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GGACATTGC
AAATTGCAATCAACCACATCATGGCATCATCATCCATTATCATCCCTCCGTTCCTCTCAG
CTTCCATCAGCCGTCGTAACCTCCTCCTCTCCACCACCACAATCGCCACCGTATCTCCCT
CCCCTCAGATCCCTTCCCCACCAGACGTAACAATCACCGACCGCGTCTTCCTCGATTTCT
CCCTCTGCCCAACTTACTTCCGCTCTGATCCCTCCGCCACACTCTCCTCCACCACTCCTT
GCCCCGACTCCACTCCTCTCGGCCGCGTCGTTCTCGGACTATACGGCCGTCATGTTCCTC
TCACTGTCTCCACTTTCAAACTCATGTGCACTTCCTCCTCCTCCTCCTCATCCTCTACCT
CTTACAAGAACACTCCCATCCACAAAATCTTCCCCGGCCAGTTTTTCCTCGCCGGAAGAC
AAGGATTACGGCGAGACACGGCGGAGGTCGGTCCTCTTCTGAAGAGTTTGCCTCGGAACA
CCGACGTCGTCAATTCCAAGTCGTTCCTCATCCCTCACGCTCGTCCCGGACTCGTCTCTC
TTTGCTTGTCTGAAAACGACGACGACGATGAGACCAGACTCGATCCTGAGTACAGAAACG
TCGAGTTCTTGATCACTACGGGACCTGGTCCTTGTCCGCAGCTCGACGGTGGCAACATTG
TCTTCGGTACTGTTCTTGAAGGGTTAGATGTGGTGACGAGTATAGCTGCGGTGCCAACGT
TTAAGCCGTCGGAGAGA**TCGACAGTTCA*CGATTTCGCAGAGTTTCTGGGAGACGAAA
GAGCTC

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DS 

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CTCTTACGAGAACACTCCCATCCACAAAATCTTCCCCGGCCAGTTTTTCCTCGCCGGAAG
ACAAGGATTACGGCGAGACACGGCGGAGGTCGGTCCTCTTCTGAAGAGTTTGCCTCGGAA
CACCGACGTCGTCAATTCCAAGTCGTTCCTCATCCCTCACGCTCGTCCCGGACTCGTCTC
TCTTTGCTTGTCTGAAAACGACGACGACGATGAGACCAGACTCGATCCTGAGTACAGAAA
CGTCGAGTTCTTGATCACTACGGGACCTGGTCCTTGTCCGCAGCTCGACGGTGGCAACAT
TGTCTTCGGTACTGTTCTTGAAGGGTTAGATGTGGTGACGAGTATAGCTGCGGTGCCAAC
GTTTAAGCCGTCGGAGAGGATTCGACAGTTCAACGATTTCGCAGAGTTTCTGGGAGACGA
AAGAGCTCAGAACGCAAGATCATTGTGGAACAGACCTCTTAAGACGGTTTTCATTAGTGA
CTGTGGAGAACTTAAGGTCACTAAGCCTTCTCTCTCTCCTTCTCTGCCTTAAGTATATAT
GAATGTATATGTGTGTTTATAGTAAGCATCTACTTCTTCTACTCTCAACCGTTATAATTC
AATTCTACTCGAGAGTTCTTCGGCTGGTTGCTAAAGACTAAGAGATGTACAAGAGCTTGT
AATCAAAACAACTTGTTATATAAATCTGAACATGGCTAAAATGTCAGGACAAATTGTCTC
ATCTTATCTTCAATGAAGTTTGTTTTTCTTAGC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1CW49JQ 707 0 0
TTTTTCCTCGCCGGAAGACAAGGATTACGGCGAGACACGGCGGAGGTCGGTCCTCTTCTG
AAGAGTTTGCCTCGGAACACCGACGTCGTCAATTCCAAGTCGTTCCTCATCCCTCACGCT
CGTCCCGGACTCGTCTCTCTTTGCTTGTCTGAAAACGACGACGACGATGAGACCAGACTC
GATCCTGAGTACAGAAACGTCGAGTTCTTGATCACTACGGGACCTGGTCCTTGTCCGCAG
CTCGACGGTGGCAACATTGTCTTCGGTACTGTTCTTGAAGGGTTAGATGTGGTGACGAGT
ATAGCTGCGGTGCCAACGTTTAAGCCGTCGGAGAAGATTCGACAGTTCAACGATTTCGCA
GAGTTTCTGGGAGACGAAAGAGCTCAGAACGCAAGATCATTGCGGAACAGACCTCTTAAG
ACGGTTTTCATTAGTGACTGTGGAGAACTTAAGGTCACTAAGCCTTCTCTCTCTCCTTTT
CTGCCTTAAGTATATATGAATGTATATGTGTGTTTATAGTAAGCATCTACTTCTTCTACT
CTCAACCGTTATAATTCAATTCTACTCGAGAGTTCTTCGGCTGGTTGCTAAAGACTAAGA
GATGTACAAGAGCTTGTAATCAAAACAACTTGTTATATAAATCTGAACATGGCTAAAATG
TCAGGACAAATTGTCTCATCTTATCTTCAATGAAGTTTGTTTTTCTT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 6

CO CL1248Contig1 1137 6 9 U
GATAAAACATAGCGGCAACATTTGTATAAACAAGTAGACTACAAGTCTTGGTCTACTATT
AAACGAGAACTAGATTACATATACAGTATAGAAGTATACGAGGGTCTATTATTTATAAAG
AACAAAAATCAATCTATTGTTAAACAAAAAAAAAAGTACCATGTGTTGTAAAAAGATTAG
TACAGGACCAAAGAACATTTGTGTCTACACAGTTTATAAAACTTGAAGAGCTTTAATGTG
ATTAGAGAGTCTTAAAGCATGTTTTCATTTCCAATCAAGCATATCAAGAAGCCACAAAAC
CTCTTCTTTAGTCTCAGCAACGTCACAGAAATCCAACTGAATCCCGAAAACGTCGAGAAC
CCCATCGTTTATATTCTCAGCATCCATGAAAAGCAAAGAGACCCATGCTCGTATCCCAGA
GACAAAAGGGTAATAAGGAGATAAGTCAAGATACTCAAAAGCAAGAGCACGGTACGACGA
ACGGTCGATATACTCAAAGACAGACCGGTTGATTATCCTAGCAACCTTGTCCGAATCATT
CCTTCCCACAAGCATAGAGACACTCACCGTCTGGTTTAACGGAATAGTGAATCTTGGCTC
AGCGGGAACAACCATTTTGTAATCAGGTTTCGCTAAGTGAATCCTAAGAACGTTGCTGAT
TCCTGATGGTAAAGCTTTGATTCCGGTTTCCATCGCAAGACCGGGTATTAAACCGGAGTA
AACCGGTTTATCTTCCGACCAAATGTCGACGAAGAACTCCAAGTTCTCGAAGGAGAGCCT
TGGAGGAGGGAGGGTGCGGTTTAGCCTCCGTTTGCTACACGTTTGAAACATCTTGTAGTA
TGTTCCCGTGAGGGGAGGTTTGGTTCGTTTGCAGACGGAGGGCCATTTCTTGGCGCATTG
ACATTTCCAGTAAAAATCGTCCTTTGCTACGTGTCTCCACTGTTTGCAGACACCCATACA
AGCTGCTAGATCTTCTCCTTCAAGCAATGGAAAAACATTCTTCAAGACTTCTTCTGTGAA
CATCTTCTTTCACAAGATCTGGGGAGGCTGAACCTGGATGATCATATAGATACGATGCTG
GAAGAATCCTTTGCTGGGCAATTAAGGGAAACGGAAAGCAAGAAAATGCATCGGTCC


BQ
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35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ17JQ U 1
AF RR1BZ41JQ U 83
AF RR1ET62JQ U 247
AF RR1ET62TF C 247
AF RR1DQ17TF C 304
AF RR1BZ41TF C 408
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BS 867 1099 RR1DQ17TF
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RD RR1DQ17JQ 679 0 0
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TACAGGACCAAAGAACATTTGTGTCTACACAGTTTATAAAACTTGAAGAGCTTTAATGTG
ATTAGAGAGTCTTAAAGCATGTCTTCATTTCCAATCAAGCATATCAAGAAGCCACAAAAC
CTCTTCTTTAGTCTCAGCAACGTCACAGAAATCCAACTGAATCCCGAAAACGTCGAGAAC
CCCATCGTTTATATTCTCAGCATCCATGAAAAGCAAAGAGACCCATGCTCGTATCCCAGA
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ACGGTCGATATACTCAAAGACAGACCGGTTGATTATCCTAGCAACCTTGTCCGAATCATT
CCTTCCCACAAGCATAGAGACACTCACCGTCTGGTTTAACGGAATAGTGAATCTTGGCTC
AGCGGGAACAACCATTTTGTAATCAGGTTTCGCTAAGTGAATCCTAAGAACGTTGCTGAT
TCCTGATGGTAAAGCTTTG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1BZ41JQ 767 0 0
GT
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CAAAAAAAAAAGTACCATGTGTTGTAAAAAGATTAGTACAGGACCAAAGAACATTTGTGT
CTACACAGTTTATAAAACTTGAAGAGCTTTAATGTGATTAGAGAGTCTTAAAGCATGTTT
TCATTTCCAATCAAGCATATCAAGAAGCCACAAAACCTCTTCTTTAGTCTCAGCAACGTC
ACAGAAATCCAACTGAATCCCGAAAACGTCGAGAACCCCATCGTTTATATTCTCAGCATC
CATGAAAAGCAAAGAGACCCATGCTCGTATCCCAGAGACAAA*GGGTAATAAGGAGATAA
GTCAAGATACTCAAAAGCAAGAGCACGGTACGACGAACGGTCGATATACTCAAAGACAGA
CCGGTTGATTATCCTAGCAACCTTGTCCGAATCATTCCTTCCCACAAGCATAGAGACACT
CACCGTCTGGTTTAACGGAATAGTGAATCTTGGCTCAGCGGGAACAACCATTTTGTAATC
AGGTTTCGCTAAGTGAATCCTAAGAACGTTGCTGATTCCCGATGGTAAAGCTTTGATTCC
GGTTTCCATCGCAAGACCGGGTATTAAACCGGAGTAAACCGGTTTATCTTCCGACCAAAT
GTCGACGAAGAACTCCAAGTTCTCGAAGGAGAGCCTTGGAGGAGGGAGGGTGCGGTTTAG
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CCCGTG

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DS 

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TTCTCAGCATCCATGAAAAGCAAAGAAACCCATGCTCGTATCCCAGAGACAAAAGGGTAA
TAAGGAGATAAGTCAAGATACTCAAAAGCAAGAGCACGGTACGACGAACGGTCGATATAC
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ATAGAGACACTCACCGTCTGGTTCAACGGAATAGTGAATCTTGGCTCAGCGGGAACAACC
ATTTTGTAATCAGGTTTCGCTAAGTGAATCCTAAGAACGTTGCTGATTCCTGATGGCAAA
GCTTTGATTCCGGTTTCCATCGCAAGACCGGGTATTAAACCGGAGTAAACCGGTTTATCT
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GGAGGTTTGGTTC
C

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DS 

RD RR1ET62TF 621 0 0
GGTCTTA
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TCAGCAACATCACAGAAATCCAACTGAATCCCGAAAACGTCGAGAACCCCATCGTTTATA
TTCTCAGCATCCATGAAAAGCAAAGAAACCCATGCTCGTATCCCAGAGACAAAAGGGTAA
TAAGGAGATAAGTCAAGATACTCAAAAGCAAGAGCACGGTACGACGAACGGTCGATATAC
TCAAAGACAGACCGGTTGATTATCCTAGCAACCTTGTCCGAATCATTCCTTCCCACAAGC
ATAGAGACACTCACCGTCTGGTTCAACGGAATAGTGAATCTTGGCTCAGCGGGAACAACC
ATTTTGTAATCAGGTTTCGCTAAGTGAATCCTAAGAACGTTGCTGATTCCTGATGGCAAA
GCTTTGATTCCGGTTTCCATCGCAAGACCGGGTATTAAACCGGAGTAAACCGGTTTATCT
TCCGACCAAATGTCGACGAAGAACTCCAAGTTCTCGAAGGAGAGCCTTGGAGGAGGGAGG
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GGAGGTTTGGTTC
C

QA 8 620 8 620
DS 

RD RR1DQ17TF 796 0 0
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ATCGTTTAT*TTCTCAGCATCCATGAAAAGCAAAGAGACCCATGCTCGTATCCCAGAGAC
AAAAGGGTAATAAGGAGATAAGTCAAGATACTCAAAAGCAAGAGCACGGTACGACGAACG
GTCGATATACTCAAAGACAGACCGGTTGATTATCCTAGCAACCTTGTCCGAATCATTCCT
TCCCACAAGCATAGAGACACTCACCGTCTGGTTTAACGGAATAGTGAATCTTGGCTCAGC
GGGAACAACCATTTTGTAATCAGGTTTCGCTAAGTGAATCCTAAGAACGTTGCTGATTCC
TGATGGTAAAGCTTTGATTCCGGTTTCCATCGCAAGACCGGGTATTAAACCGGAGTAAAC
CGGTTTATCTTCCGACCAAATGTCGACGAAGAACTCCAAGTTCTCGAAGGAGAGCCTTGG
AGGAGGGAGGGTGCGGTTTAGCCTCCGTTTGCTACACGTTTGAAACATCTTGTAGTATGT
TCCCGTGAGGGGAGGTTTGGTTCGTTTGCAGACGGAGGGCCATTTCTTGGCGCATTGACA
TTTCCAGTAAAAATCGTCCTTTGCTACGTGTCTCCACTGTTTGCAGACACCCATACAAGC
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CTTCTTTCACAAGATCTGGGGAGGCTGAACCTGGATGATCATATAGATACGATGCTGGAA
GAATCCTTTGCTGGGC

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1BZ41TF 730 0 0
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TGAATCTTGGCTCAGCGGGAACAACCATTTTGTAATCAGGTTTCGCTAAGTGAATCCTAA
GAACGTTGCTGATTCCCGATGGTAAAGCTTTGATTCCGGTTTCCATCGCAAGACCGGGTA
TTAAACCGGAGTAAACCGGTTTATCTTCCGACCAAATGTCGACGAAGAACTCCAAGTTCT
CGAAGGAGAGCCTTGGAGGAGGGAGGGTGCGGTTTAGCCTCCGTTTGCTACACGTTTGAA
ACATCTTGTAGTATGTTCCCGTGAGGGGAGGTTTGGTTCGTTTGCAGACGGAGGGCCATT
TCTTGGCGCATTGACATTTCCAGTAAAAATCGTCCTTTGCTACGTGTCTCCACTGTTTGC
AGGCACCCATACAAGCTGCTAGATCTTCTCCTTCAAGCAATGGAAAAACATTCTTCAAGA
CTTCTTCTGTGAACATCTTCTTTCACTAGATCTGGGGAGGCTGAACCTGGATGATCATAT
AGATACGATGCTGGAAGAATCCTTTGCTGGGCAATTAAGGGAAACGGAAAGCAAGAAAAT
GCATCGGTCC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 5

CO CL1249Contig1 1132 5 14 U
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ATCCGTATGTATCCAGTGGATCCGGTTTAAATCACGGCGAGAAGACTGATCCCAGCGGCT
GATTAATATCTCCGACGATTGGTTGAAGAGCTGATCTGATCTCGCATCATGACCTCGGCC
GCTAACCTCGCCGGATCTGAGAATTTCGTTGCGTTTTGATGAAGGATTAGAGAAGAACGA
AGAGGAAGAGGATGGCAGATATGTGAAATTGAAATTGAGTGATAGGATGTATGAGATGTT
TGTTTAGGGACGATACAGCCTTTCTGATGAGAGAGGGCTTGAGTTCTGAATTAGCATCTT
TGTCATCCGACCTTTGCCATGACAGGTGCGCTTGCATGGCAGGTCAAAAAAATATCCCTA
ATAAAAAAATAACTGTTTCGTGTTGTTGTGAGGGGAGTTCGCACGGGGAACATATTTTTT
ATAGTCCGGGTTCTCCCCTCACCTCCTTTGTGTCTTTTGCACTCTGCTCTCACTATCACA
CTCATACACTCATATCTCAAATCACCAAAATATCTCGATTCACAGACATATTTTGAATTG
ATTCGAATCACTACTATTGGATCTGG*AGTCGAGTACCTGCATAACCAAGTTCAACATAC
TCCATGGAGACCAAAAGGTACTTTCAGTTATTTAT*TCGCATTACTAATACATCCAT*TG
ACATCTAATCGGCTTTTATTTGGCTCATTATTAAATCATCGGTACTACTCAATCATCTCC
AAAAATATTATATCGGCCAAGTATTCGTATTAATTTATATCTCCAGACTTAGCATTGATC
TGAGAATTTGTATCAACTTGAGGAATAGCAGATAGTTATTACATTGTACCATATTGTAAG
CATATCGTACTCTAGGATTCCTAGAGTTGCAAATGGCTTTGAAGAGCTCTGAATGAGAAG
TTTGTTTTCGAACCAAGTGTCTGATGTTTTACTTATGTTACCCCACGGCTCTTGTATGTT
ATTAACTAATGTTGTTAAACCTTGAATAGTATACTACAGTTATATTGTTGCG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 15 30 30 30 15 30 15 15 15 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 15 30 30 30 15 30 15 15 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 15 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE44TF U 1
AF RR1H689TF U 3
AF RR1B281TF U 3
AF RR1B281JQ C 433
AF RR1EE44JQ C 436
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BS 845 895 RR1B281JQ
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RD RR1EE44TF 677 0 0
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AGAGGAAGAGGATGGCAGATATGTGAAATTGAAATTGAGTGATAGGATGTATGAGATGTT
TGTTTAGGGACGATACAGCCTTTCTGATGAGAGAGGGCTTGAGTTCTGAATTAGCATCTT
TGTCATCCTACCTTTGCCATGACAGGTGCGCTTGCATGGCAGGTCAAAAAAATATCCCTA
ATAAAAAAATAACTGTTTCGTGTTGTTGTGAGGGGAGTTCGCACGGGGAACATATTTTTT
ATAGTCCGGGTTCTCCCCTCACCTCCTTTGTGTCTTTTGCACTCTGCTCTCACTATCACA
CTCATACACTCATATCTCAAATCACCAAAATATCTCGATTCACAGGCATATTTTGATTTG
ATTCGAATCACTACTAT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1H689TF 782 0 0
GG
ATACCAGCGTTTGTTATGATTCGTTCAACTTTTTCGCTACATCTCTCGTGTTCGTCGATG
TATCGAAGTCTCTCCGATGAAGTTCGTCGCAAATTCGGCTCTCAGATT**CGTCGTATCC
GTATGTATCCAGTGGATCCGGTTTAAATCACGGCGAGAAGACTGATCCCAGCGGCTGATT
AATATCTCCGACGATTGGTTGAAGAGCTGATCTGATCTCGCATCATGACCTCGGCCGCTA
ATCTCGCCGGATCTGAGAATTTCGTTGCGTTTTGATGAAGGATTAGAGAAGAACGAAGAG
GAAGAGGATGGCAGATATGTGAAATTGAAATTGAGTGATAGGATGTATGAGATGTTTGTT
TAGGGACGATACAGCCTTTCTGGTGAGAGAGGGCTTGAGTTCTGAATTAGCATCTTTGTC
ATCCGACCTTTGCCATGACAGGTGCGCTTGCATGGCAGGTCAAAAAAATATCCCTAATAA
AAAA*TAACTGTTTCGTGTTGTTGTGAGGGGAGTTCGCACGGGGAACATATTTTTTATAG
TCCGGGTTCTCCCCTCACCTCCTTTGTGTCTTTTGCACTCTGCTCTCACTATCACACTCA
TACACTCATATCTCAAATCACCAAAATATCTCGATTCACAGACATATTTTGAATTGATTC
GAATCACTACTATTGGATCTGG*AGTCGAGTACCTGCATAACCAAGTTCAACATACTCCA
TGGAGACAAAA**GTATTCGTATTAATTTATATCTCAG*ACTTAG*CATTGATCTGAGA
T

QA 3 781 3 781
DS 

RD RR1B281TF 846 0 0
GG
ATACCAGCGTTTGTTATGATTCGTTCAACTTTTTCGCTACATCTCTCGTGTTCGTCGATG
TATCGAAGTCTCTCCGATGAAGTTCGTCGCAAATTCGGCTCTCAGATCGGCGTCGTATCC
GTATGTATCCAGTGGATCCGGTTTAAATCACGGCGAGAAGACTGATCCCAGCGGCTGATT
AATATCTCCGACGATTGGTTGAAGAGCTGATCTGATCTCGCATCATGACCTCGGCCGCTA
ACCTCGCCGGATCTGAGAATTTCGTTGCGTTTTGATGAAGGATTAGAGAAGAACGAAGAG
GAAGAGGATGGCAGATATGTGAAATTGAAATTGAGTGATAGGATGTATGAGATGTTTGTT
TAGGGACGATACAGCCTTTCTGATGAGAGAGGGCTTGAGTTCTGAATTAGCATCTTTGTC
ATCCGACCTTTGCCATGACAGGTGCGCTTGCATGGCAGGTCAAAAAAATATCCCTAATAA
AAAAATAACTGTTTCGTGTTGTTGTGAGGGGAGTTCGCACGGGGAACATATTTTTTATAG
TCCGGGTTCTCCCCTCACCTCCTTTGTGTCTTTTGCACTCTGCTCTCACTATCACACTCA
TACACTCATATCTCAAATCACCAAAATATCTCGATTCACAGACATATTTTGAATTGATTC
GAATCACTACTATTGGATCTGGGAGTCGAGTACCTGCATAACCAAGTTCAACATACTCCA
TGGAGACCAAAAGGTACTTTCAGTTATTTAT*TCGCATTACTAATACATCCAT*TGACAT
CTAATCGGCTTT*ATTTGGCTCATTATTAAATCATCGGTACTACTCAATCATCTCCAAAA
TATT

QA 3 842 3 842
DS 

RD RR1B281JQ 463 0 0
TTTGCCATGACAGGTGCGCTTGCATGGCAGGTCAAAAAAATATCCCTAATAAAAAAATAA
CTGTTTCGTGTTGTTGTGAGGGGAGTTCGCACGGGGAACATATTTTTTATAGTCCGGGTT
CTCCCCTCACCTCCTTTGTGTCTTTTGCACTCTGCTCTCACTATCACACTCATACACTCA
TATCTCAAATCACCAAAATATCTCGATTCACAGACATATTTTGAATTGATTCGAATCACT
ACTATTGGTTCTGG*AGTCGAGTACCTGCATAACCAAGTTCAACATACTCCATGGAGACC
AAAAGGTACTTTCAGTTATTTAT*TCGCATTACTAATACATCCAT*TGACATCTAATCGG
CTTTTATTTGGCTCATTATTAAATCATCGGTACTACTCAATCATCTCCAAAAATATTATA
TCGGCCAAGTATTCGTATTAATTTATATCTCCAGACTTAGCAT

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR1EE44JQ 697 0 0
GCCATGACAGGTGCGCTTGCATGGCAGGTCAAAAAAATATCCCTAATAAAAAAATAACTG
TTTCGTGTTGTTGTGAGGGGAGTTCGCACGGGGAACATATTTTTTATAGTCCGGGTTCTC
CCCTCACCTCCTTTGTGTCTTTTGCACTCTGCTCTCACTATCACACTCATACACTCATAT
CTCAAATCACCAAAATATCTCGATTCACAGGCATATTTTGAATTGATTCGAATCACTACT
ATTGGATCTGG*AGTCGAGTACCTGCATAACCAAGTTCAACATACTCCATGGAGACCAAA
AGGTACTTTCAGTTATTTAT*TCGCATTACTAATACATCCAT*TGACATCTAATCGGCTT
TTATTTGGCTCATTATTAAACCATCGGTACTACTCAATCATCTCCAAAAATATTATATCG
GCCAAGTATTCGTATTAATTTATATCTCCAGACTTAGCATTGATCTGAGAATTTGTATCA
ACTTGAGGAATAGCAGATAGTTATTACATTGTACCATATTGTAAGCATATCGTACTCTAG
GATTCCTAGAGTTGCAAATGGCTTTGAAGAGCTCTGAATGAGAAGTTTGTTTTCGAACCA
AGTGTCTGATGTTTTACTTATGTTACCCCACGGCTCTTGTATGTTATTAACTAATGTTGT
TAAACCTTGAATAGTATACTACAGTTATATTGTTGCG

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 6

CO CL1250Contig1 963 6 10 U
GACTCGCATACTTTTCAACAATCCCACGATACCCCCATCCCACCCAGATCGATAAGCAAG
CAAACCTCCCAAACTAAAATTTTCATATTTTCCCGATTCAGATCAAACCACGCACCATCG
CCGTTGCCTCCGCCACTTGCTGCTAAATCAAGTCAGAAGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGG
ATGGGAGCATTCGCATCGAGGTTTTGGTTCATGATGTTCCCTGCGAAAGAGTATAAGATC
GTCGTCGTTGGTTTGGATAACGCCGGCAAAACGACGACGCTTTATAAGCTCCATTTGGGT
GAAGTTGTCACCACTCATCCTACTGTTGGAAGCAATGTCGAAGAGCTCGTTTACAAGAAC
ATCCGCTTCGAGGTTTGGGATCTTGGTGGGCAAGATAGGCTCAGAACATCATGGGCAACT
TACTACAGAGGAACCAACGCTGTAATCGTGGTCATCGATAGCACAGACAGAGCCAGGATC
TCTTTGATGAAAGATGAGCTATCCAGATTGCTCGGGCACGAGGATCTTCAGAACTCGGTG
ATACTCGTGTTCGCAAACAAACAGGACCTGAAGGACGCTATGAGCCCAGCTGAGATCACT
GACGCGCTTAACCTTCACAGCATCAAGAACCATGATTGGCACATTCAAGCGAGCTGTGCA
GTCACTGGAGAAGGGT*GCATGATGGGCTTGGCTGGATTGCCCAGAAAGTTACTGAGAAA
CCTCCAAGTTAAAGAGGAAATGTCAGGAACGACGGAATCACATAACATTGAACCTTTCGC
ATTTTCTCTTTATGGTTGATTGATTTTTCTTTTTATACAGTGTATTAATTCCCACTCTTC
GTGTATGAGTTTTATCTATTTGGTTTACTCTGATTGAATAGTTAAGTGGAACATACACTA
AGTTACCTCCAAACAAGTAGACATTTTGCCATCAAATGCAAAGTTTGAAAACAACCTTTC
TTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1DO61TF U 29
AF RR1FO47TF U 1
AF RR1GF67TF U 24
AF RR1FO47JQ C 225
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RD RR1DO61TF 640 0 0
GG
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TCCCGATTCAGATCAAACCACGCACCATCGCCGTTGCCTCCGCCACTTGCTGCTAAATCA
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ATGATGTTCCCTGCGAAAGAGTATAAGATCGTCGTCGTTGGTTTGGACAACGCCGGCAAA
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AAGGACGCTATGAGCCCAGCTGAGATCACTGACGCTCTTAACCTTCACAGCATCAAGAAC
CATGATTGGCACATTCAAGCGAGCTGTGCAGTCACTGG

QA 3 640 3 640
DS 

RD RR1FO47TF 722 0 0
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CAAACCTCCCAAACTAAAATTTTCATATTTTCCCGATTCAGATCAAACCACGCACCATCG
CCGTTGCCTCCGCCACTTGCTGCTAAATCAAGTCAGAAGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGG
ATGGGAGCATTCGCATCGAGGTTTTGGTTCATGATGTTCCCTGCGAAAGAGTATAAGATC
GTCGTCGTTGGTTTGGATAACGCCGGCAAAACGACGACGCTTTATAAGCTCCATTTGGGT
GAAGTTGTCACCACTCATCCTACTGTTGGAAGCAATGTCGAAGAGCTCGTTTACAAGAAC
ATCCGCTTCGAGGTTTGGGATCTTGGTGGGCAAGATAGGCTCAGAACATCATGGGCAACT
TACTACAGAGGAACCAACGCTGTAATCGTGGTCATCGATAGCACAGACAGAGCCAGGATC
TCTTTGATGAAAGATGAGCTATCCAGATTGCTCGGGCACGAGGATCTTCAGAACTCGGTG
ATACTCGTGTTCACAAACAAACAGGACCTGAAGGACGCTATGAGCCCAGCTGAGATCACT
GACGCGCTTAACCTTCACAGCATCAAGAACCATGATTGGCACATTCAAGCGAGCTGTGCA
GTCACTGGAGAAGGGT*CCATGATGGGCTTGGCTGGATTGCCCAGAAAGTTACTGAGAAA
CC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1GF67TF 719 0 0
GGACGAT
ACCCCCATCCCACCCAGATCGATAAGCAAGCAAACCTCCCAAACTAAAATTTTCATATTT
TCCCGATTCAGATCAAACCACGCACCATCGCCGTTGCCTCCGCCACTTGCTGCTAAATCA
AGTCAGAAGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGGATGGGAGCATTCGCATCGAGGTTTTGGTTC
ATGATGTTCCCTGCGAAAGAGTATAAGATCGTCGTCGTTGGTTTGGATAACGCCGGCAAA
ACGACGACGCTTTATAAGCTCCATTTGGGTGAAGTTGTCACCACTCATCCCACTGTTGGA
AGCAATGTCGAAGAGCTCGTTTACAAGAACATCCGCTTCGAGGTTTGGGATCTTGGTGGG
CAAGATAGGCTCAGAACATCATGGGCAACTTACTACAGAGGAACCAACGCTGTAATCGTG
GCCATCGATAGCACAGACAGAGCCAGGATCTCTTTGATGAAAGATGAGCTATCCAGATTG
CTCGGGCACGAGGATCTTCAGAACTCGGTGATACTCGTGTTCGCAAACAAACATGACCTG
AATGACGCTATGAGCCCAGCTGAGATCACTGACGCGCTTAACCTTCACAGCATCAAGAAC
CATGATTGGCACATTCAAGCGAGCTGTGCAGTCACTGGAGAAGGTT*GCATGATGGGCTT
GGCTGGATTGCCCAGAAAGT*ACTGAGAAACCTCCAAGT*AAAGAGGAA
TGT

QA 8 716 8 716
DS 

RD RR1FO47JQ 648 0 0
GAAAGAGTATAAGATCGTCGTCGTTGGTTTGGATAACGCCGGCAAAACGACGACGCTTTA
TAAGCTCCATTTGGGTGAAGTTGTCACCACTCATCCTACTGTTGGAAGCAATGTCGAAGA
GCTCGTTTACAAGAACATCCGCTTCGAGGTTTGGGATCTTGGTGGGCAAGATAGGCTCAG
AACATCATGGGCAACTTACTACAGAGGAACCAACGCTGTAATCGTGGTCATCGATAGCAC
AGACAGAGCCAGGATCTCTTTGATGAAAGATGAGCTATCCAGATTGCTCGGGCACGAGGA
TCTTCAGAACTCGGTGATACTCGTGTTCACAAACAAACAGGACCTGAAGGACGCTATGAG
CCCAGCTGAGATCACTGACGCGCTTAACCTTCACAGCATCAAGAACCATGATTGGCACAT
TCAAGCGAGCTGTGCAGTCACTGGAGAAGGGT*CCATGATGGGCTTGGCTGGATTGCCCA
GAAAGTTACTGAGAAACCTCCAAGTTAAAGAGGAAATGTCAGGAACGACGGAATCACATA
ACATTGAACCTTTCGCATTTTCTCTTTATGGTTGATTGATTTTTCTTTTTATACAGTGTA
TTAATTCCCACTCTTCGTGTATGAGTTTTATCTATTTGGTTTACTCTG

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1GF67JQ 638 0 0
TCGTCGTCGTTGGTTTGGATAACGCCGGCAAAACGACGACGCTTTATAAGCTCCATTTGG
GTGAAGTTGTCACCACTCATCCCACTGTTGGAAGCAATGTCGAAGAGCTCGTTTACAAGA
ACATCCGCTTCGAGGTTTGGGATCTTGGTGGGCAAGATAGGCTCAGAACATCATGGGCAA
CTTACTACAGAGGAACCAACGCTGTAATCGTGGCCATCGATAGCACAGACAGAGCCAGGA
TCTCTTTGATGAAAGATGAGCTATCCAGATTGCTCGGGCACGAGGATCTTCAGAACTCGG
TGATACTCGTGTTCGCAAACAAACATGACCTGAATGACGCTATGAGCCCAGCTGAGATCA
CTGACGCGCTTAACCTTCACAGCATCAAGAACCATGATTGGCACATTCAAGCGAGCTGTG
CAGTCACTGGAGAAGGGTTGCATGATGGGCTTGGCTGGATTGCCCAGAAAGTTACTGAGA
AACCTCCAAGTTAAAGAGGAAATGTCAGGAACGACGGAATCACATAACATTGAACCTTTC
GCATTTTCTCTTTATGGTTGATTGATTTTTCTTTTTATACAGTGTATTAATTCCCACTCT
TCGTGTATGAGTTTTATCTATTTGGTTTACTCTG
ATTG

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1DO61JQ 666 0 0
GGTGAAGTTGTCACCACTCATCCTACTGTTGGAAGCAATGTCGAAGAGCTCGTTTACAAG
AACATCCGCTTCGAGGTTTGGGATCTTGGAGGGCAAGACAGGCTCAGAACATCATGGGCA
ACTTACTACAGAGGAACCAACGCTGTAATCGTGGTCATCGATAGCACAGACAGAGCCAGG
ATCTCTTTGATGAAAGATGAGCTATCCAGATTGCTCGGGCACGAGGATCTTCAGAACTCG
GTGATACTCGTGTTCGCAAACAAACAGGACCTGAAGGACGCTATGAGCCCAGCTGAGATC
ACTGACGCTCTTAACCTTCACAGCATCAAGAACCATGATTGGCACATTCAAGCGAGCTGT
GCAGTCACTGGAGAAGGGTTGCATGATGGGCTTGGCTGGATTGCCCAGAAAGTTACTGAG
AAACCTCCAAGTTAAAGAGGAAATGTCAGGAACGACGGAATCACATAACATTGAACCTTT
CGCATTTTCTCTTTATGGTTGATTGATTTTTCTTTTTATACAGTGTATTAATTCCCACTC
TTCGTGTATGAGTTTTATCTATTTGGTTTACTCTGATTGAATAGTTAAGTGGAACATACA
CTAAGTTACCTCCAAACAAGTAGACATTTTGCCATCAAATGCAAAGTTTGAAAACAACCT
TTCTTG

QA 1 666 1 666
DS 



AS 2 6

CO CL1251Contig1 973 4 4 U
GTGTAAATTGCGTTAACAAATTTGAATGCGGGAGAAAGAAAAACATCAAGGTAAGCATTA
CAATGCTAATATGGGATTTTACTTCACCAATTCATGATTTGCTAATGTAGTCACACACAA
AAAAAAAGAGAAACTAGTTACATCCCCGTGATACAAATATGCTTTCTTTACTTCTTTGTT
TTGTCTCCACAAGTCCCTTTGCTTTCTCTCAAAACGCATGATATGCTCTTGTACCTGCTT
CTTTCTTTCC****TTCCTTCACGGCTTGTGTAACTTAAACCCAAACACTCTTGGAACGT
AGCTTTGCGCTGCCTTTTGTGGCTTCAGATGTCCATACGTCATCAGAAACAGATGTGGAA
ACGTTGTCCCAAAGTATGCTCCATCTATGTTTCCTTGGTATTTTGATCGTGGGTAATACA
CGTCTTCACATTTGGGGCAATATATCTTTACGGTGCTTGATCGAGGGATATCCGATTGAC
CAACCGGTAAACAAGGCTGTCCACAACAATAAACTCTTGGGCATCTTCCAAAGTCATAGT
TTTTGTATTTGTCTAACATAGAAGCCAGGCCTTTGCTGGTCAAAATGTAACGAGCATGAA
TCATTCCATATAGCATCTCTGCAGCTGACTCCACCAATTCATTCTGTTCGTCTGTAAACC
TCTCACCCTGAGAAAAATCAACATCCAAAATCAAATCAAGGGCATAGTCGTAGTAGGGAA
CTTGATGATTCAATTGCTTCCCTATCGTGACGGAGTTCGAAGCTGCCTTCCCCTTTCCAT
TGACGGTGTGAGACATCGAATACGACGCTCGGTTATTATCAATCTCTCCACACAGTGACC
GGAGATCCACGCCGGCGAATCGAAAAAAATAAAAACGAAGAAAAGAGAGGCGTACGAGGA
GAGGGATGACGGTTACGAATCGCTAGGGTTACGAAGCTAGCGGGAGCTTCTCGTCTCTCG
TTTATCAATCTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CO52JQ U 186
AF RR1E658JQ U 1
AF RR1AX40JQ U 1
AF RR1AX40TF C 255
BS 1 139 RR1AX40JQ
BS 140 140 RR1E658JQ
BS 141 796 RR1AX40JQ
BS 797 973 RR1AX40TF

RD RR1CO52JQ 526 0 0
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TGCGCTGCCTTTTGTGGCTTCAGATGTCCATACATCATCAGAAACAGATGTGGAAACGTT
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TCACATTTGGGGCAATATATCTTTACGGTGCTTGATCGAGGGATATCCGATTGACCAACC
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TATTTGTCTAACATAAAAGCCAGGCCTTTGCTGGTCAAAATGTAACGAGCATGAATCATT
CCATATAGCATCTCTGCAGCTGACTCCACCAATTCATTCTGTTCGTCTGTAAACCTCTCA
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QA 1 526 1 526
DS 

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GA
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GTCTCCACAAGTCCCTTTGCTTTCTCTCAAAACGCATGATATGCTCTTGTACCTGCTTCT
TTCTTTCC****TTCCTTCACGGCTTGTGTAACTTAAACCCAAACACTCTTGGAACGTAG
CTTTGCGCTGCCTTTTGTGGCTTCAGATGTCCATACGTCATCAGAAACAGATGTGGAAAC
GTTGTCCCAAAGTATGCTCCATCTATGTTTCCTTGGTATTTTGATCGTGGGTAATACACG
TCTTCACATTTGGGGCAATATATCTTTACGGTGCTTGATCGAGGGATATCCGATTGACCA
ACCGGTAAACAAGGCTGTCCACAACAATAAACTCTTGGGCATCTTCCAAAGTCATAGTTT
TTGTATTTGTCTAACATAAAAGCCAGGCCTTTGCTGGTCAAAATGTAACGAGCATGAATC
ATTCCATATAGCATCTCTGCAGCTGACTCCACCAATTCATTCTGTTCGTCTGTAAACCTC
TCACCCTGAGAAAAA

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR1AX40JQ 796 0 0
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AAAAAAAGAGAAACTAGTTCCATCCCCGTGATACAAATATGCTTTCTTTACTTCTTTGTT
TTGTCTCCACAAGTCCCTTTGCTTTCTCTCAAAACGCATGATATGCTCTTGTACCTGCTT
CTTTCTTTCC****TTCCTTCACGGCTTGTGTAACTTAAACCCAAACACTCTTGGAACGT
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ACGTTGTCCCAAAGTATGCTCCATCTATGTTTCCTTGGTATTTTGATCGTGGGTAATACA
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QA 1 796 1 796
DS 

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AAATCAACATCCAAAATCAAATCAAGGGCATAGTCGTAGTAGGGAACTTGATGATTCAAT
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ACGAATCGCTAGGGTTACGAAGCTAGCGGGAGCTTCTCGTCTCTCGTTTATCAATCTCC

QA 1 719 1 719
DS 



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GGATGTTGATTTTTCTCAGGTGAGAGTTTACAGACGACAGAATGAATTG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CO52TF U 1
AF RR1E658TF U 1
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CAACTTGTGTGGCCTCAATCATCAAGTTCCCTACTACGACTATGCCCTTGATTTGATTTT
GGATGTTGATTTTTCTCAGGTGAGAGTTTACAGACGA
C

QA 1 697 1 697
DS 

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GAGAGGGGAACGCGTGGATCGAAGTCGGAGGTGGTGGATCGGAAACGGATAAACGAGGCT
CACGATAATAACCGAGCGTCGTATTCGATGTCTCACACCGTCAATGGAAAGGGGAAGGCA
GCTTCGAACTCCGTCACGATAGGGAAGCAATTGAATCATCATGACCACCACAGCAACAGC
CGCGATCCTCGTTCCAAAGCCACCATTTCCGACGCTGTAGATGTATCAGAGACAGACAGC
GAAGAATCTGAGGTTAGTGGTTCTGAAGGGGAGGACACCTCGTGGATATCTTGGTTCTGC
AACTTACGTGGGGAACGAGTTCTTTTGTGAAGTTGATGATGATTACATCCAGGATGACTT
CAACTTGTGTGGCCTCAATCATCGAGTTCCCTACTACGACTATGCCCTTGATTTGATTTT
GGATGTTGATTTTTCTCAGGTGAGAGTTTACAGACGACAGAATGAATTG

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 6

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TAGAAAAAGGTATATAATATCAAACTACAAGGAAAATACATTGTGAACCTCTGTTTTTAG
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TGATGGGATTGTCGGCATCTCAGAAGATTCTGACGGAGAAGGAGACATTTCGCTCGAACC
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ACCTTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR1BJ36JQ U 1
AF RR1A642JQ U 45
AF RR1A642TF C 45
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AF RR1AM85JQ U 46
AF RR1AM85TF C 46
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CC

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DS 

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CC

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CC

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*AAAAAGGTATATAATATCAAACTACAAGGAAAATACATTGTGAACCTCTGTTTTTAGTG
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CC

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C
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RD RR1AM85TF 622 0 0
C
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TCTGTTTCCGAGAGACCTTCC

QA 2 622 2 622
DS 



AS 1 4

CO CL1253Contig1 1405 4 24 U
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AAGCCATTGACTTGGATCCCAATTGCGCCGCCTTCTTCGCCGATCGTGCTCAGGCCAACA
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC77TF U 1
AF RR1DH52TF U 117
AF RR1DH52JQ C 711
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GG
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CAAAGCCATTGACTTGGATCCCAATTGCGCCGCCTTCTTCGCCGATCGTGCTCAGGCCAA
CATCAAAATCCTTAATTTCACCGAAGCTGTTGCAGACGCCAACAAAGCCATAGAGTTGGA
GCCGACGTTGGCTAAAGCCTACCTCAGAAAAGGCACTGCTTGTATGAAGCTGGAGGAATA
CAGTACTGCTAAAGCAGCCCTTGAAAAGGGGGCTTCCGTTGCACCAAATGAATCAAAGTT
TAAGAAGATGATAGATGAATGCAATCTTCACATTGCAGAAGA***GAAAGATTTGGTTCA
GCAGATGCCCCCAACCTTGCCTTCAAGCTCTACCTCACCACCACTAGCAGCGGCCGCTGA
TTCTCCTCCTGCAGCACCTGCCAAACCCATGTTCAGACACGAGTTCTACCAGAAGCCGGA
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DS 

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AATGTGACAGTGCTGTCTACTAACTGGAAAGAGGTTGGGACTAAGAAAGTGGAGAGCACT
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DS 

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A
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GTTTCTCAGAGGCCGGTTTACCCATCATCTAAGCCGGCAAAAGACTGGGACAAGCTAGAA
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TAAATCATGGCCTTGTCAAATATCTCTGAAGTTTCTTTTGGTTTTTCAAGTGCATTCGTT
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ACTTCTTCTCCCTCGAGAGAGGGCTTTTAGTGACAATCTTGCATTGTTATCTTAAGTTAG
ATTATAAACCCAACTTTATTAAGTCGAATAAATGCGGTAACCATTAC

QA 2 648 2 648
DS 



AS 1 6

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AAGAGAAAACATGGCGACTTCAGGAACATATGTGACGGAGGTTCCGTTGAAAGGATCAGC
AGAGAAACACTACAAGAGGTGGAAGAGTGAGAACCACCTCTTTCCAGACGCCATAGGCCA
TCATATCCAAGGTGTTACAGTCCACGAAGGCGAGTGGGACTCTCATGGATCCATAAAGAT
TTGGAACTACACATGCGATGGGAAACCGGAGGTGTTTAAGGAGAGGAGAGAGATAGACGA
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GTACGACACCACCATTCAGTTTATTCAAAAATCGCCTGATGATATCGTGTGCAAGATCAA
TATGGTCTGGGAGAAGCGAACCGATGACTCACCTGAGCCCATTACCTACATGAAGTTCGT
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TATTTCGAACCATCATCATCGGCTCCCTATGTGTGTTGTGTGGGTGTCTTTCGTATGTTG
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TATGGTGAGTAATTAACTGCAAGGTTTCATGTGTTATGTCATGTGTATGTCCATCTACAC
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CTAGTTTCTCTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G107TF U 1
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AF RR1DL93TF U 5
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CCG

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DS 

RD RR1D475TF 576 0 0
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DS 

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AAACATGGCGACTTCAGGAACATATGTGACGGAGGTTCCGTTGAAAGGATCAGCAGAGAA
ACACTACAAGAGGTGGAAGAGTGAGAACCACCTCTTTCCAGACGCCATAGGCCATCATAT
CCAAGGTGTTACAGTCCACGAAGGCGAGTGGGACTCTCATGGATCCATAAAGATTTGGAA
CTACACATGCGATGGGAAACCGGAGGTGTTTAAGGAGAGGAGAGAGATAGACGATGAGAA
TAACGCGGTCACGGTCAGAGGTCTTGAAGGCCACGTGATGGAGACTCTTAAGGTGTACGA
CACCACCATTCAGTTTATTCAAAAATCGCCTGATGATATCGTGTGCAAGATCAATATGGT
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CATGGTTGCTGATGTGGACGACCACGTCCTCAAAGCTTAAATAAATCACTTGTATATTTC
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DS 

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ACGGTGTACGACACCACCATTCAGTTTATTCAAAAATCGCCTGATGATATCGTGTGCAAG
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QA 1 696 1 696
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TC

QA 1 684 1 684
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AS 1 5

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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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G

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G
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DS 



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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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BS 171 171 RR1BU02JQ
BS 172 352 RR1GP80JQ
BS 353 353 RR1BU02JQ
BS 354 355 RR1GP80JQ
BS 356 356 RR1BU02JQ
BS 357 466 RR1GP80JQ
BS 467 754 RR1BU02JQ
BS 755 941 RR1BU02TF
BS 942 1041 RR1GP80TF
BS 1042 1042 RR1DJ76TF
BS 1043 1056 RR1GP80TF
BS 1057 1057 RR1DJ76TF
BS 1058 1189 RR1GP80TF

RD RR1GP80JQ 472 0 0
GGAGGTTAAATAAAAATATATATTCCAAACGTAAATAAGTTCAAAAGAGTGTTGAATACA
TAAAAACACCAGCAAAACAACACACAACGTCGTGTGTGCATATAGAGGAGATAAATAAAC
ACAAAACATGAAACAAAAGAAAAGTCTGGAAAACATAACTGCATAAACTAAAACTGATGA
TAGAACTTAACAAGGCAGATTACTCTTCTTCATTCTTGTTCTGTTCTTTGGTAAAAGCAA
CCTCAAGACACATGTGGCCTGGTTTGCCATCCATGGTTTTCCTTACTACAGCACGGTGAT
CACCAGCCAAAGGCGTTGAACAAGGATCGGCGCAACACTTGTAACTAATGTAAAAAATTG
CGTTATCAGCTTTGAGCTTGTCACGAGGCTCATCTTCCAAGGTTTCCACAACAACACTGT
TGAGCTCCAAGGGTAGGTAAGCATCCAAACGACGATCTGCTTTGGA
AAAAAA

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1DJ76JQ 669 0 0
CAAACGTAAATAAGTTCAAAAGAGTGTTGAATACATAAAAACACCAGTAAAACAACACAC
AACGTCGTGTGTGCATATAGAGGAGATAAATAAACACAAAACATGAAACAAAAGAAAAGT
CTGGAAAACATAACTGCATAAACTAGAACTGATGATAGAACTTAACAAGGCAGATTACTC
TTCTTCATTCTTGTTCTGTTCTTTGGTAAAAGCAACCTCAAGACACATGTGGCCTGGTTT
GCCAT**ATGGCTTTCCTTACTACAGCACGGTGATCACCAGCCAAAGGCGTTGAACAAGG
ATCGGCGCAACACTTGTAACTAATGTAGAAGATTGCGTTATCAGCTTTGAGCTTGTCACG
AGGCTCATCTTCCAAGGTTTCCACAACAACACTGTTGAGCTCCAAGGGTAGGTAAGCATC
CAAACGACGATCTGCTTTGGAGAAGAAGGCGACTTCCATGAGAAGTTGGAGCCAGTCATT
GTCATGCAGCTCTGATTCTGGCACCACGTAATACTTTTTACTGCCACGTTCATCAGAAAA
CCATTTGGGCAATGGAACTTTGTAGAACTCATTTATTCCAGGTGTGTCCTCGTCCCAGTC
ATCATCTATAGGCTCGTTAGGTATTTGTTTGATTCTGGCGGCAAAGGTCAACCAGGTAAT
CCTAGCCCT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1BU02JQ 731 0 0
TC
CAAACGTAAATAAGTTCAAAAGAGTGTTGAATACATAAAAACACCAGCAAAGCAACACAC
AACGTCGTGTGTGCATATAGAGGAGATAAATAAACACAAAACATGAAACAAAAGAAAAGT
CTGGAAAACATAAATGCATAAACTAGAACTGATGATAGAACTTAACAAGGCAGATTACTC
TTCTTCATTCTTGTTCTGTTCTTTGGTAAAAGCAACCTCAAGACACATGTGGCCTGGTTT
GCCATCCATGGTTTTCCTTACTACAGCACGGTGATCACCAGCCAAAGGCGTTGAACAAGG
ATCGGCGCAACACTTGTAACTAATGTAGAAGATTGCGTTATCAGCTTTGAGCTTGTCACG
AGGCTCATCTTCCAAGGTTTCCACAACAACACTGTTGAGCTCCAAGGGTAGGTAAGCATC
CAAACGACGATCTGCTTTGGAGAAGAAGGCGACTTCCATGAGAAGTTGAAGCCAGTCATT
GTCATGCAGCTCTGATTCTGGCACCACGTAATACTTTTTACTGCCACGTTCATCAGAAAA
CCATTTGGGCAATGGAACTTTGTAGAACTCATTTATTCCAGGTGTGTCCTCGTCCCAGTC
ATCATCTATAGGCTCGTTAGGTATTTGTTTGATTCTGGCGGCAAAGGTCAACCAGGTAAT
CCTAGCCCTCAACCGAAGGTGGCTTCCTGCATTGCTAAACTGAGTCTGAAAAGAGCAGAC
AGAGCCAGA

QA 3 731 3 731
DS 

RD RR1BU02TF 745 0 0
GATTACTCTTCTTCATTCTTGTTCTGTTCTTTGGTAAAAGCAACCTCAAGACACATGTGG
CCTGGTTTGCCATCCATGGTTTTCCTTACTACAGCACGGTGATCACCAGCCAAAGGCGTT
GAACAAGGATCGGCGCAACACTTGTAACTAATGTAGAAGATTGCGTTATCAGCTTTGAGC
TTGTCACGAGGCTCATCTTCCAAGGTTTCCACAACAACACTGTTGAGCTCCAAGGGTAGG
TAAGCATCCAAACGACGATCTGCTTTGGAGAAGAAGGCGACTTCCATGAGAAGTTGAAGC
CAGTCATTGTCATGCAGCTCTGATTCTGGCACCACGTAATACTTTTTACTGCCACGTTCA
TCAGAAAACCATTTGGGCAATGGAACTTTGTAGAACTCATTTATTCCAGGTGTGTCCTCG
TCCCAGTCATCATCTATAGGCTCGTTAGGTATTTGTTTGATTCTGGCGGCAAAGGTCAAC
CAGGTAATCCTAGCCCTCAACCGAAGGTGGCTTCCTGCATTGCTAAACTGAGTCTGAAAA
GAGCAGACAGAGCCAGAGTCCGGATCGGTTGCGTCCAAAGTTATGTAGACACTGGAGTAC
CGACCAGTCCGCTTGGTACTATGTTTCTCCAAGCGTTTAAACTTTAAGTTTGTTCCATTC
TGAAGATTGTAGCATTGGAGTCCAATCCTACCATAGAGACCGATAGCATAGTTTTTACTC
CAAGTACACGGAACTAATGTAGGC
C

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1GP80TF 761 0 0
CCAGGGTA
GTAAGCATCCAAACGACGATCTGCTTTGGAGAAGAAGGCGACTTCCATGAGAAGT*GAAG
CCAGTCATTGTCATGCAGCTCTGATTCTGGCACCACGTAATACTTTTTACTGCCACGTTC
ATCAGAAAACCATTTGGGCAATGGAACTTTGTAGAACTCATTTATTCCAGGTGTGTCCTC
GTCCCAGTCATCATCTATAGGCTCGTTAGGTATTTGTTTGATTCTGGCGGCAAAGGTCAA
CCAGGTAATCCTAGCCCTCAACCGAAGGTGGCTTCCTGCATTGCTAAACTGAGTCTGAAA
AGAGCAGACAGAGCCAGAGTCCGGATCGGTTGCGTCCAAAGTTATGTAGACACTGGAGTA
CCGACCAGTCCGCTTGGTACTATGTTTCTCCAAGCGTTTAAACTTTAAGTTTGTTCCATT
CTGAAGATTGTAGCATTGGAGTCCAATCCTACCATAGAGACCGATAGCATAGTTTTTGCT
CCAAGTACACGGAACTAATGTAGGCGGATCATTCTTGTAATCCAGATCAAAACCATAGGC
CAGCTCATGATTTCTCAAGCCGATCGAGGGGGGTACCCGTAGCAGTCCTCCGGTAGTTTC
ACACGTTCGGGCCCGCTTAGTCATTGGTGATGTTGGTAAATTCCCCAGCACAATTAATCT
TTTGTTAGCCATACCTTTCCAACCTACACAAGCCCTTTGAAATCTCTCAAAAAATCTCCG
ATCTAATCGTGTGCAGTACGAGACAACCGATAA

QA 9 761 9 761
DS 

RD RR1DJ76TF 748 0 0
CATCCAAACGACGATCTGCTTTG*AGAAGAAGGCGACTTCCATGAGAAGTTGGAGCCAGT
CATTGTCATGCAGCTCTGATTCTGGCACCACGTAATACTTTTTACTGCCACGTTCATCAG
AAAACCATTTGGGCAATGGAACTTTGTAGAACTCATTTATTCCAGGTGTGTCCTCGTCCC
AGTCATCATCTATAGGCTCGTTAGGTATTTGTTTGATTCTGGCGGCAAAGGTCAACCAGG
TAATCCTAGCCCTCAACCGAAGGTGGCTTCCTGCATTGCTAAACTGAGTCTGAAAAGAGC
AGACAGAGCCAGAGTCCGGATCGGTTGCGTCCAAAGTTATGTAGACACTGGAGTACCGAC
CAGTCCGCTTGGTACTATGTTTCTCCAAGCGTTTAAACTTTAAGTTTGTTCCATTCTGAA
GATTGTAGCATTGGAGTCCAATCCTACCATAGAGACCGATAGCATAGTTTTTACTCCAAG
TACACGGAACTAATGTAGGCGGATCATTCTTGTAATCCAGATCAAAACCATAGGCCAGC*
CATGATTTCTCAAGCCGATCGAGGGGGGTACCCGTAGCAGTCCTCCGGTAGTTTCACACG
CTCGGGCCCGCTTAGCCATTGGTGATGTTGGTAAATTCCCCAGCACAATTGATCTTTTGT
TAGCCATACCTTTCCAACCTACACAAGCCCTTTGAAATCTCTCAAAAAATCTCCGATCTA
ATCGTGTGCAGTACGAGACAACCGATAA

QA 1 748 1 748
DS 



AS 2 6

CO CL1257Contig1 695 3 3 U
GGAAATCCCAAGGAGGACAAAACGAGAAGAAACAGAGAGAGAAGAGAAAAGTAGTAGTTT
GAATCAAATATGGCTGGGAGAGCTTCGATTCCTGCTCGCAACTCTGCCCTCATCGCTATG
ATCGCTGACGAGGACACTGTTGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTTGACATA
AGGAGGAAGACTAATTACCTCATCGTGGATTCAAAGACAACGGTGAGACAAATTGAGGAT
GCTTTCAAGGAATTCTCATCAAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAGCCAATATGTT
GCCAATATGATCAGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTGCAATCCTGGAG
ATCCCTTCCAAGGACCATCCTTATGATCCTGCTCATGACTCTGTTCTCTCCCGTGTCAAG
TACCTCTTCTCTGCTGAATCTGTGTCACAGCGTTGAAACATATACATCCTGCAAAGCTTG
CTAAGCTTTATATCATTTGTTTGTTTTTGACATTCTTGTATTTCTCAGTTTTCAATAATG
TATCTCTTGATTTTTATTCGGAAATGGATGTTATAATCAGTAAGAAGGAATGATAGCACC
ATCTGGTTCTTTTTGCATTAAATAAAGAGAGTGAGTCTGTTGTGTATAACAAGAGACAAG
AGCAGACTTTAAAGATTTTAAGTGGACTTTCAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AD49TF U 35
AF RR1AH93TF U 21
AF RR1GO29TF U 1
BS 1 442 RR1GO29TF
BS 443 443 RR1AD49TF
BS 444 695 RR1GO29TF

RD RR1AD49TF 521 0 0
GGAGAGAGAGAAGAGAAA
AGTAGTTTGAATCAAATATGGCTGGGAGAGCTTCGATTCCTGCTCGCAACTCTGCCCTCA
TCGCTATGATCGCTGACGAGGACACTGTTGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATG
TTGACATAAGGAGGAAGACTAATTACCTCATCGTGGATTCAAAGACAACGGTGAGACAAA
TTGAGGATGCTTTCAAGGAATTCTCATCAAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAGCC
AATATGTTGCCAATATGATCAGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTGCAA
TCCTGGAGATCCCTTCCAAGGACCATCCTTATGATCCTGCTCATGACTCTGTTCTCTCCC
GTGTCAAGTACCTCTTCTCTGCTGAATCTGTGTCACAGCGTTGAAACATATACATCCTGC
AAAGCTTGCTAAGCTTTATATCATTTGTTTGTTTTTGACATTCTTGTATTTCTCAGTTTT
CAATAATGTATCTCTTGATTTTT

QA 19 521 19 521
DS 

RD RR1AH93TF 564 0 0
GGG
GAGAAGAAACAGAGAGAGAAGAGAAAAGTAGTAGTTTGAATCAAATATGGCTGGGAGAGC
TTCGATTCCTGCTCGCAACTCTGCCCTCATCGCTATGATCGCTGACGAGGACACTGTTGT
TGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTTGACATAAGGAGGAAGACTAATTACCTCAT
CGTGGATTCAAAGACAACGGTGAGACAAATTGAGGATGCTTTCAAGGAATTCTCATCAAG
AGATGATATTGCTATCATCCTTATCAGCCAATATGTTGCCAATATGATCAGGTTCTTGGT
GGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTGCAATCCTGGAGATCCCTTCCAAGGACCATCCTTA
TGATCCTGCTCATGACTCTGTTCTCTCCCGTGTCAAGTACCTCTTCTCTGCTGAATCTGT
GTCACAGCGTTGGAACATATACATCCTGCAAAGCTTGCTAAGCTTTATATCATTTGTTTG
TTTTTGACATTCTTGTATTTCTCAGTTTTCAATAATGTATCTCTTGATTTTTATTCGGAA
ATGGATGTTATA
ATCAGTAAG

QA 4 555 4 555
DS 

RD RR1GO29TF 695 0 0
GGAAATCCCAAGGAGGACAAAACGAGAAGAAACAGAGAGAGAAGAGAAAAGTAGTAGTTT
GAATCAAATATGGCTGGGAGAGCTTCGATTCCTGCTCGCAACTCTGCCCTCATCGCTATG
ATCGCTGACGAGGACACTGTTGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTTGACATA
AGGAGGAAGACTAATTACCTCATCGTGGATTCAAAGACAACGGTGAGACAAATTGAGGAT
GCTTTCAAGGAATTCTCATCAAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAGCCAATATGTT
GCCAATATGATCAGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTGCAATCCTGGAG
ATCCCTTCCAAGGACCATCCTTATGATCCTGCTCATGACTCTGTTCTCTCCCGTGTCAAG
TACCTCTTCTCTGCTGAATCTGCGTCACAGCGTTGAAACATATACATCCTGCAAAGCTTG
CTAAGCTTTATATCATTTGTTTGTTTTTGACATTCTTGTATTTCTCAGTTTTCAATAATG
TATCTCTTGATTTTTATTCGGAAATGGATGTTATAATCAGTAAGAAGGAATGATAGCACC
ATCTGGTTCTTTTTGCATTAAATAAAGAGAGTGAGTCTGTTGTGTATAACAAGAGACAAG
AGCAGACTTTAAAGATTTTAAGTGGACTTTCAGCT

QA 1 695 1 695
DS 



CO CL1257Contig2 675 3 8 U
GGAAAATCCCAAGGAGGAGAAACGAGAAGAAACAGCGAGAAGAGAAAAAGTAGTAGTTTG
AATCAAATATGGCTGGGAGAGCTTCGATCCCTGCTCGCAACTCTGCCCTCATCGCTATGA
TCGCTGACGAGGACACCGTTGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTTGACATAA
GGAGGAAGACTAATTACCTCATCGTGGATTCAAAGACAACGGTGAGACAAATTGAGGATG
CTTTCAAGGAGTTCTCATCAAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAGCCAATATGTTG
CCAATATGATCAGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTGCGATCCTGGAGA
TCCCTTCCAAGGATCATCCTTATGATCCTGCTCATGACTCTGTTCTCTCCCGTGTCAAGT
ACCTCTTCTCTGCTGAATCTGTGTCACAGCGTTAAAACATATACCATCCTGCAAAGCTTT
TGCTGAGCTTTTTATATCATTTGTTTGGTTTTTGACATTCTTGTATTTCTCAGTTTTCAA
TAATGTATCTCTTGATTTTTATTTGGAAATGGATGTTATATCAGTAAGAAGGAAATGATA
ACACCATCTGGTTCTTTTTGCATTAAATAAAGAGAGTGAGTCTCTTGTGTATAACAAGAG
ACAAGAGCAGACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GQ26TF U 1
AF RR1CM05JQ C 14
AF RR1CM05TF U 14
BS 1 129 RR1GQ26TF
BS 130 130 RR1CM05TF
BS 131 136 RR1GQ26TF
BS 137 137 RR1CM05TF
BS 138 199 RR1GQ26TF
BS 200 200 RR1CM05TF
BS 201 279 RR1GQ26TF
BS 280 675 RR1CM05TF

RD RR1GQ26TF 279 0 0
GGAAAATCCCAAGGAGGAGAAACGAGAAGAAACAGCGAGAAGAGAAAAAGTAGTAGTTTG
AATCAAATATGGCTGGGAGAGCTTCGATCCCTGCTCGCAACTCTGCCCTCATCGCTATGA
TCGCTGACGGGGACACTGTTGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTTGACATAA
GGAGGAAGACTAATTACCTTATCGTGGATTCAAAGACAACGGTGAGACAAATTGAGGATG
CTTTCAAGGAGTTCTCATCAAGAGATGATATTGCTATCA

QA 1 279 1 279
DS 

RD RR1CM05JQ 662 0 0
GAGGAG
AAACGAGAAGAAACAGCGAGAAGAGAAAAAGTAGTAGTTTGAATCAAATATGGCTGGGAG
AGCTTCGATCCCTGCTCGCAACTCTGCCCTCATCGCTATGATCGCTGACGAGGACACCGT
TGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTTGACATAAGGAGGAAGACTAATTACCT
CATCGTGGATTCAAAGACAACGGTGAGACAAATTGAGGATGCTTTCAAGGAGTTCTCATC
AAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAGCCAATATGTTGCCAATATGATCAGGTTCTT
GGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTGCGATCCTGGAGATCCCTTCCAAGGATCATCC
TTATGATCCTGCTCATGACTCTGTTCTCTCCCGTGTCAAGTACCTCTTCTCTGCTGAATC
TGTGTCACAGCGTTAAAACATATACCATCCTGCAAAGCTTTTGCTGAGCTTTTTATATCA
TTTGTTTGGTTTTTGACATTCTTGTATTTCTCAGTTTTCAATAATGTATCTCTTGATTTT
TATTTGGAAATGGATGTTATATCAGTAAGAAGGAAATGATAACACCATCTGGTTCTTTTT
GCATTAAATAAAGAGAGTGAGTCTCTTGTGTATAACAAGAGACAAGAGCAGACTTT

QA 7 662 7 662
DS 

RD RR1CM05TF 662 0 0
GAGGAG
AAACGAGAAGAAACAGCGAGAAGAGAAAAAGTAGTAGTTTGAATCAAATATGGCTGGGAG
AGCTTCGATCCCTGCTCGCAACTCTGCCCTCATCGCTATGATCGCTGACGAGGACACCGT
TGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTTGACATAAGGAGGAAGACTAATTACCT
CATCGTGGATTCAAAGACAACGGTGAGACAAATTGAGGATGCTTTCAAGGAGTTCTCATC
AAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAGCCAATATGTTGCCAATATGATCAGGTTCTT
GGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTGCGATCCTGGAGATCCCTTCCAAGGATCATCC
TTATGATCCTGCTCATGACTCTGTTCTCTCCCGTGTCAAGTACCTCTTCTCTGCTGAATC
TGTGTCACAGCGTTAAAACATATACCATCCTGCAAAGCTTTTGCTGAGCTTTTTATATCA
TTTGTTTGGTTTTTGACATTCTTGTATTTCTCAGTTTTCAATAATGTATCTCTTGATTTT
TATTTGGAAATGGATGTTATATCAGTAAGAAGGAAATGATAACACCATCTGGTTCTTTTT
GCATTAAATAAAGAGAGTGAGTCTCTTGTGTATAACAAGAGACAAGAGCAGACTTT

QA 7 662 7 662
DS 



AS 1 6

CO CL1258Contig1 741 6 22 U
AGGGAAAGCGAGAGAGATCTGAATCGAAAGAAATTGGGTTACATCTCCGGTCTGATCGCT
CGTGAAATCTCCAGAGAATATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGGCAAGGGAAGAC
TCGTCTTGCCAAGTACTATGTCCCTCTCGAAGAATCCGAGAAACACAAAGTCGAATACGA
GGTTCATAGGTTAGTGGTGAACCGCGACGCAAAATTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAAC
ACACAAGGTGATATACAGGCGTTACGCTGGACTGTTCTTCTCCGTGTGCGTGGATATAAC
GGACAATGAGTTGGCTTACCTTGAGTGCATCCATTTGTTTGTGGAGATTTTGGATCATTT
CTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGATCTCGTCTTCAACTTCCACAAGGTGTACTTGATACT
TGATGAATTCATTCTTGCTGGAGAGCTCCAAGAAACCAGTAAAAGGGCGATCATCGAGAG
GATGTCAGAGCTCGAGAAGCTAGAGTGATATGATTGTTTCTCAAAAAGCTGGGG*TTATT
GTTTAACA**TGTTTTGGTCATTCTTTTCCTTGGCGTGTCCAGAGATTTGATATTCTTTG
TTGAGTTGAAGACGACAATGGTGATGTTAAGATTATTTGTAAAAGGATATGAAACGATTC
TGTTGAGTTCTCTATCCAAAATTTGCTTTATGTAAGATTTTCTTTCAACTAGTGAGGTTA
CTTGCTAGTTACCACAGCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW76TF U 1
AF RR1EJ76TF U 13
AF RR1GO55TF U 13
AF RR1CC77TF U 358
AF RR1GO55JQ C 25
AF RR1E562TF U 17
BS 1 258 RR1FW76TF
BS 259 259 RR1EJ76TF
BS 260 444 RR1FW76TF
BS 445 445 RR1EJ76TF
BS 446 459 RR1FW76TF
BS 460 460 RR1EJ76TF
BS 461 525 RR1FW76TF
BS 526 526 RR1EJ76TF
BS 527 534 RR1FW76TF
BS 535 535 RR1EJ76TF
BS 536 546 RR1FW76TF
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BS 548 548 RR1FW76TF
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BS 551 553 RR1FW76TF
BS 554 554 RR1EJ76TF
BS 555 561 RR1FW76TF
BS 562 562 RR1EJ76TF
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BS 642 692 RR1GO55TF
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RD RR1FW76TF 594 0 0
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TCGTCTTGCCAAGTACTATGTCCCTCTCGAAGAATCCGAGAAACACAAAGTCGAATACGA
GGTTCATAGGTTAGTGGTGAACCGCGACGCAAAATTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAAC
ACACAAGGTGATATACAGACGTTACGCTGGACTGTTCTTCTCCGTGTGCGTGGATATAAC
GGACAATGAGTTGGCTTACCTTGAGTGCATCCATTTGTTTGTGGAGATTTTGGATCATTT
CTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGATCTCGTCTTCAACTTCCACAAGGTGTACTTGATACT
TGATGAATTCATTCTTGCTGGAGAACTCCAAGAAACCAGCAAAAGGGCGATCATCGAGAG
GATGTCAGAGCTCGAGAAGCTAGAGTGATATGATTGTTTCTCAAAGAGCTGGGGGTTATT
GTTTAATAGATGTCTTGGTCACTCTTTTCCTTGGCGTGTCCAGAGATTTGATAT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1EJ76TF 629 0 0
GGAGAT
CTGAATCGAAAGAAATTGGGTTACATCTCCGGTCTGATCGCTCGTGAAATCTCCAGAGAA
TATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGGCAAGGGAAGACTCGTCTTGCCAAGTACTA
TGTCCCTCTCGAAGAATCCGAGAAACACAAAGTCGAATACGAGGTTCATAGGTTAGTGGT
GAACCGCGACGCAAAATTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACACACAAGGTGATATACAG
GCGTTACGCTGGACTGTTCTTCTCCGTGTGCGTGGATATAACGGACAATGAGTTGGCTTA
CCTTGAGTGCATCCATTTGTTTGTGGAGATTTTGGATCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGA
TCTTGATCTCGTCTTCAACTTCCACAAGGTGTACTTGATACTTGATGAATTCATTCTTGC
TGGAGAGCTCCAAGAAACCAGTAAAAGGGCTATCATCGAGAGGATGTCAGAGCTCGAGAA
GCTAGAGTGATATGATTGTTTCTCAAAAAGCTGGGG*TTATTGTTTAACA**TGTTTTGG
TCATTCTTTTCCTTGGCGTGTCCAGAGATTTGATATTCTTTGTTGAGTTGAAGACGACAA
TGGTGATGTTAAGATTATTTGTA

QA 7 629 7 629
DS 

RD RR1GO55TF 681 0 0
GGAGAT
CTGAATCGAAAGAAATTGGGTTACATCTCCGGTCTGATCGCTCGTGAAATCTCCAGAGAA
TATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGGCAAGGGAAGACTCGTCTTGCCAAGTACTA
TGTCCCTCTCGAAGAATCCGAGAAACACAAAGTCGAATTCGAGGTTCATAGGTTAGTGGT
GAACCGCGACGCAAAATTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACACACAAGGTGATATACAG
GCGTTACGCTGGACTGTTCTTCTTCGTGTGCGTGGATATAACGGACAATGAGTTGGCTTA
CCTTGAGTGCATCCATTTGTTTGTGGAGATTTTGGATCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGA
GCTTGATCTCGTCTTCAACTTCCACAAGGTGTACTTGATACTTGATGAATTCATTCTTGC
TGGAGAGCTCCAAGAAACCAGTAAAAGGGCGATCATCGAGAGGATGTCAGAGCTCGAGAA
GCTAGAGTGATATGATTGTTTCTCAAAAAGCTGGGG*TTATTGTTTAACA**TGTTTTGG
TCATTCTTTTCCTTGGCGTGTCCAGAGATTTGATATTCTTTGTTGAGTTGAAGACGACAA
TGGTGATGTTAAGATTATTTGTAAAAGGATATGAAACGATTCTGTTGAGTTCTCTATCCA
AAATTTGCTTTATG
G

QA 7 680 7 680
DS 

RD RR1CC77TF 349 0 0
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ACTTGATGAATTCATTCTTGCTGGAGAGCTCCAAGAAACCAGTAAAAGGGCGATCATCGA
GAGGATGTCAGAGCTCGAGAAGCTAGAGTGATATGATTGTTTCTCAAAAAGCTGGGG*TT
ATTGTTTAACA**TGTTTTGGTCATTCTTTTCCTTGGCGTGTCCAGAGATTTGATATTCT
TTGTTGAGTTGAAGACGACAATGGTGATGTTAAGATTATTTGTAAAAG*ATATGAAACGA
TTCTGTTGAGT*CTCTATCCAAA*TTTGCTTTATGTAAGATTTTCTTTC

QA 1 349 1 349
DS 

RD RR1GO55JQ 669 0 0
CGAAAGAAATTGGGTTACATCTCCGGTCTGATCGCTCGTGAAATCTCCAGAGAATATGAT
CCGATTCATATTATTGCAGAACAGGCAAGGGAAGACTCGTCTTGCCAAGTACTATGTCCC
TCTCGAAGAATCCGAGAAACACAAAGTCGAATTCGAGGTTCATAGGTTAGTGGTGAACCG
CGACGCAAAATTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACACACAAGGTGATATACAGGCGTTA
CGCTGGACTGTTTTTCTTCGTGTGCGTGGATATAACGGACAATGAGTTGGCTTACCTTGA
GTGCATCCATTTGTTTGTGGAGATTTTGGATCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGA
TCTCGTCTTCAACTTCCACAAGGTGTACTTGATACTTGATGAATTCATTCTTGCTGGAGA
GCTCCAAGAAACCAGTAAAAGGGCGATCATCGAGAGGATGTCAGAGCTCGAGAAGCTAGA
GTGATATGATTGTTTCTCAAAAAGCTGGGG*TTATTGTTTAACA**TGTTTTGGTCATTC
TTTTCCTTGGCGTGTCCAGAGATTTGATATTCTTTGTTGAGTTGAAGACGACAATGGTGA
TGTTAAGATTATTTGTAAAAGGATATGAAACGATTCTGTTGAGTTCTCTATCCAAAATTT
GCTTTATG
G

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1E562TF 725 0 0
GG
CTGAATCGAAAGAAATTGGGTTACATCTCCGGTCTGATCGCTCGTAAAATCTCCAGAGAA
TATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGGCAAGGGAAGACTCGTCTTGCCAAGTACTA
TGTCCCTCTCGAGGAATCCGAGAAACACAAAGTCGAATACGAGGTTCATAGGTTAGTGGT
GAACCGCGACGCAAAATTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACACACAAGGTGATATACAG
GCGTTACGCTGGACTGTTCTTCTCCGTGTGCGTGGATATAACGGACAATGAGTTGGCTTA
CCTTGAGTGCATCCATTTGTTTGTGGAGATTTTGGATCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGA
GCTTGATCTCGTCTTCAACTTCCACAAGGTGTACTTGATACTTTATGAATTCATTCTTGC
TGGAGAGCTCCAAGAAACCAGTAAAAGGGCGATCATCGAGAGGATGTCAGAGCTCGAGAA
GCTAGAGTGATATGATTGTTTCTCAAAAAGCTGGGG*TTATTGTTTAACA**TGTTTTGG
TCATTCTTTTCCTTGGCGTGTCCAGAGATTTGATATTCTTTGTTGAGTTGAAGACGACAA
TGGTGATGTTAAGATTATTTGTAAAAGGATATGAAACGATTCTGTTGAGTTCTCTATCCA
AAATTTGCTTTATGTAAGATTTTCTTTCAACTAGTGAGGTTACTTGCTAGTTACCACAGC
CAT

QA 3 725 3 725
DS 



AS 1 5

CO CL1259Contig1 982 5 12 U
GGAAAGAAACTCTCTCTCTCTCATCAATGTTCCTTTGAGACCAATGCTCCTCCCTTTCTT
CTTCATATAAACCACATATCCTCTCCTCCATATCTTACCAATTTCATAGCAAACCCTAAA
ACTGAGTAATAGAGAGAGCTTGAGAGAGAGAGAGATGGGTAGAGGGAAGATAGAGATAAA
GAGGATAGAAAACGCAAACAACAGAGTGGTGACGTTCTCAAAGAGGAGGAATGGGTTGGT
GAAGAAGGCCAAAGAGATCACTGTTCTTTGCGATGCAAAAGTTGCTCTCATAGTCTTTGC
AAGTAATGGTAAGATGACTGATTATTGTTGTCCTTCCATGGATCTTGGTGCTATGCTGGA
CCAATACCAGAAGTTATCTGGCAAAAAACTATGGGATGCTAAGCATGAGAACCTCAGCAA
TGAGATTGATAGGATCAAGAAAGAGAATGATAACTTGCAACTTGAGCTCAGGCACTTGAA
GGGGGAAGATATACAGTCTCTCAACTTAAAAAACCTGATGGCCGTAGAGCATGCCATTGA
ACACGGCCTAGACAAAGTCCGAGACCACCAGATGGAGTACCTCATGACAAAAAGGAGAAA
TGAGAAAATGTTGGCGGAAGAGAATAGGCAACTCAGTTTCCAGCTGCAACAACAGGAGAT
GGCTATAGCTAGCAACGCAAGAGGAATGATGATGAGGGATCATGATGGACAATTTGGATA
TAGAGTCCAGCCGATTCAGCCAAATCTTCAGGAAAAGATTATGTCTTTGGTCATCGATTG
ATCATCGAGATTTGTAATCTCATCACCAATCTACTATCTATTCCCTTTGTCTTTATGGAA
TGTGTGTGTCTCCTTTCAATCTCGAGCCGCCTATGTACTCCCTTTAGGCCTTTTACCTAA
GCTTATATGTGTGTTGTTTGCTTATGAAAACTCTATGTATGTGTTGTATGCTTAATTAAG
CGTTTGAAACTAATTAAGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV57TF U 1
AF RR1F302TF U 95
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AF RR1F302JQ C 215
AF RR1CG63JQ C 252
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QA 3 531 3 531
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GG
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ACCAATTTCATAGCAAACCCTAAAACTGAGTAATAGAGAGAGCTTGAGAGAGAGAGAGAT
GGGTAGAGGGAAGATAGAGATAAAGAGGATAGAAAACGCAAACAACAGAGTGGTG**GTT
CTCAAAGAGGAGGAATGGGTTGGTGAAGAAGGCCAAAGAGATCACTGTTCTTTGCGATGC
AAAAGTTGCTCTCATAGTCTTTGCAAGTAATGGTAAGATGACTGATTATTGTTGTCCTTC
CATGGATCTTGGTGCTATGCTGGACCAATACCAGAAGTTATCTGGCAAAAAACTATGGGA
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GCAACTTGAGCTCAGGCACTTGAAGGGGGAAGATATACAGTCTCTCAACTTAAAAAACCT
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GATTATGTCTT

QA 3 733 3 733
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AGGGATCATGATGGACAATTTGGATATAGAGTCCAGCCGATTCAGCCAAATCTTCAGGAA
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TATCTATTCCCTTTGTCTTTATGGAATGTGTGTGTCTCCTTTCAATCTCGAGCCGCCTAT
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RD RR1CG63JQ 731 0 0
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AGATGACTGATTATTGTTGTCCTTCCATGGATCTTGGTGCTATGCTGGACCAATACCAGA
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TACAGTCTCTCAACTTAAAAAACCTGATGGCCGTAGAGCATGCCATTGAACACGGCCTAG
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TGGCGGAAGAGAATAGGCAACTCAGTTTCCAGCTGCAACAACAGGAGATGGCTATAGCTA
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TTGTAATCTCATCACCAATCTACTATCTATTCCCTTTGTCTTTATGGAATGTGTGTGTCT
CCTTTCAATCTCGAGCCGCCTATGTACTCCCTTTAGGCCTTTTACCTAAGCTTATATGTG
TGTTGTTTGCTTATGAAAACTCTATGTATGTGTTGTATGCTTAATTAAGCGTTTGAAACT
AATTAAGAAAA

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 6

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AAAACGGTAAATTCCCTCTTAACATCACTAGCTCCGGTAACCAAGTCAACATCACCACGG
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ATTACGATTGAGATTGCACAATTTTTTTGATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1DA93TF U 1
AF RR1AR94TF U 23
AF RR1EK74TF U 23
AF RR1AR94JQ C 116
AF RR1EK74JQ C 127
AF RR1DA93JQ C 146
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RD RR1DA93TF 763 0 0
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TGACCATGCCTCAGTTCCAAACCGTTAGTAACCCCTTACGCACGCAAGCTGGTGATGGCC
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CGCCTGAGAAAGGTGGCTTGGTTTCGAAAGGTTCAGCTCCAAGTGGTGATGATGGAGGAG
ATTCTACTGATTCATCAGATACAGAGAGAATCAGATATTGGTTCATCTCCACCATGGCAG
CCATTGCTGCTTCTTCTATGTGGATATAACACCATACTTGATT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1AR94TF 755 0 0
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AACCAATGGTCAGGCTCCAGCTCCAACCCCTTCAGGTCCAACCAACATAACCGCAGTCCT
AGAAAAGGCTGGTCAATTCACAATGTTCATAAGACTCCTCAAGAGCACCCAAGCCGCAGA
CCAAGTCAACACTCAGCTCAACTCTTCCTCCAGCCAAGGCCTAACCGTGTTTGCCCCTAC
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TAACTCTGTCTACAGCGATAAGCAGCTTGCTGTGTATCAAGTGGATCAAGTTTTGCTGCC
GTTAGCAATGTTTGGTTCAAGCTCAGCACCTGCTCCTGCGCCTGAGAAAGGTGGCTTGGT
TTCGAAAGGTTCAGCTCCAAGTGGTGATGATGGAGGAGATTCTACTGATTCATCAGATAC
AGAGAGAATCAGATATTGGTTCATCTCCACCATGGCAGCCATTGCTGCTTCTTCTATGTG
GATATAACACCATATTTGATTTTAAGAATAACGAA

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AACCAATGGTCAGGCTCCAGCTCCAACCCCTTCAGGTCCAACCAACATAACCGCAGTCCT
AGAAAAGGCTGGTCAATTCACAATGTTCATAAGACTCCTCAAGAGCACCCAAGCCGCAGA
CCAAATCAACACTCAGCACAACTCTTCCTCCAGCCAAGGCCTAACCGTGTTTGCCCCTAC
CGACAACGCATTTAGCAGCCTCAAATCCGGAACCTTGAACTCGTTATCCGACCAGCAAAA
GGTTCAGCTTGTTCAGTTCCATGTCCTTCCTACGCTCTTGACCATGCCTCAGTTCCAAAC
CGTTAGTAACCCCTTACGCACGCAAGCTGGTGATGGCCAAAACGGTAAATTCCCTCTTAA
TATCACTAGCTCCGGTAACCAAGTCAACATCACCACGGGAGTTGTCAGCGCAACGGTAGC
TAACTCTGTCTACAGCGATAAGCAGCTTGCTGTGTATCAAGTGGATCAAGTTTTGCTGCC
GTTAGCAATGTTTGGTTCAAGCTCAGCACCTGCTCCTGCGCCTGAGAAAGGTGGCTTGGT
TTCGAAAGGTTCAGCTCCAAGTGGTGATGATGGAGGAGATTCTACTGATTCATCAGATAC
AGAGAGAATCAGATATTGGTTCATCTCCACCATGGCAGCCATTGCTGCTTCTTCTATGTG
GATATAACACCATATTTGATTT*AAGA*TAACGAATGAGCTTTAAA

QA 1 766 1 766
DS 

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CTTGAACTCGTTATCCGACCAGCAAAAGGTTCAGCTCGTTCAGTTCCATGTCCTTCCTAC
GCTCTTGACCATGCCTCAGTTCCAAACCGTTAGTAACCCCTTACGCACGCAAGCTGGTGA
TGGCCAAAACGGTAAATTCCCTCTTAACATCACTAGCTCCGGTAACCAAGTCAACATCAC
CGCGGGAGTTGTCAGCGCAACGGTAGCTAACTCTGTTTACAGCGATAAGCAGCTTGCTGT
GTATCAAGTGGATCAAGTTTTGCTGCCGTTAGCAATGTTTGGTTCAAGCTCAGCACCTGC
TCCTGCGCCTGAGAAAGGTGGCTTGGTTTCGAAAGGTTCAGCTCCAAGTGGTGATGATGG
AGGAGATTCTACTGATTCATCAGATACAGAGAGAATCAGATATTGGTTCATCTCCACCAT
GGCAGCCATTGCTGCTTCTTCTATGTGGATATAACACCATATTTGATTTTAAGAATAACG
AATGAGCTTTAAATTTTGTTGTAATTTGAGTTTTGTGTTATCGTGTTATTGTTTTGGTTC
AAAAAATTACGATTGAGATTGCACAATTTTTTT
CG

QA 1 753 1 753
DS 

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ACATAACCGCAGTCCTAGAAAAGGCTGGTCAATTCACAATGTTCATAAGACTCCTCAAGA
GCACCCAAGCCGCAGACCAAATCAACACTCAGCACAACTCTTCCTCCAGCCAAGGCCTAA
CCGTGTTTGCCCCTACCGACAACGCATTTAGCAGCCTCAAATCCGGAACCTTGAACTCGT
TATCCGACCAGCAAAAGGTTCAGCTTGTTCAGTTCCATGTCCTTCCTACGCTCTTGACCA
TGCCTCAGTTCCAAACCGTTAGTAACCCCTTACGCACGCAAGCTGGTGATGGCCAAAACG
GTAAATTCCCTCTTAATATCACTAGCTCCGGTAACCAAGTCAACATCACCACGGGAGTTG
TCAGCGCAACGGTAGCTAACTCTGTCTACAGCGATAAGCAGCTTGCTGTGTATCAAGTGG
ATCAAGTTTTGCTGCCGTTAGCAATGTTTGGTTCAAGCTCAGCACCTGCTCCTGCGCCTG
AGAAAGGTGGCTTGGTTTCGAAAGGTTCAGCTCCAAGTGGTGATGATGGAGGAGATTCTA
CTGATTCATCAGATACAGAGAGAATCAGATATTGGTTCATCTCCACCATGGCAGCCATTG
CTGCTTCTTCTATGTGGATATAACACCATATTTGATTTTAAGAATAACGAATGAGCTTTA
AATTTTGTTGTAATTTGAGTTTTGTGTTATCGTGTTATTGTTTTGGTTCAAAAAATTACG
ATTGAGATTGCACAATTTTTTT
GATGG

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1DA93JQ 728 0 0
AAAGGCTGGTCAATTTACAATGTTCATAAGACTCCTCAAGAGCACCCAAGCCGCAGACCA
AATCAACACTCAGCTCAACTCTTCCTCCAGCCAAGGCCTAACCGTGTTTGCCCCTACCGA
CAACGCATTTAGCAGCCTCAAATCCGGAACCTTGAACTCGTTATCCGACCAGCAAAAGGT
TCAGCTTGTTCAGTTCCATGTCCTTCCTACGCTCCTGACCATGCCTCAGTTCCAAACCGT
TAGTAACCCCTTACGCACGCAAGCTGGTGATGGCCAAAACGGTAAATTCCCTCTTAACAT
CACTAGCTCCGGTAACCAAGTCAACATCACCACGGGAGTTGTCAGCGCAACGGTAGCTAA
CTCTGTCTACAGCGATAAGCAGCTTGCTGTGTATCAAGTGGATCAAGTTTTGCTACCGTT
AGCAATGTTTGGTTCAAGCTCAGCACCTGCTCCTGCGCCTGAGAAAGGTGGCTTGGTTTC
GAAAGGTTCAGCTCCAAGTGGTGATGATGGAGGAGATTCTACTGATTCATCAGATACAGA
GAGAATCAGATATTGGTTCATCTCCACCATGGCAGCCATTGCTGCTTCTTCTATGTGGAT
ATAACACCATACTTGATTTTAAGAATAACGAATGAGCTTTAAATTTTGTTGTAATTTGAG
TTTTGTGTTATCGTGTTATTGTTTTGGTTCAAAAAATTACGATTGAGATTGCACAATTTT
TTTGATGG

QA 1 728 1 728
DS 



AS 2 6

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ACATCCAAAGCATCATAGTCCGGTGTAAGCCTAACGTAAGCCTTCTTCGTTCCATCAGGC
CTGATAAGGGTGTTGACCTTCTTGGTCTGGATGTCATACATTTTCTTAACAGCATCCTTG
ATCTTCTTCTTGTCAGCACGAATGTCAACAATGAAGACAAGAGTGTTGCTGTCTTCAATC
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TTCCTCGGAGTAGCGCTGATCCTCGGGTACTTGGGATCTCTAGCCTTGGTCAAAGTCTTT
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B239TF C 1
AF RR1GQ15JQ U 14
AF RR1GQ15TF C 42
AF RR1B239JQ U 48
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RD RR1B239TF 717 0 0
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DS 

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CATAGTCCGGTGTAAGCCTAACGTAAGCCTTCTTCGTTCCATCAGGCCTGATAAGGGTGT
TGACCTTCTTGGTCTGGATGTCATACATTTTCTTAACAGCATCCTTGATCTTCTTCTTGT
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CTCTAAGGTCAC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1GQ15TF 644 0 0
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GAGAAACAAAACCAACCACAAGTCTATTTTTATAATAGCAGAGATAGATAAAACTTAGAT
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AGTGTTGTTGTCTTCAATCTTCTTCATGGCAGACTCAGTGGTGAGTGGGTACTTGAGGAT
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AGCCTTGGTCAAAGTCTTTGGCCTGTGGAAGGTGACCTTAGTCCTGATCTTCTTGTCCTT
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GCTCAAAATCTGGTGAGGTGAAGCAGCTGAAACTCTAAGGTCAC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1B239JQ 670 0 0
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CAAAACCAACCACAAGTCTATTTTTATAATAGCAGAGATAGATAAAACTTAGATGATGCC
GAACTTGTTAGCAACATCCAAAGCATCATAGTCCGGGGTAAGCCTAACGTAAGCCTTCTT
CGTTCCATCAGGCCTGATGAGGGTGTTGACCTTCTTGGTCTTGATGTCATACGTTTTCTT
AACAGCATCCTTGATCTTCTTCTTGTCAGCACGAATGTCAACAATGGAGACAAGAGTGTT
GCTGTCTTCAATCTTCTTCATGGCAGACTCAGTGGTGAGTGGGTACTTGAGGATACCGTA
ATGGTCCAACTTGTTCCTCGGAGTAGCGCTGATCCTCGGGTACTTGGGATCTCTAGCCTT
GGTCAAAGTCTTTGGCCTGTGGAAGGTGACCTTAGTCCTGATCTTCTTGTCCTTCTTCTT
GAAAGCTTGGCCTGACTTCACTGCCTTTGCAGCCTTCAAGGCCTTGGCTTTTGGGTCAGC
CTTCTTCGTCGTATCAACTTTAGCAGGAGACATTGCTCTGAACGATTCCTTCCCGCTCAA
AATCTGGTGAGGTGAAGCAGCTGAAACTCTAAGGTCACTTTTGCAGCGGCAGACAGTTTT
ATTAGTGCCC

QA 1 670 1 670
DS 



CO CL1261Contig2 703 2 2 U
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AATGTCTCCGGCTAAAGTTGATACGACGAAGAAGGCTGACCCAAAAGCCAAGGCCTTGAA
GGCTGCAAAGGCAGTGAAGTCAGGCCAAGCTTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGAAC
TAAGGTCACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAGTACCCGAG
GATCAGCGCTACTCCGAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCAC
CACTGAGTCTGCAATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACAT
TCGTGCTGACAAGAAGAAGATCAAGGATGCTGTTAAGAAAATGTATGACATCCAGACCAA
GAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACC
GGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATCGGCATCATCTAAGTTTTATCTATCTC
TGCTATTATAAAAACAGACTTGTGTTTTTGTTTCTTTGGTAGTTTCTGTTTTTACAATAC
ATTCTTGTTTCTCTGGTTTTGATTCTATCTTACAACAAAACACTCTTGTGAACTCCCAAA
ATGCAAACTATTTTGTCAATGGACGATTTTTTGAATGTCTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E255TF U 1
AF RR1E255JQ C 245
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BS 688 703 RR1E255JQ

RD RR1E255TF 702 0 0
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GGCTGCAAAGGCAGTGAAGTCAGGCCAAGCTTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGAAC
TAAGGTCACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAGTACCCGAG
GATCAGCGCTACTCCGAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCAC
CACTGAGTCTGCAATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACAT
TCGTGCTGACAAGAAGAAGATCAAGGATGCTGTTAAGAAAATGTATGACATCCAGACCAA
GAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACC
GGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATCGGCATCATCTAAGTTTTATCTATCTC
TGCTATTATAAAAACAGACTTGTGTTTTTGTTTCTTTGGTAGTTTCTGTTTTTACAATAC
ATTCTTGTTTCTCTGGTTTTGATTCTATCTTACAACAAAACACTCTTGTGAACTCCCAAA
ATGCAAACTATTTTGTCAATGGACGAT
CTCTTGATGTCTGTT

QA 1 687 1 687
DS 

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GAGTTTGCAATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTTTTCATTGTTGACATTCGT
GCTGACAAGAAGAAGATCAAGGATGCTGTTAAGAAAATGTATGACATCCAGACCAAGAAG
GTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACCGGAC
TATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATCGGCATCATTTAAGTTTTATCTATTTTTGCT
ATTATAAAAACAGACTTGTGTTTTTGTTTTTTTGGTAGTTTTTGTTTTTACAATACATTT
TTGTTTTTTTGGTTTTGATTCTATCTTACAACAAAACACTCTTGTGAACTCCCAAAATGC
AAACTATTTTGTCAATGGACGATTTTTTGAATGTCTGTT

QA 1 459 1 459
DS 



AS 2 5

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AAAAGAGAGAGTCACAGCGGTTGATAATAATAAAGTTGTAATTCGAATAAAAAAAAGTAG
TTAACTACTTGATGGTAGCTTTGGGGATGCTGGAAGTGCAAGGTCCAGCTGACGTCATGA
ATGGTATGCCTTTGTATGTAGCTACCCCACTTTCATCAGTGTAGAGATGCGGCGTTATCT
TCTCAAGTTGCTTCTTTTTTGGGTTGAGCACATCTTCTGGCTTCCCTTCCACCCCTGAGA
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GATCTTCATTTGAAGCACATAGAACCAGTCCTTCTGACATTACATCTCGTAGCTTTCCAG
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TTGCTAAGCCACTAACGACTTGCCGCACTTTACCCTCTCCGACATCTATTTCTTCCACAA
GCAAACTGTCTGCAGATGGATGTTTCCACGCTTTTCTAATCAGACCGACTTGAATATTAA
GGAGACTGACACTAAGCTCCACTTCTTTGTTAGCTGGTTCTGTTTCAGCAGGTTTATTCT
TCTCTTTCTTGGCTTCCTTCTCTTTTGTAGCCTTCTTCTTTGGCTCCTCAACGTCAGTTT
TCTTGGTGCTTGGCTGCGCTTCTGACTTCTCGACAGGCTTTGCACTTTCTGCTGCTTTCT
TTGTATTAGAATTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH96JQ U 1
AF RR1FZ01JQ U 1
BS 1 795 RR1FZ01JQ

RD RR1GH96JQ 373 0 0
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GATCTTCATTTGA

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR1FZ01JQ 795 0 0
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TCTCAAGTTGCTTCTTTTTTGGGTTGAGCACATCTTCTGGCTTCCCTTCCACCCCTGAGA
ATGAAACACGCTCTCCTGGTTTAGCCCCAGCAGGTGGTAGCAATGGTTCCACAACAGAAT
GATCTTCATTTGAAGCACATAGAACCAGTCCTTCTGACATTACATCTCGTAGCTTTCCAG
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TCTCTTTCTTGGCTTCCTTCTCTTTTGTAGCCTTCTTCTTTGGCTCCTCAACGTCAGTTT
TCTTGGTGCTTGGCTGCGCTTCTGACTTCTCGACAGGCTTTGCACTTTCTGCTGCTTTCT
TTGTATTAGAATTTG

QA 1 795 1 795
DS 



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CGAAGAGCCTCAAAAGAAGAAGAAGG*AAAAGATAGAGAAAGAGAGGAAGTTGAAGATGG
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AGGCATCTGGAAAGGAACCGTCTGCACAAAACAACGGGGAGGTTTTAAATTGGCTGGAAT
ATGCGGAAGGTCTCCCAGCGAGTTCAAAAGATTGCTTTGCAGCTCTTGAGAAGTTGAATG
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TTGTTGTGTTTGCAGCTCTGCATTCTTCAGCGCTTGGCCTCTCGGATTCAGACAAGGAGA
AAATACCACATGTCGTAAGATGGATGAACTACATCCAGATTAGAGAAGGGTTGTCAACAT
TGTTTGGACCAATCTCTGTGAAGTTACCCCAGTTTGACTTCGAGGTATCAAAAGCTGTCG
TCAAGGTGGATGCAAATTCTAATACAAAGAAAGCAGCAGAAAGTGCAAAGCCTGTCGAGA
AGTCAGAAGCGCAGCCAAGCACCAAGAAAACTGACGTTGAGAAGAGGCTACAAAGAGAAG
AAGCCAAGAAAGAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ01TF U 38
AF RR1GH96TF U 38
AF RR1GE80TF U 1
BS 1 86 RR1GE80TF
BS 87 87 RR1FZ01TF
BS 88 105 RR1GE80TF
BS 106 106 RR1FZ01TF
BS 107 197 RR1GE80TF
BS 198 198 RR1FZ01TF
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BS 259 676 RR1GE80TF
BS 677 677 RR1GH96TF
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RD RR1FZ01TF 669 0 0
GG
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TGACGCCATCGGCAGCTGATGTTGTTGTGTTTGCAGCTCTGCATTCTTCAGCGCTTGGCC
TCTCGGATTCAGACAAGGAGAAAATACCACATGTCGTAAGATGGATGAACTACATCCAGA
TTAGAGAAGGGTTGTCAACATTGTTTGGACCAATCTCTGTGAAGTTACCCCAGTTTGACT
TCGAGGTATCAAAAGCTGTCGTCAAGGTGGATGCAAATTCTAATACAAAGAAAGCAGCAG
AAAGTGCAAAGCCTGTCGAGAAGTCAGAAGCGCAGCCCAGCACCAAGAAAACTGACGTTG
AG
GAGCC

QA 3 664 3 664
DS 

RD RR1GH96TF 667 0 0
GG
AGCAGCAGTGTTCTGTTTCAGCGAAGAGCCTCAAAAGAAGAAGAAGG*AAAAGATAGAGA
AAGAGAGGAAGTTGAAGATGGATTCAAAGACGAAGCAGATGATCGTATCAGCGCTCTGTA
AACATTTCTCCTTGGACTCTGCATCTTTTGTTGGAGGGACTGGTGAGAGTGATGTCAAGG
CGCTGTATGCTAATGTTTTGAAGGCATCTGGAAAGGAACCGTCTGCACAAAACAACGGGG
AGGTTTTAAATTGGCTGGAATATGCGGAAGGTCTCCCAGCGAGTTCAAAAGATTGCTTTG
CAGCTCTTGAGAAGTTGAATGCAGAGTTAGCTGTCAAGTCTGTAATCTTGGGGAATGGAT
TGACGCCATCGGCAGCTGATGTTGTTGTGTTTGCAGCTCTGCATTCTTCAGCGCTTGGCC
TCTCGGATTCAGACAAGGAGAAAATACCACATGTCGTAAGATGGATGAACTACATCCAGA
TTAGAGAAGGGTTGTCAACATTGTTTGGACCAATCTCTGTGAAGTTACCCCAGTTTGACT
TCGAGGTATCAAAAGCTGTCGTCAAGGTGGATGCAAATTCTAATACAAAGAAAGCAGCAG
AAAGTGCAAAGCCTGTCGAGAAGTCAGAAGCGCAGCCAAGCACCAAGAAAACTGACGTTG
AG
GAG

QA 3 664 3 664
DS 

RD RR1GE80TF 736 0 0
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CGAAGAGCCTCAAAAGAAGAAGAAGGCAAAAGATAGAGAAAGAGAAGAAGTTGAAGATGG
ATTCAAAGACGAAGCAGATGATCGTATCAGCGCTCTGTAAACATTTCTCCTTGGACTCTG
CATCTTTTGTTGGAGGGGCTGGTGAGAGTGATGTCAAGACGCTCTATGCTAATGTTTTGA
AGGCATCTGGAAAGGAAGCGTCTGCACAAAACAACGGGGAGGTTTTAAATTGGCTGGAAT
ATGCGGAAGGTCTCCCAGCGAGTTCAAAAGATTGCTTTGCAGCTCTTGAGAAGTTGAATG
CAGAGTTAGCTGTCAAGTCTGTAATCTTGGGGAATGGATTGACGCCATCGGCAGCTGATG
TTGTTGTGTTTGCAGCTCTGCATTCTTCAGCGCTTGGCCTCTCGGATTCAGACAAGGAGA
AAATACCACATGTCGTAAGATGGATGAACTACATCCAGATTAGAGAAGGGTTGTCAACAT
TGTTTGGACCAATCTCTGTGAAGTTACCCCAGTTTGACTTCGAGGTATCAAAAGCTGTCG
TCAAGGTGGATGCAAATTCTAATACAAAGAAAGCAGCAGAAAGTGCAAAGCCTGTCGAGA
AGTCAGAAGCGCAGCC*AGCACCAAGAAAACTGACGTTGAGAAGAGGCTACAAAGAGAAG
AAGCCAAGAAAGAGAG

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 6

CO CL1263Contig1 1255 6 7 U
GGATCGTAATCGTAAATCGATATACGTCTCACGTTATTCACAATGCCATCGTTTCCTCCC
GTTATCTTCCTCCTCCTAGTCTTTATCCCTTCAGTATTATCAGCACCGGTGACAAGTTTA
ACCAACGACTATTACCAAGAAACGTGTCCTGATTTCAGTAAAATTGTTCGTGAAGTCGTT
ACGACCACGCAAGGCCCGCAGGGGAGGACAGCTGCTGGAATACTCCGTCTCTTTTTCCAC
GATTGTTTCTTAGAAGGATGCGACGCGTCCGTACTGATCGCTAAAGATGCTTTAAACAAA
TCTGAACGCGATGATGAAATCAACCATTCGCTTACGGAAGAAACGTTTGAAATCGTGACT
AGGATAAAAACAGCTCTTGAAAAGTCTTGTCCCGGTGTTGTGTCTTGCGCAGACATCTTG
GCTCAGTCCACGCATGAAGCTGCCACAATGATCGGTGGGCCTTCCTACGAAGTCAAGTTA
GGTCGTAAAGATGGGTGCGAGTCGAAAGCTCGAAAAGTTGGAGAAAACTTACCATTACCA
AACCACACGGTCCACGAAATGATGTCGTTATTTCAAAAGAAGGGTTTCACTCTAAAGGAG
ATGGTTGCGTTAAGCGGCGCACACACTATCGGAATTGCTCATTGCAAAGATTTCATCTGC
CGGGTCACTGGGCCGCGACCTGATCTAGATATCGATGCGGAATACGCAGAAGTTCTTAAA
AGTCAATGCAAGGATTACACAGTAGTGAATGAAACAAGGGGGTCGTTTTTTGATCCGGTG
ACGCCAGACAAATTCGATAATATGTATTACAAGAACTTGGAAAACGGGAGGGGACTGTTA
GCTTCCGACCACATCTTGTTTAAAGATAATAGCACGAGACCGTTCGTGGAGTTGTATGCG
AATAACCAGACGGTTTTTTTCGAGGATTTCGCACGTGCCATGGAGAAACTAGGCATGGTC
GGTGTTAAGGTCGACAAAAATGGAGACGTGAGACTCAGATGTGATAACTTAAACAAACCT
AAGGAAGCAATATTAAGAGTATAATTGAGCTCAGTTTTTGTTTTGTTTTGAATAATGTAT
TTATAAGTTAACGTAAGAATACCTACAGTGAGAAAAAAA*ATCACGGAGTGTAATGATAT
TATATGTTTTGTTTTTAGATTATGAAGTTTTGTATGTTAAATGAAACGTATTATTAGTTA
CTAATTTACGGAGGAGAATAAAAATTCAAGTGCTTCACTTACCTCGCCTTATATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS25TF U 1
AF RR1A939TF U 1
AF RR1BY96TF U 360
AF RR1CS25JQ C 469
AF RR1A939JQ C 396
AF RR1BY96JQ C 499
BS 1 757 RR1A939TF
BS 758 758 RR1BY96TF
BS 759 817 RR1A939TF
BS 818 1112 RR1BY96TF
BS 1113 1118 RR1A939JQ
BS 1119 1119 RR1CS25JQ
BS 1120 1255 RR1A939JQ

RD RR1CS25TF 708 0 0
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GTTATCTTCCTCCTCCTAGTCTTTATCCCTTCAGTATTATCAGCACCGGTGACAAGTTTA
ACCAACGACTATTACCAAGAAACGTGTCCTGATTTCAGTAAAATTGTTCGTGAAGTCGTT
ACGACCACGCAAGGCCCGCAGGGGAGGACAGCTGCTGGAATACTCCGTCTCTTTTTCCAC
GATTGTTTCTTAGAAGGATGCGACGCGTCCGTACTGATCGCTAAAGATGCTTTAAACAAA
TCTGAACGCGATGATGAAATCAACCATTCGCTTACGGAAGAAACGTTTGAAATCGTGACT
AGGATAAAAACAGCTCTTGAAAAGTCTTGTCCCGGTGTTGTGTCTTGCGCAGACATCTTG
GCTCAGTCCACGCATGAAGCTGTCACAATGATCGGTGGGCCTTCCTACGAAGTCAAGTTA
GGTCGTAAAGATGGGTGCGAGTCGAAAGCTCGAAAAGTTGGAGAAAACTTACCATTACCA
AACCACACGGTCCACGAAATGATGTCGTTATTTCAAAAGAAGGGTTTCACTCTAAAGGAG
ATGGTTGCGTTAAGCGGCGCACACACTATCGGAATTGCTCATTGCAAAGATTTCATCTGC
CGGGTCACTGGGCCGCGACCTGATCTAGATATCGATGCGGAATACGCA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1A939TF 817 0 0
GGATCGTAATCGTAAATCGATATACGTCTCACGTTATTCACAATGCCATCGTTTCCTCCC
GTTATCTTCCTCCTCCTAGTCTTTATCCCTTCAGTATTATCAGCACCGGTGACAAGTTTA
ACCAACGACTATTACCAAGAAACGTGTCCTGATTTCAGTAAAATTGTTCGTGAAGTCGTT
ACGACCACGCAAGGCCCGCAGGGGAGGACAGCTGCTGGAATACTCCGTCTCTTTTTCCAC
GATTGTTTCTTAGAAGGATGCGACGCGTCCGTACTGATCGCTAAAGATGCTTTAAACAAA
TCTGAACGCGATGATGAAATCAACCATTCGCTTACGGAAGAAACGTTTGAAATCGTGACT
AGGATAAAAACAGCTCTTGAAAAGTCTTGTCCCGGTGTTGTGTCTTGCGCAGACATCTTG
GCTCAGTCCACGCATGAAGCTGCCACAATGATCGGTGGGCCTTCCTACGAAGTCAAGTTA
GGTCGTAAAGATGGGTGCGAGTCGAAAGCTCGAAAAGTTGGAGAAAACTTACCATTACCA
AACCACACGGTCCACGAAATGATGTCGTTATTTCAAAAGAAGGGTTTCACTCTAAAGGAG
ATGGTTGCGTTAAGCGGCGCACACACTATCGGAATTGCTCATTGCAAAGATTTCATCTGC
CGGGTCACTGGGCCGCGACCTGATCTAGATATCGATGCGGAATACGCAGAAGTTCTTAAA
AGTCAATGCAAGGATTACACAGTAGTGAATGAAACAAAGGGGTCGTTTTTTGATCCGGTG
ACGCCAGACAAATTCGATAATATGTATTACAAGAACT

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1BY96TF 753 0 0
G
AGGATAAAAACAGCTCTTGAAAAGTCTTGTCCCGGTGTTGTGTCTTGCTCAGACATCTTG
GCTCAGTCCACGCATGAAGCTGTCACAATGATCGGTGGGCCTTCCTACGAAGTCAAGTTA
GGTCGTAAAGATGGGTGCGAGTCGAAAGCTCGAAAAGTTGGAGAAAACTTACCATTACCA
AACCACACGGTCCACGAATTGATGTCGTTATTTCAAAAGAAGGGTTTCACTCTAAAGGAG
ATGGTTGCGTTAAGCGGCGCACACACTATCGGAATTGCTCATTGCAAAGATTTCATCTGC
CGGGTCACTGGGCCGCGACCTGATCTAGATATCGATGCGGAATACGCAGAAGTTCTTAAA
AGTCAATGCAAGGATTACACAGTAGTGAATGAAACAAGGGGGTCGTTTTTTGATCCGGTG
ACGCCAGACAAATTCGATAATATGTATTACAAGAACTTGGAAAACGGGAGGGGACTGTTA
GCTTCCGACCACATCTTGTTTAAAGATAATAGCACGAGACCGTTCGTGGAGTTGTATGCG
AATAACCAGACGGTTTTTTTCGAGGATTTCGCACGTGCCATGGAGAAACTAGGCATGGTC
GGTGTTAAGGTCGACAAAAATGGAGACGTGAGACTCAGATGTGATAACTTAAACAAACCT
AAGGAAGCAATATTAAGAGTATAATTGAGCTCAGTTTTTGTTTTGTTTTGAATAATGTAT
TTATAAGTTAACGTAAGAATACCTACAGTGAG

QA 2 753 2 753
DS 

RD RR1CS25JQ 715 0 0
GAAGTCAAGTTAGGTCGTAAAGATGGGTGCGAGTCGAAAGCTCGAAAAGTTGGAGAAAAC
TTACCATTACCAAACCACACGGTCCACGAAATGATGTCGTTATTTCAAAAGAAGGGTTTC
ACTCTAAAGGAGATGGTTGCGTTAAGCGGCGCACACACTATCGGAATTGCTCATTGCAAA
GATTTCATCTGCCGGGTCACTGGGCCGCGACCTGATCTAGATATCGATGCGGAATACGCA
GAAGTTCTTAAAAGTCAATGCAAGGATTACACAGTAGTGAATGAAACAAGGGGGTCGTTT
TTTGATCCGGTGACGCCAGACAAATTCGATAATATGTATTACAAGAACTTGGAAAACGGG
AGGGGACTGTTAGCTTCCGACCACATCTTGTTTAAAGATAATAGCACGAGACCGTTCGTG
GAGTTGTATGCGAATAACCAGACGGTTTTTTTCGAGGATTTCGCACGTGCCATGGAGAAA
CTAGGCATGGTCGGTGTTAAGGTCGACAAAAATGGAGACGTGAGACTCAGATGTGATAAC
TTAAACAAACCTAAGGAAGCAATATTAAGAGTATAATTGAGCTCAGTTTTTGTTTTGTTT
TGAATAATGTATTTATAAGTTAACGTAAGAATACCTACAGTGAGAAAAAAAAATCACGGA
GTGTAATGATATTATATGTTTTGTTTTTAGATTATGAAGTTTTGTATGTTAAATG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1A939JQ 860 0 0
TGTTGTGTCTTGCGCAGACATCTTGGCTCAGTCCACGCATGAAGCTGCCACAATGATCGG
TGGGCCTTCCTACGAAGTCAAGTTAGGTCGTAAAGATGGGTGCGAGTCGAAAGCTCGAAA
AGTTGGAGAAAACTTACCATTACCAAACCACACGGTCCACGAAATGATGTCGTTATTTCA
AAAGAAGGGTTTCACTCTAAAGGAGATGGTTGCGTTAAGCGGCGCACACACTATCGGAAT
TGCTCATTGCAAAGATTTCATCTGCCGGGTCACTGGGCCGCGACCTGATCTAGATATCGA
TGCGGAATACGCAGAAGTTCTTAAAAGTCAATGCAAGGATTACACAGTAGTGAATGAAAC
AAGGGGGTCGTTTTTTGATCCGGTGACGCCAGACAAATTCGATAATATGTATTACAAGAA
CTTGGAAAACGGGAGGGGACTGTTAGCTTCCGACCACATCTTGTTTAAAGATAATAGCAC
GAGACCGTTCGTGGAGTTGTATGCGAATAACCAGACGGTTTTTTTCGAGGATTTCGCACG
TGCCATGGAGAAACTAGGCATGGTCGGTGTTAAGGTCGACAAAAATGGAGACGTGAGACT
CAGATGTGATAACTTAAACAAACCTAAGGAAGCAATATTAAGAGTATAATTGAGCTCAGT
TTTTGTTTTGTTTTGAATAATGTATTTATAAGTTAACGTAAGAATACCTACAGTGAGAAA
AAA**ATCACGGAGTGTAATGATATTATATGTTTTGTTTTTAGATTATGAAGTTTTGTAT
GTTAAATGAAACGTATTATTAGTTACTAATTTACGGAGGAGAATAAAAATTCAAGTGCTT
CACTTACCTCGCCTTATATC

QA 1 860 1 860
DS 

RD RR1BY96JQ 738 0 0
GAGTCGAAAGCTCGAAAAGTTGGAGAAAACTTACCATTACCAAACCACACGGTCCACGAA
TTGATGTCGTTATTTCAAAAGAAGGGTTTCACTCTAAAGGAGATGGTTGCGTTAAGCGGC
GCACACACTATCGGAATTGCTCATTGCAAAGATTTCATCTGCCGGGTCACTGGGCCGCGA
CCTGATCTAGATATCGATGCGGAATACGCAGAAGTTCTTAAAAGTCAATGCAAGGATTAC
ACAGTAGTGAATGAAACAAGGGGGTCGTTTTTTGATCCGGTGACGCCAGACAAATTCGAT
AATATGTATTACAAGAACTTGGAAAACGGGAGGGGACTGTTAGCTTCCGACCACATCTTG
TTTAAAGATAATAGCACGAGACCGTTCGTGGAGTTGTATGCGAATAACCAGACGGTTTTT
TTCGAGGATTTCGCACGTGCCATGGAGAAACTAGGCATGGTCGGTGTTAAGGTCGACAAA
AATGGAGACGTGAGACTCAGATGTGATAACTTAAACAAACCTAAGGAAGCAATATTAAGA
GTATAATTGAGCTCAGTTTTTGTTTTGTTTTGAATAATGTATTTATAAGTTAACGTAAGA
ATACCTACAGTGAGAAAAAAA*ATCACGGAGTGTAATGATATTATATGTTTTGTTTTTAG
ATTATGAAGTTTTGTATGTTAAATGAAACGTATTATTAGTTACTAATTTACGGAGGAGAA
TAAAAATTCAAGTGCT
GC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 3

CO CL1264Contig1 749 3 9 U
GCGTGGAGCATAAATGCTCAAAAATATTCACTTATCTAGGCTGACAGACAGCAGAAGAAG
ACAGAGCTTAACAGTTAAACCAGAAAAGAGACCATGTTTAAGGGTTTTGCTTTGCTTTAT
GATAGGGCCGTCGTGTCTACTGTCTGGCACTCAACAACCAAAAAAAAACTTACACCACGA
CTGCATTATGATCGTCGCTTAATAAGACTGAATGACATCTGTGAAGCTTTTCTTCTACGC
AGTTGCACTTTGAGAAGGAGTCCTCTTCTTGCCTTTCTTAACCTCTGCTCCACCATTTTC
TGCCTGCTCAACCTTCTTCTGGGCACGGATCATTGCTCGCCTAGCGCGGGGTCGCATCTC
TCTCACTGTACGAGGCGGCATCACGAATGGCTCGAGTGGCTTGTCCCCAAAAGGATGTTC
ATTGCCTTCAAATATCCTCAGCTTCCGATCTCTGTCATCACGCAAATTGTTACTAGGAAG
CATGCGCCAGACAGCCTTGCGGATGACCTCAGTGGGGTCTTTGGCCATTTGATCTTTCAG
ACTACGTTCTTTCAGGTGTCCAACATATCCGGTGTGCCAGCGGTAGAACTCGTCAGTGAG
CTTTCTACCAGTGATGCCGATATCCTTAGCATTGAGAACAATGCAAATATCGCCATCGTC
GCGGTTGGGACAATAAGTAGGCTTATCTTTGGCTTGAAGCACTGTTGATATCTGAGATGC
TAGTCTACCCAGTACCTGGCCTTTGGCAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BG95JQ U 244
AF RR1BG95TF C 319
AF RR1F462JQ U 1
BS 1 310 RR1F462JQ
BS 311 311 RR1BG95JQ
BS 312 379 RR1F462JQ
BS 380 380 RR1BG95JQ
BS 381 419 RR1F462JQ
BS 420 420 RR1BG95JQ
BS 421 590 RR1F462JQ
BS 591 591 RR1BG95TF
BS 592 749 RR1F462JQ

RD RR1BG95JQ 316 0 0
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CTCTTCTTGCCTTTCTTAACCTCTGCTCCACCATTTTCTGCCTGCTCAACCTTCTTCTGG
GCACGGATCATTGCTCGCCTAGCGCGGGGTCGCATCTCTCTCACTGTACGAGGCGGCATC
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TTCCGATCTCTGTCCTCACGCAAATTGTTACTAGGAAGCATGCGCCAGACAGCCTTGCGG
ATGACCTCAGTGGGGTCTTTGGCCATTTGATCTTTCAGACTACTTTCTTTCAGGTGT

QA 20 316 20 316
DS 

RD RR1BG95TF 369 0 0
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CATCACGAATGGCTCGAGTGGCTTGTCCCCAAAAGGATGTTCATTGCCTTCAAATATCCT
CAGCTTCCGATCTCTGTCATCACGCAAATTGTTACTAGGAAGCATGCGCCAGACAGCCTT
GCGGATGACCTCAGTGGGGTCTTTGGCCATTTGATCTTTCAGACTACGTTCTTTCAGGTG
TCCAACATATCCGGTGTGCCAGCGGTAGAACTCGTCAGTGAGCTTTCTACCAGTGATGCC
GATATCCTTAGCATTGAGAACAATGCAAATATCGCCATCGTCGCGGTTGGGACAATAAGT
AGGCTTATC

QA 1 369 1 369
DS 

RD RR1F462JQ 749 0 0
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GATAGGGCCGTCGTGTCTACTGTCTGGCACTCAACAACCAAAAAAAAACTTACACCACGA
CTGCATTATGATCGTCGCTTAATAAGACTGAATGACATCTGTGAAGCTTTTCTTCTACGC
AGTTGCACTTTGAGAAGGAGTCCTCTTCTTGCCTTTCTTAACCTCTGCTCCACCATTTTC
TGCCTGCTCAGCCTTCTTCTGGGCACGGATCATTGCTCGCCTAGCGCGGGGTCGCATCTC
TCTCACTGTACGAGGCGGCGTCACGAATGGCTCGAGTGGCTTGTCCCCAAAAGGATGTTA
ATTGCCTTCAAATATCCTCAGCTTCCGATCTCTGTCATCACGCAAATTGTTACTAGGAAG
CATGCGCCAGACAGCCTTGCGGATGACCTCAGTGGGGTCTTTGGCCATTTGATCTTTCAG
ACTACGTTCTTTCAGGTGTCCAACATATCCGGTGTGCCAGCGGTAGAACTTGTCAGTGAG
CTTTCTACCAGTGATGCCGATATCCTTAGCATTGAGAACAATGCAAATATCGCCATCGTC
GCGGTTGGGACAATAAGTAGGCTTATCTTTGGCTTGAAGCACTGTTGATATCTGAGATGC
TAGTCTACCCAGTACCTGGCCTTTGGCAT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 2 5

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GGCCACAGCCATAATAATATTTGTGATAAGATGCCTGTATTGTTATCCGGAATGGCTTCA
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CTCTCCCGCCTCCTTCTCCTCCCTAACGATGCCATGGCCAGTAGCTTGATTGATAAGTAC
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CTTCAATTTCAAGATCTTGAGAAAATTTTGAGCGTGGACAAGCCTGAATTCGAGGCATGT
AGATCGGTACTCAGGTCTGGACCTGCTAGTTCCTTGCGTGTAAACATTCGAGCCGTTGCT
CAGTACGCTTCAGATGCTGGTTATTCCCAAACCGCGTCTAGTGATGTTGATCGCTGTCTC
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CAAACAGTTCCTTCTGAAGTTCTTGATAAAGGGAAAGCTATGGTTGAAGTGTACAGATCA
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CTGTAAACGGACTTTTATTAGCCAGACACAGTTCTGACTCCCTGTATCATCCTATATTGT
TAACCTGTGTTGAAGTATAACATTGCTTATAGTAAAACCTGAACAGGGGGCTGCTAATGT
AATTCTCTCCTAGAATAAGTTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AA46TF U 1
AF RR1AA46JQ C 187
BS 1 784 RR1AA46TF
BS 785 926 RR1AA46JQ

RD RR1AA46TF 784 0 0
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GGCCACAGCCATAATAATATTTGTGATAAGATGCCTGTATTGTTATCCGGAATGGCTTCA
CTTAACGCTACTGCGAGCCTCCTCCCACTTTCGAAGCACCGCGAAAGGCTGACGTGCGCA
TCTGCGTCACCTCTGGTATGGAAGAAACAGAGCCGAAGAGTGATCTCTGTCTCCTTCCTC
CTCTCCCGCCTCCTTCTCCTCCCTAACGATGCCATGGCCAGTAGCTTGATTGATAAGTAC
GTCAAGAGGAAAAGACCTGATCCACTTGAAGCATATGTACCACCAGTCATTCTAGCTCAG
CTTCAATTTCAAGATCTTGAGAAAATTTTGAGCGTGGACAAGCCTGAATTCGAGGCATGT
AGATCGGTACTCAGGTCTGGACCTGCTAGTTCCTTGCGTGTAAACATTCGAGCCGTTGCT
CAGTACGCTTCAGATGCTGGTTATTCCCAAACCGCGTCTAGTGATGTTGATCGCTGTCTC
AGAGCACTGGAAGAAATGGATTCGCTGTTTCTACGTGCGTCGAGGAAGGACCCAAACGCA
ACTGTTGAATTGATGAAGTCGCAGCTTGGTACGGCGTTAACAGCACTAGACAGCCTTTTA
CAAACAGTTCCTTCTGAAGTTCTTGATAAAGGGAAAGCTATGGTTGAAGTGTACAGATCA
CCATTCGAAGAAGACAATGTTTCATCAGACTCCACTGAGATACAGCAGCTCCAGTCAATA
CTGT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1AA46JQ 740 0 0
TCACCTCTGGTATGGAAGAAACAGAGCCGAAGAGTGATCTCTGTCTCCTTCCTCCTCTCC
CGCCTCCTTCTCCTCCCTAACGATGCCATGGCCAGTAGCTTGATTGATAAGTACGTCAAG
AGGAAAAGACCTGATCCACTTGAAGCATATGTACCACCAGTCATTCTAGCTCAGCTTCAA
TTTCAAGATCTTGAGAAAATTTTGAGCGTGGACAAGCCTGAATTCGAGGCATGTAGATCG
GTACTCAGGTCTGGACCTGCTAGTTCCTTGCGTGTAAACATTCGAGCCGTTGCTCAGTAC
GCTTCAGATGCTGGTTATTCCCAAACCGCGTCTAGTGATGTTGATCGCTGTCTCAGAGCA
CTGGAAGAAATGGATTCGCTGTTTCTACGTGCGTCGAGGAAGGACCCAAACGCAACTGTT
GAATTGATGAAGTCGCAGCTTGGTACGGCGTTAACAGCACTAGACAGCCTTTTACAAACA
GTTCCTTCTGAAGTTCTTGATAAAGGGAAAGCTATGGTTGAAGTGTACAGATCACCATTC
GAAGAAGACAATGTTTCATCAGACTCCACTGAGATACAGCAGCTCCAGTCAATACTGTAA
ACGGACTTTTATTAGCCAGACACAGTTCTGACTCCCTGTATCATCCTATATTGTTAACCT
GTGTTGAAGTATAACATTGCTTATAGTAAAACCTGAACAGGGGGCTGCTAATGTAATTCT
CTCCTAGAATAAGTTTCACC

QA 1 740 1 740
DS 



CO CL1265Contig2 842 3 6 U
GGATAATAATATTGTATTTGTGGATAAGATGCCTCAGGTGTTATCCGGAATGGCTTCATC
ACTAAACGCTACTGCGAGCCTCCTCCCACTTTCAAAGCACCGCGAAAGGCCAACGTGCGC
ATCTTCGTCACCTCTGGTATGGAAGAAACAGAGCCGAAGAGTGATCTCCGTCTCCTTCCT
CCTCTCCCGCCTCCTTCTCCTCCCTAACGATGCCATAGCGAGTAGCTTGATTGATAAGTA
CGTGAAGAGGAAAAGACTTGATCCACTTGAAGCATATGTACCACCAGTCATTCTAGCTCA
GCTTCAATTTCAAGATCTTGAGAAAATTTTGAGCGTGGACAAGCCTGAATTCGAGGCATG
TAGATCGGTACTCAGGTCTGGACCTGCTAGCTCCTTGCGTGTAAACATTCGAGCCGTTGC
TCAGTACGCTTCAGATGCTGGTTATTCCCAAACCGCGTCTAGTGATGTTGATCGCTGTCT
CAGAGCACTGGAAGAAATGGATTCGCTGTTTCTACGTGCGTCGAGGAAGGACCCAAACGC
AACTGTTGAATTGATGAAGTCGCAGCTTGGTACGGCGTTAACAGCACTAGACAGCCTTTT
ACAAACAGTTCCTTCTGAAGTTCTTGATAAAGGGAAAGCTATGGTTGAAGTGTACAGATC
ACCATTCGATGAAGACAATGTTTCATCAGACTCCGCTGAGATACAGCAGCTCCAGTCAAT
ACTGTGAAACGGACTTTTACTATCCAGACGCAGTTCTGATTCCATGTATCATCCTATATT
GTTAACCTGTATTGAAGTATAACATTGCTTATAGTAAAACCTGAATAGGAGGCTGCTAAT
AT


BQ
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10 10 

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AF RR1DR16TF U 6
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ACAAACAGTTCCTTCTGAAGTTCTTGATAAAGGGAAAGCTATGGTTGAAGTGTACAGATC
ACCATTCGATGAAGACAATGTTTCATCAGACTCC
GC

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DS 

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GG
AATATTGTATTTGTGGATAAGATGCCTCAGGTGTTATCCGGAATGGCTTCATCACTAAAC
GCTACTGCGAGCCTCCTCCCACTTTCAAAGCACCGCGAAAGGCCAACGTGCGCATCTTCG
TCACCTCTGGTATGGAAGAAACAGAGCCGAAGAGTGATCTCCGTCTCCTTCCTCCTCTCC
CGCCTCCTTCTCCTCCCTAACGATGCCATAGCGAGTAGCTTGATTGATAAGTACGTGAAG
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TTTCAAGATCTTGAGAAAATTTTGAGCGTGGACAAGCCTGAATTCGAGGCATGTAGATCG
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GCTTCAGATGCTGGTTATTCCCAAACCGCGTCTAGTGATGTTGATCGCTGTCTCAGAGCA
CTGGAAGAAATGGATTCGCTGTTTCTACGTGCGTCGAGGAAGGACCCAAACGCAACTGTT
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GTTCCTTCTGAAGTTCTTGATAAAGGGAA*GCTATGGTTGAAGTGTACAGATCACCATTC
GA

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DS 

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AATGGATTCGCTGTTTCTACGTGCGTCGAGGAAGGACCCAAACGCAACTGTTGAATTGAT
GAAGTCGCAGCTTGGTACGGCGTTAACAGCACTAGACAGCCTTTTACAAACAGTTCCTTC
TGAAGTTCTTGATAAAGGGAAAGCTATGGTTGAAGTGTACAGATCACCATTCGATGAAGA
CAATGTTTCATCAGACTCCGCTGAGATACAGCAGCTCCAGTCAATACTGTGAAACGGACT
TTTACTATCCAGACGCAGTTCTGATTCCATGTATCATCCTATATTGTTAACCTGTATTGA
AGTATAACATTGCTTATAGTAAAACCTGAATAGGAGGCTGCTAATAT

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 5

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GTTATAATCATTTCAATTTTAATCCAAAATGATGAAGGGAACCCCCTTCTTTCTTCCTAA
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ATTTCTTCTGATACTAATCCTAACGATGAAGCTGATCTCACCACTCGATG***GTGCTTC
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AGAGCATTTGGGATCAAAATATAGAGGTCGAATTTAAGACATGCATAAACGATCCAAATG
GCTCCGTTCATGAAGTTGGCTAAAGACAAGAAGAACGGCATGTACTTCACGCTCTTTGTC
TTTATCACAAGTGCCATGACGGTTAAAGGCGAAGCATACATGATAATATTGAAAATAATG
CACAAGATCCCAACAAGCATAGATCTCTGTTTTGTTGTATGCAAAAAATACAATGTGCAG
AAGACGACCACAGCCATAAATATCACCTCAACTACCATAGCTATTGCGATCCTTTTACGG
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GCTCCGTTAATGGTGATGACGAGGAGACTGTCGGGTTGGACGAAAGGAAGTCCGTAAAAG
GTCCACATCATGCAGTTTAAAACAGTAGCTACGCAAGGATCTGGCTTAAATTCAGATACC
GATTTCATCTTCCATATCTTCACTATCGTTGGTATTGGAGCCGAGAACAAGCCGAAGGCG
ATCACGTTTCCGATGATTCCGACGATCGTCCGGGCAGTGTTGGTGTCCGTCATGTTGCTA
TATATCTCCACGAATTCTTGTCTTTTTATAAATTTTCTCAAAGATCTAGATTTCTAGAGA
AAAAAGATATTAGATTAATTAATTCGATTATTCTTTCTTCTTTATATATAAAAGATATTT
CTTTAGAGTCTTGTCAATTTTTGTTTCTGATATGTGATAAGTTAGGTTTGATTGATGAAA
CAACTCCTTTTTTGTTTTTTCCTAGTATTTGATTATTTTTGGTTTACC


BQ
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AF RR1D338JQ U 1
AF RR1D338TF C 165
AF RR1GI25TF C 492
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ATAG
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TCTTCTTTCTTTTTTTTTGTATTTTCGCTGGCATTTCTTCTGATACTAATCCTAACGATG
AAGCTGATCTCACCACTCGATGATGGTGCTTCTTGTAAAACAGAAGAAAAAAATGGGGAA
GTGCAATCCGTAGTTGCAAT*ATCAAGCTTGGGAAAGCTCGATTTCCGCATTCAAATTGC
TCCTTTCTTTATCTTCATCATCGTCTTTCCAGTTAGTTGTTTTATAGTAAAGTGCGTATA
ATATAAATTGTATTGTTCCTGATAGGCATCCAAGAACATTTGGGATCAAAAT

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DS 

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AAGAAAAAAATGGGGAAGTGCAATCCGTAGTTGCAAT*ATCAAGCTTGGGAAAGCTCGAT
TTCAGCATTCAAATTGCTCCTTTCTTTATCTTCATCATCGTCTTTCCAGTTAGTTGTTTT
ATAGTAAAGTGCGTATAATATAAATTGTATTGTTCCTGATAGGCATCCAAGAGCATTTGG
GATCAAAATATAGAGGTCGAATTTAAGACATGCATAAACGATCCAAATGGCTCCGTTCAT
GAAGTTGGCTAAAGACAAGAAGAACGGCATGTACTTCACGCTCTTTGTCTTTATCACAAG
TGCCATGACGGTTAAAGGCGAAGCATACATGATAATATTGAAAATAATGCACAAGATCCC
AACAAGCATAGATCTCTGTTTTGTTGTATGCAAAAAA

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DS 

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GTTATAATCATTTCAATTTTAATCCAAAATGATGAAGGGAACCCCTTTCTTTCTTCCTAA
TCAAAAAACGTTTAACTTTAAGGGTTCCTCTTCTTT*TTTTTTTTTGTATTTTCGCTGGC
ATTTCTTCTGATACTAATCCTAACGATGAAGCTGATCTCACCACTCGATG***GTGCTTC
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GAAAGCTCGATTTCAGCATTCAAATTGCTCCTTTCTTTATCTTCATCATCGCCTTTCCAG
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GCTCCGTTCATGAAGTTGGCTAAAGACAAGAAGAACGGCATGTACTTCACGCTCTTTGTC
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AAGACGACCACAGCCATAAATATCACCTCAACTACCATAGCTATTGCGATCCTTTTACGG
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GCTCCGTTAATGGTGATGACGAGGAGAC
TGTCGGGTTGGACG

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DS 

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CAATTATCAAGCTTGGGAAAGCTCGATTTCAGCATTCAAATTGCTCCTTTCTTTATCTTC
ATCATCGCCTTTCCAGTTAGTTGTTTTATAGTAAAGTGCGTATAATATAAATTGTATTGT
TCCTGATAGGCATCCAAGAGCATTTGGGATCAAAATATAGAGGTCGAATTTAAGACATGC
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CTTCACGCTCTTTGTCTTTATCACAAGTGCCATGACGGTTAAAGGCGAAGCATACATGAT
AATATTGAAAATAATGCACAAGATCCCAACAAGCATAGATCTCTGTTTTGTTGTATGCAA
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TGCGATCCTTTTACGGACAGGCGAGGTAGCGAAGATGAAGAAGATGATGACATAAACGAG
TTCCATGACAAGACCAGCTCCGTTAATGGTGATGACGAGGAGACTGTCGGGTTGGACGAA
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CTTAAATTCAGA
ACCC

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DS 

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AACAAGCATAGATCTCTGTTTTGTTGTATGCAAAAAATACAATGTGCAGAAGACGACCAC
AGCCATGAATATCACCTCAATTACCATAGCTATTGTGATCCTTTTACGGACAGGCGAGGT
AGCGAAGATGAAGAAGATGATGACATAAACGAGTTCCATGACAAGACCAGCTCCGTTAAT
GGTGATGACGAGGAGACTGTCGGGTTGGACGAAAGGAAGTCCGTAAAAGGTCCACATCAT
GCAGTTTAAAACAGTAGCTACGCAAGGATCTGGCTTAAATTCAGATACCGATTTCATCTT
CCATATCTTCACTATCGTTGGTATTGGAGCCGAGAACAAGCCGAAGGCGATCACGTTTCC
GATGATTCCGACGATCGTCCGGGCAGTGTTGGTGTCCGTCATGTTGCTATATATCTCCAC
GAATTCTTGTCTTTTTATAAATTTTCTCAAAGATCTAGATTTCTAGAGAAAAAAGATATT
AGATTAATTAATTCGATTATTCTTTCTTCTTTATATATAAAAGATATTTCTTTAGAGTCT
TGTCAATTTTTGTTTCTGATATGTGATAAGTTAGGTTTGATTGATGAAACAACTCCTTTT
TTGTTTTTTCCTAGTATTTGATTATTTTTGGTTTACC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 6

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GACCATTCCAATTCCTGTTGCTGGACCAGAGAGCATCGAGTTCGACCCACAAGGAGAAGG
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GGTTGAGTTTGCCCACACATCTCCTCACAGAGGGAATTGTTCAAGCCGTGAAGTAGTGCC
TACTTGTGGAAGACCATTGGGACTTAGTTTTGAGAAGAAAACAGGAGATCTATACATATG
CGATGGTTACCTAGGGCTCATGAAGGTTGGACCTCAGGGAGGATTGGCCGAGTTGGTTGT
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AGATGTCTTCTATTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCATTTCAGGGAGGTATTTTTCGT
GGCTGCAAATGGCGAGCGGTCGGGAAGAGTGATCAGATATGATAAGAAGACGAAGGAGGC
CAAAGTTGTGATGGACAATCTACGTTGTAATAACGGTTTGGCTCTAAACAAAGACCGATC
TTTTCTAATCGTTTGCGAGTCGGCCACGGGTTTTGTTCATCGATATTGGATAAAAGGTCC
TAAAGCCGGGACCCGTGACATCTTTACGAGGGTCCCTGGATACCCTGACAACATCCGGCT
GTCACCAAGTGGAGACTTTTGGATTGGGATACACTCCAAGAAATCTCTAGCGGGGCGATT
GGTGATGGGGAACAAATGGCTCGGGAAGCTGGTTGAGAAGACAGTGAATTTGGAGTTGTT
GATTGCCGTGCTGAACGAATTCAAACCGAATGGAATGGCCGTGAAAATCTCCGGGGAGAC
GGGAGAGATCCTTGAGATACTTGAGGACAAAGAAGGGAAGACGATGAAATATGTGAGTGA
GGCTTATGAGAGAGAAGATGGAAAGATATGGTTTGGGTCTGTTTTTTATCCAGCCGTTTG
GGTTCTTGATCGCAAGTAACTCTGTTTTTCTTTTTAACTCTGTATTGTTGCAAGCAGTGA
TGTGTTCTATACAGTA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1HB20TF U 1
AF RR1E327TF U 1
AF RR1EQ31TF U 54
AF RR1HB20JQ C 494
AF RR1EQ31JQ C 497
AF RR1E327JQ C 539
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RD RR1HB20TF 552 0 0
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QA 1 552 1 552
DS 

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TCAGACTCTATTTGCGGCGGACAATGTAGAGGGCACCAAAATGGTTTTGCCATTTGCTAA
GACCATTCCAATTCCTGTTGCTGGACCAGAGAGCATCGAGTTCGACCCACAAGGAGAAGG
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GGCTGCAAATGGCGAGCGGTCGGGAAGAGTGATCAGATATGATAAGAAGACGAAG*AG*C
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TTTTCTA*TCGTTTGCG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1EQ31TF 728 0 0
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GAGAAGGTCCTTATGCTGCCGTCGTGGACGGTCGTATTCTCAAGTGGCGAGGCGATGACC
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TAGTGCCTACTTGTGGAAGACCATTGGGACTTAGTTTTGAGAAGAAAACAGGAGATCTAT
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AAGAGGAAGATGTCTTCTATTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCATTTCAGGGAGGTAT
TTTTCGTGGCTGCAAATGGCGAGCGGTCGGGAAGAGTGATCAGATATGATAAGAAGACGA
AG*AGGCCAAAGTTGTGATGGACAATCTACGTTGCAATAACGGTTTGGCTCTAAACAAAG
ACCGATCTTTTCTA*TCGTTTGCGAGTCGGCCACGGGTTTTGTTCATCGATATTGGATAA
AAG
TCCTA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1HB20JQ 723 0 0
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TTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCATTTCAGGGAGGTATTTTTCGTGGCTGCAAATGGC
GAGCGGTCGGGAAGAGTGATCAGATATGATAAGAAGACGAAGGAGGCCAAAGTTGTGATG
GACAATCTACGTTGTAATAACGGTTTGGCTCTAAACAAAGACCGATCTTTTCTAATCGTT
TGCGAGTCGGCCACGGGTTTTGTTCATCGATATTGGATAAAAGGTCCTAAAGCCGGGACC
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GACTTTTGGATTGGGATACACTCCAAGAAATCTCTAGCGGGGCGATTGGTGATGGGGAAC
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AACGAATTCAAACCGAATGGAATGGCCGTGAAAATCTCCGGGGAGACGGGAGAGATCCTT
GAGATACTTGAGGACAAAGAAGGGAAGACGATGAAATATGTGAGTGAGGCTTATGAGAGA
GAAGATGGAAAGATATGGTTTGGGTCTGTTTTTTATCCAGCCGTTTGGGTTCTTGATCGC
AAGTAACTCTGTTTTTCTTTTTAACTCTGTATTGTTGCAAGCAGTGATGTGTTCTATACA
GTA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1EQ31JQ 720 0 0
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AATGATAGTAGTGACAAGTATCATTTCAGGGAGGTATTTTTCGTGGCTGCAAATGGCGAG
CGGTCGGGAAGAGTGATCAGATATGATAAGAAGACGAAGGAGGCCAAAGTTGTGATGGAC
AATCTACGTTGCAATAACGGTTTGGCTCTAAACAAAGACCGATCTTTTCTAATCGTTTGC
GAGTCGGCCACGGGTTTTGTTCATCGATATTGGATAAAAGGTCCTAAAGCCGGGACCCGT
GACATCTTTACGAGGGTCCCTGGATACCCTGACAACATCCGGCTGTCACCAAGTGGAGAC
TTTTGGATTGGGATACACTCCAAGAAATCTCTAGCGGGGCGATTGGTGATGGGGAACAAA
TGGCTCGGGAAGCTGGTTGAGAAGACAGTGAATTTGGAGTTGTTGATTGCCGTGCTGAAC
GAATTCAAACCGAATGGAATGGCCGTGAAAATCTCCGGGGAGACGGGAGAGATCCTTGAG
ATACTTGAGGACAAAGAAGGGAAGACGATGAAATATGTGAGTGAGGCTTATGAGAGAGAA
GATGGAAAGATATGGTTTGGGTCTGTTTTTTATCCAGCCGTTTGGGTTCTTGATCGCAAG
TAACTCTGTTTTTCTTTTTAACTCTGTATTGTTGCAAGCAGTGATGTGTTCTATACAGTA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1E327JQ 678 0 0
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GTGGCTGCAAATGGCGAGCGGTCGGGAAGAGTGATCAGATATGATAAGAAGACGAAGGAG
GCCAAAGTTGTGATGGACAATCTACGTTGTAATAACGGTTTGGCTCTAAACAAAGACCGA
TCTTTTCTAATCGTTTGCGAGTCGGCCACGGGTTTTGTTCATCGATATTGGATAAAAGGT
CCTAAAGCCGGGACCCGTGACATCTTTACGAGGGTCCCTGGATACCCTGACAACATCCGG
CTGTCACCAAGTGGAGACTTTTGGATTGGGATACACTCCAAGAAATCTCTAGCGGGGCGA
TTGGTGATGGGGAACAAATGGCTCGGGAAGCTGGTTGAGAAGACAGTGAATTTGGAGTTG
TTGATTGCCGTGCTGAACGAATTCAAACCGAATGGAATGGCCGTGAAAATCTCCGGG*AG
ACGGGAGAGATCCTTGAGATACTTGAGGACAAAGAAGGGAAGACGATGAAATATGTGAGT
GAGGCTTATGAGAGAGAAGATGGAAAGATATGGTTTGGGTCTGTTTTTTATCCAGCCGTT
TGGGTTCTTGATCGCAAGTAACTCTGTTTTTCTTTTTAACTCTGTATTGTTGCAAGCAGT
GATGTGTTCTATACAGTA

QA 1 678 1 678
DS 



AS 2 6

CO CL1268Contig1 666 3 5 U
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ATGACAGACACACGTACATAAGACTCTGAAAAAGGTCTAGAAAAAAAGCAAGAAAGTGAT
AAATTAAGTAGGAAGAGAAAAAGAAAAAAAAATAGATAGAAAAAAGCATCTCATCAGGTC
AAAGAGACCAGAGTATATTACTGGTAGTACATGAGCTGCTGATGGGCCGCAGCTACATTC
TGAAACCCACCATCGTACATAGCTGCACTTGCTCCAGCTGCATTTACATGCCTCAGAGAA
TGTTGAGCCTGAGGATGCATCTTGGCTAGAGCCAGTTGCCTCTCATACGCTAAGAGGTCC
ATTGGGGACAAACCAGGGACTGGAACCGGCGCTGGTGGGGGAAGTGGGTTTGAGGCTGTG
CCTGTTGGTGTTGGTTTACTTCCCCATGAATACTTTATGGGTCTGCTAAAGAGGAAAGGC
TGAGAGTTGCCCATTTGAATAGCAAGAGCAGCCTCGTCATGAGTGTTATATCTCACAAAA
CCAAAGCCTTTGTCTCGCTGGACACGAACCTCTTCAATCACTCCAGCGCCAAGTGCATGG
AACATGCGGTGTAGATCAAGCTGAGTCACTTCTGGAGCGAGGTTTCCTACATACACAGTG
GTATAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR1F353JQ U 10
AF RR1DI26JQ U 1
AF RR1DI26TF C 1
BS 1 190 RR1DI26JQ
BS 191 191 RR1F353JQ
BS 192 295 RR1DI26JQ
BS 296 296 RR1F353JQ
BS 297 666 RR1DI26JQ

RD RR1F353JQ 468 0 0
ATCCCTTTTATTTCATGTCATTCTAAGCATATATAGAATCAACGACTTCAAATGACAGAC
ACACATACATAAGACCCTGAAAAAGGTCTAGAAAAAAAGCAAGAAAGTGATAAATTAAGT
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AGAGTATATTACTGGTAGTACATGAGCTGCTGATGGGCCGCAGCTACATTCTGAAACCCA
CCATCGTACATAGCTGCACTTGCTCCAGCTGCATTTACATGCCTCAGAAAATGTTGAGCC
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GTTGGTTTACTTCCCCATGAACACTTTATGGGTCTGCTAAAGAGGAAA

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR1DI26JQ 666 0 0
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AAATTAAGTAGGAAGAGAAAAAGAAAAAAAAATAGATAGAAAAAAGCATCTCATCAGGTC
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TGAAACCCACCATCGTACATAGCTGCACTTGCTCCAGCTGCATTTACATGCCTCAAAGAA
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CCTGTTGGTGTTGGTTTACTTCCCCATGAATACTTTATGGGTCTGCTAAAGAGGAAAGGC
TGAGAGTTGCCCATTTGAATAGCAAGAGCAGCCTCGTCATGAGTGTTATATCTCACAAAA
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GTATAC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1DI26TF 666 0 0
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ATGACAGACACACGTACATAAGACTCTGAAAAAGGTCTAGAAAAAAAGCAAGAAAGTGAT
AAATTAAGTAGGAAGAGAAAAAGAAAAAAAAATAGATAGAAAAAAGCATCTCATCAGGTC
AAAGAGACCAGAGTATATTACTGGTAGTACATGAGCTGCTGATGGGCCGCAGCTACATTC
TGAAACCCACCATCGTACATAGCTGCACTTGCTCCAGCTGCATTTACATGCCTCAGAGAA
TGTTGAGCCTGAGGATGCATCTTGGCTAGAGCCAGTTGCCTCTCATACGCTAAGAGGTCC
ATTGGGGACAAACCAGGGACTGGAACCGGCGCTGGTGGGGGAAGTGGGTTTGAGGCTGTG
CCTGTTGGTGTTGGTTTACTTCCCCATGAATACTTTATGGGTCTGCTAAAGAGGAAAGGC
TGAGAGTTGCCCATTTGAATAGCAAGAGCAGCCTCGTCATGAGTGTTATATCTCACAAAA
CCAAAGCCTTTGTCTCGCTGGACACGAACCTCTTCAATCACTCCAGCGCCAAGTGCATGG
AACATGCGGTGTAGATCAAGCTGAGTCACTTCTGGAGCGAGGTTTCCTACATACACAGTG
GTATAC

QA 1 666 1 666
DS 



CO CL1268Contig2 779 3 6 U
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TGATAAATTAAGTAGGAAGAGAAAAAGAAAAAAAAATAGATAGAGAAAAGTATCTCATCA
GATCCAAGAGACCAGAGTATATTACTGGTAGTACATGAGCTGCTGATGCGCCGCAGCTAC
ATTCTGAAACCCACCATCGTACATAGCTGCACTTGCTCCAGCTGCATTTACATGCCTCAA
AAAATGTTGAGCCTGAGGATGCATCTTGGCTAGAGCCAGTTGCCTCTCATACGCTAAGAG
GTCCATTGGAGACAAACCAGGGACTGGAACCGGCGCTGGTGGTGGAAGTGGGTTTGAGGC
TGTGCCAGTTGGTGTTGGTTTACTTCCCCATGAACACTTTATGGGTCTGCTAAAGAGGAA
AGGCTGAAAGTTGCCCATTTGAATAGCAAGAGCAGCCTCGTCATGAGTGTTATATCTCAC
AAAACCAAAGCCCTTGTCTCGCTGGACACGAACCTCTTCAATCACTCCAGCGCCAAGTGT
ATGGAACATGCGGTGTAGATCAAGCTGAGTTACTTCTGGAGCGAGGTTTCCTACATACAC
AGTGGTATACTGAGGATTGTTTTCAGGAGCTTCTTCGTTTGAGATTGAGATCTCTCTACC
ATCCTCTGAGCCGTTTGTGAGTTCAACGACACTTTTTCCATCAGAGCTATGTTTGTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 0 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A809TF C 11
AF RR1DT78JQ U 1
AF RR1FP50JQ U 304
BS 1 369 RR1DT78JQ
BS 370 370 RR1FP50JQ
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BS 671 779 RR1FP50JQ

RD RR1A809TF 309 0 0
ATCCGTTTTATTTCATGTCATTCTAAGCATATATAGAGAATCAACGACTTCAAATGACAG
ACACACATACATAAGACTCTGAACAAGGTCTAGGTAAAAAAGCAAGAAAATGATAAATTA
AGTAGGAAGAGAAAAAGAAAAAAAAATAGATAGAGAAAAGTATCTCATCAGATCCAAGAG
ACCAGAGTATATTACTGGTAGTACATGAGCTGCTGATGCGCCGCAGCTACATTCTGAAAC
CCACCATCGTACATAGCTGCACTTGCTCCAGCTGCATTTACATGCCTCAGAGAATGTTGA
GCCTGA
CCT

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR1DT78JQ 672 0 0
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ATTCTGAAACCCACCATCGTACATAGCTGCACTTGCTCCAGCTGCATTTACATGCCTCAA
AAAATGTTGAGCCTGAGGATGCATCTTGGCTAGAGCCAGTTGCCTCTCATACGCTAAGAG
GTCCATTGGGGACAAACCAGGGACTGGAACCGGCGCTGGTGGTGGAAGTGGGTTTGAGGC
TGTGCCAGTTGGTGTTGGTTTACTTCCCCATGAACACTTTATGGGTCTGCTAAAGAGGAA
AGGCTGAGAGTTGCCCATTTGAATAGCAAGAGCAGCCTCGTCATGAGTGTTATATCTCAC
AAAACCAAAGCCCTTGTCTCGCTGGACACGAACCTCTTCAATCACTCCAGCGCCAAGTGT
ATGGAACATGCGGTGTAGATCAAGCTGAGTTACTTCTGGAGCGAGGTTTCCTACATACAC
AGTGGTATAC
TG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1FP50JQ 476 0 0
ATGTTGAGCCTGAGGATGCATCTTGGCTAGAGCCAGTTGCCTCTCATACGCTAAGAGGTC
CATTGGAGACAAACCAGGGACTGGAACCGGCGCTGGTGGTGGAAGTGGGTTTGAGGCTGT
GCCTGTTGGTGTTGGTTTACTTCCCCATGAACACTTTATGGGTCTGCTAAAGAGGAAAGG
CTGAAAGTTGCCCATTTGAATAGCAAGAGCAGCCTCGTCATGAGTGTTATATCTCACAAA
ACCAAAGCCCTTGTCTCGCTGGACACGAACCTCTTCAATCACTCCAGCGCCAAGTGTATG
GAACATGCGGTGTAGATCAAGCTGAGTTACTTCTGGAGCGAGGTTTCCTACATACACAGT
GGTATACTGAGGATTGTTTTCAGGAGCTTCTTCGTTTGAGATTGAGATCTCTCTACCATC
CTCTGAGCCGTTTGTGAGTTCAACGACACTTTTTCCATCAGAGCTATGTTTGTCCT

QA 1 476 1 476
DS 



AS 1 6

CO CL1269Contig1 1241 6 13 U
GGAGATGAATGCTCTTTGTCCCTTGTTGTCGCATATTCGAAATAACCAACTTTCCTTTCA
TGGCATCCTCCTCTCCCACTCACCTCTTCTCCCTCTCCCATGATCTTTCTTCTTCTTCTT
CCACCTCTCTCCTCAATCTCCAAACCCAAAGAACGATCTCAGGTTCTAAGGACTTCGAGA
AGACCCAGTTGAGAATTCCCGTTTCTTTCAGGAAAAAAGCTGTCAACTTGCAAATGATGG
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ACGTGTTCGACGACATGAAACAGCGGTTCCTCGCCTTCAAGAAGCATAAGTACATGGATA
ACTTAGAACAGTACAAAAAATTGGCAGATGCTCAAGCTCCAAAGTTTCTGGTGATTGCTT
GTGCAGACTCTAGGGTTTGTCCTTCAGTCATACTGGGATTCCAACCTGGTGATGCATTCA
CTGTTCGTAACATTGCAAACTTAGTACCTTCATATGAGTCTGGACCTACTGAAACAAAAG
CTGCTCTGGAGTTCTCTGTGAATACTCTTAAGGTGGAGAACATCTTAGTTATTGGTCATA
GCCGGTGTGGAGGAATTCAAGCTTTGATGGGTATGCAAGACGAAGGAGATCCCAGAAGTT
TCATACATAACTGGG*TAATTGTGGGGAAAAAGGCAAAGGAAAGCACAAAAGCTGTTGCG
TCAAACCTCAATTTTGATCATCAGTGCCAACATTGTGAAAAGGCGTCGATAAATCATTCA
TTAGAAAGGCTGCTTGGTTATCCTTGGATAGAAGAGAAAGTGCGGAAAGGATCACTGTCT
CTCCATGGTGGATACTATGATTTTGTAAACTGTACATTTGAGAAATGGACTGTAGATTAT
GGTGAAAGCAGAGGCAAGAAAGAAGGCAGTGGGATTGCTGTTAAAAACCGGTCTGTTTGG
TGATGATGACTTATGACCATCTCCATCTTCATAGGACTGTCTCTCATAATTTTGAGACTC
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CTTTGGGAGATTCCTACAGAGACTTACGTTTGTTTCTTCTTTTGATTTTCTTGATATAAT
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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G
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CTTGGAATGAGATCAGCTTCTACGTGTTTTATTTGTTGCAGTTGTGTGTTGAAACTTTGG
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TATAATTTTATTGTATGGTTGCCTGGTTGGATTTC

QA 1 695 1 695
DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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GACCCTAGCAACAGTCGTTACCCCTCTTTGTCTTGGTGCTCTGGATCTCTTCCGCGTAAG
ACCTAACCGGAAGCTGTGGGTTCGTGCCTCTCTTCCCTGGAGCACAGACGAGGGCGTGAC
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GGGTCAGATCTCTGCTCCAAGATGGGTGGTTAGCTAGGGAGCGTCGCTGCCTCTCCTCTC
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TCCGTGTCGCAGCTTGAGAGTACCTTCGGGTTAGTTTTCGGCAATCCGACTCCTACTAGC
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AACTTCCCTTTGGTTCTATGGGTTTTTTTAACTTTTTTGCGACCCTTATGATTCAGTTTA
GCTTTCGAGCAAATGAGATTACAAATGCATTGTAATCAAACTTTCATTACAAGTTAATGA
TATTTACATTCTTAGC

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DS 



AS 2 6

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BQ
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20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX71TF U 7
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RD RR1CX71TF 710 0 0
TAAAGAACCATAACAATGGCTTCATCTTCCTTACTACTCATGTCCTTGT*CTTACTACTT
GTTATCCCTTCATCAGTTCTCTCAGCCACTCTTCGATCTGACATTCAAGCTCTAGAGTCT
ATCATTCGCAGCATTGATCCAAGTTCCATCTCTCCATCCTCTTACCTCAGCACATGGGAC
TTCTCTGAAGACCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGGAGTTATGTGTTCTTTCACT
CTTGAGAACACGACCAGCAGAGTCACAGAGACCGACCTTGACGATGATGGTTATGACGGT
TTCCTCTCTGAGGCAATAGGGAACCTCACCGAGCTCACTGTACTTAGCCTGAACAACAAC
AGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGTTCCAGCTCAGGAAACTCACCAAGCTCTCT
CTCTCGGGGAACTTCTTCACCGGAGATATAACACCTGGAATCACCAAGCTCAAGGAGCTC
AAAACCATAGACCTTTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGATACCTCCGAGGATCTCAGGC
TTGAGAAGTTTGACTCACCTGATCCTATCAAACAACCATCTAGACGGAAGAATACCAGCG
CTCAACGGCTTGTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAACAACCATCTTTTCGGA*TG
CTTCCTAAGCTTCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTGT
ACATAGCT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1E713TF 776 0 0
GGATGGTAAAGAACCATAACAATGGCTTCATCTTCCTTACTACTCATGTCCTTGTTCTTA
CTACTTGTTATCCCTTCATCAGTTCTCTCAGCCACTCTTCGATCTGACATTCAAGCTCTA
GAGTCTATCATTCGCAGCATTGATCCAAGTTCCATCTC**CATCCTCTTACCTCAGCACA
TGGGACTTCTCTGAAGACCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGGAGTTATGTGTTCT
TTCACTCTTGAGAACACGACCAGCAGAGTCACAGAGATCGACCTTGACGATGATGGTTAT
GACGGTTTCCTCTCTGAGGCAATAGGGAACCTCACCGAGCTCACTGTACTTAGCCTGAAC
AACAACAGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGTTCCAGCTCAGGAAACTCACCAAG
CTCTCTCTCTCGGGGAACTTCTTCACCGGAGATATAACACCTGGAATTACCAAGCTCAAG
GAGCTCAAAACCATAGACCTTTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGATACCTCCGAGGATC
TCAGGCTTGAGAAGTTTGACTCACCTGATCCTATCAAACAACCATCTAGACGGAAGAATA
CCAGCGC*CAACGGCTTGTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAACAACCATCTTTTC
GGAATGCTTCCTAAGCTTCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTGTTACAATAGCCTC
GCAGACGTATATCTCCTTTGCATAGACTAAAACATCTTGTGTCATTAGATGTGAGC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1H292TF 802 0 0
GGATGG
TAAAGAACCATAACAATGGCTTCATCTTCCTTACCACTCTTGTCCTTGTTCTTACTACTT
GTTATCCCTTCATCAGTTCTCTCAGCCACTCTTCGATCTGACATTCAAGCTCTAGAGTCT
ATCATTCGCAGCATTGATCCAAGTTCCATCTCTCCATCCTCTTACCTCAGCACATGGGAC
TTCTCTGAAGACCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGGAGTTATGTGTTCTTTCACT
CTTGAGAACACGACCAGCAGAGTCACAGAGATCGACCTTGACGATGATGGTTATGACGGT
TTCCTCTCTGAGGCAATAGGGAACCTCACCGAGCTCACTGTACTTAGCCTGAACAACAAC
AGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGTTCCAGCTCAGGAAACTCACCAAGCTCTCT
CTC**GGGGAACTTCTTCACCGGAGATATAACACCTGGAATCACCAAGCTCAAGGAGCTC
AAAACCCTAGACCTTTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGATACCTCCGAGGATCTCAGGC
TTGAGAAGTTTGACTCACCTGATCCTATCAAACAACCATCTAGACGGAAGAATACCAGCG
CTCAACGGCTTGTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAACAACCATCTTTTCGGAATG
CTTCCTAAGCTTCCAACAAGTCTAAGA*CTCTATCTCTCTGTTACA*TAGCCTCGCAGAC
GTATATCTCCTTTGCATAGACTAAAACATCTTGTGTCATTAGATGTGAGCAGAACAGATC
CCAGGCACCATTGGCC

QA 7 802 7 802
DS 



CO CL1271Contig2 869 3 5 U
GGTGAATTGGCTCTTTTGAAATGCATTACGTTTTACAAGATGTTGTGAAAGAAACTCCTC
TGATGTTATGTAGTGGAATTTGAGTTTTTTTTTTTTGGGTCTAGACTTTTATGTCAAACA
TATATGATGAAGGAAAAGTGTCATCTCAAATACACATCTCTGTTTTAATCTTTTGTTTTG
CATGTCATTTTTCTAGACTTCATTTCTACCATCATTATTTAAAAGCATAAAGGACATGAA
CTTTACTCTGGTGATTATACTGTCTTTTATAAACTGCTTCCCATTGGCATGATCTCTACT
CCAAGCCCTCTTCCTGCATTGCGTTGGTGCATTGTGATTTCGGCTTCTGTACTCCTTGGC
AGATTGTAACATTCTTAGGACATTGTAGACAGTTGTTCGAAAGGCTTCCTTTGATCTGTT
TGGAGATTCTCTGAAACTCCTCAGGAAGTGTACCTGTGAGATAGTTGTTCTCCAAGTACA
AGCTTCTCCATGAGTTCTCAAGTCTTTTCCCATAGATCCTTGGAATGTCTCCTGAGAACA
TGTTGCTCCGTAGATTGATGTCCTTCAAGTTTCCATAAGTAGCCAGGTTCAGTGGAAGGG
GCCCCTGTAAATGGTTTCCTTCAGCGTCAAGGATGCGCAGGTGTGTTTCCATGCCTATAA
CCTGAATAACCTCTATGGATATGAACTGGTTAAAAGACACATTGATGCGTGAGATCTCTG
GAAACGTCAAGATTTCATGGCCAATGGTGCCTGAGAATCTGTTCTGGCTCACATCTAATG
ACACAAGATGTTTTAGTCTATGCAAAGGAGATATACGTCCTGCGAGGCTATTGTAACAGA
GAGATAGAGTTCTTAGACTTGTTGGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK65TF U 1
AF RR1H292JQ U 113
AF RR1E713JQ U 129
BS 1 170 RR1EK65TF
BS 171 548 RR1H292JQ
BS 549 549 RR1E713JQ
BS 550 620 RR1H292JQ
BS 621 869 RR1E713JQ

RD RR1EK65TF 170 0 0
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TGATGTTATGTAGTGGAATTTGAGTTTTTTTTTTTTGGGTCTAGACTTTTATGTCAAACA
TATATGATGAAGGAAAAGTGTCATCTCAAATACACATCTCTGTTTTAATC

QA 1 170 1 170
DS 

RD RR1H292JQ 508 0 0
GTCAAACATATATGATGAAGGAAAAGTGTCATCTCAAATACACATCTCTGTTTTAATCTT
TTGTTTTGCATGTCATTTTTCTAGACTTCATTTCTACCATCATTATTTAAAAGCATAAAG
GACATGAACTTTACTCTGGTGATTATACTGTCTTTTATAAACTGCTTCCCATTGGCATGA
TCTCTACTCCAAGCCCTCTTCCTGCATTGCGTTGGTGCATTGTGATTTCGGCTTCTGTAC
TCCTTGGCAGATTGTAACATTCTTAGGACATTGTAGACAGTTGTTCGAAAGGCTTCCTTT
GATCTGTTTGGAGATTCTCTGAAACTCCTCAGGAAGTGTACCTGTGAGATAGTTGTTCTC
CAAGTACAAGCTTCTCCATGAGTTCTCAAGTCTTTTCCCATAGATCCTTGGAATGTCTCC
TGAGAACATGTTGCTCTGTAGATTGATGTCCTTCAAGTTTCCATAAGTAGCCAGGTTCAG
TGGAAGGGGCCCCTGTAAATGGTTTCCT

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1E713JQ 741 0 0
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TTTTCTAGACTTCATTTCTACCATCATTATTTAAAAGCATAAAGGACATGAACTTTACTC
TGGTGATTATACTGTCTTTTATAAACTGCTTCCCATTGGCATGATCTCTACTCCAAGCCC
TCTTCCTGCATTGCGTTGGTGCATTGTGATTTCGGCTTCTGTACTCCTTGGCAGATTGTA
ACATTCTTAGGACATTGTAGACAGTTGTTCGAAAGGCTTCCTTTGATCTGTTTGGAGATT
CTCTGAAACTCCTCAGGAAGTGTACCTGTGAGATAGTTGTTCTCCAAGTACAAGCTTCTC
CATGAGTTCTCAAGTCTTTTCCCATAGATCCTTGGAATGTCTCCTGAGAACATGTTGCTC
CGTAGATTGATGTCCTTCAAGTTTCCATAAGTAGCCAGGTTCAGTGGAAGGGGCCCCTGT
AAATGGTTTCCTTCAGCGTCAAGGATGCGCAGGTGTGTTTCCATGCCTATAACCTGAATA
ACCTCTATGGATATGAACTGGTTAAAAGACACATTGATGCGTGAGATCTCTGGAAACGTC
AAGATTTCATGGCCAATGGTGCCTGAGAATCTGTTCTGGCTCACATCTAATGACACAAGA
TGTTTTAGTCTATGCAAAGGAGATATACGTCCTGCGAGGCTATTGTAACAGAGAGATAGA
GTTCTTAGACTTGTTGGAAGC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 6

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AGAAAGTAAGGATTTCATAAAAGTTCTACATGTAATAACGATCCGGTGTTTCAAAACTTT
TTTCTACAAAATCATATCCTCTATATTTTTTTTTATTTTTTGGGGGCAAAACCTCTAAAA
TTTTCATTTCAGCATGAGCATAATATGGGGTAGAGCAGGAATAAGAAGAAGGATAAACAC
AACGATGAAGAGAATAATAGCGTAACAAGTCCATTTCCTCGAGCTCTTTTGGTACTCCCT
CGCGTCTTGAAGCTGATCAGTCCCTCTTCCCACAAACGAGCTCGCCTTCGCCACATGGCT
CTCTATATTGTTCAGCTGTTGCCCTTGCGCTTCCACTAGAGCCGCCATGTCCAAGAAAAC
TTGGTGCAACTCCAGTAGATTCTTCTCAATCTCCTTCACTGCATCATGTCTTTCTTGAAT
CTCAAATATCGTGTCCATGATTTCACCTCTTCCTTGCTCTTGAATCGCTTTTTGGAGAAA
GTTTTCGCTCTCACCGCTCGCAATCAAGTTATCGATTGTTTGCTCGTCTGCTTGTTCTCC
TGTTATTGTAAAATACCTGCGCTCTACGGTCTCTTTATACTCATCGTTCATCCGTGCACG
TAGACTTTGGAAACTATCCATCAAATCCTTAAGCTTCTTCCCAAGACCGCTAACCACAGA
GGACCGAGTCCTATCCGTAGACGAACCGGGTCCACAACCCGGGACATTACGGCTATTAGC
GTTGGCTTTCTCTAGGGCCTCGAGCTTCTGTTTAATCATTTTAACCCTCTTAAGGACCTG
ACCTACGTCCGCATCCATCTTAGCTCGTAGCTCCTTGACCTTCTTGGCATTGTGCACGGT
CTTGCATTCTTCGTTGGAGTCTTGAAGCTTCTTGTAAAGAGTCTCGACTCCTTTCATGTC
ATCTTTCACATTCTCGACGTCCTCGAAGAACTTGTCGAGGTTCATCGTTTCCTGACCTGC
TTCCACATCGCCAAACTGAGCCTGGTTCCTCTTAAATGAATTTGAGAATAGATCATTCAT
GTTTGTACTCTTTTTTTT**AAGTACAATTATTTTTTTGTGAGATTTTTCTTTTCAATGC
TTTTTTTGAATGATGAAGAAGATCATCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 5 30 30 30 30 25 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EW87JQ U 102
AF RR1FC71JQ U 1
AF RR1BO80JQ U 102
AF RR1FC71TF C 351
AF RR1BO80TF C 469
AF RR1EW87TF C 469
BS 1 124 RR1FC71JQ
BS 125 126 RR1BO80JQ
BS 127 269 RR1FC71JQ
BS 270 270 RR1BO80JQ
BS 271 735 RR1FC71JQ
BS 736 736 RR1BO80JQ
BS 737 744 RR1FC71JQ
BS 745 801 RR1BO80JQ
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BS 1039 1040 RR1BO80TF
BS 1041 1112 RR1FC71TF

RD RR1EW87JQ 258 0 0
GGGT
GCAAAACCTCTAAAATTTTCATTTCAGCATGAGCATAATATGGGGTAGAGCAGGAATAAG
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CTTCGCCACATGGCTCTCTATATTGTTCAGCTGTTGCCCTTGCGCTTCCACTAAAGCCGC
CATGTCCAAAAAAA

QA 5 258 5 258
DS 

RD RR1FC71JQ 744 0 0
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TTTTTTTTTCAGCATGAGCATAATATGGGGTAGAGCAGGAATAAGAAGAAGGATAAACAC
AACGATGAAGAGAATAATAGCGTAACAAGTCCATTTCCTCGAGCTCTTTTGGTACTCCCT
CGCGTCTTGAAGCTGATCAGTCCCTCTTCTCACAAACGAGCTCGCCTTCGCCACATGGCT
CTCTATATTGTTCAGCTGTTGCCCTTGCGCTTCCACTAGAGCCGCCATGTCCAAGAAAAC
TTGGTGCAACTCCAGTAGATTCTTCTCAATCTCCTTCACTGCATCATGTCTTTCTTGAAT
CTCAAATATCGTGTCCATGATTTCACCTCTTCCTTGCTCTTGAATCGCTTTTTGGAGAAA
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TGTTATTGTAAAATACCTGCGCTCTACGGTCTCTTTATACTCATCGTTCATCCGTGCACG
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GTTGGCTTTCTCTAGAGCCTCGAG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1BO80JQ 700 0 0
GGGG
GCAAAACCTCTAAAATTTTCATTTCAGCATGAGCATAATATGGGGTAGAGCAGGAATAAG
AAGAAGGATAAACACAACGATGAAGAGAATAATAGCGTAACAAGTCCATTTCCTCGAGCT
CTTTTGGTACTCCCTCGCGTCTTGAAGCTGATCAGTCCCTCTTCCCACAAACGAGCTCGC
CTTCGCCACATGGCTCTCTATATTGTTCAGCTGTTGCCCTTGCGCTTCCACTAGAGCCGC
CATGTCCAAAAAAACTTGGTGCAACTCCAGTAGATTCTTCTCAATCTCCTTCACTGCATC
ATGTCTTTCTTGAATCTCAAATATCGTGTCCATGATTTCACCTCTTCCTTGCTCTTGAAT
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GTCTGCTTGTTCTCCTGTTATTGTAAAATACCTGCGCTCTACGGTCTCTTTATACTCATC
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ATTACGGCTATTAGCGTTGGCTTTCTCTAGGGCCTCGAGCTTCTGTTTAATCATTTTAAC
CCTCTTAAGGACCTGACCTACGTCCGCATCCATCTT

QA 5 700 5 700
DS 

RD RR1FC71TF 762 0 0
CCAAGAAAACTTGGTGCAACTCCAGTAGAT*CTTCTCAATCTCCTTCACTGCATCATGTC
TTTCTTGAATCTCAGATATCGTGTCCATGATTTCACCTCTTCCTTGCTCTTGAATCGCTT
TTTGGAGAAAGTTTTCGCTCTCACCGCTCGCAATCAAGTTATCGATTGTTTGCTCGTCTG
CTTGTTCTCCTGTTATTGTAAAATACCTGCGCTCTACGGTCTCTTTATACTCATCGTTCA
TCCGTGCACGTAGACTTTGGAAACTATCCATCAAATCCTTAAGCTTCTTCCCAAGACCGC
TAACCACAGAGGACCGAGTCCTATCCGTAGACGAACCGGGTCCACAACCCGGGACATTAC
GGCTATTAGCGTTGGCTTTCTCTAGAGCCTCGAGCTTCTGTTTAATCATTTTAACCCTCT
TAAGGACCTGACCTACGTCCGCATCCGTCTTAGCTCGTAGCTCCTTGACCTTCTTGGCAT
TGTGCACGGTCTTGCATTCTTCGTTGGAGTCTTGAAGCTTCTTGTAAAGAGTCTCGACTC
CTTTCATGTCATCTTTCACATTCTCGACGTCCTCGAAGAACTTGTCGAGGTTCATCGTTT
CCTGACCTGCTTCCACATCGCCAAACTGAGCCTGGTTCCTCTTAAATGAATTTGAGAATA
GATCATTCATGTTTGTACTCTTTTTTTTTTAAGTACAATTATTTTTTTGTGAGATTTTTC
TTTTCAATGCTTTTTTTGAATGATGAAGAAGATCATCATTCC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1BO80TF 644 0 0
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TGCTTGTTCTCCTGTTATTGTAAAATACCTGCGCTCTACGGTCTCTTTATACTCATCGTT
CATCCGTGCACGTAGACTTTGGAAACTATCCATCAAATCCTTAAGCTTCTTCCCAAGACC
GCTAACCACAGAGGACCGAGTCCTATCCGTAGACGAACCGGGTCCACAACCCGGGACATT
ACGGCTATTAGCGTTGGCTTTCTCTAGGGCCTCGAGCTTCTGTTTAATCATTTTAACCCT
CTTAAGGACCTGACCTACGTCCGCATCCATCTTAGCTCGTAGCTCCTTGACCTTCTTGGC
ATTGTGCACGGTCTTGCATTCTTCGTTGGAGTCTTGAAGCTTCTTGTAAAGAGTCTCGAC
TCCTTTCATGTCATCTTTCACATTCTCGACGTCCTCGAAGAACTTGTCGAGGTTCATCGT
TTCCTGACCTGCTTCCACATCGCCAAACTGAGCCTGGTTCCTCTTAAATGAATTTGAGAA
TAGATCATTCATGTTTGTACTCTTTTTTTT**AAGTACAATTATTTTTTTGTGAGATTTT
TCTTTTCAATGCTTTTTTTGAATGATGAAGAAGATCATCATTCC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1EW87TF 644 0 0
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TGCTTGTTCTCCTGTTATTGTAAAATACCTGCGCTCTACGGTCTCTTTATACTCATCGTT
CATCCGTGCACGTAGACTTTGGAAACTATCCATCAAATCCTTAAGCTTCTTCCCAAGACC
GCTAACCACAGAGGACCGAGTCCTATCCGTAGACGAACCGGGTCCACAACCCGGGACATT
ACGGCTATTAGCGTTGGCTTTCTCTAGGGCCTCGAGCTTCTGTTTAATCATTTTAACCCT
CTTAAGGACCTGACCTACGTCCGCATCCATCTTAGCTCGTAGCTCCTTGACCTTCTTGGC
ATTGTGCACGGTCTTGCATTCTTCGTTGGAGTCTTGAAGCTTCTTGTAAAGAGTCTCGAC
TCCTTTCATGTCATCTTTCACATTCTCGACGTCCTCGAAGAACTTGTCGAGGTTCATCGT
TTCCTGACCTGCTTCCACATCGCCAAACTGAGCCTGGTTCCTCTTAAATGAATTTGAGAA
TAGATCATTCATGTTTGTACTCTTTTTTTT**AAGTACAATTATTTTTTTGTGAGATTTT
TCTTTTCAATGCTTTTTTTGAATGATGAAGAAGATCATCATTCC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 4

CO CL1273Contig1 801 4 8 U
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CTTCTCTCTCCATCTCACATACCCATGGCTGCTTTCACTTGTACCTCTCGTCCTCCCGTC
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ATCTTCGCCGTCTCGCCTGACTCAGCAGGTTTGAGAATCCGTCTTTCCCAGTCTCCATCT
TCGTTGACCTCGAAGGTTTCTCGACCACGAAGAAGAGGTGTTGTCTGTGAAGCTCAGGAA
ACCACTACAGACATAGTTACAATAGTCAACGACACCACATGGGACTCTCTAGTTCTCAAG
GCGGACGGGCCTGTATTGGTTGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCAAAATGATT
GACCCACTCGTGAACGAGCTAGCAAGAGAGTACACCGGGAAGGTCAAGTTCTACAAACTG
AACACGGACGACTCTCCTTCAACCCCAAGCAAGTACAACGTCAGGAGCATCCCAACGATC
ATGATCTTTGTCAATGGCGAGAAGAAAGATGCTATCATTGGTGCAGTGCCTAGATCCACA
CTCACATCTAGCATTGACAAGTTCTTGCAATGAGACTACACCGTGAGTATGTGAGATCTG
TGTCTTGTCTCCCCCCCCCCCTCTTGTCTTGTGTTCTCATTCTCTCTGTAATTTGTAGCT
ATTTGCTTCTTCCATTGTATCTTTTCTTCATCGCTGAACTTCTAGACGTGGATAAATAAT
ATGATGTCATGTTTTTATGTT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EC23TF U 1
AF RR1AC80TF U 3
AF RR1CZ31TF U 41
AF RR1CZ31JQ C 187
BS 1 460 RR1EC23TF
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RD RR1EC23TF 659 0 0
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TCGTTGACCTCGAAGGTTTCTCGACCACGAAGAAGAGGTGTTGTCTGTGAAGCTCAGGAA
ACCACTACAGACATAGTTACAATAGTCAACGACACCACATGGGACTCTCTAGTTCTCAAG
GCGGACGGGCCTGTATTGGTTGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCAAAATGATT
GACCCACTCGTGAACGAGCTAGCAAGAGAGTACACCGGGATG*TCAAGTTCTACAAACTG
AACACGGACGACTCTCCTTCAACCCCAAGCAAGTACAACGTCAGGAGCATCCCAACGATC
ATGATCTTTGTCAATGGCGAGAAGAAAGATGCTATCATTGGTGCAGTGCCTAGATCCACA
CTCACATCTAGCATTGACAAGTTCTTGCAATGAGACTACACCGTGAGTATGTGAGATCT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1AC80TF 661 0 0
GG
AGTTTCGTTATCTAGATATTATTTTCACGCAAGGGATTAGGAAAGATCTCTCGTTGCTTC
TCTCTCCATCTCACATACCCATGGCTGCTTTCACTTTTACCTCTCGTCCTCCCGTCTCCC
TCCGTTCGGAGGCAAGAATCGCATCCTCACCATCCGCTTCACTCTCCGCTCGGCGAATCT
TCGCCGTCTCGCCTGACTCAGCAGGTTTGAGAATCCGTCTTTCCCAGTCTCCATCTTCGT
TGACCTCGAAGGTTTCTCGACCACGAAGAAGAGGTGTTGTCTGTGAAGCTCAGGAAACCA
CTACAGACATAGTTACAATAGTCAACGACACCACATGGGACTCTCTAGTTCTCAAGGCGG
ACGGGCCTGTATTGGTTGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCAAAATGATTGACC
CACTCGTGAACGAGCTAGCAAGAGAGTACACCGGGAAGGTCAAGTTCTACAAACTGAACA
CGGACGACTCTCCTTCAACCCCAAGCAAGTACAACGTCAGGAGCATCCCAACGATCATGA
TCTTTGTCAATGGCGAGAAGAAAGATGCTATCATTGGTGCAGTGCCTAGATCCACACTCA
CATCTAGCATTGACAAGTTCTTGCAATGAGACTACACCGTGAGTATGTGAGATCT
GTGT

QA 3 657 3 657
DS 

RD RR1CZ31TF 761 0 0
GG
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ACCTCTCGTCCTCCCGTCTCCCTCCGTTCGGAGGCAAGAATCGCATCCTCACCATCCGCT
TCACTCTCCGCTCGGCGAATCTTCGCCGTCTCGCCTGACTCAGCAGGTTTGAGAATCCGT
CTTTCCCAGTCTCCATCTTCGTTGACCTCGAAGGTTTCTCGACCACGAAGAAGAGGTGTT
GTCTGTGAAGCTCAGGAAACCACTACAGACATAGTTACAATAGTCAACGACACCACATGG
GACTCTCTAGTTCTCAAGGCGGACGGGCCTGTATTGGTTGACTTTTGGGCACCATGGTGT
GGACCTTGCAAAATGATTGACCCACTCGTGAACGAGCTAGCAAGAGAGTACACCGGGAAG
GTCAAGTTCTACAAACTGAACACGGACGACTCTCCTTCAACCCCAAGCAAGTACAACGTC
AGGAGCATCCCAACGATCATGATCTTTGTCAATGGCGAGAAGAAAGATGCTATCATTGGT
GCAGTGCCTAGATCCACACTCACATCTAGCATTGACAAGTTCTTGCAATGAGACTACACC
GTGAGTATGTGAGATCTGTGTCTTGTCTCCCCCCCCCCCTCTTGTCTTGTGTTCTCATTC
TCTCTGTAATTTGTAGCTATTTGCTTCTTCCATTGTATCTTTTCTTCATCGCTGA*CTTC
TAGACGTGGATAAATAATATGATGTCATGTTTTTATGTT

QA 3 761 3 761
DS 

RD RR1CZ31JQ 615 0 0
GCCGTCTCGCCTGACTCAGCAGGTTTGAGAATCCGTCTTTCCCAGTCTCCATCTTCGTTG
ACCTCGAAGGTTTCTCGACCACGAAGAAGAGGTGTTGTCTGTGAAGCTCAGGAAACCACT
ACAGACATAGTTACAATAGTCAACGACACCACATGGGACTCTCTAGTTCTCAAGGCGGAC
GGGCCTGTATTGGTTGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCAAAATGATTGACCCA
CTCGTGAACGAGCTAGCAAGAGAGTACACCGGGAAGGTCAAGTTTTACAAACTGAACACG
GACGACTCTCCTTCAACCCCAAGCAAGTACAACGTCAGGAGCATCCCAACGATCATGATC
TTTGTCAATGGCGAGAAGAAAGATGCTATCATTGGTGCAGTGCCTAGATCCACACTCACA
TCTAGCATTGACAAGTTCTTGCAATGAGACTACACCGTGAGTATGTGAGATCTGTGTCTT
GTCTCCCCCCCCCCCTCTTGTCTTGTGTTCTCATTCTCTCTGTAATTTGTAGCTATTTGC
TTCTTCCATTGTATCTTTTCTTCATCGCTGAACTTCTAGACGTGGATAAATAATATGATG
TCATGTTTTTATGTT

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 6

CO CL1274Contig1 729 6 5 U
AATAGTTAAAAAGCTCATAGTTATTCATAATTATTCATAGATAGTCAAATCCAAAACCAC
TGAGGGTTTTACAAACTCGAACGATACGAAGCAAAAGCAACATTCAAATAGCAAAGATAA
CATTCAAAAGATCTTCGCACAGATCTCTAAAGCTGACCACAATCAGCAACAACCACCTTC
TTCTTAGTCGTCCCGGAAGACGATCCAACCTTCTCAATCGCCTTCACAACCTCAATACCT
TCAACCACCTTCCCAAACACCACGTGCTTCCCATCAAGCCACGACGTCTCCGCGGTGCAA
ATAAAAAACTGAGATCCGTTGGTGTTGGGACCAGAGTTCGCCATCGAGAGGATCCCAGCC
CCGGTGTGCTTCTTCACAAAGTTCTCGTCCTTGAACTTGGCTCCGTAGATCGACTCCCCG
CCGGTCCCGTTCCCGGATGTGAAGTCGCCTCCTTGGCACATGAACCCCGGGATCACGCGG
TGGAAGGAAGATCCCTTGTAGTGGAGCGGCTTCCCCATCCTCCCGACTCCTTTCTCTCCG
GTGCAAAGGGCTCGGAAATTCTCCGCGGTGTCCGGCGTCGTGTCTTTGAAAAGCTCCATC
ACGATGCGGCCGGCGGGGG*TTCCGTCGAGAGCCATGTCGAAGTAAACTCTAGGGTTAGC
CATTTCGTTTCTTTTTTTTGAGAGAGAGAGAGATCGAAGAGGAGGCTGTGTATGTAGTGG
TGATGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BP35JQ U 18
AF RR1BP35TF C 18
AF RR1D967JQ U 1
AF RR1BW70JQ U 23
AF RR1BW70TF C 37
AF RR1D967TF C 223
BS 1 436 RR1D967JQ
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BS 679 697 RR1BW70JQ
BS 698 729 RR1BW70TF

RD RR1BP35JQ 399 0 0
CGGTTAT
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TACGAAGCAAAAGCAACATTCAAATAGCAAAGATAACATTCAAAAGATCTTCGCACAGAT
CTCTAAAGCTGACCACAATCAGCAACAACCACCTTCTTCTTAGTCGTCCCGGAAGACGAT
CCAACCTTCTCAATCGCCTTCACAACCTCAATACCTTCAACCACCTTCCCAAACACCACG
TGCTTCCCATCAAGCCACGACGTCTCCGCGGTGCAAATAAAAAACTGAGATCCGTTGGTG
TTGGGACCAGAGTTCGCCATCGAGAGGATCCCAGCCCCGGTGTGCTTCTTCACAAAGTTC
TCGTCCTTGAACTTGGCTCCATAGATCGACTC

QA 8 399 8 399
DS 

RD RR1BP35TF 399 0 0
CGGTTAT
TCATAATTATTCATAGATAGTCAAATCCAAAACCACTGAGGGTTTTACAAACTCGAACGA
TACGAAGCAAAAGCAACATTCAAATAGCAAAGATAACATTCAAAAGATCTTCGCACAGAT
CTCTAAAGCTGACCACAATCAGCAACAACCACCTTCTTCTTAGTCGTCCCGGAAGACGAT
CCAACCTTCTCAATCGCCTTCACAACCTCAATACCTTCAACCACCTTCCCAAACACCACG
TGCTTCCCATCAAGCCACGACGTCTCCGCGGTGCAAATAAAAAACTGAGATCCGTTGGTG
TTGGGACCAGAGTTCGCCATCGAGAGGATCCCAGCCCCGGTGTGCTTCTTCACAAAGTTC
TCGTCCTTGAACTTGGCTCCATAGATCGACTC

QA 8 399 8 399
DS 

RD RR1D967JQ 678 0 0
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TGAGGGTTTTACAAACTCGAACGATACGAAGCAAAAGCAACATTCAAATAGCAAAGATAA
CATTCAAAAGATCTTCGCACAGATCTCTAAAGCTGACCACAATCAGCAACAACCACCTTC
TTCTTAGTCGTCCCGGAAGACGATCCAACCTTCTCAATCGCCTTCACAACCTCAATACCT
TCAACCACCTTCCCAAACACCACGTGCTTCCCATCAAGCCACGACGTCTCCGCGGTGCAA
ATAAAAAACTGAGATCCGTTGGTGTTGGGACCAGAGTTCGCCATCGAGAGGATCCCAGCC
CCGGTGTGCTTCTTCACAAAGTTCTCGTCCTTGAACTTGGCTCCGTAGATCGACTCCCCG
CCGGTCCCGTTCCCGGCTGTGAAGTCGCCTCCTTGGCACATGAACCCCGGGATCACGCGG
TGGAAGGAAGATCCCTTGTAGTGGAGCGGCTTCCCCATCCTCCCGACTCCTTTCTCTCCG
GTGCAAAGGGCTCGGAAATTCTCCGCGGTGTCCGGCGTCGTGTCTTTGAAAAGCTCCATC
ACGATGCGGCCGGCGGGGG*TTCCGTCGAGAGCCATGTCGAAGTAAACTCTAGGGTTAGC
CATTTCGTTTCTTTTTTT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1BW70JQ 675 0 0
AC
TCATAATTATTCATAGATAGTCAAATCCAAAACCACTGAGGGTTTTACAAACTCGAACGA
TACGAAGCAAAAGCAACATTCAAATAGCAAAGATAACATTCAAAAGATCTTCGCACAGAT
CTCTAAAGCTGACCACAATCAGCAACAACCACCTTCTTCTTAGTCGTCCCGGAAGACGAT
CCAACCTTCTCAATCGCCTTCACAACCTCAATACCTTCAACCACCTTCCCAAACACCACG
TGCTTCCCATCAAGCCACGACGTCTCCGCGGTGCAAATAAAAAACTGAGATCCGTTGGTG
TTGGGACCAGAGTTCGCCATCGAGAGGATCCCAGCCCCGGTGTGCTTCTTCACAAAGTTC
TCGTCCTTGAACTTGGCTCCGTAGATCGACTCCCCGCCGGTCCCGTTCCCGGATGTGAAG
TCGCCTCCTTGGCACATGAACCCCGGGATCACGCGGTGGAAGGAAGATCCCTTGTAGTGG
AGCGGCTTCCCCATCCTCCCGACTCCTTTCTCTCCGGTGCAAAGGGCTCGGAAATTCTCC
GCGGTGTCCGGCGTCGTGTCTTTGAAAAGCTCCATCACGATGCGGCCGGCGGGGGGTTCC
GTCGAGAGCCATGTCGAAGTAAACTCTAGGGTTAGCCATTTCGTTTCTTTTTTTTGAGAG
AGAGAGAGATCGA

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DS 

RD RR1BW70TF 693 0 0
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GCAACATTCAAATAGCAAAGATAACATTCAAAAGATCTTCGCACAGATCTCTAAAGCTGA
CCACAATCAGCAACAACCACCTTCTTCTTAGTCGTCCCGGAAGACGATCCAACCTTCTCA
ATCGCCTTCACAACCTCAATACCTTCAACCACCTTCCCAAACACCACGTGCTTCCCATCA
AGCCACGACGTCTCCGCGGTGCAAATAAAAAACTGAGATCCGTTGGTGTTGGGACCAGAG
TTCGCCATCGAGAGGATCCCAGCCCCGGTGTGCTTCTTCACAAAGTTCTCGTCCTTGAAC
TTGGCTCCGTAGATCGACTCCCCGCCGGTCCCGTTCCCGGATGTGAAGTCGCCTCCTTGG
CACATGAACCCCGGGATCACGCGGTGGAAGGAAGATCCCTTGTAGTGGAGCGGCTTCCCC
ATCCTCCCGACTCCTTTCTCTCCGGTGCAAAGGGCTCGGAAATTCTCCGCGGTGTCCGGC
GTCGTGTCTTTGAAAAGCTCCATCACGATGCGGCCGGCGGGGG*TTCCGTCGAGAGCCAT
GTCGAAGTAAACTCTAGGGTTAGCCATTTCGTTTCTTTTTTTTGAGAGAGAGAGAGATCG
AAGAGGAGGCTGTGTATGTAGTGGTGATGGTCC

QA 1 693 1 693
DS 

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GACGTCTCCGCGGTGCAAATAAAAAACTGAGATCCGTTGGTGTTGGGACCAGAGTTCGCC
ATCGAGAGGATCCCAGCCCCGGTGTGCTTCTTCACAAAGTTCTCGTCCTTGAACTTGGCT
CCGTAGATCGACTCCCCGCCGGTCCCGTTCCCGGCTGTGAAGTCGCCTCCTTGGCACATG
AACCCCGGGATCACGCGGTGGAAGGAAGATCCCTTGTAGTGGAGCGGCTTCCCCATCCTC
CCGACTCCTTTCTCTCCGGTGCAAAGGGCTCGGAAATTCTCCGCGGTGTCCGGCGTCGTG
TCTTTGAAAAGCTCCATCACGATGCGGCCGGCGGGGG*TTCCGTCGAGAGCCATGTCGAA
GTAAACTCTAGGGTTAGCCATTTCGTTTCTTTTTTTTGAGAGAGAGAGAGATCGAAGAGG
AGGCTGTGTATGTAGTGGTGATGGTCC

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 6

CO CL1275Contig1 788 6 7 U
TTTTTCTTCTTCCTCTTTCAAAAACAAAAGAAAAGAAAAGAAAAAGGAACAATGGCGGAT
CAGCTCACCGACGATCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCCTTCAGCTTATTCGACAAGGAT
GGTGACGGTTGCATTACCACCAAGGAGCTGGGAACTGTGATGCGTTCTCTAGGACAGAAC
CCAACCGAAGCAGAGCTTCAAGACATGATCAATGAAGTTGACGCTGATGGTAACGGCACC
ATTGATTTCCCCGAGTTCTTGAACCTCATGGCTCGCAAGATGAAGGACACCGACTCCGAG
GAAGAGCTCAAGGAGGCGTTCCGGGTGTTTGACAAGGACCAGAATGGTTTCATCTCAGCT
GCTGAGCTTCGCCATGTGATGACAAACTTAGGTGAGAAGCTCACTGACGAAGAGGTTGAT
GAGATGATCAAGGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGCCAGATTAACTATGAGGAGTTTGTC
AAGGTCATGATGGCTAAGTGATTAAGGTTTTGGACCCAAAAAATGAAAAGTTCCAAACCT
GGTTTGCTGCTGCCTCTATTCTTATATTGCTGTTATGTTTTAAAATTCTTATTCATGGGA
CTCATGTCTGCTTCTTTGTATGCTCTACATTTGAAGTCTGAACATTTCAAGTCTTTGCTT
TGTTTTTTTTTCATTTATCTTTTGTCAGTTGTAACTTGGTCTAGTTTCGGTGGTTTCTTA
CTGATGGTCTCTAGTAAAAGCATTGTATCATGGTTTTGTTAAATGCAGTTCTCCATTAAA
GTGGCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1G853TF U 1
AF RR1EG52JQ C 326
AF RR1B188JQ C 115
AF RR1B188TF U 115
AF RR1G853JQ C 100
AF RR1EG52TF U 326
BS 1 669 RR1G853TF
BS 670 671 RR1EG52TF
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RD RR1G853TF 699 0 0
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CAGCTCACCGACGATCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCCTTCAGCTTATTCGACAAGGAT
GGTGACGGTTGCATTACCACCAAGGAGCTGGGAACTGTGATGCGTTCTCTAGGACAGAAC
CCAACCGAAGCAGAGCTTCAAGACATGATCAATGAAGTTGACGCTGATGGTAACGGCACC
ATTGATTTCCCCGAGTTCTTGAACCTCATGGCTCGCAAGATGAAGGACACCGACTCCGAG
GAAGAGCTCAAGGAGGCGTTCCGGGTGTTTGACAAGGACCAGAATGGTTTCATCTCAGCT
GCTGAGCTTCGCCATGTGATGACAAACTTAGGTGAGAAGCTCACTGACGAAGAGGTTGAT
GAGATGATCAAGGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGCCAGATTAACTATGAGGAGTTTGTC
AAGGTCATGATGGCTAAGTGATTAAGGTTTTGGACCCAAAAAATGAAAAGTTCCAAACCT
GGTTTGCTGCTGCCTCTATTCTTATATTGCTGTTATGTTTTAAAATTCTTATTCATGGGA
CTCATGTCTGCTTCTTTGTATGCTCTACATTTGAAGTCTGAACATTTCAAGTCTTTGCTT
TGTTTTTTT**CATTTATCTTTTGTCAGTTGTA
CTTGGT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1EG52JQ 386 0 0
G
GTTTGACAAGGACCAGAATGGTTTCATCTCAGCTGCTGAGCTTCGCCATGTGATGACAAA
CTTAGGTGAGAAGCTCACTGACGAAGAGGTTGATGAGATGATCAAGGAAGCTGATGTTGA
TGGTGATGGCCAGATTAACTATGAGGAGTTTGTCAAGGTCATGATGGCTAAGTGATTAAG
GTTTTGGACCCAAAAAATGAAAAGTTCCAAACCTGGTTTGCTGCTGCCTCTATTCTTATA
TTGCTGTTATGTTTTAAAATTCTTATTCATGGGACTCATGTCTGCTTCTTTGTATGCTCT
ACATTTGAAGTCTGAACATTTCAAGTCTTTGCTTTGTTTTTTTTTCATTTATCTTTTGTC
AGTTGTAACTTGGTCTAGTTTCGGT

QA 2 386 2 386
DS 

RD RR1B188JQ 660 0 0
G
AGGATGGTGACGGTTGCATTACCACCAAGGAGCTGGGAACTGTGATGCGTTCTCTAGGAC
AGAACCCAACCGAAGCAGAGCTTCAAGACATGATCAATGAAGTTGACGCTGATGGTAACG
GCACCATTGATTTCCCTGAGTTCTTGAACCTCATGGCTCGCAAGATGAAGGACACCGACT
CCGAGGAAGAGCTCAAGGAGGCGTTCCGGGTGTTTGACAAGGACCAGAACGGTTTCATTT
CAGCTGCTGAGCTTCGCCATGTGATGACAAACTTAGGTGAGAAGCTCACTGACGAAGAGG
TTGATGAGATGATCAAGGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGCCAGATTAACTACGAGGAGT
TTGTCAAGGTCATGATGGCTAAGTGATTAAGGTTTTGGACCCAAAAAATGAAAAGCCCCA
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TCTTACTGATGGTCTCTAGTAAAAGCATTGTATCATGGTTTTGTTAAATGCAGTTCTCC

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G
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TGCTTTGTTTTTTTTTCATTGATCTTTTGTCAGTTGTAACTTGGTCTAGTTTCGGTGGTT
TCTTACTGATGGTCTCTAGTAAAAGCATTGTATCATGGTTTTGTTAAATGCAGTTCTCC

QA 2 660 2 660
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ATGCGTTCTCTAGGACAGAACCCAACCGAAGCAGAGCTTCAAGACATGATCAATGAAGTT
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G
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ATCATGGTTTTGTTAAATGCAGTTCTCCATTAAAGTGGCC

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DS 



AS 1 6

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TGACCGTTACAGGGAGCTAGGCCAAGAAGCGTTCGGACCAAGACTAGGTTACTGGATCGT
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CTATTACATCCTCGGGTTCGGTGTGCTCCAAGTCGGTCTCTCTCAGTCTCCTGACTTCAA
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ACACACCACGGCCTCAATGATCTTTGACGCGTTTAATGGCATTGGAACCATAGCGTTTGC
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CCCTTCTAAGAAACCAATGTGGAAAGGAGTCGTCGTTGCTTACTTCATCGTCATCGTTTG
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TCTGGTGCAAACGCTGAAGCTCACTCCTTCAGCAATGCTGCGTCTAGCTGCACGTAGCAC
ATACGTTGCAATTGTATGTCTTATTGCAATTTGTATCCCCTTCTTCGGAGGTCTTTTAGG
GTTCTTCGGTGGCCTAGTCTTCGCATCAACCTCATACTTCATACCTTGCATTATATGGTT
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AATTGGGGTCTTGATAGCAATCTTCGCGCCCATTGGAGGAATGAGACACATTATCCTTTC
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ATTTTGATTCTCTGGGGTTTCTTATTTCTCTTGTCTTCCTTTCATGGAGTATCATCTTTT
TTTTTTTTTTTTTGGCTAAAATCCTTCCGTCGAGAACTGCCTTCCGAATTGCTTCTGGAT
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AATTAATTGGCTGTGTAGAATTCAAAGCTTTTTGGTTTTGGATTGTAATAAAACATCTGA
ATAATATGACTGGCTATCCGTTAATTTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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ACTGGGC

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DS 

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CAGCAATGCTGCGTCTAGCTGCACGTAGCACATACGTTGCAATTGTATGTCTTATTGCAA
TTTGTATCCCCTTCTTC

QA 1 677 1 677
DS 

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G
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TCATCGTTTGTTACCTCTGTGTGGCTATCTCTGGTTACTGGGCTTTTGGTGCTCATGTTG
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TCGAGTCATATCTGGTGCAAACGTTGAAGCTCACTCCTTCAGCAATGCTGCGTCTAGCTG
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ATCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTAAAATCCTTCCGTCGAGAACT

QA 2 769 2 769
DS 

RD RR1GX80TF 707 0 0
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TGGTTACTGGGCTTTTGGTGCTCATGTTGAGGATGATGTCCTCATTTCCCTCGAGAGACC
TGTTTGGCTTATTGCTGCAGCTAACTTCATGGTCTTTATCCATGTCATTGGAAGTTACCA
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CACTCCTTCAGCAATGCTGCGTCTAGCTGCACGTAGCACATACGTTGCAATTGTATGTCT
TATTGCAATTTGTATCCCCTTCTTCGGAGGTCTTTTAGGGTTCTTCGGTGGCCTAGTCTT
CGCATCAACCTCATACTTCATACCTTGCATTATATGGTTGGTCATGAAGCGACCAAAACT
ATTTAGCTTCCATTGGTTTGCCTCTTGGTTTGCAATAACAATTGGGGTCTTGATAGCAAT
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CTCATAGGCTTTTCAGAAAGAAAAAAACAAAAGCAACCACCATCGCGTCAACTTCTTATA
AAAGTTTTTT*CTACCATTTAATTTAGCATAGTTTAGATATTTTGATTCTCTGGGGTTTC
TTATTTCTCTTGTCTTC*TTTCATGGAGTATCATCTTTTTTTTT
GGC

QA 1 704 1 704
DS 

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TTCGGAGGTCTTTTAGGGTTCTTCG*TGGCCTAGTCTTCGCATCAACCTCATACTTCATA
CCTTGCATTATATGGTTGGTCATGAAGCGACCAAAACTATTTAGCTTCCATTGGTTTGCC
TCTTGGTTTGCAATAACAATTGGGGTCTTGATAGCAATCTTCGCGCCCATTGGAGGAATG
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CCGAATTGCTTCTGGATATCCGTGAAAGCTTCTACGTGGTTTGGCTGGCTGTGACGGATG
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TTCTACTGCAGTTAACGAATTAATTGGCTGTGTAGAATTCAAAGCTTTTTGGTTTTGGAT
TGTAATAAAACATCTGAATAATATGACTGGCTATCCGT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1EP73JQ 605 0 0
ATCAACCTCATACTTCATACCTTGCATTATATGGTTGGTCATGAAGCGACCAAAACTATT
TAGCTTCCATTGGTTTGCCTCTTGGTTTGCAATAACAATTGGGGTCTTGATAGCAATCTT
CGCGCCCATTGGAGGAATGAGACACATTATCCTTTCAGCAAAAAGCTACAAGCTCTTTTC
ATAGGCTTTTCAGAAAGAAAAAAACAAAAGCAACCACCATCGCGTCAACTTTTTATAAAA
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AAGCTTTTTGGTTTTGGATTGTAATAAAACATCTGAATAATATGACTGGCTATCCGTTAA
TTTCG

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 5

CO CL1277Contig1 1380 5 5 U
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TTTACAACTGATAAAAGATTTCTTGTTGAAATAATAATTTACTTTTTTACATTATTGGAA
GGGTTCCCTTATTGGAATTAGTTAAAAGTTGCAACTGCAGGGAAAAATCTTTATAGCTCA
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AGCCCATTTCACCATACCCCCTATCAGTTCCTTTCTTTGTTCAAAAGTTATCTCCTCTGA
AGCACTCTTCTTCATCTCAATCACAATTTTTCCCATTGACAACATACCGTCGACCATCCT
CCAAGTATCCACCGATGCTCCACCGTTAGTACCATCCAATGCAGAAATAGCCCTAAAGAG
TTTCTCGGATTTTTCTGGCATCTCAACCTTGATCCCCGACTCGAAGCAGGCCATGTAGTC
CGCTACCTTTACAAAGAGATCTTTGAACTCTGCTGTGGCAGGACACTTACTCTCCAAAGC
CCCCAAGAAAGCCGACATACCTTTGTAAGCAAAAGGCTCAAAGTCTTCGCTCATTTTTGG
AAAATCCTTCAAGTAGTGGGGCAATGAGAACGTTCCTTGTGTTTCGTAAAGAGCTCTCTC
AGATGGAGAAGACACATTGGTGTCATAGTCAATTCCAAATGATGATAAATCGATAGATTT
TCCTTTATTCTCGGAGACCTTCTTTACGAATAGACCGATTCCTCGAGTCCATTTCACCAT
GGATTGAATAATTTCTTTTCTTTGTTCAAAAGTTATTTCCTTAGAACCACTCTTCTTCAT
ATCAACCAAACTCTTTCCCATTGACAATAAGCCATCCACTAGCGTCCATGTATCCTCTGA
TGTTCCGCCTTTAGTTCCACTAAAATCAGACATAGCCCTGAAGAGAGTCTCAGATTTTAT
TGACAGCTCAACTTGGAGATCTTTTGACCCGGGTGATGTTGAACTGTAACATGCCATGTA
ATCCTTCAGCTTTACAAAAAAATCCTTAAACTCTGTGGTCTGAGGACATTTGCCTTCCAA
GTCACCCATGAAATCCATCATACCTTTGTAAGCGAAAGACTCAAAATCTTGGCCTACTTT
GGGAAAGTTCTTCAAGTAAAGAGGTAATGAGAATGTCCCCTGTGTTTCATAAACAGTGCT
CAATGCAATTAGTAACATTAGATATATGGCTAATGAATTTTTTGCCATTTTTTATTTTTG
AAGAAGAGAAATGAAGATGAGATTATTATCTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTGGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F692JQ U 1
AF RR1H153JQ U 6
AF RR1A923JQ U 1
AF RR1H153TF C 135
AF RR1A923TF C 610
BS 1 530 RR1A923JQ
BS 531 531 RR1H153TF
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BS 819 1380 RR1A923TF

RD RR1F692JQ 525 0 0
GAAATGA
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CTGATAAAAAATTTCTTGTTGAAATAATAATTTACTTTTTTACATTATTGGAAGGGTTCC
CTTATTGGAATTAGTTAAAAGTTGCAACTGCAGGGAAAA*TCTTTATAGCTCACCGCTAG
CTCCTTTGAAAGGAGAACTAACATGGGGGCTATAATCAACTCCAAAAGATGCTAGATCAA
TAAATTTTCCTTTTTTTCTCGGATGCTGTCTTAACAAGTAAACCGATACCTCGAGCCCAT
TTCACCATACCCCCTATCAGTTCCTTTCTTTGTTCAAAAGTTATCTCCTCTGAAGCACTC
TTCTTCATCTCAATCACAATTTTTCCCATTGACAACATACCGTCGACCATCCTCCAAGTA
TCCACCGATGCTCCACCGTTAGTACCATCCAATGCAAAAATAGCCCTAAAGAGTTTCTCG
GATTTTTCTGGCATCTCAACCTTGATCCCCGACTCGAA

QA 8 525 8 525
DS 

RD RR1H153JQ 520 0 0
GG
AGTTGAAACTTTTATTTTAATAGAATAGATAGATATTTACAATAGCTAAATCTTTTACAA
CTGATAAAAGATTTCTTGTTGAAATAATAATTTACTTTTTTACATTATTGGAAGGGTTCC
CTTATTGGAATTAGTTAAAAGTTGCAACTGCAGGGAAAAATCTTTATAGCTCACCGCTAG
CTCCTTTGAAAGGAGAACTAACATGGGGGCTATAATCAACTCCAAAAGATGCTAGATCAA
TAGATTTTCCTTTTTT*CTCGGATGCTGTCTTAACAAGTAGACCGATACCTCGAGCCCAT
TTCACCATACCCCCTATCAGTTCCTTTCTTTGTTCAAAAGTTATCTCCTCTGAAGCACTC
TTCTTCATCTCAATCACAATTTTTCCCATTGACAACATACCGTCGACCATCCTCCAAGTA
TCCACCGATGCTCCACCGTTAGTACCATCCAATGCAGAAATAGCCCTAAAGAGTTTCTCG
GATTTTTCTGGCATCTCAACCTTGATCCCCGACTCGAA

QA 3 520 3 520
DS 

RD RR1A923JQ 754 0 0
GAAATGAAGTTGAAACTTTTATTTTAATAGAATAGATAGATATTTACAATAGCTAAATCT
TTTACAACTGATAAAAGATTTCTTGTTGAAATAATAATTTACTTTTTTACATTATTGGAA
GGGTTCCCTTATTGGAATTAGTTAAAAGTTGCAACTGCAGGGAAAAATCTTTATAGCTCA
CCGCTAGCTCCTTTGAAAGGAGAACTAACATGGGGGCTATAATCAACTCCAAAAGATGCT
AGATCAATAGATTTTCCTTTTTT*CTCGGATGCTGTCTTAACAAGTAGACCGATACCTCG
AGCCCATTTCACCATACCCCCTATCAGTTCCTTTCTTTGTTCAAAAGTTATCTCCTCTGA
AGCACTCTTCTTCATCTCAATCACAATTTTTCCCATTGACAACATACCGTCGACCATCCT
CCAAGTATCCACCGATGCTCCACCGTTAGTACCATCCAATGCAGAAATAGCCCTAAAGAG
TTTCTCGGATTTTTCTGGCATCTCAACCTTGATCCCCGACTCGAAGCAGGGCATGTAGTC
CGCTACCTTTACAAAGAGATCTTTGAACTCTGCTGTGGCAGGACACTTACTCTCCAAAGC
CCCCAAGAAAGCCGACATACCTTTGTAAGCAAAAGGCTCAAAGTCTTCGCTCATTTTTGG
AAAATCCTTCAAGTAGTGGGGCAATGAGAACGTTCCTTGTGTTTCGTAAAGAGCTCTCTC
AGATGGAGAAGACACATTGGTGTCATAGTCAATT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1H153TF 685 0 0
GAATTAGTTAAAAGTTGCAACTGCAGGGAAAAATCTTTATAGCTCACCGCTAGCTCCTTT
GAAAGGAGAACTAACATGGGGGCTATAATCAACTCCAAAAGATGCTAGATCAATAGATTT
TCCTTTTTT*CTCGGATGCTGTCTTAACAAGTAGACCGATACCTCGAGCCCATTTCACCA
TACCCCCTATCAGTTCCTTTCTTTGTTCAAAAGTTATCTCCTCTGAAGCACTCTTCTTCA
TCTCAATCACAATTTTTCCCATTGACAACATACCGTCGACCATCCTCCAAGTATCCACCG
ATGCTCCACCGTTAGTACCATCCAATGCAGAAATAGCCCTAAAGAGTTTCTCGGATTTTT
CTGGCATCTCAACCTTGATCCCCGACTCGAAGCAGGCCATGTAGTCCGCTACCTTTACAA
AGAGATCTTTGAACTCTGCTGTGGCAGGACACTTACTCTCCAAAGCCCCCAAGAAAGCCG
ACATACCTTTGTAAGCAAAAGGCTCAAAGTCTTCGCTCATTTTTGGAAAATCCTTCAAGT
AGTGGGGCAATGAGAACGTTCCTTGTGTTTCGTAAAGAGCTCTCTCAGATGGAGAAGACA
CATTGGTGTCATAGTCAATTCCAAATGATGATAAATCGATAGATTTTCCTTTATTCTCGG
AGACCTTCTTTACGAATAGACCGA
C

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1A923TF 771 0 0
AGCCGACATACCTTTGTAAGCAAAAGGCTCAAAGTCTTCGCTCATTTTTGGAAAATCCTT
CAAGTAGTGGGGCAATGAGAACGTTCCTTGTGTTTCGTAAAGAGCTCTCTCAGATGGAGA
AGACACATTGGTGTCATAGTCAATTCCAAATGATGATAAATCGATAGATTTTCCTTTATT
CTCGGAGACCTTCTTTACGAATAGACCGATTCCTCGAGTCCATTTCACCATGGATTGAAT
AATTTCTTTTCTTTGTTCAAAAGTTATTTCCTTAGAACCACTCTTCTTCATATCAACCAA
ACTCTTTCCCATTGACAATAAGCCATCCACTAGCGTCCATGTATCCTCTGATGTTCCGCC
TTTAGTTCCACTAAAATCAGACATAGCCCTGAAGAGAGTCTCAGATTTTATTGACAGCTC
AACTTGGAGATCTTTTGACCCGGGTGATGTTGAACTGTAACATGCCATGTAATCCTTCAG
CTTTACAAAAAAATCCTTAAACTCTGTGGTCTGAGGACATTTGCCTTCCAAGTCACCCAT
GAAATCCATCATACCTTTGTAAGCGAAAGACTCAAAATCTTGGCCTACTTTGGGAAAGTT
CTTCAAGTAAAGAGGTAATGAGAATGTCCCCTGTGTTTCATAAACAGTGCTCAATGCAAT
TAGTAACATTAGATATATGGCTAATGAATTTTTTGCCATTTTTTATTTTTGAAGAAGAGA
AATGAAGATGAGATTATTATCTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTGGATC

QA 1 771 1 771
DS 



AS 2 4

CO CL1278Contig1 1074 2 2 U
GAAACGATGTTGATGACACGTTTCTCACGGCTCCATCATCTTCTTCTCCTTCAACCAAGA
TTCCAGCAATCTCGCGTTCTCCGCCATCCTCCAACCAAACCTCGAACATTCATCAGATCG
GTGATGGGTTCGGCTTCCTCATCCTCCTCTTCGAAGCTTCTCTTCCGACAGCTCTTCGAG
AAAGAGTCTTCCACCTACACTTATCTCCTCGCCGACATTTCCCATCCGGACAAACCCGCT
CTGTTGATTGATCCGGTGGACAAGACTGTTGATAGAGACTTGAAGCTGACTAATGAGTTA
GGCTTGAAGCTTGTCTACGCTATGAACACTCATGTTCATGCTGATCATGTCACTGGGACT
GGTCTTCTTAAGACAAAGCTCCCAGGTGTGAAATCTGTAATCTCGAAAGCGAGTGGTTCC
AAAGCAGATAAGTTTCTTGAACATGGAGAGAAAGTATCTATTGGTGATATATACCTCGAG
GTACGTGCTACACCTGGACATACTGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAAGGACCA
GATCAGCCCCAACCAAGAATGGCTTTTACAGGGGATGCTGTATTGATCCGTGGCTGTGGG
AGAACCGACTTTCAGGGTGGAAGCTCTGATCAACTCTATGAGTCTGTGCACTCTCAGATA
TTTACATTACCAAAGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAGGTTTCGAGTTA
AGTACAGTTGGAGAAGAGATGCAACACAACCCTCGTTTAACTAAAGACAAAGAAACATTC
AAAACCATCATGTCAAATCTGAATCTGGCGTATCCGAAGATGATTGATGTTGCAGTACCA
GCAAACATGGTATGTGGATTACAAGACCTGCCTTCTCAATCCACTAAAGGAACTTTTACG
CTATTGTTTTTTCTTCATTCTATATTTTATCAGAAGACAATAAAAAGCTCTAGAGAGTTT
TGTTTGTGCAATAAGATCTTTGTTACATTAGATTAAGATACAGTGGAAGTATGTGCAACT
TAGGTTGAGCATATGGAGGTTTGTGTTGAAAGATGAGAACATATTTGCGTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AP82TF U 1
AF RR1AP82JQ C 365
BS 1 782 RR1AP82TF
BS 783 1074 RR1AP82JQ

RD RR1AP82TF 782 0 0
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TTCCAGCAATCTCGCGTTCTCCGCCATCCTCCAACCAAACCTCGAACATTCATCAGATCG
GTGATGGGTTCGGCTTCCTCATCCTCCTCTTCGAAGCTTCTCTTCCGACAGCTCTTCGAG
AAAGAGTCTTCCACCTACACTTATCTCCTCGCCGACATTTCCCATCCGGACAAACCCGCT
CTGTTGATTGATCCGGTGGACAAGACTGTTGATAGAGACTTGAAGCTGACTAATGAGTTA
GGCTTGAAGCTTGTCTACGCTATGAACACTCATGTTCATGCTGATCATGTCACTGGGACT
GGTCTTCTTAAGACAAAGCTCCCAGGTGTGAAATCTGTAATCTCGAAAGCGAGTGGTTCC
AAAGCAGATAAGTTTCTTGAACATGGAGAGAAAGTATCTATTGGTGATATATACCTCGAG
GTACGTGCTACACCTGGACATACTGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAAGGACCA
GATCAGCCCCAACCAAGAATGGCTTTTACAGGGGATGCTGTATTGATCCGTGGCTGTGGG
AGAACCGACTTTCAGGGTGGAAGCTCTGATCAACTCTATGAGTCTGTGCACTCTCAGATA
TTTACATTACCAAAGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAGGTTTCGAGTTA
AGTACAGTTGGAGAAGAGATGCAACACAACCCTCGTTTAACTAAAGACAAAGAAACATTC
AA

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1AP82JQ 710 0 0
TTCTTAAGACAAAGCTCCCAGGTGTGAAATCTGTAATCTCGAAAGCGAGTGGTTCCAAAG
CAGATAAGTTTCTTGAACATGGAGAGAAAGTATCTATTGGTGATATATACCTCGAGGTAC
GTGCTACACCTGGACATACTGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAAGGACCAGATC
AGCCCCAACCAAGAATGGCTTTTACAGGGGATGCTGTATTGATCCGTGGCTGTGGGAGAA
CCGACTTTCAGGGTGGAAGCTCTGATCAACTCTATGAGTCTGTGCACTCTCAGATATTTA
CATTACCAAAGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAGGTTTCGAGTTAAGTA
CAGTTGGAGAAGAGATGCAACACAACCCTCGTTTAACTAAAGACAAAGAAACATTCAAAA
CCATCATGTCAAATCTGAATCTGGCGTATCCGAAGATGATTGATGTTGCAGTACCAGCAA
ACATGGTATGTGGATTACAAGACCTGCCTTCTCAATCCACTAAAGGAACTTTTACGCTAT
TGTTTTTTCTTCATTCTATATTTTATCAGAAGACAATAAAAAGCTCTAGAGAGTTTTGTT
TGTGCAATAAGATCTTTGTTACATTAGATTAAGATACAGTGGAAGTATGTGCAACTTAGG
TTGAGCATATGGAGGTTTGTGTTGAAAGATGAGAACATATTTGCGTGTTC

QA 1 710 1 710
DS 



CO CL1278Contig2 1086 2 4 U
GGGATGTTGATGACACGTTTCTCACGGCTCCATCACCTTCTTCTCCTTCAACCAAGATTC
CAGCAATCTCGTGTTCTCCGTCATCCTCCCACCAAACCTCGAACATTCATCAGATCGGTG
ATGGGTTCGTCTTCCTCTTTCTCCTCTTCGAAGCTCCTCTTCCGACAGCTCTTCGAGAAA
GAGTCTTCCACCTACACTTATCTTCTCGCCGACATTTCCCATCCGGACAAACCTGCTCTC
TTGATTGATCCGGTGGACAAGACTGGTGATAGAGACTTGAAACTCATAAATGAGTTAGGG
TTGAAGCTTGTCTACGCTATGAACACTCATGTTCATGCTGATCATGTCACTGGAACTGGA
CTTCTTAAGACAAAGCTCCCAGGTATGAAATCTGTAATCTCGAAAGCGAGTGGTTCCAAA
GCAGATAAGTTTCTTGAACATGGAGAAAGAGTGTCTATTGGTGATATATACCTCGAGGTA
CGTGCTACACCTGGACATACAGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAGGGAGCAGAT
CAGCCCCAACCAAGAATGGCTTTTACAGGGGATGCTGTACTGATCCGCGGTTGTGGTAGA
ACCGACTTTCAGGGTGGAAGCTCGGATCAGCTCTATGAGTCTGTGCACTCTCAGATATTT
ACATTGCCAAAGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAGGCTACGAGGTAAGT
ACAGTTGGAGAAGAGATGCAACACAACCCACGTTTAACTAAAGACAGAGAAACATTCAAA
ACCATCATGTCAAATCTGAATCTGGCGTATCCGAAGATGATTGATGTTGCAGTACCAGCA
AACATGGTATGTGGGTTACAAGACCTGCCTTCTCAACCCAACTAAAAAAAACTTCTACGC
TTTTGGTTTCTCCTACATTTTATATTTTATCAGAAGACAAATAAAAAGCTCTAGAGAGTG
AGTTTGTGTAATAAGATCTTTGTTACATTTGATTAAGATACGGTAGAAGTATGTGCAACT
TAGGTTGAGCATATGGAGGTTTGTGTTGAAAGATGAAAACATATTTGCGTGTTCTACGTT
TGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW13TF U 1
AF RR1CW13JQ C 362
BS 1 611 RR1CW13TF
BS 612 612 RR1CW13JQ
BS 613 706 RR1CW13TF
BS 707 1086 RR1CW13JQ

RD RR1CW13TF 709 0 0
GGGATGTTGATGACACGTTTCTCACGGCTCCATCACCTTCTTCTCCTTCAACCAAGATTC
CAGCAATCTCGTGTTCTCCGTCATCCTCCCACCAAACCTCGAACATTCATCAGATCGGTG
ATGGGTTCGTCTTCCTCTTTCTCCTCTTCGAAGCTCCTCTTCCGACAGCTCTTCGAGAAA
GAGTCTTCCACCTACACTTATCTTCTCGCCGACATTTCCCATCCGGACAAACCTGCTCTC
TTGATTGATCCGGTGGACAAGACTGGTGATAGAGACTTGAAACTCATAAATGAGTTAGGG
TTGAAGCTTGTCTACGCTATGAACACTCATGTTCATGCTGATCATGTCACTGGAACTGGA
CTTCTTAAGACAAAGCTCCCAGGTATGAAATCTGTAATCTCGAAAGCGAGTGGTTCCAAA
GCAGATAAGTTTCTTGAACATGGAGAAAGAGTGTCTATTGGTGATATATACCTCGAGGTA
CGTGCTACACCTGGACATACAGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAGGGAGCAGAT
CAGCCCCAACCAAGAATGGCTTTTACAGGGGATGCTGTACTGATCCGCGGTTGTGGTAGA
ACCGACTTTCATGGTGGAAGCTCGGATCAGCTCTATGAGTCTGTGCACTCTCAGATATTT
ACATTGCCAAAGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAG
CTA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1CW13JQ 725 0 0
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CAGATAAGTTTCTTGAACATGGAGAAAGAGTGTCTATTGGTGATATATACCTCGAGGTAC
GTGCTACACCTGGACATACAGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAGGGAGCAGATC
AGCCCCAACCAAGAATGGCTTTTACAGGGGATGCTGTACTGATCCGCGGTTGTGGTAGAA
CCGACTTTCAGGGTGGAAGCTCGGATCAGCTCTATGAGTCTGTGCACTCTCAGATATTTA
CATTGCCAAAGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAGGCTACGAGGTAAGTA
CAGTTGGAGAAGAGATGCAACACAACCCACGTTTAACTAAAGACAGAGAAACATTCAAAA
CCATCATGTCAAATCTGAATCTGGCGTATCCGAAGATGATTGATGTTGCAGTACCAGCAA
ACATGGTATGTGGGTTACAAGACCTGCCTTCTCAACCCAACTAAAAAAAACTTCTACGCT
TTTGGTTTCTCCTACATTTTATATTTTATCAGAAGACAAATAAAAAGCTCTAGAGAGTGA
GTTTGTGTAATAAGATCTTTGTTACATTTGATTAAGATACGGTAGAAGTATGTGCAACTT
AGGTTGAGCATATGGAGGTTTGTGTTGAAAGATGAAAACATATTTGCGTGTTCTACGTTT
GTTTG

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 5

CO CL1279Contig1 983 5 16 U
GGATCATCAATCACTACTACAAGATCTCCTCTGTTTTTTTTTGTTCTTCTCCCCAATCGT
CATTTGTTAGGTGGCTAAAGATGAACGACGCAGATGTCTCCAGACAGATCCAGCAGATGG
TGAGGTTTATCCGCCAGGAAGCCGAAGAAAAGGCCAATGAGATCTCCGTCTCCGCTGAAG
AAGAATTCAACATTGAGAAGTTGCAGCTGGTCGAGGCAGAGAAGAAGAAGATTAGACAGG
AGTATGAGAAGAAGGAGAAGCAGGTCGATGTCCGAAGGAAGATTGATTACTCAATGCAAT
TGAACGCATCGAGGATCAAAGTTCTGCAAGCTCAAGATGACATTGTCAATGCAATGAAAG
AAGAGGCTGCAAAGCAACTCCTCAAAGTCAGCGAACATGGCTTCTTCAACCATCATCACC
ATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTAGACTGAAAGAGC
CTTCAGTGTTACTGCGTTGTCGCCAAGAAGACCTTCACATAGTGGAGTCGATGCTTGACG
ATGCAACTGAAGAATACTGCGAGAAAGCAAAGGTTCATGCTCCTGAGATTATAGTTGACA
AGGACATTTTCCTTCCTCCTGCTCCTTCCGAAGATGATCCTCATGCTCCTTTCTGTGCCG
GAGGAGTGGTGCTGGCTTCTCGTGATGGAAAAATCGTGTGTGAAAACACTCTTGATGCGA
GGTTGGAGGTCGCTTTCCGCAAGAAACTCCCTGAGATTCGAAAGGCGCTCTTTGGCCAGG
TTGGGGCAGCTTGATTGATGATGAGTGACTCCAACTTTGAACCATGAGAGCAGGTAATGG
CTCCATTATCTACCATCCATTCTTTCTATTACCAATTTTAAACTCTGTGTTATATGTTAA
TGGGCCTTTGCTTTTTGTCAATGGACCTTGGCCTACCTTGGCCTTTGTGTGGTGATGTTA
TAAATAAATACTTTGTTGAATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP29TF U 1
AF RR1EG46TF U 34
AF RR1B334TF U 44
AF RR1AX88JQ C 87
AF RR1BW58TF U 436
BS 1 97 RR1CP29TF
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BS 99 658 RR1CP29TF
BS 659 659 RR1BW58TF
BS 660 693 RR1CP29TF
BS 694 705 RR1EG46TF
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BS 707 742 RR1EG46TF
BS 743 743 RR1B334TF
BS 744 820 RR1EG46TF
BS 821 821 RR1BW58TF
BS 822 831 RR1EG46TF
BS 832 923 RR1BW58TF
BS 924 924 RR1AX88JQ
BS 925 970 RR1BW58TF
BS 971 983 RR1AX88JQ

RD RR1CP29TF 693 0 0
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CATTTGTTAGGTGGCTAAAGATGAACGACGCAGATGTGTCCAGACAGATCCAGCAGATGG
TGAGGTTTATCCGCCAGGAAGCCGAAGAAAAGGCCAATGAGATCTCCGTCTCCGCTGAAG
AAGAATTCAACATTGAGAAGTTGCAGCTGGTCGAGGCAGAGAAGAAGAAGATTAGACAGG
AGTATGAGAAGAAGGAGAAGCAGGTCGATGTCCGAAGGAAGATTGATTACTCAATGCAAT
TGAACGCATCGAGGATCAAAGTTCTGCAAGCTCAAGATGACATTGTCAATGCAATGAAAG
AAGAGGCTGCAAAGCAACTCCTCAAAGTCAGCGAACATGGCTTCTTCAACCATCATCACC
ATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTAGACTGAAAGAGC
CTTCAGTGTTACTGCGTTGTCGCCAAGAAGACCTTCACATAGTGGAGTCGATGCTTGACG
ATGCAACTGAAGAATACTGCGAGAAAGCAAAGGTTCATGCTCCTGAGATTATAGTTGACA
AGGACATTTTCCTTCCTCCTGCTCCTTCCGAAGATGATCCTCATGCTCCTTTCTGTGCTG
GAGGAGTGGTGCTGGCTTCTCGTGATGGAAAAA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1EG46TF 798 0 0
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ATGTGTCCAGACAGATCCAGCAGATGGTGAGGTTTATCCGCCAGGAAGCCGAAGAAAAGG
CCAATGAGATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATTGAGAAGTTGCAGCTGGTCG
AGGCAGAGAAGAAGAAGATTAGACAGGAGTATGAGAAGAAGGAGAAGCAGGTCGATGTCC
GAAGGAAGATTGATTACTCAATGCAATTGAACGCATCGAGGATCAAAGTTCTGCAAGCTC
AAGATGACATTGTCAATGCAATGAAAGAAGAGGCTGCAAAGCAACTCCTCAAAGTCAGCG
AACATGGCTTCTTCAACCATCATCACCATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCATCTCATTG
TTCAGTGTTTGCTTAGACTGAAAGAGCCTTCAGTGTTACTGCGTTGTCGCCAAGAAGACC
TTCACATAGTGGAGTCGATGCTTGACGATGCAACTGAAGAATACTGCGAGAAAGCAAAGG
TTCATGCTCCTGAGATTATAGTTGACAAGGACATTTTCCTTCCTCCTGCTCCTTCCGAAG
ATGATCCTCATGCTCCTTTCTGTGCTGGAGGAGTGGTGCTGGCTTCTCGTGATGGAAAAA
TCGTGTGTGAAA*CACTCTTGATGCGAGGTTGGAGGTCGCTTTCCGCAA*AAACTCCCTG
AGATTCGAAAGGCGCTCTTTGGCCAGGTTGGGGCAGCTTGATTGATGATGAGTGACTCCA
ACTTTGA*CCATGAGAGC

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1B334TF 765 0 0
CTTCTTCT
CCCAATCGTCATTTGTTAGGTGGCTAAAGATGAACGACGCAGATGTCTCCAGACAGATCC
AGCAGATGGTGAGGTTTATCCGCCAGGAAGCCGAAGAAAAGGCCAATGAGATCTCCGTCT
CCGCTGAAGAAGAATTCAACATTGAGAAGTTGCAGCTGGTCGAGGCAGAGAAGAAGAAGA
TTAGACAGGAGTATGAGAAGAAGGAGAAGCAGGTCGATGTCCGAAGGAAGATTGATTACT
CAATGCAATTGAACGCATCGAGGATCAAAGTTCTGCAAGCTCAAGATGACATTGTCAATG
CAATGAAAGAAGAGGCTGCAAAGCAACTCCTCAAAGTCAGCGAACATGGCTTCTTCAACC
ATCATCACCATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTAGAC
TGAAAGAGCCTTCAGTGTTACTGCGTTGTCGCCAAGAAGACCTTCACATAGTGGAGTCGA
TGCTTGACGATGCAACTGAAGAATACTGCGAGAAAGCAAAGGTTCATGCTCCTGAGATTA
TAGTTGACAAGGACATTTTCCTTCCTCCTGCTCCTTCCGAAGATGATCCTCATGCTCCTT
TCTGTGCTGGAGGAGTGGTGCTGGCTTCTCGTGATGGAAAAATCGTGTGTGAAAACACTC
TTGATGCGAGGTTGGAGGTCGCTTTCCGCAAGAAACTCCCTGAGATTCGAAAGGCGCTCT
TTGGCCAGGTTGGGGCAGCTTGATTGATGATGAGTGA

QA 9 765 9 765
DS 

RD RR1AX88JQ 897 0 0
GACGCAGATGTCTCCAGACAGATCCAGCAGATGGTGAGGTTTATCCGCCAGGAAGCCGAA
GAAAAGGCCAATGAGATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATTGAGAAGTTGCAG
CTGGTCGAGGCAGAGAAGAAGAAGATTAGACAGGAGTATGGGAAGAAGGAGAAGCAGGTC
GATGTCCGAAGGAAGATTGATTACTCAATGCAATTGAACGCATCGAGGATCAAAGTTCTG
CAAGCTCAAGATGACATTGTCAATGCAATGAAAGAAGAGGCTGCAAAGCAACTCCTCAAA
GTCAGCGAACATGGCTTCTTCAACCATCATCACCATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCAT
CTCATTGTTCAGTGTTTGCTTAGACTGAAAGAGCCTTCAGTGTTACTGCGTTGTCGCCAA
GAAGACCTTCACATAGTGGAGTCGATGCTTGACGATGCAACTGAAGAATACTGCGAGAAA
GCAAAGGTTCATGCTCCTGAGATTATAGTTGACAAGGACATTTTCCTTCCTCCTGCTCCT
TCCGAGGATGATCCTCATGCTCCTTTCTGTGCCGGAGGAGTGGTGCTGGCTTCTCGTGAT
GGAAAAATCGTGTGTGAAAACACTCTTGATGCGAGGTTGGAGGTCGCTTTCCGCAAGAAA
CTCCCTGAGATTCGAAAGGCGCTCTTTGGCCAGGTTGGGGCAGCTTGATTGATGATGAGT
GACTCCAACTTTGAACCATGAGAGCAGGTAATGGCTCCATTATCTACCATCCATTCTTTC
TATTACCAATTTTAAACTCTGTGTTATATGTTAATGGGCCTTTGCTTTTTGTCAATGGAC
CTTGGCCTACCTTGGCCTTTGTGTGGTGATGTTATAAATAAATACTTTGTTGAATAG

QA 1 897 1 897
DS 

RD RR1BW58TF 535 0 0
G
CTTGAAGCATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTAGACTGAAAGAGCCTTCAGTGTTACTGCG
TTGTCGCCAAGAAGACCTTCACATAGTGGAGTCGATGCTTGACGATGCAGCTGAAGAATA
CTGCGAGAAAGCAAAGGTTCATGCTCCTGAGATTATAGTTGACAAGGACATTTTCCTTCC
TCCTGCTCCTTCCGAGGATGATCCTCATGCTCCTTTCTGTGCCGGAGGAGTGGTGCTGGC
TTCTCGTGATGGAAAAATCGTGTGTGAAAACACTCTTGATGCGAGGTTGGAGGTCGCTTT
CCGCAAGAAACTCCCTGAGATTCGAAAGGCGCTCTTTGGCCAGGTTGGGGCAGCTTGATT
GATGATGAGTGACTCCAACTTTGAACCATGAGAGCAGGTAATGGCTCCATTATCTACCAT
CCATTCTTTCTATTACCAATTTTAAACTCTGTGTTATATGTTAATGGGCCTTTGCTTTTT
GTCAATGTACCTTGGCCTACCTTGGCCTTTGTGTGGTGATGTTATAAATAAATA

QA 2 535 2 535
DS 



AS 1 6

CO CL1280Contig1 749 6 7 U
GGGCGCCGGCAAAAAACCCTGATTCACTTAGTGTCTTCGTCGTTAGCTAGCTGGAGAAGT
TTGAGCGGCTGCTACTTCGATTTCGAGTCTTTTGAGCTTTTGAAGAATGGTGAGAATCAG
CGTGCTTAACGATGCTCTCAAGAGTATGTTCAACGCGGAGAAGAGAGGGAAGAGGCAGGT
TATGATCAGGCCTTCTTCCAAAGTCATCATCAAGTTTCTCATCGTCATGCAGAAACACGG
TTACATTGGTGAGTTCGAGTACGTTGATGACCACAGGTCTGGAAAGATTGTGGTGGAGCT
TAATGGAAGACTGAACAAATGTGGTGTCATCAGCCCTCGTTTCGACGTTGGTGTTAAGGA
GATTGAAAGCTGGACCGCTCGTCTTCTTCCTTCCCGACAGTTTGGTTACATTGTTCTTAC
AACCTCTGCCGGTATCATGGACCACGAAGAAGCAAGGAGGAAGAATGTTGGTGGCAAGGT
TCTTGGATTCTTTTACTGAAAAGCCATATCTTTGTCCTGGTTATACTTTGCTTCTCCTTT
TGGTGAGATGAGGAATTCGATTGAGCCCAGAGTCAAGAGAGGGTAGTAAGAGTTTTTGAT
GCGTTCGTTTTCTTAGATAATCATTTTGTTTGTTTTGCGCCAATGTAGACAGTATGACGT
GCTTATTTTGAGTCGATCATTTTATCTTCCCTTTGCTAGACACTTGTACCCTCTTGTTTC
GATGGTTAAAGCATCATAATCAATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 

AF RR1EN50TF U 1
AF RR1BA52JQ C 17
AF RR1DT04JQ C 101
AF RR1DT04TF U 101
AF RR1EN50JQ C 91
AF RR1BA52TF U 17
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GCTTATTTTGAGTCGATCATTTTATCTTCCCTTTGCTAGACACTTGTACCCTCTTGTTTC

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DS 

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G
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G
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QA 2 648 2 648
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T

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DS 

RD RR1BA52TF 733 0 0
GGCC
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AAGCCACATCTTTGTCCTGGTTATACTTTGCTTCTCCTTTTGGTGAGATGAGGAATTCGA
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CAATTTTC
C

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DS 



AS 1 6

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TGAATCGGAACACGGAATGGTTCACGTATCCAGGGGTGTGGACGACTTACATCCTCATCC
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ATGCCGAACAGTGAAAGCACCAAATGCGGTTGAGCTATGAGATATGTTTGTGGTAAATCA
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ACTAATATAC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK41TF U 11
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AF RR1DK88JQ C 533
AF RR1DK88TF U 533
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RD RR1EK41TF 674 0 0
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AGAAGGAAAGGATCGTAAAAATCGGAGAGAGAGATAGAGATAGATCAGATCAGATCTGTC
GGTTGCGTGGGTTGGAATGATGTACGTGAGAGCGTTGCCGACGACGGACGTGAATCGGAA
CACGGAGTGGTTCACGTATCCAGGGGTGTGGACGACTTACATCCTCATCCTATTCTTCTC
ATGGCTCCTCGTTCTCTCCATCTTCAATTGTTCCCCTGGCATGGCCTGGACCATCGTCCA
CCTCGCCCATTTCGCCGTTACGTATCATTTGTTTCACTGGAAGAAGGGAACACCGTTTGG
GGATGACCAGGGGGTCTACAATAGGCTGACTTGGTGGGAACAGATTGACAACGGCAAGCA
ACTCACTCGCAATCGCAAGTTCCTCACTCTTGTTCCCGTTGTCTTGTACTTGATAGCATC
GCACACTACAGACTATCAAAATCCCATGCTGTTTCTGAACACGCTTGCTGTATTTATAAT
GGTTGTTGCAAAGTTCCCGCACATGCACAAG*TTCGCATCTTTGGAATCAATGCCGAACA
GTGAAAGCACCAAATGCGGTTGAGCTATGAGATATGTTTGTGGTAAATCAATCTGATCAT
GATGCCTTGAGGTA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1CR10TF 742 0 0
GGGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATCAGACAACGAAGGAAGGAAGGAAGGGGGAAAATTGAT
AGAAAAGATAAGAAGGAAAGGATCGTAAAAATCGGAGAGAGAGATAGAGATAGATCAGAT
CAGATCTGTCGGTTGCGTGGGTTGGAATGATGTACGTGAGAGCGTTGCCGACGACGGACG
TGAATCGGAACACGGAATGGTTCACGTATCCAGGGGTGTGGACGACTTACATCCTCATCC
TATTCTTCTCATGGCTCCTCGTTCTCTCCATCTTCAATTGTTCCCCTGGCATGGCCTGGA
CCATCGTCCACCTCGCCCATTTCGCCGTTACGTATCATTTGTTTCACTGGAAGAAGGGAA
CACCGTTTGGGGATGACCAGGGGGTCTACAGTAGGCTGACTTGGTGGGAACAGATTGACA
ACGGCAAGCAACTCACTCGCAATCGCAAGTTCCTTACTCTTGTTCCCGTTGTCTTGTACT
TGATAGCATCGCACACTACAGACTATCAAAATCCCATGCTGTTTCTGAACACGCTTGCTG
TATTTATAATGGTTGTTGCAAAGTTCCCGCACATGCACAAGGTTCGCATCTTTGGAATCA
ATGCCGAACAGTGAAAGCACCAAATGCGGTTGAGCTATGAGATATGTTTGTGGCAAATCA
ATCTGATCATGATGCCTTGAGGTAGAAAATACATATGCCACTTTCGTCTTTT*CTTCTTC
TT*TTCTCCTTAGATTTT
CTTT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1DK88JQ 291 0 0
GCTTGCTGTATTTATAATGGTCGTTGCAAAGTTCCCGCACATGCACAAGGTTCGCATCTT
TGGAATCAATGCCGAACAGTGAAAGCACCAAATGCGGTTGAGCTATGAGATATGTTTGTG
GTAAATCAATCTGATCATGATGCCTTGAGGTAGAAAATACATATGCCACTTTTGTCTTTT
TCTTCTTCTTCTTCTCCTTAGATTTTTCTTTTCCTTATTTATGTAAAAACAAAATAAGTC
ATTCAAGAGTGGGTTTGTAAGTCTGAACCCGTGGTTTAGTGATTTTTCTTC

QA 1 291 1 291
DS 

RD RR1DK88TF 291 0 0
GCTTGCTGTATTTATAATGGTCGTTGCAAAGTTCCCGCACATGCACAAGGTTCGCATCTT
TGGAATCAATGCCGAACAGTGAAAGCACCAAATGCGGTTGAGCTATGAGATATGTTTGTG
GTAAATCAATCTGATCATGATGCCTTGAGGTAGAAAATACATATGCCACTTTTGTCTTTT
TCTTCTTCTTCTTCTCCTTAGATTTTTCTTTTCCTTATTTATGTAAAAACAAAATAAGTC
ATTCAAGAGTGGGTTTGTAAGTCTGAACCCGTGGTTTAGTGATTTTTCTTC

QA 1 291 1 291
DS 

RD RR1EK41JQ 516 0 0
CCACCTCGCCCATTTCGCCGTTACGTATCATTTGTTTCACTGGAAGAAGGGAACACCGTT
TGGGGATGACCAGGGGGTCTACAATAGGCTGACTTGGTGGGAACAGATTGACAACGGCAA
GCAACTCACTCGCAATCGCAAGTTCCTCACTCTTGTTCCCGTTGTCTTGTACTTGATAGC
ATCGCACACTACAGACTATCAAAATCCCATGCTGTTTCTGAACACGCTTGCTGTATTTAT
AATGGTTGTTGCAAAGTTCCCGCACATGCACAAGGTTCGCATCTTTGGAATCAATGCCGA
ACAGTGAAAGCACCAAATGCGGTTGAGCTATGAGATATGTTTGTGGTAAATCAATCTGAT
CATGATGCCTTGAGGTAGAAAATACATATGCCACTTTTGTCTTTTTCTTCTTCTTCTTCT
CCTTAGATTTTTCTTTTCCTTATTTATGTAAAAACAAAATAAGTCATTCAAGAGTGGGTT
TGTAAGTCTGAACCCGTGGTTTAGTGATTTTTCTTC

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1CR10JQ 781 0 0
AAGAAGGAAAGGATCGTAAAAATCGGAGAGAGAGATAGAGATAGATCAGATCAGATCTGT
CGGTTGCGTGGGTTGGAATGATGTACGTGAGAGCGTTGCCGACGACGGACGTGAATCGGA
ACACGGAATGGTTCACGTATCCAGGGGTGTGGACGACTTACATCCTCATCCTATTCTTCT
CATGGCTCCTCGTTCTCTCCATCTTCAATTGTTCCCCTGGCATGGCCTGGACCATCGTCC
ACCTCGCCCATTTCGCCGTTACGTATCATTTGTTTCACTGGAAGAAGGGAACACCGTTTG
GGGATGACCAGGGGGTCTACAGTAGGCTGACTTGGTGGGAACAGATTGACAACGGCAAGC
AACTCACTCGCAATCGCAAGTTCCTTACTCTTGTTCCCGTTGTCTTGTACTTGATAGCAT
CGCACACTACAGACTATCAAAATCCCATGCTGTTTCTGAACACGCTTGCTGTATTTATAA
TGGTTGTTGCAAAGTTCCCGCACATGCACAAGGTTCGCATCTTTGGAATCAATGCCGAAC
AGTGAAAGCACCAAATGCGGTTGAGCTATGAGATATGTTTGTGGCAAATCAATCTGATCA
TGATGCCTTGAGGTAGAAAATACATATGCCACTTTCGTCTTTTTCTTCTTCTTCTTCTCC
TTAGATTTTTCTTTTCCTTATTTATGTAAAAACAAAATAAGTCATTCAAGAGTGGGTTTG
TAAGTCTGAACCCGTGGTTTAGTGATTTTTCTTCAAAAATCATTTACTAATACTAATATA
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 6

CO CL1282Contig1 967 6 14 U
GATGACAAAGCAGATCACGCTTCTTCCTTCTTCTTCTCGTCTTTCCTCGTCTCTAAGCTG
ATACTTGAGAGAATTTTTTATAATGGCGACTTCTTCTATCACTATACCAACCATTCGGGG
CACCAAGTTTCTCGGCCAGACACATCAATTTTCAACTCCAAACCGATCGGTTCTCCCGCC
TTCAAAACACCTACCAAACGTTCGTCGAGTAAAGGCCATGGCTAAGTTCAACCTATGGGA
GGTGATGGGATGAAGAGGATTATGCAACGGAGAGAAAGGTATCGAGAAGGAGCTCCAGAG
GAACATAGAGGAAGAGACTTCAAAGACCGAGAACGAGACAAAGAAAGAGAGCGATGACGA
CGAGAATAGCTTATCGTTTCAAGTTCCTGAAGACGGTTTCGAGAAAGAGATGATGGGTCT
CACCGGAGGCTTCCCGGGAGGAGAGAAGGGACTTAAAACGTTCATCGAACAAAACCCACC
ACCACCACCACCACAACCGAAGAGAGGAAGCAGCGATGATGTTGTATCCTTAGTTGGTAC
AGAGAAGAAGCCGAGAGCTCCAGAGCTACCGCTTCTCATGCCGGGG*ATGATCGCTATAG
TCAAGAACGCGAACAGTCCTTACCACATGTACTGCGGGATAGTTCAGAGGATCACGGACG
GGAAAGCGGGTGTCCTGTTCGAAGGAGGGAACTGGGACCGTCTGATAACGTTCAGGCTTG
AAGAGCTTGAAAGGAGAGAGAAAGGACCACCGGGTAAGAATCCAAAGTCTTGTGTTCTTG
AGCCTCTTATCGAACAGATGCAAAACGAGGCAGCATCATAAAGTGGATCTTTCTCTAATC
TCCCTACTCTTTGCTTTCACTGTTAAAATGTGTATGTAACGTTACTTTCAAGGTTTCTGA
CTGGTTCTAGAAAAAGCTTCAGCATGTAATATAAAAAAATTCAATAAAATTCCAAACCAT
AAAGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 

AF RR1CD27TF U 1
AF RR1AQ11TF U 80
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AF RR1E952JQ C 217
AF RR1AQ11JQ C 255
AF RR1CD27JQ C 486
BS 1 250 RR1CD27TF
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BS 252 288 RR1CD27TF
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RD RR1CD27TF 679 0 0
GATGACAAAGCAGATCACGCTTCTTCCTTCTTCTTCTCGTCTTTCCTCGTCTCTAAGCTG
ATACTTGAGAGAATTTTTTATAATGGCGACTTCTTCTATCACTATACCAACCATTCGGGG
CACCAAGTTTCTCGGCCAGACACATCAATTTTCAACTCCAAACCGATCGGTTCTCCCGCC
TTCAAAACACCTACCAAACGTTCGTCGAGTAAAGGCCATGGCTAAGTTCAACCTATGGGA
GGTGATGGGAGGAAGAGGATTATGCAACGGAGAGAAAGGTATCGAGAATGAGCTCCAGAG
GAACATAGAGGAAGAGACTTCAAAGACCGAGAACGAGACAAAGAAAGAGAGCGATGACGA
CGAGAATAGCTTATCGTTTCAAGTTCCTGAAGACGGTTTCGAGAAAGAGATGATGGGTCT
CACCGGAGGCTTCCCGGGAGGAGAGAAGGGACTTAAAACGTTCATCGAACAAAACCCACC
ACCACCACCACCACAACCGAAGAGAGGAAGCAGCGATGATGTTGTATCCTTAGTTGGTAC
AGAGAAGAAGCCGAGAGCTCCAGAGCTACCGCTTCTCATGCCGGGGGATGATCGCTATAG
TCAAGAACGCGAACAGTCCTTACCACATGTACTGCGGGATAGTTCAGAG*ATCACGGACG
GGAAAGCGGGTGTCCTGTT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1AQ11TF 698 0 0
ATAATGGCGACTTCTTCTATCACTATACCAACCATTCGGGGCACCAAGTTTCTCGGCCAG
ACACATCAATTTTCAACTCCAAACCGATCGGTTCTCCCGCCTTCAAAACACCTACCAAAC
GTTCGTCGAGTAAAGGCCATGGCTAAGTTCAACCTATGGGAGGTGATGGGAGGAAGAGGA
TTATGCAACGGAGAGAAAGGTATCGAGAAGGAGCTCCAGAGGAACATAGAGGAAGAGACT
TCAAAGACCGAGAACGAGACAAAGAAAGAGAGCGATGACGACGAGAATAGCTTATCGTTT
CAAGTTCCTGAAGACGGTTTCGAGAAAGAGATGATGGGTCTCACCGGAGGCTTCCCGGGA
GGAGAGAAGGGACTTAAAACGTTCATCGAACAAAACCCACCACCACCACCACCACAACCG
AAGAGAGGAAGCAGCGATGATGTTGTATCCTTAGTTGGTACAGAGAAGAAGCCGAGAGCT
CCAGAGTTACCGCTTCTCATGCCGGGG*ATGATCGCTATAGTCAAGAACGCGAACAGTCC
TTACCACATGTACTGCGGGATAGTTCAGAGGATCACGGACGGGAAAGCGGGTGTCCTGTT
CGAAGGAGGGAACTGGGACCGTCTGATAACGTTCAGGCTTGAAGAGCTTGAAAGGAGAGA
GAAAGGACCACCGGGTAAGAATCCAAAGTCTTGTGTTC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1E952TF 672 0 0
G
ATGGCTAAGTTCAACCTATGGGAGGTGATGGGATGAAGAGGATTATGCAACGGAGAGAAA
GGTATCGAGAAGGAGCTCCAGAGGAACATAGAGGAAGAGACTTCAAAGACCGAGAACGAG
ACAAAGAAAGAGAGCGATGACGACGAGAATAGCTTATCGTTTCAAGTTCCTGAAGACGGT
TTCGAGAAAGAGATGATGGGTCTCACCGGAGGCTTCCCGGGAGGAGAGAAGGGACTTAAA
ACGTTCATCGAACAAAACCCACCACCACCACCACCACAACCGAAGAGAGGAAGCAGCGAT
GATGTTGTATCCTTAGTTGGTACAGAGAAGAAGCCGAGAGCTCCAGAGCTACCGCTTCTC
ATGCCGGGG*ATGATCGCTATAGTCAAGAGCGCGAACAGTCCTTACCACATGTACTGCGG
GATAGTTCAGTGGATCACGGACGGGAAAGCGGGTGTCCTGTTCGAAGGAGGGAACTGGGA
CCGTCTGATAACGTTCAGGCTTGAAGAGCTTGAAAGGAGAGAGAAAGGACCACCGGGTAA
GAATCCAAAGTCTTGTGTTCTTGAGCCTCTTATCGAACAGATGCAAAACGAGGCAGCATC
ATAAAGTGGATCTTTCTCTAATCTCCCTACTCTTTGCTTTCACTGTTAAAATGTGTATGT
AACGTTACTTT

QA 2 672 2 672
DS 

RD RR1E952JQ 694 0 0
G
ATGGCTAAGTTCAACCTATGGGAGGTGATGGGATGAAGAGGATTATGCAACGGAGAGAAA
GGTATCGAGAAGGAGCTCCAGAGGAACATAGAGGAAGAGACTTCAAAGACCGAGAACGAG
ACAAAGAAAGAGAGCGATGACGACGAGAATAGCTTATCGTTTCAAGTTCCTGAAGACGGT
TTCGAGAAAGAGATGATGGGTCTCACCGGAGGCTTCCCGGGAGGAGAGAAGGGACTTAAA
ACGTTCATCGAACAAAACCCACCACCACCACCACCACAACCGAAGAGAGGAAGCAGCGAT
GATGTTGTATCCTTAGTTGGTACAGAGAAGAAGCCGAGAGCTCCAGAGCTACCGCTTCTC
ATGCCGGGG*ATGATCGCTATAGTCAAGAGCGCGAACAGTCCTTACCACATGTACTGCGG
GATAGTTCAGTGGATCACGGACGGGAAAGCGGGTGTCCTGTTCGAAGGAGGGAACTGGGA
CCGTCTGATAACGTTCAGGCTTGAAGAGCTTGAAAGGAGAGAGAAAGGACCACCGGGTAA
GAATCCAAAGTCTTGTGTTCTTGAGCCTCTTATCGAACAGATGCAAAACGAGGCAGCATC
ATAAAGTGGATCTTTCTCTAATCTCCCTACTCTTTGCTTTCACTGTTAAAATGTGTATGT
AACGTTACTTTCAAGGTTTCTGACTGGTTCTAG

QA 2 694 2 694
DS 

RD RR1AQ11JQ 711 0 0
GAGGATTATGCAACGGAGAGAAAGGTATCGAGAAGGAGCTCCAGAGGAACATAGAGGAAG
AGACTTCAAAGACCGAGAACGAGACAAAGAAAGAGAGCGATGACGACGAGAATAGCTTAT
CGTTTCAAGTTCCTGAAGACGGTTTCGAGAAAGAGATGATGGGTCTCACCGGAGGCTTCC
CGGGAGGAGAGAAGGGACTTAAAACGTTCATCGAACAAAACCCACCACCACCACCACCAC
AACCGAAGAGAGGAAGCAGCGATGATGTTGTATCCTTAGTTGGTACAGAGAAGAAGCCGA
GAGCTCCAGAGTTACCGCTTCTCATGCCGGGG*ATGATCGCTATAGTCAAGAACGCGAAC
AGTCCTTACCACATGTACTGCGGGATAGTTCAGAGGATCACGGACGGGAAAGCGGGTGTC
CTGTTCGAAGGAGGGAACTGGGACCGTCTGATAACGTTCAGGCTTGAAGAGCTTGAAAGG
AGAGAGAAAGGACCACCGGGTAAGAATCCAAAGTCTTGTGTTCTTTAGCCTCTTATCGAA
CAGATGCAAAACGAGGCAGCATCATAAAGTGGATCTTTCTCTAATCTCCCTACTCTTTGC
TTTCACTGTTAAAATGTGTATGTAACGTTACTTTCAAGGTTTCTGACTGGTTCTAGAAAA
AGCTTCAGCATGTAATATAAAAAAATTCAATAAAATTCCAAACCATAAA
AC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CD27JQ 482 0 0
CACCACCACAACCGAAGAGAGGAAGCAGCGATGATGTTGTATCCTTAGTTGGTACAGAGA
AGAAGCCGAGAGCTCCAGAGCTACCGCTTCTCATGCCGGGG*ATGATCGCTATAGTCAAG
AACGCGAACAGTCCTTACCACATGTACTGCGGGATAGTTCAGAGGATCACGGACGGGAAA
GCGGGTGTCCTGTTCGAAGGAGGGAACTGGGACCGTCTGATAACGTTCAGGCTTGAAGAG
CTTGAAAGGAGAGAGAAAGGACCACCGGGTAAGAATCCAAAGTCTTGTGTTCTTGAGCCT
CTTATCGAACAGATGCAAAACGAGGCAGCATCATAAAGTGGATCTTTCTCTAATCTCCCT
ACTCTTTGCTTTCACTGTTAAAATGTGTATGTAACGTTACTTTCAAGGTTTCTGACTGGT
TCTAGAAAAAGCTTCAGCATGTAATATAAAAAAATTCAATAAAATTCCAAACCATAAAGC
AT

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 6

CO CL1283Contig1 671 6 4 U
GGGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTTTCCCATCTCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAAC
AACGACAATGGCTACCACTTTCCGCGCCTCTGTCTCCATGCAAGCCACTTCTCTGGCAAC
ACCATCGAGGATTAGTTTCCAGAAGCCAGCTTTGGTAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCT
AAGCCGTTCAATCCCCACTCGCCTCTCAGTCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACGGTAGC
GAAAGTGTCTGAGATTGTCAAGAAGCAACTATCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGC
GGACACCAAGTTTGCTGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACGGTTGAGATAGTGATGGG
TTTAGAGGAAGCGTTTGATATCGAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGT
GGAGCAAGCTGCTGAACTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAAGAAGTAATTTTAGTATAA
ATCACCTCTCAATGAAAGTTAAAACCATAAGGCTTTGTGTTTGTTGTTTCCATATCTTTT
TTTCAGTCATTTTCTTTTAATGTGTCAAGAAGCTATTACTGTCTTTGTCCTAGTTGTTTT
AGTAGTGTCTGTATCCACGGATTGCTATTCTTCTCCTGAAACTTTTGGTGCTTGGAAAAT
TCAGAATAACA


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG19TF U 3
AF RR1D135TF U 23
AF RR1E706JQ C 1
AF RR1E706TF U 1
AF RR1D135JQ C 51
AF RR1GG19JQ C 339
BS 1 4 RR1E706JQ
BS 5 588 RR1GG19TF
BS 589 641 RR1E706TF
BS 642 671 RR1D135JQ

RD RR1GG19TF 586 0 0
GG
TCTTTGTACACTCCGCCATCTTTCCCATCTCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAACAACG
ACAATGGCTACCACTTTCCGCGCCTCTGTCTCCATGCAAGCCACTTCTCTGGCAACACCA
TCGAGGATTAGTTTCCAGAAGCCAGCTTTGGTAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTAAGC
CGTTCAATCCCCACTCGCCTCTCAGTCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACGGTAGCGAAA
GTGTCTGAGATTGTCAAGAAGCAACTATCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCGGAC
ACCAAGTTTGCTGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACGGTTGAGATAGTGATGGGTTTA
GAGGAAGCGTTTGATATCGAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAG
CAAGCTGCTGAACTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAAGAAGTAATTTTAGTATAAATCA
CCTCTCAATGAAAGTTAAAACCATAAGGCTTTGTGTTTGTTGTTTCCATATCTTTTTTTC
AGTCATTTTCTTTTAATGTGTCAAGAAGCTATTACTGTCTTTGT

QA 3 586 3 586
DS 

RD RR1D135TF 558 0 0
TT
TTTCCCATCTCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAACAACGACAATGGCTACCACTTTCCG
CGCCTCTGTCTCCATGCAAGCCACTTCTCTGGCAACACCATCGAGGATTAGTTTCCAGAA
GCCAGCTTTGGTAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTAAGCCGTTCAATCCCCACTCGCCT
CTCAGTCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACGGTAGCGAAAGTGTCTGAGATTGTCAAGAA
GCAACTATCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCGGACACCAAGTTTGCTGATCTTGG
AGCAGATTCTCTCGACACGGTTGAGATAGTGATGGGTTTAGAGGAAGCGTTTGATATCGA
AATGGCGGAAGAGAAAGCACAGGAGATTGCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAACTCATTGA
AGAGCTCGTGGAAGCCAAGAAGTAATTTTAGTATAAATCACCTCTCAATGAAAGTTAAAA
CCATAAGGCTTTGTGTTTGTTGTTTCCATATCTTTTTTTCAGTCATTTTCTTTTAATGTG
TCAAGAAGCTATTACT

QA 3 558 3 558
DS 

RD RR1E706JQ 641 0 0
GGGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTTTCCCATCTCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAAC
AACGACAATGGCTACCACTTTCCGCGCCTCTGTCTCCATGCAAGCCACTTCTCTGGCAAC
ACCATCGAGGATTAGTTTCCAGAAGCCAGCTTTGGTAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCT
AAGCCGTCCAATCCCCACTCGCCTCTCAGTCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACGGTAGC
GAAAGTGTCTGAGATTGTCAAGAAGCAACTATCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGC
GGACACCAAGTTTGCTGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACGGTTGAGATAGTGATGGG
TTTAGAGGAAGCGTTTGATATCGAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGT
GGAGCAAGCTGCTGAACTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAAGAAGAAATTTTAGTATAA
ATCACCTCTCAATGAAAGTTAAAACCATAAGGCTTTGTGGTTGTTGTTTCCATATCTTTT
TTTCAGTCATTTTCTTTTAATGTGTCAAGAAGCTATTACTGTCTTTGTCCTAGTTGTTTT
AGTAGTGTCTGTATCCACGGATTGCTATTCTTCTCCTGAAA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1E706TF 641 0 0
GGGC
TCTTTGTACACTCCGCCATCTTTCCCATCTCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAACAACG
ACAATGGCTACCACTTTCCGCGCCTCTGTCTCCATGCAAGCCACTTCTCTGGCAACACCA
TCGAGGATTAGTTTCCAGAAGCCAGCTTTGGTAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTAAGC
CGTCCAATCCCCACTCGCCTCTCAGTCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACGGTAGCGAAA
GTGTCTGAGATTGTCAAGAAGCAACTATCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCGGAC
ACCAAGTTTGCTGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACGGTTGAGATAGTGATGGGTTTA
GAGGAAGCGTTTGATATCGAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAG
CAAGCTGCTGAACTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAAGAAGAAATTTTAGTATAAATCA
CCTCTCAATGAAAGTTAAAACCATAAGGCTTTGTGGTTGTTGTTTCCATATCTTTTTTTC
AGTCATTTTCTTTTAATGTGTCAAGAAGCTATTACTGTCTTTGTCCTAGTTGTTTTAGTA
GTGTCTGTATCCACGGATTGCTATTCTTCTCCTGAAA

QA 5 641 5 641
DS 

RD RR1D135JQ 621 0 0
TCTCGTGAACAACGACAATGGCTACCACTTTCCGCGCCTCTGTCTCCATGCAAGCCACTT
CTCTGGCAACACCATCGAGGATTAGTTTCCAGAAGCCAGCTTTGGTAAGGACTAATCTCT
CCTTCAACCTAAGCCGTTCAATCCCCACTCGCCTCTCAGTCTCTTGCGCGGCCAAACCAG
AGACGGTAGCGAAAGTGTCTGAGATTGTCAAGAAGCAACTATCACTCAAAGACGATCAAA
AAGTCGTTGCGGACACCAAGTTTGCTGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACGGTTGAGA
TAGTGATGGGTTTAGAGGAAGCGTTTGATATCGAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGGAGA
TTGCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAACTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAAGAAGTAAT
TTTAGTATAAATCACCTCTCAATGAAAGTTAAAACCATAAGGCTTTGTGTTTGTTGTTTC
CATATCTTTTTTTCAGTCATTTTCTTTTAATGTGTCAAGAAGCTATTACTGTCTTTGTCC
TAGTTGTTTTAGTAGTGTCTGTATCCACGGATTGCTATTCTTCTCCTGAAACTTTTGGTG
CTTGGAAAATTCAGAATAACA

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1GG19JQ 326 0 0
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AAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAACTCATTGAAGAGCTCGTGGAAG
CCAAGAAGTAATTTTAGTATAAATCACCTCTCAATGAAAGTTAAAACCATAAGGCTTTGT
GTTTGTTGTTTCCATATCTTTTTTTCAGTCATTTTCTTTTAATGTGTCAAGAAGCTATTA
CTGTCTTTGTCCTAGTTGTTTTAGTAGTGTCTGTATCCACGGATTGCTATTCTTCTCCTG
AAACTTTTGGTGCTTGGAAAATTCAG

QA 1 326 1 326
DS 



AS 2 5

CO CL1284Contig1 623 3 3 U
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GGTTTTAAACACACAAATAAGGATTACATCACATCAAAATACATTCAAGTGACAACACAA
AGACACCAACAACACAAATATGATTTAGTAGCAAAACCCAAATCTCAGTTCCCAAATTCT
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TCCGAAAATCCTTTAGTCCCAACGGTGGAGCTAATTGGTTGTGATGATGACTCTTCAACT
GAATTTGGAGATTTAGGCTTCACCTCCTCCGTACCACCGAGCCAATAATTGTACACCCCT
TTAATCGTCCCCACTATTCCTCCTCCTTCTCCTCCTTTCCCTTCCTCTTCAACCGTCTCC
TCCGGTAACTTGTCGGAAGGAATCTTCTCCACGACTACTTCCTCCTTTATTGTTGTCTGC
TTCTCTCCTCCAAGATTAAGTTTCTCGGCGACCATATCAAAAAAGGCTTTGTCTTCTTCT
TCTTCAAGTGTCAGCTTCTCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BB82JQ U 9
AF RR1BB82TF C 9
AF RR1BR70JQ U 1
BS 1 40 RR1BR70JQ
BS 41 41 RR1BB82JQ
BS 42 623 RR1BR70JQ

RD RR1BB82JQ 378 0 0
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TTCATGATCGGATACGGTCCAACCATCGGATCAGTCCAGTTTTAAAAACAAAGGTTTTAA
ACACACAAATAAGGATTACATCACATCAAAATACATTCAAGTGACAACACAAAGACACCA
ACAACACAAATATGATTTAGTAGCAAAACCCAAATCTCAGTTCCCAAATTCTCAAAGTTG
TTTCTGAACTGCCACATCTCCGGTAGTACTGCCTGTCCCGCTCTCACCAAAATCCGAAAA
TCCTTTAGTCCCAACGGTGGAGCTAATTGGTTGTGATGATGACTCTTCAACTGAATTTGG
AGATTTAGGCTTCACCTC

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR1BB82TF 378 0 0
ATATAATCGATTCATAGTCGAACTAATTATTAGATCTACCTAATCCAACTATATAACCAA
TTCATGATCGGATACGGTCCAACCATCGGATCAGTCCAGTTTTAAAAACAAAGGTTTTAA
ACACACAAATAAGGATTACATCACATCAAAATACATTCAAGTGACAACACAAAGACACCA
ACAACACAAATATGATTTAGTAGCAAAACCCAAATCTCAGTTCCCAAATTCTCAAAGTTG
TTTCTGAACTGCCACATCTCCGGTAGTACTGCCTGTCCCGCTCTCACCAGAATCCGAAAA
TCCTTTAGTCCCAACGGTGGAGCTAATTGGTTGTGATGATGACTCTTCAACTGAATTTGG
AGATTTAGGCTTCACCTC

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR1BR70JQ 623 0 0
ATCTGGTTATATAATCGATTCATAGTCGAACTAATTATTAAATCTACCTAATCCAACTAT
ATAACCAATTCATGATCGGATACGGTCCAACCATCGGATCAGTCCAGTTTTAAAAACAAA
GGTTTTAAACACACAAATAAGGATTACATCACATCAAAATACATTCAAGTGACAACACAA
AGACACCAACAACACAAATATGATTTAGTAGCAAAACCCAAATCTCAGTTCCCAAATTCT
CAAAGTTGTTTCTGAACTGCCACATCTCCGGTAGTACTGCCTGTCCCGCTCTCACCAAAA
TCCGAAAATCCTTTAGTCCCAACGGTGGAGCTAATTGGTTGTGATGATGACTCTTCAACT
GAATTTGGAGATTTAGGCTTCACCTCCTCCGTACCACCGAGCCAATAATTGTACACCCCT
TTAATCGTCCCCACTATTCCTCCTCCTTCTCCTCCTTTCCCTTCCTCTTCAACCGTCTCC
TCCGGTAACTTGTCGGAAGGAATCTTCTCCACGACTACTTCCTCCTTTATTGTTGTCTGC
TTCTCTCCTCCAAGATTAAGTTTCTCGGCGACCATATCAAAAAAGGCTTTGTCTTCTTCT
TCTTCAAGTGTCAGCTTCTCCTC

QA 1 623 1 623
DS 



CO CL1284Contig2 802 2 7 U
AACTGCTTTAAACACACAAATAAGGATACATCACATCAAAATACATTCAAGTGACAACAC
AAAGACACCAACAACACAAACATCATTTAGTAGCAAACCCCAAATCTTAGTTCCCAAATT
CTCAAAGTTGTTTCTGAACTGCCACATCTCCGGTAGTACTGCCTGCCCCGCTTTCACCAG
AATCCGAAAATACTTTAGTCCCAACGGTGGAGCTAAGTGGTTGTGATGATGACTCATCAA
CTGAATTTGGAGATTTAGGCTTCACCTCCTCTGTACCACCGAGCCAATAATTGTACACCC
CTTTAATCGTCCCCACTATTCCTCCTCCTTTCCCTTCCTCTTCATCAACCGCCTCACCGC
TTTTCGTCTCCTCCGGCAACTTCTCGGAAGGAATCTTATCCAGGGCTACTTCCTCCTTTA
CCGTTGTCTGCTTCTCACCTCCGAGATTAAGTTTCTCGGCGACCATATCAGAAAAGGCTT
TGTCTTCTTCTTCTTCACGTGTAAGCTTCTCCTCCAGATGATCTCTAGTCGGCACAAATA
TGTCTTCCCGTTGTTCTGCCTCATCCGCTTCACGTCCATCGCAAGATAAAGGCAATTTCA
TCGTCACAGGTGATGCAGTTTCTTTGACATTTTGGTCGTCAGTAGTAGCCAACTTATCAG
CAGTTTCGGTCGCTGAACCAATCATCTCTGAGTAGGTGGTGGGCTTCACCTCTTGTCTTG
TCTGCTCAGCCTGTGAATCGAAATCATCTCTCTCTTTCGGACCAGAAAATTCTGGTGATT
TTTCATGTTTTTCTGTGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC71TF U 1
AF RR1DG68TF U 535
AF RR1GT75TF U 609
AF RR1DG68JQ C 1175
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BS 675 825 RR1BC71TF
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BS 856 893 RR1DG68TF
BS 894 894 RR1GT75TF
BS 895 1100 RR1DG68TF
BS 1101 1101 RR1GT75TF
BS 1102 1184 RR1DG68TF
BS 1185 1185 RR1GT75TF
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BS 1287 1292 RR1DG68JQ
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BS 1294 1889 RR1DG68JQ
BS 1890 1893 RR1BC71JQ
BS 1894 1993 RR1DG68JQ
BS 1994 2029 RR1BC71JQ

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AAGAATCGCCGTCTTCTGCTACTTCGCTTCAAAGTTCTTCTCGCCGAAACAAAAACCAGT
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GGATATGTGGTTTTATCTGTCGGAGAAGAATGATAAATTTAATGACTTTAGCAATGATGG
TGCGCTTGTTTGACACGAGACTAACATTCCTTATGCTGTGTGGAAGCCTGAGAGCACTAG
GACCTTTTCAATGAAGTACTACCCATCCGAGGCACTGAAGAATAACGGAAGTCTCTATGC
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TCTTAACTGCTTCGGCAGGACGCATCCTGTTGCTACTTACTTGCCAAAGCGAAAAGCGGA
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G
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A

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DS 

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G
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CTACCCTACGGTGTTCTTCAACGAGTTTTGGCTGCTAAGGGACAAGTTGATTGCAATCAA
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GCAGCTATTTGAGCAGATTGAGCAGTCTTTCCAGGTCCATCGTAGCTATGGAAGCATGCT
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CATCACAATGTATGTTTCGATGCTGCATTCTGTATTTGACTTCCTTGCATTCAAAAATGA
TATCCAGTTTTGGAACAAGAACAAATCTATGGAAGGACTGTCTGCAAAGTCTGTTGTACA
CAACTTCATCTGTCAGTTCGTCATCTTCCTCTACCTGCTTGACAACGACACGTCATGGAT
GATACTGGCT

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AC*TGCTTGACAACGACACGTCATGGATGATACTGGCTAGCTCTGGAGTTGTCGTCTGCA
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ATTCACTCGCCTATGAACGACACAAGAGCTGGTACTCATGGATACTATCTTCACTAACGA
GCTGCGTCTACATGTTTGGTTTCATAATGATGTGTCCTCAATTGTTCATCAACTATAAGC
TAAAGTCAGTAGCGCATCTACCATGGAGGCAAATGACTTATAAGTTCCTCAACACCATCA
TCGACGATCTCTTTGCTTTTGTCATCAAAATGCCAATGCTGCACCGTCTTTCTGTCTTCC
GAGATGATGTGATATTCTTGATATACTTGTACCAGAGATGGGTTTATCCTGTGGACAAAA
CACGTGTCAACGAGTTTGGTTTTGGAGGTGAGGATGAGTCTGTTGATCCGAAGAAGATCA
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GTTAAGATATAAAAGTTTTATAAAGTAACCAT

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TGGCCATTAAATTCTTATCCTATGTGCTTCTCCTCCTTGTTGCGGGATTCGCTATATATT
CACTCGCCTATGAACGACACAAGAGCTGGTACTCATGGATACTATCTTCACTAACGAGCT
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ACGATCTCTTTGCTTTTGTCATCAAAATGCCAATGCTGCACCGTCTTTCTGTCTTCCGAG
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GTGAC

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DS 



AS 1 6

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AGAGAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGA
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ATCTAGTTCTGCGTGCTGTGGAACTGGATTGTTCGAGATGGGGTTTCTTTGCGGCCAGGA
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AAGATTAGAGAATGTTTTTTCTTTGCCCAATATAATAAAAGCTCTACAGAATC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV31TF U 1
AF RR1GY49TF U 4
AF RR1A374TF U 5
AF RR1A374JQ C 266
AF RR1GY49JQ C 459
AF RR1DV31JQ C 759
BS 1 290 RR1DV31TF
BS 291 291 RR1A374TF
BS 292 622 RR1DV31TF
BS 623 623 RR1GY49TF
BS 624 633 RR1DV31TF
BS 634 634 RR1GY49TF
BS 635 657 RR1DV31TF
BS 658 661 RR1GY49TF
BS 662 662 RR1A374TF
BS 663 674 RR1GY49TF
BS 675 752 RR1A374TF
BS 753 753 RR1A374JQ
BS 754 760 RR1A374TF
BS 761 761 RR1A374JQ
BS 762 780 RR1A374TF
BS 781 1081 RR1A374JQ
BS 1082 1145 RR1GY49JQ
BS 1146 1193 RR1DV31JQ

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ACTATGCATTATTTTGACTGCTCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCAT
TGTCTTCGGCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAG
AGCCAACTTCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTG
CAACGGCCGTCTCTCCTCCGATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGACTGTCCC
GGCCTATCTTGATCCGTCCTACAATATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTC
TGCCGGCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAA
AGAAGTCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAA
AGCCGCAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAACGACTTCCT
AGAGAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGA
CTACCTCATAGGTATCGCTGAG*TGTTTTTGAACGATCTTTACAAACTTGGTGCTCG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1GY49TF 671 0 0
GG
GCCGTCTAACTGAGCAACTTGTTGGTATGGCAGAACATTATTTGTCAACATCAATACTAT
GCATTATTTTGACTGCTCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCATTGTCT
TCGGCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAGAGCCA
ACTTCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAACG
GCCGTCTCTCCTCCGATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGACTGTCCCGGCCT
ATCTTGATCCGTCCTACAATATTTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGCCG
GCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGAAG
TCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCG
CAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAACGACTTCCTAGAGA
ATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACC
TCATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAA*TGT
CTTTCACCG

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DS 

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G
GCCGTCTAACTGAGCAACTTGTTGGTATGGCAGAACATTATTTGTCAACATCAATACTAT
GCATTATTTTGACTGCTCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCACCATTGTCT
TCGGCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAGAGCCA
ACTTCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAACG
GCCGTCTCTCCTCCGATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACTGACTGTCCCGGCCT
ATCTTGATCCGTCCTACAATATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGCCG
GCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGAAG
TCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCG
CAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACGTAGTCAGCATAGGAACCAACGACTTCCTAGAGA
ATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACC
TCATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAAATGT
CTTTCACCGGAATATCTCCAATGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTTGACG
ACCCTTTCAGCTGTGCTACGAGTTACA*TGACCTG*CGGTTGATTTTAATGGGAG
T

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DS 

RD RR1A374JQ 817 0 0
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ATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGCCGGCACCGGTTATGATAATTCC
ACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGAAGTCGAGTACTACAAGGAATAC
CAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCGCAAACATCATCAAAGAATCG
CTGTACGTAGTCAGCATAGGAACCAACGACTTCCTAGAGAATTATTATACATTACCGGAC
AGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACCTCATAGGTATCGCTGAGGTG
TTTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAAATGTCTTTCACCGGAATATCTCCA
ATGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTTGACGACCCTTTCAGCTGTGCTACG
AGTTACAATGACCTGGCGGTTGATTTTAATGGGAGGTTGAGGAGATTAGTGAGGAAGTTG
AATCAAGAACTCAATGGAATGAAGATATACTTCGCTAATCCCTATGATATCATTTGGGAT
ATTGTTACAAAACCATCACGTTACGGTCTAGAGGTATCTAGTTCTGCGTGCTGTGGAACT
GGATTGTTCGAGATGGGGTTTCTTTGCGGCCAGGACAATCCGTTAACTTGCAGTGATGCA
AATAAGTTTGTTTTCTGGGACGCTTTTCATCCGACCGAGAGGACTAATCAGATTGTGTCT
GATTACTTCTTTAAACATCTAAAGAACCTCTTTCAT
C

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DS 

RD RR1GY49JQ 688 0 0
CCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCGCAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCA
GCATAGGAACCAACGACTTCCTAGAGAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGT
TTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACCTCATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATC
TTTACAAACTTGGTGCTCGAAAAATGTCTTTCACCGGAATATCTCCAATGGGATGTCTAC
CACTGGAAAGAGTGACGAATCTTGACGACCCTTTCAGCTGTGCTACGAGTTACAATGACC
TGGCGGTTGATTTTAATGGGAGGTTGAGGAGATTAGTGAGGAAGTTGAATCAAGAACTCA
ATGGAATGAAGATATACTTCGCTAATCCCTATGATATCATTTGGGATATTGTTACAAAAC
CATCACGTTACGGTCTAGAGGTATCTAGTTCTGCGTGCTGTGGAACTGGATTGTTCGAGA
TGGGGTTTCTTTGCGGCCAGGACAATCAGTTAACTTGCAGTGATGCAAATAAGTTTGTTT
TCTGGGACGCTTTTCATCCGACCGAGAGGACTAATCAGATTGTGTCTGATTACTTCTTTA
AACATCTAAAGAACCTCTTTCATTAATCATTATTCACATATCTACGAGTATATTCGTTTA
TATGAATCCAGGTTCATTTTCAAAGAT
C

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1DV31JQ 435 0 0
G
GGCGGTTGATTTTAATGGGAGGTTGAGGAGATTAGTGAGGAAGTTGAATCAAGAACTCAA
TGGAATGAAGATATACTTCGCTAATCCCTATGATATCATTTGGGATATTGTTACAAAACC
ATCACGTTACGGTCTAGAGGTATCTAGTTCTGCGTGCTGTGGAACTGGATTGTTCGAGAT
GGGGTTTCTTTGCGGCCAGGACAATCCGTTAACTTGCAGTGATGCAAATAAGTTTGTTTT
CTGGGACGCTTTTCATCCGACCGAGAGGACTAATCAGATTGTGTCTGATTACTTCTTTAA
ACATCTAAAGAACCTCTTTCATTAATCATTATTCACATATCTACGAGTATATTCGTTTAT
ATGAATCCAGGTTCATTTTCAAAGATTAGAGAATGTTTTTTCTTTGCCCAATATAATAAA
AGCTCTACAGAATC

QA 2 435 2 435
DS 



AS 1 6

CO CL1287Contig1 1071 6 16 U
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TCCTTCCTTCCCAGACTTCTTCTACTGAACCATCGCCAGGTAGGAAGGCTCCTCCTCCTT
CTCTTGCCGAGCGTAGAGGCAGGTCTCTGAAGCAGCCAGGTTTAGCTGATTCAAACAAAG
GCACAGCTGGTTTCACTAGTAATGACATTGTATTCAACTTGGAGGGTGGTGTTAGAAAAG
GTGATCCAAATCCATTAAGTGATTGCAAGAGGGAACCGTAGTAGATTCAGATTTGCGACA
GCAGGAAATGGATGAATCAGGGAGTGGGGACTTGGAGAAGGCATTATTAGCATGTAGGTG
GCCAAGTATGGAGATGATTACAGAAGTGAGGAGAGCTTACTTAGATTCAGAATCTGTTAT
AGCGATTCTGTTGCCAAGTGATGATGAAGATCATGTAGGAGAAGCCAGTAGTGGGATTTT
GTACATTTGGATAGGAAAGTCATTCTCTTTTGATGTAGACAGTGTGGAGAATCTTGATTG
GGTACAGATTGGTGAAGCCATTTTGTCTCAGATGGACTTGCCAAAAGATACCCCTGTGAA
GATAGTTAGAGAAGCTGAGGATCAAACTGAGTTTCTTGCTCTGCTGAGTGCGCTATAGCA
ACCTGTTCCTCACAAGATTCCTTCCACCAACACGTTTCCATTTATCAGTTAAAGAGTATG
CTTCTCAGGTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTTTCTGGTTATGGAAGTTGAAGTTGAGAGAA
AACAACTCTCTTTGTACAGTTGGGAAAACTTCTTCCACGAGACATTGTATCGTCAAGGAG
CCATTTAATAGGGGCACATTATCAGAAAAAAACTGTAAGGTTAGGGGGCTCTAGGAGGGT
TTTAGATTTATAAATGGACTCTTCTTACAATGTTTACATATACTCTCTCTCACCCGTTGG
TAAAAACCTCCTTTTATGTTGTTCAAGACTTCAAGTACACTAAAGTAGGTTTTGAATCTA
TTCTATTAATTCTCATTTATGACCAGTTGATATATGTTGTGTCCACTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 35 35 35 
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40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ90TF U 1
AF RR1F804TF U 297
AF RR1AI62JQ C 297
AF RR1AI62TF U 297
AF RR1F804JQ C 297
AF RR1EZ90JQ C 355
BS 1 296 RR1EZ90TF
BS 297 297 RR1F804TF
BS 298 459 RR1EZ90TF
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BS 700 700 RR1F804TF
BS 701 726 RR1EZ90TF
BS 727 965 RR1F804TF
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BS 1025 1071 RR1EZ90JQ

RD RR1EZ90TF 733 0 0
GACAGAGACCATCTTCTATTCCACCGCCTTTGATACTGCCCAAGTTCTCAAGCCTGTCTC
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CTCTTGCCGAGCGTAGAGGCAGGTCTCTGAAGCAGCCAGGTTTAGCTGATTCAAACAAAG
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AS 1 6

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CTCACTAAGCTTCTTGCTGGCCAGCTTGTTCCTGTTGATGCTGCTGGACTTGCTCTTAGC
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CTCTGTGCTAGCCCTATTGGACAAGTTTCAGCGGTTTTGAAAACACAAGGAGCTCAACTT
ATACTCCCTGTGGCACTCCTTCACGCTGCAGCCTTTGCTATTGGCTATTGGATTTCAAAG
TTCTCTTTCGGCGAGTCTACGTCCCGTACCATTTCTATAGAGTGTGGAATGCAAAGCTCA
GCGCTGGGGTTCTTGCTAGCACAAAAGCATTTCACAAACCCTCTTGTGGCTGTTCCTTCT
GCAGTCAGTGTCGTCTGCATGGCGCTCGGCGGGAGTGGCTTAGCCGTGTTCTGGAGGAAC
CAACCGATTCCAGAAGATGACAAGGATGACTTCAAAGAGTGAAAGAATGAAGTAGGAGAA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO82TF U 307
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AF RR1AL64JQ C 474
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G
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DS 

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G
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GCTGCTGGACTTGCTCTTAGCACTTTTCAAGTAGTGTTGGTGCCTACCATATTTGGAGTT
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GAGTGTGGAATGCAAAGCTCAGCGCTGGGGTTCTTGCTAGCACAAAAGCATTTCACAAAC
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QA 2 677 2 677
DS 

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TCAACTTATACTCCCTGTGGCACTCCTTCACGCTGCAGCCTTTGCTATTGGCTATTGGAT
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AGGAGAATCTATTTTGTGTGGTTTGTTGTAATGTTTGTAGACTTTGCTCCCTTGGATTTT
TATTGAAAGACATAAAACAAGATCTGTGTTAGGAAGACAAAAGCAAGATCTTGCATGTTC
AATTTGTTGTCAATTTTTGTTTTGGGTTATTATGCTGAACTATAGATTATCC

QA 1 772 1 772
DS 

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TAGCACTTTTCAAGTAGTGTTGGTGCCTACCATATTTGGAGTTTTGGCCAATGAGTTCTT
TCCTAAATTCACGTCCAAGATTATATCAGTGACACCTCTAATCGGAGTCATTCTGACCAC
TCTTCTCTGTGCTAGCCCTATTGGACAAGTTTCAGCGGTTTTGAAAACACAAGGAGCTCA
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CTCAGCGCTGGGGTTCTTGCTAGCACAAAAGCATTTCACAAACCCTCTTGTGGCTGTTCC
TTCTGCAGTCAGTGTCGTCTGCATGGCGCTCGGCGGGAGTGGCTTAGCCGTGTTCTGGAG
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TGAAAGACATAAAACAAGATCTGTATTAGGAAGACAAAAGCAAGATCTTGCATGTTCAAT
TTGTTGTC

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TTTTGGGTTATTATGCTGAACTATAGATTATCCATCTACTTGTATTAATTTATTTGGCAA
G

QA 1 181 1 181
DS 



AS 1 5

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CAAAATCCACGGTTTTCCACTAGCATTCGTGCACAGACAGTTACAGCAACGCCGCCAGCG
AACGAGGCCTCTCCGGAGCAAAAGAAGACACAGAGAAAAGGCACCGCAGTGGTCACGGGA
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TTCGTCAATAGCTACAGGAGAACAGAACGTCCGTTAGATGTTCTTGTCTGCAACGCTGCG
GTTTACCAACCAACGGCTAAAGAACCTTCCTTTACAGCTGAAGGGTTTGAGCTTAGCGTT
GGAACCAACCATCTCGGTCATTTCCTTCTTTCGAGGTTGCTTCTTGACGACCTGAAAAAA
TCTGATTATCCATCAAAACGTATGATCATCGTAGGATCTATAACAGGAAACACAAACACT
TTGGCTGGGAATGTACCGCCCAAGGCAAACCTTGGAGACCTGAGAGGCTTAGCTTCGGGA
CTAAACGGGCAAAACAGTTCGATGATAGATGGAGGAGAGTATGATGGAGCCAAAGCTTAC
AAAGACAGCAAAGTCTGCAACATGCGGACAATGCAGGAGCTTCACAGGCGTTACCACGAA
GAAACAGGTGTCACGTTTGCTTCTCTTTACCCTGGTTGCATCGCTACAACAGGGTTGTTC
AGAGAACACATACCCCTCTTCAGGCTTCTCTTCCCGCCCTTCCAGAAGTATATCACCAAA
GGTTATGTATCTGAAGAGGAAGCTGGCAAAAGACTTGCACAGGTGGTGAGTGATCCGAGT
CTAGGCAAGTCAGGAGTGTATTGGAGCTGGAACAATAACTCGTCTTCGTTTGAGAATCAG
CTGTCTAAAGAAGCAAGTGATGCCGAGAAGGCCAAGAAACTATGGGAGGTTAGCGAGAAG
CTTGTTGGTTTAGCTTGATGCAAACATATTTTTAGATTACAGACTTCTGTGACTGTGTAC
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TTTGTCAAGAATATTGAGGGCATTTGATCTGATCAAACCATTGATTTTAAACACAATACC
AATCAACATGAATACTTTTTACTTGCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D783TF U 181
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QA 6 160 6 160
DS 

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GTTTACCAACCAACGGCTAAAGAACCTTCCTTTACAGCTGAAGGGTTTGAGCTTAGCGTT
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QA 1 600 1 600
DS 

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CTGGTTTAGGTTTAGCTACAGCCAAGGCTTTAGCAGACACGGGGAAATGGCACGTGATCA
TGGCTTTCCGGAACTTTCTCAAAGCCGAGAAAGCAGCTAAATCCGTAGGAATGTCCAAAG
AAGATTACACGGTGATGCATCTCGATCTCGCTTCGCTCGAGAGCGTGAAGCAGTTCGTCG
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AACCAACGGCTAAAGAACCTTCCTTTACAGCTGAAGGGTTTGAGCTTAGCGTTGGAACCA
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ATCCATCAAAACGTATGATCATCGTAGGATCTATAACAGGAAACACAAACACTTTGGC

QA 1 598 1 598
DS 

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CTTGACGACCTGAAAAAATCTGATTATCCATCAAAACGTATGATCATCGTAGGATCTATA
ACAGGAAACACAAACACTTTGGCTGGGAATGTACCGCCCAAGGCAAACCTTGGAGACCTG
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GATGGAGCCAAAGCTTACAAAGACAGCAAAGTCTGCAACATGCGGACAATGCAGGAGCTT
CACAGGCGTTACCACGAAGAAACTGGTGTCACGTTTGCTTCTCTTTACCCTGGTTGCATC
GCTACAACAGGGTTGTTCAGAGAACACATACCCCTCTTCAGGCTTCTCTTCCCGCCCTTC
CAGAAGTATATCACCAAAGGTTATGTATCTGAAGAGGAAG*TGGGAAAAGACTTGCACAG
GTGGTGAGTGATCCGAGTCTAGGCAAGTCAGGAGTGTATTGGAGCTGGAACAATAACTCG
TCTTCGTTTGAGAATCAGCTGTCTAAAGAAGCTAGTGATGCCGAGAAGGCCAAGAAACTA
TGGGAGGTTAGCGAGAAGCTTGTTGGTTTAGCTTGATGCAAACATATTTTTAGATTACAG
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QA 1 818 1 818
DS 

RD RR1CJ06JQ 751 0 0
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GGACTAAACGGGCAAAACAGTTCGATGATAGATGGAGGAGAGTATGATGGAGCCAAAGCT
TACAAAGACAGCAAAGTCTGCAACATGCTGACAATGCAGGAGCTTCACAGGCGTTACCAC
GAGGAAACAGGTGTCACGTTTGCTTCTCTTTACCCTGGTTGCATCGCTACAACAGGGTTG
TTCAGAGAACACATACCCCTGTTCAGGCTTCTCTTCCCGCCTTTTCAGAAGTATATCACC
AAAGGTTATGTATCTGAAGAGGAAGCTGGCAAAAGACTTGCACAGGTTGTGAGTGATCCG
AGTCTAGGGAAGTCAGGGGTGTATTGGAGCTGGAACAATAACTCGTCTTCGTTTGAGAAT
CAGCTGTCTAAAGAAGCAAGTGATGCCGAGAAGGCCAAGAAACTCTGGGAGGTTAGCGAG
AAGCTTGTTGGTTTGGCTTGATGCAAACATATTTTTAGATTACAGACTTCTGTGACTGTG
TACCATAAACTCCATAAGATTGTTACATATGTGATCAAATCATTGTGAGTGAAGTTTTTG
AGGTTTGTCAAGAATATTGAGGGCATTTGATCTGATCAAACCATTGATTTTAAACACAAT
ACCAATCAACATGAATACTTTTTACTTGCCA

QA 1 751 1 751
DS 



AS 2 6

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TTCACTTAATTTATCCCACGATAAATTAAACAATAGGTTACATGACTTGAGATTTTTTTC
CGGAGTTACATACACTATATAGAGAAACAATAGAATCAGAGATCAATAATGAGAAAAGAA
ACCCTGCTAATAAGAGACCAATGTTTCTAAAAATCTTTCACGCCTTCTTGTTCTTTGCCA
TGGCAGCAATAAGGTCGGACGTGGTGTGAGAGCGGAGGACAAAATCAGATAGCGAGAGCT
TGAGATCAATGGTTAGTCTCTGAAACACCTGAGATAAAAGTAAGACATCTGACAATGCTC
TGTGAGCTTCACCATCCCTTACAAGGTTATAGTAATCCCCTAGAGCTGATAATGACGCTT
TTGGCTTCACTGTTGCGTCTACAGACTTCATGCTCTCTCTGGCAAGTGGGAGGGAGTCAA
AGAAGAGCCAGTTAGGAGGAATCTCGTAAGAGCAGCGGTTAAACTCGTTGATCAAGAACT
GAAAATCAAATGTTTTGCCGTTATGTGCAACAATCATCACATATCCTCCAGGCTTCT***
GTCTGCTCTGAACATACCTCAGAAATATCGGTATCATCTCCTCCATTCTTGGAACCTCAG
GTCTACAAACCATATCGTTCCTGATCCCATGGATGCTAGCATTCAATATAGGAACACCAG
GGTTGACCAGAGTCTGGAACGTACTGTTCTCACCACCAGCTAGATCCTGAGCAGCGATCT
CGATGATCCTCTCCTTCACCCTATGCAAGCCGGTCGTCTCGAGATCAGAGACGATAACAG
TGAGGAGACTGGACAGATCTTTGTTTTCGGCAAGACGTTGCTGTAGGTTTCCGAAAGGCT
GTTGTTGTATCTTGGTCGTGCTTTCTGCATCTACTATCCTGGTAGTAACGGGAGGAACTG
CTCCTCCAAGGATACTGCTCTTGGTGTCGCTCCTGCTTCCTTGTGTGGATGTACTCACGT
TTCTCCTGACCCATCTGCTCTTACTATTATTATTAACCGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGG
CTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1AA70JQ U 21
AF RR1BK36JQ U 2
AF RR1A430JQ U 1
AF RR1BK36TF C 382
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BS 785 1084 RR1BK36TF

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DS 

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TGTGAGCTTCACCATCCCTTACAAGGTTATAGTAATCCCCTAGAGCTGATAATGACGCTT
TTGGCTTCACTGTTGCGTCTACAGACTTCATGCTCTCTCTGGCAAGTGGGAGGGAGTCAA
AGAAGAGCCAGTTAGGAGGAATCTCGTAAGAGCAGCGGTTAAACTCGTTGATCAAGAACT
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CGAT

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DS 

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TATGTGCAACAATCATCACATATCCTCCAGGCTTCT***GTCTGCTCTGAACATACCTCA
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QA 1 703 1 703
DS 



CO CL1290Contig2 829 2 4 U
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TGATCAACGAGTTTAACCGCTGCTCTTACGAGATTCCTCCTAACTGGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A430TF U 1
AF RR1AA70TF U 1
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BS 120 120 RR1AA70TF
BS 121 719 RR1A430TF
BS 720 829 RR1AA70TF

RD RR1A430TF 725 0 0
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TTCCTATATTGAATGCTAGCATCCATGGGATCAGGAACGATATGGTTTGTAGACCTGAGG
TTCCAAGAATGGAGGAGATGATACCGATATTTCTGAGGTATGTTCAGAGTAGACAGAAG
AAGCCT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1AA70TF 829 0 0
GGAATTCCGTGCAGATGCTCCCCAAGTTTTCATTACACAACGAGATCGGGAAGAGTGATT
TTTCTTCAGCAAACAATTGTTTGTTTTGATTATTGATCTTCAACTTACAGAGGAGAGGAA
GAATGTGTATCTCAATCTCGCAAGTCTCTAGATTCAGAATCAACCTATTGGGAGGAACTT
CTGTCCATGGCTGGTTCAAGAACAACTCAACCCCTAAGCTTCTCGATATCAGAGCCTCCT
CCTCCTCCTCGGTTAATAATAATAGTAAGAGCAGATGGGTCAGGAGAAACGTGAGTACAA
CCACACAAGGAAGCAGGAGCAACACCAAGAGCAGTATCCTTGGAGGAGCAGTTCCTCCCG
TTACAACCAGGATAGTAGATGCAGAAAGCACCACCACCACCAAGATACAACAACAGCCTT
TCGGAAACATACAGCAACGTCTTGCTGAAAACAAAGATCTGTCTAATCTCCTCACTGTTA
TAGTCTCTGATCTCGAGACGACCGGCTTGCATAGGGTGAAGGAGAGGATTATCGAGATCG
CTGCTCAGGATCTAGCTGGTGGTGAGAACAGTACGTTCCAGACTCTGGTCAACCCTGGTG
TTCCTATATTGAATGCTAGCATCCATGGGATCAGGAACGATATGGTTTGTAGACCTGAGG
TTCCAAGAATGGAGGAGATGATACCGATATTTCTGAGGTATGTTCAGAGTAGACAGAAGA
AGCCTGGAGGGTATGTGATGATTGTTGCACATAACGGCAAAACGTTTGATTTTCAGTTCT
TGATCAACGAGTTTAACCGCTGCTCTTACGAGATTCCTCCTAACTGGCT

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 5

CO CL1291Contig1 797 5 9 U
GGACAGACGACGGTGGAGTTTTCACAGGCGGATAAAGGAAGCTCTCTCCGTTTGTAAAAG
TTAGGTTTTTTTTTGG*ATCGGGTGATATGGCGGAGGAGAAGGAGAAGAACAAGTATAGC
ATAATCATTCCCACGTACAACGAGCGCCTCAATATCGCTCTTATCGTCTACCTCATTTTC
AAGCATCTCCGGGATGTTGATTTTGAGATAATTGTTGTGGATGATGGGAGTCCTGACGGC
ACTCAAGAAATTGTCAAGCAACTTCAGGAATTATATGGTGAAGACCGCATACTTTTAAGA
GCTAGAGCCAAGAAGCTTGGTTTGGGAACTGCATATATCCATGGTTTGAAGCATGCTACA
GGTGATTTCATTGTAATCATGGATGCTGATCTTTCACATCATCCAAAGTATTTGCCAAGT
TTCATCAAGAAACAACTAGAGACGAATGCAAGCATAGTGACAGGTACACGATACGTAAAA
GGAGGTGGTGTACACGGGTGGAACCTTATGCGGAAACTCACAAGCAGAGGAGCAAATGTG
CTAGCTCACACACTTTTATGGCCTGGTGTATCTGATTTAACCGGATCATTTAGGCTATAC
AAGAAATCGGTGCTTGAAGACGTGATAAGCTCATGTGTGAGCAAAGGTTATGTCTTTCAG
ATGGAAATGATCGTTCGTGCTACCAGAAAAGGATACCATATTGAAGAGGTACCGATCACA
TTTGTGGATAGAGTCTTTGGAACTTCGAAGCTGGGAGGATCTGAAATAGTGGAATATCTA
AAAGGACTCGTCTATTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CL89TF U 18
AF RR1AO60TF U 1
AF RR1AO60JQ C 574
AF RR1AT86TF U 1
AF RR1AT86JQ C 293
BS 1 369 RR1AO60TF
BS 370 370 RR1AT86TF
BS 371 441 RR1AO60TF
BS 442 442 RR1AT86TF
BS 443 477 RR1AO60TF
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BS 479 746 RR1AO60TF
BS 747 782 RR1AT86TF
BS 783 797 RR1AT86JQ

RD RR1CL89TF 695 0 0
T
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GCTACCAGAAAAG*ATACCATATTGAAGAG
TACC

QA 2 691 2 691
DS 

RD RR1AO60TF 746 0 0
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GGTGATTTCGTTGTAATCATGGATGCTGATCTTTCACATCATCCAAAGTATTTGCCAAGT
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GGAGGTGGTGTACACGGGTGGAACCTTATGCGGAAACTCACAAGCAGAGGAGCAAATGTG
CTAGCTCACACACTTTTATGGCCTGGTGTATCTGATTTAACCGGATCATTTAGGCTATAC
AAGAAATCGGTGCTTGAAGACGTGATAAGCTCATGTGTGAGCAAAGGTTATGTCTTTCAG
ATGGAAATGATCGTTCGTGCTACCAGAAAAGGATACCATATTGAAGAGGTACCGATCACA
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QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1AO60JQ 150 0 0
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TACCATATTGAAGAGGTCCCGATCACATTT

QA 1 150 1 150
DS 

RD RR1AT86TF 785 0 0
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AAGCATCTCCGGGATGTTGATTTTGAGATAATTGTTGTGGATGATGGGAGTCCTGACGGC
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GCTAGAGCCAAGAAGCTTGGTTTGGGAACTGCATATATCCATGGTTTGAAGCATGCTACA
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TTCATCAAGAAACAACTAGAGACGAATGCAAGCATAGTGACAGGTACACGATACGTAAAA
GGAGGTGGTGTACACGGGTGGAACCTTATGCGGAAACTCACAAGCAGAGGAGCAAATGTG
CTAGCTCACACACTTTTATGGCCTGGTGTATCTGATTTAACCGGATCATTTAGGCTATAC
AAGAAATCGGTGCTTGAAGACGTGATAAGCTCATGTGTGAGCAAAGGTTATGTCTTTCAG
ATGGAAATGATCGTTCGTGCTACCAGAAAAG*ATACCATATTGAAGAGGTACCGATCACA
TTTGTGGATAGAGTCTTTGGAACTTCGAAGCTGGGAGGATCTGAAATAGTGGAATATCTA
AA
CGA

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1AT86JQ 505 0 0
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ATGCTACAGGTGATTTCATTGTAATCATGGATGCTGATCTTTCACATCATCCAAAGTATT
TGCCAAGTTTCATCAAGAAACAACTAGAGACGAATGCAAGCATAGTGACAGGTACACGAT
ACGTAAAAGGAGGTGGTGTACACGGGTGGAACCTTATGCGGAAACTCACAAGCAGAGGAG
CAAATGTGCTAGCTCACACACTTTTATGGCCTGGTGTATTTGATTTAACCGGATCATTTA
GGCTATACAAGAAATCGGTGCTTGAAGACGTGATAAGCTCATGTGTGAGCAAAGGTTATG
TCTTTCAGATGGAAATGATCGTTCGTGCTACCAGAAAAGGATACCATATTGAAGAGGTAC
CGATCACATTTGTGGATAGAGTCTTTGGAACTTCGAAGCTGGGAGGATCTGAAATAGTGG
AATATTTAAAAGGACTCGTCTATTT

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 5

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CTTCTTCAATGGCCACCGGCAAAAGCTACTACCCTCGGCCAAGCTATCGCTTCCTCGGCA
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ACTCCTCCGCCGCCGGCTCCGTCCACTCCGTCTCCCCTCGCAAAAAAATCTCCGCGTCCG
GCAGATCCGGGAAAAAACCGTCGAATCGGCCGTCCTCGTGCGCCGCCGCGACGTCGCTCC
CGATAAACGTGCCGGACTGGTCGAAGATTCTCCGCGAGGATCACCGCGATAGTCATCATC
GGAGAAGG*ATCGAGGACGACGACGGCG***ATTCGGATGACGGAGGTGACTGGCTGGAC
GCTACCGGCGGGAGATTGCCGCCGCACGAGTTTCTGGCGAGGACGAGGATGGCGTCGTTG
TCGGCGCACGAGGGGGTTGGGAGAACGTTGAAGGGGAGAGATCTGAGTAGGGTCAGAAAC
GCAATTTTTGAGAAGATTGGGTTCCAGGATTAAATATCTCGGAGGTCCCTTTATTTTTGA
TTTACTTAAAAAAAAATCATTTCCTCTGGTTTATTAGTAACTGTTTGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAG**CATATAATATTTATAGAAATGCCCTCGGTTTATCGTATT
GTTCTAGATTCTTACCTATGTAATTTTTTAAGATCGAGATATTATCACATTTTGCGTATT
GAGTAATAGATGTATAATCTTTCCGGAAGAAAATAAAACTTCTTTATGGTTTTTTTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 20 20 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1FF62TF U 1
AF RR1CS14TF U 3
AF RR1B558JQ C 34
AF RR1B558TF U 173
AF RR1CS14JQ C 144
BS 1 203 RR1FF62TF
BS 204 204 RR1CS14TF
BS 205 220 RR1FF62TF
BS 221 221 RR1CS14TF
BS 222 227 RR1FF62TF
BS 228 228 RR1CS14TF
BS 229 307 RR1FF62TF
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BS 309 328 RR1FF62TF
BS 329 329 RR1CS14TF
BS 330 336 RR1FF62TF
BS 337 337 RR1CS14TF
BS 338 340 RR1FF62TF
BS 341 341 RR1CS14TF
BS 342 342 RR1FF62TF
BS 343 344 RR1CS14TF
BS 345 350 RR1FF62TF
BS 351 352 RR1CS14TF
BS 353 388 RR1FF62TF
BS 389 391 RR1CS14TF
BS 392 424 RR1FF62TF
BS 425 425 RR1CS14TF
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BS 485 485 RR1CS14TF
BS 486 599 RR1FF62TF
BS 600 600 RR1CS14TF
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BS 643 645 RR1FF62TF
BS 646 646 RR1CS14TF
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BS 680 681 RR1CS14TF
BS 682 748 RR1FF62TF
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BS 750 780 RR1FF62TF
BS 781 807 RR1B558TF
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RD RR1FF62TF 780 0 0
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CTTCTTCAATGGCCACCGGCAAAAGCTACTACCCTCGGCCAAGCTATCGCTTCCTCGGCA
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ACTCCTCCGCCGCCGGCTCCGTCGACTCCGTCTCCCCTCGGAAAAAA*TCTCCGCGTCCG
GCAGATCCGGGAAAAAACCGTCGAATCGGCCGTCCTCGTGCGCCGCCGCGACGTCGCTCC
CGATAAATGTGCCGGACTGGTCGAAGATCCTCCGCGTGGAGCGTCGCGATGATCATCATC
GGAGAAGG*ATCGAGGACGACGACGGCGGCGATTCGGATGACGGAGGTGACTGGCTGGAC
GCTAGCGGCGGGAGATTGCCGCCGCACGAGTTTCTGGCGAGGACGAGGATGGCGTCGTTG
TCGGTGCACGAGGGGGTTGGGAGAACGTTGAAGGGGAGAGATCTGAGTAGGGTCAGAAAC
GCAATTTTTGAGAAGATTGGGTTCCAGGATTAAATATCTCGGAGGTCCCTTTATTTTTGG
TTTACTTAAAAAAAAATCATTTCCTCTGGTTTATTAGTAACCGTTCGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCATATAATATTTATAGAAATGCCCTCGGTTTATCGTATT
GTTCTAGATTCTTACCTATGTAATTTTT*AAGATCGAGATATTATCACATTTTGCGTATT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1CS14TF 725 0 0
GG
ACCAAAACTAAAACTCAAAAAACTTAAATATCAAAATTTAATTAAAACCTCTTCTTCTTC
TTCAATGGCCACCGGCAAAAGCTACTACCCTCGGCCAAGCTATCGCTTCCTCGGCACCGA
TCAGTCCTACTACACCTCCGCCGATTCATCTCTCGAGTTCGACGAATCCGATCTCTACTC
CTCCGCCGCCGGCTCCGTCCACTCCGTCTCCCCTCGCAAAAAAATCTCCGCGTCCGGCAG
ATCCGGGAAAAAACCGTCGAATCGGCCGTCCTCGTGCGCCGCCGCGACGTCGCTCCCGAT
AAACGTGCCGGACTGGTCGAAGATTCTCCGCGAGGATCACCGCGATAGTCATCATCGGAG
AAGG*ATCGAGGACGACGACGGCG***ATTCGGATGACGGAGGTGACTGGCTGGACGCTA
CCGGCGGGAGATTGCCGCCGCACGAGTTTCTGGCGAGGACGAGGATGGCGTCGTTGTCGG
CGCACGAGGGGGTTGGGAGAACGTTGAAGGGGAGAGATCTGAGTAGGGTCAGAAACGCAA
TTTTTGAGAAGATTGGGTTCCAGGATTAAATATCTCGGAG*TCCCTTTATTTTTGATTTA
CTTAAAAAAAAATCATTTCCTCTGGTTTATTAGTAACTGTTTGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAG**CATATAATATTTATAGAAATGCCCTCGGTTTATCGTATTGTTC
TAG

QA 3 725 3 725
DS 

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CTCTCGAGTTCGACGAATCCGATCTCTACTCCTCCGCCGCCGGCTCCGTCCACTCCGTCT
CCCCTCGCAAAAAAATCTCCGCGTCCGGCAGATCCGGGAAAAAACCGTCGAATCGGCCGT
CCTCGTGCGCCGCCGCGACGTCGCTCCCGATAAACGTGCCGGACTGGTCGAAGATTCTCC
GCGAGGATCACCGCGATAGTCATCATCGGAGAAGG*ATCGAGGACGACGACGGCG***AT
TCGGATGACGGAGGTGACTGGCTGGACGCTACCGGCGGGAGATTGCCGCCGCACGAGTTT
CTGGCGAGGACGAGGATGGCGTCGTTGTCGGCGCACGAGGGGGTTGGGAGAACGTTGAAG
GGGAGAGATCTGAGTAGGGTCAGAAACGCAATTTTTGAGAAGATTGGGTTCCAGGATTAA
ATATCTCGGAGGTCCCTTTATTTTTGATTTACTTAAAAAAAAATCATTTCCTCTGGTTTA
TTAGTAACTGTTTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG**CATATAATATTT
ATAGAAATGCCCTCGGTTTATCGTATTGTTCTAGATTCTTACCTATGTAATTTTTTAAGA
TCGAGATATTATCACATTTTGCGTATTGAGTAATAGATGTATAATCTTTCCGGAAGAAAA
TAAAACTTCTTTATGGTTTTTTTC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1B558TF 641 0 0
CGAC
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TCCGGCAGATCCGGGAAAAAACCGTCGAATCGGCCGTCCTCGTGCGCCGCCGCGACGTCG
CTCCCGATAAACGTGCCGGACTGGTCGAAGATTCTCCGCGAGGATCACCGCGATAGTCAT
CATCGGAGAAGGGATCGAGGACGACGACGGCG***ATTCGGATGACGGAGGTGACTGGCT
GGACGCTACCGGCGGGAGATTGCCGCCGCACGAGTTTCTGGCGAGGACGAGGATGGCGTC
GTTGTCGGCGCACGAGGGGGTTGGGAGAACGTTGAAGGGGAGAGATCTGAGTAGGGTCAG
AAACGCAATTTTTGAGAAGATTGGGTTCCAGGATTAAATATCTCGGAGGTCCCTTTATTT
TTGATTTACTTAAAAAAAAATCATTTCCTCTGGTTTATTAGTAACTGTTTGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG**CATATAATATTTATAGAAATGCCCTCGGTTTATCG
TATTGTTCTAGATTCTTACCTATGTAATTTTTTAAGATCGAGATATTATCACATTTTGCG
TATTGAGTAATAGATGTATAATCTTTCCGGA
GAAAAT

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DS 

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CACTCCGTCTCCCCTCGCAAAAAAATCTCCGCGTCCGGCAGATCCGGGAAAAAACCGTCG
AATCGGCCGTCCTCGTGCGCCGCCGCGACGTCGCTCCCGATAAACGTGCCGGACTGGTCG
AAGATTCTCCGCGAGGATCACCGCGATAGTCATCATCGGAGAAGG*ATCGAGGACGACGA
CGGCG***ATTCGGATGACGGAGGTGACTGGCTGGACGCTACCGGCGGGAGATTGCCGCC
GCACGAGTTTCTGGCGAGGACGAGGATGGCGTCGTTGTCGGCGCACGAGGGGGTTGGGAG
AACGTTGAAGGGGAGAGATCTGAGTAGGGTCAGAAACGCAATTTTTGAGAAGATTGGGTT
CCAGGATTAAATATCTCGGAGGTCCCTTTATTTTTGATTTACTTAAAAAAAAATCATTTC
CTCTGGTTTATTAGTAACTGTTTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG**CA
TATAATATTTATAGAAATGCCCTCGGTTTATCGTATTGTTCTAGATTCTTACCTATGTAA
TTTTTTAAGATCGAGATATTATCACATTTTGCGTATTGAGTAATAGATGTATAATCTTTC
CGGAAGAAAATAAAACTTCTTTATGGTTTT
TTTC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 6

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GCGTTTGTTATCAACCACACTCATCACACCACCGCCCAATCTCAACAAATCGTCGGCGAA
TCTAACAACTATCGTTAAGCTGAGAAAGGGAAGGCTTAGTATCAGGGCAGTGAGCAACAG
CTCTCAAGGAGGAACCGTTTACAAAGGCGTTTACGGTCCCTGGACCGTCGAACAGTCCGA
TGTCAAAGAGGTTGTTCTGTACAGATCAGGACTTGTAACTGCTGCTGCTTCCTTTGTTAC
CGCTTCGTCTGCCGCCTTTCTACCGGAGAACTCATGGCTGAGTGAAACAATCAAGCAAAA
CCAGGACTTGTTCTACCTTGTTGGTGCTGGTGGTTTGGGGCTTTCTCTGTTTCTTATTCA
TATATACGTAACGGAGATCAAGAGGACTCTTCAGGCTTTGTGGGCACTTGGTGTTGTTGG
TTCGTTCGCCACTTACGCTGCCCTTGCTATACCAGCCAGTGATAGCTTGGTTCATTATGT
CGTTGGTCATCCAACTGCTGTTTGGTTTGTTGGTCCTCTTTTCGCTTCCCTCACTGGGCT
CGTTTTCAAAGAAGGGCTCTGTTACGGTAAGCTAGAAGCTGGCCTTCTTACATTCATCAT
ACCCATAGTACTTCTCGGGCATTTGAGTGGCCTGATGAATGATGAGGCGAAACTGGTGTT
GCTAGGAACATGGATGGCACTCTTTGTAGTATTTGCTGGAAGGAAACTCACTCAGCCTAT
TAAGGATGATATTGGGGATAAATCTGTTTTCATGTTCATGGCTCTTCCGGAAGATGAGAA
AAAAGCTGTAGTTGCAAAACTCGAGCAAGATAACTCTGGGTAAGACTCTTAATGCTTAGA
AAATGTTATCTTCAAGAACAGGTAAATATCATGTACCCGTATGAGGAGAGACGTTACCAT
AAACAGTTTGTACATCTTATGAGCATTGATAGATTTCCTGCTTCACATGGGCTGTTGTAA
TGGGCCTGTCCAGCCCAGGTCGGACTCTGACTTGGCCTTTATTTCATTATTAATATTAAG
GTCTTGTTGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 5 25 25 5 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV01TF U 15
AF RR1C915TF U 29
AF RR1ER45TF U 31
AF RR1CL54TF U 1
AF RR1CL54JQ C 320
AF RR1C915JQ C 329
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RD RR1EV01TF 666 0 0
GG
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TTTCTACCGGAGAACTCATGGCTGAGTGAAACAATCAAGCAAAACCAGGATTTGTTCTAC
CCTGTTGGTGCTGGTGGTTTGGGGCTTTCTCTGTTTCTTATTCATATATACGTAACGGAG
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GCTGTTTGGTTTGTTGGTCCTCTTTTCGCTTCCCTCACTGGGCTCGTTTTCAAAGAAGGG
CTCTGTTACGGTAAGCTAGAAGCTGGCCTTCTTACATTCATCATACCCATAGTACTTCTC
GGGC

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR1C915TF 742 0 0
GGAT
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TTGCTGGA
GGAACTCACT

QA 5 732 5 732
DS 

RD RR1ER45TF 726 0 0
GG
ATAATCAATTCGCTGAGAGTATGGCCTCGCGTTTGTTATCAACCACACTCATCACACCAC
CGCCCAATCTCAACAAATCGTCGGCGAATCTAACAACTATCGTTAAGCTGAGAAAGGGAA
GGCTTAGTATCAGGGCAGTGAGCAACAGCTCTCAAGGAGGAACCGTTTACAAAGGCGTTT
ACGGTCCCTGGACCGTCGAACAGTCCGATGTCAAAGAGGTTGTTCTGTACAGATCAGGAC
TTGTAACTGCTGCTGCTTCCTTTGTTACCGCTTCGTCTGCCGCCTTTCTACCGGAGAACT
CATGGCTGAGTGAAACAATCAAGCAAAACCAGGACTTGTTCTACCTTGTTGGTGCTGGTG
GTTTGGGGCTTTCTCTGTTTCTTATTCATATATACGTAACGGAGATCAAGAGGACTCTTC
AGGCTTTGTGGGCACTTGGTGTTGTTGGTTCGTTCGCCACTTACGCTGCCCTTGCTATAC
CAGCCAGTGATAGCTTGGTTCATTATGTCGTTGGTCATCCAACTGCTGTTTGGTTTGTTG
GTCCTCTTTTCGCTTCCCTCACTGGGCTCGTTTTCAAAGAAGGGCTCTGTTACGGTAAGC
TAGAAGCTGGCCTTCTTACATTCATCATACCCATAGTACTTCTCGGGCATTTGAGTGGCC
TGATGAATGATGAGGCGAAACTGGTGTTGCTAGGAACATGGATGGCACTCTTTGTAGTAT
TTGC

QA 3 726 3 726
DS 

RD RR1CL54TF 805 0 0
GGACTACGACAGAAGTGACTTCCGTCTCTTCTATAATCAATTCGCTGAGAGTATGGCCTC
GCGTTTGTTATCAACCACACTCATCACACCACCGCCCAATCTCAACAAATCGTCGGCGAA
TCTAACAACTATCGTTAAGCTGAGAAAGGGAAGGCTTAGTATCAGGGCAGTGAGCAACAG
CTCTCAAGGAGGAACCGTTTACAAAGGCGTTTACGGTCCCTGGACCGTCGAACAGTCCGA
TGTCAAAGAGGTTGTTCTGTACAGATCAGGACTTGTAACTGCTGCTGCTTCCTTTGTTAC
CGCTTCGTCTGCCGCCTTTCTACCGGAGAACTCATGGCTGAGTGAAACAATCAAGCAAAA
CCAGGACTTGTTCTACCTTGTTGGTGCTGGTGGTTTGGGGCTTTCTCTGTTTCTTATTCA
TATATACGTAACGGAGATCAAGAGGACTCTTCAGGCTTTGTGGGTACTTGGTGTTGTTGG
TTCGTTCGCCACTTACGCTGCCCTTGCTATACCAGCCAGTGATAGCCTGGTTCATTATGT
CGTTGGTCATCCAACTGCTGTTTGGTTTGTTGGTCCTCTTTTCGCTTCCCTCACTGGGCT
CGTATTCAAAGAAGGGCTCTGTTACGGTAAGCTAGAAGCTGGCCTTCTTACATTCATCAT
ACCCATAGTACTTCTCGGGCATTTGAGTGGCCTGATGAATGATGAG*CGAAACTGGTGTT
GCTAGGAACATGGATGGCACTCTTTGTAGTATTTGCTGGAAGAAA**TCACTCAGC*TAT
TAAG*ATGATATTGGGGATAA
TCTT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1CL54JQ 672 0 0
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GTTGGTGCTGGTGGTTTGGGGCTTTCTCTGTTTCTTATTCATATATACGTAACGGAGATC
AAGAGGACTCTTCAGGCTTTGTGGGTACTTGGTGTTGTTGGTTCGTTCGCCACTTACGCT
GCCCTTGCTATACCAGCCAGTGATAGCCTGGTTCATTATGTCGTTGGTCATCCAACTGCT
GTTTGGTTTGTTGGTCCTCTTTTCGCTTCCCTCACTGGGCTCGTATTCAAAGAAGGGCTC
TGTTACGGTAAGCTAGAAGCTGGCCTTCTTACATTCATCATACCCATAGTACTTCTCGGG
CATTTGAGTGGCCTGATGAATGATGAGGCGAAACTGGTGTTGCTAGGAACATGGATGGCA
CTCTTTGTAGTATTTGCTGGAAGGAAATTCACTCAGCCTATTAAGGATGATATTGGGGAT
AAATCTTTTTTCATGTTCATGGCTCTTCCGGAAGATGAGAAAAAAGCTGTAGTTGCAAAA
CTCGAGCAAGATAACTCTGGGTAAGACTCTTAATGCTTAGAAAATGTTATCTTCGAGAAC
AGGTAAATATCATGTACCCGTATGAGGAGAGACGTTACCATAAACAGTTTGTACATCTTA
TGAGCATTGATA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1C915JQ 765 0 0
AACTCATGGCTGAGTGAAACAATCAAGCAAAACCAGGACTTGTTCTACCTTGTTGGTGCT
GGTGGTTTGGGGCTTTCTCTGTTTCTTATTCATATATACGTAACGGAGATCAAGAAGACT
CTTCAGGCTTTGTGGGCACTTGGTGTTGTTGGTTCGTTCGCCACTTACGCTGCCCTTGCT
ATACCAGCCAGTGATAGCTTGGTTCATTATGTCGTTGGTCATCCAACTGCTGTTTGGTTT
GTTGGTCCTCTTTTCGCTTCCCTCACTGGGCTCGTTTTCAAAGAAGGGCTCTGTTACGGT
AAGCTAGAAGCTGGCCTTCTTACATTCATCATACCCATAGTACTTCTCGGGCATTTGAGT
GGCCTGACGAATGATGAGGCGAAACTGGTGTTGCTAGGAACATGGATGGCACTCTTTGTA
GTATTTGCTGGAAGGAAACTCACTCAGCCTATTAAGGATGATATTGGGGATAAATCTGTT
TTCATGTTCATGGCTCTTCCGGAAGATGAGAAAAAAGCTGTAGTTGCAAAACTCGAGCAA
GATAACTCTGGGTAAGACTCTTAATGCTTAGAAAATGTTATCTTCAAGAACAGGTAAATA
TCATGTACCCGTATGAGGAGAGACGTTACCATAAACAGTTTGTACATCTTATGAGCATTG
ATAGATTTCCTGCTTCACATGGGCTGTTGTAATGGGCCTGTCCAGCCCAGGTCGGACTCT
GACTTGGCCTTTATTTCATTATTAATATTAAGGTCTTGTTGTCCC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 6

CO CL1294Contig1 1031 6 9 U
GGAAGTCACACATAAAGCCGCGTAACGGCGTAACATAACATAAACAACAAAAATATCGAC
TTCTTGATAAGTTTTGAACTAGTAATGGAGTGGAAAGAATGTTACTTAGATGCGATCTTA
GTACCGCTTGGGCTAATGGCATATGCAGCTTACCATGTTTACTTGTGGTACAAGTTACGT
ACACAGCCTCTCACCACCATCATCGGTACTAACGCTAGAGCACGCCGTTTTTGGGTCGCT
TCTATCATCAAGGACAACGAAAAGAAGAACATATTGGCCGTTCAGACGCTAAGAAACTGC
ATAATGGGATCGACTTTAATGGCCACAACATCAATCCTCCTATGCGCGGGTCTAGCTGCG
GTTGTAAGCAGCACTTATGCGGTAAAGAAGCCTCTAAGCGAAGCCGTTTACGGAGATCAC
GGGGAGTTCATGGTGGCTCTAAAGTATGTCACAATCCTCATCTTCTTCCTCTTCTCTTTC
TTCTCTCACTCTCTCTCGATCCGATTCATCAACCAAGTCAATATCCTCATCAACACTCCC
TTTCCTCCCGAGGAGTTGGAGGAGATGATGGCGATGATAACGCCGGAGGAATACGTGGCG
GAGTTGCTAGAGAGAGGGTTTGTTTTGAATACTGTGGGGAACCGGTTGTTCTATGCGGCG
TTGCCTTTGATGCTTTGGATATTTGGACCAGTGCTTGTGTTCTTGTGCTCGGTCATGATG
GTTCCTCTTCTTTATAACCTCGATTTTTTCTTCTTCGGCAAAGAAAGAAGCAAAATCGAT
AGAAAATCTAGTTTTGGATCTGTGTAGAACCGTGTTGATAAGCAATATACATTGGACTTG
TATGCAGACTTTGAAGGTTATTTTAGGTTTCGGTTTAAGATCTTTTGGTTCAAGTAAATT
TCTAATTACATTATGCGTAATAGTATAATTATCATATAGTATTGACTAGGGTTGTTGAGA
AAGAGTATTATGAGTATGTACATTACTACATGAGAATTTTAAGATTATATTGAAGTATAC
GTGTGTTGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B282TF U 22
AF RR1CA47TF U 53
AF RR1CA47JQ C 584
AF RR1AE37TF U 1
AF RR1E655JQ C 192
AF RR1AE37JQ C 278
BS 1 279 RR1AE37TF
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RD RR1B282TF 748 0 0
GG
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AATGGAGTGGAAAGAATGTTACTTAGATGCGATCTTAGTACCGCTTGGGCTAATGGCATA
TGCAGCTTACCATGTTTACTTGTGGTACAAGTTACGTACACAGCCTCTCACCACCATCAT
CGGTACTAACGCTAGAGCACGCCGTTTTTGGGTCGCTTCTATCATCAAGGACAACGAAAA
GAAGAACATATTGGCCGTTCAGACGCTAAGAAACTGCATAATGGGATCGACTTTAATGGC
CACAACATCAATCCTCCTATGCGCGGGTCTAGCTGCGGTTGTAAGCAGCACTTATGCGGT
AAAGAAGCCTCTAAGCGAAGCCGTTTACGGAGATCACGGGGAGTTCATGGTGGCTCTAAA
GTATGTCACAATCCTCATCTTCTTCCTCTTCTCTTTCTTCTCTCACTCTCTCTCGATCCG
ATTCATCAACCAAGTCAATATCCTCATCAACACTCCCTTTCCTCCCGAGGAGTTGGAGGA
GATGATGGCGATGATAACGCCGGAGGAATACGTGGCGGAGTTGCTAGAGAGAGGGTTTGT
TTTGAATACTGTGGGGAACCGGTTGTTCTATGCGGCGTTGCCTTTGATGCTTTGGATATT
TGGACCAGTGCTTGTGTTCTTGTGCTCGGTCATGATGGTTCCTCTTCTTTATAACCTCGA
TTTTTTCTTCTTCGGCAAAGAA
AGAA

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1CA47TF 694 0 0
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CGATCTTAGTACCGCTTGGGCTAATGGCATATGCAGCTTACCATGTTTACTTGTGGTACA
AGTTACGTACACAGCCTCTCACCACCATCATCGGTACTAACGCTAGAGCACGCCGTTTTT
GGGTCGCTTCTATCATCAAGGACAACGAAAAGAAGAACATATTGGCCGTTCAGACGCTAA
GAAACTGCATAATGGGATCGACTTTAATGGCCACAACATCAATCCTCCTATGCGCGGGTC
TAGCTGCGGTTGTAAGCAGCACTTACGCGGTAAAGAAGCCTCTAAGCGAAGCCGTTTACG
GAGATCACGGGGAGTTCATGGTGGCTCTAAAGTATGTCACAATCCTCATCTTCTTCCTCT
TCTCTTTCTTCTCTCACTCTCTCTCGATCCGATTCATCAACCAAGTCAATATCCTCATCA
ACACTCCCTTTCCTCCCGAGGAGTTGGAGGAGATGATGGCGATGATAACGCCGGAGGAAT
ACGTGGCGGAGTTGCTAGAGAGAGGGTTTGTTTTGAATACTGTGGGGAACCGGTTGTTCT
ATGCGGCGTTGCCTTTGATGCTTTGGATATTTGGACCAGTGCTTGTGTTCTTGTGCTCGG
TCATGATGGTTCCTCTTCTTTATAACCTCGATTT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1CA47JQ 141 0 0
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GGTTGTTCTATGCGGCGTTCCCTTTGATGCTTTGGATATTTGGACCAGTGCTTGTGTTCT
TGTGCTCGGTCATGATGGTTC

QA 1 141 1 141
DS 

RD RR1AE37TF 832 0 0
GGAAGTCACACATAAAGCCGCGTAACGGCGTAACATAACATAAACAACAAAAATATCGAC
TTCTTGATAAGTTTTGAACTAGTAATGGAGTGGAAAGAATGTTACTTAGATGCGATCTTA
GTACCGCTTGGGCTAATGGCATATGCAGCTTACCATGTTTACTTGTGGTACAAGTTACGT
ACACAGCCTCTCACCACCATCATCGGTACTAACGCTAGAGCACGCCGTTTTTGGGTCGCT
TCTATCATCAAGGACAACGAAAAGAAGAACATATTGGCCTTTCAGACGCTAAGAAACTGC
ATAATGGGATCGACTTTAATGGCCACAACATCAATCCTCCTATGCACGGGTCTAGCTGCG
GTTGTAAGCAGCACTTATGCGGTAAAGAAGCCTCTAAGCGAAGCCGTTTACGGAGATCAC
GGGGAGTTCATGGTGGCTCTAAAGTATGTCACAATCCTCATCTTCTTCCTCTTCTCTTTC
TTCTCTCACTCTCTCTCGATCCGATTCATCAACCAAGTCAATATCCTCATCAACACTCCC
TTTCCTCCCGAGGAGTTGGAGGAGATGATGGCGATGATAACGCCGGAGGAATACGTGGCG
GAGTTGCTAGAGAGAGGGTTTGTTTTGAATACTGTGGGGAACCGGTTGTTCTATGCGGCG
TTGCCTTTGATGCTTTGGATATTTGGACCAGTGCTTGTGTTCTTGTGCTCGGTCATGATG
GTTCCTCTTCTTTATAACCTCGATTTTTTCTTCTTCGGCAAAGAA*GAAGCAAAATCGAT
AGAAAATCTAGTTTTGGATCTGTGTAGAACCGTGTTGATAAGCAATATACAT

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR1E655JQ 685 0 0
CACCACCATCATCGGTACTAACGCTAGAGCACGCCGTTTTTGGGTCGCTTCTATCATCAA
GGACAACGAAAAGAAGAACATATTGGCCGTTCAGACGCTAAGAAACTGCATAATGGGATC
GACTTTAATGGCCACAACATCAATCCTCCTATGCGCGGGTCTAGCTGCGGTTGTAAGCAG
CACTTATGCGGTAAAGAAGCCTCTAAGCGAAGCCGTTTACGGAGATCACGGGGAGTTCAT
GGTGGCTCTAAAGTATGTCACAATCCTCATCTTCTTCCTCTTCTCTTTCTTCTCTCACTC
TCTCTCGATCCGATTCATCAACCGAGTCAATATCCTCATCAACACTCCCTTCCCTCCCGA
GGAGTTGGAGGAGATGATGGCGATGATAACGCCGGAGGAATACGTGGCGGAGTTGCTAGA
GAGAGGGTTTGTTTTGAATACTGTGGGGAACCGGTTGTTCTATGCGGCGTTGCCTTTGAT
GCTTTGGATATTTGGACCAGTGCTTGTGTTCTTGTGCTCGGTCATGATGGTTCCTCTTCT
TTATAACCTCGATTTTTTCTTCTTCGGCAAAGAAAGAAGCAAAATCGATAGAAAATCTAG
TTTTGGATCTGTGTAGAACCGTGTTGATAAGCAATATACATTGGACTTGTATGCAGACTT
TGAAGGTTATTTTAGGTTTCGGTTT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1AE37JQ 754 0 0
CCT
TTCAGACGCTAAGAAACTGCATAATGGGATCGACTTTAATGGCCACAACATCAATCCTCC
TATGCACGGGTCTAGCTGCGGTTGTAAGCAGCACTTATGCGGTAAAGAAGCCTCTAAGCG
AAGCCGTTTACGGAGATCACGGGGAGTTCATGGTGGCTCTAAAGTATGTCACAATCCTCA
TCTTCTTCCTCTTCTCTTTCTTCTCTCACTCTCTCTCGATCCGATTCATCAACCAAGTCA
ATATCCTCATCAACACTCCCTTTCCTCCCGAGGAGTTGGAGGAGATGATGGCGATGATAA
CGCCGGAGGAATACGTGGCGGAGTTGCTAGAGAGAGGGTTTGTTTTGAATACTGTGGGGA
ACCGGTTGTTCTATGCGGCGTTGCCTTTGATGCTTTGGATATTTGGACCAGTGCTTGTGT
TCTTGTGCTCGGTCATGATGGTTCCTCTTCTTTATAACCTCGATTTTTTCTTCTTCGGCA
AAGAAAGAAGCAAAATCGATAGAAAATCTAGTTTTGGATCTGTGTAGAACCGTGTTGATA
AGCAATATACATTGGACTTGTATGCAGACTTTGAAGGTTATTTTAGGTTTCGGTTTAAGA
TCTTTTGGTTCAAGTAAATTTCTAATTACATTATGCGTAATAGTATAATTATCATATAGT
ATTGACTAGGGTTGTTGAGAAAGAGTATTATGAGTATGTACATTACTACATGAGAATTTT
AAGATTATATTGAAGTATACGTGTGTTGTAT

QA 4 754 4 754
DS 



AS 1 6

CO CL1295Contig1 636 6 9 U
CGAGAAAATCATTACCATATTATTCCTGGAAGAGATGAACAAACAGTCTACACATAAAAC
TCAAGAGAGAAATTAAGTAGACAAAAGATGAAAGTCGCAAAACAAACCAAATTTCAAACA
TGCAGGATAATATTTTTTTTAAAAAGCAACACGTTGATTACATACAAGTATACGTATTAA
ACTCTCAAGGGTGAGTCGGCAACGGAGGCCATTTGCCGAACTTGGGGTGGTCAATGTATT
TAGGAGGAAGAGGCGGAAACTTTGGAAGTGGTGGAAGTGGCGGACATGGCTTCTTCGGAA
TCACCACCGGTGGCACGTAGATTGGTACTGGCGGAGGACACGGCTTCTTTGGGATCACCG
GTGGAACGTAGATTGGTGGATGCTCTATCTTCGGTGGCGGCTTGTAGACCGGAACCTGTG
GTGGAGGATCGACCTTTGGCGCTTTGGGTGGGCACGGCTTCTTTGGGATCACCGGTGGCA
CGTAGATTGGTGGATGCTCTATCTTCGGTGGTGGTTTGTAGACCGGTACTGGTGGTGGAA
GCTCGATCTTTGGTGGTTTGGGCGGGCACGGCTTCTTTGGTGGCTTGTGGACTGGAACCG
GTGGTGGATCAAATTTCTTCGGCGGCTTGGGCGGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E101JQ U 95
AF RR1CO08JQ U 1
AF RR1CO08TF C 1
AF RR1E101TF C 17
AF RR1BQ27JQ U 17
AF RR1ER61JQ U 17
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TCC
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AGGA

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AATC

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DS 

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TCAAGAGAGAAATTAAGTAGACAAAAGATGAAAGTCGCAAAACAAACCAAATTTCAAACA
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ACTCTCAAGGGTGAGTCGGCAACGGAGGCCATTTGCCGAACTTGGGGTGGTCAATGTATT
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TCACCACCGGTGGCACGTA
GATC

QA 1 319 1 319
DS 

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TGGATGCTCT
C

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DS 

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CGGCAACGGAGGCCATTTGCCGAACTTGGGGTGGTCAATGTATTTAGGAGGAAGAGGCGG
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TGGATGCTCTATCTTCGGTGGCGGCTTGTAGACCGGAACCTGTGGTGGAGGATCGACCTT
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DS 

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CGGCAACGGAGGCCATTTGCCGAACTTGGGGTGGTCAATGTATTTAGGAGGAAGAGGCGG
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GTAGATTGGTACTGGCGGAGGACACGGCTTCTTTGGGATCACCGGTGGAACGTAGATTGG
TGGATGCTCTATCTTCGGTGGCGGCTTGTAGACCGGAACCTGTGGTGGAGGATCGACCTT
TGGCGCTTTGGGTGGGCACGGCTTCTTTGGGATCACCGGTGGCACGTAGATTGGTGGATG
CTCTATCTTCGGTGGTGGTTTGTAGACCGGTACTGGTGGTGGAAGCTCGATCTTTGGTGG
TTTGGGCGGGCACGGCTTCTTTGGTGGCTTGTGGACTGGAACCGGTGGTGGATCAAATTT
CT

QA 1 602 1 602
DS 



AS 2 6

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CTCTGTACATCAAATGAGTCACTATTGGTAAATCCAAAACTCTTACAGATGCGATCAAAG
CTTAGTCATGGACTTAGTCTGAGATGAGATAACTTTTTTTTTTTTTAACTAACAGTATTT
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CGACGCTCATCATAGCGCCCGCATTATCGAACTCACCACAGTAGTTTGGAGCAGAGAATA
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CTATGACAGCAGCCAAAGGGAGACAGTTGAAACAGTCGGTGAACACTTTCCAGAGCTTGA
CGCTGAACCTCCGTTTACACTCGTCGTAGAAACCGTAGATTCTGTTGATAGATGCGCACT
CGTGGTTTCCTCTCAAGAGGAAGAAGTTCTCGGGGTATTTGATCTTGTAGGCAAGGAGAA
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TTGCTGCAGGTGGGAATCCACCGTACTCGAAAAGTCGCAGTAAATCTGAGTATTGACCGT
GAATATCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B248JQ U 1
AF RR1CY87JQ U 50
AF RR1B248TF C 249
BS 1 238 RR1B248JQ
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BS 743 970 RR1B248TF

RD RR1B248JQ 494 0 0
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CAGATGAAACCAACCAAGGGAGCAAGTGGAAGTCCAACGGTTTCGTATGTGTGTTTCAGA
AGAACCTTGGCTTTCGATCGGCAGGCTTAAGAATTTGGAAAGAGCACATCAAACTTTCAT
CGACGCTCATCATAGCGCCCGCATTATCGAACTCACCACAGTAGTTTGGAGCAAAAAATA
TAGTCACAAGCTGTCTATCAGCAAAGAACTCATACCCATCCTCTACAACCTGGTGGGCAC
GGCAGACTAAATCCATATCGTTTTTAATTAAAAACTCGGCTACTTTGTCAGCACCAAAAG
TATAGGAAACGCCA

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1CY87JQ 693 0 0
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AGCACCAAAAGTATAGGAGACGCCACGGTCATTCATCCCCCAGCCCTTGACGCCTTTACT
AGGATCAGACCAAAGAAGGTCACAGAGCAAACCAGAGTCCGGGATATCAGTCGGACGCTC
AATGTTCTTAATCTGTTCGACGCTGGTGAGATCAGGAGAGAGACCACCGTGCATACAAAG
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CCAGAGCTTGACGCTGAACCTCCGTTTACACTC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1B248TF 722 0 0
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AAATCCATATCGTTTTTAATTAGAAACTCGGCTACTTTGTCAGCACCAAAAGTATAGGAG
ACGCCACGGTCATTCATCCCCCAGCCCTTGACGCCTTTACTAGGATCAGACCAAAGAAGG
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ACGCTGGTGAGATCAGGAGAGAGACCACCGTGCATACAAAGTATCTTCTCGTCTATGACA
GCAGCCAAAGGGAGACAGTTGAAACAGTCGGTGAACACTTTCCAGAGCTTGACGCTGAAC
CTCCGTTTACACTCGTCGTAGAAACCGTAGATTCTGTTGATAGATGCGCACTCGTGGTTT
CCTCTCAAGAGGAAGAAGTTCTCGGGGTATTTGATCTTGTAGGCAAGGAGAAGACAGATA
GACTCCAAACTCTGCTTCCCACGGTCTACGTAATCTCCTAGGAACAAGTAGTTTGCTGCA
GGTGGGAATCCACCGTACTCGAAAAGTCGCAGTAAATCTGAGTATTGACCGTGAATATCA
CC

QA 1 722 1 722
DS 



CO CL1296Contig2 942 3 9 U
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TAAACGCAGACATCAATCACACTAAGACGAAATATTTATAAGAAGCCAAATAACTTTACT
CGGCGATCGAATCTTGTCCGAAAGATTTGAAACTCTTTTGGAAGATCGTAAGGTTAGTGG
ACGGGGGGATGGCGCAAGGAAGCATGGACCCTGATGCTCTGGACGATATCATTCGGCGTT
TGCTTGATTACAGAAACACAAAGCCAGCAGGGCCGAAGCAGTCTATGATGCTCAACGACT
CTGAGATCCGACAGCTTTGCGTTGTCTCCAAACAGATATTACTTCAGCAGCCCAGTCTCC
TCGAGCTCGATGCCCCCGTCAAGATCTGTGGTGATATTCACGGTCAATACTCAGATTTAC
TGCGACTTTTCGAGTACGGTGGATTCCCACCTGCAGCAAACTACTTGTTCCTAGGAGATT
ACGTAGACCGTGGGAAGCAGAGTTTGGAGTCTATCTGTCTTCTCCTTGCCTACAAGATCA
AATACCCCGAGAACTTCTTCCTCTTGAGAGGAAACCACGAGTGCGCATCTATCAACAGAA
TCTACGGTTTCTACGACGAGTGTAAACGGAGGTTCAGCGTCAAGCTCTGGAAAGTGTTCA
CCGACTGTTTCAACTGTCTCCCTCTGGCTGCTGTCATAGACGAGAAGATACTTTGTATGC
ACGGTGGTCTCTCTCCTGATCTCACCAGCGTCGAGCAGATTAAGAACATCGAGCATCCGA
CTGATATTCCAGACTCTGGTTTGCTCTGTGACCTTCTTTGGTCTGATCCTAGTAAAGGCG
TCAAGGGGTGGGGGATGAATGACCGTGGCGTCTCCTACACTTTTGGTGCTGACAAGTCGC
CGAGTTTCTAATTAAAACGATATGGATTTAGTCTGCCGTGCC


BQ
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DS 



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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1CW26TF U 1
AF RR1H894TF U 1
AF RR1AM57TF U 1
AF RR1AM57JQ C 407
AF RR1CW26JQ C 550
BS 1 405 RR1AM57TF
BS 406 406 RR1CW26TF
BS 407 694 RR1AM57TF
BS 695 695 RR1CW26TF
BS 696 800 RR1AM57TF
BS 801 1007 RR1AM57JQ
BS 1008 1008 RR1CW26JQ
BS 1009 1191 RR1AM57JQ

RD RR1CW26TF 703 0 0
GG
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GTTTTGACTCAAAGGATATGGCTGCTTCACTCTCAAGAAGAGTTCTTCGCACTTTTGGAT
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CTTCTATTTTGACTCCTGATGATTCATTTCCTCATGATTTGCTTTCCCAAAAGACCGTCC
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AGAACGAAGACAAGGGTTTCATGGTTTTAGCTGGTGATGTCTTTGATGTTCCTCTCAGGA
AAGATATCATTCACCACGTCGTCAGATGGCAGCTTGCCAAACGCCAGCAGGGAACTCACT
CGACCAAAACCATAAGTGAGGTTAGCGGAACTGGTCGAAAGCCATGGAACCAGAAAGGTA
CAGGTCGAGCTAGACATGGTACACTCCGTGGCCCGCAGTTCCGAGGTGGTTGTGTGATGC
ATGGGCCCAAACCAAGAAGCCATGCGATAAAGATGAATAAGCAGGTTCGAAGACTTAGCC
TGAAGATAGCACTAACAGCTAGAGCCGCAGAAG
AAACTCCT

QA 3 695 3 695
DS 

RD RR1H894TF 677 0 0
GA
GTCGCCGTTTTACTTCTTCGTCTTCTTCACCGCCGCTCCTCTGACCGATGAGCATTTAGG
GGTTTGACTCAAAGGATATGGCTGCTTCACTCTCAAGAAGAGTTCTTCGCACTTTTGGAT
CTTTCACAGCTTTAGGACGCAGCAGCTACACGACGAATGCATCTGGAAGTGGTTTAAGCT
CTCTTCCTAGTCATCATCTCAAGTGTGGAATGGGTTTACTTTCGAACCGAAAGCTCTCCA
CTTCTATTTTGACTCCTGATGATTCATTTCCTCATGATTTACTGTCCCAAAAGACCGTCA
TTACTCCAGACCGAAACATAGGACAATATCAAGACTTGGTCATTCCGGTGACAAACTTTC
AGAACGAAGACAAGGGTTTCATGGTTTTAGCTGGTGATGTCTTTGATGTTCCTGTCAGGA
AAGATATCATTCACCACGTTGTCCGATGGCAGCTTGCCAAACGCCAGCAGGGAACTCACT
CGACCAAAACAATAAGTGAGGTTAGCGGAACTGGTCGAAAGCCATGGAACCAGAAAGGTA
CAGGTCGAGCTAGACATGGTACACTCCGTGGCCCGCAGTTCCGAGGTGGTTGTGTGATGC
ATGGGCCCAAACCAAGAAGCCATGCGATAAAGATGAATAAGCAGGTTCGAAGACTTGGCC
TGGAGATAGCACTAA

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR1AM57TF 800 0 0
GGGTCGCCGTTTTACTTCTTCGTCTTCTTCACCGCCGCTCCTCTGACCGATGAGCATTTA
GGGGTTTGACTCAAAGGATATGGCTGCTTCACTCTCAAGAAGAGTTCTTCGCACTTTTGG
ATCTTTCACAGCTTTAGGACGCAGCAGCTACACGACGAATGCATCTGGAAATGGTTTAAG
CTCTCTTCCTAGTCATCATCTCAAGTGTGGAATGGGTTTACTTTCGAACCGAAAGCTCTC
CACTTCTATTTTGACTCCTGATGATTCATTTCCTCATGATTTACTGTCCCAAAAGACCGT
CATTACTCCAGACCGAAACATAGGACAATATCAAGACTTGGTCATTCCGGTGACAAACTT
TCAGAACGAAGACAAGGGTTTCATGGTTTTAGCTGGTGATGTCTTCGATGTTCCTGTCAG
GAAAGATATCATTCACCACGTTGTCCGATGGCAGCTTGCCAAACGCCAGCAGGGAACTCA
CTCGACCAAAACAATAAGTGAGGTTAGCGGAACTGGTCGAAAGCCATGGAACCAGAAAGG
TACAGGTCGAGCTAGACATGGTACACTCCGTGGCCCGCAGTTCCGAGGTGGTTGTGTGAT
GCATGGGCCCAAACCAAGAAGCCATGCGATAAAGATGAATAAGCAGGTTCGAAGACTTGG
CCTGAAGATAGCACTAACAGCTAGAGCCGCAGAAAGAAAACTCCTCGTGTTTGATGATTT
GGCATTGCCAACGCATAAAACAAAGAACATTGTGAACTATTACAATCAAATGGAGAACAC
GAAGAAAGTCCTCGTTGTAG

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1AM57JQ 785 0 0
GATGTTCCTGTCAGGAAAGATATCATTCACCACGTTGTCCGATGGCAGCTTGCCAAACGC
CAGCAGGGAACTCACTCGACCAAAACAATAAGTGAGGTTAGCGGAACTGGTCGAAAGCCA
TGGAACCAGAAAGGTACAGGTCGAGCTAGACATGGTACACTCCGTGGCCCGCAGTTCCGA
GGTGGTTGTGTGATGCATGGGCCCAAACCAAGAAGCCATGCGATAAAGATGAATAAGCAG
GTTCGAAGACTTGGCCTGAAGATAGCACTAACAGCTAGAGCCGCAGAAGGAAAACTCCTC
GTGTTTGATGATTTGGCATTGCCAACGCATAAAACAAAGAACATTGTGAACTATTACAAT
CAAATGGAGAACACGAAGAAAGTCCTCGTTGTAGAAGGCGGCCCTATCGATGAGAAGCTG
AAGCTAGCCACCCAGAATCTTCACTATGTCAACATACTTCCATCAATAGGGCTTAACGTT
TACAGCATTTTGCTCCACGACACGCTTGTGATGTCCCGTGATGCTGTGAATAAGATCGTT
GAGCGTATGCATACTCCCATTAATCGTTAAAGCGACAGCTATGTCTTCAAATAAGAAACT
AGATCATAAGGGAGACGGTTCCAAGAAGTTCCGCATGTAGTTTCTGTACCGGCAATTCAT
ATCGGTTATTATGTATCGGTATTTTGGTCCATGCCTTGACCGGTTCGTTATTTGTTAGCT
TTTCGGTTTGGTCTTGCAATCTTGAATGCCGAAAGATTTGAGTTATACTATTTCTGTTTC
TAGAC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1CW26JQ 640 0 0
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CAAACCAAGAAGCCATGCGATAAAGATGAATAAGCAGGTTCGAAGACTTAGCCTGAAGAT
AGCACTAACAGCTAGAGCCGCAGAAGGAAAACTCCTCGTGTTTGATGATTTGGCATTGCC
AACGCATAAAACAAAGAACATTGTGAACTATTACAATCAAATGGAGAACACGAAGAAAGT
CCTCGTTGTAGAAGGGGGCCCTATCGATGAGAAGCTGAAGCTAGCCACCCAGAATTTTCA
CTATGTCAACATACTTCCATCAATAGGGCTTAACGTTTACAGCATTTTGCTCCACGACAC
GCTTGTGATGTCCCGTGATGCTGTGAATAAGATCGTTGAGCGTATGCATACTCCCATTAA
TCGTTAAAGCGACAGCTATGTCTTCAAATAAGAAACTAAATCATAAGGGAGACGGTTCCA
AGAAGTTCCGCATGTAGTTTCTGTACCGGCAATTCATATCGGTTATTATGTATCGGTATT
TTGGTCCATGCCTTGACCGGTTCGTTATTTGTTAGCTTTTCGGTTTGGTCTTGCAATCTT
GAATGCCGAAAGATTTGAGTTATACTATTTCTGTTTCTAG

QA 1 640 1 640
DS 



AS 3 6

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CTCCCACTCCTCGAAGGGAAGCGTCCACTTCATTGGATACAAGTCTCCCAACCTCGATGA
AGAGGAGATTTCCCTTCTGATTCAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGTGGCGGTTCCCGCAGCT
TCCACTGTCTCCACTGTCACGACGACCAATGGAAGTGCTAAAGCAGCACCTGCTTCGAGT
GCTGTTACCATCGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAGGTGAAGCCTGAATCAGAC
GAGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATGAATCTGGTTCTGAG
AAAGGAATGGATGTTGATGAGGATGATTCTGAGGATGATACCCCTAAGAAGCCTGAGCCA
AGCAGCAACAAGAAGAGGCAGAATGAATCTGCAACAACTGTCTCTGCAAAGAAGGCCAAG
CCCGCAGTAGCAGCTACCCCTCAGAAATCAGAGGAGAAGAAGAAAGGAGGGCACACAGCT
ACACCACACCCAGCTAAAAAGGGTGGAAAGAGTCCTATGAATGCTAACCAGAGCCCCAAA
TCTGGAGGTCAATCATCTGGTAGTAACAAGAAGCCATTCAACTCACGAGGCAAGCAGTTT
GGTTCTAACAACAAGGGCAACAAGGGAAAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTGAAGTGGAGG
GAGCAATGAGATGTTTTGGTTTTTAGTAGATGTTCTTGGAACAAAGACCGGCTTTTTTTT
ATGTTTTATCTCCTTGTGGGAAGTGCTTTTATGTTAACGCGATTTTAATTTTATGGAATT
CAGTATTTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO58TF U 1
AF RR1BO58JQ C 173
BS 1 687 RR1BO58TF
BS 688 852 RR1BO58JQ

RD RR1BO58TF 687 0 0
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GCTGTTACCATCGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAGGTGAAGCCTGAATCAGAC
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TCTGGAGGTCAATCATCTGGTAGTAACAAGAAGCCATTCAACTCACGAGGCAAGCAGTTT
GGTTCTAACAACAAGGGCAACAAGGGA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1BO58JQ 680 0 0
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CTTCGAGTGCTGTTACCATCGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAGGTGAAGCCTG
AATCAGACGAGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATGAATTTG
GTTTTGAGAAAGGAATGGATGTTGATGAGGATGATTTTGAGGATGATACCCCTAAGAAGC
CTGAGCCAAGCAGCAACAAGAAGAGGCAGAATGAATTTGCAACAACTGTTTTTGCAAAGA
AGGCCAAGCCCGCAGTAGCAGCTACCCCTCAGAAATCAGAGGAGAAGAAGAAAGGAGGGC
ACACAGCTACACCACACCCAGCTAAAAAGGGTGGAAAGAGTCCTATGAATGCTAACCAGA
GCCCCAAATCTGGAGGTCAATCATTTGGTAGTAACAAGAAGCCATTCAACTCAGGAGGCA
AGCAGTTTGGTTTTAACAACAAGGGCAACAAGGGAAAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTGA
AGTGGAGGGAGCAATGAGATGTTTTGGTTTTTAGTAGATGTTCTTGGAACAAAGACCGGC
TTTTTTTTATGTTTTATCTCCTTGTGGGAAGTGCTTTTATGTTAACGCGATTTTAATTTT
ATGGAATTCAGTATTTGAGT

QA 1 680 1 680
DS 



CO CL1298Contig2 741 2 1 U
GGACAGCTTTCTCTCTCGCAGCCCTAAAACTCCTTTGCCTCTCTCTCGAGTCTCTCTTCC
ACCTTCAATATCAAATGGAATTCTGGGGAGCTGAGGTTAAGGCAGGGAAGCCACTTAAAG
TGGAACCTGAAGAGAACTGTCTCATCCACGTTTCACAGGCATCTCTTGATAAAGGGAAGA
AGGGTGAGACTGCCCTCTTGTACGTGACCGTTGATGGGAAGAAGCTTGTGATTGGAACTC
TTTCTCAGGATAACATCCCTCAGATCAGCTTCGATCTCGTCTTTGAGAAGGAGTTTGAGC
TCTCCCACTCCTCGAAGGGAAGCGTCCACTTCATTGGATACAAGTCTCCCAACCTCGATG
AAGAGGAGGATTTCCCTTCTGATTCAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGTGGCGGTTCCCGCAG
CTTCCACTGTCTCCACTGTCACGACGACCAATGGAAGTGCTAAAGCAGCACCTGCTTCGA
GTGCTGTTACCATCGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAGGTGAAGCCTGAATCAG
ACGAGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATGAATCTGATTCTG
AGAAAGGAATGGATGTTGATGAGGATGATTCAGATGAGGAAGATGATTCTGAGGAGGAAG
AAGAGGATGATACCCCTAAGAAGCCCGAGCCAAGCAGCAACAAGAAGAGCAGAATGAATC
TGCAACAACTGTCTCTGCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G724TF U 252
AF RR1BP04TF U 1
BS 1 741 RR1BP04TF

RD RR1G724TF 198 0 0
AACA
TCCCTCAGATCAGCTTCGATCTCGTCTTTGAGAAGGAGTTTGAGCTCTCCCACTCCTCGA
AGGGAAGCGTCCACTTCATTGGATACAAGTCTCCCAACCTCGATGAAGAGGAGGATTTCC
CTTCTGATTCAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGTGGCGGTTCCCGCAGCTTCGACTGTCTCCA
CTGTCACGAC
GACC

QA 5 194 5 194
DS 

RD RR1BP04TF 741 0 0
GGACAGCTTTCTCTCTCGCAGCCCTAAAACTCCTTTGCCTCTCTCTCGAGTCTCTCTTCC
ACCTTCAATATCAAATGGAATTCTGGGGAGCTGAGGTTAAGGCAGGGAAGCCACTTAAAG
TGGAACCTGAAGAGAACTGTCTCATCCACGTTTCACAGGCATCTCTTGATAAAGGGAAGA
AGGGTGAGACTGCCCTCTTGTACGTGACCGTTGATGGGAAGAAGCTTGTGATTGGAACTC
TTTCTCAGGATAACATCCCTCAGATCAGCTTCGATCTCGTCTTTGAGAAGGAGTTTGAGC
TCTCCCACTCCTCGAAGGGAAGCGTCCACTTCATTGGATACAAGTCTCCCAACCTCGATG
AAGAGGAGGATTTCCCTTCTGATTCAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGTGGCGGTTCCCGCAG
CTTCCACTGTCTCCACTGTCACGACGACCAATGGAAGTGCTAAAGCAGCACCTGCTTCGA
GTGCTGTTACCATCGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAGGTGAAGCCTGAATCAG
ACGAGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATGAATCTGATTCTG
AGAAAGGAATGGATGTTGATGAGGATGATTCAGATGAGGAAGATGATTCTGAGGAGGAAG
AAGAGGATGATACCCCTAAGAAGCCCGAGCCAAGCAGCAACAAGAAGAGCAGAATGAATC
TGCAACAACTGTCTCTGCAAG

QA 1 741 1 741
DS 



CO CL1298Contig3 884 2 18 U
GGGAGTTTGAGCTCTCCCACTCCTCGAAGGGAAGCGTCCACTTTATTGGGTACACGTCTC
CCAACCTCGATGAAGAGGAGGATTTCCCTTCTGATTCAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGTGG
CGGTTCCCGCAGCTTCCACTGTCTCCACTGTCACGACGACCAATGGAAGCGCTAAAGCAG
CACCTGCTTCGAGTGCTGTTACCATCGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAAGTGA
AGCCTGAATCAGACGAGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATG
AATCTGATTCTGAGAAAGGAATGGATGTTGATGAGGATGATTCAGATGAGGAAGATGATT
CTGAGGAGGAAGAAGAGGATGATACCCCTAAGAAGCCCGAGCCAAGCAGCAACAAGAAGA
GGCAGAATGAATCTGCAACAACTGTCTCTGCAAAGAAGGCCAAGCCCGCAGTAGCAGCTA
CCCCTCAGAAATCAGAGGAGAAGAAGAAAGGAGGGCACACAGCTACACCACACCCAGCTA
AAAAGGGTGGAAAGAGTCCTATGAATGCTAACCAGAGCCCCAAATCTGGAGGTCAATCAT
CTGGTAGTAACAAGAAGCCATTCAACTCAGGAGGCAAGCAGTTTGGTTCTAACAACAAGG
GCAACAAGGGAAAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTGAAGTGGAGGGAGCAATGAGATGTTT
TGGTTTTTAGTAGATGTTCTTGGAACAAAGACCGGCTTTCTTTTATGTTTTATCTCCTTG
TGGGAAGTGCTTTTATGTTAACGCAATTTTAATCTTATGGAATTCAGTATTTGAGTAAGA
AAACTGGTATTGCAATCATGAAAATATCATCATTGTTTTTAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GS92TF U 1
AF RR1BP04JQ C 112
BS 1 127 RR1GS92TF
BS 128 128 RR1BP04JQ
BS 129 136 RR1GS92TF
BS 137 137 RR1BP04JQ
BS 138 156 RR1GS92TF
BS 157 159 RR1BP04JQ
BS 160 178 RR1GS92TF
BS 179 179 RR1BP04JQ
BS 180 205 RR1GS92TF
BS 206 206 RR1BP04JQ
BS 207 393 RR1GS92TF
BS 394 394 RR1BP04JQ
BS 395 397 RR1GS92TF
BS 398 398 RR1BP04JQ
BS 399 581 RR1GS92TF
BS 582 582 RR1BP04JQ
BS 583 626 RR1GS92TF
BS 627 884 RR1BP04JQ

RD RR1GS92TF 626 0 0
GGGAGTTTGAGCTCTCCCACTCCTCGAAGGGAAGCGTCCACTTTATTGGGTACACGTCTC
CCAACCTCGATGAAGAGGAGGATTTCCCTTCTGATTCAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGTGG
CGGTTCCGGCAGCTTCGACTGTCTCCACTGTCACGA***CCAATGGAAGCGCTAAAGCCG
CACCTGCTTCGAGTGCTGTTACCATTGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAAGTGA
AGCCTGAATCAGACGAGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATG
AATCTGATTCTGAGAAAGGAATGGATGTTGATGAGGATGATTCAGATGAGGAAGATGATT
CTGAGGAGGAAGAAGAGGATGATACCCCTAAGAGGCCTGAGCCAAGCAGCAACAAGAAGA
GGCAGAATGAATCTGCAACAACTGTCTCTGCAAAGAAGGCCAAGCCCGCAGTAGCAGCTA
CCCCTCAGAAATCAGAGGAGAAGAAGAAAGGAGGGCACACAGCTACACCACACCCAGCTA
AAAAGGGTGGAAAGAGTCCTATGAATGCTAACCAGAGCCCCTAATCTGGAGGTCAATCAT
CTGGTAGTAACAAGAAGCCATTCAAC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1BP04JQ 773 0 0
AGGAAGTGGCGGTTCCCGCAGCTTCCACTGTCTCCACTGTCACGACGACCAATGGAAGTG
CTAAAGCAGCACCTGCTTCGAGTGCTGTTACCATCGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTC
CTGAGGTGAAGCCTGAATCAGACGAGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTG
AAGATGATGAATCTGATTCTGAGAAAGGAATGGATGTTGATGAGGATGATTCAGATGAGG
AAGATGATTCTGAGGAGGAAGAAGAGGATGATACCCCTAAGAAGCCCGAGCCAAGCAGCA
ACAAGAAGAGGCAGAATGAATCTGCAACAACTGTCTCTGCAAAGAAGGCCAAGCCCGCAG
TAGCAGCTACCCCTCAGAAATCAGAGGAGAAGAAGAAAGGAGGGCACACAGCTACACCAC
ACCCAGCTAAAAAGGGTGGAAAGAGTCCTATGAATGCTAACCAGAGCCCCAAATCTGGAG
GTCAATCATCTGGTAGTAACAAGAAGCCATTCAACTCAGGAGGCAAGCAGTTTGGTTCTA
ACAACAAGGGCAACAAGGGAAAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTGAAGTGGAGGGAGCAAT
GAGATGTTTTGGTTTTTAGTAGATGTTCTTGGAACAAAGACCGGCTTTCTTTTATGTTTT
ATCTCCTTGTGGGAAGTGCTTTTATGTTAACGCAATTTTAATCTTATGGAATTCAGTATT
TGAGTAAGAAAACTGGTATTGCAATCATGAAAATATCATCATTGTTTTTAACT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 5

CO CL1299Contig1 982 5 11 U
GGAGTTGCGTGTTTGGTTATCTTTTCTTTCGTGTAACCTAAATTAAGGGATTTGTTCTAA
CAAATCTCTCTAGACTCCAAAAAGGAAGAATCGCGTCTCTCATCTTCTTCTCGGGAAGAT
CAGAAAACAACTTCTTTTTGTTTAAATTTCATCTTCAAGCTTCGAAGATCGCAGGAAAAA
TCCTCGTTTCGATCCGACCATTTCTGGTGAAGAAGGCAGAATTTTAAAAAGACAACAACA
ACAATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCTCTGC
GATAACGGATGTGGATTCTTCGGGTCACCCTCCAACATGAACCTTTGTTCCAAATGTTAC
CGAAGCCTACGTGCCGAGGAAGATCAAACGGCAGTGGCAAAAGCTGCGGTGGAGAAATCA
CTGAAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATCACCGCACCAGAGCCAAAACAGCCTCTGGAGACC
GAACCAGTCTCGGTTGTGATTGCTGAACCGACTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACAGGACAG
GAGGAGGAGGGAGAGCCGTCGAAGCCTGCACGGCCTAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAG
AAGGTTGGAGTTATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGGAGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGG
TACCCGGAGAAGCATGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAGGTTGGACGCGGTGCAATCGCA
AAGGCGAATCCTGTGGTCAAGGCCGATAAAGTCCAGAGGATTTGATGTGATGTGTCTTAT
CTTTCAGTTAATTCCGAGAATGTTGCTGTGATGTGGTCATGTTCGATGTTGGGTTTCTAT
GAATCAAAATGAAAAAAATGCTGCTATTGGTTTTCTCATGAATCCTTTTTTAGTGCTTTT
AAGTCTATTGAAATGGAGTCTCCCTTTGCCTGCTCAAGATTGACTATGTTTGCTTCTTGG
TTATGTTTAGATTCGCAGCTTG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA24TF U 1
AF RR1EO43TF U 1
AF RR1BK70TF U 195
AF RR1EO43JQ C 152
AF RR1BK70JQ C 255
BS 1 636 RR1EO43TF
BS 637 637 RR1BK70TF
BS 638 658 RR1EO43TF
BS 659 659 RR1BK70TF
BS 660 699 RR1EO43TF
BS 700 700 RR1BK70TF
BS 701 739 RR1EO43TF
BS 740 753 RR1BK70TF
BS 754 754 RR1BK70JQ
BS 755 857 RR1EO43JQ
BS 858 982 RR1BK70JQ

RD RR1FA24TF 600 0 0
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CAAATCTCTCTAGACTCCAAAAAGGAAGAATCGCGTCTCTCATCTTCTTCTCGGGAAGAT
CAGAAAACAACTTCTTTTTGTTTAAATTTCATCTTCAAGCTTCGAAGATCGCAGGAAAAA
TCCTCGTTTCGATCTGACCATTTCTGGTGAAGAAGGCAGAATTTTAAAAAGACAACAACA
ACAATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCTCTGC
GATAACGGATGTGGATTCTTCGGGTCACCCTCCAACATGAACCTTTGTTCCAAATGTTAC
CGAAGCCTACGTGCCGAGGAAGATCAAACGGCAGTGGCAAAAGCTGCGGTGGAGAAATCA
CTGAAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATCACCGCACCAGAGCCAAAACAGCCTCTGGAGACC
GAACCAGTCTCGGTTGTGATTGCTGAACCGACTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACAGGACAG
GAGGAGGAGGGAGAGCCGTCGAAGCCTGCACGGCCTAACAG
CTGAAACCTGCACGGCCTA

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1EO43TF 739 0 0
GGAGTTGCGTGTTTGGTTATCTTTTCTTTCGTGTAACCTAAATTAAGGGATTTGTTCTAA
CAAATCTCTCTAGACTCCAAAAAGGAAGAATCGCGTCTCTCATCTTCTTCTCGGGAAGAT
CAGAAAACAACTTCTTTTTGTTTAAATTTCATCTTCAAGCTTCGAAGATCGCAGGAAAAA
TCCTCGTTTCGATCCGACCATTTCTGGTGAAGAAGGCAGAATTTTAAAAAGACAACAACA
ACAATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCTCTGC
GATAACGGATGTGGATTCTTCGGGTCACCCTCCAACATGAACCTTTGTTCCAAATGTTAC
CGAAGCCTACGTGCCGAGGAAGATCAAACGGCAGTGGCAAAAGCTGCGGTGGAGAAATCA
CTGAAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATCACCGCACCAGAGCCAAAACAGCCTCTGGAGACC
GAACCAGTCTCGGTTGTGATTGCTGAACCGACTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACAGGACAG
GAGGAGGAGGGAGAGCCGTCGAAGCCTGCACGGCCTAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAG
AAGGTTGGAGTTATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGGGGCACGTTTTGCGGGAGCCATATG
TACCCGGAGAAGCATGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAG*TTGGACGCGGTGCAATCGCA
AAGGCGAATCCTGTGGTCA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1BK70TF 561 0 0
G
GACCATTTCTGGTGAAGAAGGCAGAATTTTAAAAAGACAACAACAACAATGAGCTTTGAG
CAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCCCTGCGATAACGGATGTGGA
TTCTTCGGGTCACCCTCCAACATGAACCTTTGTTCCAAATGTTACCGAAGCCTACGTGCC
GAGGAAGATCAAACGTCAGTGGCAAAAGCTGCGGTGGAGAAATCACTGAAGCTTCCATCT
TGCAGTCTCATCACCGCACCAGAGCCAAAACAGCCTCTGGAGACCGAACCAGTCTCGGTT
GTGATTGCTGAACCGACTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACAGGACAGGAGGAGGAGGGAGAG
CCGTCGAAGCCTGCACGGCCTAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAAGGTTGGAGTTATG
GGGTTTAAGTGCAAATGCGGGAGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGGTACCCGGAGAAGCAT
GAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAGGTTGGACGCGGTGCAATCGCAAAGGCGAATCCTGTG
GTCAAGGCCGATAAAGTC
CA

QA 2 559 2 559
DS 

RD RR1EO43JQ 706 0 0
TCTTCAAGCTTCGAAGATCGCAGGAAAAATCCTCGTTTCGATCCGACCATTTCTGGTGAA
GAAGGCAGAATTTTAAAAAGACAACAACAACAATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAA
GCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCTCTGCGATAACGGATGTGGATTCTTCGGGTCACCCT
CCAACATGAACCTTTGTTCCAAATGTTACCGAAGCCTACGTGCCGAGGAAGATCAAACGG
CAGTGGCAAAAGCTGCGGTGGAGAAATCACTGAAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATCACCG
CACCAGAGCCAAAACAGCCTCTGGAGACCGAACCAGTCTCGGTTGTGATTGCTGAACCGA
CTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACAGGACAGGAGGAGGAGGGAGAGCCGTCGAAGCCTGCAC
GGCCTAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAAGGTTGGAGTTATGGGGTTTAAGTGCAAAT
GCGGGGGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGGTACCCGGAGAAGCATGAGTGTAGCTTCGATT
TCAAAGAGGTTGGACGCGGTGCAATCGCAAAGGCGAATCCTGTGGTCAAGGCCGATAAAG
TCTAGAGGATTTGATGTGATGTGTCTTATCTTTCAGTTAATTCCGAGAATGTTGCTGTGA
TGTGGTCATGTTCGATGTTGGGTTTCTATGAATCAAAATGAAAAAA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1BK70JQ 728 0 0
GCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCCCTGCGATAACGGATGTGG
ATTCTTCGGGTCACCCTCCAACATGAACCTTTGTTCCAAATGTTACCGAAGCCTACGTGC
CGAGGAAGATCAAACGTCAGTGGCAAAAGCTGCGGTGGAGAAATCACTGAAGCTTCCATC
TTGCAGTCTCATCACCGCACCAGAGCCAAAACAGCCTTTGGAGACCGAACCAGTCTCGGT
TGTGATTGCTGAACCGACTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACAGGACAGGAGGAGGAGGGAGA
GCCGTCGAAGCCTGCACGGCCTAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAAGGTTGGAGTTAT
GGGGTTTAAGTGCAAATGCGGGAGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGGTACCCGGAGAAGCA
TGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAGGTTGGACGCGGTGCAATCGCAAAGGCGAATCCTGT
GGTCAAGGCCGATAAAGTCCAGAGGATTTGATGTGATGTGTCTTATCTTTCAGTTAATTC
CGAGAATGTTGCTGTGATGTGGTCATGTTCGATGTTGGGTTTCTATGAATCAAAATGAAA
AAAATGCTGCTATTGGTTTTCTCATGAATCCTTTTTTAGTGCTTTTAAGTCTATTGAAAT
GGAGTCTCCCTTTGCCTGCTCAAGATTGACTATGTTTGCTTCTTGGTTATGTTTAGATTC
GCAGCTTG

QA 1 728 1 728
DS 



AS 2 5

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TCCATCACACAATACGATCAAATAGCATTGTTACAAAACCCAAAGACAAGCATCAAGAAC
AAATAGCTCTTTCAACAACTTCCTGCAACTCCCCACTCTAAAACGCCTCGAGAGTGATGT
CACAGTCACCGAAGAACTCGCCGTCGATGTAAAGCTGAGGAAACGTGGGCCAGTTCGAGT
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CGTTGAGATTCTTGAGGATCTGCACCACCGTGTTCGAGAATCCGCACATGGGGAAATGCC
GTGCCTTTCATGAATAACACGACTTTCTCCGAGTTCACCAGCTTCTCCAGCGTATCTCTA
AGCTGCGGCGTGAGCGCCGACGACGACGACGCCGAGCACCTGAATTTCGCGGCGGGAGAT
GATGGTTTGAGTTTGGGTATAAGATTCGATCGAGTGATGGAGATCGGTTGGTGGTGGTTG
TTGTAGACGGCGAGTGATGACCTCGGTTTAGAGGCGAATCTGAAAGACTGTGGTTTGTTG
ACAATTGAGGAGGAGACGGCGGCGGTGGGAGTTGCAAACGGCGTTTTGACAGATCGGAGA
GCCATTTTCCGGATTTGGAATTTGGGACAATTGAAATCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EP57TF C 1
AF RR1EP57JQ U 2
BS 1 1 RR1EP57TF
BS 2 699 RR1EP57JQ

RD RR1EP57TF 699 0 0
TCAAGAAGAGTTTTATAATGTATAGATTCAAGCACATAGTAGTACTGTTCTATAACTAAA
TCCATCACACAATACGATCAAATAGCATTGTTACAAAACCCAAAGACAAGCATCAAGAAC
AAATAGCTCTTTCAACAACTTCCTGCAACTCCCCACTCTAAAACGCCTCGAGAGTGATGT
CACAGTCACCGAAGAACTCGCCGTCGATGTAAAGCTGAGGAAACGTGGGCCAGTTCGAGT
ACTCTTTCAGCCCCTGCCTCAGCATCTCGTTCTCGAGAATGTTGACGTCTTCGAAGGGGA
CGTTGAGATTCTTGAGGATCTGCACCACCGTGTTCGAGAATCCGCACATGGGGAAATGCC
GTGCCTTTCATGAATAACACGACTTTCTCCGAGTTCACCAGCTTCTCCAGCGTATCTCTA
AGCTGCGGCGTGAGCGCCGACGACGACGACGCCGAGCACCTGAATTTCGCGGCGGGAGAT
GATGGTTTGAGTTTGGGTATAAGATTCGATCGAGTGATGGAGATCGGTTGGTGGTGGTTG
TTGTAGACGGCGAGTGATGACCTCGGTTTAGAGGCGAATCTGAAAGACTGTGGTTTGTTG
ACAATTGAGGAGGAGACGGCGGCGGTGGGAGTTGCAAACGGCGTTTTGACAGATCGGAGA
GCCATTTTCCGGATTTGGAATTTGGGACAATTGAAATCC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1EP57JQ 698 0 0
CAAGAAGAGTTTTATAATGTATAGATTCAAGCACATAGTAGTACTGTTCTATAACTAAAT
CCATCACACAATACGATCAAATAGCATTGTTACAAAACCCAAAGACAAGCATCAAGAACA
AATAGCTCTTTCAACAACTTCCTGCAACTCCCCACTCTAAAACGCCTCGAGAGTGATGTC
ACAGTCACCGAAGAACTCGCCGTCGATGTAAAGCTGAGGAAACGTGGGCCAGTTCGAGTA
CTCTTTCAGCCCCTGCCTCAGCATCTCGTTCTCGAGAATGTTGACGTCTTCGAAGGGGAC
GTTGAGATTCTTGAGGATCTGCACCACCGTGTTCGAGAATCCGCACATGGGGAAATGCCG
TGCCTTTCATGAATAACACGACTTTCTCCGAGTTCACCAGCTTCTCCAGCGTATCTCTAA
GCTGCGGCGTGAGCGCCGACGACGACGACGCCGAGCACCTGAATTTCGCGGCGGGAGATG
ATGGTTTGAGTTTGGGTATAAGATTCGATCGAGTGATGGAGATCGGTTGGTGGTGGTTGT
TGTAGACGGCGAGTGATGACCTCGGTTTAGAGGCGAATCTGAAAGACTGTGGTTTGTTGA
CAATTGAGGAGGAGACGGCGGCGGTGGGAGTTGCAAACGGCGTTTTGACAGATCGGAGAG
CCATTTTCCGGATTTGGAATTTGGGACAATTGAAATCC

QA 1 698 1 698
DS 



CO CL1300Contig2 836 3 5 U
GCGTTACTTAACCAACCATAAACTCTTAGACATCAAGAAGACTTTAGTAATGGATAGAGT
TTCAGGTGCATAGTGGTACTATTGTTACATAGCTAGTTCCATTATACAATATGTCTCTTG
TAGTGTTACCACCAACCATAAACTCTGAGACATCAAGAAGAGTTTTATAATGTATGGATT
CAAGCACATAGTAGTACTATTTCTATAACTATATCCATCACACAATACGATCAAATAGCA
TTGTTACAAAACCCCAAAGACAAGCATATCAAAGCATCAAGAACAAATAGCTCTTTCAAC
AAATTCCTGAAACTCCCCACTCTGAAACGCCTCGAGAGTGATGTCACATCCCCCGAAGAA
CTCGCCGTCGATGTAAAGCTGAGGAAACGTGGGCCAATTAGAGTACTCTTTCAGCCCTTG
CCTCAGCATCTCGTTCTCGAGAATGTTGACGTCTTCCAAGGGGACGTTGAGATTCTTGAG
GATCTGCACCACCGTGTTCGAGAATCCGCAAATGGGGAAATCCCTCGTGCCTTTCATGAA
TAACACGACTTTCTCCGAGTTCACCAGCTTCTCCAGCGTATCTCTGAGTTGAGGCGTGAG
CGCCGACGACGCCGAGCACCTGAATTTCGCGGCGGGAGATGGTGGTTTGAGTTTGGGTAT
AAGATTCGATCGAGTGATGGAGATCGGTTGGTGGTGGTTGTTGTAGACGGCGAGTGATGC
CCTCGGTTTAGAGGCGAATCTGAAAGACTGTGGTTTGTTGACAATTGAGGAGGAGACGAC
GGCGGTGGGAGTTACAAACGGCGTTTTGACAGATCGGAGAGCCATTTTTTTCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GX87JQ U 1
AF RR1F334JQ U 147
AF RR1F334TF C 311
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BS 349 604 RR1F334JQ
BS 605 836 RR1F334TF

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AAATTCCTGCAACTCCCCACTCTGAAACGCCTCGAGAGTGATGTCACA
TCCCCCGAAAAA

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DS 

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CCAGCGTATCTCTGAGTTGAGGCGTGAGCGCC

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DS 

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DS 



AS 1 5

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AGTTTGGCCCAAAGTCCATTAGCCCAACTATCAGTTTCATCCAAAAAATTCAACTCTGCC
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GATGCTTGCAAGCATCTTGGTGTAGTAGATGAGTATGGAAGGAGGAGGATCCCAATGGGT
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TATTTCTTCTACTTTTTTCGTCATCAATGTTACTGTAACTTGTGGCTCCCAAAATAAGAA
AGATATGGGGCCCTTGTAAAAAGTTGAAACTAAGAAAAAAATGAAGATAAATGATAATTT
GATATATACATTATTTCTTTGCTTTCTTGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E075TF U 1
AF RR1E680TF U 90
AF RR1ED78TF U 90
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RD RR1E075TF 716 0 0
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AGTGGTGGCCCCATCGATGTTACCTTTGCTAAGAACAATCCACGTGTTGCTGCCATCATC
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CCAATGACGATAATGGCTATGAGAGCATATGGAAATTACCCAGGAAGGACCTACAGATTC
TACAAAGGTCCAGTGGTGTTTCCATTTGGGTTCAGTTTAAGTTACACTACCTTCACTCAC
AGTTTGGCCCAAAGTCCATTAGCCCAACTATCAGTTTCATCCAAAAAATTCAACTCTGCC
ATTTTCAACTCGTCATCTGATTCCATCAAAGTGTCTCATGCCAACTGTGGAACGTTTCCA
AAAATGTCTCTCCATGTTGAAGTATCAAACACAGGTGAATTCGAC*GAACCCACAC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1E680TF 663 0 0
G
GCAGATGCTACGGTTCTTGTGATGGGATTGGACCAGTCGATAGAGGCCGAGACACGAGAT
CGAACCGGGTTGCTGTTACCAGGTTACCAACAAGAGCTTGTTACACTAGTAGCTCAAGCT
TCTAAAGGTCCAGTCATTCTTGTGCTTATGAGTGGTGGCCCCGTCGATGTTACCTTTGCT
AAGAACAATCCACGTGTTGCTGCCATCATCTGGGCCGGGTATCCGGGTCAAGCTGGTGGA
GCTGCTATCGCCAATATAATCTTTGGTGCTGTTAACCCTGGAGGAAAACTACCTATGACA
TGGTATCCACAAGATTACGTAGCAAAAGTGCCAATGACGATAATGGCTATGAGAGCATAT
GGAAATTACCCAGGAAGGACCTACAGATTCTACAAAGGTCCAGTGGTGTTTCCATTTGGG
TCCGGTTTAAGTTACACTACCTTCACTCACAGTTTGGCCCAAAGTCCATTAGCCCAACTA
TCAGTTTCATCCAAAAAATTCAACTCTGCCATTTTCAACTCGTCATCTGATTCCATCAAA
GTGTCTCATGCCAACTGTGGAACGTTTCCAAAAATGTCTCTCCATGTTGAAGTATCAAAC
ACAGGTGAATTCGACAGAACCCACACGGTGTTCGTCTTTGCCGAGCCGCCGAAAA
CGGGATA

QA 2 656 2 656
DS 

RD RR1ED78TF 717 0 0
G
GCAGATGCTACGGTTCTTGTGATGGGATTGGACCAGTCGATAGAGGCCGAGACACGAGAT
CGAACCGGGTTGCTGTTACCAGGTTACCAACAAGAGCTTGTTACACTAGTAGCTCAAGCT
TCTAAAGGTCCAGTCATTCTTGTGCTTATGAGTGGTGGCCCCGTCGATGTTACCTTTGCT
AAGAACAATCCACGTGTTGCTGCCATCATCTGGGCCGGGTATCCGGGTCAAGCTGGTGGA
GCTGCTATCGCCAATATAATCTTTGGTGCTGTTAACCCTGGAGGAAAACTACCTATGACA
TGGTATCCACAAGATTACGTAGCAAAAGTGCCAATGACGATAATGGCTATGAGAGCATAT
GGAAATTACCCAGGAAGGACCTACAGATTCTACAAAGGTCCAGTGGTGTTTCCATTTGGG
TCCGGTTTAAGTTACACTACCTTCACTCACAGTTTGGCCCAAAGTCCATTAGCCCAACTA
TCAGTTTCATCCAAAAAATTCAACTCTGCCATTTTCAACTCGTCATCTGATTCCATCAAA
GTGTCTCATGCCAACTGTGGAACGTTTCCAAAAATGTCTCTCCATGTTGAAGTATCAAAC
ACAGGTGAATTCGAC*GAACCCACACGGTGTTCGTCTTTGCCGAGCCGCCGAAAA*CGGG
ATAAAAGGATTGGGTGTGAC**AACAATTGATAGCGTTTGAGAAG
TTCACGTCACG

QA 2 706 2 706
DS 

RD RR1C331JQ 713 0 0
GCTAAGAACAATCCACGTGTTGCTGCCATCATCTGGGCCGGGTATCCGGGTCAAGCTGGT
GGAGCTGCTATCGCCAATATAATCTTTGGTGCTGTTAACCCTGGAGGAAAACTACCTATG
ACATGGTATCCACAAGATTACGTAGCAAAAGTGCCAATGACGATAATGGCTATGAGAGCA
TATGGAAATTACCCAGGAAGGACCTACAGATTCTACAAAGGTCCAGTGGTGTTTCCATTT
GGGTTCGGTTTAAGTTACACTACCTTCACTCACAGTTTGGCCCAAAGTCCATTAGCCCAA
CTATCAGTTTCATCCAAAAAATTCAATTCTGCCATTTTCAACTCGTCATCTGATTCCATC
AAAGTGTCTCATGCCAACTGTGGAACGTTTCCAAAAATGTCTCTCCATGTTGAAGTATCA
AACACAGGTGAATTCGACGGAACCCACACGGTGTTCGTCTTTGCCGAGCCGCCGAAAAAC
GGGATAAAAGGATTGGGTGTGAACAAACAATTGATAGCGTTTGAGAAGGTTCATGTCACG
GCAGGGGCAAAACGAACTGTTCAAGTTGATGTTGATGCTTGCAAGCATCTTGGTGTAGTA
GATGAGTATGGAAGGAGGAGGATCCCAATGGGTGAACATAAACTGCATATCGGTGATCTT
AAACATACTATTTTGGTTCAACCGCAACTTTAAAAGAGGCATACAAAAAGAAG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1E075JQ 702 0 0
AACTCTGCCATTTTCAACTCGTCATCTGATTCCATCAAAGTGTCTCATGCCAACTGTGGA
ACGTTTCCAAAAATGTCTCTCCATGTTGAAGTATCAAACACAGGTGAATTCGACGGAACC
CACACGGTGTTCGTCTTTGCCGAGCCGCCGAAAAACGGGATAAAAGGATTGGGTGTGAAC
AAACAATTGATAGCGTTTGAGAAGGTTCATGTCACGGCAGGGGCAAAACGAACTGTTCAA
GTTGATGTTGATGCTTGCAAGCATCTTGGTGTAGTAGATGAGTATGGAAGGAGGAGGATC
CCAATGGGTGAACATAAACTGCATATCGGCGATCTTAAACATACTATTTTGGTTCAACCG
CAACTTTAAAAGAGGCATACAAAAAGAAGCAACAAATAAGGAAACCTTTTAACGGACTGG
AGTGTTTCCTCTTATTTACATGTTACATTATATATAGAGAGATAGGTTATTTTCTTGAGA
AATTACTCAAGAAATGGTTCAATCCAACATGAGAAGCACCAAAGGGTCGCTTCTTGGATT
TGTATGTTTTATTTCTTCTACTTTTTTCGTCATCAATGTTACTGTAACTTGTGGCTCCCA
AAATAAGAAAGATATGGGGCCCTTGTAAAAAGTTGAAACTAAGAAAAAAATGAAGATAAA
TGATAATTTGATATATACATTATTTCTTTGCTTTCTTGTCTC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 6

CO CL1302Contig1 741 6 13 U
TTTGGTTTCAAAGCTTAAGCAAGGTCAAAGACATGGCAAATGTTTAGAGAACACAGTTTA
AGACATATTAATAGAGTAGATCTCAATCATCACAAGCTGTGCACATAAATCTTCATAAAC
ACTTAAAAATACTTTTTTCTGAGCAAAGGTTACGGGAGATGGATGTTGATATCGAAAACG
GTGGTGGACACATGGCTCATAACACTCTCCAC*TCCCCCCTCCTCAAGATCCTCAGGCCT
CGTCCATCTGCTCCTGCATATCGGAGGTCCAGAGGGTAAGATTGTCCCTAAGCAACTGCA
TAATGAGAGTGCTGTCTTTGTATGACCCTTCTCCCAAAGTGTCAAGCTCAGCTATTGCTT
CTTCAAAAGCCTGTTTGGCCATGTCACAAGCTTTGTCGGAGGAATTAAGAATCTCATAGT
AAAACACCGAGAAATTCAACGCAAGACCAAGCCTAATCGGATGGGTAGGTGCCATATCAG
CAGCTGCGATATCCTGAGCCGCCTTGTAAGCAACCATGGTATCCTCAGCAGCCGCTTTCC
TCTCCTCCCCCGACTTAAACTCCGCCATGTACCTATGGTAATCCCCCTTCATCTTCAGGT
AAAACACCTTCGACTCGCTCGCCGCCGCCGACGGGATCAGGTGCTCCTCGAGGAGCTTGA
GGATCCCGGAGCATACGGAGGAGAGCTCCGTCTCCACCTTGGATCTGTAGTCCTTGACGA
GCCCCACGTGCTCCTCGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E674JQ U 147
AF RR1DN41JQ U 13
AF RR1BL42TF C 8
AF RR1BL42JQ U 13
AF RR1DN41TF C 5
AF RR1E674TF C 1
BS 1 12 RR1E674TF
BS 13 146 RR1BL42JQ
BS 147 265 RR1E674JQ
BS 266 266 RR1BL42JQ
BS 267 326 RR1E674JQ
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BS 328 350 RR1E674JQ
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BS 491 700 RR1BL42JQ
BS 701 741 RR1E674TF

RD RR1E674JQ 344 0 0
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CTCCAC*TCCCCCCTCCTCAAGATCCTCAGGCCTCGTCCATCTGCTCCTGCATATCGGAA
GTCCAGAGGGTAAGATTGTCCCTAAGCAACTGCATAATGAGAGTGCTGTCTTTGTATGAC
TCTTCTCCCAAAGTGTCAAGCTCAACTATTGCTTCTTCAAAAGCCTGTTTGGGCATGTCA
CAAGCTTTGTCGGAGGAATTAAGAATCTCATAGTAAAACACCGAGAAATTCAACGCAAGA
CCAAGCCTAATCGGATGGGTAGGTGCCATATCAGCAGCTGCGAT

QA 1 344 1 344
DS 

RD RR1DN41JQ 604 0 0
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AGAGTAGATCTCAATCATCACAAGCTGTGCACATAAATCTTCATAAACACTTAAAAATAC
TTTTTTCTGAGCAAAGGTTACGGGAGATGGATGTTGATATCGAAAACGGTGGTGGACACA
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CCTGCATATCGGAGGTCCAGAGGGTAAGATTGTCCCTAAGCAACTGCATAATGAGAGTGC
TGTCTTTGTATGACCCTTCTCCCAAAGTGTCAAGCTCAGCTATTGCTTCTTCAAAAGCCT
GTTTGGCCATGTCACAAGCTTTGTCGGAGGAATTAAGAATCTCATAGTAAAACACCGAGA
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CCTGAGCCGCCTTGTAAGCAACCATGGTATCCTCAGCAGCCGCTTTCCTCTCCTCCCCCG
ACTTAAACTCCGCCATGTACCTATGGTAATCCCCCTTCATCTTCAGGTAAAACACCTTCG
ACTC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1BL42TF 694 0 0
TTTTT
GCTTAAGCAAGGTCAAAGACATGGCAAATGTTTAGAGAACACAGTTTAAGACATATTAAT
AGAGTAGATCTCAATCATCACAAGCTGTGCACATAAATCTTCATAAACACTTAAAAATAC
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TGGCTCATAACACTCTCCACCTCCCCCCTCCTCAAGATCCTCAGGCCTCGTCCATCTGCT
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TGTCTTTGTATGACCCTTCTCCCAAAGTGTCAAGCTCAGCTATTGCTTCTTCAAAAGCCT
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CCTGAGCCGCCTTGTAAGCAACCATGGTATCCTCAGCAGCCGCTTTCCTCTCCTCCCCCG
ACTTAAACTCCGCCATGTACCTATGGTAATCCCCCTTCATCTTCAGGTAAAACACCTTCG
ACTCGCTCGCCGCCGCCGACGGGATCAGGTGCTCCTCGAGGAGCTTGAGGATCCCGGAGC
ATACGGAGGAGAGCTCCGTCTCCACCTT
C

QA 6 693 6 693
DS 

RD RR1BL42JQ 689 0 0
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AGAGTAGATCTCAATCATCACAAGCTGTGCACATAAATCTTCATAAACACTTAAAAATAC
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TGGCTCATAACACTCTCCAC*TCCCCCCTCCTCAAGATCCTCAGGCCTCGTCCATCTGCT
CCTGCATATCGGAGGTCCAGAGGGTAAGATTGTCCCTAAGCAACTGCATAATGAGAGTGC
TGTCTTTGTATGACCCTTCTCCCAAAGTGTCAAGCTCAGCTATTGCTTCTTCAAAAGCCT
GTTTGGCCATGTCACAAGCTTTGTCGGAGGAATTAAGAATCTCATAGTAAAACACCGAGA
AATTCAACGCAAGACCAAGCCTAATCGGATGGGTAGGTGCCATATCAGCAGCTGCGATAT
CCTGAGCCGCCTTGTAAGCAACCATGGTATCCTCAGCAGCCGCTTTCCTCTCCTCCCCCG
ACTTAAACTCCGCCATGTACCTATGGTAATCCCCCTTCATCTTCAGGTAAAACACCTTCG
ACTCGCTCGCCGCCGCCGACGGGATCAGGTGCTCCTCGAGGAGCTTGAGGATCCCGGAGC
ATACGGAGGAGAGCTCCGTCTCCACCTT
C

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1DN41TF 697 0 0
TTTTTTTT
GCTTAAGCAAGGTCAAAGACATGGCAAATGTT*AGAGAACACAGTTTAAGACATATTAAT
AGAGTAGATCTCAATCATCACAAGCTGTGCACATAAATCTTCATAAACACTTAAAAATAC
TTTTTTCTGAGCAAAGGTTACGGGAGATGGATGTTGATATCGAAAACGGTGGTGGACACA
TGGCTCATAACACTCTCCAC*TCCCCCCTCCTCAAGATCCTCAGGCCTCGTCCATCTGCT
CCTGCATATCGGAGGTCCAGAGGGTAAGATTGTCCCTAAGCAACTGCATAATGAGAGTGC
TGTCTTTGTATGACCCTTCTCCCAAAGTGTCAAGCTCAGCTATTGCTTCTTCAAAAGCCT
GTTTGGCCATGTCACAAGCTTTGTCGGAGGAATTAAGAATCTCATAGTAAAACACCGAGA
AATTCAACGCAAGACCAAGCCTAATCGGATGGGTAGGTGCCATATCAGCAGCTGCGATAT
CCTGAGCCGCCTTGTAAGCAACCATGGTATCCTCAGCAGCCGCTTTCCTCTCCTCCCCCG
ACTTAAACTCCGCCATGTACCTATGGTAATCCCCCTTCATCTTCAGGTAAAACACCTTCG
ACTCGCTCGCCGCCGCCGACGGGATCAGGTGCTCCTCGAGGAGCTTGAGGATCCCGGAGC
ATACGGAGGAGAGCTCCGTCTCCACCTT
C

QA 9 696 9 696
DS 

RD RR1E674TF 741 0 0
TTTGGTTTCAAAGCTTAAGCAAGGTCAAAGACATGGCAAATGTT*AGAGAACACAGTTTA
AGACATATTAATAGAGTAGATCTCAATCATCACAAGCTGTGCACATAAATCTTCATAAAC
ACTTAAAAATACTTTTTTCTGAGCAAAGGTTACGGGAGATGGATGTTGATATCGAAAACG
GTGGTGGACACATGGCTCATAACACTCTCCAC*TCCCCCCTCCTCAAGATCCTCAGGCCT
CGTCCATCTGCTCCTGCATATCGGAGGTCCAGAGGGTAAGATTGTCCCTAAGCAACTGCA
TAATGAGAGTGCTGTCTTTGTATGACTCTTCTCCCAAAGTGTCAAGCTCAGCTATTGCTT
CTTCAAAAGCCTGTTTGGCCATGTCACAAGCTTTGTCGGAGGAATTAAGAATCTCATAGT
AAAACACCGAGAAATTCAACGCAAGACCAAGCCTAATCGGATGGGTAGGTGCCATATCAG
CAGCTGCGATATCCTGAGCCGCCTTGTAGGCAACCATGGTATCCTCAGCAGCCGCTTTCC
TCTCCTCCCCCGACTTAAACTCCGCCATGTACCTATGGTAATCCCCCTTCATCTTCAGGT
AAAACACCTTCGACTCGCTCGCCGCCGCCGACGGGATCAGGTGCTCCTCGAGGAGCTTGA
GGATCCCGGAGCATACGGAGGAGAGCTCCGTCTCCACCTTGGATCTGTAGTCCTTGACGA
GCCCCACGTGCTCCTCGTTCC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 6

CO CL1303Contig1 1083 6 17 U
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TCTAAAAAA*CTAGTCTTTTTGGGGTTTTAGTTGGTATCGTCGGAAGAGAGATAAAAATG
TTGGGAATTTTCAGCGGAGCTATAGTATCTTTGCCGGAAGAGCTGGTGGCCGCCGGGAAC
CGAACTCCATCGCCGAAGACAACCGGCTCGGTCCTAGTCAACAAGTTCGTTGAGAAAAAT
CCCTCCGCCGTGTCCGTACAGGTCGGCGACTATGTGCAGCTTGCGTACAGCCACCACAAA
GAGAGTCCTCTCCGGCCAAGGTCATTTGGGGCTAAGGATGAGATATTCTGCTTGTTCCAA
GGATCACTTGACAACCTAGGAAGCTTGAAACAACAATATGGGCTTGCAAAGAACGCAAAC
GAGGTTCTCTTGGTCATCGAGGCTTATAAGACTCTCCGTGACAGAGCTCCTTACCCGGCC
AACCATGTCGTGTCTCACCTAAGCGGCGACTTCGCCTTCGTGGTTTTCGACAAATCAACC
TCCACTCTGTTTGTAGCCTCTGACCAAGAAGGTAAGGTTCCATTGTATTGGGGG*ATAAC
AGCTGATGGGTATGTGGCATTTGCTGATGATATTGAGTTGCTAAAAGGTGCTTGTGGCAA
A*TCTCTTGCTTCGTTCCCTCAAGGCTGTTTTTACTCGACTGCGTTAGGTGGGCTAA*GG
AGCTTTGAGAACCCTAAGAACAAGATCACTGCCATTCCTGCTAAAGAGGAAGAAATTTGG
GGAGCCACCTTCAAGGTGGAAGGAGCAGCAGTTCTTGCACATGGAGATTGAGAAAAGAAA
AAAAAAATCAAGCTCCATCTCTCTTAATATCGAAACTCCAAAATAATGATGTAGAGAAAA
CAAGAAGCTGTTCTATGAGTTTTTCTTTAAGCTATCAAATGGTTGGGGATGTGTAGTGTT
GTGATCTCTGTTTTGTCTTTTGTTTCTCTGTACAGCTTGTGTTTGTCTCTTCTGGTGTTT
CTAGTGTGTTCGTCCCAATAAGTTATGTCTCATAGACTCTAAATCTACCTTCTCTTGATC
CTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DA91TF U 1
AF RR1BT02TF U 2
AF RR1B232JQ C 512
AF RR1B232TF U 2
AF RR1DA91JQ C 384
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BS 796 796 RR1BT02JQ
BS 797 800 RR1B232TF
BS 801 801 RR1BT02JQ
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BS 817 835 RR1B232TF
BS 836 1083 RR1BT02JQ

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CGAACTCCATCGCCGAAGACAACCGGCTCGGTCCTAGTCAACAAGTTCGTTGAGAAAAAT
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GAACTCCATCGCCGAAGACAACCGGCTCGGTCCTAGTCAACAAGTTCGTTGAGAAAAATC
CCTCCGCCGTGTCCGTACAGGTCGGCGACTATGTGCAGCTTGCGTACAGCCACCACAAAG
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ACCATGTCGTGTCTCACCTAAGCGGCGACTTCGCCTTCGTGGTTTTCGACAAATCAACCT
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*TCTCTTGCTTCGTTCCCTCAAAGCTGTTTTTACTCGACTGCGTTAGGTGGGCTAAAGGA
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GAAA

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GGCTGTTTTTACTCGACTGCGTTAGGTGGGCTAA*GGAGCTTTGAGAACCCTAAGAACAA
GATCACTGCCATTCCTGCTAAAGAGGAAGAAATTTGGGGAGCCACCTTCAAGGTGGAAGG
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TCTTTAAGCTATCAAATGGTTGGGGATGTGTAGTGTTGTGATCTCTGTTTTGTCTTTTGT
TTCTCTGTACAGCTTGTGTTTGTCTCTTCTGGTGTTTCTAGTGTGTTCGTCCCAATAAGT
TATGTCTCAT

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DS 

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TATAAGACTCTCCGTGACAGAGCTCCTTACCCGGCCAACCATGTCGTGTCTCACCTAAGC
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GCTGTTTTTACTCGACTGCGTTAGGTGGGCTAA*GGAGCTTTGAGAACCCTAAGAACAAG
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TAATATCGAAACTCCAAAATAATGATGTAGAGAAAACAAGAAGCTGTTCTATGAGTTTTT
CTTTAAGCTATCAAATGGTTGGGGATGTGTAGTGTTGTGATCTCTGTTTTGTCTTTTGTT
TCTCTGTACAGCTTGTGTTTGTCTCTTCTGGTGTTTCTAGTGTGTTCGTCCCAATAAGTT
ATGTCTCATAGACTCTAAATCTACCTTCTCTTGATCCTT

QA 1 819 1 819
DS 



AS 2 6

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TCGATTCACAACCTGGTAGCAGAAGCTGGAGCTATGATTCTCTCAAGAACCTCCGTCAGA
TTTCCCCGGCTGTCCAGAATCATCTTAAGCGGGTTTATCTTACTCTGTGTTGTGCTCTTG
TTGCGTCTGCATTTGGAGCTTACCTTCATATGCTCTGGAACATCGGTGGTATTCTCACCA
CCATTGGATGCTTTGGAAGCATGATTTGGCTGCTCTCCTGTCCTCCTTATGAACAACAAA
AGAGGCTTTCCCTTCTCTTTCTCTCTGCCGTTCTTGAAGGTGCTTCTGTTGGTCCCTTGA
TCAAAGTGGCAGTTGATTTTGACCCAAGCATCCTTATCACTGCATTCGTCGGAACTGCGA
TAGCCTTTATCTGTTTCTCGGGAGCAGCGATGCTGGCAAGACGCAGAGAGTATCTCTACC
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TCTTCGGTGGCTCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGCTCTACTTTGGACTCTTGATCTTTG
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TCATCATAATGCTGAAGAACTCGGCAGATAAAGAAGAGAAAAAGAAGAAGAGGAGGAACT
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TGGTGTTTTTACTTGTTTGAGACGGTTTTGCTAAAAACACATGCATGTTACCTTATTTGT
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TATCTTAGTACTGTTT


BQ
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AC85TF U 1
AF RR1BK77TF U 3
AF RR1GD12JQ C 361
AF RR1AC85JQ C 185
BS 1 32 RR1AC85TF
BS 33 34 RR1BK77TF
BS 35 622 RR1AC85TF
BS 623 640 RR1BK77TF
BS 641 641 RR1AC85JQ
BS 642 683 RR1BK77TF
BS 684 684 RR1AC85JQ
BS 685 736 RR1BK77TF
BS 737 976 RR1AC85JQ

RD RR1AC85TF 622 0 0
AATCATCGCAAAGCAAAAAGAAAACAAAAAAA**GGTCATGGAATCATTCTCGTCCTTCT
TCGATTCACAACCTGGTAGCAGAAGCTGGAGCTATGATTCTCTCAAGAACCTCCGTCAGA
TTTCCCCGGCTGTCCAGAATCATCTTAAGCGGGTTTATCTTACTCTGTGTTGTGCTCTTG
TTGCGTCTGCATTTGGAGCTTACCTTCATATGCTCTGGAACATCGGTGGTATTCTCACCA
CCATTGGATGCTTTGGAAGCATGATTTGGCTGCTCTCCTGTCCTCCTTATGAACAACAAA
AGAGGCTTTCCCTTCTCTTTCTCTCTGCCGTTCTTGAAGGTGCTTCTGTTGGTCCCTTGA
TCAAAGTGGCAGTTGATTTTGACCCAAGCATCCTTATCACTGCATTCGTCGGAACTGCGA
TAGCCTTTATCTGTTTCTCGGGAGCAGCGATGCTGGCAAGACGCAGAGAGTATCTCTACC
TCGGAGGACTGCTTTCATCTGGCTTGTCCATGCTTATGTGGCTTCAGTTTGCCTCTTCCA
TCTTCGGTGGCTCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGCTCTACTTTGGACTCTTGATCTTTG
TGGGATACATGGTGGTGGACAC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1BK77TF 734 0 0
GG
ATCGCAAAGCAAAAAGAAAACAAAAAAAAAGGTCATGGAATCATTCTCGTCCTTCTTCGA
TTCACAACCTGGTAGCAGAAGCTGGAGCTATGATTCTCTCAAGAACCTCCGTCAGATTTC
CCCGGCTGTCCAGAATCATCTTAAGCGGGTTTATCTTACTCTGTGTTGTGCTCTTGTTGC
GTCTGCGTTTGGGGCTTACCTCCACGTGCTCTGGAACATCGGTGGTATTCTCACTACCAT
TGGATGCTTTGGAAGCATGATTTGGCTGCTCTCCTGTCCTCCTTATGAACAACAAAAGAG
GCTTTCCCTTCTCTTTCTCTCTGCCGTTCTTGAAGGTGCTTCTGTTGGTCCCTTGATCAA
AGTGGCAGTTGATTTTGACCCAAGCATCCTTATCACTGCATTCGTCGGAACTGCGATAGC
CTTTATCTGTTTCTCGGGAGCAGCGATGCTGGCAAGACGCAGAGAGTATCTCTACCTCGG
AGGACTGCTTTCATCTGGCTTGTCCATGCTTATGTGGCTTCAGTTTGCCTCTTCCATCTT
CGGTGGCTCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGCTCTACTTTGGACTCTTGATCTTTGTGGG
ATACATGGTGGTGGACACTCAGGATATTATAGAGAAAGCCCACCTCGGTGACATGGACTA
CGTGAAACATTCCTTGACC*TTTTCACCGATTTTGTAGCTGTGTTTGTTCGTATCCTCAT
CATAATGCTGAA

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR1GD12JQ 573 0 0
TCAAAGTGGCAGTTGATTTTGACCCAAGCATCCTTATCACTGCATTCGTCGGAACTGCGA
TAGCCTTTATCTGTTTCTCGGGAGCAGCGATGCTGGCAAGACGCAGAGAGTATCTCTACC
TCGGAGGACTGCTTTCATCTGGCTTGTCCATGCTTATGTGGCTTCAGTTTGCCTCTTCCA
TCTTCGGTGGCTCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGCTCTACTTTGGACTCTTGATCTTTG
TGGGATACATGGTGGTGGACACTCAGGATATTATAGAGAAGGCCCACCTCGGTGACATGG
ACTACGTGAAACATTCCTTGACCCTTTTCACCGATTTTGTAGCTGTGTTTGTTCGTATCC
TCATCATAATGCTGAAGAACTCGGCAGATAAAGAAGAGAAAAAGAAGAAGAGGAGGAACT
GAGACTAAAAGTGAGAAAGAAAGCTAATAGAGAGTGGGTGATATAACTACATGAAAGCTT
TGGTGTTTTTACTTGTTTGAGACGGTTTTGCTAAAAACACATGCATGTTACCTTATTTGT
TTATTCTTCTAAGTGGCTCCCGATTGTAAATGG

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1AC85JQ 792 0 0
GTCTGCA
TTTGGAGCTTACCTTCATATGCTCTGGAACATCGGTGGTATTCTCACCACCATTGGATGC
TTTGGAAGCATGATTTGGCTGCTCTCCTGTCCTCCTTATGAACAACAAAAGAGGCTTTCC
CTTCTCTTTCTCTCTGCCGTTCTTGAAGGTGCTTCTGTTGGTCCCTTGATCAAAGTGGCA
GTTGATTTTGACCCAAGCATCCTTATCACTGCATTCGTCGGAACTGCGATAGCCTTTATC
TGTTTCTCGGGAGCAGCGATGCTGGCAAGACGCAGAGAGTATCTCTACCTCGGAGGACTG
CTTTCATCTGGCTTGTCCATGCTTATGTGGCTTCAGTTTGCCTCTTCCATCTTCGGTGGC
TCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGCTCTACTTTGGACTCTTGATCTTTGTGGGATACATG
GTGGTGGACACTCAGGATATTATAGAGAAGGCCCACCTCGGTGACATGGACTACGTGAAA
CATTCCTTGACCCTTTTCACCGATTTTGTAGCTGTGTTTGTTCGTATCCTCATCATAATG
CTGAAGAACTCGGCAGATAAAGAAGAGAAAAAGAAGAAGAGGAGGAACTGAGACTAAAAG
TGAGAAAGAAAGCTAATAGAGAGTGGGTGATATAACTACATGAAAGCTTTGGTGTTTTTA
CTTGTTTGAGACGGTTTTGCTAAAAACACATGCATGTTACCTTATTTGTGTATTCTTCTA
AGTGGCTCCCGATTGTAAATGGATCTAGTGGTGTTCGTTTTTCGTTCATTATCTTAGTAC
TGTTT

QA 8 792 8 792
DS 



CO CL1304Contig2 681 2 4 U
TTTTTTAATCATCGCAAAGCAAAAAGAAAACAAAAAAAAAGGTCATGGAATCATTCTCGT
CCTTCTTCGATTCACAACCTGGTAGCAGAAGCTGGAGCTATGATTCTCTCAAGAACCTCC
GTCAGATTTCCCCGGCTGTCCAGAATCATCTTAAGCGGGTAACTTTCCTTCTTCCTCTAT
CAAACCGTCGGTTCTTGATTAGAGACCACAGTTATACGATTGATCGAGACTCGTTTCGTT
TTTCATGGTGTTGATCTCTCTAGTCGACTCGATCGCATCTCAATTTTGTTTTAATCGTTC
CGATTGTACTTCCTAAAAGTTTCTAGGGTTTCTAATTTCGTCGTGTTAGTTTCTGAGATT
GAACTAGTTGGTCCATAGATACTTATTTTAATTCCATCGTAATTGCTTCGCTTCGCTTAT
GTTTCTTGTGGAGTTTGTAGGTTTATCTTACTCTGTGTTGTGCTCTTGTTGCGTCCGCGT
TTGGGGCTTACCTCCACGTGCTCTGGAACATCGGTGGTATTCTCACTACCATTGGATGCT
TTGGAAGCATGATTTGGCTGCTCTCCTGTCCTCCTTATGAACAACAAAAGAGGCTTTCCC
TTCTCTTTCTCTCTGCCGTTCTTGAAGGTGCTTCTGTTGGTCCCTTGATCAAAGTGGCAG
TTGATTTTGACCCAAGCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR40TF U 1
AF RR1GD12TF U 5
BS 1 114 RR1FR40TF
BS 115 115 RR1GD12TF
BS 116 127 RR1FR40TF
BS 128 681 RR1GD12TF

RD RR1FR40TF 127 0 0
TTTTTTAATCATCGCAAAGCAAAAAGAAAACAAAAAAAAAGGTCATGGAATCATTCTCGT
CCTTCTTCGATTCACAACCTGGTAGCAGAAGCTGGAGCTATGATTCTCTCAAGA*CCTCC
GTCAGAT

QA 1 127 1 127
DS 

RD RR1GD12TF 677 0 0
GG
AATCATCGCAAAGCAAAAAGAAAACAAAAAAAA*GGTCATGGAATCATTCTCGTCCTTCT
TCGATTCACAACCTGGTAGCAGAAGCTGGAGCTATGATTCTCTCAAGAACCTCCGTCAGA
TTTCCCCGGCTGTCCAGAATCATCTTAAGCGGGTAACTTTCCTTCTTCCTCTATCAAACC
GTCGGTTCTTGATTAGAGACCACAGTTATACGATTGATCGAGACTCGTTTCGTTTTTCAT
GGTGTTGATCTCTCTAGTCGACTCGATCGCATCTCAATTTTGTTTTAATCGTTCCGATTG
TACTTCCTAAAAGTTTCTAGGGTTTCTAATTTCGTCGTGTTAGTTTCTGAGATTGAACTA
GTTGGTCCATAGATACTTATTTTAATTCCATCGTAATTGCTTCGCTTCGCTTATGTTTCT
TGTGGAGTTTGTAGGTTTATCTTACTCTGTGTTGTGCTCTTGTTGCGTCCGCGTTTGGGG
CTTACCTCCACGTGCTCTGGAACATCGGTGGTATTCTCACTACCATTGGATGCTTTGGAA
GCATGATTTGGCTGCTCTCCTGTCCTCCTTATGAACAACAAAAGAGGCTTTCCCTTCTCT
TTCTCTCTGCCGTTCTTGAAGGTGCTTCTGTTGGTCCCTTGATCAAAGTGGCAGTTGATT
TTGACCCAAGCATCC

QA 3 677 3 677
DS 



AS 1 3

CO CL1305Contig1 1038 3 5 U
GTTGCGAACTGGGTTCTGTCCTTCCAGGCCTTCCCTAGGAACAGAGCTTCACTCAAAGAA
GGTGAATTCTACGGGTTCTACGGTTCAAGGAGCTCTCAGTTTCCTATAGATGTTAATGGG
GATCTAACTCATAACAACAGTCACCTGGCAAGTACATACTGTGCCTTGGCTATTCTTAAG
GTGATTGGGCATGATCTCTCGACCATCGACTCTCAATCACTGTTGTTATCCATGAATAAT
CTTCAACAAGATGATGGAAGCTTCATGCCTATCCATACTGGAGGCGAGACGGATCTTCGG
TTTGTATATTGTGCTGCTGCAATCTCTGACATGCTGGGTGATTGGAGTGGAATGGACAAG
GAGAAGGCTAAGAATTACATATTAAATTGTCAGTCATATGATGGTGGCTTTGGGTTGATC
CCTGGTTCTGAATCTCATGGTGGTGGTACTTACTGTGCTATTGCATCCCTTAGATTGATG
GGGTTTATTGGAGCTGATCTGCTGTCAAATGATCCATCCAGTTCAATTCTAGACCCTTCA
TTGCTTCTCAACTGGAGCCTACAGAGACAAGCCAGTGATGGTGGCTTTCAAGGTAGGACT
AACAAACAGAGCGACACATGCTATGCATTTTGGATTGGAGCTGTCCTTAAACTCATAGGA
GGCGATGCATTCATTGACAAAATTGCTCTCCGCCAATTTTTACTGAGCTGCCAGTCCAAG
TATGGTGGGTTCAGTAAATTTCCTGGAGCGTTACCAGATCTGTATCATTCATACTATGGC
TACACTGCGTTTAGCTTCTTGGAGGAACCGGGATTGAGTCCTCTATGCCCTGAGCTAGGG
TTACCTCTTCTTACATCCTTGGGAATCTGATTCCCCCTCAAAGTCCCCCACATTCTTTTT
TATCAACCCAACTGTAACTTTTATTTGGTATTTGATTATTGGTTTATGTATTTTAATTGA
TTTAGAAATCAAAACTAAATCCAGAATTCTAGTGTCATATATTTACCTATGATTTTATAA
ATTTTAATTTGATATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BG92TF U 1
AF RR1EZ75TF U 592
AF RR1BG92JQ C 179
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BS 972 1004 RR1EZ75TF
BS 1005 1038 RR1BG92JQ

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GTGATTGGGCATGATCTCTCGACCATCGACTCTCAATCACTGTTGTTATCCATGAATAAT
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GAGAAGGCTAAGAATTACATATTAAATTGTCAGTCATATGATGGTGGCTTTGGGTTGATC
CCTGGTTCTGAATCTCATGGTGGTGGTACTTACTGTGCTATTGCATCCCTTAGATTGATG
GGGTTTATTGGAGCTGATCTGCTGTCAAATGATCCATCCAGTTCAATTCTAGACCCTTCA
TTGCTTCTCAACTGGAGCCTACAGAGACAAGCCAGTGATGGTGGCTTTCAAGGTAGGACT
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QA 1 657 1 657
DS 

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TACTATGGCTACACTGCGTTTAGCTTCTTGGAGGAACCGGGATTGAGTCCTCTATGCCCT
GAGCTAGGGTTACCTCTTCTTACATCCTTGGGAATCTGATTCCCCCTCAAAGTCCCCCAC
ATTCTTTTTTATCAACCCAACTGTAACTTTTATTTGGTATTTGATTATTGGTTTATGTAT
TTTAATTGATTTAGAAATCGAAACTAAATCCAGAATTCTAGTGTCATATATTT

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DS 

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ATCTTCAACAAGATGATGGAAGCTTCATGCCTATCCATACTGGAGGCGAGACGGATCTTC
GGTTTGTATATTGTGCTGCTGCAATCTCTGACATGCTGGGTGATTGGAGTGGAATGGACA
AGGAGAAGGCTAAGAATTACATATTAAATTGTCAGTCATATGATGGTGGCTTTGGGTTGA
TCCCTGGTTCTGAATCTCATGGTGGTGGTACTTACTGTGCTATTGCATCCCTTAGATTGA
TGGGGTTTATTGGAGCTGATCTGCTGTCAAATGATCCATCCAGTTCAATTCTAGACCCTT
CATTGCTTCTCAACTGGAGCCTACAGAGACAAGCCAGTGATGGTGGCTTTCAAGGTAGGA
CTAACAAACAGAGCGACACATGCTATGCATTTTGGATTGGAGCTGTCCTTAAACTCATAG
GAGGCGATGCATTCATTGACAAAATTGCTCTCCGCCAATTTTTACTGAGCTGCCAGTCCA
AGTATGGTGGGTTCAGTAAATTTCCTGGAGCGTTACCAGATCTGTATCATTCATACTATG
GCTACACTGCGTTTAGCTTCTTGGAGGAACCGGGATTGAGTCCTCTATGCCCTGAGCTAG
GGTTACCTCTTCTTACATCCTTGGGAATCTGATTCCCCCTCAAAGTCCCCCACATTCTTT
TTTATCAACCCAACTGTAACTTTTATTTGGTATTTGATTATTGGTTTATGTATTTTAATT
GATTTAGAAATCAAAACTAAATCCAGAATTTTAGTGTCATATATTTACCTATGATTTTAT
AAATTTTAATTTGATATTCC

QA 1 860 1 860
DS 



AS 1 4

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AAAAAGGTACAACTTACAAGGCTTATTTGTTTGACATATTAAATACAGCATATTCCCAAC
AATCACATATAGAAGCAAACCACAACAAGAATCAAACTCGGCTAGAGATATGTTTTCATT
CTTTTATAATCTCTTTAATTAGGAACGCGACACGTTTTACGAATCTCCCCGGCACGACCA
GTAAGAACCCCGATCCGACCCATTTTCACCATTGAGACACCAAAGTCATGAAAGAAGGTT
GACCCACGTGCCTGCTGCAAGACATAAGCCCTAGTCTTTGAGTTGTCCAACAGAGCAGCA
TCCGACTGGAAAAGCCCTCTTCTCTTTGCCACTAGCTTGAAGTAGCTCACGTCGAATGTC
TTGAAACTTCCCGGATCCATCTCTAGAGCCGTCGTTGTATCGGTCGGCTTGCATTTCTTC
CTGAGGTTAGCTGCGTACTCTGAGTCCAAACTCGGGTCGCTGTCTCCTCTTCCGGTGAAG
TTGTAAAGACGGTTTGTCATCAGAGGACAATGTCCCATTCCAATAGTGTGTCCACCTGAA
AGAACGACTAGATCTTTCTCGTTGAGTCCCTTTGTGCTAAAATCGGTGATAAGCTTGGCG
ATGTTATCAAAAGGTGATGGCAAGTTGACCTCATTGATATTAGAAACCCTACCATCTCTT
CTTCCCGTTTCTACTTCCCATGTTGGTCCTTCAAGTGCAACCATTGCGTCCCTAGCAATA
AGGGCTAAGATATCAGAGCAAGAAACTACGCCAGGACACACTTTTTCTAGAGCCGCCTTA
GAATCGTCTATGATGCCAAACCCTCGAAGGCTTAGGTTAGGAACCGCATTCTTCTCGGCT
TGATTGTTCGATGAATCTAACAAAACTGATCCATCACATCCCCGAACAAAGCAGTCGTGG
AAGAACATTCTAAGCAAAGGAGCACCAAGTGTAGGAGCTTTCTTCATCGCAGCGAACACG
ACCTTTCTAACAATACCCTCGGCATGTGGGCATGTTTTGCTGTAGAAGCCTACTTTCAAG
CCTTGTGCACTGGCTTCTGCTAGCAACAACACTAAAAGAAAGCAAGAGACCACTTGTCGC
TTCGATGCAACCATTTTTTGAAATTCTATTTAGCTTCTAGCTATTAGCTTTTTTTTTTGT
TTTTGGCTCGATTGGTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BE60JQ U 1
AF RR1FR87JQ U 25
AF RR1BY77JQ U 33
AF RR1FR87TF C 485
BS 1 229 RR1BE60JQ
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RD RR1BE60JQ 612 0 0
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AAAAAGGTACAACTTACAAGGCTTATTTGTTTGACATATTAAATACAGCATATTCCCAAC
AATCACATATAGAAGCAAACCACAACAAGAATCAAACTCGGCTAGAGATATGTTTTCATT
CTTTTATAATCTCTTTAATTAGGAACGCGACACGTTTTACGAATCTCCCAGGCACGACCA
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GACCCACGTGCCTGCTGCAAGACATAAGCCCTAGTCTTTGAGTTGTCCAACAGAGCAGCA
TCCGACTGGAAAAGCCCTCTTCTCTTTGCCACTAGCTTGAAGTAGCTCACGTCGAATGTC
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QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1FR87JQ 612 0 0
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TAAGCCCTAGTCTTTGAGTTGTCCAACAGAGCAGTATCCGACTGGAAAAGCCCTCTTCTC
TTTGCCACTAGCTTGAAGTAGCTCACGTCGAATGTCTTGAAACTTCCCGGATCCATCTCT
AGAGCCGTCGTTGTATCGGTCGGCTTGCATTTCTTCCTGAGGTTAGCTGCGTACTCTGAG
TCCAAACTCGGGTCGCTGTCTCCTCTTCCGGTGAAGTTGTAAAGACGGTTTGTCATCAGA
GGACAATGTCCCATTCCAATAGTGTGTCCACCTGAAAGAACGACTAGATCTTTCTCGTTG
AGTCCCTTTGTG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1BY77JQ 825 0 0
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GACATATTAAATACAGCATATTCCCAACAATCACATATAGAAGCAAACCACAACAAGAAT
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CGTTTTACGAATCTCCCCGGCACGACCAGTAAGAACCCCGATCCGACCCATTTTCACCAT
TGAGACACCAAAGTCATGAAAGAAGGTTGACCCACGTGCCTGCTGCAAGACATAAGCCCT
AGTCTTTGAGTTGTCCAACAGAGCAGCATCCGACTGGAAAAGCCCTCTTCTCTTTGCCAC
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CGTTGTATCGGTCGGCTTGCATTTCTTCCTGAGGTTAGCTGCGTACTCTGAGTCCAAACT
CGGGTCGCTGTCTCCTCTTCCGGTGAAGTTGTAAAGACGGTTTGTCATCAGAGGACAATG
TCCCATTCCAATAGTGTGTCCACCTGAAAGAACGACTAGATCTTTCTCGTTGAGTCCCTT
TGTGCTAAAATCGGTGATAAGCTTGGCGATGTTATCAAAAGGTGATGGCAAGTTGACCTC
ATTGATATTAGAAACCCTACCATCTCTTCTTCCCGTTTCTACTTCCCATGTTGGTCCTTC
AAGTGCAACCATTGCGTCCCTAGCAATAAGGGCTAAGATATCAGAGCAAGAAACTACGCC
AGGACACACTTTTTCTAGAGCCGCCTTAGAATCGTCTATGATGCC

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR1FR87TF 737 0 0
A
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AAGACGGTT*GTCATCAGAGGACAATGTCCCATTCCAATAGTGTGTCCAC*TGAAAGAAC
GACTAGATCTTTCTCGTTGAGTCCCTTTGTGCTAAAATCGGTGATAAGCTTGGCGATGTT
ATCAAAAGGTGATGGCAAGTTGACCTCATTGATATTAGAAACCCTACCATCTCTTCTTCC
CGTTTCTACTTCCCATGTTGGTCCTTCAAGTGCAACCATTGCGTCCCTAGCAATAAGGGC
TAAGATATCAGAGCAAGAAACTACGCCAGGACACACTTTTTCTAGAGCCGCCTTGGAATC
GTCTATGATGCCAAACCCTCGAAGGCTTAGGTTAGGAACCGCATTCTTCTCGGCTTGATT
GTTCGATGAATCTAACAAAACTGATCCATCACATCCCCGAACAAAGCAGTCGTGGAAGAA
CATTCTAAGCAAAGGAGCACCAAGTGTAGGAGCTTTCTTCATCGCAGCGAACACGACCTT
TCTAACAATACCCTCGGCATGTGGGCATGTTTTGCTGTAGAAGCCTACTTTCAAGCCTTG
TGCACTGGCTTCTGCTAGCAACAACACTAAAAGAAAGCAAGAGACCACTTGTCGCTTCGA
TGCAACCATTTTTTGAAATTCTATTTAGCTTCTAGCTATTAGCTTTTTTTTTTGTTTTTG
GCTCGATTGGTGATCC

QA 2 737 2 737
DS 



AS 1 5

CO CL1307Contig1 880 5 36 U
TTTTTCAAATCTCTAACCAGTTCTCTTCCTTGTTCCTCTGTAATCTCTCGGGCAAAGAGA
TGACTTTCACAGCGATGAGGAGAGACCATGGAACCCTTCAAGCTATGGTCGGATCCGATC
TCAACGAGCTAGCTACCGCTGCTAAGAATCTCGTTAATCACACCTTCATGCTCACTGGTT
TAGGCTTTGGGACTTCTATCCTCGAATGGATTGCTTCAATCGCCGCCATATACTTGTTGG
TCTTGGATCGAACTAATTGGAAGACGAATATGCTCACATCACTTTTGATTCCTTACATCT
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CGTTTGTAGCTGTTGTTGTACAACTCTTCTTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAAT
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 20 35 35 30 30 15 15 15 30 15 30 30 15 15 30 15 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GG
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T

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TC
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C

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DS 

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GCACA
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DS 



AS 1 5

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW26TF U 1
AF RR1CA04TF U 1
AF RR1EJ08TF U 334
AF RR1EJ08JQ C 396
AF RR1EW26JQ C 459
BS 1 458 RR1CA04TF
BS 459 459 RR1EJ08TF
BS 460 703 RR1CA04TF
BS 704 1097 RR1EJ08TF
BS 1098 1098 RR1EJ08JQ
BS 1099 1103 RR1EJ08TF
BS 1104 1104 RR1EJ08JQ
BS 1105 1128 RR1EJ08TF
BS 1129 1129 RR1EJ08JQ
BS 1130 1137 RR1EJ08TF
BS 1138 1138 RR1EJ08JQ
BS 1139 1165 RR1EJ08TF
BS 1166 1178 RR1EJ08JQ
BS 1179 1179 RR1EW26JQ
BS 1180 1198 RR1EJ08JQ
BS 1199 1217 RR1EW26JQ

RD RR1EW26TF 658 0 0
TATCCCCTCTATTACCCCTTTTCTAGTAACCACTCAAAAGACTTTACTTCACTCTCTCCA
AATGGCTTTTCCTCTTATTCTTTCAGCTTTCTTAGTGTTGTGTGCTAGTGGCTACAGCCA
ACGTTCTCCTTCGCCGGGATACTACCCGAGTTCTCGAGTACCAACTTCACCTTTTGATCG
TGAATTTCGGACCCTATGGGGCTCTCAACACCAGCGGACAGAGCAAGGCGTTATCACTCT
TTTGCTGGACAAATCATCTGGGAGTGGATTCAAGTCTCTTCGTTCTTACAAGTCGGGCTA
CTTTGGTGCTTCCATTAAGCTCCAACCAGGCTACACAGCTGGAGTTGATACATCTCTCTA
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AACAACGCCCGGGAAACCATATAGCCTTCAGACGAACGTATTCGTCAGAGGAAGTGGTGA
CCGAAATGTTATTGGGGGAGAAATGAAATTCAATTTGTGGTTCGACCCTACTCAAAATTT
CCACCATTACGCAATTTTGTGGAACACTAATCAAATTGTATTCTACGTAGATGATGTACC
GATACGTACGTACGACAGAAAGAACGAAGCTATCTTCCCTACAAGACCGATGTGGTTG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1CA04TF 703 0 0
TATCCCCTCTATTACCCCTTTTCTAGTAACCACTCAAAAGACTTTACTTCACTCTCTCCA
AATGGCTTTTCCTCTTATTCTTTCAGCTTTCTTAGTGTTGTGTGCTAGTGGCTACAGCCA
ACGTTCTCCTTCGCCGGGATACTACCCGAGTTCTCGAGTACCAACTTCACCTTTTGATCG
TGAATTTCGGACCCTATGGGGCTCTCAACACCAGCGGACAGAGCAAGGCGTTATCACTCT
TTTGCTGGACAAATCATCTGGGAGTGGATTCAAGTCTCTTCGTTCTTACAAGTCGGGCTA
CTTTGGTGCTTCCATTAAGCTCCAACCAGGCTACACAGCTGGAGTTGATACATCTCTCTA
CCTCTCAAACAATCAAGAACATCCCGGAGACCACGACGAGGTTGATATCGAATTTCTAGG
AACAACGCCCGGGAAACCATATAGCCTTCAGACGAACGTATTCGTCAGAGGAAGTGGTGA
CCGAAATGTTATTGGGAGAGAAATGAAATTCAATTTGTGGTTCGACCCTACTCAAAATTT
CCACCATTACGCAATTTTGTGGAACACTAATCAAATTGTATTCTACGTAGATGATGTACC
GATACGTACGTACGACAGAAAGAACGAAGCTATCTTCCCTACAAGACCGATGTGGTTGTA
CGGATCGATATGGGATGCATCGGACTGGGCCACGGAAAATGGA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1EJ08TF 833 0 0
G
ACAGCTGGAGTTGATACATCTCTCTACCTCTCAAACAATCAAGAACATCCCGGAGACCAC
GACGAGGTTGATATCGAATTTCTAGGAACAACGCCCGGGAAACCATATAGCCTTCAGACG
AACGCATTCGTCAGAGGAAGTGGTGACCGAAATGTTATTGGGAGAGAAATGAAATTCAAT
TTGTGGTTCGACCCTACTCAAAATTTCCACCATTACGCAATTTTGTGGAACACTAATCAA
ATTGTATTCTACGTAGATGATGTACCGATACGTACGTACGACAGAAAGAACGAAGCTATC
TTCCCTACAAGACCGATGTGGTTGTACGGATCGATATGGGATGCATCGGACTGGGCCACG
GAAAATGGAAGGATCAAAGCCGACTATCGATACCAGCCATTTATTGCTAAGTACACAAAC
TTTAAGTTAGCGGGATGCACAGCAGACGGGTCTAGCTCATGTACACCGCCATCGGCTTCA
CCTATGGGGAGTCGAGGGTTAAGCAATCAACAAAGGGGGGCTATGGCATGGGCACAGAGG
AACTTCTTGGTCTATAACTATTGCCATGACCCTAAAAGAGACCATACCCAAACACCAGAA
TGTTAAGCGAAACAAACAAACAAAAAGATTTTAAAACATTTGTTATGCATTATCAATTAT
ACATTAAGTTAATAACGAGTGTATTGAGACGGGTCCACACTGGAAAAGTAGAGTGAAGCA
GTTGAGCGTCCAATCCTCCATGATTTGAGATTTGTTTTTAAAG*TTATT*ATAATCTTGT
CTTGGTCCATTGTA*TATTCTAA*AATTGTGGCAATATTGCGTGATGTTTT
A

QA 2 832 2 832
DS 

RD RR1EJ08JQ 803 0 0
ACGAGGTTGATATCGAATTTCTAGGAACAACGCCCGGGAAACCATATAGCCTTCAGACGA
ACGCATTCGTCAGAGGAAGTGGTGACCGAAATGTTATTGGGAGAGAAATGAAATTCAATT
TGTGGTTCGACCCTACTCAAAATTTCCACCATTACGCAATTTTGTGGAACACTAATCAAA
TTGTATTCTACGTAGATGATGTACCGATACGTACGTACGACAGAAAGAACGAAGCTATCT
TCCCTACAAGACCGATGTGGTTGTACGGATCGATATGGGATGCATCGGACTGGGCCACGG
AAAATGGAAGGATCAAAGCCGACTATCGATACCAGCCATTTATTGCTAAGTACACAAACT
TTAAGTTAGCGGGATGCACAGCAGACGGGTCTAGCTCATGTACACCGCCATCGGCTTCAC
CTATGGGGAGTCGAGGGTTAAGCAATCAACAAAGGGGGGCTATGGCATGGGCACAGAGGA
ACTTCTTGGTCTATAACTATTGCCATGACCCTAAAAGAGACCATACCCAAACACCAGAAT
GTTAAGCGAAACAAACAAACAAAAAGATTTTAAAACATTTGTTATGCATTATCAATTATA
CATTAAGTTAATAACGAGTGTATTGAGACGGGTCCACACTGGAAAAGTAGAGTGAAGCAG
TTGAGCGTCCAATCCTCCATGATTTGAGATTTGTTTTTAAAGGTTATTTATAATCTTGTC
TTGGTCCATTGTAATATTCTAATAATTGTGGCAATATTGCGTGATGTTTTTAATATATGG
TATTGTATGCTTTTTTTTGGTTG

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1EW26JQ 759 0 0
T
ATTCGTCAGAGGAAGTGGTGACCGAAATGTTATTGGGGGAGAAATGAAATTCAATTTGTG
GTTCGACCCTACTCAAAATTTCCACCATTACGCAATTTTGTGGAACACTAATCAAATTGT
ATTCTACGTAGATGATGTACCGATACGTACGTACGACAGAAAGAACGAAGCTATCTTCCC
TACAAGACCGATGTGGTTGTACGGATCGATATGGGATGCATCGGACTGGGCCACGGAAAA
TGGAAGGATCAAAGCCGACTATCGATACCAACCATTTATTGCTAAGTACACAAACTTTAA
GTTAGCGGGATGCACAGCAGACGGGTCTAGCTCATGTACACCGCCATCGGCTTCACCTAT
GGGGAGTCGAGGGTTAAGCAATCAACAAAGGGGGGCTATGGCATGGGCACAGAGGAACTT
CTTGGTCTATAACTATTGCCATGACCCTAAAAGAGACCATACCCAAACACCAGAATGTTA
AGCGAAACAAACAAACAAAAAGATTTTAAAACATTTGTTATGCATTATCAATTATACATT
AAGTTAATAACGAGTGTATTGAGACGGGTCCACACTGGAAAAGTAGAGTGAAGCAGTTGA
GCGTCCAATCCTCCATGATTTGAGATTTGTTTTTAAAGGTTATTTATAATCTTGTCTTGG
TCCATTGTAATATTTTAATAATTGTGGCAATATTGCGTGATGTTTTTAATATATGGTATC
GTATGCTTTTTTTTGGTTGAAAGCTATGGTATTGTATT

QA 2 759 2 759
DS 



AS 2 6

CO CL1309Contig1 757 3 3 U
GGGCAGAAAAAAAAGTGTGAAAGACTAAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCACCTCTTCCTA
GTAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGA
GGATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTC
GCGACATGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAA
GAGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATTCAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCT
TTTAGGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTTGTCAGCTC
CACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAG
GCAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCCACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACG
TCTCCAGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGC
CACGCCGTAATGGCTCTAGCCGTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCT
TGGATGGGTTTGGCCTAGACGGTAGGCACGTGATATTAGGGGATGTAATCTTTCTTTCTT
TATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTTATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGC
TTCGGACCATTTGTTGTAATGAATGAACTTTCCCGCC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1D918TF U 1
AF RR1A667JQ C 1
AF RR1A667TF U 1
BS 1 1 RR1A667JQ
BS 2 754 RR1A667TF
BS 755 757 RR1A667JQ

RD RR1D918TF 465 0 0
G
GGCAGAAAAAAAAGTGTGAAAGACTAAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCACCTCTTCCTAG
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CAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCCACCTCAACAACACCGTCT

QA 2 465 2 465
DS 

RD RR1A667JQ 757 0 0
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GTAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGA
GGATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTC
GCGACATGGAAGGCACCAAATCCATTTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAA
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TTTAGGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTTGTCAGCTC
CACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAG
GCAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCCACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACG
TCTCCAGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGC
CACGCCGTAATGGCTCTAGCCGTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCT
TGGATGGGTTTGGCCTAGACGGTAGGCACGTGATATTAGGGGATGTAATCTTTCTTTCTT
TATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTTATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGC
TTCGGACCATTTGTTGTAATGAATGAACTTTCCCGCC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1A667TF 757 0 0
G
GGCAGAAAAAAAAGTGTGAAAGACTAAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCACCTCTTCCTAG
TAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAG
GATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCG
CGACATGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAG
AGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATTCAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTT
TTAGGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTTGTCAGCTCC
ACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAGG
CAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCCACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACGT
CTCCAGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGCC
ACGCCGTAATGGCTCTAGCCGTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCTT
GGATGGGTTTGGCCTAGACGGTAGGCACGTGATATTAGGGGATGTAATCTTTCTTTCTTT
ATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTTATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGCT
TCGGACCATTTGTTGTAATGAATGAACTTTCCC
GCC

QA 2 754 2 754
DS 



CO CL1309Contig2 754 3 9 U
GGCAGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTAAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCACCTCTTCCTAG
TAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAG
GATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCG
CGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAG
AGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTT
TTAAGGATCTTGGCATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTTGTCAGCTCC
ACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTT*GCCAAGCTCACCAGAAG
CAGCCGTATTCACAAGCAATGCTACGTCAACAACAACACCGATGGCACCGGGAGGAAAGT
CTCCGGCAGCTCCATCGACGACTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTC
ACGCCGTAATGGCTCTAGCCGTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTTCCTT
GGATGGGTTTGGCCTAGTCTGTAGGCACGTGACATTAGGGGGGTGTAATCTTTTCTTTAT
TGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTCTTTGTCGTGTGTGTTTCTTGGTTCAG
ACCATTTTGCTGTAATGAATGAACTTTCCCGCCT


BQ
20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1B512JQ C 1
AF RR1CM04TF U 2
AF RR1B512TF U 1
BS 1 3 RR1B512TF
BS 4 402 RR1CM04TF
BS 403 403 RR1B512TF
BS 404 624 RR1CM04TF
BS 625 625 RR1B512TF
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BS 735 735 RR1B512JQ
BS 736 750 RR1CM04TF
BS 751 754 RR1B512JQ

RD RR1B512JQ 754 0 0
GGCAGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTAAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCACCTCTTCCTAG
TAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAG
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CGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAG
AGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTT
TTAAGGATCTTGGCATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTTGTCAGCTCC
ACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTT*GCCAAGCTCACCAGAAG
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CTCCGGCAGCTCCATCGACGACTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTC
ACGCCGTAATGGCTCTAGCCGTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTTCCTT
GGATGGGTTTGGCCTAGTCTGTAGGCACGTGACATTAGGGGGGTGTAATCTTTTCTTTAT
TGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTCTTTGTCGTGTGTGTTTCTTGGTTCAG
ACCATTTTGCTGTAATGAATGAACTTTCCCGCCT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1CM04TF 749 0 0
GG
AGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTAAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCACCTCTTCCTAGTAA
CCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAGGAT
CTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCGCGA
CAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAGAGA
AAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTTTTA
AGGATCTTGGCATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTTGTCAGCTCCACA
ACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAAGCAG
CCGTATTCACAAGCAATGCTACGTCAACAACAACACCGATGGCACCGGGAGGAAAGTCTC
CGGCAGCTCCATCGACGACTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTCACG
CCGTAATGGCTCTAGCCGTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTTCCTTGGA
TGGGTTTGGCCTAGTCTGTAGACACGTGACATTAGGGGGGTGTAATCTTTTCTTTATTGT
GTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTCTTTGTCGTGTGTGTTTCTTGGTTCAGACC
ATTTTGCTGTA*TGAATGAACTTTCCC

QA 3 749 3 749
DS 

RD RR1B512TF 740 0 0
GGCAGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTAAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCACCTCTTCCTAG
TAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAG
GATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCG
CGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAG
AGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTT
TTAAGGATCTTGGCATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTTGTCAGCTCC
ACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTT*GCCAAGCTCACCAGAAG
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CTCCGGCAGCTCCATCGACGACTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTC
ACGCCGTAATGGCTCTAGCCGTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTTCCTT
GGATGGGTTTGGCCTAGTCTGTAGGCACGTGACATTAGGGGGGTGTAATCTTTTCTTTAT
TGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTCTTTGTCGTGTGTGTTTCTTGGTTCAG
ACCATTTTGCTGTA
ATGAAT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 6

CO CL1310Contig1 781 6 4 U
GAAAAGGTAAAAACACTGTCAACGTTCTGGGAAATTTAGATTATACCATGCTGATGTCAA
CAAAGGTTTTAGTACAACAAAAAATTCTTTAACATCCAGAAAGTCGTAAAGATTGAAACT
TGAAATAAAACTAAAATAAACAAAAATCAATAAAGATTGAAGTTTGGTTTAGCCAGTGAT
GTTCTGAGACTTGTTGAGGATAACTCCTTCATACTTGACTTGGAACCATTTCATTGCATC
ATCCTTGGTCACTCTGTGTTGGATACCAACACGAGCCTTACACCTACGGCGACGAGCCAC
ACGGTATCCTGGACGTTCGAGAACAACATAGAAGTCCATTCCGTAGATACCAGTAGATGG
ATCATACTTGATACCAAGATCAATGTGCTCCTGAATACCGAATCCAAAGCAACCAGTGTC
ACTGAAGTTCCTTCTAAGAAGCTCATACTCCTTAACTTTCAAACCACTCTCAAGAAGCTG
CATAGCCTTGTCACCTCTCACAGTGACATAGCACGCAATCTTTTCGTTACGCCTGATACC
AAATGACCTCACAGTGTATCTCGCCTTGGAGAAAACAGGGGTTTGTCAACTGAGCTGTTC
CAAAACCTTGGAGGCACGAGTGAGACGATCACCACTCTCACCCACAGAGATGTTGAGAAC
AAGTTTCTGGACCTTAATGTCCCTCATGGGGTTCGACAGCTTCTTCTCCGACGCCATTGT
AAAGAGATCAGAGTCGAGGTAGAAGAGAAGAAGTAAAGAGAGTTGCGGAAACGAAAGCTC
C


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1CZ12JQ U 1
AF RR1DM50JQ U 1
AF RR1AA53JQ U 46
AF RR1CZ12TF C 16
AF RR1DM50TF C 31
AF RR1AA53TF C 98
BS 1 609 RR1CZ12JQ
BS 610 610 RR1DM50JQ
BS 611 642 RR1AA53JQ
BS 643 781 RR1CZ12TF

RD RR1CZ12JQ 609 0 0
GAAAAGGTAAAAACACTGTCAACGTTCTGGGAAATTTAGATTATACCATGCTGATGTCAA
CAAAGGTTTTAGTACAACAAAAAATTCTTTAACATCCAGAAAGTCGTAAAGATTGAAACT
TGAAATAAAACTAAAATAAACAAAAATCAATAAAGATTGAAGTTTGGTTTAGCCAGTGAT
GTTCTGAGACTTGTTGAGGATAACTCCTTCATACTTGACTTGGAACCATTTCATTGCATC
ATCCTTGGTCACTCTGTGTTGGATACCAACACGAGCCTTACACCTACGGCGACGAGCCAC
ACGGTATCCTGGACGTTCGAGAACAACATAGAAGTCCATTCCGTAGATACCAGTAGATGG
ATCATACTTGATACCAAGATCAATGTGCTCCTGAATACCGAATCCAAAGCAACCAGTGTC
ACTGAAGTTCCTTCTAAGAAGCTCATACTCCTTAACTTTCAAACCACTCTCAAGAAGCTG
CATAGCCTTGTCACCTCTCACAGTGACATAGCACGCAATCTTTTCGTTACGCCTGATACC
AAATGACCTCACAGTGTATCTCGCCTTGGAGAAAACAGGGGTTTGTCAACTGAGCTGTTC
CAAAACCTT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1DM50JQ 610 0 0
GAAAAGGTAAAAACACTGTCAACGTTCTGGGAAATTTAGATTATACCATGCTGATGTCAA
CAAAGGTTTTAGTACAACAAAAAATTCTTTAACATCCAGAAAGTCGTAAAGATTGAAACT
TGAAATAAAACTAAAATAAACAAAAATCAATAAAGATTGAAGTTTGGTTTAGCCAGTGAT
GTTCTGAGACTTGTTGAGGATAACTCCTTCATACTTGACTTGGAACCATTTCATTGCATC
ATCCTTGGTCACTCTGTGTTGGATACCAACACGAGCCTTACACCTACGGCGACGAGCCAC
ACGGTATCCTGGACGTTCGAGAACAACATAAAAGTCCATTCCGTAAATACCAGTAGATGG
ATCATACTTGATACCAAGATCAATGTGCTCCTGAATACCGAATCCAAAGCAACCAGTGTC
ACTGAAGTTCCTTCTAAGAAGCTCATACTCCTTAACTTTCAAACCACTCTCAAGAAGCTG
CATAGCCTTGTCACCTCTCACAGTGACATAGCACGCAATCTTTTCGTTACGCCTGATACC
AAATGACCTCACAGTGTATCTCGCCTTGGAGAAAACAGGGGTTTGTCAACTGAGCTGTTC
CAAAACCTTG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1AA53JQ 597 0 0
CCATGCTGATGTCAACAAAGGTTTTAGTACAACAAAAAATTCTTTAACATCCGGAAAGTC
GTAAAGATTGAAACTTGAAATAAAACTAAAATAAACAAAAATCAATAAAGATTGAAGTTT
GGTTTAGCCAGTGATGTTCTGAGACTTGTTGAGGATAACTCCTTCATACTTGACTTGGAA
CCATTTAATTGCATCATCCTTGGTCACTCTGTGTTGGATACCAACACGAGCCTTACACCT
ACGGCGACGAGCCACACGGTATCCTGGACGTTCGAAAACAACATAAAAGTCCATTCCGTA
AATACCAGTAAATGGATCATACTTGATACCAAGATCAATGTGCTCTTGGATACCGAACCC
AAAGCAACCAGTGTCACTAAAGTTCCTTCTAAGAAGCTCATACTCCTTAACTTTCAAACC
ACTCTCAAGAAGCTGCATAGCCTTGTCACCTCTCACAGTGACATAGCACGCAATCTTTTC
GTTACGCCTGATACCAAATGACCTCACAGTGTATCTCGCCTTGGAGGAAACAGGGGTTTG
TCCACTGAGCTGTTCCAAAACCTTGGAGGCACGAGTGAGACGATCACCACTCTCACC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1CZ12TF 766 0 0
CTGTCAACGTTCTGGGAAATTTAGATTATACCATGCTGATGTCAACAAAGGTTTTAGTAC
AACAAAAAATTCTTTAACATCCAGAAAGTCGTAAAGATTGAAACTTGAAATAAAACTAAA
ATAAACAAAAATCAATAAAGATTGAAGTTTGGTTTAGCCAGTGATGTTCTGAGACTTGTT
GAGGATAACTCCTTCATACTTGACTTGGAACCATTTCATTGCATCATCCTTGGTCACTCT
GTGTTGGATACCAACACGAGCCTTACACCTACGGCGACGAGCCACACGGTATCCTGGACG
TTCGAGAACAACATAGAAGTCCATTCCGTAGATACCAGTAGATGGATCATACTTGATACC
AAGATCAATGTGCTCCTGAATACCGAATCCAAAGCAACCAGTGTCACTGAAGTTCCTTCT
AAGAAGCTCATACTCCTTAACTTTCAAACCACTCTCAAGAAGCTGCATAGCCTTGTCACC
TCTCACAGTGACATAGCACGCAATCTTTTCGTTACGCCTGATACCAAATGACCTCACAGT
GTATCTCGCCTTGGAGAAAACAGGGGTTTGTCAACTGAGCTGTTCCAAAACCTTGGAGGC
ACGAGTGAGACGATCACCACTCTCACCCACAGAGATGTTGAGAACAAGTTTCTGGACCTT
AATGTCCCTCATGGGGTTCGACAGCTTCTTCTCCGACGCCATTGTAAAGAGATCAGAGTC
GAGGTAGAAGAGAAGAAGTAAAGAGAGTTGCGGAAACGAAAGCTCC

QA 1 766 1 766
DS 

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TGGAAATTAGA
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AGTCGTAAAGATTGAAACTTGAAATAAAACTAAAATAAACAAAAATCAATAAAGATTGAA
GTTTGGTTTAGCCAGTGATGTTCTGAGACTTGTTGAGGATAACTCCTTCATACTTGACTT
GGAACCATTTCATTGCATCATCCTTGGTCACTCTGTGTTGGATACCAACACGAGCCTTAC
ACCTACGGCGACGAGCCACACGGTATCCTGGACGTTCGAGAACAACATAGAAGTCCATTC
CGTAGATACCAGTAGATGGATCATACTTGATACCAAGATCAATGTGCTCCTGAATACCGA
ATCCAAAGCAACCAGTGTCACTGAAGTTCCTTCTAAGAAGCTCATACTCCTTAACTTTCA
AACCACTCTCAAGAAGCTGCATAGCCTTGTCACCTCTCACAGTGACATAGCACGCAATCT
TTTCGTTACGCCTGATACCAAATGACCTCACAGTGTATCTCGCCTTGGAGAAAACAGGGG
TTTGTCAACTGAGCTGTTCCAAAACCTTGGAGGCACGAGTGAGACGATCACCACTCTCAC
CCACAGAGATGTTGAGAACAAGTTTCTGGACCTTAATGTCCCTCATGGGGTTCGACAGCT
TCTTCTCCGACGCCATTGTAAAGAGATCAGAGTCGAGGTAGAAGAGAAGAAGTAAAGAGA
GTTGCGGAAACGAAAGCTCC

QA 12 751 12 751
DS 

RD RR1AA53TF 684 0 0
G
GAAAGTCGTAAAGATTGAAACTTGAAATAAAACTAAAATAAACAAAAATCAATAAAGATT
GAAGTTTGGTTTAGCCAGTGATGTTCTGAGACTTGTTGAGGATAACTCCTTCATACTTGA
CTTGGAACCATTTAATTGCATCATCCTTGGTCACTCTGTGTTGGATACCAACACGAGCCT
TACACCTACGGCGACGAGCCACACGGTATCCTGGACGTTCGAGAACAACATAGAAGTCCA
TTCCGTAGATACCAGTAGATGGATCATACTTGATACCAAGATCAATGTGCTCTTGGATAC
CGAACCCAAAGCAACCAGTGTCACTAAAGTTCCTTCTAAGAAGCTCATACTCCTTAACTT
TCAAACCACTCTCAAGAAGCTGCATAGCCTTGTCACCTCTCACAGTGACATAGCACGCAA
TCTTTTCGTTACGCCTGATACCAAATGACCTCACAGTGTATCTCGCCTTGGAGGAAACAG
GGGTTTGTCCACTGAGCTGTTCCAAAACCTTGGAGGCACGAGTGAGACGATCACCACTCT
CACCCACAGAGATGTTGAGAACAAGTTTCTGGACCTTAATGTCCCTCATGGGGTTCGACA
GCTTCTTCTCCGACGCCATTGTAAAGAGATCAGAGTCGAGGTAGAAGAGAAGAAGTAAAG
AGAGTTGCGGAAACGAAAGCTCC

QA 2 684 2 684
DS 



AS 1 4

CO CL1311Contig1 970 4 2 U
GGATCTCCCCCGATTCGTTACGGGATGAATTGCTCCATGGTCATTAATATCCTTCTCTAA
CTCATTGAACCCACACAACCACGATTCGTCATTCAATGCTCTTATCTACCTTTCACGCGG
TGGAACTCAACCTATAAAAAGATTGACAAAGCCTACTCGCTTGATTTCATGGAAATTGGG
AGTGTTGTATTTCAGTCGAAAAGGGAGGATGGGACTTTACTCAATTCTGCCATTACTTCA
AACTGCTTTATGAATTTGTCATAGATCCCATTGATTACTCTCCCACGATGTGTCTTCGAT
GTGCTGATAAGATTTGGGAGGCGGTGTGTGTTGAGTATAAATAGATTTTATGACTCAGGA
GGATGATAAAACTTAGGCTCCGGATGATGGGATGGTTGTGAAAGAGCTGAGGTAGAGAAG
AAACAGAACTGGAATCAGAGTATGAGAAACTGGAGAAGAGGGAGAGGAAGCAGAGAGCTT
TGAAGGAGAAAGAGCTGGATAATACTGCATACAAGGACTTCAAAGCTTCTATTAAGCATT
ACTCCAAAAGGGCATTAGATATCAATGTGAGAGAGAAACAGAAACATGAAGAGGTGAAGC
GTTTAAAGGGGGAGTGCTGAGACAAAGAGGAATCACATTGAAGAATAAGAAGAAGAGACC
CGAGTGAGATCAGACCGTCAAGATGCAGTGAGAGAGAGAGAGAAGCTGCTAGACTGTGAA
CTACAAGAACAGGCACCTCATCTTGATGTATCTGATAAAGAACATGATGCTACACTTGAA
AGACTTTGGAGTGAAGATTTGACAAGGGAACTGAGAGGAAATACAAGATACATGTCAGTG
GAGATGTTAACTAAACTGAATGTGATTTTTATATTTATACTTCCTTTAATTTAGTTTACG
TTGGTTTAATGTTTTCTTCTGATTTTAATATTTATACTTCCTTTAATTTAGTTTACTTTG
GTTTTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW90TF U 1
AF RR1FW90JQ C 136
AF RR1ER71TF U 414
AF RR1FJ27TF U 414
BS 1 725 RR1FW90TF
BS 726 970 RR1ER71TF

RD RR1FW90TF 725 0 0
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AAACAGAACTGGAATCAGAGTATGAGAAACTGGAGAAGAGGGAGAGGAAGCAGAGAGCTT
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CTACA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1FW90JQ 786 0 0
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GGCTCCGGATGATGGGATGGTTGTGAAAGAGCTGAGGTAGAGAAGAAACAGAACTGGAAT
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TAGATATCAATGTGAGAGAGAAACAGAAACATGAAGAGGTGAAGCGTTTAAAGGGGGAGT
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CTGAATGTGATTTTTATATTTATACTTCCTTTAATTTAGTTTACGTTGGTTTAATGTTTT
CTTCTG

QA 1 786 1 786
DS 

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G
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ACTTTGGTTTTAAAAA

QA 2 557 2 557
DS 

RD RR1FJ27TF 551 0 0
G
GAGAAGAAACAGAACTGGAATCAGAGTATGAGAAACAGGAGAAGAGGGAGAGGGAGCAGA
GAGCTTTGAAGGAGAAAGAGCTGGATAATACTGCGTACAAGGACTTCAAAGCTTCTATTA
AGCATTACTCCAAAAGGGCATTAGATATCAATGTGAGGGAGAAACAGAAACATGAAAAGG
TGTAGCGTTTAAAGGGG*ACTGCTGAGACAAAGAGGGATCACACTGAAGAATAAGAAGAA
GAGACCCGAGTGAGATCAGAGCGTCAAGATGCAGTGATAGAGAGAGA**AGCTGCTAGAC
TGTGAACTACAAGAACAGGCACCTCATCTTGATGTATCTGATAAAGAACATGATGCTACA
CTTGAAAGACTTTGGAGTGAAGATTTGACAAGGGAACTGAGAGGAAATACAAGATACATG
TCAGTGGAGATGTTAACTAAACTGAATGTGATTTTTATATTTATACTTCCTTTAATTTAG
TTTACGTTGGTTTAATGTTTTCTTCTGATTTTAATATTTATACTTCCTTTAATTTAGTTT
ACTTTGGTTT

QA 2 551 2 551
DS 



AS 1 6

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TTCGAATCTTAAAGGGTTTGATTATAGTGTTAGCTAAAAAGATCGTTTCTTGATTCTTGT
GAATGGATTTGAGCTAAGTAGAAGAGGAAAGAAAAAA*GTGATCTCTTTTGCGGCGGAGA
TGAGCGCTTCGAGGTTCATAAAGTGTGTCACCGTCGGCGATGGTGCGGTCGGAAAAACAT
GTATGCTGATCTCTTACACGAGCAACACTTTCCCTACGGACTATGTACCAACTGTTTTCG
ACAACTTCAGTGCTAATGTGGTTGTAGATGGGAACACTGTGAATCTTGGCTTGTGGGATA
CAGCTGGTCAAGAAGACTATAACAGGTTAAGACCATTGAGTTACCGTGGTGCAGATGTCT
TCATTCTTGCTTTCTCTCTTATTAGCAAAGCTAGCTACGAGAACATAGCCAAAAAGTGGA
TTCCTGAGCTCAGGCATTATGCTCCTGGCGTTCCTATTATCCTCGTTGGAACAAAACTCG
ATCTTCGAGATGACAAGCAGTTCTTCATAGATCATCCTGGTGCTGTGCCGATTAGTACAA
ACCAGGGTGAGGA*ACTAAAGAAACTGATTGGGTCTCCGGCTTATATTGAATGCAGTTCA
AAGACGCAGCAGAACGTGAAGGCAGTCTTTGACGCAGCCATAAAAGTAGTGCTTCAGCCA
CCCAAGCAAAAGAAGAAGAAAAAGAATAAGAATGGTTGCGTTTTCTTGTGATCATCTTTC
CACAAAACAAGAAGAAGAAGATGAAGATTTAGGTAACATTGTTTGGGTGAATCTAAAGAG
TGAAGTGTAGCCAAGGATGAGTTCTTCTGGTTGTGTTGTTGTACTTTTGCTTTGTAATGT
AGACTAATCTTAATACATCTTTTTTTGCTGCTGGAATCCTGTGAACAGACGAATTTAATT
AATTTTATCATAAGAAATTGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR49TF U 1
AF RR1DR58TF U 94
AF RR1CU50TF U 117
AF RR1DR58JQ C 544
AF RR1CU50JQ C 230
AF RR1GR49JQ C 278
BS 1 157 RR1GR49TF
BS 158 158 RR1DR58TF
BS 159 599 RR1GR49TF
BS 600 638 RR1DR58TF
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BS 678 725 RR1CU50TF
BS 726 983 RR1CU50JQ

RD RR1GR49TF 599 0 0
TCTCTCTCCCTCTCTCTCTCATCGAATTTGAATTTTGGGGATTGTTCAAGCTTTTTCAAG
TTCGAATCTTAAAGGGTTTGATTATAGTGTTAGCTAAAAAGATCGTTTCTTGATTCTTGT
GAATGGATTTGAGCTAAGTAGAAGAGGAAAGAAAAAAAGTGATCTCTTTTGCGGCGGAGA
TGAGCGCTTCGAGGTTCATAAAGTGTGTCACCGTCGGCGATGGTGCGGTCGGAAAAACAT
GTATGCTGATCTCTTACACGAGCAACACTTTCCCTACGGACTATGTACCAACTGTTTTCG
ACAACTTCAGTGCTAATGTGGTTGTAGATGGGAACACTGTGAATCTTGGCTTGTGGGATA
CAGCTGGTCAAGAAGACTATAACAGGTTAAGACCATTGAGTTACCGTGGTGCAGATGTCT
TCATTCTTGCTTTCTCTCTTATTAGCAAAGCTAGCTACGAGAACATAGCCAAAAAGTGGA
TTCCTGAGCTCAGGCATTATGCTCCTGGCGTTCCTATTATCCTCGTTGGAACAAAACTCG
ATCTTCGAGATGACAAGCAGTTCTTCATAGATCATCCTGGTGCTGTGCCGATTAGTACA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1DR58TF 584 0 0
GG
AAAAAGATCGTTTCTTGATTCTTGTGAATGGATTTGAGCTAAGTAGAAGAGGAAAGAAAA
AA*GTGATCTCTTTTGCGGCGGAGATGAGCGCTTCGAGGTTCATAAAGTGTGTCACCGTC
GGCGATGGTGCGGTCGGAAAAACATGTATGCCGATCTCTTACACGAGCAACACTTTCCCT
ACGGACTATGTACCAACTGTTTTCGACAACTTCAGTGCTAATGTGGTTGTAGATGGGAAC
ACTGCGAATCTTGGCTTGTGGGATACAGCTGGTCAAGAAGACTATAACAGGTTAAGACCA
TTGAGTTACCGTGGTGCAGATGTCTTCATTCTTGCTTTCTCTCTTATTAGCAAAGCTAGC
TACGAGAACATAGCCAAAAAGTGGATTCCTGAGCTCAGGCATTATGCTCCTGGCGTTCCT
ATTATCCTCGTTGGAACAAAACTCGATCTTCGAGATGACAAGCAGTTCTTCATAGATCAT
CCTGGTGCTGTGCCGATTAGTACAAACCAGGGTGAGGA*ACTAAAGAAACTGATTGGGTC
TCCCGCTTATATTGAATGCAGTTCAAAGACGCAGCAGAACGT

QA 3 584 3 584
DS 

RD RR1CU50TF 609 0 0
TTGTGAATGGATTTGAGCTAAGTAGAAGAGGAAAGAAAAA***TGACCTCTTTTGCGGCG
GAGATGAGCGCTTCGAGGTTCATAAAGTGTGTCACCGTCGGCGATGGTG*GGTCGGAAAA
ACATGTATGCTGATCTCTTACACGAGCAACACTTTCCCTACGGACTATGTACCAACTGTT
TTCGACAACTTCAGTGCTAATGTGGTTGTAGATGGGAACACTGTGAATCTTGGCTTGTGG
GATACAGCTGGTCAAGAAGACTATAACAGGTTAAGACCATTGAGTTACCGTGGTGCAGAT
GTCTTCATTCTTGCTTTCTCTCTTATTAGCAAAGCTAGCTACGAGAACATAGCCAAAAAG
TGGATTCCTGAGCTCAGGCATTATGCTCCTGGCGTTCCTATTATCCTCGTTGGAACAAAA
CTCGATCTTCGAGATGACAAGCAGTTCTTCATAGATCATCCTGGTGCTGTGCCGATTAGT
ACAAACCAGGGTGAGGA*ACTAAAGAAACTGATTGGGTCTCCGGCTTATATTGAATGCAG
TTCAAAGACGCAGCAGAACGTGAAGGCAGTCTTTGACGCAGCCATAAAAGTAGTGCTTCA
GCCACCCAA

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1DR58JQ 415 0 0
TTCGAGATGACAAGCAGTTCTTCATAGATCATCCTGGTGCTGTGCCGATTAGTACAAACC
AGGGTGAGGA*ACTAAAGAAACTGATTGGGTCTCCGGCTTATATTGAATGCAGTTCAAAG
ACGCAGCAGAACGTGAAGGCAGTCTTTGACGCAGCCATAAAAGTAGTGCTTCAGCCACCC
AAGCAAAAGAAGAAGAAAAAGAATAAGAATGGTTGCGTTTTCTTGTGATCATCTTTCCAC
AAAACAAGAAGAAGAAGATGAAGATTTAGGTAACATTGTTTGGGTGAATCTAAAGAGTGA
AGTGTAGCCAAGGATGAGTTCTTCTGGTTGTGTTGTTGTACTTTTGCTTTGTAATGTAGA
CTAATCTTAATACATCTTTTTTTGCTGCTGGAATCCTGTGAACAGACGAATTTAA

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR1CU50JQ 754 0 0
CGGAAAAACATGTATGCTGATCTCTTACACGAGCAACACTTTCCCTACGGACTATGTACC
AACTGTTTTCGACAACTTCAGTGCTAATGTGGTTGTAGATGGGAACACTGTGAATCTTGG
CTTGTGGGATACAGCTGGTCAAGAAGACTATAACAGGTTAAGACCATTGAGTTACCGTGG
TGCAGATGTCTTCATTCTTGCTTTCTCTCTTATTAGCAAAGCTAGCTACGAGAACATAGC
CAAAAAGTGGATTCCTGAGCTCAGGCATTATGCTCCTGGCGTTCCTATTATCCTCGTTGG
AACAAAACTCGATCTTCGAGATGACAAGCAGTTCTTCATAGATCATCCTGGTGCTGTGCC
GATTAGTACAAACCAGGGTGAGGA*ACTAAAGAAACTGATTGGGTCTCCGGCTTATATTG
AATGCAGTTCAAAGACGCAGCAGAACGTGAAGGCAGTCTTTGACGCAGCCATAAAAGTAG
TGCTTCAGCCACCCAAGCAAAAGAAGAAGAAAAAGAATAAGAATGGTTGCGTTTTCTTGT
GATCATCTTTCCACAAAACAAGAAGAAGAAGATGAAGATTTAGGTAACATTGTTTGGGTG
AATCTAAAGAGTGAAGTGTAGCCAAGGATGAGTTCTTCTGGTTGTGTTGTTGTACTTTTG
CTTTGTAATGTAGACTAATCTTAATACATCTTTTTTTGCTGCTGGAATCCTGTGAACAGA
CGAATTTAATTAATTTTATCATAAGAAATTGCCT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1GR49JQ 689 0 0
GGACTATGTACCAACTGTTTTCGACAACTTCAGTGCTAATGTGGTTGTAGATGGGAACAC
TGTGAATCTTGGCTTGTGGGATACAGCTGGTCAAGAAGACTATAACAGGTTAAGACCATT
GAGTTACCGTGGTGCAGATGTCTTCATTCTTGCTTTCTCTCTTATTAGCAAAGCTAGCTA
CGAGAACATAGCCAAAAAGTGGATTCCTGAGCTCAGGCATTATGCTCCTGGCGTTCCTAT
TATCCTCGTTGGAACAAAACTCGATCTTCGAGATGACAAGCAGTTCTTCATAGATCATCC
TGGTGCTGTGCCGATTAGTACAAACCAGGGTGAGGATACTAAAGAAACTGATTGGGTCTC
CGGCTTATATTGAATGCAGTTCAAAGACGCAGCAGAACGTGAAGGCAGTCTTTGACGCAG
CCATAAAAGTAGTGCTTCAGCCACCCAAGCAAAAGAAGAAGAAAAAGAATAAGAATGGTT
GCGTTTTCTTGTGATCATCTTTCCACAAAACAAGAAGAAGAAGATGAAGATTTAGGTAAC
ATTGTTTGGGTGAATCTAAAGAGTGAAGTGTAGCCAAGGATGAGTTCTTCTGGTTGTGTT
GTTGTACTTTTGCTTTGTAATGTAGACTAATCTTAATACATCTTTTTTTGCTGCTGGAAT
CCTGTGAACAGACGAATTTAATTAATTTT

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 6

CO CL1313Contig1 661 6 5 U
GGGGATCCTTGCGGCGGAGAAGATGCAGATTTTCGTGAAGACACTGACGGGCAAGACCAT
CACCCTCGAGGTGGAGAGCAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGACAA
AGAAGGAATCCCTCCGGATCAGCAGAGATTGATTTTCGCCGGAAAACAGCTTGAAGACGG
TCGCACCTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTCCTGAGGCT
AAGGGGAGGTATCATCGAGCCGTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAATCAAGACAA
GATGATCTGTCGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTAAACTGCAGGAAGAA
GAAGTGTGGCCACAGCAACCAGTTGAGGCCGAAGAAGAAGATCAAGTGATCTGTTTTCAC
AACAAACTTATTTTATCTATGTTGTTTTTTCCTTGAAAGACATCTCTAGTGTTTTGACAC
AAACTTGTTTCAGGGAATTTTAATCCAAAAAGATTGCTGTTAGTAAATCTGAGTATCTTT
CTCTTTTTTTATTTTCTTATCTTTTTTTTTACAAATTCCAGCCTTTCATTATCTTCTTCA
GTTTGCTAATTGTTGTCTTAGTTTTTTTTGTCAATTTTTATTCCCATTTAGTTCCAGTTG
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1EI39TF U 2
AF RR1FG40JQ C 2
AF RR1FG40TF U 26
AF RR1CK57JQ C 9
AF RR1CK57TF U 9
AF RR1B120TF U 1
BS 1 14 RR1B120TF
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BS 534 661 RR1B120TF

RD RR1EI39TF 510 0 0
GGGATCCTT
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GTGGAGAGCAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGACAAAGAAGGAATC
CCTCCGGATCAGCAGAGATTGATTTTCGCCGGAAAACAGCTTGAAGACGGTCGCACCTTG
GCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTCCTGAGGCTAAGGGGAGGT
ATCATCGAGCCGTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAATCAAGACAAGATGATCTGT
CGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTAAACTGCAGGAAGAAGAAGTGTGGC
CACAGCAACCAGTTGAGGCCGAAGAAGAAGATCAAGTGATCTGTTTCCACAACAAACTTA
TTTTATCTATGTTGTTTTTTCCTTGAAAGACATCTCTAGTGTTTTGACACAAACTTGTTT
CAGGGAATTTTAATCCAAAAA

QA 10 510 10 510
DS 

RD RR1FG40JQ 523 0 0
GGGATCCTT
GCGGCGGAGAAGATGCAGATTTTCGTGAAGACACTGACGGGCAGGACCATCACCCTCGAG
GTGGAGAGCAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGACAAAGAAGGAATC
CCTCCGGATCAGCAGAGATTGATTTTCGCCGGAAAACAGCTTGAAGACGGTCGCACCTTG
GCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTCCTGAGGCTAAGGGGAGGT
AT*ATCGAGCCGTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAATCAAGACAAGATGATCTGT
CGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTAAACTGCAGGAAGAAGAAGTGTGGC
CACAGCAACCAGTTGAGGCCGAAGAAGAAGATCAAGTGATCTGTTTTCACAACAAACTTA
TTTTATTTATGTTGTTTTTTCCTTGAAAGACATCTCTAGTGTTTTGACACAAACTTGTTT
CAGGGAATTTTAATCCAAAAAGATTGCTGTTAGT

QA 10 523 10 523
DS 

RD RR1FG40TF 499 0 0
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ACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGACAAAGAAGGAATCCCTCCGGATCAGCAG
AGATTGATTTTCGCCGGAAAACAGCTTGAAGACGGTCGCACCTTGGCTGACTACAACATC
CAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTCCTGAGGCTAAGGGGAGGTAT*ATCGAGCCGTCT
TTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAATCAAGACAAGATGATCTGTCGCAAGTGTTACGCT
CGTCTGCACCCAAGGGCTGTAAACTGCAGGAAGAAGAAGTGTGGCCACAGCAACCAGTTG
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TTTTTCCTTGAAAGACATCTCTAGTGTTTTGACACAAACTTGTTTCAGGGAATTTTAATC
CAAAAAGATTGCTGTTAGT

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1CK57JQ 537 0 0
GG
GCGGCGGAGAAGATGCAGATTTTCGTGAAGACACTGACGGGCAAGACCATCACCCTCGAG
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GCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTCCTGAGGCTAAGGGGAGGT
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CGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTAAACTGCAGGAAGAAGAAGTGTGGC
CACAGCAACCAGTTGAGGCCGAAGAAGAAGATCAAGTGATCTGTTTTCACAACAAACTTA
TTTTATCTATGTTGTTTTTTCCTTGAAAGACATCTCTAGTGTTTTGACACAAACTTGTTT
CAGGGAATTTTAATCCAAAAAGATTGCTGTTAGTAAATCTGAGTATCTTTCTCTT

QA 3 537 3 537
DS 

RD RR1CK57TF 537 0 0
GG
GCGGCGGAGAAGATGCAGATTTTCGTGAAGACACTGACGGGCAAGACCATCACCCTCGAG
GTGGAGAGCAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGACAAAGAAGGAATC
CTTCCGGATCAGCAGAGATTGATTTTCGCCGGAAAACAGCTTGAAGACGGTCACACCTTG
GCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTCCTGAGGCTAAGGGGAGGT
ATCATCGAGCCGTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAATCAAGACAAGATGATCTGT
CGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTAAACTGCAGGAAGAAGAAGTGTGGC
CACAGCAACCAGTTGAGGCCGAAGAAGAAGATCAAGTGATCTGTTTTCACAACAAACTTA
TTTTATCTATGTTGTTTTTTCCTTGAAAGACATCTCTAGTGTTTTGACACAAACTTGTTT
CAGGGAATTTTAATCCAAAAAGATTGCTGTTAGTAAATCTGAGTATCTTTCTCTT

QA 3 537 3 537
DS 

RD RR1B120TF 661 0 0
GGGGATCCTTGCGGTGGAGAAGATGCAGATTTTCGTGAAGACACTGACGGGCAAGACCAT
CACCCTCGAGGTGGAGAGCAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGACAA
AGAAGGAATCCCTCCGGATCAGCAGAGATTGATTTTCGCCGGAAAACAGCTTGAAGACGG
TCGCACCTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTCCTGAGGCT
AAGGGGAGGTATCATCGAGCCGTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAATCAAGACAA
GATGATCTGTCGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTAAACTGCAGGAAGAA
GAAGTGTGGCCACAGCAACCAGTTGAGGCCGAAGAAGAAGATCAAGTGATCTGTTTTCAC
AACAAACTTATTTTATCTATGTTGTTTTTTCCTTGAAAGACATCTCTAGTGTTTTGACAC
AAACTTGTTTCAGGGAATTTTAATCCAAAAAGATTGCTGTTAGTAAATCTGATTATCTTT
CTCTTTTTTTATTTTCTTATCTTTTTTTTTACAAATTCCAGCCTTTCATTATCTTCTTCA
GTTTGCTAATTGTTGTCTTAGTTTTTTTTGTCAATTTTTATTCCCATTTAGTTCCAGTTG
A

QA 1 661 1 661
DS 



AS 2 6

CO CL1314Contig1 507 2 7 U
CTCATAATAATTTGAAGTAACAAATTCAAAAATATAGTACAAATTTAAAAAATACAGTGA
CACGGGTTTAGTAAAGGTAAATGAAAAATAAATAAATCTAAAGCACACTAAAACAAGGGT
TAACTGTTTGATCCTTTCTAACACAACTCCACTATTTTCCACAAGGGTAAGAGGTTATAC
AACTTCCACAATACAAAATATATAAACCAAAACCACAAAAACTGAAACAAAAAACTATTA
GGTGTGTTTGTTTTGTCTTCTTCATGTCACTCCCCTGTGCCCCCCAAACCCCCATATCTT
TAAATTTGAATCCCAACTTCCTGTACACAAGGCACTCCCATCTGCTGACATCCAGGCAAA
CGTGCCCTCGGCCAAAAGGCTTGGGGCGCAACTTGCGTTCAAAGACTCGATGGTTCACGG
GATTCTGCAATTCACACCAAGTATCGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCG
AGATATCCGTTGTCGAGAGTCGTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F634JQ U 7
AF RR1F634TF C 1
BS 1 6 RR1F634TF
BS 7 61 RR1F634JQ
BS 62 62 RR1F634TF
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BS 151 151 RR1F634TF
BS 152 403 RR1F634JQ
BS 404 507 RR1F634TF

RD RR1F634JQ 399 0 0
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TTTGATCCTTTCTAACACAACTCCCCTATTTTCCACAAGGGTAAGAGGTTATACAACTTC
CACAATACAAAATATATAAACCAAAACCACAAAAACTGAAACAAAAAACTATTAGGTGTG
TTTGTTTTGTCTTCTTCATGTCACTCCCCTGTGCCCCCCAAACCCCCATATCTTTAAATT
TGAATCCCAACTTCCTGTACACAAGGCACTCCCATCTGCTGACATCCAGGCAAACGTGCC
CTCGGCCAAAAGGCTTGGGGCGCAACTTGCGTTCAAA
AA

QA 1 397 1 397
DS 

RD RR1F634TF 507 0 0
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CACGGGTTTAGTAAAGGTAAATGAAGAATAAATAAATCTAAAGCACACTAAAACAAGGGT
TAACTGTTTGATCCTTTCTAACACAACTCCACTATTTTCCACAAGGGTAAGAGGTTATAC
AACTTCCACAATACAGAATATATAAACCAAAACCACAAGAACTGAGACAAAAGACTATTA
GGTGTGTTTGTTTTGTCTTCTTCATGTCACTCTCCTGTGCCCTCCAAACGCCCATATCTT
TAGATTTGAATCCCAACTTCCTGTACACAAGGCACTCCCATCTGCTGACATCCAGGCAGA
CGTGCCCTCGGCCAGAAGGCTTGGGGCGCAACTTGCGTTCAAAGACTCGATGGTTCACGG
GATTCTGCAATTCACACCAAGTATCGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCG
AGATATCCGTTGTCGAGAGTCGTTATC

QA 1 507 1 507
DS 



CO CL1314Contig2 280 4 3 U
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AAAATCCGAGCTAAGGATGCCAGGAGCGTCTTGACATGCC


BQ
10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FI77JQ C 1
AF RR1FI77TF U 1
AF RR1AE15JQ C 2
AF RR1AE15TF U 2
BS 1 2 RR1FI77JQ
BS 3 176 RR1FI77TF
BS 177 280 RR1AE15TF

RD RR1FI77JQ 176 0 0
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TGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTG
CGCCCCAAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACAAATCGTCGTCC

QA 1 176 1 176
DS 

RD RR1FI77TF 176 0 0
GT
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CCCCAAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACAAATCGTCGTCC

QA 3 176 3 176
DS 

RD RR1AE15JQ 279 0 0
G
ATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATG
CGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCG
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CCTCTCGAGGATATAGGACGGAAGCTGGTCTCCCGTGTGTTACCGCACGCGGTTGGCCAA
AATCCGAGCTAAGGATGCCAGGAGCGTCTTGACATGCC

QA 2 279 2 279
DS 

RD RR1AE15TF 279 0 0
G
ATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATG
CGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCG
CCCCAAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACAAATCGTCGTCCCCCCAT
CCTCTCGAGGATATAGGACGGAAGCTGGTCTCCCGTGTGTTACCGCACGCGGTTGGCCAA
AATCCGAGCTAAGGATGCCAGGAGCGTCTTGACATGCC

QA 2 279 2 279
DS 



AS 1 6

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CCGAGAAACTAAGCTTGTCTTCGAGCAAGATAGTGTTAACCAGCTCCGACGGCGATTCTT
TCGAGATCGACGAAGCAGTGGCTCGCAAATCCGAGACCATAGCTGAAATGCTCGAAGCCG
GCTGTGCCGGAGAAATCCCGCTTCACAACGTCACCGGGGAGATCCTCGACAAAGTCATCG
ACTACTGCAAGACGCACGTCGAAGAAGCTGGTCCGTTTGAAGAAGAAGAAGATGAAGACA
AAGAGGCGAAGAAGAAATGGGATGCGGAGTTCGTGAAAGTAGATCTGGAAACCATGTTCG
AGCTCATCCTGGCTGCTAACTATCTCAACATCCCAGGCCTTCTCGATCTTACATCCCAGG
CGGTCGCAGATCACATTAAAGACAAAACACCAGAGGATGTTCGCGAGATTTTCGGCATCG
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CCTCTTTAGTTTCCAATGGGTATGTCTATCGTCTCTTTAATTTCAATGCTTGCAAAAACT
CCGCCGGTGGAAGCTAGCTAGGGCTTCGCCGCCGTTTTCATAATATGATTAGGGTTT


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1B753JQ C 6
AF RR1B753TF U 6
AF RR1CI92JQ C 1
AF RR1CI92TF U 1
AF RR1AM09TF U 6
AF RR1AM09JQ C 410
BS 1 5 RR1CI92JQ
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TTAGTTTCC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1B753TF 609 0 0
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AAACTAAGCTTGTCTTCGAGCAAGATAGTGTTAACCAGCTCCGACGGCGATTCTTTCGAG
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GCCGGAGAAATCCCGCTTCACAACGTCACCGGGGAGATCCTCGACGAAGTCATCGACTAC
TGCAAGACGCACGTCGAAGAAGCCGGTCCGTTTGAAGAAGAAGAAGATGAAGACAAAGAG
GCGAAGAAGAAATGGGATGCGGAGTTCGTGAAAGTAGATCTGGAAACCATGTTCGAGCTC
ATCCTGGCTGCTAACTATCTCAACATCCCAGGCCTTCTCGATCTTACATCCCAGGCGGTC
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GATTTCACACCCGAAGAAGAAGAAGCTGTTCGCAAGGAGCACGCTTGGGCTTTTGAATGA
TTCTAGAATTAATAATAATGTTCTTAGATCTGTTGTGAATCTTGATTTGACTTGGCCTCT
TTAGTTTCC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1CI92JQ 705 0 0
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CCGAGAAACTAAGCTTGTCTTCGAGCAAGATAGTGTTAACCAGCTCCGACGGCGATTCTT
TCGAGATCGACGAAGCAGTGGCTCGCAAATCCGAGACCATAGCTGAAATGCTCGAAGCCG
GCTGTGCCGGAGAAATCCCGCTTCACAACGTCACCGGGGAGATCCTCGACAAAGTCATCG
ACTACTGCAAGACGCACGTCGAAGAAGCTGGTCCGTTTGAAGAAGAAGAAGATGAAGACA
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AGCTCATCCTGGCTGCTAACTATCTCAACATCCCAGGCCTTCTCGATCTTACATCCCAGG
CGGTCGCAGATCACATTAAAGACAAAACACCAGAGGATGTTCGCGAGATTTTCGGCATCG
AGAACGATTTCACACCCGAAGAAGAAGAAGCTGTTCGCAAGGAGCACGCTTGGGCCTTTG
AATGATTCTAGAATTAATAATAATGTTCTTAGATCTGTTGTGAATCTTGATTTGACTTGG
CCTCTTTAGTTTCCAATGGGTATGTCTATCGTCTCTTTAATTTCAATGCTTGCAAAAACT
CCGCCGGTGGAAGCTAGCTAGGGCTTCGCCGCCGTTTTCATAA
AA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1CI92TF 677 0 0
TTTTT
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ATCCTGGCTGCTAACTATCTCAACATCCCAGGCCTTCTCGATCTTACATCCCAGGCGGTC
GCAGATCACATTAAAGACAAAACACCAGAGGATGTTCGCGAGATTTTCGGCATCGAGAAC
GATTTCACACCCGAAGAAGAAGAAGCTGTTCGCAAGGAGCACGCTTGGGCCTTTGAATGA
TTCTAGAATTAATAATAATGTTCTTAGATCTGTTGTGAATCTTGATTTGACTTGGCCTCT
TTAGTTTCCAATGGGTATGTCTATCGTCTCTTTAATTTCAATGCTTGCAAAA*CTCCGCC
CGTGGAAGCTAG

QA 6 677 6 677
DS 

RD RR1AM09TF 709 0 0
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TGCAAGACGCACGTCGAAGAAGCTGGTCCGTTTGAAGAAGAAGAAGATGAAGACAAAGAG
GCGAAGAAGAAATGGGATGCGGAGTTCGTGAAAGTAGATCTGGAAACCATGTTCGAGCTC
ATCCTGGCTGCTAACTATCTCAACATCCCAGGCCTTCTCGATCTTACATCCCAGGCGGTC
GCAGATCACATTAAAGACAAAACACCAGAGGATGTTCGCGAGATTTTCGGCATCGAGAAC
GATTTCACACCCGAAGAAGAAGAAGCTGTTCGCAAGGAGCACGCTTGGGCTTTTGAATGA
TTCTAGAATTAATAATAATGTTCTTAGATCTGTTGTGAATCTTGATTTGACTTGGCCTCT
TTAGTTTCCAATGGGTATGTCTATCGTCTCTTTAATTTCAATGCTTGCAAAAACTCCGCC
GGTGGAAGCTAGCTAGGGCTTCGCCGCCGTTTTCATAATATGATTAGGG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1AM09JQ 308 0 0
TACATCCCAGGCGGTCGCAGATCACATTAAAGACAAAACACCAGAGGATGTTCGCGAGAT
TTTGGGCATCGAGAACGATTTCACACCCGAAGAAGAAGAAGCTGTTCGCAAGGAGCACGC
TTGGGCTTTTGAATGATTCTAGAATTAATAATAAGGTTCTTAGATCTGTTGTGAATCTTG
ATTTGACTTGGCCTCTTTAGTTTCCAATGGGTATGTCTATCGTCTCTTTAATTTCAATGC
TTGCAAAAACTCCGCCGGTGGAAGCTAGCTAGGGCTTCGCCGCCGTTTTCATAATATGAT
TAGGGTTT

QA 1 308 1 308
DS 



AS 1 5

CO CL1316Contig1 746 5 6 U
TCCAATATGCTCATTCAAAAATTTCCCAAAACAAGCATATCACATATCGTTTCATTTACA
CCCATAAATCAACCAAACCCTTTTTAGATATTATAACAAATACATAAATATAAATGAAGT
AACCACAACATTAAGCTTATGGAGTTAAAATAGTGTTGATGAGAAGAGCGTCCTTGCAAA
GTTTCAAGAAGTTGGTGTTCCTACGAGCAAGCTCAGCATCATTACCAGCACGTTCGTTCA
AAGCATCTTCACAAGCTTCTCCATCGGTAATTGCTGTATTAAGCCAAATATCAACATCAA
TATACGCATTCGCAAGCAAAGCGGCGAGAGAATCATCGAGTTGTGCGACTGCGTCTAAGT
AGTTCTTGGAGCAGTCATCAAGCGTGTCTTCCAACGCCGGCTCAAGGTTCCTCTGTTTCA
GTTTCGACTTGATGTAGAAAGACGTGTCCGAAGCGTTTGTAGACGCGACGCTTAACGCGA
TCACACCGAGTTTAGGCGCAGTTGCGGTTTCTGACTCGTGACGTGAGGTTAGGCTCGCAA
CGCAAAACGCTTTGTCCTCGGATTTCTCGCATAGTTTCTCGGCTAAAGCTTTGCCTGTCT
CGGTGAATGTTGGTGGTGGAGCTTTTCCGGCAATGACCACCGTGACGACGATGGAGAGGA
AAAGGAGAAAGATCCTTCCGACCATTTTCATCTTTTTTTTTTTGTTAGGTTATGTTTCTT
CTTTTGCTCTCTTGTCGTAATTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1H469JQ U 1
AF RR1CS32JQ U 25
AF RR1DA09TF C 62
AF RR1DA09JQ U 70
AF RR1CS32TF C 81
BS 1 660 RR1H469JQ
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BS 701 703 RR1DA09JQ
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BS 738 742 RR1DA09JQ
BS 743 746 RR1CS32TF

RD RR1H469JQ 660 0 0
TCCAATATGCTCATTCAAAAATTTCCCAAAACAAGCATATCACATATCGTTTCATTTACA
CCCATAAATCAACCAAACCCTTTTTAGATATTATAACAAATACATAAATATAAATGAAGT
AACCACAACATTAAGCTTATGGAGTTAAAATAGTGTTGATGAGAAGAGCGTCCTTGCAAA
GTTTCAAGAAGTTGGTGTTCCTACGAGCAAGCTCAGCATCATTACCAGCACGTTCGTTCA
AAGCATCTTCACAAGCTTCTCCATCGGTAATTGCTGTATTAAGCCAAATATCAACATCAA
TATACGCATTCGCAAGCAAAGCGGCGAGAGAATCATCGAGTTGTGCGACTGCGTCTAAGT
AGTTCTTGGAGCAGTCATCAAGCGTGTCTTCCAACGCCGGCTCAAGGTTCCTCTGTTTCA
GTTTCGACTTGATGTAGAAAGACGTGTCCGAAGCGTTTGTAGACGCGACGCTTAACGCGA
TCACACCGAGTTTAGGCGCAGTTGCGGTTTCTGACTCGTGACGTGAGGTTAGGCTCGCAA
CGCAAAACGCTTTGTCCTCGGATTTCTCGCATAGTTTCTCGGCTAAAGCTTTGCCTGTCT
CGGTGAATGTTGGTGGTGGAGCTTTTCCGGCAATGACCACCGTGACGACGATGGAGAGGA

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1CS32JQ 713 0 0
CCCAAAACAAGTATATCACATATCGTTTCATTTACACCCATAAATCAACCAAACCCTTTT
TAGATATTATAACAAATACATAAATATAAATGAAGTAACCACAACATTAAGCTTATGGAG
TTAAAATAGTGTTGATGAGAAAAGCGTCCTTGCAAAGTTTCAAGAAGTTGGTGTTCCTAC
GAGCAAGCTCAGCATCATTACCAGCACGTTCGTTCAAAGCATCTTCACAAGCTTCTCCAT
CGGTAATTGCTGTATTAAGCCAAATATCAACATCAATATACGCATTCGCAAGCAAAGCGG
CGAGAGAATCATCGAGTTGTGCGACCGCGTCTAAGTAGTTCTTGGAGCAGTCATCAAGCG
TGTCTTCCAACGCCGGCTCAAGGTTCCTCTGTTTCAGTTTCGACTTGATGTAAAAAGACG
TGTCCGAAGCGTTTGTAGACGCGACGCTTAACGCGATCACACCGAGTTTAGGCGCAGTTG
CGGTTTCTGACTCGTGACGTGAGGTTAGGCTCGCAACGCAAAACGCTTTGTCCTCGGATT
TCTCGCATAGTTTCTCGGCTAAAGCTTTGCCTGTCTCGGTGAATGTTGGTGGTGGAGCTT
TTCCGGCAATGACCACCGTGACGACGATGGAGAGGAAAAGGAGAAAGATCCTTCCGACCA
TTTTCATCTTTTTTTT***GTTAGGTTATGTTTCTTCTTTTGCTCTCTTGTCG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1DA09TF 683 0 0
TTTTTTT
TCAACCAAACCCTTTTTAGATATTATAACAAATACATAAATATAAATGAAGTAACCACAA
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AAGTTGGCGTTCCTACGAGCAAGCTCAGCATCATTACCAGCACGTTCGTTCAAAGCATCT
TCACAAGCTTCTCCATCGGTAATTGACGTATTAAGCCAAATATCAACATCAATATACGCA
TTCGCAAGCAAAGCGGCGAGAGAATCATCCAGTTGTGCGACTGCGTCTAAGTAGTTCTTG
GAGCAGTCATCAAGCGTGTCTTCCAACGCCGGCTCAAGGTTCCTCTGTTTCAGTTTCGAC
TTGATGTAGAAAGACGTGTCCGAAGCGTTTGTAGACGCGACGCTTAACGCGATCACACCG
AGTTTAGGCGCAGTTGCGGTTTCTGACTCGTGACGTGAGGTTAGGCTCGCAACGCAAAAC
GCTTTGTCCTCGGATTTCTCGCATAGTTTCTCTGCTAAAGCTTTGCCTGTCTCGGTGAAT
GTTGGTGGTGGAGCTTTTCCGGCAATGACCACCGTGACGACGATGGAGAGGAAAAGGAGA
AAGATCCTTCCGACCATTTTCATCTTTTTTTTTTTGTTAGGTTATGTTTCTTCTTTTGCT
CTCTTGTCGTAATT
CC

QA 8 681 8 681
DS 

RD RR1DA09JQ 675 0 0
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ATTAAGCTTATGGAGTTAAAATAGTGTTGATGAGAAGAGCGTCCTTGCAAAGTTTCAAGA
AGTTGGCGTTCCTACGAGCAAGCTCAGCATCATTACCAGCACGTTCGTTCAAAGCATCTT
CACAAGCTTCTCCATCGGTAATTGACGTATTAAGCCAAATATCAACATCAATATACGCAT
TCGCAAGCAAAGCGGCGAGAGAATCATCCAGTTGTGCGACTGCGTCTAAGTAGTTCTTGG
AGCAGTCATCAAGCGTGTCTTCCAACGCCGGCTCAAGGTTCCTCTGTTTCAGTTTCGACT
TGATGTAAAAAGACGTGTCCGAAGCGTTTGTAGACGCGACGCTTAACGCGATCACACCGA
GTTTAGGCGCAGTTGCGGTTTCTGACTCGTGACGTGAGGTTAGGCTCGCAACGCAAAACG
CTTTGTCCTCGGATTTCTCGCATAGTTTCTCTGCTAAAGCTTTGCCTGTCTCGGTGAATG
TTGGTGGTGGAGCTTTTCCGGCAATGACCACCGTGACGACGATGGAGAGGAAAAGGAGAA
AGATCCTTCCGACCATTTTCATCTTTTTTTTTTTGTTAGGTTATGTTTCTTCTTTTGCTC
TCTTGTCGTAATT
CC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1CS32TF 666 0 0
TTTTTAGATAT*ATAACAAATACATAAATATAAATGAAGTAACCACAACATTAAGCTTAT
GGAGTTAAAATAGTGTTGATGAGAAAAGCGTCCTTGCAAAGTTTCAAGAAGTTGGTGTTC
CTACGAGCAAGCTCAGCATCATTACCAGCACGTTCGTTCAAAGCATCTTCACAAGCTTCT
CCATCGGTAATTGCTGTATTAAGCCAAATATCAACATCAATATACGCATTCGCAAGCAAA
GCGGCGAGAGAATCATCGAGTTGTGCGACCGCGTCTAAGTAGTTCTTGGAGCAGTCATCA
AGCGTGTCTTCCAACGCCGGCTCAAGGTTCCTCTGTTTCAGTTTCGACTTGATGTAGAAA
GACGTGTCCGAAGCGTTTGTAGACGCGACGCTTAACGCGATCACACCGAGTTTAGGCGCA
GTTGCGGTTTCTGACTCGTGACGTGAGGTTAGGCTCGCAACGCAAAACGCTTTGTCCTCG
GATTTCTCGCATAGTTTCTCGGCTAAAGCTTTGCCTGTCTCGGTGAATGTTGGTGGTGGA
GCTTTTCCGGCAATGACCACCGTGACGACGATGGAGAGGAAAAGGAGAAAGATCCTTCCG
ACCATTTTCATCTTTTTTTT***GTTAGGTTATGTTTCTTCTTTTGCTCTCTTGTCGTAA
TTATCC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 6

CO CL1317Contig1 618 6 11 U
CAGTAAGAGCTTAAGTTTACAAACTTGAGATCCTGTCAAAATAAACTCCAGTTATGTATC
CAAAGAGCAGTTCAATACAGATAGTTGTAATTCTGCTTAAAAAGCGACAACATAAGCCAC
CAGCATAAATGAAGTAGCAACATGACAAATGATATTTTTATTAAGAGACACTGAGAGAGA
TTCAATCAAAATCCCAATATTCCAGGAAAAACAATAGTGCGAAAGTCTTGAGAAAAATGG
TGGGTTCAGTAAGTAGGATCAGTGAAGAACTTGTTGAGGCCAGGCATGATTTCTGGACGC
TTGTCGCGAACATACTTCCTCAAGAAATTCTCCTTGTACTTCTCTCCCTCTGCATGGTTA
TCCAAAATTCCAGCAGCCCTGTTCTCCTTGGTACATCTGACTTCAGGGTTTCCGGTGATG
TTCCTAATCAACGAGAACGCACAGATCCCAACCGCAGCTCCTGTAGCGGCGAACAAGGGA
TACACCTCAGGTCTCAACCAACGGCTCGACATTTGGAATCGCGGAGAAGAAATCGAG***
*AGAGAGAGAGAGATTAGAGGAAGGAAGACGGCCAATGTTCAGAGACTTCCCCTCAACGC
CCTTTTTATTTTGACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E004JQ U 53
AF RR1E272JQ U 32
AF RR1E272TF C 37
AF RR1BR37JQ U 32
AF RR1BR37TF C 32
AF RR1E004TF C 1
BS 1 31 RR1E004TF
BS 32 191 RR1E272JQ
BS 192 192 RR1BR37JQ
BS 193 336 RR1E272JQ
BS 337 337 RR1BR37JQ
BS 338 377 RR1E272JQ
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BS 379 541 RR1E272JQ
BS 542 543 RR1BR37JQ
BS 544 574 RR1E272JQ
BS 575 618 RR1E004TF

RD RR1E004JQ 275 0 0
TATGTATCCAAAGAGCAGTTCAATACAAATAGTTGTAATTCTGCTTAAAAAGCGACAACA
TAAGCCCCCAGCATAAATGAAGTAGCAACATGACAAATGATATTTTTATTAAAAAACACT
GAAAGAGATTCAATCAAAATCCCAATATTCCAGGAAAAACAATAGTGCGAAAGTCTTGAG
AAAAATGGGGGGTTCAGTAAGTAGGATCAGTGAAAAACTTGTTGAGGCCAGGCATGATTT
CTGGACCCTTGTCCCGAACATACTTCCTCAA
AAAA

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR1E272JQ 544 0 0
CCTGTCAAAATAAACTCCAGTTATGTATCCAAAGAGCAGTTCAATACAGATAGTTGTAAT
TCTGCTTAAAAAGCGACAACATAAGCCACCAGCATAAATGAAGTAGCAACATGACAAATG
ATATTTTTATTAAGAGACACTGAGAGAGATTCAATCAAAACCCCAATATTCCAGGAAAAA
CAATAGTGCGAAAGTCTTGAGAAAAATGGTGGGTTCAGTAAGTAGGATCAGTGAAGAACT
TGTTGAGGCCAGGCATGATTTCTGGACGCTTGTCGCGAACATACTTCCTCAAGAAATTCT
CCTTGCACTTCTCTCCCTCTGCATGGTTATCCAAAATTCCAGCAGCACTGTTCTCCTTGG
TACATCTGACTTCAGGGTTTCCGGTGATGTTCCTAATCAACGAGAACGCACAGATCCCAA
CCGCAGCTCCTGTAGCGGCGAACAAGGGATACACCTCAGGTCTCAACCAACGGCTCGACA
TTTGGAATCGCGGAGAAGAAATCGAG******AGAGAGAGAGATTAGAGGAAGGAAGACG
GCC
C

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1E272TF 539 0 0
CAAAATAAACTCCAGTTATGTATCCAAAGAGCAGTTCAATACAGATAGTTGTAATTCTGC
TTAAAAAGCGACAACATAAGCCACCAGCATAAATGAAGTAGCAACATGACAAATGATATT
TTTATTAAGAGACACTGAGAGAGATTCAATCAAAACCCCAATATTCCAGGAAAAACAATA
GTGCGAAAGTCTTGAGAAAAATGGTGGGTTCAGTAAGTAGGATCAGTGAAGAACTTGTTG
AGGCCAGCCATGATTTCTGGACGCTTGTCGCGAACATACTTCCTCAAGAAATTCTCCTTG
CACTTCTCTCCCTCTGCATGGTTATCCAAAATTCCAGCAGCACTGTTCTCCTTGGTACAT
CTGACTTCAGGGTTTCCGGTGATGTTCCTAATCAACGAGAACGCACAGATCCCAACCGCA
GCTCCTGTAGCGGCGAACAAGGGATACACCTCAGGTCTCAACCAACGGCTCGACATTTGG
AATCGCGGAGAAGAAATCGAG******AGAGAGAGAGATTAGAGGAAGGAAGACGGCC
C

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1BR37JQ 543 0 0
CCTGTCAAAATAAACTCCAGTTATGTATCCAAAGAGCAGTTCAATACAGATAGTTGTAAT
TCTGCTTAAAAAGCGACAACATAAGCCACCAGCATAAATGAAGTAGCAACATGACAAATG
ATATTTTTATTAAGAGACACTGAGAGAGATTCAATCAAAATCCCAATATTCCAGGAAAAA
CAATAGTGCGAAAGTCTTGAGAAAAATGGTGGGTTCAGTAAGTAGGATCAGTGAAGAACT
TGTTGAGGCCAGGCATGATTTCTGGACGCTTGTCGCGAACATACTTCCTCAAGAAATTCT
CCTTGTACTTCTCTCCCTCTGCATGGTTATCCAAAATTCCAGCAGCCCTGTTCTCCTTGG
TACATCTGACTTCAGGGTTTCCGGTGATGTTCCTAATCAACGAGAACGCACAGATCCCAA
CCGCAGCTCCTGTAGCGGCGAACAAGGGATACACCTCAGGTCTCAACCAACGGCTCGACA
TTTGGAATCGCGGAGAAGAAATCGAG****AGAGAGAGAGAGATTAGAGGAAGGAAGACG
GCC

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1BR37TF 543 0 0
CCTGTCAAAATAAACTCCAGTTATGTATCCAAAGAGCAGTTCAATACAGATAGTTGTAAT
TCTGCTTAAAAAGCGACAACATAAGCCACCAGCATAAATGAAGTAGCAACATGACAAATG
ATATTTTTATTAAGAGACACTGAGAGAGATTCAATCAAAATCCCAATATTCCAGGAAAAA
CAATAGTGCGAAAGTCTTGAGAAAAATGGTGGGTTCAGTAAGTAGGATCAGTGAAGAACT
TGTTGAGGCCAGGCATGATTTCTGGACGCTTGTCGCGAACATACTTCCTCAAGAAATTCT
CCTTGTACTTCTCTCCCTCTGCATGGTTATCCAAAATTCCAGCAGCCCTGTTCTCCTTGG
TACATCTGACTTCAGGGTTTCCGGTGATGTTCCTAATCAACGAGAACGCACAGATCCCAA
CCGCAGCTCCTGTAGCGGCGAACAAGGGATACACCTCAGGTCTCAACCAACGGCTCGACA
TTTGGAATCGCGGAGAAGAAATCGAG****AGAGAGAGAGAGATTAGAGGAAGGAAGACG
GCC

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1E004TF 618 0 0
CAGTAAGAGCTTAAGTTTACAAACTTGAGATCCTGTCAAAATAAACTCCAGTTATGTATC
CAAAGAGCAGTTCAATACAGATAGTTGTAATTCTGCTTAAAAAGCGACAACATAAGCCAC
CAGCATAAATGAAGTAGCAACATGACAAATGATATTTTTATTAAGAGACACTGAGAGAGA
TTCAATCAAAATCCCAATATTCCAGGAAAAACAATAGTGCGAAAGTCTTGAGAAAAATGG
TGGGTTCAGTAAGTAGGATCAGTGAAGAACTTGTTGAGGCCAGGCATGATTTCTGGACGC
TTGTCGCGAACATACTTCCTCAAGAAATTCTCCTTGTACTTCTCTCCCTCTGCATGGTTA
TCCAAAATTCCAGCAGCCCTGTTCTCCTTGGTACATCTGACTTCAGGGTTTCCGGTGATG
TTCCTAATCAACGAGAACGCACAGATCCCAACCGCAGCTCCTGTAGCGGCGAACAAGGGA
TACACCTCAGGTCTCAACCAACGGCTCGACATTTGGAATCGCGGAGAAGAAATCGAGGGA
GAGAGAGAGAGAGATTAGAGGAAGGAAGACGGCGAATGTTCAGAGACTTCCCCTCAACGC
CCTTTTTATTTTGACTTT

QA 1 618 1 618
DS 



AS 2 5

CO CL1318Contig1 820 2 8 U
CTGTTAAATCATCTCTAGCTTTTTATTGATTTATTTGATATAGAAACCAAACATATAAAC
ATTAAACGTTATTCCAAAATCAAAACCAAAAGCAAAGCTATACAAGTTGCTTTTAACCTA
ACCAAAATTTTCATTTTTTTTTTATCAATTCATTTTGTTTTCTTTCTTATTTTTTTTTCT
TATAAATAGAATGGTGATCACTCTTTTTTATTCTAAATGTAAATTTTATGCTATCCTAAA
ATACGAATATCCCGGCAGAAAAAGCCTGTTCGCCGGCGGCATTAGGAGAACTCAAAACGT
CGACTTTTCTCTGAACTTGCGGCTTAAATTGCTCATTTCGCTCGTCGTTCATTATCTGCA
CTGATCTACACTCTGCACTGCAAAATCCCATCTCTCCTTTGTACATGTAAATGTCTTTGC
CTTGAAGTCTCTTCTTACACAAGCAACACGAGCTCAGGAACTCTGTCGGTTCCTTACGAA
CCTGTCTCTTCGTAACCGGTGGTTCAACCATCGGTTTCTGCCTTCTCCGATCATCGTACT
CCGACCCATTTTCAACCAATTCAAACCCGTCTTCGTTGTAATACACTCTGGTCGGCCCAT
CACGGCTCGTCACGCAAGTGTATTCCTCCTCCGACAGATCAATCTCAGGGCATCGGAATC
TCCCGGAGAAACAAACCGGATCGTACCGGTTAATCCCAGTGTTACTTTCCTCCAGCGCAG
CCACGATACCCAAACCGACACCACCGGAACTGTAACGTTTCGAGTTAACTGGCGATGGGA
ACTTCAAATCTAACGGACTTCTCGGACTCGCCGAATAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV07JQ U 1
AF RR1CT13JQ U 182
BS 1 259 RR1GV07JQ
BS 260 260 RR1CT13JQ
BS 261 326 RR1GV07JQ
BS 327 327 RR1CT13JQ
BS 328 382 RR1GV07JQ
BS 383 383 RR1CT13JQ
BS 384 643 RR1GV07JQ
BS 644 820 RR1CT13JQ

RD RR1GV07JQ 643 0 0
CTGTTAAATCATCTCTAGCTTTTTATTGATTTATTTGATATAGAAACCAAACATATAAAC
ATTAAACGTTATTCCAAAATCAAAACCAAAAGCAAAGCTATACAAGTTGCTTTTAACCTA
ACCAAAATTTTCATTTTTTTTTTATCAATTCATTTTGTTTTCTTTCTTATTTTTTTTTCT
TATAAATAGAATGGTGATCACTCTTTTTTATTCTAAATGTAAATTTTATGCTATCCTAAA
ATACGAATATCCCGGCAGAGAAAGCCTGTTCGCCGGCGGCATTAGGAGAACTCAAAACGT
CGACTTTTCTCTGAACTTGCGGCTTAGATTGCTCATTTCGCTCGTCGTTCATTATCTGCA
CTGATCTACACTCTGCACTGCAGAATCCCATCTCTCCTTTGTACATGTAAATGTCTTTGC
CTTGAAGTCTCTTCTTACACAAGCAACACGAGCTCAGGAACTCTGTCGGTTCCTTACGAA
CCTGTCTCTTCGTAACCGGTGGTTCAACCATCGGTTTCTGCCTTCTCCGATCATCGTACT
CCGACCCATTTTCAACCAATTCAAACCCGTCTTCGTTGTAATACACTCTGGTCGGCCCAT
CACGGCTCGTCACGCAAGTGTATTCCTCCTCCGACAGATCAAT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1CT13JQ 639 0 0
ATAAATAGAATGGTGATCACTCTTTTTTATTCTAAATGTAAATTTTATGCTATCCTAAAA
TACGAATATCCCGGCAGAAAAAGCCTGTTCGCCGGCGGCATTAGGAGAACTCAAAACGTC
GACTTTTCTCTGAACTTGCGGTTTAAATTGCTCATTTCGCTCGTCGTTCATTATCTGCAC
TGATCTACACTCTGCACTGCAAAATCCCATCTCTCCTTTGTACATGTAAATGTCTTTGCC
TTGAAGTCTCTTCTTACACAAGCAACACGAGCTCAGGAACTCTGTCGGTTCCTTACGAAC
CTGTCTCTTCGTAACCGGTGGTTCAACCATCGGTTTCTGCCTTCTCCGATCATCGTACTC
CGACCCATTTTCAACCAATTCAAACCCGTCTTCGTTGTAATACACTCTGGTCGGCCCATC
ACGGCTCGTCACGCAAGTGTATTCCTCCTCCGACAGATCAATCTCAGGGCATCGGAATCT
CCCGGAGAAACAAACCGGATCGTACCGGTTAATCCCAGTGTTACTTTCCTCCAGCGCAGC
CACGATACCCAAACCGACACCACCGGAACTGTAACGTTTCGAGTTAACTGGCGATGGGAA
CTTCAAATCTAACGGACTTCTCGGACTCGCCGAATAGTC

QA 1 639 1 639
DS 



CO CL1318Contig2 746 3 18 U
GGAGATTCTTTCCTATAAGCTTGGCTCTCTCTGTCTATTGTTTTCATCTCTCTCTCAATC
CTCTTATCATTTTCTTGCTTGTATCTCTCTCAACTCTCTTATTTGATTCTTTGATCATGA
TACTAAGCAAGAGACCTCATCTAATGATCCGAAAACTGTCGGAGATGCTGGTTCCAAGAA
GCCGGTCTGCTATTAAACCGGAAGACTATTCGGCGAGTCCGAGAAGTCCGTTAGATTTGA
AGTTCCCATCGCCAGTTAACTCGAAACGTTACAGTTCCGGTGGTGTCGGTTTGGGTATCG
TGGCTGCGCTGGAGGAAAGTAACACTGGGATTAACCGGTACGATCCGGTTTGTTTCTCCG
GGAGATTCCGATGCCCTGAGATTGATCTGTCGGAGGAGGAATACACTTGCGTGACGAGCC
GTGATGGGCCGACCAGAGTGTATTACAACGAAGACGGGTTTGAATTGGTGGAAAATGGGT
CGGAGTACGATGATCGGAGAAGGCAGAAACCGATGGTTGAACCACCGGTTACGAAGAGAC
AGGTTCGTAAGGAACCGACAGAGTTCCAGAGCTCGTGTTGCTTGTGTAAGAAGAGACTTC
AAGGCAAAGACATTTACATGTACAAAGGAGAGATGGGATTCTGCAGTGCAGAGTGTAGAT
CAGTGCAGATAATGAACGACGAGCGAAATGAGCAATCTAAACCGCAAGTTCAGAGAAAAG
TCGACGTTTTGAGTTCTCCTTACGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV07TF U 1
AF RR1FU02TF U 42
AF RR1CT13TF U 44
BS 1 447 RR1GV07TF
BS 448 448 RR1FU02TF
BS 449 449 RR1CT13TF
BS 450 467 RR1FU02TF
BS 468 468 RR1CT13TF
BS 469 486 RR1FU02TF
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BS 488 532 RR1FU02TF
BS 533 533 RR1CT13TF
BS 534 549 RR1FU02TF
BS 550 550 RR1CT13TF
BS 551 710 RR1FU02TF
BS 711 712 RR1CT13TF
BS 713 718 RR1FU02TF
BS 719 719 RR1CT13TF
BS 720 731 RR1FU02TF
BS 732 732 RR1CT13TF
BS 733 746 RR1FU02TF

RD RR1GV07TF 447 0 0
GGAGATTCTTTCCTATAAGCTTGGCTCTCTCTGTCTATTGTTTTCATCTCTCTCTCAATC
CTCTTATCATTTTCTTGCTTGTATCTCTCTCAACTCTCTTATTTGATTCTTTGATCATGA
TACTAAGCAAGAGACCTCATCTAATGATCCGAAAACTGTCGGAGATGCTGGTTCCAAGAA
GCCGGTCTGCTATTAAACCGGAAGACTATTCGGCGAGTCCGAGAAGTCCGTTAGATTTGA
AGTTCCCATCGCCAGTTAACTCGAAACGTTACAGTTCCGGTGGTGTCGGTTTGGGTATCG
TGGCTGCGCTGGAGGAAAGTAACACTGGGATTAACCGGTACGATCCGGTTTGTTTCTCCG
GGAGATTCCGATGCCCTGAGATTGATCTGTCGGAGGAGGAATACACTTGCGTGACGAGCC
GTGATGGGCCGACCAGAGTGTATTACA

QA 1 447 1 447
DS 

RD RR1FU02TF 705 0 0
GGATC
TCTCTCTCTCAATTCTCTTATTGGATTCTTGTTTGTATCTCTCTCAACTCTCTTATTTGA
TTCTTTGATCATGATACTAAGCAAGAGACCTCATCTAATGATCCGAAAACTGTCGGAGAT
GTTGGTTCCAAGAAGCCGGTCTGCTATCAAACCGGAAGATTATTCTGCGAGTCCGAGAAG
TCCGTTAGATTTGAAGTTTCCATCGCCGGTTAACTCGAAACGGTACGGTTCCGGTGGTGT
CGGTTTGGGTATCGTGGCTGCGCTGGAGGAAAGTAACACTGGGATTAACCGGTACGATCC
GGTTTGTTTCTCCGGGAGATTCCGATGCCCTGAGATTGATCTGTCGGAAGAAGAATACAC
TTGCGTGACGAGCCGTGATGGGCCGACCAGAGTGTATTATAAGGAAGACGGGTTTGAATT
GTTGGAAAATGGGTCGGAGTTCGATGATCGGAGAAGGCAGAAACCGATGGTTGAACCACC
GGTTACTAAGAGACAGGTTCGTAGGGAACCGACAGAGTTCCAGAGCTCGTGTTGCTTGTG
TAAGAAGAGACTTCAAGGCAAAGACATTTACATGTACAAAGGAGAGATGGGATTCTGCAG
TGCAGAGTGTAGATCAGTGCAGATAATGAACGACGAGCGAAATGAGCAATCTAAACCGCA
AGTTTCGAGAAACGTCGACGTTTTGCGTTCTCCTTACGCC

QA 6 705 6 705
DS 

RD RR1CT13TF 697 0 0
GGA
TCTCTCTCTCAATCCTCTTATCATTTTCTTGCTTGTATCTCTCTCAACTCTCTTATTTGA
TTCTTTGATCATGATACTAAGCAAGGGACCTCATCTAATGATCCGAAAACTGTCGGAGAT
GCTGGTTCCAAGAAGCCGGTCTGCTATTAAACCGGAAGACTATTCGGCGAGTCCGAGAAG
TCCGTTAGATTTGAAGTTCCCATCGCCAGTTAACTCGAAACGTTACAGTTCCGGTGGTGT
CGGTTTGGGTATCGTGGCTGCGCTGGAGGAAAGTAACACTGGGATTAACCGGTACGATCC
GGTTTGTTTCTCCGGGAGATTCCGATGCCCTGAGATTGATCTGTCGGAGGAGGAATACAC
TTGCGTGACGAGCCGTGATGGGCCGACCAGAGTGTATTACAACGAAGACGGGTTTGAATT
GGTTGAAAATGGGTCGGAGTACGATGATCGGAGAAGGCAGAAACCGATGGTTGAACCACC
GGTTACGAAGAGACAGGTTCGTAAGGAACCGACAGAGTTCCTGAGCTCGTGTTGCTTGTG
TAAGAAGAGACTTCAAGGCAAAGACATTTACATGTACAAAGGAGAGATGGGATTCTGCAG
TGCAGAGTGTAGATCAGTGCAGATAATGAACGACGAGCGAAATGAGCAATCTAAACCGCA
AGTTCAGAGAAAAGTCGACGTTTTGAGTTCTCCT

QA 4 697 4 697
DS 



AS 1 6

CO CL1319Contig1 860 6 5 U
GTGATTCAATTTAACATAACCTGTCGATGATATATCAAGAAGTATTCGTCTGTTACACAA
AATATAACATCGGGATACAGAAAATATCAAGATGTACGTATCTAATGTATATGTATAGCA
AAAATATATAAGCATCAAGAGGTACTCACAAAGGGAAACAAAACAATATAATATATATAA
AAGAAAAGTACAAACAATTTAGGACTCACACTGACCATTGACCAATGGAATCAGTGTTGT
CATGCTGCTGCTGCTGCGGGAACTGTTTCTGCAATGATTTAGGTGAGAAAGGGAGATTTG
GAAAAGGTTGATGATCAGCGGGAAAGAACGGAGAAGGATGATGATGAGAGATGTAACTAG
TACATGACATGTTGTTATGGTCCTGTTCTTGGAACTGGAAATGATTATTCTGTTGTACTT
GTTGTTGTCTCTGTTTTGGGCTATTGGCTTTCTCTCCTTCGGTTTCTCGGTATTTGTTGA
GATAGACCTTTAACGGAGCCACGTAGTCTTCGAAACCGAGAGTTGTAATGGCCCAAATTA
TGTCATCTCCATTGATGGTTTTCCTCTTCTCTCTTTGACACTTATCAGAAGCTTCACCAG
TAACGAAACTGATGAACTCTGATACACATTCTTGAACGGTTTCTTTGGCGTCTTTCGAGA
TCTTACCATTACCGGGAAGAACCTTTTTCATAATTCTTCCGACATTGGCAATTGGAAGAA
ACCGGTCTTGTTCTTTGTTGTTGCTGTTGTTATTGTTCTTTGAAGAAGGGCTTCCAAGAT
TTGTTTCGGCTACTCCAGGAGATTCATGATCCTCCTCTGGGCTTTCTTCAGTCATATCTC
TATCTTTCTTTATTTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC73JQ U 1
AF RR1GG82TF C 10
AF RR1GG82JQ U 14
AF RR1FC73TF C 110
AF RR1B485JQ U 113
AF RR1B485TF C 113
BS 1 137 RR1FC73JQ
BS 138 138 RR1GG82JQ
BS 139 697 RR1FC73JQ
BS 698 744 RR1GG82JQ
BS 745 860 RR1B485JQ

RD RR1FC73JQ 697 0 0
GTGATTCAATTTAACATAACCTGTCGATGATATATCAAGAAGTATTCGTCTGTTACACAA
AATATAACATCGGGATACAGAAAATATCAAGATGTACGTATCTAATGTATATGTATAGCA
AAAATATATAAGCATCAGGAGGTACTCACAAAGGGAAACAAAACAATATAATATATATAA
AAGAAAAGTACAAACAATTTAGGACTCACACTGACCATTGACCAATGGAATCAGTGTTGT
CATGCTGCTGCTGCTGCGGGAACTGTTTCTGCAATGATTTAGGTGAGAAAGGGAGATTTG
GAAAAGGTTGATGATCAGCGGGAAAGAACGGAGAAGGATGATGATGAGAGATGTAACTAG
TACATGACATGTTGTTATGGTCCTGTTCTTGGAACTGGAAATGATTATTCTGTTGTACTT
GTTGTTGTCTCTGTTTTGGGCTATTGGCTTTCTCTCCTTCGGTTTCTCGGTATTTGTTGA
GATAGACCTTTAACGGAGCCACGTAGTCTTCGAAACCGAGAGTTGTAATGGCCCAAATTA
TGTCATCTCCATTGATGGTTTTCCTCTTCTCTCTTTGACACTTATCAGAAGCTTCACCAG
TAACGAAACTGATGAACTCTGATACACATTCTTGAACGGTTTCTTTGGCGTCTTTCGAGA
TCTTACCATTACCGGGAAGAACCTTTTTCATAATTCT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1GG82TF 737 0 0
TTTT
ACATAACCTGTCGATGATATATCAAGAAGTATTCGTCTGTTACACAAAATATAACATCGG
GATACAGAAAATATCAAGATGTACGTATCTAATGTATATGTATAGCAAAAATATATAAGC
ATCAAGAGGTACTCACAAAGGGAAACAAAACAATATAATATATATAAAAGAAAAGTACAA
ACAATTTAGGACTCACACTGACCATTGACCAATGGAATCAGTGTTGTCATGCTGCTGCTG
CTGCGGGAACTGTTTCTGCAATGATTTAGGTGAGAAAGGGAGATTTGGAAAAGGTTGATG
ATCAGCGGGAAAGAACGGAGAAGGATGATGATGAGAGATGTAACTAGTACATGACATGTT
GTTATGGTCCTGTTCTTGGAACTGGAAATGATTATTCTGTTGTACTTGTTGTTGTCTCTG
TTTTGGGCTATTGGCTTTCTCTCCTTCGGTTTCTCGGTATTTGTTGAGATAGACCTTTAA
CGGAGCCACGTAGTCTTCGAAACCGAGAGTTGTAATGGCCCAAATTATGTCATCTCCATT
GATGGTTTTCCTCTTCTCTCTTTGACACTTATCAGAAGCTTCACCAGTAACGAAACTGAT
GAACTCTGATACACATTCTTGAACGGTTTCTTTGGCGTCTTTCGAGATCTTACCATTACC
GGGAAGAACCTTTTTCATAATTCTTCCGACATTGGCAATTGGAAGAAACCGGTCTTGTTC
TTTGTTGTTGCTG

QA 5 737 5 737
DS 

RD RR1GG82JQ 731 0 0
ACATAACCTGTCGATGATATATCAAGAAGTATTCGTCTGTTACACAAAATATAACATCGG
GATACAGAAAATATCAAGATGTACGTATCTAATGTATATGTATAGCAAAAATATATAAGC
ATCAAGAGGTACTCACAAAGGGAAACAAAACAATATAATATATATAAAAGAAAAGTACAA
ACAATTTAGGACTCACACTGACCATTGACCAATGGAATCAGTGTTGTCATGCTGCTGCTG
CTGCGGGAACTGTTTCTGCAATGATTTAGGTGAGAAAGGGAGATTTGGAAAAGGTTGATG
ATCAGCGGGAAAGAACGGAGAAGGATGATGATGAGAGATGTAACTAGTACATGACATGTT
GTTATGGTCCTGTTCTTGGAACTGGAAATGATTATTCTGTTGTACTTGTTGTTGTCTCTG
TTTTGGGCTATTGGCTTTCTCTCCTTCGGTTTCTCGGTATTTGTTGAGATAGACCTTTAA
CGGAGCCACGTAGTCTTCGAAACCGAGAGTTGTAATGGCCCAAATTATGTCATCTCCATT
GATGGTTTTCCTCTTCTCTCTTTGACACTTATCAGAAGCTTCACCAGTAACGAAACTGAT
GAACTCTGATACACATTCTTGAACGGTTTCTTTGGCGTCTTTCGAGATCTTACCATTACC
GGGAAGAACCTTTTTCATAATTCTTCCGACATTGGCAATTGGAAGAAACCGGTCTTGTTC
TTTGTTGTTGC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1FC73TF 744 0 0
TATGTATAGCAAAAATATATAAGCATCAGGAGGTACTCACAAAGGGAAACAAAACAATAT
AATATATATAAAAGAAAAGTACAAACAATTTAGGACTCACACTGACCATTGACCAATGGA
ATCAGTGTTGTCATGCTGCTGCTGCTGCGGGAACTGTTTCTGCAATGATTTAGGTGAGAA
AGGGAGATTTGGAAAAGGTTGATGATCAGCGGGAAAGAACGGAGAAGGATGATGATGAGA
GATGTAACTAGTACATGACATGTTGTTATGGTCCTGTTCTTGGAACTGGAAATGATTATT
CTGTTGTACTTGTTGTTGTCTCTGTTTTGGGCTATTGGCTTTCTCTCCTTCGGTTTCTCG
GTATTTGTTGAGATAGACCTTTAACGGAGCCACGTAGTCTTCGAAACCGAGAGTTGTAAT
GGCCCAAATTATGTCATCTCCATTGATGGTTTTCCTCTTCTCTCTTTGACACTTATCAGA
AGCTTCACCAGTAACGAAACTGATGAACTCTGATACACATTCTTGAACGGTTTCTTTGGC
GTCTTTCGAGATCTTACCATTACCGGGAAGAACCTTTTTCATAATTCTTCCGACATTGGC
AATTGGAAGAAACCGGTCTTGTTCTTTGTTGTTGCTGTTGTTATTGTTCTTTGAAGAAGG
GTTTCCAAGATTTGTTTCGGCTACTCCAGGAGATTCATGATCCTCCTCTGGGCTTTCTTC
AGTCATATCTCTATCTTTCTTT
CC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1B485JQ 748 0 0
GTATAGCAGAAATATATAAGCATCAAGAGGTACTCACAAAGGGAAACAAAACAATATAAT
ATATATAAAAGAAAAGTACAAACAATTTAGGACTCACACTGACCATTGACCAATGGAATC
AGTGTTGTCATGCTGCTGCTGC***GGGAACTGTTTCTGCAATGATTTAGGTGAGAAAGG
GAGATTTGGAAAAGGTTGATGATCAGCGGGAAAGAACGGAGAAGGATGATGATGAGAGAT
GTAACTAGTACATGACATGTTGTTATGGTCCTGTTCTTGGAACTGGAAATGATTATTCTG
TTGTACTTGTTGTTGTCTCTGTTTTGGGCTATTGGCTTTCTCTCCTTCGGTTTCTCGGTA
TTTGTTGAGATAGACCTTTAACGGAGCCACGTAGTCTTCGAAACCGAGAGTTGTAATGGC
CCAAATTATGTCATCTCCATTGATGGTTTTCCTCTTCTCTCTTTGACACTTATCAGAAGC
TTCACCAGTAACGAAACTGATGAACTCTGATACACATTCTTGAACGGTTTCTTTGGCGTC
TTTCGAGATCTTACCATTACCGGGAAGAACCTTTTTCATAATTCTTCCGACATTGGCAAT
TGGAAGAAACCGGTCTTGTTCTTTGTTGTTGCTGTTGTTATTGTTCTTTGAAGAAGGGCT
TCCAAGATTTGTTTCGGCTACTCCAGGAGATTCATGATCCTCCTCTGGGCTTTCTTCAGT
CATATCTCTATCTTTCTTTATTTTTCTC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1B485TF 748 0 0
GTATAGCAGAAATATATAAGCATCAAGAGGTACTCACAAAGGGAAACAAAACAATATAAT
ATATATAAAAGAAAAGTACAAACAATTTAGGACTCACACTGACCATTGACCAATGGAATC
AGTGTTGTCATGCTGCTGCTGC***GGGAACTGTTTCTGCAATGATTTAGGTGAGAAAGG
GAGATTTGGAAAAGGTTGATGATCAGCGGGAAAGAACGGAGAAGGATGATGATGAGAGAT
GTAACTAGTACATGACATGTTGTTATGGTCCTGTTCTTGGAACTGGAAATGATTATTCTG
TTGTACTTGTTGTTGTCTCTGTTTTGGGCTATTGGCTTTCTCTCCTTCGGTTTCTCGGTA
TTTGTTGAGATAGACCTTTAACGGAGCCACGTAGTCTTCGAAACCGAGAGTTGTAATGGC
CCAAATTATGTCATCTCCATTGATGGTTTTCCTCTTCTCTCTTTGACACTTATCAGAAGC
TTCACCAGTAACGAAACTGATGAACTCTGATACACATTCTTGAACGGTTTCTTTGGCGTC
TTTCGAGATCTTACCATTACCGGGAAGAACCTTTTTCATAATTCTTCCGACATTGGCAAT
TGGAAGAAACCGGTCTTGTTCTTTGTTGTTGCTGTTGTTATTGTTCTTTGAAGAAGGGCT
TCCAAGATTTGTTTCGGCTACTCCAGGAGATTCATGATCCTCCTCTGGGCTTTCTTCAGT
CATATCTCTATCTTTCTTT
ATTTTTCTC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 2 6

CO CL1320Contig1 902 4 17 U
GGACATTGGAAGATCCAATCAATCAATCAATCAATTGAAGCTGCAAAACTCAATCAAAGA
AGATCCAA*TGTCGAGAGAGAGAGAACCAGACGTGAACTACCTCCCGTTCAAGAGCATAT
TGATAAATTGAAGAAAGTGGTAGAGGAAGGCAATGGCTACGGAGCGTTGCAGATGTACAA
ATCCATCAGTGCCAGATATGTTACAGCTCAGAGATTCTCTGAAGCTCTTGACATCCTCTT
CTCAGGGGCATGCGTTGAGCTAGAGCACGGCCTGGTGAATTGTGGAGCCGACCTTGCTAT
TTTGTTCGTCGACACACTAGTTAAAGCCAAGTCACCTTGCAATGATGAATCTCTTGATCG
TATCAGGTGTATGTTCAAGTTGTTTCCTAGGGTTCCTGTACCACCTCATTTGGTTGATGT
GAGCGATGACGAAGATGTTCATAATCTTCAAGAATCTCTCGGGGAAGCTAGATCACGTGT
TGATAACTTGACTTCCTTCTTGAGAGCTGCTATCAAATGGTCTGCAGAGTTTGGAGGGCC
AAGTACAGGGTATCCTGAGTTGCATGCTATGCTAGCTGATTATCTTTACACCGAGTGTCC
TGAACTTGACATGGTTCGAATATCAAGGCATTTTGTTAGGGCCGAGGACCCTGAGAAGTT
TGCATCTATGCTGATCAACTTTATGGGAAGGTGTTATCCTGGTGAAGATGACCTTGCCAT
TGCACGAGCAGTTCTTATGTATTTATCTATGGGTAACATGAAAGATGCAAATATTCTGAT
GGATGAGATTAAGAAGCAAGCAGAGACCCTTTCAGAATCAGACCTTATCCAATTTATCAC
TTATCTTCTGGAAACGTTGCAGAGAGATGCATTGCCTCTTTTCAGTATGTTAAGAGCGAA
AT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1A035TF U 1
AF RR1B274TF U 3
AF RR1DE25TF U 11
AF RR1AY81TF U 80
BS 1 165 RR1A035TF
BS 166 166 RR1DE25TF
BS 167 285 RR1A035TF
BS 286 286 RR1DE25TF
BS 287 306 RR1A035TF
BS 307 307 RR1DE25TF
BS 308 388 RR1A035TF
BS 389 389 RR1DE25TF
BS 390 399 RR1A035TF
BS 400 400 RR1DE25TF
BS 401 689 RR1A035TF
BS 690 690 RR1DE25TF
BS 691 767 RR1A035TF
BS 768 792 RR1B274TF
BS 793 793 RR1AY81TF
BS 794 808 RR1DE25TF
BS 809 902 RR1AY81TF

RD RR1A035TF 767 0 0
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AGATCCAA*TGTCGAGAGAGAGAGAACCAGACGTGAACTACCTCCCGTTCAAGAGCATAT
TGATAAATTGAAGAAAGTGGTAGAGGAAGGCAATGGCTACGGAGCTTTGCAGATGTACAA
ATCCATCAGTGCCAGATATGTTACAGCTCAGAGATTCTCTGAAGCTCTTGACATCCTCTT
CTCAGGGGCATGCGTTGAGCTAGAGCACGGCCTGGTGAATTGTGGGGCCGACCTTGCTAT
TTTGTTTGTCGACACACTAGTTAAAGCCAAGTCACCTTGCAATGATGAATCTCTTGATCG
TATCAGGTGTATGTTCAAGTTGTTTCCTCGGGTTCCTGTTCCACCTCATTTGGTTGATGT
GAGCGATGACGAAGATGTTCATAATCTTCAAGAATCTCTCGGGGAAGCTAGATCACGTGT
TGATAACTTGACTTCCTTCTTGAGAGCTGCTATCAAATGGTCTGCAGAGTTTGGAGGGCC
AAGTACAGGGTATCCTGAGTTGCATGCTATGCTAGCTGATTATCTTTACACCGAGTGTCC
TGAACTTGACATGGTTCGAATATCAAGGCATTTTGTTAGGGCCGAGGACCCTGAGAAGTT
TGCATCTATGCTGATCAACTTTATGGGAA*GTGTTATCCTGGTGAAGATGACCTTGCCAT
TGCACGAGCAGTTCTTATGTATTTATCTATGGGTAACATGAAAGATG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1B274TF 790 0 0
GG
ATTGGAAGATCCAATCAATCAATCAATCAATTGAAGCTGCAAAACTCAATCAAAGAAGAT
CCAA*TGTCGAGAGAGAGA**ACCAGACGTGAACTACCTCCCGTTCAAGAGCATATTGAT
AAATTGAAGAAAGTGGTAGAGGAAGGCAATGGCTACGGAGCTTTGCAGATGTACAAATCC
ATCAGTGCCAGATATGTTACAGCTCAGAGATTCTCTGAAGCTCTTGACATCCTCTTCTCA
GGGGCATGCGTTGAGCTAGAGCACGGCCTGGTGAATTGTGGGGCCGACCTTGCTATTTTG
TTTGTCGACACACTAGTTAAAGCCAAGTCACCTTGCAATGATGAATCTCTTGATCGTATC
AGGTGTATGTTCAAGTTGTTTCCTCGGGTTCCTGTTCCACCTCATTTGGTTGATGTGAGC
GATGACGAAGATGTTCATAATCTTCAAGAATCTCTCGGGGAAGCTAGATCACGTGTTGAT
AACTTGACTTCCTTCTTGAGAGCTGCTATCAAATGGTCTGCAGAGTTTGGAGGGCCAAGT
ACAGGGTATCCTGAGTTGCATGCTATGCTAGCTGATTATCTTTACACCGAGTGTCCTGAA
CTTGACATGGTTCGAATATCAAGGCATTTTGTTAGGGCCGAGGACCCTGAGAAGTTTGCA
TCTATGCTGATCAACTTTATGGGAAAGTGTTATCCTGGTGAAGATGACCTTGCCATTGCA
CGAGCAGTTCTTATGTATTTATCTATGGGTAACATGAAAGATGCAAATATTCTGATGGAT
GAGATTAA

QA 3 790 3 790
DS 

RD RR1DE25TF 798 0 0
GGATTGGAAGATC
CAATCAATCAATTGAAGCTGCAAAACTCAATCAAAGAAGATCCAAATGTCGAGAGAGAGA
**ACCAGACGTGAACTACCTCCCGTTCAAGAGCATA******AATTGAAGAAAGTGGTAG
AGGAAGGCAATGGCTACGGAGCGTTGCAGATGTACAAATCCATCAGTGCCAGATATGTTA
CAGCTCAGAGATTCTCTGAAGCTCTTGATATCCTCTTCTCTGGGGCATGCGTTGAGCTAG
AGCACGGCCTGGTGAATTGTGGAGCCGACCTTGCTATTTTGTTCGTCGACACACTAGTTA
AAGCCAAGTCACCTTGCAATGATGAATCTCTTGATCGTATCAGGTGTATGTTCAAGTTGT
TTCCTAGGGTTCCTGTACCTCCTCATTTGGTTGATGTGAGCGATGATGAGGATGTTCATA
ATCTTCAAGAATCTCTCGGGGAAGCTAGATCACGTGTTGATAACTTGACTTCCTTCTTGA
GAGCTGCTATCAAATGGTCTGCAGAGTTTGGAGGGCCAAGTACAGGGTATCCTGAGTTGC
ATGCTATGCTGGCTGATTATCTTTACACCGAGTGTCCTGAACTTGACATGGTTCGAATAT
CAAGGCATTTTGTTAGGGCCGAGGACCCTGAGAAGTTTGCATCTATGCTGATCAACTTTA
TGGGGAGGTGTTATCCTGGTGAAGATGACCTTGCCATTGCACGAGCTGTTCTTATGTATT
TATCTATGGGTAACATGAA*GATGCAA*TATTCTGATGGATGAGATTAG*AAGCAAGCAG
AGACC

QA 14 798 14 798
DS 

RD RR1AY81TF 823 0 0
GG
GAGAACCAGACGTGAACTACCTCCCGTTCAAGAGCATATTGATAAATTGAAGAAAGTGGT
AGAGGAAGGCAATGGCTACGGAGCGTTGCAGATGTACAAATCCATCAGTGCCAGATATGT
TACAGCTCAGAGATTCTCTGAAGCTCTTGATATCCTCTTCTCTGGGGCATGCGTTGAGCT
AGAGCACGGCCTGGTGAATTGTGGAGCCGACCTTGCTATTTTGTTCGTCGACACACTAGT
TAAAGCCAAGTCACCTTGCAATGATGAATCTCTTGATCGTATCAGGTGTATGTTCAAGTT
GTTTCCTAGGGTTCCTGTACCTCCTCATTTGGTTGATGTGAGCGATGATGAGGATGTTCA
TAATCTTCAAGAATCTCTCGGGGAAGCTAGATCACGTGTTGATAACTTGACTTCCTTCTT
GAGAGCTGCTATCAAATGGTCTGCAGAGTTTGGAGGGCCAAGTACAGGGTATCCTGAGTT
GCATGCTATGCTGGCTGATTATCTTTACACCGAGTGTCCTGAACTTGACATGGTTCGAAT
ATCAAGGCATTTTGTTAGGGCCGAGGACCCTGAGAAGTTTGCATCTATGCTGATCAACTT
TATGGGGAGGTGTTATCCTGGTGAAGATGACCTTGCCATTGCACGAGCTGTTCTTATGTA
TTTATCTATGGGTAACATGAAAGATGCAAATATTCTGATGGATGAGATTAAGAAGCAAGC
AGAGACCCTTTCAGAATCAGACCTTATCCAATTTATCACTTATCTTCTGGAAACGTTGCA
GAGAGATGCATTGCCTCTTTTCAGTATGTTAAGAGCGAAAT

QA 3 823 3 823
DS 



CO CL1320Contig2 815 2 13 U
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AACTCTTACCCACTTGAGGATAAGAGAAACAAATTGAATTCTCAGAAGCTATCCATTATT
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CTTTAGCCCATCATCTTGAAAATGTCTCCAAACATTCCTTGCAAAGGATTCTTACCCTGA
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ACGCAAGACCTAAATTTCGCTCTTAACATACTGAAAAAAGGCAATGCATCTCTCTGCAAC
GTTTCCAAAAAATAAGTGATAAATTGGATAAGGTCTGATTCTGAAAGGGTCTCTGCTTGT
TTCTTAATCTCATCCATCAAAATATTTGCATCTTTCATGTTACCCATAAATAAATACATA
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ATCAGCATAAATGCAAACTTCTCAGGGTCCTCGGCCCTAACAAAATGCCTTGATATTCGA
ACCATGTCAAGTTCAGGACACTCGGTGTAAAGATAATCAGCTAGCATAGCATGCAACTCA
GGATACCCTGTACTTGGCCCTCCAAACTCTGCAGACCATTTGATAGCAGCTCTCAAGAAG
GAAGTCAAGTTATCAACACGTGATCTAGCTTCCCCGAGAGATTCTTGAAGATTATGAACA
TCTTCGTCATCGCTCACATCAACCAAATGAGGTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A035JQ U 154
AF RR1B274JQ U 1
BS 1 200 RR1B274JQ
BS 201 201 RR1A035JQ
BS 202 235 RR1B274JQ
BS 236 236 RR1A035JQ
BS 237 337 RR1B274JQ
BS 338 338 RR1A035JQ
BS 339 351 RR1B274JQ
BS 352 355 RR1A035JQ
BS 356 367 RR1B274JQ
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BS 469 469 RR1A035JQ
BS 470 815 RR1B274JQ

RD RR1A035JQ 443 0 0
AAA
AAAGTTGCAACTTCTATCTTCTTCCTTTAGCCCATCATCTTGAAAATGTCTCCAAACATT
CCTTGCAAAGGATTCTTACCCTGAACACCGTAAAACCTCTCTGCAATCTCGTCCAGCAAC
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AAAGGCAATGCATCTCTCTGCAACGTTTCCAAAAAATAAGTGATAAATTGGATAAGGTCT
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QA 4 443 4 443
DS 

RD RR1B274JQ 815 0 0
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CTTTAGCCCATCATCTTGAAGATGTCTCCAAACATTCCTTGCAAAGGATTCTTACGCTGA
ACACCGTAAAACCTCTCTGCAATCTCGTCCAGCAACTCATTAAGCAGCGGTTCTCTATCT
ACGCAAGACCTAAATTTCGCTCTTAACATACTGAAAAGAGGCAATGCATCT****GCAAC
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AAAACTGCTCGTGCAATGGCAAGGTCATCTTCACCAGGATAACACCTTCCCATAAAGTTG
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GGATACCCTGTACTTGGCCCTCCAAACTCTGCAGACCATTTGATAGCAGCTCTCAAGAAG
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TCTTCGTCATCGCTCACATCAACCAAATGAGGTGG

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 5

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GCTGCTGGAGCCAAATGGAAATCCATGACTGCTGATGATAAAGCGCCTTATGTAGAAAAG
GCTGAGACCAAAAAGACTGAATACGCCAAGACTATGCAAAAATACAACATGAAATTGGCT
AATGGAACGAGTACAGCTGGAGATGATGACTCTGACAAGTCCAAGTCTGAAGTCAACGAT
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TTTGTTTAATGGAGTATCTTCTCTTCTTATGTGTTAGCTCTACTAGTTTTAGGGAGAAGA
ATAGTTTTACTCTATTGCTATGTTTTCCCTTGTTTTATGTTGTTAACTGGGATTTAATTC
ACATCTCTTACTTCAACTCCTCATCATAACTTTGGATTTAGCTTTGAACTTTGTTTCTAG
TTTTATGAGATATGGTATTACTGTGTTTGCTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1AJ88TF U 1
AF RR1AJ88JQ C 52
AF RR1G620TF U 1
AF RR1CM08TF U 34
AF RR1CM08JQ C 69
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ACATCTCTTACTTCAAC
CC

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DS 

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ATTTAATTCACATCTCTTACTTCAAC
CC

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GCTCGAGCGAAGAGCACCGACGAGAGATTGAAAACGAGAGGGAAGAAAGCGGGGAAGAAA
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GCTGCTGGAGCCAAATGGAAATCCATGACTGCTGATGATAAAGCGCCTTATGTAGAAAAG
GCTGAGACCAAAAAGACTGAATACGCCAAGACTATGCAAAAATACAACATGAAATTGGCT
AATGGAACGAGTACAGCTGGAGATGATGACTCTGACAAGTCCAAGTCTGAAGTCAACGAT
GAGAATGATGCTGCTAGTGATGAGGAGGAAGATGATGATTAAGAGATGGATCAGCAGCTG
TTTGTTTAATGGAGTATCTTCTCTTCTTATGTGTTAGCTCTACTAGTTTTAGGGAGAAGA
ATAGTTTTACTCTATTGCTATGTTTTCCCTTGTTTTATGTTGTTAACTGGGATT*AATTC
ACATCTCTTACTTCAACTCCTCATCATAACTTTGGATTTAGCTTTGAACTTTGTTTCTAG
TTT*ATGAGATATGGTATTACTGTGTTTG
C

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DS 

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GG
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TATGTTGTTAACTGGGATTTAATTCACATCTCTTACTTCAACTCCTCATCATAACTTTGG
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CTTC

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DS 

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AGCCAAATGGAAATCCATGACTGCTGATGATAAAGCGCCTTATGTAGAAAAGGCTGAGAC
CAAAAAGACTGAATACGCCAAGACTATGCAAAAATACAACATGAAATTGGCTAATGGAAC
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TGCTGCTAGTGATGAGGAGGAAGATGATGATTAAGAGACGGATCAGCAGCTGTTTGTTTA
ATGGAGTATCTTCTCTTCTTATGTGTTAGCTCTACTAGTTTTAGGGAGAAGGATAGTTTT
ACTCTATTGCTATGTTTTCCCTTGTTTTATGTTGTTAACTGGGATTTAATTCACATCTCT
TACTTCAACTCCTCATCATAACTTTGGATTTAGCTTTGAACTTTGTTTCTAGTTTTATGA
GATATGGTATTACTGTGTTTGCTTC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 6

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CGCAAAGAAGTAAGTAATGTTTAACATCAAAAGAGTTTGCTTAAGTATTTGCTGAGTAAC
TTATCAACCATAACTTGATAAGCTCTTTCAGTTGGATGGTAGCTATCCCAAAATATATAG
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ATCATGTCAAGAAAAGTCTCATAAACATCAACATAGAGGATAATACCATCCAACTTTCTA
TTCAAAGATCTCAGTGCTGGAGAAAGTCTAGCGTTGAATTGTTTTGCCATATTGTTTAAG
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CCAACAGGAAGTGCACTAAACACCCCAATTTTTCGAGCTCCAAGCTTGTGTAATTCTTTT
ACGAATTTAACTGCTGATTTGGCCAAGAAAGTAGCATACGATGTAGAGTTATATTTATAA
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TGGTTTTGTTTAGTTTTCTGTCGAGATTTGGTTTGTGTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK10JQ U 1
AF RR1B778JQ U 14
AF RR1BJ59JQ U 41
AF RR1B778TF C 353
AF RR1FK10TF C 437
AF RR1BJ59TF C 495
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BS 19 437 RR1FK10JQ
BS 438 438 RR1B778JQ
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BS 546 546 RR1B778JQ
BS 547 706 RR1FK10JQ
BS 707 707 RR1B778JQ
BS 708 785 RR1FK10JQ
BS 786 804 RR1B778JQ
BS 805 805 RR1BJ59JQ
BS 806 815 RR1B778JQ
BS 816 850 RR1BJ59JQ
BS 851 891 RR1B778TF
BS 892 892 RR1FK10TF
BS 893 1001 RR1B778TF
BS 1002 1002 RR1FK10TF
BS 1003 1073 RR1B778TF
BS 1074 1074 RR1FK10TF
BS 1075 1234 RR1B778TF
BS 1235 1240 RR1BJ59TF

RD RR1FK10JQ 785 0 0
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CATTCAATAATGAATTAATCACATACATAAAACAATAAGAAGGATAAATACACAATGAAA
CGCAAAGAAGTAAGTAATGTTTAACATCAAAAGAGTTTGCTTAAGTATTTGCTGAGTAAC
TTATCAACCATAACTTGATAAGCTCTTTCAGTTGGATGGTAGCTATCCCAAAATATATAG
GCCGACGAATTAGAGCATGTGAATGGATTAAATGAGTTGCACATATAAGAAATTTCGAGA
AAACCAGTACCGCAACAAGCTCTATCAGCTACCTCGAAACCGTATTTTTTAGGCTTTTGG
ATCATGTCAAGAAAAGTCTCATAAACATCAACATAGAGGATAATACCATCCAACTTTCTA
TTCAAAGATCTCAGTGCCGGAGAAAGTCTAGCGTTGAATTGTTTTGCCATATTGTTTAAG
GGTTTAACACATTCTCTTGTTAATACACTTCCACGCACTGATCTTTGAAGTGGTACACAT
CCAACGGGAAGTGCACTAAACACCCCAATTTTTCGAGCTCCAAGCTTGTGTAATTCTTTT
ACGAATTTAACTGCTGATTTGGCCAAGAAAGTAGCATACGATGTAGAGTTATATTTATAA
GATTGGGATATATAAGTGTGAGCAAGGTCATTGCTACTAGAAACCATGAGAAAAATGCTA
TGGTCCAAAATGTACCGAGCTTTTCTTTTTCCATAATGTTTCTTGATCGTTGATATATAC
TCTTT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1B778JQ 802 0 0
GAACATTAAGATTATATCCAAATTATTCCAGTGCACAAGACGTTGAACATTCAATAATGA
ATTAATCACATACATAAAACAATAAGAAGGATAAATACA**ATGAAACGCAAAGAAGTAA
GTAATGTTTAACATCAAAAGAGTTTGCTTAAGTTTTTGCTGAGTAACTTATCAACCATAA
CTTGATAAGCTCTTTCAGTTGGATGGTAGCTATCCCAAAATATATAGGCCGACGAATTAG
AACATGTGAATGGATTAAATGAATTGCACATATAAGAAATTTCGAGAAAACCAGTACCGC
AACAAGCTCTATCAGCTACCTCGAAACCGTATTTTTTAGGCTTTTGGATCATGTCAAGAA
AAGTCTCATAAACATCAACATAGAGGATAATACCATCCAACTTTCTATTCAAAGATCTCA
GTGCTGGAGAAAGTCTAGTGTTGAATTGTTTTGCCATATTGTTTAAGGGTTTAACACATT
CTCTTGTTAACACACTTCCACGCACTGATCTTTGAAGTGGTACACATCCAACAGGAAGTG
CACTAAACACCCCAATTTTTCGAGCTCCAAGCTTGTGTAATTCTCTTACGAATTTAACTG
CTGATTTGGCCAAGAAAGTAGCATACGATGTAGAGTTATATTTATAAGATTGGGATATAT
AAGTGTGAGCAAGGTCATTGCTACTAGAAACCACGAGAAAAATGCTATGGTCCAAAATGT
ACCGAGCTTTTCTTTTTCCATAATGTTTTTTGATCGTTGATATATACTCTTTGAAATATA
TTAGTTGATCCCACACTGATAC

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1BJ59JQ 810 0 0
CCAGTGCACAAGACGTTGAACATTCAATAATGAATTAATCACATACATAAAACAATAAGA
AGGATAAATACACAATGAAACGCAAAGAAGTAAGTAATGTTTAACATCAAAAGAGTTTGC
TTAAGTATTTGCTGAGTAACTTATCAACCATAACTTGATAAGCTCTTTCAGTTGGATGGT
AACTATCCCAAAATATATAGGCCGACGAATTAGAGCATGTGAATGGATTAAATGAGTTGC
ACATATAAGAAATTTCGAGAAAACCAGTACCGCAACAAGCTCTATCAGCTACCTCGAAAC
CGTATTTTTTAGACTTTTGGATCATGTCAAGAAAAGTCTCATAAACATCAACATAGAGGA
TAATACCATCCAACTTTCTATTCAAAGATCTCAGTGCCGGAGAAAGTCTAGCGTTGAATT
GTTTTGCCATATTGTTTAAGGGTTTAACACATTCTCTTGTTAATACACTTCCACGCACTG
ATCTTTGAAGTGGCACACATCCAACAGGAAGTGCACTAAACACCCCAATTTTTCAAGCTC
CAAGCTTGTGTAATTCTTTTACGAATTTAACTGCTGATTTGGCCAAGAAAGTAGCATACG
ATGTAGAGTTATATTTATAAGATTGGGATATATAAGTGTGAGCAAGGTCATTGCTACTAG
AAACCACGAGAAAAATGCTATGGTCCAAAATGTACCGAGCTTTTCTTTTTCCATAATGTT
TCTTGATCGTTGATATATACTCTTTGAAATATATTAGTTGATCCGACACCGATACCACCG
ACATAGTTTGAGCTGTCAATGGATCATAAC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1B778TF 886 0 0
AGC
TTTGGATCATGTCAAGAAAAGTCTCATAAACATCAACATAGAGGATA*TACCATCCAACT
TTCTATTCAAAGATCTCAGTGCTG*AGAAAGTCTAGTGTTGAATTGTTT*GCCATATTGT
TTAAGGGTTTAACACATTCTCTTGTTAACACACTTCCACGCACTGATCTTTGAAGTGGTA
CACATCCAACAGGAAGTGCACTAAACACCCCAATTTTTCGAGCTCCAAGCTTGTGTAATT
CTCTTACGAATTTAACTGCTGATTTGGCCAAGAAAGTAGCATACGATGTAGAGTTATATT
TATAAGATTGGGATATATAAGTGTGAGCAAGGTCATTGCTACTAGAAACCACGAGAAAAA
TGCTATGGTCCAAAATGTACCGAGCTTTTCTTTTTCCATAATGTTTTTTGATCGTTGATA
TATACTCTTTGAAATATATTAGTTGATCCCACACTGATACCACCGACATAGTTTGAGCTG
TCAATGGATCATAACCAGTTCCTCCAGATGCAAATGATACACCTTTCAAAAGATCTCTAG
GCTTCAAATTTGGGCTCAGGTATGCTGGTATTGTCTTAGCCAACCCCAAATTTTCCGCAA
TTAGATCAGTAGGAACTCTTCCATCAGAAAATCTTCCAGTAGCCAATCCACCGGGAAAGT
CTTTGCCGTAAGGAGGGAAGTTGGACTTAAGAAGAGTAGAGAGATTGTTGTTGTTACCGG
TATCCATTATTGAATCTCCGAAAACTATTAATGCAGGGATTTTAGCATTCTTTCTTTGCT
TTGTTGCGTGCGCTTGGACAGCTATTAATACCAACACGAGCCATAACATGTGAAGCTTCA
TTGTTTGGTTTTGTTTAGTTTTCTGTCGAGATTTGGTTT
GTCC

QA 4 882 4 882
DS 

RD RR1FK10TF 800 0 0
CC
GGAGAAAGTCTAGCGTTGAATTGTTT*GCCATAT*GTTTAAGGGTTTAACACAT*CTCTT
GTTAATACACTTCCACGCACTGATCTT*GAAGTGGTACACATCCAACGGGAAGTGCACTA
AACACCCCAATTTTTCGAGCTCCAAGCTTGTGTAATTCTTTTACGAATTTAACTGCTGAT
TTGGCCAAGAAAGTAGCATACGATGTAGAGTTATATTTATAAGATTGGGATATATAAGTG
TGAGCAAGGTCATTGCTACTAGAAACCATGAGAAAAATGCTATGGTCCAAAATGTACCGA
GCTTTTCTTTTTCCATAATGTTTCTTGATCGTTGATATATACTCTTTGAAATATATTAGT
TGATCCGACACTGATACCACCGACATAGTTTGAGCTGTCAATGGATCATAACCAGTTCCT
CCAGATGCAAATGATACACCTTTCAAAAGATCTGTAGACTTCAAATTTGGGCTCAGGTAT
GCTGGTATTGTCTTAGCCAACCCCAAATTTTCCGCAATTAGATCAGTAGGAACTCTTCCA
TCAGAAAATCTTCCAGTAGCCAAACCACCGGGAAAGTCTTTGCCGTAAGGAGGGAAGTTG
GACTTAAGAAGAGTAGAGAGATTGTTGTTGTTACCAGTATCCATTATTGAATCTCCGAAA
ACTATTAATGCAGGGATTTTAGCATTCTTTCTTTGCTTTGTTGCGTGCGCTTGGACAGCT
ATTAATACCAACACGAGCCAGAACATGTGAAGCTTCATTGTTTGGTTTTGTTTAGTTTTC
TGTCGAGATTTGGTTT
CC

QA 3 798 3 798
DS 

RD RR1BJ59TF 746 0 0
TCTTGTTAATACACTTCCACGCACTGATCTTTGAAGTGGCACACATCCAACAGGAAGTGC
ACTAAACACCCCAATTTTTCAAGCTCCAAGCTTGTGTAATTCTTTTACGAATTTAACTGC
TGATTTGGCCAAGAAAGTAGCATACGATGTAGAGTTATATTTATAAGATTGGGATATATA
AGTGTGAGCAAGGTCATTGCTACTAGAAACCACGAGAAAAATGCTATGGTCCAAAATGTA
CCGAGCTTTTCTTTTTCCATAATGTTTCTTGATCGTTGATATATACTCTTTGAAATATAT
TAGTTGATCCGACACCGATACCACCGACATAGTTTGAGCTGTCAATGGATCATAACCAGT
TCCTCCAGGTGCAAATGATACACCTTTCAAAAGATCTGTAGGCTTCAAATTTGGGCTCAG
GTATGCTGGTATTGTCTTAGCCAACCCCAAATTTTCCGCAATTAGATCAGTAGGAACTCT
TCCATCAGAAAATCTTCCAGTAGCCAAACCACCGGGAAAGTCTTTGCCGTAAGGAGGGAA
GTTGGACTTAAGAAGAGTAGAGAGATTGTTGTTGTTACCAGTATCCATTATTGAATCTCC
GAAAACTATTAATGCAGGGATTTTAGCATTCTTTCTTTGCTTTGTTGCGTGCGCTTGGAC
AGCTATTAATACCAACACGAGCCATAACATGTGAAGCTTCATTGTTTGGTTTTGTTTAGT
TTTCTGTCGAGATTTGGTTTGTGTCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 6

CO CL1323Contig1 495 6 3 U
GGAATCAATCAATCAAAGCTCATTTATCATCAAAAAAAAAAGAACTACACTTCTTATAAT
AAAATCATGTCGAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAA
GAGAAGGCCGAGCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACACCGCTTGCGACAAG
ACTGCTAACGCAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCT
GGTTTCATCCAACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGT
GTCAAGAACACTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACACTTCTCATG
TTATATTTTTCAATTTATTTGGAGTTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAA
TTAATTTTGTAATAAAATTTTGACAAAGACCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAAA
TGGTGCGAGTTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1B264JQ C 5
AF RR1B264TF U 5
AF RR1EK32JQ C 1
AF RR1EK32TF U 1
AF RR1AK44JQ C 12
AF RR1AK44TF U 12
BS 1 6 RR1EK32JQ
BS 7 480 RR1B264TF
BS 481 495 RR1EK32TF

RD RR1B264JQ 477 0 0
GG
AATCAATCAAAGCTCATTTATCATCAAAAAAAAAAGAACTACACTTCTTATAATAAAATC
ATGTCGAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAAGAGAAG
GCCGAGCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACACCGCTTGCGACAAGACTGCT
AACGCAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCTGGTTTC
ATCCAACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGTGTCAAG
AACACTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACACTTCTCATGTTATAT
TTTTCAATTTATTTGGAGTTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAATTAATT
TTGTAATAAAATTTTGACAAAGACCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAAA
G

QA 3 476 3 476
DS 

RD RR1B264TF 477 0 0
GG
AATCAATCAAAGCTCATTTATCATCAAAAAAAAAAGAACTACACTTCTTATAATAAAATC
ATGTCGAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAAGAGAAG
GCCGAGCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACACCGCTTGCGACAAGACTGCT
AACGCAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCTGGTTTC
ATCCAACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGTGTCAAG
AACACTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACACTTCTCATGTTATAT
TTTTCAATTTATTTGGAGTTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAATTAATT
TTGTAATAAAATTTTGACAAAGACCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAAA
G

QA 3 476 3 476
DS 

RD RR1EK32JQ 495 0 0
GGAATCAATCAATCAAAGCTCATTTATCATCAAAAAAAAA*GAACTACACTTCTTATAAT
AAAATCATGTCGAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAA
GAGAAGGCCGAGCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACACCGCTTGCGACAAG
ACTGCTAACGCAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCT
GGTTTCATCCAACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGT
GTCAAGAACACTCTCGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACACTTCTCATG
TTATATTTTTCAATTTATTTGGAGTTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAA
TTAATTTTGTAATAAAATTTTGACAAAGACCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAAA
TGGTGCGAGTTACCC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1EK32TF 495 0 0
GGAATC
AATCAATCAAAGCTCATTTATCATCAAAAAAAAA*GAACTACACTTCTTATAATAAAATC
ATGTCGAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAAGAGAAG
GCCGAGCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACACCGCTTGCGACAAGACTGCT
AACGCAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCTGGTTTC
ATCCAACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGTGTCAAG
AACACTCTCGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACACTTCTCATGTTATAT
TTTTCAATTTATTTGGAGTTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAATTAATT
TTGTAATAAAATTTTGACAAAGACCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAAATGGTGC
GAGTTACCC

QA 7 495 7 495
DS 

RD RR1AK44JQ 484 0 0
ATCAAAGCTCATTTATCATCAAAAAAAAAAGAACTACACTTCTTATAATAAAATCATGTC
GAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAAGAGAAGGCCGA
GCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACACCGCTTGCGACAAGACTGCTAACGC
AGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCTGGTTTCATCCA
ACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGCGTCAAGAACAC
TCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACACTTCTCATGTTATATTTTTC
AATTTATTTGGAGTTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAATTAATTTTGTA
ATAAAATTTTGACAAAGACCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAAATGGTGCGAGTT
ACCC

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR1AK44TF 484 0 0
ATCAAAGCTCATTTATCATCAAAAAAAAAAGAACTACACTTCTTATAATAAAATCATGTC
GAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAAGAGAAGGCCGA
GCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACACCGCTTGCGACAAGACTGCTAACGC
AGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCTGGTTTCATCCA
ACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGCGTCAAGAACAC
TCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACACTTCTCATGTTATATTTTTC
AATTTATTTGGAGTTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAATTAATTTTGTA
ATAAAATTTTGACAAAGACCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAAATGGTGCGAGTT
ACCC

QA 1 484 1 484
DS 



AS 1 5

CO CL1324Contig1 975 5 33 U
TTTTTGTTTCAAAAGGCGGCTCTATACAAGTGCAACATGGCTGGAAAGCCAGCCGTTCTT
ACCCGTGTTGTTGATAGTATGACTGATAACTTACGACCAACTCGTGCTGAGGCAACAGAT
GTTGCTAATGCTGTTTTAGATGGAAGTGATGCAATTCTTCTCGGTGCTGAGACCCTTCGC
GGTCTGTACCCTGTCGAGACCATATCAACTGTCGGAAGGATCTGTGCTGAGGCAGAGAAG
GTTTTCAATCAAGATTTGTACTTCAAGAAGACTGTCAAGTATGTTGGAGAGCCGATGAGT
CACCTCGAATCTATTGCTTCTTCAGCTGTAAGGGCAGCAATCAAGGTTAAGGCATCAGTC
ATTATATGCTTTACCTCTTCTGGAAGAGCAGCCAGGTTGATTGCCAAATACAGGCCAACA
ATGCCGGTTATTTCTGTAGTCATTCCCCGAGTTAAGACAAATCAGCTGAAATGGAGCTTT
AGTGGAGCCTTTGAGGCTAGGCAGTCACTTATTGTCAGAGGCCTCTTCCCCATGCTCGCT
GACCCTCGTCACCCTGCGGAATCAACAAGTGCGACGAACGAGTCGGTCCTGAAAGTTGCG
TTGGACCACGGGAAGCAAGCAGGAGTGATCAAATCGCATGACAGAGTAGTGGTGTGTCAG
AAAGTTGGTGATGCATCTGTGGTGAAGATCATTGAGCTAGAAGATTGATAAAAAA*GGGA
GGAGAAAAGTTGCTACTGATCTTTCTTTTTTTT*GCTTCGATCCAGTTCTCTGCTGTGAG
TATTCAGGAGATTTGATGTCTCTAATGATTCCCTATTTTTCTTGGCTATACATTTGGTTG
CCTTCAGATTTAAGCAACGGTCAAAAAAAAGGAACACAATGTCTAGCAATCTATTCAATA
AGCTTGTAACATCCCTATGTTTTTGTATGTTACTAAAATATTACGAGTAATTTCACGTTA
AAGAATTTAAGACCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 10 10 10 10 10 10 25 25 10 25 10 25 10 10 25 25 10 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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A

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G
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AG*AGATTTGATGTCTCT

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CT

QA 1 759 1 759
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G
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AGATTTAAGCAACGGTCAAAAAAAAGGAACACAATGTCTAGCAATCTATTCAATAAGCTT
GTAACATCCCTATGTTTTTGTATGTTACTAAAATATTACGAGTAATTTCACGTTAAAGAA
TTTAAGACCT

QA 2 191 2 191
DS 



AS 1 6

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ATTCGTTGCTGACTTGGAATTAAATCAAAACCCTAGAAACGAAATTGACCCTTTCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E751JQ U 1
AF RR1E751TF C 1
AF RR1F415JQ U 29
AF RR1AN03JQ U 34
AF RR1AN03TF C 507
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TAAAAGAGATCTCTGTGACTGTCTTGTACAGATTCGTAATCCAACTACTTCCGTCTGGAA
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C

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DS 

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ACCGAACTAAACCAAAACAAAACCCGAATTAAGACCTTCGAGTTGCTGATGAACCGGGTT
CTCGCATCTCCCACGCCGGTTTACTCTCTCTGGAGACATCCGACTTGATTGCTCGAACCA
ATGGCTTCATCACTAGCAGGTATTGGAATGCAAAGATTAATGGGATTAGTCTTTTTCCTC
TTGCGTTTGGGTTTGGCCCTTCCACCAGCTTCTTGTCAACGTGGATCGACTTGTTGCCAT
TAAAAGAGATCTCTGTGACTGTCTTGTACAGATTCGTAATCCAACTACTTCCGTCTGGAA
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GAAGAGATGAATCCTACATATCCTGTTTCTTCAGTTGAGCGCTAGCATAG
C

QA 1 530 1 530
DS 

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CGTCA
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AGACGTCCGACTTGATTGCTCGAACCAATGGCTTCATCACTAGCAGGTATTGGAATGCAA
AGATTAATGGGATTAGTCTTTTTCCTCTTGCGTTTGGGTTTGGCCCTTCCACCAGCTTCT
TGTCAACGTGGATCGACTTGTTGCCATTAAAAGAGATCTCTGTGATTGTCTTGTACAGAT
TCGTAATCCAACTACTTCCGTCTGGAAGAATCTTTTCATCGCTTTCATTCTTATGACATC
TCCCGCTGTTCTCAACAAGAATAACAGGAAGAGATGAATCCTGCATATCCTGTTTCTTCA
GTTGAGCGCTAGCATAGATCAGTTTCAGAAGAGCGTCGGATCTTCTGGAGACAAAGAGAT
CATAGTTTAACCCGTCCGGGGGAGAGAACTGAGCATGACTGAGGACAAGAGCAGACTTCT
TCCATATCTCTTTACCAAATGCATCGGTTATAGCCGTCACCACCTGCTTATCCAAGTCAT
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AAGAGATCATAGTTTAACCCGTCCGGGGGAGAGAACTGAGCATGACTGAGGACAAGAGCA
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AAGTCATCCACCCGATACACATCCAAACGGTCTACGTATAGCAGCACATCTATAGTCTTG
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GAATTCACAGTAGATGACTTTCCGACACCTCCTTTCCCCATCACAAGTACTGTTAGCGAG
CTCACATCCTCTTCTTTGAACTTGCCAAGGATCCCGAGCAACTTAGATTGAGTAGCAGGT
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CCTTGTCCTTCCGGAGCTTGAGATATTCGTCGCGGATATTCGTTGCTGACTTGGAATTAA
ATC
CC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 4

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AAAAAGGGAAAGGGTGGGAACAAGACCTCGCTTACACAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTA
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GCTATCCTGGGAACAGGCTGAGAAAGTCCCTTTGAACCTGAACAGGGTAATGCCTGCGCA
GGGAGTGTGCAGTTTTCTTTTTTTTCTTTTCTATAGGAGATGAAGCTTTTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AQ93TF U 1
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AF RR1EV91TF U 179
AF RR1EV91JQ C 340
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RD RR1AQ93TF 752 0 0
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CGTTGGACCCTATGACCGCGATGTCGTTCCATGATGAGACGCTTCCGGCTGATGGAGCCA
AGGTTGCGCACTTCTGCTCCATGTGTGGACCAAAGTTCTGCTCCATGAAGATAACTGAAG
ACATCACGAAGTATGCGGAGGAGAATGGTTATGGCACTGCTGAGGAAGCGCTCAGAAAAG
GGATGGAGGCTATGAGCCAAGAGTTCAATGTT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1FT90TF 606 0 0
G
AAGGTGAACTAACTCGCCGAGCATGGGAGAAAGATGTGCAGGTGATGAACGAAGGGCCAG
GGCACGTGCCGATGAACAAGATTCCAGAGAATATGCAGAAGCAGCTTGAATGGTGTAACG
AGGCGCCGTTCTACACGCTTGGTCCTTTGACTACTGATATAGCTCCTGGATATGATCACA
TCACCTCTGCCATTGGAGCTGCCAATATCGGAGCCTTGGGGACAGCTCTTCTCTGCTACG
TAACACCAAAAGAGCATCTCGGTTTACCGAACAGAGACGATGTGAAGGCTGGGGTTATAG
CTTACAAGATAGCCGCACATGCGGCTGATCTAGCCAAGCAGCATCCGCATGCACAGGCGT
GGGACGATGCGCTGAGCAAGGCCCGGTTTGAGTTTAGGTGGATGGATCAGTTTGCTCTGT
CGTTGGACCCTATGACCGCGATGTCGTTCCATGATGAGACGCTTCCGGCTGATGGAGCCA
AGGTTGCGCACTTCTGCTCCATGTGTGGACCAAAGTTCTGCTCCATGAAGATAACTGAAG
ACATCAGGAAGTATGCGGAGGAGAATGGTTATGGCACTGCTGAGGAAGCGCTCAGAAAAG
GG
TGG

QA 2 603 2 603
DS 

RD RR1EV91TF 666 0 0
AGGGCACGTGCCGATGAACAAGATTCCAGAGAATATGCAGAAGCAGCTTGAATGGTGTAA
CGAGGCGCCGTTCTACACGCTTGGTCCTTTGACTACTGATATAGCTCCTGGATATGATCA
CATCACCTCTGCCATTGGAGCTGCCAATATCGGAGCCTTGGGGACAGCTCTTCTCTGCTA
CGTAACACCAAAAGAGCATCTCGGTTTACCGAACAGAGACGATGTGAAGGCTGGGGTTAT
AGCTTACAAGATAGCCGCACATGCGGCTGATCTAGCCAAGCAGCATCCGCATGCACAGGC
TTGGGACGATGCGCTGAGCAAGGCCCGGTTTGAGTTTAGGTGGATGGATCAGTTTGCTCT
GTCGTTGGACCCTATGACCGCGATGTCGTTCCATGATGAGACGCTTCCGGCTGATGGATC
CAAGGTTGCGCACTTCTGCTCCATGTGTGGACCAAAGTTCTGCTCCATGAAGATAACTGA
AGACATCAGGAAGTATGCGGAGGAGAATGGTTATGGCACTGCTGAGGAAGCGCTCAGAAA
AGGGATGGAGGCTATGAGCCAAGAGTTCAATGTTGCAAAAAAAACAATCAGCGGAGAGCA
GCACGGTGAAGTTGGTGGTGAAATCTACTTGCCAGAGAGCTATGTCAAGGCTGCTAAGAA
GTAAAA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1EV91JQ 735 0 0
GGACAGCTCTTCTCTGCTACGTAACACCAAAAGAGCATCTCGGTTTACCGAACAGAGACG
ATGTGAAGGCTGGGGTTATAGCTTACAAGATAGCCGCACATGCGGCTGATCTAGCCAAGC
AGCATCCGCATGCACAGGCTTGGGACGATGCGCTGAGCAAGGCCCGGTTTGAGTTTAGGT
GGATGGATCAGTTTGCTCTGTCGTTGGACCCTATGACCGCGATGTCGTTCCATGATGAGA
CGCTTCCGGCTGATGGATCCAAGGTTGCGCACTTCTGCTCCATGTGTGGACCAAAGTTCT
GCTCCATGAAGATAACTGAAGACATCAGGAAGTATGCGGAGGAGAATGGTTATGGCACTG
CTGAGGAAGCGCTCAGAAAAGGGATGGAGGCTATGAGCCAAGAGTTCAATGTTGCAAAAA
AAACAATCAGCGGAGAGCAGCACGGTGAAGTTGGTGGTGAAATCTACTTGCCAGAGAGCT
ATGTCAAGGCTGCTAAGAAGTAAAAAGGGAAAGGGTGGGAACAAGACCTCGCTTACACAA
GTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACCTGAATAAGGCACAAAATGTTGGGGTGCTTGAACCA
GGCTAGCCTGCTAAAGAGCGGGCTATCCTGGGAACAGGCTGAGAAAGTCCCTTTGAACCT
GAACAGGGTAATGCCTGCGCAGGGAGTGTGCAGTTTTCTTTTTTTTCTTTTCTATAGGAG
ATGAAGCTTTTCTGC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 2 6

CO CL1327Contig1 946 3 17 U
TTTTTGACATATCATATGTATACTACAAATGTACAACAATAAGTTTTTTGACCACAATAG
GTTGAAAAATCTTTGGATTGGTTTCCTCTGTCTTTCTGGTTTAAATTTAAAGATAACATG
GATAAGACAGATTTTTCAGTGAGCCCTATCCCGAGTTTTTTTTTTACTTGAGGCTGAAGA
AACTTGAAACTGAATCGGTTCTCAAGTGGTTGTAAAGACATTGTGAGTGAAGTTCCCAGC
TCGATGATGTCTGATCTTTCTGAGAGCTAAGAATTGTGGTTTGGTTTGAATTTATGAGAG
AGTAATCTAGAGAACCATGCTGCTGTAACGGAAAAGAACTTGCATCCACCATCATTGGCT
GCTTTGAGACAGCTTCTGAAAGATCTGTGAAGCAAGCCTGAAACTGTTTAGTGGATAATT
CATTGATATGAAACTCAAGCTCTGGATTTAAGACAGAGAGTTTCATAGACAAGAACTCGA
CTTGTTGCTGCAGAGATTGGACATAGTTGATGATCTCATCAAGCATACCGGCTTTACCAG
TAACTTTATTGCATCCAGGAACAATGTCTTGAAGACATTTCATCTTCTTGCTTAACTTTT
CTCTCCTTGCCCTTTCTGCTAAGCTATGTCTGTCGGTGGCTTCACCTCGCCTAGCTCTCA
CATGGATGTAGTCTCGCTTCTGAATCTCTGAGGATGTCTCTGAGTTGCTCATGTTTGATT
TTCCTTTCATGCTTGACTCTGTTTCATCCTCTGTTTTGATCTTCTTCTTTTTGTTCTCTA
TTTTTTCTGTCTTACCCTCTGTTTTTCTCTTGGGCTGCAAGGCAATGACTATGTTTTCTT
CATGGTTCTTCACTTGTTCCATTTGGAAGCTACTTGTCCTTGAGATGCAACCATCAATAG
TTTCATAATGTCTGAAACCCTGCACCTCATCATTATTGTTTCCCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO50JQ U 1
AF RR1DS50JQ U 6
AF RR1GE27TF C 160
BS 1 53 RR1BO50JQ
BS 54 54 RR1DS50JQ
BS 55 113 RR1BO50JQ
BS 114 207 RR1DS50JQ
BS 208 208 RR1GE27TF
BS 209 241 RR1DS50JQ
BS 242 242 RR1GE27TF
BS 243 313 RR1DS50JQ
BS 314 314 RR1GE27TF
BS 315 328 RR1DS50JQ
BS 329 329 RR1GE27TF
BS 330 378 RR1DS50JQ
BS 379 379 RR1GE27TF
BS 380 487 RR1DS50JQ
BS 488 488 RR1GE27TF
BS 489 742 RR1DS50JQ
BS 743 946 RR1GE27TF

RD RR1BO50JQ 113 0 0
TTTTTGACATATCATATGTATACTACAAATGTACAACAATAAGTTTTTTGACCCCAATAG
GTTGAAAAATCTTTGGATTGGTTTCCTCTGTCTTTCTGGTTTAAATTTAAAGA

QA 1 113 1 113
DS 

RD RR1DS50JQ 737 0 0
GAC
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ATCTTTGGATTGGTTTCCTCTGTCTTTCTGGTTTAAATTTAAAGATAACATGGATAAGAC
AGATTTTTCAGTGAGCCCTATCCCGAGTTTTTTTTTTACTTGAGGCTGAAGAAACTTGAA
ACTGAATCGGTTCTCAAGTTGTTGTAAAGACATTGTGAGTGAAGTTCCCAGCTTGATGAT
GTCTGATCTTTCTGAGAGCTAAGAATTGTGGTTTGGTTTGAATTTATGAGAGAGTAATCT
AGAGATCCATGCTGCTGTAATGGAAAAGAACTTGCATCCACCATCATTGGCTGCTTTGAG
ACAGCTTCTGGAAGATCTGTGAAGCAAGCCTGAAACTGTTTAGTGGATAATTCATTGATA
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TGCAGAGATTGGACATAGTTGATGATCTCATCAAGCATACCGGCTTTACCAGTAACTTTA
TTGCATCCAGGAACAATGTCTTGAAGACATTTCATCTTCTTGCTTAACTTTTCTCTCCTT
GCCCTTTCTGCTAAGCTATGTCTGTCGGTGGCTTCACCTCGCCTAGCTCTCACATGGATG
TAGTCTCGCTTCTGAATCTCTGAGGATGTCTCTGAGTTGCTCATGTTTGATTTTCCTTTC
ATGCTTGACTCTGT

QA 4 737 4 737
DS 

RD RR1GE27TF 787 0 0
TTTTTTTTACTGA
GCTGAAGAAACT*GAAACTGAATCGGT*CTCAAGTG**TGTAAAGACAT*GTGAGTGAAT
TTCCCAGCTCGATGATGTCTGATCTTT***AGAGCTAAGAATTGTGGTTTGGTTTGAATT
TATGAGAGAGTAATCTAGAGAACCATGCTGCTGTAACGGAAAAGAACTTGCATCCACCAT
CATTGGCTGCTTTGGGACAGCTTCTGAAAGATCTGTGAAGCAAGCCTGAAACTGTTTAGT
GGATAATTCATTGATATGAAACTCAAGCTCTGGATTTAAGACAGAGAGTTTCATAGACAA
GAACTCGACTTGTTGCTGCAGAGATTGGACATAGTTGATGATCTCATCAAGCATACCGGC
TTTACCAGTAACTTTGTTGCATCCAGGAACAATGTCTTGAAGACATTTCATCTTCTTGCT
TAACTTTTCTCTCCTTGCCCTTTCTGCTAAGCTATGTCTGTCGGTGGCTTCACCTCGTCT
AGCTCTCACATGGATGTAGTCTCGCTTCTGAATCTCTGAGGATGTCTCTGAGTTGCTCAT
GTTTGATTTTCCTTTCATGCTTGACTCTGTTTCATCCTCTGTTTTGATCTTCTTCTTTTT
GTTCTCTATTTTTTCTGTCTTACCCTCTGTTTTTCTCTTGGGCTGCAAGGCAATGACTAT
GTTTTCTTCATGGTTCTTCACTTGTTCCATTTGGAAGCTACTTGTCCTTGAGATGCAACC
ATCAATAGTTTCATAATGTCTGAAACCCTGCACCTCATCATTATTGTTTCCCAA

QA 14 787 14 787
DS 



CO CL1327Contig2 1145 3 16 U
GGACTTTTCTCCCCACACATATAACCCAAGTCTATCTTTCTCTCTTTAGCTTTAACCCCC
AAAGGAAAAGATAAGAGCTTTAAGTTTCTTTACCTTCCCTACATGGACTTGTCTGTACTT
GAAAGAGTTAATTGGCTGCAACAGCAGCAAATGGTCTCACCAGATTTTTTTGAGATACTT
GGCTCAGATGGGAGAGAAGAGCTCAAAAGGGTTGAGAGTTATTTGGGAAACAATAATGAT
GAGGTGCAGGGTTTCAGACATTATGAAACTATTGATGGTTGCATCTCAAGGACAAGTAGC
TTCCAAATGGAACAAGTGAAGAACAATGAAGAAAACAGAGTCATTGCCTTGCAGCACAAG
AGAAAAACAGAGGGTAAGACAGAAAAAAAAGAGAACAACAAAAAGAAGAAGATCAAAACA
GAGGATGAAACAGAGTCAAGCATGAAAGGAAAATCAAACATGAGCAACTCAGAGACATCC
TCAGAGATTCAGAAGCGAGACTACATCCATGTGAGGGCTAGACGAGGTGAAGCCACCGAC
AGACATAGCTTAACAGAAAGGGCAAGGAGAGAAAAGTTAAGCAAGAAGATGAAATGTCTT
CAAGACATTGTTCCTGGATGCAACAAAGTTACTGGTAAAGCCGGTATGCTTGATGAGATC
ATCAACTATGTCCAATCTCTGCAGCAACAAGTCGAGTTCTTGTCTATGAAACTCTCTGTC
TTAAATCCAGAGCTTGAGTTTCATATCAATGAATTATCCACTAAACAGATCTTTCAGAAG
CTGTCCCAAAGCAGCCAATGATGGTGGATGCAAGTTCTTTTCCGTTACAGCAGCATGGTT
CTCTAGATTACTCTCTCATAAATTCAAACCAAACCACAATTCTTAGCTCTAAAGATCAGA
CATCATCGAGCTGGGAAATTCACTCACAATGTCTTTACAACAACTTGAGAACCGATTCAG
TTTCAAGTTTCTTCAGCCTCAAGTAAAAAAAAACTCTGGATAGGGCTTACTGAAAAATCT
GTCTTATCCATGTTATCTTTAAATTTGAACCAGAAAGACAGAGGAAACCAATCCAAAGAT
CTTTCAACCTCTTGTGGTCAAAAAAACTTATTGTTGTACATTTGTAGTATACATATCATA
TCTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DS50TF U 1
AF RR1BQ13TF U 1
AF RR1BQ13JQ C 392
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BS 325 325 RR1DS50TF
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C

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GGCTCAGATGGGAGAGAAGAGCTCAAAAGGGTTGAGAGTTATTTGGGAAACAATAATGAT
GAGGTGCAGGGTTTCAGACATTATGAAACTATTGATGGTTGCATCTCAAGGACAAGTAGC
TTCCAAATGGAACAAGTGAAGAACCATGAAGAAAACATAGTCATTGCCTTGCAGCCCAAG
AGAAAAACAGAGGGTAAGACAGAAAAAAAATAGAG*AACAAAAAGAAGAAGATCAAAACA
GAGGATGAAACAGAGTCAAGCATGAAAGGAAAATCAAACATGAGCAACTCAGAGACATCC
TCAGAGATTCAGAAGCGAGACTACATCCATGTGAGGGCTAGACGAGGTGAAGCCACCGAC
AGACATAGCTTAACAGAAAGGGCAAGGAGAGAAAAGTTAAGCAAGAAGATGAAATGTCTT
CAAGACATTGTTCCTGGATGCAACAAAGTTACTGGTAAAGCCGGTATGCTTGATGAGATC
ATCAACTATGTCCAATCTCTGCAGCAACAAGTCGAGTTCTTGTCTATGAAACTCTCTGTC
TTAAATCCAGAGCTTGAGTTTCATATCAATGAATTATCCACTAAACAGATCTTTCAGAAG
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TCTATGAAACTCTCTGTCTTAAATCCAGAGCTTGAGTTTCATATCAATGAATTATCCACT
AAACAGATCTTTCAGAAGCTGTCCCAAAGCAGCCAATGATGGTGGATGCAAGTTCTTTTC
CGTTACAGCAGCATGGTTCTCTAGATTACTCTCTCATAAATTCAAACCAAACCACAATTC
TTAGCTCTAAAGATCAGACATCATCGAGCTGGGAAATTCACTCACAATGTCTTTACAACA
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GGGCTTACTGAAAAATCTGTCTTATCCATGTTATCTTTAAATTTGAACCAGAAAGACAGA
GGAAACCAATCCAAAGATCTTTCAACCTCTTGTGGTCAAAAAAACTTATTGTTGTACATT
TGTAGTATACATATCATATCTCC

QA 12 754 12 754
DS 



AS 1 6

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CGCAGTTAGATTCTTCGAGCTCAACACTGGCGCTAAGATCCCGTCGGTGGGTTTGGGAAC
ATGGCAAGCCTCTCCTGGTCTTGTCGGTGATGCCGTCGCCGCAGCTGTTAAGATCGGATA
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AAAATTGTTTGAAGACAATGTAGTGAAACGCGAAGAGTTGTTCATCACTTCCAAGCTCTG
GTGTACTGATCATGACCCTCAAGATGTGCCAGAGGCACTGAAAAGAACTCTACAGGATCT
GCAGCTTGACTATGTCGATCTCTATTTGATACACTGGCCTGTACGGATGAAGAAAGGTTC
TGTTGGAGCTAAGCCCGAGAACCTTATGCCTGTAGATATTTCTAGCACATGGAAAGCGAT
GGAAGCACTCTATGACTCGGGCAAGGCACGAGCCATAGGAGTAAGCAACTTCTCCACCAA
GAAGCTAGCTACCCTCTTAGAGTTAGCTCGTGTTCCTCCTGCCGTTAATCAGGTCGAATG
TCATCCTTCTTGGCAACAAACTAAGCTACGAGAGTTCTGCAAATCCAAAGGAGTTCACCT
CACCGCATACTCTCCATTGGGTTCTCCAGGAACAACGTGGCTCAAAAGCGATGTTTTGAA
GAACCCTATACTGAATACTGTTGCTGATAAACTTGGAAAGTCTCCAGCGCAAGTCGCGCT
TTGCTGGGGACTACAAATGGGTAACAGTGTTCTTCCTAAAAGCACCAATGAAGTGAGAAT
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AGAGATTGAACAGGCTAGGTTATTGACTGCTTCCTTCTTCGTTCATGAGACATTGAGCCC
TTATAAGTCTCTTCAAGAATTATGGGATGGTGAGATATGATACTTCAAATGATCTATTTG
TTTTATCAATAATATGGAGGCTTCTATGTCTTTCGAACTTCTCAGTTTATTCATGAATGT
TATGTCACTCAAATAATTTACTTTCATATTTGTGTTATTTTGAATTTTAATTAAAAGCTT
ATAAAGCCAATTATGCATTCCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GL48TF U 1
AF RR1G252TF U 118
AF RR1CA24JQ C 612
AF RR1CA24TF U 612
AF RR1DD01JQ C 538
AF RR1GL48JQ C 598
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GCAGCTTGACTATGTCGATCTCTATTTGATACACTGGCCTGTACGGATGAAGAAAGGTTC
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TCATCCTTCTTGGCAACAAACTAAGCTA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1G252TF 497 0 0
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ATATCGTCATATAGATTGCGCTCAGATCTACGGCAATGAAAAAGAGATTGGGGCAGTTTT
TAAAAAATTGTTTGAAGACAATGTAGTGAAACGCGAAGAGTTGTTCATCACTTCCAAGCT
CTGGTGTACTGATCATGACCCTCAAGATGTGCCAGAGGCACTGAAAAGAACTCTACAGGA
TCTGCAGCTTGACTATGTCGATCTCTATTTGATACACTGGCCTGTACGGATGAAGAAAGG
TTCTGTTGGAGCTAAGTCCGAGAACCTTATGCCTGTAGATATTTCTAGCACATGGAAAGC
GATGGAAGCACTCTATGACTCGGGCAAGGCACGAGCCATAGGAGTAAGCAACTTCTCCAC
CAAGAAGCTAGCTACCCTCTTAGAGTTAGCTCGTGTTCCTCCTGCCGTTAATCAG*TCGA
ATGTCATCCTTCTTGGC

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1CA24JQ 497 0 0
GGCAACAAACTAAGCT*CGAGAGTTCTGCAAATCCAAAGGAGTTCACCTCACCGCATACT
CTCCATTGGGTTCTCCAGGAACAACGTGGCTCAAAAGCGATGTTTTGAAGAACCCTATAC
TGAATACTGTTGCTGATAAACTTGGAAAGTCTCCAGCGCAAGTCGCGCTTTGCTGGGGAC
TACAAATGGGTAACAGTGTTCTTCCTAAAAGCACCAATGAAGTGAGAATCAGAGAGAACT
TTGAGGTTTTTGATTGGTCCATACCCGATGACTTCTTTGCCAAGTTTTCAGAGATTGAAC
AGGCTAGGTTATTGACTGCTTCCTTCTTCGTTCATGAGACATTGAGCCCTTATAAGTCTC
TTCAAGAATTATGGGATGGTGAGATATGATACTTCAAATGATCTATTTGTTTTATCAATA
ATATGGAGGCTTCTATGTCTTTCGAACTTCTCAGTTTATTCATGAATGTTATGTCACTCA
AATAATTTACTTTCATA

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1CA24TF 505 0 0
GGCAACAAACTAAGCT*CGAGAGTTCTGCAAATCCAAAGGAGTTCACCTCACCGCATACT
CTCCATTGGGTTCTCCAGGAACAACGTGGCTCAAAAGCGATGTTTTGAAGAACCCTATAC
TGAATACTGTTGCTGATAAACTTGGAAAGTCTCCAGCGCAAGTCGCGCTTTGCTGGGGAC
TACAAATGGGTAACAGTGTTCTTCCTAAAAGCACCAATGAAGTGAGAATCAGAGAGAACT
TTGAGGTTTTTGATTGGTCCATACCCGATGACTTCTTTGCCAAGTTTTCAGAGATTGAAC
AGGCTAGGTTATTGACTGCTTCCTTCTTCGTTCATGAGACATTGAGCCCTTATAAGTCTC
TTCAAGAATTATGGGATGGTGAGATATGATACTTCAAATGATCTATTTGTTTTATCAATA
ATATGGAGGCTTCTATGTCTTTCGAACTTCTCAGTTTATTCATGAATGTTATGTCACTCA
AATAATTTACTTTCATATTTGTGTT

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1DD01JQ 605 0 0
TGTACTGATCATG
ACCCTCTTAGAGTTAGCTCGTGTTCCTCCTGCCGTTAATCAGGTCGAATGTCATCCTTCT
TGGCAACAAACTAAGCTACGAGAGTTCTGCAAATCCAAAGGAGTTCACCTCACCGCATAC
TCTCCATTGGGTTCTCCAGGAACAACGTGGCTCAAAAGCGATGTTTTGAAGAACCCTATA
CTGAATACTGTTGCTGATAAACTTGGAAAGTCTCCAGCGCAAGTCGCGCTTTGCTGGGGA
CTACAAATGGGTAACAGTGTTCTTCCTAAAAGCACCAATGAAGTGAGAATCAGAGAGAAC
TTTGAGGTTTTTGATTGGTCCATACCCGATGACTTCTTTGCCAAGTTTTCAGAGATTGAA
CAGGCTAGGTTATTGACTGCTTCCTTCTTCGTTCATGAGACATTGAGCCCTTATAAGTCT
CTTCAAGAATTATGGGATGGTGAGATATGATACTTCAAATGATCTATTTGTTTTATCAAT
AATATGGAGGCTTCTATGTCTTTCGAACTTCTCAGTTTATTCATGAATGTTATGTCACTC
AAATAATTTACTTTCATATTTGTGTTATTTTGAATTTTAATTAAAAGCTTAT

QA 14 605 14 605
DS 

RD RR1GL48JQ 565 0 0
ATGTCATCCTTCTTGGCAACAAACTAAGCTACGAGAGTTCTGCAAATCCAAAGGAGTTCA
CCTCACCGCATACTCTCCATTGGGTTCTCCAGGAACAACGTGGCTCAAAAGCGATGTTTT
GAAGAACCCTATACTGAATACTGTTGCTGATAAACTTGGAAAGTTTCCAGCGCAAGTCGC
GCTTTGCTGGGGACTACAAATGGGTAACAGTGTTTTTCCTAAAAGCACCAATGAAGTGAG
AATCAGAGAGAACTTTGAGGTTTTTGATTGGTCCATACCCGATGACTTTTTTGCCAAGTT
TTCAGAGATTGAACAGGCTAGGTTATTGACTGCTTCCTTTTTCGTTCATGAGACATTGAG
CCCTTATAAGTTTTTTCAAGAATTATGGGATGGTGAGATATGATACTTCAAATGATTTAT
TTGTTTTATCAATAATATGGAGGCTTTTATGTCTTTCGAACTTTTCAGTTTATTCATGAA
TGTTATGTCACTCAAATAATTTACTTTCATATTTGTGTTATTTTGAATTTTAATTAAAAG
CTTATAAAGCCAATTATGCATTCCT

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 6

CO CL1329Contig1 535 6 9 U
GGATGTAAGTGTGTTAAGAGGCGAAAAGAGTTATTTAATGGCGACGTCAGGGTTTAAGCA
TTTGGTGGTTGTGAAGTTTAAGGAAGATGCTAAGGTTGATGAGATCTTGAAGGGCTTGGA
GAATCTTGTTTCTCAAATTGATTCTGTCAAATCCTTTGAATGGGGAGAAGATAATGAGAG
TCACGAGATGCTTAGACAAGGATTCACTCATGCATTCTCGATGACTTTCGAGAATAAAGA
TGCTTACGTTTCTTTCACAAGCCATCCTCTTCACGTTGAGTTCTCTGCCGCTTTCACCGC
TGTCATCGACAAGATTGTGGTCATGGACTTCACCGTCGCCGCCGTCAAATCTCCCGTT*A
TAGCACCGTGAAACTCATCGTACTTGTTTCTTAATTAAATCTCGTTTTATAATTTAATCG
AGGTTTGTGAGTTGTTTCGGTTCATGTAATTCTGTTGGTTTAAGTATGTTTTGGTTTGAT
TCGTTCAATTCCGGTTCGAAATAATAAAAAACTGGTTTGGTTGGGTAGTTTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 0 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B566JQ C 1
AF RR1B566TF U 131
AF RR1GL56TF U 86
AF RR1D684JQ C 10
AF RR1D684TF U 10
AF RR1DB90TF U 23
BS 1 14 RR1B566JQ
BS 15 85 RR1D684TF
BS 86 130 RR1GL56TF
BS 131 358 RR1B566TF
BS 359 359 RR1GL56TF
BS 360 360 RR1D684TF
BS 361 475 RR1B566TF
BS 476 476 RR1GL56TF
BS 477 535 RR1B566TF

RD RR1B566JQ 535 0 0
GGATGTAAGTGTGTTAAGAGGCGAAAAGAGTGATTTAATGGCGACTTCAGGGTTTAAGCA
TTTGGTGGTTGTGAAGTTTAAGGAAGATGCTAAGGTTGATGAGATCTTGAAGGGCTTGGA
GAATCTTGTTTCTCAAATTGATTCTGTCAAATCCTTTGAATGGGGAGAAGATAATGAGAG
TCACGAGATGCTTAGACAAGGATTCACTCATGCATTCTCGATGACTTTCGAGAATAAAGA
TGCTTACGTTTCTTTCACAAGCCATCCTCTTCACGTTGAGTTCTCTGCCGCTTTCACCGC
TGTCATCGACAAGATTGTGGTCATGGACTTCACCGTCGCCGCCGTCAAATCTCCCGTT*G
TAGCACCGTGAAACTCATCGTACTTGTTTCTTAATTAAATCTCGTTTTATAATTTAATCG
AGGTTTGTGAGTTGTTTCGGTTCATGTAATTCTGTTGGTTTAAGTATGTTTTGGTCTGAT
TCGTTCAATTCCGGTTCGAAATAATAAAAAACTGGTTTGGTTGG*TAGTTTGGTC

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR1B566TF 405 0 0
TCTCAAATTGATTCTGTCAAATCCTTTGAATGGGGAGAAGATAATGAGAGTCACGAGATG
CTTAGACAAGGATTCACTCATGCATTCTCGATGACTTTCGAGAATAAAGATGCTTACGTT
TCTTTCACAAGCCATCCTCTTCACGTTGAGTTCTCTGCCGCTTTCACCGCTGTCATCGAC
AAGATTGTGGTCATGGACTTCACCGTCGCCGCCGTCAAATCTCCCGTTTGTAGCACCGTG
AAACTCATCGTACTTGTTTCTTAATTAAATCTCGTTTTATAATTTAATCGAGGTTTGTGA
GTTGTTTCGGTTCATGTAATTCTGTTGGTTTAAGTATGTTTTGGTCTGATTCGTTCAATT
CCGGTTCGAAATAATAAAAAACTGGTTTGGTTGGGTAGTTTGGTC

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR1GL56TF 440 0 0
GATGCTAAGGTTGATGAGATCTTGAAGGGCTTGGAGAATCTTGTTTCTCAAATTGATTCT
GTCAAATCCTTTGAATGGGGAGAAGATAATGAGAGTCACGAGATGCTTAGACAAGGATTC
ACTCATGCATTCTCGATGACTTTCGAGAATAAAGATGCTTACGTTTCTTTCACAAGCCAT
CCTCTTCACGTTGAGTTCTCTGCCGCTTTCACCGCTGTCATCGACAAGATTGTGGTCATG
GACTTCACCGTCGCCGCCGTCAAATCTCCCGTT*GTAGCACCGTGAAACTCATCGTACTT
GTTTCTTAATTAAATCTCGTTTTATAATTTAATCGAGGTTTGTGAGTTGTTTCGGTCCAT
GTAGTTCTGTTGGTTTAAGTATGTTTTGGTTTGATTCGTTCAATTCCGGTTCGAAATAAT
AAAAAACTGGTTTGGTTGG
T

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR1D684JQ 516 0 0
GGATA
TAAGAGGCGAAAAGAGTTATTTAATGGCGACGTCAGGGTTTAAGCATTTGGTGGTTGTGA
AGTTTAAGGAAGATGCTAAGGTTGATGAGATCTTGAAGGGCTTGGAGAATCTTGTTTCTC
AAATTGATTCTGTCAAATCCTTTGAATGGGGAGAAGATAATGAGAGTCACGAGATGCTTA
GACAAGGATTCACTCATGCTTTCTCGATGACTTTTGAGAATAAAGATGCTTACGTTTTTT
TCACAAGCCATCCTCTTCACGTTGAGTTTTCTGCCGCTTTCACCGCTGTCATCGACAAGA
TTGTGGTCATGGACTTCACCGTCGCCACCGTCAAATCTCCCGTT*ATAGCACCGTGAAAC
TCATCGTACTTGTTTCTTAATTAA*TCTCGTTTTATAATT*AATCGAGGTTTGTGAGTTG
TTTCGGTTTATGTAATTCTGTTGGTTTAAGTATGTTTTGGTTTGATTCGTTCAATTCCGG
TTCGGAATAATAAAAAACTGGTTTGGTTGG
C

QA 6 515 6 515
DS 

RD RR1D684TF 516 0 0
GGATA
TAAGAGGCGAAAAGAGTTATTTAATGGCGACGTCAGGGTTTAAGCATTTGGTGGTTGTGA
AGTTTAAGGAAGATGCTAAGGTTGATGAGATCTTGAAGGGCTTGGAGAATCTTGTTTCTC
AAATTGATTCTGTCAAATCCTTTGAATGGGGAGAAGATAATGAGAGTCACGAGATGCTTA
GACAAGGATTCACTCATGCTTTCTCGATGACTTTTGAGAATAAAGATGCTTACGTTTTTT
TCACAAGCCATCCTCTTCACGTTGAGTTCTCTGCCGCTTTCACCGCTGTCATCGACAAGA
TTGTGGTCATGGACTTCACCGTCGCCACCGTCAAATCTCCCGTT*ATAGCACCGTGAAAC
TCATCGTACTTGTTTCTTAATTAA*TCTCGTTTTATAATT*AATCGAGGTTTGTGAGTTG
TTTCGGTTTATGTAATTCTGTTGGTTTAAGTATGTTTTGGTTTGATTCGTTCAATTCCGG
TTCGGAATAATAAAAAACTGGTTTGGTTGG
C

QA 6 515 6 515
DS 

RD RR1DB90TF 476 0 0
GAAAAGAGTTATTTAATGGCGACGTCAGGGTTTAAGCATTTGGTGGTTGTGAAGTTTAAG
GAAGATGCTAAGGTTGATGAGATCTTGAAGGGCTTGGAGAATCTTGTTTCTCAAATTGAT
TCTGTCAAATCCTTTGAATGGGGAGAAGATAATGAGAGTCACGAGATGCTTAGACAAGGA
TTCACTCATGCTTTCTCGATGACTTTTGAGAATAAAGATGCTTACGTTTCTTTCACAAGC
CATCCTCTTCACGTTGAGTTCTCTGCCGCTTTCACCGCTGTCATCGACAAGATTGTGGTC
ATGGACTTCACCGTCGCCGCCGTCAAATCTCCCGTT*ATAGCACCGTGAAACTCATCGTA
CTTGTTTCTTAATTAA*TCTCGTTTTATAATT*AATCGAGGTTTGTGAGTTGTTTCGGTT
TATGTAATTCTGTTGGTTTAAGTATGTTTTGGTTTGATTCGTTCAATTCCGGTTCG

QA 1 476 1 476
DS 



AS 1 5

CO CL1330Contig1 807 5 10 U
GGATAACAACATAGCTCCCTTGATATCAATCCAAAAGAACAACAAATGAGTTCCTCAAAG
AAGATCACTCTCGTTATCCTTCTTGTTTCATTTTATATGTTTTCATGTGTTTCAGGCACT
GAGTTTGAAGTTGGAGGAGTAGATGGTTGGATGGTACCAGAATCTAAGACTCAGGGAGAT
ATGTTTAACCATTGGGCTTCACACAACCGGTTTAAAGTTGGCGACACTGTTCGTTTCAAC
TACACAAAAGACTCGGTGTTAGTGGTGTCTGAAGAAGAGTACAAGAAATGCAAGGCGACT
AAACCACAACTCTATTCGAACAACGAAGACACGGTTTTCAAACTAGACCGTCCTGGTTTG
TTTTACTTCATTAGTGGTATCTCTGGCCACTGCGAAAAGGGTCAGAAGATGATCATTAAA
GTCATGGAGACCGAGTCTTCGCCAGATTCTCCTCCTCCTTCATCACCTTCTTCTTCCTCG
TCTTCATCTCCATCTCTACCGGCTTCAACTCACAAGAAGAGCAGTGCGTTGAAAACCGCA
GTCCAGTTCAGCAGTTCTGTCTTTGTTGTCTTTGCGGTTCTTGTTGTTTCGGTTTTCGGT
TTGGCTTAGTCACGGTTGAGCATTTTGTTCTCCTTAAAGATTTCATTCATCATTAGGGCT
GCATCGTTCTTACTTCTTGAGTAGTGACTTTCCAAATAAGTACACTGACCGGTCAAG*TT
TCAATCAGCATGTTTCACTCTTCTTGTAGCCTTAACTATTTTGTTCTTTACATTTTCTTA
TAATTCAACTTCTTAGTTATTTTGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1F004TF U 1
AF RR1DV45TF U 4
AF RR1BR33TF U 11
AF RR1BR33JQ C 47
AF RR1DV45JQ C 174
BS 1 114 RR1F004TF
BS 115 115 RR1BR33TF
BS 116 739 RR1F004TF
BS 740 744 RR1DV45TF
BS 745 745 RR1BR33JQ
BS 746 758 RR1DV45TF
BS 759 761 RR1BR33TF
BS 762 762 RR1BR33JQ
BS 763 779 RR1BR33TF
BS 780 807 RR1BR33JQ

RD RR1F004TF 739 0 0
GGATAACAACATAGCTCCCTTGATATCAATCCAAAAGAACAACAAATGAGTTCCTCAAAG
AAGATCACTCTCGTTATCCTTCTTGTTTCATTTTATATGTTTTCATGTGTTTCAAGCACT
GAGTTTGAAGTTGGAGGAGTAGATGGTTGGATGGTACCAGAATCTAAGACTCAGGGAGAT
ATGTTTAACCATTGGGCTTCACACAACCGGTTTAAAGTTGGCGACACTGTTCGTTTCAAC
TACACAAAAGACTCGGTGTTAGTGGTGTCTGAAGAAGAGTACAAGAAATGCAAGGCGACT
AAACCACAACTCTATTCGAACAACGAAGACACGGTTTTCAAACTAGACCGTCCTGGTTTG
TTTTACTTCATTAGTGGTATCTCTGGCCACTGCGAAAAGGGTCAGAAGATGATCATTAAA
GTCATGGAGACCGAGTCTTCGCCAGATTCTCCTCCTCCTTCATCACCTTCTTCTTCCTCG
TCTTCATCTCCATCTCTACCGGCTTCAACTCACAAGAAGAGCAGTGCGTTGAAAACCGCA
GTCCAGTTCAGCAGTTCTGTCTTTGTTGTCTTTGCGGTTCTTGTTGTTTCGGTTTTCGGT
TTGGCTTAGTCACGGTTGAGCATTTTGTTCTCCTTAAAGATTTCATTCATCATTAGGGCT
GCATCGTTCTTACTTCTTGAGTAGTGACTTTCCAAATAAGTACACTGACCGGTCAAG*TT
TCAATCAGCATGTTTCACT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1DV45TF 755 0 0
GAACAACAT
AGCTCCCTTGATATCAATCCAAAAGAACAACAAATGAGTTCCTCAAAGAAGATCACTCTC
GTTATCCTTCTTGTTTCATTTTATATGTTTTCATGTGTTTCAAGCACTGAGTTTGAAGTT
GGAGGAGTAGATGGTTGGATGGTACCAGAATCTAAGACTCAGGGAGATATGTTTAACCAT
TGGGCTTCACACAACCGGTTTAAAGTTGGCGACACTGTTCGTTTCAACTACACAAAAGAC
TCGGTGTTAGTGGTGTCTGAAGAAGAGTACAAGAAATGCAAGGCGACTAAACCACAACTC
TATTCGAACAACGAAGACACGGTTTTCAAACTAGACCGTCCTGGTTTGTTTTACTTCATT
AGTGGTATCTCTGGCCACTGCGAAAAGGGTCAGAAGATGATCGTTAAAGTCATGGAGACC
GAGTCTTCGCCAGATTCTCCTCCTCCTTCATCACCTTCTTCTTCCTCGTCTTCATCTCCA
TCTCTACCGGCTTCAACTCACAAGAAGAGCAGTGCGTTGAAAACCGCAGTCCAGTTCAGC
AGTTCTGTCTTTGTTGTCTTTGCGGTTCTTGTTGTTTCGGTTTTCGGTTTGGCTTAGTCA
CGGTTGAGCATTTTGTTCTCCTTAAAGATTTCATTCATCATTAGGGCTGCATCGTTCTTA
CTTCTTGAGTAGTGACTTTCCAAATAAGTACACTGACCGGTCAAG*TTTCAATCAGCATG
TTTCACTCTTCT*GTAGCCTTAACTA

QA 10 755 10 755
DS 

RD RR1BR33TF 772 0 0
GG
AGCTCCCTTGATATCAATCCAAAAGAACAACAAATGAGTTCCTCAAAGAAGATCACTCTC
GTTATCCTTCTTGTTTCATTTTATATGTTTTCATGTGTTTCAGGCACTGAGTTTGAAGTT
GGAGGAGTAGATGGTTGGATGGTACCAGAATCTAAGACTCAGGGAGATATGTTTAACCAT
TGGGCTTCACACAACCGGTTTAAAGTTGGCGACACTGTTCGTTTCAACTACACAAAAGAC
TCGGTGTTAGTGGTGTCTGAAGAAGAGTACAAGAAATGCAAGGCGACTAAACCACAACTC
TATTCGAACAACGAAGACACGGTTTTCAAACTAGACCGTCCTGGTTTGTTTTACTTCATT
AGTGGTATCTCTGGCCACTGCGAAAAGGGTCAGAAGATGATCATTAAAGTCATGGAGACC
GAGTCTTCGCCAGATTCTCCTCCTCCTTCATCACCTTCTTCTTCCTCGTCTTCATCTCCA
TCTCTACCGGCTTCAACTCACAAGAAGAGCAGTGCGTTGAAAACCGCAGTCCAGTTCAGC
AGTTCTGTCTTTGTTGTCTTTGCGGTTCTTGTTGTTTCGGTTTTCGGTTTGGCTTAGTCA
CGGTTGAGCATTTTGTTCTCCTTAAAGATTTCATTCATCATTAGGGCTGCATCGTTCTTA
CTTCTTGAGTAGTGACTTTCCAAATAAGTACACTGACCGGTCAAG*GTTCAATCAGCATG
TTTCACTTTTCT*GTAGCCTTAACTATTT*GTTCTTTACATTTTCTT
ATA

QA 3 769 3 769
DS 

RD RR1BR33JQ 761 0 0
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GTGTTTCAGGCACTGAGTTTGAAGTTGGAGGAGTAGATGGTTGGATGGTACCAGAATCTA
AGACTCAGGGAGATATGTTTAACCATTGGGCTTCACACAACCGGTTTAAAGTTGGCGACA
CTGTTCGTTTCAACTACACAAAAGACTCGGTGTTAGTGGTGTCTGAAGAAGAGTACAAGA
AATGCAAGGCGACTAAACCACAACTCTATTCGAACAACGAAGACACGGTTTTCAAACTAG
ACCGTCCTGGTTTGTTTTACTTCATTAGTGGTATCTCTGGCCACTGCGAAAAGGGTCAGA
AGATGATCATTAAAGTCATGGAGACCGAGTCTTCGCCAGATTCTCCTCCTCCTTCATCAC
CTTCTTCTTCCTCGTCTTCATCTCCATCTCTACCGGCTTCAACTCACAAGAAGAGCAGTG
CGTTGAAAACCGCAGTCCAGTTCAGCAGTTCTGTCTTTGTTGTCTTTGCGGTTCTTGTTG
TTTCGGTTTTCGGTTTGGCTTAGTCACGGTTGAGCATTTTGTTCTCCTTAAAGATTTCAT
TCATCATTAGGGCTGCATCGTTCTTACTTCTTGAGTAGTGACTTTCCAAATAAGTACACT
GACCGGTCAAGGTTTCAATCAGCATGTTTCACTTTTCTTGTAGCCTTAACTATTTTGTTC
TTTACATTTTCTTATAATTCAACTTCTTAGTTATTTTGGGC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1DV45JQ 634 0 0
GGGAGATATGTTTAACCATTGGGCTTCACACAACCGGTTTAAAGTTGGCGACACTGTTCG
TTTCAACTACACAAAAGACTCGGTGTTAGTGGTGTCTGAAGAAGAGTACAAGAAATGCAA
GGCGACTAAACCACAACTCTATTCGAACAACGAAGACACGGTTTTCAAACTAGACCGTCC
TGGTTTGTTTTACTTCATTAGTGGTATCTCTGGCCACTGCGAAAAGGGTCAGAAGATGAT
CGTTAAAGTCATGGAGACCGAGTCTTCGCCAGATTCTCCTCCTCCTTCATCACCTTCTTC
TTCCTCGTCTTCATCTCCATCTCTACCGGCTTCAACTCACAAGAAGAGCAGTGCGTTGAA
AACCGCAGTCCAGTTCAGCAGTTCTGTCTTTGTTGTCTTTGCGGTTCTTGTTGTTTCGGT
TTTCGGTTTGGCTTAGTCACGGTTGAGCATTTTGTTCTCCTTAAAGATTTCATTCATCAT
TAGGGCTGCATCGTTCTTACTTCTTGAGTAGTGACTTTCCAAATAAGTACACTGACCGGT
CAAGGTTTCAATCAGCATGTTTCACTCTTCTTGTAGCCTTAACTATTTTGTTCTTTACAT
TTTCTTATAATTCAACTTCTTAGTTATTTTGGGC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 5

CO CL1331Contig1 1075 5 12 U
AACTTGCATCTCTTCAGCTTTTGACTGAGACAATTACGCATTTTACATCTCAGGATATGA
GTATGACACAATCATATCATCAAACGCATGTTAAGAAGCAGAAGGAGAGTTACAGGACAA
AAATCAAGATCAAAGAGGAAGTAAATGTCGCTCTTGTTCTACCATGATGATTAGGAAATT
AAAAAAAAAA*ACACAATAATATGTTCAACGATGAAAAGGAGTGAAACAAACGAAACTTC
TACTGAAAACACATCATCTCAGGATAACTTGTTCTCGAGTTTTCAAACCGCAGGCCATTC
TTTACGGATGTCGAAGCTGTAGTTGATCTCCAAGTAGCACTTATTATCATCATCAAGAAA
CTTAGTTCTTGCAGAATATGATCCTCGAGCAAACAAGTCAGAAGGAGTGGTCTCTTCCGG
CATCACGTGGTTGTATGGCTCCAACTGAGGACTAAAGGTTCCAAGCATTTCCTTTGTTCT
ATCCACTTTAACACCGGTCTTCCAAACAGTATTGGTGTACCTAAGACCAGAGACAATGTT
GTTGTTAACGTGAAACGTGAATTTCAAACAGTACTTGCTCCCTTCTTTCAAAGTGAACCA
CATTCCCTTTGGATTCCCATTCTCCGGAACCATAAGTACAATATCTGGTCTTCCAGGGGA
TAAGATGGCCAGGCTAATGATCTTCACTTCAGGGTCAAGCGTCTCTCCAATGTTGGTGAC
ATCAACACTTCCAAGAAGCTGTTCCTTCCACTTCCTCAAGCTCTCATCATCTTTATCCTT
CTCGAGATGCTCTTTGATAGTGTACTGAGGACCCAAATGCAATTTGGAATCGTCGTCTTC
TTCTTCGTCCTCTGTAGCGCAGATAGAAGACTCGCTCATCTGCCTCCCCAAGGATTCAAC
ACCCTCGTCGTCTGTGCCATCGTTGTGACGATGAGTTCTCGACGTGCTTTCGTCGTCTCC
TCCCATGTCTCTGGAACTAGATACAGCTCCAGATACCAAAGACATCAATCAATTAAATCC
CTCAAAGTCTTTGCCTTTTTTTTTGGGATCTAAACGAAGAGATGAGAGACAATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO79JQ U 1
AF RR1BG64JQ U 57
AF RR1E664JQ U 159
AF RR1BO79TF C 192
AF RR1E664TF C 422
BS 1 172 RR1BO79JQ
BS 173 173 RR1BG64JQ
BS 174 191 RR1BO79JQ
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BS 976 1075 RR1E664TF

RD RR1BO79JQ 804 0 0
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GTATGACACAATCATATCATCAAACGCATGTTAAGAAGCAGAAGGAGAGTTACAGGACAA
AAATCAAGATCAAAGAGGAAGTAAATGTCGCTCTTGTTCTACCATGATGATTGGGAAATT
AAAAAAAAAA**CACAATAATATGTTCAACGATGAAAAGGAGTGAAACAAACGAAACTTC
TACTGAAAACACATCATCTCAGGATAACTTGTTCTCGAGTTTTCAAACCGCAGGCCATTC
TTTACGGATGTCGAAGCTGTAGTTGATCTCCAAGTAGCACTTATTATCATCATCAAGAAA
CTTAGTTCTTGCAGAATATGATCCTCGAGCAAACAAGTCAGAAGGAGTGGTCTCTTCCGG
CATCACGTGGTTGTATGGCTCCAACTGAGGACTAAAGGTTCCAAGCATTTCCTTTGTTCT
ATCCACTTTAACACCGGTCTTCCAAACAGTATTGGTGTACCTAAGACCAGAGACAATGTT
GTTGTTAACGTGAAACGTGAATTTCAAACAGTACTTGCCCCCTTCTTTCAAAGTGAACCA
CATTCCCTTTGGATTCCCATTCTCCGGAACCATAAGTACAATATCTGGTCTTCCAGGGGA
TAAGATGGCCAGGTTAATGATCTTCACTTCAGGGTCAAGCGTCTCTCCAATGTTGGTGAC
ATCAACACTTCCAAGAAGCTGTTCCTTCCACTTCCTCAAGCTCTCATCATCTTTATCCTT
CTCGAGATGCTCTTTGATAGTGTA

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1BG64JQ 859 0 0
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ACAAAAATCAAGATCAAAGAGGAAGTAAATGTCGCTCTTGTTCTACCATGATGATTAGGA
AATTAAAAAAAAAAAACACAATAATATGTTCAACGATGAAAAGGAGTGAAACAAACGAAA
CTTCTACTGAAAACACATCATCTCAGGATAACTTGTTCTCGAGTTTTCAAACCGCAGGCC
ATTCTTTACGGATGTCGAAGCTGTAGTTGATCTCCAAGTAGCACTTATTATCATCATCAA
GAAACTTAGTTCTTGCAAAATATGATCCTCGAGCAAACAAGCCAGAAGGAGTGGTCTCTT
CCGGCATCACGTGGTTGTATGGCTCCAACTGAGGACTAAAGGTTCCAAGCATTTCCTTTG
TTCTATCCACTTTAACACCGGTCTTCCAAACAGTATTGGTGTACCTAAAACCAGAGACAA
TGTTGTTGTTAACGTGAAACGTGAATTTCAAACAGTACTTGCTCCCTTCTTTCAAAGTGA
ACCACATTCCCTTTGGATTCCCATTCTCCGGAACCATAAGTACAATATCTGGTCTTCCAG
GGGATAAGATGGCCAGGCTAATGATCTTCACTTCAGGGTCAAGCGTCTCTCCAATGTTGG
TGACATCAACACTTCCAAGAAGCTGTTCCTTCCACTTCCTCAAGCTCTCATCATCTTTAT
CCTTCTCGAGATGCTCTTTGATAGTGTACTGAGGACCCAAATGCAATTTGGAATCGTCGT
CTTCTTCTTCGTCCTCTGTAGCGCAGATAGAAGACTCGCTCATCTGCCTCCCCAAGGATT
CAACACCCTCGTCGTCTGT

QA 1 859 1 859
DS 

RD RR1E664JQ 822 0 0
CTACCACGATGATTAGGAAATTAAAAAAAAAA**CACAATAATATGTTCAACGATGAAAA
GGAGTGAAACAAACGAAACTTCTACTGAAAACACATCATCTCAGGATAACTTGTTCTCGA
GTTTTCAAACCGCAGGCCATTCTTTACGGATGTCGAAGCTGTAGTTGATCTCCAAGTAGC
ACTTATTATCATCATCAAGAAACTTAGTTCTTGCAAAATATGATCCTCGAGCAAACAAGC
CAGAAGGAGTGGTCTCTTCCGGCATCACGTGGTTGTATGGCTCCAACTGAGGACTAAAGG
TTCCAAGCATTTCCTTTGTTCTATCCACTTTAACACCGGTCTTCCAAACAGTATTGGTGT
ACCTAAGACAAGAGACAATGTTGTTGTTAACGTGAAACGTGAATTTCAAACAGTACCTGC
TCCCTTCTTTCAAAGTGAACCACATTCCCTTTGGATTCCCATTCTCCGGAACCATAAGTA
CAATATCTGGTCTTCCAGGGGATAAGATGGCCAGGCTAATGATCTTCACTTCAGGGTCAA
GCGTCTCTCCAATGTTGGTGACATCAACACTTCCAAGAAGCTGTTCCTTCCACCTCCTCA
AGCTCTCATCATCTTTATCCTTCTCGAGATGCTCTTTGATAGTGTACTGAGGACCCAAAT
GCAATTTGGAATCGTCGTCTTCTTCTTCGTCCTCTGTAGCGCAGATAGAAGACTCGCTCA
TCTGCCTCCCCAAG*ATTCAACACCCTCGTCGTCTGTGCCATCGTTGTGACGATGAGTTC
TCGACGTGCTTTCGTCGTCTCCTCCCATGTCTCTGGA
CTAGA

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1BO79TF 795 0 0
ACACAATAATATGTTCAACGATGAAAAGGAGTGAAACAAACGAAACTTCTACTGAAAACA
CATCATCTCAGGATA*CTTGTTCTCGAGTTT*CAAACCGCAGGCCAT*CTTTACGGATGT
CGAAGCTGTAGTTGATCTCCAAGTAGCACTTATTATCATCATCAAGAAACTTAGTTCTTG
CAGAATATGATCCTCGAGCAAACAAGTCAGAAGGAGTGGTCTCTTCCGGCATCACGTGGT
TGTATGGCTCCAACTGAGGACTAAAGGTTCCAAGCATTTCCTTTGTTCTATCCACTTTAA
CACCGGTCTTCCAAACAGTATTGGTGTACCTAAGACCAGAGACAATGTTGTTGTTAACGT
GAAACGTGAATTTCAAACAGTACTTGCCCCCTTCTTTCAAAGTGAACCACATTCCCTTTG
GATTCCCATTCTCCGGAACCATAAGTACAATATCTGGTCTTCCAGGGGATAAGATGGCCA
GGTTAATGATCTTCACTTCAGGGTCAAGCGTCTCTCCAATGTTGGTGACATCAACACTTC
CAAGAAGCTGTTCCTTCCACTTCCTCAAGCTCTCATCATCTTTATCCTTCTCGAGATGCT
CTTTGATAGTGTACTGAGGACCCAAATGCAATTTGGAATCGTCGTCTTCTTCTTCGTCCT
CTGTAGCGCAGATAGAAGACTCGCTCATCTGCCTCCCCAAGGATTCAACACCCTCGTCGT
CTGTGCCATCGTTGTGACGATGAGTTCTCGACGTGCTTTCGTCGTCTCCTCCCATGTCTC
TGGA
ACTAGATACCC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1E664TF 654 0 0
ATCACGTGGTTGTATGGCTCCAACTGAGGACTAAAGGTTCCAAGCATTTCCTTTGTTCTA
TCCACTTTAACACCGGTCTTCCAAACAGTATTGGTGTACCTAAGACAAGAGACAATGTTG
TTGTTAACGTGAAACGTGAATTTCAAACAGTACCTGCTCCCTTCTTTCAAAGTGAACCAC
ATTCCCTTTGGATTCCCATTCTCCGGAACCATAAGTACAATATCTGGTCTTCCAGGGGAT
AAGATGGCCAGGCTAATGATCTTCACTTCAGGGTCAAGCGTCTCTCCAATGTTGGTGACA
TCAACACTTCCAAGAAGCTGTTCCTTCCACCTCCTCAAGCTCTCATCATCTTTATCCTTC
TCGAGATGCTCTTTGATAGTGTACTGAGGACCCAAATGCAATTTGGAATCGTCGTCTTCT
TCTTCGTCCTCTGTAGCGCAGATAGAAGACTCGCTCATCTGCCTCCCCAAGGATTCAACA
CCCTCGTCGTCTGTGCCATCGTTGTGACGATGAGTTCTCGACGTGCTTTCGTCGTCTCCT
CCCATGTCTCTGGAACTAGATACAGCTCCAGATACCAAAGACATCAATCAATTAAATCCC
TCAAAGTCTTTGCCTTTTTTTTTGGGATCTAAACGAAGAGATGAGAGACAATTC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 2 4

CO CL1332Contig1 715 2 13 U
CTCACTTCGCGGCTCAATCTCTCCGTTCCTCTCCAACTGCACCAACCTCCAGTCCTTGGA
TCTATCGTCAAACCAGATCTCCGGTGACATCCCGCAGGAGATACAGTTTCTCGTAAACCT
CGCCGTACTCAACCTCTCGTCAAACCGTCTCTCTGGCGAAATCTCTCCGCAGCTAGCTCT
CTGCGCGTACCTAAACGTCATCGACCCCCACGATAACCAGCTCTCCGGTCAAATCCCTCA
GCAGCTAGGACTCCTGGCGAGGCTGTCGGCGTTTGACGTGTCCAACAACAAACTCTCCGG
CCAGATTCCGACATACTTGTCGAACAGGACAGGGAGTTTTCCGAGGTTTAACGCGAGCTC
GTTCGTGGGGAACAAGGGGCTGTACGGGTATCCGTTGCAGGAGATGGGGAAGAGTAAAGG
GTTATCGGTGATGGCGATCGTTGGGATAGGGCTTGGAAGTGGAGTGGCGAGCTTGATGAT
TAGTTTCACAGGTGTTTGTATTTGGTTGAGGATCACTGAGAAGAAGATGGCTGAAGAAGA
AGAAGGCAAGATTAGTCACTCAATGCCTGACTACTAAAATTTAATCATGGGTTTTGCTTA
AACCGCTATATTGTTAATTATTCACGGCTGTTTTTGAAACAAGAAGATTTCTTGTAATGC
GTGAATTTTTTGGGTCTATTCTTTCTTTGGTATTTTCTCTATAATCAATACTATT


BQ
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AF RR1DG23TF U 83
AF RR1CF79JQ C 1
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DS 

RD RR1CF79JQ 715 0 0
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GCAGCTAGGACTCCTGGCGAGGCTGTCGGCGTTTGACGTGTCTAACAACAAACTCTCCGG
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GTGAATTTTTTGGGTCTATTCTTTCTTTGGTATTTTCTCTATAATCAATACTATT

QA 1 715 1 715
DS 



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GGGACTAATCTTGCCTTCTTCCTCAGCCATCTTCTTCTCAGTGATCCTCAACCAAATACA
AACACCTGTGAAACTAATCATCAAGCTCGCCACTCCACTTCCAAGCCCTATCCCGACGAT
CGCCATCACCGATAGCCCCTTGCTCTTTCCCATCTCCCGCAACGGATAACCATACAACCC
TCTGTTCCCCACGAACGAGCTCGCGTTAAACCTCGGAAAAGTCCCCGTCCTGTTCGACAA
GTACGTCGGAATCTGGCCGGAGAGTTTGTTGTTCGACACATCGAACGCCGATAGCCTCGC
CAAGAGTCCTAGCTGCTGAGGGATCGGACCGGAGAGCTGGTTATCGTGGAGGTCGATGAC
GTTTAGGTACGCGCATAGAGCCATCTGCGGAGGAATTTCGCCGGAGAGACGGTTTGACGA
GAGGTTGAGTACGGCGAGGTTGACGAGAAACTGAATCTCCGGCGGGATATCGCCGGAGAT
TTGGTTCGAGGATAGGTCCAAGGACTGGAGGTTGGTGCAGTTGGAGAGAAACGGAGAGAT
AGAGCCACGGAGGGAGAGGTTAGTGAGAGAGAGCTTGTAGATTCGACCGTTGTTACAAGT
AGCACCAGGGAGATACGAGGTGAAGCCGGAACATGGGTTGGAGAAGACAGAGTTCGTCCA
GTTCCGGAGATTACTCGCTGGATCTTCTATGTTTTGTCGGAGATTCTTTAAACACGCCTC
GTCGTTTGGATCAGCCGAAGTCAAACGCCCTGCCGTTTCGAAAGCTATAAGAAGGAGGAG
TAACCGGTATTTTAACCGGTGACTAAACCGGTGACTCATAATCTCTCTCGGTCTCTGTCT
ATCTCCGTCGCCTTCAGAGAGATTTCACGGAGACTAAAGAAGAAAGTGCAACCAAAAAGG
AAACGGTTATACAGCGCGTGTTAGCAAGTCTGGGCGTAAAAGATAAGAGGTTGAATATTT
GTTGTGGGATTAAATTGAATTAATTTTATGTTGGGTCTGAGGTGTCTGATTTTAATTACA
ACTTTAATTATTCTCTAAATGTGTATACCAAACACTCATGCTTAAACATTAATCATGCCA
TCCATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E171TF U 1
AF RR1E171JQ C 406
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AACACCTGTGAAACTAATCATCAAGCTCGCCACTCCACTTCCAAGCCCTATCCCGACGAT
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TTGGTTCGAGGATAGGTCCAAGGACTGGAGGTTGGTGCAGTTGGAGAGAAACGGAGAGAT
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AGCTATAA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1E171JQ 682 0 0
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GATATCGCCGGAGATTTGGTTCGAGGATAGGTCCAAGGACTGGAGGTTGGTGCAGTTGGA
GAGAAACGGAGAGATAGAGCCACGGAGGGAGAGGTTAGTGAGAGAGAGCTTGTAGATTCG
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GACGGAGTTCGTCCAGTTCCGGAGATTACTCGCTGGATCTTCTATGTTTTGTCGGAGATT
CTTTAAACACGCCTCGTCGTTTGGATCAGCCGAAGTCAAACGCCCTGCCGTTTCGAAAGC
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TCTCGGTCTCTGTCTATCTCCGTCGCCTTCAGAGAGATTTCACGGAGACTAAAGAAGAAA
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AGAGGTTGAATATTTGTTGTGGGATTAAATTGAATTAATTTTATGTTGGGTCTGAGGTGT
CTGATTTTAATTACAACTTTAATTATTCTCTAAATGTGTATACCAAACACTCATGCTTAA
ACATTAATCATGCCATCCATCT

QA 1 682 1 682
DS 



AS 2 6

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GGACCCTTTCCTTATCTGATTCTCCCCTCTTTCTCTCTTATTATAAAAAAAAAAAAACTC
TCCTCCCCGATTCGCCGCCCAAGTTTCTCAATTCAAAATTAGGGTTCGTAGCGGCGATTC
TCCTTCACTTCTTTGGTCTGACTTCTAGGGTTATAAAGGTCTTTACTTGATCGACAAAGC
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TTGAGTTCCCACTTAGCAGCTCTTCGATGGATTCCTTCTTCGACGAGCTTCTCAGGGACT
CTCACGCCTGTACCCACACTCACACCTGCAACCCTCCCGGACCAGAGAACACCCACACAC
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GAGAGATTGGGGCTTTCCCTTATCAGAAACCCGTGGTTCCGAACGCGCATTTCTCTTATA
CGATGCAGCCTTGTAATATGCCGTGCGGTGTTGACGACAACAGCTTGTACTGTCTTCAAG
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TTGATCAGCTTCAGTGCTTTGCTGATCAGAATTTAGCTGGGTGTAGTAATGGAAACGGAA
CGTTCAGTGCGAATGCGTCCGGAGTTGCTACTGATAAGAGAAAAGCAGGTGGGACTTGTG
CAGCTAAAGCAGTTTGAAGTAACATCATCACCACCAGTCATGTGTTGCTCTCCATTTTCA
CAAGGCTATATAGTTAAATTATCTTTCAATAAGTAATAGAGTTGAACTGCATCACCAGCT
CTCCCTCTCATGCCCCTTTT*GCTGTTTTCATTTTTTTTTTATTTTTCTTATGTAATTGC
ATTTCTTTGTTGAGCGCGTGGAAGCTAGAAGTAAGACTTGTTTATATTCAGTTCGAATTA
TGCCAGTGTTCTTTCCGATCGGTTTTCTACTTTAATAGCTTCTTTCTTGAAGCTTTACTG
GAAGATGTTGAATATTTGCATTTAGAAAATTAAGAGTTTTTCCTTGAATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AT03TF U 1
AF RR1DZ92TF U 617
AF RR1AT03JQ C 533
AF RR1DZ92JQ C 711
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BS 1149 1312 RR1AT03JQ

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TCCTTCACTTCTTTGGTCTGACTTCTAGGGTTATAAAGGTCTTTACTTGATCGACAAAGC
TCGAGTCTTGTTTTGGTTTCGAGCACCAGTGTCCTGTAATAATAATGGACGACGGTGAGG
TTGAGTTCCCACTTAGCAGCTCTTCGATGGATTCCTTCTTCGACGAGCTTCTCAGGGACT
CTCACGCCTGTACCCACACTCACACCTGCAACCCTCCCGGACCAGAGAACACCCACACAC
ACACGTGTCTCCACGTCCACACCAAGATCCTTCCTGCTCAGACCCAAGACAAAGAAGCCA
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GAGAGATTGGGGCTTT

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DS 

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TATGCCGTGCGGTGTTGACGACAACAGCTTGTACTGTCTTCAAGATGGGAACAGTGGAGA
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GTCCGGAGTTGCTACTGATAAGAGAAAAGCAGGTGGGACTTGTGCAGCTAAAGCAGTTTG
AAGTAACATCATCACCACCAGTCATGTGTTGCTCTCCATTTTCACAAGGCTATATAGTTA
AATTATCTTTCAATAAGTAATAGAGTTGAACTGCATCACCAGCTCTCCCTCTCATGCCCC
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QA 1 532 1 532
DS 

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GGCCGCGTTGGAAGCTGAGGTCACGAGGCTCAAGTGTTTGCTTGTTGATGTTAGAGGGAG
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TTGTGAGTTTGATCAGCTTCAGTGCTTTGCTGATCAGAATTTAGCTGGGTGTAGTAATGG
AAACGGAACGTTCAGTGCGAATGCGTCCGGAGTTGCTACTGATAAGAGAAAAGCAGGTGG
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CATTTTCACAAGGCTATATAGTTAAATTATCTTTCAATAAGTAATAGAGTTGAACTGCAT
CACCAGCTCTCCCTCTCATGCCCCTTTTTGCTGTTTTCATTTTTTTTTTATTTTTCTTAT
GTAATTGCATTTCTTTGTTGAGCGCGTGGAAGCTAGAAGTAAGACTTGTTTATATTCAGT
TCGAATTATGCCAGTGTTCTTTCCGATCGGTTTTCTACTTTAATAGCTTCTTTCTTGAAG
CTTTACTGGAAGATGTTGAATATTTGCATTTAGAAAATTAAGAGTTTTTCCTTGAATCCT

QA 1 780 1 780
DS 

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TGTCTTCAAGATGGGAACAGTGGAGAAGGTAGCTTGATGAATGAGCAAGGAGGGCTGGAT
GGTTGTGAGTTTGATCAGCTTCAGTGCTTTGCTGATCAGAATTTAGCTGGGTGTAGTAAT
GGAAACGGAACGTTCAGTGCGAATGCGTCCGGAGTTGCTACTGATAAGAGAAAAGCAGGT
GGGACTTGTGCAGCTAAAGCAGTTTGAAGTAACATCATCACCACCAGTCATGTGTTGCTC
TCCATTTTCACAAGGCTATATAGTTAAATTATCTTTCAATAAGTAATAGAGTTGAACTGC
ATCACCAGCTCTCCCTCTCATGCCCCTTTT*GCTGTTTTCATTTTTTTTTTATTTTTCTT
ATGTAATTGCATTTCTTTGTTGAGCGCGTGGAAGCTAGAAGTAAGACTTGTTTATATTCA
GTTCGAATTATGCCAGTGTTCTTTCCGATTGGTTTTCTACTTTAATAGCTTCTTTCTTGA
AGCTTTACTGGAAGATGTTGAATATTTGCATTTGGAAAATTAAGAGTTTTTCCTTG

QA 1 596 1 596
DS 



CO CL1333Contig2 1138 2 2 U
GGGCCGCCCAAGTTTCTCAATTCCAAAATTAGGGTTCGTAACGGCGATTCTCCTTCACTT
CTCGTGAACTTCTAGGGTTATAAAGTAGGTCTTTACTTGATCGACAAAGCTCGAGTCTTG
TTTTGGTTTCAAGCACAAGTGTCCTGTAATAATAATGGACGACGGCGAGGTTGAGTTTCC
ACTCAGCAGCTCTTCGATGGATTCCTTCTTCGACGAGCTTCTCAGGGACTCTCACGCCTG
TACCCACACTCACACCTGCAACCCTCCCGGACCAGAGAACACCCACACACACACGTGTCT
CCACGTCCACACCAAGATCCTCCCTGCTCAGACCCAAGACAAAGAAACCACCGACGACAC
CTCGGAGTCTTCGGGGAACAAGAGCAAGAAGAGGCCTCTCGGGAACAGAGAAGCGGTTAG
AAAGTACCGGGAGAAGAAGAAGGCGAAAGCTGCTTCCTTGGAGGATGAAGTCACGAGGCT
CTGGGCGGTGAATAGTCAGCTGATGAAGAGGTTGCAAGGTCAGGCCGCGTTGGAAGCTGA
GGTCACGAGGCTCAAGTGTTTGCTTGTCGATATTAGAGGGAGGATTGAAGGAGAGATTGG
TGCTTTCCCTTATCAGAAACCCGTGGTTCCGAACGCGCATTTCTCTTATACGATGCAGCC
TTGTAATATGCCGTGCGGTGTTGACAACAACAGCTTGTACTGTCTTCAAGATGGGAACAG
TGGGGAAGGTAGCTTGATGAATGAGCAAGGAGGGCTGGATGGTTGTGAGTTTGATCAGCT
TCAGTGCTTTGCTGATCGGAATTTAGCTGGGTGTAGTAATGGAAATGGAACATTCAGTGT
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AATTACCTTTCAATAAGTAATAGAGTTGAACTGCATCACCAGCTTCCCCTCTCATGCCCC
TTCTGCTGTTTTCATTTTTTTTTCTTTTTCTTATGTAATTGCATTTCTTTTTTGAGCGCG
TGGAAGCTATAAGTAAGACTTGTTTATATTCAATTCGAATTATGCCAGTGTTCTTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CP01TF U 1
AF RR1CP01JQ C 399
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AAAGTACCGGGAGAAGAAGAAGGCGAAAGCTGCTTCCTTGGAGGATGAAGTCACGAGGCT
CTGGGCGGTGAATAGTCAGCTGATGAAGAGGTTGCAAGGTCAGGCCGCGTTGGAAGCTGA
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TTGTAATATGCCGTGCGGTGTTGACAACAACAGCTTGTACTGTCTTCAAGATGG

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DS 

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TGGAGGATGAAGTCACGAGGCTCTGGGCGGTGAATAGTCAGCTGATGAAGAGGTTGCAAG
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ATTTCTCTTATACGATGCAGCCTTGTAATATGCCGTGCGGTGTTGACAACAACAGCTTGT
ACTGTCTTCAAGATGGGAACAGTGGGGAAGGTAGCTTGATGAATGAGCAAGGAGGGCTGG
ATGGTTGTGAGTTTGATCAGCTTCAGTGCTTTGCTGATCGGAATTTAGCTGGGTGTAGTA
ATGGAAATGGAACATTCAGTGTCAATGCATCCCAAGTTGCTAATAAGAGAAAAGGTGGGA
CTTGTGCAGCTAAAGCAGTTTGAAGTATCATCATCACCACCAGTCATGTGGTGCTCTCCG
TTTTCGCAAGGCTATATAGTTAAATTACCTTTCAATAAGTAATAGAGTTGAACTGCATCA
CCAGCTTCCCCTCTCATGCCCCTTCTGCTGTTTTCATTTTTTTTTCTTTTTCTTATGTAA
TTGCATTTCTTTTTTGAGCGCGTGGAAGCTATAAGTAAGACTTGTTTATATTCAATTCGA
ATTATGCCAGTGTTCTTCCC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 5

CO CL1334Contig1 1118 5 9 U
GGGAAGCTCATGCTGAACTTAGTTTCTGATTTCCAACAAAACAAACCGTTGGTTCTAAAC
CCAAAATTCATTCAGGGTCTCGGCAGCGTGCTTTCTGACTCGAGCTTGGACAAGGAATTT
ATCGCCAAGGCAATAACATTGCCTGGGGAGGGAGAGATTATGGACATGATGGCCGTGGCG
GATCCTGATGCTGTTCATGCTGTTAAAAAGTTTGTTAGAAAGCAGCTTGCATCTGAACTT
AAAACTGAGCTTCTAAAGATAGTTGAGAACAATAGGAGCACTGAGGCTTATGTCTTTGAC
CACCCCAACATGGCTAGGCGTGCTTTGAAGAACACTGCTCTAGCTTATCTTGCATCGCTT
GAGGATCCAGCATACGTGGAACTTGCATTGGGTGAATACAAGTCGGCCACGAATTTGACA
GACCAAATTGCTGCTTTGGCAGCTCTTGCACAAAAGCCGGGTAAAACCCGTGACGAGGTT
CTTGCTGACTTCTATAACAAGTGGCAGGGCGATTACTTGGTTGTTAATAAATGGTTCCTC
CTTCAAGCATCATCCGACATTCTCGGGAATGTGGAGAATGTCAAGAAGCTTTTGGATCAC
CCAGCTTTTGATCTGCGCAATCCAAACAAGGTTTACTCACTCATTGGAGGGTTCTGCGGT
TCGCCAGTGAATTTCCATGCAAAAGATGGATCAGGTTACAAGTTCTTGGGTGACATTGTT
GTCCAGTTAGACAAAATCAATCCCCAGGTTGCTTCTCGTATGGTATCTGCCTTTTCGAGG
TGGAAGCGCTACGATGAAACCCGACAAGCTCTGGCCAAGGCACAGTTGGAGATGATAATG
TCAGCTAATGGGTTATCTGAAAATGTATTTGAGATTGCCTCTAAGAGCTTGGCTGCTTGA
GAGAGAGACCACATCAAGAATCAAATCCTTTTTAAAGACATTTCTACTCGTAGCTCCGAA
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CGTCACATGTTTTTCTTTTTATGTTATGAACTTTGTCTCCAACGAAATGATGTTTTTCTT
TTATATCAAGTTGAAAGAAAGAGCATTCACCCATAGTT


BQ
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AF RR1A731TF U 1
AF RR1GU02TF U 149
AF RR1CW60TF U 804
AF RR1A731JQ C 284
AF RR1GU02JQ C 620
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CTTCAAGCATCATCCGACATTCTCGGGAATGTGGAGAATGTCAAGAAGCTTTTGGATCAC
CCAGCTTTTGATCTGCGCAATCCAA
A

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1GU02TF 477 0 0
G
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CGATTACTTGGTTGTTAATAAATGGTTCCTCCTTCAAGCATCATCCGACATTCCCGGGAA
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QA 2 477 2 477
DS 

RD RR1CW60TF 221 0 0
G
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GTATTTGAGATTGCCTCTAAGAGCTTGGCTGCTTGAGAGAGAGACCACATCAAGAATCAA
ATCCTTTTTAAAGACATTTCTACTCGTAGCTCCGAATTATCATGTTATGAGCTTTTTACA
TTCAACGCATGCACTTTATAATAAACTTATCCTGAACGTC

QA 2 221 2 221
DS 

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CTTATCTTGCATCGCTTGAGGATCCAGCATACGTGGAACTTGCATTGGGTGAATACAAGT
CGGCCACGAATTTGACAGACCAAATTGCTGCTTTGGCAGCTCTTGCACAAAAGCCGGGTA
AAACCCGTGACGAGGTTCTTGCTGACTTCTATAACAAGTGGCAGGGCGATTACTTGGTTG
TTAATAAATGGTTCCTCCTTCAAGCATCATCCGACATTTTCGGGAATGTGGAGAATGTCA
AGAAGCTTTTGGATCACCCAGCTTTTGATTTGCGCAATCCAAACAAGGTTTACTCACTCA
TTGGAGGGTTTTGCGGTTCGCCAGTGAATTTCCATGCAAAAGATGGATCAGGTTACAAGT
TCTTGGGTGACATTGTTGTCCAGTTAGACAAAATCAATCCCCAGGTTGCTTCTCGTATGG
TATCTGCCTTTTCGAGGTGGAAGCGCTACGATGAAACCCGACAAGCTCTGGCCAAGGCAC
AGTTGGAGATGATAATGTCAGCTAATGGGTTATCTGAAAATGTATTTGAGATTGCCTCTA
AGAGCTTGGCTGCTTGAGAGAGAGACCACATCAAGAATCAAATCCTTTTTAAAGACATTT
CTACTCGTAGCTCCGAATTATCATGTTATGAGCTTTTTACATTCAACGCATGCACTTTAT
AATAAACTTATCCTGAACGTCACATGTTTTTCTTTTTATGTTATGAACTTTGTCTCCAAC
GAAATGATGTTTTTCTTTTATATCAAGTTGAAAGAAAGAGCATTCACC
G

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1GU02JQ 499 0 0
ATCCAAACAAGGTTTACTCACTCATTGGAGGGTTCTGCGGTTCGCCAGTGAATTTCCATG
CAAAAGATGGATCAGGTTACAAGTTCTTGGGTGACATTGTTGTCCAGTTAGACAAAATCA
ATCCCCAGGTTGCTTCTCGTATGGTATCTGCCTTTTCGAGGTGGAAGCGCTACGATGAAA
CCCGACAAGCTCTGGCCAAGGCACAGTTGGAGATGATAATGTCAGCTAATGGGTTATCTG
AAAATGTATTTGAGATTGCCTCTAAGAGCTTGGCTGCTTGAGAGAGAGACCACATCAAGA
ATCAAATCCTTTTTAAAGACATTTCTACTCGTAGCTCCGAATTATCATGTTATGAGCTTT
TTACATTCAACGCATGCACTTTATAATAAACTTATCCTGAACGTCACATGTTTTTCTTTT
TATGTTATGAACTTTGTCTCCAACGAAATGATGTTTTTCTTTTATATCAAGTTGAAAGAA
AGAGCATTCACCCATAGTT

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 2

CO CL1335Contig1 717 2 2 U
GGGAGATCCCTTTCACTCTTTTCACGCTTTTCTCTTCTTCCCTTCTTTTAAGCTCCGGAA
TGAAGAAATGGCTCCTGATCACTGCGGCGGTGGCGATAATCGCCGTAATCGCGAGGCAAG
GCGGCACCGGGTGGAGCAAGGAAGCAGCGTTAGAAGCTTTAAAAGAATGGTCGGATCGGC
TCGGAGTTTGGGCGATTCCGACATACGTAGCGGTCCACACGGTAACATTAGCTCTATGCC
TCCCTCACGCCGTCTTCTTCGAAGCTGGTGCCTCTATCCTCTTCGGTTTCCTCCCTGCTC
TTCTCTGTGTCTTCTCCGCTAAAGTTCTCGCCGCTTCCTTCTCCTTCTGGATCGGCAGGT
TTGTTTTCAAGAGTTCAAGCAAAGCAACAGCGTGGGCGCATAATAACAAATACTTCAATA
TTCTCTCAAGAGGAGTGGAGCGAGATGGTTGGAAGTTTGTTCTGCTTGCGAGGTTCTCGC
CCATCCCTTCTTACGTCATCAACTACGCCTTAGCAGCAACCCAAGTCCGGTTCCTAGCTG
ATTTTCTCTTCCCCACTGTTATTGGTTGCCTCCCGATGATCTTGCAGAATGCATCTGTGG
GTAGCCTCGCTGGTATGGCTGTGGCTTCAGTTGCCGGAAAACCTAGAACTCAACTCTGGG
GTTATGTCTTCCCTGTACTTGGGGTACTCTCAAGTGTTCTCATTACAATGAGGGTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1CD09TF U 1
AF RR1CJ55TF U 13
BS 1 716 RR1CD09TF
BS 717 717 RR1CJ55TF

RD RR1CD09TF 716 0 0
GGGAGATCCCTTTCACTCTTTTCACGCTTTTCTCTTCTTCCCTTCTTTTAAGCTCCGGAA
TGAAGAAATGGCTCCTGATCACTGCGGCGGTGGCGATAATCGCCGTAATCGCGAGGCAAG
GCGGCACCGGGTGGAGCAAGGAAGCAGCGTTAGAAGCTTTAAAAGAATGGTCGGATCGGC
TCGGAGTTTGGGCGATTCCGACATACGTAGCGGTCCACACGGTAACATTAGCTCTATGCC
TCCCTCACGCCGTCTTCTTCGAAGCTGGTGCCTCTATCCTCTTCGGTTTCCTCCCTGCTC
TTCTCTGTGTCTTCTCCGCTAAAGTTCTCGCCGCTTCCTTCTCCTTCTGGATCGGCAGGT
TTGTTTTCAAGAGTTCAAGCAAAGCAACAGCGTGGGCGCATAATAACAAATACTTCAATA
TTCTCTCAAGAGGAGTGGAGCGAGATGGTTGGAAGTTTGTTCTGCTTGCGAGGTTCTCGC
CCATCCCTTCTTACGTCATCAACTACGCCTTAGCAGCAACCCAAGTCCGGTTCCTAGCTG
ATTTTCTCTTCCCCACTGTTATTGGTTGCCTCCCGATGATCTTGCAGAATGCATCTGTGG
GTAGCCTCGCTGGTATGGCTGTGGCTTCAGTTGCCGGAAAACCTAGAACTCAACTCTGGG
GTTATGTCTTCCCTGTACTTGGGGTACTCTCAAGTGTTCTCATTACAATGAGGGTC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1CJ55TF 705 0 0
GG
ACTCTTTTCACGCTTTTCTCTTCTTCCCTTCTTTTAAGCTCCGGAATGAAGAAATGGCTC
CTGATCGCTGCGGCGGTGGCGATAATCGCCGTAATCGCGAGGCAAGGCGGCACCGGGTGG
AGCAAGGAAGCAGCGTTAGAAGCTTTAAAAGAATGGTCGGATCGGCTCGGAGTTTGGGCG
ATTCCGACATACGTAGCGGTCCACACGGTAACATTAGCTCTATGCCTCCCTCACGCCGTC
TTCTTCGAAGCTGGTGCCTCTATCCTCTTCGGTTTCCTCCCTGCTCTTCTCTGTGTCTTC
TCCGCTAAAGTTCTCGCCGCTTCCTTCTCCTTCTGGATCGGCAGGTTTGTTTTCAAGAGT
TCAAGCAAAGCAACAGCGTGGGCGCATAATAACAAATACTTCAATATTCTCTCAAGAGGA
GTGGAGCGAGATGGTTGGAAGTTTGTTCTGCTTGCGAGGTTCTCGCCCATCCCTTCTTAC
GTCATCAACTACGCCTTAGCGGCAACCCAAGTCCGGTTCCTAGCTGATTTTCTCTTCCCC
ACTGTTATTGGTTGCCTCCCGATGATCTTGCAGAATGCATCTGTGGGTAGCCTCGCTGGT
ATGGCTGTGGCTTCAGTTGCCGGAAAACCTAGAACTCAACTCTGGGGTTATGTCTTCCCT
GTACTTGGGGTACTCTCAAGTGTTCTCATTACAATGAGGGTCA

QA 3 705 3 705
DS 



AS 2 5

CO CL1336Contig1 880 3 6 U
AGGAGAAAGATCAGACAAGAGATGGCTATGGCTGCTTCGACATCCTTGTTTCACTCTCAA
ATTACCAAAAAGCCCTTCATTCTCCCAGCGGCTGCGGCGACGATCAGCGTTCATGGGTTC
TCACCACGGAGGCCAAAGTCTCTCTCTTTATCCCAACGTTCTTCAGTCTCGGCTTTATCT
GCTTCCTCCGCCGTCGAAGTCAACGAACCAGTGAAGAAATCAACGAGAACGCTTCCGTTT
CGAGTGGGTCACGGGTTCGATCTGCACCGGTTAGAGCCAGGGTACCCTCTGATAATAGGC
GGGATTGATATCCCTCACAATAGAGGCTGCGAAGCTCACTCCGATGGGGATGTGTTGCTT
CATTGTGTAGTGGATGCAATCTTGGGAGCGTTAGGGCTTCCTGATATAGGCCAGATTTTC
CCTGATTCTGATCCTAAGTGGAAAGGAGCTGCATCCTCTGTCTTCATCAAAGAAGCCGTG
AGACTTATGGACGAGGCAGGGTACGAGATAGGAAACCTAGACGCCACATTGATTCTACAG
AGACCCAAGATAAGTCCACACAAGGAGACTATCCGATCCAATCTGTCCAAGCTTCTTGGT
GCAGACCCTTCTGTTGTGAACTTGAAAGCCAAAACACATGAGAAAGTTGATAGCCTCGGA
GAAAACAGAAGCATTGCAGCTCACACTGTTATTCTCCTCATGAAGAAGTGAGTCAGATTT
AATCATATTCCTTGATGTATCAATCTCGTTAAAAAAA*TACTTAATATGTAAATTTAAAC
TCGGTGTA*TCACCCCTTTTGACTTTAGATAAACCATCCATTATCAAATCTATAATACTC
GTCAATGAACGTTAAAGTTAAAAGATTTCGTCTGCCGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX64TF U 1
AF RR1D226TF U 5
AF RR1BX64JQ C 196
BS 1 805 RR1BX64TF
BS 806 806 RR1BX64JQ
BS 807 812 RR1BX64TF
BS 813 813 RR1BX64JQ
BS 814 827 RR1BX64TF
BS 828 880 RR1BX64JQ

RD RR1BX64TF 845 0 0
AGGAGAAAGATCAGACAAGAGATGGCTATGGCTGCTTCGACATCCTTGTTTCACTCTCAA
ATTACCAAAAAGCCCTTCATTCTCCCAGCGGCTGCGGCGACGATCAGCGTTCATGGGTTC
TCACCACGGAGGCCAAAGTCTCTCTCTTTATCCCAACGTTCTTCAGTCTCGGCTTTATCT
GCTTCCTCCGCCGTCGAAGTCAACGAACCAGTGAAGAAATCAACGAGAACGCTTCCGTTT
CGAGTGGGTCACGGGTTCGATCTGCACCGGTTAGAGCCAGGGTACCCTCTGATAATAGGC
GGGATTGATATCCCTCACAATAGAGGCTGCGAAGCTCACTCCGATGGGGATGTGTTGCTT
CATTGTGTAGTGGATGCAATCTTGGGAGCGTTAGGGCTTCCTGATATAGGCCAGATTTTC
CCTGATTCTGATCCTAAGTGGAAAGGAGCTGCATCCTCTGTCTTCATCAAAGAAGCCGTG
AGACTTATGGACGAGGCAGGGTACGAGATAGGAAACCTAGACGCCACATTGATTCTACAG
AGACCCAAGATAAGTCCACACAAGGAGACTATCCGATCCAATCTGTCCAAGCTTCTTGGT
GCAGACCCTTCTGTTGTGAACTTGAAAGCCAAAACACATGAGAAAGTTGATAGCCTCGGA
GAAAACAGAAGCATTGCAGCTCACACTGTTATTCTCCTCATGAAGAAGTGAGTCAGATTT
AATCATATTCCTTGATGTATCAATCTCGTTAAAAAAA*TACTTAATATGTAAATTTAAAC
TCGGTGTA*TCACCCCTTTTGACTT*AGATAA*CCATCCATTATCAA
TCTATATACTCGTCATGA

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1D226TF 808 0 0
GG
AAGATCAGACAAGAGATGGCTATGGCTGCTTCGACATCTTTGTTTCACTCTCAAATTACC
AAAAAGCCCTTCATTCTCCCAGCGGCTGCGGCGACGATCAGCGTTCATGGGTTCTCACCA
CGGAGGCCAAAGTCTCTCTCTTTATCCCAACGTTCTTCAGTCTCGGCTTTATCTGCTTCC
TCCGCCGTCGAAGTCAACGAACCAGTGAAGAAATCAACGAGAACGCTTCCGTTTCGAGTG
GGTCACGGGTTCGATCTGCACCGGTTAGAGCCAGGGTACCCTCTGATAATAGGCGGGATT
GATATCCCTCACAATAGAGGCTGCGAAGCTCACTCCGATGGGGATGTGTTGCTTCATTGT
GTAGTGGATGCAATCTTGGGAGCGTTAGGGCTTCCTGATATAGGCCAGATTTTCCCTGAT
TCTGATCCTAAGTGGAAAGGAGCTGCATCCTCTGTCTTCATCAAAGAAGCCGTGAGACTT
ATGGACGAGGCAGGGTACGAGATAGGAAACCTAGACGCCACATTGATTCTACAGAGACCC
AAGATAAGTCCACACAAGGAGACTATCCGATCCAATCTGTCCAAGCTTCTTGGTGCAGAC
CCTTCTGTTGTGAACTTGAAAGCCAAAACACATGAGAAAGTTGATAGCCTCGGAGAAAAC
AGAAGCATTGCAGCTCATACTGTTATTCTCCTCGTGAAGAAGTGAGTCGGTTTTA*TCAT
ATTCTTT*ATGTATCAGTCTCATTAAAAAA**TACTTTATACGTAAATGTAAACTCGGTG
TA*TCACCC
ATTTGACTTTAGAAAAA

QA 3 791 3 791
DS 

RD RR1BX64JQ 685 0 0
GAA
GTCAACGAACCAGTGAAGAAATCAACGAGAACGCTTCCGTTTCGAGTGGGTCACGGGTTC
GATCTGCACCGGTTAGAGCCAGGGTACCCTCTGATAATAGGCGGGATTGATATCCCTCAC
AATAGAGGCTGCGAAGCTCACTCCGATGGGGATGTGTTGCTTCATTGTGTAGTGGATGCA
ATCTTGGGAGCGTTAGGGCTTCCTGATATAGGCCAGATTTTCCCTGATTCTGATCCTAAG
TGGAAAGGAGCTGCATCCTCTGTCTTCATCAAAGAAGCCGTGAGACTTATGGACGAGGCA
GGGTACGAGATAGGAAACCTAGACGCCACATTGATTCTACAGAGACCCAAGATAAGTCCA
CACAAGGAGACTATCCGATCCAATCTGTCCAAGCTTCTTGGTGCAGACCCTTCTGTTGTG
AACTTGAAAGCCAAAACACATGAGAAAGTTGATAGCCTCGGAGAAAACAGAAGCATTGCA
GCTCACACTGTTATTCTCCTCATGAAGAAGTGAGTCAGATTTAATCATATTCCTTGATGT
ATCAATCTCGTTAAAAAAAATACTTAATATGTAAATTTAAACTCGGTGTAATCACCCCTT
TTGACTTTAGATAAACCATCCATTATCAAATCTATAATACTCGTCAATGAACGTTAAAGT
TAAAAGATTTCGTCTGCCGCTT

QA 4 685 4 685
DS 



CO CL1336Contig2 918 2 10 U
GGGTGGCTGGTTGACTGGAGAGAGAGAGAGATCAGAAAAGCGATGGCTATGGCTACTTGG
ACTCACCTATCTTCTTCTTCTGCCTCTTTGTTTCACTCTCAAATTACCAAAAAGCCCTTC
CTTCTCCCAGCCGCGGCTGCGACGATCAGCGTTCATGGTTTCTCGCCACGTAGGCTAAAG
TCTCTCTCTTTATCCCAACGTTCTTCAGTCTCGGCTTCGGCTGCTTCCTCCGCCGTCCAC
GTCAATGAACCGGTGAAGAAATCAGCGAGAACGCTTCCGTTTCGAGTAGGTCACGGGTTC
GATCTGCACCGGTTAGAGCCAGGGTACCCTCTGATAATAGGCGGGATTGATATCCCTCAC
AATAGAGGCTGCGAAGCTCACTCCGATGGGGATGTGTTGCTTCATTGTGTAGTGGATGCA
ATCTTGGGAGCGTTAGGGCTTCCTGATATAGGCCAGATTTTCCCTGATTCTGATCCTAAG
TGGAAAGGAGCTGCATCCTCTGTCTTCATCAAAGAAGCCGTGAGACTTATGGACGAGGCA
GGGTACGAGATAGGAAACCTAGACGCCACATTGATTCTACAGAGACCCAAGATAAGTCCA
CACAAGGAGACTATCCGATCCAATCTGTCCAAGCTTCTTGGTGCAGACCCTTCTGTTGTG
AACTTGAAAGCCAAAACACATGAGAAAGTTGATAGCCTCGGAGAAAACAGAAGCATTGCA
GCTCATACTGTTATTCTCCTCGTGAAGAAGTGAGTCGGTTTTTATCATATTCTTTATGTA
TCAGTCTCATTAAAAAAATACTTTATACGTAAATGTAAACTCGGTGTAATCACCCATTTG
ACTTTAGATAAACCATCCATTATCAAATCTATAATACTCGTCGATGAAACGTTAAAGCTA
AAAGATTTCTTCTGCCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H960TF U 1
AF RR1D226JQ C 285
BS 1 311 RR1H960TF
BS 312 312 RR1D226JQ
BS 313 360 RR1H960TF
BS 361 361 RR1D226JQ
BS 362 419 RR1H960TF
BS 420 420 RR1D226JQ
BS 421 518 RR1H960TF
BS 519 519 RR1D226JQ
BS 520 564 RR1H960TF
BS 565 918 RR1D226JQ

RD RR1H960TF 564 0 0
GGGTGGCTGGTTGACTGGAGAGAGAGAGAGATCAGAAAAGCGATGGCTATGGCTACTTGG
ACTCACCTATCTTCTTCTTCTGCCTCTTTGTTTCACTCTCAAATTACCAAAAAGCCCTTC
CTTCTCCCAGCCGCGGCTGCGACGATCAGCGTTCATGGTTTCTCGCCACGTAGGCTAAAG
TCTCTCTCTTTATCCCAACGTTCTTCAGTCTCGGCTTCGGCTGCTTCCTCCGCCGTCCAC
GTCAATGAACCGGTGAAGAAATCAGCGAGAACGCTTCCGTTTCGAGTAGGTCACGGGTTC
GATCTGCACCGTTTAGAGCCAGGGTACCCTCTGATAATAGGCGGGATTGATATCCCTCAC
GATAGAGGCTGCGAAGCTCACTCCGATGGGGATGTGTTGCTTCATTGTGTAGTGGATGCT
ATCTTGGGAGCGTTAGGGCTTCCTGATATAGGCCAGATTTTCCCTGATTCTGATCCTAAG
TGGAAAGGAGCTGCATCCTCTGTCTTCATCAAAGAAGCTGTGAGACTTATGGACGAGGCA
GGGTACGAGATAGGAAACCTAGAC

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1D226JQ 634 0 0
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GATTGATATCCCTCACAATAGAGGCTGCGAAGCTCACTCCGATGGGGATGTGTTGCTTCA
TTGTGTAGTGGATGCAATCTTGGGAGCGTTAGGGCTTCCTGATATAGGCCAGATTTTCCC
TGATTCTGATCCTAAGTGGAAAGGAGCTGCATCCTCTGTCTTCATCAAAGAAGCCGTGAG
ACTTATGGACGAGGCAGGGTACGAGATAGGAAACCTAGACGCCACATTGATTCTACAGAG
ACCCAAGATAAGTCCACACAAGGAGACTATCCGATCCAATCTGTCCAAGCTTCTTGGTGC
AGACCCTTCTGTTGTGAACTTGAAAGCCAAAACACATGAGAAAGTTGATAGCCTCGGAGA
AAACAGAAGCATTGCAGCTCATACTGTTATTCTCCTCGTGAAGAAGTGAGTCGGTTTTTA
TCATATTCTTTATGTATCAGTCTCATTAAAAAAATACTTTATACGTAAATGTAAACTCGG
TGTAATCACCCATTTGACTTTAGATAAACCATCCATTATCAAATCTATAATACTCGTCGA
TGAAACGTTAAAGCTAAAAGATTTCTTCTGCCGC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 6

CO CL1337Contig1 750 6 10 U
GGCATTCCGCCCGAACGAAATCTGAGAAAGTGACAGGCGAGGAAGAGAGAGAATGTGGTT
CACCGGCGGAGGAGGAGGAGGACTAAGGAAGCTCTGTAGAGCCTCCGCGGCTGTTTTAGA
GAATGAGATGAGCTCTAACTCTCTGTTGGTGAGATACATGTCGAGAGAACGAGCTGTAAA
CGTCAGAAAGATAAACCCTAAGGTTTCGATCCAAGAAGCTCACATCATCTCCACTTCTCT
CTACGATGTCTTCAAGAAACATGGTCCTCTTTCCGTTCCCAATACTTGGCTCCGCGCTCA
GGAAGCTGGGGTTAGTGGAATAAACAGCAAAACTCATATGAAGCTGTTGCTGAAATGGAT
GAGAGGAAGAAAGATGCTCAAGTTAATCTGCAACCAAGTTGGTTCCTCTAAAAAGTTTTT
TCACACCATTTTACCTGAAGATCCTCAACAAGAAACACCACAAGTTGCTGCTGCTGCTGC
GACTGAGAACAAGAAACAAACCTTCAAGAGAAGAAGCAAATAAATGGATATGGTTTTTCA
CATAAACTTGATAGAGCTAATCTCTGTGGGGGCCACAATGTGCTGTTTGTTTGTTTTTTG
TGTCTGTCTACATGGAGTTTCTGTCTTGTTTGATCTGGTTTTAGTCCCAGGGAAAAACAT
TATAGTTGCTGGTGTAGGAATACTTGAGAAACTCATGGCTTGTTTTGATCCTTTTGCTGA
GCTCCCTTTGAATAAAAGTAACATCGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ62TF U 1
AF RR1BF07TF U 5
AF RR1DM47TF U 41
AF RR1BF07JQ C 5
AF RR1FQ62JQ C 1
AF RR1DM47JQ C 60
BS 1 6 RR1FQ62JQ
BS 7 152 RR1FQ62TF
BS 153 153 RR1DM47TF
BS 154 163 RR1FQ62TF
BS 164 164 RR1DM47TF
BS 165 515 RR1FQ62TF
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BS 679 711 RR1DM47TF
BS 712 750 RR1FQ62JQ

RD RR1FQ62TF 515 0 0
GGCATT
CCGCCCGAACGAAATCTGAGAAAGTGACAGGCGAGGAAGAGAGAGAATGTGGTTCACCGG
CGGAGGAGGAGGAGGACTAAGGAAGCTCTGTAGAGCCTCCGCGGCTGTTTTAGAGAATGA
GATGAGCTCTAACTCTCTGTTGGTGATATACATGTCGTGAGAACGAGCTGTAAACGTCAG
AAAGATAAACCCTAAGGTTTCGATCCAAGAAGCTCACATCATCTCCACTTCTCTCTACGA
TGTCTTCAAGAAACATGGTCCTCTTTCCGTTCCCAATACTTGGCTCCGCGCTCAGGAAGC
TGGGGTTAGTGGAATAAACAGCAAAACTCATATGAAGCTGTTGCTGAAATGGATGAGAGG
AAGAAAGATGCTCAAGTTAATCTGCAACCAAGTTGGTTCCTCTAAAAAGTTTTTTCACAC
CATTTTACCTGAAGATCCTCAACAAGAAACACCACAAGTTGCTGCTGCTGCTGCGACTGA
GAACAAGAAACAAACCTTCAAGAGAAGAA

QA 7 515 7 515
DS 

RD RR1BF07TF 642 0 0
GG
CCGCCCGAACGAAATCTGAGAAAGTGACAGGCGAGGAAGAGAGAGAATGTGGTTCACCGG
CGGAGGAGGAGGAGGACTAAGGAAGCTCTGTAGAGCCTCCGCGGCTGTTTTAGAGAATGA
GATGAGCTCTAACTCTCTGTTGGTGAGATACATGTCGAGAGAACGAGCTGTAAACGTCAG
AAAGATAAACCCTAAGGTTTCGATCCAAGAAGCTCACATCATCTCCACTTCTCTCTACGA
TGTCTTCAAGAAACATGGTCCTCTTTCCGTTCCCAATACTTGGCTCCGCGCTCAGGAAGC
TGGGGTTAGTGGAATAAACAGCAAAACTCATATGAAGCTGTTGCTGAAATGGATGAGAGG
AAGAAAGATGCTCAAGTTAATCTGCAACCAAGTTGGTTCCTCTAAAAAGTTTTTTCACAC
CATTTTACCTGAAGATCCTCAACAAGAAACACCACAAGTTGCTGCTGCTGCTGCGACTGA
GAACAAGAAACAAACCTTCAAGAGAAGAAGCAAATAAATGGATATGGTGTTTCACATAAA
CTTGATAGAGCTAATCTCTGTGGGGGCCACAATGTGCTGTTTGTTTGTTTTTTGTGTCCG
TCTACATGGAGTTTCTGTCTTGTTTGATCTGGTTTTAGTC

QA 3 642 3 642
DS 

RD RR1DM47TF 679 0 0
GGAAGAGAGAGAATGTGGTTCACCGGCGGAGGAGGAGGAGGACTAAGGAAGCTCTGTAGA
GCCTCCGCGGCTGTTTTAGAGAATGAGATGAGCTCTAACTCTCTGTTGGTGAGATACATG
TCGAGAGAACGAGCTGTAAACGTCAGAAAGATAAACCCTAAGGTTTCGATCCAAGAAGCT
CACATCATCTCCACTTCTCTCTACGATGTCTTCAAGAAACATGGTCCTCTTTCCGTTCCC
AATACTTGGCTCCGCGCTCAGGAAGCTGGGGTTAGTGGAATAAACAGCAAAACTCATATG
AAGCTGTTGCTGAAATGGATGAGAGGAAGAAAGATGCTCAAGTTAATCTGCAACCAAGTT
GGTTCCTCTAAAAAGTTTTTTCACACCATTTTACCTGAAGATCCTCAACAAGAAACACCA
CAAGTTGCTGCTGCTGCTGCGACTGAGAACAAGAAACAAACCTTCAAGAGAAGAAGCAAA
TAAATGGATATGGTTTTTCACATAAACTTGATAGAGCTAATCTCTGTGGGGGCCACAATG
TGCTGTTTGTTTGTTTTTTGTGTCTGTCTACATGGAGTTTCTGTCTTGTTTGATCTGGTT
TTAGTCCCAGGGAAAAACATTATAGTTGCTGGTGTAG*AATACTTGAGAAACTCATGGCT
TGTTTTGATCC
TTTTGCTG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1BF07JQ 708 0 0
GG
CCGCCCGAACGAAATCTGAGAAAGTGACAGGCGAGGAAGAGAGAGAATGTGGTTCACCGG
CGGAGGAGGAGGAGGACTAAGGAAGCTCTGTAGAGCCTCCGCGGCTGTTTTAGAGAATGA
GATGAGCTCTAACTCTCTGTTGGTGAGATACATGTCGAGAGAACGAGCTGTAAACGTCAG
AAAGATAAACCCTAAGGTTTCGATCCAAGAAGCTCACATCATCTCCACTTCTCTTTACGA
TGTCTTCAAGAAACATGGTCCTCTTTCCGTTCCCAATACTTGGCTCCGCGCTCAGGAAGC
TGGGGTTAGTGGAATAAACAGCAAAACTCATATGAAGCTGTTGCTGAAATGGATGAGAGG
AAGAAAGATGCTCAAGTTAATCTGCAACCAAGTTGGTTCCTCTAAAAAGTTTTTTCACAC
CATTTTACCTGAAGATCCTCAACAAGAAACACCACAAGTTGCTGCTGCTGCTGCGACTGA
GAACAAGAAACAAACCTTCAAGAGAAGAAGCAAATAAATGGATATGGTTTTTCACATAAA
CTTGATAGAGCTAATCTCTGTGGGGGCCACAATGTGCTGTTTGTTTGTTTTTTGTGTCCG
TCTACATGGAGTTTCTGTCTTGTTTGATCTGGTTTTAGTCCCAGGGAAAAACATTATAGT
TGCTGGTGTAGGAATACTTGAGAAACTCATGGCTTGTTTTGATCC
G

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR1FQ62JQ 750 0 0
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CACCGGCGGAGGAGGAGGAGGACTAAGGAAGCTCTGTAGAGCCTCCGCGGCTGTTTTAGA
GAATGAGATGAGCTCTAACTCTCTGTTGGTGATATACATGTCGTGAGAACGAGCTGTAAA
CGTCAGAAAGATAAACCCTAAGGTTTCGATCCAAGAAGCTCACATCATCTCCACTTCTCT
CTACGATGTCTTCAAGAAACATGGTCCTCTTTCCGTTCCCAATACTTGGCTCCGCGCTCA
GGAAGCTGGGGTTAGTGGAATAAACAGCAAAACTCATATGAAGCTGTTGCTGAAATGGAT
GAGAGGAAGAAAGATGCTCAAGTTAATCTGCAACCAAGTTGGTTCCTCTAAAAAGTTTTT
TCACACCATTTTACCTGAAGATCCTCAACAAGAAACACCACAAGTTGCTGCTGCTGCTGC
GACTGAGAACAAGAAACAAACCTTCAAGAGAAGAAGCAAATAAATGGATATGGTTTTTCA
CATAAACTTGATAGAGCTAATCTCTGTGGGGGCCACAATGTGCTGTTTGTTTGTTTTTTG
TGTCTGTCTACATGGGGTTTCTGTCTTGTTTGATCTGGTTTTAGTCCCAGGGAAAAACAT
TATAGTTGCTGGTGTAGGAATACTTGAGAAACTCATGGCTTGTTTTGATCCTTTTGCTGA
GCTCCCTTTGAATAAAAGTAACATCGATTT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1DM47JQ 690 0 0
TCACCGGCGGAGGAGGAGGAGGACTAAGGAAGCTCTGTAGAGCCTCCGCGGCTGTTTTAG
AGAATGAGATGAGCTCTAACTCTCTGTTGGTGAGATACATGTCGAGAGAACGAGCTGTAA
ACGTCAGAAAGATAAACCCTAAGGTTTCGATCCAAGAAGCTCACATCATCTCCACTTCTC
TCTACGATGTCTTCAAGAAACATGGTCCTCTTTCCGTTCCCAATACTTGGCTCCGCGCTC
AGGAAGCTGGGGTTAGTGGAATAAACAGCAAAACTCATATGAAGCTGTTGCTGAAATGGA
TGAGAGGAAGAAAGATGCTCAAGTTAATCTGCAACCAAGTTGGTTCCTCTAAAAAGTTTT
TTCACACCATTTTACCTGAAGATCCTCAACAAGAAACACCACAAGTTGCTGCTGCTGCTG
CGACTGAGAACAAGAAACAAACCTTCAAGAGAAGAAGCAAATAAATGGATATGGTTTTTC
ACATAAACTTGATAGAGCTAATCTCTGTGGGGGCCACAATGTGCTGTTTGTTTGTTTTTT
GTGTCTGTCTACATGGAGTTTCTGTCTTGTTTGATCTGGTTTTAGTCCCAGGGAAAAACA
TTATAGTTGCTGGTGTAGGAATACTTGAGAAACTCATGGCTTGTTTTGATCCTTTTGCTG
AGCTCCCTTTGAATAAAAGTAACATC
AATT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 6

CO CL1338Contig1 548 6 12 U
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AGTTTGGAGGTGAGAGGAGGAGAAGACAGATCATCATCATCTGTCCATCGAGCTGTCTTC
AAAAAGGTCTCTGCTTTCAATCCCAAAAGAAAGAATGAACGTAGAAGAAGAGATTCAGAA
ACTTGAGGAAGAGATCCATCGTCTTGGTTCTCTCCAGCCCGATGGTTCTTACAAGGTGAC
GTTTGGAGTGTTGTTCAATGACGATCGATGTGCCAACATCTTCGAAGCTTTGGTTGGGAC
TTTGAGAGCTGCCAAGAAGCGCAAAATAGTGGCATTCCCAGGGGAACTCTTGCTCCAAGG
CGTTCACGACAAGGTCGAGATCACTCTCCGTCCATCTCCACCACCACCTCAAGCTACTGT
CTCCGCTGCCGCCGCCACTTCCTAATTTTTTCCATTTCCGTTTTGTTTCGTTTTATCCTC
TTCTTCCTTGCCTTCTTAATGTGTAATGAAATGATGAACTCGAAGATCTCAAATGATTGC
TTTTGCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 0 0 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 0 0 0 0 0 0 0 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 10 10 

AF RR1CZ49TF U 34
AF RR1F252JQ C 1
AF RR1F252TF U 1
AF RR1ER77JQ C 34
AF RR1DI27TF U 44
AF RR1ER77TF U 34
BS 1 149 RR1F252TF
BS 150 153 RR1DI27TF
BS 154 169 RR1F252TF
BS 170 170 RR1CZ49TF
BS 171 342 RR1F252TF
BS 343 343 RR1DI27TF
BS 344 450 RR1F252TF
BS 451 451 RR1DI27TF
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BS 490 490 RR1DI27TF
BS 491 546 RR1F252TF
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RD RR1CZ49TF 502 0 0
GG
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GAACTCGAAGATCTCAAATG

QA 3 502 3 502
DS 

RD RR1F252JQ 547 0 0
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AGTTTGGAGGTGAGAGGAGGAGAAGACAGATCATCATCATCTGTCCATCGAGCTGTCTTC
AAAAAGGTTTCTGCTTTCAATCCCAAAAG****AATGAACGTAGAAGAATAGATTCAGAA
ACTTGAGGAAGAGATCCATCGTCTTGGTTCTCTCCAGCCCGATGGTTCTTACAAGGTGAC
GTTTGGAGTGTTGTTCAATGACGATCGATGTGCCAACATCTTCGAAGCTTTGGTTGGGAC
TTTGAGAGCTGCCAAGAAGCGCAAAATAGTGGCATTCCCAGGTGAACTCTTGCTCCAAGG
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TTTTGC
C

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1F252TF 547 0 0
GGAAAAACAGGATAGGAGGAGAAGAAACAACTATCAATCAGATTCAGACATAAGTATATT
AGTTTGGAGGTGAGAGGAGGAGAAGACAGATCATCATCATCTGTCCATCGAGCTGTCTTC
AAAAAGGTCTCTGCTTTCAATCCCAAAAG****AATGAACGTAGAAGAATAGATTCAGAA
ACTTGAGGAAGAGATCCATCGTCTTGGTTCTCTCCAGCCCGATGGTTCTTACAAGGTGAC
GTTTGGAGTGTTGTTCAATGACGATCGATGTGCCAACATCTTCGAAGCTTTGGTTGGGAC
TTTGAGAGCTGCCAAGAAGCGCAAAATAGTGGCATTCCCAGGTGAACTCTTGCTCCAAGG
CGTTCACGACAAGGTCGAGATCACTCTCCGTCCATCTCCACCACCACCTCAAGCTACTGT
CTCCGCTGCCGCCGCCACTTCCTAATTTTT*CCATTTCCGTTTTGTTTCGTTTTATCCTC
TTCTTCCTTTCCTTCTTAATGTGTAATGAAATGATGAACTCGAAGATCTCAAATGATTGC
TTTTGC
C

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1ER77JQ 515 0 0
GG
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ATCATCTGTCCATCGAGCTGTCTTCAAAAAGGTCTCTGCTTTCAATCCCAAAAGAAAGAA
TGAACGTAGAAGAAGAGATTCAGAAACTTGAGGAAGAGATCCATCGTCTTGGTTCTCTCC
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TCCCAGGGGAACTCTTGCTCCAAGGCGTTCACGACAAGGTCGAGATCACTCTCCGTCCAT
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GAACTCGAAGATCTCAAATGATTGCTTTTGCTC

QA 3 515 3 515
DS 

RD RR1DI27TF 502 0 0
GG
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TTCTTACAAGGTGACGTTTGGGGTGTTGTTCAATGACGATCGATGTGCCAACATCTTCGA
AGCTTTGGTTGGGACTTTGAGAGCTGCCAAGAAGCGCAAAATAGTGGCATTCCCAGGGGA
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QA 3 502 3 502
DS 

RD RR1ER77TF 515 0 0
GG
AATCAGATTCAGACATAAGTATATTAGTTTGGAGGTGAGAGGAGGAGAAGACAGATCATC
ATCATCTGTCCATCGAGCTGTCTTCAAAAAGGTCTCTGCTTTCAATCCCAAAAGAAAGAA
TGAACGTAGAAGAAGAGATTCAGAAACTTGAGGAAGAGATCCATCGTCTTGGTTCTCTCC
AGCCCGATGGTTCTTACAAGGTGACGTTTGGAGTGTTGTTCAATGACGATCGATGTGCCA
ACATCTTCGAAGCTTTGGTTGGGACTTTGAGAGCTGCCAAGAGGCGCAAAATAGTGGCAT
TCCCAGGGGAACTCTTGCTCCAAGGCGTTCACGACAAGGTCGAGATCACTCTCCGTCCAT
CTCCACCCCCACCTCAAGCTACTGTCTCCGCTGCCGCCGCCACTTCCTAATTTTTTCCAT
TTCCGTTTTGTTTCGTTTTATCCTCTTCTTCCTTG******TTATGTGTAATGAAATGAT
GAACTCGAAGATCTCAAATGATTGCTTTTGC
TC

QA 3 513 3 513
DS 



AS 1 6

CO CL1339Contig1 837 6 9 U
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TGAAAAACAATGGAGAGAGAGGGGGAGGAGGAGAAGAAGAAAGAGGGATCGTCGTATAGG
TATTGGGTGAGAGAAGCCACACCAGACGCAGCTCCTCCTCCTCTCCCCCACAAGCTCACC
AACAACAACAACAACAACGACGTCGTCTCTGCTGCTCCCAATGCTCCTATTCCCCTCGGC
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CGATTAAAGGAGCTGCTGGGATCAGTCGGTTCTTTGCAATTTTCTTCTGGTAAAGCTGAG
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GAGCAGGAACTCAAAGATCGATAGTGACTTGTTGTTCACATTGTCTTCTTCTTTTTGTTT
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AGCTTCCTCTTTTGTATTCGTGCTACGTCTGTTTGCCAACACATCTCCTTTGATAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GM11TF U 1
AF RR1GM11JQ C 526
AF RR1EQ89TF U 33
AF RR1EF81TF U 33
AF RR1EF81JQ C 215
AF RR1EQ89JQ C 215
BS 1 193 RR1GM11TF
BS 194 196 RR1EF81TF
BS 197 386 RR1GM11TF
BS 387 387 RR1EF81TF
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RD RR1GM11TF 714 0 0
GCTGAACAATTGGATCTGAGAGAAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAGTAAG
TGAAAAACAATGGAGAGAGAGGGGGAGGAGGAGAAGAAGAAAGAGGGATCGTCGTATAGG
TATTGGGTGAGAGAAGCCACACCAGACGCAGCTCCTCCTCCTCTCCCCCACAAGCTCACC
AACAACAACAACA***ACGACGTCGTCTCTGCTGCTCCCAATGCTCCTATTCCCCTCGGC
TCCCTCTGGAACAAGGCTGGCACTTGGGAGGAGAAAAATCTCACTAAATGGGCCACTGAT
CGATTAAAGGAGCTGCTGGGATCAGTCGGTTCTTTGCAATTTTCTTCTGGTAAAGCTGAG
ATTGTTGATGTTAACAGATGCGTTGGGGATGCTTTCTTGGTGACAGTTCGGAACAAGAAA
AGAGTTGGCTATACTTACGAGCTTTCCCTCAAAGTCCAAGGAGAGTGGTCTTTTGAAGAG
GACACAAAGAAGGTGAAGGGGAGTCTCGACATTGCTGAGTTCTCATTCGGCGAGCTCGAT
GATCTTGAGGTGGATGTGAAGCTTAGCGATGACAAAGAGCTTTCCCAGCAATTGAAGCAG
CTGATTAGGCTGGATATGAAGCAGTTCTTGGAGCCCGTGCGCCTGAAACTCGGCCAGTTC
GAGCAGGAACTCAAAGATCGATAGTGACTTGTTGTTCACATTGTCTTCTTCTTT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1GM11JQ 181 0 0
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CAGCAATTGAAGCAGCTGATTAGGCTGGATATGAAGCAGTTCTTGGAGCCCGTGCCCCTG
AAACTCGGCCAGTTCGAGCAGGAACTCAAAGATCGATAGTGACTTGTTGTTCACATTGT
TT

QA 1 179 1 179
DS 

RD RR1EQ89TF 714 0 0
GG
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AGAAGAAAGAGGGATCGTCGTATAGGTATTGGGTGAGAGAAGCCACACCAGACTCAGCTC
CTCCTCCTCTCCCCCACAAGCTCACCAACAACAACAACAACAACGACGTCGTCTCTGCTG
CTCCCAATGCTCCTATTCCCCTCGGCTCCCTCTGGAACAAGGCTGGCACTTGGGAGGAGA
AAAATCTCACTAAATGGGCCACTGATCGATTAAAGGAGCTGCTGGGATCAGTCGGTTCTT
TGCAATTTTCTTCTGGTAAAGCTGAGATTGTTGATGTTAACAGATGCGTTGGAGATGCTT
TCTTGGTGACAGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGCTTTCCCTCAAAG
TCCAAGGAGAGTGGTCTTTTGAAGAAGACACAAAGAAGGTGAAGGGGAGTCTCGACATTG
CTGAGTTCTCATTCGGCGAGCTCGATGATCTTGAGGTGGATGTGAAGCTTAGCGATGACA
AAGAGCTTTCCCAGCAATTGAAGCAGCTGATTAGGCTGGATATGAAGCAGTTCTTGGAGC
CCGTGCGCCTGAAACTCGGCCAGTTCGAGCAGGAACTCAAAGATCGATAGTGACTTGTTG
TTCACATTGTCTTCTTCTTTTTGTTTCATATGATCCATTCACAGTTAGCATC

QA 3 714 3 714
DS 

RD RR1EF81TF 750 0 0
GG
GAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAGTAAGTGAAAAACAATGGAGAGAGAGGGGGAGGAGGAGA
AGAAGAAAGAGGGATCGTCGTATAGGTATTGGGTGAGAGAAGCCACACCAGACGCAGCTC
CTCCTCCTCTCCCCCACAAGCTCACCAACAACAACAACAACAACGACGTCGTCTCTGCTG
CTCCCAATGCTCCTATTCCCCTCGGCTCCCTCTGGAACAAGGATGGCACTTGGGAGGAGA
AAAATCTCACTAAATGGGCCACTGATCGATTAAAGGAGCTGCTGGGATCAGTCGGTTCTT
TGCAATTTTCTTCTGGTAAAGCTGAGATTGTTGGTGTTAACAGATGCGTTGGAGATGCTT
TCTTGGTGACAGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGCTTTCCCTCAAAG
TCCAAGGAGAGTGGTCTTTTGAAGAGGACACAAAGA*GGTGAAGGGGAGTCTCGACATTG
CTGAGTTCTCATTCGGCGAGCTCGATGATCTTGAGGTGGATGTGAAGCTTAGCGATGACA
AAGAGCTTTCCCAGCAATTGAAGCAGCTGATTAGGCTGGATATGAAGCAGTTCTTGGAGC
CCGTGCGCCTGAAACTCGGCCAGTTCGAGCAG*AACTCAAAGATCGATAGTGACTTGTTG
TTCACATTGTCTTCTTCTTTT*GTTTCATATGATCCATTCACAGTTAGCATCGAAAACTT
GGTTAAACACAGTATCGCATCTTAGCAG

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR1EF81JQ 623 0 0
CTCCCAATGCTCCTATTCCCCTCGGCTCCCTCTGGAACAAGGATGGCACTTGGGAGGAGA
AAAATCTCACTAAATGGGCCACTGATCGATTAAAGGAGCTGCTGGGATCAGTCGGTTCTT
TGCAATTTTCTTCTGGTAAAGCTGAGATTGTTGGTGTTAACAGATGCGTTGGAGATGCTT
TCTTGGTGACAGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGCTTTCCCTCAAAG
TCCAAGGAGAGTGGTCTTTTGAAGAGGACACAAAGA*GGTGAAGGGGAGTCTCGACATTG
CTGAGTTTTCATTCGGCGAGCTCGATGATCTTGAGGTGGATGTGAAGCTTAGCGATGACA
AAGAGCTTTCCCAGCAATTGAAGCAGCTGATTAGGCTGGATATGAAGCAGTTCTTGGAGC
CCGTGCGCCTGAAACTCGGCCAGTTCGAGCAGGAACTCAAAGATCGATAGTGACTTGTTG
TTCACATTGTCTTCTTCTTTTTGTTTCATATGATCCATTCACAGTTAGCATCGAAAACTT
GGTTAAACACAGTATCGCATCTTAGCAGCTTCCTCTTTTGTATTCGTGCTACGTCTGTTT
GCCAACACATCTCCTTTGATAGT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1EQ89JQ 623 0 0
CTCCCAATGCTCCTATTCCCCTCGGCTCCCTCTGGAACAAGGCTGGCACTTGGGAGGAGA
AAAATCTCACTAAATGGGCCACTGATCGATTAAAGGAGCTGCTGGGATCAGTCGGTTCTT
TGCAATTTTCTTCTGGTAAAGCTGAGATTGTTGATGTTAACAGATGCGTTGGAGATGCTT
TCTTGGTGACAGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGCTTTCCCTCAAAG
TCCAAGGAGAGTGGTCTTTTGAAGAAGACACAAAGAAGGTGAAGGGGAGTCTCGACATTG
CTGAGTTCTCATTCGGCGAGCTCGATGATCTTGAGGTGGATGTGAAGCTTAGCGATGACA
AAGAGCTTTCCCAGCAATTGAAGCAGCTGATTAGGCTGGATATGAAGCAGTTCTTGGAGC
CCGTGCGCCTGAAACTCGGCCAGTTCGAGCAGGAACTCAAAGATCGATAGTGACTTGTTG
TTCACATTGTCTTCTTCTTTTTGTTTCATATGATCCATTCACAGTTAGCATCGAAAACTT
GGTTAAACACAGTGTCGCATCTTAGCAGCTTCCTCTTTTGTATTCGTGCTACGTCTGTTT
GCCAACACATCTCCTTTGATAGT

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 6

CO CL1340Contig1 714 6 14 U
GGAGAGAGAGAAGGGGGGAAGGAGCTTATCCAGAAACCAAACTTTCACATGAAGAAGCTC
TGAAGGCGAAAGAAATCCTTCAAA**ATTCGAAGAAGATGGGTCTTCTCTGTTTCAATTC
TCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCATCTCCTCCAAGGCTTCAACTTTCCTCTTACGTTTCACC
AGTTTTCAGCCTTAAACCCAACAAGAACAGAGTCTTTCTCAGTGCTTACAGTTTGAGCAA
TAGCCATGGAAGATCACCAATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGCTGAGCC
CGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGACTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTCTCAGTGGATAA
ACTACCATTGGAATCAAAAGAAGGTAAAGAGAAGCTTCTGCTTGAACAGAGGATGAAGAT
GAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTACGGAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAG
GAAGAAGGGTCGTTGGCCACCTTCCAAGATGAAGAAGCTCAAGAATGTTTGATGATCATC
ACTCTTTGCTCTCTTCTATTATTCAACTCTTTTTTTT*TGTAATGTTGTTTTGTATAAGC
TGTGGATTAAAATCTCAAGCTGAGTTCTTTAAAAGGATCTAAGACAAAGAGTGATCAGTG
TAGTAGATAGGACAAAAAGTTCGGAACTTGCATTGAACCATTTGGTTATCAAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1EV33JQ C 1
AF RR1EV33TF U 1
AF RR1EO79JQ C 30
AF RR1EO79TF U 30
AF RR1AA72JQ C 26
AF RR1AA72TF U 26
BS 1 58 RR1EV33TF
BS 59 59 RR1EO79TF
BS 60 90 RR1EV33TF
BS 91 91 RR1EO79TF
BS 92 158 RR1EV33TF
BS 159 159 RR1EO79TF
BS 160 452 RR1EV33TF
BS 453 453 RR1EO79TF
BS 454 511 RR1EV33TF
BS 512 512 RR1EO79TF
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BS 578 627 RR1EV33TF
BS 628 714 RR1AA72TF

RD RR1EV33JQ 628 0 0
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TGAAGGCGAAAGAAATCCTTCAAA**ATTCTAAGAAGATGGGTCTTCTCTGTTTCAATTC
TCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCATCTCCTCCAAGGCTTCGACTTTCCTCTTACGTTTCACC
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TAGCCATGGAAGATCACCAATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGCTGAGCC
CGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGACTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTCTCAGTGGATAA
ACTACCATTGGAATCAAAAGAAGGTAAAGAGAAGCTTCTGCTTGAACAGAGGATGAAGAT
GAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTACGGAGGAGACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAG
GAAGAAGGGTCGTTGGCCACCTTCCAAGATGGAGAAGCTCAAGAATGTTTGATGATCATC
ACTCTTTGCTCTCTTCTATTATTCAACTCTTTTTTT**TGTAATGTTGTTTTGTATAAGC
TGTGGATTAAAATCTCAAGCTGAGTTC
C

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1EV33TF 628 0 0
GGAGAGAGAGAAGGGGGGAAGGAGCTTATCCAGAAACCAAACTTTCACATGAAGAAGCCC
TGAAGGCGAAAGAAATCCTTCAAA**ATTCTAAGAAGATGGGTCTTCTCTGTTTCAATTC
TCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCATCTCCTCCAAGGCTTCGACTTTCCTCTTACGTTTCACC
AGTTTTCAGCCTTAAACCCAACAAGAACAGAGTCTTTCTCAGTGCTTACAGTTTGAGCAA
TAGCCATGGAAGATCACCAATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGCTGAGCC
CGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGACTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTCTCAGTGGATAA
ACTACCATTGGAATCAAAAGAAGGTAAAGAGAAGCTTCTGCTTGAACAGAGGATGAAGAT
GAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTACGGAGGAGACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAG
GAAGAAGGGTCGTTGGCCACCTTCCAAGATGGAGAAGCTCAAGAATGTTTGATGATCATC
ACTCTTTGCTCTCTTCTATTATTCAACTCTTTTTTT**TGTAATGTTGTTTTGTATAAGC
TGTGGATTAAAATCTCAAGCTGAGTTC
C

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1EO79JQ 598 0 0
GG
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AAGAAGATGGGTCTTCTCTGTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCATCTCCTCCA
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GTCTTTCTCAGTGCTTACAGTTTGAGCAATAGCCATGGAAGATCACCAATTGTGAAGGCA
GCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGCTGAGCCCGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGACTGTT
GCTGCTGCTGCTGCTGTCTCAGTGGATAAACTACCATTGGAATCAAAAGAAGGTAAAGAG
AAGCTTCTGCTTGAACAGAGGATGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTACGGAGG
AAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGAAGGGTCGTTGGCCCCCTTCCAAGATG
AAGAAGCTCAAGAATGTTTGATGATCATCACTCTTTGCTCTCTTCTATTATTCAACTCTT
TTTTTT*TGTAATGTTGTTTTGTATAAGCTGTGGATTAAAATCTCAAGCTAAGTTC

QA 3 598 3 598
DS 

RD RR1EO79TF 598 0 0
GG
AGAAACCAAACTTTCACATGAAGAAGCTCTGAAGGCGAAAGAAATCCTTCAAAAAATTCG
AAGAAGATGGGTCTTCTCTGTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCATCTCCTCCA
AGGCTTCAACTTTCCTCTTACGTTTCACCAGTTTTCAGCCTTAAACCCAACAAGAACAGA
GTCTTTCTCAGTGCTTACAGTTTGAGCAATAGCCATGGAAGATCACCAATTGTGAAGGCA
GCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGCTGAGCCCGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGACTGTT
GCTGCTGCTGCTGCTGTCTCAGTGGATAAACTACCATTGGAATCAAAAGAAGGTAAAGAG
AAGCTTCTGCTTGAACAGAGGATGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTACGGAGG
AAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGAAGGGTCGTTGGCCACCTTCCAAGATG
AAGAAGCTCAAGAATGTTTGATGATCATCACTCTTTGCTCTCTTCTATTATTCAACTCTT
TTTTTT*TGTAATGTTGTTTTGTATAAGCTGTGGATTAAAATCTCAAGCTAAGTTC

QA 3 598 3 598
DS 

RD RR1AA72JQ 688 0 0
GG
ATCCAGAAACCAAACTTTCACATGAAGAAGCTCTGAAGGCGAAAGAAATCCTTCAAA**A
TTCGAAGAAGATGGGTCTTCTCTGTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCATCTCC
TCCAAGGCTTCAACTTTCCTCTTACGTTTCACCAGTTTTCAGCCTTAAACCCAACAAGAA
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GGCAGCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGCTGAGCCCGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGAC
TGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTCTCAGTGGATAAACTACCATTGGAATCAAAAGAAGGTAA
AGAGAAGCTTCTGCTTGAACAGAGGATGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTACG
GAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGAAGGGTCGTTGGCCACCTTCCAA
GATGAAGAAGCTCAAGAATGTTTGATGATCATCACTCTTTGCTCTCTTCTATTATTCAAC
TCTTTTTTTTTTGTAATGTTGTTTTGTATAAGCTGTGGATTAAAATCTCAAGCTGAGTTC
TTTAAAAGGATCTAAGACAAAGAGTGATCAGTGTAGTAGATAGGACAAAAAGTTCGGAAC
TTGCATTGAACCATTTGGTTATCAAG

QA 3 688 3 688
DS 

RD RR1AA72TF 689 0 0
GG
ATCCAGAAACCAAACTTTCACATGAAGAAGCTCTGAAGGCGAAAGAAATCCTTCAAA**A
TTCGAAGAAGATGGGTCTTCTCTGTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCATCTCC
TCCAAGGCTTCAACTTTCCTCTTACGTTTCACCAGTTTTCAGCCTTAAACCCAACAAGAA
CAGAGTCTTTCTCAGTGCTTACAGTTTGAGCAATAGCCATGGAAGATCACCAATTGTGAA
GGCAGCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGCTGAGCCCGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGAC
TGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTCTCAGTGGATAAACTACCATTGGAATCAAAAGAAGGTAA
AGAGAAGCTTCTGCTTGAACAGAGGATGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTACG
GAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGAAGGGTCGTTGGCCACCTTCCAA
GATGAAGAAGCTCAAGAATGTTTGATGATCATCACTCTTTGCTCTCTTCTATTATTCAAC
TCTTTTTTTTTTGTAATGTTGTTTTGTATAAGCTGTGGATTAAAATCTCAAGCTGAGTTC
TTTAAAAGGATCTAAGACAAAGAGTGATCAGTGTAGTAGATAGGACAAAAAGTTCGGAAC
TTGCATTGAACCATTTGGTTATCAAGG

QA 3 689 3 689
DS 



AS 1 6

CO CL1341Contig1 926 6 21 U
GGACAGCACTTAATCGACACGCCTAACCGTAACCTCCTTTTTTCATAGAAAAGCGTTTTC
CTGGGAAAAACTTCACGAATCAATCGGGGAACTCACCAAGAGCTCGAGAAAACCATGAGC
AACGAGTACGATTATCTGTTCAAGCTTCTGTTGATCGGTGACTCATCTGTTGGAAAATCA
TGCCTGCTTCTTCGATTCGCTGATGATGCGTACATTGACAGTTACATAAGCACCATTGGT
GTTGACTTCAAAATTAGGACGATTGAGCAGGATGGGAAGACGATTAAGCTCCAAATCTGG
GATACTGCTGGGCAGGAGCGTTTCAGGACCATCACTAGCAGCTACTACAGAGGAGCTCAC
GGAATCATCATTGTGTATGATTGTACTGAGATGGAAAGCTTCAATAACGTGAAGCAGTGG
TTGAGTGAGATCGACAGATATGCTAATGACAGTGTATGCAAGCTTCTTATTGGTAACAAG
AATGATATGGTTGAAAGTAAAGTTGTTTCCACCGAAACTGGAAAGGCCTTAGCAGACGAG
CTCGGAATACCCTTTCTGGAGACCAGTGCTAAGGATTCTATCAACGTCGAACAGGCATTC
TTAACTATTGCTGGCGAGATCAAAAAGAAAATGGGAAGCCAGACGAATGCAAACAAGACA
TCTGGAAGTGGAACTGTCCAAATGAAAGGTCAGCCAATCCAACAAAACAATGGTGGCGGT
TGCTGCGGTCAGTAGTTAAGCAAACTGTTACCAAAACTATCTGTTCTTCTCTTACTATGT
GGGTTGTGAAAACTAATGGCTGTCTAAAACAATAACACTGGAAACTTTAGTATTTCATGT
CACTCTGTGTTACAAATGATCTATGGTGTGTTAGTTGCAATGTCCTCGTGTACATCTTCA
GTTTTTATTATAGCATTCGAGTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 20 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS42TF U 159
AF RR1HA83TF U 1
AF RR1FL79TF U 43
AF RR1FL79JQ C 91
AF RR1CS42JQ C 225
AF RR1BL60TF U 325
BS 1 362 RR1HA83TF
BS 363 363 RR1FL79TF
BS 364 456 RR1HA83TF
BS 457 457 RR1FL79TF
BS 458 482 RR1HA83TF
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BS 627 791 RR1FL79TF
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BS 793 808 RR1FL79TF
BS 809 811 RR1BL60TF
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BS 835 835 RR1BL60TF
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BS 852 855 RR1FL79TF
BS 856 856 RR1BL60TF
BS 857 871 RR1FL79TF
BS 872 926 RR1BL60TF

RD RR1CS42TF 265 0 0
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CAGTTACATAAGCACCATTGGTGTTGACTTCAAAATTAGGACGATTGAGCAGGATGGGAA
GACGATTAAGCTCCAAATCTGGGATACTGCTGGGCAGGAGCGTTTCAGGACCATCACTAG
CAGCTACTACAGAGGAGCTCACGGAATCATCATTGTGTATGATTGTACTGAGATGGAAAG
CTTCAATAACGTGAAGCAGTGGTTG

QA 1 265 1 265
DS 

RD RR1HA83TF 626 0 0
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CTGGGAAAAACTTCACGAATCAATCGGGGAACTCACCAAGAGCTCGAGAAAACCATGAGC
AACGAGTACGATTATCTGTTCAAGCTTCTGTTGATCGGTGACTCATCTGTTGGAAAATCA
TGCCTGCTTCTTCGATTCGCTGATGATGCGTACATTGACAGTTACATAAGCACCATTGGT
GTTGACTTCAAAATTAGGACGATTGAGCAGGATGGGAAGACGATTAAGCTCCAAATCTGG
GATACTGCTGGGCAGGAGCGTTTCAGGACCATCACTAGCAGCTACTACAGAGGAGCTCAC
GGGATCATCATTGTGTATGATTGTACTGAGATGGAAAGCTTCAATAACGTGAAGCAGTGG
TTGAGTGAGATCGACAGATATGCTAATGACAGTGTACGCAAGCTTCTTATTGGTAACAAG
AA***TATGGTTGAAAGTAAAGTTGTTTCCACCGAAACTGGAAAGGCCTTAGCAGACGAG
CTCGGAATACCCTTTCTGGAGACCAGTGCTAAGGATTCTATCAACGTCGAACAGGCATTC
TTAACTATTGCTGGCGAGATCAAAAA

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1FL79TF 834 0 0
GG
ATAGAAAAGCGTTTTCCTGGGAAAAACTTCACGAATCAATCGGGGAACTCACCAAGAGCT
CGAGAAAACCATGAGCAACGAGTACGATTATCTGTTCAAGCTTCTGTTGATCGGTGACTC
ATCTGTTGGAAAATCATGCCTGCTTCTTCGATTCGCTGATGATGCGTACATTGACAGTTA
CATAAGCACCATTGGTGTTGACTTCAAAATTAGGACGATTGAGCAGGATGGGAAGACGAT
TAAGCTCCAAATCTGGGATACTGCTGGGCAGGAGCGTTTCAGGACCATCACTAGCAGCTA
CTACAGAGGAGCTCACGGAATCATCATTGTGTATGATTGTACTGAGATGGAAAGCTTCAA
TAACGTGAAGCAGTGGTTGAGTGAGATCGACAGATATGCTAATGACAGTGTATGCAAGCT
TCTTATTGGTAACAAGAATGATATTGTTGAAAGTAAAGTTGTTTCCACCGAAACTGGAAA
GGCCTTAGCAGACGAGCTCGGAATACCCTTTCTGGAGACCAGTGCTAAGGATTCTATCAA
CGTCGAACAGGCATTCTTAACTATTGCTGGCGAGATCAAAAAGAAAATGGGAAGCCAGAC
GAATGCAAACAAGACATCTGGAAGTGGAACTGTCCAAATGAAAGGTCAGCCAATCCAACA
AAACAATGGTGGCGGTTGCTGCGGTCAGTAGTTAAGCAAACTGTTACCAAAACTATCTGT
TCTTCTCTTACTATGTGGGTTGTGAAA*CTAATGGCTGTCTAAAC**ATA*CACTGGAAA
CTTTAGTATT*CATGTCACTCTGTGT*ACAA*TGATCTATGGTGTGT
AGTGC

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DS 

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ACTCACCAAGAGCTCGAGAAAACCATGAGCAACGAGTACGATTATCTGTTCAAGCTTCTG
TTGATCGGTGACTCATCTGTTGGAAAATCATGCCTGCTTCTTCGATTCGCTGATGATGCG
TACATTGACAGTTACATAAGCACCATTGGTGTTGACTTCAAAATTAGGACGATTGAGCAG
GATGGGAAGACGATTAAGCTCCAAATCTGGGATACTGCTGGGCAGGAGCGTTTCAGGACC
ATCACTAGCAGCTACTACAGAGGAGCTCACGGAATCATCATTGTGTATGATTGTACTGAG
ATGGAAAGCTTCAATAACGTGAAGCAGTGGTTGAGTGAGATCGACAGATATGCTAATGAC
AGTGTATGCAAGCTTCTTATTGGTAACAAGAATGATATTGTTGAAAGTAAAGTTGTTTCC
ACCGAAACTGGAAAGGCCTTAGCAGACGAGCTCGGAATACCCTTTCTGGAGACCAGTGCT
AAGGATTCTATCAACGTCGAACAGGCATTCTTAACTATTGCTGGCGAGATCAAAAAGAAA
ATGGGAAGCCAGACGAATGCAAACAAGACATCTGGAAGTGGAACTGTCCAAATGAAAGGT
CAGCCAATCCAACAAAACAATGGTGGCGGTTGCTGCGGTCAGTAGTTAAGCAAACTGTTA
CCAAAACTATCTGTTCTTCTCTTACTATGTGGGTTGTGAAAACTAATGGCTGTCTAAAAC
AATAACACTGGAAACTTTAGTATTTCATGTCACTCTGTGTTACAAATGATCTATGGTGTG
T
TAGTTGC

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1CS42JQ 658 0 0
CATAAGCACCATTGGTGTTGACTTCAAAATTAGGACGATTGAGCAGGATGGGAAGACGAT
TAAGCTCCAAATCTGGGATACTGCTGGGCAGGAGCGTTTCAGGACCATCACTAGCAGTTA
CTACAGAGGAGCTCACGGAATCATCATTGTGTATGATTGTACTGAGATGGAAAGCTTCAA
TAACGTGAAGCAGTGGTTGAGTGAGATCGACAGATATGCTAATGACAGTGTATGCAAGCT
TCTTATTGGTAACAAGAATGATATGGTTGAAAGTAAAGTTGTTTCCACCGAAACTGGAAA
GGCCTTAGCAGACGAGCTCGGAATACCCTTTCTGGAGACCAGTGCTAAGGATTCTATCAA
CGTCGAACAGGCATTCTTAACTATTGCTGGCGAGATCAAAAAGAAAATGGGAAGCCAGAC
GAATGCAAACAAGACATCTGGAAGTGGAACTGTCCAAATGAAAGGTCAGCCAATCCAACA
AAACAATGGTGGCGGTTGCTGCGGTCAGTAGTTAAGCAAACTGTTACCAAAACTATCTGT
TCTTCTCTTACTATGTGTGTTGTGAAAACTAATGGCTGTCTAAAACAATAACACTGGAAA
CTTTAGTATTTCATGTCACTCTGTGTTACAAATGATCTATGGTGTGT
TAGTTGCAATG

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DS 

RD RR1BL60TF 602 0 0
G
GGACCATCACTAGCAGCTACTACAGAGGAGCTCACGGAATCATCATTGTGTATGATTGTA
CTGAGATGGAAAGCTTCAATAACGTGAAGCAGTGGTTGAGTGAGATCGACAGATATGCTA
ATGACAGTGTATGCAAGCTTCTTATTGGTAACAAGAATGATATGGTTGAAAGTAAAGTTG
TTTCCACCGAAACTGGAAAGGCCTTAGCAGACGAGCTCGGAATACCCTTTCTGGAGACCA
GTGCTAAGGATTCTATCAACGTCGAACAGGCATTCTTAACTATTGCTGGCGAGATCAAAA
AGAAAATGGGAAGCCAGACGAATGCAAACAAGACATCTGGAAGTGGAACTGTCCAAATGA
AAGGTCAGCCAATCCAACAAAACAATGGTGGCGGTTGCTGCGGTCAGTAGTTAAGCAAAC
TGTTACCAAAACTATCTGTTCTTCTCTTACTATGTGTGTTGTGAAAACTAATGGCTGTCT
AAAACAATAACACTGGAAACTTTAGTATTTCATGTCACTCTGTGTTACAAATGATCTATG
GTGTGTTAGTTGCAATGTCCTCGTGTACATCTTCAGTTTTTATTATAGCATTCGAGTTTC
G

QA 2 602 2 602
DS 



AS 1 4

CO CL1342Contig1 1549 4 16 U
GGAAGTTAAAAAAAAACCCTAACTCCCCCGACGACGAATCGACGGAGCGAGACGACGAAT
CAAGCGGACCGATGATGGAGATGTGCATTAACGGAGGAGGCGAAGATACCTCCAATCGCA
GACCAATTATAAGCGGCGAACCACTCGACGTGGAAGCTTACGCGTCGCTGTACAAGGGAC
GAACGAAGATCATGAGGTTACTCTTCATCGCCGGCCATTGCGGTGGGAACCAGACGATGC
AGCTCGAAGCGTTGAGGATGGCTTACGACGAGATCAAGAAGGGGGAGAACACTCAGTCGT
TCAGAGATGTGGTCAATAGGATCAACGGGAGGCTCGGGGATAAGTATGGGATGGATTCGG
CTTGGTGTGAGAGTGTGGATCGTCGCGCTGAGCAGAAGAAAGGAAGGCTTGAGAACGAGC
TCAGTTCGTATCGGACTAATCTGATCAAGGAAAGCATCAGAATGGGTCATAATGACTTTG
GTGACTTCTACTATGCTTGTGGTTTGCTCAATGATGCTTTCAAGAACTATGTTCGAACAC
GAGACTACTGCACCACCGCAAAGCACATTATTCACATGTGTATGAACGCCATTCTCGTCA
GCATCGAGATGGGACAGTTCAGTCATGTTTCAAGCTACGTGAACAAGGCAGAGCAGAATC
CAGAAGCCCTTGAACCTATTGTAGCTGCTAAACTGCGATGTGCTTCTGGATTGGCTCACT
TGGAGCTGAAAAAGTATAAGCTCGCTGCTCGCAAGTTTCTGGATGTTAGTCCAGAACTTG
GGAATTCATATAACGAGGTCATTGCTCCACAAGACGTTGCAACCTATGGAGGACTTTGTG
CACTGGCTAGCTTTGATCGATCAGAATTAAAGGCAAAAGTGATTGACAACATCAACTTCA
GGGATTTCTTGGAGCTAGTACCCGAAGTGAGGTAACTTATCAACGATTTTTATTCAAGCC
GCTATGCTTCCTGTCTGGAGTATCTAGGAAGTCTCAGAGCGAATCTGTTGCTGGACATCC
ATCTACATGATCACGTTGACATTCTCTATGATCAGATAAGGAAGAAGGCTCTTATTCAGT
ACACGCTGCCATTTGTGTCTGTTGATTTGAGCAGGATGGCCGATGCGTTCAAGACGAGTG
TCTCTGGTCTAGAGAAGGAACTGGAAGCCTTGATAACAGACAACCAAATACAGGCACGGA
TTGATTCACACAACAAAATCCTCTATGCAAGGCACGCGGATCAGAGGAATGCAACTTTCC
AAAAGGTGCTTCAGATGGGTAACGAGTTCGATAGGGATGTCAGGTCAATGATGTTGAGAG
CCAACCTTCTTAAACATGAGTACCATGCCAGAGCTGGAAGAAACCATTGAGATGGACTTC
TTCCGCTTGGCTAACCCGAGAGGCACTGGTCTATTCCAAGGTCATATACGTTTATGAAAG
ATTCCTTTGGTTTTAGTTGTTTGTTAGATATGTCTAGACAATCATCTCTGCTCTATTGTT
ACTGCTTTTGTTTTCTCGACTTTTAATTCTTAAGCTTCTTTGAAGTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB81TF U 1
AF RR1C394TF U 499
AF RR1F648TF U 712
AF RR1F648JQ C 883
BS 1 623 RR1HB81TF
BS 624 751 RR1C394TF
BS 752 752 RR1F648TF
BS 753 808 RR1C394TF
BS 809 809 RR1F648TF
BS 810 932 RR1C394TF
BS 933 933 RR1F648TF
BS 934 1038 RR1C394TF
BS 1039 1039 RR1F648TF
BS 1040 1156 RR1C394TF
BS 1157 1157 RR1F648TF
BS 1158 1190 RR1C394TF
BS 1191 1324 RR1F648TF
BS 1325 1325 RR1F648JQ
BS 1326 1345 RR1F648TF
BS 1346 1549 RR1F648JQ

RD RR1HB81TF 623 0 0
GGAAGTTAAAAAAAAACCCTAACTCCCCCGACGACGAATCGACGGAGCGAGACGACGAAT
CAAGCGGACCGATGATGGAGATGTGCATTAACGGAGGAGGCGAAGATACCTCCAATCGCA
GACCAATTATAAGCGGCGAACCACTCGACGTGGAAGCTTACGCGTCGCTGTACAAGGGAC
GAACGAAGATCATGAGGTTACTCTTCATCGCCGGCCATTGCGGTGGGAACCAGACGATGC
AGCTCGAAGCGTTGAGGATGGCTTACGACGAGATCAAGAAGGGGGAGAACACTCAGTCGT
TCAGAGATGTGGTCAATAGGATCAACGGGAGGCTCGGGGATAAGTATGGGATGGATTCGG
CTTGGTGTGAGAGTGTGGATCGTCGCGCTGAGCAGAAGAAAGGAAGGCTTGAGAACGAGC
TCAGTTCGTATCGGACTAATCTGATCAAGGAAAGCATCAGAATGGGTCATAATGACTTTG
GTGACTTCTACTATGCTTGTGGTTTGCTCAATGATGCTTTCAAGAACTATGTTCGAACAC
GAGACTACTGCACCACCGCAAAGCACATTATTCACATGTGTATGAACGCCATTCTCGTCA
GCATCGAGATGGGACAGTTCAGT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1C394TF 692 0 0
GG
GGTTTGCTCAATGATGCTTTCAAGAACTATGTTCGAACACGAGACTACTGCACCACCGCA
AAGCACATTATTCACATGTGTATGAACGCCATTCTCGTCAGCATCGAGATGGGACAGTTC
AGTCATGTTTCAAGCTACGTGAACAAGGCAGAGCAGAATCCAGAAGCCCTTGAACCTATT
GTAGCTGCTAAACTGCGATGTGCTTCTGGATTGGCTCACTTGGAGCTGAAAAAGTATAAG
CTCGCTGCTCGTAAGTTTCTGGATGTTAGTCCAGAACTTGGGAATTCATATAACGAGGTC
ATTGCTCCGCAAGACGTTGCAACCTATGGAGGACTTTGTGCACTGGCTAGCTTTGATCGA
TCAGAATTAAAGGCAAAAGTGATTGACAACATCAACTTCAGGGATTTCTTGGAGCTAGTA
CCCGAAGTGAGGGAACTTATCAACGATTTTTATTCAAGCCGCTATGCTTCCTGTCTGGAG
TATCTAGGAAGTCTCAGAGCGAATCTGTTGCTGGACATCCATCTACATGATCACGTTGGC
ATTCTCTATGATCAGATAAGGAAGAAGGCTCTTATTCAGTACACGCTGCCATTTGTGTCT
GTTGATTTGAGCAGGATGGCCGATGCGTTCAAGACGAGTGTCTCTGGTCTAGAGAATGAA
CTGGAAGCCTTGATAACAGACAACCAAATA

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR1F648TF 634 0 0
G
GGCTCACTTGGAGCTGAAAAAGTATAAGCTCGCTGCTCGCAAGTTTCTGGATGTTAGTCC
AGAACTTGGGAATTCATATAACGAGGTCATTGCTCCACAAGACGTTGCAACCTATGGAGG
ACTTTGTGCACTGGCTAGCTTTGATCGATCAGAATTAAAGGCAAAAGTGATTGACAACAT
CAACTTCAGGGATTTCTTGGAGCTAGTACCCGAAGTGAGGTAACTTATCAACGATTTTTA
TTCAAGCCGCTATGCTTCCTGTCTGGAGTATCTAGGAAGTCTCAGAGCGAATCTGTTGCT
GGACATCCATCTACATGATCACGTTGACATTCTCTATGATCAGATAAGGAAGAAGGCTCT
TATTCAGTACACGCTGCCATTTGTGTCTGTTGATTTGAGCAGGATGGCCGATGCGTTCAA
GACGAGTGTCTCTGGTCTAGAGAAGGAACTGGAAGCCTTGATAACAGACAACCAAATACA
GGCACGGATTGATTCACACAACAAAATCCTCTATGCAAGGCACGCGGATCAGAGGAATGC
AACTTTCCAAAAGGTGCTTCAGATGGGTAACGAGTTCGATAGGGATGTCAGGTCAATGAT
GTTGAGAGCCAATCTTCTTAAACATGAGTACCA

QA 2 634 2 634
DS 

RD RR1F648JQ 667 0 0
TTGACAACATCAACTTCAGGGATTTCTTGGAGCTAGTACCCGAAGTGAGGTAACTTATCA
ACGATTTTTATTCAAGCCGCTATGCTTCCTGTCTGGAGTATCTAGGAAGTCTCAGAGCGA
ATCTGTTGCTGGACATCCATCTACATGATCACGTTGACATTCTCTATGATCAGATAAGGA
AGAAGGCTCTTATTCAGTACACGCTGCCATTTGTGTCTGTTGATTTGAGCAGGATGGCCG
ATGCGTTCAAGACGAGTGTCTCTGGTCTAGAGAAGGAACTGGAAGCCTTGATAACAGACA
ACCAAATACAGGCACGGATTGATTCACACAACAAAATCCTCTATGCAAGGCACGCGGATC
AGAGGAATGCAACTTTCCAAAAGGTGCTTCAGATGGGTAACGAGTTCGATAGGGATGTCA
GGTCAATGATGTTGAGAGCCAACCTTCTTAAACATGAGTACCATGCCAGAGCTGGAAGAA
ACCATTGAGATGGACTTCTTCCGCTTGGCTAACCCGAGAGGCACTGGTCTATTCCAAGGT
CATATACGTTTATGAAAGATTCCTTTGGTTTTAGTTGTTTGTTAGATATGTCTAGACAAT
CATCTCTGCTCTATTGTTACTGCTTTTGTTTTCTCGACTTTTAATTCTTAAGCTTCTTTG
AAGTACC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 2 6

CO CL1343Contig1 837 3 4 U
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GCAATCCAATAACTTCATCTGTTAGAGATCTCTCTGCCAGTAGGGAAAGGAGTGAGGGAA
ATGCACAAAAGAAGACACCCGGACGTTTGCAAGGAAAGCCAGAGATGGGTCAACCAAATC
AATCTACCAAATTCAAGGCATTGACAAACCCTGAGCCACATAATAAGGTTGGTCCTCCAC
AGGCATGCTCAAACACTCTTCTTCTTTCTGATGGTGCTGGTGCAAAAGATGGAAACAACA
AAGAGGTGGCAAGTGGAAAACGTATCGTCGGGTTTGATGAACATGGAAGCTATTCCGAGA
AGGAAAGTGGAAACTGTAAAGAGGAAGAAGGTGTACTACCGATAACTGAAGTGCCAGAAG
GAAAAGATGATGATGATGTTGACTTGATTGAGATTTTAGAACGTGAGCTGGAGATGACAA
CTAATACAGAAGCAGAGGAGCAGGTATTTGAGAGTGAAGAGGAGGACTTGCCGAATTATT
CTGACATTGAGGCTATGATACTTGACATGGACTTGGATCCCGATGACCAAGATAATTTTG
ATCTCGAAGTGTCCAAGTACCAGAGCCAAGAGATGAAAAGAACAATAATGAGACTTGAAC
AGGCTGCGTATTCATATATGCAAAGAGCCATTGCTTCCCGTGGTGCATTCGCTGTTTTAT
ACGGTAGATATTCAAAACACTACATCAAGAAGCCTGAGTATTGGTGGGTAGATCAACAGA
AGATCTGTCGTGGACATTGATTTGGGAAGAGAAAAGCGTGCAGCAAATATCTCGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BU15TF U 1
AF RR1GY80TF U 56
AF RR1CF72TF U 43
BS 1 688 RR1BU15TF
BS 689 689 RR1GY80TF
BS 690 753 RR1BU15TF
BS 754 837 RR1CF72TF

RD RR1BU15TF 753 0 0
GCAACACCTGCCACCCAATGTCGGTTTCTTCGTTAGCCAGGCGGAACTTCAAAGATATAA
GCAATCCAATAACTTCATCTGTTAGAGATCTCTCTGCCAGTAGGGAAAGGAGTGAGGGAA
ATGCACAAAAGAAGACACCCGGACGTTTGCAAGGAAAGCCAGAGATGGGTCAACCAAATC
AATCTACCAAATTCAAGGCATTGACAAACCCTGAGCCACATAATAAGGTTGGTCCTCCAC
AGGCATGCTCAAACACTCTTCTTCTTTCTGATGGTGCTGGTGCAAAAGATGGAAACAACA
AAGAGGTGGCAAGTGGAAAACGTATCGTCGGGTTTGATGAACATGGAAGCTATTCCGAGA
AGGAAAGTGGAAACTGTAAAGAGGAAGAAGGTGTACTACCGATAACTGAAGTGCCAGAAG
GAAAAGATGATGATGATGTTGACTTGATTGAGATTTTAGAACGTGAGCTGGAGATGACAA
CTAATACAGAAGCAGAGGAGCAGGTATTTGAGAGTGAAGAGGAGGACTTGCCGAATTATT
CTGACATTGAGGCTATGATACTTGACATGGACTTGGATCCCGATGACCAAGATAATTTTG
ATCTCGAAGTGTCCAAGTACCAGAGCCAAGAGATGAAAAGAACAATAATGAGACTTGAAC
AGGCTGCGTATTCATATATGCAAAGAGC*ATTGCTTCCCGTGGTGCATTCGCTGTTTTAT
ACGGTAGATATTCAAAACACTACATCAAGAAGC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1GY80TF 694 0 0
G
ATAAGCAATCCAATAACTTCATCTGTTAGAGATCTCTCTGCCAGTAGGGAAAGGAGTGAG
GGAAATGCACAAAAGAAGACACCCGGACGTTTGCAAGGAAAGCCAGAGATGGGTCAACCA
AATCAATCTACCAAATTCAAGGCATTGACAAACCCTGAGCCACATAATAAGGTTGGTCCT
CCACAGGCATGCTCAAACACTCTTCTTCTTTCTGATGGTGCTGGTGTAAAAGATGGAAAC
AACAAAGAGGTGGCAAGTGGAAAACGTATCGTCGGGTTTGATGAACATGGAAGCTATTCC
GAGAAGGAAAGTGGAAACTGTAAAGAGGAAGAAGGTGTACTACCGATAACTGAAGTGCCA
GAAGGAAAAGATGATGATGATGTTGACTTGATTGAGATTTTAGAACGTGAGCTGGAGATG
ACAACTAATACAGAAGCAGAGGAGCAGGTATTTGAGAGTGAAGAGGAGGACTTGCCGAAT
TATTCTGACATTGAGGCTATGATACTTGACATGGACTTGGATCCCGATGACCAAGATAAT
TTTGATCTCGAAGTGTCCAAGTACCAGAGCCAAGAGATGAAAAGAACAATAATGAGACTT
GAACAGGCTGCGTATTCATATATGCAAAGAGCCATTGCTTCCCGTGGTGCATTCGCTGTT
TTATACGGTGGATATTCAAAACACTACATCAAG

QA 2 694 2 694
DS 

RD RR1CF72TF 795 0 0
AGGG
CTTCAAAGATATAAGTAATCCAATAACTTCATCTGTTAGAGATCTCTCTGCCAGTAGGGA
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GGTTGGTCCTCCACAGGCATGCTCAAACACTCTTCTTCTTTCTGATGGTGCTGGTGCAAA
AGATGGAAACAACAAAGAGGTGGCAAGTGGAAAACGTATCGTCGGGTTTGATGAACATGG
AAGCTATTCCGAGAAGGAAAGTGGAAACTGTAAAGAGGAAGAAGGTGTACTACCGATAAC
TGAAGTGCCAGAAGGAAAAGATGATGATGATGTTGACTTGATTGAGATTTTAGAACGTGA
GCTGGAGATGACAACTAATACAGAAGCAGAGGAGCAGGTATTTGAGAGTGAAGAGGAGGA
CTTGCCGAATTATTCTGACATTGAGGCTACGATACTTGACATGGACTTGGATCCCGATGA
CCAAGATAATTTTGATCTCGAAGTGTCCAAGTACCAGAGCCAAGAGATGAAAAGAACAAT
AATGAGACTTGAACAGGCTGCGTATTCATATATGCAAAGAGCCATTGCTTCCCGTGGTGC
ATTCGCTGTTTTATACG*TAGATATTCAAA*CACTACATCAAGAAGCCTGAGTATTGGTG
GGTAGATCAACAGAAGATCTGTCGTGGACATTGATTTGGGAAGAGAAAAGCGTGCAGCAA
ATATCTCGACG

QA 5 795 5 795
DS 



CO CL1343Contig2 853 3 12 U
ACACAACAAGCTCAGTTGCAATCATAGTTGTATTTTCATTTTCTGGCTAACAAGTTTAAA
AAAAAAAAAA*AAAACGGGGTCAACTATGCATGTTGCAGAATTAAACATGTAATAAAAGA
TCTACAAAACATGCTCCTGTGGTTTAAGGTAACATTACACAAGCCTACAAGAGAGACACT
ATCATTCAACTTCTTCACAAGCCAATACACAGAAAAGAACACTCACCTCTCGTCTCCGGT
CTCAATTCCCTTTCCCTGTTCTCTTCAAGTACTCTTTCGTGCGACTTTGGTTTGTCTCGA
ATATAAAAGGCATTCCCCGTATCTCAAGCAGAAAATCAGATTTGAGTATTAAACTCTGAC
CAGGATCTACTTCCTTCTCATTTACTGAGATTGCATACTTGCCAAGGTTTTTCATATGAA
ACGACCCATCATCACCCAACCGTATGATCGCCTGGCGTCGAGATATTTTGCTGCCACGCT
TTTCTCTTCCCAAATCAATGTCCACCGACAGATCTTCTGTTGATCTACCCACCAATACCT
CAGGCTTCTTGATGTAGTGTTTTGAATATCTACCGTATAAAACAGCGAATGCACCACGGG
AAGCAATGGCTCTTTGCATATATGAATACGCAGCCTGTTCAAGTCTCATTATTGTTCTTT
TCATCTCTTGGCTCTGGTACTTGGACACTTCGAGATCAAAATTATCTTGGTCATCGGGAT
CCAAGTCCATGTCAAGTATCATAGCCTCAATGTCAGAATAATTCGGCAAGTCCTCCTCTT
CACTCTCAAATACCTGCTCCTCTGCTTCTGTATTAGTTGTCATCTCCAGCTCACGTTCTA
AATCTCAATCAAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO88JQ U 1
AF RR1CF72JQ U 1
AF RR1GY80JQ U 14
BS 1 98 RR1CF72JQ
BS 99 99 RR1EO88JQ
BS 100 216 RR1CF72JQ
BS 217 217 RR1EO88JQ
BS 218 330 RR1CF72JQ
BS 331 331 RR1EO88JQ
BS 332 338 RR1CF72JQ
BS 339 339 RR1EO88JQ
BS 340 740 RR1CF72JQ
BS 741 741 RR1GY80JQ
BS 742 804 RR1CF72JQ
BS 805 853 RR1GY80JQ

RD RR1EO88JQ 674 0 0
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AAAAAAAAAG*AAAACGGGGTCAACTATGCATGTTGCAGAATTAAACATGTAATAAAAGA
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ATCATTCAACTTCTTCACAAGCCAATACACAGAAAAGAACACTCACCTCTCGTCTCCGGT
CTCAATTCCCTTTCCCTGTTCTCTTCAAGTACTCTTTCGTGCGACTTTGGTTTGTCTCGA
ATATAAAAGGCATTCCCCGTATCTCAAGCAGAGAATCAGATTTGAGTATTAAACTCTGAC
CAGGATCTACTTCCTTCTCATTTACTGAGATTGCATACTTGCCAAGGTTTTTCATATGAA
ACGACCCATCATCACCCAACCGTATGATCGCCTGGCGTCGAGATATTTTGCTGCCACGCT
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CAGGCTTCTTGATGTAGTGTTTTGAATATCTACCGTATAAAACAGCGAATGCACCACGGG
AAGCAATGGCTCTTTGCATATATGAATACGCAGCCTGTTCAAGTCTCATTATTGTTCTTT
TCATCTCTTGGCTC

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1CF72JQ 804 0 0
ACACAACAAGCTCAGTTGCAATCATAGTTGTATTTTCATTTTCTGGCTAACAAGTTTAAA
AAAAAAAAAA*AAAACGGGGTCAACTATGCATGTTGCAAAATTAAACATGTAATAAAAGA
TCTACAAAACATGCTCCTGTGGTTTAAGGTAACATTACACAAGCCTACAAGAGAGACACT
ATCATTCAACTTCTTCACAAGCCAATACACAGAAAAAAACACTCACCTCTCGTCTCCGGT
CTCAATTCCCTTTCCCTGTTCTCTTCAAGTACTCTTTCGTGCGACTTTGGTTTGTCTCGA
ATATAAAAGGCATTCCCCGTATCTCAAGCAAAAAATCAAATTTGAGTATTAAACTCTGAC
CAGGATCTACTTCCTTCTCATTTACTGAGATTGCATACTTGCCAAGGTTTTTCATATGAA
ACGACCCATCATCACCCAACCGTATGATCGCCTGGCGTCGAGATATTTTGCTGCCACGCT
TTTCTCTTCCCAAATCAATGTCCACCGACAGATCTTCTGTTGATCTACCCACCAATACCT
CAGGCTTCTTGATGTAGTGTTTTGAATATCTACCGTATAAAACAGCGAATGCACCACGGG
AAGCAATGGCTCTTTGCATATATGAATACGCAGCCTGTTCAAGTCTCATTATTGTTCTTT
TCATCTCTTGGCTCTGGTACTTGGACACTTCGAGATCAAAATTATCTTGGTCATCGGGAT
CCAAGTCCATGTCAAGTATCGTAGCCTCAATGTCAGAATAATTCGGCAAGTCCTCCTCTT
CACTCTCAAATACCTGCTCCTCTG

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1GY80JQ 840 0 0
G
GTTGCAATCATAGTTGTATTTTCATTTTCTGGCTAACAAGTTTAAAAAAAAAAAAAGAAA
ACGGGGTCAACTATGCGTGTTGCAGAATTAAACATGTAATAAAAGATCTACAAAACATGC
TCCTGTGGTTTAAGGTAACATTACACAAGCCTACAAGAGAGACACTATCATTCAACTTCT
TCACAAGCCAATACACAGAAAAGAACACTCACCTCTCGTCTC*GGTCTCAATTCCCTTTC
CCTGTTCTCTTCAAGTACTCTTTCATGCGACTTTGGTTTGTCTCGAATATAAAAGGCATT
CCCCGTATCTCAAGCAGAAAATCAGATTTGAGTATTAAACTCTGACCAGGATCTACTTCC
TTCTCATTTACTGAGATTGCATACTTGCCAAGGTTTTTCATATGAAACGACCCATCATCA
CCCAACCGTATGATCGCCTGGCGTCGAGATATTTTGCTGCCACGCTTTTCTCTTCCCAAA
TCAATGTCCACCGACAGATCTTCTGTTGATCTACCCACCAATACCTCAGGCTTCTTGATG
TAGTGTTTTGAATATCCACCGTATAAAACAGCGAATGCACCACGGGAAGCAATGGCTCTT
TGCATATATGAATACGCAGCCTGTTCAAGTCTCATTATTGTTCTTTTCATCTCTTGGCTC
TGGTACTTGGACACTTCGAGATCAAAATTATCTTGGTCATCGGGATCCAAGTCCATGTCA
AGTATCATAGCCTCAATGTCAGAATAATTCGGCAAGTCCTCCTCTTCACTCTCAAATACC
TGCTCCTCTGCTTCTGTATTAGTTGTCATCTCCAGCTCACGTTCTAAATCTCAATCAAG

QA 2 840 2 840
DS 



AS 2 6

CO CL1344Contig1 868 4 8 U
GCACCACCCTTCACCTAAAATCTAATCTTTATCATCCTTCTCCACCTCTAATCGCATAAA
AACATGGAGGCAGTAACGGCGATGAAGCCACTGATCAGAGTCGCTGCTATCTCCGGTTCT
CTCCGGAAAGGCTCTTTCAACACCGGTCCCCTCCGCGCCGCGATCGAATTGACGAAGGAA
TCGGTACCGGGGATGCAGATTGAGCATATAGACATCTCTCCGTTGCCGTTGATCAACACC
GATCTGGAAACCAACGGGACTTATCCTCCCGTCGTCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTT
GAAGCCGATAGCATTCTCTTCGCTTCCCCTGAGTACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTT
AAGAACGCGATCGATTGGGCGTCGAGATCACCTAACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCC
GTCGTAAGCGCCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGGAAGGTCGCAGTACCATCTTCGACAGATC
GGAGTGTTCCTTGATCTTCATTTCATCAACAAACCGGAGTTTACTATCAATGCGTTTCAG
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AAACAAGTGCTTGTCTCGTTACAGGCTTTTACTCTGCGACTTCAAGGTAAGTGAGAGTGG
AGGGCGGTACTTGATCATTTGTATGAGTGAAAATAATGTCGATTCTTGTTAGATAAGAAA
CAGTGTCTTTGCCACTTGTCCTATCAATATTTCTATTTCTCATTAATATCGTATGTGTTG
GCATATGATACAACTATGTTTATTAAACGAGTGATGCTTTTTGTTTCATATTTCCTCGTA
AATAAGAAAGTGATAGATTTAGCATGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DD55TF U 20
AF RR1BO17TF U 1
AF RR1DD55JQ C 321
AF RR1BO17JQ C 37
BS 1 646 RR1BO17TF
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BS 759 806 RR1BO17TF
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RD RR1DD55TF 528 0 0
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CGATGAAGCCACTGATCAGAGTCGCTGCTATCTCCGGTTCTCTCCGGAAAGGCTCTTTCA
ACACCGGTCTCCTCCGCGCCGCGATCGAATTGACGAAGGAATCGGTACCGGGGATGCAGA
TTGAGCATATAGACATCTCTCCGTTGCCGTTGATCAACACCGATCTGGAAACCAACGGGA
CTTATCCTCCCGTCGTCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTTGAAGCCGATAGCATTCTCT
TCGCTTCCCCTGAGTACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTTAAGAACGCGATCGATTGGG
CGTCGAGATCACCTAACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCCGTCGTAAGCGCCGGTGGAG
GTTTTGGTGGAGGAAGGTCGCAGTACCATCTTCGACAGATCGGAGTGTTCCTTGATCTTC
ATTTCATCAACAAACCGGAGTTTACTATCAATGCGTTTCAGCCGCCTC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1BO17TF 811 0 0
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CTCCGGAAAGGCTCTTTCAACACCGGTCCCCTCCGCGCCGCGATCGAATTGACGAAGGAA
TCGGTACCGGGGATGCAGATTGAGCATATAGACATCTCTCCGTTGCCGTTGATCAACACC
GATCTGGAAACCAACGGGACTTATCCTCCCGTCGTCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTT
GAAGCCGATAGCATTCTCTTCGCTTCCCCTGAGTACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTT
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GTCGTAAGCGCCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGGAAGGTCGCAGTACCATCTTCGACAGATC
GGAGTGTTCCTTGATCTTCATTTCATCAACAAACCGGAGTTTACTATCAATGCGTTTCAG
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AAACAAGTGCTTGTCTCGTTACAGGCTTTTACTCTGCGACTTCAAG*TAAGTGAGAGTGG
AGGGCGGTACTTGATCATTTGTATGAGTGAAA*TAATGTCGATTCTTGTTAGATAAGAAA
CAGTGTCTTTGCCACTTGTCCTATCAATATTTCTATT*CTCATTAATATCGTATGTGTTG
GCATATGATACAACTATGTTTATTAA
CGAGT

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1DD55JQ 507 0 0
CGCTTCCCCTGAGTACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTTAAGAACGCGATCGATTGGGC
GTCGAGATCACCTAACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCCGTCGTAAGCGCCGGTGGAGG
TTTTGGTGGAGGAAGGTCGCAGTACCATCTTCGACAGATCGGAGTGTTCCTTGATCTTCA
TTTCATCAACAAACCGGAGTTTACTATCAATGCGTTTCAGCCGCCTCAGAAGTTCGATGC
AGAAGGGAACTTGGTCGATGAAGTGGCTAGGGAGAGGTTGAAACAAGTGCTTGTCTCGTT
ACAGGCTTTTACTTTGCGACTTCAAGGTAAGTGAGAGTGGAGGGCGGTACTTGATCATTT
GTATGAGTGAAAATAATGTCGATTCTTGTGAGATAAGAAACAGTGTCTTTGCCACTTGTC
CTATCAATATTTCTATTTCTCATTAATATCGTATGTGTTGGCATATGATACAACTATGTT
TATTAAACGAGTGATGCTTTTTGTTTC

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1BO17JQ 832 0 0
CTTCTCCACCTCTA*TCGCATAAAA*CATGGAGGCAGTAACGGCGATGAAGCCACTGATC
AGAGTCGCTGCTATCTCCGGTTCTCTCCGGAAAGGCTCTTTCAACACCGGTCCCCTCCGC
GCCGCGATCGAATTGACGAAGGAATCGGTACCGGGGATGCAGATTGAGCATATAGACATC
TCTCCGTTGCCGTTGATCAACACCGATCTGGAAACCAACGGGACTTATCCTCCCGTCGTC
GAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTTGAAGCCGATAGCATTCTCTTCGCTTCCCCTGAGTAC
AACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTTAAGAACGCGATCGATTGGGCGTCGAGATCACCTAAC
GTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCCGTCGTAAGCGCCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGGAAGG
TCGCAGTACCATCTTCGACAGATCGGAGTGTTCCTTGATCTTCATTTCATCAACAAACCG
GAGTTTACTATCAATGCGTTTCAGCCGCCTCAGAAGTTCGATGCAGAAGGGAACTTGGTC
GATGAAGTGGCTAGGGAGAGGTTGAAACAAGTGCTTGTCTCGTTACAGGCTTTTACTCTG
CGACTTCAAGGTAAGTGAGAGTGGAGGGCGGTACTTGATCATTTGTATGAGTGAAAATAA
TGTCGATTCTTGTTAGATAAGAAACAGTGTCTTTGCCACTTGTCCTATCAATATTTCTAT
TTCTCATTAATATCGTATGTGTTGGCATATGATACAACTATGTTTATTAAACGAGTGATG
CTTTTTGTTTCATATTTCCTCGTAAATAAGAAAGTGATAGATTTAGCATGGG

QA 1 832 1 832
DS 



CO CL1344Contig2 825 2 6 U
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ATGGAGGCAGTAACGGCGATGAAGCCACTGATCAGAGTCGCTGCTATCTCCGGTTCTCTC
CGGAAAGGCTCTTTCAACACCGGTCTCCTCCGCGCCGCGATCGAATTGACGAAGGAATCG
GTACCGGGGATGCAGATTGAGCATATAGACATATCTCCGTTGCCGTTGATCAACACCGAT
CTGGAAACCAACGGGACTTACCCTCCCGTCGTCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTTGAA
GCCGATAGCATTCTCTTCGCTTCCCCTGAGTACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTTAAG
AACGCGATCGATTGGGCCTCGAGATCACCTAACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCCGTC
GTAAGCGCCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGGAAGGTCGCAGTACCATCTTCGACAGATCGGA
GTGTTCCTTGATCTTCATTTCATCAACAAACCGGAGTTTACTATCAATGCGTTTCAGCCG
CCTCAGAAGTTCGATGCAGAAGGGAACTTGGTCGATGAAGTGGCTAGGGAGAGGTTAAAA
CAAGCCCTTGTCTCGTTACAGGCTTTTACTCTGCGGCTTCAAGGTAATTGAGAGTGGAGG
GTCAGTACTTGATCATTTGTGTGAGTGAAAATAATGTCGATTCTTGTGAGATAAGAAACA
GTGTCTTTGCCACTTGTCCTATGAATATTTCTATTTCTCATTAATGTCGTATGTGTTGGC
ATATGATACAGCTATGTTTATTAAACGAGTGATGCTTTTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA58TF U 1
AF RR1EA58JQ C 152
BS 1 643 RR1EA58TF
BS 644 644 RR1EA58JQ
BS 645 713 RR1EA58TF
BS 714 714 RR1EA58JQ
BS 715 750 RR1EA58TF
BS 751 825 RR1EA58JQ

RD RR1EA58TF 750 0 0
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ATGGAGGCAGTAACGGCGATGAAGCCACTGATCAGAGTCGCTGCTATCTCCGGTTCTCTC
CGGAAAGGCTCTTTCAACACCGGTCTCCTCCGCGCCGCGATCGAATTGACGAAGGAATCG
GTACCGGGGATGCAGATTGAGCATATAGACATATCTCCGTTGCCGTTGATCAACACCGAT
CTGGAAACCAACGGGACTTACCCTCCCGTCGTCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTTGAA
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AACGCGATCGATTGGGCCTCGAGATCACCTAACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCCGTC
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CCTCAGAAGTTCGATGCAGAAGGGAACTTGGTCGATGAAGTGGCTAGGGAGAGGTTAAAA
CAAGCCCTTGTCTCGTTACAGGCTTTTACTCTGCGGCTTCAAG*TAATTGAGAGTGGAGG
GTCAGTACTTGATCATTTGTGTGAGTGAAAATAATGTCGATTCTTGTGAGATA*GAAACA
GTGTCTTTGCCACTTGTCCTATGAATATTT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1EA58JQ 674 0 0
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TATCTCCGTTGCCGTTGATCAACACCGATCTGGAAACCAACGGGACTTACCCTCCCGTCG
TCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTTGAAGCCGATAGCATTCTCTTCGCTTCCCCTGAGT
ACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTTAAGAACGCGATCGATTGGGCCTCGAGATCACCTA
ACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCCGTCGTAAGCGCCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGGAA
GGTCGCAGTACCATCTTCGACAGATCGGAGTGTTCCTTGATCTTCATTTCATCAACAAAC
CGGAGTTTACTATCAATGCGTTTCAGCCGCCTCAGAAGTTCGATGCAGAAGGGAACTTGG
TCGATGAAGTGGCTAGGGAGAGGTTAAAACAAGCCCTTGTCTCGTTACAGGCTTTTACTC
TGCGGCTTCAAGGTAATTGAGAGTGGAGGGTCAGTACTTGATCATTTGTGTGAGTGAAAA
TAATGTCGATTCTTGTGAGATAAGAAACAGTGTCTTTGCCACTTGTCCTATGAATATTTC
TATTTCTCATTAATGTCGTATGTGTTGGCATATGATACAGCTATGTTTATTAAACGAGTG
ATGCTTTTTGTTTC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 6

CO CL1345Contig1 766 6 9 U
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CTCAAGTAACCAAAATGAGATGAAACATTATCAATTACACAATTCCATAAACCCAATTGT
TCAACTTTAGATCCAAAAGATTTTGCTTTTTATTCAAAGAGACAGAAACAAACAACCAAT
AACTCAGAGAGATTCTCAAAGAGTGTAAACCAGAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGG
TGGGTACCCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTT
TGGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTCTCCTTATACTCAATCCCAT
ACCTTTTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCC
ATCCGTGCCACTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTA
CCCATCTGTGTCTACCGTATTGAGTATCACCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACT
TGTCCACACCAACAAGTGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTAGTTTGCAAGAGGTTCCCAT
CTGGTAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCACGGATCATCCTGAGGAAACCTCCGAGACCTT
TCTCTCTAATCGCCTCTAACGCACTCTTCGACACCATCAAAGCCATCGCTTTTTCCCTCT
TCACCTCTCTCACTCGGATTCGCCTGGATTCGATTTCGACGTTCCC


BQ
10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1C584JQ U 3
AF RR1C584TF C 3
AF RR1FS92JQ U 3
AF RR1FS92TF C 1
AF RR1AB83JQ U 3
AF RR1AB83TF C 5
BS 1 4 RR1FS92TF
BS 5 304 RR1C584JQ
BS 305 348 RR1FS92JQ
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BS 350 690 RR1FS92JQ
BS 691 691 RR1AB83JQ
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RD RR1C584JQ 303 0 0
CA
AGATAATATTGTTATTTATAGTCCTCCACACTCCTCTCTCTAGAGGTGAAGGAAAGCTCA
AGTAACCAAAATGAGATGAAACATTATCAATTACACAATTCCATAAACCCAATTGTTCAA
CTTTAGATCCAAAAGATTTTGCTTTTTATTCAAAGAGACAGAAACAAACAACCAATAACT
CAGAGAGATTCTCAAAGAGTGTAAACCAGAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGG
TACCCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTTTGGA
C

QA 3 302 3 302
DS 

RD RR1C584TF 303 0 0
CA
AGATAATATTGTTATTTATAGTCCTCCACACTCCTCTCTCTAGAGGTGAAGGAAAGCTCA
AGTAACCAAAATGAGATGAAACATTATCAATTACACAATTCCATAAACCCAATTGTTCAA
CTTTAGATCCAAAAGATTTTGCTTTTTATTCAAAGAGACAGAAACAAACAACCAATAACT
CAGAGAGATTCTCAAAGAGTGTAAACCAGAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGG
TACCCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTTTGGA
C

QA 3 302 3 302
DS 

RD RR1FS92JQ 709 0 0
CG
AGATAATATTGTTATTTATAGTCCTCCACACTCCTCTCTCTAGAGGTGAAGGAAAGCTCA
AGTAACCAAAATGAGATGAAACATTATCAATTACACAATTCCATAAACCCAATTGTTCAA
CTTTAGATCCAAAAGATTTTGCTTTTTATTCAAAGAGACAGAAACAAACAACCAATAACT
CAGAGAGATTCTCAAAGAGTGTAAACCAGAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGG
TACCCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTTTGGA
ATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTCTCCTTATGCTCAATCCCATACCT
TTTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCC
GTGCCACTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCA
TCTGTGTCTACCGTATTGAGTATCACCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTC
CACACCAACAAGTGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTAGTTTGCAAGAGGTTCCCATCTGG
TAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCACGGATCATCCTGAGGAAACCTCCGAGACCTTTCTC
TCTAATCGCCTCTAACGCACTCTTCGCCACCATCAAAGCCATCGCTT

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR1FS92TF 766 0 0
TTCGAGATAATATTGTTATTTATAGTCCTCCACACTCCTCTCTCTAGAGGTGAAGGAAAG
CTCAAGTAACCAAAATGAGATGAAACATTATCAATTACACAATTCCATAAACCCAATTGT
TCAACTTTAGATCCAAAAGATTTTGCTTTTTATTCAAAGAGACAGAAACAAACAACCAAT
AACTCAGAGAGATTCTCAAAGAGTGTAAACCAGAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGG
TGGGTACCCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTT
TGGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTCTCCTTATGCTCAATCCCAT
ACCTTTTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCC
ATCCGTGCCACTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTA
CCCATCTGTGTCTACCGTATTGAGTATCACCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACT
TGTCCACACCAACAAGTGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTAGTTTGCAAGAGGTTCCCAT
CTGGTAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCACGGATCATCCTGAGGAAACCTCCGAGACCTT
TCTCTCTAATCGCCTCTAACGCACTCTTCGCCACCATCAAAGCCATCGCTTTTTCCCTCT
TCACCTCTCTCACTCGGATTCGCCTGGATTCGATTTCGACGTTCCC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1AB83JQ 727 0 0
CA
AGATAATATTGTTATTTATAGTCCTCCACACTCCTCTCTCTAGAGGTGAAGGAAAGCTCA
AGTAACCAAAATGAGATGAAACATTATCAATTACACAATTCCATAAACCCAATTGTTCAA
CTTTAGATCCAAAAGATTTTGCTTTTTATTCAAAGAGACAGAAACAAACAACCAATAACT
CAAAGAGATTCTCAAAGAGTGTAAACCAGAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGG
TACCCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTTTGGA
ATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTCTCCTTATACTCAATCCCATACCT
TTTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCC
GTGCCACTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCA
TCTGTGTCTACCGTATTGAGTATCACCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTC
CACACCAACAAGTGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTAGTTTGCAAGAGGTTCCCATCTGG
TAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCACGGATCATCCTGAGGAAACCTCCGAGACCTTTCTC
TCTAATCGCCTCTAACGCACTCTTCGACACCGTCAAAGCCATCGCTTTTTCCCTCTTCAC
CTCTC

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR1AB83TF 761 0 0
AGATAATATTGTTATTTATAGTCCTCCACACTCCTCTCTCTAGAGGTGAAGGAAAGCTCA
AGTAACCAAAATGAGATGAAACATTATCAATTACACAATTCCATAAACCCAATTGTTCAA
CTTTAGATCCAAAAGATTTTGCTTTTTATTCAAAGAGACAGAAACAAACAACCAATAACT
CAGAGAGATTCTCAAAGAGTGTAAACCAGAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGG
TACCCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTTTGGA
ATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTCTCCTTATACTCAATCCCATACCT
TTTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCC
GTGCCACTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCA
TCTGTGTCTACCGTATTGAGTATCACCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTC
CACACCAACAAGTGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTAGTTTGCAAGAGGTTCCCATCTGG
TAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCACGGATCATCCTGAGGAAACCTCCGAGACCTTTCTC
TCTAATCGCCTCTAACGCACTCTTCGACACCGTCAAAGCCATCGCTTTTTCCCTCTTCAC
CTCTCTCACTCGGATTCGCCTGGATTCGATTTCGACGTTCC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 2 5

CO CL1346Contig1 729 2 5 U
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TTAGTCATTTCTGAGTTCAGCTATTACTGATTAAACATAAACACCTCACTCTGAGATTGA
TAAACAGGTTAAACAGACTAAGATTCCGCAGATGAGGCTGCGTCATCTTTGTGCTTAATC
ATGCCCGAGTCCACAAGAATCGGAATTTCTGCAGCAAGCCACGGAGCTAGCCCCAAACAA
AGTGCATGTGCTATACCAAACCTAGGGCAGTTTTTAGCCCAGAGCGGCTTGAAATGCACA
GTCAGACAAATCTTCCCACCACGATACATCTTTTGTGTTTTGCCGTCAATCTCAGGCAAC
TCAAGCTCGGGAGCAGTGGCGGGGTACGTGATGGGGATATCGAATTGGAGATCGAACTCG
TACTTGAGGAGGTTGTGAACGTACCAACACTTGCCAGTCCAGCGGGTACCTTCGGGATTG
GAGGCGGAGATGCGGAACCAGTCGTTGTCGTTGGACTTGTTCATCTGGGTGTACGCGATC
AGAGATTTGTACTCTTCTTTCAGCCTCTGCTTCCATGCGTCGCCGTCTCGTGGTCCCGCC
TTTGTGGTTAGAAGAGGGATTCTCGTTAGGGTCGATTTGGTGCTCGGATCCCATCCTTCC
ATTTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTGATTTTGGGCGTAAATGTTAAGACTTTT
GATCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DL44JQ U 5
AF RR1DA66TF C 1
BS 1 7 RR1DA66TF
BS 8 14 RR1DL44JQ
BS 15 15 RR1DA66TF
BS 16 611 RR1DL44JQ
BS 612 729 RR1DA66TF

RD RR1DL44JQ 607 0 0
GGC
TTAAATCTTTATTTGGTTTCATGTAAATGTTTTACAGGGTAGACGCATCCACCTTAGTCA
TTTCTGAGTTCAGCTATTACTGATTAAACATAAACACCTCACTCTGAGATTGATAAACAG
GTTAAACAGACTAAGATTCCGCAGATGAGGCTGCGTCATCTTTGTGCTTAATCATGCCCG
AGTCCACAAGAATCGGAATTTCTGCAGCAAGCCACGGAGCTAGCCCCAAACAAAGTGCAT
GTGCTATACCAAACCTAGGGCAGTTTTTAGCCCAGAGCGGCTTGAAATGCACAGTCAGAC
AAATCTTCCCACCACGATACATCTTTTGTGTTTTGCCGTCAATCTCAGGCAACTCAAGCT
CGGGAGCAGTGGCGGGGTACGTGATGGGGATATCGAATTGGAGATCGAACTCGTACTTGA
GGAGGTTGTGAACGTACCAACACTTGCCAGTCCAGCGGGTACCTTCGGGATTGGAGGCGG
AGATGCGGAACCAGTCGTTGTCGTTGGACTTGTTCATCTGGGTGTACGCGATCAGAGATT
TGTACTCTTCTTTCAGCCTCTGCTTCCATGCGTCGCCGTCTCGTGGTCCCGCCTTTGTGG
TTAG

QA 4 607 4 607
DS 

RD RR1DA66TF 729 0 0
CAATAGCTTAAATCATTATTTGGTT*CATGTAAATGTTT*ACAGGGTAGACGCATCCAC*
TTAGTCATTTCTGAGTTCAGCTATTACTGATTAAACATAAACACCTCACTCTGAGATTGA
TAAACAGGTTAAACAGACTAAGATTCCGCAGATGAGGCTGCGTCATCTTTGTGCTTAATC
ATGCCCGAGTCCACAAGAATCGGAATTTCTGCAGCAAGCCACGGAGCTAGCCCCAAACAA
AGTGCATGTGCTATACCAAACCTAGGGCAGTTTTTAGCCCAGAGCGGCTTGAAATGCACA
GTCAGACAAATCTTCCCACCACGATACATCTTTTGTGTTTTGCCGTCAATCTCAGGCAAC
TCAAGCTCGGGAGCAGTGGCGGGGTACGTGATGGGGATATCGAATTGGAGATCGAACTCG
TACTTGAGGAGGTTGTGAACGTACCAACACTTGCCAGTCCAGCGGGTACCTTCGGGATTG
GAGGCGGAGATGCGGAACCAGTCGTTGTCGTTGGACTTGTTCATCTGGGTGTACGCGATC
AGAGATTTGTACTCTTCTTTCAGCCTCTGCTTCCATGCGTCGCCGTCTCGTGGTCCCGCC
TTTGTGGTTAGAAGAGGGATTCTCGTTAGGGTCGATTTGGTGCTCGGATCCCATCCTTCC
ATTTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTGATTTTGGGCGTAAATGTTAAGACTTTT
GATCGATCC

QA 1 729 1 729
DS 



CO CL1346Contig2 741 3 3 U
GGAAAAACAATCGATCAAAAGTCTTAACACTTACGCCCAAAATCGGCGAGAAAGAGAAAA
CAAAAATGGAAGGATGGGATCCGAGCACCAAATCGACCCTAACGCGAATCCCTCTTCTAA
CCACAAAGGCGGGACCACGAGACGGCGACACATGGAAACAGAGGCTGAAAGAAGAGTACA
AATCTCTGATCGCGTACACACAGATGAACAAGTCCAACGACAACGACTGGTTCTGCATCT
CCGCCTCCAATCCCGAAGGTACCCGCTGGACTGGCAAGTGCTGGTACGTTCACAACCTCC
TCAAGTACGAGTTCGATCTCCAGTTCGATATCCCCATCACGTACCCCGCCACTGCTCCCG
AGCTTGAGTTGCCTGAGATTGACGGCAAAACACAAAAGATGTATCGAGGTGGGAAGATTT
GTCTGACTGTGCATTTCAAGCCGCTCTGGGCTAAAAACTGCCCTAGGTTTGGTATAGCGC
ATGCACTTTGTTTGGGGCTGGCTCCGTGGCTTGCTGCAGAGATTCCAATTCTTGTGGACT
CGGGTATGATTAAGCACAAAGATGACGCAGCCTCGTCTGCCGAATCTTAGTCTGTTTAAC
CAGTTTTTCAACCTCAGAGTGAGGTGTTTATGTTTATCAGTAATAGCTGAACTCAGAAAT
TACTAAAGTGGATGCGTCTACCCTGTAAAACATTTACATGAAACCAAATAAAGATTTAAG
CTATTGCAATTTTTTTTTTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT70TF U 1
AF RR1D514TF U 46
AF RR1FT70JQ C 3
BS 1 514 RR1FT70TF
BS 515 719 RR1D514TF
BS 720 741 RR1FT70JQ

RD RR1FT70TF 514 0 0
GGAAAAACAATCGATCAAAAGTCTTAACACTTACGCCCAAAATCGGCGAGAAAGAGAAAA
CAAAAATGGAAGGATGGGATCCGAGCACCAAATCGACCCTAACGCGAATCCCTCTTCTAA
CCACAAAGGCGGGACCACGAGACGGCGACACATGGAAACAGAGGCTGAAAGAAGAGTACA
AATCTCTGATCGCGTACACACAGATGAACAAGTCCAACGACAACGACTGGTTCTGCATCT
CCGCCTCCAATCCCGAAGGTACCCGCTGGACTGGCAAGTGCTGGTACGTTCACAACCTCC
TCAAGTACGAGTTCGATCTCCAGTTCGATATCCCCATCACGTACCCCGCCACTGCTCCCG
AGCTTGAGTTGCCTGAGATTGACGGCAAAACACAAAAGATGTATCGAGGTGGGAAGATTT
GTCTGACTGTGCATTTCAAGCCGCTCTGGGCTAAAAACTGCCCTAGGTTTGGTATAGCGC
ATGCACTTTGTTTGGGGCTGGCTCCGTGGCTTGC

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1D514TF 674 0 0
GGGAGAAAGAGAAAACA
AAAATGGAAGGATGGGATCCGAGCACCAAATCGACCCTAACGCGAATCCCTCTTCTAACC
ACAAAGGCGGGACCACGAGACGGCGACGCATGGAAACAGAGGCTGAAAGAAGAGTACAAA
TCTCTGATCGCGTACACACAGATGAACAAGTCCAACGACAACGACTGGTTCCGCATCTCC
GCCTCCAATCCCGAAGGTACCCGCTGGACTGGCAAGTGCTGGTACGTTCACAACCTCCTC
AAGTACGAGTTCGATCTCCAGTTCGATATCCCCATCACGTACCCCGCCACTGCTCCCGAG
CTTGAGTTGCCTGAGATTGACGGCAAAACACAAAAGATGTATCGAGGTTGGAAGATTTGT
CTGACTGTGCATTTCAAGCCGCTCTGGGCTAAAAACTGCCCTAGGTTTGGTATAGCGCAT
GCACTTTGTTTGGGGCTGGCTCCGTGGCTTGCTGCAGAGATTCCAATTCTTGTGGACTCG
GGTATGATTAAGCACAAAGATGACGCAGCCTCGTCTGCCGAATCTTAGTCTGTTTAACCA
GTTTTTCAACCTCAGAGTGAGGTGTTTATGTTTATCAGTAATAGCTGAACTCAGAAATTA
CTAAAGTGGATGCGTCTACCCTGTAAAACATTTACATGAAACCAAATAAAGATTTAA

QA 18 674 18 674
DS 

RD RR1FT70JQ 739 0 0
AAAAACAATCGATCAAAAGTCTTAACACTTACGCCCAAAATCGGCGAGAAAGAGAAAACA
AAAATGGAAGGATGGGATCCGAGCACCAAATCGACCCTAACGCGAATCCCTCTTCTAACC
ACAAAGGCGGGACCACGAGACGGCGACACATGGAAACAGAGGCTGAAAGAAGAGTACAAA
TCTCTGATCGCGTACACACAGATGAACAAGTCCAACGACAACGACTGGTTCTGCATCTCC
GCCTCCAATCCCGAAGGTACCCGCTGGACTGGCAAGTGCTGGTACGTTCACAACCTCCTC
AAGTACGAGTTCGATCTCCAGTTCGATATCCCCATCACGTACCCCGCCACTGCTCCCGAG
CTTGAGTTGCCTGAGATTGACGGCAAAACACAAAAGATGTATCGAGGTGGGAAGATTTGT
CTGACTGTGCATTTCAAGCCGCTTTGGGCTAAAAACTGCCCTAGGTTTGGTATAGCGCAT
GCACTTTGTTTGGGGCTGGCTCCGTGGCTTGCTGCAGAGATTCCAATTCTTGTGGACTCG
GGTATGATTAAGCACAAAGATGACGCAGCCTCGTCTGCCGAATCTTAGTCTGTTTAACCA
GTTTTTCAACCTCAGAGTGAGGTGTTTATGTTTATCAGTAATAGCTGAACTCAGAAATTA
CTAAGGTGGATGCGTCTACCCTGTAAAACATTTACATGAAACCAAATAAAGATTTAAGCT
ATTGCAATTTTTTTTTTCC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 6

CO CL1347Contig1 843 6 14 U
GAGAGTGTTCAGACATATAATAAACTATAATGAAGTCTGTTTACATTCGATAGGCAAAAT
GTACAAGCTCATGGGTTAAACAGGTTTGCTTCCATAAGTCAACCACATCTACATATGCCT
GCACATTATATGTATATTATCTTCGATGCAACAGTATATACACAGCTGAAAGTGACCC*A
TTCAATGGTTCTATGAACATATAACAAAACGGTCTTGCACAAGAATTTGCTCTTGCTGCT
TGTCTAGTGTTCTTCTCACAGCTTGATAGAACTCAATCCAAGAAGACGAGTATGAAGAGC
CAAACATGAAAGTCGGATTGGGACTGGCGGGGCAAGCAGTGACCAAATCCAACACAGAAG
TGGCAGGTTTGAGCTGGTGAGGGAAGTTGAAAGCCAAGTTATCAACTTTATGCTCATAGA
TTTTGCCATTGCGGTCTAGTTTATAGCGAGAAGTGCCCTGAAACTCTCCTTTGGCCTCCC
ATGGAACTCTAGGCACCCCTTTGAGATTCCACCTGATGAGGATCATGTTCTCTGATGGTT
GCCAAACCCTGAAGATCTCAAGAGAGATATCTCTGAAGAGAATCTTGCCATGAAACCTGA
GTGCCCAGAAGATGAGTTTGTAGTTCTCAATCCCAGAGAAAGTGTTCACTGGATCCACCA
ATGTTATATCATCCCTGTAAATGTCGTAATTGAGATCTTTGGTGAAGAGCAAAGGCAAAT
CTTCACGAAGGGTACGTATCGCTAGACCGAGATTGATGTAGAACTCATCTTTGCCATGCT
GCAGGTGCTTATCCTGTCCACTCGGCATGGTCTTAACCTGCGCACCTGGAGCAGAGGAGC
TTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1AI68JQ U 22
AF RR1C674JQ U 1
AF RR1C674TF C 2
AF RR1DU03TF C 686
AF RR1AI68TF C 19
AF RR1B286JQ U 12
BS 1 99 RR1C674JQ
BS 100 100 RR1B286JQ
BS 101 105 RR1C674JQ
BS 106 106 RR1B286JQ
BS 107 203 RR1C674JQ
BS 204 204 RR1B286JQ
BS 205 244 RR1C674JQ
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BS 246 356 RR1C674JQ
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BS 358 606 RR1C674JQ
BS 607 627 RR1B286JQ
BS 628 628 RR1AI68TF
BS 629 843 RR1B286JQ

RD RR1AI68JQ 540 0 0
AAACTATAATGAAGTCTGTTTACATTCGATAGGCAAAATGTACAAGCTCATGGGTTAAAC
AGGTTTGCTTCCATAAGTCAACCACATCTACATATGCCTGCACATTATATGTATATTATC
TTCGATGCAACAGTATTTACACAGCTGAAAGTGACCC*ATTCAATGGTTCTATGAACATA
TAACAAAACGGTCTTGCACAAAAATTTGCTCTTGCTGCTTGTCTAGTGTTCTTCTCACAG
CTTGATAAAACTCAATCCAAAAAAACAAGTATGAAAAGCCAAACATGAAAGTCGGATTGG
GACTGGCGGGGCAAGCAGTGACCAAATCCAACACAAAAGTGGCAGGTTTGAGCTGGTGAG
GGAAGTTGAAAGCCAAGTTATCAACTTTATGCTCATAAATTTTGCCATTGCGGTCTAGTT
TATAGCGAGAAGTGCCCTGAAACTCTCCTTTGGCCTCCCATGGAACTCTAGGCACCCCTT
TGAAATTCCACCTGATGAGGATCATGTTCTCTGATGGTTGCCAAACCCTGAAAATCTCAA

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1C674JQ 607 0 0
GAGAGTGTTCAGACATATAATAAACTATAATGAAGTCTGTTTACATTCGATAGGCAAAAT
GTACAAGCTCATGGGTTAAACAGGTTTGCTTCCATAAGTAAACCAAATCTACATATGCCT
GCACATTATATGTATATTATCTTCGATGCAACAGTATATACACAGCTGAAAGTGACCC*A
TTCAATGGTTCTATGAACATATACCAAAACGGTCTTGCACAAGAATTTGCTCTTGCTGCT
TGTCAAGTGTTCTTCTCACAGCTTGATAGAACTCAATCCAAGAAGACGAGTATGAAGAGC
CAAACATGAAAGTCGGATTGGGACTGGCGGGGCAAGCAGTGACCAAATCCAACACAAAAG
TGGCAGGTTTGAGCTGGTGAGGGAAGTTGAAAGCCAAGTTATCAACTTTATGCTCATAGA
TTTTGCCATTGCGGTCTAGTTTATAGCGAGAAGTGCCCTGAAACTCTCCTTTGGCCTCCC
ATGGAACTCTAGGCACCCCTTTGAGATTCCACCTGATGAGGATCATGTTCTCTGATGGTT
GCCAAACCCTGAAGATCTCAAGAGAGATATCTCTGAAGAGAATCTTGCCATGAAACCTGA
GTGCCC
C

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1C674TF 606 0 0
GAGAGTG
TCAGACATATAATAAACTATAATGAAGTCTGTTTACATTCGATAGGCAAAATGTACAAGC
TCATGGGTTAAACAGGTTTGCTTCCATAAGTAAACCAAATCTACATATGCCTGCACATTA
TATGTATATTATCTTCGATGCAACAGTATATACACAGCTGAGAGTGACCC*ATTCAATGG
TTCTATGAACATATACCAAAACGGTCTTGCACAAGAATTTGCTCTTGCTGCTTGTCAAGT
GTTCTTCTCACAGCTTGATAGAACTCAATCCAAGAAGACGAGTATGAAGAGCCAAACATG
AAAGTCGGATTGGGACTGGCGGGGCAAGCAGTGACCAAATCCAACACAGAAGTGGCAGGT
TTGAGCTGGTGAGGGAAGTTGAAAGCCAAGTTATCAACTTTATGCTCATAGATTTTGCCA
TTGCGGTCTAGTTTATAGCGAGAAGTGCCCTGAAACTCTCCTTTGGCCTCCCATGGAACT
CTAGGCACCCCTTTGAGATTCCACCTGATGAGGATCATGTTCTCTGATGGTTGCCAAACC
CTGAAGATCTCAAGAGAGATATCTCTGAAGAGAATCTTGCCATGAAACCTGAGTGCCC
C

QA 8 605 8 605
DS 

RD RR1DU03TF 109 0 0
GTAATTGAGATCTTTGGTGAAGAGCAAAGGCAAATCTTCACGAAGGGTACGTATCGCTAG
ACCGAGATTGATGTAGAACTCATCTTTGCCATGCTGCAGGTGCTT
ATCC

QA 1 105 1 105
DS 

RD RR1AI68TF 772 0 0
TT
TAAACTATAATGAAGTCTGTTTACATTCGATAGGCAAAATGTACAAGCTCATGGGTTAAA
CAGGTTTGCTTCCATAAGTCAACCACATCTACATATGCCTGCACATTATATGTATATTAT
CTTCGATGCAACAGTATTTACACAGCTGAGAGTGACCCCATTCAATGGTTCTATGAACAT
ATAACAAAACGGTCTTGCACAAGAATTTGCTCTTGCTGCTTGTCTAGTGTTCTTCTCACA
GCTTGATAGAACTCAATCCAAGAAGACGAGTATGAAGAGCCAAACATGAAAGTCGGATTG
GGACTGGCGGGGCAAGCAGTGACCAAATCCAACACAGAAGTGGCAGGTTTGAGCTGGTGA
GGGAAGTTGAAAGCCAAGTTATCAACTTTATGCTCATAGATTTTGCCATTGCGGTCTAGT
TTATAGCGAGAAGTGCCCTGAAACTCTCCTTTGGCCTCCCATGGAACTCTAGGCACCCCT
TTGAGATTCCACCTGATGAGGATCATGTTCTCTGATGGTTGCCAAACCCTGAAGATCTCA
AGAGAGATATCTCTGAAGAGAATCTTGCCATGAAACCTGAGTGCCCAGAAGATGAGTTTG
TAGTTCTCAATCCCAGAGAAAGTGTTCACTGGATCCACCAATGTTATATCATCCCTGTAA
ATGTCGTAATTGAGATCTTTGGTGAAGAGCAAAGGCAAATCTTCACGAAGGGTACGTATC
GCTAGACCGAGATTGATGTAGAACTCATCTTTGCCATGCTGCAGGTGCTT

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR1B286JQ 832 0 0
GCCATATAA
TAAACTATAATGAAGTCTGTTTACATTCGATAGGCAAAATGTACAAGCTCATGGGTTAAA
CAGGTTTGCTTCCATAAGTCAACCACATCTACATATGCCTGCACATTATATGTATATTAT
CTTCGATGCAACAGTATATACACAGCTGAAAGTGACCC*ATTCAATGGTTCTATGAACAT
ATAACAAAACGGTCTTGCACAAGAATTTGCTCTTGCTGCTTGTCTAGTGTTCTTCTCACA
GCTTGATAGAACTCAATCCAAGAAGACGAGTATGAAGAGCCAAACATGAAAGTCGGATTG
GGACTGGCGGGGCAAGCAGTGACCAAATCCAACACAGAAGTGGCAGGTTTGAGCTGGTGA
GGGAAGTTGAAAGCCAAGTTATCAACTTTATGCTCATAGATTTTGCCATTGCGGTCTAGT
TTATAGCGAGAAGTGCCCTGAAACTCTCCTTTGGCCTCCCATGGAACTCTAGGCACCCCT
TTGAGATTCCACCTGATGAGGATCATGTTCTCTGATGGTTGCCAAACCCTGAAGATCTCA
AGAGAGATATCTCTGAAGAGAATCTTGCCATGAAACCTGAGTGCCCAGAAGATGAGTTTG
TAGTTCTTAATCCCAGAGAAAGTGTTCACTGGATCCACCAATGTTATATCATCCCTGTAA
ATGTCGTAATTGAGATCTTTGGTGAAGAGCAAAGGCAAATCTTCACGAAGGGTACGTATC
GCTAGACCGAGATTGATGTAGAACTCATCTTTGCCATGCTGCAGGTGCTTATCCTGTCCA
CTCGGCATGGTCTTAACCTGCGCACCTGGAGCAGAGGAGCTTG

QA 10 832 10 832
DS 



AS 1 5

CO CL1348Contig1 771 5 4 U
GACCCTAGCTAGCTCTTCTTCACTCCCACCGAAACAAAAATGATTATGTCAGAGGAAAAC
CGCAGAGAAATCTGCAAGTACCTTTTCAAAGAAGGAGTGCTGTTCGCGAAGAAAGACTTC
AACCTCGCGAAGCACCCGTTGATTGAGTCAGTGCCAAACCTGCAAGTGATCAAGCTGATG
CAGTCTTTCAAGTCAAAGGAGTATGTCAGGGAGACGTTCGCGTGGATGCATTACTACTGG
TTTCTCACCAACGAAGGGATTGAGTTTCTGAGGACTTACCTTAACCTCCCTTCTGATGTG
GTTCCTGCTACCTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCTATTGGTCGTCCTTTTGGTGGTGGCCCA
CCTGGTGATCGCCCAAGAGGACCTAGGTTTGAAGGAGGAGATCGTCCCAGGTATGGTGGG
GACCGTGATGGGTACCGTGGAGCTCCTCGTGGTGGTGGTGAAGGAGAAAAGGGTGGTGCT
CCAGCTGATTACCAGCCATCTTTCCAAGGAAGTGGTGGTAGGCCTGGTTTTGGCCGAGGT
GCTGGAGGTTACAGCTCGGCTGCACCATCTGGTTCAGGTCTCCCTTGATAAAGAAATGGT
TCTTAGTTACACATGGAGGAGTTCATTTCAGCTTTAAATTTTGCTTTCTGTTATTCAACT
TCTGGAGTTCTTTATTGTCTTATCTTGAGTTCAGTTCGTTCGTTGTAGCAGACACGAGAA
ACCTTGTTACGAGTAAACGTTGTTTAGTATCTATACTTAAGTCTTCTTACC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1GV11TF U 3
AF RR1CA87TF U 1
AF RR1AJ53JQ C 27
AF RR1CA87JQ C 179
AF RR1AJ53TF U 27
BS 1 39 RR1CA87TF
BS 40 40 RR1GV11TF
BS 41 769 RR1CA87TF
BS 770 771 RR1AJ53JQ

RD RR1GV11TF 567 0 0
GG
CTAGCTAGCTCTTCTTCACTCCCACCGAAACAAAAATGATTATGTCAGAGGAAAACCGCA
GAGAAATCTGCAAGTACCTTTTCAAAGAAGGAGTGCTGTTCGCGAAGAAAGACTTCAACC
TCGCGAAGCACCCGTTGATCGAGTCAGTACCAAACCTGCAAGTGATCAAGCTGATGCAGT
CTTTCAAATCCAAGGAGTATGTAAGGGAGACATTCGCTTGGATGCATTACTACTGGTTTC
TAACCAACGAAGGGATTGAGTTTCTGAGGACTTACCTTAACCTCCCGTCTGATGTTGTTC
CTGCTACCTTGAAGAAGTCAGCTAAGCCTATTGGTCGTCCTTTTGGTGGTGGCCCACCTG
GTGATCGCCCAAGAGGACCTAGGTTTGAAGGAGGAGAGCGTCCCAGGTATGGTGGGGACC
GTGATGGGTACCGTGGAGCTCCTCGTGGTGGTG***AAGGAGAAAAGGGTGGTGCTCCAG
CTGATTACCAGCCATCTTTCCAAGTAAGTGGTGGTAGGCCTGGTTTTGGCCGTGGTGCTG
GAGGTTACAGCTCGGCTGCACCATC

QA 3 567 3 567
DS 

RD RR1CA87TF 770 0 0
GACCCTAGCTAGCTCTTCTTCACTCCCACCGAAACAAAA*TGATTATGTCAGAGGAAAAC
CGCAGAGAAATCTGCAAGTACCTTTTCAAAGAAGGAGTGCTGTTCGCGAAGAAAGACTTC
AACCTCGCGAAGCACCCGTTGATTGAGTCAGTGCCAAACCTGCAAGTGATCAAGCTGATG
CAGTCTTTCAAGTCAAAGGAGTATGTCAGGGAGACGTTCGCGTGGATGCATTACTACTGG
TTTCTCACCAACGAAGGGATTGAGTTTCTGAGGACTTACCTTAACCTCCCTTCTGATGTG
GTTCCTGCTACCTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCTATTGGTCGTCCTTTTGGTGGTGGCCCA
CCTGGTGATCGCCCAAGAGGACCTAGGTTTGAAGGAGGAGATCGTCCCAGGTATGGTGGG
GACCGTGATGGGTACCGTGGAGCTCCTCGTGGTGGTGGTGAAGGAGAAAAGGGTGGTGCT
CCAGCTGATTACCAGCCATCTTTCCAAGGAAGTGGTGGTAGGCCTGGTTTTGGCCGAGGT
GCTGGAGGTTACAGCTCGGCTGCACCATCTGGTTCAGGTCTCCCTTGATAAAGAAATGGT
TCTTAGTTACACATGGAGGAGTTCATTTCAGCTTTAAATTTTGCTTTCTGTTATTCAACT
TCTGGAGTTCTTTATTGTCTTATCTTGAGTTCAGTTCGTTCGTTGTAGCAGACACGAGAA
ACCTTGTTACGAGTAAACGTTGTTTAGTATCTATACTTAAGTCTTCTTA
C

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1AJ53JQ 745 0 0
GGACCGAAAC
AAAATGATTATGTCAGAGGAAAACCGCAGAGAAATCTGCAAGTACCTTTTCAAAGAAGGA
GTGCTGTTCGCGAAGAAAGACTTCAACCTCGCGAAGCACCCGTTGATTGAGTCAGTGCCA
AACCTGCAAGTGATCAAGCTGATGCAGTCTTTCAAGTCAAAGGAGTATGTCAGGGAGACG
TTCGCGTGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACGAAGGGATTGAGTTTCTGAGGACT
TACCTTAACCTCCCTTCTGATGTGGTTCCTGCTACCTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCTATT
GGTCGTCCTTTTGGTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCCAAGAGGACCTAGGTTTGAAGGA
GGAGATCGTCCCAGGTATGGTGGGGACCGTGATGGGTACCACGGAGCTCCTCGTGGTGGT
GGTGAAGGAGAAAAGGGTGGTGCTCCAGCTGATTACCAGCCATCTTTCCAAGGAAGTGGT
GGTAGGCCTGGTTTTGGCCGAGGTGCTGGAGGTTACAGCTCGGCTGCACCATCTGGTTCA
GGTCTCCCTTGATAAAGAAATGGTTCTTAGTTACACATGGAGGAGTTCATTTCAGCTTTA
AATTTTGCTTTCTGTTATTCAACTTCTGGAGTTCTTTATTGTCTTATCTTGAGTTCAGTT
CGTTCGTTGTAGCAGACACGAGAAACCTTGTTACGAGTAAACGTTGTTTAGTATCTATAC
TTAAGTCTTCTTACC

QA 11 745 11 745
DS 

RD RR1CA87JQ 593 0 0
TGCAGTCTTTCAAGTCAAAGGAGTATGTCAGGGAGACGTTCGCGTGGATGCATTACTACT
GGTTTCTCACCAACGAAGGGATTGAGTTTTTGAGGACTTACCTTAACCTCCCTTCTGATG
TGGTTCCTGCTACCTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCTATTGGTCGTCCTTTTGGTGGTGGCC
CACCTGGTGATCGCCCAAGAGGACCTAGGTTTGAAGGAGGAGATCGTCCCAGGTATGGTG
GGGACCGTGATGGGTACCGTGGAGCTCCTCGTGGTGGTGGTGAAGGAGAAAAGGGTGGTG
CTCCAGCTGATTACCAGCCATCTTTCCAAGGAAGTGGTGGTAGGCCTGGTTTTGGCCGAG
GTGCTGGAGGTTACAGCTCGGCTGCACCATCTGGTTCAGGTCTCCCTTGATAAAGAAATG
GTTCTTAGTTACACATGGAGGAGTTCATTTCAGCTTTAAATTTTGCTTTCTGTTATTCAA
CTTCTGGAGTTCTTTATTGTCTTATCTTGAGTTCAGTTCGTTCGTTGTAGCAGACACGAG
AAACCTTGTTACGAGTAAACGTTGTTTAGTATCTATACTTAAGTCTTCTTA
CC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1AJ53TF 743 0 0
GGACCGAAAC
AAAATGATTATGTCAGAGGAAAACCGCAGAGAAATCTGCAAGTACCTTTTCAAAGAAGGA
GTGCTGTTCGCGAAGAAAGACTTCAACCTCGCGAAGCACCCGTTGATTGAGTCAGTGCCA
AACCTGCAAGTGATCAAGCTGATGCAGTCTTTCAAGTCAAAGGAGTATGTCAGGGAGACG
TTCGCGTGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACGAAGGGATTGAGTTTCTGAGGACT
TACCTTAACCTCCCTTCTGATGTGGTTCCTGCTACCTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCTATT
GGTCGTCCTTTTGGTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCCAAGAGGACCTAGGTTTGAAGGA
GGAGATCGTCCCAGGTATGGTGGGGACCGTGATGGGTACCACGGAGCTCCTCGTGGTGGT
GGTGAAGGAGAAAAGGGTGGTGCTCCAGCTGATTACCAGCCATCTTTCCAAGGAAGTGGT
GGTAGGCCTGGTTTTGGCCGAGGTGCTGGAGGTTACAGCTCGGCTGCACCATCTGGTTCA
GGTCTCCCTTGATAAAGAAATGGTTCTTAGTTACACATGGAGGAGTTCATTTCAGCTTTA
AATTTTGCTTTCTGTTATTCAACTTCTGGAGTTCTTTATTGTCTTATCTTGAGTTCAGTT
CGTTCGTTGTAGCAGACACGAGAAACCTTGTTACGAGTAAACGTTGTTTAGTATCTATAC
TTAAGTCTTCTTA

QA 11 743 11 743
DS 



AS 1 6

CO CL1349Contig1 723 6 6 U
GGATACACAAATACTTCTAATAATAATTGAGCTTGTTAAGTTAGAAAATGGGATTGACTG
GTGTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCAGCAGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCG
GTGACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCTAAGGACTACAAAACAATGCAAGTTC
TTGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCATTCGCCTCATTATTTATGGAGAAGGATCCA
CGCTGGTGAAGGTCTCGGCGGAAAGAATCGAAGCAGTGGATCTGGAAAACAAAAGCATGA
CGTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCA
CCGTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCG
GCCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGA
TCGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATT
TATATATAAGGGGCTTCAATCATCTCTATCAGTTTATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAA
TAAAGTGGAACCTCCTTATGAATAATTATGTTTATGATTCCGAAGTCTGAGTATTGGAGA
TACACTACGTGTCTTTGAATATACGTATATGCATGATATCTAGGTAGTACATTTTATTAA
CAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR1DV34TF U 1
AF RR1F126JQ C 96
AF RR1F126TF U 96
AF RR1DV34JQ C 21
AF RR1CF89TF U 2
AF RR1CF89JQ C 31
BS 1 10 RR1DV34TF
BS 11 11 RR1CF89TF
BS 12 185 RR1DV34TF
BS 186 186 RR1CF89TF
BS 187 617 RR1DV34TF
BS 618 723 RR1CF89TF

RD RR1DV34TF 617 0 0
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GTGTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCAGCAGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCG
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CGCTGGTGAAGGTCTCGGCGGAAAGAATCGAAGCAGTGGATCTGGAAAACAAAAGCATGA
CGTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCA
CCGTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCG
GCCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGA
TCGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATT
TATATATAAGGGGCTTCAATCATCTCTATCAGTTTATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAA
TAAAGTGGAACCTCCTT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1F126JQ 525 0 0
GG
AGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCGGTGACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCTAA
GGACTACAAAACAATGCAAGTTCTTGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCATTCGCCT
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GGATCTGGAAAACAAAAGCATGACGTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTA
TAAGACGTTCAAAGGAACCATCACCGTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAATG
GTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCGGCCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTT
TGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGATCGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAAC
TCTAGAAGCTTCTATTATATATTTATATATAAGGGGCTTCAATCATCTCTATCAGTTTAT
TGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAATAAAGTGGAACCTCCTTATG

QA 3 525 3 525
DS 

RD RR1F126TF 525 0 0
GG
AGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCGGTGACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCTAA
GGACTACAAAACAATGCAAGTTCTTGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCATTCGCCT
CATTATTTATGGAGAAGGATCCACGCTGGTGAAGGTCTCGGCGGAAAGAATCGAAGCAGT
GGATCTGGAAAACAAAAGCATGACGTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTA
TAAGACGTTCAAAGGAACCATCACCGTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAATG
GTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCGGCCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTT
TGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGATCGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAAC
TCTAGAAGCTTCTATTATATATTTATATATAAGGGGCTTCAATCATCTCTATCAGTTTAT
TGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAATAAAGTGGAACCTCCTTATG

QA 3 525 3 525
DS 

RD RR1DV34JQ 597 0 0
TAATAATTGAGCTTGTTAAGTTAGAAAATGGGATTGACTGGTGTTCTTCATGTGGAGGTT
GAGGTGAAGTCTCCAGCAGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCGGTGACGGTATCAATCTCTTT
CCCAAAGAGTTCCCTAAGGACTACAAAACAATGCAAGTTCTTGCCAGAGATGGCAACTCT
CCTGGTTCCATTCGCCTCATTATTTATGGAGAAGAATCCACGCTGGTGAAGGTCTCGGCG
GAAAGAATCGAAGCAGTGGATCTGGAAAACAAAAGCATGACGTACAGCATCATCGGCGGT
GAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCACCGTTACTCCCAAGGGCGGT
GGCAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCGGCCATGAGATTGAAGATCCA
CACGTCATCAAGGACTTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGATCGATGAGTATCTCCTTAAG
CAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATTTATATATAAGGGGCTTCAAT
CATCTCTATCAGTTTATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAATAAAGTGGAACCTCCTT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1CF89TF 722 0 0
GATACACAAATACTTCTAATAATAATTGAGTTTATTAAGTTAGAAAATGGGATTGACTGG
TGTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCAGCGGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCGG
TGACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCTAAGGACTACAAAACAATGCAAGTTCT
TGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCATTCGCCTCATTATTTATGGAGAAGGATCCAC
GCTGGTGAAGGTCTCGGCGGGAAGAATCGAAGCAGTGGATCTGGAAAACAAAAGCATGAC
GTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCAC
CGTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCGG
CCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGAT
CGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATTT
ATATATAAGGGGCTTCAATCATCTCTATCAGTTTATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAAT
AAAGTGGAACCTCCTTATGAATAATTATGTTTATGATTCCGAAGTCTGAGTATTGGAGAT
ACACTACGTGTCTTTGAATATACGTATATGCATGATATCTAGGTAGTACATTTTATTAAC
AC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1CF89JQ 693 0 0
GTTTA
TTAAGTTAGAAAATGGGATTGACTGGTGTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCA
GCGGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCGGTGACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCT
AAGGACTACAAAACAATGCAAGTTCTTGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCATTCGC
CTCATTATTTATGGAGAAGGATCCACGCTGGTGAAGGTCTCGGCGGGAAGAATCGAAGCA
GTGGATCTGGAAAACAAAAGCATGACGTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATAC
TATAAGACGTTCAAAGGAACCATCACCGTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAA
TGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCGGCCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGAC
TTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGATCGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAA
ACTCTAGAAGCTTCTATTATATATTTATATATAAGGGGCTTCAATCATCTCTATCAGTTT
ATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAATAAAGTGGAACCTCCTTATGAATAATTATGTTTAT
GATTCCGAAGTCTGAGTATTGGAGATACACTACGTGTCTTTGAATATACGTATATGCATG
ATATCTAGGTAGTACATTTTATTAACAC

QA 6 693 6 693
DS 



AS 2 5

CO CL1350Contig1 580 2 3 U
GGGCGAAAACTAGGACTGCCTGCTGAAGATCCCGCAGCTGCAAAACCCTCAATGCCAGTT
GTGGAGGAGAAGAAGAGTTCATTGCCTATTAGACCCGCCACTAAGACTGAACAAATGAGA
GAATGCTTGAGGTCGCTTAAGCAAGCCCACAAGGAGGATGATGCTAAAGTAAAGAGAGCG
TTCCAGACTCTGCTGACTTACATGGGAAATGTCGCTAAGAATCCAGATGAAGAGAAATTC
CGGAAAATTAGGCTCACCAACCAAACATTTCAGGATAGGGTTGGTTCACTGAGAGGAGGA
ATAGAGTTCATGGAGCTATGTGGGTTTGAGAAAATGGAAGGAGGAGAGTTCTTGTTCTTA
CCAAGGGACAAGATAGATTCAGCCATTATCAACTCAGCTGGAACAGAGCTCAATTCAGCC
ATCAACAACCCTTTCTTCGGAGTTCTTTAAATTGCTGCTGCATTGTCTTCTTCTTTTCTT
TCTCTTTTGTACTTAATTATGTTTAAGATACCAAAACCAAATGCCTTGAGAAATCAAAAA
AATACTCCGGTTTGAAACGGTTTTTAATCCGGTTTAGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AH44JQ C 1
AF RR1AH44TF U 33
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TTCCAGACTTTGCTGACTTACATGGGAAATGTCGCTAAGAATCCAGATGAAGAGAAATTC
CGGAAAATTAGGCTCACCAACCAAACATTTCAGGATAGGGTTGGTTCACTGAGAGGAGGA
ATAGAGTTCATGGAGCTATGTGGGTTTGAGAAAATGGAAGGAGGAGAGTTCTTGTTTTTA
CCAAGGGACAAGATAGATTCAGCCATTATCAACTCAGCTGGAACAGAGCTCAATTCAGCC
ATCAACAACCCTTTTTTCGGAGTTCTTTAAATTGCTGCTGCATTGTCTTTTTCTTTTCTT
TCTCTTTTGTACTTAATTATGTTTAAGATACCAAAACCAAATGCCTTGAGAAATCAAAAA
AATACTCCGGTTTGAAACGGTTTTTAATCCGGTTTAGACG

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1AH44TF 548 0 0
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CGCTAAGAATCCAGATGAAGAGAAATTCCGGAAAATTAGGCTCACCAACCAAACATTTCA
GGATAGGGTTGGTTCACTGAGAGGAGGAATAGAGTTCATGGAGCTATGTGGGTTTGAGAA
AATGGAAGGAGGAGAGTTCTTGTTCTTACCAAGGGACAAGATAGATTCAGCCATTATCAA
CTCAGCTGGAACAGAGCTCAATTCAGCCATCAACAACCCTTTCTTCGGAGTTCTTTAAAT
TGCTGCTGCATTGTCTTCTTCTTTTCTTTCTCTTTTGTACTTAATTATGTTTAAGATACC
AAAACCAAATGCCTTGAGAAATCAAAAAAATACTCCGGTTTGAAACGGTTTTTAATCCGG
TTTAGAC
G

QA 1 547 1 547
DS 



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GCGGAGATCACTTCTCACTCCAATTTCGCCGAGTCTACTGAGGCGGTGCTCAATCTCGTT
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GATGCTGCTGAAGAGATGGTTGTTCCAGAGGTTGACAAAAACATACTCGAGGAACTTGAA
GGGATGGGTTTCCCTAAAGCTCGTGCTACCCGAGCACTCCACTTCTCTGGTAATGCCAGT
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AAACGGATGGAGCGTGAAAGAGAGAAGGAGCGAATTAGGATTGGGAAGGAACTCTTGGAA
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TCTTCTTTCTCTTTTGTACTTTGTCAAATTATGTTTAAGATACCAAAACCAAATGCCTTG
AGAAATCAGAAAAATACTCCGGTTTGAAACGGTTTTTAATCCGGTTTAGACATTTTGCCT
ATATATATATTATGCGAGATCTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CX32TF U 1
AF RR1DK44TF U 484
AF RR1CX32JQ C 672
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RD RR1CX32TF 716 0 0
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TCGCTCAAGTGTGGCGATTGCGGTGCGCTGCTGAAGTCCGTGGAGTAGGCTCAGGAGCAT
GCGGAGATCACTTCTCACTCCAATTTCGCCGAGTCTACTGAGGCGGTGCTCAATCTCGTT
TGCACTGCTTGCAGCAAGCCTTGCCGCTCTAAAACCGGAAGTGATTTGCATACGAAAAGA
ACAGGGCATACTGAGTTTGTGGATAAGACAATGGAGACGGTTAAACCCATCAGCTTGGAA
GCAGCTCCTAAGGATGCTATGGAGATTGACAACCCTGATGATGGTTCTAGTGGTAGTGGA
GATGCTGCTGAAGAGATGGTTGTTCCAGAGGTTGACAAAAACATACTCGAGGAACTTGAA
GGGATGGGTTTCCCTAAAGCTCGTGCTACCCGAGCACTCCACTTCTCTGGTAATGCCAGT
CTCGAGGCTGCAGTTAATTGGGTGGTGGAGCATGAGAATGATCCTGACGTTGATGAATTG
CCAAAGGTACCTGCCAACTCTAAAGTTGGGCCTCCTAAACCTGTTCTTACGCCGGAAGAA
GTGAAGATAAAAGCACAAGAACTAAGGGAACGTGCGCGCAAGAAGAAAGAAGAGGAAGAA
AA*CGGATGGAGCGTGAAAGAGAGAAG*AGCGAATTAG*ATTGGGAAGGA
CTCTTG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1DK44TF 611 0 0
GGAGGCT
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AGCGTGAAAGAGAGAAGGAGCGAATTAGGATTGGGAAGGAACTCTTGGAAGCAAAGCGGA
TTGAAGAAGATAACGAAAGAAAACGTATAATCCTTTTGCGTAAAGCCGAGAAAGAAGAAG
AAAGACGGGCTAGGGAAAAGATCCGTCAAAAAGTTGAAGAAGACAAGGCTGAAAGAAGGC
GAAAACTAGGACTGCCTGCTGAAAATCCCGCAGCTGCAAAACCCTCAATGCCAGTTGTGG
AGGAGAAGAAGAGTTCATTGCCTATTAGACCCGCCACTAAGACTGAACAAATGAGAGAAT
GCTTGAGGTCGCTTAAGCAAGCCCACAAGGAGGATGATGCTAAAGTAAAGAGAGCGTTCC
AGACTCTACTGACTTACATGGGAAATGTCGCTAAGAATCCAGATGAAGAGAAATTCCGGA
AAAT

QA 8 611 8 611
DS 

RD RR1CX32JQ 793 0 0
GCGTGAAAGAGAGAAGGAGCGAATTAGGATTGGGAAGGAACTCTTGGAAGCAAAGCGGAT
TGAAGAAGATAACGAAAGAAAACGTATAATCCTTTTGCGTAAAGCCGAGAAAGAAGAAGA
AAGACGGGCTAGGGAAAAGATCCGTCAAAAAGTTGAAGAAGACAAGGCTGAAAGAAGGCG
AAAACTAGGACTGCCTGCTGAAGATCCCGCAGCTGCAAAACCCTCAATGCCAGTTGTGGA
GGAGAAGAAGAGTTCATTGCCTATTAGACCCGCCACTAAGACTGAACAAATGAGAGAATG
CTTGAGGTCGCTTAAGCAAGCCCACAAGGAGGATGATGCTAAAGTAAAGAGAGCGTTCCA
GACTCTACTGACTTACATGGGAAATGTCGCTAAGAATCCAGATGAAGAGAAATTCCGGAA
AATTAGGCTCACCAACCAAACATTTCAGGATAGGGTTGGTTCACTGAGAGGAGGAATAGA
GTTCATGGAGTTATGTGGGTTTGAGAAATTGGAAGGAGGAGAGTTCTTGTTCTTACCAAG
GGACAAGATAGATTCAGCCATTATCAACTCAGCTGGAACAGAGCTCAATTCAGCCATCAA
CAACCCTTTTTTCGGAGTTCTTTAAATTGCTGCTGCATTGTCCTCTTCTTCTTCTTTCTC
TTTTGTACTTTGTCAAATTATGTTTAAGATACCAAAACCAAATGCCTTGAGAAATCAGAA
AAATACTCCGGTTTGAAACGGTTTTTAATCCGGTTTAGACATTTTGCCTATATATATATT
ATGCGAGATCTGG

QA 1 793 1 793
DS 



AS 2 5

CO CL1351Contig1 594 2 1 U
GAACCACCAACAATGGCTGCTTCGCTCTCGTCGTCGTCGTCGATCACTTCCATTACGCTG
CAGCCGAAACCGAAAACTATTTACGGCTTAGGGACAGTAAATTTCGGTGGTTATTCGGTG
AATTCTCACGGCGTCTCTCTCCGGCGAAGTGCCGTGGTCGTGTCGGCCATCACCGGCGCT
TCAGGAACTGAAACTGCAGATTTGCTAGAGACAGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGAAAC
GAGATTCCGATCTCTGATTTATGGAAGGATAGGAAAGCCGTTGTTGCATTCGCTCGTCAT
TTCGGATGCGTGCTGTGTCGGAAACGAGCAGCTTATCTTGCGGAAAAGAAGGATGTGATG
GATGCGTCTGGTGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAAACT
TTTGTGGAACAGACAAAATTTGAAGGAGAGGTGTATGCGGATCCAAACCACGCATCATAC
GAGGCGCTTAAGTTTGCTTCAGGGGTTTCTGTGACATTTACTCCCAAAGCTGCTATGAAG
ATAATAGAGTCTTACATGGAAGGATACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F222TF U 1
AF RR1CN95TF U 1
BS 1 594 RR1CN95TF

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GG
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AGGAACTGAAACTGCAGATTTGCTAGAGACAGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGAAACGA
GATTCCGATCTCTGATTTATGGAAGGATAGGAAAGCCGTTGTTGCATTCGCTCGTCATTT
CGGATGCGTGCTGTGTCGGAAACGAGCAGCTTATCTTGCGGAAAAGAAGGATGTGATGGA
TGCGTCTGGTGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAAACTTT
TGTGGAACAGACAAAATTTGAAGGAGAGGTGTATGCGGATCCAAACCACGCATCATACGA
GGCG

QA 3 486 3 486
DS 

RD RR1CN95TF 594 0 0
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CAGCCGAAACCGAAAACTATTTACGGCTTAGGGACAGTAAATTTCGGTGGTTATTCGGTG
AATTCTCACGGCGTCTCTCTCCGGCGAAGTGCCGTGGTCGTGTCGGCCATCACCGGCGCT
TCAGGAACTGAAACTGCAGATTTGCTAGAGACAGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGAAAC
GAGATTCCGATCTCTGATTTATGGAAGGATAGGAAAGCCGTTGTTGCATTCGCTCGTCAT
TTCGGATGCGTGCTGTGTCGGAAACGAGCAGCTTATCTTGCGGAAAAGAAGGATGTGATG
GATGCGTCTGGTGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAAACT
TTTGTGGAACAGACAAAATTTGAAGGAGAGGTGTATGCGGATCCAAACCACGCATCATAC
GAGGCGCTTAAGTTTGCTTCAGGGGTTTCTGTGACATTTACTCCCAAAGCTGCTATGAAG
ATAATAGAGTCTTACATGGAAGGATACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATG

QA 1 594 1 594
DS 



CO CL1351Contig2 977 3 31 U
GATCACAAACTTGTATCAAATTTTGACCAAGCTTTACTGCAACGACAAGGAGAGATATAT
ACACTACACCCAATATGTATCGGGTTTTACGTCTTTACAAATACATACCAAATGAACACG
TTTTACTGAACGAAGTACATCAAAGTTTTATGTCCCCTATAAACTACAGGAGGAGAGGAG
ATAGAGTCTTGACTCTACGATAAAGAAACAATGATGTCTTTTCAAGCGCAACACGCTTTT
AGGATCTCTTCAACAGGCGGATCATCTCCAGCTTCTTTGTCCTTGCGGATGTAAGAGATG
TTGTTTTTCCCAGGCCCAGCAACTAGGATTCCACCTTGTTGCCAGCCGCCTCTTTCAACA
GTATCTTTCATAAACGAGAGTTTCCAGTCTTGGCGGTATCCTTCCATGTAAGACTCTATT
ATCTTCATAGCAGCTTTGGGAGTAAATGTCACAGAAACCCCTGAAGCAAACTTAAGCGCC
TCGTATGATGCGTGGTTTGGATCCGCATACACCTCTCCTTCAAATTTCGTCTGTTCCACA
AAAGTTTTGGCCTGATCGATACTTCCAGGTCCAATGAGAACAAGAGTAACACCAGACGCA
TCCATCACATCCTTCTTTTCCGCAAGATAAGCTGCTCGTTTCCGACACAGCACGCATCCG
AAATGACGAGCGAACGCAACGACAGCTTTCCTATCCTTCCATAAATCAGAGATCGGAATC
TCGTTTCCTCTCAAGTCCGAGACTTTCACCGTCTCTAGCAAATCAGCAGTTTCAGTTCCT
GAAGCGCCGGTGATGGCCGACACGACCACGGCGCTTCGCCGGAGAGAGACGCCGTGAGAA
TTCACCGAATAACCACCGAAGTTTACTGTCCCTAAGACGTGAATCGTTTTCAGTTTCGGC
TGCAGCGTAATGGGAGTGATCGTCGACGACGACGAGGAAGACGAGAGCGAAACAGCCATT
GTTTGGTGGTGGCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F222JQ U 1
AF RR1AF76JQ U 41
AF RR1AF76TF C 161
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ACCCTACACCCAATATGTATCGGGTTTTATGTCTTTACAAATACATACCAAATGAACACG
TTTTATTGAACGAAGTATATCAAAGTTTTATGTCCCCTATAAACTACAGGAGGAGAGGAG
A**GAGTCTTGACTCTACGATAAAGAA*CAATAATGTCTTTTTAAGCGCAACACGCTTTT
AGGATCTCTTCAACAGGCGGATCATCTCCAGCTTCTTTGTCCTTGCGGATGTAAAAAATG
TTTTTTTTCCCAGGCCCAGCAACTAGGATTCCACCTTGTTGCCAGCCGCCTCTTTCAACA
GTATCTTTCATAAACGAAAGTTTCTAGTCTTGGCGGTATCCTTCCATGTAAGACTCTATT
ATCTTCATAGCAGCTTTGGGAGTAAATGTCACAGAAACCCCTGAAGCAAACTTAAGCGCC
TCGTATGATGCGTGGTTTGGATCCGCATACACCTCTCCTTCAAATTTTGTCTGTTCCACA
AAAGTTTTGGCCTGATCGATACTTCCAGGTCCAATGAGAA

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DS 

RD RR1AF76JQ 782 0 0
G
ACGACAAGGAGAGATATATACACTACACCCAATATGTATCGGGTTTTACGTCTTTACAAA
TACATACCAAATGAACACGTTTTACTGAACGAAGTACATCAAAGTTTTATGTCCCCTATA
AACTACAGGAGGAGAGGAGATAGAGTCTTGACTCTACGATAAAGAAACAATGATGTCTTT
TCAAGCGCAACACGCTTTTAGGATCTCTTCAACAGGCGGATCATCTCCAGCTTCTTTGTC
CTTGCGGATGTAAGAGATGTTGTTTTTCCCAGGCCCAGCAACTAGGATTCCACCTTGTTG
CCAGCCGCCTCTTTCAACAGTATCTTTCATAAACGAGAGTTTCCAGTCTTGGCGGTATCC
TTCCATGTAAGACTCTATTATCTTCATAGCAGCTTTGGGAGTAAATGTCACAGAAACCCC
TGAAGCAAACTTAAGCGCCTCGTATGATGCGTGGTTTGGATCCGCATACACCTCTCCTTC
AAATTTCGTCTGTTCCACAAAAGTTTTGGCCTGATCGATACTTCCAGGTCCAATGAGAAC
AAGAGTAACACCAGACGCATCCATCACATCCTTCTTTTCCGCAAGATAAGCTGCTCGTTT
CCGACACAGCACGCATCCGAAATGACGAGCGAACGCAACGACAGCTTTCCTATCCTTCCA
TAAATCAGAGATCGGAATCTCGTTTCCTCTCAAGTCCGAGACTTTCACCGTCTCTAGCAA
ATCAGCAGTTTCAGTTCCTGAAGCGCCGGTGATGGCCGACACGACCACGGCGCTTCGCCG
G

QA 2 782 2 782
DS 

RD RR1AF76TF 817 0 0
AAACTACAGGAGGAGAGGAGATAGAGTCTTGACTCTACGATAAAGAAACAATGATGTCTT
TTCAAGCGCAACACGCTTTTAGGATCTCTTCAACAGGCGGATCATCTCCAGCTTCTTTGT
CCTTGCGGATGTAAGAGATGTTGTTTTTCCCAGGCCCAGCAACTAGGATTCCACCTTGTT
GCCAGCCGCCTCTTTCAACAGTATCTTTCATAAACGAGAGTTTCCAGTCTTGGCGGTATC
CTTCCATGTAAGACTCTATTATCTTCATAGCAGCTTTGGGAGTAAATGTCACAGAAACCC
CTGAAGCAAACTTAAGCGCCTCGTATGATGCGTGGTTTGGATCCGCATACACCTCTCCTT
CAAATTTCGTCTGTTCCACAAAAGTTTTGGCCTGATCGATACTTCCAGGTCCAATGAGAA
CAAGAGTAACACCAGACGCATCCATCACATCCTTCTTTTCCGCAAGATAAGCTGCTCGTT
TCCGACACAGCACGCATCCGAAATGACGAGCGAACGCAACGACAGCTTTCCTATCCTTCC
ATAAATCAGAGATCGGAATCTCGTTTCCTCTCAAGTCCGAGACTTTCACCGTCTCTAGCA
AATCAGCAGTTTCAGTTCCTGAAGCGCCGGTGATGGCCGACACGACCACGGCGCTTCGCC
GGAGAGAGACGCCGTGAGAATTCACCGAATAACCACCGAAGTTTACTGTCCCTAAGACGT
GAATCGTTTTCAGTTTCGGCTGCAGCGTAATGGGAGTGATCGTCGACGACGACGAGGAAG
ACGAGAGCGAAACAGCCATTGTTTGGTGGTGGCTCCC

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 6

CO CL1352Contig1 974 6 10 U
CATATAAAATAACATGAAAAAGTAAAGCAAAAAACAAGAATCAGAACCAAAACTGTTCTC
TCTTATTTATGGATTATACTTCTTGTACAATGAAAGCTAAAACCAACGTTTTTATTGTGT
TTTGATCAGGCGACATAGTAGATGGAGTTGGGGAGCTTGAAGGTTCTCTTGGGAAGAGGA
CAGCCTGCGAAGCTGCTCCATTGGTCTGCCATCACTCCCCAAACTCTGTAACCAAGACTC
GTTAGCCATGTCCTCTTCTCTGACTTGTACTGTTTGACTTCTTTTTGTTCATCTTCTAGC
CCCCTGAGGATGAGGTTGGACCAGCCATAATAACCGGCTTGGATGAGGTTGTCAACGGTG
GCAGATCTGAGATACTCCTTCCTGGAAGAGATCAAGAAAATCTTGATGCCTCTTTCTCTG
ATCTCGTGGTACAACTTCACCATGTGTGGCACTGATGGTGCTTTTCTCTTCTTTATCCAG
TCCTCGAATTTAGTAAAGTTCAATTTCTCTCCTCCGAAGAAGCCATTGCTCTTGTGGTAA
GGAATGGTAGAGAGAAGCGTGTCATCAATATCAAAGATCCAAGCGTCCATGCCATCACAC
TTACTCTTGCCACAACACATGCTCCCAAAATGCAGGATGACCTCATCAACGGCTCTCTCC
ACGTCATCCTCGTACTGCGATGACGTCATGTAGTTCTGGACGTGAGACACGCACTCCTGA
GGCACTACATCGAAGTTTCTGATGTTGTGTACTTCCACGTTGAACCTCCAGCTTTCGCAG
TAACGTTTCAGGTTGGTTGACAGTCCTGATGAAACGATGGCTTTTTGGCTTGGTGAAGAC
GAGCCGAGTGATTTGAGATGGTTCAAGATGTTCCAGTCACGAGCTGAGACGACTCCGATT
AAGAGTGAGGCTAGTGCTAGAGAAAGAAAGATGGATAGGTCCATGTTTTGAGAAGAAGTG
CTTTGGATCTTTCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG33JQ U 1
AF RR1H443JQ U 48
AF RR1GG33TF C 1
AF RR1H443TF C 1
AF RR1BA49JQ U 42
AF RR1BA49TF C 309
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BS 321 386 RR1H443JQ
BS 387 787 RR1BA49JQ
BS 788 974 RR1BA49TF

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QA 1 339 1 339
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TCTTATTTATGGATTATACTTCTTGTACAATGAAAGCTAAAACCAACGTTTTTATTGTGT
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CGATC

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DS 

RD RR1H443TF 457 0 0
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CCCCTGAGGATGAGGTTGGACCAGCCATAATAACCGGCTTGGATGAGGTTGTCAACGGTG
GCAGATCTGAGATACTCCTTCCTGGAAGAGATCAAGAAAATCTTGATGCCTCTTTCTCTG
ATCTCGTGGTACAACTTCACCATGTGTGGCAC
CGATC

QA 1 452 1 452
DS 

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CGG
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AACGTTTTTATTGTGTTTTGATCAGGCGACATAGTAGATGGAGTTGGGGAGCTTGAAGGT
TCTCTTGGGAAGAGGACAGCCTGCGAAGCTGCTCCATTGGTCTGCCATCACTCCCCAAAC
TCTGTAACCAAGACTCGTTAGCCATGTCCTCTTCTCTGGCTTGTACTGTTTGACTTCTTT
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ATTGCTCTTGTGGTAAGGAATGGTAGAGAGAAGCGTGTCATCAATATCAAAGATCCAAGC
GTCCATGCCATCACACTTACTCTTGCCACAACACATGCTCCCAAAATGCAGGATGACCTC
ATCAACGGCTCTCTCCACGTCATCCTCGTACTGCGATGACGTCATGTAGTTCTGGACGTG
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CCTCCAGCTTTCGCAGTAACGTT

QA 4 746 4 746
DS 

RD RR1BA49TF 666 0 0
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GAGATACTCCTTCCTGGAAGAGATCAAGAAAATCTTGATGCCTCTTTCTCTGATCTCGTG
GTACAACTTCACCATGTGTGGCACTGATGGTGCTTTTCTCTTCTTTATCCAGTCCTCGAA
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AGAGAGAAGCGTGTCATCAATATCAAAGATCCAAGCGTCCATGCCATCACACTTACTCTT
GCCACAACACATGCTCCCAAAATGCAGGATGACCTCATCAACGGCTCTCTCCACGTCATC
CTCGTACTGCGATGACGTCATGTAGTTCTGGACGTGAGACACGCACTCCTGAGGCACTAC
ATCGAAGTTTCTGATGTTGTGTACTTCCACGTTGAACCTCCAGCTTTCGCAGTAACGTTT
CAGGTTGGTTGACAGTCCTGATGAAACGATGGCTTTTTGGCTTGGTGAAGACGAGCCGAG
TGATTTGAGATGGTTCAAGATGTTCCAGTCACGAGCTGAGACGACTCCGATTAAGAGTGA
GGCTAGTGCTAGAGAAAGAAAGATGGATAGGTCCATGTTTTGAGAAGAAGTGCTTTGGAT
CTTTCC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 6

CO CL1353Contig1 1074 6 26 U
GGATATACAAACACACACACACACACACACACTTATAGGCAACGATGACAGAAGCTAGGC
ATAGGAAATTGCATAAGTTTCAGACCAAGGATGAATTGTCGGTAGCAATGGCTAAGTACA
CTGCCCATCTCTCGGAGAAGTTCTGTAAGGAGAAAGGCATTTTCACTGTTGTTCTCTCCG
GCGGTGGCCTCATCGACTGGCTCTGCAAGTTGTTGGAACCTCCCTACATAGATTCAATCG
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ACAGCAACTACAAACTCGCCATGGATGGTTTTCTCTCCAAGGTTGGGATCCCGAATAAGA
ACATCTATGCAATTGACAAACACTATGCCGCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGC
TCTACGAGGAGTGCTTGAGGAACCTAGTGAAGCAAGATATAATCCCACTATGTCCAAATG
GCAAGTATCCTCAGTTCGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGT
CTCTCTTCCCGGGACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGTAACTCACATTACCG
ACTCTCCTAAACTGCCACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTT
TGTACAATCTTATGGCCGTTTGCGACGACAACACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTG
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CTATGTGGTACCTTGACAAAGCAGCTGCATCATTGCTTTAGAGAGCTAACACACATTAAA
ATAGTGTGTCCTTTACAAAGTAGCAATAATAATCTCTCCTGTCATGCTTTGTGGAGCTTG
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ACTATACGTACCAAAATGTATTGAAAGGCCGATTTGTTGTTTATGTCTATTTATGTATCT
TGTGTTTGAGTCACAGGCTATGAGCCTGTGGTATAATAATAATAAGTTCTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1BV91TF U 1
AF RR1BO02TF U 1
AF RR1BQ50TF U 1
AF RR1B043TF U 64
AF RR1BQ50JQ C 254
AF RR1BV91JQ C 546
BS 1 65 RR1BO02TF
BS 66 66 RR1BQ50TF
BS 67 69 RR1BO02TF
BS 70 70 RR1BQ50TF
BS 71 349 RR1BO02TF
BS 350 350 RR1BQ50TF
BS 351 373 RR1BO02TF
BS 374 374 RR1BQ50TF
BS 375 445 RR1BO02TF
BS 446 446 RR1BQ50TF
BS 447 450 RR1BO02TF
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BS 452 457 RR1BO02TF
BS 458 458 RR1BQ50TF
BS 459 478 RR1BO02TF
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BS 482 482 RR1BQ50TF
BS 483 690 RR1BO02TF
BS 691 691 RR1BV91TF
BS 692 770 RR1BO02TF
BS 771 771 RR1BQ50TF
BS 772 794 RR1BO02TF
BS 795 814 RR1BQ50TF
BS 815 893 RR1B043TF
BS 894 1074 RR1BQ50JQ

RD RR1BV91TF 753 0 0
GGATACAAAC
ACACACACACACACACACACACTTATAGGCAACGATGACAGAAGCTAGGCATAGGAAATT
GCATAAGTTTCAGACCAAGGATGAATTGTCGGTAGCAATGGCTAAGTACACTGCCCATCT
CTCGGAGAAGCTCTGTAAGGAGAAAGGCATTTTCACTGTTGTTCTCTCCGGCGGTGGCCT
CATCGACTGGCTCTGCAAGTTGTTGGAACCTCCCTACATAGATTCAATCGAATGGTCAAA
GTGGCACGTCTTTTGGGTCGACGATAGGGTTTGTGCATATGAAGATCCAAACAGCAACTA
CAAACTCGCCATGGATGGTTTTCTCTCCAAGGTTGGGATCCCGAATAAGAACATCTATGC
AATTGACAAACACTATGCCGCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGCTCTACGAGGA
GTGCTTGAGGAACCTAGTGAAGCAAGATATAATCCCACTATGTCCAAATGGCAAGTATCC
TCAGTTCGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGTCTCTCTTCCC
GGGACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGTGTAACTCACATTACCGACTCTCCTAA
ACTGCCACCAAAGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTTTGTACAATCT
TATGGCCGTTTGCGACGACAACACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTGATACCTTTAA
GCACAACAATCTTGCTTTACCTG

QA 11 753 11 753
DS 

RD RR1BO02TF 794 0 0
GGATATACAAACACACACACACACACACACACTTATAGGCAACGATGACAGAAGCTAGGC
ATAGGCAATGGCATAAGTTTCAGACCAAGGATGAATTGTCGGTAGCAATGGCTAAGTACA
CTGCCCATCTCTCGGAGAAGTTCTGTAAGGAGAAAGGCATTTTCACTGTTGTTCTCTCCG
GCGGTGGCCTCATCGACTGGCTCTGCAAGTTGTTGGAACCTCCCTACATAGATTCAATCG
AATGGTCAAAGTGGCACGTCTTTTGGGTCGACGAGAGGGTTTGTGCATATGAAGATCCAA
ACAGCAACTACAAACTCGCCATGGATGGTTTTCTCTCCAAGGTTGGGATTCCGAATAAGA
ACATCTATGCAATCGACAAACACTATGCCGCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGC
TCTACGAGGAGTGCTTGAGGAACCTGGTGAGGCAAGACATAATCCCACTATGTCCAAACG
GAAAGTATCCTCAGTTCGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGT
CTCTCTTCCCGGGACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGTAACTCACATTACCG
ACTCTCCTAAACTGCCACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTT
TGTACAATCTTATGGCCGTTTGCGACGACA*CACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTG
ATATCTTTAAGCACAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCC*AAGTCGAAA
CTATGTGGTACCTT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1BQ50TF 814 0 0
GGATATACAA
ACACACACACACACACACACACTTATAGGCAACGATGACAGAAGCTAGGCATAGGAAATT
GCATAAGTTTCAGACCAAGGATGAATTGTCGGTAGCAATGGCTAAGTACACTGCCCATCT
CTCGGAGAAGTTCTGTAAGGAGAAAGGCACTTTCACTGTTGTTCTCTCCGGCGGTGGCCT
CATCGACTGGCTCTGCAAGTTGTTGGAACCTCCCTACATAGATTCAATCGAATGGTCAAA
GTGGCACGTCTTTTGGGTCGACGAGAGGGTTTGTGCATATGAAGATCCAAACAGCAACTA
CAAACTCGCCATGGATGGTTTTCTCTCCAAGGTTGGGATCCCGAATAAGAACATCTATGC
AATTGACAAACACTATGCCGCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGCTCTACGAGGA
GTGCTTGAGGAACCTAGTGAAGCAAGATATAATCCCACTATGTCCAAATGGCAAGTATCC
TCAGTTCGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGTCTCTCTTCCC
GGGACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGTAACTCACATTACCGACTCTCCTAA
ACTGCCACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTTTGTACAATCT
TATGGCCGTTTGCGACGACA*CACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTGATATCTTTAA
GCACAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCAAGTCGAAACTATGTGGTA
CCTTGACAAAGCAGCTGCATCATT

QA 11 814 11 814
DS 

RD RR1B043TF 830 0 0
GGAAATT
GCATAAGTTTCAGACCAAGGATGAATTGTCGGTAGCAATGGCTAAGTACACTGCCCATCT
CTCGGAGAAGTTCTGTAAGGAGAAAGGCATTTTCACTGTTGTTCTCTCCGGCGGTGGCCT
CATCGACTGGCTCTGCAAGTTGTTGGAACCTCCCTACATAGATTCAATCGAATGGTCAAA
GTGGCACGTCTTTTGGGTCGACGAGAGGGTTTGTGCATATGAAGATCCAAACAGCAACTA
CAAACTCGCCATGGATGGTTTTCTCTCCAAGGTTGGGATCCCGAATAAGAACATCCATGC
AATTGACAAACACTATGCCGCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGCTCTACGAGGA
GTGCTTGAGGAACCTAGTGAAGCAAGATATAATCCCACTATGTCCAAATGGCAAGTATCC
TCAGTTCGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGTCTCTCTTCCC
GGGACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGTAACTCACATTACCGACTCTCCTAA
ACTGCCACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTTTGTACAATCT
TATGGCCGTTTGCGACGACAACACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTGATATCTTTAA
GCACAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCAAGTCGAAACTATGTGGTA
CCTTGACAAAGCAGCTGCATCATTGCTTTAGAGAGCTAACACACATTAAAATAGTGTGTC
CTTTACAAAGTAGCAATAATAATCTCTCCTGTCATGCTTTGTG

QA 8 830 8 830
DS 

RD RR1BQ50JQ 821 0 0
GCACGTCTTTTGGGTCGACGAGAGGGTTTGTGCATATGAAGATCCAAACAGCAACTACAA
ACTCGCCATGGATGGTTTTCTCTCCAAGGTTGGGATCCCGAATAAGAACATCTATGCAAT
TGACAAACACTATGCCGCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGCTCTACGAGGAGTG
CTTGAGGAACCTAGTGAAGCAAGATATAATCCCACTATGTCCAAATGGCAAGTATCCTCA
GTTCGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGTCTCTCTTCCCGGG
ACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGTAACTCACATTACCGACTCTCCTAAACT
GCCACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTTTGTACAATCTTAT
GGCCGTTTGCGACGACAACACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTGATATCTTTAAGCA
CAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCAAGTCGAAACTATGTGGTACCT
TGACAAAGCAGCTGCATCATTGCTTTAGAGAGCTAACACACATTAAAATAGTGTGTCCTT
TACAAAGTAGCAATAATAATCTCTCCTGTCATGCTTTGTGGAGCTTGTTGTTGGAGTTTG
CTTGCATGTGTGTTAAATAAACGGCTAATAATGCATTTTGCGTATTTACTATACGTACCA
AAATGTATTGAAAGGCCGATTTGTTGTTTATGTCTATTTATGTATCTTGTGTTTGAGTCA
CAGGCTATGAGCCTGTGGTATAATAATAATAAGTTCTTTCG

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1BV91JQ 529 0 0
TTCCCGGGACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGTGTAACTCACATTACCGACTCT
CCTAAACTGCCACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTTTGTAC
AATTTTATGGCCGTTTGCGACGACAACACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTGATACC
TTTAAGCACAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCAAGTCGAAACTATG
TGGTACCTTGACAAAGCAGCTGCATCATTGCTTTAGAGAGCTAACACACATTAAAATAGT
GTGTCCTTTACAAAGTAGCAATAATAATCTCTCCTGTCATGCTTTGTGGAGCTTGTTGTT
GGAGTTTGCTTGCATGTGTGTTAAATAAACGGCTAATAATGCATTTTGCGTATTTACTAT
ACGTACCAAAATGTATTGAAAGGCCGATTTGTTGTTTATGTCTATTTATGTATTTTGTGT
TTGAGTCACAGGTTATGAGCCTGTGGTATAATAATAATAAGTTCTTT
TG

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 6

CO CL1354Contig1 1415 6 5 U
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ACAAAATTGATATTTTTTATCAGTCTAAGTACCAAACCGACCATGAATCCAAGAAGAACG
CAAGTCTTGGTACTAAATAAAGAAGTTCGATATTCATTTTCGATAATCCAGGAGAGACTA
GTTCAAAATATTACCGTTCACAACAAGAATCACAAATGTCTTCAGTCTTTACTTGCCTGC
AAATCTCAAGGTTGAGTCGGAGCCACAGGTGGAGGAGACTGTTGCTGCTGCGGCTGCGGC
TGCTGGGGCTCGTGATGTTCAAATTCTTTTGGTTCAGGAGATTCAAAGCGTTTTGGTTCA
TGTACGTCTTCATCCTTAGATGATGGCGCCTTTGGTGATTCAGACAAGTGAACTCTAGCA
AACTCATCAACCACTTTCCTCTTGTCTTCTTCCTCAGCCATACCAACTTTCTCTTTGGCC
TTTTGTCCAACTTCTTCAGCAGCCTTAGCCACTTTGTTGAAAGCTCCGGTGACCCACGTG
GCACCCGTGAGAACATACCGGTTCTTCATTATAGCCGACCCCGCGTTGCTCACCGTCTGC
TCAGCTGCAGCGATCGCTGATTTGGTCTTCTCCGAGACTTGGTACTTGTGATCAACTTCC
CTGACTTTATCACCCACCACGACCGTTCCGGTGTTGGTCTTGTCGGTGAAACCGAGTTTC
TTGTCGAGAGATGCGACTTTGGCGGATGCGGTGGATGTAAGCTGGTGTTTCTCGTCAACG
CTCTTGGCTTTGGCGATTGCGTCTTTGCCTAGAATGAAGCCCTTTGCGAGCATGCTGCTG
ACAACATCTTCGGCTTTTCTCAACACGGAGTCACCTGCACGGGGAGACTTGCTGCTTTCC
TTGGGCTCCAAGGAAGCTAAAGCCTCAGGAGAGAGTTGGTAATCAGGAGCCATAGTGACA
ATGACCGAAGAATCAACAATCGTTGCTCCCGAGAGAAGAACAGCAGTTTCAGCTCCTTGC
AGATCCTTGAAAGTGACATAAGCCAATTTGGACCGTTCTGTCTCGCTGAGGGTCTCGAGG
TAGAGAATGTCGCCAGAGAAGGAAAAGAACTCCTTGAGGTCACGATCGGTTGCTCCTAGA
GAAACATTGCTCACTTTGACAGTTGTCATCATCGACATGGCGGAAATCGCTTGACGCGGA
TCGGAACGTTTTAAGTTTTGTTTTTTCTCTTTGATTTTCACCTGACGAAGAAACGAAACT
TTAAGAAAATCACAGAAAGAAAGAAAAATCTATGGGAAGCGGATTTGCTGTGAGGAGACC
CCAGTTTTAACACACCCTCGGAAAACGGACGACGTGAGAGAGAGGTCTCACGTGCTTTGG
TCTGAATTCTGAAAGGGCAGTCTCTCACGTGCCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C414JQ U 57
AF RR1FX89JQ U 1
AF RR1FZ32JQ U 1
AF RR1FZ32TF C 486
AF RR1FX89TF C 580
AF RR1C414TF C 605
BS 1 402 RR1FX89JQ
BS 403 403 RR1FZ32JQ
BS 404 761 RR1FX89JQ
BS 762 1173 RR1FZ32TF
BS 1174 1415 RR1C414TF

RD RR1C414JQ 557 0 0
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AACGCAAGTCTTGGTACTAAATAAAGAAGTTCGATATTCATTTTCGATAATCCAGGAGAG
ACTAGTTCAAAATATTACCGTTCACAACAAGAATCACAAATGTCTTCAGTCTTTACTTGC
CTGCAAATCTCAAGGTTGAGCCGGAGCCACAGGTGGAGGAGACTGTTGCTGCTGCGGCTG
CGGCTGCTGGGGCTCGTGATGTTCAGATTCTTTTGGTTCAGGAGATTCAGAGCGTTTTGG
TTCATGTACGTCTTCATCCTTAGATGATGGCGCCTTTGGTGATTCAGACAAGTGAACTCT
AGCAAACTCATCAACCACTTTCCTCTTGTCTTCTTCCTCAGCCATACCAACTTTCTCTTT
GGCCTTTTGTCCAACTTCTTCAGCAGCCTTAGCCACTTTGTTGAAAGCTCCGGTGACCCA
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CTGCTCAGCTGCAGCGA

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1FX89JQ 761 0 0
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GTTCAAAATATTACCGTTCACAACAAGAATCACAAATGTCTTCAGTCTTTACTTGCCTGC
AAATCTCAAGGTTGAGTCGGAGCCACAGGTGGAGGAGACTGTTGCTGCTGCGGCTGCGGC
TGCTGGGGCTCGTGATGTTCAAATTCTTTTGGTTCAGGAGATTCAAAGCGTTTTGGTTCA
TGTACGTCTTCATCCTTAGATGATGGCGCCTTTGGTGATTCAAACAAGTGAACTCTAGCA
AACTCATCAACCACTTTCCTCTTGTCTTCTTCCTCAGCCATACCAACTTTCTCTTTGGCC
TTTTGTCCAACTTCTTCAGCAGCCTTAGCCACTTTGTTGAAAGCTCCGGTGACCCACGTG
GCACCCGTGAGAACATACCGGTTCTTCATTATAGCCGACCCCGCGTTGCTCACCGTCTGC
TCAGCTGCAGCGATCGCTGATTTGGTCTTCTCCGAGACTTGGTACTTGTGATCAACTTCC
CTGACTTTATCACCCACCACGACCGTTCCGGTGTTGGTCTTGTCGGTGAAACCGAGTTTC
TTGTCGAGAGATGCGACTTTGGCGGATGCGGTGGATGTAAG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1FZ32JQ 741 0 0
CAAATCAAATTCGCATTTTCGATTTAGTTTGGATATAGGTTTTGTTACAGACGAAGGAAG
ACAAAATTGATATTTTTTATCAGTCTAAGTACCAAACCGACCATGAATCCAAGAAGAACG
CAAGTCTTGGTACTAAATAAAGAAGTTCGATATTCATTTTCGATAATCCAGGAGAGACTA
GTTCAAAATATTACCGTTCACAACAAGAATCACAAATGTCTTCAGTCTTTACTTGCCTGC
AAATCTCAAGGTTGAGTCGGAGCCACAGGTGGAGGAGACTGTTGCTGCTGCGGCTGCGGC
TGCTGGGGCTCGTGATGTTCAAATTCTTTTGGTTCAGGAGATTCAAAGCGTTTTGGTTCA
TGTACGTCTTCATCCTTAGATGATGGCGCCTTTGGTGATTCAGACAAGTGAACTCTAGCA
AACTCATCAACCACTTTCCTCTTGTCTTCTTCCTCAGCCATACCAACTTTCTCTTTGGCC
TTTTGTCCAACTTCTTCAGCAGCCTTAGCCACTTTGTTGAAAGCTCCGGTGACCCACGTG
GCACCCGTGAGAACATACCGGTTCTTCATTATAGCCGACCCCGCGTTGCTCACCGTCTGC
TCAGCTGCAGCGATCGCTGATTTGGTCTTCTCCGAGACTTGGTACTTGTGATCAACTTCC
CTGACTTTATCACCCACCACGACCGTTCCGGTGTTGGTCTTGTCGGTGAAACCGAGTTTC
TTGTCGAGAGATGCGACTTTG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1FZ32TF 692 0 0
TCCAACTTCTTCAGCAGCTTTAGCCACTTTGTTGAAAGCTCCGGTGACCCACGTGGCACC
CGTGAGAACATACCGGTTCTTCATTATAGCCGACCCCGCGTTGCTCACCGTCTGCTCAGC
TGCAGCGATCGCTGATTTGGTCTTCTCCGAGACTTGGTACTTGTGATCAACTTCCCTGAC
TTTATCACCCACCACGACCGTTCCGGTGTTGGTCTTGTCGGTGAAACCGAGTTTCTTGTC
GAGAGATGCGACTTTGGCGGATGCGGTGGATGTAAGCTGGTGTTTCTCGTCAACGCTCTT
GGCTTTGGCGATTGCGTCTTTGCCTAGAATGAAGCCCTTTGCGAGCATGCTGCTGACAAC
ATCTTCGGCTTTTCTCAACACGGAGTCACCTGCACGGGGAGACTTGCTGCTTTCCTTGGG
CTCCAAGGAAGCTAAAGCCTCAGGAGAGAGTTGGTAATCAGGAGCCATAGTGACAATGAC
CGAAGAATCAACAATCGTTGCTCCCGAGAGAAGAACAGCAGTTTCAGCTCCTTGCAGATC
CTTGAAAGTGACATAAGCCAATTTGGACCGTTCTGTCTCGCTGAGGGTCTCGAGGTAGAG
AATGTCGCCAGAGAAGGAAAAGAACTCCTTGAGGTCACGATCGGTTGCTCCTAGAGAAAC
ATTGCTCACTTTGACAGTTGTCATCATC
CCCT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1FX89TF 595 0 0
CCCGCGTTGCTCACCGTCTGCTCAGCTGCAGCGATCGCTGATTTGGTCTTCTCCGAGACT
TGGTACTTGTGATCAACTTCCCTGACTTTATCACCCACCACGACCGTTCCGGTGTTGGTC
TTGTCGGTGAAACCGAGTTTCTTGTCGAGAGATGCGACTTTGGCGGATGCGGTGGATGTA
AGCTGGTGTTTCTCGTCAACGCTCTTGGCTTTGGCGATTGCGTCTTTGCCTAGAATGAAG
CCCTTTGCGAGCATGCTGCTGACAACATCTTCGGCTTTTCTCAACACGGAGTCACCTGCA
CGGGGAGACTTGCTGCTTTCCTTGGGCTCCAAGGAAGCTAAAGCCTCAGGAGAGAGTTGG
TAATCAGGAGCCATAGTGACAATGACCGAAGAATCAACAATCGTTGCTCCCGAGAGAAGA
ACAGCAGTTTCAGCTCCTTGCAGATCCTTGAAAGTGACATAAGCCAATTTGGACCGTTCT
GTCTCGCTGAGGGTCTCGAGGTAGAGAATGTCGCCAGAGAAGGAAAAGAACTCCTTGAGG
TCACGATCGGTTGCTCCTAGAGAAACATTGCTCACTTTGACAGTTGTCATCATC
C

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1C414TF 811 0 0
CTGCAGCGATCGCTGATTTG*TCT*CTCCGAGACTTG*TACTTGTGATCA*CTTCC*TGA
CTTTATCACCCACCACGACCGTTCCGGTGT*GATCT*GTCGGTGAAACCGAGTTTCTTGT
CGAGAGATGCGACTTTGGCGGATGCAGTGGATGTAAGCTGGTGTTTCTCGTCAACGCTCT
TGGCTTTGGCGATTGCGTCTTTGCCTAGAATGAAGCCCTTTGCGAGCATGCTGCTGACAA
CATCTTCGGCTTTTCTCAACACGGAGTCACCTGCACGGGGAGACTTGCTGCTTTCCTTGG
GCTCCAAGGAAGCTAAAGCCTCAGGAGAGAGTTGGTAATCAGGAGCCATAGTGACAATGA
CCGAAGAATCAACAATCGTTGCTCCCGAGAGAAGAACAGCAGTTTCAGCTCCTTGTAGAT
CCTTGAAAGTGACATAAGCCAATTTGGACCGTTCTGTCTCGCTGAGGGTCTCGAGGTAGA
GAATGTCGCCAGAGAAGGAAAAGAACTCCTTGAGGTCACGATCGGTTGCTCCTAGAGAAA
CATTGCTCACTTTGACAGTTGTCATCATCGACATGGCGGAAATCGCTTGACGCGGATCGG
AACGTTTTAAGTTTTGTTTTTTCTCTTTGATTTTCACCTGACGAAGAAACGAAACTTTAA
GAAAATCACAGAAAGAAAGAAAAATCTATGGGAAGCGGATTTGCTGTGAGGAGACCCCAG
TTTTAACACACCCTCGGAAAACGGACGACGTGAGAGAGAGGTCTCACGTGCTTTGGTCTG
AATTCTGAAAGGGCAGTCTCTCACGTGCCCC

QA 1 811 1 811
DS 



AS 2 6

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ATACAAACTCTTGTCTTTGATAAATAAAATAGAGAACAACCAACGTGAATACAAACATGA
AGATAGACGTTCTCCGACGTGCCTTATTCCAAAGTTTTAAATAATACAAAAAAAATAAAT
AAACAGGGATCCAAAAAGTGGTTCTCAGTTCTTTAACACAAGTTTTTTT*CTTCTGGACA
TTAAATTATCCATATAACAATGAAGATATGCAAGAAGCCATGTTCTTTCAAGATATATCA
CAACAGTTTCAGACCGGTTATTATCTATTTGGTTGGCCATGTTGCTTGTGCGGACATAAT
GATCCCCACAATAACTCCAAACAACCCCAGAGCGCTTCCGAAGATCTCAATCACAAGAAT
CTTCACAAAGAGTGTGGAGTTCTGAGCATCAAACAATGCGCAACTGCTTCCAATGATTCC
TACACATAACCCGCATACAAGGTTGGCGAATCCAACAATGATTCCGGATGCGAAGATTGC
ATATCCAGCTCGAAGAGACTCAGCGTCATACATCTTTGAAGAAGGGACACTCTCCAACTT
CGTTTGAAGGATGATGGCAACAATAACGCCATATATAGCAACAGCTTCACAAAAGATAAC
ACTGATGAGATTCTTGGAAGTGATACGAGGAGCTTCAATGGCCGCACCGATCAAACTACT
TCCCGTTATGTAAATTCCCCAGGCGGCACCGAGGACTGAGACGCCGATCGAGATGGCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 

AF RR1BN50JQ U 1
AF RR1BN50TF C 87
AF RR1CY76JQ U 5
BS 1 718 RR1BN50JQ

RD RR1BN50JQ 718 0 0
ATACAAACTCTTGTCTTTGATAAATAAAATAGAGAACAACCAACGTGAATACAAACATGA
AGATAGACGTTCTCCGACGTGCCTTATTCCAAAGTTTTAAATAATACAAAAAAAATAAAT
AAACAGGGATCCAAAAAGTGGTTCTCAGTTCTTTAACACAAGTTTTTTT*CTTCTGGACA
TTAAATTATCCATATAACAATGAAGATATGCAAGAAGCCATGTTCTTTCAAGATATATCA
CAACAGTTTCAGACCGGTTATTATCTATTTGGTTGGCCATGTTGCTTGTGCGGACATAAT
GATCCCCACAATAACTCCAAACAACCCCAGAGCGCTTCCGAAGATCTCAATCACAAGAAT
CTTCACAAAGAGTGTGGAGTTCTGAGCATCAAACAATGCGCAACTGCTTCCAATGATTCC
TACACATAACCCGCATACAAGGTTGGCGAATCCAACAATGATTCCGGATGCGAAGATTGC
ATATCCAGCTCGAAGAGACTCAGCGTCATACATCTTTGAAGAAGGGACACTCTCCAACTT
CGTTTGAAGGATGATGGCAACAATAACGCCATATATAGCAACAGCTTCACAAAAGATAAC
ACTGATGAGATTCTTGGAAGTGATACGAGGAGCTTCAATGGCCGCACCGATCAAACTACT
TCCCGTTATGTAAATTCCCCAGGCGGCACCGAGGACTGAGACGCCGATCGAGATGGCC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1BN50TF 632 0 0
TTCCAAAGTTTTAAATAATACAAAAAAAATAAATAAACAGGGATCCAAAAAGTGGTTCTC
AGTTCTTTAACACAAGTTTTTTTTCTTCTGGACATTAAATTATCCATATAACAATGAAGA
TATGCAAGAAGCCATGTTCTTTCAAGATATATCACAACAGTTTCAGACCGGTTATTATCT
ATTTGGTTGGCCATGTTGCTTGTGCGGACATAATGATCCCCACAATAACTCCAAACAACC
CCAGAGCGCTTCCGAAGATCTCAATCACAAGAATCTTCACAAAGAGTGTGGAGTTCTGAG
CATCAAACAATGCGCAACTGCTTCCAATGATTCCTACACATAACCCGCATACAAGGTTGG
CGAATCCAACAATGATTCCGGATGCGAAGATTGCATATCCAGCTCGAAGAGACTCAGCGT
CATACATCTTTGAAGAAGGGACACTCTCCAACTTCGTTTGAAGGATGATGGCAACAATAA
CGCCATATATAGCAACAGCTTCACAAAAGATAACACTGATGAGATTCTTGGAAGTGATAC
GAGGAGCTTCAATGGCCGCACCGATCAAACTACTTCCCGTTATGTAAATTCCCCAGGCGG
CACCGAGGACTGAGACGCCGATCGAGATGGC
C

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1CY76JQ 712 0 0
AAACTCTTGTCTTTGATAAATAAAATAGAGAACAACCAACGTGAATACAAACATGAAGAT
AGACGTTCTCCGACGTGCCTTATTCCAAAGTTTTAAATAATACAAAAAAAATAAATAAAC
AGGGATCCAAAAAGTGGTTCTCAGTTCTTTCACACAAGTTTTTTT*CTTCTGGACATTAA
ATTATCCATATAACAATGAAGATATGCAAGAAGCCATGTTCTTTCAAGATATATCACAAC
AGTTTCAGACCGGTTATTATCTATTTGGTTGGCCATGTTGCTTGTGCGGACATAATGATC
CCCACAATAACTCCAAACAACCCCAGAGCGCTTCCGAAGATCTCAATCACAAGAATCTTC
ACAAAGAGTGTGGAGTTCTGAGCATCAAACAATGCGCAACTGCTTCCAATGATTCCTACA
CATAACCCGCATACAAGGTTGGCGAATCCAACAATGATTCCGGATGCGAAGATTGCATAT
CCAGCTCGAAGAAACTCAGTGTCATACATCTTTGAAGAAGGGACACTCTCCAACTTCGTT
TGAAGGATGATGGCAACAATAACGCCATATATAGCAACAGCTTCACAAAAGATAACACTG
ATGAGATTCTTGGAAGTGATACGAGGAGCTTCGATGGCCGCACCGATCAAACTACTTCCC
GTTATGTAAATTCCCCAGGCGGCACCGAGGACTGAGACGCCGATCGAGATGG

QA 1 712 1 712
DS 



CO CL1355Contig2 849 3 8 U
GGGAGAGAGAGAGAGAAGCAGATCTTCTCATCACGACCCTTGCAATACGAGAGGAGAGAG
AGAGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGTCCGGAATGGTTGATGCGAGCTCGTG
GGGCGCGGCGTTGGTAAGGATCTCGCCGTACACTTTCTCCGCAATCGGAATCGCCATCTC
GATCGGCGTCTCAGTCCTCGGTGCCGCCTGGGGAATTTACATAACGGGAAGTAGTTTGAT
CGGTGCGGCCATTGAAGCTCCTCGTATCACTTCCAAAAATCTCATCAGTGTTATCTTTTG
TGAAGCTGTTGCTATATATGACGTTATTGTTGCCATCATCCTTCAAACGAAGTTGGAGAG
TGTTCCTTCTTCAAAGATGTATGACGCTGAGTCTCTTCGAGCTGGATATGCAATCTTCGC
ATCCGGAATCATTGTTGGATTCGCCAACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGG
AAGCAGTTGCGCATTATCTGATGCTCAGAACTCCACACTCTTTGTGAAGATTCTTGTGAT
TGAGATCTTCGGAAGCGCTCTGGGGTTATTTGGAGTTATTGTGGGGATCATTATGTCCGC
ACAAGCAACATGGCCGACCAAATAGATAATAACCGGTCTGAAACTGTTGTGATATATATA
TATCATGAAAGAACATGGCTTCTTGCATATCTTCATTGTTATATGGATACTTTCATGTCC
AGAAGAAAAAAACATGTGTGAAAGAACTGAGAACCACTTTTTGGATCCCTGTTTATTTAT
TTTTTTTTGTATTATTTAAAACTTTGGAATAAGGCACGTCGGAGAACGTCTATCTTCATG
TTTGTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FE53TF U 1
AF RR1CY76TF U 56
AF RR1FE53JQ C 229
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CTTCAAAGATGTATGACACTGAGTCTCTTCGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCCGGAA
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CATGGCCAACCAAATAGATAATAACCGGTCTGAAACTGTTGTGATATATCT******TGA
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AAA

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CATTATGTCCGCACAAGCAACATGGCCGACCAAATAGATAATAACCGGTCTGAAACTGTT
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DS 



AS 1 6

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ATGCTTATTGTCAGAGCTCATTATTATGTATGATGAGCCGTTTGTGTGTGTGTCTGGATG
ATAAACGTACTCTTAATAATTATT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EJ53TF U 134
AF RR1GT71TF U 1
AF RR1E318TF U 1
AF RR1EJ53JQ C 729
AF RR1E318JQ C 303
AF RR1GT71JQ C 370
BS 1 688 RR1E318TF
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GCTTTGGTTATTCTTCTCG

QA 1 199 1 199
DS 

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GGG
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GGACAGACGTGCTTTGGTTATTCTTCTCGGAGAAGGCGCAGAAGGGAAGGCCTTGCAACT
TAATGGAACTGACATTGGTGGATGGAAGGCTCTTGTTAAAGTTGAACCAGAGGAGGAAAG
AGACGAGGAGGCAGACCTTTATAGATCCTCTCTGGCTGACGAAATATATAATGA

QA 4 477 4 477
DS 

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TGTGGAGGGATACGACCCTTGTCTGCCTGAGGATGATCTCAAGAATGAATTGATTAATCA
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TCTGGACAGACGTGCTTTGGTTATTCTTCTCGGAGAAGGCGCAGAAGAGAAGGCCTTGCA
ACTTAATGGAACTGACATTGGTGGATGGAAGGCTCTTGTTAAAGTTGAACCAGAGGAGGA
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CAGATTTTGGTTTGGCGTTGCCGTTAGGGGATATGACACTTCCCTTCCTGCAGATGAAGT
CGAGAGCGCTTTGACGAAACACTTCTCTTCCTGTGGAGAGATCACCCATGTTTTTGTCTC
TACTCTCGATAAGAAGACTAATATCTATTTTCACGAAAAAGAAGGAGAAGCTAGGGCGCT
GGATCTTTGTGGAACTGAAGTGGGAGGT*CTAAAATAGCTGTTTGTCTCTTAGCTACA*T
CTTTACTAACCGTC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1EJ53JQ 176 0 0
ACCGCCCCCCTCCCGGCGGTGGAATTTGTTACGGCTACTCTGTCCCAGCTCATATGATTG
AGTTTACCCGCGAGATCCACGACAAGGTCGCTGCTTTTAAGAAGCAGAGGGCTGCTTTTA
AGAAGCAGAGGGTTTCTGTCTAGAAAATCTCTCTCAAACATCTATCTTTGGTGTTT

QA 1 176 1 176
DS 

RD RR1E318JQ 742 0 0
TGGACAGACGTGCTTTGGTTATTCTTCTCGGAGAAGGCGCAGAAGAGAAGGCCTTGCAAC
TTAATGGAACTGACATTGGTGGATGGAAGGCTCTTGTTAAAGTTGAACCAGAGGAGGAAA
GAGACGAGGAGGCAGACCTTTATAGATCCTCTCTGGCTGACGAAATATATAATGACCGCA
GATTTTGGTTTGGCGTTGCCGTTAGGGGATATGACACTTCCCTTCCTGCAGATGAAGTCG
AGAGCGCTTTGACGAAACACTTCTCTTCCTGTGGAGAGATCACCCATGTTTTTGTCTCTA
CTCTCGATAAGAAGACTAATATCTATTTTCACGAAAAAGAAGGAGAAGCTAGGGCGCTGG
ATCTTTGTGGAACTGAAGTGGGAGGTTCTAAAATAGCTGTTTGTCTTTTAGCTACAATCT
TTACTAACCGTCCCCCTCCCGGCGGTGGAATTTGTTACGGCTACTCTGTCCCAGCTCATA
TGATTGAGTTTACCCGCGAGATCCACGACAAGGTCGCTGCTTTTAAGAAGCAGAGGGCTG
CTTTTAAGAAGCAGAGGGTTTCTGTCTAGAAAATCTCTCTCAAACATCTATCTTTGGTGT
TTAATAATTAAATAAATCGTGTGAGCTTGTACAATGCAACCTTGGGGCTTTCTTACTTAT
GCTTATTGTCAGAGCTCATTATTATGTATGATGAGCCGTTTGTGTGTGT**CTGGATGAT
AAACGTACTCTTAATAATTATT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1GT71JQ 675 0 0
AACTGACATTGGTGGATGGAAGGCTCTTGTTAAAGTTGAACCAGAGGAGGAAAGAGACGA
GGAGGCAGACCTTTATAGATCCTCTCTGGCTGACGAAATATATAATGACCGCAGATTTTG
GTTTGGCGTTGCCGTTAGGGGATATGACACTTCCCTTCCTGCAGATGAAGTCGAGAGCGC
TTTGACGAAACACTTCTCTTCCTGTGGAGAGATCACCCATGTTTTTGTCTCTACTCTCGA
TAAGAAGACTAATATCTATTTTCACGAAAAAGAAGGAGAAGCTAGGGCACTGGATCTTTG
TGGAACTGAAGTGGGAGGTTCTAAAATAGCTGTTTGTCTCTTAGCTACAATCTTTACTAA
CCGTCCCCCTCCCGGCGGTGGAATTTGTTACGGCTACTCTGTCCCAGCTCATATGATTGA
GTTTACCCGCGAGATCCACGACAAGGTCGCTGCTTTTAAGAAGCAGAGGGCTGCTTTTAA
GAAGCAGAGGGTTTCTGTCTAGAAAATCTCTCTCAAACATCTATCTTTGGTGTTTAATAA
TTAAATAAATCGTGTGAGCTTGTACAATGCAACCTTGGGGCTTTCTTACTTATGCTTATT
GTCAGAGCTCATTATTATGTATGATGAGCCGTTTGTGTGTGTGTCTGGATGATAAACGTA
CTCTTAATAATTATT

QA 1 675 1 675
DS 



AS 2 6

CO CL1357Contig1 804 2 2 U
AAGAATATGAACTCATAAACGTTCTCGTATCTAAGAACAAAGTGATTGCAGTTTATTAAA
TCTTCAAAATCAGACTCTACTCGCAGGAGCTTTCATTGCGAGGCATTGTTCTTATTCCAA
ACAATCACTATTCGAAAGATAAAACTAAAAGCGTTTTTTATCAATTCTCTTTACTACTTC
TTGGCAAAGGTAACACCTTTCGCAATACTCCCTCCAAGCTCTTTCTTTGCCTTCTCTAAT
CCCATCCTCTCGTATTCGTTCAATGGTCCGAGACCGTACACTTCATCTACCCCACATCTT
CCTAGACGCACCTTTGATGCGAAGAAGGGAAGCTCAGTCACATGAGATGCCACAAATGCA
CACTCGACAATGTTTGCATCGCCTCTTAGACCCTTGAGGCAAGCATCTGCAAACTTCACT
GCTGCGTAAGCCATTGATAATGTTGCAGAACCTGCACCAGCTTTTGCCTCGATAACTTCA
GTGCCACCATTTTGGATGCGGTCTGTGAGATATTCAATCTCTTTCTGAGTGAAAGAGCAA
GGAGGCTTCACCTGAGAAAGCAGAGGCAGGATTGTAACTCCTGCGTGTCCTCCAACAACC
GGAACATCAACTTCTCGAGGATCAAGACTCATTACTTCCGCCACAAAAGTATTAGCTCTA
ACAACATCAAGCATGGTGACTCCCATGAGTTTCTTCGGATCAAAAGTACCAGCTCTCTTG
AAAACCTCCGCTGCGATCGGCACCGTGGAGTTCACGGGATTACTGATGATATTCACAATC
GCTTTGGGACAGCACTTGGCTATA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH47JQ U 1
AF RR1HA64JQ U 1
BS 1 378 RR1GH47JQ
BS 379 804 RR1HA64JQ

RD RR1GH47JQ 378 0 0
AAGAATATGAACTCATAAACGTTCTCGTATCTAAGAACAAAGTGATTGCAGTTTATTAAA
TCTTCAAAATCAGACTCTACTCGCAGGAGCTTTCATTGCGAGGCATTGTTCTTATTCCAA
ACAATCACTATTCGAAAGATAAAACTAAAAGCGTTTTTTATCAATTCTCTTTACTACTTC
TTGGCAAAGGTAACACCTTTCGCAATACTCCCTCCAAGCTCTTTCTTTGCCTTCTCTAAT
CCCATCCTCTCGTATTCGTTCAATGGTCCGAGACCGTACACTTCATCTACCCCACATCTT
CCTAGACGCACCTTTGATGCGAAGAAGGGAAGCTCAGTCACATGAGATGCCACAAATGCA
CACTCGACAATGTTTGCA

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR1HA64JQ 804 0 0
AAGAATATGAACTCATAAACGTTCTCGTATCTAAGAACAAAGTGATTGCAGTTTATTAAA
TCTTCAAAATCAGACTCTACTCGCAGGAGCTTTCATTGCGAGGCATTGTTCTTATTCCAA
ACAATCACTATTCGAAAGATAAAACTAAAAGCGTTTTTTATCAATTCTCTTTACTACTTC
TTGGCAAAGGTAACACCTTTCGCAATACTCCCTCCAAGCTCTTTCTTTGCCTTCTCTAAT
CCCATCCTCTCGTATTCGTTCAATGGTCCGAGACCGTACACTTCATCTACCCCACATCTT
CCTAGACGCACCTTTGATGCGAAGAAGGGAAGCTCAGTCACATGAGATGCCACAAATGCA
CACTCGACAATGTTTGCATCGCCTCTTAGACCCTTGAGGCAAGCATCTGCAAACTTCACT
GCTGCGTAAGCCATTGATAATGTTGCAGAACCTGCACCAGCTTTTGCCTCGATAACTTCA
GTGCCACCATTTTGGATGCGGTCTGTGAGATATTCAATCTCTTTCTGAGTGAAAGAGCAA
GGAGGCTTCACCTGAGAAAGCAGAGGCAGGATTGTAACTCCTGCGTGTCCTCCAACAACC
GGAACATCAACTTCTCGAGGATCAAGACTCATTACTTCCGCCACAAAAGTATTAGCTCTA
ACAACATCAAGCATGGTGACTCCCATGAGTTTCTTCGGATCAAAAGTACCAGCTCTCTTG
AAAACCTCCGCTGCGATCGGCACCGTGGAGTTCACGGGATTACTGATGATATTCACAATC
GCTTTGGGACAGCACTTGGCTATA

QA 1 804 1 804
DS 



CO CL1357Contig2 1294 4 16 U
GGAGACAATCAAATAATCAAACCTCTAATCGAACGCAAAAAAAAGAAGAAGCAGAGCTAT
GGATGCAAACCAACGAATCGCAAGAATCTCTGCTCATCTCAACCCTCCTAATCTCGATAA
GAATGGTTCCGGGTCGGATCTGAGACGGGTGGGTTGTCGGGCGAAAGGCGGGTCTCCAGG
ATTCAAAGTGGCGATACTTGGAGCAGCGGGAGGGATAGGACAGCCACTAGCGATGTTAAT
GAAGATGAATCCTTTGGTGTCGCTTCTTCATCTCTACGATGTTGCTAATGCTCCTGGTGT
CACCGCTGATATTAGTCACATGGACACTAGTGCCATCGTTCGTGGATTTCTCGGGCAACC
GCAGTTAGAGGAGGCACTCACGGGTATGGATCTAGTGATTATACCAGCTGGAGTTCCGAG
GAAGCCAGGGATGACGAGGGATGATCTTTTCAACATCAACGCCGGCATCGTCAGGACGCT
CTCCGAAGCTATAGCCAAGTGCTGTCCCAAAGCGATTGTGAATATCATCAGTAATCCGGT
GAACTCCACGGTGCCAATCGCAGCCGAGGTTTTCAAGAAAGCTGGTATTTTTGATCCGAA
GAAACTCATGGGAGTCACCATGCTTGATGTTGTTAGAGCTAATACTTTTGTGGCGGATGT
AATGAGTCTTGATCCTCGAGAAGTTGATGTTCCGGTTGTTGGAGGACACGCAGGAGTTAC
AATCTTGCCTCTGCTTTCTCAGGTGAAACCTCCTTGCTCTTTCACTCAGAAAGAGATTGA
ATATCTCACAGACCGCATCCAAAATGGTGGCACTGAAGTTGTCGAGGCAAAAGCTGGTGC
AGGTTCTGCAACATTATCAATGGCTTACGCAGCAGTGAAGTTTGCAGATGCTTGTCTCAG
GGGTCTACGAGGCGATGCAAGCATTGTCGAGTGTGCATTTGTGGCCTCTCATGTGACTGA
GCTTCCCTTCTTCGCATCAAAGGTGCGTCTAGGAAGATGTGGGGTCGACGAAGTGTACGG
TCTCGGACCATTGAACGAATACGAGAGGATGGGATTAGAGAAGGCAAAGAAAGAGCTTGG
AGGGAGTATTGCGAAAGGTGTCACCTTTGTCGAGAAGTAGTAAAGAGAATTGATAAAAAC
ACTTTTAGTTTTATCTTTTGGAATAGCGATTTGTTTGGAATAAGAACAATGCCTCGCAAT
GAAAGCTCCTGCGAGTAGAGTCTGATGTTGAAGATTTAATAAACTGCAATCACTTTGTTC
TTAGATACGGGAACGTTTATGAGTTCATATTCTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH47TF U 1
AF RR1HA64TF U 1
AF RR1AL83TF U 69
AF RR1AL83JQ C 510
BS 1 537 RR1GH47TF
BS 538 538 RR1AL83TF
BS 539 555 RR1GH47TF
BS 556 556 RR1AL83TF
BS 557 564 RR1GH47TF
BS 565 565 RR1AL83TF
BS 566 578 RR1GH47TF
BS 579 579 RR1AL83TF
BS 580 587 RR1GH47TF
BS 588 588 RR1AL83TF
BS 589 614 RR1GH47TF
BS 615 657 RR1HA64TF
BS 658 658 RR1AL83TF
BS 659 684 RR1HA64TF
BS 685 739 RR1AL83TF
BS 740 1294 RR1AL83JQ

RD RR1GH47TF 614 0 0
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GGATGCAAACCAACGAATCGCAAGAATCTCTGCTCATCTCAACCCTCCTAATCTCGATAA
GAATGGTTCCGGGTCGGATCTGAGACGGGTGGGTTGTCGGGCGAAAGGCGGGTCTCCAGG
ATTCAAAGTGGCGATACTTGGAGCAGCGGGAGGGATAGGACAGCCACTAGCGATGTTAAT
GAAGATGAATCCTTTGGTGTCGCTTCTTCATCTCTACGATGTTGCTAATGCTCCTGGTGT
CACCGCTGATATTAGTCACATGGACACTAGTGCCATCGTTCGTGGATTTCTCGGGCAACC
GCAGTTAGAGGAGGCACTCACGGGTATGGATCTAGTGATTATACCAGCTGGAGTTCCGAG
GAAGCCAGGGATGACGAGGGATGATCTTTTCAACATCAACGCCGGCATCGTCAGGACGCT
CTCCGAAGCTATAGCCAAGTGCTGTCCCAAAGCGATTGTGAATATCATCAGTAATCCCGT
GAACTCCACGGTGCCGATCGCAGCGGAGGTTTTCAAGAGAGCTGGTACTTTTGATCCGAA
GAAACTCATGGGAG

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1HA64TF 686 0 0
GGAGACAATCAAATAATCAAACCTCTAATCGAACGCAAAAAAAAGAAGAAGCAGAGCTAT
GGATGCAAACCAACGAATCGCAAGAATCTCTGCTCATCTCAACCCTCCTAATCTCGATAA
GAATGGTTCCGGGTCGGATCTGAGACGGGTGGGTTGTCGGGCGAAAGGCGGGTCTCCAGG
ATTCAAAGTGGCGATACTTGGAGCAGCGGGAGGGATAGGACAGCCACTAGCGATGTTAAT
GAAGATGAATCCTTTGGTGTCGCTTCTTCATCTCTACGATGTTGCTAATGCTCCTGGTGT
CACCGCTGATATTAGTCACATGGACACTAGTGCCATCGTTCGTGGATTTCTCGGGCAACC
GCAGTTAGAGGAGGCACTCACGGGTATGGATCTAGTGATTATACCAGCTGGAGTTCCGAG
GAAGCCAGGGATGACGAGGGATGATCTTTTCAACATCAACGCCGGCATCGTCAGGACGCT
CTCCGAAGCTATAGCCAAGTGCTGTCCCAAAGCGATTGTGAATATCATCAGTAATCCCGT
GAACTCCACGGTGCCGATCGCAGCGGAGGTTTTCAAGAGAGCTGGTACTTTTGATCCGAA
GAAACTCATGGGAGTCACCATGCTTGATGTTGTTAGAGCTAATACTTTTGTGGCGGAAGT
AATGAGTCTTGATCCTCGAGAAGT
GA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1AL83TF 671 0 0
G
CCAACGAATCGCAAGAATCTCTGCTCATCTCAACCCTCCTAATCTCGATGAGAATGGTTC
CGGGTCGGATCTGAGACGGGTGGGTTGTCGGGCGAAAGGCGGGTCTCCAGGATTCAAAGT
GGCGATACTTGGAGCAGCGGGAGGGATAGGACAGCCACTAGCGATGTTAATGAAGATGAA
TCCTTTGGTGTCGCTTCTTCATCTCTACGATGTTGCTAATGCTCCTGGTGTCACCGCTGA
TATTAGTCACATGGACACTAGTGCCATCGTTCGTGGATTTCTCGGGCAACCGCAGTTAGA
GGAGGCACTCACGGGTATGGATCTAGTGATTATACCAGCTGGAGTTCCGAGGAAGCCAGG
GATGACGAGGGATGATCTTTTCAACATCAACGCCGGCATCGTCAGGACGCTCTCCGAAGC
TATAGCCAAGTGCTGTCCCAAAGCGATTGTGAATATCATCAGTAATCCGGTGAACTCCAC
GGTGCCAATCGCAGCCGAGGTTTTCAAGAAAGCTGGTATTTTTGATCCGAAGAAACTCAT
GGGAGTCACCATGCTTGATGTTGTTAGAGCTAATACTTTTGTGGCGGATGTAATGAGTCT
TGATCCTCGAGAAGTTGATGTTCCGGTTGTTGGAGGACACGCAGGAGTTACAATCTTGCC
TCTGCTTTCT

QA 2 671 2 671
DS 

RD RR1AL83JQ 785 0 0
AAGCGATTGTGAATATCATCAGTAATCCGGTGAACTCCACGGTGCCAATCGCAGCCGAGG
TTTTCAAGAAAGCTGGTATTTTTGATCCGAAGAAACTCATGGGAGTCACCATGCTTGATG
TTGTTAGAGCTAATACTTTTGTGGCGGATGTAATGAGTCTTGATCCTCGAGAAGTTGATG
TTCCGGTTGTTGGAGGACACGCAGGAGTTACAATCTTGCCTCTGCTTTCTCAGGTGAAAC
CTCCTTGCTCTTTCACTCAGAAAGAGATTGAATATCTCACAGACCGCATCCAAAATGGTG
GCACTGAAGTTGTCGAGGCAAAAGCTGGTGCAGGTTCTGCAACATTATCAATGGCTTACG
CAGCAGTGAAGTTTGCAGATGCTTGTCTCAGGGGTCTACGAGGCGATGCAAGCATTGTCG
AGTGTGCATTTGTGGCCTCTCATGTGACTGAGCTTCCCTTCTTCGCATCAAAGGTGCGTC
TAGGAAGATGTGGGGTCGACGAAGTGTACGGTCTCGGACCATTGAACGAATACGAGAGGA
TGGGATTAGAGAAGGCAAAGAAAGAGCTTGGAGGGAGTATTGCGAAAGGTGTCACCTTTG
TCGAGAAGTAGTAAAGAGAATTGATAAAAACACTTTTAGTTTTATCTTTTGGAATAGCGA
TTTGTTTGGAATAAGAACAATGCCTCGCAATGAAAGCTCCTGCGAGTAGAGTCTGATGTT
GAAGATTTAATAAACTGCAATCACTTTGTTCTTAGATACGGGAACGTTTATGAGTTCATA
TTCTT

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 6

CO CL1358Contig1 1157 6 5 U
GGATTTCTCTCATAATCTTATTAGAAAAAAAAACATGGCGTTTACAAAAACCAAAAGCCT
CTGTTTCTTCACGTTCCTCCTCTCTTTCTCAACCATCTCCGACGCACGGAGGTTCGGAGT
CGGAGGTAGCGGCGCGTGGGTTCCAAACCCCCAGAAGATTATGGATCTTGGGCTGGAAAG
AGCCGTTTCCTAGTACACGACACACTCTATTTTACCTACGCCAAGGGAGCTGACTCTGTT
CTAGAGGTCAGCAAGGCTGACTACGACGGATGTAACACCAAGAATCCGATCAAGAGAGCC
GACGACGGAAACTCAGAGATCTCGCTTGATCGTTCTGGTCCGTTTTACTTCATCAGCGGT
AATGAAGATAACTGTAAGAAAGGGCAAAAGCTTACTGTCGTCGTCTTGTCTGTTAGAACT
TCGACTCCGCCTCCTCCACAAGCCGCTACGCCGGGAAACTCTCCGCCGGGTTCATTGCCA
CCTAAGTCTTCTTCCCCCGTTTCTCCGGCTACTTCTCCACCGGCCCCTATGCCACCTAAA
TCATCTTCCTCCCCTGTTTCTCCGTCCTCTGCTCCGGTGACTTCTCCGCCGGGATCAATG
TCACCTAAGTCTTCTTCCCCTGTTTCTCCGATGACTTCTCCTCCATCACCTCCGTCCTCT
GCACCGGGCTCTTCACCGTCGGGATCAATGGCACCCAAATCTTCTTCAGCCGTTTCTCCA
TCTTTGGCTCCGGGAGAATCTCCTTCCTCCATTTCCTCTTCCCCGTCTGGGATGGGTCCC
TCCAGAGATGCTCCCTCAGGTTCGGCGATGGGGCCATCAGGCTCGGGGATGGGTCCCTCT
GGAGATGGACCGTCAAGCTCCGGTGGTATTAATGCGCCGGCGGAAGCTCCAGGCGAGAAA
AAATCCTCTGCTAATGGTATGGCCGTTATGTCGGTAACTACAGTTTTTAGTCTCGTCCTA
ACCATCCTTATGTCAACTTAATAACACTTCGAGGCTAATATAGATTCATGTCGGAATTGA
TTTTCTCGATACTATTGGTCTAGTTTCATTCTAGTCTCTGCTTCTTCTTTTGTTTATTGG
TTACGCCTTTACATCGTCAGTATAGTTTGATAACTTGGATTGTTGTAATAAATAAATAGA
GACACCATATTGTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR1D033TF U 1
AF RR1CA33JQ C 828
AF RR1D033JQ C 529
AF RR1C142TF U 828
AF RR1CA33TF U 828
AF RR1FF54TF U 828
BS 1 706 RR1D033TF
BS 707 827 RR1D033JQ
BS 828 896 RR1C142TF
BS 897 897 RR1CA33TF
BS 898 1157 RR1C142TF

RD RR1D033TF 706 0 0
GGATTTCTCTCATAATCTTATTAGAAAAAAAAACATGGCGTTTACAAAAACCAAAAGCCT
CTGTTTCTTCACGTTCCTCCTCTCTTTCTCAACCATCTCCGACGCACGGAGGTTCGGAGT
CGGAGGTAGCGGCGCGTGGGTTCCAAACCCCCAGAAGATTATGGATCTTGGGCTGGAAAG
AGCCGTTTCCTAGTACACGACACACTCTATTTTACCTACGCCAAGGGAGCTGACTCTGTT
CTAGAGGTCAGCAAGGCTGACTACGACGGATGTAACACCAAGAATCCGATCAAGAGAGCC
GACGACGGAAACTCAGAGATCTCGCTTGATCGTTCTGGTCCGTTTTACTTCATCAGCGGT
AATGAAGATAACTGTAAGAAAGGGCAAAAGCTTACTGTCGTCGTCTTGTCTGTTAGAACT
TCGACTCCGCCTCCTCCACAAGCCGCTACGCCGGGAAACTCTCCGCCGGGTTCATTGCCA
CCTAAGTCTTCTTCCCCCGTTTCTCCGGCTACTTCTCCACCGGCCCCTATGCCACCTAAA
TCATCTTCCTCCCCTGTTTCTCCGTCCTCTGCTCCGGTGACTTCTCCGCCGGGATCAATG
TCACCTAAGTCTTCTTCCCCTGTTTCTCCGATGACTTCTCCTCCATCACCTCCGTCCTCT
GCACCGGGCTCTTCACCGTCGGGATCAATGGCACCCAAATCTTCTT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1CA33JQ 228 0 0
GATGGGTCCCTCTGGAGATGGACCGTCAAGCTCCGGTGGTATTAATGCGCCGGCGGAAGC
TCCAGGCGAGAAAAAATCCTCTGCTAATGGTATGGCCGTTATGTCGGTAACTACAGTTTT
TAGTCTCGTCCTAACCATCCTTATGTCAACTTAATAACACTTCGAGGCTAATATAGATTC
ATGTCGGAATTGATTTTCTCGATACTATTGGTCTAGTTTCATTCTAGT

QA 1 228 1 228
DS 

RD RR1D033JQ 629 0 0
ATGCCACCTAAATCATCTTCCTCCCCTGTTTCTCCGTCCTCTGCTCCGGTGACTTCTCCG
CCGGGATCAATGTCACCTAAGTCTTCTTCCCCTGTTTCTCCGATGACTTCTCCTCCATCA
CCTCCGTCCTCTGCACCGGGCTCTTCACCGTCGGGATCAATGGCACCCAAATCTTCTTCA
GCCGTTTCTCCATCTTTGGCTCCGGGAGAATCTCCTTCCTCCATTTCCTCTTCCCCGTCT
GGGATGGGTCCCTCCAGAGATGCTCCCTCAGGTTCGGCGATGGGGCCATCAGGCTCGGGG
ATGGGTCCCTCTGGAGATGGACCGTCAAGCTCCGGTGGTATTAATGCGCCGGCGGAAGCT
CCAGGCGAGAAAAAATCCTCTGCTAATGGTATGGCCGTTATGTCGGTAACTACAGTTTTT
AGTCTCGTCCTAACCATCCTTATGTCAACTTAATAACACTTCGAGGCTA*TATAGATTCA
TGTCGGAATTGATTTTCTCGATACTATTGGTCTAGTTTCATTCTAGTCTCTGCTTCTTCT
TTTGTTAATTGGCTACGGCTTTACATCGTCAGTATAGTTTGATAACTTGAATTGTTGTAA
TAAATAAATAGAGACACCATATTGTGCT
T

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1C142TF 330 0 0
GATGGGTCCCTCTGGAGATGGACCGTCAAGCTCCGGTGGTATTAATGCGCCGGCGGAAGC
TCCAGGCGATAAAAAATCCTCTGCTAATGGTATGGCCGTTATGTCGGTAACTACAGTTTT
TAGTCTCGTCCTAACCATCCTTATGTCAACTTAATAACACTTCGAGGCTAATATAGATTC
ATGTCGGAATTGATTTTCTCGATACTATTGGTCTAGTTTCATTCTAGTCTCTGCTTCTTC
TTTTGTTTATTGGTTACGCCTTTACATCGTCAGTATAGTTTGATAACTTGGATTGTTGTA
ATAAATAAATAGAGACACCATATTGTGCTT

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR1CA33TF 330 0 0
GATGGGTCCCTCTGGAGATGGACCGTCAAGCTCCGGTGGTATTAATGCGCCGGCGGAAGC
TCCAGGCGAGAAAAAATCCTCTGCTAATGGTATGGCCGTTATGTCGGTAACTACAGTTTT
TAGTCTCGTCCTAACCATCCTTATGTCAACTTAATAACACTTCGAGGCTAATATAGATTC
ATGTCGGAATTGATTTTCTCGATACTATTGGTCTAGTTTCATTCTAGTCTCTGCTTCTTC
TTTTGTTTATTGGTTACGCCTTTACATCGTCAGTATAGTTTGATAACTTGGATTGTTGTA
ATAAATAAATAGAGACACCATATTGTGCT
C

QA 1 329 1 329
DS 

RD RR1FF54TF 330 0 0
GATGGGTCCCTCTGGAGATGGACCGTCAAGCTCCGGTGGTATTAATGCGCCGGCGGAAGC
TCCAGGCGAGAAAAAATCCTCTGCTAATGGTATGACCGTTATGTCGGTAACTACAGTTTT
TAGTCTCGTCCTAACCATCCTTATGTCAACTTAATAACACTTCGAGGCTAATATAGATTC
ATGTCGGAATTGATTTTCTCGATACTATTGGTCCAGTTTCATTCTAGTCTCTGCTTCTTC
TTTTGTTTATTGGTTACGCCTTTACATCGTCAGTATAGTTTGATAACTTGGATTGTTGTA
ATAAATAAATAGAGACACCATATTGTGCT
T

QA 1 329 1 329
DS 



AS 1 6

CO CL1359Contig1 600 6 4 U
GGAGAGAAGAAAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAAAATGGGAGGTGTATTATCATCTGTGTTA
GGAGGTGGTGGAGAAGAAGCAGTCGCAGGGAATGAATCCGAAAATCGCGTCATGAAGTTC
AGCTCATCGGCTCGGTGGCAGCTTCACTTCAACGAGATCAAAGAATCCTCCAAACTGCTG
GTGGTTGACTTCTCAGCATCCTGGTGTGGACCTTGTAGGATGATCGAGCCTGCCTTCATT
GCCATGTCTGCCAAGTTCACTGATGTTGAATTCGTCAAATTGGATGTCGATGAACTTCCC
GATGTGGCTAAAGAGTTCAACGTGACGGGGATGCCAACTTTTGTACTGGTGAAAAATGGT
AAAGAGATTGAAAGGATCGTTGGAGCAAGGAAAGATGAACTTGAGAAGAAAGTTCTCAAA
CACAGGGCATAGTGATCCATTGAGTTAACACACCTTCACCGGATATAGCCATTGTGTAAA
ACTTATTACTATTAATAATTGGCTTTGTTGATCCCTCTTTCTCCCTTCTGTGTGATTGAT
TGAAACGGTTTACTGAAAATGTTTTTGGCTCTGCCCTATCATAATTAAGTTTATGCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 10 10 10 10 

AF RR1D348TF U 1
AF RR1GC02JQ C 57
AF RR1GC02TF U 1
AF RR1EG81TF U 1
AF RR1EG81JQ C 1
AF RR1D348JQ C 249
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BS 476 477 RR1GC02TF
BS 478 596 RR1D348TF
BS 597 600 RR1D348JQ

RD RR1D348TF 599 0 0
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GGAGGTGGTGGAGAAGAAGCAGTCGCAGGGAATGAATCCGAAAATCGCGTCATGAAGTTC
AGCTCATCGGCTCGGTGGCAGCTTCACTTCAACGAGATCAAAGAATCCTCCAAACTGCTG
GTGGTTGACTTCTCAGCATCCTGGTGTGGACCTTGTAGGATGATCGAGCCTGCCTTCATT
GCCATGTCTGCCAAGTTCACTGATGTTGAATTCGTCAAATTGGATGTCGATGAACTTCCC
GATGTGGCTAAAGAGTTCAACGTGACGGGGATGCCAACTTTTGTACTGGTGAAAAATGGT
AAAGAGATTGAAAGGATCGTTGGAGCAAGGAAAGATGAACTTGAGAAGAAAGTTCTCAAA
CACAGGGCATAGTGATCCATTGAGTTAACACACCTTCACCGGATATAGCCATTGT**AAA
ACTTATTACTATTAATAATTGGCTTTGTTGATCCCTCTTTCTCCCTTCTGTGTGATTGAT
TGAAACGGTTTACTGAAAATGTTTTTGGCTCTGCCCTATCATAATTAAGTTTATGC
ATC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1GC02JQ 541 0 0
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GCTGGTGGTTGACTTCTCAGCATCCTGGTGTGGCCCTTGTAGGATGATCGAGCCTGCCTT
CATTGCCATGTCTGCCAAGTTCACTGATGTTGAATTCGTCAAATTGGATGTCGATGAACT
TCCCGATGTGGCTAAAGAGTTCAACGTGACGGGGATGCCAACTTTTGTACTGGTGAAAAA
TGGTAAAGAGATTGAAAGGATCGTTGGAGCAAGGAAAGATGAGCTTGAGAAGAAAGTTCC
CAAACACAGGGCATAGTGATCCATTGAGTTAACACACCTTCACCGGATATAGCCATTGTG
TAAAACTTATTACTATTAATAATTGGCTTTGTTGATCCCTCTTTCTCCCTTCTGTGTGAT
TGATTGAAACGGTTTACTGAAAATGTTTTTGGCTCTGCCCTATCATAATTAAGTTTATGC
C

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1GC02TF 597 0 0
GGGTTCAGAGAAGAAAGA
AGAGAGAGAGAGAAAATGGGAGGTGTATTATCATCTGTGTTAGGAGGTGGTGGAGAAGAA
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ACTGATGTTGAATTCGTCAAATTGGATGTCGATGAACTTCCCGATGTGGCTAAAGAGTTC
AACGTGACGGGGATGCCAACTTTTGTACTGGTGAAAAATGGTAAAGAGATTGAAAGGATC
GTTGGAGCAAGGAAAGATGAGCTTGAGAAGAAAGTTCCCAAACACAGGGCATAGTGATCC
ATTGAGTTAACACACCTTCACCGGATATAGCCATTGTGTAAAACTTATTACTATTAATAA
TTGGCTTTGTTGATCCCTCTTTCTCCCTTCTGTGTGATTGATTGAAACGGTTTACTGAAA
ATGTTTTTGGCTCTGCCCTATCATAATTAAGTTTATGC
C

QA 19 596 19 596
DS 

RD RR1EG81TF 596 0 0
GGGTTCAGAGAAGAAAGA
AGAGAGAGAGAGAAAATGGGAGGTGTATTATCATCTGTGTTAGGAGGTGGTGGAGAAGAA
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CAGCTTCACTTCAACGAGATCAAAGAATCCTCCAAACTGCTGGTGGTTGACTTCTCAGCA
TCCTGGTGTGGACCTTGTAGGATGATCGAGCCTGCCTTCATCGCCATGTCTGCCAAGTTC
ACTGATGTTGAATTCGTCAAATTGGATGTCGATGAACTTCCCGATGTGGCTAAAGAGTTC
AACGTGACGGGGATGCCAACTTTTGTACTGGTGAAAAATGGTAAAGAGATTGAAAGGATC
GTTGGAGCAAGGAAAGATGAACTTGAGAAGAAAGTTCTCAAACACAGGGCATAGTGATCC
ATTGAGTTAACACACCTTCACCGGATATAGCCATTGTGTAAAACTTATTACTATTAATAA
TTGGCTTTGTTGATCCCTCTTTCTCCCTTCTGTGTGATTGATTGAAACGGTTTACTGAAA
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QA 19 596 19 596
DS 

RD RR1EG81JQ 595 0 0
GGGTTCAGAGAAGAAAGA
AGAGAGAGAGAGAAAATGGGAGGTGTATTATCATCTGTGTTAGGAGGTGGTGGAGAAGAA
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CAGCTTCACTTCAACGAGATCAAAGAATCCTCCAAACTGCTGGTGGTTGACTTCTCAGCA
TCCTGGTGTGGACCTTGTAGGATGATCGAGCCTGCCTTCATCGCCATGTCTGCCAAGTTC
ACTGATGTTGAATTCGTCAAATTGGATGTCGATGAACTTCCCGATGTGGCTAAAGAGTTC
AACGTGACGGGGATGCCAACTTTTGTACTGGTGAAAAATGGTAAAGAGATTGAAAGGATC
GTTGGAGCAAGGAAAGATGAACTTGAGAAGAAAGTTCTCAAACACAGGGCATAGTGATCC
ATTGAGTTAACACACCTTCACCGGATATAGCCATTGTGTAAAACTTATTACTATTAATAA
TTGGCTTTGTTGATCCCTCTTTCTCCCTTCTGTGTGATTGATTGAAACGGTTTACTGAAA
ATGTTTTTGGCTCTGCCCTATCATAATTAAGTTTAT
C

QA 19 594 19 594
DS 

RD RR1D348JQ 352 0 0
TGCCAAGTTCACTGATGTTGAATTCGTCAAATTGGATGTCGATGAACTTCCCGATGTGGC
TAAAGAGTTCAACGTGACGGGGATGCCAACTTTTGTACTGGTGAAAAATGGTAAAGAGAT
TGAAAGGATCGTTGGAGCAAGGAAAGATGAACTTGAGAAGAAAGTTTTCAAACCCAGGGC
ATAGTGATCCATTGAGTTAACCCCCCTTCCCCGGATATAGCCATTGT**AAAACTTATTA
CTATTAATAATTGGCTTTGTTGATCCCTCTTTTTCCCTTTTGTGTGATTGATTGAAACGG
TTTACTGAAAATGTTTTTGGTTTTGCCCTTTCATAATTAAGTTTATGCATTT

QA 1 352 1 352
DS 



AS 1 5

CO CL1360Contig1 1009 5 14 U
AAAAAAAAAAAAAAAAATGGAGTCGTCATCATCATCATCATCATCATCAGTAAAACCCAA
TCCTTTCCTCACCTTCCTTCACCACCACTGTAACCGCTTCGCCTCCGACCTCTCCTCCCG
TTTCCAAGACACCACCAAACGTTTCGCCGAATCCCTAACCACTCGACGTTTCTCTCCTCC
GCCTCCTTTCGCCTCCGTCTCGCAATCCTCCTCCAAGCCTTCGACGACTTTGAATCCATC
CCACGTCGCTAAAGCTCTAGCTGGAACCTCGGTCTTTACGGTTAGCAACACTAACAACGA
GTTCGTGCTCATCTCGGATCCTACGGGAGACAAGTCCATCGGTTTGCTCTGTTTCCGACA
AGAGGATGCTGAAGCTTTTCTTGCTCAGGCGCGTCTCCGGAGAAGAGAATTGAAAACCAA
TGCTAAGGTTGTTCCCATTAATCTTGATCAGGTGTACTTGTTAAAAGTTGAGGGGATTTC
TTTTCGCTTCTTGCCAGATCCTATCCAAATAAAGAATGCATTGGAGCTCAAGTCCTCTAG
TAGTAAGAATGGGTTTGATGGAGTTCCGGTTTTCCAGTCTGAGCTTCTTGTTGTGAGGAA
AAAAAACAAACTCTACTGCCCTGTTTATTTCAGTAAGGAAGATATAGAGAGGGAACTTTC
AAAGTATTCAAGAGCATCAAGAGGAGATCAACAAATCATGGTTGGAAGTTTGGAAGATGT
CTTGAGGAAAATGGAGAGGAGCGAGAAGAATTCAGGTTGGGAAGATGTGATATTCATTCC
ACCAGGAAGAAGCTATGCACAACACATGCAGGAGGTGATCAAAGAGATAAAATGATAGAT
GGTGAGAAACAGAGTATGTGTGTATTTTTCATTTGACAAAACGATTTCTCTTCAGATTTT
GCAATAATATCATTTGCTTAAAGAACTTTCTTACACCAACCATTCACTCTTTTGGGTTAT
TCATACCATTCAAGGGTATGGTAGTTCAAGATGTTATCCATCTTTCATT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
0 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV82TF U 1
AF RR1E190TF U 4
AF RR1H195TF U 232
AF RR1EP21JQ C 315
AF RR1H195JQ C 406
BS 1 240 RR1BV82TF
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BS 242 396 RR1BV82TF
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GAAAAA

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CCAAGACACCACCAAACGTTTCGCCGAATCCCTAACCACTCGACGTTTCTCTCCTCCGCC
TCCTTTCGCCTCCGTCTCGCAATCCTCCTCCAAGCCTTCGACGACTTTGAATCCATCCCA
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AAA

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AAGAATGGGTTTGATGGAGTTCCGGTTTTCCAGTCTGAGCTTCTTGTTGTGAGGAAAAAA
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AGAGGAGCGAGAAGAATTCAGGTTGGGAAGGTGTGATATTCATTCCACCAGGAAGAAGCT
ATGCACAACACATGCAGGAGGTGATCAAAGAGATAAAATGATAGATGGTGAGAAACAGAG
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TGCTTAAAGAACT
CC

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AGTTGAGGGGATTTCTTTTCGCTTCTTGCCAGATCCTATCCAAATAAAGAATGCATTGGA
GCTCAAGTCCTCTAGTAGTAAGAATGGGTTTGATGGAGTTCCGGTTTTCCAGTCTGAGCT
TCTTGTTGTGAGGAAAAAAAACAAACTCTACTGCCCTGTTTATTTCAGTAAGGAAGATAT
AGAGAGGGAACTTTCAAAGTATTCAAGAGCATCAAGAGGAGATCAACAAATCATGGTTGG
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TGTGATATTCATTCCACCAGGAAGAAGCTATGCACAACACATGCAGGAGGTGATCAAAGA
GATAAAATGATAGATGGTGAGAAACAGAGTATGTGTGTATTTTTCATTTGACAAAACGAT
TTCTCTTCAGATTTTGCAATAATATCATTTGCTTAAAGAACTTTCTTACACCAACCATTC
ACTCTTTTGGGTTATTCATACCATTCAAGGGTATGGTAGTTCAAGATGTTATCCATCTTT
CATT

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DS 



AS 1 6

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AAAAAAGTTCCAAGAGCTTCAAGGCTTTCTCTCATCCTCCTTTTACTTGCGATCTTCTGG
CGGTACTGATCAGAACTTAAACTCGACCGCTGCTACGATCAGACCATTCCGACGAGCCAA
CTGGCCAAAACCGTTGACTCCCCATGTAGATTTCTGGGTATCATGGGTTTGCCAAAACTC
AATCGCCTTTTCTTCGACCAACCCAACCCCACACCCGGTGACAACAACGCTGTGCTGCTT
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ATCATAGTCTTTGTACCCTGGAAGAGTATCGAACACAACAACCATAGGGCCTCTAGCTAG
CAGCTTCTCAAGCAGGATCTCATAACCAGCAAAACCATCAGGATGTGAAGGACGCCTATG
GACAATCATGTCCTTGACATAGTTGTTATCGACCATAAAGTCTCTTGCGCTCTCGAGTCG
ATCAATTCCACCTGAACCCATTAGATGCTCCTTAGAAACACCATCGAGGAGGAGTTCCAT
GGTTACTCTTTCTCCATCTATCTTATTAGCAGCCATGTAATAAGCATGGCCTAATGAAAG
AGCCGCTGCCCAACATTCACCAGATTTTTGGGTGTAGTGAGGAAGAGCTCCGATTTTTGT
TAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1FN87JQ U 1
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C

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GAGTA
C

QA 1 185 1 185
DS 

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QA 1 643 1 643
DS 

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GC
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AGATGCTCCTTAGAAACACCATCGAGGAGGAGTTCCATGGTTACTCTTTCT

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR1GK64JQ 802 0 0
G
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AGGTAAGAAACAGAGTCTAAACTCCAAAAAAGCGTAACAGTTTTAACACACATCAAAAGC
CTTAGAATCTTAAGAGTAAGAAAACGACAGAAAACAAGAGTTATTTATAACACAAAGGTG
ATTACGACAATATAAAAAAGTTCCAAGAGCTTCAAGGCTTTCTCTCATCCTCCTTTTACT
TGCGATCTTCTGGCGGTACTGATCAGAACTTAAACTCGACCGCTGCTACGATCAGACCAT
TCCGACGAGCCAACTGGCCAAAACCGTTGACTCCCCACGTAGATTTCTGGGTATCATGGG
TTTGCCAAAACTCAATCGCCTTTTCTTCGACCAACCCAACCCCACACCCGGTGACAACAA
CGCTGTGCTGCTTGTAAGTCTCAAGCACAGCTACTTGAACTTCCGTCTCATCGGGAATGT
AGATACTTTTTCCATCATAGTCTTTGTACCCTGGAAGAGTATCGAACACAACAACCATAG
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CAAGGCTTTCTCTCATCCTCCTTTTACTTGCGATCTTCTGGCGGTACTGATCAGAACTTA
AACTCGACCGCTGCTACGATCAGACCATTCCGACGAGCCAACTGGCCAAAACCGTTGACT
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AACCCAACCCCACACCCGGTGACAACAACGCTGTGCTGCTTGTAAGTCTCAAGCACAACT
ACTTGAACTTCCGTCTCATCGGGAATGTAGATACTTTTTCCATCATAGTCTTTGTACCCT
GGAAGAGTATCGAACACAACGACCATAGGGCCTCTAGCTAGCAGCTTCTCAAGCAGGATC
TCATAACCAGCAAAACCATCAGGATGTGAAGGACGCCTATGGACAATCATGTCCTTGACA
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ATCTTATTAGCAGCCATGTAATAAGCATGGCCTAATGAAAGAGCCGCTGCCCAACATTCA
CCAGATTTTTGGGTGTAGTGAGGAAGAGCTCCGATTTTTGTTAT

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DS 



AS 2 5

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CGGAGTTCTTCTCAAGGTTCACCGTTCCTAAATCTTTCGCTAAATGGGATAGCCGCCTCA
AGTGCAATCTCTACTACTACCGAACGAACTACTTCATCATGATCGTCTTTATACTTGGAT
TGGGATTTCTTACAAGGCCTCTCACCATTCTCTCTGCCCTTTTGACAGCACTAACTGTTG
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GATTCTCCCCACCTTTAGCTGCTAAAATGAGACCTCCATTGGCGCCTGTCATCCGTGGAC
GTCCATCAGCTAAGAGAGCAATCTATATCTGTGGCCAACCCCGTTGGGTCTTTGTCTTGG
TATCCTCACTTGTGAGTTTTGCCCTTTGGTATATCTCATGTGGTTTGTTCACTGTCTCTT
TGGCACTACTCATTGGGCTTCTTGCTACGATTCTTCATGCAACCTTGAGAACACCCAACT
TGAAGGCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1D366TF U 1
AF RR1H177TF U 1
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GTCCATCAGCTAAGAGAGCAATCTATATCTGTGGCCAACCCCGTTGGGTCTTTGTCTTGG
TA

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TGGGATTTCTTACAAGGCCTCTCACCATTCTCTCTGCCCTTTTGACAGCACTAACTGTTG
CATTCCTAAATGACAGCTTTGCAGGTTCCTTTAGTGAGAAGGCCACACGAACCATCAGAA
GATTCTCCCCACCTTTAGCTGCTAAAATGAGACCTCCATTGGCGCCTGTCATCCGTGGAC
GTCCATCAGCTAAGAGAGCAATCTATATCTGTGGCCAACCCCGTTGGGTCTTTGTCTTGG
TATCCTCACTTGTGAGTTTTGCCCTTTGGTATATCTCATTTGGTTTGTTCACTGTCTCTT
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TGAAG
CACGTCTTACACCT

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GG
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TTTTGTGATCGGAGAGAATGGATTGGGGAAATGTGACGGTTGAGGATCTGGTGGATGCTC
TACGAGAGGTTGACTGGTCGTCGCCGCCGCGTCCGCTATCGGAGTTCTTCTCAAGGTTCA
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TCGCCATTCTCTCTGCCCTTTTGACAGCACTAACTGTTGCATTCCTAAATGACAGCTTTG
CAGGTTCCTTTAGTGAGAAGGCCACACGAACCATCAGAAGATTCTCCCCACCTTTAGCTG
CTAAAATGAGACCTCCATTGGCGCCTGTCATCCGTGGACGTCCATCAGCTAAGAGAGCAA
TCTATATCTGTGGCCAACCCCGTTGGGTCTTTGTCTTGGTATCCTCACTTGTGAGTTTTG
CCCTTTGGTATATCTCATGTGGTTTGTTCACTGTCTCTTTGGCACTACTCATTGGGCTTC
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BQ
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15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO76JQ U 1
AF RR1D366JQ U 17
BS 1 84 RR1FO76JQ
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BS 430 450 RR1D366JQ

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CAAGACAAA
AA

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CAAGAAACAGAATCCGAGTCATGGAGCTAAAAACAAAAAAAAAAATCAAAGAGATTACAG
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GTTGCATGAAAAATCGTAGCAAGAAGCCCAATGAGTAGTGCCAAAAAAACAGTGAACAAA
CCAAATGAAATATACCAAAGGGCAAAACTCACAAGTGAGGATACCAAGACAAAGACCCAA
CGGGGTTGGCCACA

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DS 



AS 1 5

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AGCTATGGCATAAGCCTCCGTTTCTGAGCCAACAGTCTCCATCTTCTCATTCTGAGTCCC
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AGCATCCAAGAGCAAAGAAGGCAAATCCGGAGGAGTAGTTCTTGGTCTTGCAGATCCTCC
TCCGCCGCCTCCACCACCTCTGTACATTTGGACACTCATGCTGTATCTCCTAGGATCTGC
TGCATTCATACCAGACATACTCCATGTTCCTCCGTTGTCTAGATAATTACTTCTAGACGA
GATGCTTTCCTCTGTAACTTTCTCTGCTTGCCTGCGGACAGGGCTGTCCTCAGTCATGAA
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CATGTTCGAGGAGAAGAGCTTAGATCCCGACACGAACGGTGATTTGGGAAGAGCGAACTT
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GH56JQ U 4
AF RR1F227JQ U 20
AF RR1F227TF C 20
AF RR1G961JQ U 1
AF RR1G961TF C 625
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BS 22 22 RR1GH56JQ
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BS 355 442 RR1G961JQ
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BS 451 729 RR1G961JQ
BS 730 1319 RR1G961TF

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TTACAGATTGTAACAGCTACATATTCCAGAGTGACTAGACAAATTGAGATTCAAACTCTG
TTTTTTTTTCTCTGGTGAGTTAATTGATCATCTTAGTCCGGCTGGAGATGTTGGACTGCC
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TTGGAGATATTTAGGTCGCTTGATGTCCTCGTTGATCTGCTCTTTGGTTTTGCCTGTTC

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DS 

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CCA
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CATATTCCAGAGTGACTAGACAAATTGAGATTCAAACTCTGTTTTTTTTTCTCTGGTGAG
TTAATTGATCATCTTAGTCCGGCTGGAGATGTTGGACTGCCTCCTCCAGGTCTTCCCATG
GCTCTTTGGGCAAGAAACCCATCATAATCCCGTTTCTCGAAGGAACTATCCTGCGAGTTA
GCTATCTTGTCTGCGATTCCATAGTCAATGGCTGCTTGTGCTTGGAGATATTTAGGTCGC
TTGATGTCCTCGTTGATCTGCTCTTTGGTTTCGCCTGTTCCTTTAGCTAACAGCTCGATG
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C

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DS 

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CCA
ACTAGAGAACTTTTGTATGTTTCTTTTATCTTTGTGTTTGCTTACAGATTGTAACAGCTA
CATATTCCAGAGTGACTAGACAAATTGAGATTCAAACTCTGTTTTTTTTTCTCTGGTGAG
TTAATTGATCATCTTAGTCCGGCTGGAGATGTTGGACTGCCTCCTCCAGGTCTTCCCATG
GCTCTTTGGGCAAGAGACCCATCATAATCCCGTTTCTCGAAGGAACTATCCTGCGAGTTA
GCTATCTTGTCTGCGATTCCATAGTCAATGGCTGCTTGTGCTTGGAGATATTTAGGTCGC
TTGATGTCCTCGTTGATCTGCTCTTTGGTTTCGCCTGTTCCTTTAGCTAACAGCTCGATG
TAGTACTCGGTATTTGCATCAAGTTCCTTGGCCTTTATCCACATGTCAATGGCAGCTCCG
CTCGATCTGTTTACTTTTGGCAGATACAATTTTGTTGATGAATGTGGCTGAACTGCACGG
TAACCCTTTTTACCGAGAGAAAGAAGCATTGCTGCTTGACCAAAAGCCATGCCACAGTTG
ATAGTGTATACATCTGATTTGCAAT
C

QA 4 568 4 568
DS 

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GCACCAAAAAAACAAGATTCCGACTAGAGAACTTTTGTATGTTTCTTTTATCTTTGTGTT
TGCTTACAGATTGTAACAGCTACATATTCCAGAGTGACTAGACAAATTGAGATTCAAACT
CTGTTTTTTTTTCTCTGGTGAGTTAATTGATCATCTTAGTCCGGCTGGAGATGTTGGACT
GCCTCCTCCAGGTCTTCCCATGGCTCTTTGGGCAAGAGACCCATCATAATCCCGTTTCTC
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TGCTTGGAGATATTTAGGTCGCTTGATGTCCTCGTTGATCTGCTCTTTGGTTTTGCCTGT
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CCACATGTCAATGGCAGCTCCGTTCGATCAGTTTACTTTTGGCAGATACAATTTTGTTGA
TGAATGTGGCTGAACTGCACGGTAACCCTTTTTACCGAGAGAAAGAAGCATTGCTGCTTG
ACCAAAAGCCATGCCACAGTTGATAGTGTATACATCTGATTTGCAATAAGAAATGGTGTC
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GGGTGAATTGATGTATAGGTAGATGGGCTTTGCTGGATTGTCATAGTCTAACCACATAAA
CTGAGCAAC

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DS 

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CATTTGGACACTCATGCTGTATCTCCTAGGATCTGCTGCATTCATACCAGACATACTCCA
TGTTCCTCCGTTGTCTAGATAATTACTTCTAGACGAGATGCTTTCCTCTGTAACTTTCTC
TGCTTGCCTGCGGACAGGGCTGTCCTCAGTCATGAACATATCCATTTGAGCTGGATTAAG
GCCGTAGAAATATTGTGGTACATTCTTGAAGTTCTGCATCACTCCATCTTTGAGATTGTC
TCCACGGAACTGTTTGGGGATGTGTTCAAAGCTCATATCTTTAGCAGAAGCGATGCAGTT
CGATCTTCTTGTGCGTCTTGGAACAGTAGAGCAAGGCATGTTCGAGGAGAAGAGCTTAGA
TCCCGACACGAACGGTGATTTGGGAAGAGCGAACTTGGAACAGACAGATTCATGGTTGAG
CTGTGAGCTAAGAGGAGAGACCATCGAAGTCGCCC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 6

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CAGCCTAAAAGTCACAAAATAGATTAATTATATGCTTATAACAAAAATCTGATATGCCAT
ATGGATTTAACTGTACTACAAATATGTCTGGTAGAGGTTTTGTTGACAAGTTTTAGCAAC
AAAATGTTTCACCTTATTTAGTAAGTATGTTTCTTTTTT*GGGCGCAAAATACATATATG
AATACATAATTACATAAGTCACCCTGTATTACTCAGTACTTATTTATGCTTCAACACTCC
ATCATGCTTATGTTTTAACTCGCTCTCTAATCGTCCGTTAGATTCAGAGGTTCTATCCAC
CAGCCACTTTATGACATCAGTAAATACGATTTCTGAATTTTCAGGAGTTTCTCCATACAA
TAAAGCATGCCACATGTTAGGGTAAAGCTTGACTGTTTTGTCCGAGCTTGAAGCCACTTC
ATATAGCATTTTGCTGACGCTTTTGTCCGTCACTTTATCATCTTCTCCGTGAAGAACAAT
GAAAGGAATCGATACCTCGTGAAGATTCTTCTCGAGATCCAAGCTAACCAGCAAAAGTTG
GTAGGCAGTTTTGAGGCGAGGCCGGCCTTTGTAGCAATATTCGTTCTCCCTCACCTGAGT
TCTGATGTGAGGTTCTTTAATCGCAATGTCAAGAATATCACTGCCTGGAACTATTTTCCA
CGTTGGAATAAACGAGCAAAGCTTTATGAGAATTGAGATCACTACTGGATGTGGCTTTAC
CTCTTCAGCTAACTTACACATAGGTGCGACCAAAACGGCACCGTCCCAAAATTCAGGCTT
CTTTCTAGCTAAGAGCAACACAACTACTCCTCCCATGGATTCTCCAAGTAGAAACCTCAT
CTTCCCTCTATTCTCTTCTTTCTCACAAATTGTAGAGTAATGAATAGAGACATCATCAAC
TAGATCATCAAAGTTACTGATGTAACCACTTAATCCCTCGGATTTTCCGTGTCCTTCATA
GTCCATTCCATAGACTGCAAACCCAGCCTTGGCTAGCCTCGTCGCTGTACTGTTCATGGT
GATACTGGACTCCGCAGCGTAACCGTGGCATAAGAAGAGCAACGCCTTTGGTTCTTGCTT
GACCGGTTTCCATACACAAGTGAACAACTTCATGCCTCGTGAGTTCAACACAAAATTCTC
TTCATACATAACCATGATGCTCTGTTTGTATACGAAGATTATGATATTTTGTTTGTTTTA
AGGGCGTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1BL53JQ U 1
AF RR1BL53TF C 34
AF RR1AE30JQ U 115
AF RR1CR84JQ U 115
AF RR1AE30TF C 328
AF RR1CR84TF C 599
BS 1 743 RR1BL53JQ
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RD RR1BL53JQ 779 0 0
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ATGGATTTAACTGTACTACAAATATGTCTGGTAGAGGTTTTGTTGACAAGTTTTAGCAAC
AAAATGTTTCACCTTATTTAGTAAGTATGTTTCTTTTTT*GGGCGCAAAATACATATATG
AATACATAATTACATAAGTCACCCTGTATTACTCAGTACTTATTTATGCTTCAACACTCC
ATCATGCTTATGTTTTAACTCGCTCTCTAATCGTCCGTTAGATTCAGAGGTTCTATCCAC
CAGCCACTTTATGACATCAGTAAATACGATTTCTGAATTTTCAGGAGTTTCTCCATACAA
TAAAGCATGCCACATGTTAGGGTAAAGCTTGACTGTTTTGTCCGAGCTTGAAGCCACTTC
ATATAGCATTTTGCTGACGCTTTTGTCCGTCACTTTATCATCTTCTCCGTGAAGAACAAT
GAAAGGAATCGATACCTCGTGAAGATTCTTCTCGAGATCCAAGCTAACCAGCAAAAGTTG
GTAGGCAGTTTTGAGGCGAGGCCGGCCTTTGTAGCAATATTCGTTCTCCCTCACCTGAGT
TCTGATGTGAGGTTCTTTAATCGCAATGTCAAGAATATCACTGCCTGGAACTATTTTCCA
CGTTGGAATAAACGAGCAAAGCTTTATGAGAATTGAGATCACTACTGGATGTGGCTTTAC
CTCTTCAGCTAACTTACACATAG*TGCGAC*AAAACGGCACCGTCCCAAAATTCAG
ATT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1BL53TF 767 0 0
ATGCTTAAAC
AAAATCTGATATGCCATATGGATTTAACTGTACTACAAATATGTCTG*TAGAGGTTT*GT
TGACAAGTTT*AGCAACAAAATGTTTCACCTTATTTAGTAAGTATGTTTCTTTTT**GGG
CGCAAAATACATATATGAATACATAATTACATAAGTCACCCTGTATTACTCAGTACTTAT
TTATGCTTCAACACTCCATCATGCTTATGTTTTAACTCGCTCTCTAATCGTCCGTTAGAT
TCAGAGGTTCTATCCACCAGCCACTTTATGACATCAGTAAATACGATTTCTGAATTTTCA
GGAGTTTCTCCATACAATAAAGCATGCCACATGTTAGGGTAAAGCTTGACTGTTTTGTCC
GAGCTTGAAGCCACTTCATATAGCATTTTGCTGACGCTTTTGTCCGTCACTTTATCATCT
TCTCCGTGAAGAACAATGAAAGGAATCGATACCTCGTGAAGATTCTTCTCGAGATCCAAG
CTAACCAGCAAAAGTTGGTAGGCAGTTTTGAGGCGAGGCCGGCCTTTGTAGCAATATTCG
TTCTCCCTCACCTGAGTTCTGATGTGAGGTTCTTTAATCGCAATGTCAAGAATATCACTG
CCTGGAACTATTTTCCACGTTGGAATAAACGAGCAAAGCTTTATGAGAATTGAGATCACT
ACTGGATGTGGCTTTACCTCTTCAGCTAACTTACACATAGGTGCGACCAAAACGGCACCG
TCCCAAAATTCAGGATTCTTTCTAGCTAAGAGCAAC
C

QA 11 766 11 766
DS 

RD RR1AE30JQ 842 0 0
A
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ATATGAATACATAATTACATAAGTCACCCTGTATTACTCAGTACTTATTTATGCTTCAAC
ACTCCATCATGCTTATGTTTTAACTCGCTCTCTAATCGTCCGTTAGATTCAGAGGTTCTA
TCCACCAGCCAATTTATGACATCAGTAAATACGATTTCTGAATTTTCAGGAGTTTCTCCA
TACAATAAAGCATGCCACATGTTAGGGTAAAGCTTGACTGTTTTGTCCGAGCTTGAAGCC
ACTTCATATAGCATTTTGCTGACGCTTTTGTCCGTCACTTTATCATCTTCTCCGTGAAGA
ACAATGAAAGGAATCGATACCTCGTGAAGATTCTTCTCGAGATCCAAGCTAACCAGCAAA
AGTTGGTAGGCAGTTTTGAGGCGAGGCCGGCCTTTGTAGCAATATTCGTTCTCCCTCACC
TGAGTTCTGATGTGAGGTTCTTTAATCGCAATGTCAAGAATATCACTGCCTGGAACTATT
TCCCACGTTGGAATAAACGAGCAAAGCTTTATGAGAATTGAGATCACTACTGGATGTGGC
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GGCTTCTTTCTAGCTAAGAGCAACACAACTACTCCTCCCATGGATTCTCCAAGTAGAAAC
CTCATCTTCCCTCTATTCTCTTCTTTC**ACAAATTGTAGAGTAATGAATAGAGACATCA
TCAACTAGATCATCAAAGTTACTGATGTAACCACTTAATCCCTCGGATTTTCCGTGTCCT
T

QA 2 842 2 842
DS 

RD RR1CR84JQ 816 0 0
G
GCAACAAAATGTTTCACCTTATTTAGTAAGTATGTTTCTTTTTTTGGGCGCAAAATACAT
ATATGAATACATAATTACATAAGTCACCCTGTATTACTCAGTACTTATTTATGCTTCAAC
ACTCCATCATGCTTATGTTTTAACTCGCTCTCTAATCGTCCGTTAGATTCAGAGGTTCTA
TCCACCAGCCACTTTATGACATCAGTAAATACGATTTCTGAATTTTCAGGAGTTTCTCCA
TACAATAAAGCATGCCACATGTTAGGGTAAAGCTTGACTGTTTTGTCCGAGCTTGAAGCC
ACTTCATATAGCATTTTGCTGACGCTTTTGTCCGTCACTTTATCATCTTCTCCGTGAAGA
ACAATGAAAGGAATCGATACCTCGTGAAGATTCTTCTCGAGATCCAAGCTAACCAGCAAA
AGTTGGTAGGCAGTTTTGAGGCGAGGCCGGCCTTTGTAGCAATATTCGTTCTCCCTCACC
TGAGTTCTGATGTGAGGTTCTTTAATCGCAATGTCAAGAATATCACTGCCTGGAACTATT
TTCCACGTTGGAATAAACGAGCAAAGCTTTATGAGAATTGAGATCACTACTGGATGTGGC
TTTACCTCTTCAGCTAACTTACACATAGGTGCGACCAAAACGGCACCGTCCCAAAATTCA
GGCTTCTTTCTAGCTAAGAGCAACACAACTGCTCCTCCCATGGATTCTCCAAGTAGAAAC
CTCATCTTCCCTCTATTCTCTTCTTTCTCACAAATTGTAGAGTAATGAATAGAGACATCA
TCAACTAGATCATCAAAGTTACTGATGTAACCACT

QA 2 816 2 816
DS 

RD RR1AE30TF 882 0 0
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CGTCACTTTATCATCTTCTCCGTGAAGAACAATGAAAGGAATCGATACCTCGTGAAGATT
CTTCTCGAGATCCAAGCTAACCAGCAAAAGTTGGTAGGCAGTTTTGAGGCGAGGCCGGCC
TTTGTAGCAATATTCGTTCTCCCTCACCTGAGTTCTGATGTGAGGTTCTTTAATCGCAAT
GTCAAGAATATCACTGCCTGGAACTATTTCCCACGTTGGAATAAACGAGCAAAGCTTTAT
GAGAATTGAGATCACTACTGGATGTGGCTTTACCTCTTCAGCTAACTTACACATAGGTGC
GACCAAAACGGCACCGTCCCAAAATTCAGGCTTCTTTCTAGCTAAGAGCAACACAACTAC
TCCTCCCATGGATTCTCCAAGTAGAAACCTCATCTTCCCTCTATTCTCTTCTTTC**ACA
AATTGTAGAGTAATGAATAGAGACATCATCAACTAGATCATCAAAGTTACTGATGTAACC
ACTTAATCCCTCGGATTTTCCGTGTCCTTCATAGTCCATTCCATAGACTGCAAACCCAGC
CTTGGCTAGCCTCGTCGCTGTACTGTTCATGGTGATACTGGACTCCGCAGCGTAACCGTG
GCATAAGAAGAGCAACGCCTTTGGTTCTTGCTTGACCGGTTTCCATACACAAGTGAACAA
CTTCATGCCTCGTGAGTTCAACACAAAATTCTCTTCATACATAACCATGATGCTCTGTTT
GTATACGAAGATTATGATATTTTGTTTGTTTTAAGGGCGTCC

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DS 

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ACCTCTTCAGCTAACTTACACATAGGTGCGACCAAAACGGCACCGTCCCAAAATTCAGGC
TTCTTTCTAGCTAAGAGCAACACAACTGCTCCTCCCATGGATTCTCCAAGTAGAAACCTC
ATCTTCCCTCTATTCTCTTCTTTCTCACAAATTGTAGAGTAATGAATAGAGACATCATCA
ACTAGATCATCAAAGTTACTGATGTAACCACTTAATCCCTCGGATTTTCCGTGTCCTTCA
TAGTCCATTCCATAGACTGCAAACCCAGCCTTGGCTAGCCTCGTCGCTGTACTGTTCATG
GTGATACTGGACTCCGCAGCGTAACCGTGGCATAAGAAGAGCAACGCCTTTGGTTCTTGC
TTGACCGGTTTCCATACACAAGTGAACAACTTCATGCCTCGTGAGTTCAACACAAAATTC
TCTTCATACATAACCATGATGCTCTGTTTGTATACGAAGATTATGATATTTTGTTTGTTT
TAAGGGCGTC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 5

CO CL1365Contig1 1089 5 29 U
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TTTAAAAGAGGGATATGAAAACCGTAATACAATACTCTTAACACACTAAGTTTAAGATTT
AACCAAGGGTGAATGGACAAACCGATAAGACAAGAGAGAACATTCAATCAAATCAGTGTC
CTGACACAATATTGATTTTTTTTCTTTTCCTTTTTCGTGTCATTTGGGTTCTTGCTGAAG
CCACTTCTGAGACTTTGTGGATTGTGTCTTTCAAACTGAGATCATGTCCTCTTCATAATG
TATCCCAAGATTAAGCCGATTAGTCCCACCAGAAGAACGTACATGAACGGGATTCCACCA
CCACTCTGACTTCTCTTGCTTTCACGCTTCAACTTCTCC*AATTCTTGTTGAAGTCTGTT
GTTCAGTTGAATCGCAGAGTTCTTTTCCTCCGTGAGCCTTGTGATGAGAGCTCTCGCCTC
TGATGAGTTTTCCTGAGGTTCAACCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATC
AGAAGCCCCATTGTCAGAGACAGAAGCTCTAGGCGAAGAGCCCTCTTCAGACCCTTCTTC
ACGCACCGGGGACGGTGGACGAGGTGGATCAACGTAGACAACTCTCAATTTAGTCTCCTC
AACTCGATGCCCTGCCTCTTTACTAAACATCTCAGGAGTAACATCCTTGGGAGTGACTCC
AGGAGTAGAGACAACACACTGAAGCAAGAACTTGTCCTTGCACTGCATATCACCTGGAGC
TTCCTTTTGCGCTTGCATCGTCACTAGA*ACTTC**AGAAGAGGATCTGGGAAGCACAAC
GCCAGCGTTAGGCCTCACACAATACTTCTTCGGATTCATCGTTTTTACCTTGAAGGCGAC
GTAATCGTCGGTTTTGTTAGCTAGATAGAGAGAGCAAGAGATCTGTTTCTTCAATTCAAA
AGGGAATTGAAGATCGATAGGATCGATGTCGAGCAGCGCGTTACTCATTCTGATAAGATC
TCCGGTGAGTTTAATCGTTTTCCGGTGAAGAGAAGAGAGTTTTGGCGTTGATGTATATGC
AATGCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 5 5 25 5 5 5 5 5 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 

AF RR1DU52JQ U 31
AF RR1AW86JQ U 1
AF RR1B692JQ U 13
AF RR1AW86TF C 208
AF RR1DU52TF C 301
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RD RR1DU52JQ 521 0 0
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AATACTCTTAACACACTAAGTTTAAAATTTAACCAAGGGTGAATGGACAAACCGATAAAA
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TTTTTCGTGTCATTTGGGTTCTTGCTGAAGCCACTTCTGAAACTTTGTGGATTGTGTCTT
TCAAACTGAAATCATGCCCTCTTCATAATGTATCCCAAGATTAAGCCGATTAGTCCCACC
AAAAAAACGTACATGAACGGGATTCCACCACCACTCTGACTTCTCTTGCTTTCACGCTTC
AACTTCTCC*AATTCTTGTTGAAGTCTGTTGTTCAGTTGAATCGCAAAGTTCTTTTCCTC
CGTGAGCCTTGTGATGAGAGCTCTCGCCTCTGATGAGTTTTCCTGAGGTTCAACCCTGTC
CACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATCAAAAGCCCCAT

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1AW86JQ 619 0 0
CCTCCCAGTATTATTCAATAGAACACACATAAACAAATGATCCCTTGGATTACAAAAGTT
TTTAAAAGAGGGATATGAAAACCGTAATACAATACTCTTAACACACTAAGTTTAAGATTT
AACCAAGGGTGAATGGACAAACCGATAAGACAAGAGAGAACATTCAATCAAATCAGTGTC
CTGACACAATATTGATTTTTTTTCTTTTCCTTTTTCGTGTCATTTGGGTTCTTGCTGAAG
CCACTTCTGAGACTTTGTGGATTGTGTCTTTCAAACTGAGATCATGTCCTCTTCATAATG
TATCCCAAGATTAAGCCGATTAGTCCCACCAAAAGAACGTACATGAACGGGATTCCACCA
CCACTCTGACTTCTCTTGCTTTCACGCTTCAACTTCTCC*AGTTCTTGTTGAAGTCTGTT
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TGATGAGTTTTCCTGAGGTTCAACCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATC
AGAAGCCCCATTGTCAGAGACAGAAGCTCTAGGCGAAGAGCCCTCTTCAGACCCTTCTTC
ACGCACCGGGGACGGTGGA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1B692JQ 821 0 0
G
TTCAATAGAACACACATAAACAAATGATCTCTTGGATTACAAAAGTTTTTAAAAGAGGGA
TATGAAAACCGTAATACAATACTCTTAACACACTAAGTTTAAGATTTAACCAAGGGTGAA
TGGACAAACCGATAAGACAAGAGAGAACATTCAATCAAATCAGTGTCCTGACACAATATT
GATTTTTTTTCTTTTCCTTTTTCGTGTCATTTGGGTTCTTGCTGAAGCCACTTCTGAGAC
TTTGTGGATTGTGTCTTTCAAACTGAGATCATGTCCTCTTCATAATGTATCCCAAGATTA
AGCCGATTAGTCCCACCAGAAGAACGTACATGAACGGGATTCCACCACCACTCTGACTTC
TCTTGCTTTCACGCTTCAACTTCTCC*AATTCTTGTTGAAGTCTGTTGTTCAGTTGAATC
GCAGAGTTCTTTTCCTCCGTGAGCCTTGTGATGAGAGCTCTCGCCTCTGATGAGTTTTCC
TGAGGTTCAACCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATCAGAAGCCCCATTG
TCAGAGACAGAAGCTCTAGGCGAAGAGCCCTCTTCAGACCCTTCTTCACGCACCGGGGAC
GGTGGACGAGGTGGATCAACGTAGACAACTCTCAATTTAGTCTCCTCAACTCGATGCCCT
GCCTCTTTACTAAACATCTCAGGAGTAACATCCTTGGGAGTGACTCCAGGAGTAGAGACA
ACACACTGAAGCAAGAACTTGTCCTTGCACTGCATATCACCTGGAGCTTCCTTTTGCGCT
TGCATCGTCACTATATAGTTCCCAAAAGACAGTAATCAAA

QA 2 821 2 821
DS 

RD RR1AW86TF 882 0 0
TTTC
TTTTCGTGTCATTTGGGTC**TGCTGAAGCCACT*CTGAGACTTTGTGA**TGTGTCTTT
CAAACTGAGATCATGTCCTCT*CATAATGTATCCCAAGATTAAGCCGATTAGTCCCACCA
GAAGAACGTACATGAACGGGATTCCACCACCACTCTGACTTCTCTTGCTTTCACGCTTCA
ACTTCTCCCAGTTCTTGTTGAAGTCTGTTGTTCAGTTGAATCGCAGAGTTCTTTTCCTCC
GTGAGCCTTGTGATGAGAGCTCTCGCCTCTGATGAGTTTTCCTGAGGTTCAACCCTGTCC
ACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATCAGAAGCCCCATTGTCAGAGACAGAAGCTCTA
GGCGAAGAGCCCTCTTCAGACCCTTCTTCACGCACCGGGGACGGTGGACGAGGTGGATCA
ACGTAGACAACTCTCAATTTAGTCTCCTCAACTCGATGCCCTGCCTCTTTACTAAACATC
TCAGGAGTAACATCCTTGGGAGTGACTCCAGGAGTAGAGACAACACACTGTAGCAAGAAC
TTGTCCTTGCACTGCATATCACCTGGAGCTTCCTTTTGCGCTTGCATCGTCACTAGA*AC
TTC**AGAAGAGGATCTGGGAAGCACAACGCCAGCGTTAGGCCTCACACAATACTTCTTC
GGATTCATCGTTTTTACCTTGAAGGCGACGTAATCGTTG*TTTTGTTAGCTAGATAGAGA
GAGCAAGAGATCTGTTTCTTCAATTCAAAAGGGAATTGAAGATCGATAGGATCGATGTCG
AGCAGCGCGTTACTCATTCTGATAAGATCTCCGGTGAGTTTAATCGTTTTCCGGTGAAGA
GAAGAGAGTTTTGGCGTTGATGTATATGCAATGCACCC

QA 5 882 5 882
DS 

RD RR1DU52TF 787 0 0
TATCCCAAGATTA*GCCGAT*AGTCCCACCAGAAGAACGTACATGAACGGGAT*CCACCA
CCACTCTGACTTCTCT*GCTTTCACGCTTCAACTTCTCC*AATTCTTGTTGAAGTCTGTT
GTTCAGTTGAATCGCAGAGTTCTTTTCCTCCGTGAGCCTTGTGATGAGAGCTCTCGCCTC
TGATGAGTTTTCCTGAGGTTCAACCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATC
AGAAGCCCCATTGTCAGAGACAGAAGCTCTAGGCGAAGAGCCCTCTTCAGACCCTTCTTC
ACGCACCGGGGACGGTGGACGAGGTGGATCAACGTAGACAACTCTCAATTTAGTCTCCTC
AACTCGATGCCCTGCCTCTTTACTAAACATCTCAGGAGTAACATCCTTGGGAGTGACTCC
AGGAGTAGAGACAACACACTGAAGCAAGAACTTGTCCTTGCACTGCATATCACCTGGAGC
TTCCTTTTGCGCTTGCATCGTCACTAGA*ACTTC**AGAAGAGGATCTGGGAAGCACAAC
GCCAGTGTTAGGCCTCACACAATACTTCTTCGGATTCGTCGTTTTTACCTTGAAGGCGAC
GTAATCGTCGGTTTTGTTAGCTAGATAGAGAGAGCAAGAGATCTGTTTCTTCAATTCAAA
AGGGAATTGAAGATCGATAGGATCGATGTCGAGCAGCGCGTTACTCATTCTGATAAGATC
TCCGGTGAGTTTAATCGTTTTCCGGTGAAGAGAGGAGAGTTTTGGCGTTGATGTATATGC
AATGC
CC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 6

CO CL1366Contig1 590 6 3 U
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TCTTAACTTTGGAACTCAACGAGCCGTTATCACCAGCGAGGCTCGTCCAGTTCGTCTCAC
AGGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGAGTCTTGGTTCAAGAACAACGAACCGGATGGT
GAACTTTAGGCCAGTAAAAGCAACGCCAGAAGGAGTGATATCGGATAAAGTGGAGAAGAG
CATCAAGGACGCCGAGGAGGCTTGTGCTGGCGACCCTGCGAGCGGAGAGTGTGTAGCTGC
GTGGGACGAGGTCGAAGAGCTTAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACAAGAAGAAAGA
CTCCGACCCTTTGGAGGAGTACTGCAAAGACAATCCCGAGACTAACGAGTGTCGTACTTA
CGACAACTGAAACTGATCTCCATCATGTTCCAGGATCCCGTCCTTATATTACATAAAAAT
CATTTGTTTCGGTCAATTTGTTGTTATGATATGAATACTGTCTTTGAGACTCAAGCAGGT
TATATAATTTGTAATTTTGCAAGATTCATATAATATATAAAAAGCAACGC


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GO24TF U 1
AF RR1FR45TF U 1
AF RR1FF73JQ C 1
AF RR1FZ18JQ C 61
AF RR1FZ18TF U 1
AF RR1FF73TF U 1
BS 1 530 RR1FR45TF
BS 531 578 RR1FZ18TF
BS 579 590 RR1FF73TF

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AGGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGAGTCTTGGTTCAAGAACAACGAACCGGATGGT
GAACTTTAGGCCAGTAAAAGCAACGCCGGAAGGAGTGATATCGGATAAAGTGGAGAAGAG
CATCAAGGACGCCGAGGAGGCTTGTGCTGGCGACCCTGCGAGCGGAGAGTGTGTAGCTGC
GTGGGACGAGGTCGA

QA 1 315 1 315
DS 

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TCTTAACTTTGGAACTCAACGAGCCGTTATCACCAGCGAGGCTCGTCCAGTTCGTCTCAC
AGGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGAGTCTTGGTTCAAGAACAACGAACCGGATGGT
GAACTTTAGGCCAGTAAAAGCAACGCCAGAAGGAGTGATATCGGATAAAGTGGAGAAGAG
CATCAAGGACGCCGAGGAGGCTTGTGCTGGCGACCCTGCGAGCGGAGAGTGTGTAGCTGC
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QA 1 530 1 530
DS 

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AGGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGAGTCTTGGTTCAAGAACAACGAACCGGATGGT
GAACTTTAGGCCAGTAAAAGCAACGCCAGAAGGAGTGATATCGGATAAAGTGGAGAAGAG
CATCAAGGACGCCGAGGAGGCTTGTGCTGGCGACCCTGCGAGCGGAGAGTGTGTAGCTGC
GTGGGACGAGGTCGAAGAGCTTAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACAAGAAGAAAGA
CTCCGACCCTTTGGAGGAGTACTGCAAAGACAATCCCGAGACTAACGAGTGCCGTACTTA
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DS 

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CTCCGACCCTTTGGAGGAGTACTGCAAAGACAATCCCGAGACTAACGAGTGTCGTACTTA
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QA 1 518 1 518
DS 

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TATATAATTTGTAATTTTGCAAGATTCATATAATATAT

QA 1 578 1 578
DS 

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GAACTTTAGGCCAGTAAAAGCAACGCCAGAAGGAGTGATATCGGATAAAGTGGAGAAGAG
CATCAAGGACGCCGAGGAGGCTTGTGCTGGCGACCCTGCGAGCGGAGAGTGTGTAGCTGC
GTGGGACGAGGTCGAAGAGCTTAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACAAGAAGAAAGA
CTCCGACCCTTTGGAGGAGTACTGCAAAGACAATCCCGAGACTAACGAGTGCCGTACTTA
CGACAACTGAAACTGATCTCCATCATGTTCCAGGATCCCGTCCTTATATTACATAAAAAT
CATTTGTTTCGGTCAATTTGTTGTTATGATATGAATACTGTCTTTGAGACTCAAGCAGGT
TATATAATTTGTAATTTTGCAAGATTCATATAATATATAAAAAGCAACGC

QA 1 590 1 590
DS 



AS 2 6

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TATGCACTCCTAGCACATGGCTAGAGCCGGGACTGTTTACGGGTATTCGCAAAAACTATT
GTTTTTATTCGGAAAATGTATCTAACAAGTCGACATCACTGATGCTTCAAATTGATTGGA
CAAGAGTCAAGACAATTAATCTTGGTGTTCATCATCTTCACCTTCTGAGTCAGAACGAAC
GTCTCTCTCGATTTTGCCTTTGGAACGGATTTGGCTGATGAGCACACGACATATCAAGAC
CCACCAGTAGATGTGAAGAATCTGTAAGCACCAGAGAAGTGTGTTGAAAACGTAGTACAC
TGTAAATGGCAGTCCAGTTTCCATCGTATGCTTCTTGTCCCACTCCAGTTTCACGTTTAT
GGATTCATAGCTGGTACTCCATAGGATCCATAAAGGGTAATAGACGAGTCGCAAAGCCGT
CCACGACAGGAAAAACAGGATGAACGAGACGCTAGTCATGGATTCTAAGCCGCTGTATTT
GCACATCTTGCCTATCTCTAGAAACACGTCGCTGATGTCGTGAAGAGCCAATATTACTGA
ACCTATACGAGCAAATCTGAAAACGTAAGACAAAATGATGAGGAATGAAGTTACAATGTG
ATGAACTATCATGACTTTGAAATCAGATCGTCTTGTTTCCCAAAAGAACAAAGCAAAGAA
AGAATATACATTCAACCCGCCCACAAACATGTACAATCCCTTCATTTTCATCTTTATCTT
TTGGCCAGGCCATATCTGGTCTCCTGGTCCTAACCAGAAGCATCTTGTGTCTTTAAACCA
TGGCTCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FI19JQ U 28
AF RR1F138JQ U 1
AF RR1FO95JQ U 168
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TTCATCATCTTCACCTTCTGAGTCAGAACGAACGTCTCTCTCGATTTTGCCTTTGGAACG
GATTTGGCTGATGAGCACACGGCATATCAAGACCCACCAGTAGATGTGAAGAATCTGTAA
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CCATAAAGGGTAATAGACGAGTCGC

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CAAAACTCACTGAGCTAAAACACACTGAAAAAACCAATTAAAAACCAGAGACCCTATGCA
TATGCACTCCTAGCACATGGCTAGAGCCGGGACTGTTTACGGGTATTCGCAAAAACTATT
GTTTTTATTCGGAAAATGTATCTAACAAGTCGACATCACTGATGCTTCAAATTGATTGGA
CAAGAGTCAAGACAATTAATCTTGGTGTTCATCATCTTCACCTTCTGAGTCAGAACGAAC
GTCTCTCTCGATTTTGCCTTTGGAACGGATTTGGCTGATGAGCACACGACATATCAAGAC
CCACCAGTAGATGTGAAGAATCTGTAAGCACCAGAGAAGTGTGTTGAAAACGTAGTACAC
TGTAAATGGCAGTCCAGTTTCCATCGTATGCTTCTTGTCCCACTCCAGCTTCACGTTTAT
GGATTCATAGCTGGTACTCCATAGGATCCATAAAGGGTAATAGACGAGTCGCAGAGCCGT
CCACGACAGGAAAAACAGGATGAACGAGACGCTAGTCATGGATTCTAAGCCGCTGTATTT
GCACATCTTGCCTATCTCTAGAAACACGTCGCTGATGTCGTGAAGAGCCAATATTACTGA
ACCTATACGAGCAAATCTGAAAACGTAAGACAAAATGATGAGGAATGAAGTTACAATGTG
ATGAACTATCATGACTTTGAAATCAGATCGTCTTGTTTCCCA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1FO95JQ 742 0 0
CGCAAAAACTATTGTTTTTATTCGGAAAATGTATCTAACAAGTCGACATCACTGATGCTT
CAAATTGATTGGACAAGAGTCAAGACAATTAATCTTGGTGTTCATCATCTTCACCTTCTG
AGTCAGAACGAACGTCTCTCTCGATTTTGCCTTTGGAACGGATTTGGCTGATGAGCACAC
GACATATCAAGACCCACCAGTAGATGTGAAGAATCTGTAAGCACCAGGGAAGTGTGTTGA
AAACGTAGTACACTGTAAATGGCAGTCCAGTTTCCATCGTATGCTTCTTGTCCCACTCCA
GTTTCACGTTTATGGATTCATAGCTGGTACTCCGTAGGATCCATAAAGGGTAATAGACGA
GTCGCAAAGCCGTCCACGACAGGAAAAACAGGATGAACGAGACGCTAGTCATGGATTCTA
AGCCGCTGTATTTGCACATCTTGCCTATCTCTAGAAACACGTCGCTGATGTCGTGAAGAG
CCAATATTACTGAACCTATACGAGCAAATCTGAAAACGTAAGACAAAATGATGAGGAATG
AAGTTACAATGTGATGAACTATCATGACTTTGAAATCAGATCGTCTTGTTTCCCAAAAGA
ACAAAGCAAAGAAAGAATATACATTCAACCCGCCCACAAACATGTACAATCCCTTCATTT
TCATCTTTATCTTTTGGCCAGGCCATATCTGGTCTCCTGGTCCTAACCAGAAGCATCTTG
TGTCTTTAAACCATGGCTCCTT

QA 1 742 1 742
DS 



CO CL1367Contig2 848 3 9 U
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TTCTTGTAGGATCTTGACTAAAATGGATCTCAAAATCTTGAATTGGGACTGGGATCAAGA
ATCTTACCCAGCTTCTTCTGATTTCTGGGTCCTCATCTTCTTCGCTCCCTTCTTCCTTTT
TCTCCGAATCATACTCGACAGATCCATATTTGAGAGAGTCGCTAGTAGTATGGTGTTTCC
TAGAGGAAGCTCTGCTGATTCAAACGGTAGAGGAAAGAGGATAGTGAAATTCAAAGAATC
AGCTTGGAAATGTCTCTGCTCCATCTCTATCGAAGCATTTGCTCTCCACGTCACTTATAA
GGAGCCATGGTTTAAAGACACAAGATGCTTCTGGTTAGGACCAGGAGACCAGATATGGCC
TGGCCAAAAGATAAAGATGAAAATGAAGGGATTGTACATGTTTGTGGGCGGGTTGAATGT
ATATTCTTTCTTTGCTTTGTTCTTTTGGGAAACAAGACGATCTGATTTCAAAGTCATGAT
AGTTCATCACATTGTAACTTCATTCCTCATCATTTTGTCTTACGTTTTCAGATTTGCTCG
TATAGGTTCAGTAATATTGGCTCTTCACGACATCAGCGACGTGTTTCTAGAGATAGGCAA
GATGTGCAAATACAGCGGCTTAGAATCCATGACTAGCGTCTCGTTCATCCTGTTTTCTGT
CGTGACGCTCTGCGACTCGTCTATTACCCTTTATGGATCCTATGGAGTACAGCTATGATC
ATAACGTGAAGCTGGATGGGACAGAGCATACGATGGAACTGGACTGCCATTACAGTGTAC
TACGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO95TF U 1
AF RR1FI19TF U 9
AF RR1F138TF U 26
BS 1 196 RR1FO95TF
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TCTCCGAATCATACTCAACAGATCCATATTTGAGAGAGTCGCTAGTAGTATGGTGTTTCC
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GGAGCCATGGTTTAAAGACACAAGATGCTTCTGGTTAGGACCAGGAGACCAGATATGGCC
TGGCCAAAAGATAAAGATGAAAATGAAGGGATTGTACATGTTTGTGGGCGGGTTGAATGT
ATATTCTTTCTTTGCTTTGTTCTTTTGGGAAACAAGACGATCTGATTTCAAAGTCATGAT
AGTTCATCACATTGTAACTTCATTCCTCATCATTTTGTCTTACGTTTTCAGATTTGCTCG
TATAGGTTCAGTAATATTGGCTCTTCACGACATCAGCGACGTGTTTCTAGAGATAGGCAA
GATGTGCAAATACAGCGGCTTAGAATCCATGACTAGCGTCTCGTTCA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1FI19TF 703 0 0
GG
AAGAACAAGAAGTGAACACAAACAGAATAATGTTAAGCCAAACACTTCCGTTCTTGTAGG
ATCTTGACTAAAATGGATCTCAAAATCTTGAATTGGGACTGGGATCAAGAATCTTACCCA
GCTTCTCCTGATTTCTGGGTCCTCATCTTCTTCGCTCCCTTCTTCCTTTTTCTCCGAATC
ATACTCGACAGATCCATATTTGAGAGAGTCGCTAGTAGTATGGTGTTTCCTAGAGGAAGC
TCTGCTGATTCAAACGGTAGAGGAAAGAGGATAGTGAAATTCAAAGAATCAGCTTGGAAA
TGTCTCTGCTCCATCTCTATCGAAGCATTTGCTCTCCACGTCACTTATAAGGAGCCATGG
TTTAAAGACACAAGATGCTTCTGGTTAGGACCAGGAGACCAGATATGGCCTGGCCAAAAG
ATAAAGATGAAAATGAAGGGATTGTACATGTTTGTGGGCGGGTTGAATGTATATTCTTTC
TTTGCTTTGTTCTTTTGGGAAACAAGACGATCTGATTTCAAAGTCATGATAGTTCATCGC
ATTGTAACTTCATTCCTCATCATTTTGTCTTACGTTTTCAGATTTGCTCGTATAGGTTCA
GTAATATTGGCTCTTCACGACATCAGCGACGTGTTTCTAGAGATAGGCAAGATGTGCAAA
TACAGCGGCTTAGAACCCATGACTAGCGTCTCGTTCATCCT

QA 3 703 3 703
DS 

RD RR1F138TF 823 0 0
GG
ACAAACAGAATAATGTTAAGCCAAACACTTCCGTTCTTGTAGGATCTTGACTAAAATGGA
TCTCAAAATCTTGAATTGGGACTGGGATCAAGAATCTTACCCAGCTTCTTCTGATTTCTG
GGTCCTCATCTTCTTCGCTCCCTTCTTCCTTTTTCTCCGAATCATACTCGACAGATCCAT
ATTTGAGAGAGTCGCTAGTAGTATGGTGTTTCCTAGAGGAAGCTCTGCTGATTCAAACGG
TAGAGGAAAGAGGATAGTGAAATTCAAAGAATCAGCTTGGAAATGTCTCTGCTCCATCTC
TATCGAAGCATTTGCTCTCCACGTCACTTATAAGGAGCCATGGTTTAAAGACACAAGATG
CTTCTGGTTAGGACCAGGAGACCAGATATGGCCTGGCCAAAAGATAAAGATGAAAATGAA
GGGATTGTACATGTTTGTGGGCGGGTTGAATGTATATTCTTTCTTTGCTTTGTTCTTTTG
GGAAACAAGACGATCTGATTTCAAAGTCATGATAGTTCATCACATTGTAACTTCATTCCT
CATCATTTTGTCTTACGTTTTCAGATTTGCTCGTATATGTTCAGTAATATTGGCTCTTCA
CGACATCAGCGACGTGTTTCTAGAGATAGGCAAGATGTGCAAATACAGCGGCTTAGAATC
CATGACTAGCGTCTCGTTCATCCTGTTTTCTGTCGTGACGCTCTGCGACTCGTCTATTAC
CCTTTATGGATCCTATGGAGTACAGCTATGATCATAACGTGAAGCTGGATGGGACAGAGC
ATACGATGGAACTGGACTGCCATTACAGTGTACTACGTTTC

QA 3 823 3 823
DS 



AS 1 5

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GGGTTTTCGTGAGGGAAGAAGAAACTTAGCGGTAGACTGAAAAATGAACACTGCTCTTGC
AACAACCACCGCCACAACTCCCGCGCTCCGCCGCCGCGAGACTCTGCCTCTTCCTCGTCA
TTGTTGTATAGCAAAATCGTCAGTTTTCCGATTAAACAGAGTAGGAATCCGATCCGGCGT
GCAAAAGGTCGGGAAGACATCGCTGAGGATATCCGCGAGCTCTCAGAGCGCTTCGGCGGC
AGTCAACGTCGCGGCGGATGCTTCGATTCCGAGCGAGATGAAGGCGTGGGTGTACAGTGA
GTACGGCGGAGTGGATGTTCTGAAGCTAGAGAGCAACATTGCTGTTCCGGTGGTTGACGA
TGATCAGGTGCTGATCAAAGTCGTTGCGGCGGGTCTTAATCCCGTCGACGCCAAGAGACG
GCAAGGGAAGTTCAAAGCCACCGATTCGCCTCTCCCGACGGTTCCAGGATACGACGTAGC
CGGAGTGGTGGTGAAGGTGGGAAGCGCGGTGAAGGAATTCAAAGAAGGAGACGAAGTATA
CGCGAACGTGAGCGAGAAAGCATTAGAAGGACCGAAGCAATCCGGTTCTCTGGCGGAGTA
CACTGCCGTGGAAGAGAAGCTATTAGCCTTAAAGCCTAAAAACATCGATTTCGCTCAAGC
AGCAGGGCTTCCACTGGCTATAGAAACCGCCGACGAAGGTCTCGTTAGGACGGAGTTCTC
CGCCGGAAAATCAATTCTCGTCCTCAACGGCGCCGGAGGAGTAGGAAGCCTTGCGATTCA
GCTTGCGAAGCACGTCTATGGAGCTTCGAAGGTTGCTGCAACAGCGAGCACTGGGAAGCT
AGAGCTAGTGAGAAGCTTAGGTGCTGATTTAGCTATTGATTACACTAAGGAGAACATTGA
AGACTTGACTGAGAAATTCGATGTCGTCTTTGACGCCATTGGGATGTGTGATAAGGCGGT
GAAAGTGATTAAGGAAGGAGGGAAGGTTGTGGCATTGACCGGAGCTGTCACGCCTCCTGG
TTTCAGATTCGTTGTGACATCTAACGGCGATGTTTTGAAGAAACTGAATCCATACATTGA
GAGTGGGAAGGTGAAGCCTGTGGTTGACCCCAAAGGACCTTTCCCATTTTCCCGCGTGGC
TGATGCTTTCTCATACATAGAAACGAACCATGCCACAGGAAAGGTCGTTGTATATCCTAT
CCCTTGAGTTGCTTAAAGCTATAGCCTTATTTGTATGCAAGCAAATATCAAAAGTCCTTG
TAGAGTGTTTTTGAGTTATGAACTCATATGAATATGGAAAACTAAAAAATGCTATTTGTA
GCTT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 35 
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10 10 10 10 

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T
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CAACGTCGCGGCGGATGCTTCGATTCCGAGCGAGATGAAGGCGTGGGTGTACAGTGAGTA
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TCAGGTGCTGATCAAAGTCGTTGCGGCGGGTCTTAATCCCGTTGACGCTAAGAGACGGCA
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ATT

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ACACTGCCGTGGAAGAGAAGCTATTAGCCTTAAAGCCTAAAAACATCGATTTCGCTCAAG
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TCCCTTGAGTTGCTTAAGTCTATAGCCTTATTTGTATGCAAGCAAATATCAAAAGTCCTT
GTAGAGTGTTTT*GAGTTATGAACTCATATGAATATGGAAAACTAAAAAATGCTATTTGT
AGCTT

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 4

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AACTGCTGCAGAGGCCCTGCAGCACCCGTTCTTTCAGAGTTGCTTTTATGTCCCACCATC
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TGCTTCCCCAAAGTCGAATGCTGCTTTTGGTAGTGGCGTTCAGAGGAAACTTGATTTATC
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GAATGCCTACTCTAGGAAAGTCGCCGGCTGACAAAAAGAAACTTCTCAACACAAGCCTCT
TATGAGGAATACTTTTTACTATAAATATCGTAACTCTATACTCTGGTTTGTCTGTGTTCC
C


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 

AF RR1G365TF U 1
AF RR1GC18TF U 1
AF RR1GC18JQ C 81
AF RR1G365JQ C 116
BS 1 684 RR1G365TF
BS 685 719 RR1GC18TF
BS 720 721 RR1G365JQ

RD RR1G365TF 688 0 0
GAGTAAAGATGCAGTTAATCTGATAACGAGGCTTTGCTCCTGGGATCCAAGCAACAGACC
AACTGCTGCAGAGGCCCTGCAGCACCCGTTCTTTCAGAGTTGCTTTTATGTCCCACCATC
TGTCCGACCCAAGCCATCTGTTGCAAGAAGTCCGTCTGTCGGACCAAGGGGATCATTCGA
GCAGCAATCAGTTAAACGGCAACCAGTGTCTCTTGCCAAAGCTAAGACATTCAACAGCCA
TGCTTCCCCAAAGTCGAATGCTGCTTTTGGTAGTGGCGTTCAGAGGAAACTTGATTTATC
TAAGCAAGATGCTACGAGAAACACTAAACCGGTGAGAAGTTCCGTCAAAGACTCCATATA
CAAACCCCCCGGAAGAAAGAGTCCTTGTAATGCAGCAAGTTCGTCAGTGAACAAGAACCG
TGTTGCTCGTGGTGTATCTGAGACTGCTGATAAACTCTCGAACATGAGCATCAGAGGAAC
CGTGGCTAGAAGACACTCGGTGTCTGTGATGCAGCAACAGCAGCTGAGGCAGCCGCAGAT
GAAGGCAGGTAGTGTAGGAGAAACACGTGACATGTTCCTTAGACCAACACAACCAACCAC
GAATGCCTACTCTAGGAAAGTCGCCGGCTGACAAAAAGAAACTTCTCAACACAAGCCTCT
TATGAGGAATACTTTTTACTATAA
TATC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1GC18TF 720 0 0
GAGTAAAGATGCAGTTAATCTGATAACGAGGCTTTGCTCCTGGGATCCAAGCAACAGACC
AACTGCTGCAGAGGCCCTGCAGCACCCGTTCTTTCAGAGTTGCTTTTATGTCCCACCATC
TGTCCGACCCAAGCCATCTGTTGCAAGAAGTCCGTCTGTCGGACCAAGGGGATCATTCGA
GCAGCAATCAGTTAAACGGCAACCAGTGTCTCTTGCCAAAGCTAAGACATTCAACAGCCA
TGCTTCCCCAAAGTCGAATGCTGCTTTTGGTAGTGGCGTTCAGAGGAAACTTGATTTATC
TAAGCAAGATGCTACGAGAAACACTAAACCGGTGAGAAGTTCCGTCAAAGACTCCATATA
CAAACCCCCCGGAAGAAAGAGTCCTTGTAATGCAGCAAGTTCGTCAGTGAACAAGAACCG
TGTTGCTCGTGGTGTATCTGAGACTGCTGATAAACTCTCGAACATGAGCATCAGAGGAAC
CGTGGCTAGAAGACACTCGGTGTCTGTGATGCAGCAACAGCAGCTGAGGCAGCCGCAGAT
GAAGGCAGGTAGTGTAGGAGAAACACGTGACATGTTCCTTAGACCAACACAACCAACCAC
GAATGCCTACTCTAGGAAAGTCGCCGGCTGACAAAAAGAAACTTCTCAACACAAGCCTCT
TATGAGGAATACTTTTTACTATAAATATCGTAACTCTATACTCTGGTTTGTCTGTGTTC
C

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1GC18JQ 641 0 0
AGCACCCGTTCTTT
CAGAGTTGCTTTTATGTCCCACCATCTGTCCGACCCAAGCCATCTGTTGCAAGAAGTCCG
TCTGTCGGACCAAGGGGATCATTCGAGCAGCAATCAGTTAAACGGCAACCAGTGTCTCTT
GCCAAAGTTAAGACATTCAACAGCCATGCTTCCCCAAAGTCGAATGCTGCTTTTGGTAGT
GGCGTTCAGAGGAAACTTGATTTATTTAAGCAAGATGCTACGAGAAACACTAAACCGGTG
AGAAGTTCCGTCAAAGACTCCATATACAAACCCCCCGGAAGAAAGAGTCCTTGTAATGCA
GCAAGTTCGTCAGTGAACAAGAACCGTGTTGCTCGTGGTGTATCTGAGACTGCTGATAAA
CTCTCGAACATGAGCATCAGAGGAACCGTGGCTAGAAGACACTCGGTGTCTGTGATGCAG
CAACAGCAGCTGAGGCAGCCGCAGATGAAGGCAGGTAGTGTAGGAGAAACACGTGACATG
TTCCTTAGACCAACACAACCAACCACGAATGCCTACTCTAGGAAAGTCGCCGGCTGACAA
AAAGAAACTTCTCAACACAAGCCTCTTATGAGGAATACTTTTTACTATAAATATCGTAAC
TCTATACTCTGGTTTGTCTGTGTTC
CC

QA 15 639 15 639
DS 

RD RR1G365JQ 606 0 0
CCATCTGTCCGACCCAAGCCATCTGTTGCAAGAAGTCCGTCTGTCGGACCAAGGGGATCA
TTCGAGCAGCAATCAGTTAAACGGCAACCAGTGTTTCTTGCCAAAGTTAAGACATTCAAC
AGCCATGCTTCCCCAAAGTCGAATGCTGCTTTTGGTAGTGGCGTTCAGAGGAAACTTGAT
TTATTTAAGCAAGATGCTACGAGAAACACTAAACCGGTGAGAAGTTCCGTCAAAGACTCC
ATATACAAACCCCCCGGAAGAAAGAGTCCTTGTAATGCAGCAAGTTCGTCAGTGAACAAG
AACCGTGTTGCTCGTGGTGTATCTGAGACTGCTGATAAACTCTCGAACATGAGCATCAGA
GGAACCGTGGCTAGAAGACACTCGGTGTCTGTGATGCAGCAACAGCAGCTGAGGCAGCCG
CAGATGAAGGCAGGTAGTGTAGGAGAAACACGTGACATGTTCCTTAGACCAACACAACCA
ACCACGAATGCCTACTCTAGGAAAGTCGCCGGCTGACAAAAAGAAACTTCTCAACACAAG
CCTCTTATGAGGAATACTTTTTACTATAAATATCGTAACTCTATACTCTGGTTTGTCTGT
GTTCCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 2 6

CO CL1370Contig1 661 2 4 U
GGATTATGGTCACATAATAGCGTTTAGTAAAAGCCAACACACATGCATTTTATATTTTGA
TTATATTTTTGGATGCTGAGATAACATTATGATTTGCTTGTCTTCGACCCCACCACTTCC
CGAGTCTTTTATTATTCATCCCATGGCGTACTTCTGTGTCCAGCTTCGTGCAGTTGACTC
GTACTTGGACTTATCAGTCTTGTACATGTGAGCAATCTCTGGCACAAGTGGATCATCTGG
GTTCGGGTCAGTCAGCAACGAGCAAATCGACAGCAGAACCTTGGATATGGTGAGAGCAGG
ACTCCACTGCTCTTTCAGGATATCAAGGCAAATGCTTCCGTTGCTGTTGATGTTTGGGTG
GTACACCCTAGTCTTGAAAGACACCTTTGGTGGCTTGAAGGGATAATCAGGAGGGAAGAG
AATGGAAACCAAAAAGACTCCTCCAGCATAGGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGC
TTGCCAATGGAACATGTCCTCAGCCACAGGCCCTGCGCTGCAGTTAGAAGGAGGATCCTT
CTGCAAATCCTTAAGCTCTTTCAAAATCCTCTTCGACGCCATGTGGTGCTCAGACACGAA
ACCCCAAAACAAGTGATCAGATCAGAAAACCCTAAAGTCGAAAGCTGTTGAATTGAATTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1BP82TF C 1
AF RR1BP82JQ U 22
BS 1 21 RR1BP82TF
BS 22 418 RR1BP82JQ
BS 419 419 RR1BP82TF
BS 420 661 RR1BP82JQ

RD RR1BP82TF 567 0 0
GGATTATGGTCACATAATAGCGTTTAGTAAAAGCCAACACACATGCATTTTATATTT*GA
TTATATTTTTGGATGCTGAGATAACATTATGATTTGCTTGTCTTCGACCCCACCACTTCC
CGAGTCTTTTATTATTCATCCCATGGCGTACTTCTGTGTCCAGCTTCGTGCAGTTGACTC
GTACTTGGACTTATCAGTCTTGTACATGTGAGCAATCTCTGGCACAAGTGGATCATCTGG
GTTCGGGTCAGTCAGCAACGAGCAAATCGACAGCAGAACCTTGGATATGGTGAGAGCAGG
ACTCCACTGCTCTTTCAGGATATCAAGGCAAATGCTTCCGTTGCTGTTGATGTTTGGGTG
GTACACCCTAGTCTTGAAAGACACCTTTGGTGGCTTGAAGGGATAATCAGGAGGGAAGAG
AATGGAAACCAAAAAGACTCCTCCAGCATAGGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGC
TTGCCAATGGAACATGTCCTCAGCCACAGGCCCTGCGCTGCAGTTAGAAGGAGGATCCTT
CTGCAAATCCTTAAGCTCTTTCAAAAT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1BP82JQ 640 0 0
GTTTAGTAAAAGCCAACACACATGCATTTTATATTTTGATTATATTTTTGGATGCTGAGA
TAACATTATGATTTGCTTGTCTTCGACCCCACCACTTCCCGAGTCTTTTATTATTCATCC
CATGGCGTACTTCTGTGTCCAGCTTCGTGCAGTTGACTCGTACTTGGACTTATCAGTCTT
GTACATGTGAGCAATCTCTGGCACAAGTGGATCATCTGGGTTCGGGTCAGTCAGCAACGA
GCAAATCGACAGCAGAACCTTGGATATGGTGAGAGCAGGACTCCACTGCTCTTTCAGGAT
ATCAAGGCAAATGCTTCCGTTGCTGTTGATGTTTGGGTGGTACACCCTAGTCTTGAAAGA
CACCTTTGGTGGCTTGAAGGGATAATCAGGAGGGAAGTGAATGGAAACCAAAAAGACTCC
TCCAGCATAGGGACTGTCAGGAGGTCCCATGATAGTTGCTTGCCAATGGAACATGTCCTC
AGCCACAGGCCCTGCGCTGCAGTTAGAAGGAGGATCCTTCTGCAAATCCTTAAGCTCTTT
CAAAATCCTCTTCGACGCCATGTGGTGCTCAGACACGAAACCCCAAAACAAGTGATCAGA
TCAGAAAACCCTAAAGTCGAAAGCTGTTGAATTGAATTCC

QA 1 640 1 640
DS 



CO CL1370Contig2 727 4 7 U
GGGAAGGGACCTCTTGGTTTCAGATCCAATTCAACAGCTTTCGACTTTAGGGTTTTCTGA
TCTGATCACTTGTTTTGGGTTTCGTGTCTGAGCACCACATGGCGTCGAAGAGGATTTTGA
AAGAGCTTAAGGATTTGCAGAAGGATCCTCCTTCTAACTGCAGCGCAGGGCCTGTGGCTG
AGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTATCATGGGACCTCCTGACAGTCCCTATGCTGGAG
GAGTTTTTTTTGGTTTCCATTCACTTTCCTCCTGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGTG
TCTTTCAAGACTAGGGTGTACCACCCAAACATCAACAGCAACGGAAGCATTTGCCTTGAT
ATCCTGAAAGAGCAATGGAGTCCTGCTCTCACCATATCCAAGGTTCTGCTGTCGATTTGC
TCGTTGCTGACTGACCCGAACCCAGATGATCCACTTGTGCCAGAGATTGCTCACATGTAC
AAGACTGATAAGTCCAAGTACGAGTCAACCGCACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATG
GGATGAATAATAAAAGACTCAGGAAGTGGTGGGGTCGAAGACAGAGCAAAATCATAACGT
TATCTCAGCATCTAAAAATATAAAATGCATGTGTGTTGGCTTTTACTAAACGCTATTATG
TGACCATAATCCAGCAAACTTATATGCTCTTACTCTCCTCTAATAATCAGCTATTTTTAC
TTTGGTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT47TF U 1
AF RR1GR43TF U 3
AF RR1GR43JQ C 28
AF RR1GT47JQ C 245
BS 1 250 RR1GT47TF
BS 251 251 RR1GR43TF
BS 252 562 RR1GT47TF
BS 563 563 RR1GR43TF
BS 564 612 RR1GT47TF
BS 613 717 RR1GR43TF
BS 718 727 RR1GT47JQ

RD RR1GT47TF 612 0 0
GGGAAGGGACCTCTTGGTTTCAGATCCAATTCAACAGCTTTCGACTTTAGGGTTTTCTGA
TCTGATCACTTGTTTTGGGTTTCGTGTCTGAGCACCACATGGCGTCGAAGAGGATTTTGA
AAGAGCTTAAGGATTTGCAGAAGGATCCTCCTTCTAACTGCAGCGCAGGGCCTGTGGCTG
AGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTATCATGGGACCTCCTGACAGTCCCTATGCTGGAG
GAGTTTTTTT*GGTTTCCATTCACTTTCCTCCTGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGTG
TCTTTCAAGACTAGGGTGTACCACCCAAACATCAACAGCAACGGAAGCATTTGCCTTGAT
ATCCTGAAAGAGCAATGGAGTCCTGCTCTCACCATATCCAAGGTTCTGCTGTCGATTTGC
TCGTTGCTGACTGACCCGAACCCAGATGATCCACTTGTGCCAGAGATTGCTCACATGTAC
AAGACTGATAAGTCCAAGTACGAGTCAACCGCACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATG
GGATGAATAATAAAAGACTCAG*AAGTGGTGGGGTCGAAGACAGAGCAAAATCATAACGT
TATCTCAGCATC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1GR43TF 715 0 0
GG
AGGGACCTCTTGGTTTCAGATCCAATTCAACAGCTTTCGACTTTAGGGTTTTCTGATCTG
ATCACTTGTTTTGGGTTTCGTGTCTGAGCACCACATGGCGTCGAAGAGGATTTTGAAAGA
GCTTAAGGATTTGCAGAAGGATCCTCCTTCTAACTGCAGCGCAGGGCCTGTGGCTGAGGA
CATGTTCCATTGGCAAGCAACTATCATGGGACCTCCTGACAGTCCCTATGCTGGAGGAGT
TTTTTTTGGTTTCCATTCACTTTCCTCCTGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGTGTCTT
TCAAGACTAGGGTGTACCACCCAAACATCAACAGCAACGGAAGCATTTGCCTTGATATCC
TGAAAGAGCAATGGAGTCCTGCTCTCACCATATCCAAGGTTCTGCTGTCGATTTGCTCGT
TGCTGACTGACCCGAACCCAGATGATCCACTTGTGCCAGAGATTGCTCACATGTACAAGA
CTGATAAGTCCAAGTACGAGTCAACCGCACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGAT
GAATAATAAAAGACTCAGGAAGTGGTGGGGTCGAAGACAGAGCAAAATCATAACGTTATC
TCAGCATCTAAAAATATAAAATGCATGTGTGTTGGCTTTTACTAAACGCTATTATGTGAC
CATAATCCAGCAAACTTATATGCTCTTACTCTCCTCTAATAATCAGCTATTTT

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR1GR43JQ 691 0 0
AATTCAACAGCTTTCGACTTTAGGGTTTTCTGATCTGATCACTTGTTTTGGGTTTCGTGT
CTGAGCACCACATGGCGTCGAAGAGGATTTTGAAAGAGCTTAAGGATTTGCAGAAGGATC
CTCCTTCTAACTGCAGCGCAGGGCCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTA
TCATGGGACCTCCTGACAGTCCCTATGCTGGAGGAGTTTTTTTTGGTTTCCATTCACTTT
CCTCCTGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGTGTCTTTCAAGACTAGGGTGTACCACCCA
AACATCAACAGCAACGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTGAAAGAGCAATGGAGTCCTGCT
CTCACCATATCCAAGGTTCTGCTGTCGATTTGCTCGTTGCTGACTGACCCGAACCCAGAT
GATCCACTTGTGCCAGAGATTGCTCACATGTACAAGACTGATAAGTCCAAGTACGAGTCA
ACCGCACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGATGAATAATAAAAGACTCAGGAAGT
GGTGGGGTCGAAGACAGAGCAAAATCATAACGTTATCTCAGCATCTAAAAATATAAAATG
CATGTGTGTTGGCTTTTACTAAACGCTATTATGTGACCATAATCCAGCAAACTTATATGC
TCTTACTCTCCTCTAATAATCAGCTATTTT
T

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1GT47JQ 483 0 0
TTTTTTTGGTTTCCATTCACTTTCCTCCTGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGTGTCTT
TCAAGACTAGGGTGTACCACCCAAACATCAACAGCAACGGAAGCATTTGCCTTGATATCC
TGAAAGAGCAATGGAGTCCTGCTCTCACCATATCCAAGGTTCTGCTGTCGATTTGCTCGT
TGCTGACTGACCCGAACCCAGATGATCCACTTGTGCCAGAGATTGCTCACATGTACAAGA
CTGATAAGTCCAAGTACGAGTCAACCGCACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGAT
GAATAATAAAAGACTCAGGAAGTGGTGGGGTCGAAGACAGAGCAAAATCATAACGTTATC
TCAGCATCTAAAAATATAAAATGCATGTGTGTTGGCTTTTACTAAACGCTATTATGTGAC
CATAATCCAGCAAACTTATATGCTCTTACTCTCCTCTAATAATCAGCTATTTTTACTTTG
GTC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 5

CO CL1371Contig1 589 5 3 U
GGGGACAGAAATACAAACACACATCGCTCTATCTCCGTCTGTCTCATTTGTGCCATAGTT
CTCCGTCACCCGAGCAACCCTAGAAATGGATGGGCATGATTCTGAGGATACTAAGCAGAG
CACTGCTGATATGACTGCTTTTGTCCAAAATCTTCTGCAGCAGATGCAAAGCAGGTTTCA
GACAATGTCGGACTCCATCATCACAAAGATCGATGACATGGGAGGCAGAATCAATGAGCT
GGAGCAAAGCATCAATGATCTAAGAGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCACTCCACCTCCTGC
CTCCAAATCTGGCGATGAACCCAAAACACCGGCTAGTTAATTCCACTTGAAAAAAAACTA
TGGTCCATGATCTTTCTTCTTGTGTCTGCAACACTGTGAAATTTATTAAGCGCGGTACTA
TGACTTTTTAAAATTTTCTGTTTCAAAAGACATGAATATCTTGTTGAGTTCATTCAATAG
ATTGATGCTGTGGTGGTACATTGCAGTATCCTGCACTTATGATTTGTCGTGTTGGTTTTG
AGATAACTGAAAAGTCTAATGCATGGAAGGCTATACTCGGTTTGGTTCC


BQ
10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DK05TF U 1
AF RR1DE67TF U 3
AF RR1DE67JQ C 438
AF RR1FO15JQ C 3
AF RR1FO15TF U 3
BS 1 521 RR1DK05TF
BS 522 555 RR1DE67TF
BS 556 589 RR1FO15TF

RD RR1DK05TF 521 0 0
GGGGACAGAAATACAAACACACATCGCTCTATCTCCGTCTGTCTCATTTGTGCCATAGTT
CTCCGTCACCCGAGCAACCCTAGAAATGGATGGGCATGATTCTGAGGATACTAAGCAGAG
CACTGCTGATATGACTGCTTTTGTCCAAAATCTTCTGCAGCAGATGCAAAGCAGGTTTCA
GACAATGTCGGACTCCATCATCACAAAGATCGATGACATGGGAGGCAGAATCAATGAGCT
GGAGCAAAGCATCAATGATCTAAGAGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCACTCCACCTCCTGC
CTCCAAATCTGGCGATGAACCCAAAACACCGGCTAGTTAATTCCACTTGAAAAAAAACTA
TGGTCCATGATCTTTCTTCTTGTGTCTGCAACACTGTGAAATTTATTAAGCGCGGTACTA
TGACTTTTTAAAATTTTCTGTTTCAAAAGACATGAATATCTTGTTGAGTTCATTCAATAG
ATTGATGCTGTGGTGGTACATTGCAGTATCCTGCACTTATG

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1DE67TF 563 0 0
GGACAGAAATACAAACACACATCGCTCTATCTCCGTCTGTCTCATTTGTGCCATAGTTCT
CCGTCACCCGAGCAACCCTAGAAATGGATGGGCATGATTCTGAGGATACTAAGCAGAGCA
CTGCTGATATGACTGCTTTTGTCCAAAATCTTCTGCAGCAGATGCAAAGCAGGTTTCAGA
CAATGTCGGACTCCATCATCACAAAGATCGATGACATGGGAGGCAGAATCAATGAGCTGG
AGCAAAGCATCAATGATCTAAGAGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCACTCCACCTCCTGCCT
CCAAATCTGGCGATGAACCCAAAACACCGGCTAGTTAATTCCACTTGAAAAAAAACTATG
GTCCATGATCTTTCTTCTTGTGTCTACAACACTGTGAAATTTATTAAGCGCGGTACTATG
ACTTTTTAAAATTTTCTGTTTCAAAAGACATGAATATCTTGTTGAGTTCATTCAATAGAT
TGATGCTGTGGTGGTACATTGCAGTATCCTGCACTTATGATTTGTCGTGTTGGTTTTGAG
ATAACTGAAAAGT
CTAATGCATG

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1DE67JQ 121 0 0
CTGTTTCAAAAGACATGAATATCTTGTTGAGTTCATTCAATAGATTGATGCTGGGGTGGT
ACATTGCAGTATCCTGCACTTATGATTTGTCGTGTTGGTTTTGAGATAACTGAAAAGT
TTA

QA 1 118 1 118
DS 

RD RR1FO15JQ 587 0 0
GGACAGAAATACAAACACACATCGCTCTATCTCCGTCTGTCTCATTTGTGCCATAGTTCT
CCGTCACCCGAGCAACCCTAGAAATGGATGGGCATGATTCTGAGGATACTAAGCAGAGCA
CTGCTGATATGACTGCTTTTGTCCAAAATCTTCTGCAGCAGATGCAAAGCAGGTTTCAGA
CAATGTCGGACTCCATCATCACAAAGATCGATGACATGGGAGGCAGAATCAATGAGCTGG
AGCAAAGCATCAATGATCTAAGAGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCACTCCACCTCCTGCCT
CCAAATCTGGCGATGAACCCAAAACACCGGCTAGTTAATTCCACTTGAAAAAAAACTATG
GTCCATGATCTTTCTTCTTGTGTCTGCAACACTGTGAAATTTATTAAGCGCGGTACTATG
ACTTTTTAAAATTTTCTGTTTCAAAAGACATGAATATCTTGTTGAGTTCATTCAATAGAT
TGATGCTGTGGTGGTACATTGCAGTATCCTGCACTTATGATTTGTCGTGTTGGTTTTGAG
ATAACTGAAAAGTCTAATGCATGGAAGGCTATACTCGGTTTGGTTCC

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1FO15TF 587 0 0
GGACAGAAATACAAACACACATCGCTCTATCTCCGTCTGTCTCATTTGTGCCATAGTTCT
CCGTCACCCGAGCAACCCTAGAAATGGATGGGCATGATTCTGAGGATACTAAGCAGAGCA
CTGCTGATATGACTGCTTTTGTCCAAAATCTTCTGCAGCAGATGCAAAGCAGGTTTCAGA
CAATGTCGGACTCCATCATCACAAAGATCGATGACATGGGAGGCAGAATCAATGAGCTGG
AGCAAAGCATCAATGATCTAAGAGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCACTCCACCTCCTGCCT
CCAAATCTGGCGATGAACCCAAAACACCGGCTAGTTAATTCCACTTGAAAAAAAACTATG
GTCCATGATCTTTCTTCTTGTGTCTGCAACACTGTGAAATTTATTAAGCGCGGTACTATG
ACTTTTTAAAATTTTCTGTTTCAAAAGACATGAATATCTTGTTGAGTTCATTCAATAGAT
TGATGCTGTGGTGGTACATTGCAGTATCCTGCACTTATGATTTGTCGTGTTGGTTTTGAG
ATAACTGAAAAGTCTAATGCATGGAAGGCTATACTCGGTTTGGTTCC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 6

CO CL1372Contig1 912 6 18 U
TTTTTCAAGATAGAAAAAGAAAATGTCGTTTACTGGAACGTTGGATAAATACAAGGCGTG
TGACAAAACCGGCTACGTCATGGATTTGTTGACGTTGGAGGGTAACACTTATCACAAATC
ATGTTTCCGATGCAGTCATTGCAATGGCACTCTCCAGATGAGTACTTACTCGTCCATGGA
TGGAGTTCTTTACTGCAAGACTCACTTCGAACAGCTTTTCAAAGAATCTGGCAATTTCAG
CAAGAATTTTCAGACTGGAAAGACAGAGAAGTCGAATGAACAAATGAATCGAGCTCCAAG
CAAGTTATCTTCATTCTTCAGTGGAACACAAGACAAGTGTGCGAGTT*GTCACAAAACCG
TTTACCCACTTGAGAAAGTTAACATGGAAGGTGAATGTT*ACCACAAGACTT*GCTTCAA
GTGCGCACACAGTGGTT*GCCC**TTTGACTCACTCTTCTTACGCTTCTCTCAACGGTGT
CCTCTACTGTAAAGTCCATTT*CAACCAGCTCTTTCTCGAGAAAGGAAGTTACAACCACG
TCCATCAAGCCGCTGCTAACCACCGCCGAACCGCCTCTTCTGGTGCCTCTACTCCGCCTT
CTGAAGATCAGAAACCTGAAGAAAACGCTGCAATTCCGGAAGGAGATGCAGGAGAAGAAG
CA***GTTCCTGAAGCTGCTGCAGGAGAAGAGCCTGAGCCTGTGGTTGAGTCTTGAATGT
TGTGGAGGAAGAATCTAATCAGTTGTCAAATTTGAAGTTTATATACACTTTTATGTTTAT
AATGAAAATATTTGTATACAATTTGTTGCTATTTCTTTTTGTAAATCTTTTGTAAATTTA
AAAGCTTTTTTGGGAGAAAATATGTTGTAAGCAAATATTATAATTTATTTTATTTATGAA
TTGAGATTCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1H339TF U 1
AF RR1BU62TF U 93
AF RR1CQ39TF U 25
AF RR1CQ39JQ C 101
AF RR1H339JQ C 280
AF RR1BU62JQ C 99
BS 1 50 RR1H339TF
BS 51 51 RR1CQ39TF
BS 52 71 RR1H339TF
BS 72 72 RR1CQ39TF
BS 73 294 RR1H339TF
BS 295 295 RR1CQ39TF
BS 296 635 RR1H339TF
BS 636 651 RR1CQ39TF
BS 652 652 RR1CQ39JQ
BS 653 684 RR1CQ39TF
BS 685 685 RR1CQ39JQ
BS 686 688 RR1CQ39TF
BS 689 689 RR1CQ39JQ
BS 690 706 RR1CQ39TF
BS 707 707 RR1CQ39JQ
BS 708 716 RR1CQ39TF
BS 717 736 RR1CQ39JQ
BS 737 912 RR1BU62JQ

RD RR1H339TF 635 0 0
TTTTTCAAGATAGAAAAAGAAAATGTCGTTTACTGGAACGTTGGATAAATGCAAGGCGTG
TGACAAAACCGTCTACGTCATGGATTTGTTGACGTTGGAGGGTAACACTTATCACAAATC
ATGTTTCCGATGCAGTCATTGCAATGGCACTCTCCAGATGAGTACTTACTCGTCCATGGA
TGGAGTTCTTTACTGCAAGACTCACTTCGAACAGCTTTTCAAAGAATCTGGCAATTTCAG
CAAGAATTTTCAGACTGGAAAGACAGAGAAGTCGAATGAACAAATGAATCGAGCCCCAAG
CAAGTTATCTTCATTCTTCAGTGGAACACAAGACAAGTGTGCGAGTT*GTCACAAAACCG
TTTACCCACTTGAGAAAGTTAACATGGAAGGTGAATGTT*ACCACAAGACTT*GCTTCAA
GTGCGCACACAGTGGTT*GCCC**TTTGACTCACTCTTCTTACGCTTCTCTCAACGGTGT
CCTCTACTGTAAAGTCCATTT*CAACCAGCTCTTTCTCGAGAAAGGAAGTTACAACCACG
TCCATCAAGCCGCTGCTAACCACCGCCGAACCGCCTCTTCTGGTGCCTCTACTCCGCCTT
CTGAAGATCAGAAACCTGAAGAAAACGCTGCAATT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1BU62TF 543 0 0
CGTTGGAGGGTA
ACACTTATCACAAATCATGTTTCCGATGCAGTCATTGCAATGGCACTCTCCAGATGAGTA
CTTACTCGTCCATGGATGGAGTTCTTTACTGCAAGACTCACTTCGAACAGCTTTTCAAAG
AATCTGGCAATTTCAGCAAGAATTTTCAGACTGGAAAGACAGAGAAGTCGAATGAACAAA
TGAATCGAGCTCCAAGCAAGTTATCTTCATTCTTCAGTGGAACACAAGACAAGTGTGCGA
GTTTGTCACAAAACCGTTTACCCACTTGAGAAAGTTAACATGGAAGGTGAATGTTTACCA
CAAGACTTTGCTTCAAGTGCGCACACAGTGGTTTGCCCCTTTTGACTCACTCTTCTTACG
CTTCTCTCAACGGTGTCCTCTACTGTAAAGTCCATTTTCAACCAGCTCTTTCTCGAGAAA
GGAAGTTACAACCACGTCCATCAAGCCGCTGCTAACCACCGCCGAACCGCCTCTTCTGGT
GCCTCTACTCCGC*TTCTGAAGATCAGAAACCTGAAGAAAACGCTGCAATT

QA 13 543 13 543
DS 

RD RR1CQ39TF 700 0 0
GTCGTTTACTGGAACGTTGGATAAATACAAGGCGTGTGACAAAACCGGCTACGTCATGGA
TTTGTTGACGTTGGAGGGTAACACTTATCACAAATCATGTTTCCGATGCAGTCACTGCAA
TGGCACTCTCCAGATGAGTACTTACTCGTCCATGGATGGAGTTCTTTACTGCAAGACTCA
CTTCGAACAGCTTTTCAAAGAATCTGGCAATTTCAGCAAGAACTTTCAGACTGGAAAGAC
AGAGAAGTCGAATGAACAAATGAATCGAGCTCCAAGCAAGTTATCTTCATTCTTCAGTGG
AACACAAGACAAGTGTGCGAGTT*GTCACAAAACCGTTTACCCACTTGAGAAAGTAAACA
TGGAAGGTGAATGTT*ACCACAAGACTT*GCTTCAAGTGCGCACACAGTGGTT*GTCC**
TTTGACTCACTCTTCTTACGCTTCTCTCAACGGTGTCCTCTACTGTAAAGTCCATTT*CA
ACCAGCTCTTTCTCGAGAAAGGAAGTTACAACCACGTCCATCAAGCCGCTGCTAACCACC
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*CGCTGCAATTCCGGAAGGAGATGCAG*AGAAGAAGCA***GTTCCTGAAGCTGCTGCAG
*AGA*GAGCCTGAGCCTGTGGT*GAGTCTTGA
TGTTGTGG

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DS 

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AGTACTTACTCGTCCATGGATGGAGTTCTTTACTGCAAGACTCACTTCGAACAGCTTTTC
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GCGAGTT*GTCACAAAACCGTTTACCCACTTGAGAAAGTAAACATGGAAGGTGAATGTT*
ACCACAAGACTT*GCTTCAAGTGCGCACACAGTGGTT*GTCC**TTTGACTCACTCTTCT
TACGCTTCTCTCAACGGTGTCCTCTACTGTAAAGTCCATTT*CAACCAGCTCTTTCTCGA
GAAAGGAAGTTACAACCACGTCCATCAAGCCGCTGCTAACCACCGCCGAACCGCCTCTTC
TGGTGCCTCTACTCCGCCTTCTGAAGATCAGAAACCTGAAGAAAACGCTGCAATTCCGGA
AGGAGATGCAGGAGAAGAAGCA***GTTCCTGAAGCTGCTGCAGGAGAAGAGCCTGAGCC
TGTGGTTGAGTCTTGAATGTTGTGGAGGAAGAATCT
G

QA 1 636 1 636
DS 

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TGCGAGTT*GTCACAAAACCGTTTACCCACTTGAGAAAGTTAACATGGAAGGTGAATGTT
*ACCACAAGACTT*GCTTCAAGTGCGCACACAGTGGTT*GCCC**TTTGACTCACTCTTC
TTACGCTTCTCTCAACGGTGTCCTCTACTGTAAAGTCCATTT*CAACCAGCTCTTTCTCG
AGAAAGGAAGTTACAACCACGTCCATCAAGCCGCTGCTAACCACCGCCGAACCGCCTCTT
CTGGTGCCTTTACTCCGCCTTCTGAAGATCAGAAACCTGAAGAAAACGCTGCAATTCCGG
AAGGAGATGCAGGAGAAGAAGCAGCAGTCCCTGAAGCTGCTGCAGGAGAGGAGCCTGAGC
CTGTGGTTGAGTCTTGAATGTTGTGGAGGAAGAATCTAATCAGTTGTCAAATTTGAAGTT
TATATACACTTTTATGTTTATAATGAAAATATTTGTATACAATTTGTTGCTATTTCTTTT
TGTAAATCTTTTGTAAATTTAAAAGCTTTTTTGGGAGAAAATATGTTGTAAGCAAATATT
A

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1BU62JQ 814 0 0
GAGGGT
ACACTTATCACAAATCATGTTTCCGATGCAGTCATTGCAATGGCACTCTCCAGATGAGTA
CTTACTCGTCCATGGATGGAGTTCTTTACTGCAAGACTCACTTCGAACAGCTTTTCAAAG
AATCTGGCAATTTCAGCAAGAATTTTCAGACTGGAAAGACAGAGAAGTCGAATGAACAAA
TGAATCGAGCTCCAAGCAAGTTATCTTCATTCTTCAGTGGAACACAAGACAAGTGTGCGA
GTT*GTCACAAAACCGTTTACCCACTTGAGAAAGTTAACATGGAAGGTGAATGTT*ACCA
CAAGACTT*GCTTCAAGTGCGCACACAGTGGTT*GCCC**TTTGACTCACTCTTCTTACG
CTTCTCTCAACGGTGTCCTCTACTGTAAAGTCCATTT*CAACCAGCTCTTTCTCGAGAAA
GGAAGTTACAACCACGTCCATCAAGCCGCTGCTAACCACCGCCGAACCGCCTCTTCTGGT
GCCTCTACTCCGC*TTCTGAAGATCAGAAACCTGAAGAAAACGCTGCAATTCCGGAAGGA
GATGCAGGAGAAGAAGCAGCAGTCCCTGAAGCTGCTGCAGGAGAAGAGCCTGAGCCTGTG
GTTGAGTCTTGAATGTTGTGGAGGAAGAATCTAATCAGTTGTCAAATTTGAAGTTTATAT
ACACTTTTATGTTTATAATGAAAATATTTGTATACAATTTGTTGCTATTTCTTTTTGTAA
ATCTTTTGTAAATTTAAAAGCTTTTTTGGGAGAAAATATGTTGTAAGCAAATATTATAAT
TTATTTTATTTATGAATTGAGATTCAAA

QA 7 814 7 814
DS 



AS 1 4

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ATTCTATGATTTGCAAGATGAGTTTGAAGGCTACGATCTTAATATTAGGGCTCGTGTGGA
GCTGCTTCCAGGCAGCGTTAGGGATAAGATTCGTGATAGACAGAGAAGAATGCTTCTCCC
ACAAGGCTGAATACGAAGGCGACACCCTTCACGTCTCTTTCGTCGTCATCAAGTCTGATT
CTCAGTGGCATTTTAACGAGGATGGTGTAGATCTCGTGATACATGGGCCAACAGGGGAAC
AAGTTCATGACTTCAGGGAGCAGATTAGTGCCAAGCACGACTTTGTTGTCCAAAAGAAAG
GGGTTTACCGTTTCTGTTTCACTAACAAGTCTCCTTATCACGAAACCATCGACTTCGATG
TGCAGCTCGGTCACTTTGCCTACTACGATCAGCACGCAAAGGACGAGCATTTCACTCCCT
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GGTTAGAGGCTCAGACTGATCGTCAAGCCATTGTGAATGAGAACATGAGCAAAAGAGCAG
TACACAAAGCTTTGTTCGAGTCGTTTGCATTGATCGGGGCAAGTGTCCTCCAAGTTTATC
TTCTGCGCCGTTTGTTTGAACGCAAACTCGGCATGTCTCGTGTCTAAAGAAAGTAGTATT
GAGTTTATTATTATTAAGGGTTTTGTTTTTAGCCCCTAAGTATTTATCTTGCCTCGTAAG
TTCAAAATGTATAACAGATTCTTTTAACTCTTTTTTACAGACACAACACAATGCTTTATT
AACATAATGCTTCTCGATAAGCTAGTGAAGCATTTGTTTCTTGATGATGGATCATTTGGT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1F928TF U 1
AF RR1AG18TF U 139
AF RR1AG18JQ C 139
AF RR1F928JQ C 109
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TAAGTATT

QA 1 815 1 815
DS 

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TTAACTCTTTTTTACAGACACAACACAATGCTT

QA 6 758 6 758
DS 

RD RR1AG18JQ 770 0 0
GGAGT
TTGAAGGCTACGATCTTAATATTAGGGCTCGTGTGGAGCTGCTTCCAGGCAGCGTTAGGG
ATAAGATTCGTGATAGACAGAGAAGAATGCTTCTCCCACAAGGCTGAATACGAAGGCGAC
ACCCTTCACGTCTCTTTCGTCGTCATCAAGTCTGATTCTCAGTGGCATTTTAACGAGGAT
GGTGTAGATCTCGTGATACATGGGCCAACAGGGGAACAAGTTCATGACTTCAGGGAGCAG
ATTAGTGCCAAGCACGACTTTGTTGTCCAAAAGAAAGGGGTTTACCGTTTCTGTTTCACT
AACAAGTCTCCTTATCACGAAACCATCGACTTCGATGTGCAGCTCGGTCACTTTGCCTAC
TACGATCAGCACGCAAAGGACGAGCATTTCACTCCCTTGATGGAGCAGATATCAAAGCTA
GAGGAGGCTCTTTACAACATTCAGTTTGAACAGCATTGGTTAGAGGCTCAGACTGATCGT
CAAGCCATTGTGAATGAGAACATGAGCAAAAGAGCAGTACACAAAGCTTTGTTCGAGTCG
TTTGCATTGATCGGGGCAAGTGTCCTCCAAGTTTATCTTTTGCGCCGTTTGTTTGAACGC
AAACTCGGCATGTCTCGTGTCTAAAGAAAGTAGTATTGAGTTTATTATTATTAAGGGTTT
TGTTTTTAGCCCCTAAGTATTTATCTTGCCTCGTAAGTTCAAAATGTATAACAGATTCTT
TTAACTCTTTTTTACAGACACAACACAATGCTTTATTAACA
AAAT

QA 6 766 6 766
DS 

RD RR1F928JQ 853 0 0
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GGCTCGTGTGGAGCTGCTTCCAGGCAGCGTTAGGGATAAGATTCGTGATAGACAGAGAAG
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CAACAGGGGAACAAGTTCATGACTTCAGGGAGCAGATTAGTGCCAAGCACGACTTTGTTG
TCCAAAAGAAAGGGGTTTACCGTTTCTGTTTCACTAACAAGTCTCCTTATCACGAAACCA
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ATTTCACTCCCTTGATGGAGCAGATATCAAATCTAGAGGAGGCTCTTTACAACATTCAGT
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CAATGCTTTATTAACATAATGCTTCTCGATAAGCTAGTGAAGCATTTGTTTCTTGATGAT
GGATCATTTGGTT

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 4

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ATGATTATTGCTTCTCTGAGAATGGTCTTGTTGCCCATAAAGATGGGAAGCCCATTGGAA
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TTCACAACTTTTATTTACATATCAGAAATGGAGAGAAGTATGTGTTTACATGTGATTCCA
ATAATGTTTGAATTTTGATTTATAAGAATAAAATGTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1E483TF U 1
AF RR1E483JQ C 364
AF RR1GE16JQ C 793
AF RR1GE16TF U 793
BS 1 669 RR1E483TF
BS 670 792 RR1E483JQ
BS 793 940 RR1GE16TF

RD RR1E483TF 669 0 0
GGATTCCGCCATTATCATCATCTTCTTTGAAATCTCTTCATCTTTCAATGGCGGCCAGAA
AGCCAGGAGTGATCGCTTTGTTCGATGTCGACGGTACTCTCACTGCTCCAAGGAAGGAAG
CTACTCCTGAACTGCTCCATTTTATCAGAGAATTGCGCAAGGTGGTTACTGTTGGAGTCG
TTGGTGGATCTGATCTAAGCAAGATATCTGAGCAGCTTGGCAAAACAGTCACTACCGACT
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TGCACTACATTGCAGACTTGGATATTCCAATCAAAAGGGGAACATTTATAGAATTCCGAA
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TTGAGAGATATGATAAGGTTCAAAACATTCGACCAAAGATGGTGGCTGAACTTCGTGAGC
GGTTTGCGCATCTTAACCTTACTTTCTCTATTGGAGGACAGACTAGCTTCGATGTCTTCC
CTAAAGGTTGGGATAAGACTTATTGTTTGCAATACCTTGAGGATTTCAGTGAAATCCATT
TCTTCGGTG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1E483JQ 577 0 0
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GAATGCTCAATGTTTCACCGATTGGTCGCAACTGCAGCCAAGAAGAAAGAGACGAGTTTG
AGAGATATGATAAGGTTCAAAACATTCGACCAAAGATGGTGGCTGAACTTCGTGAGCGGT
TTGCGCATCTTAACCTTACTTTCTCTATTGGAGGACAGACTAGCTTCGATGTCTTCCCTA
AAGGTTGGGATAAGACTTATTGTTTGCAATACCTTGAGGATTTCAGTGAAATCCATTTCT
TCGGTGACAAAACCTATGAGGGTGGAAACGATTATGAAATCTATGAATCACCAAAAACAA
TTGGCCATTCAGTTACTAGTCCGGATGATACAATGGCAAAATGCAAGGCTCTGTTCATGT
CTTGAAACAGTATCCATCTCAAGAACACTGCCAGAGTTTGACTATTCTTGGCAAATTTTC
ACAACTTTTATTTACATATCAGAAATGGAGAGAAGTATGTGTTTACATGTGATTCCAATA
ATGTTTGAATTTTGATTTATAAGAATAAAATGTTTAG

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1GE16JQ 148 0 0
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ATTTACATATCAGAAATGGAGAGAAGTATGTGTTTACATGTGATTCCAATAATGTTTGAA
TTTTGATTTATAAGAATAAAATGTTTAG

QA 1 148 1 148
DS 

RD RR1GE16TF 148 0 0
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ATTTACATATCAGAAATGGAGAGAAGTATGTGTTTACATGTGATTCCAATAATGTTTGAA
TTTTGATTTATAAGAATAAAATGTTTAG

QA 1 148 1 148
DS 



AS 1 6

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AATAGATGCCATCTTCTCTGGCTCTCCAATCCCATAAACCACGTCTTTTAAATGCTCTGA
AGCTCTGATGGTGTTTAAATCCAGGCCCTTGTTTCAAAGTGCACATATAACGCGTGTTCC
CCACAACATTCAAACCAAAATTGAATTCCCAATGAGTTCCTGGTTTTAATGTTCTCTCTT
TTATCCTGTCGTCTGCGGAGAAGCAACTCATATTAAGATCTTTCTGGAATTTGAGTTCGT
TCGAAATCCTCACTCCATGACCATGTACATAACCAATTATGCATAGGCTAAAAAGGAATA
GAAAGATGGAGAGATCTTTCATCTTTTTATAAAAAGATGGTAAGATTTCTTTTCATTTGT
CGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 

AF RR1GK27JQ U 1
AF RR1AS54TF C 42
AF RR1C295JQ U 16
AF RR1C295TF C 16
AF RR1AS54JQ U 42
AF RR1GK27TF C 488
BS 1 100 RR1GK27JQ
BS 101 101 RR1C295JQ
BS 102 139 RR1GK27JQ
BS 140 140 RR1C295JQ
BS 141 161 RR1GK27JQ
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BS 163 272 RR1GK27JQ
BS 273 273 RR1C295JQ
BS 274 363 RR1GK27JQ
BS 364 365 RR1C295JQ
BS 366 438 RR1GK27JQ
BS 439 606 RR1C295JQ

RD RR1GK27JQ 438 0 0
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TTATATATTTTATCATATATAGATAAAATAAATGAACGTAAATATGTTAATATTAGCGTA
TGACATTTTAAATTTTTTAAACCACTTGCATGAAGATCGAAAAAAACGTCTATCCTCGGA
TGACTAACTAGTATATCCAATCATACTCTTTATGTGGGGCTTCTGTATTTTTTCTCGTCA
AATAGATGCCATCTTCTCTGGCTCTCCAATCCAATAAACCACGTCTTTTAAATGCTCTGA
AGCTCTGATGGTGTTTAAATCCAGGCCCTTGTTTCAAAGTGCACATATAACGCGTGTTCC
CCA**ACATTCAAACCAAAATTGAATTCCCAATGAGTTCCTGGTTTTAATGTTCTCTCTT
TTATCCTGTCGTCTGCGG

QA 1 438 1 438
DS 

RD RR1AS54TF 415 0 0
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GAAAACGTCTATCCTCGGATGACTAACTAGTATATCCAATCATACTCTTTATGTGGGGCT
TCTGTATTTTTTCTCGTCAAATAGATGCCATCTTCTCTGGCTCTCCAATCCCATAAACCA
CGTCTTTTAAATGCTCTGAAGCTCTGATGGTGTTTAAATCCAGGCCCTTGTTTCAAAGTG
CACATATAACGCGTGTTCCCCACAACATTCAAACCAAAATTGAATTCCCAATGAGTTCCT
GGTTTTAATGTTCTCTCTTTTATCCTGTCGTCTGCGGAGAAGCAACTCATATTAA

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR1C295JQ 591 0 0
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TTTAGACCACTTGCATGAAGATCGAAGAAAACGTCTATCCTCGGATGACTAACTAGTATA
TCCAATCATACTCTTTATGTGGGGCTTCTGTATTTTTTCTCGTCAAATAGATGCCATCTT
CTCTGGCTCTCCAATCCCATAAACCACGTCTTTTAAATGCTCTGAAGCTCTGATGGTGTT
TAAATCCAGGCCCTTGTTTCAAAGTGCACATATAACGCGTGTTCCCCACAACATTCAAAC
CAAAATTGAATTCCCAATGAGTTCCTGGTTTTAATGTTCTCTCTTTTATCCTGTCGTCTG
CGGAGAAGCAACTCATATTAAGATCTTTCTGGAATTTGAGTTCGTTCGAAATCCTCACTC
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CTTTCATCTTTTTATAAAAAGATGGTAAGATTTCTTTTCATTTGTCGTTCC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1C295TF 591 0 0
ATGCAATAAAAAGAATTACAAATATTGCGAATTGTTGATAGACAGTTATATATTTTATCA
TATATAGATAAAATAAATGAACGTAGATATGTTAATATTAGCGTATGACATTTTAAATTT
TTTAGACCACTTGCATGAAGATCGAAGAAAACGTCTATCCTCGGATGACTAACTAGTATA
TCCAATCATACTCTTTATGTGGGGCTTCTGTATTTTTTCTCGTCAAATAGATGCCATCTT
CTCTGGCTCTCCAATCCCATAAACCACGTCTTTTAAATGCTCTGAAGCTCTGATGGTGTT
TAAATCCAGGCCCTTGTTTCAAAGTGCACATATAACGCGTGTTCCCCACAACATTCAAAC
CAAAATTGAATTCCCAATGAGTTCCTGGTTTTAATGTTCTCTCTTTTATCCTGTCGTCTG
CGGAGAAGCAACTCATATTAAGATCTTTCTGGAATTTGAGTTCGTTCGAAATCCTCACTC
CATGACCATGTACATAACCAATTATGCATAGGCTAAAAAGGAATAGAAAGATGGAGAGAT
CTTTCATCTTTTTATAAAAAGATGGTAAGATTTCTTTTCATTTGTCGTTCC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1AS54JQ 565 0 0
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GAAAACGTCTATCCTCGGATGACTAACTAGTATATCCAATCATACTCTTTATGTGGGGCT
TCTGTATTTTTTCTCGTCAAATAGATGCCATCTTCTCTGGCTCTCCAATCCCATAAACCA
CGTCTTTTAAATGCTCTGAAGCTCTGATGGTGTTTAAATCCAGGCCCTTGTTTCAAAGTG
CACATATAACGCGTGTTCCCCACAACATTCAAACCAAAATTGAATTCCCAATGAGTTCCT
GGTTTTAATGTTCTCTCTTTTATCCTGTCGTCTGCGGAGAAGCAACTCATATTAAGATCC
TTCTGGAATTTGAGTTCGTTCGAAATCCTCACTCCATGGGCATGTACATAACCAATTATG
CATAGGCTAAAAAGGAATAGAAAGATGGAGAGATCTTTCATCTTTTTATAAAAAGATGGT
AAGATTTCTTTTCATTTGTCGTTCC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1GK27TF 119 0 0
CCTCACTCCATGGCCGTGTACATAACCAATTATGCATAGGCTAAAAAGGAATAGAAAGAT
GGAGAGATCTTTCATCTTTTTATAAAAAGATGGTAAGATTTCTTTTCATTTGTCGTTCC

QA 1 119 1 119
DS 



AS 1 6

CO CL1376Contig1 785 6 18 U
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CTTCATCCATTGTCGAACATCATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCCCAAGGAAGAAACA
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GCATCATTCAATGACACTTTCATTCATGTGACTGATCTTTCCGGAAGAGAAACTCTCGTT
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ATGCTTGCTGCTCAAGATGTTGCTCAGAGATGCAAGGAGCTCGGCATCACAGCCATGCAC
GTGAAGCTCGGTGCCACCGGAGGAAACAAAACCAAGACTCCAGGTCCTGGTGCTCAGTCT
GCTCTTAGAGCCCTTGCTCGTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATAGAGGATGTGACTCCG
ATTCCCACTGACAGTACACGTAGAAAGGGTGGACGTAGAGGAAGAAGACTTTGATTTCCC
CATGAGAGCCTACTCGTCATTGTTCGGTTGTCCCCTTTGACTCTGGTTGTTTATTGGGTA
CAACACTTGGAATTTAGTTCTGTCTCGTTGCTATTTATCTTTTCATGTTACTTGGGAAAC
ATTATAAGCTGTGTCTTTTCTTCAATGTTGTAACTTTTTGCATTTGGAGTTTTGAGAATG
AGAAGAGTAACAGTGACTATATCACGTTGTGTTTTGCCTTTTATCTTCTCTCACTTTATC
TACTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1B909TF U 2
AF RR1DM77TF U 1
AF RR1EW79TF U 17
AF RR1BC22TF U 2
AF RR1DM77JQ C 365
AF RR1BC22JQ C 19
BS 1 21 RR1DM77TF
BS 22 22 RR1EW79TF
BS 23 299 RR1DM77TF
BS 300 300 RR1BC22TF
BS 301 684 RR1DM77TF
BS 685 685 RR1EW79TF
BS 686 692 RR1DM77TF
BS 693 695 RR1EW79TF
BS 696 712 RR1DM77TF
BS 713 713 RR1EW79TF
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BS 750 754 RR1DM77TF
BS 755 785 RR1BC22JQ

RD RR1B909TF 708 0 0
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AACACTTGGAATTTAGTTCTGTCTCGTTGCTATTTATCTTCTCATGTTACTTGGGAAACA
TTATAAGCTGTGTCTTTTCTTCAATGTTGTAACTTTTTGCATTTGGAG

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DS 

RD RR1DM77TF 765 0 0
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GTCACTCTCGGACCCGCTGTTCGCGACGGAGAGCAAGTTTTCGGTGTTGTTCACATCTTT
GCATCATTCAATGACACTTTCATTCATGTGACTGATCTTTCCGGAAGAGAAACTCTCGTT
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GTGAAGCTCGGTGCCACCGGAGGAAACAAAACCAAGACTCCAGGTCCTGGTGCTCAGTCT
GCTCTTAGAGCCCTTGCTCGTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATAGAGGATGTGACTCCG
ATTCCCACTGACAGTACACGTAGAAAGGGTGGACGTAGAGGAAGAAGACTTTGATTTCCC
CATGAGAGCCTACTCGTCATTGTTCGGTTGTCCCCTTTGACTCTGGTTGTTTATTGGGTA
CAACACTTGGAATTTAGTTCTGTCTCGTTGCTATTTATCTTTTCATGTTACTTGGGAAAC
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GCCAAAAAAAA

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DS 

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GG
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ATATCACGTTGTGTTT
TGCCTTTT

QA 3 738 3 738
DS 

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TTCATCCATTGTCGAACATCATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCCCAAGGAAGAAACAG
TCACTCTCGGACCCGCTGTTCGCGACGGAGAGCAAGTTTTCGGTGTTGTTCACATCTTTG
CATCATTCAATGACACTTTCATTCATGTGACTGATCTTTCCGGAAGAGAAACTCTCGTTC
GTATCACAGGTGGGATGAAAGTGAAGGCTGACCGTGATGAGTCGTCTCCTTATGCTGCCA
TGCTTGCTGCTCAAGATGTTGCTCAGAGATGCAAGGAGCTCGGCATCACAGCCATGCACG
TGAAGCTCGGTGCCACCGGAGGAAACAAAACCAAGACTCCAGGTCCTGGTGCTCAGTCTG
CTCTTAGAGCCCTTGCTCGTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATAGAGGATGTGACTCCGA
TTCCCACTGACAGTACACGTAGAAAGGGTGGACGTAGAGGAAGAAGACTTTGATTTCCCC
ATGTGAGCCTACTCGTCATTGTTCGGTTGTCCCCTTTGACTCTGGTTGTTTATTGGGTAC
AACACTTGGAATTTAGTTCTGTCTCGTTGCTATTTATCTTTTCATGTTACTTGGGAAACA
TTATAAGCTGTGTCTTTTCTTCAATGTTGTAACTTTTTGCATTTGGAGTTTTGAGAATGA
GAAGAGTAACAGTGACTATATCACGTTGTGTTT
TGCCTTT

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DS 

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ACTTGGAATTTAGTTCTGTCTCGTTGCTATTTATCTTTTCATGTTACTTGGGAAACATTA
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GAGTAACAGTGACTA

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DS 

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GTTCGCGACGGAGAGCAAGTTTTCGGTGTTGTTCACATCTTTGCATCATTCAATGACACT
TTCATTCATGTGACTGATCTTTCCGGAAGAGAAACTCTCGTTCGTATCACAGGTGGGATG
AAAGTGAAGGCTGACCGTGATGAGTCGTCTCCTTATGCTGCCATGCTTGCTGCTCAAGAT
GTTGCTCAGAGATGCAAGGAGCTCGGCATCACAGCCATGCACGTGAAGCTCGGTGCCACC
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CGTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATAGAGGATGTGACTCCGATTCCCACTGACAGTACA
CGTAGAAAGGGTGGACGTAGAGGAAGAAGACTTTGATTTCCCCATGTGAGCCTACTCGTC
ATTGTTCGGTTGTCCCCTTTGACTCTGGTTGTTTATTGGGTACAACACTTGGAATTTAGT
TCTGTCTCGTTGCTATTTATCTTTTCATGTTACTTGGGAAACATTATAAGCTGTGTCTTT
TCTTCAATGTTGTAACTTTTTGCATTTGGAGTTTTGAGAATGAGAAGAGTAACAGTGACT
ATATCACGTTGTGTTTTGCCTTTTATCTTCTCTCACTTTATCTACTT

QA 1 767 1 767
DS 



AS 2 6

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TGTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 

AF RR1F428JQ C 1
AF RR1F428TF U 1
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BS 306 306 RR1F428JQ

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AACCTACTAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAACAATGGGCTTTTG
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TTGCTTTTTTTCTTCTTCTGTGGATGATCGATCAGTGTGGATGATGACTTTGCTATTTTC
CTTTTGTAATTCATGACCTATGTTCGTCTTGAAGAACCAATGCTGGATGTTTGCTTTTAA
TGTCTC

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR1F428TF 306 0 0
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AATGATGTGTGAGAGAGAGGTCGTTGAAGCAAACCAACCAGTTTCTTGCTTTTTATGTTG
TTGCTTTTTTTCTTCTTCTGTGGATGATCGATCAGTGTGGATGATGACTTTGCTATTTTC
CTTTTGTAATTCATGACCTATGTTCGTCTTGAAGAACCAATGCTGGATGTTTGCTTTTAA
TGTCT
C

QA 1 305 1 305
DS 



CO CL1377Contig2 773 4 5 U
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AGACGAACATAGGTCATGAATTACAAAAGGAAAATAGCAAAGTCATCATCCACACTGATC
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CTCTTCTTCCTCGGGTGTAAAGTCGTTCTTGATGTCAAAGGTCGTGCGAATCTCTTCCGG
AGTCTTTCCCTTGATCATATCAGCCACTGTCTGGCATGTAAGGTCGAGCAGGTTCTTGAT
GTTCAAATAATTAGCAGCCAGGATGAGTTCGAAGAGGGTGGCTTGATCGATCTTCATGAA
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CTTGGAAGCGGCAGCGTCGACGTGCTTCTTGCAGTACTCGATCACCTTGGCGAGGATCTT
GCTCGTGACGTTTGGGAGAGGGACCCCGTTGTCGACGCAGTCGTCTTCGACCATGTGGGC
TATGGTCTGAGACTCGAGGGTCACCGCCTCGTCGACCTCGAAAGACTCGCCATCGGAGCT
CTTCAACACGATCTTCTTCGTCGACATGATTGTGGGGGAGAACGCAAGAGAAGATTTGAG
AGAAGCGATGAGATGATGAGATCCCTAGTTTTTTTTTTTTTTATAAGTCTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW93JQ U 1
AF RR1FW93TF C 1
AF RR1EL21JQ U 15
AF RR1EL21TF C 16
BS 1 142 RR1FW93JQ
BS 143 144 RR1EL21JQ
BS 145 233 RR1FW93JQ
BS 234 638 RR1EL21JQ
BS 639 773 RR1EL21TF

RD RR1FW93JQ 234 0 0
AGGCAAACCAACATCACTCTTTTAAGACATTAAAAGCAAACATCCAGCATTGGTTCTTCA
AGACGAACATAGGTCATGAATTACAAAAGGAAAATAGCAAAGTCATCATCCACACTGATC
GATCATCCACAGAAGAAGAAAA**AGCAACAACATAAAAAGCAAGAAACTGGTTGGTTTG
CTTCAAAGACCTCTCTCTCACACATCATTCAAAAGCCCATTGGTTCTCCCTGC
C

QA 1 233 1 233
DS 

RD RR1FW93TF 234 0 0
AGGCAAACCAACATCACTCTTTTAAGACATTAAAAGCAAACATCCAGCATTGGTTCTTCA
AGACGAACATAGGTCATGAATTACAAAAGGAAAATAGCAAAGTCATCATCCACACTGATC
GATCATCCACAGAAGAAGAAAA**AGCAACAACATAAAAAGCAAGAAACTGGTTGGTTTG
CTTCAAAGACCTCTCTCTCACACATCATTCAAAAGCCCATTGGTTCTCCCTGC
C

QA 1 233 1 233
DS 

RD RR1EL21JQ 624 0 0
CGCTCT
TTTAAGACGTTAAAAGCAAACATCCAGCATTGGTTCTTCAAGACGAACATAGGTCATGAA
TTACAAAAGGAAAATAGCAAAGTCATCATCCACACTGATCGATCATCCACAGAAGAAGAA
AAAAAGCAACAACATAAAAAGCAAGAAACTGGTTGGTTTGCTTCAACGACCTCTCTCTCA
CACATCATTCAAAAGCCCATTGGTTCTCCCTGCGCACTTCCTCTTCTTCCTCGGGTGTAA
AGTCGTTCTTGATGTCAAAGGTCGTGCGAATCTCTTCCGGAGTCTTTCCCTTGATCATAT
CAGCCACTGTCTGGCATGTAAGGTCGAGCAGGTTCTTGATGTTCAAATAATTAGCAGCCA
GGATGAGTTCGAAGAGGGTGGCTTGATCGATCTTCATGAACTCAGCATCCCAGGCCTTGA
GGTCATCGTCGGAGGAACCGCCACCGTCGACGGCCTCGCTCTTGGAAGCGGCAGCGTCGA
CGTGCTTCTTGCAGTACTCGATCACCTTGGCGAGGATCTTGCTCGTGACGTTTGGGAGAG
GGACCCCGTTGTCGACGCAGTCGTCTTCGACCATGTGGGCTATGGTCTGAGACTCGAGGG
TCACCGCCTCGTCGACCT

QA 7 624 7 624
DS 

RD RR1EL21TF 758 0 0
CGCTC
TTTAAGACGTTAAAAGCAAACATCCAGCATTGGTTCTTCAAGACGAACATAGGTCATGAA
TTACAAAAGGAAAATAGCAAAGTCATCATCCACACTGATCGATCATCCACAGAAGAAGAA
AAAAAGCAACAACATAAAAAGCAAGAAACTGGTTGGTTTGCTTCAACGACCTCTCTCTCA
CACATCATTCAAAAGCCCATTGGTTCTCCCTGCGCACTTCCTCTTCTTCCTCGGGTGTAA
AGTCGTTCTTGATGTCAAAGGTCGTGCGAATCTCTTCCGGAGTCTTTCCCTTGATCATAT
CAGCCACTGTCTGGCATGTAAGGTCGAGCAGGTTCTTGATGTTCAAATAATTAGCAGCCA
GGATGAGTTCGAAGAGGGTGGCTTGATCGATCTTCATGAACTCAGCATCCCAGGCCTTGA
GGTCATCGTCGGAGGAACCGCCACCGTCGACGGCCTCGCTCTTGGAAGCGGCAGCGTCGA
CGTGCTTCTTGCAGTACTCGATCACCTTGGCGAGGATCTTGCTCGTGACGTTTGGGAGAG
GGACCCCGTTGTCGACGCAGTCGTCTTCGACCATGTGGGCTATGGTCTGAGACTCGAGGG
TCACCGCCTCGTCGACCTCGAAAGACTCGCCATCGGAGCTCTTCAACACGATCTTCTTCG
TCGACATGATTGTGGGGGAGAACGCAAGAGAAGATTTGAGAGAAGCGATGAGATGATGAG
ATCCCTAGTTTTTTTTTTTTTTATAAGTCTCCC

QA 6 758 6 758
DS 



AS 2 4

CO CL1378Contig1 991 2 4 U
GGATTTGCCTCTTCACCATGGACGCGTACGACATCCTGAGATCCGAGAGGTTAGAGTTCG
AGAGTGAGGCTGCTGAGAAAGCCTTTGCCGACAGGATCAGTGGCAAGCCCCGAGCTTTGA
TTTCTGTGACGGGATACAACCCTAATCTGCCTGAGGATGATATCAAGAAGGAACTGATTG
AACTCTTCAGTTCATGTGGCGACGTTACAAGGGTTATTGTTCCCAAAGACCCTGATCATA
GCCCTAATCTCGACAGACGTGCTTTAGTTCTTTTCGGAGATGGGGCAGAAGAGAAGGCCT
TGCAACTTAATGGAACTGACGTTGGAGGATGGAATGCTCTTGTTAAGGTTGAATCGGATG
AAGAAGATGAGGAGGCAGCACGCTATAGATCCTCTCTGATTAACGAACTAATGAATGACC
CAAAATTTTGGTATGGCGTTTCGGTTAGGGGATATGACACTTCCCTCCCTGTAGACCAAG
TCGAGAGGGCTTTGAAGGAACATTTCTCTGATTGTGGGGAGATAACTCATGTTTTTGTCG
ATACTCTCGACAAGCTGACTAATGTCTATTTTTCCCTACAAGAAGGAGAAGCTAGGGCGC
TGGCTCGTGATGGAATTAGAATGGGAGAATTCGAATTAGATATTTCTGGCGTACCTTCAG
TCCTAAGTAACCGTCCCAATCCCTTTGGCAACGGTGAAATTGAAATTGGTTTGGGCTATA
CTGTCCCAGCTCATATGATTGAGTTTGCCAACAAGGACGACGACGAGATCGAGAACAAGG
TCATTGCTTTCAAGAAGCAGAGGAGGCTTATCTAGAAATTTCTCTTTCTCTCAAGAAGCT
CTATCTTTGGTGTTTAATAATAATAAATCGTGTGAATGATAATACAATGCAACCTTGGGG
CTTTCTTACTTACGTTTAATCTCAAAGCTCACATTATGTATGTACGATGAGCCATTTGTG
CTTTCTTACTTTATGTTTAATCTCAAAGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EL22TF U 1
AF RR1EL22JQ C 414
BS 1 745 RR1EL22TF
BS 746 746 RR1EL22JQ
BS 747 774 RR1EL22TF
BS 775 991 RR1EL22JQ

RD RR1EL22TF 790 0 0
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AACTCTTCAGTTCATGTGGCGACGTTACAAGGGTTATTGTTCCCAAAGACCCTGATCATA
GCCCTAATCTCGACAGACGTGCTTTAGTTCTTTTCGGAGATGGGGCAGAAGAGAAGGCCT
TGCAACTTAATGGAACTGACGTTGGAGGATGGAATGCTCTTGTTAAGGTTGAATCGGATG
AAGAAGATGAGGAGGCAGCACGCTATAGATCCTCTCTGATTAACGAACTAATGAATGACC
CAAAATTTTGGTATGGCGTTTCGGTTAGGGGATATGACACTTCCCTCCCTGTAGACCAAG
TCGAGAGGGCTTTGAAGGAACATTTCTCTGATTGTGGGGAGATAACTCATGTTTTTGTCG
ATACTCTCGACAAGCTGACTAATGTCTATTTTTCCCTACAAGAAGGAGAAGCTAGGGCGC
TGGCTCGTGATGGAATTAGAATGGGAGAATTCGAATTAGATATTTCTGGCGTACCTTCAG
TCCTAAGTAACCGTCCCAATCCCTTTGGCAACGGTGAAATTGAAATTGGTTTGGGCTATA
CTGTCCCAGCTCATATGATTGAGTT*GCCAACAAGGACGACGACGAGATCGAGA
CAGGTCATTGCTTTCA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1EL22JQ 578 0 0
AATGACCCAAAATT
TTGGTATGGCGTTTCGGTTAGGGGATATGACACTTCCCTCCCTGTAGACCAAGTCGAGAG
GGCTTTGAAGGAACATTTCTCTGATTGTGGGGAGATAACTCATGTTTTTGTCGATACTCT
CGACAAGCTGACTAATGTCTATTTTTCCCTACAAGAAGGAGAAGCTAGGGCGCTGGCTCG
TGATGGAATTAGAATGGGAGAATTCGAATTAGATATTTCTGGCGTACCTTCAGTCCTAAG
TAACCGTCCCAATCCCTTTGGCAACGGTGAAATTGAAATTGGTTTGGGCTATACTGTCCC
AGCTCATATGATTGAGTTTGCCAACAAGGACGACGACGAGATCGAGAACAAGGTCATTGC
TTTCAAGAAGCAGAGGAGGCTTATCTAGAAATTTCTCTTTCTCTCAAGAAGCTCTATCTT
TGGTGTTTAATAATAATAAATCGTGTGAATGATAATACAATGCAACCTTGGGGCTTTCTT
ACTTACGTTTAATCTCAAAGCTCACATTATGTATGTACGATGAGCCATTTGTGCTTTCTT
ACTTTATGTTTAATCTCAAAGCTC

QA 15 578 15 578
DS 



CO CL1378Contig2 632 2 3 U
GGCAACGGTGAAATTGAAATTGGTTTGGGCTATACTGTCCCAGGTAAGCACGGCAAAATA
AAAATTGTTTCAAATTGATTCTTCGTTTTCAAGGGAAAACAAACTCCTCATGAATTCTTT
TGTTTGTTGTAGCTCATATGATTGAGTTTGCCAACAATGACGACGACGAGATCGAGAACA
AGGTCATTGCTTTCAAGAAGCAGAGGAGGCTTAGGCTTATCTAGAAATTTCTCTTTCTCT
CAAGAAGCTCTATCTTTGGTGTTTAATAATAATAAATCGTGTGAATGATAGATAATACAA
TGCAACCTTGGGGCTTTCTTACTTACGTTTAATCTCAAAGCTCACATTATGTATGTACGA
TGAGCCATTTGTGCTTTCTTACTTTATGTTTAATCTCAAAGCTCAACTAATTCGATTTGG
TTAGGTAGACACAAGCATCATCTCCACATTGCCTAATAACATTAACAATAATAAAAAAAT
AGTTTGAGACTCATAGTGTTGGATTTAAAAATGAAAGAATTGTTTTTCCAAACCCAAAAA
ATAATTAAACATATATTGTCCCATTATGGTATAATTATCTTACAAATATTTATTGATATA
TGCATTATGTATTCTTATTAATGTATTCGTTC


BQ
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AF RR1AK39TF U 201
AF RR1F223TF C 1
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BS 213 414 RR1AK39TF
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RD RR1AK39TF 214 0 0
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AGGCTTATCTAGAAATTTCTCTTTCTCTCAAGAAGCTCTATCTTTGGTGTTTAATAATAA
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ATCTCAAAGCTCAACTAATTCG

QA 13 214 13 214
DS 

RD RR1F223TF 632 0 0
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AAAATTGTTTCAAATTGATTCTTCGTTTTCAAGGGAAAACAAACTCCTCATGAATTCTTT
TGTTTGTTGTAGCTCATATGATTGAGTTTGCCAACAATGACGACGACGAGATCGAGAACA
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CAAGAAGCTCTATCTTTGGTGTTTAATAATAATAAATCGTGTGAATGATAGATAATACAA
TGCAACCTTGGGGCTTTCTTACTTACGTTTAATCTCAAAGCTCACATTATGTATGTACGA
TGAGCCATTTGTGCTTTCTTACTTTATGTTTAATCTCAAAGCTCAACTAATTCGATTTGG
TTAGGTAGACACAAGCATCATCTCCACATTGCCTAATAACATTAACAATAATAAAAAAAT
AGTTTGAGACTCATAGTGTTGGATTTAAAAATGAAAGAATTGTTTTTCCAAACCCAAAAA
ATAATTAAACATATATTGTCCCATTATGGTATAATTATCTTACAAATATTTATTGATATA
TGCATTATGTATTCTTATTAATGTATTCGTTC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 2 6

CO CL1379Contig1 739 2 3 U
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CTTAATATAAAAACAGATAAACAAGAGTAATAATCCATCAAAAACGACTCCAAAAACAGT
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AAAAAAAAAAGAAACAAATCTATAATCCTCTAAGCTCCGATGATTTCGGTTGGTTCCTCA
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TGAACCTCCATGAGCTTGCCGAGGTCAAACTTGGGAGCCTTGAGGATCTTGACTTTACGG
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GCCTCAGGGATGAACTTAGCCACAAGCTCCTTAAGGTCACAAGACGAAGCCTCCTTCACC
ATAATCTCACTCATCTTCCTGCGGATCTGGCGGACTTGGCTGGATTGAGCATAACAAGTA
CGCTTGACCTGGTTAGCACGCCTCTTGGTGAAACCAATGCAGAACAGCCTCAAGGTGTAA
CTGTCAGTGGTCTTCACATCTACATGGGCTTCAATCAGTGTCTGCCACTTCTTCACCAAT
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TGGACATCTTCAGCTCTGA


BQ
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AF RR1G806JQ U 299
AF RR1E856JQ U 1
BS 1 396 RR1E856JQ
BS 397 397 RR1G806JQ
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CATGA
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QA 6 124 6 124
DS 

RD RR1E856JQ 739 0 0
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AAAAAAAAAAGAAACAAATCTATAATCCTCTAAGCTCCGATGATTTCGGTTGGTTCCTCA
GCCACTGTTTTATCTGGCCTGTCTACTTTCACACCAACATCCTCTGCTGTGTAGTCACCA
TGAACCTCCATGAGCTTGCCGAGGTCAAACTTGGGAGCCTTGAGGATCTTGACTTTACGG
ATGAACACGTTCTGCAACGGGTAAATGTTCTGAGTCGCCTTCTCAATCTCTTTTCCAATG
GCCTCAGGGATGAACTTAGCCACAAGCTCCTTAAGGTCACAAGACGAAGCCTCCTTCACC
ATAATCTCACTCATCTTCCTGCGGATCTGGCGGACTTGGCTGGATTGAGCATAACAAGTA
CGCTTGACCTGGTTAGCACGCCTCTTGGTGAAACCAATGCAGAACAGCCTCAAGGTGTAA
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TGGACATCTTCAGCTCTGA

QA 1 739 1 739
DS 



CO CL1379Contig2 1039 4 21 U
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ATCAAGGCTCCCTCTAACTTCACTCACAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACT
CAGGGTACCAAGATTGCATCTGAGGGGCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCT
GATCTCAACAAGGATGAGGACCACTCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTC
CAGGGCAGGAATGTCTTGACCCAGTTCTGGGGTATGGATTTCACAACTGACAAGCTGAGG
TCGTTGGTGAAGAAGTGGCAGACACTGATTGAAGCCCATGTAGATGTGAAGACCACTGAC
AGTTACACCTTGAGGCTGTTCTGCATTGGTTTCACCAAGAGGCGTGCTAACCAGGTCAAG
CGTACTTGTTATGCTCAATCCAGCCAAGTCCGCCAGATCCGCAGGAAGATGAGTGAGATT
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GCCATTGGAAAAGAGATTGAGAAAGCGACTCAGAACATCTACCCGTTGCAGAACGTGTTC
ATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACCTCGGCAAGCTCATGGAGGTT
CATGGTGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAAGTAGACAGGCCAGATGAAACAGTG
ACTGAGGAACCAACCGAAATCATCGGAGCTTAGAGGATTATAGATTTGTTTCTTTCTTTT
TTTCTCCGTTATGTAGCCATTGACATGGAGTTCTTTGATAAGAGAACTTCCACTTCAGTG
TGACTGTGTTTGGACTCGTTTTTGATGGATTATTACTCTTGTTTATCCTGTTTTTTATAT
TAAGTACCTCATTTCTATT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E856TF U 10
AF RR1G806TF U 1
AF RR1C519TF U 14
AF RR1C519JQ C 347
BS 1 201 RR1G806TF
BS 202 202 RR1E856TF
BS 203 354 RR1G806TF
BS 355 356 RR1E856TF
BS 357 398 RR1G806TF
BS 399 399 RR1C519TF
BS 400 422 RR1G806TF
BS 423 423 RR1C519TF
BS 424 632 RR1G806TF
BS 633 633 RR1C519TF
BS 634 657 RR1G806TF
BS 658 660 RR1C519TF
BS 661 661 RR1C519JQ
BS 662 742 RR1C519TF
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BS 767 767 RR1C519JQ
BS 768 779 RR1C519TF
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BS 781 797 RR1C519TF
BS 798 1039 RR1C519JQ

RD RR1E856TF 558 0 0
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TCTTCTTCATCTTCTTAGCTGTTGCTCGTTCGTCAGCAGCAGCTTGTGAAGATCACCAAA
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GGCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCTGATCTCAACAAGGATGAGGACCACT
CTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGGGCAGGAATGTCTTGACCCAGT
TCTGGGGTATGGACTTCACAACTGACAAGCTGAGGTCATTGGTGAAGAAGTGGCAGACAC
TGATTGAAGCCCATGTAGATGTGAAGACCACTGACAGTTACACCTTGAGGCTGTTCTGCA
TTGGTTTCACCAAGAGGCGTGCTAACCAGGTCAAGCGTACTTGTTATGCTCAATCCAGCC
AA

QA 17 558 17 558
DS 

RD RR1G806TF 657 0 0
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GCAGCAGCTTGTGAAGATCACCAAACCATGGCTGTCGGGAAGAACAAGAGGATCTCAAAG
GGTCGTAAAGGAGGGAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGAC
ATCAAGGCTCCCTCTAACTTCGCTCACAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACT
CAGGGTACCAAGATTGCATCTGAGGGGCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCT
GATCTCAACAAGGATGAGGACCACTCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAA**TGTC
CAGGGCAGGAATGTCTTGACCCAGTTCTGGGGTATGGACTTCACAACTGACAAGCTGAGG
TCATTGGTGAAGAAGTGGCAGACACTGATTGAAGCCCATGTAGATGTGAAGACCACTGAC
AGTTACACCTTGAGGCTGTTCTGCATTGGTTTCACCAAGAGGCGTGCTAACCAGGTCAAG
CGTACTTGTTATGCTCAATCCAGCCAAGTCCGCCAGATCCGCAGGAAGATGAGTGAGATT
ATGGTGAAGGAGGCTTCGTCTTGTGACCTTAAAGAGCTTGTGGCTAAGTTCATCCCT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1C519TF 784 0 0
GGAAGCCGCTCA
TCTTCTTCATCTCCTCAGCTGTTGCTCGTTCGTCAGCAGCAGCTTCTGAAGATCACCAAA
CCATGGCTGTCGGGAAGAACAAGAGGATCTCAAAGGGTCGTAAAGGAGGGAAGAAGAAGA
TTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGACATCAAGGCTCCCTCTAACTTCACTC
ACAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACTCAGGGTACCAAGATTGCATCTGAGG
GGTTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCTGATCTCAACAAGGATGAGGACCACT
CTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGGGCAGGAATGTCTTGACCCAGT
TCTGGGGTATGGATTTCACAACTGACAAGCTGAGGTCGTTGGTGAAGAAGTGGCAGACAC
TGATTGAAGCCCATGTAGATGTGAAGACCACTGACAGTTACACCTTGAGGCTGTTCTGCA
TTGGTTTCACCAAGAGGCGTGCTAACCAGGTCAAGCGTACTTGTTATGCTCAATCCAGCC
AAGTCCGCCAGATCCGCAGGAAGATGAGTGAGATTATGGTGAAGGAGGCTTCGTCTTGTG
ACCTTAAGGAGCTTGTGGCTAAGTTCATCCCTGAG*CCATTGGAAAAGAGATTGAGAAAG
CGACTCAGAACATCTACCCGTTGCAGAACGTGTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTCA*GG
CTCCCAAGTTTGACCTCGGCA*GCTCATGGAGGT*CATGGTGACTACACAGC

QA 13 784 13 784
DS 

RD RR1C519JQ 693 0 0
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CTGACAAGCTGAGGTCGTTGGTGAAGAAGTGGCAGACACTGATTGAAGCCCATGTAGATG
TGAAGACCACTGACAGTTACACCTTGAGGCTGTTCTGCATTGGTTTCACCAAGAGGCGTG
CTAACCAGGTCAAGCGTACTTGTTATGCTCAATCCAGCCAAGTCCGCCAGATCCGCAGGA
AGATGAGTGAGATTATGGTGAAGGAGGCTTCGTCTTGTGACCTTAAGGAGCTTGTGGCTA
AGTTCATCCCTGAGGCCATTGGAAAAGAGATTGAGAAGGCGACTCAGAACATCTACCCGT
TGCAGAACGTGTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACCTCGGCA
AGCTCATGGAGGTTCATGGTGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAAGTAGACAGGC
CAGATGAAACAGTGACTGAGGAACCAACCGAAATCATCGGAGCTTAGAGGATTATAGATT
TGTTTCTTTCTTTTTTTCTCCGTTATGTAGCCATTGACATGGAGTTCTTTGATAAGAGAA
CTTCCACTTCAGTGTGACTGTGTTTGGACTCGTTTTTGATGGATTATTACTCTTGTTTAT
CCTGTTTTTTATATTAAGTACCTCATTTCTATT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 5

CO CL1380Contig1 868 5 10 U
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ATAACTTATAAAAAAGTACTCTGCAACGCGAACAGTAAAGTGTGTTCTACGATTCTTACA
AGTTCTGAAACTGTGTTTTAATCTGCTAACACACAACTAAAGCACAGTAACAGCAACCTT
TCTCAAATTCATTCCACGAACTTAGCGTTTCTTCTTGCTGCCCGCTTTTGCTGCATTGGG
CTTTGAAGGTGTTGCGATCAAGTATACGAACAAAACCACC*ATGGAGATCACTGAAACAA
GCGATCCATATTTCGCAAGCACCCTCTTGGCCAGGGCCAATAGGTCTGTTGGAGGTATGT
CAGCGAGGATGTTTAGAGGTAGTATTGGATTTGAGTAGGCTTCCTGTAGAACAGCCTTAG
TGGGGACACGGAAAGTAACCAGAGCAGGAGCGCCATAGAAGGGTCCTTTAACCTTAGCCT
CTAATTCGAAAGAATGAGACAGGATGCCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGTTCTTGACT
TGTTTCCATTAACAAGTTCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTCTTATCAGTCAGAGTCACAT
CATACGCCGTCACAGATCCTTGATTGTAGATGTCGAAGGAGACGAGGACACGCTCGGCGC
CAGATTTGAGCCTGTTGAGAGTAGCTTTCTTGTGAACCACCAGGAACGGCATTTCCGAGG
TCGCGAACGAAGCGGAGACGAGCATGAAGACCGACATGG*CGGAGATCAGAAGCTTAGCT
AAGGGGATCGTCATGATGTGTTGTTTGGAATTTGGAAATGTAGATTGGAAACAGATCTGC
GATTGATTTTTTTTTCCTCTGCTCGTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AY62JQ U 1
AF RR1CU16TF C 208
AF RR1CU16JQ U 1
AF RR1BG86JQ U 1
AF RR1BG86TF C 193
BS 1 52 RR1AY62JQ
BS 53 53 RR1BG86JQ
BS 54 408 RR1AY62JQ
BS 409 409 RR1BG86JQ
BS 410 457 RR1AY62JQ
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BS 533 533 RR1BG86JQ
BS 534 761 RR1AY62JQ
BS 762 868 RR1BG86JQ

RD RR1AY62JQ 761 0 0
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ATAACTTATAAAAAAGTACTCTGCAACGCGAACAGTAAAGTGTGTTCTACGATTCTTACA
AGTTCTGAAACTGTGTTTTAATCTGCTAACACACAACTAAAGCACAGTAACAGCAACCTT
TCTCAAATTCATTCCACGAACTTAGCGTTTCTTCTTGCTGCCCGCTTTTGCTGCATTGGG
CTTTGAAGGTGTTGCGATCAAGTATACGAACAAAACCACC*ATGGAGATCACTGAAACAA
GCGATCCATATTTCGCAAGCACCCTCTTGGCCAGGGCCAATAGGTCTGTTGGAGGTATGT
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TGGGGACACGGAAAGTAACCAGAGCAGGAGCGCCATAAAAGGGTCCTTTAACCTTAGCCT
CTAATTCGAAAGAATGAGACAGGATGCCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGTCCTTGACT
TGTTTCCATTAACAAGTTCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTCTTATCAGTCAGAGTCACAT
CATACGCCGTCACAGATCCTTGATTGTAGATGTCGAAGGAGACGAGGACACGCTCGGCGC
CAGATTTGAGCCTGTTGAGAGTAGCTTTCTTGTGAACCACCAGGAACGGCATTTCCGAGG
TCGCGAACGAAGCGGAGACGAGCATGAAGACCGACATGG*C

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1CU16TF 624 0 0
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TGGCCAGGGCCAATAGGTCTGTTGGAGGTATGTCAGCGAGGATGTTTAGAGGTAGTATTG
GATTTGAGTAGGCTTCCTGTAGAACAGCCTTAGTGGGGACACGGAAAGTAACCAGAGCAG
GAGCGCCATAGAAGGGTCCTTTAACCTTAGCCTCTAATTCGAAAGAATGAGACAGGATGC
CTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGTTCTTGACTTGTTTCCATTAACAAGTTCAAAAGTTT
TCTTAATCCAGGTCTTATCAGTCAGAGTCACATCATACGCCGTCACAGATCCTTGATTGT
AGATGTCGAAGGAGACGAGGACACGCTCGGCGCCAGATTTGAGCCTGTTGAGAGTAGCTT
TCTTGTGAACCACCAGGAACGGCATTTCCGAGGTCGCGAACGAAGCGGAGACGAGCATGA
AGACCGACATGG*CGGAGATCAGAAGCTTAGCTAAGGGGATCGTCATGATGTGTTGTTTG
GAATTTGGAAATGTAGATTGGA
AA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1CU16JQ 801 0 0
CA
AAGTAAAATAGACCTTCATGACTATGCTCTCAAAACGATGTTATTACGAAGAAACAAAAT
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TCAAATTCATTCCACGAACTTAGCGTTTCTTCTTGCTGCCCGCTTTTGCTGCATTGGGCT
TTGAAGGTGTTGCGATCAAGTATACGAACAAAACCACC*ATGGAGATCACTGAAACAAGC
GATCCATATTTCGCAAGCACCCTCTTGGCCAGGGCCAATAGGTCTGTTGGAGGTATGTCA
GCGAGGATGTTTAGAGGTAGTATTGGATTTGAGTAGGCTTCCTGTAGAACAGCCTTAGTG
GGGACACGGAAAGTAACCAGAGCAGGAGCGCCATAGAAGGGTCCTTTAACCTTAGCCTCT
AATTCGAAAGAATGAGACAGGATGCCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGTTCTTGACTTG
TTTCCATTAACAAGTTCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTCTTATCAGTCAGAGTCACATCA
TACGCCGTCACAGATCCTTGATTGTAGATGTCGAAGGAGACGAGGACACGCTCGGCGCCA
GATTTGAGCCTGTTGAGAGTAGCTTTCTTGTGAACCACCAGGAACGGCATTTCCGAGGTC
GCGAACGAAGCGGAGACGAGCATGAAGACCGACATGGGCGGAGATCAGAAGCTTAGCTAA
AGGGATCGTCATGATGTGT

QA 3 801 3 801
DS 

RD RR1BG86JQ 868 0 0
CA
AAGTAAAATAGACCTTCATGACTATGCTCTCAAAACGATGTTATTACGAAGAAACAAAAC
AACTTATAAAAAAGTACTCTGCAACGCGAACAGTAAAGTGTGTTCTACGATTCTTACAAG
TTCTGAAACTGTGTTTTAATCTGCTAACACACAACTAAAGCACAGTAACAGCAACCTTTC
TCAAATTCATTCCACGAACTTAGCGTTTCTTCTTGCTGCCCGCTTTTGCTGCATTGGGCT
TTGAAGGTGTTGCGATCAAGTATACGAACAAAACCACC*ATGGAGATCACTGAAACAAGC
GATCCATATTTCGCAAGCACCCTCTTGGCCAGGGCCAATAGGTCTGTTGGAGGTATGTCA
GCGAGGATGTTTAGAGGTAGTATTGGATTTGAGTAGGCTTCCTGTAGAACAGACTTAGTG
GGGACACGGAAAGTAACCAGAGCAGGAGCGCCATAGAAGGGTCCTTTAACCTTAGCCTCT
AATTCGAAAGAATGAGACAGGATGCCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGTTCTTGACTTG
TTTCCATTAACAAGTTCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTCTTATCAGTCAGAGTCACATCA
TACGCCGTCACAGATCCTTGATTGTAGATGTCGAAGGAGACGAGGACACGCTCGGCGCCA
GATTTGAGCCTGTTGAGAGTAGCTTTCTTGTGAACCACCAGGAACGGCATTTCCGAGGTC
GCGAACGAAGCGGAGACGAGTATGAAGACCGACATGG*CGGAGATCAGAAGCTTAGCTAA
GGGGATCGTCATGATGTGTTGTTTGGAATTTGGAAATGTAGATTGGAAACAGATCTGCGA
TTGATTTTTTTTTCCTCTGCTCGTCC

QA 3 868 3 868
DS 

RD RR1BG86TF 676 0 0
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TGCGATCAAGTATACGAACAAAACCACC*ATGGAGATCACTGAAACAAGCGATCCATATT
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TTAGAGGTAGTATTGGATTTGAGTAGGCTTCCTGTAGAACAGACTTAGTGGGGACACGGA
AAGTAACCAGAGCAGGAGCGCCATAGAAGGGTCCTTTAACCTTAGCCTCTAATTCGAAAG
AATGAGACAGGATGCCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGTTCTTGACTTGTTTCCATTAA
CAAGTTCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTCTTATCAGTCAGAGTCACATCATACGCCGTCA
CAGATCCTTGATTGTAGATGTCGAAGGAGACGAGGACACGCTCGGCGCCAGATTTGAGCC
TGTTGAGAGTAGCTTTCTTGTGAACCACCAGGAACGGCATTTCCGAGGTCGCGAACGAAG
CGGAGACGAGTATGAAGACCGACATGG*CGGAGATCAGAAGCTTAGCTAAGGGGATCGTC
ATGATGTGTTGTTTGGAATTTGGAAATGTAGATTGGAAACAGATCTGCGATTGATTTTTT
TTTCCTCTGCTCGTCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 6

CO CL1381Contig1 1073 6 6 U
GTCTATAATCAAGTTTCTCATTCAAACGATACAAATTGAGGAGAGTATAACGCGAAAATA
GTACTGGGAAACATGTGTGCAGACTAAAGATTACAATCTTTTATGTCATTCTTTTCAAGG
GTTCAAAAACAGATGCTCTTGAGCAGTAGTTTACAGTTTCCTACGATGTGACGGGAACCT
AACAGGATCGTGAAGCTAGTCAGAAATAATTGCTGAGAGCATTCCAGCAGCAGCGACCGC
GAGAGGAGGAGCAACTGCCGTATTTCCTATTCCTCCATGGGATCACCAGATGAAGGCTTC
CCGTCTTTTGTGGCTACGTTGGAATGAACAGGATCAGGAACTATCAGGCCTGCAGGAACC
TGGCCGAACTTCAAAGCCTGTTCGAGTCTGGCAATTTCTTCTATCGTCTGGGAGTTGATA
ATTGCAGCCTTGATAGCTAAAATTTGCTCTTGTGTTGGGGCCACCACTTTTGGAGTATCT
TGTTCTTCCGTAGAATCTGGCATTTTTTTAACCTCCTCCCTAGATACCTTCTTAACCTCC
TCTTCTGCTTCCTTAGATGAAAACAAGGCCGCAGCTTCATCTCTCTCCTTGGCTTTGACT
TTGATGAAATCAAGTGCTCGTAGTGATTTTAGCTTGTGAATCACATAAAGGCGATAATTT
GGCTTTTTGGTGATATTGTTATCCAGCAAACTAAGGTACTGAAGCTTTGGAATGGAGGCA
AGGGGATCAATTTCAACCAAATTCACAAGCCTGTTATTTGTAAGAACCAAAGTGTGTAGA
TTCGGCAGGAACTCTCCAATATTAGGATTTACCCGGGTGATCCGATTGTTATTAATGATC
AAAGTTCCCAAGCGGTTGAGGAGCGGAAAGTTTTCTAGCTTAACTATCTCGTTATCAGAT
AGATCAATTGTATCAAACTGGTCCTCAGTAGCACCCAAGTTCTCGATTACTGGAATCTTG
TTGCCACGTAGCTCCAACTCTCGCTCCTTGATGGCATTGAAGAAATGAGGACTATTCCAG
ATCAAATCAGCCGTGAGCTTCACCATTAGGGTTTTACTGCTCTTCGCATACCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G225JQ U 90
AF RR1E023JQ U 3
AF RR1FE91JQ U 1
AF RR1FE91TF C 343
AF RR1E023TF C 368
AF RR1G225TF C 511
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TTTACAGTTTCCTACGATGTGACGGGAACCTAACAGGATCGTGAAGCTAGTCAGAAATAA
TTGCTGAGAGCATTCCAGCACCAGCGACCGCGAGAGGAGGAGCAACTGCCGTATTTCCTA
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GGCAATTTCTTCTATCGTCTGGGAGTTGATAATTGCAGCCTTGATAGCTAAAATTTGCTC
TTGTGTTGGGGCCACCACTTTTGGAATATCTTGTTCTTCCCTAAAATCTGGCATTTTTTT
AACCTCCT

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TCAAAAACAGATGCTCTTGAGCAGCAGTTTACAGTTTCCTACGATGTGACGGGAACCTAA
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GTCTTTTGTGGCTACGTTGGAATGAACAGGATCAGGAACTATCAGGCCTGCAGGAACCTG
GCCGAACTTCAAAGCCTGTTCGAGTCTGGCAATTTCTTCTATCGTCTGGGAGTTGATAAT
TGCAGCCTTGATAGCTAAAATTTGCTCTTGTGTTGGGGCCACCACTTTTGGAGTATCTTG
TTCTTCCGTAGAATCTGGCATTTTTTTAACCTCCTCCCTAGATACCTTCTTAACCTCCTC
TTCTGCTTCCTTAG

QA 1 554 1 554
DS 

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GTCTATAATCAAGTTTCTCATTCAAACGATACAAATTGAGGAGAGTATAACGCGAAAATA
GTACTGGGAAACATGTGTGCAGACTAAAGATTACAATCTTTTATGTCATTCTTTTCAAGG
GTTCAAAAACAGATGCTCTTGAGCAGTAGTTTACAGTTTCCTACGATGTGACGGGAACCT
AACAGGATCGTGAAGCTAGTCAGAAATAATTGCTGAGAGCATTCCAGCAGCAGCGACCGC
GAGAGGAGGAGCAACTGCCGTATTTCCTATTCCTCCATGGGATCACCAGATGAAGGCTTC
CCGTCTTTTGTGGCTACGTTGGAATGAACAGGATCAGGAACTATCAGGCCTGCAGGAACC
TGGCCGAACTTCAAAGCCTGTTCGAGTCTGGCAATTTCTTCTATCGTCTGGGAGTTGATA
ATTGCAGCCTTGATAGCTAAAATTTGCTCTTGTGTTGGGGCCACCACTTTTGGAGTATCT
TGTTCTTCCGTAGAATCTGGCATTTTTTTAACCTCCTCCCTAGATACCTTCTTAACCTCC
TCTTCTGCTTCCTTAGATGAAAACAAGGCCGCAGCTTCATCTCTCTCCTTGGCTTTGACT
TTGATGAAATCAAGTGCTCGTAGTGATTTTAGCTTGTGAATCACATAAAGGCGATAATTT
GGCTTTTTGGTGATATTGTTATCCAGCAAACTAAGGTACTGAAGCTTTGGAATGGAGGCA
AGGGGATCAATT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1FE91TF 731 0 0
TATCA
GCCTGCAGGAACCTGGCCGAACTTCAAAGCCTGTTCGAGTCTGGCAATTTCTTCTATCGT
CTGGGAGTTGATAATTGCAGCCTTGATAGCTAAAATTTGCTCTTGTGTTGGGGCCACCAC
TTTTGGAGTATCTTGTTCTTCCGTAGAATCTGGCATTTTTTTAACCTCCTCCCTAGATAC
CTTCTTAACCTCCTCTTCTGCTTCCTTAGATGAAAACAAGGCCGCAGCTTCATCTCTCTC
CTTGGCTTTGACTTTGATGAAATCAAGTGCTCGTAGTGATTTTAGCTTGTGAATCACATA
AAGGCGATAATTTGGCTTTTTGGTGATATTGTTATCCAGCAAACTAAGGTACTGAAGCTT
TGGAATGGAGGCAAGGGGATCAATTTCAACCAAATTCACAAGCCTGTTATTTGTAAGAAC
CAAAGTGTGTAGATTCGGCGGGAACCCTCCAATATTAGGATTTACCCGGGTGATCCGATT
GTTATTAATGATCAAAGTTCCCAAGCGGTTGAGGAGCGGAAAGTTTTCTAGCTTAACTAT
CTCGTTATCAGATAGATCAATTGTATCAAACTGGTCCTCAGTAGCACCCAAGTTCTCGAT
TACTGGAATCTTGTTGCCACGTAGCTCCAACTCTCGCTCCTTGATGGCATTGAAGAAATG
AGGACTATTCCAGATCAAATCAGCCGTGAGCTTCACCATTAGGGTTTTACTGCTCTTCGC
ATACCC

QA 6 731 6 731
DS 

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ACTTCAAAGCCTGTTCGAGTCTGGCAATTTCTTCTATCGTCTGGGAGTTGATAATTGCAG
CCTTGATAGCTAAAATTTGCTCTTGTGTTGGGGCCACCACTTTTGGAGTATCTTGTTCTT
CCGTAGAATCTGGCATTTTTTTAACCTCCTCCCTAGATACCTTCTTAACCTCCTCTTCTG
CTTCCTTAGATGAAAACAAGGCCGCAGCTTCATCTCTCTCCTTGGCTTTGACTTTGATGA
AATCAAGTACTCGTAGTGATTTTAGCTTGTGAATCACATAAAGGCGATAATTTGGCTTTT
TGGTGATATTGTTATCCAGCAAACTAAGGTACTGAAGCTTTGGAATGGAGGCAAGGGGAT
CAATTTCAACCAAATTCACAAGCCTGTTATTTGTAAGAACCAAAGTGTGTGGATTCGGCA
GGAACTCTCCAATATTAGGATTTACCCGGGTGATCCGATTGTTATTAATGATCAAAGTTC
CCAAGCGGTTGAGGAGCGGAAAGTTTTCTAGCTTAACTATCTCGTTATCAGATAGATCAA
TTGTATCAAACTGGTCCTCAGTAGCACCCAAGTTCTCGATTACTGGAATCTTGTTGCCAC
GTAGCTCCAACTCTCGCTCCTTGATGGCATTGAAGAAATGAGGACTATTCCAGATCAAAT
CAGCCGTGAGCTTCACCATTAGGGTTTTACTGCTCTTCGCATACCC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1G225TF 563 0 0
ACCTCCTCCCTAGATACCTTCTTAACCTCCTCTTCTGCTTCCTTAGATGAAAACAAGGCC
GCAGCTTCATCTCTCTCCTTGGCTT*GACTTTGATGAAATCAAGTACTCGTAGTGATTTT
AGCTTGTGAATCACATAAAGGCGATAATTTGGCTTTTTGGTGATATTGTTATCCAGCAAA
CTAAGGTACTGAAGCTTTGGAATGGAGGCAAGGGGATCAATTTCAACCAAATTCACAAGC
CTGTTATTTGTAAGAACCAAAGTGTGTAGATTCGGCAGGAACTCTCCAATATTAGGATTT
ACCCGGGTGATCCGATTGTTATTAATGATCAAAGTTCCCAAGCGGTTGAGGAGCGGAAAG
TTTTCTAGCTTAACTATCTCGTTATCAGATAGATCAATTGTATCAAACTGGTCCTCAGTA
GCACCCAAGTTCTCGATTACTGGAATCTTGTTGCCACGTAGCTCCAACTCTCGCTCCTTG
ATGGCATTGAAGAAATGAGGACTATTCCAGATCAAATCAGCCGTGAGCTTCACCATTAGG
GTTTTACTGCTCTTCGCATACCC

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 5

CO CL1382Contig1 1347 5 6 U
GGGTTTCTCTAGGGTTTGGTTTTAAGTTCTTCCGCCATGAAAACACAGAAGAGGAAGAGC
ATCTCCGGGGGAAGCAGCAGCACGCGATCGAAAACCTCAGATAACGAAAGCGAAACCTCC
GCATTGCCTCTCCCGATAGATCTCACAATCGACATCTTCTCGAGGCTGCCGTCCAAGTCA
ATAGCCGTATGTCGCTGCGTATCGAAGCCATGGGCCTCCACACTCCTCCGCCAAGATTTC
GCCGACTTGTTCCTAACGAAATCCTCTACCCGCCCTCCGCAGCGGTTGTTCGCACAGCAA
AAGGACGGTAGCTTGTTCTTCTCCTCCTCTTCACCACCACCACAGCCCCAGAATCCGGAA
GAGAACTCCTCGCCAGTAGTATCAGCCGATCCTCTCAAGCATTTCGACTTTGATAGTTCC
TGTGAAATCAGCCGTCTTGTCCATGGCCTTGTCTGCCTTGTGCCGGGAATGAAGGATATG
GTGCCGGTGCTGTGTAGCCCTAGCACCGGACAAGCCTTAGTCTTACCCAAAGTAAACACG
GGGAGAGCTAAGGTGAAGTGTATGCTTGGGTATGATCCTGTTGATAAACAATTCAAGGTC
TTGTCCATAACACAGCCCTTGGAAGGAAGGAATGATATGGTGCCTGAGGAGCATCGAGTT
CTTACCCTAGGATCCGGAAACCTTTCATGGAGAATGATTCACTGCTCCATACCTCATTTA
TATCCAGATGATGAGATTTGCATCAATGGTGTTTTGTATTATACATCTCTCTTTAACTCT
ACTACGTTAGTTTGCTTTGATGTTAGGTCTGAGAAGTTCAGCCTTATTCAAGTCCAGGGA
GCTCTCAGTAGAGCTGTGCTAGGGTTTATGGTAAACTTCAATGGTAAATTAGGTTTTGTT
ATGTCTGAAGATCATGAAGGAAATGTCGGTTTTATCAGTGGAAAAAGCGCGAGGTTTAAG
TTGTGGGTTCTAGAAGATGCTGAGAAACATGAATGGTCTGAGCGTACTTATGTATTGCCT
GCTTCGTGGAAGAATATAGTTGGAAAAAGCGTGTTGAAATTTGTTGGGTTGACTAGGACA
AACGAGATTGTGTTGTCTTCTTGGTACGCAGTTATACCTTTCTACCTCTTCTACTTCAAT
CCCGAGAGGAACACTGACGTAAGAGTTCAAATTCAAGGAGTGGATATGGATGGGTCGAGG
TTTGCTATACTTCAAACCTTTCTAGACCACGTAGAGGATGTCAAGCTCTATCCCAAGGTG
CATTAGGTGGATGACTACTTGTTTCTCTAAGTTTCCCATGTAATTCGACAAAATGAACTT
ATCTATAAAAATAATTGACTTGCAGTT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GR07TF U 2
AF RR1GT65TF U 22
AF RR1CT26TF U 1
AF RR1CT26JQ C 534
AF RR1GT65JQ C 648
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C
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ATTGCCTCTCCCGATAGATCTCACAATCGACATCTTCTCGAGGCTGCCGTCCAAGTCAAT
AGCCGTATGTCGCTGCGTATCGAAGCCATGGGCCTCCACACTCCTCCGCCAAGATTTCGC
CGACTTGTTCCTAACGAAATCCTC

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DS 

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GG
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GAAGCCATGGGCCTCCACACTCCTCCGCCAAGATTTCGCCGACTTGTTCCTAACGAAATC
CTCTACCCGCCCTCCGCAGCGGTTGTTCGCACAGCAAAAGGACGGTAGCTTGTTCTTCTC
CTCCTCTTCACCACCACCACAGCCCCAGAATCCGGAAGAGAACTCCTCGCCAGTAGTATC
AGCCGATCCTCTCAAGCATTTCGACTTTGATAGTTCCTGTGAAATCAGCCGTCTTGTCCA
TGGCCTTGTCTGCCTTGTGCCGGGAATGAAGGATATGGTGCCGGTGCTGTGTAGCCCTAG
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GCTTGGGTATGATCCTGTTGATAAACAATTCAAGGTCTTGTCCATAACACAGCCCTTG

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DS 

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ATCTCCGGGGGAAGCAGCAGCACGCGATCGAAAACCTCAGATAACGAAAGCGAAACCTCC
GCATTGCCTCTCCCGATAGATCTCACAATCGACATCTTCTCGAGGCTGCCGTCCAAGTCA
ATAGCCGTATGTCGCTGCGTATCGAAGCCATGGGCCTCCACACTCCTCCGCCAAGATTTC
GCCGACTTGTTCCTAACGAAATCCTCTACCCGCCCTCCGCAGCTGTTGTTCGCACAGCAA
AAGGACGGTAGCTTGTTCTTCTCCTCCTCTTCACCACCACCACAGCCCCAGAATCCGGAA
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TGTGAAATCAGCCGTCTTGTCCATGGCCTTGTCTGCCTTGTGCCGGGAATGAAGGATATG
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TAGGACAAACGAGATTGTGTTGTCTTCTTGGTACGCAGTTATACCTTTCTACCTCTTCTA
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GTCGAGGTTTGCTATACTTCAAACCTTTCTAGACCATGTAGAGGATGTCAAGCTCTATCC
CAAGGTGCATTAGGTGGATGACTACTTGTTTCTCTAAGTTTCCCATGTAATTCGACAAAA
TGAACTTATCTATAAAAATAATTGACTTGCAGTT

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DS 

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CATACCTCATTTATATCCAGATGATGAGATTTGCATCAATGGTGTTTTGTATTATACATC
TCTCTTTAACTCTACTACGTTAGTTTGCTTTGATGTTAGGTCTGAGAAGTTCAGCCTTAT
TCAAGTCCAGGGAGCTCTCAGTAGAGCTGTGCTAGGGTTTATGGTAAACTTCAATGGTAA
ATTAGGTTTTGTTATGTCTGAAGATCATGAAGGAAATGTCGGTTTTATCAGTGGAAAAAG
CGCGAGGTTTAAGTTGTGGGTTCTAGAAGATGCTGAGAAACATGAATGGTCTGAGCGTAC
TTATGTATTGCCTGCTTCGTGGAAGAATATAGTTGGAAAAAGCGTGTTGAAATTTGTTGG
GTTGACTAGGACAAACGAGATTGTGTTGTCTTCTTGGTACGCAGTTATACCTTTCTACCT
CTTCTACTTCAATCCCGAGAGGAACACTGTCGTAAGAGTTCAAATTCAAGGAGTGGATAT
GGATGGGTCGAGGTTTGCTATACTTCAAGCCTTTCTAGACCACGTAGAGGATGTCAAGCT
CTATCCCAAGGTGCATTAGGTGGATGACTACTTGTTTCTCTAAGTTTCCCATGTAATTCG
ACAAAATGAACTTATCTATAAAAATAATTGACTTGCAGT
T

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 6

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TCTTCTTCTCAATCTATCTTAGTTATCTACTCGCAAAGAAGTCTCCTCAAGAAGCCCAGT
TTTTGAGAAATGGCTGGCCAAAACGCGCGTTTGAATGTGGTTCCCACCGTTACAATGCTG
GGCGTAATGAAAGCTCGTCTCGTTGGTGCCACAAGAGGCCACGCTCTCCTCAAGAAGAAG
AGCGACGCTTTAACCGTTCAGTTCAGGGCCCTTCTCAAGAAGATCGTAACGGCCAAGGAA
TCAATGGGAGACATGATGAAGACATCGTCTTTCGCTCTCACCGAAGTCAAGTACGTCGCT
GGAGAGAATGTGAAACACGTTGTCCTCGAGAACGTCAAAGAAGCCACGCTCAAAGTTCGG
TCCAGACAAGAGAACATCGCTGGCGTGAAGCTCCCCAAGTTCGATCACTTCTCCGAAGGC
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GTGGCTTACGTGAAAGCTATTGAAGTGCTTGTTGAGCTTGCTTCTCTCCAGACTTCGTTC
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AGAGGGATATCGATAAACGCTGCTAGGAACTTGCTTGTTGGTGGTGGAGAGAAGGATGCA
GACATTATTTTCTGAGCTGATTGCTTGGTTTCTATTTTCTTTATTCATCAGACTGATGTT
TCTTCAAATAAATTGGATTTTGATGCAGATGAAATATTGAATCATCTTTGGATTGTGCTT
TGCTATAATTTCCCTCATGAAAATTTGTGATTATACTGTAATGGATGAACTTTATGAGTT
ATTTCAATAAGTTTGAAGATGTATTAGTGATGATATT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DX80TF U 1
AF RR1AM02TF U 70
AF RR1AM18TF U 2
AF RR1AM18JQ C 259
AF RR1AM02JQ C 311
AF RR1DX80JQ C 348
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TCTTCTTCTCAATCTATCTTAGTTATCTACTCGCAAAGAAGTCTCCTCAAGAAGCCCAGT
TTTTGAGAAATGGCTGGCCAAAACGCGCGTTTGAATGTGGTTCCCACCGTTACAATGCTG
GGCGTAATGAAAGCTCGTCTCGTTGGTGCCACAAGAGGCCACGCTCTCCTCAAGAAGAAG
AGCGACGCTTTAACCGTTCAGTTCAGGGCCCTTCTCAAGAAGATCGTAACGGCCAAGGAA
TCAATGGGAGACATGATGAAGACATCGTCTTTCGCTCTCACCGAAGTCAAGTACGTCGCT
GGAGAGAATGTGAAACACGTTGTCCTCGAGAACGTCAAAGAAGCCACGCTCAAAGTTCGG
TCCAGACAAGAGAACATCGCAGGCGTGAAGCTCCCCAAGTTCGATCACTTCTCCGAAGGC
GAGACCAAGAATGACTTAACCGGTTTAGCTAGAGGTGGACA

QA 1 521 1 521
DS 

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G
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TGGCTGGCCAAAACGCGCGTTTGAATGTGGTTCCCACCGTTACAATGCTGGGCGTAATGA
AAGCTCGTCTCGTTGGTGCCACAAGAGGCCACGCTCTCCTCAAGAAGAAGAGCGACGCTT
TAACCGTTCAGTTCAGGGCCCTTCTCAAGAAGATCGTAACGGCCAAGGAATCAATGGGAG
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ATGACTTAACCGGTTTAGCTAGAGGTGGACAGCAGGTGCAAGCGTGCCGTGTGGCTTACG
TGAAAGCTATTGAAGTGCTTGTTGAGCTTGCTTCTCTCCAGACTTCGTTCTTGACGCTTG
ATGAAGCGATCAAGACGACTAACCGGAGGGTTAACGCTTTGGAGAATGTGGTGAAACCGA
AGATAGAGAATACGATTAGTTACATCAAGGGAGAGCTTGATGAGCTTGAGAGAGAAGACT
TCT

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DS 

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TTTGAGAAATGGCTGGCCAAAACGCGCGTTTGAATGTGGTTCCCACCGTTACAATGCTGG
GCGTAATGAAAGCTCGTCTCGTTGGTGCCACAAGAGGCCACGCTCTCCTCAAGAAGAAGG
GCGACGCTTTAACCGTTCAGTTCAGGGCCCTTCTCAAGAAGATCGTAACGGCCAAGGAAT
CAATGGGAGACATGATGAAGACATCGTCTTTCGCTCTCACCGAAGTCAAGTACGTCGCTG
GAGAGAATGTGAAACACGTTGTCCTCGAGAACGTCAAAGAAGCCACGCTCAAAGTTCGGT
CCAGACAAGAGAACATCGCTGGCGTGAAGCTCCCCAAGTTCGATCACTTCTCCGAAGGCG
AGACCAAGAATGACTTAACCGGTTTAGCTAGAGGTGGACAGCAGGTGCAAGCGTGCCGTG
TGGCTTACGTGAAAGCTATTGAAGTGCTTGTTGAGCTTGCTTCTCTCCAGACTTCGTTCT
TGACGCTTGATGAAGCGATCAAGACGACTAACCGGAGGGTTAACGCTTTGGAGAATGTGG
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AAGCAGCTAACGCGAAG
CGT

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DS 

RD RR1AM18JQ 844 0 0
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AAGACATCGTCTTTCGCTCTCACCGAAGTCAAGTACGTCGCTGGAGAGAATGTGAAACAC
GTTGTCCTCGAGAACGTCAAAGAAGCCACGCTCAAAGTTCGGTCCAGACAAGAGAACATC
GCTGGCGTGAAGCTCCCCAAGTTCGATCACTTCTCCGAAGGCGAGACCAAGAATGACTTA
ACCGGTTTAGCTAGAGGTGGACAGCAGGTGCAAGCGTGCCGTGTGGCTTACGTGAAAGCT
ATTGAAGTGCTTGTTGAGCTTGCTTCTCTCCAGACTTCGTTCTTGACGCTTGATGAAGCG
ATCAAGACGACTAACCGGAGGGTTAACGCTTTGGAGAATGTGGTGAAACCGAAGATAGAG
AATACGATTAGTTACATCAAGGGAGAGCTTGATGAGCTTGAGAGAGAAGACTTCTTTAGG
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TTTGATGCAGATGAAATATTGAATCATCTTTGGATTGTGCTTTGCTATAATTTCCCTCAT
GAAAATTTGTGATTATACTGTAATGGATGAACTTTATGAGTTATTTCAATAAGTTTGAAG
ATG
C

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DS 

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TGAAACACGTTGTCCTCGAGAACGTCAAAGAAGCCACGCTCAAAGTTCGGTCCAGACAAG
AGAACATCGCTGGCGTGAAGCTCCCCAAGTTCGATCACTTCTCCGAAGGCGAGACCAAGA
ATGACTTAACCGGTTTAGCTAGAGGTGGACAGCAGGTGCAAGCGTGCCGTGTGGCTTACG
TGAAAGCTATTGAAGTGCTTGTTGAGCTTGCTTCTCTCCAGACTTCGTTCTTGACGCTTG
ATGAAGCGATCAAGACGACTAACCGGAGGGTTAACGCTTTGGAGAATGTGGTGAAACCGA
AGATAGAGAATACGATTAGTTACATCAAGGGAGAGCTTGATGAGCTTGAGAGAGAAGACT
TCTTTAGGTTGAAGAAAATTCAGGGGTACAAGAGGAGGGAAGTGGAGAGACAAGCAGCTA
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CGATAAACGCTGCTAGGAACTTGCTTGTTGGTGGTGGAGAGAAGGATGCAGACATTATTT
TTTGAGCTGATTGCTTGGTTTCTATTTTCTTTATTCATCAGACTGATGTTTCTTCAAATA
AATTGGATTTTGATGCAGATGAAATATTGAATCATCTTTGGATTGTGCTTTGCTATAATT
TCCCTCATGAAAATTTGTGGTTATACTGTAATGGATGAACTTTATGAGTTATTTCAATAA
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DS 

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CTTCTCCGAAGGCGAGACCAAGAATGACTTAACCGGTTTAGCTAGAGGTGGACAGCAGGT
GCAAGCGTGCCGTGTGGCTTACGTGAAAGCTATTGAAGTGCTTGTTGAGCTTGCTTCTCT
CCAGACTTCGTTCTTGACGCTTGATGAAGCGATCAAGACGACTAACCAGAGGGTTAACGC
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AGAGAAGGATGCAGACATTATTTTCTGAGCTGATTGCTTGGTTTCTATTTTCTTTATTCA
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TTGGATTGTGCTTTGCTATAATTTCCCTCATGAAAATTTGTGATTATACTGTAATGGATG
AACTTTATGAGTTATTTCAATAAGTTTGAAGATGTATTAGTGATGATATT

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DS 



AS 1 6

CO CL1384Contig1 1111 6 19 U
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TTTTACTACAACCAAATATGGATGACTGGGAGGATGAACAAATTGCACCACTTCCAGCAA
AAGTTGTGCTTAAAAGTAACTGGGATGATGAAGATGTAGATGAGAATGAGATTAAGGACT
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CTCCGAAGAAAGCAGCAAAAGCTGTTGAGAAAAAGGGCAAAGCAGCTCAAGTTCCAAAAG
AAGAACCTTTAGATCCTCTCTCTGAGAAACTCCGCATGCAGAGGCTTGTTGAAGAAGCGG
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TCATCCCCAAGTCTGAAAGTGACTTCTTGGAATATGCTGAAATGATTTCTCATAGGCTTA
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TGACCAACATGAAGGCAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCCTCCGTTACAGCAATAGCAA
ATGAAAAGCTTAAGGCTGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGTAGAAAGAAGACAGGTGGCAAGA
AGAAACAACTTATTGTAGATAAGGCCGATGACGATCTTGTAGCTGGTCCTTATGATGCCA
TGGACGATTTTGACTTCATGTAGATTATAAGAGCTTTGTTTTGTGAGGGAATGCAGCTTC
TCTATTTTCTGGCATCTATTTGGAAGAAGAGCAAAAGTTTCTTAATTACTGGGATATATA
GTTGGAACAAAGAAAGCTTGCTTTATGGGTTTTGGTCTTGGGACATTACTCATGTTTTGT
TTTGTTTTTTTATGTTGGTATACAAATGTCTTATCTGTGGTCATGCCGTCATGGCTCTCT
TTATCTACTATTTAACTGAAACATGGGAAAGAGAAAAATCACGTGTTGTTCATGTTGAAG
TCTTAAGAAAGCTGAGTAAGAAACTTGGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC28TF U 11
AF RR1DT93TF U 1
AF RR1C726TF U 26
AF RR1DC28JQ C 305
AF RR1DT93JQ C 305
AF RR1C726JQ C 369
BS 1 607 RR1DT93TF
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RD RR1DC28TF 508 0 0
GG
GTCGTTTCGCAGCCGAGATTTGATCCAACGAAAACGCGTCTTCATCTTCCTCTTCCTCTT
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CTGAAAGTGACTTCTTGGAATATGCT

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR1DT93TF 793 0 0
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CCTCTTCCTCTTCCTCCTTCGATTTGGCTGAAGTTGGATTTTGATAGCAGCTTTGTCTTT
TTTTACTACAACCAAATATGGATGACTGGGAGGATGAACAAATTGCACCACTTCCAGCAA
AAGTTGTGCTTAAAAGTAACTGGGATGATGAAGATGTAGATGAGAATGAGATTAAGGACT
CATGGGAGGATGATGATGATGATGACAACGACGACAAACCTGCTCCGGTAAATCCTGCTC
CTCCGAAGAAAGCAGCAAAAGCTGTTGAGAAAAAGGGCAAAGCAGCTCAAGTTCCAAAAG
AAGAACCTTTAGATCCTCTCTCTGAGAAACTCCGCATGCAGAGGCTTGTTGAAGAAGCGG
ACTACAGGGCAACTGCTGAACTCTTTGGAACCAAGGGTGAAGAGAAAAAACTTGACGCCT
TCATCCCCAAGTCTGAAAGTGACTTCTTGGAATATGCTGAAATGATTTCTCATAGGCTTA
GACCTTATGAGAAAAGTTATCACTATATCGCATTGCTCAAAGCAGTCATGAGACTTTCGG
TGACCAATATGAAGGCAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCCTCCGTTACAGCAATAGCAA
ATGAAAAGCTTAACGCTGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGTAGAAAGAAGACAG*TGGCAAGA
AGAAACAACTTATTGTAGATAAG*CCGATGACGATCTTGTAGCTGGTCCTTATGATGCCA
TGGACGATTTTGA

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1C726TF 813 0 0
G
GAGATTTGATCCAACGAAAACGCGTCTTCATCTTCCTCTTCCTCTTCCTCCTTCGATTTG
GCTGAAGTTGGATTTTGATAGCAGCTTTGTCTTTTTTTACTACAACCAAATATGGATGAC
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GGAACCAAGGGTGAAGAGAAAAAACTTGACGCCTTCATCCCCAAGTCTGAAAGTGACTTC
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AAAGATGTTGCTTCCTCCGTTACAGCAATAGCAAATGAAAAGCTTAA*GCTGAGAAAGAA
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GATGACGATCTTGTAGCTGGTCCTTATGATGCCATGGACGATTTTGACTTCATGTAGAT*
ATA*GAGCTTTGTTTTGTGAGGGAATGCAGCT

QA 2 813 2 813
DS 

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DS 

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CAGGGCAACTGCTGAACTCTTTGGAACCAAGGGTGAAGAGAAAAAACTTGACGCCTTCAT
CCCCAAGTCTGAAAGTGACTTCTTGGAATATGCTGAAATGATTTCTCATAGGCTTAGACC
TTATGAGAAAAGTTATCACTATATCGCATTGCTCAAAGCAGTCATGAGACTTTCGGTGAC
CAATATGAAGGCAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCCTCCGTTACAGCAATAGCAAATGA
AAAGCTTAAGGCTGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGTAGAAAGAAGACAGGTGGCAAGAAGAA
ACAACTTATTGTAGATAAGGCCGATGACGATCTTGTAGCTGGTCCTTATGATGCCATGGA
CGATTTTGACTTCATGTAGATTATAAGAGCTTTGTTTTGTGAGGGAATGCAGCTTCTCTA
TTTTCTGGCATCTATTTGGAAGAAGAGCAAAAGTTTCTTAATTACTGGGATATATAGTTG
GAACAAAGAAAGCTTGCTTTATGGGTTTTGGTCTTGGGACATTACTCATGTTTTGTTTTG
TTTTTTTATGTTGGTATACAAATGTCTTATCTGTGGTCATGCCGTCATGGTTCTCTTTAT
CT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1C726JQ 743 0 0
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GCAACTGCTGAACTCTTTGGAACCAAGGGTGAAGAGAAAAAACTTGACGCCTTCATCCCC
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GAGAAAGGTTATCACTATATCGCATTGCTCAAAGCAGTCATGAGACTTTCGGTGACCAAC
ATGAAGGCAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCCTCCGTTACAGCAATAGCAAATGAAAAG
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TATTTAACTGAAACATGGGAAAGAGAAAAATCACGTGTTGTTCATGTTGAAGTCTTAAGA
AAGCTGAGTAAGAAACTTGGACG

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 5

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TGTTACTGAATTAAAGTGAGACTTCAGTACAGATACAATGCATGCTGAAAGATTCTCTGT
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GCAAGTTCTTCAACTGCAACTGTTTGTGCATCCATTGCCAGTTCTCTGGGGTTACTTCTC
CTCCGAGAGAACGGATGACCGATCCCCCACTGCATGATCCCATTTTGCAACACTCTTCCA
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TTGCGATGCAGCCTTTAGGGCCTAAAGTTACCACAGCCCAACTGCAATGCCTGCTTAGGA
ACTCAAGAGCAGCCTCCGGGCCCGCTTCTTGCTCACCCCTTAGCAGTTCAGCTGCTTCAT
CCTCGTTAGCAAAGCAAAGATCTATGTTACCAGACTCCAGAAGCTGTCTCAGCTCTGATC
TATAATTCCGGACCATCTCAAAACTAGCTAAATCAAAAGAAACAGAAAGACCTTCTTGCT
TGGCAAATCCAATAGCTGCTTTAATTACTTCTAAGTTAAGAACTGCATATCTTAGGACCA
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TGGAGAGACATGGACGCATCGTGCGATTACCAGAGTCATCAACCAAGCAAACGCACTGCC
CAGTGGAACCTTTCTTCTGCCTCAACCTTGAGATACTGACACCACTGAAACCCATATTGC
TCACAAACAACTGCCCTTGCTCATCGTCGCCATAAGCCCCGATGATCCCCGTGGGTATAC
CGAACCCAACACTCAATCCTCGAACAGTATTAGCCACACTTCCACCAGCCATCTTCTTTA
ACGGAGCCGCACTGATATGTGCGTTAAGCTCTTCAAGTATATGATCTAACTCATCCTTTT
GCACGGGAATGGAGCCACCACGATCACCGGGAATTTGATCGAGTAAGGACCAATCGACGG
GAGCGACGTTATCGATAAGAGCTGCTGGTTGGAGTCCAAGTACCACTGGAGGATGAGCTT
CCTGGCTATTATTGGGCAAGGCCTCCGCTACCATTCTCTGACTGAGATCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTATCTGCACTCGATAAGGCCTTGCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1H202JQ U 42
AF RR1AT09JQ U 1
AF RR1A931JQ U 42
AF RR1A931TF C 583
AF RR1H202TF C 716
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RD RR1H202JQ 546 0 0
G
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TGCTGAAAGATTCTCTGTGAAGAACATAAAAGCATAAGAGTAATTCAAATATGAAACGGC
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TGCGAATGTCAGGAACAGGCAAGTTCCTCAACTGCAACTGTTTGTGCATCCATTGCCAGT
TCTCTGGGGTTACTTCTCCTCCGAGAGAACGGATGACCGATCCCCCACTGCATGATCCCA
TTTTGCAACACTCTTCCAAAGGCAATCCCTTTATCAATCCATACAGAAACCCGCTGGCGA
ATAGGTCACCTGCTCCCGTGGCATCAGTAGCTATTGTCTCACCGATGGCCGGTACTTGAA
CCACCTCCTTATCATGTTTTGCGATGCAGCCTTTAGGGCCTAAAGTTACCACAGCCCAAC
TGCAATGCCTGCTTAGGAACTCAAGAGCAGCCTCCGGGCCCGCTTCTTGCTCACCCCTTA
GCAGT

QA 2 546 2 546
DS 

RD RR1AT09JQ 879 0 0
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TGTTACTGAATTAAAGTGAGACTTCAGTACAGATACAATGCATGCTGAAAGATTCTCTGT
GAAGAACATAAAAGCATAAGAGTAATTCAAATATGAAACGGCCCTTTTTAAGGCGTAATC
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GCAAGTTCTTCAACTGCAACTGTTTGTGCATCCATTGCCAGTTCTCTGGGGTTACTTCTC
CTCCGAGAGAACGGATGACCGATCCCC*ACTGCATGATCCCATTTTGCAACACTCTTCCA
AAGGCAATCCCTTTATCAATCCATACAGAAACCCGTTGGCGAATAGGTCACCTGCTCCCG
TGGCATCAGTAGATATTGTCTCACCGATGGCCGGTACTTGAACCACCTCCTTATCATGTT
TTGCGATGCAGCCTTTAGGGCCTAAAGTTACCACAGCCCAACTGCAATGCCTGCTTAGGA
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CCTCGTTAGCAAAGCAAAGATCTATGTTACCAGACTCCAGAAGCTGTCTCAGCTCTGATC
TATAATTCCGGACCATCTCAAAACTAGCTAAATCCAAAGAAACAGAAAGACCTTCTTGCT
TGGCAAATCCAATAGCTGCTTTAATTACTTCTAAGTTAAGAACTGCATATCTTAG*****
*********AGCCAGTGAAATCTTCTCTGCTTAATTCATCAGCCTGAATCTTGACAGCAC
TGGAGAGACATGGACGCATTGTGCGATTACCAGAGTCAT

QA 1 879 1 879
DS 

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A
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TGCTGAAAGATTCTCTGTGAAGAACATAAAAGCATAAGAGTAATTCAAATATGAAACGGC
CCTTTTTAAGGCGTAATCACTTGAAATTTGAAAGCCAGAATCTGCTAGTTGATCATCAGT
TGCGAATGTCAGGAACAGGCAAGTTCTTCAACTGCAACTGGTTGTGCATCCATTGCCAGT
TCTCTGGGGTTACTTCTCCTCCGAGAGAACGGATGACCGATCCCCCACTGCATGATCCCA
TTTTGCAACACTCTTCCAAAGGCAATCCCTTTATCAATCCATACAGAAACCCGCTGGCGA
ATAGGTCACCTGCTCCCGTGGCATCAGTAGCTATTGTCTCACCGATGGCCGGTACTTGAA
CCACCTCCTTATCATGTTTTGCGATGCAGCCTTTAGGGCCTAAAGTTACCACAGCCCAAC
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CCAAGCAAACGCACTGCC

QA 2 859 2 859
DS 

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GCTGTCTCAGCTCTGATCTATAATTCCGGACCATCTCAAAACTAGCTAAATCAAAAGAAA
CAGAAAGACCTTCTTGCTTGGCAAATCCAATAGCTGCTTTAATTACTTCTAAGTTAAGAA
CTGCATATCTTAGGACCAACCACTTAGAGCCAGTGAAATCTTCTCTGCTTAATTCATCAG
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CCAAGCAAACGCACTGCCCAGTGGAACCTTTCTTCTGCCTCAACCTTGAGATACTGACAC
CACTGAAACCCATATTGCTCACAAACAACTGCCCTTGCTCATCGTCGCCATAAGCCCCGA
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CACCAGCCATCTTCTTTAACGGAGCCGCACTGATATGTGCGTTAAGCTCTTCAAGTATAT
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CCACTGGAGGATGAGCTTCCTGGCTATTATTGGGCAAGGCCTCCGCTACCATTCTCTGAC
TGAGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT****CTGTATCTGCACTCGATAAGGCCT
TGCCC

QA 1 785 1 785
DS 

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ATTGCTCACAAACAACTGCCCTTGCTCATCGTCGCCATAAGCCCCGATGATCCCCGTGGG
TATACCGAACCCAACACTCAATCCTCGAACAGTATTAGCCACACTTCCACCAGCCATCTT
CTTTAACGGAGCCGCACTGATATGTGCGTTAAGCTCTTCAAGTATATGCTCTAACTCATC
CTTTTGCACGGGAATGGAGCCACCACGATCACCGGGAATTTGATCGAGTAAGGACCAATC
GACGGGAGCGACGTTATCGATAAGAGCTGCTGGTTGGAGTCCAAGTACCACTGGAGGATG
AGCTTCCTGGCTATTATTGGGCAAGGCCTCCGCTACCATTCTCTGACTGAGATCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTATCTGCACTCGATAAGGCCTTGCCCCC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 5

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ACAATCCCAGAGAGAGAGAGAGACGCGTTTGTTCTTCCTCTAAGCCAAGAGTCTCGGTTG
GGTGGCAAAGATGGTCGCAGAACGCTTCACTGTCGATTTGGATAAGCCACTTGTCTTTCA
GGTTGGTCATCTTGGGGAAGAATATCAGGAATGGATTCATCAACCTATTGTATGCGTAGA
GGGTCCTCGTTTTTTCCAGAGTGATTTTTGGGAGTTCTTGACTCGCACGGTTTGGTGGGC
AATCCCAACAATCTGGCTTCCAGTTGTCTGCTACGTTCTTTCAATCTCCGCGGCGAGGGG
ACTGACATTTCCCCAGATGGGTTTAATAGTTGCATTTGGCGTATTCACGTGGACATTGCT
CGAGTACACACTTCATCGTTTCCTTTTCCACATAGAAACCAAGAGCTACTGGGCAAACAC
TGCACACTATCTTCTTCATGGATGCCATCACAAGCACCCACAAGACGGCCTTCGTCTTGT
TTTCCCTCCCACCGCAACAGCCATCCTCTTGGTTCCACTATGGAAGCTTCTCCACCTCAT
AGCTACTCCTGCTACAGCTCCTGCTATGCTTGGAGGCATTTTGTTTGGCTATGTGATGTA
TGATTGTACTCATTTCTATCTACACCACGGTCAACCTAAAGAACCAACCTTCAAGCATCT
CAAGAAATACCATCTGAACCATCACTTCAGAATCCAGGACAAAGGATACGGAATCACTTC
ATCTCTCTGGGATAGAGTCTTTGGAACACTTCCCGGTATAAAGGCTGCTCATAAGAAGAA
GCTCTAAACCGGATATCGATTTGCCATTTTCTGATTCATCATGTGATCCAATGACTGTTT
AACTGATGTTGTATACGATCTGTCACCATATTTTGAACATATCTAGTGGTGTGTGAACCG
GTTTTATGGTGTGGTCATAGAAAAATTGAAATCAAACTGGTTTATTTGCTATTCAATTTG
GTCTTTT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1EY96TF U 2
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AF RR1ES72TF U 1
AF RR1E423TF U 270
AF RR1E423JQ C 496
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GGG
GCTGTTGTTGTTGTTCCTTCCCCCTCATTGGAGAAAAGCAAGCG****AGTCTCTTACAA
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GGTCATCTTGGGGAAGAATATCAGGAATGGATTCATCAACCTATTGTATGCGTAGAGGGT
CCTCGTTTTTTCCAGAGTGATTTTTGGGAGTTCTTGACTCGCACGGTTTGGTGGGCAATC
CCAACAATCTGGCTTCCAGTTGTCTGCTACGTTCTTTCAATCTCCGCGGCGAGGGGACTG
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QA 4 529 4 529
DS 

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AACGCTTCACTGTCGATTTGGATAAGCCACTTGTCTTTCAGGTTGGTCATCTTGGGGAAG
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QA 1 476 1 476
DS 

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GGGTCCTCGTTTTTTCCAGAGTGATTTTTGGGAGTTCTTGACTCGCACGGTTTGGTGGGC
AATCCCAACAATCTGGCTTCCAGTTGTCTGCTACGTTCTTTCAATCTCCGCGGCGAGGGG
ACTGACATTTCCCCAGATGGGTTTAATAGTTGCATTTGGCGTATTCACGTGGACATTGCT
CGAGTACACACTTCATCGTTTCCTTTTCCACATAGAAACCAAGAGCTACTGGGCAAACAC
TGCACACTATCTTCTTCATGGATGCCATCACAAGCACCCACAAGACGGCCTTCGTCTTGT
TTTCCCTCCCACCGCAACAGCCATCCTCTTGGTTCCACTATGGAAGCTTCTCCACCTCAT
AGCTACTCCTGCTACAGCTCCTGCTATGCTTGGAGGCATTTTGTTTGGCTATGTGATGTA
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CA
GA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1E423TF 710 0 0
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GCTACGTTCTTTCAATCTCCGCGGCGAGGGGACTGACATTTCCCCAGATGGGTTTAATAG
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ACATAGAAACCAAGAGCTACTGGGCAAACACTGCACACTATCTTCTTCATGGATGCCATC
ACAAGCACCCACAAGACGGCCTTCGTCTTGTTTTCCCTCCCACCGCAACAGCCATCCTCT
TGGTTCCACTATGGAAGCTTCTCCACCTCATAGCTACTCCTGCTACAGCTCCTGCTATGC
TTGGAGGCATTTTGTTTGGCTATGTGATGTATGATTGTACTCATTTCTATCTACACCACG
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TCTGATTCATCATGTGATCCAATGACTGTTTAACTGATGTTGTATACGATCTGTCACCAT
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QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1E423JQ 532 0 0
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CTATCTACACCACGGTCAACCTAAAGAACCAACCTTCAAGCATCTCAAGAAATACCATTT
GAACCATCACTTCAGAATCCAGGACAAAGGATACGGAATCACTTCATCTTTTTGGGATAG
AGTCTTTGGAACACTTCCCGGTATAAAGGCTGCTCATAAGAAGAAGCTTTAAACCGGATA
TCGATTTGCCATTTTTTGATTCATCATGTGATCCAATGACTGTTTAACTGATGTTGTATA
CGATCTGTCACCATATTTTGAACATATCTAGTGGTGTGTGAACCGGTTTTATGGTGTGGT
CATAGAAAAATTGAAATCAAACTGGTTTATTTGCTATTCAATTTGGTCTTTT

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 5

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CGTACGATTAACAAAGAGTCGAACAGTACGACCGGTCCGATCGTGAATTTGAATCTCCCT
GACAGTTCAACGTCGGAAAGTGACGTGTCATCGAGCGACGGAGATCACGAGACGGATTTC
ACGGCGGCGAAGTCGATTTACATAGTCTCTGACGGAACTGGTTGGACGGCGGAACACGCC
GTTAACGCAGCTTTGGGCCAGTTCGATTATTGTTTGGTCGACCGTGGCTGTCCGGTTAAT
ACACATCTCTTCTCAGGGATTGAGGATAGAGAGACGTTGATGGAGATCATAAAGCAAGCT
GCAATAGAAGATGCAATGGTAATGTACACATTAGCTGATCCATCAATGGCGGAAGCAGCC
ATGAGAGCTTGCAAGCTATGGAGCATCTCTTCACTAGACATCCTAGGACCTATCACAGAC
GCAATCTCCTCTCACTTAGGAGCCAACCCTTCAGGTCTTTCACGTGGCGTCACAAACTCA
TCTCTCAACGAAGACTACTTCAAAAGAATCGAAGCGATCGAATTCACAATCAAACACGAC
GACGGTGCCTTGCCAGAGAATCTTGAAAAAGCAGACATTGTTCTTGTAGGTGTCTCCAGG
ACAGGGAAGACACCACTCTCTACTTACTTGGCTCAAAAGGGTTACAAAGTCTCTAACGTG
CCGATCGTGAGCGGTGTGGATCTTCCCAAGACTCTGTTCGAGATCGATTCAAGAAAGGTT
TTTGGTCTGATGATTAATCCGGTCGTGTTGCAAGGGATAAGGGAGGCTAGAGCTAAGAGT
CTTGGTCTTGGTTCTGGTTTTGAGACTAAGTACTCTGAGTTGAGATCTGTTAGGGAAGAG
CTTGAGCTTGCTAAGAGAATCTTTGCAGAGAATCCGAGTTGGCCAGTGATCGGTAAGACT
AGATATGATGATGATTGATGAAGTTGTTGAAAAAAGGTGTTGATGAAAAAAGTTGAATGG
GTTTTGTATTGCAGAAGTGACAGAGAGAGCAATAGAGGAAACTGCGGCAGTGGTTTTGAG
GCTTTACGACGAGAGACAAAGCAATCGAGCGATGCCTCGCATCTCTAAATGCTACTAAAC
TATTGGACGAGGAATTTGAATTAGTGTGGAAGAACTTATAGAGAAAATATAGTTTATATA
AAACCCCATTAGTCCATATTATTGGGCCCAAGCTATATATCCAAGTTAAAGAGAATTGAG
TATTTTTCTTTCACAAACTATTAACATAAGAAATACGCAGATTATGTAATATATGAAAAT
CTCAGTTTATTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK49TF U 1
AF RR1E656TF U 273
AF RR1DQ20TF U 397
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AF RR1DQ20JQ C 704
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BS 971 1053 RR1DQ20TF
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GCAATCTCCTCTCACTTAGGAGCCAACCCT

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G
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ACGTTGATGGAGATCATAAAGCAAGCTGCAATAGAAGATGCAATGGTAATGTACACATTA
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GACATTGTTCTTGTAGGTGTCTCCAGGACAGGGAAGACACCACTCTCTACTTACTTGGCT
CAAAAGGGTTACAAAGTCTCTAACGTGCCGATCGTGAGCGGTGTGGATCTTCCCAAGACT
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G
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DS 

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CT

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DS 

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GATCTGTTAGGGAAGAGCTTGAGCTTGCTAAGAGAATCTTTGCAGAGAATCCGAGTTGGC
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AAAATATAGTTTATATAAAACCCCATTAGTCCATATTATTGGGCCCAAGCTATATATCCA
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ATGTAATATATGAAAATCTCAGTTTATTAACC

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DS 



AS 2 6

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BQ
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AF RR1BA94JQ C 1
AF RR1BA94TF U 1
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QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1BA94TF 500 0 0
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GGCCTCACATGACACTTGTACAAAGAAAAATGGTGATGCGTTGTGCAAAACGTCTTGCAA
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ATTGCTACCATTTCGATGATGGATCCAAATGCTCAGGTGTCTAAATCCACAGGCCATGAA
AGTGTATGGAAATTCTTCGTCAGTACAACTACTACTTGATATCAATAGTTATTATGCTGA
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ATATCAAAATTGAAGATATG

QA 1 500 1 500
DS 



CO CL1388Contig2 495 4 7 U
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TGGCCTCACATGACACTTGTACAAAGAAAAATGGTGATGCGTTGTGCAAAACGTCTTGCA
AACATGAATATATAACCAATGGAAGTTGTCTAATACTTCCAAAGACGACAAAAAAAGATT
GCTATTGCTACCATTTCGATGATGGATCCAAATGCTCAGGTGTCTAAATCCACAGGCCAT
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AGAATATCAACATTG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1G463JQ C 1
AF RR1G463TF U 1
AF RR1DR45JQ C 6
AF RR1DR45TF U 6
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BS 273 495 RR1G463TF

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QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1G463TF 495 0 0
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TCAGTTCAAATGGTATTATGTTTGCTGTTATTGTGATGCTATTTTTGTTGGTTTCAACAG
GAATAGAAAATGGACATGCTCAAACATCTAATCATTATTGTAAGAAAACACGAAGCAAAT
TGGCCTCACATGACACTTGTACAAAGAAAAATGGTGATGCGTTGTGCAAAACGTCTTGCA
AACATGAATATATAACCAATGGAAGTTGTCTGATACTTCCAAAGACGACAAAAAAAGATT
GCTATTGCTACCATTTCGATGATGGATCCAAATGCTCAGGTGTCTAAATCCACAGGCCAT
GAAAGTGTATGGAAATTTTTCGTCATTACAACTACTACTTGATATCAATAGTTATTATGT
TGATGTGTGTAATAAATTCATCTTACAATCAATCAAGTAATCAAGAAACATGTATAAATA
AGAATATCAACATTG

QA 1 495 1 495
DS 

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CAACATTG

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GG
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AAATGGTATTATGTTTGCCGTTATTGTGATGCTATTTTTGTTGGTTTCAACAGGAATAGA
AAATGGACATGCTCAAACATCTAATCATTATTGTAAGAAAACACGAAGCAAATTGGCCTC
ACATGACACTTGTACAAAGAAAAATGGTGATGCGTTGTGCAAAACGTCTTGCAAACATGA
ATATATAACCAATGGAAGTTGTCTAATACTTCCAAAGACGACAAAAAAAGATTGCTATTG
CTACCATTTCGATGATGGATCCAAATGCTCAGGTGTCTAAATCCACAGGCCATGAAAGTG
TATGGAATTTTTTCGTCATTACAACTACTACTTGATATCAATAGTTATTATTTTTATGTG
TGTAATAAATTCATCTTACAATCAATCAAGTAATCAAGAAACATGTATAAATAAGAATAT
CAACATTG

QA 3 490 3 490
DS 



AS 1 6

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AGCGAAACCAATTCCTGTAGAGCACCCGACTGATCGATACGATGAGGAAGGCGACGATGC
TGCGGAAGGAGGAGAGATCGCAGACGACGAATCATCGGGAAAATGCGAGGTTCCTAAATC
GCATCGGTTGGAGAATTCGTGGACGTTCTGGTTCGATAATCCTTCCGTGAAATTAAAGCA
GACGACTTGGGGAAGCTCCTTACGATCCGTCTTCACCTTCTCCACCGTCGAGGAGTTCTG
GAGTTTGTACAATAACATGCGGCATCCGAGCAAGCTAGCTAACGGAGCTGACTTGTACTG
TTTCAAGCACAATATCGAGCCTAAGTGGGAGGATCCTATCTGTGCCAATGGAGGCAAATG
GACTATGAATTTCTCTAGGGAGAAGTCTGATAAGCCCTTCCTTTACACCTTGCTTGCATT
GATTGGAGAACAGTTTGACCATGGAGATGAAATCTGTGGAGCTGTTGTTAACATTAGAGC
TAAGCAGGAAAGAATATCCATTTGGACTAAAAACGCTTCCAACGAAGCTGCTCAGGTGAG
CATTGGGAGACAATGGAAGGAGTTCCTTGATTACAATAGCAGCATTGGTTTCATCATCCA
TGAGGATGCGAAGAAGCTGGACAGGAACGTTAAGAGCGCTTACACTGCCTGAAACGCCGC
CGCCAACAACCTCTCCGATCTTTACACCGTTTCAATCACAGTTTCGTATGTGAGAGATCT
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AAACTTTTACCTTATAGTTTTCAACTCTGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D871TF U 10
AF RR1ED08TF U 1
AF RR1ED08JQ C 178
AF RR1BR23JQ C 315
AF RR1BR23TF U 315
AF RR1D871JQ C 217
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DS 

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AGCGAAACCAATTCCTGTAGAGCACCCGACTGATCGATACGATGAGGAAGGCGACGATGC
TGCGGAAGGAGGAGAGATCGCAGACGACGAATCATCGGGAAAATGCGAGGTTCCTAAATC
GCATCGGTTGGAGAATTCGTGGACGTTCTGGTTCGATAATCCTTCCGTGAAATTAAAGCA
GACGACTTGGGGAAGCTCCTTACGATCCGTCTTCACCTTCTCCACCGTCGAGGAGTTCTG
GAGTTTGTACAATAACATGCGGCATCCGAGCAAGCTAGCTAACGGAGCTGACTTGTACTG
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GACTATGAATTTCTCTAGGGAGAAGTCTGATAAGCCCTTCCTTTACACCTTGCTTGCATT
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TAAGCAGGAAAGAATATCCATTTGGACTAAAAACGCTTCCAACGAAGCTGCTCAGGTGAG
CATTGGGAGACAATGGAAGGAGTTCCTTGATTACAATAGCAGCATTGGTTTCATCATCCA
T

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DS 

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CTGTTTCAAGCACAATATCGAGCCTAAGTGGGAGGATCCTATCTGTGCCGATGGAGGCAA
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GAGCATTGGGAGACAATGGAAGGAGTTCCTTGATTACAATAGCAGCATTGGTTTCATCAT
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ATCAAACTTTTACCTTATAGTTTTCAACTCTGGGCC

QA 1 756 1 756
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G
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ATCCATTTGGACTAAAAACGCTTCCAACGAAGCTGCTCAGGTGAGCATTGGGAGACAATG
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QA 2 598 2 598
DS 

RD RR1BR23TF 598 0 0
G
CATGCGGCATCCGAGCAAGCTAGCTAACGGAGCTGACTTGTACTGTTTCAAGCACAATAT
CGAGCCTAAGTGGGAGGATCCTATCTGTGCCAATGGAGGCAAATGGACTATGAATTTCTC
TAGGGAGAAGTCTGATAAGCCCTTCCTTTACACCTTGCTTGCATTGATTGGAGAACAGTT
TGACCATGGAGATGAAATCTGTGGAGCTGTTGTTAGCATTAGAGCTAAGCAGGAAAGAAT
ATCCATTTGGACTAAAAACGCTTCCAACGAAGCTGCTCAGGTGAGCATTGGGAGACAATG
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GCTGGACAGGAACGTTAAGAGCGCTTACACTGCCTGAAACGCCGCCGCCAACAACCTCTC
CGATCTTTACACCGTTTCAATCACAGTTTCGTATGTGAGAGATCTCTGTTTAACTTGACA
TGACGTCTTTGTTCTTGAGTGTTTGATTTGTTCACAAGTCTTAACATTTCATTTACTATT
AGTATATGTTAGTATGATATTCTTAAATTGATGGTGTATGAAATCAAACTTTTACCT

QA 2 598 2 598
DS 

RD RR1D871JQ 696 0 0
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AGCTAACGGAGCTGACTTGTACTGTTTCAAGCACAATATCGAGCCTAAGTGGGAGGATCC
TATCTGTGCCAATGGAGGCAAATGGACTATGAATTTCTCTAGGGAGAAGTCTGATAAGCC
CTTCCTTTACACCTTGCTTGCATTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGAGATGAAATCTG
TGGAGCTGTTGTTAACATTAGAGCTAAGCAGGAAAGAATATCCATTTGGACTAAAAACGC
TTCCAACGAAGCTGCTCAGGTGAGCATTGGGAGACAATGGAAGGAGTTCCTTGATTACAA
TAGCAGCATTGGTTTCATCATCCATGAGGATGCGAAGAAGCTGGACAGGAACGTTAAGAG
CGCTTACACTGCCTGAAACGCCGCCGCCAACAACCTCTCCGATCTTTACACCGTTTCAAT
CACAGTTTCGTATGTGAGAGATCTCTGTTTAACTTGACATGACGTCTTTGTTCTTGAGTG
TTTGATTTGTTCACAAGTCTTAACATTTCATTTACTATTAGTATATGTTATTATGATATT
CTTAAATTGATGGTGTATGAAATCAAACTTTTACCT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 6

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TCGTGCTTCAAATCCAAATACGCCGATGAGCTCATCGCCAATGCCGCATACATTGGTACT
CCAGGGAAAGGTATCCTAGCTGCCGATGAATCCACAGGGACCATCGGAAAGCGTTTCGCT
AGCATTAACGTCGAGAACGTTGAATCGAACAGACGTGCTCTACGTGAGCTTTTGTTCACC
ACTCCAGGAGCTCTCCAATACATCAGTGGTATCATCCTCTTTGAGGAAACTCTCTACCAG
AAAACAGCTTCGGGTAAACCATTTGTTGATGTAATGAAGGGAGCTGGAGTCCTTCCTGGT
ATCAAAGTCGATAAAGGAACTGTCGAGCTCGCTGGTACGAACGGTGAAACCACAACCATT
GGCCTCGACGGGCTCGGAGACCGTTGCAAGAAATACTATGAAGCCGGTGCACGTTTTGCC
AAATGGCGTGCCGTTCTCAAAATCGGAGGCAACTACTGGTTCCTACAAAGGTGATGCTCA
GCTCGGTGAAGGTGCTTCTGAGAGCCTTCACGTTAAAGACTACAAATACTAAAAAAAGTA
TTTTGGGGATTTAATTAATTTGTTGAAAATTTTGGTATTTACGTAATATTATTTAATCAT
AACCTAACCGTCTTTAATTAATTGTTTTTTCGGCTTTTTGGGTGGTATATATATTATCCT
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GAAATTTTGTTGTAATAATGATATGCTTTGTAAACTTAATTTATTGAAAAATATGTAACT
TACACTAACATCTTATAAAAAATAAACACGCGTGTTTGGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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AF RR1DU21JQ C 227
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TCCTCT

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QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 6

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GCTGTCAAACCTTGAGAGTCTTACACTGTTCTTTCCCTTTTGAATTTATGTATCAAAAAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E050TF U 1
AF RR1AO51TF U 24
AF RR1AO51JQ C 358
AF RR1E050JQ C 515
AF RR1GP53JQ C 812
AF RR1GP53TF U 812
BS 1 449 RR1E050TF
BS 450 450 RR1AO51TF
BS 451 463 RR1E050TF
BS 464 464 RR1AO51TF
BS 465 710 RR1E050TF
BS 711 711 RR1AO51TF
BS 712 729 RR1E050TF
BS 730 826 RR1AO51TF
BS 827 1236 RR1GP53TF
BS 1237 1244 RR1E050JQ

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TCGTGTTTACTTCTCCTCTTGGTCTCTTTTCAGATTTCATTTGCTCAGGATGCTCCAACG
ACTCTTTTTCCTGCAATCATGACATTTGGTGACTCTGTGGTCGATGTCGGAAACAACAAC
TACCTTCCTACCCTTTTCAGAGCCGACTACCCTCCTTATGGCCGTGATTTTGCTGGCCAC
AAACCCACCGGCCGTTTCTGCAACGGCAAACTAGCCACTGATATTACCGCTGAGACACTA
GGGTTCACTAAATACCCACCAGCTTATCTAAGCCCCGAAGCTTCAGGCAAGAACCTTCTC
ATTGGTGCTAATTTCGCTTCTGCAGCTTCAGGTTACGATGACAAAGCCGCTCTTCTCAAT
CATGCGATTCCATTGTATCAGCAAGTTGATTACTTCAAGGAGTACAAGAGCAAGCTCATA
AAAGTTGCAGGAAGCAAACAATCTGATACGATCATTAAGGGAGCACTCTATCTCTTAAGT
GCAGGAAGCAGTGACTTTGTTCAAAATTATTATGTGAATCCTCTTCTTAACAAAGTCTAC
ACTCCTGATCAGTACGGATCTATGCTTCTTGATAGCTTCTCTACATTTATCAAGCAAGTA
TATGCGGTTGGGGCAAGGAAGATCGGTGTGACTTCTCTGCCTCCAACGGGGTGTCTTCCA
GCTGCAAGA
GCCTATT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1AO51TF 803 0 0
GG
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CTTTTCAGATTTCATTTGCTCAGGATGCTCCAGCGACTCTTTTTCCTGCAATCATGACAT
TTGGTGACTCTGTGGTCGATGTCGGAAACAACAACTACCTTCCTACCCTTTTCAGAGCCG
ACTACCCTCCTTATGGCCGTGATTTTGCTGGCCACAAACCCACCGGCCGTTTCTGCAACG
GCAAACTAGCCACTGATATTACCGCTGAGACACTAGGGTTCACTAAATACCCACCAGCTT
ATCTAAGCCCCGAAGCTTCAGGCAAGAACCTTCTCATTGGTGCTAATTTCGCTTCTGCAG
CTTCAGGTTACGATGACAAAGCCGCTCTTCTCAATCATGCGATTCCATTGTATCAGCAAG
TTGAGTACTTCAAGGAGTGCAAGAGCAAGCTCATAAAAGTTGCAGGAAGCAAACAATCTG
ATACGATCATTAAGGGAGCACTCTATCTCTTAAGTGCAGGAAGCAGTGACTTTGTTCAAA
ATTATTATGTGAATCCTCTTCTTAACAAAGTCTACACTCCTGATCAGTACGGATCTATGC
TTCTTGATAGCTTCTCTACATTTATCAAGCAAGTATATGCGGTTGGGGCAAGGAAGATCG
GTGTGACTTCTCTGCCTCCAACGGGATGTCTTCCAGCTGCAAGAACCCTATTCGGATTCC
ATGAAAAAGGTTGTGTGTCAAGACTCAATACAGATGCTCAGCAATTCAACAAGAAGCTTA
ACGCAGCTGCTTCAAAGCTTC

QA 3 803 3 803
DS 

RD RR1AO51JQ 857 0 0
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AATCATGCGATTCCATTGTATCAGCAAGTTGAGTACTTCAAGGAGTGCAAGAGCAAGCTC
ATAAAAGTTGCAGGAAGCAAACAATCTGATACGATCATTAAGGGAGCACTCTATCTCTTA
AGTGCAGGAAGCAGTGACTTTGTTCAAAATTATTATGTGAATCCTCTTCTTAACAAAGTC
TACACTCCTGATCAGTACGGATCTATGCTTCTTGATAGCTTCTCTACATTTATCAAGCAA
GTATATGCGGTTGGGGCAAGGAAGATCGGTGTGACTTCTCTGCCTCCAACGGGATGTCTT
CCAGCTGCAAGAACCCTATTCGGATTCCATGAAAAAGGTTGTGTGTCAAGACTCAATACA
GATGCTCAGCAATTCAACAAGAAGCTTAACGCAGCTGCTTCAAAGCTTCAGAAGCAATAC
TCTGGTCTAAAGATTGTTGTCTTTGACATCTTCACCCCACTCTATGATCTTGTTCAGTCC
CCTGCTAAATCTGGATTCACGGAAGCAACAAAAGGATGTTGTGGAACAGGAACGGTCGAG
ACAACTTCGCTCTTGCGCAATCCGAAATCGTACGGGACATGCTCCAATGCTACTCAGTAT
GTGTTCTGGGACAGTGTTCATCCCTCCGAAGTTGCCAATGAGATTCTCGCCACTTCTTTG
ATTGGACAGGGCTTCACTCTCATCGGTTGATCTCCAAGTCTTATTAAATTCTCTTCTGTA
ATCGCTGTCAAACCTTGAGGGTCTTACACTGTTCTTTCCCTTTTGAATTTATGTATCAAA
AACTACCACTATTTACT

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR1E050JQ 730 0 0
TTAAGGGAGCACTCTATCTCTTAAGTGCAGGAAGCAGTGACTTTGTTCAAAATTATTATG
TGAATCCTCTTCTTAACAAAGTCTACACTCCTGATCAGTACGGATCTATGCTTCTTGATA
GCTTCTCTACATTTATCAAGCAAGTATATGCGGTTGGGGCAAGGAAGATCGGTGTGACTT
CTCTGCCTCCAACGGGGTGTCTTCCAGCTGCAAGAGCCCTATTCGGATTCCATGAAAAAG
GTTGTGTTTCAAGACTCAATACAGATGCTCAGCAATTCAACAAGAAGCTTAACGCAGCTG
CTTCAAAGCTTCAGAAGCAATACTCTGGTCTAAAGATTGTTGTCTTTGACATCTTCACCC
CACTCTATGATCTTGTTCAGTCCCCTGCTAAATCTGGATTCACGGAAGCAACAAAAGGAT
GTTGTGGAACAGGAACGGTCGAGACAACTTCGCTCTTGTGCAATCCGAAATCGTACGGGA
CATGCTCCAATGCTACTCAGTATGTGTTCTGGGACAGTGTTCATCCTTCCGAAGCTGCCA
ATGAGATTCTCGCCACTTCTTTGATTGGACAGGGCTTCACTCTCATCGGTTGATCTCCAA
GTCTTATTAAATTCTCTTCTGTAATCGCTGTCAAACCTTGAGAGTCTTACACTGTTCTTT
CCCTTTTGAATTTATGTATCAAAAACTACCACTATTTACTATAAACGAATTGATGATTTC
TTACTGCACG

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DS 

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G
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CCCACTCTATGATCTTGTTCAGTCCCCTGCTAAATCTGGATTCACGGAAGCAACAAAAGG
ATGTTGTGGAACAGGAACGGTCGAGACAACTTCGCTCTTGTGCAATCCGAAATCGTACGG
GACATGCTCCAATGCTACTCAGTATGTGTTTTGGGACAGTGTTCATCCCTCCGAAGCTGC
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AAGTCTTATTAAATTCTCTTCTGTAATCGCTGTCAAACCTTGAGAGTCTTACACTGTTCT
TTCCCTTTTGAATTTATGTATCAAAAACTACCACTATTTACTATAAACGAATTGATGATT
TCTT

QA 2 425 2 425
DS 

RD RR1GP53TF 425 0 0
G
TGCTTCAAAGCTTCAGAAGCAATACTCTGGTCTAAAGATTGTTGTCTTTGACATCTTCAC
CCCACTCTATGATCTTGTTCAGTCCCCTGCTAAATCTGGATTCACGGAAGCAACAAAAGG
ATGTTGTGGAACAGGAACGGTCGAGACAACTTCGCTCTTGTGCAATCCGAAATCGTACGG
GACATGCTCCAATGCTACTCAGTATGTGTTCTGGGACAGTGTTCATCCCTCCGAAGCTGC
CAATGAGATTCTCGCCACTTCTTTGATTGGACAGGGCTTCACTCTCATCGGTTGATCTCC
AAGTCTTATTAAATTCTCTTCTGTAATCGCTGTCAAACCTTGAGAGTCTTACACTGTTCT
TTCCCTTTTGAATTTATGTATCAAAAACTACCACTATTTACTATAAACGAATTGATGATT
TCTT

QA 2 425 2 425
DS 



AS 1 6

CO CL1392Contig1 607 6 16 U
GGACGCCTCTGAGATCTCTCATCCCTGACGCAAAGGAAGCAAAAATGGCGGTACCGTTGC
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GAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCCAGAGTGAGGAGGA
AGTTCAAAGGTGTCACTTTGATGCCCAATGTTGGTTACGGATCCGACAAGAAGACCCGTC
ACTATCTCCCCAACGGTTTCAAGAAATTCGTCGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTGC
TCATGATGCACAACAGGACTTACTGTGCGGAGATTGCTCACAATGTTTCGACGAAGAAGA
GGAAAGCAATTGTTGAGAGAGCTTCTCAGCTAGACATTGTCGTTACCAACAGGCTTGCTA
GGTTGCGTAGCCAGGAAGACGAGTAAAAAATTAAGCCCTAGGGTTTACTTTTCATCTCTC
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TTTTACATTCGATAATACAGTTTCATATATTTAAAAGTAAAACATTGAACCGAATCTTCA
AACCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EI56TF U 1
AF RR1D859JQ C 3
AF RR1D859TF U 9
AF RR1EI56JQ C 17
AF RR1BU81TF U 4
AF RR1BU81JQ C 466
BS 1 266 RR1EI56TF
BS 267 267 RR1D859TF
BS 268 296 RR1EI56TF
BS 297 297 RR1D859TF
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BS 366 433 RR1EI56TF
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RD RR1EI56TF 587 0 0
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DS 

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GGGCCT
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TCGATAATACAGTTTCATATATTT

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DS 

RD RR1D859TF 564 0 0
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AAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCGTAGAATCACC
GTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCCAGAGTGAGGAGGAAGTTCAAA
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CCCAACGGTTTCAAGAAATTCGTCGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTGCTCATGATG
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AGCCAGGAAGACGAGTAAAAAATTAAGCCCTAGGGTTTACTTTTCATCTCTCATTGACAA
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TCGATAATACAGTTTCATATATTT

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DS 

RD RR1EI56JQ 571 0 0
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AAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCCAGAGTGAGGAGGAAGTTCAAAGGTGTCAC
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TTTCAAGAAACTCGTCGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGCTGCTTATGATGCACAACAG
GACTTACTGTGCGGAGATTGCTCACAATGTTTCGACGAAGAAGAGGAAGGCAATTGTTGA
GAGAGCTTTTCAGCTAGACATTGTCGTTACCAACAGGCTTGCTAGGTTGCGTAGCCATGA
AGACGAGTAAAAAATTAAGCCCTAGGGTTTACTTTTCATCTCTCATTGACGATTTCAGAC
CGTTTTTTTATTTTGCGTATTAAGTTTGTTTTATTCATAATCTGTTTTACATTCGATAAT
ACAGTTTCATATATTTAAAAGTAGAACATTG

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1BU81TF 604 0 0
GGCCT
CTGAGATCTCTCATCCCTGACGCGAAGGAAGCAAAAATGGCGGTACCGTTGCTAACGAAG
AAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCGTAGAATCACC
GTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGGTTCCAGAGTGAGGAGGAAGTTCAAA
GGTGTCACTTTGATGCCCAATGTTGGTTATGGATCCGACAAGAAGACCCGTCACTATCTC
CCCAACGGTTTCAAGAAATTCGTCGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTGCTCATGATA
CACAACAGGACTTACTGTGCGGAGGTTGCTCACAATGTTTCGACGAAGAAGAGGAAAGCA
ATTGTTGAGAGAGCTTCTCAGCTAGACATTGTCGTTACCAACAGGCTTGCTAGGTTGCGT
AGCCAGGAAGACGAGTAAAAAATTAAGCCCTAGGGTTTACTTTTCATCTCTCATTGACAA
TTTCAGACCGTTTTTTTATTTTGCGTATTAAGTTTGTTTTATTCATAATCTGTTTTACAT
TCGATAATACAGTTTCATATATTTAAAAGTAAAACATTGAACCGAATCTTCAAACCTTC

QA 6 604 6 604
DS 

RD RR1BU81JQ 142 0 0
TACTTTTCATCTCTCATTGACAATTTCAGACCGTTTTTTTATTTTGCGTATTAAGTTTGT
TTTATTCATAATCTGTTTTACATTCGATAATACAGTTTCATATATTTAAAAGTAAAACAT
TGAACCGAATCTTCAAACCTTC

QA 1 142 1 142
DS 



AS 1 6

CO CL1393Contig1 999 6 19 U
GGCTTTTTCCATGCATCAAAATGTATGAAATTTGATGTAGTAAACTGCAAAAGCACCCGG
AAACAGCGAATCGCATCTCGTTCACAGCCCGTAACATTCGGCAGCCTGTTTGAGGCTCTA
AACGGCTGAATTTAGGCTCGAAAAATGGCCAGGCCTATTCACTGACCTAAATGGTTTTGG
GGGCTTTCCGAAATGGTGCTGTAGGCGGCGTAATTCCTCACGGTTAAAAAGTTATGGGGT
TTTAAAGATGAGACGCGTTTCAAAATGAAGAAAAAAAA*TAAAAAGGGGTGCAACACGAG
GACTTCCCGGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGA
GTTCTGATGGGAACCAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTTAGTACACGACTCG
CGATTCCATATATCCTTTTCGTCGGAGAGCACGAGTAGATTTGCGTGGAGCCCACAAGTT
TTTTTTTTTTTTGACTTTTTCCATGCATCAAAATGTATGAAATTTGATGTAGTAAACTGC
AAAAGCACCCGGAAACAGCGAATCGCATCTCGTTCACAGCCCGTAACATTCGGCAGCCTG
TTTGAGGCTCTAAACGGCTGAATTTGGGCTCGAAAAATGGCCAGGCCTATTCACTGACCT
AGATGGTTTTGGGGGCTTTCCGAAATGGTGCTGTGGGCGGCGTAGTTCCTCACGGTTTAA
AAGTTATGGGGTTTTAAAGATGGGATGCGTTTCAAATTGAAGGAAAAAAAATAAAAAGGG
GTGCAACACGAGGACTTCCCGGAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTTA
GTACGTGACTCGCGATTCCATATATCCTTTTCGTCGGAAAGCCCGAGTAGATTTGCGTGG
AGCCCACACAATTTTTTTTTTTTTTTTGACTTTTTCTAT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 15 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 20 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FS59JQ U 1
AF RR1CQ92JQ U 1
AF RR1CQ92TF C 248
AF RR1FS59TF C 282
AF RR1D147TF C 493
AF RR1D147JQ U 496
BS 1 160 RR1FS59JQ
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BS 253 269 RR1FS59JQ
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BS 271 278 RR1FS59JQ
BS 279 279 RR1CQ92JQ
BS 280 326 RR1FS59JQ
BS 327 327 RR1CQ92JQ
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BS 376 376 RR1CQ92JQ
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BS 415 446 RR1FS59JQ
BS 447 701 RR1CQ92JQ
BS 702 999 RR1D147JQ

RD RR1FS59JQ 448 0 0
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GGGCTTTCCGAAATGGTGCTGTAGGCGGCGTAATTCCTCACGGTTAAAAAGTTATGGGGT
TTTAAAGATGAAACGCGTTTCAAAATGAAAAAAAAAAAATAAAAAGGGGTGCAACACGAG
GACTTCCCGGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGA
GTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTTAGTACATGACTCG
CGATTCCATATATCCTTTTCGTCGGA
AA

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR1CQ92JQ 701 0 0
GAC
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CAGCGAATCGCATCTCGTTCACAGCCCGTAACATTCGGCAGCCTGTTTGATGCTCTAAAC
GGCTGAATTTGGGCTCGAAAAATGGCCAGGCCTATTCACTGACCTAGATGGTTTTGGGGG
CTTTCCGAAATGGTGCTGTGGGCGGCGTAGTTCCTCACGGTTAAAAAGTTATGGGGTTTT
AAAGATGAGACGCGTTTCAAAATGAAGAAAAAAAA*TAAAAAGGGGTGCAACACGAGGAC
TTCCCGGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
CTGATGGGAACCAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTTAGTACACGACTCGCGA
TTCCATATATCCTTTTCGTCGGAGAGCACGAGTAGATTTGCGTGGAGCCCACAAGTTTTT
TTTTTTTTTGACTTTTTCCATGCATCAAAATGTATGAAATTTGATGTAGTAAACTGCAAA
AGCACCCGGAAACAGCGAATCGCATCTCGTTCACAGCCCGTAACATTCGGCAGCCTGTTT
GAGGCTCTAAACGGCTGAATTTGGGCTCGAAAAATGGCCAGGCCTATTCACTGACCTAGA
TGGTTTTGGGGGCTTTCCGAAATGGTGCTGTGGGCGGC

QA 4 701 4 701
DS 

RD RR1CQ92TF 667 0 0
ATGAGACGCGTTTCAAAATGAAGAAAAAAAA*TAAAAAGGGGTGCAACACGAGGACTTCC
CGGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGA
TGGGAACCAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTTAGTACACGACTCGCGATTCC
ATATATCCTTTTCGTCGGAGAGCACGAGTAGATTTGCGTGGAGCCCACAAGTTTTTTTTT
TTTTTGACTTTTTCCATGCATCAAAATGTATGAAATTTGATGTAGTAAACTGCAAAAGCA
CCCGGAAACAGCGAATCGCATCTCGTTCACAGCCCGTAACATTCGGCAGCCTGTTTGAGG
CTCTAAACGGCTGAATTTGGGCTCGAAAAATGGCCAGGCCTATTCACTGACCTAGATGGT
TTTGGGGGCTTTCCGAAATGGTGCTGTGGGCGGCGTAGTTCCTCACGGTTAAAAAGTAAT
GGGGTTTTAAAGATGAGACGCGTTTCAAAATGAAGAAAAAAAAATAAAAAGGGGTGCAAC
ACGAGGACTTCCCGGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTCACT
GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTTAGTACATG
ACTCGC
C

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1FS59TF 625 0 0
AAAAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCGGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCC
AAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGAATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCA
CCCGTTAGTACATGACTCGCGATTCCATATATCCTTTTCGTCGGAGAGCACGAGTAGATT
TGCGTGGAGCCCAGAAGTTTTTTTTTTTT**GAATTTTTCCATGCATCAAAATGTATGAA
ATTTGATGTAGTAAACTGCAAAAGCACCCGGAAACAGCGAATCGCATCTCGTTCACAGCC
CTAAACATTGGGCAGCCTGTTTGAGGCTCTAAACGGCTGAATTTGGGCTCGAAAAATGGC
CAGGCCTACTCGCTGACCTAGATGGTTTTGGGGGCTTTCCGAAATGGTGCTGTGGGCGGC
GTAGTTCCTCACGGTTAAAAAGTTATGGGGTTTTAAAGATGAGACGCGTTTCAAAATGAA
GAAAAAAAA*TAAAAAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCGGGAGGTCACCCATCCTAGTA
CTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCT
GGTATGATCGCACCCTTTAGTACA
C

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1D147TF 507 0 0
GA
CTTTTTCTATGCGTCAAAATGTATGAAATTTGATGTAGTAAACTGCAAAAGCACCCGGAA
ACAGCGAATCGCATCTCGTTCACAGCCCGTAACATTCAGCAGCCTGTTTGAGGCTCTAAA
CGGCTGAATTTGGGCTCGAAAAATGGCCAGGCCTATTCACTGACCTAGATGGTTTTGGGG
GCTTTCCGAAATGGTGCTGTGGGCGGCGTAGTTCCTCACGGTTTAAAAGTTATGGGGTTT
TAAAGATGGGATGCGTTTCAAATTGAAGGAAAAAAAATAAAAAGGGGTGCAACACGAGGA
CTTCCCGGAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGT
TCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTTAGTACGTGACTCGCG
ATTCCATATATCCTTTTCGTCGGAGAGCCCGAGTAGATTTGCGTGGAGCCCACACAATTT
TTTTTTTTTTT
TTGACTTTTTCTAT

QA 3 493 3 493
DS 

RD RR1D147JQ 504 0 0
TTTTTCTATGCGTCAAAATGTATGAAATTTGATGTAGTAAACTGCAAAAGCACCCGGAAA
CAGCGAATCGCATCTCGTTCACAGCCCGTAACATTCAGCAGCCTGTTTGAGGCTCTAAAC
GGCTGAATTTGGGCTCGAAAAATGGCCAGGCCTATTCACTGACCTAGATGGTTTTGGGGG
CTTTCCGAAATGGTGCTGTGGGCGGCGTAGTTCCTCACGGTTTAAAAGTTATGGGGTTTT
AAAGATGGGATGCGTTTCAAATTGAAGGAAAAAAAATAAAAAGGGGTGCAACACGAGGAC
TTCCCGGAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
CTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTTAGTACGTGACTCGCGA
TTCCATATATCCTTTTCGTCGGAAAGCCCGAGTAGATTTGCGTGGAGCCCACACAATTTT
TTTTTTTTTTTTGACTTTTTCTAT

QA 1 504 1 504
DS 



AS 1 6

CO CL1394Contig1 1459 6 22 U
GGAGCGATCGATCTCTCTCTCTGCCTCTCTCAGCTTCGAATTGTTTTCTCTTCAGATCTC
TCTCTCTCTCCTCCGTCAAGATCTGAATATCCCCCGGAAGCGAAAGGAAAGGGAAGAAGG
ATGTACGGATTCGAGGCGCTTACGTTCAACATCCACGGCGGATACTTGGAGGCGATCGTG
AGAGGCCACCGTGCTGGTCTTCTCACCACCGCCGATTACAACAATCTGTGCCAGTGTGAA
AACCTCGACGACATCAAGATGCACCTCTCCGCCACCAAGTACGGCCCTTACCTCCAAAAC
GAACCGTCACCACTGCATACGACCACAATTGTGGAGAAGTGCACTCTCAAGCTTGTTGAT
GATTATAAGCATATGCTTTGTCAAGCAACTGAGCCTATGTCTACCTTCTTGGAGTACATC
AGATACGGCCACATGATTGACAATGTCGTGCTGATTGTTACCGGAACCCTCCACGAGAGA
GATGCTCAAGAGCTGATCGAGAAATGTCACCCTTTAGGCATGTTTGATAGCATTGCCACG
CTGGCAGTTGCTCAGAACATGAGGGAGCTCTATAGGTTGGTACTTGTGGATACACCTCTG
GCTCCATATTTCTCTGAATGCTTAACCTCAGAGGATTTGG*ATGACATGAACATTGAGAT
TATGAGGAACACGCTCTACAAA*GCATACCTTGAGGATTTCTACAAGTTCTGTCAGAAAC
TTGGTGGGGCAACAGCAGAGATAATGTCTGACCTTCTTGCCTCCGAAGCTGACAGAAGAG
CTGTGAACATCACCATCAACAGCATTGGCACTGAGCTTACAAGAGAAGACAGGAAGAAAC
TGTACTCTAACTTTGGTCTCCTCTATCCATATGGTCACGAGGAGCTTGCTATCTGCGAAG
ACATAGATCAGGTTCGTGGTGTTATGGAGAAGTACCCTCCTTACCAAGCGATATTCTCCA
AGATGTCTTACGGAGAGAGCCAAATGCTCGACAAGGCGTTTTATGAAGAAGAAGTCAGAA
GGCTTTGCTTAGCCTTTGAGCAGCAGTTCCATTACGGGGTGTTCTTTGCGTATATGAGGT
TGAGAGAGCAGGAGATCAGGAACCTGATGTGTATATCGGAGTGTGTTGCACAGAACCAGA
AGTCAAGGATCCACGACAGTGTTGTCTACATGTTCTGAGGTGGTCTGGTAAAAGATGTGA
AAGAACGAACCAGTGTAGTGGTTGTTGGTTTTGCTTTATATTGCTCCAGACTTCTTGTTT
TCTGCTGTATAATCTGCGGTTTTGTTGCATTGACTGTTTATGTCGTCGCTCTACGTGTGT
GAGTGAGTGCGTGTATTTAATCTACACAATAAGTAGAGAGTCTCTCCTATTCGTTTGTTC
GTCTTTGCCAACAATGTATTTGCTTGGTTCTGTTGCCAATAAAACTCTTGTAATAATATA
TCAAACTATTTTGTTTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GB70TF U 1
AF RR1ET51TF U 1
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TTGG
GT

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TCTCTCTC****CCGTCAAGATCTGAATATCCCCCGGAAGCGAAAGGAAAGGGAAGAAGG
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AGAGGCCACCGTGCTGGTCTTCTCACCACCGCCGATTACAACAATCTGTGCCAGTGTGAA
AACCTTGACGACATCAAGATGCACCTCTCCGCCACCAAGTACGGCCCTTACCTCCAAAAC
GAACCGTCACCACTGCATACGACCACAATTGTGGAGAAGTGCACTCTCAAGCTTGTTGAT
GATTATAAGCATATGCTTTGTCAAGCAACTGAGCCTATGTCTACCTTCTTGGAGTACATC
AGATACGGCCACATGATTGACAATGTCGTGCTGATTGTTACCGGAACCCTCCACGAGAGA
GATGTTCAAGAGCTGATCGAGAAATGTCACCCTTTAGGCATGTTTGATAGCATTGCCACG
CTGGCAGTTGCTCAGAACATGAGGGAGCTCTATAGGTTGGTACTTGTGGATACACCTCTG
GCTCCATATTTCTCTGAATGCTTAACCCCAGAGGATTTGG*ATGACATGAACATTGAGAT
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CTGTG

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AAGAGCTGTGAACATCACCATCAACGGCATTGGCACTGAGCTTACAAGAGAAGACAGGAA
GAAACTGTACTCTAACTTTGGTCTCCTCTATCCATATGGTCACGAGGAGCTTGCTATCTG
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CAGAAGGCTTTGCTTAGCCTTTGAGCAGCAGTTCCATTACGGGGTGTTCTTTGCGTATAT
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TGTTTTCTGCTGTATAATCTGCGGTTTTGTTGCATTGACTGTTTATGTCGTCGCTCTACG
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CTCC

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G
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ATTTAATCTACAC

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G
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GAGAGCCAAATGCTCGACAAGGCGTTTTATGAAGAAGAAGTCAGAAGGCTTTGCTTAGCC
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ATCAGGAACCTGATGTGTATATCGGAGTGTGTTGCACAGAACCAGAAGTCAAGGATCCAC
GACAGTGTTGTCTACATGTTTTGAGGTGGTCTGGTAAAAGATGTGAAAGAACGAACCAGT
GTAGTGGTTGTTGGTTTTGCTTTATATTGCTCCAGACTTCTTGTTTTTTGCTGTATAATC
TGCGGTTTTGTTGCATTGACTGTTTATGTCGTCGCTCTACGTGTGTGAGTGAGTGCGTGT
ATTTAATCTACACAATAAGTAGAGAGTCTCTCCTATTCGTTTGTTCGTCTTTGCCAACAA
TGTATTTGCTTGGTTCTGTTGCC

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ATCAAACTATTTTGTTTTTT

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 6

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TCAAAGAAGAGAGAGAGAGAGATGGAGAAGAACATTAAGTTTCCAGTTGTAGACTTGTCC
AAGCTCATTGGTGAAGAGAGAGACCAAACCATGGCTTTAATCAACAATGCTTGTGAGAAT
TGGGGCTTCTTTGAGATAGTGAACCATGGTTTACCACATGATTTGATGGACAACGTCGAG
AAGATGACAAAGGAACATTACAAGAAATCAATGGAACAAAAGTTCAACGACATGCTCAAG
TCCAAAGGTTTGGAAAATCTTGAGAGAGAAGTTGAGGATGTCGATTGGGAAAGCACTTTC
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CGGACGGCTATGAAAGATTTCGGGAAGATATTGGAGAATCTTGCTGAGGATTTGTTGGAT
CTATTGTGTGAAAATCTAGGGTTAGAGAAAGGGTACTTGAAGAAAGTGTTTCATGGAACA
AAAGGTCCAACCTTTGGGACTAAGGTGAGCAATTATCCAGCTTGTCCTAAGCCAGAGATG
ATCAAAGGTCTAAGGGCCCACACTGATGCAGGAGGCATCATCTTGTTGTTTCAAGATGAC
AAGGTTAGTGGTCTCCAGCTTCTTAAAGATGGTGACTGG*ATTGATGTTCCTCCACTCAA
CCACTCTATTGTCATCAATCTTGGTGACCAACTTGAGGTTATAACCAACGGCAGGTACAA
GAGTGTGATGCACCGTGTGGTGACTCAGCAAGAAGGAAACAGAATGTCCATTGCATCTTT
CTACAACCCGGGAAGCGATGCTGAGATCTCTCCAGCTTCATCGCTTGTCTGCAAAGAAAC
CGAGTACCCGAGTTTTGTTTTTGATGACTACATGAAGCTCTATGCTGGGGTCAAGTTTCA
GCCTAAGGAGCCACGGTTCGAGGCAATGAAGAATGCAAATGCAGTTACAGAATTGAACCC
AACAGCAGCCGTAGAGACTTTCTAAAAACAAAGTTGAGTTTGAGCGAAAGCAAAGAAACA
AAAACGTGTGTTGTGGTGTGTGTGTGTATACGTCAATAAGTTACAAGACTGATATTATTG
TTGATATAATTAAGATGTCTGGTGGTTAATTGTTGGTCAATGGTGTTTTAAAGTGTGGTG
TGTTTATTTATGTTTATTGAAGATGATAATAATAATGAATAATATGATAACTGTTCTAAG
GG


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 

AF RR1GO63TF U 1
AF RR1BJ10TF U 1
AF RR1AL72TF U 349
AF RR1EZ76TF U 288
AF RR1BJ10JQ C 765
AF RR1AL72JQ C 487
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BS 578 578 RR1GO63TF
BS 579 623 RR1BJ10TF
BS 624 624 RR1GO63TF
BS 625 732 RR1BJ10TF
BS 733 743 RR1EZ76TF
BS 744 744 RR1AL72TF
BS 745 967 RR1EZ76TF
BS 968 968 RR1AL72JQ
BS 969 998 RR1EZ76TF
BS 999 999 RR1AL72JQ
BS 1000 1046 RR1EZ76TF
BS 1047 1048 RR1AL72JQ
BS 1049 1073 RR1EZ76TF
BS 1074 1074 RR1AL72JQ
BS 1075 1083 RR1EZ76TF
BS 1084 1262 RR1AL72JQ

RD RR1GO63TF 627 0 0
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TGGGGCTTCTTTGAGATAGTGAACCATGGTTTACCACATGATTTGATGGACAACGTCGAG
AAGATGACAAAGGAACATTACAAGAAATCAATGGAACAAAAGTTCAACGACATGCTCAAG
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CGGACGGCTATGAAAGATTTCGGGAAGATATTGGAGAATCTTGCTGAGGATTTGTTGGAT
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AAAGGTCCAACCTTTGGGACTAAGGTGAGCAATTATCCAGCTTGTCCTAAGCCAGAGATG
ATCAAAGGTCTAAGGGCCCACACTGAT

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1BJ10TF 732 0 0
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TCAAAGAAGAGAGAGAGAGAGATGGAGAAGAACATTAAGTTTCCAGTTGTAGACTTGTCC
AAGCTCATTGGTGAAGAGAGAGACCAAACCATGGCTTTAATCAACAATGCTTGTGAGAAT
TGGGGCTTCTTTGAGATAGTGAACCATGGTTTACCACATGATTTGATGGACAACGTCGAG
AAGATGACAAAGGAACATTACAAGAAATCAATGGAACAAAAGTTCAACGACATGCTCAAG
TCCAAAGGTTTGGAAAATCTTGAGAGAGAAGTTGAGGATGTCGATTGGGAAAGCACTTTC
TACCTTCGTCATCTCCCTCAGTCCAATCTCTACGACATTCCTGATATGTCTGATGAATAC
CGGACGGCTATGAAAGATTTCGGGAAGATATTGGAGAATCTTGCTGAGGATTTGTTGGAT
CTATTGTGTGAAAATCTAGGGTTAGAGAAAGGGTACTTGAAGAAAGTGTTTCATGGAACA
AAAGGTCCAACCTTTGGGACTAAGGTGAGCAATTATCTAGCTTGTCCTAAGCCAGAGATG
ATCAAAGGTCTAAGGGCCCACAC*GATGCAGGAGGCATCATCTTGTTGTTTCAAGATGAC
AAGGTTAGTGGTCTCCAGCTTCTTAAAGATGGTGACTGG*ATTGATGTTCCTCCACTCAA
CCACTCTATTGT

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DS 

RD RR1AL72TF 423 0 0
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TTTCATGGAACAAAAGGTCCAACCTTTGGGACTAAGGTGAGCAATTATCCAGCTTGTCCT
AAGCCAGAGATGA**AAAGGTCTAAGGGCCCACACTGATGCAGGAGGCATCATCTTGTTG
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TCCTCCACTCAACCACTCTATTGTCATCAATCTTGGTGACCAACTTGAGGTTATAACCAA
CGG

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR1EZ76TF 802 0 0
G
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GAAAGCACTTTCTACCTTCGTCATCTCCCTCAGTCCAATCTCTACGACATTCCTGATATG
TCTGATGAATACCGGACGGCTATGAAAGATTTCGGGAAGATATTGGAGAATCTTGCTGAG
GATTTGTTGGATCTATTGTGTGAAAATCTAGGGTTAGAGAAAGGGTACTTGAAGAAAGTG
TTTCATGGAACAAAAGGTCCAACCTTTGGGACTAAGGTGAGCAATTATCCAGCTTGTCCT
AAGCCAGAGATGATCAAAGGTCTAAGGGCCCACACTGATGCAGGAGGCATCATCTTGTTG
TTTCAAGATGACAAGGTTAGTGGTCTCCAGCTTCTTAAAGATGGTGACCGG*ATTGATGT
TCCTCCACTCAACCACTCTATTGTCATCAATCTTGTTGACCAACTTGAGGTTATAACCAA
CGGCAGGTACAAGAGTGTGATGCACCGTGTGGTGACTCAGCAAGAAGGAAACAGAATGTC
CATTGCATCTTTCTACAACCCGGGAAGCGATGCTGAGATCTCTCCAGCTTCATCGCTTGT
CTGCAAAGAAACCGAGTACCCGAGTTTTGTTTTTGATGACTACATGAAGCTCTATGCTGG
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AGAATTGAACCCAACAGCAGCCGTAGAGACTTTCTAAAG*CAAAGTTGAGTTTGAGCGAA
AGCAA*GAAACAAAA
CGTGTG

QA 2 796 2 796
DS 

RD RR1BJ10JQ 496 0 0
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TGTCCATTGCATCTTTCTACAACCCGGGAAGCGATGCTGAGATCTCTCCAGCTTCATCGC
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CTGGGGTCAAGTTTCAGCCTAAGGAGCCCCGGTTCGAGGCAATGAAGAATGCAAATGCAG
TTACAGAATTGAACCCAACAGCCGCCGTAGAGACTTTCTAAAAACAAAGTTGAGTTTGAG
CGAAAGCAAAGAAACAAAAACGTGTGTTGTGGTGTGTGTGTGTATACGTCAATAAGTTAC
AAGACTGATATTATTGTTGATATAATTAAGATGTCTGGTGGTTAATTGTTGGTCAATGGT
GTTTTAAAGTGTGGTGTGTTTATTTATGTTTATTGAAGATGATAATAATAATGAATAATA
TGATAACTGTTCTAAG

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1AL72JQ 776 0 0
TGTGAAAATCTAGGGTTAGAGAAAGGGTACTTGAAGAAAGTGTTTCATGGAACAAAAGGT
CCAACCTTTGGGACTAAGGTGAGCAATTATCCAGCTTGTCCTAAGCCAGAGATGA**AAA
GGTCTAAGGGCCCACACTGATGCAGGAGGCATCATCTTGTTGTTTCAAGATGACAAGGTT
AGTGGTCTCCAGCTTCTTAAAGATGGTGACTGG*ATTGATGTTCCTCCACTCAACCACTC
TATTGTCATCAATCTTGGTGACCAACTTGAGGTTATAACCAACGGCAGGTACAAGAGTGT
GATGCACCGTGTGGTGACTCAGCAAGAAGGAAACAGAATGTCCATTGCATCTTTCTACAA
CCCGGGAAGCGATGCTGAGATCTCTCCAGCTTCATCGCTTGTCCGCAAAGAAACCGAGTA
CCCGAGTTTTGTTTTTGATGACTACATGAAGCTCTATGCTGGGGTCAAGTTTCAGCCTAA
GGAGCCACGGTTCGAGGCAATGAAGAATGCAAATGCAGTTACAGAATTGAACCCAACAGC
AGCCGTAGAGACTTTCTAAAAACAAAGTTGAGTTTGAGCGAAAGCAAAGAAACAAAAACG
TGTGTTGTGGTGTGTGTGTGTATACGTCAATAAGTTACAAGACTGATATTATTGTTGATA
TAATTAAGATGTCTGGTGGTTAATTGTTGGTCAATGGTGTTTTAAAGTGTGGTGTGTTTA
TTTATGTTTATTGAAGATGATAATAATAATGAATAATATGATAACTGTTCTAAGGG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 5

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ATGTCTCTTCTCTGTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCGAGGCTTCAAGTTTCG
TCTTTCCCTTCACCAGTTTTAGGCCTTAAATCAAACACGGTCGAGACCAAGAACAGAGTC
TCTCTCAGTGCCTACAGCTTGAGCATTAGCAATGGAAGAGCAGCGATTGTGAAGACAGCT
GCTTCTTCTGGTGTGGACGGAGCAGCTGAGCCGGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGACT
GTTGACAAACTACCGTTGGAGTCAAAAGAAGCTAAAGAGAAGCTGCTGCTGGAACAGAGG
ATGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTAAGGAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGT
AAGTTGAGGAAGAAGGGTCGATGGCCACCTTCCAAGATGAAGAAACTCAAGAATGTCTAG
ATATGACACTCTTCGCTGTCTTTCTTTGTAATGTTGTTTGTAAACTTTCCGGAATTTGAA
AATGTAGACATTGTTTTGGATTAAATCTCAAGCTGAGGGAGTTCTTTACTTCTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AA91TF U 1
AF RR1G415TF U 11
AF RR1FF07JQ C 50
AF RR1FF07TF U 50
AF RR1GT64TF U 31
BS 1 136 RR1AA91TF
BS 137 142 RR1G415TF
BS 143 190 RR1AA91TF
BS 191 191 RR1G415TF
BS 192 240 RR1AA91TF
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BS 242 269 RR1AA91TF
BS 270 270 RR1G415TF
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BS 461 461 RR1G415TF
BS 462 583 RR1AA91TF
BS 584 596 RR1G415TF

RD RR1AA91TF 583 0 0
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ATGTCTCTTCTCTGTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCGAGGCTTCAAGTTTCG
TCTTTCCCTTCACCAG******GCCTTAAATCAAACACGGTCGAGACCAAGAACAGAGTC
TCTCTCAGTGTCTACAGCTTGAGCATTAGCAATGGAAGAGCAGCGATTGTGAAGACAGCT
TCTTCTTCTGGTGTGGACGGAGCAGCTGATCCGGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGACT
GTTGACAAACTACCGTTGGAGTCAAAAGAAGCTAAAGAGAAGCTGCTGCTGGAACAGAGG
ATGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTAAGGAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGT
AAGTTGAGGAAGAAGGGTCGATGGCCACCTTCCAAGATGAGGAAACTCAAGAATGTCTAG
ATATGACACTCTTCGCTGTCTTTCTTTGTAATGTTGTTTGTAAACTTTCCGGAATTTGAA
AATGTAGACATTGTTTTGGATTAAATCTCAAGCTGAGGGAGTT

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1G415TF 586 0 0
GGA
AAACTTCAAATGACTGTCTGAAGGCGAAATCCTTCCGTACGAAGAAGATGTCTCTTCTCT
GTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCGAGGCTTCAAGTTTCGTCTTTCCCTTCAC
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TGGACGGAGCAGCTGAGCCGGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGACTGTTGACAAACTAC
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TGGCCAAGAAGATTAGGCTAAGGAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGA
AGGGTCGATGGCCACCTTCCAAGATGAAGAAACTCAAGAATGTCTAGATATGACACTCTT
CGCTGTCTTTCTTTGTAATGTTGTTTGTAAACTTTCCGGAATTTGAAAATGTAGACATTG
TTTTGGATTAAATCTCAAGCTGAGGGAGTTCTTTACTTCTTTA

QA 4 586 4 586
DS 

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GG
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CCTAAGACTGTTGACAAACTACCGTTGGAGTCAAAAGAAGCTAAAGAGAAGCTGCTGCTG
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CGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGAAGGGTCGATGGCCACCTTCCAAGATGAAGAAACTCAAG
AATGTCTAGATATGACACTCTTCGCTGTCTTTCTTTGTAATGTTGTTTGTAAACTTTCCG
GAATTTGAAAATGTAGACATTGTTTTGGATT

QA 3 513 3 513
DS 

RD RR1FF07TF 513 0 0
GG
ACGAAGAAGATGTCTCTTCTCTGTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCGAGGCTT
CAAGTTTCGTCTTTCCCTTCACCAGTTTTAGGCCTTAAATCAAACACGGTCGAGACCAAG
AACAGAGTCTCTCTCAGTGCCTACAGCTTGAGCATTAGCAATGGAAGAGCAGCGATTGTG
AAGACAGCTGCTTCTTCTGGTGTGGACGGAGCAGCTGAGCCGGAGAGCAATGAGGAACCA
CCTAAGACTGTTGACAAACTACCGTTGGAGTCAAAAGAAGCTAAAGAGAAGCTGCTGCTG
GAACAGAGGATGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTAAGGAGGAAACGTCTGGTT
CGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGAAGGGTCGATGGCCACCTTCCAAGATGAAGAAACTCAAG
AATGTCTAGATATGACACTCTTCGCTGTCTTTCTTTGTAATGTTGTTTGTAAACTTTCCG
GAATTTGAAAATGTAGACATTGTTTTGGATT

QA 3 513 3 513
DS 

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GG
GAAGGCGAAATCCTTCCGTACGAAGAAGATGTCTCTTCTCTGTTTCAATTCTCTCGCTCC
TCTCTCTTCTTCGAGGCTTCAAGTTTCGTCTTTCCCTTCACCAGTTTTAGGCCTTAAATC
AAACACGGTCGAGACCAAGAACAGAGTCTCTCTCAGTGCCTACAGCTTGAGCATTAGCAA
TGGAAGAGCAGCGATTGTGAAGACAGCTGCTTCTTCTGGTGTGGACGGAGCAGCTGAGCC
GGAGAGCAATGAGGAACCACCTAAGACTGTTGACAAACTACCGTTGGAGTCAAAAGAAGC
TAAAGAGAAGCTGCTGCTGGAACAGAGGATGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCT
AAGGAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGAAGGGTCGATGGCCACCTTC
CAAGATGAAGAAACTCAAGAATGTCTAGATATGACACTCTTCGCTGTCTTTCTTTGTAAT
GTTGTTTGTAAACTTTCCGGAATTTGAAAATGTAGACATTGTTTTGGATTAAATCTCAAG
CTGAGGGAGTT
CTTT

QA 3 553 3 553
DS 



AS 2 6

CO CL1397Contig1 564 3 2 U
GGAAAACACAAACACAACAACACACTATGGGTAAGACAACGACACTGTTCTTGTTCTTGT
TCGCTCTTCTCTTCACCACATCTTTATCAAAAGACCTCTGTCACAAAGATGACAAAAACA
CTCTCCTAAATATCAAAAAA*GCTATGAACAACCCTTACACCATCATCTCCTGGGACCCC
AAGGACGACTGCTGCAACTGGGTCTCCGTTGAATGCGGCAACACAAACCGCGTCACCTCT
CTAGACATATCAGACGACGACGTCTCCGCTCAGATCCCTCCTGAAGTTGGTGACTTACCG
TATCTACAATACCTCACACTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCCACCCACC
ATCGCCAAGCTCAAGTATCTCAAATTTCTCTGGCTCAGCTGGAACAGCCTGACCGGCCCG
GTTCCCGAATTTCTGAGTCAGCTCAAGAATCTAGAGTACATAAACCTTTATCTAAACTTA
CCATCAGAATAAAATCATGTATAAGGACATCTAGTATGTTGCATTTGGAATGATGAATAA
AAAATGAATCATATTTCATTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1FL37TF U 65
AF RR1DL20TF U 1
AF RR1DL20JQ C 58
BS 1 560 RR1DL20TF
BS 561 564 RR1DL20JQ

RD RR1FL37TF 296 0 0
G
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CTAAATATCAAAAAAAGCTATGAACAACCCTTACACCATCATCTCCTGGGACCCCAAGGA
CGACAGCTGCAACTGGGTCTCCGTTGAATGCGGCAACACAAACCGCGTCACCTCTCTAGA
CATATCAGACGACGACGTCTCCGCTCAGATCCCTCCTGAAGTTGGTGACTTACCGTATCT
ACAATACCTCACACTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCCACCCACC

QA 2 296 2 296
DS 

RD RR1DL20TF 564 0 0
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CTCTCCTAAATATCAAAAAA*GCTATGAACAACCCTTACACCATCATCTCCTGGGACCCC
AAGGACGACTGCTGCAACTGGGTCTCCGTTGAATGCGGCAACACAAACCGCGTCACCTCT
CTAGACATATCAGACGACGACGTCTCCGCTCAGATCCCTCCTGAAGTTGGTGACTTACCG
TATCTACAATACCTCACACTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCCACCCACC
ATCGCCAAGCTCAAGTATCTCAAATTTCTCTGGCTCAGCTGGAACAGCCTGACCGGCCCG
GTTCCCGAATTTCTGAGTCAGCTCAAGAATCTAGAGTACATAAACCTTTATCTAAACTTA
CCATCAGAATAAAATCATGTATAAGGACATCTAGTATGTTGCATTTGGAATGATGAATAA
AAAATGAATCATATTTCATT
TGAT

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1DL20JQ 507 0 0
TGTTCGCT
CTTCTCTTCACCACATCTTTATCAAAAGACCTCTGTCACAAAGATGACAAAAACACTCTC
CTAAATATCAAAAAA*GCTATGAACAACCCTTACACCATCATCTCCTGGGACCCCAAGGA
CGACTGCTGCAACTGGGTTTCCGTTGAATGCGGCAACACAAACCGCGTCACCTCTCTAGA
CATATCAGACGACGACGTCTCCGCTCAGATCCCTCCTGAAGTTGGTGACTTACCGTATCT
ACAATACCTCACACTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCCACCCACCATCGC
CAAGCTCAAGTATCTCAAATTTTTCTGGCTCAGCTGGAACAGCCTGACCGGCCCGGTTCC
CGAATTTTTGAGTCAGCTCAAGAATCTAGAGTACATAAACCTTTATCTAAACTTACCATC
AGAATAAAATCATGTATAAGGACATCTAGTATGTTGCATTTGGAATGATGAATAAAAAAT
GAATCATATTTCATTTGAT

QA 9 507 9 507
DS 



CO CL1397Contig2 1131 3 6 U
CCTTATCAAATGAAATATGATTCATTTTTTATTCATCATTCCAAATGCAACATACTAGAT
GTCCTTATACATGATTTTATTCTGATGGTAAGTTTAGATAAAGATCGGTTGCTTGAATCT
TCACGTTGCAACTCGGAAGAGGTGCACCACACAAGCACTTGTTGTGTAAATACGCATAAG
CATCAAAACTCTGAAGGTCACCTCCCTGGGGGATACGTCCACACAGTCTGTTATAGCTAA
CGTTGAAAGTCTGAAGATCAAGCTGGGTCCATTGATCCGGTATACTCCCTGTGAGGCTGT
TGTGATTTAAGTCCAAATAATTAACCGTCTTAGCGACCTTAACCTTGGAGATATCGAACT
GAAACATGTTTCTAGATAAGTCGATGTGCCATGTCGTCTTTTTGGTTCCAAACAACATGG
ACGCATCACCTTCAAGCTTGTTCCGGGAAAGATCAATGGTGTTAAAGTTGATGTTGCCTA
GTGATTTTGGTACAGAACCGGACAGCTGGTTGTGCGATAGGTAAATCCCATATACATCTG
CTTTAAACGATCCAAATGACTCTGGTATCGTACCTGTAAGCTTGTTCCTGCTGAGCTCAA
GTGTAGCCAGTTTAGGTAACAAAGAGAGTGAACCGGGTATGGAACCGGAGAGTTTATTGA
AGGAAAGGTTTATGTACTCTAGATTCTTGAGCTGACTCAGAAATTCGGGAACCGGGCCGG
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GGATTTCACCGGTGAGGTTAGGGAGTTTGCGGAGTGTGAGGTATTGTAGATACGGTAAGT
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CGCGGTTTGTGTTGCCGCATTCAACGGAGACCCAGTTGCAGCAGTCGTCCTTGGGGTCCC
AGGAGATGATGGTGTAAGGGTTGTTCATAGCTTTTTTGATATTTAGGAGAGTGTTTTTGT
CATCTTTGTGACAGAGGTCTTTTGATAAAGATGTGGTGAAGAGAAGAGCGAACAAGAACA
AGAACAGTGTCGTTGTCTTACCCATAGTGTGTTGTTGTGTTTGTGTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1DS88JQ U 7
AF RR1FL37JQ U 1
AF RR1DS88TF C 402
BS 1 139 RR1FL37JQ
BS 140 140 RR1DS88JQ
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RD RR1DS88JQ 698 0 0
CG
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ACATGATTTTATTCTGATGGTAAGTTTAGATAAAGATCGGTTGCTTGAATCTTCACGTTG
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CTCTGAAGGTCACCTCCCTGGGGGATACGTCCACACAGTCTGTTATAGCTAACGTTGAAA
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AAGTCCAAATAATTAACCGTCTTAGCGACCTTAACCTTGGAGATATCGAACTGAAACATG
TTTCTAGATAAGTCGATGTGCCATGTCGTCTTTTTGGTTCCAAACAACATGGACGCATCA
CCTTCAAGCTTGTTCCGGGAAAGATCAATGGTGTTAAAGTTGATGTTGCCTAGTGATTTT
GGTACAGAACCGGACAGCTGGTTGTGCGATAGGTAAATCCCATATACATCTGCTTTAAAC
GATCCAAATGACTCTGGTATCGTACCTGTAAGCTTGTTCCTGCTGAGCTCAAGTGTAGCC
AGTTTAGGTAACAAAGAGAGTGAACCGGGTATGGAACCGGAGAGTTTATTGAAGGAAAGG
TTTATGTACTCTAGATTCTTGAGCTGACTCAGAAAT

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1FL37JQ 816 0 0
CCTTATCAAATGAAATATGATTCATTTTTTATTCATCATTCCAAATGCAACATACTAGAT
GTCCTTATACATGATTTTATTCTGATGGTAAGTTTAGATAAAGATCGGTTGCTTGAATCT
TCACGTTGCAACTCGGAAGGGGTGCACCACACAAGCACTTGTTGTGTAAATACGCATAAG
CATCAAAACTCTGAAGGTCACCTCCCTGGGGGATACGTCCACACAGTCTGTTATAGCTAA
CGTTGAAAGTCTGAAGATCAAGCTGGGTCCATTGATCCGGTATACTCCCTGTGAGGCTGT
TGTGGTTTAAGTCCAAATAATTAACCGTCTTAGCGACCTTAACCTTGGAGATATCGAACT
GAAACATGTTTCTAGATAAGTCGATGTGCCATGTCGTCTTTTTGGTTCCAAACAACATGG
ACGCATCACCTTCAAGCTTGTTCCGGGAAAGATCAATGGTGTTAAAGTTGATGTTGCCTA
GTGATTTTGGTACAGAACCGGACAGCTGGTTGTGCGATAGGTAAATCCCATATACATCTG
CTTTAAACGATCCAAATGACTCTGGTATCGTACCTGTAAGCTTGTTCCTGCTGAGCTCAA
GTGTAGCCAGTTTAGGTAACAAAGAGAGTGAACCGGGTATGGAACCGGAGAGTTTATTGA
AGGAAAGGTTTATGTACTCTAGATTCTTGAGCTGACTCAGAAATTCGGGAACCGGGCCGG
TCAGGCTGTTCCAGCTGAGCCAGAGAAATTTGAGATACTTGAGCTTGGCGATGGTGGGTG
GGATTTCACCGGTGAGGTTAGGGAGTTTGCGGAGTG

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1DS88TF 730 0 0
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TTAAAGTTGATGTTGCCTAGTGATTTTGGTACAGAACCGGACAGCTGGTTGTGCGATAGG
TAAATCCCATATACATCTGCTTTAAACGATCCAAATGACTCTGGTATCGTACCTGTAAGC
TTGTTCCTGCTGAGCTCAAGTGTAGCCAGTTTAGGTAACAAAGAGAGTGAACCGGGTATG
GAACCGGAGAGTTTATTGAAGGAAAGGTTTATGTACTCTAGATTCTTGAGCTGACTCAGA
AATTCGGGAACCGGGCCGGTCAGGCTGTTCCAGCTGAGCCAGAGAAATTTGAGATACTTG
AGCTTGGCGATGGTGGGTGGGATTTCACCGGTGAGGTTAGGGAGTTTGCGGAGTGTGAGG
TATTGTAGATACGGTAAGTCACCAACTTCAGAAGGGATCTGAGCGGAGACGTCGTCGTCT
GATATGTCTAGAGAGGTGACGCGGTTTGTGTTGCCGCATTCAACGGAGACCCAGTTGCAG
CAGTCGTCCTTGGGGTCCCAGGAGATGATGGTGTAAGGGTTGTTCATAGCTTTTTTGATA
TTTAGGAGAGTGTTTTTGTCATCTTTGTGACAGAGGTCTTTTGATAAAGATGTGGTGAAG
AGAAGAGCGAACAAGAACAAGAACAGTGTCGTTGTCTTACCCATAGTGTGTTGTTGTGTT
TGTGTTTTCC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 6

CO CL1398Contig1 838 6 11 U
GGAGCACCCAAAAGACAATAAAATCTCGACAAAAAAGGATGATGAACTCATCCTTTTTAC
GAGTAATATTGCTCTTAGGTGCTATTAATCTTTTCGTAACAATATCAACAACCAAAGCTG
CAACACTCGGTCAAGTATTTGAAATCTGTAGGAGTTTATGCCCGGGATGTGACTACGACT
CGTTACAGTTCTTGTTCCGACACAACTTGGTCCGTGCCGCAAGATTCGAACCTCCTTTGA
TATGGGATCAAACACTCGAGAACTACGCTCAAAACTGGGCTAATCAAAGAAAGTCAGATT
GTGCTTTGCAACACTCTTTCCAAGACGGAGAGTTTACTCTCGGCGAGAATATTTTCTGGG
GATACGGAGCCAACTGGTCTCCGGCTGACGCTGTGGTCGCGTGGGCCAGCGAGAAGAGGT
TTTATCATTATGGCTCCAACTCGTGCGACGCTGGACAGATGTGTGGGCATTACACACAGC
TCGTGTGGAAGAACACGAGGAGGATTGGGTGCGCACGTGTAGTGTGCGACAACGGTGGGA
TCTTCATGACTTGTAACTATGATCCTCCCGGTAACTACATCGGCCAGAAACCCTATTGAT
CGATCATTCATCTTATCTTTTAGAAGTTCTTATGACTTTTTAAAGGAAGTTAGATGGATG
TATTTTGTATTTTACTAGAAATAGAAGTGTTTGTGGGGTTTGTGATATTGAATACGTTTG
TATCGCTATACATGATTTTGTTCACGTCAAGGTTGTAATTGCATTTCGGTTGTTTATATC
TTTATATATAGCCGTTAGAATGACCAATATATGTTTCATCTCTGATGGATTTCAATCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AP24TF U 1
AF RR1FJ47JQ C 1
AF RR1FJ47TF U 1
AF RR1EV92TF U 20
AF RR1EV92JQ C 54
AF RR1AP24JQ C 192
BS 1 170 RR1AP24TF
BS 171 171 RR1FJ47TF
BS 172 189 RR1AP24TF
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BS 191 227 RR1AP24TF
BS 228 228 RR1FJ47TF
BS 229 487 RR1AP24TF
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BS 489 667 RR1AP24TF
BS 668 741 RR1FJ47TF
BS 742 838 RR1AP24JQ

RD RR1AP24TF 667 0 0
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GTGCTTTGCAACACTCTTTCCAAGACGGAGAGTTTACTCTCGGCGAGAATATTTTCTGGG
GATACGGAGCCAACTGGTCTCCGGCTGACGCTGTGGTCGCGTGGGCCAGCGAGAAGAGGT
TTTATCATTATGGCTCCAACTCGTGCGACGCTGGACAGATGTGTGGGCATTACACACAGC
TCGTGTGTAAGAACACGAGGAGGATTGGGTGCGCACGTGTAGTGTGCGACAACGGTGGGA
TCTTCATGACTTGTAACTATGATCCTCCCGGTAACTACATCGGCCAGAAACCCTATTGAT
CGATCATTCATCTTATCTTTTAGAAGTTCTTATGACTTTTTAAAGGAAGTTAGATGGATG
TATTTTG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1FJ47JQ 743 0 0
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GAGTAATATTGCTCTTAGGTGCTATTAATCTTTTCGTAACAATATCAACAACCAAAGCTG
CAACACTCGGTCAAGTATTTGAAATCTGTAGGAGTTTATGCCCGGGATGTGACTACGACT
CGTTACAGTTCTTGTTCCGACACAACTTGGTCCGTGCCGCAAGATTCGAACCTCCTTTGA
TATGGGATCAAACACTCGAGAACTACGCTCAAAACTGGGCTAATCAAAGAAAGTCAGATT
GTGCTTTGCAACACTCTTTCCAAGACGGAGAGTTTACTCTCGGCGAGAATATTTTCTGGG
GATACTGAGCCAACTGGTCTCCGGCTGACGCTGTGGTCGCGTGGGCCAGCGAGAAGAGGT
TTTATCATTATGGCTCCAACTCGTGCGACGCTGGACAGATGTGTGGGCATTACACACAGC
TCGTGTGGAAGAACACGAGGAGGATTGGGTGCGCACGTGTAGTGTGCGACAACGGTGGGA
TCTTCATGACTTGTAACTATGATCCTCCCGGTAACTACATCGGCCAGAAACCCTATTGAT
CGATCATTCATCTTATCTTTTAGAAGTTCTTATGACTTTTTAAAGGAAGTTAAATGGATG
TATTTTGTATTTTACTAGAAATAGAAGTGTTTGTGGGGTTTGTGATATTGAATACGTTTG
TATCGCTATACATGATTTTGT
TC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1FJ47TF 741 0 0
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GAGTAATATTGCTCTTAGGTGCTATTAATCTTTTCGTAACAATATCAACAACCAAAGCTG
CAACACTCGGTCAAGTATTTGAAATCTGTAGGAGTTTATGCCCGGGATGTGACTACGACT
CGTTACAGTTCTTGTTCCGACACAACTTGGTCCGTGCCGCAAGATTCGAACCTCCTTTGA
TATGGGATCAAACACTCGAGAACTACGCTCAAAACTGGGCTAATCAAAGAAAGTCAGATT
GTGCTTTGCAACACTCTTTCCAAGACGGAGAGTTTACTCTCGGCGAGAATATTTTCTGGG
GATACTGAGCCAACTGGTCTCCGGCTGACGCTGTGGTCGCGTGGGCCAGCGAGAAGAGGT
TTTATCATTATGGCTCCAACTCGTGCGACGCTGGACAGATGTGTGGGCATTACACACAGC
TCGTGTGGAAGAACACGAGGAGGATTGGGTGCGCACGTGTAGTGTGCGACAACGGTGGGA
TCTTCATGACTTGTAACTATGATCCTCCCGGTAACTACATCGGCCAGAAACCCTATTGAT
CGATCATTCATCTTATCTTTTAGAAGTTCTTATGACTTTTTAAAGGAAGTTAAATGGATG
TATTTTGTATTTTACTAGAAATAGAAGTGTTTGTGGGGTTTGTGATATTGAATACGTTTG
TATCGCTATACATGATTTTGT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1EV92TF 728 0 0
GG
AATCTCGACAAAAAAGGATGAGTTCATCATCCTTTTTACGAGTAATATTGCTCTTAGGTG
CTATTAATCTTTTCGTAACAATATCAACAACCAAAGCTGCAACACTCGGTCAAGTATTTG
AAATCTGTAGGAGTTTATGCCCGGGATGTGACTACGACTCGTTACAGTTCTTGTTCCGAC
ACAACTTGGTCCGTGCCGCAAGATTCGAACCTCCTTTGATATGGGATCAAACACTCGAGA
ACTACGCTCAAAACTGGGCTAATCAAAGAAAGTCAGATTGTGCTTTGCAACACTCTTTCC
AAGACGGAGAGTTTACTCTCGGCGAGAATATTTTCTGGGGATACGGAGCCAACTGGTCTC
CGGCTGACGCTGTGGTCGCGTGGGCCAGCGAGAAGAGGTTTTATCATTATGGCTCCAACT
CGTGCGACGCTGGACAGATGTGTGGGCATTACACACAGCTCGTGTGGAAGAACACGAGGA
GGATTGGGTGCGCACGTGTAGTGTGCGACAACGGTGGGATCTTCATGACTTGTAACTATG
ATCCTCCCGGTAACTACATCGGCCAGAAACCCTATTGATCGATCATTCATCTTATTTTTT
AGAAGTTCTTATGACTTTTTAAAGGAAGTTAGATGGATGTATTTTGTATTTTACTAGAAA
TAGAAGTGTTTGTGGGGTTTGTGATATTGAATACGTTTGTATCGCTATACATGATTTTGT
TCACGT

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR1EV92JQ 684 0 0
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AAAGCTGCAACACTCGGTCAAGTATTTGAAATCTGTAGGAGTTTATGCCCGGGATGTGAC
TACGACTCGTTACAGTTCTTGTTCCGACACAACTTGGTCCGTGCCGCAAGATTCGAACCT
CCTTTGATATGGGATCAAACACTCGAGAACTACGCTCAAAACTGGGCTAATCAAAGAAAG
TCAGATTGTGCTTTGCAACACTCTTTCCAAGACGGAGAGTTTACTCTCGGCGAGAATATT
TTCTGGGGATACGGAGCCAACTGGTCTCCGGCTGACGCTGTGGTCGCGTGGGCCAGCGAG
AAGAGGTTTTATCATTATGGCTCCAACTCGTGCGACGCTGGACAGATGTGTGGGCATTAC
ACACAGCTCGTGTGGAAGAACACGAGGAGGATTGGGTGCGCACGTGTAGTGTGCGACAAC
GGTGGGATCTTCATGACTTGTAACTATGATCCTCCCGGTAACTACATCGGCCAGAAACCC
TATTGATCGATCATTCATCTTATTTTTTAGAAGTTCTTATGACTTTTTAAAGGAAGTTAG
ATGGATGTATTTTGTATTTTACTAGAAATAGAAGTGTTTGTGGGGTTTGTGATATTGAAT
ACGTTTGTATCGCTATACATGATT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1AP24JQ 647 0 0
TTGTTCCGACACAACTTGGTCCGTGCCGCAAGATTCTAACCTCCTTTGATATGGGATCAA
ACACTCGAGAACTACGCTCAAAACTGGGCTAATCAAAGAAAGTCAGATTGTGCTTTGCAA
CACTCTTTCCAAGACGGAGAGTTTACTCTCGGCGAGAATATTTTCTGGGGATACGGAGCC
AACTGGTCTCCGGCTGACGCTGTGGTCGCGTGGGCCAGCGAGAAGAGGTTTTATCATTAT
GGCTCCAACTCGTGCGACGCTGGACAGATGTGTGGGCATTACACACAGCTCGTGTGTAAG
AACACGAGGAGGATTGGGTGCGCACGTGTAGTGTGCGACAACGGTGGGATCTTCATGACT
TGTAACTATGATCCTCCCGGTAACTACATCGGCCAGAAACCCTATTGATCGATCATTCAT
CTTATCTTTTAGAAGTTCTTATGACTTTTTAAAGGAAGTTAGATGGATGTATTTTGTATT
TTACTAGAAATAGAAGTGTTTGTGGGGTTTGTGATATTGAATACGTTTGTATCGCTATAC
ATGATTTTGTTCACGTCAAGGTTGTAATTGCATTTCGGTTGTTTATATCTTTATATATAG
CCGTTAGAATGACCAATATATGTTTCATCTCTGATGGATTTCAATCC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 4

CO CL1399Contig1 1528 4 21 U
GGAAAATAAGAAATTAGGTTAGTCAATCATCCCCCAATTCTTCTTCCCTCGCGTTCGGTG
CCCTGTTCATCTTCCGTCCTGTGGATCGCGATCTCACGGTTGAAGCCAACCTTACTGCCT
CGGAGTCGCTACCTCTCTCTCTCTCTCCGTCGGAGTCACTACCTCTCTCTCTCCGTCTTT
TCGTCAAACCCATCTCTGATACATCACAGAACGCAAGCGCAGCAGGGATTGGTGGAAGCA
ACGATGGGTGTATCAAACAAATGATGGAACTGCAACTACGTCTGAAGATTTAAAGGAGAA
TCTGAACCAATTCATAAACTCTATTCAGAAGACTTTGGGACTCCTTCATCAGTTACGCCT
TACTGTCTCTTCTTTCACACCCGCCTTCTCAGCCTCAACTCTCTCGTGTCGGAGCTGAAT
AGCATGGCTAAGTTGTCCGAGAAATGCAACATTCAAGTCCCCATGGAAGTTCTTTGTTTG
ATTGACGATGGAAAGAACCCGGACGAGTTTACAAGCAAGGGATGTTATTAATAGCTGCAT
CAAGTTACAAAAGGCAAAACTGATGCTTTTAAGGATTTGAGAAAACATATTCTGGAGGAG
CTTGAAGAGACTTTCCCTGATGAAGTTGATAAGTATAGAGAGATCCGTGCTGCTTCTGCG
GCTGAAGCGAAACGGCAGGCGCAATCTCAAAGTGTCATGTTACCCAATGGGGATGCTAAA
GTCAAGAACGAGATTCAGAAGCTCTATCATCACCATGGATGCAAAAGGAAAAGGAAAAAT
GGTGGAAGAACTTCCGATGATGGGTGAAAGCTTCACCTCCAGTGAGAGTCTTCCCCTCCT
TGCTGCAACCGATCATGAAACCGATCATGAGGATGTGGGTGATGCAAAAGTGACCACATC
TCTGGGAGAACTTCAGATCGGTGAAAGCTTCACCTCCAATGAGAGTCTTCCCCTCCTTGC
AACAGAACATGCGGAGGAGGTTGTTCTTTTGGATCTCCCCCCCCCCTTGTTGTTGACAAC
AATGTGCACATTGATGATGAGGCTCAGGAGGAGGTGGAGGAAAACGTTTTGCCCGATGTT
GGAGCTCACAACATCCGTAACGTCCGAGGAAGGCCTAAGAGGAGACCATTCACTGAGCCC
CTCTCCCCACGCTCTCAAGCTAGGGCCAATGAGAGGGAAGCCAAGAAAGAGGCGCTCAAG
AAAGCTGAGAACAGGAAGAAATCAAAATTAAATGTGCCAAACCACGATGGGTTGAAGAAA
GCTGAGAAAGAGGCGCTCAAGAAAGCTCAGAAAGGGAAGAAATCGAAATTCAATGTGCCA
AACACAAAGATGGGTTGAAGAATGCACGGAAACCACAATTGTAATCATTCCACTTCCACT
CTTTCTCCTATCATTTTCAAGACTACTCTTAAAAACTTCTACTTATCTTTCTTTGTCTGG
ACTCTTCTACTTTGTTATATCTGATGAAACATGTCTCTTTGTCACCTGACTTTTGATTCG
AGGAGTGATGATCCAGTAATGCTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

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G
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CTTGAAGAGACTTTCCCTGATGAAGTTGATAAGTATAGAGAGATCCGTGCTGCTTCTGCG
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GGAGCTCACAACATCCGTAACGTCCGAGGAAGGCCTAAGAGGAGACCATTCACTGAGCCC
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DS 



AS 1 3

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GGAACAAGTTTCACACAACTCTTTATTATTCAAAACAAACCAAAAGGGAAAACAGAATAA
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AAGTGTCTTTGGCGACGGCACGGTCCAAAGGAACGCTGTTCCTACGCTGATACTCCTCTT
TGATGCGTTCCATGTCAACTTCAGTTCTCGTTGTCACAACTCTGGTCAGTCCCCACTCGT
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AGTTCTTGTTGATGGAGTTACCATGTTCATTGTTGTAGTGGTTGAGAGTAGCACCGAGCT
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TCATGTAAGTAGCGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP84JQ U 4
AF RR1EB09JQ U 1
AF RR1CO40JQ U 73
BS 1 123 RR1EB09JQ
BS 124 126 RR1CO40JQ
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BS 610 610 RR1CO40JQ
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BS 657 694 RR1EB09JQ
BS 695 916 RR1CO40JQ

RD RR1FP84JQ 126 0 0
AAAAAAAACAGT
TTTTTTGATTCAATTCAACACACACTCAAGTAAACATAGTTTGGGGGAACAAGTTTCACA
CAACTCTTTATTATTCAAAACAAACCAAAAGGGAAA
CATAATCAGTATTATTCA

QA 13 108 13 108
DS 

RD RR1EB09JQ 703 0 0
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GGAACAAGTTTCACACAACTCTTTATTATTCAAAACAAACCAAAAGGGAAAACAGAATAA
GTA***TTCAGACATCTCCATGTCCGAGAAGAGCAACAAGCATGTCCTCATAATCACCAG
AAGTGTCTTTGGCGACGGCACGGTCCAAAGGAACGCTGTTCCTACGCTGATACTCCTCTT
TGATGCGTTCCATGTCAACTTCAGTTCTCGTTGTCACGACTCTGGTCAGTCCCCACTCGT
CAGTTCCCATTTTGTTGATGGCTAGACGCAGAACCTTCTCAAAATGCTTCTCAGGGTATG
TCAAACACGTGATCGCAGCTCTCAGTAGTTTCAGGTAATCATCATCCGAACCTTCCTTCA
AGTTCTTGTTGATGGAGTTACCATGTTCATTGTTGTAGTGGTTGAGAGTAGCACCGAGCT
GAGCTTTGCTTCTAGTAGTCAAGATTCTGATGAAGTCATCGTCGTTGAAAGCTTTCTCGG
AGACCTTCTCGTGAAGCAGCTTGGCTTCGGATCTCGCGAGCATCATGTTCACGTCGTCTC
CTTCGTACCTGAAAGTGCTGACCAGAGGAAGCAGGAGCTTGCGGAGGTCACCGGATGTGT
GCTGAGCAACGTCTTCCTCGAGGGATTTCTTGTA
ACGGGCTTG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1CO40JQ 844 0 0
G
CACAACTCTTTATTATTCAAAACAAACCAAAGGGGAAA*CATAATCAGTATTATTCAGAC
ATCTCCATGTCCGAAAAGAGCAACAAGCATGTCCTCATAATCACCAGAAGTGTCTTTGGC
GACGGCACGGTCCAAAGGAACGCTGTTCCTACGCTGATACTCCTCTTTGATGCGTTCCAT
GTCAACTTCGGTTCTCGTTGTCACAACTCTGGTTAGTCCCCACTCGTCGGTTCCCATTTT
GTTGATGGCTAGACGCAGAACCTTCTCAAAATGCTTCTCAGGGTATGTCAAACACGTGAT
CGCAGCTCTCAGTAGTTTCATGTAATCATCATCCGAACCTTCCTTCAAGTTCTTGTTGAT
GGAGTTACCATGTTCATTGTTGTAGTGGTTGAGAGTAGCACCGAGCTGAGCTTTGCTTCT
CGTAGTCAAGATTCTGATGAAGTCATCGTCGTTGAAAGCTTTCTCGGAGACCTTCTCGTG
AAGCAGATTGGCTTCAGATCTCGCGAGCATCATGTTGACGTCGTCTCCTTCGTACCGGAA
AGTGCTGACCAGAGGAAGCAGGAGCTTGCGGAGGTCACCGGAAGTGTGCTGAGCGACGTC
TTCCTCGAGGGATTTCTTGTAACGAGCTTGGTAAGCTTGCTTTATCTTGAAAAGCTCGAC
GGCGGACCTAGTGCAAGCGATCTCGACGAGAACCCAGTTGTTCTTGGTGAACATTTTGGT
GGATTCTTTGGCCAAGTAAGCGTCTCTCTCCGCTGGATCAAGCGTCCACAACATCACAGC
TCTCTCAAGTCGCTGGAGAGCTCTTTGTCTAAGCCTTGAGGAGATCCTCATGTAAGTAGC
GGC

QA 2 844 2 844
DS 



AS 2 6

CO CL1401Contig1 752 2 5 U
GGATCTTCTATTTGGTATGGATGCGTACTACGAGGAGATGTGAACACCATTAGTGTTGGA
TCAGGGACGAATATTCAGGACAACTCCCTTGTGCACGTGGCGAAATCTAACTTGAGCGGG
AAGGTCCCTGCAACCATCATCGGAGACAATGTAACCATTGGTCATAGTGCTGTTTTACAT
GGATGTACTGTTGAGGATGAGGCTTTTATCGGGATGGGAGCGACAGTTCTGGATGGTGTC
GTGGTTGAAAAGCATGCCCTGGTTGTTGCTGGTGCGCTTGTGCGACAAAACACTAGGATT
CCTTCCGGAGAGATATGGGGGAGGAAACCCAGCAAAGTTCCTCAGGAAGCTCAAGAGTAA
GGAAATTGATTTTATCCCAAAGTCAGCTGAAAACTACTCAAACCTCGCGAAGGTTCACGC
TGCAGAGAATGCAAAGCCACTAAATGCGATCGAGTTTGAGAAGGTTCTACGCAAGAGGCA
TGCTGGAAAAGACGAGGAGTATGACTCAATGCTTGGTATTGTGAGGGAAACTCCATCAGA
ACTTAAACACCCTAACAACATAGGGCCCGAGAAGCCAAAAATTCTCCAAACCTGAACTGA
TTTTTTCTGGGGTATGTTTTCTGATCGAAACCTTGATAGTATGTATGGGATGTCTCGAGA
AGATTTATGTTCTGGTCTCTGGTTTGAATAATGGTGGGTAGAGTACAATAAAGTAGAGTG
AATTTACAGCTTTGGAGAAACTTTTGCTCGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BX71TF U 63
AF RR1BX71JQ C 1
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BS 63 345 RR1BX71TF
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BS 357 752 RR1BX71JQ

RD RR1BX71TF 294 0 0
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GGTCCCTGCAACCATCATCGGAGACAATGTAACCATTGGTCATAGTGCTGTTTTACATGG
ATGTACTGTTGAGGATGAGGCTTTTATCGGGATGGGAGCGACAGTTCTGGATGGTGTCGT
GGTTGAAAAGCATGCCCTGGTTGTTGCTGGTGCGCTTGTGCGACAAAACACTAGGATTCC
TTCCGGAGAGATATGGGGGAGGAAACCCAGCAAAGTTCCTCAG*AAGCTCAAGA

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR1BX71JQ 752 0 0
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TCAGGGACGAATATTCAGGACAACTCCCTTGTGCACGTGGCGAAATCTAACTTGAGCGGG
AAGGTCCCTGCAACCATCATCGGAGACAATGTAACCATTGGTCATAGTGCTGTTTTACAT
GGATGTACTGTTGAGGATGAGGCTTTTATCGGGATGGGAGCGACAGTTCTGGATGGTGTC
GTGGTTGAAAAGCATGCCCTGGTTGTTGCTGGTGCGCTTGTGCGACAAAACACTAGGATT
CCTTCCGGAGAGATATGGGG*AGGAAACCCAGCAAAGTTCCTCAGGAAGCTCAAGAGTAA
GGAAATTGATTTTATCCCAAAGTCAGCTGAAAACTACTCAAACCTCGCGAAGGTTCACGC
TGCAGAGAATGCAAAGCCACTAAATGCGATCGAGTTTGAGAAGGTTCTACGCAAGAGGCA
TGCTGGAAAAGACGAGGAGTATGACTCAATGCTTGGTATTGTGAGGGAAACTCCATCAGA
ACTTAAACACCCTAACAACATAGGGCCCGAGAAGCCAAAAATTCTCCAAACCTGAACTGA
TTTTTTCTGGGGTATGTTTTCTGATCGAAACCTTGATAGTATGTATGGGATGTCTCGAGA
AGATTTATGTTCTGGTCTCTGGTTTGAATAATGGTGGGTAGAGTACAATAAAGTAGAGTG
AATTTACAGCTTTGGAGAAACTTTTGCTCGAC

QA 1 752 1 752
DS 



CO CL1401Contig2 1143 4 8 U
GGACTTCCACCATCTTCCGCCTTCTTTACAGTAGATTCCCTCGCCTGTGGACTCTAGGAA
GGTGACGAAGACCAATGGGAACCCTAGGAAGAGCATTCTACTCCGTCGGATTTTGGATCC
GTGAGACCGGCCAGGCTCTCGATCGCCTCGGATGTCGCCTTCAAGGCAAAAACTGCTTCC
GAGAACAACTATCAAGGCATCGGACGCTGATGAACGTGTTCGATAAGGCTCCGGTTGTGG
ATAAGGAAGCTTTTGTAGCACCAAGCGCCTCAGTCATCGGGAACGTCCAGATCGGAAGAG
GATCTTCTATTTGGTATGGATGCGTACTACGAGGGGATGTGAACACCATTAGTGTTGGAT
CAGGGACGAATATTCAAGACAACTCGCTTGTGCATGTGGCGAAATCTAATTTAAGCGGGA
AGGTGCCTGCAACCATCATCGGAGATAATGTAACCATTGGTCATAGTGCTGTTTTACATG
GATGTACTGTTGAGGATGAGGCTTTTATCGGGATGGGAGCGACAGTTCTGGACGGTGTCG
TGGTTGAGAAGCATGCCCTGGTTGCTGCTGGTGCACTTGTGCGACAAAACACTAGGATTC
CTTCCGGAGAGATATGGGGAGGCAACCCAGCAAAGTTCCTCAGGAAGCTCAAGAGTAAGG
AAATCGATTTTATCCCAAAGTCAGCTGAAAACTACTCAAACCTCGCGAAGGTTCACGCTG
CAGAGAATGCAAAGCCACTAAATGCGATCGAGTTTGAGAAGGTTCTACGCAAGAGGCATG
CTGGAAAAGACGAGGAGTATGACTCAATGCTTGGTATTTTGAGAGAAACTCCACCAGAGC
TTAAGCTCCCTAACAACATAGGGCCCGAGAAGCCAAGCGTCCTTAAAACCTGAACTGATT
TTTTCTGGGGTATGTTTTCTGATCGAAACCTTGATAGTATGTATGAGATGTCTCAAGAAG
ATTATGTTCTGGTCTCTGGTTTGAATAATGGCGGGTAGAGTACAATAGAGTGAATTTACA
GCTTTGGAGAAACTTTTACTCGACTTTTCTTCGTGGTTTCTTAGGAATGAATGGTATTGT
CATAACAAACAATGAATGCTACTACTTTGTTGTTTGAAATTCTGAAACAAACATGAAGAT
TGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1FY54TF U 1
AF RR1E535TF U 27
AF RR1E535JQ C 330
AF RR1FY54JQ C 431
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BS 269 591 RR1FY54TF
BS 592 601 RR1E535TF
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BS 683 1083 RR1E535JQ
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RD RR1FY54TF 591 0 0
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QA 1 591 1 591
DS 

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G
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GAAGAGCATTCTACTCCGTCGGATTTTGGATCCGTGAGACCGGCCAGGCTCTCGATCGCC
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TGATGAACGTGTTCGATAAGGCTCCGGTTGTGGATAAGGAAGCTTTTGTAGCACCAAGCG
CCTCAGTCATCGGGAACGTCCAGATCGGAAGAGGATCTTCTATTTGGTATGGATGCGTAC
TACGAGGGGATGTGAACACCATTAGTGTTGGATCAGGGACGAATATTCAAGACAACTCGC
TTGTGCATGTGGCGAAATCTAATTTAAGCGGGAAGGTGCCTGCAACCATCATCGGAGATA
ATGTAACCATTGGTCATAGTGCTGTTTTACATGGATGTACTGTTGAGGATGAGGCTTTTA
TCGGGATGGGAGCGACAGTTCTGGACGGTGTCGTGGTTGAGAAGCATGCCCTGGTTGCTG
CTGGTGCACTTGTGCGACAAAACACTAGGATTCC

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DS 

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GTGCATGTGGCGAAATCTAATTTAAGCGGGAAGGTGCCTGCAACCATCATCGGAGATAAT
GTAACCATTGGTCATAGTGCTGTTTTACATGGATGTACTGTTGAGGATGAGGCTTTTATC
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GGTGCACTTGTGCGACAAAACACTAGGATTCCTTCCGGAGAGATATGGGGAGGCAACCCA
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AACTACTCAAACCTCGCGAAGGTTCACGCTGCAGAGAATGCAAAGCCACTAAATGCGATC
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CTTGGTATTTTGAGAGAAACTCCACCAGAGCTTAAGCTCCCTAACAACATAGGGCCCGAG
AAGCCAAGCGTCCTTAAAACCTGAACTGATTTTTTCTGGGGTATGTTTTCTGATCGAAAC
CTTGATAGTATGTATGAGATGTCTCAAGAAGATTATGTTCTGGTCTCTGGTTTGAATAAT
GGCGGGTAGAGTACAATAGAGTGAATTTACAGCTTTGGAGAAACTTTTACTCGACTTTTC
TTCGTGGTTTCTTAGGAATGAATGGTATTGTCAT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1FY54JQ 713 0 0
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TATGTTTTCTGATCGAAACCTTGATAGTATGTATGAGATGTCTCAAGAAGATTATGTTCT
GGTCTCTGGTTTGAATAATGGCGGGTAGAGTACAATAGAGTGAATTTTCAGCTTTGGAGA
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AATGAATGCTACTACTTTGTTGTTTGAAATTCTGAAACAAACATGAAGATTGG

QA 1 713 1 713
DS 



AS 2 4

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AAGACTGGGCTCTTCTTTATCTCTCTTCTTGTAGTTTCTTGTTTTGTTTGGTTCTTTTTG
AGGAAATAGTTTCTTAAAAAAGGATCAAGATGGGAAGGGGTAGGGTTCAATTGAAGAGGA
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AAGCCCATGAGATCTCTATTCTGTGTGATGCTGAAGTTGCCCTTGTTGTCTTCTCCCATA
AGGGGAAACTATTTGAATACTCCACTGATTCTTGTATGGAGAAGATACTTGAACGCTATG
AGAGGTACTCTTACGCAGAGAGACAGCTTATTGCACCTGAGTCCAACGTCAATACGAACT
GGTCGATGGAGTATAACAGGCTTAAGGCTAAGATTGAGCTATTGGAGAGAAACCAGAGGC
ACTATCTTGGGGAAGACTTGCAAGCAATGAGCTCTAAGGAGCTCCAGAATCTGGAGCAGC
AGCTTGACACTGCTCTTAAGCACATCCGCTCTAGGAAAAACCAACTTATGTACGACTCCA
TCAATGAGCTCCAAAGAAAGGAGAAGGCCATACAGGAACAAAACAGCATGCTTTCCAAAC
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ATGGCCACAATATGCCCCCTCCTCCTCCCCCGCAGCAGCATCAAATCCAGCAGCCATACA
TGCTCTCTCATCAGCCATCTCCTTTTCTCAACATGGGTGGCCTATATCAAGAAGAAGATC
CAATGACAATGAGGAGGAACGAGCTCGATCTGTCTCTTGAACCTGTTTACAACTGCAATC
TTGGCTGCTTTGCCGCATGAAACAATTCCATATATTTCTACAATCAACAATAATAAAAAT
TAAATTTCTTTGTTTCAGTATGTTGCCAACCGTGTAATATATTTTCAAGGTAAGAGAGGT
CAATCGACCCCTTTTCGAACTTATTATCATTAAATTGCTTCTCCATATAGCTGTTCATTT
AAATAAAGATTTTGATTAGCAAAAACAAAAAAAAATGTATTAACGTACAAGAAAAAAAAA
TTAATTTCATTTCATGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EJ88TF U 1
AF RR1EJ88JQ C 429
BS 1 671 RR1EJ88TF
BS 672 1159 RR1EJ88JQ

RD RR1EJ88TF 671 0 0
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AAGACTGGGCTCTTCTTTATCTCTCTTCTTGTAGTTTCTTGTTTTGTTTGGTTCTTTTTG
AGGAAATAGTTTCTTAAAAAAGGATCAAGATGGGAAGGGGTAGGGTTCAATTGAAGAGGA
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AGGGGAAACTATTTGAATACTCCACTGATTCTTGTATGGAGAAGATACTTGAACGCTATG
AGAGGTACTCTTACGCAGAGAGACAGCTTATTGCACCTGAGTCCAACGTCAATACGAACT
GGTCGATGGAGTATAACAGGCTTAAGGCTAAGATTGAGCTATTGGAGAGAAACCAGAGGC
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AGCTTGACACTGCTCTTAAGCACATCCGCTCTAGGAAAAACCAACTTATGTACGACTCCA
TCAATGAGCTCCAAAGAAAGGAGAAGGCCATACAGGAACAAAACAGCATGCTTTCCAAAC
AGATCAAGGAG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1EJ88JQ 731 0 0
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GAGAGGGAAAAGATTCTTAGGGCACAACAAGAGCAATGGGACCAACAAAACCATGGCCAC
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CATCAGCCATCTCCTTTTCTCAACATGGGTGGCCTATATCAAGAAGAAGATCCAATGACA
ATGAGGAGGAACGAGCTCGATCTGTCTCTTGAACCTGTTTACAACTGCAATCTTGGCTGC
TTTGCCGCATGAAACAATTCCATATATTTCTACAATCAACAATAATAAAAATTAAATTTC
TTTGTTTCAGTATGTTGCCAACCGTGTAATATATTTTCAAGGTAAGAGAGGTCAATCGAC
CCCTTTTCGAACTTATTATCATTAAATTGCTTCTCCATATAGCTGTTCATTTAAATAAAG
ATTTTGATTAGCAAAAACAAAAAAAAATGTATTAACGTACAAGAAAAAAAAATTAATTTC
ATTTCATGTCC

QA 1 731 1 731
DS 



CO CL1402Contig2 748 2 9 U
GGGAGACTCAAACACAAGTCTTATTATAAAGGAAATAAAGAAAACTTTCCTAATTGGATC
ATACCAAAGCCTGGGCTCTTCTTTATCTCTCTTCTCGTAGTTTCTTGTTTTGTTTGGTTC
TTTTAGAAGAAATAGTTTCTTAAAAAAGGGATCAAAATGGGAAGGGGTAGGGTTCAACTG
AAGAGGATAGAGAACAAGATCAATAGACAAGTGACATTCTCCAAAAGAAGAGCTGGTCTT
TTCAAGAAAGCTCATGAGATCTCTGTTCTCTGTGATGCTGAAGTTGCCCTTGTTGTCTTC
TCCCATAAGGGGAAACTCTTTGAATACTCCACTGATTCTTGCATGGAGAAGATACTTGAA
CGCTATGAGAGGTACTCTTACGCCGAGAGACAGCTTATTGCACCTGAGTCAGACGTCAAT
ACGAACTGGTCAATGGAGTATAACAGGCTTAAGGCTAAGATTGAGCTTTTGGAGAGAAAC
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D673TF U 56
AF RR1G475TF U 1
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ATACCAAAGCCTGGGCTCTTCTTTATCTCTCTTCTCGTAGTTTCTTGTTTTGTTTGGTTC
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AAGAGGATAGAGAACAAGATCAATAGACAAGTGACATTCTCCAAAAGAAGAGCTGGTCTT
TTCAAGAAAGCTCGTGAGATCTCTGTTCTCTGTGATGCTGAAGTTGCCCTTGTTGTCTTC
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TAAACCTTTGATGTCTGTGGTTCCCTTT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 3

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CTCCGTATCATGAACTTCTTACAATCTAATACCCCAACACTTCAAGAATACGCTTCTGCA
TCTCTGCTCACTCTCTCCGCCTCCGCTAACAACAAACCCATCATCGGAGCTAACGGAGTA
ATTCCACTACTAGTCAAAGTCATTAAACACGGAAGCCCACAGGCTAAAGCGGACGCAGTC
ATGGCACTCTCCAACCTCTCTACGCTCTCCACTAACCTAACCATGATCCTAGCGACCAAA
CCACTCTCACCGATCCTGAATCTTCTCAAAACAAGTAAAAAATCATCGAAAACATCTGAG
AAATGCTGTTCACTGATAGAGTCCTTGATGCTCTCCGGAGAGGAGGCGAGAAAGGGTTTA
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GCTAAGGAACACGCCGTTGGTGTGCTCTTAACATTGTGCCAAAGCGATAGGAGTAAATAC
AGAGAGCCGATTCTTAGAGAAGGTGTGATACCTGGACTCCTTGAGCTCACGGTTCAAGGG
ACGTCGAAGTCTCGTACCAAAGCTCAGAGACTCCTCTGTTTACTAAGGGACTCGGAAATC
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GACCTCGTTTCTCCATGTCTCTTTGGTTTGATTCTACATCATATATGCCAGTCCAGTGCC
AACGTTTTGGTTCTTTTAGTGACTGGTTACTCAACAGTGTTCATAATAAAAAGCTTTTTG
TAAGTTGAAAAAGTCTTTGGTACATTTCTATAGAAACGTTTTTTTTTTTACTTCTAAAAA
GTTTCAGTGTTGATGCTGATGAGCCACTTGAACTACTTTAAATTTGACTTGCTTGC


BQ
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AF RR1G570TF U 1
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AF RR1BU20TF U 507
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CCTCGCAGGTGAATCCACCAGCCTCGCATCATCCACCGTCGCTTCTTCTTCTTCCTCTTC
CTCCGTATCATGAACTTCTTACAATCTAATACCCCAACACTTCAAGAATACGCTTCTGCA
TCTCTGCTCACTCTCTCCGCCTCCGCTAACAACAAACCCATCATCGGAGCTAACGGAGTA
ATTCCACTACTAGTCAAAGTCATTAAACACGGAAGCCCACAGGCTAAAGCGGATGCAGTC
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DS 

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AA
GCTAAAGCTGACGCAGTCATGGCACTCTCCAACCTCTCTACGCTCTCCACTAACCTAACC
ATGATCCTAGCGACCAAACCACTCTCACCGATCCTGAATCTTCTCAAAACAAGTAAAAAA
TCATCGAAAACATCTGAGAAATGCTGTTCACTGATAGAGTCCTTGATGCTCTCCGGAGAG
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GAAAACGGGTCGCTACAAGCTAAGGAACACGCCGTTGGTGTGCTCTTAACATTGTGCCAA
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GAGCTCACGGTTCAAGGGACGTCGAAGTCTCGTACCAAAGCTCAGAGACTCCTCTGTTTA
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TCGAGCTTAATCTCTCATATAGACGGTGATGATCAGTCTGGTAAGGCGAAGAAGATGTTA
GCTGAGATGGTGCAAGTTAGCATGGAGAAAAGCTTGAGACATCTACAAGAACGTGCTTCC
ACTCTTGTCCGTCCCTAAGACCTCGTTTCTCCATGTCTCTTTGGTTTGATTCTACATCAT
ATATGCCAGTCCAGTGCCAACGTTTTGGTTCTTTTAGTGACTGGTTACTCAACAGTGTTC
ATAATAAAAAGCTTTTTGTAAGTTGAAAAAGTCTTTGGTACATTTCTATAGAAACGTTTT
TTTTT
ACTTCT

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR1BU20TF 630 0 0
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GATACCTGGACTCCTTGAGCTCACGGTTCAAGGGACGTCGAAGTCTCGTACCAAAGCTCA
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AATAGAGAACATAGTGTCGAGCTTAATCTCTCATATAGACGGTGATGATCAGTCTGGTAA
GGCGAAGAAGATGTTAGCTGAGATGGTGCAAGTTAGCATGGAGAAAAGCTTGAGACATCT
ACAAGAACGTGCTTCCACTCTTGTCCGTCCCTAAGACCTCGTTTCTCCATGTCTCTTTGG
TTTGATTCTACATCATATATGCCAGTCCAGTGCCAACGTTTTGGTTCTTTTAGTGACTGG
TTACTCAACAGTGTTCATAATAAAAAGCTTTTTGTAAGTTGAAAAAGTCTTTGGTACATT
TCTATAGAAACGTTTTTTTTTTTACTTCTAAAAAGTTTCAGTGTTGATGCTGATGAGCCA
CTTGAACTACTTTAAATTTGACTTGCTTGC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 5

CO CL1404Contig1 1040 5 14 U
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CACACAATGCAGATTCACAAACTCTGTTTTCTTGCTCTGTTCTTAGCACAAGCAGCTTTC
GCCGTTAAGTTCAACTTCAAAACCTTCGATGGAGACAACTTGATGTTCCTCGGAGACGCA
GAGCTTGGTCCTGCCTCCGACGGTATAAACCGATCTGGAGCCTGGTCCATGACCCGTGAC
GAGAACCCATTCTCTTACGGCAAAGGTCTCTACATCAACCCCATCCCTTTCAAGCCTTTA
AACGACTCTGCCCCTTACTCATTCGAAACCTCTTTCACTTTCTCCATCACTCCTCGCACC
AAACCAAACTCCGGCCAAGGCCTCGCCTTCATCGTCGTCCCGACCGCCGACAACTCCGGC
GCTTCAGGCGGTGGATTCCTCGGAATACTCAACAAAACCAACAACGGGAATGCGGAGAAC
CACCTCTTCGCCGTCGAGTTCGACACTTTCCAGAACAAAGAGTTCCAAGACATTAGTGGC
AACCACGTCGGGCTCAACATCAACTCCATGACTTCGAACGTCGCGGAGACAGCTGGTTAC
TGGGTTCAGACAAGAGTCGGGAAGAGGAAAGTTTGGTCCTTTATAGATGTGAACCTGAGT
AGTGGAGAGAGGTTCACGGCTTGGGTTGAGTTCAGAAACAGAGACAATAGGATTACTATT
ACCCTCGCGCCTGAGAACATGAAGAAGCCTAAGAGACCTTTGATCCAAGGTCCGAGAGAG
CTCAATGATGTTGTTCTTCAAAACAGTTACGTCGGTTTTGCTGGTTCTATGGGACGTGCC
GCTGAGCGTCACGACATCTGGAGCTGGTCTTTCGAAAACGCCGCCAAAAACAACTAAACC
GGTTTTGGCCATGAATAATTAAGGGTTTACAACTTTAAAATAAAAAAGCCAAATCTATGG
CTTACTCTGTATTATATTTTTTTTCATGTTACTTGTACGTACTCCAAGATTATGAATAAA
ATAAACTTTCTTTTTGAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H729TF U 9
AF RR1BH39TF U 1
AF RR1EO31TF U 40
AF RR1BH39JQ C 218
AF RR1EO31JQ C 334
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RD RR1H729TF 550 0 0
GGATC
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TTCACAAACTCTGTTTTCTTGCTCTGTTCTTAGCTCAAGCAGCTTTTGCCGTTAAGTTCA
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CTTACTCATTCGAGACCTCTTTCACTTTCTCCATCACTCCTCGCATCAAACCAAACTCCG
GCCAAGGCCTCGCCTTCATCGTCGTCCCGACCGCCGACAACTCCGGCGCTTCAGGCGGTG
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GCAAC

QA 6 550 6 550
DS 

RD RR1BH39TF 702 0 0
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GAGCTTGGTCCTGCCTCCGACGGTATAAACCGATCTGGAGCCTGGTCCATGACCCGTGAC
GAGAACCCATTCTCTTACGGCAAAGGTCTCTACATCAACCCCATCCCTTTCAAGCCTTTA
AACGACTCTGCCCCTTACTCATTCGAAACCTCTTTCACTTTCTCCATCACTCCTCGCACC
AAACCAAACTCCGGCCAAGGCCTCGCCTTCATCGTCGTCCCGACCGCCGACAACTCCGGC
GCTTCAGGCGGTGGATTCCTCGGAATACTCAACAAAACCAACAACGGGAATGCGGAGAAC
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AACCACGTCGGGCTCAACATCAACTCCATGACTTCGAACGTCGCGGAGACAGCTGGTTAC
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AGTGGAGAGAGGTTCACGGCTTGGGTTGAGTTCAGAAACAGA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1EO31TF 804 0 0
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CACACACAATGCAGATTCACAAACTCTGTTTTCTTGCTCTGTTCTTAGCACAAGCAGCTT
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CAGAGCTTGGTCCTGCCTCCGACGGTATAAACCGATCTGGAGCCTGGTCCATGACCCGTG
ACGAGAACCCATTCTCTTACGGCAAAGGTCTCTACATCAACCCCATCCCTTTCAAGCCTT
CAAACGACTCTGCCCCCTGCTCATTCGAAACCTCTTTCACTTTCTCCATCACTCCTCGCA
CCAAACCAAACTCCGGCCAAGGCCTCGCCTTCATCGTCGTCCCGACCGCCGACAACTCCG
GCGCTTCAGGCGGTGGATTCCTCGGAATACTCAACAAAACCAACAACGGGAATGCGGAGA
ACCACCTCTTCGCCGTCGAGTTCGACACTTTCCAGAACAAAGAGTTCCAAGACATTAGTG
GCAACCACGTCGGGCTCAACATCAACTCCATGACTTCGAACGTCGCGGAGACAGCTGGTT
ACTGGGTTCAGACAAGAGTCGGGAAGAGGAAAGTTTGGTCCTTTATAGATGTGAACCTGA
GTAGTGGAGAGAGGTTCACGGCTTGGGTTGAGTTCAGAAACAGAGACAATAGGATTACTA
TTACCCTCGCGCCTGAGA*CATGAAGAAGCCTAAGAGACCTTTGATCCAAG*TCCGAGAG
AGCTCAATGATGTTGTTCTTCAAAACAGTTACGTCGGTTT*GCTG*TTCTATGGGACGTG
CCGCT

QA 20 804 20 804
DS 

RD RR1BH39JQ 819 0 0
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ACCCCATCCCTTTCAAGCCTTTAAACGACTCTGCCCCTTACTCATTCGAAACCTCTTTCA
CTTTCTCCATCACTCCTCGCACCAAACCAAACTCCGGCCAAGGCCTCGCCTTCATCGTCG
TCCCGACCGCCGACAACTCCGGCGCTTCAGGCGGTGGATTCCTCGGAATACTCAACAAAA
CCAACAACGGGAATGCGGAGAACCACCTCTTCGCCGTCGAGTTCGACACTTTCCAGAACA
AAGAGTTCCAAGACATTAGTGGCAACCACGTCGGGCTCAACATCAACTCCATGACTTCGA
ACGTCGCGGAGACAGCTGGTTACTGGGTTCAGACAAGAGTCGGGAAGAGGAAAGTTTGGT
CCTTTATAGATGTGAACCTGAGTAGTGGAGAGAGGTTCACGGCTTGGGTTGAGTTCAGAA
ACAGAGACAATAGGATTACTATTACCCTCGCGCCTGAGAACATGAAGAAGCCTAAGAGAC
CTTTGATCCAAGGTCCGAGAGAGCTCAATGATGTTGTTCTTCAAAACAGTTACGTCGGTT
TTGCTGGTTCTATGGGACGTGCCGCTGAGCGTCACGACATCTGGAGCTGGTCTTTCGAAA
ACGCCGCCAAAAACAACTAAACCGGTTTTGGCCATGAATAATTAAGGGTTTACAACTTTA
AAATAAAAAAGCCAAATCTATGGCTTACTCTGTATTATATTTTTTTTCATGTTACTTGTA
CGTACTCCAAGATTATGAATAAAATAAACTTTCTTTT
TG

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1EO31JQ 707 0 0
TTCACTTTCTCCATCACTCCTCGCACCAAACCAAACTCCGGCCAAGGCCTCGCCTTCATC
GTCGTCCCGACCGCCGACAACTCCGGCGCTTCAGGCGGTGGATTCCTCGGAATACTCAAC
AAAACCAACAACGGGAATGCGGAGAACCACCTCTTCGCCGTCGAGTTCGACACTTTCCAG
AACAAAGAGTTCCAAGACATTAGTGGCAACCACGTCGGGCTCAACATCAACTCCATGACT
TCGAACGTCGCGGAGACAGCTGGTTACTGGGTTCAGACAAGAGTCGGGAAGAGGAAAGTT
TGGTCCTTTATAGATGTGAACCTGAGTAGTGGAGAGAGGTTCACGGCTTGGGTTGAGTTC
AGAAACAGAGACAATAGGATTACTATTACCCTCGCGCCTGAGAACATGAAGAAGCCTAAG
AGACCTTTGATCCAAGGTCCGAGAGAGCTCAATGATGTTGTTCTTCAAAACAGTTACGTC
GGTTTTGCTGGTTCTATGGGACGTGCCGCTGAGCGTCACGACATCTGGAGCTGGTCTTTC
GAAAACGCCGCCAAAAACAACTAAACCGGTTTTGGCCATGAATAATTAAGGGTTTACAAC
TTTAAAATAAAAAAGCCAAATCTATGGCTTACTCTGTATTGTATTTTTTT*CATGTTACT
TGTACGTACTCCAAGATTATGAATAAAATAAACTTTCTTTTTGAACT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 2 6

CO CL1405Contig1 1193 2 4 U
GGAAACCTCAATAAAACATCCATATCTTTAAACAACATCCAGACCAGAGAGACTGAGAGG
AAGCTCTTATCTTCTTCTCCTCCAATGTCGAGAGGACTAGGTCGGTTGATACAGAACGTG
ACACAGTTCGCTGATGCTCAGTTCAAGCAGTTCTCGACTCGCCATGGACAAAAAGTCATA
GACATCCTCGACTTCCCAATCAAACTCGTCTTGTCTCCTTTCACTCTCGCCTTCGACATC
GCCGGCTCCGCTCCTCGCGGCTTTGGCATCCCCGAACTCATCTCCAAGATATCCTATCTC
TCTGTTTTCGCGGTTGCTACGCTTGGGACTTATGACATTGCCTTGGACTTGGGGAAGAAA
GTCATCTGCCAAAGGGATTGCAAAACATGTAACGGGTGGCAGGCGTTACGGTGCACCATG
TGCAAAGGAACAGGGAGTGTTCACTACCAGATCAAAGATTATAACTTGAGAAGTGGAGAG
AAGCCAACAGCAGAATGTGTAGCAGATGCCATAGTTGACAATCGCGCTGAGTTGGTTCAT
CTCCCTTCCTCCATCAACCTTACTGCACCCTTGCCAACGAAAGACTGTCCAACTTGTGAT
GGAACAGGTGTGATGAGCTGTACTGAGTGCAAGAATAAGCTGCAAGTCAGGATCTCAGCT
GATGATATCATGGAACCTCCATGGAAAGCATACAATGTCCTGCGGAAGATGGATTATCCC
TACGAGCATATTGTTCACAGCATGAAAGATCCAAGCATCGCAAATTTCTGGTTGATCACT
TTGCCTCAGATTGTGGGTGGGTTTGATTATGATGAAGATATCAAGAAGAAAATATGGTTG
CAATACGAGGAATCAATGCGCTATGATCAACTTAGGGACTTGGTGGCTAAGAGAAACCCT
GGCTGGGAATATTTGCAGGATGCCTTGTTCTCCATTGATCCTGTCCGTGCTCAGGAAGAC
CCCGTCATTGTGAAAAATGTACCTTTTTACAAGGCTAAGAAAGCTCTGGAGGCTGAAGTC
ACAAAGCTCAATCCGCCTCCTCGTCCTCAGCACTGGGGTGAACTGAATCTCCCACTGAAT
ACTTCCTCTTGGAGTGAAGAGGATCTCAAAACCCAGCAAGCTGTACGAGAGACAGTTCTT
CTCATGCGCAAAGGGAATCGCTGACAGATCTTGGATGCACATGGGAGCTAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AM24TF U 1
AF RR1FC20TF U 426
BS 1 604 RR1AM24TF
BS 605 605 RR1FC20TF
BS 606 742 RR1AM24TF
BS 743 1193 RR1FC20TF

RD RR1AM24TF 742 0 0
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AAGCTCTTATCTTCTTCTCCTCCAATGTCGAGAGGACTAGGTCGGTTGATACAGAACGTG
ACACAGTTCGCTGATGCTCAGTTCAAGCAGTTCTCGACTCGCCATGGACAAAAAGTCATA
GACATCCTCGACTTCCCAATCAAACTCGTCTTGTCTCCTTTCACTCTCGCCTTCGACATC
GCCGGCTCCGCTCCTCGCGGCTTTGGCATCCCCGAACTCATCTCCAAGATATCCTATCTC
TCTGTTTTCGCGGTTGCTACGCTTGGGACTTATGACATTGCCTTGGACTTGGGGAAGAAA
GTCATCTGCCAAAGGGATTGCAAAACATGTAACGGGTGGCAGGCGTTACGGTGCACCATG
TGCAAAGGAACAGGGAGTGTTCACTACCAGATCAAAGATTATAACTTGAGAAGTGGAGAG
AAGCCAACAGCAGAATGTGTAGCAGATGCCATAGTTGACAATCGCGCTGAGTTGGTTCAT
CTCCCTTCCTCCATCAACCTTACTGCACCCTTGCCAACGAAAGACTGTCCAACTTGTGAT
GGAATAGGTGTGATGAGCTGTACTGAGTGCAAGAATAAGCTGCAAGTCAGGATCTCAGCT
GATGATATCATGGAACCTCCATGGAAAGCATACAATGTCCTGCGGAAGATGGATTATCCC
TACGAGCATATTGTTCACAGCA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1FC20TF 768 0 0
G
GGAACAGGGAGTGTTCACTACCAGATCAAAGATTATAACTTGAGAAGTGGAGAGAAGCCA
ACAGCAGAATGTGTAGCAGATGCCATAGTTGACAATCGCGCTGAGTTGGTTCATCTCCCT
TCCTCCATCAACCTTACTGCACCCTTGCCAACGAAAGACTGTCCAACTTGTGATGGAACA
GGTGTGATGAGCTGTACTGAGTGCAAGAATAAGCTGCAAGTCAGGATCTCAGCTGATGAT
ATCATGGAACCTCCATGGAAAGCATACAATGTCCTGCGGAAGATGGATTATCCCTACGAG
CATATTGTTCACAGCATGAAAGATCCAAGCATCGCAAATTTCTGGTTGATCACTTTGCCT
CAGATTGTGGGTGGGTTTGATTATGATGAAGATATCAAGAAGAAAATATGGTTGCAATAC
GAGGAATCAATGCGCTATGATCAACTTAGGGACTTGGTGGCTAAGAGAAACCCTGGCTGG
GAATATTTGCAGGATGCCTTGTTCTCCATTGATCCTGTCCGTGCTCAGGAAGACCCCGTC
ATTGTGAAAAATGTACCTTTTTACAAGGCTAAGAAAGCTCTGGAGGCTGAAGTCACAAAG
CTCAATCCGCCTCCTCGTCCTCAGCACTGGGGTGAACTGAATCTCCCACTGAATACTTCC
TCTTGGAGTGAAGAGGATCTCAAAACCCAGCAAGCTGTACGAGAGACAGTTCTTCTCATG
CGCAAAGGGAATCGCTGACAGATCTTGGATGCACATGGGAGCTAATG

QA 2 768 2 768
DS 



CO CL1405Contig2 769 4 2 U
GGGAGGCAGAACAACGTGACAAGGTAAAAAGAACAGTGGTACACGTGGAATACGCGATGA
ATCGGTCATATAAAGATGTCCTCAACAACAAATATTTTTAATATAAAGATTGACTGACTC
AAGTCACAAGTGTAATAGACTCCCC*AAGTAATTGTGAAAACATATTTTCATAAATGAAG
CACAAACTCGATTCAAAAATCCATTTATCTCTAGCTCTGTTTCGATGAACCGGGACGGTT
AAAAGAACCACCACTTCCTTTGCCGGTTCCCCTTTGGATTAGTCTTCTGAGACTTTAACA
AGATGGGCTGGGGAAGAACAGACATGCTTGAGTCTTGGACGAACGGTCTCACTTTCTCCT
CCAGCATTTCCTCTACCTTCTCTTGACGCCACTTAGCTTCCCATTGTGCATCCAAGATCT
TGTCAGCGATTTCCCTTTGCGCATTGAGAAGAACTGTCTTCTCGTACAGCTTTGCTGGGT
TTTTGGGATCCTCTTCACTCCAAGAGGAAGTATTCAGTGGGAGATTCAGTTCACCCCAGT
GCTGAGGACGAGGAGGCGGATTGGGCTTTGTGACTTCAGCCTCCAGAGCTTTCTTAGCCT
TGTAAAAAGGTACATTTTTCACAATGACGGGGTCTTCCTGAGCACGGACAGGATCAATGG
AGAACGAGGCATCCTGCAAATATTCCCAGCCAGGGTTTCTCTTAGCCACCAAGTCCCTAA
GTTGATCATAGCGCATTGATTCCTCGTATTGCAACCATATTTTCTTCTT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1FC20JQ U 4
AF RR1EZ42JQ U 1
AF RR1EZ42TF C 1
AF RR1AM24JQ U 41
BS 1 749 RR1EZ42JQ
BS 750 769 RR1AM24JQ

RD RR1FC20JQ 569 0 0
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GGTCATATAAAGATGTCCTCAACAACAAATATTTTTAATATAAAGATTGACTGACTCAAG
TCACAAGTGTAATAGACTCCCC*AAGTAATTGTGAAAACATATTTTCATAAATGAAGCAC
AAACTCGATTCAAAAATCCATTTATCTCTAGCTCTGTTTCGATGAACCGGGACGGTTAAA
AGAACCACCACTTCCTTTGCCGGTTCCCCTTTGGATTAGTCTTCTGAGACTTTAACAAGA
TGGGCTGGGGAAAAACAGACATGCTTGAGTCTTGGACGAACGGTCTCACTTTCTCCTCCA
GCATTTCCTCTACCTTCTCTTGACGCCATTTAGCTTCCCATTGTGCATCCAAGATCTTGT
CAGCGATTTCCCTTTGCGCATTGAAAAAAACTGTCTTCTCGTACAGCTTTGCTGGGTTTT
TGAGATCCTCTTCACTCCAAGAGGAAGTATTCAGTGGGAGATTCAGTTCACCCCAGTGCT
GAGGACGAGGAGGCGGATTGAGCTTTGTG

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1EZ42JQ 750 0 0
GGGAGGCAGAACAACGTGACAAGGTAAAAAGAACAGTGGTACACGTGGAATACGCGATGA
ATCGGTCATATAAAGATGTCCTCAACAACAAATATTTTTAATATAAAGATTGACTGACTC
AAGTCACAAGTGTAATAGACTCCCC*AAGTAATTGTGAAAACATATTTTCATAAATGAAG
CACAAACTCGATTCAAAAATCCATTTATCTCTAGCTCTGTTTCGATGAACCGGGACGGTT
AAAAGAACCACCACTTCCTTTGCCGGTTCCCCTTTGGATTAGTCTTCTGAGACTTTAACA
AGATGGGCTGGGGAAGAACAGACATGCTTGAGTCTTGGACGAACGGTCTCACTTTCTCCT
CCAGCATTTCCTCTACCTTCTCTTGACGCCACTTAGCTTCCCATTGTGCATCCAAGATCT
TGTCAGCGATTTCCCTTTGCGCATTGAGAAGAACTGTCTTCTCGTACAGCTTTGCTGGGT
TTTTGGGATCCTCTTCACTCCAAGAGGAAGTATTCAGTGGGAGATTCAGTTCACCCCAGT
GCTGAGGACGAGGAGGCGGATTGGGCTTTGTGACTTCAGCCTCCAGAGCTTTCTTAGCCT
TGTAAAAAGGTACATTTTTCACAATGACGGGGTCTTCCTGAGCACGGACAGGATCAATGG
AGAACGAGGCATCCTGCAAATATTCCCAGCCAGGGTTTCTCTTAGCCACCAAGTCCCTAA
GTTGATCATAGCGCATTGATTCCTCGTAT
C

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1EZ42TF 750 0 0
GGG
AGGCAGAACAACGTGACAAGGTAAAA*GAACAGTGGTACACGTGGAATACGCGATGAATC
GGTCATATAAAGATGTCCTCAACAACAAATATTTTTAATATAAAGATTGACTGACTCAAG
TCACAAGTGTAATAGACTCCCCCAAGTAATTGTGAAAACATATTTTCATAAATGAAGCAC
AAACTCGATTCAAAAATCCATTTATCTCTAGCTCTGTTTCGATGAACCGGGACGGTTAAA
AGAACCACCACTTCCTTTGCCGGTTCCCCTTTGGATTAGTCTTCTGAGACTTTAACAAGA
TGGGCTGGGGAAGAACAGACATGCTTGAGTCTTGGACGAACGGTCTCACTTTCTCCTCCA
GCATTTCCTCTACCTTCTCTTGACGCCACTTAGCTTCCCATTGTGCATCCAAGATCTTGT
CAGCGATTTCCCTTTGCGCATTGAGAAGAACTGTCTTCTCGTACAGCTTTGCTGGGTTTT
TGGGATCCTCTTCACTCCAAGAGGAAGTATTCAGTGGGAGATTCAGTTCACCCCAGTGCT
GAGGACGAGGAGGCGGATTGGGCTTTGTGACTTCAGCCTCCAGAGCTTTCTTAGCCTTGT
AAAAAGGTACATTTTTCACAATGACGGGGTCTTCCTGAGCACGGACAGGATCAATGGAGA
ACGAGGCATCCTGCAAATATTCCCAGCCAGGGTTTCTCTTAGCCACCAAGTCCCTAAGTT
GATCATAGCGCATTGATTCCTCGTAT
C

QA 4 749 4 749
DS 

RD RR1AM24JQ 729 0 0
G
CACGTGGAATACGCGATGAATCGGTCATATAAAGATGTCCTCAACAACAAATATTTTTAA
TATAAAGATTGATTGACTCAAGTCACAAGTGTAATAGACTCCCC*AAGTAATTGTGAAAA
CATATTTTCATAAATGAAGCACAAACTCGATTCAAAAATCCATTTATCTCTAGCTCTGTT
TCGATGAACCGGGACGGTTAAAAGAACCACCACTTCCTTTGCCGGTTCCCCTTTGGATTA
GTCTTCTGAAACTTTAACAAGATGGGCTGGGGAAGAACAGACATGCTTGAGTCTTGGACG
AACGGTCTCACTTTCTCCTCCAGCATTTCCTCTACCTTCTCTTGACGCCATTTAGCTTCC
CATTGTGCATCCAAGATCTTGTCAGCGATTTCCCTTTGCGCATTGAGAAGAACTGTCTTC
TCGTACAGCTTTGCTGGGTTTTTGAGATCCTCTTCACTCCAAGAGGAAGTATTCAGTGGG
AGATTCAGTTCACCCCAGTGCTGAGGACGAGGAGGCGGATTGAGCTTTGTGACTTCAGCC
TCCAGAGCTTTCTTAGCCTTGTAAAAAGGTACATTTTTCACAATGACGGGGTCTTCCTGA
GCACGGACAGGATCAATGGAGAACAAGGCATCCTGCAAATATTCCCAGCCAGGGTTTCTC
TTAGCCACCAAGTCCCTAAGTTGATCATAGCGCATTGATTCCTCGTATTGCAACCATATT
TTCTTCTT

QA 2 729 2 729
DS 



AS 1 3

CO CL1406Contig1 1178 3 12 U
GGATTCACAGTGCCCTGTAGAAAATATGTCTTCAGCTTATTGTCCCTCCCTCCCCGTGGC
GGTTTCCGTCGCATCCACCGTTTCCTCCTCCCCTACCTCTAACTCGTTATTCTCCTCCCA
CTCAAACTCCAAACTCTTCTATCGCATCACACCAAAACCCTTCAAACTCGTCGCCAAATG
CCCTACTCCTCTGTTCCTCCATCCAAACACACGTCGCCACCGCCTCCTCTGCGCCGCCGA
AGACGAAATCCCGCCGTCATCCGAAGAAGAAGACTACGAAGAAGAAAACGAAGAAGGAGA
AGAAGGGGAAGAAGACGCAGATGGGACACAGACTACTACGCAAGCGAGCGTTGAGGAAGG
GAGGCTGTACGTTGGGAACTTGCCTTACACAATCACTTCTTCTGAGCTCTCTCAACTCTT
TGGAGAAGCTGGTAACGTCGTCGATGTTCAGATTGTGTACGATAAAGTCACTGACAGAAG
CAGAGGGTTTGGGTTCGTGACCATGGGAACCATTGAAGAAGCTAAGGAAGCGATTCAGAT
GTTCAACAGCTCCCAAATCGGTGGTCGGACGGTGAAAGTGAACTTTCCGGAGGTGCCTAG
AGGCGGAGAGAGAGAAGTGATGAGGACTAAGATTCGTGATAGTAACGGGAGTTATGTTGA
CAGTCCTCACAAGATCTATGCGGGAAACCTTGGTTGGAATCTAACCTCGCAAGGTCTTAA
AGATGCGTTTGGGGATCAGACTGGTGTGCTTGGTGCTAAGGTTATTTACGAAAGGAACAG
TGGGAGGTCTAGGGGGTTTGGTTTCGTGTCTTTTGAGTCGGAAGAAGATCTTCAGTTTGC
TCTGAGTGCTATGAATGGTGTGGAAGTTGAAGGACGAGCTCTGAGGCTAAACTTGGCTTC
GGAGATAGCCGCGGAGCCTCCTCCTTCTGTAAGAGAAGGAGAGACTGAAGAGGGAAGTCT
AGAGAGCAGCGAGGTGCTTTCGAACATTAGCACATGAAGCAGCAGAAGCACAATAGATTC
CAGACATGTAACCGGGAGGGCTAGAATATGAAAATGTTACTGTCTTTTTATGACTATGTT
GTTGTATTCTACTTGCGGCTAAAGATTAAGATAATATATGAGAATAACAGGAGATTGGCT
GTAATCTTATTAAGAAATGTTCGTTCCACTTGTGGTGT


BQ
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AF RR1D265TF U 5
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TCTATCGCATCACACCAAAACCCTTCAAACTCGTCGCCAAATGCCCTACTCCTCTGTTCC
TCCATCCAAACACACGTCGCCACCGCCTCCTCTGCGCCGCCGAAGACGAAATCCCGCCGT
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TGACCATGGGAACCATTGAAGAAGCTAAGGAAGCGATTCAGATGTTCAACAGCTCCCAAA
TCGGTGGTCGGACGGTGAAAGTGAACTTTCCGGAGGTGCCTAGAGGCGGAGAGAGAGAAG
TGATGAGGACTAAGATTCGTGATAGTAACGGGAGTTATGTTGACAGTCCTCACAAGATCT
ATGCGGGAAACCTTGGTTGGAATCTAACCTCGCAAG
GTCTTA

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DS 

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GGTTTCCGTCGCATCCACCGTTTCCTCCTCCCCTACCTCTAACTCGTTATTCTCCTCCCA
CTCAAACTCCAAACTCTTCTATCGCATCACGCCAAAACCCTTCAAACTCGTCGCCAAATG
CCCTACTCCTCTGTTCCTCCATCCAAACACACGTCGCCACCGCCTCCTCTGCGCCGCCGA
AGACGAAATCCCGCCGTCATCCGAAGAAGAAGACTACGAAGAAGAAAACGAAGAAGGAGA
AGAAGTGGAAGAAGACGCAGATGGGACACAGACTACTACGCAAGCGAGCGTTGAGGAAGG
GAGGCTGTACGTTGGGAACTTGCCTTACACAATCACTTCTTCTGAGCTCTCTCAACTCTT
TGGAGAAGCTGGTAACGTCGTCGATGTTCAGATTGTGTACGATAAAGTCACTGACAGAAG
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AGATGCGTT

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DS 

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ACCATGGGAACCATTGAAGAAGCTAAGGAAGCGATTCAGATGTTCAACAGCTCCCAAATC
GGTGGTCGGACGGTGAAAGTGAACTTTCCGGAGGTGCCTAGAGGCGGAGAGAGAGAAGTG
ATGAGGACTAAGATTCGTGATAGTAACGGGAGTTATGTTGACAGTCCTCACAAGATCTAT
GCGGGAAACCTTGGTTGGAATCTAACCTCGCAAGGTTTTAAAGATGCGTTTGGGGATCAG
ACTGGTGTGCTTGGTGCTAAGGTTATTTACGAAAGGAACAGTGGGAGGTCTAGGGGGTTT
GGTTTCGTGTCTTTTGAGTCGGAAGAAGATCTTCAGTTTGCTCTGAGTGCTATGAATGGT
GTGGAAGTTGAAGGACGAGCTCTGAGGCTAAACTTGGCTTCGGAGATAGCCGCGGAGCCT
CCTCCTTCTGTAAGAGAAGGAGAGACTGAAGAGGGAAGTCTAGAGAGCAGCGAGGTGCTT
TCGAACATTAGCACATGAAGCAGCAGAAGCACAATAGATTCCAGACATGTAACCGGGAGG
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TAAAGATTAAGATAATATATGAGAATAACAGGAGATTGGCTGTAATCTTATTAAGAAATG
TTCGTTCCACTTGTGGTGT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 2 5

CO CL1407Contig1 854 2 5 U
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AAGTCAAGGTTTACATTATTGAAAGTCTCATAAAAAAAACATGCTTATAATTAGATAAAA
GGAGAAATAAACATGATGAAAAATCCCTGAAACATGGTATTAAATAAGTTTAGAAGTGAT
AAAAGGGAACCTAACCTCGGGAGATATAGATTCAACTTTAGCCGCTGGAGTTAACAGAGT
TCCAGAGCTGGACCCACTTGACCATAGCATCAGCAGCTTGAGTGAAGGCAGGGTCATCTG
AACCCAACTGCTCTTTCACCGCTTTAGCAAGCTCAACCACACAATCTTCAACCTTAACCG
CAGTCTCAGGCAACTTCAAAGACTCGAAAAACGGAACACTCTTCTCCATCAGCTTCATCC
CTTCCCATTTCTTCCTCAAACTCTCCACAGCATCTCCCCTCTCGTTCCTCCACACATAAG
GCAGACCAGTTTTCACACCGTAACCCAAATGGTCAGAGATGTGTTTCAGACACATCCCAC
ACCAAACATCTTCAAGCGTTTCCCATCTCACTTTCCCTTCACCAGCAATTCTAAGCGCAG
GCACCAAAGCTGGTCCCACCAACTCACGGTTAAAAGCGATGTTGATCCCGCTTATCGGCA
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TCTTGAGAGCTTGCGTCGGAGCGTCAAGATCAGCCAAGTTAAGCCAAAGTCCACAGAAGC
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CAGTAAGATCGTAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX73JQ U 35
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DS 

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TCTTGAGAGCTTGCGTCGGAGCGTCAAGATCAGCCAAGTTAAGCCAAAGTCCACAGAAGC
AGCACAAGGGACGCCACTTCTAAGCTGAACGGGTACCCACGAACAAAATCAGCTCCCTCG
CAGTAAGATCGTAA

QA 1 854 1 854
DS 



CO CL1407Contig2 1278 3 9 U
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CTCCGGTTTCCATCTCATCATCGTCAAAGACCCTGAGCTCAAGGACGACCTCAACGTACC
CGAAGGCTTTGATGTGGACGTCTACTCCAAGCCCGACATTGAGAAATTCGTCGGCGCTGC
CAATGCCGCCATCCTCTCTGGCTATTCCTGCAGATATTTCGGTTACCTCGTGTCCAAAAA
GAAGTACATTGTCTCCATCGATGATGACTGTGTCCCTGCTAAGGATCCCAAGGGAGTTCT
AGTGGATGCTGTTTCTCAGCACGTGACCAACCTCGAGAACCCTGCCACGCCTCTCTTCTT
CAATACCCTTTACGATCCTTACTGCGAGGGAGCTGATTTTGTGCGTGGGTACCCGTTCAG
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CATGACCGTTCCCCTCAAGGCTATGTTGCCGATAAGCGGGATCAACATCGCTTTTAACCG
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ATGGGAAACGCTTGAAGCTGATGGAGAAGAGTGTTCCGTTTTTCGAGTCTTTGAAGTTGC
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AGCTCTGGAACTCTGTTAACTCCAGCGGCTAAAGTTGAATCTATATCTCCCGAGGTTAGG
TTCCCTTTTATCACTTCTAAACTTACTTAATACCATGTTTCAGGGATTTTTCATCATGTT
TATTTCTCCTTTTATCTAATTATAAGCATGTTTTTTTTTATGAGACTTTCAATAATGTAA
ACCTTGACTTATGAAGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX73TF U 1
AF RR1FH20TF U 296
AF RR1FH20JQ C 689
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BS 625 977 RR1FH20TF
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RD RR1FX73TF 624 0 0
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ATTCGCTTTTTCTCTTCGATCTATAAATATAACTTGTGGGTTGGGTATTGCTTTGTTTTG
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CGAAGGCTTTGATGTGGACGTCTACTCCAAGCCCGACATTGAGAAATTCGTCGGCGCTGC
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AGTGGATGCTGTTTCTCAGCACGTGACCAACCTCGAGAACCCTGCCACGCCTCTCTTCTT
CAATACCCTTTACGATCCTTACTG

QA 1 624 1 624
DS 

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GCTGCCAATGCCGCCATCTTCTCTGGCTATTCCTGCAGATATTTCGGTTACCTCGTGTCC
AAAAAGAAGTACATTGTCTCCATCGATGATGACTGTGTCCCTGCTAAGGATCCCAAGGGA
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TTCTTCAATACCCTTTACGATCCTTACTGCGAGGGAGCTGATTTTGTGCGTGGGTACCCG
TTCAGCCTTAGAAGTGGCGTCCCTTGTGCTGCTTCCTGTGGACTTTGGCTTAACTTGGCT
GATCTTGACGCTCCGACGCAAGCTCTCAAGACAGAGCAGAGGAACACTTCCTATGTTGAT
GCGGTCATGACCGTTCCCCTCAAGGCTATGTTGCCGATAAGCGGGATCAACATCGCTTTT
AACCGTGAGTTGGTGGGACCAGCTTTGGTGCCTGCGCTTAGAATTGCTGGTGAAGGGAAA
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AGAGCAGTTGGGTTCAGATGACCCTGCCT*CACTCAAGCTGC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1FH20JQ 590 0 0
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GAGCAGAGGAACACTTCCTATGTTGATGCGGTCATGACCGTTCCCCTCAAGGCTATGTTG
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GCGCTTAGAATTGCTGGTGAAGGGAAAGTGAGATGGGAAACGCTTGAAGCTGATGGAGAA
GAGTGTTCCGTTTTTCGAGTCTTTGAAGTTGCCTGAGACTGCGGTTAAGGTTGAAGATTG
TGTGGTTGAGCTTGCTAAAGCGGTGAAAGAGCAGTTGGGTTCAGATGACCCTGCCTTCAC
TCAAGCTGCTGACGCTATGGTCAAGTGGGTCCAGCTCTGGAACTCTGTTAACTCCAGCGG
CTAAAGTTGAATCTATATCTCCCGAGGTTAGGTTCCCTTTTATCACTTCTAAACTTACTT
AATACCATGTTTCAGGGATTTTTCATCATGTTTATTTCTCCTTTTATCTAATTATAAGCA
TGTTTTTTTTTATGAGACTTTCAATAATGTAAACCTTGACTTATGAAGCC

QA 1 590 1 590
DS 



AS 2 6

CO CL1408Contig1 744 4 2 U
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ATAGAGAAGATGCGGGGTTAAACCTAGAGAGTGATGCTGATGAACAGCTACTAATCTATA
TTCCTTTTAACCAAGTTGTCAAACTGCATTCTTTTGCTATCAAAGGCCCTGAAGAGGATG
GTCCTAAAACTGTCAAGTTTTTCTCAAACAAAGAGCACATGTGCTTCAGCAATGTCAATG
ATTTTCCTCCAAGTGACACCGCTGAACTAACTGAAGAAAACCTTAAGGGAAAACCGGTGG
TCCTTAAATATGTTAAGTTTCAGAATGTTCGTAGCTTGACGATCTTCATTGAAGACAACC
AATCGGGTTCTGAGCTCACAAAGGTTCAGAAGATCGCTCTTTACGGCTCAACGGTTGAGA
CTACTGATATGAAGGGGTTAAAGAAGATTGAAGATCACTGAGCAGCAAACAAAAAAGTTA
TAATCATATGATCACTTTGATTTCTACTATTCTGTTGTTGGTTTCTTTTCTTTTCACTTT
TAAAAGTTTTTTTTTATTTTAAATATTGAACTAGACTAGAACTTGCGATTACAAGCTTAT
TTCATAAGATTCCAGTCACATTGG


BQ
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BQ
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20 20 20 20 20 

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QA 1 725 1 725
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AS 1 6

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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1A775JQ U 77
AF RR1A775TF C 77
AF RR1ES76JQ U 1
AF RR1ES76TF C 1
AF RR1E839JQ U 61
AF RR1E839TF C 61
BS 1 287 RR1ES76JQ
BS 288 288 RR1E839JQ
BS 289 443 RR1ES76JQ
BS 444 444 RR1E839JQ
BS 445 446 RR1ES76JQ
BS 447 447 RR1E839JQ
BS 448 494 RR1ES76JQ

RD RR1A775JQ 102 0 0
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GCAGCAGAAATAGGAACTAAAACATAATTAATTAAATAACTC

QA 1 102 1 102
DS 

RD RR1A775TF 204 0 0
CTTTCAAATGAAAGTATCTTGCGATATTGCCGGAATCATCTGGTTACATAAACATCAGGA
GCAGCAGAAATAGGAACTAAAACATAATTAATTAAATAACTCAAAAGAGAGGATTATAAT
AGAGTAAAATGAAAGTTGTTAGGTGTTTTTATTCAAGCCAGTTTTGTCCTTGACCACGTC
AGCAGCTCCTTGTGCCTTCTGCTT

QA 1 204 1 204
DS 

RD RR1ES76JQ 494 0 0
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GTAATGAATAAATCTACTTTCAAATGAAAGTATCTTGCGATATTGCCGGAATCATCTGGT
TACATAAACATCAGGAGCAGCAGAAATAGGAACTAAAACATAATTAATTAAATAACTCAA
AAGAGAGGATTATAATAGAGTAAAATGAAAGTTGTTAGGTGTTTTTGTTCAAGCCAGTTT
TGTCCTTGACCACGTCAGCAGCTCCTTGTGCCTTCTGCTTCATCTGTTGTCCAGCATGTT
GCATGGAGTCTTGAGCGGAAGCAGCAGCATCTTTGGCCCTGTCCATCAAACCACTTGCCT
TCTCCTTAGTCTGGCCAGTTGCTTGGCCTGCTTGGTAGCTTAGGTTTTGCTTGTCTGACA
TTTTCTTTCTCTCTCGTGTTTGCTTAAAACTTAAACTGATGCTTTGAATTGTTGTTTTGT
GTGTGATGACTTCC

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1ES76TF 494 0 0
GCGGCAAAAAATATGAACTAATATTTTAAAATTTGTATAAATACTATTATTACATAATAT
GTAATGAATAAATCTACTTTCAAATGAAAGTATCTTGCGATATTGCCGGAATCATCTGGT
TACATAAACATCAGGAGCAGCAGAAATAGGAACTAAAACATAATTAATTAAATAACTCAA
AAGAGAGGATTATAATAGAGTAAAATGAAAGTTGTTAGGTGTTTTTGTTCAAGCCAGTTT
TGTCCTTGACCACGTCAGCAGCTCCTTGTGCCTTCTGCTTCATCTGTTGTCCAGCATGTT
GCATGGAGTCTTGAGCGGAAGCAGCAGCATCTTTGGCCCTGTCCATCAAACCACTTGCCT
TCTCCTTAGTCTGGCCAGTTGCTTGGCCTGCTTGGTAGCTTAGGTTTTGCTTGTCTGACA
TTTTCTTTCTCTCTCGTGTTTGCTTAGAACTTAAACTGATGCTTTGAATTGTTGTTTTGT
GTGTGATGACTTCC

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1E839JQ 434 0 0
GTAATGAATAAATCTACTTTCAAATGAAAGTATCTTGCGATATTGCCGGAATCATCTGGT
TACATAAACATCAGGAGCAGCAGAAATAGGAACTAAAACATAATTAATTAAATAACTCAA
AAGAGAGGATTATAATAGAGTAAAATGAAAGTTGTTAGGTGTTTTTGTTCAAGCCAGTTT
TGTCCTTGACCACGTCAGCAGCTCCTTGTGCCTTCTGCTTCATCTGTCGTCCAGCATGTT
GCATGGAGTCTTGAGCGGAAGCAGCAGCATCTTTGGCCCTGTCCATCAAACCACTTGCCT
TCTCCTTAGTCTGGCCAGTTGCTTGGCCTGCTTGGTAGCTTAGGTTTTGCTTGTCTGACA
TTTTCTTTCTCTCTCGTGTTTGCCTAGAACTTAAACTGATGCTTTGAATTGTTGTTTTGT
GTGTGATGACTTCC

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR1E839TF 434 0 0
GTAATGAATAAATCTACTTTCAAATGAAAGTATCTTGCGATATTGCCGGAATCATCTGGT
TACATAAACATCAGGAGCAGCAGAAATAGGAACTAAAACATAATTAATTAAATAACTCAA
AAGAGAGGATTATAATAGAGTAAAATGAAAGTTGTTAGGTGTTTTTGTTCAAGCCAGTTT
TGTCCTTGACCACGTCAGCAGCTCCTTGTGCCTTCTGCTTCATCTGTCGTCCAGCATGTT
GCATGGAGTCTTGAGCGGAAGCAGCAGCATCTTTGGCCCTGTCCATCAAACCACTTGCCT
TCTCCTTAGTCTGGCCAGTTGCTTGGCCTGCTTGGTAGCTTAGGTTTTGCTTGTCTGACA
TTTTCTTTCTCTCTCGTGTTTGCCTAGAACTTAAACTGATGCTTTGAATTGTTGTTTTGT
GTGTGATGACTTCC

QA 1 434 1 434
DS 



AS 1 6

CO CL1410Contig1 572 6 9 U
GGGTACGGTCGTCGGTCGCAGGAGATTCCAATCGAACACCGGAGAAAATGGCGAAGCCTT
TAGGTACTACCGGCGAGTTTTTCCGGCGAAGAGACGAATGGAGGAAGCACCCGATACTTT
CGAATCAAATGAGGCACGCTCTTCCCGGGCTCGGCATCGGCGTCGCGGCCTTCTGCGTGT
ACCTCGTGGGTGAGCAGATCTACAGCAAAGCCTTGGCTCCTTCCAAATCATCATCTCACC
ACAATCAGAAACAGACTGCTCCTTCTCATTGAATGGCTTTTGATCAGATGCTGGAAACTG
TGGGCACAAGATGAACGCAAATGCTTCTTCTGGGCTTTTTATTAATAATATGTTGGTTGT
GTTGGACACAAGTTTTTCGATTTCTCTGTTGAATTTTAAAGCTTGTTGGGTTCAAAGTTA
ACTCTTTGTCTCCCGTAAGTTATGTTTTTTTTCTTCTAAACGTTGAAGGTTGATTTGTCT
TGTTTGATTGTCTTTTGTAATCGTGACTTGTTGCTGAGTAGACACTCAGCTAAAACTGCG
TCGTTTTTTGGAGATGGTAGCTTTCTGGTTTA


BQ
10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E610TF U 3
AF RR1FV46JQ C 1
AF RR1E610JQ C 159
AF RR1FV46TF U 1
AF RR1DF25TF U 3
AF RR1FO22TF U 3
BS 1 4 RR1FV46JQ
BS 5 14 RR1FV46TF
BS 15 15 RR1DF25TF
BS 16 265 RR1FV46TF
BS 266 266 RR1DF25TF
BS 267 322 RR1FV46TF
BS 323 323 RR1DF25TF
BS 324 551 RR1FV46TF
BS 552 572 RR1FO22TF

RD RR1E610TF 470 0 0
GG
ACGGTCGTCGGTCGCAGGAGATTCCAATCGAACACCGGAGAAAATGGCGAAGCCTTTAGG
TACTACCGGCGAGTTTTTCCGGCGAAGAGACGAATGGAGGAAGCACCCGATGCTTTCGAA
TCAAATGAGGCACGCTCTTCCCGGGCTCGGCATCGGCGTCGCGGCCTTCTGCGTGTACCT
CGTGGGTGAGCAGATCTACAGCAAAGCCTTGGCTCCTTCCAAATCATCATCTCACCACAA
TCAGAAACAGACTGCTCCTTCTCATTGAATGGCTTTTGATCAGATGCTGTAAACTGTGGG
CACAAGATGAACGCAAATGCTTCTTCTGGGCTTTTTATTAATAATATGTTGGTTGTGTTG
GACACAAGTTTTTCGATTTCTCTGTTGAATTTTAAAGCTTGTTGGGTTCAAAGTTAACTC
TTTGTCTCCCGTAAGTTATGTTTTTTTTCTTCTAAACGTTGAAGGTTG

QA 3 470 3 470
DS 

RD RR1FV46JQ 509 0 0
GGGTACGGTCGTCGTTCGCAGGAGATTCCAATCGAACACCGGAGAAAATGGCGAAGCCTT
TAGGTACTACCGGCGAGTTTTTCCGGCGAAGAGACGAATGGAGGAAGCACCCGATACTTT
CGAATCAAATGAGGCACGCTCTTCCCGGGCTCGGCATCGGCGTCGCGGCCTTCTGCGTGT
ACCTCGTGGGTGAGCAGATCTACAGCAAAGCCTTGGCTCCTTCCAAATCATCATCTCACC
ACAATCAGAAACAGACTGCTCCTTCACATTGAATGGCTTTTGATCAGATGCTGGAAACTG
TGGGCACAAGATGAACGCAAATACTTTTTCTGGGCTTTTTATTAATAATATGTTGGTTGT
GTTGGACACAAGTTTTTCGATTTCTCTGTTGAATTTTAAAGCTTGTTGGGTTCAAAGTTA
ACTCTTTGTCTCCCGTAAGTTATGTTTTTTTTCTTCTAAACGTTGAAGGTTGATTTGTCT
TGTTTGATTGTCTTTTGTAATCGTGACTT

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1E610JQ 327 0 0
GGCGTCGCGGCCTTTTGGGTGTACCTCGTGGGTGAGCAGATCTACAGCAAAGCCTTGGCT
CCTTCCAAATCATCATCTCACCACAATCAGAAACAGACTGCTCCTTCTCATTGAATGGCT
TTTGATCAGATGCTGTAAACTGTGGGCACAAGATGAACGCAAATGCTTCTTCTGGGCTTT
TTATTAATAATATGTTGGTTGTGTTGGACACAAGTTTTTCGATTTTTCTGTTGAATTTTA
AAGCTTGTTGGGTTCAAAGTTAACTCTTTGTCTCCCGTAAGTTATGTTTTTTTTCTTCTA
AACGTTGAAGGTTGATTTGTCTTGTT
G

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR1FV46TF 551 0 0
GGGT
ACGGTCGTCGTTCGCAGGAGATTCCAATCGAACACCGGAGAAAATGGCGAAGCCTTTAGG
TACTACCGGCGAGTTTTTCCGGCGAAGAGACGAATGGAGGAAGCACCCGATACTTTCGAA
TCAAATGAGGCACGCTCTTCCCGGGCTCGGCATCGGCGTCGCGGCCTTCTGCGTGTACCT
CGTGGGTGAGCAGATCTACAGCAAAGCCTTGGCTCCTTCCAAATCATCATCTCACCACAA
TCAGAAACAGACTGCTCCTTCACATTGAATGGCTTTTGATCAGATGCTGGAAACTGTGGG
CACAAGATGAACGCAAATACTTCTTCTGGGCTTTTTATTAATAATATGTTGGTTGTGTTG
GACACAAGTTTTTCGATTTCTCTGTTGAATTTTAAAGCTTGTTGGGTTCAAAGTTAACTC
TTTGTCTCCCGTAAGTTATGTTTTTTTTCTTCTAAACGTTGAAGGTTGATTTGTCTTGTT
TGATTGTCTTTTGTAATCGTGACTTGTTGCTGAGTAGACACTCAGCTAAAACTGCGTCGT
TTTTTGG

QA 5 551 5 551
DS 

RD RR1DF25TF 549 0 0
GG
ACGGTCGTCGGTCGCAGGAGATTCCAATCGAACACCGGAGAAAATGGCGAAGCCTTTAGG
TACTACCGGCGAGTTTTTCCGGCGAAGAGACGAATGGAGGAAGCACCCGATGCTTTCGAA
TCAAATGAGGCACGCTCTTCCCGGGCTCGGCATCGGCGTCGCGGCCTTCTGCGTGTACCT
CGTGGGTGAGCAGATCTACAGCAAAGCCTTGGCTCCTTCCAAATCATCATCTCACCACAA
TCAGAAACAGACTGCTCCTTCTCATTGAATGGCTTTTGATCAGATGCTGGAAACTGTGGG
CACAAGATGAACGCAAATGCTTCTTCTGGGCTTTTTATTAATAATATGTTGGTTGTGTTG
GACACAAGTTTTTCGATTTCTCTGTTGAATTTTAAAGCTTGTTGGGTTCAAAGTTAACTC
TTTGTCTCCCGTAAGTTATGTTTTTTTTCTTCTAAACGTTGAAGGTTGATTTGTCTTGTT
TGATTGTCTTTTGTAATCGTGACTTGTTGCTGAGTAGACACTCAGCTAAAACTGCGTCGT
TTTTTGG

QA 3 549 3 549
DS 

RD RR1FO22TF 570 0 0
GG
ACGGTCGTCGGTCGCAGGAGATTCCAATCGAACACCGGAGAAAATGGCGAAGCCTTTAGG
TACTACCGGCGAGTTTTTCCGGCGAAGAGACGAATGGAGGAAGCACCCGATGCTTTCGAA
TCAAATGAGGCACGCTCTTCCCGGGCTCGGCATCGGCGTCGCGGCCTTCTGCGTGTACCT
CGTGGGTGAGCAGATCTACAGCAAAGCCTTGGCTCCTTCCAAATCATCATCTCACCACAA
TCAGAAACAGACTGCTCCTTCTCATTGAATGGCTTTTGATCAGATGCTGGAAACTGTGGG
CACAAGATGAACGCAAATGCTTCTTCTGGGCTTTTTATTAATAATATGTTGGTTGTGTTG
GACACAAGTTTTTCGATTTCTCTGTTGAATTTTAAAGCTTGTTGGGTTCAAAGTTAACTC
TTTGTCTCCCGTAAGTTATGTTTTTTTTCTTCTAAACGTTGAAGGTTGATTTGTCTTGTT
TGATTGTCTTTTGTAATCGTGACTTGTTGCTGAGTAGACACTCAGCTAAAACTGCGTCGT
TTTTTGGAGATGGTAGCTTTCTGGTTTA

QA 3 570 3 570
DS 



AS 2 4

CO CL1411Contig1 988 2 4 U
GGACTCTCTCATCATCCATCATCCATCATCCATCATCCATCTCTACCGATCACAAAGACA
GAGAGAGACTTTACCGATTCCACCAGATTCAAACTTTATTTCCTTCCATCAATGGCGAAA
AAGGCGGTGCTGATCGGGATCAACTACCCAGGAACCAAGGCGTAGCTACGCGGCTGCGTC
AACGACGTTCGTCGTATGTACAAATGTCTCGTCGAACGGTACGGATTCTCCGAAGAGAAC
ATCACGGTGCTGATCGACACCGATGACTCCTATACCCAAACCCACGGGAAAGAACATCCG
TAAGGCGCTCTCGGATCTCGTCGAGTCTCTTCGATGCCTTTGGTGATGACTCGAGCCCCA
AAGTGAAGAAGTTCATGAAAGTGATCTTAGGTAAGCTCAAAGCAGGAGAAGGAGAAGGTG
GGCTGATGGGAATGCTTGGGAAGCTAGCTTCAGGGTTTCTCGAAGGGAAACTAAACGATG
ATGACTATGTGAAACCCGCTATGCAGACGGAAGTTGGTAGGAAAGAAGAGGTTTATGCAG
GTGGGTCTAGAGGTTCGGTTCCCCTTCCAGACAGTGGGATATTGATCAGCGGTTGTCATA
CCGATCAGACCTCTGCTGATGCGACTCCACCGGGGAAACCGAGTGAAGCTTATGGAGCGA
TGAGTAACTCGATACAGAAGATATTGGAGGAGACGGACGGGGAGATATCGAACAGGGAGA
TGGTGACGAGGGCAAGGAAGGCGTTGAAGAAGCAAGGGTTTACTCAGCAGCCAGGTTTGT
ATTGCCATGATGGTTATGCATATGCTCCTTTTATCTGTTGAGAAAAAACTATTTGATGCT
TTTTATTTATAACGACCGTTGATGATGATTCTGGTTGGGAAAATAAGCCTCGTGTTTGAG
GGCATTTGTGTATGTTAAAAGATATGTGTGTTGTGTTTTGTGGAACACTGATTTCATCTT
GTTTTTATTGAGGACTATGTTTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1G816TF U 1
AF RR1G816JQ C 163
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BS 277 277 RR1G816JQ
BS 278 686 RR1G816TF
BS 687 988 RR1G816JQ

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GAGAGAGACTTTACCGATTCCACCAGATTCAAACTTTATTTCCTTCCATCAATGGCGAAA
AAGGCGGTGCTGATCGGGATCAACTACCCAGGAACCAAGGCGTAGCTACGCGGCTGCGTC
AACGACGTTCGTCGTATGTACAAATGTCTCGTCGAACGGTACGGATTCTCCGAAGAGAAC
ATCACGGTGCTGATCGACACCGATGACTCCTATACC*AAACCCACGGGAAAGAACATCCG
TAAGGCGCTCTCGGATCTCGTCGAGTCTCTTCGATGCCTTTGGTGATGACTCGAGCCCCA
AAGTGAAGAAGTTCATGAAAGTGATCTTAGGTAAGCTCAAAGCAGGAGAAGGAGAAGGTG
GGCTGATGGGAATGCTTGGGAAGCTAGCTTCAGGGTTTCTCGAAGGGAAACTAAACGATG
ATGACTATGTGAAACCCGCTATGCAGACGGAAGTTGGTAGGAAAGAAGAGGTTTATGCAG
GTGGGTCTAGAGGTTCGGTTCCCCTTCCAGACAGTGGGATATTGATCAGCGGTTGTCATA
CCGATCAGACCTCTGCTGATGCGACTCCACCGGGGAAACCGAGTGAAGCTTATGGAGCGA
TGAGTAACTCGATACAGAAGATATTG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1G816JQ 826 0 0
T
AGCTACGCGGCTGCGTCAACGACGTTCGTCGTATGTACAAATGTCTCGTCGAACGGTACG
GATTCTCCGAAGAGAACATCACGGTGCTGATCGACACCGATGACTCCTATACCCAAACCC
ACGGGAAAGAACATCCGTAAGGCGCTCTCGGATCTCGTCGAGTCTCTTCGATGCCTTTGG
TGATGACTCGAGCCCCAAAGTGAAGAAGTTCATGAAAGTGATCTTAGGTAAGCTCAAAGC
AGGAGAAGGAGAAGGTGGGCTGATGGGAATGCTTGGGAAGCTAGCTTCAGGGTTTCTCGA
AGGGAAACTAAACGATGATGACTATGTGAAACCCGCTATGCAGACGGAAGTTGGTAGGAA
AGAAGAGGTTTATGCAGGTGGGTCTAGAGGTTCGGTTCCCCTTCCAGACAGTGGGATATT
GATCAGCGGTTGTCATACCGATCAGACCTCTGCTGATGCGACTCCACCGGGGAAACCGAG
TGAAGCTTATGGAGCGATGAGTAACTCGATACAGAAGATATTGGAGGAGACGGACGGGGA
GATATCGAACAGGGAGATGGTGACGAGGGCAAGGAAGGCGTTGAAGAAGCAAGGGTTTAC
TCAGCAGCCAGGTTTGTATTGCCATGATGGTTATGCATATGCTCCTTTTATCTGTTGAGA
AAAAACTATTTGATGCTTTTTATTTATAACGACCGTTGATGATGATTCTGGTTGGGAAAA
TAAGCCTCGTGTTTGAGGGCATTTGTGTATGTTAAAAGATATGTGTGTTGTGTTTTGTGG
AACACTGATTTCATCTTGTTTTTATTGAGGACTATGTTTTGTTTT

QA 2 826 2 826
DS 



CO CL1411Contig2 922 2 18 U
GGATGAGGAGGAAGAGGAAGAAGAGTCTTCTTCGAGGTTTGGGTTCAGGAAGTTCTTGTG
CAGCAAGGTGGAAAGCGCGATTAGAGGGAACAAGAAGGAGGGAGATGAGGCGGATGATAT
CGAGACCAAAGAGATAGAGCTGGAAGACGGAGAAATGATCCTCGCCAAAGACAAGTCTCT
GCCTCTCCAGACACTTATCGACATCCTCAAGCAGCAGACAGGGAACGATGATATCGAAGT
TGGGAAAATCAGGCCGAGTCTCTTCGATGCCTTTGGTGATGACTCGAGCCCCAAAGTGAA
GAAGTTCATGAAAGTGATATTAGGTAAGCTCAAAGCAGGAGAAGGAGAAGGTGGGCTGAT
GGGAATGCTTGGGAAGCTAGCTTCAGGGTTTCTCGAAGGGAAACTAAACGATGATGACTA
TGTGAAACCCGCGATGCAGACGGAAGTTGGGAGGAAAGAAGAGGTTTACGCAGGTGGGTC
TAGAGGTTCGGTTCCCCTTCCAGACAGTGGGATATTGATCAGCGGTTATCAGACTGATCA
GACCTCTGCTGATGCGACGCCACCGGGGAAACCGAGCGAAGCTTATGGAGCGATGAGTAA
CTCGATACAGAAGATATTGGAGGAGACGGACGGGGAGATATCGAACAGGGAGATGGTGAC
GAGGGCAAGGAAGGCGTTGAAGAAGCAAGGGTTTACTCAGCAGCCAGGTTTGTATTGCCA
TGATGGTTATGCAAATGCTCCTTTTATCTGTTGAGAAAAAAACTATTTGATGCTTTTTAT
TTATAACGACCGTTGATGATGATTCTGGTTGGGAAAATAAGCCTCGTGTTTGAGGGCATT
TGTGTATGTTAAAAGATATGTGTGTTGTGTTTTGTGGAACACTGATTTCATCTTGTTTTT
ATTGAGGACTATGTTTTGTTTT


BQ
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AF RR1GV67TF U 1
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RD RR1GV67TF 652 0 0
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CGAGACCAAAGAGATAGAGCTGGAAGACGGAGAAATGATCCTCGCCAAAGACAAGTCTCT
GCCTCTCCAGACACTTATCGACATCCTCAAGCAGCAGACAGGGAACGATGATATCGAAGT
TGGGAAAATCAGGCCGAGTCTCTTCGATGCCTTTGGTGATGACTCGAGCCCTAAAGTGAA
GAAGTTCATGAAAGTGATATTAGGTAAGCTCAAAGCAGGAGAAGGAGAAGGTGGGCTGAT
GGGGATGCTTGGGAAGCTAGCTTCAGGGTTTCTCGAAGGGAAACTAAACGATGATGACTA
TGTGAAACCCGCGATGCAGACGGAAGTTGGGAGGAAAGAAGAGGTTTACGCTGGTGGGTC
TAGAGGTTCGGTTCCGCTTCCAGACAGTGGGATATTGATCAGTGGTTGTCAGACTGATCA
GACCTCTGCTGATGCGACGCCACCGGGGAAACCGAGCGAAGCTTATGGAGCGATGAGTAA
CTCGATACAGAAGATATTGGAG*AGACGGACGGG*AGATATCGAACAGG
AGA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1EW86JQ 736 0 0
G
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CTTGGGAAGCTAGCTTCAGGGTTTCTCGAAGGGAAACTAAACGATGATGACTATGTGAAA
CCCGCTATGCAGACGGAAGTTGGTAGGAAAGAAGAGGTTTATGCAGGTGGGTCTAGAGGT
TCGGTTCCCCTTCCAGACAGTGGGATATTGATCAGCGGTTATCAGACTGATCAGACCTCT
GCTGATGCGACTCCACCGGGGAAACCGAGTGAAGCTTATGGAGCGATGAGTAACTCGATA
CAGAAGATATTGGAGGAGACGGACGGGGAGATATCGAACAGGGAGATGGTGACGAGGGCA
AGGAAGGCGTTGAAGAAGCAAGGGTTTACTCAGCAGCCAGGTTTGTATTGCCATGATGGT
TATGCAAATGCTCCTTTTATCTGTTGAGAAAAAAACTATTTGATGCTTTTTATTTATAAC
GACCGTTGATGATGATTCTGGTTGGGAAAATAAGCCTCGTGTTTGAGGGCATTTGTGTAT
GTTAAAAGATATGTGTGTTGTGTTTTGTGGAACACTGATTTCATCTTGTTTTTATTGAGG
ACTATGTTTTGTTTT

QA 2 736 2 736
DS 



AS 1 3

CO CL1412Contig1 1186 3 6 U
GGTCTTTGTAATTTAACTATTGGATTTGAGTAGCAATGAAATGCAAAATGTTTATTATTA
TTTTTTTTTGGGTATGAGAGAGCTAAGAGGTTTCAAATGCTTTGCCTTTGGTTGTGAGAA
AGAATGCTAATGGCGGGAACTGAGGTCGCGGTTGTTGAAGTACAAGTTGCCTTGTAGATC
AGGTGCAGAGACGAGGAGAGGAGTGAAGCCTTCGTAGTCTCCGTTGGTTTTAGCAGAGCA
AATGTCTGTCATATACCTTAACAGCTCATGGTTCTGTACGAATGGTTGCTTCTTGTATTC
CTCCCATAGCATCCACTGAGCTGCCTCTACCTCAGTCTCCTGTGCATTGATCTCCAAAGA
AAGAGGCTTCATCATGCAGACGAAGAACAAATCTGACTTTTCAAAGAAAGCTTTGTGGGT
CTGTCTGAAAGCCAATACTTGGACAAACTCTGTATCCACTCCTGTCTCTTCTTTCACCTC
TCTGACAGAGCCATCATGGATGTACTCTCCCTCATTGACTACTCAGGTTGGGAACTTCCC
AGATACCTTGTCCTTTAAATCTTCCTGTCTTCTCTTGAACAACAAGCACCTCTTTCTTGT
GGTTGATGACAAAGGCAGCTATGCCAACACGGTGAGACGCATTGGAAGGAAGGGTATGGT
CTTGTTTTGGAATCCAATACACAAGCATCAAGTGGTTTTGCTCCGCGTGATGGAACCAGA
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CTCCCTTCTTTCCCTGAAGAGTCCAGGTAGAGAGAGAGGAACGGAGAAGAGCAGAGAAGG
CAGAAGGATCCATAGGACGACTCATCTCAGCCATCACGCCGCCGTACTTGTCTTCAACAG
CCGGAAGCAGCGTAACGCCGCCCCCGTTTGCCTCCTCTCCTCCAGCCATCGGATCCGTTG
ATGAGGAGGAGGAAGCGGACATGAATCTGTTCCTCGTCGTGTTGCAACAACTTTGAAGTT
TAAAGAGTGTATGACACGGTTGATTAGAAGACGCGAGTTTTCTCAGATCAATGCTACAGA
CTACAGTTTTTATCTTCTCAATCTTTATAATATGATAATCTAACTTCTCTTATTGGATTG
CTGGCAGAGTGTATCGCTTAGCCACAAGCCAAAAGTGTTTGGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BZ20JQ U 240
AF RR1AM76JQ U 1
AF RR1AM76TF C 308
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RD RR1BZ20JQ 138 0 0
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AAAGAGGCTTCATCATGC

QA 1 138 1 138
DS 

RD RR1AM76JQ 814 0 0
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TTTTTTTTTGGGTATGAGAGAGCTAAGAGGTTTCAAATGCTTTGCCTTTGGTTGTGAGAA
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AATGTCTGTCATATACCTTAGCAGCTCATGGTTCTGTACGAATGGTTGCTTCTTGTATTC
CTCCCATAGCATCCACTGAGCTGCCTCTACCTCAGTCTCCTGTGCATTGATCTCCAAAGA
AAGAGGCTTCATCATGCAGACGAAGAACAAATCTGACTTTTCAAAGAAAGCTTTGTGGGT
CTGTCTGAAAGCCAATACTTGGACAAACTCTGTATCCACTCCTGTCTCTTCTTTCACCTC
TCTGACAGAGCCATCATGGATGTACTCTCCCTCATTGACTACTCAGGTTGGGAACTTCC*
AGATACCTTGTCCTTTAAATCTTCCTGTCTTCTCTTGAACAACAAGCACCTCTTTCTTGT
GGTTGATGACAAAGGCAGCTATGCCAACACGGTGAGACGCATTGGAAGGAAGGGTATGGT
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CTCCCTTCTTTCCCTGAAGAGTCCAGGTAGAGAG

QA 1 814 1 814
DS 

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A
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TCATCATGCAGACGAAGAACAAATCTGACTTTTCAAAGAAAGCTTTGTGGGTCTGTCTGA
AAGCCAATACTTGGACAAACTCTGTATCCACTCCTGTCTCTTCTTTCACCTCTCTGACAG
AGCCATCATGGATGTACTCTCCCTCATTGACTACTCAGGTTGGGAACTTCCCAGATACCT
TGTCCTTTAAATCTTCCTGTCTTCTCTTGAACAACAAGCACCTCTTTCTTGTGGTTGATG
ACAAAGGCAGCTATGCCAACACGGTGAGACGCATTGGAAGGAAGGGTATGGTCTTGTTTT
GGAATCCAATACACAAGCATCAAGTGGTTTTGCTCCGCGTGATGGAACCAGAATCCCTCC
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TCCATAGGACGACTCATCTCAGCCATCACGCCGCCGTACTTGTCTTCAACAGCCGGAAGC
AGCGTAACGCCGCCCCCGTTTGCCTCCTCTCCTCCAGCCATCGGATCCGTTGATGAGGAG
GAGGAAGCGGACATGAATCTGTTCCTCGTCGTGTTGCAACAACTTTGAAGTTTAAAGAGT
GTATGACACGGTTGATTAGAAGACGCGAGTTTTCTCAGATCAATGCTACAGACTACAGTT
TTTATCTTCTCAATCTTTATAATATGATAATCTAACTTCTCTTATTGGATTGCTGGCAGA
GTGTATCGCTTAGCCACAAGCCAAAAGTGTTTGGCTTC

QA 2 879 2 879
DS 



AS 1 4

CO CL1413Contig1 869 4 6 U
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GTTACAAACTTTGAAAGAACATTTAAATCTACGCTTCATAAAGAAAAAATGTATATGACA
GAAAGACAAAGGGAGATGTTGAGCCATCTGAACTGTATGACCAATGTCGCGAGACCGCTC
TCTTCTTCTGCTCTCCTTTGTTTGAACATATCAAAGGATTCCTTACCGTTCTAACCCAGT
GACCGTGGAATTTGTCTGAAAAGTTGAATCTGGATCTCCAACACTCTCTAACCGACTTTC
AAGAATCTCTACAACGTTATCCGGCGGGCATTTGTCACTGGACTTCTTCGGATTCATCTG
ACAGAAACAATCAGGCCATGAGTTTGTATAAAACGACTCAGGTGATATGCGTTTGTGAGG
CCCTCCAAAGTTTGTTTTCAGCATTACTCGTCTCACTGCTTCTTCGAACCCAGCGGTTTT
GCCTTTCTCTCTAGCTATGAATATTGGAGCTAAAGCTTTTCTGTCCGGTCTGATTGTGGT
GCGGAAACCGTAGTAGAGGCGATGACCTAAGAGATTGTTGGCGAAGTTGCTCGGTCCATC
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AGCTAGGTATATCCTTGGGGGAGTTGTCGAATCTCATCGCTCGTAATATAAGACCTACCT
CCTCAGGGGTCAGTGGGACACTTCCCGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F835JQ U 11
AF RR1H625JQ U 34
AF RR1AJ32JQ U 1
AF RR1AJ32TF C 692
BS 1 63 RR1AJ32JQ
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RD RR1F835JQ 620 0 0
GG
AATAAACATTACTATATTTGTCGAATCTCATCACTTCTCTTAGATTTTGTTACAAACTTT
GAAAGAACATTTAAATCTACGCTTCATAAAGAAAAAATGTATATGACAGAAAGACAAAGG
GAGATGTTGAACCATCTGAACTGTATGACCAATGTCGCGACACCGCTCTCTTCTTCTGCT
CTCCTTTGTTTGAACATATCAAAGGAATCCTTACCGTTCTAACCCAGTGACCGTGGAATT
TGTCTGAAAAGTTGAATCTGGATCTCCAACACTCTCTAACCGACTTTCAAGAATCTCTAC
AACGTTATCCGGCGGGCATTTGTCACTGGACTTCTTCGGATTCATCTGACAGAAACAATC
AGGCCATGAGTTTGTATAAAACGACTCAGGTGATATGAGTTTGTGAGGCCCTCCAAAGTT
TGTTTTCAGCATTACTCGTCTCACTGCTTCTTCGAACCCAGCGGTTTTGCCTTTCTCTCT
AGCTATGAATATTGGAGCTAAAGCTTTTCTGTCCGGTCTGATTGTGGTGTGGAAACCGTA
GTAGAGGCGATGACCTAAGAGATTGTTGGCGAAGTTGCTCGGTCCATCATATGTTGGCAT
GAAAATGTCGGACAGGAG

QA 3 620 3 620
DS 

RD RR1H625JQ 741 0 0
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CTTCATAAAGAAAAAATGTATATGACAGAAAGACAAAGGGAGATGTTGAGCCATCTGAAC
TGTATGACCAATGTCGCGAGACCGCTCTCTTCTTCTGCTCTCCTTTGTTTGAACATATCA
AAGGATTCCTTACCGTTCTAACCCAGTGACCGTGGAATTTGTCTGAAAAGTTGAATCTGG
ATCTCCAACACTCTCTAACCGACTTTCAAGAATCTCTACAACGTTATCCGGCGGGCATTT
GTCACTGGACTTCTTCGGATTCATCTGACAGAAACAATCAGGCCATGAGTTTGTATAAAA
CGACTCAGGTGATATGCGTTTGTGAGGCCCTCCAAAGTTTGTTTTCAGCATTACTCGTCT
CACTGCTTCTTCGAACCCAGCGGTTTTGCCTTTCTCTCTAGCTATGAATATTGGAGCTAA
AGCTTTTCTGTCCGGTCTGATTGTGGTGCGGAAACCGTAGTAGAGGCGATGACCTAAGAG
ATTGTTGGCGAAGTTGCTCGGTCCATCGTATGTCGGCATGAAAATGTCGGACAGGAGACA
GACCATGTAATCCACAGCTGATCCTATTAATCCCTGTGACTTTGCTGACAGCTCCTCAGA
GGGGTCCACTGAGCTATGGTTGTCAAGCCGTGGGAATAACGTTCGAAACGGTTTCATGAA
CCTTTCCCCGCCAAAA
GCTCA

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DS 

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GTTGCAAACTTTGAAAGAACATTTAAATCTACGCTTCATAAAGAAAAAATGTATATGACA
GAAAGACAAAGGGAGATGTTGAGCCATCTGAACTGTATGACCAATGTCGCGAGACCGCTC
TCTTCTTCTGCTCTCCTTTGTTTGAACATATCAAAGGATTCCTTACCGTTCTAACCCAGT
GACCGTGGAATTTGTCTGAGAAGTTGAATCTGGATCTCCAACACTCTCTAACCGACTTTC
AAGAATCTCTACAACGTTATCCGGCGGGCATTTGTCACTGGACTTCTTCGGATTCATCTG
ACAGAAACAATCAGGCCATGAGTTTGTATAAAACGACTCAGGTGATATGCGTTTGTGAGG
CCCTCCAAAGTTTGTTTTCAGCATTACTCGTCTCACTGCTTCTTCGAACCCAGCGGTTTT
GCCTTTCTCTCTAGCTATGAATATTGGAGCTAAAGCTTTTCTGTCCGGTCTGATTGTGGT
GCGGAAACCGTAGTAGAGGCGATGACCTAAGAGATTGTTGGCGAAGTTGCTCGGTCCATC
GTATGTCGGCATGAAAATGTCGGACAGGAGACAGACCATGTAATCCACAGCTGATCCTAT
TAATCCCTGTGACTTTGCTGACAGCTCCTCAGAGGGGTCCACTGAGCTATGGTTGTCAAG
CCGTGGGAATAACGTTCGAAACGGTTTCATGAACCTTTCCCCGCCAAAAAGCTCACCAGC
AGCTAGGTATATCCTTGGGGGAGTTGTCGAATCTCATCGCTCGTAATATAAGACCTACCT

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR1AJ32TF 178 0 0
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AACCTTTCCCCGCCAAAAAGCTCACCAGCAGCTAGGTATATCCTTGTGGGAGTTGTCGAA
TCTCATCGCTCGTAATATAAGACCTACCTCCTCAGGGGTCAGTGGGACACTTCCCGAT

QA 1 178 1 178
DS 



AS 1 4

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GCTGGAGAGGAGAACCAAAGATGTCTTCCGAGAACCTTATAGAAATCTTGGAGGAAGGTC
ACAAAGTCGACATAGTTAAGTACATTAACTATGTCACTGCCCCTCAAGCCGGTGCTATTG
CGACATTCTCAGGCACTACAAGGGACATGTTCCAAGGCAAAGCAGTCTTGGAGCTAAGGT
ATGAAGCATATGTGCCAATGGCCACACGATGCCTCAGCTCCATCTGTACAGCCGCTAGAT
CAAACTGGGACATCCACAAGATTGCTGTTGCTCACCGTCTAGGACCAGTTCCCGTTGGAG
AAAACAGCGTCTTCATCGCTGTCTCATCTGTTCACCGTGCGGATGGTTTAGATGCTTGCA
AGTTCTTGATCGACGAGCTCAAGGCAACGGTTCCGATATGGAAGAAGGAGGTGTACACTA
ATGGAGAGGTTTGGAAAGAGAATAGTGAGTTTCTAGAGAAAAGAGACAGTTTGGTGAAGA
AACCTGTGGTTGGAGAACATAAAAGAAGTTGCTGTGGAAGTAAAGTTAGAGTACAAGAAG
ATGAAGAGCATAAAGATATAGGAAGAGATTACAGTTATTCTTGATTACTAGTAGTTGTAG
CAAAGAGCAATGTTTAGTCTATCTCTCTCAATAAGCAAAATGTCTTAAACACATTGTTGA
ATCTAAAGACTTTAAATTCAAATTTAGTTTGCAAATTGTCTCACACAGCTTTAAAACTTT
CAAATCTCTCCCAGGTAAATATCTTTATCGCTGCTGCAAAAACCAATGATAGGCTCAGTG
GGGTGAAACACACACTCATTGACCGATCCTTTATGGCCTGGGAGCTTGTAAAAAATGCCC
CGAGTTGTTGTGTCCCAAATATGAACCATGCGGTCTGCGCTACCAGCAGTGACTTTGGTA
CCATCAGGTGACCACGAACACTTGAGCAGGTTCTTCTCAAAGTTGTGTTGATGCCCTTCA
AAAATCTTCACACACCGGTTCTGTGGAGCGTAAGGACGCATGTCCCACACACAAAGCTTG
TTGTCCATTCCATTGGTGAAAAGGTAGGAACCGTCTGGACTTAAGCTCATCCCCGTGATC
GTATCCTGATGGCCCTCCAGCGTCATGGTGGTCTCTCCTTTTCGCAAGTCCCAAACTTTA
ACATCGTTATCTACACCGCCAGTGAAAATCTTATCACCTGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DF45TF U 1
AF RR1DF45JQ C 126
AF RR1GZ69JQ U 623
AF RR1DB18JQ U 558
BS 1 679 RR1DF45TF
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BS 760 760 RR1GZ69JQ
BS 761 1182 RR1DB18JQ

RD RR1DF45TF 679 0 0
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ACAAAGTCGACATAGTTAAGTACATTAACTATGTCACTGCCCCTCAAGCCGGTGCTATTG
CGACATTCTCAGGCACTACAAGGGACATGTTCCAAGGCAAAGCAGTCTTGGAGCTAAGGT
ATGAAGCATATGTGCCAATGGCCACACGATGCCTCAGCTCCATCTGTACAGCCGCTAGAT
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AGTTCTTGATCGACGAGCTCAAGGCAACGGTTCCGATATGGAAGAAGGAGGTGTACACTA
ATGGAGAGGTTTGGAAAGAGAATAGTGAGTTTCTAGAGAAAAGAGACAGTTTGGTGAAGA
AACCTGTGGTTGGAGAACATAAAAGAAGTTGCTGTGGAAGTAAAGTTAGAGTACAAGAAG
ATGAAGAGCATAAAGATATAGGAAGAGATTACAGTTATTCTTGATTACTAGTAGTTGTAG
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ATCTAAAGACTTTAAATTC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1DF45JQ 554 0 0
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GCATATGTGCCAATGGCCACACGATGCTTCAGCTCCATCTGTACAGCCGCTAGATCAAAC
TGGGACATCCACAAGATTGCTGTTGCTCACCGTCTAGGACCAGTTCCCGTTGGAGAAAAC
AGCGTCTTCATCGCTGTCTCATCTGTTCACCGTGCGGATGGTTTAGATGCTTGCAAGTTC
TTGATCGACGAGCTCAAGGCAACGGTTCCGATATGGAAGAAGGAGGTGTACACTAATGGA
GAGGTTTGGAAAGAGAATAGTGAGTTTCTAGAGAAAAGAGACAGTTTGGTGAAGAAACCT
GTGGTTGGAGAACATAAAAGAAGTTGCTGTGGAAGTAAAGTTAGAGTACAAGAAGATGAA
GAGCATAAAGATATAGGAAGAGATTACAGTTATTCTTGATTACTAGTAGTTGTAGCAAAG
AGCAATGTTTAGTCTATCTCTCTCAATAAGCAAAATGTCTTAAACACATTGTTGAATCTA
AAGACTTTAAATTC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR1GZ69JQ 213 0 0
CTCT
CTCAATAAGCAAAATGTCTTAAACACATTGTTGAATCTAAAGACTTTAAATTCAAATTTA
TTTTGCAAATTGTCTCACACAGCTTTAAAACTTTCAAATCTCTCCCAGGTAAATATCTTT
ATCGCTGCTGCAAAAACCAATGATAGGCTCAGTGGGGTGAAACACACACTCATTGACCGA
TCCTTTATGGCCTGGGAGCTTGTAAAAAA

QA 5 213 5 213
DS 

RD RR1DB18JQ 625 0 0
ATAGGAAAAAATTACAGTTATTCTTGATTACTAGTAGTTGTAGCAAAAAGCAATGTTTAG
TCTATCTC*CTCAATAAGCAAAATGTCTTAAACACATTGTTGAATCTAAAGACTTTAAAT
TCAAATTTAGTTTGCAAATTGTCTCACACAGCTTTAAAACTTTCAAATCTCTCCCAGGTA
AATATCTTTATCGCTGCTGCAAGAACCAATGATAGGCTCAGTGGGGTGAAACACACACTC
ATTGACCGATCCTTTATGGCCTGGGAGCTTGTAAAAAATGCCCCGAGTTGTTGTGTCCCA
AATATGAACCATGCGGTCTGCGCTACCAGCAGTGACTTTGGTACCATCAGGTGACCACGA
ACACTTGAGCAGGTTCTTCTCAAAGTTGTGTTGATGCCCTTCAAAAATCTTCACACACCG
GTTCTGTGGAGCGTAAGGACGCATGTCCCACACACAAAGCTTGTTGTCCATTCCATTGGT
GAAAAGGTAGGAACCGTCTGGACTTAAGCTCATCCCCGTGATCGTATCCTGATGGCCCTC
CAGCGTCATGGTGGTCTCTCCTTTTCGCAAGTCCCAAACTTTAACATCGTTATCTACACC
GCCAGTGAAAATCTTATCACCTGCA

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 5

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GGGAATCATCACAATCTCTATACCTCAAACCTACAATAAAATAAAAGAGAGCTACCTAAA
AGGGGAGAGAGAAGAATGGGTCACCAAAACGCTATCGTAGTTTTTGGCCTCGTATTCTTG
ACTGTCCTTGGCCTTGCCGCAGCTGCATCCTCTCCGTCTCCTTCAGCGTCACCCTCCAAA
GCTCCGGCGGCTCCCAAAACTGATGTCGAAGCTCCAGTGAGCGAGGATACCATTGGAACC
ACCGACGACGATGCAGCTGCTTCTCCAGGTGATGGTGACGTGGCTGTGGCTGGTCCTCTA
GGAAGTGACTCCTCCTACGGTAGCAATGGACCTTCACCTTCTACCGATGCTGCTGACAAT
GGGGCGGCTGCTCTTAGCCTCTCTGCGTTCGTTGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCT
TTCTTGTTTCTTTGAGGTGTGTATTATCATCAGAATATTATTCTGTATGAAGTCTATTTA
TTTATATGAATGATTGTGATGGTTGTGTTGTAATTTATTTTTTCTTTTATTATGAGAAAC
GATGTGTTTGTAATAAATCTGAAAAAATAAGTTTTCCACTAGCAAAGATAAAATACGGAA
TCACAGATTGAATTGAATGCAATCCTTTCATGTTTTGAAGATGCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A834JQ C 1
AF RR1BT33TF U 6
AF RR1A834TF U 1
AF RR1BT33JQ C 148
AF RR1E943TF U 6
BS 1 7 RR1A834JQ
BS 8 34 RR1BT33TF
BS 35 35 RR1A834TF
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BS 83 83 RR1A834TF
BS 84 113 RR1BT33TF
BS 114 114 RR1A834TF
BS 115 137 RR1BT33TF
BS 138 138 RR1A834TF
BS 139 516 RR1BT33TF
BS 517 517 RR1A834TF
BS 518 561 RR1BT33TF
BS 562 566 RR1A834TF
BS 567 649 RR1E943TF

RD RR1A834JQ 579 0 0
GGGAATCATCACAATCTCTATACCTCAAACCTACAATAAAATAAAAGAGAGCTACCTAAA
AGGGGAGAGAGAAGAATGGGTCACCAAAACGCTATCGTAGTTTTTGGCCTCGTATTCTTG
ACTGTCCTTGGCCTTGCCGCAGCTGCATCCTCTCCGTCTCCTTCAGCGTCACCCTCCAAA
GCTCCGGCGGCTCCCAAAACTGATGTCGAAGCTCCAGTGAGCGAGGATACCATTGGAACC
ACCGACGACGATGCAGCTGCTTCTCCAGGTGATGGTGACGTGGCTGTGGCTGGTCCTCTA
GGAAGTGACTCCTCCTACGGTAGCAATGGACCTTCACCTTCTACTGATGCTGCTGACAAT
GGGGCGGCTGCTCTTAGCCTCTCTGCGTTCGTTGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCT
TTCTTGTTTCTTTGAGGTGTGTATTATCATCAGAATATTATTCTGTATGAAGTCTATTTA
TTTATATGAATGATTGTGATGGTTGAGTTGTAATTTATTTTTTCTTTTATTTTGAGAAAC
GATGTGTTTGTAATAAATCTGAAAAA
CTAAATTTTCCAC

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1BT33TF 556 0 0
GG
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AGAGAAGAATGGGTCGCCAAAACGCTATCGTAGTTTTTGGCCTCGTGTTCTTGACTGTCC
TTGGCCTTGCTGCAGCTGCATCCTCTCCGTCTCCTTCAGCGTCACCCTCCAAAGCTCCGG
CGGCTCCCAAAACTGATGTCGAAGCTCCAGTGAGCGAGGATACCATTGGAACCACCGACG
ACGATGCAGCTGCTTCTCCAGGTGATGGTGACGTGGCTGTGGCTGGTCCTCTAGGAAGTG
ACTCCTCCTACGGTAGCAATGGACCTTCACCTTCTACCGATGCTGCTGACAATGGGGCGG
CTGCTCTTAGCCTCTCTGCGTTCGTTGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCTTTCTTGT
TTCTTTGAGGTGTGTATTATCATCAGAATATTATTCTGTATGAAGTCTATTTATTTATAT
GAATGATTGTGATGGTTGTGTTGTAATTT*TTTTTTCTTTTATTATGAGAAACGATGTGT
TTGTAATAAATCTG

QA 3 556 3 556
DS 

RD RR1A834TF 579 0 0
GGGAATC
ATCACAATCTCTATACCTCAAACCTACAATAAAATAAAAGAGAGCTACCTAAAAGGGGAG
AGAGAAGAATGGGTCACCAAAACGCTATCGTAGTTTTTGGCCTCGTATTCTTGACTGTCC
TTGGCCTTGCCGCAGCTGCATCCTCTCCGTCTCCTTCAGCGTCACCCTCCAAAGCTCCGG
CGGCTCCCAAAACTGATGTCGAAGCTCCAGTGAGCGAGGATACCATTGGAACCACCGACG
ACGATGCAGCTGCTTCTCCAGGTGATGGTGACGTGGCTGTGGCTGGTCCTCTAGGAAGTG
ACTCCTCCTACGGTAGCAATGGACCTTCACCTTCTACTGATGCTGCTGACAATGGGGCGG
CTGCTCTTAGCCTCTCTGCGTTCGTTGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCTTTCTTGT
TTCTTTGAGGTGTGTATTATCATCAGAATATTATTCTGTATGAAGTCTATTTATTTATAT
GAATGATTGTGATGGTTGAGTTGTAATTTATTTTTTCTTTTATTTTGAGAAACGATGTGT
TTGTAATAAATCTGAAAAA
CTAAATTTTCCAC

QA 8 566 8 566
DS 

RD RR1BT33JQ 437 0 0
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GAAGCTCCAGTGAGCGAGGATACCATTGGAACCACCGACGACGATGCAGCTGCTTCTCCA
GGTGATGGTGACGTGGCTGTGGCTGGTCCTCTAGGAAGTGACTCCTCCTACGGTAGCAAT
GGACCTTCACCTTCTACCGATGCTGCTGACAATGGGGCGGCTGCTCTTAGCCTCTCTGCG
TTCGTTGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCTTTCTTGTTTCTTTGAGGTGTGTATTAT
CATCAGAATATTATTCTGTATGAAGTCTATTTATTTATATGAATGATTGTGATGGTTGTG
TTGTAATTT*TTTTTTCTTTTATTATGAGAAACGATGTGTTTGTAATAAATCTGAAAAA
AATAAGTTTTCCACTAGC

QA 1 419 1 419
DS 

RD RR1E943TF 644 0 0
GG
ATCACAATCTCTATACCTCAAACCTACGATAAAATAAAAGAGAGCTACCTAAAAGGGGAG
AGAGAAGAATGGGTCGCCAAAACGCTATCGTAGTTTTTGGCCTCGTGTTCTTGACTGTCC
TTGGCCTTGCTGCAGCTGCATCCTCTCCGTCTCCTTCAGCGTCACCCTCCAAAGCTCCGG
CGGCTCCCAAAACTGATGTCGAAGCTCCAGTGAGCGAGGATACCATTGGAACCACCGACG
ACGATGCAGCTGCTTCTCCAGGTGATGGTGACGTGGCTGTGGCTGGTCCTCTAGGAAGTG
ACTCCTCCTACGGTAGCAATGGACCTTCACCTTCTACCGATGCTGCTGACAATGGGGCGG
CTGCTCTTAGCCTCTCTGCGTTCGTTGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCTTCCTTGT
TTCTTTGAGGTGTGTATTATCATCAGAATATTATTCTGTATGAAGTCTATTTATTTATAT
GAATGATTGTGATGGTTGTGTTGTAATTTTTTTTTTCTTTTATTATGAGAAACGATGTGT
TTGTAATAAATCTGAAAAAATAAGTTTTCCACTAGCAAAGATAAAATACGGAATCACAGA
TTGAATTGAATGCAATCCTTTCATGTTTTGAAGATGCAAAAA

QA 3 644 3 644
DS 



AS 1 2

CO CL1416Contig1 948 2 8 U
TTTTTTTTTATACAGATCATATACAACAATGTATAGACACTTACACTATATGCTATTAGA
GAAATGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGAGAATTAGAGAGTGTTCCTCAAGAACTGTACAAC
AAAGTAGACAATTGCCAGAAACAATGCAACCTGATAGAAATCTCTTTCGAAGCTGTCGTC
TCTTTGGAAATACTTAGTTGGATCTGTTGGATCACGATATATCTCTGTATCCTCTTTTCG
AGTTGTGAAAGTGGCGGTTATGTCTTTGGTGGCATCGGCCAAGTCTTTAGCTGATTCAGA
AGCAGCGAAGAGGCGGCGTGATGTCCAGAAATAGGCTTGAGCGATAGGGGAAGACGAGGA
CGAGTCCCCAAGACCCTTCATGCTCAATCACTTGGCCACTGATCTGGTTAAGAGTGAATT
CAGATATAACTTTGATGACCAGATCTCCACTTAGAGCAGCAAGAATAGATTTGGGTTTTC
CCTTGAGTGTCCATCTTATACGCAAGACGCTGGTCGATAACATCACCATCTCCTGTATCG
TCACAGTGGGAGTCTCTAACCCAGCAGTGATCCACATTGGTCTTTTATACTTATCACGAC
CTGTAAAACTTCTGACCGAATCCTTATATTTAACTGAGACAGCGTAGCAAGCAAAGGCGC
GATTGCCTTCTCTGATTTCAAGAATGTCGCGAGCAAGTTGCCTGGCAGTGGATTCGACCT
GGGGGCTACTTGTGCACTCAAACTCATTGCATAGTTCCCCAAAGTCAATCTTATCCACAA
GCTTATCCGCTTCTGATTTATCAACCGATACTTCAGTCCTGCTCGAACTATTCAAAACTT
GGGGGAGACGGTGGCGGATCTCAGAAGAAAGCAAAGAGGGACGGAAGAAGCGCCGGAGAA
GGGCGGAGGAGGGAGGAGAAGCACAAGGGACTAGGAAGGAGGAAGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DU19JQ U 1
AF RR1AT60TF C 120
BS 1 368 RR1DU19JQ
BS 369 369 RR1AT60TF
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BS 646 948 RR1AT60TF

RD RR1DU19JQ 645 0 0
TTTTTTTTTATACAGATCATATACAACAATGTATAGACACTTACACTATATGCTATTAGA
GAAATGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGAGAATTAGAGAGTGTTCCTCAAGAACTGTACAAC
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TCTTTGGAAATACTTAGTTGGATCTGTTGGATCACGATATATCTCTGTATCCTCTTTTCG
AGTTGTGAAAGTGGCGGTTATGTCTTTGGTGGCATCGGCCAAGTCTTTAGCTGATTCAGA
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CGAGTCCC*AAGACTCTTCATGCTCAATCACTTGGCCACTGATCTGGTTAAGAGTGAATT
CAGATATAACTTTGATGACCAGATCTCCACTTAGAGCAGCAAGAATAGATTTGGGTTTTC
CCTTGAGTGTCCATCTTATACGCAAGACGCTGGTCGATAACATCACCATCTCCTGTATCG
TCACAGTGGGAGTCTCTAACCCAGCAGTGATCCACATTGGTCTTTTATACTTCTCACGAC
CTGTAAAACTTCTGACCGAATCCTTATATTTAACTGAGACAGCGT

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1AT60TF 829 0 0
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CTCTTTGGAAATACTTAGTTGGATCTGTTGGATCACGATATATCTCTGTATCCTCTTTTC
GAGTTGTGAAAGTGGCGGTTATGTCTTTGGTGGCATCGGCCAAGTCTTTAGCTGATTCAG
AAGCAGCGAAGAGGCGGCGTGATGTCCAGAAATAGGCTTGAGCGATAGGGGAAGACGAGG
ACGAGTCCCCAAGACCCTTCATGCTCAATCACTTGGCCACTGATCTGGTTAAGAGTGAAT
TCAGATATAACTTTGATGACCAGATCTCCACTTAGAGCAGCAAGAATAGATTTGGGTTTT
CCCTTGAGTGTCCATCTTATACGCAAGACGCTGGTCGATAACATCACCATCTCCTGTATC
GTCACAGTGGGAGTCTCTAACCCAGCAGTGATCCACATTGGTCTTTTATACTTATCACGA
CCTGTAAAACTTCTGACCGAATCCTTATATTTAACTGAGACAGCGTAGCAAGCAAAGGCG
CGATTGCCTTCTCTGATTTCAAGAATGTCGCGAGCAAGTTGCCTGGCAGTGGATTCGACC
TGGGGGCTACTTGTGCACTCAAACTCATTGCATAGTTCCCCAAAGTCAATCTTATCCACA
AGCTTATCCGCTTCTGATTTATCAACCGATACTTCAGTCCTGCTCGAACTATTCAAAACT
TGGGGGAGACGGTGGCGGATCTCAGAAGAAAGCAAAGAGGGACGGAAGAAGCGCCGGAGA
AGGGCGGAGGAGGGAGGAGAAGCACAAGGGACTAGGAAGGAGGAAGTAG

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 5

CO CL1417Contig1 874 5 21 U
GCAAAGGAAAATAACACATCCATATTCAAAATACACGAAAACTTATTTAAATGGGTTCTT
CTAGTAAGTTTTAGAGACAAGACATCTACTTGCACAATCAAAAACATTCACATACCCAAT
ATCAAAAAGGTCCAGATAATATTTATAATCGTTTCTTTGCATCACAGTAGATACAATCAT
CTCGATGCAAATGAACATCACCCTCATTACGCCTTGTCAGCGATGTTGTTGGACAGCCAG
TCCAGACCTTCGTACAGTCCTTCACCTGAAGTGGCGCATGTACTCTGAATGTACCAGTGA
CGCTGACGCAGGGAGTGAAGGCCAAGCTTATCAGTGATTTCAGCTGCATTCATCGCATTA
GGAAGATCTTGTTTGTTGGCAAACACAAGCAGCACAGCATCACGCAGTTCGTCCTCATTG
AGCATCCTGTGCAGTTCATCTCTAGCTTCAACAACTCTGTCTCTGTCGTTGCTGTCCACG
ACAAAGATCAGACCCTGAGTGTTCTGGAAGTAATGCCTCCACAAAGGACGGATCTTGTCC
TGACCCCCGACATCCCACACAGTAAAACTGATGTTCTTGTACTCCACAGTTTCCACATTG
AAACCAATAGTGGGGATGGTGGTGACAATCTCACCGAGCTTGAGCTTGTACAAGATAGTG
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CTGCTAAACAGCTTTGCGAAACTCAACCCCATCTTTTACTG***AGAATGCAAAAGCTCA
GATCC*AGATCGTGAAAGCGTACCTCTGTAGAATATAACCGAGAGATCTGAGAGCGAAGC
TTAAGAGAAACGCGAGATGCGAGACGACGAGGCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 15 30 30 15 15 30 15 15 15 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 15 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN08JQ U 1
AF RR1CN17JQ U 6
AF RR1D801JQ U 6
AF RR1CN17TF C 62
AF RR1DN08TF C 264
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BS 246 301 RR1DN08JQ
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DS 

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AAAGGTCCAGATAATATTTATAATCGTTTCTTTGCATCACAGTAGATACAATCATCTCGA
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AAACAGCTTTGCGAAACTCAACCCCATCTTTTACTG***AGAATGCAAAAGCTCAGATCC
*AGATCGTGAAAGCGTACCTCTGT
C

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DS 

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AAGTTTTAGAGACAAGACATCTACTTGCACAATCAAAAACATTCACATACCCAATATCAA
AAAGGTCCAGATAATATTTATAATCGTTTCTTTGCATCAAAGTAGATACAATCATCTCGA
TGCAAATGAACATCACCCTCATTACGCCTTGCCAGCGATGTTGTTGGACAGCCAGTCCAG
ACCTTCGTACAGTCCTTCACCTGAAGTGGCGCATGTACTCTGGATGTACCAGTGACGCTG
ACGCAGGGAGTGAAGGCCAAGCTTATCAGTGATTTCAGCTGCATTCATCGCATTAGGAAG
ATCTTGTTTGTTGGCAAACACAAGCAGCACAGCATCACGCAGTTCGCCCTCATTGAGCAT
CCTGTGCAGTTCATCTCTAGCTTCAACAACTCTGTCTCTGTCGTTGCTGTCCACGACAAA
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CCCGACATCCCACGCAGTAAAACTGATGTTCTTGTACTCCACAGTTTCCACATTGAAACC
AATAGTGGGGATGGTGGTGACAATCTCACCGAGCTTGAGCTTGTACAAGATAGTGGTCTT
ACCAGCAGCATCAAGACCAACCATCAGAATCCTCATCTCCTTCTTTGCAAAGAGCCTGCT
AAACAGCTTTGCGAAACTCAACCCCGTCTTTTACTCTGTAGAATATAACCGAG*AGATCT
GAGAGC

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CTAGTAAG
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AATGAACATCACCCTCATTACGCCTTGTCAGCGATGTTGTTGGACAGCCAGTCCAGACCT
TCGTACAGTCCTTCACCTGAAGTGGCGCATGTACTCTGAATGTACCAGTGACGCTGACGC
AGGGAGTGAAGGCCAAGCTTATCAGTGATTTCAGCTGCATTCATCGCATTAGGAAGATCT
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TGCAGTTCATCTCTAGCTTCAACAACTCTGTCTCTGTCGTTGCTGTCCACGACAAAGATC
AGACCCTGAGTGTTCTGGAAGTAATGCCTCCACAAAGGACGGATCTTGTCCTGACCCCCG
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GTGGGGATGGTGGTGACAATCTCACCGAGCTTGAGCTTGTACAAGATAGTGGTCTTACCA
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AGCTTTGCGAAACTCAACCCCATCTTTTACTG***AGAATGCAAAAGCTCAGATCC*AGA
TCGTGAAAGCGTACCTCTGT
CC

QA 9 748 9 748
DS 

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CA
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GGAAGTAATGCCTCCACAAAGGACGGATCTTGTCCTGACCCCCGACATCCCACACAGTAA
AACTGATGTTCTTGTACTCCACAGTTTCCACATTGAAACCAATAGTGGGGATGGTGGTGA
CAATCTCACCGAGCTTGAGCTTGTACAAGATAGTGGTCTTACCAGCAGCATCAAGACCAA
CCATCAGAATCCTCATCTCCTTCTTTGCAAAGAGCCTGCTAAACAGCTTTGCGAAACTCA
ACCCCATCTTTTACTG***AGAATGCAAAAGCTCAGATCC*AGATCGTGAAAGCGTACCT
CTGTAGAATATAACCGAGAGATCTGAGAGCGAAGCTTAAGAGAAACGCGAGATGCGAGAC
GACGAGGCC

QA 3 611 3 611
DS 



AS 1 5

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CCTTATGCCACACCAGAAACCCTAAAACCCGATTCTTCTTCTCTTCAATTCAAGCTCCGT
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ACACTTCGCCGTCGTCTCCGGAGGAAGTTACCAAGAAATACGGGCTCGAAGTTGGTCTGT
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CGAAAACAGATGAAGCTAAGGAGTTGCTTGCAAAGTACGGCGGTGCTTACCTTGCAACGT
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ATGTTCAAGCTCTCCTTCTCAAGGTTGGGATCTCGACGAATGAGACGGGAGAGAAAGTGG
GAGCCTTTGCTTTGGCTTACGCAGCGCATAAAGCTGCTTCTCCCATAGGGTTTCCGCCTA
CGGTGGCTTTGACTCCTATTGTAGCTAATTGGATTGGGAAGAAAGTTGACAAGGAGAAGG
ATGAATAATAGTCTTTTCTTCCCTTTTGTTTATTTTGG*AGGTACTAAAAATGTACATGT
TACTGGATAATCATTAATATATTTACACACATCTCTCTACCTTATGTCTACAAAGAGTTT
TAGAAACTAAGTTGTGAGATTGCTCAAAAAAAAA


BQ
10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B258JQ C 3
AF RR1B258TF U 3
AF RR1EC79TF U 3
AF RR1FL35JQ C 1
AF RR1FL35TF U 1
BS 1 2 RR1FL35JQ
BS 3 312 RR1FL35TF
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QA 1 373 1 373
DS 

RD RR1B258TF 689 0 0
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AAGATATTGACCTCAAAGGATGAAGAAAGTGATGGAGAGAAGAAGAATAAGAAGAAGTCG
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CTGGATAATCATTAATATATTT
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QA 1 682 1 682
DS 

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AAGATATTGACCTCAAAGGATGAAGGAAGTGATGGAGAGAAGAAGAATAAGAAGAAGTCG
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ATCACCCTTTCACTCATCTCCTTCTCTCTCTGCTACGCTCTCGTTACTTCTGGTGTTGAT
GTTCAAGCTCTCCTTCTCAAGGTTGGGATCTCGACGAATGAGACGGGAGAGAAAGTGGGA
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GAATAATAGTCTTTTCTTCCCTTTTGTTTATTTTGG**AGTACTAAAAATGTACATGTTA
CTGGATAATCATTAATATATTTAC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1FL35JQ 745 0 0
GGGGGTGGCTGAAAATAATGGCGATGATTCTGCAAGTCTCTCCTTCTTCCACTCCCTCTT
CCTTATGCCACACCAGAAACCCTAAAACCCGATTCTTCTTCTCTTCAATTCAAGCTCCGT
CGGAGTCTAATACGAAGAGATTCAGATGCAGAGCCGTCCGAGAGAAAGCCGAGGAGAAGA
ACACTTCGCCGTCGTCTCCGGAGGAAGTTACCAAGAAATACGGGCTCGAAGTTGGTCTGT
GGAAGATATTGACCTCAAAGGATGAAGAAAGTGATGGAGAGAAGAAGAATAAGAAGAAGT
CGAAAACAGATGGAGCTAAGGAGTTGCTTGCAAAGTACGGCGGTGCTTACCTTGCAACGT
CCATCACCCTTTCACTCATCTCCTTCTCTTTCTGCTACGCTCTCGTTACTTCTGGTGTTG
ATGTTCAAGCTCTCCTTCTCAAGGTTGGGATCTCGACGAATGAGACGGGAGAGAAAGTGG
GAGCCTTTGCTTTGGCTTACGCAGCGCATAAAGCTGCTTCTCCCATAGGGTTTCCGCCTA
CGGTGGCTTTGACTCCTATTGTAGCTAATTGGATTGGGAAGAAAGTTGACAAGGAGAAGG
ATGAATAATAGTCTTTTCTTCCCTTTTGTTTATTTTGG*AGGTACTAAAAATGTACATGT
TACTGGATAATCATTAATATATTTACACACATCTCTCTACCTTATGTCTACAAAGAGTTT
TAGAAACTAAGTTGTGAGATTGCTC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1FL35TF 754 0 0
GG
GGGTGGCTGAAAATAATGGCGATGATTCTGCAAGTCTCTCCTTCTTCCACTCCCTCTTCC
TTATGCCACACCAGAAACCCTAAAACCCGATTCTTCTTCTCTTCAATTCAAGCTCCGTCG
GAGTCTAATACGAAGAGATTCAGATGCAGAGCCGTCCGAGAGAAAGCCGAGGAGAAGAAC
ACTTCGCCGTCGTCTCCGGAGGAAGTTACCAAGAAATACGGGCTCGAAGTTGGTCTGTGG
AAGATATTGACCTCAAAGGATGAAGAAAGTGATGGAGAGAAGAAGAATAAGAAGAAGTCG
AAAACAGATGGAGCTAAGGAGTTGCTTGCAAAGTACGGCGGTGCTTACCTTGCAACGTCC
ATCACCCTTTCACTCATCTCCTTCTCTCTCTGCTACGCTCTCGTTACTTCTGGTGTTGAT
GTTCAAGCTCTCCTTCTCAAGGTTGGGATCTCGACGAATGAGACGGGAGAGAAAGTGGGA
GCCTTTGCTTTGGCTTACGCAGCGCATAAAGCTGCTTCTCCCATAGGGTTTCCGCCTACG
GTGGCTTTGACTCCTATTGTAGCTAATTGGATTGGGAAGAAAGTTGACAAGGAGAAGGAT
GAATAATAGTCTTTTCTTCCCTTTTGTTTATTTTGG*AGGTACTAAAAATGTACATGTTA
CTGGATAATCATTAATATATTTACACACATCTCTCTACCTTATGTCTACAAAGAGTTTTA
GAAACTAAGTTGTGAGATTGCTCAAAAAAAAA

QA 3 754 3 754
DS 



AS 2 6

CO CL1419Contig1 833 4 21 U
GGAAACAAATGAAGAAGGAAACATAAATTGATTTGATATCCCCTGACAAATCGTAGTAAT
GGCGATAACGGCGACTAGATTGGTATCTCTAACTCTGTTGTGGGTAGTCGTCCTCTTCGT
CACACTTGCTCTCATCCAGATGAAATTGACTGATGTTGCTGATCCTATGGGCAACGAGAA
GACTGCTGATCCTATGGTAGGAGGAGAGGATTTAGAAGGAGTTACCCACAAAGTTTACTT
TGATATTCAGATCAATGGTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGCTTTTTGGGAAGAT
AGTTCCTAAAACCGCAGAGAACTTTCGAGCGCTTTGCACGGGAGAGAAAGGAGTTGGGAA
CATGGGGAAACCACTTTATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCACAGGATCATTCCTAGCTTCAT
GATTCAAGGTGGAGATTTCACACGAGGTGATGGGAGAGGTGGAGAGTCCATCTATGGCGA
TAAGTTTGCAGATGAGAACTTCAAACTCAAACACACCGGGCCAGGAGTCTTATCAATGGC
AAACTCGGGACCAGACTCCAACGGTTCACAGTTCTTCATCACAACCGTCACCACAAATTG
GTTGGACGGACATCACGTTGTGTTTGGGAAGGTATTGTCAGGCATGGAAGTAGTGCGGAA
GATCGAAGCTCAAGGACAAAGCAGTGGAGAGCCCAAAGGAAAAGTTATCATTTTGGACAG
CGGAGAAATTTCTTTGTAATATTATCTTTCTTCCACTTTAAGAAACTTCTAAGAACTTAA
ATGTTTTTCATCGTTATGACACACACAAAGATCAAGTGTTACACTCTTTCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO29TF U 7
AF RR1CP27TF U 1
AF RR1AO29JQ C 3
AF RR1CP27JQ C 123
BS 1 25 RR1CP27TF
BS 26 27 RR1AO29TF
BS 28 42 RR1CP27TF
BS 43 43 RR1AO29TF
BS 44 49 RR1CP27TF
BS 50 50 RR1AO29TF
BS 51 56 RR1CP27TF
BS 57 57 RR1AO29TF
BS 58 90 RR1CP27TF
BS 91 91 RR1AO29TF
BS 92 170 RR1CP27TF
BS 171 171 RR1AO29TF
BS 172 174 RR1CP27TF
BS 175 175 RR1AO29TF
BS 176 431 RR1CP27TF
BS 432 432 RR1AO29TF
BS 433 678 RR1CP27TF
BS 679 751 RR1AO29JQ
BS 752 752 RR1CP27JQ
BS 753 806 RR1AO29JQ
BS 807 833 RR1CP27JQ

RD RR1AO29TF 617 0 0
GGAAAACAAAT
GAAACATAAATTGATTTGATATCCCCTGACAAATCGTAGTAATGGCGATAACGGCGACTA
GATTGGTATCTCTAACTCTGTTGTGGGTAGTCGTCCTCTTCGTCACACTTGCTCTCATCC
AGATGAAATTGACTGATGTTGCTGATCCTATGGGGAACGAGAAGATTGCTGATCCTATGG
TAGGAGGAGAGGATTTAGAAGGAGTTACCCACAAAGTTTACTTTGATATTCAGATCAATG
GTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGCTTTTTGGGAATATAGTTCCTAAAACCGCAG
AGAACTTTCGAGCGCTTTGCACGGGAGAGAAAGGAGTTGGGAACATGGGGAAACCACTTT
ATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCACAGGATCATTCCTAGCTTCATGATTCAAGGTGGAGATT
TCACACGAGGTGATGGGAGAGGTGGAGAGTCCATCTATGGCGATAAGTTTGCAGATGAGA
ACTTCAAACTCAAACACACCGGGCCAGGAGTCTTATCAATGGCAAACTCGGGACCAGACT
CCAACGGTTCACAGTTCTTCATCACAACCGTCACCACAAATTGGTTGGACGGACATCACG
TTGTGT

QA 12 617 12 617
DS 

RD RR1CP27TF 678 0 0
GGAAACAAATGAAGAAGGAAACATAGTTTGATTTGATATCCCGTGACAAGTCGTAGGAAT
GGCGATAACGGCGACTAGATTGGTATCTCTGACTCTGTTGTGGGTAGTCGTCCTCTTCGT
CACACTTGCTCTCATCCAGATGAAATTGACTGATGTTGCTGATCCTATGGTCAATGAGAA
GACTGCTGATCCTATGGTAGGAGGAGAGGATTTAGAAGGAGTTACCCACAAAGTTTACTT
TGATATTCAGATCAATGGTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGCTTTTTGGGAAGAT
AGTTCCTAAAACCGCAGAGAACTTTCGAGCGCTTTGCACGGGAGAGAAAGGAGTTGGGAA
CATGGGGAAACCACTTTATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCACAGGATCATTCCTAGCTTCAT
GATTCAAGGTGTAGATTTCACACGAGGTGATGGGAGAGGTGGAGAGTCCATCTATGGCGA
TAAGTTTGCAGATGAGAACTTCAAACTCAAACACACCGGGCCAGGAGTCTTATCAATGGC
AAACTCGGGACCAGACTCCAACGGTTCACAGTTCTTCATCACAACCGTCACCACAAATTG
GTTGGACGGACATCACGTTGTGTTTGGGAAGGTATTGTCAGGCATGGAAGTAGTGCGGAA
GATCGAAGCTCAAGGACA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1AO29JQ 804 0 0
CGGGGGAAAACAAAT
GAAACATAAATTGATTTGATATCCCCTGACAAATCGTAGTAATGGCGATAACGGCGACTA
GATTGGTATCTCTAACTCTGTTGTGGGTAGTCGTCCTCTTCGTCACACTTGCTCTCATCC
AGATGAAATTGACTGATGTTGCTGATCCTATGGGGAACGAGAAGATTGCTGATCCTATGG
TAGGAGGAGAGGATTTAGAAGGAGTTACCCACAAAGTTTACTTTGATATTCAGATCAATG
GTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGCTTTTTGGGAATATAGTTCCTAAAACCGCAG
AGAACTTTCGAGCGCTTTGCACGGGAGAGAAAGGAGTTGGGAACATGGGGAAACCACTTT
ATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCACAGGATCATTCCTAGCTTCATGATTCAAGGTGGAGATT
TCACACGAGGTGATGGGAGAGGTGGAGAGTCCATCTATGGCGATAAGTTTGCAGATGAGA
ACTTCAAACTCAAACACACCGGGCCAGGAGTCTTATCAATGGCAAACTCGGGACCAGACT
CCAACGGTTCACAGTTCTTCATCACAACCGTCACCACAAATTGGTTGGACGGACATCACG
TTGTGTTTGGGAAGGTATTGTCAGGCATGGAAGTAGTGCGGAAGATCGAAGCTCAAGGAC
AAAGCAGTGGAGAGCCCAAAGGAAAAGTTATCATTTTGGACAGCGGAGAAATTTCTTTGT
AATATTATCTTTCT*CCACTTTAAGAAACTTCTAAGAACTTAAATGTTTTTCATCGTTAT
GACACACAC

QA 16 804 16 804
DS 

RD RR1CP27JQ 711 0 0
CACTTGCTCTCATCCAGATGAAATTGACTGATGTTGCTGATCCTATGGTCAATGAGAAGA
CTGCTGATCCTATGGTAGGAGGAGAGGATTTAGAAGGAGTTACCCACAAAGTTTACTTTG
ATATTCAGATCAATGGTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGCTTTTTGGGAAGATAG
TTCCTAAAACCGCAGAGAACTTTCGAGCGCTTTGCACGGGAGAGAAAGGAGTTGGGAACA
TGGGGAAACCACTTTATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCACAGGATCATTCCTAGCTTCATGA
TTCAAGGTGTAGATTTCACACGAGGTGATGGGAGAGGTGGAGAGTCCATCTATGGCGATA
AGTTTGCAGATGAGAACTTCAAACTCAAACACACCGGGCCAGGAGTCTTATCAATGGCAA
ACTCGGGACCAGACTCCAACGGTTCACAGTTCTTCATCACAACCGTCACCACAAATTGGT
TGGACGGACATCACGTTGTGTTTGGGAAGGTATTGTCAGGCATGGAAGTAGTGCGGAAGA
TCGAAGCTCAAGGACAAAGCAGTGGAGAGCCCAAAGGAAAAGTTATCATTTTGGACAGCG
GAGAAATTTCTTTGTAATATTATCTTTCTTCCACTTTAAGAAACTTCTAAGAACTTAAAT
GTTTTTCATCGTTATGACACACACAAAGATCAAGTGTTACACTCTTTCATC

QA 1 711 1 711
DS 



CO CL1419Contig2 722 2 1 U
GTCCTCTTCGTCACTCTTGCTCTCATCCAGATGAAATTGACTGATGTTGCTGATCCTATG
GTCAATGAGAAGACTGCTGATCCTATGGTAGGAAGAGAGGATTTAGAAGGAGTTACCCAC
AAAGTTTACTTTGATATTCAGATCAATGGTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGCTT
TTTGGGAAGATAGTTCCTAAAACCGCAGAGAACTTTCGAGCTTTGCACGGGTAGCCAAGA
GAGAAAGGAGTTGGGAACATGGGGAAACCACTTTATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCACAGG
ATCATTCCTAGCTTCATGATTCAAGGTGGAGATTTCACACGAGGTGATGGGAGAGGTGGA
GAGTCCATCTATGGCGATAAGTTTGCAGATGAGAACTTCAAACTCAAACACACCGGGCCA
GGAGTCTTATCAATGGCAAACTCGGGACCAGACTCCAACGGTTCACAGTTCTTCATCACA
ACCGTCACCACAAATTGGTTGGACGGACATCACGTTGTGTTTGGGAAGGTATTGTCAGGC
ATGGAAGTAGTGCGGAAGATCGAAGCTCAAGGACAAAGCAGTGGAGAGCCCAAAGGAAAA
GTTATCATTTTGGACAGCGGAGAAATTTCTTTGTAATATTATCTTTCTTCCACTTTAAGA
AACTTCTAAGAACTTAATGTTTTTCATCGTTATGACACACACAAAGATCAAGTGTTACAC
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1GW42TF U 1
AF RR1GW42JQ C 15
BS 1 722 RR1GW42TF

RD RR1GW42TF 722 0 0
GTCCTCTTCGTCACTCTTGCTCTCATCCAGATGAAATTGACTGATGTTGCTGATCCTATG
GTCAATGAGAAGACTGCTGATCCTATGGTAGGAAGAGAGGATTTAGAAGGAGTTACCCAC
AAAGTTTACTTTGATATTCAGATCAATGGTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGCTT
TTTGGGAAGATAGTTCCTAAAACCGCAGAGAACTTTCGAGCTTTGCACGGGTAGCCAAGA
GAGAAAGGAGTTGGGAACATGGGGAAACCACTTTATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCACAGG
ATCATTCCTAGCTTCATGATTCAAGGTGGAGATTTCACACGAGGTGATGGGAGAGGTGGA
GAGTCCATCTATGGCGATAAGTTTGCAGATGAGAACTTCAAACTCAAACACACCGGGCCA
GGAGTCTTATCAATGGCAAACTCGGGACCAGACTCCAACGGTTCACAGTTCTTCATCACA
ACCGTCACCACAAATTGGTTGGACGGACATCACGTTGTGTTTGGGAAGGTATTGTCAGGC
ATGGAAGTAGTGCGGAAGATCGAAGCTCAAGGACAAAGCAGTGGAGAGCCCAAAGGAAAA
GTTATCATTTTGGACAGCGGAGAAATTTCTTTGTAATATTATCTTTCTTCCACTTTAAGA
AACTTCTAAGAACTTAATGTTTTTCATCGTTATGACACACACAAAGATCAAGTGTTACAC
TC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1GW42JQ 708 0 0
T
CTTGCTCTCATCCAGATGAAATTGACTGATGTTGCTGATCCTATGGTCAATGAGAAGACT
GCTGATCCTATGGTAGGAAGAGAGGATTTAGAAGGAGTTACCCACAAAGTTTACTTTGAT
ATTCAGATCAATGGTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGCTTTTTGGGAAGATAGTT
CCTAAAACCGCAGAGAACTTTCGAGCTTTGCACGGGTAGCCAAGAGAGAAAGGAGTTGGG
AACATGGGGAAACCACTTTATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCACAGGATCATTCCTAGCTTC
ATGATTCAAGGTGGAGATTTCACACGAGGTGATGGGAGAGGTGGAGAGTCCATCTATGGC
GATAAGTTTGCAGATGAGAACTTCAAACTCAAACACACCGGGCCAGGAGTCTTATCAATG
GCAAACTCGGGACCAGACTCCAACGGTTCACAGTTCTTCATCACAACCGTCACCACAAAT
TGGTTGGACGGACATCACGTTGTGTTTGGGAAGGTATTGTCAGGCATGGAAGTAGTGCGG
AAGATCGAAGCTCAAGGACAAAGCAGTGGAGAGCCCAAAGGAAAAGTTATCATTTTGGAC
AGCGGAGAAATTTCTTTGTAATATTATCTTTCTTCCACTTTAAGAAACTTCTAAGAACTT
AATGTTTTTCATCGTTATGACACACACAAAGATCAAGTGTTACACTC

QA 2 708 2 708
DS 



AS 2 5

CO CL1420Contig1 1036 2 10 U
ACACGGTTCCAGCATCTTCTTCTTCTTCAACCCAGATTCCTCTTTTCTCACCCGTCTCGT
GGTGTTCTCCGACATCCTCTAATCAGAACTCGAACAGTCATCAGATCGGTGACGGGTTCT
TCCTCTTCCTCCTCCTCCTCGAAGTTTCTCTTCCGTCAGCTCTTTGAGAAAGAGTCTTCC
ACTTACACCTATCTCCTCGCTGACGTTTCGCATCCGGATAAACCTGCTTTGTTGATTGAT
CCGGTGGACAAGACAGTTGATAGAGACTTGAAGCTGATCAATGAGCTAGGCTTGAAGCTT
GTGTATGCTATGAACACTCATGTTCATGCCGATCACGTCACTGGCACTGGACTTCTTAAG
ACAAAGGTCCCGGGGTGTGAAATCAGTCATTTCGAAAGCAAGTGGTTCTAAAGCAGATAT
GTTTCTTGAGCCTGGTGACAAAGTATCTATTGGTGATATGTACCTTGAGGTTCGTGCTAC
ACCTGGACATACTGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAGGACGCGAATCAGCCCCA
ACCAAGAATGGCTTTTACCGGGGATGCTATACTTATCCGCGGTTGTGGAAGGACCGACTT
TCAGGGTGGAAGTTCGGATCAACTCTATGAGTCTGTGCACTCACAGATATTTACATTGCC
AAAGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAGGTTACGAGGTAAGTACAGTTGG
AGAAGAGATGCAACACAACCCTCGTTTAACCAAAGATAAAGAAACATTCAAATCCATCAT
GTCAAATCTGAATCCGGCGTATCCGAAGATGATTGATGTTGCAGTTCCAGCAAACATGGT
ATGTGGATTACAAGATTTGCCTGCTCAAGCCAACTTATAACTCTCTACACAAATGTCTCT
CTCCCACACACTCTTGAGAGTTTGTTTATTTGTCCAATAAGGTCTTGTCGTACTAGATAA
GATCATTAGAAGATTATGTAAGTTACATTGGACATATGGAGTTTGTATTGGAGATGATAA
TATATATTACGTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX85TF U 1
AF RR1CX85JQ C 344
BS 1 374 RR1CX85TF
BS 375 375 RR1CX85JQ
BS 376 589 RR1CX85TF
BS 590 590 RR1CX85JQ
BS 591 621 RR1CX85TF
BS 622 622 RR1CX85JQ
BS 623 664 RR1CX85TF
BS 665 665 RR1CX85JQ
BS 666 695 RR1CX85TF
BS 696 1036 RR1CX85JQ

RD RR1CX85TF 695 0 0
ACACGGTTCCAGCATCTTCTTCTTCTTCAACCCAGATTCCTCTTTTCTCACCCGTCTCGT
GGTGTTCTCCGACATCCTCTAATCAGAACTCGAACAGTCATCAGATCGGTGACGGGTTCT
TCCTCTTCCTCCTCCTCCTCGAAGTTTCTCTTCCGTCAGCTCTTTGAGAAAGAGTCTTCC
ACTTACACCTATCTCCTCGCTGACGTTTCGCATCCGGATAAACCTGCTTTGTTGATTGAT
CCGGTGGACAAGACAGTTGATAGAGACTTGAAGCTGATCAATGAGCTAGGCTTGAAGCTT
GTGTATGCTATGAACACTCATGTTCATGCCGATCACGTCACTGGCACTGGACTTCTTAAG
ACAAAGGTCCCGGG*TGTGAAATCAGTCATTTCGAAAGCAAGTGGTTCTAAAGCAGATAT
GTTTCTTGAGCCTGGTGACAAAGTATCTATTGGTGATATGTACCTTGAGGTTCGTGCTAC
ACCTGGACATACTGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAGGACGCGAATCAGCCCCA
ACCAAGAATGGCTTTTACCGGGGATGCTATACTTATCCGCGGTTGTGGA*GGACCGACTT
TCAGGGTGGAAGTTCGGATCA*CTCTATGAGTCTGTGCACTCACAGATATTTACATTGCC
AAAG*ACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1CX85JQ 693 0 0
GCAC
TGGACTTCTTAAGACAAAGGTCCCGGGGTGTGAAATCAGTCATTTCGAAAGCAAGTGGTT
CTAAAGCAGATATGTTTCTTGAGCCTGGTGACAAAGTATCTATTGGTGATATGTACCTTG
AGGTTCGTGCTACACCTGGACATACTGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAGGACG
CGAATCAGCCCCAACCAAGAATGGCTTTTACCGGGGATGCTATACTTATCCGCGGTTGTG
GAAGGACCGACTTTCAGGGTGGAAGTTCGGATCAACTCTATGAGTCTGTGCACTCACAGA
TATTTACATTGCCAAAGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAGGTTACGAGG
TAAGTACAGTTGGAGAAGAGATGCAACACAACCCTCGTTTAACCAAAGATAAAGAAACAT
TCAAATCCATCATGTCAAATCTGAATCCGGCGTATCCGAAGATGATTGATGTTGCAGTTC
CAGCAAACATGGTATGTGGATTACAAGATTTGCCTGCTCAAGCCAACTTATAACTCTCTA
CACAAATGTCTCTCTCCCACACACTCTTGAGAGTTTGTTTATTTGTCCAATAAGGTCTTG
TCGTACTAGATAAGATCATTAGAAGATTATGTAAGTTACATTGGACATATGGAGTTTGTA
TTGGAGATGATAATATATATTACGTGTTC

QA 5 693 5 693
DS 



CO CL1420Contig2 1042 3 6 U
GAATCTTCTTCTTCTTCAACCCAGATTCCTCTTTTCTCACCCGTCTCGTGGTGTTCTCCG
ACATCCTCTAATCAGAGCTCGAACAGTCATCAGATCAGTGATGGGTTCTTCCTCTTCCTC
CTCCAAGCTTCTCTTCCGACAGCTCTTCGAGAAAGAGTCTTCCACTTACACCTATCTCCT
CGCTGACGTTTCGCATCCGGATAAACCTGCTCTGTTGATTGATCCGGTGGACAAGACTGT
TGATAGAGACTTGAAGCTGATCAATGAGCTAGGCTTGAAGCTTGTCTATGCTATGAACAC
TCATGTTCATGCCGATCATGTCACTGGCACTGGACTTCTTAAGACGAAGGTCCCAGGTGT
GAAATCAGTCATTTCGAAAGCAAGTGGTTCCAAAGCAGACATGTTTCTTGAGCCTGGTGA
CAGAGTATCCATTGGTGATATATACCTTGAGGTCCGTGCTACACCTGGACATACTGCAGG
ATGTGTTACATATGTGACTGGAGAGGACGCTGATCAGCCCCAACCAAGAATGGCTTTTAC
AGGGGATGCTGTACTCATCCGCGGTTGTGGGAGGACCGACTTTCAGGGTGGAAGCTCGGA
TCAACTCTATGAGTCTGTGCACTCACAGATATTTACATTGCCAAAGGACACATTGATCTA
TCCAGCTCATGACTACAAAGGTTACGAGGTAAGTACAGTTGGAGAAGAGATGCAACACAA
CCCTCGTTTAACCAAAGATAAAGAAACATTCAAATCCATCATGTCAAATCTGAATCTGGC
GTATCCGAAGATGATTGATGTTGCAGTTCCAGCAAACATGGTATGTGGATTACAAGATTT
GCCTGCTCAAGCCAACTTATAACTCTCTACACAAATGTCTCTCTCCCACACACTCTTGAG
AGTTTGTTTATTTGTCCAATAAGGTCTTGTCGTACTAGATAAGATCATTAGAAGATTATG
TAAGTTACATTGGACATATGGAGTTTGTATTGGAGATGATAATATATATTACGTGTTCAA
CTTTTGTTTGGTTTGCTGCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G523TF U 1
AF RR1DZ93TF U 712
AF RR1G523JQ C 331
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CTCCAAGCTTCTCTTCCGACAGCTCTTCGAGAAAGAGTCTTCCACTTACACCTATCTCCT
CGCTGACGTTTCGCATCCGGATAAACCTGCTCTGTTGATTGATCCGGTGGACAAGACTGT
TGATAGAGACTTGAAGCTGATCAATGAGCTAGGCTTGAAGCTTGTCTATGCTATGAACAC
TCATGTTCATGCCGATCATGTCACTGGCACTGGACTTCTTAAGACGAAGGTCCCAGGTGT
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GTTA

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DS 

RD RR1DZ93TF 311 0 0
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ACAAGATTTGCCTGCTCAAGCCAACTTATAACTCTCTACACAAATGTCTCTCTCCCACAC
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CGTGTTC
AACT

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CAAAGCAGACATGTTTCTTGAGCCTGGTGACAGAGTATCCATTGGTGATATATACCTTGA
GGTCCGTGCTACACCTGGACATACTGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAGGACGC
TGATCAGCCCCAACCAAGAATGGCTTTTACAGGGGATGCTGTACTCATCCGCGGTTGTGG
GAGGACCGACTTTCAGGGTGGAAGCTCGGATCAACTCTATGAGTCTGTGCACTCACAGAT
ATTTACATTGCCAAAGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAGGTTACGAGGT
AAGTACAGTTGGAGAAGAGATGCAACACAACCCTCGTTTAACCAAAGATAAAGAAACATT
CAAATCCATCATGTCAAATCTGAATCTGGCGTATCCGAAGATGATTGATGTTGCAGTTCC
AGCAAACATGGTATGTGGATTACAAGATTTGCCTGCTCAAGCCAACTTATAACTCTCTAC
ACAAATGTCTCTCTCCCACACACTCTTGAGAGTTTGTTTATTTGTCCAATAAGGTCTTGT
CGTACTAGATAAGATCATTAGAAGATTATGTAAGTTACATTGGACATATGGAGTTTGTAT
TGGAGATGATAATATATATTACGTGTTCAACTTTTGTTTGGTTTGCTGCCTG

QA 1 712 1 712
DS 



AS 2 6

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GACAACTGAAAACGTTTTTGATGTTTGAAAATAATAGGTACGGTCGGTCGGATCGATCTT
TCTTTCTTCTTCTCGTTGTTGTCGTCCGTGTTTGGTTTGTTTTGATTTGATGCTTGTAAT
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C270JQ C 1
AF RR1C270TF U 1
BS 1 654 RR1C270TF

RD RR1C270JQ 654 0 0
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GAAGCGAAGGAGACTTGCGCTGACGATCCTGTGAGCGGAGAGTGTGTGGCGGCGTGGGAC
GAGGTGGAGGAGCTGAGTGCGGCGGCGAGTCACGCAAGGGACAAGAAGAAAGCAGGTGGA
TCCGATCCTTTGGAAGAATATTGCAGCGATAATCCTGAAACTGATGAGTGTCGTACTTAT
GACAACTGAAAACGTTTTTGATGTTTGAAAATAATAGGTACGGTCGGTCGGATCGATCTT
TCTTTCTTCTTCTCGTTGTTGTCGTCCGTGTTTGGTTTGTTTTGATTTGATGCTTGTAAT
GTGATAATGATTATGATGAATAGTTCAATTACAATATTCATCAGGTGTGTGTCTAATACC
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QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1C270TF 654 0 0
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TCCGCCGCCCCGGTCCGTTTGAATTACCCGTGGAAGTTCGTTTCGATGAATCGGATGGTT
ATGTCGGTGAAGGCGACATCGGAACGAAAGATATCGGATAAGGTGGAGAAGAGTATTCAG
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GAGGTGGAGGAGCTGAGTGCGGCGGCGAGTCACGCAAGGGACAAGAAGAAAGCAGGTGGA
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GACAACTGAAAACGTTTTTGATGTTTGAAAATAATAGGTACGGTCGGTCGGATCGATCTT
TCTTTCTTCTTCTCGTTGTTGTCGTCCGTGTTTGGTTTGTTTTGATTTGATGCTTGTAAT
GTGATAATGATTATGATGAATAGTTCAATTACAATATTCATCAGGTGTGTGTCTAATACC
GATTATGGTCAGCTCAGCTGTGATTAAATGAGCTATACGTATTTCAAACGGTCT

QA 1 654 1 654
DS 



CO CL1421Contig2 572 4 4 U
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GTGGAAGAGATTTTTTTTTCTGTTTGATGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GH06JQ U 1
AF RR1BU88JQ U 180
AF RR1GH06TF C 1
AF RR1BU88TF C 13
BS 1 384 RR1GH06JQ
BS 385 439 RR1GH06TF
BS 440 440 RR1BU88TF
BS 441 572 RR1GH06TF

RD RR1GH06JQ 384 0 0
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TATTTTCAAACATCAAAAAAAACGTTTTCAGTTGTCATAAGTACGACACTCATCAGTCTC
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CGATATCTCTCCTTCCGATGTCGC

QA 1 384 1 384
DS 

RD RR1BU88JQ 207 0 0
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CGCTCAAAGGATCGTCAGCGCAAGTCTCCTTCCCTTCCTGAATACTCTTCTCCACCTTAT
CCGAAATCTCTCCTTCCGATGTC
CCCT

QA 1 203 1 203
DS 

RD RR1GH06TF 572 0 0
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AACCAAACACGGACGACAACAACGAGAAGAAGAAAGAAAGATCGATCCGACCGTACCAAT
TATTTTCAAACATCAAAAAAAACGTTTTCAGTTGTCATAAGTACGACACTCATCAGTCTC
AGGATTATCGCTGCAATATTCTTCCAAAGGATCGGATCCACCTGCTTTCTTCTTGTCCCT
TGCGTGACTCGCCGCCGCACTCAGCTCCTCCACCTCGTCCCACGCCGCCACACACTCTCC
GCTCACAGGATCGTCAGCGCAAGTCTCCTTCGCTTCCTGAATACTCTTCTCCACCTTATC
CGATATCTCTCCTTCCGATGTCGCCTTCACCGACATAACCATCCGGTTCATCGAAACGAA
CTTCCACGGGTAATTCAAACGGACCGGGGCGTGTAGACGAGCCGCTGGTAGAACGACCGC
TCGTGGAGTCGCGACGTTGAGACCTGTTGCGGCTACGGTTGTCATCTTTGGAGAGTTTTG
GTGGAAGAGATTTTTTTTTCTGTTTGATGTCC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1BU88TF 560 0 0
TTCATCATATTCATTATCACATTACAAGCATCAAATCAAATCAAAACAAACCAAACACGG
ACGACAACAACGAGAAGAAGAAAGAAAGATCGATCCGACCGTACCAATTATTTTCAAACA
TCAAAAAAA*CGTTTTCAGTTGTCATAAGTACGACACTCATCAGTCTCAGGATTATCGCT
GCAATATTCTTCCAAAGGATCGGATCCACCTGCTTTCTTCTTGTCCCTTGCGTGACTCGC
CGCCGCACTCAGCTCCTCCACCTCGTCCCACGCCGCCACACACTCTCCGCTCACAGGATC
GTCAGCGCAAGTCTCCTTCGCTTCCTGAATACTCTTCTCCACCTTATCCGATATCTCTCC
TTCCGATGTCGCCTTCACCGACATAACCATCCGGTTCATCGAAACGAACTTCCACGGGTA
ATTCAAAAGGACCGGGGCGTGTAGACGAGCCGCTGGTAGAACGACCGCTCGTGGAGTCGC
GACGTTGAGACCTGTTGCGGCTACGGTTGTCATCTTTGGAGAGTTTTGGTGGAAGAGATT
TTTTTTTCTGTTTGATGTCC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 2 6

CO CL1422Contig1 837 2 2 U
GGATCCAGCATTAATTGTGTTTTGTGTCTGTGAAAGAAGAAGAAAAATAAACCATTTGTT
CTTTTCTTTGGCTGAGCGGCAATGGCTGAGGAGCAAAAGACAACTGCGGTTGACGTAGAA
TCACCGGCGGTTTTAGCTCCGGCAAAGGAACCAACTCTTGCCCCGGTGGAAGCTTCTAAA
GACGTTGCGGAGGAGAAAGTTCATAATCCACCTCCTCCTGACGAGTCCAAAGCTCTTGCC
GTTGTAGAAAAACCCATTGAAGAGGCTACACCAAAGAAAAGTTCATCTGGTTCCATGGAT
AGAGATGTGAAACTTGCAGACTTGGAAAAAGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAAGCATGG
GAAGAGAGTGAGAAGTCAAAAGCAGAGAACAAGGCACAAAAGAAGGTATCTGATGTGCTT
GCTTGGGAGAACAGCCAAAAAGCAGCCATTGAAGCCCAACTAAGGAAGATAGAAGAAAAA
CTAGAGAAGAAGAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCTGCGATCCAC
AAGCAAGCAGAAGAGAAAAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAAGAGGAGAGGAGCTTCTTAAA
GCCGAAGAAATGGCTGCCAAGCACAGAGCCACTGGTATCGTTCCCAAGGCAACTTGTGGA
TGCTTTTAAGTTGTGTTCTCAAGCCATTGGTCATTCATGTCTCTCTTTTTGGTGTTATTC
TGCTACTTTTTCTTTGTTTGTTGTCTTGTTTATATATTGGTGATCTTGTGTGTAAAAGAA
GATCAGGGTTAAAGCATGTGTGACTGCAGTTTCACATATAATCTGTAAATTTTAACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B224TF U 1
AF RR1B224JQ C 1
BS 1 642 RR1B224TF
BS 643 837 RR1B224JQ

RD RR1B224TF 642 0 0
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QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1B224JQ 837 0 0
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GTTGTAGAAAAACCCATTGAAGAGGCTACACCAAAGAAAAGTTCATCTGGTTCCATGGAT
AGAGATGTGAAACTTGCAGACTTGGAAAAAGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAAGCATGG
GAAGAGAGTGAGAAGTCAAAAGCAGAGAACAAGGCACAAAAGAAGGTATCTGATGTGCTT
GCTTGGGAGAACAGCCAAAAAGCAGCCATTGAAGCCCAACTAAGGAAGATAGAAGAAAAA
CTAGAGAAGAAGAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCTGCGATCCAC
AAGCAAGCAGAAGAGAAAAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAAGAGGAGAGGAGCTTCTTAAA
GCCGAAGAAATGGCTGCCAAGCACAGAGCCACTGGTATCGTTCCCAAGGCAACTTGTGGA
TGCTTTTAAGTTGTGTTCTCAAGCCATTGGTCATTCATGTCTCTCTTTTTGGTGTTATTC
TGCTACTTTTTCTTTGTTTGTTGTCTTGTTTATATATTGGTGATCTTGTGTGTAAAAGAA
GATCAGGGTTAAAGCATGTGTGACTGCAGTTTCACATATAATCTGTAAATTTTAACT

QA 1 837 1 837
DS 



CO CL1422Contig2 792 4 4 U
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TAAAAGAAGATCAGGGTTAAAGCATGTGTGACTGCAGTTTCACATATAATCTGTAAATTT
TAGCATGTTGAT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ01TF U 1
AF RR1CL47TF U 1
AF RR1CL47JQ C 25
AF RR1DZ01JQ C 138
BS 1 735 RR1CL47TF
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RD RR1DZ01TF 679 0 0
G
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AACTGCGGTTGACGTAGAATCACCGGCGGTTTTAGCTCCGGCAAAGGAACCAACTCTTGC
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CGAGTCCAAAGCTCTTGCCGTTGTAGAAAAACCCATTGAAGAGGCTACACCAAAGAAAAG
TTCATCTGGTTCCATGGATAGAGATGTGAAACTTGCAGACTTGGAAAAAGAGAAGAAAAC
TTCATTCATCAAAGCATGGGAAGAGAGTGAGAAGTCAAAAGCAGAGAACAAGGCACAAAA
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AAGGAAGATAGAAGAAAAACTAGAGAAGAAGAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAA
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AGGAGAGGCCGAAGAAATGGCTGCCAAGCACAGAGCCACTGGTATCGTTCCCAAG*CAAC
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GTTATTCTGCTACTTTTT

QA 2 679 2 679
DS 

RD RR1CL47TF 771 0 0
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ACAAAGTGGCTGCGATCCACAAGCAAGCAGAAGAGAAAAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAA
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CTTGTGGATGCTTCTAAGTTGTGTTCTCAAGCCATTGGTCATTCATGTCTCTCTTTTTGG
TGTTATTCTGCTACTTTTTCTTTGTTTGTTGTCTTGTTTATATATTGGTGATCTTGTGTG
TAAAAGAAGATCAGG*TTAAAGCATGTGTGACTGCAGTTTCACATATAATC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1CL47JQ 768 0 0
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TTGCGGAGGAGAAAGTTCATAATCCACCTCCTCCTGACGAGTCCAAAGCTCTTGCCGTTG
TAGAAAAACCCATTGAAGAGGCTACACCAAAGAAAAGTTCATCTGGTTCCATGGATAGAG
ATGTGAAACTTGCAGACTTGGAAAAAGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAAGCATGGGAAG
AGAGTGAGAAGTCAAAAGCAGAGAACAAGGCACAAAAGAAGGTATCTGATGTGCTTGCTT
GGGAGAACAGCCAAAAAGCAGCCATTGAAGCCCAACTAAGGAAGATAGAAGAAAAACTAG
AGAAGAAGAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCTGCGATCCACAAGC
AAGCAGAAGAGAAAAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAAGAGGAGAGGCCGAAGAAATGGCTG
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TCTCAAGCCATTGGTCATTCATGTCTCTCTTTTTGGTGTTATTCTGCTACTTTTTCTTTG
TTTGTTGTCTTGTTTATATATTGGTGATCTTGTGTGTAAAAGAAGATCAGGGTTAAAGCA
TGTGTGACTGCAGTTTCACATATAATCTGTAAATTTTAGCATGTTGAT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1DZ01JQ 655 0 0
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GCCGTTGTAGAAAAACCCATTGAAGAGGCTACACCAAAGAAAAGTTCATCTGGTTCCATG
GATAGAGATGTGAAACTTGCAGACTTGGAAAAAGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAAGCA
TGGGAAGAGAGTGAGAAGTCAAAAGCAGAGAACAAGGCACAAAAGAAGGTATCTGATGTG
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TAAAGCATGTGTGACTGCAGTTTCACATATAATCTGTAAATTTTA
GCATGTTGAT

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 5

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GGCAATCAAATGTCGCCTTTACGAAGTTTCCAAGGGTTTTGGTGGACCCCCTGGAGGAAG
TGAACACGTCATCAATCCCAGCGAACTGAAGAACCTTCTTAGGAACCCTAGCCGCCACAA
TCCCCGCACCTCTCGGAGCAGGCACCATCCTCACCGTCACGGAACCACACTTCCCCGTAA
CCTTACAAGGAACGGTATGAGGCTTCCCAATCTTGTTCCCCCAGTAACCTCTCCTCACCG
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GGAGATAGATCTGCTCGAGCTTCTGGATTTTTCCGTCTTTCACGAGACGGCCGAGCTTGG
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CCACGTCCGAAACCACCACGTTCTCCGACGGCTCCACGTTGTTCTCCGCCACGTTCCGCC
ATTTTCGAGAGTTTTTGTTTTGAGAGTTTGGAGTCGCTGCGATAAGTGTAAGCGTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C308JQ U 1
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AF RR1D934JQ U 66
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DS 

RD RR1DB20JQ 703 0 0
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TGATGAGTTTGGTCGTAGTCCCCTTTGAGGCCAGCAAATCAGTGTACTCCTGGTACGGTG
ATTTCTTAAAGCTCGTCTCTTTCCAGAACTCTGGTGTCAGGAATCCATATGTCTTCTGAA
GGCAATCAAATGTCGCCTTTACGAAGTTTCCAAGGGTTTTGGTGGACCCCCTGGAGGAAG
TGAACACGTCATCAATCCCAGCGAACTGAAGAACCTTCTTAGGAACCCTAGCCGCCACAA
TCCCCGCACCTCTCGGAGCAGGCACCATCCTCACCGTCACGGAACCACACTTCCCCGTAA
CCTTACAAGGAACGGTATGAGGCT*CCCAATCTTGTTCCCCCAGTAACCTCTCCTCACCG
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QA 1 703 1 703
DS 

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AG
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AAATGTCGCCTTTACGAAGTTTCCAAGGGTTTTGGTGGACCCCCTGGAGGAAGTGAACAC
GTCATCAATCCCAGCGAACTGAAGAACCTTCTTAGGAACCCTAGCCGCCACAATCCCCGC
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AGACAGCTTCGCCAATATAATCCCTCCCCTGATCGCCGTCGCCACCTCCTTGGAGCATTT
CACTCCCAAACCGACATGCCCGTTGGTGTCTCCGACAACAACAAAGGCCTTGAACCTGGT
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GGTGGGGCCGACGA

QA 3 736 3 736
DS 

RD RR1D934TF 506 0 0
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CCGCACCTCTCGGAGCAGGCACAATCCTCACCGTCACGGAACCACACTTCCCCGTAACCT
TACAAGGAACGGTATGAGGCTTCCCAATCTTGTTCCCCCAGTAACCTCTCCTCACCGGAA
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TGGTCCTCTGACCGGCTCTGGTCTGTTTCTGAACCGGCATGATCTTCATCACCTCGTCTT
TCAAGGTGGGGCCGACGAGGAGGTCGATGATCTGGTACTCCTTGACGGGGAGCGAGTGGA
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C

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1C308TF 696 0 0
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CGAACTGAAGAAC*TTCTTAGGAACCCTAGCCGCCACAATCCCCGCACCTCTCGGAGCAG
GCACCATCCTCACCGTCACGGAACCACACTTCCCCGTAACCTTACAAGGAACGGTATGAG
GCTTCCCAATCTTGTTCCCCCAGTAACCTCTCCTCACCGGAATCACAGACAGCTTCGCCA
ATATAATCCCTCCCCTGATCGCCGTCGCCACCTCCTTGGAGCATTTCACTCCCAAACCGA
CATGCCCGTTGGTGTCTCCGACAACAACAAAGGCCTTGAACCTGGTCCTCTGACCGGCTC
TGGTCTGTTTCTGAACCGGCATGATCTTCATCACCTCGTCTTTCAAGGTGGGGCCGACGA
GGAGGTCGATGATCTGGTACTCCTTGACGGGGAGCGAGTGGAGATAGATCTGCTCGAGCT
TCTGGATTTTTCCGTCTTTCACGAGACGGCCGAGCTTGGCCACTGGCGTCCACTTCTCCT
CCTCTTGGACCACCACGGTCGCCACGACCTCCTCCGAATCCACGTCCGAAACCACCACGT
TCTCCGACGGCTCCACGTTGTTCTCCGCCACGTTCCGCCATTTTCGAGAGTTTTTGTTTT
GAGAGTTTGGAGTCGCTGCGATAAGTGTAAGCGTCC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 2 6

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GAGTCTCCTCCGATCGAATCGAGTTAGGTAGGGATGGGGAGTAACAACGGGGAATTGAAG
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GCGGCGGTCAACGGAGTCCTCGTCGGTCGAATCAGCCCTAAGGACGAAGGCCTCGTGGAG
ATCTCCGATTCCGTGCCGCTCTTTCACTCTAACCTCGCTCTTCTTCCTCCTCTCGAGATC
TCCCTCATCATGATAGAGGAGCATTACGTGGCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGGCTACTTT
CACGCCAACGAGAGGTTTGATGATGTGGATCTCTGTGGTGTGGCTAAGAACATTGGTGAT
CACATCTCTCGCTATTTCCCTCCTGCACCTATTCTCTTGTTGAATAACAAAAAGCTTGAA
GCCTTATCAAAGGTTAAAGATCGAAGCCCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCTTCC
AAGAACTGGAGAGTGGTTGGAGCTGATGGAGGAAGCAAGCTACCCTTGAAAGAGCCCTCA
GCCAATGTAGTTTCGTCAGATTACATTTCATCTGAGAAATGGAAGGACATCACAGATGTT
GATGATCATCTTGATGATATCACCAAGGACTGGCTAAACCCTGGACTTCTCAACTGAAGA
CTACGGGTAATGCAATATAGTTTTCCTTTCATAATTTTCAATCGAGAAACAAAACAAAAC
AAAAAACTCTCAGAAAACCTTGTTGACAATTTTCATCGACTCTTGTTCAAGAATTACGCA
GCGTAGCTCAAGTTATTTGAATTGGTTACATCTAT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AX10TF U 67
AF RR1BI68TF U 1
AF RR1AX10JQ C 246
BS 1 583 RR1BI68TF
BS 584 584 RR1AX10TF
BS 585 613 RR1BI68TF
BS 614 614 RR1AX10TF
BS 615 644 RR1BI68TF
BS 645 645 RR1AX10TF
BS 646 766 RR1BI68TF
BS 767 875 RR1AX10JQ

RD RR1AX10TF 615 0 0
CCTCCGATCGA
ATCGAGTTAGGTAGGGATGGGGAGTAACAACGGG*AATTGAAGTACGAGATCTCGCAGGA
CGCGTACATCAAACTCGTTCTCCACTCGCTGCGTCACAAGACGGCGGCGGTCAACGGAGT
CCTCGTCGGTCGAATCAGCCCTAAGGACGAAGGCCTCGTGGAGATCTCCGATTCCGTGCC
GCTCTTTCACTCTAACCTCGCTCTTCTTCCTCCTCTCGAGATCTCCCTCATCATGATAGA
GGAGCATTACGTGGCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGGCTACTTTCACGCCAACGAGAGGTT
TGATGATGTGGATCTCTGTGGTGTGGCTAAGAACATTGGTGATCACATCTCTCGCTATTT
CCCTCCTGCACCTATTCTCTTGTTGAATAACAAAAAGCTTGAAGCCTTATCAAAGGTTAA
AGATCGAAGCCCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCTTCCAAGAACTGGAGAGTGGT
TGGAGCTGATGGAGGAAGCAAGCTACCCTTGAAAGAGCCCTCAGCCAATGTAGTTTCGTC
AGATTACATTTCATCTGAGAAATGGAAGGACATCACAGATGTTGATGATCATCTTGATGA
TATC

QA 12 615 12 615
DS 

RD RR1BI68TF 772 0 0
GGACGCTGCGACTTGATAATTCTCAGCGAGTGGAGATTTAAGAACTGAATCATCATCAGT
GAGTCTCCTCCGATCGAATCGAGTTAGGTAGGGATGGGGAGTAACAACGGGGAATTGAAG
TACGAGATCTCGCAGGACGCGTACATCAAACTCGTTCTCCACTCGCTGCGTCACAAGACG
GCGGCGGTCAACGGAGTCCTCGTCGGTCGAATCAGCCCTAAGGACGAAGGCCTCGTGGAG
ATCTCCGATTCCGTGCCGCTCTTTCACTCTAACCTCGCTCTTCTTCCTCCTCTCGAGATC
TCCCTCATCATGATAGAGGAGCATTACGTGGCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGGCTACTTT
CACGCCAACGAGAGGTTTGATGATGTGGATCTCTGTGGTGTGGCTAAGAACATTGGTGAT
CACATCTCTCGCTATTTCCCTCCTGCACCTATTCTCTTGTTGAATAACAAAAAGCTTGAA
GCCTTATCAAAGGTTAAAGATCGAAGCCCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCTTCC
AAGAACTGGAGAGTGGTTGGAGCTGATGGAGGAAGCAAGCTACTCTTGAAAGAGCCCTCA
GCCAATGTAGTTTTGTCAGATTACATTTCATCTGAGAAATGGAAAGACATCACAGATGTT
GATGATCATCTTGATGATATCACCAAGGACTGGCTAAACCCTGGACTTCTCAACTGAAGA
CTACGGGTAATGCAATATAGTTTTCCTTTCATAATTTTCAATCGAG
AACAAA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1AX10JQ 630 0 0
CGATTCCGTGCCGCTCTTTCACTCTAACCTCGCTCTTCTTCCTCCTCTCGAGATCTCCCT
CATCATGATAGAGGAGCATTACGTGGCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGGCTACTTTCACGC
CAACGAGAGGTTTGATGATGTGGATCTCTGTGGTGTGGCTAAGAACATTGGTGATCACAT
CTCTCGCTATTTCCCTCCTGCACCTATTCTCTTGTTGAATAACAAAAAGCTTGAAGCCTT
ATCAAAGGTTAAAGATCGAAGCCCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCTTCCAAGAA
CTGGAGAGTGGTTGGAGCTGATGGAGGAAGCAAGCTACCCTTGAAAGAGCCCTCAGCCAA
TGTAGTTTCGTCAGATTACATTTCATTTGAGAAATGGAAGGACATCACAGATGTTGATGA
TCATCTTGATGATATCACCAAGGACTGGCTAAACCCTGGACTTTTCAACTGAAGACTACG
GGTAATGCAATATAGTTTTCCTTTCATAATTTTCAATCGAGAAACAAAACAAAACAAAAA
ACTCTCAGAAAACCTTGTTGACAATTTTCATCGACTCTTGTTCAAGAATTACGCAGCGTA
GCTCAAGTTATTTGAATTGGTTACATCTAT

QA 1 630 1 630
DS 



CO CL1424Contig2 773 3 5 U
GGGATTACGCCGCGACTTGATAATTCTCAGCGAGTGGAGATTTAAGAACTGAATCATCAT
CAGTGAGTCTCCTCCGTCCGATCGATCGAGTTAGGTAGGGATGGGGAGTAACAACGGGGA
ATTGAAGTACGAGATCTCGCAGGACGCGTACATCAAACTCGTTCTCCACTCGCTGCGTCA
CAAGACGGCGGCGGTCAACGGAGTCCTCGTCGGTCGAATCAGCCCTAAGGACGAAGGCCT
CGTGGAGATCTCCGACTCCGTGCCGCTCTTTCACTCTAACCTCGCTCTTCTTCCTCCTCT
CGAGATCTCCCTCATCATGATAGAGGAGCATTACGTGGCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGG
CCACTTTCACGCCAACGAGAGGTTTGATGATGTGGATCTCTGTGGTGTGGCTAAGAACAT
TGGTGATCACATCTCTCGCTATTTCCCTCCTGCACCTATTCTATTGTTGAATAACAAAAA
GCTTGAAGCCTTATCAAAGGGTAAAGATCGAAGCCCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGA
TGCTTCCAAGAACTGGAGAGTGGTTGGAGCAGATGGAGGAAGCAAGCTACCCTTGAAAGA
GCCCTCAGCCAATGTAGTTTTGTCAGATTACATTTCATCTGAGAAATGGAAG*ACGTCAC
AGATGTTGATGACCATCTTGATGATATCACCAAG*ACTGGCTAAACCCTGGACTTTTCA*
CTGAAGTCTACGGGTA*TGCGATATAGTTTTCCTTTCATAATCTTCAGTCGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CI47TF U 1
AF RR1EL81TF U 5
AF RR1CI47JQ C 211
BS 1 52 RR1CI47TF
BS 53 53 RR1EL81TF
BS 54 704 RR1CI47TF
BS 705 705 RR1EL81TF
BS 706 773 RR1CI47TF

RD RR1CI47TF 773 0 0
GGGATTACGCCGCGACTTGATAATTCTCAGCGAGTGGAGATTTAAGAACTGATTCATCAT
CAGTGAGTCTCCTCCGTCCGATCGATCGAGTTAGGTAGGGATGGGGAGTAACAACGGGGA
ATTGAAGTACGAGATCTCGCAGGACGCGTACATCAAACTCGTTCTCCACTCGCTGCGTCA
CAAGACGGCGGCGGTCAACGGAGTCCTCGTCGGTCGAATCAGCCCTAAGGACGAAGGCCT
CGTGGAGATCTCCGACTCCGTGCCGCTCTTTCACTCTAACCTCGCTCTTCTTCCTCCTCT
CGAGATCTCCCTCATCATGATAGAGGAGCATTACGTGGCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGG
CCACTTTCACGCCAACGAGAGGTTTGATGATGTGGATCTCTGTGGTGTGGCTAAGAACAT
TGGTGATCACATCTCTCGCTATTTCCCTCCTGCACCTATTCTATTGTTGAATAACAAAAA
GCTTGAAGCCTTATCAAAGGGTAAAGATCGAAGCCCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGA
TGCTTCCAAGAACTGGAGAGTGGTTGGAGCAGATGGAGGAAGCAAGCTACCCTTGAAAGA
GCCCTCAGCCAATGTAGTTTTGTCAGATTACATTTCATCTGAGAAATGGAAG*ACGTCAC
AGATGTTGATGACCATCTTGATGATATCACCAAG*ACTGGCTAA*CCCTGGACTTTTCA*
CTGAAGTCTACGGGTA*TGCGATATAGTTTTCCTTTCATAATCTTCAGTCGAG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1EL81TF 769 0 0
GG
ACGCCGCGACTTGATAATTCTCAGCGAGTGGAGATTTAAGAACTGAATCATCATCAGTGA
GTCTCCTCCGTCCGATCGATCGAGTTAGGTAGGGATGGGGAGTAACAACGGGGAATTGAA
GTACGAGATCTCGCAGGACGCGTACATCAAACTCGTTCTCCACTCGCTGCGTCACAAGAC
GGCGGCGGTCAACGGAGTCCTCGTCGGTCGAATCAGCCCTAAGGACGAAGGCCTCGTGGA
GATCTCCGATTCCGTGCCGCTCTCTCACTCTAACCTCGCTCTTCTTCCTCCTCTCGAGAT
CTCCCTCATCATGATAGAGGAGCATTACGTGGCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGGCTACTT
TCACGCCAACGAGAGGTTTGATGATGTGGATCTCTGTGGTGTGGCTAAGAACATTGGTGA
TCACATCTCTCGCTATTTCCCTCCTGCACCTATTCTATTGTTGAATAACAAAAAGCTTGA
AGCCTTATCAAAGGGTAAAGATCGAAGCCCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCTTC
CAAGAACTGGAGAGTGGTTGGAGCAGATGGAGGAAGCAAGCTACTCTTGAAAGAGCCCTC
AGCCAATGTAGTTTTGTCAGATTACATTTCATCTGAGAAATGGAAG*ACGTCACAGATGT
TGATGACCATCTTGATGATATCACCAAG*ACTGGCTAAACCCTGGACTTTTCA*CTGAAG
TCTACGGGTA*TGCGATATAGTTTTCCTTTCATAATCTTCAGTCGAG

QA 3 769 3 769
DS 

RD RR1CI47JQ 563 0 0
CGGTCGAATCAGCCCTAAGGACGAAGGCCTCGTGGAGATCTCCGACTCCGTGCCGCTCTT
TCACTCTAACCTCGCTCTTCTTCCTCCTCTCGAGATCTCCCTCATCATGATAGAGGAGCA
TTACGTGGCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGGCCACTTTCACGCCAACGAGAGGTTTGATGA
TGTGGATTTCTGTGGTGTGGCTAAGAACATTGGTGATCACATCTCTCGCTATTTCCCTCC
TGCACCTATTCTATTGTTGAATAACAAAAAGCTTGAAGCCTTATCAAAGGGTAAAGATCG
AAGCCCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCTTCCAAGAACTGGAGAGTGGTTGGAGC
AGATGGAGGAAGCAAGCTACCCTTGAAAGAGCCCTCAGCCAATGTAGTTTTGTCAGATTA
CATTTCATCTGAGAAATGGAAGGACGTCACAGATGTTGATGACCATCTTGATGATATCAC
CAAGGACTGGCTAAACCCTGGACTTTTCAACTGAAGTCTACGGGTAATGCGATATAGTTT
TCCTTTCATAATCTTCAGTCGAG

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 5

CO CL1425Contig1 1546 5 27 U
TTACCTCTACATCTCTGTGTGTTCCCCTGAATCCAAAGGTTTAACCCTTGATTGAAGTTC
GTGAAGCCCTTCAGGGAGATGCCAAATTAGAGTCAGAGAGAGAGAGAGATGGCGAGACAA
GCGGGGAAACAGAGTTATGGACGGCTTGTGTTAGTTTCATGCCTCGCGCTTCTAGCTTTG
GGACTTGTTGCCGACTTCCTTTGGGCTTCATCTCATCGCTTCTCCCCTGCCTCCGGGACT
TATCTTCCCTCCCCCGTGATCGAAAAACTCCCTCCTGAATCCAATAAGAAGAAGGATAAA
GAAGGTAAGGAAAGGAAGCTTTCCGCAACGTTTCAAGATTTGGATGCTCCTCAACTACAA
TGGGAGAAGATGGCAGCTGCGCCTGTGCCTCGTCTTGATGGAGCTGCTATTCAGATTAGG
AATCTTCTCTACGTCTTTGCTGGTTACGGAAACATTAATCTTGTGCATTCGCATGTTGAT
ATAT**ACAATTTTGTGGATAATAAGTGGGGAGGGAGATTTGATATGCCTAAAGAGATGG
CTCATTCTCATTTAGGGATGGTAACTGATGGGCGGTTCATCTACATTGTCACTGGTCAGT
ATGGTCCTCAATGCAGAGGCCCTACTGCTAAAACATTTGTGCTCGACACTGATACTAATA
CTTGGAGTGACTTCATCTCTTTACCTGTTCCTAGGTATGCTCC*AGCTACTCAGCTATGG
AGAGGTAGACTCCACGTGATGGGTGGAAGCAAAGAGAATCGACATACACCAGGACTTGAA
CACTGGAGTATCGCTGTAAAAGATGGGAAAGCATTGGAAAAAGAGTGGAGAAGTGAGATT
CCGATCCCTCGTGGAGGACCTCACAGAGCATGCGTAGTAGTGGATGACCGGCTTTTTGTG
ATTGGTGGTCAAGAAGGTGATTTCATGGCTAAACCAGGATCTCCCATCTTCAAATGCTCA
CGTCGTTTGGAGGTTGTATTCAGTGATGTTTACATGCTGGATAAGGAAATGAAGTGGAAA
GTTATGCCACCAATACCAAAGCCGGATTCACATATTGAATTTGCTTGGAAAGTGGTAAAC
AACTCCATTGTAATCGTTGGAGGCACCACAGAGAAGCATCCTGAAACCAAGAAGATGGTT
CTCGTTGGTGAAATCTTCCAGTTCAACCTGAATACAATGAAATGGTACGTGATTGGAAAG
TTGCCATACCGTGTGAAGACGACGCTGGTTGGGTACTGGGACGGGCAGTTATACTTCACC
TCGGGGCAACGTGACAAAGGTCCTGATGATCCTGGGCCACGGAAGGTAATTGCAGAGATG
TGGAGAACAAAACTGATACTGAACCCATGAGATAGACAAACAGCCAATCTCCATTTTGTA
ATGCAAAGTCACACAACATTCTTTTTATTACGTTATATATTCTTTGAGCATAACTCATCC
CACTCCAGAAAACAGTCACTATATCTATCTTCTATGTAGATGGGAGAATTTGTATATTGT
AAACTATAAACGCCAAACTTTTGTAGAAAATCTCAATTTTGTCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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T

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G
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TATATTGTATACTAT

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DS 



AS 1 6

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CTTTAAGACTTAAAACTCAGTATCTATATAACCTATATTTTTCTCATTTGAGAAAGTTTA
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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS70TF U 403
AF RR1D938TF U 23
AF RR1EJ14JQ C 1
AF RR1FV41JQ C 296
AF RR1FV41TF U 296
AF RR1EJ14TF U 1
BS 1 23 RR1EJ14TF
BS 24 54 RR1D938TF
BS 55 55 RR1EJ14TF
BS 56 233 RR1D938TF
BS 234 234 RR1EJ14TF
BS 235 296 RR1D938TF
BS 297 331 RR1FV41TF
BS 332 332 RR1D938TF
BS 333 402 RR1FV41TF
BS 403 663 RR1GS70TF
BS 664 664 RR1FV41TF
BS 665 705 RR1GS70TF
BS 706 731 RR1FV41TF
BS 732 738 RR1EJ14JQ

RD RR1GS70TF 303 0 0
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GAGCAAGTGACGCTTGAGCCATTTGAGCGTGACCATGCCTGTGTCGTCGGTACCTACCGT
GCGCCTAAGAAGAACAAGGTTGCTGCTTAGAAGTTTCATGTGTTGGGATTTGGTTCTTTG
GATTTTTCGTTAGGGTTTTATCTAGTATTGTGGTTTGTAATCGTTTTGAACCTGAATAGG
CTTTTTTCTATGTTTTTACTTCAAGACTTAAAACTCAGTATCTATATAACCTATATTTTT
CTC

QA 1 303 1 303
DS 

RD RR1D938TF 678 0 0
G
TCTCGGTGGTGTTGATCACATTCACATCAAATCTGGTGCTAAAGTTCTATACCTTGGCGC
TGCTTCTGGAACAACAGTCTCTCATGTCTCTGACATTGTTGGACCTGAGGGATGTGTTTA
CGCTGTTGAGTTCTCTCACCGAAGTGGTAGAGATTTGGTGAACATGGCGAAGAAGAGAAC
TAATGTTATTCCAATCATCGAGGATGCTAGACACCCTGCTAAATACAGAATGCTTGTTGG
CATGGTTGATGTTGTCTTCTCTGATGTTGCTCAGCCTGATCAGGCTAGGATCGTGGCTTT
GAACTCAAGCTTCTTCCTCAAAACAGGAGGTCACTTTGTTATCTCCATCAAGGCAAACTG
TATTGACTCGACAGTTCCAGCAGAGGCAGTGTTTCAGAGTGAAGTGAAGAAGCTGCAACA
GGAGCAGTTCAAGCCAGCTGAGCAAGTGACGCTTGAGCCATTTGAGCGTGACCATGCCTG
TGTCGTCGGTACCTACCGTGCGCCTAAGAAGAACAAGGTTGCTGCTTAGAAGTTTCATGT
GTTGGGATTTGGTTCTTTGGATTTTTCGTTAGGGTTTTATCTAGTATTGTGGTTTGTAAT
CGTTTTGAACCTGAATAGGCTTTTTTCTATGTTTTTACTTTAAGACTTAAAACTCAGTAT
CTATATAACCTATATTT

QA 2 678 2 678
DS 

RD RR1EJ14JQ 738 0 0
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GCTAAAGTTCTATACCTTGGCGCTGCTTCTGGAACAACAGTCTCTCATGTCTCTGACATT
GTTGGACCTGAGGGATGTGTTTACGCTGTTGAGTTCTCTCACCGAAGTGGTAGAGATTTG
GTGAACATGGCGAAGAAGAGAACTAATGTTATTCCAATCATCGAGGATGCTAGGCACCCT
GCTAAATACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTGTCTTCTCTGATGTTGCTCAGCCT
GATCAGGCTAGGATCGTGGCTTTGAACTCAAGCTTCTTCCTCAAAACAGGAGGTCACTTT
GTTATCTCCATCAAGGCAAACTGTATTGACTCGACAGTTCCAGCAGAGGCAGTGTTTCAG
AGTGAAGTGAAGAAGCTGCAACAGGAGCAGTTCAAGCCAGCTGAGCAAGTGACGCTTGAG
CCATTTGAGCGTGACCATGCCTGTGTCGTCGGTACCTACCGTGCGCCTAAGAAGAACAAG
GTTGCTGCTTAGAAGTTTCATGTGTTGGGATTTGGTTCTTTGGATTTTTCGTTAGGGTTT
TATCTAGTATTGTGGTTTGTAATCGTTTTGAACCTGAATAGGCTTTTTTCTATGTTTTTA
CTTTAAGACTTAAAACTCAGTATCTATATAACCTATATTTTTCTCATTTGAGAAAGTTTA
TAGTATTTTGTACGACCC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1FV41JQ 436 0 0
G
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CTTTGTTATCTCCATCAAGGCAAACTGTATTGACTCGACAGTTCCAGCAGAGGCAGTGTT
TCAGAGTGAAGTGAAGAAGCTGCAACAGGAGCAGTTCAAGCCAGCTGAGCAAGTGACGCT
TGAGCCATTTGAGCGTGACCATGCCTGTGTCGTCGGTACCTACCGTGCGCCTAAGAAGAA
CAAGGTTGCTGCTTAGAAGTTTCATGTGTTGGGATTTGGTTCTTTGGATTTTTCGTTAGG
GTTTTATCTAGTATTGTGGTTTGTAATCGTTTTGAACCTGAATAGGCTTTTTTCTATGTT
TTTACTTTAAGACTTAAAACTCAGTATCTATATAACCTATATTTTTCTCATTTGAGAAAG
TTTATAGTATTTTGT

QA 2 436 2 436
DS 

RD RR1FV41TF 436 0 0
G
GCCTGATCAGGCTAGGATCGTGGCTTTGAACTCAATCTTCTTCCTCAAAACAGGAGGTCA
CTTTGTTATCTCCATCAAGGCAAACTGTATTGACTCGACAGTTCCAGCAGAGGCAGTGTT
TCAGAGTGAAGTGAAGAAGCTGCAACAGGAGCAGTTCAAGCCAGCTGAGCAAGTGACGCT
TGAGCCATTTGAGCGTGACCATGCCTGTGTCGTCGGTACCTACCGTGCGCCTAAGAAGAA
CAAGGTTGCTGCTTAGAAGTTTCATGTGTTGGGATTTGGTTCTTTGGATTTTTCGTTAGG
GTTTTATCTAGTATTGTGGTTTGTAATCGTTTTGAACCTGAATAGGCTTTTTTCTATGTT
TTTACTTTAAGACTTAAAACTCAGTATCTATATAACCTATATTTTTCTCATTTGAGAAAG
TTTATAGTATTTTGT

QA 2 436 2 436
DS 

RD RR1EJ14TF 738 0 0
GGTTCTAAGTTGGCTGCTGCTATTCTCGGTGGTGTTGATCACATTCACATCAAACCTGGT
GCTAAAGTTCTATACCTTGGCGCTGCTTCTGGAACAACAGTCTCTCATGTCTCTGACATT
GTTGGACCTGAGGGATGTGTTTACGCTGTTGAGTTCTCTCACCGAAGTGGTAGAGATTTG
GTGAACATGGCGAAGAAGAGAACTAATGTTATTCCAATCATCGAGGATGCTAGGCACCCT
GCTAAATACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTGTCTTCTCTGATGTTGCTCAGCCT
GATCAGGCTAGGATCGTGGCTTTGAACTCAAGCTTCTTCCTCAAAACAGGAGGTCACTTT
GTTATCTCCATCAAGGCAAACTGTATTGACTCGACAGTTCCAGCAGAGGCAGTGTTTCAG
AGTGAAGTGAAGAAGCTGCAACAGGAGCAGTTCAAGCCAGCTGAGCAAGTGACGCTTGAG
CCATTTGAGCGTGACCATGCCTGTGTCGTCGGTACCTACCGTGCGCCTAAGAAGAACAAG
GTTGCTGCTTAGAAGTTTCATGTGTTGGGATTTGGTTCTTTGGATTTTTCGTTAGGGTTT
TATCTAGTATTGTGGTTTGTAATCGTTTTGAACCTGAATAGGCTTTTTTCTATGTTTTTA
CTTTAAGACTTAAAACTCAGTATCTATATAACCTATATTTTTCTCATTTGAGAAAGTTTA
TAGTATTTTGT
ACGACCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 6

CO CL1427Contig1 1529 6 15 U
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GTATTAGAGCTCGATTGACAAATGGTGGTGTTGTCGGAAGCAATTCCATTCGAAACGCCG
AATCTAGTCCTTTCTCCAAGCCATACAGTGCTGACGCGGCAATCGGAGGCTCGCCTGTCG
ATGAACCAGAGGAGAAAGACGATCTGAGGAGCAGGATTTTCAGATTGAGACTTCCGAAGC
GGAGCGCGACGACGGTTCTCGAGAAATGGGTTGGCGAAGGGAATCAGATAACAGTTAACG
AACTTCGAGACATCTCCAGAGAGCTCAGAAGAACTCGCCGTTACAAACACGCTCTCGAGG
TTACAGAGTATTTGGTTCAGAATGAAGAATCTAACATCTCAGACGCTGATTACGCATCGC
GTATAGATCTTATTTCAAAAGTGTTCGGGATCGATGCAGCTGAACGCTACTTCGAAGGCC
TGCAACTAGCTTCGAAGACATCTGAAACCTATACTTCTCTCCTTCATGCTTATGCTGCCT
CCAAACAAACCGAGCGAGCCGAGGCCTTGTTCAAGAGAATAGTTGAGAGCGAGAGTCTCA
CCTTCGGTGCCATCACTTACAACGAGATGATGACTCTGTACATGTCGGTTGGAGAAGTTG
AGAAAGTGCACGAAGTTATCGAAGCGATGAAGCGCAGAAACGTTTCTCCTGATATCTTTA
CATACAACCTGTGGCTGAGTTCGTGTGCTGCAACGTTTAGTATTGATGAGGTTAGAATGA
TTCTTGAGGAGATGAGGCGTGATGGTGGTGGTTCAAACGAGGGTTGGGCTCGGTATATCG
ATCTTACTAGTGTCTACATAGACAGTAGTCGGCTAACGAATGCAGAGTCCACCTCACCGG
TTGAGTCTGAGAAGTCTATTTCGCAAAGAGAGTGGGTGACGTATGACTTTGTTATGATTC
TGCACACTGGGTTGGGAAACAAGGATATGGTAGATCAGATTTGGAAGTCTCTGAGAAACA
CTAACCAGAAGCTGAGCAGCAGAAGCTACATATGTGTTATTTCGTCTTATCTAATGCTTG
GTCATTAGAGAGAAGCTGGGGAAGTTGTGGATCAGTGGAAGGAGTCTAAAACGACGGAGT
TTGATGCTTCTGCTTGTTTGAGGATCTTGAGTGCTTTTAGAGATGTCGGGTTAGAGGAAA
AAGCTAGCGACTTTCAGTTGCTTTTGGTGGAGAAAAAATGCGGCTTGGAAGACGAGGTAT
CATAAGAATGGGTCTCTTGAGATAACTAGAACCAGGTCAAGCTCATCAATAAAGTAGAAG
TTTCTCTCTTCACCGTGATTTTGTGTGTTTTATACACTTTTTGCTTGGCAAATTTTTGTT
CTTTTCGTTGGACCTGGTGAGACTTGCTTCGTTCACACGGCACGTTGTTGCTTTTGATTA
CTCACTATTACAACTCTTTGAGTTTACTGGATCATACATGGTTGATGCATAAACATGTGT
TGGACTTCCACCACATGCAAATTCTGAAA


BQ
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30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1DG17TF U 1
AF RR1D164TF U 284
AF RR1D164JQ C 711
AF RR1DG17JQ C 767
AF RR1C455JQ C 770
AF RR1C455TF U 770
BS 1 525 RR1DG17TF
BS 526 526 RR1D164TF
BS 527 771 RR1DG17TF
BS 772 926 RR1D164TF
BS 927 927 RR1C455TF
BS 928 1001 RR1D164TF
BS 1002 1002 RR1C455TF
BS 1003 1003 RR1D164TF
BS 1004 1004 RR1C455TF
BS 1005 1018 RR1D164TF
BS 1019 1019 RR1C455TF
BS 1020 1032 RR1D164TF
BS 1033 1033 RR1C455TF
BS 1034 1057 RR1D164TF
BS 1058 1529 RR1C455TF

RD RR1DG17TF 771 0 0
GGACAAGACTCGCAACGAACTGAGAGAATCAATCAATGGCAACTCGCTCGATCTTCCATA
GTATTAGAGCTCGATTGACAAATGGTGGTGTTGTCGGAAGCAATTCCATTCGAAACGCCG
AATCTAGTCCTTTCTCCAAGCCATACAGTGCTGACGCGGCAATCGGAGGCTCGCCTGTCG
ATGAACCAGAGGAGAAAGACGATCTGAGGAGCAGGATTTTCAGATTGAGACTTCCGAAGC
GGAGCGCGACGACGGTTCTCGAGAAATGGGTTGGCGAAGGGAATCAGATAACAGTTAACG
AACTTCGAGACATCTCCAGAGAGCTCAGAAGAACTCGCCGTTACAAACACGCTCTCGAGG
TTACAGAGTATTTGGTTCAGAATGAAGAATCTAACATCTCAGACGCTGATTACGCATCGC
GTATAGATCTTATTTCAAAAGTGTTCGGGATCGATGCAGCTGAACGCTACTTCGAAGGCC
TGCAACTAGCTTCGAAGACATCTGAAACCTATACTTCTCTCCTTCGTGCTTATGCTGCCT
CCAAACAAACCGAGCGAGCCGAGGCCTTGTTCAAGAGAATAGTTGAGAGCGAGAGTCTCA
CCTTCGGTGCCATCACTTACAACGAGATGATGACTCTGTACATGTCGGTTGGAGAAGTTG
AGAAAGTGCACGAAGTTATCGAAGCGATGAAGCGCAGAAACGTTTCTCCTGATATCTTTA
CATACAACCTGTGGCTGAGTTCGTGTGCTGCAACGTTTAGTATTGATGAGG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1D164TF 774 0 0
TCAGATAACAGTTAACGAACTTCGAGACATCTCCAGAGAGCTCAGAAGAACTCGCCGTTA
CAAACACGCTCTCGAGGTTACAGAGTATTTGGTTCAGAATGAAGAATCTAACATCTCAGA
CGCTGATTACGCATCGCGTATAGATCTTATTTCAAAAGTGTTCGGGATCGATGCAGCTGA
ACGCTACTTCGAAGGCCTGCAACTAGCTTCGAAGACATCTGAAACCTATACTTCTCTCCT
TCATGCTTATGCTGCCTCCAAACAAACCGAGCGAGCCGAGGCCTTGTTCAAGAGAATAGT
TGAGAGCGAGAGTCTCACCTTCGGTGCCATCACTTACAACGAGATGATGACTCTGTACAT
GTCGGTTGGAGAAGTTGAGAAAGTGCACGAAGTTATCGAAGCGATGAAGCGCAGAAACGT
TTCTCCTGATATCTTTACATACAACCTGTGGCTGAGTTCGTGTGCTGCAACGTTTAGTAT
TGATGAGGTTAGAATGATTCTTGAGGAGATGAGGCGTGATGGTGGTGGTTCAAACGAGGG
TTGGGCTCGGTATATCGATCTTACTAGTGTCTACATAGACAGTAGTCGGCTAACGAATGC
AGAGTCCACCTCACCGGTTGAGTCTGAGAAGTCTATTTCGCAA*GAGAGTGGGTGACGTA
TGACTTTGTTATGATTCTGCACACTGGGTTGGGAAACAAGGATATGGTAGATCAGATTAG
*AAGTCTCTGAGAAA*ACTAACCAGAAGCCGAGCAGCAGAAGCTACATATGTGT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1D164JQ 593 0 0
GATATCTTTACATACAACCTGTGGCTGAGTTCGTGTGCTGCAACGTTTAGTATTGATGAG
GTTAGAATGATTCTTGAGGAGATGAGGCGTGATGGTGGTGGTTCAAACGAGGGTTGGGCT
CGGTATATCGATCTTACTAGTGTCTACATAGACAGTAGTCGGCTAACGAATGCAGAGTCC
ACCTCACCGGTTGAGTCTGAGAAGTCTATTTCGCAAAGAGAGTGGGTGACGTATGACTTT
GTTATGATTCTGCACACTGGGTTGGGAAACAAGGATATGGTAGATCAGATTAGGAAGTCT
TTGAGAAACACTAACCAGAAGCCGAGCAGCAGAAGCTACATATGTGTTATTTCGTCTTAT
CTAATGCTTGGTCATTTGAGAGAAGCTGGGGAAGTTGTGGATCAGTGGAAGGAGTCTAAA
ACGACGGAGTTTGATGCTTCTGCTTGTTTGAGGATCTTGAGTGCTTTTAGAGATGTCGGG
TTAGAGGAAAAAGCTAGCGACTTTCAGTTGCTTTTGGTGGAGAAAAAATGCAGCTTGGAA
GACGAGGTATCATAAGAATGGGTCTCTTGAGATAACTAGAACCAAGTCAAGCT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1DG17JQ 677 0 0
TGA
GGTTAGAATGATTCTTGAGGAGATGAGGCGTGATGGTGGTGGTTCAAACGAGGGTTGGGC
TCGGTATATCGATCTTACTAGTGTCTACATAGACAGTAGTCGGCTAACGAATGCAGAGTC
CACCTCACCGGTTGAGTCTGAGAAGTCTATTTCGCAAAGAGAGTGGGTGACGTATGACTT
TGTTATGATTCTGCACACTGGGTTGGGAAACAAGGATATGGTAGATCAGATTTGGAAGTC
TCTGAGAAACACTAACCAGAAGCTGAGCAGCAGAAGCTACATATGTGTTATTTCGTCTTA
TCTAATGCTTGGTCATTTGAGAGAAGCTGGGGAAGTTGTGGATCAGTGGAAGGAGTCTAA
AACGACGGAGTTTGATGCTTCTGCTTGTTTGAGGATCTTGAGTGCTTTTAGAGATGTCGG
GTTAGAGGAAAAAGCTAGCGACTTTCAGTTGCTTTTGGTGGAGAAAAAATGCAGCTTGGA
AGACGAGGTATCATAAGAATGGGTCTCTTGAGATAACTAGAACCAAGTCAAGCTCATCAA
TAAAGTAGAAGTTTCTCTCTTCACCGTGATTTTGTGTGTTTTATACACTTTTTGCTTGGC
AAATTTTTGTTCTTTTCGTTGGACCTGGTGAGACTTGCTTCGTTCACACGGCACGTTGTT
GCTTTTGATTACTC

QA 4 677 4 677
DS 

RD RR1C455JQ 757 0 0
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TCGGTATATCGATCTTACTAGTGTCTACATAGACAGTAGTCGGCTAACGAATGCAGAGTC
CACCTCACCGGTTGAGTCTGAGAAGTCTATTTCGCAAAGAGAGTGGGTGACGTATGACTT
TGTTATGATTCTGCACACTGGGTTGGGAAACAAGGATATGGTAGATCAGATTTGGAAGTC
TTTGAGAAACACTAACCAGAAGCTGAGCAGCAGAAGCTACATATGTGTTATTTCGTCTTA
TCTAATGCTTGGTCATTAGAGAGAAGCTGGGGAAGTTGTGGATCAGTGGAAGGAGTCTAA
AACGACGGAGTTTGATGCTTCTGCTTGTTTGAGGATCTTGAGTGCTTTTAGAGATGTCGG
GTTAGAGGAAAAAGCTAGCGACTTTCAGTTGCTTTTGGTGGAGAAAAAATGCGGCTTGGA
AGACGAGGTATCATAAGAATGGGTCTCTTGAGATAACTAGAACCAGGTCAAGCTCATCAA
TAAAGTAGAAGTTTCTCTCTTCACCGTGATTTTGTGTGTTTTATACACTTTTTGCTTGGC
AAATTTTTGTTCTTTTCGTTGGACCTGGTGAGACTTGCTTCGTTCACACGGCACGTTGTT
GCTTTTGATTACTCACTATTACAACTCTTTGAGTTTACTGGATCATACATGGTTGATGCA
TAAACATGTGTTGGACTTCCACCACATGCAAATTCTG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1C455TF 760 0 0
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TCGGTATATCGATCTTACTAGTGTCTACATAGACAGTAGTCGGCTAACGAATGCAGAGTC
CACCTCACCGGTTGAGTCTGAGAAGTCTATTTCGCAAAGAGAGTGGGTGACGTATGACTT
TGTTATGATTCTGCACACTGGGTTGGGAAACAAGGATATGGTAGATCAGATTTGGAAGTC
TCTGAGAAACACTAACCAGAAGCTGAGCAGCAGAAGCTACATATGTGTTATTTCGTCTTA
TCTAATGCTTGGTCATTAGAGAGAAGCTGGGGAAGTTGTGGATCAGTGGAAGGAGTCTAA
AACGACGGAGTTTGATGCTTCTGCTTGTTTGAGGATCTTGAGTGCTTTTAGAGATGTCGG
GTTAGAGGAAAAAGCTAGCGACTTTCAGTTGCTTTTGGTGGAGAAAAAATGCGGCTTGGA
AGACGAGGTATCATAAGAATGGGTCTCTTGAGATAACTAGAACCAGGTCAAGCTCATCAA
TAAAGTAGAAGTTTCTCTCTTCACCGTGATTTTGTGTGTTTTATACACTTTTTGCTTGGC
AAATTTTTGTTCTTTTCGTTGGACCTGGTGAGACTTGCTTCGTTCACACGGCACGTTGTT
GCTTTTGATTACTCACTATTACAACTCTTTGAGTTTACTGGATCATACATGGTTGATGCA
TAAACATGTGTTGGACTTCCACCACATGCAAATTCTGAAA

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 5

CO CL1428Contig1 541 5 5 U
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AGGGCCAGGATGGAAATGAAGTCTTCTTTAGGATAAAGAGGGCCACTCAGCTGAAGAAGC
TGATGACCGCTTACTGTGACCGTCAGTCTGTGGATTTCAACTCAATTGCTTTCTTGTTTG
ATGGCCGTCGTCTCCGTGCTGAACAGACTCCTGATGAGCTTGATATGGAAGAAGGAGATG
AGATCGATGCAATGCTCCATCAAACCGGTGGTGTTGCTAATGCTAAAGCTAATGGGATGT
CTGTGTTCTGCTTTTAGTGGTCTTTTATGGTGTTTCAATAAGATAAGAGGGTGTCATATA
TATTTTATGAACACTTTTTCAATAAGACGGTGGTGATGTTATTATCGGATCATTAATATC
TAATGGGCTTTGTTTAATGAGGCGGTAGCTTTAACTATAAAAGCTACTTTTAACCGCGTT
T


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1D687TF U 1
AF RR1BY18JQ C 1
AF RR1D687JQ C 67
AF RR1BY18TF U 1
AF RR1EE90TF U 15
BS 1 376 RR1D687TF
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BS 378 397 RR1D687TF
BS 398 495 RR1BY18TF
BS 496 541 RR1EE90TF

RD RR1D687TF 397 0 0
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AGGAAGAGGACAAGAAGCCCGGAGACCAAGGACCATCGGCTCACATCAATCTCAAAGTCA
AGGGCCAGGATGGAAATGAAGTCTTCTTTAGGATAAAGAGGGCCACTCAGCTGAAGAAGC
TGATGACCGCTTACTGTGACCGTCAGTCTGTGGATTTCAACTCAATTGCTTTCTTGTTTG
ATGGCCGTCGTCTCCGTGCTGAACAGACTCCTGATGAGCTTGATATGGAAGAAGGAGATG
AGATCGATGCAATGCTCCATCAAACCGGTGGTGTTGCTAATGCTAAAGCTAATGGGATGT
CTGTGTTCTGCTTTTACTGGTCTTTTATGGTGTTTCA

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DS 

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AGGAAGAGGACAAGAAGCCCGGAGACCAAGGACCATCGGCTCACATCAATCTCAAAGTCA
AGGGCCAGGATGGAAATGAAGTCTTCTTTAGGATAAAGAGGGCCACTCAGCTGAAGAAGC
TGATGACCGCTTACTGTGACCGTCAGTCTGTGGATTTCAACTCAATTGCTTTCTTGTTTG
ATGGCCGTCGTCTCCGTGCTGAACAGACTCCTGATGAGCTTGATATGGAAGAAGGAGATG
AGATCGATGCAATGCTCCATCAAACCGGTGGTGTTGCTAATGCTAAAGCTAATGGGATGT
CTGTGTTCTGCTTTTAGTGGTCTTTTATGGTGTTTCAATAAGATAAGAGGGTGTCATATA
TATTTTATGAACACTTTTTCAATAAGACGGTGGTGATGTTATTATCGGATCATTAATATC
TAATGGGCTTTGTTT
AC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1D687JQ 429 0 0
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CCGCTTACTGTGACCGTCAGTCTGTGGATTTCAACTCAATTGCTTTCTTGTTTGATGGCC
GTCGTTTCCGTGCTGAACAGACTCCTGATGAGCTTGATATGGAAGAAGGAGATGAGATCG
ATGCAATGCTCCATCAAACCGGTGGTGTTGCTAATGCTAAAGCTAATGGGATGTCTGTGT
TCTGCTTTTAGTGGTCTTTTATGGTGTTTCAATAAGATAAGAGGGTGTCATATATATTTT
ATGAACACTTTTTCAATAAGACGGTGGTGATGTTATTATCGGATCATTAATATCTAATGG
GCTTTGTTT

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR1BY18TF 497 0 0
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AGGAAGAGGACAAGAAGCCCGGAGACCAAGGACCATCGGCTCACATCAATCTCAAAGTCA
AGGGCCAGGATGGAAATGAAGTCTTCTTTAGGATAAAGAGGGCCACTCAGCTGAAGAAGC
TGATGACCGCTTACTGTGACCGTCAGTCTGTGGATTTCAACTCAATTGCTTTCTTGTTTG
ATGGCCGTCGTCTCCGTGCTGAACAGACTCCTGATGAGCTTGATATGGAAGAAGGAGATG
AGATCGATGCAATGCTCCATCAAACCGGTGGTGTTGCTAATGCTAAAGCTAATGGGATGT
CTGTGTTCTGCTTTTAGTGGTCTTTTATGGTGTTTCAATAAGATAAGAGGGTGTCATATA
TATTTTATGAACACTTTTTCAATAAGACGGTGGTGATGTTATTATCGGATCATTAATATC
TAATGGGCTTTGTTT
AC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1EE90TF 527 0 0
G
CGCCCCGGCCGGAGAATCTGATAAAAGGGAAGATGTCTGCTTTTCAGGAAGAGGACAAGA
AGCCCGGAGACCAAGGACCATCGGCTCACATCAATCTCAAAGTCAAGGGCCAGGATGGAA
ATGAAGTCTTCTTTAGGATAAGGAGGGCCACTCAGCTGAAGAAGCTGATGACCGCTTACT
GTGACCGTCAGTCTGTGGATTTCAACTCAATTGCTTTCTTGTTTGATGGCCGTCGTCTCC
GTGCTGAACAGACTCCTGATGAGCTTGATATGGAAGAAGGAGATGAGATCGATGCAATGC
TCCATCAAACCGGTGGTGTTGCTAATGCTAAAGCTAATGGGATGTCTGTGTTCTGCTTT*
AGTGGTCTTTTATGGTGTTTCAATAAGATAAGAGGGTGTCATATATATTTTATGAACACT
TTTTCAATAAGACGGTGGTGATGTTATTATCGGATCATTAATATCTAATGGGCTTTGTTT
AATGAGGCGGTAGCTTTAACTATAAAAGCTACTTTTAACCGCGTTT

QA 2 527 2 527
DS 



AS 2 6

CO CL1429Contig1 918 3 14 U
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ACTCTTAATGGCGGTATAAAAGGGGAACACCATAGTACACATTAAACTTAACCCAGATTC
GAAAGAAGGTAGCATCTAAGTCCTCGAAGATAAAAAAAAAGTTCACAAAGATTCGATAGA
TATTTGCTCATATGTTTGAAGGAGGAAAGACTGCTTTATTACGGTCTCTTCAGGGCTGCG
ATGGTGTAGGAGATGTTGGAGGCTTCAAGTCAGGGTACGCTGCATATGGTGAGAGTGGTC
TTGAATAAGATTTTGGTTTGTCTTCTGTCTTGGTTGGTTCTGTGATTGCTTGTGCAGTGG
CCGCTTCAGCCGTTGGCTCTGAGATTGCTTGTGCAGTGGCGGCTGGCTCTGAGTTTACCT
GTGAAGTGGCGGCTTTGATTACTGGCTCAGGTTCTGGTTTCTCGACCGTGGTTGTAGGTG
CTTCTGCTACTGCTGCAGGTGCGGGAAGAGCTTTGTTGCTTGTTGATGGAGGAAGAAGAG
CCTTTCCTATGTCCTTTAATTCATCAACAAGTTCTTTAGGTGCAATCTTTGTGTTCAAGA
ACTCATCCACTTGTTTTAGAGTTTGCTTTCGGTCCTCAGCAAATAGAAGTTTCTTGCCTG
CAAGCTGAACAAGTGCAGCTGAGCCTAGTAGTTGGAGTATGGTTTCAATCTCTGTAAATG
CTAAAGCACTTAATCCAGCAGCAGCAGCTACTCCAATTGCAACAGAGACACCATCAGCAC
TCTCGCCAAATACACCGCTGATACTATCAGTCAAACTGCTCAAATCAAGACTGAGAGTCT
TCTTTGGCTCTATCCAAGGCAAACCGCTATTCAACCAGCCTATAGGTCCCTCTGCACCAT
CTTTGATAGCGTAAGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FN56JQ U 1
AF RR1BF82JQ U 47
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G
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TCTTTGGCTCTAT

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AAGACTGAGAGTCTTCTTTGGCTCTATCCAAGGCAAACCGCTATTCAACCAGCCTATAGG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 1 684 1 684
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ACAAGGATGGTTTCTTGAAGAAGCTTTCCTTGAAGTTTAAAGATCCTGAGAACACCACAT
TGTTCATTCTTGACAAGTTTGATGGAAACTCCGAGCTTGTTGCTGAACTGGTGTCCCTTA
ATGGATTCAAA*CTGCTTACGCTATCAAAGATGGTGC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1BF82TF 852 0 0
GG
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AAAACCGCTAGCTTTAGTCCTATGTCAGTTTTATCCGAGAAAAGATCAGAACCAAGAAGA
CCCTTCTCGCTGCCTAGCCTCTTTCCACCGAAAACACCTAAACCAATCTCCCAAGAAAGC
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GCTCCTGCAAAGTCCCTGACCTACGAGGAAGCTCTGCAGCAATCCGTGACCTCTCCTTCG
TCTTTTGATTCAGACGGTTTGATCGAAGGGATATCAAGTTTCGTCACTGACAATCCTCTG
GTGATCGCCGGTGGAGTTGCTGCATTTGCTGTCCCTTTTGTTCTCTCTCAGGTTCTGAAC
AAGAAGCCCAAATCTTTTGGAGTTGAGTCTGCTAAGAATGCTTATACCAAGTTGGGCACT
GATGAAAATGCCCAGTTGCTTGACATAAGAACCTCTGCTGATTCCAGACAAGTGGGCACT
CCTAATGTCAAAGGTCTAGGTAAAAAGACAGTTTCGGTTGTTTACAACGGAGAAGACAAG
GATGGTTTCTTGAAGAAGCTTTCCTTGAAGTTTAAAGATCCTGAGAACACCACATTGTTC
ATTCTTGACAAGTTTGATGGAAACTCCGAGCTTGTTGCTGAACTGGTGTCCCTTAATGGA
TTCAAAACTGCTTACGCTATCAAAGATGGTGCAGAGGGACCTATAGCTGGTTGAATAGCG
GTTTGCCTTGGATAGAGCCAAAGAGACTCTCAGTCTGATTTGAGCAGTTGACTGATAGTA
TCAGCGTGTA

QA 3 852 3 852
DS 



AS 1 6

CO CL1430Contig1 789 6 5 U
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GCCTCAGTAACCTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCGTTCACCGGTCTCAAATCCACAATC
TCCAAACCCTCCGCCATCGTCAAAATCCCCACAACATCACGGAAGCTCACCGTGAAGTCA
TCTCTAAAGGACTTCGGAGTCGCGGCCGTAGCGGCTGCGGCTTCAATCGCTTTGGCTGGA
AACGCCATGGCGATAGATGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTAGCTTTCGTTCCC
AACGAGTTCACAATAGCGAAAGGAGAGAAGATTGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCA
CACAATGTTGTGTTCGATGAGGACGAGATCCCTAGTGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCC
ATGGACGAGCAAGATCTACTCAACGCTGCGGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACCGAG
CCTGGGACTTACAGCTTCTATTGTGCGCCCCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAAAGTC
ACCGTTAACTAAATAAAGTGTGAATGTAAGTGAAAGAGTGTCTCTGAACCAAAGTAGAGG
CTTTCCTTTTTGTAATTCTAAAGAGTGTTGAGTCGAATGGACCGTGATTTGTTATAGTAT
GAATGGTTCCATAAGTGCTTTTTTCCTGGTTTATAAATTGTATGTAGATTTATGTCTCTC
CCTATAATTTTCTTAGGAATATGATAAACTAAATAGGTAAATAAATGGTAAAAATATGCT
GTTTGTGCC


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1HB34TF U 1
AF RR1AN94JQ C 3
AF RR1AN94TF U 3
AF RR1EP79TF U 3
AF RR1EP79JQ C 57
AF RR1HB34JQ C 266
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BS 789 789 RR1HB34JQ

RD RR1HB34TF 607 0 0
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CACAATGTTGTGTTCGATGAGGACGAGATCCCTAGTGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCC
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ACCGTTAACTAAATAAAGTGTGAATGTAAGTGAAAGAGTGTCTCTGAACCAAAGTAGAGG
CTTTCCT

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1AN94JQ 689 0 0
G
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AATGTTGTGTTCGATGAGGACGAGATCCCTAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATG
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TCCTTTTTGTAATTCTAAAGAGTGTTGAGTCGAATGGACCGTGATTTGTTATAGTATGAA
TGGTTCCATAAGTGCTTTTTTCCTGGTT

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR1AN94TF 689 0 0
G
GGACACAAAGATATCAAAAAAAAAAGAAGTAAATCTAAGCCTCTAATCTTCATCATGGCC
TCAGTAACCTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCGTTCACCGGTCTCAAATCCACGATCTCC
AAACCCTCCGCCATCGTCAAAATCCCCACAACATCACGGAAGCTCACCGTGAAGTCATCT
CTAAAGGACTTCGGAGTCGCGGCCGTAGCGGCTGCGGCTTCAATCGCTTTGGCTGGAAAC
GCCATGGCGATAGATGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTAGCTTTCGTTCCCAAC
GAGTTCACAATAGCGAAAGGAGAGAAGATTGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCACAC
AATGTTGTGTTCGATGAGGACGAGATCCCTAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATG
GACGAGCAAGATCTACTCAACGCTGCGGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACCGAGCCT
GGGACTTACAGCTTCTATTGTGCGCCCCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAAAGTCACC
GTTAACTAAATAAAGTGTGAATGTAAGTGAAAGAGTGTCTCTGAACCAAAGTAGAGGCTT
TCCTTTTTGTAATTCTAAAGAGTGTTGAGTCGAATGGACCGTGATTTGTTATAGTATGAA
TGGTTCCATAAGTGCTTTTTTCCTGGTT

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR1EP79TF 726 0 0
G
GGACACAAAGATATCAAAAAAAAAAGAAGTAAATCTAAGCCTCTAATCTTCATCATGGCC
TCAGTAACCTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCGTTCACCGGTCTCAAATCCACAATCTCC
AAACCCTCCGCCATCGTCAAAATCCCCACAACATCACGGAAGCTCACCGTGAAGTCATCT
CTAAAGGACTTCGGAGTCGCGGCCGTAGCGGCTGCGGCTTCAATCGCTTTGGCTGGAAAC
GCCATGGCGATAGATGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTAGCTTTCGTTCCCAAC
GAGTTCACAATAGCGAAAGGAGAGAAGATTGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCACAC
AATGTTGTGTTCGATGAGGACGAGATCCCTAGTGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATG
GACGAGCAAGATCTACTCAACGCTGCGGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACCGAGCCT
GGGACTTACAGCTTCTATTGTGCGCCCCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAAAGTCACC
GTTAACTAAATAAAGTGTGAATGTAAGTGAAAGAGTGTCTCTGAACCAAAGTAGAGGCTT
TCCTTTTTGTA*TTCTAAAGAGTGTTGAGTCGAATGGACCGTGATTTGTTATAGTATGAA
TGGTTCCATAAGTGCTTTTTTCCTGGTTTATAAATTGTATGTAGATTTATGTCTCTCCCT
ATAAT

QA 2 726 2 726
DS 

RD RR1EP79JQ 732 0 0
CATGGCCTCAGTAACCTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCGTTCACCGGTCTCAAATCCAC
AATCTCCAAACCCTCCGCCATCGTCAAAATCCCCACAACATCACGGAAGCTCACCGTGAA
GTCATCTCTAAAGGACTTCGGAGTCGCGGCCGTAGCGGCTGCGGCTTCAATCGCTTTGGC
TGGAAACGCCATGGCGATAGATGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTAGCTTTCGT
TCCCAACGAGTTCACAATAGCGAAAGGAGAGAAGATTGTGTTCAAGAACAACGCTGGATT
CCCACACAATGTTGTGTTCGATGAGGACGAGATCCCTAGTGGTGTTGACGCGAGCAAGAT
CTCCATGGACGAGCAAGATCTACTCAACGCTGCGGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGAC
CGAGCCTGGGACTTACAGCTTCTATTGTGCGCCCCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAA
AGTCACCGTTAACTAAATAAAGTGTGAATGTAAGTGAAAGAGTGTCTCTGAACCAAAGTA
GAGGCTTTCCTTTTTGTAATTCTAAAGAGTGTTGAGTCGAATGGACCGTGATTTGTTATA
GTATGAATGGTTCCATAAGTGCTTTTTTCCTGGTTTATAAATTGTATGTAGATTTATGTC
TCTCCCTATAATTTTCTTAGGAATATGATAAACTAAATAGGTAAATAAATGGTAAAAATA
TGCTGTTTGTGC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1HB34JQ 524 0 0
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AGAAGATTGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCACACAATGTTGTGTTCGATGAGGACG
AGATCCCTAGTGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATGGACGAGCAAGATCTACTCAACG
CTGCGGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACCGAGCCTGGGACTTACAGCTTTTATTGTG
CGCCCCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAAAGTCACCGTTAACTAAATAAAGTGTGAAT
GTAAGTGAAAGAGTGTTTCTGAACCAAAGTAGAGGCTTTCCTTTTTGTAATTCTAAAGAG
TGTTGAGTCGAATGGACCGTGATTTGTTATAGTATGAATGGTTCCATAAGTGCTTTTTTC
CTGGTTTATAAATTGTATGTAGATTTATGTCTCTCCCTATAATTTTCTTAGGAATATGAT
AAACTAAATAGGTAAATAAATGGTAAAAATATGCTGTTTGTGCC

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 6

CO CL1431Contig1 787 6 5 U
GGCTTCCCTAGATTCGCTGTCTTAAAATTTCACTAATATTTCTGTGCGTCCTCCTCTCAT
CTCTCCCTCACTTGTACGTCTTCTCTTTGGCAAAAATGGCGAAACTAGCGATGCTGATGG
CTCTCTGTATCTTGCCGGCGATAGCAATGGCGGCGAAGGTGCCACGTATCGGTAAGAACA
CGTTGGTGGTTCAAGGTATCACTTACTGCGACACTTGCAAGTTCGGCTTCGAGACTGCTG
AATCCTCCTACCCCGTCCCCGGTGCGACGGTGAAGCTTGTGTGCAGAGACAGGAAGACAA
TGAAAGAGTTATACACAGACGTGGCTGTATCAAACAGGAAGGGGAAGTACATGTTCGTTG
TCCACGAGGACCATAAAGACGAGATGTGCGATGTTATGCTTGTCAAAAGCTCAGAAAAGG
GTTGTTCTAAAATCTCGAGGGGGCGTGAACAGTCGCGTGTGATATTGAACCATTACAATG
GCATTGCGTCGCAGATCAGGCACGCTAACAACATGGGGTTTGAGAAAGATGTTTCAGATG
TGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGGTTTAGAGGACCA
TCTTTATAATCAGTGTCATGATGGTCTGTTGTTTTCTATTTGGTTATGGGAGAGACATAT
TTGTATTTTCTTGATATAATATTATTTGTTCTTAGATGATGATGATGACTCGAGTGATGG
GAACTCTTGTTTGTGTAAGTTTGTTCTATTGATATATGTTCACTTCCCCTGCTTGGGAAG
CATCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1H525TF U 1
AF RR1C807TF U 45
AF RR1AN25TF U 30
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AF RR1AN25JQ C 30
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BS 654 783 RR1FP51TF
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CTCTCCCTCACTTGTACGTCTTCTCTTTGGCAAAAATGGCGAAACTAGCGATGCTGATGG
CTCTCTGTATCTTGCCGGCGATAGCAATGGCGGCGAAGGTGCCACGTATCGGTAAGAACA
CGTTGGTGGTTCAAGGTATCACTTACTGCGACACTTGCAAGTTCGGCTTCGAGACTGCTG
AATCCTCCTACCCCGTCCCCGGTGCGACGGTGAAGCTTGTGTGCAGAGACAGGAAGACAA
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TCCACGAGGACCATAAAGACGAGATGTGCGATGTTATGCTTGTCAAAAGCTCAGAAAAGG
GTTGTTCTAAAATCTCGAGGGGGCGTGAACAGTCGCGTGTGATATTGAACCATTACAATG
GCATTGCGTCGCAGATCAGGCACGCTAACAACATGGGGTTTGAGAAAGATGTTTCAGATG
TGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGGTTTAGAGGACCA
TCTTTATAATCAGTGTCATGATGGTCTGTTGTTTTCTATTTGGTTATGGGAGA

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DS 

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TCTCTCTCTCCCTTGTACGTCTTCTCTTTG*CAAAAATGGCGAAACTAGCGATGCTGATG
GTTCTCTGTATCTTGCCGGCGATAGCCATGGCGGCGAAGGTGCCACGTATCGGTAAGAAC
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GAATCCTCCTACCCCGTCCCCGGTGCGACGGTGAAGCTTGTGTGCAGAGACAGGAAGACA
ATGAAAGAGTTATACACAGACGTGGCTGTATCAAACAGGAAGGGAAAGTACATGTTCGTT
GTCCACGAGGACCATAAAGACGAGATGTGCGATGTTATGCTCGTCAAAAGCTCAGACAAG
GGTTGTTCTAAAATCTCTAGGGGGCGTGAACAGTCGCGTGTGATATTGAACCATTACAAT
GGCATTGCGTCTCAGATCAGGCACGCTAACAACATGGGGTTCGAGAAAGATGTTTCTGAT
GTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGGTTTAGAGGACC
ATCTTTATAATCAGTGTCATGATGGTCTGTTGTTTTCTATTTGGTTATGGGAGAGACATA
TTTGTATTTTCTTGATATAATATTATTTGTTCTT

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GG
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GGCGAAGGTGCCACGTATCGGTAAGAACACGTTGGTGGTTCAAGGTATCACTTACTGCGA
CACTTGCAAGTTCGGCTTCGAGACTGCTGAATCCTCCTACCCCGTCCCCGGTGCGACGGT
GAAGCTTGTGTGCAGAGACAGGAAGACAATGAAAGAGTTATACACAGACGTGGCTGTATC
AAACAGGAAGGGGAAGTACATGTTCGTTGTCCACGAGGACCATAAAGACGAGATGTGCGA
TGTTATGCTTGTCAAAAGCTCAGAAAAGGGTTGTTCTAAAATCTCGAGGGGGCGTGAACA
GTCGCGTGTGATATTGAACCATTACAATGGCATTGCGTCGCAGATCAGGCACGCTAACAA
CATGGGGTTTGAGAAAGATGTTTCAGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCA
GGTTGATGAAGATGAGGTTTAGAGGACCATCTTTATAATCAGTGTCATGATGGTCTGTTG
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GG
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ACTTGTACGTCTTCTCTTTGGCAAAAATGGCGAAACTAGCGATGCTGATGGCTCTCTGTA
TCTTGCCGGCGATAGCAATGGCGGCGAAGGTGCCACGTATCGGTAAGAACACGTTGGTGG
TTCAAGGTATCACTTACTGCGACACTTGCAAGTTCGGCTTCGAGACTGCTGAATCCTCCT
ACCCCGTCCCCGGTGCGACGGTGAAGCTTGTGTGCAGAGACAGGAAGACAATGAAAGAGT
TATACACAGACGTGGCTGTATCAAACAGGAAGGGGAAGTACATGTTCGTTGTCCACGAGG
ACCATAAAGACGAGATGTGCGATGTTATGCTTGTCAAAAGCTCAGAAAAGGGTTGTTCTA
AAATCTCGAGGGGGCGTGAACAGTCGCGTGTGATATTGAACCATTACAATGGCATTGCGT
CGCAGATCAGGCACGCTAACAACATGGGGTTTGAGAAAGATGTTTCAGATGTGTTTTGCT
CTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGGTTTAGAGGACCATCTTTATAA
TCAGTGTCATGATGG*CTGTTGTTTTCTATTTGGTTATGGGAGAGACATATTTGTATTTT
CTTGATATAATATTATTTGTTCTTAGATGATGATGATGACTCGAGTGATGGGAACTCTTG
TTTGTGTAAGTTTGTTCTATTGATATATGTTCACTTCCCCTGCTTGGGAAGCAT

QA 3 776 3 776
DS 

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GG
ACTAATATTTCTGTGCGTCCTCCTCTCATCTCTCCCTCACTTGTACGTCTTCTCTTTGGC
AAAAATGGCGAAACTAGCGATGCTGATGGCTCTCTGTATCTTGCCGGCGATAGCAATGGC
GGCGAAGGTGCCACGTATCGGTAAGAACACGTTGGTGGTTCAAGGTATCACTTACTGCGA
CACTTGCAAGTTCGGCTTCGAGACTGCTGAATCCTCCTACCCCGTCCCCGGTGCGACGGT
GAAGCTTGTGTGCAGAGACAGGAAGACAATGAAAGAGTTATACACAGACGTGGCTGTATC
AAACAGGAAGGGGAAGTACATGTTCGTTGTCCACGAGGACCATAAAGACGAGATGTGCGA
TGTTATGCTTGTCAAAAGCTCAGAAAAGGGTTGTTCTAAAATCTCGAGGGGGCGTGAACA
GTCGCGTGTGATATTGAACCATTACAATGGCATTGCGTCGCAGATCAGGCACGCTAACAA
CATGGGGTTTGAGAAAGATGTTTCAGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCA
GGTTGATGAAGATGAGGTTTAGAGGACCATCTTTATAATCAGTGTCATGATGGTCTGTTG
TTTTCTATTTGGTTATGGGAGAGACATATTTGTATCTTCTTGATATAATATTATTTGTTC
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ATATATGTTCACTTCCCCTGCTTGGGAAGCATCTTC

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DS 

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GGCGGCGAAGGTGCCACGTATCGGTAAGAACACGTTGGTGGTTCAAGGTATCACTTACTG
CGACACTTGCAAGTTCGGCTTCGAGACTGCTGAATCCTCCTACCCCGTCCCCGGTGCGAC
GGTGAAGCTTGTGTGCAGAGACAGGAAGACAATGAAAGAGTTATACACAGACGTGGCTGT
ATCAAACAGGAAGGGGAAGTACATGTTCGTTGTCCACGAGGACCATAAAGACGAGATGTG
CGATGTTATGCTTGTCAAAAGCTCAGAAAAGGGTTGTTCTAAAATCTCGAGGGGGCGTGA
ACAGTCGCGTGTGATATTGAACCATTACAATGGCATTGCGTCGCAGATCAGGCACGCTAA
CAACATGGGGTTTGAGAAAGATGTTTCAGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTA
TCAGGTTGATGAAGATGAGGTTTAGAGGACCATCTTTATAATCAGTGTCATGATGGTCTG
TTGTTTTCTATTTGGTTATGGGAGAGACATATTTGTATTTTCTTGATATAATATTATTTG
TTCTTAGATGATGATGATGACTCGAGTGATGGGAACTCTTGTTTGTGTAAGTTTGTTCTA
TTGATATATGTTCACTTCCCCTGCTTGGGAAGCAT
CTTC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 6

CO CL1432Contig1 931 6 10 U
GGGGATTCACTCTAACACTTGTGCCCGCTCTCTTCTTTGTCTTCTTCCCTCCTTCCTCCG
TCCTCAAATTTGCTTCGTTCACTTACAGATTCTCTCACCAGACACAAACTCCAGATTCAC
TCCGACAATGGAAACATTCCGAACATTCCATCTCTTCTTTTTCTTCTCTCACTTTATCTT
CTTGACGACACACACTACGCTTACGTCCGCAAACTCTCAGATCGTTGACTGTACAATGTG
CACGTCTTGTGACAATCCTTGTCAGCCAAATCCCTCTCCTCCACCACCGACTCCATCTCC
GCCACCTCCAACCACGACCACCGCCTGTCCTCCGCCTCCTAGCTCTGGAAGTGGTGGTGG
TGGTGGTCCTTACTACTACTACCCACCTCCTTCTCAGTCTAGCTCAAACCGTCCACCACC
GTCTTCCTCGGGCGATGGTGGCTACGTTTATCCACCGCCTAAAAGTGGAGGAAACTACCC
TTTTACGCCGCCGCCAAACCCGATCGTTCCTTACTTTCCGTTTTACTACTACAACCCTCC
GCCGCAATCTGTTGTGTTGTCCGGATCCGTTGCGAAAACAAGTTTCTCTTACGGGTTTTC
ATTTGCGTTAGTTTTTGCTCTTTGTTTCAGTACGTTGCTTCTAAATAATACAGGTTAAAG
AAGATGATAGCTAGAGGTTACTTGTAACAACAAGAAAAATCCTCATCTCTTTGCAGAGAA
GATGACTTATGCATGAGAGATCTTTACGCTACAGATTCAAAACGGTGAATGTTGGTTCTT
CATTTTCTCTTTTCTTTTTCTTTACTTGTCTTTGCTTGTATAAGTAAAAATAATTCCATA
TCTTTTAACAATCTTATGAATGTAGTTTCTTCCCCTTTTTCATAATATTAAAAATAAATA
AATGGGGGTTGCCTCATTTTGGGTTTTAGTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN61TF U 2
AF RR1FN62TF U 2
AF RR1BQ09TF U 1
AF RR1G613TF U 95
AF RR1BQ09JQ C 158
AF RR1FN62JQ C 164
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TTTGCGTTAGTTTTTGCTCTTT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1FN62TF 649 0 0
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CCTCAAATTTGCTTCGTTCACTTACAGATTCTCTCACCAGACACAAACTCCAGATTCACT
CCGACAATGGAAACATTCCGAACATTCCATCTCTTCTTTTTCTTCTCTCACTTTATCTTC
TTGACGACACACACTACGCTTACGTCCGCAAACTCTCAGATCGTTGACTGTACAATGTGC
ACGTCTTGTGACAATCCTTGTCAGCCAAATCCCTCTCCTCCACCACCGACTCCATCTCCG
CCACCTCCAACCACGACCACCGCCTGTCCTCCGCCTCCTAGCTCTGGAAGTGGTGGTGGT
GGTGGTCCTTACTACTACTACCCACCTCCTTCTCAGTCTAGCTCAAACCGTCCACCACCG
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TTTACGCCGCCGCCAAACCCGATCGTTCCTTACTTTCCGTTTTACTACTACAACCCTCCG
CCGCAATCTGTTGTGTTGTCCGGATCCGTTGCGAAAACAATTTTCTCTTACGGGTTTTCA
TTTGCGTTAGTTTTTGCTCTTTGTTTCAGTACGTTGCTTCTAAATAATA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1BQ09TF 685 0 0
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CTTGACGACACACACTACGCTTACGTCCGCAAACTCTCAGATCGTTGACTGTACAATGTG
CACTTCTTGTGACAATCCTTGTCAGCCAAATCCCTCTCCTCCACCACCGACTCCATCTCC
GCCACCTCCAACCACGACCACCGCCTGTCCTCCGCCTCCTAGCTCTGGAAGTGGTGGTGG
TGGTGGTCCTTACTACTACTACCCACCTCCTTCTCAGTCTAGCTCAAACCGTCCACCACC
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GCCGCAATCTGTTGTGTTGTCCGGATCCGTTGCGAAAACAAGTTTCTCTTACGGGTTTTC
ATTTGCGTTAGTTTTTGCTCTTTGTTTCAGTACGTTGCTTCTAAATAATACACGTTAAAG
AAGATGATAGCTAGAGGTTACTTGT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1G613TF 699 0 0
GG
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CTTTTTCTTCTCTCACTTTATCTTCTTGACGACACACACTACGCTTACGTCCGCAAACTC
TCAGATCGTTGACTGTACAATGTGCACGTCTTGTGACAATCCTTGTCAGCCAAATCCCTC
TCCTCCACCACCGACTCCATCTCCGCCACCTCCAACCACGACCACCGCCTGTCCTCCGCC
TCCTAGCTCTGGAAGTGGTGGTGGTGGTGGTCCTTACTACTACTACCCACCTCCTTCTCA
GTCTAGCTCAAACCGTCCACCACCGTCTTCCTCGGGCGATGGTGGCTACGTTTATCCACC
GCCTAAAAGTGGAGGAAACTACCCTTTTACGCCGCCGCCAAACCCGATCGTTCCTTACTT
TCCGTTTTACTACTACAACCCTCCGCCGCAATCTGTTGTGTTGTCCGGATCCGTTGCGAA
AACAAGTTTCTCTTACGGGTTTTCATTTGCGTTAGTTTTTGCTCTTTGTTTCAGTACGTT
GCTTCTAAATAATACAGGTTAAAGAAGATGATAGCTAGAGGTTACTTGTAACAACAAGAA
AAATCCTCATCTCTTTGCAGAGAAGATGACTTAT*CATGAGAGATCTTTACGCTACAGAT
TCAAAACGGTGAATGTTGGTTCTTCATTTTCTCTTT
C

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1BQ09JQ 758 0 0
TTTTTCTTCTCTCACTTTATCTTCT*GACGACACACACTACGCTTACGTCCGCAAACTCT
CAGATCGTTGACTGTACAATGTGCACTTCTTGTGACAATCCTTGTCAGCCAAATCCCTCT
CCTCCACCACCGACTCCATCTCCGCCACCTCCAACCACGACCACCGCCTGTCCTCCGCCT
CCTAGCTCTGGAAGTGGTGGTGGTGGTGGTCCTTACTACTACTACCCACCTCCTTCTCAG
TCTAGCTCAAACCGTCCACCACCGTCTTCCTCGGGCGATGGTGGCTACGTTTATCCACCG
CCTAAAAGTGGAGGAAACTACCCTTTTACGCCGCCGCCAAACCCGATCGTTCCTTACTTT
CCGTTTTACTACTACAACCCTCCGCCGCAATCTGTTGTGTTGTCCGGATCCGTTGCGAAA
ACAAGTTTCTCTTACGGGTTTTCATTTGCGTTAGTTTTTGCTCTTTGTTTCAGTACGTTG
CTTCTAAATAATACAGGTTAAAGAAGATGATAGCTAGAGGTTACTTGTAACAACAAGAAA
AATCCTCATCTCTTTGCAGAGAAGATGACTTATGCATGAGAGATCTTTACGCTACAGATT
CAAAACGGTGAATGTTGGTTCTTCATTTTCTCTTTTCTTTTTCTTTACTTGTCTTTGCTT
GTATAAGTAAAAATAATTCCATATCTTTTAACAATCTTATGAATGTAGTTTCTTCCCCTT
TTTCATAATATTAAAAATAAATAAATGGGGGTTGCCTC

QA 1 758 1 758
DS 

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QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 4

CO CL1433Contig1 1192 4 5 U
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AAAGATGATGCTGCATCTGGTAAGACTGACAAGGGTGAAGAAGTTGCAAAAGAACGGTCG
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TCAGCGCCATCAATAGTTTTGACATCAAAATCGCATGATGGCCTACACGTCTTTGATGAT
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AACACGTGGAATAATACTCACATTGCAACTGTTGGCACTGCGATGTCATCTCCAGAAAAG
GCGGCGTGGGAAATTTTCAACTCCTTGGATGTGAAATACGTTCTTGTCGTCTTTGGTGGT
GTTATTGGTTACCCAAGTGATGATATTAACAAGTTTCTGTGGATGGTGCGTATTGGAGGC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1G344TF U 1
AF RR1BX54TF U 557
AF RR1EK04JQ C 837
AF RR1EK04TF U 837
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CTTATAATGTTGGGTGCTTTCTATGTGATTCATTGTGTTTGGGCAGCTGCAGAAGCATAC
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GGCGTCTTTCCTCATATAAAGGAAGCTGATTATCTGAGAGATGGCCAATACCGGATTG

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G
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AGGCTATGACCGGGTCAGGCGGACAGAGGTCGGGAAGAAATATTTCAAGCTCACACATTT
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DS 

RD RR1EK04TF 356 0 0
GT
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CAAGCTCTGGAGTGAGCTCAAAATCAGCGAAGAAGAATCCATGGATGTAGAAATCCTAGA
ACTTCTAATGTTGTTGCGAACGCAGTCAAGTTTCTGGTGTAGGATTCGTAAAAGTTTTGT
AGAACTTTTGTGGATTTGTTGAGGCGAAATTCATGTTTATCGTGGAGATTTACACCAGAT
ATCTATGAAGAAGTTTAAGTTTATATCAAATAAGAATATCTATTTTACAA
GCCG

QA 3 352 3 352
DS 



AS 1 6

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TTAGCAAAACTAATTGGAAACAGACTTAGCAGCTTGAAGCATTTCCACTATCAGTGTCTT
CACGTCCTTTCTGTCTTGTGCGCGTCTTGGGAACGGAACTCGGATCTTGAAGGTGTTCCC
TTGAAGAGTAGCCTTAACGTTGAAACCAAGGCTGTCCAAATCAAGCATCAAGGCGCTCTC
CACAGGTATGGATGTTGTATGGTGTACAATAGCTTTGGTATCCTCTTCATGGTCTTTGTT
CATGTGTGACGTTACAGGCTTTGCAAACTGAGCAATAGGATCGACTTTGGCTCCTTGGTA
CTCCTCTTTGCTGAATTCTCCAGATCCTAGAAAAGCAGTTGCAACCCCTGAAACAAATCT
CACAACTTTTGGTTCAATTCGCATAAAGCTGAAGTCTCCAAAATCAACCCAGAAAGCACT
AGGATGCTTGGCTAAATAGGCAGATCGAACAGCCGCTTGGTCTTTGTCAGAAACCAACAC
TGCATCACCGTGTAGGGTGATCCTCAAACCGGTCCTATCTTCTGGCTCTCTAGCAACCAG
TAGTGAGCATTTTGGATTAGCTAACAGATCCTTTGTATGGACAGCCAGGCTACTGACTGC
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TATTTCCTCAACAGGAGAAAGACGAGCAGCCTTCGCCTCATGAGCTTGAATCAATTTGAA
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ATGAATAAGACATGTAGTAGAGAAGAATCTAGCCGTGATTAAAGGCGTTGAGAAATGAGC
AACTACCGACTTCATCTTCCTGCTTCTTCACGAAACCTTCAATGTTCGTTTGGTTTACAC
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1E475JQ U 110
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AF RR1FN35JQ U 1
AF RR1FN35TF C 318
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AF RR1E150TF C 511
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AAGGCGCTCTCCACAGGTATGGATGTTGTATGGTGTACAATAGCTTTGGTATCCTCTTCA
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GAAACCAACACTGCATCACCGTGTAGGGTGATCCTCAAACCGGTCCTATCTTCTGGCTCT

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DS 

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C
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GGGTTCAGAACAAGACATGAAGTTTTTTACATCTTTATTTTAGCAAAACTAATTGGAAAC
AGACTTAGCAGCTTGAAGCATTTCCACTATCAGTGTCTTCACGTCCTTTCTGTCTTGTGC
GCGTCTTGGGAACGGAACTCGGATCTTGAAGGTGTTCCCTTGAAGAGTAGTCTTAACGTT
GAAACCAAGGCTGTCCAAATCAAGCATCAAGGCGCTCTCCACAGGTATGGATGTTGTATG
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TGCAAACTGAGCAATAGGATCGACTTTGGTTCCTTGGTACTCCTCTTTGCTGAATTCTCC
AGATCCTAGAAAAGCAGTTGCAACCCCTGAAACAAATCTCACAACTTTTGGTTCAATTCG
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CCTCAAACCGGTCCTATCTTCTGGCTCTCTAGCA

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CACGTCCTTTCTGTCTTGTGCGCGTCTTGGGAACGGAACTCGGATCTTGAAGGTGTTCCC
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CACAACTTTTGGTTCAATTCGCATAAAGCTGAAGTCTCCAAAATCAACCCAGAAAGCACT
AGGATGCTTGGCTAAATAGGCAGATCGAACAGCCGCATGGTCTTTGTCAGAAACCAACAC
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CAGATCGAACAGCCGCATGGTCTTTGTCAGAAACCAACACTGCATCACCGTGTAGAGTGA
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AGGACGACTTTCTGCGACGGACGGTGGAGATCGATTGTGGATGAATAAGACAT
CC

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DS 

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CAAAATCAACCCAGAAAGCACTAGGATGCTTGGCTAAATAGGCAGATCGAACAGCCGCTT
GGTCTTTGTCAGAAACCAACACTGCATCACCGTGTAGGGTGATCCTCAAACCGGTCCTAT
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GGACAGCCAGGCTACTGACTGCAAGAATGGGAGATCCATCAGCATCACATGCAAAATCAA
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CACTACCGTTAAGCACAGTTCGTATTTCCTCAACAGGAGAAAGACGAGCAGCCTTCGCCT
CATGAGCTTGAATCAATTTGAAAACATCCGTCTCATTGCTGGGATTCCCTGGTGATACAG
CCTGAGAAGAAGACTGAGCTGCTGAGGCCATCACGGTGAGAGAGGACGACTTTATGCGAC
GGACGGTGGAGATCGATTGTGGATGAATAAGACATGTAGTAGAGAAGAATCTAGCCGT
CC

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AGCCGCTTGGTCTTTGTCAGAAACCAACACTGCATCACCGTGTAGGGTGATCCTCAAACC
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CTTTGTATGGACAGCCAGGCCACTGACTGCAAGAATGGGAGATCCATCAGCATCACATGC
AAAATCAACCATTGAGCCTGAAGGATAACCCTCATACTTCTGAGAGAAAGTGGAAAGCAT
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AGCCGTGATTAAAGGCGTTGAGAAATGAGCAACTACCGACTTCATCTTCCTGCTTCTTCA
CGAAACCTTCAATGTTCGTTTGGTTTACACCC

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DS 



AS 2 5

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AACTTTATATATAGAATACATACATAGGATAGAGTATGTATATATTTATCTATACATTTA
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TTTATTGAAATAAAAATCGACAAACTAAATAGTGGACGTTGTTTCATTGTTTTATTCTTC
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TATCAATGACACAAAAGTAGATACGTCACGAACACGTGGCCACATTTTAGTTGTACCTGA
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CGCCTAAGAAACTTGCAAGCTTCTTCAAGTTGGACTCGATGTCTTGTTTCAGATCTTCGT
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TGTGTCGAAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR02JQ U 48
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AF RR1AU27JQ U 1
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ATCTATACATTTATTAATACATTCACTCAGCACTTAAATAGAAATGAAAAACATAATGAC
AAACATAATGATATTTATTGAAATAAAAATCGACAAACTAAATAGTGGACGTTGTTTCAT
TGTTTTATTCTTCCTTATCAAACAACAAAACAACTGCCTTTTAACTTTTGTTGTGTTTTC
AGTACTGACTCCATATCAATGACACAAAAGTAAATACGTCACGAACACGTGGCCACATTT
TAGTTGTACCTGAAAGTGAGATCAGATCCACCTAACTTGTCATCCACCAAGGCTGACAAT
CTTTCGGCTTGGGGTGGTGATAGATAGTTAACCCAATCACTCGCTTCTCCTTTCCTGAAC
AAGTGCCTATTCTCAAAGTTCTTGATCGATTTGCTTGACTTGTTCACCTCCAACTTCTTT
AGATTCTCGAAGCTGCACAGATC

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR1ES53JQ 738 0 0
A
CATAGTAATTTATAACTTTATATATAGAATACATACATAGGATAGAGTATGTATATATTT
ATCTATACATTTATTAATACATTCACTCAGCACTTAAATAGAAATGAAAAACATAATGAC
AAACATAATGATATTTATTGAAATAAAAATCGACAAACTAAATAGTGGACGTTGTTTCAT
TGTTTTATTCTTCCTTATCAAACAACAAAACAACTGCCTTTTAACTTTTGTTGTGTTTTC
AGTACTGACTTCATATCAATGACACAAAAGTAGATACGTCACGAACACGTGGCCACATTT
TAGTTGTACCTGAAAGTGAGATCAGATCCACCTAACTTGTCATCCACCAAGGCTGACAAT
CTTTCGGCTTGTGGTGGTGATAGATAGTTAACCCAATCACTCACTTCTCCTTTCCTGAAC
AAGTGCCTATTCTCAAAGTTCTTGATCGATTTGCTTGACTTGTTCACCTCCAACTTCTTT
AGATTCTCGAAGCTGCACAGATCCGAGATTGCATGCACAACACCTTTTTGTTCCTCTTCT
TCCGTGAAAGGAACGCCTAAGAAACTTGCAAGCTTCTTCAAGTTGGACTCGATGTCTTGT
TTCAGATCTTCGTACCGTAAGAACAAGACTTTCTCTGGTGTCCTCAAGCTCTCTTTCCAG
TATCCCAACATGTGTTCCCAGAACGGTCCGAACCCGATCACTCCCCTGCAATACAGATCA
AACCCTCCTTCTAACGA

QA 2 738 2 738
DS 

RD RR1AU27JQ 850 0 0
GTAGTTATTTAGCTTATTATCCACTCGCACGTGAAGAAATAGACATACATAGTAATTTAT
AACTTTATATATAGAATACATACATAGGATAGAGTATGTATATATTTATCTATACATTTA
TTAATACATTCACTCAGCACTTAAATAGAAATGAAAAACATAATGACAAACATAATGATA
TTTATTGAAATAAAAATCGACAAACTAAATAGTGGACGTTGTTTCATTGTTTTATTCTTC
CTTATCAAACAACAAAACAACTGCCTTTTAACTTTTGTTGTGTTTTCAGTACTGACTTCA
TATCAATGACACAAAAGTAGATACGTCACGAACACGTGGC*ACATTTTAGTTGTACCTGA
AAGCGAGATCAGATCCACCTAACTTGTCATCCACCAAGGCTGACAATCTTTCGGCTTGTG
GTGGTGATAGATAGTTAACCCAATCACTCACTTCTCCTTTCCTGAACAAGTGCCTATTCT
CAAAGTTCTTGATCGATTTGCTTGACTTGTTCACCTCCAACTTCTTTAGATTCTCGAAGC
TGCACAGATCCGAGATTGCATGCACAACACCTTTTTGTTCCTCTTCTTCCGTGAAAGGAA
CGCCTAAGAAACTTGCAAGCTTCTTCAAGTTGGACTCGATGTCTTGTTTCAGATCTTCGT
ACCGTAAGAACAAGACTTTCTCTGGTGTCCTCAAGCTCTCTTTCCAGTATCCCAACATGT
GTTCCCAGAACGGTCCGAACCCGATCACTCCCCTGCAATACAGATCAAACCCTTCTTCTA
ACGAGACGGGACTCACTGCCTCCGATTTTATGTTGTTGATGTAGTGCCACGAGAGATGAA
TGTGTCGAAC

QA 1 850 1 850
DS 



CO CL1435Contig2 700 2 3 U
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ACAAAGACAATGGCGACCTCAAGCATCACCAAGACCATTCCAATAATGGCCATTCCAAAT
TTCAACGTTTGTCACAAGCTCGAGCTCATCAAGGAAGAAGGCAAAAGCGGAGACCCGAAA
CTCAAAGGAGACGAAGAAGAGCTAAGCTACGAGTTCCGAGAGATGTTGGAGTCTCTTCCT
AAGGAGAGAGGTTGGAGAACTCGTTACCTTTACCTATTCCAAGGGTTTTGGTGCCAATCC
AAGGAGATTCAAGCTATCATGTCCTTCCAGAAGCATTTCAATTCCCACCAAAACGATGTC
GTTCTCGCCACCATACCAAAATCCGGTACGACATGGTTAAAAGCTCTAACTTTTACCGTT
CTTAACCGACACCGGTTTGATCCGGTTTTTTCAACAACCGACCACCCACTCCTCACATCA
AACCCTCATGACCTCGTACCTTTCTTCGAGTACAAGCTTTACGCGAACGGAGATGTTCCT
GATCTATCCGGTCTAGCCAGCCCAAGAACATTCGCAACCCACGTCCCTTTCGGTTCTCTC
AAGGACTCCATCGAAGAACCAGGCGTGAAGGTGGTCTACTTGTGCCGAAACCCGTTCGAC
ACATTCATCTCCTCGTGGCACTACATCAACAACATAAAAT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR02TF U 1
AF RR1AU27TF U 1
BS 1 72 RR1AU27TF
BS 73 73 RR1GR02TF
BS 74 700 RR1AU27TF

RD RR1GR02TF 285 0 0
GG
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AAAGACAATGGCGACCTCAAGCATCACCAAGACCATTCCAATAATGGCCATTCCAAATTT
CAACGTTTGTCACAAGCTCGAGCTCATCAAGGAAGAGGGCAAAAGCGGAGACCCGAAACT
CA**GGAGACGAAGAAGAGCTAAGCTACGAGTTCCGAGAGATGTTGGAGTCTCTTCCTAA
GGAGAGAGGTTGGAGAACTCGTTACCTTTACCTATTCCAAGGG

QA 3 285 3 285
DS 

RD RR1AU27TF 700 0 0
GCAAAACAAAACTCAAAGATTCAAACAGTAATAAAAATCTCTGTTTTTTACATATATAAG
ACAAAGACAATG*CGACCTCAAGCATCACCAAGACCATTCCAATAATGGCCATTCCAAAT
TTCAACGTTTGTCACAAGCTCGAGCTCATCAAGGAAGAAGGCAAAAGCGGAGACCCGAAA
CTCAAAGGAGACGAAGAAGAGCTAAGCTACGAGTTCCGAGAGATGTTGGAGTCTCTTCCT
AAGGAGAGAGGTTGGAGAACTCGTTACCTTTACCTATTCCAAGGGTTTTGGTGCCAATCC
AAGGAGATTCAAGCTATCATGTCCTTCCAGAAGCATTTCAATTCCCACCAAAACGATGTC
GTTCTCGCCACCATACCAAAATCCGGTACGACATGGTTAAAAGCTCTAACTTTTACCGTT
CTTAACCGACACCGGTTTGATCCGGTTTTTTCAACAACCGACCACCCACTCCTCACATCA
AACCCTCATGACCTCGTACCTTTCTTCGAGTACAAGCTTTACGCGAACGGAGATGTTCCT
GATCTATCCGGTCTAGCCAGCCCAAGAACATTCGCAACCCACGTCCCTTTCGGTTCTCTC
AAGGACTCCATCGAAGAACCAGGCGTGAAGGTGGTCTACTTGTGCCGAAACCCGTTCGAC
ACATTCATCTCCTCGTGGCACTACATCAACAACATAAAAT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 6

CO CL1436Contig1 542 6 10 U
GGAAACTACAACTGAGAATCTTCTTTATTTTCTCAAAGGAAAAAAAATGTCGGGTCGTGG
AAAGGGAGGAAAGGGTTTGGGCAAAGGAGGAGCCAAGCGTCACAGGAAAGTTCTGAGAGA
CAACATCCAGGGAATCACCAAGCCTGCTATTCGGAGGTTGGCTCGCAGGGGTGGAGTCAA
GCGTATCAGTGGTCTGATCTACGAGGAGACACGTGGAGTCCTCAAGATCTTTTTGGAGAA
CGTCATCCGTGACGCCGTGACATACACCGAGCACGCCAGGAGGAAGACTGTGACGGCCAT
GGACGTCGTCTATGCGCTGAAGAGGCAAGGGAGGACGCTTTACGGGTTTGGCGGTTAAGT
GTCTTTTTAGATTCGCGTTTGCGTTTCTGGGTTTCTTTTAGGTGTTGTTCTGGAAATTTC
TAATCAAATCGTGTTATTTGCGTTTTTAATTCTGTTTGGTTACGGTCTTTGTGTGTTGCG
GTAGCGTTTCGTTACATGTAATGTAATTACGCATTTTATCTATGAAGCTGTTCGAGTTTA
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 10 

AF RR1EP31TF U 1
AF RR1EP44TF U 6
AF RR1DD47JQ C 195
AF RR1DD47TF U 195
AF RR1B431TF U 410
AF RR1B431JQ C 361
BS 1 46 RR1EP31TF
BS 47 47 RR1EP44TF
BS 48 207 RR1EP31TF
BS 208 208 RR1EP44TF
BS 209 305 RR1EP31TF
BS 306 306 RR1EP44TF
BS 307 390 RR1EP31TF
BS 391 391 RR1EP44TF
BS 392 540 RR1EP31TF
BS 541 542 RR1B431JQ

RD RR1EP31TF 540 0 0
GGAAACTACAACTGAGAATCTTCTTTATTTTCTCAAAGGAAAAAAA*TGTCGGGTCGTGG
AAAGGGAGGAAAGGGTTTGGGCAAAGGAGGAGCCAAGCGTCACAGGAAAGTTCTGAGAGA
CAACATCCAGGGAATCACCAAGCCTGCTATTCGGAGGTTGGCTCGCAGGGGTGGAGTCAA
GCGTATCAGTGGTCTGATCTACGAGGATACACGTGGAGTCCTCAAGATCTTTTTGGAGAA
CGTCATCCGTGACGCCGTGACATACACCGAGCACGCCAGGAGGAAGACTGTGACGGCCAT
GGACGCCGTCTATGCGCTGAAGAGGCAAGGGAGGACGCTTTACGGGTTTGGCGGTTAAGT
GTCTTTTTAGATTCGCGTTTGCGTTTCTGGTTTTCTTTTAGGTGTTGTTCTGGAAATTTC
TAATCAAATCGTGTTATTTGCGTTTTTAATTCTGTTTGGTTACGGTCTTTGTGTGTTGCG
GTAGCGTTTCGTTACATGTAATGTAATTACGCATTTTATCTATGAAGCTGTTCGAGTTTA

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1EP44TF 537 0 0
GG
ACAACTGAGAATCTTCTTTATTTTCTCAAAGGAAAAAAAATGTCGGGTCGTGGAAAGGGA
GGAAAGGGTTTGGGCAAAGGAGGAGCCAAGCGTCACAGGAAGGTTCTGAGAGACAACATC
CAGGGAATCACCAAGCCTGCTATTCGGAGGTTGGCTCGCAGGGGTGGAGTCAAGCGTATC
AGTGGTCTGATCTACGAGGAGACACGTGGAGTCCTCAAGATCTTTTTGGAGAACGTCATC
CGTGACGCCGTGACCTACACCGAGCACGCCAGGAGGAAGACTGTGACGGCCATGGATGTT
GTCTATGCGTTGAAGAGGCAAGGGAGGACGCTTTACGGATTTGGCGGTTGAGGGTCTTTT
GAGATTCGCGTTTGCGTTTCTGGGTTTCTTTTAGGTGTTGTTCTGGAAATTTCTAATCAA
ATCGTGTTATTTGCGTTTTTAATTCTGTTTGGTTACGGTCTTTGTGTGTTGCGGTAGCGT
TTCGTTACATGTAATGTAATTACGCATTTTATCTATGAAGCTGTTCGAGTTTA
TG

QA 3 535 3 535
DS 

RD RR1DD47JQ 347 0 0
G
GATCTACGAGGAGACACGTGGAGTCCTCAAGATCTTTTTGGAGAACGTCATCCGTGACGC
CGTGACATACACCGAGCACGCCAGGAGGAAGACTGTGACGGCCATGGACGTCGTCTATGC
GCTGAAGAGGCAAGGGAGGACGCTTTACGGGTTTGGCGGTTAAGTGTCTTTTTAGATTCG
CGTTTGCGTTTCTGGGTTTCTTTTAGGTGTTGTTCTGGAAATTTCTAATCAAATCGTGTT
ATTTGCGTTTTTAATTCTGTTTGGTTACGGTCTTTGTGTGTTGCGGTAGCGTTTCGTTAC
ATGTAATGTAATTACGCATTTTATCTATGAAGCTGTTCGAGTTTA
C

QA 2 346 2 346
DS 

RD RR1DD47TF 347 0 0
G
GATCTACGAGGAGACACGTGGAGTCCTCAAGATCTTTTTGGAGAACGTCATCCGTGACGC
CGTGACATACACCGAGCACGCCAGGAGGAAGACTGTGACGGCCATGGACGTCGTCTATGC
GCTGAAGAGGCAAGGGAGGACGCTTTACGGGTTTGGCGGTTAAGTGTCTTTTTAGATTCG
CGTTTGCGTTTCTGGGTTTCTTTTAGGTGTTGTTCTGGAAATTTCTAATCAAATCGTGTT
ATTTGCGTTTTTAATTCTGTTTGGTTACGGTCTTTGTGTGTTGCGGTAGCGTTTCGTTAC
ATGTAATGTAATTACGCATTTTATCTATGAAGCTGTTCGAGTTTA
C

QA 2 346 2 346
DS 

RD RR1B431TF 133 0 0
CTGGAAATTTCTAATCAAATCGTGTTATTTGCGTTTTTAATTCTGTTTGGTTACGGTCTT
TGTGTGTTGCGGTAGCGTTTCGTTACATGTAATGTAATTACGCATTTTATCTATGAAGCT
GTTCGAGTTTA
TG

QA 1 131 1 131
DS 

RD RR1B431JQ 182 0 0
GTCTTTTGAGATTCGCGTTTGCGTTTCTGGGTTTCTTTTAGGTGTTGTTCTGGAAATTTC
TAATCAAATCGTGTTATTTGCGTTTTTAATTCTGTTTGGTTACGGTCTTTGTGTGTTGCG
GTAGCGTTTCGTTACATGTAATGTAATTACGCATTTTATCTATGAAGCTGTTCGAGTTTA
TG

QA 1 182 1 182
DS 



AS 1 6

CO CL1437Contig1 714 6 17 U
AATAAAATCATCATTAGATAAAAAAAGAAATTGAATTTATTAGAACATAGTATGCTCTGT
TTCTTGTTGTAACATGAAACAAAATTTAAACCCCGCCAATTAAACCCTAGACCACACTTC
TCCCACTCCCCAAGCTCTTGGTTCATTTAGGCAGAACCAGATCTTTACAGCTTTCCCAGA
ACCCTAATCATCTCCGATCCAGATACATAGAGAGACACAGAGCAAATCTACTCAGGTTGT
TTCTTAAGAAGGGCTTTCGAAGGATATATATAGAAAAAGCTATTTGCTTTTATGTAATAA
AAGTTCTTTTCTTTTTTCTTTTTTAACTAAGCCACCACGAGGGTTCCTGTCCGAACGGTT
TTGCAATCTTTTGATGCTTCGGAAGATTTTTTACGGAGAGATCTTGAAGAAAGTTTCCAG
CTTTTCTCCTTGGCTTCATCAGACTCAATCTGTTCTTCTCTACACTCATTGCTACAAAAC
GCCTTGCCTCCTCTGTACATGAAGATGTCGGAGTTACGAGGAAGGTGTTTACGGCAAAGA
GAGCAAGATTCCAAAAAGTGTAGCTCTTCATAACTTGAAAACCCAGCGTAGTATGAAGCC
ATTTGCTTATACTAATCTCTTGAAAAAATAACGAGACTTCGGAATAAAGGAAGAGAATCA
ACTGCAGAAGCAGATTCAAGAATCAAGATTCAGCTCAGAGAGGGAGGAGGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 0 10 10 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR1GF07TF C 1
AF RR1GF07JQ U 19
AF RR1CM88JQ U 15
AF RR1CM88TF C 16
AF RR1BH84JQ U 268
AF RR1BH84TF C 268
BS 1 19 RR1GF07TF
BS 20 76 RR1CM88JQ
BS 77 77 RR1GF07JQ
BS 78 446 RR1CM88JQ
BS 447 447 RR1BH84JQ
BS 448 486 RR1CM88JQ
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BS 488 509 RR1CM88JQ
BS 510 510 RR1BH84JQ
BS 511 561 RR1CM88JQ
BS 562 562 RR1BH84JQ
BS 563 639 RR1CM88JQ
BS 640 640 RR1BH84JQ
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BS 697 709 RR1CM88JQ
BS 710 714 RR1BH84JQ

RD RR1GF07TF 329 0 0
AATAAAATCATCATTAGATAAAAAAAGAAATTGAATTTATTAGAACATAGTATGCTCTGT
TTCTTGTTGTAACATGAAACAAAATTTAAACCCCGCCAATTAAACCCTAGACCACACTTC
TCCTACTCCCCAAGCTCTTGGTTCATTTAGGCAGAACCAGATCTTTACAGCTTTCCCAGA
ACCCTAATCATCTCCGATCCAGATACATAGAGAGACACAGAGCAAATCTACTCAGGTTGT
TTCTTAAGAAGGGCTTTCGAAGGATATATATAGAAAAAGCTATTTGCTTTTATGTAATAA
AAGTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTAACT
C

QA 1 328 1 328
DS 

RD RR1GF07JQ 311 0 0
T
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CAAAATTTAAACCCCGCCAATTAAACCCTAAACCACACTTCTCCTACTCCCCAAGCTCTT
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CAAATACATAAAGAGACACAGAGCAAATCTACTCAGGTTGTTTCTTAAAAAGGGCTTTCG
AAGGATATATATAAAAAAAGCTATTTGCTTTTATGTAATAAAAGTTTTTTTCTTTTTTCT
TTTTTAACT
C

QA 2 310 2 310
DS 

RD RR1CM88JQ 698 0 0
CGATA
AAAAAAAGAAATTGAATTTATTAGAACATAGTATGCTCTGTTTCTTGTTGTAACATGGAA
CAAAATTTAAACCCCGCCAATTAAACCCTAGACCACACTTCTCCCACTCCCCAAGCTCTT
GGTTCATTTAGGCAGAACCAGATCTTTACAGCTTTCCCAGAACCCTAATCATCTCCGATC
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AAGGATATATATAGAAAAAGCTATTTGCTTTTATGTAATAAAAGTTCTTTTCTTTTTTCT
TTTTTAACTAAGCCACCACGAGGGTTCCTGTCCGAACGGTTTTGCAATCTTTTGATGCTT
CGGAAGATTTTTTACGGAGAGATCTTGAAGAAAGTTTCCAGCTTTTCTCCTTGGCTTCAT
CAGACTCGATCTGTTCTTCTCTACACTCATTGCTACAAAACGCCTTGTCTCCTCTGTACA
TGAAGATGTCTGAGTTACGAGGAAGGTGTTTACGGCAAAGAGAGCAAGATTCCAAAAAGT
GTGGCTCTTCATAACTTGAAAACCCAGCGTAGTATGAAGCCATTTGCTTATACTAATCTC
TTGAAAAAATAACGAGACTTTGGAATAAAGGAAGAGAATCAACTGCAGAAGCAGATTCAA
GAATCAAGATTCAGCTTAGAGAGGGAGGAG
CCC

QA 6 695 6 695
DS 

RD RR1CM88TF 697 0 0
CGAT
AAAAAAAGAAATTGAATTTATTAGAACATAGTATGCTCTGTTTCTTGTTGTAACATGGAA
CAAAATTTAAACCCCGCCAATTAAACCCTAGACCACACTTCTCCCACTCCCCAAGCTCTT
GGTTCATTTAGGCAGAACCAGATCTTTACAGCTTTCCCAGAACCCTAATCATCTCCGATC
CAGATACATAGAGAGACACAGAGCAAATCTACTCAGGTTGTTTCTTAAGAAGGGCTTTCG
AAGGATATATATAGAAAAAGCTATTTGCTTTTATGTAATAAAAGTTCTTTTCTTTTTTCT
TTTTTAACTAAGCCACCACGAGGGTTCCTGTCCGAACGGTTTTGCAATCTTTTGATGCTT
CGGAAGATTTTTTACGGAGAGATCTTGAAGAAAGTTTCCAGCTTTTCTCCTTGGCTTCAT
CAGACTCGATCTGTTCTTCTCTACACTCATTGCTACAAAACGCCTTGTCTCCTCTGTACA
TGAAGATGTCTGAGTTACGAGGAAGGTGTTTACGGCAAAGAGAGCAAGATTCCAAAAAGT
GTGGCTCTTCATAACTTGAAAACCCAGCGTAGTATGAAGCCATTTGCTTATACTAATCTC
TTGAAAAAATAACGAGACTTTGGAATAAAGGAAGAGAATCAACTGCAGAAGCAGATTCAA
GAATCAAGATTCAGCTTAGAGAGGGAGGAG
CCC

QA 5 694 5 694
DS 

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G
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TTTTACGGAGAGATCTTGAAGAAAGTTTCCAGCTTTTCTCCTTGGCTTCATCAGACTCAA
TCTGTTCTTCTCTACACTCATTGCTACAAAACGCCTTGCCTCCTCTGTACATGAAGATGT
CGGAGTTACGAGGAAGGTGTTTACGGCAAAGAGAGCAAGATTCCAAAAAGTGTAGCTCTT
CATAACTTGAAAACCCAGCGTAGTATGAAGCCATTTGCTTATACTAATCTCTTGAAAAAA
TAACGAGACTTCGGAATAAAGGAAGAGAATCAACTGCAGAAGCAGATTCAAGAATCAAGA
TTCAGCTCAGAGAGGGAGGAGGAGCC

QA 2 447 2 447
DS 

RD RR1BH84TF 447 0 0
G
TATAGAAAAAGCTATTTGCTTTTATGTAATAAAAGTT****TCCTTTTTCTTTTT*AACT
AAGCCACCACGAGGGTTCCTGTCCGAACGGTTTTGCAATCTTTTGATGCTTCGGAAGATT
TTTTACGGAGAGATCTTGAAGAAAGTTTCCAGCTTTTCTCCTTGGCTTCATCAGACTCAA
TCTGTTCTTCTCTACACTCATTGCTACAAAACGCCTTGCCTCCTCTGTACATGAAGATGT
CGGAGTTACGAGGAAGGTGTTTACGGCAAAGAGAGCAAGATTCCAAAAAGTGTAGCTCTT
CATAACTTGAAAACCCAGCGTAGTATGAAGCCATTTGCTTATACTAATCTCTTGAAAAAA
TAACGAGACTTCGGAATAAAGGAAGAGAATCAACTGCAGAAGCAGATTCAAGAATCAAGA
TTCAGCTCAGAGAGGGAGGAG
GAGCC

QA 2 442 2 442
DS 



AS 1 4

CO CL1438Contig1 1227 4 11 U
GGAAGCAAAACTTCAAGATGGATCCTCAACAGCGGAGAACTGAAACAGGTCCGCGTCCTC
CGGTTGGACAACCCGGCGGCGACGTGACTTCGATTTTCGTCGTGTTCGGTATTTTCATCG
CTATCGCCGCTTTGGTCATGTCCCCTTCATCGTTGGTCCACCAAGTCCCTGAAGGACACG
TTGGAGCGTATTGGAGAGGTGGTGCTCTTCTCAACAGCATTACAGAGCCTGGTTTTCATT
TGAAGCTGCCTTTCATTACCAACTACGAGCCTGTTCAAGTTACTCTCCAAACTGATCAAG
TGAAGGATATACCATGTGGTACCAAAGGAGGTGTCATGATCACCTTTGAAAAAATTGAAG
TTGTTAATCGTCTGCGTAAGGATTATGTCTATGACACTTTGCTCAACTACGGTGTCGACT
ATGATAACACATGGATTTACGACAAGATTCACCACGAGATCAACCAGTTCTGCAGCTCTC
ATTCCCTTCAGCAAGTCCACATTGACATCTTTGACCAGATTGACGAGCGAACGAAAGATG
CTCTTCAGGCTGATTGCACACGTTACGCTCCGGGAATCGAGATCATTAGTGTGCGTGTCA
CTAAGCCTAAAATTCCAGAGAGTGTAAGGCGCAACTTTGAGCAGATGGAAGAAGAACGCA
CTAAGGTCTTGATTGCTATTGAGAAACAAAGAGTTGCTGAGAAAGAAGCAGAGACAAAGA
AGATAATGGCCATTAGTGAAGCCGAGAAGAATGCCAATGTTAGTAAGATTCTGATGGAGC
AGAAGCTGACTGAGAAAGACAGTGCACGGAGAGAAGCTGACATCGAGAATCAGATGTATC
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CAAACAAGTTGAAGCTCACTCCTGAATTTCTCGAACTTAAATTCATCGACGCCATTGCAC
ATAACACCAAAATGTTCTTCGGGGACAAGGTACCTAACATGGTGTTGGATCAAAGGCTGC
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CCACTGATTCGTAGAACATGTTCAGTCCCCCACCTAAAACAAAAACTTCCTTGTGTTATT
GCTTAGTAGTGAAAAACTTAGACGCTTTTCTTGTGGTGATCATTTGACTGCAACTTAATC
TCTTAATAACATGTTTTTTTTTGTTCG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1EU57TF U 1
AF RR1GA84TF U 65
AF RR1EU57JQ C 521
AF RR1GA84JQ C 575
BS 1 497 RR1EU57TF
BS 498 498 RR1GA84TF
BS 499 661 RR1EU57TF
BS 662 747 RR1GA84TF
BS 748 748 RR1EU57JQ
BS 749 808 RR1GA84TF
BS 809 863 RR1EU57JQ
BS 864 864 RR1GA84JQ
BS 865 976 RR1EU57JQ
BS 977 977 RR1GA84JQ
BS 978 1227 RR1EU57JQ

RD RR1EU57TF 661 0 0
GGAAGCAAAACTTCAAGATGGATCCTCAACAGCGGAGAACTGAAACAGGTCCGCGTCCTC
CGGTTGGACAACCCGGCGGCGACGTGACTTCGATTTTCGTCGTGTTCGGTATTTTCATCG
CTATCGCCGCTTTGGTCATGTCCCCTTCATCGTTGGTCCACCAAGTCCCTGAAGGACACG
TTGGAGCGTATTGGAGAGGTGGTGCTCTTCTCAACAGCATTACAGAGCCTGGTTTTCATT
TGAAGCTGCCTTTCATTACCAACTACGAGCCTGTTCAAGTTACTCTCCAAACTGATCAAG
TGAAGGATATACCATGTGGTACCAAAGGAGGTGTCATGATCACCTTTGAAAAAATTGAAG
TTGTTAATCGTCTGCGTAAGGATTATGTCTATGACACTTTGCTCAACTACGGTGTCGACT
ATGATAACACATGGATTTACGACAAGATTCACCACGAGATCAACCAGTTCTGCAGCTCTC
ATTCCCTTCAGCAAGTCTACATTGACATCTTTGACCAGATTGACGAGCGAACGAAAGATG
CTCTTCAGGCTGATTGCACACGTTACGCTCCGGGAATCGAGATCATTAGTGTGCGTGTCA
CTAAGCCTAAAATTCCAGAGAGTGTAAGGCGCAACTTTGAGCAGATGGAAGAAGAACGCA
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1GA84TF 744 0 0
G
GGACAACCCGGCGGCGACGTGACTTCGATTTTCGTCGTGTTCGGTATTTTCATCGCTATC
GCCGCTTTGGTCATGTCCCCTTCATCGTTGGTCCACCAAGTCCCTGAAGGACACGTTGGA
GCGTATTGGAGAGGTGGTGCTCTTCTCAACAGCATTACAGAGCCTGGTTTT***TTGAAG
CTGCCTTTCATTACCAACTACGAGCCTGTTCAAGTTACTCTCCAAACTGATCAAGTGAAG
GATATACCATGTGGTACCAAAGGAGGTGTCATGATTACCTTTGAAAAAATTGAAGTTGTT
AATCGTCTGCGTAAGGATTATGTCTATGACACTTTGCTCAACTACGGTGTCGACTATGAT
AACACATGGATTTACGACAAGATTCACCACGAGATCAACCAGTTCTGCAGCTCTCATTCC
CTTCAGCAAGTCCACATTGACATCTTTGACCAGATTGACGAGCGAATGAAAGATGCTCTT
CAGGCTGATTGCACACGTTACGCTCCGGGAATCGAGATCATTAGTGTGCGTGTCACTAAG
CCTAAAATTCCAGAGAGTGTAAGGCGCAACTTTGAGCAGATGGAAGAAGAACGCACTAAG
GTCTTGATTGCTATTGAGAAACAAAGAGTTGCTGAGAAAGAAGCAGAGACAAAGAAGATA
ATGGCCATTAGTGAAGCCGAGA*GAATGCCAATGTTAGTAAGATTCTGATGGAGCAGAAG
CTGACTGAGAAAGACAGTGCACG

QA 2 744 2 744
DS 

RD RR1EU57JQ 707 0 0
TGACGAGCGAACGAAAGATGCTCTTCAGGCTGATTGCACACGTTACGCTCCGGGAATCGA
GATCATTAGTGTGCGTGTCACTAAGCCTAAAATTCCAGAGAGTGTAAGGCGCAACTTTGA
GCAGATGGAAGAAGAACGCACTAAGGTCTTGATTGCTATTGAGAAACAAAGAGTTGCTGA
GAAAGAAGCAGGGACAAAGAAGATAATGGCCATTAGTGAAGCCGAGAAGAATGCCAATGC
TAGTAAGATTCTGATGGAGCAGAAGCTGACTGAGAAAGACAGTGCACGGAGAGAAGCTGA
CATCGAGAATCAGATGTATCTTGATCGTCAAAAGAGTCTTGCCGATGCAGATTACTACCG
TGTACTGAAAGAAGCTGAAGCAAACAAGTTGAAGCTCACTCCTGAATTTCTCGAACTTAA
ATTCATCGACGCCATTGCACATAACACCAAAATGTTTTTCGGGGACAAGGTACCTAACAT
GGTGTTGGATCAAAGGCTGCTTGGGAACTTCCTCAGTCAATCCGTAGAAGACAAATCTAC
TGATGGAAACTTTGAAACGTCCACTGATTCGTAGAACATGTTCAGTCCCCCACCTAAAAC
AAAAACTTCCTTGTGTTATTGCTTAGTAGTGAAAAACTTAGACGCTTTTCTTGTGGTGAT
CATTTGACTGCAACTTAATCTCTTAATAACATGTTTTTTTTTGTTCG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1GA84JQ 653 0 0
AATCGAGATCATTAGTGTGCGTGTCACTAAGCCTAAAATTCCAGAGAGTGTAAGGCGCAA
CTTTGAGCAGATGGAAGAAGAACGCACTAAGGTCTTGATTGCTATTGAGAAACAAAGAGT
TGCTGAGAAAGAAGCAGAGACAAAGAAGATAATGGCCATTAGTGAAGCCGAGAAGAATGC
CAATGTTAGTAAGATTCTGATGGAGCAGAAGCTGACTGAGAAAGACAGTGCACGGAGAGA
AGCTGACATCGAGAATCAGATGTATCTTGATCGTCAAAAGAGTCTTGCCAATGCAGATTA
CTACCGTGTACTGAAAGAAGCTGAAGCAAACAAGTTGAAGCTCACTCCTGAATTTCTCGA
ACTTAAATTCATCGACGCCATTGCACGTAACACCAAAATGTTCTTCGGGGACAAGGTACC
TAACATGGTGTTGGATCAAAGGCTGCTTGGGAACTTCCTCAGTCAATCCGTAGAAGACAA
ATCTACTGATGGAAACTTTGAAACGTCCACTGATTCGTAGAACATGTTCAGTCCCCCACC
TAAAACAAAAACTTCCTTGTGTTATTGCTTAGTAGTGAAAAACTTGGACGCTTTTCTTGT
GGTGATCATTTGACTGCAACTTAATCTCTTAATAACATGTTTTTTTTTGTTCG

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 6

CO CL1439Contig1 513 6 8 U
AAAGAAACAACCATAAAAAGTTCCGACTGAAACTTCGGTTACAAACCCCATAACACTATT
TGGAACCATACATAGTCACAC**GGATACAACATGTAGATAACAACAGGGGTAATAGCAC
CGGCCAAACAACCGGCGAAATGAGCCATTATTTCATATAACCAAGACATAACATAACATT
AGGTTTACTGCAGAGTTTGGAGGTTGTTCATTTACAGGTGCAGTTGTCGCACTTGCAGTC
AGATCCGCATTTGCAGCCATCATTCTCGGCGAAGAAAGTCTCGCCGGAAGCCTCGTACTG
GGAGTTCATAGACGGAGCAACGCCGAGGATAAGAGTCTCGGTGGTGGTAGTCTCGCCTGA
GAAGCCCAAGTCTGGGTACATTTTGCAACCTTTGCAGCCATCGCACTTGCAGTCAGATCC
GCAGCTACAGTTTCCTCCACAGCAAGACATCGTCTCTAAGAAACTTTGAAGAAATCTAAA
ATGTTAATTTTGCTTTGAGAGAGAGATACTGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR93TF C 270
AF RR1FS50JQ U 1
AF RR1FS50TF C 1
AF RR1CX08JQ U 106
AF RR1CX08TF C 113
AF RR1EM43JQ U 19
BS 1 195 RR1FS50JQ
BS 196 196 RR1CX08JQ
BS 197 273 RR1FS50JQ
BS 274 274 RR1CX08JQ
BS 275 360 RR1FS50JQ
BS 361 361 RR1CX08JQ
BS 362 507 RR1FS50JQ
BS 508 513 RR1EM43JQ

RD RR1DR93TF 195 0 0
CGAAGAAAGTCTCGCCGGAAGCCTCGTACTGGGAGTTCATAGACGGAGCAACGCCGAGGA
TAAGAGTCTCGGTGGTGGTAGTCTCGCCTGAGAAGCCCAAGTCTGGGTACATTTTGCAAC
CTTTGCAGCCATCGCACTTGCAGTCAGATCCGCAGCTACAGTTTCCTCCACAGCAAGACA
TCGTTTCTAAGAAAC

QA 1 195 1 195
DS 

RD RR1FS50JQ 513 0 0
AAAGAAACAACCATAAAAAGTTCCGACTGAAACTTCGGTTACAAACCCCATAACACTATT
TGGAACCATACATAGTCACAC**GGATACAACATGTAGATAACAACAGGGGTAATAGCAC
CGGCCAAACAACCGGCGAAATGAGCCATTATTTCATATAACCAAGACATAACATAACATT
AGGTTTACTGCAGAGCTTGGAGGTTGTTCATTTACAGGTGCAGTTGTCGCACTTGCAGTC
AGATCCGCATTTGCAGCCATCATTCTCGGCGAAAAAAGTCTCGCCGGAAGCCTCGTACTG
GGAGTTCATAGACGGAGCAACGCCGAGGATAAGAGTCTCGGTGGTGGTAGTCTCGCCTGA
AAAGCCCAAGTCTGGGTACATTTTGCAACCTTTGCAGCCATCGCACTTGCAGTCAGATCC
GCAGCTACAGTTTCCTCCACAGCAAGACATCGTCTCTAAGAAACTTTGAAGAAATCTAAA
ATGTTAATTTTGCTTTGAGAGAGAGAT
ACTGCC

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1FS50TF 513 0 0
AAAGAAACAACCATAAAAAGTTCCGACTGAAACTTCGGTTACAAACCCCATAACACTATT
TGGAACCATACATAGTCACAC**GGATACAACATGTAGATAACAACAGGGGTAATAGCAC
CGGCCAAACAACCGGCGAAATGAGCCATTATTTCATATAACCAAGACATAACATAACATT
AGGTTTACTGCAGAGCTTGGAGGTTGTTCATTTACAGGTGCAGTTGTCGCACTTGCAGTC
AGATCCGCATTTGCAGCCATCATTCTCGGCGAAGAAAGTCTCGCCGGAAGCCTCGTACTG
GGAGTTCATAGACGGAGCAACGCCGAGGATAAGAGTCTCGGTGGTGGTAGTCTCGCCTGA
GAAGCCCAAGTCTGGGTACATTTTGCAACCTTTGCAGCCATCGCACTTGCAGTCAGATCC
GCAGCTACAGTTTCCTCCACAGCAAGACATCGTCTCTAAGAAACTTTGAAGAAATCTAAA
ATGTTAATTTTGCTTTGAGAGAGAGAT
ACTGCC

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1CX08JQ 404 0 0
TTTTTT
TAATAGCACCGGCCAAACAACCGGCGAAATGAGCCATTATTCCATATAACCAAGACATAA
CATAACATTAGGTTTACTGCAGAGTTTGGAGGTTGTTCATTTACAGGTGCAGTTGTCGCA
CTTGCAGTCAGATTCGCATTTGCAGCCATCATTCTCGGCGAAGAAAGTCTCGCCGGAAGC
CTCGTACTGGGAGTTCATAGACGGAGCAACGCCGAGGATAAGAGTCTCGGTGGTGGTAGT
CTCGCCTGAGAAGCCCAAGTCTGGGTACATTTTGCAACCTTTGCAGCCATCGCACTTGCA
GTCAGATCCGCAGCTACAGTTTCCTCCACAGCAAGACATCGTCTCTAAGAAACTTTGAAG
AAATCTAAAATGTTAATTTTGCTTTGAGAGAGAGAT
CC

QA 7 402 7 402
DS 

RD RR1CX08TF 390 0 0
AATAGCACCGGCCAAACAACCGGCGAAATGAGCCATTATTCCATATAACCAAGACATAAC
ATAACATTAGGTTTACTGCAGAGTTTGGAGGTTGTTCATTTACAGGTGCAGTTGTCGCAC
TTGCAGTCAGATTCGCATTTGCAGCCATCATTCTCGGCGAAGAAAGTCTCGCCGGAAGCC
TCGTACTGGGAGTTCATAGACGGAGCAACGCCGAGGATAAGAGTCTCGGTGGTGGTAGTC
TCGCCTGAGAAGCCCAAGTCTGGGTACATTTTGCAACCTTTGCAGCCATCGCACTTGCAG
TCAGATCCGCAGCTACAGTTTCCTCCACAGCAAGACATCGTCTCTAAGAAACTTTGAAGA
AATCTAAAATGTTAATTTTGCTTTGAGAGA

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1EM43JQ 495 0 0
G
GTTCCGACTGAAACTTCAGTTACAAACCCCATAACACTATTTGGAACCATACATAGTCAC
ACACGGATACAACATGTAGATAACAACAGGGGTAATAGCACCGGCCAAACAACCGGCGAA
ATGAGCCATTATTTCATATAACCAAGACATAACATAACATTAGGTTTACTGCAGAGTTTG
GAGGTTGTTCATTTACAGGTGCAGTTGTCGCACTTGCAGTCAGATCCGCATTTGCAGCCA
TCATTCTCGGCGAAAAAAGTCTCGCCGGAAGCCTCGTACTGGGAGTTCATAGACGGAGCA
ACGCCGAGGATAAGAGTCTCGGTGGTGGTAGTCTCGCCTGAGAAGCCCAAGTCTGGGTAC
ATTTTGCAACCTTTGCAGCCATCGCACTTGCAGTCAGATCCGCAGCTACAGTTTCCTCCA
CAGCAAGACATCGTCTCTAAGAAACTTTGAAGAAATCTAAAATGTTAATTTTGCTTTGAG
AGAGAGATACTGCC

QA 2 495 2 495
DS 



AS 1 6

CO CL1440Contig1 761 6 6 U
GGAAATCAGTAGAAGCAAAAGATCTCAAAAAAAAAAGCTTAGGAAGAAAGAAAAATGGCG
GATCAGCTGACCGATGACCAGATCTCAGAGTTCAAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAG
GATGGAGATGGTTGCATCACCACCAAGGAGCTCGGGACCGTGATGAGGTCTCTGGGGCAA
AACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGAACGGG
ACCATTGACTTCCCTGAGTTTCTGAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCA
GAGGAAGAGCTCAAGGAAGCCTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAACGGTTTCATCTCC
GCAGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAGGAAGTT
GATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTC
GTCAAAGTCATGATGGCTAAGTGAGACAGAATCTTATCAAAACGATTTATGATGTCTGCG
ACATGTTTTCGCTTTCTTTTCCGTCTGTTATTTGTGTTTTGCTTTTGGTTAGTGTTATGT
GAAGTATGAACTCATGGTTTGCATTATCCTTTGACAATTTGATGTTCTCTCGTTTTTATT
ATTTGTTTTCATCTCCGTTGTTACTCTAGTCTCCATTATGAACGCTCTAAAAATTTGGCT
TCATCACTGAGACATAGCAAAGTTTACATGAGTTTGCTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CQ82TF U 1
AF RR1CS49JQ C 520
AF RR1CS49TF U 1
AF RR1FV40TF U 404
AF RR1E387TF U 1
AF RR1E387JQ C 62
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ACCATTGACTTCCCTGAGTTTCTGAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCA
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GATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTC
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ATTAAAAAAA

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DS 

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TGCTTTTGGTTAGTGTTATGTGAAGTATGAACTCATGGTTTGCATTATCCTTTGACAAT

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DS 

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AACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGAACGGG
ACCATTGACTTCCCTGAGTTTCTGAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCA
GAGGAAGAGCTCAAGGAAGCCTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAACGGTTTCATCTCC
GCAGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAGGAAGTT
GATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTC
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ATTTGTTTTCATCTC
AAAAAA

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DS 

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G
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DS 

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GATGGAGATGGTTGCATCACCACCAAGGAGCTCGGGACCGTGATGAGGTCTCTGGGGCAA
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GAGGAAGAGCTCAAGGAAGCCTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAACGGTTTCATCTCC
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GATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTC
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ATTTGTTTTCATCTCCGTTGTTACTCTAGTCTCCATTAT

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DS 

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CAGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAGGAAGTTG
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TTTGTTTTCATCTCCGTTGTTACTCTAGTCTCCATTATGAACGCTCTAAAAATTTGGCTT
CATCACTGAGACATAGCAAAGTTTACATGAGTTTGCTACC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 2 5

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CTCTTCGACACTCACAACACATGGGCATTTGTCTTTGGTTTGATGGGGAATGTCATCTCC
TTCGCTGTGTTCCTCTCTCCTGTGCCAACGTTCTATAGGGTTTGGACGAAGAAGACAACA
GAAGGGTTTCAGTCTCTTCCTTACGTTGTGGCTCTCTTCAGCGCGACACTTTGGCTTTAC
TACGCAACGCAAAAGAAAGATGTTTTCCTCCTCGTCACCATCAACTCTTTTGGATGCTTC
ATAGAAACTATTTACATATCTATCTTCCTTGCATACGCACCCAAGAAAGCCCGGATGTTG
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CAGTTCTTAGCAAAAGGAACCACACGTGCCAAGATCATCGGAGGAATCTGTGTCGGATTT
TCCGTCTGTGTTTTCGCTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACAGTAATAAAGACAAGAAGT
GTAGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTCACAATCAGTGCTGTGGTATGGCTC
CTTTATGGTCTTGCTCTCAAGGACATCTATGTTGCTTTCCCTAATGTGCTTGGTTTTGCT
CTCGGTGCACTCCAAATGATACTCTACGTGGTCTACAA*TACTGTAAAACGCCGCCGCAT
CTAGGAGATAAAGAAGTGGAAGCCGCTAAGTTGCCTGAGGTGAGCCTCGATATCCTAAAG
CTAGGCACAGTGTCGTCCCCTGAGGTTCGTCAAGCGAACAAGTGTACTTGCGGAAATGAT
CAGAGGCCTGAGGTTGAAGATGGACAAAACACTAAAAACGGCGAACAGTTCTCTTCCGCA
TCAGCTACATGAAAGTAAACAACATTGCTTTTACCCCAACAAGGCAACCACCATGTGTAC
CCGTTAGCTGTCGTATTTTTTCTGAGTTTTTATCCAAGTGTGCTAAGTAGAGAATTAGTT
TTCCTGAATAATATATATGCATTTTCGGATGTTACATATGTTTTTCTAAAATTAAGTTCT
CCACTTCTTTATAAATTTTCTATAGTTACCTATTAGGGATATGTATATTTCCTATTTTCA
CATTTAACAAAAACTATCAAATTTATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF18TF U 1
AF RR1DK76TF U 6
AF RR1EF18JQ C 476
BS 1 138 RR1EF18TF
BS 139 139 RR1DK76TF
BS 140 339 RR1EF18TF
BS 340 340 RR1DK76TF
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BS 736 736 RR1DK76TF
BS 737 768 RR1EF18TF
BS 769 1229 RR1EF18JQ

RD RR1EF18TF 771 0 0
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CTTGTTCCTCCTTCTATAAACCTAAACAGTTTATTTAAACAAAACAAGAAAAGCATGCCT
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TTCGCTGTGTTCCTCTCTCCTGTGCCAACGTTCTATAGGGTTTGGACGAAGAAGACAACA
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TACGCAACGCAAAAGAAAGATGTTTTCCTCCTCGTCACCGTCAACTCTTTTGGATGCTTC
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ACAGTGAAGTTGCTTCTTCTGATGAACTTTGGAGGATTCTGTCTGATTCTCCTTCTATGC
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TCCGTCTGTGTTTTCGCTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACAGTAATAAAGACAAGAAGT
GTAGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTCACAATCAGTGCTGTGGTATGGCTC
CTTTATGGTCTTGCTCTCAAG*ACATCTATGTTGCTTTCCCTAATGTGCTTGGTTTTGCT
CTCGGTGCACTCCAA*TGATACTCTACGTGGTCTACAA*TACTGTAAA
CGC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1DK76TF 767 0 0
GG
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CTCCTTCTATAAACCTAAACAGTTTATTTAAACAAAACAAGAAAAGCATGCCTCTCTTCG
ACACTCACAACACATGGGCATTTGTCTTTGGTTTGATGGGGAATGTCATCTCCTTCGCTG
TGTTCCTCTCTCCTGTGCCAACGTTCTATAGGGTTTGGACGAAGAAGACAACAGAAGGGT
TTCAGTCTCTTCCTTACGTTGTGGCTCTCTTCAGCGCGACACTTTGGCTTTACTACGCAA
CGCAAAAGAAAGATGTTTTCCTCCTCGTCACCATCAACTCTTTTGGATGCTTCATAGAAA
CTATTTACATATCTATCTTCCTTGCATACGCACCCAAGAAAGCCCGGATGTTGACAGTGA
AGTTGCTTCTTCTGATAAACTTTGGAGGATTCTGTCTGATTCTCCTTCTATGCCAGTTCT
TAGCAAAAGGAACCACACGTGCCAAGATCATCGGAGGAATCTGTGTCGGATTTTCCGTCT
GTGTTTTCGTTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACAGTAATAAAGACAAGAAGTGTAGAGT
ACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTCACAATCAGTGCTGTGGTATGGCTCCTTTATG
GTCTTGCTCTCAAGGACATCTATGTTGCTTTCCCTAATGTGCTTGGTTT*GCTCTCG*TG
CACTCCAAATGATACTCTACGTGGTCTACAA*TACTGTAAA
CGCC

QA 3 763 3 763
DS 

RD RR1EF18JQ 754 0 0
TATGCCAGTTCTTAGCAAAAGGAACCACACGTGCCAAGATCATCGGAGGAATCTGTGTCG
GATTTTCCGTCTGTGTTTTCGCTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACAGTAATAAAGACAA
GAAGTGTAGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTCACAATCAGTGCTGTGGTAT
GGCTCCTTTATGGTCTTGCTCTCAAGGACATCTATGTTGCTTTCCCTAATGTGCTTGGTT
TTGCTCTCGGTGCACTCCAAATGATACTCTACGTGGTCTACAAATACTGTAAAACGCCGC
CGCATCTAGGAGATAAAGAAGTGGAAGCCGCTAAGTTGCCTGAGGTGAGCCTCGATATCC
TAAAGCTAGGCACAGTGTCGTCCCCTGAGGTTCGTCAAGCGAACAAGTGTACTTGCGGAA
ATGATCAGAGGCCTGAGGTTGAAGATGGACAAAACACTAAAAACGGCGAACAGTTCTCTT
CCGCATCAGCTACATGAAAGTAAACAACATTGCTTTTACCCCAACAAGGCAACCACCATG
TGTACCCGTTAGCTGTCGTATTTTTTCTGAGTTTTTATCCAAGTGTGCTAAGTAGAGAAT
TAGTTTTCCTGAATAATATATATGCATTTTCGGATGTTACATATGTTTTTCTAAAATTAA
GTTCTCCACTTCTTTATAAATTTTCTATAGTTACCTATTAGGGATATGTATATTTCCTAT
TTTCACATTTAACAAAAACTATCAAATTTATTTG

QA 1 754 1 754
DS 



CO CL1441Contig2 708 2 3 U
TTTTGCTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACGGTAATAAAGACCAGAAGTGTGGAGTACAT
GCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTTACAATCAGTGCTGTCGTATGGCTCCTTTATGGTCT
TGCTCTCAAGGACATCTATGTTGCTTTCCCTAATGTGATTGGTTTTGCCCTCGGTGCACT
TCAAATGATACTCTACGTGGTTTACAAATACTGTAAAACGCCGCCACATTTGGGAGAGAA
AGAAGTGGAAGCTGCTAAGTTACCGGAGGTGACCCTCGATATGCTGAAGCTAGGCACCGT
GTCGTCCCCTGATCCAATCGCAGCCGTTCGTCAAACGAACAAGTGTACCTGCGGAAATGA
TCGGAGGGCTGAGATTGAAGATGGACAAAATGCTAAAAACGGCAAGCAGTCCTCTTCGGC
AACAGCCACATGAACAATCTTGTTGACGACTATGCAATGTTGACTTTACCCCCAACTTGA
TATACCAACCACCACGTGTTTATGCTGTCGTATTTTTCTGAGTTAATCAAGTGTGCGGTG
TAGAGAAATAATTTCCGAGGATAAATATATGCATTTTCGAATGTTATATATATGTTTCTG
GAATTAATTTCTCCACTTCTTTTTAAAACTTTTATGTAATTACCTATTGGGGATATGTAT
ATTTCCTATTTTCAGGTGTAACGAAAACTATCAAAGTTATCTATTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN21TF U 40
AF RR1GP84JQ C 1
BS 1 43 RR1GP84JQ
BS 44 128 RR1EN21TF
BS 129 708 RR1GP84JQ

RD RR1EN21TF 108 0 0
GACC
AGAAGTGTGGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTTACAATCAGTGCTGTCGTA
TGGCTCCTTTATGGTCTTGCTCTCA
TGACTCTATGTTGCTTTCC

QA 5 89 5 89
DS 

RD RR1GP84JQ 708 0 0
TTTTGCTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACGGTAATAAAGACCAGAAGTGTGGAGTACAT
GCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTTACAATCAGTGCTGTCGTATGGCTCCTTTATGGTCT
TGCTCTCAAGGACATCTATGTTGCTTTCCCTAATGTGATTGGTTTTGCCCTCGGTGCACT
TCAAATGATACTCTACGTGGTTTACAAATACTGTAAAACGCCGCCACATTTGGGAGAGAA
AGAAGTGGAAGCTGCTAAGTTACCGGAGGTGACCCTCGATATGCTGAAGCTAGGCACCGT
GTCGTCCCCTGATCCAATCGCAGCCGTTCGTCAAACGAACAAGTGTACCTGCGGAAATGA
TCGGAGGGCTGAGATTGAAGATGGACAAAATGCTAAAAACGGCAAGCAGTCCTCTTCGGC
AACAGCCACATGAACAATCTTGTTGACGACTATGCAATGTTGACTTTACCCCCAACTTGA
TATACCAACCACCACGTGTTTATGCTGTCGTATTTTTCTGAGTTAATCAAGTGTGCGGTG
TAGAGAAATAATTTCCGAGGATAAATATATGCATTTTCGAATGTTATATATATGTTTCTG
GAATTAATTTCTCCACTTCTTTTTAAAACTTTTATGTAATTACCTATTGGGGATATGTAT
ATTTCCTATTTTCAGGTGTAACGAAAACTATCAAAGTTATCTATTGGC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 2 5

CO CL1442Contig1 804 3 2 U
GGAATAACAAATCTCCAATACATATTTTTTGAAACTTACAAATCTCCAATATTCCTTGTA
AAAATTGAAAATTTACAACATAGATGATGACTTTAACGACATAATACAATCTACCAATTC
TTGAAAGCTGAAACTCTCCCTCTCGCTTCAAGAGGGGACATACAAACTACACGAGAAATT
TACTAGTAGCGGGTGGTACTTAACTCCACCTCTGCATCAGAGTATAAATTCAAACAAACC
TTACCAATAATAATAGAAAGAAGATCCCAAAAGACATCGTCATCAAGACTTTGTGGAAAA
TCAAGCACTCGAAGCACCACTTCTTTTTAGGTAACAACGGACCAAATTACTAATATGCTC
CCTTTCCAATCTCTCTACAATACACAAGAACCACTTGTTTTCACTTAGTCAAATGATATA
TGAGTTTTTTTTTTACGAAATCACCCCTTTCTAGCGTATCTGTGCGCCGGTGAAGGTCTG
GCCAAAGGACCATCCCGCAGAAGCAACGTTGTTAGAAACGATGGTCCGACCATCACTGGT
TGTGACTTTGAAAGAGAGAGCTTGTCCGTTCAGGTAAGAGTTACTCTGCCAGTTTTGTCC
CCAGTTT*TCGACATAGCTTGCCATCCTGTTCTTGACCCTTTAACCCACGCTGAGTGAAC
ATCTCCAGCTCCTCCGACGTTCGTAATCAGAACAAGGTTGAAGTAAGAATGTCCGTTTAT
AGTAAACCTTATTCCTCCCCTTCTCACGCAAGGCACTCTTCTGTATGCAACGGGGACAAT
GCCAGCTTTGTACTGAGCGATGCG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A761JQ U 1
AF RR1A761TF C 30
AF RR1C646JQ U 1
BS 1 690 RR1A761JQ
BS 691 804 RR1C646JQ

RD RR1A761JQ 691 0 0
GGAATAACAAATCTCCAATACATATTTTTTGAAACTTACAAATCTCCAATATTCCTTGTA
AAAATTGAAAATTTACAACATAGATGATGACTTTAACGACATAATACAATCTACCAATTC
TTGAAAGCTGAAACTCTCCCTCTCGCTTCAAGAGGGGACATACAAACTACACGAGAAATT
TACTAGTAGCGGGTGGTACTTAACTCCACCTCTGCATCAGAGTATAAATTCAAACAAACC
TTACCAATAATAATAGAAAGAAGATCCCAAAAGACATCGTCATCAAGACTTTGTGGAAAA
TCAAGCACTCGAAGCACCACTTCTTTTTAGGTAACAACGGACCAAATTACTAATATGCTC
CCTTTCCAATCTCTCTACAATACACAAGAACCACTTGTTTTCACTTAGTCAAATGATATA
TGAGTTTTTTTTTTACGAAATCACCCCTTTCTAGCGTATCTGTGCGCCGGTGAAGGTCTG
GCCAAAGGACCATCCCGCAGAAGCAACGTTGTTAGAAACGATGGTCCGACCATCACTGGT
TGTGACTTTGAAAGAGAGAGCTTGTCCGTTCAGGTAAGAGTTACTCTGCCAGTTTTGTCC
CCAGTTT*TCGACATAGCTTGCCATCCTGTTCTTGACCCTTTAACCCACGCTGAGTGAAC
ATCTCCAGCTCCTCCGACGTTCGTAATCAG
C

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1A761TF 662 0 0
TGAAACTTACAAATCTCCAATATTCCTTGTAAAAATTGAAAATTTACAACATAGATGATG
ACTTTAACGACATAATACAATCTACCAATTCTTGAAAGCTGAAACTCTCCCTCTCGCTTC
AAGAGGGGACATACAAACTACACGAGAAATTTACTAGTAGCGGGTGGTACTTAACTCCAC
CTCTGCATCAGAGTATAAATTCAAACAAACCTTACCAATAATAATAGAAAGAAGATCCCA
AAAGACATCGTCATCAAGACTTTGTGGAAAATCAAGCACTCGAAGCACCACTTCTTTTTA
GGTAACAACGGACCAAATTACTAATATGCTCCCTTTCCAATCTCTCTACAATACACAAGA
ACCACTTGTTTTCACTTAGTCAAATGATATATGAGTTTTTTTTTTACGAAATCACCCCTT
TCTAGCGTATCTGTGCGCCGGTGAAGGTCTGGCCAAAGGACCATCCCGCAGAAGCAACGT
TGTTAGAAACGATGGTCCGACCATCACTGGTTGTGACTTTGAAAGAGAGAGCTTGTCCGT
TCAGGTAAGAGTTACTCTGCCAGTTTTGTCCCCAGTTT*TCGACATAGCTTGCCATCCTG
TTCTTGACCCTTTAACCCACGCTGAGTGAACATCTCCAGCTCCTCCGACGTTCGTAATCA
G
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1C646JQ 804 0 0
A
GAATAACAAATCTCCAATACATATTTTTTGAAACTTACAAATCTCCAATATTCCTTGTAA
AAATTGAAAATTTACAACATAGATGATGACTTTAACGACATAATACAATCTACCAATTCT
TGAAAGCTGAAACTCTCCCTCTCGCTTCAAGAGGGGACATACAAACTACACGAGAAATTT
ACTAGTAGCGGGGGGTACTTAACTCCACCTCTGCATCAGAGTATAAATTCAAACAAACCT
TACCAATAATAATAGAAAGAAGATCCCAAAAGACATCGTCATCAAGACTTTGTGGAAAAT
CAAGCACTCGAAGCACCACTTCTTTTTAGGTAACAACGGACCAAATTACTAATATGCTCC
CTTTCCAATCTCTCTACAATACACAAGAACCACTTGTTTTCACTTAGTCAAATGATATAT
GAGTTTTTTTTT*ACGAAATCACCCCTTTCTAGCGTATCTGTGCGCCGGTGAAGGTCTGG
CCAAAGGACCATCCCGCAAAAGCAACGTTGTTAGAAACGATGGTCCGACCATCACTGGTT
GTGACTTTGAAAGAGAGAGCTTGTCCGTTCAGGTAAGAGTTACTCTGCCAGTTTTGTCCC
CAGTTTCTCGACATAGCTTGCCATCCTGTTCTTGACCCTTTAACCCACGCTGAGTGAACA
TCTCCAGCTCCTCCGACGTTCGTAATCAGAACAAGGTTGAAGTAAGAATGTCCGTTTATA
GTAAACCTTATTCCTCCCCTTCTCACGCAAGGCACTCTTCTGTATGCAACGGGGACAATG
CCAGCTTTGTACTGAGCGATGCG

QA 2 804 2 804
DS 



CO CL1442Contig2 825 2 3 U
GGAATTCAAAACCAAACAACAGCTTCTCATAATCATCCCTCTTGTTTCCTCTTTAAGAAA
GGAAGATAGATCAAAGCTTTTACGTTTTAAAAAGGGAAGATAACAAGATGAATCTTGCCG
GCTTCTTGATTATAGTTGTCCTCGGAGTCATGACGTCACGTGTGAATGGATACGGTGGCG
GTTGGGTAAACGCACACGCCACATTCTACGGCGGTGGTGATGCCTCAGGAACAATGGGAG
GTGCTTGTGGGTACGGAAACCTTTACAGCCAAGGATATGGAACCAACACGGCGGCGCTGA
GCACTGCTCTGTTCAACAACGGGTTAAGCTGTGGTGCTTGCTTCGAGATACGGTGCCAGA
ACGACGGCAAATGGTGTCTCCCTGGCTCAATCGTCGTCACAGCGACTAACTTTTGCCCTC
CTAACAACGCTTTACCTAACAACGCAGGAGGTTGGTGTAACCCTCCTCAGCAGCATTTCG
ATCTCTCTCAGCCCGTGTTTCAACGCATCGCTCAGTACAAAGCTGGCATTGTCCCCGTTG
CATACAGAAGAGTGCCTTGCGTGAGAAGGGGAGGAATAAGGTTTACTATAAACGGACATT
CTTACTTCAACCTTGTTCTGATTACGAACGTCGGAGGAGCTGGAGATGTTCACTCAGCGT
GGGTTAAAGGGTCAAGAACAGGATGGCAAGCTATGTCGAGAACTGGGGACAAACTGGCAG
AGTAACTCTTACCTGAACGGACAAGCTCTCTCTTCAAGTCACAACCAGTGATGGTCGGAC
ATCGTTTCTAACACGTTGCTTCTGCGGGATGGTCTTTGGCAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BW31TF U 68
AF RR1C646TF U 1
BS 1 501 RR1C646TF
BS 502 502 RR1BW31TF
BS 503 825 RR1C646TF

RD RR1BW31TF 610 0 0
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GATTATAGTTGTCCTCGGAGTCATGACGTCACGTGTGAATGGATACGGTGGCGGTTGGGT
AAACGCACACGCCACATTCTACGGCGGTGGTGATGCCTCAGGAACAATGGGAGGTGCTTG
TGGGTACGGAAACCTTTACAGCCAAGGATATGGAACCAACACGGCGGCGCTGAGCACTGC
TCTGTTCAACAACGGGTTAAGCTGTGGTGCTTGCTTCGAGATACGGTGCCAGAACGACGG
CAAATGGTGTCTCCCTGGCTCAATCGTCGTCACAGCGACTAACTTTTGCCCTCCTAACAA
CGCTTTACCTAACAACGCAGGGGGTTGGTGTAACCCTCCTCAGCAGCATTTCGATCTCTC
TCAGCCCGTGTTTCAACGCATCGCTCAGTACAAAGCTGGCATTGTCCCCGTTGCATACAG
AAGAGTGCCTTGCGTGAGAAGGGGAGGAATAAGGTTTACTATAAACGGACATTCTTACTT
CAACCTTGTTCTGATTACGAACGTCGGAGGAGCTGGAGATGT*CACTCAGCGTGGGTTAA
AGGGTCAAGA

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1C646TF 825 0 0
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GGAAGATAGATCAAAGCTTTTACGTTTTAAAAAGGGAAGATAACAAGATGAATCTTGCCG
GCTTCTTGATTATAGTTGTCCTCGGAGTCATGACGTCACGTGTGAATGGATACGGTGGCG
GTTGGGTAAACGCACACGCCACATTCTACGGCGGTGGTGATGCCTCAGGAACAATGGGAG
GTGCTTGTGGGTACGGAAACCTTTACAGCCAAGGATATGGAACCAACACGGCGGCGCTGA
GCACTGCTCTGTTCAACAACGGGTTAAGCTGTGGTGCTTGCTTCGAGATACGGTGCCAGA
ACGACGGCAAATGGTGTCTCCCTGGCTCAATCGTCGTCACAGCGACTAACTTTTGCCCTC
CTAACAACGCTTTACCTAACAACGCAGGAGGTTGGTGTAACCCTCCTCAGCAGCATTTCG
ATCTCTCTCAGCCCGTGTTTCGACGCATCGCTCAGTACAAAGCTGGCATTGTCCCCGTTG
CATACAGAAGAGTGCCTTGCGTGAGAAGGGGAGGAATAAGGTTTACTATAAACGGACATT
CTTACTTCAACCTTGTTCTGATTACGAACGTCGGAGGAGCTGGAGATGTTCACTCAGCGT
GGGTTAAAGGGTCAAGAACAGGATGGCAAGCTATGTCGAGAACTGGGGACAAACTGGCAG
AGTAACTCTTACCTGAACGGACAAGCTCTCTCTTCAAGTCACAACCAGTGATGGTCGGAC
ATCGTTTCTAACACGTTGCTTCTGCGGGATGGTCTTTGGCAGACC

QA 1 825 1 825
DS 



AS 2 5

CO CL1443Contig1 644 3 13 U
GATAGAACAATTTGGTATATTATAGAACTCTGTTCCAAGATTTTACAAACTTCGTTTGAC
TTATAATGTATAAATTTTGTGAAGTAAAACAGATAACAATTTGGATAAAAGCTGTGTCTT
TCACTTTTTTATTTAAATCTTCAAAGACTCTTCTGTTAAATTAAAGACTATATAAAAGCG
TGGTGCTTCAAGCCTTTGCATAAGGGCGGACCAAAGAAGCAATATGACTCAAGAGCTGAC
GACGAGACTTGGTGGTGTCACTGTCAGGTAACGGAAACGCCCATTCTTGATATTTATGGA
GGCTACCGGTGAAATCGGTAAAAGAGTCCATCAACTCCAATCTCTTTGATCCAGTACTCG
TATTCTTGATATGGATCTTGGCTGAAGTTAAAGTGTAGGAACTGGTTTTCATTTCTGTAC
GTGTATGGATGCACCTGTAGCTTATGCGCGTGAGCTCTTTTGACCAAATCTGTGGGGGGT
TAGCATGTAGTTGTTAGTTACTGGAACTATTGTATCCCTTCCACGGTCCAAATCCCAACC
ACATAATCCTTAATGTAGGTGAAATAGGCATCTGAGGTGATCTCTGCGTATGTCTGGTTA
GTATCTTGAGTTGGCCTGGTAACATCATCTATTAACAAGAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CC66JQ U 45
AF RR1CC66TF C 220
AF RR1FY35JQ U 1
BS 1 158 RR1FY35JQ
BS 159 159 RR1CC66JQ
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BS 175 175 RR1CC66JQ
BS 176 322 RR1FY35JQ
BS 323 323 RR1CC66TF
BS 324 478 RR1FY35JQ
BS 479 479 RR1CC66TF
BS 480 517 RR1FY35JQ
BS 518 518 RR1CC66TF
BS 519 531 RR1FY35JQ
BS 532 532 RR1CC66TF
BS 533 644 RR1FY35JQ

RD RR1CC66JQ 198 0 0
G
CAAACTTCGTTTGACTTATAATGTATAAATTTTGTGAAGTAAAACAGATAACAATTTGGA
TAAAAGCTGTGTCTTTCACTTTTTTATTTAAATCTTCAAAGACTCTTCTGTTAAATTAAA
GACTATATAAAAGCGTGGTGCTTCAAGCCTTTGCATAAGGGCGGACCAAAGAAGCAATAT
GACTCAAGAGCTGACGA

QA 2 198 2 198
DS 

RD RR1CC66TF 339 0 0
CAATATGACTCAAGAGCTGACGACGAGACTTGGTGGTGTCACTGTCAGGTAACGGAGACG
CCCATTCTTGATATTTATGGAGGCTACCGGTGAAATCGGTAAAAGAGTCCATCAACTCCA
ATCTCTTTGATCCAGTACTCGTATTCTTGATATGGATCTTGGCTGAAGTTAAAGTGTAGG
AACTGGTTTTCATTTCTGTACGTGTATGGATGCACCTGTAGCTTATGCGCGTGAGCTCTT
TTGACCAAATCTGTGGGGGGTTAGCATGTAGTTGTTAGTTACTGGAACTATTGTATCCCT
TCCACGGTCCAAATCCCAACCACATAATCCTTAATGTAG

QA 1 339 1 339
DS 

RD RR1FY35JQ 644 0 0
GATAGAACAATTTGGTATATTATAGAACTCTGTTCCAAGATTTTACAAACTTCGTTTGAC
TTATAATGTATAAATTTTGTGAAGTAAAACAGATAACAATTTGGATAAAAGCTGTGTCTT
TCACTTTTTTATTTAAATCTTCAAAGACTCTTCTGTTAGATTAAAGACTATATAGAAGCG
TGGTGCTTCAAGCCTTTGCATAAGGGCGGACCAAAGAAGCAATATGACTCAAGAGCTGAC
GACGAGACTTGGTGGTGTCACTGTCAGGTAACGGAAACGCCCATTCTTGATATTTATGGA
GGCTACCGGTGAAATCGGTAAA*GAGTCCATCAACTCCAATCTCTTTGATCCAGTACTCG
TATTCTTGATATGGATCTTGGCTGAAGTTAAAGTGTAGGAACTGGTTTTCATTTCTGTAC
GTGTATGGATGCACCTGTAGCTTATGCGCGTGAGCTCTTTTGACCAAATCTGTGGGGG*T
TAGCATGTAGTTGTTAGTTACTGGAACTATTGTATCC*TTCCACGGTCCAA*TCCCAACC
ACATAATCCTTAATGTAGGTGAAATAGGCATCTGAGGTGATCTCTGCGTATGTCTGGTTA
GTATCTTGAGTTGGCCTGGTAACATCATCTATTAACAAGAGTTT

QA 1 644 1 644
DS 



CO CL1443Contig2 710 2 15 U
GGGAAAATTGGGTGTCACAAGAGAGATAAGAGAAAGAAAAGAGAGTTAAACAAGCATTCC
CCGATTGATCCAAGAAACTGTCATGATTCTTACAAAATGCTTGCCATTGATATGGCTATC
TCTAGACACTATGTGTGCTGGTGGGAGAACATTATACCAAATCCCTGGTAAAGGAGTCAA
AGATGATACTAAGCAGCCGATTCAGACTTCACGTCCTTTTAACATCGCACACAGAGGTTC
CAACGGAGAGATCCCAGAAGAAACTAAAGCTGCATACTTGAGAGCAATTGAAGAAGGTGC
AGACTTCATAGAAACAGATATCTTATCATCCAAAGATGGTGTGCTTATCTGTTTCCATGA
TGTCGGCCTTGACTTAACAACCGATGTCGCGAGTCACAAGGAGTTCGCTGATCGTAAGAG
GACATATCAGGTCCAAGGTTTCAACATCACTGGCTTTTTCACCTTTGATTTTACTCTCAA
GGAACTAAAGACTCTACGGACAAAGCAGAGATATGCTTTTCGAGACCAGCAATACAACGG
AAAGTACCCTATCATCACATTTGAAGAATTCCTTGCCATTGCTCGGGATGCTCCAAGAGT
TGTCGGGATCTATCCTGAGATTAAAAATCCAGTTTTAATGAACCAACATGTCAAATGGCC
TGGTGGTAAGAGATTTGAGGATAAAGTTGTGGAGACTCTTAGAGCATGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY35TF U 30
AF RR1H215TF U 1
BS 1 63 RR1H215TF
BS 64 64 RR1FY35TF
BS 65 126 RR1H215TF
BS 127 127 RR1FY35TF
BS 128 128 RR1H215TF
BS 129 129 RR1FY35TF
BS 130 160 RR1H215TF
BS 161 161 RR1FY35TF
BS 162 185 RR1H215TF
BS 186 186 RR1FY35TF
BS 187 250 RR1H215TF
BS 251 251 RR1FY35TF
BS 252 387 RR1H215TF
BS 388 388 RR1FY35TF
BS 389 710 RR1H215TF

RD RR1FY35TF 595 0 0
GAAGAAAGAG
AGAGAGTTAAACAAGCATTCCCCGATTGATCCAAGAAATTGTCATGATTCTTACAAAATG
CTTGCCATTGATATGGCTATCTCTAGTCACTCTGTGTGCTGGTGGGAGAACATTATACCA
AATCCCTGGTAAAGGAGTCAAAGATGATACTAAGCAGCCGATTCAGACTTCACGTCCTTT
TAACATCGCACACAGAGGTTCCAACGGAGAGATCCCAGAAGAAACTAAAGCTGCATACTT
GAGAGCAATTGAAGAAGGTGCAGACTTCATAGAAACAGATATCTTATCATCCAAAGATGG
TGTGCTTATCTGTTTCCATGATGTCGGCCTTGACTTAACAACCGATGTCGCGAGTCACAA
GGAGTTCGCTGATCGTAAGAGGTCATATCAGGTCCAAGGTTTCAACATCACTGGCTTTTT
CACCTTTGATTTTACTCTCAAGGAACTAAAGACTCTACGGACAAAGCAGAGATATGCTTT
TCGAGACCAGCAATACAACGGAAAGTACCCTATCATCACATTTGAAGAATTCCTTGCCAT
TGCTCGGGATGCTCCAAGAGTTGTCGGGATCTATCCTGAGATTAA

QA 11 595 11 595
DS 

RD RR1H215TF 710 0 0
GGGAAAATTGGGTGTCACAAGAGAGATAAGAGAAAGAAAAGAGAGTTAAACAAGCATTCC
CCGTTTGATCCAAGAAACTGTCATGATTCTTACAAAATGCTTGCCATTGATATGGCTATC
TCTAGATAGTATGTGTGCTGGTGGGAGAACATTATACCAACTCCCTGGTAAAGGAGTCAA
AGATGCTACTAAGCAGCCGATTCAGACTTCACGTCCTTTTAACATCGCACACAGAGGTTC
CAACGGAGAGCTCCCAGAAGAAACTAAAGCTGCATACTTGAGAGCAATTGAAGAAGGTGC
AGACTTCATAGAAACAGATATCTTATCATCCAAAGATGGTGTGCTTATCTGTTTCCATGA
TGTCGGCCTTGACTTAACAACCGATGTTGCGAGTCACAAGGAGTTCGCTGATCGTAAGAG
GACATATCAGGTCCAAGGTTTCAACATCACTGGCTTTTTCACCTTTGATTTTACTCTCAA
GGAACTAAAGACTCTACGGACAAAGCAGAGATATGCTTTTCGAGACCAGCAATACAACGG
AAAGTACCCTATCATCACATTTGAAGAATTCCTTGCCATTGCTCGGGATGCTCCAAGAGT
TGTCGGGATCTATCCTGAGATTAAAAATCCAGTTTTAATGAACCAACATGTCAAATGGCC
TGGTGGTAAGAGATTTGAGGATAAAGTTGTGGAGACTCTTAGAGCATGGG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 6

CO CL1444Contig1 653 6 8 U
GGGTACTCACTATTACAACAACCAAAGAAGTAAAGAAAGAAAGAAAATCTCTCTTCTCTG
CTACTCTCTGACGAAGAAACTGAGTTGTATTGTATGGCAACCAGATCGAAGAGCTTTCAA
TTGATCGCCGGCCTAAGGAAGCTCGCTGTCATCCCACGCGCTTCCTCACGCGCCACCTAC
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GAATTGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAATACTGG
TCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCAGCA
GAGGCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGT
CTCGAGGACTCGGACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTTTCTTC
GGATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAGTA
TCCTAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTCTGAAGGGTCCTTTTGTTTTCCCTGTCTAA
TATGTCTAAGGGTTTTATTATATAATTCAAAACGAACCAAATCGAGTCGATGG


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CT90JQ C 183
AF RR1CT90TF U 183
AF RR1GK02JQ C 3
AF RR1GK02TF U 3
AF RR1AN44JQ C 1
AF RR1AN44TF U 1
BS 1 4 RR1AN44JQ
BS 5 139 RR1GK02TF
BS 140 140 RR1AN44TF
BS 141 183 RR1GK02TF
BS 184 432 RR1CT90TF
BS 433 433 RR1GK02TF
BS 434 566 RR1CT90TF
BS 567 653 RR1AN44TF

RD RR1CT90JQ 368 0 0
G
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TTGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAATACTGGTCT
CCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCAGCAGAG
GCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTC
GAGGACTCG*ACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTTTCTTCGGA
TGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAGTATCC
TAAAAAA

QA 2 368 2 368
DS 

RD RR1CT90TF 384 0 0
G
GCTCTCTTCACTTCACGGAGTGGGCATTCCTCAGCTTATGACAAGAACGTGGAGGATGAA
TTGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAATACTGGTCT
CCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCAGCAGAG
GCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTC
GAGGACTCG*ACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTTTCTTCGGA
TGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAGTATCC
TAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTT

QA 2 384 2 384
DS 

RD RR1GK02JQ 554 0 0
GG
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TTTCTGACGAAGAAACTGAGTTGTATTGTATGGCAACCAGATCGAAGAGCTTTCAATTGA
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TGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAATACTGGTCTC
CTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCAGCAGAGG
CTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTCG
AGGACTCGGACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTTTCTTCGGAT
GTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGCAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAGTATCCT
AAAAAACCTTCC

QA 3 554 3 554
DS 

RD RR1GK02TF 554 0 0
GG
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TCTCTGACGAAGAAACTGAGTTGTATTGTATGGCAACCAGATCGAAGAGCTTTCAATTGA
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CTCTCTTCACTTCACGGAGTGGGCATTCCTCATCTTATGACAAGAACGTGGAGGATGAAT
TGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAATACTGGTCTC
CTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCAGCAGAGG
CTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTCG
AGGACTCGGACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTTTCTTCGGAT
GTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGCAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAGTATCCT
AAAAAACCTTCC

QA 3 554 3 554
DS 

RD RR1AN44JQ 653 0 0
GGGTACTCACTATTACAACAACCAAAGAAGTAAAGAAAGAAAGAAAATCTCTCTTCTTTG
CTACTCTCTGACGAAGAAACTGAGTTGTATTGTATGGCAACCAGATCGAAGAGCTTTCAA
TTGATCGCCGGCCTAAGGAAGCTCGCTGTCATCCCACGCGCTTCCTCACGCGCCACCTAC
ACTGCTCTCTTCACTTCACGGAGTAGGCATTCCTCAGTTTATGACAAGAACGTGGAGGAT
GAATTGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAATACTGG
TCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCAGCA
GAGGCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGT
CTCGAGGACTCGGACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTTTCTTC
GGATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAGTA
TCCTAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTCTGAAGGGTCCTTTTGTTTTCCCTGTCTAA
TATGTCTAAGGGTTTTATTATATAATTCAAAACGAACCAAATCGAGTCGATGG

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1AN44TF 653 0 0
GGGT
ACTCACTATTACAACAACCAAAGAAGTAAAGAAAGAAAGAAAATCTCTCTTCTCTGCTAC
TCTCTGACGAAGAAACTGAGTTGTATTGTATGGCAACCAGATCGAAGAGCTTTCAATTGA
TCGCCGGCCTAAGGAAGCTCGCTGTCATCCCACGCGCTTCCTCACGCGCCACCTACACTG
CTCTCTTCACTTCACGGAGTAGGCATTCCTCAGTTTATGACAAGAACGTGGAGGATGAAT
TGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAATACTGGTCTC
CTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCAGCAGAGG
CTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTCG
AGGACTCGGACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTTTCTTCGGAT
GTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAGTATCCT
AAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTCTGAAGGGTCCTTTTGTTTTCCCTGTCTAATATG
TCTAAGGGTTTTATTATATAATTCAAAACGAACCAAATCGAGTCGATGG

QA 5 653 5 653
DS 



AS 1 6

CO CL1445Contig1 604 6 5 U
GGCACACTTAAAATCAACAAAATACAAAAAATGGTCTCAAAGAGCTCAAACACCATTAGC
CTCATCATCATCTTCCTCATCTTCAGCCTCGCTGAGGCTGACCTCTTGCTCTCGCCTTCG
CAGGGCTTTGGTACGTGTCCTAGAGACCCATTGCAACTTGGTGTATGCGCCAATGTCCTT
GGCCTAGGCAATGTCATTGCTGGCGACACCAGAGCACGGCCGTGCTGCAGTGCTATCACT
GGCCTTCCGAACGTCCAAGTAGCCGATTGCCTCTGCTTTGTCTTCAGGCCACTTCCTTTG
GTTTTCGGTATCGATAAGGCCGTTAGAACAATATTTTTCGCTTGTAATATGGTTTTTCCT
ATTGGCTTTCAGTGTCCACCACCACCAGTATCTAGCCCTTAATCTCACCTGATTAAGAAC
AAGAACCCTATCCAGTAACTACTTACAACGCAAGTATGCTTATACAGTGTTGATGTGTGT
TTCGTTGTTAAACAGGGCGTAATAGTGACTATATATGTTGTTATGTGTACGAAGAATAAT
ACTTGAATAAATATGTCGTGTGCGAATATTAATATATAATTAAGTGTTACTTTTGTCTTG
TTCC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 

AF RR1DH12TF U 1
AF RR1DH12JQ C 117
AF RR1CX62TF U 2
AF RR1CN50TF U 143
AF RR1DC22TF U 2
AF RR1F185TF U 2
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BS 287 287 RR1CX62TF
BS 288 575 RR1DH12TF
BS 576 603 RR1DC22TF
BS 604 604 RR1F185TF

RD RR1DH12TF 576 0 0
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CTCATCATCATCTTCCTCATCTTCAGCCTCGCTGAGGCTGACCTCTTGCTCTCGCCTTCG
CAGGGCTTTGGTACGTGTCCTAGAGACCCATTGCAACTTGGTGTATGCGCCAATGTCCTT
GGCCTAGGCAATGTCATTGCTGGCGACACCAGAGCACGGCCGTGCTGCAGTGCTATCACT
GGCCTTCCGAACGTCCAAGTAGCCGATTGCCTCTGCTTTGTCTTCATGCCACTTCCTTTG
GTTTTCGGTATCGATAAGGCCGTTAGAACAATATTTTTCGCTTGTAATATGGTTTTTCCT
ATTGGCTTTCAGTGTCCACCACCACCAGTATCTAGCCCTTAATCTCACCTGATTAAGAAC
AAGAACCCTATCCAGTAACTACTTACAACGCAAGTATGCTTATACAGTGTTGATGTGTGT
TTCGTTGTTAAACAGGGCGTAATAGTGACTATATATGTTGTTATGTGTACGAAGAATAAT
ACTTGAATAAATATGTCGTGTGCGAATATTAATAT
A

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1DH12JQ 459 0 0
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CCTTGGCCTAGGCAATGTCATTGCTGGCGACACCAGAGCACGGCCGTGCTGCAGTGCTAT
CACTGGCCTTCCGAACGTCCAAGTAGCCGATTGCCTTTGCTTTGTCTTCATGCCACTTCC
TTTGGTTTTCGGTATCGATAAGGCCGTTAGAACAATATTTTTCGCTTGTAATATGGTTTT
TCCTATTGGCTTTCAGTGTCCACCACCACCAGTATTTAGCCCTTAATCTCACCTGATTAA
GAACAAGAACCCTATCCAGTAACTACTTACAACGCAAGTATGCTTATACAGTGTTGATGT
GTGTTTCGTTGTTAAACAGGGCGTAATAGTGACTATATATGTTGTTATGTGTACGAAGAA
TAATACTTGAATAAATATGTCGTGTGCGAATATTAATAT

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1CX62TF 569 0 0
GG
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ATCATCATCTTCCTCATCTTCAGCCTCGCTGAGGCTGACCTCTTGCTCTCGCCTTCGCAG
GGCTTTGGTACGTGTCCTAGAGACCCATTGCAACTTGGTGTATGCGCCAATGTCCTTGGC
CTAGGCAATGTCATTGCTGGCGACACCAGAGCACGGCCGTGCTGCAGTGCTATCACTGGC
CTTCCGAACGTCCAAGTAGCCGATTGCCTCTGCTTTGTCTTCAGGCCACTTCCTTTGGTT
TTCGGTATCGATAAGGCCGTTAGAACAATATTTTTCGCTTGTAATATGGTTTTTCCTATT
GGCTTTCAGTGTCCACCACCACCAGTATCTAGCCCTTAATCTCACCTGATTAAGAACAAG
AACCCTATCCAGTAACTACTTACAACGCAAGTATGCTTATACAGTGTTGATGTGTGTTTC
GTTGTTAAACAGGGCGTAATAGTGACTATATATGTTGTTATGTGTACGAAGAATAATACT
TGAATAAATATGTCGTGTGCGAATATT

QA 3 569 3 569
DS 

RD RR1CN50TF 422 0 0
GG
GACCCATTGCAACTCGGTGTATGCGCCAATGTCCTTGGCCTAGGCAATGTCATTGCTGGC
GACACCAGAGCACGGCCGTGCTGCAGTGCTATCACTGGCCTTCCGAACGTCCAAGTAGCC
GATTGCCTCTGCTTTGTCTTCAGGCCACTTCCTTTGGTTTTCGGTATCGATAAGGCCGTT
AGAACAATATTTTTCGCTTGTAATATGGTTTTTCCTATTGGCTTTCAGTGTCCACCACCA
CCAGTATCTAGCCCTTAATCTCACCTGATTAAGAACAAGAACCCTATCCAGTAACTACTT
ACAACGCAAGTATGCTTATACAGTGTTGATGTGTGTTTCGTTGTTAAACAGGGCGTAATA
GTGACTATATATGTTGTTATGTGTACGAAGAATAATACTTGAATAAATATGTCGTGTGCG

QA 3 422 3 422
DS 

RD RR1DC22TF 602 0 0
GG
ACACTTAAAATCAACAAAATACAAAAAATGGTCTCAAAGAGCTCAAACACCATTAGCCTC
ATCATCATCTTCCTCATCTTCAGCCTCGCTGAGGCTGACCTCTTGCTCTCGCCTTCGTAG
GGCTTTGGTACGTGTCCTAGAGACCCATTGCAACTTGGTGTATGCGCCAATGTCCTTGGC
CTAGGCAATGTCATTGCTGGCGACACCAGAGCACGGCCGTGCTGCAGTGCTATCACTGGC
CTTCCGAACGTCCAAGTAGCCGATTGCCTCTGCTTTGTCTTCAGGCCACTTCCTTTGGTT
TTCGGTATCGATAAGGCCGTTAGAACAATATTTTTCGCTTGTAATATGGTTTTTCCTATT
GGCTTTCAGTGTCCACCACCACCAGTATCTAGCCCTTAATCTCACCTGATTAAGAACAAG
AACCCTATCCAGTAACTACTTACAACGCAAGTATGCTTATACAGTGTTGATGTGTGTTTC
GTTGCTAAACAGGGCGTAATAGTGACTATATATGTTGTTATGTGTACGAAGAATAATACT
TGAATAAATATGTCGTGTGCGAATATTAATATATAATTAAGTGTTACTTTTGTCTTGTTC

QA 3 602 3 602
DS 

RD RR1F185TF 603 0 0
GG
ACACTTAAAATCAACAAAATACAAAAAATGGTCTCAAAGAGCTCAAACACCATTAGCCTC
ATCATCATCTTCCTCATCTTCAGCCTCGCTGAGGCTGACCTCTTGCTCTCGCCTTCGCAG
GGCTTTGGTACGTGTCCTAGAGACCCATTGCAACTTGGTGTATGCGCCAATGTCCTTGGC
CTAGGCAATGTCATTGCTGGCGACACCAGAGCACGGCCGTGCTGCAGTGCTATCACTGGC
CTTCCGAACGTCCAAGTAGCCGATTGCCTCTGCTTTGTCTTCAGGCCACCTCCTTTGGTT
TTCGGTATCGATAAGGCCGTTAGAACAATATTTTTCGCTTGTAATATGGTTTTTCCTATT
GGCTTTCAGTGTCCACCACCACCAGTATCTAGCCCTTAATCTCACCTGATTAAGAACAAG
AACCCTATCCAGTAACTACTTACAACGCAAGTATGCTTATACAGTGTTGATGTGTGTTTC
GTTGTTAAACAGGGCGTAATAGTTACTATATATGTTGTTATGTGTACGAAGAATAATACT
TGAATAAATATGTCGTGTGCGAATATTAATATATAATTAAGTGTTACTTTTGTCTTGTTC
C

QA 3 603 3 603
DS 



AS 1 6

CO CL1446Contig1 1323 6 9 U
CGGCTCCGAAGGTAGAATTTTTATTTTTAAAAGTTTTCACCATCGCACTTGAGTAGCAGA
AATATTTACAAAGCCAATGCCTTCAAAACTACAAAGGCCTTCTTTTTTTTT*ATGTCGTT
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AACACAAACCCTTCCAGAAACTTACAAACGAGACACGCATTGTTCACATAAACCCAACTA
AAAACCAGCCCAACTGTATGTTTAGGCTGCTTCTGCAAATCCAACCTGCGCTTTCCCAAA
GTCAAACACGGTGTGGTATTTGCCCATGAACACATCTCCCAAGATCCAGAGAGGTCCACG
GGGTGGAGCAACGTCGAGTGCAATAAAGCCACTGATGCACTGTGCTGCAGCGCCCTCACC
AACCTTCAGAACATACTCCTCTGGAGCAAGATCAAAGACTTTGCCTCCGATGGTGAGCGA
AACAGTTGGCATGGTCGAGAGTTGTGCACAGTCCACTGCAGACTCTCCCATTGGGCTGGG
AATACGCTCGCATAGCTCGTTGACGTATTCCAATATGCGTTCCTGGGTCATGTTCTGCCT
CAACTGGCTCTGAATCCAAACAACTGCCATCTCGCATGCAGAACACGCGGCATCTCCTAC
ACCATTCGACAATTTGGCGTTTTCCTTGTCCACCACCGACTCAATGCCCATACTGACACC
ACGTTTACCATCGAAAGTGCACAGACCAATCTGCGAGCAGATTTTCTTCGGCTGGGTTTC
AGACAAAAGCAGATCCAAGATGGTCTGCCCGTACTGATCTACGACAGTCTTGCACTGCTG
GCTAGCAATTCCAGCTGCCCCAATAGCATGGTTTATCATGGTGATTATAGTTGTTGGACC
CGCAAGCAAAGATGTTCCAGAATCTGCTATAGCAGAGCAGCCACTTTCGCAGTATCCAGT
GGGTGCACCGTCAATGAGAACATCACCCATATCAAACTGCCAGTAACCCTTTTGTGTCAC
AGGGACATAAGTATGTTGTCCCTTGAAATGTTTTGGATCAACACCTCCAAACACAAGTTC
ACCACCTTCTTCATCCGCAGCGTTACGGTTAAGCCAAAATGAAAACACTGGCTCCTTGAT
GAGGCCTTGCTTGAGCATGTTGTACCAAACAGGAGCAGCATTTCCAACAGAGATCTCTTG
GAACCCAAGACCAAGGATACCATCAAACTTAGCTACAACAAATGTCAAACCAGGCTCCTT
GGTTGCCTCGATAAACTCCTGATCCTTGACAACTAAATCGCCGACGGTGACGGCATCATT
ACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1H580JQ U 1
AF RR1H580TF C 1
AF RR1DW36JQ U 29
AF RR1C294JQ U 136
AF RR1C294TF C 290
AF RR1DW36TF C 742
BS 1 329 RR1H580JQ
BS 330 538 RR1DW36JQ
BS 539 539 RR1C294JQ
BS 540 556 RR1DW36JQ
BS 557 557 RR1C294JQ
BS 558 726 RR1DW36JQ
BS 727 858 RR1C294JQ
BS 859 924 RR1C294TF
BS 925 1323 RR1DW36TF

RD RR1H580JQ 330 0 0
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AATATTTACAAAGCCAATGCCTTCAAAACTACAAAGGCCTTCTTTTTTTTT*ATGTCGTT
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AACACAAACCCTTCCAGAAACTTACAAACGAGACACGCATTGTTCACATAAACCCAACTA
AAAACCAGCCCAACTGTATGTTTAGGCTGCTTCTGCAAATCCAACCTGCGCTTTCCCAAA
GTCAAACACGGTGTGGTATTTGCCCATGA
C

QA 1 329 1 329
DS 

RD RR1H580TF 330 0 0
CGGCTCCGAAGGTAGAATTTTTATTTTTAAAAGTTTTCACCATCGCACTTGAGTAGCAGA
AATATTTACAAAGCCAATGCCTTCAAAACTACAAAGGCCTTCTTTTTTTTT*ATGTCGTT
AGGAAACCACTGAAAAGGTAAAAGTAGCTGCGCCACCATTTCTACCACGACTCAGTTTTT
AACACAAACCCTTCCAGAAACTTACAAACGAGACACGCATTGTTCACATAAACCCAACTA
AAAACCAGCCCAACTGTATGTTTAGGCTGCTTCTGCAAATCCAACCTGCGCTTTCCCAAA
GTCAAACACGGTGTGGTATTTGCCCATGA
C

QA 1 329 1 329
DS 

RD RR1DW36JQ 698 0 0
AAAAGTTTTCACCATCGCACTTGAGTAGCAGAAATATTTACAAAGCCAATGCCTTCAAAA
CTACAAAGGCCTTCTTTTTTTTTTATGTCGTTAGGAAACCACTGAAAAGATAAAAGTAGC
TGCGCCACCATTTCTACCACGACTCAGTTTTTAACACAAACCCTTCCAGAAACTTACAAA
CGAGACACACATTGTTCACATAAACCCAACTAAAAACCAGCCCAACTGTATGTTTAGACT
GCTTCTGCAAATCCAACCTGCGCTTTCCCAAAGTCAAACACGGTGTGGTATTTGCCCATG
AACACATCTCCCAAGATCCAGAGAGGTCCACGGGGTGGAGCAACGTCGAGTGCAATAAAG
CCACTGATGCACTGTGCTGCAGCGCCCTCACCAACCTTCAGAACATACTCCTCTGGAGCA
AGATCAAAGACTTTGCCTCCGATGGTGAGCGAAACAGTTGGCATGGTCGAGAGTTGTGCA
CAGTCCACTGCAGACTCTCCCATTGGGCTGAGAATACGCTCGCATAGCCCGTTGACGTAT
TCCAATATGCGTTCCTGGGTCATGTTCTGCCTCAACTGGCTCTGAATCCAAACAACTGCC
ATCTCGCATGCAGAACACGCGGCATCTCCTACACCATTCGACAATTTGGCGTTTTCCTTG
TCCACCACCGACTCAATGCCCATACTGACACCACGTTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1C294JQ 725 0 0
AGA
TAAAAGTAGCTGCGCCACCATTTCTACCACGACTCAGTTTTTAACACGAACCCTTCCAGA
AACTTACAAACGAGACACACATTGTTCACATAAACCCAACTAAAAACCAGCCCAACTGTA
TGTTTAGGCTGCTTCTGCAAATCCAACCTGCGCTTTCCCAAAGTCAAACACGGTGTGGTA
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TGCAATAAAGCCACTGATGCACTGTGCTGCAGCGCCCTCACCAACCTTCAGAACATACTC
CTCTGGAGCAAGATCAAAGACTTTGCCTCCGATGGTGAGCGAAACAGTTGGCATGGTCGA
GAGTTGTGCACAGTCCACTGCAGACTCTCCCATTGGGCTGGGAATACGCTCGCATAGCTC
GTTGACGTATTCCAATATGCGTTCCTGGGTCATGTTCTGCCTCAACTGGCTCTGAATCCA
AACAACTGCCATCTCGCATGCAGAACACGCGGCATCTCCTACACCATTCGACAATTTGGC
GTTTTCCTTGTCCACCACCGACTCAATGCCCATACTGACACCACGTTTACCATCGAAAGT
GCACAGACCAATCTGCGAGCAGATTTTCTTCGGCTGGGTTTCAGACAAAAGCAGATCCAA
GATGGTCTGCCCGTACTGATCTACGACAGTCTTGCACTGCTGGCTAGCAATTCCAGCTGC
CC

QA 4 723 4 723
DS 

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AGAGGTCCACGGGGTGGAGCAACGTCGAGTGCAATAAAGCCACTGATGCACTGTGCTGCA
GCGCCCTCACCAACCTTCAGAACATACTCCTCTGGAGCAAGATCAAAGACTTTGCCTCCG
ATGGTGAGCGAAACAGTTGGCATGGTCGAGAGTTGTGCACAGTCCACTGCAGACTCTCCC
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ATGTTCTGCCTCAACTGGCTCTGAATCCAAACAACTGCCATCTCGCATGCAGAACACGCG
GCATCTCCTACACCATTCGACAATTTGGCGTTTTCCTTGTCCACCACCGACTCAATGCCC
ATACTGACACCACGTTTACCATCGAAAGTGCACAGACCAATCTGCGAGCAGATTTTCTTC
GGCTGGGTTTCAGACAAAAGCAGATCCAAGATGGTCTGCCCGTACTGATCTACGACAGTC
TTGCACTGCTGGCTAGCAATTCCAGCTGCCCCAATAGCATGGTTTATCATGGTGATTATA
GTTGTTGGACCCGCAAGCAAAGATGTTCCAGAATC

QA 1 635 1 635
DS 

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GGTCTGCCCGTACTGATCTACGACAGTCTTGCACTGCTGGCTAGCAATTCCAGCTGCTCC
AATAGCATGGTTTATCATGGTGATTATAGTTGTTGGACCCGCTAGCAAAGATGTTCCAGA
ATCTGCTATAGCAGAGCAGCCACTTTCGCAGTATCCAGTGGGTGCACCGTCAATGAGAAC
ATCACCCATATCAAACTGCCAGTAACCCTTTTGTGTCACAGGGACATAAGTATGTTGTCC
CTTGAAATGTTTTGGATCAACACCTCCAAACACAAGTTCACCACCTTCTTCATCCGCAGC
GTTACGGTTAAGCCAAAATGAAAACACTGGCTCCTTGATGAGGCCTTGCTTGAGCATGTT
GTACCAAACAGGAGCAGCATTTCCAACAGAGATCTCTTGGAACCCAAGACCAAGGATACC
ATCAAACTTAGCTACAACAAATGTCAAACCAGGCTCCTTGGTTGCCTCGATAAACTCCTG
ATCCTTGACAACTAAATCGCCGACGGTGACGGCATCATTACT

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 6

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AAGAGGTCTATAAGAAGCTGAAGGAGAATAAGGAGGATTTTGAGATTGTTCTGATATCTC
TTGAAGATGATGAGGAGTCTTTTAAGCAGGACTTTGAGACCAATCCATGGCTGGCATTAC
CTTTCAATGACAAAAGCTCGTCGAAGTTGACTCGGCACTTCATGCTGTCTACGCTACCGA
CCTTGGTCATTCTCGGACCCGATGGAAAGACCCTCCACTCCAACGTTGCTGAAGCTATTG
ATGACTATGGAGTTCTTGCGTATCCTTTCACTCCGGAGAAGTTTGAAGAACTCAAGGCGA
TTGAAAAGGCAAAGCTAGAGGCTCAAACACTCGAGTCTCTTCTTGTCTCGGGTGATCTCA
ACTACGTTCTAGGAAAAGATGGGTCTAAGGTGCTTGTGACTGATCTAGTGGGGAAGAACA
TTCTTTTGTACTTCTCAGCTCACTGGTGTCCTCCATGTCGCGCTTTTACACCAAAGCTTG
TTGAAGTCTACAAGCAGATAAAGGAGAAGGATGAAGCGTTTGAGCTCATCTTCATCTCCA
GTGACCGGGACCAGGAATCATTCGATGAGTACTACTCTCAGATGCCGTGGCTGGCTCTTC
CATTTGGTGATCCTAGGAAAACGTCTCTGGCACGAACCTTTAAGGTCGGTGGCATCCCCA
TGCTAGCGGCTCTCGGACCAACTGGTAGAACCGTTACAAAAGAAGCGAGGGACCTCGTGG
GAGCCCATGGAGCTGATGCTTACCCTTTTACTGAGGAACGTGTGAAGGAGATTGAGGCCA
AGTACAATGAGATGGCGAAAGAGTGGCCTGAGAAGGTGAAACATGCTCTTCATGAAGAGC
ATGAGCTAGAGTTGACTCGTGTCTCGGTTTACATATGTGATAAGTGTGACGAAGAA*GGG
CAAATCTGGTCTTACCATTGTGACGAGTGCGACTTCGATCTTCATGCCAAGTGTGCTTTG
AAAGAGGAGGATGCCAACGTAAATGGCGATGATGCTGTGAAAGAAGGTGATGGTGGCGAG
TCCAAAGATGGTTGGGTCTGTGACGGAAACGTGTGCACTAAGGCCTAATATATTGGTTCA
GGCCCAGTTATATGTATGCTGAGCTTATTTTTCTGTCCCTTGTATAACAAATAAGAGTGA
GAAAGTGTGGTGTCAAATACTCGTTTATGTCCTGTCTTATATCCATTGACGTCCCTTGCT
TGTTTTAGTTTTGAGATATTCGTCTTTATCAAATAATCGAGTTGCGTTATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 25 25 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F338TF U 1
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AF RR1AF73TF U 223
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AF RR1AF73JQ C 495
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RD RR1F338TF 803 0 0
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CTTTCAATGACAAAAGCTCGTCGAAGTTGACTCGGCACTTCATGCTGTCTACGCTACCGA
CCTTGGTCATTCTCGGACCCGATGGAAAGACCCTCCACTCGAACGTTGCTGAAGCTATCG
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TTGAAAAGGCAAAGCTAGATGCTCAAACACTCGAGTCTCTTCTTGTCTCTGGTGATCTCA
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GAGCCCATGGAGCTGATGCTTAC

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1EP60TF 680 0 0
GGCTTTCA
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GGGAAGAACATTCTTTTGTACTTCTCAGCTCACTGGTGTCCTCCATGTCGCGCTTTTACA
CCAAAGCTTGTTGAAGTCTACAAGCAGATAAAGGAGAAGGATGAAGCGTTTGAGCTCATC
TTCATCTCCAGTGACCGGGACCAGGAATCATTCGATGAGTACTACTCTCAGATGCCGTGG
CTGGCTCTTCCATTTGGTGATCCTAGGAAAACGTCTCTGGCACGAACCTTTAAGGTCGGT
GGCATCCCCATGCTAGCGGCTCTCGGACCAACTGGTAGAACCGTTACAAAAGAAGCGAGG
GACCTCGTGGGAGCGCATGGAGCTGATGCTTACCCTTTTACTGAGGAACGTGTGAAGGAG
ATTGAGGCCAAGTACAATGAGATGGCGAAAGAGTGGCCTGAGAAGGTGAAACATGCTCTT
CATGAAGAGCAT

QA 9 680 9 680
DS 

RD RR1AF73TF 801 0 0
GGCTTTCA
ACGCTACCGACCTTGGTCATTCTCGGACCCGATGGAAAGACCCTCCACTCCAACGTTGCT
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CTCAAGGCGATTGAAAAGGCAAAGCTAGAGGCTCAAACACTCGAGTCTCTTCTTGTCTCG
GGTGATCTCAACTACGTTCTAGGAAAAGATGGGTCTAAGGTGCTTGTGACTGATCTGGTG
GGGAAGAACATTCTTTTGTACTTCTCAGCTCACTGGTGTCCTCCATGTCGCGCTTTTACA
CCAAAGCTTGTTGAAGTCTACAAGCAGATAAAGGAGAAGGATGAAGCGTTTGAGCTCATC
TTCATCTCCAGTGACCGGGACCAGGAATCATTCGATGAGTACTACTCTCAGATGCCGTGG
CTGGCTCTTCCATTTGGTGATCCTAGGAAAACGTCTCTGGCACGAACCTTTAAGGTCGGT
GGCATCCCCATGCTAGCGGCTCTCGGACCAACTGGTAGAACCGTTACAAAAGAAGCGAGG
GACCTCGTGGGAGCCCATGGAGCTGATGCTTACCCTTTTACTGAGGAACGTGTGAAGGAG
ATTGAGGCCAAGTACAATGAGATGGCGAAAGAGTGGCCTGAGGAGGTGAAACATGCTCTT
CGTGAAGAGCATGAGCTAGAGTTGACTCGTGTCTCGGTTTACATATGTGATAAGTGTGAC
GAAGAAAGGGCAAATCTGGTCTTACCATTGTGACGAGTGCGACTTCGATCTTCATGCCAA
GTGTGCTTTGAAA

QA 9 801 9 801
DS 

RD RR1F338JQ 866 0 0
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GTCCTCCATGTCGTGCTTTTACACCAAAGCTTGTTGAAGTCTACAAGCAGATAAAGGAGA
AGGATGAAGCGTTTGAGCTGATCTTCATCTCCAGTGACCGGGACCAGGAATCATTCGATG
AGTACTACTCGCAGATGCCATGGCTGGCTCTTCCATTTGGTGATCCTAGGAAAACGTCTC
TGGCACGAACCTTTAAGGTCGGTGGCATCCCCATGCTAGCGGCTCTCGGACCAACTGGTA
AAACCGTTACGAAAGAAGCAAGGGACCTCGTGGGAGCCCATGGAGCTGATGCTTACCCGT
TTACTGAGGAACGTGTGAAGGAGATTGAGGCCAAGTACAATGAGATGGCGAAAGAGTGGC
CTGAGAAGGTGAAACATGCTCTTCATGAAGAGCATGAGCTAGAGTTGACTCGTGTTTCGG
TTTACATATGTGATAAGTGTGATGAAGAA*GGGCAAATCTGGTCTTACCATTGTGACGAG
TGCGACTTCGATCTTCATGCCAAGTGTGCTTTGAAAGAGGAGGATGCCAACGTAAACGGC
GATGATGCTGTGAAAGAAGGTGATGGTGGCGAGTCCAAAGATGGTTGGGTCTGTGACGGA
AACGTGTGCACTAAGGCCTAATATATTGGTTCAGGCCCAGTTATATGTATGCTGAGCTTA
TTTTTCTGTCCCTTGTATAACAAATAAGAGTGAGAAAGTGTGGTGTCAAATGCTCGTTTA
*****TGTCTTATATCCATTGACGTCCCTTGCTTGTTTTAGTTTTGAGATATTCGTCTTT
ATCAAATAATCGAGTTGCGTTATTTT

QA 1 866 1 866
DS 

RD RR1AF73JQ 769 0 0
TCAGCTCACTGGTGTCCTCCATGTCGCGCTTTTACACCAAAGCTTGTTGAAGTCTACAAG
CAGATAAAGGAGAAGGATGAAGCGTTTGAGCTCATCTTCATCTCCAGTGACCGGGACCAG
GAATCATTCGATGAGTACTACTCTCAGATGCCGTGGCTGGCTCTTCCATTTGGTGATCCT
AGGAAAACGTCTCTGGCACGAACCTTTAAGGTCGGTGGCATCCCCATGCTAGCGGCTCTC
GGACCAACTGGTAGAACCGTTACAAAAGAAGCGAGGGACCTCGTGGGAGCCCATGGAGCT
GATGCTTACCCTTTTACTGAGGAACGTGTGAAGGAGATTGAGGCCAAGTACAATGAGATG
GCGAAAGAGTGGCCTGAGGAGGTGAAACATGCTCTTCGTGAAGAGCATGAGCTAGAGTTG
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CCATTGTGACGAGTGCGACTTCGATCTTCATGCCAAGTGTGCTTTGAAAGAGGAGGATGC
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GGTCTGTGACGGAAACGTGTGCACTAAGGCCTAATATATTGGTTCAGGCCCAGTTATATG
TATGCTGAGCTTATTTTTCTGTCCCTTGTATAACAAATAAGAGTGAGAAAGTGTGGTGTC
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C

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DS 

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AAACGTCTCTGGCACGAACCTTTAAGGTCGGTGGCATCCCCATGCTAGCGGCTCTCGGAC
CAACTGGTAGAACCGTTACAAAAGAAGCGAGGGACCTCGTGGGAGCCCATGGAGCTGATG
CTTACCCTTTTACTGAGGAACGTGTGAAGGAGATTGAGGCCAAGTACAATGAGATGGCGA
AAGAGTGGCCTGAGAAGGTGAAACATGCTCTTCATGAAGAGCATGAGCTAGAGTTGACTC
GTGTCTCGGTTTACATATGTGATAAGTGTGACGAAGAA*GGGCAAATCTGGTCTTACCAT
TGTGACGAGTGCGACTTCGATCTTCATGCCAAGTGTGCTTTGAAAGAGGAGGATGCCAAC
GTAAATGGCGATGATGCTGTGAAAGAAGGTGATGGTGGCGAGTCCAAAGATGGTTGGGTC
TGTGACGGAAACGTGTGCACTAAGGCCTAATATATTGGTTCAGGCCCAGTTATATGTATG
CTGAGCTTATTTTTCTGTCCCTTGTATAACAAATAAGAGTGGGAAAGTGTGGTGTCAAAT
ACTCGTTTATGTCCTGTCTTATATCCATTGACGTCCCTTGCTTG
C

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 5

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CAAAGATCGAAACGAAGAAGAGAAGACCGGGAACAAAGAAAAAACAACACAACAGAAAAA
ACACAAAGCTACCATTGGATCAACCTCTCTCTCTCTCTCACTTTCTCATCACCAGATCTA
AAGCTGACCACAGTCAGCGATCACAACCTTCTTCGAGGTCCTTCCACTGTCAGATCCAAC
CTTCTCAATGTTCCTAACGACATCCATCCCTTCGACAACCTGACCGAACACAACGTGCTT
CCCATCGAGCCACGACGTCTTCTCAGTGCAGATGAAAAACTGAAATCCGTTCGTGTTCGG
ACCAGCGTTGGCCATGGACAGGATGCCCGGACCGGTGTGTTTCTTGACAAAGTTCTCGTC
CTTGAACTTCATGCCGTAAATCGACTCTCCCCCGGTCCCGTTCCCGGCGGTGAAATCTCC
TCCCTGGCACATC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F940JQ U 9
AF RR1F940TF C 9
AF RR1GZ87JQ U 1
AF RR1DP39JQ U 9
AF RR1DP39TF C 9
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C

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DS 

RD RR1F940TF 279 0 0
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C

QA 1 278 1 278
DS 

RD RR1GZ87JQ 329 0 0
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ACACAAAGCTACCATTGGATCAACCTCTCTCTCTCTCTCACTTTCTCATCACCAGATCTA
AAGCTGACCACAGTCAGCGATCACAACCTTCTTCGAGGTCCTTCCACTGTCAAATCCAAC
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CCCATCGAGCCACGACGTCTTCTCAGTGC

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DS 

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CTACCATTGGATCAACCTCTCTCTCTCTC**ACTTTCTCATCACCAGATCTAAAGCTGAC
CACAGTCAGCGATCACAACCTTCTTCGAGGTCCTTCCACTGTCAGATCCAACCTTCTCAA
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ACATC

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DS 

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CTACCATTGGATCAACCTCTCTCTCTCTC**ACTTTCTCATCACCAGATCTAAAGCTGAC
CACAGTCAGCGATCACAACCTTCTTCGAGGTCCTTCCACTGTCAGATCCAACCTTCTCAA
TGTTCCTAACGACATCCATCCCTTCGACAACCTGACCGAACACAACGTGCTTCCCATCGA
GCCACGACGTCTTCTCAGTGCAGATGAAAAACTGAGATCCGTTCGTGTTCGGACCAGCGT
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ACATC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 5

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AATCAGTTTAGTATTCTTCTCATTCTAGAAATGTAAAAAAAAAAAACATATTTCAGATTT
ATAAAAATCAAGCCACCCTTCGCTGT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR1G668TF U 1
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RD RR1G668TF 754 0 0
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AAACAGAAGAAAAAAAAAGGCAACAGTTGTTGTGGATCAAAGTAATCATTCTCCCAAAAT
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GATCGCCAAGAACTGTAACCATTTCACCGGAGAGGTTTGCTTGCAGCTCACGGGTAAGCC
TATTCCTGGTTGGATCAATCGCCTCGCCCGACTAGGTTCCTTCTGTAATTGTCTTCTACC
GGAAAGCATTCAACTCACAGCTGTTAGTGCTCCTTCTGAACGCCTTGAGT*CTCTGATGG
GGATGAATCGAACTCAGAGGCATCTTCTGTGTCA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1FI57TF 649 0 0
GG
GTTGTGGATCAAAGTAATCATTCTCCCAAAATCCCTTCTTCGGAATCATCATCAAAGAAG
TCACAACAGGTTGGTTTAGGAAGAAAGGGATGATGATTTGAAATTGATTAGTTTGTGTTA
AAAAAAAAAAAA*TGTGGAGCTCAAGCGAGGAGAAGGTGGCCGGTCTGACACCGGTTTAC
CTCAATGTCTATGATCTAACCCCTGTCAACGATTACCTCTATTGGTTCGGAATCGGCATT
TTCCACTCTGGAATTGAAGCTCATGGTATGGAATATTGCTATGGAGCTCACGAGTATTCA
TCGAGTGGTGTATATGAGGTTGAGCCTAAGAACTGTCCCGGGTTCGTCTTTAGACGCTCT
CTTCTCCTGGGAACTACACCCATGTCCCCTTCTGATTTCCGCTCTTACATGGAGAAGCTT
TCTTCAAAGTATCACGGCGACACTTACCATTTGATCGCCAAGAACTGTAACCATTTCACC
GAAGAGGTTTGCTTGCAGCTCACGGGTAAGCCTATTCCTGGTTGGATCAATCGCCTCGCC
CGACTAGGTTCCTTCTGTAATTGTCTTCTACCGGAAAGCATTCAACTCACAGCTGTTAGT
GCTCCTTCTGAACGCCTTGAGTTCTCTGATGGGGATGAATCGAACTC

QA 3 649 3 649
DS 

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GG
GAAAAAGGAAATCGAGAGAAACAGAAGAAAAAAAAAGGCAACAGTTGTTGTGGATCAAAG
TAATCATTCTCCCAAAATCCCTTCTTCGGAATCATCATCAAAGAAGTCACAACAGGTTGG
TTTAGGAAGAAAGGGATGATGATTTGAAATTGATTAGTTTGTGTTAAAAAAAAAAAAAAT
GTGGAGCTCAAGCGAGGAGAAGGTGGCCGGTCTGACACCGGTTTACCTCAATGTCTATGA
TCTAACCCCTGTCAACGATTACCTCTATTGGTTCGGAATCGGCATTTTCCACTCTGGAAT
TGAAGCTCATGGTATGGAATATTGCTATGGAGCTCACGAGTATTCATCGAGTGGTGTATA
TGAGGTTGAGCCTAAGAACTGTCCGGGGTTCGTCTTTAGACGCTCTCTTCTCCTGGGAAC
TACACCCATGTCCCCTTCTGATTTCCGCTCTTACATGGAGAAGCTTTCTTCAAAGTATCA
CGGCGACACTTACCATTTGATCGCCAAGAACTGTAACCATTTCACCGAAGAGGTTTGCTT
GCAGCTCACGGGTAAGCCTACTCCTGGTTGGATCAATCGCCTCGCCCGACTAGGTTCCTT
CTGTAATTGTCTTCTACCGGAAAGCATTCAACTCACAGCTGTTAGTGCTCCTTCTGAACG
CCTTGAGTTCTCTGATGGGGATGAATCGAACTCAGAGGCATCTTCTGTGTCAGATGATGA
TGATGATGAAGAAGA**AAAGGTCAGAGAAGCATCTCATAAACAACGTAGCA

QA 3 774 3 774
DS 

RD RR1FC30JQ 797 0 0
TTGGTTCGGAATCGGCATTTTCCACTCTGGAATTGAAGCTCATGGTATGGAATATTGCTA
TGGAGCTCACGAGTATTCATCGAGTGGTGTATATGAGGTTGAGCCTAAGAACTGTCCGGG
GTTCGTCTTTAGACGCTCTCTTCTCCTGGGAACTACACCCATGTCCCCTTCTGATTTCCG
CTCTTACATGGAGAAGCTTTCTTCAAAGTATCACGGCGACACTTACCATTTGATCGCCAA
GAACTGTAACCATTTCACCGAAGAGGTTTGCTTGCAGCTCACGGGTAAGCCTACTCCTGG
TTGGATCAATCGCCTCGCCCGACTAGGTTCCTTCTGTAATTGTCTTCTACCGGAAAGCAT
TCAACTCACAGCTGTTAGTGCTCCTTCTGAACGCCTTGAGTTTTTTGATGGGGATGAATC
GAACTCAGAGGCATCTTCTGTGTCAGATGATGATGATGATGAAGAAGAAGAAGGGTCAGA
GAAGCATCTCATAAACAACGTAGCAGACAGAGAGGTTGTGTATCTACAAAACAAACCAGT
GCGACTTACCAGAGAGTAGATGGATACCCTGATGAGATACTCTTCCTGCTGAAGCAAATC
ATCAGAACTTGCAGTGTGTTTGTTACATAAATATAGCCATGGAAAGCCCAAAGGGGGTAA
AGTGATATTCGTCTCCGTATTGCTTCGCTTGTTCTGCTGGAAAGAAAAAAAA*TCAGTTT
AGTATTCTTCTCATTCTAGAAATGTAAAAAAAAAAAACATATTTCAGATTTATAAAAATC
AAGCCACCCTTCGCTGT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1FI57JQ 689 0 0
GAACTGTCCCGGGTTCGTCTTTAGACGCTCTCTTCTCCTGGGAACTACACCCATGTCCCC
TTCTGATTTCCGCTCTTACATGGAGAAGCTTTCTTCAAAGTATCACGGCGACACTTACCA
TTTGATCGCCAAGAACTGTAACCATTTCACCGAAGAGGTTTGCTTGCAGCTCACGGGTAA
GCCTATTCCTGGTTGGATCAATCGCCTCGCCCGACTAGGTTCCTTCTGTAATTGTCTTCT
ACCGGAAAGCATTCAACTCACAGCTGTTAGTGCTCCTTCTGAACGCCTTGAGTTTTTTGA
TGGGGATGAATCGAACTCAGAGGCATCTTCTGTGTCAGATGATGATGATGATGAAGAAGA
AGAAGGGTCAGAGAAGCATCTCATAAACAACGTAGCAGACAGAGAGGTTGTGTATCTACA
AAACAAACCAGTGCGACTTACCAGAGAGTAGATAGATACCCTGATGAGATACTCTTCCTG
CTGAAGCAAATCATCAGAACTTGCAGTGTGTTTGTTACATAAATATAGCCATGGAAAGCC
CAAAGGGGGTAAAGTGATATTCGTCTCCGTATTGCTACGCTTGTTTTGCTGGAAAGAAAA
AAAAATCAGTTTAGTATTCTTCTCATTCTAGAAATGTAAAAAAAAAAA*CATATTTCAGA
TTTATAAAAATCAAGCCCCCCTTCGCTGT

QA 1 689 1 689
DS 



AS 2 5

CO CL1450Contig1 1071 3 6 U
CAAGATATTCTAGCAAATTGTTCAGTCCTTTGAAGTTGCAGTAAGTTTTTGAGTTTGACA
CAGCAATGGTAAGACATTTTTCAAAATGCAGAGAAACAAAACACTCTTTGATCAACAGAT
TAATTATAAAGATGAAGGCATCATCTTATAAAGTGTGTGATCTTCACCTCATTCACTTTC
TAACTGATGATGAACTCGATGATAAAGAGTGAATCTGGGAGCTTTTCTTCTGATTACTCA
GCTCTCAGGACCTTGACAAGACTCCTTTTGAACTTGGTATGGTCCCACCACGGCGAGGAT
CATCCTCCGTTGCTTGTCTTAAAGCCCTGGCAAAGGCTTTAAAGGTGGCCTCTATTATGT
GATGAGAGTTCTCGCCAGCAAGCTGACGGATGTGAAGTGTCATACCGGAAGTATTCACCA
AAGACTGGAAAAAGTGCTCCACCAACTGAGTGTCATAGTTTCCAACTCTCTGAGTTGGAA
TCTCCAAATTGTAACCAAGATATGGTCTACCAGACAAGTCCAGGGAAACATGTATGAGCG
CTTCATCTAGAGGAGCTGTGAAGTCACCAAACCGATTAATCCCTTTACGCTCACCAAGTG
CCTTTAACAAAGCAGTTCCAATGGCAAGAGCTATATCTTCATTAGTGTGATGATCATCGA
TGTGAACATCACCTGTAGCTCTAACGTGCACATCAAACAAGCCATGTGAAGCAAGTTGGT
CTAACATATGGTCAAGGAAAGGGATTCCAGTGGAGCTATCTGCAATTCCAGTGCCATCCA
AGTTTATCTTCACTGATACATTCGTCTCCTTTGTCACTCTCTTCACTTCTCCTATTCGAG
CTGATTCGATTAAGGAGGAAGAAGAAGGAGTTGCCTGGGAAAGGTTATTATTGCTTGGTG
AAGAAGCGCAGGAGATAGATTGGCGAGGCTGAGATTGAGATTGAGACTCCATCCGCAAAA
ATCGGGGAAGTGAAAGGGGGACGATCGACGGTTTCTGAGAGGGCGAAACAATAAATCGGA
GGTTAGGTCGTACAAGCTGAGCGGAAGATTGAGTAAACATGGCGGATGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F515JQ U 13
AF RR1CN38JQ U 1
AF RR1CX95TF C 356
BS 1 303 RR1CN38JQ
BS 304 304 RR1F515JQ
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BS 513 513 RR1F515JQ
BS 514 845 RR1CN38JQ
BS 846 1071 RR1CX95TF

RD RR1F515JQ 720 0 0
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GACATTTTTCAAAATGCAGAGAAACAAAACACTCTTTGATCAACAGATTAATTATAAAGA
TGAAGGCATCATCTTATAAAGTGTGTGATCTTCACCTCATTCACTTTCTAACTGATGATG
AACTCGATGATAAAGAGTGAATCTGGGAGCTTTTCTTCTGATTACTCAGCTCTCAGGACC
TTGACAAGACTCCTTTTGAACTTGGTATGGTCCCACCACGGCGAGGATCATCCTCCGTTG
CTTGTCTTAAAGCCCTGGCAAAGGCTTTAAAGGTGGCCTCTATTATGTGATGAGAGTTCT
CGCCAGCAAGCTGACGGATGTGAAGTGTCATACCGGAAGTATTCACCAAAGACTGGAAAA
AGTGCTCCACCAACTGAGTGTCATAGTTTCCAACTCTCTGAGTTGGAATCTCCAAATTGT
AACCAAGATATGGTCTACCAGACAAGTCCAGGGAAACATGTATGAGCGCTTCATCTAGAG
GAGCTGTGAAGTCACCAAACCGATTAATCCCTTTACGCTCACCAAGTGCCTTTAACAAAG
CAGTTCCAATGGCAAGAGCTATATCTTCATTAGTGTGATGACCATCGATGTGAACATCAC
CTGTAGCTCTAACGTGCACATCAAACAAGCCATGTGAAGCAAGTTGGTCTAACATATGGT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1CN38JQ 848 0 0
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CAGCAATGGTAAGACATTTTTCAAAATGCAGAGAAACAAAACACTCTTTGATCAACAGAT
TAATTATAAAGATGAAGGCATCATCTTATAAAGTGTGTGATCTTCACCTCATTCACTTTC
TAACTGATGATGAACTCGATGATAAAGAGTGAATCTGGGAGCTTTTCTTCTGATTACTCA
GCTCTCAGGACCTTGACAAGACTCCTTTTGAACTTGGTATGGTCCCACCACGGCGAGGAT
CATTCTCCGTTGCTTGTCTTAAAGCCCTGGCAAAGGCTTTAAAGGTGGCCTCTATTATGT
GATGAGAGTTCTCGCCAGCAAGCTGACGGATGTGAAGTGTCATACCGGAAGTATTCACCA
AAGACTGGAAAAAGTGCTCCACCAACTGAGTGTCATAGTTTCCAACTCTCTGAGTTGGAA
TCTCCAAATTGTAACCAAGATATGGTCTACCAAACAAGTCCAGGGAAACATGTATGAGCG
CTTCATCTAGAGGAGCTGTGAAGTCACCAAACCGATTAATCCCTTTACGCTCACCAAGTG
CCTTTAACAAAGCAGTTCCAATGGCAAGAGCTATATCTTCATTAGTGTGATGATCATCGA
TGTGAACATCACCTGTAGCTCTAACGTGCACATCAAACAAGCCATGTGAAGCAAGTTGGT
CTAACATATGGTCAAGGAAAGGGATTCCAGTGGAGCTATCTGCAATTCCAGTGCCATCCA
AGTTTATCTTCACTGATACATTCGTCTCCTTTGTCACTCTCTTCACTTCTCCTATTCGAG
CTGAT
CGA

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR1CX95TF 716 0 0
TATGTGATGAGAGTTCTCGCCAGCAAGCTGACGGATGTGAAGTGTCATACCGGAAGTATT
CACCAAAGACTGGAAAAAGTGCTCCACCAACTGAGTGTCGTAGTTTCCAGCTCTCTGAGT
TGGAATCTCCAAATTGTAACCAAGATATGGTCTACCAGACAAGTCCAGGGAAACATGTAT
GAGCGCTTCATCTAGAGGAGCTGTGAAGTCACCAAGCCGATTAATCCCTTTACGCTCACC
AAGTGCCTTTAACAAAGCAGTTCCAATGGCAAGAGCTATATCTTCATTAGTGTGATGATC
ATCGATGTGAACATCACCAGTAGCTCTAACGTGCACATCAAACAAGCCATGTGAAGCAAG
TTGATCTAACATATGGTCAAGGAAAGGGATTCCAGTGGAGCTATCTGCAATTCCAGTGCC
ATCCAAGTTTATCTTCACTGATACATTCGTCTCCTTTGTCACTCTCTTCACTTCTCCTAT
TCGAGCTGATTCGATTAAGGAGGAAGAAGAAGGAGTTGCCTGGGAAAGGTTATTATTGCT
TGGTGAAGAAGCGCAGGAGATAGATTGGCGAGGCTGAGATTGAGATTGAGACTCCATCCG
CAAAAATCGGGGAAGTGAAAGGGGGACGATCGACGGTTTCTGAGAGGGCGAAACAATAAA
TCGGAGGTTAGGTCGTACAAGCTGAGCGGAAGATTGAGTAAACATGGCGGATGCCC

QA 1 716 1 716
DS 



CO CL1450Contig2 1100 2 6 U
GGGAAGCGTCGCCGTTTGGGGGATTCGAACAAGAAAAACATACAAAGTGGTCGCCTTTCT
CTTGTTCTTGTTCCTTCCGCTGTCGTCTGCATCCGCCATGTTTACTCAATCTTCCGCTCA
GATTGTGCGACCTAACCTCCGATTTATTGTTTCGCCCTCTCAGAAACCGTCGATCGTCCC
CTCTTCGCTTCCCCGATTTTTGCGGCTGGAGTCTCAATCGCCTCGCCAATCAATCTCCTG
CGCTTCTTCACCAAGCAATAATAACCTTTCCCAGGCAACTCCTTCTTCTTCCTTATTCGA
GTCAGCTTGAATAGGAGAAGTGAAGAGAGTGACAAAGGAGACGAATGTATCAGTGAAGAT
AAACTTGGATGGCACTGGAATCCCTTTCCTTGACCATATGTTAGACCAACTTGCTTCACA
TGGCTTGTTTGATGTGCACGTTAGAGCTACAGGTGATGTTCACATCGATGATCATCACAC
TAATGAAGATATAGCTCTTGCCATTGGAACTGCTTTGTTAAAGGCACTTGGTGAGCGTAA
AGGGATTAATCGGCTTGGTGACTTCACAGCTCCTCTAGATGAAGCGCTCATACATGTTTC
CCTGGACTTGTCTGGTAGACCATATCTTGGTTACAATTTGGAGATTCCAACTCAGAGAGC
TGGAAACTACGACACTCAGTTGGTGGAGCACTTTTTCCAGTCTTTGGTGAATACTTCCGG
TATGACACTTCACATCCGTCAGCTTGCTGGCGAGAACTCTCATCACATAATAGAGGCCAC
CTTTAAAGCCTTTGCCAGGGCTTTAAGACAAGCAACGGAGAATGATCCTCGCCGTGGTGG
GACCATACCAAGTTCAAAAGGAGTCTTGTCAAGGTCCTGAGAGCTAAGTAATCAGAAGAA
AAGCTCCCAGATTCACTCTTTATCATCCCAGATTCACTCTTTATCATCGAGTTCATCATC
AGTTAGAAAGTGAATGAGGTGAAGATCACACACTTTAGAAGATGATGCCTTCCTCTTTAT
AATTAATCTGTTGATCAAAGAGTGTTTTGTTTCTCTGCATTTTTAAAAATGTCTTACCAT
TGCTGTATCAAACTCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F515TF U 1
AF RR1CX95JQ C 437
BS 1 470 RR1F515TF
BS 471 471 RR1CX95JQ
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BS 555 610 RR1F515TF
BS 611 1100 RR1CX95JQ

RD RR1F515TF 610 0 0
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QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1CX95JQ 664 0 0
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AAAGAGTGTTTTGTTTCTCTGCATTTTTAAAAATGTCTTACCATTGCTGTATCAAACTCA
AAAA

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 6

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TCTGCTTATTAAACATTACTCGCAGTT


BQ
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER19TF U 1
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AF RR1FS34TF U 184
AF RR1EH01JQ C 1
AF RR1EH01TF U 1
AF RR1C138TF U 4
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BS 540 653 RR1ER19TF
BS 654 670 RR1EH01TF
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AAAAAAAA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1ER19JQ 637 0 0
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DS 

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G
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AC

QA 2 473 2 473
DS 

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TCTGCTTATT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1C138TF 684 0 0
GG
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GAAGAATGGTGAGAATCAGTGTCCTAAATGACGCTCTTAAGAGCATGTATAATGCAGAGA
AGAGGGGGAAGAGGCAGGTTATGATCAGGCCTTCCTCCAAAGTCATAATCAAGTTCCTTA
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AGAATGTGGGTGGCAAGGTTCTTGGCTTTTTTTACTGAAGCAGCAGCTTCACACGAGTTC
CTGTTATATCGGGTTGTATTTCCCTGCTTTTTTTGAACTCGTCAATGTACTCAGATGCTT
TAGACCATTTAGGAGAGAATAGACGACTTATTTCGGTTTTTGAGTTCGTCAGTCGTCATG
CAACCGTGAATTTGTATTGTACGAACTAAATTAGATTTCTTTGATCGACTCTAGTTCTGC
TTATTAAACATTACTCGCAGTT

QA 3 684 3 684
DS 



AS 2 6

CO CL1452Contig1 925 3 9 U
GGCAGAGGCAGATTCAGGAGACTACGGAAGAGACTAAAGCTGCTATGGAGAAGATTGTGA
ATGTGAGGCTGAGTGCTGCGCAGCCTACTAATGTACCCAGGCAATCTGGTGACTCGCAGT
ATATTAAGTATAAGCCGTCTCAGCAGTCTTCGGCTTTTAATTCAGGGGCTAAAGAGAGGA
TTATTAGGATGGTGGAGATGCCTGTAGATCCACTTGATCCGCCAAAGTTTAAGCACAAGA
GAGTCCCGAAGGCTTCTGGCTCTCCTCCTGTTCCGGTCATGCATTCACCGCCCAGGCCTG
TTACTGTTAAGGACCAGCAAGACTGGAAGATCCCTCCTTGTATCTCAAACTGGAAGAATC
CGAAAGGTTACACTATACCTCTTGATAAACGTCTTGCTGCTGATGGGAGAGGTCTACAAG
ACGTTCAGATCAATGATAACTTTGCCAAGCTATCCGAGGCTCTCTATGTAGCTGAGCAGA
AAGCTAGAGAGGCTGTTTCGATGCGGTCAAAGGTGCAGAAGGAGATGATGATGAAGGAGA
AGGAAAGAAAAGAGCAGGAGTTGAGGGCTCTTGCTCAAAAAGCTCGTTCTGAAAGAACTG
GTGCTCCTGCGAGTATGCCTGTCTCTGTAGACAGGGCTAGGAGTGAAAGTGTTGACCCAA
GAGGTGATTACGAGTATGACCATGACCGCGACCGTGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAAATAG
AGAGGGATGGGCCAAAGGAGAGTAGAGAGGAGATGGAAGAGCGGATAAAGAGGGATAAGA
TAAGAGCAGAGCGTCGCACGGAAAGAGAGAGGGAGAGAAGTTGGAAGCTAAAGATGCTGC
CATGGGGAAGAAGAGCAAGATCACGAGAGACAGAGACCGTGATATCAGTGAGAAAGTCGC
TCTTGGACGGCCTCTACAGAGATGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC20TF U 1
AF RR1DK62TF U 1
AF RR1F931TF U 171
BS 1 537 RR1DC20TF
BS 538 663 RR1DK62TF
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RD RR1DC20TF 537 0 0
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GAGTCCCGAAGGCTTCTGGCTCTCCTCCTGTTCCGGTCATGCATTCACCGCCCAGGCCTG
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AAGCTAGAGAGGCTGTTTCGATGCGGTCAAAGGTGCAGAAGGAGATGATGATGAAGG

QA 1 537 1 537
DS 

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ATGTGAGGCTGAGTGCTGCGCAGCCTACTAATGTACCCAGGCAATCTGGTGACTCGCAGT
ATATTAAGTATAAGCCGTCTCAGCAGTCTTCGGCTTTTAATTCAGGGGCTAAAGAGAGGA
TTATTAGGATGGTGGAGATGCCTGTAGATCCACTTGATCCGCCAAAGTTTAAGCACAAGA
GAGTCCCGAAGGCTTCTGGCTCTCCTCCTGTTCCGGTCATGCATTCACCGCCCAGGCCTG
TTACTGTTAAGGACCAGCAAGACTGGAAGATCCCTCCTTGTATCTCAAACTGGAAGAATC
CGAAAGGTTACACTATACCTCTTGATAAACGTCTTGCTGCTGATGGGAGAGGTCTACAAG
ACGTTCAGATCAATGATAACTTTGCCAAGCTATCCGAGGCTCTCTATGTAGCTGAGCAGA
AAGCTAGAGAGGCTGTTTCGATGCGGTCAAAGGTGCAGAAGGAGATGATGATGAAGGAGA
AGGAAAGAAAAGAGCAGGAGTTGAGGGCTCTTGCTCAAAAAGCTCGTTCTGAAAGAACTG
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GAG*TGATTATGAGTATGACCATGACCGCGACCGTGAGAGTGAGAGG
AAAGGG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1F931TF 755 0 0
G
AAGAGAGGATTATTAGGATGGTGGAGATGCCTGTAGATCCTCTTGATCCGCCAAAGTTTA
AGCACAAGAGGGTCCCGAAGGCTTCTG*CTCTCCTCCTGTTCCGGTCATGCATTCGCCGC
CCAGGCCTGTTACTGTTAAGGATCAGCAAGACTGGAAGATCCCTCCTTGTATCTCAAACT
GGAAGAATCCGAAAGGTTACACTATCCCTCTTGATAAACGTCTCGCTGCTGATGGGAGAG
GTTTACAAGACGTTCAGATCAATGATAACTTTGCCAAGCTATCTGAGGCTCTCTATGTAG
TTGAGCAGAAAGCTAGAGAGGCTGTTTCGATGCGGTCAAAGGTGCAGAAGGAGATGATGA
TGAAGGAGAAGGAAAGAAAAGAGCAGGAGTTGAGGGCTCTTGCTCAGAAAGCTCGTTCTG
AAAGAACTGGTGCTCCTGCGAGTATGCCTGTCTCTGTAGACAGGGCTAGGAGTGAAAGTG
TTGACCCAAGAGGTGATTACGAGTATGACCATGACCGCGACCGTGAGAGGGAGAGGGAAA
GGGAAATAGAGAGGGATGGGCCAAAGGAGAGTAGAGAGGAGATGGAAGAGCGGATAAAGA
GGGATAAGATAAGAGCAGAGCGTCGCACGGAAAGAGAGAGGGAGAGAAGTTGGAAGCTAA
AGATGCTGCCATGGGGAAGAAGAGCAAGATCACGAGAGACAGAGACCGTGATATCAGTGA
GAAAGTCGCTCTTGGACGGCCTCTACAGAGATGC

QA 2 755 2 755
DS 



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GACCACTGCGTTCGAAATTGATCTTGGTACGACCAGAACCACCATAGTCATCACGAGAAG
AGCTTCCGCCACCGCCACTAGCTCTCATCGTTCCACCAGACCCGATTTTGTCCAAAGGCT
TCTTACCTTTCTTCACATCGGACACGAAACGGTCCAGACCGAAAGGATCTTGTTCATCTT
CCTTCTCGAACTCCACAGGTCGTTCTCTCTTACCCGACCGCTCGGAAGCACCGGTGAAAG
CTTTGTCTGGTTTGAACCTCTCGGTGTTCTTGAGCTTATCGAGCTGCTCGTCTGCGTTTC
CGTACATTTCTTCATCTGTATCCTTCTTAGGCTTGTAGAGCGTTGAGAGAGTGGGCTGTG
CAGTGAACAAGCCTTTGTCGTATACGTTGTACTGGTCGTCGGTAGCGAAACCTGAATCCA
TTCCCTTCTCTTGGTTGAAGAGTCGTTGATCATACATAACTTCGCCGCCTTTGCCTCCTC
CTGTAGAGGCCATTCCAAGAGCGACTTTCTCACTGATATCACGGTCTCTGTCTCTCGTGA
TCTTGCTCTTCTTCCCCATGGCAGCATCTTTAGCTTCCACCTTCTCTCCCTCTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC20JQ U 49
AF RR1F931JQ U 1
AF RR1DK62JQ U 49
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RD RR1DC20JQ 707 0 0
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AAGTTTTAAAGCCTTACTACAACATAAATACTGAATCAAAAGCAAACTGTTTCCACATAA
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GAGTGGGCTGTGCAGTGAACAAGCCTTTGTCGTATACGTTGTACTGGTCGTCGGTAGCGA
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CCTCTCTCTT

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BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

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AF RR1AV69TF U 2
AF RR1AV69JQ C 608
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TATTTATCATTAGATCCTATAACATAGCTTCAGTCCTTCACTAAACCCACAGGAGACTTG
TAATAACCTTTAAACAATATGGAGACTCTGCATCCACTACTACTCTCTCACGTGCCCACT
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GAAGAGAACAAGAAGTTCGAACGAGCCCTTGCTATATACGCTGATGACACCCCTGACCGC
TGGTTCAAAGTTGCTGCCATGATCCCTGGCAAAACCATCTCAGATGTCATGACGCAATAC
TCTAAGCTCGAAGAAGACCTCTTCGATATCGAAGCAGGGCTTGTCCCTATCCCTGGTTAC
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QA 1 740 1 740
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TTTGCCTGCTTTGTCTTCCTCTGACGACCTTTGTAGATTCTCAAGGATTCTTCAAAGTTT
TAAGTCTGCTCTCTTTTCCAGATTCTTCAGTTTGTGCTCAAATTTCTCACCACATCTGGT
TCTTTGATTCCACCAATATATACTATTCGTTATTTTCCTCTTTTTCTCCTTTTGATTCCT
ATTTATCATTAGATCCTATAACATAGCTTCAGTCCTTCACTAAACCCACAGGAGACTTGT
AATAACCTTTAAACAATATGGAGACTCTGCATCCACTACTACTCTCTCACGTGCCCACTT
CTGACCACCGGTTCGTCGTTCAAGAGATGATGTGCTTGCAAACCTCTACCTGGACTAAAG
AGGAGAACAAGAAGTTCGAACGAGCCCTTGCTATATACGCTGATGACACCCCTGACCGCT
GGTTCAAAGTTGCTGCCATGATCCCTGGCAAAACCATCTCAGATGTCATGACGCAATACT
CTAAGCTCGAAGAAGACCTCTTCGATATCGAAGCAGGGCTTGTCCCTATCCCTGGTTACT
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AGGA

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QA 1 726 1 726
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C

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AGGAACTTTGTTGGTTCGAAAACACCAACTCAGGTTGCAAGCCACGCCCAAAAATACTAT
CAAAGACAGCTCTCTGGAGCTAAAGATAAACGCCGACCCAGCATTCACGACATCACCACC
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CAACCAGATGAGCCAAAACAAGGGTTCACCGACAGGGATAATGTAGAGGATGGAGTGATG
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GGAACAAATGTTTATGGCGATGGAGCTTGCTGTCTCACAAGATCCTGATACTCAGCGTTA
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TTCCCAGAGTTATGTTTTGTGGTTGAACTTAAAACTTTATGTTATATGATTAGATGAATG
TGACCATGTGGATATGCAGTGTTTCGTGTTTATCAATATATGGAATAAATATAGATTAGC
TCG
T

QA 1 723 1 723
DS 



AS 2 6

CO CL1454Contig1 770 2 3 U
GGACTCTCTCCTGATTCCTCAACACTTCTCTCTCTCTCGTACCTCACCAAAAACACACAA
AGAGCAAGAGAAAGAGAACGAACTCACAATGGCCACTTCCTTCTCCGCCGCGACGCCTTT
TCTTTTCATCCTCCTCCTCTCCGTCACCTCCGTCTCCGTTCACGGCGCATCTCACCACCA
CACGGCGGCTCCGGCTCCGGCGGTAGAGTGTTCGACTCTCATACTCAACATGGCGCCTTG
TCTGGACTTCGTATCAGCCGGAGGCAAGGAGGCGAAACCGAACAGTGAGTGTTGCGACGG
GCTTAAGACAGTGCTCAAGGCTAACGCAGAGTGTCTATGCGAAGGGTTTAAAAACAGCGG
TTCTCTCTGGATCACCTTGAACATGACCAAGGCTGCTACACTTCCCACCGCATGCAAGCT
TCACGCTCCTTCTATTTCTAACTGTGGATTGTCTGTGACTCCTTCTATGGCTCCAGGTCT
TGCTCCAGGAGGAGCTGTTGCTGCTGGACCTGGCGCAGCTGGAACAACCCTAGCTCCAAA
CCCATCTCCAGGGAACGGCGGATCTTCCTTGATCCCGATCTCGTTCACCACCCTATTCAG
CGCTTTATTCTTCGTATTGTTCTTGTCTCGTGTGTAAAAAGAGCGTGGGCCTTTTCTCAC
CATCTATAGATTTGGCCTTATGATATGCTTTAGGGTTTCTGCAGTAGTTTTACTCTATTC
TGTCGCACATTTGTCCTTTTTATATTAATGGTATCTCTGATTCCTCTTCG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AL57JQ C 1
AF RR1AL57TF U 1
BS 1 2 RR1AL57JQ
BS 3 768 RR1AL57TF
BS 769 770 RR1AL57JQ

RD RR1AL57JQ 770 0 0
GGACTCTCTCCTGATTCCTCAACACTTCTCTCTCTCTCGTACCTCACCAAAAACACACAA
AGAGCAAGAGAAAGAGAACGAACTCACAATGGCCACTTCCTTCTCCGCCGCGACGCCTTT
TCTTTTCATCCTCCTCCTCTCCGTCACCTCCGTCTCCGTTCACGGCGCATCTCACCACCA
CACGGCGGCTCCGGCTCCGGCGGTAGAGTGTTCGACTCTCATACTCAACATGGCGCCTTG
TCTGGACTTCGTATCAGCCGGAGGCAAGGAGGCGAAACCGAACAGTGAGTGTTGCGACGG
GCTTAAGACAGTGCTCAAGGCTAACGCAGAGTGTCTATGCGAAGGGTTTAAAAACAGCGG
TTCTTTTTGGATCACCTTGAACATGACCAAGGCTGCTACACTTCCCACCGCATGCAAGCT
TCACGCTCCTTTTATTTCTAACTGTGGATTGTCTGTGACTCCTTCTATGGCTCCAGGTCT
TGCTCCAGGAGGAGCTGTTGCTGCTGGACCTGGCGCAGCTGGAACAACCCTAGCTCCAAA
CCCATCTCCAGGGAACGGCGGATCTTCCTTGATCCCGATCTCGTTCACCACCCTATTCAG
CGCTTTATTCTTCGTATTGTTCTTGTCTCGTGTGTAAAAAGAGCGTGGGCCTTTTCTCAC
CATCTATAGATTTGGCCTTATGATATGCTTTAGGGTTTCTGCAGTAGTTTTACTCTATTC
TGTCGCACATTTGTCCTTTTTATATTAATGGTATCTTTGATTCCTCTTCG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1AL57TF 768 0 0
GG
ACTCTCTCCTGATTCCTCAACACTTCTCTCTCTCTCGTACCTCACCAAAAACACACAAAG
AGCAAGAGAAAGAGAACGAACTCACAATGGCCACTTCCTTCTCCGCCGCGACGCCTTTTC
TTTTCATCCTCCTCCTCTCCGTCACCTCCGTCTCCGTTCACGGCGCATCTCACCACCACA
CGGCGGCTCCGGCTCCGGCGGTAGAGTGTTCGACTCTCATACTCAACATGGCGCCTTGTC
TGGACTTCGTATCAGCCGGAGGCAAGGAGGCGAAACCGAACAGTGAGTGTTGCGACGGGC
TTAAGACAGTGCTCAAGGCTAACGCAGAGTGTCTATGCGAAGGGTTTAAAAACAGCGGTT
CTCTCTGGATCACCTTGAACATGACCAAGGCTGCTACACTTCCCACCGCATGCAAGCTTC
ACGCTCCTTCTATTTCTAACTGTGGATTGTCTGTGACTCCTTCTATGGCTCCAGGTCTTG
CTCCAGGAGGAGCTGTTGCTGCTGGACCTGGCGCAGCTGGAACAACCCTAGCTCCAAACC
CATCTCCAGGGAACGGCGGATCTTCCTTGATCCCGATCTCGTTCACCACCCTATTCAGCG
CTTTATTCTTCGTATTGTTCTTGTCTCGTGTGTAAAAAGAGCGTGGGCCTTTTCTCACCA
TCTATAGATTTGGCCTTATGATATGCTTTAGGGTTTCTGCAGTAGTTTTACTCTATTCTG
TCGCACATTTGTCCTTTTTATATTAATGGTATCTCTGATTCCTCTT

QA 3 768 3 768
DS 



CO CL1454Contig2 794 4 6 U
CAGAAGAGGAATCAGAGATACCATTAATATAAAAAGACCAAATGTGCGACAGAATAGTAA
CATAAATTAAGAGAGTAAAACTACTGCAGAAACCCTAAAGCATATCCATAAAGCCAAATC
TATAGATGGTGAGAAAAGGCTCACGCTCTTTTTACACACGAGACAAGAACAATACGAAGA
ATAAAGCGCTGAATAGGGTGGTGGTGAAAGAGATCGGAATCAAGGAAGATCCGTCGTTCC
CTGGAGATTGGTTTGGAGCTAGGGTTGTTCCAGCTGCGCCGGGTCCAGCAGCAACAGCTC
CCCCTGGAGCAAGACCTGGAGCCATAGCAGGAGTCACAGACAATCCACAGTTAGAAATAG
AAGGAGCGTGAAGCTTGCATGCGGTGGGAAGTGTAGCAGCCTTGGTCATGTTCAAGGTGA
CTCCGAAAGAAGCGCTGCTTTTAAACCCCTCGCATAGACACTCGGCGTTAGCCTTGAGCA
CTGTCTTAAGCCCGTCGCAACACGCACTCTTCGGTTTTGCCTCCTTGCCTCCGAATGTTA
CGAAGTCCAGACAAGGCGCCATGTTGAGTATGAGAGTCGAACAGTCTACCGCCGGAGCCG
GAGCCGCCGTGTGGTGGTGAGATGCGCCGTGAACGGAGACGGAGGAGACGGAGAGGAGGA
GGATGAAAAGAAAAGGCGTCGCGGCGGAGAAGGAAGTGGCCATTGTGAGTTCGTTCTCTT
TCTCTTGCTCTTTGTGTGTTTTTGGTGAGGTACGAGAGAGAGAGGTGTTGAGGAATCTGG
AGAGAGTGAAATCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B206JQ U 198
AF RR1G814JQ U 3
AF RR1B206TF C 1
AF RR1G814TF C 48
BS 1 2 RR1B206TF
BS 3 202 RR1G814JQ
BS 203 533 RR1B206JQ
BS 534 534 RR1G814JQ
BS 535 777 RR1B206JQ
BS 778 794 RR1B206TF

RD RR1B206JQ 598 0 0
GGGGG
GGTGAAAGAGATCGGAATCAAGGAAGATCCGTCGTTCCCTGGAGATTGGTTTGGAGCTAG
GGTTGTTCCAGCTGCGCCGGGTCCAGCAGCAACAGCTCCCCCTGGAGCAAGACCTGGAGC
CATAGCAGGAGTCACAGACAATCCACAGTTAGAAATAGAAGGAGCGTGAAGCTTGCATGC
GGTGGGAAGTGTAGCAGCCTTGGTCATGTTCAAGGTGACTCCGAAAGAAGCGCTGCTTTT
AAACCCCTCGCATAGACACTCGGCGTTAGCCTTGAGCACTGTCTTAAGCCCGTCGCAACA
CGCACTCTTCGGTTTTGCCTCCTTGCCTCCGGATGTTACGAAGTCCAGACAAGGCGCCAT
GTTGAGTATGAGAGTCGAACAGTCTACCGCCGGAGCCGGAGCCGCCGTGTGGTGGTGAGA
TGCGCCGTGAACGGAGACGGAGGAGACGGAGAGGAGGAGGATGAAAAGAAAAGGCGTCGC
GGCGGAGAAGGAAGTGGCCATTGTGAGTTCGTTCTCTTTCTCTTGCTCTTTGTGTGTTTT
TGGTGAGGTACGAGAGAGAGAGGTGTTGAGGAATC
TGGGAGAGAGTGAAATCC

QA 6 580 6 580
DS 

RD RR1G814JQ 749 0 0
GAAGAGGAATCAGAGATACCATTAATATAAAAAGACCAAATGTGCGACAGAATAGTAACA
TAAATTAAGAGAGTAAAACTACTGCAGAAACCCTAAAGCATATCCATAAAGCCAAATCTA
TAGATGGTGAGAAAAGGCTCACGCTCTTTTTACACACGAGACAAGAACAATACGAAGAAT
AAAGCGCTGAATAGGGTGGTGGTGAAAGAGATCGGAATCAAGGAAGATCCGTCGTTCCCT
GGAGATTGGTTTGGAGCTAGGGTTGTTCCAGCTGCGCCGGGTCCAGCAGCAACAGCTCCT
CCTGGAGCAAGACCTGGAGCCATAGCAGGAGTCACAGACAATCCACAGTTAGAAATAGAA
GGAGCGTGAAGCTTGCATGCGGTGGGAAGTGTAGCAGCCTTGGTCATGTTCAAGGTGACT
CCGAAAGGAGCGCTGCTTTTAAACCCCTCGCATAGACACTCGGCGTTAGCCTTGAGCACT
GTCTTAAGCCCGTCGCAACACGCACTCTTCGGTTTTGCCTCCTTGCCTCCGACTGTTACG
AAGTCCAGACAAGGCGCCATGTTGAGTATGAGAGTCGAACAGTCTACCGCCGGAGCCGGA
GCCGCCGTGTGGTGGTGAGATGCGCCGTGAACGGAGACGGAGGAGACGGAGAGGAGGAGG
ATGAAAAGAAAAGGCGTCGCGGCGGAGAAGGAAGTGGCCATTGTGAGTTCGTTCTCTTTC
TCTTGCTCTTTGTGTGTTTTTGGTGAGGT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1B206TF 794 0 0
CAGAAGAGGAATCAGAGATACCATTAATATAAAAAGACCAAATGTGCGACAGAATAGTAA
CATAAATTAAGAGAGTAAAACTACTGCAGAAACCCTAAAGCATATCCATAAAGCCAAATC
TATAGATGGTGAGAAAAGGCTCACGCTCTTTTTACACACGAGACAAGAACAATACGAAGA
ATAAAGCGCTGAATAGGGTGGTGGTGAAAGAGATCGGAATCAAGGAAGATCCGTCGTTCC
CTGGAGATTGGTTTGGAGCTAGGGTTGTTCCAGCTGCGCCGGGTCCAGCAGCAACAGCTC
CCCCTGGAGCAAGACCTGGAGCCATAGCAGGAGTCACAGACAATCCACAGTTAGAAATAG
AAGGAGCGTGAAGCTTGCATGCGGTGGGAAGTGTAGCAGCCTTGGTCATGTTCAAGGTGA
CTCCGAAAGAAGCGCTGCTTTTAAACCCCTCGCATAGACACTCGGCGTTAGCCTTGAGCA
CTGTCTTAAGCCCGTCGCAACACGCACTCTTCGGTTTTGCCTCCTTGCCTCCGGATGTTA
CGAAGTCCAGACAAGGCGCCATGTTGAGTATGAGAGTCGAACAGTCTACCGCCGGAGCCG
GAGCCGCCGTGTGGTGGTGAGATGCGCCGTGAACGGAGACGGAGGAGACGGAGAGGAGGA
GGATGAAAAGAAAAGGCGTCGCGGCGGAGAAGGAAGTGGCCATTGTGAGTTCGTTCTCTT
TCTCTTGCTCTTTGTGTGTTTTTGGTGAGGTACGAGAGAGAGAGGTGTTGAGGAATCTGG
AGAGAGTGAAATCC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1G814TF 743 0 0
GACAGAATAGTAACATAAATTAAGAGAGTAAAACTACTGCAGAAACC*TAAAGCATATCC
ATAAAGCCAAATCTATAGATGGTGAGAAAAGGCTCACGCTCTTTTTACACACGAGACAAG
AACAATACGAAGAATAAAGCGCTGAATAGGGTGGTGGTGAAAGAGATCGGAATCAAGGAA
GATCCGTCGTTCCCTGGAGATTGGTTTGGAGCTAGGGTTGTTCCAGCTGCGCCGGGTCCA
GCAGCAACAGCTCCTCCTGGAGCAAGACCTGGAGCCATAGCAGGAGTCACAGACAATCCA
CAGTTAGAAATAGAAGGAGCGTGAAGCTTGCATGCGGTGGGAAGTGTAGCAGCCTTGGTC
ATGTTCAAGGTGACTCCGAAAGGAGCGCTGCTTTTAAACCCCTCGCATAGACACTCGGCG
TTAGCCTTGAGCACTGTCTTAAGCCCGTCGCAACACGCACTCTTCGGTTTTGCCTCCTTG
CCTCCGACTGTTACGAAGTCCAGACAAGGCGCCATGTTGAGTATGAGAGTCGAACAGTCT
ACCGCCGGAGCCGGAGCCGCCGTGTGGTGGTGAGATGCGCCGTGAACGGAGACGGAGGAG
ACGGAGAGGAGGAGGATGAAAAGAAAAGGCGTCGCGGCGGAGAAGGAAGTGGCCATTGTG
AGTTCGTTCTCTTTCTCTTGCTCTTTGTGTGTTTTTGGTGAGGTACGAGAGAGAGAGGTG
TTGAGGAATCTGGAGAGAGT
GCC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 2 6

CO CL1455Contig1 757 4 14 U
CGGAAAAGGGAAAGAAGTTGCATTTAGAGTATCCATCAAAATGATACA**ATCTTGTAGC
TCAAAAGGAAAACAAAGAAGAAACAAGAGTTTTAAACTGCAACAAGATCAGGTGTCTCAG
CCTCAACGGACAACAAGGTCGTGTGAACCTTATCAACCCAGCTATCTAGCTGATCCCTCA
ATGACTTGATCTGCGGTATCCCTAGCACCCTCGGTTGCGCCCATGAAACATGCACCGTTC
CATCCACCTGGTCTATTATTCCCTCAATCAAATGGACGGATAAGCTCTTCATGAGAAGGT
GCTCAACATCTTCGATTGAAAGCTTAGTACGCTCAGCAATGACACTCAATGGTATGGTCC
TATCTTCAGCTGGTCGGCTGAAAATGATCTCAATAAGGCAGAGAATGTTGATCTTCTCTA
ACAGCTTCTTCTCATTCTCAACCAATGCTGGTTGTGCGCTCAAGGCTGCATTGTGAACAC
GGCAGAGTTCTTGGTACTGAACCAAATCACCGTGGTTGAACGCCTGTAGAATGTGGTAAA
GCCATTCCACATTTGTTCCAAGCAGACTCTTCAGAACTGGATGGGCTAACAGTTCCCCAA
AGTTGTAAATATTCTCTCCCAGTAGAGCTGACAGCGACCGATCAAAAGCCAAGTCCAGCT
TGAACGATTCAGAGAGCGACTCCACAGAAGTATACGCAAGATAAAGAAGAGCATTCTTGT
AGAAATCAGAAAACTCCTGACGGAACTTATGGTACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ32JQ U 8
AF RR1E165JQ U 1
AF RR1FK95JQ U 1
AF RR1FK95TF C 590
BS 1 57 RR1E165JQ
BS 58 58 RR1GQ32JQ
BS 59 226 RR1E165JQ
BS 227 227 RR1GQ32JQ
BS 228 248 RR1E165JQ
BS 249 249 RR1GQ32JQ
BS 250 638 RR1E165JQ
BS 639 639 RR1FK95JQ
BS 640 661 RR1E165JQ
BS 662 662 RR1FK95JQ
BS 663 670 RR1E165JQ
BS 671 671 RR1FK95JQ
BS 672 735 RR1E165JQ
BS 736 757 RR1FK95JQ

RD RR1GQ32JQ 690 0 0
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GAAAACAAAGAAAAAACAAGAGTTTTAAACTGCAACAAGATCAGGTGTCTCAGCCTCAAC
GGACAACAAGGTCGTGTGAACCTTATCAACCCAGCTATCTAGCTGATCCCTCAATGACTT
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CTTCTCATTCTCAACCAATGCTGGTTGTGCGCTCAAGGCTGCATTGTGAACACGGCAGAA
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CACATTTGTTCCAAGCAGACTCTTCAGAACTGGATGGGCTAACAGTTCCCCAAAGTTGTA
AATATTCTCTCCCAGTAGAGCTGACAGCGACAGATCAAAAGCCAAGTCCAGCTTAAACGA
TTCGGAGAGCGACTCCACAGAAGTATACGC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1E165JQ 735 0 0
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TCAAAAGGAAAACAAAGAAGAAACAAGAGTTTTAAACTGCAACAAGATCAGGTGTCTCAG
CCTCAACGGACAACAAGGTCGTGTGAACCTTATCAACCCAGCTATCTAGCTGATCCCTCA
ATGACTTGATCTGCGGTATCCCTAGCACCCTCGGTTGCGCCCATGAGACATGCACCGTTC
CATCCACCCGGTCTATTATTCCCTCAATCAAATGGACGGATAAGCTCTTCATGAGAAGGT
GCTCAACATCTTCGATTGAAAGCTTAGTACGCTCAGCAATGACACTCAATGGTATGGTCC
TATCTTCAGCTGGTCGGCTGAAAATGATCTCAATAAGGCAGAGAATGTTGATCTTCTCTA
ACAGCTTCTTCTCATTCTCAACCAATGCTGGTTGTGCGCTCAAGGCTGCATTGTGAACAC
GGCAGAGTTCTTGGTACTGAACCAAATCACCGTGGTTGAACGCCTGTAGAATGTGGTAAA
GCCATTCCACATTTGTTCCAAGCAGACTCTTCAGAACTGGATGGGCTAACAGTTCCCCAA
AGTTGTAAATATTCTCTCCCAGTAGAGCTGACAGCGACAGATCAAAAGCCAAGTCCAGCT
TAAACGATTCGGAGAGCGACTCCACAGAAGTATACGCAAGATAAAGAAGAGCATTCTTGT
AGAAATCAGAAAACT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1FK95JQ 757 0 0
CGAAAAA
GGGAAAGAAGTTGCATTAAGAGTATCCAGCAAAATGATACACAATCTTGTAGCTCAAAAG
GAAAACAAAGAAGAAACAAGAGTTTTAAACTGCAACAAGATCAGGTGTCTCAGCCTCAAC
GGACAACAAGGTCGTGTGAACCTTATCAACCCAGCTATCTAGCTGATCCCTCAATGACTT
GATCTGCGGTATCCCTAGCACCCTCGGTTGCGCCCGTGACACATGCACCGTTCCATCCAC
CTGGTCTATTATTCCCTCAATCAAATGGACGGATAAGCTCTTCATGAGAAGGTGCTCAAC
ATCTTCGATTGAGAGCTTAGTACGCTCAGCAATGACACTCAACGGTATTGTCCTATCTTC
AGCTGGTCGGCTGAAAATGATCTCAATAAGGCAGAGAATGTTGATCTTCTCTAACAGCTT
CTTCTCATTCTCAACCAATGCTGGCTGTGCGCTCAAGGCTGCATTGTGAACACGGCAGAG
TTCTTGGTACTGAACCAAATCACCGTGGTTGAACGCCTGTAGAACGTGGTAAAGCCATTC
CACATTTGTTCCAAGCAGACTCTTCAGAACTGGATGAGCTAACAGTTCCCCAAAGTTGTA
AATATTCTCTCCCAGTAGAGCTGACAGCGACCGATCAAAAGCCAAGTCCAGCTTGAACGA
TTCAGAGAGCGACTCCACAGAAGTATACGCAAGATAAAGAAGAGCATTCTTGTAGAAATC
AGAAAACTCCTGACGGAACTTATGGTACTG

QA 8 757 8 757
DS 

RD RR1FK95TF 158 0 0
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CAAGTCCAGCTTGAACGATTCAGAGAGCGACTCCACAGAAGTATACGCAAGATAAAGAAG
AGCATTCTTGTAGAAATCAGAAAACTCCTGACGGAACT

QA 1 158 1 158
DS 



CO CL1455Contig2 728 2 5 U
GGACTCCCACAAACCCAATACAAGATCTCGACTCTCTCTTCTACGAAGGAAGGAGAATCT
CCCCCATGGCTGCTCTACAATACCTCGAATCTCAGAAAAACTCGCACCCAGACCTCACCG
AGTGGTACAATTCGCTCGCAGATCTGTACCAGAAGAAGCTATGGCACCAGCTCACCCTCA
AGCTCGAGCAGTTCATCGCTCTCTCCGTCTTTCAGGCTGGAGATGCTTTGATACAGCTTT
ATAACAACTTCATAACCGACTTCGAGACGAAGATCAACCTCCTGAAGCTAGCCCACTTCG
CGGTCGTTGTCTCAAGGCAGTACCCTGAGAAAGAAGCTGCGGTTAGTTATCTCCAGGGAG
TGATTGAGAAGCTTAGAGCGACTAAGGAGTCGCGGATCAGTGAGCCGGTCAGCTATGTAG
AAACGCAGATAGCTTTGTTCAAGCTTGAGCAAGGTGACCAGAAGGAGTGCAAGAAGATAC
TTGACGATGTTAAAAGCTCTCTCGATAGTATGACAGACATCGATCCGTCGGTGTACGCCA
ACTTCTACTGGGTGTCTTCTCAGTACCATAAGTTCCGTCAGGAGTTTTCTGATTTCTACA
AGAATGCTCTTCTTTATCTTGCGTATACTTCTGTGGAGTCGCTCTCCGAATCGTTTAAGC
TGGACTTGGCTTTTGATCTGTCGCTGTCAGCTCTACTGGGAGAGATATTACAACTTTGGG
GAACTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E165TF U 5
AF RR1GQ32TF U 1
BS 1 262 RR1GQ32TF
BS 263 263 RR1E165TF
BS 264 409 RR1GQ32TF
BS 410 410 RR1E165TF
BS 411 728 RR1GQ32TF

RD RR1E165TF 687 0 0
GG
CCACAAACCCAATACAAGATCTCGACTCTCTCTTCTACGAAGGAAGGAGAATCTCCCCCA
TGGCTGCTCTACAATACCTCGAATCTCAGAAAAACTCGCACCCAGACCTCACCGAGTGGT
ACAATTCGCTCGCAGATTTGTACCAGAAGAAGCTATGGCACCAGCTCACCCTCAAGCTCG
AGCAGTTCATCGCTCTCTCCGTCTTTCAGGCTGGAGATGCTTTGATACAGCTTTATAACA
ACTTCATAACCGACTTCGAGACGAAGATCAACCTCCTGAAGCTAGCCCACTTCGCGGTCG
TTGTCTCAAGGCAGTACCCTGAGAAAGAAGCTGCGGTTAGTTATCTCCAGGGAGTGATTG
AGAAGCTTAGAGCGACTAAGGAGTCGCGGATCAGTGAGCCGGTCAGCTATGTAGAAACGC
AGATAGCTTTGTTCAAGCTTGAGCAAGGTGACCAGAAGGAGTGCAAGAAGATACTTGACG
ATGTTAAAAGCTCTCTCGATAGTATGACAGACATCGATCCGTCGGTGTACGCCAACTTCT
ACTGGGTGTCTTCTCAGTACCATAAGTTCCGTCAGGAGTTTTCTGATTTCTACAAGAATG
CTCTTCTTTATCTTGCGTATACTTCTGTGGAGTCGCTCTCCGAATCGTTTAAGCTGGACT
TGGCTTTTGATCTGTCGCTGTCAGC

QA 3 687 3 687
DS 

RD RR1GQ32TF 728 0 0
GGACTCCCACAAACCCAATACAAGATCTCGACTCTCTCTTCTACGAAGGAAGGAGAATCT
CCCCCATGGCTGCTCTACAATACCTCGAATCTCAGAAAAACTCGCACCCAGACCTCACCG
AGTGGTACAATTCGCTCGCAGATCTGTACCAGAAGAAGCTATGGCACCAGCTCACCCTCA
AGCTCGAGCAGTTCATCGCTCTCTCCGTCTTTCAGGCTGGAGATGCTTTGATACAGCTTT
ATAACAACTTCATAACCGACTTGGAGACGAAGATCAACCTCCTGAAGCTAGCCCACTTCG
CGGTCGTTGTCTCAAGGCAGTACCCTGAGAAAGAAGCTGCGGTTAGTTATCTCCAGGGAG
TGATTGAGAAGCTTAGAGCGACTAAGGAGTCGCGGATCAGTGAGCCGGTTAGCTATGTAG
AAACGCAGATAGCTTTGTTCAAGCTTGAGCAAGGTGACCAGAAGGAGTGCAAGAAGATAC
TTGACGATGTTAAAAGCTCTCTCGATAGTATGACAGACATCGATCCGTCGGTGTACGCCA
ACTTCTACTGGGTGTCTTCTCAGTACCATAAGTTCCGTCAGGAGTTTTCTGATTTCTACA
AGAATGCTCTTCTTTATCTTGCGTATACTTCTGTGGAGTCGCTCTCCGAATCGTTTAAGC
TGGACTTGGCTTTTGATCTGTCGCTGTCAGCTCTACTGGGAGAGATATTACAACTTTGGG
GAACTGTT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 2 5

CO CL1456Contig1 926 3 15 U
CGCAGTGAAAAATCACATTTTATAATAACGATCGATTCTCTACATCATTCAAAGCACATA
GCATACTTAAAAAAAGCACAAAAACACACACATTTTACACAATGCATTATCACAGTGATT
ACAAAAACCAAAGCAGAGCAGAGCCTGATGAATTTCCCAAGAAGGGAAAGGTGAGAAAGA
GAATGTAAAGTCTTACTTGAAACAAGAAGGAAGACTTGGCCCGTGGCAAACAAAGGCCAT
CGCGACGTATACAACCACTGCGAGTATAAGTATCAGTGCTATCGTAAGCTTGACATTTCT
CCACCACATGACGCTTCTAAAACGGCGAGCTTGCTTCCTGAAACGAAAAGTGTTCCCTTG
CATGTTTGCTGTTTTATCCACAAGCAACTCTAAACGCTCCCCTCTATCCAAGACTTTATC
TATGTTCTCAATCATCACGTTTCTAACCTGAGACATTTCACATTTAATTCTGCTAACCCT
GTCAGCATTAGGATCGTTGGAATAGTATTCCATCTGCTGACTCAAAACCCTTGAAAACTC
ATCGTTCATGGAGTAAGCTTGAGCAGAGTGAATGGCACGGCCGTAACTTCTCAAAAATCT
CTGATGAATCTCTTCCAGAAACCCAAACGGAATACTCCTTCCGGCGGTTTCATCGGCCAT
ACAGAGGGCGGTAAGACCATCAGTACGCTTGACGTGGAAGACGTACCGATCCTGAGAGTA
GGACACGTGGCTATCCACGTCTTCACCCGGCAGCTTCTCCAGAATCTGCTTCGCGATTGA
GCTCGCGTTGGTTGAAGTTGCGCTGAACTCCGATAACACCACCGATCCACGCGCCACCAA
CGCATATAAGATCGCCATCTATCTACTCCGACTCGCAAAATCTCAGAAGGGTTCAACACC
GACTCGCAAAATCAAAGTATCTCCCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW52JQ U 1
AF RR1F128JQ U 1
AF RR1F128TF C 113
BS 1 140 RR1CW52JQ
BS 141 141 RR1F128JQ
BS 142 451 RR1CW52JQ
BS 452 452 RR1F128JQ
BS 453 593 RR1CW52JQ
BS 594 594 RR1F128JQ
BS 595 608 RR1CW52JQ
BS 609 609 RR1F128JQ
BS 610 737 RR1CW52JQ
BS 738 815 RR1F128JQ
BS 816 816 RR1F128TF
BS 817 855 RR1F128JQ
BS 856 856 RR1F128TF
BS 857 879 RR1F128JQ
BS 880 926 RR1F128TF

RD RR1CW52JQ 746 0 0
CGCAGTGAAAAATCACATTTTATAATAACGATCGATTCTCTACATCATTCAAAGCACATA
GCATACTTAAAAAAAGCACAAAAACACACACATTTTACACAATGCATTATCACAGTGATT
ACAAAAACCAAAGCAGAGCAAAGCCTGATGAATTTCCCAAGAAGGGAAAGGTGAGAAAGA
GAATGTAAAGTCTTACTTGAAACAAGAAGGAAGACTTGGCCCGTGGCAAACAAAGGCCAT
CGCGACGTATACAACCACTGCGAGTATAAGTATCAGTGCTATCGTAAGCTTGACATTTCT
CCACCACATGACGCTTCTAAAACGGCGAGCTTGCTTCCTGAAACGAAAAGTGTTCCCTTG
CATGTTTGCTGTTTTATCCACAAGCAACTCTAAACGCTCCCCTCTATCCAAGACTTTATC
TATGTTCTCAATCATCACGTTTCTAACCTGAAACATTTCACATTTAATTCTGCTAACCCT
GTCAGCATTAGGATCGTTGGAATAGTATTCCATCTGCTGACTCAAAACCCTTGAAAACTC
ATCGTTCATGGAGTAAGCTTGAGCAGAGTGAATGGCACGGCCGTAACTTCTCACAAATCT
CTGATGAACCTCTTCCAGAAACCCAAACGGAATACTCCTTCCGGCGGTTTCATCGGCCAT
ACAGAGGGCGGTAAGACCATCAGTACGCTTGACGTGGAAGACGTACCGATCCTGAGAGTA
GGACACGTGGCTATCCA
CGTCTTCAC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1F128JQ 882 0 0
CA
CAGTGAAAAATCACATTTTATAATAACGATCGATTCTCTACATCATTCAAAGCACATAGC
ATACTTAAAAAAAGCACAAAAACACACACATTTTACACAATGCATTATCACAGTGATTAC
AAAAACCAAAGCAGAGCAGAGCCTGATGAATTTCCCAAGAAGGGAAAGGTGAGAAAGAGA
ATGTAAAGTCTTACTTGAAACAAGAAGGAAGACTTGGCCCGTGGCAAACAAAGGCCATCG
CGACGTATACAACCACTGCGAGTATAAGTATCAGTGCTATCGTAAGCTTGACATTTCTCC
ACCACATGACGCTTCTAAAACGGCGAGCTTGCTTCCTGAAACGAAAAGTGTTCCCTTGCA
TGTTTGCTGTTTTATCCACAAGCAACTCTAAACGCTCCCCTCTATCCAAGACTTTATCTA
TGTTCTCAATCATCACGTTTCTAACCTGAGACATTTCACATTTAATTCTGCTAACCCTGT
CAGCATTAGGATCGTTGGAATAGTATTCCATCTGCTGACTCAAAACCCTTGAAAACTCAT
CGTTCATGGAGTAAGCTTGAGCAGAGTGAATGGCACGGCCGTAACTTCTCAAAAATCTCT
GATGAATCTCTTCCAGAAACCCAAACGGAATACTCCTTCCGGCGGTTTCATCGGCCATAC
AGAGGGCGGTAAGACCATCAGTACGCTTGACGTGGAAGACGTACCGATCCTGAGAGTAGG
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TCGCGTTGGTTGAAGTTGCGCTGAACTCCGATA*CACCACCGATCCACGCGCCACCAACG
CATATAAGATCGC*ATCTATCTACTCCGACTCGCAAA
TCT

QA 3 879 3 879
DS 

RD RR1F128TF 814 0 0
CACAGTGATAC
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TGTAAAGTCTTACTTGAAACAAGAAGGAAGACTTGGCCCGTG*CAAACAAAGGCCATCGC
GACGTATACAACCACTGCGAGTATAAGTATCAGTGCTATCGTAAGCTTGACATTTCTCCA
CCACATGACGCTTCTAAAACGGCGAGCTTGCTTCCTGAAACGAAAAGTGTTCCCTTGCAT
GTTTGCTGTTTTATCCACAAGCAACTCTAAACGCTCCCCTCTATCCAAGACTTTATCTAT
GTTCTCAATCATCACGTTTCTAACCTGAGACATTTCACATTTAATTCTGCTAACCCTGTC
AGCATTAGGATCGTTGGAATAGTATTCCATCTGCTGACTCAAAACCCTTGAAAACTCATC
GTTCATGGAGTAAGCTTGAGCAGAGTGAATGGCACGGCCGTAACTTCTCAAAAATCTCTG
ATGAATCTCTTCCAGAAACCCAAACGGAATACTCCTTCCGGCGGTTTCATCGGCCATACA
GAGGGCGGTAAGACCATCAGTACGCTTGACGTGGAAGACGTACCGATCCTGAGAGTAGGA
CACGTGGCTATCCACGTCTTCACCCGGCAGCTTCTCCAGAATCTGCTTCGCGATTGAGCT
CGCGTTGGTTGAAGTTGCGCTGAACTCCGATAACACCACCGATCCACGCGCCACCAACGC
ATATAAGATCGCCATCTATCTACTCCGACTCGCAAAATCTCAGAAGGGTTCAACACCGAC
TCGCAAAATCAAAGTATCTCCCC

QA 12 814 12 814
DS 



CO CL1456Contig2 808 2 9 U
GGAAGACTTTACTATCTCTAAAATCATTGTTAATTGATTGCCAAGGACGGACTGGAGATA
CTCTTTGATTTTGCGAGTCGGTGTTGAACCGTTCTGAGATTTTGCGAGTCGGAGTAGATA
GATGGCGATCTTATATACGTTGGTGGCGCGTGGATCGGTGGTGTTATCGGAGTTCAGCGC
AACTTCCACCAACGCGAGCTCGATCGCGAAGCAGATTTTGGAGAAGCTGCCGGGTGAATT
TTGGATAGCCACGTGTCCTACTCTCAGGATCGGTACGTCTTCCACGTCAAGCGTACCGAT
GGTCTTACCGCCCTCTGTATGGCCGATGAAACCGCCGGAAGGAGTATTCCGTTTGGGTTT
CTGGAAGAGATTCATCAGAGATTTGTGAGAAGTTACGGCCGTGCCATTCACTCTGCTCAG
GCTTACTCCATGAACGATGAGTTCTCTAGGGTTTTGAGTCAGCAAATGGAATACTATTCC
AACGATCCCAATGCTGACAGGGTTAGCAGAATCAAAGTTGAAATGTCTCAGGTTAGAAAC
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GATAAAACCGCAAATATGCAAGGGAACACTTTTCGTTTCAGGAAGCAAGCTCGCCGTTTT
CGAAGCGTCATGTGGTGGAGAAATGTTAAGCTTACGATTGCACTGATACTTATACTCGCA
GTGGTTGTATACGTCGCGATGGCCTTTGTTTGCACGGGCCAGTCTTCTTCTGTTTCAGTA
GACTTTACATTCTCTTTCTCACCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW67TF U 285
AF RR1FB29TF U 1
BS 1 464 RR1FB29TF
BS 465 465 RR1FW67TF
BS 466 620 RR1FB29TF
BS 621 621 RR1FW67TF
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BS 642 642 RR1FW67TF
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BS 679 679 RR1FW67TF
BS 680 808 RR1FB29TF

RD RR1FW67TF 414 0 0
G
GTCAAGCGTACCGATGGTCTTACCGCCCTCTGTATGGCCGATGAAACCGCCGGAAGGAGT
ATTCCGTTTGGGTTTCTGGAAGAGATTCATCAGAGATTTGTGAGAAGTTACGGCCGTGCC
ATTCACTCTGCTCAGGCTTACTCCATGAACGATGAGTTCTCTAGGGTTTTGAGTCAGCAA
ATGGAATACTATTCCAACGATCCCAATGCTGACAGGGTTAGCAGAATCAAAGTTGAAATG
TCTCAGGTTAGAAACGTGATGATTGAGAATATAGATAAAGTGTTGGATAGAGGGGAGCGT
TTGGAGTTGCTTGTGGATAAAACCGCAAATATGCAAGGGAACACTTTTCGTTTCAGGAAG
CAAGCTCGCCGTTTTCGAAGCGTCATGTGGTGGAGAAATGTTAAGCTTACGAT

QA 2 414 2 414
DS 

RD RR1FB29TF 808 0 0
GGAAGACTTTACTATCTCTAAAATCATTGTTAATTGATTGCCAAGGACGGACTGGAGATA
CTCTTTGATTTTGCGAGTCGGTGTTGAACCGTTCTGAGATTTTGCGAGTCGGAGTAGATA
GATGGCGATCTTATATACGTTGGTGGCGCGTGGATCGGTGGTGTTATCGGAGTTCAGCGC
AACTTCCACCAACGCGAGCTCGATCGCGAAGCAGATTTTGGAGAAGCTGCCGGGTGAATT
TTGGATAGCCACGTGTCCTACTCTCAGGATCGGTACGTCTTCCACGTCAAGCGTACCGAT
GGTCTTACCGCCCTCTGTATGGCCGATGAAACCGCCGGAAGGAGTATTCCGTTTGGGTTT
CTGGAAGAGATTCATCAGAGATTTGTGAGAAGTTACGGCCGTGCCATTCACTCTGCTCAG
GCTTACTCCATGAACGATGAGTTCTCTAGGGTTTTGAGTCAGCAGATGGAATACTATTCC
AACGATCCCAATGCTGACAGGGTTAGCAGAATCAAAGTTGAAATGTCTCAGGTTAGAAAC
GTGATGATTGAGAATATAGATAAAGTGTTGGATAGAGGGGAGCGTTTGGAGTTGCTTGTG
GATAAAACCGCAAATATGCACGGGAACACTTTTCGTTTCAG*AAGCAAGCTCGCCGTTTT
CGAAGCGTCATGTGGTGGGGAAATGTTAAGCTTACGATTGCACTGATACTTATACTCGCA
GTGGTTGTATACGTCGCGATGGCCTTTGTTTGCACGGGCCAGTCTTCTTCTGTTTCAGTA
GACTTTACATTCTCTTTCTCACCTTTCC

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 6

CO CL1457Contig1 1592 6 17 U
TTTTTAGAACAGCCAAAAAAACCCTAAATCTCGACGACGAATCGATGGAGCGCGGCGACG
AAGAAGAGAGTGGACCGATGATGGAGATGTGCACCACCAACGGAGGAGGCGAAGAGACGT
CTAACCGGAGACCTATTATAGCCGGCGAACCACTCGACATCGAAGCTTACGCGTCGATGT
ACAGAGGGAGGACGAAGATCATGCGCCTACTCTTCATCGCAAACCACTGCGGCGGAGGAA
ACCAGACGATGCAGCTCGAAGCGCTGAGGATGGCTTACGACGAGATCAAAAAGGGAGAGA
ACACGCAGCTGTTCAGAGATGTGGTCAATAGGAACAACGGGAGGCTTGGGGATAAGTACG
GGATGGATTCGGCTTGGTGCGAGACGGTCGATCGTAGGGCTGAGCAGAAGAAAGGAAAGC
TGGAGAACGAGCTCAGTTCCTATCGAACGAATCTGATAAAGGAAAGCATAAGGATGGGAT
ATAATGACTTTGGTGACTTCTACTATGCTTGCGGTTTGCTTAACGATGCTTTCAAGAACT
ATATTCGAACGCGGGACTACTGCACTACGGCTAAGCATATTATTCACATGTGTATGAATG
CTATTCTTGTAAGCATCGAGATGGGACAGTTCAGCCATGTTTCGAGCTACGTTAACAAGG
TGGATCAGAATCCAGAGACGCTTGACCCTATTGTAGCTGCAAAGCTCCGGTGTGCTTCTG
GGTTGGCTCACTTGGAGCTGAAGAAGTATAAGCTCGCTGCTCGTAAGTTTTTGGATGTTA
ATCCAGAGCTCGGTAGTTCGTATAACGAGGTCATTGCTCCTCAAGATGTTGCGACCTATG
GAGGACTTTGTGCCCTGGCTAGCTTTGACCGATCAGAATTAAAGGCAAAAGTGATTGATA
ACATCAACTTCCGGAATTTTTTGGAGCTGGTACCTGAAGTGAGAGAGCTTATCAACGATT
TTTATTCAAGCCGCTATGCATCCTGTCTGGAGTATCTAGGAAGTCTCAGAGCAAATTTGC
TGCTGGACATCCATCTTCATGATCACATTGACACGCTGTATGACCACATCAGGAAGAAGG
CGTTGATCCAGTACACACTGCCATTCGTGTCTGTTGATTTGAGCAGGATGGCTGATGCGT
TCAAAACCAGCGTGTCTGGTCTAGAGAAGGAACTGGAAGCCTTGATAACAGACGACCAGA
TACAGGCACGGATTGATTCACACAACAAAATCCTTTACGCAAGGCACGCGGATCAGAGAA
ACGCAACTTTCCAGAAGGTGCTTCAGATGGGTAACGAATTCGATAGAGATGTGAGGTCAA
TGATGTTGAGAGCCAACCTTTTCAAACATGAGTATCATGCCAGAAAGCCTTGAGATGGAC
AACATCTGTTTGGCTAATTTGAGAGGTACTGGGCCTGATCCAATCCAAGATCATAAAGAT
GTTTATGAAAGATTGATTTGGTCTAATTGTTGGTTAGATGTATGTCTAATCATCTCGGCG
CTCTTGTTATTACTCTTGTTTATGAAAGTTTCTCATACTCTAAAACTTTTATATGAATTT
TGGTGTCTAAAGCTGAAGTTTTTGAATGCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1EW95TF U 1
AF RR1CF55TF U 45
AF RR1E521TF U 547
AF RR1E521JQ C 763
AF RR1CF55JQ C 989
AF RR1EW95JQ C 1113
BS 1 208 RR1EW95TF
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BS 210 333 RR1EW95TF
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BS 335 683 RR1EW95TF
BS 684 700 RR1CF55TF
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BS 1400 1589 RR1E521JQ
BS 1590 1592 RR1EW95JQ

RD RR1EW95TF 683 0 0
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AAGAAGAGAGTGGACCGATGATGGAGATGTGCACCACCAACGGAGGAGGCGAAGAGACGT
CTAACCGGAGACCTATTATAGCCGGCGAACCACTCGACATCGAAGCTTACGCGTCGATGT
ACAGAGGGAGGACGAAGATCATGCGCCTTCTCTTCATCGCAAACCACTGCGGCGGAGGAA
ACCAGACGATGCAGCTCGAAGCGCTGAGGATGGCTTACGACGAGATCAAAAAGGGAGAGA
ACACGCAGCTGTTCAGAGATGTGGTCAATAGGATCAACGGGAGGCTTGGGGATAAGTACG
GGATGGATTCGGCTTGGTGCGAGACGGTCGATCGTAGGGCTGAGCAGAAGAAAGGAAAGC
TGGAGAACGAGCTCAGTTCCTATCGAACGAATCTGATAAAGGAAAGCATAAGGATGGGAT
ATAATGACTTTGGTGACTTCTACTATGCTTGCGGTTTGCTTAACGATGCTTTCAAGAACT
ATATTCGAACGCGGGACTACTGCACTACGGCTAAGCATATTATTCACATGTGTATGAATG
CTATTCTTGTAAGCATCGAGATGGGACAGTTCAGCCATGTTTCGAGCTACGTTAACAAGG
TGGATCAGAATCCAGAGACGCTT

QA 1 683 1 683
DS 

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GG
GGAGCGCGGCGACGAAGAAGAGAGTGGACCGATGATGGAGATGTGCACCACCAACGGAGG
AGGCGAAGAGACGTCTAACCGGAGACCTATTATAGCCGGCGAACCACTCGACATCGAAGC
TTACGCGTCGATGTACAGAGGGAGGACGAAGATCATGCGCCTACTCTTCATCGCAAACCA
CTGCGGCGGAGGAAACCAGACGATGCAGCTCGAAGCGCTGAGGATGGCTTACGACGAGAT
CAAAAAGGGAGAGAACACGCAGCTGTTCAGAGATGTGGTCAATAGGAACAACGGGAGGCT
TGGGGATAAGTACGGGATGGATTCGGCTTGGTGCGAGACGGTCGATCGTAGGGCTGAGCA
GAAGAAAGGAAAGCTGGAGAACGAGCTCAGTTCCTATCGAACGAATCTGATAAAGGAAAG
CATAAGGATGGGATATAATGACTTTGGTGACTTCTACTATGCTTGCGGTTTGCTTAACGA
TGCTTTCAAGAACTATATTCGAACGCGGGACTACTGCACTACGGCTAAGCATATTATTCA
CATGTGTATGAATGCTATTCTTGTAAGCATCGAGATGGGACAGTTCAGCCATGTTTCGAG
CTACGTTAACAAAGTGGATCAGAATCCAGAGACGCTTGACCCTATTGTAGCTGC

QA 3 656 3 656
DS 

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GAACGCGGGACTACTGCACTACGGCTAAGCATATTATTCACATGTGTATGAATGCTATTC
TTGTAAGCATCGAGATGGGACAGTTCAGCCATGTTTCGAGCTACGTTAACAAGGTGGATC
AGAATCCAGAGACGCTTGACCCTATTGTAGCTGCAAAGCTCCGGTGTGCTTCTGGGTTGG
CTCACTTGGAGCTGAAGAAGTATAAGCTCGCTGCTCGTAAGTTTTTGGATGTTAATCCAG
AGCTCGGTAGTTCGTATAACGAGGTCATTGCTCCTCAAGATGTTGCGACCTATGGAGGAC
TTTGTGCCCTGGCTAGCTTTGACCGATCAGAATTAAAGGCAAAAGTGATTGATAACATCA
ACTTCCGGAATTTTTTGGAGCTGGTACCTGAAGTGAGAGAGCTTATCAACGATTTTTATT
CAAGCCGCTATGCATCCTGTCTGGAGTATCTAGGAAGTCTCAGAGCAAATTTGCTGCTGG
ACATCCATCTTCATGATCACATTGACACGCTGTATGACCACATCAGGAAGAAGGCGTTGA
TCCAGTACACACTGCCATTCGTGTCTGTTGATTTGAGCAGGATGGCTGATGCGTTCAAAA
CCAGCGTGTCTGGTCTAGAGAAAGAACTGGAAGCCTTGATAACAGACGACCAGAT

QA 1 655 1 655
DS 

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CGTAAG
TTTTGGATGTTA*TCCAGAGCTCGGTAGTTCGTATAACGAGGTCATTGCTCCTCAAGATG
TTGCGACCTATGGAGGACTTTGTGCCCTGGCTAGCTTTGACCGATCAGAATTAAAGGCAA
AAGTGATTGATAACATCAACTTCCGGAATTTTTTGGAGCTGGTACCTGAAGTGAGAGAGC
TTATCAACGATTTTTATTCAAGCCGCTATGCATCCTGTCTGGAGTATCTAGGAAGTCTCA
GAGCAAATTTGCTGCTGGACATCCATCTTCATGATCACATTGACACGCTGTATGACCACA
TCAGGAAGAAGGCGTTGATCCAGTACACACTGCCATTCGTGTCTGTTGATTTGAGCAGGA
TGGCTGATGCGTTCAAAACCAGCGTGTCTGGTCTAGAGAAGGAACTGGAAGCCTTGATAA
CAGACGACCAGATACAGGCACGGATTGATTCACACAACAAAATCCTCTACGCAAGGCACG
CGGATCAGAGAAACGCAACTTTCCAGAAGGTGCTTCAGATGGGTAACGAATTCGATAGAG
ATGTGAGGTCAATGATGTTGAGAGCCAACCTTCTCAAACATGAGTATCATGCCAGAAAGC
CTTGAGATGGACAACATCTGTTTGGCTAATCTGAGAGGTACTGGGCCTGATCCAATCCAA
GATCATAAAGATGTTTATGAAAGATTGATTTGGTCTAATTGTTGGTTAGATGTATGTCTA
ATCATCTCGGCGCTCTTGTTATTACTCTTGTTTATGAAAGTTTCTCATACTCTAAAACTT
TTATATGAATTTTGGTGTCTAAAGCTGAAGTTTTTGAATGC

QA 7 827 7 827
DS 

RD RR1CF55JQ 579 0 0
GGAGTATCTAGGAAGTCTCAGAGCAAATTTGCTGCTGGACATCCATCTTCATGATCACAT
TGACACGCTGTATGACCAGATCAGGAAGAAGGCGTTGATCCAGTACACACTGCCATTCGT
GTCTGTTGATTTGAGCAGGATGGCTGATGCGTTCAAAACCAGCGTGTCTGGTCTAGAGAA
GGAACTGGAAGCCTTGATAACAGACGACCAGATACAGGCACGGATTGATTCACACAACAA
AATCCTTTACGCAAGGCACGCGGATCAGAGAAACGCAACTTTCCAGAAGGTGCTTCAGAT
GGGTAACGAATTCGATAGAGATGTGAGGTCAATGATGTTGAGAGCCAACCTTTTCAAACA
TGAGTATCATGCCAGAAAGCCTTGAGATGGACAACATCTGTTTGGCTAATTTGAGAGGTA
CTGGGCCTGATCCAATCCAAGATCATAAAGATGTTTATGAAAGATTGATTTGGTCTAATT
GTTGGTTAGATGTATGTCTAATCATCTCGGCGCTCTTGTTATTACTCTTGTTTATGAAAG
TTTCTCATACTCTAAAACTTTTATATGAATTTTGGTGT
C

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1EW95JQ 480 0 0
GTTGATTTGAGCAGGATGGCTGATGCGTTCAAAACCAGCGTGTTTGGTCTAGAGAAGGAA
CTGGAAGCCTTGATAACAGACGACCAGATACAGGCACGGATTGATTCACACAACAAAATC
CTTTACGCAAGGCACGCGGATCAGAGAAACGCAACTTTCCAGAAGGTGCTTCAGATGGGT
AACGAATTCGATAGAGATGTGAGGTCAATGATGTTGAGAGCCAACCTTTTCAAACATGAG
TATCATGCCAGAAAGCCTTGAGATGGACAACATCTGTTTGGGTAATTTGAGAGGTACTGG
GCCTGATCCAATCCAAGATCATAAAGATGTTTATGAAAGATTGATTTGGTCTAATTGTTG
GTCAGATGTATGTTTAATCATCTCGGCGCTCTTGTTATTACTCTTGTTTATGAAAGTTTT
TCATACTTTAAAACTTTTATATGAATTTTGGTGTTTAAAGCTGAAGTTTTTGAATGCATG

QA 1 480 1 480
DS 



AS 2 5

CO CL1458Contig1 1056 2 2 U
GGACACATACACTTGCATACGTTATCATCAAAAAGAACTTATGGAGAGAAAAAAGAGAGT
GAAAGAGATAGGGCACAATGTATTTTCGACTTCTCTGTCTTCTCCTCCTCCTAGCTTCTT
GCTTGACACATCAAGCTTTTGGCCGTGGTCGTAACCGGCCACCTAGGGAAGTAAGCTCGT
ATCCTTCATCTAGCATCACAGTCGTCGGAGTTGTTTACTGTGACACTTGTTCAAGCAACA
CTTTCTCACGACAAAGCTATTTCTTACAAGGAGTGGATGTTCATGTCAGCTGTAGATTCA
AAGCGAGCTCACCAAAGACAACAGAGGAAGTGAACATATCAGTGAACAGAACAACAAACA
GAAGCGGCGTTTACAATATCGAGATCCCTCACGTCGACGGGATAGATTGCGTGGACGGAA
TCGCCATAGCTTCTCAGTGCAGCGCCAAGCTACTCAGTCCTTCCGACATCAACATCGGCT
GCAACATCCCTGTTTTCCAGACAGCAACCAACGAAGTATCCATCAAGTCAAAGCAAGACC
GTGTCTGTATCTACAGCTTAAGCGCACTCAGCTACAAACCATCCCACAAAAACACCACAC
TTTGCAGCGGCGGAAAGAGACAACATCACGGGCGAGAGAAGGAGGAGGAAGAGAAGGTGG
AGAAGAAGTTTAGAGACTCCAAGTTCTTCTGGCCTTATCTGCCACCGTACTGGTTCCCTT
GGCCGTACTCCACTCTCCCGCCGTTGCCTACTCTGCCTCCTCTTCCTTCCTTTCCTTTCC
CTTTTCTTCCTTTAGCAAACCCTAATCCAGCATTGCCCGCGTTTGACTGGAAAGATCCCA
CCACTTGGATACCTTATCTTCCACGTTTCCCTCCCAGTGATCACAATCCTTAGGGATCAC
TTTACCTCCACATTTGGCTTTCTTCTTCTCTCTGTTTTGGCTTTCTGCTTCTCTATGTTT
TTTTTTGTTTGATCTCTTTTGCTTGTGTTTGTGTGTGATTGATTTACTTAATATGTAAAT
TACTCTTCCATTACAGAACCTAAAGATTTGGTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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GCTTGACACATCAAGCTTTTGGCCGTGGTCGTAACCGGCCACCTAGGGAAGTAAGCTCGT
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GCAACATCCCTGTTTTCCAGACAGCAACCAACGAAGTATCCATCAAGTCAAAGCAAGACC
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TTTGCAGCGGCGGAAAGAGACAACATCACGGGCGAGAGAAG
AGGAGGAA

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CCAACGAAGTATCCATCAAGTCAAAGCAAGACCGTGTCTGTATCTACAGCTTAAGCGCAC
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ACGGGCGAGAGAAGGAGGAGGAAGAGAAGGTGGAGAAGAAGTTTAGAGACTCCAAGTTCT
TCTGGCCTTATCTGCCACCGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACTCCACTCTCCCGCCGTTGC
CTACTCTGCCTCCTCTTCCTTCCTTTCCTTTCCCTTTTCTTCCTTTAGCAAACCCTAATC
CAGCATTGCCCGCGTTTGACTGGAAAGATCCCACCACTTGGATACCTTATCTTCCACGTT
TCCCTCCCAGTGATCACAATCCTTAGGGATCACTTTACCTCCACATTTGGCTTTCTTCTT
CTCTCTGTTTTGGCTTTCTGCTTCTCTATGTTTTTTTTTGTTTGATCTCTTTTGCTTGTG
TTTGTGTGTGATTGATTTACTTAATATGTAAATTACTCTTCCATTACAGAACCTAAAGAT
TTGGTTTTT

QA 1 789 1 789
DS 



CO CL1458Contig2 1048 3 14 U
GTGGAAGACTTTACTTTATATAAAAATCTTGATTGAACAAAAGTCCATAAAAACCAAATC
TTTAGGTTCTGTAATGGAAGAGTAATTTACATATTAATAAGTAAATCAATCACACACAAA
CACAAGCAAAAGAGATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATAGAGAAGCAAAAAGCCAAAAC
AGAGAGAAAAAAAAAGCCAAATGTAGGAGGTAAAGTGATCCCTAAGGATTGTGATCACTA
GGAGGGAAACGTGGAAAATAAGGTATCCAAGTGGTGGGATCTTTCCAGCCAAACGCGGGC
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AGAGTAGGCAACGGTGGGAGAGTGGAGTACGGCCAAGGGAACCAGTACGGTGGCATGTAA
GGCCAGAAAAACTTGGAGTCTTTAAACTTCTTCTCCACCTTCTCTTCCTCCTTCTCTAGC
CCGTGATGTTGTCTCTTTCCGCCGCTGCAAAGTGTGGTGTTTTTGTGGGATGGTTTGTAG
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CAGCCACGGCCAAAAGCTTGATGTGTCAAGCAAGAAGTTAGGAGGAGGAGAAGACAGAGA
AGTCTAAGATACATTGTGGCTAATCTCC


BQ
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AF RR1CJ67JQ U 1
AF RR1DI49JQ U 35
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BS 320 320 RR1DI49JQ
BS 321 363 RR1CJ67JQ
BS 364 364 RR1DI49JQ
BS 365 560 RR1CJ67JQ
BS 561 1048 RR1CJ67TF

RD RR1CJ67JQ 565 0 0
GTGGAAGACTTTACTTTATATAAAAATCTTGATTGAACAAAAGTCCATAAAAACCAAATC
TTTAGGTTCTGTAATGGAAGAGTAATTTACATATTAATAAGTAAATCAATCACACACAAA
CACAAGCAAAAGAGATCAAACAAAAAAAA****AAACATAGAGAAGCAGAAAGCCAAAAC
AGAGAGAAAAAAAAAGCCAAATGTAGGAGGTAAAGTGATCCCTAAGGATTGTGATCACTA
GGAGGGAAACGTGGAAGATAAGGTATCCAAGTGGTGGGATCTTTCCAGCCAAACGCGGGC
AATGCTGGATTAGGGTTTGCTAAAGGAAGAAAAGGGAAAGGAAAGGAAGGAAGAGGAGGC
AGAATAGGCAACGGTGGGAGAGTGGAGTACGGCCAAGGGAACCAGTACGGTGGCATGTAA
GGCCAGAAAAACTTGGAGTCTTTAAACTTCTTCTCCACCTTCTCTTCCTCCTTCTCTAGC
CCGTGATGTTGTCTCTTTCCGCCGCTGCAAAGTGTGGTGTTTTTGTGGGATGGTTTGTAG
CTGAGTGCGCTTAAGCTGTA
AATGC

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1DI49JQ 508 0 0
GAACAAAAGTCCATAAAAACCAAATCTTTAGGTTCTGTAATGGAAGAGTAATTTACATAT
TAATAAGTAAATCAATCACACACAAACACAAGCAAAAGAGATCAAAAAAAAAAAAAAAAA
AACATAGAGAAGCAAAAAGCCAAAACAGAGAGAAGAAAAAAGCCAAATGTAGGAGGTAAA
GTGATCCCTAAGGATTGTGATCACTAGGAGGGAAACGTGGAAAATAAGGTATCCAAGTGG
TGGGATCTTTCCAGTCAAACGCGGGCAATGCTGGATTAGGGTTTGATAAAGGAAGAAAAG
GGAAAGGAAAGGAAGGAAGAGGAGGCAGAGTAGGCAACGGTGGGAGAGTGGAGTACGGCC
AAGGGAACCAGTACGGTGGCATGTAAGGCCAGAAAAACTTGGAGTCTTTAAACTTCTTCT
CCACCTTCTCTTCCTCCTTCTCTCGCCCGTGATGTTGTCTCTTTCCGCCGCTGCAAAGTG
TGGTGTTTTTGTGGGATGGTTTGTAGCT

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1CJ67TF 700 0 0
GGG
AGAGGAGGCAGAGTAGGCAACGGTGGGAGAGTGGAGTACGGCCAAGGGAACCAGTACGGT
GGCATGTAAGGCCAGAAGAACTTGGAGTCTTTAAACTTCTTCTCCACCTTCTCTTCCTCC
TTCTCTAGCCCGTGATGTTGTCTCTTTCCGCCGCTGCAAAGTGTGGTGTTTTTGTGGGAT
GGTTTGTAGCTGAGTGCGCTTAAGCTGTAGATGCAGACACGATCTTGCTTTGACTTGATG
GATACTTCGTTGGTTGCTGTCTGAAAAACAGGGATGTTGCAGCCGATGTTGATGTTGGAA
GGGCTGAGTAGCTTGGCGCTGCACTGAGAAGCTATGGCGATTCCGTCCACGCAATCTATC
CCGTCGACGTGAGGGATCTCGAGCTTGTAAACGCCGCTTCTGTTTGTTGTTCTGTTTACT
GATATGTTCACTTCCTCTGTTGTCCTTGGTGAGCTCACTTTGAATCTACAGCTGACATGA
ACATCCACTCCTTGTAAGAAATAGCTTTGTCTTGAGAAAGTGTTGCTTGAACAAGTGTCA
CAGTAGACAACTCCGACGACTGTGATGCTTGATGAAGGATACGAGCTTACTTCCTTAGGT
GGCCGGTTACAGCCACGGCCAAAAGCTTGATGTGTCAAGCAAGAAGTTAGGAGGAGGAGA
AGACAGAGAAGTCTAAGATACATTGTGGCTAATCTCC

QA 4 700 4 700
DS 



AS 1 6

CO CL1459Contig1 691 6 6 U
GGAATGGTTGTGTTCGTAGAAAGGAGTTCTAGAGATGGTGAGGAGAAGCATTTGTTCTTT
CTTTGGTAGAAAGAAGAAGATGGCGGCGAGAAGCATCTCTTACATCACCTCAACTCAGCT
CCTTCCTCTTCATCGTCGTCCCAACATCGCCATCATAGATGTCAGGGATGAAGAGAGGAA
TTATGATGGGCATATAGCTGGTTCTCTACACTATGCGAGTGGCTCTTTTGATGATAGAAT
CTCTCATCTTGTTCAACATGTCAAGGATAAAGACACACTTGTCTTCCATTGTGCTCTCAG
CCAGGTTCGTGGCCCAACATGTGCAAGAAGACTAGTGAATTATCTTGACGAGAAGAAACA
AGAAACTGGAATAAAAAACATAATGATCTTGGAACGCGGCTTCAATGGCTGGGAAGCTGC
TGGAAAACCGGTTTGCCGCTGCGCAGACGTTCCCTGCAAAGGCGACTGCACCTAAGAAGG
CCCTACTGAACCATTCGAAACCTTAAATTGATCTCCACATTAATGTCATGTGTATCAAGA
GATATGATGATTACTACTATTCATAAATAATTTCCTAGGCCAATATGGCTGGTTACCTCT
CTCTGTTGACAAATCACAATATTAAAGAGCCCTTTCGATATGTATTGGGAGTCGTCAAAG
TCACGTTTATTGTCTTTATAATAACTCACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN28TF U 42
AF RR1G013TF U 1
AF RR1G013JQ C 139
AF RR1B176JQ C 276
AF RR1B176TF U 276
AF RR1EM15TF U 27
BS 1 384 RR1G013TF
BS 385 385 RR1EM15TF
BS 386 579 RR1G013TF
BS 580 587 RR1EM15TF
BS 588 588 RR1B176TF
BS 589 691 RR1EM15TF

RD RR1EN28TF 390 0 0
GGAGAAGCATTTGTTCTTTCTTTGGTAGAAAGAAGAAGATGGCGGCGAGAAGCATCTCTT
ACATCACCTCAACTCAGCTCCTTCCTCTTCATCGTCGTCCCAACATCGCCATCATAGATG
TCAGGGATGAAGAGAGGAATTATGATGGGCATATAGCTGGTTCTCTACACTATGCGAGTG
GCTCTTTTGATGATAGGATCTCTCATCTTGTTCAACATGTCAAGGATAAAGACACACTTG
TCTTCCATTGTGCTCTCAGCCAGGTTCGTGGCCCAACATGTGCAAGAAGACTAGTGAATT
ATCTTGACGAGAAGAAACAAGAAACTGGAATAAAAAACATAATGATCTTGGAACGCGGCT
TCAATGGCTGGGAAGCTGCTGGAAAACCGG

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1G013TF 579 0 0
GGAATGGTTGTGTTCGTAGAAAGGAGTTCTAGAGATGGTGAGGAGAAGCATTTGTTCTTT
CTTTGGTAGAAAGAAGAAGATGGCGGCGAGAAGCATCTCTTACATCACCTCAACTCAGCT
CCTTCCTCTTCATCGTCGTCCCAACATCGCCATCATAGATGTCAGGGATGAAGAGAGGAA
TTATGATGGGCATATAGCTGGTTCTCTACACTATGCGAGTGGCTCTTTTGATGATAGAAT
CTCTCATCTTGTTCAACATGTCAAGGATAAAGACACACTTGTCTTCCATTGTGCTCTCAG
CCAGGTTCGTGGCCCAACATGTGCAAGAAGACTAGTGAATTATCTTGACGAGAAGAAACA
AGAAACTGGAATAAAAAACATAATCATCTTGGAACGCGGCTTCAATGGCTGGGAAGCTGC
TGGAAAACCGGTTTGCCGCTGCGCAGACGTTCCCTGCAAAGGCGACTGCACCTAAGAAGG
CCCTACTGAACCATTCGAAACCTTAAATTGATCTCCACATTAATGTCATGTGTATCAAGA
GATATGATGATTACTACTATTCATAAATAATTTCCTAGG

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1G013JQ 443 0 0
TCCCAACATCGCCATCATAGATGTCAGGGATGAAGAGAGGAATTATGATGGGCATATAGC
TGGTTCTCTACACTATGCGAGTGGCTCTTTTGATGATAGAATCTCTCATCTTGTTCAACA
TGTCAAGGATAAAGACACACTTGTCTTCCATTGTGCTTTCAGCCAGGTTCGTGGCCCAAC
ATGTGCAAGAAGACTAGTGAATTATCTTGACGAGAAGAAACAAGAAACTGGAATAAAAAA
CATAATCATCTTGGAACGCGGCTTCAATGGCTGGGAAGCTGCTGGAAAACCGGTTTGCCG
CTGCGCAGACGTTCCCTGCAAAGGCGACTGCACCTAAGAAGGCCCTACTGAACCATTCGA
AACCTTAAATTGATCTCCACATTAATGTCATGTGTATCAAGAGATATGATGATTACTACT
ATTCATAAATAATTTCCTAGGCC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR1B176JQ 362 0 0
G
ACTTGTTTTCCATTGTGCTTTCAGCCAGGTTCGTGGCCCAACATGTGCAAGAAGACTAGT
GAATTATCTTGACGAGAAGAAACAAGAAACTGGAATAAAAAACATAATGATCTTGGGACG
CGGCTTCAATGGCTGGGAAGCTGCTGGAAAACCGGTTCGCCGCTGCGCAGACGTTCCCTG
CAAAGGCGACTGCACCTAAGAAGGCCCTACTGAACCATTTGAAGCCTTAAATTGATCTCC
ACATTAATGTCATGTGTATCAAGAGATATGATGATTACTACTATTCATAAATAATTTCCT
AGGCCAATATGGCTGGTTACCTCTCTCTGTTGACAAATCACAATATTAAAGAGCCCTTTC
G

QA 2 362 2 362
DS 

RD RR1B176TF 362 0 0
G
ACTTGTCTTCCATTGTGCTCTCAGCCAGGTTCGTGGCCCAACATGTGCAAGAAGACTAGT
GAATTATCTTGACGAGAAGAAACAAGAAACTGGAATAAAAAACATAATGATCTTGGGACG
CGGCTTCAATGGCTGGGAAGCTGCTGGAAAACCGGTTCGCCGCTGCGCAGACGTTCCCTG
CAAAGGCGACTGCACCTAAGAAGGCCCTACTGAACCATTCGAAGCCTTAAATTGATCTCC
ACATTAATGTCATGTGTATCAAGAGATATGATGATTACTACTATTCATAAATAATTTCCT
AGGCCAATATGGCTGGTTACCTCTCTCTGTTGACAAATCACAATATTAAAGAGCCCTTTC
G

QA 2 362 2 362
DS 

RD RR1EM15TF 665 0 0
GG
CTAGAGATGGTGAGGAGAAGCATTTGTTCTTTCTTTGGTAGAAAGAAGAAGATGGCGGCG
AGAAGCATCTCTTACATCACCTCAACTCAGCTCCTTCCTCTTCATCGTCGTCCCAACATC
GCCATCATAGATGTCAGGGATGAAGAGAGGAATTATGATGGGCATATAGCTGGTTCTCTA
CACTATGCGAGTGGCTCTTTTGATGATAGGATCTCTCATCTTGTTCAACATGTCAAGGAT
AAAGACACACTTGTCTTCCATTGTGCTCTCAGCCAGGTTCGTGGCCCAACATGTGCAAGA
AGACTAGTGAATTATCTTGACGAGAAGAAACAAGAAACTGGAATAAAAAACATAATGATC
TTGGAACGCGGCTTCAATGGCTGGGAAGCTGCTGGAAAACCGGTTTGCCGCTGCGCAGAC
GTTCCCTGCAAAGGCGACTGCACCTAAGAAGGCCCTACTGAACCATTCGAAACCTTAAAT
TGATCTCCACATTAATGTCATGTGTATCAAGAGATATGATGATTACTACTATTCATAAAT
AATTTCCTAGGCCAATATGACTGGTTACCTCTCTCTGTTGACAAATCACAATATTAAAGA
GCCCTTTCGATATGTATTGGGAGTCGTCAAAGTCACGTTTATTGTCTTTATAATAACTCA
CTC

QA 3 665 3 665
DS 



AS 2 6

CO CL1460Contig1 868 3 52 U
GGAGCATCTCAGGAAGTAAGCCAAAATGAGTAAGCTCCAGAGTGAAGCCGTGAGAGAGGC
GATATCCGCCATGATCACTCACTGCAAGTAGACGAAGCCTCGCAAGTTCACCGAGACCAT
CGAACTCCAGATTGGTCTTAAGAACTACGACCCTCAAAAGGACAAGCGTTTCAGCGGTTC
CGTCAAGTTGCCTCACATCCCAAGGCCTAAGATGAAGATTTGCATGCTCGGTGATGCCCA
GCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGATTGGAGTCTATGGATGTGGAAGCACTTAAGAA
GCTGAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCAAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGC
TTCTGAATCTGTCATCAAACAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGG
AAAGTTCCCGACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAAGCCAAAGTGAACGAGACAAA
GGCAACAGTGAAGTTCCAGCTCAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCCGTTGGGAACCT
TGACATGGAGGAGAAGCAGATCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTTGTCTC
GCTCTTGAAGAAGAACTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACAATGGGTCC
ACCTAACCGTGTGTTCTAAGATTATTATTATCTCAAAGTTTCTCTTAAGTTTATCATCAG
AGGCTGAGAGTAGATTTGATTTTCACTTCTGTCGTCAGCCTTCTTCCTCTTGGATTACTT
CCAGAATCCTTACTTTTGTAGGATCAAGATTTTCTTAAAAGACAGTTTTGTTTCTATTAT
TTGCTATTATTATTAGTGGTTTTTTCCT


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FD71TF U 4
AF RR1A988JQ C 1
AF RR1A988TF U 1
BS 1 5 RR1A988JQ
BS 6 88 RR1FD71TF
BS 89 89 RR1A988TF
BS 90 172 RR1FD71TF
BS 173 173 RR1A988TF
BS 174 270 RR1FD71TF
BS 271 271 RR1A988TF
BS 272 303 RR1FD71TF
BS 304 304 RR1A988TF
BS 305 336 RR1FD71TF
BS 337 337 RR1A988TF
BS 338 369 RR1FD71TF
BS 370 370 RR1A988TF
BS 371 372 RR1FD71TF
BS 373 373 RR1A988TF
BS 374 462 RR1FD71TF
BS 463 463 RR1A988TF
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BS 494 494 RR1A988TF
BS 495 500 RR1FD71TF
BS 501 501 RR1A988TF
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BS 605 708 RR1FD71TF
BS 709 709 RR1A988TF
BS 710 710 RR1FD71TF
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BS 731 745 RR1FD71TF
BS 746 746 RR1A988TF
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BS 756 756 RR1A988TF
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BS 762 801 RR1A988TF
BS 802 802 RR1A988JQ
BS 803 819 RR1A988TF
BS 820 820 RR1A988JQ
BS 821 828 RR1A988TF
BS 829 829 RR1A988JQ
BS 830 848 RR1A988TF
BS 849 868 RR1A988JQ

RD RR1FD71TF 761 0 0
GG
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AGTTGCCTCACATCCCAAGGCCTAAGATGAAGATTTGCATGCTCGGTGATGCCCAGCACG
TTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGATTAGAGTCTATGGATGTGGAAGCACTTAAGAAGCTAA
ACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCTAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTG
AATCCGTTATCAAACAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAGT
TCCCGACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAAGCTAAAGTGAACGAGACAAAGGCAA
CAGTGAAGCTCCAGCCCAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCCGTTGGGAACCTTGACA
TGGAGGAGAAGCAGATCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTCGTCTCACTAT
TGAAGAAGAACTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACAATGGGTCCACCTA
ACCGTGTGTTCTAAGATTATTATTATCTCAAAGTTTCTCTTAA*TGTATCATCAAAG*CT
GAGATTAGATTTGATTTTCATTTCTGTCGTGAGCTT
CTC

QA 3 758 3 758
DS 

RD RR1A988JQ 868 0 0
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GATATCCGCCATGATCACTCACTGCAAGTAGACGAAGCCTCGCAAGTTCACCGAGACCAT
CGAACTCCAGATTGGTCTTAAGAACTACGACCCTCAAAAGGACAAGCGTTTCAGCGGTTC
CGTCAAGTTGCCTCACATCCCAAGGCCTAAGATGAAGATTTGCATGCTCGGTGATGCCCA
GCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGATTGGAGTCTATGGATGTGGAAGCACTTAAGAA
GCTGAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCAAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGC
TTCTGAATCTGTCATCAAACAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGG
AAAGTTCCCGACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAAGCCAAAGTGAACGAGACAAA
GGCAACAGTGAAGTTCCAGCTCAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCCGTTGGGAACCT
TGACATGGAGGAGAAGCAGATCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTTGTCTC
GCTCTTGAAGAAGAACTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACAATGGGTCC
ACCTAACCGTGTGTTCTAAGATTATTATTATCTCAAAGTTTCTCTTAAGTTTATCATCAG
AGGCTGAGAGTAGATTTGATTTTCACTTCTGTCGTCAGCCTTCTTCCTCTTGGATTACTT
CCAGAATCCTTACTTTTGTAGGATCAAGATTTTCTTAAAAGACAGTTTTGTTTCTATTAT
TTGCTATTATTATTAGTGGTTTTTTCCT

QA 1 868 1 868
DS 

RD RR1A988TF 848 0 0
GGAGC
ATCTCAGGAAGTAAGCCAAAATGAGTAAGCTCCAGAGTGAAGCCGTGAGAGAGGCGATAT
CCGCCATGATCACTCACTGCAAGTAGACGAAGCCTCGCAAGTTCACCGAGACCATCGAAC
TCCAGATTGGTCTTAAGAACTACGACCCTCAAAAGGACAAGCGTTTCAGCGGTTCCGTCA
AGTTGCCTCACATCCCAAGGCCTAAGATGAAGATTTGCATGCTCGGTGATGCCCAGCACG
TTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGATTGGAGTCTATGGATGTGGAAGCACTTAAGAAGCTGA
ACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCAAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTG
AATCTGTCATCAAACAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAGT
TCCCGACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAAGCCAAAGTGAACGAGACAAAGGCAA
CAGTGAAGTTCCAGCTCAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCCGTTGGGAACCTTGACA
TGGAGGAGAAGCAGATCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTTGTCTCGCTCT
TGAAGAAGAACTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACAATGGGTCCACCTA
ACCGTGTGTTCTAAGATTATTATTATCTCAAAGTTTCTCTTAAGTTTATCATCAGAGGCT
GAGAGTAGATTTGATTTTCACTTCTGTCGTCAGCCTTCTTCCTCTTGGATTACTTCCAGA
ATCCTTACTTTTGTAG*ATCAAGATTTTCTTAAA*GACAGTTT*GTTTCTATTATTTGCT
ATT

QA 6 848 6 848
DS 



CO CL1460Contig2 478 3 15 U
TTAAATGAAAAAAAAACACTAACAAAAATAGCAATAATAGAAACAAAATTGTCATTTAAG
AAATTTTGATCCTACCAAGTAAGGATTCTGGAAGTAAACCAAAGAGAAGAAAGCTCACGA
CAGAAATGAAAATCAAATCTAATCTCAGCCTTTGATGATACATTAAGAGAAACTTTGAGA
TAATAAT***CTTAGAACACACGGTTAGGTGGACCCATTGTGCTCTTCAAGTACAAACAC
CTCACGTTTTGCCAGTTCTTCTTCAATAGTGAGACGAGGAAGTTGACGCTCATCTGAACA
TTCTGAAAGATCTGCTTCTCCTCCATGTCAAGGTTCCCAACGGCGACACCCATGCAAAGA
ACCTTCTTGAGCTGGAACTTCACTGTTGCCTTTGTCTCGTTCACTTTAGCTTCCAAAGAC
TCTTGGTGGCTAACAAGAGTCGGGAACTTTCCTGCCTTGTTGAGACCAGGACCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B115JQ U 44
AF RR1B115TF C 44
AF RR1FD71JQ U 1
BS 1 103 RR1FD71JQ
BS 104 104 RR1B115JQ
BS 105 108 RR1FD71JQ
BS 109 109 RR1B115JQ
BS 110 168 RR1FD71JQ
BS 169 169 RR1B115JQ
BS 170 187 RR1FD71JQ
BS 188 190 RR1B115JQ
BS 191 194 RR1FD71JQ
BS 195 195 RR1B115JQ
BS 196 369 RR1FD71JQ
BS 370 370 RR1B115JQ
BS 371 376 RR1FD71JQ
BS 377 377 RR1B115JQ
BS 378 478 RR1FD71JQ

RD RR1B115JQ 336 0 0
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GAGAAGAAAGCTCACGACAGAAATGAAAATCAAATCTAATCTCAGCCTTTGATGATACAT
TAAGAGAAACTTTGAGATAATAAT***CTTAGAACACACGGTTAGGTGGACCCATTGTGC
TCTTCAAGTACAAACACCTCACGTTTTGCCAGTTCTTCTTCAATAGTGAGACGAGGAAGT
TGACGCTCATCTGAACATTCTGAAAGATCTGCTTCTCCTCCATGTCAAGGTTCCCAACGG
CGACACCCATGCAAAGAACCTTCTTGAGCTGGAAC
C

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1B115TF 336 0 0
CAAAATTGTCATTTAAGAAATTTTGATCCTACCAAGTAAGGATTCTGGAAGTAAACCAAA
GAGAAGAAAGCTCACGACAGAAATGAAAATCAAATCTAATCTCAGCCTTTGATGATACAT
TAAGAGAAACTTTGAGATAATAAT***CTTAGAACACACGGTTAGGTGGACCCATTGTGC
TCTTCAAGTACAAACACCTCACGTTTTGCCAGTTCTTCTTCAATAGTGAGACGAGGAAGT
TGACGCTCATCTGAACATTCTGAAAGATCTGCTTCTCCTCCATGTCAAGGTTCCCAACGG
CGACACCCATGCAAAGAACCTTCTTGAGCTGGAAC
C

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1FD71JQ 478 0 0
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TAATAATAATCTTAAAACACACGGTTAGGTGGACCCATTGTGCTCTTCAAGTACAAACAC
CTCACGTTTTGCCAGTTCTTCTTCAATAGTGAGACGAGGAAGTTGACGCTCATCTGAACA
TTCTGAAAGATCTGCTTCTCCTCCATGTCAAGGTTCCCAACGGCGACACCCATGCAAAGA
ACCTTCTTGGGCTGGAGCTTCACTGTTGCCTTTGTCTCGTTCACTTTAGCTTCCAAAGAC
TCTTGGTGGCTAACAAGAGTCGGGAACTTTCCTGCCTTGTTGAGACCAGGACCAAAAA

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 6

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CGGGTCACTAAGCTTGATCAGATTCTGCTCAATGGCAACAACATCGCCATTTTGGTGCCT
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AATAGCTTAAACTTCACACTTTTTTTATTTGACTTAATGCCTTCATTGCTTCTCTGTATT
CAACTTTGTGTTCTAATGACCACTCCCATTAGCCTCCACACGTGCATTAAATAAGTCATC
AACAGAGTCTCCTCTCTCAAAAACTGCCGCAGCTCCCATACCAGTACCTATGCACATTGA
AATAACTCCAAAGCGGCAGTCTTTCCCTC**CGTTTCATCTCGTGCAGCAATGTTGCAAC
ACATCGAGCTCCTGTAGCACCAAG*GGATGACCAATGGCAATGGCTCCTCCATTAACATT
GACCTTTTCCACATCCAGCTCTAGCTTCTTGCAACAGTACACATACTGAGATGCAAATGC
CTCATTGATCTCAAATAGATCAATGTCGCTAACTTTGAGTCCTGCTAGGTTTGCTGCAGC
AGGAATGGCATAAGCTGGACCAATACCCATTACAGCCGGATCCACACCAGTAACAGCAAA
GCTCCTGAATACTCCAAGAATGGGAAGTCCCTTCTTCATCGCCAAGCTCCTCTTCATTAG
CAGTACGGCTCCAGCACCATCACTAATCTGACTAGCATTACCTGCTGTGGTTGAACCATC
AGGTTTAAAGACTGTCTTCAGCTTTGCCAAATCAGCCATGTTTGAGTTTGGACGTACACC
ATCATCAACAGAAACAACAATTGGCTTCTCCGCTTTTGTCACGGGGTCAACAATCTTAGT
AGCAACTGGTACTATCTCATCCTTGAGTTTACCAGAAGCGTTTGCAGCTGCAGCACGCTT
GTGAGACTCCACCGCAGCCATGTCTTGCTCTTCTCTTGTGACACCGTACCTTTCTGCAAC
GTTTTCAGAAGTGATACCCATTGGAAGCAAGCAGTCACGAGCTCCAGGAAACGCTTGTGC
CCTCGGGTTTGTGGTGTGAAAGCCACCTCCAGCAGTATGATCAACTGACATTGACTCCAC
TCCAGCACCAATACCAATGTCGTAATATCCAGCTCTGATGGAAGCAGCAACATCAGCAAC
TGCTTGTAGTCCTGAGGAGCATTGTCTGTTGACAGTTCTAATTGGCACAGAGTCAGGAAA
GCCAGCAAAGTAGGCAGCTACTCTACACTCCATGGCTCTCTGAGAACCGGGAGCTATAAC
GGTACCAACAACGATATCCCCAACTTCACTTGGATCCAAAGATGTCCTTTCCACCACAGC
CTTGAGAACAGAAGCTAGAAGATCATCTGGGAGAGTGTCTTTAAACCCTCCGCGTTTAGC
TTTGCAGATGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY66TF U 1
AF RR1GY66JQ C 87
AF RR1DT16JQ U 409
AF RR1CR35JQ U 409
AF RR1DT16TF C 591
AF RR1CR35TF C 1020
BS 1 509 RR1GY66TF
BS 510 689 RR1CR35JQ
BS 690 691 RR1DT16JQ
BS 692 744 RR1CR35JQ
BS 745 745 RR1DT16JQ
BS 746 901 RR1CR35JQ
BS 902 903 RR1DT16JQ
BS 904 1107 RR1CR35JQ
BS 1108 1308 RR1DT16TF
BS 1309 1309 RR1CR35TF
BS 1310 1377 RR1DT16TF
BS 1378 1753 RR1CR35TF

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GCGAGCAACAATCCGTCGCAGCTTCTTCCATCAGAGCTAATCGACAGGTGCATAGGATCG
AAGATAAGGGTGATAATGAAAGGAGATAAGGAGCTCGTTGGTGTTCTCAAAGGCTTCGAC
GTTTACGTCAACATGGTCCTTGAGGATGTCACCGAATATGAGATTACAGCAGAAGGAAGT
CGGGTCACTAAGCTTGATCAGATTCTGCTCAATGGCAACAACATCGCCATTTTGGTGCCT
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AGTACTAGTTGATACATTTTGAATTCGGAATTACAAATTGTTCATTGTTCAACAACGTGA
AATAGCTTAAACTTCACACTTTTTTTATT
CG

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DS 

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TAAGGAGCTCGTTGGTGTTCTCAAAGGCTTCGACGTTTACGTCAACATGGTCCTTGAGGA
TGTCACCGAATATGAGATTACAGCAGAAGGAAGTCGGGTCACTAAGCTTGATCAGATTTT
GCTCAATGGCAACAACATCGCCATTTTGGTGCCTGATGGAGCTCCAGAAGATGCAGAATA
AGATATGGGAAGAGGATTGATTAGTATGTTAAAGACTTGTGTGAGGAAAGATGTTACTTT
GGATTTTAGTATTTAACTCTTTGGCTCACCCACAAGTACTAGTTGATACATTTTGAATTC
GGAATTACAAATTGTTCATTGTTCAACAACGTGAAATAGCTTAAACTTCACACTTTTTTT
ATT
CG

QA 1 423 1 423
DS 

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CTTCTCTGTATTCAACTTTGTGTTCTAATGACCACTCCCATTAGCCTCCACACGTGCATT
AGATAAGTCATCAACAGAGTCTCCTCTCTCAAAAACTGCCGCAGCTCCCATACCAGTACC
TATGCACATTGAAATAACTCCAAAGCGGCAGTCTTTCCCTC**CGTTTCATCTCGTGCAG
CAATGTTGCAACACATCGAGCTCCTGTAGCACCAAG*GGATGACCAATGGCAATGGCTCC
TCCATTAACATTGACCTTTTCCACATCCAGCTCTAGCTTCTTGCAACAGTACACATACTG
AGATGCAAATGCCTCATTGATCTCAAATAGATCAATGTCGCTAACTTTGAGTCCTGCTAG
GTTTGCTGCAGCAGGAATGGCATAAGCTGGACCAATACCCATTACAGCCGGATCCACACC
AGTAACAGCAAAGCTCCTGAATACTCCAAGAATGGGAAGTCCCTTCTTCA

QA 1 590 1 590
DS 

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GGCTCACCCACAAGTACTAGTTGATACATTTTGAATTCGGAATTACAAATTGTTCATTGT
TCAACAACGTGAAATAGCTTAAACTTCACACTTTTTTTATTTGACTTAATGCCTTCATTG
CTTCTCTGTATTCAACTTTGTGTTCTAATGACCACTCCCATTAGCCTCCACACGTGCATT
AAATAAGTCATCAACAGAGTCTCCTCTCTCAAAAACTGCCGCAGCTCCCATACCAGTACC
TATGCACATTGAAATAACTCCAAAGCGGCAGTCTTTCCCTCTCCGTTTCATCTCGTGCAG
CAATGTTGCAACACATCGAGCTCCTGTAGCACCAAGAGGATGACCAATGGCAATGGCTCC
TCCATTAACATTGACCTTTTCCACATCCAGCTCTAGCTTCTTGCAACAGTACACATACTG
AGATGCAAATGCCTCATTGATCTCAAATAGATCAATGTCGCTAACTTTGAGTCCTGCTAG
GTTTGCTGCAGCAA*AATGGCATAAGCTGGACCAATACCCATTACAGCCGGATCCACACC
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GGTTGAACCATCAGGTTTAAAGACTGTCTTCAGCTTTGC

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GAT
AGTCATCAACAGAGTCTCCTCTCTCAAAA*CTGCCGCAGCTCCCATACCAGTACCTATGC
ACAT*GAAATAACTCCAAAGCGGCAGTCTTTCCCTC**CGTTTCATCTCGTGCAGCAATG
TTGCAACACATCGAGCTCCTGTAGCACCAAG*GGATGACCAATGGCAATGGCTCCTCCAT
TAACATTGACCTTTTCCACATCCAGCTCTAGCTTCTTGCAACAGTACACATACTGAGATG
CAAATGCCTCATTGATCTCAAATAGATCAATGTCGCTAACTTTGAGTCCTGCTAGGTTTG
CTGCAGCAGGAATGGCATAAGCTGGACCAATACCCATTACAGCCGGATCCACACCAGTAA
CAGCAAAGCTCCTGAATACTCCAAGAATGGGAAGTCCCTTCTTCATCGCCAAGCTCCTCT
TCATTAGCAGTACGGCTCCAGCACCATCACTAATCTGACTAGCATTACCTGCTGTGGTTG
AACCATCAGGTTTAAAGACTGTCTTCAGCTTTGCCAAATCAGCCATGTTTGAGTTTGGAC
GTACACCATCATCAACAGAAACAACAATTGGCTTCTCCGCTTTTGTCACGGGGTCAACAA
TCTTAGTAGCAACTGGTACTATCTCATCCTTGAGTTTACCAGAAGCGTTTGCAGCTGCAG
CACGCTTGTGAGACTCCACCGCAGCCATGTCTTGCTCTTCTCTTGTGACACCGTATCTTT
CTGCAACGTTTTCAGAAGTGATACCCATTGGAAGCAAGCAGTCACGAGCTCCAGGAAACG
CTTG
C

QA 4 787 4 787
DS 

RD RR1CR35TF 734 0 0
GCAGTACGGCTCCAGCACCATCACTAATCTGACTAGCATTAC*TGCTGTGGTTGAACCAT
CAGGTTTAAAGACTGTCTTCAGCTTTGCCAAATCAGCCATGTTTGAGTTTGGACGTACAC
CATCATCAACAGAAACAACAATTGGCTTCTCTGCTTTTGTCACGGGGTCAACAATCTTAG
TAGCAACTGGTACTATCTCATCCTTGAGTTTACCAGAAGCGTTTGCAGCTGCAGCACGCT
TGTGAGACTCCACCGCAGCCATGTCTTGCTCTTCTCTTGTGACACCGTACCTTTCTGCAA
CGTTTTCAGAAGTGATACCCATTGGAAGCAAGCAGTCACGAGCTCCAGGAAACGCTTGTG
CCCTCGGGTTTGTGGTGTGAAAGCCACCTCCAGCAGTATGATCAACTGACATTGACTCCA
CTCCAGCACCAATACCAATGTCGTAATATCCAGCTCTGATGGAAGCAGCAACATCAGCAA
CTGCTTGTAGTCCTGAGGAGCATTGTCTGTTGACAGTTCTAATTGGCACAGAGTCAGGAA
AGCCAGCAAAGTAGGCAGCTACTCTACACTCCATGGCTCTCTGAGAACCGGGAGCTATAA
CGGTACCAACAACGATATCCCCAACTTCACTTGGATCCAAAGATGTCCTTTCCACCACAG
CCTTGAGAACAGAAGCTAGAAGATCATCTGGGAGAGTGTCTTTAAACCCTCCGCGTTTAG
CTTTGCAGATGGCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 6

CO CL1462Contig1 841 6 8 U
GGGGCTTGCACAGACAAAACTACTAGAAGAATCCTTTACTCTTCTTCTTCTTCTACTTCT
ACAAATCTCTCTCTCTAGTAGTTATGGTGACGAACTCCACAATCAAATTTCTCTGTAGCT
ACGGCGGGAAAATTTTACCTCGTTATCCCGACGGCAAACTCCGTTATAACGGCGGTCACA
CCCGCGTCCTCGCCGTTCCACACTCCGTCTCATTTTCCGAGCTATCGTCTAAGATGGCGG
AGTTGTGCGGTGGATCCCCCGTAACCATACGGTGTCAGCTCCCGACGGAAGATCTCGACG
CGCTCGTGTCCGTCACGTGCGACGAAGATCTAGCGAATCTAATCGAGGAGTACGACCTCG
TTTCCTCCTCAATGAAGATCAGAGTCTTCCTAAACCCGCCGAGATCCGTTAGATCATCAA
CGACGATCTCGCCTCCTCCGTTGGCTTTGCCGTCGTCATCATCTTCCACCACTTCCTCTA
ACTCATCGAGTCCTAGATCTCCCTCGATTTCAAAACCACCGCTACCTCCGTCTCCACCGA
GGTTAACGACGACGGCGAAGAATCAGTGCTACGGTTGCTACGTCCACCACCGTAGTTCGA
GGAATATGTACCTCGTCCACAACGGCAATCACTGGCAATAACCCCAAGCCACAATCAGAT
TAAATAAAAAAACAAAAATAAATATGAAAAATCGAATCTATACTTGAAAGAAAAATCTTC
TTGATATGTGTAAAAAAAAAGAGAGATATAAAGGTGTACGTGATCTCTCTCTGTGACGAT
GACCGTCGCCATTAATGAAATCATCCTAAAAGCTCTTTTTTTTTCTTGGGTGAGTTGGTT
T


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1DD89TF U 1
AF RR1F356TF U 7
AF RR1F410JQ C 456
AF RR1F356JQ C 184
AF RR1F410TF U 218
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ACAAATCTCTCTCTCTAGTAGTTATGGTGACGAACTCCACAATCAAATTTCTCTGTAGCT
ACGGCGGGAAAATTTTACCTCGTTATCCCGACGGCAAACTCCGTTATAACGGCGGTCACA
CCCGCGTCCTCGCCGTTCCACGCTCCGTCTCATTTTCCGAGCTATCGTCTAAGATGGCGG
AGTTGTGCGGTGGATCCCCCGTAACCATACGGTGTCAGCTCCCGACGGAAGATCTCGACG
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CGACGATCTCGCCTCCTCCGTTGGCTTTGCCGTCGTCATCATCTTCCACCACTTCCTCTA
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GGTTAACGACGACGGCGAAGAATCAGTGCTACGGTTGCTACGTCCACCACCGTAGTTCGA
GGAATATGTACCTCGTCCACAACGGCAATCACTGGCAATAACCCCAAGCCACAATCAGAT
T

QA 1 661 1 661
DS 

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G
GCACAGACAAAACTACTAGAAGAATCCTTTACTCTTCTTCTTCTTCTACTTCTACAAATC
TCTCTCTCTAGTAGTTATGGTGACGAACTCCACAATCAAATTTCTCTGTAGCTACGGCGG
GAAAATTTTACCTCGTTATCCCGACGGCAAACTCCGTTATAACGGCGGTCACACCCGCGT
CCTCGCCGTTCCACACTCCGTCTCATTTTCCGAGCTATCGTCTAAGATGGCGGAGTTGTG
CGGTGGATCCCCCGTAACCATACGGTGTCAGCTCCCGACGGAAGATCTCGACGCGCTCGT
GTCCGTCACGTGCGACGAAGATCTAGCGAATCTAATCGAGGAGTACGACCTCGTTTCCTT
CTCAATGAAGATCAGAGTCTTCCTAAACCCGCCGAGATCCGTTAGATCATCAACGACTAT
CTCGCCTCCTCCGTTGGCTTTGCCGTCGTCATCATCTTCCACCACTTCCTCTAACTCATC
GAGTCCTAGATCTCCCTCGATTTCAAAACCACCGCTACCTCCGTCTCCACCGAGGTTAAC
GACGACGGCGAAGAATCAGTGCTACGGTTGCTACGTCTACCACCGTAGTTCGAGGAATAT
GTACCTCGTCCACAACGGCAATCACTGGCAATAACCCCAAGCCACAATCAGATTAAAT

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TGCTACGTCCACCACCGTAGTTCGAGGAATATGTACCTTGTCCACAACGGCAATCACTGG
CAATAACCCCAAGCCACAATCAGATTAAATAAAAAAACAAAAATAAATATGAAAAATCGA
ATCTATACTTGAAAGAAAAATTTTCTTGATATGTGTAAAAAAAAAGAGAGATATAAAGGT
GTACGTGATCTCT
TTTT

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DS 

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TGTGCGGTGGATCCCCCGTAACCATACGGTGTCAGCTCCCGACGGAAGATCTCGACGCGC
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CCTTCTCAATGAAGATCAGAGTCTTCCTAAACCCGCCGAGATCCGTTAGATCATCAACGA
CTATCTCGCCTCCTCCGTTGGCTTTGCCGTCGTCATCATCTTCCACCACTTCCTCTAACT
CATCGAGTCCTAGATCTCCCTCGATTTCAAAACCACCGCTACCTCCGTCTCCACCGAGGT
TAACGACGACGGCGAAGAATCAGTGCTACGGTTGCTACGTCTACCACCGTAGTTCGAGGA
ATATGTACCTCGTCCACAACGGCAATCACTGGCAATAACCCCAAGCCACAATCAGATTAA
ATAAAAAA*CAAAAATAAATATGAAAAATCGAATCTATACTTGAAAGAAAAATCTTCTTG
ATATGTGTAAAAAA**AGAGAGATATAAAGGTGTACGTGATCTCTCTCTGTGACGATGAC
CGTCGCCATTAATGAAATCATCCTAAAAGCT
C

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DS 

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G
GAGCTATCGTCTAAGATGGCGGAGTTGTGCGGTGGATCCCCCGTAACCATACGGTGTCAG
CTCCCGACGGAAGATCTCGACGCGCTCGTGTCCGTCACGTGCGACGAAGATCTAGCGGAT
CTAATCGAGGAGTACGACCTCGTTTCCTCCTCAATGAAGATCAGAGTCTTCCTAAACCCG
CCGAGATCCGTTAGATCATCAACGACGATCTCGCCTCCTCCGTTGGCTTTGCCGTCGTCA
TCATCTTCCACCACTTCCTCTAACTCATCGAGTCCTAGATCTCCCTCGATTTCAAAACCG
CCGCTACCTCCGTCTCCACCGAGGTTAACGACGACGGCGAAGAATCAGTGCTACGGTTGC
TACGTCCACCACCGTAGTTCGAGGAATATGTACCTCGTCCACAACGGCAATCACTGGCAA
TAACCCCAAGCCACAATCAGATTAAATAAAAAAACAAAAATAAATATGAAAAATCGAATC
TATACTTGAAAGAAAAATCTTCTTGATATGTGTAAAAAAAAAGAGAGATATAAAGGTGTA
CGTGATCTCTCTCTGTGACGATGACCGTCGCCATTAATGAAATCATCCTAAAAGCT
GA

QA 2 597 2 597
DS 

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GCTCCCGACGGAAGATCTCGACGCGCTCGTGTCCGTCACGTGCGACGAAGATCTAGCGAA
TCTAATCGAGGAGTACGACCTCGTTTCCTCCTCGATGAAGATCAGAGTCTTCCTAAACCC
GCCGAGATCCGTTAGATCATCAACGACGATCTCGCCTCCTCCGTTGGCTTTGCCGTCGTC
ATCATCTTCCACCACTTCCTCTAACTCATCGAGTCCTAGATCTCCCTCGATTTCAAAACC
ACCGCTACCTCCGTCTCCACCGAGGTTAACGACGACGGCGAAGAATCAGTGCTACGGTTG
CTACGTCCACCACCGTAGTTCGAGGAATATGTACCTCGTCCACAACGGCAATCACTGGCA
ATAACCCCAAGCCACAATCAGATTAAATAAAAAA*CAAAAATAAATATGAAAAATCGAAT
CTATACTTGAAAGAAAAATCTTCTTGATATGTGTAAAAAA**AGAGAGATATAAAGGTGT
ACGTGATCTCTCTCTGTGACGATGACCGTCGCCATTAATGAAATCATCCTAAAAGCTCTT
TTTTTTTCTTGGGTGAGTTGGTTT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 2 5

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TCCTTAACAAAAAGAGGTATCACATATAACAATTTTATTATGCATGGCATACCAGCAGTT
TCATATATATAGCAATTTTAAACCAAACACAAACCATAACATTCTGAGAGTTATGACAAA
CCATAATATGTTTCTGATTTCAGACAGTTTCTCAACGGCAAAGCTTGAGAAAAAAAAAAA
CAGGGAAACATGACTCAGTTCTCCGAACTGGAAGATGTGTCTCCACCAGAAGAAGAAGAC
TCGCTGTTAAGCCTCTTCATCTCCTCGTACGCCCACTCCAGCCCGTGGCAGTAATGCACC
GGCGGATTAAACCTAGTATCACTTATATCATCAGGCAAGAACGCGCCATTCTCCACCAGA
AACTTCACAGCTTCTCTCTTCCTCTCTTTAGCCGCTGCATGGAGAGGAGTCCACCCGCAG
GAGCCCCATGTCCTCGCATCAATATTAGCCCCACGCTCGAGAAGCAGATCCATGACTTCA
ATGTGACCTCCCTCGGCAGCAAGGTGAAGAGGGCTCACTCCTTTCGATTTAGGTCCCCAC
GCTAGAGCGTTAACATCAAACCCTTGGTCGAGCAGCTGCTTGACGGCTTTCAAATCGCCT
TTTCGAGCTTTGATGTGGAGCGGAGTCCAGCCTCTGTCGTCGAGGTTGGTTATGGAGGAT
CGGCGTCTGAAGGAGTTGCGCCGGAGGGAGAATACAACCACCGGCTGGTCTTGGATCATT
ATAGGTAGGACTGAGATTTGGCTAAAGTAGAGAATGAAGCTTTGCAAGTAGTTCCAGGAG
ACTCACTCAGCCGCCAGCACACAAGGAATGTCTAAAGCAGGTAACAAAAACAATATCAAG
AGTAGACAATGAAGGGGCAAGACTTGTGTAACTCAGAGAAGCTGAATTAACGGGAGGCAG
AGGAGTGATTGGCGATGCAGTAAGGGAAAGAAGGATTCAAGACAGGGCCAAAGACGCAGA
GCTTTTGAGAAATCAGAGTAAACGCCATAGACAAGGAAGAGAGTATGAGCATCGGTTTGA
GAAGGTTAGAAGCCTAGTGGTTATGCAGAATCCTCCACGACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT67JQ U 36
AF RR1DB83JQ U 1
AF RR1DB83TF C 457
BS 1 239 RR1DB83JQ
BS 240 240 RR1GT67JQ
BS 241 676 RR1DB83JQ
BS 677 1123 RR1DB83TF

RD RR1GT67JQ 262 0 0
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TATTATGCATGGCATACCAGCAGTTTCATATATATAGCAATTTTAAACCAAACACAAACC
ATAACATTCTGAGAGTTATGACAAACCATAATATGTTTCTGATTTCAGACAGTTTCTCAA
CGGCAAAGCTTGAGAAAAAAAAAAACAGGGAAACATGGCTCAGTTCTCCGAACTGGAAGA
TGTGTCTCCACCAGAAGAA
AAA

QA 1 259 1 259
DS 

RD RR1DB83JQ 676 0 0
CTAATCAAAACCAGTTTGCTCATATATAAATGTTTAATCAACCACATTTATCAACACCAA
TCCTTAACAAAAAGAGGTATCACATATAACAATTTTATTATGCATGGCATACCAGCAGTT
TCATATATATAGCAATTTTAAACCAAACACAAACCATAACATTCTGAGAGTTATGACAAA
CCATAATATGTTTCTGATTTCAGACAGTTTCTCAACGGCAAAGCTTGAGAAAAAAAAAA*
CAGGGAAACATGACTCAGTTCTCCGAACTGGAAGATGTGTCTCCACCAGAAGAAGAAGAC
TCGCTGTTAAGCCTCTTCATCTCCTCGTACGCCCACTCCAGCCCGTGGCAGTAATGCACC
GGCGGATTAAACCTAGTATCACTTATATCATCAGGCAAGAACGCGCCATTCTCCACCAGA
AACTTCACAGCTTCTCTCTTCCTCTCTTTAGCCGCTGCATGGAGAGGAGTCCACCCGCAG
GAGCCCCATGTCCTCGCATCAATATTAGCCCCACGCTCGAGAAGCAGATCCATGACTTCA
ATGTGACCTCCCTCGGCAGCAAGGTGAAGAGGGCTCACTCCTTTCGATTTAGGTCCCCAC
GCTAGAGCGTTAACATCAAACCCTTGGTCGAGCAGCTGCTTGACGGCTTTCAAATCGCCT
TTTCGAGCTTTGATGT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1DB83TF 667 0 0
GCATGGAGAGGAGTCCACCCGCAGGAGCCCCATGTCCTCGCATCAATATTAGCCCCACGC
TCGAGAAGCAGATCCATGACTTCAATGTGACCTCCCTCGGCAGCAAGGTGAAGAGGGCTC
ACTCCTTTCGATTTAGGTCCCCACGCTAGAGCGTTAACATCAAACCCTTGGTCGAGCAGC
TGCTTGACGGCTTTCAAATCGCCTTTTCGAGCTTTGATGTGGAGCGGAGTCCAGCCTCTG
TCGTCGAGGTTGGTTATGGAGGATCGGCGTCTGAAGGAGTTGCGCCGGAGGGAGAATACA
ACCACCGGCTGGTCTTGGATCATTATAGGTAGGACTGAGATTTGGCTAAAGTAGAGAATG
AAGCTTTGCAAGTAGTTCCAGGAGACTCACTCAGCCGCCAGCACACAAGGAATGTCTAAA
GCAGGTAACAAAAACAATATCAAGAGTAGACAATGAAGGGGCAAGACTTGTGTAACTCAG
AGAAGCTGAATTAACGGGAGGCAGAGGAGTGATTGGCGATGCAGTAAGGGAAAGAAGGAT
TCAAGACAGGGCCAAAGACGCAGAGCTTTTGAGAAATCAGAGTAAACGCCATAGACAAGG
AAGAGAGTATGAGCATCGGTTTGAGAAGGTTAGAAGCCTAGTGGTTATGCAGAATCCTCC
ACGACAC

QA 1 667 1 667
DS 



CO CL1463Contig2 805 2 10 U
GGAAACAAAACTCATTCCTCTTTCTCTTCTTCGATTCGATTCTTCATTCAACGAAAAAAA
CCCTAAGTGCTCTGCTGCAAACTCCATAATCCTCCAGCGAGAAGAAAATCTGTAACCAAG
AGATTGGTTTCATCGATATTTATTTCTCTATATATATCTCCTCGCTGGGTACGGTCTATT
GAAATCACATCTCCAGGTCTCAATGTCGTGGAGGATTCTGCATAACCACTAGGCTTCTAA
CCTTCTCAAACCGATGCTCATACTCTCTTCCTTGTCTATGGCGTTTACTCTGATCTCTCA
AAAGCTCTGCGCCTTTGGCCCTGTCTTGAATCCTTCTTTCCCTTACTGCATCGCCAATCA
CTCCTCTGCCTCCCGTTAATTCAGCTTCTCTGAGTTACACAAGTCTTGCCTCCTTCATTG
TCTACTCTTGATATTGTTTTTGTTACCTGCTTTAGACATTCCTTGTGTGCTGGCTGCTGA
GTGAGTCTCCCGGAACTACTTGCAAAGCTTCATCCTCTACTTTAGCCGAAGCTCAGTCCT
ACAATGATCCAAGACCAGCCGGTGGTTGTATTCTCTCTCCGGCGCAACTCTTTCAGACGC
CGCTCCTCCATAACCAACCTCGACGACAGAGGCTGGACTCCGCTCCACATCAAAGCTCGA
AAAGGCGATCTGAAATCCGTCAAGCAGCTGCTCGACCAAGGGTTGACGTTAACGCTCTAG
CGTGGGGACTAATCGAAAGGAGTGTCTCCGCTCACCTTGCTGCAGAGGGGGGTCACATTG
AAGTCATGGATCTGCTTCTCGAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT67TF U 1
AF RR1FO51TF U 36
BS 1 59 RR1GT67TF
BS 60 60 RR1FO51TF
BS 61 294 RR1GT67TF
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BS 515 524 RR1GT67TF
BS 525 805 RR1FO51TF

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CCTTCTCAAACCGATGCTCATACTCTCTTCCTTGTCTATGGCGTTTACTCTGATTTCTCA
AAAGCTCTGCGTCTTTGGCCCTGTCTTGAATCCTTCTTTCCCTTACTGCATCGCCAATCA
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GTGAGTCTCCCGGAACTACTTGCAAAGCTTCATTCTCTACTTTA

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1FO51TF 770 0 0
GG
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CGAGAAGAAAATCTGTAACCAAGAGATTGGTTTCATCGATATTTATTTCTCTATATATAT
CTCCTCGCTGGGTACGGTCTATTGAAATCACATCTC*AGGTCTCAATGTCGTGGAGGATT
CTGCATAATCACTAGGCTTCTAACCTTCTCAAACCGATGCTCATATTCTCTTCCTTGTCT
ATGGCGTTTACTCTGATCTCTCAAAAGCTCTGCGCCTTTGGCCCTGTCTTGAATCCTTCT
TTCCCTTACTGCATCGCCAATCACTCCTCTGCCTCCCGTTAATTCAGCTTCTCTGAGTTA
CACAAGTCTTGCCTCCTTCATTGTCTACTCTTGATATTGTTTTTGTTACCTGCTTTAGAC
ATTCCTTGTGTGCTGGCTGCTGAGTGAGTCTCCTGGAACTACTTGCAAAGCTTCATCCTC
TACTTTAGCCGAAGCTCAGTCCTACAATGATCCAAGACCAGCCGGTGGTTGTATTCTCTC
TCCGGCGCAACTCTTTCAGACGCCGCTCCTCCATAACCAACCTCGACGACAGAGGCTGGA
CTCCGCTCCACATCAAAGCTCGAAAAGGCGATCTGAAATCCGTCAAGCAGCTGCTCGACC
AAGGGTTGACGTTAACGCTCTAGCGTGGGGACTAATCGAAAGGAGTGTCTCCGCTCACCT
TGCTGCAGAGGGGGGTCACATTGAAGTCATGGATCTGCTTCTCGAGCG

QA 3 770 3 770
DS 



AS 1 6

CO CL1464Contig1 1119 6 10 U
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AGGAAGAGAGAAAGAGATGACGAGCAAGACTCTGGTGATCGGGGCGACGGGTTACATAGG
AAAAGTCTTCGTGGAGGGAAGCGTCAAGTCCGGCCACGCCACTTTCGCTCTGGTCAGAGA
ATCCTCTCTCTCCGATCCCGTTAAGGCGAAACTCGTCCAGAGTTTCAAAGACCTTGGCGT
CACCATACTCTACGGAAGCTTAAATGAGAAAGAGAGCTTGGTGAAAGCGATCAAACAAGT
AGATGTCGTGATTTCTGCTCTTGGTCGAACTCAGATTCTAGATCAGGTCAACATCATCGA
CGCCATCAAACAAGCTGGAAATGTCAAGAGATTCTTGCCTTCGGAATTTGGAAATGACGT
AGACCGTACGGTGGCCATAGAGCCGGCGCTATCGGAGTTCATCATGAAAGCTCAGATACG
TCGTGCCATAGAGGCCGCGGGGACACCTTATACGTATGTTGTCACAGGTTGCTTTGCTGG
CTTTTTCGTTCCTAGTTTGGGCCAATGCCACTTGCGACTCAGAACTCCTCCTACCGACAA
AGTTTCCATCTACGACAGTGGCGATGCCAAAGCTATTATCAACACAGAAGAGGACATTGT
TGCGTATACAATGAAAGCTGTGGATGACCCGAGAACACTTAACAAGATTCTCTACGTCCA
TCCACCCAAGAACATTGTCTCGCAGAACGATATGGTCAGTTTGTGGGAGATGAAGATCGG
CAAGACTCTGGAGAAGATTTATGTTTCAGAGGAAGAACTTCTCAAAAGCATCCAAGAGGC
TCAGCCTCCAATGGATTTTGTGATGGGTTTGATCCATACAGTACTAGTGCAGGGTGATCT
TACCTCCTTCACTATAGACCCTTCTGTTGGAGTGGAGGCTTCCGAGCTTTACCCTGATGT
CAAGTACACCAGTGTCGATGAGTTTCTCAACCAGTTTGTTTGAGACACAAACAAACCTCC
TTCTATGTCGCATTTTAATAATCTGAGATCGATTACATTCGATTTTTTAGACGCTAATCT
TTTAATTCGAAACGAGGCTTATTATTTGATTTGATACCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1G286TF U 48
AF RR1BC37TF U 1
AF RR1AA01TF U 1
AF RR1H230TF U 48
AF RR1BC37JQ C 288
AF RR1AA01JQ C 404
BS 1 162 RR1AA01TF
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BS 1030 1103 RR1BC37JQ
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RD RR1G286TF 728 0 0
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CGGGTTACATAGGAAAAGTCTTCGTGGAGGGAAGCGTCAAGTCCGGCCACGCCACTTTCG
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AAGACCTTGGCGTCACCATACTCTACGGAAGCTTAAATGAGAAAGAGAGCTTGGTGAAAG
CGATCAAACAAGTAGATGTCGTGATTTCTGCTCTTGGTCGAACTCAGATTCTAGATCAGG
TCAACATCATCGACTCCATCAAACAAGCTGGAAATGTCAAGAGATTCTTGCCTTCGGAAT
TTGGAAATGACGTAGACCGTACGGTGGCCATAGAGCCGGCGCTATCGGAGTTCATCATGA
AAGCTCAGATACGTCGTGCCATAGAGGCCGCGGGGACACCTTATACGTATGTTGTCACAG
GTTGCTTTGCTGGCTTTTTCGTTCCTAGTTTGGGCCAATGCCACTTGCGACTCAGAACTC
CTCCTACCGACAAAGTTTCCATCTACGACAGTGGCGATGCCAAAGCTATTATCAACACAG
AAGAGGACATTGTTGCGTATACAATGAAAGCTGTGGATGACCCGAGAACACTTAACAAGA
TTCTCTACGTCCATCCACCCAAGAACATTGTCTCGCAGAACGATATGGTCAGTTTGTGGG
AGATGAAG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1BC37TF 752 0 0
GGATTCAACTCAAGAAGTCTCCGAAACTCAATATTCAACATCAACGGAGAAGAAAGAAGT
AGGAAGAGAGAAAGAGATGACGAGCAAGACTCTGGTGATCGGGGCGACGGGTTACATAGG
AAAAGTCTTCGTGGAGGGAAGCGTCAAGTCCGGCCACGCCACTTTCGCTCTGGTCAGAGA
ATCCTCTCTCTCCGATCCCGTTAAGGCGAAACTCGTCCAGAGTTTCAAAGACCTTGGCGT
CACCATACTCTACGGAAGCTTAAATGAGAAAGAGAGCTTGGTGAAAGCGATCAAACAAGT
AGATGTCGTGATTTCTGCTCTTGGTCGAACTCATATTCTAGATCAGGTCAACATCATCGA
CGCCATCAAACAAGCTGGAAATGTCAAGAGATTCTTGCCTTCGGAATTTGGAAATGACGT
AGATCGTACGGTGGCCATAGAGCCGGCGCTATCGGAGTTCATCATGAAAGCTCAGATACG
TCGTGCCATAGAGGCCGCGGGGACACCTTATACGTATGTTGTCACAGGTTGCTTTGCTGG
CTTTTTCGTTCCTAGTTTGGGCCAATGCCACTTGCGACTCAGAACTCCTCCTACCGACAA
AGTTTCCACCTACGACAGTGGCGATGCCAAAGCTATTATCAACACAGAAGAGGACATTGT
TGCGTATACAATGAAAGCTGTGGATGACCCGAGAACACTTAACAAGATTCTCTACGTCCA
TCCACCCAAGAACATTGTCTCGCAGAACGATA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1AA01TF 807 0 0
GGATTCAACTCAAGAAGTCTCCGAAACTCAATATTCAACATCAACGGAGAAGAAAGAAGT
AGGAAGAGAGAAAGAGATGACGAGCAAGACTCTGGTGATCGGGGCGACGGGTTACATAGG
AAAAGTCTTCGTGGAGGGAAGCGTCAAGTCCGGCCACGCCACCTTCGCTCTGGTCAGAGA
ATCCTCTCTCTCCGATCCCGTTAAGGCGAAACTCGTCCAGAGTTTCAAAGACCTTGGCGT
CACCATACTCTACGGAAGCTTAAATGAGAAAGAGAGCTTGGTGAAAGCGATCAAACAAGT
AGATGTCGTGATTTCTGCTCTTGGTCGAACTCAGATTCTAGATCAGGTCAACATCATCGA
CGCCATCAAACAAGCTGGAAATGTCAAGAGATTCTTGCCTTCGGAATTTGGAAATGACGT
AGACCGTACGGTGGCCATAGAGCCGGCGCTATCGGAGTTCATCATGAAAGCTCAGATACG
TCGTGCCATAGAGGCCGCGGGGACACCTTATACGTATGTTGTCACAGGTTGCTTTGCTGG
CTTTTTCGTTCCTAGTTTGGGCCAATGCCACTTGCGACTCAGAACTCCTCCTACCGACAA
AGTTTCCATCTACGACAGTGGCGATGCCAAAGCTATTATCAACACAGAAGAGGACATTGT
TGCGTATACAATGAAAGCTGTGGATGACCCGAGAACACTTAACAAGATTCTCTACGTCCA
TCCACCCAAGAACATTGTCTCGCAGAACGATATGGTCAGTTTGTGGGAGATGAAGATCGG
TAAGACTCTGGAGAAGATTTATGTTTC

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1H230TF 785 0 0
AGAAGAAAGAAGTAGGAAGAGAGAAAGAGATGACGAGCAAGACTCTGGTGATCGGGGCGA
CGGGTTACATAGGAAAAGTCTTCGTGGAGGGAAGCGTCAAGTCCGGCCACGCCACTTTCG
CTCTGGTCAGAGAATCCTCTCTCTCCGATCCCGTTAAGGCGAAACTCGTCCAGAGTTTCA
AAGACCTTGGCGTCACCATACTCTACGGAAGCTTAAATGAGAAAGAGAGCTTGGTGAAAG
CGATCAAACAAGTAGATGTCGTGATTTCTGCTCTTGGTCGAACTCAGATTCTAGATCAGG
TCAACATCATCGACTCCATCAAACAAGCTGGAAATGTCAAGAGATTCTTGCCTTCGGAAT
TTGGAAATGACGTAGACCGTACGGTGGCCATAGAGCCGGCGCTATCGGAGTTCATCATGA
AAGCTCAGATACGTCGTGCCATAGAGGCCGCGGGGACACCTTATACGTATGTTGTCACAG
GTTGCTTTGCTGGCTTTTTCGTTCCTAGTTTGGGCCAATGCCACTTGCGACTCAGAACTC
CTCCTACCGACAAAGTTTCCATCTACGACAGTGGCGATGCCAAAGCTATTATCAACACAG
AAGAGGACATTGTTGCGTATACAATGAAAGCTGTGGATGACCCGAGAACACTTAACAAGA
TTCTCTACGTCCATCCACCCAAGA*CATTGTCTCGCAGA*CGATATGGTCAGTTTGTGGG
AGATGA*GATCGGCA*GACTCTGGAGA*GATTTATGTTTCAGAGGA
GACTCTCAAAGCATCCAGA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1BC37JQ 816 0 0
CGATCAAACAAGTAGATGTCGTGATTTCTGCTCTTGGTCGAACTCATATTCTAGATCAGG
TCAACATCATCGACGCCATCAAACAAGCTGGAAATGTCAAGAGATTCTTGCCTTCGGAAT
TTGGAAATGACGTAGATCGTACGGTGGCCATAGAGCCGGCGCTATCGGAGTTCATCATGA
AAGCTCAGATACGTCGTGCCATAGAGGCCGCGGGGACACCTTATACGTATGTTGTCACAG
GTTGCTTTGCTGGCTTTTTCGTTCCTAGTTTGGGCCAATGCCACTTGCGACTCAGAACTC
CTCCTACCGACAAAGTTTCCACCTACGACAGTGGCGATGCCAAAGCTATTATCAACACAG
AAGAGGACATTGTTGCGTATACAATGAAGGCTGTGGATGACCCGAGAACACTTAACAAGA
TTCTCTACGTCCATCCACCCAAGAACATTGTCTCGCAGAACGATATGGTCAGTTTGTGGG
AGATGAAGATCGGCAAGACTCTGGAGAAGATTTATGTTTCAGAGGAAGAACTTCTCAAAA
GCATCCAAGAGGCTCAGCCTCCAATGGATTTTGTGATGGGTTTGATCCATACAGTACTAG
TGCAGGGTGATCTTACCTCCTTCACTATAGACCCTTCTGTTGGAGTGGAGGCTTCCGAGC
TTTACCCTGATGTCAAGTACACCAGTGTCGATGAGTTTCTCAACCAGTTTGTTTGAGACA
CAAACAAACCTCCTTCTATGTTGCATTTTAATAATCTGAGATCGATTACATTCGATTTTT
TAGACGCTAATCTTTTAATTCGAAACGAGGCTTATT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1AA01JQ 716 0 0
GAATTTGGAAATGACGTAGACCGTACGGTGGCCATAGAGCCGGCGCTATCGGAGTTCATC
ATGAAAGCTCAGATACGTCGTGCCATAGAGGCCGCGGGGACACCTTATACGTATGTTGTC
ACAGGTTGCTTTGCTGGCTTTTTCGTTCCTAGTTTGGGCCAATGCCACTTGCGACTCAGA
ACTCCTCCTACCGACAAAGTTTCCATTTACGACAGTGGCGATGCCAAAGCTATTATCAAC
ACAGAAGAGGACATTGTTGCGTATACAATGAAAGCTGTGGATGACCCGAGAACACTTAAC
AAGATTCTCTACGTCCATCCACCCAAGAACATTGTCTCGCAGAACGATATGGTCAGTTTG
TGGGAGATGAAGATCGGTAAGACTCTGGAGAAGATTTATGTTTCAGAGGAAGAACTTCTC
AAAAGCATCCAAGAGGCTCAGCCTCCAATGGATTTTGTGATGGGTTTGATCCATACAGTA
CTAGTGCAGGGTGATCTTACCTCCTTCACTATAGACCCTTCTGTTGGAGTGGAGGCTTCC
GAGCTTTACCCTGATGTCAAGTACACCAGTGTCGATGAGTTTCTCAACCAGTTTGTTTGA
GACACAAACAAACCTCCTTCTATGTCGCATTTTAATAATCTGAGATCGATTACATTCGAT
TTTTTAGACGCTAATCTTTTAATTCGAAACGAGGCTTATTATTTGATTTGATACCC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 6

CO CL1465Contig1 1056 6 12 U
GCAGTGGAAGCTGGTGTGAGATACCACCTTCAACTTTTAAACTCCGTGGAGAAACCTATT
TCAAAGGCAAAAAGAAATCCCCAGCTCCGAATCAATGTGCTTACACTCCTATTGGCGTTG
ATTTGTTTGTCTGTCCTAAGAAGATTGATCATATCGCCCAACACATCGAGCTTCCAAACA
TCAAAACCGAGGCAAAGCTCCCTGCTCTTCTCGTTGTCAACATTCAGTTACCAACCTATC
CTGCTGCAATGTTCCTTGGAGATAGTGATGGGGAAGGCATGAGCATTGTACTTTACTTTA
AATTACAAGAAAATTTCGAAAAAGAAACCTCTCAGCAGTATCAGGACAGCATCAAGAGAC
TTGTGGATGATGAGACGGAGAAGGTGAAAGG*TTTGCGAAAGACAGCACTGTTGCTTTCC
GTGAAAGGCTTAAGATCGTGGCTGGACTTGTTAACCCCGAAGATCTAGCTCTAGGCTCGA
CTGAAAAGAAGCTTGTA*AGGCTTACAATGAAAAGCCTGTCCTTTCTCGTCCTCAACACA
ACTTCTTTAAGGGTCCAAACTACTTTGAGATTGATTTGGATGTCCATCGGTTCAGCTACA
TATCAAGGAAAGGACTTGAAGCATTCAGAGATCGACTGAAGAATGGAATTCTTGATCTCG
GTTTAGCCATCCAGGCTCAAAAACCAGAAGAGCTGCCGGAACAAGTCTTGTGTTGTCTGA
GGCTGAGCCAGATTGACTTCGTTGACCGTGGTCAAATACCAATGCTACTAATCCCTGATG
AAGGGGAAACTCTGGTGTAAGCATTGCTATCATCTTGTATTACTCAACAACTCCTTTGGA
TGAAGAAAACCAAATAATAAAAGTGTGTTAATTCATCAAAA*TACTGTATATTTCCAAAT
TACGTGGACTTCTCTGTATTTCTATTTTATTTATTTATGCTATAACTTATATATGTAAAA
ACGTTCATAATGCAAAACTCTTAGAAGTTCATCTTCTGGAGTTTGGCCTTTCTGTTGTAA
CTTTGTACTCTGTTACCTCAATGGTATTATTATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1H224TF U 1
AF RR1CF36TF U 346
AF RR1CF36JQ C 346
AF RR1CL17JQ C 494
AF RR1H224JQ C 719
AF RR1CL17TF U 494
BS 1 357 RR1H224TF
BS 358 358 RR1CF36TF
BS 359 378 RR1H224TF
BS 379 379 RR1CF36TF
BS 380 391 RR1H224TF
BS 392 392 RR1CF36TF
BS 393 497 RR1H224TF
BS 498 498 RR1CF36TF
BS 499 645 RR1H224TF
BS 646 726 RR1CF36TF
BS 727 1055 RR1CL17TF
BS 1056 1056 RR1CL17JQ

RD RR1H224TF 645 0 0
GCAGTGGAAGCTGGTGTGAGATACCACCTTCAACTTTTAAACTCCGTGGAGAAACCTATT
TCAAAGGCAAAAAGAAATCCCCAGCTCCGAATCAATGTGCTTACACTCCTATTGGCGTTG
ATTTGTTTGTCTGTCCTAAGAAGATTGATCATATCGCCCAACACATCGAGCTTCCAAACA
TCAAAACCGAGGCAAAGCTCCCTGCTCTTCTCGTTGTCAACATTCAGTTACCAACCTATC
CTGCTGCAATGTTCCTTGGAGATAGTGATGGGGAAGGCATGAGCATTGTACTTTACTTTA
AATTACAAGAAAATTTCGAAAAAGAAACCTCTCAGCAGTATCAGGACAGCATCAAGAAAC
TTGTGGATGATGAGACGG*GAAGGTGAAAGGGTTTGCGAAAGACAGCACTGTTGCTTTCC
GTGAAAGGCTTAAGATCGTGGCTGGACTTGTTAACCCCGAAGATCTAGCTCTAGGCTCGA
CTGAAAAGAAGCTTGTACAGGCTTACAATGAAAAGCCTGTCCTTTCTCGTCCTCAACACA
ACTTCTTTAAGGGTCCAAACTACTTTGAGATTGATTTGGATGTCCATCGGTTCAGCTACA
TATCAAGGAAAGGACTTGAAGCATTCAGAGATCGACTGAAGAATG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1CF36TF 381 0 0
G
CAGCATCAAGAGACTTGTGGATGATGAGACGGAGAAGGTGAAAGG*TTTGCGAAAGACAG
CACTGTTGCTTTCCGTGAAAGGCTTAAGATCGTGGCTGGACTTGTTAACCCCGAAGATCT
AGCTCTAGGCTCGACTGAAAAGAAGCTTGTA*AGGCTTACAATGAAAAGCCTGTCCTTTC
TCGTCCTCAACACAACTTCTTTAAGGGTCCAAACTACTTTGAGATTGATTTGGATGTCCA
TCGGTTCAGCTACATATCAAGGAAAGGACTTGAAGCATTCAGAGATCGACTGAAGAATGG
AATTCTTGATCTCGGTTTAGCCATCCAGGCTCAAAAACCAGAAGAGCTGCCGGAACAAGT
CTTGTGTTGTCTGAGGCTGA

QA 2 381 2 381
DS 

RD RR1CF36JQ 694 0 0
G
CAGCATCAAGAGACTTGTGGATGATGAGACGGAGAAGGTGAAAGG*TTTGCGAAAGACAG
CACTGTTGCTTTCCGTGAAAGGCTTAAGATCGTGGCTGGACTTGTTAACCCCGAAGATCT
AGCTCTAGGCTCGACTGAAAAGAAGCTTGTA*AGGCTTACAATGAAAAGCCTGTCCTTTC
TCGTCCTCAACACAACTTCTTTAAGGGTCCAAACTACTTTGAGATTGATTTGGATGTCCA
TCGGTTCAGCTACATATCAAGGAAAGGACTTGAAGCATTCAGAGATCGACTGAAGAATGG
AATTCTTGATCTCGGTTTAGCCATCCAGGCTCAAAAACCAGAAGAGCTGCCGGAACAAGT
CTTGTGTTGTCTGAGGCTGAGCCAGATTGACTTTGTTGACCGTGGTCAAATACCAATGCT
ACTAATCCCTGATGAAGGGGAAACTCTGGTGTAAGCATTGCTATCATCTTGTATTACTCA
ACAACTCCTTTGGATGAAGAAAACCAAATAATAAAAGTGTGTTAATTCATCAAAAATACT
GTATATTTCCAAATTATGTGGACTTCTCTGTATTTCTATTTTATTTATTTATGCTATAAC
TTATATATGTAAAAACGTTCATAATGCAAAACTCTTAGAAGTTCATCTTCTGGAGTTTGG
CCTTTCTGTTGTAACTTTGTACTCTGTTACCTC

QA 2 694 2 694
DS 

RD RR1CL17JQ 563 0 0
GGTAC
AGGCTTACAATGAAAAGCCTGTCCTTTCTCGTCCTCAACACAACTTCTTTAAGGGTCCAA
ACTACTTTGAGATTGATTTGGATGTCCATCGGTTCAGCTACATATCAAGGAAAGGACTTG
AAGCATTCAGAGATCGACTGAAGAATGGAATTCTTGATCTCGGTTTAGCCATCCAGGCTC
AAAAACCAGAAGAGCTGCCGGAACAAGTCTTGTGTTGTCTGAGGCTGAGCCAGATTGACT
TCGTTGACCGTGGTCAAATACCAATGCTACTAATCCCTGATGAAGGGGAAACTCTGGTGT
AAGCATTGCTATCATCTTGTATTACTCAACAACTCCTTTGGATGAAGAAAACCAAATAAT
AAAAGTGTGTTAATTCATCAAAA*TACTGTATATTTCCAAATTACGTGGACTTCTCTGTA
TTTCTATTTTATTTATTTATGCTATAACTTATATATGTAAAAACGTTCATAATGCAAAAC
TCTTAGAAGTTCATCTTCTGGAGTTTGGCCTTTCTGTTGTAACTTTGTACTCTGTTACCT
CAATGGTATTATTATGAC

QA 6 563 6 563
DS 

RD RR1H224JQ 338 0 0
GAGGCTGAGCCAGATTGACTTCGTTGACCGTGGTCAAATACCAATGCTACTAATCCCTGA
TGAAGGGGAAACTCTGGTGTAAGCATTGCTATCATCTTGTATTACTCAACAACTCCTTTG
GATGAAGAAAACCAAATAATAAAAGTGTGTTAATTCATCAAAA*TACTGTATATTTCCAA
ATTATGTGGACTTCTCTGTATTTCTATTTTATTTATTTATGCTATAACTTATATATGTAA
AAACGTTCATAATGCAAAACTCTTAGAAGTCCATCTTCTGGAGTTTGGCCTTTCTGTTGT
AACTTTGTACTCTGTTACCTCAATGGTATTATTATGA
T

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR1CL17TF 563 0 0
GGTAC
AGGCTTACAATGAAAAGCCTGTCCTTTCTCGTCCTCAACACAACTTCTTTAAGGGTCCAA
ACTACTTTGAGATTGATTTGGATGTCCATCGGTTCAGCTACATATCAAGGAAAGGACTTG
AAGCATTCAGAGATCGACTGAAGAATGGAATTCTTGATCTCGGTTTAGCCATCCAGGCTC
AAAAACCAGAAGAGCTGCCGGAACAAGTCTTGTGTTGTCTGAGGCTGAGCCAGATTGACT
TCGTTGACCGTGGTCAAATACCAATGCTACTAATCCCTGATGAAGGGGAAACTCTGGTGT
AAGCATTGCTATCATCTTGTATTACTCAACAACTCCTTTGGATGAAGAAAACCAAATAAT
AAAAGTGTGTTAATTCATCAAAA*TACTGTATATTTCCAAATTACGTGGACTTCTCTGTA
TTTCTATTTTATTTATTTATGCTATAACTTATATATGTAAAAACGTTCATAATGCAAAAC
TCTTAGAAGTTCATCTTCTGGAGTTTGGCCTTTCTGTTGTAACTTTGTACTCTGTTACCT
CAATGGTATTATTATGA
C

QA 6 562 6 562
DS 



AS 1 6

CO CL1466Contig1 1861 6 13 U
GAGGGTACGCGCTGGGTAGCGCAGCGCATCTGTTTTGGGACAGAGGCGAGAGAGCGAAGC
AAGCCACCCAACCCAACAGGTCAGGGTCGGGCCGACCATAGGTTCGAATCCTGCCTCCTT
TCTTGTGGATCATCCTGTGGTTACCGGATGATGGGAATAACAAAGCAGAAATCTTGAAAT
GAGCACGAAATGTCAATATATGAATTCTTTCATTATTCGTTATTTCTGGGTCTTTTCGTT
GCATTCACTTACAACAAGAAACAACCACCAGCGTTTGGTGCAGCACTTGCATTTTGGTGC
ATTCTTCTTTCTTTCCTTGGTCTTTTGTTCTGTCATATTTCTAATAACTTATCCAATTAC
AACGTATTAACCGCTAATGCACCTTTCTTTTATCAAATCTCAGGAACATGGTCTAATCAT
GAGGGTAGTATTTTATTATGGTGTTGGATCCTAAATTTTTATGGATTTTTTTTTTGTTAC
CGGGGTCGACCCCAAAGCCATAATGTCTTAAAACAAGGAGGCCATAGGGAAAGTCTTTTT
TTTTTTTTTTTCTCGAACTTCGTGAAGAACTCAATTTTATCTCTCCCTCGTTACGAACAA
GAAAGTGGTTTGAAAAATCAGTTGTACACTCCCTTCGTTCTACGAACCCTTGTTGATTCT
GAACTTCGTTTGCGAAGGAACCGGACTTTTGACGGACCAGCCCTTTTTTATGCGCCGCTT
GATCCTGAAAGGAAAATGAGCTTTGCTCCTCTGGACGCTTGGCGCTCCCGTGGTTCGCGA
GAAGGAAAAAGGACTCATCCTTTGTTGCATCTGGCACGAGATGATAAAGAGAGAGCTTCG
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C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1GZ43TFB U 1
AF RR1GF36TF U 343
AF RR1F228JQ U 554
AF RR1GZ43JQ C 841
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AAGCCACCCAACCCAACAGGTCAGGGTCGGGCCGACCATAGGTTCGAATCCTGCCTCCTT
TCTTGTGGATCATCCTGTGGTTACCGGATGATGGGAATAACAAAGCAGAAATCTTGAAAT
GAGCACGAAATGTCAATATATGAATTCTTTCATTATTCGTTATTTCTGGGTCTTTTCGTT
GCATTCACTTACAACAAGAAACAACCACCAGCGTTTGGTGCAGCACTTGCATTTTGGTGC
ATTCTTCTTTCTTTCCTTGGTCTTTTGTTCTGTCATATTTCTAATAACTTATCCAATTAC
AACGTATTAACCGCTAATGCACCTTTCTTTTATCAAATCTCAGGAACATGGTCTAATCAT
GAGGGTAGTATTTTATTATGGTGTTGGATCCTAAATTTTTATGGATTTTTTTTT*GTTAC
CGGGGTCGACCC

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G
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GAACATGGTCTAATCATGAGGGTAGTATTTTATTATGGTGTTGGATCCTAAATTTTTATG
GATTTTTTTTTTGTTACCGGGGTCGACCCCAAAGCCATAATGTCTTAAAACAAGGAGGCC
ATAGGGAAAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTCTCGAACTTTGTGAAGAACTCAATTTTATCTC
TCCCTCGTTACGAACAAGAAAGTGGTTTGAAAAATCAGTTGTACACTCCCTTCGTTCTAC
GAACCCTTGTTGATTCTGAACTTCGTTTGCGAAGGAACCGGACTTTTGACGGACCAGCCC
TTTTTTATGCGCCGCTTGATCCTGAAAGGAAAATGAGCTTTGCTCCTTTGGACGCTTGGC
GCTCCCGTGGTTCGCGAGAAGGAAAAAGGACTCATCCTTTGTTGCATCTGGCACGAGATG
ATAAAGAGAGAGCTTCGTCTATCGATGAACAGCGAATTGACGGAGCTCTTGGCATTGCTT
TGTTTTTCTCTTTTTTCCTATCAGCGAGTTCCGATCCTTTTGTTCGAAATTTCTTTGTTT
GTACCGAACCGCTTGCAGAATTAAATCCTGTTCTACAAGATCCTATATTAGCTATACATC
CT

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CGAACTTCGTGAAGAACTCAATTTTATCTCTCCCTCGTTACGAACAAGAAAGTGGTTTGA
AAAATCAGTTGTACACTCCCTTCGTTCTACGAACCCTTGTTGATTCTGAACTTCGTTTGC
GAAGGAACCGGACTTTTGACGGACCAGCCCTTTTTTATGCGCCGCTTGATCCTGAAAGGA
AAATGAGCTTTGCTCCTCTGGACGCTTGGCGCTCCCGTGGTTCGCGAGAAGGAAAAAGGA
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AGCGAATTGACGGAGCTCTTGGCATTGCTTTGTTTTTCTCTCCTTTCCTATCAGCGAGTT
CCGATCCTTTTGTTCGAAATTTCTTTGTTTGTACCGAACCGCTTGCAGAATCAAATCCTG
TTCCACAAGATCCTATATCAGCTATACATCCTCCTTGCATTTATGCCGGGGACGTCGCCA
GTGCGGAGGGCTTTGGCTTATGTAGATCAAAAATGATGAATGGGATTGTGGCACTCCACT
CGCCGCCAATGCGGAAGGATGCCGCCGAAAAGAATGGAACGCTGCTTCGCTCTGCTGGAT
GCGTCGGATCCCGTATAACAAGCGAGCTTTTTACCTTCAAATTCAAACATGTGGGCGCAA
AATGCTATCCTGCTCTATTGTTACGTAGTAATAGAAGCCCGCTCATGCTGCTTCAGCGGC
GCTTTTTCGCCTTCTCTTCGTTCTGGACAGGAGCGAGAAGCCACTCGACTA

QA 1 771 1 771
DS 

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CTATCAGCGAGTTCCGATCCTTTTGTTCGAAATTTCTTTGTTTGTACCGAACCGCTTGCA
GAATTAAATCCTGTTCTACAAGATCCTATATTAGCTATACATCCTCCTTGCATTTATGCC
GGGGACGTCGCCAGTGCGGAGGGCTTTGGCTTATGTAGATCAAAAATGATGAATGGGATT
GTGGCACTCCACTCGCCGCCAATGCGGAAGGATGCCGCCGAAAAGAATGGAACGCTGCTT
TGCTCTGCTGGATGCGTCGGATCCCGTATAACAAGCGAGCTTTTTACCTTCAAATTCAAA
CATGTGGGCGCAAAATGCTATCCTGCTCTATTGTTACGTAGCAATAGAAGCCCGCTCATG
CTGCTTCGGCGGCGCTTTTTCGCCTTCTCTTCGTTCTGGACAGGAGCGAGAAGCCACTCG
ACTAAAAGGTACTGACGTAACTCGACTAAAAGGAGAGGAGCGCTAGTGGACACGGGGAGG
GAAAGAAGACTGGAACCGTGCATCTTTGCTTAGCATGGTTCGACAAAAGAAAGAGGTGGA
AAATGGACCGAGAAAATAATGCTTTGTGAACCCAATTGCTTTGACAAAAATATATGAAGA
ATCAGTGCTATTGAGGAACATTTTATAG

QA 1 688 1 688
DS 

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AGATCCTATATTAGCTATACATCCTCCTTGCATTTATGCCGGGGACGTCGCCAGTGCGGA
GGGCTTTGGCTTATGTAGATCAAAAATGATGAATGGGATTGTGGCACTCCACTCGCCACC
AATGCGGAAGGATGCCGCCGAAAAGAATGGAACGCTGCTTTGCTCTGCTGGATGCGTCGG
ATCCCGTATAACAAGCGAGCTTTTTACCTTCAAATTCAAACATGTGGGCGCAAAATGCTA
TCCTGCTCTATTGTTACGTAGCAATAGAAGCCCGCTCATGCTGCTTCGGCGGCGCTTTTT
CGCCTTCTCTTCGTTCTGGACAGGAGCGAGAAGCCACTCGACTAAAAGGTACTGACGTAA
CTCGACTAAAAGGAGAGGAGCGCTAGTGGACACGGGGAGGGAAAGAAGACTGGAACCGTG
CATCTTTGCTTAGCATGGTTCGACAAAAGAAAGAGGTGGAAAATGGACCGAGAAAATAAT
GCTTTGTGAACCCAATTGCTTTGACAAAAATATATGAAGAATCAGTGCTATTGAGGAACA
TTTTATAG

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DS 

RD RR1F228TF 672 0 0
TCAAATTCAAACATGTGGGCGCAAAATGCTATCCTGCTCTATTGTTACGTAGTAATAGAA
GCCCGCTCATGCTGCTTCAGCGGCGCTTTTTCGCCTTCTCTTCGTTCTGGACAGGAGCGA
GAAGCCACTCGACTAAAAGGTACTGACGTAACTCGACTAAAAGGAGAGGAGCGCTAGTGG
ACACGGGGAGGGAAAGAAGACTGGAACCGTGCATCTTTGCTTAGCATGGTTCGACAAAAG
AAAGAGGTGGAAAATGGACCGAGAAAATAATGCTTTGTGAACCCAATTGCTTTGAAAAAA
ATATATGAAGAATCAGTGCTATTGAGGAACATTTTATAGAAAGAAAAGAAAAAGAAGCAA
TAGTAAAGGAGGGCTTTCCCAGTGCATGAAGGGAGGGTGAAGCAGGGTAAGTCATAAGAA
TCCGCTTTCTTACAAAGACCTCCTGCTATGCTAACGAGGGGTCTTAAGCAAACAAAGTAC
CAAGAACTTTGGATATTATCCGTTTTTCTATTATATCCCATTTTATCCTTCCGCTTTAGG
ATTAGCCCAGCTTTTTCGAAACGGACGGAAGGCCTAACTAGAAGCTATTTGGCGCCTTCC
CCTCGATGAATACTTGGAAATGTGTCTTGCACCGTAAGCTGTCAGAAGAAAGTAAGACTT
AGAAAGAAGACC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 6

CO CL1467Contig1 743 6 5 U
GAGCATATGGGTTGGTTCGAATCAATATGGAATTATTACCTCACGCTCATTCTATGTTTT
CTCCTTGGTTGATGGTAGTCGGTACAATCCAAATAATTTATGCAGCTTTAACATCTCTCG
GTCAACGTAATTTAAAAAAGAGAATAGCCTATTCTTCTGTATCTCATATGGGTTTTATAA
TTATAGGTATTGGTTCTATAACGGATCCTGGGCTTAATGGAGCTATTTTACAAATAATCT
CTCATGGATTTATTGGCGCTGCACTTTTTTTCTTGGCAGGAACTAGTTATGATAGAATCC
GGCTTGTTTATCTTGATGAAATGGGTGGAATGGCTATCCCCATTCCAAAGATATTTACAA
TGTTCACTATCTTATCGATGGCTTCCCTTGCATTACCGGGCATGAGTGGTTTTATTGCAG
AATTAATCGTTTTTTTTGGAATAATTACCAGCCAAAAATATTTCTTAATTTCAAAAATTT
TAATTATTTTTGTAATGGCAATTGGAATGATATTAACTCCTATATATTTATTATCTATGT
TACGTCAAATGTTCTATGGATACAAGTTAATTAATGCCAAAAACTTTTCTTTTTTTGATT
CTGGACCCCGAGAGTTATTTCTTTCAATCTCTATTCTTCTACCCATAATTGGTATTGGGA
TTTATCCTGATTTTGTGCTCTCATTAGCAAGTGACAAGGTCGAATCCATTTTATCTAATT
ATTTTTATGGATAGTTTTCAGCG


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1G669JQ C 199
AF RR1H634TF U 4
AF RR1H634JQ C 1
AF RR1BG02TF U 506
AF RR1BG02JQ C 506
AF RR1G669TF U 199
BS 1 3 RR1H634JQ
BS 4 199 RR1H634TF
BS 200 506 RR1G669TF
BS 507 740 RR1BG02TF
BS 741 743 RR1H634JQ

RD RR1G669JQ 436 0 0
G
AACGGATCCTGGGCTTAATGGAGCTATTTTACAAATAATCTCTCATGGATTTATTGGCGC
TGCACTTTTTTTCTTGGCAGGAACTAGTTATGATAGAATCCGGCTTGTTTATCTTGATGA
AATGGGTGGAATGGCTATCCCCATTCCAAAGATATTTACAATGTTCACTATTTTATCGAT
GGCTTCCCTTGCATTACCGGGCATGAGTGGTTTTATTGCAGAATTAATCGTTTTTTTTGG
AATAATTACCAGCCAAAAATATTTTTTAATTTCAAAAATTTTAATTATTTTTGTAATGGC
AATTGGAATGATATTAACTCCTATATATTTATTATCTATGTTACGTCAAATGTTCTATGG
ATACAAGTTAATTAATGCCAAAAACTTTTTTTTTTTTGATTCTGGACCCCGAGAGTTATT
TCTTTCAATCTCTAT

QA 2 436 2 436
DS 

RD RR1H634TF 714 0 0
CATATGGGTTGGTTCGAATCAATATGGAATTATTACCTCACGCTCATTCTATGTTTTCTC
CTTGGTTGATGGTAGTCGGTACAATCCAAATAATTTATGCAGCTTTAACATCTCTCGGTC
AACGTAATTTAAAAAAGAGAATAGCCTATTCTTCTGTATCTCATATGGGTTTTATAATTA
TAGGTATTGGTTCTATAACGGATCCTGGGCTTAATGGAGCTATTTTACAAATAATCTCTC
ATGGATTTATTGGCGCTGCACTTTTTTTCTTGGCAGGAACTAGTTATGATAGAATCCGGC
TTGTTTATCTTGATGAAATGGGTGGAATGGCTATCTCCATTCCAAAGATATTTACAATGT
TCACTATCTTATCGATGGCTTCCCTTGCATTACCGGGCATGAGTGGTTTTATTGCAGAAT
TAATCGTTTTTTT*GGAATAATTACCAGCCAAAAATATTTCTTAATTTCAAAAATTTTAA
TTATTTTTGTAATGGCAATTGGAATGATATTAACTCCTATATATTTATTATCTATGTTAC
GTCAAATGTTCTATGGATACAAGTTAATTAATGCCAAAAACTTTTCTTTTTTTGATTCTG
GACCCCGAGAGTTATTTCTTTCAATCTCTATTCTTCTACCCATAATTGGTATTGGGATTT
ATCCTGATTTTGTGCTCTCATTAGCAAGTGACAAG*TCGAATCCATTTTATCTA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1H634JQ 743 0 0
GAGCATATGGGTTGGTTCGAATCAATATGGAATTATTACCTCACGCTCATTCTATGTTTT
CTCCTTGGTTGATGGTAGTCGGTACAATCCAAATAATTTATGCAGCTTTAACATCTCTCG
GTCAACGTAATTTAAAAAAGAGAATAGCCTATTCTTCTGTATCTCATATGGGTTTTATAA
TTATAGGTATTGGTTCTATAACGGATCCTGGGCTTAATGGAGCTATTTTACAAATAATCT
CTCATGGATTTATTGGCGCTGCACTTTTTTTCTTGGCAGGAACTAGTTATGATAGAATCC
GGCTTGTTTATCTTGATGAAATGGGTGGAATGGCTATCTCCATTCCAAAGATATTTACAA
TGTTCACTATCTTATCGATGGCTTCCCTTGCATTACCGGGCATGAGTGGTTTTATTGCAG
AATTAATCGTTTTTTT*GGAATAATTACCAGCCAAAAATATTTCTTAATTTCAAAAATTT
TAATTATTTTTGTAATGGCAATTGGAATGATATTAACTCCTATATATTTATTATCTATGT
TACGTCAAATGTTCTATGGATACAAGTTAATTAATGCCAAAAACTTTTCTTTTTTTGATT
CTGGACCCCGAGAGTTATTTCTTTCAATCTCTATTCTTCTACCCATAATTGGTATTGGGA
TTTATCCTGATTTTGTGCTCTCATTAGCAAGTGACAAGGTCGAATCCATTTTATCTAATT
ATTTTTATGGATAGCTTTCAGCG

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1BG02TF 237 0 0
G
ATGATATTAACTCCTATATATTTATTATCTATGTTACGTCAAATGTTCTATGGATACAAG
TTAATTAATGCCAAAAACTTTTCTTTTTTTGATTCTGGACCCCGAGAGTTATTTCTTTCA
ATCTCTATTCTTCTACCCATAATTGGTATTGGGATTTATCCTGATTTTGTGCTCTCATTA
GCAAGTGACAAGGTCGAATCCATTTTATCTAATTATTTTTATGGATAGTTTTCA
GG

QA 2 235 2 235
DS 

RD RR1BG02JQ 237 0 0
G
ATGATATTAACTCCTATATATTTATTATCTATGTTACGTCAAATGTTCTATGGATACAAG
TTAATTAATGCCAAAAACTTTTCTTTTTTTGATTCTGGACCCCGAGAGTTATTTCTTTCA
ATCTCTATTCTTCTACCCATAATTGGTATTGGGATTTATCCTGATTTTGTGCTCTCATTA
GCAAGTGACAAGGTCGAATCCATTTTATCTAATTATTTTTATGGATAGTTTTCA
GG

QA 2 235 2 235
DS 

RD RR1G669TF 542 0 0
G
AACGGATCCTGGGCTTAATGGAGCTATTTTACAAATAATCTCTCATGGATTTATTGGCGC
TGCACTTTTTTTCTTGGCAGGAACTAGTTATGATAGAATCCGGCTTGTTTATCTTGATGA
AATGGGTGGAATGGCTATCCCCATTCCAAAGATATTTACAATGTTCACTATCTTATCGAT
GGCTTCCCTTGCATTACCGGGCATGAGTGGTTTTATTGCAGAATTAATCGTTTTTTTTGG
AATAATTACCAGCCAAAAATATTTCTTAATTTCAAAAATTTTAATTATTTTTGTAATGGC
AATTGGAATGATATTAACTCCTATATATTTATTATCTATGTTACGTCAAATGTTCTATGG
ATACAAGTTAATTAATGCCAAAAACTTTTCTTTTTTTGATTCTGGACCCCGAGAGTTATT
TCTTTCAATCTCTATTCTTCTACCCATAATTGGTATTGGGATTTATCCTGATTTTGTGCT
CTCATTAGCAAGTGACAAGGTCGAATCCATTTTATCTAATTATTTTTATGGATAGTTTTC
A

QA 2 542 2 542
DS 



AS 1 6

CO CL1468Contig1 581 6 5 U
GGAGTCAAGACCATCCGAGCCATAAGCACTGCACCAGCAAGCCAGCCTCCATCGGCAGAT
GAGCAGGATGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCGTTCGTCCATTCGGTGTTGTTACCG
GACGGGACACCAGACGTGCATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAAACTTAGAGACATA
ATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTACAGTAAGCCGTTGTCAAACTGCGCA
GGAGTAGGAACTTGCGCTACCTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAAGAGCTTCTAAAT
CCACGAACTGACATTGAGAAGGAGAAACTAAAAAGGAAACCAAAAAATTGGAGACTCGCT
TGTCAGACCAACGTGGGCAACCCAGATTCAACTGGATTGGTTGTCATACAACAATTGCCA
GAGTGGAAAGCTCACGAATGGAACATCCCTAGGAATCTGCCTATCGATGATCCCGAAGCT
TCTACGTGAAATGATTAATTTGTATTATTGTTAATACTATATATATCATCATGAAAATGT
AACGTTATATTTGTTTTATATATATGTCGATAGTTAGCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1AU35JQ C 171
AF RR1A487TF U 1
AF RR1C027JQ C 16
AF RR1C027TF U 16
AF RR1AU35TF U 171
AF RR1EX50TF U 234
BS 1 144 RR1A487TF
BS 145 145 RR1C027TF
BS 146 545 RR1A487TF
BS 546 579 RR1C027TF
BS 580 581 RR1EX50TF

RD RR1AU35JQ 310 0 0
G
AGAGACATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTTTATGGTCCTTACAGTAAGCCGTTGTCA
AACTGCGCAGGAGTAGGAACTTGCGCTACCTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAAGAG
CTTCTAAATCCACGAACTGACATTGAGAAGGAGAAACTAAAAAGGAAACCAAAAAATTGG
AGACTCGCTTGTCAGACCAACGTGGGCAACCCAGATTCAACTGGATTGGTTGTCATACAA
CAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCACGAATGGAACATCCCTAGGAATCTGCCTATCGATGAT
CCCGAAGCT

QA 2 310 2 310
DS 

RD RR1A487TF 545 0 0
GGAGTCAAGACCATCCGAGCCATAAGCACTGCACCAGCAAGCCAGCCTCCATCGGCAGAT
GAGCAGGATGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCGTTCGTCCATTCGGTGTTGTTACCG
GACGGGACACCAGACGTGCATTGGGGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAAACTTAGAGACATA
ATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTACAGTAAGCCGTTGTCAAACTGCGCA
GGAGTAGGAACTTGCGCTACCTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAAGAGCTTCTAAAT
CCACGAACTGACATTGAGAAGGAGAAACTAAAAAGGAAACCAAAAAATTGGAGACTCGCT
TGTCAGACCAACGTGGGCAACCCAGATTCAACTGGATTGGTTGTCATACAACAATTGCCA
GAGTGGAAAGCTCACGAATGGAACATCCCTAGGAATCTGCCTATCGATGATCCCGAAGCT
TCTACGTGAAATGATTAATTTGTATTATTGTTAATACTATATATATCATCATGAAAATGT
AACGT

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1C027JQ 564 0 0
G
GAGCCATAAGCACTGCACCAGCAAGCCAGCCTCCATCGGCAGATGAGCAGGATGATGAAC
CTCCTGCTGTCGATTTTGCGTTCGTCCATTCGGTGTTGTTACCGGACGGGACACCAGACG
TGCATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAAACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACA
TCGAACTCTATGGTCCTTACAGTAAGCCGTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACTTGCG
CTACCTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAAGAGCTTCTAAATCCACGTACTGACATTG
AGAAGGAGAAACTAAAAAGGAAACCAAAAAATTGGAGACTCGCTTGTCAGACCAACGTGG
GCAACCCAGATTCAACTGGATTGGTTGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCACG
AATGGAACATCCCTAGGAATCTGCCTATCGATGATCCCGAAGCTTCTACGTGAAATGATT
AATTTGTATTATTGTTAATACTATATATATCATCATGAAAATGTAACGTTATATTTGTTT
TATATATATGTCGATAGTTAGCC

QA 2 564 2 564
DS 

RD RR1C027TF 564 0 0
G
GAGCCATAAGCACTGCACCAGCAAGCCAGCCTCCATCGGCAGATGAGCAGGATGATGAAC
CTCCTGCTGTCGATTTTGCGTTCGTCCATTCGGTGTTGTTACCGGACGGGACACCAGACG
TGCATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAAACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACA
TCGAACTCTATGGTCCTTACAGTAAGCCGTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACTTGCG
CTACCTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAAGAGCTTCTAAATCCACGTACTGACATTG
AGAAGGAGAAACTAAAAAGGAAACCAAAAAATTGGAGACTCGCTTGTCAGACCAACGTGG
GCAACCCAGATTCAACTGGATTGGTTGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCACG
AATGGAACATCCCTAGGAATCTGCCTATCGATGATCCCGAAGCTTCTACGTGAAATGATT
AATTTGTATTATTGTTAATACTATATATATCATCATGAAAATGTAACGTTATATTTGTTT
TATATATATGTCGATAGTTAGCC

QA 2 564 2 564
DS 

RD RR1AU35TF 409 0 0
G
AGAGACATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTACAGTAAGCCGTTGTCA
AACTGCGCAGGAGTAGGAACTTGCGCTACCTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAAGAG
CTTCTAAATCCACGAACTGACATTGAGAAGGAGAAACTAAAAAGGAAACCAAAAAATTGG
AGACTCGCTTGTCAGACCAACGTGGGCAACCCAGATTCAACTGGATTGGTTGTCATACAA
CAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCACGAATGGAACATCCCTAGGAATCTGCCTATCGATGAT
CCCGAAGCTTCTACGTGAAATGATTAATTTGTATTATTGTTAATACTATATATATCATCA
TGAAAATGTAACGTTATATTTGTTTTATATATATGTCGATAGTTAGCC

QA 2 409 2 409
DS 

RD RR1EX50TF 348 0 0
G
TGCGCAGGAGTAGGAACTTGCGCTACCTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAAGAGCTT
CTAAATCCACGAACTGACATTGAGAAGGAGAAGCTAAAAAGGAAACCAAAAAATTGGAGA
CTCGCTTGTCAGACCAACGTGGGCAACCCAGATTCAACTGGATTGGTTGTCATACAACAA
TTGCCAGAGTGGAAAGCTCACGAATGGAACATCCCTAGGAATCTGCCTATCGATGATCCC
GAAGCTTCTACGTGAAATGATTAATTTGTATTATTGTTAATACTATATATATCATCATGA
AAATGTAACGTTATATTTGTTTTATATATATGTCGATAGTTAGCCAT

QA 2 348 2 348
DS 



AS 1 6

CO CL1469Contig1 650 6 4 U
GGAGAGATCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAAGAGAAGTTTGATCTTGTGAGAGAAG
GAAGAGAACATGGCTGCTTCAGTGATGCTTTCATCAGTGACATTGAAACCTGCGGGTTTC
ACGGTGGAGAAGATGTCGGCGAGAGGATTACCGTCGCTTACAAGAGCTTCTCCTTCTTCC
TTCAAGATCGTCGCGAGTGGCGTCAAGAAGATCAAGACAGACAAGCCCTTTGGAGTTAAC
GGCAGCATGGACTTGAGGGACGGCGTCGACGCTTCCGGCAGAAAGGGCAAGGGATATGGT
GTTTACAAATTCGTCGACAAGTACGGTGCTAACGTTGATGGATACAGCCCTATCTACAAC
GAGGACGAGTGGTCAGCGAGTGGTGACGTGTACAAGGGAGGACTCACTGGTTT*GGCGAT
TTGGGCGGTGACACTGGCCGGAATTCTTGCCGGAGGGGCTCTTCTT*GTGTACAACACAA
GTGCTTTGGCTCAGTAAAATCATGAAAGTGTGTGTACTTATGCTTATCTGTTTTT*AGTG
TCATTGTTATGTTCTATGTAATGTTGTTAAGTAACTTAAAGAACATACTTTGAATATATA
AGACCTCTAGTGTTTGTATAGAATGAATGCATATGAAGTCTTAAATGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1A782JQ C 179
AF RR1FU06TF U 258
AF RR1GI62TF U 9
AF RR1A782TF U 9
AF RR1A016JQ C 1
AF RR1A016TF U 276
BS 1 17 RR1A016JQ
BS 18 257 RR1GI62TF
BS 258 592 RR1FU06TF
BS 593 650 RR1A016TF

RD RR1A782JQ 284 0 0
CCTTCAAGATCGTCGGGAGGGGGGTCAAGAAAATCAAGACAGACAAGCCCTTTGGAGTTA
ACGGCAGCATGGACTTGAGGGACGGGGTCGACGCTTCCGGCAGAAAGGGCAAGGGATATG
GTGTTTACAAATTTGTCGACAAGTACGGTGCTAACGTTGATGGATACAGCCCTATTTACA
ACGAGGACGAGTGGTCAGGGAGTGGTGACGTGTACAAGGGAGGACTCACTGGTTT*GGGG
ATTTGGGCGGTGACACTGGCCGGAATTTTTGCCGGAGG
TGCTTT

QA 1 278 1 278
DS 

RD RR1FU06TF 335 0 0
GGACGGCGTCGACGCTTCCGGCAGAAAGGGCAAGGGATATGGTGTTTACAAATTCGTCGA
CAAGTACGGTGCTAACGTTGATGGATACAGCCCTATCTACAACGAGGACGAGTGGTCAGC
GAGTGGTGACGTGTACAAGGGAGGACTCACTGGTTT*GGCGATTTGGGCGGTGACACTGG
CCGGAATTCTTGCCGGAGGGGCTCTTCTT*GTGTACAACACAAGTGCTTTGGCTCAGTAA
AATCATGAAAGTGTGTGTACTTATGCTTATCTGTTTTT*AGTGTCATTGTTATGTTCTAT
GTAATGTTGTTAAGTAACTTAAAGAACATACTTTG

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1GI62TF 563 0 0
GGAGAGATC
GAGAGAGAGAGAGAAGAAGAGAAGTTTGATCTTGTGAGAGAAGGAAGAGAACATGGCTGC
TTCAGTGATGCTTTCATCAGTGACATTGAAACCTGCGGGTTTCACGGTGGAGAAGATGTC
GGCGAGAGGATTACCGTCGCTTACAAGAGCTTCTCCTTCTTCCTTCAAGATCGTCGCGAG
TGGCGTCAAGAAGATCAAGACAGACAAGCCCTTTGGAGTTAACGGCAGCATGGACTTGAG
GGACGGCGTCGACGCTTCCGGCAGAAAGGGCAAGGGATATGGTGTTTACAAATTCGTCGA
CAAGTACGGTGCTAACGTTGATGGATACAGCCCTATCTACAACGAGGACGAGTGGTCAGC
GAGTGGTGACGTGTACAAGGGAGGACTCACTGGTTT*GGCGATTTGGGCGGTGACACTGG
CCGGAATTCTTGCCGGAGGGGCTCTTCTT*GTGTACAACACAAGTGCTTTGGCTCAGTAA
AATCATGAAAGTGTGTGTACTTATGCTTATCTGTTTTT*AGTGTCATTGTTATGTTCTAT
GTAATGTTGTTAAG

QA 10 563 10 563
DS 

RD RR1A782TF 587 0 0
GGAGAGATC
GAGAGAGAGAGAGAAGAAGAGAAGTTTGATCTTGTGAGAGAAGGAAGAGAACATGGCTGC
TTCAGTGATGCTTTCATCAGTGACATTGAAACCTGCGGGTTTCACGGTGGAGAAGATGTC
GGCGAGAGGATTACCGTCGCTTACAAGAGCTTCTCCTTCTTCCTTCAAGATCGTCGCGAG
TGGCGTCAAGAAGATCAAGACAGACAAGCCCTTTGGAGTTAACGGCAGCATGGACTTGAG
GGACGGCGTCGACGCTTCCGGCAGAAAGGGCAAGGGATATGGTGTTTACAAATTCGTCGA
CAAGTACGGTGCTAACGTTGATGGATACAGCCCTATCTACAACGAGGACGAGTGGTCAGC
GAGTGGTGACGTGTACAAGGGAGGACTCACTGGTTT*GGCGATTTGGGCGGTGACACTGG
CCGGAATTCTTGCCGGAGGTGCTCTTCTT*GTGTACAACACAAGTGCTTTGGCTCAGTAA
AATCATGAAAGTGTGTGTACTTATGCTTATCTGTTTTT*AGTGTCATTGTTATGTTCTAT
GTAATGTTGTTAAGTAACTTAAAGAACATACTTTG
AAT

QA 10 584 10 584
DS 

RD RR1A016JQ 649 0 0
GGAGAGATCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAAGAGAAGTTTGATCTTGTGAGAGAAG
GAAGAGAACATGGCTGCTTCAGTGATGCTTTCATCAGTGACATTGAAACCTGCGAGTTTC
ACGGTGGAGAAGATGTCGGCGAGAGGATTACCGTCGCTTACAAGAGCTTCTCCTTCTTCC
TTCAAGATCGTCGCGAGTGGCGTCAAGAAGATCAAGACAGACAAGCCCTTTGGAGTTAAC
GGCAGCATGGACTTGAGGGACGGCGTCGACGCTTCCGGCAGAAAGGGCAAGGGATATGGT
GTTTACAAATTCGTCGACAAGTACGGTGCTAACGTTGATGGATACAGCCCTATCTACAAC
GAGGACGAGTGGTCAGCGAGTGGTGACGTGTACAAGGGAGGACTCACTGGTTT*GGCGAT
TTGGGCGGTGACACTGGCCGGAATTCTTGCCGGAGGGGCTCTTCTT*GTGTACAACACAA
GTGCTTTGGCTCAGTAAAATCATGAAAGTGTGTGTACTTATGCTTATCTGTTTTT*AGTG
TCATTGTTATGTTCTATGTAATGTTGTTAAGTAACTTAAAGAACATACTTTGAATATATA
AGACCTCTAGTGTTTGTATAGAATGAATGCATATGAAGTCTTAAATGCT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1A016TF 375 0 0
CGGCAGAAAGGGCAAGGGATATGGTGTTTACAAATTCGTCGACAAGTACGGTGCTAACGT
TGATGGATACAGCCCTATCTACAACGAGGACGAGTGGTCAGCGAGTGGTGACGTGTACAA
GGGAGGACTCACTGGTTTTGGCGATTTGGGCGGTGACACTGGCCGGAATTCTTGCCGGAG
GGGCTCTTCTTTGTGTACAACACAAGTGCTTTGGCTCAGTAAAATCATGAAAGTGTGTGT
ACTTATGCTTATCTGTTTTTTAGTGTCATTGTTATGTTCTATGTAATGTTGTTAAGTAAC
TTAAAGAACATACTTTGAATATATAAGACCTCTAGTGTTTGTATAGAATGAATGCATATG
AAGTCTTAAATGCTG

QA 1 375 1 375
DS 



AS 1 6

CO CL1470Contig1 1131 6 7 U
CTAGAATTACTTATTTGTGACCATTTTATCTTGAAACAAAAGAACTACAGAGACAGAACG
AGATTACATTTTATTACAAGCGAAGATACTACTAGTCTACTAGTACTACTACAAAACGTC
TATAACAAACAATACAATGGCAAAATGGTAGTAAAAAGAATCATAAAACCCGATCCAGCT
TAGTACACCAAGCTTCTCTTTGTTTACACCAGAATCTCAACATGCCATCTGAACATTTCT
TCCTTTGTCGCAGGTAGGTTCAACGTCACAAGCCCAACCTCTGCATCGTAGTTGAACTCA
GTCTCGGTGCTATCAACGGCGCATCTCAGCGGACGCTGAGAAGAGTAAGCTCCAAAACGA
CCACAACCTCTAACACCTAGAGATATCAGCGCTGCTGGAGAACGGTTCTCGCTGACCACT
GAAGAGGAATAAACCTCAGGTTTCTCGTCTGTCACGGTAGTGATATCCATGGACTGAATA
GCCCCACTTGAGTTAAACATGTCCAGGAGTCCAA*TAGGTGCGAACGAGATGCTTGCAGT
GATTTCCTTCAAA*GGAGAGATGTGGAAGAGTTCATATTCAAGG*ACTTCGAGAGTGAGT
GGGATTGAGGCACCCTTTGGTAGTCTAACCAGCTCTCCTGATTTATAAGCGTAGACTATT
GAATCTCCACTCCAATCTGGACCAGCCACTTCGGAGATGAGATCAGCATCCTCCGCACGG
ACCAAACCCGTGAGAGTACCAGGAGAAGTATCATGAATCCTGTTCTTCTTGGTATCCTTG
CACCAACCAGCACCTTGACAGTTGAAAACACCAACTATACCAGTAAACTTATTCATATTC
CAGATCTTCAGCAAGCTGGTTCCATCTCTAGCTGGATCAGCAAATAGGCAGTCACGTGTT
GGCCTACCCGGAAGCTTAGCACGAAGAACCGAACCGTCAGGAAGAACCAGCTTCCTCAAT
AGATCAAAGTTGTGGTTGCCCGGCTTGTCACTGACATAGATTGCACATCCACCTACCGCA
CGTGCTGCAGCATGGTACTCTGCAGTTGGGTGTAAACTATGGAACATGTCCCAGTCAGGT
TGCATGAACTCTCCAAGGAAAAGAGTATTATACGCAGCTGATGCTATGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED79JQ U 17
AF RR1ED79TF C 18
AF RR1G877JQ U 1
AF RR1AL37JQ U 44
AF RR1G877TF C 372
AF RR1AL37TF C 372
BS 1 347 RR1G877JQ
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BS 766 883 RR1AL37JQ
BS 884 1131 RR1AL37TF

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GTGACCAT
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GATACTACTAGTCTACTAGTACTACTACAAAACGTCTATAACAAACAATACAATGGCAAA
ATGGTAGTAAAAAGAATCATAAAACCCGATCCAGCTTAGTACACCAAGCTTCTCTTTGTT
TACACCAGAATCTCAACATGCCATCTGAACATTTCTTCCTTTGTCGCAGGTAGGTTCAAC
GTCACAAGCCCAACCTCTGCATCGTAGTTGAACTCAGTCTCGGTGCTATCAACGGCGCAT
CTCAGCGGACGCTGAGAAGAGTAAGCTCCAAAACGACCACAACCTCTAACACCTAGAGAT
ATCAGCGCTGCTGGAGAACGGTTCTCGCTGACCACTGAAGAGGAATAAACCTCAGGTTTC
TCGTCTGTCACGGTAGTGATATCCATGGACTGAATAGCCCCACTTGAGTTAAACATGTCC
AGGAGTCCAA*TAGGTGCGAACGAGATGCTTGCAGTGATTTCCTTCAAA*GGAGAGATGT
GGAAGAGTTCATATTCAAGG*ACTTCGAGAGTGAGTGGGATTGAGGCACCCTTTGGTAGT
CTAAACAGCTCTCCTGATTTATAAGCGCAGACTATTGAATCTCCACTCCAATCTGGACCA
GCCACTTCGGAGATGAGATCAGCATCCTCCG

QA 9 699 9 699
DS 

RD RR1ED79TF 686 0 0
GTGACCA
TTTATCTTGAAACAAAAGAACTACAGAGACAGAACGAGATTACATTTTATTACAAGCGAA
GATACTACTAGTCTACTAGTACTACTACAAAACGTCTATAACAAACAATACAATGGCAAA
ATGGTAGTAAAAAGAATCATAAAACCCGATCCAGCTTAGTACACCAAGCTTCTCTTTGTT
TACACCAGAATCTCAACATGCCATCTGAACATTTCTTCCTTTGTCGCAGGTAGGTTCAAC
GTCACAAGCCCAACCTCTGCATCGTAGTTGAACTCAGTCTCGGTGCTATCAACGGCGCAT
CTCAGCGGACGCTGAGAAGAGTAAGCTCCAAAACGACCACAACCTCTAACACCTAGAGAT
ATCAGCGCTGCTGGAGAACGGTTCTCGCTGACCACTGAAGAGGAATAAACCTCAGGTTTC
TCGTCTGTCACGGTAGTGATATCCATGGACTGAATAGCCCCACTTGAGTTAAACATGTCC
AGGAGTCCAA*TAGGTGCGAACGAGATGCTTGCAGTGATTTCCTTCAAA*GGAGAGATGT
GGAAGAGTTCATATTCAAGG*ACTTCGAGAGTGAGTGGGATTGAGGCACCCTTTGGTAGT
CTAAACAGCTCTCCTGATTTATAAGCGCAGACTATTGAATCTCCACTCCAATCTGGACCA
GCCACTTCGGAGATGAGAT

QA 8 686 8 686
DS 

RD RR1G877JQ 765 0 0
CTAGAATTACTTATTTGTGACCATTTTATCTTGAAACAAAAGAACTACAGAGACAGAACG
AGATTACATTTTATTACAAGCGAAGATACTACTAGTCTACTAGTACTACTACAAAACGTC
TATAACAAACAATACAATGGCAAAATGGTAGTAAAAAGAATCATAAAACCCGATCCAGCT
TAGTACACCAAGCTTCTCTTTGTTTACACCAGAATCTCAACATGCCATCTGAACATTTCT
TCCTTTGTCGCAGGTAGGTTCAACGTCACAAGCCCAACCTCTGCATCGTAGTTGAACTCA
GTCTCGGTGCTATCAACGGCGCATCTCAGCGGACGCTGAGAAGAGTAGGCTCCAAAAC**
*CACAACCTCTAACACCTAGAGATATCAGCGCTGCTGGAGAACGGTTCTCGCTGACCACT
GAAGAGGAATAAACCTCAGGTTTCTCGTCTGTCACGGTAGTGATATCCATGGACTGAATA
GCCCCACTTGAGTTAAACATGTCCAGGAGTCCAA*TAGGTGCGAACGAGATGCTTGCAGT
GATTTCCTTCAAA*GGAGAGATGTGGAAGAGTTCATATTCAAGG*ACTTCGAGAGTGAGT
GGGATTGAGGCACCCTTTGGTAGTCTAACCAGCTCTCCTGATTTATAAGCGTAGACTATT
GAATCTCCACTCCAATCTGGACCAGCCACTTCGGAGATGAGATCAGCATCCTCCGCACGG
ACCAAACCCGTGAGAGTACCAGGAGAAGTATCATGAATCCTGTTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1AL37JQ 840 0 0
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TACTACTACAAAACGTCTATAACAAACAATACAATGGCAAAATGGTAGTAAAAAGAATCA
TAAAACCCGATCCAGCTTAGTACACCAAGCTTCTCTTTGTTTACACCAGAATCTCAACAT
GCCATCTGAACATTTCTTCCTTTGTCGCAGGTAGGTTCAACGTCACAAGCCCAACCTCTG
CATCGTAGTTGAACTCAGTCTCGGTGCTATCAACGGCGCATCTCAGCGGACGCTGAGAAG
AGTAAGCTCCAAAACGACCACAACCTCTAACACCTAGAGATATCAGCGCTGCTGGAGAAC
GGTTCTCGCTGACCACTGAAGAGGAATAGACCTCAGGTTTCTCGTCTGTCACGGTAGTGA
TATCCATGGACTGAATAGCCCCACTTGAGTTAAACATGTCCAGGAGTCCAA*TAGGTGCG
AACGAGATGCTTGCAGTGATTTCCTTCAAA*GGAGAGATGTGGAAGAGTTCATATTCAAG
G*ACTTCGAGAGTGAGTGGGATTGAGGCACCCTTTGGTAGTCTAACCAGCTCTCCTGATT
TATAAGCGTAGACTATTGAATCTCCACTCCAATCTGGACCAGCCACTTCGGAGATGAGAT
CAGCATCCTCCGCACGGACCGAACCCGTGAGAGTACCAGGAGAAGTATCATGAATCCTGT
TCTTCTTGGTATCCTTGCACCAACCAGCACCTTGACAGTTGAAAACACCAACTATACCAG
TAAACTTATTCATATTCCAGATCTTCAGCAAGCTGGTTCCATCTCTAGCTGGATCAGCAA

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR1G877TF 648 0 0
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AACCTCAGGTTTCTCGTCTGTCACGGTAGTGATATCCATGGACTGAATAGCCCCACTTGA
GTTAAACATGTCCAGGAGTCCAAATAGGTGCGAACGAGATGCTTGCAGTGATTTCCTTCA
AAAGGAGAGATGTGGAAGAGTTCATATTCAAGGGACTTCGAGAGTGAGTGGGATTGAGGC
ACCCTTTGGTAGTCTAACCAGCTCTCCTGATTTATAAGCGTAGACTATTGAATCTCCACT
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AAGCTTAGCACGAAGAACCGAACCGTCAGGAAGAACCAGCTTCCTCAATAGATCAAAGTT
GTGGTTGCCCGGCTTGTCACTGACATAGATTGCACATCCACCTACC
CC

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DS 

RD RR1AL37TF 760 0 0
AACACCTAGAGATATCAGCGCTGCTGGAGAACGGTTCTCGCTGACCACTGAAGAGGAATA
GACCTCAGGTTTCTCGTCTGTCACGGTAGTGATATCCATGGACTGAATAGCCCCACTTGA
GTTAAACATGTCCAGGAGTCCAA*TAGGTGCGAACGAGATGCTTGCAGTGATTTCCTTCA
AA*GGAGAGATGTGGAAGAGTTCATATTCAAGG*ACTTCGAGAGTGAGTGGGATTGAGGC
ACCCTTTGGTAGTCTAACCAGCTCTCCTGATTTATAAGCGTAGACTATTGAATCTCCACT
CCAATCTGGACCAGCCACTTCGGAGATGAGATCAGCATCCTCCGCACGGACCGAACCCGT
GAGAGTACCAGGAGAAGTATCATGAATCCTGTTCTTCTTGGTATCCTTGCACCAACCAGC
ACCTTGACAGTTGAAAACACCAACTATACCAGTAAACTTATTCATATTCCAGATCTTCAG
CAAGCTGGTTCCATCTCTAGCTGGATCAGCAAATAGGCAGTCACGTGTTGGCCTACCCGG
AAGCTTAGCACGAAGAACCGAACCGTCAGGAAGAACCAGCTTCCTCAATAGATCAAAGTT
GTGGTTGCCCGGCTTGTCACTGACATAGATTGCACATCCACCTACCGCACGTGCTGCAGC
ATGGTACTCTGCAGTTGGGTGTAAACTATGGAACATGTCCCAGTCAGGTTGCATGAACTC
TCCAAGGAAAAGAGTATTATACGCAGCTGATGCTATGTGC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 2 6

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CCGTCTTCGACTTCGACCACTATAACCGTCCTCTCTTCTCTCTCCTCTCCGATATACCTC
ATCACCACAAGATCATACTCGTGGGACATAGCATAGGCGGGGCAAGTGTCACCGAAGCTC
TCTGCAAGTTCACAGACAAAATCTCCATGACCGTTTACCTCGTAGCTGACATGGTTCAAC
CCGGATCCACGTCTTCTCCTCATTCCACCATGTCTGTGGGAGAAGAAGAAGACATATGGG
AGTTTACATACGGTGAAGGCGCTGATAAGCCACCCACTAGTGCGCAAATGAAAGAGGAAT
ATAGACGGCATTATTTCTATAGCCAAAGCCCTCTTGAGGATGTAGTTTTGGCATCTAAGC
TGTTGCGACCTTGTCCAGTAAGGGCTTTGCGAGGTATTGATAAGCTGCCTCCAAACCCTG
AAGCTGAGAAAGTTCCTCGAGTTTACATCAAGACTGGTAAAGATAACCTATGTTACCCTA
TACTCCAGGACCGTATGGTGGAGAAGTGGCCACCATCTCAGTTGTATACACTGGAGGAGA
GTGACCATTCTGCTTTCTTCTCTGTTCCAACTACCTTGTTCACTTGTCTCCTCCGTGCTA
TATTTTCTCTTCAACTATAATTTAAAACTCATTTTTGGTTTGAACATGTCCCGCCCTCAC
TACACTATCGATCTTCTTGTTGTTTGAGTGGTAGGAATGATTGAGAATTGAGATTATGAT
TTTATCAAGTAGTTTCTAGTTTTGTATGTGCCTCATTTGAGTTTAAATAAGCTTGAAAAC
AAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1D559TF U 1
AF RR1A178TF U 1
AF RR1D559JQ C 261
AF RR1A178JQ C 254
BS 1 753 RR1A178TF
BS 754 754 RR1A178JQ
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RD RR1D559TF 750 0 0
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TCTGCAAGTTCACAGACAAAATCTCCATGACCGTTTACCTCGTAGCTGACATGGTTCAAC
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ATAGACGGCATTATTTCTATAGCCAAAGCCCTCTTGAGGATGTAGTTTTGGCATCTAAGC
TGTTGCGACCTTGTCCAGTAAGGGCTTTGCGAGGTATTGATAAGCTGCCTCCAAACCCTG
AAGCTGAGAAAGTTCCTCGAGTTTACATCAAGACTGGTAAAGATAACCTATGTTACCCTA
TACTCCAGGACCGTATGGTGGAGAAGTGGCCACCATCTCAGTTGTATACACTGGAGGAGA
GTGACCATTCTGCTTTCTTCTCTGTTCCAACTACCTTGTTCACTTGTCTCCTCCGTGCTA
TATTTTCTCTTCAACTATAATTTAAAACTCATTTTTGGTTTGAACATGTCCCGCCCTCAC
TACACTATCGATCTTCTTGTTGTTTGAGTG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1A178TF 835 0 0
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CCGTCTTCGACTTCGACCACTATAACCGTCCTCTCTTCTCTCTCCTCTCCGATATACCTC
ATCACCACAAGATCATACTCGTGGGACATAGCATAGGCGGGGCAAGTGTCACCGAAGCTC
TCTGCAAGTTCACAGACAAAATCTCCATGACCGTTTACCTCGTAGCTGACATGGTTCAAC
CCGGATCCACGTCTTCTCCTCATTCCACCATGTCTGTGGGAGAAGAAGAAGACATATGGG
AGTTTACATACGGTGAAGGCGCTGATAAGCCACCCACTAGTGCGCAAATGAAAGAGGAAT
ATAGACGGCATTATTTCTATAGCCAAAGCCCTCTTGAGGATGTAGTTTTGGCATCTAAGC
TGTTGCGACCTTGTCCAGTAAGGGCTTTGCGAGGTATTGATAAGCTGCCTCCAAACCCTG
AAGCTGAGAAAGTTCCTCGAGTTTACATCAAGACTGGTAAAGATAACCTATGTTACCCTA
TACTCCAGGACCGTATGGTGGAGAAGTGGCCACCATCTCAGTTGTATACACTGGAGGAGA
GTGACCATTCTGCTTTCTTCTCTGTTCCAACTACCTTGTTCACTTGTCTCCTCCGTGCTA
TATTTTCTCTTCAACTATAATTTAAAACTCATTTTTGGTTTGAACATGTCCCGCCCTCAC
TACACTATCGATCTTCTTGTTGTTTGAGTGGTACGAATGATTGAGAATTGAGATTATGAT
TT*ATCAAGTAGTTTCTAGTTTTGTATGTGCCTCATTTGAGTTTAAATAAGCTTG

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DS 

RD RR1D559JQ 575 0 0
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GCTGATAAGCCACCCACTAGTGCGCAAATGAAAGAGGAATATAGACGGCATTATTTCTAT
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AGGGCTTTGCGAGGTATTGATAAGCTGCCTCCAAACCCTGAAGCTGAGAAAGTTCCTCGA
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GAGAAGTGGCCACCATTTCAGTTGTATACACTGGAGGAGAGTGACCATTCTGCTTTTTTT
TCTGTTCCAACTACCTTGTTCACTTGTCTCCTCCGTGCTATATTTTCTCTTCAACTATAA
TTTAAAACTCATTTTTGGTTTGAACATGTCCCGCCCTCACTACACTATCGATCTTCTTGT
TGTTTGAGTGGTAGGAATGATTGAGAATTGAGATTATGATTTTATCAAGTAGTTTCTAGT
TTTGTATGTGCCTCATTTGAGTTTAAATAAGCTTG

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1A178JQ 592 0 0
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TGAAGGCGCTGATAAGCCACCCATTAGTGCGCAAATGAAAGAGGAATATAGACGGCATTA
TTTCTATAGCCAAAGCCCTCTTGAGGATGTAGTTTTGGCATTTAAGCTGTTGCGACCTTG
TCCAGTAAGGGCTTTGCGAGGTATTGATAAGCTGCCTCCAAACCCTGAAGCTGAGAAAGT
TCCTCGAGTTTACATCAAGACTGGTAAAGATAACCTATGTTACCCTATACTCCAGGACCG
TATGGTGGAGAAGTGGCCACCATTTCAGTTGTATACACTGGAGGAGAGTGACCATTCTGC
TTTTTTTTCTGTTCCAACTACCTTGTTCACTTGTTTCCTCCGTGCTATATTTTCTCTTCA
ACTATAATTTAAAACTCATTTTTGGTTTGAACATGTCCCGCCCTCACTACACTATCGATC
TTCTTGTTGTTTGAGTGGTAGGAATGATTGAGAATTGAGATTATGATTTTATCAAGTAGT
TTCTAGTTTTGTATGTGCCTCATTTGAGTTTAAATAAGCTTGAAAACAAACC

QA 1 592 1 592
DS 



CO CL1471Contig2 844 2 1 U
GGATAGAGGGAGAGTGTGTGAGAGACTGCTATGGGAGGAGACGCTGGTGATGATGAGCCC
ATAATTCACTTTGTACTCGTTCACGGAGCCTGCCACGGTGCCTGGTGTTGGTATAAACTC
ACCACTCTTCTTCTCTCCGCCGGATTCAAAGCCACCACCGTCGACCTCACCAGCGCTGGA
ATCAACCTCACCGACGCTAACACCGTCTTCGACTTCGACCACTATAACCGTCCTCTCTTC
TCTCTCCTCTCCGATATACCTCATCACCACAAGACCATACTCGTGGGACATAGCATAGGC
GGAGCAAGTGTCACCGAAGCTCTCTGCAAGTTCACAGACAAAATCTCCATGACCGTTTAC
CTCGTAGCTGACATGGTTCAACCCGGATCCACGTCTTCTCCTCATTCCACCATGTCTGTG
GGAGAAGAAGAAGACATATGGGAGTTTACATACGGTGAAGGCGCTGATAAGCCACCCACT
AGTGCGCAAATGAAAGAGGAATATAGACGGCATTATTTCTATAGCCAAAGCCCTCTTGAG
GATGTAGTTTTGGCATCTAAGCTGTTGCGACCTTGTCCAGTAAGGGCTTTGCGAGGTATT
GATAAGCTGCCTCCAAACCCTGAAGCTGAGAAAGTTCCTCGAGTTTACATCAAGACTGGT
AAAGATAACCTATGTTACCCTATACTCCAGGACCGTATGGTGGAGAAGTGGCCACCATCT
CAGTTGTATACACTGGAGGAGAGTGACCATTCTGCTTTCTTCTCTGTTCCAACTACCTTG
TTCGCTTGTCTCCTCCGTGCTATATTTTCTCTTCAACTATAATTTAAAACTCATTTTTGG
TTTG


BQ
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AF RR1AS11JQ C 1
AF RR1AS11TF U 1
BS 1 844 RR1AS11TF

RD RR1AS11JQ 844 0 0
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DS 

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ACCACTCTTCTTCTCTCCGCCGGATTCAAAGCCACCACCGTCGACCTCACCAGCGCTGGA
ATCAACCTCACCGACGCTAACACCGTCTTCGACTTCGACCACTATAACCGTCCTCTCTTC
TCTCTCCTCTCCGATATACCTCATCACCACAAGACCATACTCGTGGGACATAGCATAGGC
GGAGCAAGTGTCACCGAAGCTCTCTGCAAGTTCACAGACAAAATCTCCATGACCGTTTAC
CTCGTAGCTGACATGGTTCAACCCGGATCCACGTCTTCTCCTCATTCCACCATGTCTGTG
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AGTGCGCAAATGAAAGAGGAATATAGACGGCATTATTTCTATAGCCAAAGCCCTCTTGAG
GATGTAGTTTTGGCATCTAAGCTGTTGCGACCTTGTCCAGTAAGGGCTTTGCGAGGTATT
GATAAGCTGCCTCCAAACCCTGAAGCTGAGAAAGTTCCTCGAGTTTACATCAAGACTGGT
AAAGATAACCTATGTTACCCTATACTCCAGGACCGTATGGTGGAGAAGTGGCCACCATCT
CAGTTGTATACACTGGAGGAGAGTGACCATTCTGCTTTCTTCTCTGTTCCAACTACCTTG
TTCGCTTGTCTCCTCCGTGCTATATTTTCTCTTCAACTATAATTTAAAACTCATTTTTGG
TTTG

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 4

CO CL1472Contig1 1183 4 5 U
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CAGTGATTCCTGGCTGCTCTCTGTCGCGTTCTACTTTGGTGCACGTTTTGGGTTTGGTAA
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GACAGGCAATGCAAAGCAATCCAAGGATCTATCTGCC******AACAACAACAACAGTAG
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BQ
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AF RR1FI69TF U 29
AF RR1AH90TF U 1
AF RR1CO65TF U 545
AF RR1AH90JQ C 374
BS 1 815 RR1AH90TF
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BS 874 1140 RR1CO65TF
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GGG
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AAGGACTGGGTGTCTCTGGTCGCTGTTCACAGTGATTCCTGGCTGCTCTCTGTCGCGTTC
TACTTTGGTGCACGTTTTGGGTTTGGTAAGAACGAGAGGAAGAAGCTCTTCCAGATGATA
AACGAGCTCCCAACCATTTTCGAGATTGTGACAGGCAATGCAAAGCAATCCAAGGATCTA
TCTGCC******AACAACAACAACTGTAGCAAAAGCAAATCCAACGGCTTGAAG*TTCCA
AAGATGTCATCTCCACCGCCTAAAGAAGA*GACGAGAGTG

QA 4 643 4 643
DS 

RD RR1AH90TF 873 0 0
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CCTCCGGCGATTGTGAGGCATCCCGAATTAAATCCTCTGTGGGGGAGGTTTGATTGGAAA
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QA 1 873 1 873
DS 

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GTTGTTGTTAATGTCAATGCTACTACTGATTTGGCCTCTGCTTAAGTCTGTTTAAA
G

QA 1 596 1 596
DS 

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CTGCTCTCTGTCGCGTTCTACTTTGGTGCACGTTTTGGGTTTGGTAAGAACGAGAGGAAG
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AAGATAACACCTGCAAAAGCGGAACACATCAAGCATTACAAATGCCCAACTTGCAGTAAC
AAGAGAGCCAGGCCTTGATGATGCCTAAGTGAGCAAAGGTAAAAGAGTTAGGAGGAAGCT
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AATGTCAATGCTACTACTGATTTGGCCTCTGCTTAAGTCTGTTTAAATTATCCTAGACTC
CTGCTTAAATATGCTTAAGGTTGTTTTCAC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 6

CO CL1473Contig1 1174 6 10 U
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AGCGTCTCTACCTTTCGATTTTTCGCTCATCTAGATTCACTCTCTAAAGCGGGAGGCGAT
GGCTTCTTTGTTCAAGGAGCAAACAAAGCTGTCGGCTTATCGAGACAGAAGGTTCTCAGG
CACACGGGAGGAGTTCGAGGAGGCGTTAAGGACCTCTTCCACCGTTTACATTGGGAACGT
CTCTTTCTACACAACCGAAGAGCAGATTTACGAGCTTTTCTCCAGGGCAGGAGAGATTAA
AAAGATTATCATGGGACTCGACAAGAACACCAAAACCCCCTGTGGTTTCTGTTTCGTCCT
GTTCTACTCGAGAGAGGATACAGAGGATGCAGTCAAGTACATAAGTGGCACCATTCTTGA
TGACCGCCCTATTCGTGTGGACTTTGATTGGGGATTCCAAGAAGGAAGGCAATGGGGACG
TGGCAGAAGCGGTGGCCAGGTTCGAGATGAATACCGTACAGATTATGATCCTGCTAGAGG
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TGGACCTCGTGGAGGGGGATATGGCCAAGGAGGATCTAATCGCCATGGAAGAGGCGGAGA
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CTCAGATCATGAGACTAGGAGAGACTCTGATCATGACATGAGACCGGAAAAGAACCCACG
ATTCCGTGAGAGCGGTGACTCGGACGATGACGGTGAAGATGATCGGAAGAAGTCTTAAAA
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TGCTACGTTTGTGTGCCAAAATGCCCATGTGAAGGCCCACAGTATCAGTTCACTTTGGTT
AAAAATGTTCCGTCGAGGCTTCGACCAATAAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW31TF U 1
AF RR1EQ67TF U 26
AF RR1BZ30JQ C 757
AF RR1BZ30TF U 757
AF RR1EQ67JQ C 363
AF RR1FW31JQ C 525
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RD RR1FW31TF 540 0 0
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GGCTTCTTTGTTCAAGGAGCAAACAAAGCTGTCGGCTTATCGAGACAGAAGGTTCTCAGG
CACACGGGAGGAGTTCGAGGAGGCGTTAAGGACCTCTTCCACCGTTTACATTGGGAACGT
CTCTTTCTACACAACCGAAGAGCAGATTTACGAGCTTTTCTCCAGGGCAGGAGAGATTAA
AAAGATTATCATGGGACTCGACAAGAACACCAAAACCCCCTGTGGTTTCTGTTTCGTCCT
GTTCTACTCGAGAGAGGACACAGAGGATGCAGTCAAGTACATAAGTGGCACCATTCTTGA
TGACCGCCCTATTCGTGTGGACTTTGATTGGGGATTCCAAGAAGGAAGGCAATGGGGACG
TGGCAGAAGCGGTGGCCAGGTTCGAGATGAATACCGTACAGATTATGATCCTG
ATATCCT

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1EQ67TF 685 0 0
GG
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CATCTAGATTCACTCTCTAAAGCGGGAGGCGATGGCTTCTTTGTTCAAGGAGCAAACAAA
GCTGTCGGCTTATCGAGACAGAAGGTTCTCAGGCACACGGGAGGAGTTCGAGGAGGCGTT
AAGGACCTCTTCCACCGTTTACATTGGGAACGTCTCTTTCTACACAACCGAAGAGCAGAT
TTACGAGCTTTTCTCCAGGGCAGGAGAGATTAAAAAGATTATCATGGGACTCGACAAGAA
CACCAAAACCCCCTGTGGTTTCTGTTTCGTCCTGTTCTACTCGAGAGAGGATACAGAGGA
TGCAGTCAAGTACATAAGTGGCACCATTCTTGATGACCGCCCTATTCGTGTGGACTTTGA
TTGGGGATTCCAAGAAGGAAGGCAATGGGGACGTGGCAGAAGCGGTGGCCAGGTTCGAGA
TGAATACCGTACAGATTATGATCCTGCTAGAGGCGGTTATGGAAAATTAGTTCAGAAGGA
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TGCACCCGCGCCATCTAATTATGAAAGGCGTGGTGGACCTCGTGGAGGGGGATATGGCCA
AAGAGGATCTAATCGCCATGGAA

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR1BZ30JQ 269 0 0
G
GGACGCGACAACTCGAGAAGAAACTCAGATCATGAGACTAGGAGAGACTCTGATCATGAC
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GTGTAATCTTTTAGTTTTATGAGGCTGAACTCAACTTGGGGGTTTTCCAGATTTTCATTT
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QA 2 269 2 269
DS 

RD RR1BZ30TF 269 0 0
G
GGACGCGACAACTCGAGAAGAAACTCAGATCATGAGACTAGGAGAGACTCTGATCATGAC
ATGAGACCGGAAAAGAACCCACGATTCCGTGAGAGCGGTGACTCGGACGATGACGGTGAA
GATGATCGGAAGAAGTCTTAAAATGAAGTTTAGAAGTTGCAAATGTTATTTGAAGGATCA
GTGTAATCTTTTAGTTTTATGAGGCTGAACTCAACTTGGGGGTTTTCCAGATTTTCATTT
CAACATTTATTTAAGTTGAGTTTCAGAC

QA 2 269 2 269
DS 

RD RR1EQ67JQ 722 0 0
TCTACTCGAGAGAGGATACAGAGGATGCAGTCAAGTACATAAGTGGCACCATTCTTGATG
ACCGCCCTATTCGTGTGGACTTTGATTGGGGATTCCAAGAAGGAAGGCAATGGGGACGTG
GCAGAAGCGGTGGCCAGGTTCGAGATGAATACCGTACAGATTATGATCCTGCTAGAGGCG
GTTATGGAAAATTAGTTCAGAAGGAACTCGAAGCACAAAGACAGCTCGTAGATTACGGTA
CTGGTTCACTCGGAGGATCCTACCCTGCACCCGCGCCATCTAATTATGAAAGGCGTGGTG
GACCTCGTGGAGGGGGATATGGCCAAGGAGGATCTAATCGCCATGGAAGAGGCGGAGATT
TTCATCGGAAACGACAAAGGGACGATGATCGTTATGGACGCGACAACTCGAGAAGAAACT
CAGATCATGAGACTAGGAGAGACTCTGATCATGACATGAGACCGGAAAAGAACCCACGAT
TCCGTGAGAGCGGTGACTCGGACGATGACGGTGAAGATGATCGGAAGAAGTCTTAAAATG
AAGTTTAGAAGTTGCAAATGTTATTTGAAGGATCAGTGTAATCTTTTAGTTTTATGAGGC
TGAACTCAACTTGGGGGTTTTCCAGATTTTCATTTCAACATTTATTTAAGTTGAGTTTCA
GACAATATGAGAGATGTCCTCATTTAACCTTGTCTGCTTGAAACAACGGAATTATCATTG
CT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1FW31JQ 650 0 0
CGTTGTTAC
CTAGAGGTGGTTATGGAAAATTAGTTCAGAAGGAACTCGAAGCACAAAGACAGCTCGTAG
ATTACGGTACTGGTTCACTCGGAGGATCCTACCCTGCACCCGCGCCATCTAATTATGAAA
GGCGTGGTGGACCTCGTGGAGGGGGATATGGCCAAGGAGGATCTAATCGCCATGGAAGAG
GCGGAGATTTTCATCGGAAACGTCAAAGGGACGATGATCGTTATGGACGCGACAACTCGA
GAAGAAACTCAGATCATGAGACTAGGAGAGACTCTGATCATGACATGAGACCGGAAAAGA
ACCCACGATTCCGTGAGAGCGGTGACTCGGACGATGACGGTGAAGATGATCGGAAGAAGT
CTTAAAATGAAGTTTAGAAGTTGCAAATGTTATTTGAAGGATCAGTGTAATCTTTTAGTT
TTATGAGGCCGAACTCAACTTGGGGGTTTTCCAGATTTTCATTTCAACATTTATTTAAGT
TGAGTTTCAGACAATATGAGAGATGTCCTCATTTAACCTTGTCTGCTTGAAACAACGGAA
TTATCATTGCTACGTTTGTGTGCCAAAATGCCCATGTGAAGGCCCACAGTATCAGTTCAC
TTTGGTTAAAAATGTTCCGTCGAGGCTTCGACCAATAAAAC

QA 10 650 10 650
DS 



AS 2 6

CO CL1474Contig1 561 3 2 U
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CACCAACATCAACAACAAAAATAAACATCCAAATTTGTTTTTGATAAAACAAAACAGCTT
TGCCCGCTGTTGAAATAATAGATTTGGCTTCGTGTCGTTAAAAAAAACTTAAGAGGCTTC
AAACTTCGGAAGGAGTCTTTGTCGTCATCTGATCAACGGCATGAACTACGTTCTGAAGCT
CCTCCCAAATGGCTTTGCATAAGAGTTTGATCAATCGACCCGGTATCGTTTATCTGAGAG
GATCTTGTACTGAGATTCCGGCTGCGAATGTTAGCGGCACCGAACCCAGAAGCCCTGAAA
ACTCCGCTGCGGTAAATCGACGACGACGGCGTGGTAGTCTCTCCACGAGACAAAACGGCG
CTTACGCGCCTCGAACTAGAGCTTCTCGCGGCGGGAGATGGCAGAAACGAAGAGAAGGGT
CTCTTCGGGGATTTGAAAAGGAGATGAAGTGTCGATTTTGTGGAGGAGAGGAGAGCGAGT
GGACGAGTTGTCGCCATTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H740JQ U 16
AF RR1E436JQ U 1
AF RR1E436TF C 1
BS 1 541 RR1E436JQ
BS 542 561 RR1E436TF

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CAAAAATAAACATCCAAATTTGTTTTTGATAAAACAAAACAGCTTTGCCCGCTGTTGAAA
TAATAGATTTGGCTTCGTGTCGTTAAAAAAAACTTAAGAAGCTTCAAACTTCCGAAGGAG
TCTTTGTCGTCATCTGATCAACGGCATGAACTACCTTCTGAAGCTCCTCCCAAA
AG

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DS 

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TGCCCGCTGTTGAAATAATAGATTTGGCTTCGTGTCGTTAAAAAAAACTTAAGAGGCTTC
AAACTTCGGAAGGAGTCTTTGTCGTCATCTGATCAACGGCATGAACTACGTTCTGAAGCT
CCTCCCAAATGGCTTTGCATAAGAGTTTGATCAATCGACCCGGTATCGTTTATCTGAGAG
GATCTTGTACTGAGATTCCGGCTGCGAATGTTAGCGGCACCGAACCCAGAAGCCCTGAAA
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CTCTTCGGGGATTTGAAAAGGAGATGAAGTGTCGATTTTGTGGAGGAGAGGAGAGCGAGT
G
GA

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DS 

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GGTGGCAGCCGACAAAAAAAATTGAGACACAGCAAAAGATGTCACATAGTCGGGATAACA
CACCAACATCAACAACAAAAATAAACATCCAAATTTGTTTTTGATAAAACAAAACAGCTT
TGCCCGCTGTTGAAATAATAGATTTGGCTTCGTGTCGTTAAAAAAAACTTAAGAGGCTTC
AAACTTCGGAAGGAGTCTTTGTCGTCATCTGATCAACGGCATGAACTACGTTCTGAAGCT
CCTCCCAAATGGCTTTGCATAAGAGTTTGATCAATCGACCCGGTATCGTTTATCTGAGAG
GATCTTGTACTGAGATTCCGGCTGCGAATGTTAGCGGCACCGAACCCAGAAGCCCTGAAA
ACTCCGCTGCGGTAAATCGACGACGACGGCGTGGTAGTCTCTCCACGAGACAAAACGGCG
CTTACGCGCCTCGAACTAGAGCTTCTCGCGGCGGGAGATGGCAGAAACGAAGAGAAGGGT
CTCTTCGGGGATTTGAAAAGGAGATGAAGTGTCGATTTTGTGGAGGAGAGGAGAGCGAGT
GGACGAGTTGTCGCCATTCCC

QA 1 561 1 561
DS 



CO CL1474Contig2 730 3 17 U
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CCACAAGATCGACCCTTCATCTCCTTTTCAAATCCCCGAAGAGACCCTTCTCTTCGTTTC
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CCGGGTCGATTGATCAAACTCTTATGCAATCCATGGAGCAAAAGATCAAAGAACAATTGA
ATGCAGAGTCGGTTTCTGTCAAGGATATGTCTGGAGATGGTCGCCACGTTTGCATCAATG
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CCATTTGGGAGGAGCTTCAGAACGTAGTTCATGCCGTTGATCAGATGACGACAAAGACTC
CTTCCGAAGTTTGAAGCCTCTTAAGTTTTTTTTAACGACACGAAGCCAAATCTATTATTT
CAACAGCGGACAAAGCTGTTTTGTTTTATCAAAAACAAATTTGGATGTTTATTTTTGTTG
TTGATGTTGGTGTGTTATCCCGGCTATGTGACATCTTTTGCTGTGTCTCAATTTTTTTTG
TCGGCTGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H740TF U 1
AF RR1CK68TF U 10
AF RR1CK68JQ C 10
BS 1 41 RR1H740TF
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BS 101 101 RR1CK68TF
BS 102 482 RR1H740TF
BS 483 483 RR1CK68TF
BS 484 609 RR1H740TF
BS 610 610 RR1CK68TF
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BS 636 682 RR1H740TF
BS 683 683 RR1CK68TF
BS 684 707 RR1H740TF
BS 708 710 RR1CK68TF
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RD RR1H740TF 707 0 0
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CCACAAGATCGACCCTTCATCTCCTTTTCAAATCCCCGAAAAGACCCTTCTCTTCGTTTC
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GAGAGACTACCACGCCGTCGTCGTCGATTTACCGCAGCGGAGTTTTCAGGGCTTCTGGGT
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CCGGGTCGATTGATCAAACTCTTATGCAATCCATGGAGCAAAAGATCAAAGAACAATTGA
ATGCAGAGTCGGTTTCTGTCAAGGATATGTCTGGAGATGGTCGCCACGTTTGCATCAATG
TCGTATCGTCCGCTTTTGAGGGACAATCTGCAGTGAACAGACAGAGAATGGTCTACAAAG
CCTTTTGGGAGGAGCTTCAGAACGTAGTTCATGCCGTTGATCAGATGACGACAAAGACTC
CTTCCGAAGTTTGAAGCCTCTTAAGTTTTTTTTAACGACACGAAGCCAAATCTATTATTT
CAACAGCGGGCAAAGCTGTTTTGTTTTATCAAAA*CAAATTTGGATGTTTATTTTTGTTG
TTGATGTTGGTGTGTTATCCCGACTATGTGACATCTTTTGCTGTGTC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1CK68TF 718 0 0
GG
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ACCCTTCATCTCCTTTTCAAATCCCCGAAGAGACCCTTCTCTTCGTTTCTGCCATCTCCC
GCCGCGAGAAGCTCTAGTTCGAGGCGCGTAAGCGCCGTTTTGTCTCGTGGAGAGACTACC
ACGCCGTCGTCGTCGATTTACCGCAGCGGAGTTTTCAGGGCTTCTGGGTTCGGTGCCGCT
AACATTCGCAGCCGGAATCTCAGTACAAGATCCTCTCAGATAAACGATGCCGGGTCGATT
GATCAAACTCTTATGCAATCCATGGAGCAAAAGATCAAAGAACAATTGAATGCAGAGTCG
GTTTCTGTCAAGGATATGTCTGGAGATGGTCGCCACGTTTGCATCAATGTCGTATCGTCC
GCTTTTGAGGGACAATCTGCAGTGAACAGACAGAGAATGGTCTACAAAGCCATTTGGGAG
GAGCTTCAGAACGTAGTTCATGCCGTTGATCAGATGACGACAAAGACTCCTTCCGAAGTT
TGAAGCCTCTTAAGTTTTTTTTAACGACACGAAGCCAAATCTATTATTTCAACAGCGGAC
AAAGCTGTTTTGTTTTATCAAAAACAAATTTGGATGTTTATTTTTGTTGTTGATGTTGGT
GTGTTATCCCGGCTATGTGACATCTTTTGCTGTGTCTCATTTTTTT
GTCGCTGCCT

QA 3 708 3 708
DS 

RD RR1CK68JQ 721 0 0
GG
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ACCCTTCATCTCCTTTTCAAATCCCCGAAGAGACCCTTCTCTTCGTTTCTGCCATCTCCC
GCCGCGAGAAGCTCTAGTTCGAGGCGCGTAAGCGCCGTTTTGTCTCGTGGAGAGACTACC
ACGCCGTCGTCGTCGATTTACCGCAGCGGAGTTTTCAGGGCTTCTGGGTTCGGTGCCGCT
AACATTCGCAGCCGGAATCTCAGTACAAGATCCTTTCAGATAAACGATGCCGGGTCGATT
GATCAAACTCTTATGCAATCCATGGAGCAAAAGATCAAAGAACAATTGAATGCAGAGTCG
GTTTCTGTCAAGGATATGTCTGGAGATGGTCGCCACGTTTGCATCAATGTCGTATCGTCC
GCTTTTGAGGGACAATCTGCAGTGAACAGACAGAGAATGGTCTACAAAGCCATTTGGGAG
GAGCTTCAGAACGTAGTTCATGCCGTTGATCAGATGACGACAAAGACTCCTTCCGAAGTT
TGAAGCCTCTTAAGTTTTTTTTAACGACACGAAGCCAAATCTATTATTTCAACAGCGGAC
AAAGCTGTTTTGTTTTATCAAAAACAAATTTGGATGTTTATTTTTGTTGTTGATGTTGGT
GTGTTATCCCGGCTATGTGACATCTTTTGCTGTGTCTCAATTTTTTTTGTCGGCTGCCT

QA 3 721 3 721
DS 



AS 1 6

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CTTTCGATGAAGAGACTCACGACGGTTACCATTTCAAAAACTCATGGCGGAGATATCTCC
GGTTATGTCCTCCGACACGCTACCACCCGGTTCGACCGCCTCTTCACCGCATTTAGGCAA
ACGGAGAGCATGAGAGACCGTCACGACGATAGGTCCACAGCGAGTTACGTGACAGATAAG
GCAAAGGAAGGGGTGAAGAAAGCGACCGATGCAGCTGTGAACGCAGGAGATAACATGAAG
GATGCGATGGACGGGGCCTGGAAAGCGGCTAAGGAAACGGGTCAGAACATCAGCGAAGCC
GTTACGGGGGATGATGACAACGGCGACAGGATTCAAGAGGACAAGGTCGCGGTAGAGCTG
AAGGATGTGAGGCAGCCTGTTGACACCACGGAGTATAGAGGTGTGGAGGATCTACATCAT
CAGCAAACCGACGGCGAGAATAAATCACCGTGAGAGAATGCGTGAGGGTGTCTATTGTTT
TTTTTTTTTTTTTTTCTTATCGTTGTTGTTTGTTTCAATTATGAAGGAACCCGTTACTAG
ATTTGATTACGTTTTGTTCTTATCAGTTAAAACGGGAAAATAACAAATCGTTTTGAAGTT
TTGGGC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 

AF RR1H073TF U 4
AF RR1HB83TF U 1
AF RR1HB83JQ C 287
AF RR1H073JQ C 133
AF RR1GZ01JQ C 192
AF RR1GZ01TFB U 192
BS 1 26 RR1HB83TF
BS 27 27 RR1H073TF
BS 28 231 RR1HB83TF
BS 232 232 RR1H073TF
BS 233 415 RR1HB83TF
BS 416 416 RR1H073TF
BS 417 536 RR1HB83TF
BS 537 666 RR1GZ01TFB

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GG
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GGGGGGTGATGACAACGGCGACAGGATTCAAGAGGACAAGGTCGCGGTAGAGCTGAAGGA
TGTGAGGCAGCCTGTTGACACCACGGAGTATAGAGGTGTGGAGGATCTA

QA 3 471 3 471
DS 

RD RR1HB83TF 536 0 0
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CTTTCGATGAAGAGACTCACGACGGTTACCATTTCAAAAACTCATGGCGGAGATATCTCC
GGTTATGTCCTCCGACACGCTACCACCCGGTTCGACCGCCTCTTCACCGCATTTAGGCAA
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GCAAAGGAAGGGGTGAAGAAAGCGACCGATGCAGCTGTGAACGCAGGAGATAACATGAAG
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AAGGATGTGAGGCAGCCTGTTGACACCACGGAGTATAGAGGTGTGGAGGATCTACATCAT
CAGCAAACCGACGGCGAGAATAAATCACCGTGAGAGAATGCGTGAGGGTGTCTATT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1HB83JQ 334 0 0
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ACATCAGCGAAGCCGTTACGGGGGATGATGACAACGGCGACAGGATTCAAGAGGACAAGG
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AGGATCTACATCATCAGCAAACCGACGGCGAGAATAAATCACCGTGAGAGAATGCGTGAG
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QA 1 334 1 334
DS 

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GTGAAGAAAGCGACCGATGCAGCTGTGAACGCAGGAGATAACATGAAGGATGCGATGGAC
GGGGCCTGGAAAGCGGCTAAGGAAACGGGTCAGAACATCAGGGAAGCCGTTACGGGGGGT
GATGACAACGGCGACAGGATTCAAGAGGACAAGGTCGCGGTAGAGCTGAAGGATGTGAGG
CAGCCTGTTGACACCACGGAGTATAGAGGTGTGGAGGATTTACATCATCAGCAAACCGAC
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TTTCTTATCGTTGTTGTTTGTTTCAATTATGAAGGAACCCGTTACTAGATTTGATTACGT
TTTGTTCTTATCAGTTAAAACGGGAAAATAACAAATCGTTTTGAAGTTTTGGGC

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1GZ01JQ 475 0 0
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QA 1 475 1 475
DS 

RD RR1GZ01TFB 475 0 0
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TGATGACAACGGCGACAGGATTCAAGAGGACAAGGTCGCGGTAGAGCTGAAGGATGTGAG
GCATCCTGTTGACACCACGGAGTATAGAGGTGTGGAGGATCTACATCATCAGCAAACCGA
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TTTTCTTATCGTTGTTGTTTGTTTCAATTATGAAGGAACCCGTTACTAGATTTGATTACG
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QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 6

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CTTGGGGACAGTGAAAGAGAAGTCTTCAAGAGGCGCACCCTTGAACTCAGGATTGGCTTC
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TTTCGCTACGCTCCCGTTCTCTTCCTCCGCCATAGCTCTGATTTGCTTCTTCTTCACTTG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1AL20JQ U 148
AF RR1AL20TF C 1
AF RR1CC20JQ U 1
AF RR1CC20TF C 63
AF RR1AS24JQ U 1
AF RR1AS24TF C 1
BS 1 73 RR1CC20JQ
BS 74 74 RR1AS24JQ
BS 75 147 RR1CC20JQ
BS 148 169 RR1AL20JQ
BS 170 170 RR1CC20JQ
BS 171 223 RR1AL20JQ
BS 224 224 RR1CC20JQ
BS 225 318 RR1AL20JQ
BS 319 319 RR1CC20JQ
BS 320 360 RR1AL20JQ
BS 361 361 RR1CC20JQ
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BS 434 434 RR1CC20JQ
BS 435 525 RR1AL20JQ
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BS 760 776 RR1AS24JQ
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RD RR1AL20JQ 378 0 0
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ATCATCACAAGGTGTAAAAACGGGAGATACACCCTTAGCAGCAACAGGAGGAGAGGCAAC
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QA 1 378 1 378
DS 

RD RR1AL20TF 780 0 0
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QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1CC20JQ 761 0 0
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CC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1CC20TF 699 0 0
AAG
AAAAAACAGATCTACAAACAAACTCAGCAATGAATTAAGACTAGGGAGCAGGAGAAACGT
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CTTCACAGGAGACTTGTTTCTTCTTGTCGCAGGTAAAAGGGTCGTCGATCATACGACTTC
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GTGCCGCATAGGTATCTATCAACCTCCCTGGTGCTACATCTTTCTTGGCTCTTGGTTTCG
CTACGCTC**GTTCTCTTCCTCCGCCATAGCTCT
CC

QA 4 697 4 697
DS 

RD RR1AS24JQ 776 0 0
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QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1AS24TF 776 0 0
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AAAGAAAAAAACAAATCTACAAACAAACTCAGCAATGAATTAAGACTAGGGAGCAGGAGA
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TTTGGGGAGACCAGGCTTGTCGATGACCCAGGTTCGAGAGGAATCATAGTCGAGATCCGC
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GCATTGTGCCGCATAGGTATCTATCAACCTCCCTGGTGCTACATCTTTCTTGGCTCTTGG
TTTCGCTACGCTCCCGTTCTCTTCCTCCGCCATAGCTCTGATTTGCTTCTTCTTCA

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 4

CO CL1477Contig1 1124 4 5 U
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TTCTGCTGGGTGTCTTTGCATTTCTTCTCGTAGTCTCAGAAATGACCGCAGCATCCGCAC
AGAAGTCGGAGAGTGAGGAAACTGTGCAACCTGATCGGCACCATTTTCTTCACCAACAAG
TTCGGTCCCTGTTCCAAGAAACACCAACCGCATCAAGATGGGTTCGGTTCAGGTCATAAC
CATTCTCAGGCGCGGTTAGCCAGACCTCCCTCGTTCGTAGACAGAGTCAAGTCCATCAAC
TTCAGCCTCTACAACTCTCCTTCCCATGAATCCGAGATCCACTTCCACGGGTCGGATTCT
AACCCGAACCCGCCTCTCTCTCTCCTTCAACGGGTCAAATCCTTCAACATGCCTTCCTTC
AAGTTCCCGCAACACAATTCAGAGGGAGACTACGCTGCTTACGCACTCACGACCCCACCC
GAAGATACGAACCGGGTCGACCCGATCGACAAGAACCCTGAAGATAACGTTAACGTACCG
ACACAACCTAGACCCGGAGGTCCATCTCTCTTGCAGCGGGTAAAGTCCATCAAACTCCCT
TCATTGTATAGATCAGAGCCAGAACAGAGCTCCGAAGAGAAAGCGCCGGAGAGGACGAAG
TCGGAGTCGAGTAAGCCGGCGACGAAGAGTAAGAAGAAGAAGGCGGTGAAAAGGATGACG
AAATCCGCTAGCGA*AAAGTCGGCGTCGGGAACATTGGCCGGGAGGAGGAGACGGTTGAG
GCAGTGGAGAAGAGGCGCCCGTAGACGACGAGAGTCGAGAGAACGACGTCGATCGATGAA
GGTGAAGAAGGTGTCGACGACAAAGCTTCCGACTTCATCAACAAGTTTAAGGAGCAGCTG
AAACTACAGAGGCTAGATTCGTTTTTCAGGTACAGGGAGATGCTCAAGAACAATTGAACT
TAAAATTTACGGTTTTACCCTTTGTCGGAATGGAGTTTCTTGTGGGGTGTACTTGGTTAA
AAACGGAATACCCTTGTCTGAAGGGCTTTTTGGTCATTTCGACACATAATGCTTGTCTTT
AGATTTGGTGATGACTGATGACAAACTAGTTTTGTCGTGTTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D464TF U 1
AF RR1A453TF U 367
AF RR1D464JQ C 421
AF RR1A453JQ C 571
BS 1 590 RR1D464TF
BS 591 924 RR1A453TF
BS 925 925 RR1D464JQ
BS 926 1018 RR1A453TF
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RD RR1D464TF 594 0 0
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TTCTGCTGGGTGTCTTTGCATTTCTTCTCGTAGTCTCAGAAATGACCGCAGCATCCGCAC
AGAAGTCGGAGAGTGAGGAAACTGTGCAACCTGATCGGCACCATTTTCTTCACCAACAAG
TTCGGTCCCTGTTCCAAGAAACACCAACCGCATCAAGATGGGTTCGGTTCAGGTCATAAC
CATTCTCAGGCGCGGTTAGCCAGACCTCCCTCGTTCGTAGACAGAGTCAAGTCCATCAAC
TTCAGCCTCTACAACTCTCCTTCCCATGAATCCGAGATCCACTTCCACGGGTCGGATTCT
AACCCGAACCCGCCTCTCTCTCTCCTTCAACGGGTCAAATCCTTCAACATGCCTTCCTTC
AAGTTCCCGCAACACAATTCAGAGGGAGACTACGCTGCTTACGCACTCACGACCCCACCC
GAAGATACGAACCGGGTCGACCCGATCGACAAGAACCCTGAAGATAACGTTAACGTACCG
ACACAACCTAGACCCGGAGGTCCATCTCTCTTGCAGCGGGTAAAGTCCAT
CAAC

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1A453TF 652 0 0
GGAACCCGC
CTCTCTCTCCTTCAACGGGTCAAATCCTTCAACATGCCTTCCTTCAAGTTCCCGCAACAC
AATTCAGAGGGAGACTACGCTGCTTACGCACTCACGACCC*ACCCGAAGATACGAACCGG
GTCGACCCGATCGACAAGAACCCTGAAGATAACGTTAACGTACCGACACAACCTAGACCC
GGAGGTCCATCTCTCTTGCAGCGGGTAAAGTCCATCAAACTCCCTTCATTGTATAGATCA
GAGCCAGAACAGAGCTCCGAAGAGAAAGCGCCGGAGAGGACGAAGTCGGAGTCGAGTAAG
CCGGCGACGAAGAGTAAGAAGAAGAAGGCGGTGAAAAGGATGACGAAATCCGCTAGCGA*
AAAGTCGGCGTCGGGAACATTGGCCGGGAGGAGGAGACGGTTGAGGCAGTGGAGAAGAGG
CGCCCGTAGACGACGAGAGTCGAGAGAACGACGTCGATCGATGAAGGTGAAGAAGGTGTC
GACGACAAAGCTTCCGACTTCATCAACAAGTTTAAGGAGCAGCTGAAACTACAGAGGCTA
GATTCGTTTCTCAGGTACAGGGAGATGCTCAAGAACAATTGAACTTAAAATTTACGGTTT
TACCCTTTGTCGGAATGGAGTTTCTTGTGGGGTGTACTTGGTT

QA 10 652 10 652
DS 

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AAGTTCCCGCAACACAATTCAGAGGGAGACTACGCTGCTTACGCACTCACGACCCCACCC
GAAGATACGAACCGGGTCGACCCGATCGACAAGAACCCTGAAGATAACGTTAACGTACCG
ACACAACCTAGACCCGGAGGTCCATCTCTCTTGCAGCGGGTAAAGTCCATCAAACTCCCT
TCATTGTATAGATCAGAGCCAGAACAGAGCTCCGAGGAGAAAGCGCCGGAGAGGACGAAG
TCGGAGTCGAGTAAGCCGGCGACGAAGAGTAAGAAGAAGAAGGCGGTGAAAAGGATGACG
AAGTCCGCTAGCGAGAAAGTCGGCGTCGGGAGCATTGGCCGGGAGGAGGAGACGGTTGAG
GCAGTGGAGAAGAGGCGCCCGGAGACGACGAGAGTCGAGAGAACGACGTCGATCGATGAA
GGTGAAGAAGGTGTCGACGACAAAGCTTCCGACTTCACCAACAAGTTTAAGGAGCAGCTG
AAACTACAGAGGCTAGATTCGTTTTTCAGGTACAGGGAGATGCTCAAGAACAATTGAACT
TAAAATTTACGGTTTTACCCTTTGTCGGAATGGAGTTTCTTGTGGGGTGTACTTGGTTAA
AAACGGAATACCCTTGTCTGAAGGGCTTTTTGGTCATTTCGACACATAATGCTTGTCTTT
AGATTTGGTGATGACTGATGACAAACTAGTTTTGTCGTGTTCGC

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DS 

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TCCGAAGAGAAAGCGCCGGAGAGGACGAAGTCGGAGTCGAGTAAGCCGGCGACGAAGAGT
AAGAAGAAGAAGGCGGTGAAAAGGATGACGAAATCCGCTAGCGA*AAAGTCGGCGTCGGG
AACATTGGCCGGGAGGAGGAGACGGTTGAGGCAGTGGAGAAGAGGCGCCCGTAGACGACG
AGAGTCGAGAGAACGACGTCGATCGATGAAGGTGAAGAAGGTGTCGACGACAAAGCTTCC
GACTTCATCAACAAGTTTAAGGAGCAGCTGAAACTACAGAGGCTAGATTCGTTTTTCAGG
TACAGGGAGATGCTCAAGAACAATTGAACTTAAAATTTACGGTTTTACCCTTTGTCGGAA
TGGAGTTTCTTGTGGGGTGTACTTGGTTAAAAACGGAATACCCTTGTTTGAAGGGCTTTT
TGGTCATTTCGACACATAATGCTTGTCTTTAGATTTGGTGATGACTGATGACAAACTAGT
TTT
GTCGTGTT

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 6

CO CL1478Contig1 579 6 9 U
GGATACAATTCAAAGTAATATAAAGCACATCAAGCATGGAGTACTACACATTTTCTCAAG
GGTTTACCGAAAACGACCAAGAACGTGCACCGGGAAAGCATCACGTGAAGA*GACGTGGG
TGAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAG**GAAGAGGTGAACCAAA
TGATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGTGATGTCATCTAGTACGA
TGCTAACAAGTAAGGTGAAGTATCTTAACTATGGAGCTCTCAAACATGATACGCCACCGG
CAGCGTCTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAACAGGTACCACCGTGGCC
ATCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATCTCTGGAGATTATTCTATTTG
CGAATTATTATATGAATAATAAATGACTTTGGTAAATATCTATAACTTCCAAGAGTTTGA
ACAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGCTTGTAAGTTGTAATTTC
TGTTGCGAAATATTGATATCTAAGAGAAAAAATAATATG


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1AJ90JQ C 1
AF RR1AJ90TF U 1
AF RR1A417JQ C 2
AF RR1A446JQ C 57
AF RR1A417TF U 2
AF RR1A446TF U 2
BS 1 1 RR1AJ90JQ
BS 2 111 RR1AJ90TF
BS 112 112 RR1A417TF
BS 113 162 RR1AJ90TF
BS 163 164 RR1A417TF
BS 165 531 RR1AJ90TF
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BS 533 566 RR1AJ90TF
BS 567 579 RR1A417TF

RD RR1AJ90JQ 566 0 0
GGATACAATTCAAAGTAATATAAAGCACATCAAGCATGGAGTACTACACATTTTCTCAAG
GGTTTACCGAAAACGACCAAGAACGTGCACCGGGAAAGCATCACGTGAAGAAGACGTGGG
TGAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAGAGGAAGAGGTGAACCAAA
TGATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGTGATGTCATCTAGTACGA
TGCTAACAAGTAAGGTGAAGTATCTTAACTATGGAGCTCTCAAACATGATACGCCACCGG
CAGCGTCTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAACAGGTACCACCGTGGCC
ATCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATCTCTGGAGATTATTCTATTTG
CGAATTATTATATGAATAATAAATGACTTTGGTAAATATCTATAACTTCCAAGAGTTTGA
ACAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGCTTGTAAGTCGTAATTTC
TGTTGCGAAATATTGATATCTAAGAG

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1AJ90TF 566 0 0
G
GATACAATTCAAAGTAATATAAAGCACATCAAGCATGGAGTACTACACATTTTCTCAAGG
GTTTACCGAAAACGACCAAGAACGTGCACCGGGAAAGCATCACGTGAAGAAGACGTGGGT
GAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAGAGGAAGAGGTGAACCAAAT
GATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGTGATGTCATCTAGTACGAT
GCTAACAAGTAAGGTGAAGTATCTTAACTATGGAGCTCTCAAACATGATACGCCACCGGC
AGCGTCTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAACAGGTACCACCGTGGCCA
TCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATCTCTGGAGATTATTCTATTTGC
GAATTATTATATGAATAATAAATGACTTTGGTAAATATCTATAACTTCCAAGAGTTTGAA
CAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGCTTGTAAGTCGTAATTTCT
GTTGCGAAATATTGATATCTAAGAG

QA 2 566 2 566
DS 

RD RR1A417JQ 578 0 0
GATACAATTCAAAGTAATATAAAGCACATCAAGCATGGAGTACTACACATTTTTTCAAGG
GTTTACCGAAAACGACCAAGAACGTGCACCGGGAAAGCATCACGTGAAGA*GACGTGGGT
GAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAG**GAAGAGGTGAACCAAAT
GATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGTGATGTCATTTAGTACGAT
GCTAACAAGTAAGGTGAAGTATTTTAACTATGGAGCTTTCAAACATGATACGCCCCCGGC
AGCGTTTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAACAGGTACCCCCGTGGCCA
TCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATTTTTGGAGATTATTTTATTTGG
GAATTATTATATGAATAATAAAAGACTTTGGTAAAAATCTATAACTTCCAAGAGTTTGAA
CAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGCTTGTAAGTTGTAATTTTT
GTTGCGAAATATTGATATTTAAGAGAAAAAATAATATG

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1A446JQ 523 0 0
CAAGGGTTTACCGAAAACGACCAAGAACGTGCCCCGGGAAAGCATCACGTGAAGA*GACG
TGGGTGAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAG**GAAGAGGTGAAC
CAAATGATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGTGATGTCATTTAGT
ACGATGCTAACAAGTAAGGTGAAGTATTTTAACTATGGAGCTTTCAAACATGATACGCCC
CCGGCAGGGTTTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAACAGGTACCCCCGT
GGCCATCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATTTTTGGAGATTATTTTA
TTTGCGAATTATTATATGAATAATAAATGACTTTGGTAAATATCTATAACTTCCAAGAGT
TTGAACAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGCTTGTAAGTTGTAA
TTTTTGTTGCGAAATATTGATATTTAAGAGAAAAAATAATATG

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR1A417TF 578 0 0
GATACAATTCAAAGTAATATAAAGCACATCAAGCATGGAGTACTACACATTTTCTCAAGG
GTTTACCGAAAACGACCAAGAACGTGCACCGGGAAAGCATCACGTGAAGA*GACGTGGGT
GAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAG**GAAGAGGTGAACCAAAT
GATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGTGATGTCATCTAGTACGAT
GCTAACAAGTAAGGTGAAGTATCTTAACTATGGAGCTCTCAAACATGATACGCCACCGGC
AGCGTCTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAACAGGTACCACCGTGGCCA
TCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATCTCTGGAGATTATTCTATTTGC
GAATTATTATATGAATAATAAATGACTTTGGTAAATATCTATAACTTCCAAGAGTTTGAA
CAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGCTTGTAAGTTGTAATTTCT
GTTGCGAAATATTGATATCTAAGAGAAAAAATAATATG

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1A446TF 578 0 0
GATACAATTCAAAGTAATATAAAGCACATCAAGCATGGAGTACTACACATTTTCTCAAGG
GTTTACCGAAAACGACCAAGAACGTGCACCGGGAAAGCATCACGTGAAGA*GACGTGGGT
GAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAG**GAAGAGGTGAACCAAAT
GATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGTGATGTCATCTAGTACGAT
GCTAACAAGTAAGGTGAAGTATCTTAACTATGGAGCTCTCAAACATGATACGCCACCGGC
AGCGTCTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAACAGGTACCACCGTGGCCA
TCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATCTCTGGAGATTATTCTATTTGC
GAATTATTATATGAATAATAAATGACTTTGGTAAATATCTATAACTTCCAAGAGTTTGAA
CAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGCTTGTAAGTTGTAATTTCT
GTTGCGAAATATTGATATCTAAGAGAAAAAATAATATG

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 6

CO CL1479Contig1 592 6 4 U
TTTTTGCTTCTAACCTTCTAAGCGAAAATGGTGTTCAAGAGGTACGTGGAGATTGGGAGA
GTTGCACTTGTGAACTACGGAAAAGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATTGTCGACGTCGTT
GACCAGAACAGGGCTTTGGTAGATGCTCCTGATATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAAG
AGGTTGTCTCTAACCGATATCGTGATTGAGATCAACAGAGTCCCAAAGAAGAAGGCTTTG
ATCGAGGCCATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGG
AAGCTTATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTTAATGATTTTGACAGGTTCAAGATCATG
TTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGCGTTGTCAGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAGAAGGAG
ATCACTGCTTGATCAAATTGAGTATTTATCTGCGTGTCTTTTTTTCTTTTTGTATTTTGG
ATTGGCAATTAGTGTTTTTGGAAATCTCAGCACTGTTGTCGGATCTTAATTCCAAGTTTA
AAACCTTCGAAATATTTAGTTTGTTATTTCATATTTAGCTCTCTTTACTAAG


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1AM66TF U 6
AF RR1CD79TF U 1
AF RR1GJ15JQ C 187
AF RR1AM66JQ C 104
AF RR1GJ15TF U 1
AF RR1B731TF U 6
BS 1 423 RR1CD79TF
BS 424 424 RR1GJ15TF
BS 425 587 RR1CD79TF
BS 588 592 RR1B731TF

RD RR1AM66TF 306 0 0
GCTTCTAACCTTCTAAGCGAAAATGGTGTTCAAGAGGTACGTGGAGATTGGGAGAGTTGC
ACTTGTGAACTACGGAAAAGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATTGTCGACGTCGTTGACCA
AAACAGGGCTTTGGTAGATGCTCCTGATATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAAGAGGTT
GTCTCTAACCGATATCGTGATTGAGATCAACAGAGTCCCAAAGAAGAAGGCTTTGATCGA
GGCCATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCT
TATCGT

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR1CD79TF 587 0 0
TTTTTGCTTCTAACCTTCTAAGCGAAAATGGTGTTCAAGAGGTACGTGGAGATTGGGAGA
GTTGCACTTGTGAACTACGGAAAAGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATTGTCGACGTCGTT
GACCAGAACAGGGCTTTGGTAGATGCTCCTGATATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAAG
AGGTTGTCTCTAACCGATATCGTGATTGAGATCAACAGAGTCCCAAAGAAGAAGGCTTTG
ATCGAGGCCATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGG
AAGCTTATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTTAATGATTTTGACAGGTTCAAGATCATG
TTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGCGTTGTCAGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAGAAGGAG
ATCGCTGCTTGATCAAATTGAGTATTTATCTGCGTGTCTTTTTTTCTTTTTGTATTTTGG
ATTGGCAATTAGTGTTTTTGGAAATCTCAGCACTGTTGTCGGATCTTAATTCCAAGTTTA
AAACCTTCGAAATATTTAGTTTGTTATTTCATATTTAGCTCTCTTTA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1GJ15JQ 363 0 0
TCTCTAACCGATATCGTGATTGAGATCAACAGAGTCCCAAAGAAGAAGGCTTTGATCGAG
GCCATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTT
ATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTTAATGATTTTGACAGGTTCAAGATCATGTTGGCC
AAAATCAAGAAAGCTGGCGTTGTCAGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAGAAGGAGATCACT
GCTTGATCAAATTGAGTATTTATCTGCGTGTCTTTTTTTCTTTTTGTATTTTGGATTGGC
AATTAGTGTTTTTGGAAATCTCAGCACTGTTGTCGGATCTTAATTCCAAGTTTAAAACCT
TCG

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR1AM66JQ 467 0 0
TCATTGTCGACGTCGTTGACCAGAACAGGGCTTTGGTAGATGCTCCTGATATGGAGAGGA
TCCAGATGAACTTCAAGAGGTTGTCTCTAACCGATATCGTGATTGAGATCAACAGAGTCC
CAAAGAAGAAGGCTTTGATCGAGGCCATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGA
AGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTTATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTTAATGATTTTG
ACAGGTTCAAGATCATGTTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGCGTTGTCAGGCAAGAGCTTG
CAAAACTCAAGAAGGAGATCACTGCTTGATCAAATTGAGTATTTATCTGCGTGTCTTTTT
TTCTTTTTGTATTTTGGATTGGCAATTAGTGTTTTTGGAAATCTCAGCACTGTTGTCGGA
TCTTAATTCCAAGTTTAAAACCTTCGAAATATTTAGTTTGTTATTTC

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR1GJ15TF 549 0 0
TTTTT
GCTTCTAACCTTCTAAGCGAAAATGGTGTTCAAGAGGTACGTGGAGATTGGGAGAGTTGC
ACTTGTGAACTACGGAAAAGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATTGTCGACGTCGTTGACCA
GAACAGGGCTTTGGTAGATGCTCCTGATATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAAGAGGTT
GTCTCTAACCGATATCGTGATTGAGATCAACAGAGTCCCAAAGAAGAAGGCTTTGATCGA
GGCCATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCT
TATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTTAATGATTTTGACAGGTTCAAGATCATGTTGGC
CAAAATCAAGAAAGCTGGCGTTGTCAGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAGAAGGAGATCAC
TGCTTGATCAAATTGAGTATTTATCTGCGTGTCTTTTTTTCTTTTTGTATTTTGGATTGG
CAATTAGTGTTTTTGGAAATCTCAGCACTGTTGTCGGATCTTAATTCCAAGTTTAAAACC
TTCG

QA 6 549 6 549
DS 

RD RR1B731TF 587 0 0
GCTTCTAACCTTCTAAGCGAAAATGGTGTTCAAGAGGTACGTGGAGATTGGGAGAGTTGC
ACTTGTGAACTACGGAAAAGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATTGTCGACGTCGTTGACCA
GAACAGGGCTTTGGTAGATGCTCCTGATATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAAGAGGTT
GTCTCTAACCGATATCGTGATTGAGATCAACAGAGTCCCAAAGAAGAAGGCTTTGATCGA
GGCCATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCT
TATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTTAATGATTTTGACAGGTTCAAGATCATGTTGGC
CAAAATCAAGAAAGCTGGCGTTGTCAGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAGAAGGAGATCAC
TGCTTGATCAAATTCAGTATTTATCTGCGTGCCTTTTTTTCTTTTTGTATTT*GGATTGG
CAATTAGTGTTTTTGGAAATCTCAGCACTGTTGTCGGATCTTAATTCCAAGTTTAAAACC
TTCGAAATATTTAGTTTGTTATTTCATATTTAGCTCTCTTTACTAAG

QA 1 587 1 587
DS 



AS 2 6

CO CL1480Contig1 1130 4 12 U
GGGATGATCCTATATCCTTCGATTTCAACCTCGAGCTTCCTGCTGGATCTCTCGCTGCCT
TCTTGTTGGCGCAAATGGATCTGGCAAGACAACCTTGCTGGAGATTCTGGCTGGAAAGCA
TATGGTGGGAGGAAAGAACGTTGTGCAAGTTCTAAGCCGCTCTGCTTTCCATGATACTCA
ACTTGTTTGCAGTGGTGACTTGTCTTACCTTGGAGGATCTTGGAGTAAAACCGTTGGTTC
AGCTGGTGAGGTTCCTCTCCAGGGAGACTTTTCAGCAGAACATATGATATTTGGAGTTGA
AGGGATCGATCCGGTGAGAAGAGAGAAACTGATTGATCTTCTTGACATCAACCTTCAGTG
GCGTATGCATAAGGTTTCTGATGGTCAGAAACGCCGAGTTCAGATATGCATGGGACTCTT
ACATCCCTTCAAGGTGTTGTTACTTGACGAGGTCACTGTTGACCTTGATGTTGTTGCAAG
GATGGATTTGCTGGAATTCTTCAAAGAAGAATGTGATCAGAGAGGAGCTACCATTGTATA
CGCAACTCACATATTCGACGGGCTAGAGACATGGGCTACACATTTGGCCTACATTCAGAA
CGGTGAGCTGAATCGTTCATCAAAAATGGCAGATATCAACGAGATGAAAACTTCACCCAA
CCTCCTCTCCGTGGTAGAGTCTTGGCTCCGTTCTGAAACCAAACTTGTGAAGAAAAACAA
GAAGAAGGAGCCTGTGGCAGCATGGAAACCATCTCCATTTGATAACTCTCCTTTTAGGTC
ATCTAGACACATGGCTTACTACCGATGATTGGTAACTCTTACGGATGAGAAAACATTGAT
CCTATATTTATATACATACCCAGTGGTAAGAATAAGGACTCAAGGGACAAGTTCACATTG
TGTGTTTGTTAGCCATGCTACACACTCTCTTGTGCTCATTGAAGAATATACAAGAACCCA
CATTCTCTTGTCTGATTTTTGCATACAAATGATTACTTGTTCTCATCAAAAAAAAAATTC
TCATCAAAAGAATATACAAGAAAATATAAGTGTATGGTTCTGTCAAATAACATATTTTTT
TATATTCACTAGTAATCCGACGACATGGAATCAATAAAAGCTATATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED49TF U 1
AF RR1DP65TF U 235
AF RR1DP65JQ C 341
AF RR1E026JQ C 366
BS 1 471 RR1ED49TF
BS 472 472 RR1DP65TF
BS 473 490 RR1ED49TF
BS 491 491 RR1DP65TF
BS 492 499 RR1ED49TF
BS 500 871 RR1DP65TF
BS 872 920 RR1DP65JQ
BS 921 921 RR1E026JQ
BS 922 927 RR1DP65JQ
BS 928 929 RR1E026JQ
BS 930 982 RR1DP65JQ
BS 983 1130 RR1E026JQ

RD RR1ED49TF 499 0 0
GGGATGATCCTATATCCTTCGATTTCAACCTCGAGCTTCCTGCTGGATCTCTCGCTGCCT
TCTTGTTGGCGCAAATGGATCTGGCAAGACAACCTTGCTGGAGATTCTGGCTGGAAAGCA
TATGGTGGGAGGAAAGAACGTTGTGCAAGTTCTAAGCCGCTCTGCTTTCCATGATACTCA
ACTTGTTTGCAGTGGTGACTTGTCTTACCTTGGAGGATCTTGGAGTAAAACCGTTGGTTC
AGCTGGTGAGGTTCCTCTCCAGGGAGACTTTTCAGCAGAACATATGATATTTGGAGTTGA
AGGGATCGATCCGGTGAGAAGAGAGAAACTGATTGATCTTCTTGACATCAACCTTCAGTG
GCGTATGCATAAGGTTTCTGATGGTCAGAAACGCCGAGTTCAGATATGCATGGGACTCTT
ACATCCCTTCAAGGTGTTGTTACTTGACGAGGTCACTGTTGACCTTGATGTCGTTGCAAG
GATGGATTTGTTGGAATTC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1DP65TF 637 0 0
G
GGTTCTGCTGGTGAGGTTCCTCTCCAGGGAGACTTTTCAGCAGAACATATGATATTTGGA
GTTGAAGGGATCGATCCGGTGAGAAGAGAGAAACTGATTGATCTTCTTGACATCAACCTT
CAGTGGCGTATGCATAAGGTTTCTGATGGTCAGAAACGCCGAGTTCAGATATGCATGGGA
CTCTTACATCCCTTCAAGGTGTTGTTACTTGACGAGGTCACTGTTGACCTTGATGTTGTT
GCAAGGATGGATTTGCTGGAATTCTTCAAAGAAGAATGTGATCAGAGAGGAGCTACCATT
GTATACGCAACTCACATATTCGACGGGCTAGAGACATGGGCTACACATTTGGCCTACATT
CAGAACGGTGAGCTGAATCGTTCATCAAAAATGGCAGATATCAACGAGATGAAAACTTCA
CCCAACCTCCTCTCCGTGGTAGAGTCTTGGCTCCGTTCTGAAACCAAACTTGTGAAGAAA
AACAAGAAGAAGGAGCCTGTGGCAGCATGGAAACCATCTCCATTTGATAACTCTCCTTTT
AGGTCATCTAGACACATGGCTTACTACCGATGATTGGTAACTCTTACGGATGAGAAAACA
TTGATCCTATATTTATATACATACCCAGTGGTAAGA

QA 2 637 2 637
DS 

RD RR1DP65JQ 642 0 0
CTTGACATCAACCTTCAGTGGCGTATGCATAAGGTTTCTGATGGTCAGAAACGCCGAGTT
CAGATATGCATGGGACTCTTACATCCCTTCAAGGTGTTGTTACTTGACGAGGTCACTGTT
GACCTTGATGTTGTTGCAAGGATGGATTTGCTGGAATTCTTCAAAGAAGAATGTGATCAG
AGAGGAGCTACCATTGTATACGCAACTCACATATTCGACGGGCTAGAGACATGGGCTACA
CATTTGGCCTACATTCAGAACGGTGAGCTGAATCGTTCATCAAAAATGGCAGATATCAAC
GAGATGAAAACTTCACCCAACCTCCTCTCCGTGGTAGAGTCTTGGCTCCGTTCTGAAACC
AAACTTGTGAAGAAAAACAAGAAGAAGGAGCCTGTGGCAGCATGGAAACCATCTCCATTT
GATAACTCTCCTTTTAGGTCATCTAGACACATGGCTTACTACCGATGATTGGTAACTCTT
ACGGATGAGAAAACATTGATCCTATATTTATATACATACCCAGTGGTAAGAATAAGGACT
CAAGGGACAAGTTCACATTGTGTGTTTGTTAGCCATGCTATACACTC**TTGTGCTCATT
GAAGAATATACAAGAACCCACATTCTCTTGTCTGATTTTTGC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1E026JQ 765 0 0
TGCATAAGGTTTCTGATGGTCAGAAACGCCGAGTTCAGATATGCATGGGACTCTTACATC
CCTTCAAGGTGTTGTTACTTGACGAGGTCACTGTTGACCTTGATGTTGTTGCAAGGATGG
ATTTGCTGGAATTCTTCAAAGAAGAATGTGATCAGAGAGGAGCTACCATTGTGTATGCAA
CTCACATATTCGACGGGCTAGAGACATGGGCTACACATTTGGCCTACATTCAGAACGGTG
AGCTGAATCGTTCATCAAAAATGGCAGATATCAACGAGATGAAAACTCCACCCAACCCCC
TCTCCGTGGTAGAGTCTTGGCTCCGTTCTGAAACCAAACTTGTGAAGAAAAAGAAGAAGA
AGGAGCCTGTGGCAGCATGGAAACCATCTCCATTTGATAACTCTCCTTTTAGGTCATCTA
GACACATGGCTTACTACCGATGATTGGTAACTCTTACGGATGAGAAAACATTGATCCTAT
ATTTATATACATACTCAGTGGTAAGAATAAGGACTCAAGGGACAAGTTCACATTGTGTGT
TTGTTAGCCATGCTACACACTCTCTTGTGCTCATTGAAGAATATACAAGAACCCACATTC
TCTTGTCTGATTTTTGCATACAAATGATTACTTGTTCTCATCAAAAAAAAAATTCTCATC
AAAAGAATATACAAGAAAATATAAGTGTATGGTTCTGTCAAATAACATATTTTTTTATAT
TCACTAGTAATCCGACGACATGGAATCAATAAAAGCTATATTTCC

QA 1 765 1 765
DS 



CO CL1480Contig2 1017 2 2 U
ACAAGAGTGTATAGCATGGCTAACAAACACACAATGTGAACTTGTCCCTTGAGTCCTTAT
TCTTACCACTGAGTATGTATATAAATATAGGATCAATGTTTTCTCATCCGTAAGAGTTAC
CAATCATCGGTAGTAAGCCATGTGTCTAGATGACCTAAAAGGAAAGTTATCAAATGGAGA
TGGTTTCCATGCTGCCACAGGCTCCTTCTTCTTGTTTTTCTTCACAAGTTTGGTTTCAGA
ACGGAGCCAAGACTCTACCACGGAGAGGAGGTTGGGTGAAGTTTTCATCTCGTTGATATC
TGCCATTTTTGATGAACGATTCAGCTCACCGTTCTGAATGTAGGCCAAATGTGTAGCCCA
TGTCTCTAGCCCGTCGAATATGTGAGTTGCATATACAATGGTAGCTCCTCTCTGATCACA
TTCTTCTTTGAAGAATTCCAGCAAATCCATCCTTGCAACAACATCAAGTAACAACACCTT
GAAGGGATGTAAGAGTCCCATGCATATCTGAACTCGGCGTTTCTGACCACCAGAAACCTT
ATGCATACGCCACTGAAGGTTGATGTCAAGAAGATCAATCAGTTTCTCTCTTCTCACCGG
ATCGATCCCTTCAACTCCAAATATCATATGTTCTGCTGAAAAGTCTCCCTGGAGAGGAAC
CTCACCAGCTGAACCAACGGTTTTACTCCAAGATCCTCCGAGGTAAGACAAGTCACCGCT
GCAAACAAGTTGAGTATCATGGAAAGCAGAGCGGCTTAGAACTTGCACAACGTTCTTCCC
TCCCACCATATGCTTTCCAGCCAGAATCTTCAACAAGGTTGTCTTGCCAGATCCATTGGC
GCCAACAAGAAGGCAGCGAGATCCAGCAGGAAGCTCGAGGTTGAACTCGAAGAATATTGG
ATCATCGGCTTCGTAAGAAAACTCCATACCGCTAACTTTAATCGCATCATCAGTGGTCGT
CTCCGGATATTTCGCCGCCATTTTTCTCGCCGTCTCAAGAGGTAAAGATAAAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO11JQ U 1
AF RR1E026TF C 482
BS 1 556 RR1GO11JQ
BS 557 1017 RR1E026TF

RD RR1GO11JQ 556 0 0
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TCTTACCACTGAGTATGTATATAAATATAGGATCAATGTTTTCTCATCCGTAAGAGTTAC
CAATCATCGGTAGTAAGCCATGTGTCTAGATGACCTAAAAGGAAAGTTATCAAATGGAGA
TGGTTTCCATGCTGCCACAGGCTCCTTCTTCTTGTTTTTCTTCACAAGTTTGGTTTCAGA
ACGGAGCCAAGACTCTACCACGGAGAGGAGGTTGGGTGAAGTTTTCATCTCGTTGATATC
TGCCATTTTTGATGAACGATTCAGCTCACCGTTCTGAATGTAGGCCAAATGTGTAGCCCA
TGTCTCTAGCCCGTCGAATATGTGAGTTGCATATACAATGGTAGCTCCTCTCTGATCACA
TTCTTCTTTGAAGAATTCCAGCAAATCCATCCTTGCAACAACATCAAGTAACAACACCTT
GAAGGGATGTAAGAGTCCCATGCATATCTGAACTCGGCGTTTCTGACCACCAGAAACCTT
ATGCATACGCCACTGA

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1E026TF 536 0 0
AAGA
GATGTAAGAGTCCCATGCATATCTGAACTCGGCGTTTCTGACCATCAGAAACCTTATGCA
TACGCCACTGAAGGTTGATGTCAAGAAGATCAATCAGTTTCTCTCTTCTCACCGGATCGA
TCCCTTCAACTCCAAATATCATATGTTCTGCTGAAAAGTCTCCCTGGAGAGGAACCTCAC
CAGCTGAACCAACGGTTTTACTCCAAGATCCTCCGAGGTAAGACAAGTCACCGCTGCAAA
CAAGTTGAGTATCATGGAAAGCAGAGCGGCTTAGAACTTGCACAACGTTCTTCCCTCCCA
CCATATGCTTTCCAGCCAGAATCTTCAACAAGGTTGTCTTGCCAGATCCATTGGCGCCAA
CAAGAAGGCAGCGAGATCCAGCAGGAAGCTCGAGGTTGAACTCGAAGAATATTGGATCAT
CGGCTTCGTAAGAAAACTCCATACCGCTAACTTTAATCGCATCATCAGTGGTCGTCTCCG
GATATTTCGCCGCCATTTTTCTCGCCGTCTCAAGAGGTAAAGATAAAGTTCC

QA 5 536 5 536
DS 



AS 2 6

CO CL1481Contig1 640 4 4 U
GGGCTCAGCCTCTAATTACGAAAAAAAAACAGTTTTGGTTTTTTTAAAAAGGATCAGAAA
AGGAGTTTCATTGTTGGCTCCACAGTTCTTCCCATTGTAATTTGTCTTTGTTTTAAAACA
GATTCTTTCATTCAACACCATGGGAGGCTGTGCGAGCAAACCTAAGGAGTCTGATATCCT
TGAAACCCCTGCCGTGACAGAAAACGTCGCCGTGGAGTCCAAGAATGTGGAATCCGAAGC
CGTTACTCAGGAGAAAGCAGATGAAGTTGTTGCAGAGAAGGAAGAGTCTGCTGTAGGTGG
AGCAGAGACACAGAAGGAAGCTGAACCAGCCAAACCAGCTGAGGCAGCTCCAGAGGCTGT
GAAGACCGAAGCAACCGTCGAAGCTGTTGATGAGACTGAGCCACCAAAACAAGAGGAGGT
TGCACCAGCCAGTGACACCAAAACCAACGAAGAGCCTCTTGTAACCCTTTAATTCTCAAA
TATCATTTCGTTGTAATCAAAACTCTTATTATATTTGTATGTTTCTCACCGCTGTTGTTG
TAATGCTATTGTTGTCACACATGCACCTTATGAAATGACCAACTTCTTGTGATTTGTAAT
CTCCTCACAATATCAATATCTATCCCATTGTGATTAAATC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1F767TF U 1
AF RR1F535TF U 2
AF RR1AA90TF U 1
AF RR1C456TF U 90
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BS 334 635 RR1AA90TF
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G
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QA 2 577 2 577
DS 

RD RR1F535TF 589 0 0
GGCTCAGCCTCTAATTACGAAAAAAAA*CAGTTTTGGTTTTTTTAAAAAGGATCAGAAAA
GGAGTTTCATTGTTGGCTCCACAGTTCTTCCCATTGTAATTTGTCTTTGTTTTAAAACAG
ATTCTTTCATTCAACACCATGGGAGGCTGTGCGAGCAAACCTAAGGAGTCTGATATCCTT
GAAACCCCTGCCGTGACAGAAAACGTCGCCGTGGAGTCCAAGAATGTGGAATCCGAAGCC
GTTACTCAGGAGAAAGCAGATGAAGTTGTTGCAGAGAAGGAAGAGTCTGCTGTAGGTGGA
GCAGAGACACAGAAGGAAGCTGAACCAGCCAAACCAGCTGAGGCAGCTCCAGAGGCTGTG
AAGACCGAAGCAACCGTCGAAGCTGTTGATGAGACTGAGCCACCAAAACAAGAGGAGGTT
GCACCAGCCAGTGACACCAAAACCAACGAAGAGCCTCTTGTAACCCTTTAATTCTCAAAT
ATCATTTCGTTGTAATCAAAACTCTTATTATATTTGTATGTTTCTCACCGCTGTTGTTGT
AATGCTATTGTTGTCACACATGCACCTTATGAAATGACCAACTTCTT
GT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1AA90TF 635 0 0
GGGCTCAGCCTCTAATTACGAAAAAAAAACAGTTTTGGTTTTTTTAAAAAGGATCAGAAA
AGGAGTTTCATTGTTGGCTCCACAGTTCTTCCCATTGTAATTTGTCTTTGTTTTAAAACA
GATTCTTTCATTCAACACCATGGGAGGCTGTGCGAGCAAACCTAAGGAGTCTGATATCCT
TGAAACCCCTGCCGTGACAGAAAACGTCGCCGTGGAGTCCAAGAATGTGGAATCCGAAGC
CGTTACTCAGGAGAAAGCAGATGAAGTTGTTGCAGAGAAGGAAGAGTCTGCTGTAGGTGG
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GAAGACCGAAGCAACCGTCGAAGCTGTTGATGAGACTGAGCCACCAAAACAAGAGGAGGT
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TATCATTTCGTTGTAATCAAAACTCTTATTATATTTGTATGTTTCTCACCGCTGTTGTTG
TAATGCTATTGTTGTCACACATGCACCTTATGAAATGACCAACTTCTTGTGATTTGTAAT
CTCCTCACAATATCAATATCTATCCCATTGTGATT

QA 1 635 1 635
DS 

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G
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TGAGACTGAGCCACCAAAACAAGAGGAGGTTGCACCACCCAGTGACACCAAAACCAACGA
AGAGCCTCTTGTAACCCTTTAATTCTCAAATATCATTTCGTTGTAATCAAAACTCTTATT
ATATTTGTATGTTTCTCACCGCTGTTGTTGTAATGCTATTGTTGTCACACATGCACCTTA
TGAAATGACCAACTTCTTGTGATTTGTAATCTCCTCACAATATCAATATCTATCCCATTG
TGATTAAATC

QA 2 551 2 551
DS 



CO CL1481Contig2 584 2 5 U
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TAAAGGGTTACAAAAGGCTCTTCGTTGGTTTTGGTGTCACTGGCTGGTGCAACCTCCCCT
TGTTTTGGTGGCTCAGTCTCATCAACAGCTTCAACGGTTGCTTCGGTCTTCACAGCCTCT
GGAGTTGCCTCACCTGGTTTGGCTGGTTCAGCTTCCTTCTGTGTCTCTGCTCCACCTACA
GCAAACTCTTCCTTCTCTGCAACAACTTCATCTGCTTTCTCCTGAGTAACGGCTTCGGAT
TCCACATTCTTGGACTCCACGGCGACGTTTTCTGTCACGGCAGGGGTTTCAAGGATATCA
AACTCCTTAGGTTTGCTCCCACAGCCTCCCATGGTGTTGAATGAAAAAATCTGTTTTAAA
ACAAAAACAAATGGGAAAAACTGTGGAGCCAACAATGAAACTCCTTTTCTGACCCTTTTT
AAAAAAACCAAAACTGTTTTTTTTTCGTAATTAGAGGCTGAGCC


BQ
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AF RR1GL43TF C 1
AF RR1GL43JQ U 1
BS 1 6 RR1GL43TF
BS 7 195 RR1GL43JQ
BS 196 196 RR1GL43TF
BS 197 547 RR1GL43JQ
BS 548 584 RR1GL43TF

RD RR1GL43TF 584 0 0
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GCAGACTCTTCCTTCTCTGCAACAACTTCATCTGCTTTCTCCTGAGTAACGGCTTCGGAT
TCCACATTCTTGGACTCCACGGCGACGTTTTCTGTCACGGCAGGGGTTTCAAGGATATCA
GACTCCTTAGGTTTGCTCGCACAGCCTCCCATGGTGTTGAATGAAAGAATCTGTTTTAGA
ACAAAGACAAATGGGAAGAACTGTGGAGCCAACAATGAAACTCCTTTTCTGACCCTTTTT
AAAAAAACCAAAACTGTTTTTTTTTCGTAATTAGAGGCTGAGCC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1GL43JQ 547 0 0
CATAAA
AAGTTGGTCATTTCATAAGGTGCATGTGTGACAACAATAGCATTACAACAACAGCGGTGA
GAAACATACAAATATAATAAGAGTTTTGATTACAACGAAATGATATTTGAAAATTAAAGG
GTTACAAAAGGCTCTTCGTTGGTTTTGGTGTCACTGGCTGGTGCAACCTCCCCTTGTTTT
GGTGGCTCATTCTCATCAACAGCTTCAACGGTTGCTTCGGTCTTCACAGCCTCTGGAGTT
GCCTCACCTGGTTTGGCTGGTTCAGCTTCCTTCTGTGTCTCTGCTCCACCTACAGCAAAC
TCTTCCTTCTCTGCAACAACTTCATCTGCTTTCTCCTGAGTAACGGCTTCGGATTCCACA
TTCTTGGACTCCACGGCGACGTTTTCTGTCACGGCAGGGGTTTCAAGGATATCAAACTCC
TTAGGTTTGCTCCCACAGCCTCCCATGGTGTTGAATGAAAAAATCTGTTTTAAAACAAAA
ACAAATGGGAAAAACTGTGGAGCCAACAATGAAACTCCTTTTCTGACCCTTTTTAAAAAA
A

QA 7 547 7 547
DS 



AS 2 5

CO CL1482Contig1 829 2 10 U
GTCGTTGTAAGGTTTTTTTAATTCGTACATTTAACAAACAACATTGTCAACAATTTTGGT
ACTCAACAACTCTAAGCGTTTCCACTCGCACAAAAAAAGCTTTTTTGCTTATACAACATA
ACGGTAGGTAACATAACGCCCAGCAGTTTCACTCGGACGTATGATCTTCACAACTTGTCC
ACGTTTTAGCCCAAAGTATCTTGCGATTGGATCAGTCACTTGGATCCTTGGAAGCTGTGT
CTCCATGACAGTGTATCACTCAAGAAGAGTTTTCTTCTCCTCAGTGGTGAGAACTTGGTG
CTCCGGAACAAGAACATGTTCTTTAATGTTCACTAGCATTTCCGCCTCCTGGAAGACTTC
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CATAGTCTTAACCCCAACTTTCGCCTCATCAGGGAAGAAGATATAGAGCTGGTCACTGCT
GTCGTTTCTCTCGGCTTTGAGAGTAACAAGATCCTCTCTTTTCATGTTGTCTCCATACTT
TCTAACGAACTGCGATAAGCTCATGGTAATCTCAGAGTCGGCGATGAAGTAGCCACGGTC
CTTGAGCATCTGCATCAACGTCTTCTGGATCCTGTAAAGTCTTTTAATTTCTTCTTCCGT
CAGTCCCATCTCGATTAATGTTTAGAGGGTAAAGAGAGAAGAAGAGATGACACCAGGGCG
ACGAAGAAGACGGAGCGGCGTTTCAAAGAGCTTTCCTTTCAAGTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB06JQ U 1
AF RR1CW96TF C 154
BS 1 288 RR1HB06JQ
BS 289 289 RR1CW96TF
BS 290 387 RR1HB06JQ
BS 388 388 RR1CW96TF
BS 389 408 RR1HB06JQ
BS 409 409 RR1CW96TF
BS 410 483 RR1HB06JQ
BS 484 484 RR1CW96TF
BS 485 519 RR1HB06JQ
BS 520 829 RR1CW96TF

RD RR1HB06JQ 519 0 0
GTCGTTGTAAGGTTTTTTTAATTCGTACATTTAACAAACAACATTGTCAACAATTTTGGT
ACTCAACAACTCTAAGCGTTTCCACTCGCACAAAAAAAGCTTTTTTGCTTATACAACATA
ACGGTAGGTAACATAACGCCCAGCAGTTTCACTCGGACGTATGATCTTCACAACTTGTCC
ACGTTTTAGCCCAAAGTATCTTGCGATTGGATCAGTCACTTGGATCCTTGGAAGCTGTGT
CTCCATGACAGTGTATCACTCAAGAAGAGTTTTCTTCTCCTCAGTGGTTAGAACTTGGTG
CTCCGGAACAAGAACATGTTCTTTAATGTTCACTAGCATTTCCGCCTCCTGGAAGACTTC
CAAATGAAACTTAGAAGAGATCTCACTGATGCAAGTTCGAGCAAAAGGGGTCAAGTTCTG
CTGCACCACCAAGATAGCTCTGTAAACATTCTCTGACTTCATCCTGTTTGTGTACACCTT
CATCGTCTTAACCCCAACTTTCGCCTCATCAGGGAAGAA

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1CW96TF 676 0 0
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AGTCACTTGGATCTTTGGAAGCTGTGTCTCCTTGACAGTGTATCTCTCCAGAAGAGTTTT
CTTCTCCTCAGTGGTGAGAACTTGGTGCTCCGGAACAAGAACATGTTCTTTAATGTTCAC
TAGCATTTCCGCCTCCTGGAAGACTTCCAAATGAAACTTAGAAGAGATCTCACTAATGCA
AGTTCGAGCAAAAGGAGTCAAGTTCTGTTGCACCACCAAGATCGCTCTGTAAACATTCTC
TGACTTCATCCTGTTTGTGTACACCTTCATAGTCTTAACCCCAACTTTCGCCTCATCAGG
GAAGAAGATATAGAGCTGGTCACTGCTGTCGTTTCTCTCGGCTTTGAGAGTAACAAGATC
CTCTCTTTTCATGTTGTCTCCATACTTTCTAACGAACTGCGATAAGCTCATGGTAATCTC
AGAGTCGGCGATGAAGTAGCCACGGTCCTTGAGCATCTGCATCAACGTCTTCTGGATCCT
GTAAAGTCTTTTAATTTCTTCTTCCGTCAGTCCCATCTCGATTAATGTTTAGAGGGTAAA
GAGAGAAGAAGAGATGACACCAGGGCGACGAAGAAGACGGAGCGGCGTTTCAAAGAGCTT
TCCTTTCAAGTAAAAA

QA 1 676 1 676
DS 



CO CL1482Contig2 828 3 17 U
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AGCTCTATATCTTCTTCCCTGATGAGGCGAAAGTTGGGGTTAAGACGATGAAGGTGTACA
CAAACAGGATGAAGTCAGAGAATGTTTACAGAGCTATCTTGGTGGTGCAGCAGAACTTGA
CTCCTTTTGCTCGAACTTGCATCAGTGAGATCTCTTCTAAGTTTCATTTGGAAGTCTTCC
AGGAGGCGGAAATGCTAGTGAACATTAAAGAACATGTTCTTGTTCCGGAGCACCAAGTTC
TAACCACTGAGGAGAAGAAAACTCTTCTTGAGAGATACGCTGTCAAGGAGACACAGCTTC
CAAGGATCCAAGTGACTGATCCAATCGCAAGATACTGTGGGCTAAAACGTGGACAAGTTG
TGAAGATCATACGTCCGAGTGAAACTGCTGGGCGTTATGTTACCTACCGTTATGTTGTAT
AAGCAAAAAGGTTTTGTTGTGCGACTGGAAACGCTTAGAGTTGCTGTGTACCAAATTGTT
GACAATATTGTTTGTTAAGTGTACGAATTAAAAAACCCTTACAACGAC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB06TF U 1
AF RR1B876TF U 3
AF RR1B876JQ C 312
BS 1 53 RR1HB06TF
BS 54 54 RR1B876TF
BS 55 67 RR1HB06TF
BS 68 68 RR1B876TF
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BS 422 422 RR1B876TF
BS 423 572 RR1HB06TF
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BS 574 578 RR1HB06TF
BS 579 579 RR1B876TF
BS 580 585 RR1HB06TF
BS 586 586 RR1B876TF
BS 587 636 RR1HB06TF
BS 637 637 RR1B876TF
BS 638 663 RR1HB06TF
BS 664 809 RR1B876TF
BS 810 828 RR1B876JQ

RD RR1HB06TF 663 0 0
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CCCCTTTTGCTCGAACTTGCATCAGTGAGATCTCTTCTAAGTTTCATTTGGAAGTCTTCC
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TAACCACTGAGGAGAAGAAAACTCTTCTTGAGTGATACACTGTCATGGAGACACAGCTTC
CAAGGATCCAAGTGACTGATCCAATCGCAAGATACTTTGGGCTAAAACGTGGACAAGTTG
TGA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1B876TF 807 0 0
GG
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CATGAAAAGAGAAGATCTTGTTACTCTCAAAGCTAAGCGAAACGACAGCAGTGACCAGCT
CTATATCTTCTTCCCTGATGAGGCGAAAGTTGGGGTTAAGACGATGAAGGTGTACACAAA
CAGGATGAAGTCAGAGAATGTTTACAGAGCTATCTTGGTGGTGCAGCAGAACTTGACTCC
TTTTGCTCGAACTTGCATCAGTGAGATCTCTTCTAAGTTTCATTTGGAAGTCTTCCAGGA
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CACTGAGGAGAAGAAAACTCTTCTTGAGAGATACGCTGTCAAGGAGACACAGCTTCCAAG
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GATCATACGTCCGAGTGAAACTGCTGGGCGTTATGTTACCTACCGTTATGTTGTATAAGC
AAAAAGGTTTTGTTGTGCGACTGGAAACGCTTAGAGTTGCTGTGTACCAAATTGTTGACA
ATATTGTTTGTTAAGTGTACGAATT

QA 3 807 3 807
DS 

RD RR1B876JQ 517 0 0
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AAGTCAGAGAATGTTTACAGAGCTATCTTGGTGGTGCAGCAGAACTTGACTCCTTTTGCT
CGAACTTGCATCAGTGAGATTTCTTTTAAGTTTCATTTGGAAGTCTTCCAGGAGGCGGAA
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GAGAAGAAAACTCTTCTTGAGAGATACGCTGTCAAGGAGACACAGCTTCCAAGGATCCAA
GTGACTGATCCAATCGCAAGATACTGTGGGCTAAAACGTGGACAAGTTGTGAAGATCATA
CGTCCGAGTGAAACTGCTGGGCGTTATGTTACCTACCGTTATGTTGTATAAGCAAAAAGG
TTTTGTTGTGCGACTGGAAACGCTTAGAGTTGCTGTGTACCAAATTGTTGACAATATTGT
TTGTTAAGTGTACGAATTAAAAAACCCTTACAACGAC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 2 6

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CTATTCAATGCTTTGCAAAATCAAGATTTAAAGTTTTTGATTGCAGTTGCCATCCCAAAA
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CTATTTTTTTTATATGAAAAATTGCATTACC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B513JQ C 1
AF RR1B513TF U 1
BS 1 2 RR1B513JQ
BS 3 511 RR1B513TF

RD RR1B513JQ 511 0 0
GGAGATAACCAAAACGTTTCACCAAGTAAAACAAGCAACTTTTTTTGGGTCAGATCACAA
GCAACTTTTTCTCCAGTTTATATTGAATCATGAAGTCTACTATTTCGTTCATGATTTCCT
GTATGTGTATATCACTCTTCATAAGCCATGTTCAAGGTGGGGAAGGTGCTAAACGATTAT
GTAGTCCGGGAATCAAAAAAGTAATAGACGACTACACGGGACCTGTTCAATCCTGCAATG
CTATTCAATGCTTTGCAAAATCAAGATTTAAAGTTTTTGATTGCAGTTGCCATCCCAAAA
ATGAAACATTACATTTCTGCGAATGTCGTTGTTATAGACCTGCGTAACTATCTTGCCAAG
TCTTGTCCTGGTAAATTGCTAAAATCTTTTTACTAATATATAAAACACAAATAATATTAT
TCTCATCCTAAGTGGAAGATTTGGTGTAGTGTAGTTTATTACACTTGTAAATTATCTTTT
CTATTTTTTTTATATGAAAAATTGCATTACC

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1B513TF 511 0 0
GG
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AACTTTTTCTCCAGTTTATATTGAATCATGAAGTCTACTATTTCGTTCATGATTTCCTGT
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TCATCCTAAGTGGAAGATTTGGTGTAGTGTAGTTTATTACACTTGTAAATTATCTTTTCT
ATTTTTTTTATATGAAAAATTGCATTACC

QA 3 511 3 511
DS 



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CTATTCAATGCTTTGCAAAATCAAGATTTAAAGTTTTTGATTGCAGTTGCCATCCCAAAA
ATGAAACATTACATTTCTGCGAATGTCGTTGTTATAGACCTGCGTAACTATCTTGCCAAG
TCTTGTCCTGGTAAATTGCTAAAATCTTTTTACTAATATATAAAACACAAATAATATTAT
TCTCATCCTAAGTGGAAGATTTGGTGTAGTGTAGTTTATTACACTTGTAAATTATCTTTT
CTATTTTTTTATATGAAAAATTGCATTACCGAATGTCATAGTATGTAACCGTTTAATGAA
TAAAACAAATAAAACAAGTTTATAAAC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TC
AC

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR1C756TF 424 0 0
G
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GATCACAAGCGACTTTTTCTCCAGTTTATATTGAATCATGAAGTCTACTATTTCGTTCAT
GATTTCCTGTATGTGTATATCACTCTTCATAAGCCATGTTCAAGGTGCTAAACGATTATG
TAGTCCGGGAATCAAAAAAGTAATAGACGACTACACGGGACCTGTTCAATCCTGCAATGC
TATTCAATGCTTTGCAAAATCAAGATTTAAAGTTTTTGATTGCAGTTGCCATCCCAAAAA
TGAAACATTACATTTCTGCGAATGTCGTTGTTATAGACCTGCGTAACTATCTTGCCAAGT
CTTGTCCTGGTAAATTGCTAAAATCTTTTTACTAATATATAAAACACAAATAATATTATT
C
AC

QA 2 422 2 422
DS 

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GCAAAATCAAGATTTAAAGTTTTTGATTGCAGTTGCCATCCCAAAAATGAAACATTACAT
TTCTGCGAATGTCGTTGTTATAGACCTGCGTAACTATCTTGCCAAGTCTTGTCCTGGTAA
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GAAAAATTGCATTACCGAATGTCATAGTATGTAACCGTTTAATGAATAAAACAAATAAAA
CAAGTTTATAAAC

QA 1 493 1 493
DS 



AS 2 6

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TTCACTACAAAACAAGTTTGGTAGCTTTGACTTTATGATGGAAAAACAAAATTATAATCC
TTCTCCTCACAAATTTTAAGTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG57TF U 1
AF RR1FO56TF U 248
AF RR1FO56JQ C 583
AF RR1CG57JQ C 683
BS 1 400 RR1CG57TF
BS 401 401 RR1FO56TF
BS 402 621 RR1CG57TF
BS 622 622 RR1FO56TF
BS 623 651 RR1CG57TF
BS 652 652 RR1FO56TF
BS 653 685 RR1CG57TF
BS 686 926 RR1FO56TF
BS 927 1126 RR1FO56JQ
BS 1127 1127 RR1CG57JQ
BS 1128 1301 RR1FO56JQ
BS 1302 1345 RR1CG57JQ

RD RR1CG57TF 685 0 0
GGATATTGCTAAAGGGTTTTCCTACTCACTCACTCTCCTTTTTGATTCAGATTCCTTCTT
GTAGTCAAAAAAGCTTTTCCGATTCGATTTCACCAGACAAGAAATGACGACTTTGAACCC
GTTCGATCTCTTAGGAGATGACGCTGAGGATCCAAGCCAGATTGTTTTGTCTCTACCGAA
GAAGATCGAGAAACCAGCTCCTGTTCAGCCCGCTAAGGCCGCTAAGTTGCCGACCAAGCC
GCTTCCTCCTTCTCAAGCCGTGAGGGAGTCAAGGAATGGTCCTTCAGGAGGTCGTGTTGG
TGGTGGTGCTGCAGGACGTGGTGGGCCTCCTCGTGGTTCGTTTAACCCCGGTGGAAACAG
ACCTCATGATCCAAAGGATGGACCAAAGGATGGAGAAAGGGACGGTGGGTTCCGTGGATA
CCGTGAGAGTGGTGGTCGTGGAGGTCACATTGGTGGATTCGCTAATGGTAAAACTGGTGA
TGTTGAACGCCCAAAGAGGGTCTTTGACCGTCGTAGTGCAACCGGTCGTAGTAATGATCT
GAAACGTGAGGGTGGTGGTCGTGGAAACTGGGGTACTCCTGAAGATGATGTTCAGCCAGC
AACTGACGGACCCACAACAGAAGTTGAGAAGAGCCCTGTTGCTGACAAGGA*GGCGTCGA
GGATGCCACCACTGATTCAAAGAAA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1FO56TF 688 0 0
G
CTTCTCAAGCCGTGAGGGAGTCAAGGAATGGTCCTTCAGGAGGTCGTGTTGGTGGTGGTG
CTGCAGGACGTGGTGGGCCTCCTCGTGGTTCGTTTAACCCCGGTGGAAACAGACCTCATG
ATCCAAAGGATGGACCAAAGGATGGAGAAAGGAACGGTGGGTTCCGTGGATACCGTGAGA
GTGGTGGTCGTGGAGGTCACATTGGTGGATTCGCTAATGGTAAAACTGGTGATGTTGAAC
GCCCAAAGAGGGTCTTTGACCGTCGTAGTGCAACCGGTCGTAGTAATGATCTGAAACGTG
ATGGTGGTGGTCGTGGAAACTGGGGTACTCCTGAAGATGATGTTCAGCCAGCAACTGACG
GACCCACAACAGATGTTGAGAAGAGCCCTGTTGCTGACAAGGAAGGCGTCGAGGATGCCA
CCACTGATTCAAAGAAAGAGGCTCCTGAAGTTGAGCAAGAACCCGAAGACAAGGAGATGA
CTCTGGAAGAGTATGAGAAGATTCTGGAGGAGAAGAAGAAAGCTCTGCAAGCCACCAAGG
TGGAGGAAAGGAAAGTTGACACCAAAGTGTTTGAGTCTATGCAACAGCTCTCTAACAAGA
AGACCAATGATGAGGAAATCTTCATCAAGCTTGGATCCGACAAGGACAAACGCAAAGATG
CTGCTGAGAAAGAAGAGA
GGCCAAAAA

QA 2 679 2 679
DS 

RD RR1FO56JQ 719 0 0
AGATGATGTTCAGCCAGCAACTGACGGACCCACAACAGATGTTGAGAAGAGCCCTGTTGC
TGACAAGGAAGGCGTCGAGGATGCCACCACTGATTCAAAGAAAGAGGCTCCTGAAGTTGA
GCAAGAACCCGAAGACAAGGAGATGACTCTGGAAGAGTATGAGAAGATTCTGGAGGAGAA
GAAGAAAGCTCTGCAAGCCACCAAGGTGGAGGAAAGGAAAGTTGACACCAAAGTGTTTGA
GTCTATGCAACAGCTCTCTAACAAGAAGACCAATGATGAGGAAATCTTCATCAAGCTTGG
ATCCGACAAGGACAAACGCAAAGATGCTGCTGAGAAAGAAGAGAAGGCCAAAAAGTCGTT
GAGCATTAACGAGTTTTTGAAGCCGGCTAATGGAGAGACCTACAACCCAAGAGGTGGATA
CCGTGGAAGAGGAGGTCGCGGTGGTGGTCGTGGGCAAAGAGATGGAAAAGCCAACGGAGG
AGGAAACCAAAGGAATGGTGGAGGAGCTCCTGCTCCAGCTATCGGAGACAGTGATCAGTT
CCCATCGTTGGGCAAGTGAAGACACCCCCCTTCTGGTCCTTCAAGCATCTATCCATCTAT
CTCCACTCTTCTCTCTTTACACTCTTCTCTCTTTAGTTCAATTTTGTTGTCTTAGTTCTC
CATCATTTTTGTTACACTTTCACTACAAAACAAGTTTGGTAGCTTTGACTTTATGATGG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1CG57JQ 663 0 0
AAAGAGGCTCCTGAAGTCGAGCAAGAACCCGAAGACAAGGAGATGACTCTGGAAGAGTAT
GAGAAGATTCTGGAGGAGGAGAAGAAAGCTCTGCAAGCCACCAAGGTGGAGGAAAGGAAA
GTTGACACCAAAGTGTTTGAGTCTATGCAACAGCTCTCTAACAAGAAGACCAATGATGAG
GAAATTTTCATCAAGCTTGGATCCGACAAGGACAAACGCAAAGATGCTGCTGAGAAAGAA
GAGAAGGCCAAAAAGTCGTTGAGCATTAACGAGTTTTTGAAGTCGGCTAATGGAGAGACC
TACAACCCAAGAGGTGGATACCGTGGAAGAGGAGGTCGCGGTGGTGGTCGTGGGCAGAGA
GATGGAAAAGCCAACGGAGGAGGAAACCAAAGGAATGGTGGAGGAGCTCCTGCTTCAGCT
ATCGGAGACAGTGATCAGTTCCCACCGTTGGGCAAGTGAAGACACCCCCCTTTTGGTCCT
TCAAGCATCTATCCATCTATCTCCACTCTTCTCTCTTTACACTCTTCTCTCTTTAGTTTA
ATTTTGTTGTCTTAGTTCTCCATCATTTTTGTTACACTTTCACTACAAAACAAGTTTGGT
AGCTTTGACTTTATGATGGAAAAACAAAATTATAATCCTTCTCCTCACAAATTTTAAGTT
CTT

QA 1 663 1 663
DS 



CO CL1484Contig2 454 2 2 U
GGTGTTTGAGTCTATGCAGCAGCTCTCTAGCAAGAAGACCAATAACGAGGAAATCTTCAT
CAAGCTGGGATCCGACAAGGACAAACGCAAAGATGCTGCTGAGAAAGAAGAGAAGGCTAA
GAAGTCGTTGAGCATTAACGAGTTTTTGAAGCCGGCTGATGGAGAGAGATATAACCCAAG
AGGTGGTTACCGTGGAAGAGGAGGCCGTGGACAGAGAGATGGAGGAGGCCGCAATGGTGG
TCGTGGACAGAGAGATGAAGTGAACAGAGGAGCTCCTGCTCCAGCCATCGGAGACAGTGC
TCAGTTCCCATCGTTGGGCAACTGAAGACCCCTCCTGGTCCCTTCAGCATCTATCTATCT
ATCTCTCTACTGTCTTAGTTTAATTTTGCTCTTAATTCTATCATTTTTGTTACACTTTTT
CTACAGAACAAGTTTGAGTGCTTTTTAGTTATGG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E031JQ C 1
AF RR1E031TF U 1
BS 1 1 RR1E031JQ
BS 2 454 RR1E031TF

RD RR1E031JQ 454 0 0
GGTGTTTGAGTCTATGCAGCAGCTCTCTAGCAAGAAGACCAATAACGAGGAAATCTTCAT
CAAGCTGGGATCCGACAAGGACAAACGCAAAGATGCTGCTGAGAAAGAAGAGAAGGCTAA
GAAGTCGTTGAGCATTAACGAGTTTTTGAAGCCGGCTGATGGAGAGAGATATAACCCAAG
AGGTGGTTACCGTGGAAGAGGAGGCCGTGGACAGAGAGATGGAGGAGGCCGCAATGGTGG
TCGTGGACAGAGAGATGAAGTGAACAGAGGAGCTCCTGCTCCAGCCATCGGAGACAGTGC
TCAGTTCCCATCGTTGGGCAACTGAAGACCCCTCCTGGTCCCTTCAGCATCTATCTATCT
ATCTCTCTACTGTCTTAGTTTAATTTTGCTCTTAATTCTATCATTTTTGTTACACTTTTT
CTACAGAACAAGTTTGAGTGCTTTTTAGTTATGG

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR1E031TF 454 0 0
G
GTGTTTGAGTCTATGCAGCAGCTCTCTAGCAAGAAGACCAATAACGAGGAAATCTTCATC
AAGCTGGGATCCGACAAGGACAAACGCAAAGATGCTGCTGAGAAAGAAGAGAAGGCTAAG
AAGTCGTTGAGCATTAACGAGTTTTTGAAGCCGGCTGATGGAGAGAGATATAACCCAAGA
GGTGGTTACCGTGGAAGAGGAGGCCGTGGACAGAGAGATGGAGGAGGCCGCAATGGTGGT
CGTGGACAGAGAGATGAAGTGAACAGAGGAGCTCCTGCTCCAGCCATCGGAGACAGTGCT
CAGTTCCCATCGTTGGGCAACTGAAGACCCCTCCTGGTCCCTTCAGCATCTATCTATCTA
TCTCTCTACTGTCTTAGTTTAATTTTGCTCTTAATTCTATCATTTTTGTTACACTTTTTC
TACAGAACAAGTTTGAGTGCTTTTTAGTTATGG

QA 2 454 2 454
DS 



AS 1 6

CO CL1485Contig1 608 6 3 U
GGATTCATCAACTGTTTCTCCATTCAACAAAACATTATTCACTCTTGAAGAAAATGGCTT
CCAAGTCTTTGGTTTTGGTGGGTCTCTTTGCACTTATTTTCGTCCTGTCAGAAGTTGCCG
CAGCATCTGAATTGCGGTCAGGTACAGTGAACTCAGGGAGTGAGGAAACTGTGGAACATG
ATCAATATGGTGGTGGTCACGGCGGCCATGGAGGCTACAACATAGAAGGAGGTGGCGGAG
GTTTATGTGGCCATGACTGCTGCTCCAAAAAAGGTGGCATCTGCTATAGGTGTTGTTCTT
ATGCCGGAGAACCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTGGATCATGTATTAACCAC
CACCATATGTACATTTATCTGTGTTTATAAGTACAAGTACCGTGGGGTGCGCGTCTGTAA
TTTATGGATGTTCCTTGAATTTTTGTTATGTAGCGAAGAACATGATGAATTGGGAATGAA
AACTATAAGAATAAGGTTCAGTTATGTAATGAATTGGGAAGGCAAACTATAAGAATAAAG
TTTGATTATGTAATGTATCTGGATTTGAGTTGTAATGGTGGTGTTTTTATGGTAAAATTG
TTTGTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A531JQ C 48
AF RR1A531TF U 5
AF RR1DN90JQ C 1
AF RR1DN90TF U 1
AF RR1H941TF U 5
AF RR1DJ28TF U 1
BS 1 206 RR1DJ28TF
BS 207 207 RR1DN90TF
BS 208 608 RR1DJ28TF

RD RR1A531JQ 456 0 0
AAGAAAATGGCTTCCAAGTCTTTGGTTTTGGTGGGTCTCTTTGCACTTATTTTCGTCCTG
TCAGAAGTTGCCGCAGCATCTGAATTGCGGTCAGGTACAGTGAACTCAGGGAGTGAGGAA
ACTGTGGAACATGATCAATATGGTGGTGGTCACGGCGGCCATGGAGGCTACAACATAGAA
GGAGGTGGCGGAGTTTTATGTGGCCATGACTGCTGCTCCAAAAAAGGTGGCATCTGCTAT
AGGTGTTGTTCTTATGCCGGAGAACCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTGGATC
ATGTATTAACCACCACCATATGTACATTTATCTGTGTTTATAAGTACAAGTACCGTGGGG
TGCGCGTCTGTAATTTATGGATGTTCCTTGAATTTTTGTTATGTAGCGAAGAACATGATG
AATTGGGAATGAAAACTATAAGAATAAGGTTCAGTT

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1A531TF 499 0 0
GG
ATCAACTGTTTCTCCATTCAACAAAACATTATTCACTCTTGAAGAAAATGGCTTCCAAGT
CTTTGGTTTTGGTGGGTCTCTTTGCACTTATTTTCGTCCTGTCAGAAGTTGCCGCAGCAT
CTGAATTGCGGTCAGGTACAGTGAACTCAGGGAGTGAGGAAACTGTGGAACATGATCAAT
ATGGTGGTGGTCACGGCGGCCATGGAGGCTACAACATAGAAGGAGGTGGCGGAGTTTTAT
GTGGCCATGACTGCTGCTCCAAAAAAGGTGGCATCTGCTATAGGTGTTGTTCTTATGCCG
GAGAACCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTGGATCATGTATTAACCACCACCAT
ATGTACATTTATCTGTGTTTATAAGTACAAGTACCGTGGGGTGCGCGTCTGTAATTTATG
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AAGAATAAGGTTCAGTT

QA 3 499 3 499
DS 

RD RR1DN90JQ 547 0 0
GGATTC
ATCAACTGTTTCTCCATTCAACAAAACATTATTCACTCTTGAAGAAAATGGCTTCCAAGT
CTTTGGTTTTGGTGGGTCTCTTTGCACTTATTTTCGTCCTGTCAGAAGTTGCCGCAGCAT
CTGAATTGCGGTCAGGTACAGTGAACTCAGGGAGTGAGGAAACTGTGGAACATGATCAAT
ATGGTGGTGGTCACGGCGGCCATGGAGGCTACAACATAGAAGGAGGTGGCGGAGGTTTAT
GTGGCCATGACTGCTGCTCCAAAAAAGGTGGCATTTGCTATAGGTGTTGTTTTTATGCCG
GAGAACCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTGGATCATGTATTAACCACCACCAT
ATGTACATTTATCTGTGTTTATAAGTACAAGTACCGTGGGGTGCGCGTCTGTAATTTATG
GATGTTCCTTGAATTTTTGTTATGTAGCGAAGAACATGATGAATTGGGAATGAAAACTAT
AAGAATAAGGTTCAGTTATGTAATGAATTGGGAAGGCAAACTATAAGAATAAAGTTTGAT
T

QA 7 547 7 547
DS 

RD RR1DN90TF 549 0 0
GGATTC
ATCAACTGTTTCTCCATTCAACAAAACATTATTCACTCTTGAAGAAAATGGCTTCCAAGT
CTTTGGTTTTGGTGGGTCTCTTTGCACTTATTTTCGTCCTGTCAGAAGTTGCCGCAGCAT
CTGAATTGCGGTCAGGTACAGTGAACTCAGGGAGTGAGGAAACTGTGGAACATGATCAAT
ATGGTGGTGGTCACGGCGGCCATGGAGGCTACAACATAGAAGGAGGTGGCGGAGGTTTAT
GTGGCCATGACTGCTGCTCCAAAAAAGGTGGCATCTGCTATAGGTGTTGTTCTTATGCCG
GAGAACCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTGGATCATGTATTAACCACCACCAT
ATGTACATTTATCTGTGTTTATAAGTACAAGTACCGTGGGGTGCGCGTCTGTAATTTATG
GATGTTCCTTGAATTTTTGTTATGTAGCGAAGAACATGATGAATTGGGAATGAAAACTAT
AAGAATAAGGTTCAGTTATGTAATGAATTGGGAAGGCAAACTATAAGAATAAAGTTTGAT
T
AA

QA 7 547 7 547
DS 

RD RR1H941TF 589 0 0
GG
ATCAACTGTTTCTCCATTCAACAAAACATTATTCACTCTTGAAGAAAATGGCTTCCAAGT
CTTTGGTTTTGGTGGGTCTCTTTGCACTTATTTTCGTCCTGTCAGAAGTTGCCGCAGCAT
CTGAATTGCGGTCAGGTACAGTGAACTCAGGGAGTGAGGAAACTGTGGAACATGATCAAT
ATGGTGGTGGTCACGGCGGCCATGGAGGCTACAACATAGAAGGAGGTGGCGGAGGTTTAT
GTGGCCATGACTGCTGCTCCAAAAAAGGTGGCATCTGCTATAGGTGTTGTTCTTATGCCG
GAGAATCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTGGATCATGTATTAACCACCACCAT
ATGTACATTTATCTGTGTTTATAAGTACAAGTACCGTGGGGTGCGCGTCTGTAATTTATG
GATGTTCCTTGAATTTTTGTTATGTAGCGAAGAACATGATGAATTGGGAATGAAAACTAT
AAGAATAAGGTTCAGTTATGTAATGAATTGGGAAGGCAAACTATAAGAATAAAGTTTGAT
TATGTAATGTATCTGGATTTGAGTTGTAATGGTGGTGTTTTTATGGT

QA 3 589 3 589
DS 

RD RR1DJ28TF 608 0 0
GGATTCATCAACTGTTTCTCCATTCAACAAAACATTATTCACTCTTGAAGAAAATGGCTT
CCAAGTCTTTGGTTTTGGTGGGTCTCTTTGCACTTATTTTCGTCCTGTCAGAAGTTGCCG
CAGCATCTGAATTGCGGTCAGGTACAGTGAACTCAGGGAGTGAGGAAACTGTGGAACATG
ATCAATATGGTGGTGGTCACGGCGGCTATGGAGGCTACAACATAGAAGGAGGTGGCGGAG
GTTTATGTGGCCATGACTGCTGCTCCAAAAAAGGTGGCATCTGCTATAGGTGTTGTTCTT
ATGCCGGAGAACCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTGGATCATGTATTAACCAC
CACCATATGTACATTTATCTGTGTTTATAAGTACAAGTACCGTGGGGTGCGCGTCTGTAA
TTTATGGATGTTCCTTGAATTTTTGTTATGTAGCGAAGAACATGATGAATTGGGAATGAA
AACTATAAGAATAAGGTTCAGTTATGTAATGAATTGGGAAGGCAAACTATAAGAATAAAG
TTTGATTATGTAATGTATCTGGATTTGAGTTGTAATGGTGGTGTTTTTATGGTAAAATTG
TTTGTAGT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 6

CO CL1486Contig1 588 6 7 U
GGGGAGAAGAGACTCTTTCCACAACATTTTCAGACACAGAGAGAGAGAGAGAGAAGCGAA
TAAAGAGATCCGGAAGAATGGCGACGGCGATAGTACGTTCAGCACTTTCACGAGCAGCGA
TCGGCGCAGCTCCGAGGACAACCGTTGCCCCAAAGAGAAGATTTTCATCTTCTGCTGGCC
ATGACGATGCTTATGAAGCAGCGAAGTGGGAGAAGATAACATATCTGGGAATAGCTAGTT
GCACTGCTCTAGCCGCCTATGTTTTATCTAAAGGTCATCATCACGGCGAGGATCCTCCTG
CCTATCCATATATGCACATCCGCAACAAGGAGTTTCCTTGGGGTCCAGACGGTCTCTTTG
AGGTGAAGCACAACGAAGGGCACTGAAATCTTCTTT*GCGTCTTTACAATAAATTTTCTT
ATTCTCTGTTCATTTGATAGGCTAAATTGCTTATCGTCTTTGTTTTAACGTTGTCTACTA
TTTGCTACACCACTCTTGTTGGGAAATAAGAATAATAACTTTGTTTTGTTATTATCAAAT
ACGTACTTGTGGTTCCTCAAATCTCTTGCGATTCAATCTCAATAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 0 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AX63JQ C 30
AF RR1FX18TF U 32
AF RR1DD67TF U 1
AF RR1AX63TF U 30
AF RR1DU56JQ C 41
AF RR1DU56TF U 41
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TTCAGCACTTTCACGAGCAGCGATGGGCGCAGCTCCGAGGACATCCGTTGCCCCAAAGAG
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AACATATCTGGGAATTGCTAGTTGCACTGCTCTAGCCGCCTATGTTTTATCTAAAGGTCA
TCATCACGGCGAGGATCCTCCTGCCTATCCATATATGCACATCCGCAACAAGGAGTTTCC
TTGGGGTCCATACGGTCTCTTTGAGGTGAAGCACAACGAAGGGCACTGAAATCTTCTTT
TGGGTCTT

QA 9 367 9 367
DS 

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GGAC
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C**TCAGCACTTTCACGAGCAGCGATGGGCGCAGCTCCGAGGACATCCGTTGCCCCAAAG
AGAAGGTTTTCATCTTCTGCTTGCCATGACGATGCTTATGAAGCTGCGAAGTGGGAGAAG
ATAACATATCTGGGAATTGCTAGTTGCACTGCTCTAGCCGCCTATGTTTTATCTAAAGGT
CATCATCACGGCGAGGATCCTCCTGCCTATCCATATATGCACGTCCGCAACAAGGAGTTT
CCTTGGGGTCCAGACGGTCTCTTTGAGGTGAAGCACAACGAAGGGCACTGAAATCTTCTT
TTGCGTCTTTACAATAAATTTTCTTCTTCTCTGTTCATTTGATAGGCTAAATTGCTTATC
GTCTTTGTTTCAACGTTGTCTACTATTTGCTACACCACTCTTGTTGGGAAATAAGAATAA
TAACTTTGTTTTGTTATTA

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DS 

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TAAAGAGATCCGGAAGAATGGCGACGGCGATAGTACGTTCAGCACTTTCACGAGCAGCGA
TCGGCGCAGCTCCGAGGACAACCGTTGCCCCAAAGAGAAGATTTTCATCTTCTGCTGGCC
ATGACGATGCTTATGAAGCAGCGAAGTGGGAGAAGATAACATATCTGGGAATAGCTAGTT
GCACTGCTCTAGCCGCCTATGTTTTATCTAAGGGTCATCATCACAGCGAGGATCCTCCTG
CCTATCCATATATGCACATCCGCAACAAGGAGTTTCCTTGGGGTCCAGACGGTCTCTTTG
AGGTGAAGCACAACGAAGGGCACTGAAATCTTCTTT*GCGTCTTTACAATAAATTTTCTT
ATTCTCTGTTCATTTGATAGGCTAAATTGCTTATCGTCTTTGTTTTAACGTTGTCTACTA
TTTGCTACACCACTCTTGTTGGGAAATAAGAATAATAACTTTGTTTTGTTATTATCAAAT
ACGTACTTGTGGTTCCTCAAATCTCTTGCGATTCAATCTCAATAAAAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1AX63TF 529 0 0
GGACAGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGAAGCGAATAAAGAGATCCGGAAGAATGGCGACGGCGATAGTACG
TTCAGCACTTTCACGAGCAGCGATGGGCGCAGCTCCGAGGACATCCGTTGCCCCAAAGAG
AAGGCTTTCATCTTCTGCTGGCCATGACGATGCTTATGAAGCTGCGAAGTGGGAGAAGAT
AACATATCTGGGAATTGCTAGTTGCACTGCTCTAGCCGCCTATGTTTTATCTAAAGGTCA
TCATCACGGCGAGGATCCTCCTGCCTATCCATATATGCACATCCGCAACAAGGAGTTTCC
TTGGGGTCCATACGGTCTCTTTGAGGTGAAGCACAACGAAGGGCACTGAAATCTTCTTTT
GCGTCTTTACAATAAATTTTCTTCTTCTCTGTTCATTTGATAGGCTAAATTGCTTATCGT
CTTTGTTTCAACGTTGTCTACTATTTGCTACACCACTCTTGTTGGGAAATAAGAATAATA
ACTTTGTTTTGTTATTATCAAATACGTACTTGTGGTT
CCCC

QA 9 525 9 525
DS 

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ATTTTCATCTTCTGCTGGCCATGACGATGCTTATGAAGCAGCGAAGTGGGAGAAGATAAC
ATATCTGGGAATAGCTAGTTGCACTGCTCTAGCCGCCTATGTTTTATCTAAGGGTCATCA
TCACGGCGAGGATCCTCCTGCCTATCCATATATGCACATCCGCAACAAGGAGTTTCCTTG
GGGTCCAGACGGTCTCTTTGAGGTGAAGCACAACGAAGGGCACTGAAATCTTCTTT*GCG
TCTTTACAATAAATTTTCTTATTCTCTGTTCATTTGATAGGCTAAATTGCTTATCGTCTT
TGTTTTAACGTTGTCTACTATTTGCTACACCACTCTTGTTGGGAAATAAGAATAATAACT
TTGTTTTGTTATTATCAAATACGTACTTGTGGTT

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1DU56TF 514 0 0
GAGAGAGAGAGAGAAGCGAATAAAGAGATCCGGAA**ATGGCGACGGCGATAGTGCGTTC
AGCACTTTCACGAGCAGCGATCGGCGCAGCTCCGAGGACAACCGTTGCCCCAAAGAGAAG
ATTTTCATCTTCTGCTGGCCATGACGATGCTTATGAAGCAGCGAAGTGGGAGAAGATAAC
ATATCTGGGAATAGCTAGTTGCACTGCTCTAGCCGCCTATGTTTTATCTAAGGGTCATCA
TCACGGCGAGGATCCTCCTGCCTATCCATATATGCACATCCGCAACAAGGAGTTTCCTTG
GGGTCCAGACGGTCTCTTTGAGGTGAAGCACAACGAAGGGCACTGAAATCTTCTTT*GCG
TCTTTACAATAAATTTTCTTATTCTCTGTTCATTTGATAGGCTAAATTGCTTATCGTCTT
TGTTTTAACGTTGTCTACTATTTGCTACACCACTCTTGTTGGGAAATAAGAATAATAACT
TTGTTTTGTTATTATCAAATACGTACTTGTGGTT

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 5

CO CL1487Contig1 868 5 10 U
GGATCCAGTAAACATTCAAATCTCATCAGCTAAATAAACTCAAAAAGGATGAATCCTATG
TTTTACTTCCTTCTTGCCTTAACCGCCGTTTTTGCCGCGAAAACAAACGCCGCCGGACCA
ATTTTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGCGGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATC
TTCTGGGGCGCTGGGGGTGGCGGTCTAACTCTCGCCCCCGTTTTTGGCAACCAATGTCCC
CTCTTTCTCGGACAGGAACGTTCAGACCTGAACAGGGGCATTCCCGTAAGATTCTCAAAC
TGGAGGTCTAGAGTTAAGCACGTTCCGGAGTCAGAGAACCTCAACATCGAGATGGATACC
ACACCAAAGATCTGCCGCCCAGAGTCAGTTTATTGGTGGCTCAGTAGTCCGCCCGCCAGT
GATGTAACGTCGTTCATAATAGCTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGAAGAAGATTCGTCG
AGTAGTTTCTTCCAGATCGTCAAGAAGACTGTGGGAAAACTTGACGCTTACAAGTTTGTG
TTTTGTGGAGAGCATAACGATTGCGTCGATGTCGGTGTAATGGAGGACCTAGCTGGCGTT
GGGCGTTTCGTTTTAGGCCCTACTACGCCATTCAACGTTGTGTTCGAGAAAGCTACTAGG
ACAACAGAGACTTTATCCAAGACTATGTCCATTATTTAAGAAAAATTAAAGGCTACAAAA
TGAAGAGGATAAGAGTTATAACTTATGACTAATGATAAAACTCTCTTATCCTTTTTTTTT
GTCAGCTTAATAAAACTCTATCTATGTTGGCTGTTTTCTTTGATCATCAATCATCATCAT
GTCTGGAAGAAAACATTTTTCCTTTGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CO79JQ C 127
AF RR1F883TF U 1
AF RR1GK19TF U 1
AF RR1CO79TF U 1
AF RR1GK19JQ C 181
BS 1 111 RR1CO79TF
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BS 473 616 RR1CO79TF
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BS 694 868 RR1GK19JQ

RD RR1CO79JQ 473 0 0
GACACTGATGGTGATGTCATATTCGGCGGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATCTTCTGG
GGCGCTGGGGGTGGCGGTCTAACTCTCGCCCCCGTTTTTGGCAACCAATGTCCCCTCTTT
CTCGGACAGGAACGTTCAGACCTGAACAGGGGCATTCCCGTAAGATTCTCAAACTGGAGG
TCTAGAGTTAAGCACGTTCCGGAGTCAGAGAACCTCAACATCGAGATGGATACCACACCA
AAGATCTGCCGCCCAGAGTCAGTTTATTGGTGGCTCAGTAGTCCGCCCGCCAGTGATGTA
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TTCTTCCAGATCGTCAAGAAGACTGTGGGAAAACTTGACGCTTACAAGTTTGTGTTTTGT
GGAGAGCATAACGATTGCGTCGATGTCGGTGTAATGGAGGACCTAGCTGGCGT

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1F883TF 614 0 0
GGATCCAGTAAACATTCAAATCTCATCAGCTAAATAAACTCAAAAAGGATGAATCCTATG
TTTTACTTCCTTCTTGCCTTAACCGCCGTTTTTGCCGCGAAAACAAACGCCGCCGGACCA
ATTTTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGCGGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATC
TTCTGGGGCGCTGGGGGTGGCGGTCTAACTCTCGCCCCCGTTTTTGGCAACCAATGTCCC
CTCTTTCTCGGACAGGAACGTTCAGACCTGAACAGGGGCATTCCCGTAAGATTCTCAAAC
TGGAGGTCTAGAGTTAAGCACGTTCCGGAGTCAGAGAACCTCAACATCGAGATGGATACC
ACACCAAAGATCTGCCGCCCAGAGTCAGTTTATTGGTGGCTCAGTAGTCCGCCCGCCAGT
AATGTAACGTCGTTCATAATAGCTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGAAGAAGATTCGTCG
AGTAGTTTCTTCCAGATCGTCAAGAAGACTGTGGGAAAACTTGACGCTTACAAGTTTGTG
TTTTGTGGAGAGCATAACGATTGCGTCGATGTCGGTGTAATGGAGGACCTAGCTGGCGTT
GGGCGTTTCGTTTT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1GK19TF 612 0 0
GGATCCAGTAAACATTCAAATCTCATCAGCTAAATAAACTCAAAAAGGATGAATCCTATG
TTTTACTTCCTTCTTGCCTTAACCGCCGTTTTTGCCGCGAAAACAAACGCCGCCGGACCA
ATTTTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGCGGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATC
TTCTGGGGCGCTGGGGGTGGCGGTCTAACTCTCGCCCCCGTTTTTGGCAACCAATGTCCC
CTCTTTCTCGGACAGGAACGTTCAGACCTGAACAGGGGCATTCCCGTAAGATTCTCAAAC
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ACACCAAAGATCTGCCGCCCAGAGTCAGTTTATTGGTGGCTCAGTAGTCTGCCCACCAGT
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AGTAGTTTCTTCCAGATCTTCAAGAAGACTGTGGGAAAACTTGACGCTTACAAGTTTGTG
TTTTGTGGAGAGCATAACGATTGCGTCGATGTCGGTGTAATGGAGGACCTAGCTGGCGTT
GGGCGTTTCGTT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1CO79TF 701 0 0
GGATCCAGTAAACATTCAAATCTCATCAGCTAAATAAACTCAAAAAGGATGAATCCTATG
TTTTACTTCCTTCTTGCCTTAACCGCCGTTTTTGCCGCGAAAACAAACGCCACCGGACCA
ATTTTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGCGGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATC
TTCTGGGGCGCTGGGGGTGGCGGTCTAACTCTCGCCCCCGTTTTTGGCAACCAATGTCCC
CTCTTTCTCGGACAGGAACGTTCAGACCTGAACAGGGGCATTCCCGTAAGATTCTCAAAC
TGGAGGTCTAGAGTTAAGCACGTTCCGGAGTCAGAGAACCTCAACATCGAGATGGATACC
ACACCAAAGATCTGCCGCCCAGAGTCAGTTTATTGGTGGCTCAGTAGTCCGCCCGCCAGT
GATGTAACGTCGTTCATAATAGCTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGAAGAATATTCGTCG
AGTAGTTTCTTCCAGATCGTCAAGAAGACTGTGGGAAAACTTGACGCTTACAAGTTTGTG
TTTTGTGGAGAGCATAACGATTGCGTCGATGTCGGTGTAATGGAGGACCTAGCTGGCGTT
GGGCGTTTCGTTTTAG*CCCTACTACGCCATTCAACGTTGTGTTCGAGAAAGCTACTAG*
ACAACAGAGACTTTATCCAAGACTATGTCCATT
ATCTAAGA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1GK19JQ 688 0 0
TTCTGGGGCGCTGGGGGTGGCGGTCTAACTCTCGCCCCCGTTTTTGGCAACCAATGTCCC
CTCTTTCTCGGACAGGAACGTTCAGACCTGAACAGGGGCATTCCCGTAAGATTCTCAAAC
TGGAGGTCTAGAGTTAAGCACGTTCCGGAGTCAGAGAACCTCAACATCGAGATGGATACC
ACACCAAAGATCTGCCGCCCAGAGTCAGTTTATTGGTGGCTCAGTAGTCTGCCCACCAGT
GATGTAACGTCGTTCATAATAGCTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGAAGAAGATTCGTCG
AGTAGTTTCTTCCAGATCTTCAAGAAGACTGTGGGAAAACTTGACGCTTACAAGTTTGTG
TTTTGTGGAGAGCATAACGATTGCGTCGATGTCGGTGTAATGGAGGACCTAGCTGGCGTT
GGGCGTTTCGTTTTAGGCCCTACTACGCCATTCAACGTTGTGTTCGAGAAAGCTACTAGG
ACAACAGAGACTTTATCCAAGACTATGTCCATTATTTAAGAAAAATTAAAGGCTACAAAA
TGAAGAGGATAAGAGTTATAACTTATGACTAATGATAAAACTCTCTTATCCTTTTTTTTT
GTCAGCTTAATAAAACTCTATCTATGTTGGCTGTTTTCTTTGATCATCAATCATCATCAT
GTCTGGAAGAAAACATTTTTCCTTTGTT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 6

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AAAGATGACAGTGAGGCTTCTTATCCGTATTTCCAGTACTTCTATTATCTTTGGCTTGTT
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TGAAAACAAGATGTTGGAGACCCATGTTGTTCCAACTTCTTTTATTAT


BQ
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AG26JQ C 1
AF RR1D069JQ C 1
AF RR1D069TF U 1
AF RR1DI39JQ C 1
AF RR1DI39TF U 1
AF RR1AG26TF U 1
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BS 226 226 RR1DI39TF
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QA 1 588 1 588
DS 

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QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1D069TF 562 0 0
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QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1DI39JQ 578 0 0
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C

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1DI39TF 578 0 0
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TGAAAACAAGATGTTGGAGACCCATGTTGTTCCAACT
C

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1AG26TF 588 0 0
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GGCTGCGACTGAGAGTAAAACCGAGACTGAGACTAAGACTGAGGCTAAGGTTGATGCAAC
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AAAGATGACAGTGAGGCTTCTTATCCGTATTTCCAGTACTTCTATTATCCTTGGCTTGTT
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TGAAAACAAGATGTTGGAGACCCATGTTGTTCCAACTTCTTTTATTAT

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 6

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ACAGATCAAAATTCGAAATCGCGATCATGTCGTGCTTAGCCCTAATCGCCCTCTCCTACT
TCCGCCAAACGCGCCAAGCCTTCTCCTCTTCCTCAAAACAGCAACAACCTCCGTCAGATC
GTAAACACACTCAACCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCGCAGATCCCGACGACTACG
TTGCCTCCGGCAGAGGCGACGCAGTCTACACACATCAATGTGGAAGGATTCGAAGGGGAG
TACGGTGGGATTGCGTTCAGCAACGAGCAGGCGACGATTGGGGAGACTTTTGAGTCGTTT
AGTGATGCTTGGGGAGGTGGTTTGGATCCTTCGGAGTTTATGGGACCGAAGAAGATTCAT
AAGAAGGAAGGACTCGGCGGGCTCGAGCTCTTGCACACCAGTTATCCCAAGGCGGTGGAA
GGCAAAGATGGAGGTAATCTCGATAACTTAGTTAAGAAGGTTGAGATGAAAGGTCCTGAA
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AAACTCCCTGTTGACCCCACGTTGCTCAAGGTTTCTCCTAAGGCGATACTGAACAGAACC
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TGTACTTGTGTATCTTGACATTTCCT***TGTTATGTTATCTGTTTTTATCACATTTGTT
TTTACATTTAGTTTTGTCACTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AI75TF U 1
AF RR1CF45JQ C 650
AF RR1CF45TF U 663
AF RR1AI75JQ C 296
AF RR1AC42JQ C 678
AF RR1AC42TF U 678
BS 1 746 RR1AI75TF
BS 747 795 RR1CF45TF
BS 796 796 RR1AC42TF
BS 797 831 RR1CF45TF
BS 832 832 RR1AC42TF
BS 833 1191 RR1CF45TF
BS 1192 1225 RR1AC42TF

RD RR1AI75TF 746 0 0
GGATGGTTAATCCAACCAAGGCTACATCGAGATTGAAGATTCGCGAATTGTAGAATCTCC
ACAGATCAAAATTCGAAATCGCGATCATGTCGTGCTTAGCCCTAATCGCCCTCTCCTACT
TCCGCCAAACGCGCCAAGCCTTCTCCTCTTCCTCAAAACAGCAACAACCTCCGTCAGATC
GTAAACACACTCAACCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCGCAGATCCCGACGACTACG
TTGCCTCCGGCAGAGGCGACGCAGTCTACACACATCAATGTGGAAGGATTCGAAGGGGAG
TACGGTGGGATTGCGTTCAGCAACGAGCAGGCGACGATTGGGGAGACTTTTGAGTCGTTT
AGTGATGCTTGGGGAGGTGGTTTGGATCCTTCGGAGTTTATGGGACCGAAGAAGATTCAT
AAGAAGGAAGGACTCGGCGGGCTCGAGCTCTTGCACACCAGTTATCCCAAGGCGGTGGAA
GGCAAAGATGGAGGTAATCTCGATAACTTAGTTAAGAAGGTTGAGATGAAAGGTCCTGAA
ATGTATATCTCTGAGGAAATTAGAACCGAGTTTAGAGAATCATTGCAACCTAAGCTAACC
CCATTGCCTCTTAGAGTACGAATGGTGAAACGAGTTAGTGGGACTTTACTCTCGCTGATG
ATACAATACGTCTCAAGCCCGGACCTACCTCAGCCTCTGAAAGACGTCGACTTTGTTCTG
AAACTCCCTGTTGACCCCACGTTGCT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1CF45JQ 542 0 0
G
CTCGCTGATGATACAATACGTCTCAAGCCCGGACCTACCTCAGCCTCTGAAAGACGTCGA
CTTTGTTCTGAAACTCCCTGTTGACCCCACGTTGCTCAAGGTTTCTCCTAAGGCGATACT
GAACAGAACCGATCGAGAACTGAAGCGGCAAGTCCCTGAGATTCCTCTCAATGGAAGTCC
CAGGAGGCTAAGAGCGCGGATGCCTATCGACTCAGATAACAGCGAGGAAGAGCCAGAGAT
CATCTGCTATGTGAAGTTCTCGGTTCAGGGAAAGACTTCTTTGTCTGGTATCAGTTTACG
CCCAGCTGCTGAGGGCAATACGGATTTTTATGAGGTTGATCACAGGTTCGAAACCGGAGT
CTATATGTGCAATTGATAAA*GTTTCTCTCAAAGAGTGTTGAGTTTCATTTGTTTATAAA
TTTTCTCAAATGATT*GAGTTTGGCCGTTGTTGGAAGTTAATTCTGTTTTTTTTGTCATG
TAAGGTTTTGTGTACTTGTGTATCTTGACATTTCCT***TGTTATGTTATCTGTTTTTAT
C

QA 2 542 2 542
DS 

RD RR1CF45TF 529 0 0
ACAATACGTCTCAAGCCCGGACCTACCTCAGCCTCTGAAAGACGTCGACTTTGTTCTGAA
ACTCCCTGTTGACCCCACGTTGCTCAAGGTTTCTCCTAAGGCGATACTGAACAGAACCGA
TCGAGAACTGAAGCGGCAAGTCCCTGAGATTCCTCTCAATGGAAGTCCCAGGAGGCTAAG
AGCGCGGATGCCTATCGACTCAGATAACAGCGAGGAAGAGCCAGAGATCATCTGCTATGT
GAAGTTCTCGGTTCAGGGAAAGACTTCTTTGTCTGGTATCAGTTTACGCCCAGCTGCTGA
GGGCAATACGGATTTTTATGAGGTTGATCACAGGTTCGAAACCGGAGTCTATATGTGCAA
TTGATAAA*GTTTCTCTCAAAGAGTGTTGAGTTTCATTTGTTTATAAATTTTCTCAAATG
ATT*GAGTTTGGCCGTTGTTGGAAGTTAATTCTGTTTTTTTTGTCATGTAAGGTTTTGTG
TACTTGTGTATCTTGACATTTCCT***TGTTATGTTATCTGTTTTTATC

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1AI75JQ 914 0 0
GGGAGTACGGTGGGATTGCGTTCAGCAACGAGCAGGCGACGATTGGGGAGACTTTTGAGT
CGTTTAGTGATGCTTGGGGAGGTGGTTTGGATCCTTCGGAGTTTATGGGACCGAAGAAGA
TTCATAAGAAGGAAGGACTCGGCGGGCTCGAGCTCTTGCACACCAGTTATCCCAAGGCGG
TGGAAGGCAAAGATGGAGGTAATCTCGATAACTTAGTTAAGAAGGTTGAGATGAAAGGTC
CTGAAATGTATATCTCTGAGGAAATTAGAACCGAGTTTAGAGAATCATTGCAACCTAAGC
TAACCCCATTGCCTCTTAGAGTACGAATGGTGAAACGAGTTAGTGGGACTTTACTCTCGC
TGATGATACAATACGTCTCAAGCCCGGACCTACCTCAGCCTCTGAAAGACGTCGACTTTG
TTCTGAAACTCCCTGTTGACCCCACGTTGCTTAAGGTTTCTCCTAAGGCGATACTAAACA
GAACCGATCGAGAACTGAAGTGGCAAGTCCCTGAGATTCCTCTCAATGGAAGTCCCGGGA
GGCTAAGAGCGCGGATGCCGATCGACTCAGATAACAGCGAGGAAGAACCAGAGATCATCT
GCTATGTGAAGTTCTCGGTTCAGGGAAAGACTTCTTTGTCTGGTATCAGTTTACGCCCAG
CTGCTGAGGGCAATACGGATTTTTATGAGGTTGATCACAGGTTCGAAACTGGAGTCTATA
TGTGCAATTGATAAACGTTTCTCTCTAAGAGTGTTGAGTTTCATTTGTTTATAAATTTTC
TCAAATGATTTGAGTTTGGCCGTTGTTGGAAGTTAATTCTGTTTTTTTTGTCATGTAAGG
TTTTGTGTACTTGTGTATCTTGACATTTCCTCATTGTTATGTTATCTGTTTCTATCACAT
TTGTTTTTACATT
C

QA 1 913 1 913
DS 

RD RR1AC42JQ 548 0 0
G
CCGGACCTACCTCAGCCTCTGAAAGACGTCGACTTTGTTCTGAAACTCCCTGTTGACCCC
ACGTTGCTCAAGGTTTCTCCTAAGGCGATACTGAACAGAACCGATCGAGAACTGAAGTGG
CAAGTCCCTGAGATTCCTCTCAATGGAAGTCCCGGGAGGCTAAGAGCGCGGATGCCTATC
GACTCAGATAACAGCGAGGAAGAGCCAGAGATCATCTGCTATGTGAAGTTCTCGGTTCAG
GGAAAGACTTCTTTGTCTGGTATCAGTTTACGCCCAGCTGCTGAGGGCAATACGGATTTT
TATGAGGTTGATCACAGGTTCGAAACCGGAGTCTATATGTGCAATTGATAAA*GTTTCCC
TCAAAGAGTGTTGAGTTTCATTTGTTTATAAATTTTCTCAAATGATT*GAGTTTGGCCGT
TGTTGGAAGTTAATTCTGTTTTTTTTGTCATGTAAGGTTTTGTGTACTTGTGTATCTTGA
CATTTCCT***TGTTATGTTATCTGTTTTTATCACATTTGTTTTTACATTTAGTTTTGTC
ACTTGCC

QA 2 548 2 548
DS 

RD RR1AC42TF 548 0 0
G
CCGGACCTACCTCAGCCTCTGAAAGACGTCGACTTTGTTCTGAAACTCCCTGTTGACCCC
ACGTTGCTCAAGGTTTCTCCTAAGGCGATACTGAACAGAACCGATCGAGAACTGAAGTGG
CAAGTCCCTGAGATTCCTCTCAATGGAAGTCCCGGGAGGCTAAGAGCGCGGATGCCTATC
GACTCAGATAACAGCGAGGAAGAGCCAGAGATCATCTGCTATGTGAAGTTCTCGGTTCAG
GGAAAGACTTCTTTGTCTGGTATCAGTTTACGCCCAGCTGCTGAGGGCAATACGGATTTT
TATGAGGTTGATCACAGGTTCGAAACCGGAGTCTATATGTGCAATTGATAAA*GTTTCCC
TCAAAGAGTGTTGAGTTTCATTTGTTTATAAATTTTCTCAAATGATT*GAGTTTGGCCGT
TGTTGGAAGTTAATTCTGTTTTTTTTGTCATGTAAGGTTTTGTGTACTTGTGTATCTTGA
CATTTCCT***TGTTATGTTATCTGTTTTTATCACATTTGTTTTTACATTTAGTTTTGTC
ACTTGCC

QA 2 548 2 548
DS 



AS 1 6

CO CL1490Contig1 1490 6 25 U
GGATTCTAGACACGTGTTTATTCATCAATGGCGTCGTCGTCGTGTCACCGCTACCTTAGT
GTCACTCCATTGTTCAGCACTAAACTCCATTTCTCATCACCGAGACGAACTTCTCTTCCC
GTGAATCGACGATCCATCTCCGTCTCTGCGACTATGGCTTCACCTACTAAGAAGGTTTTG
ATTCCCGTTGCGCATGGTACTGAGCCGTTCGAAGCGGTGGTGATGATCGATGTGTTGCGG
CGAGGCGGCGCGGATGTAACGGTGGCCTCCGTGGAGAATCAGGTTGGAGTTGATGCGTGC
CATGGGATCAAGATGGTCGCCGATACGCTTCTCTCTGTTGTCACCGGCTCCGTTTTCGAC
CTTATTATGCTCCCTGGAGGACTACCTGGGGGAGAGACTCTAAAGAACTGTAAACCTTTG
GAGAATATGGTCAAGAAACAAGACAAAGATGGACGGCTTAACGCTGCTATCTGCTGTGCC
CCGGCGTTGGCGCTTGGTACTTGGGGTTTGCTAGAGGGTAAAAAAGCGACATGTTACCCA
GTGTTTATGG*AGAAGCTAGGAGCAACCTGTGCAACGGCTGTTGAGTCGAGAGTGGAAAT
TGATGGGAGGATAGTGACCAGTAGAGGGCCTGGAACCACTATGGAATTCTCTGTCACGCT
TGTGGAGCAGCTGTTTGGGAAAGAGAAAGCTGCTGAAGTCTCTGCACCTTTGGTGATGCG
TCCCAACCCTGGTGATGAGTACAGTATTACCGAGCTTAACCAAACAAAGTGGTCGTATGA
CAGTACCCC*ACAGATTCTTGTACCCATTGCAGATGGCTCGGAGGAAATGGAAGCTGTTG
CGATCATTGATGTACTGAGACGGGCAAAAGCGAATGTTGTCGTTGCTGCACTTGGTAACA
GTTTGGAAGTGGTAGCATCTCGTAAAGTCAAGCTAGTGGCAGATGTGCTTCTCGATGAGG
CAGAAAAGAACTCATACGATCTGATTGTGTTGCCAGGTGG*TCTCGGTGGTGCTGAAGCA
TTTGCAAGTTCGGAGAGGCTAGTGAATATGTTAAAGAAGCAAGCGGAATCAAACAAACCA
TATGGAGCTATTTGTGCATCCCCTGCTCTGGTCTTTGAGCCACACGGTTTACTCAAGGGT
AAGAAGGCGACAGCTTTTCCAGCAATGTGCAACAAATTGTCGGACCAGAGTCACATCGAA
CATAGAGTATTGGTGGACGGTAATCTCATAACGAGCAGGGGTCCTGGAACCTCGTTGGAG
TTTGCACTCGGAATCGTGGAGAAGTTTTATGGTCGCGAGAAAGGACTTCAGCTAGCAAAG
GCAACTCTCGTGTAAACTCAGCGAAGTGAGTATCTAAGATAAGATTGTTTTTATCAAGAG
AAATGCTTTAGTATGAAGCTATCGTTGAGTGGACCTTTATTGTAATGTGTTCTTTATACT
GAGTGTGTAATGTCCAATAAATAAAAAAACGTGCTTACCCGTTTTCTCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AU63TF U 1
AF RR1G930TF U 339
AF RR1G388TF U 339
AF RR1AU63JQ C 666
AF RR1G388JQ C 698
AF RR1G930JQ C 712
BS 1 550 RR1AU63TF
BS 551 551 RR1G388TF
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BS 1480 1490 RR1AU63JQ

RD RR1AU63TF 855 0 0
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GTCACTCCATTGTTCAGCACTAAACTCCATTTCTCATCACCGAGACGAACTTCTCTTCCC
GTGAATCGACGATCCATCTCCGTCTCTGCGACTATGGCTTCACCTACTAAGAAGGTTTTG
ATTCCCGTTGCGCATGGTACTGAGCCGTTCGAAGCGGTGGTGATGATCGATGTGTTGCGG
CGAGGCGGCGCGGATGTAACGGTGGCCTCCGTGGAGAATCAGGTTGGAGTTGATGCGTGC
CATGGGATCAAGATGGTCGCCGATACGCTTCTCTCTGTTGTCACCGGCTCCGTTTTCGAC
CTTATTATGCTCCCTGGAGGACTACCTGGGGGAGAGACTCTAAAGAACTGTAAACCTTTG
GAGAATATGGTCAAGAAACAAGACAAAGATGGACGGCTTAACGCTGCTATCTGCTGTGCC
CCGGCGTTGGCGCTTGGTACTTGGGGTTTGCTAGAGGGTAAAAAAGCGACATGTTACCCA
GTGTTTATGGGAGAAGCTAGGAGCAACCTGTGCAACGGCTGTTGAGTCGAGAGTGGAA*T
TGATGGGAGGATAGTGACCAGTAGAGGGCCTGGAACCACTATGGAATTCTCTGTCACGCT
TGTGGAGCAGCTGTTTGGGAAAGAGAAAGCTGCTGAAGTCTCTGCACCTTTGGTGATGCG
TCCCAACCCTGGTGATGAGTACAGTATTACCGAGCTTAACCAAACAAAGTGGTCGTATGA
CAGTACCCC*ACAGATTCTTGTACTCATTGCAGATGGCTCGGAGGAAATGGA*GCTGTTG
CGATCATTGATGTAC

QA 1 855 1 855
DS 

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G
GTCACCGGCTCCGTTTTCGACCTTATTATGCTCCCTGGAGGACTACCTGGGGGAGAGACT
CTAAAGAACTGTAAACCTTTGGAGAATATGGTCAAGAAACAAGACAAAGATGGACGGCTT
AACGCTGCTATCTGCTGTGCCCCGGCGTTGGCGCTTGGTACTTGGGGTTTGCTAGAGGGT
AAAAAAGCGACATGTTACCCAGTGTTTATGG*AGAAGCTAGGAGCAACCTGTGCAACGGC
TGTTGAGTCGAGAGTGGAAATTGATGGGAGGATAGTGACCAGTAGAGGGCCTGGAACCAC
TATGGAATTCTCTGTCACGCTTGTGGAGCAGCTGTTTGGGAAAGAGAAAGCTGCTGAAGT
CTCTGCACCTTTGGTGATGCGTCCCAACCCTGGTGATGAGTACAGTATTACCGAGCTTAA
CCAAACAAAGTGGTCGTATGACAGTACCCC*ACAGATTCTTGTACCCATTGCAGATGGCT
CGGAGGAAATGGAAGCTGTTGCGATCATTGATGTACTGAGACGGGCAAAAGCGAATGTTG
TCGTTGCTGCACTTGGTAACAGTTTGGAAGTGGTAGCATCTCGTAAAGTCAAGCTAGTGG
CAGATGTGCTTCTCGATGAGGCAGAAAAGAACTCATACGATCTGATTGTGTTGCCAGGTG
GGTCTCGGTGGTGCTGAAGCATTTGCAAG

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DS 

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G
GTCACCGGCTCCGTTTTCGACCTTATTATGCTCCCTGGAGGACTACCTGGGGGAGAGACT
CTAAAGAACTGTAAACCTTTGGAGAATATGGTCAAGAAACAAGACAAAGATGGACGGCTT
AACGCTGCTATCTGCTGTGCCCCGGCGTTGGCGCTTGGTACTTGGGGTTTGCTAGAGGGT
AAAAAAGCGACATGTTACCCAGTGTTTATGG*AGAAGCTAGGAGCAACCTGTGCAACGGC
TGTTGAGTCGAGAGTGGAAATTGATGGGAGGATAGTGACCAGTAGAGGGCCTGGAACCAC
TATGGAATTCTCTGTCACGCTTGTGGAGCAGCTGTTTGGGAAAGAGAAAGCTGCTGAAGT
CTCTGCACCTTTGGTGATGCGTCCCAACCCTGGTGATGAGTACAGTATTACCGAGCTTAA
CCAAACAAAGTGGTCGTATGACAGTACCCC*ACAGATTCTTGTACCCATTGCAGATGGCT
CGGAGGAAATGGAAGCTGTTGCGATCATTGATGTACTGAGACGGGCAAAAGCGAATGTTG
TCGTTGCTGCACTTGGTAACAGTTTGGAAGTGGTAGCATCTCGTAAAGTCAAGCTAGTGG
CAGATGTGCTTCTCGATGAGGCAGAAAAGA*CTCATACGATCTGATTGTGTTGCCAGGTG
G*TCTCGGTGGTGCTGAAGCATTTGCAAGTTCGGAGAGGCTAGTGAATATGTTAAAGAAG
CAAGCGGAATCAA*CAAAC*ATATGGAGCTATTTGT

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR1AU63JQ 825 0 0
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CCCCCACAGATTCTTGTACCCATTGCAGATGGCTCGGAGGAAATGGAAGCTGTTGCGATC
ATTGATGTACTGAGACGGGCAAAAGCGAATGTTGTCGTTGCTGCACTTGGTAACAGTTTG
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AAGAACTCATACGATCTGATTGTGTTGCCAGGTGG*TCTCGGTGGTGCTGAAGCATTTGC
AAGTTCGGAGAAGCTAGTGAATATGTTAAAGAAGCAAGCGGAATCAAACAAACCATATGG
AGCTATTTGTGCATCCCCTGCTCTGGTCTTTGAGCCACCCGGTTTACTCAAGGGTAAGAA
GGCGACAGCTTTTCCAGCAATGTGCAACAAATTGTCGGACCAGAGTCACATCGAACATAG
AGTATTGGTGGACGGTAATCTCATAACGAGCAGGGGTCCTGGAACCTCGTTGGAGTTTGC
ACTCGGAATCGTGGAGAAGTTTTATGGTCGCGAGAAAGGACTTCAGCTAGCAAAGGCAAC
TCTCGTGTAAACTCAGCGAAGTGAGTATTTAAGATAAGATTGTTTTTATCAAGAGAAATG
CTTTAGTATGAAGCTATCGTTGAGTGGACCTTTATTGTAATGTGTGCTTTATACTGAGTG
TGTAATGTCCAATAAATAAAAAAACGTGCTTACTCGTTTTCTCCC

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR1G388JQ 786 0 0
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AACCAAACAAAGTGGTCGTATGACAGTACCCC*ACAGATTCTTGTACCCATTGCAGATGG
CTCGGAGGAAATGGAAGCTGTTGCGATCATTGATGTACTGAGACGGGCAAAAGCGAATGT
TGTCGTTGCTGCACTTGGTAACAGTTTGGAAGTGGTAGCATCTCGTAAAGTCAAGCTAGT
GGCAGATGTGCTTCTCGATGAGGCAGAAAAGAACTCATACGATCTGATTGTGTTGCCAGG
TGG*TCTCGGTGGTGCTGAAGCATTTGCAAGTTCGGAGAGGCTAGTGAATATGTTAAAGA
AGCAAGCGGAATCAAACAAACCATATGGAGCTATTTGTGCATCCCCTGCTCTGGTCTTTG
AGCCACACGGTTTACTCAAGGGTAAGAAGGCGACAGCTTTTCCAGCAATGTGCAACAAAT
TGTCGGACCAGAGTCACATCGAACATAGAGTATTGGTGGACGGTAATCTCATAACGAGCA
GGGGTCCTGGAACCTCGTTGGAGTTTGCACTCGGAATCGTGGAGAAGTTTTATGGTCGCG
AGAAAGGACTTCAGCTAGCAAAGGCAACTCTCGTGTAAACTCAGCGAAGTGAGTATCTAA
GATAAGATTGTTTTTATCAAGAGAAATGCTTTAGTATGAAGCTATCGTTGAGTGGACCTT
TATTGTAATGTGTTCTTTATACTGAGTGTGTAATGTCCAATAAATAAAAAAACGTGCTTA
CCCGTT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1G930JQ 772 0 0
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GTCGTATGACAGTACCCC*ACAGATTCTTGTACCCATTGCAGATGGCTCGGAGGAAATGG
AAGCTGTTGCGATCATTGATGTACTGAGACGGGCAAAAGCGAATGTTGTCGTTGCTGCAC
TTGGTAACAGTTTGGAAGTGGTAGCATCTCGTAAAGTCAAGCTAGTGGCAGATGTGCTTC
TCGATGAGGCAGAAAAGAACTCATACGATCTGATTGTGTTGCCAGGTGG*TCTCGGTGGT
GCTGAAGCATTTGCAAGTTCGGAGAGGCTAGTGAATATGTTAAAGAAGCAAGCGGAATCA
AACAAACCATATGGAGCTATTTGTGCATCCCCTGCTCTGGTCTTTGAGCCACACGGTTTA
CTCAAGGGTAAGAAGGCGACAGCTTTTCCAGCAATGTGCAACAAATTGTCGGACCAGAGT
CACATCGAACATAGAGTATTGGTGGACGGTAATCTCATAACGAGCAGGGGTCCTGGAACC
TCGTTGGAGTTTGCACTCGGAATCGTGGAGAAGTTTTATGGTCGCGAGAAAGGACTTCAG
CTAGCAAAGGCAACTCTCGTGTAAACTCAGCGAAGTGAGTATCTAAGATAAGATTGTTTT
TATCAAGAGAAATGCTTTAGTATGAAGCTATCGTTGAGTGGACCTTTATTGTAATGTGTT
CTTTATACTGAGTGTGTAATGTCCAATAAATAAAAAAACGTGCTTACCCGTT

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 4

CO CL1491Contig1 1401 4 7 U
GGTGATAAAGTGGAAATGATTATTTATTATTCATGTTTTTAAAATAATTGCATCAGTTAT
GCATCATATTAAAAATTCAAAACAACATATTCAAAGAAATAATTTTTTTTGTTTGGAATT
TTAAAACATCAATACATTTTATTCTTCAGTAGATACTGCAGGACAAGTAGGGTTGCAATT
CAAGGATGGGCAATCTATGTTCTGAAACGTACTCCGCTCATAAAACCAGTCTCCAACCGC
TTTTGCCATTTTCGTATTGCCGACTTGTGGGCCTTGAGCACCGGACCAAGTGGCCGCACT
TCCACCTTGGCAATGAGCGTGGCATGAATCTAGGAATAATCCGCTAGTCGTCGTCGCTCG
AACAGGTGCTAACGCAGCCAACATTTGGTCTCTATACCCTTGAACAGTTTGAAGCTGAGC
AGCTGTACACTTCTTAAGATCAAGCTTACAATCCTTCCACTCTTTGCGTTTATCAACAGA
GGTTGGAGCCAAAACATTCTTGATCTGCCAAGAATCGAAGGCGGCATTGATTACGAAAAG
TGGTGTTTGCATGGTCTTTACAACGTATTGCGGGAAGAAACACAGTTCTGGCTTCATACT
TGAGGTACATGAAGCAGGAAGACTCTTTGCAGATCCGTGGGTTGCTACAACTTTGCTGTA
GTATGATTCTATGTAAGATCCTCCACTGATATCCTTACCGTGGATGAAGAAACCGGCGTC
GGAAACACACTTGACCTTAGCTGTTTTAGGGAGAATGGACTTGAACTGGTCGCAATGTAG
AATAGAAGCCAATGCTCCGGCTGAACAACCAGAGAGTATCGCGTTTTGAGCGTTGCTCAT
TCCCTTGGCCATAAGATCATCGATCACCGCACTCCAAACCCTAGCACCGCGGAAGAAGAG
CTTGTTTGTCGGATCAACGGCTTCTATATCACCGGTGAAAGATGAACCATCACAATATCG
AACTTTGATTCTATTCCAGTTATAGAAGTCTGGATTGGTGCTTTGCTTGCCCCCCAAGAT
ACCAGAGAAACCGAAGTCTTTGTTCATAAACTTAGACGAACCCTTCATCGTAGTTTTACG
TTTTACGCATGTAGCTATATCCGTGCACCATCCTCCTCCCTCCATATGAACGATCCAGTT
GTTTGCTCCTGAGCCAGATCCTTTATCGAAATGGTACGCTGGAGCACTACCGTCCAAGCA
CACAGCTCCTTTAGCCACAGCAGATTCAAGATATGTGATGGGCACAGATCCAGCCCCGAG
CACAACTACGGCTAAGACCAGGAGACTTGACCATACTTGCTTCAGCCTCACCATCCTTGA
GAAATGGCTCTTCAGATTCTTATTCACGTAGAGAAATGTGTAAAAGAGGAGTCTTCAAGA
GTAAGGTTTACAAGTTCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1GI56JQ U 1
AF RR1AW88JQ U 8
AF RR1AW88TF C 555
AF RR1GI56TF C 778
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BS 356 616 RR1GI56JQ
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BS 848 1401 RR1AW88TF

RD RR1GI56JQ 616 0 0
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GCATCATATTAAAAATTCAAAACAACATATTCAAAGAAATAATTTTTTTTGTTTGGAATT
TTAAAACATCAATACATTTTAT**TTCAGTAGATACTGCAGGACAAGTAGGGTTGCAATT
CAAGGATGGGCAATCTATGTTCTGAAACGTACTCCGCTCATAAAACCAGTCTCCAACCGC
TTTTGCCATTTTCGTATTGCCGACTTGTGGGCCTTGAGCACCGGACCAAGTGGCCGCACT
TCCACCTTGGCAATGAGCGTGGCATGAATCTAGGAATAATCCGCTAGTCGTCGTTGCTCG
AACAGGTGCTAACGCAGCCAACATTTGGTCTCTATACCCTTGAACAGTTTGAAGCTGAGC
AGCTGTACACTTCTTAAGATCAAGCTTACAATCCTTCCACTCTTTGCGTTTATCAACAGA
GGTTGGAGCCAAAACATTCTTGATCTGCCAAGAATCGAAGGCGGCATTGATTACGAAAAG
TGGTGTTTGCATGGTCTTTACAACGTATTGCGGGAAGAAACACAGTTCTGGCTTCATACT
TGAGGTACATGAAGCA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1AW88JQ 840 0 0
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GTTAAAAATTCAAAACAACATATTCAAAGAAATAATTTTTTT*GTTTGGAATTTTAAAAC
ATCAATACATTTTATTCTTCAGTAGATACTGCAGGACAAGTAGGGTTGCAATTCAAGGAT
GGGCAATCTATGTTCTGAAACGTACTCCGCTCATAAAACCAGTCTCCAACCGCTTTTGCC
ATTTTCGTATTGCCGACTTGTGGGCCTTGAGCACCGGACCAAGTGGCTGCACTTCCACCT
TGGCAATGAGCGTGGCATGAATCTAGGAATAATCCGCTAGTCGTCGTCGCTCGAACAGGT
GCTAACGCAGCCAACATTTGGTCTCTATACCCTTGAACAGTTTGAAGCTGAGCAGCTGTA
CACTTCTTAAGATCAAGCTTACAATCCTTCCACTCTTTGCGTTTATCAACAGAGGTTGGA
GCCAAAACATTCTTGATCTGCCAAGAATCGAAGGCGGCATTGATTACGAAAAGTGGTGTT
TGCATGGTCTTTACAACGTATTGCGGGAAGAAACACAGTTCTGGCTTCATACTTGAGGTA
CATGAAGCAGGAAGACTCTTTGCAGATCCGTGGGTTGCTACAACTTTGCTGTAGTATGAT
TCTATGTAAGATCCTCCACTGATATCCTTACCGTGGATGAAGAAACCGGCGTCGGAAACA
CACTTGACCTTAGCTGTTTTAGGGAGAATGGACTTGAACTGGTCGCAATGTAGAATAGAA
GCCAATGCTCCGGCTGAACAACCAGAGAGTATCGCGTTTTGAGCGTTGCTCATTCCCTTG

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR1AW88TF 847 0 0
TCTTTACAACGTATTGCGG*AAGAAACACAGTTCTGGCTTCATACTTGAGGTACATGAAG
CAGGAAGACTCTTTGCAGATCCGTGGGTTGCTACAACTTTGCTGTAGTATGATTCTATGT
AAGATCCTCCACTGATATCCTTACCGTGGATGAAGAAACCGGCGTCGGAAACACACTTGA
CCTTAGCTGTTTTAGGGAGAATGGACTTGAACTGGTCGCAATGTAGAATAGAAGCCAATG
CTCCGGCTGAACAACCAGAGAGTATCGCGTTTTGAGCGTTGCTCATTCCCTTGGCCATAA
GATCATCGATCACCGCACTCCAAACCCTAGCACCGCGGAAGAAGAGCTTGTTTGTCGGAT
CAACGGCTTCTATATCACCGGTGAAAGATGAACCATCACAATATCGAACTTTGATTCTAT
TCCAGTTATAGAAGTCTGGATTGGTGCTTTGCTTGCCCCCCAAGATACCAGAGAAACCGA
AGTCTTTGTTCATAAACTTAGACGAACCCTTCATCGTAGTTTTACGTTTTACGCATGTAG
CTATATCCGTGCACCATCCTCCTCCCTCCATATGAACGATCCAGTTGTTTGCTCCTGAGC
CAGATCCTTTATCGAAATGGTACGCTGGAGCACTACCGTCCAAGCACACAGCTCCTTTAG
CCACAGCAGATTCAAGATATGTGATGGGCACAGATCCAGCCCCGAGCACAACTACGGCTA
AGACCAGGAGACTTGACCATACTTGCTTCAGCCTCACCATCCTTGAGAAATGGCTCTTCA
GATTCTTATTCACGTAGAGAAATGTGTAAAAGAGGAGTCTTCAAGAGTAAGGTTTACAAG
TTCATCC

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1GI56TF 623 0 0
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CATTCCCTTGGCCATAAGATCATCGATCACCGCACTCCAAACCCTAGCACCGCGGAAGAA
GAGCTTGTTTGTCGGATCAACGGCTTCTATATCACCGGTGAAAGATGAACCATCACAATA
TCGAACTTTGATTCTATTCCAGTTATAGAAGTCTGGATTGGTGCTTTGCTTGCCCCCCAA
GATACCAGAGAAACCGAAGTCTTT*TTCATAAACTTAGACGAACCCTTCATCGTAGTTTT
ACGTTTTACGCATGTAGCTATATCCGTGCACCATCCTCCTCCCTCCATATGAACGATCCA
GTTGTTTGCTCCTGAGCCAGATCCTTTATCGAAATGGTACGCTGGCGCACTACCGTCCAA
GCACACAGCTCCTTTAGCCACAGCAGATTCAAGATATGTGATGGGCACAGATCCAGCCCC
GAGCACAACTACGGCTAAGACCAGGAGACTTGACCATACTTGCTTCAGCCTCACCATCCT
TGAGAAATGGCTCTTCAGATTCTTATTCACGTAGAGAAATGTGTAAAAGAGGAGTCTTCA
AGAGTAAGGTTTACAAGTTC
CCC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 5

CO CL1492Contig1 1094 5 9 U
GACATCCCACTAAAAACATAGTTTAAAATCAACGAATACAAGTTGGAATCGAACATATAC
AGAGTAAAATGCATACATATATGTATATCTCAAAAGAACAACCCCGAAAAAGAAAATTTA
AAAATTGCTCGTGTAAGCCTACCCAGATTGGGTTCGTATCTAGTAAAAGCCACATGAAAT
GCTTAGCTGATTATGGTTGACTTGTGCGTATCACACAAGGCACCACATCTAATCTTCCGG
TCTCTACCTCTTTCATTTTCTGGCAGCGGGGACATAATCACACAGGTTTTAGCTTTCTTA
TTAAGGTTTCCATGGTGCTGGTGAGGGAGGTGGAGTAGGGAACAACGGAGGAACGGCTGA
AAAGATAGTATTTTTGTCTATAGTACCAGTTGCCTCTTCTTCACCAGACAATGCCACGAG
AGCTGCGACCAGACCAGCATTTCCTGCAAGAGTTGGTTCAGTGTAGTTGTAGTTGGTCCG
GACATCGCGGAACCCATCACGTTTGTCAGGACCAGCAACCATGGCTCCTTCAATCGTGTT
TGGGTTTGGTTTCTTGCTGTCTCTCCATTTCCATCCTCCTTTGCAGTTATATTTGACTTT
GTTCTTGGGAATCGAAGCTCCTCGATGATGCACGCGTTTCGGGTATTTTGTGCCAAAACC
CACCAGATAACTCATTTTCCGAGGGTTTTTACCGAGTATGTAATCGATCTGAGTCCTCGC
AAACTCTCGTAGGACATTGGTTGAATAGAAATTAGGTCCACAGTACCATCCAGGAGTATC
AGCAGCATCAAGATAGTCACTGTACAATGTCGCTAAGAAGGCTGCATTTGCAGCATACTG
CAGAGGCTGTGGGTCTCCATGATTTAACTCTATCAAACCTCCACTGGTTCTGTTAAATTT
GTTGAAATAAGGCAGGTATGAGCACATGACTATGCTGGTCTGATTATGGAAGGTTCTGAG
AATTTCTTCATATGGATACCCAGGACTCAAAAACAGCCTCAACCGGCTCAGCAGTAACTG
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ACCAGCATGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK05JQ U 1
AF RR1AJ03JQ U 35
AF RR1AJ03TF C 35
AF RR1BT49JQ U 6
AF RR1BT49TF C 360
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AGAGTAAAATGCATACATATATGTATATCTCAAAAGAACAACCCCGAAAAAGAAAATTTA
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GCTTAGCTGATTATGGTTGACTTGTGCGTATCACACAAGGCACCACATCTAATCTTCTGG
TCTCTACCTCTTTCATTTTCTGGCAGCGGGGACATAATCACACAGGTTTTAGCTTTCTTA
TTAAGGTTTCCATGGTGCTGGTGGGGGAGGTGGAGTAGGGAACAACGGAGGAACGGCTGA
AAA

QA 1 360 1 360
DS 

RD RR1AJ03JQ 633 0 0
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ACATCTAATCTTCCGGTCTCTACCTCTTTCATTTTCTGGCAGCGGGGACATAATCACACA
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CTCCTTCAATCGTGTTTGGGTTTGGTTTCTTGCTGTCTCTCCATTTCCATCCTCCTTTGC
AGTTATATTT****TTGTTCTTGGGAATCGAAGCTCCTCGATGATGCACGCGTTTCGGGT
ATTTTGTGCCAAAACCCACCAG
C

QA 11 632 11 632
DS 

RD RR1AJ03TF 633 0 0
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CGAAAAAGAAAATTTAAAAATTGCTCGTGTAAGCCTACCCAGATTGGGTTCGTATCTAGT
AAAAGCCACATGAAATGCTTAGCTGATTATGGTTGACTTGTGCGTATCACACAAGGCACC
ACATCTAATCTTCCGGTCTCTACCTCTTTCATTTTCTGGCAGCGGGGACATAATCACACA
GGTTTTAGCTTTCTTATTAAGGTTTCCATGGTGCTGGTGAGGGAGGTGGAGTAGGGAACA
ACGGAGGAACGGCTGAGAAGATAGTATTTTTGTCTATAGTACCAGTTGCCTCTTCTTCAC
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AGTTGTAGTTGGTCCGGACATCGCGGAACCCATCACGTTTGTCAGGACCAGCAACCATGG
CTCCTTCAATCGTGTTTGGGTTTGGTTTCTTGCTGTCTCTCCATTTCCATCCTCCTTTGC
AGTTATATTT****TTGTTCTTGGGAATCGAAGCTCCTCGATGATGCACGCGTTTCGGGT
ATTTTGTGCCAAAACCCACCAG
C

QA 11 632 11 632
DS 

RD RR1BT49JQ 723 0 0
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AAAATGCATACATATATGTATATCTCAAAAGAACAACCCCGAAAAAGAAAATTTAAAAAT
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GCTGATTATGGTTGACTTGTGCGTATCACACAAGGCACCACATCTAATCTTCTGGTCTCT
ACCTCTTTCATTTTCTGGCAGCAGGGACATAATCACACAGGTTTTAGCTTTCTTATTAAG
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CGCGGAACCCATCACGTTTGTCAGGACCAGCAACCATGGCTCCTTCAATCGTGTTTGGGT
TTGGTTTCTTGCTGTCTCTCCATTTCCATCCTCCTTTGCAGTTATATTTGACTTTGTTCT
TGGGAATCGAAGCTCCTCGATGATGCACGCGTTTCGGGTATTTTGTGCCAAAACCCACCA
GATAACTCATTTTCCGAGGGTTTTTACCGAGTATGTAATCGATCTGAGTCCTCGCAAACT
CTC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1BT49TF 735 0 0
AG
AAGATAGTATTTT*GTCTATAGTACCAGTTGCCTCTTCTTCACCAGACAATGCCACGAGA
GCTGCGACCAGACCAGCATTTCCTGCAAGAGTTGGTTCAGTGTAGTTGTAGTTGGTCCGG
ACATCGCGGAACCCATCACGTTTGTCAGGACCAGCAACCATGGCTCCTTCAATCGTGTTT
GGGTTTGGTTTCTTGCTGTCTCTCCATTTCCATCCTCCTTTGCAGTTATATTTGACTTTG
TTCTTGGGAATCGAAGCTCCTCGATGATGCACGCGTTTCGGGTATTTTGTGCCAAAACCC
ACCAGATAACTCATTTTCCGAGGGTTTTTACCGAGTATGTAATCGATCTGAGTCCTCGCA
AACTCTCGTAGGACATTGGTTGAATAGAAATTAGGTCCACAGTACCATCCAGGAGTATCA
GCAGCATCAAGATAGTCACTGTACAATGTCGCTAAGAAGGCTGCATTTGCAGCATACTGC
AGAGGCTGTGGGTCTCCATGATTTAACTCTATCAAACCTCCACTGGTTCTGTTAAATTTG
TTGAAATAAGGCAGGTATGAGCACATGACTATGCTGGTCTGATTATGGAAGGTTCTGAGA
ATTTCTTCATATGGATACCCAGGACTCAAAAACAGCCTCAACCGGCTCAGCAGTAACTGA
GCACCAGCAAGCTTGTTGTCCCAGCTAAACACACCATAGTACGGGCCACCCCAGAACGCA
CCAGCATGCTTCC

QA 3 735 3 735
DS 



AS 1 6

CO CL1493Contig1 1173 6 7 U
GGTCAGAAAACATCACTCATAATTGTTTTTGATAAACTTGATTATCTGATAATGTCATAG
CTTAAAATGAATCAAATGCAAGCTAAACTTATTAAATAGTAAAATTATGAATCAAATTGT
TGAGACTGTGTTACAAACTCTGTGGAACTTTCTGTTTCTTTCTATAAGAGGGAAGAAGGC
ATATAACATAAGACTGGTCTTCTGATGCTTGTCAAGACCAGTAATAACAATAATGTTTCT
AATGTAATGGCTTGAGGTGGAATACTTGACAAGCTGGTGTGTATGAAACCTTGGAAGCTG
CTTTTTCGAACTTCTTGCTCGCTGCTTCGTTTTCCTCTAGATTCGTCTGTGAGAAGAAAC
GGTTCCACCACGACGAGCTTCGCATTTTAGCAGGTCTTCCAAACTTGGATAGTTCCGCAG
CTTTGGCCTTTTGCTTACCAGGATTACCTGCAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGCAACAC
GTGCAAGTTCAGGAACGGTCTTGTTGAGATACTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCATCCG
AGACGATGACGAGAGAAAACGACTTCGCCCGGTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCAGCGA
CACGTACCAAGCCTTTACGCAAAAGACTTTTGCAGCTGGAGTCTGCATCCTCTACATCGT
ACGGTTCAACACCCCACGCTTCGGTCTCATCTTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACCGCAC
ATGTCTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTTCGCATGCTGTCTCCGTAAGCGGTCTTGAGAA
GAGGGATGGCTCTTTGAACTTCAGATGTGCATGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACCT
CTCTGATACTCTTAAACATACCTGGACCACTGAAAGCATAACCAATGAGAAGGCATGCTC
CAAGGAGTACAAGGCAAATAGATAAGAGAGGAGAGGAACGTGATTTAGAGTGCAAAGCTC
CTACGAAAGGGAAGCTTCCACTATCCCCTACACGCCTCGCCGAACCTACTTGCCTTCTTG
CCATCACTCTAAATAGATTTTTCTGTTTGACCTCGAGAATTAACGATGCTCGGATCCAAA
GATCTCAGATCCGAGAATGTTCCGTTCGTTCGTGTGTGAAAGAAAATTTTACTAAGCGGA
GGAGAGCTTCCTATAGCACAGTGTTATATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE31JQ U 1
AF RR1E235JQ U 88
AF RR1C113JQ U 88
AF RR1EE31TF C 452
AF RR1E235TF C 413
AF RR1C113TF C 450
BS 1 306 RR1EE31JQ
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BS 705 882 RR1C113JQ
BS 883 1173 RR1E235TF

RD RR1EE31JQ 704 0 0
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CTTAAAATGAATCAAATGCAAGCTAAACTTATTAAATAGTAAAATTATGAATCAAATTGT
TGAGACTGTGTTACAAACTCTGTGGAACTTTCTGTTTCTTTCTATAAGAGGGAAGAAGGC
ATATAACATAAGACTGGTCTTCTGATGCTTGTCAAGACCAGTAATAACAATAATGTTTCT
AATGTAATGGCTTGAGGTGGAATACTTGACAAGCTGGTGTGTATGAAACCTTGGAAGCTG
CTTTTTTGAACTTCTTGCTCGCTGCTTCGTTTTCCTCTAGATTCGTCTGTGAGAAGAAAC
GGTTCCACCACGACGAGCTTCGCATTTTAGCAGGTCTTCCAAACTTGGATAGTTCCGCAG
CTTTGGCCTTTTGCTTACCAGGATTACCTGCAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGCAACAC
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AGACGATGACGAGAGAAAACGACTTCGCCCGGTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCAGCGA
CACGTACCAGGCCTTTACGCAAAAGACTTTTGCAGCTGGAGTCTGCATCCTCTACATCGT
ACGGTTCAACACCCCACGCTTCGGTCTCATCTTCCTTCAACAGA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1E235JQ 637 0 0
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CTTTCTGTTTCTTTCTATAAGAGGGAAGAAGGCATATAACATAAGACTGGTCTTCTGATG
CTTGTCAAGACCAGTAATAACAATAATGTTTCTAATGTAATGGCTTGAGGTGGAATACTT
GACAAGCTGGTGTGTATGAAACCTTGGAAGCTGCTTTTTCGAACTTCTTGCTCGCTGCTT
CGTTTTCCTCTAGATTCGTCTGTGAGAAGAAACGGTTCCACCACGACGAGCTTCGCATTT
TAGCAGGTCTTCCAAACTTGGATAGTTCCGCAGCTTTGGCCTTTTGCTTACCAGGATTAC
CTGCAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGCAACACGTGCAAGTTCAGGAACGGTCTTGTTGA
GATACTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCATCCGAGACGATGACGAGAGAAAACGACTTCG
CCCGGTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCAGCGACACGTACCAAGCCTTTACGCAAAAGAC
TTTTGCAGCTGGAGTCTGCATCCTCTACATCGTACGGTTCAACACCCCACGCTTCGGTCT
CATCTTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACCGCACATGT

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DS 

RD RR1C113JQ 795 0 0
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CTTTCTGTTTCTTTCTATAAGAGGGAAGAAGGCATATAACATAAGACTGGTCTTCTGATG
CTTGTCAAGACCAGTAATAACAATAATGTTTCTAATGTAATGGCTTGAGGTGGAATACTT
GACAAGCTGGTGTGTATGAAACCTTGGAAGCTGCTTTTTCGAACTTCTTGCTCGCTGCTT
CGTTTTCCTCTAGATTCGTCTGTGAGAAGAAACGGTTCCACCACGACGAGCTTCGCATTT
TAGCAGGTCTTCCAAACTTGGATAGTTCTGCAGCTTTGGCCTTTTGCTTACCAGGATTAC
CTGCAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGCAACACGTGCAAGTTCAGGAACGGTCTTGTTGA
GATACTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCATCCGAGACGATGACGAGAGAAAACGACTTCC
CCCGGTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCAGCGACACGTACCAAGCCTTTACGCAAAAGAC
TTTTGCAGCTGGAGTCTGCATCCTCTACATCGTACGGTTCAACACCCCACGCTTCGGTCT
CATCTTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACCGCACATGTCTCAGGACCCACGTGCAAGACTT
TTCGCATGCTGTCTCCGTAAGCGGTCTTGAGAAGAGGGATGGCTCTTTGAACTTCAGATG
TGCATGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACCTCTCTGATACTCTTAAACATACCTGGAC
CACTGAAAGCATAAC

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1EE31TF 617 0 0
AAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGCAACACGTGCAAGTTCAGGAACGGTCTTGTTGAGATA
CTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCATCCGAGACGATGACGAGAGAAAACGACTTCGCCCG
GTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCAGCGACACGTACCAGGCCTTTACGCAAAAGACTTTT
GCAGCTGGAGTCTGCATCCTCTACATCGTACGGTTCAACACCCCACGCTTCGGTCTCATC
TTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACCGCACATGTCTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTTCG
CATGCTGTCTCCGTAAGCGGTCTTGAGAAGAGGGATGGCTCTTTGAACTTCAGATGTGCA
TGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACCTCTCTGATACTCTTAAACATACCTGGACCACT
GAAAGCATAACCAATGAGAAGGCATGCTCCAAGGAGTACAAGGCAAATAGATAAGAGAGG
AGAGGAACGTGATTTAGAGTGCAAAGCTCCTACGAAAGGGAAGCTTCCACTATCCCCTAC
ACGCCTCGCCGAACCTACTTGCCTTCTTGCCATCACTCTAAATAGATTTTTCTGTTTGAC
CTCGAGAATTAACGAT
C

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1E235TF 761 0 0
TTCC
GCAGCTTTGGC*TTTTGCTTACCAGGATTAC*TGCAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGCA
*CACGTGCAAGTTCAGGAACGGTCTTGTTGAGATACTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCA
TCCGAGACGATGACGAGAGAAAACGACTTCGCCCGGTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCA
GCGACACGTACCAAGCCTTTACGCAAAAGACTTTTGCAGCTGGAGTCTGCATCCTCTACA
TCGTACGGTTCAACACCCCACGCTTCGGTCTCATCTTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACC
GCACATGTCTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTTCGCATGCTGTCTCCGTAAGCGGTCTTG
AGAAGAGGGATGGCTCTTTGAACTTCAGATGTGCATGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTG
ACCTCTCTGATACTCTTAAACATACCTGGACCACTGAAAGCATAACCAATGAGAAGGCAT
GCTCCAAGGAGTACAAGGCAAATAGATAAGAGAGGAGAGGAACGTGATTTAGAGTGCAAA
GCTCCTACGAAAGGGAAGCTTCCACTATCCCCTACACGCCTCGCCGAACCTACTTGCCTT
CTTGCCATCACTCTAAATAGATTTTTCTGTTTGACCTCGAGAATTAACGATGCTCGGATC
CAAAGATCTCAGATCCGAGAATGTTCCGTTCGTTCGTGTGTGAAAGAAAATTTTACTAAG
CGGAGGAGAGCTTCCTATAGCACAGTGTTATATTTCC

QA 5 761 5 761
DS 

RD RR1C113TF 715 0 0
GCAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGCAACACGTGCAAGTTCAGGAACGGTCTTGTTGAGA
TACTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCATCCGAGACGATGACGAGAGAAAACGACTTCGCC
CGGTAAGGCAGAGGGAACTTGATGTCAGCGACACGTACCAAGCCTTTACGCAAAAGACTT
TTGCAGCTGGAGTCTGCATCCTCTACATCGTACGGTTCAACACCCCACGCTTCGGTCTCA
TCTTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACCGCACATGTCTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTT
CGCATGCTGTCTCCGTAAGCGGTCTTGAGAAGAGGGATGGCTCTTTGAACTTCAGATGTG
CATGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACCTCTCTGATACTCTTAAACATACCTGGACCA
CTGAAAGCATAACCAATGAGAAGGCATGCTCCAAGGAGTACAAGGCAAATAGATAAGAGA
GGAGAGGAACGTGATTTAGAGTGCAAAGCTCCTACGAAAGGGAAGCTTCCACTATCCCCT
ACACGCCTCGCCGAACCTACTTGCCTTCTTGCCATCACTCTAAATAGATTTTTCTGTTTG
ACCTCGAGAATTAACGATGCTCGGATCCAAAGATCTCAGATCCGAGAATGTTCCGTTCGT
TCGTGTGTGAAAGAAAATTTTACTAAGCGGAGGAGAGCTTCCTATAGCACAGT
CC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 6

CO CL1494Contig1 1165 6 12 U
AAAACAGAGGAAAGAGGAACGGTGAAAATGGGTAGCAAGATGTTGTTCAGTTTGACAAGC
CCCCGACTGTTCTCCGCCGTTTCTCGAAAACCCACCACCACTTTTCTCTCTTCTCCTTCT
CCTTCTCCTCCTCCGTCATCTTCATGGACTCAGCTCAACCCTGGAAGATCGATCTCCTTG
AGAAAAAGATTCTTCTTGTTGCCTGCAAAAGCCACCACAGAGCAATCAGGTCAAGTTGGA
GGAGAAGAGGTTGATAGCAATATCATGCCTTATTGCAGCATCAACAAGGCTGAAAAGAAA
TCAATCGGTGAAATGGAACAAGAGTTTCTCCAAGCCTTGCAATCGTTCTATTATGATGGC
AAAGCGGTCATGTCAAATGAGGAGTTTGATAACCTTAAGGAAGAGTTGATGTGGGAAGGA
AGCAGTGTTGTGATGCTAAGTTCTGATGAACAAAGGTTCTTGGAAGCTTCAATGGCTTAT
GTTTCTGGAAATCCAATCCTCAATGATGAAGAATTTGATAAGCTCAAACTCAAACTAAAG
ATTGATGGTAGCGATATTGTGTGTGAGGGTCCAAGATGCAGTCTCCGTAGTAAAAAGGTG
TACAGTGATCTCGCAGTGGATTATTTCAAAATGTTCTTGCTAAATGTTCCAGCAACTGTT
GTTGCTCTAGGACTCTTTTTCTTCCTGGACGACATTACAGGTTTTGAGATCACATACATC
TTGGAGCTTTCAGAACCATACAGTTTCATATTCACGTGGTTCGCTGCTGTTCCTTTGATT
GTATATCTGGCTTTAACAATCACCAAACTGATCGTCAAAGACTTCTTGATCTTGAAGGGT
CCTTGTCCGAATTGTGGAACGGAAAATACTTCCTTCTTTGGAACAATTCTGTCGATCTCT
AGTGGTGGCAAAACTAACTCTGTCAAATGCACCAACTGTGGAACCGCGATGGAGTATGAC
TCGGGTACTCGGTTGATCACATTGCCAGAAGGAAGCCAAGCTTGAACCCTGTGAGATGAG
GATGGAAAAAGAAGAAGAATGGGTTTTGTCAGAGGAACAATAGATATGATGTTGTATACT
TAAGATCTTGCATGTTCTTTCACATGTTTTCTGATATCCAAGTATTGTATAAGAAATAAG
GGAAATATTTTATGAATATTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D256TF U 1
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GTTTCTGGAAATCCAATCCTCAATGATGAAGAATTTGATAAGCTCAAACTCAAACTAAAG
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CTTAA

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G
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TGAAGAATTTGATAAGCTCAAACTCAAACTAAAGATTGATGGTAGCGATATTGTGTGTGA
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CAAAATGTTCTTGCTAAATGTTCCAGCAACTGTTGTTGCTCTAGGACTCTTTTTCTTCCT
GGACGACATTACAGGTTTTGAGATCACATACATCTTGGAGCTTTCAGAACCATACAGTTT
CATATTCACGTGGTTCGCTGCTGTTCCTTTGATTGTATATCTGGCTTTAACAATCACCAA
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TACTTCCTTCTTTGGAACAATTCTGTCGATCTCTAGTGGTGGCAAAACTAACTCTGTCAA
ATGCACCAACTGTGGAACCGCGATGGAGTATGACTCGGGTACTCGGTTGATCACATTGCC
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AAATA

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DS 

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AAGCTCAAACTCAAACTAAAGATTGATGGTAGCGATATTGTGTGTGAGGGTCCAAGATGC
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AAGTATTGTATAAGAAATAAGGGAAATATTTTATGAATATTTCTTC

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AAAGACTTCTTGATCTTGAAGGGTCCTTGTCCGAATTGTGGAACGGAAAATACTTCCTTC
TTTGGAACAATTCTGTCGATCTCTAGTGGTGGCAAAACTAACTCTGTCAAATGCACCAAC
TGTGGAACCGCGATAGGGTATGACTCGGGTACTCGGTTGATCACATTGCCAGAAGGAAGC
CAAGCTTGAACCCTGTGAGATGAGGATGGAAAAAGAAGAAGAATGGGTTTTGTCAGAGGA
ACAATAGATATGATGTTGTATACTTAAGATCTTGCATGTTCTTTCACATGTTTTCTGATA
TCCAAGTATTGTATAAGAAATAAGGGAAATATTTTATG

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 6

CO CL1495Contig1 1494 6 4 U
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CTAACGTTATCCGTTACTTCCCCACTCAGGCCTTGAACTTTGCATTCAAAGATTACTTCA
AGAGGCTTTTCAACTTCAAGAAGGACAGGGATGGTTACTGGAAGTGGTTTGCTGGTAACT
TGGGATCTGGAGGTGCTGCTGGTGCGTCTTCCCTT*CTCTTCGTCTACTCTCTTGACTAT
GCGCGTACCCGTCTTGCCAATGACTCCAAGGCAGCGAAGAAGGGAGGTGAAAGGCAGTTC
AATGGTCTTGTTGATGTCTACAAGAAGACCCTCAAGTCTGATGGTATTGCTGGGCTTTAC
CGTGGATTCAACATCTCCTTTGTTGGTATCATTGTCTACCGTGGTCTCTACTTCGGACTC
TACGACTCTTTGAAGCCCCTTCTCCCTGCTGATCTCCAGGACAGCTTCTTCGCTAGTTTT
GCCCTTGGATGGCTCATCACCAACGGTGCTGGTCTTGCATCTTACCCAATCGACACAGTC
CGTAGAAGAATGATGATGACCTCCGGTGAAGCCGTCAAGTACAAGAGTTCGATGGATGCA
TTCCAACAGATCTTGAAGAAGGAAGGACCTAAGTCTCTGTTCAAGGGTGCTGGTGCCAAC
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CTTCTCGGAAAGAAGTACGGATCTGGATCCGGCTAAGCATACTAATCCACCAAGTCACCC
AACAACAGTTGAATGCTTCGGCTTTTATTTTTATTTTATCTTCGATTTAATTTGCAGTTT
TTCAGACTTTTTAAAAAGGTCAAGATGTTGATGAAATCTTTTGCTATAAACTAGAGAGAG
GAGCAAGGGGAAATTTTCTTATTGAATAAATTTTGTATGGGGATGGAGTTTGACTTCCTC
CATAAGAACCAAGTTACGATTGCGACTTTTTGTTCTATCAAGTTTAACCTTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BE27TF U 1
AF RR1FH34TF U 1
AF RR1BE27JQ C 576
AF RR1C273JQ C 1065
AF RR1C273TF U 1065
AF RR1FH34JQ C 734
BS 1 753 RR1BE27TF
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BS 1065 1479 RR1C273TF
BS 1480 1494 RR1BE27JQ

RD RR1BE27TF 753 0 0
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ATCATCCATGGCTACGCATCTGGTATCCAGAGGCGCGCGACGTACGGAAACTACTCGAAC
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GTTTCCGCCGCTGTTCTAAGACCGCTGCTGCTCCCATCGAGCGTGTCAAGCTTTTGATTC
AGAACCAGGATGAGATGCTCAAGGCTGGAAGGCTCTCTGAGCCTTACAAGGGTATTGGTG
ACTGTTTCGGCAGGACCATTAAGGATGAAGGTTTTGGTTCTCTGTGGAGAGGAAACACTG
CTAACGTTATCCGTTACTTCCCCACTCAGGCCTTGAACTTTGCATTCAAAGATTACTTCA
AGAGGCTTTTCAACTTCAAGAAGGACAGGGATGGTTACTGGAAGTGGTTTGCTGGTAACT
TGGGATCTGGAGGTGCTGCTGGTGCGTCTTCCCTT*CTCTTCGTCTACTCTCTTGACTAT
GCGCGTACCCGTCTTGCCAATGACTCCAAGGCA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1FH34TF 745 0 0
GGGCCACACAAACAAAAGACATTCCTCCTTCTTTCTTCGCTCAGCTCCTACAAGAAAGGG
CGAAGAATCTCGTCTCCTTGACCTTCTCTTTGCCATCGATCCCCTGTGAGGTCAAAAATG
GTTGAACAGACTCAGCAAAAGGCTTGTGGTCCAATCATGCGTTCCGGTGTTTCTCACGAC
ATCATCCATGGCTACGCATCTGGTATCCAGAGGCGCGCGACGTACGGAAACTACTCGAAC
GCTGCGTTTCAGTACCCTCTCGCTACTTCCAGGATTGTGGCGACCACTTCTCCTGTGTTT
GTCCAGGCTCCAGCGGAGAAAGGGTTCTCTAGCTTTGCTATCGATTTCCTCATGGGTGGT
GTTTCCGCCGCTGTTCTAAGACCGCTGCTGCTCCCATCGAGCGTGTCAAGCTTTTGATTC
AGAACCAGGATGAGATGCTCAAGGCTGGAAGGCTCTCTGAGCCTTACAAGGGTATTGGTG
ACTGTTTCGGCAGGACCATTAAGGATGAAGGTTTTGGTTCTCTGTGGAGAGGAAACACTG
CTAACGTTATCCGTTACTTCCCCACTCAGGCCTTGAACTTTGCATTCAAAGATTACTTCA
AGAGGCTTTTCAACTTCAAGAAGGACAGGGATGGTTACTGGAAGTGGTTTGCTGGTAACT
TGGGATCTGGAGGTGCTGCTGGTGCGTCTTCCCTT*CTCTTCGTCTACTCTCTTGACTAT
GCGCGTACC*GTCTTGCCAATGACT

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DS 

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TACTGGAAGTGGTTTGCTGGTAACTTGGGATCTGGAGGTGCTGCTGGTGCGTCTTCCCTT
TCTCTTCGTCTACTCTCTTGACTATGCGCGTACCCGTCTTGCCAATGACTCCAAGGCAGC
GAAGAAGGGAGGTGAAAGGCAGTTCAATGGTCTTGTTGATGTCTACAAGAAGACCCTCAA
GTCTGATGGTATTGCTGGGCTTTACCGTGGATTCAACATCTCCTTTGTTGGTATCATTGT
CTACCGTGGTCTCTACTTCGGACTCTACGACTCTTTGAAGCCCCTTCTCCCTGCTGATCT
CCAGGACAGCTTCTTCGCTAGTTTTGCCCTTGGATGGCTCATCACCAACGGTGCTGGTCT
TGCATCTTACCCAATCGACACAGTCCGTAGAAGAATGATGATGACCTCCGGTGAAGCCGT
CAAGTACAAGAGTTCGATGGATGCATTCCAACAGATCTTGAAGAAGGAAGGACCTAAGTC
TCTGTTCAAGGGTGCTGGTGCCAACATCCTTCGTGCCATTGCAGGTGCTGGTGTGCTCTC
TGGATACGACAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGAAAGAAGTACGGATCTGGATCCGGCTA
AGCATACTAATCCACCAAGTCACCCAACAACAGTTGAATGCTTCGGCTTTTATTTTTATT
TTATCTTCGATTTAATTTGCAGTTTTTCAGACTTTTTAAAAAGGTCAAGATGTTGATGAA
ATCTTTTGCTATAAACTAGAGAGAGGAGCAAGGGGAAATTTTCTTATTGAATAAATTTTG
TATGGGGATGGAGTTTGACTTCCTCCATAAGAACCAAGTTACGATTGCGACTTTTTGTTC
TATCAAGTTTAACCTTTTT

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DS 

RD RR1C273JQ 415 0 0
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GGGTGCTGGTGCCAACATCCTTCGTGCCATTGCAGGTGCTGGTGTGCTCTCTGGATACGA
CAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGAAAGAAGTACGGATCTGGATCCGGCTAAGCATACTA
ATCCACCAAGTCACCCAACAACAGTTGAATGCTTCGGCTTTTATTTTTATTTTATCTTCG
ATTTAATTTGCAGTTTTTCAGACTTTTTAAAAAGGTCAAGATGTTGATGAAATCTTTTGC
TATAAACTAGAGAGAGGAGCAAGGGGAAATTTTCTTATTGAATAAATTTTGTATGGGGAT
GGAGTTTGACTTCCTCCATAAGAACCAAGTTACGATTGCGACTTTTTGTTCTATC

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DS 

RD RR1C273TF 415 0 0
GAGTTCGATGGATGCATTCCAACAGATCTTGAAGAAGGAAGGACCTAAGTCTCTGTTCAA
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CAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGAAAGAAGTACGGATCTGGATCCGGCTAAGCATACTA
ATCCACCAAGTCACCCAACAACAGTTGAATGCTTCGGCTTTTATTTTTATTTTATCTTCG
ATTTAATTTGCAGTTTTTCAGACTTTTTAAAAAGGTCAAGATGTTGATGAAATCTTTTGC
TATAAACTAGAGAGAGGAGCAAGGGGAAATTTTCTTATTGAATAAATTTTGTATGGGGAT
GGAGTTTGACTTCCTCCATAAGAACCAAGTTACGATTGCGACTTTTTGTTCTATC

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR1FH34JQ 761 0 0
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ATGTCTACAAGAAGACCCTCAAGTCTGATGGTATTGCTGGGCTTTACCGTGGATTCAACA
TCTCCTTTGTTGGTATCATTGTCTACCGTGGTCTCTACTTCGGACTCTACGACTCTTTGA
AGCCCCTTCTCCCTGCTGATCTCCAGGACAGCTTCTTCGCTAGTTTTGCCCTTGGATGGC
TCATCACCAACGGTGCTGGTCTTGCATCTTACCCAATCGACACAGTCCGTAGAAGAATGA
TGATGACCTCCGGTGAAGCCGTCAAGTACAAGAGTTCGATGGATGCATTCCAACAGATCT
TGAAGAAGGAAGGACCTAAGTCTCTGTTCAAGGGTGCTGGTGCCAACATCCTTCGTGCCA
TTGCAGGTGCTGGTGTGCTCTCTGGATACGACAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGAAAGA
AGTACGGATCTGGATCCGGCTAAGCATACTAATCCACCAAGTCACCCAACAACAGTTGAA
TGCTTCGGCTTTTATTTTTATTTTATCTTCGATTTAATTTGCAGTTTTTCAGACTTTTTA
AAAAGGTCAAGATGTTGATGAAATCTTTTGCTATAAACTAGAGAGAGGAGCAAGGGGAAA
TTTTCTTATTGAATAAATTTTGTATGGGGATGGAGTTTGACTTCCTCCATAAGAACCAAG
TTACGATTGCGACTTTTTGTTCTATCAAGTTTAACCTTTTT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 6

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GGGACTCACTTGATCTCTTCCTTTCTCCCAATCTCTCCTGAAA*CCCTAAATCAGAAGTC
GAGAACGATGGCGTCGTTCGCTCGCCGAGCCATGAACCTAGCTCAGATTCAATCTGCACG
TGTCCCCGCCTCTGTTTGTCAGCGTCGTGGTCTCGCCGGCGCCGCTGATCACCATGGATC
TACCAAGGTTGACTTCTGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAACTGGAAAGAGGAGCATTT
TGTGCTTATTTCGCTAGCTGGCTGGGGCACGCTTTTCTACAGTGGATACAAGCTCTTCAC
CGGTGGCAAAGGAGAGAAGCCTGTCGAGGCTGGACAATGATTTTATCATCACTGGGAAAA
GACAAGGGAGGAGGTCTTCTTCCTCGTTCATTTTACTTTCACTTTCAGCACCTTGTGACT
GGTCTTGTTATCAAAACCAGCAATTACTTGTTTGTTTTCTTTGAACAATAATAATATGCA
TCGTTAAATCACCTTTTGAGATCCTAATCATTTGACTCCGGTTGATGATTCTGTTTCATA
ATTTCCCTATGCTTTGGAAACATATCAAGGTTTTAGCAATTCTACTTGTTTGGTTTTGGA
TGATATTAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E995TF U 3
AF RR1E995JQ C 3
AF RR1BQ04TF U 299
AF RR1CN83TF U 2
AF RR1BV63TF U 7
AF RR1H755TF U 1
BS 1 67 RR1H755TF
BS 68 68 RR1E995TF
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RD RR1E995TF 290 0 0
AGGGG
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ATGGCGTCGTTCGCTCGCCGAGCCATGAACCTAGCTCAGATTCAATCTGCACGTGTCCCC
GCCTCTGTTTGTCAGCGTCGTGGTCTCGCCGGCGCCGCTGATCACCATGGATCTACCAAG
GTTGACTTCTGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAACTGGAAAGAGGAGCATTTTGTGCTT
ATTTCGCTAGCTGGCTGGGGCACGCTTTTCTACAGTGGATACAAG

QA 6 290 6 290
DS 

RD RR1E995JQ 488 0 0
AGGGG
ACTTGATCTCTTCCTTTCTCCCAATCTCTCCTGAAA*CCCTAAATCAGAAGTCGAGAACG
ATGGCGTCGTTCGCTCGCCGAGCCATGAACCTAGCTCAGATTCAATCTGCACGTGTCCCC
GCCTCTGTTTGTCAGCGTCGTGGTCTCGCCGGCGCCGCTGATCACCATGGATCTACCAAG
GTTGACTTCTGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAACTGGAAAGAGGAGCATTTTGTGCTT
ATTTCGCTAGCTGGCTGGGGCACGCTTTTCTACAGTGGATACAAGCTCTTCACCGGTGGC
AAAGGAGAGAAGCCTGTCGAGGCTGGACAATGATTTTATCATCACTGGGAAAAGACAAGG
GAGGAGGTCTTCTTCCTCGTTCATTTTACTTTCACTTTCAGCACCTTGTGACTGGTCTTG
TTATCAAAACCAGCAATTACTTGTTTGTTTTCTTTGAACAATAATAATATGCATCGTTAA
A
CC

QA 6 486 6 486
DS 

RD RR1BQ04TF 187 0 0
G
CCGGTGGCAAAGGAGAGAAGCCTGTCGAGGCTGGACAATGATTTTATCATCACTGGGAAA
AGACAAGGGAGGAGGTCTTCTTCCTCGTTCATTTTACTTTCACTTTCAGCACCTTGTGAC
TTGTCTTGTTATCAAAACCAGCAATTACTTGTTTGTTTTCTTTGAACAATAATAATATGC
ATCGTT

QA 2 187 2 187
DS 

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GGACTTGATCTCTTC
CTTCCTTCCTCCCAATCTCTCCTGAAAACCCTAAATCAGAAGTCGAGAACGATGGCGTCG
TTCGCTCGCCGAGCCATGAGCCTAGCTCATATTCAATCTGCACGTGTCCCCGCCTCCGTT
TGTCAGCGTCGTGGTCTCGCCGGCGCCGCTGATCACCATGGATCTACCAAGGTTGACTTC
TGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAACTGGAAAGAGGAGCATTTTGTGCTTATTTCGCTA
GCTGGCTGGGGCACGCTTTTCTACAGTGGATACAAGCTCTTCACCGGTGGCAAAGGAGAG
AAGCCTGTCGAGGCTGGACAATGATTTTATCATCACTGGGAAAAGACAAGGGAGGAGGTC
TTCTTCCTCGTTCATTTTACTTTCACTTTCAGCACCTTGTGACTGGTCTTGTTATCAAAA
CCAGCAATTACTTGTTTGTTTTCTTTGAACAATAATAATATGCATCGTTAAATCACCTTT
TGAGATCCTAATCATTTGACTCCGGTTGATGATTCTGTTT
C

QA 16 535 16 535
DS 

RD RR1BV63TF 530 0 0
G
ACTTGATCTCTTCCTTTCTCCCAATCTCTCCTGAAA*CCCTAAATCAGAAGTCGAGAACG
ATGGCGTCGTTCGCTCGCCGAGCCATGAACCTAGCTCAGATTCAATCTGCACGTGTCCCC
GCCTCTGTTTGTCAGCGTCGTGGTCTCGCCGGCGCCGCTGATCACCATGGATCTACCAAG
GTTGACTTCTGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAACTGGAAAGAGGAGCATTTTGTGCTT
ATTTCGCTAGCTGGCTGGGGCACGCTTTTCTACAGTGGATACAAGCTCTTCACCGGTGGC
AAAGGAGAGAAGCCTGTCGAGGCTGGACAATGATTTTATCATCACTGGGAAAAGACAAGG
GAGGAGGTCTTCTTCCTCGTTCATTTTACTTTCACTTTCAGCACCTTGTGACTGGTCTTG
TTATCAAAACCAGCAATTACTTGTTTGTTTTCTTTGAACAATAATAATATGCATCGTTAA
ATCACCTTTTGAGATCCTAATCATTTGACTCCGGTTGATGATTCTGTTT

QA 2 530 2 530
DS 

RD RR1H755TF 616 0 0
GGGACTCACTTGATCTCTTCCTTTCTCCCAATCTCTCCTGAAA*CCCTAAATCAGAAGTC
GAGAACG*TGGCGTCGTTCGCTCGCCGAGCCATGAACCTAGCTCAGATTCAATCTGCACG
TGTCCCCGCCTCTGTTTGTCAGCGTCGTGGTCTCGCCGGCGCCGCTGATCACCATGGATC
TACCAAGGTTGACTTCTGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAACTGGAAAGAGGAGCATTT
TGTGCTTATTTCGCTAGCTGGCTGGGGCACGCTTTTCTACAGTGGATACAAGCTCTTCAC
CGGTGGCAAAGGAGAGAAGCCTGTCGAGGCTGGACAATGATTTTATCATCACTGGGAAAA
GACAAGGGAGGAGGTCTTCTTCCTCGTTCATTTTACTTTCACTTTCAGCACCTTGTGACT
GGTCTTGTTATCAAAACCAGCAATTACTTGTTTGTTTTCTTTGAACAATAATAATATGCA
TCGTTAAATCACCTTTTGAGATCCTAATCATTTGACTCCGGTTGATGATTCTGTTTCATA
ATTTCCCTATGCTTTGGAAACATATCAAGGTTTTAGCAATTCTACTTGTTTGGTTTTGGA
TGATATTAAAAAAAAA

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 6

CO CL1497Contig1 1056 6 7 U
GGTTTAAGTTAATGTCTTAATAAAGTGACAAGGACATATTCAAAATAGACGAAATGGCAC
AAAGCTTAAGATGAGATAGATACATAATTCACAATATCTGCAATTACAACTCTGGAAATC
AACAGAAAAATGATTAATCTGAAAAGATCCAACGGTCATAAAGCCATGCTGATGCGAAAG
TACACAAAACGGAAAAAGCATTAAAACTCAAAGACGACAAATCAAATTACACATGAGAGA
AACAGAGAGATTGATTCAGTAGTCGGTGGTTGGGAGCTGTTCGTGGGTGGTGTTGATGAA
GAAAACCTCGTAGATGAGTCCAGCGATTCCACCGCCAATAAGAGGTCCGGCCCAGTAGAC
CCAGTGGTTGTTCCACGACCAGCTTACCACAGCTGGTCCGAAGGCCACGGCGGGGTTCAT
GGAGGCTCCGCTGAATGCTCCTCCGGCTAAGATGTTGGCACCGACGATGAAACCGATTGC
GATGGGAGCGATGGTTCCAAGACTTCCGTTCTTGGGGTCGATGGCGGTGGCGTAGACTGT
GTAAACAAGCCCGAAGGTCATCACGATCTCGAAAACCAAAGCGTTGGACACTCCTACTCC
GGTGGAGAGGCCAAAAGCCGGCACAACCAAACCGCCGGTGGCGAACTTGAGGAGGAGACA
AGCAACGACTGAGCCAAGTAGCTGAGCAATCCAGTAGAGTATACCGCGGAGAAGAGTGAT
GTTGCCACCAACAAAAGCGCCGAACGTGACGGCGGGGTTGACGTGTCCACCGGAGATGTT
GGCGCCGACGGAGACGGCGACAAAGAGTCCAAAAGCGTGGGCCAGTGAGGCGGCTACGAG
GCCGGCGGGAGTGGTGGCACCGTTTTCAGTGAGCTTGTTGAAAGCCATTCCGGAGCCTGA
GCCGGCGAAGACAAAGATCATAGTTGATATGAACTCAGCCAACGCTGCCTTCAAGGCGTC
GGGACGGGTGGCCTCATCGGGACGGCCAACGGCGATGTTTCTGATCGGCATGATGGGAGG
AAGATCGAGCGGCTGAGATTAAATGTTGTGTGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CQ58JQ U 1
AF RR1DG51JQ U 136
AF RR1C860JQ U 256
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BS 901 1056 RR1CQ58TF

RD RR1CQ58JQ 738 0 0
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TACACAAAACGGAAAAAGCATTAAAACTCAAAGACGACAAATCAAATTACACATGAGAGA
AACAGAGAGATTGATTCAGTAGTCGGTGGTTGGGAGCTGTTCGTGGGTGGTGTTGATGAA
GAAAACCTCGTAGATGAGTCCAGCGATTCCACCGCCAATAAGAGGTCCGGCCCAGTAGAC
CCAGTGGTTGTTCCACGACCAGCTTACCACAGCTGGTCCGAAGGCCACGGCGGGGTTCAT
GGAGGCTCCGCTGAATGCTCCTCCGGCTAAGATGTTGGCACCGACGATGAAACCGATTGC
GATGGGAGCGATGGTTCCAAGACTTCCGTTCTTGGGGTCGATGGCGGTGGCGTAGACTGT
GTAAACAAGCCCGAAGGTCATCACGATCTCGAAAACCAAAGCGTTGGACACTCCTACTCC
GGTGGAGAGGCCAAAAGCCGGCACAACCAAACCGCCGGTGGCGAACTTGAGGAGGGGACA
AGCAACGACTGAGCCAAGTAGCTGAGCAATCCAGTAGAGTATACCGCGGAGAAGAGTGAT
GTTGCCACCAACAAA
GCG

QA 1 735 1 735
DS 

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TCAGTAGTCGGTGGTTGGGAGCTGTTCGTGGGTGGTGTTGATGAAGAAAACCTCGTAAAT
GAGTCCGGCGATTCCACCGCCAATAAGAGGTCCGGCCCAGTAGACCCAGTGGTTGTTCCA
CGACCAGCTTACCACAGCTGGTCCGAAGGCCACGGCGGGGTTCATGGAGGCTCCGCTGAA
TGCTCCTCCGGCTAAGATGTTGGCACCGACGATGAAACCGATTGCGATGGGAGCGATGGT
TCCAAGACTTCCGTTCTTGGGGTCGATGGCGGTGGCGTAGACTGTGTAAACAAGCCCGGA
GGTCATCACGATCTCGAAAACCAAAGCGTTGGACACTCCTACTCCGGTGGAGAGGCCAAA
AGCCGGCACAACCAAACCGCCGGTGGCGAACTTGAGGAGGAGACAAGCAACGACTGAGCC
AAGTAGCTGAGCAATCCAGTAGAGTATACCGCGGAGAAGAGTGATGTTGCCACCAACAA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1C860JQ 512 0 0
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GAGTCCAGCGATTCCACCGCCAATAAGAGGTCCGGCCCAGTAGACCCAGTGGTTGTTCCA
CGACCAGCTTACCACAGCTGGTCCGAAGGCCACGGCGGGGTTCATGGAGGCTCCGCTGAA
TGCTCCTCCGGCTAAGATGTTGGCACCGACGATGAAACCGATTGCGATGGGAGCGATGGT
TCCAAGACTTCCGTTCTTGGGGTCGATGGCGGTGGCGTAAACTGTGTAAACAAGCCCGAA
GGTCATCACGATCTCGAAAACCAAAGCGTTGGACACTCCTACTCCGGTGGAGAGGCCAAA
AGCCGGCACAACCAAACCGCCGGTGGCGAACTTGAGGAGGAGACAAGCAACGACTGAGCC
AAGTAGCTGAGCAATCCAGTAGAGTATACCGCGGAGAAGAGTGATGTTGCCACCAACAAA
AGCGCCGAACGTGACGGCGGGGTTGACGTGTC

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1CQ58TF 681 0 0
CGACCAGCTTACCACAGCTGGTCCGAAGGCCACGGCGGG*TTCATGGAGGCTCCGCTGAA
TGCTCCTCCGGCTAAGATGTTGGCACCGACGATGAAACCGATTGCGATGGGAGCGATGGT
TCCAAGACTTCCGTTCTTGGGGTCGATGGCGGTGGCGTAGACTGTGTAAACAAGCCCGAA
GGTCATCACGATCTCGAAAACCAAAGCGTTGGACACTCCTACTCCGGTGGAGAGGCCAAA
AGCCGGCACAACCAAACCGCCGGTGGCGAACTTGAGGAGGGGACAAGCAACGACTGAGCC
AAGTAGCTGAGCAATCCAGTAGAGTATACCGCGGAGAAGAGTGATGTTGCCACCAACAAA
AGCGCCGAACGTGACGGCGGGGTTGACGTGTCCACCGGAGATGTTGGCGCCGACGGAGAC
GGCGACAAAGAGTCCAAAAGCGTGGGCCAGTGAGGCGGCTACGAGGCCGGCGGGAGTGGT
GGCACCGTTTTCAGTGAGCTTGTTGAAAGCCATTCCGGAGCCTGTGCCGGCGAAGACAAA
GATCATAGTTGATATGAACTCAGCCAACGCTGCCTTCAAGGCGTCGGGACGGGTGGCCTC
ATCGGGACGGCCAACGGCGATGTTTCTGATCGGCATGATGGGAGGAAGATCGAGCGGCTG
AGATTAAATGTTGTGTGTGTT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1DG51TF 649 0 0
CGGCGGGGTTCATGGAGGCTCCGCTGAATGCTCCTCCGGCTAAGATGTTGGCACCGACGA
TGAAACCGATTGCGATGGGAGCGATGGTTCCAAGACTTCCGTTCTTGGGGTCGATGGCGG
TGGCGTAGACTGTGTAAACAAGCCCGGAGGTCATCACGATCTCGAAAACCAAAGCGTTGG
ACACTCCTACTCCGGTGGAGAGGCCAAAAGCCGGCACAACCAAACCGCCGGTGGCGAACT
TGAGGAGGAGACAAGCAACGACTGAGCCAAGTAGCTGAGCAATCCAGTAGAGTATACCGC
GGAGAAGAGTGATGTTGCCACCAACAAAAGCGACGAACGTGACGGCGGGGTTGACGTGTC
CACCGGAGATGTTGGTGCCGACGGAGACGGCGACAAAGAGTCCAAAAGCGTGGGCCAGTG
AGGCGGCTACGAGGCCGGCGGGAGTGGTGGCACCGTTTTCAGTGAGCTTGTTGAAAGCCA
TTCCGGAGCCTGAGCCGGCGAAGACAAAGATCATAGTTGATATGAACTCAGCCAACGCTG
CCTTCAAGGCGTCGGGACGGGTGGCCTCATCGGGACGGCCAACGGCGATGTTTCTGATCG
GCATGATGGGAGGAAGATCGAGCGGCTGAGATTAAATGTTGTGTGTGTT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1C860TF 591 0 0
GATGAAACCGATTGCGATGGGAGCGATGGTTCCAAGACTTCCGTTCTTGGGGTCGATGGC
GGTGGCGTAGACTGTGTAAACAAGCCCGAAGGTCATCACGATCTCGAAAACCAAAGCGTT
GGACACTCCTACTCCGGTGGAGAGGCCAAAAGCCGGCACAACCAAACCGCCGGTGGCGAA
CTTGAGGAGGAGACAAGCAACGACTGAGCCAAGTAGCTGAGCAATCCAGTAGAGTATACC
GCGGAGAAGAGTGATGTTGCCACCAACAAAAGCGCCGAACGTGACGGCGGGGTTGACGTG
TCCACCGGAGATGTTGGCGCCGACGGAGACGGCGACAAAGAGTCCAAAAGCGTGGGCCAG
TGAGGCGGCTACGAGGCCGGCGGGAGTGGTGGCACCGTTTTCAGTGAGCTTGTTGAAAGC
CATTCCGGAGCCTGAGCCGGCGAAGACAAAGATCATAGTTGATATGAACCCAGCCAACGC
TGCCTTCAAGGCGTCGGGACGGGTGGCCTCATCGGGACGGCCAACGGCGATGTTTCTGAT
CGGCATGATGGGAGGAAGATCGAGCGGCTGAGATTAAATGTTGTGTGTGTT

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 6

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GACGTTACAGATTTGTCCATTTATTTCAGCATCAGTTCTTGTTAACCACGTACGCATGGC
TCATCTTACACGAGAACGTGCAAAATATGATATCAAACGTATCAGATAATGTATTTCATT
TAAATTTTGTAGATTTGCTACTTAATAAAAGAAGCATATAACTTGTACTTCTTGCTTTTA
TTATCGTAATGTCTTATTGTTCCCTTTTCCTTTGACAACATATACGCAAATAGTAACGCT
TATTTCTTTGTATAGTGACTGAGAAAACTATTCCACTTGCCATAGTCCGTACAGTGGAGA
ACCTTAAAACTTCTGTATAGTTCTGGTGGTTGCCGCAGCATCCCATGCACGTGTCGCTGC
ACGAGATAGACCAGAATTATCGTCAGCTCCCACATGCCACGAGAAGTAACCAAGCAAACC
TTTCTGCTTAGCGTATCTCACTTTGGTCACGATACTCCGATTATCATCGTATCCAATCCA
AGTCGTCCCTGCGTAACAGTAATCTCCGACCACCGAGGCGTTATAAACCGTTGTCGCTCT
GCTGTCCGCTATAAACTTCCTTATCTGACCGTATCCGATAGAACCGTCCGGTGATATAGC
CGCTCCGGTTGTAGGCGCGTAGTAGCTGTGACTGTTTGCGTTTGAGAGAGTCCATGCGTA
GCCGTAGTATGGAAATCCCAAGACTGCTTTCTTAGCTGGAAGTCCAGCTCGTGTCCATGA
TCTCACTCCAGCGTCTCCTCTTGGACCTGCGTTTGAAGGGTCACACAAAGCGGCAGGTGG
ACCGGTTACTCTAGACCAACCCGGTCCATAAAAATCATAGGCCATAAGATTAACCCAATC
CAGACTGTCGGCAACGGCTTGAACCGGATACAGAACCGAATAGTAGTTGTTTGAGTAGAA
AACCGCAGCCGCCAAAAGCAAACGCTGTCTACCACTGCTACTAGCTTCTGCTACAACCGC
TGATCGCCATTCTCGAAGCAGCGTCCCGAAGTTGCTCATCTCCGCGGCACTGCTCGGGTA
CTCCCAGTCTAGGTCAAGACCGTGGAAACCATTCGACCTCGCAAGTCTTATCGAAGAATC
AATGAAAGATTTTCGAGAAGTGGGGTTACTTGCCATGGACGCAAACGCTGTTTTATCAGC
GGCTCCACCGCCGATGGACAGAAGGGTTTTGACCGAAGGGTTTCGCCGTTGTACGGTTTG
AGTGAAGGTGGAGAACTTCTGTTGGCTCGCGGAGGCGATGGTGACTTGATTGGTTTGAGA
GTTGAGGTCAGCGAAGGCGCAGAAGAGGTGAGTGAAGAGAGATGAGTCAATGTCGGTGAC
GGGAAACTCACTTCCCGGGAACCAGTAGGAAGCTTTGACGACGGACTGAGCGGAGGATGA
GCTGAGGAGGAGGGAGAAGAAGAAAGTGATGGAGACAAGGAGCGAGATGGGTTTTGTGGA
AGACATTGTTGAGTTTCTGTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GJ02JQ U 1
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TATTTCTTTGTAT
C

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TTATCGTAATGTCTTATTGTTCCCTTTTCCTTTGACAACATATACGCAAATAGTAACGCT
TATTTCTTTGTAT
C

QA 1 253 1 253
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GACCTGCGTTT

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CTCCGGTTGTAGGCGCGTAGTAGCTGTGACTGTTTGCGTTTGAGAGAGTCCATGCGTAGC
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TCACTCCAGCGTCTCCTCTTGGACCTGCGTTTGAAGGGTCACACAAAGCGGCAGGTGGAC
CGGTTACTCTAGACCAACCCGGTCCATAAAAATCATAGGCCATAAGATTAACCCAATCCA
GACTGTCGGCAACGGCTTGAACCGGATACAGAACCGAATAGTAGTTGTTTGAGTAGAAAA
CCGCAGCCGCCAAAAGCAAACGCTGTCTACCACTGCTACTAGCTTCTGCTACAACCGCTG
ATCGCCATTCTCGAAGCAGCGTCCCGAAGTTGCTCATCTCCGCGGCACTGCTCGGGTACT
CCCAGTCTAGGTC

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AGGCCATAAGATTAACCCAATCCAGACTGTCGGCAACGGCTTGAACCGGATACAGAACCG
AATAGTAGTTGTTTGAGTAGAAAACCGCAGCCGCCAAAAGCAAACGCTGTCTACCACTGC
TACTAGCTTCTGCTACAACCGCTGATCGCCATTCTCGAAGCAGCGTCCCGAAGTTGCTCA
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TCGCAAGTCTTATCGAAGAATCAATGAAAGATTTTCGAGAAGTGGGGTTACTTGCCATGG
ACGCAAACGCTGTTTTATCAGCGGCTCCACCGCCGATGGACAGAAGGGTTTTGACCGAAG
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CGACGGACTGAGCGGAGGATGAGCTGAGGAGGAGGGAGAAGAAGAAAGTGATGGAGACAA
GGAGCGAGATGGGTTTTGTGGAAGACATTGTTGAGTTTCTGTCC

QA 13 716 13 716
DS 



AS 1 6

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TCGAAATGGCGAAGAGAACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGATATG
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TTTGTCGTCATTCAATTGGCTTCTTCGCTTTTTTTTTTT*GACAATCGTGCTATGCTTAT
CTTTCTTATTCAAGACGCTGTTACATTTAGCCATGAATCTATGTTTTATTGGAGTTCCTT
AATTAGTTATCGTTT


BQ
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40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EO10TF U 33
AF RR1H389TF U 33
AF RR1A585TF U 1
AF RR1AS89JQ C 1
AF RR1AS89TF U 1
AF RR1A585JQ C 316
BS 1 23 RR1A585TF
BS 24 24 RR1AS89TF
BS 25 269 RR1A585TF
BS 270 270 RR1EO10TF
BS 271 399 RR1A585TF
BS 400 400 RR1EO10TF
BS 401 495 RR1A585TF

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GAGGTGAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGTGAGTTCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGA
AAGGCTGTTGGTATCTGGGGATGCAAGGATTGTGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCCTAC
ACCATGAACACCGCCAGTGCCGTCACCGTTAGAAGCACCATCAGGAGGTTGAGGGAGCAG
ATCGAGGGTTAAAAAAATCTTCATATGATTTGTCGTCATTCAATTGGCTTCTTCGCTTTT
TTTTTTT*GACAATCGTGCTATGCTTATCTTTCTTATTCAAGACGCTGTTACATTTAGCC
ATGAATCTATGTTTTATTGGAGTTCCTT

QA 1 448 1 448
DS 

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ATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGATATGGAGCGAGTATCAGGAAGCAGATCAAGAAGATG
GAGGTGAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGTGAGTTCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGA
AAGGCTGTTGGTATCTGGGGATGCAAGGATTGTGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCCTAC
ACCATGAACACCGCCAGTGCCGTCACCGTTAGAAGCACCATCAGGAGGTTGAGGGAGCAG
ATCGAGGGTTAAAAAAATCTTCATATGATTTGTCGTCATTCAATTGGCTTCTTCGCTTTT
TTTTTT**GACAATCGTGCTATGCTTATCTTTCTTATTCAAGACGCTGTTACATTTAGCC
ATGAATCTATGTTTTATTGGAGTTCCT

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DS 

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ATTGTGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCCCACACCATGAACACCGCCAGTGCCGTCACCG
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TTTGTCGTCATTCAATTGGCTTCTTCGCTTTTTTTTTTTTGACAATCGTGCTATGCTTAT
CTTTCTTATTCAAGACGCTGTTACATTTAGCCATGAATCTATGTTTTATTGGAGTTCCTT
AATTAGTTATCGTTT

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DS 

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TCGAAATGGCGAAGAGAACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGATATG
GAGCGAGTATCAGGAAGCAGATCAAGAAGATGGAGGTGAGCCAGCACAGCAAGTACTTCT
GTGAGTTTTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATCTGGGGATGCAAGG
ATTGTGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCCTACACCATGAACACCGCCAGTGCCGTCACCG
TTAGAAGCACCATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAAAAAAATCTTCATATGA
TTTGTCGTCATTCAATTGGCTTTTTCGCTTTTTTTTT***GACAATCGTGCTATGCTTAT
CTTTCTTATTCAAGACGCTGTTACATTTAGCCATGAATCTATGTTTTATTGGAGTTCCTT
AA
CT

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1AS89TF 484 0 0
GGGCTGCGAGTCGTCCTCTCTCTCCTCTAGGGTTTTTCACATTCGGCGTTGGTGCTCGTT
TCGAAATGGCGAAGAGAACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGATATG
GAGCGAGTATCAGGAAGCAGATCAAGAAGATGGAGGTGAGCCAGCACAGCAAGTACTTCT
GTGAGTTCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATCTGGGGATGCAAGG
ATTGTGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCCTACACCATGAACACCGCCAGTGCCGTCACCG
TTAGAAGCACCATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAAAAAAATCTTCATATGA
TTTGTCGTCATTCAATTGGCTTCTTCGCTTTTTTTTT***GACAATCGTGCTATGCTTAT
CTTTCTTATTCAAGACGCTGTTACATTTAGCCATGAATCTATGTTTTATTGGAGTTCCTT
AA
CT

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1A585JQ 180 0 0
GGG
GGTTGGGGGAGCAGATCGGGGGTTAAAAAAATCTTCATATGATTTGTCGTCATTCAATTG
GCTTTTTCGCTTTTTTTTTTTTGACAATCGTGCTATGCTTATCTTTTTTATTCAAGACGC
TGTTACATTTAGCCATGAATTTATGTTTTATTGGAGTTCCTTAATTAGTTATCGTTT

QA 4 180 4 180
DS 



AS 1 6

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GGTTGTCCGAGTTAGTCTCAGATTAGCCACTTCAAATCAAATTAAGAATCTCTTCTTTCT
CACAAAAAGAGGACAAAAAACAAAAAAAAACAAAAAAAACAAGAAGTCACATTCTCTAAT
ATCTTTGCTGTCTTAGGTTTGCCTCCATCAACCAAACGCAATGGCGAACGCGGCGTCAGG
AATGGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTGAAGTTTTTGGAGTTAAAAGCGAAAAGAAACTA
TAGATTCATAATATTCAGGATAGACGGACAACAAGTGGTGGTTGAAAAGCTTGGAAGTCC
CGAGGAGAACTACGACGATTTTTCCAATTCCCTACCGCCCAACGAGTGCCGCTACGCTGT
CTATGACTTCGACTTCACCACTGCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGC
ATGGTCACCGGATTCATCGAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTATGCAAGCTCAAAGGACAG
GTTCAAGAGAGAACTGGATGGAATCCAGGTGGAGTTACAAGCCACAGACCCAAGCGAGAT
GAGTTTCGACATCATCAAAAGTCGAGCTCTCTAGATTCATATTGCCTAATTTCTCATCAT
ATATCCATAAATGATCCATCATGATCCATCATCAACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTA
TGTAACTTTCTTGGTTCATTCTCCTTCCTCTTTGACTTTTTTTGTTTATTTACATTTCAA
ACTGACATGGGTTTCATACTTTGGCTTGAGAAAAGCCTAAAACCATGCAGTTCTCGTGTA
GTAGCTGCATACTCCGTTGGAAAATAAAATATATTACTTTTCCATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1F177TF U 7
AF RR1GW65TF U 1
AF RR1FB48TF U 60
AF RR1GW65JQ C 95
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AF RR1FB48JQ C 319
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GG
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QA 3 540 3 540
DS 

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AATGGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTGAAGTTTTTGGAGTTAAAAGCGAAAAGAAACTA
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CGAGGAGAACTACGACGATTTTTCCAATTCCCTACCGCCCAACGAGTGCCGCTACGCTGT
CTATGACTTCGACTTCACCACTGCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGC
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GTTCAAGAGAGAACTGGATGGAATCCAGGTGGAGTTACAAGCCACAGACCCAAGCGAGAT
GAGTTTCGACATCATCAAAAGTCGAGCTCTCTAGATTCATATTGCCTAATTTCTCATCAT
ATATCCATAAATGATCCATCATGATCCATCATCAACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTA
TGTAACTTTCTTGGTTCATTCTCCTTCCTCTTTGACTTTTTT
G

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1FB48TF 747 0 0
GG
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ATGGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTGAAGTTTTTGGAGTTAAAAGCGAAAAGAAACTAT
AGATTCATAATATTCAGGATAGACGGACAACAAGTGGTGGTTGAAAAGCTTGGAAGTCCC
GAGGAGAACTACGACGATTTTTCCAATTCCCTACCGCCCAACGAGTGCCGCTACGCTGTC
TATGACTTCGACTTCACCACTGCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCA
TGGTCACCGGATTCATCGAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTATGCAAGCTCAAAGGACAGG
TTCAAGAGAGAACTGGATGGAATCCAGGTGGAGTTACAAGCCACAGACCCAAGCGAGATG
AGTTTCGACATCATCAAAAGTCGAGCTCTCTAGATTCATATTGCCTAATTTCTCATCATA
TATCCATAAATGATCCATCATGATCCATCATCAACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTAT
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CTGACATGGGTTTCATACTTTGGCTTGAGAAAAGCCTAAAACCATGCAGTTCTCGTGTAG
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QA 3 747 3 747
DS 

RD RR1GW65JQ 729 0 0
AAAAACAAGAAGTCACATTCTCTAATATCTTTGCTGTCTTAGGTTTGCCTCCATCAACCA
AACGCAATGGCGAACGCGGCGTCAGGAATGGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTGAAGTTT
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TTACAAGCCACAGACCCAAGCGAGATGAGTTTCGACATCATCAAAAGTCGAGCTCTCTAG
ATTCATATTGCCTAATTTCTCATCATATATCCATAAATGATCCATCATGATCCATCATCA
ACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTATGTAACTTTCTTGGTTCATTCTCCTTCCTCTTTG
ACTTTTTTTGTTTATTTACATTTCAAACTGACATGGGTTTCATACTTTGGCTTGAGAAAA
GCCTAAAACCATGCAGTTCTCGTGTAGTAGCTGCATACTCCGTTGGAAAATAAAATATAT
TACTTTTCC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1F177JQ 657 0 0
AACGCGGCGTCAGAAATGGCGGTGGAAGACGAA*GTAAGCTGAAGTTTTTGGAGTTAAAA
GCGAAAAGAAACTATAGATTCATAATATTCAGGATATACGGACAACAAGTGGTGGTTGAA
AAGCTTGGAAGTCCCGAGGAGAACTACGACGATTTTTCCAATTCCCTACCGCCCAACGAG
TGCCGCTACGCTGTCTATGACTTCGACTTCACCACTGCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAG
ATCTTCTTCATAGCATGGTCACCGGATTCATCGAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTATGCA
AGCTCAAAGGACAGGTTCAAGAGAGAACTGGATGGAATCCAGGTGGAGTTACAAGCCACA
GACCCAAGCGAGATGAGTTTCGACATCATCAAAAGTCGAGCTCTCTAGATTCATATTGCC
TAATTTCTCATCATATATCCATAAATGATCCATCATGATCCATCATCAACAAATTAAAGA
ACTTCTCCATGTTATGTAACTTTCTTGGTTCATTCTCCTTCCTCTTTGACTTTTTTTGTT
TATTTACATTTCAAACTGACATGGGTTTCATACTTTGGCTTGAGAAAAGCCTAAAACCAT
GCAGTTCTCGTGTAGTAGATGCATACTCCGTTGGAAAATAAAATATATTACTTTTCC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1FB48JQ 510 0 0
TTTTTCCAATTCCCTACCGCCCAACGAGTGCCGCTACGCTGTCTATGACTTCGACTTCAC
CACTGCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCATGGTCACCGGATTCATC
GAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTATGCAAGCTCAAAGGACAGGTTCAAGAGAGAACTGGA
TGGAATCCAGGTGGAGTTACAAGCCACAGACCCAAGCGAGATGAGTTTCGACATCATCAA
AAGTCGAGCTCTCTAGATTCATATTGCCTAATTTCTCATCATATATCCATAAATGATCCA
TCATGATCCATCATCAACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTATGTAACTTTCTTGGTTCA
TTCTCCTTCCTCTTTGACTTTTTTTGTTTATTTACATTTCAAACTGACATGGGTTTCATA
CTTTGGCTTGAGAAAAGCCTAAAACCATGCAGTTCTCGTGTAGTAGCTGCATACTCCGTT
GGAAAATAAAATATATCACTTTTCCATTGC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 5

CO CL1501Contig1 1165 5 4 U
AGTTGTAATCAAGCTTTATTTTATTCTTATATTAATGGATTGTTTACATGGCTTACTCTA
TCAACTGAGCATGCCTGTCTGCAATCTATGATAAATAAAGACCAAACTATTTTACATATC
TTTCACCAATTATTGCTTTTCTTTCTCTTCTTCCACACAAACACCATATATTATACAACA
TTATTTACTGTTTTGTATATGGTTCCAGAACGATTAACCCTCAGAGCTTTGGAATCACTA
TTCTCAGAATCCCATCCATAAATTCAGCAGCAACGTTATCCTTGTTCACATTGCTAGGGA
GTGGCCAGGAAACATTGAATGGTCCTTGTAGTATTTCTTGCTTGTGATGATACATTGAAC
CTTTGGTGCATCCACCAACTTTTTGACAGACAGCTGTGCGTCTACCTGTCACAGTCAAGT
TTAGGTTGTCGACCTCAACTCTTATATCATTGATACTAGCCCCTGGTAGCTCTACCGCCA
CAACATAGTTATGTTCATACTCTTCAACATTCGATCTCGGAGACCAAACAGTCCCTAGAT
TGGCTAACTTAGGAAGGTCAGGCGTGTATGGCTTTTCCAAGTCTTCCTTTTGCTTACATG
GTGAATCAAAAGAAACAAAGAACTCATCTTTTGCGGCGGCTTTGGAAAACTGTGGCGGGG
CGTACTCAGGTCTGGAAAGCAATGGTTGTTGTGAAGAAG***ATAAGCCATCCGTTTTGG
TGGCAGAGCACTTGGTAGATGCAGCGTCCTGTGGTATAGTCGTATCATCAGTTGAAGCCT
GCCTCATGAAAAGACCCTGTGCAGAGGACGCTTGCCGAGCAAAATACAGCCTGTTGTCAC
CTCTTCTAATGACAGCGTTCTTCAAAGTGCTGCCGCCGCCGCTAGTCTGCTGGTCAGTGG
GAGCCTGCCTCATGAAAAAGCCCTGCTCAGAAGATGCTTGCCGGGCAAACGAGATCTTGT
TGTCACATCTTCTGATGATGCCAGAGTTCAAACTGCCGCTACAGTTCAAAGGGAGGAGCG
ATGCGGAGGAGACGGGATCGTTGGTGGTGGCTAATGGGAAGTGAGCGGCGACGGTGGCGA
GTCTGCGCCTAGCGGTGATGGAATCGAGCTCCATATCTCTCTCTCTCTGAGTTCTTGGAT
GTGTGGGAGAGGGAGGGATGAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY72JQ U 67
AF RR1FW91JQ U 1
AF RR1AQ62JQ U 13
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AF RR1GY72TF C 388
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GG
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QA 3 448 3 448
DS 

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TG
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DS 

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C

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1AQ62TF 711 0 0
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AAACAAAGAACTCATCTTTTGCGGCGGCTTTGGAAAACTGTGGCGGGGCGTACTCAGGTC
TGGAAAGCAATGGTTGTTGTGAAGAAG***ATAAGCCATCCGTTTTGGTG
C

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1GY72TF 778 0 0
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CTTTTGCGGCGGCTTTGGAAAACTGTGGTGGGGCGTACTCAGGTCTGGAAAGCAATGGTA
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GCTCCATATCTCTCTCTCTCTGAGTTCTTGGATGTGTGGGAGAGGGAGGGATGAGCCC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 5

CO CL1502Contig1 1960 5 4 U
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ATCAAAAAAAAAAACATAATCCGAACTGCATTAACGGACGATAGATCATAAACGTTTAGA
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CTTTCTTGGCCTCTTTATCCCAATTTGTTAAAATGGTGATGAGGGCAAGAGAGACCACTT
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CGATGGACTTGTCTTGGTGCGCAATAACAAGGATATGCTCTGTGTTAGCCCAGACAATGG
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GTATGCTCACCCCGATAAGTGGTGCAGATAGGCATAGCTGTTTTCTCACCTCAACCTTTA
TATTTTCCCTCGCTGGAATAACATTTTGAGACTCAGTCAACATTATATTATCTCTCCTCT
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AAAAAATAACATGAATAGAACTGTGGAAAAGTTTTAATAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B758JQ U 1
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AF RR1CS73JQ U 103
AF RR1CS73TF C 740
AF RR1B758TF C 1111
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ATAAAACAGAGGCTTAGTTCTTAAAGATTACTCCAAAGCCAAATCCAATAATACTACACT
TGACAACTAAATAGACCACACAAGTTAATTCCAACGTGACTGTACACACGAGTTTGTCAC
AGCATTACGATCCCTATGCTTCTCCACCTGCCTGATCTGAAGACCCGACTCTGCCTAAAG
CTTTCTTGGCCTCTTTATCCCAATTTGTTAAAATGGTGATGAGGGCAAGAGAGACCACTT
GAACAACGAGTGCGGTTACGATTCCAAGCCAAAGACCCCGGCCGCCGAGATGGAAACGGA
ATCCAAGAAACAAACCCAATGGAACTCCAACCAGATAATATGAGCCAAGATTAACGCAAG
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CGAGGAAATTGCCTGTGGCAACAATTGGCATCATCGATGCTACATATTTGATGACTTTTG
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C

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G
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CCGTCTC

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GTTTTAATAC

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 6

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BQ
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35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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AF RR1DS64JQ C 1
AF RR1DS64TF U 1
AF RR1D155JQ C 8
AF RR1H392JQ C 238
AF RR1H392TF U 8
AF RR1D155TF U 8
BS 1 7 RR1DS64JQ
BS 8 63 RR1DS64TF
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RD RR1DS64JQ 492 0 0
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AACGGTCAGAGTATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGCCAAACCCAGGAGAAGGCA
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GGTGGACAGCAGTTGAAGCAGAAAGCACAGGGTGCGACTGAGGCAATTAAGGAAAAGACG
GGCTTGGGCAAATGAGAACGCACGTTCCTAATAAGAATTTACGTTTTTATTCCTACCATA
CTATTACTAATAATTAGATAGGTTTATCTATCTAAAGCCTAAGATTAAGGATTTCAAACG
AAGCCGTTTAGGCAAAATCTTTTCTGGATTATCTAAGATATTCAATATCAATCCAAGGGT
TGTTGACTCTTATCTTTTGATTAATATGTAGCCTTGCAGTTATTTGATATTTCTATATAA
TTTAATAAAAAT

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1DS64TF 492 0 0
GGAAGTT
TCCTTTACAAATTATAAGTTCGTTTTCTAAGAGGAGATAAGAAAATGTCTAGCAACGGTC
AGAGTATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGCCAAACCCAGGAGAAGGCAAGCAACC
TGATGGACAAGGCCTCTAATGCTGCTCAATCTGCCAAGGAATCTTTGTCAGAGGGTGGAC
AGCAGTTGAAGCAGAAAGCACAGGGTGCGACTGAGGCAATTAAGGAAAAGACGGGCTTGG
GCAAATGAGAACGCACGTTCCTAATAAGAATTTACGTTTTTATTCCTACCATACTATTAC
TAATAATTAGATAGGTTTATCTATCTAAAGCCTAAGATTAAGGATTTCAAACGAAGCCGT
TTAGGCAAAATCTTTTCTGGATTATCTAAGATATTCAATATCAATCCAAGGGTTGTTGAC
TCTTATCTTTTGATTAATATGTAGCCTTGCAGTTATTTGATATTTCTATATAATTTAATA
AAAAT

QA 8 492 8 492
DS 

RD RR1D155JQ 513 0 0
TCCTTTACAAATTATAAGTTCGTTTTCTAAGAGGAGATAAGAAAATGTCTAGCAACAGTC
AGAGTATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGCCAAACCCAGGAGAAGGCAAGCAACC
TGATGGACAAGGCCTCTAATGCTGCTCAATCTGCCAAGGAATCTTTGTCAGAGGGTGGAC
AGCAGTTGAAGCAGAAAGCACAGGGTGCGACTGAGGCAATTAAGGAAAAGACGGGCTTGG
GCAAATGAGAACGCACGTTCCTAATAAGAATTTACGTTTTTATTCCTACCATACTATTAC
TAATAATTAGATAGGTTTATCTATCTAAAGCCTAAGATTAAGGATTTCAAACGAAGCCGT
TTAGGCAAAATCTTTTCTGGATTATCTAAGATATTCAATATCAATCCAAGGGTTGTTGAC
TCTTATCTTTTGATTAATATGTAGCCTTGCAGTTATTTGATATTTCTATATAATTTAATA
AAAATATGTAATAAAAGTATATTGGAAC
ACATG

QA 1 508 1 508
DS 

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ATACTATTACTAATAATTAGATAGGTTTATCTATCTAAAGCCTAAGATTAAGGATTTCAA
ACGAAGCCGTTTAGGCAAAATCTTTTTTGGATTATTTAAGATATTCAATATCAATCCAAG
GGTTGTTGACTTTTATCTTTTGATTAATATGTAGCCTTGCAGTTATTTGATATTTCTATA
TAATTTAATAAAAATATGTAATAAAAGTATATTGGAAC
G

QA 1 278 1 278
DS 

RD RR1H392TF 509 0 0
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AGAGTATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGCCAAACCCTGGAGAAGGCAAGCAACC
TGATGGACAAGGCCTCTAATGCTGCTCAATCTGCCAAGGAATCTTTGTCAGAGGGTGGAC
AGCAGTTGGAGCAGAAAGCACAGGGTGCGACTGAGGCAATTAAGGAAAAGACGGGCTTGG
GCAAATGAGAACGCACGTTCCTAATAAGAATTTACGTTTTTATTCCTACCATACTATTAC
TAATAATTAGATAGGTTTATCTATCTAAAGCCTAAGATTAAGGATTTCAAACGAAGCCGT
TTAGGCAAAATCTTTTCTGGATTATCTAAGATATTCAATATCAATCCAAGGGTTGTTGAC
TCTTATCTTTTGATTAATATGTAGCCTTGCAGTTATTTGATATTTCTATATAATTTAATA
AAAATATGTAATAAAAGTATATTGGAAC
G

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1D155TF 514 0 0
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AGAGTATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGCCAAACCCAGGAGAAGGCAAGCAACC
TGATGGACAAGGCCTCTAATGCTGCTCAATCTGCCAAGGAATCTTTGTCAGAGGGTGGAC
AGCAGTTGAAGCAGAAAGCACAGGGTGCGACTGAGGCAATTAAGGAAAAGACGGGCTTGG
GCAAATGAGAACGCACGTTCCTAATAAGAATTTACGTTTTTATTCCTACCATACTATTAC
TAATAATTAGATAGGTTTATCTATCTAAAGCCTAAGATTAAGGATTTCAAACGAAGCCGT
TTAGGCAAAATCTTTTCTGGATTATCTAAGATATTCAATATCAATCCAAGGGTTGTTGAC
TCTTATCTTTTGATTAATATGTAGCCTTGCAGTTATTTGATATTTCTATATAATTTAATA
AAAATATGTAATAAAAGTATATTGGAACACATGG

QA 1 514 1 514
DS 



AS 2 6

CO CL1504Contig1 599 2 3 U
GGATATTTGAAGTTGAGTTAATTAACCGGTTGTCCAATGGCGGCAGCAAAGACAGGCCTA
CTACTCTCGTGGCTTATCCCATCATCATCATCGGCGGCGGCTCCGCTGTTTTCAGTTGCT
GTGAAGTTGCCAGTGGTGAGAGGGAGGAAAGCAGAGAAGGATGTATCTGTCTCTGTCGCC
TTCAATCCTTCTGGCAATTTCGATATCTCTGCCTTGGACTCTCACGACGATTCAGATAAA
GTGGAACCTCCGATGCCTCCAACGAGCGGCCGATACGAAGTAGTCATAGACAAGGACTCT
ATTCAGCGCCTTGACTTATCTCCTTTTCAGACTGCCACCGGCATCACCTCACCTTCCTCA
GCTGATCCAAGAGAGTATATGGATCGGAGCATCGGATTCACGATCAATTACAAGAGAGAA
GACCCAGGGGATCCCCGTGAGCTTTCCGAGTATCCGGACATAAGGCTTTGGTTCGTCAGA
CTCGATGCCATGTACCCTTGGCTTCCTCTCCTCCTTGACTGGAGAGCCGGTGAGCTTGCT
CGTTACGCCGCCATGCTTGTCCCTCACCAGATGAGCTTGAAAATGGGTGTTGTTTTCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1DT25TF U 1
AF RR1FY05TF U 34
BS 1 62 RR1DT25TF
BS 63 63 RR1FY05TF
BS 64 599 RR1DT25TF

RD RR1DT25TF 599 0 0
GGATATTTGAAGTTGAGTTAATTAACCGGTTGTCCAATGGCGGCAGCAAAGACAGGCCTA
CTCCTCTCGTGGCTTATCCCATCATCATCATCGGCGGCGGCTCCGCTGTTTTCAGTTGCT
GTGAAGTTGCCAGTGGTGAGAGGGAGGAAAGCAGAGAAGGATGTATCTGTCTCTGTCGCC
TTCAATCCTTCTGGCAATTTCGATATCTCTGCCTTGGACTCTCACGACGATTCAGATAAA
GTGGAACCTCCGATGCCTCCAACGAGCGGCCGATACGAAGTAGTCATAGACAAGGACTCT
ATTCAGCGCCTTGACTTATCTCCTTTTCAGACTGCCACCGGCATCACCTCACCTTCCTCA
GCTGATCCAAGAGAGTATATGGATCGGAGCATCGGATTCACGATCAATTACAAGAGAGAA
GACCCAGGGGATCCCCGTGAGCTTTCCGAGTATCCGGACATAAGGCTTTGGTTCGTCAGA
CTCGATGCCATGTACCCTTGGCTTCCTCTCCTCCTTGACTGGAGAGCCGGTGAGCTTGCT
CGTTACGCCGCCATGCTTGTCCCTCACCAGATGAGCTTGAAAATGGGTGTTGTTTTCAA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1FY05TF 563 0 0
GG
AATGGCGGCAGCAAAGACAGGCCTCCTACTCTCGTGGCTTATCCCATCATC******GGC
GGCGGCTCCGCTGTTTTCAGTTGCTGTGAAGTTGCCAGTGGTGAGAGGGAGGAAAGCAGA
GAAGGATGTATCTGTCTCTGTCGCCTTCAATCCTTCTGGCAATTTCGATATCTCTGCCTT
GGACTCTCACGACGATTCAGATAAAGTGGAACCTCCGATGCCTCCAACGAGCGGCCGATA
CGAAGTAGTCATAGACAAGGACTCTATTCAGCGCCTTGACTTATCTCCTTTTCAGACTGC
CACCGGCATCACCTCACCTTCCTCAGCTGATCCAAGAGAGTATATGGATCGGAGCATCGG
ATTCACGATCAATTACAAGAGAGAAGACCCAGGGGATCCCCGTGAGCTTTCCGAGTATCC
GGACATAAGGCTTTGGTTCGTCAGACTCGATGCCATGTACCCTTGGCTTCCTCTCCTCCT
TGACTGGAGAGCCGGTGAGCTTGCTCGTTACGCCGCCATGCTTGTCCCTCACCAGATGAG
CTTGAAAATGGGTGTTGTTTT

QA 3 563 3 563
DS 



CO CL1504Contig2 852 4 13 U
GAATCTCTGCTGGCTACGCTATCAATAATAAGTATTCATGGGAATGGTTCTTACATTATT
GAGAATCAAACCAAGGAAACTGGAGGAAAGAAGAGACCTAAAGAGAATCGGTATGATGAT
CGATCAAGTCGAAAAGCTGGTCGCCGATACCGAAGCCGAGCATCCTAGCCATGTCAGAGG
TCTTGAGCCTAGGCTTGGGGACACCGTGACGTTTGAGCCAAGGATAAACCACAAAGACTT
TGGTCATGACGAAGAGCTCCAAAGCCTCAGGATTGAAAACAACACCCATTCTCAAGCTCA
TCTGGTGAGGGACAAGCATGGCGGCGTAACGAGCAAGCTCACCGGCTCTCCAGTCAAGGA
GGAGAGGAAGCCAAGGGTACATGGCATCGAGTCTGACGAACCAAAGCCTTATGTCCGGAT
ACTCGGAAAGCTCACGGGGATCCCCTGGGTCTTCTCTCTTGTAATTGATCGTGAATCCGA
TGCTCCGATCCATATACTATCTTGGATCAGCTGAGGAAGGTGAGGTGATGCCGGTGGCAG
TCTGAAAAGGAGATAAGTCAAGGCGCTGAATAGAGTCGTTATCTATGACTACTTCGTATC
GGCCGCTCGTTGGAGGCATCGGAGGTTCCACTTTAT******CGTCGTGAGAGTCCAAGG
CAGAGATATCGAAATTGCCAGAAGGATTGAAGGCGACAGAGACAGATACATCCTTCTCTG
TTCTCCTCTCTCTCACCACTGGCAACTTCACAGCAACTGAAAACAGCGGAGCCGCCGCCG
ATGATGATGGGATAAGCCACGAGAGTAGGAGGCCTGTCTTTGCTGCCGCCATTGGACAAC
CGGTTAATTAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 

AF RR1GR63JQ U 1
AF RR1CI71JQ U 13
AF RR1CI71TF C 169
AF RR1GR63TF C 392
BS 1 16 RR1GR63JQ
BS 17 17 RR1CI71JQ
BS 18 176 RR1GR63JQ
BS 177 177 RR1CI71JQ
BS 178 253 RR1GR63JQ
BS 254 254 RR1CI71JQ
BS 255 338 RR1GR63JQ
BS 339 339 RR1CI71JQ
BS 340 363 RR1GR63JQ
BS 364 364 RR1CI71JQ
BS 365 633 RR1GR63JQ
BS 634 789 RR1CI71JQ
BS 790 852 RR1CI71TF

RD RR1GR63JQ 633 0 0
GAATCTCTGCTGGCTATGCTATCAATAATAAGTATTCATGGGAATGGTTCTTACATTATT
GAGAATCAAACCAAGGAAACTGGAGGAAAGAAGAGACCTAAAGAGAATCGGTATGATGAT
CGATCAAGTCGAAAAGCTGGTCGCCGATACCGAAGCCGAGCATCCTAGCCATGTCAAAGG
TCTTGAGCCTAGGCTTGGGGACACCGTGACGTTTGAGCCAAGGATAAACCACAAAGACTT
TGGTCATGACGAAAAGCTCCAAAGCCTCAGGATTGAAAACAACACCCATTCTCAAGCTCA
TCTGGTGAGGGACAAGCATGGCGGCGTAACGAGCAAGCCCACCGGCTCTCCAGTCAAGGA
GGAAAGGAAGCCAAGGGTACATGGCATCGAGTCTGACGAACCAAAGCCTTATGTCCGGAT
ACTCGGAAAGCTCACGGGGATCCCCTGGGTCTTCTCTCTTGTAATTGATCGTGAATCCGA
TGCTCCGATCCATATACTATCTTGGATCAGCTGAGGAAGGTGAGGTGATGCCGGTGGCAG
TCTGAAAAGGAGATAAGTCAAGGCGCTGAATAGAGTCGTTATCTATGACTACTTCGTATC
GGCCGCTCGTTGGAGGCATCGGAGGTTCCACTT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1CI71JQ 783 0 0
GCTACGCTATCAATAATAAGTATTCATGGGCATGGTTCTTACATTATTGAGAATCAGACC
AAGGAAACTGGAGGAAAGAAGAGACCTAAAGAGAATCGGTATGATGATCGATCAAGTCGA
AGAGCTGGTCGCCGATACCGAAGCCGAGCATCCTAGCCATGTCAGAGGTCTTGAGCCTAG
GCTTGGGGACACCGTGACGTTTGAGCCAAGGATAAACCACAAAGACTTTGGTCATGACGA
AGAGCTCCAAAGCCTCAGGATTGAAAACAACACCCATTCTCAAGCTCATCTGGTGAGGGA
CAAGCATGGCGGCGTAACGAGCAAGCTCACCGGCTCTCCAGTCAAGGAGGAGAGGAAGCC
AAGGGTACATGGCATCGAGTCTGACGAACCAAAGCCTTATGTCCGGATACTCGGAAAGCT
CACGGGGATCCCCTGGGTCTTCTCTCTTGTAATTGATCGTGAATCCGATGCTCCGATCCA
TATACTCTCTTGGATCAGCTGAGGAAGGTGAGGTGATGCCGGTGGCAGTCTGAAAAGGAG
ATAAGTCAAGGCGCTGAATAGAGTCGTTATCTATGACTACTTCGTATCGGCCGCTCGTTG
GAGGCATCGGAGGTTCCACTTTAT******CGTCGTGAGAGTCCAAGGCAGAGATATCGA
AATTGCCAGAAGGATTGAAGGCGACAGAGACAGATACATCCTTCTCTGTTCTCCTCTCTC
TCACCACTGGCAACTTCACAGCAACTGAAAACAGCGGAGCCGCCGCCGATGATGATG
GGATAA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1CI71TF 684 0 0
CCATGTCAGAGGTCTTGAGC*TAGGCTTGGGGACACCGTGACGTTTGAGCCAAGGATAAA
CCACAAAGACTTTGGTCATGACGAAGAGCTCCAAAGCCTCAGGATTGAAAACAACACCCA
TTCTCAAGCTCATCTGGTGAGGGACAAGCATGGCGGCGTAACGAGCAAGCTCACCGGCTC
TCCAGTCAAGGAGGAGAGGAAGCCAAGGGTACATGGCATCGAGTCTGACGAACCAAAGCC
TTATGTCCGGATACTCGGAAAGCTCACGGGGATCCCCTGGGTCTTCTCTCTTGTAATTGA
TCGTGAATCCGATGCTCCGATCCATATACTCTCTTGGATCAGCTGAGGAAGGTGAGGTGA
TGCCGGTGGCAGTCTGAAAAGGAGATAAGTCAAGGCGCTGAATAGAGTCGTTATCTATGA
CTACTTCGTATCGGCCGCTCGTTGGAGGCATCGGAGGTTCCACTTTAT******CGTCGT
GAGAGTCCAAGGCAGAGATATCGAAATTGCCAGAAGGATTGAAGGCGACAGAGACAGATA
CATCCTTCTCTGTTCTCCTCTCTCTCACCACTGGCAACTTCACAGCAACTGAAAACAGCG
GAGCCGCCGCCGATGATGATGGGATAAGCCACGAGAGTAGGAGGCCTGTCTTTGCTGCCG
CCATTGGACAACCGGTTAATTAAC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1GR63TF 461 0 0
TCTGACGAACCAAAGCCTTATGTCCGGATACTCGGAAAGCTCACGGGGATCCCCTGGGTC
TTCTCTCTTGTAATTGATCGTGAATCCGATGCTCCGATCCATATACTATCTTGGATCAGC
TGAGGAAGGTGAGGTGATGCCGGTGGCAGTCTGAAAAGGAGATAAGTCAAGGCGCTGAAT
AGAGTCGTTATCTATGACTACTTCGTATCGGCCGCTCGTTGGAGGCATCGGAGGTTCCAC
TTTATCTGAATCGTCGTGAGAGTCCAAGGCAGAGATATCGAAATTGCCAGAAGGATTGAA
AGCGACAGAGACAGATACATCCTTCTCTGTTCTCCTCTCTCTCACCACTGGCAACTTCAC
AGCAACTGAAAACAGCGGAGCCGCCGCCGATGATGATGGGATAAGCCACGAGAGTAGGAG
GCCTGTCTTTGCTGCCGCCATTGGACAACCGGTTAATTAAC

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 6

CO CL1505Contig1 959 6 4 U
ACGTCACATGACATACTCTCATAGTCATTGGTAAACGATAAGATTATCCAACAAGACAAC
CCAAAAAGTGAAGACAGTTTGTTTTATCTGATGATGACAATACACAGAAAAGGAGTCCAA
AAGATAAGCAGAGAATCCAAAAGAAGATCCTAACCTTCTACCACGTGTACAGATCACATA
ATGGGGCTCCGACAAAACGTTCATCACATGACATACTCTCATAGTCATTGGTAAACGATA
AGATTATCCAACAAGACAACCCAAAAAGTGAAGACAGTTTGTTTTATCTGATGATGACAA
TACACAGAAA*GGGGTCCAAAAGATAAGCAGAGAATCCAAAAGAAGATCCTAACCTTCTA
CCACGTGTACAGATCACATAATGGGGCTGTGCTTTGGTCTCTTGCCTTCTCCATGAACTA
CTGGCGAACTCATATCTTTTTAACGATCTGAACAACATCCTCGTCCTCGAGCTCGTGCTC
CCTTCCAACTCTTTGTGGCTTATGTTTTGCACTCGAACCCCATACTAAAGCGTACTTGAA
TTGCTTAAGCATGTCTTTGTGAATCCGAATGCAGAAGTCCTCAACTGTTCTCTTCTTGGA
AGATAAGATGACAGGGTCATCGTAATCCGGATTCATTGCCTTTGGTTTGGTGTAGATTCT
AGTAAGATCCAAGTATTCCCATATCTTATCGAGAAGACCATCAAGATTCCACTCCAGATG
CGCACTGACAGGACAGTAATGAGGAAGTCTGTCCAAAATTTCAAGTTCCTCGAGAGTTAT
TTGGTCGATCTTGTTGACAGCATAGATACAGGGCATATAGATGCGACTGCCCTCAATGAC
ATCGATGAGGTCATCAGCAGTTGCATCGTAGCGCAGAGTGATATCGGCGTTGTGCATCCT
GTACTCACTGCATATGGCCTTGACAGTGTCGAGGTCAAGGTGCGTGCAGGTGACTGCCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 15 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1C889JQ U 46
AF RR1G416JQ U 1
AF RR1EM56JQ U 127
AF RR1GM66JQ U 1
AF RR1GM66TF C 162
AF RR1G416TF C 208
BS 1 812 RR1G416JQ
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BS 814 826 RR1G416JQ
BS 827 959 RR1GM66TF

RD RR1C889JQ 561 0 0
ATCCAACAAGACAACCCAAAAAGTGAAAACAGTTTGTTTTATCTGATGATGGCAATACAC
AGAAAAGGAGTCCAAAAGATAAGCAGAAAATCCAAAAGAAGATCCTAACCTTCTACCACG
TGTACAGATCACATAATGGGGCTCCGACAAAACATTCATCACATGACATACTCTCATAGT
CATTGGTAAACGATAAGATTATCCAACAAGACAACCCAAAAAGTGAAGACAGTTTGTTTT
ATCTGATGATGACAATACACAGAAAAGGAGTCCAAAAGATAAGCAGAAAATCCAAAGGAA
GATCCTAACCTTCTACCACGTGTACAGATCACATAATGGGGCTGTGCTTTGGTCTCTTGC
CTTCTCCATGAACTACTGGCGAACTCATATCTTTTTAACGATCTGAACAACATCCTCGTC
CTCGAGCTCGTGCTCCCTTCCAACTCTTTGTGGCTTATGTTTTGCACTCGAACCCCATAC
TAAAGCGTACTTGAATTGCTTAAGCATGTCTTTGTGAATCCGAATGCAGAAGTCCTCAAC
TGTTCTCTTCTTGGAAGATAA

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1G416JQ 826 0 0
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CCAAAAAGTGAAGACAGTTTGTTTTATCTGATGATGACAATACACAGAAAAGGAGTCCAA
AAGATAAGCAGAGAATCCAAAAGAAGATCCTAACCTTCTACCACGTGTACAGATCACATA
ATGGGGCTCCGACAAAACGTTCATCACATGACATACTCTCATAGTCATTGGTAAACGATA
AGATTATCCAACAAGACAACCCAAAAAGTGAAGACAGTTTGTTTTATCTGATGATGACAA
TACACAGAAA*GGGGTCCAAAAGATAAGCAGAGAATCCAAAAGAAGATCCTAACCTTCTA
CCACGTGTACAGATCACATAATGGGGCTGTGCTTTGGTCTCTTGCCTTCTCCATGAACTA
CTGGCGAACTCATATCTTTTTAACGATCTGAACAACATCCTCGTCCTCGAGCTCGTGCTC
CCTTCCAACTCTTTGTGGCTTATGTTTTGCACTCGAACCCCATACTAAAGCGTACTTGAA
TTGCTTAAGCATGTCTTTGTGAATCCGAATGCAGAAGTCCTCAACTGTTCTCTTCTTGGA
AGATAAGATGACAGGGTCATCGTAATCCGGATTCATTGCCTTTGGTTTGGTGTAGATTCT
AGTAAGATCCAAGTATTCCCATATCTTATCGAGAAGACCATCAAGATTCCACTCCAGATG
CGCACTGACAGGACAGTAATGAGGAAGTCTGTCCAAAATTTCAAGTTCCTCGAGAGTTAT
TTGGTCGATCTTGTTGACAGCATAGATACAGG*CATATAGATGCGA

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR1EM56JQ 681 0 0
G
GCAGAGAATCCAAAAGAAGATCCTAACCTTCTACCACGTGTACAGATCACATAATGGGGC
TCCGACAAAACATTCATCACATGACATACTCTCATAGTCATTGGTAAACGATAAGATTAT
CCAACAAGACAACCCAAAAAGTGAAGACAGTTTGTTTTATCTGATGATGACAATACACAG
AAAAGGAGTCCAAAAGATAAGCAGAGAATCCAAAAGAAGATCCTAACCTTCTACCACGTG
TACAGATCACATAATGGGGCTGTGCTTTGGTCTCTTGCCTTCTCCATGAACTACTGGCGA
ACTCATATCTTTTTAACGATCTGAACAACATCCTCGTCCTCGAGCTCGTGCTCCCTTCCA
ACTCTTTGTGGCTTATGTTTTGCACTCGAACCCCATACTAAAGCGTACTTGAATTGCTTA
AGCATGTCTTTGTGAATCCGAATGCAGAAGTCCTCAACTGTTCTCTTCTTGGAAGATAAG
ATGACAGGGTCATCGTAATCCGGATTCATTGCCTTTGGTTTGGTGTAGATTCTAGTAAGA
TCCAAGTATTCCCATATCTTATCGAGAAGACCATCAAGATTCCACTCCAGATGCGCACTG
ACAGGACAGTAATGAGGAAGTCTGTCCAAAATTTCAAGTTCCTCGAGAGTGATTTGGTCG
ATCTTGTTGACAGCATAGAT

QA 2 681 2 681
DS 

RD RR1GM66JQ 807 0 0
ACGTCACATGACATACTCTCATAGTCATTGGTAAACGATAAGATTATCCAACAAGACAAC
CCAAAAAGTGAAGACAGTTTGTTTTATCTGATGATGACAATACACAGAAAAGGAGTCCAA
AAGATAAGCAGAGAATCCAAAAGAAGATCCTAACCTTCTACCACGTGTACAGATCACATA
ATGGGGCTCCGACAAAACGTTCATCACATGACATACTCTCATAGTCATTGGTAAACGATA
AGATTATCCAACAAGACAACCCAAAAAGTGAAGACAGTTTGTTTTATCTGATGATGACAA
TACACAGAAA*GGGGTCCAAAAGATAAGCAGAAAATCCAAAAGAAGATCCTAACCTTCTA
CCACGTGTACAGATCACATAATGGGGCTGTGCTTTGGTCTCTTGCCTTCTCCATGAACTA
CTGGCGAACTCATATCTTTTTAACGATCTGAACAACATCCTCGTCCTCGAGCTCGTGCTC
CCTTCCAACTCTTTGTGGCTTATGTTTTGCACTCGAACCCCATACTAAAGCGTACTTGAA
TTGCTTAAGCATGTCTTTGTGAATCCGAATGCAGAAGTCCTCAACTGTTCTCTTCTTGGA
AGATAAGATGACAGGGTCATCGTAATCCGGATTCATTGCCTTTGGTTTGGTGTAGATTCT
AGTAAGATCCAAGTATTCCCATATCTTATCGAGAAGACCATCAAGATTCCACTCCAGATG
CGCACTGACAGGACAGTAATGAGGAAGTCTGTCCAAAATTTCAAGTTCCTCGAGAGTTAT
TTGGTCGATCTTGTTGACAGCATAGAT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1GM66TF 798 0 0
CACGTGTACAGATCACATAATGGG*CTC*GACAAAACGTTCATCACATGACATACTCTCA
TAGTCATTG*TAAACGATAAGATTATCCAACAAGACAACCCAAAAAGTGAAGACAGTTTG
TTTTATCTGATGATGACAATACACAGAAA*GGGGTCCAAAAGATAAGCAGAGAATCCAAA
AGAAGATCCTAACCTTCTACCACGTGTACAGATCACATAATGGGGCTGTGCTTTGGTCTC
TTGCCTTCTCCATGAACTACTGGCGAACTCATATCTTTTTAACGATCTGAACAACATCCT
CGTCCTCGAGCTCGTGCTCCCTTCCAACTCTTTGTGGCTTATGTTTTGCACTCGAACCCC
ATACTAAAGCGTACTTGAATTGCTTAAGCATGTCTTTGTGAATCCGAATGCAGAAGTCCT
CAACTGTTCTCTTCTTGGAAGATAAGATGACAGGGTCATCGTAATCCGGATTCATTGCCT
TTGGTTTGGTGTAGATTCTAGTAAGATCCAAGTATTCCCATATCTTATCGAGAAGACCAT
CAAGATTCCACTCCAGATGCGCACTGACAGGACAGTAATGAGGAAGTCTGTCCAAAATTT
CAAGTTCCTCGAGAGTTATTTGGTCGATCTTGTTGACAGCATAGATACAGGGCATATAGA
TGCGACTGCCCTCAATGACATCGATGAGGTCATCAGCAGTTGCATCGTAGCGCAGAGTGA
TATCGGCGTTGTGCATCCTGTACTCACTGCATATGGCCTTGACAGTGTCGAGGTCAAGGT
GCGTGCAGGTGACTGCCT

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1G416TF 752 0 0
ATGACATACTCTCATAGTCATTG*TAAACGATAAGATTATCCAACAAGACAACCCAAAAA
GTGAAGACAGTTTGTTTTATCTGATGATGACAATACACAGAAA*GGGGTCCAAAAGATAA
GCAGAGAATCCAAAAGAAGATCCTAACCTTCTACCACGTGTACAGATCACATAATGGGGC
TGTGCTTTGGTCTCTTGCCTTCTCCATGAACTACTGGCGAACTCATATCTTTTTAACGAT
CTGAACAACATCCTCGTCCTCGAGCTCGTGCTCCCTTCCAACTCTTTGTGGCTTATGTTT
TGCACTCGAACCCCATACTAAAGCGTACTTGAATTGCTTAAGCATGTCTTTGTGAATCCG
AATGCAGAAGTCCTCAACTGTTCTCTTCTTGGAAGATAAGATGACAGGGTCATCGTAATC
CGGATTCATTGCCTTTGGTTTGGTGTAGATTCTAGTAAGATCCAAGTATTCCCATATCTT
ATCGAGAAGACCATCAAGATTCCACTCCAGATGCGCACTGACAGGACAGTAATGAGGAAG
TCTGTCCAAAATTTCAAGTTCCTCGAGAGTTATTTGGTCGATCTTGTTGACAGCATAGAT
ACAGGGCATATAGATGCGACTGCCCTCAATGACATCGATGAGGTCATCAGCAGTTGCATC
GTAGCGCAGAGTGATATCGGCGTTGTGCATCCTGTACTCACTGCATATGGCCTTGACAGT
GTCGAGGTCAAGGTGCGTGCAGGTGACTGCCT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 4

CO CL1506Contig1 804 4 7 U
GCTGATTACAATGTCAGTGTTGCTGAACTGCTCATTCCAGCAAGCGAGCTTTCTCAGCAC
ATCAGTACCGCTGGGATGGAAGCGAGCGGGACAAGCAACATGAAGTTTTCTATGAACGGT
TGCATTTTGATCGGAACCTTGGATGGGGCGAATGTGGAGATCAGAGAAGAAGTTGGCGAA
GAAAACTTCTTCCTCTTTGGTGCCAAAGCTGATGAGATTGCAGACCTCAGGAAAGAGAGA
GCAGAGGGAAAGTTTGTTCCAGATCCTAGTTTTGAAGAAGTGAAGCAATTCGTTAGAAGC
AGTGTCTTTGGCTCAAACAAGTACGATGAACTGATTGGCTCTTTGGAAGGAAACGAAGGT
TTCGGACGAGCGGATTACTTCCTTGTTGGCAAAGACTTCCCTAGCTACGTTGAATGCCAA
GAGAAAGTTGACGAGGCATACAGGGACCAGAAAAGATGGACGAGAATGTCAATCTTGAAC
ACAGCAGGTTCATCCAAGTTCAGCAGTGATAGGACGATCCATGAATATGCCAAAGATATA
TGGAATATTAAGCAAGTTGAACTTCCATGAGCCTTGACTAGTCTACCTTAAGAAGCTCTT
TTGTATAATGTTTTTTCCACTTGTCAAGTTTCCAGTGTATCTAGGTAAATAAGAGAATCA
TTATGTAATGATATCTAGTACAATGAATGTAAGAAGTAAGACTCAAG*AGTCTATGCATT
TACAGGGGCTTTGCTTCTGACCGGCTAAAGTGATTGTTGTAAACCTTGTTGCTATTACAA
ATAAATAAATGTTGCATATCCTCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
0 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EJ72JQ C 1
AF RR1EJ72TF U 1
AF RR1DH86TF U 64
AF RR1E882JQ C 76
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ACAGCAGGTTCATCCAAGTTCAGCAGTGATAGGACGATCCATGAATATGCCAAAGATATA
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TTGTATAATGTTTTTTCCACTTGTCAAGTTTCCAGTGTATCTAGGTAAATAAGAGAATCA
TTATGTAATGATATCTAGTACAATGAATGTAAGAAGTAAGACTCAAG*AGTC

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DS 

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G
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TCAGTACCGCTGGGATGGAAGCGAGCGGGACAAGCAACATGAAGTTTTCTATGAACGGTT
GCATTTTGATCGGAACCTTGGATGGGGCGAATGTGGAGATCAGAGAAGAAGTTGGCGAAG
AAAACTTCTTCCTCTTTGGTGCCAAAGCTGATGAGATTGCAGACCTCAGGAAAGAGAGAG
CAGAGGGAAAGTTTGTTCCAGATCCTAGTTTTGAAGAAGTGAAGCAATTCGTTAGAAGCA
GTGTCTTTGGCTCAAACAAGTACGATGAACTGATTGGCTCTTTGGAAGGAAACGAAGGTT
TCGGACGAGCGGATTACTTCCTTGTTGGCAAAGACTTCCCTAGCTACGTTGAATGCCAAG
AGAAAGTTGACGAGGCATACAGGGACCAGAAAAGATGGACGAGAATGTCAATCTTGAACA
CAGCAGGTTCATCCAAGTTCAGCAGTGATAGGACGATCCATGAATATGCCAAAGATATAT
GGAATATTAAGCAATTTGAACTTCCATGAGCCTTGACTAGTCTACCTTAAGAAGCTCTTT
TGTATAATGTTTTTTCCACTTGTCAAGTTTCCAGTGTATCTAGGTAAATAAGAGAATCAT
TATGTAATGATATCTAGTACAATGAATGTAAGAAGTAAGACTCAAG*AGTCTATGCATTT
GCAGCGCTTTGCCT

QA 2 721 2 721
DS 

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G
GTACCGCTGGGATGGAAGCGAGCGGGACAAGCAACATGAAGTTTTCTATGAACGGTTGCA
TTTTGATCGGAACCTTGGATGGGGCGAATGTGGAGATCAGAGAAGAAGTTGGCGAAGAAA
ACTTCTTCCTCTTTGGTGTCAAAGCTGATGAGATTGCAGACCTCAGGAA*GAGAGAGTAG
AGGGAAAGTTTGTTCCAGATCCTAGTTTTGAAGAAGTGAAGCAATTCGTTAGAAGCGGTG
TCTTTGGCTCAAACAAGTACGATGAACTGATTGGCTCTTTGGAAGGAAACGGAGGTTTCG
GACGAGCGGATTACTTCCTTGTTGGCAAAGACTTCCCTAGCTACGTTGAATGCCAAGAGA
AAGTTGACGAGGCATACAGGGACCAGAAAAGATGGACGAGAATGTCAATCTTGAACACAG
CAGGTTCATCCAAGTTCAGCAGTGATAGGACGATCCATGAATATGCCAAAGATATATGGA
ATATTAAGCAAGTTGAACTTCCATGAGCCTTGACTAGTCTACCTTAAGAAGCTCTTTTGT
ATAATGTTTTTTCCACTTGTCAAGTTTCCAGTGTATCTAGGTAAATAAGAGAATCATTAT
GTAATGATATCTAGTACAATGAATGTAAGAAGTAAGACTCAAG*AGTCTATGCATTTGCA
G
GCGCTTTGCTT

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DS 

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ATGGAAGCGAGTGGGACAAGCAACATGAAGTTTTCTATGAACGGTTGCATTTTGATCGGA
ACTTTGGATGGAGCAAATGTGGAGATCAGAGAAGAAGTTGGTGAAGAAAACTTCTTCCTC
TTTGGTGCCAAAGCTGATGAGATTGCAGACCTCAGGAAAGAGAGAGCAGAGGGAAAGTTT
GTTCCAGATCCTAGTTTTGAAGAAGTGAAGCAATTCGTTAGAAGCGGTGTCTTTGGCTCA
AACAAGTACGATGAACTGATTGGCTCTTTGGAAGGAAACGAAGGTTTCGGACGAGCGGAT
TACTTCCTTGTTGGCAAAGACTTTCCTAGCTACGTTGAATGCCAAGAGAAAGTTGACGAG
GCATACAGGGACCAGAAAAGATGGACGAGAATGTCAATCTTGAACACAGCAGGTTCATCC
AAGTTCAGCAGTGATAGGACGATCCATGAATATGCCAAAGATATATGGAATATTAAGCAA
GTTGAACTTCCATGAGCCTTGACTAGTCTACCTTAAGA*GCTCTTTTGTATAATGTTTTT
TCCACTTGTCAAGTTTCCAGTGTCTCCAGATAAATAAGAGAATCATTATGTAATGATATC
CAATACAATGAATGTAAGAAGTAAGATTCATGGAGTCTATGCATTTACAGGGGCTTTGCT
TCTGACCGGCTAAAGTGATTGTTGTAAACCTTGTTGCTATTACAAATAAATAAATGTTGC
ATATCCTCC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 5

CO CL1507Contig1 955 5 21 U
GATCGTGCACAGCGAAGAAGACGAAGACGAAGAAGAAGCAGGGAGAAGAGGGAATCTAAA
TCGAGGAGTGGCGCATTTTAGCCGTCCTTAGCTCCGATTACATCGGTTTCTTCTCTGTTT
CCTTTCATCCGAATCATCCTCGATGGCTGCTCCACCTGCTAGGGCCAGAGCTGATTACGA
CTATCTCATCAAGCTTCTTTTGATTGGAGATAGCGGTGTGGGTAAAAGTTGTCTGCTTCT
ACGTTTCTCTGATGGCTCCTTCACCACTAGCTTCATCACCACCATTGGCATTGACTTTAA
GATCAGAACCATTGAGCTTGATGGCAAACGTATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGG
TCAAGAACGCTTTCGCACCATCACCACCGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCT
GGTCTATGATGTCACCGACGAGTCCTCCTTCAACAACATTAGGAACTGGATTCGTAATAT
TGAACAGCATGCTTCAGATAATGTTAACAAGATCTTGGTAGGGAACAAGGCTGACATGGA
CGAAAGCAAGAGGGCGGTTCCTACAGCAAAGGGTCAGGCTCTCGCTGATGAGTACGGGAT
TAAGTTCTTTGAAACTAGTGCTAAGACAAACCTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTCTCCAT
AGGGAGGGACATAAAGCAGAGGCTTTCTGACACTGACTCCAAGGCTGAGCCTGCGACGAT
CAGGATAAGCCAGACTGACCAGTCAGCTGGAGCCGCGCATGCCACACAGAAGTCTGCATG
CTGTGGAAGCTAATAAGAAAAAAATATAAAAATTGAAGTTTTAAGTGAAAAAAAAACTAA
GATGTCGTCAGCTTGGGTGCTTATGTAATTTTTTTTTTGGTTTTATCCTCCAACATGACT
TGATTCCTTCTAAATTGCCTTTTCTTATTCTTATGTTTCCATTGCTTTGCTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G836TF U 1
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AF RR1EI54TF U 98
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TCGAGGAGTGGCGCATTTTAGCCGTCCTTAGCTCCGATTACATCGGTTTCTTCTCTGTTT
CCTTTCATCCGAATCATCCTCGATGGCTGCTCCACCTGCTAGGGCCAGAGCTGATTACGA
CTATCTCATCAAGCTTCTTTTGATTGGAGATAGCGGTGTGGGTAAAAGTTGTCTGCTTCT
ACGTTTCTCTGATGGCTCCTTCACCACTAGCTTCATCACCACCATTGGCATTGACTTTAA
GATCAGAACCATTGAGCTTGATGGCAAACGTATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGG
TCAAGAACGCTTTCGCACCATCACCACCGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCT
GGTCTATGATGTCACCGACGAGTCCTCCTTCAACAACATTAGGAACTGGATTCGTAATAT
TGAACAGCATGCTTCAGATAATGTTAACAAGATCTTGGTAGGGAACAAGGCTGACATGGA
CGAAAGCAAGAGGGCGGTTCCTACAGCAAAGGGTCAG*CTCTCGCTGATGAGTACGGGAT
TAAGTTCTTTGAAACTAGTGCTAAGACAAACCTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTCTCCAT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1FJ84TF 709 0 0
G
GGGAGAAGAGGGAATCTAAATCGAGGAGTGGCGCATTTTAGCCGTCCTTAGCTCCGATTA
CATCGGTTTCTTCTCTGTTTCCTTCCATCCGAATCATCATCGATGGCTGCTCCACCTGCT
AGGGCCAGAGCTGATTACGACTATCTCATCAAGCTTCTTTTGATTGGAGATAGCGGTGTG
GGTAAAAGTTGTCTGCTTCTACGTTTCTCTGATGGCTCCTTCACCACTAGCTTCATCACC
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CAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAACGCTTTCGCACCATCACCACCGCTTATTACCGT
GGGGCAATGGGCATTTTGCTGGTCTATGATGTCACCGACGAGTCCTCCTTCAACAACATT
AGGAACTGGATTCGTAATATTGAACAGCATGCTTCAGATAATGTTAACAAGATCTTGGTA
GGGAACAAGGCTGACATGGACGAAAGCAAGAGGGCGGTTCCTACAGCAAAGGGTCAGGCT
CTCGCTGATGAGTACGGGATTAAGTTCTTTGAAACTAGTGCTAAGACAAACCTAAACGTG
GAAGAAGTTTTCTTCTCCATAGGGAGGGACATAAAGCAGACGCTTTCTGACACTGACTCC
AAG*CTGAGCCTGCGACGATCAGGATAAGCCAGACTGACCAGGCAGCT

QA 2 709 2 709
DS 

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GG
ACATCGGTTTCTTCTCTGTTTCCTTTCATCCGAATCATCCGCGATGGCTGCTCCACCTGC
TAGGGCCAGAGCTGATTACGACTATCTCATCAAGCTTCTTTTGATTGGAGATAGCGGTGT
GGGTAAAAGTTGTCTGCTTCTACGTTTCTCTGATGGTTCCTTCACCACTAGCTTCATCAC
CACCATTGGCATTGACTTTAAGATCAGAACCATTGAGCTTGATGGCAAACGTATCAAGCT
CCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAACGCTTTCGCACCATCACCACCGCTTATTACCG
TGGGGCAATGGGCATTTTGCTGGTCTATGATGTCACCGACGAGTCCTCCTTCAACAACAT
TAGGAACTGGATTCGTAATATTGAACAGCATGCTTCAGATAATGTTAACAAGATCTTGGT
AGGGAACAAGGCTGACATGGACGAAAGCAAGAGGGCGGTTCCCACAGCAAAGGGTCAGGC
TCTCGCTGATGAGTACGGGATTAAGTTCTTTGAAACTAGTGCTAAGACAAACCTAAACGT
GGAAGAAGTTTTCTTCTCCATAGGGAGGGACATAAAGCAGAGGCTTTCTGACACTGACTC
CAAGGCTGAGCCTGCGACGATCAGGATAAGCCAGACTGACCAGTCAGCTGGAGCCGCGCA
TGCCACACAGAAGTCTGCATGCTGTGGAAGCTAA
AGAAAAATTATAAAAA

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR1EI54JQ 695 0 0
TCACCACTAGCTTCATCACCACCATTGGCATTGACTTTAAGATCAGAACCATTGAGCTTG
ATGGCAAACGTATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAACGCTTTCGCACCA
TCACCACCGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCTGGTCTATGATGTCACCGACG
AGTCCTCCTTCAACAACATTAGGAACTGGATTCGTAATATTGAACAGCATGCTTCAGATA
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AAATTATAAAAATTGAAGTTTTAAGTGAAAAAAAAACTAAGATGTCGTCAGCTTGGGTGC
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QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 6

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AGAAAAATATGAAATCTTCTTAAGGAAAAAAAAAGAAACAAACCCATCAAATCAAACTAA
TTGACACGTGAACAATCCCTTCGAATCTCACCAGCATTACCAGTCATAACCCCAACACGA
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AGCTCCACCGGGTAGCTAGGTCCTCCGGTCAAAACGACGACTTCACGAGTAGCGAGAGCC
AAAATGTCAGCACATGAGACTTTGTTGCGGCATCTAGGATCTCTATCAACGGCCTGCTTC
GCCTTCACCACTGTGTCAAATCCGTCTCCGGCCAATGACATGTCATCCGGATGGTCTCTC
TACGATGGAGATGCTATCATTATCGAAGCATCACATCCACGAACGAAGCAATCGTGGAAG
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TTACGGACAATGCTTTCTACGTTCGGGCATGAGTTCTGGTAGAAACCTGTCCGAAGCTGA
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GTCTTCTTCTCCATGGCTAATTATAAATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G641JQ U 1
AF RR1DX94JQ U 92
AF RR1DX94TF C 92
AF RR1EY29JQ U 82
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DS 

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DS 

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AAAGAAACAAACCCATCAAATCAAACTAATTGACACGTGAACAATCCCTTCGAATCTCAC
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TGAACAATACTTGATCAGACGTGAAAAGACCCTTTCCTTGTTGAAGGTTCTTGAAGTAAG
CGTTGTCGAAAGTACGTGGCGAGGTCGGATCCATGTTGATCGCGATACGTGGGTCCACAC
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GG
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GGAAAAAAAAAGAAACAAACCCGTCAAATCAAACTAATTGACACGTGAACAATCCCTTCG
AATCTCACCAGCATTACCAGTCATAACCCCAACACGACCCAACTTCGTGATGACTGAGAT
AAAAGCTTGTCTAAAAGCTGTTTCACTGTTGGCAAACGAGTTAACCGTAGCTCTAGACCG
TTGGTCTGTGAACAATACTTGATCAGACGTGAAAAGACCCTTTCCTTGTTGAAGGTTCTT
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GTCCACACGTTGCGGGCACATCTGGCGAAGCTGAAGCGCGTAGCCACTGTTCAAACTCGG
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GTTGCG

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TGAACATGGCATTGAGCTGGTTTAGGTTAAACCCGGGCTGTGGCAAATTATTTTGAACGC
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TGCGGCATCTAGGATCTCTATCAACGGCCTGCTTCGCCTTCACCACTGTGTCAAATCC

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DS 

RD RR1EY29TF 793 0 0
TC
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GGTCGATACGGGTTCTAGGGCTAAAATTGTAAATTCGGTTCGAGAATTTTCCGCAATGTG
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GGTTGAACATGGCATTGAGCTGGTTTAGGTTAAACCCGGGCTGTGGCAAATTATTTTGAA
CGCTTGCCTTCGTAGATAATCTGCCATCTCTCCTCCCTAGCTCCACCGGGTAGCTAGGTC
CTCCGGTCAAAACGACGACTTCACGAGTAGCGAGAGCCAAAATGTCAGCACATGAGACTT
TGTTGCGGCATCTAGGATCTCTATCAACGGCCTGCTTCGCCTTCACCACTGTGTCAAATC
CGTCTCCGGCCAATGACATGTCATCCGGATGGTCTCTCTACGATGGAGATGCTATCATTA
TCGAAGCATCACATCCACGAACGAAGCAATCGTGGAAGAAGAGGCGGAGGGTGGCTGGAG
CAGTGGCAAAAGTCTGCTGGAATTTTTGACGGACGGCGTTACGGACAATGCTTTCTACGT
TCGGGCATGAGTTCTGGTAGAAACCTGTCCGAAGCTGAGCAGAGACACTTGAAGCAAAAA
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ATAAATTTTCC

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DS 



AS 1 6

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TTTCCTTCATAGTGACCCTGTCAAAGTCATATACCGAGACATCAAGGCCTCCAACATCTT
GCTCGACTCGGACTTCAATGGAAAACTTTCAGACTTTGGGTTAGCGAGGGACGGTCCAAT
GGGAGAAACAAGCTATGTTAGTACAAGAGTCATGGGTACATTTGGCTATGCTGCTCCTGA
GTATGTGTCCACAGGTCACTTGAATGCTAGAAGCGACGTGTACAGTTTCGGGGTTGTGCT
TCTAGAACTACTATCAGGAAGGCGAGCATTGGACCATAACCGACCAGCCAGGGAGCACAA
CCTTGTGGACTGGGCTAGACCGTACCTCACAAGCAGGCGAAAGGTTCTACTAATTGTGGA
CTCTCGTCTTGAGTCACAGTACAAACCTGAAGAGGCAGTGAGATTGGCAAGCATTGCTGT
GCAGTACATCTCGTCTGAACCTAAGTCGAGACCGACCATGGACCAAGTGGTCAGAGCCTT
GTTACAACTGCAGGAAAGTATGGCTAAACGGGCTAAAGTTGATCCGGGTAAAGGTACCAA
GAAGGTTGTGGGAGTGAAAACGGAAGACAAGTACGAGAAAAAGGGATTTAGCAAAAAGAC
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TCTACTCGTGTGTTGTTGTAATATTGCGTGTAGTGATTTTGTAACACTGGTTGTTGTAGT
TTTGCTCCTGAAATACTGATTTGGAGATTGTTTTTTTCTTCTTCTTGCTTTCTCTGTCTA
TTTGATTAGATACATAGTTACATTTTGATTTACTATGTCATCTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ28TF U 1
AF RR1B824TF U 55
AF RR1A351TF U 55
AF RR1A351JQ C 96
AF RR1B824JQ C 129
AF RR1FZ28JQ C 142
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GCTCGACTCGGACTTCAATGGAAAACTTTCAGACTTTGGGTTAGCGAGGGACGGTCCAAT
GGGAGAAACAAGCTATGTTAGTACAAGAGTCATGGGTACATTTGGCTATGCTGCTCCTGA
GTATGTGTCCACAGGTCACTTGAATGCTAGAAGCGACGTGTACAGTTTCGGGGTTGTGCT
TCTAGAACTACTATCAGGAAGGCGAGCATTGGACCATAACCGACCAGCCAGGGAGCACAA
CCTTGTGGACTGGGCTAGACCGTACCTCACAAGCAGGCGAAAGGTTCTACTAATTGTGGA
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GCAGTGCATCTCGTCTGAACCTAAGTCGAGACCGACCATGGACCAT*TGGTCAGAGCCTT
GTTACAACTGCAGGAAAGTATGGCTAAACGGGCTAAAGTTGATCCGGGTAAAGATACCAA
GAAAGTCGTGGGAGTGAAAACGGAAGACA
GTA

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DS 

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TCCAATGGGAGAAACAAGCTATGTTAGTACAAGAGTCATGGGTACATTTGGCTATGCTGC
TCCTGAGTATGTGTCCACAGGTCACTTGAATGCTAGAAGCGACGTGTACAGTTTCGGGGT
TGTGCTTCTAGAACTACTATCAGGAAGGCGAGCATTGGACCATAACCGACCAGCCAGGGA
GCACAACCTTGTGGACTGGGCTAGACCGTACCTCACAAGCAGGCGAAAGGTTCTACTAAT
TGTGGACTCTCGTCTTGAGTCACAGTACAAACCTGAAGAGGCAGTGAGATTGGCAAGCAT
TGCTGTGCAGTACATCTCGTCTGAACCTAAGTCGAGACCGACCATGGACCAAGTGGTCAG
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TACCAAGAAGGTTGTGGGAGTGAAAACGGAAGACAAGTACGAGAAAAAGGGATTTAGC

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TTTAGCTTTCCTTCATAGTGACCCTGTCAAAGTCATATACCGAGACATCAAGGCCTCCAA
CATCTTGCTCGACTCGGACTTCAATGGAAAACTTTCAGACTTTGGGTTAGCGAGGGACGG
TCCAATGGGAGAAACAAGCTATGTTAGTACAAGAGTCATGGGTACATTTGGCTATGCTGC
TCCTGAGTATGTGTCCACAGGTCACTTGAATGCTAGAAGCGACGTGTACAGTTTCGGGGT
TGTGCTTCTAGAACTACTATCAGGAAGGCGAGCATTGGACCATAACCGACCAGCCAGGGA
GCACAACCTTGTGGACTGGGCTAGACCGTACCTCACAAGCAGGCGAAAGGTTCTACTAAT
TGTGGACTCTCGTCTTGAGTCACAGTACAAACCTGAAGAGGCAGTGAGATTGGCAAGCAT
TGCTGTGCAGTACATCTCGTCTGAACCTAAGTCGAGACCGACCATGGACCAAGTGGTCAG
AGCCTTGTTACAACTGCAGGAAAGTATGGCTAAACGGGCTAAAGTTGATCCGGGTAAAGG
TACCAAGAAGGTTGTGGGAGTGAAAACGGAAGACAAGTACGAGAAAAAGGGATTTAGCAA
AA*GACTGTTGGTTTGTAGTAG*TAGATGATGTATGTGGTTTACTTATTGTGGTTAGGGT
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TGTAGTTTTGCTCCTGAAATACTGATTTG

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TTGGGTTAGCGAGGGACGGTCCAATGGGAGAAACAAGCTATGTTAGTACAAGAGTCATGG
GTACATTTGGCTATGCTGCTCCTGAGTATGTGTCCACAGGTCACTTGAATGCTAGAAGCG
ACGTGTACAGTTTCGGGGTTGTGCTTCTAGAACTACTATCAGGAAGGCGAGCATTGGACC
ATAACCGACCAGCCAGGGAGCACAACCTTGTGGACTGGGCTAGACCGTACCTCACAAGCA
GGCGAAAGGTTCTACTAATTGTGGACTCTCGTCTTGAGTCACAGTACAAACCTGAAGAGG
CAGTGAGATTGGCAAGCATTGCTGTGCAGTACATCTCGTCTGAACCTAAGTCGAGACCGA
CCATGGACCAAGTGGTCAGAGCCTTGTTACAACTGCAGGAAAGTATGGCTAAACGGGCTA
AAGTTGATCCGGGTAAAGGTACCAAGAAGGTTGTGGGAGTGAAAACGGAAGACAAGTACG
AGAAAAAGGGATTTAGCAAAAAGACTGTTGGTTTGTAGTAGGTAGATGATGTATGTGGTT
TACTTATTGTGGTTAGGGTCTCATGTCTACTCGTGTGTTGTTGTAATATTGCGTGTAGTG
ATTTTGTAACACTGGTTGTTGTAGTTTTGCTCCTGAAATACTGATTTGGAGATTGTTTTT
TTCTTCTTCTTGCTTTCTCTGTCTATTTGATTAGATACATAGTTACATTTTGATTT

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DS 

RD RR1B824JQ 803 0 0
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CGGACTTCAATGGAAAACTTTCAGACTTTGGGTTAGCGAGGGACGGTCCAATGGGAGAAA
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CCACAGGTCACTTGAATGCTAGAAGCGACGTGTACAGTTTCGGGGTTGTGCTTCTAGAAC
TACTATCAGGAAGGCGAGCATTGGACCATAACCGACCAGCCAGGGAGCACAACCTTGTGG
ACTGGGCTAGACCGTACCTCACAAGCAGGCGAAAGGTTCTACTAATTGTGGACTCTCGTC
TTGAGTCACAGTACAAACCTGAAGAGGCAGTGAGATTGGCAAGCATTGCTGTGCAGTACA
TCTCGTCTGAACCTAAGTCGAGACCGACCATGGACCAAGTGGTCAGAGCCTTGTTACAAC
TGCAGGAAAGTATGGCTAAACGGGCTAAAGTTGATCCGGGTAAAGGTACCAAGAAGGTTG
TGGGAGTGAAAACGGAAGACAAGTACGAGAAAAAGGGATTTAGCAAAAAGACTGTTGGTT
TGTAGTAGGTAGATGATGTATGTGGTTTACTTATTGTGGTTAGGGTCTCATGTCTACTCG
TGTGTTGTTGTAATATTGCGTGTAGTGATTTTGTAACACTGGTTGTTGTAGTTTTGCTCC
TGAAATACTGATTTGGAGATTGTTTTTTTCTTCTTCTTGCTTTCTCTGTCTATTTGATTA
GATACATAGTTACATTTTGATTT

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DS 

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AAAACTTTCAGACTTTGGGTTAGCGAGGGACGGTCCAATGGGAGAAACAAGCTATGTTAG
TACAAGAGTCATGGGTACATTTGGCTATGCTGCTCCTGAGTATGTGTCCACAGGTCACTT
GAATGCTAGAAGCGACGTGTACAGTTTCGGGGTTGTGCTTCTAGAACTACTATCAGGAAG
GCGAGCATTGGACCATAACCGACCAGCCAGGGAGCACAACCTTGTGGACTGGGCTAGACC
GTACCTCACAAGCAGGCGAAAGGTTCTACTAATTGTGGACTCTCGTCTTGAGTCACAGTA
CAAACCTGAAGAGGCAGTGAGATTGGCAAGCATTGCTGTGCAGTGCATCTCGTCTGAACC
TAAGTCGAGACCGACCATGGACCAT*TGGTCAGAGCCTTGTTACAACTGCAGGAAAGTAT
GGCTAAACGGGCTAAAGTTGATCCGGGTAAAGATACCAAGAAGGTCGTGGGAGTGAAAAC
GGAAGACAAGTACGGGAAAAAGGGATTTAACAAAAAGACTGTTGGTTTGTAGTAGGTAGA
TGATGTATGTGGTTTACTTATTGTGGTTAGGGTCTCATGTCTACTCGTGTGTTGTTGTAA
TATTGCGTGTAGTGATTTTGTAACACTGGTTGTTGTAGTTTTGCTCCTGAAATACTGATT
TGGAGATTGTTTTTTTCTTCTTCTTGTTTTCTCTGTCTATTTGATTAGATACATAGTTAC
ATTTTGATTTACTATGTCATCTCA

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 5

CO CL1510Contig1 1585 5 7 U
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CGGGTGATTATTTTAGTGGTGGTAGAACCGGATAACGGAAAGCTTAAAAGTTGCAGGAAT
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ATAACCGCTTTAACATTAAAAGTTTACTCTCTCTTGAGTTATTTAGAGAAGGACTTGTTT
CTCCAGGTCTTAAAGCCACAAGAGGTAATAACTTCTAGAGACCCCATTGGTTAATAAATG
CTCATCCATGTGAGAGAGCCGGGAAAAAAGGGGATTCCATTTCATTTTCTTGTTGTGTGT
CTTTCTCTATATATCATCCTTCATCACTCAAGATATGCTTCACTTGTTAACATTCCTACA
AACTGTAGCCAAGAAGACCATTCATTCCTTTTGTGCTATGATGATCATGTGAGATGAATG
AGATATCTCTTACTAGCTTATTCTTTGTTCTGTAATAAGATTTAGAAAGAAAAGATGGGT
AGATCACCGTGCTGTGACAAGATGGGTTTGAAGAAAGGACCATGGACATCAGAAGAAGAT
CAGAAACTTTTGGCTTATATTGAAGAACATGGGCATGGAAGTTGGCGTTCACTGCCTGAG
AAAGCTGGTCTCCATAGATGCGGCAAAAGTTGTAGACTCAGATGGACTAACTACCTAAGA
CCAGACATCAAAAGAGGCAAATTCAACTTGCAAGAAGAACAAACCATTATTCAACTCCAC
GCTCTCTTAGGAAACAGGTGGTCGGCGATAGCGACTCATTTGCCAAAGAGAACAGACAAC
GAGATAAAGAACTACTGGAACACGCACTTGAAGAAACGGTTAGTTAAAATGGGGATAGAT
CCAGTGACTCATAAACCCAAAAACGAGACTCCTCTGTCTTCTTCTCTTGGTGGTTTATCA
AAGAACGCAGCCACACTTAGCCACATGGCTCAATGGGAAAGTGCTAGGCTTGAAGCTGAA
GCAAGGCTAGCTAGAGAGTCAAAGCTTCTTCTTTACCAAACCAAAGTATCATCATCATCA
TCATCTTCTCATCATCATCAGCAGCAGCTTGAATCTCCGACATCTACAGTGTCATTCTCG
GAAGCGAAGACAGAGTTCGTCGGATCATCATCATCATCAACGTGTCTAAATATGATCAAA
GAAGCTGAAAACGATTGGATCAGTTCAACGATTCACGAGTTCCAAGGAGTCGAAGAAGGG
CTCACGGGTCTCTTGCTAGGTGGCGGTGATTCGCTTGGCCGGAGTTTCTCAACCGATAAA
AATGAGACTGCTGGCGAGACTAGTGGTGACTGTAACAACGGTTACTATGAGGACAACAAG
AACTATTTGGACAGCATTTTCAGCTTTGTGGATCCTTCGCCGTCCGATTCAGCTCCTTTG
TTCTGAATCAAGGGCTGATATCTCTCTAGAGGAATGTTTTGGATTCTTTTTTTCTTTTGT
CAACGAATGTTTTGGATTCTTTTAGTTCTTAATTTGTGGGATGTGTAAACTCTCTGATTA
GATAAAAAAGTTTTTTAATCTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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CTTTTTTTCTTTTGTCAACGAATGTTTTGGATTCTTTTAGTTCTTAATTTGTGGGATGTG
TAAACTCTCTGATTAGATAAAAAAGTTTTTTAATC
G

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DS 



AS 1 5

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35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD26TF U 1
AF RR1FD87TF U 26
AF RR1FM80TF U 3
AF RR1AY18JQ C 2
AF RR1AY18TF U 2
BS 1 114 RR1GD26TF
BS 115 115 RR1AY18TF
BS 116 153 RR1GD26TF
BS 154 154 RR1AY18TF
BS 155 234 RR1GD26TF
BS 235 235 RR1AY18TF
BS 236 447 RR1GD26TF
BS 448 448 RR1AY18TF
BS 449 456 RR1GD26TF
BS 457 457 RR1AY18TF
BS 458 480 RR1GD26TF
BS 481 481 RR1AY18TF
BS 482 486 RR1GD26TF
BS 487 487 RR1AY18TF
BS 488 490 RR1GD26TF
BS 491 491 RR1AY18TF
BS 492 495 RR1GD26TF
BS 496 496 RR1AY18TF
BS 497 528 RR1GD26TF
BS 529 529 RR1AY18TF
BS 530 653 RR1GD26TF
BS 654 654 RR1AY18TF
BS 655 662 RR1GD26TF
BS 663 663 RR1AY18TF
BS 664 669 RR1GD26TF
BS 670 670 RR1AY18TF
BS 671 678 RR1GD26TF
BS 679 679 RR1AY18TF
BS 680 692 RR1FD87TF
BS 693 723 RR1AY18TF
BS 724 736 RR1AY18JQ

RD RR1GD26TF 682 0 0
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ATCGTCTCCGGCAGCTCACCCGCGAACACAGTTTCTCTCCAATCCCGTTCTCCCTCGCTT
CCAACGGTCATACTCCGCCGTAAAAGCACCAGCAGCAGCCTTCTCCGTCGTCTCAATGGC
TCCTCAGAAGAAGGTGAACAAATATGATGCCAAGTGGAAGAAACAATGGTACGGAGCGGG
ACTATTCTTCGAAGGAAGCGAAGAAGTAAACGTCGACGTTTTCAAGAAGCTTGAGAAGAG
GAAAGTGCTGAGCAACGTTGAGAAATCTGGTCTTCTCTCAAAAGCAGAGGACTTGGGAGT
CACGTTGTCATCTCTTGAGAAGCTTGGTGTTTTCTCCAAAGCAGAGGAGCTCGGTCTTCT
CAGTCTCCTTGAAACTTTAGCCGGTACTTCCCCTGCCGTCTTGGCCTCGGCTGCACTCCC
GGCTCTCACGGCTGCAATTCTAGCTCTGGTGCTGATTCCTGATGACTCGACTACTCTGGT
GGTTGCTCAATCGGTTTTGGCTGGTGCTCTTGCGCTTGGAGCTGTTGTTTTGTTGGTTGG
TTCTGTTGTTTTGGATGGACTTCAAGAAGCTGATTGATTCTTTGCTATGTAAAAGTTGTA
AAACCAAACATAAATAAA
ACCT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1FD87TF 667 0 0
GG
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ACAGTTTCTCTCCAATCCCGTTCTCCCTCGCTTCCAACGGTCATACTCCGCCGTAAAAGC
ACCAGCAGCAGCCTTCTCCGTCGTCTCAATGGCTCCTCAGAAGAAGGTGAACAAATATGA
TGCCAAGTGGAAGAAACAATGGTACGGAGCGGGACTATTCTTCGAAGGAAGCGAAGAAGT
AAACGTCGACGTTTTCAAGAAGCTTGAGAAGAGGAAAGTGCTGAGCAACGTTGAGAAATC
TGGTCTTCTCTCAAAAGCAGAGGACTTGGGAGTCACGTTGTCATCTCTTGAGAAGCTTGG
TGTTTTCTCCAAAGCAGAGGAGCTCGGTCTTCTCAGTCTCCTTGAAACTTTAGCCGGTAC
TTCCCCTGCCGTCTTGGCCTCGGCTGCACTCCCGGCTCTCACGGCTGCAATTCTAGCTCT
GGTGCTGATTCCTGATGACTCGACTACTCTGGTGGTTGCTCAATCGGTTTTGGCTGGTGC
TCTTGCGCTTGGAGCTGTTGTTTTGTTGGTTGGTTCTGTTGTTTTGGATGGACTTCAAGA
AGCTGATTGATTCTTTGCTATGTAAAAGTTGTAAAACCAAACATAAATAAAACCTTTTGT
CCAAT

QA 3 667 3 667
DS 

RD RR1FM80TF 704 0 0
G
AAAGTATTGTTTCTTCATCGCTTCAGATCATCATCCAATGGCTGTCAACGCTCCCATATC
GTCTCCGGCAGCTCACCCGCGAACACAGTTTCTCTCCAATCCCGTTCTCCCCCGCTTCCA
ACGGTCATACTCCGCCGTAAAAGCACCAGCCGCAGCCTTCTCCGTCGTCTCAATGGCTCC
TCAGAAGAAGGTGAACAAATATGATGCCAAGTGGAAGAAACAATGGTACGGGGCGGGACT
ATTCTTCGAAGGAAGCGAAGAAGTAAACGTCGACGTTTTCAAGAAGCTTGAGAAGAGGAA
AGTGCTGAGCAACGTTGAGAAATCTGGTCTTCTCTCAAAAGCAGAGGACTTGGGAGTCAC
GTTGTCATCTCTTGAGAAGCTTGGTGTTTTCTCCAAAGCAGAGGAGCTCGGTCTTCTCAG
TCTCCTTGAAACTTTAGCCGGTACATCCCCTGCGGTCTTGGCCTCGGCTGCACTCTCCGC
TCTGACGTCTGCTATTCTAGCTCTGGTGCTGATTCCTGATGACTCTACTACTCTGGTGGT
TGCTCAATCGGTTTTGGCTGGTGCTCTTGCGCTTGGAGCTGTTGTTTTGTTGGTTGGTTC
TGTTGTTTTGGATGGACTTCAAGAAGCTGATTGATTCTTTGCTATGTAAA*GTTGTAAA*
CCAAACTTAAATAAA*CCTTTTGTCCAATTGATTTATGTTAGT

QA 2 704 2 704
DS 

RD RR1AY18JQ 735 0 0
GG
AAAGTATTGTTTCTTCATCGCTTCAGATCATCATCCAATGGCTGTCAACGCTCCCATATC
GTCTCCGGCAGCTCACCCGCGAACACAGTTTCTCTCCAATCCCGTTCTCCCCCGCTTCCA
ACGGTCATACTCCGCCGTAAAAGCACCAGCCGCAGCCTTCTCCGTCGTCTCAATGGCTCC
TCAGAAGAAGGTGAACAAATATGATGCCAAGTGGAAGAAACAATGGTACGGGGCGGGACT
ATTTTTCGAAGGAAGCGAAGAAGTAAACGTCGACGTTTTCAAGAAGCTTGAGAAGAGGAA
AGTGCTGAGCAACGTTGAGAAATTTGGTCTTCTCTCAAAAGCAGAGGACTTGGGAGTCAC
GTTGTCATCTCTTGAGAAGCTTGGTGTTTTCTCCAAAGCAGAGGAGCTCGGTCTTTTCAG
TCTCCTTGAAACTTTAGCCGGTACATCCCCTGCGGTCTTGGCCTCGGCTGCACTCCCCGC
TCTGACGTTTGCTATTCTAGCTCTGGTGCTGATTCCTGATGACTCTACTACTCTGGTGGT
TGCTCAATCGGTTTTGGCTGGTGCTCTTGCGCTTGGAGCTGTTGTTTTGTTGGTTGGTTC
TGTTGTTTTGGATGGACTTCAAGAAGCTGATTGATTCTTTGCTATGTAAA*GTTGTAAA*
CCAAACTTAAATAAA*CCTTTTGTCCAATTGATTTATGTTAGTTTGCTGATATCATAAAT
TTAAGGTTGAGTG

QA 3 735 3 735
DS 

RD RR1AY18TF 738 0 0
GG
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GTCTCCGGCAGCTCACCCGCGAACACAGTTTCTCTCCAATCCCGTTCTCCCCCGCTTCCA
ACGGTCATACTCCGCCGTAAAAGCACCAGCCGCAGCCTTCTCCGTCGTCTCAATGGCTCC
TCAGAAGAAGGTGAACAAATATGATGCCAAGTGGAAGAAACAATGGTACGGGGCGGGACT
ATTCTTCGAAGGAAGCGAAGAAGTAAACGTCGACGTTTTCAAGAAGCTTGAGAAGAGGAA
AGTGCTGAGCAACGTTGAGAAATCTGGTCTTCTCTCAAAAGCAGAGGACTTGGGAGTCAC
GTTGTCATCTCTTGAGAAGCTTGGTGTTTTCTCCAAAGCAGAGGAGCTCGGTCTTCTCAG
TCTCCTTGAAACTTTAGCCGGTACATCCCCTGCGGTCTTGGCCTCGGCTGCACTCCCCGC
TCTGACGTCTGCTATTCTAGCTCTGGTGCTGATTCCTGATGACTCTACTACTCTGGTGGT
TGCTCAATCGGTTTTGGCTGGTGCTCTTGCGCTTGGAGCTGTTGTTTTGTTGGTTGGTTC
TGTTGTTTTGGATGGACTTCAAGAAGCTGATTGATTCTTTGCTATGTAAA*GTTGTAAA*
CCAAACTTAAATAAA*CCTTTTGTCCAATTGATTTATGTTAGTTTGCTGATATCATAAAT
TTAAAGTTGAGTGAAA

QA 3 722 3 722
DS 



AS 2 5

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CAATTTAACGAAATATTATTATTTATTAAAACGACTCATTTGTTCTCTCCGAAGGCAATA
ATACAGATCCCACAATGCAAATTTTAACAGTAATAATCAATACATCAAATAGCTATCAAA
GTTAAAGGTGATACAACCAGTGAGGAGGTATACAAAGAAGAGATAACTAACATACTACAT
CTTTGGTGTTCGCCTACACTCCCAAAAACATACTACACCTTCCTCCTCCTCATTCACTCA
AATGTGGGTTTATTTATTTATGGCTTGAAGTCTATCATCTCCCTTATGTTCAACTTGATG
GATGGCCCCATTGACGAGCATATGTGTGCGCTTTTCCAGTACACTCCTTTTGCTCCCTTT
GGCTTGTTTGTCTCCACCGATTTCACTGCTGCTAGGAAGTTTACAAGCAGGTCTTCCTCT
ATGAAATTTACTTTCCCAAAGGGAATGTGAACAATCCCAGTTCTGTCTGCTCTGAATTCT
ACTTTGCCCTTCTTGAACTCCTCTATAGCCTGTGGAATGTTAGCTGTGACGGTACCAGCC
TTGGGATTTGGCATGAGTCCTCGAGGACCAAGAATCTTTCCAAGGCCAGCAACCTTGACC
ATCATATCCGGGGATGCAATTAACTTATCGAACTCCATGAACCCTCCTTTTATCTGTTCG
ATCAAATCATCACTGCCCACAATATCTGCCCCTGCATTTTTTGCTTCATCCACCTTCTCA
CCTTGTGCAAGAACAGCCACTTTAACAGTTTGTCCTGTTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP13JQ U 77
AF RR1BO73JQ U 1
BS 1 404 RR1BO73JQ
BS 405 405 RR1FP13JQ
BS 406 478 RR1BO73JQ
BS 479 479 RR1FP13JQ
BS 480 762 RR1BO73JQ

RD RR1FP13JQ 641 0 0
GCAAATTTTAACAGTAATAATCAATACATCAAATAGCTATCAGAGTTAAAGGTGATACAA
CCAGTGAGGAGGTATACAAAGAAGAGATAACTAACATACTACATCTTTGGTGTTCGCCTA
CACTCCCAAAAACATACTACACCTTCCTCCTCCTCATTCACTCAAATGTGGGTTTATTTA
TTTATGGCTTGAAGTCTATCATCTCCCTTATGTTCAACTTGATGGATGGCCCCATTGACG
AGCATGTGTGTGCGCTTTTCCAGTACACTCCTTTTGCTCCCTTTGGCTTGTTTGTCTCCA
CCGATTTCACTGCTGCTAGGAAGTTTACAAGCAGGTCTTCCTCTGTGAAATTTACTTTCC
CAAAGGGAATGTGAACAATCCCAGTTTTGTCTGCTCTGAATTCTACTTTGCCCTTCTTGA
ACTCCTCTATAGCCTGTGGAATGTTAGCTGTGACGGTACCAGCCTTGGGATTTGGCATGA
GTCCTCGAGGACCAAGAATCTTTCCAAGGCCAGCAACCTTGACCATCATATCCGGGGATG
CAATTAACTTATCGAACTCCATGAACCCTCCTTTTATCTGTTCGATCAAATCATCACTGC
CCACAATATCTGCCCCTGCATTTTTTGCTTCATCCACCTTC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1BO73JQ 762 0 0
CAATTTAACGAAATATTATTATTTATTAAAACGACTCATTTGTTCTCTCCGAAGGCAATA
ATACAGATCCCACAATGCAAATTTTAACAGTAATAATCAATACATCAAATAGCTATCAAA
GTTAAAGGTGATACAACCAGTGAGGAGGTATACAAAGAAGAGATAACTAACATACTACAT
CTTTGGTGTTCGCCTACACTCCCAAAAACATACTACACCTTCCTCCTCCTCATTCACTCA
AATGTGGGTTTATTTATTTATGGCTTGAAGTCTATCATCTCCCTTATGTTCAACTTGATG
GATGGCCCCATTGACGAGCATATGTGTGCGCTTTTCCAGTACACTCCTTTTGCTCCCTTT
GGCTTGTTTGTCTCCACCGATTTCACTGCTGCTAGGAAGTTTACGAGCAGGTCTTCCTCT
ATGAAATTTACTTTCCCAAAGGGAATGTGAACAATCCCAGTTCTGTCTGCTCTGAATT*T
ACTTTGCCCTTCTTGAACTCCTCTATAGCCTGTGGAATGTTAGCTGTGACGGTACCAGCC
TTGGGATTTGGCATGAGTCCTCGAGGACCAAGAATCTTTCCAAGGCCAGCAACCTTGACC
ATCATATCCGGGGATGCAATTAACTTATCGAACTCCATGAACCCTCCTTTTATCTGTTCG
ATCAAATCATCACTGCCCACAATATCTGCCCCTGCATTTTTTGCTTCATCCACCTTCTCA
CCTTGTGCAAGAACAGCCACTTTAACAGTTTGTCCTGTTCCT

QA 1 762 1 762
DS 



CO CL1512Contig2 1238 3 12 U
GCTCCCTCCCTCCCTTTGCACAAACAAAACTGGTTCTCGCTAAGAGCTCCGACAATGGCT
GTCTGCGCAACTCACAGCTCTGCTCTCATGATAGCATACGCCGCATCCAAGGACCTCACA
GTCCCGTCTCTTTTCTCATTTGCGAACCCAAGACCCAACAACTTGAGCGTCGCACTCTGT
CCTCCTCTTGTTCTCCTTGGGGGTAGAAGAGGCTCCAACCGATCCTTCCCGGTAGTGGTC
TCAGCCGTCGCAGCAGAGGCTGATGTAGACACGGAGGAAGACGCGGAGCAGAATGAAGCC
ACCTCCACCGCCACAGCCGTCCTTGATCCGCCGAAGCCTAAGAAAGGAAAAGCCGCTTTG
CTTCTAAAGAGAGATAGAACAAGGTCTAAGAGGTTTCTGGAAATTCAAAAGCTAAGGGAA
ACCAAAAAGGAGTACGACGTCAAGACTGCTGTATCCTTGCTCAAGCAAACCGCTAACACA
AGGTTTGTGGAGTCGGTTGAAGCCCATTTCCGTCTCAACATCGATCCAAAGTACAACGAT
CAGCAGCTCCGAGCAACGGTGAGCCTTCCTAAAGGAACAGGACAAACTGTTAAAGTGGCT
GTTCTTGCACAAGGTGAGAAGGTCGATGAAGCAAAAAATGCAGGGGCAGATATTGTGGGC
AGTGATGATTTGATCGAACAGATAAAAGAAGGGTTCATGGAGTTCGATAAGTTAATTGCA
TCCCCGGATATGATGGTCAAGGTTGCTGGCCTTGGAAAGATTCTTGGTCCTCGAGGACTC
ATGCCAAATCCCAAGGCTGGTACCGTCACAGCTAACATTCCACAGGCTATAGAGGAGTTC
AAGAAGGGAAAAGTAGAATTCAGAGCAGACAAAACTGGGATTGTTCACATTCCCTTTGGG
AAAGTTAATTTCACAGAGGAAGACCTGCTCGTAAACTTCCTAGCAGCAGTGAAATCGGTG
GAGACAAACAAGCCAAAGGGAGCAAAAGGAGTGTACTGGAAAAGCGCACACATATGCTCG
TCAATGGGGCCATCCATCAAGTTGAACATAAGGGAGATGATAGACTTCAAGCCATAAATA
AATAAACCCACATTTGAGTGAATGAGGAGGAAGGTGTATGTTTTTGGGAGTGTAGGCGAA
CACCAAAGATGTAGTAAGTTAGTTATCTCTTGTATACCTCCTCACTGGTTGTATCACCTT
AACTCTGATAGCCATTTGCTGTATTGATTATTACTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FP13TF U 126
AF RR1BO73TF U 1
AF RR1FY45JQ C 515
BS 1 548 RR1BO73TF
BS 549 549 RR1FY45JQ
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BS 743 794 RR1BO73TF
BS 795 1238 RR1FY45JQ

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AAAGAGAGATAGGACAAGGTCTAAGAGGTTTCTGGAAA

QA 1 278 1 278
DS 

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GTCTGCGCAACTCACAGCTCTGCTCTCATGATAGCATACGCCGCATCCAAGGACCTCACA
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TCAGCCGTCGCAGCAGAGGCTGATGTAGACACGGAGGAAGACGCGGAGCAGAATGAAGCC
ACCTCCACCGCCACAGCCGTCCTTGATCCGCCGAAGCCTAAGAAAGGAAAAGCCGCTTTG
CTTCTAAAGAGAGATAGAACAAGGTCTAAGAGGTTTCTGGAAATTCAAAAGCTAAGGGAA
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AGGTTTGTGGAGTCGGTTGAAGCCCATTTCCGTCTCAACATCGATCCAAAGTACAACGAT
CAGCAGCTGCGAGCAACGGTGAGCCTTCCTAAAGGAACAGGACAAACTGTTAAAGTGGCT
GTTCTTGCACAAGGTGAGAAGGTGGATGAAGCAAAAAATGCAGGG*CAGATATTGTGGGC
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TCCCCGGATATGATGGTCAAG*TTGCTGGCCTTGGAAAGATTCTTGGTCCTCGAGGACTC
ATGCCAAATCCCAA

QA 1 794 1 794
DS 

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AAAATGCAGGGGCAGATATTGTGGGCAGTGATGATTTGATTGAACAGATAAAGGGAGGGT
TCATGGAGTTCGATAAGTTAATTGCATCCCCGGATATGATGGTCAAGGTTGCTGGCCTTG
GAAAGATTCTTGGTCCTCGAGGACTCATGCCAAATCCCAAGGCTGGTACCGTCACAGCTA
ACATTCCACAGGCTATAGAGGAGTTCAAGAAGGGAAAAGTAGAATTCAGAGCAGACAAAA
CTGGGATTGTTCACATTCCCTTTGGGAAAGTTAATTTCACAGAGGAAGACCTGCTCGTAA
ACTTCCTAGCAGCAGTGAAATCGGTGGAGACAAACAAGCCAAAGGGAGCAAAAGGAGTGT
ACTGGAAAAGCGCACACATATGCTCGTCAATGGGGCCATCCATCAAGTTGAACATAAGGG
AGATGATAGACTTCAAGCCATAAATAAATAAACCCACATTTGAGTGAATGAGGAGGAAGG
TGTATGTTTTTGGGAGTGTAGGCGAACACCAAAGATGTAGTAAGTTAGTTATCTCTTGTA
TACCTCCTCACTGGTTGTATCACCTTAACTCTGATAGCCATTTGCTGTATTGATTATTAC
TGTC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 5

CO CL1513Contig1 780 5 8 U
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GAAAAGATTAAAGTCTGGAAACATTTTTAAACAAAAATCAATGAAAAAGGGTTTGTTCCT


BQ
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AF RR1GE35TF U 1
AF RR1AY09TF U 1
AF RR1FR84TF U 1
AF RR1DG29TF U 1
AF RR1DG29JQ C 193
BS 1 69 RR1AY09TF
BS 70 70 RR1FR84TF
BS 71 252 RR1AY09TF
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GGAA

QA 1 544 1 544
DS 

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T

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1FR84TF 629 0 0
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ATTGACTACGCACCAAACGGCCTAAACCCACCCCACGTCCACCCACGTGCCTCCGAGGTC
ATCTTTGTCCTAGAAGGTCAGCTCTATGTCGGCTTTGTGACAACCGCAGGGAAACTAGTA
GCTAAATACATCAACAAAGGAGACATGTTCGTTTTCCCCAAAGGGCTTCTCCATTTCCAG
AAGAACATTGCTGGATCAGCTCCAGCTTCTGTGCTAGCAGCTTTTGATAGCCAGTTGCCT
GGAACGCAGTCGCTCGTGGCAACTCTCTTTGGAGCTCTTCCTGACAACATTCTCGTTGAG
TCGTTCAATATCAAACCCAAACAGGTTAA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1DG29TF 634 0 0
AGAACAATGGCGTCTACAGCTAGCCATCTTGTTGTTGTTGTCACCATGTTGGTCTCAGCC
ATGGCCGTAGTAGCAGAATCCAACACGCTTCAAGATTTTTGTGTTGCTGATTTGTCCAAT
GCTGTCAAGGTCAACGGCTACACATGCAAGGACTCAACACAAGTAACACCTGAAGACTTC
TACTTCCAAGGCTTAGCCACAGCCAAAAACGCTGCAAACTCCTCCACAGGAGCCATTGTA
ACCGGAGCCACCGTGGAGAAGCTACCAGGACTCAACACTCTCGGCCTCTCCATGTCCCGC
ATAGACTACGCA***AACGGCCTAAACCCACCCCACGTTCACCCACGTGCCTCCGAGGTC
ATATTTGTACTAGAAGGTCAGCTCTACGTCGGCTTTGTGACAACCGCTGGAAAGCTAGTA
GCCAAGTACATCAACAAAGGAGACATGTTCGTTTTCCCCAAAGGGCTTCTCCATTTCCAG
AAGAACATTGCTGGATCAGCTCCAGCTTCTGTCCTAGCTGCTTTTGATAGCCAGTTGCCT
GGAACACAGTCGCTCGTGGCAACTCTCTTTGGAGCTCTTCCTGACAACATTCTCGTTGAG
TCGTTCAAGATCAAACCCAAACAGGTTAAGACAA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1DG29JQ 588 0 0
TTAGCCACAGCCAAAAACGCTGCAAACTCCTCCACAGGAGCCATTGTAACCGGAGCCACC
GTGGAGAAGCTACCAGGACTCAACACTCTCGGCCTCTCCATGTCCCGCATAGACTACGCA
***AACGGCCTAAACCCACCCCACGTTCACCCACGTGCCTCCGAGGTCATATTTGTACTA
GAAGGTCAGCTCTACGTCGGCTTTGTGACAACCGCTGGAAAGCTAGTAGCCAAGTACATC
AACAAAGGAGACATGTTCGTTTTCCCCAAAGGGCTTCTCCATTTCCAGAAGAACATTGCT
GGATCAGCTCCAGCTTCTGTCCTAGCTGCTTTTGATAGCCAGTTGCCTGGAACACAGTCG
CTCGTGGCAACTCTCTTTGGAGCTCTTCCTGACAACATTCTCGTTGAGTCGTTCAAGATC
AAACCCAAACAGGTTAAGACAATCAAGGCCAGATACCAACCAAAGAAATGAGGAGAGAAT
GAACATAATCTTTGTCTTCCTTTTTGAGCTCTAATTGTAAAACATTAAGAAAAGATTAAA
GTCTGGAAACATTTTTAAACAAAAATCAATGAAAAAGGGTTTGTTCCT

QA 1 588 1 588
DS 



AS 2 5

CO CL1514Contig1 790 3 6 U
GGAAGACACACTAGTAGAGAGCTTCTCTTCCTAATCTTTTCCTCTCCGACAAGACATCTT
CCTAAACTCAATCCGCATTTACCTGTGGAAATCTCCGATAGAAAGCCTGCGAAGATGTCG
AGAGATATCGAAGATGAGATCAGAGACGAGAAGAATCCTCGCCCACTTGACGAAGATGAT
ATCGCTCTCCTCAAGACTTATGGGTTAGGGCCATACTCTGCACCGATAAAGAAAGTAGAG
AAAGAAATCAAGGACCTTGCCAAGAGGATCAACGATCTCTGTGGTATCAAGGAGTCTGAT
ACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTCGTCTCTGATAAACAGATGATGCAAGAG
GAGCAACCTCTCCAGGTTGCTAGATGCACAAAGATTATTAGTCCAAACACTGAAGACGCC
AAGTACGTCATTAATGTCAAACAGATTGCTAAGTTTGTCGTTGGCCTTGGAGACAAAGTT
TCTCCTACTGATATTGAAGAAGGCATGCGAGTGGGAGTTGATAGGAATAAGTACCAGATA
CAGATTCCTCTACCTCCCAAAATCGATCCTAGTGTCACCATGATGACTGTTGAAGAGAAA
CCTGATGTTACTTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGAGAG
GTCGTTGAACTGCCAATGCTTCACCCAGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAAATAGATCCTCC
CAAGGGCGTTCTCTGCTACGTCCTCCTGGTACCGGTAACACCCTTTTGGCTAGAGCTGTT
GCCACAGAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU09TF U 359
AF RR1AG63TF U 1
AF RR1F189TF U 39
BS 1 99 RR1AG63TF
BS 100 100 RR1F189TF
BS 101 470 RR1AG63TF
BS 471 471 RR1F189TF
BS 472 723 RR1AG63TF
BS 724 790 RR1F189TF

RD RR1GU09TF 277 0 0
GG
GAGCAACCTCTCCAGGTTGCTAGATGCACAAAGATTATTAGTCCAAACACTGAAGACGCC
AAGTACGTCATTAATGTCGAACAGATTGCTAAGTTTGTCGTTGGCCTTGGAGACAAAGTT
TCTCCTACTGATATTGAAGAAGGCATGCGAGTGGGAGTTGATAGGAATAAGTACCAGATA
CAGATTCCTCTACCTCCCAAAATCGATCCTAGTGTCACCATGATGACTGTTGAAGAGAAA
CCTGATGTTACTTACAATGATGTTGGTGGCTGCAA

QA 3 277 3 277
DS 

RD RR1AG63TF 737 0 0
GGAAGACACACTAGTAGAGAGCTTCTCTTCCTAATCTTTTCCTCTCCGACAAGACATCTT
CCTAAACTCAATCCGCATTTACCTGTGGAAATCTCCGATCGAAAGCCTGCGAAGATGTCG
AGAGATATCGAAGATGAGATCAGAGACGAGAAGAATCCTCGCCCACTTGACGAAGATGAT
ATCGCTCTCCTCAAGACTTATGGGTTAGGGCCATACTCTGCACCGATAAAGAAAGTAGAG
AAAGAAATCAAGGACCTTGCCAAGAGGATCAACGATCTCTGTGGTATCAAGGAGTCTGAT
ACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTCGTCTCTGATAAACAGATGATGCAAGAG
GAGCAACCTCTCCAGGTTGCTAGATGCACAAAGATTATTAGTCCAAACACTGAAGACGCC
AAGTACGTCATTAATGTCAAACAGATTGCTAAGTTTGTCGTTGGCCTTGGCGACAAAGTT
TCTCCTACTGATATTGAAGAAGGCATGCGAGTGGGAGTTGATAGGAATAAGTACCAGATA
CAGATTCCTCTACCTCCCAAAATCGATCCTAGTGTCACCATGATGACTGTTGAAGAGAAA
CCTGATGTTACTTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGAGAG
GTCGTTGAACTGCCAATGCTTCACCCAGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAAATAGATCCTCC
CAA
AGGGCGTTCTCCGC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1F189TF 752 0 0
TTTT
TCTCCGACAAGACATCTTCCTAAACTCAATCCGCATTTACCTGTGGAAATCTCCGATATA
AAGCCTGCGAAGATGTCGAGAGATATCGAAGATGAGATCAGAGACGAGAAGAATCCTCGG
CCACTTGACGAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACTTATGGGTTAGGGCCATACTCTGCA
CCGATAAAGAAAGTAGAGAAAGAAATCAAGGACCTTGCCAAGAGGATCAACGATCTCTGT
GGTATCAAGGAGTCTGATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTCGTCTCTGAT
AAACAGATGATGCAAGAGGAGCAACCTCTCCAGGTTGCTAGATGCACAAAGATTATTAGT
CCAAACACTGAAGACGCCAAGTACGTCATTAATGTCAAACAGATTGCTAAGTTTGTCGTT
GGCCTTGGAGACAAAGTTTCTCCTACTGATATTGAAGAAGGCATGCGAGTGGGAGTTGAT
AGGAATAAGTACCAGATACAGATTCCTCTACCTCCCAAAATCGATCCTAGTGTCACCATG
ATGACTGTTGAAGAGAAACCTGATGTTACTTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAG
ATTGAGAAGATGCGAGAGGTCGTTGAACTGCCAATGCTTCACCCAGAGAAGTTTGTGAAG
CTTGGAA*TAGATCCTCCCAAGGGCGTTCTCTGCTACGTCCTCCTGGTACCGGTAACACC
CTTTTGGCTAGAGCTGTTGCCACAGAAC

QA 5 752 5 752
DS 



CO CL1514Contig2 726 2 3 U
GGCTCTTGGGCAAGACAAGACAAAGGTAGTTAAAAACTCAATTTCGCAATTTTTCCTCTC
AAATCTGCGTTCGATCGAAGAAGATGACGAGAGATATCGAAGATGAGATTCGAGAGGAGA
AGAATCCTCGCCCCCTCGATGAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACCTACGGGTTAGGGC
CTTACTCTGCGCCTATAAAGAAAGTGGAGAAAGAAATCAAGGAGCTTGCCAAAAAGATCA
ACGATCTCTGTGGTATCAAGGAATCTGATACCGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATC
TCGTTTCTGATAAACAGATGATGCAAGAAGAGCAACCTCTCCAGGTTGCTAGATGCACAA
AGATCATTAGTCCAAACACTGAAGACGCCAAGTACGTCATTAATGTCAAACAGATTGCTA
AGTTTGTCGTAGGTCTTGGCGATAAAGTTTCTCCTACCGATATTGAAGAAGGCATGCGAG
TTGGAGTTGATAGGAATAAGTATCAGATTCAGATTCCTCTACCTCCAAAGATCGATCCTA
GTGTCACCATGATGACTGTCGAAGAGAAACCTGATGTTACTTACAATGACGTTGGTGGCT
GCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGAGAGGTCGTTGAACTGCCAATGCTTCACCCAGAGA
AGTTTGTGAAGCTTGGATAGATCCTCCCAAGGGAGTCTCTGCTACGTCCTCCTGGTACGG
CAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC41TF U 138
AF RR1H579TF U 1
BS 1 332 RR1H579TF
BS 333 333 RR1GC41TF
BS 334 726 RR1H579TF

RD RR1GC41TF 541 0 0
GAT
GAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACTTACGGGTTAGGGCCTTACTCTGCGCCTATAAAG
AAAGTGGAGAAAGAAATCAAGGAGCTTGCCAAAAAGATCAACGATCTCTGTGGTATCAAG
GAATCTGATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTCGTTTCTGATAAACAGATG
ATGCAAGAAGAGCAACCTCTCCAGGTTGCTAGATGCACAAAGATCATTAGTCCAAACACT
GAAGACGCCAAGTACGTCATTAATGTCAAACAGATTGCTAAGTTTGTCGTAGGTCTTGGC
GATAAAGTTTCTCCTACTGATATTGAAGAAGGCATGCGAGTTGGAGTTGATAGGAATAAG
TATCAGATTCAGATTCCTCTACCTCCAAAGATCGATCCTAGTGTCACCATGATGACTGTC
GAAGAGAAACCTGATGTTACTTACAATGACGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGCTTGAGAAG
ATGCGAGAGGTCGTTGAACTGCCAATGCTTCACCCAGAGAAGTTTGTGAAGCT
GGAAT

QA 4 536 4 536
DS 

RD RR1H579TF 726 0 0
GGCTCTTGGGCAAGACAAGACAAAGGTAGTTAAAAACTCAATTTCGCAATTTTTCCTCTC
AAATCTGCGTTCGATCGAAGAAGATGACGAGAGATATCGAAGATGAGATTCGAGAGGAGA
AGAATCCTCGCCCCCTCGATGAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACCTACGGGTTAGGGC
CTTACTCTGCGCCTATAAAGAAAGTGGAGAAAGAAATCAAGGAGCTTGCCAAAAAGATCA
ACGATCTCTGTGGTATCAAGGAATCTGATACCGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATC
TCGTTTCTGATAAACAGATGATGCAAGAAGAGTAACCTCTCCAGGTTGCTAGATGCACAA
AGATCATTAGTCCAAACACTGAAGACGCCAAGTACGTCATTAATGTCAAACAGATTGCTA
AGTTTGTCGTAGGTCTTGGCGATAAAGTTTCTCCTACCGATATTGAAGAAGGCATGCGAG
TTGGAGTTGATAGGAATAAGTATCAGATTCAGATTCCTCTACCTCCAAAGATCGATCCTA
GTGTCACCATGATGACTGTCGAAGAGAAACCTGATGTTACTTACAATGACGTTGGTGGCT
GCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGAGAGGTCGTTGAACTGCCAATGCTTCACCCAGAGA
AGTTTGTGAAGCTTGGATAGATCCTCCCAAGGGAGTCTCTGCTACGTCCTCCTGGTACGG
CAAACC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 2 6

CO CL1515Contig1 907 4 6 U
AATTTATAAGGTTCTTTTCTTATTTCTGGTACGGTTCAAACAAAACAAAGCATAAAGCTG
TTTTACATAAGAACAAAAAAAAAAACACAAGAGTCCAATTTAAGCCCGAGAAAACGTTTA
GACACAACTGCAAAGCTAAGTGATGCTGCGGCTGCTGCTGCTTGCTGCTTAGTGAAGGCT
ACGCATGATGCCATGAATGTATCCTCCGGTCATAATGAAAGACATGAAGGAGACGACACC
AGCCGGAAATATCTTCTTGGAACCCATGTACCGAGTTCCCATCACCCACGTTAATGCACC
CGCCATCACTACACCAATGGTTGAAGCAAGAACAGGTTTAGTTGGGAGCTCGCGGAAGAC
AAAGAGTAGAATAGCAGCTGAAACTCCACCCGCAATCGCTGATTTCTGGCTACCGCTCTT
CACATAACCCATCAGCCCACCAACTCCGACAAGGAAGGCGTAACCAAGAGTCAACTTCTG
CGACATAGACAAAGGCGTCTTCCCACCACTCTCCTCCTTCTCCTCTCCTTCGTCATTATC
ATCGCCGCCTCCCCCGCCGCCACCGAACTTGTCCCCTCCGATTCCACCATCACTTCCTCC
TCCGCCGATCGCAGGTTCGACTTCAACAGATTTGGCTCCCGAATCTACTGCGCAGCTAAC
GGTAATAGTCTTGGCACCGAAGGGGAGTCTTTGGTGACGACCAGATTTGAACGCTAGAGG
ATGGAAACCTTTGGAGCTAGTGAAGGCCAGACTTGGGATCGGTGAAGAAGCAGTAGGGGT
GAGGAGCCTGGGTCTGACGTTAAGGAGAGAAGACTGCGCCGGGGAACTCAGTAGCAACTC
CGCCATTTTCTTCGTTTTGACAAGTAATAATTTGCCAAACAAAGTCAAAAGAGATGGCGA
TCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1G314JQ U 8
AF RR1E448JQ U 1
AF RR1A803TF C 92
AF RR1FJ42TF C 274
BS 1 665 RR1E448JQ
BS 666 666 RR1A803TF
BS 667 672 RR1E448JQ
BS 673 748 RR1A803TF
BS 749 749 RR1FJ42TF
BS 750 907 RR1A803TF

RD RR1G314JQ 349 0 0
AAGGTTCTTTTCTTATTTCTGGTACGGTTCAAACAAAACAAAGCATAAAGCTGTTTTACA
TAAGAACAAAAAAAAA**CACAAGAGTCCAATTTAAGCCCGAGAAAACGTTTAGACACAA
CTGCAAAGCTAAGTGATGCTGCGGCTGCTGCTGCTTGCTGCTTAGTGAAGGCTACGCATG
ATGCCATGAATGTATCCTCCGGTCATAATGAAAGACATGAAGGAGACGACACCAGCCGGA
AATATCTTCTTGGAACCCATGTACCGAGTTCCCATCACCCACGTTAATGCACCCGCCATC
ACTACACCAATGGTTGAAGCAAGAACAGGTTTAGTTGGGAGCTCGCGGA

QA 1 349 1 349
DS 

RD RR1E448JQ 672 0 0
AATTTATAAGGTTCTTTTCTTATTTCTGGTACGGTTCAAACAAAACAAAGCATAAAGCTG
TTTTACATAAGAACAAAAAAAAAAACACAAGAGTCCAATTTAAGCCCGAGAAAACGTTTA
GACACAACTGCAAAGCTAAGTGATGCTGCGGCTGCTGCTGCTTGCTGCTTAGTGAAGGCT
ACGCATGATGCCATGAATGTATCCTCCGGTCATAATGAAAGACATGAAGGAGACGACACC
AGCCGGAAATATCTTCTTGGAACCCATGTACCGAGTTCCCATCACCCACGTTAATGCACC
CGCCATCACTACACCAATGGTTGAAGCAAGAACAGGTTTAGTTGGGAGCTCGCGGAAGAC
AAAGAGTAGAATAGCAGCTGAAACTCCACCCGCAATCGCTGATTTCTGGCTACCGCTCTT
CACATAACCCATCAGCCCACCAACTCCGACAAGGAAGGCGTAACCAAGAGTCAACTTCTG
CGACATAGACAAAGGCGTCTTCCCACCACTCTCCTCCTTCTCCTCTCCTTCGTCATTATC
ATCGCCGCCTCCCCCGCCGCCACCGAACTTGTCCCCTCCGATTCCACCATCACTTCCTCC
TCCGCCGATCGCAGGTTCGACTTCAACAGATTTGGCTCCCGAATCTACTGCGCAGCTAAC
GGTAACAGTCTT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1A803TF 816 0 0
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CTGCTGCTGCTTGCTGCTTAGTGAAGGCTACGCATGATGCCATGAATGTATCCTCCGGTC
ATAATGAAAGACATGAAGGAGACGACACCAGCCGGAAATATCTTCTTGGAACCCATGTAC
CGAGTTCCCATCACCCACGTTAATGCACCCGCCATCACTACACCAATGGTTGAAGCAAGA
ACAGGTTTAGTTGGGAGCTCGCGGAAGACGAAGAGTAGAATAGCAGCTGAAACTCCACCC
GCAATCGCTGATTTCTGGCTACCGCTCTTCACATAACCCATCAGCCCACCAACTCCGACA
AGGAAGGCGTAACCAAGAGTCAACTTCTGCGACATAGACAAAGGCGTCTTCCCACCACTC
TCCTCCTTCTCCTCTCCTTCGTCATTATCATCGCCGCCTCCCCCGCCGCCACCGAACTTG
TCCCCTCCGATTCCACCATCACTTCCTCCTCCGCCGATCGCAGGTTCGACTTCAACAGAT
TTGGCTCCCGAATCTACTGCGCAGCTAACGGTAATAGTCTTGGCACCGAAGGGGAGTCTT
TGGTGACGACCAGATTTGAACGCTAGAGGATGGAAACCTTTGGAGCTAGTGAAGGCCGGA
CTTGGGATCGGTGAAGAAGCAGTAGGGGTGAGGAGCCTGGGTCTGACGTTAAGGAGAGAA
GACTGCGCCGGGGAACTCAGTAGCAACTCCGCCATTTTCTTCGTTTTGACAAGTAATAAT
TTGCCAAACAAAGTCAAAAGAGATGGCGATCGATCC

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1FJ42TF 630 0 0
AGTTCCCATCACCCACGTTAATGCACCCGCCATCACTACACCAATGGTTGAAGCAAGAAC
AGGTTTAGTTGGGAGCTCGCGGAAGACAAAGAGTAGAATAGCAGCTGAAACTCCACCCGC
AATCGCTGATTTCTGGCTACCGCTCTTCACATAACCCATCAGCCCACCAACTCCGACAAG
GAAGGCGTAACCAAGAGTCAACTTCTGCGACATAGACAAAGGCGTCTTCCCACCACTCTC
CTCCTTCTCCTCTCCTTCGTCATTATCATCGCCGCCTCCCCCGCCGCCACCGAACTTGTC
CCCTCCGATTCCACCATCACTTCCTCCTCCGCCGATCGCAGGTTCGACTTCAACAGATTT
GGCTCCCGAATCTACTGCGCAGCTAACGGTAATAGTCTTGGCACCGAAGGGGAGTCTTTG
GTGACGACCAGATTTGAACGCTAGAGGATGGAAACCTTTGGAGCTAGTGAAGGCCAGACT
TGGGATCGGTGATGAAGCAGTAGGGGTGAGGAGCCTGGGTCTGACGTTAAGGAGAGAAGA
CTGCGCCGGGGAACTCAGTAGCAACTCCGCCATTTTCTTCGTTTTGACAAGTAATAATTT
GCCAAACAAAGTCAAAAGAGATGGCGATC
C

QA 1 629 1 629
DS 



CO CL1515Contig2 655 2 4 U
GGGATCGCCATCTCTTTTGACTTTGTTTGGCAAATTATTTAGTTGTCAAAACGAAGAAAA
TGGCGGAGTTGCTACAGAGTTCGCCGGCACAGTCTTCTCTCCTTAACGTGAGACCCAGGC
TCCTCACCACTTCTGCTTCTTCACCGATCCAAAGTCTCGCCTTCACTAACTCCAAAGGTT
TCCATCCTCTATCGTTCAAATCCGGTCGTCGCCAAAGACTCGCCTTCGGTGCCAAGACTG
TTACCGTTAGCTGCGCAGTAGATTCGGGAGCCAAATCTGTTGAAGTCGAACCTGCGATCG
GCGGAGGAGGAAGTGATGGTGGAATCGGAGGGGACAAGTTCGGTGGCGGCGGGGGAGGCG
GCGATGATAATGACGAAGGAGAGGAGAAGGAGGAGAGTGGTGAGAAGACGCCTTTGTCTA
TGTCGCAGAAGTTGACTCTTGGTTACGCCTTCCTTGTCGGAGTTGGTGGGCTGATGGGTT
ATGTGAAGAGCGGTAGCCAGAAATCAGCGATTGCGGGTGGAGTTTCAGCTGCTATTCTAC
TCTTTGTCTTCCGCGAGCTCCCAACTAAACCTGTTCTTGCTTCAACCATTGGTGTAGTGA
TGGCGGGTGCATTAACGTGGGTGATGGGAACTCGGTACATGGGTTCCAAGAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E448TF U 1
AF RR1G314TF U 20
BS 1 402 RR1E448TF
BS 403 403 RR1G314TF
BS 404 632 RR1E448TF
BS 633 655 RR1G314TF

RD RR1E448TF 632 0 0
GGGATCGCCATCTCTTTTGACTTTGTTTGGCAAATTATTTAGTTGTCAAAACGAAGAAAA
TGGCGGAGTTGCTACAGAGTTCGCCGGCACAGTCTTCTCTCCTTAACGTGAGACCCAGGC
TCCTCACCACTTCTGCTTCTTCACCGATCCAAAGTCTCGCCTTCACTAACTCCAAAGGTT
TCCATCCTCTATCGTTCAAATCCGGTCGTCGCCAAAGACTCGCCTTCGGTGCCAAGACTG
TTACCGTTAGCTGCGCAGTAGATTCGGGAGCCAAATCTGTTGAAGTCGAACCTGCGATCG
GCGGAGGAGGAAGTGATGGTGGAATCGGAGGGGACAAGTTCGGTGGCGGCGGGGGAGGCG
GCGATGATAATGACGAAGGAGAGGAGAAGGAGGAGAGTGGTGGGAAGACGCCTTTGTCTA
TGTCGCAGAAGTTGACTCTTGGTTACGCCTTCCTTGTCGGAGTTGGTGGGCTGATGGGTT
ATGTGAAGAGCGGTAGCCAGAAATCAGCGATTGCGGGTGGAGTTTCAGCTGCTATTCTAC
TCTTTGTCTTCCGCGAGCTCCCAACTAAACCTGTTCTTGCTTCAACCATTGGTGTAGTGA
TGGCGGGTGCATTAACGTGGGTGATGGGAACT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1G314TF 636 0 0
ACTTTGTTTGGCAAATTATTTAGTTGTCAAAACGAAGAAAATGGCGGAGTTGCTACAGAG
TTCGCCGGCACAGTCTTCTCTCCTTAACGTGAGACCCAGGCTCCTCACCACTTCTGCTTC
TTCACCGATCCAAAGTCTCGCCTTCACTAACTCCAAAGGTTTCCATCCTCTATCGTTCAA
ATCCGGTCGTCGCCAAAGACTCGCCTTCGGTGCCAAGACTGTTACCGTTAGCTGCGCAGT
AGATTCGG*AGCCAAATCTGTTGAAGTCGAACCTGCGATCGGCGGAGGAGGAAGTGATGG
***AATCGGAGGGGACAAGTTCGGTGGCGGCGGGGGAGGCGGCGATGATAATGACGAAGG
AGAGGAGAAGGAGGAGAGTGGTGAGAAGACGCCTTTGTCTATGTCGCAGAAGTTGACTCT
TGGTTACGCCTTCCTTGTCGGAGTTGGTGGGCTGATGGGTTATGTGAAGAGCGGTAGCCA
GAAATCAGCGATTGCGGGTGGAGTTTCAGCTGCTATTCTACTCTTTGTCTTCCGCGAGCT
CCCAACTAAACCTGTTCTTGCTTCAACCATTGGTGTAGTGATGGCGGGTGCATTAACGTG
GGTGATGGGAACTCGGTACATGGGTTCCAAGAAGAT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 6

CO CL1516Contig1 710 6 9 U
GGATCTCCTTTGTCGGATACGAAACCGAACCCTCCCCTTCTTTAAATCCACACCTGCCTT
TGTCCGAATCTCTCTCTCCAATCGAAAAAGAAAGAAAAAATGGCAACGACCCAGCTCAAA
TCAGATGCGATCATGGATATGATGAAGCAGCATCTCTCCACCGACGCCGGTAAAGAGCTC
ACAGAGAAGATCGGCCTCGTTTATCAGATCAACGTCGCTCCCAAGAAATTGGGGTTTGAA
GAGGTTACGTACATCGTTGATCTGAAGAAAGGAGAAGTCACCAAAGGAAAATACGAAGGA
GGGAAAGTGGATGCTACTTTCTCCTTCAAAGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGC
AAGATGAATCCTCAGATTGCTTTCATTAGGGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTCTCAGT
GCTGCACAGAAGTTCACCCCTGACATTTTCCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAA
GAATGGCCCCTTTGACCCAGGCTCAATTTATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTT
AGCTTGTGGGGTGGATTTTTTTTTTTTTAAAAAGAAGCAATGTTTAAGAACTAGTCGCTA
GAAATAAAGGTCTCTTCAAGTATCGTTGTATGTTTCTGGTTCAATTGGTGTTTGGTTTAA
TAATATACTAAAACATTTGCTTTGAATAGAATTTCTATGTTGTCTGAACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BI40JQ C 1
AF RR1EV82TF U 71
AF RR1BG46TF U 72
AF RR1BK78TF U 77
AF RR1CH24TF U 89
AF RR1BI40TF U 1
BS 1 73 RR1BI40TF
BS 74 324 RR1EV82TF
BS 325 325 RR1BG46TF
BS 326 566 RR1EV82TF
BS 567 567 RR1BG46TF
BS 568 568 RR1BK78TF
BS 569 682 RR1EV82TF
BS 683 684 RR1BK78TF
BS 685 710 RR1BI40TF

RD RR1BI40JQ 710 0 0
GGATCTCCTTTGTCGGATACGAAACCGAACCCTCCCCTTCTTTAAATCCACACCTGCCTT
TGTCCGAATCTCTCTCTCCAATCGAAAAAGAAAGAAAAAATGGCAACGACCCAGCTCAAA
TCAGATGCGATCATGGATATGATGAAGCAGCATCTCTCCACCGACGCCGGTAAAGAGCTC
ACAGAGAAGATCGGCCTCGTTTATCAGATCAACGTCGCTCCCAAGAAATTGGGGTTTGAA
GAGGTTACGTACATCGTTGATCTGAAGAAAGGAGAAGTCACCAAAGGAAAATACGAAGGA
GGGAAAGTGGATGCTACTTTCTCCTTCAAAGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGC
AAGATGAATCCTCAGATTGCTTTCATTAGGGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTCTCAGT
GCTGCACAGAAGTTCACCCCTGACATTTTCCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAA
GAATGGCCCCTTTGACCCAGGCTCAATTTATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTT
AGCTTGTGGGATGGATTTTTTTTTTTTTAAAAAGAAGCAATGTTTAAGAACTAGTCGCTA
GAAATAAAGGTCTCTTCAAGTATCGTTATATGTTTCTGGTTCAATTGGTGTTTGGTTTAA
TAATATACTAAAACATTTGCTTTGAATAGAATTTCTATGTTGTCTGAACC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1EV82TF 614 0 0
AGG
CTCTCCAATCGAAAAAGAAAGAAAAAATGGCAACGACCCAGCTCAAATCAGATGCGATCA
TGGATATGATGAAGCAGCATCTCTCCACCGACGCCGGTAAAGAGCTCACAGAGAAGATCG
GCCTCGTTTATCAGATCAACGTCGCTCCCAAGAAATTGGGGTTTGAAGAGGTTACGTACA
TCGTTGATCTGAAGAAAGGAGAAGTCACCAAAGGAAAATACGAAGGAGGGAAAGTGGATG
CTACTTTCTCCATCAAAGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGCAAGATGAATCCTC
AGATTGCTTTCATTAGGGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTCTCAGTGCTGCACAGAAGT
TCACCCCTGACATTTTCCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAAGAATGGCCCCTTT
GACCCAGGCTCAATTTATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTTAGCTTGTGGGGTG
GATTTTTTTTTTT**AAAAAGAAGCAATGTTTAAGAACTAGTCGCTAGAAATAAAGGTCT
CTTCAAGTATCGTTGTATGTTTCTGGTTCAATTGGTGTTTGGTTTAATAATATACTAAAA
CATTTGCTT
GA

QA 4 612 4 612
DS 

RD RR1BG46TF 611 0 0
GG
CTCTCCAATCGAAAAAGAAAGAAAAAATGGCAACGACCCAGCTCAAATCAGATGCGATCA
TGGATATGATGAATCAGCATCTCTCCACCGACGCCGGTAAAGAGCTCACAGAGAAGATCG
GCCTCGTTTATCAGATCAACGTCGCTCCCAAGAAATTGGGGTTTGAAGAGGTTACGTACA
TCGTTGATCTGAAGAAAGGAGAAGTCACCAAAGGAAAATACGAAGGAGGGAAAGTGGATG
CTACTTTCTCCTTCAAAGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGCAAGATGAATCCTC
AGATTGCTTTCATTAGGGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTCTCAGTGCTGCACAGAAGT
TCACCCCTGACATTTTCCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAAGAATGGCCCCTTT
GACCCAGGCTCAATTTATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTTAGCTTGTGGGGTG
GATTTTTTTTTTTT*AAAAAGAAGCAATGTTTAAGAACTAGTCGCTAGAAATAAAGGTCT
CTTCAAGTATCGTTGTATGTTTCTGGTTCAATTGGTGTTTGGTTTAATAATATACTAAAA
CATTTGCTT

QA 3 611 3 611
DS 

RD RR1BK78TF 608 0 0
GG
CAATCGAAAAAGAAAGAAAAAATGGCAACGACCCAGCTCAAATCAGATGCGATCATGGAT
ATGATGAAGCAGCATCTCTCCACCGACGCCGGTAAAGAGCTCACAGAGAAGATCGGCCTC
GTTTATCAGATCAACGTCGCTCCCAAGAAATTGGGGTTTGAAGAGGTTACGTACATCGTT
GATCTGAAGAAAGGAGAAGTCACCAAAGGAAAATACGAAGGAGGGAAAGTGGATGCTACT
TTCTCCTTCAAAGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGCAAGATGAATCCTCAGATT
GCTTTCATTAGGGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTCTCAGTGCCGCACAGAAGTTCACC
CCTGACATTTTCCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAAGAATGGCCCCTTTGACCC
AGGCTCAATTTATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTTAGCTTGTGGGGTGGATTT
TTTTTTTTTTAAAAAGAAGCAATGTTTAAGAACTAGTCGCTAGAAATAAAGGTCTCTTCA
AGTATCGTTGTATGTTTCTGGTTCAATTGGTGTTTGGTTTAATAATATACTAAAACATTT
GCTTTG

QA 3 608 3 608
DS 

RD RR1CH24TF 596 0 0
G
GAAAGAAAAAATGGCAACGACCCAGCTCAAATCAGATGCGATCATGGATATGATGAAGCA
GCATCTCTCCACCGACGCCGGTAAAGAGCTCACAGAGAAGATCGGCCTCGTTTATCAGAT
CAACGTCGCTCCCAAGAAATTGGGGTTTGAAGAGGTTACGTACATCGTTGATCTGAAGAA
AGGAGAAGTCACCAAAGGAAAATACTAAGGAGGGAAAGTGGATGCTACTTTCTCCTTCAA
AGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGCAAGATGAATCCTCAGATTGCTTTCATTAG
GGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTCTCAGTGCTGCACAGAAGTTCACCCCTGACATTTT
CCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAAGAATGGCCCCTTTGACCCAGGCTCAATTT
ATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTTAGCTTGTGGGGTGGATTTTTTTTTTTTTA
AAAAGAAGCAATGTTTAAGAACTAGTCGCTAGAAATAAAGGTCTCTTCAAGTATCGTTGT
ATGTTTCTGGTTCAATTGGTGTTTGGTTTAATAATATACTAAAACATTTGCTTTG

QA 2 596 2 596
DS 

RD RR1BI40TF 710 0 0
GGATCTCCTTTGTCGGATACGAAACCGAACCCTCCCCTTCTTTAAATCCACACCTGCCTT
TGTCCGAATCTCTCTCTCCAATCGAAAAAGAAAGAAAAAATGGCAACGACCCAGCTCAAA
TCAGATGCGATCATGGATATGATGAAGCAGCATCTCTCCACCGACGCCGGTAAAGAGCTC
ACAGAGAAGATCGGCCTCGTTTATCAGATCAACGTCGCTCCCAAGAAATTGGGGTTTGAA
GAGGTTACGTACATCGTTGATCTGAAGAAAGGAGAAGTCACCAAAGGAAAATACGAAGGA
GGGAAAGTGGATGCTACTTTCTCCTTCAAAGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGC
AAGATGAATCCTCAGATTGCTTTCATTAGGGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTCTCAGT
GCTGCACAGAAGTTCACCCCTGACATTTTCCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAA
GAATGGCCCCTTTGACCCAGGCTCAATTTATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTT
AGCTTGTGGGATGGATTTTTTTTTTTTTAAAAAGAAGCAATGTTTAAGAACTAGTCGCTA
GAAATAAAGGTCTCTTCAAGTATCGTTATATGTTTCTGGTTCAATTGGTGTTTGGTTTAA
TAATATACTAAAACATTTGCTTTGAATAGAATTTCTATGTTGTCTGAACC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 6

CO CL1517Contig1 496 6 3 U
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ACATACAAGGGAGTCACCGTACACACTCCGAAGACGTGGCACACCGTCGCCGGAAAGGGC
TTGTGCGGCGTCATGTGGTTCTGGATTCTGTACAGAGCAAAGCAAGACGGTCCTGTAGTC
ATGGGATGGAGGCACCCCTGGGATGGCCATGGTGATCATGGTCACGGTGACCATCACTAG
GTCTCCTTGAACCTTTTGAAGATCATGACGAGAAAATGGATCCTCTCTGTTTTATTTTCA
GCTTCGTATGTCGAAATAAAGAGAACGTGAAGAAGACGTGATATTGTTTTTCTACACCTT
TGTAAGACTTGCTGCTTCTGTTTTTATCTGCTACTTCGGTTGGTGTTACTGATGATATTT
GTTGTTTTGATTGTCTACAAACAAATGAGCTTTAAAATATAATCGATTGCTAAATTCGTG
GTGTGTAGGAATCCGC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H021TF U 1
AF RR1H021JQ C 91
AF RR1G680JQ C 42
AF RR1G680TF U 42
AF RR1F943JQ C 2
AF RR1F943TF U 2
BS 1 470 RR1H021TF
BS 471 471 RR1G680TF
BS 472 496 RR1F943TF

RD RR1H021TF 471 0 0
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ACATACAAGGGAGTCACCGTACACACTCCGAAGACGTGGCACACCGTCGCCGGAAAGGGC
TTGTGCGGCGTCATGTGGTTCTGGATTCTGTACAGAGCAAAGCAAGACGGTCCTGTAGTC
ATGGGATGGAGGCACCCCTGGGATGGCCATGGTGATCATGGTCACGGTGACCATCACTAG
GTCTCCTTGAACCTTTTGAAGATCATGACGAGAAAATGGATCCTCTCTGTTTTATTTTCA
GCTTCGTATGTCGAAATAAAGAGAACGTGAAGAAGACGTGATATTGTTTTTCTACACCTT
TGTAAGACTTGCTGCTTCTGTTTTTATCTGCTACTTCGGTTGGTGTTACTGATGATATTT
GTTGTTTTGATTGTCTACAAACAAATGAGCTTTAAAATATAATCGATTGC
C

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1H021JQ 340 0 0
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TACAGAGCAAAGCAAGACGGTCCTGTAGTCATGGGATGGAGGCACCCCTGGGATGGCCAT
GGTGATCATGGTCACGGTGACCATCACTAGGTCTCCTTGAACCTTTTGAAGATCATGACG
AGAAAATGGATCCTCTCTGTTTTATTTTCAGCTTCGTATGTCGAAATAAAGAGAACGTGA
AGAAGACGTGATATTGTTTTTCTACACCTTTGTAAGACTTGCTGCTTCTGTTTTTATCTG
CTACTTCGGTTGGTGTTACTGATGATATTTGTTGTTTTGA

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR1G680JQ 430 0 0
GGGTGGAGGAGGAGGAATAACATACAAGGGAGTCACCGTACACACTCCGAAGACGTGGCA
CACCGTCCCCGGAAAGGGCTTGTGCGGCGTCATGTGGTTCTGGATTCTTTACAGAGCAAA
GCAAGACGGTCCTGTAGTCATGGGATGGAGGCACCCCTGGGATGGCCATGGTGATCATGG
TCACGGTGACCATCACTAGGTCTCCTTGAACCTTTTGAAGATCATGACGAGAAAATGGAT
CCTCTCTGTTTTATTTTCAGCTTCGTATGTCGAAATAAAGAGAACGTGAAGAAGACGTGA
TATTGTTTTTTTACACCTTTGTAAGACTTGCTGCTTCTGTTTTTATCTGCTACTTCGGTT
GGTGTTACTGATGATATTTGTTGTTTTGATTGTCTACAAACAAATGAGCTTTAAAATATA
ATCGATTGCT

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR1G680TF 430 0 0
GGGTGGAGGAGGAGGAATAACATACAAGGGAGTCACCGTACACACTCCGAAGACGTGGCA
CACCGTCGCCGGAAAGGGCTTGTGCGGCGTCATGTGGTTCTGGATTCTCTACAGAGCAAA
GCAAGACGGTCCTGTAGTCATGGGATGGAGGCACCCCTGGGATGGCCATGGTGATCATGG
TCACGGTGACCATCACTAGGTCTCCTTGAACCTTTTGAAGATCATGACGAGAAAATGGAT
CCTCTCTGTTTTATTTTCAGCTTCGTATGTCGAAATAAAGAGAACGTGAAGAAGACGTGA
TATTGTTTTTCTACACCTTTGTAAGACTTGCTGCTTCTGTTTTTATCTGCTACTTCGGTT
GGTGTTACTGATGATATTTGTTGTTTTGATTGTCTACAAACAAATGAGCTTTAAAATATA
ATCGATTGCT

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR1F943JQ 495 0 0
GG
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TGCGGCGTCATGTGGTTCTGGATTCTGTACAGAGCAAAGCAAGACGGTCCTGTAGTCATG
GGATGGAGGCACCCCTGGGATGGCCATGGTGATCATGGTCACGGTGACCATCACTAGGTC
TCCTTGAACCTTTTGAAGATCATGACGAGAAAATGGATCCTCTCTGTTTTATTTTCAGCT
TCGTATGTCGAAATAAAGAGAACGTGAAGAAGACGTGATATTGTTTTTCTACACCTTTGT
AAGACTTGCTGCTTCTGTTTTTATCTGCTACTTCGGTTGGTGTTACTGATGATATTTGTT
GTTTTGATTGTCTACAAACAAATGAGCTTTAAAATATAATCGATTGCTAAATTCGTGGTG
TGTAGGAATCCGC

QA 3 495 3 495
DS 

RD RR1F943TF 495 0 0
GG
GGAAAGAGTTAAAATTGCAATAGCGAATTTGAGAAAATGGGTGGAGGAGGAGGAATAACA
TACAAGGGAGTCACCGTACACACTCCGAAGACGTGGCACACCGTCGCCGGAAAGGGCTTG
TGCGGCGTCATGTGGTTCTGGATTCTGTACAGAGCAAAGCAAGACGGTCCTGTAGTCATG
GGATGGAGGCACCCCTGGGATGGCCATGGTGATCATGGTCACGGTGACCATCACTAGGTC
TCCTTGAACCTTTTGAAGATCATGACGAGAAAATGGATCCTCTCTGTTTTATTTTCAGCT
TCGTATGTCGAAATAAAGAGAACGTGAAGAAGACGTGATATTGTTTTTCTACACCTTTGT
AAGACTTGCTGCTTCTGTTTTTATCTGCTACTTCGGTTGGTGTTACTGATGATATTTGTT
GTTTTGATTGTCTACAAACAAATGAGCTTTAAAATATAATCGATTGCTAAATTCGTGGTG
TGTAGGAATCCGC

QA 3 495 3 495
DS 



AS 1 6

CO CL1518Contig1 627 6 2 U
GGGACACACACAATGGCTTCGTCTGCGCCTATTGATCCTCTCACCGGGAAAGATCCGGCG
AAGGCTTTAACTGCCGTAGCATCGGGATTTTATGAGAATGTGAAGAAAAACAAGCAAAGC
TTCTTCCAGTTCGCCGCGATGACTGGGATCTTGCTTCTGAGCTTCCGATCTGTAAGTCAG
AAGTATCGAATTCACGATCTGGAGGAAGACACGACTGTTCTCAAGAAGGAGAGCGATAGT
TTGACTGATCGTATGAATAGAATCAAGAGCGATCTTCTGCATCAAGCGTCCATTGACTCT
TCCGGCGTCTTTGCTGCTCGACTCCGTCTACTTTTCGGTGACGATAAAAAGTGACGGGGG
ATTGAATTTTGTCTGAAGTCAACGAGATTTACGATCATGCGATGTTGTATTAATTCTATA
CAGATGTCTCTGTCTGTAAACGATGCGTCTTTGTCAG*GAATTTAGCGAATGAATAAGTA
AGGTTGCAAGGTGTTGTGATTTAGACAATGGAGTATCGTTTTAGTTTTGTCTGAAATCGT
GCTTCGATGTTTTATGTTTTTGAACGGTTAGGCTTTGCAGATTTGTATGAGGAATTTCAT
CGAACACTTTAACTGCGTTTTTACACT


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1G854TF U 233
AF RR1EC71TF U 2
AF RR1BX53TF U 1
AF RR1G854JQ C 1
AF RR1E587TF U 30
AF RR1E587JQ C 63
BS 1 624 RR1BX53TF
BS 625 627 RR1E587JQ

RD RR1G854TF 257 0 0
GT
GATAGTTTGACTGATCGTATGAATAGAATCAAGAGCGATCTTCTGCATCAAGCGTCCATT
GACTCTTCCGGCGTCTTTGCTGCTCGACTCCGTCTACTTTTCGGTGACGATAAAAAGTGA
CGGGGGATTGAATTTTGTCTGAAGTCAACGAGATTTACGATCATGCGATGTTGTATTAAT
TTTATACAGATGTCTCTGTCTGTAAACGATGCGTCTTTGTCAGAGAATTTAGCGAATGAA
TAAGTAAGGTTGCAA

QA 3 257 3 257
DS 

RD RR1EC71TF 598 0 0
AGGG
ACACACAATGGCTTCGTCAGCGCCTATTGATCCTCTCACCGGGAAAGATCCGGCTAAGGC
TTTAACTGCCGTAGCATCGGGATTTTATGAGAATGTGAAGAAAAACAAGCAAAGCTTCTT
CCAGTTCGCCGCGATGACTGGGATCTTGCTTCTGAGCTTCCGATCTGTAAGTCAGAAGTA
TCGAATTCACGATCTGGAGGAAGACACGACTGTTCTCAAGAAGGAGAGCGATAGTTTGAC
TGATCGTATGAATAGAATCAAGAGCGATCTTCTGCATCAAGCGTCCATTGACTCTTCCGG
CGTCTTTGCTGCTCGACTCCGTCTACTTTTCGGTGACGATAAAAAGTGACGGGGGATTGA
ATTTTGTCTGAAGTCAACGAGATTTACGATCATGCGATGTTGTATTAATTCTATACAGAT
GTCTCTGTCTGTAAACGATGCGTCTTTGTCAG*GAATTTAGCGAATGAATAAGTAAGGTT
GCAAGGTGTTGTGATTTAGACAATGGAGTATCGTTTTAGTTTTGTCTGAAATCGTGCTTC
GATGTTTTATGTTTTTGAACGGTTAGGCTTTGCAGATTTGTATGAGGAATTTCA

QA 5 598 5 598
DS 

RD RR1BX53TF 624 0 0
GGGACACACACAATGGCTTCGTCTGCGCCTATTGATCCTCTCACCGGGAAAGATCCGGCG
AAGGCTTTAACTGCCGTAGCATCGGGATTTTATGAGAATGTGAAGAAAAACAAGCAAAGC
TTCTTCCAGTTCGCCGCGATGACTGGGATCTTGCTTCTGAGCTTCCGATCTGTAAGTCAG
AAGTATCGAATTCACGATCTGGAGGAAGACACGACTGTTCTCAAGAAGGAGAGCGATAGT
TTGACTGATCGTATGAATAGAATCAAGAGCGATCTTCTGCATCAAGCGTCCATTGACTCT
TCCGGCGTCTTTGCTGCTCGACTCCGTCTACTTTTCGGTGACGATAAAAAGTGACGGGGG
ATTGAATTTTGTCTGAAGTCAACGAGATTTACGATCATGCGATGTTGTATTAATTCTATA
CAGATGTCTCTGTCTGTAAACGATGCGTCTTTGTCAG*GAATTTAGCGAATGAATAAGTA
AGGTTGCAAGGTGTTGTGATTTAGACAATGGAGTATCGTTTTAGTTTTGTCTGAAATCGT
GCTTCGATGTTTTATGTTTTTGAACGGTTAGGCTTTGCAGATTTGTATGAGGAATTTCAT
CGAACACTTTAACTGCGTTTTTAC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1G854JQ 627 0 0
GGGAC
ACACACAATGGCTTCGTCTGCGCCTATTGATCCTCTCACCGGGAAAGATCCGGCGAAGGC
TTTAACTGCCGTAGCATCGGGATTTTATGAGAATGTGAAGAAAAACAAGCAAAGCTTCTT
CCAGTTCGCCGCGATGACTGGGATCTTGCTTCTGAGCTTCCGATCTGTAAGTCAGAAGTA
TCGAATTCACGATCTGGAGGAAGACACGACTGTTCTCAAGAAGGAGAGTGATAGTTTGAC
TGATCGTATGAATAGAATCAAGAGCGATCTTCTGCATCAAGCGTCCATTGACTCTTCCGG
CGTCTTTGCTGCTCGACTCCGTCTACTTTTCGGTGACGATAAAAAGTGACGGGGGATTGA
ATTTTGTCTGAAGTCAACGAGATTTACGATCATGCGATGTTGTATTAATTCTATACAGAT
GTCTCTGTCTGTAAACGATGCGTCTTTGTCAG*GAATTTAGCGAATGAATAAGTAAGGTT
GCAAGGTGTTGTGATTTAGACAATGGAGTATCGTTTTAGTTTTGTCTGAAATCGTGCTTC
GATGTTTTATGTTTTTGAACGGTTAGGCTTTGCAGATTTGTATGAGGAATTTCATCGAAC
ACTTTAACTGCGTTTTTAC
ACT

QA 6 624 6 624
DS 

RD RR1E587TF 598 0 0
G
ATTGATCCTCTCACCGGGAAAGATCCGGCGAAGGCTTTAACTGCCGTAGCATCGGGATTT
TATGAGAATGTGAAGAAAAACAAGCAAAGCTTCTTCCAGTTCGCCGCGATGACTGGGATC
TTGCTTCTGAGCTTCCGATCTGTAAGTCAGAAGTATCGAATTCACGATCTGGAGGAAGAC
ACGACTGTTCTCAAGAAGGAGAGCGATAGTTTGACTGATCGTATGAATAGAATCAAGAGC
GATCTTCTGCATCAAGCGTCCATTGACTCTTCCGGCGTCTTTGCTGCTCGACTCCGTCTA
CTTTTCGGTGACGATAAAAAGTGACGGGGGATTGAATTTTGTCTGAAGTCAACGAGATTT
ACGATCATGCGATGTTGTATTAATTCTATACAGATGTCTCTGTCTGTAAACGATGCGTCT
TTGTCAG*GAATTTAGCGAATGAATAAGTAAGGTTGCAAGGTGTTGTGATTTAGACAATG
GAGTATCGTTTTAGTTTTGTCTGAAATCGTGCTTCGATGTTTTATGTTTTTGAACGGTTA
GGCTTTGCAGATTTGTATGAGGAATTTCATCGAACACTTTAACTGCGTTTTTAC
ACT

QA 2 595 2 595
DS 

RD RR1E587JQ 565 0 0
GGCTTTAACTGCCGTAGCATCGGGATTTTATGAGAATGTGAAGAAAAACAAGCAAAGCTT
CTTCCAGTTCGCCGCGATGACTGGGATCTTGCTTTTGAGCTTCCGATCTGTAAGTCAGAA
GTATCGAATTCACGATCTGGAGGAAGACACGACTGTTTTCAAGAAGGAGAGCGATAGTTT
GACTGATCGTATGAATAGAATCAAGAGCGATTTTTTGCATCAAGCGTCCATTGACTCTTC
CGGCGTCTTTGCTGCTCGACTCCGTTTACTTTTCGGTGACGATAAAAAGTGACGGGGGAT
TGAATTTTGTTTGAAGTCAACGAGATTTACGATCATGCGATGTTGTATTAATTCTATACA
GATGTCTCTGTCTGTAAACGATGCGTCTTTGTCAG*GAATTTAGCGAATGAATAAGTAAG
GTTGCAAGGTGTTGTGATTTAGACAATGGAGTATCGTTTTAGTTTTGTCTGAAATCGTGC
TTCGATGTTTTATGTTTTTGAACGGTTAGGCTTTGCAGATTTGTATGAGGAATTTCATCG
AACACTTTAACTGCGTTTTTACACT

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 6

CO CL1519Contig1 1261 6 25 U
GGATTAAAGATTGTACCATCACATTAATTATTAAATCGTTCAAGAAATTTGGATGATATT
GAATACTCTGAAAGCTCTCAACTTCTGGACACTCACTCCAGGTTATTTAGTATTACTCAA
AGGAATTGCTCTCAAACCAAGAAAGACCAAGGATTCAATAGAATTTGAAAGAAGTGACCA
TATAGATGGACATAACAAGAAGTCAAAAGAATCACCAAGGTATCTCCTGGCCATCCCATG
CGAAGAACTTGCCGTTGTCTTGTTTCTTTGCATTGGTGATGATGTGCAATAGTTTCTGAA
CAGAGTACTCTTTTGTGAAAAGCTTACCTTCAGGAACATTCCTTTGGAACGGTCGAGAGA
GATCAGTGTCTACCGTGCCTGGATGCAGTAAAATGCATACCACAGGATCCTTCCTCCTAC
CCAACTCAACCGATACATTCTTCGTCAATTGGTTGAGTGCGGTTTTTGAAGCCCTGTAAG
AGTGCCAACCACCAAGTTTGTTATCTCCAATGGATCCAACTCGTGCGCTTAAATTGGCTA
CAACAGCAACTTCCCTCTCGGTTCCATTTCCTCCACCAGCCTTAAGCAGTGGCCACATAT
GCTTCATTACTAGAATTGGACCAACCGCATTAAACTCATATGCAAGCATCAATGATGATT
TCTCAACCTTGTTCAATGTTGTTTCTGGCTGCAATACACCAGGAATTGAGAGTATGCCAG
TGGCATTTATAAGCAAGTTGAGAGAACCATATCTTTCTCTTACAGATTCCGCTGATTCCT
CAATGGTAGTTTCATCTGTAACATCAAGTTTTTGTATGAAAAGCCTCTCAGAAAAGCTGT
TCTTGAGATTAACGAGGTCTGTTGCTTCTTTTGGATTCCGACAAGTGGCAACAACATGTC
CTTTCTTACTATTCTCTAGCAACTGCCTTACAAACTCGAGGCCGATGCCTCTGGAAGCTC
CTTGGACCATGGAAACTCCACCTTCCCAATTGGGCACAGAAGAAGATGATGATGACGTGG
CGAAACCAGCTACACTCATCCTCCTCACAGCTGCCAACGACGGCGAAACAAGCCACGCGC
CACCTGTCTTCATCAGAGTGTTCATTGTGAAAGAGTAGCGCGTTGGATGCTATCTTTCGG
ATGTGTGAGATTTAAGATAAAAAGGATGGATCATAAAGGCAACCACTTTTCATCGCCATT
GACACGGAAACTTAACTGCCATTTCCACAAAGGTGGGGATAAAAGTCCAAACTTTATTCC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1GT77JQ U 1
AF RR1E983JQ U 73
AF RR1G915JQ U 115
AF RR1G915TF C 444
AF RR1GT77TF C 776
AF RR1E983TF C 512
BS 1 160 RR1GT77JQ
BS 161 161 RR1E983JQ
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BS 245 245 RR1E983JQ
BS 246 304 RR1GT77JQ
BS 305 305 RR1E983JQ
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BS 335 335 RR1E983JQ
BS 336 356 RR1GT77JQ
BS 357 390 RR1E983JQ
BS 391 391 RR1G915JQ
BS 392 633 RR1E983JQ
BS 634 634 RR1G915JQ
BS 635 850 RR1E983JQ
BS 851 873 RR1G915JQ
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BS 939 939 RR1E983TF
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BS 995 995 RR1E983TF
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BS 1164 1261 RR1E983TF

RD RR1GT77JQ 360 0 0
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GAATACTCTGAAAGCTCTCAACTTCTGGACACTCACTCCAGGTTATTTAGTATTACTCAA
AGGAATTGCTCTCAAACCAAGAAAGACCAAGGATTCAATAAAATTTGAAAGAAGTGACCA
TATAGATGGACATAACAAGAAGTCAAAAGAATCACCAAGGTATCTCCTGGCCATCCCATG
CGAAAAACTTGCCGTTGTCTTGTTTCTTTGCATTGGTGATGATGTGCAATAGTTTCTGAA
CAGAATACTCTTTTGTGAAAAGCTTACCTTCAGGGACATTCCTTTGGAACGGTCGA
AAGA

QA 1 356 1 356
DS 

RD RR1E983JQ 778 0 0
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CAAACCAAGAAAGACCAAGGATTCAATAGAATTTGAAAGAAGTGACCATATAGATGGACA
TAACAAGAAGTCAAAAGAATCACCAAGGTATCTCCTGGCCATCCCATGCGAAGAACTTGC
CGTTGTCTTGTTTCTTTGCATTGGTGATGATGTGCAATAGTTTCTGAACAGAGTACTCTT
TTGTGAAAAGCTTACCTTCAGGAACATTCCTTTGGAACGGTCGAGAGAGATCAGTGTCTA
CCGTGCCTGGATGCAGTAGAATGCATACCACAGGATCCTTCCTCCTACCCAACTCAACCG
ATACATTCTTCGTCAATTGGTTGAGTGCGGTTTTTGAAGCCCTGTAAGAGTGCCAACCAC
CAAGTTTGTTATCTCCAATGGATCCAACTCGTGCGCTTAAATTGGCTACAACAGCAACTT
CCCTCTCGGTTCCATTTCCTCCACCAGCCTTAAGCAGTGGCCACATATGCTTCATTACTA
GAATTGGACCAACCGCATTAACCTCATATGCAAGCATCAATGATGATTTCTCAACCTTGT
TCAATGTTGTTTCTGGCTGCAATACACCAGGAATTGAGAGTATGCCAGTGGCATTTATAA
GCAAGTTGAGAGAACCATATCTTTCTCTTACAGATTCCGCTGATTCCTCAATGGTAGTTT
CATCTGTAACATCAAGTTTTTGTATGAAAAGCCTCTCAGAAAAGCTGTTCTTGAGATT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1G915JQ 759 0 0
G
CTCAAAGGAATTGCTCTCAAACCAAGAAAGTCCAAGGATTCAATAGAATTTGAAAGAAGT
GACCATATAGATGGACATAACAAGAAGTCAAAAGAATCACCAAGGTATCTCCTGGCCATC
CCATGCGAAGAACTTGCCGTTGTCTTGTTTCTTTGCATTGGTGATGATGTGCAATAGTTT
CTGAACAGAGTACTCTTTTGTGAAAAGCTTACCTTCAGGAACATTCCTTTGGAACGGTCG
AGAGAGATCAGTGTCTACCGTGCCTGGATGCAGTAAAATGCATACCACAGGATCCTTCCT
CCTACCCAACTCAACCGATACATTCTTCGTCAATTGGTTGAGTGCGGTTTTTGAAGCCCT
GTAAGAGTGCCAACCACCAAGTTTGTTATCTCCAATGGATCCAACTCGTGCGCTTAAATT
GGCTACAACAGCAACTTCCCTCTCGGTTCCATTTCCTCCACCAGCCTTAAGCAGTGGCCA
CATATGCTTCATTACTAGAATTGGACCAACCGCATTAAACTCATATGCAAGCATCAATGA
TGATTTCTCAACCTTGTTCAATGTTGTTTCTGGCTGCAATACACCAGGAATTGAGAGTAT
GCCAGTGGCATTTATAAGCAAGTTGAGAGAACCATATCTTTCTCTTACAGATTCCGCTGA
TTCCTCAATGGTAGTTTCATCTGTAACATCAAGTTTTTGTATGAAAAGCCTCTCAGAAAA
GCCGTTCTTGAGATTAACGAGGTCTGTTGCTTCTTTTG

QA 2 759 2 759
DS 

RD RR1G915TF 720 0 0
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TCTCCAATGGATCCAACTCGTGCGCTTAAATTGGCTACAACAGCAACTTCCCTCTCGGTT
CCATTTCCTCCACCAGCCTTAAGCAGTGGCCACATATGCTTCATTACTAGAATTGGACCA
ACCGCATTAAACTCATATGCAAGCATCAATGATGATTTCTCAACCTTGTTCAATGTTGTT
TCTGGCTGCAATACACCAGGAATTGAGAGTATGCCAGTGGCATTTATAAGCAAGTTGAGA
GAACCATATCTTTCTCTTACAGATTCCGCTGATTCCTCAATGGTAGTTTCATCTGTAACA
TCAAGTTTTTGTATGAAAAGCCTCTCAGAAAAGCCGTTCTTGAGATTAACGAGGTCTGTT
GCTTCTTTTGGATTCCGACAAGTGGCAACAACATGTCCTTTCTTACTATTCTCTAGCAAC
TGCCTTACAAACTCGGGGCCGATGCCTCTGGAAGCTCCTTGGACCATGGAAACTCCACCT
TCCCAATTGGGTAAGGAAGAAGATGATGATGACGTGGCGAAACCAGCTACACTCATCCTC
CTCACAGCTGCCAACGACGGCGAAACAAGCCACGCGCCACCTGTCTTCATCAGAGTGTTC
ATTGTGAAAGAGTAGCGCGTTGGATGCTATCTTTCGGATGTGTGTGATTTAAGATAAAAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1GT77TF 388 0 0
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GCTGTTCTTGAGATTAACGAGGTCTGTTGCTTCTTTTGGATTCCGACAAGTGGCAACAAC
ATGTCCTT*CTTACTATTCTCTAGCAACTGCCTTACAAACTCGAGGCCGATGCCTCTGGA
AGCTCCTTGGACCATGGAAACTCCACCTTCCCAATTGGGCACAGAAGAAGATGATGATGA
CGTGGCGAAACCAGCTACACTCATCCTCCTCACAGCTGCCAACGACGGCGAAACAAGCCA
CGCGCCACCTGTCTTCATCAGAGTGTTCATTGTGAAAGAGTAGCGCGTTGGATGCTATCT
TTCGGATGTGTGAGATTTAAGATAAAAA

QA 1 388 1 388
DS 

RD RR1E983TF 750 0 0
GGATCCAACTCGTGCGCTTAAATTGGCTACAACAGCAACTTCCCTCTCGGTTCCATTTCC
TCCACCAGC*TTAAGCAGTGGCCACATATGCTTCATTACTAGAATTGGACCAACCGCATT
AACCTCATATGCAAGCATCAATGATGATTTCTCAACCTTGTTCAATGTTGTTTCTGGCTG
CAATACACCAGGAATTGAGAGTATGCCAGTGGCATTTATAAGCAAGTTGAGAGAACCATA
TCTTTCTCTTACAGATTCCGCTGATTCCTCAATGGTAGTTTCATCTGTAACATCAAGTTT
TTGTATGAAAAGCCTCTCAGAAAAGCTGTTCTTGAGATTAACGAGGTCTGTTGCTTCTTT
TGGATTCCGACAAGTGGCAACAACATGTCCTTTCTTACTATTCTCTAGCAACTGCCTTAC
AAACTCGAGGCCGATGCCTCTGGAAGCTCCTTGGACCATGGAAACTCCACCTTCCCAATT
GGGCACAGAAGAAGATGATGATGACGTGGCGAAACCAGCTACACTCATCCTCCTCACAGC
TGCCAACGACGGCGAAACAAGCCACGCGCCACCTGTCTTCATCAGAGTGTTCATTGTGAA
AGAGTAGCGCGTTGGATGCTATCTTTCGGATGTGTGAGATTTAAGATAAAAAGGATGGAT
CATAAAGGCAACCACTTTTCATCGCCATTGACACGGAAACTTAACTGCCATTTCCACAAA
GGTGGGGATAAAAGTCCAAACTTTATTCCC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 5

CO CL1520Contig1 1130 5 26 U
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TCTCTCAATAAACCTGGCTTCATCTTCTCTGCTTCTGAATCGATCCGATCTTGACGAACA
TGTCTTCTCCCGGCAAATACTACAACTCACTTCCTCCAATAACCAAGGCTTATGGTACTT
TGTGCCTCCTGGCTACAACCCTAGCCCAGCTTGGCTTAGTTGCTCCTATTCACATTGCTT
TGATTCCTGAACTCCTCTTTAAGAACTTCCAGGTTTGGAGGCTGATAACGAACTTGTTTT
TCCTTGGTGGCTTCTCTATCAATTTCGGGATACGTCTTTTGATGATAGCAAGGTATGGAG
TTCTACTCGAGAAAGGGCCATTCGAAAGGCGGACAGCAGACTTTTTGTGGATGATGATCT
TTGGATCCCTGACTCTCTTGGTTTTATCAACCATACCGTTTTTCTGGACACCCTTCCTTG
GAGTTTCACTTGTGTTCATGCTTCTGTATCTCTGGAGCCGAGAGTTTCCAAATGCCAACA
TCAGCCTCTACGGTCTTGTCAATCTTAAGGCTTTCTACCTCCCATGGGCAATGCTAGCAC
TCGACGTTATCTTCGGTTCTAAGATCATGCCAGATCTTCTTGGCATCATAGCTGGACATC
TTTACTACTTCCTAACAGTCCTTCACCCTCTCGCCACCGGAAAGAACTACCTGAAAACCC
CTAAATGGGTTAATAAACTGGTGGCAAGATTTCGAATCGGAGCTCCAGTAGCAGCTGTTC
GTCAAGCAGGTGGTGTAGGAGCAGTAGGATCCGGAACTGGAGGAGGAGCTTATTCAAGCG
CTCGTGCCCCACCAGAGAGCTCCACCAACACAGCATTCAGAGGTCGATCATATCGTCTCA
CCGACTGAACTCTCCGATTCCTTCGTTTTTCAATCATCCCGTATGTTTTGAAAAGAATGC
CACTGACAAGTAGCAGTTAGCTTTATGTGTTTTATTAAGCAGGTACAGTATTTTTGAGTA
TATGACTTTGTAGGGGGAAAGAAATCTTTTGAGGGGTTTTTTTTAAAACAATGTTGTGTT
CAGAATACTTAGTGCCCTTTTAAATGATCTCTACAAGAAAACTGGTCGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX61TF U 45
AF RR1H324TF U 1
AF RR1EG05TF U 410
AF RR1BX61JQ C 459
AF RR1EG05JQ C 481
BS 1 73 RR1H324TF
BS 74 74 RR1BX61TF
BS 75 130 RR1H324TF
BS 131 131 RR1BX61TF
BS 132 256 RR1H324TF
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BS 384 457 RR1H324TF
BS 458 458 RR1BX61TF
BS 459 472 RR1H324TF
BS 473 473 RR1BX61TF
BS 474 619 RR1H324TF
BS 620 620 RR1BX61TF
BS 621 661 RR1H324TF
BS 662 662 RR1BX61TF
BS 663 702 RR1H324TF
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BS 736 1056 RR1EG05TF
BS 1057 1091 RR1BX61JQ
BS 1092 1130 RR1EG05JQ

RD RR1BX61TF 668 0 0
AGTTTGTTCGGTG
CTCTCTCTCAATAAACCTGG*TTCGTCTTCTCTGCTTCTGAATCGATCGGATCTTGACGA
ACATGTCTTCTCCCGGCGAATACTACAACTCACTTCCTCCAATAACCAAGGCTTATGGTA
CTTTGTGCCTCCTGGCTACAACTCTATCCCAGCTTGGCTTAGTTGCTCCTATTCACATTG
CTTTGATTCCTGAACTTGTCTTTAAGCACTTCCAGGTTTGGAGGCTGATAACGAACTTGT
TTTTCCTTGGTGGCTTCTCTATCAATTTCGGGATACGTCTTTTGATGATAGCAAGGTATG
GAGTTCTGCTCGAGAAAGGGCCTTTCGAAAGGCGGACAGCAGACTTTTTGTGGATGATGA
TCTTTGGATCCCTGACTCTCCTGGTTTTATCAACCATACCGTTTTTCTGGACACCCTTCC
TTGGAGTTTCACTTGTGTTCATGCTTCTGTATCTCTGGAGCCGAGAGTTTCCAAATGCCA
ACATCAGCCTCTACGGTCTTGTCAATCTTAAGGCTTTCTACCTCCCATGGGCAATGCTAG
CACTCGACGTTATCTTCGGTTCTAAGATCATGCCAGATCTTCTTGGCATCATAGCTGGAC
ATCTTTACTACTTCCTAACAGTCCTTCACCCTCTCGCCACCGGAAAGA
CTACCTG

QA 14 661 14 661
DS 

RD RR1H324TF 735 0 0
GGAGAGAAGCTGGAAAGAAGGTTCTAGGGGGAAGAAGAAGAGTTTGTTCGGTGCTCTCTC
TCTCTCAATAAACTTGGCTTCATCTTCTCTGCTTCTGAATCGATCCGATCTTGACGAACA
TGTCTTCTCCTGGCAAATACTACAACTCACTTCCTCCAATAACCAAGGCTTATGGTACTT
TGTGCCTCCTGGCTACAACCCTAGCCCAGCTTGGCTTAGTTGCTCCTATTCACATTGCTT
TGATTCCTGAACTCCT*TTTAAGAACTTCCAGGTTTGGAGGCTGATAACGAACTTGTTTT
TCCTTGGTGGCTTCTCTATCAATTTCGGGATACGTCTTTTGATGATAGCAAGGTATGGAG
TTCTACTCGAGAAAGGGCCATTTGAAAGGCGGACAGCAGACTTTTTGTGGATGATGATCT
TTGGATCCCTGACTCTCTTGGTTTTATCAACCATACCATTTTTCTGGACACCATTCCTTG
GAGTTTCACTTGTGTTCATGCTTCTGTATCTCTGGAGCCGAGAGTTTCCAAATGCCAACA
TCAGCCTCTACGGTCTTGTCAATCTTAAGGCTTTCTACCTCCCATGGGCAATGCTAGCAC
TCGACGTTATCTTCGGTTCCAAGATCATGCCAGATCTTCTTGGCATCATAGCTGGACATC
TGTACTACTTCCTAACAGTCCTTCACCCTCTCGCCACCGGAAGAA*CTACCTGAAAACCC
CGAAATGGGTTAATA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1EG05TF 647 0 0
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ACCCTTCCTTGGAGTTTCACTTGTGTTCATGCTTCTGTATCTCTGGAGCCGAGAGTTTCC
AAATGCCAACATCAGCCTCTACGGTCTTGTCAATCTTAAGGCTTTCTACCTCCCATGGGC
AATGCTAGCACTCGACGTTATCTTCGGTTCTAAGATCATGCCAGATCTTCTTGGCATCAT
AGCTGGACATCTTTACTACTTCCTAACAGTCCTTCACCCTCTCGCCACCGGAAAGAACTA
CCTGAAAACCCCTAAATGGGTTAATAAACTGGTGGCAAGATTTCGAATCGGAGCTCCAGT
AGCAGCTGTTCGTCAAGCAGGTGGTGTAGGAGCAGTAGGATCCGGAACTGGAGGAGGAGC
TTATTCAAGCGCTCGTGCCCCACCAGAGAGCTCCACCAACACAGCATTCAGAGGTCGATC
ATATCGTCTCACCGACTGAACTCTCCGATTCCTTCGTTTTTCAATCATCCCGTATGTTTT
GAAAAGAATGCCACTGACAAGTAGCAGTTAGCTTTATGTGTTTTATTAAGCAGGTACAGT
ATTTTTGAGTATATGACTTTGTAGGGGGAAAGAAATCTTTTGAGGGG

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1BX61JQ 646 0 0
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CGAGAGTTTCCAAATGCCAACATCAGCCTCTACGGTCTTGTCAATCTTAAGGCTTTCTAC
CTCCCATGGGCAATGCTAGCACTCGACGTTATCTTCGGTTCTAAGATCATGCCAGATCTT
CTTGGCATCATAGCTGGACATCTTTACTACTTCCTAACAGTCCTTCACCCTCTCGCCACC
GGAAAGAACTACCTGAAAACCCCTAAATGGGTTAATAAACTGGTGGCAAGATTTCGAATT
GGAGCTCCAGTAGCAGCTGTTCGTCAAGCAGGTGGTGTAGGAGCAGTAGGATCCGGAACT
GGAGGAGGAGCTTATTCAAGCGCTCGTGCCCCACCAGAGGGCTCCACCAACACAGCATTC
AGAGGTCGATCATATCGTCTCACCGACTGAACTCTCCGATTCCTTCGTTTTTCAATCATC
CCGTATGTTTTGAAAAGAATGCCACTGACAAGTAGCAGTTAGCTTTATGTGTTTTATTAA
GCAGGTACAGTATTTTTGAGTATATGACTTTGTAGGGGGAAAGAAATCTTTTGAGGGGTT
TTTTTTAAAACAATGTTGTGTTCAGAATACTTA
GTGCCCTTTTAAA

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1EG05JQ 650 0 0
GAGTTTCACTTGTGTTCATGCTTCTGTATCTCTGGAGCCGAGAGTTTCCAAATGCCAACA
TCAGCCTCTACGGTCTTGTCAATCTTAAGGCTTTCTACCTCCCATGGGCAATGCTAGCAC
TCGACGTTATCTTCGGTTCTAAGATCATGCCAGATCTTCTTGGCATCATAGCTGGACATC
TTTACTACTTCCTAACAGTCCTTCACCCTCTCGCCACCGGAAAGAACTACCTGAAAACCC
CTAAATGGGTTAATAAACTGGTGGCAAGATTTCGAATCGGAGCTCCAGTAGCAGCTGTTC
GTCAAGCAGGTGGTGTAGGAGCAGTAGGATCCGGAACTGGAGGAGGAGCTTATTCAAGCG
CTCGTGCCCCACCAGAGAGCTCCACCAACACAGCATTCAGAGGTCGATCATATCGTCTCA
CCGACTGAACTCTCCGATTCCTTCGTTTTTCAATCATCCCGTATGTTTTGAAAAGAATGC
CACTGACAAGTAGCAGTTAGCTTTATGTGTTTTATTAAGCAGGTACAGTATTTTTGAGTA
TATGACTTTGTAGGGGGAAAGAAATCTTTTGAGGGGTTTTTTTTAAAACAATGTTGTGTT
CAGAATACTTAGTGCCCTTTTAAATGATCTCTACAAGAAAACTGGTCGAT

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 6

CO CL1521Contig1 1339 6 13 U
CTCGTAGACTCGTAGTTTATATAAGTTGAATCAATCATCTAGAGTAGAAAAGAAAACTAT
ATAACAATGACTCCATTATAAAGACTAAACAAAGCTTATCAAAGGTAGAACAGGCAGAAA
GATCAAACCACATCACCGACAAGAAAGTCTAATAATTAACCAACAATGCAAACTGCAAAA
GGCAAGACCTTGACATCTAAATGAAATAAATTACAGATTATATTCTAGAAGAATCCAAGA
GCATGACGGTACTGAGGTTCATAGGGTGCATATACTTGGAGGAACCAGTGAGGATCTGAT
TAACAATGATCCTATTAGCTTTTTCTGTCGGATGAAACGCATCCCAGAACGCATACAAAT
CTCTGTTTGGACATAAGTTCGAGATTGGTGTGCATAGTCCTATGCCATTGTACGGTCCTT
GTCCACAGCATGCCACCTTTGATGTCACAAACCCGAATTGTTCTGGGTTAGATAAATAAT
CCATGTTCATTTGATAGGCATTAGCTGCTACAAAAACGTCCTGGCCAATCTCAGCATTGA
CTGATGCGATCAAATCAACTAATCGCGGATTGAACAAAGCGGCTGCTGCTTGGAGGGCAC
CATAGCATTCACCATTGCGGCTATGCTGAGCCAGCTCCGCAGGTGCACATCCCATCGCAC
CAGTTCCGGTTACTAGAACCCGTCTTGCACCCAACTCGTAGAGTTTCCTAAGGATCTTTC
CGTATTCCGAAATGAGATAAACAACGTAGTCGGGTAACGCGAATTGGCGCGAACGAGCAG
AAAAAGGAATGAGATAATAGTTGTTGACGAAATCGTTGCCGCCGAGTGTGATTAAGACAA
GAGCTTGGTTAACTAGTTGTGTAGCCTCTGGTCCAATCAATGCGCTCACTCGTTGCTGGT
ACTGTTCGAAGTATTCGAACTGCTTAGATATTCTAATTATGTTTACAAATTGAATTCCAG
TGTCATTGAGGATTCCAATACCGGCGGAGGCGAAATTAGCACCGACGAGAAGATTTTCTC
CGGTGAGCTGCGGGCTAAGGTACGGCAAAGTGGATGGCATGCCTATAGCCTCACTGATAA
TGTCAGGGATGTTAAGGCCGTTAGAGAAACGTCCGGTGGGTCGACGGGTCGGGTAATCGA
TACCATACGGGTAATTGTCGGCGCGGGCAGTGGTGACAAGGTAATCATTGTTTCCATTGT
CGACGAGAGAGTCACCAAAGACGTAGAAAGCCCTAGATCTGACTTGTGGTGCAAGAAAGG
TAACAATGAAGAAGAGTGAAATGAGAAACCCAAACGGTGAATGATTGATATCCATAATTA
TGGAGAGAGATGAGACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GM23JQ U 1
AF RR1GM23TF C 68
AF RR1EK88JQ U 21
AF RR1EK88TF C 21
AF RR1AW81JQ U 54
AF RR1AW81TF C 526
BS 1 40 RR1GM23JQ
BS 41 41 RR1EK88JQ
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BS 95 95 RR1EK88JQ
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BS 693 1339 RR1AW81TF

RD RR1GM23JQ 584 0 0
CTCGTAGACTCGTAGTTTATATAAGTTGAATCAATCATCTCGAGTAGAAAAGAAAACTAT
ATAACAATGACTCCATTATAAAGACTAAACAAAGATTATCAAAGGTAGAACAGGCAGAAA
GATAAAACCACATCACCGACAAGAAAGTCTAATAATTAACCAACAATGCAAACTGCAAAA
GGCAAGACCTTGACATCTAAATGAAATAAATTACAGATTATATTCTAGAAGAATCCAAGA
GCATGACGGTACTGAGGTTCATAGGGTGCATATACTTGGAGGAACCAGTGAGGATCTGAT
TAACAATGATCCTATTAGCTTTTTCTGTCGGATGAAACGCATCCCAAAACGCATACAAAT
CTCTGTTTGGACATAAGTTCGAGATTGGTGTGCATAGTCCTATGCCATTGTACGGTCCTT
GTCCACAGCATGCCACCTTTGATGTCACAAACCCGAATTGTTCTGGGTTAGATAAATAAT
CCATGTTCATTTGATAGGCATTAGCTGCTACAAAAACGTCCTGGCCAATCTCAGCATTGA
CTGATGCGATCAAATCAACTAATCGCGGATTGAACAAAGCGGC
C

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1GM23TF 517 0 0
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CCACATCACCGACAAGAAAGTCTAATAATTAACCAACAATGCAAACTGCAAAAGGCAAGA
CCTTGACATCTAAATGAAATAAATTACAGATTATATTCTAGAAGAATCCAAGAGCATGAC
GGTACTGAGGTTCATAGGGTGCATATACTTGGAGGAACCAGTGAGGATCTGATTAACAAT
GATCCTATTAGCTTTTTCTGTCGGATGAAACGCATCCCAGAACGCATACAAATCTCTGTT
TGGACATAAGTTCGAGATTGGTGTGCATAGTCCTATGCCATTGTACGGTCCTTGTCCACA
GCATGCCACCTTTGATGTCACAAACCCGAATTGTTCTGGGTTAGATAAATAATCCATGTT
CATTTGATAGGCATTAGCTGCTACAAAAACGTCCTGGCCAATCTCAGCATTGACTGATGC
GATCAAATCAACTAATCGCGGATTGAACAAAGCGGC
C

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1EK88JQ 618 0 0
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AAGACTAAACAAAGCTTATCAAAGGTAGGACGGGCAGAAAGATCAAACCACATCACCGAC
AAGAAAGTCTAATAATTAACCAACAATGCAAACTGCAAAAGGCAAGACCTTGACATCTAA
ATGAAATAAATTACAGATTATATTCTAGAAGAATCCAAGAGCATGACGGTACTGAGGTTC
ATAGGGTGCATATACTTGGAGGAACCAGTGAGGATCTGATTAACAATGATCCTATTAGCT
TTTTCTGTCGGATGAAACGCATCCCAGAACGCATACAAATCTCTGTTTGGACATAAGTTC
GAGATTGGTGTGCATAGTCCTATGCCATTGTACGGTCCTTGTCCACAGCATGCCACCTTT
GATGTCACAAACCCGAATTGTTCTGGGTTAGATAAATAATCCATGTTCATTTGATAGGCA
TTAGCTGCTACAAAAACGTCCTGGCCAATCTCAGCATTGACTGATGCGATCAAATCAACT
AATCGCGGATTGAACAAAGCGGCTGCTGCTTGGAGGGCACCATAGCATTCACCATTGCGG
CTATGCTGAGCCAGCTCC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1EK88TF 672 0 0
ATAAGTTGAATCAATCATCTAGAGTAGAAAAGAAAACTATATAACAATGACTCCATTATA
AAGACTAAACAAAGCTTATCAAAGGTAGGACGGGCAGAAAGATCAAACCACATCACCGAC
AAGAAAGTCTAATAATTAACCAACAATGCAAACTGCAAAAGGCAAGACCTTGACATCTAA
ATGAAATAAATTACAGATTATATTCTAGAAGAATCCAAGAGCATGACGGTACTGAGGTTC
ATAGGGTGCATATACTTGGAGGAACCAGTGAGGATCTGATTAACAATGATCCTATTAGCT
TTTTCTGTCGGATGAAACGCATCCCAGAACGCATACAAATCTCTGTTTGGACATAAGTTC
GAGATTGGTGTGCATAGTCCTATGCCATTGTACGGTCCTTGTCCACAGCATGCCACCTTT
GATGTCACAAACCCGAATTGTTCTGGGTTAGATAAATAATCCATGTTCATTTGATAGGCA
TTAGCTGCTACAAAAACGTCCTGGCCAATCTCAGCATTGACTGATGCGATCAAATCAACT
AATCGCGGATTGAACAAAGCGGCTGCTGCTTGGAGGGCACCATAGCATTCACCATTGCGG
CTATGCTGAGCCAGCTCCGCAGGTGCACATCCCATCGCACCAGTTCCGGTTACTAGAACC
CGTCTTGCACCC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1AW81JQ 626 0 0
AAACTATATAACAATGACTCCATTATAAAGACTAAACAAAGCTTATCAAAGGTAGAACAG
GCAGAAAGATCAAACCACATCACCGACAAAAAAGTCTAATAATTAACCAACAATGCAAAC
TGCAAAAGGCAAGACCTTGACATCTAAATGAAATAAATTACAGATTATATTCTAAAAAAA
TCCAAGAGCATGACGGTACTGAGGTTCATAGGGTGCATATACTTGGAGGAACCAGTGAGG
ATCTGATTAACAATGATCCTATTAGCTTTTTCTGTCGGATGAAACGCATCCCAAAACGCA
TACAAATCTCTGTTTGGACATAAGTTCGAGATTGGTGTGCATAGTCCTATGCCAT*GTAC
GGTCCTTGTCCACAGCATGCCACCTTTGATGTCACAAACCCGAATTGTTCTGGGTTAGAT
AAATAATCCATGTTCATTTGATAGGCATTAGCTGCTACAAAAACGTCCTGGCCAATCTCA
GCATTGACTGATGCGATCAAATCAACTAATCGCGGATTGAACAAAGCGGCTGCTGCTTGG
AGGGCACCATAGCATTCACCATTGCGGCTATGCTGAGCCAGCTCCGCAGGTGCACATCCC
ATCGCACCAGTTCCGGTTACTAGAAC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1AW81TF 814 0 0
CAATCTCAGCATTGACTGATGCGATCAAATCAACTAATCGCGGATTGAACAAAGCGGCTG
CTGCTTGGAGGGCACCATAGCATTCACCATTGCGGCTATGCTGAGCCAGCTCCGCAGGTG
CACATCCCATCGCACCAGTTCCGGTTACTAGAACCCGTCTTGCACCCAACTCGTAGAGTT
TCCTAAGGATCTTTCCGTATTCCGAAATGAGATAAACAACGTAGTCGGGTAACGCGAATT
GGCGCGAACGAGCAGAAAAAGGAATGAGATAATAGTTGTTGACGAAATCGTTGCCGCCGA
GTGTGATTAAGACAAGAGCTTGGTTAACTAGTTGTGTAGCCTCTGGTCCAATCAATGCGC
TCACTCGTTGCTGGTACTGTTCGAAGTATTCGAACTGCTTAGATATTCTAATTATGTTTA
CAAATTGAATTCCAGTGTCATTGAGGATTCCAATACCGGCGGAGGCGAAATTAGCACCGA
CGAGAAGATTTTCTCCGGTGAGCTGCGGGCTAAGGTACGGCAAAGTGGATGGCATGCCTA
TAGCCTCACTGATAATGTCAGGGATGTTAAGGCCGTTAGAGAAACGTCCGGTGGGTCGAC
GGGTCGGGTAATCGATACCATACGGGTAATTGTCGGCGCGGGCAGTGGTGACAAGGTAAT
CATTGTTTCCATTGTCGACGAGAGAGTCACCAAAGACGTAGAAAGCCCTAGATCTGACTT
GTGGTGCAAGAAAGGTAACAATGAAGAAGAGTGAAATGAGAAACCCAAACGGTGAATGAT
TGATATCCATAATTATGGAGAGAGATGAGACTCC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 5

CO CL1522Contig1 1130 5 8 U
GGGCTCCAAATCTACTTCCCTAATTATAAAGAAGAGAAAAAAAAAATCATTTGGCGTCGG
TGGCTCCTCTCCTCAACATTCATCATCCTTTTCCCGATCCAAAAAAACAAAACGCAAAAT
GACAATGAGCAGCAACGGCGATTCGAAAACAAGCAACGGCTCGATCGCGAACACACCATT
CAGGATCTTCGTCGGTTACGATCCGCGCGAAGATCTCGCCTACCAAGTCTGCCGCCACTC
CATCACCAAGAGATCTTCGATCCCCGTCGAGATCACCCCCATCGTCCAATCGGATCTCCG
AGAGAAAGGCCTCTACTGGAGAGAACGCAACAACCTCGAGAGCACCGAGTTCTCCTTCAC
CCGCTTCCTCACCCCTCACCTCTCCGACTACCAAGGCTGGGCCATGTTCGTCGACTGCGA
CTTCCTCTACCTCTCCGACATCAAGGAGCTCGTGGATCTCATCGACGATAAATACGCGAT
CATGTGCGTCCAGCATGACTACACTCCCAAGGAGACGACCAAGATGGACGGTGCCGTTCA
AACGGTCTACCCGAGGAAGAACTGGTCATCCATGGTGCTTTACAACTGTGGACATCCTAA
GAACAAGACGTTGAGCCCTGAGGCTGTGAATACTCAGACCGGTGCGTTCCTCCATAGGTT
CCAGTGGCTTGAGGATGAGGAGATTGGGTCTGTTCCTTTCGTCTGGAACTTTCTTGAAGG
GCATAACAGGGTGGTTGAGAAGGATCCCGCCACGCAGCCTAAGGCCGTGCACTTTACGCG
TGGCGGGCCGTGGTTTGACGCTTGGAAGGATTGTGAGTTCGCTGATCTCTGGCTCGGTGA
GATGGAAGAGTACAACAAAGAAGGAGGCCGTGTGGCGGGGAATTAGAAAAGAAGAGAAGG
TATGTTACTTTACTACTCTTGATCATTTGTAGAAGCCAATGATCACTACTACTCTTGTTG
AATTGGATTTGTCATTTTTTTTTCTCATTGAAATTCGTTTAATTATTCGCCACACTATTA
CCAATATTAAGAGATCTTATGGTAAAATTACATATTCGTTTTTTTTGTGTTGGACTTGTA
CTTTGTAATATGATATTTTATTTGTAATTTGAATGAAGCAACTTATTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1E886TF U 67
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AF RR1GJ63TF U 383
AF RR1DS36JQ C 452
AF RR1F909JQ C 467
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BS 178 692 RR1DS36TF
BS 693 933 RR1GJ63TF
BS 934 982 RR1DS36JQ
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BS 984 1088 RR1DS36JQ
BS 1089 1130 RR1F909JQ

RD RR1E886TF 586 0 0
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GAGCAGCAACGGCGATTCGAAAACAAGCAACGGCTCGATCGCGAACACACCATTCAGGAT
CTTCGTCGGTTACGATCCGCGCGAAGATCTCGCCTACCAAGTCTGCCGCCACTCCATCAC
CAATAGATCTTCGATCCCCGTCGAGATCACCCCCATCGTCCAATCGGATCTCCGAGAGAA
AGGCCTCTACTGGAGAGAACGCAACAACCTCGAGAGCACCGAGTTCTCCTTCACCCGCTT
CCTCACCCCTCACCTCTCCGACTACCAAGGCTGGGCCATGTTCGTCGACTGCGACTTCCT
CTACCTCTCCGACATCAAGGAGCTCGTGGATCTCATCGACGATAAATACGCGATCATGTG
CGTCCAGCATGACTACACTCCCAAGGAGACGACCAAGATGGACGGTGCCGTTCAAACGGT
CTACCCGAGGAAGAACTGGTCATCCATGGTGCTTTACAACTGTGGACATCCTAAGAACAA
GACGTTGAGCCCTGAGGCTGTGAATACTCAGACCGGTGCGTTCCTC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1DS36TF 692 0 0
GGGCTCCAAATCTACTTCCCTAATTATAAAGAAGAGAAAAAAAAAATCATTTGGCGTCGG
TGGCTCCTCTCCTCAACATTCATCATCCTTTTCCCGATCCAAAAAAACAAAACGCAAAAT
GACAATGAGCAGCAACGGCGATTCGAAAACAAGCAACGGCTCGATCGCGAACACAC*ATT
CAGGATCTTCGTCGGTTACGATCCGCGCGAAGATCTCGCCTACCAAGTCTGCCGCCACTC
CATCACCAAGAGATCTTCGATCCCCGTCGAGATCACCCCCATCGTCCAATCGGATCTCCG
AGAGAAAGGCCTCTACTGGAGAGAACGCAACAACCTCGAGAGCACCGAGTTCTCCTTCAC
CCGCTTCCTCACCCCTCACCTCTCCGACTACCAAGGCTGGGCCATGTTCGTCGACTGCGA
CTTCCTCTACCTCTCCGACATCAAGGAGCTCGTGGATCTCATCGACGATAAATACGCGAT
CATGTGCGTCCAGCATGACTACACTCCCAAGGAGACGACCAAGATGGACGGTGCCGTTCA
AACGGTCTACCCGAGGAAGAACTGGTCATCCATGGTGCTTTACAACTGTGGACATCCTAA
GAACAAGACGTTGAGCCCTGAGGCTGTGAATACTCAGACCGGTGCGTTCCTCCATAGGTT
CCAGTGGCTTGAGGATGAGGAGATTGGGTCTG

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1GJ63TF 551 0 0
G
CCGACTACCAAGGCTGGGCCATGTTCGTCGACTGCGACTTCCTCTACCTCTCCGACATCA
AGGAGCTCGTGGATCTCATCGACGATAAATACGCGATCATGTGCGTCCAGCATGACTACA
CTCCCAAGGAGACGACCAAGATGGACGGTGCCGTTCAAACGGTCTACCCGAGGAAGAACT
GGTCATCCATGGTGCTTTACAACTGTGGACATCCTAAGAACAAGACGTTGAGCCCTGAGG
CTGTGAATACTCAGACCGGTGCGTTCCTCCATAGGTTCCAGTGGCTTGAGGATGAGGAGA
TTGGGTCTGTTCCTTTCGTCTGGAACTTTCTTGAAGGGCATAACAGGGTGGTTGAGAAGG
ATCCCGCCACGCAGCCTAAGGCCGTGCACTTTACGCGTGGCGGGCCGTGGTTTGACGCTT
GGAAGGATTGTGAGTTCGCTGATCTCTGGCTCGGTGAGATGGAAGAGTACAACAAAGAAG
GAGGCCGTGTGGCGGGGAATTAGAAAAGAAGAGAAGGTATGTTACTTTACTACTCTTGAT
CATTTGTAGA

QA 2 551 2 551
DS 

RD RR1DS36JQ 637 0 0
GTGGATCTCATCGACGATAAATACGCGATCATGTGCGTCCAGCATGACTACACTCCCAAG
GAGACGACCAAGATGGACGGTGCCGTTCAAACGGTCTACCCGAGGAAGAACTGGTCATCC
ATGGTGCTTTACAACTGTGGACATCCTAAGAACAAGACGTTGAGCCCTGAGGCTGTGAAT
ACTCAGACCGGTGCGTTCCTCCATAGGTTCCAGTGGCTTGAGGATGAGGAGATTGGGTCT
GTTCCTTTCGTCTGGAACTTTCTTGAAGGGCATAACAGGGTGGTTGAGAAGGATCCCGCC
ACGCAGCCTAAGGCCGTGCACTTTACGCGTGGCGGGCCGTGGTTTGACGCTTGGAAGGAT
TGTGAGTTCGCTGATCTCTGGCTCGGTGAGATGGAAGAGTACAACAAAGAAGGAGGCCGT
GTGGCGGGGAATTAGAAAAGAAGAGAAGGTATGTTACTTTACTACTCTTGATCATTTGTA
GAAGCCAATGATCACTACTACTCTTGTTGAATTGGATTTGTCATTTTTTTT*CTCATTGA
AATTCGTTTAATTATTCGCCACACTATTACCAATATTAAGAGATCTTATGGTAAAATTAC
ATATTCGTTTTTTTTGTGTTGGACTTGTACTTTGTAA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1F909JQ 664 0 0
GATAAATACGCGATCATGTGCGTCCAGCATGACTACACTCCCAAGGAGACGACCAAGATG
GACGGTGCCGTTCAAACGGTCTACCCGAGGAAGAACTGGTCATCCATGGTGCTTTACAAC
TGTGGACATCCTAAGAACAAGACGTTGAGCCCTGAGGCTGTGAATACTCAGACCGGTGCG
TTCCTCCATAGGTTCCAGTGGCTTGAGGATGAGGAGATTGGGTCTGTTCCTTTCGTCTGG
AACTTTCTTGAAGGGCATAACAGGGTGGTTGAGAAGGATCCCGCCACGCAGCCTAAGGCC
GTGCACTTTACGCGTGGCGGGCCGTGGTTTGACGCTTGGAAGGATTGTGAGTTCGCTGAT
CTCTGGCTCGGTGAGATGGAAGAGTACAACAAAGAAGGAGGCCGTGTGGCGGGGAATTAG
AAAAGAAGAGAAGGTATGTTACTTTACTACTCTTGATCATTTGTAGAAGCCAATGATCAC
TACTACTCTTGTTGAATTGGATTTGTCATTTTTTTTTCTCATTGAAATTCGTTTAATTAT
TCGCCACACTATTACCAATATTAAGAGATCTTATGGTAAAATTACATATTCGTTTTTTTT
GTGTTGGACTTGTACTTTGTAATATGATATTTTATTTGTAATTTGAATGAAGCAACTTAT
TTTT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 5

CO CL1523Contig1 861 5 12 U
AATTATAAGGTCAGTTTCATTTATCCATTGGACCAAACAATTATCAATTGGGCATACTTC
TAATTTAATAGTATAGATTGTTTGAATCAACTCTTACAAGTTACAAGCTATGACTTTCAT
AACTGAACTTCGACCACATGTAATGTTTTGGTCTCTGAAGGCATCTTGTCCAACTCAAAA
GTGACTAAACCAGAGGAGACATCATACTCAAACGCGATCTCACTTGACTCAACAACGCAT
CTCTTAGGCTTCACCGATGAGTAAGCTCCGAATTTACCACATCCTTTAACTTCCATCACC
ACTTTCATCTTCTCACCATCATATCTAAGTCCCTCGACCGCTCCTCCCGAGTTGTACATG
TTCACAAGACCAAGCGGAGCAAATGAGACACCATCGGTAGTAGCCAGATGACAAATAGGG
CTCACAGTGAAGATCTCATGCTCACGGATCTTGAGTGAGATGGGGAGAGACACGTTGCAT
GGCATAACACTGAGTTCACCTCTGCTCTGAGAGTAAACAGCACAGTCACCATTCCATGTT
GCTGGATCAGTGGAGGCCTCGGAGATTAAATGCACATCACGACCACGAATGGAGCCAGTG
ATGCAATCAGTATTCGTCTGGTGGAATATGTTTTTT*CTTTATGTGCTACTCCAAGCTGC
TCCTTGACAATTATACACACCAAGTACTCCAGTGTATTTGTTCATGTTCCATATCTTTAG
CAAGCTGACACCATCACGAGCAGGATCCGTGAACAAACAATCACGTGTTGGTCTACCAGG
CAATCTAGCACGAAGGATTGATCCATCAGGCAACACAAGCTTTCTTAGAAGATCAAAGTT
GTGTTTTCCAGGAGCATCACC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B451JQ U 202
AF RR1AG14JQ U 57
AF RR1D505JQ U 1
AF RR1B451TF C 175
AF RR1AG14TF C 60
BS 1 344 RR1D505JQ
BS 345 345 RR1AG14JQ
BS 346 633 RR1D505JQ
BS 634 634 RR1AG14JQ
BS 635 641 RR1D505JQ
BS 642 642 RR1AG14JQ
BS 643 678 RR1D505JQ
BS 679 679 RR1AG14JQ
BS 680 782 RR1D505JQ
BS 783 783 RR1AG14TF
BS 784 800 RR1D505JQ
BS 801 861 RR1AG14TF

RD RR1B451JQ 383 0 0
TCATACTCAAACGCGATCCCACTTGACTCAACAACGCATCTCTTAGGCTTCACCGATGAA
TAAGCTCCGAATTTACCACATCCTTTAACTTCCATCACCACTTTCATCTTCTCACCATCA
TATCTAAGTCCCTCGACCGCTCCTCCCGAGTTGTACATGTTCACAAGACCAAGCGGAACA
AATGAAACACCATCGGTAGTAGCCAGATGACAAATAGGGCTCACAGTGAAAATCTCATGC
TCACGGATCTTGAGTGAGATGGGGAGAGACACGTTGCATGGCATAACACTGAGTTCACCT
CTGCTCTGAAAGTAAACAGCACAGTCACCATTCCATGTTGCTGGATCAGTGGAGGCCTCG
GAAATTAAATGCACATCACGACC

QA 1 383 1 383
DS 

RD RR1AG14JQ 696 0 0
CTT
CTAATTTAATAGTATAGATTGTTTGAATCAACTCTTACAAGTTACAAGCTATGACTTTCA
TAACTGAACTTCGACCACATGTAATGTTTTGGTCTCTGAAGGCATCTTGTCCAACTCAAA
AGTGACTAAACCAGAGGAGACATCATACTCAAACGCGATCTCACTTGACTCAACAACGCA
TCTCTTAGGCTTCACCGATGAGTAAGCTCCGAATTTACCACATCCTTTAACTTCCATCAC
CACTTTCATCTTCTCACCATCATATCTAAGTCCCTCGACCGCTCCTCCCGAGTTGTACAT
GTTCACAAGACCAAGCGGAGCAAATGAGACACCATCGGTAGTAGCCAGATGACAAATAGG
GCTCACAGTGAAGATCTCATGCTCACGGATCTTGAGTGAGATGGGGAGAGACACGTTGCA
TGGCATAACACTGAGTTCACCTCTGCTCTGAGAGTAAACAGCACAGTCACCATTCCATGT
TGCTGGATCAGTGGAGGCCTCGGAGATTAAATGCACATCACGACCACGAATGGAGCCAGT
GATGCAATCAGTATTCGTCTGGTGGAATATGTTTTTT*CTTTATGTGCTACTCCTAGCTG
CTCCTTGACAATTATACACACCAAGTACTCCAGTGTATTTGTTCATGTTCCATATCTTTA
GCAAGCTGACACCATCACGAGCAGGATCCGTGA

QA 4 696 4 696
DS 

RD RR1D505JQ 800 0 0
AATTATAAGGTCAGTTTCATTTATCCATTGGACCAAACAATTATCAATTGGGCATACTTC
TAATTTAATAGTATAGATTGTTTGAATCAACTCTTACAAGTTACAAGCTATGACTTTCAT
AACTGAACTTCGACCACATGTAATGTTTTGGTCTCTGAAGGCATCTTGTCCAACTCAAAA
GTGACTAAACCAGAGGAGACATCATACTCAAACGCGATCTCACTTGACTCAACAACGCAT
CTCTTAGGCTTCACCGATGAGTAAGCTCCGAATTTACCACATCCTTTAACTTCCATCACC
ACTTTCATCTTCTCACCATCATATCTAAGTCCCTCGACCGCTCCCCCCGAGTTGTACATG
TTCACAAGACCAAGCGGAGCAAATGAGACACCATCGGTAGTAGCCAGATGACAAATAGGG
CTCACAGTGAAGATCTCATGCTCACGGATCTTGAGTGAGATGGGGAGAGACACGTTGCAT
GGCATAACACTGAGTTCACCTCTGCTCTGAGAGTAAACAGCACAGTCACCATTCCATGTT
GCTGGATCAGTGGAGGCCTCGGAGATTAAATGCACATCACGACCACGAATGGAGCCAGTG
ATGCAATCAGTATTCGTCTGGTGGAATATGTTTCTT*CTTTCTGTGCTACTCCAAGCTGC
TCCTTGACAATTATACACGCCAAGTACTCCAGTGTATTTGTTCATGTTCCATATCTTTAG
CAAGCTGACACCATCACGAGCAGGATCCGTGAACAAACAATCACGTGTTGGTCTACCAGG
CA*TCTAGCACGAAGGATTG

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1B451TF 636 0 0
TCAAAAGTGACTAAACCAGAGGAGACATCATACTCAAACGCGATCCCACTTGACTCAACA
ACGCATCTCTTAGGCTTCACCGATGAGTAAGCTCCGAATTTACCACATCCTTTAACTTCC
ATCACCACTTTCATCTTCTCACCATCATATCTAAGTCCCTCGACCGCTCCTCCCGAGTTG
TACATGTTCACAAGACCAAGCGGAGCAAATGAGACACCATCGGTAGTAGCCAGATGACAA
ATAGGGCTCACAGTGAAGATCTCATGCTCACGGATCTTGAGTGAGATGGGGAGAGACACG
TTGCATGGCATAACACTGAGTTCACCTCTGCTCTGAGAGTAAACAGCACAGTCACCATTC
CATGTTGCTGGATCAGTGGAGGCCTCGGAGATTAAATGCACATCACGACCACGAATGGAG
CCAGTGATGCAATCAGTATTCGTCTGGTGGAATATGTTTTTTTCTTTCTGTGCTACTCCA
AGCTGCTCCTTGACAATTATACACGCCAAGTACTCCAGTGTATTTGTTCATGTTCCATAT
CTTTAGCAAGCTGACACCATCACGAGCAGGATCCGTGAACAAACAATCACGTGTTGGTCT
ACCAGGCAATCTAGCACGAAGGATTGATCCATCAGG

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1AG14TF 802 0 0
CTAATTTAATAGTATAGATTGTTTGAATCAACTCTTACAAGTTACAAGCTATGACTTTCA
TAACTGAACTTCGACCACATGTAATGTTTTGGTCTCTGAAGGCATCTTGTCCAACTCAAA
AGTGACTAAACCAGAGGAGACATCATACTCAAACGCGATCTCACTTGACTCAACAACGCA
TCTCTTAGGCTTCACCGATGAGTAAGCTCCGAATTTACCACATCCTTTAACTTCCATCAC
CACTTTCATCTTCTCACCATCATATCTAAGTCCCTCGACCGCTCCTCCCGAGTTGTACAT
GTTCACAAGACCAAGCGGAGCAAATGAGACACCATCGGTAGTAGCCAGATGACAAATAGG
GCTCACAGTGAAGATCTCATGCTCACGGATCTTGAGTGAGATGGGGAGAGACACGTTGCA
TGGCATAACACTGAGTTCACCTCTGCTCTGAGAGTAAACAGCACAGTCACCATTCCATGT
TGCTGGATCAGTGGAGGCCTCGGAGATTAAATGCACATCACGACCACGAATGGAGCCAGT
GATGCAATCAGTATTCGTCTGGTGGAATATGTTTTTT*CTTTATGTGCTACTCCTAGCTG
CTCCTTGACAATTATACACACCAAGTACTCCAGTGTATTTGTTCATGTTCCATATCTTTA
GCAAGCTGACACCATCACGAGCAGGATCCGTGAACAAGCAATCACGTGTTGGTCTACCAG
GCAATCTAGCACGAAGGATTGATCCATCAGGCAACACAAGCTTTCTTAGAAGATCAAAGT
TGTGTTTTCCAGGAGCATCACC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 5

CO CL1524Contig1 664 5 6 U
GGGAGTCATATTCGAAGAAAACATAATATATTCACCCTCTCTGCGTCTCCTTTCAGCAGT
AATCTCGTCTTGATTCAGCCATGGCTAATGCGGCGTCGGGAATGGCAGTCCATGATGACT
GCAAGCTAAGGTTTCTCGAACTGAAGGCGAAGAGGACACACCGTTTCATTGTTTACAAAA
TCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTCGAGAAGGTTGGTGAACCTATTCAAACCTATG
AGGACTTTGCTGCTAGCCTTCCTGCTGAAGAGTGCCGATATGCCATTTATGACTTTGATT
TTGTCACTGCCGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCATGGTGTCCTGACG
TGGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATATATGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAAC
TTGATGGAATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACTGAGATGGATCTTGATGTTT
TCAAAAGCCGTGTCAATTAAAAAAACAAATATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGAATAAGCTT
CTTTGGCTCTTACAGTTTCCTGTGACTGTTATAAAAACATGACGCCCTTTATTCTATCTA
TCTGGTCTTGTCTTCTGTGTCTTTGTTACCCAACAGTGTTTCATCTATTTGAAAAATTAT
CCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1ET71TF U 8
AF RR1EH47TF U 1
AF RR1C507TF U 59
AF RR1EP14TF U 6
AF RR1C507JQ C 70
BS 1 136 RR1EH47TF
BS 137 137 RR1C507TF
BS 138 230 RR1EH47TF
BS 231 232 RR1C507TF
BS 233 650 RR1EH47TF
BS 651 664 RR1C507JQ

RD RR1ET71TF 183 0 0
G
TATTCCAAGAAAACATAATATATTCACCCTCTCTGCGTCTCCTTTCATCAGTAATCTCGT
CTTGATTCAGCCATGGCTAATGCGGCGTCGGGAATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTA
AGGTTTCTGGAACTGAAGGCGAAGAGGACACACCGTTTCATTGTTTACAAAATCGAGGAG
AA

QA 2 183 2 183
DS 

RD RR1EH47TF 656 0 0
GGGAGTCATATTCGAAGAAAACATAATATATTCACCCTCTCTGCGTCTCCTTTCAGCAGT
AATCTCGTCTTGATTCAGCCATGGCTAATGCGGCGTCGGGAATGGCAGTCCATGATGACT
GCAAGCTAAGGTTTCTGGAACTGAAGGCGAAGAGGACACACCGTTTCATTGTTTACAAAA
TCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTCGAGAAGGTTGGTGAACCTATT**AACCTATG
AGGACTTTGCTGCTAGCCTTCCTGCTGAAGAGTGCCGATATGCCATTTATGACTTTGATT
TTGTCACTGCCGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCATGGTGTCCTGACG
TGGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATATATGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAAC
TTGATGGAATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACTGAGATGGATCTTGATGTTT
TCAAAAGCCGTGTCAATTAAAAAAACAAATATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGAATAAGCTT
CTTTGGCTCTTACAGTTTCCTGTGACTGTTATAAAAACATGACGCCCTTTATTCTATCTA
TCTGGTCTTGTCTTCTGTGTCTTTGTTACCCAACAGTGTTTCATCTATTT
GAAAAA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1C507TF 593 0 0
GG
AATCTCGTCTTGATTCAGCCATGGCTAATGCGGCGTCGGGAATGGCAGTCCATGATGACT
GCAAGCTAAGGTTTCTCGAACTGAAGGCGAAGAGGACACACCGTTTCATTGTTTACAAAA
TCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTCGAGAAGGTTGGTGAACCTATTCAAACCTATG
AGGACTTTGCTGCTAGCCTTCCTGCTGAAGAGTGCCGATATGCCATTTATGACTTTGATT
TTGTCACTGCCGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCATGGTGTCCTGACG
TGGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATATATGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAAC
TTGATGGAATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACTGAGATGGATCTTGATGTTT
TCAAAAGCCGTGTCAATTAAAAAAACAAATATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGAATAAGCTT
CTTTGGCTCTTACAGTTTCCTGTGACTGTTATAAAAACATGACGCCCTTTATTCTATCTA
TCTGGTCTTGTCTTCTGTGTCTTTGTTACCCAACAGTGTTTCATCTATTT
G

QA 3 592 3 592
DS 

RD RR1EP14TF 645 0 0
GGA
TATTCGAAGAAAACATAATATATTCACCCTCTCTGCGTCTCCTTTCAGCAGTAATCTCGT
CTTGATTCAGCCATGGCTAATGCGGCGTCGGGAATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTA
AGGTTTCTGGAACTGAAGGCGAAGAGGACACACCGTTTCATTGTTTACAAAATCGAGGAG
AAGCAGAAGCAAGTGGTTGTCGAGAAGGTTGGTGAACCTATTCAAACCTATGAGGACTTT
GCTGCTAGCCTTCCTGCTGAAGAGTGCCGATATGCCATTTATGACTTTGATTTTGTCACT
GCCGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCATGGTGTCCTGACGTGGCAAAG
GTGAGAAGCAAGATGATATATGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAACTTGATGGA
ATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACTGAGATGGATCTTGATGTTTTCAAAAGC
CGTGTCAATTAAAAAAACAAATATCTCTCTCTCTCTCT**TTGAATAAGCTTCTTTGGCT
CTTACAGCTTCCTGTGACTGTTATAAAAACGTGACGCCCTTTATTCTATCTATCTGGTCT
TGTCTTCTGTGTCTTTGTTACCCAACAGTGTTTCATCTATTT

QA 4 645 4 645
DS 

RD RR1C507JQ 595 0 0
TTGATTCAGCCATGGCTAATGCGGCGTCGGGAATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTAA
GGTTTCTCGAACTGAAGGCGAAGAGGACACACCGTTTCATTGTTTACAAAATCGAGGAGA
AGCAGAAGCAAGTGGTTGTCGAGAAGGTTGGTGAACCTATTCAAACCTATGAGGACTTTG
CTGCTAGCCTTCCTGCTGAAGAGTGCCGATATGCCATTTATGACTTTGATTTTGTCACTG
CCGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATTTTTTTCATTGCATGGTGTCCTGACGTGGCAAAGG
TGAGAAGCAAGATGATATATGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAACTTGATGGAA
TTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACTGAGATGGATCTTGATGTTTTCAAAAGCC
GTGTCAATTAAAAAAACAAATATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGAATAAGCTTCTTTGGCTC
TTACAGTTTCCTGTGACTGTTATAAAAACATGACGCCCTTTATTCTATCTATCTGGTCTT
GTCTTCTGTGTCTTTGTTACCCAACAGTGTTTCATCTATTTGAAAAATTATCCCG

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 4

CO CL1525Contig1 1200 4 30 U
CAATCGATCTCATTAAATTTCAAGTTCAAAAGATGATTCTTATGACAGTTGCACTTGCAG
CCAATTTCATCCCTCATAATCATCCAACTCTCAAAAATGTCCTACACTGCATTTCGTGGC
TCAATACAACCCACTAATCCTCCAAAATAAACACAATGAAAAAAAAAA*CAAAGCACATG
GGCTTTGGCTGACATGCAACAACGTTCACTAAACACTCTTGATTTAGTAGTTTTCTGCTA
CGGGTCTCGAAGGAAAGAGGCGCATTAAAAAAGTGATCAGCGACCAGAGACACAGAACAG
CTAGAAACTGCAAAGTCACAACCATACCAACCAGCGCAACTCCTCGCTCTGTAATCTCTA
CAGTCGTTGACGCATCTTTCATCATAAACATCAGCCTCTGAACAAATGTGGCTGCTCTTG
TCACCTGATACAGCCTATACACCTCAAAGACTATTGGAACAATGGGCCAACAGGACGAGC
CGCGTCGTTCAAGCTGAGCCTCGAAACCACGCTGAACCGCACATCCAACCAAGAAAGGAA
GGACAGCAATCAACGCATCCATTCCGAGAGCTGGCCAAGTCATGTAGACAGCAAACACAG
GGACCACAACTTTCAAACCCATCATCAGAAATGTTGACATGAGGTATCCTCTAAGTCCAG
TGATTAGACCCCATCTCTTGGTGCTGAAGTCTAAGTAGGGCCTCTGCACTCTGTCCGTCA
CAGACAGGAATATCGCTAAACCAGTATGAAACGCCGTCTCAAAGCAGAAAGAAGTAACAA
TCTCTGCAACGGTCTCGTTTTTAAAGGTAGATTCAATGGCACCACTGAGAAAGAACTGAG
GAAGAATCAGTGAGGATATCAAGACAGCAGGAGCCAAGACCCACAAGAAGGAACCTTTGT
CTTCTTCCTGAAACGGAGCCGAGACAAGTTTACTTTCTTCAACCAGCTGGTGGGTCAGAC
CGTTGAAAGAAACCGAACCAGACTTTCCACGGAACAGCTCAGCTCGAGGAGCATAACTAT
CAGGTTGAGAAGAACATAGGACACGGCGACCTTGTGGTTTATTCCAGAGTCGGACAAGAG
GCTTTGGAGATGTGGAAGAACCGTGAAGACGGGAGAGTGAGAGTCGAGATGAAAGTTGAA
GTCTTGGCGGAAGAAACCCTAAGCAAATAGCTTTCGATTCCATTTTTGTTTTTGAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DX08JQ U 1
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TCCAACTCTCAAAAATGTCCTACACTGCATTTCGTGGCTCAATACAACCCACTAATCCTC
CAAAATAAACACAATGAAAAAAAAAAACAAAGCACATGGGCTTTGGCTGACATGCAACAA
CGTTCACTAAACACTCTTGATTTAGTAGTTTTCTGCTACGGGTCTCGAAGGAAAGAGGCG
CATTAAAAAAGTGATCAGCGACCAGAGACACAGAACAGCTAGAAACTGCAAAGTCACAAC
CATACCAACCAGCGCAACTCCTCGCTCTGTAATCTCTACAGTCGTTGACGCATCTTTCAT
CATAAACATCAGCCTCTGAACAAATGTGGCTGCTCTTGTCACCTGATACAGCCTATACAC
CTCAAAGACTATTGGAACAATGGGCCAACAGGACGAGCCGCGTCGTTCAAGCTGAGCCTC
GAAACCACGCTGAACCGCACATCCAACCAAGAAAGGAAGGACAGCAATCAACGCATCCAT
TCCGAGAGCTGGCCAAGTCATGTAGACAGCAAACACAGGGACCACAACTTTCAAACCCAT
CATCAGAAATGTTGACATGAGGTATCCTCTAAGTCCAGTGATTAGACCCCATCTCTTGGT
GCTGAAGTCTAAGTAGGGCCTCTGCACTCTGTCCGTCACAGACAGGAATATCGCTAAACC
AGTATAAAACGCCGTCTCAAAGCAGAAAGAAGTAACAATCTCTGCAACGGTCTC

QA 1 774 1 774
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TGGCTCAATACAACCCACTAATCCTCCAAAATAAACACAATGAAAAAAAA***CAAAGCA
CATGGGCTTTGGCTGACATGCAACAACGTTCACTAAACACTCTTGATTTAGTAGTTTTCT
GCTACGGGTCTCGAAGGAAAGAGGCGCATTAAAAAAGTGATCAGCGACCAGAGACACAGA
ACAGCTAGAAACTGCAAAGTCACAACCATACCAACCAGCGCAACTCCTCGCTCTGTAATC
TCTACAGTCGTTGACGCATCTTTCATCATAAACATCAGCCTCTGAACAAATGTGGCTGCT
CTTGTCACCTGATACAGCCTATACACCTCAAAGACTATTGGAACAATGGGCCAACAGGAC
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QA 1 768 1 768
DS 

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ATCAACGCATCCATTCCGAGAGCTGGCCAAGTCATGTAGACAGCAAACACAGGGACCACA
ACTTTCAAACCCATCATCAGAAATGTTGACATGAGGTATCCTCTAAGTCCAGTGATTAGA
CCCCATCTCTTGGTGCTGAAGTCTAAGTAGGGCCTCTGCACTCTGTCCGTCACAGACAGG
AATATCGCTAAACCAGTATGAAACGCCGTCTCAAAGCAGAAAGAAGTAACAATCTCTGCA
ACGGTCTCGTTTTTAAAGGTAGATTCAATGGCACCACTGAGAAAGAACTGAGGAAGAATC
AGTGAGGATATCAAGACAGCAGGAGCCAAGACCCACAAGAAGGAACCTTTGTCTTCTTCC
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GAAACCGAACCAGACTTTCCACGGAACAGCTCAGCTCGAGGAGCATAACTATCAGGTTGA
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GGAAGAAACCCTAAGCAAATAGCTTTCGATTCCATTTTTGTTTTTGAGTTCC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 3

CO CL1526Contig1 839 3 31 U
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TGAACCTTCTCAGGAGATCCATGGTCAGTCTATCCAAATCGAAACTCGCTTCGACCGGTC
GGTTTTCCTCCGCTTCAAAACCTTGTGAAATCCGAAAATCGTTGATGACCCTTGTTGTAC
AAAGAGGAGCATCAAGACAGCAAGCCATTACCGATTCTGGTCTCACGGGTGGTGTGGTCT
CAAATGGAGCTAAGGGACTGTTGTTGTTTGGCTTCCGGAATCCGCAAAGTATTGAATCTT
GTCCAGTGAACATCAGGCCCTCTTACTTGTTGGCTAGATCTTTTGCGTCGAGAACTTCCA
AAGAACCTGGGAAACATCAGAATAAGGCTAAGAAAGAGGTGGTGACTGTGGAGGATCCTT
TTGATTCTCCGACCTACCATATCCCGGAAAAGCCTGTAACCTTTACAGAAGGTGCTTCCT
ACAGTTTTGTTATTCTGGCCGGGCTTGCGGTCGCTGGGGCTTCTGGGTACGCTGTGTTTA
AAGAGCTCATCTTTCAACCAAAAGAGTACAAGGTCTTTGACAAAGCGTTGAAGAGAATTC
AAGATGACGGTCACGTGAGGGTAAGGATTGGATCCCCCATCACAGGCTACGGACAAGAAA
CCAGAAACCGAGCTGCTCGCCAACGTATACCCAACAGAATATTTACAGATGAAGACGAGT
CGAGCATGTGGAGGTAAACTTCTACATCCGTGGGCCTCATGGTCACGAGAAAGTGTACAC
GGAGATGTTAAAGACAGCAGATAAGAATGGAAGTACACATACCTGATCGTTGAGATTTA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E731TF U 1
AF RR1FM22TF U 19
AF RR1F844TF U 35
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BS 179 196 RR1E731TF
BS 197 197 RR1FM22TF
BS 198 264 RR1E731TF
BS 265 267 RR1FM22TF
BS 268 269 RR1E731TF
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TGAACCTCCTCAGGAGATCCATGGTCAGTCTATCCAAATCGAAACTCGCTTCGACCGGTC
GGTTTTCCTCCGCTTCAAAACCTTGTGAAATCCGAAAATCGTTGATGACCCTTGT***AC
AAAGAGGAGCATCAAGGCAGCAAGCCATTACCGATTCTGGTCTCACGGGTGGTGTGGTCT
CAAATGGAGCTAAGGGACTGTTGT***TTCGCTTCCGGAATCCGCAAGGTATGGAATCTT
GTCCAGTGAACATCAGGCCCTCTTACTTGTTGGCTAGATCTTTTGCGTCGAGAACTTCCA
AAGAAGCTGGGAAACATCAGAATAAGGCTAAGAAAGAGGTGGTGACTGTGGAAGATCCTT
TTGATTCTCCGACCTACCATATCCCGGAAAAGCCTGTAACGTTTACAGAAGGTGCTTCCT
ACAGTTTTGTTATTCTGGCCGGGCTTGCGGTCGCTGGGGCTTCTGGGTACGCTGTGTTCA
AAGAGCTCATATTTCAACCAAAAGAGTACAAGGTCTTTGACAAAGCGTTGAAGAGA*TTC
AAGATGACGGTCA
GA

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DS 

RD RR1FM22TF 745 0 0
AAAT
ACTTTCTTCTGATTAACAAAGCAGGACAGGAGAGATGATGAACCTTCTCAGGAGATCCAT
G*TCAGTCTATCCAAATCGAAACTCGCTTCGACCGGTCGGTTTTCCTCCGCTTCAAAACC
TTGTGAAATCCGAAAATCGTTGATGACCCTTGTTGTACAAAGAGGAGCATCAAGACAGCA
AGCCATTACCGATTCTGGTCTCACGGGTGGTGTGGTCTCAAATGGAGCTAAGGGACTGTT
GTTGTTTGGCTTCCGGAATCCGCAAAGTATTGAATCTTGTCCAGTGAACATCAGGCCCTC
TTACTTGTTGGCTAGATCTTTTGCGTCGAGAACTTCCAAAGAACCTGGGAAACATCAGAA
TAAGGCTAAGAAAGAGGTGGTGACTGTGGAGGATCCTTTTGATTCTCCGACCTACCATAT
CTCGGAAAAGCCTGTAACCTTTACAGAAGGTGCTTCCTACAGTTTTGTTATTCTGGCCGG
GCTTGCGGTCGCTGGGGCTTCTGGGTACGCTGTGTTTAAAGAGCTCATCTTTCAACCAAA
AGAGTACAAGGTCTTTGACAAAGCGTTGAAGAGAATTCAAGATGACGGTCACGTGAGGGT
AAGGATTGGATCCCCCATCACAG*CTACGGACAAGAAACCAGAAACCGAGCTGCTCGCCA
ACGTATACCCAACAGAATATTTACAGATGAAGACGAGTCGAGCATGTGGAGGTAAACTTC
TACATCCGTGGGCCTCATGG
T

QA 5 744 5 744
DS 

RD RR1F844TF 805 0 0
GG
AACAAAGCAGGACAGGAGAGATGATGAACCTTCTCAGGAGATCCATGGTCAGTCTATCCA
AATCGAAACTCGCTTCGACCGGTCGGTTTTCCTCCGCTTCAAAACCTTGTGAAATCCGAA
AATCGTTGATGACCCTTGTTGTACAAAGAGGAGCATCAAGACAGCAAGCCATTACCGATT
CTGGTCTCACGGGTGGTGTGGTCTCAAATGGAGCTAAGGGACTGTTGTTGTTTGGCTTCC
GGAATCCGCAAAGTATTGAATCTTGTCCAGTGAACATCAGGCCCTCTTACTTGTTGGCTA
GATCTTTTGCGTCGAGAACTTCCAAAGAACCTGGGAAACATCAGAATAAGGCTAAGAAAG
AGGTGGTGACTGTGGAGGATCCTTTTGATTCTCCGACCTACCATATCCCGGAAAAGCCTG
TAACCTTTACAGAAGGTGCTTCCTACAGTTTTGTTATTCTGGCCGGGCTTGCGGTCGCTG
GGGCTTCTGGGTACGCTGTGTTTAAAGAGCTCATCTTTCAACCAAAAGAGTACAAGGTCT
TTGACAAAGCGTTGAAGAGAATTCAAGATGACGGTCAGGTGAGGGTAAGGATTGGATCCC
CCATCACAGGCTACGGACAAGAAACCAGAAACCGAGCTGCTCGCCAACGTATACCCAACA
GAATATTTACAGATGAAGACGAGTCGAGCATGTGGAGGTAAACTTCTACATCCGTGGGCC
TCATGGTCACGAGAAAGTGTACACGGAGATGTTAAAGACAGCAGATAAGAATGGAAGTAC
ACATACCTGATCGTTGAGATTTA

QA 3 805 3 805
DS 



AS 1 6

CO CL1527Contig1 858 6 2 U
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AAGAATCAAGAGATCATCTTCTTCCAGCTTCATTCTGCGAAAACACTTTTCGACTCTCAA
TAATCGGATTCCTTCTCTTCCATTAGCTTAAGTTTCGAGGTCCGATGGCTGCTACATCCG
TCCATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGAGGTGGATCTAAGTAGTTACAAGG
GGAAGGTTCTCTTGATTGTCAACGTTGCTTCTCAGTGTGGCTTGACCAATTCCAACTATA
CTGAGCTTGCCCAGCTCTATCACAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGATCCTTGCATTCC
CTTGTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGTTCAGTTTGCTT
GTACCCGTTTCAAGGCTGAGTACCCTATTTTCGACAAGGTTGATGTGAACGGTGACAAGG
CTGCTCCAATCTACAAGTTTCTTAAATCAAGCAAAGGCGGGCTTTTTGGAAGCGGTATCA
AGTGGAACTTCTCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGAAATGTCGTTGACCGTTACGCTC
CGACCACTTCTCCTCTCAGCATCGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTA
AATAAAAAGAACAACGAAGAGGGCATTACTCATTAGGAGTCAAATAAAAAGCTCATAGTA
TTGTATTTATCAATACTGTAATATATCTCTTGAGTTCGCAAGTGTCTTTTGGATTAGTTG
TTTCCTACCACTTAAATTCGTTTGTATTAACGGATAATGTGTAATATGCTCTCCTTTTCA
TAAAGATGGATATTATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1BE23TF U 1
AF RR1EI61TF U 41
AF RR1AO20JQ C 95
AF RR1AO20TF U 95
AF RR1BE23JQ C 132
AF RR1EI61JQ C 227
BS 1 663 RR1BE23TF
BS 664 858 RR1AO20TF

RD RR1BE23TF 663 0 0
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AAGAATCAAGAGATCATCTTCTTCCAGCTTCATTCTGCGAAAACACTTTTCGACTCTCAA
TAATCGGATTCCTTCTCTTCCATTAGCTTAAGTTTCGAGGTCCGATGGCTGCTACATCCG
TCCATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGAGGTGGATCTAAGTAGTTACAAGG
GGAAGGTTCTCTTGATTGTCAACGTTGCTTCTCAGTGTGGCTTGACCAATTCCAACTATA
CTGAGCTTGCCCAGCTCTATCACAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGATCCTTGCATTCC
CTTGTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGTTCAGTTTGCTT
GTACCCGTTTCAAGGCTGAGTACCCTATTTTCGACAAGGTTGATGTGAACGGTGACAAGG
CTGCTCCAATCTACAAGTTTCTTAAATCAAGCAAAGGCGGGCTTTTTGGAAGCGGTATCA
AGTGGAACTTCTCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGAAATGTCGTTGACCGTTACGCTC
CGACCACTTCTCCTCTCAGCATCGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTA
AAT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1EI61TF 622 0 0
GG
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ACACTTTTCGACTCTCAATAATCGGATTCCTTCTCTTCCATTAGCTTAAGTTTCGAGGTC
CGATGGCTGCTACATCCGTCCATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGAGGTGG
ATCTAAGTAGTTACAAGGGGAAGGTTCTCTTGATTGTCAACGTTGCTTCTCAGTGTGGCT
TGACCAATTCCAACTATACTGAGCTTGCCCAGCTCTATCACAAGTACAAAGATCATGGGT
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AGATTGTTCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCTGAGTACCCTATTTTCGACAAGGTTG
ATGTGAACGGTGACAAGGCTGCTCCAATCTACAAGTTTCTTAAATCAAGCAAAGGCGGGC
TTTTTGGAAGCGGTATCAAGTGGAACTTCTCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGAAATG
TCGTTGACCGTTACGCTCCGACCACTTCTCCTCTCAGCATCGAGAAGGACCTGAAGAAAC
TGTTGGGAGTTACTGCTAAA

QA 3 622 3 622
DS 

RD RR1AO20JQ 762 0 0
GG
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AGGTGGATCTAAGTAGTTACAAGGGGAAGGTTCTCTTGATTGTCAACGTTGCTTCTCAGT
GTGGCTTGACCAATTCCAACTATACTGAGCTTGCCCAGCTCTATCACAAGTACAAAGATC
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AGGTTGATGTGAACGGTGACAAGGCTGCTCCAATCTACAAGTTTCTTAAATCAAGCAAAG
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AGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTAAATAAAAAGAACAACGAAGAGGGCATTACTCATTAG
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CGCAAGTGTCTTTTGGATTAGTTGTTTCCTACCACTTAAATTCGTTTGTATTAACGGATA
ATGTGTAATATGCTCTCCTTTTCATAAAGATGGATATTAT

QA 3 762 3 762
DS 

RD RR1AO20TF 764 0 0
GG
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GAGGTCCGATGGCTGCTACATCCGTCCATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATG
AGGTGGATCTAAGTAGTTACAAGGGGAAGGTTCTCTTGATTGTCAACGTTGCTTCTCAGT
GTGGCTTGACCAATTCCAACTATACTGAGCTTGCCCAGCTCTATCACAAGTACAAAGATC
ATGGGTCTGAGATCCTTGCATTCCCTTGTAACCAGTTTGGGAATCGAGAACCTGGTTCTA
ATGAAGAGATTGTTCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCTGAGTACCCTATTTTCGACA
AGGTTGATGTGAACGGTGACAAGGCTGCTCCAATCTACAAGTTTCTTAAATCAAGCAAAG
GCGGGCTTTTTGGAAGCGGTATCAAGTGGAACTTCTCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATG
GAAATGTCGTTGACCGTTACGCTCCGACCACTTCTCCTCTCAGCATCGAGAAGGACCTGA
AGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTAAATAAAAAGAACAACGAAGAGGGCATTACTCATTAG
GAGTCAAATAAAAAGCTCATAGTATTGTATTTATCAATACTGTAATATATCTCTTGAGTT
CGCAAGTGTCTTTTGGATTAGTTGTTTCCTACCACTTAAATTCGTTTGTATTAACGGATA
ATGTGTAATATGCTCTCCTTTTCATAAAGATGGATATTATAG

QA 3 764 3 764
DS 

RD RR1BE23JQ 727 0 0
CTTCTCTTCCATTAGCTTAAGTTTCGAGGTCCGATGGCTGCTACATCCGTCCATGATTTC
ACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGAGGTGGATCTAAGTAGTTACAAGGGGAAGGTTCTC
TTGATTGTCAACGTTGCTTCTCAGTGTGGCTTGACCAATTCCAACTATACTGAGCTTGCC
CAGCTCTATCACAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGATCCTTGCATTCCCTTGTAACCAG
TTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGTTCAGTTTGCTTGTACCCGTTTC
AAGGCTGAGTACCCTATTTTCGACAAGGTTGATGTGAACGGTGACAAGGCTGCTCCAATC
TACAAGTTTCTTAAATCAAGCAAAGGCGGGCTTTTTGGAAGCGGTATCAAGTGGAACTTC
TCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGAAATGTCGTTGACCGTTACGCTCCGACCACTTCT
CCTCTCAGCATCGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTTGGGAGTTACTGCTAAATAAAAAGAA
CAACGAAGAGGGCATTACTCATTAGGAGTCAAATAAAAAGCCCATAGTATTGTATTTATC
AATACTGTAATATATCTCTTGAGTTCGCAAGTGTCTTTTGGATTAGTTGTTTCCTATCAC
TTAAATTCGTTTGTATTAACGGATAATGTGTAATATGCTCTCCTTTTCATAAAGATGGAT
ATTAT
AG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1EI61JQ 630 0 0
AAGTAGTTACAAGGGGAAGGTTCTCTTGATTGTCAACGTTGCTTCTCAGTGTGGCTTGAC
CAATTCCAACTATACTGAGCTTGCCCAGCTCTATCACAAGTACAAAGATCATGGGTTTGA
GATCCTTGCACTCCCTTGTAACCAGTTTGGGGATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGAT
TGTTCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCTGAGTACCCTATTTTCGACAAGGTTGATGT
GAACGGTGACAAGGCTGCTCCAATCTACAAGTTTCTTAAATCAAGCAAAGGCGGGCTTTT
TGGAAGCGGTATCAAGTGGAACTTCTCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGAAATGTCGT
TGACCGTTACGCTCCGACCACTTCTCCTCTCAGCATCGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTT
GGGAGTTACTGCTAAATAAAAAGAACAACGAAGAGGGCATTACTCATTAGGAGTCAAATA
AAAAGCTCATAGTATTGTATTTATCAATACTGTAATATATCTCTTGAGTTCGCAAGTGTC
TTTTGGATTAGTTGTTTCCTATCACTTAAATTCGTTTGTATTAACGGATAATGTGTAATA
TGCTCTCCTTTTCATAAAGATGGATATTAT

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 6

CO CL1528Contig1 1022 6 7 U
GTCCACCTCAATGAACACCAGGCTCTTACCTCAAGGGAGCAGCGGGTTCATGAGTGGTAA
GACTAGCGCCTTGTTACAGGGCAGTAGTTCACGCCCAGCAGAACAACCGGTTCAGCGAGC
TGCACCTGTAGCTGTACCGGTTCCGGTTGAGAAACCACCACAGCCTAGTGCTGCTCCCAA
GTTGAGCGAGGAAGTTCTCAAGAGGAAAACAAAGTCGCTTCTGGAGGAGTATTTCAACGT
GCGGCTTCTTGATGAAGCTATGCAGTGTTTGGAGGAGCTTGCGTCTCCTTCGTATCACGC
AGAGTTCGTGAAGGAAGCAATCACTCTGGCCCTTGAGAAAAGCCCGCCTGTTGTTGACCC
AATCGCTAGTCTCTTGGTGTATTTGCTATCCAAGAAGGTGGTCACACCCAAGGATCTTGA
AACTGGGTGCTTGCTGTTCGGTGCTATGCTGGACGACGTTGGAATCGATCTTCCCAAGGC
GCCAAACAACTTTGGTGAGATTGTAGGGAAGCTGATTGTGGCAGGTGGTGTGGATTTCAA
ATTGGTTAAAGAGGTCCTTGGAAAGATGGAGGATGATAGGTTCCAGAAGGCGGTGATTGA
TGCAGCTGTACGCATTGTGGAATCTAGCGAGCAGGGGAAGTCCCTGCTGGCCTCGCAGGC
TGCAGACGTCGAGGCTTGTCGGAATCTGTAAAAGGAACCAATTGCTTTGGCGATGGATGT
CGTGTTGTAAGCTTGAAGGACAGAACTCAAAAGATAGTTTCCAACAAGAAAACTTGTGGG
AGTTTTGCTCTTTCTTTACTAAGCTCTTTTTATTATGACATCATTCTCACCACTTCCTTT
CTGTTGATATGGGAATGTGTTCATCTTCTCTTTTTGTATTCTTCTGAAACTCTCTGTCTT
TTACTTTTTTGACCTTTGCATTTTTGCTTTAGGGTCTCGGATACTATTCAGTTGATTGTT
GTTCAGACCTGAGACCCCTATAAACTGGTTGCTTCAGATATTTACATTGGAAATGTTTGA
GC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1GI43TF U 1
AF RR1DE52TF U 127
AF RR1GY82TF U 1
AF RR1GI43JQ C 378
AF RR1GY82JQ C 691
AF RR1DE52JQ C 352
BS 1 520 RR1GI43TF
BS 521 585 RR1GY82TF
BS 586 720 RR1DE52JQ
BS 721 721 RR1GI43JQ
BS 722 918 RR1DE52JQ
BS 919 919 RR1GI43JQ
BS 920 1022 RR1DE52JQ

RD RR1GI43TF 520 0 0
GTCCACCTCAATGAACACCAGGCTCTTACCTCAAGGGAGCAGCGGGTTCATGAGTGGTAA
GACTAGCGCCTTGTTACAGGGCAGTAGTTCACGCCCAGCAGAACAACCGGTTCAGCGAGC
TGCACCTGTAGCTGTACCGGTTCCGGTTGAGAAACCACCACAGCCTAGTGCTGCTCCCAA
GTTGAGCGAGGAAGTTCTCAAGAGGAAAACAAAGTCGCTTCTGGAGGAGTATTTCAACGT
GCGGCTTCTTGATGAAGCTATGCAGTGTTTGGAGGAGCTTGCGTCTCCTTCGTATCACGC
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AATCGCTAGTCTCTTGGTGTATTTGCTATCCAAGAAGGTGGTCACACCCAAGGATCTTGA
AACTGGGTGCTTGCTGTTCGGTGCTATGCTGGACGACGTTGGAATCGATCTTCCCAAGGC
GCCAAACAACTTTGGTGAGATTGTAGGGAAGCTGATTGTG

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR1DE52TF 422 0 0
G
GTAGCTGTACCGGTTCCGGTTGAGAAACCACCACAGCCTAGTGCTGCTCCCAAGTTGAGC
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CTTGATGAAGCTATGCAGTGTTTGGAGGAGCTTGCGTCTCCTTCGTATCACGCAGAGTTC
GTGAAGGAAGCAATCACTCTGGCCCTTGAGAAAAGCCCGCCTGTTGTTGACCCAATCGCT
AGTCTCTTGGTGTATTTGCTATCCAAGAAGGTGGTCACACCCAAGGATCTTGAAACTGGG
TGCTTGCTGTTCGGTGCTATGCTGGACGACGTTGGAATCGATCTTCCCAAGGCGCCAAAC
AACTTTGGTGAGATTGTAGGGAAGCTGATTGTGGCAGGTGGTGTGG
TTTCAATTGGTAAAG

QA 2 407 2 407
DS 

RD RR1GY82TF 585 0 0
GTCCACCTCAATGAACACCAGGCTCTTACCTCAAGGGAGCAGCGGGTTCATGAGTGGTAA
GACTAGCGCCTTGTTACAGGGCAGTAGTTCACGCCCAGCAGAACAACCGGTTCAGCGAGC
TGCACCTGTAGCTGTACCGGTTCCGGTTGAGAAACCACCACAGCCTAGTGCTGCTCCCAA
GTTGAGCGAGGAAGTTCTCAAGAGGAAAACAAAGTCGCTTCTGGAGGAGTATTTCAACGT
GCGGCTTCTTGATGAAGCTATGCAGTGTTTGGAGGAGCTTGCGTCTCCTTCGTATCACGC
AGAGTTCGTGAAGGAAGCAATCACTCTGGCCCTTGAGAAAAGCCCGCCTGTTGTTGACCC
AATCGCTAGTCTCTTGGTGTATTTGCTATCCAAGAAGGTGGTCACACCCAAGGATCTTGA
AACTGGGTGCTTGCTGTTCGGTGCTATGCTGGACGACGTTGGAATCGATCTTCCCAAGGC
GCCAAACAACTTTGGTGAGATTGTAGGGAAGCTGATTGTGGCAGGTGGTGTGGATTTCAA
ATTGGTTAAAGAGGTCCTTGGAAAGATGGAGGATGATAGGTTCCA

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1GI43JQ 633 0 0
TGTATTTGCTATCCAAGAAGGTGGTCACACCCAAGGATCTTGAAACTGGGTGCTTGCTGT
TCGGTGCTATGCTGGACGACGTTGGAATCGATCTTCCCAAGGCGCCAAACAACTTTGGTG
AGATTGTAGGGAAGCTGATTGTGGCAGGTGGTGTGGATTTCAAATTGGTTAAAGAGGTCC
TTGGAAAGATGGAGGATGATAGGTTCCAGAAGGCGGTGATTGATGCAGCTGTACGCATTG
TGGAATCTAGCGAGCAGGGGAAGTCCCTGCTGGCCTCGCAGGCTGCAGACGTCGAGGCTT
GTCGGAATCTGTAAAAGGAACCAATTGCTTTGGCGATGGATGTCGTGTTGTAAGCTTGAA
GGACAGAACTCAAAAGATAGTTTCCAACAAGAAAACTTGTGGGAGTTTTGCTCTTTCTTT
ACTAAGCTCTTTTTATTATGACATCATTCTCACCACTTCCTTTCTGTTGATATGGGAATG
TGTTCATCTTCTCTTTTTGTATTCTTCTGAAACTCTCTGTCTTTTACTTTTTTGACCTTT
GCATTTTTGCTTTAGGGTCTCGGATACTATTCAGTTGATTGTTGTTCAGACCTGAGACCC
CTATAAACTGGTTGCTTCAGATATTTACATT
CG

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1GY82JQ 320 0 0
AAAGGAACCAATTGCTTTGGCGATGGATGTCGTGTTGTAAGCTTGAAGGACAGAACTCAA
AAGATAGTTTCCAACAAGAAAACTTGTGGGAGTTTTGCTCTTTCTTTACTAAGCTCTTTT
TATTATGACATCATTCTCACCACTTCCTTTCTGTTGATATGGGAAAGTGTTCATCTTCTC
TTTTTGTATTCTTTTGAAACTTTCTGTCTTTTACTTTTTTGACCTTTGCATTTTTGCTTT
AGGGTCTCGGATACTATTCAGTTGATTGTTGTTCAGACCTGAGACCCCTATAAACTGGTT
GCTTCAGATATTTACATT
CG

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR1DE52JQ 671 0 0
TGTTGACCCAATCGCTAGTCTCTTGGTGTATTTGCTATCCAAGAAGGTGGTCACACCCAA
GGATCTTGAAACTGGGTGCTTGCTGTTCGGTGCTATGCTGGACGACGTTGGAATCGATCT
TCCCAAGGCGCCAAACAACTTTGGTGAGATTGTAGGGAAGCTGATTGTGGCAGGTGGTGT
GGATTTCAAATTGGTTAAAGAGGTCCTTGGAAAGATGGAGGATGATAGGTTCCAGAAGGC
GGTGATTGATGCAGCTGTACGCATTGTGGAATCTAGCGAGCAGGGGAAGTCCCTGCTGGC
CTCGCAGGCTGCAGACGTCGAGGCTTGTCGGAATCTGTAAAAGGAACCAATTGCTTTGGC
GATGGATGTTGTGTTGTAAGCTTGAAGGACAGAACTCAAAAGATAGTTTCCAACAAGAAA
ACTTGTGGGAGTTTTGCTCTTTCTTTACTAAGCTCTTTTTATTATGACATCATTCTCACC
ACTTCCTTTCTGTTGATATGGGAATGTGTTCATCTTCTCTTTTTGTATTCTTCTGAAACT
CTCTGTCTTTTACTTTTTTGACCTTTGTATTTTTGCTTTAGGGTCTCGGATACTATTCAG
TTGATTGTTGTTCAGACCTGAGACCCCTATAAACTGGTTGCTTCAGATATTTACATTGGA
AATGTTTGAGC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 2 6

CO CL1529Contig1 521 3 4 U
GGCCCAAATCAATGGCGTCGCTAGCCTCATCTCTGCAGTCTCTGAAGATCTCCTCCTCCC
CGTTCACCCATGGCTCCACTCCACTCTCATCTCTCTCCAAACCCATTTCCTTCCCGAACG
CTAGGAAGCCCGGTCTAGTCCCGGCGATAAGAGCCATGAAGACGATGCAAGGACGCGTGG
TGTGCGCAACGAACGACAAGACGGTGGCGGTGGAAGTGGTGAGGCTGGCTCCACACCCCA
AGTACAAGAGGCGCGTGAGGATGAAGAAGAAGTACCAGGCGCATGACCCTGATAACGTGT
TCAAGGTGGGTGACGTTGTGAGGCTTGAAAAGAGCAGGCCCATCAGCAAGACCAAGTCTT
TCGTCGCCCTTCCTGTTCTCAAGAGGAATGATCTTGGGATTCCGATGGAGTATCAGCAGC
CGCCGCAGGTGGTAGAGTAGAGAATGGTTGTTTATTTGTATTTCTGCAAACATGAGTTGT
AATTGAGTTGAACTGTTGTTCTTGGAATGTGTTTTCGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C838TF U 1
AF RR1E223TF U 4
AF RR1C838JQ C 37
BS 1 266 RR1C838TF
BS 267 411 RR1E223TF
BS 412 412 RR1C838JQ
BS 413 521 RR1E223TF

RD RR1C838TF 266 0 0
GGCCCAAATCAATGGCGTCGCTAGCCTCATCTCTGCAGTCTCTGAAGATCTCCTCCTCCC
CGTTCACCCATGGCTCCACTCCACTCTCATCTCTCTCCAAACCCATTTCCTTCCCGAACG
CTAGGAAGCCCGGTCTAGTCCCGGCGATAAGAGCCATGAAGACGATGCAAGGACGCGTGG
TGTGCGCAACGAACGACAAGACGGTGGCGGTGGAAGTGGTGAGGCTGGCTCCACACCCCA
AGTACAAGAGGCGCGTGAGGATGAAG

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR1E223TF 518 0 0
GG
AAATCAATGGCGTCGCTAGCCTCATCTCTGCAGTCTCTGAAGATCTCCTCCTCCCCGTTC
ACCCATGGCTCCACTCCACTCTCATCTCTCTCCAAACCCACTTCCTTCCCGAACGCTAGG
AAGCCCGGTCTAGTCCCGGCGATAAGAGCCATGAAGACGATGCAAGGACGCGTGGTGTGC
GCAACGAACGACAAGACGGTGGCGGTGGAAGTGGTGAGGCTGGCTCCACACCCCAAGTAC
AAGAGGCGCGTGAGGATGAAGAAGAAGTACCAGGCGCATGACCCTGATAACGTGTTCAAG
GTGGGTGACGTTGTGAGGCTTGAAAAGAGCAGGCCCATCAGCAAGACCAAGTCTTTCGTC
GCCCTTCCTGTTCTCAAGAGGAATGATCTTGGGATTCCGATGGAGTCTCAGCAGCCGCCG
CAGGTGGTAGAGTAGAGAATGGTTGTTTATTTGTATTTCTGCAAACATGAGTTGTAATTG
AGTTGAACTGTTGTTCTTGGAATGTGTTTTCGTTTT

QA 3 518 3 518
DS 

RD RR1C838JQ 452 0 0
AGTCTTTGAAGATCTCCTCCTCCCCGTTCACCCATGGCTCCACTCCACTCTCATCTCTCT
CCAAACCCATTTCCTTCCCGAACGCTAGGAAGCCCGGTCTAGTCCCGGCGATAAGAGCCA
TGAAGACGATGCAAGGACGCGTGGTGTGCGCAACGAACGACAAGACGGTGGCGGTGGAAG
TGGTGAGGCTGGCTCCACACCCCAAGTACAAGAGGCGCGTGAGGATGAAGAAGAAGTACC
AGGCGCATGACCCTGATAACGTGTTCAAGGTGGGTGACGTTGTGAGGCTTGAAAAGAGCA
GGCCCATCAGCAAGACCAAGTCTTTCGTCGCCCTTCCTGTTCTCAAGAGGAATGATCTTG
GGATTCCGATGGAGTATCAGCAGCCGCCGCAGGTGGT***GTAGAGAATGGTTGTTTATT
TGTATTTTTGCAAACATGAGTTGTAATTGAGT

QA 1 452 1 452
DS 



CO CL1529Contig2 604 3 6 U
GTAAGAAGAGAGATACATTTGCTTCTACCACAGGTCCAAGGGCTTGTGGTCAAGAAAATA
ACATTTCAACTGAAAACGAAAACACATTCCAAGAACAACAGTTCAACTCAATTACAACTC
AAAGTTTGCAGAAATACAAATAAACAACCATTCTTTCTCTACTCTACCACCTGCGGTGTC
GGCGGCGGCTGCTGAAACTCCATCGGAATCCCAAGATCATTCCTCTTGAGAACAGGAAGG
GCGACGAAAGACTTGGTCTTACTAATGGGCCTGCTCTTTTCAAGCCTCACAACGTCACCC
ACCTTGAACACGTTGTCAGGGTCATGCGCCTGATACTTCTTCTTCATCCTCACGCGCCTC
TTGTACTTGGGGTGTGGAGCCAGCCTCACCACTTCCACCGCCACCGTCTTGTCGTTCGTT
GCGCACACCACGCGTCCTTGCATCGTCTTCATGGCTCTTATCGCCGGGACTAGGCCAGGC
TTCCTGGTGTTCGGGAAGGAAACGGGTTTGGAGAGAGAAGAGAGTGGAGTGGAGCCATGG
GTGAATGGGGAGGAGGAGATCTTCAGAGACTGCAGAGATGAGGCTAGCGACGCCATTGAT
TTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 10 10 

AF RR1G079JQ U 1
AF RR1EQ55JQ U 89
AF RR1EQ55TF C 89
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GGCGGCGGCTGCTGAGACTCCATCGGAATCTCAAGATCATTCCTCTTGAGAACAGGAAGG
GCGACGAAAGACTTGGTCTTACTAATGGGCCTGCTCTTTTCAAGCCTCACAACGTCACCC
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GCGCACACCACGCGTCCTTGCATCGTCTTCATGGCTCTTATCGCCGGGACTAGGCCAGGC
TTCCTGGTGTTCGGGAAGGAAACGGGTTTGGAGAGAGA
A

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GCCTGCTCTTTTCAAGCCTCACAACGTCACCCACCTTGAACACGTTGTCAGGGTCATGCG
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CCACTTCCACCGCCACCGTCTTGTCGTTCGTTGCGCACACCACGCGTCCTTGCATCGTCT
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TGGAGAGAGAAGAGAGTGGAGTGGAGCCATGGGTGAATGGGGAGGAGGAGATCTTCAGAG
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DS 

RD RR1EQ55TF 516 0 0
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CATTCTTTCTCTACTCTACCACCTGCGGTGTCGGCGGCGGCTGCTGAAACTCCATCGGAA
TCCCAAGATCATTCCTCTTGAGAACAGGAAGGGCGACGAAAGACTTGGTCTTACTAATGG
GCCTGCTCTTTTCAAGCCTCACAACGTCACCCACCTTGAACACGTTGTCAGGGTCATGCG
CCTGATACTTCTTCTTCATCCTCACGCGCCTCTTGTACTTGGGGTGTGGAGCCAGCCTCA
CCACTTCCACCGCCACCGTCTTGTCGTTCGTTGCGCACACCACGCGTCCTTGCATCGTCT
TCATGGCTCTTATCGCCGGGACTAGGCCAGGCTTCCTGGTGTTCGGGAAGGAAACGGGTT
TGGAGAGAGAAGAGAGTGGAGTGGAGCCATGGGTGAATGGGGAGGAGGAGATCTTCAGAG
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CC

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DS 



AS 2 6

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BQ
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AF RR1AF07JQ C 1
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CCAAAAGAGTTAGAACCTGGCGGGAGAGACATTTGAAGCTCCCTGAGACTTTGTTCAGAG
GCCAAAAAAAGAAAAAAAATCTAAATGTTATATTATCATCATCTTATTTGAACTTTTACC
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TAGACAGTAACAAAATAATGTCTGC

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DS 

RD RR1AF07TF 325 0 0
G
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CAAAAGAGTTAGAACCTGGCGGGAGAGACATTTGAAGCTCCCTGAGACTTTGTTCAGAGG
CCAAAAAAAGAAAAAAAATCTAAATGTTATATTATCATCATCTTATTTGAACTTTTACCA
TTTCTCTTCTTAAACCTTTTATGTTCTTATGATCTTCTTCTTCTTCTCTGACTCATTATT
AGACAGTAACAAAATAATGTCTGC

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DS 



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ATCGAGACACAGATCATCATCTTCTTTTTTGGCTATCTGCGCGATCGATTACTGTCCGAA
AGGTTGAAACTTTTTGTTGTGTAGACAGAAGGGTGTTGTTTTGGATCGTGTTCTTTTCGA
ATGGCGCAGGGAAGCATGGACCCTGCCGTTCTCGACGACATCATCCGTCGTCTGTTGGAT
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CCCATCAAGATCTGCGGTGATATACATGGACAGTACTCAGATCTACTGAGGCTGTTTGAG
TACGGAGGCTTCCCTCCCACAGCCAACTACCTCTTCTTAGGAGACTACGTGGACCGCGGG
AAGCAGAGCTTAGAGACCATCTGCCTCCTCCTAGCCTACAAAATCAAATACCCTGAGAAC
TTCTTCCTCCTAAGAGGCAACCACGAGTGCGCTTCCATCAACAGAATCTACGGATTCTAC
GACGAATGCAAACGCAGGTTCAGCGTGAGGCTCTGGAAAGTGTTTACGGATTCTTTTAAC
TACCTCCCGGTGGCTGCTGTGATAGACGATAAGATACTGTGTATGCACGGTGGCCTTTCT
CCCGATTTGACCAGCGTGGAGCAGATCAAGACTATTAAGAGACCTACCGATGTTCCGGAC
ACCGGTTTGCTATGTGATCTGCTCTGGTCTGATCCGAGCAAAGATGTAAAAGGCTGGGGG
ATGAACGACCGTGGTGTCTCTTACACGTTTGGGCCTGACAAAGTTGCTGAGTTTCTTATC
AAGAACGATATGGATCTCATCTGTCGTGCCCACCAGGTTGTAGAGGATGGGTATGAGTTC
TTTGCAGATAGACAGCTTGTTACTATATTCTCAGCTCCAAACTACTGTGGTGAATTCGAC
AATGCTGGTGCGATGATGAGTGTTGATGAGAGTTTGATGTGCTCTTTCCAAATTCTTAAG
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ATGATCTTCTTCTTCTCAGACTCATTATTAGACAGTAACAAAATAATGTCTGCAAATTTT
TTATTATTCATCAACAAAATTCTCAGTGGT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN15TF U 3
AF RR1BA47TF U 1
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AF RR1BA47JQ C 554
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CGAGTGCAAACGCAGGTTCAGCGTGAGGCTCTGGAAAGTGTTTA

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CTTTGTCTCGTCTCCAAAGAGATTTTCCTTCAGCAGCCTAACCTCCTCGAGCTCGAAGCT
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TACGGAGGCTTCCCTCCTACAGCCAACTACCTCTTCTTAGGAGACTACGTGGACCGCGGG
AAGCAGAGCTTAGAGACCATCTGTCTCCTCCTCGCCTACAAAATCAAATACCCTGAGAAC
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TACCTCCCGGTGGCTGCTGTGATAGACGATAAGATACTGTGTATGCACGGTGGCCTTTCT
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DS 

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TTTGAAGCTCCCTGAGACTTTGTTCAGAGGCC

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GCAGGTTCAGCGTGAGGCTCTGGAAAGTGTTTACGGATTCTTTTAACTACCTCCCGGTGG
CTGCTGTGATAGACGATAAGATACTGTGTATGCACGGTGGCCTTTCTCCCGATTTGACCA
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ATCTCATCTGTCGTGCCCACCAGGTTGTAGAGGATGGGTATGAGTTCTTTGCAGATAGAC
AGCTTGTTACTATATTCTCAGCTCCAAACTACTGTGGTGAATTCGACAATGCTGGTGCGA
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GGCCCCGGTTCTTATGATCGAAAAGAGTTAGAACCTGGCGGGAGAGAGACATTTGAAGCT
CCCTGAGACTTTGTTCAGAGGCCAAAAAAAAAGAAAGTCTAAATGTTATATTATCATCAT
CTTATTTGAACTCTTACCATTTCTCTTCTTAAACCTTTTATGTTCTTATGATCTTCTTCT
TCTCAGACTCATTATTAGACAGTAACAAAATAATGTCTGCAAATTTTTTATTATTCATCA
ACAAAATTCTCAGTGGT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 6

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ATCATCGGCTGTCTCCAGGTGTTTCAGATCCGCCGCTGACACCGACCATGTCTGGAATCA
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ACACCTCTTCTTCTCCCTCGTCCATAACCCTCTCCTTCTCCACGGTTCCCAATTGAGCTT
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CTACGGTTTTCGCCAGCCCGTAGAGGCATCCCTTATTTTGGCTGGCACCGAGCATGATGA
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TAACACCTTTTGCTCTTTGCAATTGTTGTTCTCAGTGTTGTGTTATCTTCTTCTCTTCTT
ATTTTCCCCTGCTTCTTTGTTTTTTTTCTTCCTATATTGATGCAGAAAAAAATTGTATTT
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CAGATTAGGATTATTAATTCATGTTTGGATACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GCG

QA 1 700 1 700
DS 

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GG
CCTTTGGTAGAAAGCAAAAGCAATGAATAATCTGCCAGAGGACTGCATCGCTAAGATCCT
TTCCTTGACTACGCCTCGAGACGTTTGCCGATCATCGGCTGTCTCCAGGTGTTTCAGATC
CGCCGCTGACACCGACCATGTCTGGAATCACTTCTTACCTTCCGAGTTCCCCGAGGGTTT
TAGGGCACCTGAGGGTCTTCCCACCAAGAAACACCTCTTCTTCTCCCTCGTCCATAACCC
TCTCCTTCTCCACGGTTCCCAATTGAGCTTTTCGCTGGAGAGAAGTACTGGTAACAAGTG
CTACATGATGGCTGCTAGGGCCTTGAATATTACTTGGGGACATGATCAAAGATACTGGCA
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GCTTGACATCACTTGAAAAATCAACATAAACCTTCTCTCTGATGACACCCTCTACGCCGC
TTACCTTGTCTTTAAGTGGAACCTTGATCCCTACGGTTTTCGCCAGCCCGTAGAGGCATC
CCTTATTTTGGCTGGCACCGAGCATGGTGATGTCCAGCCTTCCATGGTCAGTCTCATGCA
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GGAGTTGGGACAGTTCT

QA 3 679 3 679
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GG
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AGCAAAAGCAATGAATAATCTGCCAGAGGACTGCATCGCTAAGATCCTTTCCTTGACTAC
GCCTCGAGACGTTTGCCGATCATCGGCTGTCTCCAGGTGTTTCAGATCCGCCGCTGACAC
CGACCATGTCTGGAATCACTTCTTACCTTCCGAGTTCCCCGAGGGTTTTAGGGCACCTGA
GGGTCTTCCCACCAAGAAACACCTCTTCTTCTCCCTCGTCCATAACCCTCTCCTTCTCCA
CGGTTCCCAATTGAGCTTTTCGCTGGAGAGAAGTACTGGTAACAAGTGCTACATGATGGC
TGCTAGGGCCTTGAATATTACTTGGGGACATGATCAAAGATACTGGCAGTGGATCTCTCT
TCCTGATGCCAGGTTCAAAGAAGTGGCTGCGCTTAAAATGGTATGGTGGCTTGACATCAC
TGGAAAAATCAACATAAACCTTCTCTCTGATGACACCCTCTACGCCGCTTACCTTGTCTT
TAAGTGGAACCTTGATCCCTACGGTTTTCGCCAGCCCGTAGAGGCATCCCTTATTTTGGC
TGGCACCGAGCATGATGATGTCCAGCCTTCCATGGTCAGTCTCATGCAGAATCCGGGAAG
CGAACAAG*TCAGCGCGCTGAGCTGAGAAGTGACGACTGGTACGAGGTGGAGTTGGGACA
GTTCTTCAAGAGGAGAGGAGATATGGGTGAA*TAGAGATGAGCCT

QA 3 767 3 767
DS 

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GTAACAAGTGCTACATGATGGCTGCTAGGGCCTTGAATATTACTTGGGGACATGATCAAA
GATACTGGCAGTGGATCTCTCTTCCTGATGCCAGGTTCAAAGAAGTGGCTGCGCTTAAAA
TGGTATGGTGGCTTGACATCACTGGAAAAATCAACATAAACCTTCTCTCTGATGACACCC
TCTACGCCGCTTACCTTGTCTTTAAGTGGAACCTTGATCCCTACGGTTTTCGCCAGCCCG
TAGAGGCATCCCTCATTTTGGCTGGCACCGAGCATGATGATGTCCAGCCTTCCATGGTCA
GTCTCATGCAGAATCCGGGAAGCGAACAAGGTCAGCGCGCTGAGCTGAGAAGTGACGACT
GGTACGAGGTGGAGTTGGGACAGTTCTTCAAAAGGAGAGGAGATATGGGTGAAATAGAGA
TGAGCCTCAAGGAGACAAAGAGGCCTTTTGAGAAGAAAGGTCTTATCGTCCATGGAATTG
AGATTAGGCCAGTACTGCCCTAATTTTATCCTACTGCTAATAACACCTTTTGCTCTTTGC
AATTGTTGTTCTCAGTGTTGTGTTATCTTCTTCTCTTCTTATTTTCCCCTGCTTCTTTGT
TTTTTTTCTTCCTATATTGATGCAGAAAAAAATTGTATTTCAGTTTGATGGTTGCTTTGT
TATTCAGAATAATTATTGACTACT

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ATGCCAGGTTCAAAGAAGTGGCTGCGCTTAAAATGGTATGGTGGCTTGACATCACTTGAA
AAATCAACATAAACCTTCTCTCTGATGACACCCTCTACGCCGCTTACCTTGTCTTTAAGT
GGAACCTTGATCCCTACGGTTTTCGCCAGCCCGTAGAGGCATCCCTTATTTTGGCTGGCA
CCGAGCATGGTGATGTCCAGCCTTCCATGGTCAGTCTCATGCAGAATCCGGGAAGCGAAC
AAGGTCAGCGCGCTGAGCTGAGAAGTGACGACTGGTACGAGGTGGAGTTGGGACAGTTCT
TCAAAAGGAGAGGAGATATGGGTGAAATAGAGATGAGCCTCAAGGAGACAAAGAGGCCTT
TTGAGAAGAAAGGTCTTATCGTCCATGGAATTGAGATTAGGCCAGTACTGCCCTAATTTT
ATCCTACTGCTAATAACCCCTTTTGCTCTTTGCAATTGTTGTTCTCAGTGTTGTGTTATC
TTCTTCTCTTCTTATTTTCCCCTGCTTCTTTGTTTTTTTTCTTCCTATATTGATGCAGAA
AAAAATTGTATTTCAGTTTGATGGTTGCTTTGTTATTCAGAATAATTATTGACTACT

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GGTTCCCAATTGAGCTTTTCGCTGGAGAGAAGTACTGGTAACAAGTGCTACATGATGGCT
GCTAGGGCCTTGAATATTACTTGGGGACATGATCAAAGATACTGGCAGTGGATCTCTCTT
CCTGATGCCAGGTTCAAAGAAGTGGCTGCGCTTAAAATGGTATGGTGGCTTGACATCACT
GGAAAAATCAACATAAACCTTCTCTCTGATGACACCCTCTACGCCGCTTACCTTGTCTTT
AAGTGGAACCTTGATCCCTACGGTTTTCGCCAGCCCGTAGAGGCATCCCTTATTTTGGCT
GGCACCGAGCATGATGATGTCCAGCCTTCCATGGTCAGTCTCATGCAGAATCCGGGAAGC
GAACAAGGTCAGCGCGCTGAGCTGAGAAGTGACGACTGGTACGAGGTGGAGTTGGGACAG
TTCTTCAAGAGGAGAGGAGATATGGGTGAAATAGAGATGAGCCTCAAGGAGACAAAGGGG
CCTTTTGAGAAGAAAGGTCTTATCGTCCATGGAATTGAGATTAGGCCAGTACTGCCCTAA
TTTTATCCTACTGCTAATAACACCTTTTGCTCTTTGCAATTGTTGTTCTCAGTGTTGTGT
TATCTTCTTCTCTTCTTATTTTCCCCTGCTTCTTTGTTTTCTTTCTTCCTATATTGATGC
AGAAAAAAATTGTATTTCAGTTTGATGGTTGCTTTGTTATTCAGAATAATTATTGACTAC
TACCGTGAAGCTTTTTCCAGATTAGGATTATTAATTCATGTTTGGATACG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 2 5

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GAGCAGAAGAACCCTAACCGGCCTAAAGGAGACATCTTCAAGGCTTCTAAGATTCAGAGG
AATCCAGACCTTCACGCTTCCTGATCTCCCCTATGATTACAGCGCGCTGGAGCCGGCGAT
AAGCGGCGAGATCATGCAGATCCATCACCAGAAGCACCACCAGGCTTACGTCACTAATTA
CAACAATGCCCTCGAGCAGCTGGATCAGGCCGTCAACAAGGGAGACGCTTCCGCTGTCGT
TAAGCTGCAGAGCGCCATTCTATTTTCTGGAAGAACCTTGCTCCTGTCAAGGAAGGTGGT
GGAGAGCCACCGAAGGGATCTCTTGGTGGAGCTATTGATGCTCATTTTGGCTCTCTCGAA
GGTTTGGTGAAGAAGATGAGTGCTGAAGGTGCTGCTGTGCAAGGCTCAGGATGGGTGTGG
CTCGGTTTAGACAAAGAGCTTAAGAAGCTTGTGGTTGACACAACCGCAAATCAGGATCCA
CTTGTGACGAAAGGAGGAAGCTTGGTTCCTCTGGTGGGTATAGATGTTTGGGAGCACGCC
TACTACTTGCAGTACAAGAATGTGAGGCCGGATTATCTGAAGAACGTGTGGAAAGTGATC
AACTGGAAATATGCAAGCGAAGTTTATGAGAAGGAATGCAAGTGATGAGTTCGTTACACG
ATAACAAACATAAAGAGAGGAACCAGTTCCTAGCTCGGCTTTGTTTTTTTATAAGTTTGT
CTGAAACAAACGTACAATTGCCTGAGTTAGCTCAGTTGACCGTGTGTGTTTGCAATAATA
TAAACGTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE06TF U 1
AF RR1EE06JQ C 174
BS 1 689 RR1EE06TF
BS 690 853 RR1EE06JQ

RD RR1EE06TF 689 0 0
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AACTGGAAATATGCAAGCGAAGTTTATGA

QA 1 689 1 689
DS 

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TCTCGAAGGTTTGGTGAAGAAGATGAGTGCTGAAGGTGCTGCTGTGCAAGGCTCAGGATG
GGTGTGGCTCGGTTTAGACAAAGAGCTTAAGAAGCTTGTGGTTGACACAACCGCAAATCA
GGATCCACTTGTGACGAAAGGAGGAAGCTTGGTTCCTCTGGTGGGTATAGATGTTTGGGA
GCACGCCTACTACTTGCAGTACAAGAATGTGAGGCCGGATTATCTGAAGAACGTGTGGAA
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TTACACGATAACAAACATAAAGAGAGGAACCAGTTCCTAGCTCGGCTTTGTTTTTTTATA
AGTTTGTCTGAAACAAACGTACAATTGCCTGAGTTAGCTCAGTTGACCGTGTGTGTTTGC
AATAATATAAACGTTGTTTT

QA 1 680 1 680
DS 



CO CL1532Contig2 891 3 45 U
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GTAGCCAGCAGAAAAACCCTAACCGGCCTAAAGGAGACATCTTCGAGGCTTCTAAGATTC
AGAGGAATCCAGACCTTCACGCTTCCTGATCTCCCCTATGATGT*AGCGCGCTGGAGCCG
GCGATAAGCGGCGAGATCATGCAGATCCATCACCAGAAGCACCACCAGGCTTACGTCACT
AACTACAACAATGCCCTCGAGCAGCTCGATCAGGCCGTCAACAAGGGAGACGCTTCCGCT
GTCGTTAAGCTGCAGAGCGCCATCAAGTTCAACGGCGGAGGTCATGTGAACCATTCTATT
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GAGGGTGCTGCTGTGCAAGGCTCAGGATGGGTGTGGCTCGGTTTTGACAAAGAGCTTAAG
AAGCTTGTGGTTGACACAACCGCAAATCAGGATCCACTTGTGACGAAAGGAGGAAGCTTG
GTTCCGCTGGTGGGTATAGATGTTTGGGAGCACGCCTACTACTTGCAGTACAAGAATGTG
AGGCCGGATTATCTTAAGAACGTGTGGAAAGTGATCAACTGGGAATATGCAAGCGAAGTT
TATGAGAAGGAATGCAAGTGATGAGTTCGTTACACGATAACAAACATAAAGAGAGGAACC
AGTTCCTAGCTCGGCTTTGTTTTTTTTTTATAAGTTTGTATGAAACAAACGTACAATTGC
CTGAGTTAGCTCAGTTGACCGTGTGTGTTTGCAATAATATAAACGTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1B545TF U 16
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GCGATAAGCGGCGAGATCATGCAGATCCATCACCAGAAGCACCACCAGGCTTACGTCACT
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GTCGTTAAGCTGCAGAGCGCCATCAAGTTCAACGGCGGAGGTCATGTGAACCATTCTATT
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TT
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CGCCATCAAGTTCAACGGCGGAGGTCATGTGAACCATTCTATTTTCTGGAAGAATCTTGC
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TCACTTTGGCTCTCTCGAAGGTTTGGTGAAGAAGATGAGTGCTGAGGGTGCTGCTGTGCA
AGGCTCAGGATGGGTGTGGCTCGGTTTTGACAAAGAGCTTAAGAAGCTTGTGGTTGACAC
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AGATGTTTGGGAGCACGCCTACTACTTGCAGTACAAGAATGTGAGGCCGGATTATCTTAA
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TGT

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GTTTGTATGAAACAAACGTACAATTGCCTGAGTTAGCTCAGTTGACCGTGTGTGTTTGCA
ATAATATAAACGTTGTTT

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DS 



AS 1 6

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ATTCCTCACAGATGTGTATGGTGTTTACGATCGACCACCTTCAGAGAATGATGCTGTGCT
CTTGAAAGAGATCGCTGTTGGAGAAGATGGAAGCTGGAAGGTTGTGAATCCAGCGTTGGA
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AACAAAGATATCAGAAGCTGCTATGATTGCAAAACATGGAATCGATGTCTACATTGTCAA
GGCTGCGACTACTCATTCACAGAGAGCGCTCAATGGCGAATTGAGAGAGAGTGTACCTGA
AGATTGGTTTGGTACTATCATCAGATTCTCAAAGTAGAACCAACTGTTGTGACACAGCAC
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GAAAGATCGTGACTTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1FX35TF U 10
AF RR1EN01TF U 1
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AF RR1FX35JQ C 504
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GG
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GAGAGGGTATTCCTACAATCGGTATGTCTCCATTTTCATGTGGTTGGACAACCTCCAAAA

QA 3 602 3 602
DS 

RD RR1EN01TF 783 0 0
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GACAGTGACACGCCGTTGACAATTTAAGACGATAGCTATTGAGAGTTGAGACACGATGGA
GCTGAATCTACCTGAGAGTCCGACCAGATCAATTCGTTGCATCGTGAAACTTGGAGGTGC
GGCGATTACACGGAAGAACGAGCTGGAGGAGATTCACGATGAGAATCTTGAAGCTGTGGC
GTGTCAGTTACGTCAGGCCATGATGGAGGAGGGTTTGGCTCCAAGCAAGGTTATTGGAAT
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TCAGGAGGACTCTTCTTCTGAGTTTAGCAAGTTTGTTGTGGTTCACGGCGCAGGTTCCTT
TGGGCATTTTCAGGCCAGCAGATCAGGTGTTCACAAAGGAGGACTTGAGAAACCTATTGT
TAAAGCTGGTTTTGTTGCTACTCGTATATCTGTCACAAATCTTAATCTTGAAATAGTACG
AGCACTTGCTCGAGAGGGTATTCCTACAATCGGTATGTCTCCATTTTCATGTGGTTGGAC
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ACGATTTGTCCCTGTTCTCCATGGAGATGCAGTGCTAGACA*TATACTGGGCTGCACCAT
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QA 1 783 1 783
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QA 1 300 1 300
DS 

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DS 

RD RR1AH71JQ 783 0 0
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QA 1 783 1 783
DS 



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GGAGACGGCGGCTCCACCGCAGGAGACACTCTTCCTGTTGTTCTGTGATGATGTCGTGGG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H080TF U 1
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TTGGTATCCCCTTAAGAATTATTGTTTTGGAAGATACAAAAGAGTATATAAGTTACGCAC
CAAAGGAGGAGGTTCTTGCTCAACAAAGACGTCCTTTTGATCTCTTGGTAATGGTGAATC
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GACAGATTCTTTGTTATGTAATGTTTGATTCTTTTACTTTCTTAAATTTAAAAGTTTGGC
CAGAGATTGTCGAACCCAT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1CJ38TF 633 0 0
GCTTGTATAA
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ATGCCTGAGTGTTGATGGATTCAGAGCTGTGGTGGAGAGATACCTTGAAGTGGAAGTCAC
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TTTGCCTCGGATTGTTCTTCTTC

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DS 

RD RR1DT08TF 169 0 0
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TACAAAAAGAGAACATTGAAGACAGTATAGTTACTATTTATCTCTTATAAATTAGCATGC
CTACCTCGATCTGCGCTTCGGTGGCCTTTGCCTCGGATTGTTCTTCTTC

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DS 

RD RR1CJ38JQ 632 0 0
CTTGTATAA
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ATGCCTGAGTGTTGATGGATTCAGAGCTGTGGTGGAGAGATACCTTGAAGTGGAAGTCAC
AGGCTACGATCGTCAAGGAGAGAGAATCCAAGTGAATGCTTCGGGCTGGCAAGCGAGGAT
TTTGCAGCACGAGTGCGATCATTTGGATGGTAATCTTTATGTGGATAAGATGATACCACG
CACTTTCAGGACAGTCGACAACTTGGACTTGCCTCTCGCAGATGGCTGTCCTAAACTCGG
TCCTCGATGACCCAGACAGATTCTTTGTTATGTAATGTTTGATTCTTTTACTTTCTTAAA
TTTAAAAGTTTGGCCAGAGATTGTCGAACCCATGTCGGTTTGGTTTATACAGAAAAAAAT
AAATATTGTCCGAAAAAGATGGTTAATTTACAATCACCCAGAAAATTCGAAATTTATAAA
GCTTAAAGATTGTATCAGAAAGCCACACAGAGAATACAAAAAGAGAATATTGAAGACAGT
ATAGTTACTATTTATCTCTTATAAATTAGCATGCCTACCTCGATCTGCGCTTCGGTGGCC
TTTGCCTCGGATTGTTCTTCTTC

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DS 

RD RR1FG41TF 639 0 0
TTTTTTTTTG
CAATCACCCAGAAAATTCGAAATTTATAAAGCTTAAAGATTGTATCAGAGAGCCACACAG
AGAATACAAAAAGAGAATATTGAAGACAGTATAGTTACTATTTATCTCTTATAAATTAGC
ATGCCTACCTCGATCTGCGCTTCGGTGGCCTTTGCCTCGGATTGTTCTTCTTCCCCGGCG
GTTTCTTCCCAAACGCAGAGCAGCAACCGCACGTCGACAGTATCGGAGACGGCGGCTCCA
CCGCAGGAGACACTCTTCCTGTTGTTCTGTGATGATGTCGTGGGCCTCCTCCTCCTCCGC
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CGGCGATGACGCGGTCGTCCCAGACTATGCCGGAAGATCCCTGACGGCGGAAGGAGATGG
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CCGAGAGTCTCTGCCTTGATTTCTTCCCC

QA 11 639 11 639
DS 

RD RR1FG41JQ 630 0 0
G
CAATCACCCAGAAAATTCGAAATTTATAAAGCTTAAAGATTGTATCAGAGAGCCACACAG
AGAATACAAAAAGAGAATATTGAAGACAGTATAGTTACTATTTATCTCTTATAAATTAGC
ATGCCTACCTCGATCTGCGCTTCGGTGGCCTTTGCCTCGGATTGTTCTTCTTCCCCGGCG
GTTTCTTCCCAAACGCAGAGCAGCAACCGCACGTCGACAGTATCGGAGACGGCGGCTCCA
CCGCAGGAGACACTCTTCCTGTTGTTCTGTGATGATGTCGTGGGCCTCCTCCTCCTCCGC
CGTTGTTAGATCGACTCCTCTCGATCGTTGGTCCACCGGTTTTGATCGGCCTGAGATTTT
CTTTCTCGTCGCCGTTGGGGTTCTGTTTCGCTTGCTCTGAGGTTTCCGACAGCGGCTTGG
GCTGCTGCTCGTTGCGTTGACTTTGTTCCTCTCTCTGCTCGGTGGCCTGTTTGTTGAGCT
CGGCGATGACGCGGTCGTCCCAGACTATGCCGGAAGATCCCTGACGGCGGAAGGAGATGG
TTGATCTTTGAAGACCTTCCATGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGGCACGAAAC
CCGAGAGTCTCTGCCTTGATTTCTTCCCC

QA 2 630 2 630
DS 



AS 1 6

CO CL1535Contig1 924 6 13 U
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TACAACGAAATGTAAGTAAAAATGAGACACCATCACATAATGTTGTATTTCATATTATAA
TCTGAACTTTAAAAAAAAAAAAAAATAGTTTCACTCTTCATCTGACTCGAGCCCTGGTAT
GTACTCTAAGCTCACATCAAATACAACTGGACTGTTCGGTGCAACTCTCGGCCTTCCCGG
AGCTGAGACTAGACCCTTTGGAAACGCCAAAGGCCCTGGAATGTAGAGTCTGCGTTTACC
ACCAGCTTTCATAGTCAAGAGTCCTTCATCTAGTCCCTTGATCACCTGGCCAGACCCAAC
ACGGAACAGATATGGTAGACCTTTCTCTAGAGAACTGTCAAAAATCTGCCCTGAAGGAAC
CATAGCTACATAGTTAGCAGCAACCTGAAAACCAACCCGGGGACTAGGGCCTTTACCAAC
TTTGATATCTTTATACTGAAGCCCTGACTCTGTAGTTACCATTGGGACATTTTCAAGCTC
TTTCTCGCATTCTGCTTCACAAAGCCTCGGTTTATCCTCTGGAGGCAAACCGGCTGCATA
AGCCTCAAGAGAGTAGCTCGTTGAGAGTCCTGACACGCCCAGAAACAATAGCATTGCGTC
TCTACGGCTAGAGAGAGTATTGGTTTTACAGCTTCTGTCTCTTGTCTCTGAAGCTATGAT
GACTCTTGTAGATATACATCTTGGAGTCTTAATGTTTGGACCATTTCTAGATGCTAATGG
TAGAAGTAGAGATGGAGAAGAAGAAGCTGCCATTTTCTTTTTTGGTTTAGCTCCTCGAGA
GAAAGATTATGGATTTGGCAATGTGGCAGAAGAAGCTGAGGAGTTCAGTGGATAACGAAA
TCTCTGGTTTTGTTTGGTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 15 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO62JQ U 10
AF RR1C320JQ U 1
AF RR1AK66JQ U 24
AF RR1FO62TF C 148
AF RR1C320TF C 143
AF RR1AK66TF C 97
BS 1 107 RR1C320JQ
BS 108 108 RR1FO62JQ
BS 109 143 RR1C320JQ
BS 144 145 RR1AK66JQ
BS 146 246 RR1C320JQ
BS 247 247 RR1AK66TF
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BS 652 652 RR1AK66JQ
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BS 690 741 RR1C320JQ
BS 742 800 RR1AK66JQ
BS 801 924 RR1AK66TF

RD RR1FO62JQ 121 0 0
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T

QA 1 121 1 121
DS 

RD RR1C320JQ 741 0 0
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TACAACGAAATGTAAGTAAAAATGAGACACCATCACATAATGTTGTACTTCATATTATAA
TCTGAACTTTAAAAAAAAAAAAA**TAGTTTCACTCTTCATCTGACTCGAGCCCTGGTAT
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CATAGCTACATAGTTAGCAGCAACCTGAAAACCAACCCGGGGACTAGGGCCTTTACCAAC
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TTTCTCGCATTCTGCTTCACAAAGCCTCGGTTTATCCTCTGGAGGCAAACCGGCTGCATA
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TCTACGGCTAGAGAGAGTATTGGTTTTATAGCTTCTGTCTCTTGTCTCTGAAGCTATGAT
GACTCTTGTAGATATACATCT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1AK66JQ 777 0 0
C
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ATAGTTTCACTCTTCATCTGACTCGAGCCCTGGTATGTACTCTAAGCTCACATCAAATAC
AACTGGACTGTTCGGTGCAACTCTCGGCCTTCCCGGAGCTGAAACTAGACCCTTTGGAAA
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CTGAAAACCAACCCGGGGACTAGGGCTTTTACCAACTTTGATATCTTTATACTGAAGCCC
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TTTACAGCTTCTGTCTCTTGTCTCTGAAGCTATGATGACTCTTGTAGATATACATCTTGG
AGTCTTAATGTTTGGACCATTTCTAGATGCTAATGGTAGAAGTAGAGATGGAGAAG

QA 2 777 2 777
DS 

RD RR1FO62TF 674 0 0
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TGGACTGTTCGGTGCAACTCTCGGCCTTCCCGGAGCTGAGACTAGACCCTTTGGAAACGC
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CTCTGTAGTTACCATTGGGACATTTTCAAGCTCTTTCTCGCATTCTGCTTCACAAAGCCT
CGGTTTATCCTCTGGAGGCAAACCGGCTGCATAAGCCTCAAGAGAGTAGCTCGTTGAGAG
TCCTGACACGCCCAGAAACAATAGCATTGCGTCTCTACGGCTAGAGAGAGTATTGGTTTT
ACAGCTTCTGTCTCTTGTCTCTGAAGCTATGATGACTCTTGTAGATATACATCTTGGAGT
CTTAATGTTTGGACCATTTCTAGATGCTAATGGTAGAAGTAGAGATGGAGAAGAAGAAGC
TGCCATTTTCTTT
C

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1C320TF 724 0 0
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AACGCCAAAGGCCCTGGAATGTAGAGTCTGCGTTTACCACCAGCTTTCATAGTCAAGAGT
CCTTCATCTAGTCCCTTGATCACCTGGCCAGACCCAACACGGAACAGATATGGTAGACCT
TTCTCTAGAGAACTGTCAAAAATCTGCCCTGAAGGAACCATAGCTACATAGTTAGCAGCA
ACCTGAAAACCAACCCGGGGACTAGGGCCTTTACCAACTTTGATATCTTTATACTGAAGC
CCTGACTCTGTAGTTACCATTGGGACATTTTCAAGCTCTTTCTCGCATTCTGCTTCACAA
AGCCTCGGTTTATCCTCTGGAGGCAAACCGGCTGCATAAGCCTCAAGAGAGTAGCTCGTT
GAGAGTCCTGACACGCCCAGAAACAATAGTATTGCGTCTCTACGGCTAGAGAGAGTATTG
GTTTTATAGCTTCTGTCTCTTGTCTCTGAAGCTATGATGACTCTTGTAGATATACATCTT
GGAGTCTTAATGTTTGGACCATTTCTAGATGCTAATGGTAGAAGTAGAGATGGAGAAGAA
GAAGCTGCCATTTTCTTTTTTGGTTTAGCTCCTCGAGAGAAAGATTATGGATTTGGCAAT
GT
CC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1AK66TF 828 0 0
ACATAATGTGTA
TTCATATTATAATCTGAACTTTAAAAAAAAAAAAAAATAGTTTCACTCTTCATCTGACTC
GAGCCCTGGTATGTACTCTAAGCTCACATCAAATACAACTGGACTGTTCGGTGCAACTCT
CGGCCTTCCCGGAGCTGAGACTAGACCCTTTGGAAACGCCAAAGGCCCTGGAATGTAGAG
TCTGCGTTTACCACCAGCTTTCATAGTCAAGAGTCCTTCATCTAGTCCCTTGATCACCTG
GCCAGACCCAACACGGAACAGATACGGTAGACCTTTCTCTAGAGAACTGTCAAAAATCTG
CCCTGAAGGAACCATAGCTACATAGTTAGCAGCAACCTGAAAACCAACCCGGGGACTAGG
GCTTTTACCAACTTTGATATCTTTATACTGAAGCCCTGACTCTGTAGTTACCATTGGGAC
ATTTTCAAGCTCTTTCTCGCATTCTGCTTCACAAAGCCTCGGTTTATCCTCTGGAGGCAA
ACCGGCTGCATAAGCCTCAAGAGAGTAGCTCGTTGAGAGTCCTGACACGCCCAGAAACAA
TAGCATTGCGTCTCTACGGCTAGAGAGAGTATTGGTTTTACAGCTTCTGTCTCTTGTCTC
TGAAGCTATGATGACTCTTGTAGATATACATCTTGGAGTCTTAATGTTTGGACCATTTCT
AGATGCTAATGGTAGAAGTAGAGATGGAGAAGAAGAAGCTGCCATTTTCTTTTTTGGTTT
AGCTCCTCGAGAGAAAGATTATGGATTTGGCAATGTGGCAGAAGAAGCTGAGGAGTTCAG
TGGATAACGAAATCTCTGGTTTTGTTTGGTCTTTCC

QA 13 828 13 828
DS 



AS 1 4

CO CL1536Contig1 807 4 2 U
GGGCATATACATAAATCTAAATAATCTCTCTCGTAAACTTCGCC*ATGAATCTCTCTGCT
ATCACTCAGGGAAACGACAATGACGCTCCGGCGCCGGGAAATGAGTTTGCACAGTTCGCC
GCTGGATGCTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAGAGAGTCCCCGGTGTGACTCATACG
GAGGTTGGATACACCCAAGGGTTCCTCCACAATCCTTCATACGAGGATGTTTGCACGAAC
ACAACGAACCATGCAGAGGTTGTCAGGATTCAGTATGATCCCAAAGAGTGCAAGTTTGAG
TCTCTTCTTGATGCCTTCTGGTCTAGACATGACCCCACCACCTTGAATCGCCAGGGAAAA
GATGTGGGAACCCAATACAGATCAGGGATGTACTTCTACACACCTGAGCAGGAGAAACTA
GCGGTGGAATCAATGGAACGTCACCAGGAAAAAATGGAGAGCAAGATCATGACTGAGATT
CTACCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCTGAGGAGTATCATCAGCAGTACCTGTCAAAGGGT
GGGCAGTCCTGTGGCATAGCCTGCAACAGTCCACTCATGTGTGGCGCTGCTACAGCTTAA
AAAAATGCTGAGTTTACTCTGCTTATCTTCCAAAACAGAGGATGTTAGAGACTTCTTTGT
TACACAATACGAATATCAACCAAATCCCTACTAAGTGTAACAAGATACTTTCGTGTTTCA
TGTTAGAGACTGAATAAATGTCTATTAATGATACCGAATTATTGATTGTTTAGATTTGAG
CGAATCTTATGGATGAAAAAAATAAGA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BU12TF U 1
AF RR1B860JQ C 1
AF RR1BU12JQ C 94
AF RR1B860TF U 1
BS 1 781 RR1B860TF
BS 782 807 RR1B860JQ

RD RR1BU12TF 598 0 0
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GCTGGATGCTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAGAGAGTCCCCGGTGTGACTCATACG
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TCTCTTCTTGATGCCTTCTGGTCTAGACATGACCCCACCACCTTGAATCGCCAGGGAAAA
GATGTGGGAACCCAATACAGATCAGGGATGTACTTCTACACACCTGAGCAGGAGAAACTA
GCGGTGGAATCAATGGAACGTCACCAGGAAAAAATGGAGAGCAAGATCATGACTGAGATT
CTACCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCTGAGGAGTATCATCAGCAGTACCTGTCAAAGGGT
GGGCAGTCCTGTGGCATAGCCTGCAACAGTCCACTCATGTGTGGCGCTGCTACAGCTT

QA 1 598 1 598
DS 

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ATCACTCAGGGAAACGACAATGACGCTCCGGCGCCGGGAAATGAGTTTGCACAGTTCGCC
GCTGGATGCTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAGAGAGTCCCCGGTGTGACTCATACG
GAGGTTGGATACACCCAAGGGTTCCTCCACAATCCTTCATACGAGGATGTTTGCACGAAC
ACAACGAACCATGCAGAGGTTGTCAGGATTCAGTATGATCCCAAAGAGTGCAAGTTTGAG
TCTCTTCTTGATGCCTTTTGGTCTAGACATGACCCCACCACCTTGAATCGCCAGGGAAAA
GATGTGGGAACCCAATACAGATCAGGGATGTACTTCTACACACCTGAGCAGGAGAAACTA
GCGGTGGAATCAATGGAACGTCACCAGGAAAAAATGGAGAGCAAGATCATGACTGAGATT
CTACCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCTGAGGAGTATCATCAGCAGTACCTGTCAAAGGGT
GGGCAGTCCTGTGGCATAGCCTGCAACAGTCCACTCATGTGTGGCGCTGCTACAGCTTAA
AAAAATGCTGAGTTTACTCTGCTTATCTTCCAAAACAGAGGATGTTAGAGACTTCTTTGT
TACACAATACGAATATCAACCAAATCCCTACTAAGTGTAACAAGATACTTTCGTGTTTCA
TGTTAGAGACTGAATAAATGTCTATTAATGATACCGAATTATTGATTGTTTAGATTTGAG
CGAATCTTATGGATGAAAAAAATAAGA

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1BU12JQ 714 0 0
CCGGGAAATGAGTTTGCACAGTTCGCCGCTGGATGCTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTT
CAGAGAGTCCCCGGTGTGACTCATACGGAGGTTGGATACACCCAAGGGTTCCTCCACAAT
CCTTCATACGAGGATGTTTGCACGAACACAACGAACCATGCAGAGGTTGTCAGGATTCAG
TATGATCCCAAAGAGTGCAAGTTTGAGTCTCTTCTTGATGCCTTCTGGTCTAGACATGAC
CCCACCACCTTGAATCGCCAGGGAAAAGATGTGGGAACCCAATACAGATCAGGGATGTAC
TTCTACACACCTGAGCAGGAGAAACTAGCGGTGGAATCAATGGAACGTCACCAGGAAAAA
ATGGAGAGCAAGATCATGACTGAGATTCTACCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCTGAGGAG
TATCATCAGCAGTACCTGTCAAAGGGTGGGCAGTCCTGTGGCATAGCCTGCAACAGTCCA
CTCATGTGTGGCGCTGCTACAGCTTAAAAAAATGCTGAGTTTACTCTGCTTATCTTCCAA
AACAGAGGATGTTAGAGACTTCTTTGTTACACAATACGAATATCAACCAAATCCCTACTA
AGTGTAACAAGATACTTTCGTGTTTCATGTTAGAGACTGAATAAATGTCTATTAATGATA
CCGAATTATTGATTGTTTAGATTTGAGCGAATCTTATGGATGAAAAAAATAAGA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1B860TF 781 0 0
GGGCATATACATAAATCTAAATAATCTCTCTCGTAAACTTCGCC*ATGAATCTCTCTGCT
ATCACTCAGGGAAACGACAATGACGCTCCGGCGCCGGGAAATGAGTTTGCACAGTTCGCC
GCTGGATGCTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAGAGAGTCCCCGGTGTGACTCATACG
GAGGTTGGATACACCCAAGGGTTCCTCCACAATCCTTCATACGAGGATGTTTGCACGAAC
ACAACGAACCATGCAGAGGTTGTCAGGATTCAGTATGATCCCAAAGAGTGCAAGTTTGAG
TCTCTTCTTGATGCCTTCTGGTCTAGACATGACCCCACCACCTTGAATCGCCAGGGAAAA
GATGTGGGAACCCAATACAGATCAGGGATGTACTTCTACACACCTGAGCAGGAGAAACTA
GCGGTGGAATCAATGGAACGTCACCAGGAAAAAATGGAGAGCAAGATCATGACTGAGATT
CTACCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCTGAGGAGTATCATCAGCAGTACCTGTCAAAGGGT
GGGCAGTCCTGTGGCATAGCCTGCAACAGTCCACTCATGTGTGGCGCTGCTACAGCTTAA
AAAAATGCTGAGTTTACTCTGCTTATCTTCCAAAACAGAGGATGTTAGAGACTTCTTTGT
TACACAATACGAATATCAACCAAATCCCTACTAAGTGTAACAAGATACTTTCGTGTTTCA
TGTTAGAGACTGAATAAATGTCTATTAATGATACCGAATTATTGATTGTTTAGATTTGAG
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 6

CO CL1537Contig1 759 6 4 U
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TTACGTTTTGCTAATTTCTCTCACGGTCCATTACAATGGCTACAATCATCTCCTGCTCCG
CTCTCCCTTCGATCCGTGCATCTTCCGGATCCATCAGAAAACCCGATCCGACCGTAAAGA
AACCCGGTTCATGGTGGGCTCCTCTTTTCGGCTGGTCATCGGAACCTGATTACGTCGTGG
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CGCGGAGGTGTCTCACGGAGGAGAAGGCTAAGCAACTGCGAATGAAAATCGCACAAGTCT
CCACGTTCCACGAAGTCATGTATCATTCCGCCATCGCGTCACGACTCGCGTCTGACGTGT
CTGTTCGGGTCAACGAATAACAACCCGGATCGGGTCACGGGTTCTCTAACCGTATACATA
AATAAATAAATAATAATAGTCCCATCCAACTAAAATGTTGTTTTTCGATCGATGATACTC
AAAAACCGTTGGATTGTGTATCGTCGTTTGTGTTTGTACGGTCTAGATCGTGTTTGATGT
TGTTTCTTGTCAACCGTTGGATTCTCAATTAGTTTAGCTTTATTTTAACAATTATACATT
GCTAATATATGTTGACAGAAAAAAATCATATATATAATGAGACATTTTCTTCTTTTCTTA
AAGTGTCTACATCAGATTTTAATAAATATTTGTGGGATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CO66JQ C 18
AF RR1D279TF U 611
AF RR1HA12JQ C 80
AF RR1CO66TF U 18
AF RR1BK93TF U 1
AF RR1BK93JQ C 1
BS 1 19 RR1BK93TF
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GG
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TCCTCTTTTCGGCTGGTCATCGGAACCTGATTACGTCGTGGATAACAGCAACAGCTCCAG
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GGAGAAGGCTAAGCAACTGCGAATGAAAATCGCACAAGTCTCCACGTTCCACGAAGTCAT
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ACAACCCGGATCGGGTCACGGGTTCTCTAACCGTATACATAAATAAATAAATAATAATAG
TCCCATCCAACTAAAATGTTGTTTTTCGATCGATGATACTCAAAAACCGTTGGATTGTGT
ATCGTCGTTTGTGTTTGTAC

QA 3 562 3 562
DS 

RD RR1D279TF 104 0 0
G
AACCGTTGGATTCTCAATTAGTTTAGCTTTATTTTAACAATTATACATTGCTAATATATG
TTGACAGAAAAAAATCATATATATAATGAGACATTTTCTTC
TT

QA 2 102 2 102
DS 

RD RR1HA12JQ 635 0 0
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ATCTTCCGGATCCATCAGAAAACCCGATCCGACCGTAAAGAAACCCGGTTCATGGTGGGC
TCCTCTTTTCGGCTGGTCATCGGAACCTGATTACGTCGTGGATAACAGCAACAGCTCCAG
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ACAACCCGGATCGGGTCACGGGTTCTCTAACCGTATACATAAATAAATAAATAATAATAG
TCCCATCCAACTAAAATGTTGTTTTTCGATCGATGATACTCAAAAACCGTTGGATTGTGT
ATCGTCGTTTGTGTTTGTACGGTCTAGATCGTGTTTGATGTTGTTTCTTGTCAACCGTTG
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AAAAAATCATATATATAATGAGACATTTTCTTC
CT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1CO66TF 667 0 0
GG
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CTCACGGTCCATTACAATGGCTACAATCATCTCCTGCTCCGCTCTCCCTTCGATCCGTGC
ATCTTCCGGATCCATCAGAAAACCCGATCCGACCGTAAAGAAACCCGGTTCATGGTGGGC
TCCTCTTTTCGGCTGGTCATCGGAACCTGATTACGTCGTGGATAACAGCAACAGCTCCAG
CTCCTCAGCGAATCGGGAATCAGATCTGGATCAGAGGACTACGCGGAGGTGTCTCACGGA
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GTATCATTCCGCCATCGCGTCACGACTCGCGTCTGACGTGTCTGTTCGGGTCAACGAATA
ACAACCCGGATCGGGTCACGGGTTCTCTAACCGTATACATAAATAAATAAATAATAATAG
TCCCATCCAACTAAAATGTTGTTTTTCGATCGATGATACTCAAAAACCGTTGGATTGTGT
ATCGTCGTTTGTGTTTGTACGGTCTAGATCGTGTTTGATGTTGTTTCTTGTCA*CCGTTG
GAT*CTCAATTAGTTTAGCTTTATTTTA*CAATTATACATTGCTAATATATGTTGACAGA
AAAAA

QA 3 667 3 667
DS 

RD RR1BK93TF 677 0 0
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TTACGTTTTGCTAATTTCTCTCACGGTCCATTACAATGGCTACAATCATCTCCTGCTCCG
CTCTCCCTTCGATCCGTGCATCTTCCGGATCCATCAGAAAACCCGATCCGACCGTAAAGA
AACCCGGTTCATGGTGGGCTCCTCTTTTCGGCTGGTCATCGGAACCTGATTACGTCGTGG
ATAACAGCAACAGCTCCAGCTCCTCAGCGAATCGGGAATCAGATCTGGATCAGAGGACTA
CGCTGAGGTGTCTCACGGAGGAGAAGGCTAAGCAACTGCGAATGAAAATCGCACAAGTCT
CCACGTTCCACGAAGTCATGTATCATTCCGCCATCGCGTCACGACCCGCGTCTGACGTGT
CTGTTCGGGTCAACGAATAACAACCCGGATCGGGTCACGGGTTCTCTAACCGTATACATA
AATAAATAAATAATAATAGTCCCATCCAACTAAAATGTTGTTTTTCGATCGATGATACTC
AAAAACCGTTGGATTGTGTATCGTCGTTTGTGTTTGTACGGTCTAGATCGTGTTTGATGT
TGTTTCTTGTCAACCGTTGGATTCTCAATTAGTTTAGCTTTATTTTAACAATTATACATT
GCTAATATATGTTGACA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1BK93JQ 759 0 0
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TTACGTTTTGCTAATTTCTCTCACGGTCCATTACAATGGCTACAATCATCTCCTGCTCCG
CTCTCCCTTCGATCCGTGCATCTTCCGGATCCATCAGAAAACCCGATCCGACCGTAAAGA
AACCCGGTTCATGGTGGGCTCCTCTTTTCGGCTGGTCATCGGAACCTGATTACGTCGTGG
ATAACAGCAACAGCTCCAGCTCCTCAGCGAATCGGGAATCAGATCTGGATCAGAGGACTA
CGCTGAGGTGTCTCACGGAGGAGAAGGCTAAGCAACTGCGAATGAAAATCGCACAAGTCT
CCACGTTCCACGAAGTCATGTATCATTCCGCCATCGCGTCACGACCCGCGTCTGACGTGT
CTGTTCGGGTCAACGAATAACAACCCGGATCGGGTCACGGGTTCTCTAACCGTATACATA
AATAAATAAATAATAATAGTCCCATCCAACTAAAATGTTGTTTTTCGATCGATGATACTC
AAAAACCGTTGGATTGTGTATCGTCGTTTGTGTTTGTACGGTCTAGATCGTGTTTGATGT
TGTTTCTTGTCAACCGTTGGATTCTCAATTAGTTTAGCTTTATTTTAACAATTATACATT
GCTAATATATGTTGACAGAAAAAAATCATATATATAATGAGACATTTTCTTCTTTTCTTA
AAGTGTCTACATCAGATTTTAATAAATATTTGTGGGATC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 6

CO CL1538Contig1 1778 6 21 U
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TCGTTGAAGATCCTGCAACGACATGGAAGGCTTCAGTTAAAGAGCCTGTTGGATATATTG
GGGATAAAATCCTCACAGCTGCTATTAAGGTTTTGGATGGATGCCTTCGAGCAATATCTG
GATTCAAGGGAAGCGAGGATCTTCATTATGATAGAATAATGGATACACCATTTACATCTG
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ATATAGTCCTGGTGTTGCACAATGGTTCTGCGGTGGTGAGGAGCACTGTGGTTACTTGCT
TTGCTGGTATTACATCATCCGTATTTGTTTCTTTCAGTCAGAAGGAAAGGGACTTTGTTA
CTTCATCAATTATAAACGCTGCATTGCATGACAAATCACCTTCAGTCAGATCAGCAGCTT
GCCGAGCTATTGGCGTAATTTCATGTTTTCCAGAAACTTCTTTAAGTATCGGGATATATG
AAAAGTTTATCTTAGCTGTTGAAGCGAATACCCGCGATCCCTTGAACTCGGTGCGTGTAA
CATCATCCTGGGCTTTGGCCAATGTATGTGAAGCGCTGCGTTACCGCGTGAATGATAGGT
CCTTTGAAGGTTCAAATACAACTTCACAAGTCGTGGACTCGCTAATAGAATGTGCTTTGC
GCCTTACTGAAGATGGGGACAAGGTCAAAGCCAATGCAGTTCGAGCACTGGGGAGTATTT
CTAAATATGTAAAATTGAGATGCATGACAAGTAACCACGAGGCTTTACCTTCCCCCCATC
ACCATTTATCTTGCGCGGTAGATTCAAGCTGGTTGGAGAGAACTGTGCAAGCATTTCTTT
CTTGTGTTACTACTGGTAATGTTAAGGTTCAATGGAATGTTT*GTCATGCGTTAAGCAAT
TTATTCTCCAATGAGACAGTAAAACTACAAGATATGGATTGGGCTCCAAGTGTTTTTAGT
ATTCTACTATTGCTGCTTCGTGATGCATCAAACTTTAAGATAAGAATACAAGCTGCTGCC
GCTT*AGCTGTTCCTGTAACCCCACTTGCTTATGGGAGATCATTCCCTGATGTTGTCAAA
GGTGTGTGGCATACTTTACAGAATCTGAAATCCGATAGAGAGACGACACCAACAAATTTC
AAATATAAGAGATCGCTTGAGAATCAGTTAACCTCGACCATGCTGCATCTCCTTAGCCTA
GTTTCAAGCGGTCGTTGTGAAGCGTTGACAGACTTTCTTCTAAAAA**GCCTCTTTTCTA
GAAGAGTGGTTAAGAGGATTGTGTGTTACATTGAAGGAGGAAGACAATGCGTCGGGATCA
TCAAGCAGCATGAGCATTTCGGGTGAGAAGCAGAAAAAAGAGTTGATCTCTAAAGCTATA
CGGTCACTTGCCAGTAGCCTAGAGGCTGGGCGTATCCCTGAAGTGGCTCTAAAGTTGCAA
GAGTTAGATAGCAATGTGAATTGATATAGCAGGCTACGTTTTCGGGGGTTATATTCGCCC
TGTTGTAACTCAAGTATACAATTCAACAAATGTACATTACCTCCGTGACAAATTTTGTTA
TGTGCCGATATATAGAAAACATATTTTGTTGCTACAACTTCTCATGACAGAGAGAGGAGT
ACATGTAACTTGTGGCCAACAACTGTCTTTTATTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EM38TF U 1
AF RR1AP30TF U 142
AF RR1BT25TF U 809
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AF RR1EM38JQ C 1025
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TCGTTGAAGATCCTGCAACGACATGGAAGGCTTCAGTTAAAGAGCCTGTTGGATATATTG
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GATTCAAGGGAAGCGAGGATCTTCATTATGATAGAATAATGGATACACCATTTACATCTG
ACTGCATAAGGTCAATAAGAATTTCATCTGCACCATCTTATGGATTTGAGAACCCCGAAT
TTGGTCAAGAGCCACTCTTTCAGGCAGGATGTTACCAATGGTCTGAGGCTATTCGTAAAC
ATATAGTCCTGGTGTTGCACAATGGTTCTGCGGTGGTGAGGAGCACTGTGGTTACTTGCT
TTGCTGGTATTACATCATCCGTATTTGTTTCTTTCAGTCAGAAGGAAAGGGACTTTGTTA
CTTCATCAATTATAAACGCTGCATTGCATGACAAATCACCTTCAGTCAGATCAGCAGCTT
GCCGAGCTATTGGCGTAATTTCATGTTTTCCAGAAACTTCTTTAAGTATTGGGATATATG
AAAAGTTTATCTTAGCTGTTGAAGCGAATACCCGCGATCCCTTGAACTCGGTGCGTGTAA
CATCATCCTGGGCTTTGGCCAATGTATGTGAAGCTCTGCGTTACCGCGTGAATGATAG*T
CCTTTGAAG
TTCAA

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DS 

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G
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TCATTATGATAGAATAATGGATACACCATTTACATCTGACTGCATAAGGTCAATAAGAAT
TTCATCTGCACCATCTTATGGATTTGAGAACCCCGAATTTGGTCAAGAGCCACTCTTTCA
GGCAGGATGTTACCAATGGTCTGAGGCTATTCGTAAACATATAGTCCTGGTGTTGCACAA
TGGTTCTGCGGTGGTGAGGAGCACTGTGGTTACTTGCTTTGCTGGTATTACATCATCCGT
ATTTGTTTCTTTCAGTCAGAAGGAAAGGGACTTTGTTACTTCATCAATTATAAACGCTGC
ATTGCATGACAAATCACCTTCAGTCATATCAGCAGCTTGCCGAGCTATTGGCGTAATTTC
ATGTTTTCCAGAAACTTCTTTAAGTATCGGGATATATGAAAAGTTTATCTTAGCTGTTGA
AGCGAATACCCGCGATCCCTTGAACTCGGTGCGTGTAACATCATCCTGGGCTTTGGCCAA
TGTATGTGAAGCGCTGCGTTACCGCGTGAATGATAGGTCCTTTGAAGGTTCAAATACAAC
TTCACAAGTCGTGGACTCGCTAATAGAATGTGCTTTGCGCCTTACTGAAGATGGGGACAA
GGTCAAAGCCAATGCAGTTCGAGCACTGGGGAGTATTTCTAAATATGTAAAATTGAGATG
CATGACAAGTAACCACGAGGCTTTACCTTCCCCCCATCACCATTTATCTTGCGCGGTAGA
TTCAAGCTGGTTGGAGAGAACTGTGCAAGCATTTCTTTCT*GTGTTACTACTGGTAATGT
TAAG*TTCAATGGAATGTTT*GTCATGCGTTAAGCA*TTTATTCTCCA*TGAGACAGTAA
A
CTACA

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DS 

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G
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AGTAACCACGAGGCTTTACCTTCCCCCCATCACCATTTATCTTGCGCGGTAGATTCAAGC
TGGTTGGAGAGAACTGTGCAAGCATTTCTTTCTTGTGTTACTACTGGTAATGTTAAGGTT
CAATGGAATGTTT*GTCATGCGTTAAGCAATTTATTCTCCAATGAGACAGTAAAACTACA
AGATATGGATTGGGCTCCAAGTGTTTTTAGTATTCTACTATTGCTGCTTCGTGATGCATC
AAACTTTAAGATAAGAATACAAGCTGCTGCCGCTT*AGCTGTTCCTGTAACCCCACTTGC
TTATGGGAGATCATTCCCTGATGTTGTCAAAGGTGTGTGGCATACTTTACAGAATCTGAA
ATCCGATAGAGAGACGACACCAACAAATTTCAAATATAAGAGATCGCTTGAGAATCAGTT
AACCTCGACCATGCTGCATCTCCTTAGCCTAGTTTCAAGCGGTCGTTGTGAAGCGTTGAC
AGACTTTCTTCTAAAAA**GCCTCTTTTCTAGAAGAGTGGTTAAGAGGATTGTGTGTTAC
ATTGAAGGAGGAAGACAATGCGTCGGGATCATCAAGCAGCATGAGCATTTCGGGTGAGAA
GCAGAAAAAAGAGTTGATCTCTAAAGCTATACGGTCACTTGCCAGTAGCCTAGAG*CTGG
GCGTATCCCTGAAG

QA 2 735 2 735
DS 

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TCATGCGTTAAGCAATTTATTCTCCAATGAGACAGTAAAACTACAAGATATGGATTGGGC
TCCAAGTGTTTTTAGTATTCTACTATTGCTGCTTCGTGATGCATCAAACTTTAAGATAAG
AATACAAGCTGCTGCCGCTT*AGCTGTTCCTGTAACCCCACTTGCTTATGGGAGATCATT
CCCTGATGTTGTCAAAGGTGTGTGGCATACTTTACAGAATCTGAAATCCGATAGAGAGAC
GACACCAACAAATTTCAAATATAAGAGATCGCTTGAGAATCAGTTAACCTCGACCATGCT
GCATCTCCTTAGCCTAGTTTCAAGCGGTCGTTGTGAAGCGTTGACAGACTTTCTTCTAAA
AA**GCCTCTTTTCTAGAAGAGTGGTTAAGAGGATTGTGTGTTACATTGAAGGAGGAAGA
CAATGCGTCGGGATCATCAAGCAGCATGAGCATTTCGGGTGAGAAGCAGAAAAAAGAGTT
GATCTCTAAAGCTATACGGTCACTTGCCAGTAGCCTAGAGGCTGGGCGTATCCCTGAAGT
GGCTCTAAAGTTGCAAGAGTTAGATAGCAATGTGAATTGATATAGCAGGCTACGTTTTCG
GGGGTTATATTCGCCCTGTTGTAACTCAAGTATACAATTCAACAAATGTACATTACCTCC
GTGACAAATTTTGTTATGTGCCGATATATAGAAAACATATTTTGTTGC
C

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DS 

RD RR1EM38JQ 691 0 0
TCTCCAATGAGACAGTAAAACTACAAGATATGGATTGGGCTCCAAGTGTTTTTAGTATTC
TACTATTGCTGCTTCGTGATGCATCAAACTTTAAGATAAGAATACAAGCTGCTGCCGCTT
TAGCTGTTCCTGTAACCCCACTTGCTTATGGGAGATCATTCCCTGATGTTGTCAAAGGTG
TGTGGCATACTTTACAGAATCTGAAATCCGATAGAGAGACGACACCAACAAATTTCAAAT
ATAAGAGATCGCTTGAGAATCAGTTAACCTCGACCATGCTGCATCTCCTTAGCCTAGTTT
CAAGCGGTCGTTGTGAAGCGTTGACAGACTTTTTTCTAAAAAAAGCCTCTTTTCTAGAAG
AGTGGTTAAGAGGATTGTGTGTTACATTGAAGGAGGAAGACAATGCGTCGGGATCATCAA
GCAGCATGAGCATTTCGGGTGAGAAGCAGAAAAAAGAGTTGATCTCTAAAGCTATACGGT
CACTTGCCAGTAGCCTAGAGGCTGGGCGTATCCCTGAAGTGGCTCTAAAGTTGCAAGAGT
TAGATAGCAATGTGAATTGATATAGCAGGCTACGTTTTCGGGGGTTATATTCGCCCTGTT
GTAACTCAAGTATACAATTCAACAAATGTACATTACCTCCGTGACAAATTTTGTTATGTG
CCGATATATAGAAAACATATTTTGTTGC
TAC

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DS 

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CTTTCTTGTGTTACTACTGGTAATGTTAAGGTTCAATGGAATGTTTTGTCATGCGTTAAG
CAATTTATTCTCCAATGAGACAGTAAAACTACAAGATATGGATTGGGCTCCAAGTGTTTT
TAGTATTCTACTATTGCTGCTTCGTGATGCATCAAACTTTAAGATAAGAATACAAGCTGC
TGCCGCTTTAGCTGTTCCTGTAACCCCACTTGCTTATGGGAGATCATTCCCTGATGTTGT
CAAAGGTGTGTGGCATACTTTACAGAATCTGAATTCCGATAGAGA**CGACACCAACAAA
TTTCAAATATAAGAGATCGCTTGAGAATCAGTTAACGTCGACCATGCTGCATCTCCTTAG
CCTAGTTTCAAGCGGTCGTTGTGAAGCGTTGACAGACTTTTTTTTAAAAAAAGCCTCTTT
TCTAGAAGAGTGGTTAAGAGGATTGTGTGTTACATTGAAGGAGGAAGACAATGTGTCGGG
ATCATCAAGCAGCATGAGCATTTCGGGTGAGAAGCAGAAAAAAGAGTTGATCTCTAAAGC
TATACGGTCACTTGCCAGTAGCCTAGAGGCTGGGCGTATCCCTGAAGTGGCTCTAAAGTT
GCAAGAGTTAGATAGCAATGTGAATTGATATAGCAGGCTACGTTTTCGGGGGTTATATTC
GCCCTGTTGTAACTCAAGTATACAATTCAACAAATGTGCATTACCTCCGTGACAAATTTT
GTTATGTGCCGATATATAGAAAACATATTTTGTTGCTACAACTTCTCATGACAGAGAGAG
GAGTACATGTAACTTGTGGCCAACAACTGTCTTTTATTCTCC

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 4

CO CL1539Contig1 1166 4 9 U
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TTACTATGATTTTATCCCTGAACAAAACTTTGAGATCGACTTCGAAAGCGTCAAAAAGGT
GACAGACAAGAACACGTTTGCTATATTTATCATCAACCCTCACAATCCCAATGGAAACAC
CTACTCGGAGGCTCATCTCAAACAGCTCGCTGAATTGGCTAAGGAACTCTCCATTATGGT
GGTTTCTGATGAAGTTTTTAGATGGACCGTCTTCGGGAATAACCCTTTTGTTCCGATGGG
AAAGTTTTCTTCCATCGTACCAGTGGTTACACTCGGATCCTTATCTAAGGGATGGAATGT
ACCAGGATGGCGAACTGGCTGGCTCGCGCTGCACGATCTAGACGGTGTCTTCAGAAACAC
TAAGATATTAGAAGCTGCCAACGAATTTCTCCAGATAAATGCCAAACCTCCGACTGTTAT
TCAGGCGGCTATGCCTGACATTTTGGAGAGAACTCCAAAACATTTCTTCCTTGAGAGGGG
AAGTTTTCTGAAACATAAAGTTGATATTGGATACGCTAAGCTCAAGCACATACCTGGCCT
CACTTGTTACATGAAACCCGAAGCGTGCACCTTTTTATGGACCAAGCTGGATATATCGTG
CTTTGCTGACATTGGAGACGATCAAGAGTTCTGCAGCAAGCTTGCTATGGAAGAAAATCT
CGTCGTTTTGCCAGGGATTGCATTTAGACAGCCGAACTGGTTGAGGCATTCTATCGACAT
GGAGACGCCAACAGTTGAGGACGCATTTGAAAGATTGAAGAGCTTCTGTGAACGCCATTC
CACAAAAGGTGGAGCTTCACTCAAAAACGCCAATGGCGTCAACTAAAGGGTCAAGATGAT
ATGATCCTTGTCCAAGTCTATCAATGATAATAAATGGGTGTTTTTGGTAATGTGAGATAA
ATCATGAACACTTTCGTAGTTGTAATAAATAAAATTGGTGTACTTATCATCAATCGTAGA
ATGTTTTCTCATGATGTATCATCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DD71TF U 1
AF RR1FN10TF U 231
AF RR1FN10JQ C 580
AF RR1DD71JQ C 649
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TTACTATGATTTTATCCCTGAACAAAACTTTGAGATCGACTTCGAAAGCGTCAAAAAGGT
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GGTTTCTGATGA*GTTTTTAGATGGACCGTCTTCGGGAATAACCCTTTTGTTCCGATGGG
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TAAGATATTAGAAGCTGCCAACGAATTTCTCCAGATAAATGCCAAACCTCCGACTGTTAT

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1FN10TF 752 0 0
G
CAAAAAGGTGACAGACAAGAACACGTTTGCTATATTTATCATCAACCCTCACAATCCCAA
TGGAAACACCTACTCGGAGGCTCATCTCAAACAGCTCGCTGAATTGGCTAAGGAACTCTC
CATTATGGTGGTTTCTGATGAAGTTTTTAGATGGACCGTCTTCGGGAATAACCCTTTTGT
TCCGATGGGAAAGTTTTCTTCCATCGTACCAGTGGTTACACTCGGATCCTTATCTAAGGG
ATGGAATGTACCAGGATGGCGAACTGGCTGGCTCGCGCTGCACGATCTAGACGGTGTCTT
CAGAAACACTAAGATATTAGAAGCTGCCAACGAATTTCTCCAGATAAATGCCAAACCTCC
GACTGTTATTCAGGCGGCTATGCCTGACATTTTGGAGAGAACTCCAAAACATTTCTTCCT
TGAGAGGGGAAGTTTTCTGAAACATAAAGTTGATATTGGATACGCTAAGCTCAAGCACAT
ACCTGGCCTCACTTGTTACATGAAACCCGAAGCGTGCACCTTTTTATGGACCAAGCTGGA
TATATCGTGCTTTGCTGACATTGGAGACGATCAAGAGTTCTGCAGCAAGCTTGCTATGGA
AGAAAATCTCGTCGTTTTGCCAGGGATTGCATTTAGACAGCCGAACTGGTTGAGGCATTC
TATCGACATGGAGACGCCAACAGTTGAG*ACGCATTTGAAAGATTGAAGAGCTTCTGTGA
ACGCCATTCCACAAAAG*TGGAGCTTCACTC

QA 2 752 2 752
DS 

RD RR1FN10JQ 587 0 0
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GACCAAGCTGGATATATCGTGCTTTGCTGACATTGGAGACGATCAAGAGTTCTGCAGCAA
GCTTGCTATGGAAGAAAATCTCGTCGTTTTGCCAGGGATTGCATTTAGACAGCCGAACTG
GTTGAGGCATTCTATCGACATGGAGACGCCAACAGTTGAGGACGCATTTGAAAGATTGAA
GAGCTTCTGTGAACGCCATTCCACAAAAGGTGGAGCTTCACTCAAAAACGCCAATGGCGT
CAACTAAAGGGTCAAGATGATATGATCCTTGTCCAAGTCTATCAATGATAATAAATGGGT
GTTTTTGGTAATGTGAGATAAATCATGAACACTTTCGTAGTTGTAATAAATAAAATTGGT
GTACTTATCATCAATCGTAGAATGTTTTCTCATGATGTATCATCTAC

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1DD71JQ 518 0 0
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GGATATATCGTGCTTTGCTGACATTGGAGACGATCAAGAGTTCTGCAGCAAGCTTGCTAT
GGAAGAAAATCTCGTCGTTTTGCCAGGGATTGCATTTAGACAGCCGAACTGGTTGAGGCA
TTCTATCGACATGGAGACGCCAACAGTTGAGGACGCATTTGAAAGATTGAAGAGCTTCTG
TGAACGCCATTCCACAAAAGGTGGAGCTTCACTCAAAAACGCCAATGGCGTCAACTAAAG
GGTCAAGATGATATGATCCTTGTCCAAGTCTATCAATGATAATAAATGGGTGTTTTTGGT
AATGTGAGATAAATCATGAACACTTTCGTAGTTGTAATAAATAAAATTGGTGTACTTATC
ATCAATCGTAGAATGTTTTCTCATGATGTATCATCTAC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 6

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GGCGCTTTCAACGAAAGCAAACTGTGACAGATTTTAACACAAGAACGTTATTGGACCCAA
GAAACAGAAGCATGACGATCGATTCTATACACACAATCATCATAACAAACCACTGTTTCA
AAAAACCAAGGTTGAGTTCAAGACAGTGACACTTATTTATTTTATTACGGACACTGGAAA
GACGTCTCTGTTTAGCAGTCATAAAGATAAAAAAAGATATTTTCAATTTTCAATTCCGGG
AATACTGGTCGAGGCAGCAATCCATAATAGCAGAGACGGTGCCGATAAACTCCTCTTCGG
TTGTCTCTGGGAGCACTATAACTTCAGCATCATTGATGATTTGTTCAATCACAGATTCTT
TTTCGAGTGTTACTCTGCACATTATGCTTCCGATGGCAAAAGGTGTGAGACCCTTTGCAG
CACCTTTCTTGAGAAGCATGGTCGAGATGCGGAAGACACGAGCGCATGAAGGCGGAATCT
CCCAACCGTGGATTCTCAGAAGCTCGATGTCTTCCTCAGGATCCAAGGATTCGATGTATT
CCAATGTCTCTGAAGAGTATGGCTCTTTTGCTTGAGGCCAGTATAGCCACTCGAATGTGC
AGTCTTCAAACTTATTTGGAAAGCAGTAGCCGTGATCTATTGGAGTTAGCACGATCTGAC
CATCATTTCCCTCTCGGCTAACCAAAATGTTGCCACTATGACGATCTGCATTAGCCAGCC
TAATGTCTAGAACCGATATCTTGTGAACCTGTTCAACTGGGAAGACTCCATATCCCATAT
CTTCACAAGTTCCAACATTACTCACAAACATCTGCAATGAACCAATCTTTGTGTTCTCTG
GAGAGAAACTGTAACCGTTGGGATGGTTGGAGTCTTTGTGCAAACATTTGACCATTGTTG
TTGGCGGAACTCCAGCGAAACCGGGTTGGTCACGAGGAGAAGTTCGTGTTCCAGTCACGG
GATAGTCCAAAATGTAAGCAGCTACTTCTCTAAAGGCCCCTTCC


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D848JQ U 1
AF RR1D848TF C 1
AF RR1D831JQ U 36
AF RR1B427JQ U 98
AF RR1D831TF C 117
AF RR1B427TF C 161
BS 1 274 RR1D848JQ
BS 275 275 RR1D831JQ
BS 276 479 RR1D848JQ
BS 480 480 RR1D831JQ
BS 481 496 RR1D848JQ
BS 497 497 RR1D831JQ
BS 498 565 RR1D848JQ
BS 566 736 RR1D831JQ
BS 737 889 RR1B427JQ
BS 890 1004 RR1B427TF

RD RR1D848JQ 566 0 0
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GAAACAGAAGCATGACGATCGATTCTATACACACAATCATCATAACAAACCACTGTTTCA
AAAAACCAAGGTTGAGTTCAAGACAGTGACACTTATTTATTTTATTACGGACACTGGAAA
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AATACTGGTCGAGGCAGCAATCCATAATAGCAGAAACGGTGCCGATAAACTCCTCTTCGG
TTGTCTCTGGGAGCACTATAACTTCAGCATCATTGATGATTTGTTCAATCACAGATTCTT
TTTCGAGTGTTACTCTGCACATTATGCTTCCGATGGCAAAAGGTGTGAGACCCTTTGCAG
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CCAATGTCTCTGAAGAGTATGGCTC
C

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1D848TF 566 0 0
GGCGCTTTCAACGAAAGCAAACTGTGACAGATTTTAACACAAGAACGTTATTGGACCCAA
GAAACAGAAGCATGACGATCGATTCTATACACACAATCATCATAACAAACCACTGTTTCA
AAAAACCAAGGTTGAGTTCAAGACAGTGACACTTATTTATTTTATTACGGACACTGGAAA
GACGTCTCTGTTTAGCAGTCATAAAGATAAAAAAAGATATTTTCAATTTTCAATTCCGGG
AATACTGGTCGAGGCAGCAATCCATAATAGCAGAGACGGTGCCGATAAACTCCTCTTCGG
TTGTCTCTGGGAGCACTATAACTTCAGCATCATTGATGATTTGTTCAATCACAGATTCTT
TTTCGAGTGTTACTCTGCACATTATGCTTCCGATGGCAAAAGGTGTGAGACCCTTTGCAG
CACCTTTCTTGAGAAGCATGGTCGAGATGCGGAAGACACGAGCGCATGAAGGCGGAATCC
CCCAACCGTGGATTCTTAGAAGCTCGATGTCTTCCTCAGGATCCAAGGATTCGATGTATT
CCAATGTCTCTGAAGAGTATGGCTC
C

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1D831JQ 701 0 0
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ATCATCATAACAAACCACTGTTTCAAAAAACCAAGGTTGAGTTCAAGACAGTGACACTTA
TTTATTTTATTACGGACACTGGAAAGACGTCTCTGTTTAGCAGTCATAAAGATAAAAAAA
GATATTTTCAATTTTCAATTCCGGGAATACTGGTCGAGGCAGCAATCCATAATAGCAGAG
ACGGTGCCGATAAACTCCTCTTCGGTTGTCTCTGGGAGCACTATAACTTCAGCATCATTG
ATGATTTGTTCAATCACAGATTCTTTTTCGAGTGTTACTCTGCACATTATGCTTCCGATG
GCAAAAGGTGTGAGACCCTTTGCAGCACCTTTCTTGAGAAGCATGGTCGAGATGCGGAAG
ACACGAGCGCATGAAGGCGGAATCTCCCAACCGTGGATTCTCAGAAGCTCGATGTCTTCC
TCAGGATCCAAGGATTCGATGTATTCCAATGTCTCTGAAGAGTATGGCTCTTTTGCTTGA
GGCCAGTATAGCCACTCGAATGTGCAGTCTTCAAACTTATTTGGAAAGCAGTAGCCGTGA
TCTATTGGAGTTAGCACGATCTGACCATCATTTCCCTCTCGGCTAACCAAAATGTTGCCA
CTATGACGATCTGCATTAGCCAGCCTAATGTCTAGAACCGA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1B427JQ 792 0 0
CATCATAACAAACCACTGTTTCAAAAAACCAAGGTTGAGTTCAAGACAGTGACACTTATT
TATTTTATTACGGACACTGGAAAGACGTCTCTGTTTAGCAGTCATAAAGATAAAAAAAGA
TATTTTCAATTTTCAATTCCGGGAATACTGGTCGAGGCAGCAATCCATAATAGCAAAAAC
GGTGCCGATAAACTCCTCTTCGGTTGTATCTGGGAGCACTATAACTTCAGCATCATTGAT
GATTTGTTCAATCACAGATTCTTTTTCGAGTGTTACTCTGCACATTATGCTTCCGATGGC
AAAAGGTGTGAGACCCTTTGCAGCACCTTTCTTGAGGAGCATGGTCGAGATGCGGAAAAC
ACGAGCGCATGAAGGCGGAATCTCCCAACCGTGGATTCTCAAAAGCTCGATGTCTTCCTC
AGGATCCAAGGATTCGATGTATTCCAATGTCTCTGAAGAGTATGGCTCTTT*GCTTGAGG
CCAGTATAGCCACTCGAATGTGCAGTCTTCAAACTTATTTGGAAAGCAGTAGCCGTGATC
TATTGGAGTTAGCACGATCTGACCATCATTTCCCTCTCGGCTAACCAAAATGTTGCCACT
ATGACGATCTGCATTAGCCAGCCTAATGTCTAGAACCGATATCTTGTGAACCTGTTCAAC
TGGGAAGACTCCATATCCCATATCTTCACAAGTTCCAACATTACTCACAAACATCTGCAA
TGAACCAATCTTTGTGTTCTCTGGAGAGAAACTGTAACCGTTGGGATGGTTGGAGTCTTT
GTGCAAACATTT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1D831TF 758 0 0
TTTC
AAAAACCAAGGTTGAGT*CAAGACAGTGACACTTATTTATTTTATTACGGACACTGGAAA
GACGTCTCTGTTTAGCAGTCATAAAGATAAAAAAAGATATTTTCAATTTTCAATTCCGGG
AATACTGGTCGAGGCAGCAATCCATAATAGCAGAGACGGTGCCGATAAACTCCTCTTCGG
TTGTCTCTGGGAGCACTATAACTTCAGCATCATTGATGATTTGTTCAATCACAGATTCTT
TTTCGAGTGTTACTCTGCACATTATGCTTCCGATGGCAAAAGGTGTGAGACCCTTTGCAG
CACCTTTCTTGAGAAGCATGGTCGAGATGCGGAAGACACGAGCGCATGAAGGCGGAATCT
CCCAACCGTGGATTCTCAGAAGCTCGATGTCTTCCTCAGGATCCAAGGATTCGATGTATT
CCAATGTCTCTGAAGAGTATGGCTCTTTTGCTTGAGGCCAGTATAGCCACTCGAATGTGC
AGTCTTCAAACTTATTTGGAAAGCAGTAGCCGTGATCTATTGGAGTTAGCACGATCTGAC
CATCATTTCCCTCTCGGCTAACCAAAATGTTGCCACTATGACGATCTGCATTAGCCAGCC
TAATGTCTAGAACCGATATCTTGTGAACCTGTTCAACTGGGAAGACTCCATATCCCATAT
CTTCACAAGTTCCAACATTACTCACAAACATCTGCAATGAACCAATCTTTGTGTTCTCTG
GAGAGAAACTGTAACCGTTGGGATGGTTGAAGTC

QA 5 758 5 758
DS 

RD RR1B427TF 844 0 0
TTTATTACGGACACTGGAAAGACGTCTCTGTTTAGCAGTCATAAAGATAAAAAAAGATAT
TTTCAATTTTCAATTCCGGGAATACTGGTCGAGGCAGCAATCCATAATAGCAGAGACGGT
GCCGATAAACTCCTCTTCGGTTGTATCTGGGAGCACTATAACTTCAGCATCATTGATGAT
TTGTTCAATCACAGATTCTTTTTCGAGTGTTACTCTGCACATTATGCTTCCGATGGCAAA
AGGTGTGAGACCCTTTGCAGCACCTTTCTTGAGGAGCATGGTCGAGATGCGGAAGACACG
AGCGCATGAAGGCGGAATCTCCCAACCGTGGATTCTCAGAAGCTCGATGTCTTCCTCAGG
ATCCAAGGATTCGATGTATTCCAATGTCTCTGAAGAGTATGGCTCTTT*GCTTGAGGCCA
GTATAGCCACTCGAATGTGCAGTCTTCAAACTTATTTGGAAAGCAGTAGCCGTGATCTAT
TGGAGTTAGCACGATCTGACCATCATTTCCCTCTCGGCTAACCAAAATGTTGCCACTATG
ACGATCTGCATTAGCCAGCCTAATGTCTAGAACCGATATCTTGTGAACCTGTTCAACTGG
GAAGACTCCATATCCCATATCTTCACAAGTTCCAACATTACTCACAAACATCTGCAATGA
ACCAATCTTTGTGTTCTCTGGAGAGAAACTGTAACCGTTGGGATGGTTGGAGTCTTTGTG
CAAACATTTGACCATTGTTGTTGGCGGAACTCCAGCGAAACCGGGTTGGTCACGAGGAGA
AGTTCGTGTTCCAGTCACGGGATAGTCCAAAATGTAAGCAGCTACTTCTCTAAAGGCCCC
TTCC

QA 1 844 1 844
DS 



AS 2 5

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AAAGAGAGAAGAGCAAGAAGAAGAAGTGGCTGATCATCAACCTTTTCAAATCTTCGAGTC
CATTAATGCTTTCTCAAAAGAGCAACACAACCGTTCTATGGATGATTTCGACCGCATTTT
CGACATCAGCATTGACAGTTTAGGCTGCTCTCATGAACTCAATTGGGATTTTTGGAAAGA
AGAAGACGACGAAGAAGATGTGAAGGAAGAAGAGAAGAGTTTGAGTACTGATCAAGAAGG
CTCAAGTTCTGGTTTTTGGGATAATATGTCGACCGATTATGAAGACAGAGAGTTGGCTCT
GAAGCTGAATCTGAACCATCAAGAAGTTATTGATGCTTGGTCTGATCGCCGCCAGCAACC
TCTGCGGACAGATACCTCAATGCTAATGGCTCCGGCCAGTGCCCTTTATAGTGTGTCCAG
AGTGGAGAAGTGCCGGTGATGGATGAAGAGAGAAACACGAGAAGAGAAGCGAGTGTGTTA
AGGTACAAAGAGAAGAGACAGAGTAGGCTCTTCTCTAAGAAGATAAGGTATCAGGTCCGA
AAACTCAACGCTGATAAACGACCTCGTTTCAAGGGTCGGTTCGTGAAAAGGGACACTTAA
AAGGGAAATAAATA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP83TF U 1
AF RR1CF47TF U 2
BS 1 84 RR1EP83TF
BS 85 85 RR1CF47TF
BS 86 104 RR1EP83TF
BS 105 674 RR1CF47TF

RD RR1EP83TF 104 0 0
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AAAGAGAGAAGAGCAAGAAGAAGAGGTGGCTGATCATCAACCTT

QA 1 104 1 104
DS 

RD RR1CF47TF 673 0 0
GG
GACTAAGACAAAAAAAGAGTGGAGGAAAAGATAAGACATGGATACACAAAGGTTACCAAA
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TAATGCTTTCTCAAAAGAGCAACACAACCGTTCTATGGATGATTTCGACCGCATTTTCGA
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AGACGACGAAGAAGATGTGAAGGAAGAAGAGAAGAGTTTGAGTACTGATCAAGAAGGCTC
AAGTTCTGGTTTTTGGGATAATATGTCGACCGATTATGAAGACAGAGAGTTGGCTCTGAA
GCTGAATCTGAACCATCAAGAAGTTATTGATGCTTGGTCTGATCGCCGCCAGCAACCTCT
GCGGACAGATACCTCAATGCTAATGGCTCCGGCCAGTGCCCTTTATAGTGTGTCCAGAGT
GGAGAAGTGCCGGTGATGGATGAAGAGAGAAACACGAGAAGAGAAGCGAGTGTGTTAAGG
TACAAAGAGAAGAGACAGAGTAGGCTCTTCTCTAAGAAGATAAGGTATCAGGTCCGAAAA
CTCAACGCTGATAAACGACCTCGTTTCAAGGGTCGGTTCGTGAAAAGGGACACTTAAAAG
GGAAATAAATA

QA 3 673 3 673
DS 



CO CL1541Contig2 1090 3 11 U
GGCACGTCGAATCAAATTACATCACATGCTACAAAAGTATTAAAAAGCAACCTAGCTCTG
TAATAATATCTATGTATATATCTATGTTTTTTTGGTATGCTGCTCGGATAGACTAAGACA
AAAAAAGAGTGGAGGAAAAGATAAGACATGGATACACAAAGGTTACCAAAGAGAGAAGAG
CAAGAAGAAGAAGTGGCTGATCATCAACCTTTTCAAATCTTCGAGTCCATTAATGCTTTC
TCAAAAGAGCAACACAACCGTCCTATGGATGATTTCGACCGCATTTTCGACATCAGCATT
GACAGTTTAGGCTGCTCTCATGAACTCAATTGGGATTTTTGGAAAGAAGAAGACGACGAA
GAAGATGTGAAGGAAGAAGAGAAGAGTTTGAGTACTGATCAAGAAGGCTCAAGTTCTGGT
TTTTGGGATAATATGTCGACCGATTATGAAGACAGAGAGTTGGCTCTGAAGCTGAATCTG
AACCATCAAGAAGTTATTGATGCTTGGTCTGATCGCCGCCAGCAACCTCTGTGGACAGAT
ACCTCAATGCTAATGGCTCCGGCCAGTGCCCTTTATAGTGGAGAAGTGCCGGTGATGGAT
GAAGAGAGAAACACGAGAAGAGAAGCGAGTGTGTTAAGGTACAAAGAGAAGAGACAGAGT
AGGCTCTTCTCTAAGAAGATAAGGTATCAGGTCCGAAAACTCAACGCTGATAAACGACCT
CGTTTCAAGGTCTCTCTCTCTTTCCTTCTTCTCTTTACATCTTAACCTAACTCAATGCTA
ACTTTTTTGGTAAAACTATTTATTTAACTTCATAATGCTTAGTCAATTTGTGCTAACCAA
CCCTAAACTCTATATTGTCTTAATGATTCTTCTTCCGATGTATTTCTTTTGAATTATTTG
TAGGGTCGGTTCGTGAAAAGGGACACTTAAAAGGGGAAATAAATATCAGGGAGAAAAATA
TCTTCAGTCTTCGATGTGTCTTTTTATTAGTATTATTATTCATATTTCACGTTTTATTTG
TATTTTTATGAGATATCGTTATCGACTTTCACAACTTTGTCAAATTTGAAACGAAAATAT
CTCCTTCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN15TF U 1
AF RR1CU59TF U 22
AF RR1CU59JQ C 366
BS 1 92 RR1FN15TF
BS 93 93 RR1CU59TF
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BS 730 730 RR1CU59JQ
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BS 748 763 RR1CU59TF
BS 764 1090 RR1CU59JQ

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AGGCTCTTCTC

QA 1 671 1 671
DS 

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GG
ACATGTTACAAAAGTATTAAAAAGCAACCTAGCTCTGTAATAATATCTATGTATATATCT
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AGACATGGATACACAAAGGTTACCAAAGAGAGAAGAGCAAGAAGAAGAAGTGGCTGATCA
TCAACCTTTTCAAATCTTCGAGTTCATTAATGCTTTCTCAAAAGAGCAACACAACCGTTC
TATGGATGATTTCGACCGCATTTTCGACATCAGCATTGACAGTTTAGGCTGCTCTCATGA
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CCT*CTTCTCTTTACATCTT

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR1CU59JQ 725 0 0
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AATGCTAATGGCTCCGGCCAGTGCCCTTTATAGTGGAGAAGTGCCGGTGATGGATGAAGA
GAGAAACACGAGAAGAGAAGCGAGTGTGTTAAGGTACAAAGAGAAGAGACAGAGTAGGCT
CTTCTCTAAGAAGATAAGGTATCAGGTCCGAAAACTCAACGCTGATAAACGACCTCGTTT
CAAGGTCTCTCTCTCTTTCCTTCTTCTCTTTACATCTTAACCTAACTCAATGCTAACTTT
TTTGGTAAAACTATTTATTTAACTTCATAATGCTTAGTCAATTTGTGCTAACCAACCCTA
AACTCTATATTGTCTTAATGATTCTTCTTCCGATGTATTTCTTTTGAATTATTTGTAGGG
TCGGTTCGTGAAAAGGGACACTTAAAAGGGGAAATAAATATCAGGGAGAAAAATATCTTC
AGTCTTCGATGTGTCTTTTTATTAGTATTATTATTCATATTTCACGTTTTATTTGTATTT
TTATGAGATATCGTTATCGACTTTCACAACTTTGTCAAATTTGAAACGAAAATATCTCCT
TCACG

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 5

CO CL1542Contig1 1057 5 3 U
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GTCTTTACCCACTTCATCGTTGCAAAACCATTCACCTGGTGAGACATGCTCAGGGGATTC
ATAATGTTGCTGGAGAAAAAGACCATAGTGCTTACTCTTCCGAGGACTATTTTGATGCTC
ATATCACCCCACTTGGTTGGCAACAGGTGGATCATCTACGGAACCATGTTTTAGAAACTC
AACTCTTAAACAAAGTTGAACTTGTCATTGTCTCTCCCTTGCTTAGAACTATACAAACTG
CTGTCGGTTCTTTTGGAGGCGGAGAAGATACTAGTGGAGCAGATGCAACACCGCTAATGG
TGGCCAACGCTGGGAGCAGCGACCGTCCTGCCATTTCAAGCTTAAACAGCCCACCTTTCC
TTGCTGTTGAGCTATGCAGAGAAACCATGGGTGATCATCCCTGTGACAGGCGAAGAAGCG
TTACAGAGTACAAGGCTATGTTTCCTGCAATCGATTTTTCAATTATTGAAAGCGACAAGG
ATGTTTTGTGGAAGCCTAGTCCAAGAGAGACCCCAGATGAAGTTGCAGCGAGAGGTGTAG
AGTTCATTAACTGGCTATGGACGAGGAAAGAAAAGGAGATTGCAATTGTATCTCACAGTG
GCTTCTTGCACGGTCTACTGAGCTCTTACGGGAAGGATTATGTCGACGACATAAAGAAAG
AGTTGTCTATACACTTCAAGAACTGTGAGCTTCGTTCAATGGTTATCGTTGATCAAGGAA
ACCTGGGGACTAATTATACAGAGACTACAAACTATTCTGGCAAGGTTCCTCAAGGACTTG
ATCATCCAAGCGACTAATCGATGACGAGTAAGAGATATAAATAAGAAGGGTACACCTGAT
GGCTCGGCTCCATTGGAATATTATTTGGCATTTTCAGCTCGTATTATTGTATTTTGATAA
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TATTTGGGGAAAATGAATCAATTTCAGAAGTCTCATC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1AW68TF U 59
AF RR1AJ09TF U 1
AF RR1CK14TF U 28
AF RR1AW68JQ C 192
AF RR1AJ09JQ C 918
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BS 809 810 RR1CK14TF
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G
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CATAATGTTGCTGGAGAAAAAGACCATAGTGCTTACTCTTCCGAGGACTATTTTGATGCT
CATATCACCCCACTTGGTTGGCAACAGGTGGATCATCTACGGAACCATGTTTTAGAAACT
CAACTCTTAAACAAAGTTGAACTTGTCATTGTCTCTCCCTTGCTTAGAACTATACAAACT
GCTGTCGGTTCTTTTGGAGGCGGAGAAGATACTAGTGGAGCAGATGCAACACCGCTAATG
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GATGTTTTGTGGAAGCCTAGTCCA

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AACTCTTAAACAAAGTTGAACTTGTCATTGTCTCTCCCTTGCTTAGAACTATACAAACTG
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TGGCCAACGCTGGGAGCAGCGACCGTCCTGCCATTTCAAGCTTAAACAGCCCACCTTTCC
TTGCTGTTGAGCTATGCAGAGAAACCATGGGTGATCATCCCTGTGACAGGCGAAGAAGCG
TTACAGAGTACAAGGCTATGTTTCCTGCAATCGATTTTTCAATTATTGAAAGCGACAAGG
ATGTTTTGTGGAAGCCTAGTCCAAGAGAGACCCCAGATGAAGTTGCAGCGAGAGGTGTAG
AGTTCATTAACTGGCTATGGACGAGGAAAGAAAAGGAGATTGCAATTGTATCTCACAGTG
GCTTCTTGCACGGTCTACTGAGCTCTTACGGGAAGGATTATGTCGACGACATAAAGAAAG
AGTTGTCTATACACTTCAAGAACTGTGAGCTTCGTTCAATGGTTATCGTTGATCAAGGAA
ACCTGGGGACTAATTATACAGAGACTAC

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1CK14TF 790 0 0
GG
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ATTCACCTGGTGAGACATGCTCAGGGGATTCATAATGTTGCTGGAGAAAAAGACCATAGT
GCTTACTCTTCCGAGGACTATTTTGATGCTCATATCACCCCACTTGGTTGGCAACAGGTG
GATCATCTACGGAACCATGTTTTAGAAACTCAACTCTTAAACAAAGTTGAACTTGTCATT
GTCTCTCCCTTGCTTAGAACTATACAAACTGCTGTCGGTTCTTTTGGAGGCGGAGAAGAT
ACTAGTGGAGCAGATGCAACACCGCTAATGGTGGCCAACGCTGGGAGCAGCGACCGTCCT
GCCATTTCAAGCTTAAACAGCCCACCTTTCCTTGCTGTTGAGCTATGCAGAGAAACCATG
GGTGATCATCCCTGGGACAGGCGAAGAAGCGTTACAGAGTACAAGGCTATGTTTCCTGCA
ATCGATTTTTCAATTATTGAAAGCGACAAGGATGTTTTGTTGAAGCCTAGTCCAAGAGAG
ACCCCAGATGAAGTTGCAGCGAGAGGTGTAGAGTTCATTAACTGGCTATGGACGAGGAAA
GAAAAGGAGATTGCAATTGTATCTCACAGTGGCTTCTTGCACGGTCTACTGAGCTCTTAC
GGGAAGGATTGTGTCGACGAGATAAAGAAAGA*TTGTCTATACACTTCAA*AACTGTGAG
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A
CTATTCT

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DS 

RD RR1AW68JQ 866 0 0
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AAAGTTGAACTTGTCATTGTCTCTCCCTTGCTTAGAACTATACAAACTGCTGTCGGTTCT
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GGGAGCAGCGACCGTCCTGCCATTTCAAGCTTAAACAGCCCACCTTTCCTTGCTGTTGAG
CTATGCAGAGAAACCATGGGTGATCATCCCTGTGACAGGCGAAGAAGCGTTACAGAGTAC
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AAGCCTAGTCCAAGAGAGACCCCAGATGAAGTTGCAGCGAGAGGTGTAGAGTTCATTAAC
TGGCTATGGACGAGGAAAGAAAAGGAGATTGCAATTGTATCTCACAGTGGCTTCTTGCAC
GGTCTACTGAGCTCTTACGGGAAGGATTTTGTCGACGACATAAAGAAAGAGTTGTCTATA
CACTTCAAGAACTGTGAGCTTCGTTCAATGGTTATCGTTGATCAAGGAAACCTGGGGACT
AATTATACAGAGACTACAAACTATTCTGGCAAGGTTCCTCAAGGACTTGATCATCCAAGC
GACTAATCGATGACGAGTAAGAGATATAAATAAGAAGGGTACACCTGATGGCTCGGCTCC
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ATTTTCGCATTTATGTCAGCTACTAAATGAATTTACTGATTATGGTTGTTATTTGGGGAA
AATGAATCAATTTCAGAAGTCTCATC

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DS 

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GCATTTATGTCAGCTACTAAATGAATTTACTGATTATGGTTGTTATTTGGGGAAAATGAA
TCAATTTCAGAAGTC
CC

QA 1 135 1 135
DS 



AS 1 5

CO CL1543Contig1 895 5 9 U
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GAGCAGAGCTTGGTCTAGTGGTTATGTATCTTAACAAAGCAGAGGCAAGGGATAAGTTAT
GCAGAGCTATACAGTATGGTTCAAAGTTCTTGAGCGGTGGACAACCTGGTACTGCTCAAA
ACGTTGATAAATCCACTACCTTAGCCAGAAAAGTCTTCCGTCTTTTCAAGTTTGTTAATG
ATTTACATGGTCTTATCAGTCCTGTTCCTAAAGGGACTCCACTTCCTCTCGCTTTGCTTG
GAAAGTCCAAGAACGCACTCTTGTCTACATTCTTGTTCCTGGATCAAATCGTCTGGCTTG
GAAGATCAGGAATCTATAAGAACCAAGAGCGAGCTGAGTTACTTGGACGTATATCAGTTT
TCTGCTGGATGGGATCATCTGTCTGTACAACTTTAGTTGAGCTTGGTGAGATTGGAAGGC
TCTCATCGTCGATGAAGAAGATCGAGAAAGGGCTTAAGAATGGCAACAAGTATCAAGATG
AGGAGTATCGTGCCAAGCTTAAACAGTCTAACGAGAGGAGTCTTGCTTTGATCAAATCAG
CCATGGACATTGTTGTAGCAGCTGGTCTTCTTCGGTTATATCCAGAGAAGATCACTCCTC
GTGTCACCGGAGCTTTTGGATTCATAACCTCCCTCATTTCTTGCTACCAGTTGCTTCCGA
CACGACCCAAGATCAAGGCACCTTGAAGCTTATGGAAGAAAGCTGGCGTTCAAGCGAAAG
TTTGATTGTGTAATACTATGTTGGTCCGTTTGAGTAATTTGCTGCTGTTATTAGTCCTTG
CATAAATACTTATCTGCATGAATGATGATTATAATTAAAAAAAATAATCCTCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR17TF U 1
AF RR1A763TF U 23
AF RR1BP58TF U 15
AF RR1BJ32JQ C 86
AF RR1BP58JQ C 90
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GAAGATCAGGAATCTATAAGAACCAAGAGCGAGCTGAGTTACTTGGACGTATATCAGTTT
TCTGCTGGATGGGATCATCTGTCTGTACAACTTTAGTTGAGCTTGGTGAGATTGGAAGGC
TCTCATCGTCGATGAAGAAGATCGAGAAAGGGCTTAAGAATGGCAACAAGTATCAAGATG
AGGAGTATCGTGCCAAGCTTAAACAGTCTAACGAGAGGAGTCTTGCTTTGATCAAATCAG
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CACGACCCA
GATCA

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DS 

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GGAG
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AGAAAAGCCTTCCGTCTTTTCAAGTTTGTTAATGATTTACATGGTCTTATCAGTCCTGTT
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ACATTCTTGTTCCTGGATCAAATCGTCTGGCTTGGAAGATCAGGAATCTATAAGAACCAA
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ACCTCCCTCATTTCTTGCTACCAGTTGCTTCCGACACGACCCAAGAT

QA 5 711 5 711
DS 

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GG
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TGGTTCAAAGTTCTTGAGCGGTGGACAACCTGGTACTGCTCAAAACGTTGATAAATCCAC
TACCTTAGCCAGAAAAGTCTTCCGTCTTTTCAAGTTTGTTAATGATTTACATGGTCTTAT
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ACTCTTGTCTACATTCTTGTTCCTGGATCAAATCGTCTGGCTTGGAAGATCAGGAATCTA
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ATCTGTCTGTACAACTTTAGTTGAGCTTGGTGAGATTGGAAGGCTCTCATCGTCGACGAA
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GCTTAAACAGTCTAACGAGAGGAGTCTTGCTTTGATCAAATCAGCCATGGACATTGTTGT
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TGGATTCATAACCTCCCTCATTTCTTGCTACCAGTTGCTTCCGACACGACCCAAGATCAA
G*CACCTTGAAGCTTATGGAAGAAAGCTGGCGTTCAAGCGAAAGTTTGATTG

QA 3 774 3 774
DS 

RD RR1BJ32JQ 810 0 0
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CAGAAAAGTCTTCCGTCTTTTCAAGTTTGTTAATGATTTACATAGTCTTATCAGTCCTGT
TCCTAAAGGGACTCCACTTCCTCTCGCTTTGCTTGGAAAGTCCAAGAACGCACTCTTGTC
TACATTCTTGTTCCTGGATCAAATCGTCTGGCTTGGAGGATCAGGAATCTATAATAACCA
AGAGCGAGCTGAGTTACTTGGACGTATATCAGTTTTTTGCTGGATGGGATCATCTGTCTG
TACAACTTTAGTTGAGCTTGGTGAGATTGGAAGGCTCTCATCGTCGATGAAGAAGATCGA
GAAAGGGCTTAAGAATGGCAACAAGTATCAAGATGAGGAGTATCGTGCCAAGCTTAAACA
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TCTTCTTCGGTTATATCCAGAGAAGATCACTCCTCGTGTCACCGGAGCTTTTGGATTCAT
AACCTCCCTCATTTCTTGCTACCAGTTGCTTCCGACACGACCCAAGATCAAGGCACCTTG
AAGCTTATGGAAGAAAGCTGGCGTTCAAGCGAAAGTTTGATTGTGTAATACTATGTTGGT
CCGTTTGAGTAATTTGCTGCTGTTATTAGTCCTTGCATAAATACTTATCTGCATGAATGA
TGATTATAATTAAAAAAAATAATCCTCAGG

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DS 

RD RR1BP58JQ 804 0 0
TC
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GAGCGGTGGACAACCTGGTACTGCTCAAAACGTTGATAAATCCACTACCTTAGCCAGAAA
AGTCTTCCGTCTTTTCAAGTTTGTTAATGATTTACATGGTCTTATCAGTCCTGTTCCTAA
AGGGACTCCACTTCCTCTCGCTTTGCTTGGAAAGTCCAAGAACGCACTCTTGTCTACATT
CTTGTTCCTGGATCAAATCGTCTGGCTTGGAAGATCAGGAATCTATAAGAACCAAGAGCG
AGCTGAGTTACTTGGACGTATATCAGTTTTCTGCTGGATGGGGTCATCTGTCTGTACAAC
TTTAGTTGAGCTTGGTGAGATTGGAAGGCTCTCATCGTCGACGAAGAAGATCGAGAAAGG
GCTTAAGAATGGCAACAAGTATCAAGATGAGGAGTATCGTGCCAAGCTTAAACAGTCTAA
CGAGAGGAGTCTTGCTTTGATCAAATCAGCCATGGACATTGTTGTAGCAGCTGGTCTTCT
TCGGTTATATCCAGAGAAGATCACTCTTCGTGTCACCGGAGCTTTTGGATTCATAACCTC
CCTCATTTCTTGCTACCAGTTGCTTCCGACACGACCCAAGATCAAGGCACCTTGAAGCTT
ATGGAAGAAAGCTGGCGTTCAAGCGAAAGTTTGATTGTGTAATACTATGTTGGTCCGTTT
GAGTAATTTGCTGCTGTTATTAGTCCTTGCATAAATACTTATCTGCATGAATGATGATTA
TAATTAAAAAAAATAAT
GCCTC

QA 3 799 3 799
DS 



AS 1 3

CO CL1544Contig1 1061 3 9 U
CCTACCAACCACACACATTATTGCCTTGATTTATTACCTAGTACAATTAGGCTATTACAT
ACTTTAGGATAGTTGTGTGACAAGAAATAAGAACCAGACTTTAGTCTTACTGGGATCTTA
TTCTAACTGTGTTGGTCTTATAATTTTTTGTGTGGCTTTGTATTTAGCTTGTTTCATGGT
TAGGCAACATTTTTACTTGTTGGATACACACATTCAAACAGTTTCTTTTGGCCCCTTTTT
CATGAAGCTCTTAGTCAGGAGAAAATCTTTGACTGAAATGGGCATATGGTGCATGATAGC
GGCGACGGTGGATAATCTTCCTGTAGAGTACCAAGCCGGGGGGTGTTCCTTCAGCACCAC
CGATACCACCTCTTTCGCAAATGTCTCTGCGGGTATTGGCTTAACGTTTTGCGACAAAAA
CGCCCTTTCACGGATAGCTTCTTGGAACGGCTTGTATAGTTTCAGTTCAGGTAACTTGTT
GAAGCTAGATACTCCTGACTCGGCTATGTTTGATTGAATACCTCCTGGGACAATGTTGAT
TACATCAATCCCAAATGGCCTAAGCTCCAACCGTAATGTGTCTGTAAGAGCATGAAGAGC
AGCCTTTGATGCGGTATAAACCCCTGCCCATGGTCCTGGTGCCATTGTGCTGATACTTCC
TATGTTCACAATCTTTCCTTTCTTCTTTAACGCCATGTGGGGTACAACAGCTTGAGTCAT
CCTCATGGAACCGAACACATTGGTGTTAAAGGTGTTCTCCATGGTCTGAATTGGAACCTC
CGCGAGTGGTCCGATGCATTGAACTCCGGCGTTATTGACCAGAACATCGATCTGACCAAA
CTTGTCGATAACTTCCGACAAGACTTTACTCACGCTCTGTTCCGACCGAACATCGAGCTC
TTGTACTAAAAACTTGGGATCTTTCTCCAAATCGGCCATCGTGCTCTGCGATCGACTCGT
CGCCACCACTCGGCAGCCTTTCGCAGAGAATTCACGAGCCAGCGCGTTGCCGATTCCTCC
CTGAGAGCATCCTGTGATGAGCACCACTGGCATCTCCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G194JQ U 1
AF RR1C859JQ U 247
AF RR1C859TF C 374
BS 1 339 RR1G194JQ
BS 340 340 RR1C859JQ
BS 341 603 RR1G194JQ
BS 604 604 RR1C859JQ
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BS 705 797 RR1G194JQ
BS 798 912 RR1C859JQ
BS 913 1061 RR1C859TF

RD RR1G194JQ 797 0 0
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ACTTTAGGATAGTTGTGTGACAAGAAATAAGAACCAGACTTTAGTCTTACTGGGATCTTA
TTCTAACTGTGTTGGTCTTATAATTTTTTGTGTGGCTTTGTATTTAGCTTGTTTCATGGT
TAGGCAACATTTTTACTTGTTGGATACACACATTCAAACAGTTTCTTTTGGCCCCTTTTT
CATGAAGCTCTTAGTCAGGAGAAAATCTTTGACTGAAATGGGCATATGGTGCATGATAGC
GGCGACGGTGGATAATCTTCCTGTAGAGTACCAAGCCGGTGGGTGTTCCTTCAGCACCAC
CGATACCACCTCTTTCGCAAATGTCTCTGCGGGTATTGGCTTAACGTTTTGCGACAAAAA
CGCCCTTTCACGGATAGCTTCTTGGAACGGCTTGTATAGTTTCAGTTCAGGTAACTTGTT
GAAGCTAGATACTCCTGACTCGGCTATGTTTGATTGAATACCTCCTGGGACAATGTTGAT
TACATCAATCCCAAATGGCCTAAGCTCCAACCGTAATGTGTCTGTAAGAGCATGAAGAGC
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TATGTTCACAATCTTTCCTTTCTTCTTTAACGCCATGTGGGGTGCAACAGCTTGAGTCAT
CCTCATGGAACCGAACACATTGGTGTTAAAGGTGTTCTCCATGGTCTGAATTGGAACCTC
CGCGAGTGGTCCGATGC

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DS 

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GCTC
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TCTTTCGCAAATGTCTCTGCGGGTATTGGCTTAACGTTTTGCGACAAAAACGCCCTTTCA
CGGATAGCTTCTTGGAACGGCTTGTATAGTTTCAGTTCAGGTAACTTGTTGAAGCTAGAT
ACTCCTGACTCGGCTATGTTTGATTGAATACCTCCTGGGACAATGTTGATTACATCAATC
CCAAATGGCCTAAGCTCCAACCGTAATGTGTCTGTAAGAGCATGAAGAGCAGCCTTTGAT
GCGGTATAAACCCCTGCCCATGGTCCTGGTGCCATTGTGCTGATACTTCCTATGTTCACA
ATCTTTCCTTTCTTCTTTAACGCCATGTGGGGTACAACAGCTTGAGTCATCCTCATGGAA
CCGAACACATTGGTGTTAAAGGTGTTCTCCATGGTCTGAATTGGAACCTCCGCGAGTGGT
CCGATGCATTGAACTCCGGCGTTATTGACCAGAACATCGATCTGACCAAACTTGTCGATA
ACTTCCGACAAGACTTTACTCACGCTCTGTTCCGACCGAACATCGAGCTCTTGTACTAAA
AA

QA 5 666 5 666
DS 

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ATAGCTTCTTGGAACGGCTTGTATAGTTTCAGTTCAGGTAACTTGTTGAAGCTAGATACT
CCTGACTCGGCTATGTTTGATTGAATACCTCCTGGGACAATGTTGATTACATCAATCCCA
AATGGCCTAAGCTCCAACCGTAATGTGTCTGTAAGAGCATGAAGAGCAGCCTTTGATGCG
GTATAAACCCCTGCCCATGGTCCTGGTGCCATTGTGCTGATACTTCCTATGTTCACAATC
TTTCCTTTCTTCTTTAACGCCATGTGGGGTACAACAGCTTGAGTCATCCTCATGGAACCG
AACACATTGGTGTTAAAGGTGTTCTCCATGGTCTGAATTGGAACCTCCGCGAGTGGTCCG
ATGCATTGAACTCCGGCGTTATTGACCAGAACATCGATCTGACCAAACTTGTCGATAACT
TCCGACAAGACTTTACTCACGCTCTGTTCCGACCGAACATCGAGCTCTTGTACTAAAAAC
TTGGGATCTTTCTCCAAATCGGCCATCGTGCTCTGCGATCGACTCGTCGCCACCACTCGG
CAGCCTTTCGCAGAGAATTCACGAGCCAGCGCGTTGCCGATTCCTCCCTGAGAGCATCCT
GTGATGAGCACCACTGGCATCTCCTCCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 6

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GAGCGAAGATGACGGAGGCGATGATAAGGAAGAAGCCAGGGATGGCGAGCGTGAAGGATA
TGCCGCTGCTTCAGGATGGTCCGCCGCCGGGTGGGTTCGCACCGGTGCGATATGCTCGTC
GGATATCCAACACGGGTCCTAGCGCCATGGCCATTTTCCTCACCGTTTCTGGTGCCTTTG
CTTGGGGAATGTACCAGGTCGGGCAAGGAAACAAAATCCGCAGGGCGTTGAAGGAAGAGA
AATATGCTGCTCGTAGAGCTATACTTCCCATTCTTCAAGCTGAAGAAGATGAAAGGTTTG
TGTCGGAGTGGAAAAAGTATCTGGACTACGAGGCTGATGTAATGAAGGATGTTCCGGGAT
GGAAAGTTGGCGAGAACGTGTACAATTCTGGTCGTTGGATGCCACCGGCCACTGGGGAAC
TTCGTCCTGATGTCTGGTGATCGCTTCGTAGTTTCTCTCACAAAGTCATATGATGATGAT
GATGATGATGATGAATGAATGTTTCAGTGAGGATTAATAATATGTTATCTTTTTCATCGG
ATAATATGAGAAAGAATGATTCAACAGACAGTTGTTCTTGTTTTTTGGTTTTGCTTGAAT
ATTAATCTTTTTTTTTTGTAATTGTTTCAATTGTAAAACGAGACAACGATGAGTTTCATC
AGACATCAAATAAAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 25 40 40 40 35 35 35 35 35 35 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1EY07TF U 1
AF RR1BZ26TF U 27
AF RR1E750TF U 28
AF RR1BZ26JQ C 182
AF RR1E750JQ C 144
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BS 737 737 RR1E750JQ

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GATGATGATGATGAATGAATGTTTCAGTGAGGATTAATAATATGTTATCTTTTTCATCGG
ATAATATGAGAAAGAATGATTCAACAGACAGTTGTTCTTGTTTTTTGGTTTTGCTTGAAT
ATTAATCTTTTTTTTT
G

QA 1 676 1 676
DS 

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GGG
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GCCATTTTCCTCACCGTTTCTGGTGCCTTTGCTTGGGGAATGTACCAGGTCGGGCAAGGA
AACAAAATCCGCAGGGCGTTGAAGGAAGAGAAATATGCTGCTCGTAGAGCTATACTTCCC
ATTCTTCAAGCTGAAGAAGATGAAAGGTTTGTGTCGGAGTGGAAAAAGTATCTGGACTAC
GAGGCTGATGTAATGAAGGATGTTCCGGGATGGAAAGTTGGCGAGAACGTGTACAATTCT
GGTCGTTGGATGCCACCGGCCACTGGGGAACTTCGTCCTGATGTCTGGTGATCGCTTCGT
AGTTTCTCTCACAAAGTCATATGATGATGATGATGATGATGATGAATGAATGTTTCAGTG
AGGATTAATAATATGTTATCTTTTTCATCGGATAATATGAGAAAGAATGATTCAACAGAC
AGTTGTTCTTGTTTTTTGGTTTTGCTTGAATATTAATCTTTTTTTTT
TGT

QA 4 650 4 650
DS 

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GG
GGATCTCAGTGATCAGAGTCTCAAATCGATCGAGCGAAGATGACGGAGGCGATGATAAGG
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AGTTGTTCTTGTTTTTTGGTTTTGCTTGAATATTAGTCTTT

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GCCATGGCCATTTTCCTCACCGTTTCTGGTGCCTTTGCTTGGGGAATGTACCAGGTCGGG
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G
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DS 



AS 1 6

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TCATTTCCATTATGGAGCTGATAAGTACATTGCTTCCATCGCTAATATGCTTAACTTCTC
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TGCCAGTTTCGGAGCTTACCTCCTCTCCTCTGATATAATCGCAATGTCATTAGCTCCCAA
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GCTGAGACCTGGAGGCTACTTCGCTTATTCTCCTCCTGAGGCTTACGCGCAAGACGAAGA
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TGAGATGGATAGGATTCTTAGACCCACGGGGTTCGTTATCATCAGAGATAAGGAGAGCGT
CGTTGAATCGATCAAGAAGTATATGAAAGCTTTGCATTGGGAGGTTGTGGCGTCGGAGAA
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ATGTAGTTTTTATTTCGATTTGTAACACATAAGCAACATTATATAATTAATTATTGAAAT
TATTCATTACTTTTTTTTTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AJ57TF U 1
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AF RR1C864JQ C 988
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TAACGATGTATTAAACGACGAAGGGAGGTTAAGAACGGTTCTTGACGTTGGATGCGGAGT
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QA 1 655 1 655
DS 

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G
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TCTCAAAGACAAAGACGTGTGGGTTATGAACGTTGTCTCTCCCGACGGTCCCAACACTCT
TAAACTCATCTACGACCGCGGTTTAATC

QA 2 629 2 629
DS 

RD RR1C558TF 826 0 0
G
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TCGGATGCTGATCCTGATGCGGTTTATGGTGTCTCAATGGAAGCTTGCATCACTCCTTAC
TCCAAACACGACCATAAGACGAAGGGAAGTGGTTTAGCTCCATGGCCAGCTAGGATGACT
TCTCCTCCTCCCCGTCTTGCGGACTTTGGTTATTCAACCCATACGTTTGAGAAAGACACG
GAACTTTGGAAACAGCAAGTGGACAGCTACTGGAATCTAATGTCGTCAAAAGTCAAAGCA
AACACAGTGAGGAACATAATGGACATGAAAGCACACATGGGTTCTTTCGCAGCTGCTCTC
AAAGACAAAGACGTGTGGGTTATGAACGTTGTCTCTCCCGACGGTCCTAACACTCTTAAA
CTCATCTACGACCGCGGTTTAATCGGCACTAATCATAACTGGTGTGAGGCTTTCTCTACA
TACCCTAGAACATACGATCTCTTGCACGCGTGGACTGTTTTCTCAGACATTAGAAGCAAA
GGATGCAGCGCGGAGGATCTGTTGATTGAGATGGATAGGATTCTTAGACCCACGGGGTTC
GTTATCATCAGAGATAAGGAGAGCGTCGTTGAATCGATCAAGAAGTATATGAAAGCTTTG
CATTGGGAGGTTGTGGCGTCGGAGAAAGTAACTGCAGGTTCGGAGCTCGACCAGGAGAGC
GAAGATGGTGAGAGCAATGTCGTTTTTATCGTCCAGAAGAA*CTGTGGCTCAC*AGTGAA
AGCCTTAGGGACACTGAGTA*TCACAAAATCAGAAGATGA
GAGGA

QA 2 821 2 821
DS 

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TT
CTCTCAAAGACAAAGACGTGTGGGTTATGAACGTTGTCTCTCCCGACGGTCCCAACACTC
TTAAACTCATCTACGACCGCGGTTTAATCGGAACTAATCATAACTGGTGTGAGGCTTTCT
CTACATACCCGAGAACGTACGATTTCTTGCACGCGTGGACTGTTTTTTCAGACATTAGAA
GCAAAGGATGCAGCGCGGAGGATCTGTTGATTGAGATGGATAGGATTTTTCGACCCACGG
GGTTCGTCATCATCAGAGATAAGGAGAGCGTTGTTGGATCGATCAAGAAGTATATGAAAG
CTTTGCATTGGGAGGTTGTGGCGTCGGAGAAAGTAACTGCAGGTTCGTAGCTCGACCAGG
AGAGCGAGGATGGTGAGAGCAATGTCGTTTTTATCGTCCAGAAGAAACTGTGGCTCACCA
GTGAAAGCCTTAGGGACACTGAGTAATCATAA**TCAGAAGATGAAGAGGAAATAAAAAA
GAAAGAAATTGTTTTATTCCCACATGTTTTTATGTAGTTTTTATTTCGATTTGTAACACA
TAAGCAA
TAT

QA 3 549 3 549
DS 

RD RR1AJ57JQ 828 0 0
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TTCTCCTCCTCCCCGTCTTGCGGACTTTGGTTATTCAACCCATACGTTTGAGAAAGACAC
GGAACTTTGGAAACAGCAAGTGGACAGCTACTGGAATCTAATGTCGTCAAAAGTCAAAGC
AAACACAGTGAGGAACATAATGGACATGAAAGCACACATGGGTTCTTTCGCAGCTGCTCT
CAAAGACAAAGGCGTGTGGGTTATGAACGTTGTCTCTCCCGACGGTCCTAACACTCTTAA
ACTCATCTACGACCGCGGTTTAATCGGCACTAATCATAACTGGTGTGAGGCTTTCTCTAC
ATACCCTAGAACATACGATCACTTGCACGCGTGGACTGTTTTCTCAGACATTAGAAGCAA
AGGATGCAGCGCGGAGGATCTGTTGATTGAGATGGATAGGATTCTTAGACCCACGGGGTT
CGTTATCATCAGAGAT***GAGAGCGTCGTTGAATCGATCAAGAAGTATATGAAAGCTTT
GCATTGGGAGGTTGTGGCGTCGGAGAAAGTAACTGCAGGTTCGGAGCTCGACCAGGAGAG
CGAAGATGGTGAGAGCAATGTCGTTTTTATCGTCCAGAAGAAACTGTGGCTCACCAGTGA
AAGCCTTAGGGACACTGAGTAATCACAAAATCAGAAGATGAAGAGGAAATAAAAAAGAAA
GAAATTGTTTTATTCCCACATGTTTTTATGTAGTTTTTATTTCGATTTGTAACACATAAG
CAACATTATATAATTAATTATTGAAATTATTCATTACTTTTTTTTTTC

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1C558JQ 812 0 0
CTCCAAACACGACCATAAGACGAAGGGAAGTGGTTTAGCTCCATGGCCAGCTAGGATGAC
TTCTCCTCCCTCCCGTCTTGCGGACTTTGGTTATTCAACCCATACGTTTGAGAAAGACAC
GGAACTTTGGAAACAGCAAGTGGACAGCTACTGGAATCTAATGTCGTCAAAAGTCAAAGC
AAACACAGTGAGGAACATAATGGACATGAAAGCACACATGGGTTCTTTCGCAGCTGCTCT
CAAAGACAAAGACGTGTGGGTTATGAACGTTGTCTCTCCCGACGGTCCTAACACTCTTAA
ACTCATCTACGACCGCGGTTTAATCGGCACTAATCATAACTGGTGTGAGGCTTTCTCTAC
ATACCCTAGAACATACGATCTCTTGCACGCGTGGACTGTTTTTTCAGACATTAGAAGCAA
AGGATGCAGCGCGGAGGATCTGTTGATTGAGATGGATAGGATTCTTAGACCCACGGGGTT
CGTTATCATCAGAGATAAGGAGAGCGTCGTTGAATCGATCAAGAAGTATATGAAAGCTTT
GCATTGGGAGGTTGTGGCGTCGGAGAAAGTAACTGCAGGTTCGGAGCTCGACCAGGAGAG
CGAAGATGGTGAGAGCAATGTCGTTTTTATCGTCCAGAAGAAACTGTGGCTCACCAGTGA
AAGCCTTAGGGACACTGAGTAATCACAAAATCAGAAGATGAAGAGGAAATAAAAAAGAAA
TAAATTGTTTTATTCCCACATGTTTTTATGTAGTTTTTATTTCGATTTGTAACACATAAG
CAACATTATATAATTAATTATTGAAATTATTC

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 2

CO CL1547Contig1 1306 2 2 U
AGGTTGAAGAAACGCCGCCGTTTCATAGCTCTCCTTAGGAAGTACCCTGGCGTCTTTGAG
ATCGTCGAAGAAGGAGCTTATTCGTTGAGGTTCAAGATGACTGCAGAGGCTGAGAGGCTC
TACCTCGAGGAGATGAAGATTAAGAACGAGCTTGAAGATGTTTTGGTTGTTAAGCTGAGG
AAGCTTGTGATGATGTCTGTTGATAAGAGGATACTGTTAGAGAAGATCTCTCATCTCAGG
ACTGATTTGGGGCTTCCTCTGGAGTTTAGGGACACGATTTGTCAGCGTTATCCTCAGTAC
TTCCGTGTGGTTCCTACTCCTAGAGGTCCTGCTTTGGAGCTGACTAACTGGGATCCTGAG
CTTGTTGTGTCGGCTGCTGAGTTGTCTGAGGAGGATAACAGGTTTAGAGAGTCGGAAGAG
AGGAACTTGATTATAGATAGACCGGCTAGGTTCAATAGGGTTCAGCTTCCGAGGGGTCTG
AGTCTTTCCAAGAGTGAGACTAGGAAGATACTCCAGTTCCGTGACATGGCTTATATATCT
CCTTACAAGGACTTCTCACACTTGAGGTCGGGAACGCTTGAGAAAGAGAAGCATGCTTGC
GGGGTGATTCATGAGCTTCTGAGTTTGACGACCGAGAAGAGGACGTTGGTTGATCACTTG
ACTCATTTCCGTGAGGAGTTCAGATTCTCGCAGCAGCTGAGAGGGATGATTATAAGACAC
CCTGATCTGTTCTATGTGTCTTTGAAAGGGGAGAGAGATTCGGTTTTCTTGAGAGAGGCT
TACAGGAACTTTGAGTTGATCGATAAAGATCCTTTGACTCTCGTGAAAGAGAAGATGCGT
GCGCTTGTGTCTATACCGAGGTTCCCGAGAAGAGGAGGACGCATGAGAGTCAACGAAGAG
CTTGATGGGAGCGATGTAACAGAGGGTGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTGAT
GATGATGATGATGAAGAATGGTCTGATGTGGATGGTTACTTGGAAGGTGGGAATGATGAT
GAAGGTGACTGGACTGATGAAGAAGGAGAAGATGATGTGCCTCCTAACTTCGATGATGAT
GATGAAGATAGTGTGAAGATTGGATTGAGTCCTTCAAGTAGTCCTAGAAAGAAGAAGGAT
CTCATTCCTGTGTTCCCTGACGGTACTCCAAGAGAAAAGTGGTAGATCATATCATTACTG
AACTAGTTCCATTGGAGTAAAATGTTACTCTGTCTTGTATCATTCTCGAAGATGAAACAC
TAATCATAAGCTTTTGTATGTTGTAAGAACATTTTTGAGGATGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CE41TF U 1
AF RR1CE41JQ C 553
BS 1 633 RR1CE41TF
BS 634 1306 RR1CE41JQ

RD RR1CE41TF 633 0 0
AGGTTGAAGAAACGCCGCCGTTTCATAGCTCTCCTTAGGAAGTACCCTGGCGTCTTTGAG
ATCGTCGAAGAAGGAGCTTATTCGTTGAGGTTCAAGATGACTGCAGAGGCTGAGAGGCTC
TACCTCGAGGAGATGAAGATTAAGAACGAGCTTGAAGATGTTTTGGTTGTTAAGCTGAGG
AAGCTTGTGATGATGTCTGTTGATAAGAGGATACTGTTAGAGAAGATCTCTCATCTCAGG
ACTGATTTGGGGCTTCCTCTGGAGTTTAGGGACACGATTTGTCAGCGTTATCCTCAGTAC
TTCCGTGTGGTTCCTACTCCTAGAGGTCCTGCTTTGGAGCTGACTAACTGGGATCCTGAG
CTTGTTGTGTCGGCTGCTGAGTTGTCTGAGGAGGATAACAGGTTTAGAGAGTCGGAAGAG
AGGAACTTGATTATAGATAGACCGGCTAGGTTCAATAGGGTTCAGCTTCCGAGGGGTCTG
AGTCTTTCCAAGAGTGAGACTAGGAAGATACTCCAGTTCCGTGACATGGCTTATATATCT
CCTTACAAGGACTTCTCACACTTGAGGTCGGGAACGCTTGAGAAAGAGAAGCATGCTTGC
GGGGTGATTCATGAGCTTCTGAGTTTGACGACC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1CE41JQ 754 0 0
TTCTCACACTTGAGGTCGGGAACGCTTGAGAAAGAGAAGCATGCTTGCGGGGTGATTCAT
GAGCTTCTGAGTTTGACGACCGAGAAGAGGACGTTGGTTGATCACTTGACTCATTTCCGT
GAGGAGTTCAGATTCTCGCAGCAGCTGAGAGGGATGATTATAAGACACCCTGATCTGTTC
TATGTGTCTTTGAAAGGGGAGAGAGATTCGGTTTTCTTGAGAGAGGCTTACAGGAACTTT
GAGTTGATCGATAAAGATCCTTTGACTCTCGTGAAAGAGAAGATGCGTGCGCTTGTGTCT
ATACCGAGGTTCCCGAGAAGAGGAGGACGCATGAGAGTCAACGAAGAGCTTGATGGGAGC
GATGTAACAGAGGGTGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTGATGATGATGATGAT
GAAGAATGGTCTGATGTGGATGGTTACTTGGAAGGTGGGAATGATGATGAAGGTGACTGG
ACTGATGAAGAAGGAGAAGATGATGTGCCTCCTAACTTCGATGATGATGATGAAGATAGT
GTGAAGATTGGATTGAGTCCTTCAAGTAGTCCTAGAAAGAAGAAGGATCTCATTCCTGTG
TTCCCTGACGGTACTCCAAGAGAAAAGTGGTAGATCATATCATTACTGAACTAGTTCCAT
TGGAGTAAAATGTTACTCTGTCTTGTATCATTCTCGAAGATGAAACACTAATCATAAGCT
TTTGTATGTTGTAAGAACATTTTTGAGGATGAGT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 5

CO CL1548Contig1 975 5 5 U
GGGAGATCCCATTTCCTTTTGTTCGGACTTGTCTCTCGCTCGCAAGGAAGGTTAGTCGAG
ATACTGCTTTCGATTCAGACGATGGCTTCCGCGGCTCTTCTCCGATCTCTTCGCCGACGC
GACGTCGTCTCTGCGCCTCTTTCCGTCTACAAATCTCTTGCTGGTAACGCTCAACCTTCA
TTGGGTAGTGGTCAAAACTATGCAAGTTTGTGTAGAGTTTTCGGATCGAAATCTGGTTTG
AACGACAATTTCGGGACTGGTTTTGGAACTACTAACATAAGCAATGCCGTCAGAGAGGAG
AGAGAGCACTCAAGAACTACTGTGAATGCTATGGGAGCTCATTTGAGAGCTCTTGGTGTG
GGAACACCGAGACGCGTGTTGTCTACAGTCGCAGAGGGTATAAAGATGACAGAGGAAGAT
CAGACTTCTCCAAAACCCCAAAGCTTTCGCCCTCTATCTCCTCACCTCACTGTTTACCAG
CCTCAGAAGAACTCAATGCTATCCATTTTCAACAGAATCTCGGGGATTTACTTGACCGGA
GTCTTTTATGGCGGATACCTTCTCTACCTGAAGATGGGTATGATCTGCCTCACTTACCCA
AGCTTCTACCAGGTTCATTACCTTGTACAGAAGCAACTCCCTGTCATCACCTCGGTTACT
GCTTTAGCCGCGCTTTACCATACTATCAAGAGTATTCACTCGCTCTTGACCCATTGAAAA
CAACCTCCTCCCAAAGCTCTTTCGTTGTTTGGTTAAAGGCCGCCAGAGTCTCCAGTAAGA
GTTTCCTTGAGATGCACAAGATTTAATAAAAGAGAGTAGAAACGTTTTGTCAAACTCTCA
TCGTCTTTTGACAAAGCAAGTGTCTAGCTTTTGTTTTGGGATTTCAGGCTTTGAAAGCTT
TATGTTTGTTTGCTTTTTCTTTGTTTTAAGACCTAATTGAAGGGGTTGGAATGTAATAAA
ATGTTTACCAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA25TF U 9
AF RR1AM53TF U 1
AF RR1EW31TF U 154
AF RR1AH64TF U 46
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GG
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CGATTCAGACGATGGCTTCCGCGGCTCTTCTCCGATCTCTTCGCCGACGCGACGTCGTCT
CTGCGCCTCTTTCCGTCTACAAATCTCTTGCTGGTAACGCTCAACCTTCATTGGGTAGTG
GTCAAAACTATGCAAGTTTGTGTAGAGTTTTCGGATCGAAATCTGGTTTGAACGACAATT
TCGGGACTGGTTTTGGAACTACTAACATAAGCAATGCCGTCAGAGAGGAGAGAGAGCACT
CAAGAACTACTGTGAATGCTATGGGAGCTCATTTGAGAGCTCTTGGTGTGGGAACACCGA
GACGCGTGTTGTCTACAGTCGCAGAGGGTATAAAGATGACAGAGGAAGATCAGACTTCTC
CAAAACCCCAAAGCTTTCGCCCTCTATCTCCTCACCTCACTGTTTACCAGCCTCAGAAGA
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GCGGATACCTTCTCTACCTGAAGATGGGTATGATCTGCCTC

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DS 

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ATACTGCTTTCGGTTCAGACGATGGCTTCCGCGGCTCTTCTCCGATCTCTTCGCCGACGC
GACGTCGTCTCTGCGCCTCTTTCCGTCTACAAATCTCTTGCTGGTAACGCTCAACCTTCA
TTGGGTAGTGGTCAAAACTATGCAAGTTTGTGTAGAGTTTTCGGATCGAAATCTGGTTTG
AACGACAATTTCGGGACTGGTTTTGGAACTACTAACATAAGCAATGCCGTCAGAGAGGAG
AGAGAGCACTCAAGAACTACTGTGAATGCTATGGGAGCTCATTTGAGAGCTCTTGGTGTG
GGAACACCGAGACGCGTGTTGTCTACAGTCGCAGAGGGTATAAAGATGACAGAGGAAGAT
CAGACTTCTCCAAAACCCCAAAGCTTTCGCCCTCTATCTCCTCACCTCACTGTTTACCAG
CCTCAGAAGAACTCAATGCTATCCATTTTCAACAGAATCTCGGGGATTTACTTGACCGGA
GTCTTTTATGGCGGATACCTTCTCTACCTGAAGATGGGTATGATCTGCCTCACTTACCCA
AGCTTCTACCAGGTTCATTACCTTGTACAGAAGCAACTCCCTGTCATCACCTCGGTTACT
GCTTTAGCCGCGCTTTACCATACTATCAAGAGTATTCACTCGCTCTTGACCCATTGAAAA
CAACCTCCTCCCAAAGCTCTTTCGTTGTTTGGTT

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DS 

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AGAGTTTTCGGAACGAAATCTGGTTTGAACGACAATTTCGGGACTGGTTTTGGAACTACT
AACATAAGCAATGCCGTCAGAGAGGAGAGAGAGCACTCAAGAACTACTGTGAATGCTATG
GGAGCTCATTTGAGAGCTCTTGGTGTGGGAACACCGAGACGCGTGTTGTCTACAGTCGCA
GAGGGTATAAAGATGACAGAGGAAGATCAGACTTCTCCAAAACCCCAAAGCTTTCGCCCT
CTATCTCCTCACCTCACTGTTTACCAGCCTCAGAAGAACTCAATGCTATCCATTTTCAAC
AGAATCTCGGGGATTTACTTGACCGGAGTCTTTTATGGCGGATACCTTCTCTACCTGAAG
ATGGGTATGATCTGCCTCACTTACCCAAGCTTCTACCAGGTTCATTACCTTGTACAGAAG
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ATTCACTCGCTCTTGACCCATTGAAAACAACCTCCTCCCAAAGCTCTTTCGTTGTT

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TCTCTTCGCCGACGCGACGTCGTCTCTGCGCCTCTTTCCGTCTACAAATCTCTTGCTGGT
AACGCTCAACCTTCATTGGGTAGTGGTCAAAACTATGCAAGTTTGTGTAGAGTTTTCGGA
TCGAAATCTGGTTTGAACGACAATTTCGGGACTGGTTTTGGAACTACTAACATAAGCAAT
GCCGTCAGAGAGGAGAGAGAGCACTCAAGAACTACTGTGAATGCTATGGGAGCTCATTTG
AGAGCTCTTGGTGTGGGAACACCGAGACGCGTGTTGTCTACAGTCGCAGAGGGTATAAAG
ATGACAGAGGAAGATCAGACTTCTCCAAAACCCCAAAGCTTTCGCCCTCTATCTCCTCAC
CTCACTGTTTACCAGCCTCAGAAGAACTCAATGCTATCCATTTTCAACAGAATCTCGGGG
ATTTACTTGACCGGAGTCTTTTATGGCGGATACCTTCTCTACCTGAAGATGGGTATGATC
TGCCTCACTTACCCAAGCTTCTACCAGGTTCATTACCTTGTACAGAAGCAACTCCCTGTC
ATCACCTCGGTTACTGCTTTAGCCGCGCTTTACCATACTATCAAGAGTATTCACTCGCTC
TTGACCCATTGAAAACAACCTCCTCCCAAAGCTCTTTCGTTGTTTGGTTAAAGGCCGCCA
GAGTCTCCAGTAAGAGTTTCCTTGAGATGCACAAGATTTAATAAAAGAGAGTAGAAACGT
TTTGTCAAACTCTCATCGTCTTTTGACAAAGCAAGTGTCTAGCTTTTGTTTTGGGAT

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DS 

RD RR1FE11JQ 708 0 0
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GCTATGGGAGCTCATTTGAGAGCTCTTGGTGTGGGAACACCGAGACGCGTGTTGTCTACA
GTCGCAGAGGGTATAAAGATGACAGAGGAAGATCAGACTTCTCCAAAACCCCAAAGCTTT
CGCCCTCTATCTCCTCACCTCACTGTTTACCAGCCTCAGAAGAACTCAATGCTATCCATT
TTCAACAGAATCTCGGGGATTTACTTGACCGGAGTCTTTTATGGCGGATACCTTCTCTAC
CTGAAGATGGGTATGATCTGCCTCACTTACC*AAGCTTCTACCAGGTTCATTACCTTGTA
CAGAAGCAACTCCCTGTCATCACCTCGGTTACTGCTTTAGCCGCGCTTTACCATACTATC
AAGAGTATTCACTCGCTCTTGACCCATTGAAAACAACCTCCTCCCAAAGCTCTTTCGTTG
TTTGGTTAAAGGCCGCCAGAGTCTCCAGTAAGAGTTTCCTTGAGATGCACAAGATTTAAT
AAAAGAGAGTAGAAACGTTTTGTCAAACTCTCATCGTCTTTTGACAAAGCAAGTGTCTAG
CTTTTGTTTTGGGATTTCAGGCTTTGAAAGCTTTATGTTTGTTTGCTTTTTCTTTGTTTT
AAGACCTAATTGAAGGGGTTGGAATGTAATAAAATGTTTACCAGTTCC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 6

CO CL1549Contig1 1287 6 12 U
GGGAGAGGAAGGAAGGACAGAGAAGAGGAAGAGTCAAAAGAAAGATAGAACGATTTGGGT
GTTTTCTCTCACAACTAAGCTAAACCCACCACCAACCCTTTTTGGGAGATTCTAGTGGAG
AGAAAGAAGCTTGAATCTTCTCTCTAAGAAAAAAAAAAAAAAGGGAAAAAGAAGGAATAG
AATCTAGAAAATCGGAAATGTCGAGCTCAGTATCCACTTCGTTGTGCTGTTCGTCAACCC
AGGTCAATGGGTTCGGTCTTAGGCCTCAAAGGTCGCTCCTTTACCAACCCACTTCCTTTT
CTTCTTTCTCCAGAAGGAGAACTCATGATGGTGTTGTGAAGGCCACAGCTCGTGTTGATA
AGTATTCCAAGAGTGATATCATCGTCTCTCCCTCCATTCTCTCTGCTAATTTCGCCAAAC
TAGGCGAGCAGGTAAAAGCAGTAGAGTGTGCAGGTTGTGATTGGATCCATGTTGATGTGA
TGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATCACTATTGGACCTCTTGTGGTTGATGCTTTGCGTC
CTGTTACTGATCTTCCTCTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCAGATCTGAGGGTAC
CAGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGACATCGTCAGTGTACACTGTGAGCAGTCATCCACCA
TCCATTTGCACCGCACTGTCAATCAAATCAAAAGCTTAGGTGCTAAAGCTGGAGTTGTTC
TAAACCCTGGAACCCCATTGAGTGCTATAGAATATGTATTGGAGGTGGTGGATCTGGTCT
TGATAATGTCGGTCAACCCTGGGTTTGGTGGACAGAGCTTTATCGAAAGCCAAGTTAAGA
AAATCTCGGATTTGAGAAGAATGTGTGTCGAAAAGGGAGTAAACCCATGGATTGAAGTTG
ATGGTGGTGTCACTCCAAAGAATGCATACAAGGTTATTGAGGCTGGAGCAAATGCTCTAG
TAGCCGGATCAGCTGTATTTGGAGCTAAAGACTATGAAGAAGCTATTAAAGGAATCAAGA
CCAGCAAGAAGCCAGAAGCTGTGGCTGTGTAATGTGAAGCAACAAGCTAAAAAGATCATA
AGACAGATCACCGAGATGTTTATGTTGTTGTTGTTGTCATTCACCAGATTGCATTCGACA
TAAAAAAATCCATAAGAATCAAACTCTCAATAGTTTTGAAGTAGCTCGTTTATACTCCTG
TGTATCATCATTGTCTTGTAGATTTGGGGATATGCAGATTCAATACATTATGCAATTAAT
AAGAAATAAGCTGAGTGTTACATATGC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR1GW96TF U 1
AF RR1FC25TF U 14
AF RR1EF33TF U 578
AF RR1EF33JQ C 579
AF RR1GW96JQ C 606
AF RR1FC25JQ C 780
BS 1 377 RR1GW96TF
BS 378 379 RR1FC25TF
BS 380 581 RR1GW96TF
BS 582 583 RR1FC25TF
BS 584 615 RR1GW96TF
BS 616 699 RR1FC25TF
BS 700 700 RR1EF33TF
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BS 787 1282 RR1EF33TF
BS 1283 1287 RR1FC25JQ

RD RR1GW96TF 615 0 0
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GTTTTCTCTCACAACTAAGCTAAACCCACCACCAACCCTTTTTGGGAGATTCTAGTGGAG
AGAAAGAAGCTTGAATCTTCTCTCTAAGAAAAAAAAAAAAAAGGGAAAAAGAAGGAATAG
AATCTAGAAAATCGGAAATGTCGAGCTCAGTATCCACTTCGTTGTGCTGTTCGTCAACCC
AGGTCAATGGGTTCGGTCTTAGGCCTCAAAGGTCGCTCCTTTACCAACCCACTTCCTTTT
CTTCTTTCTCCAGAAGGAGAACTCATGATGGTGTTGTGAAGGCCACAGCTCGTGTTGATA
AGTATTCCAAGAGTGAT**CATCGTCTCTCCCTCCATTCTCTCTGCTAATTTCGCCAAAC
TAGGCGAGCAGGTAAAAGCAGTAGAGTGTGCAGGTTGTGATTGGATCCATGTTGATGTGA
TGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATCACTATTGGACCTCTTGTGGTTGATGCTTTGCGTC
CTGTTACTGATCTTCCTCTGGATGTTCATCTTATGATAGTGTGACCAGATCTGAGGGTAC
CAGATTTCATCAAAG

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1FC25TF 773 0 0
G
GGACAGAGAAGGGGAAGAGTCAAAAGAAAGATAGAACGATTTGGGTGTTTTCTCTCACAA
CTAAGCTAAACCCACCACCAACCCTTTTTGGGAGATTCTAGTGGAGAGAAAGAAGCTTGA
ATCTTCTCTCTAAGAAAAAAAAAAA***GGGAAAAAGAAGGAATAGAATCTAGAAAATCG
GAAATGTCGGGCTCAGTATCCACTTCGTTGTGCTGTTCGTCAACCCAGGTCAATGGGTTC
GGTCTTAGGCCTCAAAGGTCTCTCCTTTACCAACCCACTTCCTTTTTTTCTTTCTCCAGA
AGGAGAACTCATGATGGTGTTGTGAAGGCCACAGCTCGTGTTGATAAGTATTCCAAGAGT
GATATCATCGTCTCTCCCTCCATTCTCTCTGCTAATTTCGCCAAACTAGGCGAGCAGGTA
AAAGCAGTAGAGTGTGCAGGTTGTGATTGGATCCATGTTGATGTGATGGATGGTCGTTTT
GTTCCCAACATCACTATTGGACCTCTTGTGGTTGATGCTTTGCGTCCTGTTACTGATCTT
CCTCTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCAGATCTGAGGGTACCAGATTTCATCAAA
GCAGGTGCAGACATCGTCAGTGTACACTGTGAGCAGTCATCCACCATCCATTTGCACCGC
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CCATTGAGTGCTATAGAATATGTATTGGAG*TGGTGGATCTGGTCTTGATAA

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DS 

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G
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CACTGTGAGCAGTCATCCACTATCCATTTGCACCGCACTGTCAATCAAATCAAAAGCTTA
GGTGCTAAAGCTGGAGTTGTTCTAAACCCTGGAACCCCATTGAGTGCTATAGAATATGTA
TTGGAGGTGGTGGATCTGGTCTTGATAATGTCGGTCAACCCTGGGTTTGGTGGACAGAGC
TTTATCGAAAGCCAAGTTAAGAAAATCTCGGATTTGAGAAGAATGTGTGTCGAAAAGGGA
GTAAACCCATGGATTGAAGTTGATGGTGGTGTCACTCCAAAGAATGCATACAAGGTTATT
GAGGCTGGAGCAAATGCTCTAGTAGCCGGATCAGCTGTATTTGGAGCTAAAGACTATGAA
GAAGCTATTAAAGGAATCAAGACCAGCAAGAAGCCAGAAGCTGTGGCTGTGTAATGTGAA
GCAACAAGCTAAAAAGATCATAAGACAGATCACCGAGATGTTTATGTTGTTGTTGTTGTC
ATTCACCAGATTGCATTCGACATAAAAAAATCCATAAGAATCAAACTCTCAATAGTTTTG
AAGTAGCTCGTTTATACTCCTGTGTATCATCATTGTCTTGTAGATTTGGGGATATGCAGA
TTCAATACATTATGCAATTAATAAGAAATAAGCTGAGTGTTACA
C

QA 2 705 2 705
DS 

RD RR1EF33JQ 705 0 0
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CACTGTGAGCAGTCATCCACTATCCATTTGCACCGCACTGTCAATCAAATCAAAAGCTTA
GGTGCTAAAGCTGGAGTTGTTCTAAACCCTGGAACCCCATTGAGTGCTATAGAATATGTA
TTGGAGGTGGTGGATCTGGTCTTGATAATGTCGGTCAACCCTGGGTTTGGTGGACAGAGC
TTTATCGAAAGCCAAGTTAAGAAAATCTCGGATTTGAGAAGAATGTGTGTCGAAAAGGGA
GTAAACCCATGGATTGAAGTTGATGGTGGTGTCACTCCAAAGAATGCATACAAGGTTATT
GAGGCTGGAGCAAATGCTCTAGTAGCCGGATCAGCTGTATTTGGAGCTAAAGACTATGAA
GAAGCTATTAAAGGAATCAAGACCAGCAAGAAGCCAGAAGCTGTGGCTGTGTAATGTGAA
GCAACAAGCTAAAAAGATCATAAGACAGATCACCGAGATGTTTATGTTGTTGTTGTTGTC
ATTCACCAGATTGCATTCGACATAAAAAAATCCATAAGAATCAAACTCTCAATAGTTTTG
AAGTAGCTCGTTTATACTCCTGTGTATCATCATTGTCTTGTAGATTTGGGGATATGCAGA
TTCAATACATTATGCAATTAATAAGAAATAAGCTGAGTGTTACA
C

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1GW96JQ 682 0 0
TTCATCAAAGCAGGTGCAGACATCGTCAGTGTACACTGTGAGCAGTCATCCACCATCCAT
TTGCACCGCACTGTCAATCAAATCAAAAGCTTAGGTGCTAAAGCTGGAGTTGTTCTAAAC
CCTGGAGCCCCATTGAGTGCTATAGAATATGTATTGGAGGTGGTGGATCTGGTCTTGATA
ATGTCGGTCAACCCTGGGTTTGGTGGACAGAGCTTTATCGAAAGCCAAGTTAAGAAAATC
TCGGATTTGAGAAGAATGTGTGTCGAAAAGGGAGTAAACCCATGGATTGAAGTTGATGGT
GGTGTCACTCCAAAGAATGCATACAAGGTTATTGAGGCTGGAGCAAATGCTTTAGTAGCC
GGATCAGCTGTATTTGGAGCTAAAGACTATGAAGAAGCTATTAAAGGAATCAAGACCAGC
AAGAAGCCAGAAGCTGTGGCTGTGTAATGTGAAGCAACAAGCTAAAAAGATCATAAGACA
GATCACCGAGATGTTTATGTTGTTGTTGTTGTCATTCACCAGATTGCATTCGACATAAAA
AAATCCATAAGAATCAAACTCTCAATAGTTTTGAAGTAGCTCGTTTATACTCCTGTGTAT
CATCATTGTCTTGTAGATTTGGGGATATGCAGATTCAATACATTATGCAATTAATAAGAA
ATAAGCTGAGTGTTACA
TATGC

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DS 

RD RR1FC25JQ 508 0 0
TTGATAATGTCGGTCAACCCTGGGTTTGGTGGACAGAGCTTTATCGAAAGCCAAGTTAAG
AAAATTTCGGATTTGAGAAGAATGTGTGTCGAAAAGGGAGTAAACCCATGGATTGAAGTT
GATGGTGGTGTCACTCCAAAGAATGCATACAAGGTTATTGAGGCTGGAGCAAATGCTCTA
GTAGCCGGATCAGCTGTATTTGGAGCTAAAGACTATGAAGAAGCTATTAAAGGAATCAAG
ACCAGCAAGAAGCCAGAAGCTGTGGCTGTGTAATGTGAAGCAACAAGCTAAAAAGATCAT
AAGACAGATCACCGAGATGTTTATGTTGTTGTTGTTGTCATTCACCAGATTGCATTCGAC
ATAAAAAAATCCATAAGAATCAAACTCTCAATAGTTTTGAAGTAGCTCGTTTATACTCCT
GTGTATCATCATTGTCTTGTAGATTTGGGGATATGCAGATTCAATACATTATGCAATTAA
TAAGAAATAAGCTGAGTGTTACATATGC

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 5

CO CL1550Contig1 1024 5 16 U
GGATCTAAATTAACCCTACACCAGAAGAAGAAGAAGTACATCCATCCATCGTTTGGAGAG
AAAAGAGAAAGGCAAAAGTTTTAACAATGGCGGTAGAAGACACATCCAAGCCACTTGTTG
TTGTTGCGGAAGAAGCGAACCCTAACCCTACAGACCAACCGATCGATCGATACCATGAAC
AAGGCGACGATGCTGAGGAAGGAGAGATCGGAGACGGAGACGAATCGAGCAAATCCGCCG
TTCCTCAGTCGCATCCGTTGGAGCATTCGTGGACTTTCTGGTTCGATAACCCTTCTGTTA
AATTAAAGCAGACGGCTTGGGGAAGCTCTCTGCGATCCGTCTTCACTTTCTCCACCGTCG
AGGAGTTCTGGGGTCTGTACAATAACATGCGGGTTCCGAGCAAGTTAGTTACCGGAGCTG
ACTTCTACTGTTTCAAACACAATATCGAACCTAAGTGGGAGGATCCTATTTGTGCTAATG
GTGGCAAATGGACTATGAACTTCCCCAAGGAGAAGTCTGATAAGCCCTGGCTTTACACTT
TGCTTGCGTTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGAGATGAGATATGCGGAGTTGTTGTCA
ATGTTAGAGTAAAGCAAGAGAGGATATCCATTTGGACCAAAAACGCTACCAATGAAGCTG
CTCAGGTGAGCATTGGGAGACAATGGAAGGAGATTATTGATTACAACAACAGCATTGGTT
TCATCATCCATGAGGATGCCAAGAAGCTGGACAGAGGCGCGAGGAGCGCTTACACCGCTT
GAAACCTCAACAACTCTCTCAAATCTCTACACCGTTTCAAATTCAGTTTTGTATGTGAGA
GATCTTTATTTATATTACCAAAACATGACTTGATCACCATTATTTTTAATATTTTAGTAT
GTTTTTCATAAAATTTACCTTTTATAAAATCAGACAATGATGTTCCATCGGTTTTCATGT
GGAGGAACTATATGTTGAAAAAAAATATTCCTTATAAATAGTGTAATTTAAAAAAATCTT
GACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1EW48TF U 63
AF RR1D117TF U 1
AF RR1C921TF U 66
AF RR1C921JQ C 246
AF RR1EW48JQ C 521
BS 1 132 RR1D117TF
BS 133 133 RR1EW48TF
BS 134 665 RR1D117TF
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BS 691 734 RR1D117TF
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BS 736 756 RR1D117TF
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BS 758 785 RR1D117TF
BS 786 786 RR1EW48JQ
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RD RR1EW48TF 581 0 0
GGGA
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AGTCGCATCCGTTGGAGCATTCGTGGACTTTCTGGTTCGATAACCCTTCTGTTAAATTAA
AGCAGACGGCTTGGGGAAGCTCTCTGCGATCCGTCTTCACTTTCTCCACCGTCGAGGAGT
TCTGGGGTCTGTACAATAACATGCGGGTTCCGAGCAAGTTAGTTACCGGAGCTGACTTCT
ACTGTTTCAAACACAATATCGAACCTAAGTGGGAGGATCCTATTTGTGCTAATGGTGGCA
AATGGACTATGAACTTCCCCAAGGAGAAGTCTGATAAGCCCTGGCTTTACACTTTGCTTG
CGTTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGAGATGAGATATGCGGAGTTGTTGTCAATGTTA
GAGTAAAGCAAGAGAGGATATCCATTTGGACCAAAAA

QA 5 581 5 581
DS 

RD RR1D117TF 795 0 0
GGATCTAAATTAACCCTACACCAGAAGAAGAAGAAGTACATCCATCCATCGTTTGGAGAG
AAAAGAGAAAGGCAAAAGTTTTAACAATGGCGGTAGAAGACACATCCAAGCCACTTGTTG
TTGTTGCGGAAGGAGCGAACCCTAACCCTACAGACCAACCGATCGATCGATACCATGAAC
AAGGCGACGATGCTGAGGAAGGAGAGATCGGAGACGGAGACGAATCGAGCAAATCCGCCG
TTCCTCAGTCGCATCCGTTGGAGCATTCGTGGACTTTCTGGTTCGATAACCCTTCTGTTA
AATTAAAGCAGACGGCTTGGGGAAGCTCTCTGCGATCCGTCTTCACTTTCTCCACCGTCG
AGGAGTTCTGGGGTCTGTACAATAACATGCGGGTTCCGAGCAAGTTAGTTACCGGAGCTG
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GTGGCAAATGGACTATGAACTTCCCCAAGGAGAAGTCTGATAAGCCCTGGCTTTACACTT
TGCTTGCGTTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGAGATGAGATATGCGGAGTTGTTGTCA
ATGTTAGAGTAAAGCAAGAGAGGATATCCATTTGGACCAAAAACGCTACCAATGAAGCTG
CTCAG*TGAGCATTGGGAGACAATGGAAG*AGATTATTGATTACAACAACAGCATTGGTT
TCATCATCCATGAG*ATGCCAAGAAGCTGGACAGAG*CGCGAGGAGCGCTTACACCGCTT
GAAAC
TCACACTCTC

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G
GAAAGGCAAAAGTTTTAACAATGGCGGTAGAAGACACATCCAAGCCACCTGTTGTTGTTG
CGGAAGAAGCGAACCCTAACCCTACAGACCAACCGATCGATCGATACCATGAACAAGGCG
ACGATGCTGAGGAAGGAGAGATCGGAGACGGAGACGAATCGAGCAAATCCGCCGTTCCTC
AGTCGCATCCGTTGGAGCATTCGTGGACTTTCTGGTTCGATAACCCTTCTGTTAAATTAA
AGCAGACGGCTTGGGGAAGCTCTCTGCGATCCGTCTTCACTTTCTCCACCGTCGAGGAGT
TCTGGGGTCTGTACAATAACATGCGGGTTCCGAGCAAGTTAGTTACCGGAGCTGACTTCT
ACTGTTTCAAACACAATATCGAACCTAAGTGGGAGGATCCTATTTGTGCTAATGGTGGCA
AATGGACTATGAACTTCCCCAAGGAGAAGTCTGATAAGCCCTGGCTTTACACTTTGCTTG
CGTTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGAGATGAGATATGCGGAGTTGTTGTCAATGTTA
GAGTAAAGCAAGAGAGGATATCCATTTGGACCAAAAACGCTACCAATGAAGCTGCTCAGG
TGAGCATTGGGAGACAATGGAAGGAGATTATTGATTACAACAACAGCATTGGTTTCATCA
TCCATGAG*ATGCCAAGAAGCTGGACAGAGGCGCGAGGAGCGCTTACACCGCTTGAAAC*
TCA**CACTCTCTCAAATCTCTACACCG

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DS 

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AAGCAGACGGCTTGGGGAAGCTCTCTGCGATCCGTCTTCACTTTCTCCACCGTCGAGGAG
TTCTGGGGTCTGTACAATAACATGCGGGTTCCGAGCAAGTTAGTTACCGGAGCTGACTTC
TACTGTTTCAAACACAATATCGAACCTAAGTGGGAGGATCCTATTTGTGCTAATGGTGGC
AAATGGACTATGAACTTCCCCAAGGAGAAGTTTGATAAGCCCTGGCTTTACACTTTGCTT
GCGTTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGAGATGAGATATGCGGAGTTGTTGTCAATGTT
AGAGTAAAGCAAGAGAGGATATCCATTTGGACCAAAAACGCTACCAATGAAGCTGCTCAG
GTGAGCATTGGGAGACAATGGAAGGAGATTATTGATTACAACAACAGCATTGGTTTCATC
ATCCATGAGGATGCCAAGAAGCTGGACAGAGGCGCGAGGAGCGCTTACACCGCTTGAAAC
CTCAACAACTCTC

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DS 

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GATATGCGGAGTTGTTGTCAATGTTAGAGTAAAGCAAGAGAGGATATCCATTTGGACCAA
AAACGCTACCAATGAAGCTGCTCAGGTGAGCATTGGGAGACAATGGAAGGAGATTATTGA
TTACAACAACAGCATTGGTTTCATCATCCATGAGGATGCCAAGAAGCTGGACAGAGGCGC
GAGGAGCGCTTACACCGCTTGAAACCTCAACAACTCTTTCAAATCTTTACACCGTTTCAA
ATTCAGTTTTGTATGTGAGAGATCTTTATTTATATTACCAAAACATGACTTGATCACCAT
TATTTTTAATATTTTAGTATGTTTTTCATAAAATTTACCTTTTATAAAATCAGACAATGA
TGTTCCATCGGTTTTCATGTGGAGGAACTATATGTTGAAAAAAAATATTCCTTATAAATA
GTGTAATTTAAAAAAATCTTGACG

QA 1 504 1 504
DS 



AS 1 5

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GGACTCCCATCAATGGTGGCGGTCTTCAATTCTTCATGATCTAAAGAAGAAGAAGACAGA
GAGATCTGATTCTACTCGCGTCTCCCACACTCTCATCCCTCTTCTTCTCCGCAATGATGG
ACCTAACGAAGATGAAGCCTCCGCAGATCACTTTTTACTGCTCGGCGTTTTCCGTATTGA
TCACACTTCATCTGACGATTCAGCTCGTGTCTCAGCATCTCTTTCACTGGAAGAACCCCA
AGGAACAGAAGGCTATACTCGTCATTGTTCTCATGGCTCCTATCTACGCCGTTGTTTCCT
TTGTTGGTTTGTTAGATGTCAAAGGAAGTGAAACCTTCTTCTTGTTTCTTGAATCCATCA
AAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATTGCTAAGTTCTTGGCGTTGATGTATAGTTACTTGA
ACATATCTATCAGCAAAAACATTGTCCCTGATGGAATCAAAGGAAGGGAGATTCACCATT
CTTTTCCAATGACTCTTTTCCAGCCTCATGTAGTCCGTCTGGATCATCGCACTCTGAGAC
TCTTGAAGTACTGGACATGGCAGTTTGTGGTGATCAGACCAGTGTGCTCTATCTTGATGA
TTGCGTTACAAATCGTCGGGTTTTATCCGTCTTGGCTGAGCTGGACATTCACTATCGTTC
TCAATATCTCGGTTTCCCTGGCCTTGTATTCTCTTGTGATCTTCTACCATGTTTTTGCCA
AGGAGCTTTCTCCTCATAATCCACTTGCAAAGTTCCTCTGCATCAAAGGGATCGTCTTCT
TTTGCTTTTGGCAGGGAATAGCACTAGACATACTGGTGGCGATGGGGGTGATCAAATCAC
ACCATTTCTGGTTGGAGGTGGAACAGATCCAGGAAGCTATTCAGAATGTGTTGGTGTGTG
TGGAGATGGTTATCTTCGCTGCTGTTCAGAAGCATGCTTACCATGTTGGTCCTTATAGCG
GGGAGACCAAGAAGAAGCTCGATAAAAAGACCGAATGATCTTTGGTCCGGTTTAGAGTGC
AAATCGACTTGAGTCCATTTTGTGGACTGCTATGTTATTCTTCTTTAGCATATAGTGTTT
GGGAGACTTGAAACTTTTGATATGGGAAAAAGATACAATAATGTTGAGATATTCAGATTA
TATGGTCAAAATAATGTTAAACCACATGTACCAATACAATTTGAGTCAATATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DL09TF U 39
AF RR1AI38TF U 1
AF RR1AI43TF U 41
AF RR1DL09JQ C 501
AF RR1AI38JQ C 536
BS 1 46 RR1AI38TF
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RD RR1DL09TF 575 0 0
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TCTACGCCGTTGTTTCCTTTGTTGGTTTGTTAGATGTCAAAGGAAGTGAAACCTTCTTCT
TGTTTCTTGAATCCATCAAAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATTGCTAAGTTCTTGGCGT
TGATGTATAGTTACTTGAACATATCTATCAGCAAAAACATTGTCCCTGATGGAATCAAAG
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TGTGCTCTATCTTGATGAT*GCGTTACAA
TC

QA 5 573 5 573
DS 

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GAGATCTGATTCTACTCGCGTCTCCCACACTCTCATCCCTCTTCTTCTCCGCAATGATGG
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TCACACTTCATCTGACGATTCAGCTCGTGTCTCAGCATCTCTTTCACTGGAAGAACCCCA
AGGAACAGAAGGCTATACTCGTCATTGTTCTCATGGCTCCTATCTACGCCGTTGTTTCCT
TTGTTGGTTTGTTAGATGTCAAAGGAAGTGAAACCTTCTTCTCGTTTCTTGAATCCATCA
AAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATTGCTAAGTTCTTGGCGTTGATGTATAGTTACTTGA
ACATATCTATCAGCAAAAACATTGTCCCTGATGGAATCAAAGGAAGGGAGATTCACCATT
CTTTTCCAATGACTCTTTTCCAGCCTCATGTAGTCCGTCTGGATCATCGCACTCTGAGAC
TCTTGAAGTACTGGACATGACAGTTTGTGGTGATCAGACCAGTGTGCTCTATCTTGATGA
TTGCGTTACAAATCGTCGGGTTTTATCCGTCTTGGCTGAGCTGGACATTCACTATCGTTC
TCAATATCTCGGTTTCCCTGGCCTTGTATTCTCTTGTGATCTTCTACCATGTTTTTGCCA
AGGAGCTTTCTCCTCATAATCCACTTGCAAAGTTCCTCTGCATC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1AI43TF 736 0 0
GG
AAAGAAGAAGAAGACAGAGAGATCTGATTCTACTCGCGTCTCCCACACTCTCATCCCTCT
TCTTCTCCGCAATGATGGACCTAACGAAGATGAAGCCTCCGCAGATCACTTTTTACTGCT
CGACGTTTTCCGTATTGATCACACTTCATCTGACGATACAGCTTGTGTCTCAGCATCTCT
TTCACTGGAAGAACCCCAAGGAACAGAAGGCTATACTCGTCATTTTTCTCATGGCTCCTA
TCTACGCCGTTGTTTCCTTTGTTGGTTTGTTAGATGTCAAAGGAAGTGAAACCTTCTTCT
TGTTTCTTGAATCCATCAAAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATTGCTAAGTTCTTGGCGT
TGATGTATAGTTACTTGAACATATCTATCAGCAAAAACATTGTCCCTGATGGAATCAAAG
GAAGGGAGATTCACCATTCTTTTCCAATGACTCTTTTCCAGCCTCATGTAGTCCGTCTGG
ATCATCGCACTCTGAGACTCTTGAAGTACTGGACATGGCAGTTTGTGGTGATCAGACCAG
TGTGCTCTATCTTGATGATTGCATTACAAATCGTCGGGTTTTATCCGCCTTGGCTGAGCT
GGACATTCACTATCGTTCTCAATATCTCGGTTTCCCTGGCCTTGTATTCTCTTGTGATCT
TCTACCATGTTTTTGCCAAGGAGCTTGCTCCTCATAATCCACTCGCAAAGTTCCTCTGCA
TCAAAGGGAT
TGTC

QA 3 732 3 732
DS 

RD RR1DL09JQ 694 0 0
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CAGTTTGTGGTGATCAGACCAGTGTGCTCTATCTTGATGATTGCGTTACAAATCGTCGGG
TTTTATCCGTCTTGGCTGAGCTGGACATTCACTATCGTTCTCAATATCTCGGTTTCCCTG
GCCTTGTATTCTCTTGTGATCTTCTACCATGTTTTTGCCAAGGAGCTTTCTCCTCATAAT
CCACTTGCAAAGTTCCTCTGCATCAAAGGGATCGTCTTCTTTTGCTTTTGGCAGGGAATA
GCACTAGACATACTGGTGGCGATGGGGGTGATCAAATCACACCATTTCTGGTTGGAGGTG
GAACAGATCCAGGAAGCTATTCAGAATGTGTTGGTGTGTGTGGAGATGGTTATCTTCGCT
GCTGTTCAGAAGCATGCTTACCATGTTGGTCCTTATAGCGGGGAGACCAAGAAGAAGCTC
GATAAAAAGACCGAATGATCTTTGGTCCGGTTTAGAGTGCAAATCGACTTGAGTCCATTT
TGTGGACTGCTATGTTATTCTTCTTTAGCATATAGTGTTTGGGAGACTTGAAACTTTTGA
TATGGGAAAAAGATACAATAATGTTGAGATATTCAGATTATATGGTCAAAATAATGTTAA
ACCACATGTACCAATACAATTTGAGTCAATATGG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1AI38JQ 628 0 0
GAGACTCTTGAAGTACTGGACATGACAGTTTGTGGTGATCAGACCAGTGTGCTCTATCTT
GATGATTGCGTTACAAATCGTCGGGTTTTATCCGTCTTGGCTGAGCTGGACATTCACTAT
CGTTCTCAATATCTCGGTTTCCCTGGCCTTGTATTTTCTTGTGATCTTCTACCATGTTTT
TGCCAAGGAGCTTTCTCCTCATAATCCACTTGCAAAGTTCCTCTGCATCAAAGGGATCGT
CTTCTTTTGCTTTTGGCAGGGAATAGCACTAGACATACTGGTGGCGATGGGGGTGATCAA
ATCACACCATTTCTGGTTGGAGGTGGAACAGATCCAGGAAGCTATTCAGAATGTGTTGGT
GTGTGTGGAGATGGTTATTTTCGCTGCTGTTCAGAAGCATGCTTACCATGTTGGTCCTTA
TAGCGGGGAGACCAAGAAGAAGCTCGATAAAAAGACCGAATGATCTTTGGTCCGGTTTAG
AGTGCAAATCGACTTGAGTCCATTTTGTGGACTGCTATGTTATTCTTCTT*AGCATATAG
TGTTTGGGAGACTTGAAACTTTTGATATGGGAAAAAGATACAATAATGTTGAGATATTCA
GATTATATGGTCAA
AATAATGTTAAACC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 6

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AGATTTACGATAAAGAAAAGATCAAATAACAATAACAATAATATAATACTATTGAATATA
TGTGTGAATGATTTATTGTGGTTACTTTGTTCTTTAGAACTTGAAACCAAGGCCGGACCA
TTTCTTAGCAGAAGCCTCTTTCTTGGCAGGTCTTGCGTTTGGATCGATCAGATTCTGTAG
CGACTTGGCTTTGTAGTTCCGTGACCGCCCCGCTTCCTTCAGAAGCTCGGCCAAACGCTT
CTTCTCGTCCTCAAAATCAGGATTTGCAGTCCCTAGCTTCTCCTCTCTCATCTTCAGAAC
CTGCTCTAGTATCTCAATGGCATCTTCTATCCTTCCCATGGCGTCGTAAGTAGCAGCCAG
ATTGCTGTAAACACCGAGAGTGTCCTGATCACAAGGACCACGTTCTTGTTCAAGAATACC
TCTTGCCTCTTCAAACAGCTCACCAGCCTCATCGATCTTGAAAAGCTGAACGCATGCCAG
TCCCATCTGGTTTAACACAACTCCGAAGAAGGCAGATTTCTCACCAGCTGCCCTCAGCTT
TGTTACAGCGCTCTCAAACGCGTTTCTTGCCTCCTCACACCC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GM61JQ U 1
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QA 3 631 3 631
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AS 1 4

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT18TF U 74
AF RR1B338TF U 1
AF RR1DO05TF U 33
AF RR1B338JQ C 246
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GG
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ATAAACAGTTAGGGAAAGACGATAGACTCTATGGATACACCATGGAAGAGCTTATCAAGG
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TTGAGCAGATTGAGAAAGATTTTGGGTCATTTACGAATTTCAGAGAGAAGTTCACTAACG
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GACTTGAAGTGGTCAAAACCTCAAACGCCATTAACCCACTAGTGTGGGACGATATTCCAA
TCATCTGCTTGGATGTGTGGGGGCACTCTTATTATCTGGAC

QA 3 703 3 703
DS 

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ACACCACCGAGGCTATGTGGACAATCTAAATAAACAGTTAGGGAAAGACGATAGACTCTA
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GTTCAACAACGCTGCGCAGGTCTATAACCATGATTTCTTCTGGGAGTCGATGCAACCTGG
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TACCAATTTCAGAGAGAAGTTCACTAATGCTGCTCTTACTCAGTTTGGTTCTGGCTGGGT
CTGGCTTGTTTTGAAGAGGGAAGAGAGAAGACTTGAAGTGGTTAAAACCTCAAACGCCAT
TAACCCACTAGTGTGGGACGATATTCCAATCATCTGCTTGGATGTGTGGGAGCACTCTTA
TTATCTGGACTACAAGAACGAGAGGGCTAGGTACATAAACACGTTTTTGAACCATTTGGT
GTCGTGGAACGCTGCAATGAGTAGGATGGCCCGTGCTGAGGCGTTTGTGAACCTTGGTGA
ACCCAACATCCCAATTGCCTAAGCTAAAGAAAACTATTGTTCGAGAGAGAGTCCATGTGA
AAGCGTACCCTTGACAGCTTGAGCAGTCTCATTTTGCAACATAGGTCCTAAACAAGAAAT
AAGTGCTGCTTCCTCCCTCATGTGACCCATCTTTTTGTCATGTGTAGTTGAGAGTGTCTA
ATATGACATAGACTTGTTTGTTTGTTATATACCAAAACGATTTTGCTGGTGTTAAAGTTG
CTACTC

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 5

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AAACCCGCCGGCTCTTAACCCGGTCTCCGGGTCGGGTCATGTGGAGAAGCTGGGTGGGCT
TGATGCTTACGTCTCTGGCTCTCCCGATTCCTCCAAGTTGTGCGTCATCCTCATCTCTGA
TGTTTTTGGGTATGAAGCTCCAAACTTGAGGTCGCTTGCGGATAAGGTTGCAACTTCTGG
ATTCTATGTCGTGGTTCCTGATTACTTCTACGTAGATCCTTTTGATCCTTCTAATCAAGA
GAGACCCATCCCTCTCTGGCTCAAAGACCATGGCGCTGATAAGGGATTTGAAGACACAAA
GCCAGTAATTGAAGCCTTAAAGAGCAAAGGCATAACTGCTATTGGAGCTGCAGGGATGTG
TTGGGGTGCAAAAGTAGTGGTGGAATTGTCTAAGCAAGAGCTTGTTCAAGCAGCTGTTCT
GCTTCATCCTTCTTTGGTCACGGTCGACGATATCAAGGGTGTGAAGGTGCCAATTGCTAT
ACTAGGAGCTGAGATTGATCAGTTGTCTCCACCTGCGCTCTTGAAGCAATTTGAGGAGAT
TCTTGCTGCCAAACCTGAGGTGAATAGTTATGTGAAGATACACCCGAAAGTAGCACACGG
TTGGACAGTTAGGTACAAGACGGATGACCCAGAGGCGGTTAAAGCTGCAGAAGAAGCTCA
CAAAGAGATGCTTGATTGGTTTGTGACTTACGTTAAATGAATGATCAAATTGGCTACTAC
TACTAGTAGTAGTGTTTATAAATGAAAAATGAAGAGAGAGACTTAAGTATGAAACTCTTT
GTTGGTGTCTTCACTCACTATACCTCTTTGGAAGTTGCTATGTTGTGAGTTTGGTCTATG
ATGCTGAACATCTATAAAAAAACGTATTTTGGCGAAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV21TF U 1
AF RR1C029TF U 1
AF RR1GV21JQ C 318
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AF RR1AP02JQ C 143
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A

QA 1 541 1 541
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TGATGCTTACGTCTCTGGCTCTCCCGATTCCTCCAAGTTGTGCGTCATCCTCATCTCTGA
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TACAA

QA 1 672 1 672
DS 

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GGTTTGTGACTTACGTTAAATGAATGATCAAATTGGCTACTACTACTAGTAGTAGTGTTT
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CG

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1AP02TF 900 0 0
GGG
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TTAACCCGGTCTCCGGGTCGGGTCATGTGGAGAAGCTAGGTGGGCTTGATGCTTACGTCT
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AAGCTCCAAACTTGAGGTCGCTTGCGGATAAGGTTGCAACTTCTGGATTCTATGTCGTGG
TTCCTGATTACTTCTACGTAGATCCTTTTGATCCTTCTAATCAAGAGAGACCCATCCCTC
TCTGGCTCAAAGACCATGGCGCTGATAAGGGATTTGAAGACACAAAGCCAGTAATTGAAG
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QA 4 900 4 900
DS 

RD RR1AP02JQ 795 0 0
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TACTTCTACGTAGATCCTTTTGATCCTTCTAATCAAGAGAGACCCATCCCTCTCTGGCTC
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AGCAAAGGCATAACTGCTATTGGAGCTGCAGGGATGTGTTGGGGTGCAAAAGTAGTGGTG
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AATAGTTATGTGAAGATACACCCGAAAGTAGCACACGGTTGGACAGTTAGGTACAAGACG
GATGACCCAGAGGCGGTTAAAGCTGCAGAAGAAGCTCACAAAGAGATGCTTGATTGGTTT
GTGACTTACGTTAAATGAATGATCAAATTGGCTACTACTACTAGTAGTAGTGTTTATAAA
TGAAAAATGAAGAGAGAGACTTAAGTATGAAACTCTTTGTTGGTGTCTTCACTCACTATA
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CGTATTTTGGCGAAC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 2 6

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CGTTTCAAGACACCGTCGACGGAGGGTTGACTGTGTTCTGTCCTTCCGACAGCGCGGTCG
GGAAGTTCGCGCCGTAGTTCAAGGCCTTATCCGCGGCGAACAAGACGGCGCTGGTGTTGT
ACCACGGCATGCCGGTTTACCAGTCGTTGCAGATGCTTAGATCAGGTAACGGCGCCGTTA
ACACGTTGGCGACTGAAGGTAACAACAAGTTTGACTTCACATCAGCCAAGTCTTGACCTC
GCCGGAAGCAGAGGCTCCCACCGCCAGCCCCAGCGATCTCATCCTCACATCGATTCTCGA
GAAACAAGGGTGCAAAGCTTTCTCCGACATGTTGATTGTTTACAAGATCGATAAAGTTTT
GTTGCCGAGAGAGATCTATAAGGCCGTTAAGGCGTCGTCGGCTCCAGCACCTAAGTCGAG
TAAGCACAAGCCTAAGAACGCGGTGGCTGACGGACCAAGCGCCGATGCTCCGTCAAATGA
TGACGGTGAGGTCGCTGATGACACAAACGGTGCCGTTTCGGTTACACGAAGCAGTGTTAT
TGTGACGGCGTTTGTGGGGCTCTGTTTTGGAGTTTGGCTCATGTGATGTTGTTGTTGGTT
ACTGTGGTTGGGAATCTTGATTTTCTTGTTTTTGATCTTCAATTGATTTTCTTGTCGGAC
AATGAATTCAATCATTAAATTCG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BL58TF U 1
AF RR1BL58JQ C 1
BS 1 1 RR1BL58JQ
BS 2 715 RR1BL58TF
BS 716 743 RR1BL58JQ

RD RR1BL58TF 715 0 0
G
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GTTTCAAGACACCGTCGACGGAGGGTTGACTGTGTTCTGTCCTTCCGACAGCGCGGTCGG
GAAGTTCGCGCCGTAGTTCAAGGCCTTATCCGCGGCGAACAAGACGGCGCTGGTGTTGTA
CCACGGCATGCCGGTTTACCAGTCGTTGCAGATGCTTAGATCAGGTAACGGCGCCGTTAA
CACGTTGGCGACTGAAGGTAACAACAAGTTTGACTTCACATCAGCCAAGTCTTGACCTCG
CCGGAAGCAGAGGCTCCCACCGCCAGCCCCAGCGATCTCATCCTCACATCGATTCTCGAG
AAACAAGGGTGCAAAGCTTTCTCCGACATGTTGATTGTTTACAAGATCGATAAAGTTTTG
TTGCCGAGAGAGATCTATAAGGCCGTTAAGGCGTCGTCGGCTCCAGCACCTAAGTCGAGT
AAGCACAAGCCTAAGAACGCGGTGGCTGACGGACCAAGCGCCGATGCTCCGTCAAATGAT
GACGGTGAGGTCGCTGATGACACAAACGGTGCCGTTTCGGTTACACGAAGCAGTGTTATT
GTGACGGCGTTTGTGGGGCTCTGTTTTGGAGTTTGGCTCATGTGATGTTGTTGTTGGTTA
CTGTGGTTGGGAATCTTGATTTTCTTGTTTTTGATCTTCAATTGATTTTCTTGT

QA 2 715 2 715
DS 

RD RR1BL58JQ 743 0 0
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CGTTTCAAGACACCGTCGACGGAGGGTTGACTGTGTTCTGTCCTTCCGACAGCGCGGTCG
GGAAGTTCGCGCCGTAGTTCAAGGCCTTATCCGCGGCGAACAAGACGGCGCTGGTGTTGT
ACCACGGCATGCCGGTTTACCAGTCGTTGCAGATGCTTAGATCAGGTAACGGCGCCGTTA
ACACGTTGGCGACTGAAGGTAACAACAAGTTTGACTTCACATCAGCCAAGTCTTGACCTC
GCCGGAAGCAGAGGCTCCCACCGCCAGCCCCAGCGATCTCATCCTCACATCGATTCTCGA
GAAACAAGGGTGCAAAGCTTTTTCCGACATGTTGATTGTTTACAAGATCGATAAAGTTTT
GTTGCCGAGAGAGATCTATAAGGCCGTTAAGGCGTCGTCGGCTCCAGCACCTAAGTCGAG
TAAGCACAAGCCTAAGAACGCGGTGGCTGACGGACCAAGCGCCGATGCTCCGTCAAATGA
TGACGGTGAGGTCGCTGATGACACAAACGGTGCCGTTTCGGTTACACGAAGCAGTGTTAT
TGTGACGGCGTTTGTGGGGCTCTGTTTTGGAGTTTGGCTCATGTGATGTTGTTGTTGGTT
ACTGTGGTTGGGAATCTTGATTTTCTTGTTTTTGATCTTCAATTGATTTTCTTGTCGGAC
AATGAATTCAATCATTAAATTCG

QA 1 743 1 743
DS 



CO CL1555Contig2 1193 4 3 U
AAATAAAGTGATATGAATTTAATGATTGAATTCATTGTCCGACAAGAAAATCAATAGAAG
ATCAAAAACAAGAAAATCAAGATTCCCAACCACATGTAACCAACAACAACATCACATGAG
CCAAACTCCAAAACAGAGCCCCACAAACGCCGTCACAATAACACTGCTTCGTGTAACCGA
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TGGTCCGTCAGCCACCGCGTTCTTAGGCTTGTGCTTACTCGACTTAGGTGCTGGAGCCGA
CGACGCCTTAACGGCCTTATAGATCTCTCTCGGCAACAAAACTTTATCGATCTTGTAAAC
AATCAACGGCTCTTGATCCTTTAACGTCCCCGTTAACTTCGCCGTCACGACGTCCGTCTC
GAGCGTCACTTCCTCCCCGTCGTTCTGAACCGTGAAGTCAAACTTGTTGTTACCTTCAGT
CGCCAACGTGTTAACGGCGCCGTTACCTGATCTAAGCATCTGCAACGACTGGTAAACCGG
CATGCCGTGGTACAACACCAGCGCCGTCTTGTTCGCCGCGGATAAGGCCTTGAACTTCGG
CGCGAACTTCCCGACCGCGCTGTCGGAAGGACAGAACACAGTCAACCCTCCGTCGACGGT
GTCTTGAAACGTCTTGTCGGCTCCGGTGGATTTCAACATGTCGGAGAAAGCTTTGCACCC
TTGTTTCTCGAGAATCGATGTGAGGATGAGATCGCTGGGGCTGGCGGTGGGAGCCTCTGC
TTCCGGCGAGGTCAAGACTTGGCTGATGTGAAGGACGGAGATGTTGTAAGCCTTCTCGAA
GACGGATTTGATGTAGCGAGCGGTGAGCTGGCTGTCGTCGTCCTGGACGCCGAAAGCGAC
TTTCCCGCCTTTGATGTCGGTGATGTTGACGTAGCCGGAGGTTCCGGTGGCGGATCCGGT
GGACTGGAACATGGAAGCGGTGGAGGTGGAGCCGTCTGTGATCTGGTGGAGCTTCTTGGC
GCCGAAGTAATCGACGAGGACGTGGAGGGAGAGAATGTTGCGGATTGTGTAGAGTGAGTA
GCCTTTGGAGAGGATTGAGTTCAATGCTGAGTTGTCAACGGCCAGGACGGTGATGGTTTG
GCGGCGGTTGATCTCGTCGGCGAGATGAGTGGCTGAGAGGTAGTGGTTGAATC


BQ
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AF RR1GX50JQ U 1
AF RR1GX50TF C 1
AF RR1F737JQ U 16
AF RR1F737TF C 516
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BS 768 1193 RR1F737TF

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TGGTCCGTCAGCCACCGCGTTCTTAGGCTTGTGCTTACTCGACTTAGGTGCTGGAGCCGA
CGACGCCTTAACGGCCTTATAGATCTCTCTCGGCAACAAAACTTTATCGATCTTGTAAAC
AATCAACGGCTCTTGATCCTTTAACGTCCCCGTTAACTTCGCCGTCACGACG
GCC

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1GX50TF 415 0 0
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ATCAAAAACAAGAAAATCAAGATTCCCAACCACATGTAACCAACAACAACATCACATGAG
CCAAACTCCAAAACAGAGCCCCACAAACGCCGTCACAATAACACTGCTTCGTGTAACCGA
AACGGCACCGTTTGTGTCATCAGCGACCTCACCGTCATCATTTGACGGAGCATCGGCGCT
TGGTCCGTCAGCCACCGCGTTCTTAGGCTTGTGCTTACTCGACTTAGGTGCTGGAGCCGA
CGACGCCTTAACGGCCTTATAGATCTCTCTCGGCAACAAAACTTTATCGATCTTGTAAAC
AATCAACGGCTCTTGATCCTTTAACGTCCCCGTTAACTTCGCCGTCACGACG
GCC

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1F737JQ 752 0 0
AG
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GCCCCACAAACGCCGTCACAATAACACTGCTTCGTGTAACCGAAACGGCACCGTTTGTGT
CATCAGCGACCTCACCGTCATCATTTGACGGAGCATCGGCGCTTGGTCCGTCAGCCACCG
CGTTCTTAGGCTTGTGCTTACTCGACTTAGGTGCTGGAGCCGACGACGCCTTAACGGCCT
TATAGATCTCTCTCGGCAACAAAACTTTATCGATCTTGTAAACAATCAACGGCTCTTGAT
CCTTTAACGTCCCCGTTAACTTCGCCGTCACGACGTCCGTCTCGAGCGTCACTTCCTCCC
CGTCGTTCTGAACCGTGAAGTCAAACTTGTTGTTACCTTCAGTCGCCAACGTGTTAACGG
CGCCGTTACCTGATCTAAGCATCTGCAACGACTGGTAAACCGGCATGCCGTGGTACAACA
CCAGCGCCGTCTTGTTCGCCGCGGATAAGGCCTTGAACTTCGGCGCGAACTTCCCGACCG
CGCTGTCGGAAGGACAGAACACAGTCAACCCTCCGTCGACGGTGTCTTGAAACGTCTTGT
CGGCTCCGGTGGATTTCAACATGTCGGAGAAAGCTTTGCACCCTTGTTTCTCGAGAATCG
ATGTGAGGATGAGATCGCTGGGGCTGGCGG

QA 3 752 3 752
DS 

RD RR1F737TF 678 0 0
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ACATGTCGGAGAAAGCTTTGCACCCTTGTTTCTCGAGAATCGATGTGAGGATGAGATCGC
TGGGGCTGGCGGTGGGAGCCTCTGCTTCCGGCGAGGTCAAGACTTGGCTGATGTGAAGGA
CGGAGATGTTGTAAGCCTTCTCGAAGACGGATTTGATGTAGCGAGCGGTGAGCTGGCTGT
CGTCGTCCTGGACGCCGAAAGCGACTTTCCCGCCTTTGATGTCGGTGATGTTGACGTAGC
CGGAGGTTCCGGTGGCGGATCCGGTGGACTGGAACATGGAAGCGGTGGAGGTGGAGCCGT
CTGTGATCTGGTGGAGCTTCTTGGCGCCGAAGTAATCGACGAGGACGTGGAGGGAGAGAA
TGTTGCGGATTGTGTAGAGTGAGTAGCCTTTGGAGAGGATTGAGTTCAATGCTGAGTTGT
CAACGGCCAGGACGGTGATGGTTTGGCGGCGGTTGATCTCGTCGGCGAGATGAGTGGCTG
AGAGGTAGTGGTTGAATC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 5

CO CL1556Contig1 1067 5 9 U
GCTCCATAATAGTTTACTTACTCACAATTCAACTATTCAAGTAAACGCGTTTTGTCTTTT
TTAGCCACAACTATTTTAACACTGTGTACAAGTGTATGTGTGTATATACGTCTGTATGTA
GTACCCAACGAAGGTGCTAATACACTTTGCTTTCCACTTCTAGAGAGACCTCGTTGCGGC
GGGTGAACGGGAGAGTGAATGGTGGATTGTACTGTGCAACTTCAACTGAAACACCATCTC
TCACTCGAAACTTCTTGTCATTCTGAAGAGCTCGCCTTAGTTCTTGCTCCCGTTTCTCAA
TCTCTTCATCTGTTACGTATCCTGAGAAGGCGAGAACAGCAACAATCTTCCGTGGCACCT
CCTGAATCTTGACTGAAGGATCTTTAGGCAGTGGCAAATCTGAGCCATACTTTGAGGGCA
TGACAAAAGACATCTGCCATTGGGTTTGATCTTTCCCCTTCCTAGTTATTACTGGAGTAG
TCATCTCCATCTTTTCTCCAACGGACTGGACTTTACGAGTAACAACAGGAGTCGTCATCT
CCATTTTCTCATTCACCGTGTTCTTACCAAAGAGGTACTCAGCTAAGACATTAAAAGACC
TAGAAGCACCATAGAAGTCGAATCCAGTTCCCCCTGGCATTATAGTCTCGGCCACATAAT
AAGGCTCGACTTCTCTGGTCTCGTATCTGTCTGTCCTGCTAAGAACTCTGAAGTTCATAG
TCTCGAGATCCGGAACAGACATGAAGGCTTCTTCTAGATTCGAGCTATTGAATCTCTTCG
GAAACACATACTTCGCAGTCTCCACAGCCAAATCAGCCAAAAGGCGCTGAGAAACAGAGG
ACGACTGGGAGGCGATAGCGAGGACGAGAGAAACCCTAGCTTCGGTTGCGGACAGATCCC
GACTCTGCCTCCTAGCCGCGGTGGTTCTGACGCCGGAGCAAAGGACAGAGCATCTCCTCT
GTTTACGGTTCGGATGACAATAAGAGAACAGAGAAAGGGATGATCCAGTGGAGCTGATCA
TTCTTCTTCTTCTTCGCAATCGCAACCGCAACCCCCCCAACACCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AACTTCAACTGAAACACCATCTCTCACTCGAAACTTCTTGTCATTCTGAAGAGCTCGCCT
TAGTTCTTGCTCCCGTTTCTCAATCTCTTCATCTGTTACGTATCCTGAGAAGGCGAGAAC
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C
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TGGTGGATTGTACTGTGCAACTTCAACTGAAACACCATCTCTCACTCGAAACTTCTTGTC
ATTCTGAAGAGCTCGCCTTAGTTCTTGCTCCCGTTTCTCAATCTCTTCATCTGTTACGTA
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CG
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CTTCTTCTTCGCAATCGCAACCGCAACCCCCCCAACACCTCC

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DS 



AS 1 6

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BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1H771TF U 1
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AF RR1BH77TF U 262
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TGGTAATAAAATGTTGAGGGCTTCCCTCTTGAAAAAAGAGTTCTGTTAAGAGAGTTTCTT
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ATGGATCCTTATGTGCTCCTCACTTGCCGGACTCAAGATCAGAAGAGCAATGTTGCATCA
GGACAAGGCACAACTCCGGAATGGAATGAGACATTTATCTTCAATGTCTCTGAAGGAACT
ACAGAGTTAAAAGCCAAACTCTTTGACACAGATGTTGGCACAGAGGATGATCCCCTTGGT
GAAGCAACTATTCCATTGGAGGCGGTTTTCCTGGAAGGGGATATCCCACCAGCTGCATAC
AATGTGGTGAAGGATGAAGAGTTCAAAGGCGAGATCTGGATCGGACTATCCTTCAAACCT
TCGGAAAACCGAAGCAGGGGTTTCGAAGAAGAGTCTTATGGATGCTGGAAAAACTCTGAA
GCTTCTTACTAAAGAGATCAAAAACACCAAATGTGTGTTACTCTTTAATTTGTTGAGTCT
TGGTAATAAAATGTTGAGGGCTTCCCT*TTGAAAAAAGAGTTCTGTTAAGAGAGTTTCTT
CTTATTCTTATTTTTATTATTGTTATTGTTCTGTTCTGTTCGGTTAGTAATTCAAAACTC
TCGAGAGTTTGATTCGTTTGTCAAGAATTTGTTTCAGTCTTGTTTTG

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DS 

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GG
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GACAAGGCACAACTCCGGAATGGAATGAGACATTTATCTTCAATGTCTCTGAAGGAACTA
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CGGAAAACCGAAGCAGGGGTTTCGAAGAAGAGTCTTATGGAGGCTTGAAAAACTCTGAAG
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GGTAATAAAATGTTGAGGGCTTCCCTCTTGAAAAAAGAGTTCTGTTAAGAGAGTTTCTTC
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DS 

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G
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TTATTGTTCTGTTCTGTTCGGTTAGTAATTCAAAACTCTCGAGAGTTTGATTCGTTTGTC
AAGAATTTGTTTCAGTCTTGTTTTGGTATTTAAGAATTTTTGTTC
AC

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DS 

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TATTATTGTTATTGTTCTGTTCTGTTCGGTTAGTAATTCAAAACTCTCGAGAGTTTGATT
CGTTTGTCAAGAATTTGTTTCAGTCTTGTTTTGGTATTTAAGAATTTTTGTTC
CC

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TT
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GTTATTGTTCTGTTCTGTTCGGTTAGTAATTCAAAACTCTCGAGAGTTTGATTCGTTTGT
CAAGAATTTGTTTCAGTCTTGTTTTGGTATTTAAGAATTTTTGTTCTCAATTCTAGTTTT
ATGATCATAACTTCAT

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DS 



AS 2 5

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CTTAGCAAGAGCTTGCGCAAAGGCTGGTGGGTTTCCAGAGCCAGAGATTGTTCACTACAA
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GTATTTTCTGTATGGATTGTGTTCGAGTTTTTCTATAAAAAAAAGCGGCGCGCGGTCTGG
CTCTTGACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI37TF U 1
AF RR1E110TF U 47
AF RR1EF50TF U 606
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RD RR1DI37TF 605 0 0
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GATGATGATGATGCAACAGAGCCAGCCTTCTTTATCTCTCCTTACTTCTTCTCTCTCTGA
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AGGAGCACTCTATGTATCAGCATCGAGCGAGAAGAAGATTCTTATAATGGGTGGCACTCG
GTTCATTGGTATCTTCTTGTCCAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGACATCAGGTTACATTGTT
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TGATTTTTCTTCAAAGATTCTTCACTTGAAAGGAGACAGAAAAGACTATGACTTTGTGAA
GTCAAATCTTTCAGCTGAAGGCTTCGATGTTGTTTATGATATCAACGGGAGAGAAGCTGA
AGAAGTTGAGCCTATAATAGAAGCACTGCCTAAACCAGAACAGTACATCTACTGTTCTTC
AGCTGGTGTTTACCTGAAATCTGATACCTTGCCACACTGTGAGGTGGATGCAGTTGACCC
GAAGA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1E110TF 753 0 0
GG
AAGCATGGCGAAGATGATGATGATGCAACAGAGCCAGCCTTCTTTATCTCTCCTTACTTC
TTCTCTCTCTGACTTTAATGGCGCCAAGCTCAACCTATAAGTCCAGTACAAGAGGAAAGT
TCAACAGCCAAAAGGAGCACTCTATGTATCAGCATCGAGCGAGAAGAAGATTCTTATAAT
GGGTGGCACTCGGTTCATTGGTATCTTCTTGTCCAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGACATCA
GGTTACATTGTTCACAAGAGGTAAATCTCCTATCGCCAAACAATTGCCTGGCGAATCTGA
CCAAGACTTTGCTGATTTTTCTTCAAAGATTCTTCACTTGAAAGGAGACAGAAAAGACTA
TGACTTTGTGAAGTCAGGTCTTTCAGCTGAAGGCTTCGATGTTGTTTATGATATCAACGG
GAGAGAAGCTGAAGAAGTTGAGCCTATAATAGAAGCACTGCCTAAACTAGAACAGTACAT
CTACTGTTCTTCAGCTGGTGTTTACCTGAAATCTGATACCTTGCCACACTGTGAGGTGGA
TGCAGTTGACCCGAAGAGCAGGCACAAGGGTAAGCTGGAGACAGAGAGTTTACTGCAATC
AAAAGGTGTAAACTGGACTTCTATACGTCCTGTCTACATCTACG*TCCATTGAACTACAA
CCCCGTCGAAGAATGGTTCTTCCACCGCCTCAAAGCTGGTCGACCTATCCCAGTTCCAAA
CTCTGGGATCCAGATCTCACAACTCGGTCAC

QA 3 753 3 753
DS 

RD RR1EF50TF 724 0 0
GCAGGCACAAGGGGAAGCTGGAGACAGAGAGCTTACTGCAATCAAAAGGTGTAAACTGGA
CTTCTATACGTCCTGTCTACATCTACGGTCCATTGAACTACAACCCCGTAGAAGAATGGT
TCTTCCACCGTCTCAAAGCTGGTCGACCTATCCCAGTTCCAAACTCTGGGATCCAGATCT
CACAACTCGGTCACGTTAAGGACTTGGCAACAGCCTTTCTCGCCGTGCTTGGTAACGAGA
AAGCAAGCAGAGAGATATTCAACATCTCAGGAGAGAAGTACGTCACCTTTGATGGCTTAG
CAAGAGCTTGCGCAAAGGCTGGTGGGTTTCCAGAGCCAGAGATTGTTCACTACAACCCTA
AAGAGTTCGACTTTGGGAAGAAGAAGGCCTTCCCTTTCCGTGACCAGCATTTCTTTGCCT
CGGTGGAGAAAGCAAAGCATGTCTTGGGATGGACACCGGAGTTCGACTTGGTGGATGGTC
TCACTGACTCATACAACCTCGACTTCGGTCGTGGAACTTTCAGAAAAGAGGCGGATTTCA
CTACTGACGACATGATTCTAAGCAAGAAACTTGTTCTTCAATAGAAACATTCTTGGCTTG
TATATGGTTGTGTGATCTCAAACTGAAGAAGATTCTCAAGTCTCGTCGTCTCAATGTATT
TTCTGTATGGATTGTGTTCGAGTTTTTCTATAAAAAAAAGCGGCGCGCGGTCTGGCTCTT
GACG

QA 1 724 1 724
DS 



CO CL1558Contig2 626 2 4 U
GAGTAAAACTTCAAGAGCTAGACCCCGCGCCGCTTTTCTTTTTTTATAGAAAAAACTCGA
ACACAATCCATACAGAAAGTACATTTGAGACGATGATAAACTTGAGAATCTTGTTCAGTT
TGAGATCACACAACCATATAAAAGCCAATAATGTTTTCTATTGAAGAACAAGTTTCTTGC
TTAGAATCATGTCGTCAGTAGTGAAATCCGCCTCTTTTCTGAAAGTGCCACGACCGAAGT
CGAGGTTGTACGAGTCAGTGAGACCATCCACCAAGTCGAACTCTGGTTTCCATCCCAAGA
CATGCTTTGCTTTCTCCACCGAGGCAAAGAAATGCTGGTCACGGAAAGGGAAGGCCTTCT
TCTTCCCAAAGTCGAACTCTTTAGGGTTGTAGTGAACAATCTCTGGCTCTGGAAACCCAC
CAGCCTTTGCGCAAGCTATTGCTAAGCCATCAAAGGTGACGTACTTCTCTCCTGAGATGT
TGAATATCTCTCTGCTTGCTTTCTCGTTACCAAGCACGGCGAGAAAGGCTGTTGCCAAGT
CCTTAACGTGACCGAGTTGTGAGATCTGGATCCCAGAGTTTGGAACTGGGATAGGTCGAC
CAGCTTTGAGACGGTGGAAGAACCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E110JQ U 1
AF RR1DI37JQ U 8
BS 1 146 RR1E110JQ
BS 147 147 RR1DI37JQ
BS 148 486 RR1E110JQ
BS 487 626 RR1DI37JQ

RD RR1E110JQ 486 0 0
GAGTAAAACTTCAAGAGCTAGACCCCGCGCCGCTTTTCTTTTTTTATAGAAAAAACTCGA
ACACAATCCATACAGAAAGTACATTTGAGACGATGATAAACTTGAGAATCTTGTTCAGTT
TGAGATCACACAACCATATAAAAGCCGATAATGTTTTCTATTGAAGAACAAGTTTCTTGC
TTAGAATCATGTCGTCAGTAGTGAAATCCGCCTCTTTTCTGAAAGTGCCACGACCGAAGT
CGAGGTTGTACGAGTCAGTGAGACCATCCACCAAGTCGAACTCTGGTTTCCATCCCAAGA
CATGCTTTGCTTTCTCCACCGAGGCAAAGAAATGCTGGTCACGGAAAGGGAAGGCCTTCT
TCTTCCCAAAGTCGAACTCTTTAGGGTTGTAGTGAACAATCTCTGGCTCTGGAAACCCAC
CAGCCTTTGCGCAAGCTATTGCTAAGCCATCAAAGGTGACGTACTTCTCTCCTGAGATGT
TGAATA

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1DI37JQ 619 0 0
ACTT
CAAGAGCTAGACCCCGCGCCGCTTTTCTTTTTTTATAGAAAAAACTCGAACACAATCCAT
ACAGAAAGTACATTTGAGACGATGATAAACTTGAGAATCTTGTTCAGTTTGAGATCACAC
AACCATATAAAAGCCAATAATGTTTTCTATTGAAGAACAAGTTTCTTGCTTAGAATCATG
TCGTCAGTAGTGAAATCCGCCTCTTTTCTGAAAGTGCCACGACCGAAGTCGAGGTTGTAC
GAGTCAGTGAGACCATCCACCAAGTCGAACTCTGGTTTCCATCCCAAGACATGCTTTGCT
TTCTCCACCGAGGCAAAGAAATGCTGGTCACGGAAAGGGAAGGCCTTCTTCTTCCCAAAG
TCGAACTCTTTAGGGTTGTAGTGAACAATCTCTGGCTCTGGAAACCCATCAGCCTTTGCG
CAAGCTCTTGCTAAGCCATCAAAGGTGACGTACTTCTCTCCTGAGATGTTGAATATCTCT
CTGCTTGCTTTCTCGTTACCAAGCACGGCGAGAAAGGCTGTTGCCAAGTCCTTAACGTGA
CCGAGTTGTGAGATCTGGATCCCAGAGTTTGGAACTGGGATAGGTCGACCAGCTTTGAGA
CGGTGGAAGAACCAT

QA 5 619 5 619
DS 



AS 1 5

CO CL1559Contig1 1219 5 16 U
GGGAGGAACCAATGGAGGGAGGATCAAATCTTTCGCATTTCCAATTCTGATTATTGGGTG
GGAGTAATCGCATTTCCACAGATTCGAGTCTCTCTATAATAATCACCCAGAAACACACAA
AGCGTTATTCTTCTCGCACCCTCCTCCTCCAATCACATCGAAAATGGCTGAAAATGGTTC
TCTAGATCAGTTCTTGTCTGCTGCCATTGATGCCGCTCAGAAAGCTGGACAGGTCATTCG
TAAAGGCTTTTACGAGACCAAACATGTTGAACACAAAGGCCAGGTGGATCTGGTGACAGA
GACTGATAAAGGATGTGAAGAACTCGTGTTTAACCATCTCAAGCACCTTTTTCCCAATCA
CAAGTTCATTGGAGAAGAGACAACAGCTGCAAATGGTGTGACTGAATTAACAGACGAACC
TACTTGGATCGTTGATCCTCTTGATGGAACTACTAATTTCGTTCACGGGTTCCCTTTTGT
CTGTGTTTCCATTGGCCTTACCATTGGGAAAGTCCCTGTCGTTGGCGTTGTCTATAATCC
TATTATGGATGAGCTATTCACTGGTGTCCAAGGGAAAGGAGCTTTCTTGAATGGAAAACC
AATCAAAGTGTCAACTCAGAGTGAGCTTGTTACCGCTTTGCTCCTAGCAGAGGCGGGCAC
TAAGCGAGATAAAGCTACCTTAGACGATGCAACTAACAGGATCAACAGTTTATTAACCAA
GGTTAGGTCTCTGAGGATGGGTGGCTCGTGCGCACTGGACCTCTGCGGTGTTGCTTGTGG
AAGGGGTGACATCTTCTATGAAATCGGTTTCGGTGGTCCATGGGACATTGCGGCTGGAAT
TGTGATCGTCAGAGAAGCTGGTGGACATATCTTTGATCCATCGGGTAAAGAGTTGGACAT
CACATCGCAGAGAATTGCGGCGTCAAACGCTTCACTCAAGGAGTTGTTCGTGGAGGCGTT
GCGGCTTACAAATGTGTGAAAAGTTATTCTATTCTTTGCTTATGGTCACACCTTATGAAC
CATATATGATTCATGTGACAAATTAAAGCATTTCTTTTTTCTTTTGAACTATGTCCACAA
CCAACTGATTTTCTTGAGTTTATATTTCTCATATACATTTCGGTTTTCTTAATTACTATT
ATTTTAAGATAGTACAAAACTTGTAATAGGTTGTCTTCACAAAAATCTATTCTTTTAAAA
TACCAGCATGGTGACCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F688TF U 97
AF RR1CK12TF U 1
AF RR1AA32TF U 152
AF RR1GX54JQ C 295
AF RR1F688JQ C 530
BS 1 594 RR1CK12TF
BS 595 595 RR1F688TF
BS 596 699 RR1CK12TF
BS 700 700 RR1AA32TF
BS 701 721 RR1CK12TF
BS 722 907 RR1AA32TF
BS 908 908 RR1GX54JQ
BS 909 940 RR1AA32TF
BS 941 941 RR1GX54JQ
BS 942 971 RR1AA32TF
BS 972 972 RR1GX54JQ
BS 973 984 RR1AA32TF
BS 985 985 RR1GX54JQ
BS 986 1016 RR1AA32TF
BS 1017 1153 RR1GX54JQ
BS 1154 1219 RR1F688JQ

RD RR1F688TF 576 0 0
GGAG
AATCACCCAGAAACACACAAAGCGTTATTCTTCTCGCACCCTCCTCCTCCAATCACATCG
AAAATGGCTGAAAATGGTTCTCTAGATCAGTTCTTGTCTGCTGCCATTGATGCCGCTCAG
AAAGCTGGACAGGTCATTCGTAAAGGCTTTTACGAGACCAAACATGTTGAACACAAAGGC
CAGGTGGATCTGGTGACAGAGACTGATAAAGGATGTGAAGAACTCGTGTTTAACCATCTC
AAGCACCTTTTTCCCAATCACAAGTTCATTGGAGAAGAGACAACAGCTGCAAATGGTGTG
ACTGAATTAACAGACGAACCTACTTGGATCGTTGATCCTCTTGATGGAACTACTAATTTC
GTTCACGGGTTCCCTTTTGTCTGTGTTTCCATTGGCCTTACCATTGGGAAAGTCCCTGTC
GTTGGCGTTGTCTATAATCCTATTATGGATGAGCTATTCACTGGTGTCCAAGGGAAAGGA
GCTTTCTTGAATGGAAAACCAATCAAAGTGTCAACTCAGAGTGAGCTTGTTACCGCTTTG
CTCCTAGCAGAGGCGGGCACTAAGCGAGATAA

QA 5 576 5 576
DS 

RD RR1CK12TF 731 0 0
GGGAGGAACCAATGGAGGGAGGATCAAATCTTTCGCATTTCCAATTCTGATTATTGGGTG
GGAGTAATCGCATTTCCACAGATTCGAGTCTCTCTATAATAATCACCCAGAAACACACAA
AGCGTTATTCTTCTCGCACCCTCCTCCTCCAATCACATCGAAAATGGCTGAAAATGGTTC
TCTAGATCAGTTCTTGTCTGCTGCCATTGATGCCGCTCAGAAAGCTGGACAGGTCATTCG
TAAAGGCTTTTACGAGACCAAACATGTTGAACACAAAGGCCAGGTGGATCTGGTGACAGA
GACTGATAAAGGATGTGAAGAACTCGTGTTTAACCATCTCAAGCACCTTTTTCCCAATCA
CAAGTTCATTGGAGAAGAGACAACAGCTGCAAATGGTGTGACTGAATTAACAGACGAACC
TACTTGGATCGTTGATCCTCTTGATGGAACTACTAATTTCGTTCACGGGTTCCCTTTTGT
CTGTGTTTCCATTGGCCTTACCATTGGGAAAGTCCCTGTCGTTGGCGTTGTCTATAATCC
TATTATGGATGAGCTATTCACTGGTGTCCAAGGGAAAGGAGCTTTCTTGAATGGGAAACC
AATCAAAGTGTCAACTCAGAGTGAGCTTGTTACCGCTTTGCTCCTAGCAGAGGCGGGCAC
TAAGCGAGATAAAGCTACCTTAGACGATGCAACTAACAG*ATCAACAGTTTATTAACCAA
G
TTAGTCTCTG

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1AA32TF 865 0 0
ATCACATCGAAAATGGCTGAAAATGGTTCTCTAGATCAGTTCTTGTCTGCTGCCATTGAT
GCCGCTCAGAAAGCTGGACAGGTCATTCGTAAAGGCTTTTACGAGACCAAACATGTTGAA
CACAAAGGCCAGGTGGATCTGGTGACAGAGACTGATAAAGGATGTGAAGAACTCGTGTTT
AACCATCTCAAGCACCTTTTTCCCAATCACAAGTTCATTGGAGAAGAGACAACAGCTGCA
AATGGTGTGACTGAATTAACAGACGAACCTACTTGGATCGTTGATCCTCTTGATGGAACT
ACTAATTTCGTTCACGGGTTCCCTTTTGTCTGTGTTTCCATTGGCCTTACCATTGGGAAA
GTCCCTGTCGTTGGCGTTGTCTATAATCCTATTATGGATGAGCTATTCACTGGTGTCCAA
GGGAAAGGAGCTTTCTTGAATGGAAAACCAATCAAAGTGTCAACTCAGAGTGAGCTTGTT
ACCGCTTTGCTCCTAGCAGAGGCGGGCACTAAGCGAGATAAAGCTACCTTAGACGATGCA
ACTAACAGGATCAACAGTTTATTAACCAAGGTTAGGTCTCTGAGGATGGGTGGCTCGTGC
GCACTGGACCTCTGCGGTGTTGCTTGTGGAAGGGGTGACATCTTCTATGAAATCGGTTTC
GGTGGTCCATGGGACATTGCGGCTGGAATTGTGATCGTCAGAGAAGCTGGTGGACATATC
TTTGATCCATCGGGTAAAGAGTTGGACATCACATCGTAGAGAATTGCGGCGTCAAACGCT
TCACTCAAG*AGTTGTTCGTGGAGGCGTTGCGGCTTACAA*TGTGTGAAAAGT*ATTCTA
TTCTTTGCTTATGGTCACACCTTAT

QA 1 865 1 865
DS 

RD RR1GX54JQ 859 0 0
GACAGAGACTGATAAAGGATGTGAAGAACTCGT*TTTAACCATCTCAAGCAC*TTTTTCC
CAATCACAAGTTCATTGGAGAAGAGACAACAGCTGCAAATGGTGTGACTGAATTAACAGA
CGAACCTACTTGGATCGTTGATCCTCTTGATGGAACTACTAATTTCGTTCACGGGTTCCC
TTTTGTCTGTGTTTCCATTGGCCTTACCATTGGGAAAGTCCCTGTCGTTGGCGTTGTCTA
TAATCCTATTATGGATGAGCTATACACTGGTGTCCAAGGGAAAGGAGCTTTCTTGAATGG
AAAACCAATCAAAGTGTCAACTCAGAGTGAGCTTGTTACCGCTTTGCTCCTAGCAGAGGC
GGGCACTAAGCGAGATAAAGCTACCTTAGACGATGCAACTAACAGGATCAACAGTTTATT
AACCAAGGTTAGGTCTCTGAGGATGGGTGGCTCGTGCGCACTGGACCTCTGCGGTGTTGC
TTGTGGAAGGGGTGACATCTTCTATGAAATCGGTTTCGGTGGTCCATGGGACATTGCGGC
TGGAATTGTGATCGTCAGAGAAGCTGGTGGACATATCTTTGATCCATCGGGTAAAGAGTT
GGACATCACATCGCAGAGAATTGCGGCGTCAAACGCTTCACTCAAGGAGTTGTTCGTGGA
GGCGTTGCGGCTTACAAATGTGTGAAAAGTTATTCTATTCTTTGCTTATGGTCACACCTT
ATGAACCATATATGATTCATGTGACAAATTAAAGCATTTCTTTTTTCTTTTGAACTATGT
CCACAACCAACTGATTTTCTTGAGTTTATATTTCTCATATACATTTCGGTTTTCTTAATT
ACTATTATTTTAAGATAGT

QA 1 859 1 859
DS 

RD RR1F688JQ 690 0 0
GTCTATAATCCTATTATGGATGAGCTATTCACTGGTGTCCAAGGGAAAGGAGCTTTCTTG
AATGGAAAACCAATCAAAGTGTCAACTCAGAGTGAGCTTGTTACCGCTTTGCTCCTAGCA
GAGGCGGGCACTAAGCGAGATAAAGCTACCTTAGACGATGCAACTAACAGGATCAACAGT
TTATTAACCAAGGTTAGGTCTCTGAGGATGGGTGGCTCGTGCGCACTGGACCTCTGCGGT
GTTGCTTGTGGAAGGGGTGACATCTTCTATGAAATCGGTTTCGGTGGTCCATGGGACATT
GCGGCTGGAATTGTGATCGTCAGAGAAGCTGGTGGACATATCTTTGATCCATCGGGTAAA
GAGTTGGACATCACATCGCAGAGAATTGCGGCGTCAAACGCTTCACTCAAGGAGTTGTTC
GTGGAGGCGTTGCGGCTTACAAATGTGTGAAAAGTTATTCTATTCTTTGCTTATGGTCAC
ACCTTATGAACCATATATGATTCATGTGACAAATTAAAGCATTTCTTTTTTCTTTTGAAC
TATGTCCACAACCAACTGATTTTCTTGAGTTTATATTTCTCATATACATTTCGGTTTTCT
TAATTACTATTATTTTAAGATAGTACAAAACTTGTAATAGGTTGTCTTCACAAAAATCTA
TTCTTTTAAAATACCAGCATGGTGACCATT

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 5

CO CL1560Contig1 848 5 31 U
GGTGGCATCTTCAGATGAGCCTAACCTGTTTATTGTTTGTTGATATGTGGTAAAAGGACT
CCCACAAAATCCAAATACAGATAAGTACACAGAAGTTTAGAAGATGATTGATCACAAAAG
TTGTACAGCAACTTAAAAAGAGAGAAGATAAGAGTTCGGATATCACTATAACAGAGTATG
ATGCTC**ATGTTACCATTTCTCTATCCTTCTCTTCTTACAAACCCTTCGCTTGTTTCAT
CTCCTTCTCCAGCTTGTTCTTTGTTTGGTCCCTTTTCTTTGTTGCTCATCAACTTGTACC
CGTAAAACGCCGACACACCGCCACTCGTAAGGGTGGTTAAGAACCCCATGAAGGTAGATC
TCTGAAACAGTACCAACTTCAACTCTCTCAAAAATATGATTGCCACTATAGCCATCTGTC
CTTTTAAGAACTTAGCAGATGACTCTCCAATCCTATGAGCCTTAAGACTAGCCATACTCA
GTGCAAAAAGAGCTCCACCAAGAATGACCCCAAACCTAATGGCAGGAATACTCCCCGATA
TCATAAAGGAAAGAAACCCACCCACAAACAGAAGCAGACCATAAGGTATCCCAACATGGA
AATCTTGAGTCCGAGACACATCCCTAAGATCCTCAGTGGAAGAGAAAGCTTCAACAATCT
CCTTCACATCCGAAGGTGACTCCTCAGCTGCTTTCAAAATATACTCTCTCCCTTCCTCCC
CAACCTCTTTAGCCTTCGTTCCCAACTCTTCCTTGGCCTTCTCCGCTTGAATCCTAAGCT
GCTCGGAAGTATCTTTCAAAATAGTCATCGCCTTTTGGGAGTTCACATTGTACGCCTCCG
ACGACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB39TF C 17
AF RR1FA82JQ U 1
AF RR1EJ27JQ U 19
AF RR1C025JQ U 18
AF RR1C025TF C 297
BS 1 186 RR1FA82JQ
BS 187 188 RR1C025JQ
BS 189 217 RR1FA82JQ
BS 218 218 RR1C025JQ
BS 219 232 RR1FA82JQ
BS 233 233 RR1C025JQ
BS 234 281 RR1FA82JQ
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BS 283 311 RR1FA82JQ
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BS 455 455 RR1C025JQ
BS 456 475 RR1FA82JQ
BS 476 476 RR1C025JQ
BS 477 504 RR1FA82JQ
BS 505 505 RR1C025JQ
BS 506 529 RR1FA82JQ
BS 530 530 RR1C025JQ
BS 531 553 RR1FA82JQ
BS 554 554 RR1C025JQ
BS 555 556 RR1FA82JQ
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BS 558 598 RR1FA82JQ
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BS 600 655 RR1FA82JQ
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BS 657 670 RR1FA82JQ
BS 671 796 RR1C025JQ
BS 797 848 RR1C025TF

RD RR1HB39TF 179 0 0
CAGCCTAACCTGTTTA
TTGTTTGTTGATATGTGGTAAAAGGACTCCCACAAAATCCAAATACAGATAAGTACACAG
AAGTTTAGAAGATGATTGATCACAAAAGTTGTACAGCAACTTAAAAAGAGAGAAGATAAG
AGTTCGGATATCACTATAACAGAGTATGATGCTC
TCATGTTAC

QA 17 170 17 170
DS 

RD RR1FA82JQ 670 0 0
GGTGGCATCTTCAGATGAGCCTAACCTGTTTATTGTTTGTTGATATGTGGTAAAAGGACT
CCCACAAAATCCAAATACAGATAAGTACACAGAAGTTTAGAAGATGATTGATCACAAAAG
TTGTACAGCAACTTAAAAAGAGAGAAGATAAGAGTTCGGATATCACTATAACAGAGTATG
ATGCTCTCATGTTACCATTTCTCTATCCTTCTCTTCTAACAAACCCTTCGCTAGTTTCAT
CTCCTTCTCCAGCTTGTTCTTTGTTTGGTCCCTTTTCTTTGCTGCTCATCAACTTGTACC
CGTAAAACGCCAACACACCGCCACTCGTAAGGGTGGTTAAGAACCCCATGAACGTAGATC
TCTGAAACAGTACCAACTTCAACTCTCTCAAAAATATGATTGCCACTATAGCCATCTGTC
CTTTTAAGAACTTAGCAGATGACTCTCCAATCCTCTGAGCCTTAAGACTAGCCATGCTCA
GTGCAAAAAGAGCTCCACCAAGAACGACCCCAAACCTAATGGCAGGAATGCTCCCCGATA
TCATAAAGGAAAGGAAACCACCCACAAACAGAAGCAGACCATAAGGTATCCCAACATGAA
AATCTTGAGTCCGAGACACATCCCTAAGATCCTCAGTGGAAGAGAAAGCTTCAACGATCT
CCTTCACATC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1EJ27JQ 652 0 0
GGCCTAACTTGTTC
TTGTTTATTGATATGTGGTAAAAGGTCTCC*ACAAAATCCAAATACAGATAAGTACACAG
AAGTTTAGAAGATGATTGATCACAAAAGTTGTACA*CAACTTAAAAAGAGAGAAGATAAG
AGTTCGGATATCACTATAACAGAGTATGAGGCTC**ATGTTACCATTTCTCTATCCTTCT
CTTCTTACAAACCCTTCGCTTGTTTCATCTCCTTCTCCAGCTTGTTCTTTGTTTGGTCCC
TTTTCTTTGTTGCTCATCAACTTGTACCCGTAAAACGCCAACACACCGCCACT*GTAAGG
GTGGTTAAGAACCCCATGAAGGTAGATCTCTGAAACAGTACCAACTTCAACTCTCTCAAA
AATATGATTGCCACTATAGCCATCTGTCCTTTTAAGAACTTAACAGATGACTCTCCAATC
CTCTGAGCCTTAAGACTAGCCATACTCAGTGCAAAAAGAGCTCCACCAAGAATGACCCCA
AACCTAATGGCAGGAATACTCCCCGATATCATAAAGGAAAGAAACCCACCCACAAACAGA
AGCAGACCATAAGGTATCCCAACATGGAAATCTTGAGTCCGAGACACATCCCTAAGATCC
TCAGTGGAAGAGAAAGCTTCAACAATCTCCTTCACATC

QA 15 652 15 652
DS 

RD RR1C025JQ 779 0 0
GAGCCTAACTTGTTC
TTGTTTATTGATATGTGGTAAAAGGTCTCC*ACAAAATCCAAATACAGATAAGTACACAG
AAGTTTAGAAGATGATTGATCACAAAAGTGGTACA*CAACTTAAAAAGAGAGAAGATAAG
AGTTCGGATATCACTATAACAGAGTATGAGGCTC**ATGTTACCATTTCTCTATCCTTCT
CTTCTTACAAACCCTTCGCTTGTTTCATCTCCTTCTCCAGCTTGTTCTTTGTTTGGTCCC
TTTTCTTTGTTGCTCATCAACTTGTACCCGTAAAACGCCGACACACCGCCACTCGTAAGG
GTGGTTAAGAACCCCATGAAGGTAGATCTCTGAAACAGTACCAACTTCAACTCTCTCAAA
AATATGATTGCCACTATAGCCATCTGTCCTTTTAAGAACTTAGCAGATGACTCTCCAATC
CTATGAGCCTTAAGACTAGCCATACTCAGTGCAAAAAGAGCTCCACCAAGAATGACCCCA
AACCTAATGGCAGGAATACTCCCCGATATCATAAAGGAAAGAAACCCACCCACAAACAGA
AGCAGACCATAAGGTATCCCAACATGGAAATCTTGAGTCCGAGACACATCCCTAAGATCC
TCAGTGGAAGAGAAAGCTTCAACAATCTCCTTCACATCCGAAGGTGACTCCTCAGCTGCT
TTCAAAATATACTCTCTCCCTTCCTCCCCAACCTCTTTAGCCTTCGTTCCCAACTCTTCC
TTGGCCTTCTCCGCTTGAATCCTAAGCTGCTCGGAAGTATCTTT

QA 16 779 16 779
DS 

RD RR1C025TF 552 0 0
TACCCGTAAAACGCCGACACACCGCCACTCGTAAGGGTGGTTAAGAACCCCATGAAGGTA
GATCTCTGAAACAGTACCAACTTCAACTCTCTCAAAAATATGATTGCCACTATAGCCATC
TGTCCTTTTAAGAACTTAGCAGATGACTCTCCAATCCTATGAGCCTTAAGACTAGCCATA
CTCAGTGCAAAAAGAGCTCCACCAAGAATGACCCCAAACCTAATGGCAGGAATACTCCCC
GATATCATAAAGGAAAGAAACCCACCCACAAACAGAAGCAGACCATAAGGTATCCCAACA
TGGAAATCTTGAGTCCGAGACACATCCCTAAGATCCTCAGTGGAAGAGAAAGCTTCAACA
ATCTCCTTCACATCCGAAGGTGACTCCTCAGCTGCTTTCAAAATATACTCTCTCCCTTCC
TCCCCAACCTCTTTAGCCTTCGTTCCCAACTCTTCCTTGGCCTTCTCCGCTTGAATCCTA
AGCTGCTCGGAAGTATCTTTCAAAATAGTCATCGCCTTTTGGGAGTTCACATTGTACGCC
TCCGACGACACC

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 5

CO CL1561Contig1 1003 5 23 U
TACAATACTGTATTTCTTTTGCTATTTGACAAGAGGGAAGAACAAAACAGTTCGAGAGTC
AAGACACTTAACTAGGAAGTTGGAACACACAAACGAACACAAGAACTCATTTTTGTACAA
AACAGAACAACAAACACTAATGTCATTCGGTTAAAAAAAAAAA*CCATTCAGGACCAAAG
ATCCATGACATTGACTTCATCTAAGAGACTACTCAGAGACGTCGATGAACCACAGTTTCT
CCTCTCCATAAACGGCATCTGGGAGAAACACTCCGTCTGGTTCTCAAAAGCCAGAAGCTC
ATCCGAAAGCAGACCATTCACGTCCGCTCCACAGTCATAACAACCTTTCTGTCTCTTCTC
CGCCGCATCACCCAATATAACATCTTCAAGCCACTGAGTATCGACCTGAGTCGTGTCCTC
GTTATTATTTTCCTCCCACAAGAAATCAAGACAGCCACCAAGATCCTCCTCCTCCTCTTC
TATCTTCTGAACCTGAGGTTGTTGTTGTGGTGGCTGTAAAGAAGAAGAAGAAGCTTTACG
CTTTCTAGAGGATGATTCGTTAGGGAAGTTGAGTTTAGCTTTGGCTCCTCGGAGTCTCTT
AGCCTCGAGGTCGTAAGCTCTTGCAGCATCCTCTGCAGTGTTGAACGTCCCTAACCAAAC
TCTAACTCCTTTGATCGGGTCACGTATCTCAGCCGCCCATCTTCCCCATGGACGTCTCCT
GATTCCTTTGTACTCACTACTAATACTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCTTCCCATCTTCTCT
ATTCATACCTAGCCATGGATAATAATACTGAGACTCTCCCTCCAAGTCGTCGAGTGTCAG
GCCAACAACGTCGTCGCGTCTCCAGGATCGCGGCGGCGCTGTGTAATCGGAAATCACTGC
TCCTCCACACATTTTTGACAAGATTTTTTAATAAAAGTTTTTTAGAAGTTTTGGGTTGAA
AGTATAATTTCTCTGAATTGTTGAATGTTGGAATGTGGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 5 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1H850JQ U 53
AF RR1AE03JQ U 1
AF RR1CJ78JQ U 82
AF RR1AE03TF C 197
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CAGTTTCTCCTCTCCATAAACGGCATCTGGGAAAAACACTCCGTCTGGTTCTCAAAAGCC
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CTCTTCTCCGC

QA 1 311 1 311
DS 

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AACAGAACAACAAACACTAATGTCATTCGGTTAAAAAAAAAAAACCATTCAGGACCAAAG
ATCCATGACATTGACTTCATCTAAAAGACTACTCAAAGACGTCGATGAACCACAGTTTCT
CCTCTCCATAAACGGCATCTGGGAGAAACACTCCGTCTGGTTCTCAAAAGCCAGAAGCTC
ATCCGAAAGCAGACCATTCACGTCCGCTCCACAGTCATAACAACCTTTCTGTCTCTTCTC
CGCCGCATCACCCAATATAACATCTTCAAGCCACTGAGTATCGACCTGAGTCGTGTCCTC
GTTATTATTTTCCTCCCGCAAGAAATCAAGACAGCCACCAAGATCCTCCTCCTCCTCTTC
TATCTTCTGAACCTGAGGTTGTTGTTGTGGTGGCTGTAAAGAAGAA

QA 1 526 1 526
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GTCATTCGGTTAAAAAAAAA***CCATTCAGGACCAAAGATCCATGACATTGACTTCATC
TAAGAGACTACTCAGAGACGTCGATGAACCACAGTTTCTCCTCTCCATAAACGGCATCTG
GGAGAAACACTCCGTCTGGTTCTCAAAAGCCAGAAGCTCATCCGAAAGCAGACCATTCAC
GTCCGCTCCACAGTCATAACAACCTTTCTGTCTCTTCTCCGCCGCATCACCCAATATAAC
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GAAATCAAGACAGCCACCAAGATCCTCCTCCTCCTCTTCTATCTTCTGAACCTGAGGTTG
TTGTTGTGGTGGCTGTAAAGAAAAAAAAAAAGCTTTACGCTTCCTAGAGGATGATTCGTT
AGGGGAGTTGA

QA 1 491 1 491
DS 

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ATCTGGGAGAAACACTCCGTCTGGTTCTCAAAAGCCAGAAGCTCATCCGAAAGCAGACCA
TTCACGTCCGCTCCACAGTCATAACAACCTTTCTGTCTCTTCTCCGCCGCATCACCCAAT
ATAACATCTTCAAGCCACTGAGTATCGACCTGAGTCGTGTCCTCGTTATTATTTTCCTCC
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GGGTCACGTATCTCAGCCGCCCATCTTCCCCATGGACGTCTCCTGATTCCTTTGTACTCA
CTACTAATACTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCTTCCCATCTTCTCTATTCATACCTAGCCAT
GGATAATAATACTGAGACTCTCCCTCCAAGTCGTCGAGTGTCAGGTCAACAACGTCGTCG
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GACAAGATTTTTTAATAAAAGTTTTTTAGAAGTTTTGGGTTGAAAGTATAATTTCTCTGA
ATTGTTGGATGTTGGAATGTGGTTTC

QA 1 806 1 806
DS 

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CTCCTCCTCTTCTATCTTCTGAACCTGAGGTTGTTGTTGTGGTGGCTGTAAAGAAGAAGA
AGAAGCTTTACGCTTTCTAGAGGATGATTCGTTAGGGAAGTTGAGTTTAGCTTTGGCTCC
TCGGAGTCTCTTAGCCTCGAGGTCGTAAGCTCTTGCAGCATCCTCTGCAGTGTTGAACGT
CCCTAACCAAACTCTAACTCCTTTGATCGGGTCACGTATCTCAGCCGCCCATCTTCCCCA
TGGACGTCTCCTGATTCCTTTGTACTCACTACTAATACTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCTT
CCCATCTTCTCTATTCATACCTAGCCATGGATAATAATACTGAGACTCTCCCTCCAAGTC
GTCGAGTGTCAGGCCAACAACGTCGTCGCGTCTCCGGGATCGCGGCGGCGCTGTGTAATC
GGAAATCACTGCTCCTCCACACATTTTTGACAAGATTTTTTAATAAAAGTTTTTTAGAAG
TTTTGGGTTGAAAGTATAATTTCTCTGAATTGTTGAATGTTGGAATGTGGTTTCC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 2 6

CO CL1562Contig1 860 3 9 U
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AAAAAATTTCAAAGATTTAAGAAACTCTGCAACCAAATACACAGAGAGGAACGAAAGCTT
CTAAGACAACAAAAGATATTCAACGTTGGTTATAGATTTTGAGAGATTTTCTGGAGATGA
AAAAGGTTTTTCTGTCTTGATAGCTTTTCAACGAACAGTCAACCCTTGAATTGCTGCAGC
AGATGCTGATGATGCCTGAGAGCCTTCCTCGGTTACCTTGTTCGATTCAATTGTACTTAT
GACGTTTCCAATGTTATCCCGCCAGGTTGCGAGCTTAGTTCGAAGTGATTGCCATTGCTT
TGACCCAAATTCACGCTCGGAACAGCGGCTGACAATGACAACTTGGTTCATCTGATCCAT
CTTACAATCAATCAGTTTTGCAGTGATTGCCTTCACGATCCATAGTTCAACCTCCTCTTC
CTTTACCTGTAGAGTGTCTTTGATTGAGGTGTATGGTATTTTGCCAGACTCATCTGACGC
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GCTTTGCAGACATTCTGAATTTGCAGCTCGGAAGTCAGTGTAAGCATTAAGCCTCTGAGT
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AACTGCACGCACAGCCTCCTCCTTAGCTTCCTCCAGGACCTTAACATCCTCACTTGAGAA
AGTAGCTAGATACTTCGTCA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC61JQ U 31
AF RR1BB28JQ U 1
AF RR1EI71JQ U 20
BS 1 67 RR1BB28JQ
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BS 824 824 RR1EI71JQ
BS 825 860 RR1BB28JQ

RD RR1GC61JQ 689 0 0
G
GCAAAAGTAACCAAATTATTTCAGGGACAAAAAAATTTCAAAGATTTAAGAAACTCTGCA
ACCAAATACACAGAGAGGAACGAAAGCTTCTAAGACAACAAAAGATATTCAACGTTGGTT
ATAGATTTTGAGAGATTTTCTGGAAATGAAAAAGGTTTTTCTGTCTTGATAGCTTTTCAA
CGAACAGTCAACCCTTGAATTGCTGCAGCAGATGCTGATGATGCCTGAGAGCCTTCCTCG
GTTACCTTGTTCGATTCAATTGTACTTATGACGTTTCCAATGTTATCCCGCCAGGTTGCG
AGCTTAGTTCGAAGTGATTGCCATTGCTTTGACCCAAATTCACACTCGGAACAGCGGCTG
ACAATGACAACTTGGTTCATCTGATCCATCTTACAATCAATCAGTTTTGCAGTGATTGCC
TTCACGATCCATAGTTCAACCTCCTCTTCCTTTACCTGTAGAGTGTCTTTGATTGAGGTG
TATGGTATTTTGCCAGACTCATCTGACGCTAAGTCCACTAGTGACAACAATCTCATCTTC
GTTACACGATCTTCATCAACAAGTCCATAGCTTTGCAGACATTCTGAATTTGCAGCTCGG
AAGTCAGTGTAAGCATTAAGCCTCTGAGTAAGAAAGATCTTTTGTAGCTGGTAAACCGGG
GCGTACTTAGCATCCTTCTCTAATTGTG

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR1BB28JQ 860 0 0
CCTCAAAACAAGAAATGTTAATCAATGTATAGCAAAAGTAACCAAATTATTTCAGGGACA
AAAAAATATCAAAGATTTAAGAAACTCTGCAACCAAATACACAGAGAGGAACGAAAGCTT
CTAAGACAACAAAAGATATTCAACGTTGGTTATAGATTTTGAGAGATTTTCTGGAGATGA
AAAAGGTTTTTCTGTCTTGATAGCTTTTCAACGAACAGTCAACCCTTGAATTGCTGCAGC
AAATGCTGATGATGCCTGAGAGCCTTCCTCGGTTACCTTGTTCGATTCAATTGTACTTAT
GACGTTTCCAATGTTATCCCGCCAGGTTGCGAGCTTAGTTCGAAGTGATTGCCATTGCTT
TGACCCAAATTCACGCTCGGAACAGCGGCTGACAATGACAACTTGGTTCATCTGATCCAT
CTTACAATCAATCAGTTTTGCAGTGATTGCCTTCACGATCCATAGTTCAACCTCCTCTTC
CTTTACCTGTAAAGTGTCTTTGATTGAGGTGTATGGTATTTTGCCAGACTCATCTGACGC
TAAGTCCACTAGTGACAACAATCTCATCTTCGTTACACAATCTTCATCAACAAGTCCATA
GCTTTGCAGACATTCTGAATTTGCAGCTCGGAAGTCAGTGTAAGCATTAAGCCTCTGAGT
AAGAAAGATCTTTTGTAGCTGGTAAACCGGGGCGTACTTAGCATCCTTCTCTAATTGTGC
TACGGCTGGCAAGTCCAATAAATCACACTGGAAGATGCTGGAAGCCTTGACAAATTCAAT
AACTGCACGCACAGCCTCCTCCTTAGCTTCCTCCAGGACCTTAGCATCCTCACTTGAGAA
AGTAGCTAGATACTTCGTCA

QA 1 860 1 860
DS 

RD RR1EI71JQ 832 0 0
AATCAATGTATAGCAAAAGTAACCAAATTATTTCAGGGACAAAAAAATTTCAAAGATTTA
AGAAACTCTGCAACCAAATACACAGAGAGGAACGAAAGCTTCTAAGACAACAAAAGATAT
TCAACGTTGGTTATAGATTTTGAGAGATTTTCTGGAGATGAAAAAGGTTTTTCTGTCTTG
ATAGCTTTTCAACGAACAGTCAACCCTTGAATTGCTGCAGCAGATGCTGATGATGCCTGA
GAGCCTTCCTCGGTTACCTTGTTCGATTTAATTGTACTTATGACGTTTCCAATGTTATCC
CGCCAGGTTGCGAGCTTAGTTCGAAGTGATTGCCATTGCTTTGACCCAAATTCACGCTCG
GAACAGCGGCTGACAATGACAACTTGGTTCATCTGATCCATCTTACAATCAATCAGTTTT
GCAGTGATTGCCTTCACGATCCATAGTTCAACCTCCTCTTCCTTTACCTGTAGAGTGTCT
TTGATTGAGGTGTATGGTATTTTGCCAGACTCATCTGACGCTAAGTCCACTAGTGACAAC
AATCTCATCTTCGTTACACAATCTTCATCAACAAGTCCATAGCTTTGCAGACATTCTGAA
TTTGCAGCTCGGAAGTCAGTGTAAGCATTAAGCCTCTGAGTAAGAAAGATCTTTTGTAGC
TGGTAAACCGGGGCGTACTTAGCATCCTTCTCTAATTGTGCTACGGCTGGCAAGTCCAAT
AAATCACACTGGAAGATGCTGGAAGCCTTGACAAATTCAGTAACTGCACGCACAGCCTCC
TCCTTAGCTTCCTCCAGGACCTTAACATCCTCACTTGAGAAAGTAGCTAGAT

QA 1 832 1 832
DS 



CO CL1562Contig2 728 3 4 U
TTTTTATAGTATCGGGTTATTTTTTTGGTTGTTTCATCAGCGCCGCCGAGAGAAGAGAGC
CTTAGAGCTAAGAAGCTATGACGACGATTGTTCCCACTTCCGAAGAAGATCCGTTCCTCG
CCGTTGTCCAGTTTACTTCCCAGCTCGCCTGGGCTGATGCTGGTCCCGAGGCTGCAGAGC
CAGAGATCACCAGGCTGTGTAGGGAGGCTGAGGAGTCTATTGTAGCAGGAAAGTGGTTGG
AGTTGGCTTCTTTAATGGTTACTTCTGCTGAATTGGTTTCTTCCAAGATGTCTGACAAAG
ATCTTGAGTGTACCTACACCATCATTTGCAGCCTTGTCAAGAATGCCAATAGCCCTGATG
ATGTCCTTGAAATGGTGAAAGTTATCTCTTCTAAGGTTGTTCAACAGCCCAATGACAAAG
CTTCTCTTCGTTTGAAGATCCTCTTCAATCTCTATAACCTTCTGGACCACCCCTATGCTC
GTTTCCAAGTCTACATGAAAGTGCTTACGCTGGCTGTTGAAGGGAAGGTTACTGAGTACG
TAGTTCCTTCTTTTAAGAAAATTGATAACTTCTTGAAAGAGTGGAACGTTGACACTAAAG
ATCAGAGGCAACTCTTCCTTGCCATTGCTAATGTTCTGAGAGAGAACAAAAGCTTGGTGA
ACGAATCCCTTAAGTTCCTGACGAAGTATCTAGCTACTTTCTCAAGTGAGGATGCTAAAG
TCCTGGAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC61TF U 1
AF RR1EI71TF U 1
AF RR1BB28TF U 27
BS 1 217 RR1EI71TF
BS 218 218 RR1GC61TF
BS 219 708 RR1EI71TF
BS 709 728 RR1BB28TF

RD RR1GC61TF 660 0 0
TTTTTATAGTATCGGGTTATTTTTTTGGTTGTTTCATCAGCGCCGCCGAGAGAAGAGAGC
CTTAGAGCTAAGAAGCTATGACGACGATTGTTCCCACTTCCGAAGAAGATCCGTTCCTCG
CCGTTGTCCAGTTTACTTCCCAGCTCGCCTGGGCTGATGCTGGTCCCGAGGCTGCAGAGC
CAGAGATCACCAGGCTGTGTAGGGAGGCTGAGGAGTCTATTGTAGCAGGAAAGTGGTTGG
AGTTGGCTTCTTTAATGGTTACTTCTGCTGAATTGGTTTCTTCCAAGATGTCTGACAAAG
ATCTTGAGTGTACCTACACCATCATTTGCAGCCTTGTCAAGAATGCCAATAGCCCTGATG
ATGTCCTTGAAATGGTGAAAGTTATCTCTTCTAAGGTTGTTCAACAGCCCAATGACAAAG
CTTCTCTTCGTTTGAAGATCCTCTTCAATCTCTATAACCTTCTGGACCACCCCTATGCTC
GTTTCCAAGTCTACATGAAAGTGCTTACGCTGGCTGTTGAAGGGAAGGTTACTGAGTGTG
TAGTTCCTTCTTTTAAGAAAATTGATAACTTCTTGAAAGAGTGGAACGTTGACACTAAAG
ATCAGAGGCAACTCTTCCTTGCCATTGCTAATGTTCTGAGAGAGAACAAAAGCTTGGTGA

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1EI71TF 708 0 0
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CTTAGAGCTAAGAAGCTATGACGACGATTGTTCCCACTTCCGAAGAAGATCCGTTCCTCG
CCGTTGTCCAGTTTACTTCCCAGCTCGCCTGGGCTGATGCTGGTCCCGAGGCTGCAGAGC
CAGAGATCACCAGGCTGTGTAGGGAGGCTGAGGAGTCCATTGTAGCAGGAAAGTGGTTGG
AGTTGGCTTCTTTAATGGTTACTTCTGCTGAATTGGTTTCTTCCAAGATGTCTGACAAAG
ATCTTGAGTGTACCTACACCATCATTTGCAGCCTTGTCAAGAATGCCAATAGCCCTGATG
ATGTCCTTGAAATGGTGAAAGTTATCTCTTCTAAGGTTGTTCAACAGCCCAATGACAAAG
CTTCTCTTCGTTTGAAGATCCTCTTCAATCTCTATAACCTTCTGGACCACCCCTATGCTC
GTTTCCAAGTCTACATGAAAGTGCTTACGCTGGCTGTTGAAGGGAAGGTTACTGAGTACG
TAGTTCCTTCTTTTAAGAAAATTGATAACTTCTTGAAAGAGTGGAACGTTGACACTAAAG
ATCAGAGGCAACTCTTCCTTGCCATTGCTAATGTTCTGAGAGAGAACAAAAGCTTGGTGA
ACGAATCCCTTAAGTTCCTGACGAAGTATCTAGCTACTTTCTCAAGTG

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1BB28TF 702 0 0
GGTTGTTTCATCAGCGCCGCCGAGAGAAGAGAGCCTTAGAGCTAAGAAGCTATGACGACG
ATTGTTCCCACTTCCGAAGAAGATCCGTTCCTCGCCGTTGTCCAGTTTACTTCCCAGCTC
GCCTGGGCTGATGCTGGTCCCGAGGCTGCAGAGCCAGAGATCACCAGGCTGTGTAGGGAG
GCTGAGGAGTCTATTGTAGCAGGAAAGTGGTTGGAGTTGGCTTCTTTAATGGTTACTTCT
GCTGAATTGGTTTCTTCCAAGATGTCTGACAAAGATCTTGAGTGTACCTACACCATCATT
TGCAGCCTTGTCAAGAATGCCAATAGCCCTGATGATGTCCTTGAAATGGTGAAAGTTATC
TCTTCTAAGGTTGTTCAACAGCCCAATGACAAAGCTTCTCTTCGTTTGAAGATCCTCTTC
AATCTCTATAACCTTCTGGACCACCCCTATGCTCGTTTCCAAGTCTACATGAAAGTGCTT
ACGCTGGCTGTTGAAGGGAAGGTTACTGAGTACGTAGTTCCTTCTTTTAAGAAAATTGAT
AACTTCTTGAAAGAGTGGAACGTTGACACTAAAGATCAGAGGCAACTCTTCCTTGCCATT
GCTAATGTTCTGAGAGAGAACAAAAGCTTGGTGAACGAATCCCTTAAGTTCCTGACGAAG
TATCTAGCTACTTTCTCAAGTGAGGATGCTAAAGTCCTGGAG

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 4

CO CL1563Contig1 1006 4 8 U
GGAGTTATCTTCTTCATCGCAAGCGAGGAGAAAAAGAGCGTCTTTTATCAAATCATCATC
TCACCCAAAGCTGCATCATCTCTGAACATCTTCGCGGGTTACTCTGCCTGAAACTTTGTA
TCTTATTCCTAATTTGGTGATCTATGATGGAGAAAAGAGCCTCCACCGATCTGAATTTAT
TTGCATGCAGTCTCTGATTACGCTCGTTCCACACCCAGTAGATGGTGGCTTGCCAGCCAA
GAAGTATAAGGGATCTTGATGCCGCCGGAGGAGGCAAATTTATCATTTGATCTAGGGAAT
CTTCCCATCTACGATTTGGAGGCATAGCGGCGTTACCTG*AGTCCCCAATTAATCAGCCG
GTCTCGAGTTGGAATTCGGTTTTGGACCACCAGCCACGCATGAAAGCTCTGTCGCGGGAT
GCTCCTTGAGGTCCGGATAACAGTCGTCCATGGCAGTGTGGGTTCTTCTTCTCTCAGGTA
ATCTCCATGATCCATTACAATAGAGAGAGGCCAAAGTTGCGCTTTTCGGGATGCCTAGTC
GCGATCGTCCTCCATCCAAGTACTCCAGAAGGCTCCCAAAGGAGCTCCAATTGTCTATCC
AGAATCTACCACACTCACCATTTCTTATCCTCATGTGAATCAGAGGGTAAGCCACTCCCC
TTAGCTTTAACAACTTATTCGCTAGCCACGAGAACTTCTGCGATGGCTTAGTAGTCCAAA
AATTACTTACTGAGCCTTTTAAAATGACTTCCTTGAACCAGGCAACCCAAACAGATTCTG
GTCCAATTCAAATAGTATAATATTTTTCCTTTTAAAATGACTTCCTTTGTACTAGTATAA
TATTTTTTTTCGTCCAATTCAACTAGACAAGCCGAAGACCACTCCAACCCAGGGGGGTAG
CCAGGGCATGACCTATGGGGGCACGTGCCCCCCTAATGTTCTTGATATTTTGAATTTAGT
ATGTAAATTTACAAGAAAATCAGCTAGGAAAGATGGTTAGAGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS81TF U 1
AF RR1E347TF U 14
AF RR1E347JQ C 80
AF RR1CS81JQ C 628
BS 1 339 RR1CS81TF
BS 340 340 RR1E347TF
BS 341 434 RR1CS81TF
BS 435 435 RR1E347TF
BS 436 636 RR1CS81TF
BS 637 647 RR1E347TF
BS 648 781 RR1E347JQ
BS 782 1006 RR1CS81JQ

RD RR1CS81TF 636 0 0
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TCACCCAAAGCTGCATCATCTCTGAACATCTTCGCGGGTTACTCTGCCTGAAACTTTGTA
TCTTATTCCTAATTTGGTGATCTATGATGGAGAAAAGAGCCTCCACCGATCTGAATTTAT
TTGCATGCAGTCTCTGATTACGCTCGTTCCACACCCAGTAGATGGTGGCTTGCCAGCCAA
GAAGTATAAGGGATCTTGATGCCGCCGGAGGAGGCAAATTTATCATTTGATCTAGGGAAT
CTTCCCATCTACGATTTGGAGGCATAGCGGCGTTACCTGGAGTCCCCAATTAATCAGCCG
GTCTCGAGTTGGAATTCGGTTTTGGACCACCAGCCACGCATGAAAGCTCTGTCGCGGGAT
GCTCCTTGAGGTCCAGATAACAGTCGTCCATGGCAGTGTGGGTTCTTCTTCTCTCAGGTA
ATCTCCATGATCCATTACAATAGAGAGAGGCCAAAGTTGCGCTTTTCGGGATGCCTAGTC
GCGATCGTCCTCCATCCAAGTACTCCAGAAGGCTCCCAAAGGAGCTCCAATTGTCTATCC
AGAATCTACCACACTCACCATTTCTTATCCTCATGT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1E347TF 641 0 0
GG
ATCGCAAGCGAGGAGAAAAAGAGCGTCTTTTATCAAATCATCATCTCACCCAAAGCTGCA
TCATCTCTGAACATCTTCGCGGGTTACTCTGCCTGAAACTTTGTATCTTATTCCTAATTT
GGTGATCTATGATGGAGAAAAGAGCCTCCACCGATCTGAATTTATTTGCATGCAGTCTCT
GATTACGCTCGTTCCACACCCAGTAGATGGTGGCTTGCCAGCCAAGAAGTATAAGGGATC
TTGATGCCGCCGGAGGAGGCAAATTTATCATTTGATCTAGGGAATCTTCCCATCTACGAT
TTGGAGGCATAGCGGCGTTACCTG*AGTCCCCAATTAATCAGCCGGTCTCGAGTTGGAAT
TCGGTTTTGGACCACCAGCCACGCATGAAAGCTCTGTCGCGGGATGCTCCTTGAGGTCCG
GATAACAGTCGTCCATGGCAGTGTGGGTTCTTCTTCTCTCAGGTAATCTCCATGATCCAT
TACAATAGAGAGAGGCCAAAGTTGCGCTTTTCGGGATGCCTAGTCGCGATCGTCCTCCAT
CCAAGTACTCCAGAAGGCTCCCAAAGGAGCTCCAATTGTCTATCCAGAATCTACCACACT
CACCATTTCTTATCCTCATGTGAATCAGAGGG
TAAGCCA

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR1E347JQ 706 0 0
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ATCTATGATGGAGAAAAGAGCCTCCACCGATCTGAATTTATTTGCATGCAGTCTCTGATT
ACGCTCGTTCCACACCCAGTAGATGGTGGCTTGCCAGCCAAGAAGTATAAGGGATCTTGA
TGCCGCCGGAGGAGGCAAATTTATCATTTGATCTAGGGAATCTTCCCATCTACGATTTGG
AGGCATAGCGGCGTTACCTG*AGTCCCCAATTAATCAGCCGGTCTCGAGTTGGAATTCGG
TTTTGGACCACCAGCCACGCATGAAAGCTCTGTCGCGGGATGCTCCTTGAGGTCCGGATA
ACAGTCGTCCATGGCAGTGTGGGTTCTTCTTCTCTCAGGTAATCTCCATGATCCATTACA
ATAGAGAGAGGCCAAAGTTGCGCTTTTCGGGATGCCTAGTCGCGATCGTCCTCCATCCAA
GTACTCCAGAAGGCTCCCAAAGGAGCTCCAATTGTCTATCCAGAATCTACCACACTCACC
ATTTCTTATCCTCATGTGAATCAGAGGGTAAGCCACTCCCCTTAGCTTTAACAACTTATT
CGCTAGCCACGAGAACTTCTGCGATGGCTTAGTAGTCCAAAAATTACTTACTGAGCCTTT
TAAAATGACTTCCTTGAACCAGGCAACCCAAACAGATTCTGG
TCCG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1CS81JQ 379 0 0
TCCT
CATGTGAATCAGAGGGTAAGCCACTCCCCTTAGCTTTAACAACTTATTCGCTAGCCACGA
GAACTTTTGGGATGGCTTAGTAGTCCAAAAATTACTTACTGAGCCTTTTAAAATGACTTC
CTTGAACCAGGCAACCCAAACAGATTTTGGTCCAATTCAAATAGTATAATATTTTTCCTT
TTAAAATGACTTCCTTTGTACTAGTATAATATTTTTTTTCGTCCAATTCAACTAGACAAG
CCGAAGACCACTCCAACCCAGGGGGGTAGCCAGGGCATGACCTATGGGGGCACGTGCCCC
CCTAATGTTCTTGATATTTTGAATTTAGTATGTAAATTTACAAGAAAATCAGCTAGGAAA
GATGGTTAGAGTGTT

QA 5 379 5 379
DS 



AS 1 6

CO CL1564Contig1 630 6 8 U
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TATCCTTCTACCTTTTCTTCTCCCAATAATATTTGTCTCTTCATCTCAAGCAAGTCGTCA
ACTCTGGGATAGTGAATTCCACGACTTTTTCTCCAAATCCGGGTTCCATGGGATTAATAA
GGTTCACGGGATTCATGGGTTTCATGGGTTTCATCATGGGACTCATGGGATTTCTAAGTT
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AGGTAAGAAGTTGAAGTGTCCTGAGACGTGCTACAAATCAACCAACGTTAACAAGGAAGG
TTACAAAAGCACTAGCAAAAGCGGAGGATGTTCATTTGACTGTACGACAAAGTGTAGCGC
CACTTGTTCATCATAACTAAAACATGTTCTAGCTTATGTTATCTTATAGTCTATATATAT
ATATGTATATGAATATGTTTAAAACGGCACTTTTCTTGGAGAGTTTGTTTATCCTTTGTA
TGTATATTACTTTCGATTAGTATATTTCTATCATTCTATATGTACATAATATATATGGTT
ATGAGTTATGAATAAAACAAATTTTGCGTT


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AV57JQ C 151
AF RR1AV57TF U 409
AF RR1DN15TF U 3
AF RR1FY69TF U 1
AF RR1BF69TF U 1
AF RR1FY69JQ C 1
BS 1 57 RR1BF69TF
BS 58 58 RR1FY69TF
BS 59 83 RR1BF69TF
BS 84 84 RR1FY69TF
BS 85 482 RR1BF69TF
BS 483 484 RR1FY69TF
BS 485 628 RR1BF69TF
BS 629 630 RR1FY69JQ

RD RR1AV57JQ 264 0 0
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TCATCATGGGACTCATGGGATTTTTAAGTTTCCCGGAACTGGAAGTTTTATTAGTGGGGA
ACAGACATGCAGCATGCAAGGACCTTGTAAAGGTAAGAAGTTGAAGTGTCCTGAGACGTG
CTACAAATCAACCAACGTTAACAAGGAAGGTTACAAAAGCCCTAGCAAAAGCGGAGGATG
TTCATTTGACTGTGCGACAAAGTG

QA 1 264 1 264
DS 

RD RR1AV57TF 138 0 0
AAAGTGTAGCGCCACTTGTTCATCATAACTAAAACATGTTCTAGCTTATGTTATCTTATA
GTCTATATATATAT**GTATATGAATATGTTTAAAACGGCACTTTTCTTGGAGAGTTTGT
TTATCCTTTGTATGTATA

QA 1 138 1 138
DS 

RD RR1DN15TF 573 0 0
GG
AACAACAACAATCAAAATTCACACAAGACAACAACAACAAAATGTCTAAAAAA*TATATC
CTTCTACCTTTTCTTCTCCTAATAATATTTGTCTCTTCATCTCAAGCAAGTCGTCAACTC
TGGGATAGTGAATTCCACGACTTTTTCTCCAAATCCGGGTTCCATGGGATTAATAAGGTT
CACGGGATTCATGGGTTTCATGGGTTTCATCATGGGACTCATGGGATTTCTAAGTTTCCC
GGAACTGGAAGTTTTATTAGTGGGGAACAGACATGCAGCATGCAAGGACCTTGTAAAGGT
AAGAAGTTGAAGTGTCCTGAGACGTGCTACAAATCAACCAACGTTAACAAGGAAGGTTAC
AAAAGCACTAGCAAAAGCGGAGGATGTTCATTTGACTGTACGACAAAGTGTAGCGCCACT
TGTTCGTCATAACTAAAACATGTTCTAGCTTATGTTATCTTATAGTCTATATATATAT**
GTATATGAATATGTTTAAAACGGCACTTTTCTTGGAGAGTTTGTTTATCCTTTGTATGTA
TATTACTTTCGATTAGTATATTTCTATCATT

QA 3 573 3 573
DS 

RD RR1FY69TF 556 0 0
GGAC
AACAACAACAATCAAAATTCACACAAGACAACAACAACAAAATGTCTAAAAAAATATATC
CTTCTACCTTTTCTTCTCCCAATAATATTTGTCTCTTCATCTCAAGCAAGTCGTCAACTC
TGGGATAGTGAATTCCACGACTTTTTCTCCAAATCCGGGTTCCATGGGATTAATAAGGTT
CACGGGATTCATGGGTTTCATGGGTTTCATCATGGGACTCATGGGATTTCTAAGTTTCCC
GGAACTGGAAGTTTTATTAGTGGGGAACAGACATGCAGCATGCAAGGACCTTGTAAAGGT
AAGAAGTTGAAGTGTCCTGAGACGTGCTACAAATCAACCAACGTTAACAAGGAAGGTTAC
AAAAGCACTAGCAAAAGCGGAGGATGTTCATTTGACTGTACGACAAAGTGTAGCGCCACT
TGTTCATCATAACTAAAACATGTTCTAGCTTATGTTATCTTATAGTCTATATATATATAT
GTATATGAATATGTTTAAAACGGCACTTTTCTTGGAGAGTTTGTTTATCCTTTGTATGTA
TATTACTTTCGA

QA 5 556 5 556
DS 

RD RR1BF69TF 628 0 0
GGACAACAACAACAATCAAAATTCACACAAGACAACAACAACAAAATGTCTAAAAAA*TA
TATCCTTCTACCTTTTCTTCTCCTAATAATATTTGTCTCTTCATCTCAAGCAAGTCGTCA
ACTCTGGGATAGTGAATTCCACGACTTTTTCTCCAAATCCGGGTTCCATGGGATTAATAA
GGTTCACGGGATTCATGGGTTTCATGGGTTTCATCATGGGACTCATGGGATTTCTAAGTT
TCCCGGAACTGGAAGTTTTATTAGTGGGGAACAGACATGCAGCATGCAAGGACCTTGTAA
AGGTAAGAAGTTGAAGTGTCCTGAGACGTGCTACAAATCAACCAACGTTAACAAGGAAGG
TTACAAAAGCACTAGCAAAAGCGGAGGATGTTCATTTGACTGTACGACAAAGTGTAGCGC
CACTTGTTCATCATAACTAAAACATGTTCTAGCTTATGTTATCTTATAGTCTATATATAT
AT**GTATATGAATATGTTTAAAACGGCACTTTTCTTGGAGAGTTTGTTTATCCTTTGTA
TGTATATTACTTTCGATTAGTATATTTCTATCATTCTATATGTACATAATATATATGGTT
ATGAGTTATGAATAAAACAAATTTTGCG

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1FY69JQ 630 0 0
GGAC
AACAACAACAATCAAAATTCACACAAGACAACAACAACAAAATGTCTAAAAAAATATATC
CTTCTACCTTTTCTTCTCCCAATAATATTTGTCTCTTCATCTCAAGCAAGTCGTCAACTC
TGGGATAGTGAATTCCACGACTTTTTCTCCAAATCCGGGTTCCATGGGATTAATAAGGTT
CACGGGATTCATGGGTTTCATGGGTTTCATCATGGGACTCATGGGATTTCTAAGTTTCCC
GGAACTGGAAGTTTTATTAGTGGGGAACAGACATGCAGCATGCAAGGACCTTGTAAAGGT
AAGAAGTTGAAGTGTCCTGAGACGTGCTACAAATCAACCAACGTTAACAAGGAAGGTTAC
AAAAGCACTAGCAAAAGCGGAGGATGTTCATTTGACTGTACGACAAAGTGTAGCGCCACT
TGTTCATCATAACTAAAACATGTTCTAGCTTATGTTATCTTATAGTCTATATATATATAT
GTATATGAATATGTTTAAAACGGCACTTTTCTTGGAGAGTTTGTTTATCCTTTGTATGTA
TATTACTTTCGATTAGTATATTTCTATCATTCTATATGTACATAATATATATGGTTATGA
GTTATGAATAAAACAAATTTTGCGTT

QA 5 630 5 630
DS 



AS 1 6

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GGACTACCCCGTCTCTGAAACTCTCTTAAGGACGAAATAAAGGCAAAAGGTTCGAGCGAA
ATGGCAACAAAGAACAACAGAACCGACGATGTCTTATCCACTCAACAAGAAGAGTCTGCC
TCTGGTGCAAACAAATACCGTGGACTCGTGCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGAT
CCCAAACGTACTTGGTTTGATTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAAGCAAGCCCA
GATGAAAGAACAATAGCAGCAATCGAAAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCGA
AAGGAACTTCCCCCTACCTTTGCATCTGGACAAGAGATTCAGACAGATTCAAGCGTTTAG
GGTGCAACGCAAAAAGGGTTTAATGTGGAAATGGAACATGATTGGTTTGGTGTGAGCCAA
CTCACGTGTATCATACTTCCATAAAAGCTCTTATGCAGTT**GTTGTGTTTTGCCTCC*T
GGCCTTTATAAATACTTATAAAATACTTATCGTTTCAATAAATGTTTAAAACATTGACAT
TTGTTGCTGCTTCTTCATTTTCTCTCTCTTTAATATATACAGTAAATCTTAGTGGGGTTT
TAGTTTTTATTTAAACAGAAAACATTTATAACTCAAAATTTGATGACTCTGACTTTAAAC
CAATAAAATGATTGTCAAGCATCTCTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 35 
35 35 40 40 10 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A658JQ C 4
AF RR1CW77TF U 8
AF RR1CW77JQ C 63
AF RR1A658TF U 20
AF RR1DU06TF U 1
AF RR1DU06JQ C 60
BS 1 54 RR1DU06TF
BS 55 55 RR1CW77TF
BS 56 64 RR1DU06TF
BS 65 65 RR1CW77TF
BS 66 690 RR1DU06TF

RD RR1A658JQ 535 0 0
GGAC
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CAAACAAATACCGTGGACTCGTGCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGATCCCAAAC
GTACTTGGTTTGATTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAAGCAAGCCCAGATGAAA
GAACTATAGCAGCAATCGAAAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCGAAAGGAAC
TTCCCCCTACCTTTGCATCTGGACAAGAGATTCAGACAGATTCAAGCGTTTAGGGTGCAA
CGCAAAAAGGGTTTAATGTGGAAATGGAACATGATTGGTTTGGTGTGAGCCAACTCACGT
GTATCATACTTCCATAAAAGCTCTTATGCAGTT**GTTGTGTTTTGCCTCC*TGGCCTTT
ATAAATACTTATAAAATACTTATCGTTTCAATAAATGTTTAAAACATTGAC

QA 5 535 5 535
DS 

RD RR1CW77TF 531 0 0
CCCGTCTCTGAAACTCTCTTAAGGACGAAATAAAGGCAAAAGGTTCGAGCGAAATGGCAA
CGAAGAACAACAGAACCGACGATGTCTTATCCACTCAACAAGAAGAGTCTGCCTCTGGTG
CAAACAAATACCGTGGACTCGTTCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGATCCCAAAC
GTACTTGGTTTGATTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAATCAAGCCCAGATGAAA
GAACAATAGCAGCAATCGAAAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCGAAAGGAAC
TTCCCCCTACCTTTGCATCTGGACAAGAGATTCAGACAGATTCAAGCGTTTAGG*TGCAA
CGCAAAAAGGGTTTGATGTGGAAATGGAACATGATTGGTTCAGTGTGAGCCAACTCACGT
GTATCATACTTCCATAAAAGCTCTTATGCAGTTTGTTTGTGTTTTGCCTCCCTGGCCTTT
ATAAATACCTATAACATACTTATCGTTTCAATAAATGTTTAAAACATTGAC

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1CW77JQ 470 0 0
GGCAACGAAGAACAACAGAACCGACGATGTTTTATCCACTCAACAAGAAGAGTCTGCCTC
TGGTGCAAACAAATACCGTGGACTCGTTCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGTTCC
CAAACGTACTTGGTTTGATTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAATCAAGCCCAGA
TGAAAGAACAATAGCAGCAATCGAAAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCGAAA
GGAACTTCCCCCTCCCTTTGCATCTGGACAAGAGATTCAGACAGATTCAAGCGTTTAGG*
TGCAACGCAAAAAGGGTTTGATGTGGAAATGGAACATGATTGGTTCAGTGTGAGCCAACT
CACGTGTATCATACTTCCATAAAAGCTCTTATGCAGTT**GTTGTGTTTTGCCTCC*TGG
CCTTTATAAATACCTATAACATACTTATCGTTTCAATAAATGTTTAAAAC

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1A658TF 519 0 0
ACTCTCTTAAGGACGAAATAAAGGCAAAAGGTTCGAGCGAAATGGCAACAAAGAACAACA
GAACCGACGATGTCTTATCCACTCAACAAGAAGAGCCTGCCTCTGGTGCAAACAAATACC
GTGGACTCGTGCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGATCCCAAACGTACTTGGTTTG
ATTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAAGCAAGCCCAGATGAAAGAACTATAGCAG
CAATCGAAAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCGAAAGGAACTTCCCCCTACCT
TTGCATCTGGACAAGAGATTCAGACAGATTCAAGCGTTTAGGGTGCAACGCAAAAAGGGT
TTAATGTGGAAATGGAACATGATTGGTTTGGTGTGAGCCAACTCACGTGTATCATACTTC
CATAAAAGCTCTTATGCAGTT**GTTGTGTTTTGCCTCC*TGGCCTTTATAAATACTTAT
AAAATACTTATCGTTTCAATAAATGTTTAAAACATTGAC

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1DU06TF 690 0 0
GGACTACCCCGTCTCTGAAACTCTCTTAAGGACGAAATAAAGGCAAAAGGTTCGGGCGAA
ATGGTAACAAAGAACAACAGAACCGACGATGTCTTATCCACTCAACAAGAAGAGTCTGCC
TCTGGTGCAAACAAATACCGTGGACTCGTGCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGAT
CCCAAACGTACTTGGTTTGATTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAAGCAAGCCCA
GATGAAAGAACAATAGCAGCAATCGAAAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCGA
AAGGAACTTCCCCCTACCTTTGCATCTGGACAAGAGATTCAGACAGATTCAAGCGTTTAG
GGTGCAACGCAAAAAGGGTTTAATGTGGAAATGGAACATGATTGGTTTGGTGTGAGCCAA
CTCACGTGTATCATACTTCCATAAAAGCTCTTATGCAGTT**GTTGTGTTTTGCCTCC*T
GGCCTTTATAAATACTTATAAAATACTTATCGTTTCAATAAATGTTTAAAACATTGACAT
TTGTTGCTGCTTCTTCATTTTCTCTCTCTTTAATATATACAGTAAATCTTAGTGGGGTTT
TAGTTTTTATTTAAACAGAAAACATTTATAACTCAAAATTTGATGACTCTGACTTTAAAC
CAATAAAATGATTGTCAAGCATCTCTCAGC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1DU06JQ 631 0 0
AATGGTAACAAAGAACAACAGAACCGACGATGTCTTATCCACTCAACAAGAAGAGTCTGC
CTCTGGTGCAAACAAATACCGTGGACTCGTGCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGA
TCCCAAACGTACTTGGTTTGATTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAAGCAAGCCC
AGATGAAAGAACAATAGCAGCAATCGAAAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCG
AAAGGAACTTCCCCCTACCTTTGCATCTGGACAAGAGATTCAGACAGATTCAAGCGTTTA
GGGTGCAACGCAAAAAGGGTTTAATGTGGAAATGGAACATGATTGGTTTGGTGTGAGCCA
ACTCACGTGTATCATACTTCCATAAAAGCTCTTATGCAGTT**GTTGTGTTTTGCCTCC*
TGGCCTTTATAAATACTTATAAAATACTTATCGTTTCAATAAATGTTTAAAACATTGACA
TTTGTTGCTGCTTCTTCATTTTCTCTCTCTTTAATATATACAGTAAATCTTAGTGGGGTT
TTAGTTTTTATTTAAACAGAAAACATTTATAACTCAAAATTTGATGACTCTGACTTTAAA
CCAATAAAATGATTGTCAAGCATCTCTCAGC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 6

CO CL1566Contig1 628 6 6 U
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TGTTAATCTCAAGCCTCTCTCTCTGCTTAATCTTTCTCACCTTCCTCACCACCCCACTTG
TCCTCTCCTCTCGCACCCCCAAAATGGCTGTAGCAGCATCACCTTCGATAGAGAAGAATC
TTCAGAAAACACATATACATCCTCCTGCACTGCCTGTTTCCGAGGTTGATTCGTCTCCTT
CCATGGCCAAGATTGATGCTGAGCCAGCACCGAACACGGCCATATCCGGTTTCTTCAGGC
ATAAGTTCCCATTCCACCAAGGCTGGCCTTTCCACAAGCATGGTCCTTTCCCAACCGCCA
AGCCTGCAAACCCTTCTGTTACTACTACAACACCTGCTACTGCTACTGGAGCTGGAGCTG
AGAAAGAGGAGTCTGAGAAGGTGCCTTCTTCTCCAAGCAATGGTAACAGAGATGGTGGCA
ACGCTTGAAGATGAATGAATACATTTAAAGCTTATTAATAGTTTTACATATTGTGTCAAA
TAAAAAATGTACCATGTACTATCATATAAATGCTATGTGACATTTTATTTTTACATGGAT
AAATGAAATGAATACAATTTTAAATCTC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1EC14JQ C 1
AF RR1CD56JQ C 478
AF RR1CD56TF U 478
AF RR1A822JQ C 90
AF RR1A822TF U 2
AF RR1EC14TF U 1
BS 1 4 RR1EC14JQ
BS 5 63 RR1A822TF
BS 64 64 RR1EC14TF
BS 65 477 RR1A822TF
BS 478 627 RR1CD56TF
BS 628 628 RR1EC14JQ

RD RR1EC14JQ 628 0 0
GGACACCATCCACATTCATCTTCCACTCTCTGATCAAATAGTCCATTACCACAGCTACAA
TGTTAATCTCAAGCCTCTCTCTCTGCTTAATCTTTCTCACCTTCCTCACCACCCCACTTG
TCCTCTCCTCTCGCACCCCCAAAATGGCTGTAGCAGCATCACCTTCGATAGAGAAGAATC
TTCAGAAAACACATATACATCCTCCTGCACTGCCTGTTTCCGAGGTTGATTCGTCTCCTT
CCATGGCCAAGATTGATGCTGAGCCAGCACCGAACACGGCCATATCCGGTTTCTTCAGGC
ATAAGTTCCCATTCCACCAAGGCTGGCCTTTCCACAAGCATGGTCCTTTCCCAACCGCCA
AGCCTGCAAACCCTTCTGTTACTACTACAACACCTGCTACTGCTACTGGAGCTGGAGCTG
AGAAAGAGGAGTCTGAGAAGGTGCCTTCTTCTCCAAGCAATGGTAACAGAGATGGTGGCA
ACGCTTGAAGATGAATGAATACATTTAAAGCTTATTAATAGTTTTACATATTGTGTCAAA
TAAAAAATGTACCATGTACTATCATATAAATGCTATGTGACATTTTATTTTTACATGGAT
AAATGAAATGAATACAATTTTAAATCTC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1CD56JQ 142 0 0
GCAACGCTTGAAGATGAATGAATACATTTAAAGCTTATTAATAGTTTTACATATTGTGTC
AAATAAAAAATGTACCATGTACTATCATATAAATGCTATGTGACATTTTATTTTTACATG
GATAAATGAAATGAATACAATT

QA 1 142 1 142
DS 

RD RR1CD56TF 150 0 0
GCAACGCTTGAAGATGAATGAATACATTTAAAGCTTATTAATAGTTTTACATATTGTGTC
AAATAAAAAATGTACCATGTACTATCATATAAATGCTATGTGACATTTTATTTTTACATG
GATAAATGAAATGAATACAATTTTAAATCT

QA 1 150 1 150
DS 

RD RR1A822JQ 526 0 0
ATCTTTCTCACCTTCCTCACCACCCCACTTGTCCTCTCCTCTCGCACCCCCAAAATGGCT
GTAGCAGCATCACCTTCGATAGAGAAGAATCTTCAGAAAACACATATACATCCTCCTGCA
CTGCCTGTTTCCGAGGTTGATTCGTCTCCTTCCATGGCCAAGATTGATGCTGAGCCAGCA
CCGAACACGGCCATATCCGGTTTTTTCAGGCATAAGTTCCCATTCCACCAAGGCTGGCCT
TTCCACAAGCATGGTCCTTTCCCAACCGCCAAGCCTGCAAACCCTTTTGTTACTACTACA
ACACCTGCTACTGCTACTGGAGCTGGAGCTGAGAAAGAGGAGTTTGAGAAGGTGCCTTTT
TTTCCAAGCAATGGTAACAGAGATGGTGGCAACGCTTGAAGATGAATGAATACATTTAAA
GCTTATTAATAGTTTTACATATTGTGTCAAATAAAAAATGTACCATGTACTATCATATAA
ATGCTATGTGACATTTTATTTTTACATGGATAAATGAAATGAATAC

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1A822TF 614 0 0
GGG
ACCATCCACATTCATCTTCCACTCTCTGATCAAATAGTCCATTACCACAGCTACAATGTC
AATCTCAAGCCTCTCTCTCTGCTTAATCTTTCTCACCTTCCTCACCACCCCACTTGTCCT
CTCCTCTCGCACCCCCAAAATGGCTGTAGCAGCATCACCTTCGATAGAGAAGAATCTTCA
GAAAACACATATACATCCTCCTGCACTGCCTGTTTCCGAGGTTGATTCGTCTCCTTCCAT
GGCCAAGATTGATGCTGAGCCAGCACCGAACACGGCCATATCCGGTTTCTTCAGGCATAA
GTTCCCATTCCACCAAGGCTGGCCTTTCCACAAGCATGGTCCTTTCCCAACCGCCAAGCC
TGCAAACCCTTCTGTTACTACTACAACACCTGCTACTGCTACTGGAGCTGGAGCTGAGAA
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TTGAAGATGAATGAATACATTTAAAGCTTATTAATAGTTTTACATATTGTGTCAAATAAA
AAATGTACCATGTACTATCATATAAATGCTATGTGACATTTTATTTTTACATGGATAAAT
GAAATGAATAC

QA 4 614 4 614
DS 

RD RR1EC14TF 628 0 0
GGAC
ACCATCCACATTCATCTTCCACTCTCTGATCAAATAGTCCATTACCACAGCTACAATGTT
AATCTCAAGCCTCTCTCTCTGCTTAATCTTTCTCACCTTCCTCACCACCCCACTTGTCCT
CTCCTCTCGCACCCCCAAAATGGCTGTAGCAGCATCACCTTCGATAGAGAAGAATCTTCA
GAAAACACATATACATCCTCCTGCACTGCCTGTTTCCGAGGTTGATTCGTCTCCTTCCAT
GGCCAAGATTGATGCTGAGCCAGCACCGAACACGGCCATATCCGGTTTCTTCAGGCATAA
GTTCCCATTCCACCAAGGCTGGCCTTTCCACAAGCATGGTCCTTTCCCAACCGCCAAGCC
TGCAAACCCTTCTGTTACTACTACAACACCTGCTACTGCTACTGGAGCTGGAGCTGAGAA
AGAGGAGTCTGAGAAGGTGCCTTCTTCTCCAAGCAATGGTAACAGAGATGGTGGCAACGC
TTGAAGATGAATGAATACATTTAAAGCTTATTAATAGTTTTACATATTGTGTCAAATAAA
AAATGTACCATGTACTATCATATAAATGCTATGTGACATTTTATTTTTACATGGATAAAT
GAAATGAATACAATTTTAAATCT
C

QA 5 627 5 627
DS 



AS 1 6

CO CL1567Contig1 843 6 2 U
AAATAAAACTTGCCTTTTATTGTATTTGATTTTTCACTAAACTTTTTAATTTTCCAAACG
TAATTAGATTACACAACAATATGCATAAAATTTGTGATATCATCTACCAATAACAAGCAA
AGAACGAAACATCTAGAGGATTTAGTTACCACTCACCGCATAGCACACCAAACAGAAAAT
CATAACATATTCTCAAACTAAATTTACATTTCCTTTCCCGTCGGGTTCAACATCGACCCG
ACATACGAACGGGTCGGTCGATCCGGCACCAAATTGGCACGTGGCGACCTCGGAGGCAGT
TCCTTTAGCTGATGTCCACTGCAATCATAGTAGATCACGCCTGAATGATCCAACGGCTCA
CACTTGCCTCCCATCAAAATCTCTCTCTGCCAAATGCCAAACTCCTCCTCTTCCTCCTCC
AGCACCATCTCCACCGCCGTCTTTTTCTTGGCCGGTGTACCTCCGACGTCGTAAGCTTTA
TTTTTCCGGCCAACCATAATCTTGGCCTTGTTGCTCAAAGTCGTAAGAAGCTCCTTCGGA
CGTGCTCTCATCGGCGAAAAAGCCCTCGCCGGACTCCATCCAAATTTTTCTCCACCGCCG
GGGCTTTTGCCGTAGTTCGGGCTCTCGAGATGGTCCTCGAGATGAGTTGACTTCCGAGTT
GGCTTGAGTTTAAGCTTCTTGGAGACTCGGCTTGCTTGTCTAGCACAAAGTACCATAAGA
GATACGATGAAACTCATGTTTAGACGCTTGTGCGTCGAGGAAACATGTTCCGGTCTCGAA
ATCTCCATGCCTCCTCGTTTTCTCCGGCAGGTGATAAGAAAAAGGTTTAAACTCAATACT
TTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 

AF RR1FA38JQ U 1
AF RR1FM96JQ U 35
AF RR1AJ81JQ U 35
AF RR1FA38TF C 60
AF RR1FM96TF C 224
AF RR1AJ81TF C 47
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BS 769 843 RR1AJ81JQ

RD RR1FA38JQ 768 0 0
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AGAACGAAACATCTAGAGGATTTAGTTACCACTCACCGCATAGCACACCAAACAGAAAAT
CATAACATATTCTCAAACTAAATTTACATTTCCTTTCCCGTCGGGTTCAACATCGACCCG
ACATACGAACGGGTCGGTCGATCCGGCACCAAATTGGCACGTGGCGACCTCGGAGGCAGT
TCCTTTAGCTGATGTCCACTGCAATCATAGTAGATCACGCCTGAATGATCCAACGGCTCA
CACTTGCCTCCCATCAAAATCTCTCTCTGCCAAATGCCAAACTCCTCCTCTTCCTCCTCC
AGCACCATCTCCACCGCCGTCTTTTTCTTGGCCGGTGTACCTCCGACGTCGTAAGCTTTA
TTTTTCCGGCCAACCATAATCTTGGCCTTGTTGCTCAAAGTCGTAAGAAGCTCCTTCGGA
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GATACGATGAAACTCATGTTTAGACGCTTGTGCGTCGAGGAAACATGT

QA 1 768 1 768
DS 

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TTCCCGTCGGGTTCAAAATCGACCCGACATACGAACGGGTCGGTCGATCCGGCACCAAAT
TGGCACGTGGCGACCTCGGAGGCAGTTCCTTTAGCTGATGTCCACTGCAATCATAGTAGA
TCACGCCTGAATGATCCAACGGCTCACACTTGCCTCCCATCAAAATCTCTCTCTGCCAAA
TGCCAAACTCCTCCTCTTCCTCCTCCAGCACCATCTCCACCGCCGTCTTTTTCTTGGCCG
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CTTGTCTAGCACAAA**ACCATAAGAGATACGATGAAACTCATGTTTAGACGCTTGTGCG
TCGAGGAAACATGTTCCGGTCTCGAAATCTCCATG

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1AJ81JQ 809 0 0
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TGATATCATCTACCAATAACAAGCAAAGAACGAAACATCTAGAGGATTTAGTTACCACTC
ACCGCATAGCACACCAAACAGAAAATCATAACATATTCTCAAACTAAATTTACATTTCCT
TTCCCGTCGGGTTCAACATCGACCCGACATACGAACGGGTCGGTCGATCCGGCACCAAAT
TGGCACGTGGCGACCTCGGAGGCAGTTCCTTTAGCTGATGTCCACTGCAATCATAGTAGA
TCACGCCTGAATGATC*AACGGCTCACACTTGCCTCCCATCAAAATCTCTCTCTGCCAAA
TGCCAAACTCCTCCTCTTCCTCCTCCAGCACCATCTCCACCGCCGTCTTTTTCTTGGCCG
GTGTACCTCCGACGTCGTAAGCTTTATTTTTCCGGCCAATCATAATCTTGGCCTTGTTGC
TCAAAGTCGTAAGAAGCTCCTTCGGACGTACTCTCATCGGCGAAAAAGCCCTCGCCGGAC
TCCATCCAAATTTTTCTCCGCCGCCGGGGCTTTTGCCGTAGTTCGGGCTCTCGAGATGGT
CCTCGAGATGAGTTGACTTCCGAGTTGGCTTGAGTTTAAGCTTCTTGGAGACTCGGCTTG
CTTGTCTAGCGCAAAGTACCATAAGAGATACGATGAAACTCATGTTTAGACGCTTGTGCG
TCGAGGAAACATGTTCCGGTCTCGAAATCTCCATGCCTCCTCGTTTTCTCCGGCAGGTGA
TAAGAAAAAGGTTTAAACTCAATACTTTT

QA 1 809 1 809
DS 

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GTAATTAGATTACACAACAATATGCATAAA*TTTGTGATATCATCTACCAATAACAAGCA
AAGAACGAAACATCTAGAGGATTTAGTTACCACTCACCGCATAGCACACCAAACAGAAAA
TCATAACATATTCTCAAACTAAATTTACATTTCCTTTCCCGTCGGGTTCAACATCGACCC
GACATACGAACGGGTCGGTCGATCCGGCACCAAATTGGCACGTGGCGACCTCGGAGGCAG
TTCCTTTAGCTGATGTCCACTGCAATCATAGTAGATCACGCCTGAATGATCCAACGGCTC
ACACTTGCCTCCCATCAAAATCTCTCTCTGCCAAATGCCAAACTCCTCCTCTTCCTCCTC
CAGCACCATCTCCACCGCCGTCTTTTTCTTGGCCGGTGTACCTCCGACGTCGTAAGCTTT
ATTTTTCCGGCCAACCATAATCTTGGCCTTGTTGCTCAAAGTCGTAAGAAGCTCCTTCGG
ACGTGCTCTCATCGGCGAAAAAGCCCTCGCCGGACTCCATCCAAATTTTTCTCCACCGCC
GGGGCTTTTGCCGTAGTTCGGGCTCTCGAGATGGTCCTCGAGATGAGTTGACTTCCGAGT
TGGCTTGAGTTTAAGCTTCTTGGAGACTCGGCTTGCTTGTCTAGCACAAAGTACCATAAG
AGATACGATGAAACTCATGTTTAGACGCTTGTGCGTCGAGGAAACATGTTCCGGTCTCGA
AATCTCCATGCCTCCTCGTTTTCTCCGGCAGGTGATAAGAAAAAGGTTTAAACTCAATAC
TTTT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1FM96TF 620 0 0
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GCGACCTCGGAGGCAGTTCCTTTAGCTGATGTCCACTGCAATCATAGTAGATCACGCCTG
AATGATCCAACGGCTCACACTTGCCTCCCATCAAAATCTCTCTCTGCCAAATGCCAAACT
CCTCCTCTTCCTCCTCCAGCACCATCTCCACCGCCGTCTTTTTCTTGGCCGGTGTACCTC
CGACGTCGTAAGCTTTATTTTTCCGGCCAACCATAATCTTGGCCTTGTTGCTCAAAGTCG
TAAGAAGCTCCTTCGGACGTGCTCTCATCGGCGAAAAAGCCCTCGCCGGACTCCATCCAA
ATTTTTCTCCACCGCCGGGGCTTTTGCCGTAGTTCGGGCTCTCGAGATGGTCCTCGAAAT
GTGTTGACTTCCGAGTTGGCTTGAGTTTAAGCTTCTTGGAGACTCGGCTTGCTTGTCTAG
CACAAA**ACCATAAGAGATACGATGAAACTCATGTTTAGACGCTTGTGCGTCGAGGAAA
CATGTTCCGGTCTCGAAATCTCCATGCCTCCTCGTTTTCTCCGGCAGGTGATAAGAAAAA
GGTTTAAACTCAATACTTTT

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DS 

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AATTTTC
CCAAACGTAATTAGATTACACAACAATATGCATAAAATTTGTGATATCATCTACCAATAA
CAAGCAAAGAACGAAACATCTAGAGGATTTAGTTACCACTCACCGCATAGCACACCAAAC
AGAAAATCATAACATATTCTCAAACTAAATTTACATTTCCTTTCCCGTCGGGTTCAACAT
CGACCCGACATACGAACGGGTCGGTCGATCCGGCACCAAATTGGCACGTGGCGACCTCGG
AGGCAGTTCCTTTAGCTGATGTCCACTGCAATCATAGTAGATCACGCCTGAATGATC*AA
CGGCTCACACTTGCCTCCCATCAAAATCTCTCTCTGCCAAATGCCAAACTCCTCCTCTTC
CTCCTCCAGCACCATCTCCACCGCCGTCTTTTTCTTGGCCGGTGTACCTCCGACGTCGTA
AGCTTTATTTTTCCGGCCAATCATAATCTTGGCCTTGTTGCTCAAAGTCGTAAGAAGCTC
CTTCGGACGTACTCTCATCGGCGAAAAAGCCCTCGCCGGACTCCATCCAAATTTTTCTCC
GCCGCCGGGGCTTTTGCCGTAGTTCGGGCTCTCGAGATGGTCCTCGAGATGAGTTGACTT
CCGAGTTGGCTTGAGTTTAAGCTTCTTGGAGACTCGGCTTGCTTGTCTAGCGCAAAGTAC
CATAAGAGATACGATGAAACTCATGTTTAGACGCTTGTGCGTCGAGGAAACATGTTCCGG
TCTCGAAATCTCCATGCCTCCTCGTTTTCTCCGGCAGGTGATAAGAAAAAGGTTTAAACT
CAATACTTTT

QA 8 797 8 797
DS 



AS 1 4

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CCGAGTCCTTGTGTATGTATTGCTATTCAAATTACAACAAGTAGAGGAATCACCAAGCAG
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ACATCCCTTTCGAATTTAACAAGAAGTAAATATATCTCACTGTTGGCAGCTCTCACTCAG
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TTTTTGCATATTGTATGCCCTGTTAGCTTTGATTCCACCAAGACCGATGGTTCCAAGGAC
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CCGCGGGACTCCCGTCCTGACCACCCTTGAATACACACCTGATCTGGAATAGTGTTGGCC
TTTAACATCACCAAACTCAAGGCAAGAGTAAGCTTCGGATATCTGCAAAAAAAAATAGAA
AAGTATTAATTTGTTTTTTTTTTCTTGTGAGAAGAGAATAAATTTAAAAGAATAAGAAGA
AGATTATGACTCACAGTAGGCCTGGGCATTTTACCCGGACCCAAGGACCCGACCCGGAAC
CGACCCGAAAATATCCGACCCGGAACCGACCCGAAAAATTATAAATACTCATATGGGTCT
TTTTATTTTGGATCTGCGGGTCTCGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G425JQ U 1
AF RR1DJ04JQ U 19
AF RR1E210JQ U 24
AF RR1CB16JQ U 31
BS 1 136 RR1G425JQ
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RD RR1G425JQ 515 0 0
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TTTTTGCATATTGTATGCCCTGTTAGCTTTGATTCCACCAAGACCGATGGTTCCAAGGAC
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CCGCGGGACTCCCGTCCTGACCACCCTTGAATACACACCTGATCTGGAATAGTGTTGGCC
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QA 1 515 1 515
DS 

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GCACTGA
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GAGTAAGCTT

QA 8 497 8 497
DS 

RD RR1E210JQ 478 0 0
GG
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AGGACTTCAAATCTTAAAAGAGTTACTCTAACCTTACATCCCTTTCGAATTTAACAAGAA
GTAAATATATCTCACTGTTGGCAGCTCTCACTCAGATTCAAAGAGAGGGACACTCTGAAT
CAAGGAAGGAAGGGATTATGAGAGGGGAACGTCTGTTTTTGCATATTGTATGCCCTGTTA
GCTTTGATTCCACCAAGACCGATGGTTCCAAGGACGATCAAAAGGAAAGGTGCACCGATC
AACCACGCATTACCTCTTTTGGCATATGCATATGTCCGCGGGACTCCCGTCCTGACCACC
CTTGAATACACACCTGATCTGGAATAGTGTTGGCCTTTAACATCACCAAACTCAAG

QA 3 478 3 478
DS 

RD RR1CB16JQ 717 0 0
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ATTACAACAAGTAGAGGAATCACCAAGCAGATAATCCCTAGTTCCCCACATTCCTAGGAC
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TATATCTCACTGTTGGCAGCTCTCACTCAGATTCAAAGAGAGGGACACTCTGAATCAAGG
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TTACCCGGACCCAAGGACCCGACCCGGAACCGACCCGAAAATATCCGACCCGGAACCGAC
CCGAAAAATTATAAATACTCATATGGGTCTTTTTATTTTGGATCTGCGGGTCTCGGG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 5

CO CL1569Contig1 1077 5 18 U
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GAACAACGTATGTACCAAATGCCATAAAGGGAATATACAAGTCAGGCGCATTGATATCAT
AGATGGGAGGCTTGTATGAGAGCCTACCCCCAACTGGTTCAGAGATTCTAGCCCAGTGTC
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CTTGGAAGTAGTATTGGGGATCAGAGAAGTAACGAGTAATATTGCTCTGAACATACTCAG
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GAAAACTTCGAATCTAAAGTTTGAGCTTCCTTGCACGGGAAACAATGGAGACTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH03JQ U 1
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AGATGGGAGGCTTGTATGAGAGCCTACCCCCAACTGGTTCAGAGATTCTAGCCCAGTGTC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1BH06JQ 609 0 0
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QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1GA77JQ 763 0 0
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QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1BH06TF 753 0 0
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AAGTGACAAAAGTGTTACTTTCAGGAGCATCACTTGCAAAAACCAACCAACCAATCCTTT
CACAAACAGCCAATTCAAAGCTTCCGGTGAAAACTTTCCGTTAAGTCCCAAAGAAAGACC
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TGGCATCCCTGGTTGAGGTCCCATGTTATTATTATTGTACATCTCTCTGCCCGAAGAAGC
GTGATGAAAACTTCGAAT
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QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1DH03TF 729 0 0
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CGCTACCAAGTGACAAAAGCGTTACTTTCAGGAGCATCACTTGCAAGAACCAACCAACCA
ATCCTTTCACAAACAGCCAATTCAAAGCTTCCGGTGAAAACTTTCCGTTAAGTCCCAAAG
AAAGACCAGCAAGAACAACGTATGTACCAAATGCCATAAAGGGAATATACAAGTCAGGCG
CATTGATATCATAGATGGGAGGCTTGTATGAGAGCCTACCCCCAACTGGTTCAGAGATTC
TAGCCCAGTGTCCCCGGTGAAGGAAAGGAAAGAGCACAACCTTGAGTTTGTTCCTAACAT
ATTGATCATTCACTTGGAAGTAGTATTGGGGATCAGAGAAGTAACGAGTAATATTGCTCT
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TAAAGCCCGAGGCAGGTCCAGTGAAGGGATTCCCAAACGGACCGGGCTGAGGGTTTCCAG
GAGGTCTCGGCATCCCTGGTTGAGGTCCCATGTTGTTATTATTGTACATCTCTCTGCCCG
AAGAAGCGTAATGAAAACTTCGAATCTAAAGTTTGAGCTTCCTTGCACGGGAAACAATGG
AGACTCCCC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 5

CO CL1570Contig1 1917 5 9 U
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TTTACAAGTAGATACGGAAAGGTTTCTTCAGTAACATATTGCAATACTATTTAACAAATC
CACAATCGCAAAGATTTGTGCACCATCTATATATCGTGGTTTTCATCAATGTTTAGACAA
CGGTTGTAGCCATATAGCTTTTGCGATATGCCGCTGCATTTGTTGGAGACAACATTTGAC
CTATTCCTTCAGCCTTGAGATGAGGAACCAACAATTCCAAAGACAAACCAAAAAGTCTGA
GGCTATGCCAAACACGAAGAGGAGTTGGGAACGGAGAGAGCAGTTGGCCGATGGAGGATA
AAGTAATAACGGATAGATGATAGATGAGAGAAAGTGGCCTAGGGTTCATGCCACCAAACA
CAGCCATCAAGCCTGACGTGCGAAACCCACCACTAGATAGGTAATCAAAGCAGCCTTGTC
GCATCGCTTCTTTTGCTTCGTCCGTTGATGCAATTAGCACTTGCCAAAATGAATTCCCTA
ATGTGTTTACTGTTGCTGACATTGGCTTGCGTAGAACATAGAAGGACTTCATAACTTCTG
AGACTTTGTTTTCATCACCGAGGCTGTCCAAAGGCTTGAGAAGACGGCTTAGAATGAGAA
TGTCAGATAATAAAACCATCATCCCTGATGCAATTACTGGATGACGCATGTTGAATGCAT
CTCCCAACACAATCACTCCCTTTTTTCTGCTTAAAGTAGCTGGCATGCGTTTTGCTTGTG
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AATTCCTCGAGATGTGACCAATTTCGTACGCCGTAACCTCCGCATTGTTGTCATTTAGAG
AGCGACGAAGGTTCGAGTGGCAACCATCGCATACCACAGTGAGAGGTGCAAATGCTGTGG
TTTCTTCCCCTGAACTGTTCTTGTATGTCACTCCTTTGACCACTCCTTTTTCTTCTATCA
AAGATCTCACGGTCCCTTCTTCCAGCCGCACATTTGGAAGAGAAGAGGCCTTTTGGCGCA
GTCTCTGGACAAAACGGCCATTTTGAAAAAAACGACCAGATGGTTCATAAGGAAAGTTGG
TGTCCACCGGATAAGATGCGACTGTTTCTTTTCCGTCCTTAAAAAGAGCTATGCCGGTGG
ATTTCTGTGCGTCTATTCCCTCTAAACAATCCTGAAGACCGAGCTTAGAAAGCAAGAGCC
GTCCTCCTGGCTGCATGAACTCACCCATCATTCTCACTGGCTCTCTCATGTCTCTTTCTA
TCACATGTACTCGACGCCCGTCCTTTAAAACAAGTTCTTTTTTATTAGCTTTAACCCAAA
CTTAGTACACAGGAGGGTTAATTCCTTCCCAAACTATTTCAATATACAATACTATTAAGG
AAAACATAAATTTACATACTATAGAGTGTTGTTCAAAAAAATAAAAATAAAGCACATACT
ATATATAGAGTTGCGAGTTTACCAATTATAAATGCATGGACGCAAAACTGTCCAGGCACT
TTACTTACCTTGGCAAGTGCATAGGCGAGAGCTGAGCCACCCACACCAGCTCCGACTATG
ATGACATCAGGGCCACCGTCTCTTCTCTCCTTCGCTGCCACATTCGCACACTTCGTCGCC
TTATTCATCTTGTTGGTGACGTGGAATATTGTCCAAGATATTACGAAGGCAAGTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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TCATCGAGCCCTT

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C

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CGTGGAATATTGTCCAAGATATTACGAAGGCAAGTAGC

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DS 



AS 1 6

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ATCTTTCTTCTTCAGAGTCTCCCAATGGCTGGTGTTGAGGTTGAGAAAACAGTACCAAAT
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ATGTTTATTTAATATATAATGATATTATGTGTTTTCCTTGT


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR1DU80JQ C 1
AF RR1AI55JQ C 3
AF RR1AI55TF U 3
AF RR1GF37JQ C 1
AF RR1GF37TF U 1
AF RR1DU80TF U 1
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DS 

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GG
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QA 3 515 3 515
DS 

RD RR1AI55TF 515 0 0
GG
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QA 3 515 3 515
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CC

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CC

QA 1 514 1 514
DS 

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GTTTTGTTTAAAACCTATATTTTCATATAATAATAAGATAATCCAGGGGCTATTATTGTA
ATGTTTATTTAATATATAATGATATTATGTGTTTTCC
TTGT

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 6

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GATATTAATACAAACGGTTAAATCCAGGAACT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR1C321TF U 1
AF RR1FF41TF U 1
AF RR1C524JQ C 179
AF RR1C524TF U 179
AF RR1C321JQ C 263
AF RR1FF41JQ C 263
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RD RR1C321TF 783 0 0
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GTT

QA 1 783 1 783
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GTTTTG

QA 1 786 1 786
DS 

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G
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TGATATTAATACAAACGGTTAAATCCAGG

QA 2 690 2 690
DS 

RD RR1C524TF 693 0 0
G
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GATGCCGATATCCTCTGATCTGAACAACCCGAGGAACTTCATCACCAAGATTTCCCGGTA
CAGCAAAGTAGTGAACATCCCAAACAGCATGACCGTGCTGGACGAGCTTCTTCCAATCTC
GATAGAGATGGCGAAAAGAAACCTGAAAGGGATTTGGAACTTCACCAACCCTGGTGTTGT
GAGTCACAATGAGGTCCTGGAGATGTACAGAGACTACATCGACTCAGACTTCAAATGGGC
GAACTTCACACTGGAGGAGCAAGCTAAGGTCATCGTGGCTCCAAGAAGCAACAACGAGAT
GGACGTATCTAAGCTCAAGAAAGAGTTCCCTGAATTACTCTCAATCAAGGAGTCTCTGAT
CAAATATGCATTTGAGCCCAACAAGAGAACTTGAGGTAATATATAACTTATCTCAGTTTT
CTTTAAGCTGGTTTGTTATTAGTTTCTCCCCTGGAGTCGTAAACCAAAAGCAACTAGCTT
TGCCTTTTAGGTTTATCCATTAAGTGGGGTACATCTAGTTTGGATTCTTATATTTGTTAT
TGTTTTGTTGGTATTGTGTTTCTTGTTCCACATTTATAGATAAAAATTTGGTTTATGTAT
TGATATTAATACAAACGGTTAAATCCAGG
AAC

QA 2 690 2 690
DS 

RD RR1C321JQ 610 0 0
ACAACCCGAGAAACTTCATCACCAAGATTTCCCGGTACAGCAAAGTAGTGAACATCCCAA
ACAGCATGACCGTGCTGGACGAGCTTCTTCCAATCTCGATAGAGATGGGGAAAAGAAACC
TGAAAGGGATTTGGAACTTCACCAACCCTGGTGTTGTGAGTCACAATGAGGTCCTGGAGA
TGTACAGAGACTACATCGACTCAGACTTCAAATGGGCGAACTTCACACTGGAGGAGCAAG
CTAAGGTCATCGTGGCTCCAAGAAGCAACAACGAGATGGACGCATTTAAGCTCAAGAAAG
AGTTCCCTGAATTACTCTCAATCAAGGAGTTTTTGATCAAATATGCATTTGAGCCCAACA
AGAGAACTTGAGGTAATATATAACTTATTTCAGTTTTCTTTAAGCTGGTTTGTTATTAGT
TTCTCCCCTGGAGTCGTAAACCAAAAGCAACTAGCTTTGCCTTTTAGGTTTATCCATTAA
GTGGGGTACATCTAGTTTGGATTCTTATATTTGTTATTGTTTTGTTGGTATTGTGTTTCT
TGTTCCACATTTATAGATAAAAATTTGGTTTATGTATTGATATTAATACAAACGGTTAAA
TCCAGGAACT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1FF41JQ 610 0 0
ACAACCCGAGAAACTTCATCACCAAGATTTCCCGGTACAGCAAAGTAGTGAACATCCCAA
ACAGCATGACCGTGCTGGACGAGCTTCTTCCAATCTCGATAGAGATGGCGAAAAGAAACC
TGAAAGGGATTTGGAACTTCACCAACCCTGGTGTTGTGAGTCACAATGAGGTCCTGGAGA
TGTACAGAGACTACATCGACTCAGACTTCAAATGGGCGAACTTCACACTGGAGGAGCAAG
CTAAGGTCATCGTGGCTCCAAGAAGCAACAACGAGATGGACGCATTTAAGCTCAAGAAAG
AGTTCCCTGAATTACTCTCAATCAAGGAGTCTCTGATCAAATATGCATTTGAGCCCAACA
AGAGAACTTGAGGTAATATATAACTTATTTCAGTTTTCTTTAAGCTGGTTTGTTATTAGT
TTCTCCCCTGGAGTCGTAAACCAAAAGCAACTAGCTTTGCCTTTTAGGTTTATCCATTAA
GTGGGGTACATCTAGTTTGGATTCTTATATTTGTTATTGTTTTGTTGGTATTGTGTTTCT
TGTTCCACATTTATAGATAAAAATTTGGTTTATGTATTGATATTAATACAAACGGTTAAA
TCCAGG
AACT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 2 6

CO CL1573Contig1 780 2 10 U
GAGTCACTTCTCCTCCGTCATCGAATCACCTGTTTGGCCGCCATGGCGAAGTACTCCCAG
GAACCCGACAATTCCACCAAATCTTGCAAGGCGAGGGGAGCTGATCTCAGGGTCCACTTC
AAGAACACGAGGGAGACAGCGCACGCCATAAGAAGGCTACCATTGAACAAGGCCAAGAGG
TACTTGGAAGACGTGATAGCTCACAAGCAAGCTATCCCCTTCACGCGTTTCTGTCGTGGT
GTCGGTCGTACTGCTCAGGCTAAGAACAGGCATTCAAACGGTCAAGGTCGGTGGCCTGCT
AAATCTGCTCAATTCGTTCTCGATCTCCTCAAGAATGCTGAGAGCAATGCCGAGGTCAAA
GGTTTGGATGGGGATGCACTTTTCATATCTCACATCCAAGTGAACCAAGCTGCTAAACAG
AGGCGGAGGACATACCGTGCTCATGGAAGAATCAATCCTTACATGTCGAACCCTTGCCAC
ATTGAGTTGATATTGTCAGAGAAGGAAGAGCCTGTGAAAAAAGAGCCGGAGACTCAGTTG
GCAGCTAAGTCGAAGAAAGGAGCCTCGTCTTGAGCCAATATATAGACAAAGTAGCTTTTC
GTGATCATCTCTGTTATAAGAACGTATGATACGTTTTGTTATAGACTTATCATTCTGTAA
GAGACAAGGAGCCAACATTTTCAAAGACATAATTATGTTGTTGATTTGTTTTTGGAAGTA
CCGGAGCTTTGTTCACTTTATAGTGTAACCAATTCAAAATGCTAAAAATCGAATCAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN71TF U 1
AF RR1CN71JQ C 77
BS 1 621 RR1CN71TF
BS 622 622 RR1CN71JQ
BS 623 668 RR1CN71TF
BS 669 669 RR1CN71JQ
BS 670 684 RR1CN71TF
BS 685 685 RR1CN71JQ
BS 686 716 RR1CN71TF
BS 717 717 RR1CN71JQ
BS 718 732 RR1CN71TF
BS 733 780 RR1CN71JQ

RD RR1CN71TF 735 0 0
GAGTCACTTCTCCTCCGTCATCGAATCACCTGTTTGGCCGCCATGGCGAAGTACTCCCAG
GAACCCGACAATTCCACCAAATCTTGCAAGGCGAGGGGAGCTGATCTCAGGGTCCACTTC
AAGAACACGAGGGAGACAGCGCACGCCATAAGAAGGCTACCATTGAACAAGGCCAAGAGG
TACTTGGAAGACGTGATAGCTCACAAGCAAGCTATCCCCTTCACGCGTTTCTGTCGTGGT
GTCGGTCGTACTGCTCAGGCTAAGAACAGGCATTCAAACGGTCAAGGTCGGTGGCCTGCT
AAATCTGCTCAATTCGTTCTCGATCTCCTCAAGAATGCTGAGAGCAATGCCGAGGTCAAA
GGTTTGGATGGGGATGCACTTTTCATATCTCACATCCAAGTGAACCAAGCTGCTAAACAG
AGGCGGAGGACATACCGTGCTCATGGAAGAATCAATCCTTACATGTCGAACCCTTGCCAC
ATTGAGTTGATATTGTCAGAGAAGGAAGAGCCTGTGAAAAAAGAGCCGGAGACTCAGTTG
GCAGCTAAGTCGAAGAAAGGAGCCTCGTCTTGAGCCAATATATAGACAAAGTAGCTTTTC
GTGATCATCTCTGTTATAAGA*CGTATGATACGTTTTGTTATAGACTTATCATTCTGTAA
GAGACAAG*AGCCAACATTTTCAA*GACATAATTATGTTGTTGATTTGTTTTTGGA*GTA
CCGGAGCTTTGT
CAC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1CN71JQ 704 0 0
CCAAATCTTGCAAGGCGAGGGGAGCTGATCTCAGGGTCCACTTCAAGAACACGAGGGAGA
CAGCGCACGCCATAAGAAGGCTACCATTGAACAAGGCCAAGAGGTACTTGGAAGACGTGA
TAGCTCACAAGCAAGCTATCCCCTTCACGCGTTTCTGTCGTGGTGTCGGTCGTACTGCTC
AGGCTAAGAACAGGCATTCAAACGGTCAAGGTCGGTGGCCTGCTAAATTTGCTCAATTCG
TTCTCGATCTCCTCAAGAATGCTGAGAGCAATGCCGAGGTCAAAGGTTTGGATGGGGATG
CACTTTTCATATCTCACATCCAAGTGAACCAAGCTGCTAAACAGAGGCGGAGGACATACC
GTGCTCATGGAAGAATCAATCCTTACATGTCGAACCCTTGCCACATTGAGTTGATATTGT
CAGAGAAGGAAGAGCCTGTGAAAAAAGAGCCGGAGACTCAGTTGGCAGCTAAGTCGAAGA
AAGGAGCCTCGTCTTGAGCCAATATATAGACAAAGTAGCTTTTCGTGATCATCTCTGTTA
TAAGAACGTATGATACGTTTTGTTATAGACTTATCATTCTGTAAGAGACAAGGAGCCAAC
ATTTTCAAAGACATAATTATGTTGTTGATTTGTTTTTGGAAGTACCGGAGCTTTGTTCAC
TTTATAGTGTAACCAATTCAAAATGCTAAAAATCGAATCAGTTC

QA 1 704 1 704
DS 



CO CL1573Contig2 721 4 4 U
TTTTTCAAAAAACAAATCAACAACACAATTATGTCTATGAAAATGTTGGCTCCTTGTCTT
ACAGAATGATAAGTCTATAACAAAACGTATCATACGTTCTTATAACAGAGATGATCAACG
AAAAGCTACTTTGTCTATATATAAGCTCAAGACGAGGCTCCCTCCTTTGACTTAGCTGCC
AACTGAGTCTCCGGCTCTTTCTTAACAGGCTCTTCCTTCTCTGACAATATCAACTCAATG
TGGCAAGGGTTCGACATGTAAGGATTGATTCTTCCATGAGCACGGTACGTCCTCCGCCTC
TGTTTAGCAGCTTGGTTCACTTGGATGTGAGATATGAAAAGCGCATCAACATCCAAACCT
TTGACCTCAGCATTGCTCTCGGCATTCTTGAGGAGATCAAGAACGAACTGAGCAGATTTA
GCAGGCCATCGACCTTGACCGTTTGAATGCCTGTTCTTAGCCTGAGCAGTACGACCAACA
CCACGACAGAAACGCGTGAAAGGGATAGCTTGCTTGTGAGCTATCACATCTTCCAAGTAC
CGCTTGGCCTTGTTCAATGGTAGCCTTCTTATGGCGTGCGCTGTCTCCCTCGTGTTCTTG
AAGTGGACCCTGAGATCAGCTCCCCTCGCCTTGCAAGATTTGGTGGAATTGTCGGGTTCC
TGGGAGTACTTCACCATGGCGGCCGAACAGGTGATTCGATGACGGGGGAGAAGTGACTGC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 

AF RR1C546JQ U 149
AF RR1E248TF C 1
AF RR1E248JQ U 6
AF RR1C546TF C 3
BS 1 7 RR1E248TF
BS 8 672 RR1E248JQ
BS 673 718 RR1E248TF
BS 719 721 RR1C546TF

RD RR1C546JQ 244 0 0
AAA
ACGAGGCTCCTTTCTTTGACTTAGCTGCCAACTGAGTCTCCGGCTCTTTCTTAACAGGCT
CTTCCTTCTCTGACAATATCAACTCAATGTGGCAAGGGTTCGACATGTAAGGATTGATTC
TTCCATGAGCACGGTACGTCCTCCCCCTCTGTTTAGCAGCTTGGTTCACTTGGATGTGAA
ATATGAAAAGCGCATCAACATCCAAACCTTTGACCTCAGCATTGCTCTCGGCATTCTTGA
G

QA 4 244 4 244
DS 

RD RR1E248TF 721 0 0
TTTTTCAAAAAACAAATCAACAACACAATTATGTCTATGAAAATGTTGGCTCCTTGTCTT
ACAGAATGATAAGTCTATAACAAAACGTATCATACGTTCTTATAACAGAGATGATCAACG
AAAAGCTACTTTGTCTATATATAAGCTCAAGACGAGGCTCCCTCCTTTGACTTAGCTGCC
AACTGAGTCTCCGGCTCTTTCTTAACAGGCTCTTCCTTCTCTGACAATATCAACTCAATG
TGGCAAGGGTTCGACATGTAAGGATTGATTCTTCCATGAGCACGGTACGTCCTCCGCCTC
TGTTTAGCAGCTTGGTTCACTTGGATGTGAGATATGAAAAGCGCATCAACATCCAAACCT
TTGACCTCAGCATTGCTCTCGGCATTCTTGAGGAGATCAAGAACGAACTGAGCAGATTTA
GCAGGCCATCGACCTTGACCGTTTGAATGCCTGTTCTTAGCCTGAGCAGTACGACCAACA
CCACGACAGAAACGCGTGAAAGGGATAGCTTGCTTGTGAGCTATCACATCTTCCAAGTAC
CGCTTGGCCTTGTTCAATGGTAGCCTTCTTATGGCGTGCGCTGTCTCCCTCGTGTTCTTG
AAGTGGACCCTGAGATCAGCTCCCCTCGCCTTGCAAGATTTGGTGGAATTGTCGGGTTCC
TGGGAGTACTTCACCATGGCGGCCGAACAGGTGATTCGATGACGGGGGAGAAGTGACT
GCC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1E248JQ 671 0 0
CA
AAAAACAAATCAACAACACAATTATGTCTATGAAAATGTTGGCTCCTTGTCTTACAGAAT
GATAAGTCTATAACAAAACGTATCATACGTTCTTATAACAGAGATGATCAACGAAAAGCT
ACTTTGTCTATATATAAGCTCAAGACGAGGCTCCCTCCTTTGACTTAGCTGCCAACTGAG
TCTCCGGCTCTTTCTTAACAGGCTCTTCCTTCTCTGACAATATCAACTCAATGTGGCAAG
GGTTCGACATGTAAGGATTGATTCTTCCATGAGCACGGTACGTCCTCCGCCTCTGTTTAG
CAGCTTGGTTCACTTGGATGTGAGATATGAAAAGCGCATCAACATCCAAACCTTTGACCT
CAGCATTGCTCTCGGCATTCTTGAGGAGATCAAGAACGAACTGAGCAGATTTAGCAGGCC
ATCGACCTTGACCGTTTGAATGCCTGTTCTTAGCCTGAGCAGTACGACCAACACCACGAC
AGAAACGCGTGAAAGGGATAGCTTGCTTGTGAGCTATCACATCTTCCAAGTACCGCTTGG
CCTTGTTCAATGGTAGCCTTCTTATGGCGTGCGCTGTCTCCCTCGTGTTCTTGAAGTGGA
CCCTGAGATCAGCTCCCCTCGCCTTGCAAGATTTGGTGGAATTGTCGGGTTCCTGGGAGT
ACTTC
ACCA

QA 3 667 3 667
DS 

RD RR1C546TF 719 0 0
TATCC
AAAAACAAATCAACAACACAATTATGTCTATGAAAATGTTGGCTCCTTGTCTTACAGAAT
GATAAGTCTATAACAAAACGTATCATACGTTCTTATAACAGAGATGATCAACGAAAAGCT
ACTTTGTCTATATATAAGCTCAAGACGAGGCTCCTTTCTTTGACTTAGCTGCCAACTGAG
TCTCCGGCTCTTTCTTAACAGGCTCTTCCTTCTCTGACAATATCAACTCAATGTGGCAAG
GGTTCGACATGTAAGGATTGATTCTTCCATGAGCACGGTACGTCCTCCGCCTCTGTTTAG
CAGCTTGGTTCACTTGGATGTGAGATATGAAAAGCGCATCAACATCCAAACCTTTGACCT
CAGCATTGCTCTCGGCATTCTTGAGGAGATCAAGAACGAACTGAGCAGATTTAGCAGGCC
ATCGACCTTGACCGTTTGAATGCCTGTTCTTAGCCTGAGCAGTACGACCAACACCACGAC
AGAAACGCGTGAAAGGGATAGCTTGCTTGTGAGCTATCACATCTTCCAAGTACCGCTTGG
CCTTGTTCAATGGTAGCCTTCTTATGGCGTGCGCTGTCTCCCTCGTGTTCTTGAAGTGGA
CCCTGAGATCAGCTCCCCTCGCCTTGCAAGATTTGGTGGAATTGTCGGGTTCCTGGGAGT
ACTTCACCATGGCGGCCGAACAGGTGATTCGATGACGGGGGAGAAGTGACTGCC

QA 6 719 6 719
DS 



AS 1 4

CO CL1574Contig1 961 4 6 U
GATTATAACATTCCAACAACAGTAATCATTCATCATTCATTAATCCAACTACTACCAAGT
CTCTCATAGTTTTTGCTTTCACACGAGAATCACAAAAGATAAAATAAAAAAAAACAAAAC
AAGCACCAAGCCCTTTTTTAAAACCTAAAATATCCTCCTATATAACTAGCGTGATCCACA
AGCAAGCTTGGTTCTGTATTTTTTTTTTTTAAGTGAACTGTCTTCTCATGTAAGTGTCTT
CGTGAACAAAGACGGGATCTTCAACTCTCACTGGAATCTGAGGCTGTCCCATTGCTATTC
CTTGGTTAGCCGGCGTGGTTGTTGCAGCACCAACGTTTTGCTTAACAGAATTCAAACACA
AATAGTAGACAATCCCAAGGCCTATAGTGAAAAGCGAGAGGATGGAGCCGATGAAGAAAA
CGCCTGGTTTCACAATGTAGCAGAAGTAGCTGTCGGGAGTCTCCGTCTCCTGGATGTGTT
CATCGTTGAGGGCAACTGCAGTGAGCAGCACGAGGAAAGCCAGCACAAAAGTGAACCATG
AGACAATGAAGGAGACTAAGGCGAGAATCCACTTGGATCTGGTCGGAGAAGGACCTTTTC
TACAACAGAAACAACCGCTACCGACGCTGGCGATGATCTGAGCCATCATGAGAAAGATGG
CTGAAGCGAAACCGAGATTGTAAGCTGGACTTCTCTTGTAAGAGCATTGTTTGACCGAGT
CCAATGTGGTAACCACGACCTGAGATTTCTTGATTCTGGTAGCTTCAGCAGCGAAGGCAG
TAACAACAAATAATAAACCCAGAAGTGCTAGCACACCACACATCACCATCTTTCTCTTCT
CCATCTCAATCTACTTCTTCTTCTACTCTGAGATCCTCTCTTTCTCTCTCTTTTCTTCCA
ACTATATTTTATTGGGTTCTTCTTCGTTTGTAAGTAATAAAGCATAAAGTGGGTGTGAGA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 

AF RR1EL91JQ U 1
AF RR1BS47JQ U 16
AF RR1EL91TF C 305
AF RR1BS47TF C 384
BS 1 638 RR1EL91JQ
BS 639 710 RR1BS47JQ
BS 711 847 RR1EL91TF
BS 848 848 RR1BS47TF
BS 849 956 RR1EL91TF
BS 957 961 RR1BS47TF

RD RR1EL91JQ 638 0 0
GATTATAACATTCCAACAACAGTAATCATTCATCATTCATTAATCCAACTACTACCAAGT
CTCTCATAGTTTTTGCTTTCACACGAGAATCACAAAAGATAAAATAAAAAAAAACAAAAC
AAGCACCAAGCCCTTTTTTAAAACCTAAAATATCCTCCTATATAACTAGCGTGATCCACA
AGCAAGCTTGGTTCTGTATTTTTTTTTTTTAAGTGAACTGTCTTCTCATGTAAGTGTCTT
CGTGAACAAAGACGGGATCTTCAACTCTCACTGGAATCTGAGGCTGTCCCATTGCTATTC
CTTGGTTAGCCGGCGTGGTTGTTGCAGCACCAACGTTTTGCTTAACAGAATTCAAACACA
AATAGTAGACAATCCCAAGGCCTATAGTGAAAAGCGAGAGGATGGAGCCGATGAAGAAAA
CGCCTGGTTTCACAATGTAGCAGAAGTAGCTGTCGGGAGTCTCCGTCTCCTGGATGTGTT
CATCGTTGAGGGCAACTGCAGTGAGCAGCACGAGGAAAGCCAGCACAAAAGTGAACCATG
AGACAATGAAGGAGACTAAGGCGAGAATCCACTTGGATCTGGTCGGAGAAGGACCTTTTC
TACAACAGAAACAACCGCTACCGACGCTGGCGATGATC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1BS47JQ 696 0 0
ACAACAGTAATCATTCATCATTCATTAATCCAACTACTACCAAGTCTCTCATAGTTTT*G
CTTTCACACGAGAATCACAAAAGATAAAATAAAAAAAAACAAAACAAGCACCAAGCCCTT
TTTTAAAACCTAAAATATCCTCCTATATAACTAGCGTGATCCACAAGCAAGCTTGGTTCT
GTATTTTTTTTTTTTAAGTGAACTGTCTTCTCATGTAAGTGTCTTCGTGAACAAAGACGG
GATCTTCAACTCTCACTGGAATCTGAGGCTGTCCCATTGCTATTCCTTGGTTAGCCGGCG
TGGTTGTTGCAGCACCAACGTTTTGCTTAACAGAATTCAAACACAAATAGTAGACAATCC
CAAGGCCTACAGTGAAAAGCGAGAGGATGGAGCCGATGAAAAAAACGCCTGGTTTCACAA
TGTAGCAAAAGTAGCTGTCGGGAGTCTCCGTCTCCTGGATGTGTTCATCGTTGAGGGCAG
CTGCAGTGAGCAGCACGAGGAAAGCCAGCACAAAAGTGAACCATGAGACAATGAAGGAGA
CTAAGGCGAGAATCCACTTGGATCTGGTCGGAAAAGGACCTTTTCTACAACAGAAACAAC
CGCTACCGACGCTGGCGATGATCTGAGCCATCATGAGAAAGATGGCTGAAGCGAAACCGA
GATTGTAAGCTGGACTTCTCTTGTAAGAGCATTGT
T

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1EL91TF 654 0 0
GTTAGCG
GGCGTGGTTGTTGCAGCACCAACGTTTTGCTTAACAGAATTCAAACACAAATAGTAGACA
ATCCCAAGGCCTATAGTGAAAAGCGAGAGGATGGAGCCGATGAAGAAAACGCCTGGTTTC
ACAATGTAGCAGAAGTAGCTGTCGGGAGTCTCCGTCTCCTGGATGTGTTCATCGTTGAGG
GCAACTGCAGTGAGCAGCACGAGGAAAGCCAGCACAAAAGTGAACCATGAGACAATGAAG
GAGACTAAGGCGAGAATCCACTTGGATCTGGTCGGAGAAGGACCTTTTCTACAACAGAAA
CAACCGCTACCGACGCTGGCGATGATCTGAGCCATCATGAGAAAGATGGCTGAAGCGAAA
CCGAGATTGTAAGCTGGACTTCTCTTGTAAGAGCATTGTTTGACCGAGTCCAATGTGGTA
ACCACGACCTGAGATTTCTTGATTCTGGTAGCTTCAGCAGCGAAGGCAGTAACAACAAAT
AATAAACCCAGAAGTGCTAGCACACCACACATCACCATCTTTCTCTTCTCCATCTCCATC
TACTTCTTCTTCTACTCTGAGATCCTCTCTTTCTCTCTCTTTTCTTCCAACTATATTTTA
TTGGGTTCTTCTTCGTTTGTAAGTAATAAAGCATAAAGTGGGTGT
CC

QA 8 652 8 652
DS 

RD RR1BS47TF 578 0 0
AC
AGTGAAAAGCGAGAGGATGGAGCCGATGAAGAAAACGCCTGGTTTCACAATGTAGCAGAA
GTAGCTGTCGGGAGTCTCCGTCTCCTGGATGTGTTCATCGTTGAGGGCAGCTGCAGTGAG
CAGCACGAGGAAAGCCAGCACAAAAGTGAACCATGAGACAATGAAGGAGACTAAGGCGAG
AATCCACTTGGATCTGGTCGGAGAAGGACCTTTTCTACAACAGAAACAACCGCTACCGAC
GCTGGCGATGATCTGAGCCATCATGAGAAAGATGGCTGAAGCGAAACCGAGATTGTAAGC
TGGACTTCTCTTGTAAGAGCATTGTTTGACCGAGTCCAATGTGGTAACCACGACCTGAGA
TTTCTTGATTCTGGTAGCTTCAGCAGCGAAGGCAGTAACAGCAGATAATAAACCCAGAAG
TGCTAGCACACCACACATCACCATCTTTCTCTTCTCCATCTCAATCTACTTCTTCTTCTA
CTCTGAGATCCTCTCTTTCTCTCTCTTTTCTTCCAACTATATTTTATTGGGTTCTTCTTC
GTTTGTAAGTAATAAAGCATAAAGTGGGTGTGAGAA

QA 3 578 3 578
DS 



AS 1 5

CO CL1575Contig1 634 5 8 U
GGGAGTCTGTAGAGAAGTGGAACAATGGCGTTGAGAGTGACATCGCTAAAACGCGCCGCC
GTTGAGTCATGCCGCATATTCCAAACCCGAAGTTTGAGCCACGCCGCGTCAATGCCTCCG
CCTTTGAACAGCGCCGTCGATCGACCCATCCCTATTCCGCCGCTGATCTCACCAGAGTTC
GATCAGAATCAACCGGGTTCGATTGATGAGAAGAGATTCGGTTTTGGGCTGCCTGATTTT
GGTTTGAGTGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCCAAGAAGAAGGTTTCTAAACACAAG
AGAGGGATTCGAAATGGGCCTAAGGCTCTTAAGCCTGTTCCTGTCATCATCCGTTGCAGG
AGTTGCGGGAGAGTTAAGCTGCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCGAGGAAACCCT
AGTGAGCAAGGCAATTAGATCAACTATTCCAAGATTTCCTTTTATGATTTGTCACTTGTT
GGATGTTTAGAGGGAAAAAAATATCTTGGCTTTCTTAGTCGAGTGATACTATACACTTGG
TTGACTCTGTTTTGTCGAACTATTTGGGCTTTTCTTGCAAAATCATGTTATTCTCATTGT
TTGTTGCAAAGTCTAAGCCAAGCTCATTGGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GM55TF U 7
AF RR1AK63JQ C 1
AF RR1AZ58JQ C 9
AF RR1AZ58TF U 9
AF RR1AK63TF U 1
BS 1 8 RR1AK63JQ
BS 9 10 RR1AK63TF
BS 11 264 RR1AZ58TF
BS 265 265 RR1AK63TF
BS 266 332 RR1AZ58TF
BS 333 333 RR1AK63TF
BS 334 612 RR1AZ58TF
BS 613 634 RR1AK63TF

RD RR1GM55TF 570 0 0
GGGT
AGAGAAGTGGAACAATGGCGTTGAGAGTGACATCGCTAAAACGCGCCGCCGTTGAGTCAT
GCCGCATATTCCAAACCCGAAGTTTGAGCCACGCCGCGTCAATGCCTCCGCCTTTGAACA
GCGCCGTCGATCGACCCATCCCTATTCCGCCGCTGATCTCACCAGAGTTCGATCAGAATC
AACCGGGTTCGATTGATGAGAAGAGATTCGGTTTTGGGCTGCCTGATTTTGGTTTGAGTG
GATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCCAAGAAGAAGGTTTCTAAACACAAGAGAGGGATTC
GAAATGGGCCTAAGGCTCTTAAGCCTGTTCCTGTCATCATCCGTTGCAGGAGTTGCGGGA
GAGTTAAGCTGCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCTAGGAAACCCTAGTGAGCAAG
GCAATTAGATCAACTATTCCAAGATTTCCTTTTATGATTTGTCACTTGTTGGATGTTTAG
AGGGAAAAAAATATCTTGGCTTTCTTAGTCGAGTGATATTATACACTTGGTTGACTCTGT
TTTGTCGAACTATTTGGGCTTTTCTT

QA 5 570 5 570
DS 

RD RR1AK63JQ 634 0 0
GGGAGTCTGTAGAGAAGTGGAACAATGGCGTTGAGAGTGACATCGCTAAAACGCGCCGCC
GTTGAGTCATGCCGCATATTCCAAACCCGAAGTTTGAGCCACGCCGCGTCAATGCCTCCG
CCTTTGAACAGCGCCGTCGACCGACCCATCCCTATTCCGCCGCTGATCTCACCAGAGTTC
GATCAGAATCAACCGGGTTCGATTGATGAGAAGAGATTCGGTTTTGGGCTGCCTGATTTT
GGTTTGAGTGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCCAAGAAGAAGGTTTCTAAACACAAG
AGAGGGATTCGAAATGGGCCTAAGGCTCTTAAGCTTGTTCCTGTCATCATCCGTTGCAGG
AGTTGCGGGAGAGTTAAGCTGCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCGAGGAAACCCT
AGTGAGCAAGGCAATTAGATCAACTATTCCAAGATTTCCTTTTATGATTTGTCACTTGTT
GGATGTTTAGAGGGAAAAAAATATCTTGGCTTTTTTAGTCGAGTGATACTATACACTTGG
TTGACTCTGTTTTGTCGAACTATTTGGGCTTTTCTTGCAAAATCATGTTATTCTCATTGT
TTGTTGCAAAGTTTAAGCCAAGCTCATTGGTATT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1AZ58JQ 605 0 0
GG
AGAGAAGTGGAACAATGGCGTTGAGAGTGACATCGCTAAAACGCGCCGCCGTTGAGTCAT
GCCGCATATTCCAAACCCGAAGTTTGAGCCACGCCGCGTCAATGCCTCCGCCTTTGAACA
GCGCCGTCGATCGACCCATCCCTATTCCGCCGCTGATCTCACCAGAGTTCGATCAGAATC
AACCGGGTTCGATTGATGAGAAGAGATTCGGTTTTGGGCTGCCTGATTTTGGTTTGAGTG
GATCCATGGAGCTAGTGGCTGTGCCCAAGAAGAAGGTTTCTAAACACAAGAGAGGGATTC
GAAATGGGCCTAAGGCTCTTAATCCTGTTCCTGTCATCATCCGTTGCAGGAGTTGCGGGA
GAGTTAAGCTGCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCGAGGAAACCCTAGTGAGCAAG
GCAATTAGATCAACTATTCCAAGATTTCCTTTTATGATTTGTCACTTGTTGGATGTTTAG
AGGGAAAAAAATATCTTGGCTTTCTTAGTCGAGTGATACTATACACTTGGTTGACTCTGT
TTTGTCGAACTATTTGGGCTTTTCTTGCAAAATCATGTTATTCTCATTGTTTGTTGCAAA
GT
C

QA 3 604 3 604
DS 

RD RR1AZ58TF 605 0 0
GG
AGAGAAGTGGAACAATGGCGTTGAGAGTGACATCGCTAAAACGCGCCGCCGTTGAGTCAT
GCCGCATATTCCAAACCCGAAGTTTGAGCCACGCCGCGTCAATGCCTCCGCCTTTGAACA
GCGCCGTCGATCGACCCATCCCTATTCCGCCGCTGATCTCACCAGAGTTCGATCAGAATC
AACCGGGTTCGATTGATGAGAAGAGATTCGGTTTTGGGCTGCCTGATTTTGGTTTGAGTG
GATCCATGGAGCTAGTGGCTGTGCCCAAGAAGAAGGTTTCTAAACACAAGAGAGGGATTC
GAAATGGGCCTAAGGCTCTTAATCCTGTTCCTGTCATCATCCGTTGCAGGAGTTGCGGGA
GAGTTAAGCTGCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCGAGGAAACCCTAGTGAGCAAG
GCAATTAGATCAACTATTCCAAGATTTCCTTTTATGATTTGTCACTTGTTGGATGTTTAG
AGGGAAAAAAATATCTTGGCTTTCTTAGTCGAGTGATACTATACACTTGGTTGACTCTGT
TTTGTCGAACTATTTGGGCTTTTCTTGCAAAATCATGTTATTCTCATTGTTTGTTGCAAA
GT
C

QA 3 604 3 604
DS 

RD RR1AK63TF 634 0 0
GGGAGTCT
GTAGAGAAGTGGAACAATGGCGTTGAGAGTGACATCGCTAAAACGCGCCGCCGTTGAGTC
ATGCCGCATATTCCAAACCCGAAGTTTGAGCCACGCCGCGTCAATGCCTCCGCCTTTGAA
CAGCGCCGTCGACCGACCCATCCCTATTCCGCCGCTGATCTCACCAGAGTTCGATCAGAA
TCAACCGGGTTCGATTGATGAGAAGAGATTCGGTTTTGGGCTGCCTGATTTTGGTTTGAG
TGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCCAAGAAGAAGGTTTCTAAACACAAGAGAGGGAT
TCGAAATGGGCCTAAGGCTCTTAAGCTTGTTCCTGTCATCATCCGTTGCAGGAGTTGCGG
GAGAGTTAAGCTGCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCGAGGAAACCCTAGTGAGCA
AGGCAATTAGATCAACTATTCCAAGATTTCCTTTTATGATTTGTCACTTGTTGGATGTTT
AGAGGGAAAAAAATATCTTGGCTTTCTTAGTCGAGTGATACTATACACTTGGTTGACTCT
GTTTTGTCGAACTATTTGGGCTTTTCTTGCAAAATCATGTTATTCTCATTGTTTGTTGCA
AAGTCTAAGCCAAGCTCATTGGTATT

QA 9 634 9 634
DS 



AS 1 6

CO CL1576Contig1 626 6 5 U
GGCTCTGCTCCCGTCAGGATAAAACCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAAAAATG
GTGCAGCGTCTTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGG
ATCCTCAAAACCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGA
CCTAAATGTCCCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAG
TACAAGAGGTCTCGATTATCCAGAAACAGGAGAACCGTGAACCGTGCGTACGGTGGTGTT
TTGTCTGCTTTGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAG
ATTGTGAAGAAGGTCTTGAAACTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTCGCTCCCAAGAACTAG
AAATCCTATTTTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATAGT
TACTGGTTGCAGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTT
CAATTCGTTTTTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTTATACTTTTC
TCCTTTCAATTTTCTTTTCACATTCC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F905JQ C 5
AF RR1F905TF U 5
AF RR1EU47JQ C 1
AF RR1GW13JQ C 3
AF RR1GW13TF U 3
AF RR1EU47TF U 1
BS 1 4 RR1EU47JQ
BS 5 377 RR1GW13TF
BS 378 378 RR1F905TF
BS 379 605 RR1GW13TF
BS 606 626 RR1EU47TF

RD RR1F905JQ 587 0 0
GGA
CTCCCGTCAGGATAAAACCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAAAAATGGTGCAGC
GTCTTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGGATCCTCA
AAACCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGACCTAAAT
GTCCCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGA
GGTCTCGATTATCCAGAAACAGGAGAACCGTGAACCGTGCGTACGGTGGTGTTTTGTCTG
CTTTGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGA
AGAAGGTCTTGAAACTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTCGCTCCCAAGAACTAGAAATCCT
ATTTTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATATTTACTGGT
TGCAGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTTCAATTCG
TTTTTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTT

QA 4 587 4 587
DS 

RD RR1F905TF 586 0 0
GGA
CTCCCGTCAGGATAAAACCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAAAAATGGTGCAGC
GTCTTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGGATCCTCA
AAACCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGACCTAAAT
GTCCCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGA
GGTCTCGATTATCCAGAAACAGGAGAACCGTGAACCGTGCGTACGGTGGTGTTTTGTCTG
CTTTGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGA
AGAAGGTCTTGAAACTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTCGCTCCCAAGAACTAGAAATCCT
ATTTTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATATTTACTGGT
TGCAGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTTCAATTCG
TTTTTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGT

QA 4 586 4 586
DS 

RD RR1EU47JQ 626 0 0
GGCTCTGCTCCCGTCAGGATAAAGCCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAAAAATG
GTGCAGCGTCTTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGG
ATCCTCAAAACCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGA
CCTAAATGTCCCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAG
TACAAGAGGTCTCGATTATCCAGAAACAGGAGAACCGTGAACCGTGCGTACGGTGGTGTT
TTGTCTGCTTTGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAG
ATTGTGAAGAAGGTCTTGAAACTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTCGCTCCCAAGAACTAG
AAATCCTATTTTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATAGT
TACTGGTTGCGGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTT
CAATTCGTTTTTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTTATACTTTTC
TCCTTTCAATTTTCTTTTCACATTCC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1GW13JQ 605 0 0
GG
CTGCTCCCGTCAGGATAAAACCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAAAAATGGTGC
AGCGTCTTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGGATCC
TCAAAACCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGACCTA
AATGTCCCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACA
AGAGGTCTCGATTATCCAGAAACAGGAGAACCGTGAACCGTGCGTACGGTGGTGTTTTGT
CTGCTTTGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAGATTG
TGAAGAAGGTCTTTAAACTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTCGCTCCCAAGAACTAGAAAT
CCTATTTTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATAGTTACT
GGTTGCAGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTTCAAT
TCGTTTTTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTTATACTTTTCTCCT
T
CC

QA 3 603 3 603
DS 

RD RR1GW13TF 605 0 0
GG
CTGCTCCCGTCAGGATAAAACCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAAAAATGGTGC
AGCGTCTTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGGATCC
TCAAAACCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGACCTA
AATGTCCCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACA
AGAGGTCTCGATTATCCAGAAACAGGAGAACCGTGAACCGTGCGTACGGTGGTGTTTTGT
CTGCTTTGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAGATTG
TGAAGAAGGTCTTTAAACTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTCGCTCCCAAGAACTAGAAAT
CCTATTTTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATAGTTACT
GGTTGCAGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTTCAAT
TCGTTTTTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTTATACTTTTCTCCT
T
CC

QA 3 603 3 603
DS 

RD RR1EU47TF 626 0 0
GGCT
CTGCTCCCGTCAGGATAAAGCCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAAAAATGGTGC
AGCGTCTTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGGATCC
TCAAAACCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGACCTA
AATGTCCCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACA
AGAGGTCTCGATTATCCAGAAACAGGAGAACCGTGAACCGTGCGTACGGTGGTGTTTTGT
CTGCTTTGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAGATTG
TGAAGAAGGTCTTGAAACTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTCGCTCCCAAGAACTAGAAAT
CCTATTTTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATAGTTACT
GGTTGCGGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTTCAAT
TCGTTTTTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTTATACTTTTCTCCT
TTCAATTTTCTTTTCACATTCC

QA 5 626 5 626
DS 



AS 1 6

CO CL1577Contig1 665 6 4 U
GGGGGATAAAAAGATGATCAAAATGCCATTACATAAGACACACAAACCGGGTAGTAACAA
AGACCAACAACAAGATATTGGCTCAAAAGCTTCAAATTGATTTGCGTTTTGATAGCATTA
CGATTCAATCACAATGAAAAGAAGAGACTTTTGAAACTGAAAAATTTAGAGATCAGACTC
GATGAGGTAATCCCCGAGCCTCTCCACAACCAAGTTGCATTGACCACCAGTCATGGGCTC
CTCGTAGATGCCAATGACCAATGCTTGATTCGTCTTCTTGATAGTAACTCCTCCAGGTCC
CTTCTTGCCTCGGATCACAGCTCCTGGCTCACCTTGAATAACCATGTACTTGGCTCCACC
CAGAAAGAGTCCGGTTGGTGCAAGATGCCCAGGCTCCTCGAAGTCCTTTGTGATTCCTTT
GATTTCTTCACTCTTCAACTGAGGGAAATTGGCGCTCTGAGCCCAGACACTGCCGTCTTG
GCCGAGAATAGCGGCGGCGGTGAGCTGGCTGCCTTCGACGTCGCACATGAGGTGGTCATC
AACGTACGATTGCCACGACATCTTCTTCTTCTTTTTTTTCTCCGGTGGGTTTTTTTTTTT
TTTTTTT***TTAATGTGAAAGACTTGTTGTCTACTTCTCTCTCTTAATGTGAGCTTTTG
ATCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 

AF RR1CM28TF C 176
AF RR1EA19JQ U 1
AF RR1CM28JQ U 13
AF RR1CO26JQ U 11
AF RR1EA19TF C 1
AF RR1CO26TF C 137
BS 1 246 RR1EA19JQ
BS 247 247 RR1CO26JQ
BS 248 612 RR1EA19JQ
BS 613 665 RR1EA19TF

RD RR1CM28TF 383 0 0
GACTCGATGAGGTAATCCCCGAGCCTCCCCACAACCAAGTTGCATTGACCACCAGTCATG
GGCTCCTCGTAGATGCCAATGACCAATGCTTGATTCGTCTTCTTGATAGTAACTCCTCCA
GGTCCCTTCTTGCCTCGGATCACAGCTCCTGGCTCACCTTGAATAACCATGTACTTGGCT
CCACCCAGAAAGAGTCCGGTTGGTGCAAGATGCCCAGGCTCCTCGAAGTCCTTTGTGATT
CCTTTGATTTCTTCACTCTTCAACTGAGGGAAATTGGCGCTCTGAGCCCAGACACTGCCG
TCTTGGCCGAGAATAGCGGCGGCGGTGAGCTGGCTGG*TTCGACGTCGCACATGAGGTGG
TCATCAACGTACGATTGCC
CCGA

QA 1 379 1 379
DS 

RD RR1EA19JQ 612 0 0
GGGGGATAAAAAGATGATCAAAATGCCATTACATAAGACACACAAACCGGGTAGTAACAA
AGACCAACAACAAGATATTGGCTCAAAAGCTTCAAATTGATTTGCGTTTTGATAGCATTA
CGATTCAATCACAATGAAAAGAAGAGACTTTTGAAACTGAAAAATTTAGAGATCAGACTC
GATGAGGTAATCCCCGAGCCTCTCCACAACCAAGTTGCATTGACCACCAGTCATGGGCTC
CTCGTAAATGCCAATGACCAATGCTTGATTCGTCTTCTTGATAGTAACTCCTCCAGGTCC
CTTCTTGCCTCGGATCACAGCTCCTGGCTCACCTTGAATAACCATGTACTTGGCTCCACC
CAGAAAGAGTCCGGTTGGTGCAAGATGCCCAGGCTCCTCGAAGTCCTTTGTGATTCCTTT
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TTTTTTT***TTAATGTGAAAGACTTGTTGTCTACTTCTCTCTCTTAATGTGAGCTTTTG
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DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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QA 1 678 1 678
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QA 1 708 1 708
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TCAAGGAGGGATTCACTTGGGCTTCCTTTCTTATAACAAAACTGACAAGCTTCTTGTTGT
GGTGTTTGGTCTGTTAGATTGGATCTTTTACTTCTGCTTCTCCTCCACTTCTGTTTGGGA
GGATGATCCTGACTGGTGATTGTCGTCCTTTGGCTTGGCTGGAGAGACTTTGGCAGGTGT
TGAACGCTCAGACTGAGAAGAGCGGATCAGGATCTGCATACAGAGAGTGATGATACCTAG
ACCAAGCGCCGACAAAGCAATGCCTTTCCATGAGGAAAAGAGATTTGACCAGTGTAAGAA
CTTCATTGCTCCAAGAGTTAGTAGGCATGCCCATGATACAACCACAGCAAGAGACTTTAT
GGGACGGCCAATGTTCTGTTCTTTCTGGCCAGGGAAAGTATCAGCAGCTATGTGTTTGTC
TAACAGTGCATCCTTAGCCACAAACTGATCTCTGCACCACTGCGCAATTTCGTCTTCTGA
TTCAGGCAAGTCTTTCATCGAGTGACACTTGATGTGAACATGCACCACAGAAGGTTGTCC
TTTGAATAGTCTT

QA 1 733 1 733
DS 

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AGACTTTGGCAGGTGTTGA*CGCTCAGACTGAGAAGAGCGGATCAGGATCTGCATACAGA
GAGTGATGATAC*TAGACCAAGCGCCGACAAAGCAATGCCTTTCCATGAGGAAAAGAGAT
TTGACCAGTGTAAGAACTTCATTGCTCCAAGAGTTAGTAGGCATGCCCATGATGCAACCA
CAGCAAGAGACTTTATGGGACGGCCAATGTTCTGTTCTTTCTGGCCAGGGAAAGTGTCAG
CAGCTATGTGTTTGTCTAACAGTGCATCCTTAGCCACAAACTGATCTCTGCACCACTGCG
CAATTTCGTCTTCTGATTCAGGCAAGTCTTTCATCGAGTGACACTTGATGTGAACATGCA
CCACAGAAGGTTGTCCTTTGAATAGTCTTAGCATCGTTGGGGGTGGAGAAGTTTTTGGAA
TAGCCACGGTCATATCATATATGGCTGGCACAAATGAACGCATGTTACTAACTGCTGACA
CAAAACCTTT*GGTGCGAGGAATCAACACATTTCGAGGGATAGGCAACTCAGAGGAGGCT
GTGAACTCTTGTGCTGCTTTAAGTTTTGCCTCTATGAAACGGGTTCCCTCCACAAAAAGG
GCTAACCAGAAAGGCCGTGGGAAGTCGTTCAAGCGTTGAAGACCTGACTTTAAAGTGCTT
TCATCCTTTGCCCAATTTCGTTCCAGAAACAGATACTCAGAGAACCACATTGACCAGCCT
ATGACTGGAAGAAATTTGGAAGACTTCTTCATTACAGCTAGTGCGCTTCC
C

QA 19 788 19 788
DS 

RD RR1AW52TF 892 0 0
CACCACTGCGCAATTTCGTCT*CTGAT*CAGGCAAGTCTTTCATCGAGTGACACTTGATG
TGAACATGCACCACAGAAGGGTGTCCTTTGAATAGTCTTAGCATCGTTGGGGGTGGAGAA
GTTTTTGGAATAGCCACGGTCATATCATATATGGCTGGCACAAATGAACGCATGTTACTA
ACTGCTGACACAAAACCTTTTGGTGCGAGGAATCAACACATTTCGAGGGATAGGCAACTC
AGAGGAGGCTGCGAACTCTTGTGCTGCTTTAAGTTTTGCCTCTGTGAAACGGGTTCCCTC
CACAAAAAGGGCTAACCAGAAAGGCCGTGGGAAGTCGTTCAAGCGTTGAAGACCTGACTT
TAAAGTGCTTTCATCCTTTGCCCAATTTCGTTCCAGAAACAGATACTCAGA**ACCACAT
TGACCAGCCTATGACTGGAAGAAATTTGGAAGACTTCTTCATTACAGCTAGTGCGCTTCC
AAGGCAACCTGACCTCTGAGCCAGAATCCATCCCACTAGCCAATCAATATCACTTCGGTG
ATTACAGACGACAAGAGCATGTTCTTTTCCCATTCGGTTGAAGGTCTCATCATCAGCAAA
CACTTGGATCTTGACACCAGCCCACCAGTCAACGATCCAGACAAGCTCAAGCCACAAGGT
TTCTGCAACCACCCGGTTGATTTTTCTGTATGTGTTCTTAGACAGAGGTCGAATGATGAC
ATAGCAAACCGCCTGGAGGAGATTGACAACGAGGCCGGAAATGAAGAAGAGAATCCCCAA
AGGCACAATCACAACTGCTGCCATCGCCATGGAACCGAACCCAAGGAATCAAAACAACAC
TGTCGTTTCACATTAACCAAAGATGGCGAATTTTAACTCCCCCCACCCGTCC

QA 1 892 1 892
DS 

RD RR1H264TF 533 0 0
TTTAAAGTGCTTTCATCCTTTGCCCAATTTCGTTCCAGAAACAGATACTCAGAGAACCAC
ATTGACCAGCCTATGACTGGAAGAAATTTGGAAGACTTCTTCATTACAGCTAGTGCGCTT
CCAAGGCAACCTGACCTCTGAGCCAGAATCCATCCCACTAGCCAATCAATATCACTTCGG
TGATTACAGACGACAAGAGCATGTTCTTTTCCCATTCGGTTGAAGGTCTCATCATCAGCA
AACACTTGGATCTTGACACCAGCCCAACAGTCAACGATCCAGACAAGCTCAAGCCACAAG
GTTTCTGCAGCCACCCGGTTGATTTTTCTGTATGTGTTCTTAGACAGAGGTCGAATGATG
ACATAGCAAACCGCCTGGAGGAGATTGACAACGAGGCCGGAAATGAAGAAGAGAATCCCC
AAAGGCACAATCACAGCTGCTGCCATCGCCATGGAACCGAACCCAAGGAATCAAAACAAC
ACTGTCGTTTCACATTAACCAAAGATGGCGAATTTTAACTCCCCCCACCCGTC

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 5

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CGAAGATAGATTCAGATCGGAAACGGAAGAAAGACTCTGTCTCTTCGACAGATCAATCAA
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ATCTCGCAGGAAGGCGTCGTGGAAGGATCCGGAAGGTAAGATCGTCATGGCTACCACCAG
AGAATCAGCCGTCGAACAGCTTAAATCGATCCGTGAAGACATCCTCTCTGGCAAAGCCAA
CTTCGAGGATGTGGCCACTCGTGTTTCCGACTGTAGCTCTGCTAAACGCGGCGGCGATCT
AGGTCCATTTGGGCGAGGTCAAATGCAGAAACCGTTTGAGGAAGCAACATACGCACTGAA
GGTGGGTGATATAAGCGAGATTGTGGACACAGACAGTGGAGTCCATATCATAAAGAGAAC
AGCTTGATCTGTTTATCTCCTTCAAAGCCTCCTCCTATCATGTACCAAAAGTTACCAGCT
TTTTTTATTTACCTTCTCTTCTTTGACCAAAGATAGAAGATTGAATAATAAGATAAAAAG
CTTTGCTATCGTGGCTTTGGTTCTGCATCTTTATATGGATTTGATACAACCAAACATATG
ATAAAGACA*GAAACTGTATCTTAGTTACTTCTCATAATTTCATAATAACGAATTTCTGT
TGTGAC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 

AF RR1FT27JQ C 1
AF RR1FT27TF U 1
AF RR1H427TF U 3
AF RR1GH62TF U 1
AF RR1H427JQ C 417
BS 1 4 RR1FT27JQ
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RD RR1FT27JQ 670 0 0
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AGGTCCATTTGGGCGAGGTCAAATGCAGAAACCGTTTGAGGAAGCAACATACGCACTGAA
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GCTATC

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GG
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CGCAGGAAGGCGTCGTGGAAGGATCCGGAAGGTAAGATCATCATGACTACCACCAGAGAA
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TTTC

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR1GH62TF 783 0 0
GGGC
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GATAGATTCAGATCGGAAA*GGAAGAAAGACTCTGTCTCTTCGACAAATCAATCAAAGGA
CAAGAGAGCCGATCACCACCACACCACCACCATCACCAAAGCAAGCACCGTAAGAAGAGC
AAGATGGCGTCGAGAGACCAAGTCAAGGCCTCGCACATTCTGATCAAGCATCAAGGATCT
CGCAGGAAGGCGTCGTGGAAGGATCCGGAAGGTAAGATCATCATGACTACCACCAGAGAA
TCAGCCGTCGAACAGCTTAAATCGATCCGTGAAGACATCCTCTCTGGCAAAGCCAACTTC
GAGGATGTGGCCACTCATGTTTCCGACTGTAGCTCTGCTAAACGCGGCGGCGATCTAGGT
CCATTTGGGCGAGGTCACATGCAGAAACCGTTTGAGGAAGCAACATACGCACTGAAGGTG
GGTGATATAAGCGAGATTGTGGACACAGACAGTGGAGTCCATATCATAAAGAGAACAGCT
TGATCTGTTTATCTCCTTCAAAGCCTCCTCCTATCATGTACCAAAAGTTACCAGCTTTTT
TTATTTACCTTCTCTTCTTTGACCAAAGATAGAAGATTGAATAATAAGATAAAAAGCTTT
GCTATCGTGGCTTTGGTTCTGCATCTTTATATGGATTTGATACAACCAAACATATGATAA
AGACA*GAAACTGTATCTTAGTTACTTCTCATAATTTCATAATAACGAATTTCTGTTGT

QA 5 783 5 783
DS 

RD RR1H427JQ 370 0 0
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TGAAGGTGGGTGATATAAGCGAGATTGTGGACACAGACAGTGGAGTCCATATCATAAAGA
GAACAGCTTGATCTGTTTATCTCCTTCAAAGCCTCCTCCTATCATGTACCAAAAGTTACC
AGCTTTTTTTATTTACCTTTTCTTCTTTGACCAAAGATAGAAGATTGAATAATAAGATAA
AAAGCTTTGCTATCGTGGCTTTGGTTCTGCATCTTTATATGGATTTGATACAACCAAACA
TATGATAAAGACAAGAAACTGTATCTTAGTTACTTCTCATAATTTCATAATAACGAATTT
CTGTTGTGAC

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 6

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GGACCCGATCTCCAAGAAAAATAAACACACTACTAATTCTTAGTCTTTGTTAGAACATTT
CCGCTACAAACAAATGGCTCCAAGAACCTCTCTTTCACTCTTCCTTGCTGTCAACCTCCT
CTTCTTCACTTACACTTCTGCTACATGCTACAAGTGCATCCCCACGCCAGCGACCCCAAG
CACCCCAAGCACAGGCTCTTGTCCTAAAGATTCCCTACAGCTAGGTGTTTGCGCTAATGT
GCTCAATCTAGTGAACCTAAAATTGGGAAACCCACCCGTAAAGCCATGCTGCTCTCTCAT
TGCAGGCTTGGCTGACCTTGAGGCTGCGGTCTGTCTCTGTACCATGCTCAAAGCTAGCAT
TCTTGGCATCAACCTTAACCTTCCCATCAATCTGAGCGTACTCCTCAATGTTTGTAGTAG
AAATGCTCCAAAGAATTTCCTATGCGCATAAGTTGAATACTTATCTAAAGCCAACCTTAA
GAAAAAAATCATAAGGTTTACGAATGCTTGAACTTATTACCTTGTCTTCTTGTGGTTTTT
TAATTGGTGATTATTTTCTGTTGTACGTATTTCTCTTGGATTGTTTTAAACGGTGAATGT
AACGTTCACATGCAATAATATGGATTATGTATGGGTTTGTGTGTGTTATCTGCAAGTTTA
TACTTCTTTTGCTTCATTGTTCATCCATATCTGTTGTATTTGTTTCTTTTGCATTTGATT
AATAAAAGTACCAATCGATGTTGTTGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1EO13TF U 1
AF RR1EO13JQ C 49
AF RR1BS87TF U 1
AF RR1GZ26TFB U 1
AF RR1EQ76TF U 85
AF RR1EQ76JQ C 202
BS 1 312 RR1BS87TF
BS 313 313 RR1EO13TF
BS 314 521 RR1BS87TF
BS 522 522 RR1EO13TF
BS 523 702 RR1BS87TF
BS 703 709 RR1GZ26TFB
BS 710 710 RR1EQ76TF
BS 711 726 RR1GZ26TFB
BS 727 727 RR1EQ76TF
BS 728 745 RR1GZ26TFB
BS 746 748 RR1EQ76JQ

RD RR1EO13TF 653 0 0
GGACCCGATCTCCAAGAAAAATAAACACACTACTAATTCTTAGTCTTTGTTAGAACATTT
CCGCTACAAACAAATGGCTCCAAGAACCTCTCTTTCACTCTTCCTTGCTGTCAACCTCCT
CTTCTTCACTTACACTTCTGCTACATGCTACAAGTGCATCCCCACGCCAGCGACCCCAAG
CACCCCAAGCACAGGCTCTTGTCCTAAAGATTCCCTACAGCTAGGTGTTTGCGCTAATGT
GCTCAATCTAGTGAACCTAAAATTGGGAAACCCACCCGTAAAGCCATGCTGCTCTCTCAT
TGCAGGCTTGGCTGACCTTGAGGCTGCGGTCTGTCTCTGTACCATGCTCAAAGCTAGCAT
TCTTGGCATCAACCTTAACCTTCCCATCAATTTGAGCGTACTCCTCAATGTTTGTAGTAG
AAATGCTCCAAAGAATTTCCTATGCGCATAAGTTGAATACTTATCTAAAGCCAACCTTAA
GAAAAAAATCATAAGGTTTACGAATGCTTGAACTTATTACCTTGTCTTCTTGTGGTTTTT
TAATTGGTGATTATTTTCTGTTGTACGTATTTCTCTTGGATTGTTTTAAACGGTGAATGT
AACGTTCACGTGCAATAATATGGATTATGTATGGGTTTGTGTGTGTTATCTGC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1EO13JQ 560 0 0
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TGTCAACCTCCTCTTCTTCACTTACACTTCTGCTACATGCTACAAGTGCATCCCCACGCC
AGCGACCCCAAGCACCCCAAGCACAGGCTCTTGTCCTAAAGATTCCCTACAGCTAGGTGT
TTGCGCTAATGTGCTCAATTTAGTGAACCTAAAATTGGGAAACCCACCCGTAAAGCCATG
CTGCTCTCTCATTGCAGGCTTGGCTGACCTTGAGGCTGCGGTCTGTCTCTGTACCATGCT
CAAAGCTAGCATTCTTGGCATCAACCTTAACCTTCCCATCAATTTGAGCGTACTCCTCAA
TGTTTGTAGTAGAAATGCTCCAAAGAATTTCCTATGCGCATAAGTTGAATACTTATCTAA
AGCCAACCTTAAGAAAAAAATCATAAGGTTTACGAATGCTTGAACTTATTACCTTGTCTT
CTTGTGGTTTTTTAATTGGTGATTATTTTCTGTTGTACGTATTTCTCTTGGATTGTTTTA
AACGGTGAATGTAACGTTCA

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1BS87TF 702 0 0
GGACCCGATCTCCAAGAAAAATAAACACACTACTAATTCTTAGTCTTTGTTAGAACATTT
CCGCTACAAACAAATGGCTCCAAGAACCTCTCTTTCACTCTTCCTTGCTGTCAACCTCCT
CTTCTTCACTTACACTTCTGCTACATGCTACAAGTGCATCCCCACGCCAGCGACCCCAAG
CACCCCAAGCACAGGCTCTTGTCCTAAAGATTCCCTACAGCTAGGTGTTTGCGCTAATGT
GCTCAATCTAGTGAACCTAAAATTGGGAAACCCACCCGTAAAGCCATGCTGCTCTCTCAT
TGCAGGCTTGGCCGACCTTGAGGCTGCGGTCTGTCTCTGTACCATGCTCAAAGCTAGCAT
TCTTGGCATCAACCTTAACCTTCCCATCAATCTGAGCGTACTCCTCAATGTTTGTAGTAG
AAATGCTCCAAAGAATTTCCTATGCGCATAAGTTGAATACTTATCTAAAGCCAACCTTAA
GAAAAAAATCATAAGGTTTACGAATGCTTGAACTTATTACCCTGTCTTCTTGTGGTTTTT
TAATTGGTGATTATTTTCTGTTGTACGTATTTCTCTTGGATTGTTTTAAACGGTGAATGT
AACGTTCACATGCAATAATATGGATTATGTATGGGTTTGTGTGTGTTATCTGCAAGTTTA
TACTTCTTTTGCTTCATTGTTCATCCATATCTGTTGTATTTG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1GZ26TFB 745 0 0
GGACCCGATCTCCAAGAAAAATAAACACACTACTAATTCTTAGTCTTTGTTAGAACATTT
CCGCTACAAACGAATGGCTCCAAGAACCTTTCTTTCACTCTTCCTTGCTGTCAACCTCCT
CTTCTTCACTTACACTTCTGCTACATGCTACAAGTGCATCCCCACGCCAGCGACCCCAAG
CACCCCAAGCACAGGCTCTTGTCCTAAAGATTCCCTACAGCTAGGTGTTTGCGCTAATGT
GCTCAATCTAGTGAACCTAAAATTGGGAAACCCACCCGTAAAGCCATGCTGCTCTCTCAT
TGCAGACTTGGCTGACCTTGAGGCTGCGGTCTGTCTCTGTACCATGCTCAAAGCTAGCAT
TCTTGGCATCAACCTTAACCTTCCCATCAATCTGAGCGTACTCCTCAATGTTTGTAGTAG
AAATGCTCCAAAGAATTTCCTATGCGCATAAGTTGAATACTTATCTAAAGCCAACCTTAA
GAAAAAAATCATAAGGTTTACGAATGCTTGAACTTATTACCTTGTCTTCTTGTGGTTTTT
TAATTGGTGATTATTTTCTGTTGTACGTATTTCTCTTGGATTGTTTTAAACGGTGAATGT
AACGTTCACATGCAATAATATGGATTATGTATGGGTTTGTGTGTGTTATCTGCAAGTTTA
TACTTCTTTTGCTTCATTGTTCATCCATATCTGTTGTATTTGTTTCTTT*GCATTTGATT
AATAAA*GTACCAATCGATGTTGTT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1EQ76TF 664 0 0
G
ACCTCTCTTTCACTCTTCCTTGCTGTCAACCTCCTCTTCTTCACTTACACTTCTGCTACA
TGCTACAAGTGCATCCCCACGCCAGCGACCCCAAGCACCCCAAGCACAGGCTCTTGTCCT
AAAGATTCCCTACAGCTAGGTGTTTGCGCTAATGTGCTCAATCTAGTGAACCTAAAATTG
GGAAACCCACCCGTAAAGCCATGCTGCTCTCTCATTGCAGGCTTGGCTGACCTTGAGGCT
GCGGTCTGTCTCTGTACCATGCTCAAAGCTAGCATTCTTGGCATCAACCTTAACCTTCCC
ATCAATCTGAGCGTACTCCTCAATGTTTGTAGTAGAAATGCTCCAAAGAATTTCCTATGC
GCATAAGTTGAATACTTATCTAAAGCCAACCTTAAGAAAAAAATCATAAGGTTTACGAAT
GCTTGAACTTATTACCTTGTCTTCTTGTGGTTTTTTAATTGGTGATTATTTTCTGTTGTA
CGTATTTCTCTTGGATTGTTTTAAACGGTGAATGTAACGTTCACATGCAATAATATGGAT
TATGTATGGGTTTGTGTGTGTTATCTGCAAGTTTATACTTCTTTTGCTTCATTGTTCATC
CATATCTGTTGTATTTGTTTCTTTTGCATTTGATTAATAAAAGTACCAATCGATGTTGTT
GGC

QA 2 661 2 661
DS 

RD RR1EQ76JQ 547 0 0
TCCTAAAGATTCCCTACAGCTAGGTGTTTGCGCTAATGTGCTCAATCTAGTGAACCTAAA
ATTGGGAAACCCACCCGTAAAGCCATGCTGCTCTCTCATTGCAGGCTTGGCTGACCTTGA
GGCTGCGGTCTGTTTCTGTACCATGCTCAAAGCTAGCATTCTTGGCATCAACCTTAACCT
TCCCATCAATCTGAGCGTACTCCTCAATGTTTGTAGTAGAAATGCTCCAAAGAATTTCCT
ATGCGCATAAGTTGAATACTTATCTAAAGCCAACCTTAAGAAAAAAATCATAAGGTTTAC
GAATGCTTGAACTTATTACCTTGTCTTCTTGTGGTTTTTTAATTGGTGATTATTTTCTGT
TGTACGTATTTTTCTTGGATTGTTTTAAACGGTGAATGTAACGTTCACATGCAATAATAT
GGATTATGTATGGGTTTGTGTGTGTTATCTGCAAGTTTATACTTCTTTTGCTTCATTGTT
CATCCATATCTGTTGTATTTGTTTCTTTTGCATTTGATTAATAAAAGTACCAATCGATGT
TGTTGGC

QA 1 547 1 547
DS 



AS 2 5

CO CL1581Contig1 854 2 3 U
AAGTTTGTGATTTGTCTTCTGTTAATGATATAAAGTCATTTGCTTCGACTTTTGCTTCCA
AGGATGTTCCTGTTCATGTCCTGGTTAATAACGCCGGTCTGCTCGAGAACAAACGGACTA
CTACACCCGATGGATTCGAGCTTAACTTCGCAATAAATGTACTTGGGACATACACGATGG
CAGAGCTGATGCTTCCACTGTTGGAGAAAGCCTCACCTGACTCCAAAGTCATCACCGTCT
CCTCTGGTGGAATGTACACGTCGCCACTTACAACAGATCTTCAGTTTAGTGGTGAAAAGT
TCGATGGAGTGTTACAATACGCACGGAATAAAAGAATCCAGGTGGCTCTGACAGAAAAAT
GGGCTGATAAGTACAAGAACAAAGGCATAGGTTTCTACTCGATGCACCCTGGCTGGGCTG
AGACACCTGGTGTCGCCAGGAGTTTGCCCAGTTTCAAAGAATCGTTCTCTGGTAAGCTTA
GAACAAGCGAAGAAGGAGCAGACACTGTCGTATGGCTAGCACTTCAGCCTAAGGAGAAGC
TCGTCTCTGGTGCATTCTATTTCGATAGAGCAGAAGCACCAAAACATCTGACGCTTGCAG
GTACAAGCAAGTCTCATGACCTTATCGACGCTGTCATTGATTCAGTGCACTCCATGGCAG
CTCTTTGATCCTTAAATCTCTATCTTATCTTCTCCATTGTGGTTTTCTCTCGAGAATAAA
ATGTGATCGGTCTCAGGTAAATATCACACAATGAAATAAAGATTCAAATATTAAACTTTT
CTTTCTTTCCGTGGAAGTATTATTGTGCTGGATGATTTAATATAATATCTTGTACTAATA
ACAGAAGAAATACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A721TF U 10
AF RR1A721JQ C 1
BS 1 9 RR1A721JQ
BS 10 725 RR1A721TF
BS 726 854 RR1A721JQ

RD RR1A721TF 716 0 0
ATTTGTCTTCTGTTAATGATATAAAGTCATTTGCTTCGACTTTTGCTTCCAAGGATGTTC
CTGTTCATGTCCTGGTTAATAACGCCGGTCTGCTCGAGAACAAACGGACTACTACACCCG
ATGGATTCGAGCTTAACTTCGCAATAAATGTACTTGGGACATACACGATGGCAGAGCTGA
TGCTTCCACTGTTGGAGAAAGCCTCACCTGACTCCAAAGTCATCACCGTCTCCTCTGGTG
GAATGTACACGTCGCCACTTACAACAGATCTTCAGTTTAGTGGTGAAAAGTTCGATGGAG
TGTTACAATACGCACGGAATAAAAGAATCCAGGTGGCTCTGACAGAAAAATGGGCTGATA
AGTACAAGAACAAAGGCATAGGTTTCTACTCGATGCACCCTGGCTGGGCTGAGACACCTG
GTGTCGCCAGGAGTTTGCCCAGTTTCAAAGAATCGTTCTCTGGTAAGCTTAGAACAAGCG
AAGAAGGAGCAGACACTGTCGTATGGCTAGCACTTCAGCCTAAGGAGAAGCTCGTCTCTG
GTGCATTCTATTTCGATAGAGCAGAAGCACCAAAACATCTGACGCTTGCAGGTACAAGCA
AGTCTCATGACCTTATCGACGCTGTCATTGATTCAGTGCACTCCATGGCAGCTCTTTGAT
CCTTAAATCTCTATCTTATCTTCTCCATTGTGGTTTTCTCTCGAGAATAAAATGTG

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1A721JQ 854 0 0
AAGTTTGTGATTTGTCTTCTGTTAATGATATAAAGTCATTTGCTTCGACTTTTGCTTCCA
AGGATGTTCCTGTTCATGTCCTGGTTAATAACGCCGGTCTGCTCGAGAACAAACGGACTA
CTACACCCGATGGATTCGAGCTTAACTTCGCAATAAATGTACTTGGGACATACACGATGG
CAGAGCTGATGCTTCCACTGTTGGAGAAAGCCTCACCTGACTCCAAAGTCATCACCGTCT
CCTCTGGTGGAATGTACACGTCGCCACTTACAACAGATCTTCAGTTTAGTGGTGAAAAGT
TCGATGGAGTGTTACAATACGCACGGAATAAAAGAATCCAGGTGGCTCTGACAGAAAAAT
GGGCTGATAAGTACAAGAACAAAGGCATAGGTTTCTACTCGATGCACCCTGGCTGGGCTG
AGACACCTGGTGTCGCCAGGAGTTTGCCCAGTTTCAAAGAATCGTTCTCTGGTAAGCTTA
GAACAAGCGAAGAAGGAGCAGACACTGTCGTATGGCTAGCACTTCAGCCTAAGGAGAAGC
TCGTCTCTGGTGCATTCTATTTCGATAGAGCAGAAGCACCAAAACATCTGACGCTTGCAG
GTACAAGCAAGTCTCATGACCTTATCGACGCTGTCATTGATTCAGTGCACTCCATGGCAG
CTCTTTGATCCTTAAATCTCTATCTTATCTTCTCCATTGTGGTTTTCTCTCGAGAATAAA
ATGTGATCGGTCTCAGGTAAATATCACACAATGAAATAAAGATTCAAATATTAAACTTTT
CTTTCTTTCCGTGGAAGTATTATTGTGCTGGATGATTTAATATAATATCTTGTACTAATA
ACAGAAGAAATACA

QA 1 854 1 854
DS 



CO CL1581Contig2 1137 3 8 U
TACGACTAATCTAACACCTCTCTCTCTCCACCAACTCAGGAACTCGCATCATCTTATCAT
CATCTTCCGTAACTAAACCAAAATATTCCTCTTAAAGACATGGAGATCAACCGCTTTCGG
GATTTATGGCTATATGAATTTCACCAAGAATGGTTTCCTAGACCATTCAAAGAAGTTCAA
ACCTGAAGATATGCAGATACAAATACAAGGAAAGAATTGTGTGGTCACTGGAGCTAACTC
TGGTATTGGTTACGCCGCTGCTGAAGGTCTTGCTTCACGTGGAGCCAATGTTTACATGGT
GTGTCGGAACAAGGAAAGAGGAGAAGAGGCTCTTTCTAAGATTCAAAACTCTACAGGAAA
CCAGAATGTCTACCTTGAAGTTTGTGATTTGTCTTCTGTTAATGATATAAAGTCATTTGC
TTCGACTTTTGCTTCCAAGGATGTTCCTGTTCATGTCCTGGTTAATAACGCCGGTTTGCT
CGAGAACAAACGGACTACTACACCCGATGGATTCGAGCTTAACTTCGCAATAAATGTACT
TGGGACATACACGATGACAGAGCTGATGCTTCCACTGTTGGAGAAAGCCTCACCTGACTC
CAAAGTCATCACCGTCTCCTCTGGTGGAATGTACACGTCGCCACTTACAACAGATCTTCA
GTTTAGTGGTGAAAAGTTCGATGGAGTGTTACAATACGCCAGGAGTTTGCCCAGTTTCAA
AGAATCGTTCTCTGGTAAGCTTAGAACAAGCGAAGAAGGAGCAGACACTGTCGTATGGCT
AGCACTTCAGCCTAAGGAGAAGCTCGTCTCTGGTGCATTCTATTTCGATAGAGCGGAAGC
ACCAAAACATCTGACGCTTGCAGGTACAAGCAAGTCTCATGACCTTATCGACGCTGTCAT
TGATTCAGTGCACTCCATGGCAGCTCTTTGATCCTTAAATCTCTATCTTATCTTCTCCAT
TGTGGTTTTCTCTCGAGAATAAAATGTGATCGGTCTCAGGTAAATATCACACAATGAAAT
AAAGATTCAAATATTAAACTTTCTTTCTTTCCGTGGAAGTATTATTGTGCTGGGATGATT
TAATATAATATCTTGTACTAATAACAGAAGAAATACACATGGTTTTTTAGCATTGGC


BQ
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AF RR1BB58TF U 367
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G
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G
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QA 2 771 2 771
DS 



AS 1 3

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AGATCCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX28JQ U 265
AF RR1AA55JQ U 1
AF RR1AA55TF C 324
BS 1 865 RR1AA55JQ
BS 866 1208 RR1AA55TF

RD RR1BX28JQ 288 0 0
CTCCCATCCATCCTCTTCTTCCACTCTCTTGAAGTACTGCTCTACCATGCTATCCTTCAT
ATCCTCCAGTCGCCTTGGCTCCCACTTTGGATTCCTATCTTTGTCTATCAATATTGCTAC
ACCCCTCCACAAAATCTTTGCTTATTTCCCCCTTCATCACATGAGACACTATTCTGTTCT
CACGGATAAAACACTGCCCCACCCCTTGCAATCGTCCTTCTCTTATCGATCTAAGAGAGA
TTTTAAGGCTTGCTGGAAAAGCTTTCTTCAATGCTCCAATGGTAGCTG

QA 1 288 1 288
DS 

RD RR1AA55JQ 865 0 0
AGGAAATCGATAGGTTTAGATGATTGGTTTGTGGATTTTACTTGTTTTAGTTATCTCTAT
TCGCAGGTACATCACAGATCACATTCTTTTAGGTATTTCTATCTGCAAGTACATAATTGT
TCATGACACAAGTCGAGTTGATTCTCTATGTTGGTTTATGGGTTTAGTCCACGCAATGCA
AGATGAGCTCCATGCACCTTGTCAACTTCACAGCTTTGCGATCACTGAAGCAGGCAAGTG
TTTCCTTGGAGGAAACTTTAGATCCTCCCATCCATCCTCTTCTTCCACTCTCTTGAAGTA
CTGCTCTACCATGCTATCCTTCATATCCTCCAGTCGCCTTGGCTCCCACTTTGGATTCCT
ATCTTTGTCTATCAATATTGCTACACCCCTCCACAAAATCTTTGCTTATTTCCCCCTTCA
TCACATGAGACACTATTCTGTTCTCACGGATAAGACACTGCCCCACCCCTTGCAATCGTC
CTTCTCTTATCGCTCTAAGAGAGATTTTAAGGCTTGCTGGAGAAGCTTTCTTCAATGCTC
CAATGGTAGCTGAGATCCAATCATCTTGTTTATGAGTTGCAAGACCACAAGCAAGCATTT
CAGCGCCATCTAACTTAGCTCCAGTGAGGCCAACATACTCTCCAAAAAATCCAGGGAGCC
TTGACAAGAAGTAGGAGGCGCCTACGTCTGGAAATAGCCCTAGAGCTGTCTCAGGCATGG
CAAAAACCGTGTTTTCTGTTGCAATACGAAATCTACCATGGATGCAGACACCAGCTCCAC
CTCCCATGACAATACCATCCAAAATTGAAATCTGAGCTTTACTATATGTGGCCATAACAT
AGTTGAGAGTATATTCAAGTGACAT

QA 1 865 1 865
DS 

RD RR1AA55TF 885 0 0
TATCCTCCAGTCGCCTTGGCTCCCACTTTGGATTCCTATCTTTGTCTATCAATATTGCTA
CCCCCCTCCACAAAATCTTTGCTTATTTCCCCTTTCATCACATGAGACACTATTCTGTTC
TCACGGATAAGACACTGCCCCACCCTTTGCAATCGTCCTTCTCTTATCGCTCTAAGAGAG
ATTTTAAGGCTTGCTGGAGAAGCTTTCTTCAATGCTCCAATGGTAGCTGAGATCCAATCA
TCTTGTTTATGAGTTGCAAGACCACAAGCAAGCATTTCAGCGCCATCTAACTTAGCTCCA
GTGAGGCCAACATACTCTCCAAAAAATCCAGGGAGCCTTGACAAGAAGTAGGAGGCGCCT
ACGTCTGGAAATAGCCCTAGAGCTGTCTCAGGCATGGCAAAAACCGTGTTTTCTGTTGCA
ATACGAAATCTACCATGGATGCAGACACCAGCTCCACCTCCCATGACAATACCATCCAAA
ATTGAAATCTGAGCTTTACTATATGTGGCCATAACATAGTTGAGAGTATATTCAAGTGAC
ATGAAATCAGCACTGCGTCTCCATTTGCCAAGTCTGATGTCACGAACAACAGCTGAAACA
TCACCACCGGCACAAAAAGCTCTTCCCTGACCCTTTAGGATGACAAGTTTAACAGTAGGG
TCGTCCTCATATGCGAGGAACAGTTGCAGCAACCGAGTGACCATGTTCAAAGACAGAGCA
TTCAGCTGTTTTGGTCTGTTTAGTGTCAAGATTCTAACACTAGGTTTCTCTTCCACTAAA
ATCTGAGAGTGAGATTCTAAAGCCATTATCTTCTTCTTTCACACGGGTCAAACTTGCGTA
ATCCTCCAGGACTTATACCAGAGCAGCGACCTGATCCAGATCCCC

QA 1 885 1 885
DS 



AS 1 6

CO CL1583Contig1 724 6 10 U
TTTTTTTTAAACAAGACTGGAACATCAGATTAGCAAGTCAGGCCCATCAGAACAATCTCA
ATAGTGAAGAACGGAAGTTGTTGCACATAAAGTAAAAAAAAAACTCATAAAACCAAACTT
TTCTAGCTTCCTCTATACAAACAATCCCTAATACAACCGATCATCCTCAAGCTCCGCCGT
TGTTCATCATCAGCTTAAACTCCTCAAAGTTAACGCAACCATCACCATCCGTATCAACTT
TGCTAATCATCTTCCTGCAGTCCTGAACAGAACACTTCTCCCCCAGATTCTTCATCACCG
AGTGAAGCTCCTTCGCCGAGATCCGCCCGTTACCGTCCAGATCGTACAGCTCGAACGCTT
CCTTCAGATCGTTCTTGCTGTTCCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCTTGACTCATTCCGATCT
GGAAAAGAGAGACGAACTCGTCCATGTCGATGAATCCGTTTCCGTCAAGATCGAACTGTT
TCATCATCTTCACTGTTTCCTCCGGCGACGAGGTGGGGCTCAGCGCGCGGATCACCTCCT
TGAGCTCGTCGACGGAGATCTTTCCGTCTCCGTTTTTGTCGAATCGCTGGAAGACGCGGC
GGATGTCGTCCATCGAACCTAAGCAGCTACGAGCTCCGCCGTTGTTCTTGGACATTGCAA
CAGATGAGAATCTGATAGTAACAAAAAAAAAGCGTGTGGTGGTGGTGAAGAGAACGACGA
ATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR1B355JQ U 34
AF RR1B355TF C 34
AF RR1AL55JQ U 4
AF RR1AL55TF C 4
AF RR1EJ84TF C 1
AF RR1EJ84JQ U 9
BS 1 8 RR1EJ84TF
BS 9 33 RR1AL55JQ
BS 34 49 RR1B355JQ
BS 50 50 RR1AL55JQ
BS 51 366 RR1B355JQ
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BS 396 682 RR1B355JQ
BS 683 724 RR1EJ84JQ

RD RR1B355JQ 649 0 0
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AAAAAAAAAACTCATAAAACCAAACTTTTCTAGCTTCCTCTATACAAACAATCCCTAATA
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CGCAACCATCACCATCCGTATCAACTTTGCTAATCATCTTCCTGCAGTCCTGAACAGAAC
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CGTCCAGATCGTACAGCTCGAACGCTTCCTTCAAATCGTTCTTGCTGTTCCCTCCTCCTC
CACCTCCTCCTTGACTCATTCCGATCTGGAAAAGAGAGACGAACTCGTCCATGTCGATGA
ATCCGTTTCCGTCAAGATCGAACTGTTTCATCATCTTCACTGTTTCCTCCGGCGACGAGG
TGGGGCTCAGCGCGCGGATCACCTCCTTGAGCTCGTCGACGGAGATCTTTCCGTCTCCGT
TTTTGTCGAATCGCTGGAAGACGCGGCGGATGTCGTCCATCGAACCTAAGCAGCTACGAG
CTCCGCCGTTGTTCTTGGACATTGCAACAGATGAGAATCTGATAGTAAC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1B355TF 649 0 0
CAAGTCAGGCCCATCAGAACAATCTCAATAGTGAAGAACGGAAGTTGTTGCACATAAAGT
AAAAAAAAAACTCATAAAACCAAACTTTTCTAGCTTCCTCTATACAAACAATCCCTAATA
CAACCGATCATCCTCAAGCTCCGCCGTTGTTCATCATCAGCTTAAACTCCTCAAAGTTAA
CGCAACCATCACCATCCGTATCAACTTTGCTAATCATCTTCCTGCAGTCCTGAACAGAAC
ACTTCTCCCCCAGATTCTTCATCACCGAGTGAAGCTCCTTCGCCGAGATCCGCCCGTTAC
CGTCCAGATCGTACAGCTCGAACGCTTCCTTCAGATCGTTCTTGCTGTTCCCTCCTCCTC
CGCCTCCTCCTTGACTCATTCCGATCTGGAAAAGAGAGACGAACTCGTCCATGTCGATGA
ATCCGTTTCCGTCAAGATCGAACTGTTTCATCATCTTCACTGTTTCCTCCGGCGACGAGG
TGGGGCTCAGCGCGCGGATCACCTCCTTGAGCTCGTCGACGGAGATCTTTCCGTCTCCGT
TTTTGTCGAATCGCTGGAAGACGCGGCGGATGTCGTCCATCGAACCTAAGCAGCTACGAG
CTCCGCCGTTGTTCTTGGACATTGCAACAGATGAGAATCTGATAGTAAC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1AL55JQ 679 0 0
GGTTT
AAACAAGACTGGAACATCAGATTAGCAAGTCAGGCCCATCAGAACAATCTCAATAGTGAA
GAACGGAAGTTGTTGCACATAAAGTAAAAAAAAA*CTCATAAAACCAAACTTTTCTAGCT
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ATCAGCTTAAACTCCTCAAAGTTAACGCAACCATCACCATCCGTATCAACTTTGCTAATC
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TCGTTCTTGCTGTTCCCTCCTCCTCCACCTCCTCCTTGACTCATTCCGATCTGGAAAAGA
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TCGACGGAGATCTTTCCGTCTCCGTTTTTGTCGAATCGCGGGAAGACGCGGCGGATGTCG
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AATCTGATAGTAAC

QA 6 679 6 679
DS 

RD RR1AL55TF 679 0 0
GGTTT
AAACAAGACTGGAACATCAGATTAGCAAGTCAGGCCCATCAGAACAATCTCAATAGTGAA
GAACGGAAGTTGTTGCACATAAAGTAAAAAAAAA*CTCATAAAACCAAACTTTTCTAGCT
TCCTCTATACAAACAATCCCTAATACAACCGATCATCCTCAAGCTCCGCCGTTGTTCATC
ATCAGCTTAAACTCCTCAAAGTTAACGCAACCATCACCATCCGTATCAACTTTGCTAATC
ATCTTCCTGCAGTCCTGAACAGAACACTTCTCCCCCAGATTCTTCATCACCGAGTGAAGC
TCCTTCGCCGAGATCCGCCCGTTACCGTCCAGATCGTACAGCTCGAACGCTTCCTTCAGA
TCGTTCTTGCTGTTCCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCTTGACTCATTCCGATCTGGAAAAGA
GAGACGAACTCGTCCATGTCGATGAATCCGTTTCCGTCAAGATCGAACTGTTTCATCATC
TTCACTGTTTCCTCCGGCGACGAGGTGGGGCTCAGCGCGCGGATCACCTCCTTGAGCTCG
TCGACGGAGATCTTTCCGTCTCCGTTTTTGTCGAATCGCGGGAAGACGCGGCGGATGTCG
TCCATCGAACCTAAGCAGCTACGAGCTCCGCCGTTGTTCTTGGACATTGCAACAGATGAG
AATCTGATAGTAAC

QA 6 679 6 679
DS 

RD RR1EJ84TF 724 0 0
TTTTTTTTAAACAAGACTGGAACATCAGATTAGCAAGTCAGGCCCATCAGAACAATCTCA
ATAGTG**GAACGGAAGTTGTTGCACATAAAGTAAAAAAAAAACTCATAAAACCAAACTT
TTCTAGCTTCCTCTATACAAACAATCCCTAATACAACCGATCATCCTCAAGCTCCGCCGT
TGTTCATCATCAGCTTAAACTCCTCAAAGTTAACGCAACCATCACCATCCGTATCAACTT
TGCTAATCATCTTCCTGCAGTCCTGAACAGAACACTTCTCCCCCAGATTCTTCATCACCG
AGTGAAGCTCCTTCGCCGAGATCCGCCCGTTACCGTCCAGATCGTACAGCTCGAACGCTT
CCTTCAGATCGTTCTTGCTGTTCCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCTTGACTCATTCCGATCT
GGAAAAGAGAGACGAACTCGTCCATGTCGATGAATCCGTTTCCGTCAAGATCGAACTGTT
TCATCATCTTCACTGTTTCCTCCGGCGACGAGGTGGGGCTCAGCGCGCGGATCACCTCCT
TGAGCTCGTCGACGGAGATCTTTCCGTCTCCGTTTTTGTCGAATCGCTGGAAGACGCGGC
GGATGTCGTCCATCGAACCTAAGCAGCTACGAGCTCCGCCGTTGTTCTTGGACATTGCAA
CAGATGAGAATCTGATAGTAACAAAAAAAAAGCGTGTGGTGGTGGTGAAGAGAACGACGA
ATCC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1EJ84JQ 716 0 0
AAACAAGACTGGAACATCAGATTAGCAAGTCAGGCCCATCAGAACAATCTCAATAGTG**
GAACGGAAGTTGTTGCACATAAAGTAAAAAAAAAACTCATAAAACCAAACTTTTCTAGCT
TCCTCTATACAAACAATCCCTAATACAACCGATCATCCTCAAGCTCCGCCGTTGTTCATC
ATCAGCTTAAACTCCTCAAAGTTAACGCAACCATCACCATCCGTATCAACTTTGCTAATC
ATCTTCCTGCAGTCCTGAACAGAACACTTCTCCCCCAGATTCTTCATCACCGAGTGAAGC
TCCTTCGCCGAGATCCGCCCGTTACCGTCCAGATCGTACAGCTCGAACGCTTCCTTCAGA
TCGTTCTTGCTGTTCCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCTTGACTCATTCCGATCTGGAAAAGA
GAGACGAACTCGTCCATGTCGATGAATCCGTTTCCGTCAAGATCGAACTGTTTCATCATC
TTCACTGTTTCCTCCGGCGACGAGGTGGGGCTCAGCGCGCGGATCACCTCCTTGAGCTCG
TCGACGGAGATCTTTCCGTCTCCGTTTTTGTCGAATCGCTGGAAGACGCGGCGGATGTCG
TCCATCGAACCTAAGCAGCTACGAGCTCCGCCGTTGTTCTTGGACATTGCAACAGATGAG
AATCTGATAGTAACAAAAAAAAAGCGTGTGGTGGTGGTGAAGAGAACGACGAATCC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 6

CO CL1584Contig1 440 6 4 U
GGACAGCACATAAAAGCATCAGAAAAAGAAACAAATTTGAAGTTTTAAATCAAAGAGAAG
TAAGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGCTTGCAAATGTGGTGACT
CTTGCAGCTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGGTCAAACT
GTAGCTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTGAAGAAATCGTGATCTAACTCACATATATGCAG
GAAATACTGGGGGAATATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTTTGAATAAAGATT
TGCGCGTTATGTTGCCTAATACCTCTCTTAATCTTTGACTTTTCCTGCTTTATATCTTTA
TATGTGTGGTTGTGTAATGTTTTCGTTTGTAACCTAAGAAAAAAAGAAAAAATATATAAC
TATTGATTTTTGTGACTGTG


BQ
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1FF22TF U 1
AF RR1BK03JQ C 1
AF RR1BX12TF U 1
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TG

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TATGTGTGGTTGTGTAATGTTTTCGTTTGTAACCTAAGAAAAAAAGAAAAAATATATAAC
TATTGATTTTTG
G

QA 1 432 1 432
DS 



AS 1 6

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BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FJ61TF U 2
AF RR1GU28TF U 1
AF RR1FD85TF U 5
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AF RR1GU28JQ C 635
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QA 6 589 6 589
DS 

RD RR1GU28TF 643 0 0
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CA

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DS 

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GG
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CCATTGGAGCCTTGACAAACTTGGTGGTGCTTTTGCCCCCAAGCCGTCTTCTGGATCCCA
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TACCTACCGTGAAGTCATCTCCATCTTGATGCAAAGGCACATCCAAGTCGATGGCAAAGT
CAGGACTGACAAGACCTACCCTGCTGGTTTCATGGATGTTGTCTCTATCCCCAAGACTAA
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CGAGGAAGCCAAGTTTAAGCTGTGCAAAGTCCGAACTATCCAGTTAGGACAGAAGGGCAT
TCCCTACCTGAACACATACGATGGTCGCACCATCCGTTACCCTGACCCACTCATCAAGCC
TAATGACACCATCAAGCTCGACCTGGAGGAGAACAAGGTTGTGGACTTCATCAAGTTTGA
TGTCGGTAATGTTGTGATGGTGACTGGAGGAAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTGATTAA
GAACCGTGAGAAGCAC

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DS 

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CTAGGTTGGGAAACGTCTTCACCCTCGGCAAAGGAACTAATCCATGGGTTTCTCTTCCTA
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TTCCTTAGACTCACTTTGCATCTTTTGGTTTCGCTACTCGGTTTTGAGACGTGTTATTTT
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QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1GU28JQ 355 0 0
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GAGACTATCCATATCCAGGACTTTACAGGACATGAGTTTGCAATTAGGTTGGGAAACGTT
TTCACCCTCGGCAAAGGAATTAAGCCATGGGTTTTTTTTCCTAAGGGTAAAGGTATTAAG
TTGACCATCATCGAGGAAGCCAGGAAGAGGCTCGCTGGCCAACAGGCTGCTTAATTTTGT
TGTGTTTTCAGTGCTTTATTGTGTCGTTTTAGATGACTTTTGTTTCCTTAGACTCACTTT
GCATTTTTTGGTTTCGCTATTCGGTTTTGAGACGTGTTATTTTATATTGAGTTTT

QA 1 355 1 355
DS 

RD RR1FJ61JQ 606 0 0
TCTATGATACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCACTCCCTCAGGGACGAGGAAGCCAAGTTTA
AGCTGTGCAAAGTCCGAACTATCCAGTTAGGACAGAAGGGCATTCCCTACCTGAACACAT
ACGATGGTCGCACCATCCGTTACCCTGACCCACTCATCAAGCCTAATGACACCATCAAGC
TCGACCTGGAGGAGAACAAGGTTGTGGACTTCATCAAGTTTGATGTCGGCAATGTTGTGA
TGGTGACTGGAGGAAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCACA
AGGGAAGCTTTGAGACTATCCATATCCAGGACTCTACAGGACATGAGTTTGCAACTAGGT
TGGGAAACGTCTTCACCCTCGGCAACGGAACTAAGCCATGGGTTTCTCTTCCTAAGGGTA
AAGGCATTAAGTTGACCATCATCGAGGAAGCCAGGAAGAGGCTCGCTGGCCAACAGGCTG
CTTAATTTTGTTGTGTTTTCAGTGCTTTATTGTGTCGTTTTAGATGACTTTTGTTTCCTT
AGACTCACTTTGCATCTTTTGGTTTCGCTACTCGGTTTTGAGACGTGTTATTTTATATTG
AGTTTT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 6

CO CL1586Contig1 1183 6 20 U
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GTACGGAACAGATCGAGGTCTTAGCGCATCGAGCGAGACCAGAGCCGAGATCAGTGAGCT
GATCACGCAGCTCGAGTCCAACAACCCTAACCCAGCACCGAACGAAGCTCTGTTTCTCCT
CAGCGGCAAATGGATTCTCGCTTACACATCGTTCGTTGGTCTGTTCCCGTTGCTCTCACG
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CACTGTACAAAACTCTGTCCGGTTCGCTGGTCCCCTTGCCACGACATCGTTTAGCACCAA
CGCTAAGTTCGAAGTCCAGAGTCCTAAACGCGTCCAGATCAAGTTTGAGCAAGGTGTTAT
CGGGACTCCTCAGCTAACGGATTCGATAGAGATCCCTGAGTTCGTGGAGGTTCTTGGTCA
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GCAGTCGTGGCTGCTTACTACTTATCTCGACAAAGACCTTCGGATCTCGAGAGGCGATGG
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TAAAGAAAATACATATAGAACCATGTCTGTATTTAGTAGTCTTGTAAGTGTTATTGTGCG
AGTGTTATGATGGTTGTTGTGTATTCAGCGCGGAATGAGATAAACCTTTTAAAAAAATTA
AAGTTTGAAATGTTATTTCCACATTATGTATTTATAAAATTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI47TF U 1
AF RR1AA49TF U 28
AF RR1AA49JQ C 302
AF RR1CR21TF U 433
AF RR1E568TF U 433
AF RR1BI47JQ C 578
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RD RR1BI47TF 792 0 0
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GTACGGAACAGATCGAGGTCTTAGCGCATCGAGCGAGACCATAGCCGAGATCAGTGAGCT
GATCACGCAGCTCGAGTCCAACAACCCTAACCCAGCACCGAACGAAGCTCTGTTTCTCCT
CAGCGGCAAATGGATTCTCGCTTACACATCGTTCGTTGGTCTGTTCCCGTTGCTCTCACG
CAGAATCTCACCGTTGGTCAAAGTGGACGAGATCTCACAAACCATTGACTCCGACAGCTT
CACTGTACAAAACTCTGTCCGGTTCGCTGGTCCCCTTGCCACGACATCGTTTAGCACCAA
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GAAGATCGATCT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1AA49TF 831 0 0
GG
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AGATCTCACAAACCATTGACTCCGACAGCTTCACTGTACAAAACTCTGTCCGGTTCGCTG
GTCCCCTTGCCACGACATCGTTTAGCACCAACGCTAAGTTCGAAGTCCAGAGTCCTAAAC
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AGATCCCTGAGTTCGTGGAGGTTCTTGGTCAGAAGATCGATCTCAACCCAATTAGAGGAT
TACTCACGTCCGTCCAGGACACGGCTTCTTCAGTGGCTAGAACCATTTC

QA 3 831 3 831
DS 

RD RR1AA49JQ 785 0 0
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AGCGGCAAATGGATTCTCGCTTACACATCGTTCGTTGGTCTGTTCCCGTTGCTCTCACGC
AGAATCTCACCGTTGGTCAAAGTGGACGAGATCTCACAAACCATTGACTCCGACAGCTTC
ACTGTACAAAACTCTGTCCGGTTCGCTGGTCCCCTTGCCACGACATCGTTTAGCACCAAC
GCTAAGTTCGAAGTCCAGAGTCCTAAACGCGTCCAGATCAAGTTTGAGCAAGGTGTTATT
GGGACTCCTCAGCTAACGGATTCGATTGAGATCCCTGAGTTCGTGGAGGTTCTTGGTCAG
AAGATCGATCTCAACCCAATTAGAGGATTACTCACGTCCGTCCAGGACACGGCTTCTTCA
GTGGCTAGAACCATTTCAAGCCAACCACCGTTGAAATTCTCTTTGCCTGCAGACAGAGCG
CAGTCGTGGCTGCTTACTACTTATCTCGACAAAGACCTTCGGATCTCGAGAGGCGATGGT
GGAAGCATCTTTGTGCTTATCAAAGAAGGCAGCTCTCTCTTAAACCCTTAAAAACATTGT
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GTGT
T

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1CR21TF 705 0 0
G
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ATTCTCGCTTACACATCGTTCGTTGGTCTGTTCCCGTTGCTCTCACGCAGAATCTCACCG
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TCTGTCCGGTTCGCTGGTCCCCTTGCCACGACATCGTTTAGCGCCAACGCTAAGTTCGAA
GTCCAGAGTCCTAAACGCGTCCAGATCAAGTTTGAGCAAGGTGTTATCGGGACTCCTCAG
CTAACGGATTCGATAGAGATCCCTGAGTTCGTGGAGGTTCTTGGTCAGAAGATCGATCTC
AACCCCATTAGAGGATTACTCACGTCCGTCCAGGACACGGCTTCTTCAGTGGCTAGAACC
ATTTCAAGCCAACCACCGTTGAAATTCTCTTTGCCTGCAGACAGAGCGCAGTCGTGGCTG
CTTACTACTTATCTCGACAAAGACCTTCGGATCTCGAGAGGCGATGGTGGAAGCATCTTT
GTGCTTATCAAAGAAGGCAGCTCTCTCTTAAACCCTTAAAAACATTGTAAAGAAA*TACA
TATAGAACCATGTCTGTATTTAGTAGTCTTGTAAGTGTTATTGTGCGAGTGT*ATGATGG
TTGTTGTGTATTCAGCGCGGAATGAGATAAACCTTTTAAAAAAA

QA 2 705 2 705
DS 

RD RR1E568TF 751 0 0
G
GAGTCCAACAACCCTAACCCAGCACCGAACGAAGCTCTGTTTCTCCTCAGCGGCAAATGG
ATTCTCGCTTACACATCGTTCGTTGGTCTGTTCCCGTTGCTCTCACGCAGAATCTCACCG
TTGGTCAAAGTGGACGAGATCTCACAAACCATTGACTCCGACAGCTTCACTGTACAAAAC
TCTGTCCGGTTCGCTGGTCCCCTTGCCACGACATCGTTTAGCGCCAACGCTAAGTTCGAA
GTCCAGAGTCCTAAACGCGTCCAGATCAAGTTTGAGCAAGGTGTTATCGGGACTCCTCAG
CTAACGGATTCGATAGAGATCCCTGAGTTCGTGGAGGTTCTTGGTCAGAAGATCGATCTC
AACCCCATTAGAGGATTACTCACGTCCGTCCAGGACACGGCTTCTTCAGTGGCTAGAACC
ATTTCAAGCCAACCACCGTTGAAATTCTCTTTGCCTGCAGACAGAGCGCAGTCGTGGCTG
CTTACTACTTATCTCGACAAAGACCTTCGGATCTCGAGAGGCGATGGTGGAAGCATCTTT
GTGCTTATCAAAGAAGGCAGCTCTCTCTTAAACCCTTAAAAACATTGTAAAGAAAATACA
TATAGAACCATGTCTGTATTTAGTAGTCTTGTAAGTGT*ATTGTGCGAGTGTTATGATGG
TTGTTGTGTATTCAGCGCGGAATGAGATAAACCTTTTAAAAAAATTAAAGTTTGAAATGT
TATTTCCACATTATGTATTTATAAAATTAA

QA 2 751 2 751
DS 

RD RR1BI47JQ 584 0 0
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GAGTTCGTGGAGGTTCTTGGTCAGAAGATCGATCTCAACCCCATTAGAGGATTACTCACG
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TTCTTAAACCCTTAAAAACATTGTAAAGAAAATACATATAGAACCATGTCTGTATTTAGT
AGTCTTGTAAGTGTTATTGTGCGAGTGTTATGATGGTTGTTGTGTATTCAGCGCGGAATG
AGATAAACCTTTTAAAAAAATTAAAGTTTGAAATGTTATTT
TCC

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 6

CO CL1587Contig1 707 6 14 U
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CAAAATGATTCGAACTCTTTCAAAGACCCAACATGCATTTTTTTTTTGCATTGGGCTCTT
TCATTAACTGATAGAAAGATCAGTTAGTCTACCATATTTTTTCTTAAAAAAAAAA**GAT
AAGAAATGGTTCCAAGTACTCTGATTGATTATTTTTTAATTCTATAATTCTAATACAATA
CAGAAGAACTACCAAAGTGTTTCAAAGAAGGGTTGGGTTCTCTTGACGTAGGTTTGCTTT
TGGTCTAGATCAACTTAAGTTAAATATAGTCTCTAACATCCTGATTAAAAAATCAAATAT
GAAACTTGCTACACCTTAAGGTTCATAGGACGAAAAGATCACTTTTGAGTTCCTTATACT
CATTCTGCCTAGCATTAAGTAGACTGGGTATTCACCCTATCAATATCTCAAATCAATGAT
GGGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTACTTTAATAGGACCTAATGTCAGGCTATT
GTTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGGAGTAAGACATCGATTTATTAATAAGATC
AATCAATTGGTTTGATTGCGTGATGGACTCCTCTGAAAAACTTTGGCGCACGTGTAAACG
AGGTGCTCTACCTAACTGAGCTATAGCCCTTGTGTTTATGATCCATC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H626JQ U 1
AF RR1A562JQ U 35
AF RR1A562TF C 35
AF RR1H626TF C 3
AF RR1EJ15JQ U 108
AF RR1EJ15TF C 108
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BS 108 175 RR1H626JQ
BS 176 177 RR1A562JQ
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BS 183 183 RR1A562JQ
BS 184 245 RR1H626JQ
BS 246 246 RR1A562JQ
BS 247 266 RR1H626JQ
BS 267 267 RR1A562JQ
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BS 308 308 RR1A562JQ
BS 309 640 RR1H626JQ
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RD RR1H626JQ 640 0 0
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AAAAAATGGTTCCAAGTACTCTGATTGATTATTTTTTAATTCTATAATTCTAATACAATA
CAGAAAAACTACCAAAGTGTTTCAAAAAAGGGTTGGGTTCTCTTGACGTAGGTTTGCTTT
TGGTCTAAATCAACTTAAGTTAAATATAGTCTCTAACATCCTGATTAAAAAATCAAATAT
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CATTCTGCCTAGCATTAAGTAGACTGGGTATTCACCCTATCAATATCTCAAATCAATGAT
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GTTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGGAGTAAGACATCGATTTATTAATAAGATC
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QA 1 640 1 640
DS 

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GCATTTTTTTTTTGCATTGGGCTCTTTCATTAACTGATAGAAAGATCAGTTAGTCTACCA
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C

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1A562TF 593 0 0
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GCATTTTTTTTTTGCATTGGGCTCTTTCATTAACTGATAGAAAGATCAGTTAGTCTACCA
TATTTTTTCTTAAAAAAAAAA**GATAAGAAATGGTTCCAAGTACTCTGATTGATTATTT
TTTAATTCTATAATTCTAATACAATACAGAAGAACTACCAAAGTGTTTCAAAGAAGGGTT
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AACATCCTGATTAAAAAATCAAATATGAAACTTGCTACACCTTAAGGTTCATAGGACGAA
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CCCTATCAATATCTCAAATCAATGATGGGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTACT
TTAATAGGACCTAATGTCAGGCTATTGTTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGGAG
TAAGACATCGATTTATTAATAAGATCAATCAATTGGTTTGATTGCGTGATGG
C

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1H626TF 638 0 0
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GAAATGGTTCCAAGTACTCTGATTGATTATTTTTTAATTCTATAATTCTAATACAATACA
GAAGAACTACCAAAGTGTTTCAAAGAAGGGTTGGGTTCTCTTGACGTAGGTTTGCTTTTG
GTCTAGATCAACTTAAGTTAAATATAGTCTCTAACATCCTGATTAAAAAATCAAATATGA
AACTTGCTACACCTTAAGGTTCATAGGACGAAAAGATCACTTTTGAGTTCCTTATACTCA
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TCAATTGGTTTGATTGCGTGATGGACTCCTCTGAAAAA

QA 1 638 1 638
DS 

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QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1EJ15TF 600 0 0
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AAAAAAA***GATAAGAAATGGTTCCAAGTACTCTGATTGATTATTTTTTAATTCTATAA
TTCTAATACAATACAGAAGAACTACCAAAGTGTTTCAAAGAAGGGTTGGGTTCTCTTGAC
GTAGGTTTGCTTTTGGTCTAGATCAACTTAAGTTAAATATAGTCTCTAACATCCTGATTA
AAAAATCAAATATGAAACTTGCTACACCTTAAGGTTCATAGGACGAAAAGATCACTTTTG
AGTTCCTTATACTCATTCTGCCTAGCATTAAGTAGACTGGGTATTCACCCTATCAATATC
TCAAATCAATGATGGGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTACTTTAATAGGACCTA
ATGTCAGGCTATTGTTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGGAGTAAGACATCGATT
TATTAATAAGATCAATCAATTGGTTTGATTGCGTGATGGACTCCTCTGAAAAACTTTGGC
GCACGTGTAAACGAGGTGCTCTACCTAACTGAGCTATAGCCCTTGTGTTTATGATCCATC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 6

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AAATTTCCGGTTGCGGATTTGCTTTACTTTCTTTTGTCGTGTCTGTTCTTAATCTTTCTG
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TTGAGAATTCTCTCAACAGAGAGTAATTGATTTCTTCAGTTTCCTTTATATGGAATGAAG
TTTCTTTGTGTGATTGACAATCAAGGTTTTGGTTTCAATCGGGTTGATTTGATGCAAGAT
AAGTAGATTTGGAGCTTCTGCTTGAAGCGTTCCAAAATATATCTTGATATTAATCTCTCC
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ATCATCACAGAAAGTTTGTAGCAGTATTTCTACGCCGTATTGATGTGGAAGGAGAGATCA
AAGCCGGTTGAAGTGCGGTGGCGAAAAGACCTATTCCGGTGAAAAGCAATGGCGGCGTCA
TGAAGACTCGAGGCTCTACACGTGTTATTTTGGATTAGGTCTACGTTACATATGTCTGAA
CACGTGTTTGTATGTTTGTGTATCAAGATAATATTGGGCTTTCATATATGGGTCTTAGTC
TGTACTGCTACTGTTATACCCATTTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES19TF U 1
AF RR1AM60TF U 41
AF RR1AM60JQ C 43
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AF RR1C517JQ C 190
AF RR1ES19JQ C 234
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RD RR1ES19TF 619 0 0
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AAATTTCCGGTTGCGGATTTGCTTTACTTTCTTTTGTCGTGTCTGTTCTTAATCTTTCTG
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TTGAGAATTCTCTCAACAGAGAGTAATTGATTTCTTCAGTTTCCTTTATATGGAATGAAG
TTTCTTTGTGTGATTGACAATCAAGGTTTTGGTTTCAATCGGGTTGATTTGATGCAAGAT
AAGTAGATTTGGAGCTTCTGCTTGAAGCGTTCCAAAATATATCTTGATATTAATCTCTCC
GATAGTCTCTTGTGCTAAATCAACTGGTGAAGAGGAAGGAGTTCAACATATTCTCTGGCG
ATCATCACAGAAAGTTTGT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1AM60TF 711 0 0
GG
AAGAGACTCTCTCTCCTCTCCTAGAGAGAGGTTTCTCTCTCGAAAACTCTAATCCTCTTA
CCAAATAAAAATCTTTCAGAGGTTAGAGTTTGATTAGAGAGGAAGAGATCTCTGTTTTGT
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CTGTTCTTAATCTTTCTGTGAAGCAATTTTTTAAAATTCCAGAGAATTCGAGTCTTTCTC
TTCTCTTTGTCAGTTTGCTTGAGAATTCTCTCAACAGAGAGTAATTGATTTCTTCAGTTT
CCTTTATATGGAATGAAGTTTCTTTGTGTGATTGACAATCAAGGTTTTGGTTTCAATCGG
GTTGATTTGATGCAAGATAAGTAGATTTGGAGCTTCTGCTTGAAGCGTTCCAAAATATAT
CTTGATATTAATCTCTCCGATAGTCTCTTGTGCTAAATCAACTGGTGAAGAGGAAGGAGT
TCAACATATTCTCTGGCGATCATCACAGAAAGTTTGTAGCAGTATTTCTACGCCGTATTG
ATGTGGAAGGAGAGATCAAAGCCGGTTGAAGTGCGGTGGCGAAAAGACCTATTCCGGTGA
AAAGCAATGGCGGCGTCATGAAGACTCGAGGCTCTACACGTGTTATTTT

QA 3 711 3 711
DS 

RD RR1AM60JQ 790 0 0
AAGAGACTCTCTCTCCTCTCCTAGAGAGAGGTTTCTCTCTCGAAAACTCTAATCCTCTTA
CCAAATAAAAATCTTTCAGAGGTTAGAGTTTGATTAGAGAGGAAGAGATCTCTGTTTTGT
TGTAAAATAGTTTTTCGATTGAAAGGTCGAACTTCACCTTCCGCTTTGTCGGATTTTCAT
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QA 1 790 1 790
DS 

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GG
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QA 3 818 3 818
DS 

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GTTGCGGATTTGCTTTACTTTCTTTTGTCGTGTCTGTTCTTAATCTTTCTGTGAAGCAAT
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DS 

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AATCTATAAATTTCCGGTTGCGGATTTGCTTTACTTTCTTTTGTCGTGTCTGTTCTTAAT
CTTTCTGTGAAGCAATTTTTTAAAATTCCAGAGAATTCGAGTCTTTTTCTTCTCTTTGTC
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GGCGTCATGAAGACTCGAGGCTCTACACGTGTTATTTTGGATTAGGTCTACGTTACATAT
GTCTGAACACGTGTTTGTATGTTTGTGTATCAAGATAATATTGGGCTTTCATATATGGGT
CTTAGTCTGTACTGCT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 6

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GGATCACTCAGATAACACACATACATCTGAGACTTGTTGTAATGGCAACTTCTCTGCAAG
CCACCGCAACTTTTCTTCAGCCTGCGAAGATCGCCACTTCTTCTCCTTCTCGCAACGTTG
TTCATCTCCGATCTAACCAAACCGTGGGCAAGTCCTTTGGCCTAGAATCTTCACCTGCTA
GACTCACTTGCTCCATCCACTCTGACTTCAAAGACTTCGTCGGAAAGTGCTCTGATGCAG
CCAAAATTGCTGGTTTCGCTCTCGCCACCTCTGCCCTCGTTGTCTCGGGGGCGAGTGCGG
AGGGAGCACCAAAGAGGTTAACGTACGACGAGATACAGAGCAAGACTTACATGGAGGTTA
AGGGGACTGGTACAGCGAACCAGTGTCCCACAATCGACGGTGGCTCGGAAACATTCTCAT
TCAAACCTGGTAAGTACACAGGCAAGAAATTCTGCTTCGAGCCTACTTCCTTCACCGTCA
AGGCAGATAGCGTCAGCAAGAACGCCCCGCCGGATTTCCAAAACACCAAGCTCATGACCC
GTCTCACTTACACTCTCGACGAGATCGAAGGACCCTTTGAGGTTAGTTCAGATGGAAGCG
TGAAGTTCAAGGAAGAAGATGGGATCGATTATGCAGCAGTCACAGTTCAGCTTCCGGGAG
GAGAACGCGTGCCGTTCCTCTTCACGGTGAAACAGCTCGAGGCTTCAGGCAAACCCGACA
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GACGTGGTGGATCCACTGGATACGATAATGCAGTGGCTTTGCCTGCGGGAGGCAGAGGTG
ACGAGGAAGAGCTGTCCAAGGAAAACGTCAAGAACACTGCTGCTTCGGTGGGAGAGATCA
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TTCAGCCGTCTGATACTGACTTGGGTGCTAAGGTACCAAAGGATGTTAAGATCCAAGGGG
TTTGGTATGGTCAGCTTGAGTGATTGTTCTAATCCGAATCTGTTTGTCACAAGTTGTATT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AF10TF U 93
AF RR1GI32TF U 1
AF RR1B851TF U 341
AF RR1B851JQ C 341
AF RR1GI32JQ C 562
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BS 1 495 RR1GI32TF
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TCCTTTGGCCTAGAATCTTCACCTGCTAGACTCACTTGCTCCATCCACTCTGACTTCAAA
GACTTCGTCGGAAAGTGCTCTGATGCAGCCAAAATTGCTGGTTTCGCTCTCGCCACCTCT
GCCCTCGTTGTCTCGGGGGCGAGTGCGGAGGGAGCACCAAAGAGGTTAACGTACGA

QA 1 236 1 236
DS 

RD RR1GI32TF 682 0 0
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AGGGGACTGGTACAGCGAACCAGTGTCCCACAATCGACGGTGGCTCGGAAACATTCTCAT
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GAGAACGCGTGCCGTTCCTCTT

QA 1 682 1 682
DS 

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GG
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CTTTCTTGGACCCTAAGGGACGTGGTGGATCCACTGGATACGATAATGCAGTGGCTTTGC
CTGCGGGAGGCAGAGGTGACGAGGAAGAGCTGTCCAAGGAAAACGTCAAGAACACTGCTG
CTTCGGTGGGAGAGATCACTTTGAAGATCACAAAGAGTAAACCAGAGACAGGAGAAGTGA
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ATGTTAAGATC

QA 3 673 3 673
DS 

RD RR1B851JQ 788 0 0
GG
AGACTTACATGGAGGTTAAGGGGACTGGTACAGCGAACCAGTGTCCCACAATCGACGGTG
GCTCGGAAACATTCTCATTCAAACCTGGTAAGTACACAGGCAAGAAATTCTGCTTCGAGC
CTACTTCCTTCACCGTCAAGGCAGATAGCGTCAGCAAGAACGCCCCGCCGGATTTCCAAA
ACACCAAGCTCATGACCCGTCTCACTTACACTCTCGACGAGATCGAAGGACCCTTTGAGG
TTAGTTCAGATGGAAGCGTGAAGTTCAAGGAAGAAGATGGGATCGATTATGCAGCAGTCA
CAGTTCAGCTTCCGGGAGGAGAACGCGTGCCGTTCCTCTTCACGGTGAAACAGCTCGAGG
CTTCAGGCAAACCCGACAACTTCAGTGGCAAATTCTTAGTTCCTTCGTACCGTGGCTCGT
CTTTCTTGGACCCTAAGGGACGTGGTGGATCCACTGGATACGATAATGCAGTGGCTTTGC
CTGCGGGAGGCAGAGGTGACGAGGAAGAGCTGTCCAAGGAAAACGTCAAGAACACTGCTG
CTTCGGTGGGAGAGATCACTTTGAAGATCACAAAGAGTAAACCAGAGACAGGAGAAGTGA
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ATGTTAAGATCCAAGGGGTTTGGTATGGTCAGCTTGAGTGATTGTTCTAATCCGAATCTG
TTTGTCACAAGTTGTATTAAAACATCTTCTATATATATCAATAAAAATGCTCGATAAATA
AATAAG

QA 3 788 3 788
DS 

RD RR1GI32JQ 556 0 0
AGATCGAAGGACCCTTTGAGGTTAGTTCGGATGGAAGCGTGAAGTTCAAGGAAGAAGATG
GGATCGATTATGCAGCAGTCACAGTTCAGCTTCCGGGAGGAGAACGCGTGCCGTTCCTCT
TCACGGTGAAACAGCTCGAGGCTTCAGGCAAACCCGACAACTTCAGTGGCAAATTCTTAG
TTCCTTCGTACCGTGGCTCGTCTTTCTTGGACCCTAAGGGACGTGGTGGATCCACTGGAT
ACGATAATGCAGTGGCTTTGCCTGCGGGAGGCAGAGGTGACGAGGAAGAGCTGTCCAAGG
AAAACGTCAAGAACACTGCTGCTTCGGTGGGAGAGATCACTTTGAAGATCACAAAGAGTA
AACCAGAGACAGGAGAAGTGATCGGAGTGTTCGAGAGTCTTCAGCCGTCTGATACTGACT
TGGGTGCTAAGGTACCAAAGGATGTTAAGATCCAAGGGGTTTGGTATGGTCAGCTTGAGT
GATTGTTCTAATCCGAATCTGTTTGTCACAAGTTGTATTAAAACATCTTCTATATATATC
AATAAAAATGCTCGAT

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1AF10JQ 739 0 0
GTGTCCCACAATCGACGGTGGCTCGGAAACATTCTCATTCAAACCTGGTAAGTACACAGG
CAAGAAATTCTGCTTCGAGCCTACTTCCTTCACCGTCAAGGCAGATAGCGTCAGCAAGAA
CGCCCCGCCGGATTTCCAAAACACCAAGCTCATGACCCGTCTCACTTACACTCTCGACGA
GATCGAAGGACCCTTTGAGGTTAGTTCAGATGGAAGCGTGAAGTTCAAGGAAGAAGATGG
GATCGATTATGCAGCAGTCATAGTTCAGCTTCCGGGAGGAGAACGCGTGCCGTTCCTCTT
CACGGTGAAACAGCTCGAGGCTTCAGGCAAACCCGACAACTTCAGTGGCAAATTCTTAGT
TCCTTCGTACCGTGGCTCGTCTTTCTTGGACCCTAAGGGACGTGGTGGATCCACTGGATA
CGATAATGCAGTGGCTTTGCCTGCGGGAGGCAGAGGTGACGAGGAAGAGCTGTCCAAGGA
AAACGTCAAGAACACTGCTGCTTCGGTGGGAGAGATCACTTTGAAGATCACAAAGAGTAA
ACCAGAGACAGGAGAAGTGATCGGAGTGTTCGAGAGTCTTCAGCCGTCTGATACTGACTT
GGGTGCTAAGGTACCAAAGGATGTTAAGATCCAAGGGGTTTGGTATGGTCAGCTTGAGTG
ATTGTTCTAATCCGAATCTGTTTGTCACAAGTTGTATTAAAACATCTTCTATATATATCA
ATAAAAATGCTCGAT
AAAT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 6

CO CL1590Contig1 852 6 10 U
GAGAAGCAAAGATCGGTCTATCAACAGTCAGAGAGTGAGTGGTGAAATCGAAAGTGAAAG
AGAAAACAAGAGAGGTTCAACAATGGTGACGACTCAACATCCTTTCACTCTGCTTCTTCT
TCTTCCTCTCGCCGTCATCGGGATCTTCTCCTCCTCTTCTCAGGTTAGCGCAACCAATGT
CAGAATCGAATCATTCTCCTCGTCTTTCTCTACCGATCTCGCAACCCTGCAATCTCAAAT
CGGCTACAACTTCACAAACATCAACCTCCTTCGCCGTGCAATGACTCACGCTTCCTTCTC
TCAAGAGAACAACAAGGCCCTCAGTATCTTCGGATCCCATCTCATCGAAACCTCTGTCTC
TCTTCACCTTCTCTCCAAAGACATCGACACCTCCTCCAAGGCTCTGACCCGTTTGATAGC
GGAGGTTTCGAGTGTGGAGTCCTCGTGTGCTCTTGATGGGAACCGGTTGGGTTTGGAGAG
GGTTATCAGGGTTTCTCCCAAGACTGATGCCTCGAACTCGGCGATTGTTTGCGGTGGGTT
CAGAGCCATCTTTGGAGCTGTTGCTGTTGATTCTGGATTGGTTGATGAGGCTATGAAGGT
TTTCTGGAAAGTACATGGAGGTCCAGGTGGGAGACTAGTAGTGTCTATGCTGTAATATTA
GTGTTTTGCTTCGGATGGTAAAAGTTCTAAGAGGTTCGTCTTTAAGGCTTATATGGTACT
AGTACTACTAATCGCTTTCTTTCTCTTTGTTTTTTTTTTCTTTTGTGTTGTGTGATGAGC
AAAACAATAATAATATTGGTTGATGTTGTGAGGATGTGTAAGGGACCACTGCAATGAAAT
GTTTCAATTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AATAATATTGGTTGATGTTGTGAGGATGTGTAAGGGACCACTGCAATGAAATGTTTCAAT
TTCC

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DS 



AS 1 6

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BQ
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GG
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GAAAATATTGTATAATGGATTGTCATCATCAGTGGAGGGGAGAGTCAATACACAAAGAAT
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CAAGAAGACGCCGTTTGGATACACGAGGAAGGATGTTCTCTTGATTGGAGTGGGAGTGAC
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QA 3 347 3 347
DS 

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DS 

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TCAGATTCGTCCCACTGGGCGACATATCACAGGAAGAATCAGAGCTGCGAAGAAAATATT
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QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1EZ24JQ 683 0 0
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GG
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GGCAACGGTTCAGATTCGTCCCACTGGGCGACATATCACAGGAAGAATCAGAGCTGCGAA
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TGCACTTGGTATCGGGCTAGAGAGTGGCCTTGAGTATGTGGGAGTGGATCCTTTGCAAGC
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QA 3 721 3 721
DS 

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GG
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GGCAGGTTTTCATGTTGGTTCTTGTTCCTCAATGTTGGTTGTATGATACAAAAAAGAATA
CAAATCAAAGAATATGTTGAAACGGTTGAAGGATCTATCAATCAGACTCGCTCAGAGCAC
GTC

QA 3 785 3 785
DS 



AS 1 5

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AAACACATGCTTTTGGTGTTATTTTTCTTCAAGAAACAAAAATAGTTTACATAAAAGAAG
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CATCCGTTCCAATCTGAGTAAGTGCATCTGCTTCAGACTCCATAGCCATCACTTTCTCCT
CCATTTTCTCAAAGGCTGAGAGAGCACCGCTTGTATTCACTGTCCCTATCATCTCTTGAA
CTTTGGTTGCAGTCTTAGCAGTGCGAGCACGTGCAAGGAGCGTATCTTTCTTTGCTTTTG
CCTCTTGTATCTTGCTCTCCAATAACCTCGTATTCGAAACAAGATTGTCGACAACACCTT
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CCAAGACCTGTGCAGTGGCTTGACGCATCTTGGTCAAATCAGAATTCATTTCAATAACAG
TTTGCTCGAGGATCTTCTCAGGGTCTTCGAAGGAGCTTATAAGTGCATTGGCATATGACT
TGACAACCCTAGAAAATCTTTCGAAAAGATTCATGGTAGGACCATGAGCATTGCACTTCA
ACCTATTTGCACAAGCTAGTCTCAGCTCGTTCACTCTCAAAGCTCCACCGGAGTTTCCGA
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TGGAAGCAGTGGGGCGGAGAGGAGGGAATAGTCCGGCGACTGGTGAAGCTTTAAGAGCCA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H003TF C 31
AF RR1H003JQ U 37
AF RR1CG66JQ U 1
AF RR1A696JQ U 87
AF RR1CG66TF C 603
BS 1 76 RR1CG66JQ
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CAAAAATAGTTTACATAAAAGAAGTTAACCAGTAACACAACTCAGAAACAGCAGTTGCCT
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ATGGGTATCCTGTGTTTGCTGCGACCGTGCTTCTCCCTGGAGGAAGCTCTCCTTTCTTTG
AGCTTCCGGACAACTCATTCTTCAACTTTGCAAGATCATCATCCACAGATGAAGTTTCAA
GCATTTGAAACTTTCCCTCGAGTTCATCCGTTCCAATCTGAGTAAGTGCATCTGCTTCAG
ACTCCATAGCCATCACTTTCTCCTCCATTTTCTCAAAGGCTGAGAGAGCACCGCTTGTAT
TCACTGTCCCTATCATCTCTTGAACTTTGGTTGCAGTCTTAGCAGTGCGAGCACGTGCAA
GGAGCGTATCTTTCTTTGCTTTTGCCTCTTGTATCTTGCTCTCCAAT
CC

QA 7 533 7 533
DS 

RD RR1H003JQ 529 0 0
AGGTAGCTGGATATTTACTTATTTAAACACATGCTTTTGGTGTTATTTTTCTTCAAGAAA
CAAAAATAGTTTACATAAAAGAAGTTAACCAGTAACACAACTCAGAAACAGCAGTTGCCT
AAAACTCGTTAGCTTTCCTTCGTAATTCGTTTAACTCGTTCTCGATCTCGGAGTCCTTGA
ATGGGTATCCTGTGTTTGCTGCGACCGTGCTTCTCCCTGGAGGAAGCTCTCCTTTCTTTG
AGCTTCCGGACAACTCATTCTTCAACTTTGCAAGATCATCATCCACAGATGAAGTTTCAA
GCATTTGAAACTTTCCCTCGAGTTCATCCGTTCCAATCTGAGTAAGTGCATCTGCTTCAG
ACTCCATAGCCATCACTTTCTCCTCCATTTTCTCAAAGGCTGAGAGAGCACCGCTTGTAT
TCACTGTCCCTATCATCTCTTGAACTTTGGTTGCAGTCTTAGCAGTGCGAGCACGTGCAA
GGAGCGTATCTTTCTTTGCTTTTGCCTCTTGTATCTTGCTCTCCAAT
CC

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1CG66JQ 720 0 0
AAAATACCAAATTTAACCAAGTCATAAATGAAGATTAGGTAGCTGGATATTTACTTATTT
AAACACATGCTTTTGGGGTTATTTTTCTTCAAGAAACAAAAATAGTTTACATAAAAGAAG
TTAACCAGTAACACAACTCAAAAACAGCAGTTGCCTAAAACTCGTTAGCTTTCCTTCGTA
ATTCGTTTAACTCGTTCTCGATCTCAGAGTCCTTGAATGGGTATCCTGTGTTTGCTGCGA
CCGTGCTTCTCCCTGGAGGAAGCTCTCCTTTCTTTGAGCTTCCGGACAACTCATTCTTCA
ACTTTGCAAGATCATCATCCACAGATGAAGTTTCAAGCATTTGAAACTTTCCCTCGAGTT
CATCCGTTCCAATCTGAGTAAGTGCATCTGCTTCAAACTCCATAGCCATCACTTTCTCCT
CCATTTTCTCAAAGGCTGGGAGAGAACCGCTTGTATTCACTGTCCCTATCATCTCTTGAA
CTTTGGTTGCAGTCTTAGCAGTGCGAGCACGTGCAAGGAGCGTATCTTTCTTTGCTTTTG
CCTCTTGTATCTTGCTCTCCAATAACCTCGTATTTGAAACCAGATTGTCGACAACACCTT
TTTGTTGATCTAGTTGAGTTTTCAGGGCAGCAGCGTTGTCAGCAAAAGACTTTCTTCGTT
TAAGGGCTTCACGTGCAAGATCCTCGTCTCCTTTAGCAAGAGCAAGTTGTGCTCTTTTGT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1A696JQ 704 0 0
CTTCAAGAAACAAAAATAGTTTACATAAAAGAAGTTAACCAGTAACACAACTCAGAAACA
GCAGTTGCCTAAAACTCGTTAGCTTTCCTTCGTAATTCGTTTAACTCGTTCTCGATCTCC
GAGTCCTTGAATGGGTATCCTGTGTTTGCTGCGACCGTGCTTCTCCCTGGAGGAAGCTCT
CCTTTCTTTGAGCTTCCGGACAACTCATTCTTCAACTTTGCAAGATCATCATCCACAGAT
GAAGTTTCAAGCATTTGAAACTTTCCCTCGAGTTCATCCGTTCCAATCTGAGTAAGTGCA
TCTGCTTCAGACTCCATAGCCATCACTTTCTCCTCCATTTTCTCAAAGGCTGAGAGAGCA
CCGCTTGTATTCACTGTCCCTATCATCTCTTGGACTTTGGTTGCAGTCTTAGCAGTGCGA
GCACGTGCAAGGAGCGTATCTTTCTTTGCTTTTGCCTCTTGTATCTTGCTCTCCAATAAC
CTCGTATTCGAGACAAGATTGTCGACAACACCTTTTTGCTGATCTAGTTGAGTTTTCAGG
GCAGCAGCGTTGTCAGCAAAAGACTTTCTTCGTTTAAGGGCTTCACGTGCAAGATCCTCG
TCTCCTTTAGCAAGAGCAAGTTGTGCTCTTTTGTACCAATCATCAGAAGATTGCTTTGAA
GCTTTATATTTGTTCTCCAGCTGCTTTTGTGAAGC
TAAAACCTG

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1CG66TF 656 0 0
TGT
TGATCTAGTTGAGTTT*CAGGGCAGCAGCGTTGTCAGCAAAAGACTTTCTTCGTTTAAGG
GCTTCACGTGCAAGATCCTCGTCTCCTTTAGCAAGAGCAAGTTGTGCTCTTTTGTACCAA
TCATCAGAAGATTGCTTTGAAGCTTTATATTTGTTCTCCAGCTGCTTTTGTGAAGCCAAG
ACCTGTGCAGTGGCTTGACGCATCTTGGTCAAATCAGAATTCATTTCAATAACAGTTTGC
TCGAGGATCTTCTCAGGGTCTTCGAAGGAGCTTATAAGTGCATTGGCATATGACTTGACA
ACCCTAGAAAATCTTTCGAAAAGATTCATGGTAGGACCATGAGCATTGCACTTCAACCTA
TTTGCACAAGCTAGTCTCAGCTCGTTCACTCTCAAAGCTCCACCGGAGTTTCCGAAGAAG
GATGTTCGGAGGGGGAGTGGCCTGAGCCTGAGGGTACTACAAGGGCGATTAGAAGTGGAA
GCAGTGGGGCGGAGAGGAGGGAATAGTCCGGCGACTGGTGAAGCTTTAAGAGCCATTTCA
ATGGCGGAAGAGAAAGAAGGGTTTTCTTGGTCGCTTCTTCTTCTTCTGATTTGAGAGATT
TTAGAGGTGTGTATGTATGTATGTTTGTGGTGTCCAAGGCAACCGGATGTTCC

QA 4 656 4 656
DS 



AS 2 6

CO CL1593Contig1 688 4 37 U
GGAGATTTAGTTTATTCGTCTCCTTCCACACACACACTCTCTCTCTCTCTCCGTCTCAGA
TCTATAAAGTGGGCAGCATCAACAGCGAGCGAACATGGCAGGCAAGGGAGGTAAAGGTCT
CATCGCTACCAAGACCATGGCCGGTAACAAGGACAAAGACAAGGACAACAAGAAGAAACC
CATCACTCGCTCTGCTCGTGCTGGTATTCAGTTTCCGGTGGGTCGTATCCATAGGCAACT
CAAGACGAGAGTTTCAGCACACGGAAGGGTTGGTGCCACTGCCGCTGTCTACACGGCTTC
GATTCTGGAGTACCTGACTGCGGAGGTTCTTGAGTTGGCTGGAAACGCAAGCAAAGATCT
GAAAGTGAAGAGGATCACTCCAAGGCATTTGCAGCTGGCTATCAGAGGAGACGAGGAGCT
CGACACCCTCATCAAGGGAACCATTGCTGGAGGAGGTGTGATCCCTCACATCCACAAGTC
TCTCATCAACAAAACCATCAAGGAGTGATTTGTTTTCAT*AGGCACTGTGGGTTATGTGA
TATGCTAATTTAGTAGCTTATGGGTGTTTGTGTTTGTTTAGTCTTGGACTGCTTATC*TT
TTTCTTTAGTTTCCTTTGTTAGTGTGTTGTGCTCTTTTGAACATCATCAGGTGTACATTA
GTTAATCTGAACTCTTAGGTTTCTCGCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DK82TF U 34
AF RR1GY45TF U 110
AF RR1BR34JQ C 1
AF RR1BR34TF U 1
BS 1 40 RR1BR34TF
BS 41 64 RR1DK82TF
BS 65 65 RR1BR34TF
BS 66 67 RR1DK82TF
BS 68 68 RR1BR34TF
BS 69 167 RR1DK82TF
BS 168 168 RR1BR34TF
BS 169 282 RR1DK82TF
BS 283 283 RR1BR34TF
BS 284 318 RR1DK82TF
BS 319 319 RR1BR34TF
BS 320 348 RR1DK82TF
BS 349 349 RR1BR34TF
BS 350 411 RR1DK82TF
BS 412 412 RR1BR34TF
BS 413 420 RR1DK82TF
BS 421 421 RR1BR34TF
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BS 521 594 RR1DK82TF
BS 595 595 RR1GY45TF
BS 596 597 RR1DK82TF
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BS 599 646 RR1DK82TF
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BS 650 650 RR1BR34JQ
BS 651 688 RR1BR34TF

RD RR1DK82TF 613 0 0
GGACACA
CTCTCTCTCTCCGTCTCAGATCTAGAA*GTGGGCAGCATCAACAGCGAGCGAACATGGCA
GGCAAGGGAGGTAAAGGTCTCATCGCTACCAAGACCATGGCCGGTAACAAGGACAAAGAC
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GGTCGTATCCATAGGCAACTCAAGACGAGAGTTTCAGCACACGGAAGGGTTGGTGCCACT
GCTGCTGTCTACACGGCTTCGATTCTGGAGTACCTGACCGCGGAGGTTCTTGAGTTGGCT
GGAAACGCGAGCAAAGATCTGAAAGTGAAGAGGATCACTCCAAGGCATTTGCAGCTGGCT
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ATCCCTCACATTCACAAGTCTCTCATCAACAAAACCATCAAGGAGTGATTTGTTTTCTTT
AGGCACTGTGGGTTATGTGATATGCTAATTTAGTAGCTTATGGGTGTTTGTGTTTGTTTA
GTCTTGGACTGCTTCTCCTTTTTCTTTAGTTTCCTTTGTTAGTGTGTTGTGCTCTTTTGA
ACATCA

QA 8 613 8 613
DS 

RD RR1GY45TF 523 0 0
AGGG
AAGGTCTCATCGCTACCAAGACCATGGCCGGTAACAAGGACAAAGACAAGGACAGCAAGA
AGAAACCCATCACTCGCTCTGCTCGTGCTGGTATTCAGTTTCCGGTGGGTCGTATCCATA
GGCAACTCAAGACGAGAGTTTCAGCACACGGAAGGGTTGGTGCCACTGCTGCTGTCTACA
CGGCTTCGATTCTGGAGTACCTGACCGCGGAGGTTCTTGAGTTGGCTGGAAACGCGAGCA
AAGATCTGAAAGTGAAGAGGATCACTCCAAGGCATTTGCAGCTGGCTATCAGAGGAGATG
AGGAGCTAGACACGCTCATCAAGGGAACTATCGCTGGAGGAGGTGTGATCCCTCACATCC
ACAAGTCTCTCATCAACAAAACCATCAAGGAGTGATTTGTTTTCTTTAGGCACTGTGGGT
TATGTGATATGCTAATTTAGTAGCTTATGGGTGTTTGTGTTTGTTTAGTCTTTGACTGCT
TATCCTTTTTCTTTAGTTTCCTTTGTTAGTGTGTTGTGC

QA 5 523 5 523
DS 

RD RR1BR34JQ 688 0 0
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TCTATAAAGTGGGCAGCATCAACAGCGAGCGAACATGGCAGGCAAGGGAGGTAAAGGTCT
CATCGCTACCAAGACCATGGCCGGTAACAAGGACAAAGACAAGGACAACAAGAAGAAACC
CATCACTCGCTCTGCTCGTGCTGGTATTCAGTTTCCGGTGGGTCGTATCCATAGGCAACT
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GATTCTGGAGTACCTGACTGCGGAGGTTCTTGAGTTGGCTGGAAACGCAAGCAAAGATCT
GAAAGTGAAGAGGATCACTCCAAGGCATTTGCAGCTGGCTATCAGAGGAGACGAGGAGCT
CGACACCCTCATCAAGGGAACCATTGCTGGAGGAGGTGTGATCCCTCACATCCACAAGTC
TCTCATCAACAAAACCATCAAGGAGTGATTTGTTTTCAT*AGGCACTGTGGGTTATGTGA
TATGCTAATTTAGTAGCTTATGGGTGTTTGTGTTTGTTTAGTCTTGGACTGCTTATC*TT
TTTCTTTAGTTTCCTTTGTTAGTGTGTTGTGCTCTTTTGAACATCATCAGGTGTACATTA
GTTAATCTGAACTCTTAGGTTTCTCGCT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1BR34TF 688 0 0
GGAGATTTAGTTTATTCGTCTCCTTCCACACACACACTCTCTCTCTCTCTCCGTCTCAGA
TCTATAAAGTGGGCAGCATCAACAGCGAGCGAACATGGCAGGCAAGGGAGGTAAAGGTCT
CATCGCTACCAAGACCATGGCCGGTAACAAGGACAAAGACAAGGACAACAAGAAGAAACC
CATCACTCGCTCTGCTCGTGCTGGTATTCAGTTTCCGGTGGGTCGTATCCATAGGCAACT
CAAGACGAGAGTTTCAGCACACGGAAGGGTTGGTGCCACTGCCGCTGTCTACACGGCTTC
GATTCTGGAGTACCTGACTGCGGAGGTTCTTGAGTTGGCTGGAAACGCAAGCAAAGATCT
GAAAGTGAAGAGGATCACTCCAAGGCATTTGCAGCTGGCTATCAGAGGAGACGAGGAGCT
CGACACCCTCATCAAGGGAACCATTGCTGGAGGAGGTGTGATCCCTCACATCCACAAGTC
TCTCATCAACAAAACCATCAAGGAGTGATTTGTTTTCAT*AGGCACTGTGGGTTATGTGA
TATGCTAATTTAGTAGCTTATGGGTGTTTGTGTTTGTTTAGTCTTGGACTGCTTATC*TT
TTTCTTTAGTTTCCTTTGTTAGTGTGTTGTGCTCTTTTGAACATCATCATGTGTACATTA
GTTAATCTGAACTCTTAGGTTTCTCGCT

QA 1 688 1 688
DS 



CO CL1593Contig2 333 2 3 U
GGAGCAAAGATCTGAAAGTGAAGAGGATCACTCCAAGGCATTTGCAGCTGGCTATCAGAG
GAGATGAGGAGCTAGACACGCTCATCAAGGGAACTATCGCTGGAGGAGGTGTGATCCCTC
ACATCCACAAGTCTCTCATCAACAAAACCATCAAGGAGTGATTTGTTTTCTTTAGGCACT
GTGGGTTATGTGATATGCTAATTTAGTAGCTTATGGGTGTTTGTGTTTGTTTAGTCTTGG
ACTGCTTATCCTTTTTCTTTAGTTTCCTTTGTTAGTGTGTTGTGCTCTTTTGAACATCAT
CAGGTGTACATTAGTTAATCTGAACTCTTAGGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1DT48JQ C 1
AF RR1DT48TF U 1
BS 1 1 RR1DT48JQ
BS 2 332 RR1DT48TF
BS 333 333 RR1DT48JQ

RD RR1DT48JQ 333 0 0
GGAGCAAAGATCTGAAAGTGAAGAGGATCACTCCAAGGCATTTGCAGCTGGCTATCAGAG
GAGATGAGGAGCTAGACACGCTCATCAAGGGAACTATCGCTGGAGGAGGTGTGATCCCTC
ACATCCACAAGTCTCTCATCAACAAAACCATCAAGGAGTGATTTGTTTTCTTTAGGCACT
GTGGGTTATGTGATATGCTAATTTAGTAGCTTATGGGTGTTTGTGTTTGTTTAGTCTTGG
ACTGCTTATCCTTTTTCTTTAGTTTCCTTTGTTAGTGTGTTGTGCTCTTTTGAACATCAT
CAGGTGTACATTAGTTAATCTGAACTCTTAGGC

QA 1 333 1 333
DS 

RD RR1DT48TF 333 0 0
G
GAGCAAAGATCTGAAAGTGAAGAGGATCACTCCAAGGCATTTGCAGCTGGCTATCAGAGG
AGATGAGGAGCTAGACACGCTCATCAAGGGAACTATCGCTGGAGGAGGTGTGATCCCTCA
CATCCACAAGTCTCTCATCAACAAAACCATCAAGGAGTGATTTGTTTTCTTTAGGCACTG
TGGGTTATGTGATATGCTAATTTAGTAGCTTATGGGTGTTTGTGTTTGTTTAGTCTTGGA
CTGCTTATCCTTTTTCTTTAGTTTCCTTTGTTAGTGTGTTGTGCTCTTTTGAACATCATC
AGGTGTACATTAGTTAATCTGAACTCTTAGG
C

QA 2 332 2 332
DS 



AS 1 5

CO CL1594Contig1 1159 5 5 U
GGTATAATAACCCAAATAAGGAAACTAAAACATCCTTATGGTTATGGATATATTACAAGA
AAAATGTTCAAGTCGTTCAAATTAACAGATTCTTAGTTATATTTGATGATGAGTGTGTTT
AGTTTATCAAAGTGACTCCAATTATTACACAACATAAAAGACGACGCAAGACAAACAAAC
ATCTCAACACCAATCTCTGATCTGGTCCTTGGATTCTCCTTTTGGAAATTTATTACTCTT
TTTATTTGCTCAATCTTCTGCCATGGGGTCATCGTCATCACCGTTCTCGTTGTTGTCATC
ATCATCATTATCATTGTTTCTACCGTTTGCATTAGCGTTCACAACTTGAACCCAAACACT
CTGGCTTCTCTCTGCTCCGTTGACCTCTCCCCATGTCTGTTGTTGCCTGTTTGTATCAGC
TCCACCGTCTGAGAATTGCCCCCACACGCTTCTCGTCTTCCCTCCTCCTCCTGCTCCTCC
GCTTAGCTCCTCTTCACACCCCGCAACTGTTTTCAGAAGCTCAGACTGAAGTGATGGGCA
GTGTTCCCTCAAATAGTCAAACCCATCTGACCTCATCACAGCGATGAGATTCTCCGCTGC
GAATTTCAGACAAACGGATTTCAAGGCAGAAGCATTGTAACGGTCAGCAAGAGCTAAGAT
ATTAGCGACGGAATCTACTGAGATATCCTTGCAGAGCACAGACTCGCACATTAAGCTCAG
TCTAGGCAACTTGTATTTATCAGCGGCTCCTAACAGCTTCGCAGCTAACGTATCTGACGC
TAATGGACCAACAGAAGAGCCAGAAGAGGATGCTGACTCAGCGTCTTCTATGAGAGCATC
CTTGTATATGTAATGAAGCAAAGCCTTGAAAACCTTTGGTTCCATGTCATTAACTTCGAC
ATCACGCTCCTCCTCTTCTTCACCCATAACATCGAGAAACTCGCTTTCAAAGACGGGAGA
CCGAGCAGCAAGAACCAACCTGTGAGCACGGAACTTTTCACCGGAGACGTTGAAGGTTAT
ATCTGAACCGTCCTCGTTCTCAAGAAGCATCCCGAAGTGAGATCCAATATCAGACGCAGG
GACGTGGATGGAATGTAAGCGTGGGCAGTCTATCTCTGAGACCACAACTCCGACAGTGCA
GTTAATCTTCAAACAATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D826JQ U 1
AF RR1C106JQ U 1
AF RR1C106TF C 115
AF RR1AG13JQ U 20
AF RR1AG13TF C 475
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AGTTTATCAAAGTGACTCCAATTATTACACAACATAAAAGACGACGCAAGACAAACAAAC
ATCTCAACACCAATCTCTGATCTGGTCCTTGGATTCTCCTTTTGGAAATTTATTACTCTT
TTTATTTGCTCAATCTTCTGCCATGGGGTCATCGTCATCACCGTTCTCGTTGTTGTCATC
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CTGGCTTCTCTCTGCTCCGTTGACCTCTCCCCATGTCTGTTGTTGCCTGTTTGTATCAGC
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GTGTTCCCTCAAATAGTCAAACCCATCTGACCTCATCACAGCGATGAGATTCTCCGCTGC
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AGTTTATCAAAGTGACTCCAATTATTACACAACATAAAAGACGACGCAAGACAAACAAAC
ATCTCAACACCAATCTCTGATCTGGTCCTTGGATTCTCCTTTTGGAAATTTATTACTCTT
TTTATTTGCTCAATCTTCTGCCATGGGGTCATCGTCATCACCGTTCTCGTTGTTGTCATC
ATCATCATTATCATTGTTTCTACCGTTTGCATTAGCGTTCACAACTTGAACCCAAACACT
CTGGCTTCTCTCTGCTCCGTTGACCTCTCCCCATGTCTGTTGTTGCCTGTTTGTATCAGC
TCCACCGTCTGAAAATTGCCCCCACACGCTTCTCGTCTTCCCTCCTCCTCCTGCTCCTCC
GCTTAGCTCCTCTTCACACCCCGCAACTGTTTTCAGAAGCTCAGACTGAAGTGATGGGCA
GTGTTCCCTCAAATAGTCAAACCCATCTGACCTCATCACAGCGATGAGATTCTCCGCTGC
GAATTTCAGACAAACGGATTTCAAGGCAGAAGCATTGTAACGGTCAGCAAGAGCTAAGAT
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QA 1 765 1 765
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ATTTGCTCAATCTTCTGCCATGGGGTCATCGTCATCACCGTTCTCGTTGTTGTCATCATC
ATCATTATCATTGTTTCTACCGTTTGCATTAGCGTTCACAACTTGAACCCAAACACTCTG
GCTTCTCTCTGCTCCGTTGACCTCTCCCCATGTCTGTTGTTGCCTGTTTGTATCAGCTCC
ACCGTCTGAGAATTGCCCCCACACGCTTCTCGTCTTCCCTCCTCCTCCTGCTCCTCCGCT
TAGCTCCTCTTCACACCCCGCAACTGTTTTCAGAAGCTCAGACTGAAGTGATGGGCAGTG
TTCCCTCAAATAGTCAAACCCATCTGACCTCATCACAGCGATGAGATTCTCCGCTGCGAA
TTTCAGACAAACGGATTTCAAGGCAGAAGCATTGTAACGGTCAGCAAGAGCTAAGATATT
AGCGACGGAATCTACTGAGATATCCTTGCAGAGCACAGACTCGCACATTAAGCTCAGTCT
AGGCAACTTGTATTTATCAGCGGCTCCTAACAGCTTCGCAGCTAATGTATCTGACGCTAA
TGGACCAACAGAAGAGCCAGAAGAGGATGCTGACTCAGCGTCTTCTATGAGAGCATCCTT
C

QA 10 729 10 729
DS 

RD RR1AG13JQ 929 0 0
C
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ATTAACAGATTCTTAGTTATATTTGATGATGAGTGTGTTTAGTTTATCAAAGTGACTCCA
ATTATTACACAACATAAAAGACGACGCAAGACAAACAAACATCTCAACACCAATCTCTGA
TCTGGTCCTTGGATTCTCCTTTTGGAAATTTATTACTCTTTTTATTTGCTCAATCTTCTG
CCATGGGGTCATCGTCATCACCGTTCTCGTTGTTGTCATCATCATCATCATCATTGTTTC
TACCGTTTGCATTAGCGTTCACAACTTGAACCCAAACACTCTGGCTTCTCTCTGCTCCGT
TGACCTCTCCCCATGTCTGTTGTTGCCTGTTTGTATCAGCTCCACCGTCTGAGAATTGCC
CCCACACGCTTCTCGTCTTCCCTCCTCCTCCTGCTCCTCCGCTTAGCTCCTCTTCACACC
CCGCAACTGTTTTCAGAAGCTCAGACTGAAGTGATGGGCAGTGTTCCCTCAAATAGTCAA
ACCCATCTGACCTCATCACAGCGATGAGATTCTCCGCTGCGAATTTCAGACAAACGGATT
TCAAGGCAGAAGCATTGTAACGGTCAGCAA*AGCTAAGATATTAGCGACGGAATCTACTG
AGATATCCTTGCAGAGCACAGACTCGCACATTAAGCTCAGTCTAGGCAACTTGTATTTAT
CAGCGGCTCCTAACAGCTTCGCAGCTAACGTATCTGACGCTAATGGACCAACAGAAGAGC
CAGAAGAGGATGCTGACTCAGCGTCTTCTATGAGAGCATCCTTGTATATGTAATGAAGCA
AAGCCTTGAAAACCTTTGGTTCCATGTCATTAACTTCGACATCACGCTCCTCCTCTTCTT
CACCCATAACATCGAGAAACTCGCTTTC

QA 2 929 2 929
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TGGGCAGTGTTCCCTCAAATAGTCAAACCCATCTGACCTCATCACAGCGATGAGATTCTC
CGCTGCGAATTTCAGACAAACGGATTTCAAGGCAGAAGCATTGTAACGGTCAGCAA*AGC
TAAGATATTAGCGACGGAATCTACTGAGATATCCTTGCAGAGCACAGACTCGCACATTAA
GCTCAGTCTAGGCAACTTGTATTTATCAGCGGCTCCTAACAGCTTCGCAGCTAACGTATC
TGACGCTAATGGACCAACAGAAGAGCCAGAAGAGGATGCTGACTCAGCGTCTTCTATGAG
AGCATCCTTGTATATGTAATGAAGCAAAGCCTTGAAAACCTTTGGTTCCATGTCATTAAC
TTCGACATCACGCTCCTCCTCTTCTTCACCCATAACATCGAGAAACTCGCTTTCAAAGAC
GGGAGACCGAGCAGCAAGAACCAACCTGTGAGCACGGAACTTTTCACCGGAGACGTTGAA
GGTTATATCTGAACCGTCCTCGTTCTCAAGAAGCATCCCGAAGTGAGATCCAATATCAGA
CGCAGGGACGTGGATGGAATGTAAGCGTGGGCAGTCTATCTCTGAGACCACAACTCCGAC
AGTGCAGTTAATCTTCAAACAATCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 6

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AACATAATATGAGCAACAAATGAATGAAAATAATAGATAAAACTCATTCAAGTTACAAAG
ACAATGGCCAAGTAACTTATTTCAAGAACCAATAATTTAAGTGCACACTGCAGGAACACC
TTGAGGAAACCTTTTTTTATCGGTGCAATAGTTGTAGATCATGTACTTACTCTGTGCCCA
TTTCATTTTTTTCTGGCCTTCCGGGTCAACTTTTTGAGTGAACCATGGGGCATTCCCGGG
GCAAAATGATTTTCCGTTAGCCCAAACACATCCTTCCACATTGTAGTTTCTGTAAAAGGC
AGTGAAAGGAGCTTTTGACCAATCTGTTTTCTCCAATCCTCCCCTTGTGGCCCAATGCTC
GGCTTCCCAAAGGCTTGCGTAGAGCCTCATTGGCTGGTTCTTCGGGAATGGAACTCCCAT
TGACTCAGAGTTCTTGAACTCTCTAATAGGAATGCCATCAACTGTAAAAATAATCCTTTG
GGGATTCCATGTGATACAGTAAGTGTGAAAGTTCTTTGTTGGGTCGAACCATAGATGAAA
CTGCTGTTCTTTGTCTCCAGAGCCTCGTGTGTAAACATTAGTATGAAGAGTATACGGATG
ACCACTAATGTTTCCCAAGAACTCGAAATCGATCTCATCCCATGTAGTTCCGGGCGATTT
AAGATAGAATGTTGTGACTGTACCAGCAGAGTTACCAGGGACAAGTTTCATTTGAACCTC
AGCTTTACCATATAGAAACTCCTGATGGGACTGAAACCCCGAACCAGAGGATTTGTCAAG
CGAGAGAGAAAGAAGCTTTCCATCTCTGTCACGAACCTTTCCTCGGCCATCACCCCAATG
TATCTGAACGTCTTTATGGAAGCTACCAGCATAGACAGCCACAGATTGTGCTGCAAATAG
AAAGAGAACCAAGAATGCGAATCTTGTACCACAGGAAAGCTTCATTTTCTAATAGATTTC
TGAGTACTATTGATATCTCAGCTGTGTTTGTTGATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW21JQ U 213
AF RR1GC27JQ U 1
AF RR1AW21TF C 31
AF RR1GC27TF C 1
AF RR1FQ84JQ U 6
AF RR1FQ84TF C 349
BS 1 9 RR1GC27JQ
BS 10 10 RR1FQ84JQ
BS 11 14 RR1GC27JQ
BS 15 15 RR1FQ84JQ
BS 16 95 RR1GC27JQ
BS 96 96 RR1FQ84JQ
BS 97 216 RR1GC27JQ
BS 217 217 RR1FQ84JQ
BS 218 441 RR1GC27JQ
BS 442 442 RR1FQ84JQ
BS 443 487 RR1GC27JQ
BS 488 488 RR1FQ84JQ
BS 489 588 RR1GC27JQ
BS 589 708 RR1FQ84JQ
BS 709 1057 RR1FQ84TF

RD RR1AW21JQ 312 0 0
TGTAAATCATGTACTTACTCTGTGCCCATTTCATTTTTTTCTGGCCTTCCGGGTCAACTT
TTTGAGTGAACCATGGGGCATTCCCGGGGCAAAATGATTTTCCGTTACCCCAAACACATC
CTTCCACATTGTATTTTCTGTAAAAGGCAGTGAAAGGAGCTTTTGACCAATCTGTTTTCT
CCAATCCTCCCCTTGTGGCCCAATGCTCGGCTTCCCAAAGGCTTGCGTAAAGCCTCATTG
GCTGGTTCTTCGGGAATGGAACTCCCATTGACTCAAAATTCTTGAACTCTCTAATAGGAA
TGCCATCAACTG

QA 1 312 1 312
DS 

RD RR1GC27JQ 588 0 0
CAATTAATAAAATAAATTATTTGTTATTACTTGAAAAAAACCTTACACAGACACCACGTA
AACATAATATGAGCAACAAATGAATGAAAATAATAAATAAAACTCATTCAAGTTACAAAG
ACAATGGCCAAGTAACTTATTTCAAGAACCAATAATTTAAGTGCACACTGCAGGAACACC
TTGAGGAAACCTTTTTTTATCGGTGCAATAGTTGTAAATCATGTACTTACTCTGTGCCCA
TTTCATTTTTTTCTGGCCTTCCGGGTCAACTTTTTGAGTGAACCATGGGGCATTCCCGGG
GCAAAATGATTTTCCGTTAGCCCAAACACATCCTTCCACATTGTAGTTTCTGTAAAAGGC
AGTGAAAGGAGCTTTTGACCAATCTGTTTTCTCCAATCCTCCCCTTGTGGCCCAATGCTC
GGCTTCCCAAAGGCTTGCGTAAAGCCTCATTGGCTGGTTCTTCGGGAATGGAACTCCCAT
TGACTCAAAGTTCTTGAACTCTCTAATAGGAATGCCATCAACTGTAAAAATAATCCTTTG
GGGATTCCATGTGATACAGTAAGTGTGAAAGTTCTTTGTTGGGTCGAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1AW21TF 561 0 0
ATCCTC
AAAATCTTACACAGACACCACGTAAACATAATATGAGCAACAAGTGAATGAAAATAATAG
ATAAAACTCATTCAAGTTACAAAGACAATGGCCAAGTAACTTATTTCAAGAACCAATAAT
TTAAGTGCACACTGCAGGAACACCTTGAGGAAACCTTCTTTTATCGGTGCAATAGTTGTA
GATCATGTACTTACTCTGTGCCCATTTCATTTTTTTCTGGCCTTCCGGGTCAACTTTTTG
AGTGAACCATGGGGCATTCCCGGGGCAAAATGATTTTCCGTTAGCCCAAACACATCCTTC
CACATTGTAGTTTCTGTAAAAGGCAGTGAAAGGAGCTTTTGACCAATCTGTTTTCTCCAA
TCCTCCCCTTGTGGCCCAATGCTCGGCTTCCCAAAGGCTTGCGTAGAGCCTCATTGGCTG
GTTCTTCGGGAATGGAACTCCCATTGACTCAGAGTTCTTGAACTCTCTAATAGGAATGCC
ATCAACTGTAAAAATAATCCTTTGGGGATTCCATGTGATACAGTAAGTGTGAAAGTTCTT
TGTTGGGTCGAACC
C

QA 7 560 7 560
DS 

RD RR1GC27TF 625 0 0
CAATT
AATAGAATAGATTATTTGTTATTACTTGAAAAAAACCTTACACAGACACCACGTAAACAT
AATATGAGCAACAAATGAATGAAAATAATAGATAAAACTCATTCAAGTTACAAAGACAAT
GGCCAAGTAACTTATTTCAAGAACCAATAATTTAAGTGCACACTGCAGGAACACCTTGAG
GAAACCTTTTTTTATCGGTGCAATAGTTGTAGATCATGTACTTACTCTGTGCCCATTTCA
TTTTTTTCTGGCCTTCCGGGTCAACTTTTTGAGTGAACCATGGGGCATTCCCGGGGCAAA
ATGATTTTCCGTTAGCCCAAACACATCCTTCCACATTGTAGTTTCTGTAAAAGGCAGTGA
AAGGAGCTTTTGACCAATCTGTTTTCTCCAATCCTCCCCTTGTGGCCCAATGCTCGGCTT
CCCAAAGGCTTGCGTAGAGCCTCATTGGCTGGTTCTTCGGGAATGGAACTCCCATTGACT
CAGAGTTCTTGAACTCTCTAATAGGAATGCCATCAACTGTAAAAATAATCCTTTGGGGAT
TCCATGTGATACAGTAAGTGTGAAAGTTCTTTGTTGGGTCGAACCATAGATGAAACTGCT
GTTCTTTGTCTCCAGAGCC
C

QA 6 624 6 624
DS 

RD RR1FQ84JQ 703 0 0
AATAGAATAGATTATTTGTTATTACTTGAAAAAAACCTTACACAGACACCACGTAAACAT
AATATGAGCAACAAATGAATGAAAATAATAGATAAAACTCATTCAAGTTACAAAGACGAT
GGCCAAGTAACTTATTTCAAGAACCAATAATTTAAGTGCACACTGCAGGAACACCTTGAG
GAAACCTTTTTTTATCGGTGCAATAGTTGTAGATCATGTACTTACTCTGTGCCCATTTCA
TTTTTTTCTGGCCTTCCGGGTCAACTTTTTGAGTGAACCATGGGGCATTCCCGGGGCAAA
GTGATTTTCCGTTAGCCCAAACACATCCTTCCACATTGTAGTTTCTGTAAAAGGCAGTGA
AAGGAGCTTTTGACCAATCTGTTTTCTCCAATCCTCCCCTTGTGGCCCAATGCTCGGCTT
CCCAAAGGCTTGCGTAGAGCCTCATTGGCTGGTTCTTCGGGAATGGAACTCCCATTGACT
CAGAGTTCTTGAACTCTCTAATAGGAATGCCATCAACTGTAAAAATAATCCTTTGGGGAT
TC*ATGTGATACAGTAAGTGTGAAAGTTCTTTGTTGGGTCGAACCATAGATGAAACTGCT
GTTCTTTGTCTCCAGAGCCTCGTGTGTAAACATTAGTATGAAGAGTATACGGATGACCAC
TAATGTTTCCCAAGAACTCGAAATCGATCTCATCCCATGTAGT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1FQ84TF 709 0 0
TCTGTAAAAGGCAGTGAAAGGAGCTTTTGACCAATCTGTTTTCTCCAATCCTCCCCTTGT
GGCCCAATGCTCGGCTTCCCAAAGGCTTGCGTAGAGCCTCATTGGCTGGTTCTTCGGGAA
TGGAACTCCCATTGACTCAGAGTTCTTGAACTCTCTAATAGGAATGCCATCAACTGTAAA
AATAATCCTTTGGGGATTC*ATGTGATACAGTAAGTGTGAAAGTTCTTTGTTGGGTCGAA
CCATAGATGAAACTGCTGTTCTTTGTCTCCAGAGCCTCGTGTGTAAACATTAGTATGAAG
AGTATACGGATGACCACTAATGTTTCCCAAGAACTCGAAATCGATCTCATCCCATGTAGT
TCCGGGCGATTTAAGATAGAATGTTGTGACTGTACCAGCAGAGTTACCAGGGACAAGTTT
CATTTGAACCTCAGCTTTACCATATAGAAACTCCTGATGGGACTGAAACCCCGAACCAGA
GGATTTGTCAAGCGAGAGAGAAAGAAGCTTTCCATCTCTGTCACGAACCTTTCCTCGGCC
ATCACCCCAATGTATCTGAACGTCTTTATGGAAGCTACCAGCATAGACAGCCACAGATTG
TGCTGCAAATAGAAAGAGAACCAAGAATGCGAATCTTGTACCACAGGAAAGCTTCATTTT
CTAATAGATTTCTGAGTACTATTGATATCTCAGCTGTGTTTGTTGATCC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 2 5

CO CL1596Contig1 778 3 6 U
GGAGTTTTCGTCAGTCAGGAAGCAGAGTGAGAGTAAAAAAAATTGAACGACCCGATGACA
ACTGTCTCCGGCGTCGTTGTTCTACCATTCCTATCTCCTCCTCCGCTTCGTCGCCCATTC
TCCCGCCATCATCTCAGTCTGACCAAGATTCCTAGCGCTGGCTTACGGAGGAGGAAACAG
GTCATTGTTGCTTTAGCGGCGGTTACGGCTTCAGAATCGCCATCGGAAGCCGCGTATGAT
CCGGAGCTCCGTTTGGTTTTCGAGCTCGCCACTGATTCCGAGCTATACGAGCTCGAGAGT
ATCCTCTTTGGTCCCAGTTACTTTAGTCCTCTGTTGAAATCAATCCCTAACAAAGGAAGA
GGAGGAGGAAGAGGTGAGAGGTTGATGATAGGGGAAGATATTGAGGTTCGAGATGGTTTT
ATCCAATCTCTTGAATCTAGATTCTTGTTTCTCGCTGCTGATGCTCGCTCCACTCTCAGG
GGTTGGAGACCTTCATACAGAAATGTTTTACTTGCGGTGAGGAATAAGTTGAGTATTCCC
TGCTCCAGCCACTTGCCAACGGAGGATCTCGAAGCTGAGATCTTTCTTTATCTTGCTGAC
AATTTCTCTAGTGAAGCATCAGGATATTTCCTGGCTTGTGGGATAGTTCTCAAGCATCGG
AGTGCAGGAAGCTTAGAAGTCGGGCTCAGTAAATGGAAAGTTGACTACTTGCTGCTCTAG
AAGTAGTGCTTCAGAGTCCATCTATGATTCTCAAGGTGGTGGGATGATCACATTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX55TF U 1
AF RR1FH05TF U 29
AF RR1EE80TF U 29
BS 1 300 RR1DX55TF
BS 301 301 RR1EE80TF
BS 302 441 RR1DX55TF
BS 442 595 RR1EE80TF
BS 596 596 RR1FH05TF
BS 597 778 RR1EE80TF

RD RR1DX55TF 441 0 0
GGAGTTTTCGTCAGTCAGGAAGCAGAGTGAGAGTAAAAAAAATTGAACGACCCGATGACA
ACTGTCTCCGGCGTCGTTGTTCTACCATTCCTATCTCCTCCTCCGCTTCGTCGCCCATTC
TCCCGCCATCATCTCAGTCTGACCAAGATTCCTAGCGCTGGCTTACGGAGGAGGAAACAG
GTCATTGTTGCTTTAGCGGCGGTTACGGCTTCAGAATCGCCATCGGAAGCCGCGTATGAT
CCGGAGCTCCGTTTGGTTTTCGAGCTCGCCACTGATTCCGAGCTATACGAGCTCGAGAGT
GTCCTCTTTGGTCCCAGTTACTTTAGTCCTCTGTTGAAATCAATCCCTAACAAAGGAAGA
GGAGGAGGAAGAGGTGAGAGGTTGATGATAGGGGAAGATATTGAGGTTCGAGATGGTTTT
ATCCAATCTCTTGAATCTAGA

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR1FH05TF 622 0 0
GAGAGTAAAAAAAATTGAACGACCCGATGACAACTGTCTCCGGCGTCGTTGTTCTACCAT
TCCTATCTCCTCCTCCGCTTCGTCGCCCATTCTCCCGCCATCATCTCAGTCTGACCAAGA
TTCCTAGCGCTGGCTTACGGAGGAGGAAACAGGTCATTGTTGCTTTAGCGGCGGTTACGG
CTTCAGAATCGCCATCGGAAGCCGCGTATGATCCGGAGCTCCGTTTGGTTTTCGAGCTCG
CCACTGATTCCGAGCTATACGAGCTCGAGAGTATCCTCTTTGGTCCCAGTTACTTTAGTC
CTCTGTTGAAATCAATCCCTAACAAAGGAAGAGGAGGAGGAAGAGGTGAGAGGTTGATGA
TAGGGGAAGATATTGAGGTTCGAGATGGTTTTATCCAATCTCTTGAATCTAGATTCTTGT
TTCTCGCTGCTGATGCTCGCTCCACTCTCAGGGGTTGGAGACCTTCATACAGAAATGTTT
TACTTGCGGTGAGGAATAAGTTGAGTATTCCCTGCTCCAGCCACTTGCCAACGGAGGATC
TCGAAGCTGAGATCTTTCTTTATCTTGCTGGCAATTTCTCTAGTGAAGCATCAGGATATT
TCCTGGCTTGTGGGATAGT
CTC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1EE80TF 750 0 0
GAGAGTAAAAAAAATTGAACGACCCGATGACAACTGTCTCCGGCGTCGTTGTTCTACCAT
TCCTATCTCCTCCTCCGCTTCGTCGCCCATTCTCCCGCCATCATCTCAGTCTGACCAAGA
TTCCTAGCGCTGGCTTACGGAGGAGGAAACAGGTCATTGTTGCTTTAGCGGCGGTTACGG
CTTCAGAATCGCCATCGGAAGCCGCGTATGATCCGGAGCTCCGTTTGGTTTTCGAGCTCG
CCACTGATTCCGAGCTATACGAGCTCGAGAGTATCCTCTTTGGTCCCAGTTACTTTAGTC
CTCTGTTGAAATCAATCCCTAACAAAGGAAGAGGAGGAGGAAGAGGTGATAGGTTGATGA
TAGGGGAAGATATTGAGGTTCGAGATGGTTTTATCCAATCTCTTGAATCTAGATTCTTGT
TTCTCGCTGCTGATGCTCGCTCCACTCTCAGGGGTTGGAGACCTTCATACAGAAATGTTT
TACTTGCGGTGAGGAATAAGTTGAGTATTCCCTGCTCCAGCCACTTGCCAACGGAGGATC
TCGAAGCTGAGATCTTTCTTTATCTTGTTGACAATTTCTCTAGTGAAGCATCAGGATATT
TCCTGGCTTGTGGGATAGTTCTCAAGCATCGGAGTGCAGGAAGCTTAGAAGTCGGGCTCA
GTAAATGGAAAGTTGACTACTTGCTGCTCTAGAAGTAGTGCTTCAGAGTCCATCTATGAT
TCTCAAGGTGGTGGGATGATCACATTTGCC

QA 1 750 1 750
DS 



CO CL1596Contig2 797 2 2 U
CGCAAAATACATTATTCTTTTTGTATGAATCAAGAAGTTTCTTGATTCACACGTGATAGT
AATTGCTCGTTCGAAAGAAGCTAAACTCGCTCGTTTAGCCATGGCGCTCTTTTACCATTC
GAGAAGTAACATCTAATTTCACATGAACCACATATGGCGAGTGATAATTAAACATTGTTA
CCTACATAATACGTAGAGACAGTGGAGACACAGAGTCGAGAGAAAATAACTTTAACTTCA
TTTACAAGGTAGCCTGTATGTCTTTGTGATTCGAATCTGTGCAAACGCGTAAATTGCTCG
TAAGATTCTAGCGTAGTCAGTTTCAAGCATCTGAATAACCAAATCAGCTAGTAACGTCCC
CCACATCATTGGACCGACTAATTGCATCACTGTTCTTAAGCCAAGGTATCTGGATGCAGC
TCCTACAAACCCTTGTTTTGCTGCAAGCAGAGCCGCTCTTGATTCCAAGTTAATAGCAAC
TAACTGTCCACCCTTTTTAAGCATCTCTCTTCTTATCTGGTAGTTGGCAGCTTCAAGGAT
TACTTTTCCAGATAGTTTCTTAGCCAACAACTGATAAATCTTGGCAAATGTGATCATCCC
ACCACCCTTGAGAATCATAGATTGGACCTCTGAAGCACCTACTTCTAGAGCAGCAAGTAG
TTCAACTTTCCATTTACTGAGCCCGACTTCTAAGCTTCCCTGCACCTCCGATGCTTGAGA
ACTATCCCACAAGCCAGGAAATATCCCTGATGCTTCACTAGAGAAATTGTCAACAAGATA
AAGAAAGATCTCAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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ATTGTCAACAAGATAAAGAAAGATCTCAGCTT

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DS 



AS 1 5

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ACTTACGAAGGGGAGCACCGTCACCAAAAGTCCGCTATGAACGATAACATATCTTCCAGT
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TAGTACAGTATCTGCTTTCTAGTAATTCCTTTGAC


BQ
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TGTCTTCGGCCATCACCGGCGACGGGAGTGTATCTAAGGGATCTTCGATTTTTCTTGCTC
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QA 1 651 1 651
DS 

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TCTCTGATAACTTCCATCATGACCGTCGATATCATGCGTTTTCCTAAGATGGAAGATCAA
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TCCAAATTCAAAAAAGTCATATCTCTCCTTAACCGTACCGGTCACGCCCGGTTTAGACGC
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CCTCCTCCACCCGTCTCTCAGCCTTCACCTCCGGCTCCGGTGCTAACTCCGGGGAGCTTT
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CCGACGGCGCCTGTAGCTTCCTCGGGGAAACCGCCGCTTGCTGGTCTTCCTTACAGGAAG
AGATGTTTTGAGCATGACCACTCTCAGAACT
CT

QA 1 691 1 691
DS 

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T
CCGGTGCTAACTCCGGGGAGCTTTGTTCAGTCGCATCAGCAAAGCTTGACGCTAGATTTC
ACCAAACCAAGCGTGTTTGGCGCCAAAACCAAGAGCACGGAGTTTGCAAAGGAGAGCTTT
AGTGTCTCCTCGAACTCTTCTTTCATGTCTTCGGCCATCACCGGCGACGGGAGTGTATCT
AAGGGATCTTCGATTTTTCTTGCTCCGACGGCGCCTGTAGCTTCCTCGGGGAAACCGCCG
CTTGCTGGTCTTCCTTACAGGAAGAGATGTTTTGAGCATGACCACTCTCAGAACTTTTCC
GGCAAGATTTCTGCCTCCGGCAGCGGAAAGTGTCATTGCAAGAAAAGCAAGAAAAATCGG
ATGAAGAGAAGCGTGAGAGTACCGGCGATAAGTGCAAAGATAGCTGATATTCCGGTGGAC
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TATTACAAATGTAGTACGTTTAGAGGGTGTCCAGCCAGGAAACACGTGGAACGAGCATTG
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G
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GACAAAAAATATTCTTACTTGCAAAAGTTTGTATTTAGTACAGTATCTGCTTTCTAGTAA
TTCCTTTGAC

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DS 



AS 2 6

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ATGTCAAACCATCTTCATTTGCCCTTAACCACTTGCCCTGAACCGATTTCAACCAAAAAA
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GTTTACTGTCCCTCTCTCTGCCGTCTGTTACAGCTCCGTCGCCTTCCCTGCTCGAGTTGT
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CTCTTGTTGTAATAAGTTGTGTTTTTCACAACATTGTATCTCTAAAAACAGAAAAGTGGT
ATAAAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ37TF U 1
AF RR1AU48TF U 1
AF RR1AU48JQ C 579
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GG
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QA 3 120 3 120
DS 

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ATGTCAAACCATCTTCATTTGCCCTTAACCACTTGCCCTGAACCGATTTCAACCAAAAAA
GACCAAGAAGTCGACGAGAAAATGGTTAGCTTGCAAGCTGAGAGTATCGTCAACACCATA
GCTTTCCCCATGGTCCTCAAGGCTGCCCTGGAGCTTGGCGTCATCGATACCATCGCTGCT
GCAGGCGACGGTGCATGGCTCTCACCGTCTGAGATAACGGCTAGTCTCCCAATCAAACCC
AAGAACCAGGAGGCACCGATTTTGCTGGACCGGATGCTGCGGTTACTGGTTAGCCACTCC
ATCTTAAAATGCCGGGTAATTGAAACCGTAGAGAAGGATCGAACCGGAAACACCGAGAGG
GTATATGCAGCCGAATCGGTTTGCAAATATTTCTTGAAGGATACTGACGGATCTGGTTCT
CTCGTGTCTTTGTTCTTGTTGTTCCATACCCAAGTCCATTTTAGTACTTGGTACGTACTT
CAATTAATTATCATAATCTCCATAATGATAATTAATTGTTAAGTCATATATATATGATCG
TTAGTTACATACAAGGCCATGACATAGATGACTTAACATAGTTCCTCAAATTTTGTAAGA
ACAAAATTATAAAATCTTTACTAAATTGTTTAGAACCCTCAAAATCTCATAACCAGTC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1AU48JQ 808 0 0
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TCAAAATCTCATAACCAGTCATGGTTAGTGGTTACATACAAAATAAAGTATTCTATATAA
AAATAAATAGTTGAAATTTTTCTATCTCATACAGGGACAATCTCAAAGATGTAATATTAG
ATGGAAAAGATGCATTCATGTGTTCTTTGCTCGGCTGCAGACGAGTCTATTAGTCATTTG
TTTTTTGGTTGTCCCTATGCTGTTGCTATCTGGTCTCGTTTTTGTGGCAGGTACATGGCG
GTGCCTCCAGCCTCGCTATCTGATGTGGTCGTCTTGTGTCAGCAGCTACAGGGCACTCAT
GCGCGTGCGGTCATAGTCCTCAAACTCATCAATCAAGCCATCATCTACAGCCTTTGGCGT
GAGCGGAATGCTCGCATCTTCCAAGACGTCTCTTCAACTCAACAGGCCTTCTTCAGAGTG
GTGGACCGTCGGTTGCGGGATCGTTTACTGTCCCTCTCTCTGCCGTCTGTTACAGCTCCG
TCGCCTTCCCTGCTCGAGTTGTTCTTTTGCTTCCTAGACCCCTATAGCTAGTGTCTCTTT
CTTTTTTCTCTCCATTTTGTTTCAGTGTTCTTTTCGGTGTCTTTTGTTTCTTGCTCTTTG
TTTCTTTGTTTCCTCCTCCTCTCTCTTGTTGTAATAAGTTGTGTTTTTCACAACATTGTA
TCTCTAAAAACAGAAAAGTGGTATAAAT

QA 1 808 1 808
DS 



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GGGGTCTAGGAAGCAAAAGAACAACTCGAGCAGGGAAGGCGACGGAGCTGTAACAGACGG
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AAAATGGACTTGGGTATGGAACAACAAGAACAAAGACACGAGAGAACCAGATCCGTCAGT
ATCCTTCAAGAAATATTTGCAAACCGATTCGGCTGCATATACCCTCTCGGTGTTTCCGGT
TCGATCCTTCTCTACGGTTTCAATTACCCGGCATTTTAAGATGGAGTGGCTAACCAGTAA
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AGCCGTTATCTCAGACGGTGAGAGCCATGCACCGTCGCCTGCAGCAGCGATGGTATCGAT
GACGCCAAGCTCCAGGGCAGCCTTGAGGACCATGGGGAAAGCTATGGTGTTGACGATACT
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TTCAGGGCAAGTGGTTAAGGGCAAATGAAGATGGTTTGACATTATTTGTTGAAGGATTGA
GAAGTAAAGACTACAAAGGTAGTGTTAGTTGGCGAAGTGTAGTTTCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DJ37JQ U 1
AF RR1G046JQ U 14
AF RR1G046TF C 322
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DS 

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ATTTATACCACTTTTCTGTTTTTTAGAGATACAATGTTGTGAAAAACACAACTTATTACA
ACAAGAGAGAGGAGGAGGAAACAAAGAAACAAAGAGCAAGAAACAAAAGACACCGAAAAG
AACACTGAAACAAAATGGAGAGAAAAAAGAAAGAGACACTAGCTATAGGGGTCTAGGAAG
CAAAAGAACAACTCGAGCAGGGAAGGCGACGGAGCTGTAACAGACGGCAGAGAGAGGGAC
AGTAAACGATCCCGCAACCGACGGTCCACCACTCTGAAGAAGGCCTGTTGAGTTGAAGAG
ACGCCTTGGAAGATGCGAGCATTCCGCTCACGCCAAAGGCTGTAGATGATGGCTTGATTG
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ACCACATCAGATAGCAAGGCTGGAGGCACCGCCATGTACCAAGTATTAAAATGGACTTGG
GTATGGAACAACAAGAACAAAGACACGAGAGAACCAGATCCGTCAGTATCCTTCAAGAAA
TATTTGCAAACCGATTCGGCTGCATATACCCTCTCGGTGTTTCCGGTTCGATCCTTCTCT
ACGGTTTCAATTACCCGGCATTTTAAGATGGAGTGGCTAACCAGTAACCGCAGCATCCGG
TCCAGCAAAATCGGTGCCTCCTGGTTCTTGGGTTTGATTGGGAGACTAGCCGTTATCTCA

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DS 

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GAGGACTATGACCGCACGCGCATGAGTGCCCTGTAGCTGCTGACACAAGACGACCACATC
AGATAGCAAGGCTGGAGGCACCGCCATGTACCAAGTATTAAAATGGACTTGGGTATGGAA
CAACAAGAACAAAGACACGAGAGAACCAGATCCGTCAGTATCCTTCAAGAAATATTTGCA
AACCGATTCGGCTGCATATACCCTCTCGGTGTTTCCGGTTCGATCCTTCTCTACGGTTTC
AATTACCCGGCATTTTAAGATGGAGTGGCTAACCAGTAACCGCAGCATCCGGTCCAGCAA
AATCGGTGCCTCCTGGTTCTTGGGTTTGATTGGGAGACTAGCCGTTATCTCAGACGGTGA
GAGCCATGCACCGTCGCCTGCAGCAGCGATGGTATCGATGACGCCAAGCTCCAGGGCAGC
CTTGAGGACCATGGGGAAAGCTATGGTGTTGACGATACTCTCAGCTTGCAAGCTAACCAT
TTTCTCGTCGACTTCTTGGTCTTTTTTGGTTGAAATCGGTTCAGGGCAAGTGGTTAAGGG
CAAATGAAGATGGTTTGACATTATTTGTTGAAGGATTGAGAAGTAAAGACTACAAAGGTA
GTGTTAGTTGGCGAAGTGTAGTTTCCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 5

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GGGCAAAAGAATATTTGAATATCAGAATATATGAATATTATTTTCATACATACCAAGTTG
GCTTTTT*GCGTTACATTCCAATAAAAGATCAATTTGAGAATCAAATTTTTTCTTAACAG
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AGGCTAGCATCTTCTGTTACCACGGTCCAATTATCATCCCACATAACCGGTTTTCTGCTT
CCTATGGTAAGCATTGGTTCAATAGTGAAGGTTTGATTCAAGACCATACGTCCAGCTTCA
TTGTTCCGAAAGTGAAGAACAACAGGATCAGCATGGAAGACACGTCCAATACCGTGGCCT
ACAAATTCTCTAACCACTCCATACTTATGCTTATCTGCATGCTCATGAATGATTTTGCCA
ATTTTCTTGTACTCAACACCAGGACCACATATCGATATGGCTTTGTCAAGAGACTCTTTT
GTCACCTGGACTAGCTTTTTAGCTT*CTCGTCGACATCACCACAGAAGAAAGTAGCTGAA
GTATCACCGTGATAGCCGTTCAAATAAACAGTGACATCAATGTTGATTATATCTCCATCC
TCAAGCGGTCGTGAATCAGGGATGCCATGGCAAATGCACTCATTCACAGACGTGCAAACA
CTTTTAGGGAAACCTCCGTAGCCAAGAGGCGAAGGATAAGCTCCGTTCTCTATAATCATG
TTGTGAACCGCTTCATCAATCTCATCTGTCGTCACACCCGGCTTAACCAAAGTCCCAGCG
TATTCACGAACTCTAGCTGCGAGCCTCCCAGAAGCTCTCATCCTCTCTATACCTTCCTTG
TCGTGAATCTCGAGCCCACTTGAGATTCCGGGGACTTTAAAAGACTCAACGTAAGGAGGT
TTGGTTATATGGGCAGGGACAGGGCGACGTGGAGACACGTTTCCTGGTTTCAGACGTTTT
CTCTTCCCATCAACAACTTCATCTACGTTTCTTGTATTAAACAGAAGATTGGTTAATCCC
GAAAAGGTTCTTGATAATTGCATCGAAACATGCCTTCTTCCTGAATGGAAGCGGAAGAGA
TGGGGAAGAGGCTGCGCTGATCGAATAGAGTTGTTGTTTCCGAGAAAGGAAGAGATGATT
CTTGGTTGCAGAGATTTCGCGGTCGCCATTTTGTAAACTTCACGGCGGCTAGCTTTTGTT
TACCCCC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1DS72JQ U 17
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AF RR1EW93JQ U 17
AF RR1EW93TF C 363
AF RR1DS72TF C 523
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BS 57 67 RR1GU60JQ
BS 68 68 RR1DS72JQ
BS 69 105 RR1GU60JQ
BS 106 106 RR1DS72JQ
BS 107 452 RR1GU60JQ
BS 453 453 RR1DS72JQ
BS 454 479 RR1GU60JQ
BS 480 480 RR1DS72JQ
BS 481 488 RR1GU60JQ
BS 489 489 RR1EW93JQ
BS 490 505 RR1GU60JQ
BS 506 506 RR1EW93JQ
BS 507 539 RR1GU60JQ
BS 540 540 RR1EW93JQ
BS 541 608 RR1GU60JQ
BS 609 699 RR1EW93JQ
BS 700 927 RR1EW93TF
BS 928 928 RR1DS72TF
BS 929 1060 RR1EW93TF
BS 1061 1207 RR1DS72TF

RD RR1DS72JQ 475 0 0
GAATATCAGAATATATGAATATTATTTTCATACATACCAAGTTGGCTTTTT*GCGTTACA
TTCCAATAAAAGATCAATTTGAGAATCAAATTTTTTCTTAACAGTCGGTTAGAATCTCAG
CTCCATCTTTGGTAATAAGAATGGTATGCTCGAATTGCGCAGAGAGGCTAGCATCTTCTG
TTACCACGGTCCAATTATCATCCCACATAACCGGTTTTCTGCTTCCTATGGTAAGCATTG
GTTCAATAGTGAAGGTTTGATTCAAGACCATACGTCCAGCTTCATTGTTCCGAAAGTGAA
GAACAACAGGATCAGCATGGAAGACACGTCCAATACCGTGGCCTACAAATTCTCTAACCA
CTCCATACTTATGCTTATCTGCATGCTCATGAATGATTTTGCCAATTTTCTTGTACTCAA
CACCAGGACCACATATCGATATGGCTTTGTCAAGAGACTCTTTTGTCACCTG
GAC

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1GU60JQ 608 0 0
GGGCAAAAGAATATTTGAATATCAGAATATATGAATATGGTTTTCATACATACCACGTTG
GCTTTTTTGCGTTACATTCCAATAAAAGATCAATTTGAGAATCAATTTTTTTCTTAACAG
TCGGTTAGAATCTCAGCTCCATCTTTGGTAATAAGAATGGTATGCTCGAATTGCGCAGAG
AGGCTAGCATCTTCTGTTACCACGGTCCAATTATCATCCCACATAACCGGTTTTCTGCTT
CCTATGGTAAGCATTGGTTCAATAGTGAAGGTTTGATTCAAGACCATACGTCCAGCTTCA
TTGTTCCGAAAGTGAAGAACAACAGGATCAGCATGGAAGACACGTCCAATACCGTGGCCT
ACAAATTCTCTAACCACTCCATACTTATGCTTATCTGCATGCTCATGAATGATTTTGCCA
ATTTTCTTGTACTCAACACCAGGACCACATATAGATATGGCTTTGTCAAGAGACTCTTTA
GTCACCTGAACTAGCTTTTTAGCTTTCTCGTCGACATCACCACAGAAGAAAGTAGCTGAG
GTATCACCGTGATAGCCGTTCAAATAAACAGTGACATCAATGTTGATTATATCTCCATCC
TCAAGCGG

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1EW93JQ 683 0 0
GAATATCAGAATATATGAATATTATTTTCATACATACCAAGTTGGCTTTTT*GCGTTACA
TTCCAATAAAAGATCAATTTGAGAATCAAATTTTTTCTTAACAGTCGGTTAGAATCTCAG
CTCCATCTTTGGTAATAAGAATGGTATGCTCGAATTGCGCAGAGAGGCTAGCATCTTCTG
TTACCACGGTCCAATTATCATCCCACATAACCGGTTTTCTGCTTCCTATGGTAAGCATTG
GTTCAATAGTGAAGGTTTGATTCAAGACCATACGTCCAGCTTCATTGTTCCGAGAGTGAA
GAACAACAGAATCAGCATGGAAGACACGTCCAATACCGTGGCCTACAAATTCTCTAACCA
CTCCATACTTATGCTTATCTGCATGCTCATGAATGATTTTGCCAATTTTCTTGTACTCAA
CACCAGGACCACATATCGATATGGCTTTGTCAAGAGACTCTTTTGTCACCTGGACTAGCT
TTTTAGCTT*CTCGTCGACATCACCACAGAAGAAAGTAGCTGAAGTATCACCGTGATAGC
CGTTCAAATAAACAGTGACATCAATGTTGATTATATCTCCATCCTCAAGCGGTCGTGAAT
CAGGGATGCCATGGCAAATGCACTCATTCACAGACGTGCAAACACTTTTAGGGAAACCTC
CGTAGCCAAGAGGCGAAGGATAA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1EW93TF 698 0 0
AAATTCTCTAACCACTCCATACTTATGCTTATCTGCATGCTCATGAATGATTTTGCCAAT
TTTCTTGTACTCAACACCAGGACCACATATCGATATGGCTTTGTCAAGAGACTCTTTTGT
CACCTGGACTAGCTTTTTAGCTT*CTCGTCGACATCACCACAGAAGAAAGTAGCTGAAGT
ATCACCGTGATAGCCGTTCAAATAAACAGTGACATCAATGTTGATTATATCTCCATCCTC
AAGCGGTCGTGAATCAGGGATGCCATGGCAAATGCACTCATTCACAGACGTGCAAACACT
TTTAGGGAAACCTCCGTAGCCAAGAGGCGAAGGATAAGCTCCGTTCTCTATAATCATGTT
GTGAACCGCTTCATCAATCTCATCTGTCGTCACACCCGGCTTAACCAAAGTCCCAGCGTA
TTCACGAACTCTAGCTGCGAGCCTCCCAGAAGCTCTCATCCTCTCTATACCTTCCTTGTC
GTGAATCTCGAGCCCACTTGAGATTCCGGGGACTTTAAAAGACTCAACGTAAGGAGGTTT
GGTTATATGGGCAGGGACAGGGCGATGTGGAGACACGTTTCCTGGTTTCAGACGTTTTCT
CTTCCCATCAACAACTTCATCTACGTTTCTTGTATTAAACAGAAGATTGGTTAATCCCGA
AAAGGTTCTTGATAATTGCATCGAAACATGCCTTCTTC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1DS72TF 685 0 0
CAGAAGAAAGTAGCTGAAGTATCACCGTGATAGCCGTTCAAATAAACAGTGACATCAATG
TTGATTATATCTCCATCCTCAAGCGGTCGCGAATCAGGGATGCCATGGCAAATGCACTCA
TTCACAGACGTGCAAACACTTTTAGGGAAACCTCCGTAGCCAAGAGGCGAAGGATAAGCT
CCGTTCTCTATAATCATGTTGTGAACCGCTTCATCAATCTCATCTGTCGTCACACCCGGC
TTAACCAAAGTCCCAGCGTATTCACGAACTCTAGCTGCGAGCCTCCCAGAAGCTCTCATC
CTCTCTATACCTTCCTTGTCGTGAATCTCGAGCCCACTTGAGATTCCGGGGACTTTAAAA
GACTCAACGTAAGGAGGTTTGGTTATATGGGCAGGGACAGGGCGACGTGGAGACACGTTT
CCTGGTTTCAGACGTTTTCTCTTCCCATCAACAACTTCATCTACGTTTCTTGTATTAAAC
AGAAGATTGGTTAATCCCGAAAAGGTTCTTGATAATTGCATCGAAACATGCCTTCTTCCT
GAATGGAAGCGGAAGAGATGGGGAAGAGGCTGCGCTGATCGAATAGAGTTGTTGTTTCCG
AGAAAGGAAGAGATGATTCTTGGTTGCAGAGATTTCGCGGTCGCCATTTTGTAAACTTCA
CGGCGGCTAGCTTTTGTTTACCCCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 4

CO CL1600Contig1 605 4 21 U
GGGCGCTACTTCTCCAGAAAACCCTAGCCACGGGAGGAAAATGACGACGAGACTCAGGAA
GAACAGGAAGAAGCGCGGCCACGTCAGCGCCGGACATGGACGTATCGGAAAGCACAGAAA
GCATCCCGGAGGTCGCGGTAACGCCGGAGGTATGCACCACCACAGGATCCTCTTCGACAA
GTACCATCCCGGTTACTTCGGCAAAGTCGGTATGAGGTACTTCCACAAGCTACGCAACAA
GTTCTTCTGCCCTATCGTCAACCTCGACAGGCTCTGGTCGCTCGTCCCCGAGGACGTGAA
GGCCAAATCGACCAAGTACAAGGTTCCGTTGATCGATGTGACGCAGCACGGGTTCTTCAA
GGTGTTGGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGAACAAGCCTTTCGTTGTGAAGGCGAAGCTTAT
CTCGAAGACTGCTGAGAAGAAGATTAAGGAAGCTGGTGGTGCTGTTGTTCTTACAGCTTA
GGCTTTTGTCAGTTGTTTTTGGTTATAACTTGTCTTGTTTTTGGAT*****GTTTTGGAA
ACTTATGTTTGGTTTTATAAATGGTTTGTTATGACATTCGGATTTTAGGATTGTTATTAC
CGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H742JQ C 55
AF RR1H742TF U 54
AF RR1AD12JQ C 1
AF RR1AD12TF U 1
BS 1 55 RR1AD12TF
BS 56 115 RR1H742TF
BS 116 116 RR1AD12TF
BS 117 231 RR1H742TF
BS 232 232 RR1AD12TF
BS 233 252 RR1H742TF
BS 253 253 RR1AD12TF
BS 254 306 RR1H742TF
BS 307 307 RR1AD12TF
BS 308 316 RR1H742TF
BS 317 317 RR1AD12TF
BS 318 327 RR1H742TF
BS 328 328 RR1AD12TF
BS 329 342 RR1H742TF
BS 343 343 RR1AD12TF
BS 344 357 RR1H742TF
BS 358 358 RR1AD12TF
BS 359 526 RR1H742TF
BS 527 531 RR1AD12TF
BS 532 556 RR1H742TF
BS 557 605 RR1AD12TF

RD RR1H742JQ 154 0 0
GG
GGAAGAACAGGAAGAAGCGCGGCCACGTCAGCGCCGGACATGGACGTATCGGAAAGCACC
GAAAGCATCCCGGAGGTCGCGGTAACGCCGGAGGTATGCACCACCACAGGATCCTTTTCG
ACAAGTACCATCCCGGTTACTTCGGCAAAGTC

QA 3 154 3 154
DS 

RD RR1H742TF 503 0 0
GG
AGGAAGAACAGGAAGAAGCGCGGCCACGTCAGCGCCGGACATGGACGTATCGGAAAGCAC
CGAAAGCATCCCGGAGGTCGCGGTAACGCCGGAGGTATGCACCACCACAGGATCCTCTTC
GACAAGTACCATCCCGGTTACTTCGGCAAAGTCGGTATGAGGTACTTCCACAAGCTCCGC
AACAAGTTCTTCTGCCCGATCGTCAACCTCGACAGGCTCTGGTCGCTCGTCCCCGAGGAC
GTGAAGGCCAAGTCGACCAAGGACAAGGTTCCTTTGATCGATGTGACTCAGCACGGGTTC
TTTAAGGTGTTGGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGAACAAGCCTTTCGTTGTGAAGGCGAAG
CTTATCTCGAAGACTGCTGAGAAGAAGATTAAGGAAGCTGGTGGTGCTGTTGTTCTTACA
GCTTAGGCTTTTGTCAGTTGTTTTTGGTTATAACTTGTCTTGTTTTTGGATCTTGAGTTT
TGGAAACTTATGTTTGGTTTT

QA 3 503 3 503
DS 

RD RR1AD12JQ 605 0 0
GGGCGCTACTTCTCCAGAAAACCCTAGCCACGGGAGGAAAATGACGACGAGACTCAGGAA
GAACAGGAAGAAGCGTGGCCACGTCAGCGCCGGACATGGACGTATCGGAAAGCACAGAAA
GCATCCCGGAGGTCGCGGTAACGCCGGAGGTATGCACCACCACAGGATCCTCTTCGACAA
GTACCATCCCGGTTACTTCGGCAAAGTCGGTATGAGGTACTTCCACAAGCTACGCAACAA
GTTCTTCTGCCCTATCGTCAACCTCGACAGGCTCTGGTCGCTCGTCCCCGAGGACGTGAA
GGCCAAATCGACCAAGTACAAGGTTCCGTTGATCGATGTGACGCAGCACGGGTTCTTCAA
GGTGTTGGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGAACAAGCCTTTCGTTGTGAAGGCGAAGCTTAT
CTCGAAGACTGCTGAGAAGAAGATTAAGGAAGCTGGTGGTGCTGTTGTTCTTACAGCTTA
GGCTTTTGTCAGTTGTTTTTGGTTATAACTTGTCTTGTTTTTGGAT*****GTTTTGGAA
ACTTATGTTTGGTTTTATAAATGGTTTGTTATGACATTCGGATTTTAGGATTGTTATTAC
CGTCC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1AD12TF 605 0 0
GGGCGCTACTTCTCCAGAAAACCCTAGCCACGGGAGGAAAATGACGACGAGACTCAGGAA
GAACAGGAAGAAGCGTGGCCACGTCAGCGCCGGACATGGACGTATCGGAAAGCACAGAAA
GCATCCCGGAGGTCGCGGTAACGCCGGAGGTATGCACCACCACAGGATCCTCTTCGACAA
GTACCATCCCGGTTACTTCGGCAAAGTCGGTATGAGGTACTTCCACAAGCTACGCAACAA
GTTCTTCTGCCCTATCGTCAACCTCGACAGGCTCTGGTCGCTCGTCCCCGAGGACGTGAA
GGCCAAATCGACCAAGTACAAGGTTCCGTTGATCGATGTGACGCAGCACGGGTTCTTCAA
GGTGTTGGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGAACAAGCCTTTCGTTGTGAAGGCGAAGCTTAT
CTCGAAGACTGCTGAGAAGAAGATTAAGGAAGCTGGTGGTGCTGTTGTTCTTACAGCTTA
GGCTTTTGTCAGTTGTTTTTGGTTATAACTTGTCTTGTTTTTGGAT*****GTTTTGGAA
ACTTATGTTTGGTTTTATAAATGGTTTGTTATGACATTCGGATTTTAGGATTGTTATTAC
CGTCC

QA 1 605 1 605
DS 



AS 2 6

CO CL1601Contig1 783 2 3 U
GGAGTGGAGGAGAAGGAGAATGGGAGATCTCTACGCTCTGGACTTCAACGGAGTTCTCTG
CGATAGTTGTGGCGAAAGCTCTCTCTCTGCTGTTAAGGCTGCGAGAGCGAGGTGGCCTGG
TCTGTTCCAAGGAGTTGACTCAGCTTTAGAGGAATGGATCGTTGATTAGATGCATATTGT
GAGACCTGTGGTGGAAACCGGCTATGAAAATCTTCTGCTTGTTCGTCTACTGTTGGAGAC
TAAGATGCCGTCTATTCGAAAATCTTCAGTTGCAGAGGGATTGACTGTTGATGGGATATT
GGAGAGCTGGGGAAAGATTAAACCGGTTATCATGGAAGCTTGGGGTGAAGAAGATAAAGA
AGCTTTGATCGATTTGTTTGGTAAAGTTAGAGATGATTGGAATAACAATGACTTGACTAC
TTGGATTGGTGCCAATAGATTCTATCCAGGAGTATCAGATGCATTGAAGTTTGCCAGCTC
AAAGATTTACATTGTTACCACGAAACAGGGCCGGTTTGCAGAAGCGTTACTACGTGAAAT
AGCAGGTGTGATCATACCACCAGAAAGGATCTATGGTCTGGGTACAGGCCCAAAGGTGGA
AGTGCTAAAGCTACTTCAGAACAAACCAGAGCACCAGGGCTTGAAGCTGCATTTCGTGGA
AGACAGACTCGCAACGCTGAAGAATGTCATCAAAGAGCCTGAACTAGACAAATGGAATCT
ATACCTAAGTAACTGGGGCTACACACAGAGAAAGAAAGAGCAGAGGAGAGAGCATCCAAG
AAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1H757TF U 1
AF RR1DU28TF U 1
BS 1 46 RR1DU28TF
BS 47 47 RR1H757TF
BS 48 783 RR1DU28TF

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TCTGTTCCAAGGAGTTGACTCAGCT

QA 1 145 1 145
DS 

RD RR1DU28TF 783 0 0
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CGATAGTTGTGGCGAAAGCTCTCTCTCTGCTGTTAAGGCTGCGAGAGCGAGGTGGCCTGG
TCTGTTCCAAGGAGTTGACTCAGCTTTAGAGGAATGGATCGTTGATTAGATGCATATTGT
GAGACCTGTGGTGGAAACCGGCTATGAAAATCTTCTGCTTGTTCGTCTACTGTTGGAGAC
TAAGATGCCGTCTATTCGAAAATCTTCAGTTGCAGAGGGATTGACTGTTGATGGGATATT
GGAGAGCTGGGGAAAGATTAAACCGGTTATCATGGAAGCTTGGGGTGAAGAAGATAAAGA
AGCTTTGATCGATTTGTTTGGTAAAGTTAGAGATGATTGGAATAACAATGACTTGACTAC
TTGGATTGGTGCCAATAGATTCTATCCAGGAGTATCAGATGCATTGAAGTTTGCCAGCTC
AAAGATTTACATTGTTACCACGAAACAGGGCCGGTTTGCAGAAGCGTTACTACGTGAAAT
AGCAGGTGTGATCATACCACCAGAAAGGATCTATGGTCTGGGTACAGGCCCAAAGGTGGA
AGTGCTAAAGCTACTTCAGAACAAACCAGAGCACCAGGGCTTGAAGCTGCATTTCGTGGA
AGACAGACTCGCAACGCTGAAGAATGTCATCAAAGAGCCTGAACTAGACAAATGGAATCT
ATACCTAAGTAACTGGGGCTACACACAGAGAAAGAAAGAGCAGAGGAGAGAGCATCCAAG
AAT

QA 1 783 1 783
DS 



CO CL1601Contig2 958 4 7 U
GGGATCTCTAACTAAAAGTGATCACAGATTCACACAACCACCATGGAGAAGATCTCGCCT
TCCTCTCTACTTTGCTGCATCATCGTCTTTCTCCTGATCTCGAACTTTCACGAATCCGTG
GAAGCAGGGAAGCGACGGATCGAGATCACCGACGATCTAGACGACGTGGAAGACAACGAA
GAAGACGAATCATGGAAGCATTGGGGGAACAAAGCAGCCACGCCGGAGTTCGATCCTCCT
CCGGATTTCTCCAACATGGGATTCGATCAGATCCAAGAGGAGATGGCTAAACGCACTTTC
GCACCCGTCGTCGGTTTCGTCAAGCTCCGGTTAGGCGTTAACCGTACTAAGGATATGGTG
GTGGAGACTGCTATGAAATGGACCAAGGTTCTGAGGACAGGTGGGTTAGGAGTGAGATTC
ATGGCCGTGGATCGGAGCACGTTGATGTTCAATTTGCAAAACGGCAAGGAAGTAACTGAG
CTAAGGGAGTTTGTGCTGAGCCAAGAAGAGGCTTATGAGGTTAAGATAGGGAAACAAGAG
TTTCGAAGACCTGGTGATCCTCCTCTTGATGATGTCGTTGACAAACTTAAAGCTAAGCAG
AGCAAGGATGATGAAGATAGTGATGGTAATAGCAACAATGATGTCAACAAGGATGAGTTA
TGAGATGGAAAAGTTTATCTCTTTTAGCTGAATCGTAGCTACAGTTTCTTTGACATGTTT
GGCTTGTAAAATACAATGAAAAGGGAAGCTTGTTTTTTTCTTTCTGATGAGTATGGACTC
ATTTAAGCTTATTGCTAAATGTGGAAAGCTCAATAACCTGAATTCTTGGAATGCTCTCTG
CCTCTGCTCTTTCTTCCTCTGTGTTGTAACCCCAGTTACTTAGGTATAGATTCCATTTGT
CTAGTTCAGGCTCTTTGATGACATTCTTCAACGTTGCGAGTCTGTCTTCCACGAAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FJ15TF U 1
AF RR1FJ15JQ C 483
AF RR1EK58TF U 383
AF RR1H757JQ U 718
BS 1 651 RR1FJ15TF
BS 652 652 RR1EK58TF
BS 653 713 RR1FJ15TF
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BS 730 831 RR1EK58TF
BS 832 958 RR1H757JQ

RD RR1FJ15TF 713 0 0
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TCCTCTCTACTTTGCTGCATCATCGTCTTTCTCCTGATCTCGAACTTTCACGAATCCGTG
GAAGCAGGGAAGCGACGGATCGAGATCACCGACGATCTAGACGACGTGGAAGACAACGAA
GAAGACGAATCATGGAAGCATTGGGGGAACAAAGCAGCCACGCCGGAGTTCGATCCTCCT
CCGGATTTCTCCAACATGGGATTCGATCAGATCCAAGAGGAGATGGCTAAACGCACTTTC
GCACCCGTCGTCGGTTTCGTCAAGCTCCGGTTAGGCGTTAACCGTACTAAGGATATGGTG
GTGGAGACTGCTATGAAATGGACCAAGGTTCTGAGGACAGGTGGGTTAGGAGTGAGATTC
ATGGCCGTGGATCGGAGCACGTTGATGTTCAATTTGCAAAACGGCAAGGAAGTAACTGAG
CTAAGGGAGTTTGTGCTGAGCCAAGAAGAGGCTTATGAGGTTAAGATAGGGAAACAAGAG
TTTCGAAGACCTGGTGATCCTCCTCTTGATGATGTCGTTGACAAACTTAAAGCTAAGCAG
AGCAAGGATGATGAAGATAGTGATGGTAATAGCAACAATGATGTCAACAAG*ATGAGTTA
TGAGATGGAAAAGTTTATCTCTTTTAGCTGAATCGTAGCTACAGTTTCTTTGA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1FJ15JQ 210 0 0
AAGGGAGTTTGTGTTGAGCCAAGAAGAGGCTTATGAGGTTAAGATAGGGAAACAAGAGTT
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CAAGGATGATGAAGATAGTGATGGTAATAGCAACAATGATGTCAACAAGGATGAGTTATG
AGATGGAAAAGTTTATTTTTTTTAGCTGAA

QA 1 210 1 210
DS 

RD RR1EK58TF 449 0 0
G
CAAGGTTCTGAGGACAGGTGGGTTAGGAGTGAGATTCATGGCCGTGGATCGGAGCACGTT
GATGTTCAATTTGCAAAACGGCAAGGAAGTAACTGAGCTAAGGGAGTTTGTGCTGAGCCA
AGAAGAGGCTTATGAGGTTAAGATAGGGAAACAAGAGTTTCGAAGACCTGGTGATCCTCC
TCTTGATGATGTCGTTGACAAACTTAAAGCTAAGCAGAGCAAGGATGATGAAGATAGTGA
TGGTAATAGCAACAATGATGTCAACAAGGATGAGTTATGAGATGGAAAAGTTTATCTCTT
TTAGCTGAATCGTAGCTACAGTTTCTTTGACATGTTTGGCTTGTAGAATACAATGAAAAG
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GAAAGCTCAATAACCTGAATTCTTGGAA

QA 2 449 2 449
DS 

RD RR1H757JQ 241 0 0
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CTGCCTCTGCTCTTTCTTCCTCTGTGTTGTAACCCCAGTTACTTAGGTATAGATTCCATT
TGTCTAGTTCAGGCTCTTTGATGACATTCTTCAACGTTGCGAGTCTGTCTTCCACGAAAT
G

QA 1 241 1 241
DS 



AS 1 6

CO CL1602Contig1 617 6 4 U
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GAAAGGCCACAAGGCTCGCGGTGGAAGCGTGGGGGCTGAAAAACTGTACACAAAAGGAGG
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CTGGCAAGGTTTTCAGAATTGGGCACCTTGGAAATCTTAATGAGTTGCAACTTCTTGGGT
GTTTGGCTGGAGTGGAGATGATACTCAAGGATGTCGGCTACCCAATTGTATTGGGAAGTG
GAGTTGCAGCTGCTTCTACTTATCTGCAGCACCAGATCCCTCTCATTCCTTCCCGGATCT
AATTCATATCCCTATTTCTCCATCTTTCTCTCCACCCCTCTTTCAATGTATAACAAAACT
ATTTGTTCTCTTTTCTCTGCTTTTTTTATTTCACTAAAATACTATCTATTTTATGTGCAA
TTATTCCAAAAAACTTATGTCAGATTTATTTTTATTCATATCAATACCATTAAAACAAAA
GGCACACATTTGAAACC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AM01JQ C 1
AF RR1B210TF U 333
AF RR1BV93JQ C 160
AF RR1BV93TF U 160
AF RR1AA57TF U 5
AF RR1AA57JQ C 13
BS 1 5 RR1AM01JQ
BS 6 278 RR1AA57TF
BS 279 279 RR1BV93TF
BS 280 617 RR1AA57TF

RD RR1AM01JQ 596 0 0
CTCTTGATCTTATCTTTGAAGAAGGACTTGAAAATGTCATCGCCCGTCACGCCCGTTTGG
GAAAGGCCACAAGGCTCGCGGTGGAAGCGTGGGGGCTGAAAAACTGTACACAAAAGGAGG
AGTGGATCAGTAACACAGTGACAGCGGTCGTGGTGCCGCCGAATATAGACAGTACTGAGA
TTGTGAAAAGGGCGTGGAGGAGGTACAACCTTAGTCTTGGTCTTGGTCTCAACAAAGTGG
CTGGCAAGGTTTTCAGAATTGGGCACCTTGGAAATCTTAATGAGTTGCAACTTCTTGGGT
GTTTGGCTGGAGTGGAGATGATACTCAAGGATGTCGGCTACCCAATTGTATTGGGAAGTG
GAGTTGCAGCTGCTTCTACTTATCTGCAGCACCAGATCCCTCTCATTCCTTCCCGGATCT
AATTCATATCCCTATTTCTCCATCTTTCTCTCCACCCCTCTTTCAACGTATAACAAAACT
ATTTGTTCTCTTTTTTCTGCTTTTTTTATTTCACTAAAATACTATCTATTTTATGTGCAA
TTATTCCAAAAAACTTATGTCAGATTTATTTTTATTCATATCAATACCATTAAAAC

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DS 

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CAGATCCCTCTCATTCCTTCCCGGATCTAATTCATATCCCTATTTCTCCATCTTTCTCTC
CACCCCTCTTTCAATGTATAACAAAACTATTTGTTCTCTTTTCTCTGCTTTTTTTATTTC
ACTAAAATACTATCTATTTTATGTGCAATTATTCCAAAAAACTTATGTC

QA 1 229 1 229
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G
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TCTTGGTCTCAACAAAGTGGCTGGCAAGGTTTTCAGAATTGGGCACCTTGGAAATCTTAA
TGAGTTGCAACTTCTTGGGTGTTTGGCTGGAGTGGAGATGATACTCAAGGATGTCGGCTA
CCCAATTGTATTGGGAAGTGGAGTTGCAGCTGCTTCTACTTATCTTCAGCACCAGATCCC
TCTCATTCCTTCCCGGATCTAATTCATATCCCTATTTCTCCATCTTTCTCTCCACCCCTC
TTTCAATGTATAACAAAACTATTTGTTCTCTTTTCTCTGCTTTTTT*ATTTCACTAAAAT
ACTATCTATTTTATGTGCAATTATTCC

QA 2 388 2 388
DS 

RD RR1BV93TF 388 0 0
G
GAATATAGACAGTACTGAGATTGTGAAAAGGGCGTGGAGGAGGTACAACCTTAGTCTTGG
TCTTGGTCTCAACAAAGTGGCTGGCAAGGTTTTCAGAATTGGGCACCTTGGAAATCTTAA
TGAGTTGCAACTTCTTGGGTGTTTGGCTGGAGTGGAGATGATACTCAAGGATGTCGGCTA
CCCAATTGTATTGGGAAGTGGAGTTGCAGCTGCTTCTACTTATCTTCAGCACCAGATCCC
TCTCATTCCTTCCCGGATCTAATTCATATCCCTATTTCTCCATCTTTCTCTCCACCCCTC
TTTCAATGTATAACAAAACTATTTGTTCTCTTTTCTCTGCTTTTTT*ATTTCACTAAAAT
ACTATCTATTTTATGTGCAATTATTCC

QA 2 388 2 388
DS 

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G
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GCCACAAGGCTCGCGGTGGAAGCGTGGGGGCTGAAAAACTGTACACAAAAGGAGGAGTGG
ATCAGTAACACAGTGACAGCGGTCGTGGTGCCGCCGAATATAGACAGTACTGAGATTGTG
AAAAGGGCGTGGAGGAGGTACAACCTTAGTCTTGGTCTTGGTCTCAACAAAGTGGCTGGC
AAGGTTTTCAGAATTGGGCACCTTGGAAATCTTTATGAGTTGCAACTTCTTGGGTGTTTG
GCTGGAGTGGAGATGATACTCAAGGATGTCGGCTACCCAATTGTATTGGGAAGTGGAGTT
GCAGCTGCTTCTACTTATCTGCAGCACCAGATCCCTCTCATTCCTTCCCGGATCTAATTC
ATATCCCTATTTCTCCATCTTTCTCTCCACCCCTCTTTCAATGTATAACAAAACTATTTG
TTCTCTTTTCTCTGCTTTTTTTATTTCACTAAAATACTATCTATTTTATGTGCAATTATT
CCAAAAAACTTATGTCAGATTTATTTTTATTCATATCAATACCATTAAAACAAAAGGCAC
ACATTTGAAACC

QA 2 613 2 613
DS 

RD RR1AA57JQ 605 0 0
TCTTTGAAGAAGGACTTGAAAATGTCATCGCCCGTCACGCCCGTTTGGGAAAGGCCACAA
GGCTCGCGGTGGAAGCGTGGGGGCTGAAAAACTGTACACAAAAGGAGGAGTGGATCAGTA
ACACAGTGACAGCGGTCGTGGTGCCGCCGAATATAGACAGTACTGAGATTGTGAAAAGGG
CGTGGAGGAGGTACAACCTTAGTCTTGGTCTTGGTCTCAACAAAGTGGCTGGCAAGGTTT
TCAGAATTGGGCACCTTGGAAATCTTTATGAGTTGCAACTTCTTGGGTGTTTGGCTGGAG
TGGAGATGATACTCAAGGATGTCGGCTACCCAATTGTATTGGGAAGTGGAGTTGCAGCTG
CTTCTACTTATCTGCAGCACCAGATCCCTCTCATTCCTTCCCGGATTTAATTCATATCCC
TATTTCTCCATCTTTCTCTCCACCCCTCTTTCAATGTATAACAAAACTATTTGTTCTCTT
TTTTCTGCTTTTTTTATTTCACTAAAATACTATCTATTTTATGTGCAATTATTCCAAAAA
ACTTATGTCAGATTTATTTTTATTCATATCAATACCATTAAAACAAAAGGCACACATTTG
AAACC

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 6

CO CL1603Contig1 859 6 5 U
AGATGAGCAACCACTAGGCCCACAAGACATTTAAACTTTAGCAAAAGGACGATCATTTTT
TTTATGTCTCAAAATAAAATATAACTCGAGAAAGTTTCGGCACACAAAGAAACCACAAAA
CAATCGTCTGAAAAGAAGGAAATTCAAAACTAAAAGATATCAAAAAGCAGAGTGCTTCAT
AGCTAAAAAA*GTAGGCGGTGAGAGTTGGGGGGTTTACTCTTCGTCATCACCGTCAGCGT
CGCCACCAGAGGCTTTCTTGGACGCAGACTTCTCGTTCCTTCTCTTCACTCTTCCTGGAC
GGCCACCACCGAAGGGACTGGTCAATGCAAAGTCGATGTGTTTCTGCGAGTCAAGTCTCA
CCATGAACGAAGGAATGTTCACCAATTGCTTTCCAACCCTGATATGCCTCTGCCTGATGA
GGACACGGGAGTGATGGATAGACTTAGCCATACCAGACTTGAACACAATAGTCTGAAGAC
GACGTTCAAGAAAGTTCTCCACCGTCAAAGCCAAGACGTAATCGAGCTTGTTCTGGCTCT
CGTCGAGAAGCCCGTACCGGTTCATCTTCCTTAGCAGCGCCTCGCCTTCGAAGATCCTCT
TGGGATTCTTCTCGTCGAGAGTCAGAAGATCCCTGGCGGCGTTACGGATGCGGCTCAGAG
AGTACTGGACTCTCCAGAGCTCACGCTTGTTGCGGAGACCGTACTCGCCGACCAGCTTCA
GCTCCGAGTCCAGACGCTCCTTCTCGAAAGGGCGTCTTGGTCCCTTGAAGGTCTTTCCAT
AGTTACGGTAGTAGCAAACGTGCACCATGTTTTGGTCTTCTTAGTGAGAAGCGGCGATCT
TGAGAGCTGGAGCACGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AQ90JQ U 64
AF RR1DD96JQ U 58
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CACCACCGAAGGGACTGGTCAATGCAAAGTCGATGTGTTTCTGCGAGTCAAGTCTCACCA
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CACCAGAGGCTTTCTTGGACGCAGACTTCTCGTTCCCTCTCTTCACTCTTCCTGGACGGC
CACCACCGAAGGGACTGGTCAATGCAAAGTCGATGTGTTTCTGCGAGTCAAGTCTCACCA
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CACGGGAGTGATGGATAGACTTAGCCATACCAGACTTGAACACAATAGTCTGAAGACGAC
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GGCCACCACCGAAGGGACTGGTCAATGCAAAGTCGATGTGTTTCTGCGAGTCAAGTCTCA
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GGACACGGGAGTGATGGATAGACTTAGCCATACCAGACTTGAACACAATAGTCTGAAGAC
GACGTTCAAGAAAGTTCTCCACCGTCAAAGCCAAGACGTAATCGAGCTTGTTCTGGCTCT
CGTCGAGAAGCCCGTACCGGTTCATCTTCCTTAGCAGCGCCTCGCCTTCGAAGATCCTCT
TGGGATTCTTCTCGTCGAGAGTCAGAAGATCCCTGGCGGCGTTACGGATGCGGCTCAGAG
AGTACTGGACTCTCCAGAGCTCACGCTTGTTGCGGAGACCGTACT

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TCTCTTCACTCTTCCTGGACGGCCACCACCGAAGGGACTGGTCAATGCAAAGTCGATGTG
TTTCTGCGAGTCAAGTCTCACCATGAACGAAGGAATGTTCACCAATTGCTTTCCAACCCT
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GAACACAATAGTCTGAAGACGACGTTCAAGAAAGTTCTCCACCGTCAAAGCCAAGACGTA
ATCGAGCTTGTTCTGGCTCTCGTCGAGAAGCCCGTACCGGTTCATCTTCCTTAGCAGCGC
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DS 

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TCGAGCTTGTTCTGGCTCTCGTCGAGAAGCCCGTACCGGTTCATCTTCCTTAGCAGCGCC
TCGCCTTCGAAGATCCTCTTGGGATCCTTCTCGTCGAGAGTCAGAAGATCCCTGGCGGCG
TTACGGATGCGGCTCAGAGAGTACTGGACTCTCCAGAGCTCACGCTTGTTGCGGAGACCG
TACTCGCCGACCAGCTTCAGCTCCGAGTCCAGACGCTCCTTCTCGAAAGGGCGTCTTGGT
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TAGTGAGAAGCGGCGATCTTGAGAGCTGGAGCACGTCC

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DS 



AS 1 6

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AACTATTTGCTGATACTCTGGATTGAAAGCGAGGGCTTCGCGGTAGATAAGCTCCTTCAT
CTGCTCCTCTGAGAGCGCATGTTGCTCAAAATCGAAGTTGAAAGGCATT*ATGCACTCAG
GCTCGTCACTGATGTCGTGCAGTGAATTCAGGTATGGATGTTCCAGGGCGTCTAACACTG
TGATTCTCCGTCTAGGATCAAAAGTCAGCATCTTCTCGATAAGGTCAATCGCTAGTGGAT
GCACCGTTGGGAACTTATCAGTGAGGGACTGGCGAGGATACGGTGGGAGTTGTTTTATGT
AACGCTTTGCATTTTCGTTCAAGAACTCAAGCTCTTCTTCTGATGGAGTTCCTATGAGCT
CCATGAGCAAGCGGAGCTGATGAACATGATCTCGACCAGGAAAGAGAGGCTTACGGTCCA
TTAACTCCATGAAAATACAACCAACAGACCAGACATCGATGGCCGCAGTGTAATCAGAAG
AGTTCAAGAGCAGCTCCGGCGCACGGTACCATCTCGTGACAACGTACTCGGTCATGAAAT
CACTCTCGGAGGTGACTCTAGCCAGACCGAAGTCGCATATCTTCAAGTCGCAGTTCGCGT
TGAGGAGGAGGTTGCTCGGTTTCAGATCACGGTGAAGCACGTTTGCGGAGTGGATGTATT
TCAACCCACGGAGGATCTGGTAGAGAAAATACTGGCAGTGCTCTTCGGATAAGCCTTGGT
TAGACCGTATGA*TCTGATGGAGGTCAGTGTCCATTAGCTCGTAAGCGATGTAAACATCG
TTGAAAGCGTTTCTTAGCGGTGGAGGTATTATGTCTCTGATTGCAACAAATATTCTCATG
ATCCATGTGACGAAGAAGCTTGATCTCACGGAGAGTCCTCTTGGCATCAAATCTTATTGT
CAAAAAGCGTTTGCTATTTTCTTAATCGCAAACGCTCTCGTTTGTTTCAGAATTCATAGC
CGAACAGACGATGCCATAAGCGCCTTTGCCAATAGGCATGATAGGAGGCTGATACTTAGC
AGTGACCTCGAAGATGTTCCCAAATATGTTATACTGAATAAACATCCCTCCGTGGCTTAG
AGTCGCCGGAATATTCTCTATCCCCGCCATCTGAGGAGAAGGGTTAGACGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY64JQ U 201
AF RR1FR57JQ U 1
AF RR1B912JQ U 98
AF RR1FR57TF C 279
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AACTATTTGCTGATACTCTGGATTGAAAGCGAGGGCTTCGCGGTAGATAAGCTCCTTCAT
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CCATGAGCAAGCGGAGCTGATGAACATGATCTCGACCAGGAAAGAGAGGCTTACGGTCCA
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TCGCGGTAGATAAGCTCCTTCATCTGCTCCTCTGAGAGCGCATGTTGCTCAAAATCGAAG
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ATGTTCCAGGGCGTCTAACACTGTGATTCTCCGTCTAGGATCAAAAGTCAGCATCTTCTC
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TTCTGATGGAGTTCCTATGAGCTCCATGAGCAAGCGGAGCTGATGAACATGATCTCGACC
AGGAAAGAGAGGCTTACGGTCCATTAACTCCATGAAAATACAACCAACAGACCAGACATC
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TATCTTCAAGTCGCAGTTCGCGTTGAGGAGGAGGTTGC

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ATGGCCGCAGTGTAATCAGAAGAGTTCAAGAGCAGCTCCGGCGCACGGTACCATCTCGTG
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CAGATCACGGTGAAGCACGTTTGCGGAGTGGATGTATTTCAACCCACGGAGGATCTGGTA
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CCTTTGCCAATAGGCATGATAGGAGGCTGATACTTAGCAGTGACCTCGAAGATGTTCCC
C

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ATCTCACGGAGAGTCCTCTTGGCATCAAATCTTATTGTCAAAAAGCGTTTGCTATTTTCT
TAATCGCAAACGCTCTCGTTTGTTTCAGAATTCATAGCCGAACAGACGATGCCATAAGCG
CCTTTGCCAATAGGCATGATAGGAGGCTGATACTTAGCAGTGACCTCGAAGATGTTCCCA
AATATGTTATACTGAATAAACATCCCTCCGTGGCTTAGAGTCGCCGGAATATTCTCTATC
CCCGCCATCTGAGGAGAAGGGTTAGACGGA

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DS 



AS 1 3

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CCGACAACATGGCTCTACCTAACCAGCAAACCGTAGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCA
TTGTTGGTGACGGAGGCACAGGAAAAACAACTTTTGTCAAGAGACATCTTACAGGAGAGT
TTGAGAAGAAGTATGAACCTACAATTGGTGTGGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCACAA
ACTGTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGATACCGCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCC
TTAGAGATGGTTACTACATCCACGGTCAATGCGCGGTGATCATGTTCGACGTGACGGCGC
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TCCCCATCGTTCTGTGCGGGAACAAGGTGGACGTGAAGAACAGGCAGGTGAAGGCGAAGC
AGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTTC**TACTACGAGATATCCGCCAAGAGCAACT
ACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACTTAGCTAGGAAGCTCGCGGGAGACCAGAACCTTC
ACTTTGTCGAGTCCCCCGCTCTCGCTCCACCTGAGGTTCACATTGACTTTGCTGAGCAGC
AGAAGAACGAGGCTGATCTCATCGCCGCCGCGGCTCAGCCTCTTCCTGATGATGATGATG
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TCTGATTCTCTCTTTTGTTTTTTGGTTTCTTCTCTGTGTTGCATTGATGTTAACATATAA
AATGAGAACTAAATTGGGATTGTTTCGTTTGGG


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES54TF U 1
AF RR1GI03TF U 1
AF RR1ES54JQ C 96
BS 1 75 RR1ES54TF
BS 76 77 RR1GI03TF
BS 78 737 RR1ES54TF
BS 738 738 RR1ES54JQ
BS 739 761 RR1GI03TF
BS 762 762 RR1ES54JQ
BS 763 781 RR1GI03TF
BS 782 873 RR1ES54JQ

RD RR1ES54TF 739 0 0
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TTGAGAAGAAGTATGAACCTACAATTGGTGTGGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCACAA
ACTGTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGATACCGCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCC
TTAGAGATGGTTACTACATCCACGGTCAATGCGCGGTGATCATGTTCGACGTGACGGCGC
GTCTCACGTACAAGAACGTCCCCACGTGGCACCGAGACCTCTGCCGCGTGTGCGAGAACA
TCCCCATCGTTCTGTGCGGGAACAAGGTGGACGTGAAGAACAGGCAGGTGAAGGCGAAGC
AGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTTC**TACTACGAGATATCCGCCAAGAGCAACT
ACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACTTAGCTAGGAAGCTCGCGGGAGACCAGAACCTTC
ACTTTGTCGAGTCCCCCGCTCTCGCTCCACCTGAGGTTCACATTGACTTTGCTGAGCAGC
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ACGCTTTTGAGTAAAAA
AA

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1GI03TF 786 0 0
GGATAAA
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CATGGCTCTACCTAACCAGCAAACCGTAGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCATTGTTGG
TGACGGAGGCACAGGAAAAACAACTTTTGTCAAGAGACATCTTACAGGAGAGTTTGAGAA
GAAGCATGAACCTACAATTGGTGTGGAGGTTCATCCCCTAGATTTCTTCACAAACTGTGG
CAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGATACCGCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGAGA
TGGTTACTACATCCACGGTCAATGCGCGGTAATCATGTTCGACGTGACGGCGCGTCTAAC
GTACAAGAACGTCCCCACGTGGCACCGCGACCTCTGCCGAGTGTGCGAGAACATCCCCAT
CGTTCTGTGCGGGAACAAGGTGGACGTGAAGAACAGGCAGGTGAAGGCGAAGCAGGTGAC
GTTCCACAGGAAGAAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCCGCCAAGAGCAACTACAACTT
CGAGAAGCCCTTCTTGTACTTAGCTAGGAAGCTCGCGGGAGACCAGAACCTTCACTTTGT
CGAGTCCCCCGCTCTCGCTCCACCTGAGGTTCACATTGACTTTGCTGAGCAGCAGAAGAA
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CTGAT

QA 8 781 8 781
DS 

RD RR1ES54JQ 778 0 0
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GTCAAGAGACATCTTACAGGAGAGTTTGAGAAGAAGTATGAACCTACAATTGGTGTGGAG
GTTCATCCTCTAGATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGATACC
GCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGAGATGGTTACTACATCCACGGTCAATGCGCG
GTGATCATGTTCGACGTGACGGCGCGTCTCACGTACAAGAACGTCCCCACGTGGCACCGA
GACCTTTGCCGCGTGTGCGAGAACATCCCCATCGTTCTGTGCGGGAACAAGGTGGACGTG
AAGAACAGGCAGGTGAAGGCGAAGCAGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTTC**TAC
TACGAGATATCCGCCAAGAGCAACTACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACTTAGCTAGG
AAGCTCGCGGGAGACCAGAACCTTCACTTTGTCGAGTCCCCCGCTCTCGCTCCACCTGAG
GTTCACATTGACTTTGCTGAGCAGCAGAAGAACGAGGCTGATCTCATCGCCGCCGCGGCT
CAGCCTCTTCCTGATGATGATGATGACGCTTTTGAGTAAAAAAGAAGCTGCTTCCACTAT
GTCTGAGAAGCTGTTTGCTTTGGTCTCTGATTCTCTCTTTTGTTTTTTGGTTTCTTCTCT
GTGTTGCATTGATGTTAACATATAAAATGAGAACTAAATTGGGATTGTTTCGTTTGGG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 5

CO CL1606Contig1 938 5 16 U
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CGATCCCTTAAAGATGGCGACCGTAGACGAGAGTTCTTCAGCTAAGAGATGGCTTCCACT
CGAAGCTAACCCCGATGTTATGAATCAGTTTATGTGGGGGCTTGGTCTTGCCCCAGATGA
AGTGGAGTGTAATGATGTGTTTGGTCTAGATGACGAACTGCTTGAGATGGTTCCAAAGCC
TGTCCTTGCTGTTCTCTTCCTTTACCCGCTCACCAAAAAGAGTGAAGAAGAGAGAATCGA
GCAAGACAAGGGGATCAAGGAGAAGGTGCATAGTGATAAAGTTTACTTCATGAAACAAAC
TGTTGGTAATGCTTGCGGAACCATTGGTCTTCTTCATGCTATTGGCAACATTAGCTCTGA
AATCAAGCTTTCTGAGGGATCATTCTTGGATAAATTCTTCAAAACCACCGCCAAGATGAG
TCCTATGGAGCGTGGAAGGTTTCTTGAGAACGATAGTCAAATTGAAGATGCCCATTCGGC
AGCTGTTACAGCTGGTGAAACACCGGCTTCAGAAGATGTGAACACACATTTCATCTGTTT
AGCTTGTGTAAACGGGGAGCTCTATGAACTTGATGGAAGAAAAGCAGGACCAGTTTCACA
TGGTGCTTCCTCTCCAGCTACCCTGTTGAAGGATGCGGCGAAAGTGATAAAGAAGATTAT
TGAGAAGAATCCGGACACGCTCAACTTTAATGTGATGGCCATCTCTAAGAGAACATGAGT
CTCTTCTTTAGAAGCAAACCTCATCAGTCTTGTGTTTTTAGTTTATGACGATGATCCACA
TAGATTGTTTATCTAGGTGGATTCTGTTTTACTGCTTTCTGAATCTTATTTTTCTTGTTT
ATGAAACTTTTTAACGTTTATGATCACCGTTTTAAGAG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB62TF U 2
AF RR1FG93TF U 1
AF RR1F262TF U 20
AF RR1FG93JQ C 132
AF RR1F262JQ C 386
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RD RR1EB62TF 565 0 0
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DS 

RD RR1FG93TF 644 0 0
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AGTGGAGTGTAATGATGTGTTTGGTCTAGATGACGAACTGCTTGAGATGGTTCCAAAGCC
TGTCCTTGCTGTTCTCTTCCTTTACCCGCTCACCAAAAAGAGTGAAGAAGAGAGAATCGA
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TGTTGGTAATGCTTGCGGAACCATTGGTCTTCTTCATGCTATTGGCAACCTTAGCTCTGA
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TCCTATGGAGCGTGGAAGGTTTCTTGAGAACGATAGTCAAATTGAAGATGCCCATTCGGC
AGCTGTTACAGCTGGTGAAACACCGGCTTCAGAAGATGTGAACACACATTTCATCTGTTT
AGCTTGTGTAAACGGGGAGCTCTATGAACTTGATGGAAGAAAAG

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1F262TF 830 0 0
GG
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TTACCCGCTCACCAAAAAGAGTGAAGAAGAGAGAATCGAGCAAGACAAGGAGATCAAGGA
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CATTGGTCTTCTTCATGCTATTGGCAACATTAGCTCTGAAATCAAGCTTTCTGAGGGATC
ATTCTTGGATAAATTCTTCAAAACCACCGCCAAGATGAGTCCTATGGAGCGTGGAAGGTT
TCTTGAGAACGATAGTCAAATTGAAGATGCCCATTCGGCAGCTGTTACAGCTGGTGAAAC
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CTATGAACTTGATGGAAGAAAAGCAGGACCAGTTTCACATGGTGCTTCCTCTCCAGCTAC
CCTGTTGAAGGATGCGGCGAAAGTGATAAAGAAGATTATTGAGAAGAATCCGGACACGCT
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CATCAGTCTTGTGTTTT*AGTTTATGACGATGATCCACATAGATTGTT

QA 3 830 3 830
DS 

RD RR1FG93JQ 788 0 0
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GGATCAAGGAGAAGGTGCATAGTGATAAAGTTTACTTCATGAAACAAACTGTTGGTAATG
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CGGACACGCTCAACTTTAATGTGATGGCCATCTCTAAGAGAACATGAGTCTCTTCTTTAG
AAGCAAACCTCATCAGTCTTGTGTTTTTAGTTTATGACGATGATCCACATAGATTGTTTA
TCTAGGTGGATTCTGTTTTACTGCTTTCTGAATCTTATTTTTCTTGTTTATGAAACTTTT
TAACGTTT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1F262JQ 553 0 0
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GAGAACGATAGTCAAATTGAAGATGCCCATTCGGCAGCTGTTACAGCTGGTGAAACACCG
GCTTCAGAAGATGTGAACACACATTTCATCTGTTTAGCTTGTGTAAACGGGGAGCTCTAT
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TTGAAGGATGCGGCGAAAGTGATAAAGAAGATTATTGAGAAGAATCCGGACACGCTCAAC
TTTAATGTGATGGCCATCTCTAAGAGAACATGAGTCTCTTCTTTAGAAGCAAACCTCATC
AGTCTTGTGTTTTTAGTTTATGACGATGATCCACATAGATTGTTTATCTAGGTGGATTCT
GTTTTACTGCTTTCTGAATCTTATTTTTCTTGTTTATGAAACTTTTTAACGTTTATGATC
ACCGTTTTAAGAG

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 6

CO CL1607Contig1 815 6 8 U
GGCCGGAAAAAAATAAATCAAACTATCAAATTTTGTGTGGCTATCCGGACATTGAGATGG
CAATCCTTGCTCCGGCGAGTTTCGGGCGGTTAACCGTTCCGTCTCGTGCGCAAGTTAGGG
TAAGAATCTCTGCTTCTGCTAACCCACGCACTTCAGTTGACTGGGTCAAGGAAACTTCAA
GCTTTTTCGAACAAGACAAGAGACCGATCATGTTGTTCGACGGTGTTTGCAATCTCTGTA
ATGGTGGCGTGAAGTTTGTCCGAGACCATGATCATAACAGGAGCATAAGGTTTGAAGCAT
TACAGAGTGAAGCAGGAAAGAAACTGTTGATGCGGTCAGGACGTGCTCCTGATGATATAT
CAAGTGTCGTACTTGTCGAGAAAGATAGGTCTTACATAAAATCAGAAGCGGTTTTGAAGA
TTATGAAATACATTGACTTGCCATTTCCACAGCTTGCATTTTTTTTGCAGTTTGCGCCTC
TGTTTGTGAGGGACTTTCTGTATGAAAATGTTGCAAACAACCGTTATGCAATGTTTGGTC
GGTCTGATTCATGTGAGATCTAAGAAGGCATCATTGACTGGTGATCTTATTTTATCACAA
AAATAAACTAGATATGTCAAAAATATATTTCCTACAGTTTATTAGATGTATAGTTACAAC
CGCCTTTGAACAACCCATAAGTATGTACTCTCGAAAATGTATCACGTCTTGGATGATGAT
ATTTGTATCAAATGTGAAATTAGCATTCCAATTACATCATGACAACTCAGCATGACACTT
TTTTAATTAGTGCAAAAGACATGTTATCTCTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR60TF U 54
AF RR1FR60JQ C 61
AF RR1FK11JQ C 76
AF RR1FK11TF U 60
AF RR1BM29TF U 1
AF RR1BM29JQ C 77
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DS 

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C
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GC

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GG
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TTT
AATAGTGC

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DS 

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AAATTAGCATTCCAATTACATCATGACAACTCAGCATGACACTTTTTTAATTAGTGCAAA
AGACATGTTATCTCTTTTT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 5

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BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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TCCGACCCTGTTCTTGATCCAATGTGGAGACAAGGTATGTTCGTTATACCTTTCATGACT
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CCGGGTCTTTGGAGTTACGAAGGGGTAGCCGGAGCACATATCGTGTTTTCTGGCTTGTGC
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AAGGGGGATTATTCCGAGCGGTTTCAATGGACAATGGGGATGGAATAGCTGTTGGATGGT
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T
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GAATTTGGGGCATTCCAAAAACTTGGAGATCCAACTACAGTATT

QA 2 585 2 585
DS 



AS 1 6

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AAACCTTCGTTGAGTCTGGCTAGACCAGCGATTGGGTTTCTTTCTACTTCCGCTGCTGCG
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CAGTATATTAATATATACTCACTTCTGCC


BQ
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GX27TF U 1
AF RR1FA15TF U 1
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AF RR1FA15JQ C 129
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BS 743 809 RR1EQ20TF

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AAACCTTCGTTGAGTCTGGCTAGACCAGCGATTGGGTTTCTTTCTACTTCCGCTGCTGCG
TCTACGTCTCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCGCCGAATCAGCCGTCGTGGCT
GAACCAGAGACTACCGATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCTAAACTA
GAAGAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCAGGGAGA
TATCTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCTAATGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAA
GTGTTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCC
ACTGTGCATGCTGTATCGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTAC
AAGCCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGG
ATTACAGGAATCTCAGGGTACGAAGATTATCCAGCGTCTCCTAACGTTGCTGTTTAA*TG
TCTAGAGAAGTATAG*ATCTTTGGA

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DS 

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CTTTCTCTGTGCTCTGCTTTCTCTGCTCATTGCAGTATCGCTCCACCGCGCTCCCTCTCT
AAACCTTCGTTGAGTCTGGCTAGACCAGCGATTGGGTTTCTTTCTACTTCCGCTGCTGCG
TCTACGTCTCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCGCCGAATCAGCCGTCGTGGCT
GAACCAGAGACTACCAATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCTAAACGA
GAAGAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCAGGGAGA
TATCTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCTAATGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAA
GTGTTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCC
ACTGTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTAC
AAGCCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGG
ATTACAGGAATCTCAGGGTACGAAGAGTATCCAGCGTCTCCTAACGTTGCTGTTTAAATG
TCTAGAGAAGTATAGGATCTTTGGAAAAAA*TTATGCTTCTTGAATGTTCAATTTTCTGA
TCTTTTCTATGTACTTCTGAAA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1EO68TF 712 0 0
GG
AAGAGAGCTTTCGGCGAAAAAAA*CATGGCTTCTCCCTCAGCGGCGCTTTCTCTGTGCTC
TGCTTTCTCTGCTCATTGCAGTATCGCTCCACCGCGCTCCCTCTCTAAACCTTCGTTGAG
TCTGGCTAGACCAGCGATTGGGTTTCTTTCTACTTCCGCTGCTGCGTCTACGTCTCGTCC
CGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCGCCGAATCAGCCGTCGTGGCTGAACCAGAGACTAC
CGATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCTAAACGAGAAGAGATCTTCGC
CGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCAGGGAGATATCTCTACACTCA
GCGGCTCAAAGATGCTAATGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAAGTGTTGCTTGTCGG
GACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCCACTGTGCATGCTGT
AGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTACAAGCCAAAGAAGAA
GTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGGATTACAGGAATCTC
AGG*TACGAAGAGTATCCAGCGTCTCCTAACGTTGCTGTTTAAATGTCTAGAGAAGTATA
G*ATCTTTGGAAAAAA*TTATGCTTCTTGAATGTTCAATTTTCTGATCTT

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DS 

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TCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCGCCGAATCAGCCGTCGTGGCTGAACCAGA
GACTACCAATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCTAAACGAGAAGAGAT
CTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCAGGGAGATATCTCTA
CACTCAGCGGCTCAAAGATGCTAATGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAAGTGTTGCT
TGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCCACTGTGCA
TGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTACAAGCCAAA
GAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGGATTACAGG
AATCTCAGGGTACGAAGAGTATCCAGCGTCTCCTAACGTTGCTGTTTAAATGTCTAGAGA
AGTATAGGATCTTTGGAAAAAAATTATGCTTCTTGAATGTTCAATTTTCTGATCTTTTCT
ATGTACTTCTGAAAGACAAGACCATTTCATTTCTGTTGAGAATCTTAAGATCCAGTATAT
TAATATATACTCACT
GC

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DS 

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GGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCCACTGTGCATGCT
GTATCGGAAAATCAAGGTTTGAATGATAAAGTGGTGGTTTTCAAGTACAAGCCAAAGAAG
AAGTACCGCAGAAATATCGGTCCCCGACAGCCAAATACGAGGATTAGGATTACAGGAATT
TCAGGGTACGAAGATTATCCAGCGTTTCCTAACGTTGCTGTTTAAATGTCTAGAGAAGTA
TAGGATCTTTGGAAAAAAATTATGCTTTTTGAATGTTCAATTTTTTGATCTTTTCTATGT
ACTTTTGAAAGACAAGACCATTTCATTTTTGTTGAGAATTTTAAGATCCAGT

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DS 

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G
GTCTCCTAACGTTGCTGTTTAAATGTCTAGAGAAGTATAGGATCTTTGGAAAAAAATTAT
GCTTCTTGAATGTTCAATTTTCTGATCTTTTCTATGTACTTCTGAAAGACAAGACCATTT
CATTTCTGTTGAGAATCTTAAGATCCAGTATATTAATATATACTCACTTCTGCC

QA 2 175 2 175
DS 



AS 1 6

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GGACCTAAACTCTAGCCTAAACCTAAGGCAAGGGGCTAGTTGCATGTAAACAACGCTCAA
TACACGTCTTATACGTGTCGAAGTCTAGTTGGTTAATGCTCACCGCCTTATGTATCGACG
TGACCTGACCTAGTCTTCTTTCTCTCCAACTTTCTCTATAAATTAAATCCGCAGACCTCT
TCTTCCTTCACAATCCAAAAATCAAATCTTCTCAATTTCTCTCTTAATCGCCGACTTACA
ATCAAAGATGCAGATCTTCGTTAAGACTCTCACAGGAAAGACCATCACCCTCGAGGTGGA
AAGCTCCGACACCATCGACAACGTCAAAGCCAAGATTCAGGACAAGGAAGGCATCCCTCC
CGATCAGCAGAGGCTCATCTTCGCCGGCAAGCAGCTCGAAGACGGCAGAACATTGGCAGA
CTACAACATCCAGAAGGAGTCTACGCTTCATCTCGTTCTCAGGCTTCGTGGTGGTATGCA
GATCTTTGTCAAGACTTTGACCGGAAAGACCATTACTTTGGAGGTTGAGAGCTCCGACAC
CATCGACAACGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGAAGGTATCCCTCCGGACCAGCAGAG
GCTCATCTTCGCTGGCAAGCAGCTTGAGGATGGTCGTACCTTAGCTGACTACAACATCCA
GAAGGAGTCCACGCTTCACTTGGTGTTGCGTCTGCGTGGAGGCATGCAGATCTTCGTGAA
GACACTTACCGGCAAGACCATCACGTTGGAGGTGGAGAGCTCTGACACCATTGACAATGT
CAAGGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCTCCGGACCAGCAACGTCTCATCTTCGC
TGGAAAGCAGCTCGAGGATGGTCGTACCTTAGCCGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGAC
CCTTCACTTGGTGTTGCGTCTTCGTGGTGGTTTCTAAAACTCTTGTCTTTTGTCCGATCC
GAAGTCAAATGTCTCTGTTTACCTTTCTTGTTTCCTTTCAAGACTTGTCATGGTTTGTGT
TTGGGGCCTTGCAAAGCCCCAGGATGAATAATTGGTGAACTATGTTTGCGTCCTTACTTC
TCTTTCAGTTCCAAGACATCCAATTGCATTTATATATACGTTGTTTCTGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FJ17TF U 1
AF RR1DG02TF U 188
AF RR1E687TF U 188
AF RR1E687JQ C 319
AF RR1DG02JQ C 522
AF RR1FJ17JQ C 332
BS 1 303 RR1FJ17TF
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RD RR1FJ17TF 724 0 0
GGACCTAAACTCTAGCCTAAACCTAAGGCAAGGGGCTAGTTGCATGTAAACAACGCTCAA
TACACGTCTTATACGTGTCGAAGTCTAGTTGGTTAATGCTCACCGCCTTATGTATCGACG
TGACCTGACCTAGTCTTCTTTCTCTCCAACTTTCTCTATAAATTAAATCCGCAGACCTCT
TCTTCCTTCACAATCCAAAAATCAAATCTTCTCAATTTCTCTCTTAATCGCCGACTTACA
ATCAAAGATGCAGATCTTCGTTAAGACTCTCACAGGAAAGACCATCACCCTCGAGGTGGA
AAGTTCCGACACCATCGACAACGTCAAAGCCAAGATTCAGGACAAGGAAGGCATCCCTCC
CGATCAGCAGAGGCTCATCTTCGCCGGCAAGCAGCTCGAAGACGGCAGAACATTGGCAGA
CTACAACATCCAGAAGGAGTCTACGCTTCATCTCGTTCTCAGGCTTCGTGGTGGTATGCA
GATCTTTGTCAAGACTTTGACCGGAAAGACCATTACTTTGGAGGTTGAGAGCTCCGACAC
CATCGACAACGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGAAGGTATCCCTCCGGACCAGCAGAG
GCTCATCTTCGCTGGCAAGCAGCTTGAGGATGGTCGTACCTTAGCTGACTACAACATCCA
GAAAGAGTCCACGCTTCACTTGGTGTTGCGTCTGCGTGGAGGCATGCAGATCTTCGTGAA
GACA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1DG02TF 771 0 0
GG
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GCAGATCTTCGTTAAGACTCTCACAGGAAAGACCATCACCCTCGAGGTGGAAAGCTCCGA
CACCATCGACAACGTCAAAGCCAAGATTCAGGACAAGGAAGGCATCCCTCCCGATCAGCA
GAGGCTCATCTTCGCCGGCAAGCAGCTCGAAGACGGCAGAACATTGGCAGACTACAACAT
CCAGAAGGAGTCTACGCTTCATCTCGTTCTCAGGCTTCGTGGTGGTATGCAGATCTTTGT
CAAGACTTTGACCGGAAAGACCATTACTTTGGAGGTTGAGAGCTCCGACACCATCGACAA
CGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGAAGGTATCCCTCCGGACCAGCAGAGGCTCATCTT
CGCTGGCAAGCAGCTTGAGGATGGTCGTACCTTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGTC
CACGCTTCACTTGGTGTTGCGTCTGCGTGGAGGCATGCAGATCTTCGTGAAGACACTTAC
CGGCAAGGCCATCACGTTGGAGGTGGAGAGCTCTGACACCATTGACAATGTCAAGGCCAA
GATCCAGGACAAGGAAAGCATTCCTCCGGACCAGCAACGTCTCATCTTCGCTGGAAAGCA
GCTCGAGGATGGTCGTACCTTAGCCGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACCCTTCACTT
GGTGTTGCGTCTTCGTGGTGGTTTCTAAA*CTCTTGTCTTT
GTCCGATC

QA 3 763 3 763
DS 

RD RR1E687TF 819 0 0
GG
ACAATCCAAAAATCAAATCTTCTCAATTTCTCTCTTAATCGCCGACTTACAATCAAAGAT
GCAGATCTTCGTTAAGACTCTCACAGGAAAGACCATCACCCTCGAGGTGGAAAGCTCCGA
CACCATCGACAACGTCAAAGCCAAGATTCAGGGCAAGGAAGGCATCCCTCCCGATCAGCA
GAGGCTCATCTTCGCCGGCAAGCAGCTCGAAGACGGCAGAACATTGGCAGACTACAACAT
CCAGAAGGAGTCTACGCTTCATCTCGTTCTCAGGCTTCGTGGTGGTATGCAGATCTTTGT
CAAGACTTTGACCGGAAAGACCATTACTTTGGAGGTTGAGAGCTCCGACGCCATCGACAA
CGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGAAGGTATCCCTCCGGACCAGCAGAGGCTCATCTT
CGCTGGCAAGCAGCTTGAGGATGGTCGTACCTTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGTC
CACGCTTCACTTGGTGTTGCGTCTGCGTGGAGGCATGCAGATCTTCGTGAAGACACTTAC
CGGCAAGACCATCACGTTGGAGGTGGAGAGCTCTGACACCATTGACAATGTCAAGGCCAA
GATCCAGGACAAGGAAAGCATTCCTCCGGACCAGCAACGTCTCATCTTCGCTGGAAAGCA
GCTCGAGGATGGTCGTACCTTAGCCGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACC*TTCACTT
GGTGTTGCGTCTTCGTGG*GGTTTCTAAA*CTCTTGTCTTTTGTCCGATCCGAAGTCAA*
TGTCTCTGTT*ACCTTTCTTGTT
CCTTCAGACTGTCA

QA 3 805 3 805
DS 

RD RR1E687JQ 815 0 0
CAACGTCAAAGCCAAGATTCAGGGCAAGGAAGGCATCCCTCC*GATCAGCAGAGGCTCAT
CTTCGCCGGCAAGCAGCTCGAAGACGGCAGAACATTGGCAGACTACAACATCCAGAAGGA
GTCTACGCTTCATCTCGTTCTCAGGCTTCGTGGTGGTATGCAGATCTTTGTCAAGACTTT
GACCGGAAAGACCATTACTTTGGAGGTTGAGAGCTCCGACGCCATCGACAACGTCAAGGC
CAAGATTCAAGACAAGGAAGGTATCCCTCCGGACCAGCAGAGGCTCATCTTCGCTGGCAA
GCAGCTTGAGGATGGTCGTACCTTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGTCCACGCTTCA
CTTGGTGTTGCGTCTGCGTGGAGGCATGCAGATCTTCGTGAAGACACTTACCGGCAAGAC
CATCACGTTGGAGGTGGAGAGCTCTGACACCATTGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGA
CAAGGAAGGCATTCCTCCGGACCAGCAACGTCTCATCTTCGCTGGAAAGCAGCTCGAGGA
TGGTCGTACCTTAGCCGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACCCTTCACTTGGTGTTGCG
TCTTCGTGGTGGTTTCTAAAACTCTTGTCTTTTGTCCGATCCGAAGTCAAATGTCTCTGT
TTACCTTTCTTGTTTCCTTTCAAGACTTGTCATGGTTTGTGTTTGGGGCCTTGCAAAGCC
CCAGGATGAATAATTGGTGAACTATGTTTGCGTCCTTACTTCTCTTTCAGTTCCAAGACA
TCCAATTGCATTTATATATACGTTGTTTCTGTGTT

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1DG02JQ 582 0 0
AGGTTGAGAGCTCCGACACCATCGACAACGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGAAGGTA
TCCCTCCGGACCAGCAGAGGCTCATCTTCGCTGGCAAGCAGCTTGAGGATGGTCGTACCT
TAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGTCCACGCTTCACTTGGTGTTGCGTCTGCGTGGAG
GCATGCAGATCTTCGTGAAGACACTTACCGGCAAGGCCATCACGTTGGAGGTGGAGAGCT
CTGACACCATTGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCTCCGGACC
AGCAACGTCTCATCTTCGCTGGAAAGCAGCTCGAGGATGGTCGTACCTTAGCCGACTACA
ACATCCAGAAAGAGTCGACCCTTCACTTGGTGTTGCGTCTTCGTGGTGGTTTCTAAAACT
CTTGTCTTTTGTCCGATCCGAAGTCAAATGTCTCTGTTTACCTTTCTTGTTTCCTTTCAA
GACTTGTCATGGTTTGTGTTTGGGGCCTTGCAAAGCCCCAGGATGAATAATTGGTGAACT
ATGTTTGCGTCCTTACTTCTCTTTCAGTTCCAAGACATCCAA

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1FJ17JQ 802 0 0
CAAGA
TCAGGACAAGGAAGGCATCCCTCCCGATCAGCAGAGGCTCATCTTCGCCGGCAAGCAGCT
CGAAGACGGCAGAACATTGGCAGACTACAACATCCAGAAGGAGTCTACGCTTCATCTCGT
TCTCAGGCTTCGTGGTGGTATGCAGATCTTTGTCAAGACTTTGACCGGAAAGACCATTAC
TTTGGAGGTTGAGAGCTCCGACACCATCGACAACGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGA
AGGTATCCCTCCGGACCAGCAGAGGCTCATTTTCGCTGGCAAGCAGCTTGAGGATGGTCG
TACCTTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGTCCACGCTTCACTTGGTGTTGCGTCTGCG
TGGAGGCATGCAGATTTTCGTGAAGACACTTACCGGCAAGACCATCACGTTGGAGGTGGA
GAGCTCTGACACCATTGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCTCC
GGACCAGCAACGTTTCATTTTCGCTGGAAAGCAGCTCGAGGATGGTCGTACCTTAGCCGA
CTACAACATCCAGAAAGAGTCGACCCTTCACTTGGTGTTGCGTCTTCGTGGTGGTTTCTA
AAACTCTTGTCTTTTGTCCGATCCGAAGTCAAATGTCTCTGTTTACCTTTCTTGTTTCCT
TTCAAGACTTGTCATGGTTTGTGTTTGGGGCCTTGCAAAGCCCCAGGATGAATAATTGGT
GAACTATGTTTGCGTCCTTACTTCTCTTTCAGTTCCAAGACATCCAATTGCATTTATATA
TACGTTGTTTCTGTGTT

QA 6 802 6 802
DS 



AS 1 6

CO CL1611Contig1 1141 6 13 U
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TTGTAAATAATATAGAGACATGTCTGTCAGTAACATTCATGAACAAACGGACAAGTTCAA
CAGGGTAAAATATCCCATAGAAGAAACAAATAAGCTGAATATCATACCTCGCCGTCCCAT
AACTCTTCCACAGACTTATAAGGGCTCAGTGTCTCGTGAGCAAAGAAGGAAGCATTCAAT
AGCCTAGTCTGTTCAATATCGGAAAACTTGGCAAACAATTCATTGGGTATAGACCAGTCA
AAAACATCTAAGTTCTCTCTGATCCTTCCTTCATTGGTACTTTTGGGAAGTACACTGTGA
CCCATTTGGAGCCCCCAACAGAGCGCAACTTGAGCAGGAGATTTCCCAAGCTTTTCCGCA
ACCTTATTCAGTATTGGATTCTTCAGAACATCGCTATGGGACCATCCCGGAGAACCCAAT
GGGAAGTATGCACTGAGGTGAACTCCTTTGGATTTACAAAACTCTCGTAGCTTAGCTTGT
CGCCAGGAAGGATGGCATTCGACCTGATTAACAGCAGGGGGAACACGAGCTAGATCCAAG
AGATTGCCTAGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACTCCTATGGCTCGTGCCTTACCCGAA
TCATAGAGTGCCTCCATCGATTTCCATGTGTTAGGAATATCTACAGGCAAAAGGTTCTCT
GGACTCACTCCAACAGAACCTTTCTTCATCCGTACAGGCCAGTGAATCAAATACAGATCA
ACGTAGTCAAGCTGCAGACTCTGTATAGTTCTGTTTAGTGCCTCTGGTACATCTTGAGGG
TCATGATCAGTACACCAGAGCTTGGAGGTGATGAACAACTCCTCGCGTTTCACTACACCT
TTTTCACACAATTTTTTCAAAGCTGTCCCAATCTCTTTTTCGTTGCCATACAACTGAGCA
CAATCAATATGACGATAGCCGATCTTAACAGCAGCTGCTACGGCATCACCAACAACGCCA
GGAGAGGCCTGCCATGTTCCAAGACCCACAGACGGGATCTTAGCACCGGTGTTGAGCTCG
AAGAATCTGAGAGCGTTCGACATTGTCAGAGATTTGGTGGTTATGAGTTTAAGATCGCTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 

AF RR1FP91JQ U 1
AF RR1EA96JQ U 13
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AF RR1FP91TF C 373
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RD RR1FP91JQ 569 0 0
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QA 1 569 1 569
DS 

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TCAATATCGGAAAACTTGGCAAACAATTCATTGGGTATAGACCAGTCAAAAACATCTAAG
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TTCTTGGTGGAG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1F895JQ 663 0 0
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GAACAAACGGACAAGTTCAACAGGGTAAAATATCCCATAGAAGAAACAAATAAGCTGAAT
ATCATACCTCGCCGTCCCATAACTCTTCCACAGACTTATAAGGGCTCAGTGTCTCGTGAG
CAAAGAAGGAAGCATTCAATAGCCTAGTCTGTTCAATATCGGAAAACTTGGCAAACAATT
CATTGGGTATAGACCAGTCAAAAACATCTAAGTTCTCTCTGATCCTTCCTTCATTGGTAC
TTTTGGGAAGTACACTGTGACCCATTTGGAGCCCCCAACAGAGCGCAACTTGAGCAGGAG
ATTTCCCAAGCTTTTCCGCAACCTTATTCAGTATTGGATTCTTCAGAACATCGCTATGGG
ACCATCCCGGAGAACCCAATGGGAAGTATGCACTGAGGTGAACTCCTTTGGATTTACAAA
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GAACACGAGCTAGATCCAAGAGATTGCCTAGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACTCCTA
TGGCTCGTGCCTTACCCGAATCATAGAGTGCCTCCATCGATTTCCATGTGTTAGGAATAT
CTA

QA 1 663 1 663
DS 

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ATTGGATTCTTCAGAACATCGCTATGGGACCATCCCGGGGAACCCAATGGGAAGTATGCA
CTGAGGTGAACTCCTTTGGATTTACAAAACTCTCGTAGCTTAGCTTGTCGCCAGGAAGGA
TGGCATTCGACCTGATTAACAGCAGGGGGAACACGAGCTAGATCCAAGAGATTGCCTAGT
TTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACTCCTATGGCTCGTGCCTTACCCGAATCATAGAGTGCC
TCCATCGATTTCCATGTGTTAGGAATATCTACAGGCAAAAGGTTCTCTGGACTCACTCCA
ACAGAACCTTTCTTCATCCGTACAGGCCAGTGAATCAAATACAGATCAACGTAGTCAAGC
TGCAGACTCTGTATAGTTCTGTTTAGTGCCTCTGGTACATCTTGAGGGTCATGATCAGTA
CACCAGAGCTTGGAGGTGATGAACAACTCCTCGCGTTTCACTACACCTTTTTCACACAAT
TTTTTCAAAGCTGTCCCAATCTCTTTTTCGTTGCCATACAACTGAGCACAATCAATATGA
CGATAGCCGATCCTAACAGCAGCTGCTACGGCATCACCAACAACGCCAGGAGAGGCCTGC
CATGTTCCAAGACCCACAGACGGGATCTTAGCACCGGTGTTGAGCTCGAAGAATCTGAGA
GCGTTC
CC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1F895TF 697 0 0
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CCTTTGGATTTACAAAACTCTCGTAGCTTAGCTTGTCGCCAGGAAGGATGGCATTCGACC
TGATTAACAGCAGGGGGAACACGAGCTAGATCCAAGAGATTGCCTAGTTTCTTGGTGGAG
AAGTTGCTTACTCCTATGGCTCGTGCCTTACCCGAATCATAGAGTGCCTCCATCGATTTC
CATGTGTTAGGAATATCTACAGGCAAAAGGTTCTCTGGACTCACTCCAACAGAACCTTTC
TTCATCCGTACAGGCCAGTGAATCAAATACAGATCAACGTAGTCAAGCTGCAGACTCTGT
ATAGTTCTGTTTAGTGCCTCTGGTACATCTTGAGGGTCATGGTCAGTACACCAGAGCTTG
GAGGTGATGAACAACTCCTCGCGTTTCACTACACCTTTTTCACACAATTTTTTCAAAGCT
GTCCCAATCTCTTTTTCGTTGCCATACAACTGAGCACAATCAATATGACGATAGCCGATC
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QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1EA96TF 626 0 0
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TCCTATGGCTCGTGCCTTACCCGAATCATAGAGTGCCTCCATCGATTTCCATGTGTTAGG
AATATCTACAGGCAAAAGGTTCTCTGGACTCACTCCAACAGAACCTTTATTCATCCGTAC
AGGCCAGTGAATCAAATACAGATCAACGTAGTCAAGCTGCAGACTCTGTATAGTTCTGTT
TAGTGCCTCTGGTACATCTTGAGGGTCATGATCAGTACACCAGAGCTTGGAGGTGATGAA
CAACTCCTCGCGTTTCACTACACCTTTTTCACACAATTTTTTCAAAGCTGTCCCAATCTC
TTTTTCGTTGCCATACAACTGAGCACAATCAATATGACGATAGCCGATCTTAACAGCAGC
TGCTACGGCATCACCAACAACGCCAGGAGAGGCCTGCCATGTTCCAAGACCCACAGACGG
GATCTTAGCACCGGTGTTGAGCTCGAAGAATCTGAGAGCGTTCGACATTGTCAGAGATTT
GGTGGTTATGAGTTTAAGATCGCTCC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 5

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ATCCTTAATTCTCTCTCACACAGACACACCTGATTCTTTCTCTTTCTTCCTCGATTCCGC
ATCCAAGATGCCGCAAAGACACTCGAAGAACAACAACGATCTCGCGTACTTCACGTACGA
CGAGAAGAAGAAGCTAGGGTACGGAACCCAGAGGGAGAGATTGGGGAAAGACTCGATCAA
GCCCTTCGATGCCTGTTCCCTCTGCTTGAAACCCTTCATCGATCCCATGTGTTGCCACAA
GGGCCATGTCTTCTGCAGAGAGTGTATCCTCGAATGCTTCCTCGCCCAGAAGAAAGACAT
CCAGAGGAGGCTTGCTGCCCATGCTTCTCAAAAGAATCAAGATAAGGACGAGGAAGAAGA
GAGACTCATGTTACAAAAGGCTAGAGAGCTCGACGAATTTGATCAGCAAAACCATGGTGC
TTTGCCTCGGTACAGTGACAAGAGCCAAAGCCAAGACAAGAATGGTTTCCATGGGGCGAA
CAGTGTGAAGGCGACTTCTTTTGAAGAAGAGGCGCTTAGGACAATGAAAGCCTTCTGGCT
TCCATCGGCTACACCTGGAGCTTCAGTTAGAGTAGAAGCTCCGGAAACTCATACGGTCTG
TCCAGAGGGCAAAGAGAAGCTCAAGCTTAAGAACCTATTTGCTATCCGTTTCACGGAAGA
TAACAGCGAAGAGGAAGAGAAGAAGGCTAAATCGTCGTCTTCAAGCTCTTATGACAAAAC
CTACACTTGCCCGAGCTGCAAAGTCACTCTCACCAACACGATGTCTCTTGTGGCACTTAG
CTCATGCGGACATGTTTTCTGCAAGAAGTGCGGTGAGAAGTTTATGCCCGTGGACAAAGT
CTGTCTTGTGTGTGACAAACCTTGCAAGGACAGGAACTTGGTTGGGCTGAAGAAAGGAGG
CACTGGTTTTGCCGAGCATGACGATCATCTTGAGGCTAAAGAGTACAAGCATTTGGGTAG
TGGTTCTGGTTTAGGGATGGTGAGGATGGGTAAGACATGATGATTATGGAAAGCGCATCA
AATGTGTGAGTTAATGTTGTAAACAACCAAGAGACTGTTTTTCAATGTGGCTTTTCGTTC
TTGTTCTTTTCATCGGATCTTTATTTGCACTTCTATTCCCTCAATACACATGTGTCTTTT
CAAGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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A

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G

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T

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 6

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL32TF U 1
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CCAATGTGTACGTGAAGAATCTCGGTGAAAACACTACCGACGATGACTTGAAGAAGGCTT
TCAGCGAGTATGGGCAGATCACAAGTGCTGTGGTGATGAAAGACGGAGAAGGGAAGTCGA
AGGGCTTCGGCTTTGTTAACTTCGAAAACGCTGATGATGCTGCCAGGGCTGTGGAGGCTC
TCAATGGGCACAAGTTTGATGACAAGGAGTGGTATGTTGGTAGAGCCCAGAAGAAGTCCG
AGAGGGAGACAGAGCTAAGGGTTCGTTATGAGCAGAACTTGAAGGAAGCTGCGGAGAAGT
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AGGAGATATTTTCTCCTTTCGGTACTGTTACGTCTTGCAAGGTGATGCGGGATCCTAGTG
GAATCAGCAAAGGTTCTGGTTTTGTTGCTTTCTCAACTCCTGAAGAAGCAACGGAAGCTA
TGTCACAGTTGAGTGGTAAAATGGTTGAAAGCAAGCCACTCTATGTTGCTATTGCGCAG

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DS 

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AAGTTTCAGAGTTCAAACTTGTATGTGAAGAATTTGGATCCTAGCATCTCTGACGAGAAA
CTCAAGGAGATATTTTCTCCTTTCGGTACTGTTACGTCTTGCAAGGTGATGCGGGATCCT
AGTGGAATCAGCAAAGGTTCTGGTTTCGTTGCTTTCTCAACTCCTGAAGAAGCAACGGAA
GCTATGTCACAGTTGAGTGGTAAAATGGTTGAAAGCAAGCCACTCTATGTTGCTATTGCG
CAGAGGAAGGAAGACAGAAGGGTCAGACTACAGGCTCAGTTTTCCCAAGTGAGGCCAGTT
GGAATGCAGCCACCTGCTGGCCCTCGCATGCCAATGTTTCCCCCTGGTGCTCCAGGTATT
GGACAGCAAATGTTCTATGGCCAGGCGCCTCCTACCATGATTCCTCCCCAGCCCGGATAT
GGATACCAACAGCAGCTTGTTCCTGGAATGAGACCTGGTGGGGGCCATGCACCCAATTAC
TTCATGCCTATGGTTCAGCAACATCAGCAGCGTCCTG

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DS 

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G
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GAGGGAGACAGAGCTAAGGGTTCGTTATGAGCAGAACTTTAAGGAAGCTGCGGAGAAGTT
TCAGAGTTCAAACTTGTATGTGAAGAATTTGGATCCTAGTATCTCTGACGAGAAACTCAA
GGAGATATTTTCTCCTTTCGGTACTGTTACGTCTTGCAAGGTGATGCGGGATCCTAGTGG
AATCAGCAAAGGTTCTGGTTTTGTTGCTTTCTCAACTCCTGAAGAAGCAACGGAAGCTAT
GTCACAGTTGAGTGGTAA**TGGTTGAAAGCAAGCCACTCTATGTTGCTATTGCGCAGAG
GAAGGAAGACAGAGGGGTCAGACTACAGGCTCAGTTTTCCCAAGTGAGGCCAGTTGGAAT
GCAGCCACCTGCTGGCCCTCGCATGCCAATGTTTCCCCCTGGTGCTCCAGGTATTGGACA
GCAAATGTTCTATGGCCAGGCGCCTCCTACCATGATTCCTCCCCAGCCCGGATATGGATA
CCAACAGCAGCTTGTTCCTGGA*TGAGACCTGGTGGGGGCCATGCACCCAATTACTTCAT
GCCTATGGTTCAGCA*CATCAGCAGCGTCCTGGAGGAGGA*GACGCCCTGGAGGGATCCA
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CACAGATGC

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G
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TTGCAAGGTGATGCGGGATCCTAGTGGAATCAGCAAAGGTTCTGGTTTTGTTGCTTTCTC
AACTCCTGAAGAAGCAACGGAAGCTATGTCACAGTTGAGTGGTAAAATGGTTGAAAGCAA
GCCACTCTATGTTGCTATTGCGCAGAGGAAGGAAGACAGAAGGGTCAGACTACAGGCTCA
GTTTTCCCAAGTGAGGCCAGTTGGAATGCAGCCACCTGCTGGCCCTCGCATGCCAATGTT
TCCCCCTGGTGCTCCAGGTATTGGACAGCAAATGTTCTATGGCCAGGCGCCTCCTACCAT
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TGGGGGCCATGCACCCAATTACTTCGTGCCTATGGTTCAGCAACATCAGCAGCGTCCTGG
AGGAGGAAGACGCCCTGGAGGGATCCAACAGTTCCAGCAGCAACCTCCCATGATGCAACA
CCAGATGCATCCAAGGGGTAGGAACATCCGGTACTCCCAAGG*CGTGGCGGTAGTGGGTG
GTGATGTGCCTCAATATGACATGGGGAACAACGCCATGCCGATGCCCATTGGAACTTTGG
CTTCAA*TCTGGCTAATGCTTCTCCAGAGCAACAGAG*ACGATACTGGGTGAGA*TCTGT
ACCCGTTGGTGGAGAAGCTTGAGGCAGAGTCTGCAGCCAA
GTG

QA 2 821 2 821
DS 

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CCATGATTCCTCCCC**CCCGGATATGGATACCAACAGCAGCTTGTTCCTG*AATGAGAC
CTGGTGGGGGCCATGCACCCAATTACTTCGTGCCTATGGTTCAGCAACATCAGCAGCGTC
CTGGAGGAGGAAGACGCCCTGGAGGGATCCAACAGTTCCAGCAGCAACCTCCCATGATGC
AACACCAGATGCATCCAAGGGGTAGGAACATCCGGTACTCCCAAGGGCGTGGCGGTAGTG
G*TGGTGATGTGCCTCAATATGACATGGGGAACAACGCCATGCCGATGCCCATTGGAACT
TTGGCTTCAAATCTGGCTAATGCTTCTCCAGAGCAACAGAGGACGATACTGGGTGAGAAT
CTGTACCCGTTGGTGGAGAAGCTTGAGGCAGAGTCTGCAGCCAAAGTGACTGGGATGCTT
TTGGAGATGGACCAAACCGAAGTTCTCCACCTCTTGGAGTCACCAGAAGCTCTGGAGGCG
AAAGTTGCAGAGGCAATGGATGTTTTGAGGAGCGTTGCTGCTGGTGGTGCAGCCGAGCAG
CTCGCTTCCTTGAACCTCTCTTAACTTGTTTTATTTCCAGTTTGGTCTTTTGCTTTTTTA
TGTCTCTCTCTCCCA

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DS 

RD RR1BL32JQ 741 0 0
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ATTCCTCCCCAGCCCGGATATGGATACCAACAGCAGCTTGTTCCTGGAATGAGACCTGGT
GGGGGCCATGCACCCAATTACTTCATGCCTATGGTTCAGCAACATCAGCAGCGTCCTGGA
GGAGGAAGACGCCCTGGAGGGATCCAACAGTTCCAGCAGCAACCTCCCATGATGCAACAC
CAGATGCATCCAAGGGGTAGGAACATCCGGTACTCCCAAGGGCGTGGCGGTAGTGG*TGG
TGATGTGCCTCAATATGACATGGGGAACAACGCCATGCCGATGCCCATTGGAACTTTGGC
TTCAAATCTGGCTAATGCTTCTCCAGAGCAACAGAGGACGATACTGGGTGAGAATCTGTA
CCCGTTGGTGGAGAAGCTTGAGGCAGAGTCTGCAGCCAAAGTGACTGGGATGCTTTTGGA
GATGGACCAAACCGAAGTTCTCCACCTCTTGGAGTCACCAGAAGCTCTGGAGGCGAAAGT
TGCAGAGGCAATGGATGTTCTGAGGAGCGTTGCTGCTGGTGGTGCAGCCGAGCAGCTCGC
TTCCTTGAACCTCTCTTAACTTGTTTTATTTCCAGTTTGGTCTTTTGCTTTTTTATGTCT
CTCTCTCCCATACAATCACCTTTGAAGTTGTTTCGTTGCTTTCCCTATAACTGCTTTGTG
TGTGTTTTAAACTTAATTTAA

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 5

CO CL1614Contig1 1395 5 4 U
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AAATACTACTACGCATTTAGTGGTTAAAGCCCCGTCACATCATCTACCACTTCACCTCTT
CAAAGAAAAGTCCATTCATTCAATTACATTATATATTGAACATAATACGACTTATTCCTC
ATCTCCCATAATAAAATATTACAATGCAAAAACTGAAGTTCTTTTAGTTAATCACGTGAC
AGTTTTTCCTGATCTCACCATTGATTCCAGTAAGAGGCTGAATGTTCCCCATGTTTACCA
TGGACTTCGCGAATTGTTCGAAAAAAAGGCTCTCGTCTTCTGCATAAGCTTTCACCAATT
CAACAATATTGCCTACATTTCCAGTGAGAAGCACTTGGTCTGATGTCAATAAGCCTTTTC
CCCAAAGGATAAGCTTGAAGTATGTGTTGTCGAATCTTGCAGGAGAGGCTAAGTCTAGTG
GGGAAATATTGTTATCGCCTCCAGTAGGTGGACAGATCGATCTCAGACCATAGTAGTAAG
ACCTCTCTAGCGTCTCGTCTGGTTGGTTATTACCGTTTTGATTGTAGAGTCTTTGCTTGA
ACGTTGTACACCTAGCTACTCCAATTGTATGACCTCCTGAGAGG*GAAACAAGGTCTTCT
TGGTTCAAACCTTTGCGTTGGAACATGGTTAAAAGATTCTGAATAGTCGAGTTAGGTGCA
GGAATGTTCGTGTTTGCTCCATTGAGGCTCGCAGTCGTCGAGTCTCTCCTCCCTAGTGGA
AGCTCCCATGATGGACCACCACTCAAAATAGTTGAGCCACGAGCGGCAAGAGCTAGAATG
TCAGCGCAAGAGACTATTTGAGGACAAACTTGCTCTAGTTTGGCTTTAATCTCGTCTATT
ACTTCAAACCCCTTAATAGAGTTCTTGTTTGGTCCTGCATTCTTTTCACTTCTTATGGTA
GCACTATCATCCAACAAGATTGATGCATCACAGCCCTGGACGAAGCAGTCGTGGAAGTGA
AGCCTGAGTAAAGATGCTGCCATTCTTGGGTTTCTAGCTATGGCTTTTTCGAGCACTGTC
ATGACAATTTCATCAGCTTGTGGGCAAGAGAACTGGTAGAATTGTGGGAAAAGACCCGAG
GAGAAAGTTCTTCCAATACTGGGGCCTTTACTTCCCCATCCGAACCCAAAACCTGGATGA
GCAACACCAACATCAAAAGAAAACAACGCAAAGAGCACAAGACAAGGAATAAGCTTAGAC
ACAGCCATTTTTGTAACTTGAGAGTTCTGTAGGAAGTGGTGAAGGTGCTCTTGGGGGTTT
TATACTTGAAAAGAGATTCATCAAAAGTCTAACTGCTCCATGTTTACCAATTCCTAATTT
AGAATCTTTAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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CC

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1F105JQ C 265
AF RR1BO77TF U 112
AF RR1DG18JQ C 237
BS 1 563 RR1F105TF
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BS 697 697 RR1BO77TF
BS 698 729 RR1F105TF
BS 730 772 RR1BO77TF
BS 773 773 RR1DG18JQ
BS 774 800 RR1BO77TF
BS 801 850 RR1DG18JQ

RD RR1BO77JQ 152 0 0
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ACCCTGACGATCCTTTTGTGCCGGAGATTGTTCATATGTACAAGACGGATAAATCCAAGT
ACGAGTCAACCGCACGAAGCTGGACACAGAAG

QA 1 152 1 152
DS 

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GTTGAGCACATGGCTTCGAAGAGGATTTTGAAAGAGCTCAAGGATTTGCAGAAGGATCCT
CCTTCTAACTGCAGCGCAGGACCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTATC
ATGGGACCTCCTGACAGTCCTTATGCCGGAGGAGTCTTTTTGGTTTCCATTCACTTCCCT
CCTGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGG*TGTCTTTTAAGACAAGGGTTTATCACCCAAA
CATCAACAGCAATGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTGAAAGAACAGTGGAGTCCTGCTCT
CACCATATCCAAGGTTTTGTTGTCGATTTGCTCGTTGTTGACTGACCCTAACCCTGACGA
TCCTCTTGTGCCGGAGATTGCTCATATGTACAAGACGGATAAATCCAAGTACGAGTCAAC
CGCACGAAGCTGGGCACAGAAGTACGCCATGGGATGATAAGAAGAGACTTGAGTGGTCGA
GAGAAGCCAAAGTGTTAATGTTATTCTGCATCCAAATATTTTAAAACTTTAAGAAGAAAT
GCATGTGT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1F105TF 729 0 0
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CTGACTCTATAAAGAAAAAGGTAAGTAGGAGAGGAGCGAGGATCTCATTCGTTTTTTCTC
TCTTTTGCACCGCATCGTCTTCTCGCTTTCTGATCGCTTCTTTTTTTCTCGGTTGAGCAC
ATGGCTTCGAAGAGGATTTTGAAAGAGCTCAAGGATTTGCAGAAGGATCCTCCTTCTAAC
TGCAGCGCAGGACCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTATCATGGGACCT
CCTGACAGTCCTTATGCCGGAGGAGTCTTTTTGGTTTCCATTCACTTCCCTCCTGATTAT
CCCTTCAAGCCACCAAAGG*TGTCTTTTAAGACAAGGGTTTATCACCCAAACATCAACAG
CAATGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTGAAAGAACAGTGGAGTCCTGCTCTCACCATATC
CAAGGTTTTGTTGTCGATTTGCTCGTTGTTGACTGACCCTAACCCTGACGATCCTCTTGT
GCCGGAGATTGCTCATATGTACAGGACGGATAAATCCAAGTACGAGTCAACCGCACGAAG
CTGGACACAGAAGTACGCCATGGGATGATAAGAAGAGACTTGAGTGGTCGAGAGAAGCCA
AAGTGTTAATGTTATTCTGCATCCAAATATTTTAAA*CTTTAAGAAGAAATGCATGTGTT
GGGGTTTGG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1F105JQ 465 0 0
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GTCTTTTTGGTTTCCATTCACTTCCCTCCTGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGG*TGTC
TTTTAAGACAAGGGTTTATCACCCAAACATCAACAGCAATGGAAGCATTTGCCTTGATAT
CCTGAAAGAACAGTGGAGTCCTGCTCTCACCATATCCAAGGTTTTGTTGTCGATTTGCTC
GTTGTTGACTGACCCTAACCCTGACGATCCTCTTGTGCCGGAGATTGCTCATATGTACAG
GACGGATAAATCCAAGTACGAGTCAACCGCACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGG
ATGATAAGAAGAGACTTGAGTGGTCGAGAGAAGCCAAAGTGTTAATGTTATTCTGCATCC
AAATATTTTAAAACTTTAAGAAGAAATGCATGTGTTGGGGTTTGG

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1BO77TF 696 0 0
TTTTTTCTCTCTTTTGCACCGCATCGTCTTCTCGCTTTCTGATCGCTTCTTTTTTTCTCG
GTTGAGCACATGGCTTCGAAGAGGATTTTGAAAGAGCTCAAGGATTTGCAGAAGGATCCT
CCTTCTAACTGCAGCGCAGGACCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTATC
ATGGGGCCTCCTGACAGTCCTTATGCCGGAGGAGTCTTTTTGGTTTCCATTCACTTCCCT
CCTGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGGTGTCTTTTAAGACAAGGGTTTATCACCCAAA
CATCAACAGCAATGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTGAAAGAACAGTGGAGTCCTGCTCT
CACCATATCCAAGGTTTTGTTGTCGATTTGCTCGTTGTTGACTGACCCTAACCCTGACGA
TCCTCTTGTGCCGGAGATTGCTCATATGTACAAGACGGATAAATCCAAGTACGAGTCAAC
CGCACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGATGATAAGAAGAGACTTGAGTGGTCGA
GAGAAGCCAAAGTGTTAATGTTATTCTGCATCCAAATATTTTAAAACTTTAAGAAGAAAT
GCATGTGTTGGGGTTTGGAAAACGCTACTTTATGTGATCATAATCGAGCAACTTAGATGC
TCTGCTTAAGCATTATTATTATCCAGCTA
AAAAAAA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1DG18JQ 614 0 0
TAACTGCAGCGCAGGACCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTATCATGGG
ACCTCCTGACAGTCCTTATGCCGGAGGAGTCTTTTTGGTTTCCATTCACTTCCCTCCTGA
TTATCCCTTCAAGCCACCAAAGG*TGTCTTTTAAGACAAGGGTTTATCACCCAAACATCA
ACAGCAATGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTGAAATAACAGTGGAGTCCTGCTCTCACCA
TATCCAAGGTTTTGTTGTCGATTTGCTCGTTGTTGACTGACCCTAACCCTGACGATCCTC
TTGTGCCGGAGATTGCTCATATGTACAAGACGGATAAATCCAAGTACGAGTCTACCGCAC
GAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGATGATAAGAAGAGTCTTGAGTGGTCGAGAGAA
GCCAAAGTGTTAATGTTATTCTGCATCCAAATATTTTAAAACTTTAAGAATAAATGCATG
TGTTGGGGTTTGGAAAACGCTACTTTGTGTGATCATAATCGAGCAACTTAGATGCTATGC
TTAAGCATTATTATTATCCGGCTATTTACTGTGTTTACAACGCTAGAATTGGGAAGCTGA
AAGATTGCAATTAC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 5

CO CL1616Contig1 1079 5 9 U
GGATTGCACCAAACTCTCTGCAACTTGAAACCCGTCCTTATCTCATCAAACCTCTTCCTC
TTCATAAAGTCTCTAGAATCATCCAGTCCTTTATATTCTCTCTTACTTCTCTTGATATAT
AAAGAGATACATAAGAACATTAAAAACAGAACATCTTTTCTACAAACGATAATAGCTATC
TGAAACATGAACTCGACGATAGCTTCCAAAGACGGACGTGTTTCAGGTGGCTCGGCAGAG
TTTCTTCAGACTAGATTGAATCATAGACATGATCCCAAGGAGAACCAGTGTTCTTCGGTT
CTCATTAAGCATATCAAAGCGCCTGTTCATCTCGTTTGGTCTCTAGTGAGGAGATTCGAT
CAGCCACAGAAGTACAAGCCTTTTGTCAGCAGGTGTGTGATGAAAGGTGATGTTGGCATC
GGCTGTGTCCGAGAGGTAGACGTTAGATCTGGCCTCCCGGCTACCACTAGCACCGAGAGG
TTGGAGTTCTTGGACGATAATGAACACATTCTTGGTATCAGAATCCTTGGTGGTGATCAC
AGGCTTAAGAACTACTCATCAGTGGTTACAGTACATCCAGAGATAATAGATGGAAGAGCG
GGAACAATGGTAATAGAGTCATTCGTGGTGGATGTACCAGAAGGGAACACCAAAAACGAG
ACTTGTTACTTCGTGGAAGCACTTATACGATGCAATCTCAATTCTCTGTCCAGCGTTTGC
GAAAGAATGGCAGCTCAGGACATGACATGAGTTGTGAACCTGTACTTACGTATTTTTCCC
CAAATTGTAGGATTGTATAGCAACATTGGTAAGCGAAATTGATCGTGACATACATACTCT
CTGGATTTATAGCCAAAGAGTCCTGAGTACTCATTTGGACATCTCCATGACTGATTCTGA
ATTTACTGGCCGTACAAGTTAAAAATTAGTAGGAATGTAGCTTTATAATTTAGTAGGAAT
GTAGCTTTACCTTTCAGTCACGTTTCTATTCAAAAAAATATATGTAGCACCAAAAAGTGC
GTTAATGTTTAATTTTTTTGGTTTTAAAAAACAGAGGAAATTCAACTTCCAACTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EQ75TF U 1
AF RR1H993TF U 103
AF RR1EQ75JQ C 348
AF RR1A304JQ C 641
AF RR1A304TF U 641
BS 1 265 RR1EQ75TF
BS 266 266 RR1H993TF
BS 267 344 RR1EQ75TF
BS 345 346 RR1H993TF
BS 347 720 RR1EQ75TF
BS 721 738 RR1H993TF
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BS 740 770 RR1H993TF
BS 771 1079 RR1A304TF

RD RR1EQ75TF 720 0 0
GGATTGCACCAAACTCTCTGCAACTTGAAACCCGTCCTTATCTCATCAAACCTCTTCCTC
TTCATAAAGTCTCTAGAATCATCCAGTCCTTTATATTCTCTCTTACTTCTCTTGATATAT
AAAGAGATACATAAGAACATTAAAAACAGAACATCTTTTCTACAAACGATAATAGCTATC
TGAAACATGAACTCGACGATAGCTTCCAAAGACGGACGTGTTTCAGGTGGCTCGGCAGAG
TTTCTTCAGACTAGATTGAATCATATACATGATCCCAAGGAGAACCAGTGTTCTTCGGTT
CTCATTAAGCATATCAAAGCGCCTGTTCATCTCGTTTGGTCTCTC*TGAGGAGATTCGAT
CAGCCACAGAAGTACAAGCCTTTTGTCAGCAGGTGTGTGATGAAAGGTGATGTTGGCATC
GGCTGTGTCCGAGAGGTAGACGTTAGATCTGGCCTCCCGGCTACCACTAGCACCGAGAGG
TTGGAGTTCTTGGACGATAATGAACACATTCTTGGTATCAGAATCCTTGGTGGTGATCAC
AGGCTTAAGAACTACTCATCAGTGGTTACAGTACATCCAGAGATAATAGATGGAAGAGCG
GGAACAATGGTAATAGAGTCATTCGTGGTGGATGTACCAGAAGGGAACACCAAAAACGAG
ACTTGTTACTTCGTGGAAGCACTTATACGATGCAATCTCAATTCTCTGTCCAGCGTTTGC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1H993TF 668 0 0
GG
ACTTCTCTTGATATATAAAGAGATACATAAGAACATTAAAAACAGAACATCTTTTCTACA
AACGATAATAGCTATCTGAAACATGAACTCGACGATAGCTTCCAAAGACGGACGTGTTTC
AGGTGGCTCGTCAGAGTTTCTTCAGACTAGATTGAATCATAGACATGATCCCAAGGAGAA
CCAGTGTTCTTCGGTTCTCATTAAGCATATCAAAGCGCCTGTTCATCTTGTTTGGTCTCT
AGTGAGGAGATTCGATCAGCCACAGAAGTACAAGCCTTTTGTCAGC*GGTGTGTGATGAA
AGGTGATGTTGGCATCGGCTGTGTCCGAGAGGTAGACGTTAGATCTGGCCTCCCGGCTAC
CACTAGCACCGAGAGGTTGGAGTTCTTGGACGATAATGAACACATTCTTGGTATCAGAAT
CCTTGGTGGTGATCACAGGCTTAAGAACTACTCATCAGTGGTTACAGTACATCCAGAGAT
AATAGACGGAAGAGCGGGAACAATGGTAATAGAGTCATTCGTGGTGGATGTACCAGAAGG
GAACACCAAAAACGAGACTTGTTACTTCGTGGAAGCACTTATACGATGCAATCTCAATTC
TCTGTCCAGCGTTTGCGAAAGAATGGCAGCTCAG*ACATGACATGAGTTGTGAACCTGTA
CTTACG

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR1EQ75JQ 484 0 0
GAGGAGATTCGATCAGCCACAGAAGTACAAGCCTTTTGTCAGCAGGTGTGTGATGAAAGG
TGATGTTGGCATCGGCTGTGTCCGAGAGGTAGACGTTAGATCTGGCCTCCCGGCTACCAC
TAGCACCGAGAGGTTGGAGTTCTTGGACGATAATGAACACATTCTTGGTATCAGAATCCT
TGGTGGTGATCACAGGCTTAAGAACTACTCATCAGTGGTTACAGTACATCCAGAGATAAT
AGATGGAAGAGCGGGAACAATGGTAATAGAGTCATTCGTGGTGGATGTACCAGAAGGGAA
CACCAAAAACGAGACTTGTTACTTCGTGGAAGCACTTATACGATGCAATCTCAATTTTCT
GTCCAGCGTTTGCGAAAGAATGGCAGCTCAGGACATGACATGAGTTGTGAACCTGTACTT
ACGTATTTTTCCTCAAATTGTAGGATTGTATAGCAACATTGGTAAGCGAAATTGATCGTG
ACA
C

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR1A304JQ 439 0 0
G
AGGGAACACCAGAAACGAGACTTGCTACTTCGTGGAAGCACTTATACGATGCAATTTCAA
TTTTCTGTCCAGCGTTTGGGAAAGAATGGCAGCTCAGGACATGACATGAGTTGTGAACCT
GTACTTACGTATTTTTCCCCAAATTGTAGGATTGTATAGCAACATTGGTAAGCGAAATTG
ATCGTGACATACATACTTTCTGGATTTATAGCCAAAGAGTCCTGAGTACTCATTTGGACA
TCTCCATGACTGATTTTGAATTTACTGGCCGTACAAGTTAAAAATTAGTAGGAATGTAGC
TTTATAATTTAGTAGGAATGTAGCTTTACCTTTCAGTCACGTTTTTATTCAAAAAAATAT
ATGTAGCACCAAAAAGTGCGTTAATGTTTAATTTTTTTGGTTTTAAAAAACAGAGGAAAT
TCAACTTCCAACTTTTAT

QA 2 439 2 439
DS 

RD RR1A304TF 439 0 0
G
AGGGAACACCAGAAACGAGACTTGCTACTTCGTGGAAGCACTTATACGATGCAATCTCAA
TTCTCTGTCCAGCGTTTGCGAAAGAATGGCAGCTCAGGACATGACATGAGTTGTGAACCT
GTACTTACGTATTTTTCCCCAAATTGTAGGATTGTATAGCAACATTGGTAAGCGAAATTG
ATCGTGACATACATACTCTCTGGATTTATAGCCAAAGAGTCCTGAGTACTCATTTGGACA
TCTCCATGACTGATTCTGAATTTACTGGCCGTACAAGTTAAAAATTAGTAGGAATGTAGC
TTTATAATTTAGTAGGAATGTAGCTTTACCTTTCAGTCACGTTTCTATTCAAAAAAATAT
ATGTAGCACCAAAAAGTGCGTTAATGTTTAATTTTTTTGGTTTTAAAAAACAGAGGAAAT
TCAACTTCCAACTTTTAT

QA 2 439 2 439
DS 



AS 2 6

CO CL1617Contig1 1005 4 7 U
GGTAAACAATATAAAATCCTAGCATATAAAAGTGAAGAACATCAAAGAAGCAGTTGGTGA
TAAAACCATCAATGCCCTCTTTTTATGTAAAGTGAAAAACTAGAGAACAAAATGTCATAT
GTAGCATTGGAGTCTGATGCAGAAACATCCTACTATAGCCAGTACAGACTACAGAGACAT
TAAGATAAAAAGGAGAAACTGGTTAACATCCTGAAGATGGGTCTTACAAAGCTTTTAAAA
GATTTTTCTATCAGTCGCCAGTCACAAAAGACTTCTGCTCGTAGTACTTCTTCTCACTAG
CTTCCTTTTTCAAATTACGTTTCTGATAAGCTTCATGGTTGGCTACAATCCTCTTGATTA
TGGTGGAGGTTGTGATGTCAAGAGGGCTTTCTAGGATTTGGAATATGCCCATGCTTATCG
GTACAGCATACGGATTACCTTCCTCCTTCTGAAAATCATCGCTCTCGGCTACTGTACCAT
GAACCACCAATGAAATATCAAATGTCGTGATCGTATCTTTTGACACTTCCGAAGGAGCAC
CAATAATCACCTCATCTACATAGCGGCATGCCAGAACACTTAAGCTTCTTTCATGGAGAT
TCATGATTGGGTGACGCGCTCCACTTCTAGCACTGACAGTCTGGTCATTGTGTATTCCTA
CAAGAAGGAAGTCTCCAAGCTCTCGTGCACGCCTGAGAATCTCAACGTGGCCAGCATGGA
AAAGATCAAAAGCACCATCTATGTAAATTATGCGTGCATCAGGTCCTGGCCCCTTGCCAT
TGGAGAACTGAACGATCCTGCGGGAAGTAGGAAGAAAATGCGAGACGCGAGTACCAGCAG
AAGAACCTCCGTCATCAAACTTTGGGCTATTATGCCCATGACTAAACTGCCTTTGCAGAG
ACGAATGACTATTACTGCTTGATCTTTCTCTTACACACAGAAGCATACGACCAACGATAT
CAGTGCTGGAAACTCCTTCAGTACGCTTGACCTGCTTGTACCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FG05JQ U 1
AF RR1GR39JQ U 59
AF RR1AP28JQ U 63
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TCATGA

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DS 

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DS 

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ACCACCAATGAAATATCAAATGTCGTGATCGTATCTTTTGACACTTCCGAAGGAGCACCA
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QA 1 695 1 695
DS 



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BQ
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AF RR1FG05TF U 1
AF RR1GR39TF U 116
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DS 

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G
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AAAGATCAAGCAGTAATAGCCATTCGTCTCTG

QA 2 633 2 633
DS 



AS 2 5

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BQ
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AF RR1AZ17TF U 1
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BS 770 1171 RR1AZ17JQ

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DS 



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TTTTGGGA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1EU54TF U 1
AF RR1EU54JQ C 467
AF RR1EJ62TF U 695
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ATGATGGGAGATCCTTCTTACAAAGGCACTATTGACTGCTTCGTTAAAACTCTGAAGGCG
GACGGTCCTATGGCATTCTACAAGTGTTTCATCCCCAACTTTGGACGTCTTGGCTCATGG
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TCCAATAAACACTGAGAAACAGAACATTAAGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATAAGAG
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GTTTTCGGAATAGAGAGTCGTTTTCAAGCAAAACTATAAAATAAATTTATGTTGGTTGCT
CAAAATAAAATTTCTTTTGGG
C

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DS 

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CTTGGCTCATGGAATGTCATCATGTTTTTGACCCTTGAACAGGCAAAGAAGTATGTCCGG
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ATGTTGGTTGCTCAAAATAAAATTTCTTTTGGGA

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DS 



AS 1 6

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GCAATGATCACGAATTGTACCAGCAACATGAACGAGGTGGTTGACAAATTCAACACTGCA
TACGAGAGGAACAGTCGAAGAGGCGGTAGGACTCCATTCATGTAGAGAGATTAGTTTCAG
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ACTTATATTTTTAGCACTTGAATCATGCCACAAGACTTTGGAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA91TF U 1
AF RR1GP60TF U 41
AF RR1EO81TF U 375
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CCTGCTATCAATCAC

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DS 

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GG
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GAGCTCTATCAGAAGGTGTTCCCTAACTACTACATATTGGGATGGTACTCTACTGGAAGC
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TACACAATCGAGACTGTCGAGGCTGAAAGAATATCGGTTGATCATGTTGCACACCTTAAG
CCATCTGATGGAGGCTCAGCAGCGACTCAATTGGCTGCTCATCTCACTGGCAT

QA 3 655 3 655
DS 

RD RR1EO81TF 686 0 0
G
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GCTCTGATGGACATTAATGAATCGCCTGTTTATGTCCTTTTGAATCCTGCTATCAATCAC
GCTCAGAAGGATCTCCCTGTGACTATCTATGAAAGTGAATTCCACGTCATTGATGGGATT
CCTCAGCCAATTTTCGTGAATGCAAGCTACACAATCGAGACTGTCGAAGCTGAAAGAATA
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GCTGCTCATCTCACTGGCATACACAGTGCCATCAAGATGCTTAATAGCAGAATCAGGGTG
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AGGCAAGTAGCTAGTCTGCTCAGAAGTCTGCCTGCCGCACAATCAGAAAAGTTTGAAGAG
GATTTCTTAATGGAGTACAACGACAAATTGCTGATGTCTTACCTAGCAATGATCACGAAT
TGTACCAGCAACATGAACGAGGTGGTTGACAAATTCAACACTGCATACGAGAGGAACAGT
CGAAGAGGCGGTAGGACTCCATTCATGTAGAGAGATTAGTTTCAGCTTGAGACCCTTTTT
TT*GCGGTTCCTTAGAGAAATCTAG

QA 2 686 2 686
DS 

RD RR1GP60JQ 601 0 0
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TGATGGAGGCTCAGCAGCGACTCAATTGGCTGCTCATCTCACTGGCATACACGGTGCCAT
CAAGATGCTTAATAGCAGAATCAGAGTGCTCCATCAATACCTTGGCGCAATGCAGAAAGG
TGATATTCCTTGCGACAACTCACTTCTGAGGCAAGTAGCTAGTCTGCTCAGAAGTCTGCC
TGCCGCACAATCAGAAAAGTTTGAAGAGGATTTCTTAATGGAGTACAACGACAAATTGCT
GATGTCTTACCTAGCAATGATCACAAATTGTACCAGCAACATGAACGAGGTGGTTGACAA
ATTCAACACTGCATACGAGAGGAACAGTCGAAGAGGCGGTAGGACTCCATTCATGTAGAG
AGATTAGTTTCAGCTTGAGACCCTTTTTTTTGCGGTTCCTTAGAGAAATCTAGAACTCCT
AA*GGTATTTCGCTGTTCGGAATCTAAGAGCTAATGACGTTCTTCTTTTAGACTACAAGC
TATGTTTTAGATTACTTATATTTTTAGCACTTGAATCATGCCACAAGACTTTGGAAAAAA
A

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1HA91JQ 355 0 0
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CTGATGTCTTACCTAGCAATGATCACAAATTGTACCAGCAACATGAACGAGGTGGTTGAC
AAATTCAACACTGCATACGAGAGGAACAGTCGAAGAGGCGGTAGGACTCCATTCATGTAG
AGAGATTAGTTTCAGCTTGAGACCCTTTTTTTTGCGGTTCCTTAGAGAAATCTAGAACTC
CTAA*GGTATTTCGCTGTTCGGAATCTAAGAGCTAATGATGTTCTTCTTTTAGACTACAA
GCTATGTTTTAGATTACTTATATTTTTAGCACTTGAATCATGCCACAAGACTT
GG

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR1EO81JQ 579 0 0
AA
GCTGAAAGAATATCGGTTGACCATGTTGCACACCTTAAGCCATCAGATGGAGGCTCAGCA
GTGACTCAATTGGCTGCTCATCTCACTGGCATACACAGTGCCATCAAGATGCTTAATAGC
AGAATCAGGGTGCTCCATCAATATCTTGGCGCAATGCAGAAAGGTGATATTCCTTGCGAC
AACTCACTTTTGAGGCAAGTAGCTAGTCTGCTCAGAAGTCTGCCTGCCGCACAATCAGAA
AAGTTTGAAGAGGATTTCTTAATGGAGTACAACGACAAATTGCTGATGTCTTACCTAGCA
ATGATCACGAATTGTACCAGCAACATGAACGAGGTGGTTGACAAATTCAACACTGCATAC
GAGAGGAACAGTCGAAGAGGCGGTAGGACTCCATTCATGTAGAGAGATTAGTTTCAGCTT
GAGACCCTTTTTTT*GCGGTTCCTTAGAGAAATCTAGAACTCCTAAAGGTATTTCGCTGT
TCGGAATCTAAGAGCTAATGACGTTCTTCTTTTAGACTACAAGCTATGTTTTAGATTACT
TATATTTTTAGCACTTGTATCATGCCACAAGACTT
GG

QA 3 577 3 577
DS 



AS 1 5

CO CL1620Contig1 1681 5 16 U
GGGCACAGCCAGAAAAAAAAAACACTTGAGATCCGCCAAGAAGAAGAAGATAACGATGAC
GACGACTCAAGACGTGGAGATGAAAGACAACCACACCCCAGCTCAATCCCTCGTCTCCTC
CACCACCTCAACACTTCATCATCTGAAGGAGATTGCAGCTCTGATCGATACCGGCTCATA
CACCAAAGAAGTCCGCCGCGTCGCTCGCGCCGTGCGTCTCACCGTCGGGCTGAGACAGAA
GCTCACGTCTTCCGTCGTCTCCTCGTTCCTTGACTTCGCTTTGGTTCCTGGATCTGAGCC
CCACGCGCGTCTCTCTTCCTTCGTTCCCAAGAGTGATGAACATGAGATGGAGGTTGATAC
TGCTTCGTCCACTCCTCCCTTGGCTTCCTCCAAGCACGTGCCTGTAGAGCTTGAGATTTA
CTGCTACTTCATTGTCCTTCTTTTTCTGATTGACCAGAAGAAGTACACCGAGGCGAAAGC
TTGCTCTTCAGCTAGCATTGCTCGTCTCAAGAGCTTGAACAAGAGAACCATTGATGTGAT
AGCTTCGAGGTTGTATTTTTACTACTCTTTGAGTTATGAGATGACTGGTGATCTTGCTGA
GATTCGTGGTACTCTTTTGTCTTTGCACCATTCTGCAACTCTGCGCCATGATGAGTTGGG
TCAGGAAACGCTTCTGAATCTGTTGCTTCGCAACTACCTGCACTACAACCTTTATGACCA
AGCTGAGAAGTTGAGATCAAAAGCACCAAGATTTGAGGCTCATTCTAACCAGCAGTTCTG
TAGGTACTTGTTTTACCTCGGTAAAATCCGGACCATCCAACTCGAGTACACTGATGCAAA
AGAGAGCCTCCTCCAGGCGGCTAGGAAAGCACCTGTTGCTACTCTAGGCTTCCGAGTCCA
ATGCAACAAGTGGGCTATTCTAGTTCGACTCCTCTTGGGTGAGATTCCAGA*CGATCCAT
CTTCATGCAGAAAGGAATGGACAAGGCTCTTAGGCCATACTTTGAACTTACCAATGCTGT
GAGGATTGGTGACTTGGAGCTTTTCAGGAACGTTCAAGAGAAGTTTGCAAAGACATTCTC
TGAGGACAGGACTCACAACCTCATTGTCAGACTCCGACACAACGTGATCAGAACCGGACT
GCGCAACATCAGCATCTCCTACTCGAGAATCTCTCTTACAGACGTCGCCCAGAAGCTAAG
GCTGAACTCTGCAAACCCTGTCGCAGATGCAGAAAGCATAGTGGCTAAAGCCATAAGAGA
CGGAGCAATCGACGCGACCATCGACCACAACAAGGGTTATATGGTGTCAAAGGAAACAGG
AGACATCTACTCCACCAACGAGCCGCAGAACGCGTTCAACTCGAGGATTGCCTTCTGTTT
GAACATGCACAACGAAGCGGTGAGAGCGTTGAGGTTCCCTCCAAACACGCACAGGGAGAA
AGAGAGCGAGGAGAAGAGGAGGGAGATGAAACAGCAAGAAGAGGAGCTTGCTAAATACAT
GGCTGAAGAAGATGACGACGATTTCTAAGATTTTAATGCAATGCCTAGCGTTTCTCTGTC
TCTTTTGTTATTTCGAAATTTTCTGACATTTTTCTTCTTGTTATGGCACTTCAGTTCTTG
TACTTTATGAGAAACAGAACTCAATGTTTTTACTTGGTTTCATTTTAAGAGCTCGTTCAC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV70TF U 1
AF RR1EC38TF U 447
AF RR1GJ39TF U 564
AF RR1DV70JQ C 947
AF RR1EC38JQ C 897
BS 1 660 RR1DV70TF
BS 661 796 RR1EC38TF
BS 797 797 RR1GJ39TF
BS 798 1123 RR1EC38TF
BS 1124 1124 RR1GJ39TF
BS 1125 1132 RR1EC38TF
BS 1133 1133 RR1GJ39TF
BS 1134 1194 RR1EC38TF
BS 1195 1198 RR1GJ39TF
BS 1199 1199 RR1EC38JQ
BS 1200 1262 RR1GJ39TF
BS 1263 1263 RR1EC38JQ
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BS 1525 1525 RR1DV70JQ
BS 1526 1681 RR1EC38JQ

RD RR1DV70TF 660 0 0
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GACGACTCAAGACGTGGAGATGAAAGACAACCACACCCCAGCTCAATCCCTCGTCTCCTC
CACCACCTCAACACTTCATCATCTGAAGGAGATTGCAGCTCTGATCGATACCGGCTCATA
CACCAAAGAAGTCCGCCGCGTCGCTCGCGCCGTGCGTCTCACCGTCGGGCTGAGACAGAA
GCTCACGTCTTCCGTCGTCTCCTCGTTCCTTGACTTCGCTTTGGTTCCTGGATCTGAGCC
CCACGCGCGTCTCTCTTCCTTCGTTCCCAAGAGTGATGAACATGAGATGGAGGTTGATAC
TGCTTCGTCCACTCCTCCCTTGGCTTCCTCCAAGCACGTGCCTGTAGAGCTTGAGATTTA
CTGCTACTTCATTGTCCTTCTTTTTCTGATTGACCAGAAGAAGTACACCGAGGCGAAAGC
TTGCTCTTCAGCTAGCATTGCTCGTCTCAAGAGCTTGAACAAGAGAACCATTGATGTGAT
AGCTTCGAGGTTGTATTTTTACTACTCTTTGAGTTATGAGATGACTGGTGATCTTGCTGA
GATTCGTGGTACTCTTTTGTCTTTGCACCATTCTGCAACTCTGCGCCATGATGAGTTGGG

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1EC38TF 748 0 0
G
GATTGACCAGAAGAAGTACACCGAGGCGAAAGCTTGCTCTTCAGCTAGCATTGCTCGTCT
CAAGAGCTTGAACAAGAGAACCATTGATGTGATAGCTTCGAGGTTGTATTTTTACTACTC
TTTGAGTTATGAGATGACTGGTGATCTTGCTGAGATTCGTGGTACTCTTTTGTCTTTGCA
CCATTCTGCAACTCTGCGCCATGATGAGTTGGGTCAGGAAACGCTTCTGAATCTGTTGCT
TCGCAACTACCTGCACTACAACCTTTATGACCAAGCTGAGAAGTTGAGATCAAAAGCACC
AAGATTTGAGGCTCATTCTAACCAGCAGTTCTGTAGGTACTTGTTTTACTTCGGTAAAAT
CCGGACCATCCAACTCGAGTACACTGATGCAAAAGAGAGCCTCCTCCAGGCGGCTAGGAA
AGCACCTGTTGCTACTCTAGGCTTCCGAGTCCAATGCAACAAGTGGGCTATTCTAGTTCG
ACTCCTCTTGGGTGAGATTCCAGA*CGATCCATCTTCATGCAGAAAGGAATGGACAAGGC
TCTTAGGCCATACTTTGAACTTACCAATGCTGTGAGGATTGGTGACTTGGAGCTTTTCAG
GAACGTTCAAGAGAAGTTTGCAAAGACATTCTCTGAGGACAGGACTCACAACCTCATTGT
CAGACTCCGACACAACTTGATCAGACCCGGACTGCGCAACATCAGCATCTCCTACTCGAG
AATCTCTCTTACAGACGTCGCCCAGAA

QA 2 748 2 748
DS 

RD RR1GJ39TF 747 0 0
GG
TCTTTGAGTTATGAGATGACTGGTGATCTTGCTGAGATTCGTGGTACTCTTTTGTCTTTG
CACCATTCTGCAACTCTGCGCCATGATGAGTTGGGTCAGGAAACGCTTCTGAATCTGTTG
CTTCGCAACTACCTGCACTACAACCTTTATGACCAAGCTGAGAAGTTGAGATCAAAAGCA
CCAAGATTTGAGGCTCATTCTAACCAGCAGTTCTGTAGGTACTTGTTTTACCTCGGTAAA
ATCCGGACCATCCAACTCGAGTACACTGATGCAAAAGAGAGCCTCCTCCAGGCGGCTAGG
AAAGCACCTGTTGCTGCTCTAGGCTTCCGAGTCCAATGCAACAAGTGGGCTATTCTAGTT
CGACTCCTCTTGGGTGAGATTCCAGAGCGATCCATCTTCATGCAGAAAGGAATGGACAAG
GCTCTTAGGCCATACTTTGAACTTACCAATGCTGTGAGGATTGGTGACTTGGAGCTTTTC
AGGAACGTTCAAGAGAAGTTTGCAAAGACATTCTCTGAGGACAGGACTCACAACCTCATT
GTCAGACTCCGACACAACGTGATCAGAACCGGACTGCGCAACATCAGCATCTCCTACTCG
AGAATCTCTCTTACAGACGTCGCCCAGAAGCTA*GGCTGAACTCTGCAAACCCTGTCGCA
GATGCAGAAAGCATAGTGGCTAAAGCCATAAGAGACG*AGCAATCGACGCGACCATCGAC
CACAACAAGGGTTATATGGTGTCAA

QA 3 747 3 747
DS 

RD RR1DV70JQ 703 0 0
CCAGAG
CGATCCATCTTCATGCAGAAAGGAATGGACAAGGCTCTTAGGCCATACTTTGAACTTACC
AATGCTGTGAGGATTGGTGACTTGGAGCTTTTCAGGAACGTTCAAGAGAAGTTTGCAAAG
ACATTCTCTGAGGACAGGACTCACAACCTCATTGTCAGACTCCGACACAACGTGATCAGA
ACCGGACTGCGCAACATCAGCATCTCCTACTCGAGAATCTCTCTTACAGACGTCGCCCAG
AAGCTAAGGCTGAACTCTGCAAACCCTGTCGCAGATGCAGAAAGCATAGTGGCTAAAGCC
ATAAGAGACGGAGCAATCGACGCGGCCATCGACCACAACAAGGGTTATATGGTGTCAAAG
GAAACAGGAGACATCTACTCCACCAACGAGCCGCAGAACGCGTTCAACTCGAGGATTGCC
TTCTGTTTGAACATGCACAACGAAGCGGTGAGAGCGTTGAGGTTCCCTCCAAACACGCAC
AGGGAGAAAGAGAGCGAGGAGAAGAGGAGGGAGATGAAACAGCAAGAAGAGGAGCTTGCT
AAATACATGGCTGAAGAAGATGACGACGATTTCTAAGATTTTAATGCAATGCCTAGCGTT
TCTCTGTCTCTTTTGTTATTTCGAAATTTTCTGACATTTTTCTTCTTGTTATGGCACTTC
AGTTCTTGTACTTTATGAGAAACAGAACTCAATGTTT

QA 7 703 7 703
DS 

RD RR1EC38JQ 785 0 0
TCCAATGCAACAAGTGGGCTATTCTAGTTCGACTC*TCTTGGGTGAGATTCCAGA*CGAT
CCATCTTCATGCAGAAAGGAATGGACAAGGCTCTTAGGCCATACTTTGAACTTACCAATG
CTGTGAGGATTGGTGACTTGGAGCTTTTCAGGAACGTTCAAGAGAAGTTTGCAAAGACAT
TCTCTGAGGACAGGACTCACAACCTCATTGTCAGACTCCGACACAACTTGATCAGAACCG
GACTGCGCAACATCAGCATCTCCTACTCGAGAATCTCTCTTACAGACGTCGCCCAGAAGC
TAAGGCTGAACTCTGCAAACCCTGTCGCAGATGCAGAAAGCATAGTGGCTAAAGCCATAA
GAGACGGAGCAATCGACGCGACCATCGACCACAACAAGGGTTATATGGTGTCAAAGGAAA
CAGGAGACATCTACTCCACCAACGAGCCGCAGAACGCGTTCAACTCGAGGATTGCCTTCT
GTTTGAACATGCACAACGAAGCGGTGAGAGCGTTGAGGTTCCCTCCAAACACGCACAGGG
AGAAAGAGAGCGAGGAGAAGAGGAGGGAGATGAAACAGCAAGAAGAGGAGCTTGCTAAAT
ACATGGCTGAAGAAGATGACGACGATTTTTAAGATTTTAATGCAATGCCTAGCGTTTCTC
TGTCTCTTTTGTTATTTCGAAATTTTCTGACATTTTTCTTCTTGTTATGGCACTTCAGTT
CTTGTACTTTATGAGAAACAGAACTCAATGTTTTTACTTGGTTTCATTTTAAGAGCTCGT
TCACC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 6

CO CL1621Contig1 1515 6 18 U
GCCTCAACCAAAGCCACCACCAGCCCCTGGTCCACCGGCATGTCCACCAATACCACCTAA
GCCTCAACCAAAACCACCACCAGCCCCTGGTCCATCTCCATGTCCACCAATACCACCTAA
GCCTCAGCCAAAGCCACCACCAGCACCTGCCCCGTCTCCATGCCCACCTCAACCACCAAA
ACCGCAACCAAAGCCACCACCAGCACCTGCTCCATCACCAAAGCCAGGCCCACCACCTAA
ACCACCTAGTCCAGCTCCGAAACCTGTGCCACCACCTACTCCATCGCCAAAACCTAGCCC
ACCTACTCCATCGCCAAAACCCAGACCACCTGCCCCATTACCACCTAAGCGAGAAAACAA
AACCATACCGGCCGTGTTTTTCTTTGGGGATTCGATATTCGACACAGGGAATAATAATAA
TTTAAAGACAAAGATAAAAAGTAACTATCGCCCCTATGGAATGGATTTTCCTTCGAGAGT
AGCCACCGGTAGATTCAGCAACGGAAAGGTCGCTTCTGATTTTATATCCAAATATATGGG
AGTAAAAGAAATAGTACCCGCATATTTAGACCAGAAACTACAACAAAACAAACTACAACG
TAGCGATCTACTTACGGGCGTCTCTTTTGCTTCGGGTGGTGCTGGCTTCGATCCTGAAAC
ATCTGAATCATTGGATGTCATACCAATGTTGGACCAATTGTCATATTTTCAAGACTACAT
AAAGAGACTGAAGAAGCTAGTAGGAAAAAAAGAGGCTAAACGAATAGTGTCCAACGGAGT
AGCCATTGTGGTCGCAGGAGGCACCGATCTGATTTACACATATTTTGGAATTGGTGCTCA
ACACCTTAAAACTGACGTCGACTCTTTCACCACTTTCATGGCTGACTCTGCTGCCAGTTT
CGTTTTGCAACTGTATGGATTTGGAGCAAGACGTATAGGAGTGATAGGAACACCACCGCT
TGGTTGTACACCATCACAAAGGGTTAAAAACAAAAAAATATGTGATGAAGAGATAAATTA
TGCTGCTCAGCTTTTTAATTCCAAGCTCGCTATAATTTTGGGTCAGTTGTCGGAAACCCT
ACGAAATTCGACAATGATTTACATGGACATCTACTCTATCTTCAGTAAAATACTAGAAAG
CCCTGCGCACTATGGATTTGAGGAGGTAAAGAAACCGTGCTGCAAAATCGGATTAACGGG
AGGAGGTGTATTCTGCAAAAAGAAGACATCAAAAATATGTCCCAATACATCGTCTTATTT
GTTTTGGGATGGTGCCCACCCTACTGAGAGAGCTTATGAAACATTAAACAAAAAACTTGT
TAAAAAATACCTCCGTTATATCTGATTAATAACTGTCTTTATTACATTATTAATCTAACC
AAAAGGACAACTTTTGCAACGTATTAATAATGTAGGCATGAGCGGTTTCTGCGACTAATA
ATCCAAACACCATTTGAGAATTGAGATAGTCATGTAAGCCTTTTGTTTTTTATCAAACGA
TTTCCTCAGCGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM10TF U 1
AF RR1B088TF U 396
AF RR1DW38JQ C 926
AF RR1DW38TF U 926
AF RR1B088JQ C 650
AF RR1EY16TF U 1078
BS 1 478 RR1DM10TF
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BS 613 1006 RR1B088TF
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BS 1206 1206 RR1DW38TF
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GCCTCAACCAAAACCACCACCAGCCCCTGGTCCATCTCCATGTCCACCAATACCACCTAA
GCCTCAGCCAAAGCCACCACCAGCACCTGCCCCGTCTCCATGCCCACCTCAACCACCAAA
ACCGCAACCAAAGCCACCACCAGCACCTGCTCCATCACCAAAGCCAGGCCCACCACCTAA
ACCACCTAGTCCAGCTCCGAAACCTGTGCCACCACCTACTCCATCGCCAAAACCTAGCCC
ACCTACTCCATCGCCAAAACCCAGACCACCTGCCCCATTACCACCTAAGCGAGAAAACAA
AACCATACCGGCCGTGTTTTTCTTTGGGGATTCGATATTCGACACAGGGAATAATAATAA
TTTAAAGACAAAGATAAAAAGTAACTATCGCCCCTATGGAATGGATTTTCCTTCGAGATT
AGCCACCGGTAGATTCAGCAACGGAAAGGTCGCTTCTGATTTTATATCCAAATATATGGG
AGTAAAAGAAATAGTACCCGCATATTTAGACCAGAAACTACAACAAAACAAACTACAACG
TAGCGATCTACT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1B088TF 833 0 0
G
ATTCGACACAGGGAATAATAATAATTTAAAGACAAAGATAAAAAGTAACTATCGCCCCTA
TGGAATGGATTTTCCTTCGAGAGTAGCCACCGGTAGATTCAGCAACGGAAAGGTCGCTTC
TGATTTTATATCCAAATATATGGGAGTAAAAGAAATAGTACCCGCATATTTAGACCAGAA
ACTACAACAAAACAAACTACAACGTAGCGATCTACTTACGGGCGTCTCTTTTGCTTCGGG
TGGTGCTGGCTTCGATCCTGAAACATCTGAATCATTGGATGTCATACCAATGTTGGACCA
ATTGTCATATTTTCAAGACTACATAAAGAGACTGAAGAAGCTAGTAGGAAAAAAAGAGGC
TAAACGAATAGTGTCCAACGGAGTAGCCATTGTGGTCGCAGGAGGCACCGATCTGATTTA
CACATATTTTGGAATTGGTGCTCAACACCTTAAAACTGACGTCGACTCTTTCACCACTTT
CATGGCTGACTCTGCTGCCAGTTTCGTTTTGCAACTGTATGGATTTGGAGCAAGACGTAT
AGGAGTGATAGGAACACCACCGCTTGGTTGTACACCATCACAAAGGGTTAAAAACAAAAA
AATATGTGATTAAGAGATAAATTATGCTGCTCAGCTTTTTAATTCCAAGCTCGCTATAAT
TTTGGGTCAGTTGTCGGAAACCCTACGAAATTCGACAATGATTTACATGGACATCTACTC
CATCTTCAGTAAAATACTAGAAAGCCCTGCGCACTATGGATTTGAG**AGTAAAGAAACC
GTGCTGCAAA*TCGGATTA*CGGGAGGAG*TGTATTCTGCAAAA
GAGACATC

QA 2 825 2 825
DS 

RD RR1DW38JQ 440 0 0
GCAAGACGTATAGGAGTGATAGGAACACCACCGCTTGGTTGTACACCATCACAAAGGGTT
AAAAACAAAAAAAT**GTGATGAAGAGATAAATTATGCTGCTCAGCTTTTTAATTCCAAG
CTCGCTATAATTTTGGGTCAGTTGTCGGAAACCCTACGAAATTCGACAATGATTTACATG
GACATCTACTCTATCTTCAGTAAAATACTAGAAAGCCCTGCGCACTATGGATTTGAGGAG
GTAAAGAAACCGTGCTGCAAAATCGGATTAACGGGAGGAGGTGTATTCTGCAAAAAGAAG
ACATCAAAAATATGTCCCAATACATCGTCTTATTTGTTTTGGGATGGTGCCCACCCTACT
GAGAGAGCTTATGAAACATTAAACAAAAAACTTGTTAAAAAATACCTCCGTTATATCTGA
TTAATAACTGTCTTTATTAC

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR1DW38TF 440 0 0
GCAAGACGTATAGGAGTGATAGGAACACCACCGCTTGGTTGTACACCATCACAAAGGGTT
AAAAACAAAAAAAT**GTGATGAAGAGATAAATTATGCTGCTCAGCTTTTTAATTCCAAG
CTCGCTATAATTTTGGGTCAGTTGTCGGAAACCCTACGAAATTCGACAATGATTTACATG
GACATCTACTCTATCTTCAGTAAAATACTAGAAAGCCCTGCGCACTATGGATTTGAGGAG
GTAAAGAAACCGTGCTGCAAAATCGGATTAACGGGAGGAGGTGTATTCTGCAAAAAGAAG
ACATCAAAAATATGTCCCAATACATCGTCTTATTTGTTTTGGGATGGTGCCCACCCTACT
GAGAGAGCTTATGAAACATTAAACAAAAAACTTGTTAAAAAATACCTCCGTTATATCTGA
TTAATAACTGTCTTTATTAC

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR1B088JQ 736 0 0
CGATCC
GAAACATCTGAATCATTGGATGTCATACCAATGTTGGACCAATTGTCATATTTTCAAGAC
TACATAAAGAGACTGAAGAAGCTAGTAGGAAAAAAAGAGGCTAAACGAATAGTGTCCAAC
GGAGTAGCCATTGTGGTCGCAGGAGGCACCGATCTGATTTACACATATTTTGGAATTGGT
GCTCAACACCTTAAAACTGACGTCGACTCTTTCACCACTTTCATGGCTGACTCTGCTGCC
AGTTTCGTTTTGCAACTGTATGGATTTGGAGCAAGACGTATAGGAGTGATAGGAACACCA
CCGCTTGGTTGTACACCATCACAAAGGGTTAAAAACAAAAAAATATGTGATTAAGAGATA
AATTATGCTGCTCAGCTTTTTAATTCCAAGCTCGCTATAATTTTGGGTCAGTTGTCGGAA
ACCCTACGAAATTCGACAATGATTTACATGGACATCTACTCCATCTTCAGTAAAATACTA
GAAAGCCCTGCGCACTATGGATTTGAGGAGGTAAAGAAACCGTGCTGCAAAATCGGATTA
ACGGGAGGAGGTGTATTCTGCAAAAAGAAGACATCAAAAATATGTCCCAATACATCGTCT
TATTTGTTTTGGGATGGTGCCCCCCCTACTGAGAGAGCTTATGAAACATTAAACAAAAAA
CTTGTTAAAAAATACCTCCGTTATATCTGATTAATAACTGTCTTTATTACATTATTAATC
TAACCAAAAG

QA 7 736 7 736
DS 

RD RR1EY16TF 438 0 0
G
CTACGAAATTCGACAATGATTTACATGGACATCTACTCTATCTTCAGTAAAATACTAGAA
AGCCCTGCGCACTATGGATTTGAGGAGGTAAAGAAACCGTGCTGCAAAATCGGATTAACG
GGAGGAGGTGTATTCTGCAAAAAGAAGACATCAAAAATATGTCCCAATACATCGTCTTAT
TTGTTTTGGGATGGTGCCCACCCTACTGAGAGAGCTTATGAAACATTAAACAAAAAACTT
GTTAAAAAATACCTCCGTTATATCTGATTAATAACTGTCTTTATTACATTATTAATCTAA
CCAAAAGGACAACTTTTGCAACGTATTAATAATGTAGGCATGAGCGGTTTCTGCGACTAA
TAATCCAAACACCATTTGAGAATTGAGATAGTCATGTAAGCCTTTTGTTTTTTATCAAAC
GATTTCCTCAGCGAGCC

QA 2 438 2 438
DS 



AS 1 5

CO CL1622Contig1 907 5 17 U
GGACTTCCCACAGGGACGATGGGGTGATTCACGCAGTGCATCATATGGCACACTTTCGGA
TTATCAGTTCATGCGCCCACGAGCACGTGACAAGAAGCTCCAGCAAGAATGGGCTGTCCC
ACTGAAAGGCATTGAAGATGTTCAAGAGAAATTCAAAGAGCTCTGTCTTGGAAACTTAAA
AAGCAGTCCATGGTCTGAATTAGATGGACTCCAGCCAGAAACAAAGATCATAAACGAGAA
ACTCGGAAAAATAAACTCCAACGGCTTCCTGACCATCAATAGCCAACCATCAGTCAATGC
AGCCAAATCTGACTCCCCAGCTATTGGATGGGGTGGACCTGGTGGTTATGTCTACCAGAA
AGCTTACCTAGAGTTCTTCTGCTCTAAGGATAAGTTGGACACACTTGTGGAGAAGTCCAA
AGCTTTTCCTTCCATCACCTTCATGGCGGTGAACAAAGCAGAGAACTGGGTATCAAACAT
TGGTGAATCCGATGTGAATGCAGTTACCTGGGGAGTGTTCCCAGCTAAGGAGGTTATTCA
ACCGACAATTGTGGATCCAGCCAGTTTCAAAGTCTGGAAAGACGAAGCCTTTGAGATTTG
GTCAAGAAGCTGGGCTAACTTGTACCCTGAGGATGACCCTTCTAGAAAGCTGCTCGAAGA
GGTGAAGAACAGCTACTATTTGGTAAGCTTAGTGGACAACGATTACATCAGTGGTGATAT
ATTCTCAGTCTTTGCCTGATCTCTGAGAAACCCCAATGGGGGAAATGAGGAAACCATTCG
ATTTTCACGATTTGTTGTAACTTTTCTAAAGATATTTGTGATGTATCAACAATACTCATC
AGTTTCATTGTGGCTTGTTCTTTTATCTATGTCAAAACAAATAAATTAAGAAATGCTGGC
GTTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 15 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN84TF U 1
AF RR1BL33JQ C 44
AF RR1CZ63TF U 379
AF RR1EH77TF U 221
AF RR1DN84JQ C 274
BS 1 91 RR1DN84TF
BS 92 92 RR1BL33JQ
BS 93 99 RR1DN84TF
BS 100 100 RR1BL33JQ
BS 101 198 RR1DN84TF
BS 199 199 RR1BL33JQ
BS 200 275 RR1DN84TF
BS 276 276 RR1EH77TF
BS 277 353 RR1DN84TF
BS 354 354 RR1EH77TF
BS 355 447 RR1DN84TF
BS 448 448 RR1CZ63TF
BS 449 524 RR1DN84TF
BS 525 799 RR1CZ63TF
BS 800 800 RR1EH77TF
BS 801 872 RR1CZ63TF
BS 873 907 RR1DN84JQ

RD RR1DN84TF 524 0 0
GGACTTCCCACAGGGACGATGGGGTGATTCACGCAGTGCATCATATGGCACACTTTCGGA
TTATCAGTTCATGCGCCCACGAGCACGTGACGAGAAGCTTCAGCAAGAATGGGCTGTCCC
ACTGAAAGGCATTGAAGATGTTCAAGAGAAATTCAAAGAGCTCTGTCTTGGAAACTTAAA
AAGCAGTCCATGGTCTGAGTTAGATGGACTCCAGCCAGAAACAAAGATCATAAACGAGAA
ACTCGGAAAAATAAACTCCAACGGCTTCCTGACCACCAATAGCCAACCATCAGTCAATGC
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AGCTTTTCCTTCCATCACCTTCATGGCCGTGAACAAAGCAGAGAACTGGGTATCAAACAT
TGGTGAATCCGATGTGAATGCAGTTACCTGGGGAGTGTTCCCAG

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1BL33JQ 830 0 0
ATAT
GCACACTTTCGGATTATCAGTTCATGCGCCCACGAGCACGTGACAAGAAGCTCCAGCAAG
AATGGGCTGTCCCACTGAAAGGCATTGAAGATGTTCAAGAGAAATTCAAAGAGCTCTGTC
TTGGAAACTTAAAAAGCAGTCCATGGTCTGAATTAGATGGACTCCAGCCAGAAACAAAGA
TCATAAACGAGAAACTCGGAAAAATAAACTCCAACGGCTTCCTGACCATCAATAGCCAAC
CATCAGTCAATGCAGCCAAATCTGATTCCCCAGCTATTGGATGGGGTGGTCCTGGTGGTT
ATGTCTACCAGAAAGCTTATCTAGAGTTCTTCTGCTCTAAGGATAAGTTGGACACACTTG
TGGAGAAGTCCAAAGCTTTTCCTTCCATCACCTTCATGGCGGTGAACAAAGCAGAGAACT
GGGTATCAAACATTGGTGAATCCGATGTGAATGCAGTTACCTGGGGAGTGTTCCCAGCTA
AGGAGGTTATTCAACCGACAATTGTGGATCCAGCCAGTTTCAAAGTCTGGAAAGACGAAG
CCTTTGAGATTTGGTCAAGAAGCTGGGCTAACTTGTACCCTGAGGATGACCCTTCTAGAA
AGCTGCTCGAAGAGGTGAAGAACAGCTACTATTTGGTAAGCTTAGTGGACAACGATTACA
TCAGTGGTGATATATTCTCAGTCTTTGCCTGATCTCTGAGAAACCCCAATGGGGGAAATG
AGGAAACCATTCGATTTTCACGATTTGTTGTAACTTTTCTAAAGATATTTGTGATGTATC
AACAATACTCATCAGTTTCATTGTGGCTTGTTCTTTTATCTATGT
G

QA 5 829 5 829
DS 

RD RR1CZ63TF 495 0 0
CTGCTCTAAGGATAAGTTGGACACACTTGTGGAGAAGTCCAAAGCTTTTCCTTCCATCAC
CTTCATGGCGGTGAACAAAGCAGAGAACTGGGTATCAAACATTGGTGAATCCGATGTGAA
TGCAGTTACCTGGGGAGTGTTCCCAGCTAAGGAGGTTATTCAACCGACAATTGTGGATCC
AGCCAGTTTCAAAGTCTGGAAAGACGAAGCCTTTGAGATTTGGTCAAGAAGCTGGGCTAA
CTTGTACCCTGAGGATGACCCTTCTAGAAAGCTGCTCGAAGAGGTGAAGAACAGCTACTA
TTTGGTAAGCTTAGTGGACAACGATTACATCAGTGGTGATATATTCTCAGTCTTTGCCTG
ATCTCTGAGAAACCCCAATGGGGGAAATGAGGAAACCATTCGATTTTCACGATTTGTTGT
AGCTTTTCTAAAGATATTTGTGATGTATCAACAATACTCATCAGTTTCATTGTGGCTTGT
TCTTTTATCTATGT
G

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1EH77TF 664 0 0
ACAAAGATCATAAACGAGAAACTCGGAAAAATAAACTCCAACGGCTTCCTGACCATCAAT
AGCCAACCATCATTCAATGCAGCCAAATCTGATTCCCCAGCTATTGGATGGGGTGGTCCT
GGTGGTTATGTCTACCAGAAAGCTTATCTAGAGTTCTTCTGCTCTAAGGATAAGTTGGAC
ACACTTGTGGAGAAGTCCAAAGCTTTTCCTTCCATCACCTTCATGGCGGTGAACAAAGCA
GAGAACTGGGTATCAAACATTGGTGAATCCGATGTGAATGCAGTTACCTGGGGAGTGTTC
CCAGCTAAGGAGGTTATTCAACCGACAATTGTGGATCCAGCCAGTTTCAAAGTCTGGAAA
GACGAAGCCTTTGAGATTTGGTCAAGAAGCTGGGCTAACTTGTACCCTGAGGATGACCCT
TCTAGAAAGCTGCTCGAAGAGGTGAAGAACAGCTACTATTTGGTAAGCTTAGTGGACAAC
GATTACATCAGTGGTGATATATTCTCAGTCTTTGCCTGATCTCTGA**AACCCCAATGGG
GGAAATGAGGAGACCATTCGATTTTCACGATTTGTTGTAACTTTTCTAAAGATATTTGTG
ATGTATCAACAATACTCATCAGTTTCATTGTGGCTTGTTCTTTTATCTATGT
GAAACAAATAAA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1DN84JQ 634 0 0
CAC
CAATAGCCAACCATCAGTCAATGCAGCCAAATCTGACTCCCCAGCTATTGGATGGGGTGG
ACCTGGTGGTTATGTCTGCCAGAAAGCTTACCTAGAGTTCTTCTGCTCTAAGGATAAGTT
GGACACACTTGTGGAGAAGTCCAAAGCTTTTCCTTCCATCACCTTCATGGCCGTGAACAA
AGCAGAGAACTGGGTATCAAACATTGGTGAATCCGATGTGAATGCAGTTACCTGGGGAGT
GTTCCCAGCTAAGGAGGTTATTCAACCGACAATTGTGGATCCAGCCAGTTTCAAAGTCTG
GAAAGACGAAGCCTTTGAGATTTGGTCAAGAAGCTGGTCTAACTTGTACCCTGAGGATGA
CCCTTCTAGAAAGCTGCTCGAAGAGGTGAAGAACAGCTACTATTTGGTAAGCTTAGTGGA
CAACGATTACATCAGTGGTGATATATTCTCAGTCTTTGCCTGATTTTTGAGAAACTCCAA
TGGGGGAAATGAGGAAACCATTCGATTTTCACGATTTGTTGTAACTTTTCTAAAGATATT
TGTGATGTATCAACAATACTCATCAGTTTCATTGTGGCTTGTTCTTTTATCTATGTCAAA
ACAAATAAATTAAGAAATGCTGGCGTTGCTT

QA 4 634 4 634
DS 



AS 1 5

CO CL1623Contig1 918 5 7 U
GATAAGAAAAGGACCCTAGGTTTTGATGGAACTTTGAAGAGAGAAGTCGCATATATACAA
ATGAGAGTGTCAAGAAACAGTCTTTGTTCCCTCACAGACTAAAACTTCAACAACAGCAAC
ACGAAAACGGACAAACAAAGAAAACAACCCTAATAAGACACAATGCCTTGTTATCACTCT
GGAACATAAAAATCGAACCTGACATCCACGGACCCATCAAGCGTATCTTTGTACTCCACG
TTGGTTATCGATCCCGCCTCATCCACGTCTTGGTACTCTGCTTTCACCCTCCTAACAGGC
ACCGTGACCGAGTAAATAGTCCCGATGTCACCGTCCGTGGAGACGTTAAGCTGAACTTTC
TCCTCCGACTCAATCTCCACGAAATCCGACAGCGCGTGAACAATGTTGTTCACGATCTTC
CTTTTAGCCTCGTCGCTAACATCACACCTGTCCGAGAATAAAATCATCTTGAGCCTCTGC
TTCGCGATTCTCGCGTTGGAGCTTCTCCTCGACGCGTGGGAAGGGAAGACTATCTTCCAC
GCTAGGTTTAACCGGTCAAAGAAGCTCATGTTGATGGCGTTCAAGAGAAATCTCTCCACC
TCTTGCTGAACCGGGCTTGGTGATAGCTCATAGTCTCCCGCCGTGGTGTTGTTCCTTGCT
AAAACCTTCGCTTCACCACGTCTGTTTCCGAGGCTGATTGACACTTTCTGCTTTTCAAAA
CTGTTTGCGACATTGCTTATGAAATCAACCTTGGAAGAAGGTAAAGAGAGGCATTTAGGA
TGGTGATGATAAGGAGATACTAAGCTTGCGGAGATCCTCAGATTCCCAGATATCGCCATT
TCCGAGAAGATGAGTGAAGTGAAAGTTCTTCCTTCCTTCCCCCTGAGAAGCGAATCTTTT
CGGTCGTCGTCTCTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP25JQ U 39
AF RR1EP25TF C 39
AF RR1CM32JQ U 1
AF RR1AN83JQ U 66
AF RR1AN83TF C 203
BS 1 128 RR1CM32JQ
BS 129 129 RR1EP25JQ
BS 130 612 RR1CM32JQ
BS 613 613 RR1AN83JQ
BS 614 748 RR1CM32JQ
BS 749 810 RR1AN83JQ
BS 811 918 RR1AN83TF

RD RR1EP25JQ 543 0 0
GG
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GCGTATCTTTGTACTCCACGCTGGTTATCGATCCCGCCTCATCCACGTCTTGGTACTCTG
CTTTCACCCTCCTAACAGGCACCGTGACCGAGTAAATAGTCCCGACGTCACCGTCCGTGG
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CAATGTTGTTCACGATCTTCCTTTTAGCCTCCTCGCTAACATCACACCTGTCCGAAAATA
AAATCATCTTGAGCCTCTGCTTCGCGATTCTCGCGTTGGAGCTTCTCCTCGACGCGTGGG
AAGGGAAGACTATCTTCCACGCTAGGTTTAACCGGTCAAAGAAGCTCATGTTGATGGCGT
T

QA 3 543 3 543
DS 

RD RR1EP25TF 602 0 0
GG
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AAAACTTCAACAACAGCAACACGAAAACGGACAAACAAAGAAAACAACCCTAATAAGACA
CAATGCCTTGTTATCACTCTGGAACATAAAAATCGAACCTGAAATCCACGGACCCATCAA
GCGTATCTTTGTACTCCACGCTGGTTATCGATCCCGCCTCATCCACGTCTTGGTACTCTG
CTTTCACCCTCCTAACAGGCACCGTGACCGAGTAAATAGTCCCGACGTCACCGTCCGTGG
AGACGTTAAGCTGAACTTTCTCCTCCGACTCAATCTCCACGAAATCCGACAGCGCGTGAA
CAATGTTGTTCACGATCTTCCTTTTAGCCTCGTCGCTAACATCACACCTGTCCGAGAATA
AAATCATCTTGAGCCTCTGCTTCGCGATTCTCGCGTTGGAGCTTCTCCTCGACGCGTGGG
AAGGGAAGACTATCTTCCACGCTAGGTTTAACCGGTCAAAGAAGCTCATGTTGATGGCGT
TCAAGAGAAATCTCTCCACCTCTTGCTGAACCGGGCTTGGTGATAGCTCATAGTCTCCC
C

QA 3 601 3 601
DS 

RD RR1CM32JQ 748 0 0
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ATGAGAGTGTCAAGAAACAGTCTTTGTTCCCTCACAGACTAAAACTTCAACAACAGCAAC
ACGAAAACAGACAAACAAAGAAAACAACCCTAATAAGACACAATGCCTTGTTATCACTCT
GGAACATAAAAATCGAACCTGACATCCACGGACCCATCAAGCGTATCTTTGTACTCCACG
TTGGTTATCGATCCCGCCTCATCCACGTCTTGGTACTCTGCTTTCACCCTCCTAACAGGC
ACCGTGACCGAGTAAATAGTCCCGATGTCACCGTCCGTGGAGACGTTAAGCTGAACTTTC
TCCTCCGACTCAATCTCCACGAAATCCGACAGCGCGTGAACAATGTTGTTCACGATCTTC
CTTTTAGCCTCGTCGCTAACATCACACCTGTCCGAGAATAAAATCATCTTGAGCCTCTGC
TTCGCGATTCTCGCGTTGGAGCTTCTCCTCGACGCGTGGGAAGGGAAGACTATCTTCCAC
GCTAGGTTTAACCGGTCAAAGAAGCTCATGTTGATGGCGTTCAAGAGAAATCTCTCCACC
TCTTGCTGAACCCGGCTTGGTGATAGCTCATAGTCTCCCGCCGTGGTGTTGTTCCTTGCT
AAAACCTTCGCTTCACCACGTCTGTTTCCGAGGCTGATTGACACTTTCTGCTTTTCAAAA
CTGTTTGCGACATTGCTTATGAAATCAA

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DS 

RD RR1AN83JQ 745 0 0
G
GTGTCAAGAAACAGTCTTTGTTCCCTCACAGACTAAAACTTCAACAACAGCAACACGAAA
ACGGACAAACAAAGAAAACAACCCTAATAAGACACAATGCCTTGTTATCACTCTGGAACA
TAAAAATCGAACCTGACATCCACGGACCCATCAAGCGTATCTTTGTACTCCACGTTGGTT
ATCGATCCCGCCTCATCCACGTCTTGGTACTCTGCTTTCACCCTCCTAACAGGCACCGTG
ACCGAGTAAATAGTCCCGATGTCACCGTCCGTGGAGACGTTAAGCTGAACTTTCTCCTCC
GACTCAATCTCCACGAAATCCGACAGCGCGTGAACAATGTTGTTCACGATCTTCCTTTTA
GCCTCGTCGCTAACATCACACCTGTCCGAGAATAAAATCATCTTGAGCCTCTGCTTCGCG
ATTCTCGCGTTGGAGCTTCTCCTCGACGCGTGGGAAGGGAAGACTATCTTCCACGCTAGG
TTTAACCGGTCAAAGAAGCTCATGTTGATGGCGTTCAAGAGAAATCTCTCCACCTCTTGC
TGAACCGGGCTTGGTGATAGCTCATAGTCTCCCGCCGTGGTGTTGTTCCTTGCTAAAACC
TTCGCTTCACCACGTCTGTTTCCGAGGCTGATTGACACTTTCTGCTTTTCAAAACTGTTT
GCGACATTGCTTATGAAATCAACCTTGGAAGAAGGTAAAGAGAGGCATTTAGGATGGTGA
TGATAAGGAGATACTAAGCTTGCG

QA 2 745 2 745
DS 

RD RR1AN83TF 716 0 0
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CCACGTCTTGGTACTCTGCTTTCACCCTCCTAACAGGCACCGTGACCGAGTAAATAGTCC
CGATGTCACCGTCCGTGGAGACGTTAAGCTGAACTTTCTCCTCCGACTCAATCTCCACGA
AATCCGACAGCGCGTGAACAATGTTGTTCACGATCTTCCTTTTAGCCTCGTCGCTAACAT
CACACCTGTCCGAGAATAAAATCATCTTGAGCCTCTGCTTCGCGATTCTCGCGTTGGAGC
TTCTCCTCGACGCGTGGGAAGGGAAGACTATCTTCCACGCTAGGTTTAACCGGTCAAAGA
AGCTCATGTTGATGGCGTTCAAGAGAAATCTCTCCACCTCTTGCTGAACCGGGCTTGGTG
ATAGCTCATAGTCTCCCGCCGTGGTGTTGTTCCTTGCTAAAACCTTCGCTTCACCACGTC
TGTTTCCGAGGCTGATTGACACTTTCTGCTTTTCAAAACTGTTTGCGACATTGCTTATGA
AATCAACCTTGGAAGAAGGTAAAGAGAGGCATTTAGGATGGTGATGATAAGGAGATACTA
AGCTTGCGGAGATCCTCAGATTCCCAGATATCGCCATTTCCGAGAAGATGAGTGAAGTGA
AAGTTCTTCCTTCCTTCCCCCTGAGAAGCGAATCTTTTCGGTCGTCGTCTCTCCCC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 6

CO CL1624Contig1 1006 6 11 U
GGGTCACGTCTCCGGCTGCTTCCGTCGTCACCCAAACATCATCACACTTACCTCTCCCAC
CAACCTCCCGCCCTCGAGTTTCCTTCCGTCTCTCCGCCAAGCCTAAGCTCCGCTTTCTCT
CCAAGCCTAGTCGCAGTAGCTACCCTGTGGTGAAAGCCCAATCTAACCAGGTTGTTAGCA
GTGCCTCATCAAATGCTCCTCCAGCTTCTTCATCAACTGATTTAGCTACAGAAGAGTCTA
TCTCTGAGTTTCTCACCCAAGTAACGACTCTTGTCAAGCTTGTTGATTCGAGGGACATCG
TCGAGTTGCAGTTGAAACAACTCGACTGTGAACTTGTCATTCGGAAAAAGGAAGCCTTGC
CGCAACCCGAGTCCCCTGCACAATATGTTATGATGCAGCAGCAACCAAACCAATCATCTT
ATGTGCAGTCTGTGGCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTGCAGCACCTGCTGCTGCCTCACCAC
CAGCGCCTTCTACTCCTGCCTCTTTGCCTCCACCATCTCCAGCTAAATCGTCGCTTCCTA
CTGTTAAGAGCCCCATGGCTGGCACTTTCTACCGTAGTCCTGGACCTGGCGAACCACCCT
TTATCAAGGTTGGAGATAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTTTCTGCATCGTTGAAGCCATGA
AGTTGATGAATGAAATAGAGTCTGACCAAACGGGAACCGTAGTGGATATCGTTGCAGAAG
ATGGCAAACCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCAACCGTAGAATCGGCACC
ATTGAGAAATGGAGAAAAGAGGCTATTAATATTCAATCTCTGTGCTTTTTGGTAAAACTA
CTTCTTTGAGACTCATATGTTCTCTTCGTTGTTACTGTTGAAAATCTGTTAGCTTTTTTT
TTGTTAGTTTGATGAGTGAGTTGGTTACAGAAGATTAGAGCTCTGTACACGAATGCTTGG
TTCTGTTTCATTGCAATTTTCCTATATCAAAAATATATAGCTAACT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GA60TF U 1
AF RR1G885TF U 1
AF RR1G885JQ C 228
AF RR1FB85JQ C 663
AF RR1FB85TF U 663
AF RR1GA60JQ C 326
BS 1 608 RR1G885TF
BS 609 609 RR1G885JQ
BS 610 638 RR1G885TF
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BS 983 1006 RR1G885JQ

RD RR1GA60TF 525 0 0
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CAACCTCCCGCCCTCGAGTTTCCTTCCGTCTCTCCGCCAAGCCTAAGCTCCGCTTTCTCT
CCAAGCCTAGTCGCAGTAGCTACCCTGTGGTGAAAGCCCAATCTAACCAGGTTGTTAGCA
GTGCCTCATCAAATGCTCCTCCAGCTTCTTCATCAACTGATTTAGCTACAGAAGAGTCTA
TCTCTGAGTTTCTCACCCAAGTAACGACTCTTGTCAAGCTTGTTGATTCGAGGGACATCG
TCGAGTTGCAGTTGAAACAACTCGACTGTGAACTTGTCATTCGGAAAAAGGAAGCCTTGC
CGCAACCCGAGTCCCCTGCACAATATGTTATGATGCAGCAGCAACCAAACCAATCATCTT
ATGTGCAGTCTGTGGCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTGCAGCACCTGCTGCTGCCTCACCAC
CAGCGCCTTCTACTCCTGCCTCTTTGCCTCCACCATCTCCAGCTA

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1G885TF 688 0 0
GGGTCACGTCTCCGGCTGCTTCCGTCGTCACCCAAACATCATCACACTTACCTCTCCCAC
CAACCTCCCGCCCTCGAGTTTCCTTCCGTCTCTCCGCCAAGCCTAAGCTCCGCTTTCTCT
CCAAGCCTAGTCGCAGTAGCTACCCTGTGGTGAAAGCCCAATCTAACCAGGTTGTTAGCA
GTGCCTCATCAAATGCTCCTCCAGCTTCTTCATCAACTGATTTAGCTACAGAAGAGTCTA
TCTCTGAGTTTCTCACCCAAGTAACGACTCTTGTCAAGCTTGTTGATTCGAGGGACATCG
TCGAGTTGCAGTTGAAACAACTCGACTGTGAACTTGTCATTCGGAAAAAGGAAGCCTTGC
CGCAACCCGAGTCCCCTGCACAATATGTTATGATGCAGCAGCAACCAAACCAATCATCTT
ATGTGCAGTCTGTGGCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTGCAGCACCTGCTGCTGCCTCACCAC
CAGCGCCTTCTACTCCTGCCTCTTTGCCTCCACCATCTCCAGCTAAATCGTCGCTTCCTA
CTGTTAAGAGCCCCATGGCTGGCACTTTCTACCGTAGTCCTGGACCTGGCGAACCACCCT
TTATCAAG*TTGGAGATAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTCTCTGCATCGTTGAAGCCATGA
AGTTGATGA*TGAA*TAGAGTCTGACCA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1G885JQ 779 0 0
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TCGAGGGACATCGTCGAGTTGCAGTTGAAACAACTCGACTGTGAACTTGTCATTCGGAAA
AAGGAAGCCTTGCCGCAACCCGAGTCCCCTGCACAATATGTTATGATGCAGCAGCAACCA
AACCAATCATCTTATGTGCAGTCTGTGGCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTGCAGCACCTGCT
GCTGCCTCACCACCAGCGCCTTCTACTCCTGCCTCTTTGCCTCCACCATCTCCAGCTAAA
TCGTCGCTTCCTACTGTTAAGAGCCCCATGGCTGGCACTTTCTACCGTAGTCCTGGACCT
GGCGAACCACCCTTTATCAAGGTTGGAGATAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTTTCTGCATC
GTTGAAGCCATGAAGTTGATGAATGAAATAGAGTCTGACCAAACGGGAACCGTAGTGGAT
ATCGTTGCAGAAGATGGCAAACCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCAACCG
TAGAATCGGCACCATTGAGAAATGGAGAAAAGAGGCTATTAATATTCAATCTCTGTGCTT
TTTGGTAAAACTACTTCTTTGAGACTCATATGTTCTCTTCGTTGTTACTGTTGAAAATCT
GTTAGCTTTTTTTT*GTTAGTTTGATGAGTGAGTTGGTTACAGAAGATTAGAGCTCTGTA
CACGAATGCTTGGTTCTGTTTCATTGCAATTTTCCTATATCAAAAATATATAGCTAACT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1FB85JQ 321 0 0
G
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GCAAACCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCAACCGTAGAATCGGCACCATT
GAGAAATGGAGAAAAGAGGCTATTAATATTCAATCTCTGTGCTTTTTGGTAAAACTACTT
CTTTGAGACTCATATGTTCTCTTCGTTGTTACTGTTGAAAATCTGTTAGCTTTTTTTTTG
TTAGTTTGATGAGTGAGTTGGTTACAGAAGATTAGAGCTCTGTACACGAATGCTTGGTTC
TGTTTCATTGCAATTTTCC
C

QA 2 320 2 320
DS 

RD RR1FB85TF 321 0 0
G
TGATGAATGAAATAGAGTCTGACCAAACGGGAACCGTAGTGGATATCGTTGCAGAAGATG
GCAAACCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCAACCGTAGAATCGGCACCATT
GAGAAATGGAGAAAAGAGGCTATTAATATTCAATCTCTGTGCTTTTTGGTAAAACTACTT
CTTTGAGACTCATATGTTCTCTTCGTTGTTACTGTTGAAAATCTGTTAGCTTTTTTTTTG
TTAGTTTGATGAGTGAGTTGGTTACAGAAGATTAGAGCTCTGTACACGAATGCTTGGTTC
TGTTTCATTGCAATTTTCC
C

QA 2 320 2 320
DS 

RD RR1GA60JQ 681 0 0
CTGTGAACTTGTCATTCGGAAAAAGGAAGCCTTGCCGCAACCCGAGTCCCCTGCACAATA
TGTTATGATGCAGCAGCAACCAAACCAATCATCTTATGTGCAGTCTGTGGCTCCTCCTCC
TCCTCCTTCTGCAGCACCTGCTGCTGCCTCACCACCAGCGCCTTCTACTCCTGCCTCTTT
GCCTCCACCATCTCCAGCTAAATCGTCGCTTCCTACTGTTAAGAGCCCCATGGCTGGCAC
TTTCTACCGTAGTCCTGGACCTGGCGAACCACCCTTTATCAAGGTTGGAGATAAAGTGCA
GAAGGGGCAAGTTTTCTGCATCGTTGAAGCCATGAAGTTGATGAATGAAATAGAGTCTGA
CCAAACGGGAACCGTAGTGGATATCGTTGCAGAAGATGGCAAACCTGTTAGCCTCGACAC
TCCTCTGTTTGTGGTTCAACCGTAGAATCGGCACCATTGAGAAATGGAGAAAAGAGGCTA
TTAATATTCAATCTCTGTGCTTTTTGGTAAAACTACTTCTTTGAGACTCATATGTTCTCT
TCGTTGTTACTGTTGAAAATCTGTTAGCTTTTTTTT*GTTAGTTTGATGAGTGAGTTGGT
TACAGAAGATTAGAGCTCTGTACACGAATGCTTGGTTCTGTTTCATTGCAATTTTCCTAT
ATCAAAAATATATAGCTAACT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 5

CO CL1625Contig1 939 5 26 U
GCTAAAATTTTTACTATGAACAGTTAGAAGTTGTGTAACAAACATCATCTTAGTCAAGCT
CATCAATTGTAAAGGCTCTTATTCATAGCTAGCTTTTCCTTGATCCTCAAAAGAAACTCA
TACACCGTCCCTCAGTATCTGAACTTGTAAAGTGATAAATTAAAAAAAAACAAAAAAAAA
GAAGAAGCAGCTAATTGTTATAAGGGAAGGCATTAAGAGAAGACTCCTCCATGTCAAAGG
TAGGAGCAAACCAACCAAGCTCATCAACGAGCTTCTTCATCCTCTCCTCTTGTCCCTTGG
AGTCTCCAAACGCAGTGGTGAATGGATACACAAACGTAACCTTAGTAGCCATACACCTGT
AAGCAACCACATCTCCCTTCACCAGAAACTCCATCACATCTCTGCTCTGGTTAAATTCTC
CTCCTTCTACCTCCGCCTCCAAATATCTCCCTTCTGGTTTATCTTCAATAACCACAAACT
TGGGATTCTTCTGGGTTTTCACTATTGCTTCCTTCAGTTCCTGGATTGGATCCTGTGTAT
CAGTTTCTGGGATCGTCAATGGAAATGTGAAGGAAGAAGAGGTGGGGTTCGTTGATACAC
ATACTGGGTTTGTGGAAGGGCAAGGTCTGATTTTGCCATTGAGAAGACCGGTCTGGTTGA
ACTTGGATTGGGTGAAAGGAGTAGTGGGAGGCTGAGAAGAGGAGAGAGAAGGAATGGCTA
AGGCAGCAGGAGCAGATGAGGAGTTTAGAGAGAGGGCAAGAGCGAAAGATATTAGCTTTG
GTAATAGAGTGATTGTAGAAGACGAGGATGAAGGTTGTTGTGTTGTTGTTGAGTTTTTCA
ATGAACACACGAGCTTGGTGGTGCAGCTGCTTCTCGGCCGTTGCGGAAGAATGTTGAGTT
GCAAATTGGCGACCAAAGTCATGTTTGTATGGTTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 10 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1FE81JQ U 1
AF RR1ED55JQ U 186
AF RR1EV66JQ U 71
AF RR1ED55TF C 230
AF RR1EV66TF C 292
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BS 935 939 RR1EV66TF

RD RR1FE81JQ 578 0 0
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CATCAATTGTAAAGGCTCTTATTCATAGCTAGCTTTTCCTTGATCCTCAAAAGAAACTCA
TA**CCGTCCCTCAGTTTCTGA*CTTGTAAAGTGATAAATTAAAAAAAAACAAAAAAAAA
GAAGAAGCAGCTAATTGTTATAAGGGAAGGCATTAAGAGAAGACTCCTCCATGTCAAAGG
TAGGAGCAAACCAACCAAGCTCATCAACGAGCTTCTTCATCCTCTCCTCCTGTCCCTTGG
AGTCTCCAAAAGCAGTGGTGAAAGGATACACAAACGTAACCTTAGTAGCCATACACCTGT
AAGCAACCACATCTCCCTTCACCAGAAACTCCATCACATCTCTGCTCTGGTTAAATCCTC
CTCCTTCTACC*CCGCCTCCAAATATCTCCCTTCTGGTTTATCTTCAATAACCACAAACT
TGGGATTCTTCTGGGTTTTCGTTATTGCTTCCTTCAGTTTCTGGATTGGATCCTGTGTAT
CAGTTTCTGGGATCGTCAATGGAAATGTGAAGGAAGAA

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1ED55JQ 459 0 0
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GCAAACCAACCAAGCTCATCAACGAGCTTCTTCATCCTCTCCTCTTGTCCCTTGGAGTCT
CCAAACGCAGTGGTGAATGGATACACAAACGTAACCTTAGTAGCCATACACCTGTAAGCA
ACCACATCTCCCTTCACCAAAAACTCCATCACATCTCTGCTCTAGTTAAATTCTCCTCCT
TCTACCTCCGCCTCCAAATATCTCCCTTCTGGTTTATCTTCAATAACCACAAACTTGGGA
TTCTTCTGGGTTTTCACTATTGCTTCCTTCAGTTCCTGGATTGGATCCTGTGTATCAGTT
TCTGGGATCGTCAATGGAAATGTGAAGGAAGAAAAGGTGGGGTTCGTTGATACACATACT
GGGTTTGTGGAAGGGCAAGGTCTGATTTTGCCATTGAGA

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1EV66JQ 732 0 0
GTAAAGGCTCTCTCATTCA
TAGCTTTTCTTTGATCCTCAAAAGAAACTCATACACCGTCTCTCAGTATCTGAACTTGTA
AAGTGATAAATTAAAAACAAACAAAAAAAAAGACGAAGCAGCTAATTGTTATAAGGGAAG
GCATTAAGAGAAGACTCCTCCATGTCAAAGGTAGGAGCAAACCAACCAAGCTCATCAACG
AGCTTCTTCATCCTCTCCTCTTGTCCCTTGGAGTCTCCAAACGCAGTGGTGAATGGATAC
ACAAACGTAACCTTAGTAGCCATACACCTGTAAGCAACCACATCTCCCTTCACCAGAAAC
TCCATCACATCTCTGCTCTGGTTAATTC*TCCTCCTTCTACCTCCGCCTCCAAATATCTC
CCTTCTGGTTTATCTTCAATAAACACAAACTTGGGATTCTTCTGGGTTTTCACTATTGCT
TCCTTCAGTTCCTGGATTGGATCCTGTGTATCAGTTTCTGGGATCGTCAATGGAAATGTG
AAGGAAGAAGAGGTGGGGTTCGTTGATACACATCCTGGGTTTGTGGAAGGGCAAGGTCTG
ATTTTGCCATTGAGAAGACCGGTCTGGTTGAACTTGGATTGGGTGAAAGGAGTAGTGGGA
GGCTGAGAAGAGGAGAGAGAAGGAATGGCTAAGGCAGCAGGAGCAGATGAGGAGTTTAGA
GAGAGGGCAAGAGCGAAAGATATTAGCTTTGGTAATAGAGTGATTGTAGAAGA

QA 20 732 20 732
DS 

RD RR1ED55TF 707 0 0
CTCATGCAAA
GTAGGAGCAAACCAACCAAGCTCATCAACGAGCTTCTTCATCCTCTCCTCTTGTCCCTTG
GAGTCTCCAAACGCAGTGGTGAATGGATACACAAACGTAACCTTAGTAGCCATACACCTG
TAAGCAACCACATCTCCCTTCACCAGAAACTCCATCACATCTCTGCTCTAGTTAAATTCT
CCTCCTTCTACCTCCGCCTCCAAATATCTCCCTTCTGGTTTATCTTCAATAACCACAAAC
TTGGGATTCTTCTGGGTTTTCACTATTGCTTCCTTCAGTTCCTGGATTGGATCCTGTGTA
TCAGTTTCTGGGATCGTCAATGGAAATGTGAAGGAAGAAGAGGTGGGGTTCGTTGATACA
CATACTGGGTTTGTGGAAGGGCAAGGTCTGATTTTGCCATTGAGAAGACCGGTCTGGTTG
AACTTGGATTGGGTGAAAGGAGTAGTGGGAGGCTGAGAAGAGGAGAGAGAAGGAATGGCT
AAGGCAGCAGGAGCAGATGAGGAGTTTAGAGAGGGGGCAAGAGCGAAAGATATTAGCTTT
GGTAATAGAGTGATTGTAGAAGACGAGGATGAAGGTTGTTGTGTTGTTGTTGAGTTTTTC
AATGAACACACGAGCTTGGTGGTGCAGCTGCTTCTCGGCCGTTGCGGAAGAATGTTGAGT
TGCAAATTGGCGACCAAAGTCATGTTTGTATGGTT
CC

QA 11 705 11 705
DS 

RD RR1EV66TF 648 0 0
GTCCCTTGGAGTCTCCAAACGCAGTGGTGAATGGATACACAAACGTAAC*TTAGTAGCCA
TACAC*TGTAAGCAACCACATCTCCCTTCACCAGAAACTCCATCACATCTCTGCTCTGGT
TAA*TTCTCCTCCTTCTACCTCCGCCTCCAAATATCTCCCTTCTGGTTTATCTTCAATAA
ACACAAACTTGGGATTCTTCTGGGTTTTCACTATTGCTTCCTTCAGTTCCTGGATTGGAT
CCTGTGTATCAGTTTCTGGGATCGTCAATGGAAATGTGAAGGAAGAAGAGGTGGGGTTCG
TTGATACACATCCTGGGTTTGTGGAAGGGCAAGGTCTGATTTTGCCATTGAGAAGACCGG
TCTGGTTGAACTTGGATTGGGTGAAAGGAGTAGTGGGAGGCTGAGAAGAGGAGAGAGAAG
GAATGGCTAAGGCAGCAGGAGCAGATGAGGAGTTTAGAGAGAGGGCAAGAGCGAAAGATA
TTAGCTTTGGTAATAGAGTGATTGTAGAAGACGAGGATGAAGGTTGTTGTGTTGTTGTTG
AGTTTTTCAATGAACACACGAGCTTGGTGGTGCAGCTGCTTCTCGGCCGTTGCGGAAGAA
TGTTGAGTTGCAAATTGGCGACCAAAGTCATGTTTGTATGGTTGTTCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 5

CO CL1626Contig1 750 5 4 U
GGACTGCACTCCACGGTAGAGAGAGAGACTGCTCTCCGGCGAAACTGCGCAAACCCTAGC
TCCGTTCAATGGCGGATCCGAGCTCCAACGCGAATAAATACACTCCCCCTAATCTAAGGA
ATCCTTCTGGGAGTAGCAAGAAGATGGGAGATCGTGCAAGTAACCAGCAGAACAAGGATG
GTGAGAGAAGTCAGTCTCTGGCTACTGGTTCTCAAAAGATTGTCACTCTGAAGGACTGCG
CTACGAGTGAAGCTTATCAGCTTTTAAACGAACGCTGGGCAATTGCAATGCATCAATACA
ACGACCCAACCGTGGATTTATCTGAACGGCCAATCATGTACTATGGAGGGAGTGTTTGGG
GTAAACTACCTCACCAGATCCTGGCTGCAGCAAACAATACATTGCCTTCAAAGATATCGC
CAGCGGATTACAGAGCTGAAGTGCGCCGAGGATTGCTGACTCCAAGAACTTCAAGTTCTA
GCAACTGAACGGTCTTTAGACTAGTGTGATATGGTGTTTGGTGCTTGTTGAGATGGCACA
AGCGATTATGTGTCAATGACGTTCTTCTTCTTCTTTCCTGGTAGGATAAAAATGATATCT
TTCTTGCTCGAGTCTGTTGTTTCCTCTGGTCCCTGAAAGTGTAAAAACCTAAACCAGAAG
GTTTGACTAACAATGACGTTAACATTTTGCATAATTTGGCTTGCAAATGCATCACTGCTT
TTCTATCTTACGAGATCTAATACTTAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
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35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB22TF U 6
AF RR1EG23TF U 1
AF RR1EB41TF U 6
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TGAAGCTTATCAGCTTTTAAACGAACGCTGGGCAATTGCAATGCATCAATACAACGACCC
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TT
CTATCTC

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GG
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TGGGAGTAGCAAGAAGATGGGAGATCGTGCAAGTAACCAGCAGAACAAGGATGGTGGGAG
AAGTCAGTCTCTGGCTACTGGTTCTCAAAAGATTGTCACTCTGAAGGACTGCGCTACGAG
TGAAGCTTATCAGCTTTTAAACGAACGCTGGGCAATTGCAATGCATCAATACAACGACCC
AACCGTGGATTTATCTGAACGGCCAATCATGTACTATGGAGGGAGTGTTTGGGGTAAACT
ACCTCACCAGATCCTGGCTGCAGCAAACAATACATTGCCTTCAAAGATATCGCCAGCGGA
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ATGTGTCAATGACGTTCTTCTTCTTCTTTCCTGGTAGGATAAAAATGATATCTTTCTTGC
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TTACGAGATCTAATACT

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TGGCTTGCAAATGCATCACTGCTTTT
CTATCTC

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GGTAAACTACCTCACCAGATCCTGGCTGCAGCAAACAATACATTGCCTTCAAAGATATCG
CCAGCGGATTACAGAGCTGAAGTGCGCCGAGGATTGCTGACTCCAAGAACTTCAAGTTCT
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AAGCGATTATGTGTCAATGACGTTTTTTTTTTTCTTTCCTGGTAGGATAAAAATGATATC
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GGTTTGACTAACAATGACGTTAACATTTTGCATAATTTGGCTTGCAAATGCATCGCTGCT
TTTCTATCTTACGAGATCTAATACTTAAGAT

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DS 



AS 1 5

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CACCTTCTTCTTCAACTCAGCGTAAGCTATCAGCCGCATCATCTTTCATCCCTAACGCGG
CGCGTGCCTTCAACGCGACACTTTCTCCGTCCAAGTCGCGGTTCGTGGGTAATAATAATT
GCCTCAAAGCAAGACAGCGAATAATAATAATACAGAGAGCATCTCGCTCCGGCGGAATCA
CTTGCTCTGCTTCATCTTCTTCACCGGGGAATCTTCCCTCTGCTCTTCTCTTCGACTGCG
ATGGAGTGCTTGTCGATACCGAGAAGGATGGTCACAGGATCTCCTTCAACGACACTTTTA
AAGAGAGAGACTTGGGTGTTACATGGGATGTTGAGCTGTACGGAGAGCTACTGAAAATCG
GTGGTGGGAAAGAAAGGATGACGGCGTATTTTAACAAGGTGGGTTGGCCTGAGAAAGCCC
CCAAAGATGAAGCAGAGAGGAAAGCGTTCATAGCTGGCCTTCACAAGCAGAAGACTGAGC
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TTGATCAAGCTCTAACGAATGGAGTAAAAGTCGCCGTGTGCAGCACTTCAAATGAAAAGG
CGGTGTCTGCTATAGTTTCATGCTTGCTTGGACCAGAGCGAGCAGAGAAGATCAAGATAT
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AAACCCTTGAAGTTGATCCCTCAAAATGTGTTGTGGTTGAAGACAGCGCTATCGGGCTAG
CAGCTGCAAAAGCTGCGGGAATGACTTGTATAGTTTCAAAGAGTGGATACACGGCGGATG
AAGATTTTGTGAACGCAGACGCAGTTTTCGACTGCATTGGAGACCCCCCTGAAGAGAGGT
TTGATTTGACATTCTGTGGAAGCCTTCTGCAGAAAACAGCTGGTTTAGTTTAAACCCTAA
ACCCCACCGATAAAAATGATATTTGGTTGTTTCTATATCTCAAACGTTGGTGTGTATAGA
TGAAGAGAGAGACATATTATTCATTGTAAAACCATACAGTCTCACTCATCAAACTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 35 35 10 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ46TF U 1
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TGA

QA 1 651 1 651
DS 

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GG
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CACTTTCTCCGTCCAAGTCGCGGTTCGTGGGTAATAATAATTGCCTCAAAGCAAGACAGC
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CTTCACCGGGGAATCTTCCCTCTGCTCTTCTCTTCGACTGCGATGGAGTGCTTGTCGATA
CCGAGAAGGATGGTCACAGGATCTCCTTCAACGACACTTTCAAAGAGAGAGACTTGGGTG
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ATGGAGTAAAAGTCGCCGTGTGCA

QA 3 626 3 626
DS 

RD RR1AQ82TF 807 0 0
GGGAGATAC
AGAGAGACTCAAACAATGGCGACTCTGAAATTCTCTCCTTCCCCACCTTCTTCTTCAACT
CAGCGTAAGCTATCAGCCGCATCATCTTTCATCCCTAACGCGGCGCGTGCCTTCAACGCG
ACACCTTCTCCGTCTAAGTCGCGGTTCGTGGGTAATAATAATTGCCTCAAAGCAAGACAG
AGAATAGAAATAATACAGAGAGCATCTCGCTCCGGCGGAATCACTTGCTCTGCTTCATCT
TC***ACCGGGGACTCTTCCCTCTGCTCTTCTCTTCGACTGCGATGGAGTGCTTGTCGAT
ACCGAGAAGGATGGTCACAGGATCTCCTTCAACGACACTTTTAAAGAGAGAGACTTGGGT
GTTACATGGGATGTTGAGCTGTACGGAGAGCTACTGAAAATCGGTGGTGGGAAAGAAAGG
ATGACGGCGTATTTTAACAAGGTGGGTTGGCCTGAGAAAGCCCCCAAAGATGAAGCAGAG
AGGAAAGCGTTCATAGCTGGCCTTCACAAGCAGAAGATTGAGCTTTTCATGGTTCTCATC
GAGAAGAAGCTGCTTCCTCTTCGACCCGGTGTTGCCAAACTGGTTGATCAAGCTCTAACG
AATGGAGTAAAAGTCGCCGTGTGCAGCACTTCAAATGAAAAGGCGGTGTCTGCTATAGTT
TCATGCTTGCTTGGACCAGAGCGAGCAGAGAAGATCAAGATATTTGCAGGAGATGTAGTC
CCCAAAAAGAAGCCTGACCCGGCCATCTACAACTTAGCAGCTGAA*CCCTTGAAGTTGAT
CCCTCAAA*TGTGTTGTG

QA 10 807 10 807
DS 

RD RR1AQ82JQ 788 0 0
CAACGACACTTTTAAAGAGAGAGACTTGGGTGTTACATGGGATGTTGAGCTGTACGGAGA
GCTACTGAAAATCGGTGGTGGGAAAGAAAGGATGACGGCGTATTTTAACAAGGTGGGTTG
GCCTGAGAAAGCCCCCAAAGATGAAGCAGAGAGGAAAGCGTTCATAGCTGGCCTTCACAA
GCAGAAGATTGAGCTTTTCATGGTTCTCATCGAGAAGAAGCTGCTTCCTCTTCGACCCGG
TGTTGCCAAACTGGTTGATCAAGCTCTAACGAATGGAGTAAAAGTCGCCGTGTGCAGCAC
TTCAAATGAAAAGGCGGTGTCTGCTATAGTTTCATGCTTGCTTGGACCAGAGCGAGCAGA
GAAGATCAAGATATTTGCAGGAGATGTAGTCCCCAAAAAGAAGCCTGACCCGGCCATCTA
CAACTTAGCAGCTGAAACCCTTGAAGTTGATCCCTCAAAATGTGTTGTGGTTGAAGACAG
CGCTATCGGGCTAGCAGCTGCAAAAGCTGCGGGAATGACTTGTATAGTTTCAAAGAGTGG
ATACACGGCGGATGAAGATTTTGTGAACGCAGACGCAGTTTTCGACTGCATTGGAGACCC
CCCTGAAGAGAGGTTTGATTTGGCATTCTGTGGAAGCCTTCTGCGGAAAACAGCTGGTTT
AGTTTAAACCCTAAACCCCACCGATAAAAATGATATTTGGTTGTTTCTATATCTCAAACG
TTGGTGTGTATAGATGAAGAGAGAGACATATTATTCATTGTAAAACCATACAGTCTCACT
CATCAAAC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1BU54JQ 790 0 0
ACGACAC
TTTAAAGGGAGAGACTTGGGTGTTACATGGGATGTTGAGCTGTACGGAGAGCTACTGAAA
ATCGGTGGTGGGAAAGAAAGGATGACGGCGTATTTTAACAAGGTGGGTTGGC*TGAGAAA
GCCCCCAAAGATGAAGCAGAGAGGAAAGCGTTCATAGCTGGCCTTCACAAGCAGAAGACT
GAGCTTTTCATGGTTCTCATCGAGAAGAAGCTGCTTCCTCTTCGACCCGGTGTTGCCAAA
CTGGTTGATCAAGCTCTAACGAATGGAGTAAAAGTCGCCGTGTGCAGCACTTCAAATGAA
AAGGCGGTGTCTGCTATAGTTTCATGCTTGCTTGGACCAGAGCGAGCAGAGAAGATCAAG
ATATTTGCAGGAGATGTAGTCCCCAAAAAGAAGCCTGACCCGGCCATCTACAACTTAGCA
ACTGAAACCCTTGAAGTTGATCCCTCAAAATGTGTTGTGGTTGAAGACAGCGCTATCGGG
CTAGCAGCTGCAAAAGCTGCGGGAATGACTTGTATAGTTTCAAAGAGTGGATACACGGCG
GATGAAGATTTTGTGAACGCAGACGCAGTTTTCGACTGCATTGGAGACCCTCCTGAAGAG
AGGTTTGATTTGACATTCTGTGGAAGCCTTCTGCAGAAAACAGCTGGTTTAGTTTAAACC
CTAAACCCCACCGATAAAAATGATATTTGGTTGTTTCTATATCTCAAACGTTGGTGTGTA
TAGATGAAGAGAGAGACATATTATTCATTGTAAAACCATACAGTCTCACTCATCAAACTT
TCT

QA 8 790 8 790
DS 



AS 2 6

CO CL1628Contig1 860 4 14 U
GGACACATTTCGAAAATGCAAACCCTAACGCTCCTCGTGGTGGTGGCTCTAACCATCGCC
GGAGGTTTCAGCAGAGCCGCCGCCGCAGGAAACACCAACAGCGTCTACTCTCCATGCTCC
GACACCAGAATCCAGAGATCCGACGGATTCACATTCGGAATCGCTTTCTCCTCGCGTGCG
TCTTTCTTCCTCAACCAGACCGTTCTCCTCTCCCCATGCGACCGTCGCCTAACCCTGGCC
GCCATGAACTCTCAGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGAGATCTCTCTCCTCTCC
ATCAACACCTCCTCTTTCTTTCCGGACAACTATGGTGGACATATGGTGGCTTTCGCTGGT
CGGAAATATGCAGCTAGGTCTCCTCCGGCTTTTATTGCTAACTCCACCTACACCGTTACC
AGTTTTACTTTGGTGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAACCTCTTCTGGAAGAGA
GACGGGTGTGCTCCGTGCAAGGGGAACTCAAACTTTGTCTGCCTCAACAAGCAAGATTGT
GCTATCAGAACCCCCAGCTGCAAAGGCCGAGGAGGCACTGTGGACTGCAGTCTCGGTATC
CAGCTTGCGTTTTCCGGGACTGACAAACACTTGGCGGTTCTTAACTCGTGGTATGAAGTC
GAGAACATGAAGCAGTATTCTCTTTACGGTCTTTATTCTAACCTCAAGAGCTCTCTTACC
AGTCAGTTCAACAATTTCTTCTAAAACCCCTTCTTTTTCTTCTTTGCTGTATGGGTTATC
GTATGAACCGTAATGTCCTTGTTTGGATTGAATCCACTTACAAAAAACCAACTCTCATAC
ATATCAATCGGTTCTGGTTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH87TF U 3
AF RR1C876TF U 1
AF RR1DH87JQ C 194
AF RR1C876JQ C 65
BS 1 339 RR1C876TF
BS 340 340 RR1DH87TF
BS 341 492 RR1C876TF
BS 493 493 RR1DH87TF
BS 494 688 RR1C876TF
BS 689 689 RR1C876JQ
BS 690 745 RR1C876TF
BS 746 746 RR1C876JQ
BS 747 757 RR1C876TF
BS 758 758 RR1C876JQ
BS 759 761 RR1C876TF
BS 762 762 RR1C876JQ
BS 763 786 RR1C876TF
BS 787 860 RR1C876JQ

RD RR1DH87TF 678 0 0
GG
ACATTTCGAAAATGCAAACCCTAACGCTCCTCGTGGTGGTGGCTCTAACCATCGCCGGAG
GTTTCAGCAGAGCCGCCGCCGCAGGAAACACCAACAGCGTCTACTCTCCATGCTCCGACA
CCAGAATCCAGAGACCCGACGGATTCACATTCGGAATCGCCTTCTCCTCGCGTGCGTCTT
TCTTCCTCAACCAGACCGTTCTCCTCTCCCCATGCGACCGTCGCCTAACCCTGGCCGCCA
TGAACTCTCAGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGAGATCTCTCTCCTCTCCATCA
ACACCTCCTCTTTCTTTCCGGACAACTATGGTGGACATATGGTGGCTTTCGCTGGTCGGA
AATATGCAGCTAGGTCTCCTCCGGCTTTTATTGCTAACTCCACCTACACCGTTACCAGTT
TTACTTTGGTGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAACCTCTTCTGGAAGAGAGACG
GGTGTGCTCCGTGCAAGGGGAACTCAAACTTTGTCTGCCTCAACAAGCAAGATTGTGCTA
TCAGAACCCCCAGCTGCAAAGGCCGAGGAGGCACTGTGGACTGTAGTCTCGGTATCCAGC
TTGCGTTTTCCGGGACTGACAAACACTTGGCGGTTCTTAACTCGTGGTATGAAGTCGAGA
ACATGAAGCAGTATTC

QA 3 678 3 678
DS 

RD RR1C876TF 787 0 0
GGACACATTTCGAAAATGCAAACCCTAACGCTCCTCGTGGTGGTGGCTCTAACCATCGCC
GGAGGTTTCAGCAGAGCCGCCGCCGCAGGAAACACCAACAGCGTCTACTCTCCATGCTCC
GACACCAGAATCCAGAGATCCGACGGATTCACATTCGGAATCGCTTTCTCCTCGCGTGCG
TCTTTCTTCCTCAACCAGACCGTTCTCCTCTCCCCATGCGACCGTCGCCTAACCCTGGCC
GCCATGAACTCTCAGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGAGATCTCTCTCCTCTCC
ATCAACACCTCCTCTTTCTTTCCGGACAACTATGGTGGATATATGGTGGCTTTCGCTGGT
CGGAAATATGCAGCTAGGTCTCCTCCGGCTTTTATTGCTAACTCCACCTACACCGTTACC
AGTTTTACTTTGGTGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAACCTCTTCTGGAAGAGA
GACGGGTGTGCTTCGTGCAAGGGGAACTCAAACTTTGTCTGCCTCAACAAGCAAGATTGT
GCTATCAGAACCCCCAGCTGCAAAGGCCGAGGAGGCACTGTGGACTGCAGTCTCGGTATC
CAGCTTGCGTTTTCCGGGACTGACAAACACTTGGCGGTTCTTAACTCGTGGTATGAAGTC
GAGAACATGAAGCAGTATTCTCTTTACG*TCTTTATTCTAACCTCAAGAGCTCTCTTACC
AGTCAGTTCAACAATTTCTTCTAAA*CCCCTTCTTTT*CTT*TTTGCTGTATGGGTTATC
GTATGA
C

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1DH87JQ 628 0 0
ACCAGACCGTTCTCCTCTCCCCATGCGACCGTCGCCTAACCCTGGCCGCCATGAACTCTC
AGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGAGATCTCTCTCCTCTCCATCAACACCTCCT
CTTTCTTTCCGGACAACTATGGTGGACATATGGTGGCTTTCGCTGGTCGGAAATATGCAG
CTAGGTCTCCTCCGGCTTTTATTGCTAACTCCACCTACACCGTTACCAGTTTTACTTTGG
TGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAACCTCTTCTGGAAGAGAGACGGGTGTGCTC
CGTGCAAGGGGAACTCAAACTTTGTCTGCCTCAACAAGCAAGATTGTGCTATCAGAACCC
CCAGCTGCAAAGGCCGAGGAGGCACTGTGGACTGTAGTCTCGGTATCCAGCTTGCGTTTT
CCGGGACTGACAAACACTTGGCGGTTCTTAACTCGTGGTATGAAGTCGAGAACATGAAGC
AGTATTCTCTTTACGGTCTTTATTCTAACCTCAAGAGCTCTCTTACCAGTCAGCTCAACA
ATTTCTTCTAAAACCCCTTCTTTTTCTTCTTTGCTGTATGGGTTATCGTATGAACCGTAA
TGTCCTTGTTTGGATTGAATCCACTTAC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1C876JQ 796 0 0
GTTTCAGCAGAGCCGCCGCCGCAGGAAACACCAACAGCGTCTACTCTCCATGCTCCGACA
CCAGAATCCAGAGATCCGACGGATTCACATTCGGAATCGCTTTCTCCTCGCGTGCGTCTT
TCTTCCTCAACCAGACCGTTCTCCTCTCCCCATGCGACCGTCGCCTAACCCTGGCCGCCA
TGAACTCTCAGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGAGATCTCTCTCCTCTCCATCA
ACACCTCCTCTTTCTTTCCGGACAACTATGGTGGATATATGGTGGCTTTCGCTGGTCGGA
AATATGCAGCTAGGTTTCCTCCGGCTTTTATTGCTAACTCCACCTACACCGTTACCAGTT
TTACTTTGGTGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAACCTCTTCTGGAAGAGAGACG
GGTGTGCTTCGTGCAAGGGGAACTCAAACTTTGTCTGCCTCAACAAGCAAGATTGTGCTA
TCAGAACCCCCAGCTGCAAAGGCCGAGGAGGCACTGTGGACTGCAGTCTCGGTATCCAGC
TTGCGTTTTCCGGGACTGACAAACACTTGGCGGTTCTTAACTCGTGGTATGAAGTCGAGA
ACATGAAGCAGTATTCTCTTTACGGTCTTTATTCTAACCTCAAGAGCTCTCTTACCAGTC
AGTTCAACAATTTCTTCTAAAACCCCTTCTTTTTCTTCTTTGCTGTATGGGTTATCGTAT
GAACCGTAATGTCCTTGTTTGGATTGAATCCACTTACAAAAAACCAACTCTCATACATAT
CAATCGGTTCTGGTTC

QA 1 796 1 796
DS 



CO CL1628Contig2 865 2 12 U
GGACAGTTCCCAAACACACATTTCGAAAATGCAAACCCTAATGCTCCTCGTGGTGGTGGC
TCTAACCATCGCCGGAGGTTTCAGCAGAGCCGCCGCCTTGGGAGGAAACACCAACATCGT
CTACTCTCCTTGCTCCGACACCAGAATCCAGAGATCCGACGGATTCACATTCGGAATCGC
CTTCTCCTCGCGTGCGTCTTTCTTCCTCAACCAGACCGTTCTCCTCTCTCCATGCGACCG
TCGCCTAACACTCGCCGCCATGAACTCTCAGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGA
GATCTCTCTCCTCTCCATCAACACCTCCTCTTTCTTCCCGGACAACTATGGTGGATATAT
GGTGGCTTTCGCTGGTCGGAAATACGCAGCTAGGTCTCCTCCGGCTTTTATTGCTAACTC
CACCTATACCGTTACCAGTTTTACTTTGGTGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAA
CCTCTTCTGGAAGAGAGACGGGTGCGCTTCGTGCAAGGGGAACTCGAACTTTGTGTGCCT
CAACAAGCAAGATTGTGCTATCAGAACACCCAGCTGCAAAGGCCGAGGTGGCACTGTGGA
CTGCAGTCTCGGTATCCAGCTTGCGTTTTCCGGGACTGACAAACACTTGGCGGTTCTTAA
CTCGTGGTATGAAGTCGAGAACATGAAGCAGTATTCTCTTTACGGTCTTTATTCTAACCT
CAAGAGCTCTCTCACCAGTCAGTTCAACAATTTCTTCTAAACCCCCTTCTTTTCTTCTTC
TTTGCTGTATGGTTATCGTGTGAACCGTAATGTCCTCTTCTTGTTTGGATTGAATCCACT
TACAAAAAAAAACAACTCTCATACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK73TF U 1
AF RR1CK73JQ C 204
BS 1 542 RR1CK73TF
BS 543 543 RR1CK73JQ
BS 544 549 RR1CK73TF
BS 550 550 RR1CK73JQ
BS 551 565 RR1CK73TF
BS 566 566 RR1CK73JQ
BS 567 581 RR1CK73TF
BS 582 582 RR1CK73JQ
BS 583 587 RR1CK73TF
BS 588 588 RR1CK73JQ
BS 589 611 RR1CK73TF
BS 612 865 RR1CK73JQ

RD RR1CK73TF 624 0 0
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TCTAACCATCGCCGGAGGTTTCAGCAGAGCCGCCGCCTTGGGAGGAAACACCAACATCGT
CTACTCTCCTTGCTCCGACACCAGAATCCAGAGATCCGACGGATTCACATTCGGAATCGC
CTTCTCCTCGCGTGCGTCTTTCTTCCTCAACCAGACCGTTCTCCTCTCTCCATGCGACCG
TCGCCTAACACTCGCCGCCATGAACTCTCAGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGA
GATCTCTCTCCTCTCCATCAACACCTCCTCTTTCTTCCCGGACAACTATGGTGGATATAT
GGTGGCTTTCGCTGGTCGGAAATACGCAGCTAGGTCTCCTCCGGCTTTTATTGCTAACTC
CACCTATACCGTTACCAGTTTTACTTTGGTGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAA
CCTCTTCTGGAAGAGAGACGGGTGCGCTTCGTGCAAGGGGAACTCGAACTTTGTGTGCCT
CA*CAAGCA*GATTGTGCTATCAGA*CACCCAGCTGCAAAG*CCGAG*TGGCACTGTGGA
CTGCAGTCTCG
TATCAGCTTGCGT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1CK73JQ 662 0 0
TCCTCAACCAGACCGTTCTCCTCTCTCCATGCGACCGTCGCCTAACACTCGCCGCCATGA
ACTCTCAGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGAGATCTCTCTCCTCTCCATCAACA
CCTCCTCTTTCTTCCCGGACAACTATGGTGGATATATGGTGGCTTTCGCTGGTCGGAAAT
ACGCAGCTAGGTCTCCTCCGGCTTTTATTGCTAACTCCACCTATACCGTTACCAGTTTTA
CTTTGGTGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAACCTCTTCTGGAAGAGAGACGGGT
GCGCTTCGTGCAAGGGGAACTCGAACTTTGTGTGCCTCAACAAGCAAGATTGTGCTATCA
GAACACCCAGCTGCAAAGGCCGAGGTGGCACTGTGGACTGCAGTCTCGGTATCCAGCTTG
CGTTTTCCGGGACTGACAAACACTTGGCGGTTCTTAACTCGTGGTATGAAGTCGAGAACA
TGAAGCAGTATTCTCTTTACGGTCTTTATTCTAACCTCAAGAGCTCTCTCACCAGTCAGT
TCAACAATTTCTTCTAAACCCCCTTCTTTTCTTCTTCTTTGCTGTATGGTTATCGTGTGA
ACCGTAATGTCCTCTTCTTGTTTGGATTGAATCCACTTACAAAAAAAAACAACTCTCATA
CG

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 6

CO CL1629Contig1 1119 6 30 U
GACATATCAGAAGTTCACTAGTCAATTCTCAGTTCTAAAACCCTAAGCTTTGCCGACTGC
CTCTGATCGTGATCCCCTAACATCGCCGGTGATTAAGAGCCTGAGCTAAGATCTTAAAGA
AATGAGTTTCAACAAAGTGCCCAACGTCCCTGGATCACCAGCTCTCTCTGCGCTTCTTAA
GGTCAGCGTCATTGGTGGGCTCGGTGTCTACGCTATTAGTAATAGCCTCTACAATGTCGA
GGGTGGACACCGTGCTGTCATGTTCAACCGCTTAACTGGTATCAAGGAAAAGGTGTACCC
GGAAGGCACGCATTTCATGTTGCCATGGTTTGAAAGGCCAATCATCTATGACGTCCGTGC
ACGACCCTATCTTGTGGAGAGCACCACCGGTAGTCATGACCTTCAGATGGTGAAAATTGG
ACTTAGGGTTCTGACACGTCCCATGGGTGACCGTTTGCCTCATATTTACCGCACCCTAGG
CGAGAATTACAGTGAAAGGGTTCTTCCTTCCATCATCCATGAAACTCTAAAAGCTATTGT
TGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTCATCACTCAGAGAGAAGCTGTGAGCAGAGAGATACG
CAAGATTTTGACTGAGAGAGCTTCCAACTTCGACATTGCTCTCGACGATGTCTCCATCAC
GACTCTCACATTTGGCAAAGAGTTCACCGCTGCAATCGAAGCTAAACAAGTGGCTGCGCA
GGAAGCTGAGCGTGCTAAGTTCATTGTGGAGAAAGCAGAGCAAGACAAGAGAAGTGCGGT
TATCCGTGCACAGGGAGAAGCTAAGAGTGCTCAACTTATTGGACAAGCAATTGCAAACAA
TCAGGCATCCATAACTCTGAGAAAGATTGAAGCTGCGAGAGAGATTGCCCAGACCATTGC
ACAATCGGCTAACAAGGTTTACCTGAGCTCCAACGATCTCTTGCTTAACCTTCAAGAGAT
GAACTTGGAGCCTAGCCCTAAGATGTAATAAAACTTGGAGACATTTCCATTTGATTGGTC
GGTGTATTAATCTGGAGCATCTCCAAAAA*GACAAAGACGTACACGAATTTCCACTAGTT
TATATCTCTGAAGCTTAAAGATTTTCTACAAGTGTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1G831TF U 1
AF RR1C186TF U 29
AF RR1FH36JQ C 451
AF RR1C186JQ C 326
AF RR1FH36TF U 451
AF RR1G831JQ C 574
BS 1 60 RR1G831TF
BS 61 61 RR1C186TF
BS 62 110 RR1G831TF
BS 111 111 RR1C186TF
BS 112 112 RR1G831TF
BS 113 113 RR1C186TF
BS 114 289 RR1G831TF
BS 290 290 RR1C186TF
BS 291 334 RR1G831TF
BS 335 335 RR1C186TF
BS 336 471 RR1G831TF
BS 472 472 RR1C186TF
BS 473 486 RR1G831TF
BS 487 487 RR1C186TF
BS 488 645 RR1G831TF
BS 646 646 RR1C186TF
BS 647 721 RR1G831TF
BS 722 722 RR1FH36TF
BS 723 749 RR1G831TF
BS 750 767 RR1C186TF
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BS 795 795 RR1FH36TF
BS 796 813 RR1C186TF
BS 814 814 RR1FH36TF
BS 815 825 RR1C186TF
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BS 827 835 RR1C186TF
BS 836 1117 RR1FH36TF
BS 1118 1119 RR1G831JQ

RD RR1G831TF 749 0 0
GACATATCAGAAGTTCACTAGTCAATTCTCAGTTCTAAAACCCTAAGCTTTGCCGACTGC
TTCTGATCGTGATCCCCTAACATCGCCGGTGATTAAGAGCCTGAGCTAAGGTGTTAAAGA
AATGAGTTTCAACAAAGTGCCCAACGTCCCTGGATCACCAGCTCTCTCTGCGCTTCTTAA
GGTCAGCGTCATTGGTGGGCTCGGTGTCTACGCTATTAGTAATAGCCTCTACAATGTCGA
GGGTGGACACCGTGCTGTCATGTTCAACCGCTTAACTGGTATCAAGGAAGAGGTGTACCC
GGAAGGCACGCATTTCATGTTGCCATGGTTTGAACGGCCAATCATCTATGACGTCCGTGC
ACGACCCTATCTTGTGGAGAGCACCACCGGTAGTCATGACCTTCAGATGGTGAAAATTGG
ACTTAGGGTTCTGACACGTCCCATGGGTGACCGTTTGCCTCATATTTACCGAACCCTAGG
CGAGAACTACAGTGAAAGGGTTCTTCCTTCCATCATCCATGAAACTCTAAAAGCTATTGT
TGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTCATCACTCAGAGAGAAGCTGTGAGCAGAGAGATACG
CAAGATTTTGACTGAGAGAGCTTCCAACTTCGACATTGCTCTCGATGATGTCTCCATCAC
GACTCTCACATTTGGCAAAGAGTTCACCGCTGCAATCGAAGCTAAACAAGTGGCTGCGCA
G*AAGCTGAGCGTGCTAAGTTCATTGTGG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1C186TF 807 0 0
GG
AGTTCTAAAACCCTAAGCTTTGCCGACTGCCTCTGATCGTGATCCCCTAACATCGCCGGT
GATTAAGAGCCTGAGCTAAGATCTTACAGAAATGAGTTTCAACAAAGTGCCCAACGTCCC
TGGATCACCAGCTCTCTCTGCGCTTCTTAAGGTCAGCGTCATTGGTGGGCTCGGTGTCTA
CGCTATTAGTAATAGCCTCTACAATGTCGAGGGTGGACACCGTGCTGTCATGTTCAACCG
CTTAACTGGTATCAAGGAAAAGGTGTACCCGGAAGGCACGCATTTCATGTTGCCATGGTT
*GAAAGGCCAATCATCTATGACGTCCGTGCACGACCCTATCTTGTGGAGAGCACCACCGG
TAGTCATGACCTTCAGATGGTGAAAATTGGACTTAGGGTTCTGACACGTCCCATGGGTGA
CCGTTTGCCTCATATTTACCGCACCCTAGGCGAGAATTACAGTGAAAGGGTTCTTCCTTC
CATCATCCATGAAACTCTAAAAGCTATTGTTGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTCATCAC
TCAGAGAGAAGCTGTGAGCAGAGAGATACGCAAGATTTTGACTGAGAGAGCTTCCAACTT
CGACATTGCTCTCGACGATGTCTCCATCACGACTCTCACATTTGGCAAAGAGTTCACCGC
TGCAATCGAAGCTAAACAAGTGGCTGCGCAG*AAGCTGAGCGTGCTAAGTTCATTGTGGA
GAAAGCAGAGCAAGACA*GAGAAGTGCGGTTATCCGTGCACAGG*AGAAGCTAAGAGTGC
TCA*CTTATTGGACA*GCAATTGCA

QA 3 807 3 807
DS 

RD RR1FH36JQ 403 0 0
G
CGTTTGCCTCATATTTACCGCACCCTAGGCGAGAATTACAGTGAAAGGGTTCTTCCTTCC
ATCATCCATGAAACTCTAAAAGCTATTGTTGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTCATCATT
CAGAGAGAAGCTGTGAGCAGAGAGATACGCAAGATTTTGACTGAGAGAGCTTCCAACTTC
GACATTGCTCTGGACGATGTCTCCATCACGACTCTCACATTTGGCAAAGAGTTCACCGCT
GCAATGGAAGCTAAACAAGTGGCTGCGCAGGAAGCTGAGCGTGCTAAGTTCATTGTGGAG
AAAGCAGAGCAAGACAAGAGAAGTGCGGTTATCCGTGCACAGGGAGAAGCTAAGAGTGCT
CAACTTATTGGACAAGCAATTGCAAACAATCAGGCATCCATA

QA 2 403 2 403
DS 

RD RR1C186JQ 771 0 0
CATGG
TGAAAGGCCAATCATCTATGACGTCCGTGCACGACCCTATCTTGTGGAGAGCACCACCGG
TAGTCATGACCTTCAGATGGTGAAAATTGGACTTAGGGTTCTGACACGTCCCATGGGTGA
CCGTTTGCCTCATATTTACCGCACCCTAGGCGAGAATTACAGTGAAAGGGTTCTTCCTTC
CATCATCCATGAAACTCTAAAAGCTATTGTTGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTCATCAC
TCAGAGAGAAGCTGTGAGCAGAGAGATACGCAAGATTTTGACTGAGAGAGCTTCCAACTT
TGACATTGCTCTTGACGATGTTTCCATCACGACTCTCACATTTGGCAAAGAGTTCACCGC
TGCAATCGAAGCTAAACAAGTGGCTGCGCAGGAAGCTGAGCGTGCTAAGTTCATTGTGGA
GAAAGCAGAGCAAGACAAGAGAAGTGCGGTTATCCGTGCACAGGGAGAAGCTAAGAGTGC
TCAACTTATTGGACAAGCAATTGCAAACAATCAGGCATTCATAACTTTGAGAAAGATTGA
AGCTGCGAGAGAGATTGCCCAGACCATTGCACAATCGGCTAACAAGGTTTACCTGAGCTC
CAACGATTTCTTGCTTAACCTTCAAGAGATGAACTTGGAGCCTAGCCCTAAGATGTAATA
AAACTTGGAGACATTTCCATTTGATTGGTCGGTGTATTAATTTGGAGCATCTCCAAAAA*
GACAAAGACGTACACGAATTTCCACTAGTTTATATCT
TTGAAGCTT

QA 6 762 6 762
DS 

RD RR1FH36TF 667 0 0
G
CGTTTGCCTCATATTTACCGCACCCTAGGCGAGAATTACAGTGAAAGGGTTCTTCCTTCC
ATCATCCATGAAACTCTAAAAGCTATTGTTGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTCATCACT
CAGAGAGAAGCTGTGAGCAGAGAGATACGCAAGATTTTGACTGAGAGAGCTTCCAACTTC
GACATTGCTCTCGACGATGTCTCCATCACGACTCTCACATTTGGCAAAGAGTTCACCGCT
GCAATCGAAGCTAAACAAGTGGCTGCGCAGGAAGCTGAGCGTGCTAAGTTCATTGTGGAG
AAAGCAGAGCAAGACAAGAGAAGTGCGGTTATCCGTGCACAGGGAGAAGCTAAGAGTGCT
CAACTTATTGGACAAGCAATTGCAAACAATCAGGCATCCATAACTCTGAGAAAGATTGAA
GCTGCGAGAGAGATTGCCCAGACCATTGCACAATCGGCTAACAAGGTTTACCTGAGCTCC
AACGATCTCTTGCTTAACCTTCAAGAGATGAACTTGGAGCCTAGCCCTAAGATGTAATAA
AACTTGGAGACATTTCCATTTGATTGGTCGGTGTATTAATCTGGAGCATCTCCAAAAA*G
ACAAAGACGTACACGAATTTCCACTAGTTTATATCTCTGAAGCTTAAAGATTTTCTACAA
GTGTTA

QA 2 667 2 667
DS 

RD RR1G831JQ 546 0 0
GAGAGAAGCTGTGAGCAGAGAGATACGCAAGATTTTGACTGAGAGAGCTTCCAACTTCGA
CATTGCTCTCGATGATGTCTCCATCACGACTCTCACATTTGGCAAAGAGTTCACCGCTGC
AATCGAAGCTAAACAAGTGGCTGCGCAGGAAGCTGAGCGTGCTAAGTTCATTGTGGAGAA
AGCAGAGCAAGACAAGAGAAGTGCGGTTATCCGTGCACAGGGAGAAGCTAAGAGTGCTCA
ACTTATCGGACAAGCAATTGCAAACAATCAGGCATTCATAACTCTGAGAAAGATTGAAGC
TGCGAGAGAGATTGCCCAGACCATTGCACAATCGGCTAACAAGGTTTACCTGAGCTCCAA
CGATCTCTTGCTTAACCTTCAAGAGATGAACTTGGAGCCTAGCCCTAAGATGTAATAAAA
CTTGGAGACATTTCCATTTGATTGGTCGGTGTATTAATCTGGAGCATCTCCAAAAAAGAC
AAAGACGTACACGAATTTCCACTAGTTTATATCT**GAAGCTTAAAGATTTTCTACAAGT
GTTACC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 6

CO CL1630Contig1 763 6 27 U
TTTTTTTCAGAGAAAACACACAAATCTTTACCCACTGATTTGCTTACAAGCTTCTAGTCA
GAAAATGAGTTTTAGATAATCATCAAATACATAGGCATAACACAAAGAGATCCATCCTAA
ACAAAGAGCTCTCTCTAGCGTCTCTTCTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCAAAATACT
TAATGAAACAGAAAAGCAAAGATAAGAAACAGAGAAGTAAGGGCGAGTGGTTAAGAATCT
ATTATTCCTTGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGATGTGAGGGATAACACCACCAC
CAGCTATAGTTCCTTTGATGAGAGTATCAAGCTCTTCATCTCCACGAATCGCAAGCTGCA
AATGCCTGGGAGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAGCGTTACCAGCCAACTCCA
AAACTTCTGCGGTCAGATACTCAAGTATCGCTGCCGTGTAGACAGCTGCAGTTGCTCCGA
CCCTTCCGTGAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCACCCTTCCTACAGGGAACT
GAAGACCAGCTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTCTTCTTATCCTTATCCTTCTCGC
TACCACTTGGTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCCCCGACATTTTTCCCGCCA
AAAGTCTCACAATTTGGTGCGCTGATAGAGAGAAGAGGAGAGAGATCGCAGCAGAGGAGA
CAAGAGAGCTCGCGAGAGTCGATAGATGGTTCGGTTCCCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1FI89JQ U 8
AF RR1FI89TF C 1
AF RR1D454JQ U 57
AF RR1AC79JQ U 56
AF RR1D454TF C 165
AF RR1AC79TF C 64
BS 1 12 RR1FI89TF
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BS 300 370 RR1FI89JQ
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BS 602 763 RR1AC79JQ

RD RR1FI89JQ 363 0 0
CAAAA
AAAACACACAAATCTTTACCCACTGATTTGCTTACAAGCTTCTAGTCAAAAAATGAGTTT
TAAATAATCATCAAATACATAGGCATAACACAAAGAGATCCATCCTAAACAAAGAGCTCT
CTCTAGCGTCTCTTCTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCAAAATACTTAATGAAACAAA
AAAGCAAAGATAAAAAACAGAAAAGTAAGGGCGAGTGGTTAAAAATCTATTATTCCTTGG
CGGATTTGTTGATGAAAGACTTGGGGATGTGAGGGATAACACCCCCCCCAGCTATAGTTC
CTTTGATGAGAGTATCAAGCTCTTCATCTCCACGAATCGCAAGCTGCAAATGCCTGGG

QA 6 363 6 363
DS 

RD RR1FI89TF 719 0 0
TTTTTTTCAGAGAAAACACACAAATCTTTACCCACTGATTTGCTTACAAGCTTCTAGTCA
GAAAATGAGTTTTAGATAATCATCAAATACATAGGCATAACACAAAGAGATCCATCCTAA
ACAAAGAGCTCTCTCTAGCGTCTCTTCTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCAAAATACT
TAATGAAACAGAAAAGCAAAGATAAGAAACAGAGAAGTAAGGGCGAGTGGTTAAGAATCT
ATTATTCCTTGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGATGTGAGGGATAACACCACCAC
CAGCTATAGTTCCTTTGATGAGAGTATCAAGCTCTTCATCTCCACGAATCGCAAGCTGCA
AATGCCTGGGAGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAGCGTTACCAGACAACTCCA
AAACTTCTGCGGTCAGATACTCAAGTATCGCTGCCGTGTAGACAGCTGCAGTTGCTCCGA
CCCTTCCGTGAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCACCCTTCCTACAGAGAACT
GAAGACCAGCTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTCTTCTTATCCTTATCCTTCTCGC
TACCACTTGGTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCCCCGACATTTTTCCCGCCA
AAAGTCTCACAATTTGGTGCGCTGATAGAGAGAAGAGGAGAGAGATCGCAGCAGAGG
CC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1D454JQ 656 0 0
GTCAGAAAATGAGTTTTAGATAATCATCAAATACATAGGCATAACACAAAGAGATCAATC
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TACTTAATGAAACAGAAAAGCAAAGATAAGAAACAGAGAAGTAAGGGCGAGTAGTTAAGA
ATCTATTATTCCTTGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGACGTGAGGGATAACACCA
CCACCAGCTATAGTTCCTTTGATGAGAGTATCAAGCTCTTCATCTCCACGAATCGCAAGC
TGCAAATGCCTGGGAGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAGCGTTACCAGCCAAC
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CCGACCCTTCCGAGAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCACCCTTCCTACAGGG
AACTGAAGACCAGCTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTCTTCTTATCCTTATCCTTC
TCGCTACCACTTGGTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCCCCGACATTTTTCCC
GCCAAAAGTCTCACAATTTGGTGCGCTGATAGAGAGAAGAGGAGAGAGATCGCAGC

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1AC79JQ 708 0 0
G
GTCAGAAAATGAGTTTTAGATAATCATCAAATACATAGGCATAACACAAAGAGATCCATC
CTAAACAAAGAGCTCTCTCTAGCGTCTCTTCTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCAAAA
TACTTAATGAAACAGAAAAGCAAAGATAAGAAACAGAGAAGTAAGGGCGAGTGGTTAAGA
ATCTATTATTCCTTGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGATGTGAGGGATAACACCA
CCACCAGCTATAGTTCCTTTGATGAGAGTATCAAGCTCTTCATCTCCACGAATCGCAAGC
TGCAAATGCCTGGGAGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAGCGTCACCAGCCAAC
TCCAAAACTTCTGCGGTCAGATACTCAAGTATCGCTGCCGTGTAGACAGCTGCAGTTGCT
CCGACCCTTCCGTGAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCACCCTTCCTACAGGG
AACTGAAGACCAGCTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTCTTCTTATCCTTATCCTTC
TCGCCACCACTTGGTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCCCCGACATTTTTCCC
GCCAAAAGTCTCACAATTTGGTGCGCTGATAGAGAGAAGAGGAGAGAGATCGCAGCAGAG
GAGACAAGAGAGCTCGCGAGAGTCGATAGATGGTTCGGTTCCCACCC

QA 2 708 2 708
DS 

RD RR1D454TF 597 0 0
TCTCTCTCAAAATACTTAATGAAACAGAAAAGCAAAGATAAGAAACAGAGAAGTAAGGGC
GAGTAGTTAAGAATCTATTATTCCTTGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGACGTGA
GGGATAACACCACCACCAGCTATAGTTCCTTTGATGAGAGTATCAAGCTCTTCATCTCCA
CGAATCGCAAGCTGCAAATGCCTGGGAGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAGCG
TTACCAGCCAACTCCAAAACTTCTGCGGTCAGATACTCAAGTATCGCTGCCGTGTAGACA
GCTGCAGTTGCTCCGACCCTTCCGAGAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCACC
CTTCCTACAGGGAACTGAAGACCAGCTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTCTTCTTA
TCCTTATCCTTCTCGCTACCACTTGGTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCCCC
GACATTTTTCCCGCCAAAAGTCTCACAATTTGGTGCGCTGATAGAGAGAAGAGGAGAGAG
ATCGCAGCAGAGGAGACAAGAGAGCTCGCGAGAGTCGATAGATGGTTCGGTTCCC
CC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1AC79TF 700 0 0
AATGAGTTTTAGATAATCATCAAATACATAGGCATAACACAAAGAGATCCATCCTAAACA
AAGAGCTCTCTCTAGCGTCTCTTCTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCAAAATACTTAA
TGAAACAGAAAAGCAAAGATAAGAAACAGAGAAGTAAGGGCGAGTGGTTAAGAATCTATT
ATTCCTTGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGATGTGAGGGATAACACCACCACCAG
CTATAGTTCCTTTGATGAGAGTATCAAGCTCTTCATCTCCACGAATCGCAAGCTGCAAAT
GCCTGGGAGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAGCGTCACCAGCCAACTCCAAAA
CTTCTGCGGTCAGATACTCAAGTATCGCTGCCGTGTAGACAGCTGCAGTTGCTCCGACCC
TTCCGTGAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCACCCTTCCTACAGGGAACTGAA
GACCAGCTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTCTTCTTATCCTTATCCTTCTCGCCAC
CACTTGGTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCCCCGACATTTTTCCCGCCAAAA
GTCTCACAATTTGGTGCGCTGATAGAGAGAAGAGGAGAGAGATCGCAGCAGAGGAGACAA
GAGAGCTCGCGAGAGTCGATAGATGGTTCGGTTCCC
ACCC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 2 6

CO CL1631Contig1 756 3 9 U
ACTATTATGAGGGGAAATCGATACTGATTATAGAACACGTGAACACACGGTATAGTAATT
GATTTTAAAAATTTTAAGAACTGACGGTGAAAATTTGAAGTGCTTTGCCGTGACAAAATT
ATACCCACCGCAAAATAGAAACTATTACAGTAATATAAAATAATGTGTAACGATGTCATT
ATCATCAATCATACAAACATGACTCAATGATTTGATCATTCACTCAACGCTGGACCTTGA
AGCTGCATCATGCGGCAAAAGTCACGGAAGCAAACAAAACCGTCACCGTTCCCGTCAACG
GTCGCTATCATACGCACACACTCATCCAACGTGCACCCCTCGTCTCCGATAACTCCAAAA
ACTCTATGCAACTCCTCCGCCGATATCCTCCCGTCGTGGTCCGCGTCGAAAAACTCAAAC
ACCTCTCTCATCTCAGCAACGGAGCCTTCATCAGAGTCAGAGGAGGTTCCCGCCACGCGG
CTAGCAAGCTCCTCGAGGCTGATACAACCGTCTCCTCCCCCATCGACTTCTTGAAGCATC
AGAGTCACCTCTTCTTGACTCGGAGGCTCAGGGCTAAGCCTGCTAAGCAGCGCGGCTAGA
TCTCTTCTCGAGACCACGCCGTCGTCGTCACGGTCTATGAGCTTAAAGGCCTGGACCAGC
TCGGAGTAAAAATCTTGATCTCCGGGGAGGACGCTGAGGGGAGTGGCCGCGGGACCTGGC
TCGAGGTCACCGTACGAGCCGTCGGATGATGAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX76JQ U 86
AF RR1BY17JQ U 1
AF RR1EI16JQ U 67
BS 1 137 RR1BY17JQ
BS 138 138 RR1EI16JQ
BS 139 203 RR1BY17JQ
BS 204 204 RR1EI16JQ
BS 205 453 RR1BY17JQ
BS 454 454 RR1EI16JQ
BS 455 721 RR1BY17JQ
BS 722 722 RR1EI16JQ
BS 723 756 RR1BY17JQ

RD RR1DX76JQ 388 0 0
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TACAGTAATATAAAATAATGTGTAACGATGTCATTATCATCAATCATACAAACATGACTC
AATGATTTGATCATTCACTCAACGCTGGACCTTGAGGCTGCATCATGCGGCAAAAGTCAC
GGAAGCAAACAAAACCGTCACCGTTCCCGTCAACGGTCGCTATCATACGCACACACTCAT
CCAACGTGCACCCCTCGTCTCCGATAACTCCAAAAACTCTATGCAACTCCTCCGCCGATA
TCCTCCCGTCGTGGTCCGCGTCGAAAAACTCAAACACCTCTCTCATCTCAGCAACGGAGC
CTTCATCAGAGTCAGAGGAGGTTCCCGC

QA 1 388 1 388
DS 

RD RR1BY17JQ 756 0 0
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GATTTTAAAAATTTTAAGAACTGACGGTGAAAATTTGAAGTGCTTTGCCGTGACAAAATT
ATACCCACCGCAAAATAAAAACTATTACAGTAATATAAAATAATGTGTAACGATGTCATT
ATCATCAATCATACAAACATGACCCAATGATTTGATCATTCACTCAACGCTGGACCTTGA
AGCTGCATCATGCGGCAAAAGTCACGGAAGCAAACAAAACCGTCACCGTTCCCGTCAACG
GTCGCTATCATACGCACACACTCATCCAACGTGCACCCCTCGTCTCCGATAACTCCAAAA
ACTCTATGCAACTCCTCCGCCGATATCCTCCCGTCGTGGTCCGCGTCGAAAAACTCAAAC
ACCTCTCTCATCTCAGCAACGGAGCCTTCATCAAAGTCAGAGGAGGTTCCCGCCACGCGG
CTAGCAAGCTCCTCGAGGCTGATACAACCGTCTCCTCCCCCATCGACTTCTTGAAGCATC
AGAGTCACCTCTTCTTGACTCGGAGGCTCAGGGCTAAGCCTGCTAAGCAGCGCGGCTAGA
TCTCTTCTCGAGACCACGCCGTCGTCGTCACGGTCTATGAGCTTAAAGGCCTGGACCAGC
TCGGAGTAAAAATCTTGATCTCCGGGGAGGACGCTGAGGGGAGTGGCCGCGGGACCTGGC
TTGAGGTCACCGTACGAGCCGTCGGATGATGAAGCG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1EI16JQ 674 0 0
AAAAATTTTAAGAACTGACGGTGAAAATTTGAAGTGCTTTGCCGTGACAAAATTATACCC
ACCGCAAAATAGAAACTATTACAGTAATAAAAAATAATGTGTAACGATGTCATTATCATC
AATCATACAAACATGACTCAATGATTTGATCATTCACTCAACGCTGGACCTTGAAGCTGC
ATCATGCGGCAAAAGTCACGGAAGCAAACAAAACCGTCACCGTTCCCGTCAACGGTCGCT
ATCATACGCACACACTCATCCAACGTGCACCCCTCGTCTCCGATAACTCCAAAAACTCTA
TGCAACTCCTCCGCCGATATCCTCCCGTCGTGGTCCGCGTCGAAAAACTCAAACACCTCT
CTCATCTCAGCAACGGAGCCTTCATCAGAGTCAGAGGAGGTTCCCGCCACGCGGCTAGCA
AGCTCCTCGAGGCTGATACAACCGTCTCCTCCTCCATCGACTTCTTGAAGCATCAGAGTC
ACCTCTTCTTGACTCGGAGGCTCAGGGCTAAGCCTGCTAAGCAGCGCGGCTAGGTCTCTT
CTCGAGACCACGCCGTCGTCGTCACGGTCTATGAGCTTAAAGGCCTGGACCAGCTCGGAG
TAAAAATCTTGATCTCCGGGGAGGACGCTGAGGGGAGTGGCCGCGGGACCTGGCTCGAGG
TCACCGTACGAGCC

QA 1 674 1 674
DS 



CO CL1631Contig2 823 3 10 U
GGACACCAACAACACACTAACCTCCATATCATATCTCTCTTCTCATCTCTTTTTATCTTC
TCCCGCTATGAAGCTCACCGCTAGCCTCAGCTCCAAGTTCCTCAGCCTCAGCCCTAAACG
TCTCTTCCGCTCCAAGTCCAAGTCCTCCGTCTCAAGATCCGAACCTTCTTCCTTCAGCTC
CGGCGCTTCATCATCCGACGGCTCGTACGGTGACCTCAAGCCAGGTCCCGCGGCCACTCC
CCTCAGCGTCCTCCCCGGAGATCAAGATTTTTACTCCGAGCTGGTCCAGGCCTTTAAGCT
CATAGACCGTGACGACGACGGCGTGGTCTCGAGAAGAGACCTAGCCGCGCTGCTTAGCAG
GCTTAGCCCTGAGCCTCCGAGTCAAGAAGAGGTGACTCTGATGCTTCAAGAAGTCGATGG
AGGAGGAGACGGTTGTATCAGCCTCGAGGAGCTTGCTAGCCGCGTGGCGGGAACCTCCTC
TGACTCTGATGAAGGCTCCGTTGCTGAGATGAGAGAGGTGTTTGAGTTTTTCGACGCGGA
CCACGACGGGAGGATATCGGCGGAGGAGTTGCATAGAGTTTTTGGAGTTATCGGAGACGA
GGGGTGCACGTTGGATGAGTGTGTGCGTATGATAGCGACCGTTGACGGGAACGGTGACGG
TTTTGTTTGCTTCCGTGACTTTTGCCGCATGATGCAGCTTCAAGTCCAGCGTTGAGTGAT
GATCAATCATTGAGTCATGTTTGTATGATTGATGATAATGACATCGTTACACATTATTTT
TTTTACTGTAATAGTTTCTATTTTGCGGTGGGTATAATTTTGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX76TF U 1
AF RR1BY17TF U 1
AF RR1EI16TF U 1
BS 1 24 RR1BY17TF
BS 25 25 RR1DX76TF
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BS 96 96 RR1DX76TF
BS 97 339 RR1BY17TF
BS 340 340 RR1DX76TF
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BS 422 700 RR1BY17TF
BS 701 823 RR1EI16TF

RD RR1DX76TF 490 0 0
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CGGCGCTTCATCATCCGACGGCTCGTACGGTGACCTCAAGCCAGGTCCCGCGGCCACTCC
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TGACTCTGAT

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1BY17TF 700 0 0
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TCCCGCTATGAAGCTCACCGCTAGCCTCAGCTCCAGGTTCCTCAGCCTCAGCCCTAAACG
TCTCTTCCGCTCCAAGTCCAAGTCCTCCGTCTCAAGATCCGAACCTTCTTCCTTCAGCTC
CGGCGCTTCATCATCCGACGGCTCGTACGGTGACCTCAAGCCAGGTCCCGCGGCCACTCC
CCTCAGCGTCCTCCCCGGAGATCAAGATTTTTACTCCGAGCTGGTCCAGGCCTTTAAGCT
CATAGACCGTGACGACGACGGCGTGGTCTCGAGAAGAGATCTAGCCGCGCTGCTTAGCAG
GCTTAGCCCTGAGCCTCCGAGTCAAGAAGAGGTGACTCTGATGCTTCAAGAAGTCGATGG
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GGGGTGCACGTTGGATGAGTGTGTGCGTATGATAGCGACCGTTGACGGGAACGGTGACGG
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1EI16TF 823 0 0
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TCTCTTCCGCTCCAAGTCCAAGTCCTCCGTCTCAAGATCCGAACCTTCTTCCTTCAGCTC
CGGCGCTTCATCATCCGACGGCTCGTACGGTGACCTCGAGCCAGGTCCCGCGGCCACTCC
CCTCAGCGTCCTCCCCGGAGATCAAGATTTTTACTCCGAGCTGGTCCAGGCCTTTAAGCT
CATAGACCGTGACGACGACGGCGTGGTCTCGAGAAGAGACCTAGCCGCGCTGCTTAGCAG
GCTTAGCCCTGAGCCTCCGAGTCAAGAAGAGGTGACTCTGATGCTTCAAGAAGTCGATGG
AGGAGGAGACGGTTGTATCAGCCTCGAGGAGCTTGCTAGCCGCGTGGCGGGAACCTCCTC
TGACTCTGATGAAGGCTCCGTTGCTGAGATGAGAGAGGTGTTTGAGTTTTTCGACGCGGA
CCACGACGGGAGGATATCGGCGGAGGAGTTGCATAGAGTTTTTGGAGTTATCGGAGACGA
GGGGTGCACGTTGGATGAGTGTGTGCGTATGATAGCGACCGTTGACGGGAACGGTGACGG
TTTTGTTTGCTTCCGTGACTTTTGCCGCATGATGCAGCTTCAAGTCCAGCGTTGAGTGAT
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TTTTACTGTAATAGTTTCTATTTTGCGGTGGGTATAATTTTGT

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 6

CO CL1632Contig1 836 6 8 U
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CTTCTTCATCCTCTCCTTGGTTTCACCCATCTCTTTTGCCTCTGTTTTAGACTTTTGTGT
AGCTGATCCAAAGGGTCCTCAAAACCCATCAGGATACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGT
CACCGAGAATGACTTCGCGTTTTCCGGTCTCGCCAAAGCCGGAAACACTTCCAACATCAT
TAAAGCCGCTGTGACTCCAACCTTTGCACCTGCCTTCGCAGGTCTCAATGGCCTTGATGT
CTCATTGGCTCGTCTTGACTTAGCCGGTGGAGGTGTCATCCCTCTTCATACTCACCCTGG
TGCATCCGAGGTCCTTGTAGTCATACAAGGAACCATACGCGCAGGATTTATCTCCTCTGC
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TCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGACCTGCGTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAG
CTCTTCTCCAGGGCTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGA
ACTCGTTGAAGCCACGACGTTCCTTAGCGATGAAGAGGTTAAGAAGCTCAAGGGTGTGCT
TGGAGGAACTAATTAAGCTTCTCTTTCTGATTCTTTTCTAATTTTTTTTGTGTGTTTATG
AGTTCTTTTATTCAAGTTCTTCTAGCAGTCTCATGTTTATTCGAATGGTTGTGTGTTCTT
GTGTTGCTACTTGTCTCATTGGTTTGAATTGTAATAAGTAATAAGCATTACATTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 15 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1FF76JQ C 313
AF RR1FF76TF U 1
AF RR1BM23JQ C 137
AF RR1FH32JQ C 411
AF RR1FH32TF U 411
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CTTCTTCATCCTCTCCTTGGTTTCACCCATCTCTTTTGCCTCTGTTTTAGACTTTTGTGT
AGCTGATCCAAAGGGTCCTCAAAACCCATCAGGATACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGT
CACCGAGAATGACTTCGCGTTTTCCGGTCTCGCCAAAGCCGGAAACACTTCCAACATCAT
TAAAGCCGCTGTGACTCCAGCCTTTGCACCTGCCTTCGCAGGTCTCAATGGCCTTGATGT
CTCATTGGCTCGTCTTGACTTAGCCGGTGGAGGTGTCATCCCTCTTCATACTCACCCTGG
TGCATCCGAGGTCCTTGTAGTCATACAAGGAACCATACGCGCAGGATTTATCTCCTCTGC
CAACAAGGTTTACTTGAAGACTCTCTATCGAGGAGACTCCATGGTGTTTCCCCAAGGGCT
TCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGACCTGCGTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAG
CTCTTCTCCAGGGCTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGA
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GTGTT
AA

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AACTCTGGGAAAGGACCTGCGTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCTTCTCCAGGGCTT
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G
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TGTGTTCTTGTGTTGCTACTTGTCTCATTGGTTTGAATTGTAATAAGTAATAAGCATT

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DS 

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G
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CCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGACCTGCGTTGGCCTTTGTTGC
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TGTGTTCTTGTGTTGCTACTTGTCTCATTGGTTTGAATTGTAATAAGTAATAAGCATT

QA 2 419 2 419
DS 



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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DT65JQ U 34
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CTTCTTTCGAAAAACCAATCTCCCACAGCTACTGCAATCCTCTTGTTCTTAATAGCAGGA
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ATAAATACTCCGTTCTTACTTGGCTTTGTAAAACCACTGATCAAATTCACCATACGAGTC
CTGAAACCTTGCAAGAACTTGATCTGAGATGCATTGCACTTTGCGATGTTAAGTCTACAG
TCAGACCAACTTCCATTTGGATCTGCAGATTTAGGAGTTAAACTCTCTTGGATCTGCCAC
GGATCGTATGCAGCATTTAGAATAAACAATGAAGTGTTGACT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1BO59JQ 768 0 0
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AAATAGCAGTAGTTCATACTAATTTTACACTACCAATTTAGTTAGCTAAACTGTTCTAGG
CAATTGTCCTTTATTTTGGTTATTTGTTGCAAATAAAAATGACAAAAAGGATTTGAATGC
CAAAATATATATA**GAAACAAATTATCATTTGGAAACTTCATTACGGCAAGTCTTGTCA
CAGGGATAAGCACAGTCTATGAGTTTCGCTCCTCTTCTTTCGAAAAACCAATCTCCCACA
GCTACTGCAATCCTCTTGTTCTTAATAGCAGGAGAGTTTTTGGAATACCAAGTGTCATGA
TTCTCTGTTCGGCAATGAGTAAAGCACGAGTTAATAAATACTCCGTTCTTACTTGGCTTT
GTAAAACAACTGATCAAATTCAC*ATACGAGTCCTGAAACCTTGCAAGAACTTGATCTGA
GATGCATTGCACTTTGCGATGTTAAGTCTACAGTCAGACCAACTTCCATTTGGATCCGCA
GATTTACGAGTTAAACTCTCTTGGATCTGCCACGGATCGTATGCAGCATTTAGAATAAAC
AATGAAGTGTTGACTTGGTTTATAAGGTTTTGCCCGAAAAAACACGAAGTTGGATTAAGA
CGTCTTAAACATTCGTTGGAGAGCTGTGTTGTAATACTCTGTAATACTATTAAATCTCTG
TATAAATTTCTAAGAGGTCGATCTCCAGAGACATCGGGGGCATCAAGG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1AP22JQ 787 0 0
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TGCCAAAATATATATATAGAAACAAATTATCATTTGGAAACTTCATTACGGCAAGTCTTG
TCACAGGGATAAGCACAGTCTATGAGTTTCGCTCCTCTTCTTTCGAAAAACCAATCTCCC
ACAGCTACTGCAATCCTCTTGTTCTTAATAGCAGGAGAGTTTTTGGAATACCAAGTGTCA
TGATTCTCTGTTTGGCAATGAGTAAAGCACGAGTTAATAAATACTCCGTTCTTACTTGGC
TTTGTAAAACCACTGATCAAATTCACCATACGAGTCCTGAAACCTTGCAAGAACTTGATC
TGAGATGCATTGCACTTTGCGATGTTAAGTCTACAGTCAGACCTACTTCCATTTGGATCT
GCAGATTTAGGAGTTAAACTCTCTTGGATCTGCCACGGATCGTATGCAGCATTTAGAATA
AACAATGAAGTGTTGACTTGGTTTATAAGGTTTTGCCCGAAAAAACACGAAGTTGGATTA
AGACGTCTTAAACATTCGTTGGAGAGCTGTGTTGTAATACTCTGTAATACTATTAAATCT
CTGTATAAATTTCTAAGAGGTCGATCTCCAGAGACATCGGGGGCATCAAGGAAAAGGCCA
GCATCACTCAGACATTTTAGTCTGGCCTTAGGGAAATGCCATTTTAACTGGTCACAGTGA
AGTATCGCTGCAAGGCCTCCAGAAGAACATCCAGAAAGCAGAACCTGCTTTGCTTCACGA
AATCTGT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1BO59TF 734 0 0
CTTACTTGGCTTTGTAAAACAACTGATCAAATTCAC*ATACGAGTC*TGAAACCTTGCAA
GAACTTGATCTGAGATGCATTGCACTTTGCGATGTTAAGTCTACAGTCAGACCAACTTCC
ATTTGGATCCGCAGATTTACGAGTTAAACTCTCTTGGATCTGCCACGGATCGTATGCAGC
ATTTAGAATAAACAATGAAGTGTTGACTTGGTTTATAAGGTTTTGCCCGAAAAAACACGA
AGTTGGATTAAGACGTCTTAAACATTCGTTGGAGAGCTGTGTTGTAATACTCTGTAATAC
TATTAAATCTCTGTATAAATTTCTAAGAGGTCGATCTCCAGAGACATCGGGGGCATCAAG
GAAAAGGCCAGCATCACTCAGACATTTTAGTCTGGCCTTAGGGAAATGCCATTTTAACTG
GTCACAGTGAAGTATCGCTGCAAGGCCTCCAGAAGAACATCCAGAAAGCAGAACCTGCTT
TGCTTCACGAAATCTGTTGTTTTCCATCAAGTCTACCATAATACATCCCCATATTTGCTT
TCCTCTAAACTGAAGTTTTGCATCCATATTTTCGTTTCTTCCCATAAAGGATCCGCCATC
ACAGGACCTAACTTTTACTCTGTTCCAGTTATAAAAGTCTGGATTTTCCGCGGCTTTGTC
ACTTAGAATTCCTGTAAAAGGTATCTGTTTCTCCATATATTTGGACGATCCATGACGAGT
TTTTTTCATATTT
C

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1DT65TF 806 0 0
GTCTTAAACATCGTT
GAGAGCTGTGTCGTAATACTCTGTAATACTATTAA*TCTCTGTATAAATT*CTAAGAGGT
CGATCTCCAGAGACATCGGGG*CATCAAGGAAAAGGCCAGCATCACTCAGACATTTTAGT
CTGGC*TTAGGGAAATGCCATTTTAACTGGTCACAGTGAAGTATCGCTGCAAGGCCTCCA
GAAGAACATCCAGAAAGCAGAACCTGCTTTGCTTCACGAAATCTGTTGTTTTCCATCAAG
TCTACCATAATACATCCCCATATTTGCTTTCCTCTAAACTGAAGTTTTGCATCCATATTT
TCGTTTCTTCCCATAAAGGATCCGCCATCACAGGACCTAACTTTTACTCTGTTCCAGTTA
TAAAAGTCTGGATTTTCCGCGGCTTTGTCACTTAGAATTCCTGTAAAAGGTATCTGTTTC
TCCATATATTTGGACGATCCATGACGAGTTTTTTTCATATTTATACAATCTTCAATGGTA
CCACACCATCCACCTCCCTCAAACTGAATGATCCAATTCTTTGCTCCTGAACCGGACCCG
GGATGAACATGATATCCGGAAGGACTTCCATCTAGACACAATGCTGATCTCTCATTAGCA
TTCTTAACGAAAGTGAGTTCTACCATTGTAGGCTTTGCTTTGGAATAGACATCATTTTCT
GTCTGATACACATTTGTCCCATTAGAATCTGGGAGCCTCTCCATCACCCCATTAACAGGG
AGCATTAAGATGACACCAAAAAGAGTGAGACTCCATAAAATTTTCTTCATTTCAAAGGAA
ACGCAAGGTCC

QA 16 806 16 806
DS 

RD RR1AP22TF 745 0 0
AAT
TTCTAAGAGGTCGATCTCCAGAGACATCGGGGGCATCAAGGAAAAGGCCAGCATCACTCA
GACATTTTAGTCTGGCCTTAGGGAAATGCCATTTTAACTGGTCACAGTGAAGTATCGCTG
CAAGGCCTCCAGAAGAACATCCAGAAAGCAGAACCTGCTTTGCTTCACGAAATCTGTTGT
TTTCCATCAAGTCTACCATAATACATCCCCATATTTGCTTTCCTCTAAACTGAAGTTTTG
CATCCATATTTTCGTTTCTTCCCATAAAGGATCCGCCATCACAGGACCTAACTTTTACTC
TGTTCCAGTTATAAAAGTCTGGATTTTCCGCGGCTTTGTCACTTAGAATTCCTGTAAAAG
GTATCTGTTTCTCCATATATTTGGACGATCCATGACGAGTTTTTTTCATATTTATACAAT
CTTCAATGGTACCACACCATCCACCTCCCTCAAACTGAATGATCCAATTCTTTGCTCCTG
AACCGGACCCGGGATGAACATGATATCCGGAAGGACTTCCATCTAGACACAATGCTGATC
TCTCATTAGCATTCTTAACGAAAGTGAGTTCTACCATTGTAGGCTTTGCTTTGGAATAGA
CATCATTTTCTGTCTGATACACATTTGTCCCATTAGAATCTGGGAGCCTCTCCATCACCC
CATTAACAGGGAGCATTAAGATGACACCAAAAAGAGTGAGACTCCATAAAATTTTCTTCA
TTTCAAAGGAAACGCAAGGTCC

QA 4 745 4 745
DS 



AS 1 6

CO CL1634Contig1 713 6 12 U
TTTTTTCAGTTAATTGTTACGTTGTTGTTTCGATTTAATATGGGTTTTCTGCTTTACAAA
TTTTGGGCTTTCTCTTTTTATTTAGTTTTGTGAAAGATAATAGCCCAGCCCGATTAGAAA
GAACAATCGTCTTCTTCAATCTACATAAACCGACAATAGCGTTGAATGGAGGTTGTGTGA
GAACAACATTCCAGAGGGATCTCTTGGTTGAACTTCTTTCGCGTCGTTTTATTTGAGACT
CTTCTCCTCCGTTACGGATCCCTTATAAGTTCAATCATTGTCATTAATGTCCATCTCCCC
CACTCCTTCCACAATATCACATTCATTGCATCTCTCATTTTCTTCCAGTCGGTAAATCTG
GAGCTATAAATAGCTTAGTTTGTCTTCGTGAAATTCATCACTTCTCTCTCCTTCTTGCTG
ACTTCAGAGACGATGACTGCAGCACCACCGCCGAGCTGCGGCTTCTGAAGATTTGGAAGG
CAGAAATGTGACCAATCCTCTGTTCCACGATCCACTTCACCAATCCTCCGTTCTCTTTCT
GACCACACAAGAAGAAGATCCTCGACCCAAGCGAGAATAGCTTATGTCCTTGACACCTTA
TGGAAGGCTCAATTTTCGCCGAAGATCTGATACTTTTTTCTTTTCTGCTTTGTTAATTAA
ACGTGAATTGTAAAAAAATTATGATACACAGCAGCACAGAAAGAGACCCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BS16JQ U 90
AF RR1G990JQ U 105
AF RR1G990TF C 307
AF RR1BS16TF C 90
AF RR1GW69JQ U 7
AF RR1GW69TF C 1
BS 1 6 RR1GW69TF
BS 7 89 RR1GW69JQ
BS 90 109 RR1BS16JQ
BS 110 111 RR1GW69JQ
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CCGACAATAGCGTTGAATGGAGGTTGTGTGAGAACAACATTCCAGAGGGATCTCTTGGTT
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GAAATTCATCACTTCTCTCTCCTCCTTGCTGACT

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DS 

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GTTGTGTGAAAACAACATTCCAAAGGGATCTCTTGGTTGAACTTCTTTCCCGTCGTTTTA
TTTGAAACTCTTCTCCTCCGTTACGGATCCCTTATAAGTTCAATCATTGTCATTAATGTC
CATCCCCCCCACTCCTTCCACAATATCACATTCATTGCATCTCTCATTTTCTTCCAGTCG
GTAAATCTGGAGCTATAAATAGCTTATTTTGTCTTCGTGAAATTCATCACTTCTCTCTCC
TTCTTGCTGACTTCA
AAAA

QA 8 322 8 322
DS 

RD RR1G990TF 135 0 0
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GAGACGATGACTGCA

QA 1 135 1 135
DS 

RD RR1BS16TF 544 0 0
GTGAAAGATAATAGCCCAGCTTGATTAGAAAGAACAATCGTCTTCTTCAATCTACATAAA
CCGACAATAGCGTTGAATGGAGGTTGTGTGAGAACAACATTCCAGAGGGATCTCTTGGTT
GAACTTCTTTCGCGTCGTTTTATTTGAGACTCTTCTCCTCCGTTACGGATCCCTTATAAG
TTCAATCATTGTCATTAATGTCCATCTCCCCCACTCCTTCCACAATATCACATTCATTGC
ATCTCTCATTTTCTTCCAGTCGGTAAATCTGGAGCTATAAATAGCTTAATTTGTCTTCGT
GAAATTCATCACTTCTCTCTCCTCCTTGCTGACTTCAGAGACGATGACTGCAGCACCACC
GCCGAGCTGCGGCTTCTGAAGATTTGGAAGGCAGAAATGTGACCAATCCCCTGTTCCACG
ATCCACTTCACCAATCCTCCGTTCTCTTTCTGACCACACAAGAAGAAGATCCTCGACCCA
AGCGAGAATAGCTTATGTCCTTGACACCTTATGGAAAGCTCAATTTTCGCCGAAGATCTG
AT
CC

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1GW69JQ 614 0 0
CAGTTAATTGTTACGTTGTTGTTTCGATTTAATATGGGTTTTCTGCTTTACAAATTTTGG
GCTTTCTCTTTTTATTTAGTTTTGTGAAAGATAATAGCCCAGCCCGATTAGAAAGAACAA
TCGTCTTCTTCAATCTACATAAACCGACAATAGCGTTGAATGGAGGTTGTGTGAGAACAA
CATTCCAGAGGGATCTCTTGGTTGAACTTCTTTCGCGTCGTTTTATTTGAGACTCTTCTC
CTCCGTTACGGATCCCTTATAAGTTCAATCATTGTCATTAATGTCCATCTCCCCAACTCC
TTCCACAATATCACATTCATTGCATCTCTCATTTTCTTCCAGTCGGTAAATCTGGAGCTA
TAAATAGCTTAGTTTGTCTTCGTGAAATTCATCACTTCTCTCTCCTTCTTGCTGACTTCA
GAGACGATGACTGCAGCACCACCGCCGAGCTGCGGCTTCTGAAGATTTGGAAGGCAGAAA
TGTGACCAATCCTCTGTTCCACGATCCACTTCACCAATCCTCCGTTCTCTTTCTGACCAC
ACAAGAAGAAGATCCTCGACCCAAGCGAGAATAGCTTATGTCCTTGACACCTTATGGAAG
GCTCAATTTTCGCC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1GW69TF 713 0 0
TTTTTTCAGTTAATTGTTACGTTGTTGTTTCGATTTAATATGGGTTTTCTGCTTTACAAA
TTTTGGGCTTTCTCTTTTTATTTAGTTTTGTGAAAGATAATAGCCCAGCCCGATTAGAAA
GAACAATCGTCTTCTTCAATCTACATAAACCGACAATAGCGTTGAATGGAGGTTGTGTGA
GAACAACATTCCAGAGGGATCTCTTGGTTGAACTTCTTTCGCGTCGTTTTATTTGAGACT
CTTCTCCTCCGTTACGGATCCCTTATAAGTTCAATCATTGTCATTAATGTCCATCTCCCC
AACTCCTTCCACAATATCACATTCATTGCATCTCTCATTTTCTTCCAGTCGGTAAATCTG
GAGCTATAAATAGCTTAGTTTGTCTTCGTGAAATTCATCACTTCTCTCTCCTTCTTGCTG
ACTTCAGAGACGATGACTGCAGCACCACCGCCGAGCTGCGGCTTCTGAAGATTTGGAAGG
CAGAAATGTGACCAATCCTCTGTTCCACGATCCACTTCACCAATCCTCCGTTCTCTTTCT
GACCACACAAGAAGAAGATCCTCGACCCAAGCGAGAATAGCTTATGTCCTTGACACCTTA
TGGAAGGCTCAATTTTCGCCGAAGATCTGATACTTTTTTCTTTTCTGCTTTGTTAATTAA
ACGTGAATTGTAAAAAAATTATGATACACAGCAGCACAGAAAGAGACCCCCCC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 6

CO CL1635Contig1 540 6 2 U
GGAATATAAACTTGATCCTTGCTAACCATCCTCAGTGACTTAAAAAGAACGAGTGAAATT
AAACATGAAGATAACTGTCTCCATATTCTTTGTTGCCTCACTTCTTCTTATCACTTCATC
CCTTGCTTCGCTAACGATCTCAGGTGGTGGTGGTGGTACTGGTGCGGTAGCTCCAGCGCC
GGAGATCAAAGATGGTGCAGAGTTAGAGAAATGGTGTGGAGGGAAGTGTGAAGTGAGATG
CGAAGAAGCAGGTATGAAGTATAGATGTTTGAAGTATTGTGGGATATGCTGCAAAGAGTG
TAAGTGTGTTCCTTCAGGAACTTACGGGAATAAGCACGAGTGTGCTTGCTATCATGACAA
GCTCAGCAGCAAAAAGACTCCCAAGTGTCCTTGATTATACATCTCGACCTCCATCCAAAT
TTAAAAAAATAAAAAAGAAAGATCCGGTGAACAATATATGGATCTTTTATGAGTTTTTTC
TTCAATTGTCCTTTGTAATTCCCGATGTTTTTTTTT*AATGACAAGTGATTCCCGGTGTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 

AF RR1BD52TF U 1
AF RR1BQ23JQ C 1
AF RR1DX28JQ C 159
AF RR1BQ23TF U 24
AF RR1DX28TF U 1
AF RR1BJ73TF U 35
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BS 538 540 RR1BQ23TF

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AAACATGAAGATAACTGTCTCCATATTCTTTGTTGCCTCACTTCTTCTTATCACTTCATC
CCTTGCTTCGCTAACGATCTCAGGTGGTGGTGGTGGTACTGGTGCGGTAGCTCCAGCGCC
GGAGATCAAAGATGGTGCAGAGTTAGAGAAATGGTGTGGAGGGAAGTGTGAAGTGAGATG
CGAAGAAGCAGGTATGAAGTATAGATGTTTGAAGTATTGTGGGATATGCTGCAAAGAGTG
TAAGTGTGTTCCTTCAGGAACTTACGGGAATAAGCACGAGTGTGCTTGCTATCATGACAA
GCTCAGCAGCAAAAAGACTCCCAAGTGTCCTTGATTATACATCTCGACCTCCATCCAAAT
TTAAAAAAATAAAAAAGAAAGATCCGGTGAACAATATATGGATCTTTTATGAGTTTTTTC
TTCAATTGTCCTTTGTAATTCCCGATGTTTTTTTTT*AATGACAAGTGATTCCCGGT
AG

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1BQ23JQ 540 0 0
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AAACATGAAGATAACTGTCTCCATATTCTTTGTTGCCTCACTTCTTCTTATCACTTCATC
CCTTGCTTCGCTAACGATCTCAGGTGGTGGTGGTGGTACTGGTGCGGTAGCTCCAGCGCC
GGAGATCAAAGATGGTGCAGAGTTAGAGAAATGGTGTGGAGGGAAGTGTGAAGTGAGATG
CGAAGAAGCAGGTATGAAGTATAGATGTTTGAAGTATTGTGGGATATGCTGCAAAGAGTG
TAAGTGTGTTCCTTCAGGAACTTACGGGAATAAGCACGAGTGTGCTTGCTATCATGACAA
GCTCAGCAGCAAAAAGACTCCCAAGTGTCCTTGATTATACATCTCGACCTCCATCCAAAT
TTAAAAAAATAAAAAAGAAGGATCCGGTGAACAATATATGGATCTTTTATGAGTTTTTTC
TTCAATTGTCCTTTGTAATTCCCGATGTTTTTTTTTTAATGACAAGTGATTCCCGGTGTT

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1DX28JQ 382 0 0
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GAGGGAAGTGTGAAATGAGATGCGAAGAAGCAGGTATGAAGTATAGATGTTTGAAGTATT
GTGGGATATGCTGCAAAGAGTGTAAGTGTGTTCCTTCAGGAACTTACGGGAATAAGCACG
AGTGTGCTTGCTATCATGACAAGCTCAGCAGCAAAAAGACTCCCAAGTGTCCTTGATTAT
ACATCTCGACCTCCATCCAAATTTAAAAAAATAAAAAAGAAAGATCCGGTGGACAATATA
TGGATCTTTTATGAGTTTTTTCTTCAATTGTCCTTTGTAATTCCCGATGTTTTTTTTT*A
ATGACAAGTGATTCCCGGTGTT

QA 1 382 1 382
DS 

RD RR1BQ23TF 517 0 0
AACCATCCTCAGTGACTTAAAAAGAACGAGTGAAATTAAACATGAAGATAACTGTCTCCA
TATTCTTTGTTGCCTCACTTCTTCTTATCACTTCATCCCTTGCTTCGCTAACGATCTCAG
GTGGTGGTGGTGGTACTGGTGCGGTAGCTCCAGCGCCGGAGATCAAAGATGGTGCAGAGT
TAGAGAAATGGTGTGGAGGGAAGTGTGAAGTGAGATGCGAAGAAGCAGGTATGAAGTATA
GATGTTTGAAGTATTGTGGGATATGCTGCAAAGAGTGTAAGTGTGTTCCTTCAGGAACTT
ACGGGAATAAGCACGAGTGTGCTTGCTATCATGACAAGCTCAGCAGCAAAAAGACTCCCA
AGTGTCCTTGATTATACATCTCGACCTCCATCCAAATTTAAAAAAATAAAAAAGAAGGAT
CCGGTGAACAATATATGGATCTTTTATGAGTTTTTTCTTCAATTGTCCTTTGTAATTCCC
GATGTTTTTTTTTTAATGACAAGTGATTCCCGGTGTT

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR1DX28TF 540 0 0
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AAACATGAAGATAACTGTCTCCATATTCTTTGTTGCCTCACTTCTTCTTATCACTTCATC
CCTTGCTTCGCTAACGATCTCAGGTGGTGGTGGTGGTACTGGTGCGGTAGCTCCAGCGCC
GGAGATCAAAGATGGTGCAGAGTTAGAGAAATGGTGTGGAGGGAAGTGTGAAATGAGATG
CGAAGAAGCAGGTATGAAGTATAGATGTTTGAAGTATTGTGGGATATGCTGCAAAGAGTG
TAAGTGTGTTCCTTCAGGAACTTACGGGAATAAGCACGAGTGTGCTTGCTATCATGACAA
GCTCAGCAGCAAAAAGACTCCCAAGTGTCCTTGATTATACATCTCGACCTCCATCCAAAT
TTAAAAAAATAAAAAAGAAAGATCCGGTGGACAATATATGGATCTTTTATGAGTTTTTTC
TTCAATTGTCCTTTGTAATTCCCGATGTTTTTTTTT*AATGACAAGTGATTCCCGGTGTT

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1BJ73TF 506 0 0
GG
GACTTAAAAAGAACGAGTGAAATTAAACATGAAGATAACTGTCTCCATATTCTTTGTTGC
CTCACTTCTTCTTATCACTTCATCCCTTGCTTCGCTAACGATCTCAGGTGGTGGTGGTGG
TACTGGTGCGGTAGCTCCAGCGCCGGAGATCAAAGATGGTGCAGAGTTAGAGAAATGGTG
TGGAGGGAAGTGTGAAGTGAGATGCGAAGAAGCAGGTATGAAGTATAGATGTTTGAAGTA
TTGTGGGATATGCTGCAAAGAGTGTAAGTGTGTTCCTTCAGGAACTTACGGGAATAAGCA
CGAGTGTGCTTGCTATCATGACAAGCTCAGCAGCAAAAAGACTCCCAAGTGTCCTTGATT
ATACATCTCGACCTCCATCCAAATTTAAAAAAATAAAAAAGAAAGATCCGGTGAACAATA
TATGGATCTTTTATGAGTTTTTTCTTCAATTGTCCTTTGTAATTCCCGATGTTTTTTTTT
*AATGACAAGTGATTCCCGGTGTT

QA 3 506 3 506
DS 



AS 1 4

CO CL1636Contig1 1203 4 9 U
GGAACCACGGGTTCCTGGAAAACAGAGGAAAAAAAAGAATCTCCTTTCTCCTCCCAGGGA
AAATGGGTAGCAAGATGCTGTTCAGTTTAACAAGCCTTCGACTCTTCTCCGCCGTTTCTC
GCAAACCCACCACCACTCCTTGTTTCTCGTCGAGGACTCAATGCTCTCAGCTCACCCCTG
GCCCTGGAAGATCGGTTCCCTTGAGAAAAAGATTCTTCCTGTTGCCTGCAAAAGCCACCA
CAGAGCAATCAGTGGGAGGAGAAGACGTGGATAGCAACATCATGCCTTACTGTAGCATCA
ACAAGGCTGAGAAGAAATCAATTGGTGAAATGGAACAAGAGTTTCTCCAAGCCATGCAAT
CGTTCTATTACGATGGCAAAGCGATCATGTCGAATGAGGAGTTTGATAACCTTAAAGAAG
AGCTCATGTGGGAAGGAAGCAGCGTTGTCATGCTAAGTTCTGATGAACAGAGGTTCTTGG
AAGCTTCGATGGCTTATGTTTCTGGAAATCCAATCCTCAATGATGAAGAATTTGATAATC
TCAAACTCAAACTAAAGATGGATGGTAGCGAGATTGTGTGCGAGGGTCCAAGATGCAGTC
TCCGTAGTAAAAAGGTGTATAGTGACCTCGCTGTAGATTACTTCAAAATGCTCTTGCTCA
ATGTTCCAGCATCCGTTGTTGCTCTTGGACTGTTTTTCTTCTTGGACGACATTACAGGTT
TTGAGATCACATACATCTTGGAACTTTCAGAGCCATTTAGTTTCATATTCACTTGGTTCG
CTGCCGTGCCTTTGATCGTATACCTGGCTTCAACCATCACCAAATTGATCATCAAAGACT
TCCTGATCTTGAAGGGTCCTTGTCCAAATTGTGGAACAGAGAATGTTTCCTTCTTTGGAA
CAATTCTTTCAATCTCCAGCGGTGGCAAAACCAACAATGTCAAATGCACCAACTGTGGAA
CCGCGATGGAGTATGACTCTGGTTCTAGGTTGATCACATTGCCAGAAGGAAGCTAAGCTT
GAACCCTGTGAGATGAAGATGGAAAAAGAAAGAATGGGTTTTTGTCAGAAGCAAAAATGG
ATTTGATGCCTGTATATTTAAGATCTTCCATGTTAGCTCTCCATCTCCTTCACATGATTT
CTGATTTGTAAGTACTGTGTAAGCAATAAGGGAAAATATTTAATGAATACTTCTTCACCA
ACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1EP49TF U 1
AF RR1FO61TF U 347
AF RR1AS32JQ C 659
AF RR1DC24JQ C 543
BS 1 700 RR1EP49TF
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RD RR1EP49TF 700 0 0
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GCAAACCCACCACCACTCCTTGTTTCTCGTCGAGGACTCAATGCTCTCAGCTCACCCCTG
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AGCTCATGTGGGAAGGAAGCAGCGTTGTCATGCTAAGTTCTGATGAACAGAGGTTCTTGG
AAGCTTCGATGGCTTATGTTTCTGGAAATCCAATCCTCAATGATGAAGAATTTGATAATC
TCAAACTCAAACTAAAGATGGATGGTAGCGAGATTGTGTGCGAGGGTCCAAGATGCAGTC
TCCGTAGTAAAAAGGTGTATAGTGACCTCGCTGTAGATTACTTCAAAATGCTCTTGCTCA
ATGTTCCAGCATCCGTTGTTGCTCTTGGACTGTTTTTCTT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1FO61TF 657 0 0
G
CAAGCCATGCAATCGTTCTATTACGATGGCAAAGCGATCATGTCGAATGAGGAGTTTGAT
AACCTTAAAGAAGAGCTCATGTGGGAAGGAAGCAGCGTTGTCATGCTAAGTTCTGATGAA
CAGAGGTTCTTGGAAGCTTCGATGGCTTATGTTTCTGGAAATCCAATCCTCAATGATGAA
GAATTTGATAATCTCAAACTCAAACTAAAGATGGATGGTAGCGAGATTGTGTGCGAGGGT
CCAAGATGCAGTCTCCGTAGTAAAAAGGTGTATAGTGACCTCGCTGTAGATTACTTCAAA
ATGCTCTTGCTCAATGTTCCAGCATCCGTTGTTGCTCTTGGACTGTTTTTCTTCTTGGAC
GACATTACAGGTTTTGAGATCACATACATCTTGGAACTTTCAGAGCCATTTAGTTTCATA
TTCACTTGGTTCGCTGCCGTGCCTTTGATCGTATACCTGGCTTCAACCATCACCAAATTG
ATCATCAAAGACTTCCTGATCTTGAAGGGTCCTTGTCCAAATTGTGGAACAGAGAATGTT
TCCTTCTTTGGAACAATTCTTTCAATCTCCAGCGGTGGCAAAACCAACAATGTCAAATGC
ACCAACTGTGGAACCGCGATGGAGTATGACTCTGGTTCTATGTTGATCACATTGCC

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR1AS32JQ 538 0 0
CAATGTTCCAGCATCCGTTGTTGCTCTTGGACTGTTTTTCTTCTTGGACGACATTACAGG
TTTTGAGATCACATACATCTTGGAACTTTCATAGCCATTTAGTTTCATATTCACTTGGTT
CGCTGCCGTGCCTTTGATCGTATACCTGGCTTCAACCATCACCAAATTGATCATCAAAGA
CTTCCTGATCTTGAAGGGTCCTTGTCCAAATTGTGGAACAGAGAATGTTTCCTTCTTTGG
AACAATTCTTTCAATCTCCAGCGGTGGCAAAACCAACAATGTCAAGTGCACCAACTGTGG
AACCGCGATGGAGTATGACTCTGGTTCTAGGTTGATCACATTGCCAGAAGGAGGCTAAGC
TTGAACCCTGTGAGATGAAGATGGAAAAGGAAAGAATGGGTTTTTGTCAGAAGCAAAAAT
GGATTTGATGCCTGTATATTTAAGATCTTCCATGTTAGCTCTCTATCTCCTTCACATGAT
TTCTGATTTGTAAGTACTGTGTAAGCAATAAGGGAAAATATTTAATGAATACTTCT
CC

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1DC24JQ 661 0 0
AAACTCAAACTAAAGATGGATGGTAGCGAGATTGTGTGCGAGGGTCCAAGATGCAGTCTC
CGTAGTAAAAAGGTGTATAGTGGTCTCGCTGTAGATTACTTCAAAATGCTATTGCTCAAT
GTTCCAGCATCCGTTGTTGCTCTTGGACTGTTTTTCTTCTTGGACGACATTACGGGTTTT
GAGATCACATACATCTTGGAGCTTTCAGAGCCATTTAGTTTCATATTCACTTGGTTCGCT
GCCGTGCCTTTGATCGTATACCTGGCTTCAACCATCACCAAATTGATCATCAAAGACTTC
CTGATCTTGAAGGGTCCTTGTCCAAATTGTGGAACAGAGAATGTTTCCTTCTTTGGAACA
ATTCTTTCAATCTCCAGTGGTGGCAAAACCAACAATGTCAAATGCACCAACTGTGGAACC
GCGATGGAGTATGACTCTGGTTCCAGGTTGATCACATTGCCAGAAGGAAGCTAAGCTTGA
ACCCTGTGAGATGAAGATGGGAAAAGAAAGAATGGGTTTT*GTCAGAAGCAAAAATGGAT
TTGATGCCTGTATATTTAAGATCTTCCATGTTAGCTCTCCATCTCCTTCACATGATTTCT
GATTTGTAAGTACTGTGTAAGCAATAAGGGAAAATATTTAATGAATACTTCTTCACCAAC
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 2 5

CO CL1637Contig1 573 2 1 U
AACAACAACATTTGTTTATTTGAATGAACAAAGCAATAATAACTCACGAAAACACACCAT
AAAAGGCTTATATTTCATCATACAAAACTCTCAAGCTACCGACAAAAAAAAAAAACAGTC
TAAATCCTTCCGAGGACCCTTTCGGCCGCAAAAATAGTGAACTGAATATCCTCAGGAGTG
TGAGCCAAGCTGGTAAACCCAGCCTCGAACTGAGACGGGGCAAAGTAAACACCTTCCTCC
AACATCCCCCTGAAAAACCTACCAAACTTCTCCGTGTCCCTCTTCTTCGCGTCAGCGAAG
TTGTACACCGGTCCTTCCGCGAAAAAAAAACCGAACATACCACTTATGTAACCCCCGCAC
ATCGGATGTCCTGTTTTCCTCCCTGCTTCCAAAATCCCGTTGGTCAGCTCCTTTGTGATC
TTGTCTAAATACTCGTACGTCCCTGGCTGCTTTAGCCGCTTCAGCGTGGGGATCCCTGCC
GTCATAGCCAGAGGGTTACCACTTAGTGTCCCAGCTTGGTACATAGGCCCTGCCGGAACA
ACCATCTCCATAATATCTCGTCTTCCACCGTAA


BQ
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CT

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DS 

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AACATCCCCCTGAAAAACCTACCAAACTTCTCCGTGTCCCTCTTCTTCGCGTCAGCGAAG
TTGTACACCGGTCCTTCCGCGAAAAAAAAACCGAACATACCACTTATGTAACCCCCGCAC
ATCGGATGTCCTGTTTTCCTCCCTGCTTCCAAAATCCCGTTGGTCAGCTCCTTTGTGATC
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GTCATAGCCAGAGGGTTACCACTTAGTGTCCCAGCTTGGTACATAGGCCCTGCCGGAACA
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DS 



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AACTGCTCTGGGGTTCTCATGCTCCTCGAAGATCTCGAAGAGACTCTCCTCCTCTCCGTC
TCCTCGCTGCTCCGTCAAGATGTCAGTCTCCGTCGACGAGAAGAAGAAGAGCTTCACCCT
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CCCTGTTCGAGCCTTCAAATCCGTCGGTGGCCAACCCGTTATGATCGACTCGGTCAAAGG
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AGCCGTCATCGGCCACGCAGACGACGAGGTTCTCGCGGCTCTAGCCGAGACCATGAAGAA
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CGCTGTTCCCAGCATCGAGATGGTTCGGTTTGTTAACTCCGGGACCGAGGCTTGTATGGG
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TTACCACGGTCACGCCAACGCCTTCCTCGTTAAAGCCGGTAGTGGTGTAGCCACTTTGGG
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TAATGATGTTGAAGCGGTTGCGAAGCTATTCGAGGCTCATAAGGGAGAGATCTCTGCGGT
TATTCTCGAACCTGTTGTTGGTAACTCTGGATTCATCGCTCCTACTCCTGAGTTCATCAA
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TGGGTTTCGTTTGGCTTACGGTGGAGCTCAGGAGTACTTTGGGATCACTCCTGACTTGAC
AACTCTTGGGAAGATCATCGGTGGTGGTCTTCCCGTGGGTGCTTACAGTGGAAGACGAGA
TATTATGGAGATGGTTGCTCCGGCAGGGCCTATGTACCAAGCTGGGACACTAAGTGGTAA
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AACAGGACATCCGATGTGCGGGGGTTACATAAGTGGTATGTTCGGTTTCTTTTTCGCGGA
AGACCGGTTTACAACTTCGCTGACGCGAAGAAGAGCGACACGGAGAAGTTTG


BQ
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AF RR1BX01TF U 1
AF RR1EZ23TF U 441
AF RR1ER59TF U 652
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TACTACCACCAACTCCCTCCGTCTCCGAGCAAAGATGTCGGCGACGCTAACGGGATCAGG
AACTGCTCTGGGGTTCTCATGCTCCTCGAAGATCTCGAAGAGACTCTCCTCCTCTCCGTC
TCCTCGCTGCTCCGTCAAGATGTCAGTCTCCGTCGACGAGAAGAAGAAGAGCTTCACCCT
TCAGAAATCCGAAGAAGCTTTCAACGCCGCCAAGAATCTAATGCCTGGAGGTGTGAACTC
CCCTGTTCGAGCCTTCAAATCCGTCGGTGGCCAACCCGTTATGATCGACTCGGTCAAAGG
CTCCAAGATGTGGGACATCGACGGTAATCAATACATCGACTACGTCGGCTCCTGGGGACC
AGCCGTCATCGGCCACGCAGACGACGAGGTTCTCGCGGCTCTAGCCGAGACCATGAAGAA
AGGAACCAGCTTCGGCGCTCCTTGTCTCCTCGAGAACGTTCTCGCTGAGATGGTTATCTC
CGCTGTTCCCAGCATCGAGATGGTTCGGTTTGTTAACTCCGGGACCGAGGCTTGTATGGG
CGTGCTCCGTCTCGCCAGAGCTTTTACTAACAAAGAGAAGTTTATTAAGTTCGAGGGATG
TTACCACGGTCACGCCAACGCCTTCCTCGTTAAA

QA 1 694 1 694
DS 

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G
CGACGAGGTTCTCGCGGCTCTAGCCGAGACCATGAAGAAAGGAACCAGCTTCGGCGCTCC
TTGTCTCCTCGAGAACGTTCTCGCTGAGATGGTTATCTCCGCTGTTCCCAGCATCGAGAT
GGTTCGGTTTGTTAACTCCGGGACCGAGGCTTGTATGGGCGTGCTCCGTCTCGCCAGAGC
TTTTACGAACAAAGAGAAGTTTATTAAGTTCGAAGGATGTTACCACGGTCACGCCAACGC
CTTCCTCGTTAAAGCCGGTAGTGGTGTAGCCACTTTGGGGTTACCTGACTCCCCTGGTGT
GTCTAAAGCGGCTACTTCGGATACTCTCACGGCTCCGTATAATGATGTTGAAGCGGTTGC
GAAGCTATTCGAGGCTCATAAGGGAGAGATCTCTGCGGTTATTCTCGAACCTGTTGTTGG
TAACTCTGGATTCATCGCTCCTACTCCTGAGTTCATCAACGGTTTGAGGAAGCTGAGTAA
AGACAATGGTGCTCTTTTGATCTTCGATGAGGTCATGACTGGGTTTCGTTTGGCTTACGG
TGGAGCTCAGGAGTACTTTGGGATCACTCCTGACTTGACAACTCTTGGGAAGATCATCGG
TGGTGGTCTTCCCGTGGGTGCTTACAGTGGAAGACGAGATATTATGGAGATGGTTGCTCC
CG

QA 2 661 2 661
DS 

RD RR1ER59TF 721 0 0
G
GAAGGATGTTACCACGGTCACGCCAACGCCTTCCTCGTTAAAGCCGGTAGTGGTGTAGCC
ACTTTGGGGTTACCTGACTCCCCTGGTGTGCCTAAAGCGGCTACTTCGGATACTCTCACG
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TCTGCGGTTATTCTCGAACCTGTTGTTGGTAACTCTGGATTCATCGCTCCTACTCCTGAG
TTCATCAACGGTTTGAGGAAGCTGAGTAAAGACAATGGTGCTCTTATGATCTTCGATGAG
GTCATGACTGGGTTTCGTTTGGCTTACGGTGGAGCTCAGGAGTACTTTGGGATCACTCCT
GACTTGACAACTCTTGGGAAGATCATCGGTGGTGGTCTTCCCGTGGGTGCTTACGGTGGA
AGACGAGATATTATGGAGATGGTTGCTCCGGCAGGGCCTATGTACCAAGCTGGGACACTA
AGTGGTAACCCTCTGGCTATGACGGCAGGGATCCACACGCTGAAGCGGCTAAAGCAGCCA
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GGGAGGAAAACAGGACATCCGATGTGCGGGGGTTACATAAGTGGTATGTTCGGTTTCTTT
TTCGCGGAAGACCGGTTTACAACTTCGCTGACGCGAAGAAGAGCGACACGGAGAAGTTTG

QA 2 721 2 721
DS 



AS 1 6

CO CL1638Contig1 1203 6 13 U
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TCAAACGACACGGTGAAACCTTTGTTTTTATATAATATCAGACTCCTACTTCTTCATCTG
TGAAACTTTTAAGCTAAAAATGGGTGTTGAAAAAATGGTGTGTTTGGTTTCTCGCACTGG
TCGTCAGTTTCAGAGATACAACAAAGGTCGTCGCCAAGTCGTCGGATGTATTCCGTACAG
ATTCAAGTTATCAAGCGATGGTAAAATTAGTGACGAGGTAGAAGTTCTTGTTATCTCTTC
TCAAAAAGGTCACGCCATGATGTTTCCTAAGGGTGGTTGGGAGCTTGATGAATCTGTAGA
AGAAGCTGCATCAAGAGAGTCTCTTGAAGAAGCTGGAGTTCTTGGCAACGTAGAGCATCA
GTTAGGAAAATGGGACTTTTTGAGCAAAAGCAGAGGAACATACTATGAAGGACTGATGTT
CCCTTTGCTTGTAACAGAACAACTTGAGCTTTGGCCTGAGCAACATGCTAGGCAAAGAGT
CTGGATGAACGTAGTTGACGCCAGAGAAGCCTGTAGAGATTGGTGGATGAAAGAAGCATT
AGATGTTTTGGTTGCGAGACTCTCGTCACCAATGATTCAACCAAAGGAAGAGAAGACTCT
TTCCATCTCTATTGAAACAATGTGCTGATGACTGCTGATTGTGATGGGAGTTTTTGGACT
AGTGGGTCTCTGTACATACAAATAGATGGGTTTCAATTAGTATTGAGACTGCTTAAGATC
AAAACAAATGCAGAGCCGGAAAACATAAATTATGAGTAGATTTTTAGGTTTAATTTGGAG
CAAAAAATTATCATGTGATTTAACAAGTCTTGTATGTCGTGTTTATAATGTTTTTGCAAG
ATTTGATTAAAGGGACGATGAAGTGTTACGAACCTAAACAAAGAAAGCAAGCAAAAACTG
TACAACTGTGTTTCCCTCAGTTTATGTTTTTCATCTCTCTTTGAATTTGCAATGGGAACA
CTTGATTCATGATGATTTTTGTGTTTGAGAAATATTTAATAATGCAAGTGGTGATACGTG
TCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1AV43TF U 1
AF RR1AN81TF U 1
AF RR1C389TF U 268
AF RR1CW46TF U 779
AF RR1CW46JQ C 505
AF RR1DP15JQ C 557
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QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1AN81TF 762 0 0
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CTGACAATAGATTCTTGGGCTCTTCTTTATTTCGACAGATTCTAATCCGTTATAGTTGTT
TCAAACGACACGGTGAAACCTTTGTTTTTATATAATATCAGACTCCTACTTCTTCATCTG
TGAAACTTTTAAGCTAAAAATGGGTGTTGAAAAAATGGTGTGTTTGGTTTCTCGCACTGG
TCGTCAGTTTCAGAGATACAACAAAGGTCTTCGCCAAGTCGTCGGATGTATTCCGTACAG
ATTCAAGTTATCAAGCGATGGTAAAATTAGTGACGAGGTAGAAGTTCTTGTTATCTCTTC
TCAAAAAGGTCACGCCATGATGTTTCCTAAGGGTGGTTGGGAGCTTGATGAATCTGTAGA
AGAAGCTGCATCAAGAGAGTCTCTTGAAGAAGCTGGAGTTCTTGGCAACGTAGAGCATCA
GTTAGGAAAATGGGACTTTTTGAGCAAAAGCAGAGGAACATACTATGAAGGACTGATGTT
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CTGGATGAACGTAGTTGACGCCAGAGAAGCCTGTAGAGATTGGTGGATGAAAGAAGCATT
AGATGTTTTGGTTGCGAGACCCTCGTCACCAATGATTCAACC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1C389TF 645 0 0
G
GAAAAAATGGTGTGTTTGGTTTCTCGCACTGGTCGTCAGTTTCAGAGATACAATAAAGGT
CGTCGCCAAGTCGTCGGGTGTATTCCGTACAGATTCAAGTTATCAAGCGATGGTAAAATT
AGTGACGAGGTAGAAGTTCTTGTTACCTCTTCTCAAAAAGGTCACGCCATGATGTTCCCT
AAGGGTGGTTGGGAGCTTGATGAATCTGTAGAAGAAGCTGCATCAAGAGAGTCTCTTGAA
GAAGCTGGAGTTCTTGGCAACGTAGAGCATCAGTTAGGAAAATGGGACTTTTTGAGCAAA
AGCAGAGGAACATACTATGAAGGACTGATGTTCCCTTTGCTTGTAACAGAACAACTTGAG
CTTTGGCCTGAGCAACATGCTAGGCAAAGAGTCTGGATGAACGTAGTTGACGCCAGAGAA
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GGTTTCAATTAGTATTGAGACTGCTTAAGATCAAAACAAATGCA

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR1CW46TF 165 0 0
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CTAGTGGGTCTCTGTACATACAAATAGATGGGTTTCAATTAGTATTGAGACTGCTTAAGA
TCAAAACAAATGCAGAGCCGGAAAACATAAATTATGAGTAGATTT

QA 1 165 1 165
DS 

RD RR1CW46JQ 614 0 0
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CAAAAGCAGAGGAACATACTATGAAGGACTGATGTTCCCTTTGCTTGTAACAGAACAACT
TGAGCTTTGGCCTGAGCAACATGCTAGGCAAAGAGTTTGGATGAACGTAGTTGACGCCAG
AGAAGCCTGTAGAGATTGGTGGATGAAAGAAGCATTAGATGTTTTGGTTGCGAGACTTTC
GTCACCAATGATTCAACCAAAGGAAGAGAAGACTCTTTCCATTTTTATTGAAACAATGTG
CTGATGACTGCTGATTGTGATGGGAGTTTTTGGACTAGTGGGTCTCTGTACATACAAATA
GATGGGTTTCAATTAGTATTGAGACTGCTTAAGATCAAAACAAATGCAGAGCCGGAAAAC
ATAAATTATGAGTAGATTTTTAGGTTTAATTTGGAGCAAAAAATTATCATGTGATTTAAC
AAGTCTTGTATGTCGTGTTTATAATGTTTTTGCAAGATTTGATTAAAGGGACGATGAAGT
GTTACGAACCTAAACAAAGAAAGCAAGCAAAAACTGTACAACTGTGTTTCCCTCAGTTTA
TGTTTTTCATCT
TT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1DP15JQ 647 0 0
TTTTTGAGCAAAAGCAGAGGAACATACTATGAAGGACTGATGTTCCCTTTGCTTGTAACA
GAACAACTTGAGCTTTGGCCTGAGCAACATGCTAGGCAAAGAGTCTGGATGAACGTAGTT
GACGCCAGAGAAGCCTGTAGAGATTGGTGGATGAAAGAAGCATTAGATGTTTTGGTTGCG
AGACTCTCGTCACCAATGATTCAACCAAAGGAAGAGAAGACTCTTTCCATCTCTATTGAA
ACAATGTGCTGATGACTGCTGATTGTGATGGGAGTTTTTGGACTAGTGGGTCTCTGTACA
TACAAATAGATGGGTTTCAATTAGTATTGAGACTGCTTAAGATCAAAACAAATGCAGAGC
CGGAAAACATAAATTATGAGTAGATTTTTAGGTTTAATTTGGAGCAAAAAATTATCATGT
GATTTAACAAGTCTTGTATGTCGTGTTTATAATGTTTTTGCAAGATTTGATTAAAGGGAC
GATGAAGTGTTACGAACCTAAACAAAGAAAGCAAGCAAAAACTGTACAACTGTGTTTCCC
TCAGTTTATGTTTTTCATCTCTCTTTGAATTTGCAATGGGAACACTTGATTCATGATGAT
TTTTGTGTTTGAGAAATATTTAATAATGCAAGTGGTGATACGTGTCG

QA 1 647 1 647
DS 



AS 2 6

CO CL1639Contig1 934 3 8 U
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ACTATTTTATTGCTCCAAAACCAAAGAAATTCACACTGTAAAGTGTAGAATTAAAAAAAA
AAACAATCTCGACTAATGAACCTATATTATCTATTTAGCTATACATTAACGGAGGCACTT
AAGATTGGCACACAGATAATAGAATCTAAGACTGACATAGGATCCTTCCAACACTGGAAG
CTTAAGAGTTCTGTCATGGCCTACACATAAGTATTCATTCTTTGGTATTAGCTTTAACAC
CGAGTAGGCATTTAAACTCTGCAACATGCACATACAGTGGCGTTAGCAAATCAAATACTG
AAAACAGCTTTGCATGTAGGGTTTGAATACTGCCCATTTCCTTACAAATAATCCACCAAT
CAGCCTCTGCTTTGCTTCACAAACTTTAAGCTGGGGATATGTCTGCCTCTGCATGCTTCA
GGCTCGCAAGTCTCTCTAGCTCTGCCTCTCTGTTTCAGTTCTGCTACTTCTTTGGCTTTG
TGAGCTCTATATCGCAAGCTTGTATGATCAACACGAAAGAGATCCTACTGTCTCAACCCA
GTGGTTCAGTGGCTGTTAAACCTTGTGCATGCCCAGCTGACGACTGGAGGTAAATAGAAG
ACTCGGCGAAATTTGTCGTTGGGAGACTTGCTGGGGGTGACGGAAAATTTCATGGCCGTA
GTTGTAGCTTCTTCGGTGGACGTTTTCGATTAGGGTTGATTGAAGATCAGATGGAACGCT
TTATATAGAAGGGGAAAGAGGGGAGGTGAAACGAAACAATTTCAAGAAGGTTTAAGGATC
ATGAATCGTGATTACGGTTACTGCGAAGTATAGAGAATTCGATCGGTGACTATGAACTGG
GAGAGTCGGGAAGAACAAAATTTTACGCTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE67JQ U 44
AF RR1AS44JQ U 1
AF RR1AS44TF C 146
BS 1 100 RR1AS44JQ
BS 101 101 RR1EE67JQ
BS 102 117 RR1AS44JQ
BS 118 118 RR1EE67JQ
BS 119 121 RR1AS44JQ
BS 122 123 RR1EE67JQ
BS 124 703 RR1AS44JQ
BS 704 934 RR1AS44TF

RD RR1EE67JQ 591 0 0
G
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QA 2 591 2 591
DS 

RD RR1AS44JQ 703 0 0
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A**CAATCTCGACTAATGAACCTATATTATCTATTTAGCTATACATTAACGGAGGCACTT
AAGATTGGCACACAGATAATAGAATCTAAGACTGACATAGGATCCTTCCAACACTGGAAG
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CGAGTAGGCATTTAAACTCTGCAACATGCACATACAGTGGCGTTAGCAAATCAAATACTG
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CAGCCTCTGCTTTGCTTCACAAACTTTAAGCTGGGGATATGTCTGCCTCTGCATGCTTCA
GGCTCGCAAGTCTCTCTAGCTCTGCCTCTCTGTTTCAGTTCTGCTACTTCTTTGGCTTTG
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ACTCGGCGAAATTTGTCGTTGGGAGACTTGCTGGGGGTGACGG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1AS44TF 789 0 0
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CTAAGACTGACATAGGATCCTTCCAACACTGGAAGCTTAAGAGTTCTGTCATGGCCTACA
CATAAGTATTCATTCTTTGGTATTAGCTTTAACACCGAGTAGGCATTTAAACTCTGCAAC
ATGCACATACAGTGGCGTTAGCAAATCAAATACTGAAAACAGCTTTGCATGTAGGGTTTG
AATACTGCCCATTTCCTTACAAATAATCCACCAATCAGCCTCTGCTTTGCTTCACAAACT
TTAAGCTGGGGATATGTCTGCCTCTGCATGCTTCAGGCTCGCAAGTCTCTCTAGCTCTGC
CTCTCTGTTTCAGTTCTGCTACTTCTTTGGCTTTGTGAGCTCTATATCGCAAGCTTGTAT
GATCAACACGAAAGAGATCCTACTGTCTCAACCCAGTGGTTCAGTGGCTGTTAAACCTTG
TGCATGCCCAGCTGACGACTGGAGGTAAATAGAAGACTCGGCGAAATTTGTCGTTGGGAG
ACTTGCTGGGGGTGACGGAAAATTTCATGGCCGTAGTTGTAGCTTCTTCGGTGGACGTTT
TCGATTAGGGTTGATTGAAGATCAGATGGAACGCTTTATATAGAAGGGGAAAGAGGGGAG
GTGAAACGAAACAATTTCAAGAAGGTTTAAGGATCATGAATCGTGATTACGGTTACTGCG
AAGTATAGAGAATTCGATCGGTGACTATGAACTGGGAGAGTCGGGAAGAACAAAATTTTA
CGCTTTTCC

QA 1 789 1 789
DS 



CO CL1639Contig2 930 3 17 U
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GATCCTTAAACCTTCTTGAAATTGTTTCGTTTCACCTCCCCTCTTTCCCCTTCTATATAA
AGCGTTCCATCTGATCTTCAATCAACCCTAATCGAAAACGTCCACCGAAGAAGCTACAAC
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CTTCTATTTACCTCCAGGCAGATACAATAACTGACCATTAAGCGCTTATTACTCTTCTTC
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GGATTATTTGTAAGGAAATGGGCAGTATTCAAACCCTACATGCAAAGCTGTTTTCAGTAT
TTGATTTGCTAACGCCACTGTATGTGCATGTTGCAGAGTTTAAATGCCTACTCGGTGTTA
AAGCTAATACCAAAGAATGAATACTTATGTGTAAGCCATGACAGAACTCTTAAAGCTTCC
AGTGTTGGAAGGATCCTATGTCAGTCTTAGATTCTATTATCTGTGTGCCAATCTTAAGTG
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TAATTCTACACTCTACAGTGTGAATTTCTTTGGTTTTGGAGCAATAAAATAGTTGATACT
TCGCCTTTAGATACTATCTGTTTGGTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EE67TF U 1
AF RR1BP73TF U 95
AF RR1BP73JQ C 97
BS 1 123 RR1EE67TF
BS 124 124 RR1BP73TF
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BS 816 833 RR1BP73TF
BS 834 930 RR1BP73JQ

RD RR1EE67TF 745 0 0
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GATTGT

QA 14 739 14 739
DS 

RD RR1BP73JQ 834 0 0
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CCCTTCTATATAAAGCGTTCCATCTGATCTTCAATCAACC*TAATCGAAA*CGTCCAC*G
AAGAAGCTACAACTACGGCCATGAAATTTTCCGTCACCCCCAGCAAGTCTCCCAACGACA
AATTTCGCCGAGTCTTCTATTTACCTCCAGGCAGATACAATAACTGACCATTAAGCGCTT
ATTACTCTTCTTCTAGATCCGATTTCGTCAGCTGGGCATGCACAAGGTTTAACAGCCACT
GAACCACTGGGTTGAGACAGTAGGATCTCTTTCGTGTTGATCATACAAGCTTGCGATATA
GAGCTCACAAAGCCAAAGAAGTAGCAGAACTGAAACAGAGAGGCAGAGCTAGAGAGACTT
GCGAGCCTGAAGCATGCAGAGGCAGACATATCCCCAGCTTAAAGTTTGTGAAGCAAAGCA
GAGGCTGATTGGTGGATTATTTGTAAGGAAATGGGCAGTATTCAAACCCTACATGCAAAG
CTGTTTTCAGTATTTGATTTGCTAACGCCACTGTATGTGCATGTTGCAGAGTTTAAATGC
CTACTCGGTGTTAAAGCTAATACCAAAGAATGAATACTTATGTGTAAGCCATGACAGAAC
TCTTAAAGCTTCCAGTGTTGGAAGGATCCTATGTCAGTCTTAGATTCTATTATCTGTGTG
CCAATCTTAAGTGCCTCCGTTAATGTATAGCTAAATAGATAATATAGGTTCATTAGTCGA
GATTGTTTTTTTTTAATTCTACACTCTACAGTGTGAATTTCTTTGGTTTTGGAGCAATAA
AATAGTTGATACTTCGCCTTTAGATACTATCTGTTTGGTTCAC

QA 12 834 12 834
DS 



AS 1 5

CO CL1640Contig1 858 5 13 U
CAACATATTTCATTGGTTTTGAGCAAATTATCCCACATATTTATTGTCTCAAGAAAATAC
ATAAATTACAACCGAAATTAAAGAGTTACTAAACAATCACCTGAGTATTAAATTATCCTG
CATTGCACGCTTTGGACAAATGAATAGAAAATCCAAGCCAAGATCAATAAACACTAAGTA
GATATAAATCTCTAGGGCGAGTTATTACATTTGATAATGAGTTTGCTTGCACCTATCTTC
TAAACCGACATATTTCCATTTGTGGTGACAAGAGTGAAGGCTCTGTCCCAATCTTGGCTA
ACAGATTCTTGAATCTTGTAGTCCCCAATGAAAGGACACCAAGCCTCTTCTACGCCGTTT
GTCCCTGACCAAATGACCTTCTCCGGGACATTCAGAAAATCAAAGTCCAACGGCTTTGGG
GGTGCGGGTGGTGGCTGCTCGTTAGCCTTTTTGTTGGGTTGGGCCACCCGCTTATAGCTT
CCTCGGTCTTCAGAACGTTGGGATTTGGTGTTACTGTTGCTAACCGCATTCTTGTTTTTC
TTTTTAGGAGTTCCGTGTTCCAAGTAGTACATCACCTCGGTCCTTGACCGGAACTTACGA
TTTGTGACAGGTTCGTAGTAAAACTTATCCACCAAACCAGCTTTGGTACCGGAGGTTCGA
ACCTTTTCTTCGGTTGTCCAACCAGGAGGCGGCGCCCAGTTATCCCCCGGAGATGCACGC
TTCTTCGGACTTGATTCCACCAGAAGACCCGTCTTTTCCGCCGGTGGTAGCGCCTGATCC
GTGCCGTTCGACATCCCCGAGCAATCCACTCTAGGTTTCCGTTAGAAGCAGGTCGATCTA
ATCGAACGGCGGTGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS33JQ U 103
AF RR1AT15JQ U 1
AF RR1AT15TF C 104
AF RR1FM81JQ U 110
AF RR1FM81TF C 110
BS 1 279 RR1AT15JQ
BS 280 280 RR1DS33JQ
BS 281 394 RR1AT15JQ
BS 395 395 RR1DS33JQ
BS 396 466 RR1AT15JQ
BS 467 467 RR1FM81JQ
BS 468 620 RR1AT15JQ
BS 621 621 RR1FM81JQ
BS 622 810 RR1AT15JQ
BS 811 825 RR1FM81JQ
BS 826 826 RR1FM81TF
BS 827 839 RR1AT15TF
BS 840 858 RR1FM81TF

RD RR1DS33JQ 514 0 0
GGGTATT
AAATTATCCTGCATTGCACGCTTTGGACAAATGAATAGAAAATCCAAGCCAAGATCAATA
AACACTAAGTAGATATAAATCTCTAGGGCGAGTTATTACATTTGATAATGAGTTTGCTTG
CACCTATCTTCTAAACCGACATATTTCCATTTGTGGTGACAAGAGTGAAGGCTCTGTCCC
AATCTTGGCTAACAGATTCTTGAATCTTGTAGTCCCCAATGAAAGGACACCAAGCCTCTT
CTACGCCGTTTGTCCCTGACCAAATGACCTTCTCCGGGACATTCAGAAAATCAAAGTCCA
ACGGCTTTGGGGGTGCGGGTGGTGGCTGCTCGTTAGCCTTTTTGTTGGGTTGGGCCAACC
GCTTATAGCTTCCTCGGTCTTCAGAACGTTGGGATTTGGTGTTGCTGTTGCTAACCGCAT
TCTTGTTTTTCTTTTTAGGAGTTCCGTGTTCCAAGTAGTACATCACCTCGGTCCTTGACC
GGAACTTACGATTTGTGACAGGTTCGT

QA 8 514 8 514
DS 

RD RR1AT15JQ 810 0 0
CAACATATTTCATTGGTTTTGAGCAAATTATCCCACATATTTATTGTCTCAAGAAAATAC
ATAAATTACAACCGAAATTAAAGAGTTACTAAACAATCACCTGAGTATTAAATTATCCTG
CATTGCACGCTTTGGACAAATGAATAGAAAATCCAAGCCAAGATCAATAAACACTAAGTA
GATATAAATCTCTAGGGCGAGTTATTACATTTGATAATGAGTTTGCTTGCACCTATCTTC
TAAACCGACATATTTCCATTTGTGGTGACAAGAGTGAAGACTCTGTCCCAATCTTGGCTA
ACAGATTCTTGAATCTTGTAGTCCCCAATGAAAGGACACCAAGCCTCTTCTACGCCGTTT
GTCCCTGACCAAATGACCTTCTCCGGGACATTCAAAAAATCAAAGTCCAACGGCTTTGGG
GGTGCGGGTGGTGGCTGCTCGTTAGCCTTTTTGTTGGGTTGGGCCAGCCGCTTATAGCTT
CCTCGGTCTTCAGAACGTTGGGATTTGGTGTTACTGTTGCTAACCGCATTCTTGTTTTTC
TTTTTAGGAGTTCCGTGTTCCAAGTAGTACATCACCTCGGTCCTTGACCGGAACTTACGA
TTTGTGACAGGTTCGTAGTAGAACTTATCCACCAAACCAGCTTTGGTACCGGAGGTTCGA
ACCTTTTCTTCGGTTGTCCAACCAGGAGGCGGCGCCCAGTTATCCCCCGGAGATGCACGC
TTCTTCGGACTTGATTCCACCAGAAGACCCGTCTTTTCCGCCGGTGGTAGCGCCTGATCC
GTGCCGTTCGACATCCCCGAGCAATCCACT

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1AT15TF 738 0 0
AGTATT
AAATTATCCTGCATTGCACGCTTTGGACAAATGAATAGAAAATCCAAGCCAAGATCAATA
AACACTAAGTAGATATAAATCTCTAGGGCGAGTTATTACATTTGATAATGAGTTTGCTTG
CACCTATCTTCTAAACCGACATATTTCCATTTGTGGTGACAAGAGTGAAGACTCTGTCCC
AATCTTGGCTAACAGATTCTTGAATCTTGTAGTCCCCAATGAAAGGACACCAAGCCTCTT
CTACGCCGTTTGTCCCTGACCAAATGACCTTCTCCGGGACATTCAGAAAATCAAAGTCCA
ACGGCTTTGGGGGTGCGGGTGGTGGCTGCTCGTTAGCCTTTTTGTTGGGTTGGGCCAGCC
GCTTATAGCTTCCTCGGTCTTCAGAACGTTGGGATTTGGTGTTACTGTTGCTAACCGCAT
TCTTGTTTTTCTTTTTAGGAGTTCCGTGTTCCAAGTAGTACATCACCTCGGTCCTTGACC
GGAACTTACGATTTGTGACAGGTTCGTAGTAGAACTTATCCACCAAACCAGCTTTGGTAC
CGGAGGTTCGAACCTTTTCTTCGGTTGTCCAACCAGGAGGCGGCGCCCAGTTATCCCCCG
GAGATGCACGCTTCTTCGGACTTGATTCCACCAGAAGACCCGTCTTTTCCGCCGGTGGTA
GCGCCTGATCCGTGCCGTTCGACATCCCCGAGCAATCCACTCTAGGTTTCCGTTAGCAGC
AGGTCGATCT
CC

QA 7 736 7 736
DS 

RD RR1FM81JQ 718 0 0
AAATTATCCTGCATTGCACGCTTTGGACAAATGAATAGAAAATCCAAGCCAAGATCAATA
AACACTAAGTAGATATAAATCTCTAGGGCGAGTTATTACATTTGATAATGAGTTTGCTTG
CACCTATCTTCTAAACCGACATATTTCCATTTGTGGTGACAAGAGTGAAGGCTCTGTCCC
AATCTTGGCTAACAGATTCTTGAATCTTGTAGTCCCCAATGAAAGGACACCAAGCCTCTT
CCAAGCCGTTTGTCCCTGACCAAATGACCTTCTCCGGGACATTCAGAAAATCAAAGTCCA
ACGGCTTTGGGGGTGCGGGTGGTGGCTGCTCGTTAGCCTTTTTGTTGGGTTGGGCCACCC
GCTTATAGCTTCCTCGGTCTTCAGAACGTTGTGATTTGGTGTTACTGTTCCTAACCGCAT
TCTTGTTTTTCTTTTTAGGAGTTCCGTGTTCCAAGTAGTACATCACCTCGGTCCTTGACC
GGAACTTACGATTTGTGACAGGTTCGTAGTAAAACTTATCCACCAAACCAGCTTTGGTAC
CGGAGGTTCGAACCTTTTCTTCGGTTGTCCAACCAGGAGGCGGCGCCCAGTTATCCCCCG
GAGATGCACGCTTCTTCGGCCTTGATTCCACCAGAAGACCCGTCTTTTCCGCCGGTGGTT
GCGCCTGATCCGTGCCGTTCGACATCCTGGAGCAATCCACTCTAGGTTTCCGTTAG
AA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1FM81TF 749 0 0
ATAAATAT
CTGCATTGCACGCTTTGGACAAATGAATAGAAAATCCA*GCCAAGATCAATAAACACTAA
GTAGATATAA*TCTCTAGGGCGAGTTATTACATTTGATAATGAGTTTGCTTGCACCTATC
TTCTAAACCGACATATTTCCATTTGTGGTGACAAGAGTGAAGGCTCTGTCCCAATCTTGG
CTAACAGATTCTTGAATCTTGTAGTCCCCAATGAAAGGACACCAAGCCTCTTCCAAGCCG
TTTGTCCCTGACCAAATGACCTTCTCCGGGACATTCAGAAAATCAAAGTCCAACGGCTTT
GGGGGTGCGGGTGGTGGCTGCTCGTTAGCCTTTTTGTTGGGTTGGGCCACCCGCTTATAG
CTTCCTCGGTCTTCAGAACGTTGTGATTTGGTGTTACTGTTCCTAACCGCATTCTTGTTT
TTCTTTTTAGGAGTTCCGTGTTCCAAGTAGTACATCACCTCGGTCCTTGACCGGAACTTA
CGATTTGTGACAGGTTCGTAGTAAAACTTATCCACCAAACCAGCTTTGGTACCGGAGGTT
CGAACCTTTTCTTCGGTTGTCCAACCAGGAGGCGGCGCCCAGTTATCCCCCGGAGATGCA
CGCTTCTTCGGCCTTGATTCCACCAGAAGACCCGTCTTTTCCGCCGGTGGTTGCGCCTGA
TCCGTGCCGTTCGACATCCTGGAGCAATCCACTCTAGGTTTCCGTTAGAAGCAGGTCGAT
CTAATCGAACGGCGGTGTCCC

QA 9 749 9 749
DS 



AS 2 6

CO CL1641Contig1 536 2 2 U
GGGGCATTTGCAGAAGCCTTGGACTCTGTCCCTATGGCTCTTGCAGAGAACAGTGGGTTG
CAGCCCATTGAGACTCTCTCTGCGGTTAAATCTCAGCAACTTAAGGAGAATATTCCTTTC
TATGGGATAGATTGCAATGACGTGGGAACAAACGATATGAGGGAGCAAAATGTGTTTGAA
ACATTGATCGGGAAGCAGCAGCAGATCTTGCTTGCAACTCAAGTCGTTAAGATGATTCTA
AAGATCGACGATGTCATCTCCAATTCTGAATACTGATGATGTTCTGCTAAAAAACCTTGG
TGCTAGCTACCCTGTGGCCTCTTGTTTTTTTGCTGTTTGCTTTAGCTTTTGATACTATTC
AACAACGTTGTTCCCCTCTTGCAAGCGTTTTTTTTAAAAGAAATGTCCTCATCGTGTGTT
CGTTATTTTAAATCTATCCTACTGTTTTTTGGAGATTGGACCAAACAGCATTCAGAAAGG
ATATTGTCAAACTTTAACTGTCTATCGAGTTTGCAGAGAAAATCATCTATTAGGAG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FH10JQ C 1
AF RR1FH10TF U 1
BS 1 1 RR1FH10JQ
BS 2 536 RR1FH10TF

RD RR1FH10JQ 536 0 0
GGGGCATTTGCAGAAGCCTTGGACTCTGTCCCTATGGCTCTTGCAGAGAACAGTGGGTTG
CAGCCCATTGAGACTCTCTCTGCGGTTAAATCTCAGCAACTTAAGGAGAATATTCCTTTC
TATGGGATAGATTGCAATGACGTGGGAACAAACGATATGAGGGAGCAAAATGTGTTTGAA
ACATTGATCGGGAAGCAGCAGCAGATCTTGCTTGCAACTCAAGTCGTTAAGATGATTCTA
AAGATCGACGATGTCATCTCCAATTCTGAATACTGATGATGTTCTGCTAAAAAACCTTGG
TGCTAGCTACCCTGTGGCCTCTTGTTTTTTTGCTGTTTGCTTTAGCTTTTGATACTATTC
AACAACGTTGTTCCCCTCTTGCAAGCGTTTTTTTTAAAAGAAATGTCCTCATCGTGTGTT
CGTTATTTTAAATCTATCCTACTGTTTTTTGGAGATTGGACCAAACAGCATTCAGAAAGG
ATATTGTCAAACTTTAACTGTCTATCGAGTTTGCAGAGAAAATCATCTATTAGGAG

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1FH10TF 536 0 0
G
GGGCATTTGCAGAAGCCTTGGACTCTGTCCCTATGGCTCTTGCAGAGAACAGTGGGTTGC
AGCCCATTGAGACTCTCTCTGCGGTTAAATCTCAGCAACTTAAGGAGAATATTCCTTTCT
ATGGGATAGATTGCAATGACGTGGGAACAAACGATATGAGGGAGCAAAATGTGTTTGAAA
CATTGATCGGGAAGCAGCAGCAGATCTTGCTTGCAACTCAAGTCGTTAAGATGATTCTAA
AGATCGACGATGTCATCTCCAATTCTGAATACTGATGATGTTCTGCTAAAAAACCTTGGT
GCTAGCTACCCTGTGGCCTCTTGTTTTTTTGCTGTTTGCTTTAGCTTTTGATACTATTCA
ACAACGTTGTTCCCCTCTTGCAAGCGTTTTTTTTAAAAGAAATGTCCTCATCGTGTGTTC
GTTATTTTAAATCTATCCTACTGTTTTTTGGAGATTGGACCAAACAGCATTCAGAAAGGA
TATTGTCAAACTTTAACTGTCTATCGAGTTTGCAGAGAAAATCATCTATTAGGAG

QA 2 536 2 536
DS 



CO CL1641Contig2 719 4 4 U
AAAAAAAAACGCTTGCAAGATGGGAACAACGTTGTTGAATTGTATCAAAAGCTAAAGCAA
ACA***AAAAAACAAGAGGCCAAAGGGTAGCTAGCACCAAGGTTTTTTAGCAGAACATCA
TCAGTATTCAGAATTGGAGATGACATCGTCGATCTTTAGAATCATCTTAACGACTTGAGT
TGCAAGCAAGATCTGCTGCTGCTTCCCGATCAATGTTTCAAACACATTTTGCTCCATCAT
ATCGTTTGTTCCCACGTCATTGCAATCTATCCCATAGAAAGGAATATTCTCCTTAAGTTG
CTGAGATTTAACCGCAGAGAGAGTCTCAATGGGCTGCAAACCACTGTTCTCTGCAAGAGC
CATAGGGACAGAGTCCAAGGCTTCTGCAAATGCCCTTATTGCATACTGCTCGACGCCAGG
GTATTTATCTGCAGCTGCATCAACTGCAAGCGAGCATGCGATTTCAGCTGCACCACCTCC
ATATACAATTGACTTATTGCGGATGAGATTCCTTGCCACACACAAAGCATCGTGGATACT
TCGCTTCGTTTCTTCTATCATCATTTTGTTACCTCCACGGATGAAAATAGTGACAGCTTT
TGAGTTCGCACAGTGCTCAATGTGCAGCATTCTTTCTTTTGTTGTGCCAAATGATTTTTC
ACGCACCATACCAGCCTTCCCTAGCTTCTCTGCGGTCAACTCCTGGAATCTTGGAACAA


BQ
10 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D887JQ U 148
AF RR1FR66JQ U 1
AF RR1FR66TF C 1
AF RR1D887TF C 2
BS 1 309 RR1FR66JQ
BS 310 310 RR1D887JQ
BS 311 616 RR1FR66JQ
BS 617 719 RR1D887TF

RD RR1D887JQ 327 0 0
GTCA
ATCTTTAAAATCATCTTAACGACTTGAGTTGCAAGCAAAATCTGCTGCTGCTTCCCGATC
AATGTTTCAAACACATTTTGCTCCCTCATATCGTTTGTTCCCACGTCATTGCAATCTATC
CCATAAAAAGGAATATTCTCCTTAAGTTGCTGAAATTTAACCGCAAAAAGAGTCTCAATG
GGCTGCAACCCACTGTTCTCTGCAAAAGCCATAGGGACAGAGTCCAAGGCTTCTGCAAAT
GCCCTTATTGCATACTGCTCGACGCCAGGGTATTTATCTGCAGCTGCGTCAACTGCAAGT
GAGCATGCGATTTCGGCTGCACC

QA 5 327 5 327
DS 

RD RR1FR66JQ 616 0 0
AAAAAAAAACGCTTGCAAGATGGGAACAACGTTGTTGAATTGTATCAAAAGCTAAAGCAA
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TCAGTATTCAGAATTGGAGATGACATCGTCGATCTTTAGAATCATCTTAACGACTTGAGT
TGCAAGCAAGATCTGCTGCTGCTTCCCGATCAATGTTTCAAACACATTTTGCTCCATCAT
ATCGTTTGTTCCCACGTCATTGCAATCTATCCCATAGAAAGGAATATTCTCCTTAAGTTG
CTGAGATTTGACCGCAGAGAGAGTCTCAATGGGCTGCAAACCACTGTTCTCTGCAAGAGC
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GTATTTATCTGCAGCTGCATCAACTGCAAGCGAGCATGCGATTTCAGCTGCACCACCTCC
ATATACAATTGACTTATTGCGGATGAGATTCCTTGCCACACACAAAGCATCGTGGATACT
TCGCTTCGTTTCTTCTATCATCATTTTGTTACCTCCACGGATGAAAATAGTGACAGCTTT
TGAGTTCGCACAGTGC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1FR66TF 616 0 0
A
AAAAAAAACGCTTGCAAGATGGGAACAACGTTGTTGAATTGTATCAAAAGCTAAAGCAAA
CA***AAAAAACAAGAGGCCAAAGGGTAGCTAGCACCAAGGTTTTTTAGCAGAACATCAT
CAGTATTCAGAATTGGAGATGACATCGTCGATCTTTAGAATCATCTTAACGACTTGAGTT
GCAAGCAAGATCTGCTGCTGCTTCCCGATCAATGTTTCAAACACATTTTGCTCCATCATA
TCGTTTGTTCCCACGTCATTGCAATCTATCCCATAGAAAGGAATATTCTCCTTAAGTTGC
TGAGATTTGACCGCAGAGAGAGTCTCAATGGGCTGCAAACCACTGTTCTCTGCAAGAGCC
ATAGGGACAGAGTCCAAGGCTTCTGCAAATGCCCTTATTGCATACTGCTCGACGCCAGGG
TATTTATCTGCAGCTGCATCAACTGCAAGCGAGCATGCGATTTCAGCTGCACCACCTCCA
TATACAATTGACTTATTGCGGATGAGATTCCTTGCCACACACAAAGCATCGTGGATACTT
CGCTTCGTTTCTTCTATCATCATTTTGTTACCTCCACGGATGAAAATAGTGACAGCTTTT
GAGTTCGCACAGTGC

QA 2 616 2 616
DS 

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T
AAAAAAACGCTTGCAAGA*GGGAACAACGTTGTTGAATAGTATCAAAAGCTAAAGCAAAC
AGCAAAAAAACAAGAGGCCACAGGGTAGCTAGCACCAAGGTTTTTTAGCAGAACATCATC
AGTATTCAGAATTGGAGATGACATCGTCGATCTTTAGAATCATCTTAACGACTTGAGTTG
CAAGCAAGATCTGCTGCTGCTTCCCGATCAATGTTTCAAACACATTTTGCTCCCTCATAT
CGTTTGTTCCCACGTCATTGCAATCTATCCCATAGAAAGGAATATTCTCCTTAAGTTGCT
GAGATTTAACCGCAGAGAGAGTCTCAATGGGCTGCAACCCACTGTTCTCTGCAAGAGCCA
TAGGGACAGAGTCCAAGGCTTCTGCAAATGCCCTTATTGCATACTGCTCGACGCCAGGGT
ATTTATCTGCAGCTGCGTCAACTGCAAGTGAGCATGCGATTTCGGCTGCACCGCCTCCAT
ATACAATTGACTTATTGCGGATGAGATTCCTTGCCACACACAAAGCATCGTGGATACTAC
GCTTCGTTTCTTCTATCATCATTTTGTTACCTCCACGGATGAAAATAGTGACAGCTTTTG
AGTTCGCACAGTGCTCAATGTGCAGCATTCTTTCTTTTGTTGTGCCAAATGATTTTTCAC
GCACCATACCAGCCTTCCCTAGCTTCTCTGCGGTCAACTCCTGGAATCTTGGAACAA

QA 2 718 2 718
DS 



AS 1 4

CO CL1642Contig1 732 4 6 U
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CGACATAAGTGTTGGGAACCCAGTGGGGAAATTAGCTGGGAGGATTGTGATTGGTTTGTT
TGGTGATGATGTTCCCCAAACTGTTGAGAACTTCCGTGCTCTTTGTACTGGTGAGAAGGG
TTTTGGCTACAAGGGTTCAACTTTCCACCGTGTCATCAGAGATTTCATGATTCAGGGTGG
AGACTTTGACAAGGGCAATGGGACTGGAGGTAAAAGTGTATATGGCCGGACATTCAAGGA
TGAGAATTTCAATTTATCCCATGTCGGACCAGGAGTTGTGAGTATGGCAAATGCTGGCCC
TAATACAAATGGAAGTCAGTTCTTCATCTGCACTGCTAAGACGTCATGGCTGGACGGTAG
GCATGTGGTGTTCGGGCAAGTTATAGAAGGAATGGATGTGGTGAGGCTTATAGAGGAACA
AGAGACAGACAGAGGCGACCGTCCCAGAAAGAAGGTGATCATTGCAGATTGTGGTCAACT
TCCAATGTCTGAAGCTTAAGTAACAACAACACATCTAAAACACAAAACGTTTTGACAATG
AGATGGGAGTTGTATTATGCGTTTGCATTTTTACACGCTTTCTTTTGTGAAATGGATTCA
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GTAAAGCTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH42JQ C 1
AF RR1EU33JQ C 433
AF RR1EU33TF U 433
AF RR1BC46TF U 68
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RD RR1GH42JQ 697 0 0
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CGACATAAGTGTTGGGAACCCAGTGGGGAAATTAGCTGGGAGGATTGTGATTGGTTTGTT
TGGTGATGATGTTCCCCAAACTGTTGAGAACTTCCGTGCTCTTTGTACTGGTGAGAAGGG
TTTTGGCTACAAGGGTTCAACTTTCCACCGTGTCATCAGAGATTTCATGATTCAGGGTGG
AGACTTTGACAAGGGCAATGGGACTGGAGGTAGAAGTGTATATGGCCGGACATTCAAGGA
TGAGAATTTCAATTTATCCCATGTCGGACCAGGAGTTGTGAGTATGGCAAATGCTGGCCC
TAATACAAATGGAAGTCAGTTCTTCATCTGCACTGTTAAGACGTCATGGCTGGACGGTAG
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AGAGACAGACAGAGGCGACCGTCCCAGAAAGAAGGTGATCATTGCAGATTGTGGTCAACT
TCCAATGTCTGAAGCTTAAGTAACAACAACACATCTAAAACACAAAACGTTTTGACAATG
AGATGGGAGTTGTGTTATGCGTTTGCATTTTTACACGCTTTCTTTTGTGAAATGGATTCA
AGTCCCTTTGTAATAAGATCAATTTCAGTTTCT
TCTT

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DS 

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G
GGGCAAGTTATAGAAGGAATGGATGTGGTGAGGCTTATAGAGGAACAAGAGACAGACAGA
GGCGACCGTCCCAGAAAGAAGGTGATCATTGCAGATTGTGGTCAACTTCCAATGTCTGAA
GCTTAAGTAACAACAACACATCTAAAACACAAAACGTTTTGACAATGAGATGGGAGTTGT
ATTATGCGTTTGCATTTTTACACGCTTTCTTTTGTGAAATGGATTCAAGTCCCTTTGTAA
TAAGATCAATTTCAGTTTCT
CC

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DS 

RD RR1EU33TF 263 0 0
G
GGGCAAGTTATAGAAGGAATGGATGTGGTGAGGCTTATAGAGGAACAAGAGACAGACAGA
GGCGACCGTCCCAGAAAGAAGGTGATCATTGCAGATTGTGGTCAACTTCCAATGTCTGAA
GCTTAAGTAACAACAACACATCTAAAACACAAAACGTTTTGACAATGAGATGGGAGTTGT
ATTATGCGTTTGCATTTTTACACGCTTTCTTTTGTGAAATGGATTCAAGTCCCTTTGTAA
TAAGATCAATTTCAGTTTCT
CC

QA 2 261 2 261
DS 

RD RR1BC46TF 665 0 0
G
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ATGTTCCCCAAACTGTTGAGAACTTCCGTGCTCTTTGTACTGGTGAGAAGGGTTTTGGCT
ACAAGGGTTCAACTTTCCACCGTGTCATCAGAGATTTCATGATTCAGGGTGGAGACTTTG
ACAAGGGCAATGGGACTGGAGGTAAAAGTGTATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATT
TCAATTTATCCCATGTCGGACCAGGAGTTGTGAGTATGGCAAATGCTGGCCCTAATACAA
ATGGAAGTCAGTTCTTCATCTGCACTGCTAAGACGTCATGGCTGTACGGTAGGCATGTGG
TGTTCGGGCAAGTTATAGAAGGAATGGATGTGGTGAGGCTTATAGAGGAACAAGAGACAG
ACAGAGGCGACCGTCCCAGAAAGAAGGTGATCATTGCAGATTGTGGTCAACTTCCAATGT
CTGAAGCTTAAGTAACAACAACACATCTAAAACACAAAACGTTTTGACAATGAGATGGGA
GTTGTATTATGCGTTTGCATTTTTACACGCTTTCTTTTGTGAAATGGATTCAAGTCCCTT
TGTAATAAGATCAATTTCAGCTTCTTCTTTTTGATCACTTTGACTTTGAGAGGTAAAGCT
GAGC

QA 2 665 2 665
DS 



AS 1 5

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GGGGGGAAGAATAAAAAAGGCATAACGAGAGAGGTAAGGTAATGGGTGGTGAGGGAGGAG
ATGAAACAAGTGAGATGGAATCGGAGAAGAGTCTTGGTCGACCTATCTCCACGGTCGTCT
TCGTCACCGCTATGCAAGCGGAGGCTCAACCTCTGGTCAACAAGTTGGGACTCTCCGAAA
CTACTTGTGATGATTCTCCGCTTGGTGGTAGTAAAGGATTGCCGTGGGTTGTGTATCAAG
GTTTTCATAGACATCTTCGTATCTATGTTGTCTGCCCCGGCAAGGATTCTTCTTTAGGGA
TTGATTGTGTTGGAACTGTTCCTTCTTCTCTCGTTACCTTTGCTTCTATCCAAGCCTTAC
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TAGGCGATGTATTTCTTGCATCTGATGTTGTCTTCCATGATCGTAGAATACCTATCCCTA
TGTTTGATCTGTATGGAGTTGGTCTTCGTCAGGCATTCTCAACCCCCAATCTCCTCAACC
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ATGAATCACTCATCATTGCCAATGATGCAACGCTTAAGGACATGGAGGGTGCTGCCGTGG
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TTTGCAGTATAAACTCATTCCTGGTGATTACATTACTCCACAATAGTGGCTTCAGTTCTC
GAGACGTTTCTTGTTTTTGTTTCAAGTGTTCTATCTATATCAATTTTGGTTGTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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AF RR1D314TF U 1
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GTTTTCATAGACATCTTCGTATCTATGTTGTCTGCCCCGGCAAGGATTCTTCTTTAGGGA
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DS 

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GTGTATCAAGGTTTTCATAGACATCTTCGTATCTATGTTGTCTGCCCCGGCAAGGATTCT
TCTTTAGGGATTGATTGTGTTGGAACTGTTCCTTCTTCTCTCGTTACCTTTGCTTCTATC
CAAGCCTTACACCCTGACATTCTTATCAATGCCGGTACCTGCGGTGCCTTTAAGGTTAAA
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CCTATCCCTATGTTTGATCTGTATGGAGTTGGTCTTCGTCAGGCATTCTCAACCCCCAAT
CTCCTCAACCACCTCAATCTCAAGATTGGCAGGTTATCTACTGGTGACTCCTTGGATATG
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CTT

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GATTGCCGTGGGTTGTGTATCAAGGTTTTCATAGACATCTTCGTATCTATGTTGTCTGCC
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CCTTTAAGGTTAAAGGAGCCAACATAGGCGATGTATTTCTTGCATCTGATGTTGTCTTCC
ATGATCGTAGAATACCTATCCCTATGTTTGATCTGTATGGAGTTGGTCTTCGTCAGGCAT
TCTCAACCCCCAATCTCCTCAACCACCTCAATCTCAAGATTGGCAGGTTATCTACTGGTG
ACTCCTTGGATATGTCCACCCAAGATGAATCACTCATCATTGCCAATGATGCAACGCTTA
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AGAACTTGGCACTTGTGACCTCTGCGCTAGAGGAA*CTGCCACTAATGTCATTAGCTTCA
TCAATGGCAAA*CCCTCTCAGACCTTTA*CTATCATATCTACTTGTGTTTCT

QA 1 832 1 832
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GCTTGGTGGTAGTAAAGGATTGCCGTGGGTTGTGTATCAAGGTTTTCATAGACATCTTCG
TATCTATGTTGTCTGCCCCGGCAAGGATTCTTCTTTAGGGATTGATTGTGTTGGAACTGT
TCCTTCTTCTCTCGTTACCTTTGCTTCTATCCAAGCCTTACACCCTGACATTCTTATCAA
TGCCAGTACCTGCGGTGCCTTTAAGGTTAAAGGAGCCAACATAGGCGATGTATTTCTTGC
ATCTGATGTTGTCTTCCATGATCGTAGAATACCTATCCCTATGTTTGATCTGTATGGAGT
TGGTTTTCGTCAGGCATTCTCAACCCCCAATCTCCTCAACCACCTCAATCTCAAGATTGG
CAGGTTATCTACTGGTGACTCCTTGGATATGTCCACCCAAGATGAATCACTCATCATTGC
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GAAAGTACCAGTAATTTTCTTAAAAGCAGTGACCGATCTCATCGACGGTGATAAACCGAC
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TGTGTTTCTTTTAACCAGGCTTAAGCTGCGTTCCAGCATCATTTGCAGTATAAACTCATT
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DS 

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CGTTCCAGCATCATTTGCAGTATAAACTCATTCCTGGTGATTACATTACTCCACAATAGT
GGCTTCAGTTCTCGAGACGTTTCTTGTTTTTGTTTCAAGTGTTCTATCTATATCAATTTT
GGTTGTCTTTT

QA 1 251 1 251
DS 



AS 1 6

CO CL1644Contig1 1097 6 12 U
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CCTACTGACAAAGTCTTCGTCATGAACAGTGAGAAACCCAAAGAAAAAACAACCGAGAGA
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TCATCGATCACACTCTGGAAGTGTTTCGGCAATTGAGGCCTCTTCTTTTTGTAGGTCGGA
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CCATTTTTCAAGGATATGCTGGTTTGGATTGGCGACTGCCACTAGGAATGATTCAAAGCT
GTTCCCGTACACCCACACGGAATCAACAGCTTGAACTTCACCATAGATGTTTTCCAAGTT
CTCTACCGCAACATACTCTCCTTGTGAGAGTTTAAAGATATTCTTCTTCCTGTCAATTAT
CTTCATGCTTCCATTTGGTTGCCATTCACCAACATCACCTGTGTGCAGCCATCCATCGAT
AAGAACCTCTTTTGTGAGGTCTTCACGTTTGTAGTATCCAGAGAAAAGGGTCTTTCCCCT
AATGCAGATTTCACCACGTGGAGTACTTGCAAGAGCATCATATTCCATCTCGGGTACAGA
TTCAAGGCGTATATCCACGTTTGGCACTGGTGGTCCAACTGTCCCGAGCATGTCCAGTCG
GTCCGGCATCGAGAAAC


BQ
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35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET27TF C 1
AF RR1D324JQ U 170
AF RR1DQ58JQ U 170
AF RR1GD31JQ U 241
AF RR1DQ58TF C 271
AF RR1D324TF C 466
BS 1 170 RR1ET27TF
BS 171 447 RR1D324JQ
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BS 1057 1097 RR1D324TF

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C

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DS 

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G
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DS 

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A
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GATAGAAGAGCCTACTGACAAAGTCTTCGTCATGAACAGTGAGAAACCCAAAGAAAAAAC
AACCGAGAGAGATATTTGAGGAGGGATTTACTTTCTGGAAGCTAAGCTCTCATTGGTAGT
CTTGTACATTTCATCGATCACACTCTGGAAGTGTTTCGGCAATTGAGGCCTCTTCTTTTT
GTAGGTCGGAGTGAGAAGGTCGCGTTCCATGTCAAATGGCACTGGGTCTAGATGAACCGC
CTTGATGATCTCGAACCCC*TTCATCTTCTTCTCTTTGCCCATTTTCACAAGTTCTCCGA
GGATGAACTCCTTTGCCTTGGCGTTTTGACAGAGAGCGTTGTAGTCACCGCTCACACCGT
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ATTCAAAGCTGTTCTCGTACACCCACACGGAATCAACAGCTTGAACTTCACCATAGATGT
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DS 

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GATATTTGAGGAGGGATTTACTTTCTGGAAGCTAAGCTCTCATTGGTAGTCTTGTACATT
TCATCGATCACACTCTGGAAGTGTTTCAGCAATTGAGGCCTCTTCTTTTTGTAGGTCGGA
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CTATGAATA
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AAAGAAAAA*CAACCGAGAGAGATATT*GAGGAGGGATTTACTTTCTGGAAGCTAAGCTC
TCATTGGTAGTCTTGTACATTTCATCGATCACACTCTGGAAGTGTTTCGGCAATTGAGGC
CTCTTCTTTTTGTAGGTCGGAGTGAGAAGGTCGCGTTCCATGTCAAATGGCACTGGGTCT
AGATGAACCGCCTTGATGATCTCGAACCCC*TTCATCTTCTTCTCTTTGCCCATTTTCAC
AAGTTCTCCGAGGATGAACTCCTTTGCCTTGGCGTTTTGACAGAGAGCGTTGTAGTCACC
GCTCACACCGTTTTCTACAGCCCATTTTTCAAGGATATGCTGGTTTGGATTGGCGACTGC
CACTAGGAATGATTCAAAGCTGTTCTCGTACACCCACACGGAATCAACAGCTTGAACTTC
ACCATAGATGTTTTCCAAGTTCTCTACCGCAACATACTCTCCTTGTGAGAGTTTAAAGAT
ATTCTTCTTCCTGTCAATTATCTTCATGCTTCCATTTGGTTGCCATTCACCAACATCACC
TGTGTGCAGCCATCCATCGATAAGAACCTCTTTTGTGAGGTCTTCACGTTTGTAGTATCC
AGAGAAAAGGGTCTTTCCCCTAATGCAGATTTCACCACGTGGAGTACTTGCAAGAGCATC
ATATTCCATCTCGGGTACAGATTCAAGGCGTATATCCACGTTTGGCACTGGTGGTCC
C

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DS 

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ACCGCCTTGATGATCTCGAGCCCCCTTCATCTTCTTCTCTTTGCCCATTTTCACAAGTTC
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ACCGTTTTCTGCAGCCCATTTTTCAAGGATATGCTGGTTTGGATTGGCGACTGCCACTAG
GAATGATTCAAAGCTGTTCCCGTACACCCACACGGAATCAACAGCTTGAACTTCACCATA
GATGTTTTCCAAGTTCTCTACCGCAACATACTCTCCTTGTGAGAGTTTAAAGATATTCTT
CTTCCTGTCAATTATCTCCATGCTTCCATTTGGTTGCCATTCACCAACATCACCTGTGTG
CAGCCATCCATCGATAAGAACCTCTTTTGTGAGGTCTTCACGTTTGTAGTATCCAGAGAA
AAGGGTCTTTCCCCTAATGCAGATTTCACCACGTGGAGTACTTGCAAGAGCATCATATTC
CATCTCGGGTACAGATTCAAGGCGTATATCCACGTTTGGCACTGGTGGTCCAACTGTCCC
GAGCATGTCCAGTCGGTCCGGCATCGAGAAAC

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DS 



AS 1 5

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TTCATCCTCGTTGAGCATCCTGTGAAGCTCGTCCCTGGCTTCAACAACACGGTCACGATC
GTTGCTGTCAACAACAAAGATAAGACCCTGTGTGTTCTGGAAGTAGTGTCTCCACAAAGG
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AGTTTCAACATTGAAACCAATGGTGGG*AATGGTGGTGACGATCTCACCAAGCTTGAGCT
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TTTTTTCTTTTCTTTCGAAGAAACAACGCCGCACGAGATCTGATGCCTAGATGCTCCTCC
TCCCCCTTCCTACGTTTCACGATTTTCTTTTCTTTTGTTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR83JQ U 16
AF RR1F520JQ U 1
AF RR1H140JQ U 1
AF RR1H140TF C 29
AF RR1F520TF C 208
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RD RR1DR83JQ 684 0 0
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TCTTACCAGCAGCATC
TCCTTCTT

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TCTT

QA 1 724 1 724
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GTTCATTGCGTTGGGGAGATCTTGTTTGTTAGCAAAAACAAGCAAAACTGCATCCCTCAA
TTCATCCTCGTTGAGCATCCTGTGAAGCTCGTCCCTGGCTTCAACAACACGGTCACGATC
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ACGGATCTTATCCTGACCCCCGACATCCCAGACGGTGAAGCTAATGTTCTTGTATTCCAC
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TGTAGAGGATGGTAGTCTTACCAGCAGCATCGAGACCAACCATAAGGATCCTCATCTCCT
TCTTCGCAAACAGCCTACTGAACAGCTTTCCAAATGATACCC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1H140TF 749 0 0
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TGAGTTTCAGATGCGAGACGTAGAAGAAGAAGAACATATGATAATAAAATCTTGGTTTCG
TTTTTTATAGTACTAGCGAAACGGACCCCTTCCTTGATTAACAAGCAAGGAGGAATCTTG
CAACCTCCTTTCTATGCCTTGTTAGCGATGTTGTTGGAGAGCCAGTCAAGTCCCTCGTAG
AGTCCTTCTCCAGAGGTGGCACATGTGCTCTGAATGTACCAGTGACGTTGGCGGAGAGAG
TGAAGGCCATGCTTGTCAGTAATCTCAGCGGCGTTCATTGCGTTGGGGAGATCTTGTTTG
TTAGCAAAAACAAGCAAAACTGCATCCCTCAATTCATCCTCGTTGAGCATCCTGTGAAGC
TCGTCCCTGGCTTCAACAACACGGTCACGATCGTTGCTGTCAACAACAAAGATAAGACCC
TGTGTGTTCTGGAAGTAGTGTCTCCACAAAGGACGGATCTTATCCTGACCCCCGACATCC
CAGACGGTGAAGCTAATGTTCTTGTATTCCACAGTTTCAACATTGAAACCAATGGTGGG*
AATGGTGGTGACGATCTCACCAAGCTTGAGCTTGTAGAGGATGGTAGTCTTACCAGCAGC
ATCGAGACCAACCATAAGGATCCTCATCTCCTTCTTCGCAAACAGCCTACTGAACAGCTT
TCCAAATGATACCCCCATCTCTCCCTTCC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1F520TF 674 0 0
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GTGAAGGCCAAGCTTGTCAGTAATCTCAGCGGCGTTCATTGCGTTGGGGAGATCTTGTTT
GTTAGCAAAAACAAGCAAAACTGCATCCCTCAATTCATCCTCGTTGAGCATCCTGTGAAG
CTCGTCCCTGGCTTCAACAACACGGTCACGATCGTTGCTGTCAACAACAAAGATAAGACC
CTGTGTGTTCTGGAAGTAGTGTCTCCACAAAGGACGGATCTTGTCCTGACCCCCGACATC
CCAGACGGTGAAACTAATGTTCTTGTATTCCACAGTTTCAACATTGAAACCAATGGTGGG
*AATGGTGGTGACGATCTCACCAAGCTTGAGCTTGTAGAGGATGGTAGTCTTACCAGCAG
CATCGAGACCAACCATAAGGATCCTCATCTCCTTCTTCGCAAACAGCCTACTGAACAGCT
TTCCAAATGATACCCCCATCTCTCCCTTCCTTTTTTTTTCTTTTCTTTCGAAGAAACAAC
GCCGCACGAGATCTGATGCCTAGATGCTCCTCCTCCCCCTTCCTACGTTTCACGATTTTC
TTTTCTTTTGTTCC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 6

CO CL1646Contig1 987 6 14 U
GGATCGCTTCCTCTCTCTTTACGTTGGTTGGATCGAAAAAAATGGCGGAAGAATCGGAGA
AACCTGTGCACACGGAAGAGTCTCTGATGGAGAAAATAGCTGAGAAGATCCACGATCACG
ATTCATCATCGTCGTCGGACTCGGAGCACGAGCAACCGGAGTCTCCGTCGGCTTTGAAGG
CGAAGATATACCGTTTGTTTGGTAGAGAGAAGCCTGTTCACAAGGTCCTCGGCGGTGGCT
TGCCCGCTGATGTGTTCTTGTGGAGGGACAAAAAGCTCTCAGCCGCTGTTCTTGGTGTAG
CGACTGCCATTTGGGTCCTGTTCGAGTTGGTTGAGTATCATTTGTTGAGTCTTGCGGGTC
ACATTTTGATATTCTCACTCGCTGCCATGTTTTTGTGGTCTAATGCTCACGCCTTTATGA
AAAAGCCTCCACCTAAAATTCCTGAGATCCATGTTAAAGAGGAACACTTCCTTTTGATTG
CTTCTGCACTGAGAAACGAGCTGAACCAGGCCTTCGTTATCCTAAGGAGCATTGCATTAG
GAAGGGACTTGAAGAAGTTTCTCATGGTGGTTGTTGGGCTGTGGATAATCTCGGTTGTGG
GCAACTGGTTCAACTTCTTGACCCTTGTCTACATATGTTTT*GTGGTGTTGCATACAGTA
CCGATGATGTATGAGAAACATGAGGACAAGGTGGATCCAGTGGCGGAGAAGACGATAAAT
GAACTGAAGAAACATTACATGGTTTTCGATGAGAAAGTTCTTTCTAAGATCCCTCTTGCT
TCCCTGAAAGCAAAGTTGGGTTAGACACTTTATAATGAAAGTAACTATCTCTCTATATCC
CCTTTGACGTTTTGCTCTGGTCTTGGGGCTTTTCTGTTTCTTTATATTTCTACACAAGAC
TCGTTAAGAATCTGTTACTCTGTTTTTACTTGTGTTCATTTGTCTCATTTGGCGTGAGCA
TTTTTGGGCTATTTGATGTGAACAATG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G160TF U 1
AF RR1G630TF U 1
AF RR1G525TF U 113
AF RR1G630JQ C 219
AF RR1G160JQ C 292
AF RR1G525JQ C 341
BS 1 424 RR1G160TF
BS 425 641 RR1G630TF
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BS 643 684 RR1G630TF
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BS 768 801 RR1G525TF
BS 802 987 RR1G630JQ

RD RR1G160TF 424 0 0
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CGAAGATATACCGTTTGTTTGGTAGAGAGAAGCCTGTTCACAAGGTCCTCGGCGGTGGCT
TGCCCGCTGATGTGTTCTTGTGGAGGGACAAAAAGCTCTCAGCCGCTGTTCTTGGTGTAG
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ACATTTTGATATTCTCACTCGCTGCCATGTTTTTGTGGTCTAATGCTCACGCCTTTATGA
AAAA

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR1G630TF 745 0 0
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ATTCATCATCGTCGTCGGACTCGGAGCACGAGCAACCGGAGTCTCCGTCGGCTTTGAAGG
CGAAGATATACCGTTTGTTTGGTAGAGAGAAGCCTGTTCACAAGGTCCTCGGCGGTGGCT
TGCCCGCTGATGTGTTCTTGTGGAGGGACAAAAAGCTCTCAGCCGCTGTTCTTGGTGTAG
CGACTGCCATTTGGGTCCTGTTCGAGTTGGTTGAGTATCATTTGTTGAGTCTTGCGGGTC
ACATTTTGATATTCTCACTCGCTGCCATGTTTTTGTGGTCTAATGCTCACGCCTTTATGA
AAAAGCCTCCACCTAAAATTCCTGAGATCCATGTTAAAGAGGAACACTTCCTTTTGATTG
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GAAGGGACTTGAAGAAGTTTCTCATGGTGGTTGTTGGGCTGTGGATAATCTCGGTTGTGG
GCAACTGGTTCAACTTCTTGACCCTTGTCTACATATGTTTTTGTGGTGTTGCATACAGTA
CCGATGATGTATGAGAAACATGAG*ACAAG*TGGATCCAGTGGCGGAGAAGACGATAAAT
GAACTGAAGAA*CATTACATGGTTT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1G525TF 689 0 0
G
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GGTGGCTTGCCCGCTGATGTGTTCTTGTGGAGGGACAAAAAGCTCTCAGCCGCTGTTCTT
GGTGTAGCGACTGCCATTTGGGTCCTGTTCGAGTTGGTTGAGTATCATTTGTTGAGTCTT
GCGGGTCACATTTTGATATTCTCACTCGCTGCCATGTTTTTGTGGTCTAATGCTCACGCC
TTTATGAAAAAGCCTCCACCTAAAATTCCTGAGATCCATGTTAAAGAGGAACACTTCCTT
TTGATTGCTTCTGCACTGAGAAACGAGCTGAACCAGGCCTTCGTTATCCTAAGGAGCATT
GCATTAGGAAGGGACTTGAAGAAGTTTCTCATGGTGGTTGTTGGGCTGTGGATAATCTCG
GTTGTGGGCAACTGGTTCAACTTCTTGACCCTTGTCTACATATGTTTT*GTGGTGTTGCA
TACAGTACCGATGATGTATGAGAAACATGAGGACAAGGTGGATCCAGTGGCGGAGAAGAC
GATAAATGAACTGAAGAAACATTACATGGTTTTCGATGAGAAAGTTCTTTCTA*GATCCC
TCTTGCTTCCCTGAAAGCAAAGTTGGGT

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR1G630JQ 769 0 0
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TCAGCCGCTGTTCTTGGTGTAGCGACTGCCATTTGGGTCCTGTTCGAGTTGGTTGAGTAT
CATTTGTTGAGTCTTGCGGGTCACATTTTGATATTCTCACTCGCTGCCATGTTTTTGTGG
TCTAATGCTCACGCCTTTATGAAAAAGCCTCCACCTAAAATTCCTGAGATCCATGTTAAA
GAGGAACACTTCCTTTTGATTGCTTCTGCACTGAGAAACGAGCTGAACCAGGCCTTCGTT
ATCCTAAGGAGCATTGCATTAGGAAGGGACTTGAAGAAGTTTCTCATGGTGGTTGTTGGG
CTGTGGATAATCTCGGTTGTGGGCAACTGGTTCAACTTCTTGACCCTTGTCTACATATGT
TTT*GTGGTGTTGCATACAGTACCGATGATGTATGAGAAACATGAGGACAAGGTGGATCC
AGTGGCGGAGAAGACGATAAATGAACTGAAGAAACATTACATGGTTTTCGATGAGAAAGT
TCTTTTTAAGATCCCTCTTGCTTCCCTGAAAGCAAAGTTGGGTTAGACACTTTATAATGA
AAGTAACTATCTCTCTATATCCCCTTTGACGTTTTGCTCTGGTCTTGGGGCTTTTCTGTT
TCTTTATATTTCTACACAAGACTCGTTAAGAATCTGTTACTCTGTTTTTACTTGTGTTCA
TTTGTCTCATTTGGCGTGAGCATTTTTGGGCTATTTGATGTGAACAATG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1G160JQ 696 0 0
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TTGCGGGTCACATTTTGATATTCTCACTCGCTGCCATGTTTTTGTGGTCTAATGCTCACG
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TTTTGATTGCTTCTGCACTGAGAAACGAGCTGAACCAGGCCTTCGTTATCCTAAGGAGCA
TTGCATTAGGAAGGGACTTGAAGAAGTTTCTCATGGTGGTTGTTGGGCTGTGGATAATCT
CGGTTGTGGGCAACTGGTTCAACTTCTTGACCCTTGTCTACATATGTTTT*GTGGTGTTG
CATACAGTACCGATGATGTATGAGAAACATGAGGACAAGGTGGATCCAGTGGCGGAGAAG
ACGATAAATGAACTGAAGAAACATTACATGGTTTTCGATGAGAAAGTTCTTTCTAAGATC
CCTCTTGCTTCCCTGAAAGCAAAGTTGGGTTAGACACTTTATAATGAAAGTAACTATCTC
TCTATATCCCCTTTGACGTTTTGCTCTGGTCTTGGGGCTTTTCTGTTTCTTTATATTTCT
ACACAAGACTCGTTAAGAATCTGTTACTCTGTTTTTACTTGTGTTCATTTGTCTCATTTG
GCGTGAGCATTTTTGGGCTATTTGATGTGAACAATG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1G525JQ 647 0 0
TTTGTTGAGTCTTGCGGGTCACATTTTGATATTCTCACTCGCTGCCATGTTTTTGTGGTC
TAATGCTCACGCCTTTATGAAAAAGCCTCCACCTAAAATTCCTGAGATCCATGTTAAAGA
GGAACACTTCCTTTTGATTGCTTCTGCACTGAGAAACGAGCTGAACCAGGCCTTCGTTAT
CCTAAGGAGCATTGCATTAGGAAGGGACTTGAAGAAGTTTCTCATGGTGGTTGTTGGGCT
GTGGATAATCTCGGTTGTGGGCAACTGGTTCAACTTCTTGACCCTTGTCTACATATGTTT
T*GTGGTGTTGCATACAGTACCGATGATGTATGAGAAACATGAGGACAAGGTGGATCCAG
TGGCGGAGAAGACGATAAATGAACTGAAGAAACATTACATGGTTTTCGATGAGAAAGTTC
TTTCTAAGATCCCTCTTGCTTCCCTGAAAGCAAAGTTGGGTTAGACACTTTATAATGAAA
GTAACTATCTCTCTATATCCCCTTTGACGTTTTGCTCTGGTCTTGGGGCTTTTCTGTTTC
TTTATATTTCTACACAAGACTCGTTAAGAATCTGTTACTCTGTTTTTACTTGTGTTCATT
TGTCTCATTTGGCGTGAGCATTTTTGGGCTATTTGATGTGAACAATG

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 6

CO CL1647Contig1 872 6 9 U
GATCCTCCCACCCTAAGAACTTTCGAAATCCTAAGAGCCATGTCGCTCACGATCCCGACG
AACCTCGTCCTCAACAAGTCACTCACCCAATCCGTACCTAAATCCACCGCGAGATTCGTC
TGCTCCAATGACAAATCCGCAACGCCGCAGCAACAGCAGTCCATGAAGGCTTTCTCCGCG
GCCGTAGCTCTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCCGATATCTCG
GGCTTAACCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAACAGATCAAG
AAGCTCGAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAGAGCGCCCCTGCTCTTGCTCTTAAC
GCTCAGATCGAGAAGACCAAGCGCAGGTTTGACAACTACGGCAAGTACGGGCTCCTCTGC
GGTGCAGACGGGCTACCACACTTGATAGTCAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGAGTTC
ATAACACCAGGACTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTCGGAAGAAGC
TACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCCATGAAAGAGATCATTATCGATGTT
CCATTGGCTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCCATTGCTGCTTACAGAGCG
TTACTCAATGGTGATCTCATCGCCAAGGATGTCTAGAAACATATCTGCTTTTCATCTTTT
GTTTGCTTCTTTCTCTATCGCTCTTGTGTTTTCCATTGTATGTATTCAATCTCTTTCTTA
AAAAGAAAATTATGTATTCAATCTCTTGTTAACTCTTCTTGTCTCTGCAATATTGACAAA
AATATATTATGATTTTTGTTCCGAGATTAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV78JQ C 138
AF RR1BL64TF U 1
AF RR1DU02TF U 8
AF RR1DU02JQ C 130
AF RR1H385TF U 296
AF RR1BL64JQ C 577
BS 1 400 RR1BL64TF
BS 401 401 RR1DU02TF
BS 402 504 RR1BL64TF
BS 505 505 RR1DU02TF
BS 506 687 RR1BL64TF
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BS 779 842 RR1H385TF
BS 843 872 RR1BL64JQ

RD RR1BV78JQ 466 0 0
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CATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCCGATATCTCGGGCTTAACCCCTTGCAA
GGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAACAGATCAAGAAGCTCGAATCATCTCT
TAAGCTCTACGCTCCTGAGAGCGCCCCTGCTCTTGCTCTTAACGCTCAGATCGAGAAGAC
CAAGCGCAGGTTTGACAACTACGGCAAGTACGGGCTCCTCTGCGGTGCAGACGGGCTATC
ACACTTGATAGTCAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGAGTTCATAACACCAGGACTTCT
CTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTCGGAAGAAGCTACTTGATAGCGATCAG
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CCCC

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1BL64TF 792 0 0
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AACCTCGTCCTCAACAAGTCACTCACCCAATCCGTACCTAAATCCACCGCGAGATTCGTC
TGCTCCAATGACAAATCCGCAACGCCGCAGCAACAGCAGTCCATGAAGGCTTTCTCCGCG
GCCGTAGCTCTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCCGATATCTCG
GGCTTAACCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAACAGATCAAG
AAGCTCGAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAGAGCGCCCCTGCTCTTGCTCTTAAC
GCTCAGATCGAGAAGACCAAGCGCAGGTTTGACAACTACGACAAGTACGGGCTCCTCTGC
GGTGCAGACGGGCTACCACACTTGATAGTCAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGAGTTC
ATAACACCAGGACTTCTCTTCCTCCACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTCGGAAGAAGC
TACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCCATGAAAGAGATCATTATCGATGTT
CCATTGGCTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCCATTGCTGCTTACAGAGCG
TTACTCAATGGTGATCTCATCGCCAAG*ATGTCTAGAAACATATCTGCTTTTCATCTTTT
GTTTGCTTCTTTCTCTATCGCTCTTGTGTTTTCCATTGTATGTATTCAATCTCTTTCT
AAAAGAAATATGTA

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1DU02TF 771 0 0
GG
ACCCTAAGAACTTTCGAAATCCTAAGAGCCATGTCGCTCACGATCCCGACGAACCTCGTC
CTCAACAAGTCACTCACCCAATCCGTACCTAAATCCACCGCGAGATTCGTCTGCTCCGAT
GACAAATCCGCAACGCCGCAGCAACAGCAGTCCATGAAGGCTTTCTCCGCGGCCGTAGCT
CTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCCGATATCTCGGGCTTAACC
CCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAACAGATCAAGAAGCTCGAA
TCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAGAGCGCCCCTGCTCTTGCTCTTAACGCTCAGATC
GAGAAGACCAAGCGCAGGTTTGACAACTACGGCAAGTACGGGCTCCTCTGCGGTGCAGAC
GGGCTACCACACTTGATAGTCAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGAGTTCATAACACCA
GGACTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTCGGAAGAAGCTACTTGATA
GCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCCATGAAAGAGATCATTATCGATGTTCCATTGGCT
AGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCCATTGCTGCTTACAGAGCGTTACTCAAT
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TTTCTCTATCGCTCTTGTGTTT*CCATTGTATGTATTCAATCTCTTTCT

QA 3 771 3 771
DS 

RD RR1DU02JQ 685 0 0
GACAAATCCGCAACGCCGCAGCAACAGCAGTCCATGAAGGCTTTCTCCGCGGCCGTAGCT
CTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCCGATATCTCGGGCTTAACC
CCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAACAGATCAAGAAGCTCGAA
TCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAGAGCGCCCCTGCTCTTGCTCTTAACGCTCAGATC
GAGAAGACCAAGCGCAGGTTTGACAACTACGGCAAGTACGGGCTCCTCTGCGGTGCAGAC
GGGCTACCACACTTGATAGTCAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGAGTTCATAACACCA
GGACTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTCGGAAGAAGCTACTTGATA
GCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCCATGAAAGAGATCATTATCGATGTTCCATTGGCT
AGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCCATTGCTGCTTACAGAGCGTTACTCAAT
GGTGATCTCATCGCCAAGGATGTCTAGAAACATATCTGCTTTTCATCTTTTGTTTGCTTC
TTTCTCTATCGCTCTTGTGTTTTCCATTGTATGTATTCAATCTCTTTCTTAAAAAGAAAA
TTATGTATTCAATCTCTTGTTA
ACT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1H385TF 547 0 0
G
CAAGAAGCTCGAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAGAGCGCCCCTGCTCTTGCTCT
TAACGCTCAGATCGAGAAGACCAAGCGCAGGTTTGACAACTACGGCAAGTACGGGCTCCT
CTGCGGTGCAGACGGGCTACCACACTTGATAGTCAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGA
GTTCATAACACCAGGACTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTCGGAAG
AAGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCCATTAAAGAGATCATTATCGA
TGTTCCATTGGCTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCCATTGCTGCTTACAG
AGCGTTACTCAATGGTGATCTCATCGCCAAGGATGTCTAGAAACATATCTGCTTTTCATC
TTTTGTTTGCTTCTTTCTCTATCGCTCTTGTGTTTTCCATTGTATGTATTCAATCTCTTT
CTTAAAAAGAAAATTATGTATTCAATCTCTTGTTAACTCTTCTTGTCTCTGCAATATTGA
CAAAAA

QA 2 547 2 547
DS 

RD RR1BL64JQ 296 0 0
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TGGCCCATTGCTGCTTACAGAGCGTTACTCAATGGTGATCTCATCGCCAAGGATGTCTAG
AAACATATCTGCTTTTCATCTTTTGTTTGCTTCTTTCTCTATCGCTCTTGTGTTTTCCAT
TGTATGTATTCAATCTCTTTCTTAAAAAGAAAATTATGTATTCAATCTCTTGTTAGCTCT
TCTTGTCTCTGCAATATTGACAAAAATATATTATGATTTTTGTTCCGAGATTAATC

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DS 



AS 1 6

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GCGGCGACAATGGGAACCACGACTACAACAACGACCACAACTACCACAGACGGAACTGGA
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ACGGAGAGGCCGTCTACAAAGGTTCATGCTGCTCCTGGTGGAGGATCTTCTCTTGGTTAT
CTCTTTGGTGGACCAAGTGCTTCTGCTGATTCTCCAAAGAAATGAAGTTTGCTTTTGTCT
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CAATTAAA*CATTGTGTGATTCATTGTGATGGAGGGCAATGTTT*GAGTTTGGTCTGTTC
TTGTGTGCTTGTAGACATCTTAAAACGTTGTGTTTTTTTTTCTTTCTAAAATTACAAGAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 25 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB09TF U 1
AF RR1FP66TF U 1
AF RR1F547TF U 31
AF RR1F913TF U 318
AF RR1F913JQ C 326
AF RR1FP66JQ C 183
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TTGTGTGCTTGTAGACATCTTAAAACGTTGTGTTTTTTTTT
TTCTTTC

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ACGGAGAGGCCGTCTACAAAGGTTCATGCTGCTCCTGGTGGAGGATCTTCTCTTGGTTAT
CTCTTTGGTGGACCAAGTGCTTCTGCTGATTCTCCAAAGAAATGAAGTTTGCTTTTGTCT
GTTGGCTCCTTCAGATTTGTAAATCATCAAAAAAATGTGTGGCTATTTATCGTCCTCCAT
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TTGTGTGCTTGTAGACATCTTAAAACGTTGTGTTT

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ACGACCACAACTACCACAGACGGAACTGGAGGGAGACCGATAACGACCACGACGACCACG
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TCTCCAAAGAAATGAAGTTTGCTTTTGTCTGTTGGCTCCTTCAGATTTGTAAATCATCAA
AAAAATGTGTGGCTATTTATCGTCCTCCATCAATTAAA*CATTGTGTGATTCATTGTGAT
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TGTTTTTTTTTCTTTCTAAAATTACAAGAA

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DS 

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GGGGGGGGGG
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CGAAAAAATGTGTGGCTATTTATCGTCCTCCATCAATTAAA*CATTGTGTGATTCATTGT
GATGGAGGGCAATGTTT*GAGTTTGGGCGGTTCTTGTGTGCTTGTAGACATCTTAAAACG
TTGTGTTTTTTTTT
CTTTCTAAAAT

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DS 

RD RR1F913JQ 330 0 0
GG
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GCTGCTCCTGGTGGAGGATCTTCTCTTGGTTATCTCTTTGGTGGACCAAGTGCTTCTGCT
GATTCTCCAAAGAAATGAAGTTTGCTTTTGTCTGTTGGCTCCTTCAGATTTGTAAATCAT
CAAAAAAATGTGTGGCTATTTATCGTCCTCCATCAATTAAA*CATTGTGTGATTCATTGT
GATGGAGGGCAATGTTT*GAGTTTGGTCTGTTCTTGTGTGCTTGTAGACATCTTAAAACG
TTGTGTTTTTTTTT
CTTTCTAAAATTAC

QA 3 316 3 316
DS 

RD RR1FP66JQ 455 0 0
GGG
GACAATGGGAACCACGACTACAACAACGACCACAACTACCACAGACGGAACTGGAGGGAG
ACCGATAACGACCACGACGACCACGGTCACTGAGAATAAGAAGATACCTGCAGGTGTTAG
AGGAAGTCCTAATAATTACTTCAGATCAGAAGGCCAAAACTGTGGCAACTTCCTCACGGA
GAGGCCGTCTACAAAGGTTCATGCTGCTCCTGGTGGAGGATTTTTTCTTGGTTATCTCTT
TGGTGGACCAAGTGCTTTTGCTGATTCTCCAAAGAAATGAAGTTTGCTTTTGTCTGTTGG
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AAA*CATTGTGTGATTCATTGTGATGGAGGGCAATGTTT*GAGTTTGGTCTGTTCTTGTG
TGCTTGTAGACATCTTAAAACGTTGTGTTTTT

QA 4 455 4 455
DS 



AS 3 6

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CGTTGCGAGTGATACTTACACAGACGACCTCATGGCACCTCTCATTCACCGAGGAAAGCA
GCGTTCTGAGCCAGAGCAAGAGTTGGATACAGATGTTTTGCCGTCTTCAAGCGTAGGGGC
ATCCATGGAGGAAGATCCAGCTCTGGAATATGAGCTTGCGGCTTTAAGAGAGGCCACAGA
CTCGGGGCTTACGTATCTCCTGGCTCATGGAGATGTGAGGGCGAAGAAGAATTCGATATT
TGTGAAGAAGCTTGTGATTAATTACTTGTATGCGTTTCTGAGAAGGAACTGCAGAGCTGG
GGCTGCCAATCTCACTGTTCCTCATATGAACATCTTGCAAGCTGGCATGACTTATATGGT
CTAAGTGTTTTGATACTTTGTGATCATCTCTCCATGCGTTGGGCTTTGTTTCTTGCGATC
CACTTTTGTGTGTCGTCGTTACCGCGAGGAAGATTTCCTAAGATTCATGTTTGTAATAGT
TAATCAGAGGAGATGAATATCATCTCCTTACAGGTAAACATAATTTAAAGTAGATAATTA
TATACTTCTGTGTATTTGTCAAAAACAAATTTCCGATTACAAAGTGGATCATACTTATAT
GTTGTAAGTTGTAACTGTATTTTTGTTAAATGTTGCATACTTCATCACTATAAATTTATA
AAATTGAGAGCATTACACAC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1FD35TF U 1
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BS 1 738 RR1FD35TF
BS 739 740 RR1FD35JQ

RD RR1FD35TF 738 0 0
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GGCTGCCAATCTCACTGTTCCTCATATGAACATCTTGCAAGCTGGCATGACTTATATGGT
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CACTTTTGTGTGTCGTCGTTACCGCGAGGAAGATTTCCTAAGATTCATGTTTGTAATAGT
TAATCAGAGGAGATGAATATCATCTCCTTACAGGTAAACATAATTTAAAGTAGATAATTA
TATACTTCTGTGTATTTGTCAAAAACAAATTTCCGATTACAAAGTGGATCATACTTATAT
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QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1FD35JQ 736 0 0
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AAGAAGCTTGTGATTAATTACTTGTATGCGTTTCTGAGAAGGAACTGCAGAGCTGGGGCT
GCCAATCTCACTGTTCCTCATATGAACATCTTGCAAGCTGGCATGACTTATATGGTCTAA
GTGTTTTGATACTTTGTGATCATCTCTCCATGCGTTGGGCTTTGTTTCTTGCGATCCACT
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CAGAGGAGATGAATATCATCTCCTTACAGGTAAACATAATTTAAAGTAGATAATTATATA
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TAAGTTGTAACTGTATTTTTGTTAAATGTTGCATACTTCATCACTATAAATTTATAAAAT
TGAGAGCATTACACAC

QA 1 736 1 736
DS 



CO CL1649Contig2 570 2 1 U
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AATTACTTGTATGCGTTTCTGAGAAGGAACTGCAGAGCTGGGGCTGCCAATCTCACTGTT
CCTCATATGAACATCTTGCAGGCTGGCATGACTTATATGGTCTAAGTGTTTTGATACTTT
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TTATCATCTCCTTACAGGTAAACATAATTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FI94JQ C 1
AF RR1FI94TF U 1
BS 1 570 RR1FI94TF

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QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1FI94TF 570 0 0
GATGCTTTAGAAAGCACTCTCAATGATCCTGATAGAGTTTCCGTTGCGAGTGATACTTAC
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GAGTTGGATACAGATGTTTTGCCGTCTTCAAGCGTAGGGGCATCCATGGAGGAAGATCCA
GCTCTGGAATATGAGCTTGCGGCTTTAAGAGAGGCCACAGACTCGGGGCTAACGTGTCTG
CTGGCTCATGGAGATGTGAGGGCCAAGAAGAATTCGATATTTGTGAAGAAGCTTGTGATT
AATTACTTGTATGCGTTTCTGAGAAGGAACTGCAGAGCTGGGGCTGCCAATCTCACTGTT
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GGATCATCTCTCCATGCGTTGGGCTTTGTGTTCTTGCGATCCACTTTTGTGTTTGTCGTT
ACCGCGAGGAAGATTTTCCTAATATTCATGTTTGTAATAGTTAATCAGAGGAGTGAAAAT
TTATCATCTCCTTACAGGTAAACATAATTT

QA 1 570 1 570
DS 



CO CL1649Contig3 953 2 10 U
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CACTCTCCCTGCCATTCACTCGACCATCGTCTTTGTCTGCATCAAGTATGTCCCTGTCCC
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TGAGCAGCTTCTCATTGAGAGTCTAGAGAAGTTCTTGAGATGTGAAGCGTTGGAGGATGC
TTTAGAAAGCACTCTCAATGATCCTGATAGAGTTTCCGTTGCGAGTGATACTTACACAGA
CGACCTCATGGCACCTCTCATTCACCGAGGAAAGAAGCGGTCTGAGCCAGCAGAGGCAGA
GCAGGAGTTGGATACAGATGTTTTGCCGTCTTCAAGCGTAGGGGCGTCCATGGAGGAAGA
TCCAGCTCTGGAATATGAACTTGCGGCTTTAAGAGAGGCCACAGACTCGGGGCTGACGTA
TCTGCTGGCTCATGGAGATGTGAGGGCGAAGAAGAATTCGATATTTGTGAAGAAGCTTGT
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TGTTCCTCATATGAACATCTTGCAAGCTGGCATGACTTATATGGTCTAAGTGTTTTGATA
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GTTACCGTGAGGAAGATTTTCCGAATATTCATGTTTGTAATAGTTAATCAGAGGAGATGA
AAATTTATCATCTCCTTACAGGTAAACATAATTTAAAGTAGATAATTATATACTTCTGTG
TATTTGTCAAAAACAAATTTCCGATTACAAAGTGGATCATACTTATACGTTGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1H116TF U 1
AF RR1EX43JQ C 178
BS 1 316 RR1H116TF
BS 317 317 RR1EX43JQ
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DS 

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AGACGACCTCATGGCACCTCTCATTCACCGAGGAAAGAAGCGGTTTGAGCCAGCAGAGGC
AGAGCAGGAGTTGGATACAGATGTTTTGCCGTCTTCAAGCGTAGGGGCGTCCATGGAGGA
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CACTGTTCCTCATATGAACATCTTGCAAGCTGGCATGGCTTATATGGTCTAAGTGTTTTG
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GTCGTTACCGTGAGGAAGATTTTCCGAATATTCATGTTTGTAATAGTTAATCAGAGGAGA
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GTGTATTTGTCAAAAACAAATTTCCGATTACAAAGTGGATCATACTTATACGTTGT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 5

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GGTGACTCTTTCCGCAAATATCATGCTTCTGCCATCGCGGTTCCCGGCCCTGAGGTAGAC
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TGGATGTTTCGTATTGTCGGCTTGCCAGTTCTCTGTGCGTAAAGATTTCCCTGACCATGC
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TGAGAACCAAAAAAAACCGGTTACATACGTGTCCAAGTCAGTGAAATCGGCGGATGACTC
AGAGCCCCAAGACAACTAATCAAAGATACGAAGGTTGTTAATGTCAGTTCAAATAAATCT
GCTTGAGAAACTATGTTAAGTTTGTTTATCCTTGTGTTCAATAATTTAAGAGATCCAGCT
GGATAAGGTTTGATATATGGCATGTGATAAAACCAATAATAGGTTTCTCTTCTCTTGTAT
TTTGGATATTGTGCAATTTATTATAAGTTGAATATGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CF51TF U 1
AF RR1D277TF U 41
AF RR1CS87TF U 535
AF RR1B234TF U 376
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RD RR1CF51TF 519 0 0
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GGTGGCTATCCTCGTGGATATAGGTTTGGCATAGCGGTTGGTGTTCATAACGAAGATGGT
GGTGACTCTTTCCGCAAATATCATGCTTCTGCCATCGCGGTTCCCGGCCCTGAGGTAGAC
AAGCTGGCGGAGATGGCAAGGAAACACAAAGTGTACCTGGTGATGGGAGCGATAGAGAAG
GATGGGTATACACTCTACTGCACAGCCCTTTTCTTCAGTTCCGAAGGTCGCTTCTTGGGC
AAGCACCGTAAAGTCATGCCCACATCTCTGGAACGTTGC

QA 1 519 1 519
DS 

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GG
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ACCATCGTTCGAGCTACCATCGTCCAGGTCTCCACCGTCTACAACGATACTCCCAAAACT
ATAGAAAAGGCAGAGAAGTATATTGCAGAGGCGGCCAGTGATGGAGCGCAGCTGGTGCTG
TTCCCCGAGGGGTATATCGGTGGCTATCCTCGTGGATATAGGTTTGGCATAGCGGTTGGT
GTTCATAACGAAGATGGTGGTGACTCTTTCCGCAAATATCATGCTTCTGCCATCGCGGTT
CCCGGCCCTGAGGTAGACAAGCTGGCGGAGATGGCAAGGAAACACGAAGTGTACCTGGTG
ATGGGAGCGATAGAGAAGGATGGGTATACATTCTACTGCACAGCCCTTTTCTTCAGTTCC
GAAGGTCGCTTCTTGGGCAAGCACCGTAAAGTCATGCCCACATCTCTGGAACGTTGCATA
TGGGGTTGCGGGGGATGGATCAACCATCCCTGTCTACGACACCCCCCTTGGCAAACTCGG
TGCTGCTATCTGCTGGGAAAACAGGATGCCTCTCTTCAGAACTGCCTTGTACGGGAAAGG
AATTGAATTATACTGTGCACCTACTGCTGACGGTACCAAGAATTGGCAATCGTCTATGAT
GCACATTGCCATAGAGGGTGGATGTTTCGTATTGTCGGCTTGCCAGTTCTCTGTGCGTAA
AGATTTCCCTGACCATGCTGATTACTTGTTCACCGACC*AAGCAGCGGCATGTACGACGG
TGA
CAC

QA 3 785 3 785
DS 

RD RR1CS87TF 374 0 0
GGATGGATCAACCATCCCTGTCTACGACACCCCCCTTGGCAAACTCGGTGCTGCTATCTG
CTGGGAAAATAGGATGCCTCTCTTCAGAACTGCCTTGTACGGGAAAGGAATTGAATTATA
CTGTGCACCTACTGCTGACGGTACCAAGAATTGGCAATCGTCGATGATGCACATTGCCAT
AGAGGGTGGATGTTTCGTGTTGTCGGCTTGCCAGTTCTCTCTGCGTAAAGATTTCCCTGA
CCATGCTGATTACTTGTTCACCGACCCGAGCAGCGGCATGTACGACGGTGAACACCAAGA
CACTATTGTCTCCCAGGGCGGTAGTGTCATTATTTCACCATTGGGAAAGATACTCGCCGG
ACCAAACTTTGAAT

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR1B234TF 733 0 0
GG
AAGGAAACACAAAGTGTACCTGGTGATGGGAGCGATAGAGAAGGATGGGTATACACTCTA
CTGCACAGCCCTTTTCTTCAGTTCCGAAGGTCGCTTCTTGGGCAAGCACTGTAAAGTCAT
GCCCACATCTCTGGAACGTTGCATATGGGGTTGCGGGG*ATGGATCAACCATCCCTGTCT
ACGACACCCCCCTTGGCAAACTCGGTGCTGCTATCTGCTGGGAAAACAGGATGCCTCTCT
TCAGAACTGCCTTGTACGGGAAAGGAATTGAATTATACTGTGCACCTACTGCTGACGGTA
CCAAGAATTGGCAATCGTCTATGATGCACATTGCCATAGAGGGTGGATGTTTCGTATTGT
CGGCTTGCCAGTTCTCTGTGCGTAAAGATTTCCCTGACTATGCTGATTGCTTGTTCACCG
ACCCAAGCAGCGGCATGTACGACGGTGAACACCAAGACACTATTGTCTCCCAGGGCGGTA
GTGTCATTATTTCACCATTGGGAAAGATACTCGCCGGACCAAACTTTGAATCAGAGGGTC
TCATCACTGCTGATCTTGATCTTGGTGACATCGCACGTGCCAAGTTATACTTCGATGTGG
TCGGACATTACTCAAGTCCAGAGATATTTAACTTGACAGTAAATGAGAACCAAAAAAAAC
CGGTTACATACGTGTCCAAGTCAGTGAAATCGGCGGATGACTCAGAGCCCCAAGACAACT
AATCAAAGATA

QA 3 733 3 733
DS 

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TATGGGTTGC
GGGGATGGATCAACCATCCCTGTCTACGACACCCCCCTTGGCAAACTCGGTGCTGCTATC
TGCTGGGAAAACAGGATGCCTCTCTTCAGAACTGCCTTGTACGGGAAAGGAATTGAATTA
TACTGTGCACCTACTGCTGACGGTACCAAGAATTGGCAATCGTCTATGATGCACATTGCC
ATAGAGGGTGGATGTTTCGTATTGTCGGCTTGCCAGTTCTCTGTGCGTAAAGATTTCCCT
GACCATGCTGATTACTTGTTCACCGACCCAAGCAGCGGCATGTACGACGGTGAACACCAA
GACACTATTGTCTCCCAGGGCGGTAGTGTCATTATTTCACCATTGGGAAAGATACTCGCC
GGACCAAACTTTGAATCAGAGGGTCTCATCACTGCTGATCTTGATCTTGGTGACATCGCA
CGCGCCAAGTTATACTTCGATGTGGTCGGACATTACTCAAGGCCAGAGATATTTAACTTG
ACAGTAAATGAGAACCAAAAAAAACCGGTTACATACGTGTCCAAGTCAGTGAAATCGGCG
GATGACTCAGAGCCCCAAGACAACTAATCAAAGATACGAAGGTTGTTAATGTCAGTTCAA
ATAAATCTGCTTGAGAAACTATGTTAAGTTTGTTTATCCTTGTGTTCAATAATTTAAGAG
ATCCAGCTGGATAAGGTTTGATATATGGCATGTGATAAAACCAATAATAGGTTTCTCTTC
TCTTGTATTTTGGATATTGTGCAATTTATTATAAGTTGAATATGGAT

QA 11 777 11 777
DS 



AS 1 6

CO CL1651Contig1 1307 6 15 U
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AAATCTTCGTTCGAACAGCAATACTTTGTTTTACAAAGCCTTTCCTGAGAAGGAAAAAAA
AAAAACAGAAAACAAAAAAAATATGCAGGGAGCCTCAGGTTGGTGGTATAGCCAATAGGA
GGAAACAAGGATGATGGTCCTATTCATGAGCCTGACCCTATCAACACTTCGTTGCTTTCT
CATTGTATCTTGTTCACCAGCATGTTCACTTGCTCCTTGTACATTTCCTTCAAGTCTACT
ATATCCGCTCGAAGTTCCTCCAACTCCTCATCTCGTTCACCCATCAATTCCAGAGCAGTC
GCATGCCTTTGTCTTAGTGATTCCAGCTCTGCTTTTATGCCCGGCACCCTATCCGCTTCC
CCCCTTAATTTCTCACACTCTGCAGTCATTTTGACTAGTTCTTCAGCTAGCGAATCTCGG
ATAGACTCCATTGACGCCAAGCGGGACATGTAAGAAGCAAGTTCACCCTCTTTCTGTCGA
AGTGTGGCTTCATAAGCACTCGGTGTGATGCTCTTCATGTAGTATGGACTCATAGTTGCT
TCAGGCATGCTTCTCTTCTCAGAAGATCTATCTGACGAATCAAGCGAAGCTTGCAGAAAA
TAGCTCTCCTCCATGCTCCCAAGGCTGCTTGCGCTTGAGAGCTTTCTTTGCAAGCCTCCA
TTCTCATAGGTAGAATTTTGCCTTGATATGGGAAGCTGTTCAGAGGCTGTCGAGGAATTG
ATACGGGCAGTTCTTTCAAGATCCAAACGGGTAGCCTTCTCCCTTTCTAGGTCCTTTTGA
ATAAGCTCGTTGCGGATCAGCAATTCTTGCAACTCTTGCTTATGTTTTCTCCGCAGTTCC
ATGATTTCCACTTCAAGTTGGTTAGCTCGACCTCCTAAGGTATCTGCTTCCTCCTTAGCT
GCCAGATACTCCTGTCTATTCTCTGCCGCTCTTTGCCTCTCCTTCTCGAGCGACTTACTT
AACTGGCTCTGTTCTGCTCTAAGACATGAAAGCTGAGCCTCAAGAACATTGATCCTTGAT
AAGGTTTGAGAGAGACGTTCATTCACAGAGCGCTCTCGCTCTTCAGCTGTGGCAGCTTTA
GTTTCTGCTTCCTGCAGTCGGGCATTCAAGGTTCTCTCTACAGCACTCCAAGCTTCTGCT
CTTCTGGCAATAGTTTCCTGCATTGCCTCAATCTGTCTCAGGAGAGGCCTTGTAGACTCA
GGAACTTGGGTGATTAATTCCTCACACCTTCGTTCACTAGCCTGATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 5 30 5 5 30 30 30 5 5 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 5 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET32JQ U 1
AF RR1ET32TF C 1
AF RR1D729JQ U 29
AF RR1AX02JQ U 29
AF RR1D729TF C 608
AF RR1AX02TF C 428
BS 1 354 RR1ET32JQ
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BS 1186 1307 RR1AX02TF

RD RR1ET32JQ 617 0 0
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CATTGTATCTTGTTCACCAGCATGTTCACTTGCTCCTTGTACATTTCCTTCAAGTCTACT
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CCCCTTAATTTCTCACACTCTGCGGTCATTTTGACTAGTTCTTCAGCTAGCGAATCTCGG
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TCAGGCATGCTTCTCTT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1ET32TF 673 0 0
GTCTCTCAAAGAACCAGGTACTCGCATTGTGTCCAAATAATTACGAATAAACAGTAAGAA
AAATCTTCGTTCGAACAGCAATACTTTGTTTTACAAAGCCTTTCCTGAGAAGGAAAAAAA
AAAAACAGAAAACAAAAAAAATATGCAGGGAGCCTCAGGTTGGTGGTATAGCCAATAGGA
GGAAACAAGGATGATGGTCCTATTCATGAGCCTGACCCTATCAACACTTCGTTGCTTTCT
CATTGTATCTTGTTCACCAGCATGTTCACTTGCTCCTTGTACATTTCCTTCAAGTCTACT
ATATCCGCTCGAAGTTCCTCCAACTCCTCATCTCGTTCACCCATCAATTCCAGAGCAGTC
GCATGCCTTTGTCTTAGTGATTCCAGCTCTGCTTTTATGCCCGGCACCCTATCCGCTTCC
CCCCTTAATTTCTCACACTCTGCGGTCATTTTGACTAGTTCTTCAGCTAGCGAATCTCGG
ATAGACTCCATTGACGCCAAGCGGGACATGTAAGAAGCAAGTTCACCCTCTTTCTGTCGA
AGTGTGGCTTCATAAGCACTCGGTGTGATGCTCTTCATGTAGTATGGACTCATAGTTGCT
TCAGGCATGCTTCTCTTCTCAGAAGATCTATCTGACGAATCAAGCGAAGCTTGCAGAAAA
TAGCTCTCCTCC
C

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1D729JQ 685 0 0
GTC
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TACAAAGCCTTTCCTGAGAAGGAAAAAAAACAAAAAACAAA**AAACAAATATGCAGGGA
GCCTCAGGTTGGTGGTATAGCCAATAGGAGGAAACAAGGATGATGGTCCTATTCATGAGC
CTGACCCCGTCAACACTTTGTTGCTTCCTCATTGTATCTTGTTCACCAACATGTTCACTT
GCTCCTTGTACATTTCCTTCAAGTCTACTATATCCGCCCGAAGTTCCTCCAGCTCCTCAT
CTCGTTCACCCATCAATTCCAGAGCAGCTGCATGCCTTTGTCTTAGCGCTTCCAGCTCTG
CTTTTATGCCCGGCACCCTATCCGCTTCCCCCCTTAATTTCTCACACTCTGCAGTCATTT
TGACTAGTTCTTCAGCTAGCGAATCTCGGATAGACTCCATTGACGCCAAGCGGGACATGT
AAGAAGCAAGTTCACCCTCTTTCTGTCGAAGTGTGGCTTCATAAGCACTCGGTGTGATGC
TCTTCATGTAGTATGGACTCATAGTTGCTTCAGGCATGCTTCTCTTCTCAGAAGATCTAT
CTGACGAATCAAGCGAAGCTTGCAGAAAATAGCTCTCCTCCATGCTCCCAAGGCTGCTTG
CGCTTGAGAGCTTTCTTTGCAA

QA 4 685 4 685
DS 

RD RR1AX02JQ 798 0 0
GTC
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TACAAAGCCTTTCCTGAGAAGGAAAAAAAACAAAAAACAAA**AAACAAATATGCAGGGA
GCCTCAGGTTGGTGGTATAGCCAATAGGAGGAAACAAGGATGATGGTCCTATTCATGAGC
CTGACCCTGTCAACACTTTGTTGCTTCCTCATTGTATCTTGTTCACCAACATGTTCACTT
GCTCCTTGTACATTTCCTTCAAGTCTACTATATCCGCCCGAAGTTCCTCCAGCTCCTCAT
CTCGTTCACCCATCAATTCCAGAGCAGCTGCATGCCTTTGTCTTAGCGCTTCCAGCTCTG
CTTTTATGCCCGGCACCCTATCCGCTTCCCCCCTTAATTTCTCACACTCTGCAGTCATTT
TGACTAGTTCTTCAGCTAGCGAATCTCGGATAGACTCCATTGACGCCAAGCGGGACATGT
AAGAAGCAAGTTCACCCTCTTTCTGTCGAAGTGTGGCTTCATAAGCACTCGGTGTGATGC
TCTTCATGTAGTATGGACTCATAGTTGCTTCAGGCATGCTTCTCTTCTCAGAAGATCTAT
CTGACGAATCAAGCGAAGCTTGCAGAAAATAGCTCTCCTCCATGCTCCCAAGGCTGCTTG
CGCTTGAGAGCTTTCTTTGCAAGCCTCCATTCTCATAGGTAGAATTTTGCCTTGATATGG
GAAGCTGTTCAGAGGCTGTCGAGGAATTGATACGGGCAGTTCTTTCAAGATCCAAACGGG
TAGCCTTCTCCCTTT

QA 4 798 4 798
DS 

RD RR1D729TF 596 0 0
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CCTCCATGCTCCCAAGGCTGCTTGCGCTTGAGAGCTTTCTTTGCAAGCCTCCATTCTCAT
AGGTAGAATTTTGCCTTGATATGGGAAGCTGTTCAGAGGCTGTCGAGGAATTGATACGGG
CAGTTCTTTCAAGATCCAAACGGGTAGCCTTCTCCCTTTCTAGGTCCTTTTGAATAAGCT
CGTTGTGGATCAGCAATTCTTGCAACTCTTGCTTATGTTTTCTCCGCAGTTCCATGATTT
CCACTTCAAGTTGGTTAGCTCGACCTCCTAAGGTATCTGCTTCCTCCTTAGCTGCCAGAT
ACTCCTGTCTATTCTCTGCCGCTCTTTGCCTCTCCTTCTCGAGCGACTTACTTAACTGGC
TCTGTTCTGCTCTAAGACATGAAAGCTGAGCCTCAAGAACATTGATCCTTGATAAGGTTT
GAGAGAGACGTTCATTCACAGAGCGCTCTCGCTCTTCAGCTGTGGCAGCTTTAGTTTCTG
CTTCCTGCAGTCGGGCATTCAAGGTTCTCTCTACAGCACTCCAAGCTTCTGCTCT
C

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1AX02TF 880 0 0
ATTTCTCACACTCTGCAGTCATTT*GACTAGTC**TCAGCTAGCGAATCTCGGATAGACT
CCATTGACGCCAAGCGGGACATGTAAGAAGCAAGTTCACCCTCTTTCTGTCGAAGTGTGG
CTTCATAAGCACTCGGTGTGATGCTCTTCATGTAGTATGGACTCATAGTTGCTTCAGGCA
TGCTTCTCTTCTCAGAAGATCTATCTGACGAATCAAGCGAAGCTTGCAGAAAATAGCTCT
CCTCCATGCTCCCAAGGCTGCTTGCGCTTGAGAGCTTTCTTTGCAAGCCTCCATTCTCAT
AGGTAGAATTTTGCCTTGATATGGGAAGCTGTTCAGAGGCTGTCGAGGAATTGATACGGG
CAGTTCTTTCAAGATCCAAACGGGTAGCCTTCTCCCTTTCTAGGTCCTTTTGAATAAGCT
CGTTGCGGATCAGCAATTCTTGCAACTCTTGCTTATGTTTTCTCCGCAGTTCCATGATTT
CCACTTCAAGTTGGTTAGCTCGACCTCCTAAGGTATCTGCTTCCTCCTTAGCTGCCAGAT
ACTCCTGTCTATT*TCTGCCGCTCTTTGCCTCTCCTTCTCGAGCGACTTACTTAACTGGT
TCTGTTCTGCTCTAAGACATGAAAGCTGAGCCTCAAGAACATTGATCCTTGATAAGGTTT
GAGAGAGACGTTCATTCACAGAGCGCTCTCGCTCTTCAGCTGTGGCAGCTTTAGTTTCTG
CTTCCTGCAGTCGGGCATTCAAGGTTCTCTCTACAGCGCTCCAAGCTTCTGCTCTTCTGG
CAATAGTTTCCTGCATTGCCTCAATCTGTCTCAGGAGAGGCCTTGTAGACTCAGGAACTT
GGGTGATTAATTCCTCACACCTTCGTTCACTAGCCTGATC

QA 1 880 1 880
DS 



AS 1 6

CO CL1652Contig1 744 6 5 U
CAAATTTAATTGAAATATTTATAGACTATTCAACCTTGCAGTTACAATCTCGACCAAACC
AAATCAAAGACGTATAATGACATGTTAGTCAAAGTGTCATATCCTTGACCGGGTATTATA
AAAATATATACATTCACTTTCATAAATCATAACAAGCATATTACACAAATCCACACAGAG
GATTAAACCTCACTTTATTATATAAATAAATAAATTACATACAAAGGAACGAATCTTAGC
GGGTCATGCCGCCTTGGAAGACTGGAGCACCCATCGCCACGCCTTGGTTCTGTTGTATCT
GTGCGTTCCCGGCCCATCCAAGTTTCATATTGTAGCCACGGTTCTTGAGTTCACGGTATT
GTTGAGTGAGAGCACAGAGCTCGCAGAAGAAATGTTTAAGGCAATCTCCACAATCATTGC
CTCCAATGTTGTATTGAGCTCTCATCTTTCCACGATAGAAACACGAGTAGAGACATCCGC
AACCCGTTACTGCACTTATTAACGTGTATAGTGCTCCAGCCGTACCACACGTGGTTGATC
CTTGATCTACAATCTCCGCCACTTGGCCAAATGTAATACATGGACACCAGCATGTGATAC
AACAGTTTCCGCAGTCGGAGAAGCAATCACAGAAGCCTGTGGACCATTCTCCTTCAGCTT
GAGGCTTGCCATGAAGGTGTTGAGCTTCCATCACGAAAGAGAGAGACTGACAGAGAGGAG
GATATTAACTTTTATAACGAAAAA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 

AF RR1F154JQ U 1
AF RR1F154TF C 458
AF RR1G754JQ U 3
AF RR1G754TF C 19
AF RR1CD23JQ U 87
AF RR1CD23TF C 87
BS 1 385 RR1F154JQ
BS 386 386 RR1G754JQ
BS 387 388 RR1F154JQ
BS 389 389 RR1G754JQ
BS 390 744 RR1F154JQ

RD RR1F154JQ 744 0 0
CAAATTTAATTGAAATATTTATAGACTATTCAACCTTGCAGTTACAATCTCGACCAAACC
AAATCAAAGACGTATAATGACATGTTAGTCAAAGTGTCATATCCTTGACCGGGTATTATA
AAAATATATACATTCACTTTCATAAATCATAACAAGCATATTACACAAATCCACACAGAG
GATTAAACCTCACTTTATTATATAAATAAATAAATTACATACAAAGGAACGAATCTTAGC
GGGTCATGCCGCCTTGGAAGACTGGAGCACCCATCGCCACGCCTTGGTTCTGTTGTATCT
GTGCGTTCCCGGCCCATCCAAGTTTCATATTGTAGCCACGGTTCTTGAGTTCACGGTATT
GTTGAGTGAGAGCACAGAGCTCGCAAAAAAAATGTTTAAGGCAATCTCCACAATCATTGC
CTCCAATGTTGTATTGAGCTCTCATCTTTCCACGATAGAAACACGAGTAGAGACATCCGC
AACCCGTTACTGCACTTATTAACGTGTATAGTGCTCCAGCCGTACCACACGTGGTTGATC
CTTGATCTACAATCTCCGCCACTTGGCCAAATGTAATACATGGACACCAGCATGTGATAC
AACAGTTTCCGCAGTCGGAGAAGCAATCACAGAAGCCTGTGGACCATTCTCCTTCAGCTT
GAGGCTTGCCATGAAGGTGTTGAGCTTCCATCACGAAAGAGAGAGACTGACAGAGAGGAG
GATATTAACTTTTATAACGAAAAA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1F154TF 287 0 0
AG
AACACGAGTAGAGACATCCGCAACCCGTTACTGCACTTATTAACGTGTATAGTGCTCCAG
CCGTACCACACGTGGTTGATCCTTGATCTACAATCTCCGCCACTTGGCCAAATGTAATAC
ATGGACACCAGCATGTGATACAACAGTTTCCGCAGTCGGAGAAGCAATCACAGAAGCCTG
TGGACCATTCTCCTTCAGCTTGAGGCTTGCCATGAAGGTGTTGAGCTTCCATCACGAAAG
AGAGAGACTGACAGAGAGGAGGATATTAACTTTTATAACGAAAAA

QA 3 287 3 287
DS 

RD RR1G754JQ 742 0 0
AATTTAATTGAAATATTTATAGACTATTCAACCTTGCAGTTACAATCTCGACCAAACCAA
ATCAAAGACGTATAATGACATGTTAGTCAAAGTGTCATATCCTTGACCGGGTATTATAAA
AATATATACATTCACTTTCATAAATCATAACAAGCATATTACACAAATCCACACAGAGGA
TTAAACCTCACTTTATTATATAAATAAATAAATTACATACAAAGGAACGAATCTTAGCGG
GTCATGCCGCCTTGGAAGACTGGAGCACCCATCGCCACGCCTTGGTTCTGTTGTATCTGT
GCGTTCCCGGCCCATCCAAGTTTCATATTGTAGCCACGGTTCTTGAGTTCACGGTATTGT
TGAGTGAGAGCACAGAGCTCGCAGAAGAAATGTTTAAGGCAATCTCCACAATCATTGCCT
CCAATGTTGTATTGAGCTCTCATCTTTCCACGATAGAAACACGAGTAGAGACATCCGCAA
CCCGTTACTGCACTTATTAACGTGTATAGTGCTCCAGCCGTACCACACGTGGTTGATCCT
TGATCTACAATCTCCGCCACTTGGCCAAATGTAATACATGGACACCAGCATGTGATACAA
CAGTTTCCGCAGTCGGAGAAGCAATCACAGAAGCCTGTGGACCATTCTCCTTCAGCTTGA
GGCTTGCCATGAAGGTGTTGAGCTTCCATCACGAAAGAGAGAGACTGACAGAGAGGAGGA
TATTAACTTTTATAACGAAAAA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1G754TF 726 0 0
TATTATAGACTATCAA
CTTGCAGTTACAATCTCGACCAAACCAAATCAAAGACGTATAATGACATGTTAGTCAAAG
TGTCATATCCTTGACCGGGTATTATAAAAATATATACATTCACTTTCATAAATCATAACA
AGCATATTACACAAATCCACACAGAGGATTAAACCTCACTTTATTATATAAATAAATAAA
TTACATACAAAGGAACGAATCTTAGCGGGTCATGCCGCCTTGGAAGACTGGAGCACCCAT
CGCCACGCCTTGGTTCTGTTGTATCTGTGCGTTCCCGGCCCATCCAAGTTTCATATTGTA
GCCACGGTTCTTGAGTTCACGGTATTGTTGAGTGAGAGCACAGAGCTCGCAGAAGAAATG
TTTAAGGCAATCTCCACAATCATTGCCTCCAATGTTGTATTGAGCTCTCATCTTTCCACG
ATAGAAACACGAGTAGAGACATCCGCAACCCGTTACTGCACTTATTAACGTGTATAGTGC
TCCAGCCGTACCACACGTGGTTGATCCTTGATCTACAATCTCCGCCACTTGGCCAAATGT
AATACATGGACACCAGCATGTGATACAACAGTTTCCGCAGTCGGAGAAGCAATCACAGAA
GCCTGTGGACCATTCTCCTTCAGCTTGAGGCTTGCCATGAAGGTGTTGAGCTTCCATCAC
GAAAGAGAGAGACTGACAGAGAGGAGGATATTAACTTTTATAACGAAAAA

QA 17 726 17 726
DS 

RD RR1CD23JQ 658 0 0
AGTCAAAGTGTCATATCCTTGACCGGGTATTATAAAAATATATACATTCACTTTCATAAA
TCATAACAAGCATATTACACAAATCCACACAGAGGATTAAACCTCACTTTATTATATAAA
TAAATAAATTACATACAAAGGAACGAATCTTAGCGGGTCACGCCGCCTTGGAAGACTGGA
GCACCCATCGCCACGCCTTGGTTCTGTTGTATCTGTGCGTTCCCGGCCCATCCAAGTTTC
ATATTGTAGCCACGGTTCTTGAGTTCACGGTATTGTTGAGTGAGAGCACAGAGCTCGCAG
AAGAAATGTTTAAGGCAATCTCCACAATCATTGCCTCCAATGTTGTATTGAGCTCTCATC
TTTCCACGATAGAAACACGAGTAGAGACATCCGCAACCCGTTACTGCACTTATTAACGTG
TATAGTGCTCCAGCCGTACCACACGTGGTTGATCCTTGATCTACAATCTCCGCCACTTGG
CCAAATGTAATACATGGACACCAGCATGTGATACAACAGTTTCCGCAGTCGGAGAAGCAA
TCACAGAAGCCTGTGGACCATTCTCCTTCAGCTTGAGGCTTGCCATGAAGGTGTTGAGCT
TCCATCACGAAAGAGAGAGACTGACAGAGAGGAGGATATTAACTTTTATAACGAAAAA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1CD23TF 658 0 0
AGTCAAAGTGTCATATC*TTGACCGGGTATTATAAAAATATATACATTCACTTTCATAAA
TCATAACAAGCATATTACACAAATCCACACAGAGGATTAAACCTCACTTTATTATATAAA
TAAATAAATTACATACAAAGGAACGAATCTTAGCGGGTCACGCCGCCTTGGAAGACTGGA
GCACCCATCGCCACGCCTTGGTTCTGTTGTATCTGTGCGTTCCCGGCCCATCCAAGTTTC
ATATTGTAGCCACGGTTCTTGAGTTCACGGTATTGTTGAGTGAGAGCACAGAGCTCGCAG
AAGAAATGTTTAAGGCAATCTCCACAATCATTGCCTCCAATGTTGTATTGAGCTCTCATC
TTTCCACGATAGAAACACGAGTAGAGACATCCGCAACCCGTTACTGCACTTATTAACGTG
TATAGTGCTCCAGCCGTACCACACGTGGTTGATCCTTGATCTACAATCTCCGCCACTTGG
CCAAATGTAATACATGGACACCAGCATGTGATACAACAGTTTCCGCAGTCGGAGAAGCAA
TCACAGAAGCCTGTGGACCATTCTCCTTCAGCTTGAGGCTTGCCATGAAGGTGTTGAGCT
TCCATCACGAAAGAGAGAGACTGACAGAGAGGAGGATATTAACTTTTATAACGAAAAA

QA 1 658 1 658
DS 



AS 2 6

CO CL1653Contig1 738 3 11 U
GTCACCAAGAACAAAAGATTATATTGATATCATAAAAGATGGAGAAAGTGGCTGCTTGAA
ACACAGCCAAAGTTGCAAGAAAAGTTCTCTAACAGAAATATTTATACTACTGTCAAACTT
GCTAGTATACCTAGTTACATGGGCCATTCTTCATACACTGGGCTTGTATTGGGCTTCAGT
TTAATACTCCCCCGCAAACTTGGTGTCGGTGGAAGCAAGATGACAAGTTTGAATAGCAAA
TGAAGATGGCTGTGGTAGTAGCTTGAGCAGCCAGAGGTCCAAGTGAAGTAGATAGATAAC
TCCAATCAGCTTAGAGAATAGTCATTAGGGTGAGAACATCTTCAGGTTCTTTTGACCTAT
TTGTCTCACCGTGAGTTGGGGTTTTTTTTTTTACCCTCTTAGCTCAACTAAGCTATCTCA
TGGCTGATAAAATTTGCTTCCCACATCTATTGGAACTCTAATCACTCTCAGCTTCTTATT
AGTGTACCACCATATCTGCATTCCAATAATCTGACCTTCTTGGCATTTACTCGAGCACCT
TGTGTGCACTTAGTAAAACCAGAGACTTGCACCTAACTTAATTCTTTTCAGACCCAAACC
AAAACCAACCAAGCAACGCCATTCCAATCACGTAGATAAAAGCAGCTATAAAGCACCAAT
CAGTGACCAACAAGCCCCATTCTTCTTAATAGATCAACGGCAAGCTCCTTTTTTTTCAAG
ACAAGAAAGCAATTACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G993JQ U 10
AF RR1G146JQ U 8
AF RR1CD47JQ U 1
BS 1 290 RR1CD47JQ
BS 291 291 RR1G993JQ
BS 292 313 RR1CD47JQ
BS 314 314 RR1G993JQ
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BS 642 699 RR1CD47JQ
BS 700 700 RR1G993JQ
BS 701 738 RR1CD47JQ

RD RR1G993JQ 713 0 0
AACAAAAGATTATATTGATATCATAAAAGATGGAGAAAGTGGCTGCTTGAAACACAGCCA
AAGTTGCAAGAAAAGTTCTCTAACAGAAATATTTATACTACTGTCAAACTTGCTAGTATA
CCTAGTTACATGGGCCATTCTTCATACACTGGGCTTGTATTGGGCTTCAGTTTAATACTC
CCCCGCAAACTTGGTGTCGGTGGAAGCAAGATGACAAGTTTGAATAGCAAATGAAGATGG
CTGTGGTAGTAGCTTGAGCAGCCAGAGGTCCAAGTGAAGTAGATAGATAACTCCAATCAG
CCTAGAGAATAGTCATTAGGGTGAGAACATCTTCAGGTTCTTTTGACCTATTTGTCTCAC
CGTGAGTTGGGGTTTTTTTTTTTACCCTCTTAGCTCAACTAAGCTATCTCATGGCTGATA
AAATTTGCTTCCCACATCTATTGGAACTCTAATCACTCTCAGCTTCTTATTAGTGTACCA
CCATATCTGCATTCCAATAATCTGACCTTCTTGGCATTTACTCGAGCACCTTGTGTGCAC
TTAGTAAAACCAGAGACTTGCACCTAACTTAATTCTTTTCAGACCCAAACCAAAACCAAC
CAAGCAACGCCATTCCAATCACGTAGATAAAAGCAGCTATAAAGCACCAATCAGTGACCA
ACAAGCCCCATTCTTCTTAATAGATCAACGGCAAGCTCCTTTTTTT
TCAAGAC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1G146JQ 702 0 0
GG
AACAAAAGATTATATTGATATCATAAAAGATGGAGAAAGTGGCTGCTTGAAACACAGCCA
AAGTTGCAAGAAAAGTTCTCTAACAGAAATATTTATACTACTGTCAAACTTGCTAGTATA
CCTAGTTACATGGGCCATTCTTCATACACTGGGCTTGTATTGGGCTTCAGTTTAATACTC
CCCCGCAAACTTGGTGTCGGTGGAAGCAAGATGACAAGTTTGAATAGCAAATGAAGATGG
CTGTGGTAGTAGCTTGAGCAGCCAGAGGTCCAAGTGAAGTAGATAGATAACTCCAATCAG
CTTAGAGAATAGTCATTAGGGTGAGAACATCTTCAGGTTCTTTTGACCTATTTGTCTCAC
CGTGAGTTGGGGTTTTTTTTTTTACCCTCTTAGCTCAACTAGGCTATCTCATGGCTGATA
AAATTTGCTTCCCACATCTATTGGAACTCTAATCACTCTCAGCTTCTTATTAGTGTACCA
CCATATCTGCATTCCAATAATCTGACCTTCTTGGCATTTACTCGAGCACCTTGTGTGCAC
TTAGTAAAACCAGAAACTTGCACCTAACTTAATTCTTTTCAGACCCAAACCAAAACCAAC
CAAGCAACGCCATTCCAATCACGTAGATAAAAGCAGCTATAAAGCACCAATCAGTGACCA
ACAAGCCCCATTCTTCTTAATAGATCAACGGCAAGCTCCT

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR1CD47JQ 738 0 0
GTCACCAAGAACAAAAGATTATATTGATATCATAAAAGATGGAGAAAGTGGCTGCTTGAA
ACACAGCCAAAGTTGCAAGAAAAGTTCTCTAACAGAAATATTTATACTACTGTCAAACTT
GCTAGTATACCTAGTTACATGGGCCATTCTTCATACACTGGGCTTGTATTGGGCTTCAGT
TTAATACTCCCCCGCAAACTTGGTGTCGGTGGAAGCAAGATGACAAGTTTGAATAGCAAA
TGAAGATGGCTGTGGTAGTAGCTTGAGCAGCCAGAGGTCCAAGTGAAGTAAATAGATAAC
TCCAATCAGCTTAAAGAATAGTCATTAGGGTGAGAACATCTTCAGGTTCTTTTGACCTAT
TTGTCTCACCGTGAGTTGGGGTTTTTTTTTT*ACCCTCTTAGCTCAACTAAGCTATCTCA
TGGCTGATAAAATTTGCTTCCCACATCTATTGGAACTCTAATCACTCTCAGCTTCTTATT
AGTGTACCACCATATCTGCATTCCAATAATCTGACCTTCTTGGCATTTACTCGAGCACCT
TGTGTGCACTTAGTAAAACCAGAGACTTGCACCTAACTTAATTCTTTTCAGACCCAAACC
AAAACCAACCAAGCAACGCCATTCCAATCACGTAGATAAAGGCAGCTATAAAGCACCAAT
CAGTGACCAACAAGCCCCATTCTTCTTAATAGATCAACGACAAGCTCCTTTTTTTTCAAG
ACAAGAAAGCAATTACCG

QA 1 738 1 738
DS 



CO CL1653Contig2 794 3 9 U
GGAACTTTGGCTGTGTTTCAAGCAGCCACTTTCTCCATCTTTTATGATATCAATATAATC
TTTTGTTCTTGGTGACAATCTCAAGTTTCTCCTTTCGTTAGTTTCTTAGTCTTTCAATAA
AGCTCTATGAGCTATTGTTCTCTTCAATAAAGTTAGAATCTATCTTAGTTTCAACTTGCT
CACATGGTATCAGAGACCACGGTGGTTCATGGGATTTCATTTCACACACTTCTTGTACCA
ATAAAGCTCCAAACTTTTCATTTATCTTCTGCTAATGAAAAAAAAA**GGGTTCCTCAAA
TCTGCTGAGTCTAGAGTTACACTTCCTTGCTCACGTCATCTATCTGCAATAAAAGAGAAG
CACGAGAGTGGGTTAAAGATCTGTTTTGCAAGAATTATGAAGAAGCCTGGTCACCTCAGA
GAAGACTTTGGTAACGCCGGAGACTATGGTCGCTCGTCCCTGAAGATGGGAAAGCAAAAT
CAACAAAGGAAAAGCTTCCGTTGACATAGCACGGTTCTGCAAGGCTTCAAAGGCTGAAGG
TTTCAACTTCAAGAGATTATCGTCTGAAACTCAAGCCTCTCCTCACGGTAATTGCTTTCT
TGTCTTGAAAAAAAGGAGCTTGCCGTTGATCTATTAAGAAGAATGGGGCTTGTTGGTCAC
TGATTGGTGCTTTATAGCTGCTTTTATCTACGTGATGGGATGGCGTTGCTTGGTTGGTTT
TGGTTTGGGTCTGAAAGATTAAGTTAGTGCAAGTCTCTGGTTTTACTAAGTGCACACAGG
TGCTCGAGTAATGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G146TF U 1
AF RR1G993TF U 1
AF RR1CD47TF U 1
BS 1 286 RR1CD47TF
BS 287 288 RR1G146TF
BS 289 470 RR1CD47TF
BS 471 471 RR1G146TF
BS 472 622 RR1CD47TF
BS 623 623 RR1G146TF
BS 624 681 RR1CD47TF
BS 682 682 RR1G146TF
BS 683 794 RR1CD47TF

RD RR1G146TF 709 0 0
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TGATTGGTGCTTTATAGCTGCTTTTATCTACGTGATGGGATGGCGTTGC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1G993TF 699 0 0
GGAACTTTGGCTGTGTTTCAAGCAGCCACTTTCTCCATCTTTTATGATATCAATATAATC
TTTTGTTCTTGGTGACAATCTCAAGTTTCTCCTTTCGTTAGTTTCTTAGTCTTTCAATAA
AGCTCTATGAGCTATTGTTCTCTTCAATAAAGTTAGAATCTATCTTAGTTTCAACTTGCT
CACATGGTATCAGAGACCACGGTGGTTCATGGGATTTCATTTCACACACTTCTTGTACCA
ATAAAGCTCCAAACTTTTCATTTATCTTCTGCTAATGAAAAAAAAA**GGGTTCCTCAAA
TCTGCTGAGTCTAGAGTTACACTTCCTTGCTCACGTCATCTATCTGCAATAAAAGAGAAG
CACGAGAGTGGGTTAAAGATCTGTTTTGCAAGAATTATGAAGAAGCCTGGTCACCTCAGA
GAAGACTTTGGTAACGCCGGAGACTATGGTCGCTCGTCCCTGAAGATGGGAAAGCAAAAT
CAACAAAGGAAAAGCTTCCGTTGACATAGCACGGTTCTGCAAGGCTTCAAAGGCTGAAGG
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TGTCTTGAAAAAAAG*AGCTTGCCGTTGATCTATTAAGAAGAATGGGGCTTGTTGGTCAC
TGATTGGTGCTTTATAGCTGCTTTTATCTACGTGATTGG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1CD47TF 794 0 0
GGAACTTTGGCTGTGTTTCAAGCAGCCACTTTCTCCATCTTTTATGATATCAATATAATC
TTTTGTTCTTGGTGACAATCTCAAGTTTCTCCTTTCGTTAGTTTCTTAGTCTTTCAATAA
AGCTCTATGAGCTATTGTTCTCTTCAATAAAGTTAGAATCTATCTTAGTTTCAACTTGCT
CACATGGTATCAGAGACCACGGTGGTTCATGGGATTTCATTTCACACACTTCTTGTACCA
ATAAAGCTCCAAACTTTTCATTTATCTTCTGCTAATGAAAAAAAAAAAGGGTTCCTCAAA
TCTGCTGAGTCTAGAGTTACACTTCCTTGCTCACGTCATCTATCTGCAATAAAAGAGAAG
CACGAGAGTGGGTTAAAGATCTGTTTTGCAAGAATTATGAAGAAGCCTGGTCACCTCAGA
GAAGACTTTGGTAACGCCGGAGACTATGGTCGCTCGTCCCTGAAGATGGGGAAGCAAAAT
CAACAAAGGAAAAGCTTCCGTTGACATAGCACGGTTCTGCAAGGCTTCAAAGGCTGAAGG
TTTCAACTTCAAGAGATTATCGTCTGAAACTCAAGCCTCTCCTCACGGTAATTGCTTTCT
TGTCTTGAAAAAAAGGAGCTTGTCGTTGATCTATTAAGAAGAATGGGGCTTGTTGGTCAC
TGATTGGTGCTTTATAGCTGCCTTTATCTACGTGATGGGATGGCGTTGCTTGGTTGGTTT
TGGTTTGGGTCTGAAAGATTAAGTTAGTGCAAGTCTCTGGTTTTACTAAGTGCACACAGG
TGCTCGAGTAATGC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 6

CO CL1654Contig1 612 6 4 U
GGATCACACTTGACATCCTTTACTACTAATCAACAAAAGAAAAACAAGATGTGGGATGAA
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TCCTGTTTCCGTTAGCCACGTGTGTATTTTCAGTTTATGGCTGTATTCGCAACCTTTTTT
TCTTTGTTTGTTGTTGTTAGTGACCGTTTGATTTCCACCATCTGGGTTGGTTTTTAACGG
TGGTGATGCGTCCTCTTGTCTCTTTTAATGTTTCTACTGTTTCGTAATAGATATATTTAA
CTTTTAGCTTAG


BQ
30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G522JQ C 1
AF RR1E920JQ C 1
AF RR1E920TF U 1
AF RR1G522TF U 1
AF RR1AN52TF U 4
AF RR1FH09TF U 4
BS 1 340 RR1E920TF
BS 341 341 RR1G522TF
BS 342 605 RR1E920TF
BS 606 612 RR1G522TF

RD RR1G522JQ 578 0 0
GGATCACACTTGACATCCTTTACTACTAATCAACAAAAGAAAAACAAGATGTGGGATGAA
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TCCTGTTTCCGTTAGCCACGTGTGTATTTTCAGTTTATGGCTGTATTCGCAACCTTTTTT
TCTTTGTTTGTTGTTGTTAGTGACCGTTTGATTTCCACCATCTGGGTTGGTTTTTAACGG
TGGTGATGCGTCCTCTTGTCTCTTTTAATGTTTCTACT

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1E920JQ 609 0 0
GGATCACACTTGACATCCTTTACTACTAATCAACAAAAGAAAAACAAGATGTGGGATGAA
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AAGCCCTCTCACCCAAACGCTCCCACCGTCTACGACTGGTCGTACAGCGACGATACTAGG
AGCCAGCACCGTTGAGCCGAGATCGAGAGGGAGGAGTTACATGCCGGTGATGTAGTATAT
TCCTGTTTCCGTTAGCCACGTGTGTATTTTCAGTTTATGGCTGTATTCGCAACCTTTTTT
TCTTTGTTTGTTGTTGTTAGTGACCGTTTGATTTCCACCATCTGGGTTGGTTTTTAACGG
TGGTGATGCGTCCTCTTGTCTCTTTTAATGTTTCTACTGTTTCGTAATAGATATATTTAA
CTTTT
AGCC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1E920TF 609 0 0
GGATCACACTTGACATCCTTTACTACTAATCAACAAAAGAAAAACAAGATGTGGGATGAA
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AAGCCCTCTCACCCAAACGCTCCCACCGTCTACGACTGGTCGTACAGCGACGATACTAGG
AGCCAGCACCGTTGAGCCGAGATCGAGAGGGAGGAGTTACATGCCGGTGATGTAGTATAT
TCCTGTTTCCGTTAGCCACGTGTGTATTTTCAGTTTATGGCTGTATTCGCAACCTTTTTT
TCTTTGTTTGTTGTTGTTAGTGACCGTTTGATTTCCACCATCTGGGTTGGTTTTTAACGG
TGGTGATGCGTCCTCTTGTCTCTTTTAATGTTTCTACTGTTTCGTAATAGATATATTTAA
CTTTT
AGCC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1G522TF 612 0 0
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CAACCCATTGACATCAAAGGTGTAGGAGAAGGGAGCAGCAGCAAGGCTACGCCTGCGGTG
GCTGGGAGTCCTGGAACTCCAACGACGCCAGGATCGGCACGTAAAGAGAACGTGTGGAGG
AGTGTGTTTCATCCAGGAAGTAACATCGCCACCAGAGGAATGGGCACTAACCTTTTCGAC
AAGCCCTCTCACCCAAACGCTCCCACCGTCTACGACTGGTTGTACAGCGACGATACTAGG
AGCCAGCACCGTTGAGCCGAGATCGAGAGGGAGGAGTTACATGCCGGTGATGTAGTATAT
TCCTGTTTCCGTTAGCCACGTGTGTATTTTCAGTTTATGGCTGTATTCGCAACCTTTTTT
TCTTTGTTTGTTGTTGTTAGTGACCGTTTGATTTCCACCATCTGGGTTGGTTTTTAACGG
TGGTGATGCGTCCTCTTGTCTCTTTTAATGTTTCTACTGTTTCGTAATAGATATATTTAA
CTTTTAGCTTAG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1AN52TF 601 0 0
GG
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CATTGACATCAAAGGTGTAGGAGAAGGGAGCAGCAGCAAGGCTACGCCTGCGGTGGCTGG
GAGTCCTGAAACTCCAACGACGCCAGGATCGGCACGTAAAGAGAACGTGTGGAGGAGTGT
GTTTCATCCAGGAAGTAACATCGCCACCAGAGGAATGGGCACTAACCTTTTCGACAAGCC
CTCTCACCCAAACGCTCCCACCGTCTACGACTGGTTGTACAGCGACGATACTAGGAGCCA
GCACCGTTGAGCCGAGATCGAGAGGGAGGAGTTACATGCCGGTGATGTAGTATATTCCTG
TTTCCGTTAGCCACGTGTGTATTTTCAGTTTATGGCTGTATTCGCAACCTTTTTTTCTTT
GTTTGTTGTTGTTAGTGACCGTTTGATTTCCACCATCTGGGTTGGTTTTTAACGGTGGTG
ATGCGTCCTCTTGTCTCTTTTAATGTTTCTACTGTTTCGTAATAGATATATTTAACTTT

QA 3 601 3 601
DS 

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GG
ACACTTGACATCCTTTACTACTAATCAACAAAAGAAAAACAAGATGTGGGATGAAACTGT
AGCTGGACCTAAGCCGGAGCATGGCCTTGGCCGCCTCCGCAACAAGATCAACGCCCAACC
CATTGACATCAAAGGTGTAGGAGAAGGGAGCAGCAGCAAGGCTACGCCTGCGGTGGCTGG
GAGTCTTGGAACTCCAACGACGCCAGGATCGGCACGTAAAGAGAACGTGTGGAGGAGTGT
GTTTCATCCAGGAAGTAACATCGCCACCAGAGGAATGGGCACTAACCTTTTCGACAAGCC
CTCTCACCCAAACGCTCCCACCGTCTACGACTGGTTGTACAGCGACGATACTAGGAGCCA
GCACCGTTGAGCCGAGATCGAGAGGGAGGAGTTACATGCCGGTGATGTAGTATATTCCTG
TTTCCGTTAGCCACGTGTGTATTTTCAGTTTATGGCTGTATTCGCAACCTTTTTTTCTTT
GTTTGTTGTTGTTAGTGACCGTTTGATTTCCACCATCTGGGTTGGTTTTTAACGGTGGTG
ATGCGTCCTCTTGTCTCTTTTAATGTTTCTACTGTTTCGTAATAGATATATTTAACTTTT

QA 3 602 3 602
DS 



AS 1 6

CO CL1655Contig1 939 6 12 U
AAGAGTCTTCCCCCAAATAAAATCCTTGATTGCATAATCTATTTTGGTTCAAAAACAACT
CGCTCTATTCCAAAACGGAACAATCTCAATATTCCCCAATATTAGTTCTAAAACACTCGA
TTCATTCCATATGTAACATCAACGCAACATAGAATAAAAACCAAAACAAAGAAGCGAATC
AGCAAAACCACGGCAGGACACATCTTGGAACATCTTTTGTTTACTCAAAAGCGTCATCAT
CATCATCGGGGAGAGGCTGAGCAGCGGCGGCAATGAGATCAGCCTCGTTCTTCTGCTGCT
CGGCAACGTCGATGTGAACCTCAGGGGGAGCAAGAGCTGGTGACTCAACAAAGTGAAGGT
TAGGGTCGCCAGCAAGCTTCCTAGCGAGGTACAAGAAGGGCTTCTCGAAGTTGTAGTTAC
TCTTGGCAGATATCTCATAGTACTGCAGATTCTTCTTCCTGTGGAAGGTCACCTGCTTGG
CCTTGACTTGCCTGTTCTTGACATCGACTTTGTTCCCGCAGAGAACAATAGGGATGTTCT
CACACACCCTGCATAGATCACGGTGCCATGTCGGAACGTTCTTGTATGTGAGCCGCGCTG
TGACGTCAAACATAATTACTGCACATTGACCATGGATGTAGTAACCATCCCTAAGGCCAC
CGAACTTCTCTTGACCAGCAGTATCCCAGCAGTAGAAACGGATCTTGCCACAGTTTGTGA
AGAAATCCAAAGGATGAACCTCCACACCAATGGTAGGTTCATACTTCTTCTCAAACTCTC
CAGTAAGATGTCTCTTGACAAAAGTGGTTTTCCCTGTGCCTCCGTCACCAACAATGACGA
GCTTGAAGCTAGGGTAATCGACGGTTTGCTGGTTTGGTAGAGCCATGTTTTCGGAATCGC
AGAGGATGTGGAGATGATGTTAAGAAGAAGAGAAGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1B131JQ U 50
AF RR1BH54JQ U 1
AF RR1B939JQ U 46
AF RR1B939TF C 46
AF RR1BH54TF C 74
AF RR1B131TF C 110
BS 1 151 RR1BH54JQ
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RD RR1B131JQ 272 0 0
GG
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TCTGCTGCTCGGCAACGTCTATGTGAACCT

QA 3 272 3 272
DS 

RD RR1BH54JQ 494 0 0
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CGCTCTATTCCAAAACGGAACAATCTCAATATTCCCCAATATTAGTTCTAAAACACTCGA
TTCATTCCATATGTAACATCAACGCAACATAAAATAAAAACCAAAACAAAAAAGCGAATC
AGCAAAACCACGGCAGGACACATCTTGGAACATCTTTTGTTTACTCAAAAGCGTCATCAT
CATCATCGGGGAGAGGCTGAGCAGCGGCGGCAATGAGATCAGCCTCGTTCTTCTGCTGCT
CGGCAACGTCGATGTGAACCTCAGGGGGAGCAAGAGCTGGTGACTCAACAAAGTGAAGGT
TAGGGTCGCCAGCAAGCTTCCTAGCGAGGTACAAGAAGGGCTTCTCGAAGTTGTAGTTAC
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CCTTGACTTGCCTG

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1B939JQ 745 0 0
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TCTGCTGCTCGGCAACGTCGATGTGAACCTCAGGGGGAGCAAGAGCTGGTGACTCAACAA
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TGTAGTTACTCTTGGCAGATATCTCATAGTACTGCAGATTCTTCTTCCTGTGGAAGGTCA
CCTGCTTGGCCTTGACTTGCCTGTTCTTGACATCGACTTTGTTCCCGCAGAAAACAATAG
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AGTTTGTGAAGAAATCCAAAGGATGAACCTCCACACCAATGGTAGGTTCATACTTCTTCT
CAAACTCTCCAGTAAGAT
C

QA 7 744 7 744
DS 

RD RR1B939TF 745 0 0
GGTTCA
AAAACAACTCGCTCTATTCCAAAACGGAACAATCTCAATATTCCCCAATATTAGTTCTAA
AACACTCGATTCATTCCATATGTAACATCAACGCAACATAGAATAAAAACCAAAACAAAG
AAGCGAATCAGCAAAACCACGGCAGGACACATCTTGGAACATCTTTTGTTTACTCAAAAG
CGTCATCATCATCATCGGGGAGAGGCTGAGCAGCGGCGGCAATGAGATCAGCCTCGTTCT
TCTGCTGCTCGGCAACGTCGATGTGAACCTCAGGGGGAGCAAGAGCTGGTGACTCAACAA
AGTGAAGGTTAGGGTCGCCAGCAAGCTTCCTAGCGAGGTACAAGAAGGGCTTCTCGAAGT
TGTAGTTACTCTTGGCAGATATCTCATAGTACTGCAGATTCTTCTTCCTGTGGAAGGTCA
CCTGCTTGGCCTTGACTTGCCTGTTCTTGACATCGACTTTGTTCCCGCAGAGAACAATAG
GGATGTTCTCACACACCCTGCATAGATCACGGTGCCATGTCGGAACGTTCTTGTATGTGA
GCCGCGCTGTGACGTCAAACATAATTACTGCACATTGACCATGGATGTAGTAACCATCCC
TAAGGCCACCGAACTTCTCTTGACCAGCAGTATCCCAGCAGTAGAAACGGATCTTGCCAC
AGTTTGTGAAGAAATCCAAAGGATGAACCTCCACACCAATGGTAGGTTCATACTTCTTCT
CAAACTCTCCAGTAAGAT
C

QA 7 744 7 744
DS 

RD RR1BH54TF 865 0 0
AAAC
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ATCAACGCAACATAGAATAAAA*CCAAAACAAAGAAGCGAATCAGCAAAACCACGGCAGG
ACACATCTTGGAACATCTTTTGTTTACTCAAAAGCGTCATCATCATCATCGGGGAGAGGC
TGAGCAGCGGCGGCAATGAGATCAGCCTCGTTCTTCTGCTGCTCGGCAACGTCGATGTGA
ACCTCAGGGGGAGCAAGAGCTGGTGACTCAACAAAGTGAAGGTTAGGGTCGCCAGCAAGC
TTCCTAGCGAGGTACAAGAAGGGCTTCTCGAAGTTGTAGTTACTCTTGGCAGATATCTCA
TAGTACTGCAGATTCTTCTTCCTGTGGAAGGTCACCTGCTTGGCCTTGACTTGCCTGTTC
TTGACATCGACTTTGTTCCCGCAGAGAACAATAGGGATGTTCTCACACACCCTGCATAGA
TCACGGTGCCATGTCGGAACGTTCTTGTATGTGAGCCGCGCTGTGACGTCAAACATAATT
ACTGCACATTGACCATGGATGTAGTAACCATCCCTAAGGCCACCGAACTTCTCTTGACCA
GCAGTATCCCAGCAGTAGAAACGGATCTTGCCACAGTTTGTGAAGAAATCCAAAGGATGA
ACCTCCACACCAATGGTAGGTTCATACTTCTTCTCAAACTCTCCAGTAAGATGTCTCTTG
ACAAAAGTGGTTTTCCCTGTGCCTCCGTCACCAACAATGACGAGCTTGAAGCTAGGGTAA
TCGACGGTTTGCTGGTTTGGTAGAGCCATGTTTTCGGAATCGCAGAGGATGTGGAGATGA
TGTTAAGAAGAAGAGAAGCCC

QA 5 865 5 865
DS 

RD RR1B131TF 830 0 0
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AGAAGCGAATCAGCAAAACCACGGCAGGACACATCTTGGAACATCTTTTGTTTACTCAAA
AGCGTCATCATCATCATCGGGGAGAGGCTGAGCAGCGGCGGCAATGAGATCAGCCTCGTT
CTTCTGCTGCTCGGCAACGTCGATGTGAACCTCAGGGGGAGCAAGAGCTGGTGACTCAAC
AAAGTGAAGGTTAGGGTCGCCAGCAAGCTTCCTAGCGAGGTACAAGAAGGGCTTCTCGAA
GTTGTAGTTACTCTTGGCAGATATCTCATAGTACTGCAGATTCTTCTTCCTGTGGAAGGT
CACCTGCTTGGCCTTGACTTGCCTGTTCTTGACATCGACTTTGTTCCCGCAGAGAACAAT
AGGGATGTTCTCACACACCCTGCATAGATCACGGTGCCATGTCGGAACGTTCTTGTATGT
GAGCCGCGCTGTGACGTCAAACATAATTACTGCACATTGACCATGGATGTAGTAACCATC
CCTAAGGCCACCGAACTTCTCTTGACCAGCAGTATCCCAGCAGTAGAAACGGATCTTGCC
ACAGTTTGTGAAGAAATCCAAAGGATGAACCTCCACACCAATGGTAGGTTCATACTTCTT
CTCAAACTCTCCAGTAAGATGTCTCTTGACAAAAGTGGTTTTCCCTGTGCCTCCGTCACC
AACAATGACGAGCTTGAAGCTAGGGTAATCGACGGTTTGCTGGTTTGGTAGAGCCATGTT
TTCGGAATCGCAGAGGATGTGGAGATGATGTTAAGAAGAAGAGAAGCCCC

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 6

CO CL1656Contig1 785 6 13 U
GGGTTTTCCTCCGTAACAGACGCCATGGGTATCGATCTTATCGCCGGAGGTAAGAGCAAG
AAGACCAAAAGGACAGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTTAAGCTG
TACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGACGCAGTGATCCTCAAGAGGCTT
TTCATGAGCAAAGTCAACAAGGCTCCTCTCTCGCTCTCCAAGCTCGTTGAGTTCATGAAC
GGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACAATCACTGACGATCTGAGAGTGCAC
GAGATTCCTGCGATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACGGAGAGGGCTAGGGCTAGGATT
GAGAAAGCTGGTGGGGAGTGTTTGACCTTTGACCAGCTAGCTCTCGTTGCTCCGTTGGGA
CAGAACACGGTTCTCCTAAGAGGACCGAAGAACTCTCGTGAGGCAGTGAAGCACTTTGGT
CCAGCTCCTGGTGTGCCACACAGCCACTCCAAGCCTTATGTTAGGTCCAAGGGAAGGAAG
TTTGAGAAAGCTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGTTTCAAGGTCTAAGAAAGTCCTCAA
AACTGTTTCGAGGTTGTTGTGTTTCCTTATGGTTGCTGCTTTCAGAATCCAAGTTTTTTG
TAGACCGCTTATTGTTACTCTTTGCCTTTTGCAGACATTGTTTTGAGTTTTCTGTCTTTC
TGTTCTAATCGACAATTGAATGTTTTTGCTTCCGCCAATATTCTTGATATAAAAATTAGA
GGCCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DE94TF U 1
AF RR1HB14TF U 1
AF RR1FK47JQ C 9
AF RR1HB14JQ C 374
AF RR1FK47TF U 9
AF RR1DE94JQ C 78
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BS 171 520 RR1DE94TF
BS 521 582 RR1HB14TF
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BS 663 727 RR1HB14TF
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BS 743 754 RR1FK47JQ
BS 755 785 RR1DE94JQ

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DS 

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AAGACCAAAAGGACAGCTCCAAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTTAAGCTG
TACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGACGCAGTGATCCTCAAGAGGCTT
TTCATGAGCAAAGTCAACAAGGCTCCTCTCTCGCTCTCCAAGCTCGTTGAGTTCATGAAC
GGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACAATCACTGACGATCTGAGAGTGCAC
AAGATTCCTGCGATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACGGAGAGGGCTAGGGCTAGGATT
GAGAAAGCTGGTGGGGAGTGTTTGACCTTTGACCAGCTAGCTCTCGTTGCTCCGTTGGGA
CAGAACACGGTTCTCCTAAGAGGACCGAAGAACTCTCGTGAGGCAGTGAAGCACTTTGGT
CCAGCTCCTGGTGTGCCACACAGCCACTCCAAGCCTTATGTTAGGTCCAAGGGAAGGAAG
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TGTTCTA
T

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DS 

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GG
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C

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AATTGAATGTTTTTGCTTCCG

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DS 

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GG
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AAGTCAACAAGGCTCCTCTCTCGCTCTCCAAGCTCGTTGAGTTCATGAACGGCAAGGATG
GTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACAATCACTGACGATCTGAGAGTGCACGAGATTCCTG
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GTGGGGAGTGTTTGACCTTTGACCAGCTAGCTCTCGTTGCTCCGTTGGGACAGAACACGG
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CTAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGTTTCAAGGTCTAAGAAAGTCCTCAAAACTGTTTCG
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ATTGTTACTCTTTGCCTTTTGCAGACATTGTTTTGAGTTTTCTGTCTTTCTGTTCTAATC
GACAATTGAATG

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DS 

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AAAGCGAAAGAGTCGTGGTTTCAAGGTCTAAGAAAGTCCTCAAAACTGTTTCGAGGTTGT
TGTGTTTCCTTATGGTTGCTGCTTTCAGAATCCAAGTTTTTTGTAGACCGCTTATTGTTA
CTCCTTGCCTTTTGCAGACATTGTTTTGAGTTTTCTGTCTTTCTGTTCTAATCGACAATT
GAATGTTTTTGCTTCCGCCAATATTCTTGATATAAAAATTAGAGGCCG

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 6

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TGAATGCAGTGCAGAGAAGGTGCAGCAAAATAATGAAGTTTGAGAAAGCAAGGCCATTCA
TGGCCATTGTTTTCATCCAGTTTTTGTATGCATTGATGTCTATAGTAGCGAAAACAGCTT
TGAACCAAGGGATGAGCCCTCATGTCTTAGTCGCTTACCGCATGGCTGTTGCTGCAACTC
TCATTACTCCTTTTGCTCTCGTTCTTGAGAGGAACTCAAGACCAAGGCTGACTTTCAAAA
TCTTATTACAAATATCCATCCTGAGTTTATTTGAGCCTGTGGTTGAACAAAACCTGTACT
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CAATGACATTTATAATGGCTTGCATTTTCAAACTCGAGAAGGTGAATATCAAAAGGCGTC
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AAGCTTTTAGCTTCAATATATGGGGGACTAGTCTCAGGGTTAGCATACTATGCTATTGGA
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ATCGTTGCCATACTGAGTTCCTTTGTTTTCTTGGAAAAACTCTACCTAGGAAGGGTTGTT
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ATAGAGCAGCATCCACCAAACGCTGGGTGTGCAGAGACTGTTGTGAAAACTGACGAGCAG
ATGGTGCGGACGCCTGATAATAACAAAGTACTGCCCATCCATGACCAGTTATTGATCTCA
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TAATGCACCACATTTTTGGTTAGTATTAACAGTATATGGTTTGCCAGAAAAGAAAAGAAA
AGAAAAGAGAAGCAAGCAATGCTATCTGCATCTTAAGTTTTGGAGTATAATTGCAGAAAT
TTAGAAACCTTAGTAAGGGAAGCCATTGTGGTAGATTTCTGATAACCTCCATTTATAAGA
ATCAAAGAAGCCTATACATATATATATCAAGCTGTAGCCATGATTGATGATTTCACCTAT
CTGCTTTGGTTTCAGATGTTTCCTAAGTAATTTACATATGTTCCCTTTTCGGTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX23TF U 1
AF RR1CY25TF U 7
AF RR1FO86TF U 293
AF RR1C810TF U 565
AF RR1C810JQ C 1032
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BS 601 636 RR1FX23TF
BS 637 702 RR1CY25TF
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BS 822 994 RR1FO86TF
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RD RR1FX23TF 636 0 0
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TGAATGCAGTGCAGAGAAGGTGCAGCAAAATAATTAAGTTTGAGAAAGCAAGGCCATTCA
TGGCCATTGTTTTCATTCAGTTTTTGTATGCATTGATGTCTATAGTAGCGAAAACAGCTT
TGAACCAAGGGATGAGCCCTCATGTCTTAGTCGCTTACCGCATGGCTGTTGCTGCAACTC
TCATTACTCCTTTTGCTCTCGTTCTTGAGAGGAACTCAAGACCAAGGCTGACTTTCAAAA
TCTTATTACAAATATCCATCCTGAGTTTATTTGAGCCTGTGGTTGAACAAAACCTGTACT
ACTCAGGGATGAAACTTACTACTGCTACATTCACATCAGCTCTATGCAATGCACTTCCTG
CAATGACATTTATAATGGCTTGCATTTTCAAACTCGAGAAGGTGAATATCAAAAGGCGTC
ACAGCCAGGCAAAGCTGGTGGGAACCATGGTGGCTGTTGGAGGAGCAATGCTCATGACAT
TTTACAAAGGGAATGTCATTGAGTTGCCTTGGACAAGTAAGCCAAGGGGGATTATTGGGG
CAGTCACATGCTATGAATACTCCAAAGCAGGATGAT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1CY25TF 815 0 0
GG
ATAACGAAACCAAAATACATATCTTTTCTAACTCCCAAGGGAAAACGTTTTTTGAATGCA
GTGCAGAGAAGGTGCAGCAAAATAATGAAGTTTGAGAAAGCAAGGCCATTCATGGCCATT
GTTTTCATCCAGTTTTTGTATGCATTGATGTCTATAGTAGCGAAAACAGCTTTGAACCAA
GGGATGAGCCCTCATGTCTTAGTCGCTTACCGCATGGCTGTTGCTGCAACTCTCATTACT
CCTTTTGCTCTCGTTCTTGAGAGGAACTCAAGACCAAGGCTGACTTTCAAAATCTTATTA
CAAATATCCATCCTGAGTTTATTTGAGCCTGTGGTTGAACAAAACCTGTACTACTCAGGG
ATGAAACTTACTACTGCTACATTCACATCAGCTCTATGCAATGCACTTCCTGCAATGACA
TTTATAATGGCTTGCATTTTCAAACTCGAGAAGGTGAATATCAAAAGGCGTCACAGCCAG
GCAAAGCTGGTGGGAACCATGGTGGCTGTTGGAGGAGCAATGCTCATGACATTTTACAAA
GGGAATGTCATTGAGTTGCCTTGGACAAGTAAGCCAAGGGGGATTATTGGG*CAGTCACA
TGCTATGAATACTCCAAAGCAGGATGATATAGGAAAAGGATCAGTTATGCTTGTAGCAAG
CTGCTTCAGTTGGTCATGTTACATCATTTTACAG*CAAACATTCTGAATACATATCATGC
TGAGCTCTCGCTA*CAGCACTTATGTGCATTATGGGGATGCTGGAG*CTAGTGT*ATAGC
ATTGATATGGGAAAG*AAGAACATGTCTGTCTG

QA 3 815 3 815
DS 

RD RR1FO86TF 702 0 0
C
TTCAAAATCTTATTACAAATATCCATCCTGAGTTTATTTGAGCCTGTGGTTGAACAAAAC
CTGTACTACTCAGGGATGAAACTTACTACTGCTACATTCACATCAGCTCTATGCAATGCA
CTTCCTGCAATGACATTTATAATGGCTTGCATTTTCAAACTCGAGAAGGTGAATATCAAA
AGGCGTCACAGCCAGGCAAAGCTGGTGGGAACCATGGTGGCTGTTGGAGGAGCAATGCTC
ATGACATTTTACAAAGGGAATGTCATTGAGTTGCCTTGGACAAGTAAGCCAAGGGGGATT
ATTGGG*CAGTCACATGCTATGAATACTCCAAAGCAGGATGATATAGGAAAAGGATCAGT
TATGCTTGTAGCAAGCTGCTTCAGTTGGTCATGTTACATCATTTTACAGGCAAACATTCT
GAATACATATCATGCTGAGCTCTCGCTAACAGCACTTATGTGCATTATGGGGATGCTGGA
GGCTAGTGTTATAGCATTGATATGGGAAAGGAAGAACATGTCTGTCTGGAAAATCCACCT
GGACATGAAGCTTTTAGCTTCAATATATGGGGGACTAGTCTCAGGGTTAGCATACTATGC
TATTGGATGGGCATCAAAGAAGAGAGGGCCTGTGTTTGTGAGCGCATTTAACCCTCTCAG
CATGGTCATCGTTGCCATACTGAGTTCCTTTGTTTTCTTGG

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DS 

RD RR1C810TF 732 0 0
G
GCCTTGGACAAGTAAGCCAAGGGGGATTATTGGG*CAGTCACATGCTATGAATACTCCAA
AGCAGGATGATATAGAAAAAGGATCAGTTATGCTTGTAGCAAGCTGCTTCAGTTGGTCAT
GTTACATCATTTTACGGGCAAACATTCTGAATACATATCATGCTGAGCTCTCGCTAACAG
CACTTATGTGCATTATGGGGATGCTGGAGGCTAGTGTTATAGCATTGATATGGGAAAGGA
AGAACATGTCTGTCTGGAAAATCCACCTGGACATGAAGCTTTTAGCTTCAATATATGGGG
GACTAGTCTCAGGGTTAGCATACTATGCTATTGGATGGGCATCAAAGAAGAGAGGGCCTG
TGTTTGTGAGCGCATTTAACCCTCTCAGCATGGTCATCGTTGCCATACTGAGTTCCTTTG
TTTTCTTGGAAAAACTCTACCTAGGAAGGGTTGTTGGAGCAGCTGTCATCGTCTTTGGAG
TATATTTGGTACTATGGGGTAAAAGCAAGGACAAGATAGAGCAGCATCCACCAAACGCTG
GGTGTGCAGAGACTGTTGTGAAAACTGACGAGCAGATGGTGCGGACGCCTGATAATAACA
AAGTACTGCCCATCCATGACCAGTTATTGATCTCAAAGCCAGCAACTCAGTCTCAATCAG
TCTGATATGCTGATTTTGTTACATTCTCTCTAATATAATGCACCACATTTTTGGTTAGTA
TTAACAGTATA

QA 2 732 2 732
DS 

RD RR1C810JQ 463 0 0
CATCGTCTTTGGAGTATATTTGGTACTATGGGGTAAAAGCAAGGACAAGATAGAGCAGCA
TCCACCAAACGCTGGGTGTGCAGAGACTGTTGTGAAAACTGACGAGCAGATGGTGCGGAC
GCCTGATAATAACAAAGTACTGCCCATCCATGACCAGTTATTGATCTCAAAGCCAGCAAC
TCAGTCTCAATCAGTCTGATATGCTGATTTTGTTACATTCTCTCTAATATAATGCACCAC
ATTTTTGGTTAGTATTAACAGTATATGGTTTGCCAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAGAA
GCAAGCAATGCTATCTGCATCTTAAGTTTTGGAGTATAATTGCAGAAATTTAGAAACCTT
AGTAAGGGAAGCCATTGTGGTAGATTTCTGATAACCTCCATTTATAAGAATCAAAGAAGC
CTATACATATATATATCAAGCTGTAGCCATGATTGATGATT
CC

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR1FX23JQ 187 0 0
AATTGCAGAAATTTAGAAACCTTAGTAAGGGAAGCCATTGTGGTAGATTTCTGATAACCT
CCATTTATAAGAATCAAAGAAGCCTATACATATATATATCAAGCTGTAGCCATGATTGAT
GATTTCACCTATCTGCTTTGGTTTCAGATGTTTCCTAAGTAATTTACATATGTTCCCTTT
TCGGTGC

QA 1 187 1 187
DS 



AS 1 6

CO CL1658Contig1 814 6 7 U
GGGTCTTCGGCTCGAATCTGAAATCCACTCGTCGAGGTTCCATTTGAATTAAGCCAATCA
AATTTCGAAACGGAGCTTCCGATTTCAATGCAGATCGCATGCCTCCCGATTCCGATTTGT
TCAATCACTCCCCGAAACTCTATCACATCTTCATCGATATCCTCAAATCCTCGTCGCCAT
ATTTTTAACCTCGCCTCCTTTCAGAACCCGAAACGCTCTTTCTTCACTTCATCTTTCAGA
AAACCGCATAGAACTCAAACTGGTTTTAGATCTCCTCCTGTTTTGGCTGCCATGAGAAGG
GAAGAAGCTAGTGATGATGATGATGATGCGTTTTATATGAGGAAATGCGTGGATCTGGCG
AAGAGAGCAACTGGGTGCACTAGTCCTAATCCTATGGTGGGTTGTGTCATTGTCAAAGAC
GGCAAGATTGTTGGCCAAGGCTTTCATCCCAAAGCTGGCCAGCCTCATGCTGAGGTGTTT
GCTCTTCGAGATGCTGGAGACTTAGCTGAGAATGCCACTGCCTACGTTAGCTTAGAACCA
TGTAATCACTACGGGAGAACACCGCCTTGCACAGAAGCATTGATCAAGGCCAAGGTGAAA
AGAGTGGTAGTTGGAATGGTTGATCCGAATCCAATCGTTTCTTCTTCGGGTATCACTCGT
CTGACAGATGCTGGAATCGAGGTCACTGTTGGCGTTGAAGAAGACTTATGCAAGAAGATG
AATGAGGGTTTCATCCATCGAATGTTAACAGGAAAGCCTTTTCTCGCTCTCAGTATTCTA
TGTCTGTAAATGGTTGTTTTCTGGACAGATCGGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F543TF U 294
AF RR1CG26TF U 32
AF RR1CX35TF U 40
AF RR1EY12TF U 44
AF RR1DG13TF U 1
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BS 1 260 RR1B105TF
BS 261 261 RR1CX35TF
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RD RR1F543TF 282 0 0
GAGAAGGGAAGAAGCTAGTGATGATGATGATGATGCGTTTTATATGAGGAAATGCGTGGA
TCTGGCGAAGAGAGCAACTGGGTGCACTAGTCCTAATCCTATGGTGGGTTGTGTCATTGT
CAAAGACGGCAAGATTGTTGGCCAAGGCTTTCATCCCAAAGCTGGCCAGCCTCATGCTGA
GGTGTTTGCTCTTCGAGATGCTGGAGACTTAGCTGAGAATGCCACTGCCTACGTTAGCTT
AGAACCATGTAATCACTACGGGAGAACACCGCCTTGCACAGA

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR1CG26TF 646 0 0
GG
GAGGTTCCATTTGAATTAAGCCAATCAAATTTCGAAACGGAGCTTCCGATTTCAATGCAG
ATCGCATGCCTCCCGATTCCGATTTGTTCAATCACTCCCCGAAACTCTATCACATCTTCA
TCGATATCCTCAAATCCTCGTCGCCATATTTTTAACCTCGCCTCCTTTCAGAACCCGAAA
CGCTCTTTCTTCACTTCATCTTTCAGAAAACCGCATAGAACTCAAACTGGTTTTAGATCT
CCTCCTGTTTTGGCTGCCATGAGAAGGGAAGAAGCTAGTGATGATGATGATGATGCGTTT
TATATGAGGAAATGCGTGGATCTGGCGAAGAGAGCAACTGGGTGCACTAGTCCTAATCCT
ATGGTGGGTTGTGTCATTGTCAAAGACGGCAAGATTGTTGGCCAAGGCTTTCATCCCAAA
GCTGGCCAGCCTCATGCTGAGGTGTTTGCTCTTCGAGATGCTGGAGACTTAGCTGAGAAT
GCCACTGCCTACGTTAGCTTAGAACCATGTAATCACTACGGGAGAACACCGCCTTGCACA
GAAGCATTGATCAAGGCCAAGGTGAAAAGAGTGGTAGTTGGAATGGTTGATCCGAATCCA
ATCGTTTCTTCTTCGGGTATCACTCGTCTGACAGATGCTGGAAT

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR1CX35TF 684 0 0
GAT
TTTGAATTAAGCCAATCAAATTTCGAAACGGAGCTTCCGATTTCAATGCAGATCGCATGC
CTCCCGATTCCGATTTGTTCAATCACTCCCCGAAACTCTATCACATCTTCATCGATATCC
CCAAATCCTCGTCGCCATATTTTTAACCTCGCCTCCTTTCAGAACCCGAAACGCTCTTTC
TTCACTTCATCTTTCAGAAAACCGCATAGAACTCAAACTGGTTTTAGATCTCCTCCTGTT
TTGGCTGCCATGAGAAGGGAAGAAGCTAGTGATGATGATGATGATGCGTTTTATATGAGG
AAATGCGTGGATCTGGCGAAGAGAGCAACTGGGTGCACTAGTCCTAATCCTATGGTGGGT
TGTGTCATTGTCAAAGACGGCAAGATTGTTGGCCAAGGCTTTCATCCCAAAGCTGGCCAG
CCTCATGCTGAGGTGTTTGCTCTTCGAGATGCTGGAGACTTAGCTGAGAATGCCACTGCC
TACGTTAGCTTAGAACCATGTAATCACTACGGGAGAACACCGCCTTGCACAGAAGCATTG
ATCAAGGCCAAGGTGAAAAGAGTGGTAGTTGGAATGGTTGATCCGAATCCAATCGTTTCT
TCTTCGGGTATCACTCGTCTGACAGATGCTGGAATCGAGGTCACTGTTGGCGTTGAAGAA
GACTTATGCAAGAAGATGA
AT

QA 4 682 4 682
DS 

RD RR1EY12TF 708 0 0
GG
GAATTAAGCCAATCAAATTTCGAAACGGAGCTTCCGATTTCAATGCAGATCGCATGCCTC
CCGATTCCGATTTGTTCAATCACTCCCCGAAACTCTATCACATCTTCATCGATATCCTCA
AATCCTCGTCGCCATATTTTTAACCTCGCCTCCTTTCAGAACCCGAAACGCTCTTTCTTC
ACTTCATCTTTCAGAAAACCGCATAGGACTCAAACTGGTTTTAGATCTCCTCCTGTTTTG
GCTGCCATGAGAAGGGAAGAAGCTAGTGATGATGATGATGATGCGTTTTATATGAGGAAA
TGCGTGGATCTGGCGAAGAGAGCAACTGGGTGCACTAGTCCTAATCCTATGGTGGGTTGT
GTCATTGTCAAAGACGGCAAGATTGTTGGCCAAGGCTTTCATCCCAAAGCTGGCCAGCCT
CATGCTGAGGTGTTTGCTCTTCGAGATGCTGGAGACTTAGCTGAGAATGCCACTGCCTAC
GTTAGCTTAGAACCATGTAATCACTACGGGAGAACACCGCCTTGCACAGAAGCATTGATC
AAGGCCAAGGTGAAAAGAGTGGTAGTTGGAATGGTTGATCCGAATCCAATCGTTTCTTCT
TCGGGTATCACTCGTCTGACAGATGCTGGAATCGAGGTCACTGTTTGCGTTGAAGAAGAC
TTATGCAAGAAGATGAATGAGGGTTTCATCCATCGAATGTTAACAG

QA 3 708 3 708
DS 

RD RR1DG13TF 721 0 0
GGGTCTTCGGCTCGAATCTGAAATCCACTCGTCGAGGTTCCATTTGAATTAAGCCAATCA
AATTTCGAAACGGAGCTTCCGATTTCAATGCAGATCGCATGCCTCCCGATTCCGATTTGT
TCAATCACTCCCCGAAACTCTATCACATCTTCATCGATATCCTCAAATCCTCGTCGCCAT
ATTTTTAACCTCGCCTCCTTTCAGAACCCGAAACGCTCTTTCTTCACTTCATCTTTCAGA
AAACCGCATAGAACTCAAACTGGTTTTAGATCTCCTCCTGTTTTGGCTGCCATGAGAAGG
GAAGAAGCTAGTGATGATGATGATGATGTGTTTTATATGAGGAAATGCGTGGATCTGGCG
AAGAGAGCAACTGGGTGCACTAGTCCTAATCCTATGGTGGGTTGTGTCATTGTCAAAGAC
GGCAAGATTGTTGGCCAAGGCTTTCATCTCAAAGCTGGCCAGCCTCATGCTGAGGTGTTT
GCTCTTCGAGATGCTGGAGACTTAGCTGAGAATGCCACTGCCTACGTTAGCTTAGAACCA
TGTAATCACTACGGGAGAACACCGCCTTGCACAGAAGCATTGATCAAGGCCAAGGTGAAA
AGAGTGGTAGTTGGAATGGTTGATCCGAATCCAATCGTTTCTTCTTCGGGTATCACTCGT
CTGACAGATGCTGGAATCGAGGTCACTGTTGGCGTTGAAGAAGACTTATGCAAGAAGATG
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1B105TF 814 0 0
GGGTCTTCGGCTCGAATCTGAAATCCACTCGTCGAGGTTCCATTTGAATTAAGCCAATCA
AATTTCGAAACGGAGCTTCCGATTTCAATGCAGATCGCATGCCTCCCGATTCCGATTTGT
TCAATCACTCCCCGAAACTCTATCACATCTTCATCGATATCCTCAAATCCTCGTCGCCAT
ATTTTTAACCTCGCCTCCTTTCAGAACCCGAAACGCTCTTTCTTCACTTCATCTTTCAGA
AAACCGCATAGAACTCAAACCGGTTTTAGATCTCCTCCTGTTTTGGCTGCCATGAGAAGG
GAAGAAGCTAGTGATGATGATGATGATGCGTTTTATATGAGGAAATGCGTGGATCTGGCG
AAGAGAGCAACTGGGTGCACTAGTCCTAATCCTATGGTGGGTTGTGTCATTGTCAAAGAC
GGCAAGATTGTTGGCCAAGGCTTTCATCCCAAAGCTGACCAGCCTCATGCTGAGGTGTTT
GCTCTTCGAGATGCTGGAGACTTAGCTGAGAATGCCACTGCCTACGCTAGCTTAGAACCA
TGTAATCACTACGGGAGAACACCGCCTTGCACAGAAGCATTGATCAAGGCCAAGGTGAAA
AGAGTGGTAGTTGGAATGGTTGATCCGAATCCAATCGTTTCTTCTTCGGGTATCACTCGT
CTGACAGATGCTGGAATCGAGGTCACTGTTGGCGTTGAAGAAGACTTATGCAAGAAGATG
AATGAGGGTTTCATCCATCGAATGTTAACAGGAAAGCCTTTTCTCGCTCTCAGTATTCTA
TGTCTGTAAATGGTTGTTTTCTGGACAGATCGGG

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 6

CO CL1659Contig1 618 6 9 U
GGAAGTCATCATACTAACTATCACAGACACACACAAAAGGGACAAGTTCTCATCTAAGAT
TTGGAAAAACTGAGTTGTATGGCAACCAGATCAAAGAGCTTTCAATTGATCACCGGCTTT
AGGAAGCACCTCGTTGACGCCGTCGTCCCACGCGCCACCGCGTCTGCTCCCATCACTTCA
AGAAGTTACTCCTCGGGGTATGACAAGAACGTGGAGGACGAATTGCAGGCAAGTGCAGTT
CCTGATGATGTCATAAAGCCAGAGTCTGATAAATATTGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGA
GTCTTTGGCCCTTCCACAACTGAGCACAGCCCAGCAGCTGAGGCTGCTCGCCAAGACTCG
GCGGTGCTAGAAGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTCGAGGACTCGGACAAGACT
CACCATGTTTAAGTCTATCTCTCTTCTCTCTTTCCGTTTGTTGTACTTTCTGATGTGTAA
TGTTGTAATAAATCTCGAAGTAGACAAACTGTATCTCAAGCAACGTCCTGGAAAACTAAA
TTAAACCAAAACCAAAGTGCGCTGAAACTAACCCGTTTTTGGGAAACACGGATAAGTAAA
TACTATTATACTCCCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E737JQ C 1
AF RR1GG77TF U 1
AF RR1GW01TF U 5
AF RR1FB81TF U 1
AF RR1AW43JQ C 7
AF RR1AW43TF U 7
BS 1 6 RR1E737JQ
BS 7 137 RR1FB81TF
BS 138 138 RR1GG77TF
BS 139 148 RR1FB81TF
BS 149 149 RR1GG77TF
BS 150 386 RR1FB81TF
BS 387 387 RR1GG77TF
BS 388 550 RR1FB81TF
BS 551 618 RR1AW43TF

RD RR1E737JQ 532 0 0
GGAAGTCATCATACTAACTATCACAGACACACACAAAAGGGACAAGTTCTCATCTAAGAT
TTGGAAAAACTGAGTTGTATGGCAACCAGATCAAAGAGCTTTCAATTGATCACCGGCTTT
AGGAAGCACCTCGTTGACGCCGTCGTCCCACGCGCCACCGCGTCTGCTCCCATCACTTCA
AGAAGTTACTCCTCGGGGTATGACAAGAACGTGGAGGACGAATTGCAGGCAAGTGCAGTT
CCTGATGATGTCATAAAGCCAGAGTCTGATAAATATTGGTTTCCCCATCCTCAAACCGGA
GTCTTTGGCCCTTCCACAACTGAGCACAGCCCAGCAGCTGAGGCTGCTCGCCAAGACTCG
GCGGTGCTAGAAGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTCGAGGACTCGGACAAGACT
CACCATGTTTAAGTCTATCTTTCTTCTCTCTTTCCGTTTGTTGTACTTTCTGATGTGTAA
TGTTGTAATAAATCTCGAAGTAGACAAACTGTATCTCAAGCAACGTCCTGGA

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1GG77TF 517 0 0
GGAAGT
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AAACTGAGTTGTATGGCAACCAGATCAAAGAGCTTTCAATTGATCACCGGCTTTAGGAAG
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TACTCCTCGGGGTATGACAAGAACGTGGAGGACGAATTGCAGGCAAGTGCAGTTCCTGAT
GATGTCATAAAGCCAGAGTCTGATAAATATTGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTT
GGCCCTTCCACAACTGAGCACAGCCCAGCAGCTGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGGCGGTG
CTAGAAGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTCGAGGACTCGGACAAGACTCACCAT
GTTTAAGTCTATCTCTCTTCTCTCTTTCCGTTTGTTGTACTTTCTGATGTGTAATGTTGT
AATAAATCTCGAAGTAGACAAACTGTATCTC

QA 7 517 7 517
DS 

RD RR1GW01TF 501 0 0
GG
CATCATACTAACTATCACAGACACACACAAAAGGGACAAGTTCTCATCTAAGATTTGGAA
AAACTGAGTTGTATGGCAACCAGATCAAAGAGCTTTCAATTGATCACCGGCTTTAGGAAG
CACCTCGTTGACGCCGTCGTCCCACGCGCCACCGCGTCTGCTCCCATCACTTCAAGAAGT
TACTCCTCGGGGTATGACAAGAACGTGGAGGACGAATTGCAGGCAAGTGCAGTTCCTGAT
GATGTCATAAAGCCAGAGTCTGATAAATATTGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTT
GGCCCTTCCACAACTGAGCACAGCCCAGCAGCTGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGGCGGTG
CTAGAAGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCGCAAGTCTCGAGGACTCGGACAAGACTCACCAT
GTTTAAGTCTATCTCTCTTCTCTCTTTCCGTTTGTTGTACTTTCTGATGTGTAATGTTGT
AATAAATCCCGAAGTAGAC

QA 3 501 3 501
DS 

RD RR1FB81TF 550 0 0
GGAAGT
CATCATACTAACTATCACAGACACACACAAAAGGGACAAGTTCTCATCTAAGATTTGGAA
AAACTGAGTTGTATGGCAACCAGATCAAAGAGCTTTCAATTGATCACCGGCTTTAGGAAG
CACCTCGTTGATGCCGTCGTCCTACGCGCCACCGCGTCTGCTCCCATCACTTCAAGAAGT
TACTCCTCGGGGTATGACAAGAACGTGGAGGACGAATTGCAGGCAAGTGCAGTTCCTGAT
GATGTCATAAAGCCAGAGTCTGATAAATATTGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTT
GGCCCTTCCACAACTGAGCACAGCCCAGCAGCTGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGGCGGTG
CTAGAAGAGACTGCTTGGTT*CGTCCCACAAGTCTCGAGGACTCGGACAAGACTCACCAT
GTTTAAGTCTATCTCTCTTCTCTCTTTCCGTTTGTTGTACTTTCTGATGTGTAATGTTGT
AATAAATCTCGAAGTAGACAAACTGTATCTCAAGCAACGTCCTGGAAAACTAAATTAAAC
CAAA

QA 7 550 7 550
DS 

RD RR1AW43JQ 612 0 0
G
ATCATACTAACTATCACAGACACACACAAAAGGGACAAGTTCTCATCTAAGATTTGGAAA
AACTGAGTTGTATGGCAACCAGATCAAAGAGCTTTCAATTGATCACCGGCTTTAGGAAGC
ACCTCGTTGACACCGTCGTCCCACGCGCCACCGCGTCTGCTCCCATCACTTCAAGAAGTT
ACTCCTCGGGGTATGACAAGAACGTGGAGGACGAATTGCAGGCAAGTGCAGTTCCTGATG
ATGTCATAAAGCCAGAGTCTGATAAATATTGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTG
GCCCTTCCACAACTGAGCACAGCCCAGCAGCTGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGGCGGTGC
TAGAAGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTCGAGGACTCGGACAAGACTCACCATG
TTTAAGTCTATCTCTCTTCTCTCTTTCCGTTTGTTGTACTTTCTGATGTGTAATGTTGTA
ATAAATCTCGAAGTAGACAAACTGTATCTCAAGCAACGTCCTGGAAAACTAAATTAAACC
AAAACCAAAGTGCGCTGAAACTAACCCGTTTTTGGGAAACACGGATAAGTAAATACTATT
ATACTCCCTAT

QA 2 612 2 612
DS 

RD RR1AW43TF 612 0 0
G
ATCATACTAACTATCACAGACACACACAAAAGGGACAAGTTCTCATCTAAGATTTGGAAA
AACTGAGTTGTATGGCAACCAGATCAAAGAGCTTTCAATTGATCACCGGCTTTAGGAAGC
ACCTCGTTGACACCGTCGTCCCACGCGCCACCGCGTCTGCTCCCATCACTTCAAGAAGTT
ACTCCTCGGGGTATGACAAGAACGTGGAGGACGAATTGCAGGCAAGTGCAGTTCCTGATG
ATGTCATAAAGCCAGAGTCTGATAAATATTGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTG
GCCCTTCCACAACTGAGCACAGCCCAGCAGCTGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGGCGGTGC
TAGAAGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTCGAGGACTCGGACAAGACTCACCATG
TTTAAGTCTATCTCTCTTCTCTCTTTCCGTTTGTTGTACTTTCTGATGTGTAATGTTGTA
ATAAATCTCGAAGTAGACAAACTGTATCTCAAGCAACGTCCTGGAAAACTAAATTAAACC
AAAACCAAAGTGCGCTGAAACTAACCCGTTTTTGGGAAACACGGATAAGTAAATACTATT
ATACTCCCTAT

QA 2 612 2 612
DS 



AS 1 6

CO CL1660Contig1 528 6 7 U
CGCAAGATCAAAAAGACCGCAGCTTACTAATTGTGTAAAAATCCCAGCAATGTCTTAGAG
AAAAATCCGAGTACAAACTAAACATCATATAGAATTCAAAACGGAAAAAACAAAAACGGC
TTCTTTACTCGAACAGGCTGAAACCCATGTCATCATCGGATTCTTCCTTCTCTTCTTTCT
TCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCAGCAGGAGCAGCACCGCCACCAGCAGCAGAAGGAGCAG
AAGTCATGGCAACACCACCACCACTTGGAACAGAAGCCAACTTCTCCCTTCCAGCAGCAA
TGAGCTCAGCACAGTCTTTTCCACTGACTTCCTTCAACAAAAGCTCAATCTGAGCATCTT
CACCTTCAGCACCAACTGATCCGAGGATATTCTTAATATCGGCACTGTTTGGGGAAGCTT
TTCCGCTCAAAACGGCCAGTAAGAAAGCAGCAACAACCTTCATTTTTTTGCAGAAGTTGA
TGGGAAGCGGAAAGCTAAAGAGTTAGTTTTCGAAGACGACGGCAATCC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1F869JQ U 5
AF RR1F869TF C 5
AF RR1C008JQ U 1
AF RR1C008TF C 1
AF RR1AZ03JQ U 33
AF RR1AZ03TF C 33
BS 1 234 RR1C008JQ
BS 235 235 RR1F869JQ
BS 236 285 RR1C008JQ
BS 286 286 RR1F869JQ
BS 287 414 RR1C008JQ
BS 415 415 RR1F869JQ
BS 416 528 RR1C008JQ

RD RR1F869JQ 424 0 0
G
GATCAAAAAGACCGCAGCTTACTAATTGTGTAAAAATCCCAGCAATGTCTTAAAGAAAAA
TCCGAGTACAAACAAAACATCATATAAAATTCAAAACGGAAAAAA**AAAACGGCTTCTT
TACTCGAACAGGCTGAAACCCATGTCATCATCGGATTCTTCCTTCTCTTCTTTCTTCTCT
TCCTTCTTGGCCTCAGCAGCAGGAGCAGCACCGCCACCAGCAGCAGCAGGAGCAGAAGTC
ATGGCAACACCACCACCACTTGGAACAGAAGCCAACTTCTCCCTTCCAGCAGCAATGAGC
TCAGCACAGTCTTTCCCACTGACTTCCTTCAACAAAAGCTCAATCTGAGCATCTTCACCT
TCAGCACCAACTGATCCGAGGATATTCTTAATATCGGCACTGTTTGGGGAAGCTTTTCCG
CTC

QA 2 424 2 424
DS 

RD RR1F869TF 424 0 0
G
GATCAAAAAGACCGCAGCTTACTAATTGTGTAAAAATCCCAGCAATGTCTTAGAGAAAAA
TCCGAGTACAAACAAAACATCATATAGAATTCAAAACGGAAAAAA**AAAACGGCTTCTT
TACTCGAACAGGCTGAAACCCATGTCATCATCGGATTCTTCCTTCTCTTCTTTCTTCTCT
TCCTTCTTGGCCTCAGCAGCAGGAGCAGCACCGCCACCAGCAGCAGCAGGAGCAGAAGTC
ATGGCAACACCACCACCACTTGGAACAGAAGCCAACTTCTCCCTTCCAGCAGCAATGAGC
TCAGCACAGTCTTTCCCACTGACTTCCTTCAACAAAAGCTCAATCTGAGCATCTTCACCT
TCAGCACCAACTGATCCGAGGATATTCTTAATATCGGCACTGTTTGGGGAAGCTTTTCCG
CTC

QA 2 424 2 424
DS 

RD RR1C008JQ 528 0 0
CGCAAGATCAAAAAGACCGCAGCTTACTAATTGTGTAAAAATCCCAGCAATGTCTTAGAG
AAAAATCCGAGTACAAACTAAACATCATATAGAATTCAAAACGGAAAAAACAAAAACGGC
TTCTTTACTCGAACAGGCTGAAACCCATGTCATCATCGGATTCTTCCTTCTCTTCTTTCT
TCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCAGCAGGAGCAGCACCGCCACCAGCAGCAGAAGAAGCAG
AAGTCATGGCAACACCACCACCACTTGGAACAGAAGCCAACTTCTACCTTCCAGCAGCAA
TGAGCTCAGCACAGTCTTTTCCACTGACTTCCTTCAACAAAAGCTCAATCTGAGCATCTT
CACCTTCAGCACCAACTGATCCGAGGATATTCTTAATATCGGCACTGTTTGGGGCAGCTT
TTCCGCTCAAAACGGCCAGTAAGAAAGCAGCAACAACCTTCATTTTTTTGCAGAAGTTGA
TGGGAAGCGGAAAGCTAAAGAGTTAGTTTTCGAAGACGACGGCAATCC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1C008TF 528 0 0
CGCAA
GATCAAAAAGACCGCAGCTTACTAATTGTGTAAAAATCCCAGCAATGTCTTAGAGAAAAA
TCCGAGTACAAACTAAACATCATATAGAATTCAAAACGGAAAAAACAAAAACGGCTTCTT
TACTCGAACAGGCTGAAACCCATGTCATCATCGGATTCTTCCTTCTCTTCTTTCTTCTCT
TCCTTCTTGGCCTCAGCAGCAGGAGCAGCACCGCCACCAGCAGCAGAAGAAGCAGAAGTC
ATGGCAACACCACCACCACTTGGAACAGAAGCCAACTTCTACCTTCCAGCAGCAATGAGC
TCAGCACAGTCTTTTCCACTGACTTCCTTCAACAAAAGCTCAATCTGAGCATCTTCACCT
TCAGCACCAACTGATCCGAGGATATTCTTAATATCGGCACTGTTTGGGGCAGCTTTTCCG
CTCAAAACGGCCAGTAAGAAAGCAGCAACAACCTTCATTTTTTTGCAGAAGTTGATGGGA
AGCGGAAAGCTAAAGAGTTAGTTTTCGAAGACGACGGCAATCC

QA 6 528 6 528
DS 

RD RR1AZ03JQ 496 0 0
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AATTCAAAACGGAAAAAACAAAAACGGCTTCTTTACTCGAACAGGCTGAAATCCATGTCA
TCATCGGATTCTTCCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCAGCAGGAGCA
GCACCGCCACCAGCAGCAGAAGGAGCAGAAGTCATGGCAACACCACAACCACTTGGAACA
GAAGCCAACTTCTCCCTTCCAGCAGCAATGAGCTCAGCACAGTCTTTTCCACTGACTTCC
TTCAACAAAAGCTCAATCTGAGCATCTTCACCTTCAGCACCAACTGATCCGAGGATATTC
TTAATATCGGCACTGTTTGGGGAAGCTTTTCCGCTCAAAACGGCCAGTAAGAAAGCAGCA
ACAACCTTCATTTTTTTGCAGAAGTTGATGGGAAGCGGAAAGCTAAAGAGTTAGTTTTCG
AAGACGACGGCAATCC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1AZ03TF 496 0 0
GTGTAAAAATCCCAGCAATGTCTTAGAGAAAAATCCGAGTACAAACTAAACATCATATAG
AATTCAAAACGGAAAAAACAAAAACGGCTTCTTTACTCGAACAGGCTGAAATCCATGTCA
TCATCGGATTCTTCCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCAGCAGGAGCA
GCACCGCCACCAGCAGCAGAAGGAGCAGAAGTCATGGCAACACCACAACCACTTGGAACA
GAAGCCAACTTCTCCCTTCCAGCAGCAATGAGCTCAGCACAGTCTTTTCCACTGACTTCC
TTCAACAAAAGCTCAATCTGAGCATCTTCACCTTCAGCACCAACTGATCCGAGGATATTC
TTAATATCGGCACTGTTTGGGGAAGCTTTTCCGCTCAAAACGGCCAGTAAGAAAGCAGCA
ACAACCTTCATTTTTTTGCAGAAGTTGATGGGAAGCGGAAAGCTAAAGAGTTAGTTTTCG
AAGACGACGGCAATCC

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 6

CO CL1661Contig1 1149 6 15 U
GGGGGTCAATCAAACATGTTTAAGAGAAGGAACGCTCACCAACTTGATGATGATTCTCAG
CAAGAAAACAAGGTTAGCAATTTGAGATCTGCGTTAGGACCGCTCTCGGGACATAGTTTA
GTGTTCTGCTCTGATGCTTCCTTGAGGAGGTATTTGGATGCTCGTAATTGGAATGTCGAA
AAAGCCAAGAAAATGATCGAGGAGACTCTTAAGTGGAGATCAACATACAAACCTCATGAG
ATCCTTTGGCATCAAGTAGCACATGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAGAGCTAGTTTT
CATGATCGACAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCTACAATGCAGAACTCAACATCA
GCAGAAGGTAATATCAAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCA
AGGGGACAAGAACAAATGTCATGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCCGCTAAT
GCCCCTATGAAAACAACACGCGATATTGTCTACATCCTACAGAATCATTACCCTGAGAGA
CTCGGTATGGCCTTTCTATACAATCCACCAAGACTATTCCAAGCAGGCTACAAGGCTATT
AAGTACTTCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCAAATTTGTGTACCCAAAAGACAAA
ACAAGTGATGAACTGATGACATCACATTTTGATGTTGAGAATCTCCCCAAGGAGTTTGGA
GGCGAAGCAACACTAGCGTATGATCATGAGGAGTTTTCAAGACAAATGTATGAAGACGAT
GTCAAAACCGCAAGGTACTGGGGATTAGAGGAGAAACAGTATAAGGAACCAAACGGCTTC
CATGCAGCTGATGTTGTACCTGAGCCGACCTCTTCTCTTGCATCAGCAGCTAGCTGAGAA
TTGAATACATATGTATACACATAACGAAGAAAAGAAGATTAATAAACGTTATTTCGTATT
ACAAACGAGTTAATAAAGTCCTTTCAAGTCCTTGCTCTTTCGCTTAGTAGTGAGCCAAAT
AGCAGAGACGTTCCTCGATTATAGCTTAAGAGTTATCCTCTTGGTTCTAATGTTTTTTCC
ATAGTTTTTTTTTTGATAAATGATTTTGTTTTTTTTATCAGTTGCTATGCGAAATACAGT
TATATGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D795TF U 6
AF RR1EJ58TF U 1
AF RR1D795JQ C 247
AF RR1E662TF U 241
AF RR1EJ58JQ C 248
AF RR1E662JQ C 356
BS 1 112 RR1EJ58TF
BS 113 113 RR1D795TF
BS 114 375 RR1EJ58TF
BS 376 376 RR1D795TF
BS 377 700 RR1EJ58TF
BS 701 701 RR1E662TF
BS 702 756 RR1EJ58TF
BS 757 757 RR1E662TF
BS 758 765 RR1EJ58TF
BS 766 766 RR1E662TF
BS 767 786 RR1EJ58TF
BS 787 935 RR1E662TF
BS 936 936 RR1D795JQ
BS 937 1000 RR1E662TF
BS 1001 1149 RR1E662JQ

RD RR1D795TF 577 0 0
GG
AATCAAACATGTTTAAGAGAAGGAACGCTCACCAACTTGATGATGATTCTCAGCAAGAAA
ACAAGGTTAGCAATTTGAGGTCTGCGTTAGGACCGCTCTCGGGACATAGTTTAGTGTTCT
GCTCTGATGCTTCCTTGAGGAGGTATTTGGATGCTCGTAATTGGAATGTCGAAAAAGCCA
AGAAAATGATCGAGGAGACTCTTAAGTGGAGATCAACATACAAACCTCATGAGATCCTTT
GGCATCAAGTAGCACATGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAGAGCTAGTTTTCATGATC
GACAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCTACAATGCAGAACTCAACATCAGCAGAAG
GTAATATCAAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCAAGGGGAC
AAGAACAAATGTCATGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCCGCTAATGCCCCTA
TGAAAACAACACGCGATATTGTCTACATCCTACAGAATCATTACCCTGAGAGACTCGGTA
TGGCCTTTCTATACAATCCACCAAGACTATTCCAA

QA 3 577 3 577
DS 

RD RR1EJ58TF 794 0 0
GGGGGTCAATCAAACATGTTTAAGAGAAGGAACGCTCACCAACTTGATGATGATTCTCAG
CAAGAAAACAAGGTTAGCAATTTGAGATCTGCGTTAGGACCGCTCTCGGGACGTAGTTTA
GTGTTCTGCTCTGATGCTTCCTTGAGGAGGTATTTGGATGCTCGTAATTGGAATGTCGAA
AAAGCCAAGAAAATGATCGAGGAGACTCTTAAGTGGAGATCAACATACAAACCTCATGAG
ATCCTTTGGCATCAAGTAGCACATGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAGAGCTAGTTTT
CATGATCGACAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCTACAATGCAGAACTCAACATCA
GCAGAAGGTAATATCTAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCA
AGGGGACAAGAACAAATGTCATGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCCGCTAAT
GCCCCTATGAAAACAACACGCGATATTGTCTACATCCTACAGAATCATTACCCTGAGAGA
CTCGGTATGGCCTTTCTATACAATCCACCAAGACTATTCCAAGCAGGCTACAAGGCTATT
AAGTACTTCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCAAATTTGTGTACCCAAAAGACAAA
ACAAGTGATGAACTGATGACATCACATTTTGATGTTGAGA*TCTCCCCAAGGAGTTTGGA
GGCGAAGCAACACTAGCGTATGATCATGAGGAGTTT*CAAGACAA*TGTATGAAGACGAT
GTCAAA
CCGCAAGG

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1D795JQ 711 0 0
TGGCATCAAGTAGCACATGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAGAGCTAGTTTTCATGAT
CGACAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCTACAATGCAGAACTCAACATCAGCAGAA
GGTAATATCAAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCAAGGGGA
CAAGAACAAATGTCATGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCCGCTAATGCCCCT
ATGAAAACAACACGCGATATTGTCTACATCCTACAGAATCATTACCCTGAGAGACTCGGT
ATGGCCTTTCTATACAATCCACCAAGACTATTCCAAGCAGGCTACAAGGCTATTAAGTAC
TTCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCAAATTTGTGTACCCAAAAGACAAAACAAGT
GATGAACTGATGACATCACATTTTGATGTTGAGAATCTCCCCAAGGAGTTTGGAGGCGAA
GCAACACTAGCGTATGATCATGAGGAGTTTTCAAGACAAATGTATGAAGACGATGTCAAA
ACCGCAAGGTACTGGGGATTAGAGGAGAAACAGTATAAGGAACCAAACGGCTTCCATGCA
GCTGATGTTGTACCTGAGCCGACCTCTTTTCTTGCATCAGCAGCTAGCTGAGAATTGAAT
ACATATGTATACACATAACGAAGAAAAGAAGATTAATAAACGTTATTTCGT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1E662TF 760 0 0
GTCCTT
TGGCATCAAGTAGCACATGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAGAGCTAGTTTTCATGAT
CGACAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCTACAATGCAGAACTCAACATCAGCAGAA
GGTAATATCAAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCAAGGGGA
CAAGAACAAATGTCATGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCCGCTAATGCCCCT
ATGAAAACAACACGCGATATTGTCTACATCCTACAGAATCATTACCCTGAGAGACTCGGT
ATGGCCTTTCTATACAATCCACCAAGACTATTCCAAGCAGGCTACAAGGCTATTAAGTAC
TTCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCAAATTTGTGTACCCAAAAGACAAAACAAGT
GATGAACTGATGACATCACATTTTGATGTTGAGAATCTCCCCAAGGAGTTTGGAGGCGAA
GCAACACTAGCGTATGATCATGAGGAGTTTTCAAGACAAATGTATGAAGACGATGTCAAA
ACCGCAAGGTACTGGGGATTAGAGGAGAAACAGTATAAGGAACCAAACGGCTTCCATGCA
GCTGATGTTGTACCTGAGCCGACCTCTTCTCTTGCATCAGCAGCTAGCTGAGAATTGAAT
ACATATGTATACACATAACGAAGAAAAGA*GATTAATAAACGTTATTTCGTATTACAAAC
GAGTTAATAAAGTCCTTTCAAGTCCTTGCTCTTT

QA 7 760 7 760
DS 

RD RR1EJ58JQ 724 0 0
GGCATCAAGTAGCACATGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAGAGCTAGTTTTCATGATC
GACAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCTACAATGCAGAACTCAACATCAGCAGAAG
GTAATATCTAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCAAGGGGAC
AAGAACAAATGTCATGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCCGCTAATGCCCCTA
TGAAAACAACACGCGATATTGTCTACATCCTACAGAATCATTACCCTGAGAGACTCGGTA
TGGCCTTTCTATACAATCCACCAAGACTATTCCAAGCAGGCTACAAGGCTATTAAGTACT
TCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCAAATTTGTGTACCCAAAAGACAAAACAAGTG
ATGAACTGATGACATCACATTTTGATGTTGAGAATCTCCCCAAGGAGTTTGGAGGCGAAG
CAACACTAGCGTATGATCATGAGGAGTTTTCAAGACAAATGTATGAAGACGATGTCAAAA
CCGCAAGGTACTGGGGATTAGAGGAGAAACAGTATAAGGAACCAAACGGCTTCCATGCAG
CTGATGTTGTACCTGAGCCGACCTCTTCTCTTGCATCAGCAGCTAGCTGAGAATTGAATA
CATATGTATACACATAACGAAGAAAAGAAGATTAATAAACGTTATTTCGTATTACAAACG
AGTT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1E662JQ 794 0 0
CATCAGCAGAAGGTAATATCAAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATC
TTCCAAGGGGACAAGAACAAATGTCATGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCCG
CTAATGCCCCTATGAAAACAACACGCGATATTGTCTACATCCTACAGAATCATTACCCTG
AGAGACTCGGTATGGCCTTTCTATACAATCCACCAAGACTATTCCAAGCAGGCTACAAGG
CTATTAAGTACTTCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCAAATTTGTGTACCCAAAAG
ACAAAACAAGTGATGAACTGATGACATCACATTTTGATGTTGAGAATCTCCCCAAGGAGT
TTGGAGGGGAAGCAACACTAGCGTATGATCATGAGGAGTTTTCAAGACAAATGTATGAAG
ACGATGTCAAAACCGCAAGGTACTGGGGATTAGAGGAGAAACAGTATAAGGAACCAAACG
GCTTCCATGCAGCTGATGTTGTACCTGAGCCGACCTCTTTTCTTGCATCAGCAGCTAGCT
GAGAATTGAATACATATGTATACACATAACGAAGAAAAGAAGATTAATAAACGTTATTTC
GTATTACAAACGAGTTAATAAAGTCCTTTCAAGTCCTTGCTCTTTCGCTTAGTAGTGAGC
CAAATAGCAGAGACGTTCCTCGATTATAGCTTAAGAGTTATCCTCTTGGTTCTAATGTTT
TTTCCATAGTTTTTTTTTTGATAAATGATTTTGTTTTTTTTATCAGTTGCTATGCGAAAT
ACAGTTATATGATG

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 5

CO CL1662Contig1 1552 5 19 U
CGACAAAGAAAAGCAAGTTGGGTCAATGTCTATTCACTTCTTCTTATCGAATATGTTCTT
GGCAACATACGCCTTCTATCTCTGTTGTTTTTTTTTTTGAACAAATTCTTCTATTAAAAA
CATGGGGAAGAAGTACAGCTTGGTAAAA*ATGAAAAGAACAACAATACTTAAAGGCTAGA
GCAGCAGAGAAGCAACAAAAAAGATCAAGTTAAGGATACTCAAAGGATATTGCATCGGGT
GAGCAGAACTCAGTTGAAGAAGATGAGCAACTGAACCAAACCTCACTTGACGACAGTAGG
AGATGGAAGGGAGTGAAGAACCCAAACGGAGGAAGAAGCTCATCTTGTCGAAGATCCAGA
AGCCAAAACCACCAAGTGGAGAAGAACACAAGAACCCACCATAACCTCCAAGCTAAGCCA
GCCAGCAGATAGCTCAGCAACAGAACCAAGACGCAACAGCCACATACACAAGCTAAGATC
GATCCGGCGCAGTCGACGATGGGCAGCTAGAAAAGAAGCACCAGCACAGGACCACTAGTA
CTAAACTGACATCGCCACGAGATGCATAGGAGAGCAAAGACGAAGCAACCGGAAGACGGG
AAACTAGAATAGAAGCACCAGCACATGACCACTGATACTAAGAATCACCGCCGCAAGAAC
ACCATCTGAGCAGAGACGCAAAGACAGTGAGAAACGGAAAAAGAGAACCGCTTCAAGCAA
CGACCTACGCCTTCAAAATAGCCTGAACCTGATACAAAGAAGCGCCAACAAGCCACAAGA
ACCTAGACAACGAACCGATAAGCCTCTCGACAAACCGATTCCAGAGAGCAAACAACAATC
AGAGACAACAAAGGAAACGCCCTACTCCGATGAACAACCTGCAGAAGAAGAACCCGAGAA
GACTGGAAGAGGTGGCTGAGAGTAAACCGGAGGGAGACAAACGAACCAGCAACACCAGTG
ACACCAAAGGAAGTAAAGAGAAAGAGCCGCCGCTACAACGACGAGGGCATAGACTCAGAG
ACAGCCAGGAGAGTGAGGGTCAGAGCCGTCCTCAAGCTCAACACAACCTAACCAAGACCT
AACCAAGACTCAGACCCAAAACAGGTAGCTACAGAGCTCTCAACGGCGGAGGAACTCGGA
GGACCTAGCGCACTGAAAAACGGAGATAACCCACAGCCGTAAACAACCACCGTCCTCAAG
TGGAAGAGACAGGAGGGGAACACCGGAGACCAGAGGCAAGAGAACAATCCACAGCAACCG
CTAGCACCGAAGTCAACACAGCCGAGGCGAAATAAATCTCTAGATCTAGAACTGAAGGCA
TGGGGAAAACTCACAGGAGGGGTATCGATAGGAAGCTAAAAGAGCGGCGGTCCCTCCCAC
GGTGACAGTGAGAAGCACGGACAACCGGAGAGGGAGATCGGAACTTCTGAAACTGAGCCT
CCGGAGAAGAAAAGAGAGAGAGAAGAAGAGGTACGATTGACCTTTTTTTTTTCTATCTCT
GTTGTTTGTATTATCTAATGATAGTCTATGTCTTAGGTCTGAATGCTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 0 15 15 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TTC
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GACAGTAGGAGATGGAAGGGAGTGAAGAACCCAAACGGAGGAAGAAGCTCATCTTGTCGA
AGATCCAGAAGCCAAAACCACCAAGTGGAGAAGAACACAAGAACCCACCATAACCTCCAA
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GCTAAGATCGATCCGGCGCAGTCGACGATGGGCAGCTAGAAAAGAAGCACCAGCACAGGA
CCACTAGTACTAAACTGACATCGCCACGAGATGCATAGGAGAGCAAAGACGAAGCAACCG
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ACACCAGTGACACCAAAGGAAGTAAAGAGAAAGAG

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ACAGGACCACTAGTACTAAACTGACATCGCCACGAGATGCATAGGAGAGCAAAGACGAAG
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AAACGAACCAGCAACACCAGTGACACCAAAGGAAGTAAAGAGAAAGAGCCGCCGCTACAA
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CAACACAACCTAACCAAGACCTAACCAAGACTCAGACCCAAAACAGGTAGCTACAGAGCT
CTCAACGGCGGAGGAACTCGGAGGACCTAGCGCACTGAAAAACGGAGATAACCCACAGCC
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AAAGAGCGGCGGTCCCTCCCACGGTGACAGTGAGAAGCACGGACAACCGGAGAGGGAGAT
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GACCTTTTTTTTTTCTATCTCTGTTGTTTGTATTATCTAATGATAGTCTATGTCTTAGGT
CTGAATGCTTTCCC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 2 6

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CTCCATTCCATCTCTTCGACTCCTGCCGTGCTTCTCATCAGTGACTGAGCGAAAAATGGA
GAAGAACTTGGAGGATTTGAGAATTGTGGGGGAGCAATGGTTGAATCAAGGAACTGAATT
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CATCTTCTTGCTCTTTTTCTTCTCTATTCGCTTGTTCAGACGTACGAAGGCCAATACTGT
ACTCCTCTCTGGCCTAAGCGGAAGTGGCAAAACCGTTCTCTTCTATCAACTCCGAGATGG
ATCTTCTCATCAGGGCTCTGTGACGTCAATGGAACCTAACGAAGGCACCTTTGTGCTCCA
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BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV83TF U 5
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GG
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QA 3 551 3 551
DS 

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GGGT
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QA 5 716 5 716
DS 

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ATCTTCTCATCAGGGCTCTGTGACGTCAATGGAACCTAACGAAGGCACCTTTGTGCTCCA
CACTGAAAACACTAATAAAACGAAGCCCGTTCATCTTGTTGATGTTCCTGGGCACTCTCG
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DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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5 20 20 20 5 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1GV83JQ U 20
AF RR1FN84JQ U 1
AF RR1E253JQ U 108
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RD RR1GV83JQ 672 0 0
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QA 1 672 1 672
DS 

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TATCACAAATCTTAAATTCATGTACATAAAAGACTTAAGTGTATGCTTAATGCTCACACA
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CTTCTCCTTCAATCCCAAGAGTAAAGTCATTGGCTATGTCAGCAGTTGAAACCGCACTCC
TCGAAACCCTAAGTTTCTCTATTTCTTTCTCCATCTGCTTGCGGATGAACTCCTTTGTGT
GTGCAGTTATTTTATCAGTCTTGTTACAGCAAAGCAGGACTGGGATCTTATTCTTAACCA
AGCT*****TGGTAAGAATGTCGTAGAGGTACTCTGAAGCTGCACGACAATTAGGGAGGA
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QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1E253JQ 663 0 0
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CTT

QA 1 663 1 663
DS 



AS 2 5

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CGTTGCTCCAGCAGCAGAAGGTGGATGGGACGCGGCTGTGCCACCCACAACTGCAGCTGC
TGGTTGGGAGTAAAGTTGATGGCGATGGTCATAGACAATGTTTTTTTTGGTTGCTGTTGG
AATTGAAAGCGTTATCGAACCACAACTGTCTGTCTCTTTCAATCTTTAGGAGGGTATTCT
GCTTTGCACCTTTTGTTTTGAATGGAATTTCAACTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AZ73TF U 1
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BS 1 679 RR1AZ73TF
BS 680 877 RR1AZ73JQ

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DS 

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TGAATGGAATTTCAACTAG

QA 1 859 1 859
DS 



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GCTGACATCAAGATGATGTGCGCTGCTGAGGTTCACCTCGGAACCAAGAACTGCAATTAC
CAAATGGAGCGTTACGTCTTCAAGAGACGTAACGACGGTATCTACATCTTTAACCTTGGC
AAGACATGGGATAAGCTGATGATGGCTGCACGAGTTATCGTTGCTATTGAGAACCCACAA
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TACACTGGGGCCAATGCCATTGCTGGAAGGCACACTCCTGGTACCTTCACTAATCAGATG
CAAACCTCATTCAGTGAGCCAAGGTTGTTGATTCTTACAGATCCTCGTACCGACCACCAG
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CCCATGAGGTTTGTTGACATCGGTATCCCCGCCAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGG
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GGTGAACAGTGGACCACTGCTGCCATCCCTGATGCTGCATGGCCAGGAGAAGCCCAGGCG
CCAATTTCTGCTGCTCCTGCTGCTGCTTCTTGGAACGATTCCAGCGTTGCTCCAGCAGCA
GAAGGTGGATGGGACGCGGCTGTGCCACCCACAACTGCAGCTGCTGGTTGGGAGTAAAGT
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ATCGAACCACAACTGTCTGTCTCTTTCAATCTTTAGGAGGGTATTCTGCTTTGCACCTTT
TGTTTTGAATGGAATTTCAACTATATTTATCTCGCAAGTTTTGTCATAAATATAGTTTCT


BQ
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AF RR1B376TF U 1
AF RR1GJ48JQ C 555
AF RR1AM43TF U 996
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CAAACCTCATTCAGTGAGCCAAGGTTGTTGATTCTTACAGATCCTCGTACCGACCACCAG
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CCCATGAGGTTTGTTGACATCGGTATCCCCGCCAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGG
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CATGGTTGACCTGTTCTTCTACAGGGAACCCGAGGAGGCTAAGCCAGAGGATGAGGATGA
AGTTGCCCCTCAGGCAGAGTTTGGACTACCTGCTCCTGAGTATGGTGGTGAACAGTGGAC
CACTGCTGCCATCCCTGATGCTGCATGGCCAGGAGAAGCCCAGGCGCCAATTTCTGCTGC
TCCTGCTGCTGCTTCTTGGAACGATTCCAGCGTTGCTCCAGCAGCAGAAGGTGGATGGGA
CGCGGCTGTGCCACCCACAACTGCAGCTGCTGGTTGGGAGTAAAGTTGATGACAATGGTC
TAGACAATGTTTTTTTTTTTTGGTTGCTGTTGGAATTGAAAGTGTTATCGAACCATAACT
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TTTCAACTATATTTATCTCGCAAGTTTTGTC

QA 1 571 1 571
DS 

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GGAGGGTATTCTGCTTTGCACCTTTTGTTTTGAATGGAATTTCAACTATATTTATCTCGC
AAGTTTTGTCATAAATATAGTTTCT

QA 1 145 1 145
DS 



AS 1 6

CO CL1665Contig1 854 6 9 U
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AAACAGAGAGAAGCATTTTCTTCCAATCAATCATCATCATCATCCCCAAATCTCTCTTCT
TCTTTTTTTATAATTCTCCCTCGTTGTCTTCTTGAATCCTCGTCAAATTCTCCAATCTTG
AATCTTGACAAATACATGGATCAAAAGCCTCTAGGATTGCTAACAATTCATATCAAAAGA
GGTATTAATCTCGCCATTCGTGACCATAGAAGCAGCGATCCTTATGTTGTTATCACCGTC
GCCGATCAGACATTGAAGACACGTGTGGTGAAAAAAAAACTGCAATCCAATATGGAATGA
AGAAATGACCGTTGCAATCAAAGATCCCAATGTTCCAATCCGCTTGACAGTGTTTGACTG
GGACAAGTTCACTGGAGATGACAAGATGGGAGATGCCAACGTAGACATTCAACCATACTT
GGAGGCTCTGAAAATGGGGATGGAGCTTTTGAGGCTCCCTAATGGATGCGCTATCAAAAG
GGTTCAACCATCGAGGGAAAACTGTTTATCAGATGAAAGTAGCATTGTGTGGAACAATGG
TAAGATCACTCAGGACATGATCCTTAGGCTCAACAATGTTGAGTGCGGCGAGATTGAAAT
CATGCTTGAATGGCATGAAGGTGCTGGTTGCAGAGGTGTGACTTCCTCTACCAAGGGAGC
AGGCTCTTCTTCCTTTACCTAGGAAATGTTTTGCCCTTGTTGTTGTTTCCATATGTATAA
GAGAGATGATGCATGTTTTGTTTGATGGCCATTTCATTTAAGAAGAAATCTTAAGAATTT
TTGTATTTTGAGTA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY36TF U 1
AF RR1FZ42TF U 1
AF RR1E041TF U 55
AF RR1FZ42JQ C 105
AF RR1FY36JQ C 164
AF RR1E041JQ C 213
BS 1 532 RR1FY36TF
BS 533 613 RR1FZ42TF
BS 614 614 RR1E041TF
BS 615 627 RR1FZ42TF
BS 628 628 RR1E041TF
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BS 670 718 RR1E041TF
BS 719 843 RR1FZ42JQ
BS 844 854 RR1E041JQ

RD RR1FY36TF 532 0 0
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AGAAATGACCGTTGCAATCAAAGATCCCAATGTTCCAATCCGCTTGACAGTGTTTGACTG
GGACAAGTTCACTGGAGATGACAAGATGGGAGATGCCAACGTAGACATTCAACCATACTT
GGAGGCTCTGAAAATGGGGATGGAGCTTTTGAGGCTCCCTAATGGATGCGCT

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1FZ42TF 669 0 0
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AAACAGAGAGAAGCATTTTCTTCCAATCAATCATCATCATCATCCCCAAATCTCTCTTCT
TCTTTTTTTATAATTCTCCCTCGTTGTCTTCTTGAATCCTCGTCAAATTCTCCAATCTTG
AATCTTGACAAATACATGGATCAAAAGCCTCTAGGATTGCTAACAATTCATATCAAAAGA
GGTATTAATCTCGCCATTCGTGACCATAGAAGCAGCGATCCTTATGTTGTTATCACCGTC
GCCGATCAGACATTGAAGACACGTGTGGTGAAAAAAAAACTGCAATCCAATATGGAATGA
AGAAATGACCGTTGCAATCAAAGATCCCAATGTTCCAATCCGCTTGACAGTGTTTGACTG
GGACAAGTTCACTGGAGATGACAAGATGGGAGATGCCAACGTAGACATTCAACCATACTT
GGAGGCTCTGAAAATGGGGATGGAGCTTTTGAGGCTCCCTAATGGATGCGCTATCAAAAG
GGTTCAACCATCGAGGGAAAACTGTTTATCAGATGAAAGTAGCATTGTGTGGAACAATGG
TAAGATCACTCAG*ACATGATCCTTAG*CTCAACAATGTTGAGTGCGGCGAGATTGAAAT
CATGCTTGA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1E041TF 664 0 0
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TCTTCTTCTTTTTTTATAATTCTCCCTCGTTGTCTTCTTGAATCCTCGTCAAATTCTCCA
ATCTTGAATCTTGACAAATACATGGATCAAAAGCCTCTAGGATTGCTAACAATTCATATC
AAAAGAGGTATTAATCTCGCCATTCGTGACCATAGAAGCAGCGATCCTTATGTTGTTATC
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GAATGAAGAAATGACCGTTGCAATCAAAGATCCCAATGTTCCAATCCGCTTGACAGTGTT
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CAAAAGGGTTCAACCATCGAGGGAAAACTGTTTATCAGATGAAAGTAGCATTGTGTGGAA
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TGAAATCATGTTTGAATGGCATGAAGGTGCTGGTTGCAGAGGTGTGACTTCCTCTACCAA
GGGA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1FZ42JQ 740 0 0
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AATTCATATCAAAAGAGGTATTAATCTCGCCATTCGTGACCATAGAAGCAGCGATCCTTA
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ATCCAATATGGAATGAAGAAATGACCGTTGCAATCAAAGATCCCAATGTTCCAATCCGCT
TGACAGTGTTTGACTGGGACAAGTTCACTGGAGATGACAAGATGGGAGATGCCAACGTAG
ACATTCAACCATACTTGGAGGCTCTGAAAATGGGGATGGAGCTTTTGAGGCTCCCTAATG
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TTGTGTGGAACAATGGTAAGATCACTCAGGACATGATCCTTAGGCTCAACAATGTTGAGT
GCGGCGAGATTGAAATCATGCTTGAATGGCATGAAGGTGCTGGTTGCAGAGGTGTGACTT
CCTCTACCAAGGGAGCAGGCTCTTCTTCCTTTACCTAGGAAATGTTTTGCCCTTGTTGTT
GTTTCCATATGTATAAGAGAGATGATGCATGTTTTGTTTGATGGCCATTTCATTTAAGAA
GAAATCTTAAGAATTTTTG
C

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1FY36JQ 681 0 0
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CAATTCATATCAAAAGAGGTATTAATCTCGCCATTCGTGACCATAGAAGCAGCGATCCTT
ATGTTGTTATCACCGTCGCCGATCAGACATTGAAGACACGTGTGGTGAAAAAAAAACTGC
AATCCAATATGGAATGAAGAAATGACCGTTGCAATCAAAGATCCCAATGTTCCAATCCGC
TTGACAGTGTTTGACTGGGACAAGTTCACTGGAGATGACAAGATGGGAGATGCCAACGTA
GACATTCAACCATACTTGGAGGCTCTGAAAATGGGGATGGAGCTTTTGAGGCTCCCTAAT
GGATGCGCTATCAAAAGGGTTCAACCATCGAGGGAAAACTGTTTATCAGATGAAAGTAGC
ATTGTGTGGAACAATGGTAAGATCACTCAGGACATGATCCTTAGGCTCAACAATGTTGAG
TGCGGCGAGATTGAAATCATGCTTGAATGGCATGAAGGTGCTGGTTGCAGAGGTGTGACT
TCCTCTACCAAGGGAGCAGGCTCTTCTTCCTTTACCTAGGAAATGTTTTGCCCTTGTTGT
TGTTTCCATATGTATAAGAGAGATGATGCATGTTTTGTTTGATGGCCATTTCATTTAAGA
AGAAATCTTAAGAATTTTTG
C

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1E041JQ 642 0 0
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CAGCGATCCTTATGTTGTTATCACCGTCGCCGATCAGACATTGAAGACACGTTTGGTGAA
AAAAAA*CTGCAATCCAATATGGAATGAAGAAATGACCGTTGCAATCAAAGATCCCAATG
TTCCAATCCGCTTGACAGTGTTTGACTGGGACAAGTTCACTGGAGATGACAAGATGGGAG
ATGCCAACGTAGACATTCAACCATACTTGGAGGCTCTGAAAATGGGGATGGAGCTTTTGA
GGCTCCCTAATGGATGCGCTATCAAAAGGGTTCAACCATCGAGGGAAAACTGTTTATCAG
ATGAAAGTAGCATTGTGTGGAACAATGGTAAGATCACTCAGGACATGATCCTTAGGCTCA
ACAATGTTGAGTGCGGCGAGATTGAAATCATGTTTGAATGGCATGAAGGTGCTGGTTGCA
GAGGTGTGACTTCCTCTACCAAGGGAGCAGGCTCTTCTTCCTTTACCTAGGAAATGTTTT
GCCCTTGCTGTTGTTTCCATATGTATAAGAGAGATGATGCATGTTTTGTTTGATGGCCAT
TTCATTTAAGAAGAAATCTTAAGAATTTTTGTATTTTGAGTA

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL1666Contig1 1195 2 2 U
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AATCGATGGCGAATTCAGATACGGTGACGCTCGTGATCAGATCCTCACGGCCACAGTTTC
GAAACAACGGCGACAAGATCGCCTTCGTGGTTCACGCTTCCTTCGTCGCCTCAGGTTACA
AACTCGTTGCCACGGGAAGGCCTGCGTTCGCCGAAGGCGCTCTTTCTTCCTCTCCTTCTC
AAGGAGAGGTAGGGATCGAGGGGTGGAACGAGTTCGAGGAGTACGCGTTTGTGTATGCGA
AGAAAGGATCGAAGAAGATTCTGGTTAAGTGTTTGGTGATAGATGATAAGCTTCTTGTTG
ATGCTATAGCTGAAGGTGGAGGAAGAGAGCCTGCTCATCTCGAGATTGAAGTTGGGAACT
ATGTTGCTGAGTCTAGAGAGGAAGGTGACTACGATGCACAGTTCAAGAATCTGGGAAAGT
TAGTCACTGATTTGCAGAATCAGATTCTGTACAATGTTGATGAAGGCCTTAAACCTAAAC
CTGTTACTCCTAGGACCCAGTCCAGTCCGGAGACAAATGAAGAGCGTGAGTCTGGTTATT
ACGGTAGAAGGCCTGGTCCATTAGGTCCTCAGATTCACCCCTCAGGGGTGGTAGTTCCTC
CTATACCCGGCCCAGGTTACAGTGATTTCATCCCTGGCCCAGGTGCTGGAGTATACCCTG
TTAGGGGTGGTTTTGGCGATGGAAGCATGCTTGTAGGACCAAACGATCCTCGCATGTTCC
CTGGTGTTGGTGATCATCAACCTGGCTTCATGGGACCACCACAACCGGGTGTGCCACCTC
CTGGTGCTCGTTATGATCCTATTGGCCCGGGTTTTGAGCCAGGCCGGTTAGGAAGGCAAC
CTCCAAGGAGGCCGGGGGATATTCATCCTGATCTTGCGCATTTTCCCGGCGGTTTTGGTT
CAGATTATATATAGTCTAAAGTAAAGCCATCTCCAAAAGAAACAGCAAAAACTGTGGTCT
TAGTAACTTTATGTCTGCGTCTTATGAGTCTGTGGTAGTGTCTACGTACAGACAATAATA
GGATCTAGTTTGCTTTGCTTTATGTCCGCAATTTCTTTCTTTGGTTTTTATTCCACCAGC
TGGTTGTGTTTATTATAACTTTGAAAGTATATATATAAATAAAAGTTTTGCGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CR56TF U 1
AF RR1CR56JQ C 417
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AACTCGTTGCCACGGGAAGGCCTGCGTTCGCCGAAGGCGCTCTTTCTTCCTCTCCTTCTC
AAGGAGAGGTAGGGATCGAGGGGTGGAACGAGTTCGAGGAGTACGCGTTTGTGTATGCGA
AGAAAGGATCGAAGAAGATTCTGGTTAAGTGTTTGGTGATAGATGATAAGCTTCTTGTTG
ATGCTATAGCTGAAGGTGGAGGAAGAGAGCCTGCTCATCTCGAGATTGAAGTTGGGAACT
ATGTTGCTGAGTCTAGAGAGGAAGGTGACTACGATGCACAGTTCAAGAATCTGGGAAAGT
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CTGTTACTCCTAGGACCCAGTCCAGTCCGGAGACAAATGAAGAGCGTGAGTCTGGTTATT
ACGGTAGAAGGCCTGGTCCATTAGGTCCTCAGAT
C

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DS 

RD RR1CR56JQ 779 0 0
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AAGTTAGTCACTGATTTGCAGAATCAGATTCTGTACAATGTTGATGAAGGCCTTAAACCT
AAACCTGTTACTCCTAGGACCCAGTCCAGTCCGGAGACAAATGAAGAGCGTGAGTCTGGT
TATTACGGTAGAAGGCCTGGTCCATTAGGTCCTCAGATTCACCCCTCAGGGGTGGTAGTT
CCTCCTATACCCGGCCCAGGTTACAGTGATTTCATCCCTGGCCCAGGTGCTGGAGTATAC
CCTGTTAGGGGTGGTTTTGGCGATGGAAGCATGCTTGTAGGACCAAACGATCCTCGCATG
TTCCCTGGTGTTGGTGATCATCAACCTGGCTTCATGGGACCACCACAACCGGGTGTGCCA
CCTCCTGGTGCTCGTTATGATCCTATTGGCCCGGGTTTTGAGCCAGGCCGGTTAGGAAGG
CAACCTCCAAGGAGGCCGGGGGATATTCATCCTGATCTTGCGCATTTTCCCGGCGGTTTT
GGTTCAGATTATATATAGTCTAAAGTAAAGCCATCTCCAAAAGAAACAGCAAAAACTGTG
GTCTTAGTAACTTTATGTCTGCGTCTTATGAGTCTGTGGTAGTGTCTACGTACAGACAAT
AATAGGATCTAGTTTGCTTTGCTTTATGTCCGCAATTTCTTTCTTTGGTTTTTATTCCAC
CAGCTGGTTGTGTTTATTATAACTTTGAAAGTATATATATAAATAAAAGTTTTGCGAAA

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 5

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TCATGTATGTACATATTAAATCAATCAAGCATATGGTAAAATGGCTAAACTTTGGTGCCA
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CCAACTGTGATTGCACCGACCGTGTTAGTCGAGAACATCTTTCCTCTCTCTTCAAAAGAT
GGTAGATCGCATATGCTGACTGTTCCGTTTTGGTAAGAGCAGAACATGATCGGTTTGCCC
TCTCCATCGCTCATCCCACAAAGACTATGCACACTATGTTCTTGTCTGTGTGTATTAGCT
ACTTTCAAGTTGCCATTTTCAGAACAAGCCCAGACTTTGATTGTCCCATCCAACGAAGAC
GAGATGAGATACTGATCCCAACATAGGAGGGAGGTGACGGCGTCGGTATGTTGCCTCAGT
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GAGTATAGACGCTGACCTCCAACAATAAAGCATGTGACTTCACCGCTATGGTGATCCTCC
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BQ
10 10 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR1D269JQ U 2
AF RR1D269TF C 2
AF RR1FB66JQ U 1
AF RR1FB66TF C 7
AF RR1DP04JQ U 2
BS 1 685 RR1FB66JQ
BS 686 772 RR1DP04JQ

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G
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QA 2 226 2 226
DS 

RD RR1D269TF 226 0 0
G
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AACTGTGATTGCACCGACCGTGTTAGTCGAGAACATCTTTCCTCT

QA 2 226 2 226
DS 

RD RR1FB66JQ 685 0 0
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GTCATTGTACATTCCAGTGTATTGAGATCCCACACCTTTATTGTTCTATCAAGAGAACCA
GAGTATAGACGCTGACCTCCAACAATAAAGCATGTGACTTCACCGCTATGGTGATCCTCC
AGAGATTTGAGATATGTGAAAGGATCAGAGTCGGTGTCATTTGCTTTCCAGACAGATATA
CTACCAGAACTTGTCCCAGCAAAAA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1FB66TF 679 0 0
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ATGTACATATTAAATCAATCAAGCATATGGTAAAATGGCTAAACTTTGGTGCCAGCTAAA
TTCCAAACACGCAGCTTCCCACTCTTGTCTCCAGTGAATAACAACCCTTCAGGACCAACT
GTGATTGCACCGACCGTGTTAGTCGAGAACATCTTTCCTCTCTCTTCAAAAGATGGTAGA
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AGATACTGATCCCAACATAGGAGGGAGGTGACGGCGTCGGTATGTTGCCTCAGTGTCATT
GTACATTCCAGTGTATTGAGATCCCACACCTTTATTGTTCTATCAAGAGAACCAGAGTAT
AGACGCTGACCTCCAACAATAAAGCATGTGACTTCACCGCTATGGTGATCCTCCAGAGAT
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GAACTTGTCCCAGCAAAAA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1DP04JQ 771 0 0
A
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ATGTATGTACATATTAAATCAATCAAGCATATGGTAAAATGGCTAGACTTTGGTGCCAGC
TAAATTCCAAACACGCAGCTTCCCACTCTTGTCTCCAGTGAATAACAACCCTTCAGGACC
AACTGTGATTGCACCGACCGTGTTAGTCGAGAACATCTTTCCTCTCTCTTCAAAAGATGG
TAGATCGCATATGCTGACTGTTCCGTTTTGGTAAGAGCAGAACATGATCGGTTTGCCCTC
TCCATCGCTCATCCCACAAAGACTATGCACACTATGTTCTTGTCTGTGTGTATTAGCTAC
TTTCAAGCTGCCATTTTCAGAACAAGCCCAGACTTTGATTGTCCCATCCAACGAAGACGA
GATGAGATACTGATCCCAACATAGGAGGGAGGTGACGGCGTCGGTATGTTGCCTCAGTGT
CATTGTACATTCCAGTGTATTGAGATCCCACACCTTTATTGTTCTATCAAGAGAACCAGA
GTATAGACGCTGACCTCCAACAATAAAGCATGTGACTTCACCGCTATGGTGATCCTCCAG
AGATTTGAGATATGTGAAAGGATCAGAGTCGGTGTCATTTGCTTTCCAGACAGATATACT
ACCAGAACTTGTCCCAGCAAAAAGCATTCCATTGCCAATAGTCATAGCACGAACCTGACC
AGCCACTACTCCGTTAAGATGCAAATCTTTACTGGTTTGAACGTTGAAAG

QA 2 771 2 771
DS 



AS 1 4

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CCCTGTTGTTGAAGAAGTAAAGATTGAGGAATCCATCAAAGAGCAAATGAAGCTCGAGAA
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CTCTCAGCTACAAGCTCAAGCTGCTCAGAGGTTCAAGATGCCGGACGTTGCTTCTATGAT
CCCTAACGCCGATGCTTCTGAAGCAGCAGCCGCGGTTGCTGCACAATAGGAGGACGAAGA
TGATGATGATGATGTTGATGAGACCGGTGTTGAAGCCAAGGATGTTGAGCTCGTGATGAC
CCAGGCTGGTGTTTCCAAGGCCAAAGCCACTAAGGCTCTTAAAGCCAATGATGGAGATAT
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TTTTTCTTAATGAATGTCTCGTTTCTCGAACATTGTTTGTGTTTCGCCACTTTAAAAGCT
ATTATTTCTCTTCTATAAAACATAACAAACTTGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK37TF U 1
AF RR1DJ95TF U 22
AF RR1DM27TF U 78
AF RR1DJ95JQ C 228
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GG
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CCGGTGTTGAA

QA 3 553 3 553
DS 

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GG
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GAGACCGGTGTTGAAGCCAAGGATGTTGAGCTCGTGATGACTCAGGCTGGTGTTTCCAAG
GCCAAAGCCACTAAGGCTCTTAAAGCCAATGATGGAGATATCGTTTCCGCCATCATGGAA
CTCACTAC
ATA

QA 3 610 3 610
DS 

RD RR1DJ95JQ 591 0 0
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TTACAGATGTTAGCAGAGTGACTATCAAGAGATCAAAGAATGTTTTGTTTGTCATCTCGA
AGCCGGATGTGTTCAAGAGTCCCAACTCTGAGACCTATGTGATATTCGGTGAGGCCAAGA
TTGATGATATGAGCTCTCAGCTACAAGCTCAAGCTGCTCAGAGGTTCAAGATGCCGGACG
TTGCTTCTATGATCCCTAACGCCGATGCTTCTGAAGCAGCAGCCGCGGTTGCTGCACAAT
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AGCTCGTGATGACCCAGGCTGGTGTTTCCAAGGCCAAAGCCACTAAGGCTCTTAAAGCCA
ATGATGGAGATATCGTTTCCGCCATCATGGAACTCACTACGTAGGTTGAGTTGCAGAGTC
TCGCAATTGTCTGTTTTTCTTAATGAATGTCTCGTTTCTCGAACATTGTTTGTGTTTCGC
CACTTTAAAAGCTATTATTTCTCTTCTATAAAACATAACAAACTTGATTCC

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 3

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CAAGAACACCCATGTCTTCTTATTGCTTTCCCTGATACTACTGAGTTCGATCGAGCGAAT
CTCCTCGCTCTCTGTGACGGTCAGCGACGATGAATGCGTCCAAGAGTATGTCCTTTACGA
AGGAGACACCATCTCCGGTAACTTCGTAGTCGTCGACCATGAAATCTTCTGGGGATCAGA
CCATCCCGGTTTGGATTTCACGGTGACGTCTCCTGCTGGGAACATTGTACAGACGTTGAA
GGGGACATCAGGGGATAAGTTTGAGCTTAAGGCACCGAGAAGTGGAATGTACAAGTTTTG
TTTCCATAATCCTTACTCTACTCCTGAAACCGTCTCCTTCTACATTCACGTTGGTCATAT
CCCCAACGAGCATGACTTGGCCAAAGACGAACACTTGGACCCGGTGAATGTTAAGATAGC
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AGAGTACATATTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAG*TTCTATACATCCGCAAGCTCTT
CAGCAAGTCTGTTGCATACAACAGGGTTTGAACCATCACCAAAACCAAAACCCCCATCAA
GGTTGTTATGTTAGAACTGATGAGAACACAAGAGTGGTAGTGTTAATTAAGAGCTTTAAT
AGCTAAAAAGACTCCCTTTTCTACAATCTTTCATGGGCTTCAGTTATACTTCAGTTATAC
TTCAGTTATACATGAAGAACTTGATAAAAGCTTATATTCTTATTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX91TF U 1
AF RR1E880TF U 37
AF RR1E880JQ C 335
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BS 757 757 RR1E880TF
BS 758 766 RR1GX91TF
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RD RR1GX91TF 773 0 0
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CCTCCAT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1E880TF 741 0 0
GG
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TACTGAGTTCGATCGAGCGAATCTCCTCGCTCTCTGTGACGGTCAGCGACGATGAATGCG
TCCAAGAGTATGTCCTTTACGAAGGAGACACCATCTCCGGTAACTTCGTAGTCGTCGACC
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GGAACATTGTACAGACGTTGAAGGGGACATCAGGGGATAAGTTTGAGCTTAAGGCACCGA
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TCTACATTCACGTTGGTCATATCCCCAACGAGCATGACTTGGCCAAAGACGAACACTTGG
ACCCGGTGAATGTTAAGATAGCTGAGCTGAGAGAATCGTTGGAGTCTGTTGTTGCTGAGC
AAAAGTATTTGAAAGCACGTGATACTCGTCACCGTCATACTAATGAGAGCACGAGAAAGC
GGGTGATATTCTACACAGTAGGAGAGTACATATTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAG*
TTCTATACATCCGCAAGCTCTTCAGCAAGTCTGTTGCATACAACAGGGTTTGAACCATCA
CCAAAACC
AAAACCCCCAT

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR1E880JQ 614 0 0
GCTGGGAACATTGTACAGACGTTGAAGGGGACATCAGGGGATAAGTTTGAGCTTAAGGCA
CCGAGAAGTGGAATGTACAAGTTTTGTTTCCATAATCCTTACTCTACTCCTGAAACCGTC
TCCTTCTACATTCACGTTGGTCATATCCCCAACGAGCATGACTTGGCCAAAGACGAACAC
TTGGACCCGGTGAATGTTAAGATAGCTGAGCTGAGAGAATCGTTGGAGTCTGTTGTTGCT
GAGCAAAAGTATTTGAAAGCACGTGATACTCGTCACCGTCATACTAATGAGAGCACGAGA
AAGCGGGTGATATTCTACACAGTAGGAGAGTACATATTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTT
CAGGTTCTATACATCCGCAAGCTCTTCAGCAAGTCTGTTGCATACAACAGGGTTTGAACC
ATCACCAAAACCAAAACCCCCATCAAGGTTGTTATGTTAGAACTGATGAGAACACAAGAG
TGGTAGTGTTAATTAAGAGCTTTAATAGCTAAAAAGACTCCCTTTTCTACAATCTTTCAT
GGGCTTCAGTTATACTTCAGTTATACTTCAGTTATACATGAAGAACTTGATAAAAGCTTA
TATTCTTATTCACC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 4

CO CL1670Contig1 1119 4 17 U
GGATATACACCATGGATAAGATAACGACATTGCTCTTTCCCTTGTTCACTCTCCTCCTCA
CGACATCTTTGTCTAAAGATCTCTGTCACAAAGATGACGAAAACACCCTCCTCAAGATCA
AGAAATCCCTTAACAACCCTTACACCATCATCTCCTGGGATCCCAAAGACGACTGCTGTA
CCTGGGTCTCCGTTGAGTGCGGTGACTCTACTGTTAACCACCGTGTCATCTCCCTATATA
TATCAGACGACGATGTCTCCGCTCAGATCCCTCCTGAAGTAGGTGACTTATCGTATCTAC
AAACCCTTATATTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCAACCTACCATCGCCA
AGCTCAAGTATCTTCATTTTCTCTGGCTCAGCTGGACCAACCTGGCC*GGTCCGGTTCCT
GAATTTTTGAGTCAGCTCAAGGATCTAGAGTACATTAACCTTTCCTTCAATGACCTCTCT
GGTTCCATACCCGGTTCTCTCTCTTTGTTACCTAAACTCAGGATTCTTGAACTAAGCAGG
AACAAGGTTACAGGTTCAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAGGAGTGTTACCTCCT
GAGCTTTTTCTATCGCACAACATGCTATCAGGTTCGATACCAAAATCACTAGGCAACCTG
GATTTTTACCGGATTGATTTCTCCCGTAACAAGCTAGAAGGTGATGCTTCAATGATGTTT
GGAGACAAAAAGACGTCAGGGTCCATTGATTTATCGAGAAACAAGTTCCAGTTTGATATT
TCCAAGGTTAATGTGGCTACGACAGTTAATAACTTAGACTTGAATCACAATAGGATCACA
GGGAGTATCCCGGTTCAATGGACCGAGCTTACTCTTCAGTCTTTCAATGTTAGCTATAAC
AAACTTTGTGGACGCATCCCCCAGGGAGGTGACCTTCAGAGATTTGATGCTTACGCATAT
TTACACAACAAGTGCCTATGTGATGCACCTCTTCCGAGTTGCAACGTGAAGATTCAAGCA
ACCGATCTTTATTTAAACTTACCATCAGAATAAAATCATGCATAATGACATCTGTATGTT
ATATTCAAAATGATTAATAAAAACGAATAAATTTTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL94TF U 1
AF RR1GW66TF U 328
AF RR1BL94JQ C 363
AF RR1C309JQ C 424
BS 1 467 RR1BL94TF
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BS 469 688 RR1BL94TF
BS 689 689 RR1GW66TF
BS 690 700 RR1BL94TF
BS 701 701 RR1GW66TF
BS 702 730 RR1BL94TF
BS 731 960 RR1GW66TF
BS 961 961 RR1BL94JQ
BS 962 1036 RR1GW66TF
BS 1037 1037 RR1BL94JQ
BS 1038 1054 RR1GW66TF
BS 1055 1055 RR1BL94JQ
BS 1056 1064 RR1GW66TF
BS 1065 1065 RR1BL94JQ
BS 1066 1089 RR1GW66TF
BS 1090 1119 RR1BL94JQ

RD RR1BL94TF 735 0 0
GGATATACACCATGGATAAGATAACGACATTGCTCTTTCCCTTGTTCACTCTCCTCCTCA
CGACATCTTTGTCTAAAGATCTCTGTCACAAAGATGACGAAAACACCCTCCTCAAGATCA
AGAAATCCCTTAACAACCCTTACACCATCATCTCCTGGGATCCCAAAGACGACTGCTGTA
CCTGGGTCTCCGTTGAGTGCGGTGACTCTACTGTTAACCACCGTGTCATCTCCCTATATA
TATCAGACGACGATGTCTCCGCTCAGATCCCTCCTGAAGTAGGTGACTTATCGTATCTAC
AAACCCTTATATTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCAACCTACCATCGCCA
AGCTCAAGTATCTTCATTTTCTCTGGCTCAGCTGGACCAACCTGGCC*GGTCCGGTTCCT
GAATTTTTGAGTCAGCTCAAGGATCTAGAGTACATTAACCTTTCCTTTAATGACCTCTCT
GGTTCCATACCCGGTTCTCTCTCTTTGTTACCTAAACTCAGGATTCTTGAACTAAGCAGG
AACAAGGTTACAGGTTCAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAGGAGTGTTACCTCCT
GAGCTTTTTCTATCGCACAACATGCTATCAGGTTCGATACCAAAATCACTAGGCAACCTG
GATTTTTACCGGATTGATTTCTCCCGTA*CAAGCTAGAAG*TGATGCTTCAATGATGTTT
GGAGACAAAA
GACGT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1GW66TF 767 0 0
G
CCTCACCGGTGAAATCCAACCTACCATCGCCAAGCTCAAGTATCTTCGTTTTCTCTGGCT
CAGCTGGACCAACCTGGCC*GGTCCGGTTCCTGAATTTTTGAGTCAGCTCAAGTATCTAG
AGTACATTAACCTTTCCTTCAATGACCTCTCTGGTTCCATACCCGGTTCTCTCTCTTTGT
TACCTAAACTCAGGATTCTTGAACTAAGCAGGAACAAGGTTACAGGTTCAATACCAGAGT
CATTTGGATCGTTTAAAGGAGTGTTACCTCCTGAGCTTTTTCTATCGCACAACATGCTAT
CAGGTTCGATACCAAAATCACTAGGCAACCTGGATTTTTACCGGATTGATTTCTCCCGTA
ACAAGCTAGAAGGTGATGCTTCAATGATGTTTGGAGACAAAAAGACGTCAGGGTCCATTG
ATTTATCGAGAAACAAGTTCCAGTTTGATATTTCCAAGGTTAATGTGGCTACGACAGTTA
ATAACTTAGACTTGAATCACAATAGGATCACAGGGAGTATCCCGGTTCAATGGACCGAGC
TTACTCTTCAGTCTTTCAATGTTAGCTATAACAAACTTTGTGGACGCATCCCCCAGGGAG
GTGACCTTCAGAGATTTGATGCTTACGCATATCTACACAACAAGTGCCTATGTGATGCAC
CTCTTCCGAGTTGCAACGTGAAGATTCAAGCAACCGATCTTTATTTAA*CTTACCATCAG
AATAAA*TCATGCATA*TGACATCTGTATGTTATATTCAAA
TGATT

QA 2 762 2 762
DS 

RD RR1BL94JQ 757 0 0
CTCAAGTATCTTCATTT*CTCTGGCTCAGCTGGACCAACCTGGCCCGGTCCGGTTCCTGA
ATTTTTGAGTCAGCTCAAGGATCTAGAGTACATTAACCTTTCCTTTAATGACCTCTCTGG
TTCCATACCCGGTTCTCTCTCTTTGTTACCTAAACTCAGGATTCTTGAACTAAGCAGGAA
CAAGGTTACAGGTTCAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAGGAGTGTTACCTCCTGA
GCTTTTTCTATCGCACAACATGCTATCAGGTTCGATACCAAAATCACTAGGCAACCTGGA
TTTTTACCGGATTGATTTCTCCCGTAACAAGCTAGAAGGTGATGCTTCAATGATGTTTGG
AGACAAAAAGACGTCAGGGTCCATTGATTTATCGAGAAACAAGTTCCAGTTTGATATTTC
CAAGGTTAATGTGGCTACGACAGTTAATAACTTAGACTTGAATCACAATAGGATCACAGG
GAGTATCCCGGTTCAATGGACCGAGCTTACTCTTCAGTCTTTCAATGTTAGCTATAACAA
ACTTTGTGGACGCATCCCCCAGGGAGGTGACCTTCAGAGATTTGATGCTTACGCATATTT
ACACAACAAGTGCCTATGTGATGCACCTCTTCCGAGTTGCAACGTGAAGATTCAAGCAAC
CGATCTTTATTTAAACTTACCATCAGAATAAAATCATGCATAATGACATCTGTATGTTAT
ATTCAAAATGATTAATAAAAACGAATAAATTTTAATT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1C309JQ 670 0 0
TTTTTGAGTCAGCTCAAGGATCTAGAGTACATTAACCTTTCCTTCAATGACCTCTCTGGT
TCCATACCCGGTTCTCTCTCTTTGTTACCTAAACTCAGGATTCTTGAACTAAGCAGGAAC
AAGGTTACAGGTTCAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAGGAGTGTTACCTCCTGAG
CTTTTTCTATCGCACAACAAGCTATCAGGTTCGATACCAAAATCACTAGGCAACCTGGAT
TTTTACCGGATTGATTTCTCCCGTAACAAGCTAGAAGGTGATGCTTCAATGATGTTTGGA
GACAAAAAGACGTCATGGTCCATTGATTTATCGAGAAACAAGTTCCAGTTTGATGTTTCC
AAGGTTAATGTGGCTACGACAGTTAATTACTTAGACTTGAATCACAATAGGATCACAGGG
AGCATCCCGGTTCAATGGACCGAGCTTACTCTTCAGTCTTTCAATGTTAGCTATAACAAA
CTTTGTGGACGCATCCCCCAGGGAGGTGACCTTCAGAGATTTGATGCTTACGCATATTTA
CACAACAAGTGCCTATGTGATGCACCTCTTCCGAGTTGCAACGTGAAGATTCAAGCAACC
GATCTTTATTTAAACTTACCATCAGAATAAAATCATGCATAATGACATCTGTATGTTATA
TTCAAA
ATGA

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 4

CO CL1671Contig1 801 4 4 U
AGGCTTGAGCAACGGTGTAACCAACCTGGAGCCAAAGGGTGTGTCATGTATGCAAAGAGA
GGAAGTGTCAAGCTTGGATGCAACCGTTGATCCCCGGTGGATATCCGGAGTCTGCAACGC
TTCTCAAGGTTTCATCGGTTGATGATCCGGTTCTAGCTACGGTTTGTGAGCCGGTAGAGA
GAGCAAACTCAAACCGCTTGTTCACTGCAGGACTTGCCGATAGCATGGGAGTTAGGAAAA
AGCCCATGCGAGTGTATAGCATGGTGAAGTATGCAGCGATTGCATGTGGAGACGCTGAGG
TGTTCATGAAGTTTGCGCAGTCGAGTTACAAGGAGAAGATATGGGACCACGCGGCTGGAG
TGGTGATTGTGGAAGAAGCTGGTGGTGTGGTGACTGATGCAGGAGGGAGGAACTTAGACT
TCTCGAAAGGAGTATACTTGGAAGGTCTTGACAGAGGAATCATAGCGTGTTCTGGTCAAG
TTCTGCATGATAAGCTTATAGGTGCTGTCTATGCTAGTTGGGAGTCTTCCAGCCTCTGAA
TAGCCTTTAGCCACAAGCCTCCTTTTGCTGCAGCATCAGCGAGCTAACGTTTTTAAAAGC
AAGGTCGAGGCAATTGGTAAGCTACGGTATGCAAAGTGGGTGAATGTAAATCGGGGAGAA
AGTAAATAGTATTAGAAGCAGCAGTAAAAAGAATCTTACTATCTTTTATAGTAATAAAGC
TGTTGCATTCACGTACCCTTAATGGATGATATTTAGTTTTGTACCTTCAAAACTCAAATT
ATGTTTAAACTTTTTTTAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1CT19JQ C 146
AF RR1CT19TF U 59
AF RR1CU83TF U 59
AF RR1CO67JQ C 1
BS 1 66 RR1CO67JQ
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BS 691 766 RR1CU83TF
BS 767 801 RR1CO67JQ

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TTACAAGGAGAAGATATGGGACCACGCGGCTGGAGTGGTGATTGTGGAAGAAGCTGGTGG
TGTGGTGACTGATGCAGGAGGGAGGAACTTAGACTTCTCGAAAGGAGTATACTTGGAAGG
TCTTGACAGAGGAATCATAGCGTGTTTTGGTCAAGTTTTGCATGATAAGCTTATAGGTGC
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TGCTGCAGCATCAGCGAGCTAACGTTTTTAAAAGCAAGGTCGAGGCAATTGGTAAGCTAC
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AAAAA

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DS 

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GGGAAGTG
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AGGTTTCATCGGTTGATGATCCGGTTCTAGCTACGGTTTGTGAGCCGGTAGAGAGAGCAA
ACTCAAACCGCTTGTTCACTGCAGGACTTGCCGATAGCATGGGAGTTAGGAAAAAGCCCA
TGCGAGTGTATAGCATGGTGAAGTATGCAGCGATTGCATGTGGAGACGCTGAGGTGTTCA
TGAAGTTTGCGCAGTCGAGTTACAAGGAGAAGATATGGGACCACGCGGCTGGAGTGGTGA
TTGTGGAAGAAGCTGGTGGTGTGGTGACTGATGCAGGAGGGAGGAACTTAGACTTCTCGA
AAGGAGTATACTTGGAAGGTCTTGACAGAGGAATCATAGCGTGTTCTGGTCAAGTTCTGC
ATGATAAGCTTATAGGTGCTGTCTATGCTAGTTGGGAGTCTTCCAGCCTCTGAATAGCCT
TTAGCCACAAGCCTCCTTTTGCTGCAGCATCAGCGAGCTAACGTTTTTAAAAGCAAGGTC
GAGGCAATTGGTAAGCTACGGTATGCAAAGTGGGTGAATGTAAATCGGGGAGAAAGTAAA
TAGTATTAGAAGCAGCAGTAAAAA

QA 9 632 9 632
DS 

RD RR1CU83TF 708 0 0
GGGAAGTG
GTCAAGCTTGGATGCAACCGTTGATCCCCGGTGGATATCCGGAGTCTGCAACGCTTCTCA
AGGTTTCATCGGTTGATGATCCGGTTCTAGCTACGGTTTGTGAGCCGGTAGAGAGAGCAA
ACTCAAACCGCTTGTTCACTGCAGGACTTGCCGATAGCATGGGAGTTAGGAAAAAGCCCA
TGCGAGTGTATAGCATGGTGAAGTATGCAGCGATTGCATGTGGAGACGCTGAGGTGTTCA
TGAAGTTTGCGCAGTCGAGTTACAAGGAGAAGATATGGGACCACGCGGCTGGAGTGGTGA
TTGTGGAAGAAGCTGGTGGTGTGGTGACTGATGCAGGAGGGAGGAACTTAGACTTCTCGA
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ATGATAAGCTTATAGGTGCTGTCTATGCTAGTTGGGAGTCTTCCAGCCTCTGAATAGCCT
TTAGCCACAAGCCTCCTTTTGCTGCAGCATCAGCGAGCTAACGTTTTTAAAAGCAAGGTC
GAGGCAATTGGTAAGCTACGGTATGCAAAGTGGGTGAATGTAAATCGGGGAGAAAGTAAA
TAGTATTAGAAGCAGCAGTAAAAAGAATCTTACTATCTTTTATAGTAATAAAGCTGTTGC
ATTCACGTACCCTTAATGGATGATATTTAGTTTTGTACCT

QA 9 708 9 708
DS 

RD RR1CO67JQ 801 0 0
AGGCTTGAGCAACGGTGTAACCAACCTGGAGCCAAAGGGTGTGTCATGTATGCAAAGAGA
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TGTTCATGAAGTTTGCGCAGTCGAGTTACAAGGAGAAGATATGGGACCACGCGGCTGGAG
TGGTGATTGTGGAAGAAGCTGGTGGTGTGGTGACTGATGCAGGAGGGAGGAACTTAGACT
TCTCGAAAGGAGTATACTTGGAAGGTCTTGACAGAGGAATCATAGCGTGTTCTGGTCAAG
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TAGCCTTTAGCCACAAGCCTCCTTTTGCTGCAGCATCAGCGAGCTAACGTTTTTAAAAGC
AAGGTCGAGGCAATTGGTAAGCTACGATATGCAAAGTGGGTGAATGTAAATCGGGGAGAA
AGTAAATAGTATTAGAAGCAGCAGTAAAAAGAATCTTACTATCTTTTATAGTAATAAAGC
TGTTGCATTCACGTACCCTTAATGGATGATATTTAGTTTTGTACCTTCAAAACTCAAATT
ATGTTTAAACTTTTTTTAACG

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 4

CO CL1672Contig1 1548 4 8 U
GGAAGAGGGCCACGTTCTTGCTCGCGAGATATTATTCCCTCCTTTGTTACTTTTCTCCGT
AATTCGTTTTGTCTGGATTGTAAATCTGAAACCGTGTTTGAGTTCCGTGTTTTGATTATG
ATGTGTGAAACGATTGGATATAAGTGTCTGTCATGTTCTTCCCTTGCTTGTCTCTCCTAC
ATAATTTTTTATAAATAAAAAATTGATTGGAGAGAATTAATAATTAAATGTGAGATTTAA
AAGGTGGAACAATTTTAACTCTTGTAGGAGGAGTTTAATTTTAATCTCTCAGGGCTGATT
CATCTTTCTTATATATAAACAAAGCCAAGATGGATCAGATGTCATCTGATAACATTAATG
GACTCGTATTAGCAGTCTCCTCAAGTATCTTTATTGGCTCTAGCTTCATCATCAAGAAAA
AAGGTCTCAAGAAGGCCGGTGAATCCGGTGTCCGAGCAGGTGAAGGAGGACATGGATACT
TATATGAACCATGGTGGTGGGCTGGAATGATTACAATGATTGTTGGGGAAGTAGCCAATT
TCGCAGCGTATGCATTTGCACCAGCTATTCTAGTAACACCTTTGGGAGCTCTAAGTATTA
TTTTCAGCGCAGTGCTAGCTCATTTCATTTTGCAAGAGAAACTTCATATGTTCGGAGTAC
TTGGTTGCGTTCTCTGTGTTGTCGGGTCCACAACGATAGTCCTACACGCCCCGCACGAGC
AGGAAATAAAATCAGTCAAGCAAGTTTGGAAGCTTGCTATTGAACCTGGCTTTCTAGTGT
ACTCTGCTGTGATATTGATTGCGGTGCTTGTACTCATCTTCTACTATGAACCTCGCTATG
GGAAGACTCATTTGATAGTTTATGTTGGAATCTGCTCTTTAATGGGTTCTCTTACTGTTA
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AATACTTCCAAACTTGGATTTTTATTATAGTAGTCACGGTTTGTTGCATTCTGCAAATCA
ATTACTTGAACAAGGCATTGGATACGTTCAACACGGCGGTTATTTCTCCGGTTTACTTCG
TTATGTTCACAACTTTCACCATCATAGCTAGTATGATCATGTTCAAGGATTGGGCTTCGC
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TTCTGCTTCATAAGACTAAAGATATGGGAAACAGTGCAAGTGGTCGTGGAGCTTCCTCTA
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ATTTGACTGATTGCTTTTCTTATGTTGTTTCCCACATGAAAATGTAACGTTACAACTAAA
GAGAGAACCAACAAAAAAAAACTCTTTTAATTGCAGATAAACTTAACC


BQ
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15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AA94TF U 1
AF RR1B536TF U 543
AF RR1B536JQ C 664
AF RR1AA94JQ C 836
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AATTCGTTTTGTCTGGATTGTAAATCTGAAACCGTGTTTGAGTTCCGTGTTTTGATTATG
ATGTGTGAAACGATTGGATATAAGTGTCTGTCATGTTCTTCCCTTGCTTGTCTCTCCTAC
ATAATTTTTTATAAATAAAAAATTGATTGGAGAGAATTAATAATTAAATGTGAGATTTAA
AAGGTGGAACAATTTTAACTCTTGTAGGAGGAGTTTAATTTTAATCTCTCAGGGCTGATT
CATCTTTCTTATATATAAACAAAGCCAAGATGGATCAGATGTCATCTGATAACATTAATG
GACTCGTATTAGCAGTCTCCTCAAGTATCTTTATTGGCTCTAGCTTCATCATCAAGAAAA
AAGGTCTCAAGAAGGCCGGTGAATCCGGTGTCCGAGCAGGTGAAGGAGGACATGGATACT
TATATGAACCATGGTGGTGGGCTGGAATGATTACAATGATTGTTGGGGAAGTAGCCAATT
TCGCAGCGTATGCATTTGCACCAGCTATTCTAGTAACACCTTTGGGAGCTCTAAGTATTA
TTTTCAGCGCAGTGCTAGCTCATTTCATTTTGCAAGAGAAACTTCATATGTTCGGAGTAC
TTGGTTGCGTTCTCTGTGTTGTCGGGTCCACAACGATAGTCCTACACGCCCCGCACGAG

QA 1 719 1 719
DS 

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TTCAGCGCAGTGCTAGCTCATTTCATTTTGCAAGAGAAACTTCATATGTTCGGAGTGCTT
GGTTGCGTTCTCTGTGTTGTCGGGTCCACAACGATAGTCCTACACGCCCCGCACGAGCAG
GAAATAAAATCAGTCAAGCAAGTTTGGAAGCTTGCTATTGAACCTGGCTTTCTAGTGTAC
TCTGCTGTGATATTGATTGCGGTGCTTGTACTCATCTTCTACTATGAACCTCGCTATGGG
AAGACTCATTTGATAGTTTATGTTGGAATCTGCTCTTTAATGGGTTCTCTTACTGTTATG
AGTGTGAAAGCTGTGGCCATCGCCATAAAGCTAACATTTTCGGAGATGAATCAGTTCAAA
TACTTCCAAACTTGGATTTTTATTATAGTAGTCACGGTTTGTTGCATTCTGCAAATCAAT
TACTTGAACAAGGCATTGGATACGTTCAACACGGCGGTTATTTCTCCGGTTTACTTCGTT
ATGTTCACAACTTTCACCATCATAGCTAGTATGATCATGTTCAAGGATTGGGCTTCGCAG
AGCGGGTTAAATATAGCGACAGAACTGTGCGGTTTTGTCACCATTTTGTCAGGAACGTTT
CTGCTTCATAAGACTAAAGATATGGGAAACAGTGCAAGTGGTCGTGGAGCTTCCTCTACG
CCTAGAGACAATCCTGTCTTCACCAGTTCAGGATCTGGTCTCAGCTCCACCTCCGAAAA*
GTATCCTCCTGAGATTTTTTT*ATCATCCCACTGTTTGAT

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DS 

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AAATAAAATCAGTCAAGCAAGTTTGGAAGCTTGCTATTGAACCTGGCTTTCTAGTGTACT
CTGCTGTGATATTGATTGCGGTGCTTGTACTCATCTTCTACTATGAACCTCGCTATGGGA
AGACTCATTTGATAGTTTATGTTGGAATCTGCTCTTTAATGGGTTCTCTTACTGTTATGA
GTGTGAAAGCTGTGGCCATCGCCATAAAGCTAACATTTTCGGAGATGAATCAGTTCAAAT
ACTTCCAAACTTGGATTTTTATTATAGTAGTCACGGTTTGTTGCATTCTGCAAATCAATT
ACTTGAACAAGGCATTGGATACGTTCAACACGGCGGTTATTTCTCCGGTTTACTTCGTTA
TGTTCACAACTTTCACCATCATAGCTAGTATGATCATGTTCAAGGATTGGGCTTCGCAGA
GCGGGTTAAATATAGCGACAGAACTGTGCGGTTTTGTCACCATTTTGTCAGGAACGTTTC
TGCTTCATAAGACTAAAGATATGGGAAACAGTGCAAGTGGTCGTGGAGCTTCCTCTACGC
CTAGAGACAATCCTGTCTTCACCAGTTCAGGATCTGGTCTCAGCTCCACCTCCGAAAAAG
TATCCTCCTGAGATTTTTTTTATCATCCCACTGTTTGATGCGAGCACCTAAGAAGAAGAA
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TGACTGATTGCTTTTCTTATGTTGTTTCC

QA 1 809 1 809
DS 

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GTTCAAATACTTCCAAACTTGGATTTTTATTATAGTAGTCACGGTTTGTTGCATTCTGCA
AATCAATTACTTGAACAAGGCATTGGATACGTTCAACACGGCGGTTATTTCTCCGGTTTA
CTTCGTTATGTTCACAACTTTCACCATCATAGCTAGTATGATCATGTTCAAGGATTGGGC
TTCGCAGAGTGGGTTAAAGATAGCGACAGAACTGTGCGGTTTTGTCACCATTTTGTCAGG
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CTCTACGCCTAGGGACAATCCTGTCTTCACCAGTTCAGGATCTGGTTTCAGCTCCACCTC
CGAAAAAGTATCCTCCTGAGATTTTTTTTATCATCCCACTGTTTGATGCGAGCACCTAAG
AAGAAGAAG***CCTCAAAAGCAGAGATGATGTGTTATTGGTATAGTGATGATTTTGTTA
GGAACATTTGACTGATTGCTTTTCTTATGTTGTTTCCCACATGAAAATGTAACGTTACAA
CTAAAGAGAGAACCAACAAAAAAAAACTCTTTTAATTGCAGATAAACTTAACC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 5

CO CL1673Contig1 1119 5 13 U
GTTTGTTTAAATTTATTATTATTTCAATTCAAATCACACATAAGATAAAACACAAGTACG
AGAATGATAAAAACAATGATCATTATTAGTCTATCTCTCACTGTGAGCTCCAGTACTCGG
CCATTTCAAAGCCATTCTTACTATAGTGATAATCTTCAATAGTCATATCAATCTCCGCTT
GTGTATTCATCACAAACGGACCATACTGAACCACCGGTTCACCTATCGGTTCTCCAGCAA
TTAATACAAACCGCAACTTCTTGGAAGATGACTTGTTCCACACGCTAACACCGTCATTTC
CTTGTCCAAACACCACAACGTTGTGTGACGAAACAGGAGAAGAGTTTGATGAGCCAAAAA
CAGCTCCACCTTCACCACTTTCTAGAACGTAAGCAAACGCGTTCCACGATTCGGGAACGT
TCTGATGGAATTGAGCTCCTGGATCGAGAGTGAAATCTAGGAACATTGTTGGTGTTCTTG
TGTAAACAGGGGACTGTATTCCCATTGATTCTCCTGCTATGACTTTGACTTGGACACCGT
TTTGTTCTGCTTTTGGTATGTCTGAGTTCGATAGTTCTTGGTAATTTGGCTCTATCATTT
TCTCTTTGGAGGAAAGATTGATCCAAAGCTGTAAACCTTTGTTAACTTCTTCTTCAGGCA
TTTCAGAGTGAATGATTCCTCTTCCTGCAGTCATCCACTGAACATCACCGGCATAGATTG
TACCCTTATGGCCTTTAAAATCTTGATGAGTAATCCCTCCCTCTAGTACATATGTAACAG
TTTCAAAACCTCTGTG*AGGATGATCTGGGAATCCAGCTGGAGGTGAAACGGAGAATTCA
TCTAGCATCAAGAAAGGATCCAACAGCTTCTGCTCACTCCTGGAAATGCCACGTCTAACG
ACGGCTCCATCGCCTTCTTTCTGAAGCTTGGCAAAGATTTTTTTAATTACAGATCTTGAC
ACGAAACTTTGGGAAGAAGAAGAAGACATGGATGTGATGTTTCTGATGAACCCGAATGTA
ACCAAAGCTCGAAGCGTATTTGCTTTGTTTATCGCAGTTCTCATGTACTTAAATTAAAAG
ACTACTTGTTTTTAGTAAACTGAATCTTATTTGTGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1DD44JQ U 47
AF RR1A494JQ U 5
AF RR1AV56JQ U 1
AF RR1A494TF C 314
AF RR1AV56TF C 376
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RD RR1DD44JQ 515 0 0
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ATCAATCTCCGCTTGTGTATTCATCACAAACGGACCATACTGAACCACCGGTTCACCTAT
CGGTTCTCCAGCAATTAATACAAACCGCAACTTCTTGGAAGATGACTTGTTCCACACGCT
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TGTTGGTGTTCTTGTGTAAACAGGGGACTGTATTCCCATTGATTCTCCTGCTATGACTTT
GACTTGGACACCGTTTTGTTCTGCTTTTGGTATGT

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR1A494JQ 663 0 0
GC
TTAAATTTATTATTATTTCAATTCAAATCACACATAAGATAAAACACAAGTACGAGAATG
ATAAAAACAATGATCATTATTAGTCTATCTCTCACTGTGAGCTCCAGTACTCGGCCATTT
CAAAGCCATTCTTACTATAGTGATAATCTTCAATAGTCATATCAATCTCCGCTTGTGTAT
TCATCACAAACGGACCATACTGAACCACCGGTTCACCTATCGGTTCTCCAGCAATTAATA
CAAACCGCAACTTCTTGGAAGATGACTTGTTCCACACGCTAACACCGTCATTTCCTTGTC
CAAACACCACAACGTTGTGTGACGAAACAGGAGAAGAGTTTGATGAGCCAAAAACAGCTC
CACCTTCACCACTTTCTAGAACGTAAGCAAACGCGTTCCACGATTCGGGAACGTTCTGAT
GGAATTGAGCTCCTGGATCGAGAGTGAAATCTAGGAACATTGTTGGTGTTCTTGTGTAAA
CAGGGGACTGTATTCCCATTGATTCTCCTGCTATGACTTTGACTTGGACACCGTTTTGTT
CTGCTTTTGGTATGTCTGAGTTCGATAGTTCTTGGTAATTTGGCTCTATCATTTTCTCTT
TGGAGGAAAGATTGATCCAAAGCTGTAAACCTTTGTTAACTTCTTCTTCAGGCATTTCAG
A

QA 3 663 3 663
DS 

RD RR1AV56JQ 821 0 0
GTTTGTTTAAATTTATTATTATTTCAATTCAAATCACACATAAGATAAAACATAAGTACG
AGAATGATAAAAACAATGATCATTATTAGTCTATCTCTCACTGTGAGCTCCAGTACTCGG
CCATTTCAAAGCCATTCTTACTATAGTGATAATCTTCAATAGTCATATCAATCTCCGCTT
GTGTATTCATCACAAACGGACCATACTGAACCACCGGTTCACCTATCGGTTCTCCAGCAA
TTAATACAAACCGCAACTTCTTGGAAGATGACTTGTTCCACACGCTAACACCGCCATTTC
CTTGTCCAAACACCACAACGTTGTGTGACGAAACAGGAGAAGAGTTTGATGAGCCAAAAA
CAGCTCCACCTTCACCACTTTCTAGAACGTAAGCAAACGCGTTCCACGATTCGGGAACGT
TCTGATGGAATTGAGCTCCTGGATCGAGAGTGAAATCTAGGAACATTGTTGGTGTTCTTG
TGTAAACAGGGGACTGT*TTCCCATTGATTCTCCTGCTATGACTTTGACTTGGACACCGT
TTTGTTCTGCTTTTGGTATGTCTGAGTTCGATAGTTCTTGGTAATTTGGCTCTATCATTT
TCTCTTTGGAGGAAAGATTGATCCAAAGCTGTAAACCTTTGTTAACTTCTTCTTCAGGCA
TTTCAGAGTGAATGATTCCTCTTCCTGCAGTCATCCACTGAACATCACCGGCATAGATTG
TACCCTTATGGCCTTTAAAATCTTGATGAGTAATCCCTCCCTCTAGTACATATGTAACAG
TTTCAAAACCTCTGTGGAGGATGATCTGGGAATCCAGCTGG

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1A494TF 805 0 0
CACAACGTTGTGTGACGAAACAGGAGAAGAGTTTGATGAGCCAAAAACAGCTCCAC*TTC
ACCACTTTCTAGAACGTAAGCAAACGCGTTCCACGATTCGGGAACGTTCTGATGGAATTG
AGCTCCTGGATCGAGAGTGAAATCTAGGAACATTGTTGGTGTTCTTGTGTAAACAGGGGA
CTGTATTCCCATTGATTCTCCTGCTATGACTTTGACTTGGACACCGTTTTGTTCTGCTTT
TGGTATGTCTGAGTTCGATAGTTCTTGGTAATTTGGCTCTATCATTTTCTCTTTGGAGGA
AAGATTGATCCAAAGCTGTAAACCTTTGTTAACTTCTTCTTCAGGCATTTCAGAGTGAAT
GATTCCTCTTCCTGCAGTCATCCACTGAACATCACCGGCATAGATTGTACCCTTATGGCC
TTTAAAATCTTGATGAGTAATCCCTCCCTCTAGTACATATGTAACAGTTTCAAAACCTCT
GTG*AGGATGATCTGGGAATCCAGCTGGAGGTGAAACGGAGAATTCATCTAGCATCAAGA
AAGGATCCAACAGCTTCTGCTCACTCCTGGAAATGCCACGTCTAACGACGGCTCCATCGC
CTTCTTTCTGAAGCTTGGCAAAGATTTTTTTAATTACAGATCTTGACACGAAACTTTGGG
AAGAAGAAGAAGACATGGATGTGATGTTTCTGATGAACCCGAATGTAACCAAAGCTCGAA
GCGTATTTGCTTTGTTTATCGCAGTTCTCATGTACTTAAATTAAAAGACTACTTGTTTTT
AGTAAACTGAATCTTGTTTGTGTCC

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1AV56TF 744 0 0
CACTTTCTAGAACGTAAGCAAACGCGTTCCACGATTCGGGAACGTTCTGATGGAATTGAG
CTCCTGGATCGAGAGTGAAATCTAGGAACATTGTTGGTGTTCTTGTGTAAACAGGGGACT
GT*TTCCCATTGATTCTCCTGCTATGACTTTGACTTGGACACCGTTTTGTTCTGCTTTTG
GTATGTCTGAGTTCGATAGTTCTTGGTAATTTGGCTCTATCATTTTCTCTTTGGAGGAAA
GATTGATCCAAAGCTGTAAACCTTTGTTAACTTCTTCTTCAGGCATTTCAGAGTGAATGA
TTCCTCTTCCTGCAGTCATCCACTGAACATCACCGGCATAGATTGTACCCTTATGGCCTT
TAAAATCTTGATGAGTAATCCCTCCCTCTAGTACATATGTAACAGTTTCAAAACCTCTGT
G*AGGATGATCTGGGAATCCAGCTGGAGGTGAAACGGAGAATTCGTCTAGCATCAAGAAA
GGATCCAACAGCTTCTGCTCACTCCTGGAAATGCCACGTCTAACGACGGCTCCATCGCCT
TCTTTCTGAAGCTTGGCAAAGATTTTTTTAATTACAGATCTTGACACGAAACTTTGGGAA
GAAGAAGAAGACATGGATGTGATGTTTCTGATGAACCCGAATGTAACCAAAGCTCGAAGC
GTATTTGCTTTGTTTATCGCAGTTCTCATGTACTTAAATTAAAAGACTACTTGTTTTTAG
TAAACTGAATCTTATTTGTGTCCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 5

CO CL1674Contig1 742 5 8 U
GGACAGATAGATCTACTGATCAAATAAATTTAAAAGACTATTGGAAAAAAATACTAAAAG
CAAATGGGTTCTTTAATGTCAGGATGGGACTCTCCAACAAAGGATCCCAACTCAGTGAGA
AGGTGCAAGTCACTTACAAGAGAAGAAATCGACGCTTTCTGGAAGACAAAGAAGAAGACT
GAAGAGGAACATGTTCAAGCCGTTTCCAAGTTGGTTACTGAGGAAGTTGCGGAAAGTCAA
GGGATAGAGGATCCTTACGAAAACCAAAGCAAGAAGAGTGGATGGTGGAGAAGAAGCAAC
TGGGCGTTCTTGAATGAGCCAAGGGAGGAAGAGGGTCGACCCAATAATTACGTTCCGCAG
TTCCAGGTGGCTCACATCGCCAAAATCGCGGGCTAATTAATAGCGCTACAGTCACCAGCT
TGTCAGAATTCACCTAGGTGAATTGTGATTTTAGTTTTCTTTTGGGGTGGTTTAATTACC
GGGCGGTCACATGTTATATAATATATATGATATTGTGGTTACTTGTTGGCCGTATTAGTA
TCAGGATGTGAGTATAAAACATGTAACAGGGGTGTGGGGTTTTAAATTTTTTTTTTCTCT
TTTGTTATGTGCCATGTATATTTTTTTGGTTGTGTGGGTAAGGAAAGTAATCTGAAATGT
GGATTTGTACATTTGTCGTATGAGCTGGCTGCATGGGTGCGTGGCCATCTTCTGGTAGTA
ATGAAATGAACTCTCCTTTTCG


BQ
10 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR64TF U 2
AF RR1GY12TF U 1
AF RR1EC58JQ C 1
AF RR1EC58TF U 1
AF RR1GY12JQ C 162
BS 1 1 RR1EC58JQ
BS 2 373 RR1DR64TF
BS 374 374 RR1EC58TF
BS 375 490 RR1DR64TF
BS 491 491 RR1EC58TF
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BS 541 667 RR1EC58TF
BS 668 742 RR1GY12JQ

RD RR1DR64TF 539 0 0
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GGCGGTCACCTGTTATATAATATATATGATATTGTGGTTACTTGTTGGCCGTATTAGTA

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR1GY12TF 638 0 0
G
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GGGCGTTCTTGAATGAGCCAAGGGAGGAAGAGGGTCGACCCAATAATTACGTTCCGCAGT
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GTCAGAATTCACCTAGGTGAATTGTGATTTTAGTTTTCTTTTGGGGTGGTTTAATTACCG
GGCGGTCACATGTTATATAATATATATGATATTGTGGTTACTCGTTGGCCGTATTAGTAT
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QA 2 638 2 638
DS 

RD RR1EC58JQ 668 0 0
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GAAGAGGAACATGTTCAAGCCGTTTCCAAGTTGGTTACTGAGGAAGTTGCGGAAAGTCAA
GGGATAGAGGATCCTTACGAAAACCAAAGCAAGAAGAGTGGATGGTGGAGAAGAAGCAAC
TGGGCGTTCTTGAATGAGCCAAGGGAGGAAGAGGGTCGACCCAATAATTACGTTCCGCAG
TTCCAGGTGGCTCACATCGCCAAAATCGCGGGCTAATTAATAGCGCTACAGTCACCAGCT
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GGGCGGTCACATGTTATATAATATATATGATATTGTGGTTACTTGTTGGCCGTATTAGTA
TCAGGATGTGAGTATAAAACATGTAACAGGGGTGTGGGGTTTTAAATTTTTTTTTTTTCT
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GGATTTG
C

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1EC58TF 670 0 0
G
GACAGATAGATCTACTGATCAAATAAATTTAAAAGACTATTGGAAAAAAATACTAAAAGC
AAATGGGTTCTTTAATGTCAGGATGGGACTCTCCAACAAAGGATCCCAACTCAGTGAGAA
GGTGCAAGTCACTTACAAGAGAAGAAATCGACGCTTTCTGGAAGACAAAGAAGAAGACTG
AAGAGGAACATGTTCAAGCCGTTTCCAAGTTGGTTACTGAGGAAGTTGCGGAAAGTCAAG
GGATAGAGGATCCTTACGAAAACCAAAGCAAGAAGAGTGGATGGTGGAGAAGAAGCAACT
GGGCGTTCTTGAATGAGCCAAGGGAGGAAGAGGGTCGACCCAATAATTACGTTCCGCAGT
TCCAGGTGGCTCACATCGCCAAAATCGCGGGCTAATTAATAGCGCTACAGTCACCAGCTT
GTCAGAATTCACCTAGGTGAATTGTGATTTTAGTTTTCTTTTGGGGTGGTTTAATTACCG
GGCGGTCACATGTTATATAATATATATGATATTGTGGTTACTTGTTGGCCGTATTAGTAT
CAGGATGTGAGTATAAAACATGTAACAGGGGTGTGGGGTTTTAAATTTTTTTTTTCTCTT
TTGTTATGTGCCATGTATATTTTTTTGGTTGTGTGGGTAAGGAAAGTAATCTGAAATGTG
GATTTG
CAA

QA 2 667 2 667
DS 

RD RR1GY12JQ 581 0 0
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GGAAGTTGCGGAAAGTCAAGGGATAGAGGATCCTTACGAAAACCAAAGCAAGAAGAGTGG
ATGGTGGAGAAGAAGCAACTGGGCGTTTTTGAATGAGCCAAGGGAGGAAGAGGGTCGACC
CAATAATTACGTTCCGCAGTTCCAGGTGGCTCACATCGCCAAAATCGCGGGCTAATTAAT
AGCGCTACAGTCACCAGCTTGTCAGAATTCACCTAGGTGAATTGTGATTTTAGTTTTCTT
TTGGGGTGGTTTAATTACCGGGCGGTCACATGTTATATAATATATATGATATTGTGGTTA
CTCGTTGGCCGTATTAGTATCAGGATGTGAGTATACAACATGTAACAGGGGTGTGGGGTT
TTAAATTTTTTTTTTTTTTTTTGTTATGTGCCATGTATATTTTTTTGGTTGTGTGGGTAA
GGAAAGTAATTTGAAATGTGGATTTGTACATTTGTCGTATGAGCTGGCTGCATGGGTGCG
TGGCCATCTTCTGGTAGTAATGAAATGAACTCTCCTTTTCG

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 4

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TGTTGCCCAGAAGAAAGCCAAGAAACTCCGCAAGGTAATCCTGAAAGAGGATGTGTCGGA
CTTGGGGAAGCAAGGGCAATTACTGGACGTGAAAGCTGGATTCTTCAGAAACTTCCTCTT
GCCAACTGGAAAGGCTCAGCTCATGACTCCGCTTCTGCTCAAGGAAATGAAAATGGAAAA
CGAAAGGATAGAGGCAGAAAAGCAAAGGGTGAAAGAAGAGGCGCTACAATTAGCTACAGT
GTTCGAAACCGTTGGGGCTTTCAAGGTTAAATGCAAGGGTGGTAAAGGCAAACAAATATT
TGGATCTGTCACAGCACAAGACCTCGTTGACATCATCAAGGCGCAGCTCCAAAGGGATAT
AGACAAGCGCCTTGTCTCTCTTCCGGAGATCCGTGAAACCGGAGAATACATAGCCGAACT
CAAACTTCACCCTGATGTCACTGCTCGAGTTAGGCTCAACGTTTTCGCCAACTAACCCTT
CAAATAGTCAAGACTACTGCTGCATCCCAAGGAACATAGAGAAAGGGAGAAGAGACTGGC
CAGGATCCAAGTTTGTGAAGTTTTTTCTTGATTATCTTTTGCTGCATTCGTCTTTTTGCT
ATTTTAAAAAGAATATTTTGGAATCTTGGAAATGTTGTAATATTTTCATCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB37TF U 1
AF RR1FI83TF U 11
AF RR1AZ72TF U 18
AF RR1AZ72JQ C 85
BS 1 151 RR1HB37TF
BS 152 152 RR1AZ72TF
BS 153 220 RR1HB37TF
BS 221 221 RR1AZ72TF
BS 222 246 RR1HB37TF
BS 247 247 RR1AZ72TF
BS 248 264 RR1HB37TF
BS 265 265 RR1AZ72TF
BS 266 291 RR1HB37TF
BS 292 292 RR1AZ72TF
BS 293 357 RR1HB37TF
BS 358 358 RR1FI83TF
BS 359 451 RR1HB37TF
BS 452 452 RR1AZ72TF
BS 453 516 RR1HB37TF
BS 517 525 RR1FI83TF
BS 526 526 RR1AZ72TF
BS 527 551 RR1FI83TF
BS 552 552 RR1AZ72TF
BS 553 689 RR1FI83TF
BS 690 723 RR1AZ72TF
BS 724 833 RR1AZ72JQ

RD RR1HB37TF 516 0 0
TGGGAAGACTAGAAAGCGCTCTCTCATTTCTCTCTCTGCTCGGGAACAGAAATAAGCTTC
GCCAATGGCTTCTTCCGCTTTGTCACTCTCGTGGAGCTCCTCGCTTTGTTCGTCTCACAC
CTTCAATGTCGTCGGAAATGAAACCCTAAAAGTATCCCAGCGAAGGTCTACTTTGGAGGT
TGTTGCCCAGAAGAAAGCCAAGAAACTCCGCAAGGTAATCTTGAAAGAGGATGTGTCGGA
CTTGGGCAAGCAAGGGCAATTACTCGACGTGAAAGCTGGATTCTTCAGAAATTTCCTCTT
GCCAACTGGAAAGGCTCAGCTCATGACTCCGCTTCTGCTCAAGGAAATGAAAATGGACAA
CGAAAGGATAGAGGCAGAAAAGCAAAGGGTGAAAGAAGAGGCGCTACAATTAGCTACAGT
GTTCGAAACCGTTGGGGCTTTCAAGGTTAAACGCAAGGGTGGTAAAGGCAAACAAATATT
TGGATCTGTCACAGCACAAGACCTCGTTGACATCAT

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1FI83TF 679 0 0
GGAAAGC
GCTCTCTCATTTCTCTCTCTGCTCGGGAACAGAAATAAGCTTCGCCAATGGCTTCTTCCG
CTTTGTCACTCTCGTGGAGCTCCTCGCTTTGTTCGTCTCACACCTTCAATGTCGTCGGAA
ATGAAACCCTAAAAGTATCCCAGCGAAGGTCTGCTTTGGAGGTTGTTGCCCAGAAGAAAG
CCAAGAAACTCCGCAAGGTAATCTTGAAAGAGGATGTGTCGGACTTGGGCAAGCAAGGGC
AATTACTCGACGTGAAAGCTGGATTCTTCAGAAATTTCCTCTTGCCAACTGGAAAGGCTC
AGCTCATGACTCCGCTTCTGCTCAAGGAAATGAAAATGGAAAACGAAAGGATAGAGGCAG
AAAAGCAAAGGGTGAAAGAAGAGGCGCTACAATTAGCTACAGTGTTCGAAACCGTTGGGG
CTTTCAAGGTTAAACGCAAGGGTGGTAAAGGCAAACAAATATTTGGATCTGTCACAGCAC
AAGACCTCGTTGACATCATCAAGGCGCAACTCCAAAGGGATATAGACAAGCGCCCTGTCT
CTCTTCCGGAGATCCGTGAAACCGGAGAATACATAGCCGAACTCAAACTTCACCCTGATG
TCACTGCTCGAGTTAGGCTCAACGTTTTCGCCAACTAACCCTTCAAATAGTCAAGACTAC
TGCTGCATCCCA

QA 8 679 8 679
DS 

RD RR1AZ72TF 706 0 0
GCTCTCTCATTTCTCTCTCTGCTCGGGAACAGACATAAGCTTCGCCAATGGCTTCTTCCG
CTTCGTCACTCTCGTGGAGCTCCTCGCTTTGTTCGTCTCACACCTTCAATGTCGTCGGAA
ATGAAACCCTAAAAATATCCCAGCGAAGGTCTACTTTGGAGGTTGTTGCCCAGAAGAAAG
CCAAGAAACTCCGCAAGGTAATCCTGAAAGAGGATGTGTCGGACTTGGGGAAGCAAGGGC
AATTACTGGACGTGAAAGCTGGATTCTTCAGAAACTTCCTCTTGCCAACTGGAAAGGCTC
AGCTCATGACTCCGCTTCTGCTCAAGGAAATGAAAATGGAAAACGAAAGGATAGAGGCAG
AAAAGCAAAGGGTGAAAGAAGAGGCGCTACAATTAGCTACAGTGTTCGAAACCGTTGGGG
CTTTCAAGGTTAAATGCAAGGGTGGTAAAGGCAAACAAATATTTGGATCTGTCACAGCAC
AAGACCTCGTTGACATCATCAAGGCGCAGCTCCAAAGGGATATAGACAAGCGCCTTGTCT
CTCTTCCGGAGATCCGTGAAACCGGAGAATACATAGCCGAACTCAAACTTCACCCTGATG
TCACTGCTCGAGTTAGGCTCAACGTTTTCGCCAACTAACCCTTCAAATAGTCAAGACTAC
TGCTGCATCCCAAGGAACATAGAGAAAGGGAGAAGAGACTGGCCAG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1AZ72JQ 749 0 0
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CCTAAAAATATCCCAGCGAAGGTCTACTTTGGAGGTTGTTGCCCAGAAGAAAGCCAAGAA
ACTCCGCAAGGTAATCCTGAAAGAGGATGTGTCGGACTTGGGGAAGCAAGGGCAATTACT
GGACGTGAAAGCTGGATTCTTCAGAAACTTCCTCTTGCCAACTGGAAAGGCTCAGCTCAT
GACTCCGCTTCTGCTCAAGGAAATGAAAATGGAAAACGAAAGGATAGAGGCAGAAAAGCA
AAGGGTGAAAGAAGAGGCGCTACAATTAGCTACAGTGTTCGAAACCGTTGGGGCTTTCAA
GGTTAAATGCAAGGGTGGTAAAGGCAAACAAATATTTGGATCTGTCACAGCACAAGACCT
CGTTGACATCATCAAGGCGCAGCTCCAAAGGGATATAGACAAGCGCCTTGTCTCTCTTCC
GGAGATCCGTGAAACCGGAGAATACATAGCCGAACTCAAACTTCACCCTGATGTCACTGC
TCGAGTTAGGCTCAACGTTTTCGCCAACTAACCCTTCAAATAGTCAAGACTACTGCTGCA
TCCCAAGGAACATAGAGAAAGGGAGAAGAGACTGGCCAGGATCCAAGTTTGTGAAGTTTT
TTCTTGATTATCTTTTGCTGCATTCGTCTTTTTGCTATTTTAAAAAGAATATTTTGGAAT
CTTGGAAATGTTGTAATATTTTCATCAAG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 5

CO CL1676Contig1 1155 5 12 U
AGTTGTAAAAAAATCTTATTTTTCAGCGTTTACATTTCATGCAAGGAAAAGATTTCCCAA
AAGAAAATTAAAAACGAAACAAAGAGCCACTTTATGTTTCATCGAACACACGAGTGTACA
CACATACATAAACATATAATATTATACAACATACACAAATCTTCAGGGCTTCTTTTGACT
TCTCACACCACTTCCAAGAACCATACCAACCACCTTTCCTTTCACCCACCACGTGCTTCG
AACCATAACTTTAAACAGCACAAATAAGGCGCGTGCTCGGGACAGCGTAGAGACGCGTGG
CTTTAGGAGCCGTCAGACCTAACACGTCGCTCATATCAAGCTCGCTTGGTTTCATGCCAT
CAGGTAATTTCCACGTGAAGCAATGTAATATATGGGCCACGGCTAGTTCAAGTGCGTATA
ACCCGAGTTGCATACCCGGGCATGATCTACGACCCGACCCGAATGGTATAAACTCGAAGT
TACTCCCTTTAAAATCTGGTACGCCCGGTTCCAAAAACCTAGATGGTCTAAACGTTTCGG
GGTCGACCCAAGAGTTCTTGTCGCGTCCAATCGCGAACGCGTTGATCATAACGCGAGATT
TCTTGGGAACGAAGTAACCGTCGATCTCAGTGTCCTCTGCGGTTTCGTGGAGGAGGAGTG
GGATCGGTGGGTGTAGCCTTAGGGTTTCTTTGAGTGTGCATTTCAGAAAAGTCAACTTCT
CGATGTCTGATTCTTCCACATGTCTGTCAAGTCCGACTACTTCAGCGAGTTCTTGTTGAA
CTCGTTTTAGATCCTCGGGGCTCCGTAATAACTCAGTTAATGCCCACTCTATCGCTGACG
CTACCGTTTCCGTTCCTCCAAACATAACGTCCATGATGATTGCTTTGATATTGTCACGGG
TAAGTTTAATGGAGTTCTGAAGTTCTGTTGCCTCACTCACTAGTTTCGCCTCTTCACTGT
AAAATGCAAGAAGATCATCAACCATATCGGTATCAACAACTTCTCCATCATCAGCTGTGT
TTTGATTCTCTTTCTTCTTCATGTGTTCATCGATGATATCGTCAATAAATCCGTCTAGGT
CATTACGGGCCTTCACGAGCCGCTTGTTTATTCCTTGTGGATCGATCCACCCGAAATAAG
GTATGAAATCCGCTA


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD41JQ U 5
AF RR1GD41TF C 5
AF RR1DO59JQ U 84
AF RR1H252JQ U 1
AF RR1DO59TF C 499
BS 1 152 RR1H252JQ
BS 153 153 RR1GD41JQ
BS 154 319 RR1H252JQ
BS 320 320 RR1GD41JQ
BS 321 669 RR1H252JQ
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BS 780 780 RR1DO59TF
BS 781 804 RR1H252JQ
BS 805 1155 RR1DO59TF

RD RR1GD41JQ 647 0 0
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AAATTAAAAACGAAACAAAGAGCCACTTTATGTTTCATCGAACACACGAGTGTACACACA
TACATAAACATATAATATTATACAACATACACAAATCTTCAGGGCTTCTTTTGACTTCTC
ACACCACTTCCAAGAACCATACCAACCACCTTTCCTTTCACCCACCACGTGCTTCGAACC
ATAACTTTAAACAGCACAAATAAGGCGCGTGCTCGGGACAGCGTAAAGACGCGTGGCTTT
AGGAGCCGTCAGACCTAACACGTCGCTCATATCAAGCTCGCTTGGTTTCATGCCATCAGG
TAATTTCCACGTGAAGCAATGTAATATATGGGCCACGGCTAGTTCAAGTGCGTATAACCC
GAGTTGCATACCCGGGCATGATCTACGACCCGACCCGAATGGTATAAACTCGAAGTTACT
CCCTTTAAAATCTGGTACGCCCGGTTCCAAAAACCTAAATGGTCTAAACGTTTCGGGGTC
GACCCAAGAGTTCTTGTCGCGTCCAATCGCGAACGCGTTGATCATAACGCGAGATTTCTT
GGGAACGAAGTAACCGTCGATCTCAGTGTCCTCTGCGGTTTCGTGG
C

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1GD41TF 647 0 0
GTAAAAAAATCTTATTTTTCAGCGTTTACATTTCATGCAAGGAAAAGATTTCCCAAAAGA
AAATTAAAAACGAAACAAAGAGCCACTTTATGTTTCATCGAACACACGAGTGTACACACA
TACATAAACATATAATATTATACAACATACACAAATCTTCAGGGCTTCTTTTGACTTCTC
ACACCACTTCCAAGAACCATACCAACCACCTTTCCTTTCACCCACCACGTGCTTCGAACC
ATAACTTTAAACAGCACAAATAAGGCGCGTGCTCGGGACAGCGTAGAGACGCGTGGCTTT
AGGAGCCGTCAGACCTAACACGTCGCTCATATCAAGCTCGCTTGGTTTCATGCCATCAGG
TAATTTCCACGTGAAGCAATGTAATATATGGGCCACGGCTAGTTCAAGTGCGTATAACCC
GAGTTGCATACCCGGGCATGATCTACGACCCGACCCGAATGGTATAAACTCGAAGTTACT
CCCTTTAAAATCTGGTACGCCCGGTTCCAAAAACCTAGATGGTCTAAACGTTTCGGGGTC
GACCCAAGAGTTCTTGTCGCGTCCAATCGCGAACGCGTTGATCATAACGCGAGATTTCTT
GGGAACGAAGTAACCGTCGATCTCAGTGTCCTCTGCGGTTTCGTGG
C

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1DO59JQ 699 0 0
GAGCCACTTTATGTTTCATCGAACACACGAGTGTACACACATACATAAACATATAATATT
ATACAACATCCACAAATCTTCAGGGCTTCTTTTGACTTCTCACACCACTTCCAAGAACCA
TACCAACCACCTTTCCTTTCACCCACCACGTGCTTCGAACCATAACTTTAAACAGCACAA
ATAAGGCGCGTGCTCGGGACAGCGTAGAGACGCGTGGCTTTAGGAGCCGTCAGACCAAAC
ACGTCGCTCATATCAAGCTCGCTTGGTTTCATGCCATCAGGTAATTTCCACGTGAAGCAA
TGTAATATATGGGCCACGGCTAGTTCAAGTGCGTATAACCCGAGTTGCATACCCGGGCAT
GATCTACGACCCGACCCGAATGGTATAAACTCGAAGTTACTCCCTTTAAAATCTGGTACG
CCCGGTTCCAAAAACCTAGATGGTCTAAACGTTTCGGGGTAGACCCAAGAGTTCTTGTCG
CGTCCAACCGCGAACGCGTTGATCATAACGCGAGATTTCTTGGGAACGAAGTAACCGTCG
ATCTCAGTGTCCTCTGCGGTTTCGTGGAGGAGGAGTGGGATCGGTGGGTGTAGCCTTAGG
GTTTCTTTGAGTGTGCATTTCAGAAAAGTCAACTTCTCGATGTCTGATTCTTCCACATGT
CTGTCAAGTCCGACTACTTCAGCGAGTTCTTGTTGA
ACT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1H252JQ 804 0 0
AGTTGTAAAAAAATCTTATTTTTCAGCGTTTACATTTCATGCAAGGAAAAGATTTCCCAA
AAGAAAATTAAAAACGAAACAAAGAGCCACTTTATGTTTCATCGAACACACGAGTGTACA
CACATACATAAACATATAATATTATACAACATCCACAAATCTTCAGGGCTTCTTTTGACT
TCTCACACCACTTCCAAGAACCATACCAACCACCTTTCCTTTCACCCACCACGTGCTTCG
AACCATAACTTTAAACAGCACAAATAAGGCGCGTGCTCGGGACAGCGTAGAGACGCGTGG
CTTTAGGAGCCGTCAGACCAAACACGTCGCTCATATCAAGCTCGCTTGGTTTCATGCCAT
CAGGTAATTTCCACGTGAAGCAATGTAATATATGGGCCACGGCTAGTTCAAGTGCGTATA
ACCCGAGTTGCATACCCGGGCATGATCTACGACCCGACCCGAATGGTATAAACTCGAAGT
TACTCCCTTTAAAATCTGGTACGCCCGGTTCCAAAAACCTAGATGGTCTAAACGTTTCGG
GGTCGACCCAAGAGTTCTTGTCGCGTCCAATCGCGAACGCGTTGATCATAACGCGAGATT
TCTTGGGAACGAAGTAACCGTCGATCTCAGTGTCCTCTGCGGTTTCGTGGAGGAGGAGTG
GGATCGGTGAGTGTAGCCTTAGGGTTTCTTTGAGTGTGCATTTCAGAAATGTCAACTTCT
CGATGTCTGATTCTTCCACATGTCTGTCAAGTCCGACTACTTCAGCGAGTTCTTGTTGA*
CTCGTTTTAGATCCTCGGGGCTCC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1DO59TF 657 0 0
GTACGCCCGGTTCCAAAA**CTAGATGGTCTAAACGTTTCGGGGTAGACCCAAGAGTTCT
TGTCGCGTCCAACCGCGAACGCGTTGATCATAACGCGAGATTTCTTGGGAACGAAGTAAC
CGTCGATCTCAGTGTCCTCTGCGGTTTCGTGGAGGAGGAGTGGGATCGGTGGGTGTAGCC
TTAGGGTTTCTTTGAGTGTGCATTTCAGAAAAGTCAACTTCTCGATGTCTGATTCTTCCA
CATGTCTGTCAAGTCCGACTACTTCAGCGAGTTCTTGTTGAACTCGTTTTAGATCCTCGG
GGCTCCGTAATAACTCAGTTAATGCCCACTCTATCGCTGACGCTACCGTTTCCGTTCCTC
CAAACATAACGTCCATGATGATTGCTTTGATATTGTCACGGGTAAGTTTAATGGAGTTCT
GAAGTTCTGTTGCCTCACTCACTAGTTTCGCCTCTTCACTGTAAAATGCAAGAAGATCAT
CAACCATATCGGTATCAACAACTTCTCCATCATCAGCTGTGTTTTGATTCTCTTTCTTCT
TCATGTGTTCATCGATGATATCGTCAATAAATCCGTCTAGGTCATTACGGGCCTTCACGA
GCCGCTTGTTTATTCCTTGTGGATCGATCCACCCGAAATAAGGTATGAAATCCGCTA

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 5

CO CL1677Contig1 921 5 18 U
GACCATAAAAGCTCTGTTTCTAAGCTCTCTGTTTCCTCAAATCTCCTCTCTGTTTCCATC
AGATATCTAAAAAGCAGAGTTTGATTTCAACAATTATGGTGAGAATCTTCCTTCTATACA
ATCTCTTAAACTCTTTTCTCCTCTCCTTAGTACCAAAGAAGCTGCGAAGTCTATTCTCTC
TCTCCTGGTTCGACAAAACTCTCCACATGAACTCTCCACCTCCACCATCATCGTCCCCTG
CTCCAACGAGCAAAACAGATCCTTCCGAGCTAAAACGTGTTTTCCAGACTTTCGACAAGA
ACGGAGACGGTCTGATCACCAAAGAAGAGCTCAACGACTCGCTAGAGAATCTTGGAATCT
ACATACCGGACAAAGACCTCACTCAGATGATCCACAACATCGACGCCAACGGTGATGGAT
GCGTGGACATAGAGGAGTTCGAGTCGCTGTACAGCTCCATTGTGGATGAGCACCACAAGG
ATGGTGAAACAGAGGAAGAGGACATGAAGGACGCGTTTAACGTGTTTGACCAGGACGGTG
ATGGGTTTATCACTGTGGAGGAGTTGAAGTCTGTGATGGG*TTCTTTGGG*ACTCAACCA
AGGTAAGACATTAGAAGGTTGCAAGAAGATGATTATGCAAGTGGATGCTGATGGTGATGG
*TAGAGTCAATTACAAAGAGTTTCTTCAGATGATGAAAGGTGATGGTTTTAGCTGCAGTA
ACTGATCTTTATTTAGATTTTTAACATAAGAGTGTGTGTGTTTATTTGTTTTTCTTTTTA
TGTGTAAATAATTTTTTTGATGATGCATCAAGTGTGTAATTTTTTTTTCCTTTATAGGAT
TTCTCTTAAGGTTATGTAAGATTCTCTTTCTCATTACATTTGGTTTGGTGTTCTTTAGTA
GATTGTTTAGCATTTCCTATC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G014TF U 3
AF RR1CC81TF U 4
AF RR1A253TF U 1
AF RR1G014JQ C 407
AF RR1A253JQ C 242
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GG
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DS 

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G
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CTTAAACTCTTTTCTCCTCTCCTTAGTACCAAAGAAGCTGCGAAGTCTATTCTCTCTCTC
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AACGAGCAAAACAGATCCTTCCGAGCTAAAACGTGTTTTCCAGACTTTCGACAAGAACGG
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DS 

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DS 

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TGACCAGGACGGTGATGGGTTTATCACTGTGGAGGAGTTGAAGTCTGTGATGGG*TTCTT
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GCTGATGGTGATGG*TAGAGTCAATTACAAAGAGTTTCTTCAGATGATGAAAGGTGATGG
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TGTGTTTCTTTTTATGTGTAAATAATTTTTTTGATGATGCATCAAGTGTGTAATTTTTTT
T*CCTTTATAGGATTTCTCTTAAGGTTATGTAAGATTCTCTTTCTCATTACATTTGGTTT
GGTGT
GG

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DS 

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ATTGTTTAGCATTTCCTATC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 2 5

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ48JQ U 1
AF RR1GN35JQ U 46
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RD RR1CJ48JQ 738 0 0
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TCTTTTCAGGTAAAGGCTGAGGGCGAAGGCTTTTAACCAAAGGGGTCTTGGAAAGCGCAG
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CTTTCGCCACAAGAGGCATGACTTTGCTTGCCGCTCTGTATGATTTCGCGATCGGACAGT
TCCCGGTTTTTAACCACT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1GN35JQ 693 0 0
CACAATATTACTGAATTAACTTTCCCACACAGAACATTGCAATCCTTGCATAGTAATTTT
GTAGTTTTAATAAGAACATATATCAATAGCAGAGTCCAGTTGATTTAGCTGGTTCACCAA
TATTCACATTGTAATAAACCTCCTTCACTCCTTCCCCTGCACCACAATGTCCTTTAGCAA
AGCCTGCACCATCAGAGACCTGGTTGTTGTGTCCATCACCCGCAGTAACAGTCGATGTCT
CAGCAACTGTATTCGCAGCTAGCGCTCTGAGACGGTAACGTTCAGCTCTCGACCCAATCA
CCTGTCCCAAGATGGACGCTCCAATAGTCAAAGCCATGGCTGCTTTAGGCATGAGCACAG
ATTTCCTGAGCATAGCTATGAAAGGCACAGCAGCATGAACCGCCACAAACCACGAAGGCG
AAAACTTAATGGTGTGTTCCCTCCAAACACCGAGAGGCACGTTTGCAGCCATCCCCATGA
GAGCGATGGCGAGCATCTTTTAAGGTAAAGGCTGAGGGCGAAGGCTTTTAACCAAAGGGG
TCTTGGAAAGCGCAGCTCTTGCAGCTACTATAGGAGCTGGACATCTAAACTTCATACCAG
GTGGTGGCTGTAATGCTTTCGCCACAAGAGGCATGACTTTGCTTGCCGCTCTGTATGATT
TCGCGATCGGACAGTTCCCGGTTTTTAACCACT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1BU79JQ 772 0 0
AC
TGAGGGAATTATTCACCTTTTATATTATTATGTCTTACACAATATTACTGAATTAACTTT
CCCACACAAAACATTGCAATCGTCACATAGTAATTTTGTAGTTTTAATAAAAACATATAT
CAATAGCAAAGTCCAGTTGATTTAGCTGGTTCACCAATATTCACATTGTAATAAACCTCC
TTCACTCCTTCCCCTGCACCACAATGTCCTTTAGCAAAGCCTGCACCATCAAAAACCTGG
TTGTCGTGTCCATCGCCCGCAGTAACAGTCGATGTTTCAGCAACTGTACTCGCAGCTAAC
GCTCTGAAACGGTACCGTTCAGCTCTCGACCCAATCACCTGTCCCAAGATGGACGCTACA
ATAGTCAACGCCATGGCTGCTTTAGGCATCAGCACAAATTTCCTGAGCATAGCTATGAAA
GGCACAGCAGCATGAACCGCCACAAACCACGAAGGCGAAAACTTGACGGTGTGTTCTCTC
CAAACACCGAGAGGCACGTTTGCAGCCATCCCCATGAAAGCGATGGCGAGCATCTTTTCA
GGTAAAGGCTGAGGGCGAAGGCTTTTAACCAAAGGGGTCTTGGAAAGCGCAGCTCTTGCA
GCTACTATAGGAGCTGGACATCTAAACTTCATACCAGGTGGTGGCTGTAATGCTTTCGCC
ACAAGAGGCATGACTTTGCTTGCCGCTCTGTACGATTTCGCGATCGGACAGTTGCCGGTT
TTTAACCACTCGTCACCTACTGCCTCGTGCTTGGATGAGTCCCAGACTCT

QA 3 772 3 772
DS 



CO CL1678Contig2 784 2 12 U
GGGTTGGCCACACGATTTAATCAAAAATCAGCTCTCTGCAAAACTCTGCCGGCGTGAAGA
AACAAAAAAAAATTCTCAGAATATTTCTTCTCTCTCAGAGAAAATGGATCAAGAATCATC
TGAGTGTCCCTTCGTTGCGGAAAGCATAATCCAAAAGTGCCCTTTCCTCAGAAACATCAA
CAAGCCAACCAGCTTCTCCCTCTCCTCCTTGAGTTCTCCAGTTCCTGTGCAAGAAGGTAG
CAAAGGCCCGATTTTTGAGGATGGTCCTGGCTTTAATTCAGCTTTCAAGCTCTTCCATGG
CAAAGACGGTATTGTTCCGTTATCTGGACATTCCAGTTTCGGAGATGATCTCGGAGACGA
GACTCCACTGTTCAATCCTCTTGCGGGGAAGGTTGCTACCATAAGCCTATCAGCTTTTGG
TCCTGGAGGACCTTTTGGGTTTGGTCCTTTCTCTGACAAGTTCAAGAAACAAAAGAAGAA
CACCAAAAAACAAGAGTCTGGGGACTCATCCAAGCACGAGGCAGTAGGTGACGAGTGGTT
AAAAACCGGCAACTGTCCGATCGCGAAATCATACAGAGCGGCAAGCAAAGTCATGCCTCT
TGTGGCGAAAGCATTACAGCCACCACCTGGTATGAAGTTTAGATGTCCAGCTCCTATAGT
AGCTGCAAGAGCTGCGCTTTCCAAGACCCCTTTGGTTAAAAGCCTTCGCCCTCAGCCTTT
ACCTGAAAGATGCTCGCCATCGCTCTCATGGGGATGGCTGCAACGTGCCTCTCGGTGTTT
GGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1CJ48TF U 1
AF RR1BU79TF U 28
BS 1 215 RR1CJ48TF
BS 216 216 RR1BU79TF
BS 217 402 RR1CJ48TF
BS 403 403 RR1BU79TF
BS 404 525 RR1CJ48TF
BS 526 526 RR1BU79TF
BS 527 549 RR1CJ48TF
BS 550 550 RR1BU79TF
BS 551 634 RR1CJ48TF
BS 635 635 RR1BU79TF
BS 636 696 RR1CJ48TF
BS 697 784 RR1BU79TF

RD RR1CJ48TF 696 0 0
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AACAAAAAAAAATTCTCAGAATATTTCTTCTCTCTCAGAGAAAATGGATCAAGAATCATC
TGAGTGTCCCTTCGTTGCGGAAAGCATAATCCAAAAGTGCCCTTTCCTCAGAAACATCAA
CAAGCCAACCAGCTTCTCCCTCTCCTCCTTGAGTTTTCCAGTTCCTGTGCAAGAAGGTAG
CAAAGGCCCGATTTTTGAGGATGGTCCTGGCTTTAATTCAGCTTTCAAGCTCTTCCATGG
CAAAGACGGTATTGTTCCGTTATCTGGACATTCCAGTTTCGGAGATGATCTCGGAGACGA
GACTCCACTGTTCAATCCTCTTGCGGGGAAGGTTGCTACCATTAGCCTATCAGCTTTTGG
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TGTGGCGAAAGCATTACAGCCACCACCTGGTATGGAGTTTAGATGTCCAGCTCCTATAGT
AGCTGCAAGAGCTGCGCTTTCCAAGACCCCTTTGGT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1BU79TF 757 0 0
GG
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CTCTCTCAGAGAAAATGGATCAAGAATCATCTGAGTGTCCCTTCGTTGCGGAAAGCATAA
TCCAAAAGTGCCCTTTCCTCAGAAACATCAACAAGCCAACCAGCTTCTCCCTCTCCTCCT
TGAGTTCTCCAGTTCCTGTGCAAGAAGGTAGCAAAGGCCCGATTTTTGAGGATGGTCCTG
GCTTTAATTCAGCTTTCAAGCTCTTCCATGGCAAAGACGGTATTGTTCCGTTATCTGGAC
ATTCCAGTTTCGGAGATGATCTCGGAGACGAGACTCCACTGTTCAATCCTCTTGCGGGGA
AGGTTGCTACCATAAGCCTATCAGCTTTTGGTCCTGGAGGACCTTTTGGGTTTGGTCCTT
TCTCTGACAAGTTCAAGAAACAAAAGAAGAACACCAAAAAACAAGAGTCTGGGGACTCAT
CCAAGCACGAGGCAGTAGGTGACGAGTGGTTAAAAACCGGCAACTGTCCGATCGCGAAAT
CGTACAGAGCGGCAAGCAAAGTCATGCCTCTTGTGGCGAAAGCATTACAGCCACCACCTG
GTATGAAGTTTAGATGTCCAGCTCCTATAGTAGCTGCAAGAGCTGCGCTTTCCAAGACCC
CTTTGGTTAAAAGCCTTCGCCCTCAGCCTTTACCTGAAAGATGCTCGCCATCGCTCTCAT
GGGGATGGCTGCAACGTGCCTCTCGGTGTTTGGAG

QA 3 757 3 757
DS 



AS 1 5

CO CL1679Contig1 1103 5 8 U
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TTCTCTGCTCTTCCTTTGCGCCATACCAGAGCTACTGTCTCCTGTTGCTCTTCTGGGCAT
GTATCATTTATCAAAGATGTAGCTGTCACTGAACCTCCAATGCATCTTCAACACTTACTC
AAAGTTCTTCAAACAAGAGGTGAAACCATCATATCTCCTGGAGCTAAGCAGGGACTCATC
CCTCTTGCTATTCCCCTTTCTAAGGACTCTTCCGGCTCTGTTACCGCGCTTCTGAGATGG
CCTACTGCTCCACCAGGAATGGATATGCCTGTTGTTGAAGTTTGGAGGAGTGGTGTCCGG
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GAGTTGTCAGAACTTTACAATGCTTCAGCGGAGGCAGGCGAGAAGCTTTACAAAAAGGGA
TCTTTTGCTGAATCTCAGATTGATAATCTCGATGTCTATGTCTTAAAAAAGGTTGGTCTG
TTTCCTGATGTGTTGGAGCGAAAAGTATTACGGCATTTCGATGAAGGAGATCATGTTTCA
GCTATGGTGACAGGAGAATTCTACACAAAGAAAGATCTGTTTCCAGGATTTGGACGGCCT
TTTGTATATTATGCAAACATACTTCAGAAGGTAGGACGCAATTCAGAAGCAAAAGAATCG
GCCAGAGTAGCACTAAAGTCACCTTGGTGGACATTAGGATGTCCTTATGAGGAGGTTGCT
AGTATTGCACAATGGGACGATGAACAAATAGAATTCATAAGAGAGAAAGTGAGTGATGAA
GGTCGTTTCGAGGATTTGAAGAAAGGTAAAGACCCAATGCAAGTTGCTGTGGATGTTGCC
GCTTTTCTCTTGGACTTGGCATCTATTGAAGGAACATGGTCTGAATCTTTGCCCCATATT
GCTAAATGTTATGAAGAGGCTGGATTAAAGGACATATCTAACTTCATTTTGTACACAGAT
GACAAATGAAAAAAAAAACAACTGTATGTTGTGTATGATACAAGATTCTTTCATTGTAAT
AAATATCAAAAGTTTTGGTTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE49TF U 38
AF RR1CD41TF U 32
AF RR1G732TF U 1
AF RR1DS16TF U 1
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GCGAGAAGCTTTACAAAAA

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GAGGAG
CCATGAGTTCGCTGTTCACTCCTTTCTCTGCTCTTCCTTTGCGCCATACCAGAGCTACTG
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CAATGCATCTTCAACACTTACTCAAAGTTCTTCAAACAAGAGGTGAAACCATCATATCTC
CTGGAGCTAAGCAGGGACTCATCCCTCTTGCTATTCCCCTTTCTAAGGACTCTTCCGGCT
CTGTTACCGCGCTTCTGAGATGGCCTACTGCTCCACCAGGAATGGATATGCCTGTTGTTG
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GTATCATTTATCAAAGATGTAGCTGTCACTGAACCTCCAATGCATCTTCAACACTTACTC
AAAGTTCTTCAAACAAGAGGTGAAACCATCTTATCTCCTGGAGCTAAGCAGGGACTCATC
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CCTACTGCTCCACCAGGAATGGATATGCCTGTTGTTGAAGTTTGGAGGAGTGGTGTCCGG
CTAATAGCTAGAAATGTAGATGAGTATATTCACCGGATTCTTGTTGAAGAAGATGCTCAA
GAGTTGTCAGAACTTTACAATGCTTCAGCGGAGGCAGGCGAGAAGCTTTACAAAAAGGGA
TCTTTTGCTGAATCTCAGATTGATAATCTCGATGTCTATGTCTTAAAAAAGGTTGGTCTG
TTTCCTGATGTGTTGGAGCGAAAAGTATTACGGCATTTCGATGAAGGAGATCATGTTTCA
GCTATGGTGACAGGAGAATTCTACACAAAGAAAGATCTGTTTCCAGGATTTGGACGGCCT
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GCCAGAGTAGCACTAAAGTC

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DS 

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TATGCAAACATACTTCAGAAGGTAGGACGCAATTCAGAAGCAAAAGAATCGGCCAGAGTA
GCACTAAAGTCACCTTGGTGGACATTAGGATGTCCTTATGAGGAGGTTGCTAGTATTGCA
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GAGGATTTGAAGAAAGGTAAAGACCCAATGCAAGTTGCTGTGGATGTTGCCGCTTTTCTC
TTGGACTTGGCATCTATTGAAGGAACATGGTCTGAATCTTTGCCCCATATTGCTAAATGT
TATGAAGAGGCTGGATTAAAGGACATATCTAACTTCATTTTGTACACAGATGACAAATGA
AAAAAAAAACAACTGTATGTTGTGTATGATACAAGATTCTTTCATTGTAATAAATATCAA
AAGTTTTGGTTTCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 5

CO CL1680Contig1 1184 5 7 U
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AAACACCAGATCTCTCTCAAGTCCGTAGAAAGAAAAGGAAAAGAACTTAAATAAGTGAGC
CACTAAAAAAACTCTCTCAAGTCTCAACAGTCAACACTGACACTAAAATCAATGGGAGAG
GAAGATAAGAAAACAGAAGAGAAAATGGAGAAAAAAGCTGAAGAACCACAGGTGAAAAAA
ACAGATGATAAGAAAGAAGAAGAGAAGAAGAAAGAGCCTCAAGAGATTGTTCTTAAGATC
TTTATGCATTGTGAAGGTTGTGCTAAAAAGATCCATAGATGTCTTAAAGGCTTTGAAGGA
GTGGAGGATGTAACAACTGATTGTAAAACTAGTAAAGTTGTGGTGAAAGGAGAGAAGGCA
GATCCACTAAAAGTGTTGCAGAGATTGCAAAGAAAGAGCCACCGTCCAGTGGAGCTCCTT
TCTCCTATTCCAGAGCCTAAACCGGTTTCAGATGAACCGGAGAAAAAGGAGGAGAAACCA
AAACCTCAAGAGAAAAAAGAAG***AGGTAGTGACAGTGGTACTGAGTGTTCACATGCAT
TGTGAAGCATGTGCCATGGAGATCCAAAAGAGAATCATGAGAATGAAAGGAGTGGAGTCT
GTGGAACCAGATTTTAAAGCATCACAAGTGAGCGTGAAAGGAGTGTTTACACCGGAAAAG
CTAGTTGAGTACGTCAACAAGAAAATCGGGAAGCATGCTGCGCTTGTCAAGCAAGATCCG
TCCCCAAAACCGGAGAAAGAAAAAGAAACAAAAGACAAAGACAAAGACGAGAGGAAAAAG
GAAGAGGAACAACCCAAAGAAAGTAAAGAGGCTAAGGAAGACGGTGGTGGAGTGGCCAAA
TCGGCGGCCGGAGATGGGGGTGCTGCAGCGGGGGAAGGTGACAAAGTGGTGGATTTAAAG
AAGAATGAGTATCAATACCAGCCACCGAGGTATCCTGTGGAGATGTTTGCGTATCCACCA
CAGATATTCAGTGATGAGAACCCCAACGCTTGTACCATGATGTAGTAAATCGTTTGTTTA
AGAAGTTACAACTTTTACTCTATTTATGTCGTTAAATGGATTTATTTATTTATTTCAAGC
TAATTAGATGATCATATTCTTGTCAGTGTTGTACATAAACAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU08TF U 12
AF RR1EX33TF U 1
AF RR1EX33JQ C 80
AF RR1GU08JQ C 121
AF RR1FP40TF U 456
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TGAAGGTTGTGCTAAAAAGATCCATAGATGTCTTAAAGGCTTTGAAGGAGTGGAGGATGT
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AGAGCCTAAACCGGTTTCAGATGAACCG

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1EX33TF 766 0 0
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AAACACCAGATCTCTCTCAAGTCCGTAGAAAGAAAAGGAAAAGAACTTAAATAAGTGAGC
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TTTATGCATTGTGAAGGTTGTGCTAAAAAGATCCATAGATGTCTTAAAGGCTTTGAAGGA
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CTTG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1EX33JQ 719 0 0
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AAG***AGGTAGTGACAGTGGTACTGAGTGTTCACATGCATTGTGAAGCATGTGCCATGG
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AGAAAATCGGGAAGCATGCTGCGCTTGTCAAGCAAGATCCGTCCCCAAAACC
ACCGGAG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1GU08JQ 678 0 0
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GAAGATAAGAAAACAGAAGAGAAAATGGAGAAAAAAGCTGAAGAACCACAGGTGAAAAAA
ACAGATGATAAGAAAGAAGAAGAGAAGAAGAAAGAGCCTCAAGAGATTGTTCTTAAGATC
TTTATGCATTGTGAAGGTTGTGCTAAAAAGATCCATAGATGTCTTAAAGGCTTTGAAGGA
GTGGAGGATGTAACAACTGATTGTAAAACTAGTAAAGTTGTGGTGAAAGGAGAGAAGGCA
GATCCACTAAAAGTGTTGCAGAGATTGCAAAGAAAGAGCCACCGTCCAGTGGAGCTCCTT
TCTCCTATTCCAGAGCCTAAACCGGTTTCAGATGAACCGGAGAAAAAGGAGGAGAAACCA
AAACCTCAAGAGAAAAAAGAAG***AGGTAGTGACAGTGGTACTGAGTGTTCACATGCAT
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CTAGTTGAGTACGTCAACAAGAAAATCGGGAAGCATGCTGCGCTTGTCAAGCAAGATCCG
TCCCCAAAACC
ACCGGAG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1FP40TF 729 0 0
GAGCCACCGTCCAGTGGAGCTCCTTTCTCCTATTCCAGAGCCTAAACCGGTTTCAGATGA
ACCGGAGAAAAAGGAGGAGAAACCAAAACCTCAAGAAAAAAAAGAAGAGCAGGTAGTGAC
AGTGGTACTGAGAGTTCACATGCATTGTGAAGCATGTGCCATGGAGATCCAAAAGAGAAT
CATGAGAATGAAAGGAGTGGAGTCTGTGGAACCAGATTTTAAAGCATCACAAGTGAGCGT
GAAAGGAGTTTTTACACCGGAAAAGCTAGTTGAGTACGTTAACAAGAAAATCGGGAAGCA
TGCTGCGGTTGTCAAGCAAGATCCGTCCCCAAAACCGGAGAAAGAAAAAGAAACAAAAGA
CAAAGACAAAGACGAGAGGAAAAAGGAAGAGGAACAACCCAAAGAAAGTAAAGAGGCTAA
GGAAGACGGTGGTGGAGTGGCCAAATCGGCGGCCGGAGATGGGGGTGCTGCAGCGGGGGA
AGGTGACAAAGTGGTGGATTTAAAGAAGAATGAGTATCAATACCAGCCACCGAGGTATCC
TGTGGAGATGTTTGCGTATCCACCACAGATATTCAGTGATGAGAACCCCAACGCTTGTAC
CATGATGTAGTAAATCGTTTGTTTAAGAAGTTACAACTTTTACTCTATTTATGTCGTTAA
ATGGATTTATTTATTTATTTCAAGCTAATTAGATGATCATATTCTTGTCAGTGTTGTACA
TAAACAAGT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 5

CO CL1681Contig1 1111 5 5 U
GGTTTGAATCATCACTTTCATTCTTAAACATATTGCTAAGGATCATACAGAGAATTTTGA
TAAAAGCTTAAAAACCATCACCTGCTTATATACACTTACACCAAATTCAATGTTGGGACA
TAAGAAGAAACAACAAAACTTTGTTGAAGGTAATTGCAAGCTCTTTGTTTCTTGATAAGA
AAAATGTTTATTAAAAGAGAGAGAATGGTGGACAAAGAAGAGAAGACCTATCTCCTAATC
AAACTGATGAAAAGAAAATTGAGACTATACTTGGTTCTGTTGATGATCTCTCTGTTCCAG
ATCCCTCACATTGTCTACAATGTGCTGGATTTTCTTAGTAAGGCTTTCATTGTGCTGCTC
AATCTGTTCAAAGAGCATCTCCAGATGTCTTTTGTAAGTAGCAGCTCTCTTTTTCTCTGC
AGCTAGCTGCTGCATCAGCTCCTGGATTTTGTCATGCTCATTCGGATACTGATCATAGAT
GCAACCCCTTCGAACTCTTCCAGGCATCAAAGGATGGTTATGCTCCTTGGCAAACTTTGT
AATAACCCATTTACCAGAATTTTCTTTCCTAATCAAGATCATTGCTCTACACCCAACCCT
TGTCTCCGCTCTTTGTCTAATAACCTTGTCACGCTTGCTAGGCAACCTATACCCTTCCTT
GTTACAAACAAGTTGCCTTCCTATAGGAGATCCATCATGCCTTGACCGTGACAGTTTGCT
AACACGGATGACAAACCCTACTTTCGTAGCGTAAGCGTTATAAAACCCGTGTGCGGCTGC
TTCAGACTCGAACTCCTGTCCGACATAAGGCTCATCACCTTGAACCTCCTCCTCTTCCTC
CTCCGCCATATCAGAAACATCCAGAGGGATAGAATCCGGATCTACCTTCTCGTCTTGCTC
AAGAGTCATTGCTTGATTAGAACTTTCACCTATCTCATTATGGTTTTCGTCGTCTTGCTC
AAGAGTCATTGCTTGACCAGAGCTTTCATCCATTTCATTATGATTCTCCACTGGTATCTC
CATCATCATCCCAACAGCATCACCATTATCAATCCTGAAATCCACGTTCATCTAAGCTAG
GGTTGGATCGTCTCTATGGTTCCTACTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H024JQ U 127
AF RR1EE40JQ U 1
AF RR1EE40TF C 3
AF RR1HA68JQ U 59
AF RR1H024TF C 410
BS 1 417 RR1EE40JQ
BS 418 418 RR1HA68JQ
BS 419 682 RR1EE40JQ
BS 683 817 RR1HA68JQ
BS 818 1111 RR1H024TF

RD RR1H024JQ 326 0 0
GG
AACAACAAAACTTTGTTGAAGGTAATTGCAAGCTCTTTGTTTCTTGATAAGAAAAATGTT
TATTAAAAGAGAGAGAATGGTGGACAAAGAAGAAAAGACCTATCTCCTAATCAAACTGAT
GAAAAGAAAATTGAGACTATACTTGGTTCTGTTGATGATCTCTCTGTTCCAGATCCCTCA
CATTGTCTACAATGTGCTGGATTTTCTTAGTAAGGCTTTCATTGTGCTGCTCAATCTGTT
CAAAGAGCATCTCCAGATGTCTTTTGTAAGTAGCAGCTCTCTTTTTCTCTGCAGCTAGCT
GCTGCATCGGCTCCTGGATTTTGT

QA 3 326 3 326
DS 

RD RR1EE40JQ 682 0 0
GGTTTGAATCATCACTTTCATTCTTAAACATATTGCTAAGGATCATACAGAGAATTTTGA
TAAAAGCTTAAAAACCATCACCTGCTTATATACACTTACACCAAATTCAATGTTGGGACA
TAAGAAGAAACAACAAAACTTTGTTGAAGGTAATTGCAAGCTCTTTGTTTCTTGATAAGA
AAAATGTTTATTAAAAGAGAGAGAATGGTGGACAAAGAAGAGAAGACCTATCTCCTAATC
AAACTGATGAAAAGAAAATTGAGACTATACTTGGTTCTGTTGATGATCTCTCTGTTCCAG
ATCCCTCACATTGTCTACAATGTGCTGGATTTTCTTAGTAAGGCTTTCATTGTGCTGCTC
AATCTGTTCAAAGAGCATCTCCAGATGTCTTTTGTAAGTAGCAGCTCTCTTTTTCTCCGC
AGCTAGCTGCTGCATCAGCTCCTGGATTTTGTCATGCTCATTCGGATACTGATCATAGAT
GCAACCCCTTCGAACTCTTCCAGGCATCAAAGGATGGTTATGCTCCTTGGCAAACTTTGT
AATAACCCATTTACCAGAATTTTCTTTCCTAATCAAGATCATTGCTCTACACCCAACCCT
TGTCTCCGCTCTTTGTCTAATAACCTTGTCACGCTTGCTAGGCAACCTATACCCTTCCTT
GTTACAAACAAGTTGCCTTCCT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1EE40TF 758 0 0
GGTTG
ATCATCACTTTCAT*CTTAAACATAT*GCTAAGGATCATACAGAGAATTT*GATAAA*GC
TTAAAAACCATCAC*TGCTTATATACACTTACACCAAATTCAATGTTGGGACATAAGAAG
AAACAACAAAACTTTGTTGAAGGTAATTGCAAGCTCTTTGTTTCTTGATAAGAAAAATGT
TTATTAAAAGAGAGAGAATGGTGGACAAAGAAGAGAAGACCTATCTCCTAATCAAACTGA
TGAAAAGAAAATTGAGACTATACTTGGTTCTGTTGATGATCTCTCTGTTCCAGATCCCTC
ACATTGTCTACAATGTGCTGGATTTTCTTAGTAAGGCTTTCATTGTGCTGCTCAATCTGT
TCAAAGAGCATCTCCAGATGTCTTTTGTAAGTAGCAGCTCTCTTTTTCTCCGCAGCTAGC
TGCTGCATCAGCTCCTGGATTTTGTCATGCTCATTCGGATACTGATCATAGATGCAACCC
CTTCGAACTCTTCCAGGCATCAAAGGATGGTTATGCTCCTTGGCAAACTTTGTAATAACC
CATTTACCAGAATTTTCTTTCCTAATCAAGATCATTGCTCTACACCCAACCCTTGTCTCC
GCTCTTTGTCTAATAACCTTGTCACGCTTGCTAGGCAACCTATACCCTTCCTTGTTACAA
ACAAGTTGCCTTCCTATAGGAGATCCATCATGCCTTGACCGTGACAGTTTGCTAACACGG
ATGACAAACCCTACTTTCGTAGCGTAAGCGTT
C

QA 6 757 6 757
DS 

RD RR1HA68JQ 759 0 0
GATA
AAAGCTTAAAAACCATCACCTGCTTATATACACTTACACCAAATTCAATGTTGGGACATA
AGAAGAAACAACAAAACTTTGTTGAAGGTAATTGCAAGCTCTTTGTTTCTTGATAAGAAA
AATGTTTATTAAAAGAGAGAGAATGGTGGACAAAGAAGAAAAGACCTATCTCCTAATCAA
ACTGATGAAAAGAAAATTGAGACTATACTTGGTTCTGTTGATGATCTCTCTGTTCCAGAT
CCCTCACATTGTCTACAATGTGCTGGATTTTCTTAGTAAGGCCTTCATTGTGCTGCTCAA
TCTGTTCAAAGAGCATCTCCAGATGTCTTTTGTAAGTAGCAGCTCTCTTTTTCTCTGCAG
CTAGCTGCTGCATCAGCTCCTGGATTTTGTCATGCTCATTCGGATACTGATCATAGATGC
AACCCCTTCGAACTCTTCCAGGCATCAAAGGATGGTTATGCTCCTTGGCAAACTTTGTAA
TAACCCATTTACCAGAATTTTCTTTCCTAATCAAGATCATTGCTCTACACCCAACCCTTG
TCTCCGCTCTTTGTCTAATAACCTTGTCACGCTTGCTAGGCAACCTATACCCTTCCTTGT
TACAAACAAGTTGCCTTCCTATAGGAGATCCATCATGCCTTGACCGTGACAGTTTGCTAA
CACGGATGACAAACCCTACTTTCGTAGCGTAAGCGTTATAAAACCCGTGTGCGGCTGCTT
CAGACTCGAACTCCTGTCCGACATAAGGCTCATCA

QA 5 759 5 759
DS 

RD RR1H024TF 702 0 0
TTTTTCTCTGCAGCTAGCTGCTGCATCGGCTCCTGGATTTTGTCATGCTCATTCGGATAC
TGATCATAGATGCAACCCCTTCGAACTCTTCCAGGCATCAAAGGATGGTTATGCTCCTTG
GCAAACTTTGTAATAACCCATTTACCAGAATTTTCTTTCCTAATCAAGATCATTGCTCTA
CGCCCAACCCTTGTCTCCGCTCTTTGTCTAATAACCTTGTCACGCTTGCTAGGCAACCTA
TACCCTTCCTTGTTACAAACAAGTTGCCTTCCTATAGGAGATCCATCATGCCTTGACCGT
GACAGTTTGCTAACATGGATGACAAACCCTACTTTCGTAGCGTAAGCGTTATAAAACCCG
TGTGCGGCTGCTTCAGACTCGAACTCCTGTCCGACATAAGGCTCATCACCTTGAACCTCC
TCCTCTTCCTCCTCCGCCATATCAGAAACATCCAGAGGGATAGAATCCGGATCTACCTTC
TCGTCTTGCTCAAGAGTCATTGCTTGATTAGAACTTTCACCTATCTCATTATGGTTTTCG
TCGTCTTGCTCAAGAGTCATTGCTTGACCAGAGCTTTCATCCATTTCATTATGATTCTCC
ACTGGTATCTCCATCATCATCCCAACAGCATCACCATTATCAATCCTGAAATCCACGTTC
ATCTAAGCTAGGGTTGGATCGTCTCTATGGTTCCTACTGTCC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 2 5

CO CL1682Contig1 845 3 11 U
GGAATCAGTAGAATCCCCACGACGACGACGACGACGGCTTCTCTCGCGACTTCCATTGCC
GGAGCTGGAACCTCCAAGATTCTCGTTTCATCATCTTCAAAGAGAATTGGGTTTCCAAAC
TCGAGAGTCTTCTTCCTTTTCGCTAGACCGATCTCTAAAGCTGGGATCTTTCCCCGATTG
GCGATACATGCTTCGAGCCAAGAGGAAGCAAAGTCTTCACCTTTCGCATCCGTTGCGTCA
CCACCGGGTCTATACTCAGCTCAGACTTTCGATTTGACTCCTCAAAATGTCGACTTGGTC
CTCGAAGATGTCAGGCCGTTCCTCATCTCCGACGGTGGGAACGTCGACGTTGTCTCCGTT
GAAGACGGCGTCGTTTCTCTCAAACTCCAAGGAGCATGTACTAGCTGTCCGAGTTCTTCA
ACAACCATGACGATGGGAATCGAAAGGGTACTCAAAGAGAAGTTTGGAGATGCGTTGAAA
GATATTCGACAAGTTTTTGATGAAGAAGTTAAGCATATAACCGTGGAGGCAGTGAATGCT
CATCTTGATATACTGAGACCAGCGATCAAGAACTACGGAGGAAGTGTGGAAGTTTTATCA
GTTGAAGGGGAAGACTGTGTTGTGAGGTACGTTGGACCTGAATCGATTGGAATGGGAATT
AAAGCAGCGATTAAAGAAAAGTTCAAGGACATATCTAATGTTACCTTTACAAGCTAGAAA
CTGTATATGTAAAAAAACACAAAGTTGCTCTTTGTTTGAGCTTATTTCATTTTGTAATCT
CTTAGAGCTATCTTGCAAAGTTGATCAAGAACAGTGTGTAGACAAAGAAGCAAGTTGTTC
TCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 

AF RR1F606TF U 5
AF RR1AQ38TF U 1
AF RR1F606JQ C 184
BS 1 34 RR1AQ38TF
BS 35 35 RR1F606TF
BS 36 524 RR1AQ38TF
BS 525 525 RR1F606TF
BS 526 625 RR1AQ38TF
BS 626 626 RR1F606TF
BS 627 736 RR1AQ38TF
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BS 738 819 RR1AQ38TF
BS 820 820 RR1F606JQ
BS 821 845 RR1AQ38TF

RD RR1F606TF 698 0 0
GGAGTAGAATCCCC
ACGACGACGACGACGACGTCTTCTCTCGCGACTTCCATTGCCGGAGCTGGAACCTCCAAG
ATTCTCGTTTCATCATCTTCAAAGAGAATTGGGTTTCCAAACTCGAGAGTCTTCTTCCTT
TTCGCTAGACCGATCTCTAAAGCTGGGATCTTTCCCCGATTGGCGATACATGCTTCGAGC
CAAGAGGAAGCAAAGTCTTCACCTTTCGCATCCGTTGCGTCACCACCGGGTCTATACTCA
GCTCAGACTTTCGATTTGACTCCTCAAAATGTCGACTTGGTCCTCGAAGATGTCAGGCCG
TTCCTCATCTCCGACGGTGGGAACGTCGACGTTGTCTCCGTTGAAGACGGCGTCGTTTCT
CTCAAACTCCAAGGAGCATGTACTAGCTGTCCGAGTTCTTCAACAACCATGACGATGGGA
ATCGAAAGGGTACTCAAAGAGAAGTTTGGAGATGCGTTGAAAGATATTCGACAAGTTTTT
GATGAAGAAGTTAAGCATATAACCGTGGAGGCAGTGAATGCTCATCTTGATATACTGAGA
CCAGCGATCAAGAACTACGGAGGAAGTGTGGAAGTTTTATCAGTTGAAGGGGAAGACTGT
GTTGTGAGGTACGTTGGACCTGAATCGATTGGAATGGGAATTAAAGCAGCGATTAAAGAA
AAGTTCAAGGACATATCTAATGTT

QA 15 698 15 698
DS 

RD RR1AQ38TF 845 0 0
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GGAGCTGGAACCTCCAAGATTCTCGTTTCATCATCTTCAAAGAGAATTGGGTTTCCAAAC
TCGAGAGTCTTCTTCCTTTTCGCTAGACCGATCTCTAAAGCTGGGATCTTTCCCCGATTG
GCGATACATGCTTCGAGCCAAGAGGAAGCAAAGTCTTCACCTTTCGCATCCGTTGCGTCA
CCACCGGGTCTATACTCAGCTCAGACTTTCGATTTGACTCCTCAAAATGTCGACTTGGTC
CTCGAAGATGTCAGGCCGTTCCTCATCTCCGACGGTGGGAACGTCGACGTTGTCTCCGTT
GAAGACGGCGTCGTTTCTCTCAAACTCCAAGGAGCATGTACTAGCTGTCCGAGTTCTTCA
ACAACCATGACGATGGGAATCGAAAGGGTACTCAAAGAGAAGTTTGGAGATGCGTTGAAA
GATATTCGACAAGTTTTTGATGAAGAAGTTAAGCATATAACCGTTGAGGCAGTGAATGCT
CATCTTGATATACTGAGACCAGCGATCAAGAACTACGGAGGAAGTGTGGAAGTTTTATCA
GTTGAAGGGGAAGACTGTGTTGTGAAGTACGTTGGACCTGAATCGATTGGAATGGGAATT
AAAGCAGCGATTAAAGAAAAGTTCAAGGACATATCTAATGTTACCTTTACAAGCTAGAAA
CTGTATATGTAAAAAA*CACAAAGTTGCTCTTTGTTTGAGCTTATTTCATTTTGTAATCT
CTTAGAGCTATCTTGCAAAGTTGATCAAGAACAGTGTGTGGACAAAGAAGCAAGTTGTTC
TCAAG

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR1F606JQ 660 0 0
ATACATGCTTCGAGCCAAGAGGAAGCAAAGTCTTCACCTTTCGCATCCGTTGCGTCACCA
CCGGGTCTATACTCAGCTCAGACTTTCGATTTGACTCCTCAAAATGTCGACTTGGTCCTC
GAAGATGTCAGGCCGTTCCTCATCTCCGACGGTGGGAACGTCGACGTTGTCTCCGTTGAA
GACGGCGTCGTTTCTCTCAAACTCCAAGGAGCATGTACTAGCTGTCCGAGTTCTTCAACA
ACCATGACGATGGGAATCGAAAGGGTACTCAAAGAGAAGTTTGGAGATGCGTTGAAAGAT
ATTCGACAAGTTTTTGATGAAGAAGTTAAGCATATAACCGTGGAGGCAGTGAATGCTCAT
CTTGATATACTGAGACCAGCGATCAAGAACTACGGAGGAAGTGTGGAAGTTTTATCAGTT
GAAGGGGAAGACTGTGTTGTGAGGTACGTTGGACCTGAATCGATTGGAATGGGAATTAAA
GCAGCGATTAAAGAAAAGTTCAAGGACATATCTAATGTTACCTTTACAAGCTAGAAACTG
TATATGTAAAAAAACACAAAGTTGCTCTTTGTTTGAGCTTATTTCATTTTGTAATCTCTT
AGAGCTATCTTGCAAAGTTGATCAAGAACAGTGTGTAGACAAAGAAGCAAGTTGTTCTC
C

QA 1 659 1 659
DS 



CO CL1682Contig2 941 2 4 U
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GATGGCTTCTCTCGCTACTTCCATCGCCGGAACTGGAACCTCCAAGATTCTCGTTTCATC
ATCTTCAAAGAGAAATGGGTTTCCTGTAATCTCCTATCCCAACTCGAGAGTCTTCTTCCT
TTCCGCTAGACCGATCTCTAAAGGTGGGACCTCTCCCCGATCGGCGATACACGCTTCGAG
CCAAGAGGAAACAAAGTCTTCACCTTTCGCATCCGTTGCATCACCGCCGGGTCTATACTC
AGCTCAGACTTTCGATTTGACTCCTCAAAATGTCGACTTGGTCCTCGAAGATGTCAGGCC
GTTCCTCATCTCCGACGGTGGGAACGTCGACGTTGTCTCTGTTGAAGACGGCGTCGTTTC
TCTCAAACTCCAAGGAGCATGTAATAGCTGTCCGAGTTCTCCAACAACCATGACGATGGG
AATCGAAAGGGTACTCAAAGAGAAGTTTGGAGATGCTTTGAAAGATATTCGACAAGTTTT
TGATGAAGAAGTTAAGCATATAACCGTGGAGGCAGTGAATGCTCATCTTGATATACTGAG
ACCAGCGATCAAGAACTACGGAGGAAGTGTGGAAGTTTTATCAGTTGAAGGGGAAGACTG
TGTTGTCAAGTACGTTGGACCTGAATCGATTGGAATGGGAATTAAAGCAGCGATTAAAGA
AAAGTTCAAGGACATATCTAATGTTACCTTTACAAGCTAGAAACTGTATATGTAAAAAAA
AAACACAAAGTTGCTCTTTGTTTAAGCTTATTTCATTTTGTAATGTCCACATCACTAGTA
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GTTCTCCAAGTCACCAGAAAATAAAAAGAACACTGTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FN33TF U 1
AF RR1FN33JQ C 164
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RD RR1FN33TF 646 0 0
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GATGGCTTCTCTCGCTACTTCCATCGCCGGAACTGGAACCTCCAAGATTCTCGTTTCATC
ATCTTCAAAGAGAAATGGGTTTCCTGTAATCTCCTATCCCAACTCGAGAGTCTTCTTCCT
TTCCGCTAGACCGATCTCTAAAGGTGGGACCTCTCCCCGATCGGCGATACACGCTTCGAG
CCAAGAGGAAACAAAGTCTTCACCTTTCGCATCCGTTGCATCACCGCCGGGTCTATACTC
AGCTCAGACTTTCGATTTGACTCCTCAAAATGTCGACTTGGTCCTCGAAGATGTCAGGCC
GTTCCTCATCTCCGACGGTGGGAACGTCGACGTTGTCTCTGTTGAAGACGGCGTCGTTTC
TCTCAAACTCCAAGGAGCATGTAATAGCTGTCCGAGTTCTCCAACAACCATGACGATGGG
AATCGAAAGGGTACTCAAAGAGAAGTTTGGAGATGCTTTGAAAGATATTCGACAAGTTTT
TGATGAAGAAGTTAAGCATATAACCGTGGAGGCAGTGAATGCTCATCTTGATATACTGAG
ACCAGCGATCAAGAACTACTGAGGAAGTGTGGAAGTTTTATCAGTT

QA 1 646 1 646
DS 

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GCGATACACGCTTCGAGCCAAGAGGAAACAAAGTCTTCACCTTTCGCATCCGTTGCATCA
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GTTGAAGGGGAAGACTGTGTTGTCAAGTACGTTGGACCTGAATCGATTGGAATGGGAATT
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TGTCCACATCACTAGTAGTCCCCTAGAGCTATCTTGCAAAGTTGATCAAGGACAGTGTGT
AGACAAAGAAGCAAGTTGTTCTCCAAGTCACCAGAAAATAAAAAGAACACTGTTTTAT

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 4

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AGAGAGAGAGAGAGTGTGTTAAAGGCGCATTTTCTCGGATCCCAGATCTTAGATCCCAAA
CACCATTCTTCTCTTCATCCTCTTAACATATTGATCCAAGAGAGATATTTGAATAGCTTT
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TGGAAGCTTCCCTTTTGCTGGAGCTTTGCACTCCAAGTCTCGCTCTTCTCCACTTTTACC
TATTTGCCTTGTTCTCGTGGGGGCTTGCCTACTCATTGGTTATGCTTACAGTGGCCCAGG
AATCTTTAAAAGTATCAAAGAAGTCAGCAAAGTTACAGGTGACTATTCTTGCACATCAGA
AGTCCAAAGAGCCGTTTCTGTTCTTAACAAGGCTTATGGAGATGGGATGCGCAAGGTCTT
GCACGTTGGCCCTGAGACTTGCTCTGTCGTTTCCACTCTTTTGAAAGAAGATGAGACTGA
AGCATGGGGTGTCGAACCCTATGACATCGAGGATGCTGATTCTCACTGCAAGGGTCTTGT
CAGCAAAGGCCTTGTGCGTGTCGCTGATATCAAGTTCCCTCTCCCCTACAAGGCGAAATC
TTTCTCTCTTGTCATCGTCTCAGATGCTCTCGACTATCTCTCTCCCAAGTACCTCAACAA
GACCGTCCCTGAACTCGCAAGGGTCGCTTCAGATGGTCTGGTTCTTTTTGCAGGTCTCCC
TGGTCAGCAGAGAGCTAAAGTTGCTGAATTGTCTAAGTTCGGTCGTCCCGCTAAAATGCG
TAGCGCTTCGTGGTGGAACCGATTCTTCGTGCAGACAAGTTTAGAAGAAAACGAAGGACC
AAGCAAGAAGTTTGAACAGGCTGTTTCCAAAGGATTATACAAACCAGCCTGCCAAGTCTT
CCACCTTAAGCCGCTACATTAACCAGCCACCACCAAGCCCCTACTACACTAAAGCACATT
CACACGTAGAGCCACTCCCGAAACAAGAACAACAAAAAAATAGCGTAAGCGATATTCTCC
TTGTATTTTGTAACAAGTCAGTTTTTATTTTTGTCATGTTGTATCCATCAACACAGTTTT
TTCTTATTGAATTCTAATCAATCGTTGTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP93TF U 1
AF RR1AY74TF U 6
AF RR1AY74JQ C 349
AF RR1DP93JQ C 657
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BS 774 774 RR1AY74JQ
BS 775 835 RR1AY74TF
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GACCGTCCCTGAACT

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G
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TAAAAGTATCAAAGAAGTCAGCAAAGTTACAGGTGACTATTCTTGCACATCAGAAGTCCA
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GGGTGTCGAACCCTATGACATCGAGGATGCTGATTCTCACTGCAAGGGTCTTGTCAGCAA
AGGCCTTGTGCGTGTCGCTGATATCAAGTTCCCTCTCCCCTACAAGGCGAAATCTTTCTC
TCTTGTCATCGTCTCAGATGCTCTCGACT**CTCTCTCCCAAGTACCTCAACAAGACCGT
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CAAGGCGAAATCTTTCTCTCTTGTCATCGTCTCAGATGCTCTCGACT**CTCTCTCCCAA
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TGCAGGTCTCCCTGGTCAGCAGAGAGCTAAAGTTGCTGAATTGTCTAAGTTCGGTCGTCC
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GCGATATTCTCCTTGTATTTTGTAACAAGTCAGTTTTTATTTTTGTCATGTTGTATCCAT
CAACACAGTTTTTTCTTATTGAATTCTAATCAATCGTTGTTACC

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GACCAAGCAAGAAGTTTGAACAGGCTGTTTCCAAAGGATTATACAAACCAGCCTGCCAAG
TCTTCCACCTTAAGCCGCTACATTAACCAGCCACCACCAAGCCCCTACTACACTAAAGCA
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CTCCTTGTATTTTGTAACAAGTCAGTTTTTATTTTTGTCATGTTGTATCCATCAACACAG
TTTTTTCTTATTGAATT
TTAACC

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DS 



AS 1 5

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ATTCTTTTGATCTTAGGAAACTTCAAAACCTTCTAATTGATAATCCATATGACTTTTGTG
TGT


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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10 10 10 

AF RR1AM79TF U 1
AF RR1AQ33JQ C 19
AF RR1AQ33TF U 19
AF RR1AM79JQ C 131
AF RR1G535TF U 223
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BS 229 714 RR1AM79TF
BS 715 723 RR1G535TF

RD RR1AM79TF 714 0 0
GGACCAACAAGTCTGTCTTTCTGTTTCTCCTATCAGATCTCTTCGCTACTTGTGTAACCA
AAGAATCAATGGCTCTCAAGTTCGTATCTGGAGCTCTTTTCTTCTGTTCTCTACTCGCAA
TATTTCCTTCTTTCTCATCCTCCAGTTTCATTTCAGATGGCGTGTTCGGATCTCAGGCTT
TGGTTACTGGAAGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAACATGTCCGGTGTACTTTGAGTTTA
TGAACTACACAATCATAACAAGCCAGTGCAAAGGTCCCAAATTCCCACCAAAGGAATGCT
GCTCCGCCTTTCTGGACTTTGCGTGTCCTTACACTGATGAGCTCAACGATCTGAGCAATG
ACTGTGCTACTACTATGTTCAGTTACATCAATCTCTATGGGAAATACCCGCCTGGACTTT
TCGCTAACCAGTGCAAAGGAAGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCCTGCTACGTCTCCCGCTT
CAGCTGCAGACGTAAACGCAGCCATCACCACCGCTTCTTCTCCACTTTGGCTGACCATTT
TTGCATCTTTCTTGGTTTTTGTTAAATTGTTATGAGGCCATGAAAGCTATTGCAATGTAC
TAGTAACAACCTGAGGAAGGGTGTGTGTTTGTATGCCCCACGATTTGTTTTATTTGTATC
ATTCTTTTGATCTTAGGAAACTTCAAAACCTTCTAATTGATAATCCATATGACT

QA 1 714 1 714
DS 

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GG
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TTCGTATCTGGAGCTCTTTTCTTCTGTTCTCTACTCGCAATATTTCCTTCTTTCTCATCC
TCCAGTTTCATTTCAGATGGCGTGTTCGGATCTCAGGCTTTGGTTACTGGAAGAAACCTA
CTTCAGACCAAGAAAACATGTCCGGTGAACTTTGAGTTTATGAACTACACAATCATAACA
AGCCAGTGCAAAGGTCCCAAATTCCCACCAAAGGAATGCTGCTCCGCCTTTCTGGACTTT
GTGTGTCCTTACACTGATGAGCTCAACGATCTGAGCAATGACTGTGCTACTACTATGTTC
AGTTACATCAATCTCTATGGGAAATACCCGCCTGGACTTTTCGCTAACCAGTGCAAAGGA
AGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCCTGCTACGTCTCCCGCTTCAGCTGCAGACGTAAACGCA
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GTTAAATTGTTATGAGGCCATGAAAGCTATTGCAATGTACTAGTAACAACCTGAGGAAGG
GTGTGTGTTTGTATGCCCCACGATTTGTTTTATTTGTATCATTCTTTTGATCTTAGGAAA
CTTCAAAACCTTCTAATTGA
C

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR1AQ33TF 683 0 0
GG
CTGTTTCTCTTATCAGATCTCTTCGCTACTTGTGTAACCAAAGAATCAATGGCTCTCAAG
TTCGTATCTGGAGCTCTTTTCTTCTGTTCTCTACTCGCAATATTTCCTTCTTTCTCATCC
TCCAGTTTCATTTCAGATGGCGTGTTCGGATCTCAGGCTTTGGTTACTGGAAGAAACCTA
CTTCAGACCAAGAAAACATGTCCGGTGAACTTTGAGTTTATGAACTACACAATCATAACA
AGCCAGTGCAAAGGTCCCAAATTCCCACCAAAGGAATGCTGCTCCGCCTTTCTGGACTTT
GTGTGTCCTTACACTGATGAGCTCAACGATCTGAGCAATGACTGTGCTACTACTATGTTC
AGTTACATCAATCTCTATGGGAAATACCCGCCTGGACTTTTCGCTAACCAGTGCAAAGGA
AGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCCTGCTACGTCTCCCGCTTCAGCTGCAGACGTAAACGCA
GCCATCACCACCGCTTCTTCTCCACTTTGGTTGACCATTTTTGCATCTTTCTTGGTTTTT
GTTAAATTGTTATGAGGCCATGAAAGCTATTGCAATGTACTAGTAACAACCTGAGGAAGG
GTGTGTGTTTGTATGCCCCACGATTTGTTTTATTTGTATCATTCTTTTGATCTTAGGAAA
CTTCAAAACCTTCTAATTGA
C

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR1AM79JQ 584 0 0
TTTCTCATCCTCCAGTTTCATTTCAGATGGCGTGTTCGGATCTCAGGCTTTGGTTACTGG
AAGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAACATGTCCGGTGAACTTTGAGTTTATGAACTACAC
AATCATAACAAGCCAGTGCAAAGGTCCCAAATTCCCACCAAAGGAATGCTGCTCCGCCTT
TTTGGACTTTGCGTGTCCTTACACTGATGAGCTCAACGATTTGAGCAATGACTGTGCTAC
TACTATGTTCAGTTACATCAATCTCTATGGGAAATACCCGCCTGGACTTTTCGCTAACCA
GTGCAAAGGAAGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCCTGCTACGTCTCCCGCTTCAGCTGCAGA
CGTAAACGCAGCCATCACCACCGCTTTTTTTCCACTTTGGCTGACCATTTTTGCATCTTT
CTTGGTTTTTGTTAAATTGTTATGAGGCCATGAAAGCTATTGCAATGTACTAGTAACAAC
CTGAGGAAGGGTGTGTGTTTGTATGCCCCACGATTTGTTTTATTTGTATCATTCTTTTGA
TCTTAGGAAACTTCAAAACCTTCTAATTGATAATCCATATGACT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1G535TF 501 0 0
G
GGTGAACTTTGAGTTTATGAACTACACAATCATAACAAGCCAGTGCAAAGGTCCCAAATT
CCCACCAAAGGAATGCTGCTCCGCCTTTCTGGACTTTGCGTGTCCTTACACTGATGAGCT
CAACGATCTGAGCAATTACTGTGCTACTACTATGTTCAGTTACATCAATCTCTACGGGAA
ATACCCGCCTGGACTTTTCGCTAACCAGTGCAAAGGAAGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCC
TGCTACGTCTCCCGCTTCAGCTGCAGACGTAAACGCAGCCATCACCACCGCTTCTTCTCC
ACTTTGGCTGACCATTTTTGCATCTTTCTTGGTTTTTGTTAAATTGTTATGAGGCCATGA
AAGCTATTGCAATGTACTAGTAACAACCTGAGGAAGGGTGTGTGTTTGTATGCCCCACGA
TTTGTTTTATTTGTATCATTCTTTTGATCTTAGGAAACTTCAAAACCTTCTAATTGATAA
TCCATATGACTTTTGTGTGT

QA 2 501 2 501
DS 



AS 1 5

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GGTACGGTGGTGTCGAACAAGATGCAGAAGTCGGTGGTGGTAGCCGTGGACAGACTCTTC
CACAACAAGCTATACAATCGCTACGTCAAGCGTACTTCCAAGTTCATGGCTCACGACGAG
AAGAACGCCTGTAACATCGGCGATCGAGTGAAATTGGATCCTTCGAGACCTTTGAGCAAG
CATAAGAATTGGATTGTTGCTGAAATCATAAAGAAAGCAAGAATCTATTCTCCACAGGCT
GCTGCTGCTCTCAATTTCTCAGCTGCGAAGGCTCCCTCTGAGTCTTCGATTCCCCCTGTT
TCATCTTCTTAAGCTGATTGCTATGTGTGTGGATTGTATCAGACTTCTTGGTTTTGAGTC
TTATTTGCAAGTTCAGTATGGTGTGTCTCTTGGCACCTTAGGTAGTTTCATTGTTGAGGA
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ATGTAGCTTTGTTGGGCATTTCGGTTTTACGTTTTTGAAGTTGTTAGAACCATTTTGCTG
GTGGCTACTTTGTCTTGGTTACCGGTCGCTTTCTCCTAAAGGGTTACCACAGTTATTGTG
GTGCATCTATAAAAACTTTTTGATTGTTT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BZ22JQ C 12
AF RR1BZ22TF U 12
AF RR1EA18TF U 1
AF RR1E076JQ C 2
AF RR1E076TF U 2
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BS 32 32 RR1E076TF
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BS 133 329 RR1EA18TF
BS 330 330 RR1E076TF
BS 331 333 RR1EA18TF
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BS 350 374 RR1EA18TF
BS 375 375 RR1E076TF
BS 376 406 RR1EA18TF
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GG
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TTGCTGTTTCTGAAAAATAAGTTATCTGAC
G

QA 3 512 3 512
DS 

RD RR1BZ22TF 499 0 0
GG
CTCGCTCACTTGTTTGTTCAGGTCTGTAGAAAATGAAGCCGGTGATAGGTACGGTGGTGT
CGAACAAGATGCAGAAGTCGGTGGTGGTAGCCGTGGACAGACTCTTCCACAACAAGCTAT
ACAATCGCTACGTCAAGCGTACTTCCAAGTTCATGGCTCACGACGAGAAGAACGCCTGTA
ACATCGGCGATCGAGTGAAATTGGATCCTTCGAGACCTTTGAGCAAGCATAAGAATTGGA
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CAGTATGGTGTGTCTCTTGGCACCTTAGGTAGTTTCATTGTTGAGGAACGTCATGTGACT
TTGCTGTTTCTGAAAAA

QA 3 499 3 499
DS 

RD RR1EA18TF 647 0 0
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GGTACGGTGGTGTCGAACAAGATGCAGAAGTCGGTGGTGGTAGCCGTGGACAGACTCTTC
CACAACAAGCTGTACAATCGCTACGTCAAGCGTACTTCCAAGTTCATGGCTCACGACGAG
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GCTGCTGCTCTCAATTTCTCAGCTGCGAAAGCTTCATCCGAGTCTTCGGTTCCCCCTGTT
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QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1E076JQ 688 0 0
GGCTCTCAGATTCTCGCTCACTTGTTTGTTCAGGTCTGTAGAAAATGAAGCCGGTGATAG
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TGCATCTATAAAAACTTTTTGATTGTTT

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DS 

RD RR1E076TF 688 0 0
GGCTCTCAGATTCTCGCTCACTTGTTTGTTCAGGTCTGTAGAAAATGAAGCCGGTGATAG
GTACGGTGGTGTCGAACAAGATGTAGAAGTCGGTGGTGGTAGCCGTGGACAGACTCTTCC
ACAACAAGCTATACAATCGCTACGTCAAGCGTACTTCCAAGTTCATGGCTCACGACGAGA
AGAACGCCTGTAACATCGGCGATCGAGTGAAATTGGATCCTTCGAGACCTTTGAGCAAGC
ATAAGAATTGGATTGTTGCTGAAATCATAAAGAAAGCAAGAATCTATTCTCCACAGGCTG
CTGCTGCTCTCAATTTCTCAGCTGCGAAGGCTCCCTCTGAGTCTTCGATTCCCCCTGTTT
CATCTTCTTAAGCTGATTGCTATGTGTGTGGATTGTATCAGACTTCTTGGTTTTGAGTCT
TATTTGCAAGTTCAGTATGGTGTGTCTCTTGGCACCTTAGGTAGTTTCATTGTTGAGGAA
CGTCATGTGACTTTGCTGTTTCTGAAAAATAAGTTATCTGACATTCGGCATATGTGGCAA
TGTAGCTTTGTTGGGCATTTCGGTTTTACGTTTTTGAAGTTGTTAGAACCATTTTGCTGG
TGGCTACTTTGTCTTGGTTACCGGTCGCTTTCTCCTAAAGGGTTACCACAGTTATTGTGG
TGCATCTATAAAA*CTTTTTGATTGTTT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 5

CO CL1686Contig1 690 5 8 U
GGAGGGTTTTAACACTCTTTAGCGCAGTCCTAGCCGCACGAAACCGAGTAAGACCGTTCT
CATCTCCGTTAACAGACCGTCAGCATGGGGAGGCTTCACTCGAAAGGTAAGGGAATCTCA
GCATCTGCTTTACCGTACAAGCGCTCACCCCCGAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGAT
GTTGATGAGTCTATTTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTC
ATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATTTTG
AGAATCTTGAAAGCTCATGGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTCTACCACCTGATC
AAGAAAGCAGTAGCTATCCGCAAGCACCTTGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAG
TTCAGATTGATTCTTGTTGAGAGCAGAATCCACCGCCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACT
AAGAAGCTCCCTCCTGTCTGGAAATACGAGTCCACCACAGCAAGCACTCTCGTGGCTTAA
GGAAATCATAAAGCTGGTCAACCATTTCATTTGCATTGCAACTCAAGTTCTATAACAATG
GACTTTTGTATCTGGTTTTGATAGTTTTAATGCGATTTTGAATTTAGTGAAAACCCTTTT
CATTTTGCTTAGTGTTTACTTTCACTGATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F667TF U 19
AF RR1FN50JQ C 1
AF RR1FN50TF U 1
AF RR1CT03JQ C 19
AF RR1CT03TF U 19
BS 1 276 RR1FN50TF
BS 277 277 RR1F667TF
BS 278 511 RR1FN50TF
BS 512 512 RR1F667TF
BS 513 654 RR1FN50TF
BS 655 655 RR1CT03TF
BS 656 683 RR1FN50TF
BS 684 690 RR1CT03JQ

RD RR1F667TF 639 0 0
GG
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GTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCACGG
TATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATTTTGAGAATCTTGAAAGCTCATGG
TCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTCTACCACCTGATCAAGAAAGCAGTAGCTATCCG
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GAGCAGAATCCACCGCCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACTA*GAAGCTCCCTCCTGTCTG
GAAATACGAGTCCACCACAGCAAGCACTCTCGTGGCTTAAGGAAATCATAAAGCTGGTCA
ACCATTTCATTTGCATTGCAACTCAAGTTCTATAACAATGGACTTTTGTATCTGGTTTTG
ATAGTTTTAATGCGATTTTGAATTTAGTGAAAAC
TCT

QA 3 636 3 636
DS 

RD RR1FN50JQ 683 0 0
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CATCTCCGTTAACAGACCGTCAGCATGGGGAGGCTTCACTCGAAAGGTAAGGGAATCTCA
GCATCTGCTTTACCGTACAAGCGCTCACCCCCGAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGAT
GTTGATGAGTCTATTTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTC
ATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGGGTGTTACCGGAAACAAGATTTTG
AGAATCTTGAAAGCTCATGGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTCTACCACCTGATC
AAGAAAGCAGTAGCTATCCGCAAGCACCTTGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAG
TTCAGATTGATTCTTGTTGAGAGCAGAATCCACCGCCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACT
AAGAAGCTCCCTCCTGTCTGGAAATACGAGTTCACCACAGCAAGCACTCTCGTGGCTTAA
GGAAATCATAAAGCTGGTCAACCATTTCATTTGCATTGCAACTCAAGTTCTATAACAATG
GACTTTTGTATCTGGTTTTGATAGTTTTAATGCGATTTTGAATTTAGTGAAAACTCTTTT
CATTTTGCTTAGTGTTTACTTTC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1FN50TF 683 0 0
GGAGGGTTTTAACACTCTTTAGCGCAGTCCTAGCCGCACGAAACCGAGTAAGACCGTTCT
CATCTCCGTTAACAGACCGTCAGCATGGGGAGGCTTCACTCGAAAGGTAAGGGAATCTCA
GCATCTGCTTTACCGTACAAGCGCTCACCCCCGAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGAT
GTTGATGAGTCTATTTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTC
ATTCTTCGTGACTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGGGTGTTACCGGAAACAAGATTTTG
AGAATCTTGAAAGCTCATGGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTCTACCACCTGATC
AAGAAAGCAGTAGCTATCCGCAAGCACCTTGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAG
TTCAGATTGATTCTTGTTGAGAGCAGAATCCACCGCCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACT
AAGAAGCTCCCTCCTGTCTGGAAATACGAGTTCACCACAGCAAGCACTCTCGTGGCTTAA
GGAAATCATAAAGCTGGTCAACCATTTCATTTGCATTGCAACTCAAGTTCTATAACAATG
GACTTTTGTATCTGGTTTTGATAGTTTTAATGCGATTTTGAATTTAGTGAAAACTCTTTT
CATTTTGCTTAGTGTTTACTTTC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1CT03JQ 672 0 0
GG
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CAGCATGGGGAGGCTTCACTCGAAAGGTAAGGGAATCTCAGCATCTGCTTTACCGTACAA
GCGCTCACCCCCGAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGATGAGTCTATTTGCAA
GTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCACGG
TATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATTTTGAGAATCTTGAAAGCTCATGG
TCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTCTACCACCTGATCAAGAAAGCAGTAGCTATCCG
CAAGCACCTTGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGCTCAGATTGATTCTTGTTGA
GAGCAGAATCCACCGCCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACTAAGAAGCTCCCTCCTGTCTG
GAAATACGAGTCCACCACAGCAAGCACTCTCGTGGCTTAAGGAAATCATAAAGCTGGTCA
ACCATTTCATTTGCATTGCAACTCAAGTTCTATAACAATGGACTTTTGTATCTGGTTTTG
ATAGTTTTAATGCGATTTTGAATTTAGTGAAAACCCTTTTCATTTTGCTTAGTGTTTACT
TTCACTGATC

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR1CT03TF 672 0 0
GG
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CAGCATGGGGAGGCTTCACTCGAAAGGTAAGGGAATCTCAGCATCTGCTTTACCGTACAA
GCGCTCACCCCCGAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGATGAGTCTATTTGCAA
GTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCACGG
TATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATTTTGAGAATCTTGAAAGCTCATGG
TCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTCTACCACCTGATCAAGAAAGCAGTAGCTATCCG
CAAGCACCTTGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGCTCAGATTGATTCTTGTTGA
GAGCAGAATCCACCGCCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACTAAGAAGCTCCCTCCTGTCTG
GAAATACGAGTCCACCACAGCAAGCACTCTCGTGGCTTAAGGAAATCATAAAGCTGGTCA
ACCATTTCATTTGCATTGCAACTCAAGTTCTATAACAATGGACTTTTGTATCTGGTTTTG
ATAGTTTTAATGCGATTTTGAATTTAGTGAAAACCCTTTTCATTTTGCTTAGTGTTTACT
TTC
ACTGATC

QA 3 665 3 665
DS 



AS 2 5

CO CL1687Contig1 598 2 5 U
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ATTGCATAAGACAAACCACCTAACAGACTAAACATCTAAACACAACCCTTACAGCTATTT
TCATAACACTTATCTTATTTTAAGAAGCTTTTTTAAAAAAAGTATAATCTTCCTTCAAGT
TTGTAAACTGAAGTACACATTGTATGTTTCATCTCTTAAGCTGAACAATGGCGACAACAC
AAAGTTCCTCTGTGCTCCGTTCATCACGAAGCTCATCGGATTGTATTCACTCATTCCTTT
CCTTAAGCTAAAGCTTGCTGCCTCTTTAAACTTCTCATCAGAATCACATGAGAGCTTCAG
TTTCATCCCCGGCTTTAGTGTTTGATCGCTGCACACATAACAGCCCTTCTTGCTCTCTAG
CATCAAAGAAACACTCCCCTGCTTCCCATCAACTCCAGCTACTAAACGAAACCTCGAGGC
TTCTTTGTCAGTAAAAGAAAAAAAAAAAAAACCTTGAACTGCAAGGGAGCTATCAGTTGC
TTGCATCACAAGCATTCCAGGGAAATCAAACGGTTCGATCATGACTAGGCTTCCAATT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT75JQ U 5
AF RR1GO50JQ U 1
BS 1 165 RR1GO50JQ
BS 166 166 RR1DT75JQ
BS 167 423 RR1GO50JQ
BS 424 425 RR1DT75JQ
BS 426 598 RR1GO50JQ

RD RR1DT75JQ 498 0 0
G
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AACTGAAGTACACATTGTATGTTTCATCTCTTAAGCTGAACAATGGCGACAACACAAAGT
TCCTCTGTGCTCCGTTCATCACGAAGCTCATCGGATTGTATTCACTCATTCCTTTC*TTA
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TCCCCGGCTTTAGTGTTTGATCGCTGCACACATAACAGCCCTTCTTGCTCTCTAGCATCA
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TGTCAGTAGAAGAA
GAA

QA 2 495 2 495
DS 

RD RR1GO50JQ 598 0 0
GTCATGCCAATTTATAAAATGTTTATTGTAACTTGCAACATACATTTATAGATTAATTAA
ATTGCATAAGACAAACCACCTAACAGACTAAACATCTAAACACAACCCTTACAGCTATTT
TCATAACACTTATCTTATTTTAAGAAGCTTTTTTAAAAAAAGTATTATCTTCCTTCAAGT
TTGTAAACTGAAGTACACATTGTATGTTTCATCTCTTAAGCTGAACAATGGCGACAACAC
AAAGTTCCTCTGTGCTCCGTTCATCACGAAGCTCATCGGATTGTATTCACTCATTCCTTT
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TTTCATCCCCGGCTTTAGTGTTTGATCGCTGCACACATAACAGCCCTTCTTGCTCTCTAG
CAT**AAGAAACACTCCCCTGCTTCCCATCAACTCCAGCTACTAAACGAAACCTCGAGGC
TTCTTTGTCAGTAAAAGAAAAAAAAAAAAAACCTTGAACTGCAAGGGAGCTATCAGTTGC
TTGCATCACAAGCATTCCAGGGAAATCAAACGGTTCGATCATGACTAGGCTTCCAATT

QA 1 598 1 598
DS 



CO CL1687Contig2 1027 3 3 U
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TAAAAGATGATCGGCCGGAGTACGCATCTCTTCAGGCCATACTCTATGGCCCCTACTTGT
TAGCTGGACTCACGAGCAGGGACTGGAGCATCACAACAACTCAAGCTAAAGGTGGGATAT
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CTTCTTCTTCTTCTTCTACTGACAAAGAAGCCTCGAGGTTTCGTTTAGTAGCTGGAGTTG
ATGGGAAGCAGGGGAGTGTTTCTTTGATGCTAGAGAGCAAGAAGGGCTGTTATGTGTGCA
GCGATCAAACACTAAAGCCCGGGATGAAACTGAAGCTCTCATGTGATTCTGATGAGAAGT
TTAAAGAGGCAGCAAGCTTTAGCTTAAGGAAAGGAATGAGTGAATACAATCCGATGAGCT
TCGTGATGAACGGGGCACAGAGGAACTTTGTGTTGTCGCCATTGTTCAGCTTAAGAGATG
AAACATACAATGTGTACTTCAGTTTACAAACTTGAAAGGAAGATAATACTTTTTTTAAAA
AAGCTTCTTAAAATAAGATAAGTGTTATGAAAATAGCTGTAAGGGTTGTGTTTAGATGTT
TAGTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO50TF U 1
AF RR1DT75TF U 104
AF RR1BA93TF U 289
BS 1 347 RR1GO50TF
BS 348 804 RR1DT75TF
BS 805 1027 RR1BA93TF

RD RR1GO50TF 347 0 0
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DS 

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G
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DS 

RD RR1BA93TF 739 0 0
G
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GATCGAACCGTTTGATTTCCCTGGAATGCTTGTGACGCAAGCAACTGATAGCTCCCTTGC
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AGCTGGAGTTGATGGGAAGCAGGGGAGTGTTTCTTTGATGCTAGAGAGCAAGAAGGGCTG
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QA 2 739 2 739
DS 



AS 1 5

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CGCTAACATTGAAACAGGTGGAGAGTTCACGGTTTCCAGCGCCGATGATATCCTCAAGGC
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TTGCCATAATAAATTGGTTTAATATTATTTATTTCCTCTCTTTTATTATAATAATGTACT
TGGTTTGGGTTGTTTTCTTTAAGCTTGATTTATGAAGAGTTCAAGTGGTTCACCTTT


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F877TF U 2
AF RR1BY74JQ C 1
AF RR1GH49TF U 2
AF RR1BY74TF U 2
AF RR1F877JQ C 2
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BS 680 692 RR1BY74TF
BS 693 717 RR1F877JQ

RD RR1F877TF 647 0 0
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ATTAT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1BY74JQ 694 0 0
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TGGTGTCCCCGGTGCTTTCACTTCCACCTGCAGCTTGCAGCATGTGCCTAGTTTCATTGA
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TG

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1GH49TF 678 0 0
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GGTTTGGGTTGTTTTCTT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1BY74TF 691 0 0
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GGTTTGGGTTGTTTTCTTTAAGCTTGATTTA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1F877JQ 716 0 0
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GGTTTGGGTTGTTTTCTTTAAGTTTGATTTATGAAGAGTTCAAGTGGTTCACCTTT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 2 5

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AGAGAAAGGGGACACTCGTTATGCATCAACGGTGTCTGCGACTAGGATCGGTGAGACGGG
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GAGACTCTTTTACACTATGCATTTTCAGATGGATAATTGCAATCTGAATTTCGAGGAGTT
AAGTAGTAGGTTGTTGCACTTGTACGAGAAATGTTGAAACTAATTTACATGATTCAAAAA
AATTATTGTATGTGATTTGGTCTTGTTTTCTGTATCTATCTTTAAAACTCTCGAGGTTAG
AAATAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW42TF U 1
AF RR1EW42JQ C 289
AF RR1D027TF U 636
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BS 689 747 RR1EW42TF
BS 748 1087 RR1D027TF

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GGTTAAGTTGACTTTTTCTACTTTTAGAAAAAAATAAAACAAAATTCGTAAATTTGCATT
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TATTCTTCTTGGGTGTTTCTTGCAGAAGAAGTTAAGTGTTTCAGCAACAGTTTCACAGGC
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AACTGAAATATCTATTCTTCTTGGGTGTTTCTTGCAGAAGAAGTTAAGTGTTTCAGCAAC
AGTTTCACAGGCCTTAGAGTACATACCAGAGCTGCAAGAGCAAGTCAACATGCTCATAAA
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AAACGGTAACCCAGAGAAAGGGGACACTCGTTATGCATCAACGGTGTCTGCGACTAGGAT
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GTCTCAAGGAGAGAGACTCTTTTACACTATGCATTTTCAGATGGATAATTGCAATCTGAA
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TCTCGAGGTTAG

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GG
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GCGACTAGGATCGGTGAGACGGGATTAATGGTCCAGATTTCATCGTTACAGACTGTGAAG
TGTTCGTTTGGTAACTTATTGAGTGGAATAGAAGAAGATGGGTTGGTTCTTGTGGATGCT
TCATCTTCAAGGTCTCAAGGAGAGAGACTCTTTTACACTATGCATTTTCAGATGGATAAT
TGCAATCTGAATTTCGAGGAGTTAAGTAGTAGGTTGTTGCACTTGTACGAGAAATGTTGA
AACTAATTTACATGATTCAAAAAAATTATTGTATGTGATTTGGTCTTGTTTTCTGTATCT
ATCTTTAAAACTCTCGAGGTTAGAAATAGT

QA 3 452 3 452
DS 



CO CL1689Contig2 904 2 2 U
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CTCCATTGTTTCCCAATTTCGGCTGGCCTTGCGGAGACCAAGGCTTCTATGTAAACGACG
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CGTCATCGGAGAGACATAGAACTTTAGGGTTAGTGAATAATCCTGTCCTGATGAAGAAGC
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GACGAGCTCTCGTTTCAAATCTCGGGTCAAAAAGATCTCCTTAACACTAACCAAAACGGT
AACCCAGAGAAAGGGGACACTCGTTATGCATCAACGGTGTCTGCGACTAGGATCGGTGAG
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TTGAGTGGAATAGAAGAAGATGGGTTGGTTCTTGTGGATGCTTCATCTTCAAGGCCTCAA
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AAAAAATTATTGTATGTGATTTGGTCTTGTTTTCTGTATCTATCTTTAAAACTCTCGAGG
TTAGAAATAGTATCAACCTTGCAAGAAGGTTTTCTATTTTAATAAAGTGGTAATATTTGA
GTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1GN17TF U 1
AF RR1GN17JQ C 142
BS 1 605 RR1GN17TF
BS 606 904 RR1GN17JQ

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ACGGGATTAATGGTCCAGATTTCATCGTTACAGACTGTGAAGTGTTCGTTTGGTAACTTA
TTGAG

QA 1 605 1 605
DS 

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CTTTAGGGTTAGTGAATAATCCTGTCCTGATGAAGAAGCTTAATCACAACACGCGAGCGT
GGTCGTCGCAAGAAGATCAACTCAATGTTCTCAGCTCTCCGTTCTTGTCTCCCATCTACC
GATAAATCGAAGAAGTTAAGTGTTTCAGCAACAGTTTCACAGGCCTTAGAGTACATACCA
GAGCTGCAAGAGCAAGTCAACATGCTCATAAAGAAGAAAGACGAGCTCTCGTTTCAAATC
TCGGGTCAAAAAGATCTCCTTAACACTAACCAAAACGGTAACCCAGAGAAAGGGGACACT
CGTTATGCATCAACGGTGTCTGCGACTAGGATCGGTGAGACGGGATTAATGGTCCAGATT
TCATCGTTACAGACTGTGAAGTGTTCGTTTGGTAACTTATTGAGTGGAATAGAAGAAGAT
GGGTTGGTTCTTGTGGATGCTTCATCTTCAAGGCCTCAAGGAGAGAGACTCTTTTACACT
ATGCATTTTCAGATGGATAATTGCAATCTGAATTTCGAGGAGTTAAGTAGTAGGTTGTTG
TACTTGTACGAGAAATGTTGAAACTAATTTACATGATTCAAAAAATTATTGTATGTGATT
TGGTCTTGTTTTCTGTATCTATCTTTAAAACTCTCGAGGTTAGAAATAGTATCAACCTTG
CAAGAAGGTTTTCTATTTTAATAAAGTGGTAATATTTGAGTCC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 5

CO CL1690Contig1 923 5 5 U
GGGTCGGAGAATTGACAAGAACAGAGAAAAGATAAACAATGATAAGCCTTAGGTTTCAAC
CAAGCACCGCCGGTGTTCTGTCGGCGTCAGTCAGCCGCGCGGGATTCATCAAGCGGTGCG
GTTTGACTAAACTGAGAAGAACCGCCCGGTTCGGAACGATGGCTATGGCGGCTGCTCCTC
TCGAAATCTGCGTCAAAGCTTCCATCACCACACCCAACAAGCTCGGAGACTGCCCTTTTT
GCCAAAGGGTGTTGTTGACTATGGAGGAGAAGCATGTACCTTATGACATGAAAATGGTGG
ATTTGAGTAACAAGCCTGAGTGGTTCTTGCAAATTAGTGCAGAAGGTAAAGTCCCAGTGG
TGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCTGATGTCATAACACAAACTTTGGAAGACA
AGTACCCTGAGCCTCCTCTAGCAACTCCACCCGAAAAGGCTTCAGTTGGGTCAAAGATCT
TCTCCACGTTTATCGGTTTTCTCAAGAGCAAAGATTCAGGAGATGGAACTGAGCAAGTGT
TACTAGATGAGCTTAGTACATTCAACGATTATCTCAAAGAAAATGGACCTTACATAAACG
GAGAGAAGATCTCAGCAGCTGATTTGTCCTTGGCACCAAAGTTATACCACATGAAGATTG
CACTGGGACATTTCAAGAACTGGTCTGTTCCAGATTCACTTCCTTTCCTTAAATCCTACA
TGGAGAATGTGTTCTCGAGGGAATCATTCAAGAATACAGAGGCGCAAACAGAGGATGTGA
TTGCTGGTTGGAGACCAAAGGTGATGGGTTGAAGAGAGTAAAAGGTTTTAGATGTTGGCC
TCTCATCACTCAAGTCAAGGGATCCATCATCTTCTCTCTTTACTTCCTTCTAGTACAATG
TAAAAAAACATAATCAAATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1CV44TF U 1
AF RR1D573TF U 4
AF RR1EV32TF U 1
AF RR1D573JQ C 239
AF RR1EV32JQ C 250
BS 1 625 RR1CV44TF
BS 626 690 RR1EV32TF
BS 691 691 RR1D573TF
BS 692 723 RR1EV32TF
BS 724 923 RR1D573JQ

RD RR1CV44TF 625 0 0
GGGTCGGAGAATTGACAAGAACAGAGAAAAGATAAACAATGATAAGCCTTAGGTTTCAAC
CAAGCACCGCCGGTGTTCTGTCGGCGTCAGTCAGCCGCGCGGGATTCATCAAGCGGTGCG
GTTTGACTAAACTGAGAAGAACCGCCCGGTTCGGAACGATGGCTATGGCGGCTGCTCCTC
TCGAAATCTGCGTCAAAGCTTCCATCACCACACCCAACAAGCTCGGAGACTGCCCTTTTT
GCCAAAGGGTGTTGTTGACTATGGAGGAGAAGCATGTACCTTATGACATGAAAATGGTGG
ATTTGAGTAACAAGCCTGAGTGGTTCTTGCAAATTAGTGCAGAAGGTAAAGTCCCAGTGG
TGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCTGATGTCATAACACAAACTTTGGAAGACA
AGTACCCTGAGCCTCCTCTAGCAACTCCACCCGAAAAGGCTTCAGTTGGGTCAAAGATCT
TCTCCACGTTTATCGGTTTTCTCAAGAGCAAAGATTCAGGAGATGGAACTGAGCAAGTGT
TACTAGATGAGCTTAGTACATTCAACGATTATCTCAAAGAAAATGGACCTTACATAAACG
GAGAGAAGATCTCAGCAGCTGATTT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1D573TF 692 0 0
GG
GGAGAATTGACAAGAACAGAGAAAAGATAAACAATGATAAGCCTTAGGTTTCAACCAAGC
ACCGCCGGTGTTCTGTCGGCGTCAGTCAGCCGCGCGGGATTCATCAAGCGGTGCGGTTTG
ACTAAACTGAGAAGAACCGCCCGGTTCGGAACGATGGCTATGGCGGCTGCTCCTCTCGAA
ATCTGCGTCAAAGCTTCCATCACCACACCCAACAAGCTCGGAGACTGCCCTTTTTGCCAA
AGGGTGTTGTTGACTATGGAGGAGAAGCATGTACCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTG
AGTAACAAGCCTGAGTGGTTCTTGCAAATTAGTGCAGAAGGTAAAGTCCCAGTGGTGAAG
TTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCTGATGTCATAACACA**CTTTGGAAGACAAGTAC
CCTGAGCCTCCTCTAGCAACTCCACCCGAAAAGGCTTCAGTTGGGTCAAAGATCTTCTCC
ACGTTTATCGGTTTTCTCAAGAGCAAAGATTCAGGAGATGGAACTGAGCAAGTGTTACTA
GATGAGCTTAGTACATTCAACGATTATCTCAAAGAAAATGGACCTTACATAAACGGAGAG
AAGATCTCAGCAGCTGATTTGTCCTTGGCACCAAAGTTATACCACATGAAGATTGCACTG
GGACATTTCAAGAACTGGTCTGTTCCAGAT

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR1EV32TF 723 0 0
GGGTC
GGAGAATTGACAAGAACAGAGAAAAGATAAACAATGATAGGCCTTAGGTTTCAACCAAGC
ACCGCCGGTGTTCTGTCGGCGTCAGTCAGCCGCGCGGGATTCATCAAGCGGTGCGGTTTG
ACTAAACTGAGAAGAACCGCCCGGTTCGGAACGATGGCTATGGCGGCTGCTCCTCTCGAA
ATCTGCGTCAAAGCTTCCATCACCACACCCAACAAGCTCGGAGACTGCCCTTTTTGCCAA
AGGGTGTTGTTGACTATGGAGGAGAAGCATGTACCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTG
AGTAACAAGCCTGAGTGGTTCTTGCAAATTAGTGCAGAAGGTAAAGTCCCAGTGGTGAAG
TTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCTGATGTCATAACACAAACTTTGGAAGACAAGTAC
CCTGAGCCTCCTCTAGCAACTCCACCCGAAAAGGCTTCAGTTGGGTCAAAGATCTTCTCC
ACGTTTATCGGTTTTCTCAAGAGCAAAGATTCAGGAGATGGAACTGAGCAAGTGTTACTA
GATGAGCTTAGTACATTCAACGATTATCTCAAAGAAAATGGACCTTACATAAACGGAGAG
AAGATCTCAGCAGCTGATTTGTCCTTGGCACCAAAGTTATACCACATGAAGATTGCACTG
GGACATTTCAAGAACTGGTCTGTTCTAGATTCACTTCCTTTCCTTAAATCCTACATGG

QA 6 723 6 723
DS 

RD RR1D573JQ 685 0 0
TTGCCAAAGGGTGTTGTTGACTATGGAGGAGAAGCATGTACCTTATGACATGAAAATGGT
GGATTTGAGTAACAAGCCTGAGTGGTTCTTGCAAATTAGTGCAGAAGGTAAAGTCCCAGT
GGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCTGATGTCATAACACA**CTTTGGAAGA
CAAGTACCCTGAGCCTCCTCTAGCAACTCCACCCGAAAAGGCTTCAGTTGGGTCAAAGAT
CTTCTCCACGTTTATCGGTTTTCTCAAGAGCAAAGATTCAGGAGATGGAACTGAGCAAGT
GTTACTAGATGAGCTTAGTACATTCAACGATTATTTCAAAGAAAATGGACCTTACATAAA
CGGAGAGAAGATTTCAGCAGCTGATTTGTCCTTGGCACCAAAGTTATACCACATGAAGAT
TGCACTGGGACATTTCAAGAACTGGTCTGTTCCAGATTCACTTCCTTTCCTTAAATCCTA
CATGGAGAATGTGTTCTCGAGGGAATCATTCAAGAATACAGAGGCGCAAACAGAGGATGT
GATTGCTGGTTGGAGACCAAAGGTGATGGGTTGAAGAGAGTAAAAGGTTTTAGATGTTGG
CCTCTCATCACTCAAGTCAAGGGATCCATCATCTTCTCTCTTTACTTCCTTCTAGTACAA
TGTAAAAAAACATAATCAAATTTTC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1EV32JQ 674 0 0
TGTTGTTGACTATGGAGGAGAAGCATGTACCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTA
ACAAGCCTGAGTGGTTCTTGCAAATTAGTGCAGAAGGTAAAGTCCCAGTGGTGAAGTTTG
ATGAGAAATGGGTTCCGGATTCTGATGTCATAACACAAACTTTGGAAGACAAGTACCCTG
AGCCTCCTCTAGCAACTCCACCCGAAAAGGCTTCAGTTGGGTCAAAGATCTTCTCCACGT
TTATCGGTTTTCTCAAGAGCAAAGATTCAGGAGATGGAACTGAGCAAGTGTTACTAGATG
AGCTTAGTACATTCAACGATTATCTCAAAGAAAATGGACCTTACATAAACGGAGAGAAGA
TCTCAGCAGCTGATTTGTCCTTGGCACCAAAGTTATACCACATGAAGATTGCACTGGGAC
ATTTCAAGAACTGGTCTGTTCTAGATTCACTTCCTTTCCTTAAATCCTACATGGAGAATG
TGTTCTCGAGGGAATCATTCAAGAATACAGAGGCGCAAACAGAGGATGTGATTGCTGGTT
GGAGACCAAAGGTGATGGGTTGAAGAGAGTAAAAGGTTTTAGATGTTGGCCTCTCATCAC
TCAAGTCAAGGGATCCATCATCTTCTCTCTTTACTTCCTTCTAGTACAATGTAAAAAAAC
ATAATCAAAT
CTTC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL1691Contig1 466 2 6 U
GTTCCCTTGCCCACCAAGAAGCGTATTTACTGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTTCACAAG
GACGCAATGTTCCACTTTGAGATCCGGACTCACCAGCGGATGATTGATATTCTCTACCCT
ACTGCTCAGACCATCGACTCCTTGATGCAGCTGGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGGAG
GTCAAGCTCTGAATGCAAACAATGGGTGATGGGCGCTTGCATTTCATGAACAGACTGTTT
CAGATCAACTACACTGCTTAGAACTTGTAAGCCATGTATCATCCTTTTGAGAGCCTATGT
AATGAATATTATCTGGTCCTTGTTGTTAATTGATGAACAAATTGCTGTAAGCAAGTTTAA
AAAGATCTTTTTTTTTGTATTGTGTATTTACTAATTGTTTTGCTGTCAACCGTTACAAAT
AAGTTCAATGTATTTTTTCTTTTGTACTTTAGTGGAATCCTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH82JQ C 1
AF RR1AH60TF U 309
BS 1 309 RR1CH82JQ
BS 310 375 RR1AH60TF
BS 376 376 RR1CH82JQ
BS 377 410 RR1AH60TF
BS 411 411 RR1CH82JQ
BS 412 466 RR1AH60TF

RD RR1CH82JQ 427 0 0
GTTCCCTTGCCCACCAAGAAGCGTATTTACTGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTTCACAAG
GACGCAATGTTCCACTTTGAGATCCGGACTCACCAGCGGATGATTGATATTCTCTACCCT
ACTGCTCAGACCATCGACTCCTTGATGCAGCTGGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGGAG
GTCAAGCTCTGAATGCAAACAATGGGTGATGGGCGCTTGCATTTCATGAACAGACTGTTT
CAGATCAACTACACTGCTTAGAACTTGTAAGCCATGTATCATCCTTTTGAGAGCCTATGT
AATGAATATTATCTGGTCCTTGTTGTTAATTGATGAACAAATTGCTGTAAGCAAGTTTAA
AAAGATCTTTTTTTTTGTATTGTGTATTTACTAATTGTTTTGCTGTCAACCGTTACAAAT
AAGTTCA

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1AH60TF 158 0 0
G
TATCTGGTCCTTGTTGTTAATTGATGAACAAATTGCTGTAAGCAAGTTTAAAAAGATCTT
TTTTTT*GTATTGTGTATTTACTAATTGTTTTGCTGTCAACTGTTACAAATAAGTTCAAT
GTATTTTTTCTTTTGTACTTTAGTGGAATCCTTATTT

QA 2 158 2 158
DS 



AS 1 5

CO CL1692Contig1 961 5 30 U
GGAAAGAAGAACGAAAATCCCGAAACCAGATTAGTCTTCTCTGCAAAATCAAGACGTTGT
CGGAATCCACTATCAGTAGTCGAAATCAAGAAAGATGGTGGTGGTGTCGCCAAAGATAGC
TCCATCAATGCTGTCTTCGGACTTTGCAAATCTAGCTGCAGAGGCCAAGCGGATGGTTGA
TTTGGGCGCTGACTGGCTTCACATGGACATCATGGACGGGCATTTTGTCCCCAACCTAAC
CATTGGTGCTCCTGTCATCGAGAGTTTGAGAAAGCACACAAGTGCATATCTTGATTGCCA
CCTAATGGTGACGAACCCCATGGATTACGTGGAGCATATGGGTAAAGCTGGGGCGTCTGG
CTTCACATTCCATGTTGAGGTGGCCAAAGAGAATTGGCAAGAACTTGTGAGGAAGATTAA
GTCTGCAGGGATGAGACCAGGTGTGGCTCTAAAGCCCGGAACACCTGTTGAGGAAGTCTA
TCCTCTGGTTGAAGGGGAAAGTCCGGTGGAAATGGTTCTAGTGATGACAGTGGAGCCTGG
ATTTGGAGGCCAGAAGTTCATGCCCAGCATGATGGACAAGGTCCGGGCATTGAGGAAGAA
GTATCCAACACTTGATATTGAGGTGGATGGAGGGTTAGGCCCATCGACTATAGAAGCAGC
GGCTGCAGCAGGGGCCAACTGTATCGTAGCTGGAAGTTCAGTGTTTGGAGCTCCGGAGCC
AGGGGAAGTCACTTCCCTTTTGCGGGCCAGTGTTGAAAAAGCCAAACCCAACATTTGAGT
GCTGTGTCCGTTTTCCAACAACTTTTGTGTGTCTTTTCTGTTATGAGTTTGTTGTTATGT
TCCTACTCAAAATTCAGGTTCTTGTATGAGCTTGAGCTTCTTTGAAACGGATTTGTACTT
TCATCAAAATAATGTCTCTGAACTTGGTATACACATATTACATAAGTCTTTTTTTTTTGT
T


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 

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AF RR1EU07TF U 4
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DS 



AS 2 4

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GATTTTTTCGCAACAGCAAAGCTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ35TF U 6
AF RR1A715TF U 1
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AGAAATTGGTA
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AAGCCCTGCCTCCTCTCCCCGGAAAAGCACAACGGAGAAGCAGTTGAAGAAGGAAAGAAA
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GTAAGAATGCCTGCAGCTGGTGGCAAGGGTAAATCTAAAAATTATGCCGAGTTGAGTGAT
GACACCAAACCTTTGCGTGACGAGAAACAGATATTGATGCGGGCTCTCTCAAGCCCACCA
TTTGGAAACTATCGAGTTTGGTGGTCTCTTGCGGAGTCCAAGTATGCAGGGACAGCCTTG
CTTGTCAAAAAGTGTTTCAACCCCCTCAAAGTTTACTTCAACCTAGACAAACTAGCATCT
AAACATGAACCTGATGGTCGTGTAATCTTAGCTGAGTTCGAGACGTTTCGTCTTTTGAAC
ACGTATTCGCCTAACAATGGTTGGAAAGACGAGGAGAATTCGTTTCAGAGGAGAAGAAAA
TGGGACAATAGGATTCTCCAGTTCCTCTCCCAAACCTCTGATAAACCTCTCATATGGTGC
GGCGACTTAAATGTCAGTCATGAGG

QA 12 696 12 696
DS 

RD RR1A715TF 744 0 0
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CTCATCGGCGCCTAAGAATCCCTGCCTCCTCTCCCCGGAAAAGCACAACGGAGAAGCAGT
TGAAGAAGGAAAGAAAGAGCCAACAAAGTTTGTAACTTGGAT*GCTAATAGCTTCCTCCT
TCGTGTCAAAAACGACTGGTCCGACCTCTCTAAGTTCGTTTCCGATTTCGATCCCGATGT
CATTGCCATACAGGAGGTAAGAATGCCTGCAGCTGGTGGCAAGGGTAAATCTAAAAATTA
TGCCGAGTTGAGTGATGACACCAAACCTTTGCGTGACGAGAAACAGATATTGATGCGGGC
TCTCTCAAGCCCACCATTTGGAAACTATCGAGTTTGGTGGTCTCTTGCGGAGTCCAAGTA
TGCAGGGACAGCCTTGCTTGTCAAAAAGTGTTTCAACCCCCTCAAAGTTTACTTCAACCT
AGACAAACTAGCATCTAAACATGAACCTGATGGTCGTGTAATCTTAGCTGAGTTCGAGAC
GTTTCGTCTTTTGAACACGTATTCGCCTAACAATGGTTGGAAAGACGAGGAGAATTCGTT
TCAGAGGAGAAGAAAATGGGACAAGAGGATTCTCCAGTTCCTCTCCCAAACCTCTGATAA
ACCTCTCATATGGTGCGGCGACTTAAATGTCAGTCATGAGAGGTAGATGTTAGCCATCCA
GATTTTTTCGCAACAGCAAAGCTT

QA 1 744 1 744
DS 



CO CL1693Contig2 1392 2 2 U
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CAATGAAGCGATTCTTCAAGCCGATCGAGAAAGAGGGCTCATCGGCGCCTAAGAAGCCCT
GCCTCCTCTCCCCGGAAAAGCACAACGGAGAAGCAGTTGAAGAAGGAAAGAAACAGAAAG
AGCCAACAAAGTTTGTAACTTGGAACGCTAATAGCTTCCTCCTTCGTGTCAAAAACGACT
GGTCCGAGCTCTCTAAGTTCGTCTCCGATTTCGATCCCGATGTCATTGCCATACAGGAAG
TACGAATGCCTGCAGCTGGTGGCAAAGGTAAACCTAAAAATTATGCAGAGTTGAGTGATG
ACACCAAACCTTTGCGTGAGGAGAAACAGATTTTGATGAGGGCTCTCTCAAGTCCACCAT
TTGGAAACTATCGAGTTTGGTGTCTCTTGCGGAGTCCAAGTATGCAGGGACAGCCTTGCT
TGTTAAAAAGTGCTTCAACCCCCTCAAAGTTTACTTCAACCTAGACAAACTAGCATCTAA
ACATGAACCTGATGGTCGTGTAATCTTAGCTGAGTTTGAGACGTTTCGTCTTTTGAACGC
GTATTCGCCTAACAATGGTTGGAAAGAGGAGGAGAATTCGTTTCTGAGGAGAAGAAAATG
GGACAAGAGGATTCTTCACTTCCTCTCCCAAACCTCTGATAAACCTCTCACATGGTGCGG
CGACTTAAATGTCAGTCACGAGGAGATAGATGTTAGCCATCCAGATTTTTTCGCAACAGC
AAAGCTTAATGGTTATGTTCCTCCAAACAAAGAGGACTGCGGACAGCCTGGATTTACGCC
ATCAGAGAGAGCACGCTTCGGTACAATCATGAAAGAAGGAAGGCTTGTTGATGCATACCG
GTATCTACACAAGGAACCAGACATGGAAAGTGGGTTCTCATGGTCTGGGAATCCCATTGG
AAAGTACAGGGGAAAGAGGATGAGGATCGACTATTTTCTGGTATCTGAACAGCTCAAAGA
CCGTATAGTTTCTTGTAAGATGCACGGTCGTGGGATAGAATTAGAAGGTTTCTATGGGAG
TGATCACTGTCCGGTTTCACTTGAGCTTTCGAAGTCATCTTCAGAGTTGGAAGAGAAACA
GGTTTCTAACTGAAAACCATCATCGTCTGCAACAGAAAACAAGCTTTCTTTAGATTCAAA
CCAACGCTTGTTTTTATCAGAGTTGAGCTTAGATGATCTTTAGTTTACTTTTGAAAGACT
TTAAAAGATTTAGGTTGATGTTGTGGAGACACGTATTTCGCCTTGATGTGCTCTCAAAGG
TACTACTTATTGTTGTGATTTAACCAAATATTAATATGCTTTCTGTTCCTAAGAAATGTA
GATATTCTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AJ10TF U 1
AF RR1AJ10JQ C 588
BS 1 874 RR1AJ10TF
BS 875 1392 RR1AJ10JQ

RD RR1AJ10TF 874 0 0
GACAATACACTACGCCCATGAACAAAACCTGAATCTTCCCGAAGGAAATCGGTAAAAAAG
CAATGAAGCGATTCTTCAAGCCGATCGAGAAAGAGGGCTCATCGGCGCCTAAGAAGCCCT
GCCTCCTCTCCCCGGAAAAGCACAACGGAGAAGCAGTTGAAGAAGGAAAGAAACAGAAAG
AGCCAACAAAGTTTGTAACTTGGAACGCTAATAGCTTCCTCCTTCGTGTCAAAAACGACT
GGTCCGAGCTCTCTAAGTTCGTCTCCGATTTCGATCCCGATGTCATTGCCATACAGGAAG
TACGAATGCCTGCAGCTGGTGGCAAAGGTAAACCTAAAAATTATGCAGAGTTGAGTGATG
ACACCAAACCTTTGCGTGAGGAGAAACAGATTTTGATGAGGGCTCTCTCAAGTCCACCAT
TTGGAAACTATCGAGTTTGGTGTCTCTTGCGGAGTCCAAGTATGCAGGGACAGCCTTGCT
TGTTAAAAAGTGCTTCAACCCCCTCAAAGTTTACTTCAACCTAGACAAACTAGCATCTAA
ACATGAACCTGATGGTCGTGTAATCTTAGCTGAGTTTGAGACGTTTCGTCTTTTGAACGC
GTATTCGCCTAACAATGGTTGGAAAGAGGAGGAGAATTCGTTTCTGAGGAGAAGAAAATG
GGACAAGAGGATTCTTCACTTCCTCTCCCAAACCTCTGATAAACCTCTCACATGGTGCGG
CGACTTAAATGTCAGTCACGAGGAGATAGATGTTAGCCATCCAGATTTTTTCGCAACAGC
AAAGCTTAATGGTTATGTTCCTCCAAACAAAGAGGACTGCGGACAGCCTGGATTTACGCC
ATCAGAGAGAGCACGCTTCGGTACAATCATGAAA

QA 1 874 1 874
DS 

RD RR1AJ10JQ 805 0 0
GTCTTTTGAACGCGTATTCGCCTAACAATGGTTGGAAAGAGGAGGAGAATTCGTTTCTGA
GGAGAAGAAAATGGGACAAGAGGATTCTTCACTTCCTCTCCCAAACCTCTGATAAACCTC
TCACATGGTGCGGCGACTTAAATGTCAGTCACGAGGAGATAGATGTTAGCCATCCAGATT
TTTTCGCAACAGCAAAGCTTAATGGTTATGTTCCTCCAAACAAAGAGGACTGCGGACAGC
CTGGATTTACGCCATCAGAGAGAGCACGCTTCGGTACAATCATGAAAGAAGGAAGGCTTG
TTGATGCATACCGGTATCTACACAAGGAACCAGACATGGAAAGTGGGTTCTCATGGTCTG
GGAATCCCATTGGAAAGTACAGGGGAAAGAGGATGAGGATCGACTATTTTCTGGTATCTG
AACAGCTCAAAGACCGTATAGTTTCTTGTAAGATGCACGGTCGTGGGATAGAATTAGAAG
GTTTCTATGGGAGTGATCACTGTCCGGTTTCACTTGAGCTTTCGAAGTCATCTTCAGAGT
TGGAAGAGAAACAGGTTTCTAACTGAAAACCATCATCGTCTGCAACAGAAAACAAGCTTT
CTTTAGATTCAAACCAACGCTTGTTTTTATCAGAGTTGAGCTTAGATGATCTTTAGTTTA
CTTTTGAAAGACTTTAAAAGATTTAGGTTGATGTTGTGGAGACACGTATTTCGCCTTGAT
GTGCTCTCAAAGGTACTACTTATTGTTGTGATTTAACCAAATATTAATATGCTTTCTGTT
CCTAAGAAATGTAGATATTCTAACC

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 4

CO CL1694Contig1 702 4 11 U
GGACCACTTCTCAACTTGAAATTAATTTATAGGGCTTTTTTCCCATTCCCTCAGTAACCA
ATGGCTCTTAAAGACTCTCTTGCTCTCTTCCTTCTCTTCAACATCCTTTTCTTCACCCTC
ACTAGAGCCACCCGAAGTACCAATTGTCCTCCTCCACCACGCAAACACAACAAACACAAA
CCTAGCCCACCATCTACACCAACCACCACGGGAGCTTGCCCTAAAGACGCCTTAAAGCTT
GGTGTTTGTGTTGACGCCCTAAACTTGTTGAACGATGTGACTCTCGGAACTCCTCCTGTG
ACTCCATGTTGTAACCTCATCAGGGGTTTGGTCGATCTTGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGC
ACTGCCCTCAAGGCTAGCGTTCTTGGCATCAAACTTAACCTTCCCATCAACCTAAGTTTG
CTTCTCAATGTGTGCAAAAGAAAGTCCCCAGCTGGCTTCCAATGCCCTTACACTCAAAGC
GACGTCAATCGGATAAATTAAAGCTTGAATCTTTTATTGTAATGTTTTCTTTTGTACTCG
TTTATTTGAAGTGGTGAAGTTCAAGATGAACATCAGAACATCAATGAGTTTGTGTTGTTT
ACTTTTGTTGTATGGCGAGAGCGCCTTGCTTGAGTGTTACTCCCTTTATTGTAATTTGTT
CATTTGTCGTATTGAATAAAATATCAATGATTGTTTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1EC46JQ U 196
AF RR1EN39TF U 1
AF RR1ET31JQ C 26
AF RR1ET31TF U 26
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BS 126 167 RR1EN39TF
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BS 170 470 RR1EN39TF
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BS 559 667 RR1EN39TF
BS 668 701 RR1ET31TF
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ATTGTTTTTTTTT

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DS 

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TTTT
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CCTTCTCTTCAACATCCTTTTCTTCACCCTCACTAGAGCCACCCGAAGTACCAATTGTCC
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GAACGATGTGACTCTCGGAACTCCTCCTGTGACTCCATGTTGTAACCTCATCAGGGGTTT
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CAAACTTAACCTTCCCATCAACCTAAGTTTGCTTCTCAATGTGTGCAAAAGAAAGTCCCC
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ATTGTTTTTTTT
A

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DS 



AS 1 4

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

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AF RR1FU64TF U 1
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TATATGAC

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TATACAAAAAAGGTTCTGGTTCCGAGTCGAGCTCTTGACTAAATTAAAAACAAATTATTA
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ATCAAATCAT*ATATGCCGATTTTGAT

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DS 



AS 2 5

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1B719TF U 242
AF RR1C732TF U 1
BS 1 348 RR1C732TF
BS 349 349 RR1B719TF
BS 350 368 RR1C732TF
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BS 370 412 RR1C732TF
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BS 414 446 RR1C732TF
BS 447 447 RR1B719TF
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BS 470 470 RR1B719TF
BS 471 497 RR1C732TF
BS 498 498 RR1B719TF
BS 499 502 RR1C732TF
BS 503 503 RR1B719TF
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BS 526 526 RR1B719TF
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TCAGA
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TACTGTGCAACTTTCTTTGTCTTCACTGACTACATGAGAGGTACGATGAGAATCTCGGCT
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TCTTATGTTCCCGTCCCTGCTGATGGAAACGAAACAGCCCGGTGCGTACAAGATCGCTGT
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AGGCACATCCATCGAAGGAGTTGAGAAGGGTGGATACACGATCTCTGACAACTCGT

QA 6 421 6 421
DS 

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GCTGGGAGAAGGCACTACCAACATACACACCAGAGTCTCCTGGTGATGCCACAAGAAACT
TGTCACAGCAATGTCTCAACGCCCTCGCTAAAGTTGTTCCCGGTTTCCTCGGAGGAAGTG
CTGACCTTGCTTCTTCCAACATGACACTCCTGAAAGCCTTTGGTGACCTCCAGAAGGCGA
CACCGGGAGCATGGAATGGGAGCCATCTGCAACGGCATTGCACTCCACAGCCCTGGTCTT
ATCCCTTACTGTGCAACTTTCTTTGTCTTCACTGACTACATGAGAGGTGCGATGAGAATC
TCGACTTT*GTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTGATGACTCATGACTCCATT*GGTCTTG
GAGAAGATGGACCAACCCATCAGCCC*ATTGAGCACTTGGCTAGTTTCC*GTGCTATGCC
CAACACTCTTATGTTCC*GTCC*TGCTGATGGAAACGAAACAGCC*GGTGCGTACAAGAT
CGCTGTCACCAAGCGCAAGACACCGTCTATCTTAGCTCTGTCTAGACAAAAGCTTCCTCA
GCTTCCAGGCACATCCATCGAAGGAGTTGAGAAGGGTGGATACACGATCTCTGACAACTC
GTCAGGACAAACCTGATGTGATCTTGGGTGGAACTGGATCTGAGCTGGAGATGCTGCACA
GGCTGCGGAGTGCTTAAGAAAGAGCAAACCGTGAGAG

QA 1 757 1 757
DS 



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AATGAAGGTAAAGTCACTTAGAAGAATGACTTAGCCGCATCAACAACAGCTTCAACAGTG
ATGCCAAACTCCTTGTAGAGTAAAGGAGCTGGTGCACTAGCCCCAAACGAATTAATACCA
ATGGACTTCCCTTTGCCTCCAACAATCTTCCCCCATCCGAAAGTCGAAGCTGCTTCGATA
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TCAAACAGCTCCCAGCAAACGAAAGACACAACTCTCACGGTTTTGCCTTCTTTCTTAAGC
ACCTCCGCAGCCTGTGCAGCAATCTCCAGCTCAGATCCAGTTCCAACCAAGATCACATCA
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CGCTTGGTGACAGCGATCTTGTACGCACCGGCTGTTTCGTTTCCATCAGCAGGACGGAAC
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BQ
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AF RR1EM05TF C 1
AF RR1B719JQ U 13
AF RR1C732JQ U 50
BS 1 12 RR1EM05TF
BS 13 223 RR1B719JQ
BS 224 224 RR1C732JQ
BS 225 497 RR1B719JQ
BS 498 498 RR1C732JQ
BS 499 626 RR1B719JQ
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BS 628 768 RR1B719JQ
BS 769 881 RR1C732JQ

RD RR1EM05TF 225 0 0
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AAACCTATGTTGACCCGCATTACAAGAAACAAAAAAAAAAAAGAAAGAAGAGTCTCTTTG
CGTCTTGTTGCACTTTATTTTTAGGTAATGAGACAATGTAGTT
GC

QA 1 223 1 223
DS 

RD RR1B719JQ 756 0 0
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ATAAGAGAGTTTTACATTGTCTTCTACTTTCTTCTCTTCCCAAACCCAAAACCTATGTTG
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CTTTATTTTTAGGTAATGAGACAATGTAGTTGAAACCCTTATAGAGATAATGAAGGTAAA
GTCACTTAGAAGAATGACTTAGCCGCATCAACAACAGCTTCAACAGTGATGCCAAACTCC
TTGTAGAGTAAAGGAGCTGGTGCACTAGCCCCAAACGAATTAATACCAATGGACTTCCCT
TTGCCTCCAACAATCTTCCCCCATCCGAAAGTCGAAGCTGCTTCGATACTAACTCTAGCA
GATACACCAGACGGCAAGACACTCTCCTTGTACTCATCTGTTTGCTCATCAAACAGCTCC
CAGCAGACGAAAGACACAACTCTCACGGTTTTGCCTTCTTTCTTAAGCACCTCCGCAGCC
TGTGCAGCAATCTCCAGCTCAGATCCAGTTCCAACCAAGATCACATCAGGTTTGTTCCCT
GACGAGTTGTCAGAGATCGTGTATCCACCCTTCTCAACTCCTTCGATGGATGTGCCTGGA
AGCTGAGGAAGCTTTTGTCTAGACAGAGCTAAGATAGACGGTGTCTTGCGCTTGGTGACA
GCGATCTTGTACGCACCGGCTGTTTCGTTTCCATCA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1C732JQ 832 0 0
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TCCCAAACCCAAAACCTATGTTGACCCGCATTACAAGAAACAAAAAAAAAA**GAAAGAA
GAGTCTCTTTGCGTCTTGTTGCACTTTATTTTTAGGTAATGAGACAATGTAGTTAAAACC
CTTATAGAGATAATGAAGGTAAAGTCACTTAGAAGAATGACTTAGCCGCATCAACAACAG
CTTCAACAGTGATGCCAAACTCCTTGTAGAGTAAAGGAGCTGGTGCACTAGCCCCAAACG
AATTAATACCAATGGACTTCCCTTTGCCTCCAACAATCTTCCCCCATCCGAAAGTCGAAG
CTGCTTCGATACTAACTCTAGCAGATACACCAGACGGCAAGACACTCTCCTTGTACTCAT
CTGTTTGCTCATCAAACAGCTCCCAGCAAACGAAAGACACAACTCTCACGGTTTTGCCTT
CTTTCTTAAGCACCTCCGCAGCCTGTGCAGCAATCTCCAGCTCAGATCCAGTTCCAACCA
AGATCACATCAGGTTTGTTCCCTGACGAGTTGTCAGAAATCGTGTATCCACCCTTCTCAA
CTCCTTCGATGGATGTGCCTGGAAGCTGAGGAAGCTTTTGTCTAGACAGAGCTAAGATAG
ACGGTGTCTTGCGCTTGGTGACAGCGATCTTGTACGCACCGGCTGTTTCGTTTCCATCAG
CAGGACGGAACATAAGAGTGTTGGGCATAGCACGGAAACTAGCCAAGTGCTCAATGGGCT
GATGGGTTGGTCCATCTTCTCCAAGACCAATGGAGTCATGAGTCATCACATA

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 5

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GGGATACATATTCCTCCAACGCTGAAAATTGTCCCTCTGAGCAAAAACCCTAGAAAATCC
TAATCTCCGTCGATCAGAGCAAGAAGATGACTGGTCCCAACACTGTTTCTGGGGATGACA
TCGATGAGAGCAAAGTCAAAGCACCAAACATGTTCGTACGAGCCAAAGAGGAGATCGATG
CTGTTATTGGTGCTATTCATCAACGCAAGAGTTCCAGGGACGAATCTGACAAGATTGAAT
TCAAATCCGAGAAACAAGAAGACGAAAAGAAGAAACCGAATGTGATGAGAAAGGCTAAGG
AAGAAATCAAATCTTTGTTCCATTCCAAGGAGAAACCTCATCGCCATCATCATCACCACA
AAGAAACTCATGGAAGGAGTGATGATATCGACGAGAACACACCGGTGAATGAAGTGAAGG
CTCCCAATGTTTTCGAGAGAGCACAGGAAGAGATCGAGGCCGTCATTGAAACCATTCATC
CCAAGAAGAATGAGGCTGACGGTTCTGATTCTCCGAAGCGTTCTTCTCGCCCTGTTTCAC
CGGAGAAGGAAAGAGCTGGACTCGGATGCTCTCTTGGAAAGGGTTTGGAAAAGATTTGTT
CTCCTTGGGGTAGTAATAAAAAAGACTGAAGTACTTTGTATGATTGATGATCATGAACTT
GTTTGCTAGAGTTGTTGTGATAATATTTGGTTTGAGTTTCATCGAGTTTGTTGAT


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV29TF U 1
AF RR1ER57JQ C 67
AF RR1H747JQ C 2
AF RR1H747TF U 2
AF RR1ER57TF U 6
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BS 322 323 RR1H747TF
BS 324 715 RR1EV29TF

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TAATCTCCGTCGATCAGAGCAAGAAGATGACTGGTCCCAACACTGTTTCTGGGGATGACA
TCGATGAGAGCAAAGTCAAAGCACCAAACATGTTCGTACGAGCCAAAGAGGAGATCGATG
CTGTTATTGGTGCTATTCATCAACGCAAGAGTTCCAGGGACGAATCTGACAAGATTGAAT
TCAAATCCGAGAAACGAGAAGACGAAAAGAAGAAACCGAATGTGATGAGAAAGGCTAAGG
AAGAAATCAAATCTTTGTTCC**TCCAAGGAGAAACCTCATCGCCATCATCATCACCACA
AAGAAACTCATGGAAGGAGTGATGATATCGACGAGAACACACCGGTGAATGAAGTGAAGG
CTCCCAATGTTTTCGAGAGAGCACAGGAAGAGATCGAGGCCGTCATTGAAACCATTCATC
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CGGAGAAGGAAAGAGCTGGACTCGGATGCTCTCTTGGAAAGGGTTTGGAAAAGATTTGTT
CTCCTTGGGGTAGTAATAAAAAAGACTGAAGTACTTTGTATGATTGATGATCATGAACTT
GTTTGCTAGAGTTGTTGTGATAATATTTGGTTTGAGTTTCATCGAGTTTGTTGAT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1ER57JQ 638 0 0
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AGAGCAAAGTCAAAGCGCCAAACATGTTCGTACGAGCCAAAGAGGAGATCGATGCTGTTA
TTGGTGCTATTCATCAACGCAAGAGTTCCAGGGACGAATCTGACAAGATTGAATTCAAAT
CCGAGAAACAAGAAGACGAAAAGAAGAAACCGAATGTGATGAGAAAGGCTAAGGAAGAAA
TCAAATCTTTGTTCCATTCCAAGGAGAAACCTCATCGCCATCATCATCACCACAAAGAAA
CTCATGGAAGGAGTGATGATATCGACGAGAACACACCGGTGAATGAAGTGAAGGCTCCCA
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AGAATGAGGCTGACGGTTCTGATTCTCCGAAGCGTTCTTCTCGCCCTGTTTCACCGGAGA
AGGAAAGAGCTGGACTCGGATGCTCTCTTGGAAAGGGTTTGGAAAAGATTTGTTCTCCTT
GGGGTAGTAATAAAAAAGACTGAAGTACTTTGTATGATTGATGATCATGAACTTGTTTGC
TAGAGTTGTTGTGATAATATTTGGTTTGAGTTTCATC
G

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DS 

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TGGTGCTATTCATCAACGCAAGAGTTCCAGGGACGAATCTGACAAGATTGAATTCAAATC
CGAGAAACAAGAAGACGAAAAGAAGAAACCGAATGTGATGAGAAAGGCTAAGGAAGAAAT
CAAATCTTTGTTCCATTCCAAGGAGAAACCTCATCGCCATCATCATCACCACAAAGAAAC
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TGTTTTCGAGAGAGCACAGGAAGAGATCGAGGCCGTCATTGAAACCATTCATCCCAAGAA
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GGGTAGTAATAAAAAAGACTGAAGTACTTTGTATGATTGATGATCATGAACTTGTTTGCT
AGAGTTGTTGTGATAATATTTGGTTTGAGTTTCATC
G

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GGATAC
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CGTCGATCAGAGCAAGAA*ATGACTGGTCCCAACACTGTTTCTGGGGATGACATCGATGA
GAGCAAAGTCAAAGCACCAAACATGTTCGTACGAGCCAAAGAGGAGATCGATGCTGTTAT
TGGTGCTATTCATCAACGCAAGAGTTCCAGGGACGAATCTGACAAGATTGAATTCAAATC
CGAGAAACAAGAAGACGAAAAGAAGAAACCGAATGTGATGAGAAAGGCTAAGGAAGAAAT
CAAATCTTTGTTCCATTCCAAGGAGAAACCTCATCGCCATCATCATCACCACAAAGAAAC
TCATGGAAGGAGTGATGATATCGACGAGAACACACCGGTGAATGAAGTGAAGGCTCCCAA
TGTTTTCGAGAGAGCACAGGAAGAGATCGAGGCCGTCATTGAAACCATTCATCCCAAGAA
GAATGAGGCTGACGGTTCTGATTCTCCGAAGCGTTCTTCTCGCCCTGTTTCACCGGAGAA
GGAAAGAGCTGGACTCGGATGCTCTCTTGGAAAGGGTTTGTAAAAGATTTGTTCTCCTTG
GGGTAGTAATAAAAAAGACTGAAGTACTTTGTATGATTGATGATCATGAACTTGTTTGCT
AG

QA 7 668 7 668
DS 

RD RR1ER57TF 698 0 0
GG
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CGTTGATCAGAGCAAGAAGATGACTGGTCCCAACACTGTTTCTGGGGATGACATCGATGA
GAGCAAAGTCAAAGCGCCAAACATGTTCGTACGAGCCAAAGAGGAGATCGATGCTGTTAT
TGGTGCTATTCATCAACGCAAGAGTTCCAGGGACGAATCTGACAAGATTGAATTCAAATC
CGAGAAACAAGAAGACGAAAAGAAGAAACCGAATGTGATGAGAAAGGCTAAGGAAGAAAT
CAAATCTTTGTTCCATTCCAAGGAGAAACCTCATCGCCATCATCATCACCACAAAGAAAC
TCATGGAAGGAGTGATGATATCGACGAGAACACACCGGTGAATGAAGTGAAGGCTCCCAA
TGTTTTCGAGAGAGCACAGGAAGAGATCGAGGCCGTCATTGAAACCATTCATCCCAAGAA
GAATGAGGCTGACGGTTCTGATTCTCCGAAGCGTTCTTCTCGCCCTGTTTCACCGGAGAA
GGAAAGAGCTGGACTCGGATGCTCTCTTGGAAAGGGTTTGGAAAAGATTTGTTCTCCTTG
GGGTAGTAATAAAAAAGACTGAAGTACTTTGTATGATTGATGATCATGAACTTGTTTGCT
AGAGTTGTTGTGATAATATTTGGTTTGAGTTTCATC

QA 3 698 3 698
DS 



AS 1 5

CO CL1698Contig1 1077 5 11 U
GGGCTAGCTCCGACATTTTACATATAACTTTCCATCTTCCCATACTCTCTCTCTCTAGAT
CTTTGTTAAGAATTACTCAAGATGTTGCTTAAGGCTTCTCCCGCACTTTCTATCTTGAGC
ACCGGCGGCGTTGGAGATCTCTTTCCTCCGTCGCATGTTCTGTTTCCTTCGACCGCTTGC
CGTGGATCAAGGTTGTCTGTTCGGGCGGCGAAAGGAACGAGCACCAAGTCGTTGACCGGA
GTTGTGTTCGAGCCTTTTGAGGAAGTGAAGAAAGAAATGGATCTGCTCGTTCCCACAACT
CCTCTGGTTTCTCTCGCCCGCCACAGATTCTCGGACGAATCTGAAGCTGCGATTAACGAA
CAGATCAATGTGGAGTATAATGTCTCCTACATCTATCACGCCCTGTATGCCTACTTTGAC
AGAGATAATGTTGGTTTGAAAGGTTTCGCCAATTTCTTCAAAGATTCGTCTGTTGAAGAA
CGAGGTCACGCTGAGAAGTTTATGGAGTACCAGAACAAGCGAGGTGGGAGAGTGAAGCTG
CAGTCTATTTTGATGCCCTTCTCTGAGTTTGATCACGAGGAGAAAGGAGATGCATTGTAT
GCTATGGAGCTTGCACTGTCTTTGGAGAAACTTACAAATGAGAAGCTTCTCAAGTTGCAA
AGTGTGGGTGTGAAAAACAACGATGTTCAGCTGGTTGATTTTGTCGAATCTGAGTTTCTA
GGAGAGCAGGTCGAAGCTATCAAGAAAATCTCAGAGTATGTTGCCCAGCTAAGAAGAATT
GGAAAGGGTCATGGGGTGTGGCATTTTGACCAAATGCTTCTGGATGACCAAGAGGTTCTG
CATTGAGGGTTAAAGGAAGGAATGTTGCATGCAGCTCTTGATGATTCTGATTTGGTGATA
ATGTTTTCCTTGTGCTATACGGCACTGTTCTATCTTTTTTATAGCGAGGTCTTTATGGAT
AATAATAGTAGTTCTTTTCTTCTTTCTTTTCTATGTTGTGTTTAAAAGGATGTTCGCGAG
TGTTTTTGAATGTAAGTAGTACTCTGAGAATAAATGTAAAAGTCCACCACTGCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 5 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP48TF U 4
AF RR1AF96TF U 1
AF RR1E925TF U 53
AF RR1AF96JQ C 467
AF RR1EP48JQ C 467
BS 1 154 RR1AF96TF
BS 155 155 RR1EP48TF
BS 156 358 RR1AF96TF
BS 359 360 RR1EP48TF
BS 361 669 RR1AF96TF
BS 670 670 RR1EP48TF
BS 671 725 RR1AF96TF
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BS 773 1051 RR1AF96JQ
BS 1052 1077 RR1EP48JQ

RD RR1EP48TF 674 0 0
GG
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TTAAGAATTACTCAAGATGTTGCTTAAGGCTTCTCCCGCACTTTCTATCTTGAGCACCGG
CGGCGTTGGAGATCTCTTTCCTCCGTCGCATGTTCTGTTTCCTTCGACCGCTTGCCGTGG
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GGTTTCTCTCGCCCGCCACAGATTCTCGGACGAATCTGAAGCTGCGATTAACGAACAGAT
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TAATGTTGGTTTGAAAGGTTTCGCCAATTTCTTCAAAGATTCGTCTGTTGAAGAACGAGG
TCACGCTGAGAAGTTTATGGAGTACCAGAACAAGCGAGGTGGGAGAGTGAAGCTGCAGTC
TATTTTGATGCCCTTCTCTGAGTTTGATCACGAGGAGAAAGGAGATGCATTGTATGCTAT
GGAGCTTGCACTGTCTTTGGAGAAACTTACAAATGAGAAGCTTCTCAAGTTGCAAAGTGT
GGGTGTGAAAAA

QA 3 674 3 674
DS 

RD RR1AF96TF 725 0 0
GGGCTAGCTCCGACATTTTACATATAACTTTCCATCTTCCCATACTCTCTCTCTCTAGAT
CTTTGTTAAGAATTACTCAAGATGTTGCTTAAGGCTTCTCCCGCACTTTCTATCTTGAGC
ACCGGCGGCGTTGGAGATCTCTTTCCTCCGTCGCGTGTTCTGTTTCCTTCGACCGCTTGC
CGTGGATCAAGGTTGTCTGTTCGGGCGGCGAAAGGAACGAGCACCAAGTCGTTGACCGGA
GTTGTGTTCGAGCCTTTTGAGGAAGTGAAGAAAGAAATGGATCTGCTCGTTCCCACAACT
CCTCTGGTTTCTCTCGCCCGCCACAGATTCTCGGACGAATCTGAAGCTGCGATTAACG**
CAGATCAATGTGGAGTATAATGTCTCCTACATCTATCACGCCCTGTATGCCTACTTTGAC
AGAGATAATGTTGGTTTGAAAGGTTTCGCCAATTTCTTCAAAGATTCGTCTGTTGAAGAA
CGAGGTCACGCTGAGAAGTTTATGGAGTACCAGAACAAGCGAGGTGGGAGAGTGAAGCTG
CAGTCTATTTTGATGCCCTTCTCTGAGTTTGATCACGAGGAGAAAGGAGATGCATTGTAT
GCTATGGAGCTTGCACTGTCTTTGGAGAAACTTACAAATGAGAAGCTTCTCAAGTTGCAA
AGTGTGGGTATGAAAAACAACGATGTTCAGCTGGTTGATTTTGTCGAATCTGAGTTTCTA
GGAGA

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DS 

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GG
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TTGAGCACCGGCGGCGTTGGAGATCTCTTTCCTCCGTCGCATGTTCTGTTTCCTTCGACC
GCTTGCCGTGGATCAAGGTTGTCTGTTCGGGCGGCGAAAGGAACGAGCACCAAGTCGTTG
ACCGGAGTTGTGTTCGAGCCTTTTGAGGAAGTGAAGAAAGAAATGGATCTGCTCGTTCCC
ACAACTCCTCTGGTTTCTCTCGCCCGCCACAGATTCTCGGACGAATCTGAAGCTGCGGTT
AACGAACAGATCAATGTGGAGTATAATGTCTCCTACATCTATCACGCCCTGTATGCCTAC
TTTGACAGAGATAATGTTGGTTTGAAAGGTTTCGCCAATTTCTTCAAAGATTCGTCTGTT
GAAGAACGAGGTCACGCTGAGAAGTTTATGGAGTACCAGAACAAGCGAGGTGGGAGAGTG
AAGCTGCAGTCTATTTTGATGCCCTTCTCTGAGTTTGATCACGAGGAGAAAGGAGATGCA
TTGTATGCTATGGAGCTTGCACTGTCTTTGGAGAAACTTACAAATGAGAAGCTTCTCAAG
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TTTCTAGGAGA
GC

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ACCAAGAGGTTCTGCATTGAGGGTTAAAGGAAGGAATGTTGCATGCAGCTCTTGATGATT
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AGGTCTTTATGGATAATAATAGTAGTTCTTTTCTTCTTTCTTTTCTATGTTGTGTTTAAA
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DS 

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GGAGAGTGAAGCTGCAGTCTATTTTGATGCCCTTCTCTGAGTTTGATCACGAGGAGAAAG
GAGATGCATTGTATGCTATGGAGCTTGCACTGTCTTTGGAGAAACTTACAAATGAGAAGC
TTCTCAAGTTGCAAAGTGTGGGTGTGAAAAACAACGATGTTCAGCTGGTTGATTTTGTCG
AATCTGAGTTTCTAGGAGAGCAGGTCGAAGCTATCAAGAAAATCTCAGAGTATGTTGCCC
AGCTAAGAAGAATTGGAAAGGGTCATGGGGTGTGGCATTTTGACCAAATGCTTCTGGATG
ACCAAGAGGTTTTGCATTGAGGGTTAAAGGAAGGAATGTTGCATGCAGCTCTTGATGATT
CTGATTTGGTGATAATGTTTTCCTTGTGCTATACGGCACTGTTCTATCTTTTTTATAGCG
AGGTCTTTATGGATAATAATAGTAGTTCTTTTCTTCTTTCTTTTCTATGTTGTGTTTAAA
AGGATGTTCGCGAGTGTTTTTGAATGTAAGTAGTACTCTGAGAATAAATGTAAAAGTCCA
CCACTGCTTTT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 5

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GGTAGGTTGGAAGAACTCATTCATAAAACTGAATTCAAAGACATCTCTCTTCGGCTCTTA
CAAAATAAAAAGTCTACATCACAAAAGCTGCAGAACTAACACACAAACTGGTTGATACAT
TGCTAGTGAGCTTCATAGACTGAATACCACAAGAGTAAACACGACCATAAGTCCCTCGAA
GTAGATTTTACTGTTCCAAAAGCATCTGATTGAAATGACACGTCCCGTGTCCTTTGCCAA
CTCTTCGTAGTTGGGCTACATACTCTGAAATTTTCTTGATTGCTTCCACCTGCTCGGTCA
GAAACTCGCTCTCAATAAAATCAGCCAAGTGGACATCTCCGTTCTTTGAAGCAACACTGT
GGAGGTTTAAGAGCTTCTCATTAACCAGTTTCTCCAGTGACAGAGCCAGCTCCATCCCAT
AAAGAGCATCTCCTTTATCAACGTGTTCAAACTCCGAGAGAGGCACTACAATGGACTGTA
ACTTAACTTTCCCACCACGTTTGTTCTGATACTCCATCAACTTCTCAGCATGCTCTCTTT
CTTCCACACTCGATTCCTTGAAGAACTTGGCAAGACCTTTGAGCGCGACGTTATCCCTAT
CGAAGTAAGCAAACATGGCGTGATACACATACGAGAGATTGTATTCCACATTGATCTGCT
CGTTAATAGCAGCTTCGCACTCGTCGGAGTACTTTTGACGAGCGAGCGAGAGATCCGAGC
TCGTCGGGACGAGGTCGAGCTCCTTCTTCACCTCCTCGAACGGCTGGAAAACGACGCCGC
TTAGCGCGTCGGCGGTTGAGATTTTAGACGCGCGAACAGAGACTGAGAGCTTTCCCTTCG
AGGAGGAATCGATTGGAGACGAGACGGATGATAACAAAGGAGAAACGTCCTTGATTCCGC
CGTGGAAACTCACGAGCGAGAGAGCTGAAGAGGAAGAAGAAGAAACCGTCTTGAGAAGCA
TTTTGACTGACTGTTGAGAAAGATACTTTCGCCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN24JQ U 1
AF RR1GW71JQ U 4
AF RR1C804JQ U 31
AF RR1CN24TF C 201
AF RR1C804TF C 246
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RD RR1CN24JQ 732 0 0
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GAAACTCGCTCTCAATAAAATCTGCCAAGTGGACATCTCCGTTCTTTGAAGCAACACTGT
GGAGGTTTAAGAGCTTATCATTAACCAGTTTCTCCAGTGACAGAGCCAGCTCCATCCCAT
AAAGAGCATCTCCTTTATCAACGTGTTCAAACTCCGAGAGAGGCACCACAATGGACTGCA
ACTTAACCTTCCCGCCACGTTTGTTCTGATACTCCATCAACTTCTCAGCA*GCTCTCTTT
CTTCCACACTCGATTCCTTGAAGAACTTGGCAAGACCTTTGAGCGCGACGTTATCCCTAT
CGAAGTAAGCATACATGGCGTGATACACATACGAGAGATTGTATTCCACATTGATCTGCT
CGTTAATAGCAGCTTCGCACTCGTCGGAGTACTTTTGACGAGCGAGCGAGAGATCCGAGC
TCGTCGGGACGA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1GW71JQ 771 0 0
C
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ATAAAAAGTCTACACCACAAAAGCTGCAGAACTAACACACAAACTGGTTGATACATTGCT
AGTGAGCTTCATAGACTGAATACCACAAGAGTAAACACGACCATAAGTCCCTCGAAGTAG
ATTTTACTGTTCCAAAAGCATCTGATTGAAATGCCACGTCCCGTGTCCTTTGCCAACTCT
TCGTAGTTGGGCTACATACTCTGAAATTTTCTTGATTGCTTCCACCTGCTCGGTCAGAAA
CTCGCTCTCAATAAAATCAGCTAAGTGGACATCTCCGTTCTTTGAAGCAACACTGTGGAG
GTTTAAGAGCTTCTCATTAACCAGTTTCTCCAGTGACAGAGCCAGCTCCATCCCATAAAG
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AACTTTCCCACCACGTTTGTTCTGATACTCCATCAACTTCTCAGCATGCTCTCTTTCTTC
CACACTCGATTCCTTGAAGAACTTGGCAAGACCTTTGAGCGCGACGTTATCCCTATCGAA
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AATAGCAGCTTCGCACTCGTCGGAGTACTTTTGACGAGCGAGCGAGAGATCCGAGCTCGT
CGGGACGAGGTCGAGCTCCTTCTTCACCTCCTCGAACGGCTGGAAAACGA

QA 2 771 2 771
DS 

RD RR1C804JQ 691 0 0
GG
ATTCAAAGACATCTCTCTTCGGCTCTTACAAAATAAAAAGTCTACATCACAAAAGCTGCA
GAACTAACACACAAACTGGTTGATACATTGCTAGTGAGCTTCATAGACTGAATACCACAA
GAGTAAACACGACCATAAGTCCCTCGAAGTAGATTTTACTGTTCCAAAAGCATCTGATTG
AAATGCCACGTCCCGTGTCCTTTGTCAACTCTTCGTAGTTGGGCTACATACTCTGAAATT
TTCTTGATTGCTTCCACCTGCTCGGTCAGAAACTCGCTCTCAATAAAATCAGCCAGGTGG
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TCCAGTGACAGAGCCAGCTCCATCCCATAAAGAGCATCTCCTTTATCAACGTGTTCAAAC
TCCGAGAGAGGCACTACAATGGACTGTAACTTAACTTTCCCACCACGTTTGTTCTGATAC
TCCATCAACTTCTCAGCATGCTCTCTTTCTTCCACACTCGATTCCTTGAAGAACTTGGCA
AGACCTTTGAGCGCGACGTTATCCCTATCGAAGTAAGCAAACATGGCGTGATACACATAC
GAGAGATTGTATTCCACATTGATCTGCTCGTTAATAGCAGCTTCGCACTCGTCGGAGTAC
TTTTGACGAGCGAGCGAGAGATCCGAGCT

QA 3 691 3 691
DS 

RD RR1CN24TF 786 0 0
AAGCATCCGA
TGAAATGACACGTCCCGTGTC*TTTGCCAACTCT*CGTAGTTGGGCTACATACTCTGAAA
TTT*CTTGATTGCTTCCAC*TGCTCGGTCAGAAACTCGCTCTCAATAAAATCTGCCAAGT
GGACATCTCCGTTCTTTGAAGCAACACTGTGGAGGTTTAAGAGCTTATCATTAACCAGTT
TCTCCAGTGACAGAGCCAGCTCCATCCCATAAAGAGCATCTCCTTTATCAACGTGTTCAA
ACTCCGAGAGAGGCACCACAATGGACTGCAACTTAACCTTCCCGCCACGTTTGTTCTGAT
ACTCCATCAACTTCTCAGCA*GCTCTCTTTCTTCCACACTCGATTCCTTGAAGAACTTGG
CAAGACCTTTGAGCGCGACGTTATCCCTATCGAAGTAAGCATACATGGCGTGATACACAT
ACGAGAGATTGTATTCCACATTGATCTGCTCGTTAATAGCAGCTTCGCACTCGTCGGAGT
ACTTTTGACGAGCGAGCGAGAGATCCGAGCTCGTCGGGACGAGGTCGAGCTCCTTCTTCA
CCTCCTCGAACGGCTGGAAAACGACGCCGCTTAGCGCGTCGGCGGTTGAGATTTTAGACG
CGCGAACAGAGACTGAGAGCTTTCCCTTCGAGGAGGAATCGATTGGAGACGAGACGGATG
ATAACAAAGGAGAAACGTCCTTGATTCCGCCGTGGAAACTCACGAGCGAGAGAGCTGAAG
AGGAAGAAGAAGAAACCGTCTTGAGAAGCATTTTGACTGACTGTTGAGAAAGAT
CC

QA 11 784 11 784
DS 

RD RR1C804TF 749 0 0
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TTTAAGAGCTTCTCATTAACCAGTTTCTCCAGTGACAGAGCCAGCTCCATCCCATAAAGA
GCATCTCCTTTATCAACGTGTTCAAACTCCGAGAGAGGCACTACAATGGACTGTAACTTA
ACTTTCCCACCACGTTTGTTCTGATACTCCATCAACTTCTCAGCATGCTCTCTTTCTTCC
ACACTCGATTCCTTGAAGAACTTGGCAAGACCTTTGAGCGCGACGTTATCCCTATCGAAG
TAAGCAAACATGGCGTGATACACATACGAGAGATTGTATTCCACATTGATCTGCTCGTTA
ATAGCAGCTTCGCACTCGTCGGAGTACTTTTGACGAGCGAGCGAGAGATCCGAGCTCGGC
GGGACGAGGTCGAGCTCCTTCTTCACCTCCTCGAACGGCTGGAAAACGACGCCGCTTAGC
GCGTCGGCGGTTGAGATTTTAGACGCGCGAACAGAGACTGAGAGCTTTCCCTTCGAGGAG
GAATCGATTGGAGACGAGACGGATGATAACAGAGGAGAAACGTCCTTGATTCCGCCGTGG
AAACTCACGAGCGAGAGAGCTGAAGAGGAAGAAGAAGAAACCGTCTTGAGAAGCATTTTG
ACTGACTGTTGAGAAAGATACTTTCGCCC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 5

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AGTGTCATAGTAAGTGCTGTCTTGACGAGCAGAGCCATCTTCCAGAGAATGAAGAACTAC
ACAATCTACGCAGTCTCAATCACAATCCGTGTAGTGATGGGCTTTATGCTGCTTGCACTC
ATATGGAAGTTCGACTTCTCACCATTCATGGTGTTGGTCATAGCCATCCTGAATGATGGT
ACTATCATGACCATATCAAAGGACAGAGTAAAGCCTTCTCCACTTCCTGATTCATGGAAA
CTCAAAGAGATATTTGCCACTGGCGTTGTTCTTGGCACATACCTTGCAGTCATGACTGTC
GTTTTCTTCTGGGCTACAGAGAGCACTGACTTCTTCTCGGCAAAGTTTGGGGTGAGATCT
ATCAGTGGGAATCCGCATGAGCTTACATCAGCTATATACCTCCAAGTTAGCATAATTAGC
CAGGCGCTTATCTTTGTCACAAGGTCACGTAGCTGGTCTTATGCTGAACGTCCTGGCTTA
TGGTTGATCGCTGCCTTTTTCTTAGCTCAGCTGATTGCTACTCTCATTGCGGTGTATGCA
AACTGGGATTTTGCAAGAATCAGAGGTACTGGGTGGGGATGGGCAGGAGTGATCTGGCTC
TACAGTATAGTTACTTACGTTCCATTGGATATACTCAAGTTCATCATCAGATATTCACTA
AGTGGTAGAGCCTGGGATAATGTCATTGAGAACAAGACCGCTTTCACGTCAAAGAAAGAC
TATGGAAAAGGAGAGAGGGAAGCACAATGGGCACAAGCTCAACGTACCCTTCACGGATTG
CAACCTGCTCAGCCCTCAGATATGTTCAACGACAAGAGCACTTATAGAGAACTTTCAGAG
ATAGCAGATCAGGCCAAGAGACGGGCTGAAGTCGCAAGGTTAAGAGAGCATCATACATTG
AAAGGTCACGTGGAATCAGTAGTGAAGCAGAAGGGACTTGACATAGAGGCAATCCAGCAA
CACTACACCCTGTGATTGATTTTCAGAAACAAAGCGTGTTTCTCAGTTTAGTTTAGAACT
AAAACCCCACAAGAGTATTGAATAATAAACCACCACCACCATAAGAAAATACTGCAAGAA
AAGAAAAGAGAAAAAAATGTTAATTTCTTTTATCAGCAGTGGCTGTTGGCTGCTTTATTT
GTTTTGAGATATTCTTGTTTTTTGCTATGACAAGCTACAAAGCTAATAAGATATTACAGT
TACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GG
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G
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A

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DS 



AS 1 5

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AATGATCGTGCAAGGCAGCTCCAGGCTTCTTCTTCAGGTCTTTTCCCATGTTTAAAGGCG
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GATGAGGCAACTAACTTGACCACAGTTGAAACTCCTGTGATATTTATTGCAAGAGCTAAT
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TTTCTTATTTAATTTCTGGTTGACTATTACATATGTTGCTAACACTATACACAATTTTAT
TGTGGTATCAATGAG


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ31TF U 45
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AF RR1C461TF U 81
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AF RR1E119JQ C 450
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GG
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TCCCTTCCCTTCGCTGAAACGGCCGAGCTTTAACATCATATACAATCCATTCAATTCCAT
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TGAATCAATGCGTCGTTCATGGCTCCTAGGGGGTGTCGCATCTATATAAATATTCCAGCC
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ATCGCGAGCTCATGTGGGTTGACATGCTCTTCCTGGACGTCAACGCAATTGAAGAACAAA
GATGAGGATAGAGTAGTTACGAACAATGAAGGTCTGCCTCAGCCATTTTTGGGAAGCTGC
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DS 

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CTCCTAGGGGGTGTCGCATCTATATAAATATTCCAGCCGTTGCTCCTCCGTCGTCGAGGC
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ACTATTACATATGTTGCTAACAC

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DS 

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AATTGAAGAACAAAGATGAGGATAGAGTAGTTACGAACAATGAAGGTCTGCCTCAGCCAT
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CATGTTTAAAGGCGTTCAATCCTCTGGAGGTAGCAAAGAGTCAGACTCTGTGAAGGTGGC
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AGACACAATTACATTTCCGGAAGAAAGATAAAGCAGCAATAGTTCAGAGCACTAATGCTG
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TGCAGTTTTTTGCAACTTTTTTACATGTTTGTTTTTTATTTAATTTCTGGTTGACTATTA
CATATGTTGCTAACACTATACACAATTTTATTGTGGTA

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DS 



AS 1 5

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AACAAAAGGTTTTGGCTTCGGTGAGAAACAAGCAGGCATGAAGAAGACCTTTTCACAGGC
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TGGGAGACCCTTGTAAGGGCATGTACCACAGCGGAAGGCATCACCGAGTCCACAGCTGCC
ACATGCTGACTGTGGATTCTCGATTTGATCCTCTGTGAGGCCCAACTTCACAGCTTTCTC
CTCTATCTCAGCTCTACCACATACACAGTTCTTGCGAGCTTTCTTAGTGGTCTCACAACC
ACTAGCAACAGGAGGCTGTGGCTTCTTCAGGTCCTCCTCTGTCAAGAGAGAGTCCTCATC
AATAAGATCCAAGTCATCGTCTAGATTAACCTTAGGGAGAGTTTTTGCAGCAGGCTTCTT
GAGAGCAAATGATGAACCAATCTTCCAAGTAGGTTTCTTTGCCTTAATCCCAACGGATAA
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AGGAACCTTATTTATTGTGGAAGCTTGAGTAATGATCAAAGGATCACAACGTTCAATTCC
TTCCTTTGCGAGCTCCTTCATCATGGTCAGAACAGAGCTAACAGGCAACACCACATCATC
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TAAAACCTCGCGAGATACCCAAAAACCCTAAACGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGT
AAAATAAGAGAAATCAAATTTTCTGACCTTCTCTTCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
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30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 
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BS 1067 1178 RR1BR02TF

RD RR1BR02JQ 725 0 0
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TATTGTGAGCAAACACCCAACGATTGTCTACTGAAGCCATTCAAAAGCCGAGAAGTAAAG
AAAGTACCAACAAACGAAATATACGAAAAGGACACAAAGTGATCAGACTACTCTGTGTTT
AACAAAAGGTTTTGGCTTCGGTGAGAAACAAGCAGGCATGAAGAAGACCTTTTCACAGGC
TTATATGTCGGCTTCAAGGAAGTTTTGAGATAGGGTTACCTTCTCGCCTAGTTTGAAGGG
TGGGAGACCCTTGTAAGGGCATGTACCACAGCGGAAGGCATCACCGAGTCCACAGCTGCC
ACATGCTGACTGTGGATTCTCGATTTGATCCTCTGTGAGGCCCAACTTCACAGCTTTCTC
CTCTATCTCAGCTCTACCACATACACAGTTCTTGCGAGCTTTCTTAGTGGTCTCACAACC
ACTAGCAACAGGAGGCTGTGGCTTCTTCAGGTCCTCCTCTGTCAAGAGAGGGTCCTAATC
AATAAGATCCAAGTCATCGTCTAGATTAACCTTAGGGAGAGTTTTTGCAGCAGGCTTCTT
GAGAGCAAATGATGAACCAATCTTCCAAGTAGGTTTCTTTGCCTTAATCCCAACAGATAA
GCTGAAGTTAGGCAACTTAATTGATTTCAGATCAAGAGACTGTGGCTCCAGAAAACCAGC
CAAGG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1D393JQ 725 0 0
TT
AACAAAGTGAAAAGCTGTTCTTCATTGATATAAAGGTTCCAATGTGTATTGTGAGCAAAC
ACC*AACGATTGTCTACTGAAGCCATTCAAAAGCCGAGAAATAAAGAAAGTACCAACAAA
CGAAATATACGAAAAGGACACAAAGTGATCAAACTACTATGTGTTTAACAAAAGGTTTTG
GCTTCGGTGAGAAACAAGCAGGCATGAAGAAGACCTTTTCACAGGCTTATATGTCAGCTT
CAAGGAAGTTTTGAGATAGGGTTACCTTCTCGCCTAGTTTGAAGGGTGGGAGACCCTTGT
AAGGGCATGTACCACAGCGGAAGGCATCACCGAGTCCACAGCTGCCACATGCTGACTGTG
GATTCTCAATTTGATCTTCTGTGAGGCCCAACTTCACAGCTTTCTCCTCTATCTCAGCTC
TACCACATACACAGTTCTTGCAAGCTTTCTTAGTGGTCTCACAACCACTAG*AACAGGAA
GCTGTGGCTTCTTCAGGTCCTCCTCTGTCAAGAGAGAGTCCTCATCAATAAGATCCAAGT
CATCGTCTAGATTAACCTTAGGGAGAGTTTTTGCAGCAGGCTTCTTGAGAGCAAATGATG
AACCAATCTTCCAAGTAGGTTTCTTTGCCTTAATCCCAACGGATAAGCTGAAGTTAGGCA
ACTTAATTGATTTCAAATCAAGAGACTGTGGCTCCAGAAAACCAGCCAAAGTCACTCTCC
TTT

QA 3 725 3 725
DS 

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ACCCAACGATTGTCTACTGAAGCCATTCAAAAGCCGAGAAATAAAGAAAGTACCAACAAA
CGAAATATACGAAAAGGACACAAAGTGATCAAACTACTCTGTGTTTAACAAAAGGTTTTG
GCTTCGGTGAGAAACAAGCAGGCATGAAGAAGACCTTTTCACAGGCTTATATGTCAGCTT
CAAGGAAGTTTTGAGATAGGGTTACCTTCTCGCCTAGTTTGAAGGGTGGGAGACCCTTGT
AAGGGCATGTACCACAGCGGAAGGCATCACCGAGTCCACAGCTGCCACATGCTGACTGTG
GATTCTCGATTTGATCCTCTGTGAGGCCCAACTTCACAGCTTTCTCCTCTATCTCAGCTC
TAC*ACATACACAGTTCTCGCAAGCTTTCTTAGTGGTCTCACAACCACTAGCAACAGGAA
GCTGTGGCTTCTTCAGGTCCTCCTCTGTCAAGAGAGAGTCCTCATCAATAAGATCCAAGT
CATCGTCTAGATTAACCTTAGGGAGAGTTTTTGCAGCAGGCTTCTTGAGAGCAAATGATG
AACCAATCTTCCAAGTAGGTTTCTTTGCCTTAATCCCAACGGATAAGCTGAAGTTAGGCA
ACTTAATTGATTTCAAATCAAGAGACTGTGGCTCCAGAAAACCAGCCAAGG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1BR02TF 784 0 0
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TCCTCTGTCAAGAGAGGGTCCTAATCAATAAGATCCAAGTCATCGTCTAGATTAACCTTA
GGGAGAGTTTTTGCAGCAGGCTTCTTGAGAGCAAATGATGAACCAATCTTCCAAGTAGGT
TTCTTTGCCTTAATCCCAACAGATAAGCTGAAGTTAGGCAACTTAATTGATTTCAGATCA
AGAGACTGTGGCTCCAGAAAACCAGCCAAGGTCACTCTCCTTTGAAGGGTCTGTTGCAAT
TCTATAGTTTCACCTTCCGAGTTCGTGCAGACAAAAACAGAGCCACCAGGCTTCAGAACT
CTTGAGAACTCGCTATAGATTTTGTCACTTGGAAAATCAGATGTTCTGGAAACGGTTAGA
ACCGAGTCCACTGAGGAAGCATCCAAAGGAACCTTATTTATTGTGGAAGCTTGAGTAATG
ATCAAAGGATCACAACGTTCAATTCCTTCCTTTGCGAGCTCCTTCATCATGGTCAGAACA
GAGCTAACAGGCAACACCACATCATCCGTCACAGCCAAAACAGTCTTTTGAGTCACCATC
GAATCCATGTTGGAAAGAGATCTCTGTAAAACCTCGCGAGATACCCAAAAACCCTAAACG
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTAAAATAAGAGAAATCAAATTTTCTGACCTTCTCT
TCCC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1D393TF 652 0 0
GTCAAGAGAGAGTCCTCATCAATAAGATCCAAGTCATCGTCTAGATTAACCTTAGGGAGA
GTTTTTGCAGCAGGCTTCTTGAGAGCAAATGATGAACCAATCTTCCAAGTAGGTTTCTTT
GCCTTAATCCCAACGGATAAGCTGAAGTTAGGCAACTTAATTGATTTCAAATCAAGAGAC
TGTGGCTCCAGAAAACCAGCCAAGGTCACTCTCCTTTGAAGGGTCTGTTGCAATTCTATA
GTTTCACCTTCCGAGTTCGTGCAGACAAAAACAGAACCACCAGGCTTCAGAACTCTTGAG
AACTCGCTATAGATTTTGTCACTTGGAAAATCAGATGTTCTGGAAACGGCTAGAACCAAG
TCCACTGAGGAAGCATCCAAAGGAACCTTATTTATTGTGGAAGCTTGAGTAATGATCAAA
GGATCACAACGTTCAATTCCTTCCTTTGCGAGCTCCTTCATCATGGTCAGGACAGAGCTA
ACAGGCAACACCACATCATCCGTCACAGCCAAAACAGTCTTTTGAGTCACCATCGAATCC
ATGTTAGAAAGAGATCTCTGTAAAACCTCGCGAGATACCCAAAAACCCTAAACGCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCT**GTAAAATAAGAGAAATCAAATTTTCTGGCCTTC
C

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 5

CO CL1703Contig1 689 5 7 U
GGAGGTTTCACGCGCCGCCGCGAAAACAAAGTAAAGAAAGAAAAAAAA****TCCAAAAC
GCGGCGAAGGTTGAGAAAGGAGAGAGAGATGCAATCCCAAGGAATTTGGAGCACACTATG
GAGGAAATACGCAGATTATAAGTACAACAAGTTCGAGAGGTTCGCTGTCTGGGAGATGAT
CGAGCCTTACCGTCGACCCAAAACCTTCACAGCTTTGATTACTATCTACGTCGCCGCCTT
TTACACCGGCGTCATCGGCGCTGCGGTTACGGAGCAGCTTTACAAGGAGAAGTTTTGGGA
AGAGCACCCAGGCAAAACGGTGCCTCTGATGAAGCCATTGTTCTATCGAGGACCATGGAG
GGTTTATCGTGGTGAAGCTATTGCTTCCGATGCTAGCAGCAGCCAGTGAAGTTAACGATC
CAGAGACTATGGGCGAAGGATATATCTCCCATCATTAGTTGGTTTATGCTGGTTCGCTGG
TATATATACAAAACAACTTTGCGTTCAGTAGAATGCGTGTGTGTCAAGAGCTGTTTAAAT
GTCTTCTAGGTTTCTATGGATTAAAGCTGGCTGGTGTATTTTCCTTGTAGACAATAAGGT
TAAGAATATGATTCTTAAAACTCGTGTAATGGCAGAGTCTCTGTTATAACATTAATGTTT
TGTTATGAGAAGTTTAAAGGGTTTCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GZ25TFB U 1
AF RR1FC93JQ C 9
AF RR1FO59JQ C 71
AF RR1FO59TF U 71
AF RR1FC93TF U 9
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BS 663 689 RR1FC93TF

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GAGAAAATACGCAGATTATAAGTACAACAAGTTCGAGAGGTTCGCTGTCTGGGAGATGAT
CGAGCCTTACCGTCGACCCAAAACCTTCACAGCTTTGATTACTATCTACGTCGCCGCCTT
TTACACCGGCGTCATCGGCGCTGCGGTTACGGAGCAGCTTTACAAGGAGAAGTTTTGGGA
AGAGCACCCAGGCAAAACGGTGCCTCTGATGAAGCCATTGTTCTATCGAGGACCATGGAG
GGTTTATCGTGGTGAAGCTATTGCTTCCGATGCTAGCAGCAGCCAGTGAAGTTAACGATC
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TATATATACAAAACAACTTTGCGTTCAGTAGAATGCGTGTGTGTCAAGAGCTGTTTAAAT
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TAAGAATATGATTCTTAAAACT

QA 1 622 1 622
DS 

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G
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AAGTTTAA*GGGTTTCCACC

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DS 

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GG
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CAAAACGGTGTCTCTGATGAAGCCATTGTTCTATCGAGGACCATGGAGGGTTTATCGTGG
TGAAGCTATTGCTTCCGATGCTAGCAGCAGCCAGTGAAGTTAACGATCCAGAGACTATGG
GCGAAGGATATATCTCCCATCATTAGTTGGTTTATGCTGGTTCGCTGGTATATATACAAA
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TCTATGGATTAAAGCTGGCTGGTGTATTTTCATTGTAGACAATAAGGTTAAGAATACGAT
TCTTAAAACTCGTGTAATGGCAGAGTCTCTGTTATAACATTAATGTTTTG
CC

QA 3 592 3 592
DS 

RD RR1FO59TF 594 0 0
GG
GAGAAAGGAGAGAGAGATGCAATCCCAAGGAATTTGGAGCACACTATGGAGGAAATACGC
AGATTATAAGTACAACAAGTTCGAGAGGTTCGCTGTCTGGGAGATGATCGAGCCTTACCG
TCGACCCAAAACCTTCACAGCTTTGATTACTATCTACGTCGCCGCCTTTTACACCGGCGT
CATCGGCGCTGCGGTTACGGAGCAGCTTTACAAGGAGAAGTTTTGGGAAGAGCACCCAGG
CAAAACGGTGTCTCTGATGAAGCCATTGTTCTATCGAGGACCATGGAGGGTTTATCGTGG
TGAAGCTATTGCTTCCGATGCTAGCAGCAGCCAGTGAAGTTAACGATCCAGAGACTATGG
GCGAAGGATATATCTCCCATCATTAGTTGGTTTATGCTGGTTCGCTGGTATATATACAAA
ACAACTTTGCGTTCAGTAGAATGCGTGTGTGTCAAGAGCTGTTTAAATGTCTTCTAGGTT
TCTATGGATTAAAGCTGGCTGGTGTATTTTCATTGTAGACAATAAGGTTAAGAATACGAT
TCTTAAAACTCGTGTAATGGCAGAGTCTCTGTTATAACATTAATGTTTTG
CC

QA 3 592 3 592
DS 

RD RR1FC93TF 681 0 0
G
ACGCGCCGCCGCGAAAACAAAGTAAAGAAAGAAAAAAAA****TCCAAAACGCGGCGAAG
GTTGAGAAAGGAGAGAGAGATACAATCCCAAGGAATTTGGAGCACACTATGGAGGAAATA
CGCAGATTATAAGTACAACAAGTTCGAGAGGTTCGCTGTCTGGGAGATGATCGAGCCTTA
CCGTCGACCCAAAACCTTCACAGCTTTGATTACTATCTACGTCGCCGCCTTTTACACCGG
CGTCATCGGCGCTGCGGTTACGGAGCAGCTTTACAAGGAGAAGTTTTGGGAAGAGCACCC
AGGCAAAACGGTGCCTCTGATGAAGCCATTGTTCTATCGAGGACCATGGAGGGTTTATCG
TGGTGAAGCTATTGCTTCCGATGCTAGCAGCAGCCAGTGAAGTTAACGATCCAGAGACTA
TGGGCGAAGGATATATCTCCCATCATTAGTTGGTTTATGCTGGTTCGCTGGTATATATAC
AAAACAACTTTGCGTTCAGTAGAATGCGTGTGTGTCAAGAGCTGTTTAAATGTCTTCTAG
GTTTCTATGGATTAAAGCTGGCTGGTGTATTTTCCTTGTAGACAATAAGGTTAAGAATAT
GATTCTTAAAACTCGTGTAATGGCAGAGTCTCTGTTATAACATTAATGTTTTGTTATGAG
AAGTTTAAAGGGTTTCCACC

QA 2 681 2 681
DS 



AS 1 4

CO CL1704Contig1 1055 4 4 U
GGATCACATATCTTTTATAACACTGATCTATTTTCCCAAACCAATTTTAAAACAGTCTTG
CAATAGTTACATATAACAATATGAAGAAGTCTCGCGTTTTGCTTCTTCTGCTTGTTCAAG
TCATTGTCCTTTTGCCTCTCCTTTGTTTATCTGATGGCTTTGTTAGCTCCAGAGCTACTT
ACTATGGCAGCCCCGATTGCAAAGGAAATCCTCGGGGAGCATGTGGATATGGAGAATTTG
GAAGAGATATCAATGATGGTGAAGTAAGTGGTGTTTCATCGCGACTATGGAAAAGTGGAG
CTGGCTGTGGTGCTTGTTACCAGGTGAGATGCAAAATACCTCCACACTGCAATGAGGAAG
GAGTATACGTAGTGGCTACGGACTATGGGGAAGGAGATGGTACGGACTTCATTTTTAGCC
CTAAGGCATACGGACGTATGGCGCGACCCGGCACAGAGTTTCAGCTCTATTCTTTTGGTG
TGGTCGACGTTGAGTACCAAAGGGTCCCTTGCCGGTACGGAGGGTACAACTTGGTGTATA
AGATCCATGAGAAAAGCTATAACCCTCATTATCTTGCCGTCCTTATCTTGTACGTTGGTG
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TGAGAAGAGTGTTTGGAGCGGTTCATGATTATCAGAATCCACCTAGAGGCTCTCTCTCTT
TGAGGTTTTTAGTCTATGGAAGCGCCGGTCTCAACTGGGTTGAATCTCAGAACGCTCTTC
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AACTTTCCTTCTATTTATCGATAGTGTGTTTATATAAAATACATATGGTTTTCTCTATGT
AATGGCTATATGCAAATTTAAATAATGCTCTCTAAAAAGGATAATCATTGTAGATTCATA
CAACTTTGTAATGTGTCTAGTTAAGAAGATTGTAAGGAGTTGTAAGGTTTTGGTTGGTGG
AAATCAAATAATGATAAAAGTTAATTAAAAGTTTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F673TF U 2
AF RR1FI64TF U 1
AF RR1FI64JQ C 279
AF RR1DO16JQ C 429
BS 1 691 RR1FI64TF
BS 692 751 RR1FI64JQ
BS 752 752 RR1DO16JQ
BS 753 1055 RR1FI64JQ

RD RR1F673TF 630 0 0
GGA
CACATATCTTTTATAACACTGATCTATTTTCCCAAACCAATTTTAAAACAGTCTTGCAAT
AGTTACATATAACAATATGAAGAAGTCTCGCGTTTTGCTTCTTCTGCTTGTTCAAGTCAT
TGTCCTTTTGCCTCTCCTTTGTTTATCTGATGGCTTTGTTAGCTCCAGAGCTACTTACTA
TGGCAGCCCCGATTGCAAAGGAAATCCTCGGGGAGCATGTGGATATGGAGAATTTGGAAG
AGATATCAATGATGGTGAAGTAAGTGGTGTTTCATCGCGACTATGGAAAAGTGGAGCTGG
CTGTGGTGCTTGTTACCAGGTGAGATGCAAAATACCTCCACACTGCAATGAGGAAGGAGT
ATACGTAGTGGCTACGGACTATGGGGAAGGAGATGGTACGGACTTCATTTTTAGCCCTAA
GGCATACGGACGTATGGCGCGACCCGGCACAGAGTTTCAGCTCTATTCTTTTGGTGTGGT
CGACGTTGAGTACCAAAGGGTCCCTTGCCGGTACGGAGGGTACAACTTGGTGTATAAGAT
CCATGAGAAAAGCTATAACCCTCATTATCTTGCCGTCCTTATCTTGTACGTTGGTGGTGT
CAACGACATCCTCGCCGTTGAAGTCTG

QA 4 630 4 630
DS 

RD RR1FI64TF 691 0 0
GGATCACATATCTTTTATAACACTGATCTATTTTCCCAAACCAATTTTAAAACAGTCTTG
CAATAGTTACATATAACAATATGAAGAAGTCTCGCGTTTTGCTTCTTCTGCTTGTTCAAG
TCATTGTCCTTTTGCCTCTCCTTTGTTTATCTGATGGCTTTGTTAGCTCCAGAGCTACTT
ACTATGGCAGCCCCGATTGCAAAGGAAATCCTCGGGGAGCATGTGGATATGGAGAATTTG
GAAGAGATATCAATGATGGTGAAGTAAGTGGTGTTTCATCGCGACTATGGAAAAGTGGAG
CTGGCTGTGGTGCTTGTTACCAGGTGAGATGCAAAATACCTCCACACTGCAATGAGGAAG
GAGTATACGTAGTGGCTACGGACTATGGGGAAGGAGATGGTACGGACTTCATTTTTAGCC
CTAAGGCATACGGACGTATGGCGCGACCCGGCACAGAGTTTCAGCTCTATTCTTTTGGTG
TGGTCGACGTTGAGTACCAAAGGGTCCCTTGCCGGTACGGAGGGTACAACTTGGTGTATA
AGATCCATGAGAAAAGCTATAACCCTCATTATCTTGCCGTCCTTATCTTGTACGTTGGTG
GTGTCAACGACATCCTCGCCGTTGAAGTCTGGCAGGAGGATTGCAAAGAGTGGAAACGCA
TGAGAAGAGTGTTTGGAGCGGTTCATGATTA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1FI64JQ 777 0 0
TCGCGACTATGGAAAAGTGGAGCTGGCTGTGGTGCTTGTTACCAGGTGAGATGCAAAATA
CCTCCACACTGCAATGAGGAAGGAGTATACGTAGTGGCTACGGACTATGGGGAAGGAGAT
GGTACGGACTTCATTTTTAGCCCTAAGGCATACGGACGTATGGCGCGACCCGGCACAGAG
TTTCAGCTCTATTCTTTTGGTGTGGTCGACGTTGAGTACCAAAGGGTCCCTTGCCGGTAC
GGAGGGTACAACTTGGTGTATAAGATCCATGAGAAAAGCTATAACCCTCATTATCTTGCC
GTCCTTATCTTGTACGTTGGTGGTGTCAACGACATCCTCGCCGTTGAAGTCTGGCAGGAG
GATTGCAAAGAGTGGAAACGCATGAGAAGAGTGTTTGGAGCGGTTCATGATTATCAGAAT
CCACCTAGAGGCTCTCTCTCTTTGAGGTTTTTAGTCTATGGAAGCGCCGGTCTTAACTGG
GTTGAATCTCAGAACGCTCTTCCTGCGGACTGGACCGCCGGAGCCACCTACAGCTCCAGC
ATTCTGCTTACTTGATTTCCTTAACTTTCCTTCTATTTATCGATAGTGTGTTTATATAAA
ATACATATGGTTTTCTCTATGTAATGGCTATATGCAAATTTAAATAATGCTCTCTAAAAA
GGATAATCATTGTAGATTCATACAACTTTGTAATGTGTCTAGTTAAGAAGATTGTAAGGA
GTTGTAAGGTTTTGGTTGGTGGAAATCAAATAATGATAAAAGTTAATTAAAAGTTTC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1DO16JQ 614 0 0
TACGGACGTATGGCGCGACCCGGCACAGAGTTTCAGCTCTATTCTTTTGGTGTGGTCGAC
GTTGAGTACCAAAGGGTCCCTTGCCGGTACGGAGGGTACAACTTGGTGTATAAGATCCAT
GAGAAAAGCTATAACCCTCATTATCTTGCCGCCCTTATCTTGTACGTTGGTGGTGTCAAC
GACATCCTCGCCGTTGAAGTCTGGCAGGAGGATTGCAAAGAGTGGAAACGCATGAGAAGA
GTGTTTGGAGCGGTTCATGATTATCAGAATCCACCTAGAGGCTCTCTCTCTTTGAGGTTT
TTAGTCTATGGAAGCGCCGGTCTCAACTGGGTTGAATCTCAGAACGCTCTTCCTGCGGAC
TGGACCGCCGGAGCCACCTACAGCTCCAGCATTCTGCTTACTTGATTTCCTTAACTTTCC
TTCTATTTATCGATAGTGTGTTTATATAAAATACATATGGTTTTCTCTATGTAATGGCTA
TATGCAAATTTAAATAATGCTCTCTAAAAAGGATAATCATTGTAGATTCATACAACTTTG
TAATGTGTCTAGTTAAGAAGATTGTAAGGAGTTGTAAGGTTTTGGTTGGTGGAAATCAAA
TAATGATAAAAGTT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 5

CO CL1705Contig1 706 5 8 U
GGATCCAGACGCTCTCTCTCTCTATCATCATCCACGAAGAAGAAACCCTAGAAAGGCGGT
CGAAGAACGAAAAAGGCTATGGCAGGAGTAGGACCGATGACTCAGGATTGGGAGCCCGTG
GTGATCCGTAAGAAAACCCCCAACGCCGCCGCCAAGCGCGACGAGAAGACTGTCGACGCT
GCTCGGAGAAGCGGCGCCGATATCGAATCCGTCAGAAAATACAATGCTGGAACGAACAAG
GCGGCTTCAAGCGGCACCTCCTTGAACACCAAGAGGCTTGACAATGACACTGAGAACTTA
GCTCATGAACGTGTGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCAATCATGCATGCCCGAGGGGAGAAG
AAGCTCACCCAGTCCCAGCTTGCTCAACTGATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAAGAA
TACGAGTCTGGGAAAGCAATACCGAACCAGCAGATCCTGATTAAGCTGGAGAGGGCACTC
GGAGCTAAACTCCGTGGAAAGAAGTAATAACAAAACCTCCTCAAAAGGATAAAAAAGCTT
GTCGCCGTTTCACTGCAGTCCTTATGCTGTAGTAACTGTGTGCCTGGTTTATTGGTTTCG
TAGAGAGCTCCGTGTGGAATCTTTTATGGTTTGTAAGAAAACAAAGAAACTAAAGCTGTT
TGGAACCCTTTTGTCATTATAAATAATCCGCTCGTTCTCTAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ55TF U 1
AF RR1EF51JQ C 23
AF RR1EF51TF U 23
AF RR1EZ61JQ C 298
AF RR1EZ61TF U 298
BS 1 174 RR1FZ55TF
BS 175 175 RR1EF51TF
BS 176 282 RR1FZ55TF
BS 283 283 RR1EF51TF
BS 284 290 RR1FZ55TF
BS 291 291 RR1EF51TF
BS 292 536 RR1FZ55TF
BS 537 706 RR1EF51TF

RD RR1FZ55TF 536 0 0
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CGAAGAACGAAAAAGGCTATGGCAGGAGTAGGACCGATGACTCAGGATTGGGAGCCCGTG
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GCTCGGAGAAGCGGCGCCGATATCGAATCCGTCAGAAAATACAATGCTGGAACGAACAAG
GCGGCTTCAAGCGGCACCTCCTTGAACACCAAGAGGCTTGACGATGACAC*GAGAACTTA
GCTCATGAACGTGTGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCAATCATGCATGCCCGAGGGGAGAAG
AAGCTCACCCAGTCCCAGCTTGCTCAACTGATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAAGAA
TACGAGTCTGGGAAAGCAATACCGAACCAGCAGATCCTGATTAAGCTGGAGAGGGCACTC
GGAGCTAAACTCCGTGGAAAGAAGTAATAACAAAACCTCCTCAAAAGGATAAAAAA

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1EF51JQ 678 0 0
G
ATCATCATCCACGAAGAAGAAACCCTAGAAAGGCGGTCGAAGAACGAAAAAGGCTATGGC
AGGAGTAGGACCGATGACTCAGGATTGGGAGCCCGTGGTGATCCGTAAGAAAACCCCCAA
CGCCGCCGCCAAGCGCGACGAGAAGACTGTCGACGCTGCTCGGAGAAGCGGCGCCGATAT
CGAATCCGTCAGAAAATACAATGCTGGAACGAACAAGGCGGCTTCAAGCGGCACCTCCTT
GAACACCAAGAGGCTTGACAATGACACTGAGAACTTAGCTCATGAACGTGTGCCTACTGA
GTTGAAGAAAGCAATCATGCATGCCCGAGGGGAGAAGAAGCTCACCCAGTCCCAGCTTGC
TCAACTGATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAAGAATACGAGTCTGGGAAAGCAATACC
GAACCAGCAGATCCTGATTAAGCTGGAGAGGGCACTCGGAGCTAAACTCCGTGGAAAGAA
GTAATAACAAAACCTCCTCAAAAGGATAAAAAAGCTTGTCGCCGTTTCACTGCAGTCCTT
ATGCTGTAGTAACTGTGTGCCTGGTTTATTGGTTTCGTAGAGAGCTCCGTGTGGAATCTT
TTATGGTTTGTAAGAAAACAAAGAAACTAAAGCTGTTTGGAACCCTTTTGTCATTATAAA
TAATCCGCTCGTTCTCT

QA 2 678 2 678
DS 

RD RR1EF51TF 684 0 0
G
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AGGAGTAGGACCGATGACTCAGGATTGGGAGCCCGTGGTGATCCGTAAGAAAACCCCCAA
CGCCGCCGCCAAGCGCGACGAGAAGACTGTCGACGCTGCTCGGAGAAGCGGCGCCGATAT
CGAATCCGTCAGAAAATACAATGCTGGAACGAACAAGGCGGCTTCAAGCGGCACCTCCTT
GAACACCAAGAGGCTTGACAATGACACTGAGAACTTAGCTCATGAACGTGTGCCTACTGA
GTTGAAGAAAGCAATCATGCATGCCCGAGGGGAGAAGAAGCTCACCCAGTCCCAGCTTGC
TCAACTGATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAAGAATACGAGTCTGGGAAAGCAATACC
GAACCAGCAGATCCTGATTAAGCTGGAGAGGGCACTCGGAGCTAAACTCCGTGGAAAGAA
GTAATAACAAAACCTCCTCAAAAGGATAAAAAAGCTTGTCGCCGTTTCACTGCAGTCCTT
ATGCTGTAGTAACTGTGTGCCTGGTTTATTGGTTTCGTAGAGAGCTCCGTGTGGAATCTT
TTATGGTTTGTAAGAAAACAAAGAAACTAAAGCTGTTTGGAACCCTTTTGTCATTATAAA
TAATCCGCTCGTTCTCTAAAAAA

QA 2 684 2 684
DS 

RD RR1EZ61JQ 404 0 0
G
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AGAAGCTCACCCAGTCCCAGCTTGCTCAACTGATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAAG
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TCGGAGCTAAACTCCGTGGAAAGAAGTAATAACAAAACCTCCTCAAAAGGATAAAAAAGC
TTGTCGCCGTTTCACTGCAGTCCTTATGCTGTAGTAACTGTGTGCCTGGTTTATTGGTTT
CGTAGAGAGCTCTGTGTGGAATCTTTTATGGTTTGTAAGAAAACAAAGAAACTAAAGCTG
TTTGGAACCCTTTTGTCATTATAAATAATCCGCTCGTTCTCT
T

QA 2 403 2 403
DS 

RD RR1EZ61TF 404 0 0
G
TAGCTCATGAACGTGTGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCAATCATGCATGCCCGAGGGGAGA
AGAAGCTCACCCAGTCCCAGCTTGCTCAACTGATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAAG
AATACGAGTCTGGGAAAGCAATACCGAACCAGCAGATCCTGATTAAGCTGGAGAGGGCAC
TCGGAGCTAAACTCCGTGGAAAGAAGTAATAACAAAACCTCCTCAAAAGGATAAAAAAGC
TTGTCGCCGTTTCACTGCAGTCCTTATGCTGTAGTAACTGTGTGCCTGGTTTATTGGTTT
CGTAGAGAGCTCTGTGTGGAATCTTTTATGGTTTGTAAGAAAACAAAGAAACTAAAGCTG
TTTGGAACCCTTTTGTCATTATAAATAATCCGCTCGTTCTCT
T

QA 2 403 2 403
DS 



AS 1 4

CO CL1706Contig1 935 4 8 U
GGAAAATCGCAATGGATCTTCTCAACAACCCTCCCACAACAACAGTGGGTCTATCAGAGA
CTTTCGCTAGGTTAAAGTCGCAACGCAAAGTGGCTCTGATTCCATATATCACAGCTGGTG
ATCCAGATCTTTCCACAACAGCTAAAGCTCTCAAAGTCCTCGACTCTTGTGGCTCCGACA
TTATCGAACTCGGTGTTCCTTACTCTGATCCTTTAGCTGATGGTCCAGCAATCCAGGCTG
CTGCGAGACGTTCTTTGCTTAAAGGAACCAACTTTAACTCCATTATCTCCATGCTTAAAG
AGGTTATACCGCAGTTATCTTGTCCTATTGCATTGTTTACGTATTACAACCCGATCTTAA
GGCGAGGAATCGAGAACTACATGACTATCATTAAGGATGCTGGAGTTCATGGGCTTCTTG
TACCTGATGTTCCACTCGAAGAGTCTGAGACTCTGCGGAAGGAAGCTAAAAAGCATCAGA
TTGAACTTGTACTGCTCACAACACCCACAACTCCCAAAGAACGAATGAATGCCATCGTTG
AAGCATCCCAAGGATTCATCTATCTTGTAAGTTCGGTAGGAGTAACTGGTACGAGAGAGT
CTGTTAACGAACACGTTCAGTCTCTTCTACAACAGATCAAAGAGGCTACAAGCAAGCCAG
TCGCTGTTGGATTTGGCATATCGAAACCTGAGCATGTGAAACAGGTAGCTGAGTGGGGAG
CAGATGGAGTCATTGTAGGAAGCGCAATGGTAAAGATATTGGGAGAGGCTGAGTCACCTG
AGCAAGGACTTAAGGAGCTTGAAGTCTTCACTAAGTCTTTAAAGTCTGCCCTTGACTCTT
GAATACAAATACCAATGGCAATCTTCTATTATTTCAATGAAAAAGGAACCGGATGGTGCT
ACCATTGATTCTCAATAATATAACAATCATCTCCG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GD68TF U 1
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CTTAAGGCGAGGAATCGAGAACTACATGACTATCATTAAGGATGCTGGAGTTCATGGGCT
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DS 



AS 1 5

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CGATTTTCTTACATAGTAAATGTTTCAATTTTACAGAGAAAATTAGGAAGATAAAAAAAA
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CTTTTTTTTCCTCAGGTGAAAACGAGAAAAGAGTCTCC


BQ
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AF RR1FW60JQ U 1
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TTTTGATTTTAATATCTGAAATTGGCTTCTTCTTTTTGCTCAATACGGTGAAACGATAGA
TTCTATGAGCTCTTGTAGAGGCGCCAGTTCTTTCTTGTCAATCAGTCCAAACTCATGAGT
GAAGAGGATGAAGTGCTCGAAGCAAGTGTTGAGATGAGCTTCTTCTTTAAGGCTAACGAT
TTTCTGGAAATGAGAATGGTATATGTGGGCACACACACGGAACAGTCGTTTAAATATTGT
ATTCACGACGTCCTTGAAGTTCTGAGGAAATGGTGCTCCAAGCCTTTGAGGGAATAAAGT
CTCATCATCGAGCTGTGTCTCGATCCAATCCATCAAGTACTCGACATACTTTGGAGCAAA
AACCTCTATTGGCTTCTTGATCTGCACACCATCTGCCCATCTATACTCGTACTTGGGGCC
AGCAGTCATAGTAGGACAGTTATCAGGTGTGCAGAACTCGGTAAGGGTACCATATAGCAA
GTTCACTTGATTAAA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1FX42JQ 714 0 0
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CGATTTTCTTACATAGTAAATGTTTCAATTTTACAGAGAAAATTAGGAAGATAAAAAAAA
AACTGGAAACAAACGGGATAGATTTATAATTAAAAACCATATTACCATTTAATTTATTTC
TTTTGATTTTAATATCTGAAATTGGCTTCTTCTTTTTGCTCAATACGGTGAAACGATAGA
TTCTATGAGCTCTTGTAGAGGCGCCAGTTCTTTCTTGTCAATCAGTCCAAACTCATGAGT
GAAGAGGATGAAGTGCTCGAAGCAAGTGTTGAGATGAGCTTCTTCTTTAAGGCTAACGAT
TTTCTGGAAATGAGAATGGTATATGTGGGCACACACACGGAACAGTCGTTTAAATATTGT
ATTCACGACGTCCTTGAAGTTCTGAGGAAATGGTGCTCCAAGCCTTTGAGGGAATAAAGT
CTCATCATCGAGCTGTGTCTCGATCCAATCCATCAAGTACTCGACATACTTTGGAGCAGA
AACCTCTATTGGCTTCTTGATCTGCACACCATCTGCCCATCTATACTCGTACTTGGGGCC
AGCAGTCATAGTAGGACAGTTATCAGGTGTGCAGAACTCGGTAAGGGTACCATATAGCAA
GTTCACTTGATTAAAAAAATCCACAGTGTTGACAGCAAGCCACTCGTTGGCATC

QA 1 714 1 714
DS 

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T
GACTCATCAACATCGATTTTCTTACATAGTAAATGTTTCAATTTTACAGAGAAAATTAGG
AAGATAAAAAAAAAACTGGAAACAAACGGGATAGATTTATAATTAAAAACCATATTACCA
TTTAATTTATTTCTTTTGATTTTAATATCTGAAATTGGCTTCTTCTTTTTGCTCAATACG
GTGAAACGATAGATTCTATGAGCTCTTGTAGAGGCGCCAGTTCTTTCTTGTCGATCAGTC
CAAACTCATGAGTGAAGAGGATGAAGTGCTTGAAGCAAGTGTTGAGATGAGCTTCTTCTT
TAAGGCTAACGATTTTCTGGAAATGAGAATGGTATATGTGGGCATACACACGGAACAGTC
GTTTAAATATTGTCTTCACGACGTCCTTGAAGTTCTGAGGAGATGGTGCTCCAAGCCTTT
GAGGGAATAAAGTCTCATCATCGAGCTGTGTCTCGATCCAATCCATCAAGTACTCGACAT
ACTTTGGAGCAAAAACCTCTATTGGCTTCTTGATCTGCACACCATCTGCCCATCTATACT
CGTACTTGGGGCCAGCAGTCATAGTAGGACAGTTATCAGGTGTGCAGAACTCGGTAAGGG
TACCATATAGCAAGTTAACTTGATTAAAAAAATCCACAGTGTTGACAGCAAGCCACTCGT
TGGCATCCTCTCCAGGAGGAAGTCGAACAGCTTCTCTCAAGTTGCCACTTCCTAAAGTTG
CATCTATATGCTGTCGAAGCTGTGCACCCTTGCTTCCAGAAG*TGCACTCTTCTTAGGAC
GGA
TGTCTTC

QA 2 784 2 784
DS 

RD RR1FW60TF 726 0 0
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TCTTGTCAATCAGTCCAAACTCATGAGTGAAGAGGATGAAGTGCTCGAAGCAAGTGTTGA
GATGAGCTTCTTCTTTAAGGCTAACGATTTTCTGGAAATGAGAATGGTATATGTGGGCAC
ACACACGGAACAGTCGTTTAAATATTGTATTCACGACGTCCTTGAAGTTCTGAGGAAATG
GTGCTCCAAGCCTTTGAGGGAATAAAGTCTCATCATCGAGCTGTGTCTCGATCCAATCCA
TCAAGTACTCGACATACTTTGGAGCAGAAACCTCTATTGGCTTCTTGATCTGCACACCAT
CTGCCCATCTATACTCGTACTTGGGGCCAGCAGTCATAGTAGGACAGTTATCAGGTGTGC
AGAACTCGGTAAGGGTACCATATAGCAAGTTCACTTGATTAAAAAAATCCACAGTGTTGA
CAGCAAGCCACTCGTTGGCATCCTCTCCAGGAGGAAGTCGAACAGCTTCTCTCAAGTTGC
CACTTCCTAAAGTTGCATCTATATGCTGTCGAAGCTGTGCACCCTTGCTTCCAGAAGGTG
CACTCTTCTTAGGACGGAATGTCTTCTGATTTCTTCCCAATCCAAACAGACTCATGGCGA
TCGAGAGAGAGAGGGAAAGAGTTTTCTTCTTTTTTTTCCTCAGGTGAAAACGAGAAAAGA
GTCTCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1FX42TF 707 0 0
AACGATAGATTCTATGAGCTCT*GTAGAGGCGCCAGTTCTTTCTTGTCAATCAGTCCAAA
CTCATGAGTGAAGAGGATGAAGTGCTCGAAGCAAGTGTTGAGATGAGCTTCTTCTTTAAG
GCTAACGATTTTCTGGAAATGAGAATGGTATATGTGGGCACACACACGGAACAGTCGTTT
AAATATTGTATTCACGACGTCCTTGAAGTTCTGAGGAAATGGTGCTCCAAGCCTTTGAGG
GAATAAAGTCTCATCATCGAGCTGTGTCTCGATCCAATCCATCAAGTACTCGACATACTT
TGGAGCAGAAACCTCTATTGGCTTCTTGATCTGCACACCATCTGCCCATCTATACTCGTA
CTTGGGGCCAGCAGTCATAGTAGGACAGTTATCAGGTGTGCAGAACTCGGTAAGGGTACC
ATATAGCAAGTTCACTTGATTAAAAAAATCCACAGTGTTGACAGCAAGCCACTCGTTGGC
ATCCTCTCCAGGAGGAAGTCGAACAGCTTCTCTCAAGTTGCCACTTCCTAAAGTTGCATC
TATATGCTGTCGAAGCTGTGCACCCTTGCTTCCAGAAGGTGCACTCTTCTTAGGACGGAA
TGTCTTCTGATTTCTTCCCAATCCAAACAGACTCATGGCGATCGAGAGAGAGAGGGAAAG
AGTTTTCTTCTTTTTTTTCCTCAGGTGAAAACGAGAAAAGAGTCTCC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 5

CO CL1708Contig1 972 5 13 U
TGGGACATCCAACTTTATCCTCTCTGCCCTCATCTTCCTTCGCTATTTACAGTTGTGCCA
CTCTGGTTATGCTAGCTTCCTTGGACCCGGCGAGAAAGATTTGAAAAGCCGCTGCGTTAA
GCATGCCGGTAAACTCGAAGAACGCTAACCGGAAAGGAGAAACCGAGAAGAGTCGCCGAG
GAAAGCTACAGGAGAAAGCGATGTCGTTTCACGGCAGAGGAACGATGCCTCATCCGAATC
CAGGAGAGCTTCGAAGACCGAAGACTCTACCGGAGTTATTCTCCAGCGGTCGAACCGCCG
TCGTCGAACCGGTTTCTTCTAAACCGCCGCGTCTGACGAAACTGCTCCTCAACGTGACGG
TTCAAGGGAGTTCAGGAGCTCTGCAGATTATAATCTCGCCGGAATCAACCGTGGACGATT
TGATCGACGCCGCGATTCGTCTTTACGTGAAGGAAGCTCGCCGACCTTTCTTGCCGGAGT
CTGAACCGTCCCGGTTTGATCTCCATTACTCGCAATTCAACCTCGAAAGTATTGGAAGAG
AACAGAAGCTGATCTCGCTTGGGTCAAGGAACTTTTTCTTGTGTGGTCGGAAAGAGAACG
GAGGATTGGTCGGGAGTGGATCGTCGGAATCTTGTTCAAAGGAAGCAGAGAAAGCGGGGA
AAACTGGTTTTCACTGGCTCAAATTCATGGGTTTCTAGAAGTTTTTTACCATTTTTAAAT
TTAATTCAAACTTCTATTTTTATTTTTTTTATTTTTTAGGAAATAAATATGGATTTAAGG
AAACTTCGTGTTACCTTCCTAGGAAGGACAAAAAGATAGGGATTGTTTGCTCTATTATAT
GAGTCAAACGTTTAAAATCTGTGTATATATCTAGTATTCTAGATAAGAAGAAACAAAGAG
AAAAAAAACAAAGTCATTAACTACTGGGGTATAATGTATTTTTAATCAAATTATATGCCA
ATAATTGTAACC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC51TF U 38
AF RR1EZ06TF U 3
AF RR1AK24TF U 1
AF RR1EZ06JQ C 41
AF RR1CC51JQ C 304
BS 1 519 RR1AK24TF
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RD RR1CC51TF 131 0 0
CTT
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QA 4 131 4 131
DS 

RD RR1EZ06TF 700 0 0
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QA 1 700 1 700
DS 

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GCATGCCGGTAAACTCGAAGAACGCTAACCGGAAAGGAGAAACCGAGAAGAGTCGCCGAG
GAAAGCTACAGGAGAAAGCGATGTCGTTTCACGGCAGAGGAACGATGCCTCATCCGAATC
CAGGAGAGCTTCGAAGACCGAAGACTCTACCGGAGTTATTCTCCAGCGGTCGAACCGCCG
TCGTCGAACCGGTTTCTTCTAAACCGCCGCGTCTGACGAAACTGCTCCTCAACGTGACGG
TTCAAGGGAGTTCAGGAGCTCTGCAGATTATAATCTCGCCGGAATCAACCGTGGACGATT
TGATCGACGCCGCGATTCGTCTTTACGTGAAGGAAGCTCGCCGACCTTTCTTGCCGGAGT
CTGAACCGTCCCGGTTTGATCTCCATTACTCGCAATTCAGCCTCGAAAGTATTGGAAGAG
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GAGGATTGGTCAGGAGTAGATCGTCGGAATCTTGTTCAAAGGAAGCAGAGAAAGCAGGGA
AAACTGGTTTTCACTGGCTCAAATTCATGGGTTTCTAGAAGTTTTTTACCATTTTTAAAT
TTAATTCAAACTTCTATTT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1EZ06JQ 740 0 0
CGCTATTTACAGTTGTGCCACTCTGGTTATGCTAGCTTCCTTGGACCCGGCGAGAAAGAT
TTGAAAAGCCGCTGCGTTAAGCATGCCGGTAAACTCGAAGAACGCTAACCGGAAAGGAGA
AACCGAGAAGAGTCGCCGAGGAAAGCTACAGGAGAAAGCGATGTCGTTTCACGGCAGAGG
AACGATGCCTCATCCGAATCCAGGAGAGCTTCGAAGACCGAAGACTCTACCGGAGTTATT
CTCCAGCGGTCGAACCGCCGTCGTCGAACCGGTTTCTTCTAAACCGCCGCGTCTGACGAA
ACTGCTCCTCAACGTGACGGTTCAAGGGAGTTCAGGAGCTCTGCAGATTATAATCTCGCC
GGAATCAACCGTGGACGATTTGATCGACGCCGCGATTCGTCTTTACGTGAAGGAAGCTCG
CCGACCTTTCTTGCCGGAGTCTGAACCGTCCCGGTTTGCTCTCCATTACTCGCAATTCAA
CCTCGAAAGTATTGGAAGAGAACAGAAGCTGATCTCGCTTGGGTCAAGGAACTTTTTCTT
GTGTGGTCGGAAAGAGAACGGAGGCTTGGTCGGGAGTGGATCGTCGGAATCTTGTTCAAA
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GTTTTTTACCATTTTTAAATTTAATTCAAACTTCTATTTTTATTTTTTTTATTTTTTAGG
AAATAAATATGGATTTAAGG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1CC51JQ 669 0 0
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AAGGGAGTTCAGGAGCTCTGCAGATTATAATCTCGCCGGAATCAACCGTGGACGATTTGA
TCGACGCCGCGATTCGTCTTTACGTGAAGGAAGCTCGCCGACCTTTCTTGCCGGAGTCTG
AACCGTCCCGGTTTGATCTCCATTACTCGCAATTCAGCCTCGAAAGTATTGGAAGAGAAC
AGAAGCTGATCTCGCTTGGGTCAAGGAACTTTTTCTTGTGTGGTCGGAAAGAGAACGGAG
GATTGGTCGGGAGTGGATCGTCGGAATCTTGTTCAAAGGAAGCAGAGAAAGCGGGGAAAA
CTGGTTTTCACTGGCTCAAATTCATGGGTTTCTAGAAGTTTTTTACCATTTTTAAATTTA
ATTCAAACTTCTATTTTTATTTTTTTTATTTTTTAGGAAATAAATATGGATTTAAGGAAA
CTTCGTGTTACCTTCCTAGGAAGGACAAAAAGATAGGGATTGTTTGCTCTATTATATGAG
TCAAACGTTTAAAATCTGTGTATATATCTAGTATTCTAGATAAGAAGAAACAAAGAGAAA
AAAAACAAAGTCATTAACTACTGGGGTATAATGTATTTTTAATCAAATTATATGCCAATA
ATTGTAACC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 4

CO CL1709Contig1 683 4 8 U
GGGATTTGTGCGGCTACCAACTTCGATTTCAAATTTTTAAGCTTTTTTTGTTTTTGAAGA
ATGGTGAGGATCAGCGTGCTAAACGATGCGTTTAAGAGCATGTACAATGCGGAGAAGAGA
GGGAGAAGGCAGGTGATGATCAGGCCTTCTTCCAAGGTCATCATCAAGGTTCTCACTGTC
ATGCAGAAACACGGGTACATTGGCGAGTTTGAGTACGTTGATGACCACAGGTCTGGTAAG
ATTGTGGTTGAGCTCAATGGAAGGCTGAACAAATGCGGTGTCATCAGTCCTCGCTTCGAT
GTCGGAGTTAAGGAGATCGAAGGATGGACCGCACGTCTTCTTCCTTCCAGACAGTTTGGT
TACATTGTTCTCACAACCTCTGCCGGTATCATGGACCATGAAGAAGCCAGGAGGAAGAAT
GTTGGTGGCAAGGTCCTTGGATTCTTTTACTGAGCTTCGTGAGAATCATCTTGCCCGGTT
ATACTTGTCTTTGTGTGAGATGATGTAAAAGGGTGGTAGATTTTTTTTTGTTGCGTTTGC
TATCTCTTATATAATATGCCGTTTTGTTGGTTATGGATTTTGCTCCCGAAGTTAAAAGAC
TTGCAAAGTTAGACAGTCATTTCCAGTTTCATGTTTTCTTGACCTCATCATATCTATTGC
GCTCTTTATCTTCAGTTCTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H286TF U 1
AF RR1H286JQ C 380
AF RR1AA13JQ C 39
AF RR1AA13TF U 39
BS 1 124 RR1H286TF
BS 125 126 RR1AA13TF
BS 127 293 RR1H286TF
BS 294 294 RR1AA13TF
BS 295 349 RR1H286TF
BS 350 350 RR1AA13TF
BS 351 557 RR1H286TF
BS 558 683 RR1AA13TF

RD RR1H286TF 557 0 0
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ATGGTGAGGATCAGCGTGCTAAACGATGCGTTTAAGAGCATGTACAATGCGGAGAAGAGA
GGGAAGAGGCAGGTGATGATCAGGCCTTCTTCCAAGGTCATCATCAAGGTTCTCACTGTC
ATGCAGAAACACGGGTACATTGGCGAGTTTGAGTACGTTGATGACCACAGGTCTGGTAAG
ATTGTGGTTGAGCTCAATGGAAGGCTGAACAAATGCGGTGTCATCAGTCCTCGTTTCGAT
GTCGGAGTTAAGGAGATCGAAGGATGGACCGCACGTCTTCTTCCTTCCATACAGTTTGGT
TACATTGTTCTCACAACCTCTGCCGGTATCATGGACCATGAAGAAGCCAGGAGGAAGAAT
GTTGGTGGCAAGGTCCTTGGATTCTTTTACTGAGCTTCGTGAGAATCATCTTGCCCGGTT
ATACTTGTCTTTGTGTGAGATGATGTAAAAGGGTGGTAGATTTTTTTTTGTTGCGTTTGC
TATCTCTTATATAATAT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1H286JQ 257 0 0
CTGCCGGTATCATGGACCATGAAGAAGCCAGGAGGAAGAATGTTGGTGGCAAGGTCCTTG
GATTCTTTTACTGAGCTTCGTGAGAATCATCTTGCCCGGTTATACTTGTCTTTGTGTGAG
ATGATGTAAAAGGGTGGTAGATTTTTTTTTGTTGCGTTTGCTATCTCTTATATAATATGC
CGTTTTGTTGGTTATGGATTTTGCTCCCGAAGTTAAAAGACTTGCAAAGTTAGACAGTCA
TTTCCAGTTTCAT
GTTT

QA 1 253 1 253
DS 

RD RR1AA13JQ 645 0 0
AAGCTTTTTTTG
TTTTTGAAGAATGGTGAGGATCAGCGTGCTAAACGATGCGTTTAAGAGCATGTACAATGC
GGAGAAGAGAGGGAGAAGGCAGGTGATGATCAGGCCTTCTTCCAAGGTCATCATCAAGGT
TCTCACTGTCATGCAGAAACACGGGTACATTGGCGAGTTTGAGTACGTTGATGACCACAG
GTCTGGTAAGATTGTGGTTGAGCTCAATGGAAGGCTGAACAAATGCGGTGTCATCAGTCC
TCGCTTCGATGTCGGAGTTAAGGAGATCGAAGGATGGACCGCACGTCTTCTTCCTTCCAG
ACAGTTTGGTTACATTGTTCTCACAACCTCTGCCGGTATCATGGACCATGAAGAAGCCAG
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TTGCCCGGTTATACTTGTCTTTGTGTGAGATGATGTAAAAGGGTGGTAGATTTTTTTT*G
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GTTAAAAGACTTGCAAAGTTAGACAGTCATTTCCAGTTTCATGTTTTCTTGACCTCATCA
TATCTATTGCGCTCTTTATCTTCAGTTCTTGAG

QA 13 645 13 645
DS 

RD RR1AA13TF 645 0 0
AAGCTTTTTTTG
TTTTTGAAGAATGGTGAGGATCAGCGTGCTAAACGATGCGTTTAAGAGCATGTACAATGC
GGAGAAGAGAGGGAGAAGGCAGGTGATGATCAGGCCTTCTTCCAAGGTCATCATCAAGGT
TCTCACTGTCATGCAGAAACACGGGTACATTGGCGAGTTTGAGTACGTTGATGACCACAG
GTCTGGTAAGATTGTGGTTGAGCTCAATGGAAGGCTGAACAAATGCGGTGTCATCAGTCC
TCGCTTCGATGTCGGAGTTAAGGAGATCGAAGGATGGACCGCACGTCTTCTTCCTTCCAG
ACAGTTTGGTTACATTGTTCTCACAACCTCTGCCGGTATCATGGACCATGAAGAAGCCAG
GAGGAAGAATGTTGGTGGCAAGGTCCTTGGATTCTTTTACTGAGCTTCGTGAGAATCATC
TTGCCCGGTTATACTTGTCTTTGTGTGAGATGATGTAAAAGGGTGGTAGATTTTTTTT*G
TTGCGTTTGCTATCTCTTATATAATATGCCGTTTTGTTGGTTATGGATTTTGCTCCCGAA
GTTAAAAGACTTGCAAAGTTAGACAGTCATTTCCAGTTTCATGTTTTCTTGACCTCATCA
TATCTATTGCGCTCTTTATCTTCAGTTCTTGAG

QA 13 645 13 645
DS 



AS 1 5

CO CL1710Contig1 836 5 10 U
GGAACACTCGACCTATATATAAATAACATGACACACCTTATTCTATACACCACTTATATC
AACAAACAACTCCACAGAAACCAAAGAAAAACTCATGGCCAAGCTCATCTTCTTCTTAGC
CGTCCAAATCGTCCTCCTCGCCATCGTTTCTTCCACCAGAGACGACGGAGAAAACTTTGC
CAGAACCATAGATCGGAAGCTTCTCGGTCTCCACAAGAAAGAGAAGCTAACCCATTTCAA
AGTCTATTGGCACGACATCTTAAGTGGTCCAAACCCAACCTCCATCATGATTCAACCACC
AGTTACAAACAATTCCTACTTCGGAGCCATCTCCATGATCGACAACGCCTTGACGGCGAA
AGTTCCGATGAACTCAACTCTGTTGGGTCAGGCCCAAGGCTTTTACGCCGGAGCAGCCCA
AAAGGAATTGGGTTTTCTAATGGCGATGAACTTTGCTTTTAAGACAGGGAAGTACAACGG
AAGCACCATCACGATTCTTGGTCGGAACACCGCGATGTCGGAGGTCAGAGAAATGCCTAT
TGTCGGAGGAAGTGGGCTTTTCCGATTTGCTAGAGGCTACGCTGAGGCTCGGACAAAGTG
GATTAATCTCAAGAACGGCGATGCTACTGTTGAGTATAGCTGTTATGTTTTGCATTATTG
ATGTTTTTTTTGTAGTAATTATATATTTCATGGCGACCTAATAAGATTTTTATATGTTAT
GCTTTCTTAAGTTTTCTTTTTGCATTTTGGTTTAAGGTGTGTCTGGTGGATTTGTGGTAG
TAGTTTTGTGGGTTAATAATATTTATAATAGTCTTATTTCAAGGAGGTTTTGATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FL87TF U 56
AF RR1E304TF U 1
AF RR1AJ29JQ C 48
AF RR1E304JQ C 117
AF RR1AJ29TF U 48
BS 1 219 RR1E304TF
BS 220 220 RR1FL87TF
BS 221 234 RR1E304TF
BS 235 235 RR1FL87TF
BS 236 462 RR1E304TF
BS 463 463 RR1FL87TF
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BS 746 756 RR1AJ29TF
BS 757 757 RR1AJ29JQ
BS 758 836 RR1AJ29TF

RD RR1FL87TF 649 0 0
GG
ATCAACAAACAACTCCACAGAAACCAAAGAAAAACTCATGGCCAAGCTCATCTTCTTCTT
AGCCGTCCAAATCGTCCTCCTCGCCATCGTTTCTTCCACCAGAGACGACGGAGAAAACTT
TGCCAGAACCATAGATCTGAAGCTTCTCGGTCTCCACAAGAAAGAGAAGCTAACCCATTT
CAAAGTCTATTGGCACGACATCTTAAGTGGTCCAAACCCAACCTCCATCATGATTCAACC
ACCAGTTACAAACAATTCCTACTTCGGAGCCATCTCCATGATCGACAACGCCTTGACGGC
GAAAGTTCCGATGAACTCAACTCTGTTGGGTCAGGCCCAAGGCTTTTACGCCGGAGCAGC
CCAAAAGGAATTGGGTTTTCTAATGGCGATGAACTTTGCTTTTAAGACAGGGAAGTACAA
CGGAAGCACCATCACGATTCTTGGTCGGAACACCGCGATGTCGGAGGTCAGAGAAATGCC
TATTGTCGGAGGAAGTGGGCTTTTCCGATTTGCCAGAGGCTACGCTGAGGCTCGGACAAA
GTGGATTAATCTCAAGAACGGCGATGCTACTGTTGAGTATAGCTGTTATGTTTTGCATTA
TTGATGTTTTTTTTGTAGTAATTATATATTTCACGGCGACCTAATAA

QA 3 649 3 649
DS 

RD RR1E304TF 745 0 0
GGAACACTCGACCTATATATAAATAACATGACACACCTTATTCTATACACCACTTATATC
AACAAACAACTCCACAGAAACCAAAGAAAAACTCATGGCCAAGCTCATCTTCTTCTTAGC
CGTCCAAATCGTCCTCCTCGCCATCGTTTCTTCCACCAGAGACGACGGAGAAAACTTTGC
CAGAACCATAGATCGGAAGCTTCTCGGTCTCCACAAGAAGGAGAAGCTAACCCAGTTCAA
AGTCTATTGGCACGACATCTTAAGTGGTCCAAACCCAACCTCCATCATGATTCAACCACC
AGTTACAAACAATTCCTACTTCGGAGCCATCTCCATGATCGACAACGCCTTGACGGCGAA
AGTTCCGATGAACTCAACTCTGTTGGGTCAGGCCCAAGGCTTTTACGCCGGAGCAGCCCA
AAAGGAATTGGGTTTTCTAATGGCGATGAACTTTGCTTTTAATACAGGGAAGTACAACGG
AAGCACCATCACGATTCTTGGTCGGAACACCGCGATGTCGGAGGTCAGAGAAATGCCTAT
TGTCGGAGGAAGTGGGCTTTTCCGATTTGCTAGAGGCTACGCTGAGGCTCGGACAAAGTG
GATTAATCTCAAGAACGGCGATGCTACTGTTGAGTATAGCTGTTATGTTTTGCATTATTG
ATGTTTTTTTTGTAGTAATTATATATTTCATGGCGACCTAATAAGATTTTTATATGTTAT
GCTTTCTTAAGTTTTCTTTTTGCAT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1AJ29JQ 789 0 0
G
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CTTCTTCTTAGCCGTCCAAATCGTCCTCCTCGCCATCGTTTCTTCCACCAGAGACGACGG
AGAAAACTTTGCCAGAACCATAGATCGGAAGCTTCTCGGTCTCCACAAGAAAGAGAAGCT
AACCCATTTCAAAGTCTATTGGCACGACATCTTAAGT**TCCAAACCCAACCTCCATCAT
GATTCAACCACCAGTTACAAACAATTCCTACTTCGGAGCCATCTCCATGATCGACAACGC
CTTGACGGCGAAAGTTCCGATGAACTCAACTTTGTTGGGTCAGGCCCAAGGCTTTTACGC
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GAAGTACAACGGAAGCACCATCACGATTCTTGGTCGGAACACCGCGATGTCGGAGGTCAG
AGAAATGCCTATTGTCGGAGGAAGTGGGCTTTTCCGATTTGCTAGAGGCTACGCTGAGGC
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TTTGCATTATTGATGTTTTTTTTGTAGTAATTATATATTTCATGGCGACCTAATAAGATT
TTTATATGTTATGCTTTCTTAAGTTTTCTTTTTGCATTTTGGTTTAAGGTGTGTCTGGTG
GATTTGTGGTAGTAGTTTTGTGGGTTAATAATATTTATAATAGTCTTATTTCAAGGAGGT
TTTGATGC

QA 2 789 2 789
DS 

RD RR1E304JQ 690 0 0
TAGCCGTCCAAATCGTCCTCCTCGCCATCGTTTCTTCCACCAGAGACGACGGAGAAAACT
TTGCCAGAACCATAGATCGGAAGCTTCTCGGTCTCCACAAGAAGGAGAAGCTAACCCAGT
TCAAAGTCTATTGGCACGACATCTTAAGTGGTCCAAACCCAACCTCCATCATGATTCAAC
CACCAGTTACAAACAATTCCTACTTCGGAGCCATCTCCATGATCGACAACGCCTTGACGG
CGAAAGTTCCGATGAACTCAACTCTGTTGGGTCAGGCCCAAGGCTTTTACGCCGGAGCAG
CCCAAAAGGAATTGGGTTTTCTAATGGCGATGAACTTTGCTTTTAATACAGGGAAGTACA
ACGGAAGCACCATCACGATTCTTGGTCGGAACACCGCGATGTCGGAGGTCAGAGAAATGC
CTATTGTCGGAGGAAGTGGGCTTTTCCGATTTGCTAGAGGCTACGCTGAGGCTCGGACAA
AGTGGATTAATCTCAAGAACGGCGATGCTACTGTTGAGTATAGCTGTTATGTTTTGCATT
ATTGATGTTTTTTTTGTAGTAATTATATATTTCATGGCGACCTAATAAGATTTTTATATG
TTATGCTTTCTTAAGTTTTCTTTTTGCATTTTGGTTTAAGGTGTGTCTGGTGGATTTGTG
GTAGTAGTTTTGTGGGTTAATAATATTTAT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1AJ29TF 789 0 0
G
ACCACTTATATCAACAAACAACTCCACAGAAACCAAAGAAAAACTCATGGCCAAGCTCAT
CTTCTTCTTAGCCGTCCAAATCGTCCTCCTCGCCATCGTTTCTTCCACCAGAGACGACGG
AGAAAACTTTGCCAGAACCATAGATCGGAAGCTTCTCGGTCTCCACAAGAAAGAGAAGCT
AACCCATTTCAAAGTCTATTGGCACGACATCTTAAGT**TCCAAACCCAACCTCCATCAT
GATTCAACCACCAGTTACAAACAATTCCTACTTCGGAGCCATCTCCATGATCGACAACGC
CTTGACGGCGAAAGTTCCGATGAACTCAACTTTGTTGGGTCAGGCCCAAGGCTTTTACGC
CGGAGCAGCCCAAAAGGAATTGGGTTTTCTAATGGCGATGAACTTTGCTTTTAAGACAGG
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TTTGCATTATTGATGTTTTTTTTGTAGTAATTATATATTTCATGGCGACCTAATAAGATT
TTTATATGTTATGCTTTCTTAAGTTTTCTTTTTGCATTTTGGTTTAAG*TGTGTCTGGTG
GATTTGTGGTAGTAGTTTTGTGGGTTAATAATATTTATAATAGTCTTATTTCAAGGAGGT
TTTGATGC

QA 2 789 2 789
DS 



AS 1 5

CO CL1711Contig1 861 5 7 U
GGATTCCAGCATCAGCAGATAGAAAAATGGCATCGCTCTTGGAGAAGGCAACTTCTGCTC
TTAGCGAAGTCAAAGAATCCGTTACAGCCACCGCTGAATCCGTCGGTGCCTCTCTAACTG
ATGCTCAGAAAACCGTGGCGGCCTCCACTGAAACTGTCACGACCTCTCTAACCGAGGCTG
GAGAAACCGCTGCGGCCTCCGCGGAAACCGTCCAGAGGTCTGTAACCGATGCTGGAGAAA
CCGTTGCAGCCTCCACTGAAACAATCAAGACTGAAGCGGCAGCAGCACCAGAGAAAGTCT
CTAATGTGTCAACACAGGCAAGAGAGGTAGTGAACAATGCTTTCTCAAAAGGTATAGAAG
GACTCAGCACTTTGCTCCATGGTCTTGAGGAGAAGAAGACTGATATTTCCTCCAAGATCG
TTGACGCTGCTACCAAGGCTGTTGCTGGCGCATCGAGCAGCACCACCGTGGCAAGCCGAG
ACGTTCCTATATCCACAGACAATCAGCCTCTGTTAGCTAGTGAGCGTGGGGCTGAGACTA
CCCCGTGGTGGAAAAATTGTTGTGGAGTTCTTGATCTTCTCAAGACATCTGCTTCAAAAT
GAAAGGCTAATGCATTTCACCATGAAGGAAGGACAGAGCACTAGAAGAAGAACCTATCCC
AAAACAACTTTCGGTTATGT*TTTGCTTTCTTTTATATTTTGATTTGTTATTGTGTCCAT
CTTAACTTTCGTTGTTTTTTGTTTTGCTTTTCTGTTGATAATCCTGTTGAGTCTTGATTG
TTTACAAGAAGTTGTGTAAGAGCCAATAAACCCCCAAAAATGTAAAATTTCCTTTGTGAT
GACTGATGAGTGACGGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU71TF U 5
AF RR1EH32TF U 1
AF RR1EH32JQ C 108
AF RR1B375TF U 1
AF RR1B375JQ C 1
BS 1 6 RR1B375JQ
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RD RR1BU71TF 547 0 0
GG
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GGTGG

QA 3 547 3 547
DS 

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GGATTC
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AAGTCAAAGAATCCGTTACAGCCACCGCTGAATCCGTCGGTGCCTCTCTAGCTGATGCTC
AGAAAACCGTGGCGGCCTCCACTGAAACTGTCACGACCTCTCTAACCGAGGCTGGAGAAA
CCGCTGCGGCCTCCGCGGAAACCGTCCAGAGGTCTGTAACCGATGCTGGAGAAACCGTTG
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TGTCAACACAGGCAAGAGAGGTAGTGAACAATGCTTTCTCAAAAGGTATAGAAGGACTCA
GCACTTTGCTCCATGGTCTTGAGGAGAAGAAGACTGATATTTCCTCCAAGATCGTTGACG
CTGCTACCAAGGCTGTTGCTGGCGCATCGAGCAGCACCACCGTGGCAAGCCGAGACGTTC
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GGTGGAAAAATTGTTGTGGAGTTCTTGATCTTCTCAAGACATCTGCTTCAAAATGAAAG*
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QA 7 646 7 646
DS 

RD RR1EH32JQ 694 0 0
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GATGCTGGAGAAACCGTTGTAGCCTCCACTGAAACAATCAAGACTGAAGCGGCAGCATCA
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TGAGTCTTGATTGTTTACAAGAAGTTGTGTAAGA

QA 1 694 1 694
DS 

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AAGTCAAAGAATCCGTTACAGCCACCGCTGAATCCGTCGGTGCCTCTCTAACTGATGCTC
AGAAAACCGTGGCGGCCTCCACTGAAACTGTCACGACCTCTCTAACCGAGGCTGGAGAAA
CCGCTGCGGCCTCCGCGGAAACCGTCCAGAGGTCTGTAACCGATGCTGGAGAAACCGTTG
CAGCCTCCACTGAAACAATCAAGACTGAAGCGGCAGCAGCACCAGAGAAAGTCTCTAATG
TGTCAACACAGGCAAGAGAGGTAGTGAACAATGCTTTCTCAAAAGGTATAGAAGGACTCA
GCACTTTGCTCCATGGTCTTGAGGAGAAGAAGACTGATATTTCCTCCAAGATCGTTGACG
CTGCTACCAAGGCTGTTGCTGGCGCATCGAGCAGCACCACCGTGGCAAGCCGAGACGTTC
CTATATCCACAGACATTCAGCCTCTGTTAGCTAGTGAGCGTGGGGCTGAGACTACCCCGT
GGTGGAAAAATTGTTGTGGAGTTCTTGATCTTCTCAAGACATCTGCTTCAAAATGAAAGG
TTAATGCATTTCACCATGAAGGAAGGACAGAGCACTAGAAGAAGAACCTATCCCAAAACA
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TTTCGTTGTTTTTTGTTTTGCTTTTCTGTTGATAATCCTGTTGAGTCTTGATTGTT

QA 7 782 7 782
DS 

RD RR1B375JQ 861 0 0
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TTAGCGAAGTCAAAGAATCCGTTACAGCCACCGCTGAATCCGTCGGTGCCTCTCTAACTG
ATGCTCAGAAAACCGTGGCGGCCTCCACTGAAACTGTCACGACCTCTCTAACCGAGGCTG
GAGAAACCGCTGCGGCCTCCGCGGAAACCGTCCAGAGGTCTGTAACCGATGCTGGAGAAA
CCGTTGCAGCCTCCACTGAAACAATCAAGACTGAAGCGGCAGCAGCACCAGAGAAAGTCT
CTAATGTGTCAACACAGGCAAGAGAGGTAGTGAACAATGCTTTCTCAAAAGGTATAGAAG
GACTCAGCACTTTGCTCCATGGTCTTGAGGAGAAGAAGACTGATATTTCCTCCAAGATCG
TTGACGCTGCTACCAAGGCTGTTGCTGGCGCATCGAGCAGCACCACCGTGGCAAGCCGAG
ACGTTCCTATATCCACAGACATTCAGCCTCTGTTAGCTAGTGAGCGTGGGGCTGAGACTA
CCCCGTGGTGGAAAAATTGTTGTGGAGTTCTTGATCTTCTCAAGACATCTGCTTCAAAAT
GAAAGGTTAATGCATTTCACCATGAAGGAAGGACAGAGCACTAGAAGAAGAACCTATCCC
AAAACAACTTTCGGTTATGT*TTTGCTTTCTTTTATATTTTGATTTGTTATTGTGTCCAT
CTTAACTTTCGTTGTTTTTTGTTTTGCTTTTCTGTTGATAATCCTGTTGAGTCTTGATTG
TTTACAAGAAGTTGTGTAAGAGCCAATAAACCCCCAAAAATGTAAAATTTCCTTTGTGAT
GACTGATGAGTGACGGATTCC

QA 1 861 1 861
DS 



AS 1 5

CO CL1712Contig1 731 5 10 U
GGACTAACAACTCGCAAGGATTTTAATTAAGTCACAAAAAAAATTCATTTAAAATAAACT
GTATACACAAGAATGACAAACTCGAGTGCACTTGTTGGTTGCCTTGCCATCTTCTTCTTC
ACATATGTGGCACCTGCCTCCTCAGCCACTCATTCTGTGGAATGGTCGCTTGGGAATGAC
TATAGCTCCTTGGCTACCGGAAAACCCTATGCCGTTGGCGATACGATCGTGTTCAACTAC
GGTGCGGGTCATACGGTGGACGAAGTGGGTGAAAGTGACTACAAAAGTTGCACATTGGGG
AACTCAATTTCTTCCGACAGTAGTGGAACCACAAGCATAGCTCTCAAGACATCTGGTTCT
CACTACTTCATTTGCGCTATCCCCGGCCACTGCACTGGTGGCATGAAGCTCTCTGTCAAC
GTAGGTGCAGTAGTCTCTTCCGGTGGTGGTGGGGACGGTGCCACCGCCAAAACTACACCT
TCTCCGACTTTAGAAGGTGGAAAGGCTGCTCCTACTGCTTCTGCCCCTGCTGTGATGAAG
CCGTTTGAGGCTTTGGTTGTGACTTGTGTAGTTGCGTTATTATATGCTTTGGCTCTTTCT
TAGTTACCTTTTAAGTGTTTCGGTGTGGTTTGACTCGTTTGAAAGTCAGGCTAGAGGCAG
TGCTGTTAGCCCTATTATTGCGTATTGTTGTGATTTAATTATTCTATGTTATTTTTCCTC
TGTTTCGTATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1FN66TF U 1
AF RR1C845TF U 363
AF RR1FN66JQ C 1
AF RR1CM12JQ C 330
AF RR1CM12TF U 330
BS 1 648 RR1FN66TF
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BS 665 665 RR1CM12TF
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RD RR1FN66TF 653 0 0
GGACTAACAACTCGCAAGGATTTTAATTAAGTCACAAAAAAAATTCATTTAAAATAAACT
GTATACACAAGAATGACAAACTCGAGTGCACTTGTTGGTTGCCTTGCCATCTTCTTCTTC
ACATATGTGGCACCTGCCTCCTCAGCCACTCATTCTGTGGAATGGTCGCTTGGGAATGAC
TATAGCTCCTTGGCTACCGGAAAACCCTATGCCGTTGGCGATACGATCGTGTTCAACTAC
GGTGCGGGTCATACGGTGGACGAAGTGGGTGAAAGTGACTACAAAAGTTGCACATTGGGG
AACTCAATTTCTTCCGACAGTAGTGGAACCACAAGCATAGCTCTCAAGACATCTGGTTCT
CACTACTTCATTTGCGCTATCCCCGGCCACTGCACTGGTGGCATGAAGCTCTCTGTCAAC
GTAGGTGCAGTAGTCTCTTCCGGTGGTGGTGGGGACGGTGCCACCGCCAAAACTACACCT
TCTCCGACTTTAGAAGGTGGAAAGGCTGCTCCTACTGCTTCTGCCCCTGCTGTGATGAAG
CCGTTTGAGGCTTTGGTTGTGACTTGTGTAGTTGCGTTATTATATGCTTTGGCTCTTTCT
TAGTTACCTTTTAAGTGTTTCGGTGTGGTTTGACTCGTTTGAAAGTCACGCTA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1C845TF 355 0 0
G
TACTTCATTTGCGCTATCCCCGGCCACTGCACTGGTGGCATGAAGCTCTCTGTCAACGTA
GGTGCAGTAGTCTCTTCCGAAGGTGGTGGGGACGGTGCCACCGCCAAAACTACACCTTCT
CCGACCTTAGAAGGTGGAAAGGCTGCTCCTACTGCTTCTGCCACTGCTGTGATGAAGCCG
TTTGAGGCTTTGGTTGTGACTTGTGTAGTTGCGTTATTATATGCTTTGGCTCTTTCTTAG
TTACCTTTTAAGTGTTTCGGTGTGGTTTGACTCGTTTGAA*GTCAGGCTAGAGGCAGTGC
TATTAGCCCTATTATTGCTTATTGTTGTGATTTAATTATTCTATGTTATTTTT
G

QA 2 354 2 354
DS 

RD RR1FN66JQ 728 0 0
GGACTAACAACTCGCAAGGATTTTAATTAAGTCACAAAAAAAATTCATTTAAAATAAACT
GTATACACAAGAATGACAAACTCGAGTGCACTTGTTGGTTGCCTTGCCATCTTCTTCTTC
ACATATGTGGCACCTGCCTCCTCAGCCACTCATTCTGTGGAATGGTCGCTTGGGAATGAC
TATAGCTCCTTGGCTACCGGAAAACCCTATGCCGTTGGCGATACGATCGTGTTCAACTAC
GGTGCGGGTCATACGGTGGACGAAGTGGGTGAAAGTGACTACAAAAGTTGCACATTGGGG
AACTCAATTTCTTCCGACAGTAGTGGAACCACAAGCATAGCTCTCAAGACATCTGGTTCT
CACTACTTCATTTGCGCTATCCCCGGCCACTGCACTGGTGGCATGAAGCTCTCTGTCAAC
GTAGGTGCAGTAGTCTCTTCCGGTGGTGGTGGGGACGGTGCCACCGCCAAAACTACACCT
TCTCCGACTTTAGAAGGTGGAAAGGCTGCTCCTACTGCTTCTGCCCCTGCTGTGATGAAG
CCGTTTGAGGCTTTGGTTGTGACTTGTGTAGTTGCGTTATTATATGCTTTGGCTCTTTCT
TAGTTACCTTTTAAGTGTTTCGGTGTGGTTTGACTCGTTTGAAAGTCAGGCTAGAGGCAG
TGCTGTTAGCCCTATTATTGCGTATTGTTGTGATTTAATTATTCTATGTTATTTTTCCTC
TGTTTCGT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1CM12JQ 402 0 0
G
ACAAGCATAGCTCTCAAGACATCTGGTTCTCACTACTTCATTTGCGCTATCCCCGGCCAC
TGCACTGGTGGCATGAAGCTCTCTGTCAACGTAGGTGCAGTAGTCTCTTCCGGTGGTGGT
GGGGACGGTGCCACCGCCAAAACTACACCTTCTCCGACTTTAGAAGGTGGAAAGGCTGCT
CCTACTGCTTCTGCCCCTGCTGTGATGAAGCCGTTTGAGGCTTTGGTTGTGACTTGTGTA
GTTGCGTTATTATATGCTTTGGCTCTTTCTTAGTTACCTTTTAAGTGTTTCGGTGTGGTT
TGACTCGTTTGAAAGTCAGGCTAGAGGCAGTGCTGTTAGCCCTATTATTGCGTATTGTTG
TGATTTAATTATTCTATGTTATTTTTCCTCTGTTTCGTATT

QA 2 402 2 402
DS 

RD RR1CM12TF 402 0 0
G
ACAAGCATAGCTCTCAAGACATCTGGTTCTCACTACTTCATTTGCGCTATCCCCGGCCAC
TGCACTGGTGGCATGAAGCTCTCTGTCAACGTAGGTGCAGTAGTCTCTTCCGGTGGTGGT
GGGGACGGTGCCACCGCCAAAACTACACCTTCTCCGACTTTAGAAGGTGGAAAGGCTGCT
CCTACTGCTTCTGCCCCTGCTGTGATGAAGCCGTTTGAGGCTTTGGTTGTGACTTGTGTA
GTTGCGTTATTATATGCTTTGGCTCTTTCTTAGTTACCTTTTAAGTGTTTCGGTGTGGTT
TGACTCGTTTGAAAGTCAGGCTAGAGGCAGTGCTGTTAGCCCTATTATTGCGTATTGTTG
TGATTTAATTATTCTATGTTATTTTTCCTCTGTTTCGT
ATT

QA 2 399 2 399
DS 



AS 1 5

CO CL1713Contig1 625 5 2 U
GGATCCTAATCCGACGTTTAGCAAACCCTCCTCCTCAATTTTCTTCATCTTCCCTTGTCA
GCGAAACTCGTGCAATTATGGCGATCAGTTCCTTCAAGCAAGAGCATCCTCTCGAAAAGA
GACAGGCTGAAGCTGCTCGTATCAGGGACAAGTATCCAGATAGAATACCCGTCATTGTCG
AAAGAGCCGAGAAGAGTGATGTCCCTGATATTGATAAGAAAAAGTACTTGGTCCCAGCTG
ATCTGACTGTTGGTCAGTTTGTTTATGTTGTCCGCAAGAGGATCAAGCTCAGTCCTGAGA
AAGCCATCTTCATTTTCGTCAAGAACATTCTTCCCCCTACTGCTGCGATTATGTCTTCGA
TTTATGAAGAGCACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACATGAGTTACAGTGGGGAGAACA
CTTTCGGTATCTTCTAATGCGCTTGCTTGGAGCTACCATCTCTCTGAAACCTTACTGCCT
CGGTCTACTATGTACATTCTTTCTATTTCTCGCTGCTTTGTTATGTCTGAAGCTATGGAA
CTTGCTTTGTTATGAACTTATCAACATATAATCCTCTCTTGTACTCTTCGCTTCGCTTTA
CTTTGCTTTGACAATAACTTGGCTA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D029JQ C 10
AF RR1EF71JQ C 1
AF RR1EF71TF U 1
AF RR1D029TF U 1
AF RR1B309TF U 280
BS 1 612 RR1D029TF
BS 613 625 RR1B309TF

RD RR1D029JQ 566 0 0
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AAGCTGCTCGTATCAGGGACAAGTATCCAGATAGAATACCCGTCATTGTCGAAAGAGCCG
AGAAGAGTGATGTCCCTGATATTGATAAGAAAAAGTACTTGGTCCCAGCTGATCTGACTG
TTGGTCAGTTTGTTTATGTTGTCCGCAAGAGGATCAAGCTCAGTCCTGAGAAAGCCATCT
TCATTTTCGTCAAGAACATTCTTCCCCCTACTGCTGCGATTATGTCTTCGATTTATGAAG
AGCACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACATGAGTTACAGTGGGGAGAACACTTTCGGTA
TCTTCTAATGCGCTTGCTTGGAGCTACCATCTCTCTGAAACCTTACTGCCTCGGTCTACT
ATGTACATTCTTTCTATTTCTCGCTGCTTTGTTATGTCTGAAGCTATGGAACTTGCTTTG
TTATGAACTTATCAACATATAATCCT

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1EF71JQ 585 0 0
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AAAGAGCCGAGAAGAGTGATGTCCCTGATATTGATAAGAAAAAGTACTTGGTCCCAGCTG
ATCTGACTGTTGGTCAGTTTGTTTATGTTGTCCGCAAGAGGATCAAGCTCAGTCCTGAGA
AAGCCATCTTCATTTTCGTCAAGAACATTCTTCCCCCTACTGCTGCGATTATGTCTTCGA
TTTATGAAGAGCACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACATGAGTTACAGTGGGGAGAACA
CTTTCGGTATCTTTTAATGCGCTTGCTTGGAGCTACCATCTCTCTGAAACCTTACTGCCT
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CTTGCTTTGTTATGAACTTATCAACATATAATCCTCTCTTGTACT

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1EF71TF 585 0 0
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GCGAAACTCGTGCAATTATGGCGATCAGTTCCTTCAAGCAAGAGCATCCTCTCGAAAAGA
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AAAGAGCCGAGAAGAGTGATGTCCCTGATATTGATAAGAAAAAGTACTTGGTCCCAGCTG
ATCTGACTGTTGGTCAGTTTGTTTATGTTGTCCGCAAGAGGATCAAGCTCAGTCCTGAGA
AAGCCATCTTCATTTTCGTCAAGAACATTCTTCCCCCTACTGCTGCGATTATGTCTTCGA
TTTATGAAGAGCACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACATGAGTTACAGTGGGGAGAACA
CTTTCGGTATCTTCTAATGCGCTTGCTTGGAGCTACCATCTCTCTGAAACCTTACTGCCT
CGGTCTACTATGTACATTCTTTCTATTTCTCGCTGCTTTGTTATGTCTGAAGCTATGGAA
CTTGCTTTGTTATGAACTTATCAACATATAATCCTCTCTTGTACT

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1D029TF 612 0 0
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GCGAAACTCGTGCAATTATGGCGATCAGTTCCTTCAAGCAAGAGCATCCTCTCGAAAAGA
GACAGGCTGAAGCTGCTCGTATCAGGGACAAGTATCCAGATAGAATACCCGTCATTGTCG
AAAGAGCCGAGAAGAGTGATGTCCCTGATATTGATAAGAAAAAGTACTTGGTCCCAGCTG
ATCTGACTGTTGGTCAGTTTGTTTATGTTGTCCGCAAGAGGATCAAGCTCAGTCCTGAGA
AAGCCATCTTCATTTTCGTCAAGAACATTCTTCCCCCTACTGCTGCGATTATGTCTTCGA
TTTATGAAGAGCACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACATGAGTTACAGTGGGGAGAACA
CTTTCGGTATCTTCTAATGCGCTTGCTTGGAGCTACCATCTCTCTGAAACCTTACTGCCT
CGGTCTACTATGTACATTCTTTCTATTTCTCGCTGCTTTGTTATGTCTGAAGCTATGGAA
CTTGCTTTGTTATGAACTTATCAACATATAATCCTCTCTTGTACTCTTCGCTTCGCTTTA
CTTTGCTTTGAC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1B309TF 346 0 0
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CTGCTGCGATTATGTCTTCGATTTATGAAGAGCACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACA
TGAGTTACAGTGGGGAGAACACTTTCGGTATCTTCTAATGCGCTTGCTTGGAGCTACCAT
CCCTCTGAAACCTTACTGCCTCGGTCTACTATGTACATTCTTTCTATTTCTCGCTGCTTT
GTTATGTCTGAAGCTATGGAACTTGCTTTGTTATGAACTTATCAACATATAATCCTCTCT
TGTACTCTTCGCTTCGCTTTACTTTGCTTTGACAATAACTTGGCTA

QA 1 346 1 346
DS 



AS 1 4

CO CL1714Contig1 699 4 4 U
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CAGAAAGTGAAAAATGTAGCAAGCAACATATCATCCCAATTAGGAAAAGAATCACAAAAG
ACTTGGGCTTTTAAGGAAGTAAATAGCTCTGTTCAGCAACGTGATTTCCAAAATATCAAA
ATTTAATCCCCATCCGGAGAGGAGATTGATGCAGAGAAGTAGAGTTTATCAGAAGATAGG
GACAAAAGGATGTGCTTAAGGGAATGTGCGCTGGTAGAGTGGTAGAGCTCCCAAGGCTTC
ACGTTCCTTTCTTTCCCTTTCAACGAGAGCCAGCATCTCCTGAAGATAGCCACGGAATGG
GGTCTGCACCGCCTGAAGATCCTTGGGAAGGTACTCGTGCTTCATGGAGAGGTCCATGGC
ACGCTTGAGACGCTGGTTACGAGCGTCAACGACCTCCCTAGGCAATCTGTTCAGAGCTTC
CTTAATATCCAGATTTTCGTACTGATCGTGTAGATCATCGTACCTGAGACCGTATCTACG
AAGGCGAGTTGATACGGCTTTCATATGCATACGAGCTAGGAAGTTCTTCTTTGGATCGAT
TAGCGATTGCAGAAACGTCGACATTTTCTCTCCGTCTGTGCGTGCTTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCACCGGTTGCGCAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CO94JQ U 33
AF RR1FB77JQ U 1
AF RR1FB77TF C 23
AF RR1CO94TF C 33
BS 1 194 RR1FB77JQ
BS 195 195 RR1CO94JQ
BS 196 665 RR1FB77JQ
BS 666 699 RR1FB77TF

RD RR1CO94JQ 539 0 0
GC
TGTGTCGTCGATTTTATTCATGCCAGCAGAAAGTGAAAAATGTAGCAAGCAACATATCAT
CCCAATTAGGAAAAGAATCACAAAAGACTTGGGCTTTTAAGGAAGTAAATAGCTCTGTTC
AGCAATGTGATTTCCAAAATATCAAAATTTAATCCCCATCCGGAGAGGAGATTGATGCAG
AGAAGTAGAGTTTATCAGAAGATAGGGACAAAAGGATGTGCTTAAGGGAATGTGCGCTGG
TAGAGTGGTAGAGCTCCCAAGGCTTCACGTTCCTTTCTTTCCCTTTCAACGAGAGCCAGC
ATCTCCTGAAGATAGCCACGGAATGGGGTCTGCACCGCCTGAAGATCCTTGGGAAGGTAC
TCGTGCTTCATGGAGAGGTCCATGGCACGCTTGAGACGCTGGTTACGAGCGTCAACGACC
TCCCTAGGCAATCTGTTCAGAGCTTCCTTAATATCCAGATTTTCGTACTGATCGTGTAGA
TCATCGTACCTGAGACCGTATCTACGAAGGCGAGTTGATACGGCTTTCATATGCATA

QA 3 539 3 539
DS 

RD RR1FB77JQ 665 0 0
GGGAAAATGAGAATCATTGAACCAGACTCAGTGTTGTGTCGTCGATTTTATTCATGCCAG
CAGAAAGTGAAAAATGTAGCAAGCAACATATCATCCCAATTAGGAAAAGAATCACAAAAG
ACTTGGGCTTTTAAGGAAGTAAATAGCTCTGTTCAGCAACGTGATTTCCAAAATATCAAA
ATTTAATCCCCATCTGGAGAGGAGATTGATGCAGAGAAGTAGAGTTTATCAGAAGATAGG
GACAAAAGGATGTGCTTAAGGGAATGTGCGCTGGTAGAGTGGTAGAGCTCCCAAGGCTTC
ACGTTCCTTTCTTTCCCTTTCAACGAGAGCCAGCATCTCCTGAAGATAGCCACGGAATGG
GGTCTGCACCGCCTGAAGATCCTTGGGAAGGTACTCGTGCTTCATGGAGAGGTCCATGGC
ACGCTTGAGACGCTGGTTACGAGCGTCAACGACCTCCCTAGGCAATCTGTTCAGAGCTTC
CTTAATATCCAGATTTTCGTACTGATCGTGTAGATCATCGTACCTGAGACCGTATCTACG
AAGGCGAGTTGATACGGCTTTCATATGCATACGAGCTAGGAAGTTCTTCTTTGGATCGAT
TAGCGATTGCAGAAACGTCGACATTTTCTCTCCGTCTGTGCGTGCTTCTCTCTCTCTCTC
TCTCT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1FB77TF 677 0 0
CAGACTCAGTGTTGTGTCGTCGATTTTATTCATGCCAGCAGAAAGTGAAAAATGTAGCAA
GCAACATATCATCCCAATTAGGAAAAGAATCACAAAAGACTTGGGCTTTTAAGGAAGTAA
ATAGCTCTGTTCAGCAACGTGATTTCCAAAATATCAAAATTTAATCCCCATCTGGAGAGG
AGATTGATGCAGAGAAGTAGAGTTTATCAGAAGATAGGGACAAAAGGATGTGCTTAAGGG
AATGTGCGCTGGTAGAGTGGTAGAGCTCCCAAGGCTTCACGTTCCTTTCTTTCCCTTTCA
ACGAGAGCCAGCATCTCCTGAAGATAGCCACGGAATGGGGTCTGCACCGCCTGAAGATCC
TTGGGAAGGTACTCGTGCTTCATGGAGAGGTCCATGGCACGCTTGAGACGCTGGTTACGA
GCGTCAACGACCTCCCTAGGCAATCTGTTCAGAGCTTCCTTAATATCCAGATTTTCGTAC
TGATCGTGTAGATCATCGTACCTGAGACCGTATCTACGAAGGCGAGTTGATACGGCTTTC
ATATGCATACGAGCTAGGAAGTTCTTCTTTGGATCGATTAGCGATTGCAGAAACGTCGAC
ATTTTCTCTCCGTCTGTGCGTGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
CACCGGTTGCGCAACCC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1CO94TF 667 0 0
GC
TGTGTCGTCGATTTTATTCATGCCAGCAGAAAGTGAAAAATGTAGCAAGCAACATATCAT
CCCAATTAGGAAAAGAATCACAAAAGACTTGGGCTTTTAAGGAAGTAAATAGCTCTGTTC
AGCAATGTGATTTCCAAAATATCAAAATTTAATCCCCATCCGGAGAGGAGATTGATGCAG
AGAAGTAGAGTTTATCAGAAGATAGGGACAAAAGGATGTGCTTAAGGGAATGTGCGCTGG
TAGAGTGGTAGAGCTCCCAAGGCTTCACGTTCCTTTCTTTCCCTTTCAACGAGAGCCAGC
ATCTCCTGAAGATAGCCACGGAATGGGGTCTGCACCGCCTGAAGATCCTTGGGAAGGTAC
TCGTGCTTCATGGAGAGGTCCATGGCACGCTTGAGACGCTGGTTACGAGCGTCAACGACC
TCCCTAGGCAATCTGTTCAGAGCTTCCTTAATATCCAGATTTTCGTACTGATCGTGTAGA
TCATCGTACCTGAGACCGTATCTACGAAGGCGAGTTGATACGGCTTTCATATGCATACGA
GCTAGGAAGTTCTTCTTTGGATCGATTAGCGATTGCAGAAACGTCGACATTTTCTCTCCG
TCTGTGCGTGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT**TCACCGGTTGCGC
AACCC

QA 3 667 3 667
DS 



AS 1 4

CO CL1715Contig1 758 4 2 U
TTTTTCCAACAAATAGACGAGCTAGATATATAGCTCTCAGAATCAGTTCAGAGATGAGCT
TTTACTTATGCAGAAATAAACACTTAAATGAATCTCACAGCCTTCAGGAATTCATTATTG
AAAACAACAGAGAAGATTTGTCAACAACTTGTAGCAAAACATTTTGGCCAGAACGACAAA
GGCTGTGTGTTTTTATATATAACAACTAGCAAGTGACATCCACAAGACTAGACCAGAGCA
GAGATGTAATCTGTCAGTTTTTCCTTCCTTCCGACAAGATGATGTGGTATCCGTGCGTAG
ATTTGAAAGGTGCACTAGTGACACCAACAGGTGTGTTGAAGGCGACATCTTGGAAAGGAC
CAGCCATCTTTCCTCTTGGGAACCATCCAAGATCTCCTCCTTTTTTCCCTGATGGGCACT
CCGAGTACTCTGCTGCAATCTTTGCAAACTCAGCAGGAGGAACCTTGTCTCCGTTGCTCA
ACCAGCCATCCTGCAACTTCTTGTATGCCTCATTGATCTTCCCTTGCTTTTCGCACAAAA
CATGTCTCGCTTTGACATAAGTACATGTTCCTAGACCATCAGCAGCTTTCCCAGCTTTGC
CTTTACCCTTGGAGGAGGCTTCATCACTCCCACCACCAGCTTGCTTTCCCTTACCCTTCC
CACCAGCTTTACCGTCTTTCCCCATATCTCCTTCCTAAACTCTTTGAGGTTCTTCTTCTT
CTTTCAGATTGAACGATCGAGCAAAGAGTGAGCGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CG34TF C 1
AF RR1CG34JQ U 57
AF RR1EZ94JQ U 64
AF RR1EZ94TF C 64
BS 1 63 RR1CG34TF
BS 64 758 RR1CG34JQ

RD RR1CG34TF 758 0 0
TTTTTCCAACAAATAGACGAGCTAGATATATAGCTCTCAGAATCAGTTCAGAGATGAGCT
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AAAACAACAGAGAAGATTTGTCAACAACTTGTAGCAAAACATTTTGGCCAGAACGACAAA
GGCTGTGTGTTTTTATATATAACAACTAGCAAGTGACATCCACAAGACTAGACCAGAGCA
GAGATGTAATCTGTCAGTTTTTCCTTCCTTCCGACAAGATGATGTGGTATCCGTGCGTAG
ATTTGAAAGGTGCACTAGTGACACCAACAGGTGTGTTGAAGGCGACATCTTGGAAAGGAC
CAGCCATCTTTCCTCTTGGGAACCATCCAAGATCTCCTCCTTTTTTCCCTGATGGGCACT
CCGAGTACTCTGCTGCAATCTTTGCAAACTCAGCAGGAGGAACCTTGTCTCCGTTGCTCA
ACCAGCCATCCTGCAACTTCTTGTATGCCTCATTGATCTTCCCTTGCTTTTCGCACAAAA
CATGTCTCGCTTTGACATAAGTACATGTTCCTAGACCATCAGCAGCTTTCCCAGCTTTGC
CTTTACCCTTGGAGGAGGCTTCATCACTCCCACCACCAGCTTGCTTTCCCTTACCCTTCC
CACCAGCTTTACCGTCTTTCCCCATATCTCCTTCCTAAACTCTTTGAGGTTCTTCTTCTT
CTTTCAGATTGAACGATCGAGCAAAGAGTGAGCGAGCC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1CG34JQ 702 0 0
AGCTTTT
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TGTGTGTTTTTATATATAACAACTAGCAAGTGACATCCACAAGACTAGACCAGAGCAGAG
ATGTAATCTGTCAGTTTTTCCTTCCTTCCGACAAGATGATGTGGTATCCGTGCGTAGATT
TGAAAGGTGCACTAGTGACACCAACAGGTGTGTTGAAGGCGACATCTTGGAAAGGACCAG
CCATCTTTCCTCTTGGGAACCATCCAAGATCTCCTCCTTTTTTCCCTGATGGGCACTCCG
AGTACTCTGCTGCAATCTTTGCAAACTCAGCAGGAGGAACCTTGTCTCCGTTGCTCAACC
AGCCATCCTGCAACTTCTTGTATGCCTCATTGATCTTCCCTTGCTTTTCGCACAAAACAT
GTCTCGCTTTGACATAAGTACATGTTCCTAGACCATCAGCAGCTTTCCCAGCTTTGCCTT
TACCCTTGGAGGAGGCTTCATCACTCCCACCACCAGCTTGCTTTCCCTTACCCTTCCCAC
CAGCTTTACCGTCTTTCCCCATATCTCCTTCCTAAACTCTTTGAGGTTCTTCTTCTTCTT
TCAGATTGAACGATCGAGCAAAGAGTGAGCGAGCC

QA 8 702 8 702
DS 

RD RR1EZ94JQ 677 0 0
ACTTATGCAGAAATAAACACTTAAATGAATCTCACAGCCTTCAGGAATTCATTATTGAAA
ACAACAGAGAAGATTTGTCAACAACTTGTAGCAAA*CATTTTGGCCAGAACGACAAAGGC
TGTGTGTTTTTATATATAACAACTAGCAAGTGACATCCACAAGACTAGACCAGAGCAGAG
ATGTAATCTGTCAGTTTTTCCTTCCTTCCGACAAGATGATGTGGTATCCGTGCGTAGATT
TGAAAGGTGCACTAGTGACACCAACAGGTGTGTTGAAGGCGACATCTTGGAAAGGACCAG
CCATCTTTCCTCTTGGGAACCATCCAAGATCTCCTCCTTTTTTCCCTGATGGGCACTCCG
AGTACTCTGCTGCAATCTTTGCAAACTCAGCAGGAGGAACCTTGTCTCCGTTGCTCAACC
AGCCATCCTGCAACTTCTTGTATGCCTCATTGATCTTCCCTTGCTTTTCGCACAAAACAT
GTCTCGCTTTGACATAAGTACATGTTCCTAGACCATCAGCAGCTTTCCCAGCTTTGCCTT
TACCCTTGGAGGAGGCTTCATCACTCCCACCACCAGCTTGCTTTCCCTTACCCTTCCCAC
CAGCTTTACCGTCTTTCCCCATATCTCCTTCCTAAACTCTTTGAGGTTCTTCTTCTTCTT
CTTTCAGATTGAACCCC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1EZ94TF 677 0 0
ACTTATGCAGAAATAAACACTTAAATGAATCTCACAGC*TTCAGGAATTCATTATTGAAA
ACAACAGAGAAGATTTGTCAACAACTTGTAGCAAA*CATTTTGGCCAGAACGACAAAGGC
TGTGTGTTTTTATATATAACAACTAGCAAGTGACATCCACAAGACTAGACCAGAGCAGAG
ATGTAATCTGTCAGTTTTTCCTTCCTTCCGACAAGATGATGTGGTATCCGTGCGTAGATT
TGAAAGGTGCACTAGTGACACCAACAGGTGTGTTGAAGGCGACATCTTGGAAAGGACCAG
CCATCTTTCCTCTTGGGAACCATCCAAGATCTCCTCCTTTTTTCCCTGATGGGCACTCCG
AGTACTCTGCTGCAATCTTTGCAAACTCAGCAGGAGGAACCTTGTCTCCGTTGCTCAACC
AGCCATCCTGCAACTTCTTGTATGCCTCATTGATCTTCCCTTGCTTTTCGCACAAAACAT
GTCTCGCTTTGACATAAGTACATGTTCCTAGACCATCAGCAGCTTTCCCAGCTTTGCCTT
TACCCTTGGAGGAGGCTTCATCACTCCCACCACCAGCTTGCTTTCCCTTACCCTTCCCAC
CAGCTTTACCGTCTTTCCCCATATCTCCTTCCTAAACTCTTTGAGGTTCTTCTTCTTCTT
CTTTCAGATTGAACCCC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 5

CO CL1716Contig1 757 5 12 U
GGGATTCCTCTTTGGAGCTTCTCTGCGTTGGATTCGAGGCGCAACACAGAGATTTGGCAT
CCAGAGGAAGGAAGAAGAAGAAGAAGA***CTGCTCCAATGGCTGATCCTGAACTATAAG
CTATTAGACAGAGGAGAATGCAAGAGCTCATGGCTCGACATGGCACT***GGGAAGCAGG
GCAACCAACAGAATCCAGATCAAGAGAGAGCTCAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATG
AGCGTAGACAAATTATGCTTAGTCAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGGATTGCTA
GAATTGCCCTTGTGAAACCTGAGAAAGCTAAAGGTGTTGAGGATGTTATTTTAAGGGCTG
CTCAAATGGGACAGATTGTTGAGAAGGTTTCTGAGGAGCGACTTATAACGCTGTTGGAAC
AAATAAACAGCCAAACAACCAAACAGACTAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTGG
ACGACGATTAGGAAGAAGAAGAAGATTATGCGATCTATGGGAGATCTCACTGTTGAGTTC
ACTAAGATGTACTTACTGTGAAATATGTTTATTGTGGGTGAATCTTAATACTCTTCCAAA
TGAGATCATAAAAGTAATCTCAAACTGAAACTCTTTATTTTATCCTTTTTGGCATTTCTT
CTGTGAACCATCCCTATCTCTTCTTATCTTTCTCTCCTCGCATTGCCTTGTATGGTTTGA
ATATTAATTTAAAAGAAAAAAACGATTGTGTTGTGAT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD49TF U 23
AF RR1FQ31TF U 2
AF RR1B304TF U 1
AF RR1FQ31JQ C 2
AF RR1GD49JQ C 62
BS 1 87 RR1B304TF
BS 88 90 RR1FQ31TF
BS 91 167 RR1B304TF
BS 168 170 RR1FQ31TF
BS 171 218 RR1B304TF
BS 219 219 RR1FQ31TF
BS 220 391 RR1B304TF
BS 392 392 RR1FQ31TF
BS 393 720 RR1B304TF
BS 721 721 RR1FQ31JQ
BS 722 733 RR1B304TF
BS 734 757 RR1FQ31JQ

RD RR1GD49TF 574 0 0
GG
GCGTTGGATTCGAGGCGCAACACAGAGATTTGGCATCCAGAGGAAGGAAGAAGAAGAAGA
AGA***CTGCTCCAATGGCTGATCCTGAACTATAAGCTATTAGACAGAGGAGAATGCAAG
AGCTCATGGCTCGACATGGCACT***GGGAAGCAGGGCAACCAACAGAATCCAGATCAAG
AGAGAGCTCAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAGCGTAGACAAATTATGCTTAGTC
AAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGGATTGCTAGAATTGCCCTTGTGAAACCTGAGA
AAGCTAAAGGTGATGAGGATGTTATTTTAAGGGCTGCTCAAATGGGACAGATTGTTGAGA
AGGTTTCTGAGGAGCGACTTATAACGCTGTTGGAACAAATAAACAGCCAAACAACCAAAC
AGACTAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTGGACGACGATTAGGAAGAAGAAGAAG
ATTATGCGATCTATGGGAGATCTCACTGTTGAGTTCACTAAGATGTACTTACTGTGAAAT
ATGTTTATTGTGGGTGAATCTTAATACTCTTC

QA 3 574 3 574
DS 

RD RR1FQ31TF 711 0 0
GGATTCCTCTTTGGAGCTTCTCTGCGTTGGATTCGAGGCGCAACACAGAGATTTGGCATC
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CTGTGAACCATCCCTATCTCTTCTTATCTTTCTCTCCTCGCATTGCCTTGTATGGTTTGA
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G

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TATTAATTTAAAAGAAAAAAACGATTGTGTTGTGAT

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AATTGCCCTTGTGAAACCTGAGAAAGCTAAAGGTGATGAGGATGTTATTTTAAGGGCTGC
TCAAATGGGACAGATTGTTGAGAAGGTTTCTGAGGAGCGACTTATAACGCTGTTGGAACA
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GAGATCATAAAAGTAATCTCAAACTGAAACTCTTTATTTTATCCTTTTTGGCATTTCTTC
TGTGAACCATCCCTATCTCTTCTTATCTTTCTCTCCTCGCATTGCCTTGTATGGTTTGAA
TATTAATTTAAAAGAAAAAAACGATTGTGT

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DS 



AS 0 0

AS 1 5

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ACAACCCCCTCGCCGGAGACTCTCCTCCTCATCCTAGACCCAAATGGCGTAAAGTAGCCT
ACGGAGGGAAGCAGATCGGATACGACGACAACTACACCGACGAAACCTTCCTCGAAGAGA
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CCATCTCCCAGTACCTCTGCATCGTCGCCCTCGTCGTCCTCGTCTGGTTCCACACTCTCC
AATCATCCTTAGACGAGAATTCTCTCCTCCTCCTCGATCTCTCCCTCTTAGCCTCAGGCT
TCCTCGTCCTCCTCCTCACCGAAGAGAACATGCTCTCCTTCACCCTCCTCATGCGTTACC
TCGTCAACATCACCTTCTTCACTACAGGACTCTACATCTTAGCTCCTGTTTACCAGACCC
TAACGAGATCAATCAGCTCTGATTCGATCTGGGCCGTCACTGTTTCTCTCCTCCTGCTTC
ACCTCTTCTTGCACGATTACTCCGGATCCACCATCAGAGCTCCGGGAGCGTTGCTAAAGA
ACAACAGTCCGAGCTTGACGAGCTGTGTCTCTGTGAACGCTTCGATCGTGGCCTCTGTGT
TTGTAGCTTCGAGACTTCCTTCGAGAGGGCATGTCTTCGCTGTGATGCTCTTCTCGCTTC
AGGTGTTTCTATTCGCTCCTCTCGTTGCGTACTGCATCAAGAAGTTCTCGTTTGGGTTGC
ATCTCGGCTTCTCGTTTGCGTTGGTGGGTTTGACGTTATACTCTGTTTATGTGCCGCATA
GGTTGGTTTTTGTTCTGTTTCTTGTTATTGTGGTGGTTGTTAATGTTGTGTGTCCTTATT
GGTTGATAAGGATGCAGGAGTATAAGTTTGAGATTAATGGTCCTTGGGATGAGGCTAAGC
TTTGTTTTGACATTACTGATTGATTGATATTATTCTTTTGTAGCTAAGCATTGCTTTTAA
TATTTACAGATTATTATTCTTTTGTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H396TF U 17
AF RR1C157TF U 1
AF RR1C157JQ C 259
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AF RR1F803TF U 559
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GGGT
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TCTCCTCCTCATCCTAGACCCAAATGGCGTAAAGTAGCCTACGGAGGGATGCAGATCGGA
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TCTCTCCTCCTCCTCGATCTCTCCCTCTTAGCCTCAGGCTTCCTCGTCCTCCTCCTCACC
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TCGAGAGGGCATGTCTTCGCTGTGATGCTCTTCTCGCT

QA 5 702 5 702
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ACAACCCCCTCGCCGGAGACTCTCCTCCTCATCCTAGACCCAAATGGCGTAAAGTAGCCT
ACGGAGGGAAGCAGATCGGATACGACGACAACTACACCGACGAAACCTTCCTCGAAGAGA
TGGTGATGAACGCCAACGTCGTCCGCCGCGACTTGCTCAAAGCGATGAAAGACTCAGTCT
CCATCTCCCAGTACCTCTGCATCGTCGCCCTCGTCGTCCTCGTCTGGTTCCACACTCTCC
AATCATCCTTAGACGAGAATTCTCTCCTCCTCCTCGATCTCTCCCTCTTAGCCTCAGGCT
TCCTCGTCCTCCTCCTCACCGAAGAGAACATGCTCTCCTTCACCCTCCTCATGCGTTACC
TCGTCAACATCACCTTCTTCACTACAGGACTCTACATCTTAGCTCCTGTTTACCAGACCC
TAACGAGATCAATCAGCTCTGATTCGATCTGGGCCGTCACTGTTTCTCTCCTCCTGCTTC
ACCTCTTCTTGCACGATTACTCCGGATCCACCATCAGAGCTCCGGGAGCGTTGCTAAAGA
ACAACAGTCCGAGCTTGACGAGCTGTGTCTCTGTGAACGCTTCGATCGTGGCCTCTGTGT
TTGTAGCTTCGAGACTTCCTTCGAGAGGGCATGTCTTCGCTGTGATGCTCTTCTCGCTTC
AG*TGTTTCTATTCGCTCCTCTCGTTGCGTACTGCATC

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DS 

RD RR1C157JQ 747 0 0
GCATCGTCGCCCTCGTCGTCCTCGTCTGGTTCCACACTCTCCAATCATCCTTAGACGAGA
ATTCTCTCCTCCTCCTCGATCTCTCCCTCTTAGCCTCAGGCTTCCTCGTCCTCCTCCTCA
CCGAAGAGAACATGCTCTCCTTCACCCTCCTCATGCGTTACCTCGTCAACATCACCTTCT
TCACTACAGGACTCTACATCTTAGCTCCTGTTTACCAGACCCTAACGAGATCAATCAGCT
CTGATTCGATCTGGGCCGTCACTGTTTCTCTCCTCCTGCTTCACCTCTTCTTGCACGATT
ACTCCGGATCCACCATCAGAGCTCCGGGAGCGTTGCTAAAGAACAACAGTCCGAGCTTGA
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CTTCGAGAGGGCATGTCTTCGCTGTGATGCTCTTCTCGCTTCAGGTGTTTCTATTCGCTC
CTCTCGTTGCGTACTGCATCAAGAAGTTCTCGTTTGGGTTGCATCTCGGCTTCTCGTTTG
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QA 1 747 1 747
DS 

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CGAGCTGTGTCTCTGTGAACGCTTCGATCGTGGCCTCTGTGTTTGTAGCTTCGAGACTTC
CTTCGAGAGGGCATGTCTTCGCTGTGATGCTCTTCTCGCTTCAGGTGTTTCTATTCGCTC
CTCTCGTTGCGTACTGCATCAAGAAGTTCTCGTTTGGGTTGCATCTCGGCTTCTCGTTTG
CGTTGGTGGGTTTGACGTTATACTCTGTTTATGTGCCGCATAGGTTGGTTTTTGTTCTGT
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ATTGATTGATATTATTCTTTTGTAGCTAAGCATTGCTTTTAATATTTACAGATTATTATT
CTTTTGTAGC

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DS 

RD RR1F803TF 490 0 0
ACTCCGGATCCACCATCAGAGCTCCGGGAGCGTTGCTAAAGAACAACAGTCCGAGCTTGA
CGAGCTGTGTCTCTGTGAACGCTTCGATCGTGGCCTCTGTGTTTGTAGCTTCGAGACTTC
CTTCGAGAGGGCATGTCTTCGCTGTGATGCTCTTCTCGCTTCAGGTGTTTCTATTCGCTC
CTCTCGTTGCGTACTGCATCAAGAAGTTCTCGTTTGGGTTGCATCTCGGCTTCTCGTTTG
CGTTGGTGGGTTTGACGTTATACTCTGTTTATGTGCCGCATAGGTTGGTTTTTGTTCTGT
TTCTTGTTATTGTGGTGGTTGTTAATGTTGTGTGTCCTTATTGGTTGATAAGGATGCAGG
AGTATAAGTTTGAGATTAATGGTCCTTGGGATGAGGCTAAGCTTTGTTTTGACATTACTG
ATTGATTGATATTATTCTTTTGTAGCTAAGCATTGCTTTTAATATTTACAGATTATTATT
CTTTTGTAGC

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 5

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GGACATCTTCAACCAAACTCACAAACAAGAAGAAGAACAACAAAAACCATAAGAAAGAAC
AAGAGAAGGATTCTTCTGCCTTGGAAACCACACAAGAACATAGAGAGATAGACTTAATAA
TGGCGTATGAGAAAGTCAACGAGCTTAACCTTAAGGACACAGAGCTTCGTCTTGGATTAC
CTGGAACAGAACAAGTTAAAGAAGAACAAGACGTTTCTTGCGTTAGAAGCAACAAGCGTC
AACTACAAAGCGAAAACGAGGAAGAATCTACACCTCCTGCAAAAACTCAAATCGTCGGTT
GGCCTCCGGTGAGATCTTACCGTAAGAACAGCAACAACAACAACAGTGTTAGCTATGTGA
AAGTGAGTATGGACGGAGCTCCATACCTCCGTAAAATAGATCTCAAAACATACAAAAACT
ATCCAGAGCTTCTCAAGGCGTTGGAGAACATGTTCAAGTTCACGGTCGGTGAATACTGCG
AAAGAGAAGGATACAAAGGATCTGAAGTTGTACCAACGTACGAGGATAAAGATGGAGACT
GGATGTTGGTTGGTGATGTTCCATGGGATATGTTCTCTTCCTCTTGTAAGAGACTCAGAA
TCATGAAAGGATCTGATGCTCTTGCTTTAGACTCTGCCCTATGATGATGTTGATGAAGAG
ACTTCGATGAGAGCTTCTGATGATTGAAACCCTTTATTTGATTTGGATCTGATCGGTGTT
TGAGTAGTTGACCACACCATAAACAAATCCTTCAGGGTTTTGTTCAATGAGATAGTTCCA
TCTTCAAGTGTTTTTTTGTTTTTTAGATTCGGAGTTCCATGTAAAGGATACATGAATTTT
TTTAATGTATAATACGGACATATACACAATATAGATGCATATGTAGCAATGTTATTTTGA
GGAAAAAACAGTCTTTAATTTCGTTAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI44TF U 1
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DS 

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T

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TA

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TTAT

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DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 30 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G027JQ U 1
AF RR1FP48JQ U 72
AF RR1GP85JQ U 2
AF RR1G027TF C 226
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CCACATCCATCATCCATAGCTCTGG*CATTATTTAAGAAGACATGATCATCAAACTAAAG
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TCTGCTTCGAAGTTGAGGTTACCAAACTTCTCATACCCAGGGAACCAGGAGTAGAATCCA
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CCCTTGGAAGCATACACCTTCCTCTGTGCCTCGTACATCTTCTTGTCGATGAAATCAACC
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CAGACCTCGTCGATGTACTGAACCTGGATGGCTGATTCGCAGACCGGTTTACCGTTGTGG
ATGAGAACCGGAATCTTCTTGTGGACCGGGTTCATCTGGAGAAGCAGAGGGCTCTTTTCC
CTCAGATTCTCGTCCCTGTACTCGAACTCCACACCTTTCTCCCT

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DS 

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CTTCCTGAGCATACCCATAAACTCAGTAACCTTCTCAAAATCAGGCAAGGACTTGGCCAC
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GTCCACATAGCCAAAGTCATCCCCACCAAAGTAAGGCTTGTCTCCAAGCTCGGATTCAAG
AGTCTTGAGTATCTCAATGAACTCCTTCTTACCTGCCTCTTGTTCCTCGCCCTTGGAAGC
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CCCCAAACTTCTTCCTGAGCATACCCATAAACTCAGTAACCTTCTCAAAATCAGGCAAGG
ACTTGGCCACACTCTCCCTCTGCATACACCTCTTAGCCCAAGCAATCAGTTTCGGACACT
CTGCTTCGAAGTTGAGGTTACCAAACTTCTCATACCCAGGGAACCAGGAGTAGAATCCAA
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CGGATTCAAGAGTCTTGAGTATCTCAATGAACTCCTTCTTGCCTGCCTCTTGTTCCTCGC
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AGAACCTAGCCTGAGCTCTCTGGTAAGGATCAGAAGGGAGGATAGGGTTCTTGTGAGACC
AGACCTCGTCGATGTACTGAACCTGGATGGCTGATTCGCAGACCGGTTTACCGTTGTGGA
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TCAGA
C

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DS 

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ATCAGTTTCGGACACTCTGCTTCGAAGTTGAGGTTACCAAACTTCTCATACCCAGGGAAC
CAGGAGTAGAATCCAATCAATCCAATGTCCACATAGCCAAAGTCATCCCCACCAAAGTAA
GGCTTGTCTCCAAGCTCGGATTCAAGAGTCTTGAGTATCTCAATGAACTCCTTCTTGCCT
GCCTCTTGTTCCTCGCCCTTGGAAGCATACACCTTCCTCTGTGCCTCGTACATCTTCTTG
TCGATGAAATCAACCCAGAACCTAGCCTGAGCTCTCTGGTAAGGATCAGAAGGGAGGATA
GGGTTCTTGTGAGACCAGACCTCGTCGATGTACTGAACCTGGATGGCTGATTCGCAGACC
GGTTTACCGTTGTGGATGAGAACCGGAATCTTCTTGTGGACCGGGTTCATCTGGAGAAGC
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AAAGCGATCCTTGTCCTCATGCCGTACATGCTAGGCCAGAAATCAAGAAGGATCACCTCG
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CTGTTGTCC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1GP85TF 624 0 0
TACACCTCTTAGCCCAAGCAATCAGTTTCGGACACTCTGCTTCGAAGTTGAGGTTACCAA
ACTTCTCATACCCAGGGAACCAGGAGTAGAATCCAATCAGTCCAATGTCTACGTAGCCAA
AGTCATCCCCACCAAAGTAAGGCTTGTCTCCAAGCTCGGATTCAAGAGTCTTGAGTATCT
CAATGAACTCCTTCTTGCCTGCCTCTTGTTCCTCGCCCTTGGAAGCATACACCTTCCTCT
GTGCCTCGTACATCTTCTTGTCAATGAAATCAACCCAGAACCTAGCCTGAGCTCTCTGGT
AAGGATCAGAAGGGAGGATAGGGTTCTTGTGAGACCAGACCTCGTCGATGTACTGAACCT
GGATGGCTGATTCGCAGACCGGTTTACCGTTGTGGATGAGAACCGGAATCTTCTTGTGGA
CCGGGTTCATCTGGAGAAGCAGAGGGCTCTTGTCCCTCAGACCCTCGTCCCTGTACTCGA
ACTCGACACCTTTCTCCCTCAAAGCGATCCTTGTCCTCATGCCGTACATGCTAGGCCAGA
AATCAAGAAGGATCACCTCGTTCGCCATTTGTTGTATTTAGCGATCACTCAAAGCTCACA
GAAGAGAGATATTTGTTT
CACTCC

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DS 



AS 1 5

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GGAGTCTTCATCTCCAATGACCGTATCGGAAACCACGATGATGATGATGATGATGATAGC
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CAACGCTTGGACCAAAAGTTAGCTACTATACCTATCATGTTATTGCAATTTCAACTCATT
TTGCGTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AA67JQ C 1
AF RR1AA67TF U 1
AF RR1AQ67TF U 31
AF RR1EU05TF U 30
AF RR1EU05JQ C 42
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RD RR1AA67JQ 781 0 0
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DS 

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ATGTTTCC

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A

QA 3 735 3 735
DS 

RD RR1EU05TF 777 0 0
GGG
GAAGCAACCGCAAGTCTTTGTAGGTCTCTAGGGCGATTGATTGATTCATATATCTATGGC
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CCAAGACCAGGATAATGTGGCGAACAAGGCTCAGAAGCTTAATCCTTCGTCGAGTTCTGA
TGATTCTGAGTTCAAAGACGGACAAGTTAATGGAAGCGGCGTCGAGAATCTGAGTTCTTC
AACTGATGAAAAACTAGTGACAGAGTCATCGCTTGAGAAGGCAGCTGAAGAAAATAAGCA
AGAAGTGGAAGAGGAAGATGAAGAGGAAGAGGAGGATGATTTGATTGAAGCTGAGATTGA
CAGGAAAGGTAAAGGCATAGCGAGAGAGGACAAAGGAAAAGGAAAACTGATCGAATTTGA
TGAAAGTGACGACAGCGATGATGATGATGATGAAGACGACGAAGATGGTGATGAGTACGA
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TATCGAA*GTTAGTGCTAAGAAATCAAGATGTAGTTCCTTTGAT*CTAAACTATGTTCA*
TGATTGTTGGTTATAATCTAA*TGTTTCCA*CGCTTGGAC
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QA 4 763 4 763
DS 

RD RR1EU05JQ 807 0 0
GCAAGTCTTTGTAGGTCTCTAGGGCGATTGATTGATTCATATATCTATGGCGGACGTTGA
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DS 



AS 1 5

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TTCGATGGAAAGTGGGAACGTGGATCTCCGGAAGGTACCGCCTACATGTCAATTGTCCGG
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TCCAGCGATGTGGTGTTGACGTTTAAGCAAAGGGATGATCATCATTATTCTTTACAAAGA
CTAGAGTCTAGACTACGATTCCTGTGCTTTTATTTCTTTAGTTAACTGTAATGCTTATAA
ATGTTTTGTACTGCGTTTTTATGATGGAGATTTATGTTTACC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 
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AF RR1CJ05TF U 1
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AF RR1EI89TF U 2
AF RR1CJ05JQ C 353
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BS 755 787 RR1EI89TF
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CTTGAAATACAACAAAAAGGTTAGCTCTCTGCCTCTCAAACCACAGCACTAAGAAACCGC
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CTTTAAGCCAAGATCTAATGGCAGGGATGGTGCTTCTGAACATCAAGATCGACGGTTGGG
TTCGATGGAAAGTGGGAACGTGGATCTCCGGAAGGTACCGCCTACATGTCAATT

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DS 

RD RR1F145TF 606 0 0
GG
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TGTGCACATCACCACGACGAGGATGATAACATGCGCAGACGCATAGGAGCGGCGGTGCTT
GGCTTGCTTGCAGCTGGCCTTTTTGTGGTTTTCTTGGTGTGGGCTATTCTTCACCCGCAC
GGACCGCGTTTTGTTCTTCAAGACGCAACCATTTACGCGTTTAACATCTCTCAGCCCAAT
TTTCTGACCTCCAATCTCCAGGTCACTCTCTCTTCTCGAAATCCTAATGACAAGATCGGA
ATCTTCTATGACCGCCTTGACATTTACGCCTCCTACCGCAACCAGCAGGTGACGTTGGCA
ACTTTACTGCCGGCCACTTACCAAGGTCACCTTGATGTGACGTTATGGTCGCCGATTCTC
TACGGAACATCCGTGCCGGTGGCACCGTTCTTTTCGCCTGCTTTAAGCCGAGATCTAATG
GCAGGGATGGTGCTTCTGAACATCAAGATCGACGGTTGGGTTCGATGGAAAGTGGGAACG
TGGA

QA 3 606 3 606
DS 

RD RR1EI89TF 796 0 0
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AAAAATGACGGAGAAAGAATGTGAACATCACCACGACGAGGATGAGAACATGCGCAGACG
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GGCTATTCTTCACCCCCACGGACCGCGTTTTGTTCTTCAAGACGCAACCATTTACGCGTT
TAACATCTCTCAGCCCAATTTTCTGACCTCCAATCTCCAGGTCACTCTCTCTTCTCGAAA
TCCTAATGACAAGATCGGAATCTTCTATGACCGCCTTGACATTTACGCCTCCTACCGCAA
CCAGCAGGTGACGTTGGCAACTTTACTGCCGGCCACTTACCAAGGTCACCTTGATGTGAC
GTTATGGTCGCCGATTCTCTACGGAACATCCGTGCCGGTGGCACCGTTCTTTTCGCCTGC
TTTAAGCCAAGATCTAATGGCAGGGATGGTGCTTCTGAACATCAAGATCGACGGTTGGGT
TCGATGGAAAGTGGGAACGTGGATCTCCGGAAGGTACCGCCTACATGTCAATTGTCCCGC
TTACATTACTCTTGCCGGTCATTTTTCCG*TGAAG*TCCAGCTGTTAAGTACCAGCTTGT
CCAGCGATGTGGTGTTGACGTTTAAGCAAAGG*ATGATCATCATTATTCTTTACAAAGAC
TAGAGT
CTAGACTACG

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DS 

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TGATGTGACGTTATGGTCGCCGATTCTTTACGGAACATCCGTGCCGGTGGCACCGTTCTT
TTCGCCTGCTTTAAGCCAAGATCTAATGGCAGGGATGGTGCTTCTGAACATCAAGATCGA
CGGTTGGGTTCGATGGAAAGTGGGAACGTGGATTTCCGGAAGGTACCGCCTACATGTCAA
TTGTCCGGCTTACATTACTCTTGCCGGTCATTTTTCCGGTGAAGGTCCAGCTGTTAAGTA
CCAGCTTGTCCAGCGATGTGGTGTTGACGTTTAAGCAAAGGGATGATCATCATTATTCTT
TACAAAGACTAGAGT
TTAG

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DS 

RD RR1EI89JQ 751 0 0
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CACCCCCACGGACCGCGTTTTGTTCTTCAAGACGCAACCATTTACGCGTTTAACATCTCT
CAGCCCAATTTTCTGACCTCCAATCTCCAGGTCACTCTCTCTTCTCGAAATCCTAATGAC
AAGATCGGAATCTTCTATGACCGCCTTGACATTTACGCCTCCTACCGCAACCAGCAGGTG
ACGTTGGCAACTTTACTGCCGGCCACTTACCAAGGTCACCTTGATGTGACGTTATGGTCG
CCGATTCTCTACGGAACATCCGTGCCGGTGGCACCGTTCTTTTCGCCTGCTTTAAGCCAA
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GTGGGAACGTGGATCTCCGGAAGGTACCGCCTACATGTCAATTGTCCGGCTTACATTACT
CTTGCCGGTCATTTTTCCGGTGAAGGTCCAGCTGTTAAGTACCAGCTTGTCCAGCGATGT
GGTGTTGACGTTTAAGCAAAGGGATGATCATCATTATTCTTTACAAAGACTAGAGTCTAG
ACTACGATTCCTGTGCTTTTATTTCTTTAGTTAACTGTAATGCTTATAAATGTTTTGTAC
TGCGTTTTTATGATGGAGATTTATGTTTACC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 4

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TACATGAAACCCAAAAAAGAAACCACCTTTTATTTAACAGAGGCTCAGTACATGAATCGA
AGATAACAACAAGAAACAAACAAAAGCAAACAGACATTGGTTGATCCGTATGAGTTCTTC
TTCCTCCTTCGTCAAACACACTTGTATGTATATACACAATTAAACATCTTTTGCTTTTCT
TTCATTAGTTCACCAACCCATTTGCTAGTTTTGCCCTCAGATCTTTCCTCAATATCTTCC
CTGATGGAGCTTTAGGTATGGACTCAACGAAGAACACTTTGTTGATTCTCTTGTAAAACA
CAACCTGTTTCGCCACAAATTGTTTCACTTCATCTTCTGATAACTCTGACTCCTTGGATT
TCACAACAAACGCAACGGGAACTTCACCAGCAGCCTCTTATTTCATACCGACGACGGCTA
CATCGGTGATATCCTGATGACCGATGAGGAGAGCCTCTAGCTCAGCGGGAGCCACTTGAA
AACCTTTGTACTTGATAATCTCTTTCAATCTATCGACAATGAAAAGCTCGTCATCGTCAT
CGATCAACCCGATATCTCCGGTGTGAAGCCAACCTTCTTTGTCTATGGTCTCTGCTGTAG
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GTTTGTTTTTGGAAAGTGAGTCTCCGGTGTCTGGATCGATGATTTTCATCTCAGCGTTTC
TCACCACCGTACCACAAGCTCCTGACTTCACCGGAAACGGCTCTTTTGCGAACCCTAACG
ACATTGCTAGCACCGGGCCTGCTTCCGTCATTCCGTATCCCTGTCCGAGTTTGGCGTTAG
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TAACCCTAACCGAGCTCAAGTCATACTTCTCCGTCTCCTGCGACTTCGCAATCGCCAACA
CGACCGGCGGAACCATCGGAGCCACCGTCACTTTACACCTCTGCATCAACTCCAGAAGCA
GATTAATCTCGAACTTGGGCATGATCAGGATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F344JQ U 76
AF RR1GF20JQ U 1
AF RR1GF20TF C 181
AF RR1F344TF C 374
BS 1 83 RR1GF20JQ
BS 84 84 RR1F344JQ
BS 85 97 RR1GF20JQ
BS 98 98 RR1F344JQ
BS 99 147 RR1GF20JQ
BS 148 148 RR1F344JQ
BS 149 796 RR1GF20JQ
BS 797 856 RR1GF20TF
BS 857 1112 RR1F344TF

RD RR1F344JQ 705 0 0
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ACAAACAAAAGCAAACAGACATTGGTTGATCCGTATGAGTTCTTCTTCCTCCTTCGTCAA
ACACACTTGTATGTATATACACAATTAAACATCTTTTGCTTTTCTTTCATTAGTTCACCA
ACCCATTTGCTAGTTTTGCCCTCAGATCTTTCCTCAATATCTTCCCTGATGGAGCTTTAG
GTATGGACTCAACGAAGAACACTTTGTTGATTCTCTTGTAAAACACAACCTGTTTCGCCA
CAAATTGTTTCACTTCATCTTCTGATAACTCTGACTCCTTGGATTTCACAACAAACGCAA
CGGGAACTTCACCAGCAGCCTCTTCTTTCATACCGACGACGGCTACATCGGTGATATCCT
GATGACCGATGAGGAGAGCCTCTAGCTCAGCGGGAGCCACTTGAAAACCTTTGTACTTGA
TAATCTCTTTCAATCTATCGACAATGAAAAGCTCGTCATCGTCATCGATCAACCCGATAT
CTCCGGTGTGAAGCCAACCTTCTTTGTCTATGGTCTCTGCTGTAGCCTCCGGGTTGTTGA
GGTAACCTTTCATGATCTGTTGACCACGGATGCAAATCTCTCCAGGTTTGTTTTTGGAAA
GTGAGTCTCCGGTGTCTGGATCGATGATTTTCATCTCAGCGTTTC

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DS 

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TACATGAAACCCAAAAAAGAAACTACCTTTTATTTAA*AGAGGCTCAGTACATGAATCGA
AGATAACAACAAGAAACAAACAAAAGCGAACAGACATTGGTTGATCCGTATGAGTTCTTC
TTCCTCCTTCGTCAAACACACTTGTATGTATATACACAATTAAACATCTTTTGCTTTTCT
TTCATTAGTTCACCAACCCATTTGCTAGTTTTGCCCTCAGATCTTTCCTCAATATCTTCC
CTGATGGAGCTTTAGGTATGGACTCAACGAAGAACACTTTGTTGATTCTCTTGTAAAACA
CAACCTGTTTCGCCACAAATTGTTTCACTTCATCTTCTGATAACTCTGACTCCTTGGATT
TCACAACAAACGCAACGGGAACTTCACCAGCAGCCTCTTATTTCATACCGACGACGGCTA
CATCGGTGATATCCTGATGACCGATGAGGAGAGCCTCTAGCTCAGCGGGAGCCACTTGAA
AACCTTTGTACTTGATAATCTCTTTCAATCTATCGACAATGAAAAGCTCGTCATCGTCAT
CGATCAACCCGATATCTCCGGTGTGAAGCCAACCTTCTTTGTCTATGGTCTCTGCTGTAG
CCTCCGGGTTGTTGAGGTAACCTTTCATGATCTGTTGACCACGGATGCAAATCTCTCCAG
GTTTGTTTTTGGAAAGTGAGTCTCCGGTGTCTGGATCGATGATTTTCATCTCAGCGTTTC
TCACCACCGTACCACA

QA 1 796 1 796
DS 

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CTTCCT
CTTCGTCAAACACACTTGTATGTATATACACAATTAAACATCTTTTGCTTTTCTTTCATT
AGTTCACCAACCCATTTGCTAGTTTTGCCCTCAGATCTTTCCTCAATATCTTCCCTGATG
GAGCTTTAGGTATGGACTCAACGAAGAACACTTTGTTGATTCTCTTGTAAAACACAACCT
GTTTCGCCACAAATTGTTTCACTTCATCTTCTGATAACTCTGACTCCTTGGATTTCACAA
CAAACGCAACGGGAACTTCACCAGCAGCCTCTTATTTCATACCGACGACGGCTACATCGG
TGATATCCTGATGACCGATGAGGAGAGCCTCTAGCTCAGCGGGAGCCACTTGAAAACCTT
TGTACTTGATAATCTCTTTCAATCTATCGACAATGAAAAGCTCGTCATCGTCATCGATCA
ACCCGATATCTCCGGTGTGAAGCCAACCTTCTTTGTCTATGGTCTCTGCTGTAGCCTCCG
GGTTGTTGAGGTAACCTTTCATGATCTGTTGACCACGGATGCAAATCTCTCCAGGTTTGT
TTTTGGAAAGTGAGTCTCCGGTGTCTGGATCGATGATTTTCATCTCAGCGTTTCTCACCA
CCGTACCACAAGCTCCTGACTTCACCGGAAACGGCTCTTTTGCGAACCCTAACGACATTG
CTAGCACCGG
ACCTCC

QA 7 676 7 676
DS 

RD RR1F344TF 739 0 0
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AACGGGA*CTTCACCAGCAGCCTCTTCTTTCATACCGACGACGGCTACATCGGTGATATC
CTGATGACCGATGAGGAGAGCCTCTAGCTCAGCGGGAGCCACTTGAAAACCTTTGTACTT
GATAATCTCTTTCAATCTATCGACAATGAAAAGCTCGTCATCGTCATCGATCAACCCGAT
ATCTCCGGTGTGAAGCCAACCTTCTTTGTCTATGGTCTCTGCTGTAGCCTCCGGGTTGTT
GAGGTAACCTTTCATGATCTGTTGACCACGGATGCAAATCTCTCCAGGTTTGTTTTTGGA
AAGTGAGTCTCCGGTGTCTGGATCGATGATTTTCATCTCAGCGTTTCTCACCACCGTACC
ACAAGCTCCTGACTTCACCGGAAACGGCTCTTTTGCGAACCCTAACGACATTGCTAGCAC
CGGGCCTGCTTCCGTCATTCCGTATCCCTGTCCGAGTTTGGCGTTAGGAAACTTGGCACT
GACGGCATCTTCAATCTCCTTACCAAGCGGAGCAGCACCAGATTTCATAACCCTAACCGA
GCTCAAGTCATACTTCTCCGTCTCCTGCGACTTCGCAATCGCCAACACGACCGGCGGAAC
CATCGGAGCCACCGTCACTTTACACCTCTGCATCAACTCCAGAAGCAGATTAATCTCGAA
CTTGGGCATGATCAGGATC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 5

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TTTCGTTCATTTCATCACATTCAATTCTTTCTCCTTTCATCTCAATTCTTCTCTGTTTTT
TTATTTATCTTTCGTAGCAATCAGAGGAGAATGGATTCCAATTCATGGATCAATCATCCT
TCCGTTTTCTCATCGAGACGATGCCAACAATCCCGATCAGATTTGTACACAGGTGGAGGG
TACGAGGATCTCGAAGGAGAAGACGAAACAAAGTCGGAGTTTATCTGCCCGTTTTGCGCG
GAGTTTTTCGACATTGTAGGGCTCTGTTGTCACATTGATGAAGAGCATCCTGTTGAGGCC
AAGAACGGGGTCTGTCCTGTATGCACAAAGAGGGTGGGATTAGATATCGTCGGCCATATC
ACGAC*CAACATGCCAACTTTTTTAAGGTGCAGCGAAGGAGAAGGTTGAGAAAAAGTGGT
GGATACGGCTCTGCTTATCTCGCCTTGAAAAAAGAGCTACGGGAAGCAAACCTACAGTCT
CTTCTTCTTGGTGGATCTTCAAGATTCACTTCTCCAACCAATATAGAATCTGATCCGTTG
CTGTCATCCTTTATGTTTAGTTCTCCTTCTGCTACTAATGAGTCTGCTAGCAAATTTACT
ACAAAACTCTCGCAAAAGGAATCTCTCAAGAGAGGCATACAAGAAGCTCCACTAACGGTA
GAAGATCAAGAGAAGGCTA*AAAGAGTGAGTTTGTGAGAGGCTTATTGTTATCAACAATC
CTTGGAGATGGTTTGACGATGCATGCGCGAGTAAATCTAAGGTTGAAATTGTTATAGTAG
AGTGGTCTCAGTGTATGATGGAAAAAAGCTTGTAAGTTAAGTTGATGCAGAGTTAAATCC
ATATACTATATATATATACCTTGAGACTTTCATCGATTCAAATAAATGAAGAGTTGGAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 10 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1DK20TF U 1
AF RR1DO02TF U 1
AF RR1BY89JQ C 318
AF RR1DO02JQ C 545
AF RR1BY89TF U 318
BS 1 149 RR1DK20TF
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RD RR1DK20TF 758 0 0
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TACGAGGATCTCGAAGGAGAAGACGAAATAAAGTCGGAGTTTATCTGCCCGTTTTGCGCG
GAGTTTTTCGACATTGTAGGGCTCTGTTGTCACATTGATGAAGAGCATCCTGTTGAGGCC
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GGATACGGCTCTGTTTATCTCGCCTTGAAAAAAGAGCTACGGGAAGCAAACCTACAGTCT
CTTCTTCTTGGTGGATCTTCAAGATTCACTTCTCCAACCAATATAGAATCTGATCCGTTG
CTGTCATCCTTTATGTTTAGTTCTCCTTCTGCTACTAATGAGTCTGCTAGCAAATTTACT
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GA*GATCA*GAGAAGCTAG*AAAGAGTGAGTTTGTGAG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1DO02TF 731 0 0
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TTTCGTTCATTTCATCACATTCAATTCTTTCTCCTTTCATCTCAATTCTTCTCTGTTTTT
TTATTTATCTTTCGTAGCAATCAGAGGAGAATGGATTCCAATTCATGGATCAATCATCCT
TCCGTTTTCTCATCGAGACGATGTCAACAATCCCGATCAGATTTGTATACAGGTGGAGGG
TACGAGGATCTCGAAGGAGAAGACGAATCAAAGTCGGAGTTTATCTGCCCGTTTTGCGCG
GAGTTTTTCGACATTGTAGGGCTCTGTTGTCACATTGATGAAGAGCATCCTGTTGAGGCC
ATGAACGGGGTCTGTCCTGTATGCACAAAGAGGGTGGGATTAGATATCGTCGGCCATATC
ACGACGCAACATGCCAACTTTTTTAAGGTGCAGCGAAGGAGAAGGTTGAGAAAAAGTGGT
GGATACGGCTCTGCTTATCTCGCCTTGAAAAAAGAGCTACGGGAAACAAACCTACAGTCT
CTTCTTCTTGGTGGATCTTCAAGATTCACTTCTCCAACCAATATAGAATCTGATCCGTTG
CTGTCATCCTTTATGTTTAGTTCTCCTTCTGCTACTAATGAGTCTGCTAGCAAATTTACT
ACAAAACTCTCGCAAAAGAA*TCTCTCAAGAGAGGCATACAAGAAGCTCCACTAACGGTA
GA
GATCAGAGA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1BY89JQ 640 0 0
G
GGGCTCTGTTGTCACATTGATGAAGAGCATCCTGTTGAGGCCAAGAACGGGGTCTGTCCT
GTATGCACAAAGAGGGTGGGATTAGATATCGTCGGCCATATCACGAC*CAACATGCCAAC
TTTTTTAAGGTGCAGCGAAGGAGAAGGTTGAGAAAAAGTGGTGGATACGGCTCTGCTTAT
CTCGCCTTGAAAAAAGAGCTACGGGAAGCAAACCTACAGTCTCTTCTTCTTGGTGGATCT
TCAAGATTCACTTCTCCAACCAATATAGAATCTGATCCGTTGCTGTCATCCTTTATGTTT
AGTTCTCCTTCTGCTACTAATGAGTCTGCTAGCAAATTTACTACAAAACTCTCGCAAAAG
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A*AAAGAGTGAGTTTGTGAGAGGCTTATTGTTATCAACAATCCTTGGAGATGGTTTGACG
ATGCATGCGCGAGTAAATCTAAGGTTGAAATTGTTATAGTAGAGTGGTCTCAGTGTATGA
TGGAAAAAAGCTTGTAAGTTAAGTTGATGCAGAGTTAAATCCATATACTATATATATATA
CCTTGAGACTTTCATCGATTCAAATAAATGAAGAGTTGG

QA 2 640 2 640
DS 

RD RR1DO02JQ 367 0 0
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CATCCTTTATGTTTAGTTCTCCTTCTGCTACTAATGAGTCTGCTAGCAAATTTACTACAA
AACTCTCGCAAAAGGAATCTCTCAAGAGAGGCATACAAGAAGCTCCACTAACGGTAGAAG
ATCAAGAGAAGGCTAGAAAGAGTGAGTTTGTGAGAGGCTTATTGTTATCAACAATCCTTG
GAGATGGTTTGACGATGCATGCGTGAGTAAATCTAAGGTTGAAATTGTTATAGTAGAGTG
GTCTCAGTGTATGATGGAAAAAAGCTTGTAAGTTAAGTTGATGCAGAGTTAAATCCATAT
ACTATAT

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR1BY89TF 642 0 0
G
GGGCTCTGTTGTCACATTGATGAAGAGCATCCTGTTGAGGCCAAGAACGGGGTCTGTCCT
GTATGCACAAAGAGGGTGGGATTAGATATCGTCGGCCATATCACGAC*CAACATGCCAAC
TTTTTTAAGGTGCAGCGAAGGAGAAGGTTGAGAAAAAGTGGTGGATACGGCTCTGCTTAT
CTCGCCTTGAAAAAAGAGCTACGGGAAGCAAACCTACAGTCTCTTCTTCTTGGTGGATCT
TCAAGATTCACTTCTCCAACCAATATAGAATCTGATCCGTTGCTGTCATCCTTTATGTTT
AGTTCTCCTTCTGCTACTAATGAGTCTGCTAGCAAATTTACTACAAAACTCTCGCAAAAG
GAATCTCTCAAGAGAGGCATACAAGAAGCTCCACTAACGGTAGAAGATCAAGAGAAGGCT
A*AAAGAGTGAGTTTGTGAGAGGCTTATTGTTATCAACAATCCTTGGAGATGGTTTGACG
ATGCATGCGCGAGTAAATCTAAGGTTGAAATTGTTATAGTAGAGTGGTCTCAGTGTATGA
TGGAAAAAAGCTTGTAAGTTAAGTTGATGCAGAGTTAAATCCATATACTATATATATATA
CCTTGAGACTTTCATCGATTCAAATAAATGAAGAGTTGGAA

QA 2 642 2 642
DS 



AS 1 5

CO CL1725Contig1 817 5 14 U
GGAATCACCTTCTCCTTAGTTTCTGAACCTACCCTCATCGGGTCTCCAAGGGGCCAAGAA
AGAACTGCTTTCTCGGCTTCGCGGAGTCTCACCATCCTCTGTTTTCACGCTTTCTTCATC
CACACGCAACCTCTTACCCAAACCTAACCCTAAAAAATGGATTCCACGGAGCTAAAACGT
GTGTTCCAAATGTTCGACAAGGACGGAGACGGTCGGATCACACAGAAGGAGCTAAACGAG
TCATTCAAAAACCTCGGCATCATAATCCCTGAAAACGAGCTGTCGCAGATGATCGAGAAG
ATCGATGTGAACGGTGATGGCTGTGTTGACGCTGAAGAGTTTGGAGAGCTTTACAAGTCG
ATAATGGTCCAAGGCGAGGATGAGGAGGTGGGAGATGAAGATATGAAGGAAGCGTTCAAC
GTTTTTGATCAGAATGGAGATGGGTTTATTACGGTGGATGAGTTGAAAACCGTGCTGTCT
ACCTTGGGACTCAAGCAAGGTAAGACCTTGGAGGAATGTAGGAAGATGATAATACAAGTG
GATGTTGATGGTGATGGTAGGGTTAATTACAAGGAGTTTAGACAAATGATGAAGAAGGGT
CAGCTTTTAGCTCAATGAGCTGATGGTTTATATATTTGTTTTCTTTTTGTGTTTACCATT
TTTCTCTCGCATTCTGGAAG*AAACATCAGATGATCTGTAACTGAACTGTCTTATATAGT
GTCTAGGTTTGCGAGAGCACATTGTAAAAAACTAGACATGTTCGTTTCTGATGTGATTCG
TGAAGATTTTTTTTATAAGCAAACTTCGTTTATACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 15 15 30 15 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B256JQ C 298
AF RR1CM86TF U 1
AF RR1EE16TF U 2
AF RR1B256TF U 5
AF RR1EE16JQ C 31
BS 1 90 RR1CM86TF
BS 91 91 RR1EE16TF
BS 92 180 RR1CM86TF
BS 181 181 RR1EE16TF
BS 182 295 RR1CM86TF
BS 296 296 RR1EE16TF
BS 297 538 RR1CM86TF
BS 539 539 RR1EE16TF
BS 540 684 RR1CM86TF
BS 685 685 RR1EE16TF
BS 686 690 RR1CM86TF
BS 691 693 RR1EE16TF
BS 694 722 RR1CM86TF
BS 723 817 RR1EE16JQ

RD RR1B256JQ 373 0 0
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AACGTTTTTGATCAGAATGGAGATGGGTTTATTACGGTGGATGAGTTGAAAACCGTGCTG
TTTACCTTGGGACTCAAGCAAGGTAAGACCTTGGAGGAATGTAGGAAGATGATAATACAA
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GGTCAGCTTTTAGCTCAATGAGCTGATGGTTTATATATTTGTTTTCTTTTTGTGTTTACC
CTTTTTCTCTCGC

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DS 

RD RR1CM86TF 722 0 0
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AGAACTGCTTTCTCGGCTTCGCGGAGTCTCGCCATCCTCTGTTTTCACGCTTTCTTCATC
CACACGCAACCTCTTACCCAAACCTAACCCTAAAAAATGGATTCCACGGAGCTAAAACGT
TTGTTCCAAATGTTCGACAAGGACGGAGACGGTCGGATCACACAGAAGGAGCTAAACGAG
TCATTCAAAAACCTCGGCATCATAATCCCTGAAAACGAGCTGTCGCAGATGATCGGGAAG
ATCGATGTGAACGGTGATGGCTGTGTTGACGCTGAAGAGTTTGGAGAGCTTTACAAGTCG
ATAATGGTCCAAGGCGAGGATGAGGAGGTGGGAGATGAAGATATGAAGGAAGCGTTCAAC
GTTTTTGATCAGAATGGAGATGGGTTTATTACGGTGGATGAGTTGAAAACCGTGCTGTCT
ACCTTGGGACTCAAGCAAGGTAAGACCTTGGAGGAATGTAGGAAGATGATAATACAAGCG
GATGTTGATGGTGATGGTAGGGTTAATTACAAGGAGTTTAGACAAATGATGAAGAAGGGT
CAGCTTTTAGCTCAATGAGCTGATGGTTTATATATTTGTTTTCTTTTTGTGTTTACCATT
TTTCTCTCGCATTCTGGAAG*AAATATCAG***ATCTGTAACTGAACTGTCTTATATAGT
GT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1EE16TF 722 0 0
GGATC
ACCTTCTCCTTAGTTTCTGAACCTACCCTCATCGGGTCTCCAAGGGGCCAAGAAAGAACT
GCTTTCTCGGCTTCGCGGAGTCTCACCATCCTCTGTTTTCACGCTTTCTTCATCCACACG
CAACCTCTTACCCAAACCTAACCCTAAAAAATGGATTCCACGGAGCTAAAACGTGTGTTC
CAAATGTTCGACAAGGACGGAGACGGTCGGATCACACAGAAGGAGCTAAACGAGTCATTC
AAAAACCTCGGCATCATAATCCCTGAAAACGAGCTGTCGCAGATGATCGAGAAGATCGAT
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GATCAGAATGGAGATGGGTTTATTACGGTGGATGAGTTGAAAACCGTGCTGTCTACCTTG
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GATGGTGATGGTAGGGTTAATTACAAGGAGTTTAGACAAATGATGAAGAAGGGTCAGCTT
TTAGCTCAATGAGCTGATGGTTTATATATTTGTTTTCTTTTTGTGTTTACCATTTTTCTC
TCGCATTCTGGAAG*AAACATCAGATGATCTGTAACTGAACTGTCTTATATAGTGT
C

QA 6 721 6 721
DS 

RD RR1B256TF 719 0 0
GG
ACCTTCTCCTTAGCTTCTGAACCTACCCTCATCGGGTCTCCAAGGGGCCAAGAAAGAACT
GCTTTCTCGGCTTCGCGGAGTCTCACCATCCTCTGTTTTCACGCTTTCTTCATCCACACG
CAACCTCTTACCCAAACCTAACCCTAAAAAATGGATTCCACGGAGCTAAAACGTGTGTTC
TAAATGTTCGACAAGGACGGAGACGGTCGGATCACACAGAAGGAGCTAAACGAGTCATTC
AAAAACCTCGGCATCATAATCCCTGAAAACGAGCTGTCGCAGATGATCGAGAAGATCGAT
GTGAACGGTGATGGCTGTGTTGACGCTGAAGAGTTTGGAGAGCTTTACAAGTCGATAATG
GTCCAAGGCGAGGATGGGGAGGTGGGAGATGAAGATATGAAGGAAGCGTTCAACGTTTTT
GATCAGAATGGAGATGGGTTTATTACGGTGGATGAGTTGAAAACCGTGCTGTCTACCTTG
GGACTCAAGCAAGGTAAGACCTTGGAGGAATGTAGGAAGATGATAATACAAGTGGATGTT
GATGGTGATGGTAGGGTTAATTACAAGGAGTTTAGACAAATGATGAAGAAGGGTCAGCTT
TTAGCTCAATGAGCTGATGGTTTATATATTTGTTTTCTTTTTGTGTTTACCATTTTTCTC
TCGCAGTG*GAAAG*AAATATCAGATGATCTGTAACTGAACTGTCTTATATAGTGT
C

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DS 

RD RR1EE16JQ 787 0 0
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ACCATCCTCTGTTTTCACGCTTTCTTCATCCACACGCAACCTCTTACCCAAACCTAACCC
TAAAAAATGGATTCCACGGAGCTAAAACGTGTGTTCCAAATGTTCGACAAGGACGGAGAC
GGTCGGATCACACAGAAGGAGCTAAACGAGTCATTCAAAAACCTCGGCATCATAATCCCT
GAAAACGAGCTGTCGCAGATGATCGAGAAGATCGATGTGAACGGTGATGGCTGTGTTGAC
GCTGAAGAGTTTGGAGAGCTTTACAAGTCGATAATGGTCCAAGGCGAGGATGAGGAGGTG
GGAGATGAAGATATGAAGGAAGCGTTTAACGTTTTTGATCAGAATGGAGATGGGTTTATT
ACGGTGGATGAGTTGAAAACCGTGCTGTCTACCTTGGGACTCAAGCAAGGTAGGACCTTG
GAGGAATGTAGGAAGATGATAATACAAGTGGATGTTGATGGTGATGGTAGGGTTAATTAC
AAGGAGTTTAGACAAATGATGAAGAAGGGTCAGCTTTTAGCTCAATGAGCTGATGGTTTA
TATATTTGTTTTCTTTTTGTGTTTACCATTTTTCTCTCGCATTCTGGAAGGAAACATCAG
ATGATCTGTAACTGAACTGTCTTATATAGTGTCTAGGTTTGCGAGAGCACATTGTAAAAA
ACTAGACATGTTCGTTTCTGATGTGATTCGTGAAGATTTTTTTTATAAGCAAACTTCGTT
TATACTG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 4

CO CL1726Contig1 697 4 6 U
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TCCTGGAGGGTTTCCGCAAGGAGTTCAATCTAGCTAACCCTGACAACAAATCCGTCGGAG
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TGAAATTGGCTAATGGAACTAGCACAGCTGGAGATGATGACTCTGACAAGTCCAAGTCTG
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TTGTCTTATGGAGTATCTTCTGTTGTATTGTTTTTAGCTGCTAGTTTTTAGGGAGAAGAA
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CTACTACAACTTGTTATGCACAACTTTGGATTTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H504TF U 1
AF RR1BE03JQ C 12
AF RR1H504JQ C 241
AF RR1BE03TF U 12
BS 1 46 RR1H504TF
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BS 48 112 RR1H504TF
BS 113 113 RR1BE03TF
BS 114 681 RR1H504TF
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RD RR1H504TF 681 0 0
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CTACTACAACTTGTTATGCAC

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DS 

RD RR1BE03JQ 686 0 0
GG
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QA 3 686 3 686
DS 

RD RR1H504JQ 441 0 0
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TTACTACAACTTGTTATGCAC

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR1BE03TF 686 0 0
GG
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GCTTTGTTTTCTTCCCCTTTTATGTTAACTGGGATTATTCGTACTATCTACTACAACTTG
TTATGCACAACTTTGGATTTAGCT

QA 3 686 3 686
DS 



AS 1 4

CO CL1727Contig1 959 4 9 U
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CAACATTGCATGTTTCAAAACAAACAATCAGAAGAAGAACTCACGAACCTAAAGCTTACA
GTTCTTATTTATTCTCTTTACTAGTTCATACATACAATGACTGCAACTTTCCGACTGAGA
ATCATCACACAACCCATCATGAGTTACTAACGAGTTCGGACTTCTCTCTGCTGATGCTGT
TCTCTAGTGTTGGCAATGAAGTTCCAGAAATAAAGGCCTTGAAGAGCGCAAGAGCCTCCT
TCGGTCTGTGCAAAGGAACTTCATGTCCTGCACCTCTCATAGTCACAAAGTTTAGACCAT
CATACTCTTGAGTCCACCCTCCC*ACCTGTCCGTCTATGTACCAAGGACCATAGGGACTC
ACTGGACGAAGTTTTAGTGCGTCTATGCTGTACCGAGTTGATGTAACTGGCACAACAGCA
TCTGCGTCTCCACTGAAAACCCATATACGTAGCCCAGCAGCTATAAGCTCGTGGTAAATG
TTCAGAACCGAGGAAGGAGAGTCCTTCCAGTTATCACCCACAACATCACTGCAAGTATGC
CATTTGGATGGTGCAAGTCCTGGTGGGACATGGAGAGCTTCTTGAACCTCCGGGAGATTA
AAATACACTTTAGAGTGTTTCATCGTGCACGGATCATACTGTTCACTCACACGGCCCCCA
CCTACTGCTCTTCTCTTCTTTAGCAACATTTTTGCCTGGGAAGCATTCGCAGTACAGGCT
GGGGTGAAGACGCTGTATTGGTCTATGTCACCTATTTCCATGTCCATTATCTCCAGAGCC
TTAAGACACACTTCGGAGGTGTGAACAAACGGTTCCAAACCACACTTGAGTTTCAGTAAG
CTGTACGTTTGGTCGGAGATGAAACCCAGCGTCCAAATATACTGGTAAGACCGAGGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H183JQ U 1
AF RR1BY15JQ U 97
AF RR1E427JQ U 8
AF RR1BY15TF C 338
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BS 401 672 RR1H183JQ
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RD RR1H183JQ 672 0 0
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GTTCTTATTTATTCTCTTTACTAGTTCATACATACAATGACTGCAACTTTCCGACTGAGA
ATCATCACACAACCCATCATGAGTTACTAACGAGTTCGGACTTCTCTCTGCTGATGCTGT
TCTCTAGTGTTGGCAATGAAGTTCCAGAAATAAAGGCCTTGAAGAGCGCAAGAGCCTCCT
TCGGTCTGTGCAAAGGAACTTCATGTCCTGCACCTCTCATAGTCACAAAGTTTAGACCAT
CATACTCTTGAGTCCACCCTCCC*ACCTGTCCGTCTATGCACCAAGGACCATAGGGACTC
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TCTGCGTCTCCACTGAAAACCCATATACGTAGCCCAGCAGCTATAAGCTCGTGGTAAATG
TTCAGAACCGAGGAAGGAGAGTCCTTCCAGTTATCACCCACAACATCACTGCAAGTATGC
CATTTGGATGGTGCAAGTCCTGGTGGGACATGGAGAGCTTCTTGAACCTCCGGGAGATTA
AAATACACTTTA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1BY15JQ 669 0 0
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ATGACTGCAACTTTCCGACTGAGAATCATCACACAACCCATCATGAGTTACCAACGAGTT
CGGACTTCTCTCTGCTGATGCTGTTCTCTAGTGTTGGCAATGAAGTTCCAGAAATAAAGG
CCTTGAAAAGCGCAAGAACCTCCTTCGGTCTGTGCAAAGGAACTTCATGTCCTGCACCTC
TCATAGTCACAAAGTTTAGACCATCATACTCTTGAGTCCACCCTCCC*ACCTGTCCGTCT
ATGTACCAAGGACCATAGGGACTCACTGGACGAAGTTTTAGTGCGTCTATGCTGTACCGA
GTTGATGTAACTGGCACAACAGCATCTGCGTCTCCACTGAAAACCCATATACGTAGCCCA
GCAGCTATAAGCTCGTGGTAAATGTTCAAAACCGAGGAAGGAGAGTCCTTCCAGTTATCA
CCCACAACATCACTGCAAGTATGCCATTTGGATGGTGCAAGTCCTGGTGGGACATGGAGA
GCTTCTTGAACCTCCGGGAGATTAAAATACACTTTAGAGTGTTTCATCGTGCACGGATCA
TACTGTTCACTCACACGGCCCCCACCTACTGCTCTTCTCTTCTTTAGCAACATTTTTGCC
TG
GGAAGCA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1E427JQ 830 0 0
GC
TAAACATAGATAGATTGTATGGTTCACAAATGGTAGAAACTTAACAGAATCCAACATTGC
ATGTTTCAAAACAAACAATCAGAAGAAGAACTCACGAACCTAAAGCTTACAGTTCTTATT
TATTCTCTTTACTAGTTCATACATACAATGACTGCAACTTTCCGACTGAGAATCATCACA
CAACCCATCATGAGTTACTAACGAGTTCGGACTTCTCTCTGCTGATGCTGTTCTCTAGTG
TTGGCAATGAAGTTCCAGAAATAAAGGCCTTGAAGAGCGCAAGAGCCTCCTTCGGTCTGT
GCAAAGGAACTTCATGTCCTGCACCTCTCATAGTCACAAAGTTTAGACCATCATACTCTT
GAGTCCACCCTCCC*ACCTGTCCGTCTATGTACCAAGGACCATAGGGACTCACTGGACGA
AGTTTTAGTGCGTCTATGCTGTACCGAGTTGATGTAACTGGCACAACAGCATCTGCGTCT
CCACTGAAAACCCATATACGTAGCCCAGCAGCTATAGGCTCGTGGTAAATGTTCAGAACC
GAGGAAGGAGAGTCCTTCCAGTTATCACCCACAACATCACTGCAAGTATGTCATTTGGAT
GGTGCAAGTCCTGGTGGGACATGGAGAGCTTCTTGAACCTCCGGGAGATTAAAATACACT
TTAGAGTGTTTCATCGTGCACGGATAATACTGTTCACTCACACGGCCCCCACCTACTGCT
CTTCTCTTCTTTAGCAACATTTTTGCCTGGGAAGCATTCGCAGTACAG*CTGGGGTGAAG
ACGCTGTATTGGTCTATGTCACCTATTTCCATGTCCATTATCTC
AGAG

QA 3 826 3 826
DS 

RD RR1BY15TF 622 0 0
CATAGTCACAAAGTTTAGACCATCATACTCTTGAGTCCACCCTCCCCACCTGTCCGTCTA
TGTACCAAGGACCATAGGGACTCACTGGACGAAGTTTTAGTGCGTCTATGCTGTACCGAG
TTGATGTAACTGGCACAACAGCATCTGCGTCTCCACTGAAAACCCATATACGTAGCCCAG
CAGCTATAAGCTCGTGGTAAATGTTCAGAACCGAGGAAGGAGAGTCCTTCCAGTTATCAC
CCACAACATCACTGCAAGTATGCCATTTGGATGGTGCAAGTCCTGGTGGGACATGGAGAG
CTTCTTGAACCTCCGGGAGATTAAAATACACTTTAGAGTGTTTCATCGTGCACGGATCAT
ACTGTTCACTCACACGGCCCCCACCTACTGCTCTTCTCTTCTTTAGCAACATTTTTGCCT
GGGAAGCATTCGCAGTACAGGCTGGGGTGAAGACGCTGTATTGGTCTATGTCACCTATTT
CCATGTCCATTATCTCCAGAGCCTTAAGACACACTTCGGAGGTGTGAACAAACGGTTCCA
AACCACACTTGAGTTTCAGTAAGCTGTACGTTTGGTCGGAGATGAAACCCAGCGTCCAAA
TATACTGGTAAGACCGAGGCTG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 5

CO CL1728Contig1 1036 5 32 U
ACCGCTTTTCACCTCCAGCTGCTAATAAACCCTAACTCACTCAACCTTTTCTTCCTCGAT
TGTCAGCTATGGAGTTCTGGGGAGTCGAAGTTCAAGCAGGGAGGCCACTTAAAGTGACGC
CCGAAGATGGCACTCTTGTCCACATCTCTCATGCATCGCTTGGAGATTGTAAAGGAAAGA
AAGGAGAAGCTGTGACTCTGAATGTGAAGGTTGGGGACAAGAAGTTCGTCATGGGAACTC
TTTTGTCTGAGAGCATTCCTCAGACTTGCTTTGATATGTTATTCGATCAGGAGTTTGAGC
TTTCTCACAACTGGGGAAAAGGAAGTGTCCACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACA
AAGATGATGAGGGAGGAGAAGACTTTTCTGATTCAGAGGAAGAAGAGG******AAGAGG
AAGTTGCTGCCACTGTTGCAGCTAATGGGAATGCTGCAAAGGGCGTAACAAAACCAAAGC
CTGAAGCAGATGATTCTGATTCTGAAGGAATGGATGAAGATGGTTCTGATGATGAAGATG
ATTCTGAGGAAGAAGAGGAGACTCCTAAGGCTGAAACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAG
TCGCACCCGGACCCAAGACACCTGTGTCTGCGAAGAAGGCCAAAGCAGAAGCTACTCCCA
AGAAAACAGAGGAGAAGAAGAAAGGTGGACCTGCAACCCTCCACCCGGCAAAGAAAGGTG
GAAACACTCCCGCAACTGCAACGCAGAGCCCAAAGTCTGCAAGTCAAGTCTCATGTGGTT
CATGCAAGAAGACATTCAACTCATCGAACGCACTTGAGTCTCACACCAAGGCCAAGCACT
CTGCTACCGCCAAGTGAAGTGGTTTCCTAAGAGTAACAACTTCCGCTGTTTTGGATTTAG
TTGGAGACTTATCTTTTTGAACTTTGGCTGTAGTCTTTTTGAAACCTCTCGGATTTGTAT
TTACCAGTTACCGATATCTTTCAGTATTCTTTCTTAGTTACTTACCCGTTCTAAATTTCA
ACAAATTAATATGCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AZ93TF U 1
AF RR1CG49TF U 53
AF RR1A952TF U 10
AF RR1A952JQ C 131
AF RR1CG49JQ C 245
BS 1 115 RR1AZ93TF
BS 116 116 RR1A952TF
BS 117 226 RR1AZ93TF
BS 227 227 RR1A952TF
BS 228 408 RR1AZ93TF
BS 409 414 RR1A952TF
BS 415 520 RR1AZ93TF
BS 521 521 RR1A952TF
BS 522 544 RR1AZ93TF
BS 545 545 RR1A952TF
BS 546 560 RR1AZ93TF
BS 561 561 RR1A952TF
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BS 741 776 RR1AZ93TF
BS 777 830 RR1A952TF
BS 831 831 RR1A952JQ
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BS 871 875 RR1A952TF
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BS 877 883 RR1A952TF
BS 884 884 RR1A952JQ
BS 885 939 RR1A952TF
BS 940 999 RR1A952JQ
BS 1000 1036 RR1CG49JQ

RD RR1AZ93TF 776 0 0
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TGTCAGCTATGGAGTTCTGGGGAGTCGAAGTTCAAGCAGGGAGGCCACTTAAAGTTACGC
CCGAAGATGGCACTCTTGTCCACATCTCTCATGCATCGCTTGGAGATTGTAAAGGAAAGA
AAGGAGAAGCTGTGACTCTGAATGTGAAGGTTGGGGACAAGAAGTTTGTCATGGGAACTC
TTTTGTCTGAGAGCATTCCTCAGACTTGCTTTGATATGTTATTCGATCAGGAGTTTGAGC
TTTCTCACAACTGGGGAAAAGGAAGTGTCCACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACA
AAGATGATGAGGGAGGAGAAGACTTTTCTGATTCAGAGGAAGAAGAGGGAGAGGAAGAGG
AAGTTGCTGCCACTGTTGCAGCTAATGGGAATGCTGCAAAGGGCGTAACAAAACCAAAGC
CTGAAGCAGATGATTCTGATTCTGAAGGAATGGATGAAGACGGTTCTGATGATGAAGATG
ATTCAGAGGAAGAAGAGGAGGCTCCTAAGGCTGAAACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAG
TCGCACCCGGACCCAAGACACCTGTGTCTGCGAAGAAAGCCAAAGCAGAAGCTACTCCCA
AGAAAACAGAGGAGAAGAAGAAAGGTGGACCTGCAACCCCCCACCCGGCAAAGAAAGGTG
GAAACACTCCCGCAACTGCGACGCAGAGCCCAAAGTCTGCAAGTCAAGTCTCATGT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1CG49TF 802 0 0
GG
CTCGATTGTCAGCTATGGAGTTCTGGGGAGTCGAAGTTCAAGCAGGGAGGCCACTTAAAG
TGACGCCCGAAGATGGCACTCTTGTCCACATCTCTCATGCATCGCTTGGAGATTGTAAAG
GAAAGAAAGGAGAAGCTGTGACTCTGAATGTGAAGGTTGGGGACAAGAAGTTCGTCATGG
GAACTCTTTTGTCTGAGAGCATTCCTCAGACTTGCTTTGATATGTTATTCGATCAGGAGT
TTGAGCTTTCTCACAACTGGGGAAAAGGAAGTGTCCACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCA
ACAACAAAGATGATGAGGGGGGAGAAGACTTTTCTGATTCAGAGGAAGAAGAGG******
AAGAGGAAGTTGCTGCCACTGTTGCAGCTAATGGGAATGCTGCAAAGGGCGTAACAAAAC
CAAAGCCTGAAGCAGATGATTCTGATTCTGAAGGAATGGATGAAGATGGTTCTGATGATG
AAGATGATTCTGAGGAAGAATAGGAGACTCCTAAGGCTGAAACAAGAAGAAAGAGAGCAC
ATGAAGTCGCACCCGGACCCAAGACACCTGTGTCTGCGAAGAAAGCCAAAGCAGAAGCTA
CTCTCAAGAAAACAGAGGAGAAGAAGAAAGGTGGACCTGCAACCCTCCACCCGGCAAAGA
AAG*TGGAAACACTCCCGCAACTGCAACGCAGAGCCCAA*GTCTGCAAGTCAAGTCTCAT
GTGGTTCATGCAAGA*GACAT*CAACTCATCGA*CGCACTTGAGTCTCACAC*AAG*CCA
*GCACTCTGCTAC
CGCCAGT

QA 3 795 3 795
DS 

RD RR1A952TF 936 0 0
GGACCT
CAGCTGCTAATAAACCCTAACTCACTCAACCTTTTCTTCCTCGATTGTCAGCTATGGAGT
TCTGGGGAGTCGAAGTTCAAGCAGGGAGGCCACTTAAAGTGACGCCCGAAGATGGCACTC
TTGTCCACATCTCTCATGCATCGCTTGGAGATTGTAAAGGAAAGAAAGGAGAAGCTGTGA
CTCTGAATGTGAAGGTTGGGGACAAGAAGTTCGTCATGGGAACTCTTTTGTCTGAGAGCA
TTCCTCAGACTTGCTTTGATATGTTATTCGATCAGGAGTTTGAGCTTTCTCACAACTGGG
GAAAAGGAAGTGTCCACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACAAAGATGATGAGGGAG
GAGAAGACTTTTCTGATTCAGAGGAAGAAGAGG******AAGAGGAAGTTGCTGCCACTG
TTGCAGCTAATGGGAATGCTGCAAAGGGCGTAACAAAACCAAAGCCTGAAGCAGATGATT
CTGATTCTGAAGGAATGGATGAAGATGGTTCTGATGATGAAGATGATTCTGAGGAAGAAG
AGGAGACTCCTAAGGCTGAAACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAGTCGCACCCGGACCCA
AGACACCTGTGTCTGCGAAGAAGGCCAAAGCAGAAGCTACTCCCAAGAAAACAGAGGAGA
AGAAGAAAGGTGGACCTGCAACCCTCCACCCGGCAAAGAAAGGTGGAAACACTCCCGCAA
CTGCAACGCAGAGCCCAAAGTCTGCAAGTCAAGTCTCATGTGGTTCATGCAAGAAGACAT
TCAACTCATCGAACGCACTTGAGTCTCACACCAAG*CCAAGCACTCTGCTAC*GCCAAGT
GAAGTGGTTTCCTA*GAGTA*CAACTTC*GCTGTTTTGGATTTAGTTGGAGACTTATCTT
TTTGAACTTTGGCTGTAGTCTTTT
GAAACC

QA 7 930 7 930
DS 

RD RR1A952JQ 869 0 0
CACTCTTGTCCACATCTCTCATGCATCGCTTGGAGATTGTAAAGGAAAGAAAGGAGAAGC
TGTGACTCTGAATGTGAAGGTTGGGGACAAGAAGTTCGTCATGGGAACTCTTTTGTCTGA
GAGCATTCCTCAGACTTGCTTTGATATGTTATTCGATCAGGAGTTTGAGCTTTCTCACAA
CTGGGGAAAAGGAAGTGTCCACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACAAAGATGATGA
GGGAGGAGAAGACTTTTCTGATTCAGAGGAAGAAGAGG******AAGAGGAAGTTGCTGC
CACTGTTGCAGCTAATGGGAATGCTGCAAAGGGCGTAACAAAACCAAAGCCTGAAGCAGA
TGATTCTGATTCTGAAGGAATGGATGAAGATGGTTCTGATGATGAAGATGATTCTGAGGA
AGAAGAGGAGACTCCTAAGGCTGAAACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAGTCGCACCCGG
ACCCAAGACACCTGTGTTTGCGAAGAAGGCCAAAGCAGAAGCTACTCCCAAGAAAACAGA
GGAGAAGAAGAAAGGTGGACCTGCAACCCTCCACCCGGCAAAGAAAGGTGGAAACACTCC
CGCAACTGCAACGCAGAGCCCAAAGTCTGCAAGTCAAGTCTCATGTGGTTCATGCAAGAA
GACATTCAACTCATCGAACGCACTTGAGTCTCACACCAAGGCCAAGCACTCTGCTACCGC
CAAGTGAAGTGGTTTCCTAAGAGTAACAACTTCCGCTGTTTTGGATTTAGTTGGAGACTT
ATCTTTTTGAACTTTGGCTGTAGTCTTTTTGAAACCTCTCGGATTTGTATTTACCAGTTA
CCGATATCTTTCAGTATTCTTTCTTAGTT

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DS 

RD RR1CG49JQ 792 0 0
GTCTGAGAGCAT*CCTCAGACTTGCTTTGATATGTTATTCGATCAGGAGTTTGAGCTTTC
TCACAACTGGGGAAAAGGAAGTGTCCACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACAAAGA
TGATGAGGGGGGAGAAGACTTTTCTGATTCAGAGGAAGAAGAGG******AAGAGGAAGT
TGCTGCCACTGTTGCAGCTAATGGGAATGCTGCAAAGGGCGTAACAAAACCAAAGCCTGA
AGCAGATGATTCTGATTCTGAAGGAATGGATGAAGATGGTTCTGATGATGAAGATGATTC
TGAGGAAGAATAGGAGACTCCTAAGGCTGAAACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAGTCGC
ACCCGGACCCAAGACACCTGTGTTTGCGAAGAAGGCCAAAGCAGAAGCTACTCCCAAGAA
AACAGAGGAGAAGAAGAAAGGTGGACCTGCAACCCTCCACCCGGCAAAGAAAGGTGGAAA
CACTCCCGCAACTGCAACGCAGAGCCCAAAGTCTGCAAGTCAAGTCTCATGTGGTTCATG
CAAGAAGACATTCAACTCATCGAACGCACTTGAGTCTCACACCAAGGCCAAGCACTCTGC
TACCGCCAAGTGAAGTGGTTTCCTAAGAGTAACAACTTCCGCTGTTTTGGATTTAGTTGG
AGACTTATCTTTTTGAACTTTGGCTGTAATCTTTTTGAAACCTCTCGGATTTGTATTTAC
CAGTTACCGATATCTTTCAGTATTCTTTCTTAGTTACTTACCCGTTCTAAATTTCAACAA
ATTAATATGCGG

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 5

CO CL1729Contig1 743 5 5 U
GGATCGCCGTTTGTTTCTTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC**GCTTGAAGTTGGCGTG
ATCGACTTCTTTGTGCAAATTCAGACATGCAGCAATCACGAGCTAGACTGTTCAAGGAGT
ACAAAGAGGTTCAGCGAGAGAAAGTAGCTGATCCTGATATTCAATTGGTGTGTGATGATA
CCAACATTTTCAAATGGACTGCACTTATCAAGGGACCATCCGAGACTCCCTATGAAGGCG
GAGTGTTTCAGCTTGCATTTGCTGTTCCTGAACCGTATCCTCTGCAGCCTCCTCAAGTGC
GGTTCTTGACCAAAATATTCCATCCCAATGTGCATTTCAAGACTGGGGAAATATGTCTTG
ACATATTGAAGAACGCCTGGAGCCCTGCGTGGACGCTTCAGTCGGTGTGTAGAGCTATCA
TAGCATTGATGGCTCATCCTGAGGCAGACAGTCCTCTCAACTGCGACTCAGGAAACCTTC
TAAGGTCTGGGGATGTCAGAGGCTTCAATTCAATGGCGCGCATGTACACACGCCTCGCCG
CTATGCCCAAGAAAGGATGATCCTCTCTTTGCTCTCTTTTCGGGTTATAACTCGTTTTCT
GTGAAATGTAATGGAAAAATGATTTGGGAAAACGAATACATTATTAACTATTCATATGTA
AGGCTGCAGAAGAGATGTTTCTTCTTGAACATGGTTTACAATGTTATTGCTGATACATAT
GAGCATGGTCCACCGGTTTTTAT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1GV06TF U 2
AF RR1GK83TF U 1
AF RR1GV06JQ C 71
AF RR1E244TF U 1
AF RR1GK83JQ C 58
BS 1 39 RR1GK83TF
BS 40 41 RR1E244TF
BS 42 545 RR1GK83TF
BS 546 740 RR1E244TF
BS 741 743 RR1GK83JQ

RD RR1GV06TF 438 0 0
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TCGACTTCTTTGTGCAAATTCAGACATGCAGCAATCACGAGCTAGACTGTTCAAGGAGTA
CAAAGAGGTTCAGCGAGAGAAAGTAGCTGATCCTGATATTCAATTGGTGTGTGATGATAC
CAACATTTTCAAATGGACTGCACTTATCAAGGGACCATCCGAGACTCCCTATGAAGGCGG
AGTGTTTCAGCTTGCATTTGCTGTTCCTGAACCGTATCCTCTGCAGCCTCCTCAAGTGCG
GTTCTTGACCAAAATATTCCATCCCAATGTGCATTTCAAGACTGGGGAAATATGTCTTGA
CATATTGAAGAACGCCTGGAGCCCTGCGTGGACGCTTCAGTCGGTGTGTAGAGCTATCAT
AGCATTGATGGCTCATCC

QA 1 438 1 438
DS 

RD RR1GK83TF 545 0 0
GGATCGCCGTTTGTTTCTTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCT**C**GCTTGAAGTTGGCGTG
ATCGACTTCTTTGTGCAAATTCAGACATGCAGCAATCACGAGCTAGACTGTTCAAGGAGT
ACAAAGAGGTTCAGCGAGAGAAAGTAGCTGATCCTGATATTCAATTGGTGTGTGATGATA
CCAACATTTTCAAATGGACTGCACTTATCAAGGGACCATCCGAGACTCCCTATGAAGGCG
GAGTGTTTCAGCTTGCATTTGCTGTTCCTGAACCGTATCCTCTGCAGCCTCCTCAAGTGC
GGTTCTTGACCAAAATATTCCATCCCAATGTGCATTTCAAGACTGGGGAAATATGTCTTG
ACATATTGAAGAACGCCTGGAGCCCTGCGTGGACGCTTCAGTCGGTGTGTAGAGCTATCA
TAGCATTGATGGCTCATCCTGAGGCAGACAGTCCTCTCAACTGCGACTCAGGAAACCTTC
TAAGGTCTGGGGATGTCAGAGGCTTCAATTCAATGGCGCGCATGTACACACGCCTCGCCG
CTATG

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1GV06JQ 644 0 0
TTGTGCAAATTCAGACATGCAGCAATCACGAGCTAGACTGTTCAAGGAGTACAAAGAGGT
TCAGCGAGAGAAAGTAGCTGATCCTGATATTCAATTGGTGTGTGATGATACCAACATTTT
CAAATGGACTGCACTTATCAAGGGACCATCCGAGACTCCCTATGAAGGCGGAGTGTTTCA
GCTTGCATTTGCTGTTCCTGAACCGTATCCTCTGCAGCCTCCTCAAGTGCGGTTCTTGAC
CAAAATATTCCATCCCAATGTGCATTTCAAGACTGGGGAAATATGTCTTGACATATTGAA
GAACGCCTGGAGCCCTGCGTGGACGCTTCAGTCGGTGTGTAGAGCTATCATAGCATTGAT
GGCTCATCCTGAGGCAGACAGTCCTCTCAACTGCGACTCAGGAAACCTTTTAAGGTCTGG
GGATGTCAGAGGCTTCAATTCAATGGCGCGCATGTACACACGCCTCGCCGCTATGCCCAA
GAAAGGATGATCCTCTCTTTGCTCTCTTTTCGGGTTATAACTCGTTTTCTGTGAAATGTA
ATGGAAAAATGATTTGGGAAAACGAATACATTATTAACTATTCAGATGTAAGGCTGCAGA
AGAGATGTTTCTTCTTGAACATGGTTTACAATGTTATTGCTGAT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1E244TF 740 0 0
G
GATCGCCGTTTGTTTCTTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC**GCTTGAAGTTGGCGTGA
TCGACTTCTTTGTGCAAATTCAGACATGCAGCAATCACGAGCTAGACTGTTCAAGGAGTA
CAAAGAGGTTCAGCGAGAGAAAGTAGCTGATCCTGATATTCAATTGGTGTGTGATGATAC
CAACATTTTCAAATGGACTGCACTTATCAAGGGACCATCCGAGACTCCCTATGAAGGCGG
AGTGTTTCAGCTTGCATTTGCTGTTCCTGAACCGTATCCTCTGCAGCCTCCTCAAGTGCG
GTTCTTGACCAAAATATTCCATCCCAATGTGCATTTCAAGACTGGGGAAATATGTCTTGA
CATATTGAAGAACGCCTGGAGCCCTGCGTGGACGCTTCAGTCGGTGTGTAGAGCTATCAT
AGCATTGATGGCTCATCCTGAGGCAGACAGTCCTCTCAACTGCGACTCAGGAAACCTTCT
AAGGTCTGGGGATGTCAGAGGCTTCAATTCAATGGCGCGCATGTACACACGCCTCGCCGC
TATGCCCAAGAAAGGATGATCCTCTCTTTGCTCTCTTTTCGGGTTATAACTCGTTTTCTG
TGAAATGTAATGGAAAAATGATTTGGGAAAACGAATACATTATTAACTATTCATATGTAA
GGCTGCAGAAGAGATGTTTCTTCTTGAACATGGTTTACAATGTTATTGCTGATACATATG
AGCATGGTCCACCGGTTTT

QA 2 740 2 740
DS 

RD RR1GK83JQ 686 0 0
GTGATCGACTTCTTTGTGCAAATTCAGACATGCAGCAATCACGAGCTAGACTGTTCAAGG
AGTACAAAGAGGTTCAGCGAGAGAAAGTAGCTGATCCTGATATTCAATTGGTGTGTGATG
ATACCAACATTTTCAAATGGACTGCACTTATCAAGGGACCATCCGAGACTCCCTATGAAG
GCGGAGTGTTTCAGCTTGCATTTGCTGTTCCTGAACCGTATCCTCTGCAGCCTCCTCAAG
TGCGGTTCTTGACCAAAATATTCCATCCCAATGTGCATTTCAAGACTGGGGAAATATGTC
TTGACATATTGAAGAACGCCTGGAGCCCTGCGTGGACGCTTCAGTCGGTGTGTAGAGCTA
TCATAGCATTGATGGCTCATCCTGAGGCAGACAGTCCTCTCAACTGCGACTCAGGAAACC
TTCTAAGGTCTGGGGATGTCAGAGGCTTCAATTCAATGGCGCGCATGTACACACGCCTCG
CCGCTATGCCCAAGAAAGGATGATCCTCTCTTTGCTCTCTTTTCGGGTTATAACTCGTTT
TCTGTGAAATGTAATGGAAAAATGATTTGGGAAAACGAATACATTATTAACTATTCATAT
GTAAGGCTGCAGAAGAGATGTTTCTTCTTGAACATGGTTTACAATGTTATTGCTGATACA
TATGAGCATGGTCCACCGGTTTTTAT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 5

CO CL1730Contig1 1249 5 7 U
GGGCATATAAGCCTCACAGAAGAAAAAACTTAAGTTCATATCATTTGCAGCTTGTTAACA
TGTCACGACGACGACTAATACCCACTGAAAGTAACATGTTACGACGACCAATACCCATTG
AAAAGATGGTGCAAGAGTTCAAGAAGAATCACCCAAATTCTCACTTGCTCAAGATAGACA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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TATGTCA
CT

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CAACAATGAACCAAAGGCGGAGACTTTCTTGAAATTTAAGCTGAGAGTATTGGATCAAGT
TAACCGCAATCATGTTGAGAAAACAGATTCGTGTTTGGTTCGAGAAGAATATGATGCCGA
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ATGTAATAAATCAAAATGCTGGAGAATATGGTTTATGTAGCGACACAGCCTGAGGACGTG
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ATACACTTTTATGTCATC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 5

CO CL1731Contig1 765 5 15 U
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GTCACGATACTTGCCTTCATATGCGCGATCGCGTCCTTCTCTGATAACTTCAGTAACCAA
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AAAAATCCATAGAAAACGAGAATCGCAATTCCTGTCTTTTTTGCC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1CD95TF U 67
AF RR1CP52TF U 1
AF RR1FU07TF U 21
AF RR1CP52JQ C 163
AF RR1FU07JQ C 190
BS 1 107 RR1CP52TF
BS 108 108 RR1FU07TF
BS 109 461 RR1CP52TF
BS 462 462 RR1FU07TF
BS 463 597 RR1CP52TF
BS 598 598 RR1FU07TF
BS 599 707 RR1CP52TF
BS 708 708 RR1FU07TF
BS 709 721 RR1CP52TF
BS 722 724 RR1FU07TF
BS 725 725 RR1FU07JQ
BS 726 735 RR1FU07TF
BS 736 736 RR1FU07JQ
BS 737 761 RR1FU07TF
BS 762 765 RR1FU07JQ

RD RR1CD95TF 626 0 0
GG
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ACTTGCCTTCATATGCGCGATCGCGTCCTTCTCTGATAACTTCAGTAACCAAACACCCTC
TGCTCAGATCCAGATATTGAATATCAATTGGTTTCAGAAGCAACCCCATGGAAATGATGA
GGTCAGCTTGACACTGAACATAACAGCAGACTTGCAGTCACTATTTACTTGGAACACAAA
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AAACAAGTACCGTTTCATAGACCAGGGACACAACCTCCGAGGGAAAGAGTTCAACTTGAC
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TGGTTATCGTTTACCCATTGCATACAGATGATTTTATGAAGAGTAGTAGGCCTTCATGCA
TAATGTCATCTAGTTGTGTGTTTTCAGTTGTTCAGTCGTTGAAACATTGTTTTGTAATGG
AACTTATGAGCTAATAACTTGTAG

QA 3 626 3 626
DS 

RD RR1CP52TF 721 0 0
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GTCACGATACTTGCCTTCATATGCGCGATCGCGTCCTTCTCTGATAACTTCAGTAACCAA
ACACCCTCTGCTCAGATCCAGATATTGAATATCAATTGGTTTCAGAAGCAACCCCATGGA
AATGATGAGGTCAGCTTGACACTGAACATAACAGCAGACTTGCAGTCACTATTTACTTGG
AACACAAAGCAGGTATTCGCTTTCGTAGCAGCAGAGTATAAAACCTCAAAGAATTCTCTG
AACCAGGTTTCTCTATGGGATGCCATAATACCAGAGAAGGAGCAAGCCAACTTCTGGATT
CAAATCTCAAACAAGTACCGTTTCATAGACCAGGGACACAATCTCCGAGGGAAAGAGTTC
AACTTGACACTGCACTGGCATGTTATGCCCAAGACTGGCAAGATGTTTGCTGACAAAATA
GTCATGTCTGGTTATCGTTTACCCAATGCATACAGATGATTTTATGAAGAGTAGTAG*CC
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TGTAATGGAACTTATGAGCTAATAACTTGTAGACTAATCCTTTTGAT*CACAAACTATAA
A

QA 1 721 1 721
DS 

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GGAGTGGAGAAAGGTTTCGACTTTCGTTACGAACCAGACGAGTGATTTGAAGAAGATGCA
TTCTTTTGGATACAGAGCGAATGCGCTGCTAACGTTCGCTGTCACGATACTTGCCTTCAT
ATGCGCGATCGCGTCCTTCTCTGATAACTTCAGTAACCAAACACCCTCTGCTCAGATCCA
GATATTGAATATCAATTGGTTTCAGAAGCAACCCCATGGAAATGATGAGGTCAGCTTGAC
ACTGAACATAACAGCAGACTTGCAGTCACTATTTACTTGGAACACAAAGCAGGTATTCGC
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TGCCATAATACCAGAGAAGGAGCAAGCCAACTTCTGGATTCAAATCTCAAACAAGTACCG
TTTCATAGACCAGGGACACAACCTCCGAGGGAAAGAGTTCAACTTGACACTGCACTGGCA
TGTTATGCCCAAGACTGGCAAGATGTTTGCTGACAAAATAGTCATGTCTGGTTATCGTTT
ACCCAATGCATACAGATGATTTTATGAAGAGTAGTAGGCCTTCATGCATAATGTCATCTA
GTTGTGTGTTTTCAGTTGTTCAGTCGTTGAAACATTGTTTTGTAATGGAACTTATGAGCT
AATAACTTGTAGACTAATCCTTTTGATTCACAAACTATAAAAAA*TCCATAGAAA*CGAG
AATCGCAATTCCTGTCTTTTT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1CP52JQ 570 0 0
GATAACTTCAGTAACCAAACACCCTCTGCTCAGATCCAGATATTGAATATCAATTGGTTT
CAGAAGCAACCCCATGGAAATGATGAGGTCAGCTTGACACTGAACATAACAGCAGACTTG
CAGTCACTATTTACTTGGAACACAAAGCAGGTATTCGCTTTCGTAGCAGCAGAGTATAAA
ACCTCAAAGAATTTTTTGAACCAGGTTTCTCTATGGGATGCCATAATACCAGAGAAGGAG
CAAGCCAACTTCTGGATTCAAATCTCAAACAAGTACCGTTTCATAGACCAGGGACACAAT
CTCCGAGGGAAAGAGTTCAACTTGACACTGCACTGGCATGTTATGCCCAAGACTGGCAAG
ATGTTTGCTGACAAAATAGTCATGTCTGGTTATCGTTTACCCAATGCATACAGATGATTT
TATGAAGAGTAGTAGGCCTTCATGCATAATGTCATCTAGTTGTGTGTTTTCAGTTGTTCA
GTCGTTGAAACATTGTTTTGTAATGGAACTTATGAGCTAATAACTTGTAGACTAATCCTT
TTGATTCACAAACTATAAAAAA
ATCCATAG

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DS 

RD RR1FU07JQ 576 0 0
GCTCAGATCCAGATATTGAATATCAATTGGTTTCAGAAGCAACCCCATGGAAATGATGAG
GTCAGCTTGACACTGAACATAACAGCAGACTTGCAGTCACTATTTACTTGGAACACAAAG
CAGGTATTCGCTTTCGTAGCAGCAGAGTATAAAACCTCAAAGAATTTTCTGAACCAGGTT
TCTCTATGGGATGCCATAATACCAGAGAAGGAGCAAGCCAACTTCTGGATTCAAATCTCA
AACAAGTACCGTTTCATAGACCAGGGACACAACCTCCGAGGGAAAGAGTTCAACTTGACA
CTGCACTGGCATGTTATGCCCAAGACTGGCAAGATGTTTGCTGACAAAATAGTCATGTCT
GGTTATCGTTTACCCAATGCATACAGATGATTTTATGAAGAGTAGTAGGCCTTCATGCAT
AATGTCATCTAGTTGTGTGTTTTCAGTTGTTCAGTCGTTGAAACATTGTTTTGTAATGGA
ACTTATGAGCTAATAACTTGTAGACTAATCCTTTTGATTCACAAACTATAAAAAAATCCA
TAGAAAACGAGAATCGCAATTCCTGTCTTTTTTGCC

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 5

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GATAGATCTTCAGCAATGTATTCATGCACTCCGAGCAGAGATTCACTTGACGGTGAGAAC
TCAGTGATAGAATCAGTAGCAAGCATAAGCCCCAGTTCAGCACCAACCAAAGCTTCTGAT
TCTTCACAAGGAATCATTGCTTCCATACCAAAACTCACCGACATCTTCCAAAACAGCTCA
AGCACAAACTTCGGGATGAACATAGATACCAGGACTCTCTTCGAGAGAGGAGAAAGGGAG
TGTTGTGGGCAAGAACATTAGAGAAGAAGAGGAATGGTACGCCGTGATATTATATCTTGG
GATTATAGACATCTTCCAAGACTATGGTGTGAGGAAACGCATTGAACATTGCTGCAAGTC
TATTCAACACAGCTCTAACACTATCTCAGCTGTCCATCCCAAGACATACTCTTTTCGACT
CCAAGACTTTGTCTCTCAGATCTTCTTACCAGAAGAAGACCATCCTTCTCATTCATATTA
ACTTCCAAATTTTCATTTAGTAGTTTTAACTTCGATTTATTAATTGTAAGAATGAACACA
TGCATTATATATAAGAAACAATATTTGATTTTATAGGCGA


BQ
10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB04JQ C 1
AF RR1AS58TF U 3
AF RR1BD36JQ C 3
AF RR1BD36TF U 3
AF RR1EB04TF U 3
BS 1 2 RR1EB04JQ
BS 3 350 RR1AS58TF
BS 351 351 RR1BD36TF
BS 352 677 RR1AS58TF
BS 678 678 RR1BD36TF
BS 679 688 RR1AS58TF
BS 689 700 RR1BD36TF

RD RR1EB04JQ 692 0 0
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CTTGAAGGCTCCATTGACAGCAATAGTTCCAAGTTGATGAAGACAGCATCAAACTCTCCA
GATAGATCTTCAGCAATGTATTCATGCACTCCGAGCAGAGATTCACTTGACGGTGAGAAC
TCAGTGATAGAATCAGTAGCAAGCATAAGCCCCAGTTCAGCACCAACCAAAGCTTCTGAT
TCTTCACAAGGAATCATTGCTTCCATACCAAAACTCACCGACATCTTCCAAAACAGCTCA
AGCACAAACTTCGGGATGAACATAGATACCAGGACTCTCTTCGAGAGAGGAGAAAGGGAG
TGTTGTGGGCAAGAACATTAGAGAAGAAGAGGAATGGTACGCCGTGATATTATATCTTGG
GATTATAGACATCTTCCAAGACTATGGTGTGAGGAAACGCATTGAACATTGCTGCAAGTC
TATTCAACACAGCTCTAACACTATTTCAGCTGTCCATCCCAAGACATACTCTTTTCGACT
CCAAGACTTTGTCTCTCAGATCTTCTTACCAGAAGAAGACCATCCTTCTCATTCATATTA
ACTTCCAAATTTTCATTTAGTAGTTTTAACTTCGATTTATTAATTGTAAGAATGAACACA
TGCATTATATATAAGAAACAATATTTGATTTT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1AS58TF 686 0 0
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TTATAGACATCTTCCAAGACTATGGTGTGAGGAAACGCATTGAACATTGCTGCAAGTCTA
TTCAACACAGCTCTAACACTATCTCAGCTGTCCATCCCAAGACATACTCTTTTCGACTCC
AAGACTTTGTCTCTCAGATCTTCTTACCAGAAGAAGACCATCCTTCTCATTCATATTAAC
TTCCAAATTTTCATTTAGTAGTTTTAACTTCGATTTATTAATTGTAAGAATGAACACATG
CATTATATATAAGAA*CAATATTTGA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1BD36JQ 697 0 0
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TTCACAAGGAATCATTGCTTCCATACCAAAACTCACCGACATCTTCCAAAACAGCTCAAG
CACAAACTTCGGGATGAACATAGATACCAGGACTCTTTTCGAGAGAGGAGAAAGGGAGTG
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TTATAGACATCTTCCAAGACTATGGTGTGAGGAAACGCATTGAACATTGCTGCAAGTCTA
TTCAACACAGCTCTAACACTATTTCAGCTGTCCATCCCAAGACATACTCTTTTCGACTCC
AAGACTTTGTCTCTCAGATCTTCTTACCAGAAGAAGACCATCCTTCTCATTCATATTAAC
TTCCAAATTTTCTTTTAGTAGTTTTAACTTCGATTTATTAATTGTAAGAATGAACACATG
CATTATATATAAGAAACAATATTTGATTTT
ATAGGCG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1BD36TF 698 0 0
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TGAAGGCTCCGTTGACAGCAATAGTTCCAAGTTGATGAAGACAGCATCAAACTCTCCAGA
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AGTGATAGAATCAGTAACAAGCATAAGCCCCAGTTCATCACCAACCAAAGCTTCTGATTC
TTCACAAGGAATCATTGCTTCCATACCAAAACTCACCGACATCTTCCAAAACAGCTCAAG
CACAAACTTCGGGATGAACATAGATACCAGGACTCTCTTCGAGAGAGGAGAAAGGGAGTG
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TTATAGACATCTTCCAAGACTATGGTGTGAGGAAACGCATTGAACATTGCTGCAAGTCTA
TTCAACACAGCTCTAACACTATCTCAGCTGTCCATCCCAAGACATACTCTTTTCGACTCC
AAGACTTTGTCTCTCAGATCTTCTTACCAGAAGAAGACCATCCTTCTCATTCATATTAAC
TTCCAAATTTTCTTTTAGTAGTTTTAACTTCGATTTATTAATTGTAAGAATGAACACATG
CATTATATATAAGAAACAATATTTGATTTTATAGGCGA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1EB04TF 695 0 0
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TGAAGGCTCCATTGACAGCAATAGTTCCAAGTTGATGAAGACAGCATCAAACTCTCCAGA
TAGATCTTCAGCAATGTATTCATGCACTCCGAGCAGAGATTCACTTGACGGTGAGAACTC
AGTGATAGAATCAGTAGCAAGCATAAGCCCCAGTTCAGCACCAACCAAAGCTTCTGATTC
TTCACAAGGAATCATTGCTTCCATACCAAAACTCACCGACATCTTCCAAAACAGCTCAAG
CACAAACTTCGGGATGAACATAGATACCAGGACTCTCTTCGAGAGAGGAGAAAGGGAGTG
TTGTGGGCAAGAACATTAGAGAAGAAGAGGAATGGTACGCCGTGATATTATATCTTGGGA
TTATAGACATCTTCCAAGACTATGGTGTGAGGAAACGCATTGAACATTGCTGCAAGTCTA
TTCAACACAGCTCTAACACTATCTCAGCTGTCCATCCCAAGACATACTCTTTTCGACTCC
AAGACTTTGTCTCTCAGATCTTCTTACCAGAAGAAGACCATCCTTCTCATTCATATTAAC
TTCCAAATTTTCATTTAGTAGTTTTAACTTCGATTTATTAATTGTAAGAATGAACACATG
CATTATATATAAGAAACAATATTTGATTTT
AAAAA

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 5

CO CL1733Contig1 1490 5 16 U
GGAGAGCTGCCATCTACACTTGTAATTCATACATTGGAATCTGAAGCTCTCTATCTCTCT
CTCACTCCTTCCTGTCCGAACTACTCTTTCATCTTGGCAACCTCGAATATCTTGACTTCC
TTTTTTATTTTCTTCGCCTTTTGTTTTGGATCTTGGATATGGCTATGCAAACTATGAGAG
AAGGTCTTCCCTCTGCTCCACAGATTTCTTGGTGGAACGCTTTTGGATCTCAGCCGTTGA
CTCCGGAGAGTCTCTCTGGAGATTCTGATTCGTTTGCCGGAGCTAAGGTCAGATCTGCTG
GAGGGATAGAACAAGGTGTGAATAAACAAAGCAACTCTGCATCTCACTTTGCTTTCTCAC
TTGGTGAAGTAAAGAGTTCAAGAGTGGTTCCAAAGCCTCAAGGATCTGCTTTTCTCAATG
CAACCACCTTACTTGGAACTTGGATTTTTCTCAGCCACAGATCTACACTAAGTATCCATG
TGTGGAACAACAATACTATGGAGTTCTTTCAGCCTATGGACCTCATAGCAGTGTCATGCT
TCCTCTAAACATGGAAACAGAAGATGGAACTATCTACGTTAACTCAAAGCAATACCATGG
AATCATCAGGCGACGCCAATCACGTGCAAAGGCTGCTGCTATTCTTGATCAGAACAAACC
GAGTAGCAAATTCCGTAAGCCGTATATGCATCATTCACGCCATCTCCATGCATTGCGCCG
TCCTAGAGGATCTGGTGGGAGATTCTTGAACACTAAAAGTCAGAACAATGCAAAGAAAGC
TGATGGAACTAAGCAGACTATGCCTCAGCCTCAGCCACAGCGAAGTAACTCTCAGGATTC
AGATGTTCTTCATCCTGAAAGCATGACCATGAACTTATCAAACCGACTAGGATCAGAAGT
TACAAGCATGAACTACTTTTTAGGCTCTTCACTGCATCCCCCTGGTGGCATGGTAATGCC
TAGCAAGTGGATCACAGCAACAGCAGCAATGGATAATGGCTGCTGTAATTTCAAGACCTG
ATACTTTTATTGTAGCTCACAGGCAGACCGAGAGAGGGAGAACTCTATTGTCTTGATAAA
AGACATTTTGAGTTTTTCTTTTGTTCTTGGTTCCATCTGACTGTGAACTGGCAACTCATC
TTTGGCTCATTCGATACCTAAGGCTTCTTCATCGTCAGGTGAACGGAGCCTTGCATTTTA
TCTCAGTGTGAAACTAGTTTAAACTAGTAAAGAACAATGATGGGTTTTGGCAACTAAACC
CACTTGTTCAAACTCTATCTCCTCTCTTTGTGTGTGTGTCTATGTATGTTTCTGAAAGAT
TGTAAGAACTTCTAGTCTAGTGGCTTCTGCACCATATTTTAAGTCCTGCTTTTTTTATAA
AATGTGTGTGTGTGTTTACGGATGTTTCTGAAAACTGTTGTAATAACATCTAGTTTATGT
AACATATTTTAAGTCTTACTGTTCTATAAAAGATTGTGTGTTCTTATAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1A508TF U 309
AF RR1BF78TF U 1
AF RR1A508JQ C 567
AF RR1CW15TF U 771
AF RR1CW15JQ C 1020
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BS 387 412 RR1BF78TF
BS 413 413 RR1A508TF
BS 414 448 RR1BF78TF
BS 449 449 RR1A508TF
BS 450 825 RR1BF78TF
BS 826 826 RR1CW15TF
BS 827 845 RR1BF78TF
BS 846 894 RR1CW15TF
BS 895 895 RR1A508JQ
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BS 1472 1490 RR1CW15TF

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GTAAAGAGTTCAAGAGTGGTTCCAAAGCCTCAAGGATCTGCTTTTCTCAATGCAACCACC
TTACTTGGAACTTGGATTTTTCTCAGCCACAGATCTACACTAAGTATCCATGTGTGGAAC
AACAATACTATGGAGTTCTTTCAGCCTATGGACCTCATAGCAGTGTCATGCTTCCTCTAA
ACATGGAAACAGAAGATGGAACTATCTACGTTAACTCAAAGCAATACCATGGAATCATCA
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AATTCCGTAAGCCGTATATGCATCATTCACGCCATCTCCATGCATTGCGCCGTCCTAGAG
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CTAAGCAGACTATGCCT

QA 1 497 1 497
DS 

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CTCACTCCTTCCTGTCCGAACTACTCTTTCATCTTGGCAACCTCGAATATCTTGACTTCC
TTTTTTATTTTCTTCGCCTTTTGTTTTGGATCTTGGATATGGCTATGCAAACTATGAGAG
AAGGTCTTCCCTCTGCTCCACAGATTTCTTGGTGGAACGCTTTTGGATCTCAGCCGTTGA
CTCCGGAGAGTCTCTCTGGAGATTCTGATTCGTTTGCCGGAGCTAAGGTCAGATCTGCTG
GAGGGATAGAACAAGGTGTGAATAAACAAAGCAACTCTGCATCTCACTTTGCTTTCTCAC
TTGGTGAAGTAAAGAGTTCAAGGGTTGTTCCAAAGCCTCAAGGATCTGCTTT*CTCAATG
CAACCACCTTACTTGGAACTTGGATTTT*CTCAGCCACAGATCTACACTAAGTATCCATG
TGTGGAACAACAATACTATGGAGTTCTTTCAGCCTATGGACCTCATAGCAGTGTCATGCT
TCCTCTAAACATGGAAACAGAAGATGGAACTATCTACGTTAACTCAAAGCAATACCATGG
AATCATCAGGCGACGCCAATCACGTGCAAAGGCTGCTGCTATTCTTGATCAGAACAAACC
GAGTAGCAAATTCCGTAAGCCGTATATGCATCATTCACGCCATCTCCATGCATTGCGCCG
TCCTAGAGGATCTGGTGGGAGATTCTTGAACACTAAAAGTCAGAACAATGCAAAGAAAGC
TGATGGAACTAAGCAGACTATGCCTCAGCCTCAGCCACAGCGAAGCAACTCTCAGGATTC
AGATG

QA 1 845 1 845
DS 

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CAAAGGCTGCTGCTATTCTTGATCAGAACAAACCGAGTAGCAAATTCCGTAAGCCGTATA
TGCATCATTCACGCCATCTCCATGCATTGCGCCGTCCTAGAGGATCTGGTGGGAGATTCT
TGAACACTAAAAGTCAGAACAATGCAAAGAAAGCTGATGGAACTAAGCAGACTATGCCTC
AGCCTCAGCCACAGCGAAGTAACTCTCAGGATTCAGATGTTCTTCATCCTGAAAGCATGA
CCATGAACTTATCAAACCGACTAGGATCAGAAGTTACAAGCATGAACTACTTTTTAGGCT
CTTCACTGCATCCCCTTGGTGGCATGGTAATGCCTAGCAAGTGGATCACAGCAACAGCAG
CAATGGATAATGGCTGCTGTAATTTCAAGACCTGATACTTTTATTGTAGTTCACAGGCAG
ACCGAGAGAGGGAGAACTCTATTGTCTTGATAAAAGACATTTTGAGTTTTTCTTTTGTTC
TTGGTTCCATCTGACTGTGAACTGGCAACTCATCTTTGGCTCATTCGATACCTAAGGCTT
CTTCATCGTCAGGTGAACGGAGCCTTGCATTTTATCTCAGTGTGAAACTAGTTTAAACTA
GTAAAGAACAATGATGGGTTTTGGCAACTAAACCCACTTGTTCAAACTCTATCTCCTCTC
TTTGTGTGTGTGTCTATGTATGTTTCTGAAAGATTGTAAGAACTTCTAGTCTAGTGGCTT
CTGCACCATATTCTAAGTCCTGCTTTTTT*ATAAAATGTGTGTGTGTGTTTACGGATGTT
TCTGAAAACTGTTGTAAGAACATCTAGTTTATGTAACATATTTTAAGTCTTACTGTTCTA
TAAAAGATTGTGTGTTCTT
G

QA 1 919 1 919
DS 

RD RR1CW15TF 720 0 0
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CTCAGGATTCAGATGTTCTTCATCCTGAAAGCATGACCATGAACTTATCAAACCGACTAG
GATCGGAAGTTACAAGCATGAACTACTTTTTAGGCTCTTCACTGCATCCCCCTGGTGGCA
TGGTAATGCCTAGCAAGTGGATCACAGCAACAGCAGCAATGGATAATGGCTGCTGTAATT
TCAAGACCTGATACTTTTATTGTAGCTCACAGGCAGACCGAGAGAGGGAGAACTCTATTG
TCTTGATAAAAGACATTTTGAGTTTTTCTTTTGTTCTTGGTTCCATCTGACTGTGAACTG
GCAACTCATCTTTGGCTCATTCGATACCTAAGGCTTCTTCATCGTCAGGTGAACGGAGCC
TTGCATTTTATCTCAGTGTGAAACTAGTTTAAACTAGTAAAGAACAATGATGGGTTTTGG
CAACTAAACCCACTTGTTCAAACTCTATCTCCTCTCTTTGTGTGTGTGTCTATGTATGTT
TCTGAAAGATTGTAAGAACTTCTAGTCTAGTGGCTTCTGCACCATATTTTAAGTCCTGCT
TTTTTTATAAAATGTGTGTGTGTGTTTACGGATGTTTCTGAAAACTGTTGTAATAACATC
TAGTTTATGTAACATATTTTAAGTCTTACTGTTCTATAAA*GATTGTGTGTTCTTATAAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1CW15JQ 470 0 0
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AAGACATTTTGAGTTTTTCTTTTGTTCTTGGTTCCATCTGACTGTGAACTGGCAACTCAT
CTTTGGCTCATTCGATACCTAAGGCTTCTTCATCGTCAGGTGAACGGAGCCTTGCATTTT
ATCTCAGTGTGAAACTAGTTTAAACTAGTAAAGAACAATGATGGGTTTTGGCAACTAAAC
CCACTTGTTCAAACTCTATCTCCTCTCTTTGTGTGTGTGTCTATGTATGTTTCTGAAAGA
TTGTAAGAACTTCTAGTCTAGTGGCTTCTGCACCATATTTTAAGTCCTGCTTTTTTTATA
AAATGTGTGTGTGTGTTTACGGATGTTTCTGAAAACTGTTGTAATAACATCTAGTTTATG
TAACATATTTTAAGTCTTACTGTTCTATAAAAGATTGTGTGTTCTT
ATAA

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 5

CO CL1734Contig1 748 5 9 U
GGAAAACAGCTCCGAGAGGATCCAAGTTTCTTTCTCATTCGTTCCATCGATGGCGACTCT
TTCAACATCTCTCTCTCTTCCCAGGAATACTCAACAACTCCACCCTTCATCTGGCTTTTC
TCTGAAGCCAGTTGCTCGTCGTGTCAACGTTTCTTTCGGTCTGAATCCTTCTAAAAAGCT
CCAGTTTTCTGCTCCCAGAAACAAAAGGATCCTAACCATCCAATCAGCATACAGAGATGA
TGACAGTTCAGGAAGCACTGGCCTATTTGTGGGAGGGTTCATTTTGGGCGGGCTCATAGT
CGGTGCTCTTGGATGTGTGTATGCACCACAGATCAGCAAGGCTATAGCTGGAGCAGACCG
AAAGGATCTCATGAGGAAATTGCCTAAGTTCATTTATGATGAGGAAAAAGCTTTGGAGAA
AACTCGCAAGGTATTGGCTGACAAGATTGCTCAGCTCAACTCTGCTATCGACGATGTGTC
CTCTCAGCTAAAATCAGAAGACACCCCTAATGGTGCAGCTCTAAGCACTGATGAAGTCGA
GGCTACAGCCTGAAATAATCTCTCATCTGTTTTTAGGATGCTGAAACAAATTGTGGGTCA
TTGTTACTTCTTGTTGTTTGCTGTTTCTGTGTAATTTTGTCTAAAACTTTTCCTCCATCT
TCAAAACCACTACCATTGTCCTGTCTGTTTTTTCTTTCCATTAGACTATGTTGAACGATT
TATCATCATCATTCCAGATTCCTTATGC


BQ
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35 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS22JQ C 1
AF RR1DD88TF U 2
AF RR1CS22TF U 1
AF RR1GC77TF U 6
AF RR1DD88JQ C 169
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DS 

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DS 

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TTCTTGTTGTTTGCTGTTTCTGTGTAATTTTGTCTAAAACTTTTCCTCCGTCTTCACAAC
CACT

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DS 

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GG
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TCTGCTCCCAGAAACAAAAGGATCCTAACCATCCAATCAGCATACAGAGATGATGACAGT
TCAGGAAGCACTGGCCTATTTGTGGGAGGGTTCATTTTGGGCGGGCTCATAGTCGGTGCT
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CACTACCATTGTCCTGT

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TGTTGAACGATTTATCATCATCATTCCAGATTCCTTATGC

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DS 



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GCCTATAAACCGACCCTCGATGAGACGTGTGGTTAAGATGTTGGAAGCAATCGGCGGTGG
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TAACTGTAGATTCACATGGC


BQ
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AF RR1A673TF U 1
AF RR1A615TF U 51
AF RR1A615JQ C 285
AF RR1A673JQ C 374
BS 1 640 RR1A673TF
BS 641 641 RR1A615TF
BS 642 769 RR1A673TF
BS 770 995 RR1A615JQ
BS 996 1220 RR1A673JQ

RD RR1A673TF 769 0 0
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ATGTTACAAAGAAGAGATAAGCAAGATCCTTAACATTGGGCTTCTATGCACTAGTCCATT
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G
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GATAGATGGAGATTACGGCGCGAAGGTTGCTGATTTTGGAGTGGCTAAAGTCGTTGACTT
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GTGAACGAGAAGAGTGACATCTACAGTTTTGGGGTGGTGATCCTTGAGATAGTGACTAGG
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TGGTGTTTGAAGCTGTGAATTAGGGTATTGAGTCAGAGAATGTTAAATTTTTATAGTATT
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AAAGCGTGTGCTCTTCTTTTTAGTGAACTGTTGGATGCTCGTGTATGTAACTGTAGATTC
ACATGGC

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 5

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CTTTGCCACTGCCCTCGCTGCGATTATTAGGAAATGTCCATGGTATAAGGGGAGGATAAT
ATGGTATGACCAATGTCTTCTCACGTTTTCGTCCAATCATTCTACTGGAATGATCGATTA
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TGTATGGAATACTCTCTTGGACAATCTGACGACTTTAGCTATCAGTCGAGTTAATTACAC
TGAGCCAACAGCATTGTACTCTGTGGGGGAGACACGGTTCAAGGGTGATACAATTTATGG
AATGGTGCAGTGTACCAAAGACATAGGACCAGAAGCTTGTGAAGAGTGTTTGGTTTTTAA
TAGGTTGCATTTTCAAGATTGCCTGAATGATAAACGTGGAGCGAGATTTGTCGGTGGAAG
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GCTACTTTTTGAAAGAATAAAACAACAGAATAATGATAGGATAAGATAATTCTCTCCTAT
CTAATTGATTTATGCTTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1F351JQ C 392
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T

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RD RR1F351TF 665 0 0
GG
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CGG

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GGGC
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TTGATCCATGTCTTGGCCATACAACTTCTCCTTATAAGCAGTGAATTGTATTTAAACACG
ACCAATGCGTATCTCAACTACAAATGCTTGGATAGTCAAGGAAAATACAAGCGGGGAAGT
AGGTACGAGGAAATTTTAATATCTAACACCAAAAGGTTCTATGTGGACAGTAGCCTTAGA
AGAGCTTTCACCCTGTTCGGCTCTGATAAATTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGTGGAGAC
TCCTACGGGACCAAATGCCACGACTGCTTTGCCACTGCCCTCGCTGCGATTATTAGGAAA
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AATCATTCTACTGGAATGATCGATTACGACAATATCTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAG
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DS 



AS 1 3

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TTATGGTATCGTCCTCTTTACCGCGCTACCAGAACTGATAGTGCCCTGAAGTTTGGAACT
TTCTTCTTGTTTTACGTGTTTCACATTGCATTCTGCGGCTTTGCTGCAGTTGCTCCACCA
GTCGTCTTTCGAGGAAAGTCTCTCACAGGTTTCTTGCCAGCACTTGAGTTTCTAACTAGT
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AAAAAAATACATCTTAATGAATGATAAAAGCAAGATCCCTAGTGGGATGGGGAACCTTTA
TAGCTCTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB74TF U 1
AF RR1GL18TF U 1
AF RR1CB74JQ C 494
BS 1 107 RR1CB74TF
BS 108 108 RR1GL18TF
BS 109 693 RR1CB74TF
BS 694 710 RR1GL18TF
BS 711 711 RR1CB74JQ
BS 712 744 RR1GL18TF
BS 745 1208 RR1CB74JQ

RD RR1CB74TF 693 0 0
GGACTGCATTCTTGATTTCTGTCAACATCCAACGACCTCTGAGAACTCGTTTCTTCAATA
TACTTCTTGATCTAGCTATAACAAACGATCTTAGAAATGGCACGACATGATCCTAATCCA
TTTGCTGATGAAGAGATCAACCCTTTTGCGAATAATACAAGTGTTCCTCCTGCAAGCAAC
TCCCATCTCAAGCCGCTTCCACCTGAACCTCATGATCGTGGTGAAACAGTTGATATCCCT
TTGGGTTCCACCCAGGATCTTCGAGCTAAAGAGATAGAACTTCAGGCTAAGGAGAATGAA
CTGAAACGGAAAGAGCAGGAGCTTAAAAGAAGAGAAGATGCAATAGCACGAAGTGGAGTT
GTCATTGAGGAGAAGAATTGGCCAGAGTTTTTCCCTCTAATTCATCATGACATTTCTAAC
GAGATACCTATTCACTTACAGAAGATACAATATGTCGCATTCGCCTCATTGTTAGGGTTG
ATAGCATGCCTCTTGTGGAATATTGTGGCAGTAACTGTAGCTTGGATCAACGGAGGAGGT
CCCACTATATGGCTTATGTCAATCATCTACTTCATTTCTGGTGTCCCTGGGGCTTACGTC
TTATGGTATCGTCCTCTTTACCGCGCTACCAGAACTGATAGTGCCCTGAAGTTTGGAACT
TTCTTCTTGTTTTACGTGTTTCACATTGCATTC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1GL18TF 744 0 0
GGACTGCATTCTTGATTTCTGTCAACATCCAACGACCTCTGAGAACTCGTTTCTTCAATA
TACTTCTTGATCTAGCTATAACAAACGATCTTAGAAATGGCACGACAGGATCCTAATCCA
TTTGCTGATGAAGAGATCAACCCTTTTGCGAATAATACAAGTGTTCCTCCTGCAAGCAAC
TCCCATCTCAAGCCGCTTCCACCTGAACCTCATGATCGTGGTGAAACAGTTGATATCCCT
TTGGGTTCCACCCAGGATCTTCGAGCTAAAGAGATAGAACTTCAGGCTAAGGAGAATGAA
CTGAAACGGAAAGAGCAGGAGCTTAAAAGAAGAGAAGATGCAATAGCACGAAGTGGAGTT
GTCATTGAGGAGAAGAATTGGCCAGAGTTTTTCCCTCTAATTCATCATGACATTTCTAAC
GAGATACCTATTCACTTCCAGAAGATACAATATGTCGCATTCGCCTCATTGTTAGGGTTG
ATAGCATGCCTCTTGTGGAATATTGTGGCAGTAACTGTAGCTTGGATCAACGGAGGAGGT
CCCACTATATGGCTTATGTCAATCATCTACTTCATTTCTGGTGTCCCTGGGGCTTACGTC
TTATGGTATCGTCCTCTTTACCGCGCTACCAGAACTGATAGTGCCCTGAAGTTTGGAACT
TTCTTCTTGTTTTACGTGTTTCACATTGCATTCTGCGGCTTTGCTGCAGT*GCTCCACCA
GTCGTCTTTCGAGGAAAGTCTCTC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1CB74JQ 715 0 0
TGTGGAATATTGTGGCAGTAACTGTAGCTTGGATCAACGGAGGAGGTCCCACTATATGGC
TTATGTCAATCATCTACTTCATTTCTGGTGTCCCTGGGGCTTACGTCTTATGGTATCGTC
CTCTTTACCGCGCTACCAGAACTGATAGTGCCCTGAAGTTTGGAACTTTCTTCTTGTTTT
ACGTGTTTCACATTGCATTCTGCGGCTTTGCTGCAGTTGCTCCACCAGTCGTCTTTCGAG
GAAAGTTTCTCACAGGTTTCTTGCCAGCACTTGAGTTTCTAACTAGTAATGTTGTGGTTG
GGATATTGTATTTCATTGGGGCGGGCTTTTTTTGCATCGAAACACTTCTCAATATATGGG
TGATTCAGCAAGTATATGCATACTTCCGGGGGAGTGGCAAAGCTGCGCAGATGAAGCGTG
AAGCTACAAACTCGGCCTTGATGCGTGCACTATGAAGCCAACACTCTTCACTGGAAAAAA
AAAATGTATCAATGGTGGCTTGAGGTTAAATCTTGAATTCTCCAGACAACACCCTTCTTT
CTGCCAAGTCTAGACTGCCAATTGTTTTTGTTTGAATTGCTTTTGTAAAAGACTAAATCA
AATACATGGGAGACCTCAAAGCTAAAACTCTGTCGTTTAACTGTAAAAAAAAAATACATC
TTAATGAATGATAAAAGCAAGATCCCTAGTGGGATGGGGAACCTTTATAGCTCTC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL1738Contig1 660 2 2 U
GTAAGCAAATGTGGCACATTCAACAAAACAGGGGGTCGTTTTATTATTACAATAGCGACG
GGTATAAACTAATAATAGTAAGCACACTGCAGTACATATTTAACAAATAACAAATGCACA
ACCACAAATACTAGCGCTCCAAATATGTCATAATATTATGCGCGGTTCATATCATCGCTG
CTTAAAAAGCTGTTGCAGCCATATAGCTTTTGCGATACCCAGCTGCGTATGTTGGATACA
ACATTTGGCTAACCCCTTCCGCCTTAAAATGAGGAACCAACATTTTCATAAACAAACCAA
AAAGTCTGAGGCTATGCCAAATGCGAAAAGGAAATGGGAATGGAAAGAGCAGTTGACCAA
TGGAGGATAGAGTAATACCACAAAGATGAAAGATGAAAGAGAGTGGCCGAGGGTTCATGC
CTCCGAGCAGAGCCATCATGCCTGACGTGCGAAAGCCGCCACTAGAGAGGTAATCAAAAC
AGCCTTGCCGCATCGCTTCTTTTGCTTCGTCCGTCGATGCAATTAGCACTTGAGAAAATG
CATTTCCTAGTGTGTTCACCGTCGCTGACATTGGCTTTCGGATGATATAAAATGACTTAA
TAACTTCGTTACCTTCTTCCTTCTGTTGTTGACGTAGAACACTGTCCAAGTCACCACAAG


BQ
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AF RR1ET47JQ U 1
AF RR1FR51JQ U 3
BS 1 429 RR1ET47JQ
BS 430 660 RR1FR51JQ

RD RR1ET47JQ 429 0 0
GTAAGCAAATGTGGCACATTCAACAAAACAGGGGGTCGTTTTATTATTACAATAGCGACG
GGTATAAACTAATAATAGTAAGCACACTGCAGTACATATTTAACAAATAACAAATGCACA
ACCACAAATACTAGCGCTCCAAATATGTCATAATATTATGCGCGGTTCATATCATCGCTG
CTTAAAAAGCTGTTGCAGCCATATAGCTTTTGCGATACCCAGCTGCGTATGTTGGATACA
ACATTTGGCTAACCCCTTCCGCCTTAAAATGAGGAACCAACATTTTCATAAACAAACCAA
AAAGTCTGAGGCTATGCCAAATGCGAAAAGGAAATGGGAATGGAAAGAGCAGTTGACCAA
TGGAGGATAGAGTAATACCACAAAGATGAAAGATGAAAGAGAGTGGCCGAGGGTTCATGC
CTCCGAGCA

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR1FR51JQ 658 0 0
AAGCAAATGTGGCACATTCAACAAAACAGGGGGTCGTTTTATTATTACAATAGCGACGGG
TATAAACTAATAATAGTAAGCACACTGCAGTACATATTTAACAAATAACAAATGCACAAC
CACAAATACTAGCGCTCCAAATATGTCATAGTATTATTCGCGGTTCATATCATCGCTGCT
TAGAGAGCTGTTGCAGCCATATAGCTTTTGCGATACGCAGCTGCGTATGTTGGATACAAC
ATTTGGCTAACCCCTTCCGCCTTAAGATGAGGAACCAACATTTTCATAGACAAACCAAAA
AGTCTGAGGCTATGCCAAATGCGAAGAGGAGATGGGAATGGAGAGAGCAGTTGACCAATG
GAGGATAGAGTAATACCACAAAGATGAAAGATGAGAGAGAGTGGCCGAGGGTTCATGCCT
CCGAGCAGAGCCATCATGCCTGACGTGCGAAAGCCGCCACTAGAGAGGTAATCAAAACAG
CCTTGCCGCATCGCTTCTTTTGCTTCGTCCGTCGATGCAATTAGCACTTGAGAAAATGCA
TTTCCTAGTGTGTTCACCGTCGCTGACATTGGCTTTCGGATGATATAAAATGACTTAATA
ACTTCGTTACCTTCTTCCTTCTGTTGTTGACGTAGAACACTGTCCAAGTCACCACAAG

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 4

CO CL1739Contig1 1157 4 24 U
GGGCTGTTCTCTATTTCTTCTGAATCCGAGGAGCAGAGAGCGAGAAGCTGTAAAACCCTA
GAAGTAGAACAATGGTGAAGCTCACAGCTGATTTGATCTGGAACAGTCCTCACTTCTTCA
ATGCCATCAAGGAGCGAGAGTTGGAGCTAAGAGGCAACAAGATTCCTGTAATCGAGAACT
TGGGTGCTACCGAGGACCAGTTCGATACAATAGATCTGTCTGATAATGAGATAGTTAAGC
TGGAAAACTTCCCACTTCTCAACCGATTAGGGACTCTGATTGTAAATAACAATCGGATCA
CTCGGATAAACCCTAACATTGGAGAGTTCCTACCGAAGCTGCACACTTTGGTTCTTACGA
ACAACAGGCTTGTGAATTTGGTTGAGATCGATCCCCTTGCCTCAATACCGAAGCTTCAGT
ACCTTAGTTTATTGGATAATAATATCACCAAGAAGCCGAATTATCGTCTTTATGTGATTC
ACAAGCTTAAATCGCTTCGGGTACTGGATTTCATTAAAGTCAAAGACAAGGAGAGAGCTG
AAGCTGCGGCTTTGTTTTCATCTAAGGAAGCAGAAGAAGAGGTTAAGAAGGTATCTCAGC
AGGAGGTTCAAAAAGTGTCGGATACTACAGAAGATGCAGAGGCTCCTAAAGTTGTGGCCC
CAACACAGGAGCAAATTTTAGCAATCAAG*GCTGCAATTATCAATTCCCAGACGATAGAA
GAAATTGCCAGACTCGAACAGGCTTTGAAGTTTGGCCAGGTTCCCGCAGGCCTGATAGTT
CCTGATCCTGCATCTGGTGTTAATGACGGTTCTGGTCCTATGGAGGAATAGAAAGTGTAG
CTACTGCTCGAATGCTCAAATTTATCGTCTGACAAGCTTCACGGTTCTGTAAGGTTTCTG
TCACTTCCTTAGGAGAATTTGTAATGTACTTCTGCTCAAGAGCATCTGTTTTGAACCGTT
GAAAAGAATGACAAAAGAAGATTGTAATCTTTAACCTGCATTTGCAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGGCTGCACACAGATTTTACCAATGCTGTTTTTGCATTTTAGTTTCTTCTC
AATTTATCTTGCATCTCGATGATCAATGTAATTTACTGAAAAACTTAACTAGAAAAGAAA
CTTGGGGAAGTGACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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GCTG

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GG
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CAATCGGATCACTCGGATAAACCCTAACATTGGAGAGTTCCTACCGAAGCTGCACACTTT
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TAA

QA 3 845 3 845
DS 

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AAGCTTAAATCGCTTCGGGTACTGGATTTCATTAAAGTCAAAGACAAGGAGAGAGCTGAA
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GAGAGAG**GCTGCACACAGATTTTACCAATGCTGTTTTTGCATTTTAGTTTCTTCTCAA
TTTATCTTGC

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DS 

RD RR1B627JQ 742 0 0
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TCAGCAGGAGGTTCAAAAAGTGTCGGATACTACAGAAGATGCAGAGGCTCCTAAAGTTGT
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TAGTTCCTGATCCTGCATCTGGTGTTAATGACGGTTCTGGTCCTATGGAGGAATAGAAAG
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AGAGAGAGAGAGAGAGGCTGCACACAGATTTTACCAATGCTGTTTTTGCATTTTAGTTTC
TTCTCAATTTATCTTGCATCTCGATGATCAATGTAATTTACTGAAAAACTTAACTAGAAA
AGAAACTTGGGGAAGTGACTTT

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 3

CO CL1740Contig1 731 3 12 U
GGGTCCTTCATCTCTCCTAAAAAACCACGAGAAGAAAAAGGCGAGAACCTCGCCAAATCG
GAGATACGCGAGAAAACAAAAAGAGATCTCGTAAGGTTTTTGAATTCATGGCGTCGAAGC
GGATCTTGAAGGAACTCAAGGATCTCCAGAAGGATCCACCCACCTCTTGCAGCGCAGGAC
CTGTTGCTGAAGACATGTTTCATTGGCAGGCAACGATAATGGGTCCTTCAGACAGTCCTT
ACGCGGGAGGTGTTTTCCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCAGATTACCCTTTCAAACCTC
CTAAGGTGGCCTTTAGGACCAAGGTGTTCCATCCCAACATTAACAGCAACGGAAGCATTT
GCCTCGACATCTTGAAGGAGCAATGGAGTCCTGCCCTCACCATCTCCAAGGTGCTGCTAT
CGATCTGTTCTTTGTTAACCGATCCAAACCCGGATGATCCTTTGGTACCTGAGATTGCTC
ATATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCCACTGCACGGAGCTGGACTCAGAAGT
ATGCCATGGGATGAAAAGGAAGACCCCAAATCTATCTCTTTTTAATGAAAAAAAAATATT
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CTAAGAATCTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1F852TF U 1
AF RR1B357TF U 43
AF RR1GR34JQ C 132
BS 1 75 RR1F852TF
BS 76 76 RR1B357TF
BS 77 102 RR1F852TF
BS 103 103 RR1B357TF
BS 104 169 RR1F852TF
BS 170 170 RR1B357TF
BS 171 403 RR1F852TF
BS 404 404 RR1B357TF
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BS 422 422 RR1B357TF
BS 423 472 RR1F852TF
BS 473 731 RR1B357TF

RD RR1F852TF 472 0 0
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GAGATACGCGAGAAACCAAAAAGAGATCTCGTAAGGTTTTTGGATTCATGGCGTCGAAGC
GGATCTTGAAGGAACTCAAGGATCTCCAGAAGGATCCACCCACCTCTTGTAGCGCAGGAC
CTGTTGCTGAAGACATGTTTCATTGGCAGGCAACGATAATGGGTCCTTCAGACAGTCCTT
ACGCGGGAGGTGTTTTCCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCAGATTACCCTTTCAAACCTC
CTAAGGTGGCCTTTAGGACCAAGGTGTTCCATCCCAACATTAACAGCAACGGAAGCATTT
GCCTCGACATCTTGAAGGAGCAATGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTAT
CAATCTGTTCTTTGTTAACCGATCCAAACCCGGATGATCCTTTGGTACCTGA

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1B357TF 689 0 0
GAT
AACCTCGCCAAATCGGAGATACGCGAGAAAACCAA**GAGATCTCGTAAGGTTTTTGAAT
TCATGGCGTCGAAGCGGATCTTGAAGGAACTCAAGGATCTCCAGAAGGATCCACCCACCT
CTTGCAGCGCAGGACCTGTTGCTGAAGACATGTTTCATTGGCAGGCAACGATAATGGGTC
CTTCAGACAGTCCTTACGCGGGAGGTGTTTTCCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCAGATT
ACCCCTTCAAACCTCCTAAGGTGGCCTTTAGGACCAAGGTGTTCCATCCCAACATTAACA
GCAACGGAAGCATTTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAATGGAGTCCTGCCCTCACCATCT
CCAAGGTGCTGCTATCGATCTGTTCTTTGTTAACCGATCCAAACCCGGATGATCCTTTGG
TACCTGAGATTGCTCATATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCCACTGCACGGA
GCTGGACTCAGAAGTATGCCATGGGATGAAAAGGAAGACCCCAAATCTATCTCTTTTTAA
TGAAAAAAAAATATTGCCGTAATTTCTATGTATGATTCAATAGACATCTCTTTGTGTTCT
TTTAAATATTCTGAAAGACAAGACCAAATGAAGTGGGTCTTGCTTAAAACCAAACATCTT
TGTGAAAACAAGAAACTAAGAATCTT

QA 4 689 4 689
DS 

RD RR1GR34JQ 598 0 0
GAACTCAAGGATCTCCAGAAGGATCCACCCACCTCTTGCAGCGCAGGACCTGTTGCTGAA
GACATGTTTCATTGGCAGGCAACGATAATGGGTCCTTCAGACAGTCCTTACGCTGGAGGT
GTTTTCCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCAGATTACCCTTTCAAACCTCCTAAGGTGGCC
TTTAGGACCAAGGTGTTCCATCCCAACATTAACAGCAACGGAAGCATTTGCCTCGACATC
TTGAAGGAGCAATGGAGTCCTGCCCTCACCATCTCCAAGGTGCTGCTATCGATCTGTTCT
TTGTTAACCGATCCAAACCCGGATGATCCTTTGGTACCTGAGATTGCTCATATGTACAAG
ACTGACAAGAACAAGTATGAGTCCACTGCACGGAGCTGGACTCAGAAGTATGCCATGGGA
TGAAAAGGAAGACCCCAAATCTATCTCTTTTTAATGAAAAAAAAATATTGCCGTAATTTC
TATGTATGATTCAATAGACATCTCTTTGTGTTCTTTTAAATATTCTGAAAGACAAGACCA
AATGAAGTGGGTCTTGCTTAAAACCAAACATCTTTGTGAAAACAAGAAACTAAGAATC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 5

CO CL1741Contig1 985 5 27 U
GGACCACCTATTAGATAATAAACCAAGACATCATCAACTTGTCTACTTCTTCTTAACCTC
TTCTCTCTCGTTTTGCAGATTTTATCATCTTTGTTTCTCTCAGATTCCACAAAAACATTT
ACTTTTTTTTGCGTTGGAATCTGTGAGGAACAGAGGATAAGGTATCATGGGTTCCATCTC
TTTATCCAATTCTCTGCCCATAACGCGACTTCCTCTACTTACATCACTTAATCAATCCCT
TCTTCCCACTTCTTCATCCTTGTCACTTCCTCCTCTCTCCAACCGTCGTCGCTCCAATTT
TTCACAGAGAATTGCCGCATCTGCCGTCTTCTCAGCTCCTGCCGGCGTCAATGACTCCCT
TCCTGCAAGAAACGAGGGCTACACCGTTGGTGATTTCATGACAGGGAGACAGCATCTCCA
TGTTGTTAAGCCTTCAACCTCGGTAGATGATGCATTGGAACTTCTGGTTGAGAAAAAAGT
CACTGGATTGCCTGTAATTGATGACGATTGGAACCTGGTTGGTGTTGTTTCTGATTACGA
CTTGCTTGCACTGGATTCCATTTCTGGCCGCTGCCAAAATGAAACCAACTTGTTCCCTAA
CGTCGACAGTACCTGGAAAACGTTCAATGAACCCCAGAAACTGATAAGTAAGACACATGG
ACAAGTGGTTGGGGACTTGATGACGCCTTCCCCTCTGGTTGTCCGTGGTTCAACCAACTT
AGAAGATGCAGCCAGGTTGCTTCTGGAAACAAAGTTCCGAAGATTACCAGTCGTGGATTC
AGATGGAAAACTGATTGGGATCCTTACGAGGGGGAACGTAGTAAGGGCTGCACTGCAGAT
CAAGCGTGAAACAGAGAACTGTGAAACTTAGCTAGATAATCCCTTTCAATCTGCCATAGT
TAAATAGCAAATCTGTTCATTCCATTCATGGAAGTATATATAATGTAAACCCAAACTGGG
AATTCAAGACGTTATTGTGTAGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G673TF U 1
AF RR1FQ96TF U 122
AF RR1E532TF U 85
AF RR1FQ96JQ C 328
AF RR1G673JQ C 369
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BS 123 228 RR1G673TF
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RD RR1G673TF 623 0 0
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ATTTTTTTTTGCGTTGGAATCTGTGAGGAACAGAGGATAAGGTATCATGGGTTCCATCTC
TTTATCCAATTCTCTGCCCATAACGCGACTTCCTCTACTTACATCACTCAATCAATCCCT
TCTTCCCACTTCTCCGTCCTTCTCACTTCCTCCTCTCCCCAACCGTCGTCGCTCCAGTTT
TTCACAGAGAATTGCCGCATCTGCCGTCTTCTCAGCTCCTGCCGGCGTCAATGACTCCCT
TCCGGCAAGAAACGAGGGCTACACCGTTGGTGATTTCATGACAGGGAGACAGCATCTCCA
TGTTGTTAAGCCTTCAACCTCGGTAGATGATGCATTGGAACTTCTGGTTGAGAAAAAAGT
CACTGGATTGCCTGTAATTGATGACGATTGGAACCTGGTTGGTGTTGTTTCTGATTACGA
CTTGCTTGCAATGGATTCCATTTCTGGCCGCTGCCAAA*TGAAACCAACTTGTTCCCTAA
CGTCGACAGTACCTGGAAAACG
C

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1FQ96TF 603 0 0
T
TTTTTTTTGCGTTGGAATCTGTGAGGAACAGAGGATAAGGTATCATGGGTTCCATCTCTT
TATCCAATTCTCTGCCCATAACGCGACTTCCTCTACTTACATCACTTAATCAATCCCTTC
TTCCCACTTCTTCATCCTTGTCACTTCCTCCTCTCTCCAACCGTCGTCGCTCCAATTTTT
CACAGAGAATTGCCGCATCTGCCGTCTTCTCAGCTCCTGCCGGCGTCAATGACTCCCTTC
CTGCAAGAAACGAGGGCTACACCGTTGGTGATTTCATGACAGGGAGACAGCATCTCCATG
TTGTTAAGCCTTCAACCTCGGTAGATGATGCATTGGAACTTCTGGTTGAGAAAAAAGTCA
CTGGATTGCCTGTAATTGATGACGATTGGAACCTGGTTGGCGTTGTTTCTGATTACGACT
TGCTTGCACTGGATTCCATTTCTGGCCGCTGCCAAAATGAAACCAACTTGTTCCCTAACG
TCGACAGTACCTGGAAAACGTTCAATGAACCCCAGAAACTGATAAGTAAGACACATGGAC
AAGTGGTTGGGGACTTGATGACGCCTTCCCCTCTGGTTGTCCGTGGTTCAACCAACTTAG
AA

QA 2 603 2 603
DS 

RD RR1E532TF 709 0 0
GG
ATCTTTGTTTCTCTCAGATTCCACAAAAACATTTACTTTTTTTTGCGTTGGAATCTGTGA
GGAACAGAGGATAAGGTATCATGGGTTCCATCTCTTTATCCAATTCTCTGCCCATAACGC
GACTTCCTCTACTTACATCACTTAATCAATCCCTTCTTCCCACTTCTTCATCCTTGTCAC
TTCCTCCTCTCTCCAACCGTCGTCGCTCCAATTTTTCACAGAGAATTGCCGCATCTGCCG
TCTTCTCAGCTCCTGCCGGCGTCAATGACTCCCTTCCTGCAAGAAACGAGGGCTACACCG
TTGGTGATTTCATGACAGGGAGACAGCATCTCCATGTTGTTAAGCCTTCAACCTCGGTAG
ATGATGCATTGGAACTTCTGGTTGAGAAAAAAGTCACTGGATTGCCTGTAATTGATGACG
ATTGGAACCTGGTTGGTGTTGTTTCTGATTACGACTTGCTTGCACTGGATTCCATTTCTG
GCCGCTGCCAAAATGAAACCAACTTGTTCCCTAACGTCGACAGTACCTGGAAAACGTTCA
ATGAACTCCAGAAACTGATAAGTAAGACACATGGACAAGTGGTTGGGGACTTGATGACGC
CTTCCCCTCTGGTTGTCCGTGGTTCA*CCAACTTAGAAGATGCAGCCAGGTTGCTTCTGG
AAACAAAGTTCCGAAGATTACCAGTCGTGGATTCAGATGGAAA
CTGA

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR1FQ96JQ 658 0 0
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TGGTGATTTCATGACAGGGAGACAGCATCTCCATGTTGTTAAGCCTTCAACCTCGGTAGA
TGATGCATTGGAACTTCTGGTTGAGAAAAAAGTCACTGGATTGCCTGTAATTGATGACGA
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CCGCTGCCAAAATGAAACCAACTTGTTCCCTAACGTCGACAGTACCTGGAAAACGTTCAA
TGAACCCCAGAAACTGATAAGTAAGACACATGGACAAGTGGTTGGGGACTTGATGACGCC
TTCCCCTCTGGTTGTCCGTGGTTCAACCAACTTAGAAGATGCAGCCAGGTTGCTTCTGGA
AACAAAGTTCCGAAGATTACCAGTCGTGGATTCAGATGGAAAACTGATTGGGATCCTTAC
GAGGGGGAACGTAGTAAGGGCTGCACTGCAGATCAAGCGTGAAACAGAGAACTGTGAAAC
TTAGCTAGATAATCCCTTTCAATCTGCCATAGTTAAATAGCAAATCTGTTCATTCCATTC
ATGGAAGTATATATAATGTAAACCCAAACTGGGAATTCAAGACGTTATTGTGTAGGGC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1G673JQ 593 0 0
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AGCCTTCAACCTCGGTAGATGATGCATTGGAACTTCTGGTTGAGAAAAAAGTCACTGGAT
TGCCTGTAATTGATGACGATTGGAACCTGGTTGGTGTTGTTTCTGATTACGACTTGCTTG
CAATGGATTCCATTTCTGGCCGCTGCCAAAATGAAACCAACTTGTTCCCTAACGTCGACA
GTACCTGGAAAACGCTCAATGAACTCCAGAAACTGATAAGTAAGACACATGGACAAGTGG
TTGGGGACTTGATGACGCCTTCCCCTCTGGTTGTCCGTGGTTCAACCAACTTAGAAGATG
CAGCCAGGTTGCTTCTGGAAACAAAGTTCCGAAGATTACCAGTCGTGGATTCAGATGGAA
AACTGATTGGGATCCTTACGAGGGGGAACGTAGTAAGGGCTGCACTGCAGATCAAGCGTG
AAACAGAGAACTGTGAAACTTAGCTAGATAATCCCTTTCAATCTGCCATAGTTAAATAGC
AAATCTGTTCGTTCCATTCATGGAAGTATATATAATGTAAACCCAAACTGGGA

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 3

CO CL1742Contig1 828 3 17 U
GGCGCTGTTCCAAGGGTTTCGTTGGTTACGAAGGAAGAAGAGAAGAGAAGATAAGAAAGA
GGGTGAAGAAGATGCCAGGCCCAGTCGTTGAAGAAGTTAACACTGAGGAGCAGTTGATGG
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AAGACGGAGATGAAGAAGACGAAGATGAGGACGACGACGATGACAAGATCGATGGAGCTG
GTGAGAATGAGAGCTCAAAGCAAAGCCGAAGCGAGAAGAAAAGCCGCAAAGCAATGCTGA
AACTTGGAATGAAACCTGTCACTGATGTTAGCAGAGTCACAATCAAGAGATCAAAGAATG
TTCTGTTTGTCATCTCGAAGCCTGATGTGTTCAAGAGTCCCAACTCTGACACCTATGTGA
TATTCGGCGAGGCCAAGATTGATGACATGAGCTCCCAGCTACAAGCCCAAGCTGCTCAGA
GGTTCAAGATGCCTGATGTTGCGTCTATGATCCCCAACAACGCTGATGCCTCTCAAGCAG
CCACTGTTGCACAAGAGGAGGAAGATGATGATG***TTGATGAGACTGGTGTTGAAGCTA
AGGACATTGATCTTGTGATGACTCAAGCTGGTGTCTCAAAGGCCAAAGCCGTTAAGGCTC
TCAAGACTAATGATGGAGATATCGTTTCTGCCATTATGGAACTCACTACATAGGTCGAGT
TGCAGAGGCTTCCCGTTGGTCCTCTTTTGTAGTTCACTCGCATTTTTTAACCGTTTTCAT
TTGTGTTTCCCCACTTTTAAGGCTTATTTTTCCCTTCTATGAGCCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E341TF U 1
AF RR1G926TF U 67
AF RR1G926JQ C 177
BS 1 573 RR1E341TF
BS 574 576 RR1G926TF
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TTCTGTTTGTCATCTCGAAGCCTGATGTGTTCAAGAGTCCCAACTCTGACACCTATGTGA
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CCACTGTTGCACAAGAGGAGGAAGATGATGATGATGTTGATGAGTCTGGTGTTGAAGCTA
A
CGA

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1G926TF 693 0 0
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TCAAAGAGCAAATGAAGCTCCAGAAGGAAAATGATGTTGTCGTTGAGGATGTGAAAGACG
GAGATGAAGAAGACGAAGATGAGGACGACGACGATGACAAGATCGATGGAGCTGGTGAGA
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GAATGAAACCTGTCACTGATGTTAGCAGAGTCACAATCAAGAGATCAAAGAATGTTCTGT
TTGTCATCTCGAAGCCTGATGTGTTCAAGAGTCCCAACTCTGACACCTATGTGATATTCG
GCGAGGCCAAGATTGATGACATGAGCTCCCAGCTACAAGCCCAAGCTGCTCAGAGGTTCA
AGATGCCTGATGTTGCGTCTATGATCCCCAACAACGCTGATGCCTCTCAAGCAGCCACTG
TTGCACAAGAGGAGGAAGATGATGATG***TTGATGAGACTGGTGTTGAAGCTAAG*ACA
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CTAATGATGGAGATATCGTTTCTGCCATTATGGAACTCACTACATAG*TCGAGTTGCAGA
GGCTTCCCGTTGGTCCTCTTTTGTAGTTCACT
C

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1G926JQ 652 0 0
GTGAAAGACGGAGATGAAGAAGACGAAGATGAGGACGACGACGATGACAAGATCGATGGA
GCTGGTGAGAATGAGAGCTCAAAGCAAAGCCGAAGCGAGAAGAAAAGCCGCAAAGCAATG
CTGAAACTTGGAATGAAACCTGTCACTGATGTTAGCAGAGTCACAATCAAGAGATCAAAG
AATGTTCTGTTTGTCATCTCGAAGCCTGATGTGTTCAAGAGTCCCAATTTTGACACCTAT
GTGATATTCGGGGAGGCCAAGATTGATGACATGAGCTCCCAGCTACAAGCCCAAGCTGTT
CAGAGGTTCAAGATGCCTGATGTTGCGTCTATGATCCCCAACAACGCTGATGCCTCTCAA
GCAGCCACTGTTGCACAAGAGGAGGAAGATGATGATG***TTGATGAGACTGGTGTTGAA
GCTAAGGACATTGATCTTGTGATGACTCAAGCTGGTGTTTCAAAGGCCAAAGCCGTTAAG
GCTCTCAAGACTAATGATGGAGATATCGTTTTTGCCATTATGGAACTCACTACATAGGTC
GAGTTGCAGAGGCTTCCCGTTGGTCCTCTTTTGTAGTTCACTCGCATTTTTTAACCGTTT
TCATTTGTGTTTCCCCACTTTTAAGGCTTATTTTTCCCTTCTATGAGCCCAT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 5

CO CL1743Contig1 800 5 14 U
TTTTTATCTGCGCTTCCTGAGTCTATTTTCAAACTATATTAGTAGTTGGGACAGATTAGT
TGTCCATTTTCTTACATTCATATCACCAACTATGGCTGGCCGTGACGTTCTCCTCCTCTC
CCTCCTCGTCATCATCATCCTATCTGTTGTTGCATTCGCCGACCGTGAACCACACTGCGT
CTACACATTCTACATCGAAACCGGACCGGTGGAAAATGCCGGCACAGATTCTATCATAAG
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TGGGTTAATGGGACCAAGTTACGACTACTTCGAGAGAGGCAATTTGGACATTTTCAGTGG
TAAGGCGCAGTGTCTTCCTAGCCCAGTCTGTTCACTGAGTCTGACCTCAGACGGCTCCGG
CGTTTACCCGGCCTGGTTTGTTAACTACGTGGACGTCACGACGGTCAGTGTTCATCTTAA
GAGTGAACATCAATACTTCGATGTGGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGCCGCCGTATAA
TCTCACTGCCGTGCGGAACAACTGCCAGGTTTCTCCTATCGGTAGGGTCGGGTCTGAGAT
CCGGAAGAGTCTCTCCTAGGATCGTGTTGTAAATCAATGTGTGGGAGATTTGTGTTAACG
TATGGTTGCAATGTCGATAATGTAAACGATCCGATCGAATAAAAGTGTCATGTTTACAAA
AAAAAAAGAATAAAAGTGTCATCTCTGAACATTTGATAGAGTAATGTAAAATGATCTGAT
CGAATAAATCATACATATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR1CY45JQ C 255
AF RR1ES05TF U 1
AF RR1GK60JQ C 376
AF RR1GK60TF U 367
AF RR1CY45TF U 125
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BS 702 717 RR1ES05TF
BS 718 800 RR1CY45TF

RD RR1CY45JQ 338 0 0
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CAAGTTACGACTACTTCGAGAGAGGCAATTTGGACATTTTCAGTGGTAAGGCGCAGTGTC
TTCCTAGCCCAGTCGGTTCACTGAGTCTGACCTCAGACGGTTCCGGCGTTTACCCGGCCT
GGTTTGTTAACTACGTGGACGTCACGACGGTCAGTGTTCATCTTAAGAGTGAACATCAAT
ACTTCGATGTGGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGCCGCCGTATAATCTCACTGCCGTGC
GGAACAACTGCCAGGTTTCTCCTATCGGTAGGGTCGGG

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR1ES05TF 718 0 0
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TGTCCATTTTCTTACATTCATATCACCAACTATGGCTGGCCGTGACGTTCTCCTCCTCTC
CCTCCTCGTCATCATCATCCTATCTGTTGTTGCATTCGCCGACCGTGAACCACACTGCGT
CTACACATTCTACATCGAAACCGGACCGGTGGAAAATGCCGGCACAGATTCTATCATAAG
CGTTATAATCTCCGACAATTCGGGACAGGACATTGATATCCCAGACATAGTGACATGGGG
TGGGTTAATGGGACCAAGTTACGACTACTTCGAGAGAGGCAATTTGGACATTTTCAGTGG
TAAGGCGCAGTGTCTTCCTAGCCCAGTCTGTTCACTGAGTCTGACCTCAGACGGCTCCGG
CGTTTACCCGGCCTGGTTTGTTAACTACGTGGACGTCACGACGGTCAGTGTTCATCTTAA
GAGTGAACATCAATACTTCGATGTGGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGCCGCCGTATAA
TCTCACTGCCGTGCGGAACAACTGCCAGGTTTCTCCTATCGGTAGGGTCGGGTCTGAGAT
CCGGA*GAGTCTCTCCTAG*ATCGTGTTGTAAATCAATGTGTGGGAGATTTGTGTTAACG
TATGGTTGCA*TGTCGATA*TGTAA*CGATCCGATCGAT**AAAGTGTCATGTTTAC
T

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1GK60JQ 342 0 0
TCCTAGCCCAGTTTGTTCACTGAGTTTGACCTCAGACGGCTCCGGCGTTTACCCGGCCTG
GTTTGTTAACTACGTGGACGTCACGACGGTCAGTGTTCATTTTAAGAGTGAACATCAATA
CTTCGATGTGGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGCCGCCGTATAATCTCACTGCCGTGGG
GAACAACTGCCAGGTTTTTCCTATCGGTAGGGTCGGGTTTGAGATCCGGAAGAGTCTTTC
CTAGGATCGTGTTGTAAATCAATGTGTGGGAGATTTGTGTTAACGTATGGTTGCAATGTC
GATAATGTAAACGATCCGATCGAATAAAAGTGTCATGTTTAC

QA 1 342 1 342
DS 

RD RR1GK60TF 351 0 0
GCAGTGTCTTCCTAGCCCAGTCTGTTCACTGAGTCTGACCTCAGACGGCTCCGGCGTTTA
CCCGGCCTGGTTTGTTAACTACGTGGACGTCACGACGGTCAGTGTTCATCTTAAGAGTGA
ACATCAATACTTCGATGTGGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGCCGCCGTATAATCTCAC
TGCCGTGCGGAACAACTGCCAGGTTTCTCCTATCGGTAGGGTCGGGTCTGAGATCCGGAA
GAGTCTCTCCTAGGATCGTGTTGTAAATCAATGTGTGGGAGATTTGTGTTAACGTATGGT
TGCAATGTCGATAATGTAAACGATCCGATCGAATAAAAGTGTCATGTTTAC

QA 1 351 1 351
DS 

RD RR1CY45TF 676 0 0
CTCGTCATCATCATCCTATCTGTTGTTGCATTCGCCGACCGTGAACCACACTGCGTCTAC
ACATTCTACATCGAAACCGGACCGGTGGAAAATGCCGGCACAGATTCTATCATAAGCGTT
ATAATCTCCGACAATTCGGGACAGGACATTGATATCCCAGACATAGTGACATGGGGTGGG
TTAATGGGACCAAGTTACGACTACTTCGAGAGAGGCAATTTGGACATTTTCAGTGGTAAG
GCGCAGTGTCTTCCTAGCCCAGTCGGTTCACTGAGTCTGACCTCAGACGGCTCCGGCGTT
TACCCGGCCTGGTTTGTTAACTACGTGGACGTCACGACGGTCAGTGTTCATCTTAAGAGT
GAACATCAATACTTCGATGTGGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGCCGCCGTATAATCTC
ACTGCCGTGCGGAACAACTGCCAGGTTTCTCCTATCGGTAGGGTCGGGTCTGAGATCCGG
AAGAGTCTCTCCTAGGATCGTGTTGTAAATCAATGTGTGGGAGATTTGTGTTAACGTATG
GTTGCAATGTCGATAATGTAAACGATCCGATCGAATAAAAGTGTCATGTTTACAAAAAAA
AAAGAATAAAAGTGTCATCTCTGAACATTTGATAGAGTAATGTAAAATGATCTGATCGAA
TAAATCATACATATAT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 5

CO CL1744Contig1 842 5 2 U
GGATCTCCGAAAACCTAAAATGATCTTCTGCGTTCTCTGAACATCAACAATGGAGTCTCT
AGAGTTTGGGTGACTTGAATCGACGCGAAGAATCTCTACGTCGATCTTATGTCGCGTCGT
TTGGTATCTAAATCAACAGAAACACTCCAAGATACAGATTCATCGCATTTATGTTTTTCA
ATCATGCCGCCCAACTACATGGCTATGGCAATGGCGAACTCCGGATCCTGTTCTGAGTTG
AAGTCTGGTTGTTATATTGAGGCAGGTGTGACGCATCTTCTTTGTTTTTAGAAGATTTTT
AATGTGAAAAAGGAGGGGAGCTCATGAGTGTTGACCTGAGGATAGATCTTGCTGAGCTGC
CTCATTTTGTGTAAAGATAAAGTGTTTTTTCTGTACTCTGTTTCCTGTCATTGAGGAATT
TAATTAAGACGCCCACTCCTAATATTATGCTTTCATTTTTCGATTTGTCCACATCGGAAA
CGAACGACCAGAGCTATTAAACAAATGCTTACTAATAAATGAGAGATACAGAGGGAAAAT
CATCAAGCATGGCTTCACATCTTTTACATCTTCCAACATCTTATTCAAGTGCAAGGAATA
TGTGGAGGCAGAGCGATTTCTGAGAACATCATGGAGAAGTCAGTTGCTTCAGAAGATCCG
TCCATAACCTTCCCAATGCAGTTACTCCTTCTCAACTGAACCGTTATGAGGAAGTAGTAA
TAAAGGCTCTAGGAATCCGTGAGAAGTCATTTGGTATATAGAGCTTTCCTCTCTCTCCAT
ACCATCATCGTTATAATCAATGTTTATAATCTTTTTGTCATCTAAACATGATTCAATAAT
GT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1A126TF U 1
AF RR1DD21JQ C 1
AF RR1DD21TF U 1
AF RR1A126JQ C 49
AF RR1A947TF U 44
BS 1 462 RR1A126TF
BS 463 842 RR1A947TF

RD RR1A126TF 462 0 0
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TAATTAAGACGCCCACTCCTAATATTATGCTTTCATTTTTCG

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1DD21JQ 462 0 0
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AGAGTTTGGGTGACTTGAATCGACGCGAAGAATCTCTACGTCGATCTTATGTCGCGTCGT
TTGGTATCTAAATCAACAGAAACACTCCAAGATACAGATTCATCGCATTTATGTTTTTCA
ATCATGCCGCCCAACTACATGGCTATGGCAATGGCGAACTCCGGATCCTGTTTTGAGTTG
AAGTCTGGTTGTTATATTGAGGCAGGTGTGACGCATCTTCTTTGTTTTTAGAAGATTTTT
AATGTGAAAAAGGAGGGGAGCTCATGAGTGTTGACCTGAGGATAGATCTTGCTGAGCTGC
CTCATTTTGTGTAAAGATAAAGTGTTTTTTCTGTACTCTGTTTCCTGTCATTGAGGAATT
TAATTAAGACGCCCACTCCTAATATTATGCTTTCATTTTTCG

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1DD21TF 462 0 0
GGATCTCCGAAAACCTAAAATGATCTTCTGCGTTCTCTGAACATCAACAATGGAGTCTCT
AGAGTTTGGGTGACTTGAATCGACGCGAAGAATCTCTACGTCGATCTTATGTCGCGTCGT
TTGGTATCTAAATCAACAGAAACACTCCAAGATACAGATTCATCGCATTTATGTTTTTCA
ATCATGCCGCCCAACTACATGGCTATGGCAATGGCGAACTCCGGATCCTGTTCTGAGTTG
AAGTCTGGTTGTTATATTGAGGCAGGTGTGACGCATCTTCTTTGTTTTTAGAAGATTTTT
AATGTGAAAAAGGAGGGGAGCTCATGAGTGTTGACCTGAGGATAGATCTTGCTGAGCTGC
CTCATTTTGTGTAAAGATAAAGTGTTTTTTCTGTACTCTGTTTCCTGTCATTGAGGAATT
TAATTAAGACGCCCACTCCTAATATTATGCTTTCATTTTTCG

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1A126JQ 414 0 0
AATGGAGTCTCTAGAGTTTGGGTGACTTGAATCGACGCGAAGAATCTTTACGTCGATCTT
ATGTCGCGTCGTTTGGTATCTAAATCAACAGAAACACTCCAAGATACAGATTCATCGCAT
TTATGTTTTTCAATCATGCCGCCCAACTACATGGCTATGGCAATGGCGAACTCCGGATCC
TGTTTTGAGTTGAAGTCTGGTTGTTATATTGAGGCAGGTGTGACGCATTTTCTTTGTTTT
TAGAAGATTTTTAATGTGAAAAAGGAGGGGAGCTCATGAGTGTTGACCTGAGGATAGATC
TTGCTGAGCTGCCTCATTTTGTGTAAAGATAAAGTGTTTTTTCTGTACTCTGTTTCCTGT
CATTGAGGAATTTAATTAAGACGCCCCCTCCTAATATTATGCTTTCATTTTTCG

QA 1 414 1 414
DS 

RD RR1A947TF 799 0 0
G
CAACAATGGAGTCTCTAGAGTTTGGGTGACTTGAATCGACGCGAAGAATCTCTACGTCGA
TCTTATGTCGCGTCGTTTGGTATCTAAATCAACAGAAACACTCCAAGATACAGATTCATC
GCATTTATGTTTTTCAATCATGCCGCCCAACTACATGGCTATGGCAATGGCGAACTCCGG
ATCCTGTTCTGAGTTGAAGTCTGGTTGTTATATTGAGGCAGGTGTGACGCATCTTCTTTG
TTTTTAGAAGATTTTTAATGTGAAAAAGGAGAGGAGCTCATGAGTGTTGACCTGAGGATA
GATCTTGCTGAGCTGCCTCATTTTGTGTAAAGATAAAGTGTTTTTTCTGTACTCTGTTTC
CTGTCATTGAGGAATTTAATTAAGACGCCCACTCCTAATATTATGCTTTCATTTTTGAAT
TTGTCCACATCGGAAACGAACGACCAGAGCTATTAAACAAATGCTTACTAATAAATGAGA
GATACAGAGGGAAAATCATCAAGCATGGCTTCACATCTTTTACATCTTCCAACATCTTAT
TCAAGTGCAAGGAATATGTGGAGGCAGAGCGATTTCTGAGAACATCATGGAGAAGTCAGT
TGCTTCAGAAGATCCGTCCATAACCTTCCCAATGCAGTTACTCCTTCTCAACTGAACCGT
TATGAGGAAGTAGTAATAAAGGCTCTAGGAATCCGTGAGAAGTCATTTGGTATATAGAGC
TTTCCTCTCTCTCCATACCATCATCGTTATAATCAATGTTTATAATCTTTTTGTCATCTA
AACATGATTCAATAATGT

QA 2 799 2 799
DS 



AS 1 5

CO CL1745Contig1 472 5 2 U
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TCCCTTTTCCATCGTCTTCTCCGATTTCTACAAGCATGAGTCGATCAGGTCAACCTCCGG
ATCTCAAAAAGTACATGGACAAGAAGCTCCAAATTAAGCTCAACGCCAACAGAATGGTGA
TTGGAACTCTCCGTGGGTTTGACCAGTTCATGAATCTTGTTGTGGATAATACTGTTGAAG
TCAATGGTGATGACAAAACTGACATTGGCATGGTGGTGATAAGAGGAAACAGCATTGTCA
CCGTTGAAGCTCTTGAACCAGTTGGAAGATCTTAGTTTTTTTTATTACACTGCACTATCT
GTAATGACTTCCTATATTTTGACTCTCTGTATTGGAACTTAATTAGTAAAACTATCAGCT
GAATCGATCATGAAGAAGTTTGATATGATGAATTTACTCTTCTTTCTCAACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DL18JQ C 104
AF RR1AP55TF U 1
AF RR1DK23TF U 1
AF RR1DL18TF U 1
AF RR1DK23JQ C 46
BS 1 466 RR1AP55TF
BS 467 472 RR1DL18TF

RD RR1DL18JQ 313 0 0
ATCAGGTCAACCTCCGGATCTCAAAAAGTACATGGACAAGAAGCTCCAAATTAAGCTCAA
CGCCAACAGAATGGGGATTGGAACTTTCCGGGGGTTTGACCAGTTCATGAATCTTGTTGG
GGATAATACTGTTGAAGTCAATGGGGATGACAAAACTGACATTGGCATGGGGGTGATAAG
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ATTACACTGCACTATCTGTAATGACTTCCTATATTTTGACTCTCTGTATTGGAACTTAAT
TAGTAAAACTATC

QA 1 313 1 313
DS 

RD RR1AP55TF 467 0 0
GGCTCTCGAATCAATCGAGCGAGTTCTGAGCTGAGCTGAGCTGAGAAAAACCCTAATCTC
TCCCTTTTCCATCGTCTTCTCCGATTTCTACAAGCATGAGTCGATCAGGTCAACCTCCGG
ATCTCAAAAAGTACATGGACAAGAAGCTCCAAATTAAGCTCAACGCCAACAGAATGGTGA
TTGGAACTCTCCGTGGGTTTGACCAGTTCATGAATCTTGTTGTGGATAATACTGTTGAAG
TCAATGGTGATGACAAAACTGACATTGGCATGGTGGTGATAAGAGGAAACAGCATTGTCA
CCGTTGAAGCTCTTGAACCAGTTGGAAGATCTTAGTTTTTTTTATTACACTGCACTATCT
GTAATGACTTCCTATATTTTGACTCTCTGTATTGGAACTTAATTAGTAAAACTATCAGCT
GAATCGATCATGAAGAAGTTTGATATGATGAATTTACTCTTCTTTC
T

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1DK23TF 468 0 0
GGCTCTCGAATCAATCGAGCGAGTTCTGAGCTGAGCTGAGCTGAGAAAAACCCTAATCTC
TCCCTTTTCCATCGTCTTCTCCGATTTCTACAAGCATGAGTCGATCAGGTCAACCTCCGG
ATCTCAAAAAGTACATGGACAAGAAGCTCCAAATTAAGCTCAACGCCAACAGAATGGTGA
TTGGAACTCTCCGTGGGTTTGACCAGTTCATGAATCTTGTTGTGGATAATACTGTTGAAG
TCAATGGTGATGACAAAACTGACATTGGCATGGTGGTGATAAGAGGAAACAGCATTGTCA
CCGTTGAAGCTCTTGAACAAGTTGGAAGATCTTAGTTTTTTTTATTACACTGCACTATCT
GTAATGACTTCCTATATTTTGACTCTCTGTATTGGAACTTAATTAGTAAAACTATCAGCT
GAATCGATCATGAAGAAGTTTGATATGATGAATTTACTCTTCTTTC
CC

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1DL18TF 472 0 0
GGCTCTCGAATCAATCGAGCGAGTTCTGAGCTGAGCTGAGCTGAGAAAAACCCTAATCTC
TCCCTTTTCCATCGTCTTCTCCGATTTCTACAAGCATGAGTCGATCAGGTCAACCTCCGG
ATCTCAAAAAGTACATGGACAAGAAGCTCCAAATTAAGCTCAACGCCAACAGAATGGTGA
TTGGAACTCTCCGTGGGTTTGACCAGTTCATGAATCTTGTTGTGGATAATACTGTTGAAG
TCAATGGTGATGACAAAACTGACATTGGCATGGTGGTGATAAGAGGAAACAGCATTGTCA
CCGTTGAAGCTCTTGAACCAGTTGGAAGATCTTAGTTTTTTTTATTACACTGCACTATCT
GTAATGACTTCCTATATTTTGACTCTCTGTATTGGAACTTAATTAGTAAAACTATCAGCT
GAATCGATCATGAAGAAGTCTGATATGATGAATTTACTCTTCTTTCTCAACT

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1DK23JQ 423 0 0
AAAAACCCTAATCTCTCCCTTTTCCATCGTCTTTTCCGATTTCTACAAGCATGAGTCGAT
CAGGTCAACCTCCGGATCTCAAAAAGTACATGGACAAGAAGCTCCAAATTAAGCTCAACG
CCAACAGAATGGTGATTGGAACTCTCCGTGGGTTTGACCAGTTCATGAATCTTGTTGTGG
ATAATACTGTTGAAGTCAATGGTGATGACAAAACTGACATTGGCATGGTGGTGATAAGAG
GAAACAGCATTGTCACCGTTGAAGCTCTTGAACAAGTTGGAAGATCTTAGTTTTTTTTAT
TACACTGCACTATCTGTAATGACTTCCTATATTTTGACTCTCTGTATTGGAACTTAATTA
GTAAAACTATCAGCTGAATCGATCATGAAGAAGTTTGATATGATGAATTTACTCTTCTTT
C
CC

QA 1 421 1 421
DS 



AS 1 5

CO CL1746Contig1 600 5 4 U
GGAATCGAATCGAATCGAATCAATCAACGAAAGAGAAGAGAAGCAATGGGGAGAAAGAAG
GGATTGCCGGAGTTCGAAGAGACGGCGCCGGATGGGTTCGATCCGGCGAATCCGTACAAG
GATCCGGTGGCGATGGTGGAGATGAGAGAGCACATCGTGCGGGAGAAGTGGATCCAAATC
GAGAAGGCGAAGATCTTGAGGGAGAAGGTGAAATGGTGTTACCGCGTGGAAGGCGTAAAC
CACTACCAGAAATGCCGTCTTCTCGTCCAGCAGTATCTCGACTCCACTCGCGGCGTCGGC
TGGGGAAAAGACCACCGTCCCATCTCCCTCCACGGTCCCAAGCCTGAGGCTGTTGAAGCT
GAATAATAATGATTTGCGTCTGATCAACCGGAGAGGTGACCGAGCTTTTAGCACAAGACA
TGAAAGACTCTTTGGACTGTGCAGAGTTGCTCTTGTTTTCTTTCTTTTTTT*CTGTCTTT
TGGAAACATGGCAGTCTTATGGACTGAAGATTCATGTAATGTGTGTACGAGCTTGAGTAA
TGTATTGCTACACTCAACATTAGTCTCTCGTTATCAAATAAGTCTCCTTTTCCCCAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E118JQ C 1
AF RR1E118TF U 1
AF RR1EO87TF U 14
AF RR1D202JQ C 24
AF RR1D202TF U 24
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BS 438 591 RR1E118TF
BS 592 600 RR1D202TF

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CACTACCAGAAATGCCGTCTTCTCGTCCAGCAGTATCTCGACTCCACTCGCGGCGTCGGC
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CCCCG

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DS 

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GGATTGCCGGAGTTCGAAGAGACGGCGCCGGATGGGTTCGATCCGGCGAATCCGTACAAG
GATCCGGTGGCGATGGTGGAGATGAGAGAGCACATCGTGCGGGAGAAGTGGATCCAAATC
GAGAAGGCGAAGATCTTGAGGGAGAAGGTGAAATGGTGTTACCGCGTGGAAGGCGTAAAC
CACTACCAGAAATGCCGTCTTCTCGTCCAGCAGTATCTCGACTCCACTCGCGGCGTCGGC
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GAATAATAATGATTTGCGTCTGATCAACCGGAGAGGTGACCGAGCTTTTAGCACAAGACA
TGAAAGACTCTTTTT**TGTGCAGAGTTGCTCTTGTTTTCTTTCTTTTTTT*CTGTCTTT
TGGAAACATGGCAGTCTTATGGACTGAAGATTCATGTAATGTGTGTACGAGCTTGAGTAA
TGTATTGCTACACTCAACATTAGTCTCTCGTTATCAAATAAGTCTCCTTTT

QA 1 591 1 591
DS 

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GGG
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TGGAGATGAGAGAGCACATCGTGCGGGAGAAGTGGATCCAAATTGAGAAGGCGAAGATCT
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CCTCTGC

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DS 

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DS 

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GG
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CGCCGGATGGGTTCGATCCGGCGAATCCGTACAAGGATCCGGTGGCGATGGTGGAGATGA
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TCCAGCAGTATCTCGACTCCACTCGCGGCGTCGGCTGGGGAAAAGACCACCGTCCCATCT
CCCTCCACGGTCCCAAGCCTGAGGCTGTTGAAGCTGAATAATAATGATTTGCGTCTGATC
AACCGGAGGGGTGACCGAGCTTTTAGCACAAGACATGAAAGACTCTTTGGACTGTGCAGA
GTTGCTCTTGTTTTCTTTCTTTTTTT*CTGTCTTTTGGAAACATGGCAGTCTTATGGACT
GAAGATTCATGTAATGTGTGTACGAGCTTGAGTAATGTATTGCTACACTCAACATTAGTC
TCTCGTTATCAAATAAGTCTCCTTTTCCCCAAAAA

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DS 



AS 1 4

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AAAAATCCCAGATGTTTGTTTCAAAGACAGGATTATTACTAGTCAATCAGACTTTTTGTT
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TTCCTTCATCTTCTTCTCCCACCTTCTCTTCATGTAATCAAGCAGCATCTGAGGCATCTT
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AAGAGTGAGAAAGCGGCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DU91JQ U 6
AF RR1GR29JQ U 66
AF RR1GR29TF C 68
AF RR1DU91TF C 1
BS 1 6 RR1DU91TF
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RD RR1DU91JQ 556 0 0
A
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CATCTTCTTCTCCCACCTTCTCTTCATGTAATCAAGCAGCATCTGAGGCATCTTCAGCAT
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CTTCGTCCTCATCGCTTTCCTCTCTGGATCGTAAGGCCAATCCTCCCCAGCGGTCAACAC
TTCTTTCCTCAGCATCGCCCTCCTCCGTGCGCTTATCCCTAAAGGCTTCCACGCTCCCAT
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CCACGGTTGCTGAAA

QA 2 556 2 556
DS 

RD RR1GR29JQ 593 0 0
AA
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CC

QA 3 591 3 591
DS 

RD RR1GR29TF 591 0 0
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CCAGATGTTTGTTTCAAAGACAGGATTATTACTAGTCAATCAGACTTTTTGTTTCACATC
CAAAGAGACTAAAGGAAGACACAACATCACTTGTCTTCTTTAGCTTTCTCCTCTTCCTTC
ATCTTCTTCTCCCACCTTCTCTTCTTGTAATCAAGCAGCATCTGAGGCATCTTCAGCATC
AGCTTCGCCGTGTTCTCTCTTTTCTCAGCTGAGATTCTATCGCACTTGTGCCCTTTCCTC
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TCTTTCCTCAGCATCGCCCTCC**CGTGCGCTTATCCCTAAAGGCTTCCACGCTCCCATC
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CC

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DS 

RD RR1DU91TF 679 0 0
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AAAAATCCCAGATGTTTGTTTCAAAGACAGGATTATTACTAGTCAATCAGACTTTTTGTT
TCACATCCAAAGAGACTAAAGGAAGACACAACATCACTTGTCTTCTTTAGCTTTCTCCTC
TTCCTTCATCTTCTTCTCCCACCTTCTCTTCATGTAATCAAGCAGCATCTGAGGCATCTT
CAGCATCAGCTTCGCCGTGTTCTCTCTTTTCTCAGCTGAGATTCTATCGCACTTGTGCCC
TTTCCTCTTCGTCCTCATCGCTTTCCTCTCTGGATCGTAAGGCCAATCCTCCCCAGCGGT
CAACACTTCTTTCCTCAGCATCGCCCTCCTCCGTGCGCTTATCCCTAAAGGCTTCCACGC
TCCCATCTCCCAGTAACCCCACACTCCTTTCGTCAGCTCGGTTCTGTACTTATCCAGCTT
CGCCCTCCACGGTTGCTGAAACGACGCAGTCACGGTCTTTGCCACGGCTTCCGCAGCTTT
TCCAGCCATTTGCTTATCGAAGAGGCAACCACGGGAGGAAGATCGGAGAAGGAAGTAACG
AAGAGTGAGAAAGCGGCCC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 2 4

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CGAATGAGCATACATCATAGGCCATTGCATATACATTGCATCCGTTGAAGGCTGGTGTAC
AACTGTGGTGCCATAAGGACTCATGATAGCGCCGCTTGCAGGTGGTCCAAAGCTGAAAGA
AGCAGCAGGGGTGTGGTTGTATCCGGTAAATCCCACTTGGTAGTATGGTTGCTGCATCAT
GTTGAAGGATGGTGGTACATTGAAACTCTGATTAACCGGGAGGCTCCTAATGTACCTTTT
GTAGTTGCGGTCATAATCAGGATCAAAGCGATCTTTCTCACTGTCTCTAAGAATCGCAAC
ACGAGATGTTGGACCGGTCTCCCTCACGCTTAAGCTCTTAGATGCTGGACTGTCATCTCT
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CCTTGCTCGAGCCCTGTCGTAGTCTTCTTTCCTCTCTTCAACACTCCTGAGAGGACCACG
TCTCTTCTCCACTTCACCACCCTCGTATCCAGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1A137JQ U 1
AF RR1CD07JQ U 51
BS 1 205 RR1A137JQ
BS 206 206 RR1CD07JQ
BS 207 223 RR1A137JQ
BS 224 756 RR1CD07JQ

RD RR1A137JQ 233 0 0
ACCCATAAAACTAGCAGTTCACTGATAAGTTTAGGAGAAAATAAAAGGATTATCTTCTTC
CTTCCGACGTTACAAAAAGTTCCATTACAACAATAATAAGTTTTATATATAAAAAAAGCA
GGTAAACAGAGATAAAGATTTGACTTGAGGACTTCAAGCCTAGCGGTTCTGCATGTACTC
GAAGCTCAAGGGTTGCTGACAGAACTGTGCCTGAAGAGAGGCG
CGGGCGGCGC

QA 1 223 1 223
DS 

RD RR1CD07JQ 706 0 0
TATCTTCTTCCTTCCGACGTTACAAAAAGTTCCATTACAACAATAATAAGTTTTATATAT
AAAAAAAGCAGGTAAACAGAGATAAAGATTTGACTTGAGGACTTCAAGCCTAGCGGTTCT
GCATGTACTCGAAGCTCAAGGGTTGCTGACAGAACAGTGCCTGAAGAGAGGCGTTTCTGA
GCTGCTCATACGAATGAGCATACATCATAGGCCATTGCATATACATTGCATCCGTTGAAG
GCTGGTGTACAACTGTGGTGCCATAAGGACTCATGATAGCGCCGCTTGCAGGTGGTCCAA
AGCTGAAAGAAGCAGCAGGGGTGTGGTTGTATCCGGTAAATCCCACTTGGTAGTATGGTT
GCTGCATCATGTTGAAGGATGGTGGTACATTGAAACTCTGATTAACCGGGAGGCTCCTAA
TGTACCTTTTGTAGTTGCGGTCATAATCAGGATCAAAGCGATCTTTCTCACTGTCTCTAA
GAATCGCAACACGAGATGTTGGACCGGTCTCCCTCACGCTTAAGCTCTTAGATGCTGGAC
TGTCATCTCTCCTCTCATAAACCTGAGTTTCAGATTCATCACCATTAAACCCCGTGAGAC
CATTGAATATCCTTGCTCGAGCCCTGTCGTAGTCTTCTTTCCTCTCTTCAACACTCCTGA
GAGGACCACGTCTCTTCTCCACTTCACCACCCTCGTATCCAGACCC

QA 1 706 1 706
DS 



CO CL1748Contig2 832 2 4 U
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TCTCTCTCTCTCTAGCCGCCGTCAATGCTTCGGTTTCGATTCTCCTCTTCCTCTTGACTT
CTTCTCTTTTTGCTGCAAGAGAAAAAGTGTAAGAAATCGAAGCTTGAGTGAGGTCAACGA
CATCCCTCCCCTTTAATCTCATGGACCCAGCTCTCTCACCACCGTCGGAAACCGCCGCTG
TAACCACCGGTGTGGCTACGGGAGAGAACGGAATCGCAGTGGATCCTTTTCTCGTCGAGG
CTTTGCAGAACCCTCGCCATCGTCTCACCATATTGCGGATGGAGCTTGATGTTCAGCACT
TCTTACAGAGCCCTGAGCAGCAGCAGTTCGAGTTCCAGCGTTTTCCCACTTCCTATCTCC
GCCTCGCAGCTCACCGTGTTGCTAACCACTACGGACTAGCTACATCGATTCAAGAAATGG
GTGTTGACGGCAGCGAAAACGTAATCCTCGTGACGAAAACATCGTCGGCGGGGAGCAGGT
TTCCTGCTGTTGTTAGGCTGTCTGACATCCCCGCGGCTAAGCAGCAATCAGAGAATGGTA
AGTTTGAGCACATGAAAGTTTCAATCAAGACTCGACCTTCTAAAGGGTCTGGATACGAGG
TGGTGAAGTGGAGAAGAGACGTGTTCCTCTCACGAGTGTTGAAGAGAGGAAAGAAGACTA
CGACAGGGCTCGAGCAAGGATATTCAATGGTCTCACGGGGTTTAATGGTGATGAATCTGA
AACTCAGTTTATGAGAGGAGAGATGACAGTCCAGCATCTAAGAGCTTAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CD07TF U 1
AF RR1BB73TF U 22
BS 1 71 RR1CD07TF
BS 72 73 RR1BB73TF
BS 74 641 RR1CD07TF
BS 642 832 RR1BB73TF

RD RR1CD07TF 641 0 0
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TCTCTCTCTCT**AGCCGCCGTCAATGCTTCGGTTTCGATTCTCCTCTTCCTCTTGACTT
CTTCTCTTTTTGCTGCAAGAGAAAAAGTGTAAGAAATCGAAGCTTGAGTGAGGTCAACGA
CATCCCTCCCCTTTAATCTCATGGACCCAGCTCTCTCACCACCGTCGGAAACCGCCGCTG
TAACCACCGGTGTGGCTACGGGAGAGAACGGAATCGCAGTGGATCCTTTTCTCGTCGAGG
CTTTGCAGAACCCTCGCCATCGTCTCACCATATTGCGGATGGAGCTTGATGTTCAGCACT
TCTTACAGAGCCCTGAGCAGCAGCAGTTCGAGTTCCAGCGTTTTCCCACTTCCTATCTCC
GCCTCGCAGCTCACCGTGTTGCTAACCACTACGGACTAGCTACATCGATTCAAGAAATGG
GTGTTGACGGCAGCGAAAACGTAATCCTCGTGACGAAAACATCGTCGGCGGGGAGCAGGT
TTCCTGCTGTTGTTAGGCTGTCTGACATCCCCGCGGCTAAGCAGCAATCAGAGAATGGTA
AGTTTGAGCACATGAAAGTTTCAATCAAGACTCGACCTTCT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1BB73TF 811 0 0
GG
GCATCTCTCAACTCTTTCTTCCTCTCTCTCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTAGCCGCCGTC
AATGCTTCGGTTTCGATTCTCCTCTTCCTCTTGACTTCTTCTCTTTTTGCTGCAAGAGAA
AAAGTGTAAGAAATCGAAGCTTGAGTGAGGTCAACGACATCCCTCCCCTTTAATCTCATG
GACCCAGCTCTCTCACCACCGTCGGAAACCGCCGCTGTAACCGCCGGTGTGGCTACGGGA
GAGAACGGAATCGCAGTGGATCCTTTTCTCGTCGAGGCTTTGCAGAACCCTCGCCATCGT
CTCACCATATTGCGGATGGAGCTTGATGTTCAGCGCTTCTTACAGAGCCCTGAGCAGCAG
CAGTTTGAGTTCCAGCGTTTTCCCACTTCCTATCTCCGCCTCGCAGCTCACCGTGTTGCT
AACCACTACGGACTAGCTGCATCGGTTCAAGAAATGGGTGTTGACGGCAGCGAAAACGTA
ATCCTCGTGACGAAAACATCGTCGGCGGGGAGCAGGTTTCCTGCTGTTGTTAGGCTGTCT
GACATCCCCGCGGCTAAGCAGCAATCAGAGAATGGTAAGTTTGAGCACATGAAAGTTTCA
ATCAAGACTCGACCTTCTAAAGGGTCTGGATACGAGGTGGTGAAGTGGAGAAGAGACGTG
TTCCTCTCACGAGTGTTGAAGAGAGGAAAGAAGACTACGACAGGGCTCGAGCAAGGATAT
TCAATGGTCTCACGGGGTTTAATGGTGATGAATCTGAAACTCAGTTTATGAGAGGAGAGA
TGACAGTCCAGCATCTAAGAGCTTAAGCG

QA 3 811 3 811
DS 



AS 2 5

CO CL1749Contig1 593 2 2 U
GGGCGATAGAGCGAGAGAGTGACCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGATTAAGCTAAGCG
ATGGGTCTGGAGAAGCAAGTCATCAGACCCGGCACTGGTGCCAAACCCGCTCCGGGTCAA
ACCGTCACTGTCCACTGCACCGGATTCGGGAAAGGTGGTGATCTATCCCAGCAGTTTTGG
AGTACAAAGGACGCGGGGCAAAAACCTTTCTCCTTCCAGATCGGTAAAGGTGCTGTCATC
AAAGGATGGGATGAAGGCGTTATGGGAATGCAAATTGGAGAGGTTGCTCGCTTGCGGTGC
TCACCGGATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCGGCGTGGGGAATCCAGCCGAACTCG
GTTCTCGACTTCGAAATCGAAGTACTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTCTATTGACAAAAG
AGCAACAAAACTTAGGTTAAATTATTAAGTGGTGGTAACCCTTTTATGTTCATCGCTTCG
GGGATCTTTGTTCAAACAACACTATGTGATGTCACTCTTGTCAGTGCTTGTCTAAACTCG
GTGGACAACGTTTTATCTTAAATAAAAGACCCCGTTACTCTTGTTTCGGTCCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN60JQ C 1
AF RR1AN60TF U 1
BS 1 585 RR1AN60TF
BS 586 593 RR1AN60JQ

RD RR1AN60JQ 593 0 0
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ACCGTCACTGTCCACTGCACCGGATTCGGGAAAGGTGGTGATCTATCCCAGCAGTTTTGG
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TCACCGGATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCGGCGTGGGGAATCCAGCCGAACTCG
GTTCTCGACTTCGAAATCGAAGTACTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTCTATTGACAAAAG
AGCAACAAAACTTAGGTTAAATTATTAAGTGGTGGTAACCCTTTTATGTTCATCGCTTCG
GGGATCTTTGTTCAAACAACACTATGTGATGTCACTCTTGTCAGTGCTTGTCTAAACTCG
GTGGACAACGTTTTATCTTAAATAAAAGACCCCGTTACTCTTGTTTCGGTCCG

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1AN60TF 593 0 0
GGGCGATAGAGCGAGAGAGTGACCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGATTAAGCTAAGCG
ATGGGTCTGGAGAAGCAAGTCATCAGACCCGGCACTGGTGCCAAACCCGCTCCGGGTCAA
ACCGTCACTGTCCACTGCACCGGATTCGGGAAAGGTGGTGATCTATCCCAGCAGTTTTGG
AGTACAAAGGACGCGGGGCAAAAACCTTTCTCCTTCCAGATCGGTAAAGGTGCTGTCATC
AAAGGATGGGATGAAGGCGTTATGGGAATGCAAATTGGAGAGGTTGCTCGCTTGCGGTGC
TCACCGGATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCGGCGTGGGGAATCCAGCCGAACTCG
GTTCTCGACTTCGAAATCGAAGTACTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTCTATTGACAAAAG
AGCAACAAAACTTAGGTTAAATTATTAAGTGGTGGTAACCCTTTTATGTTCATCGCTTCG
GGGATCTTTGTTCAAACAACACTATGTGATGTCACTCTTGTCAGTGCTTGTCTAAACTCG
GTGGACAACGTTTTATCTTAAATAAAAGACCCCGTTACTCTTGTT
TCGGTCCG

QA 1 585 1 585
DS 



CO CL1749Contig2 603 3 9 U
GGATCTGGAGATACGAAGCTGCGATAGAGCGAAAGAGTGACCAGAGAGAGAAGAGAAGAT
TTAAGCTAAGCGATGGGTGTAGAGAAGCAAGTCATCAGACCCGGCACTGGTGCCAAACCC
GCTCCGGGTCAAACCGTCACTGTCCACTGCACCGGATTCGGGAAAGGTGGTGATCTATCC
CAGCAGTTTTGGAGTACCAAGGACGCTGGGCAAAAACCTTTCTCCTTCCAAATCGGTAAA
GGTGCTGTCATCAAAGGATGGGATGAAGGCGTTATGGGAATGCAAATTGGAGAGGTTGCT
CGCTTGCG*TGCTCACCGGATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCCGCGTGGGGAATC
CAGCCGAACTCGGTTCTCGACTTCGAAATCGAAGTACTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTC
TATTGACAAAAGCGCAACAAAACTTATGTTAAATTATTAAGTGGTGTTAACCCTTTTTAT
GTTTATCGCTTCGGGGATCTTTGTTCAAAACAAAACTTTGTGATGTCACTCTTGTCAGAG
TACTTGTCTAAACTCGGTGGACAACGTTTTATCTTAAATAAAAGAGCCCGTTACTCTTGT
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
10 10 

AF RR1CO23TF U 1
AF RR1GS65JQ C 13
AF RR1GS65TF U 13
BS 1 109 RR1CO23TF
BS 110 110 RR1GS65TF
BS 111 194 RR1CO23TF
BS 195 195 RR1GS65TF
BS 196 308 RR1CO23TF
BS 309 309 RR1GS65TF
BS 310 595 RR1CO23TF
BS 596 601 RR1GS65TF
BS 602 603 RR1GS65JQ

RD RR1CO23TF 595 0 0
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TTAAGCTAAGCGATGGGTGTAGAGAAGCAAGTCATCAGACCCGGCACTGTTGCCAAACCC
GCTCCGGGTCAAACCGTCACTGTCCACTGCACCGGATTCGGGAAAGGTGGTGATCTATCC
CAGCAGTTTTGGAGCACCAAGGACGCTGGGCAAAAACCTTTCTCCTTCCAAATCGGTAAA
GGTGCTGTCATCAAAGGATGGGATGAAGGCGTTATGGGAATGCAAATTGGAGAGGTTGCT
CGCTTGCGGTGCTCACCGGATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCCGCGTGGGGAATC
CAGCCGAACTCGGTTCTCGACTTCGAAATCGAAGTACTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTC
TATTGACAAAAGCGCAACAAAACTTATGTTAAATTATTAAGTGGTGTTAACCCTTTTTAT
GTTTATCGCTTCGGGGATCTTTGTTCAAAACAAAACTTTGTGATGTCACTCTTGTCAGAG
TACTTGTCTAAACTCGGTGGACAACGTTTTATCTTAAATAAAAGAGCCCGTTACT

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1GS65JQ 591 0 0
GG
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ACCGGATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCCGCGTGGGGAATCCAGCCGAACTCGGT
TCTCGACTTCGAAATCGAAGTACTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTCTATTGACAAAAGCG
CAACAAAACTTATGTTAAATTATTAAGTGGTGTTAACCCTTTTTATGTTTATCGCTTCGG
GGATCTTTGTTCAAAACAAAACTTTGTGATGTCACTCTTGTCAGAGTACTTGTCTAAACT
CGGTGGACAACGTTTTATCTTAAATAAAAGAGCCCGTTACTCTTGTTCC

QA 3 591 3 591
DS 

RD RR1GS65TF 591 0 0
GG
GAAGCTGCGATAGAGCGAAAGAGTGACCAGAGAGAGAAGAGAAGATTTAAGCTAAGCGAT
GGGTGTAGAGAAGCAAGTCATCAGACCCGGCACTGGTGCCAAACCCGCTCCGGGTCAAAC
CGTCACTGTCCACTGCACCGGATTCGGGAAAGGTGGTGATCTATCCCAGCAGTTTTGGAG
TACCAAGGACGCTGGGCAAAAACCTTTCTCCTTCCAAATCGGTAAAGGTGCTGTCATCAA
AGGATGGGATGAAGGCGTTATGGGAATGCAAATTGGAGAGGTTGCTCGCTTGCG*TGCTC
ACCGGATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCCGCGTGGGGAATCCAGCCGAACTCGGT
TCTCGACTTCGAAATCGAAGTACTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTCTATTGACAAAAGCG
CAACAAAACTTATGTTAAATTATTAAGTGGTGTTAACCCTTTTTATGTTTATCGCTTCGG
GGATCTTTGTTCAAAACAAAACTTTGTGATGTCACTCTTGTCAGAGTACTTGTCTAAACT
CGGTGGACAACGTTTTATCTTAAATAAAAGAGCCCGTTACTCTTGTT
CC

QA 3 589 3 589
DS 



AS 1 5

CO CL1750Contig1 594 5 7 U
GGGAGCCACCACCGTGTTGGGATTCTCTCTTCTCATATATATATCACCACCCGTCATGGC
TTCCGAGAAAGAGGCTGCTCTAGCCGCCACTCCTTCCGATGCTCCCACCATATTTGACAA
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TAGGGACATAACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTCAGAGATGG
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CACTGCCAAGCTTGTAGCTAAACAAGAAGGCCTAGATGACGGTTTCAGAATTGTGATCAA
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CCAAATGAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAAAAAATTTAAGCTACTCGTGATTGTTGTCCTG
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TTGGGACATGACTTTGTATGATCGTTTACGCTTAAAAAAAACTTGTTTTAAGTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G947TF U 1
AF RR1FR28JQ C 1
AF RR1BP27JQ C 181
AF RR1BP27TF U 181
AF RR1FR28TF U 1
BS 1 21 RR1G947TF
BS 22 22 RR1FR28TF
BS 23 182 RR1G947TF
BS 183 350 RR1BP27TF
BS 351 351 RR1G947TF
BS 352 573 RR1BP27TF
BS 574 594 RR1FR28TF

RD RR1G947TF 538 0 0
GGGAGCCACCACCGTGTTGGGGTTCTCTCTTCTCATATATATATCACCACCCGTCATGGC
TTCCGAGAAAGAGGCTGCTCTAGCCGCCACTCCTTCCGATGCTCCCACCATATTTGACAA
GATCATCAGCAAAGAGATTCCATCTACCGTGGTTTATGAGGATGACAAGGTTTTAGCTTT
TAGGGACATAACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTCAGAGATGG
CTTAACTGGCCTCTCTAAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTATA
CACTGCCAAGCTTGTAGCTAAACAAGAAGGCCTAGATGACGGTTTCAGAATTGTGATCAA
TGATGGTCCACAAAGCTGTCAATCCGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATTGGAGGACG
CCAAATGAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAAAAA*TTTAAGCTACTCGTGATTGTTGTCCTG
GTTATAATAAGAACCGTCATGAGTTTGCCATTATATTCTGCCTTTATAAATAAAAAAA

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1FR28JQ 594 0 0
GGGAGCCACCACCGTGTTGGGATTCTCTCTTCTCATATATATATCACCACCCGTCATGGC
TTCCGAGAAAGAGGCTGCTCTAGCCGCCACTCCTTCCGATGCTCCCACCATATTTGACAA
GATCATCAGCAAAGAGATTCCATCTACCGTGGTTTATGAGGATGACAAGGTTTTAGCTTT
TAGGGACATAACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTCAGAGATGG
CTTAACTGTCCTCTCTAAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTATA
CACTGCCAAGCTTGTAGCTAAACAAGAAGGCCTAGATGACGGTTTCAGAATTGTGATCAA
TGATGGTCCACAAAGCTGTCAATCCGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATTGGAGGACG
CCAAATGAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAAAAAATTTAAGCTACTCGTGATTGTTGTCCTG
GTTATAATAAGAACCGTCATGAGTTTGCCATTATATTCTGCCTTTATAAATAAAAAAAGC
TTGGGACATGACTTTGTATGATCGTTTATGCTTAAAAAAAACTTGTTTTAAGTT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1BP27JQ 393 0 0
GG
GGGACATAACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTCAGAGATGGCT
TAACTGGCCTCTCTAAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTATACA
CTGCCAAGCTTGTAGCTAAACAAGAAGGCCTAGATGACGGTTTCAGAACTGTGATCAATG
ATGGTCCACAAAGCTGTCAATCCGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATTGGAGGACGCC
AAATGAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAAAAAATTTAAGCTACTCGTGATTGTTGTCCTGGT
TATAATAAGAACCGTCATGAGTTTGCCATTATATTCTGCCTTTATAAATAAAAAAAGCTT
GGGACATGACTTTGTATGATCGTTTACGCTT

QA 3 393 3 393
DS 

RD RR1BP27TF 393 0 0
GG
GGGACATAACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTCAGAGATGGCT
TAACTGGCCTCTCTAAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTATACA
CTGCCAAGCTTGTAGCTAAACAAGAAGGCCTAGATGACGGTTTCAGAACTGTGATCAATG
ATGGTCCACAAAGCTGTCAATCCGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATTGGAGGACGCC
AAATGAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAAAAAATTTAAGCTACTCGTGATTGTTGTCCTGGT
TATAATAAGAACCGTCATGAGTTTGCCATTATATTCTGCCTTTATAAATAAAAAAAGCTT
GGGACATGACTTTGTATGATCGTTTACGCTT

QA 3 393 3 393
DS 

RD RR1FR28TF 594 0 0
GGGAGCCACCACCGTGTTGGGATTCTCTCTTCTCATATATATATCACCACCCGTCATGGC
TTCCGAGAAAGAGGCTGCTCTAGCCGCCACTCCTTCCGATGCTCCCACCATATTTGACAA
GATCATCAGCAAAGAGATTCCATCTACCGTGGTTTATGAGGATGACAAGGTTTTAGCTTT
TAGGGACATAACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTCAGAGATGG
CTTAACTGTCCTCTCTAAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTATA
CACTGCCAAGCTTGTAGCTAAACAAGAAGGCCTAGATGACGGTTTCAGAATTGTGATCAA
TGATGGTCCACAAAGCTGTCAATCCGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATTGGAGGACG
CCAAATGAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAAAAAATTTAAGCTACTCGTGATTGTTGTCCTG
GTTATAATAAGAACCGTCATGAGTTTGCCATTATATTCTGCCTTTATAAATAAAAAAAGC
TTGGGACATGACTTTGTATGATCGTTTATGCTTAAAAAAAACTTGTTTTAAGTT

QA 1 594 1 594
DS 



AS 2 5

CO CL1751Contig1 590 2 2 U
GGGAGCGAGCAAAAGAGGGACAGAACATAAGCTTTGTTCATTTTTTCTTGAGAAAGTAAA
GATCTTTGTTCGTTAAATTCAAGTATTGGATCAATAAAGTTTCGATCTTTTTCACGAAAC
TTAAACTTTGTTTTCAGATATTGCTAAGATGTCTACTCCCAGTCCAATTCCCGCCGGCAT
TACTAAGGATCAGGCGTTTAACATGGCACAAACAGAGATGGAATATCGTGTGGAACTCTT
CAACAAGCTTGCTCAAACATGCTTTGTTAAATGTGTGGATAAAAGGTACAAGGAAGTTGA
GTTAAACATGGGTGAAAACAGTTGTATTGACCGTTGTGTTTCCAAGTACTGGCAGGTAAA
TGGAATGGTCGGACAGCTCCTAAGTGTTGGCAAGCCTCCACAACAGTGAGTCCCGTTATA
GACCAAAAGCTCGTGGAGAATCAAAAACGCTCTTCTTTCTTTTTCTTAAAGTTTTAAGCC
AATTTTAATTGTTTTTGTTGTCAAACAAAGAAAGTTGCATCATATTCTTTTGGCGTTTAT
TTGGACAAATTATGCAATTCTCTAAGACTTTATTTATAAGAGATGAAATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BE09TF U 1
AF RR1BE09JQ C 1
BS 1 278 RR1BE09TF
BS 279 590 RR1BE09JQ

RD RR1BE09TF 278 0 0
GGGAGCGAGCAAAAGAGGGACAGAACATAAGCTTTGTTCATTTTTTCTTGAGAAAGTAAA
GATCTTTGTTCGTTAAATTCAAGTATTGGATCAATAAAGTTTCGATCTTTTTCACGAAAC
TTAAACTTTGTTTTCAGATATTGCTAAGATGTCTACTCCCAGTCCAATTCCCGCCGGCAT
TACTAAGGATCAGGCGTTTAACATGGCACAAACAGAGATGGAATATCGTGTGGAACTCTT
CAACAAGCTTGCTCAAACATGCTTTGTTAAATGTGTGG

QA 1 278 1 278
DS 

RD RR1BE09JQ 590 0 0
GGGAGCGAGCAAAAGAGGGACAGAACATAAGCTTTGTTCATTTTTTCTTGAGAAAGTAAA
GATCTTTGTTCGTTAAATTCAAGTATTGGATCAATAAAGTTTCGATCTTTTTCACGAAAC
TTAAACTTTGTTTTCAGATATTGCTAAGATGTCTACTCCCAGTCCAATTCCCGCCGGCAT
TACTAAGGATCAGGCGTTTAACATGGCACAAACAGAGATGGAATATCGTGTGGAACTTTT
CAACAAGCTTGCTCAAACATGCTTTGTTAAATGTGTGGATAAAAGGTACAAGGAAGTTGA
GTTAAACATGGGTGAAAACAGTTGTATTGACCGTTGTGTTTCCAAGTACTGGCAGGTAAA
TGGAATGGTCGGACAGCTCCTAAGTGTTGGCAAGCCTCCACAACAGTGAGTCCCGTTATA
GACCAAAAGCTCGTGGAGAATCAAAAACGCTCTTCTTTCTTTTTCTTAAAGTTTTAAGCC
AATTTTAATTGTTTTTGTTGTCAAACAAAGAAAGTTGCATCATATTCTTTTGGCGTTTAT
TTGGACAAATTATGCAATTCTCTAAGACTTTATTTATAAGAGATGAAATG

QA 1 590 1 590
DS 



CO CL1751Contig2 492 3 2 U
GGAGACAGAACATAAGCTTTGTTCTTCACTTTTTGAGAAAGTATTGCTAAGATGGCTACT
CCCAGTCCAATTCCCGCCGGCATTACTAAGGATCAGGCGTTTAACATGGCACAAACGGAG
ATGGAATATCGTGTGGAACTCTTCAACAAGCTTGCTCAAACATGCTTTGTTAAATGTGTG
GATAAAAGGTACAAGGAAGCTGAGTTAAACATGGGTGAAAACAGTTGTATTGACCGTTGT
GTTTCCAAGTACTGGCAGGTAAATGGAATGGTCGGACAGCTCCTAAGTGTTGGCAAGCCT
CCACAACAGTGAGTCCCCGTTATAGACCAAAAGCTCATGGAGAGTCAAAAACGCTCTTCT
TTCTTCTTCTTAAAGTTTTTAGGCCAATCTTAATTGTTTTTGTTGTCAAACAAAGAAAGT
TGCATCATATTTTTTTGGCGTTTATTTGGATAAATTATGCAATTCTCTGAGACTTTATTT
ATAAGAGATGAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR32JQ C 1
AF RR1FR32TF U 1
AF RR1G235TF U 221
BS 1 460 RR1FR32TF
BS 461 492 RR1G235TF

RD RR1FR32JQ 460 0 0
GGAGACAGAACATAAGCTTTGTTCTTCACTTTTTGAGAAAGTATTGCTAAGATGGCTACT
CCCAGTCCAATTCCCGCCGGCATTACTAAGGATCAGGCGTTTAACATGGCACAAACGGAG
ATGGAATATCGTGTGGAACTCTTCAACAAGCTTGCTCAAACATGCTTTGTTAAATGTGTG
GATAAAAGGTACAAGGAAGCTGAGTTAAACATGGGTGAAAACAGTTGTATTGACCGTTGT
GTTTCCAAGTACTGGCAGGTAAATGGAATGGTCGGACAGCTCCTAAGTGTTGGCAAGCCT
CCACAACAGTGAGTCCCCGTTATAGACCAAAAGCTCATGGAGAGTCAAAAACGCTCTTCT
TTCTTCTTCTTAAAGTTTTTAGGCCAATCTTAATTGTTTTTGTTGTCAAACAAAGAAAGT
TGCATCATATTTTTTTGGCGTTTATTTGGATAAATTATGC

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR1FR32TF 460 0 0
GGAGACAGAACATAAGCTTTGTTCTTCACTTTTTGAGAAAGTATTGCTAAGATGGCTACT
CCCAGTCCAATTCCCGCCGGCATTACTAAGGATCAGGCGTTTAACATGGCACAAACGGAG
ATGGAATATCGTGTGGAACTCTTCAACAAGCTTGCTCAAACATGCTTTGTTAAATGTGTG
GATAAAAGGTACAAGGAAGCTGAGTTAAACATGGGTGAAAACAGTTGTATTGACCGTTGT
GTTTCCAAGTACTGGCAGGTAAATGGAATGGTCGGACAGCTCCTAAGTGTTGGCAAGCCT
CCACAACAGTGAGTCCCCGTTATAGACCAAAAGCTCATGGAGAGTCAAAAACGCTCTTCT
TTCTTCTTCTTAAAGTTTTTAGGCCAATCTTAATTGTTTTTGTTGTCAAACAAAGAAAGT
TGCATCATATTTTTTTGGCGTTTATTTGGATAAATTATGC

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR1G235TF 272 0 0
G
CAGTTGTATTGACCGTTGTGTTTCCAAGTACTGGCAGGTAAATGGAATGGTCGGACAGCT
CCTAAGTGTTGGCAAGCCTCCACAACAGTGAGTCCCCGTTATAGACCAAAAGCTCATGGA
GAGTCAAAAACGCTCTTCTTTCTTCTTCTTAAAGTTTTTAAGCCAATCTTAATTGTTTTT
GTTGTCAAACAAAGAAAGTTGCATCATATTTTTTTGGCGTTTATTTGGATAAATTATGCA
ATTCTCTGAGACTTTATTTATAAGAGATGAA

QA 2 272 2 272
DS 



AS 1 5

CO CL1752Contig1 1242 5 9 U
GGGACTGTATCTCCGATGACTGTACTGGACTTCTATATTCTTTTTTGTATCCGAGATTCG
GAACTTGTGAAAGAGGGATAGTACATTACATTAGATCATGAATGCGGGAAGAGGAACGGT
TGGACCGAAAGCCGACCGGGAAGAGATTAGCGAAGCTTACGATGTTAATCGGTCATCCGA
GGGCAAAGAAACAGGCGGATCAAACTCCGTGTTGCATGATTCTCGTTCTTCTACCCTCTC
CCCGACTGACATTTTCCAAGCTGTAGATGATACATTAGAAGACTCAGAGGTCAAGGGTTC
CGACCAAGAAGACTTGGCATGGACCACCTGGTTCTGTAAACTACCTGGTAACGAATTCTT
GTGCGAAGTCGATGATTATTACATCCTAGACAACTTCAACTTGTGTGGACTCAGACATCA
AGTTCCTTACTATGACCACGCTCTCGATTTGATTCTCGATGATGATTCTTCTTCTCATGG
TCAGATGATCACAGATGAACAGAACGAACTGATTGAGTCAGCAGCCGAGATGTTATACGG
*ATTGATTCATGCTCGTTACATATTGACGGACAAA*GGATTCCTTTCTATGTTAAACAAA
*TACAA*TAGGTCTGAGTTTGGAAGATGTCCCAGAGTTTCTTGTAGTGGCCAA*TCTTGT
TTGCCTATTGGTCTATCCGATGTCCCTGGAGCAA*GTACCGTCAAGATGTATTGTCCCAA
ATGTGAGGACGTTTATCACCCGCCATCAAAATTCCAGGGAAGTAATATAGATGGAGCTTA
CTTTGGGACAGCGTTTCCACATCTGTTTCTCATGTATTACCCAAATAAGAGGCCTAAAAA
GATGTTGTCGGAAAGCTATGTTCCAAGATTGTTTGGGTTCAAGTTACACAAGCCGTGAAG
GGAAAAAGCAAAAGGAAGAAGATTATTACCTAGAGACTTGCCCCTGTGATCAAATACAGA
ATTATATCACGAAAGTTGACAACTAGTTCTCTCTCTATATATATGTGTCTTTGTGTTGTC
GCCTTTTAGGTTTTAGATACATGCCGTTTAGCAAGGCATGTAATATACTTGCTTTTATAA
TTAGAGGGTTAGTATGGGGTTAACATTAATATTTATTCTAGATGGACAAAAATCCCTAAA
ATGATTCTTAAGAGTTTCTTTTGGCAATAGTCTCTGTGATCAAATACAAAATTGTATCAC
GAAATTGTAACATTCACACCCAAAAGAGTCTCTTAAGATCAG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR14TF U 3
AF RR1GK71TF U 1
AF RR1CW54TF U 644
AF RR1CW54JQ C 509
AF RR1GK71JQ C 473
BS 1 200 RR1GK71TF
BS 201 201 RR1DR14TF
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BS 705 705 RR1CW54TF
BS 706 727 RR1GK71TF
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BS 729 750 RR1GK71TF
BS 751 901 RR1CW54TF
BS 902 1242 RR1GK71JQ

RD RR1DR14TF 602 0 0
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GCAAAGAAACAGGCGGATCAAACTCCGTGTTGCATGATTCTCGTTCTTCTACCCTCTCCC
CGACTGACATTTTCCAAGCTGTAGATGATACATTAGAAGACTCAGAGGTCAAGGGTTCCG
ACCAAGAAGACTTGGCATGGACCACCTGGTTCTGTAAACTACCTGGTAACGAATTCTTGT
GCGAAGTCGATGATTATTACATCCTAGACAACTTCAACTTGTGTGGACTCAGACATCAAG
TTCCTTACTATGACCACGCTCTCGATTTGATTCTCGATGATGATTCTTCTTCTCATGGTC
AGATGATCACAGATGAACAGAACGAACTGATTGAGTCAGCAGCCGAGATGTTATACGG*A
TTGATTCATGCTCGTTACATATTGACGGACAAA*GGATTCCTTTCTATGTTAAACAAA
TACA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1GK71TF 753 0 0
GGGACTGTATCTCCGATGACTGTACTGGACTTCTATATTCTTTTTTGTATCCGAGATTCG
GAACTTGTGAAAGAGGGATAGTACATTACATTAGATCATGAATGCGGGAAGAGGAACGGT
TGGACCGAAAGCCGACCGGGAAGAGATTAGCGAAGCTTACGATGTTAATCGGTCATCCGA
GGGCAAAGAAACAGGCGGAT*AAACTCCGTGTTGCATGATTCTCGTTCTTCTACCCTCTC
CCCGACTGACATTTTCCAAGCTGTAGATGATACATTAGAAGACTCAGAGGTCAAGGGTTC
CGACCAAGAAGACTTGGCATGGACCACCTGGTTCTGTAAACTACCTGGTAACGAATTCTT
GTGCGAAGTCGATGATTATTACATCCTAGACAACTTCAACTTGTGTGGACTCAGACATCA
AGTTCCTTACTATGACCACGCTCTCGATTTGATTCTCGATGATGATTCTTCTTCTCATGG
TCAGATGATCACAGATGAACAGAACGAACTGATTGAGTCAGCAGCCGAGATGTTATACGG
*ATTGATTCATGCTCGTTACATATTGACGGACAAA*GGATTCCTTTCTATGTTAAACAAA
*TACAA*TAGGTCTGAGTTTGGAAGATGTCCCAGAGTTTCTTGTAGTGGCCAA*TCTTGT
TTGCCTATTGGTCTATCCGATGTCCCTGGAGCAA*GTACCGTCA*GATGTATTGTCCCAA
ATGTGAG*ACGTTTATCACCCGCCATCAAA
TTC

QA 1 750 1 750
DS 

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TAGTGGCC
AA*TCTTGTTTGCCTATTGGTCTATCCGATGTCCCTGGAGCAA*GTACCGTCAAGATGTA
TTGTCCCAAATGTGAGGACGTTTATCACCCGCCATCAAAATTCCAGGGAAGTAATATAGA
TGGAGCTTACTTTGGGACAGCGTTTCCACATCTGTTTCTCATGTATTACCCAAATAAGAG
GCCTAAAAAGATGTTGTCGGAAAGCTATGTTCCAAGATTGTTTGGGTTCAAGTTACACAA
GCCGTGAAGG
GAAAAA

QA 9 258 9 258
DS 

RD RR1CW54JQ 393 0 0
G
TGATTGAGTCAGCAGCCGAGATGTTATACGGGATTGATTCATGCTCGTTACATATTGACG
GACAAAAGGATTCCTTTCTATGTTAAACAAAATACAAATAGGTCTGAGTTTGGAAGATGT
CCCAGAGTTTCTTGTAGTGGCCAAATCTTGTTTGCCTATTGGTCTATCCGATGTCCCTGG
AGCAAAGTACCGTCAAGATGTATTGTCCCAAATGTGAGGACGTTTATCACCCGCCATCAA
AATTCCAGGGAAGTAATATAGATGGAGCTTACTTTGGGACAGCGTTTCCACATCTGTTTC
TCATGTATTACCCAAATAAGAGGCCTAAAAAGATGTTGTCGGAAAGCTATGTTCCAAGAT
TGTTTGGGTTCAAGTTACACAAGCCGTGAAGG

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DS 

RD RR1GK71JQ 770 0 0
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TTATACGG*ATTGATTCATGCTCGTTACATATTGACGGACAAA*GGATTCCTTTCTATGT
TAAACAAA*TACAA*TAGGTCTGAGTTTGGAAGATGTCCCAGAGTTTCTTGTAGTGGCCA
A*TCTTGTTTGCCTATTGGTCTATCCGATGTCCCTGGAGCAA*GTACCGTCAAGATGTAT
TGTCCCAAATGTGAGGACGTTTATCACCCGCCATCAAAATTCCAAGGAAGTAATATAGAT
GGAGCTTACTTTGGGACAGCGTTTCCACATCTGTTTCTCATGTATTACCCAAATAAGAGG
CCTAAAAAGATGTTGTCGGAAAGCTATGTTCCAAGATTGTTTGGGTTCAAGTTACACAAG
CCGTGAAGGGAAAAAGCAAAAGGAAGAAGATTATTACCTAGAGACTTGCCCCTGTGATCA
AATACAGAATTATATCACGAAAGTTGACAACTAGTTCTCTCTCTATATATATGTGTCTTT
GTGTTGTCGCCTTTTAGGTTTTAGATACATGCCGTTTAGCAAGGCATGTAATATACTTGC
TTTTATAATTAGAGGGTTAGTATGGGGTTAACATTAATATTTATTCTAGATGGACAAAAA
TCCCTAAAATGATTCTTAAGAGTTTCTTTTGGCAATAGTCTCTGTGATCAAATACAAAAT
TGTATCACGAAATTGTAACATTCACACCCAAAAGAGTCTCTTAAGATCAG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 2 5

CO CL1753Contig1 905 3 5 U
GTTTCGTGTTTAAAGCGTAATTTCCCGAGGACAATACTTTTTTGTATACAAAAAAAAATA
AAATCTTATGTGTCTTTTAGGGGATAACGAGCAAAATCCAAATAAAGGAAACTTAAACTT
TCAAGTTTCAAGGGATAAAAATGTAACCTAAAAAAACAGAGAATACAGGGAGGTTTCACA
ACAGGTTTTGGAGTCTCTTTCCTTCCTACTCCATGGCTCACAGCCTGCAAAAATGACAGT
TCAGATATACAGTCACATATGAACTTTTTATTATCATGATATCTTGCTTGAAAGAAACAA
TCAAATGGTAGTACAACAAAATACGATTAAAGATCCGCAAGGTAAATTTAGAACGACTAC
AAGGCAACCCTCATGAACAATAAACTCATATACAAAGAAAGACTCCATGAATAACCGCAG
AGAATGGATCCAGAACAAATAAAAACTCATCATAAAGGGCAAATATACAATGAGACAGAA
CCATTGATTCAATGCAAGAAACATGACATGTCTATGCAGATACAATGATGCGAGATCCCA
TTTACAATATTGACTTATTATTATTATTAACTACTGTATGTCGCAAAATCATCAGAGGAG
GAAAAGATAAGTGTAAAACCTCGTAAAAATATTTAGCCTAAGAAGATCCAACGATGATGT
TGTTGATTGGGATGAAAACGAGCTTCACGAAGAACCCTACGAATCCCATCACCACAAATC
CTATCGCCGTACGCACAGCCACCTTCGTGAATTCCTTGCGATCGGGTTTGTGACAGCGCT
GGACGAGACGGATGCTGCTTTTAGCGAAATCTCTGAGTGGATCGATGGCGGAATCAATAA
CGTCCATAGCTTCTCAGATCGAATTGGAAAAATTAGGGTTTCAGGAGATTTCGTTTTAGA
TGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1F207JQ U 1
AF RR1CN60JQ U 28
AF RR1CN60TF C 214
BS 1 158 RR1F207JQ
BS 159 750 RR1CN60JQ
BS 751 751 RR1CN60TF
BS 752 817 RR1CN60JQ
BS 818 905 RR1CN60TF

RD RR1F207JQ 163 0 0
GTTTCGTGTTTAAAGCGTAATTTCCCGAGGACAATACTTTTTTGTATACAAAAAAAAATA
AAATCTTATGTGTCTTTTAGGGGATAACGAGCAAAATCCAAATAAAGGAAACTTAAACTT
TCAAGTTTCAAGGGATAAAAATGTAACCTAAAAAAACA
AAAAA

QA 1 158 1 158
DS 

RD RR1CN60JQ 790 0 0
AGGACAATACTTTTTTGTATACAAAAAGAAATAAAATCTTATGTGTCTTTTAGGGTATAA
CGAGCAAAATCCAAATAAAGGAAACTTAGACTTTCAAGTTTCAAGGGATAAAAATGTAAC
CTAGAAAAACAGAGAATACAGGGAGGTTTCACAACAGGTTTTGGAGTCTCTTTCCTTCCT
ACTCCATGGCTCACAGCCTGCAAAAATGACAGTTCAGATATACAGTCACATATGAACTTT
TTATTATCATGATATCTTGCTTGAAAGAAACAATCAAATGGTAGTACAACAAAATACGAT
TAAAGATCCGCAAGGTAAATTTAGAACGACTACAAGGCAACCCTCATGAACAATAAACTC
ATATACAAAGAAAGACTCCATGAATAACCGCAGAGAATGGATCCAGAACAAATAAAAACT
CATCATAAAGGGCAAATATACAATGAGACAGAACCATTGATTCAATGCAAGAAACATGAC
ATGTCTATGCAGATACAATGATGCGAGATCCCATTTACAATATTGACTTATTATTATTAT
TAACTACTGTATGTCGCAAAATCATCAGAGGAGGAAAAGATAAGTGTAAAACCTCGTAAA
AATATTTAGCCTAAGAAGATCCAACGATGATGTTGTTGATTGGGATGAAAACGAGCTTCA
CGAAGAACCCTACGAATCCCATCACCACAAATCCTATCGCCGTACGCACAGCCACCTTCG
TGA*TTCCTTGCGATCGGGTTTGTGACAGCGCTGGACGAGACGGATGCTGCTTTTAGCGA
AATCTCTGAG

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1CN60TF 692 0 0
TGGCTCACAGC*TGCAAAAATGACAGTTCAGATATACAGTCACATATGAACTTTTTATTA
TCATGATATCTTGCTTGAAAGAAACAATCAAATGGTAGTACAACAAAATACGATTAAAGA
TCCGCAAGGTAAATTTAGAACGACTACAAGGCAACCCTCATGAACAATAAACTCATATAC
AAAGAAAGACTCCATGAATAACCGCAGAGAATGGATCCAGAACAAATAAAAACTCATCAT
AAAGGGCAAATATACAATGAGACAGAACCATTGATTCAATGCAAGAAACATGACATGTCT
ATGCAGATACAATGATGCGAGATCCCATTTACAATATTGACTTATTATTATTATTAACTA
CTGTATGTCGCAAAATCATCAGAGGAGGAAAAGATAAGTGTAAAACCTCGTAAAAATATT
TAGCCTAAGAAGATCCAACGATGATGTTGTTGATTGGGATGAAAACGAGCTTCACGAAGA
ACCCTACGAATCCCATCACCACAAATCCTATCGCCGTACGCACAGCCACCTTCGTGAATT
CCTTGCGATCGGGTTTGTGACAGCGCTGGACGAGACGGATGCTGCTTTTAGCGAAATCTC
TGAGTGGATCGATGGCGGAATCAATAACGTCCATAGCTTCTCAGATCGAATTGGAAAAAT
TAGGGTTTCAGGAGATTTCGTTTTAGATGTCC

QA 1 692 1 692
DS 



CO CL1753Contig2 672 2 2 U
GGGAGATCTAAAAGACACAAATACTAATATCATAGATCCGACAGATCTGAATCCTGGACA
TCCTAAATCGTGTCCTACCTCTAGTTACTACTAGCCAAGACAAAATACAAAGACAATAAT
AAGAAACCAAACCGGAGTCTCTGTGTTCAGACCGAAATCAAAGTCTGAATTGGAAGACGA
AGCAAAGTCAACGAAGCCAAGAACTAGTACTATAAAGTCCCAATGTCAAATAAAAACCTC
ATTTACATCTAAAACGAAATCTCCTGAAACCCTAATTTTTCCAATTCGATCTGAGAAGCT
ATGGACGCTATTGATTCCGCCATCGATCCACTCAGAGATTTCGCTAAAAGCAGCATCCGT
CTCGTCCAGCGCTGTCACAAACCCGATCGCAAGGAATTCACGAAGGTGGCTGTGCGTACG
GCGATAGGATTTGTGGTGATGGGATTCGTAGGGTTCTTCGTGAAGCTCGTTTTCATCCCA
ATCAACAACATCATCGTTGGATCTTCTTAGGCTAAATATTTTTACGAGGCTGTGAGCCAT
GGAGTAGGAAGGAAAGAGACTCCAAAACCTGTTGTGAAACCTCCCTGTATTCTCTGTTTT
TCTAGGTTACATTTTTATCCCTTGAAACTTGAAAGTCTAAGTTTCCTTTATTTGGATTTT
GCTCGTTATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F207TF U 1
AF RR1GV03TF U 243
BS 1 594 RR1F207TF
BS 595 672 RR1GV03TF

RD RR1F207TF 594 0 0
GGGAGATCTAAAAGACACAAATACTAATATCATAGATCCGACAGATCTGAATCCTGGACA
TCCTAAATCGTGTCCTACCTCTAGTTACTACTAGCCAAGACAAAATACAAAGACAATAAT
AAGAAACCAAACCGGAGTCTCTGTGTTCAGACCGAAATCAAAGTCTGAATTGGAAGACGA
AGCAAAGTCAACGAAGCCAAGAACTAGTACTATAAAGTCCCAATGTCAAATAAAAACCTC
ATTTACATCTAAAACGAAATCTCCTGAAACCCTAATTTTTCCAATTCGATCTGAGAAGCT
ATGGACGCTATTGATTCCGCCATCGATCCACTCAGAGATTTCGCTAAAAGCAGCATCCGT
CTCGTCCAGCGCTGTCACAAACCCGATCGCAAGGAATTCACGAAGGTGGCTGTGCGTACG
GCGATAGGATTTGTGGTGATGGGATTCGTAGGGTTCTTCGTGAAGCTCGTTTTCATCCCA
ATCAACAACATCATCGTTGGATCTTCTTAGGCTAAATATTTTTACGAGGCTGTGAGCCAT
GGAGTAGGAAGGAAAGAGACTCCAAAACCTGTTGTGAAACCTCCCTGTATTCTC

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1GV03TF 430 0 0
GG
ACATCTAAAACGAAATCTCCTGAAACCCTAATTTTTCCAATTCGATCTGAGAAGCTATGG
ACGCTATTGATTCCGCCATCGATCCACTCAGAGATTTCGCTAAAAGCAGCATCCGTCTCG
TCCAGCGCTGTCACAAACCCGATCGCAAGGAATTCACGAAGGTGGCTGTGCGTACGGCGA
TAGGATTTGTGGTGATGGGATTCGTAGGGTTCTTCGTGAAGCTCGTTTTCATCCCAATCA
ACAACATCATCGTTGGATCTTCTTAGGCTAAATATTTTTACGAGGCTGTGAGCCATGGAG
TAGGAAGGAAAGAGACTCCAAAACCTGTTGTGAAACCTCCCTGTATTCTCTGTTTTTCTA
GGTTACATTTTTATCCCTTGAAACTTGAAAGTCTAAGTTTCCTTTATTTGGATTTTGCTC
GTTATACC

QA 3 430 3 430
DS 



AS 2 5

CO CL1754Contig1 1075 3 30 U
ATAAGATTTTAAGATTGAACACTGTCTCAGAAACAGAGCAGTGTTGAGTTTCATACAATG
AGAAGATTAAAACTTTTCTCAACGGGGTGGAAACATAAAAGTAAACTGTAATCCAACCGT
AACAACTTATTATTTTCGATTTCAAAGAAAGAGATTATTCTTAAAAAGAAAAACAGAAAA
GAGAGACTCAAAAGTCTGCTTTCTCTCGGTAACTCAACTCACTTAACCGGTGTTCTGCAG
TCCTGCGGCAATACCCTTCATGGTTAAAATAAGCGTGTCCTCAAGCCCAGGCGCGTATTC
ACTCGTTGGGTTAAGCTTAACGAGCTCCTGTGCCGATTTAATTGATTGCAAGATCTCTTT
GGAAATGTGTGGACGCAAAGTCACGTTGTAGTTTGGATCACGGATTCTCTTCAACGTATA
GGCTTGGCAAACGTTGAGGGTTGTAATGTAAGAGTCACGCAGCCTAAGTCTCTGTTTCAA
GTAAGGGTCTTCTTCAAGAAGGTCTTTGTGTCCAGCAGTCTGGAGGACGAGGGTCTTGGT
TTCTTCAAAGTTGGTTCTGAGTTTCTCTCCAAAGGCCCATAAATCTTTTGAGACAAGAAG
TTTGTCATACAATGCAGCTATCCCGGGGTCTCCTTTGGCGAACACCATCTCAATAAGATC
GATGGTGACACGGAAAAACGGCCAGTGTTTGTACATATCTTGCAGCATGTGGAGGTTCCT
CACATCCTTCTTGATTGCATACTTGAAAGCTGCTCCAAATCCTAACCATACAGGAAGATG
GAATCTCGTTTGTGTCCAAGCAAAGATCCATGGGATTGCTCTGAGAGACTCGATCCCACC
GCTCGGTTTTCGCTTTGAAGGTCTGCTTCCAATGTTCATACGTCCATACTCCAGCTCAGG
TGTAGCAAGGCGGAAGTACTCGACAAATCTAGGCTCTTGGAATACAACAGATCGATACTC
CTCAGTTGCAACAACAGCCATTTGGTCAAGCAAAGCACGCCACTCTGGTTTTGGTGAAAC
AGGAGGGTTCATTCCATGCTCAAGAGTAGCAGCTGTGAAACGCTGAAGTGTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA42JQ U 1
AF RR1F775JQ U 178
AF RR1F775TF C 419
BS 1 210 RR1DA42JQ
BS 211 211 RR1F775JQ
BS 212 216 RR1DA42JQ
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BS 727 727 RR1F775TF
BS 728 771 RR1DA42JQ
BS 772 1075 RR1F775TF

RD RR1DA42JQ 771 0 0
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AGAAGATTAAAACTTTTCTCAACGGGGTGGAAACATAAAAGTAAACTGTAATCCAACCGT
AACAACTTATTATTTTCGATTTCAAAGAAAGAGATTATTCTTAAAAAGAAAAACAGAAAA
GAGAGACTCAAAAGTCTGCTTTCTCTCGGTGACTCA*CTCACTTAACCGGTGTTCTGCAG
TCCTGCGGCAATACCCTTCATGGTTAAGATAAGGGTGTCCTCAAGCCCAGGCGCGTATTC
ACTCGTTGGGTTAAGCTTAACGAGCTCCTGTGCCGATTTGCTTGATTGCAAGATCTCTTT
GGAAATGTGTGGACGCAGAGTCACGTTGTAGTTTGGATCACGGATTCTCTTCAACGTATA
GGCTTGGCAAACGTTGAGGGTTGTAATGTAAGAGTCACGCAGCCTAAGTCTCTGTTTCAA
GTAAGGGTCTTCTTCAAGAAGATCTTCGTGTCCAGCAGTCTGGAGGACGAGGGTCTTGGT
TTCTTCAAAGTTGGTTCTGAGTTTCTCTCCAAAAGCCCATAAATCTTTTGAGACAAGAAG
TTTGTCATACAATGCAGCGATCCCTGGGTCTCCCTTGGCGAACACCATCTCAATAAGATC
GATGGTGACACGGAAAAAGGGCCAGTGTTTGTACATATCTTGCAGCATGTGGAGGTTCCT
CACATCTTTCTTGATTGCATACTTGAAAGCTGCTCCAAATCCTAACCATAC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1F775JQ 546 0 0
AAAAAAAA
ACTCAAAAGTCTGCTTTCTCTCGGTAACTCAACTCACTTAACCGGTGTTTTGCAGTCCTG
CGGCAATACCCTTCATGGTTAAAATGAGCGTGTCCTCAAGCCCAGGCGCGTATTCACTCG
TTGGGTTAAGCTTAACGAGCTCCTGTGCCGATTTAATTGATTGCAAGATCTCTTTGGAAA
TGTGTGGACGCAAAGTCACGTTGTAGTTTGGATCACGGATTCTCTTCAACGTATAGGCTT
GGCAAACGTTGAGGGTTGTAATGTAAGAGTCACGCAGCCTAAGTCTCTGTTTCAAGTAAG
GGTCTTCTTCAAGAAGGTCTTTGTGTCCAGCAGTCTGGAGGACGAGGGTCTTGGTTTCTT
CAAAGTTGGTTCTGAGTTTCTCTCCAAAGGCCCATAAATCTTTTGAGACAAGAAGTTTGT
CATACAATGCAGCTATCCCGGGGTCTCCTTTGGCGAACACCATCTCAATAAGATCGATGG
TGACACGGAAAAACGGCCAGTGTTTGTACATATCTTGCAGCATGTGGAGGTTCCTCAC

QA 9 546 9 546
DS 

RD RR1F775TF 657 0 0
TAGGCTTGGCAAACGTTGAGGGTTGTAATGTAAGAGTCACGCAGC*TAAGTCTCTGTTTC
AAGTAAGGGTCTTCTTCAAGAAGGTCTTTGTGTCCAGCAGTCTGGAGGACGAGGGTCTTG
GTTTCTTCAAAGTTGGTTCTGAGTTTCTCTCCAAAGGCCCATAAATCTTTTGAGACAAGA
AGTTTGTCATACAATGCAGCTATCCCGGGGTCTCCTTTGGCGAACACCATCTCAATAAGA
TCGATGGTGACACGGAAAAACGGCCAGTGTTTGTACATATCTTGCAGCATGTGGAGGTTC
CTCACATCCTTCTTGATTGCATACTTGAAAGCTGCTCCGAATCCTAACCATACAGGAAGA
TGGAATCTCGTTTGTGTCCAAGCAAAGATCCATGGGATTGCTCTGAGAGACTCGATCCCA
CCGCTCGGTTTTCGCTTTGAAGGTCTGCTTCCAATGTTCATACGTCCATACTCCAGCTCA
GGTGTAGCAAGGCGGAAGTACTCGACAAATCTAGGCTCTTGGAATACAACAGATCGATAC
TCCTCAGTTGCAACAACAGCCATTTGGTCAAGCAAAGCACGCCACTCTGGTTTTGGTGAA
ACAGGAGGGTTCATTCCATGCTCAAGAGTAGCAGCTGTGAAACGCTGAAGTGTTCTC

QA 1 657 1 657
DS 



CO CL1754Contig2 774 2 11 U
TTTTTGGACCTGATCTTCCCAAAACCGAAGAAATTGCTGATGTCTTGGACACATTCAAAG
TCATATCTGAGCTGCCTTCAGATTGCTTCGGAGCTTACATTATCTCTATGGCAACTTCAC
CCAGTGATGTGCTAGCCGTTGAGCTTTTGCAGCGCGAGTGCCACGTGAAGAATCCACTTA
GAGTTGTTCCACTCTTTGAGAAGCTAGCTGATCTAGAAGCAGCTCCCGCTGCCGTTTCGA
GACTTTTCTCTATAGACTGGTACAAAAACCGTATTAACGGTAAACAAGAGGTTATGATGG
GCTACTCGGATTCAGGGAAAGACGCTGGGCGTCTCTCAGCTGCTTGGGAGCTATACAAAG
CTCAAGAAGAGCTTGTGAAGGTTGCTAAGAAATATGGAGTGAAGCTGACTATGTTCCATG
GTCGTGGTGGCACAGTTGGAAGAGGAGGTGGTCCCACCCATCTTGCTATATTGTCTCAGC
CACCGGATACAGTTAATGGCTCACTCCGAGTCACTGTTCAAGGTGAAGTCATTGAGCAAT
CATTTGGAGAGGAACACTTGTGTTTTAGAACACTTCAGCGTTTCACAGCTGCTACTCTTG
AACATGGAATGAACCCTCCTGTTTCACCAAAACCAGAGTGGCGTACTTTGCTTGACCAAA
TGGCTGTTGTTGCAACTGAGGAGTATCGATCTGTTGTGTCCCAAGAGCCTCGATTTGTCG
AGTACTTCGCCTTGCTACACTGAGCTGGAGTATGGACGTATGACATGGAAGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA42TF U 1
AF RR1BC50TF U 14
BS 1 88 RR1DA42TF
BS 89 89 RR1BC50TF
BS 90 298 RR1DA42TF
BS 299 299 RR1BC50TF
BS 300 680 RR1DA42TF
BS 681 681 RR1BC50TF
BS 682 694 RR1DA42TF
BS 695 695 RR1BC50TF
BS 696 701 RR1DA42TF
BS 702 703 RR1BC50TF
BS 704 774 RR1DA42TF

RD RR1DA42TF 774 0 0
TTTTTGGACCTGATCTTCCCAAAACCGAAGAAATTGCTGATGTCTTGGACACATTCAAAG
TCATATCTGAGCTGCCTTCAGATTGCTTTGGAGCTTACATTATCTCTATGGCAACTTCAC
CCAGTGATGTGCTAGCCGTTGAGCTTTTGCAGCGCGAGTGCCACGTGAAGAATCCACTTA
GAGTTGTTCCACTCTTTGAGAAGCTAGCTGATCTAGAAGCAGCTCCCGCTGCCGTTTCGA
GACTTTTCTCTATAGACTGGTACAAAAACCGTATTAACGGTAAACAAGAGGTTATGATTG
GCTACTCGGATTCAGGGAAAGACGCTGGGCGTCTCTCAGCTGCTTGGGAGCTATACAAAG
CTCAAGAAGAGCTTGTGAAGGTTGCTAAGAAATATGGAGTGAAGCTGACTATGTTCCATG
GTCGTGGTGGCACAGTTGGAAGAGGAGGTGGTCCCACCCATCTTGCTATATTGTCTCAGC
CACCGGATACAGTTAATGGCTCACTCCGAGTCACTGTTCAAGGTGAAGTCATTGAGCAAT
CATTTGGAGAGGAACACTTGTGTTTTAGAACACTTCAGCGTTTCACAGCTGCTACTCTTG
AACATGGAATGAACCCTCCTGTTTCACCAAAACCAGAGTGGCGTACTTTGCTTGACCAAA
TGGCTGTTGTTGCAACTGAG*AGTATCGATCTGT*GTGTCC**AGAGCCTCGATTTGTCG
AGTACTTCGCCTTGCTACACTGAGCTGGAGTATGGACGTATGACATGGAAGCAG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1BC50TF 713 0 0
G
CTTCCCAAAACCGAAGAAATTGCTGATGTCTTGGACACATTCAAAGTCATATCTGAGCTG
CCTTCAGATTGCTTCGGAGCTTACATTATCTCTATGGCAACTTCACCCAGTGATGTGCTA
GCCGTTGAGCTTTTGCAGCGCGAGTGCCACGTGAAGAATCCACTTAGAGTTGTTCCACTC
TTTGAGAAGCTAGCTGATCTAGAAGCAGCTCCCGCTGCCGTTTCGAGACTTTTCTCTATA
GACTGGTACAAAAACCGTATTAACGGTAAACAAGAGGTTATGATGGGCTACTCGGATTCA
GGGAAAGACGCTGGGCGTCTCTCAGCTGCTTGGGAGCTATACAAAGCTCAAGAAGAGCTT
GTGAAGGTTGCTAAGAAATATGGAGTGAAGCTGACTATGTTCCATGGTCGTGGTGGCACA
GTTGGAAGAGGAGGTGGTCCCACCCATCTTGCTATATTGTCTCAGCCACCGGATACAGTT
AATGGCTCACTCCGAGTCACTGTTCAAGGTGAAGTCATTGAGCAATCATTTGGAGAGGAA
CACTTGTGTTTTAGAACACTTCAGCGTTTCACAGCTGCTACTCTTGAGCATGGAATGAAC
CCTCCTGTTTCACCAAAACCAGAGTGGCGTACTTTGCTTGACCAAATGGCTGTTGTTGCA
ACTGAGGAGTATCGATCTGTTGTGTTCCAAGAGCCTCGATTTGTCGAGTACT

QA 2 713 2 713
DS 



AS 1 4

CO CL1755Contig1 641 4 38 U
GGGCTCCTTCATTTGCTTGCCGCCGCATCATCATCTTCCTCGCAGGTAAGTAAGCAAGTC
ACAGGTAAACCGAAAAGATGGGGCGTGTCAGAACCAAGACGGTGAAGAAATCATCTCGCC
AGGTGATCGAGAAATACTACTCTCGCATGACACTCGACTTCCACACCAACAAGAAGATCC
TCGAAGAAGTCGCAATCATCCCTTCGAAGCGTCTCCGCAACAGGATCGCCGGGTTCTCCA
CCCATCTCATGAAGAGGATCCAGAAG*GGACCAGTGCGCGGCATCTCACTCAAGCTCCAA
TAGGAGGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCTGCTATCAGGACCGAT
GTGATCAAGGTCGACAAAGAGACTCTCGAGATGCTTGCCTCCCTTGGAATGGGTGACACT
CCCGGCGTCTCTATAGTCGAGACACAGGCTCCGGCACCTACTTTTAACAGGCCACCCAGA
AGGTTCTGAGGAGAGTTTGTTTGGCTGTTGTTTTTTTTTTTCTTCACTGTTAGGGGGACA
AAAGAGTTACATTTCGAGTGTTTATGTCTTTTGATTCTAGACTTATGTCCGAAACTGAAA
GTTAAGACTCTTTTTCTATTCCATGCTTTTTTGAGTTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G342TF U 13
AF RR1G941TF U 1
AF RR1B494JQ C 46
AF RR1B494TF U 46
BS 1 65 RR1G941TF
BS 66 66 RR1B494TF
BS 67 89 RR1G941TF
BS 90 90 RR1B494TF
BS 91 118 RR1G941TF
BS 119 119 RR1B494TF
BS 120 154 RR1G941TF
BS 155 155 RR1B494TF
BS 156 184 RR1G941TF
BS 185 185 RR1B494TF
BS 186 190 RR1G941TF
BS 191 191 RR1B494TF
BS 192 222 RR1G941TF
BS 223 223 RR1B494TF
BS 224 232 RR1G941TF
BS 233 233 RR1B494TF
BS 234 266 RR1G941TF
BS 267 267 RR1G342TF
BS 268 278 RR1G941TF
BS 279 279 RR1B494TF
BS 280 287 RR1G941TF
BS 288 288 RR1B494TF
BS 289 300 RR1G941TF
BS 301 301 RR1B494TF
BS 302 305 RR1G941TF
BS 306 306 RR1B494TF
BS 307 398 RR1G941TF
BS 399 399 RR1B494TF
BS 400 422 RR1G941TF
BS 423 423 RR1B494TF
BS 424 519 RR1G941TF
BS 520 521 RR1B494TF
BS 522 535 RR1G941TF
BS 536 537 RR1B494TF
BS 538 589 RR1G941TF
BS 590 590 RR1B494TF
BS 591 622 RR1G941TF
BS 623 641 RR1B494TF

RD RR1G342TF 350 0 0
GG
GCTTGCCGCCGCATCATCATCTTCCTCGCAGGTAAGTAAGCAAGTCACAGGCAAACCGAA
AAGATGGGGCGTGTCCGAACCAAGACGGTGAAGAAATCATCTCGTCAGGTGATCGAGAAA
TACTACTCTCGCATGACACTGGACTTCCACACCAACAAGAAGATCCTCGAGGAAGTGGCA
ATCATCCCTTCGAAGCGTCTCCGCAACAAGATCGCCGGATTCTCCACCCATCTCATGAAG
AGGATCCAGAAG*GGACCAGTGCGTGGCATCTCCCTCAAGCTCCAAGAGGAAGAGCGTGA
GCGCCGCATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCTG*TATCAGGACCGATGT

QA 3 350 3 350
DS 

RD RR1G941TF 622 0 0
GGGCTCCTTCATTTGCTTGCCGCCGCATCATCATCTTCCTCGCAGGTAAGTAAGCAAGTC
ACAGGCAAACCGAAAAGATGGGGCGTGTCCGAACCAAGACGGTGAAGAAATCATCTCGTC
AGGTGATCGAGAAATACTACTCTCGCATGACACTGGACTTCCACACCAACAAGAAGATCC
TCGAGGAAGTGGCAATCATCCCTTCGAAGCGTCTCCGCAACAAGATCGCCGGATTCTCCA
CCCATCTCATGAAGAGGATCCAGAAGAGGACCAGTGCGTGGCATCTCCCTCAAGCTCCAA
GAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCTGCTATCAGGACCGAT
GTGATCAAGGTCGACAAAGAGACTCTCGAGATGCTTGCTTCCCTTGGAATGGGTGACACT
CCTGGCGTCTCTATAGTCGAGACACAGGCTCCGGCACCTACTTTTAACAGGCCACCCAGA
AGGTTCTGAGGAGAGTTTGTTTGGCTGTTGTTTTTTTTT**CTTCACTGTTAGGG**ACA
AAAGAGTTACATTTCGAGTGTTTATGTCTTTTGATTCTAGACTTATGTCTGAAACTGAAA
GTTAAGACTCTTTTTCTATTCC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1B494JQ 596 0 0
GTAAGTAAGCAAGTCACAGGTAAACCGAAAAGATGGGGCGTGTCAGAACCAAGACGGTGA
AGAAATCATCTCGCCAGGTGATCGAGAAATACTACTCTCGCATGACACTCGACTTCCACA
CCAACAAGAAGATCCTCGAAGAAGTCGCAATCATCCCTTCGAAGCGTCTCCGCAACAGGA
TCGCCGGGTTCTCCACCCATCTCATGAAGAGGATCCAGAAG*GGACCAGTGCGCGGCATC
TCACTCAAGCTCCAATAGGAGGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCT
GCTATCAGGACCGATGTGATCAAGGTCGACAAAGAGACTCTCGAGATGCTTGCCTCCCTT
GGAATGGGTGACACTCCCGGCGTCTCTATAGTCGAGACACAGGCTCCGGCACCTACTTTT
AACAGGCCACCCAGAAGGTTTTGAGGAGAGTTTGTTTGGCTGTTGTTTTTTTTTTTCTTC
ACTGTTAGGGGGACAAAAGAGTTACATTTCGAGTGTTTATGTCTTTTGATTCTAGACTTA
TGTCCGAAACTGAAAGTTAAGACTCTTTTTCTATTCCATGCTTTTTTGAGTTTTAG

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1B494TF 596 0 0
GTAAGTAAGCAAGTCACAGGTAAACCGAAAAGATGGGGCGTGTCAGAACCAAGACGGTGA
AGAAATCATCTCGCCAGGTGATCGAGAAATACTACTCTCGCATGACACTCGACTTCCACA
CCAACAAGAAGATCCTCGAAGAAGTCGCAATCATCCCTTCGAAGCGTCTCCGCAACAGGA
TCGCCGGGTTCTCCACCCATCTCATGAAGAGGATCCAGAAG*GGACCAGTGCGCGGCATC
TCACTCAAGCTCCAATAGGAGGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCT
GCTATCAGGACCGATGTGATCAAGGTCGACAAAGAGACTCTCGAGATGCTTGCCTCCCTT
GGAATGGGTGACACTCCCGGCGTCTCTATAGTCGAGACACAGGCTCCGGCACCTACTTTT
AACAGGCCACCCAGAAGGTTCTGAGGAGAGTTTGTTTGGCTGTTGTTTTTTTTTTTCTTC
ACTGTTAGGGGGACAAAAGAGTTACATTTCGAGTGTTTATGTCTTTTGATTCTAGACTTA
TGTCCGAAACTGAAAGTTAAGACTCTTTTTCTATTCCATGCTTTTTTGAGTTTTAG

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 5

CO CL1756Contig1 780 5 5 U
GGCTTTCTCTCTCAAATCTCTAGAGTTTCAAGCTCGATCTTCTCTATCACCATCATCATC
GTCCATGGCCTCGAATTCGCAAGCTATCCTTCTCCTTCAGAAACAACTGAAAGATCTGTG
TAAGCATCCTGTCGATGGATTCTCCGCGGGGCTCGTGGACGAGAAGAATATATTCGAGTG
GAACGTTACCATCATCGGACCTCCAGATACTCTCTATGAAGGAGGATTCTTTAACGCTAT
AATGAGCTTCCCTCAGAATTATCCTAATAGTCCACCAACTGTTAGGTTTACTTCAGATAT
GTGGCATCCTAATGTTTATTCTGATGGTCGTGTTTGCATTTCGATTCTTCACCCTCCTGG
TGATGATCCAAGTGGTTATGAGCTTGCTAGCGAGCGCTGGACCCCTGTTCATACTGTTGA
AAGTATTATGTTGAGTATTATATCTATGCTTTCTGGTCCAAACGATGAGTCTCCTGCAAA
CGTTGAAGCTGCTAAAGAATGGCGTGAGAAGAGAGACGAGTTCAAGAAGAAAGTGAGTCG
GTGTGTGAGAAAGTCTCAAGAAATGTTATGAACAGCAACTACGAACTTTCCACGCTTATG
ATATCTCTATCTGGAGTTTCATCAAAGTTCTTCATGTTCCCCTTATCTGAAACTCTTCAA
AAAAACTGCCCAAACACAACCTGGTTTTACATTTTTATTTTTCTTGCGCAGAGCTTTTTG
AAATGTGTTGTTGAATTCTCGAGTAACTGGTTATCATAATGATAAGAACTTGTATTCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 25 25 25 25 0 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ05TF U 12
AF RR1DG61TF U 1
AF RR1DG61JQ C 203
AF RR1EK49TF U 5
AF RR1GQ05JQ C 231
BS 1 608 RR1DG61TF
BS 609 609 RR1EK49TF
BS 610 645 RR1DG61TF
BS 646 664 RR1EK49TF
BS 665 780 RR1GQ05JQ

RD RR1GQ05TF 570 0 0
GG
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AATTCGCAAGCTATCCTTCTCCTTCAGAAACAACTGAAAGATCTGTGTAAGCATCCTGTC
GATGGATTCTCCGCGGGGCTCGTGGACGAGAAGAATATATTCGAGTGGAACGTTACCATC
ATCGGACCTCCAGATACTCTCTATGAAGGAGGATTCTTTAACGCTATAATGAGCTTCCCT
CAGAATTATCCTAATAGTCCACCAACTGTTAGGTTTACTTCAGATATGTGGCATCCTAAT
GTTTATTCTGATGGTCGTGTTTGCATTTCGATTCTTCACCCTCCTGGTGATGATCCAAGT
GGTTATGAGCTTGCTAGCGAGCGCTGGACCCCTGTTCATACTGTTGAAAGTATTATGTTG
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AAAGAATGGCGTGAGAAGAGAGACGAGTTCAAGAAGAAAGTGAGTCGGTGTGTGAGAAAG
TCTCAAGAAATGTTATGAACAGCAACTA

QA 3 570 3 570
DS 

RD RR1DG61TF 645 0 0
GGCTTTCTCTCTCAAATCTCTAGAGTTTCAAGCTCGATCTTCTCTATCACCATCATCATC
GTCCATGGCCTCGAATTCGCAAGCTATCCTTCTCCTTCAGAAACAACTGAAAGATCTGTG
TAAGCATCCTGTCGATGGATTCTCCGCGGGGCTCGTGGACGAGAAGAATATATTCGAGTG
GAACGTTACCATCATCGGACCTCCAGATACTCTCTATGAAGGAGGATTCTTTAACGCTAT
AATGAGCTTCCCTCAGAATTATCCTAATAGTCCACCAACTGTTAGGTTTACTTCAGATAT
GTGGCATCCTAATGTTTATTCTGATGGTCGTGTTTGCATTTCGATTCTTCACCCTCCTGG
TGATGATCCAAGTGGTTATGAGCTTGCTAGCGAGCGCTGGACCCCTGTTCATACTGTTGA
AAGTATTATGTTGAGTATTATATCTATGCTTTCTGGTCCAAACGATGAGTCTCCTGCAAA
CGTTGAAGCTGCTAAAGAATGGCGTGAGAAGAGAGACGAGTTCAAGAAGAAAGTGAGTCG
GTGTGTGAGAAAGTCTCAAGAAATGTTATGAACAGCAACTACGAACTTTCCACGCTTATG
ATATCTCTCTCTGGAGTTTCATCAAAGTTCTTCATGTTCCCCTTA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1DG61JQ 403 0 0
CCAGATACTCTCTATGAAGGAGGATTCTTTAACGCTATAATGAGCTTCCCTCAGAATTAT
CCTAATAGTCCACCAACTGTTAGGTTTACTTCAGATATGTGGCATCCTAATGTTTATTCT
GATGGTCGTGTTTGCATTTCGATTCTTCACCCTCCTGGTGATGATCCAAGTGGTTATGAG
CTTGCTAGCGAGCGCTGGACCCCTGTTCATACTGTTGAAAGTATTATGTTGAGTATTATA
TCTATGCTTTCTGGTCCAAACGATGAGTTTCCTGCAAACGTTGAAGCTGCTAAAGAATGG
CGTGAGAAGAGAGACGAGTTCAAGAAGAAAGTGAGTCGGTGTGTGAGAAAGTCTCAAGAA
ATGTTATGAACAGCAACTACGAACTTTCCACGCTTATGATA
TC

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1EK49TF 660 0 0
GGAATTCTC
AAATCTCTAGAGTTTCAAGCTCGATCTTCTCTATCACCATCATCATCGTCCATGGCCTCG
AATTCGCAAGCTATCCTTCTCCTTCAGAAACAACTGAAAGATCTGTGTAAGCATCCCGTC
GATGGATTCTCCGCGGGACTCGTCGACGAGAAGAATATATTCGAGTGGAACGTTACCATC
ATCGGACCTCCAGATACTCTCTATGAAGGAGGATTCTTTAACGCTATAATGAGCTTCCCT
CAGAATTATCCTAATAGTCCACCAACTGTTAGGTTTACTTCAGATATGTGGCATCCTAAT
GTTTATTCTGATGGTCGTGTTTGCATTTCTATCCTGCATCCTCCTGGTGATGATCCAAGT
GGTTATGAGCTTGCTAGCGAGCGCTGGACCCCTGTTCATACTGTTGAAAGTATTATGTTG
AGTATTATATCTATGCTTTCTGGTCCAAACGATGAGTCTCCTGCAAACGTTGAAGCTGCT
AAAGAATGGCGTGAGAAGAGAGACGAGTTCAAGAAGAAAGTGAGTCGGTGTGTGAGAAAG
TCTCAAGAAATGTTATGAACAGCAACTCCGAACTTTCCACGCTTATGATACCTCTAT**G
GAGTTTCATCAAAGTTCTTCATGTTCCCCTTATCTGAAACTCTTCAAAAAA

QA 10 660 10 660
DS 

RD RR1GQ05JQ 550 0 0
TTAACGCTATAATGAGCTTCCCTCAGAATTATCCTAATAGTCCACCAACTGTTAGGTTTA
CTTCAGATATGTGGCATCCTAATGTTTATTCTGATGGTCGTGTTTGCATTTCGATTCTTC
ACCCTCCTGGTGATGATCCAAGTGGTTATGAGCTTGCTAGCGAGCGCTGGACCCCTGTTC
ATACTGTTGAAAGTATTATGTTGAGTATTATATCTATGCTTTCTGGTCCAAACGTTGAGT
TTCCTGCAAACGTTGAAGCTGCTAAAGAATGGCGTGAGAAGAGAGACGAGTTCAAGAAGA
AAGTGAGTCGGTGTGTGAGAAAGTCTCAAGAAATGTTATGAACAGCAACTACGAACTTTC
CACGCTTATGATATCTCTTTCTGGAGTTTCATCAAAGTTTTTCATGTTCCCCTTATTTGA
AACTCTTCAAAAAAACTGCCCAAACACAACCTGGTTTTACATTTTTATTTTTCTTGCGCA
GAGCTTTTTGAAATGTGTTGTTGAATTCTCGAGTAACTGGTTATCATAATGATAAGAACT
TGTATTCGTT

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 5

CO CL1757Contig1 847 5 4 U
GAGAAGCCTGCTGCTGATGATGCTAACAAGGAAAACAATGCTGAAGTGGAGGAGCAGAAA
GAGCCTGAGGTTAAGGAAATGACTCTGGATGAGTATGAGAAAATACTTGAGGAGAAGAGA
AAGGCCCTTCAATCTCAGAACACCTCTGAGAGGAAAGTTGATACTAAAGTGTTTGAGTCA
ATGCAACAACTCTCAAACAAGAAGAAGTCTAACGACGAAATCTTCATCAAGTTGGGTTCT
GACAAGGACAAACGCAAAGATGACAAAGAAGAGAAGGCTAAGAAGGCTGTGAGCATCAAT
GAGTTTCTGAAACCATCAGAGGGTGAGAATTACTACCGAGGAGGTCGTGGTGGCCGTGGA
CGTGGTGGTCGTGAGTCCCGTGACCGTGAAGGTCGCGTTTCAAGTGGAGGGTATGGTGGT
AACCGTAGTGAAACTGCGCCTGCCATCGCAGATACTGCTCAGTTCCCATCTCTTGGGGGC
AAGTAAAAAGATCCATCCATGAACCACGTCGAAACACTCGTGCGGGTCTCCTTCAGTTTT
CCTATTCTGGTTGAAATCAAGACTGAAGGAATTCCCATGCGAGGGTTTACTGTTTACCAG
TCTGTTGTTGTCAGTTGTAAATTTTTAGTTGTCGTTTTTAGATTTTCTGCAAACTTTTGC
CTCGCTGTTTTCTTTTTCACTTTTGAAACATTACACTCTTTTTAGTCGTCAGTTCACCAC
TTGGTCGTTGTTTATGAAAACATGTTTCAGACAGACAAGTCTAGTGTTATCTCTGATTAT
GTTCTTAGTTGTTACAAAATCTGTAATAGACAAATAAATATTAATAAGGTTCAAAGGCTA
ATTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC69TF U 1
AF RR1CC69JQ C 581
AF RR1FS10TF U 116
AF RR1H637TF U 276
AF RR1BZ09JQ C 148
BS 1 652 RR1CC69TF
BS 653 743 RR1FS10TF
BS 744 837 RR1H637TF
BS 838 847 RR1BZ09JQ

RD RR1CC69TF 655 0 0
GAGAAGCCTGCTGCTGATGATGCTAACAAGGAAAACAATGCTGAAGTGGAGGAGCAGAAA
GAGCCTGAGGTTAAGGAAATGACTCTGGATGAGTATGAGAAAATACTTGAGGAGAAGAGA
AAGGCCCTTCAATCTCAGAACACCTCTGAGAGGAAAGTTGATACTAAAGTGTTTGAGTCA
ATGCAACAACTCTCAAACAAGAAGAAGTCTAACGACGAAATCTTCATCAAGTTGGGTTCT
GACAAGGACAAACGCAAAGATGACAAAGAAGAGAAGGCTAAGAAGGCTGTGAGCATCAAT
GAGTTTCTGAAACCATCAGAGGGTGAGAATTACTACCGAGGAGGTCGTGGTGGCCGTGGA
CGTGGTGGTCGTGAGTCCCGTGACCGTGAAGGTCGCGTTTCAAGTGGAGGGTATGGTGGT
AACCGTAGTGAAACTGCGCCTGCCATCGCAGATACTGCTCAGTTCCCATCTCTTGGGGGC
AAGTAAAAAGATCCATCCATGAACCACGTCGAAACACTCGTGCGGGTCTCCTTCAGTTTT
CCTATTCTGGTTGAAATCAAGACTGAAGGAATTCCCATGCGAGGGTTTACTGTTTACCAG
TCTGTTGTTGTCAGTTGTAAATTTTTAGTTGTCGTTTTTAGATTTTCTGCAA
CTT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1CC69JQ 122 0 0
GAGGGTTTACTGTTTACCAGTCTGTTGTTGTCAGTTGTAAATTTTTAGTTGTCGTTTTTA
GATTTTTTGCAAACTTTTGCCTCGCTGTTTTTTTTTTCACTTTTGAAACATTACACTTTT
TT

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR1FS10TF 628 0 0
G
GAGAAAGGCCCTTCAATCTCAGAACACCTCTGAGAGGAAAGTTGATACTAAAGTGTTTGA
GTCAATGCAACAACTCTCAAACAAGAAGAAGTCTAACGACGAAATCTTCATCAAGTTGGG
TTCTGACAAGGACAAACGCAAAGATGACAAAGAAGAGAAGGCTAAGAAGGCTGTGAGCAT
CAATGAGTTTCTGAAACCATCAGAGGGTGAGAATTACTACCGAGGAGGTCGTGGTGGCCG
TGGACGTGGTGGTCGTGAGTCCCGTGACCGTGAAGGTCGCGTTTCAAGTGGAGGGTATGG
TGGTAACCGTAGTGAAACTGCGCCTGCCATCGCAGATACTGCTCAGTTCCCATCTCTTGG
GGGCAAGTAAAAAGATCCATCCATGAACCACGTCGAAACACTCGTGCGGGACTCCTTCAG
TTTTCCTATTCTGGTTGAAATCAAGACTGAAGGAATTCCCATGCGAGGGTTTACTGTTTA
CCAGTCTGTTGTTGTCAGTTGTAAATTTTTAGTTGTCGTTTTTAGATTTTCTGCAAACTT
TTGCCTCGCTGTTTTCTTTTTCACTTTTGAAACATTACACTCTTTTTAGTCGTCAGTTCA
CCACTTGGTCGTTGTTTATGAAAACAT

QA 2 628 2 628
DS 

RD RR1H637TF 564 0 0
AGGG
AAGAAGGCTGTGAGCATCAATGAGTTTCTGAAACCATCAGAGGGTGAGAATTACTACCGA
GGAGGTCGTGGTGGCCGTGGACGTGGTGGTCGTGAGTCCCGTGACCGTGAAGGTCGCGTT
TCAAGTGGAGGGTATGGTGGTAACCGTAGTGAAACTGCGCCTGCCATCGCAGATACTGCT
CAGTTCCCATCTCTTGGGGGCAAGTAAAAAGATCCATCCATGAACCACGTCGAAACACTC
GTGCGGGTCTCCTTCAGTTTTCCTATTCTGGTTGAAATCAAGACTGAAGGAATTCCCATG
CGAGGGTTTACTGTTTACCAGTCTGTTGTTGTCAGTTGTAAATTTTTAGTTGTCGTTTTT
AGATTTTCTGCAAACTTTTGCCTCGCTGTTTTCTTTTTCACTTTTGAAACATTACACTCT
TTTTAGTCGTCAGTTCACCACTTGGTCGTTGTTTATGAAAACATGTTTCAGACAGACAAG
TCTAGTGTTATCTCTGATTATGTTCTTAGTTGTTACAAAATCTGTAATAGACAAATAAAT
ATTAATAAGGTTCAAAGG
TT

QA 5 562 5 562
DS 

RD RR1BZ09JQ 700 0 0
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TCTAACGACGAAATCTTCATCAAGTTGGGTTCTGACAAGGACAAACGCAAAGATGACAAA
GAAGAGAAGGCTAAGAAGGCTGTGAGCATCAATGAGTTTCTGAAACCATCAGAGGGTGAG
AATTACTACCGAGGAGGTCGTGGTGGCCGTGGACGTGGTGGTCGTGAGTCCCGTGACCGT
GAAGGTCGCGTTTCAAGTGGAGGGTATGGTGGTAACCGTAGTGAAACTGCGCCTGCCATC
GCAGATACTGCTCAGTTCCCATCTCTTGGGGGCAAGTAAAAAGATCCATCCATGAACCAC
GTCGAAACACTCGTGCGGGTCTCCTTCAGTTTTCCTATTCTGGTTGAAATCAAGACTGAA
GGAATTCCCATGCGAGGGTTTACTGTTTACCAGTCTGTTGTTGTCAGTTGTAAATTTTTA
GTTGTCGTTTTTAGATTTTCTGCAAACTTTTGCCTCGCTGTTTTCTTTTTCACTTTTGAA
ACATTACACTCTTTTTAGTCGTCAGTTCACCACTTGGTCGTTGTTTATGAAAACATGTTT
CAGACAGACAAGTCTAGTGTTATCTCTGATTATGTTCTTAGTTGTTACAAAATCTGTAAT
AGACAAATAAATATTAATAAGGTTCAAAGGCTAATTTTCT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 2 5

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GGTTAGAAACAAGCTATATGATAGTCAGAAAAGTATACATGAGAGACGACAAAGTAAACA
TGCTTACTTGTATACAAAGTAAAAAACCCATATAATAGCCAGAAAAAGTATATAAATATC
CTCCCTTTTTGAGGTTTACACAGCAGATATTCGAAGACCCTGATCCAAAGTCCTCCGAGT
TCTTCCCCCGTCCCGGGTCGGAAAGATCGCCGGAAGCCGCTAATATTCGCCTTTATACTC
CGGAATACCTCGAAGGTCGGAAGCCCGAATTTGAAGATCTTCAGCCACTTTCTTAGTGGT
CTCGACAGTGAACCGGCGCATGTACGACGACAGCAGTGGCAGATCCCAAGGAGAAGCAGG
CCTAAAAGTCTGCTCCACTTTAACCTTGGACGCAATCCGCCCTTTTCCACCACTACATTT
TCTGTATTCTTCTGGACTCTTTGGCTTAATGCGCTTGCACAAACGTTCTGCATCAACATA
TAATGGCTCCACTGTATAGCTACCCTCGAACGTTTCCATGGTCCTTATTCCTTTTGCATC
TTTCAAGTAGAATACATGGAGCTTTTTTGGATCTTCGAGGACAATTAGACGTATTGGGAG
AGTTCCTGACAAGAAAAGGAATTTCCATGCCAACTCTTTCTCAACATTCACGATCGGCCT
ATGCCCTGGACCTTCATCCCTCTCTGGTGTAACTATTCTTGATACGGCTGTCAGAAGTCG
GCGGCGGTTCTTATCTCTGGAGTATGATTCATTGTCTTCATTAGTTAAAACGTCGTAAGC
TGTTTGAGGTGGCAATCCTAATATAAATTCCATTTCCATACGGGAAAGGCCATCAAGATT
ATGGTCTACGCGCACCTTCACACTAGGAGAAGGTTCTTGATATTGTTTCTTCTTATTTGC
ATCTCTCCATAGTTTCAATTGCTCCATCTCATCTCTCTCATGGTGAGTTTTTGTCTCTCT
CACTGGCTTGGATTTAACATTTTCAGATTTTTTAGGCTGTTGTGTGTTCTGACTGATCCA
GCCACCAAACCCAGGAAATATACCCATTTACACTCTGGAAACTTAGGCCCCAAAGAGGTA
AGAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1E310JQ U 1
AF RR1ET88JQ U 1
AF RR1A708TF C 421
BS 1 10 RR1E310JQ
BS 11 11 RR1ET88JQ
BS 12 88 RR1E310JQ
BS 89 89 RR1ET88JQ
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BS 107 107 RR1ET88JQ
BS 108 139 RR1E310JQ
BS 140 140 RR1ET88JQ
BS 141 203 RR1E310JQ
BS 204 204 RR1ET88JQ
BS 205 406 RR1E310JQ
BS 407 407 RR1ET88JQ
BS 408 411 RR1E310JQ
BS 412 462 RR1ET88JQ
BS 463 463 RR1A708TF
BS 464 551 RR1ET88JQ
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BS 558 558 RR1A708TF
BS 559 561 RR1ET88JQ
BS 562 562 RR1A708TF
BS 563 645 RR1ET88JQ
BS 646 646 RR1A708TF
BS 647 718 RR1ET88JQ
BS 719 1084 RR1A708TF

RD RR1E310JQ 411 0 0
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TCTTCCCCCGTCCCGGGTCGGAAGGATCGCCGGAAGCCGCTAATATTCGCCTTTATACTC
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CCTAAAAGTCTGCTCCACTTTAACCTTGGACGCAATCCGCCCTTTTTCACC

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR1ET88JQ 733 0 0
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TGCTTACTTGTATACAAAGTAAAAAACCCATATGATAGCCAGAAAAAGTATATAAATATC
CTTCCTTTTTGAGGTTTACACAGCAGATATTCGAAGACCCTGATCCAAAGTCCTCCGAGT
TCTTCCCCCGTCCCGGGTCGGAAAGATGGCCGGAAGCCGCTAATATTCGCCTTTATACTC
CGGAATACCTCGAAGGTCGGAAGCCCGAATTTGAAGATCTTCAGCCACTTTCTTAGTGGT
CTCGACAGTGAACCGGTGCATGTACGACGACAGCAGTGGCAGATCCCAAGGAGAAGCAGG
CCTAAAAGTCTGCTCCACTTTAACCTTGGACGCAATCCGTCCTTTTCCACCACTACATTT
TCTGTATTCTTCTGGACTCTTTGGCTTAATGCGCTTGCACAAGCGTTCTGCATCAACATA
TAATGGCTCCACTGTATAGCTACCCTCGAACGTTTCCATGGTCCTTATTCCTTTTGCATC
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AGTTCCTGACAAGAAAAGGAATTTCCATGCCAACTCTTTCTCAACCTTCACGATCGGCCT
ATGCCCTGGACCTTCATCCCTCTCTGGTGTAACTATTCTTGATACGGCTGTCAGAAGT
GCGCGGTCGTTCTTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1A708TF 664 0 0
TCTGTATTCTTCTGTACTCTTTGGCTTCGTGCGCTTGCACAAACGTTCTGCATCAACATA
TAATGGCTCCACTGTATAGCTACCCTCGAACGTTTCCATGGTCCTTATTCCTTTTGCATC
TTTCAAGTAGAATACATGGAGCTTTTTTGGATCTTCGAGGACAATTAGACGTATTGGGAG
AGTTCCTGACAAGAAAAGGAATTTCCATGCCAACTCTTTCTCAACATTCACGATCGGCCT
ATGCCCTGGACCTTCATCCCTCTCTGGTGTAACTATTCTTGATACGGCTGTCAGAAGTCG
GCGGCGGTTCTTATCTCTGGAGTATGATTCATTGTCTTCATTAGTTAAAACGTCGTAAGC
TGTTTGAGGTGGCAATCCTAATATAAATTCCATTTCCATACGGGAAAGGCCATCAAGATT
ATGGTCTACGCGCACCTTCACACTAGGAGAAGGTTCTTGATATTGTTTCTTCTTATTTGC
ATCTCTCCATAGTTTCAATTGCTCCATCTCATCTCTCTCATGGTGAGTTTTTGTCTCTCT
CACTGGCTTGGATTTAACATTTTCAGATTTTTTAGGCTGTTGTGTGTTCTGACTGATCCA
GCCACCAAACCCAGGAAATATACCCATTTACACTCTGGAAACTTAGGCCCCAAAGAGGTA
AGAC

QA 1 664 1 664
DS 



CO CL1758Contig2 712 2 4 U
GGATTTTCTAAAGTTCCTGAAACCCTATAGCATATACTATACATGATTTGTCCCGTTGAC
CTTATTCCCCTGTAAGTCAATTATCTCTTTGTCCCGGTACCTATATCTCAGATACTCTTT
TGATCGTCATATCTCTTTGAGGCCTAAATTTTCAGAGTGTGAATGGGTATATTTCCTGGG
TTTGGTGGCTGGATCAGTCAGAACACACAACAGCCTAAAAAATCTGAAAATGTTAAATCC
AAGCCAGTGAGAGAGACAAAAACTCACCATGAGAGAGATGAGATGGAGCAATTGAAACTA
TGGAGAGATGCAAATAAGAAGAAACAATATCAAGAACCTCCTCCTGCTGTGAAGATGCGC
GTAGACCATAAATTTGATGGCCTTTCCCGTATGGAAATGGAATTTATATTAGGAATTCCA
CCTCAAACAGCTTACGACGTTTTAACTAATGAAGACAACATATCACAGTCCAGAGAAAAG
AACGACCGCGCACTTCTGACAGCCGTATCAAGAATAGTTACACCAGAGAGGGATGAAGGT
CCAGGGCATAGGCCGATCGTGAAGGTTGAGAAAGAGTTGGCATGGAAATTCCTTTTCTTG
TCAGAACTCTCCCAATACGTCTAATTGTCCTCGAAGATCCAAAAAACTCAATGTACTCTA
CTTGAAAGATGCAAAAGAATAAGACCATGGAAACGTTCGAGGTAGCTATACA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E310TF U 1
AF RR1ET88TF U 1
BS 1 587 RR1E310TF
BS 588 588 RR1ET88TF
BS 589 604 RR1E310TF
BS 605 712 RR1ET88TF

RD RR1E310TF 609 0 0
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CTTATTCCCCTGTAAGTCAATTATCTCTTTGTCCCGGTACCTATATCTCAGATACTCTTT
TGATCGTCATATCTCTTTGAGGCCTAAATTTTCAGAGTGTGAATGGGTATATTTCCTGGG
TTTGGTGGCTGGATCAGTCAGAACACACAACAGCCTAAAAAATCTGAAAATGTTAAATCC
AAGCCAGTGAGAGAGACAAAAACTCACCATGAGAGAGATGAGATGGAGCAATTGAAACTA
TGGAGAGATGCAAATAAGAAGAAACAATATCAAGAACCTCCTCCTGCTGTGAAGATGCGC
GTAGACCATAAATTTGATGGCCTTTCCCGTATGGAAATGGAATTTATATTAGGAATTCCA
CCTCAAACAGCTTACGACGTTTTAACTAATGAAGACAACATATCACAGTCCAGAGAAAAG
AACGACCGCGCACTTCTGACAGCCGTATCAAGAATAGTTACACCAGAGAGGGATGAAGGT
CCAGGGCATAGGCCGATCGTGAAGGTTGAGAAAGAGTTGGCATGGAA*TTCCTTTTCTTG
TCAG
GAACT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1ET88TF 712 0 0
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CTTATTCCCCTGTAAGTCAATTATCTCTTTGTCCCGGTACCTATATCTCAGATACTCTTT
TGATCGTCATATCTCTTTGAGGCCTAAATTTTCAG**TGTGAATGGGTATATTTCCTGGG
TTTGGTGGCTGGATCAGTCAGAACACACAACAGCCTAAAAAATCTGAAAATGTTAAATCC
AAGCCAGTGAGAGAGACAAAAACTCACCATGAGAGAGATGAGATGGAGCAATTGAAACTA
TGGAGAGATGCAAATAAGAAGAAACAATATCAAGAACCTCCTCCTGCTGTGAAGATGCGC
GTAGACCATAAATTTGATGGCCTTTCCCGTATGGAAATGGAATTTATATTAGGAATTCCA
CCTCAAACAGCTTACGACGTTTTAACTAATGAAGACAACATATCACAGTCCAGAGAAAAG
AACGACCGCGCACTTCTGACAGCCGTATCAAGAATAGTTACACCAGAGAGGGATGAAGGT
CCAGGGCATAGGCCGATCGTGAAGGTTGAGAAAGAGTTGGCATGGAAATTCCTTTTCTTG
TCAGAACTCTCCCAATACGTCTAATTGTCCTCGAAGATCCAAAAAACTCAATGTACTCTA
CTTGAAAGATGCAAAAGAATAAGACCATGGAAACGTTCGAGGTAGCTATACA

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 4

CO CL1759Contig1 1203 4 10 U
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TTCGTCGACATTGCTGGTCTTGTCAAGGGTGCCAGTCAAGGCGAGGGATTAGGGAACAAG
TTCTTATCTCACATCAGAGAAGTAGATTCCATCCTCCAGGTGGTCCGCTGTTTTGAGGAC
AACGACATTATTCATGTCAATGGCAAAGTTGATCCCACTTCCGACATTGATGTCATCAAT
CTCGAGCTTATCTTCTGCGACTTGGATCAGATTGGTAAACGTATCGACAGACTTAACAAA
GGCAAGGCTAAGGATTCTCAATCCAAAGTCAAGGAGGAAGCTGAAAAGTCTGCTCTGCAA
AGAATTCAAGAGGCCCTTCTCGACGGCAAACCTGCACGTTCTGTTGCATTGAATGACCTC
GAGAAGGACGCCGTCAAGCATCTCTGCTTGCTCACCATGAAGCCTATGATCTACGTCGCT
AATGTTGCTGAAACCGATCTTGCTGAGCCTGACAAGAATCCTTTTGTTGAGCAAGTTAAG
GGTCTTTCTTCGGATTTGCAGTCTGGTCATGTCGTTGTTTCAGCTCAGGTTGAGTCTGAG
TTAACCGAGCTTCCTCTTGAGGAGCGGACAGAATATTTGAACTCGCTAGGTGTCAGCGAG
AGTGGCCTTGGGAATCTTATCAGCGCAACATACAGTCTGCTAGGTTTGCAGACCTATTTC
ACTTCTGGTGAAAAGGAAACAAGGGCTTGGACGATACACGCAGGCATGACTGCACCACAA
GCTGCTGGTGCCATTCACTCTGACTTTGAGAAGGGTTTTATTAGAGCTGAGACTGTTGCA
TATGAAGATTTTGTCTCTGCTGGCTCTCTTGCCGCAGCAAGAGATAAAGGACTTTTGAGA
TCAGAGGGTAAAGAGTACATTGTTAAAGAAGGAGATGTGATGCTTTTCCGCTTCAACGTA
TAACAGAACCCTGAGATCTCAGTCACTTTGTTCGCGGAACATCGCATTTTGTGTTTCTGC
ACGTCCTCTTTTATAGCATCGATGGTTTCATTGCTCTTGGTTTCAAGGAACACAGTGGAT
ATTTTTCTTTCATTTTTTACACTCCGAGAAAGTAATTTTGTTACTAAAACAGAAGATGAG
ATGTATTAGTTCTATAGAACAAGCAATCTCGTGACACTGCCAATGGGAATGCAATTTTTA
TGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 

AF RR1F723TF U 1
AF RR1EZ05TF U 1
AF RR1F723JQ C 468
AF RR1EZ05JQ C 537
BS 1 703 RR1EZ05TF
BS 704 704 RR1F723JQ
BS 705 733 RR1EZ05TF
BS 734 734 RR1F723JQ
BS 735 735 RR1EZ05TF
BS 736 737 RR1F723JQ
BS 738 763 RR1EZ05TF
BS 764 764 RR1F723JQ
BS 765 779 RR1EZ05TF
BS 780 1203 RR1F723JQ

RD RR1F723TF 585 0 0
CGTCTTCAAGTGCTTTCAAAGCTCACCAACTCTCAGAAAGTAGTCCCTGCTTCCATTGAG
TTCGTCGACATTGCTGGTCTTGTCAAGGGTGCCAGTCAAGGCGAGGGATTAGGGAACAAG
TTCTTATCTCACATCAGAGAAGTAGATTCCATCCTCCAGGTGGTCCGCTGTTTTGAGGAC
AACGACATTATTCATGTCAATGGCAAAGTTGATCCCACTTCCGACATTGATGTCATCAAT
CTCGAGCTTATCTTCTGCGACTTGGATCAGATTGGTAAACGTATCGACAGACTTAACAAA
GGCAAGGCTAAGGATTCTCAATCCAAAGTCAAGGAGGAAGCTGAAAAGTCTGCTCTGCAA
AGAATTCAAGAGGCCCTTCTCGACGGCAAACCTGCACGTTCTGTTGCATTGAATGACCTC
GAGAAGGACGCCGTCAAGCATCTCTGCTTGCTCACCATGAAGCCTATGATCTACGTCGCT
AATGTTGCTGAAACCGATCTTGCTGAGCCTGACAAGAATCCTTTTGTTGAGCAAGTTAAG
GGTCTTTCTTCGGATTTGCAGTCTGGTCATGTCGTTGTTTCAGCT

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1EZ05TF 779 0 0
CGTCTTCAAGTGCTTTCAAAGCTCACCAACTCTCAGAAAGTAGTCCCTGCTTCCATTGAG
TTCGTCGACATTGCTGGTCTTGTCAAGGGTGCCAGTCAAGGCGAGGGATTAGGGAACAAG
TTCTTATCTCACATCAGAGAAGTAGATTCCATCCTCCAGGTGGTCCGCTGTTTTGAGGAC
AACGACATTATTCATGTCAATGGCAAAGTTGATCCCACTTCCGACATTGATGTCATCAAT
CTCGAGCTTATCTTCTGCGACTTGGATCAGATTGGTAAACGTATCGACAGACTTAACAAA
GGCAAGGCTAAGGATTCTCAATCCAAAGTCAAGGAGGAAGCTGAAAAGTCTGCTCTGCAA
AGAATTCAAGAGGCCCTTCTCGACGGCAAACCTGCACGTTCTGTTGCATTGAATGACCTC
GAGAAGGACGCCGTCAAGCATCTCTGCTTGCTCACCATGAAGCCTATGATCTACGTCGCT
AATGTTGCTGAAACCGATCTTGCTGAGCCTGACAAGAATCCTTTTGTTGAGCAAGTTAAG
GGTCTTTCTTCGGATTTGCAGTCTGGTCATGTCGTTGTTTCAGCTCAGGTTGAGTCTGAG
TTAACCGAGCTTCCTCTTGAGGAGCGGACAGAATATTTGAACTCGCTAGGTGTCAGCGAG
AGTGGCCTTGGGAATCTTATCAGCGCAACATACAGTCTGCTAG*TTTGCAGACCTATTTC
ACTTCTGGTGAAAGG**AACAAGGGCTTGGACGATACACGCAG*CATGACTGCACCACA

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1F723JQ 736 0 0
GATCTACGTCGCTAATGTTGCTGAAACCGATCTTGCTGAGCCTGACAAGAATCCTTTTGT
TGAGCAAGTTAAGGGTCTTTCTTCGGATTTGCAGTCTGGTCATGTCGTTGTTTCAGCTCA
GGTTGAGTCTGAGTTAACCGAGCTTCCTCTTGAGGAGCGGACAGAATATTTGAACTCGCT
AGGTGTCAGCGAGAGTGGCCTTGGGAATCTTATCAGCGCAACATACAGTCTGCTAGGTTT
GCAGACCTATTTCACTTCTGGTGAAAAGGAAACAAGGGCTTGGACGATACACGCAGGCAT
GACTGCACCACAAGCTGCTGGTGCCATTCACTCTGACTTTGAGAAGGGTTTTATTAGAGC
TGAGACTGTTGCATATGAAGATTTTGTCTCTGCTGGCTCTCTTGCCGCAGCAAGAGATAA
AGGACTTTTGAGATCAGAGGGTAAAGAGTACATTGTTAAAGAAGGAGATGTGATGCTTTT
CCGCTTCAACGTATAACAGAACCCTGAGATCTCAGTCACTTTGTTCGCGGAACATCGCAT
TTTGTGTTTCTGCACGTCCTCTTTTATAGCATCGATGGTTTCATTGCTCTTGGTTTCAAG
GAACACAGTGGATATTTTTCTTTCATTTTTTACACTCCGAGAAAGTAATTTTGTTACTAA
AACAGAAGATGAGATGTATTAGTTCTATAGAACAAGCAATCTCGTGACACTGCCAATGGG
AATGCAATTTTTATGT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1EZ05JQ 667 0 0
TAAGGGTCTTTCTTCGGATTTGCAGTCTGGTCATGTCGTTGTTTCAGCTCAGGTTGAGTC
TGAGTTAACCGAGCTTCCTCTTGAGGAGCGGACAGAATATTTGAACTCGCTAGGTGTCAG
CGAGAGTGGCCTTGGGAATCTTATCAGCGCAACATACAGTCTGCTAGGTTTGCAGACCTA
TTTCACTTCTGGTGAAAAGGAAACAAGGGCTTGGACGATACACGCAGGCATGACTGCACC
ACAAGCTGCTGGTGCCATTCACTCTGACTTTGAGAAGGGTTTTATTAGAGCTGAGACTGT
TGCATATGAAGATTTTGTCTCTGCTGGCTCTCTTGCCGCAGCAAGAGATAAAGGACTTTT
GAGATCAGAGGGTAAAGAGTACATTGTTAAAGAAGGAGATGTGATGCTTTTCCGCTTCAA
CGTATAACAGAACCCTGAGATCTCAGTCACTTTGTTCGCGGAACATCGCATTTTGTGTTT
CTGCACGTCCTCTTTTATAGCATCGATGGTTTCATTGCTCTTGGTTTCAAGGAACACAGT
GGATATTTTTCTTTCATTTTTTACACTCCGAGAAAGTAATTTTGTTACTAAAACAGAAGA
TGAGATGTATTAGTTCTATAGAACAAGCAATCTCGTGACACTGCCAATGGGAATGCAATT
TTTATGT

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 5

CO CL1760Contig1 1284 5 14 U
GGAAAAACAGATCTCTCTAATGGCTTCGCTCCCAGTTTTCATTCCGGCCAAGCTGTTTCC
TTCGATCCTTTCACGTGAAACCTTGATCAATCACTTTGAGACCAATCTCCCCAGACATTC
CTCAGCAATCACAAGCCCTGTCCGTCAAAACTACACCGTTTCACCACCTTCTTCTCTCCT
ACTCATGCCTTCTTGGTCATCTTCTCCTTCTCTCCCTTACATGGGCGTCAAGCTCGTCAC
CTATTTCCCTCATAACTCCTCTCAAAACTTACCAGGCATCCATGGATCCTACACACTCTT
CAGCTCCACCACAGGACAAACCTTAGCTTCGATGGACGGCACCGTTTTGACCCTTTACCG
CACTTCCTCTGTTTCAGGCCTAGGCTCCAAAATCCTAGCAAGAAACGATAGTCAGATGCT
GATCATGGTTGGTTCCGGTGCTCTCGCGCCACATCTGATCAAATCCCATCTTGCTGCGAA
ACCAAGCTTGAGAAGAGTGATCATATGGAACAGAACCCCTCAAAAGGCTCAGGATTTAGC
TGAAACTCTCTCTAAGGATTCTCAGCACAGAGAGATCTCATTCGAGAGCCACGATTCGTT
GGATGAGATCATTCCTCTCGGAGATATCATAAGCTGTGCAACAAACTCAACCGTTCCATT
GGTCAAAGGTGAGTTGTTGAAACCGGGAACACATCTTGACCTTGTCGGGTCGTTTAGCCA
TGAGATGAAGGAATGTGACGATGAGGCGATCAAGAGAGGGAGTGTGTTTGTGGATAACGA
CACTGCACTGGTGGAAGCGGGGGAGCTGGTTGGAGCGTTTGAGAGAGGAGTGATTACGAG
AGAAGAGATCTGTGGGAACTTGGTTGAGTTGATAAATGGAGAGAGAGAAGGGAGAAAGAG
TGCAAGTGGAATAACGGTGTTCAAATCTGTTGGTTCGGGTACTGTAGATCTCTTAACTGC
ACAACTTGTTCATGAGACCTATCTCAGTAGTTTCTAAAGGATAATGTCTTGTAAAAGAAA
TAAGTTATTGATATGGGGG*TGTGTCTACTCAGTTTTACAATGCTTGTTATTTGCTGGCT
GGCCATCGTTACTCGATACTTGTCTTGAACTGGTGACTTCATCTGTATTTGCTTTGAAAA
ACTGAGTATTTGCCCTTAGCAAGGCAAGTAACAGTTAAAAAAAGATCACTACTTGCAAGG
ACAAGGCAAATATCAAGTATTGTTTCATTTTTGATATTTGTATTGTTACTCGTTCTATGA
AATATTTGTTATTTGATAAATAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H056TF U 1
AF RR1H056JQ C 396
AF RR1DD29TF U 490
AF RR1BK69TF U 541
AF RR1DD29JQ C 747
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BS 642 708 RR1H056TF
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BS 746 1039 RR1DD29TF
BS 1040 1040 RR1BK69TF
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BS 1141 1183 RR1BK69TF
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TTCGATCCTTTCACGTGAAACCTTGATCAATCACTTTGAGACCAATCTCCCCAGACATTC
CTCAGCAATCACAAGCCCTGTCCGTCAAAACTACACCGTTTCACCACCTTCTTCTCTCCT
ACTCATGCCTTCTTGGTCATCTTCTCCTTCTCTCCCTTACATGGGCGTCAAGCTCGTCAC
CTATTTCCCTCATAACTCCTCTCAAAACTTACCAGGCATCCATGGATCCTACACACTCTT
CAGCTCCACCACAGGACAAACCTTAGCTTCGATGGACGGCACCGTTTTGACCCTTTACCG
CACTTCCTCTGTTTCAGGCCTAGGCTCCAAAATCCTAGCAAGAAACGATAGTCAGATGCT
GATCATGGTTGGTTCCGGTGCTCTCGCGCCACATCTGATCAAATCCCATCTTGCTGCGAA
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GGATGAGATCATTCCTCTCGGAGATATCATAAGCTGTGCA*CAAACTCAACCGTTCCATT
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TGAGATGAAG*AATGTGACGATGAG
CGATCA

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DS 

RD RR1H056JQ 695 0 0
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TGATCAAATCCCATCTTGCTGCGAAACCAAGCTTGAGAAGAGTGATCATATGGAACAGAA
CCCCTCAAAAGGCTCAGGATTTAGCTGAAACTCTCTCTAAGGATTCTCAGCACAGAGAGA
TCTCATTCGAGAGCCACGATTCGTTGGATGAGATCATTCCTCTCGGAGATATCATAAGCT
GTGCAACAAACTCAACCGTTCCATTGGTCAAAGGTGAGTTGTTGAAACCGGGAACACATC
TTGACCTTGTCGGGTCGTTTAGCCATGAGATGAAGGAATGTGACGATGAGGCGATCAAGA
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ATGGAGAGAGAGAAGGGAGAAAGAGTGCAAGTGGAATAACGGTGTTCAAATCTGTTGGTT
CGGGTACTGTAGATCTCTTAACTGCACAACTTGTTCATGAGACCTATCTCAGTAGTTTCT
AAAGGATAATGTCTTGTAAAAGAAATAAGTTATTGATATGGGGG*TGTGTCTACTCAGTT
TTACAATGCTTGTTATTTGCTGGCTGGCCATCGTT

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DS 

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CATTCCTCTCGGATATATCATAAGCTGTGCAACAAACTCAACCGTTCCATTGGTCAAAGG
TGAGTTGTTGAAACCGGGAACACATCTTGACCTTGTCGGGTCGTTTAGCCATGAGATGAA
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GGTGGAAGCGGGGGAGCTGGTTGGAGCGTTTGAGAGAGGAGTGATTACGAGAGAAGAGAT
CTGTGGGAACTTGGTTGAGTTGATAAATGGAGAGAGAGAAGGGAGAAAGAGTGCAAGTGG
AATAACGGTGTTCAAATCTGTTGGTTCGGGTACTGTAGATCTCTTAACTGCACAACTTGT
TCATGAGACCTATCTCAGTAGTTTCTAAAGGATAATGTCTTGTAAAAGAAATAAGTTATT
GATATGGGGGGTGTGTCTACTCAGTTTTACAATGCTTGTTATTTGCTGGCTGGCCATCGT
TACTCGATACTTGTCTTGAACTGGTGACTTCATCTGTATTTGCTTTGAAAA
CTGA

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DS 

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G
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GATGAGATCATTCCTCTCGGAGATATCATAAGCTGTGCAACAAACTCAACCGTTCCATTG
GTCAAAGGTGAGTTGTTGAAACCGGGAACACATCTTGTCCTTGTCGGGTCGTTTAGCCAT
GAGATGAAGGAATGTGACGATGAGGCGATCAAGAGAGGGAGTGTGTTTGTGGATAACGAC
ACTGCGCTGGTGGAAGCGGGGGAGCTGGTTGGAGCGTTTGAGAGAGGAGTGATTACGAGA
GAAGAGATCTGTGGGAACTTGGTTGAGTTGATAAATGGAGAGAGAGAAGGGAGAAAGAGT
GCAAGTGGAATAACGGTGTTCAAATCTGTTGGTTCGGGTACTGTAGATCTCTTAACTGCA
CAACTTTTTCATGAGACCTATCTCAGTAGTTTCTAAAGGATAATGTCTTGTAAAAGAAAT
AAGTTATTGATATGGGGG*TGCGTCTACTCAGTTTTACAATGCTTGTTATTTGCTGGCTG
GCCATCGTTACTCGATACTTGTCTTGAACTGGTGACTTCATCTGTATTTGCTTTGAAAAA
CTGAGTATTTGCCCTTAGCAAGGCAAGTAACAGTTAAAAAAA
AA

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DS 

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AGTTGATAAATGGAGAGAGAGAAGGGAGAAAGAGTGCAAGTGGAATAACGGTGTTCAAAT
CTGTTGGTTCGGGTACTGTAGATCTCTTAACTGCACAACTTGTTCATGAGACCTATCTCA
GTAGTTTCTAAAGGATAATGTCTTGTAAAAGAAATAAGTTATTGATATGGGGG*TGTGTC
TACTCAGTTTTACAATGCTTGTTATTTGCTGGCTGGCCATCGTTACTCGATACTTGTCTT
GAACTGGTGACTTCATCTGTATTTGCTTTGAAAAACTGAGTATTTGCCCTTAGCAAGGCA
AGTAACAGTTAAAAAAAGATCACTACTTGCAAGGACAAGGCAAATATCAAGTATTGTTTC
ATTTTTGATATTTGTATTGTTACTCGTTCTATGAAATATTTGTTATTTGATAAATAAT

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 5

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CTGATCTCTGGAATACAAAATGTCGGCGGTAGGAACATCGAAAGGGATCTTGGAGATAGC
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ATGTATCTTTGTTGATTCCTGTAAGAAATAGAAATGGGATGTGTAACTCAAATAATGAGG
AAGAACATGCGTGTGTTTTGTTCGCCAAAGGAACCTTTTTGTTACATATCCTGTACTTTA
CTATACGCATCAATAATTTGAGAGACACAGGTTGAT


BQ
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AF RR1F762TF U 1
AF RR1G353JQ C 60
AF RR1G353TF U 53
AF RR1GS64JQ C 53
AF RR1GS64TF U 53
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BS 217 217 RR1G353TF
BS 218 221 RR1F762TF
BS 222 222 RR1G353TF
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BS 371 371 RR1G353TF
BS 372 445 RR1F762TF
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BS 447 470 RR1F762TF
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BS 509 509 RR1G353TF
BS 510 516 RR1F762TF

RD RR1F762TF 516 0 0
GGGATCGCCCCCAATTTCTCCATCGATAAACCCTAAAAAGCTCGTTGTTGAATCACATCT
CTGATCTCTGGAATACAAAATGTCGGCGGTAGGAACATCGAAAGGGATCTTGGAGATAGC
TAAGTTCGGTTTCTACGTAGCTGTACCTATCGGTCTTATGTATACATTCGCCAACAACAG
CACCAATATCAAGAAATTCATGGGCGATCGTTCGTACGTTGTCTACCCTGAAGAGGCACC
TCGACCTCCTTCACCCGAGGAGATGCGAGAGATGGCGCGAGAGCTTGCCCGTAAGAAGAA
CATCCCCTGAATTGAATTGAGGAACAAGTTAATATTGCAATTGCTCGGGGTAAGGTAATA
ATGTATCTTTATTGATTCCTGTAAGAAATAGAAATGGGATGTGTAACTCAAATAATGAGG
AAGAACATGCGTGTGTTTTGTTCGCTAAAGGAACCTTTTTGTTACATATCTTGTACTTTA
CTATACGCATCAATAATTTGAGAGACACGGGTTGAT

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1G353JQ 457 0 0
TCTGATTTCTGGAATACAAAATGTCGGCGGTAGGAACATCGAAAGGGTTCTTGGAGATAG
CTAAGTTCGGTTTCTACGTAGCTGTACCTATCGGTCTTATGTATACATTCGCCAACAACA
GCACCAATATCAAGAAATTCATGGGCGATCGTTCGTATGTTGGCTACCCTGAAGAGGCAC
CTCGACCTCCTTCACCCGAGGAGATGCGAGAGATGGCGCGAGAGCTTGCCCGTAAGAAGA
ACATCCCCTGAATTGAATTGAGGAACAAGTTAATATTGCAATTGCTCGGGGTAAGGTAAT
AATGTATCTTTGTTGATTCCTGTAAGAAATAGAAATGGGATGTGTAACTCAAATAATGAG
GAAGAACATGCGTGTGTTTTGTTCGCCAAAGGAACCTTTTTGTTACATATCCTGTACTTT
ACTATACGCATCAATAATTTGAGAGACACAGGTTGAT

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1G353TF 464 0 0
GG
ACATCTCTGATCTCTGGAATACAAAATGTCGGCGGTAGGAACATCGAAAGGGATCTTGGA
GATAGCTAAGTTCGGTTTCTACGTAGCTGTACCTATCGGTCTTATGTATACATTCGCCAA
CAACAGCACCAATATCAAGAAATTCATGGGCGATCGTTCGTATGTTGGCTACCCTGAAGA
GGCACCTCGACCTCCTTCACCCGAGGAGATGCGAGAGATGGCGCGAGAGCTTGCCCGTAA
GAAGAACATCCCCTGAATTGAATTGAGGAACAAGTTAATATTGCAATTGCTCGGGGTAAG
GTAATAATGTATCTTTGTTGATTCCTGTAAGAAATAGAAATGGGATGTGTAACTCAAATA
ATGAGGAAGAACATGCGTGTGTTTTGTTCGCCAAAGGAACCTTTTTGTTACATATCCTGT
ACTTTACTATACGCATCAATAATTTGAGAGACACAGGTTGAT

QA 3 464 3 464
DS 

RD RR1GS64JQ 464 0 0
GG
ACATCTCTGATCTCTGGAATACAAAATGTCGGCGGTAGGAACATCGAAAGGGATCTTGGA
GATAGCTAAGTTCGGTTTCTACGTAGCTGTACCTATCGGTCTTATGTATACATTCGCCAA
CAACAGCACCAATATCAAGAAATTCATGGGCGATCGTTCGTATGTTGGCTACCCTGAAGA
GGCACCTCGACCTCCTTCACCCGAGGAGATGCGAGAGATGGCGCGAGAGCTTGCCCGTAA
GAAGAACATCCCCTGAATTGAATTGAGGAACAAGTTAATATTGCAATTGCTCGGGGTAAG
GTAATAATGTATCTTTGTTGATTCCTGTAAGAAATAGAAATGGGATGTGTAACTCAAATA
ATGAGGAAGAACATGCGTGTGTTTTGTTCGCCAAAGGAACCTTTTTGTTACATATCCTGT
ACTTTACTATACGCATCAATAATTTGAGAGACACAGGTTGAT

QA 3 464 3 464
DS 

RD RR1GS64TF 464 0 0
GG
ACATCTCTGATCTCTGGAATACAAAATGTCGGCGGTAGGAACATCGAAAGGGATCTTGGA
GATAGCTAAGTTCGGTTTCTACGTAGCTGTACCTATCGGTCTTATGTATACATTCGCCAA
CAACAGCACCAATATCAAGAAATTCATGGGCGATCGTTCGTATGTTGGCTACCCTGAAGA
GGCACCTCGACCTCCTTCACCCGAGGAGATGCGAGAGATGGCGCGAGAGCTTGCCCGTAA
GAAGAACATCCCCTGAATTGAATTGAGGAACAAGTTAATATTGCAATTGCTCGGGGTAAG
GTAATAATGTATCTTTGTTGATTCCTGTAAGAAATAGAAATGGGATGTGTAACTCAAATA
ATGAGGAAGAACATGCGTGTGTTTTGTTCGCCAAAGGAACCTTTTTGTTACATATCCTGT
ACTTTACTATACGCATCAATAATTTGAGAGACACAGGTTGAT

QA 3 464 3 464
DS 



AS 2 5

CO CL1762Contig1 536 2 2 U
GGAGTGGAGAAGGAAATATCCAAATCGATCCGTTTAAAAAAAGGGATTTCGAATTTTTCC
GAGCTATGTCGAGTGCGGTGGACGCGACGGGGAACCCGATCCCTACATCTGCAGTGTTGA
CTGCTTCGGCGAAGCATATAGGTTTAAGATGTATGTCTGAGAACGTCGCGTTCCTCAAAT
GCAAGAAGAACGATCCTAACCCCGAGAAGTGTCTCGACAAGGGTCGTGACGTCACTCGCT
GCGTCCTTGGCTTGCTGAAGGATCTACACCAGAAGTGCCAGAAGGAGATGGATGACTATG
TTGGGTGTATGTATTACTACACGAACGAGTTTGATCTGTGTAGGAAAGAGCAAGAAGCCT
TCGAGAAAGTGTGTCCCCTGAAGTGAGAAGAATCACAGGCTATTCTCATGTTTTTTTAAT
TTGTAATCTCTTAATAAAGCAAAATGTTCATTTTTGAATGAGCTTTACTCTCTCTACTAC
TTTTTTTGTTGTCATCACCATTTATTTTTTCCTCTCAAATGTTTTCAAAGACAAGG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EQ35JQ C 1
AF RR1EQ35TF U 1
BS 1 2 RR1EQ35JQ
BS 3 536 RR1EQ35TF

RD RR1EQ35JQ 536 0 0
GGAGTGGAGAAGGAAATATCCAAATCGATCCGTTTAAAAAAAGGGATTTCGAATTTTTCC
GAGCTATGTCGAGTGCGGTGGACGCGACGGGGAACCCGATCCCTACATCTGCAGTGTTGA
CTGCTTCGGCGAAGCATATAGGTTTAAGATGTATGTCTGAGAACGTCGCGTTCCTCAAAT
GCAAGAAGAACGATCCTAACCCCGAGAAGTGTCTCGACAAGGGTCGTGACGTCACTCGCT
GCGTCCTTGGCTTGCTGAAGGATCTACACCAGAAGTGCCAGAAGGAGATGGATGACTATG
TTGGGTGTATGTATTACTACACGAACGAGTTTGATCTGTGTAGGAAAGAGCAAGAAGCCT
TCGAGAAAGTGTGTCCCCTGAAGTGAGAAGAATCACAGGCTATTCTCATGTTTTTTTAAT
TTGTAATCTCTTAATAAAGCAAAATGTTCATTTTTGAATGAGCTTTACTCTCTCTACTAC
TTTTTTTGTTGTCATCACCATTTATTTTTTCCTCTCAAATGTTTTCAAAGACAAGG

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1EQ35TF 536 0 0
GG
AGTGGAGAAGGAAATATCCAAATCGATCCGTTTAAAAAAAGGGATTTCGAATTTTTCCGA
GCTATGTCGAGTGCGGTGGACGCGACGGGGAACCCGATCCCTACATCTGCAGTGTTGACT
GCTTCGGCGAAGCATATAGGTTTAAGATGTATGTCTGAGAACGTCGCGTTCCTCAAATGC
AAGAAGAACGATCCTAACCCCGAGAAGTGTCTCGACAAGGGTCGTGACGTCACTCGCTGC
GTCCTTGGCTTGCTGAAGGATCTACACCAGAAGTGCCAGAAGGAGATGGATGACTATGTT
GGGTGTATGTATTACTACACGAACGAGTTTGATCTGTGTAGGAAAGAGCAAGAAGCCTTC
GAGAAAGTGTGTCCCCTGAAGTGAGAAGAATCACAGGCTATTCTCATGTTTTTTTAATTT
GTAATCTCTTAATAAAGCAAAATGTTCATTTTTGAATGAGCTTTACTCTCTCTACTACTT
TTTTTGTTGTCATCACCATTTATTTTTTCCTCTCAAATGTTTTCAAAGACAAGG

QA 3 536 3 536
DS 



CO CL1762Contig2 508 3 7 U
TTTTTTTCGCGTTTGTAACTTCAGTGGAGAAGGAAATATCCAAATCGATCCGTTAAAAAA
A*GGGATTTCGAATTTTTTCCGGAGCTATGTCGAGTGCGGTGGACGCGACGGGTAACCCG
ATCCCTACATCGGCAGTGTTGGCTGCTTCGGCGAAGCATATAGGTTTAAGATGTATGCCT
GAGAACGTTGCGTTCCTCAAATGCAAGAAGAATGATCCTAACCCCGAGAAGTGTCTCGAC
AAGGGTCGTGACGTCACTCGCTGCGTGCTTGGCTTGCTGAAGGATCTACACCAGAAGTGC
CAGAAGGAGATGGATGACTATGTTGGGTGTATGTATTACTACACGAACGAGTTTGATCTG
TGTAGGAAAGAGCAAGAAGCCTTCGAGAAAGTGTGTCCCCTGAAGTGAGAAGAATCACAG
GCTATTCTCATGTTTTTTTTTTTACTTTGTAATCTCTTAATAAAGAAAAATGTTCATTTT
TGAATGGGCTTTACTCTCTACTTTTTTA


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F245TF U 2
AF RR1FR75TF U 1
AF RR1F245JQ C 2
BS 1 61 RR1FR75TF
BS 62 62 RR1F245TF
BS 63 141 RR1FR75TF
BS 142 142 RR1F245TF
BS 143 159 RR1FR75TF
BS 160 162 RR1F245TF
BS 163 508 RR1FR75TF

RD RR1F245TF 469 0 0
GGA
TTTCGCGTTTGTAACTTCAGTGGAGAAGGAAATATCCAAATCGATCCGTTAAAAAAA*GG
GATTTCGAATTTTTTCCGGAGCTATGTCGAGTGCGGTGGACGCGACGGGTAACCCGATCC
CTACATCGGCAGTGTTGGCTGCTTCGGCGAAGCATATAGGTTTAAGATGTATGCCTGAGA
ACGTTGCGTTCCTCAAATGCAAGAAGAATGATCCTAACCCCGAGAAGTGTCTCGACAAGG
GTCGTGACGTCACTCGCTGCGTGCTTGGCTTGCTGAAGGATCTACACCAGAAGTGCCAGA
AGGAGATGGATGACTATGTTGGGTGTATGTATTACTACACGAACGAGTTTGATCTGTGTA
GGAAAGAGCAAGAAGCCTTCGAGAAAGTGTGTCCCCTGAAGTGAGAAGAATCACAGGCTA
TTCTCATGGTTTTTTTTTTACTTTGTAATCTCTTAATAAAGAAAAA

QA 4 469 4 469
DS 

RD RR1FR75TF 508 0 0
TTTTTTTCGCGTTTGTAACTTCAGTGGAGAAGGAAATATCCAAATCGATCCGTTAAAAAA
AAGGGATTTCGAATTTTTTCCGGAGCTATGTCGAGTGCGGTGGACGCGACGGGTAACCCG
ATCCCTACATCGGCAGTGTTGACTGCTTCGGCGAAGCATC**GGTTTAAGATGTATGCCT
GAGAACGTTGCGTTCCTCAAATGCAAGAAGAATGATCCTAACCCCGAGAAGTGTCTCGAC
AAGGGTCGTGACGTCACTCGCTGCGTGCTTGGCTTGCTGAAGGATCTACACCAGAAGTGC
CAGAAGGAGATGGATGACTATGTTGGGTGTATGTATTACTACACGAACGAGTTTGATCTG
TGTAGGAAAGAGCAAGAAGCCTTCGAGAAAGTGTGTCCCCTGAAGTGAGAAGAATCACAG
GCTATTCTCATGTTTTTTTTTTTACTTTGTAATCTCTTAATAAAGAAAAATGTTCATTTT
TGAATGGGCTTTACTCTCTACTTTTTTA

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1F245JQ 485 0 0
GGA
TTTCGCGTTTGTAACTTCAGTGGAGAAGGAAATATCCAAATCGATCCGTTAAAAAAA*GG
GATTTCGAATTTTTTCCGGAGCTATGTCGAGTGCGGTGGACGCGACGGGTAACCCGATCC
CTACATCGGCAGTGTTGGCTGCTTCGGCGAAGCATATAGGTTTAAGATGTATGCCTGAGA
ACGTTGCGTTCCTCAAATGCAAGAAGAATGATCCTAACCCCGAGAAGTGTCTCGACAAGG
GTCGTGACGTCACTCGCTGCGTGCTTGGCTTGCTGAAGGATCTACACCAGAAGTGCCAGA
AGGAGATGGATGACTATGTTGGGTGTATGTATTACTACACGAACGAGTTTGATCTGTGTA
GGAAAGAGCAAGAAGCCTTCGAGAAAGTGTGTCCCCTGAAGTGAGAAGAATCACAGGCTA
TTCTCATGTTTTTTTTTTTACTTTGTAATCTCTTAATAAAGAAAAATGTTCATTTTTGAA
TG

QA 4 485 4 485
DS 



AS 1 5

CO CL1763Contig1 1122 5 7 U
GGACAACAAAATCTAATTAACAAACAAAAAAAAACAGAGTCTGTCTTTGACTTTCCAAAA
ACAGAGCCTTTTTTTTTGCCTCTAATACTACACATCAATGGCGATTCCTGTGATTGATTT
CTCCAAGATCAATGGTGAAGAAAGGGAGAAGACACTCTCTGAAATCGCTAAGGCTTGTGA
AGAATGGGGTTTCTTTCAGCTGGTGAACCATGGGATACCATTGGAGCTTCTGAACAAGGT
GAAGAAGCTTGCCTCAGATTGCTACAAAACAGAGAGAGAAGAAGCCTTCAAGACCTCAAC
TCCTGTGAAGCTTCTCAACGAACTGCTTGAGAAAAACTCTGGAGAGAAGCTCGAGAACGT
TGACTGGGAAGATGTCTTCACTCTCTTAGACCAGAACCAGAACGAATGGCCACCAAACAC
CTCTGGCCTCAAAGAGACGATGGTGGAATACAGAGAAGAAGTGAGGAAGCTAGCGAGCAA
GATGATGGAAGTGATGGACGAGAACTTGGGTTTGCCTAAAGGTTACATAAAGAAGGCTTT
TAACGAAGGGATGGAAGATGGGGAAGAGACGGCTTTCTTTGGAACCAAAGTCAGTCATTA
CCCACCTTGTCCTCATCCAGAGCTTGTCAGCGGCCTTAGGGCTCATACTGATGCGGGAGG
TGTGGTTTTGCTGTTCCAAGACGATGAGTACGATGGTCTTCAAGTGTTGAAAGATGGAGA
GTGG*ATCGATGTTCAGCCGATGCCTAATGCTATTGTTATCAACACTGGTGATCAGATTG
AAGTTCTTAGCAACGGGAGGTACAAGAGTGCATGGCACAGGGTGTTGGCAAGGGAGGAAG
GAAACAGGAGGTCCATAGCTTCCTTTTACAATCCGTCGTACAAGGCGGCCATCGGGCCAG
CGGCAGTGGCGGCGGAGGTAGCAACCGAGGAAGGAAGTGAGAAGAAGTATCCAAAGTTTG
TGTTTGGAGACTATATGGATGTCTATGCAAACCAGAAGTTCATGCCTAAGGAGCCTCGTT
TTCTTGCTGTAAAGACTCTTTAAGTGTCAATTGTATCACTGTTTTATTCAATGTCCTGAA
TCATGATGTATTTTCACTTTTAAGTTATTAAATGCCAAATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1H917TF U 1
AF RR1B747TF U 667
AF RR1H790TF U 152
AF RR1H790JQ C 425
AF RR1H917JQ C 618
BS 1 630 RR1H917TF
BS 631 631 RR1H790TF
BS 632 635 RR1H917TF
BS 636 842 RR1H790TF
BS 843 982 RR1H790JQ
BS 983 983 RR1H917JQ
BS 984 1122 RR1H790JQ

RD RR1H917TF 635 0 0
GGACAACAAAATCTAATTAACAAACAAAAAAAAACAGAGTCTGTCTTTGACTTTCCAAAA
ACAGAGCCTTTTTTTTTGCCTCTAATACTACACATCAATGGCGATTCCTGTGATTGATTT
CTCCAAGATCAATGGTGAAGAAAGGGAGAAGACACTCTCTGAAATCGCTAAGGCTTGTGA
AGAATGGGGTTTCTTTCAGCTGGTGAACCATGGGATACCATTGGAGCTTCTGAACAAGGT
GAAGAAGCTTGCCTCAGATTGCTACAAAACAGAGAGAGAAGAAGCCTTCAAGACCTCAAC
TCCTGTGAAGCTTCTCAACGAACTGCTTGAGAAAAACTCTGGAGAGAAGCTCGAGAACGT
TGACTGGGAAGATGTCTTCACTCTCTTAGACCAGAACCAGAACGAATGGCCACCAAACAC
CTCTGGCCTCAAAGAGACGATGGTGGAATACAGAGAAGAAGTGAGGAAGCTAGCGAGCAA
GATGATGGAAGTGATGGACGAGAACTTGGGTTTGCCTAAAGGTTACATAAAGAAGGCTTT
TAACGAAGGGATGGAAGATGGGGAAGAGACGGCTTTCTTTGGAACCAAAGTCAGTCATTA
CCCACCTTGTCCTCATCCAGAGCTTGTCAGTGGCC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1B747TF 105 0 0
TTTGCTGTTCCAAGACGATGAGTACGATGGTCTTCAAGTGTTGAAAGATGGAGAGTGGGA
TCGATGTTCAGCCGATGCCTAATGCTATTGTTATCAACACTGGTG

QA 1 105 1 105
DS 

RD RR1H790TF 691 0 0
G
CACTCTCTGAAATCGCTAAGGCTTGTGAAGAATGGGGTTTCTTTCAGCTGGTGAACCATG
GGATACCATTGGAGCTTCTGAACAAGGTGAAGAAGCTTGCCTCAGATTGCTACAAAACAG
AGAGAGAAGAAGCCTTCAAGACCTCAGCTCCTGTGAAGCTTCTCAACGAGCTGCTTGAGA
AAAACTCTGGAGAGAGGCTCGAGAACGTTGACTGGGAAGATGTCTTCACTCTCTTAGACC
AGAACCAGAACGAATGGCCATCAAACACCTCTGGCCTCAAAGAGACGATGGTGGAATACA
GAGAAGAAGTGAGGAAGCTAGCGAGCAAGATGATGGAAGTGATGGACGAGAACTTGGGTT
TGCCTAAAGGTTACATAAAGAAGGCTTTTAACGAAGGGATGGAAGATGGGGAAGAGACGG
CTTTCTTTGGAACCAAAGTCAGTCATTACCCACCTTGTCCTCATCCAGAGCTTGTCAGCG
GCCTTAGGGCTCATACTGATGCGGGAGGTGTGGTTTTGCTGTTCCAAGACGATGAGTACG
ATGGTCTTCAAGTGTTGAAAGATGGAGAGTGG*ATCGATGTTCAGCCGATGCCTAATGCT
ATTGTTATCAACACTGGTGATCAGATTGAAGTTCTTAGCAACGGGAGGTACAAGAGTGCA
TGGCACAGGGTGTTGGCAAGGGAGGAAGGA

QA 2 691 2 691
DS 

RD RR1H790JQ 698 0 0
GGCCTCAAAGAGACGATGGTGGAATACAGAGAAGAAGTGAGGAAGCTAGCGAGCAAGATG
ATGGAAGTGATGGACGAGAACTTGGGTTTGCCTAAAGGTTACATAAAGAAGGCTTTTAAC
GAAGGGATGGAAGATGGGGAAGAGACGGCTTTCTTTGGAACCAAAGTCAGTCATTACCCA
CCTTGTCCTCATCCAGAGCTTGTCAGCGGCCTTAGGGCTCATACTGATGCGGGAGGTGTG
GTTTTGCTGTTCCAAGACGATGAGTACGATGGTCTTCAAGTGTTGAAAGATGGAGAGTGG
*ATCGATGTTCAGCCGATGCCTAATGCTATTGTTATCAACACTGGTGATCAGATTGAAGT
TTTTAGCAACGGGAGGTACAAGAGTGCATGGCACAGGGTGTTGGCAAGGGAGGAAGGAAA
CAGGAGGTCCATAGCTTCCTTTTACAATCCGTCGTACAAGGCGGCCATCGGGCCAGCGGC
AGTGGCGGCGGAGGTAGCAACCGAGGAAGGAAGTGAGAAGAAGTATCCAAAGTTTGTGTT
TGGAGACTATATGGATGTTTATGCAAACCAGAAGTTCATGCCTAAGGAGCCTCGTTTTCT
TGCTGTAAAGACTCTTTAAGTGTCAATTGTATCACTGTTTTATTCAATGTCCTGAATCAT
GATGTATTTTCACTTTTAAGTTATTAAATGCCAAATTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1H917JQ 505 0 0
CAGAGCTTGTCAGTGGCCTTAGGGCTCATACTGATGCGGGAGGTGTGGTTTTGCTGTTCC
AAGACGATGAGTACGATGGTCTTCAAGTGTTGAAAGATGGAGAGTGG*ATCGATGTTCAG
CCGATGCCTAATGCTATTGTTATCAACACTGGTGATCAGATTGAAGTTCTTAGCAACGGA
AGGTACAAGAGTGCATGGCACAGGGTGTTGGCAAGGGAGGAAGGAAACAGGAGGTCCATA
GCTTCCTTTTACAATCCGTCGTACAAGGCGGCCATCGGGCCAGCGGCAGTGGCGGCGGAG
GTAGCAACCGAGGAAGGAAGTGAGAAGAAGTATCCAAAGTTTGTGTTTGGAGACTATATG
GATGTCTATGCAAACCAGAAGTTCATGCCTAAGGAGCCTCGTTTTCTTGCTGTAAAGACT
CTTTAAGTGTCAATTGTATCACTGTTTTATTCAATGTCCTGAATCATGATGTATTTTCAC
TTTTAAGTTATTAAATGCCAAATTT

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 5

CO CL1764Contig1 509 5 10 U
GAGTTAAATGCATTTCAGGTTTTATTATAACCTACTTTTCAGAAAAAATATACATTTCTC
TTATCCCAAGGACGCAACTAATAGTTTTCTCAAATAGGTCAAGTGCTTCAATGCACCAAT
GCACCAATGCAGACTAATGCACCCATTCTTTCCCTGACAGGATAATAGCCGTCTTTAACC
GATCACGTCGTGTTGACAAAGTCGTATTGATCAGACGAGCTCGGTGATTTTCCAGGTATT
GGGAGCGATTTAGGCACTACCTCGGCCCTTTCGATCAAGCTCAACCACTGTTAGGATAAT
CACCTCCCCCGAAAGTCGTGTTGACAGAGTCGTATTGACGGAAACCGATCAAAAAAAATT
ACAGCTATGAGTTGGATCGCATCTTGTGTATGGATGATTGAAATCAAAGCTTATCAAAAA
TGAAATAAGGTCTGGAAAACTAGAGAACTTTAGAGAGACATTTAGAGAGAGAAACTTAGA
GAGAGGTTTTTTATGAAATTATTTGATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CL08JQ U 86
AF RR1D079JQ U 136
AF RR1AC37JQ U 221
AF RR1AC37TF C 1
AF RR1D079TF C 1
BS 1 85 RR1AC37TF
BS 86 132 RR1CL08JQ
BS 133 133 RR1AC37TF
BS 134 149 RR1CL08JQ
BS 150 150 RR1D079JQ
BS 151 208 RR1CL08JQ
BS 209 213 RR1D079JQ
BS 214 214 RR1AC37TF
BS 215 441 RR1D079JQ
BS 442 509 RR1AC37TF

RD RR1CL08JQ 123 0 0
TTTCTCAAATAGGTCAAGTGCTTCAATGCACCAATGCACCAATGCAGCCTAATGCACCCA
TTCTCTCCCTGACAGGATAATAGCCGTCTTTAACCGATCACGTCGTGTTGACAAAGTCGT
ATT

QA 1 123 1 123
DS 

RD RR1D079JQ 312 0 0
AATGCCCCCATTCTTTCCCTGACAGGATAATAGCCGTCTTTAACCGATCACGTCGTGTTG
ACAAAGTCGTATTGATCAAACGAGCTCGGTGATTTTCCAGGTATTGGGAGCGATTTAGGC
ACTACCTCGGCCCTTTCGATCAAGCTCAACCACTGTTAGGATAATCACCTCCCCCGAAAG
TCGTGTTGACAGAGTCGTATTGACGGAAACCGATCAAAAAAAATTACAGCTATGAGTTGG
ATCGCATCTTGTGTATGGATGATTGAAATCAAAGCTTATCAAAAATGAAATAAGGTCTGG
AAAACT
AAAAAA

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR1AC37JQ 221 0 0
TCGGTGATTTTCCAGGTATTGGGAGCGATTTAGGGACTACCTCGGCCCTTTCGATCAAGC
TCAACCACTGTTAGGATAATCACCTCCCCCGAAAGTCGTGTTGACAGAGTCGTATTGACG
GAAACCGATCAAAAAAAATTACAGCTATGAGTTGGATCGCATCTTGGGTATGGATGATTG
AAATCAAAGCTTATCAAAAATGAAATAAGGTCTGGAAAACT

QA 1 221 1 221
DS 

RD RR1AC37TF 509 0 0
GAGTTAAATGCATTTCAGGTTTTATTATAACCTACTTTTCAGAAAAAATATACATTTCTC
TTATCCCAAGGACGCAACTAATAGTTTTCTCAAATAGGTCAAGTGCTTCAATGCACCAAT
GCACCAATGCAGACTAATGCACCCATTCTTTCCCTGACAGGATAATAGCCGTCTTTAACC
GATCACGTCGTGTTGACAAAGTCGTATTGATCAGACGAGCTCGGTGATTTTCCAGGTATT
GGGAGCGATTTAGGCACTACCTCGGCCCTTTCGATCAAGCTCAACCACTGTTAGGATAAT
CACCTCCCCCGAAAGTCGTGTTGACAGAGTCGTATTGACGGAGACCGATCAAGAAGAATT
ACAGCTATGAGTTGGATCGCATCTTGTGTATGGATGATTGAAATCAGAGCTTATCAAAGA
TGAGATAAGGTCTGGAAAACTAGAGAACTTTAGAGAGACATTTAGAGAGAGAAACTTAGA
GAGAGGTTTTTTATGAAATTATTTGATCC

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1D079TF 509 0 0
GAGTTAAATGCATTTCAGGTTTTATTATAACCTACTTTTCAGAAAAAATATACATTTCTC
TTATCCCAAGGACGCAACTAATAGTTTTCTCAAATAGGTCAAGTGCTTCAATGCACCAAT
GCACCAATGCAGACTAATGCACCCATTCTTTCCCTGACAGGATAATAGCCGTCTTTAACC
GATCACGTCGTGTTGACAAAGTCGTATTGATCAGACGAGCTCGGTGATTTTCCAGGTATT
GGGAGCGATTTAGGCACTACCTCGGCCCTTTCGATCAAGCTCAACCACTGTTAGGATAAT
CACCTCCCCCGAAAGTCGTGTTGACAGAGTCGTATTGACGGAGACCGATCAAGAAGAATT
ACAGCTATGAGTTGGATCGCATCTTGTGTATGGATGATTGAAATCAGAGCTTATCAAAGA
TGAGATAAGGTCTGGAAAACTAGAGAACTTTAGAGAGACATTTAGAGAGAGAAACTTAGA
GAGAGGTTTTTTATGAAATTATTTGATCC

QA 1 509 1 509
DS 



AS 1 4

CO CL1765Contig1 1307 4 5 U
GAGCCAATATTTATTTTCCTTAAAAAAAAAGATTCCTTTCATTCGAATCAGCAACTTGGG
CTCTCGTGACAAGAGTCACTACAAACAGTACAACATATATTTAAAAATACAAGTTTTATT
ACAAACACCAACAATGTTTTTTTTTTTAGAAAAAACAATGTCACACACTGATTTGCTTGA
GGTGTGAGAAGAATGAGAGAGAGAGATTCTCATGGCTGCTGCATCTTCTTCTTGGAGTGT
CGCTGTGCAAACTTGTTTAGCCTGGAAAGCCCATCTTTGAGGAGCGCTGGCTCCACCGCA
AAGGTGATGCGTAGCCAATTCTTAAACCCCACAGATCGGCCTGGTAGGATCATCAACGAT
TCCTCTTTAGCCAACTTGCAGCAGAATTCCAAATCATCCTTTATATCTTCAAGAACCGAT
GGCTCTAACTTCACCATAGTGAACATTGACGCCTCTGGTTTGTAAGGGCAACTCATGCAA
GGGATCTTCTTTATCTCCTCGTAACAAGTCTC*GCACACTCTCTTAGTATTTCCATTTTC
GACGAGAAGAATTCCTCTTTTGTCTTCTCAAGGATATCAGGCATTGCCCCCTGAATAAAA
GTTACGGGATCTATCGACATGTTGAGGACGTTGACAAGACTATGAACAAGCCCAGAATCT
TTCATGATGTTATGAGGGTCAACGGTGACCATCCAGCCAAACCTCCAACCAGGGACGAGC
CATCTCTTTGATATTGAACCTAACAACATCACTGGCACAATCTCTGCAAACTCGGCCATG
GACACGAATGGGGTCTCCCCAAAGGTTATATTCCTGTAGACTTCGTCTGCGATCACAAGT
ATTCCAAGTTTGCTAGCAGTTTCTGCAATCTTTTGAAGATGTTGACGGGAGAAAACGTTT
CCGCATGGATTGCAAGGGGTGACAACAACTATAGCAACGGTTTTGTCATCTGCAAGAGCT
TCGACTACATCAAGATCGACCTCCCAACCTTTTTCCGGAAGGAGGTCATAGCTACGGATC
TCAAGCTTGCTGAAACCTGCTCGGGCATTGTACATGGGGTAACTTGGCCTAGGCAGCAGA
ATGTTGGCGCCTGGAACCGCGAGCGTGGAGATCAAGACATCGATGGCGTCATGACCACCA
GCTGTCAGATGAACATCATCTGGACTGATCTGGTAAGGGAGACCCAGGGAGAGGTGCTCT
GCAACAGCCTTCCTAGCGATAGGAAGACCAGAAGTGTTAGCATAATGGTTAAACTGCCCC
GAATGAAGAGCATCGGAGATGGCTTCCACTGCGGCTGGATCGGTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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C

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A
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DS 



AS 2 4

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H860TF U 324
AF RR1CA48JQ C 1
BS 1 335 RR1CA48JQ
BS 336 679 RR1H860TF
BS 680 788 RR1CA48JQ

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AGGGGCTGGAGA
GCATAAAAACGAAACATGAGAGAAGAAGATATGAACATTCCCGTTTACAGTTTCTCTTGA
TAACCCAAGTGCCGTGAGCTTTGAAGCATGGAAGGAAGAGCCTTAGTACCTGAGACCGAG
ATTCTGTTTCTATGCCCTTTAGAAGTTAAATGTCCCTGTTTTTATTGTTTTTTCAATCAT
TTCGTGTTCTCTTTTTACCTTGTCTTTACAGTTTTCAGTTTTTTCTTTTCTTTTTTCATG
TTCTGTTGTTGATCCTCCTGCCTTGTAAAATGCTTATAGGACCTACTACTAAATTGTGGG
AAAAGTAAGAGAAAGATGATATAATAGCAGGGTGGGAGTTGTTT

QA 13 356 13 356
DS 

RD RR1CA48JQ 788 0 0
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AACAAGAAACTTGCTGCAGCATATCAGGAAGCTCAGCAGAAACCTGGCGGCTGTCCTATC
TTTCTCTTTTTCTCGGTCAATGCAAGTGGGCAATTTGTTGGGCTTGCCGAAATGACAGGA
CCAGTTGATTTCAACACAAATGTGGAGTACTGGCAGCAAGACAAGTGGACTGGCTCTTTC
CCTCTCAAGTGGCATATTGTGAAGGACGTTCCAAACAGCAAACCCCGAAACAGGTAAGTG
AGGAGAAGACTACAACAGATGAGAAAAAGGAAACCGCATAAAAACGAAACATGAGAGAAG
AAGATATGAACATTCCCGTTTACAGTTTCTCTTGATAACCCAAGTGCCGTGAGCTTTGAA
GCATGGAAGGAAGAGCCTTAGTACCTGAGACCGAGATTCTGTTTCTATGCCCTTTAGAAG
TTAAATGTCCCTGTTTTTATTGTTTTTTCAATCATTTCGTGTTCTCTTTTTACCTTGTCT
TTACAGTTTTCAGTTTTTTCTTTTCTTTTTTCATGTTCTGTTGTTGATCCTCCTGCCTTG
TAAAATGCTTATAGGACCTACTACTAAATTGTGGGAAAAGTAAGAGAAAGATGATATAAT
AGCAGGGTGGGAGTTGTTTTCTTTTCTGTTGGATTGATAGGCCGATTTTTGTTTAATTTC
CCCCTTTTTCTTTTTTTTCCTGTTTCTTGTTTGGGTTCAGACATTACTATTTGAGTTCTG
TTAGCATC

QA 1 788 1 788
DS 



CO CL1766Contig2 937 2 2 U
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TGTTGGGCTTGCCGAAATGACAGGACCAGTTGATTTCAACAAAATGTGGAGTACTGGCAG
CAAGACAAGTGGACTGGCTCTTTCCCTCTCAAGTGGCATATTGTGAAGGACGTTCCAAAC
AGCTTGCTGAAACACATTACCCTTGAGAACAATGAGAACAAGCCTGTTACCAACAGCAGA
GACACACAAGAGGTCAAGATGGAGCAAGGTTTGAAGATTGTGAAAGTTTTCAAGGAGCAT
AGTAGCAAGACTTGCATTCTGGATGACTTTTCCTTCTATGAGGTCAGGCAAAAGACAATC
TTGGAGAAGAAGGCCAAGCAACAGCAAACCCTGAAACAGGTAAGTGAGGAGAAGACTACA
ACAGATGAGAAAAAGGAAACCGCATTTGCTGATTCGGCTAATAATAAGGAATCTCCTCCA
GCTGCTCAAACTGCCAGTGATGTCAAGGCTGATGAGAATGGGTCTGTTGCTAAACCAGTC
GGTGTGGTGGCAAATGGTTGCTAGAATAGGCGGATGTAGCTCACGGCTGGAGAGCATAAA
AACGAAACATGAGAGAAAGATATGAACATTCCCGTTTACAGTTTCTCTTGATAACCCAAG
TGCCGTGAGCTTTGAAGCATGGAAGGAAGAGCCTTAGTACCTGAGACCGAGATTCTGTTT
CTATGCCCTTTAGAAGTTAAATGTCCCTGTTTTTATTGTTTTTTCAATCATTTCGTGTTC
TCTTTTTACCTTGTCTTTACAGTTTTCAGTTTTTTCTTTTCTTTTTTCATGTTCTGTTGT
TGATCCTCCTGCCTTGTAAAATGCTTATAGGACCTACTACTAAATTGTGGGAAAAGTAAG
AGAAAGATGATATAATAGCAGGGCGGGAGTTGTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA35TF U 1
AF RR1DA35JQ C 206
BS 1 602 RR1DA35TF
BS 603 937 RR1DA35JQ

RD RR1DA35TF 602 0 0
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TGTTGGGCTTGCCGAAATGACAGGACCAGTTGATTTCAACAAAATGTGGAGTACTGGCAG
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AGCTTGCTGAAACACATTACCCTTGAGAACAATGAGAACAAGCCTGTTACCAACAGCAGA
GACACACAAGAGGTCAAGATGGAGCAAGGTTTGAAGATTGTGAAAGTTTTCAAGGAGCAT
AGTAGCAAGACTTGCATTCTGGATGACTTTTCCTTCTATGAGGTCAGGCAAAAGACAATC
TTGGAGAAGAAGGCCAAGCAACAGCAAACCCTGAAACAGGTAAGTGAGGAGAAGACTACA
ACAGATGAGAAAAAGGAAACCGCATTTGCTGATTCGGCTAATAATAAGGAATCTCCTCCA
GCTGCTCAAACTGCCAGTGATGTCAAGGCTGATGAGAATGGGTCTGTTGCTAAACCAGTC
GGTGTGGTGGCAAATGGTTGCTAGAATAGGCGGATGTAGCTCACGGCTGGAGAGCATAAA
AA

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1DA35JQ 732 0 0
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AAGGTTTGAAGATTGTGAAAGTTTTCAAGGAGCATAGTAGCAAGACTTGCATTCTGGATG
ACTTTTCCTTCTATGAGGTCAGGCAAAAGACAATCTTGGAGAAGAAGGCCAAGCAACAGC
AAACCCTGAAACAGGTAAGTGAGGAGAAGACTACAACAGATGAGAAAAAGGAAACCGCAT
TTGCTGATTCGGCTAATAATAAGGAATCTCCTCCAGCTGCTCAAACTGCCAGTGATGTCA
AGGCTGATGAGAATGGGTCTGTTGCTAAACCAGTCGGTGTGGTGGCAAATGGTTGCTAGA
ATAGGCGGATGTAGCTCACGGCTGGAGAGCATAAAAACGAAACATGAGAGAAAGATATGA
ACATTCCCGTTTACAGTTTCTCTTGATAACCCAAGTGCCGTGAGCTTTGAAGCATGGAAG
GAAGAGCCTTAGTACCTGAGACCGAGATTCTGTTTCTATGCCCTTTAGAAGTTAAATGTC
CCTGTTTTTATTGTTTTTTCAATCATTTCGTGTTCTCTTTTTACCTTGTCTTTACAGTTT
TCAGTTTTTTCTTTTCTTTTTTCATGTTCTGTTGTTGATCCTCCTGCCTTGTAAAATGCT
TATAGGACCTACTACTAAATTGTGGGAAAAGTAAGAGAAAGATGATATAATAGCAGGGCG
GGAGTTGTTTTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 2 4

CO CL1767Contig1 926 2 2 U
TTTTTGGTGAGGGGGATAGCTGAACTCGTCGGGTTGCGACGAGCTGCCTACGTACCTCTT
GCGAGGATCAAGCCATCTCGTAGTTCTGTTTCTATCGCGGTTGCTATTACTCCACGATTT
CCGGCGCCTTGACTGTTTCAGCTAAGTCGGTGGTCGCGTTGGGAGTTAGGTTATCCGTTC
TTTCGGCGATGGACTCGAGGATTTTCCCGCTATCCTGAGTTGTGGCCTGTTCGGACAAAT
CTGAGCTGTTCTTTGCTGAATTCTCGGAGATACTCAGATGCTTCTTAGTTCGCTTCGGGT
TAGCTACTGGGGCGTTCCGATTGCTGCGCAATTTATGTTCGGCCAGGAAGCAGAGTCGCG
ACTGTTTTTGGCTTCCCCAGATTACCGCTGTTCCAGTCGGTGTTGGAAACTTGACGCTGA
GATGGTAAGTGGACGGGACTGCCTTCATGGCGTTTATCCAAGGAGATCCCAATGCACACT
CACCCTGGTGCCTCTGAGGTTCTCTTCGTCCTCGACGGCTCAATCACCGCCGGGTTCATC
TCCTCCGCCAACTCTGTCTACGTGCAGACGCTAAAACCGGGACAGGTCATGGTGTTCCCG
CAGGGCTTGCTTCATTTCCAGATCAATGCTGGTAAAACAGCTGCTGCAGCGTTTGTCACT
TTCAGCAGCGCTAGTCCCGGTCTCCAGATTCTTGACTTTGCCCTTTTCGCCAACAGTCTT
TCCACTGAACTCGTCTCGGCTACTACTTTCCTTGAGCCTAAAGTAATCAAGACGCTTAAG
GGTGTTCTTGGTGGAGCTGGATAAAGAATAAAAAAGGACTTAGGAACAACAATGCCTGTT
TGTTTTTTCTTTTCCCTTTGATGGATTCTTCTTGTCTTTGTCTGTTTTGTAATTCTTCAA
AAAAACCTGTCAACATGGTTACATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA13TF U 1
AF RR1DA13JQ C 267
BS 1 518 RR1DA13TF
BS 519 926 RR1DA13JQ

RD RR1DA13TF 518 0 0
TTTTTGGTGAGGGGGATAGCTGAACTCGTCGGGTTGCGACGAGCTGCCTACGTACCTCTT
GCGAGGATCAAGCCATCTCGTAGTTCTGTTTCTATCGCGGTTGCTATTACTCCACGATTT
CCGGCGCCTTGACTGTTTCAGCTAAGTCGGTGGTCGCGTTGGGAGTTAGGTTATCCGTTC
TTTCGGCGATGGACTCGAGGATTTTCCCGCTATCCTGAGTTGTGGCCTGTTCGGACAAAT
CTGAGCTGTTCTTTGCTGAATTCTCGGAGATACTCAGATGCTTCTTAGTTCGCTTCGGGT
TAGCTACTGGGGCGTTCCGATTGCTGCGCAATTTATGTTCGGCCAGGAAGCAGAGTCGCG
ACTGTTTTTGGCTTCCCCAGATTACCGCTGTTCCAGTCGGTGTTGGAAACTTGACGCTGA
GATGGTAAGTGGACGGGACTGCCTTCATGGCGTTTATCCAAGGAGATCCCAATGCACACT
CACCCTGGTGCCTCTGAGGTTCTCTTCGTCCTCGACGG

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1DA13JQ 660 0 0
GAGATACTCAGATGCTTCTTAGTTCGCTTCGGGTTAGCTACTGGGGCGTTCCGATTGCTG
CGCAATTTATGTTCGGCCAGGAAGCAGAGTCGCGACTGTTTTTGGCTTCCCCAGATTACC
GCTGTTCCAGTCGGTGTTGGAAACTTGACGCTGAGATGGTAAGTGGACGGGACTGCCTTC
ATGGCGTTTATCCAAGGAGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTCTGAGGTTCTCTT
CGTCCTCGACGGCTCAATCACCGCCGGGTTCATCTCCTCCGCCAACTCTGTCTACGTGCA
GACGCTAAAACCGGGACAGGTCATGGTGTTCCCGCAGGGCTTGCTTCATTTCCAGATCAA
TGCTGGTAAAACAGCTGCTGCAGCGTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCCCGGTCTCCA
GATTCTTGACTTTGCCCTTTTCGCCAACAGTCTTTCCACTGAACTCGTCTCGGCTACTAC
TTTCCTTGAGCCTAAAGTAATCAAGACGCTTAAGGGTGTTCTTGGTGGAGCTGGATAAAG
AATAAAAAAGGACTTAGGAACAACAATGCCTGTTTGTTTTTTCTTTTCCCTTTGATGGAT
TCTTCTTGTCTTTGTCTGTTTTGTAATTCTTCAAAAAAACCTGTCAACATGGTTACATTG

QA 1 660 1 660
DS 



CO CL1767Contig2 740 2 8 U
CTAAGGTGAATGCTTAGTAATAATAATATAAACGGTCTGACCAACTTTAAGGATATGAAA
TGAAAAGCTCACATTACAATGTAACCATGTTGACAGGTTTTTTTGAAGAATTACAAAACA
GACAAAGACAAGAAGAATCCATCAAAGGGAAAAGAAAAAACAAACAGGCATTGTTGTTCC
TAAGTCCTTTTTTATTCTTTATCCAGTTCCACCAAGAACACCCTTAAGCGTCTTGATTAC
TTTAGGCTCAAGGAAAGTAGTAGCCGAGACGAGTTCAGTGGAAAGACTGTTGGCGAAAAG
GGCAAAGTCAAGAATCTGGAGACCAGGACTAGCGCTGCTGAAAGTGACAAACGCTGCAGC
AGCTGTTTTACCGGCATTGATCTGGAAATGAAGCAAGCCCTGCGGGAACACCATGACCTG
TCCCGGTTTTAGCGTCTGCACGTAGACAGAGTTGGCGGAGGAGATGAACCCGGCGGTGAT
TGAGCCGTCGAGGACGAAGAGAACCTCAGAGGCACCAGGGTGAGTGTGCATTGGGATCAC
ACCTTTGGGTGCTAGGTCAAGCCTAGCCGTGGAGATGCCTAGACCGTTGAGAGCCGGGAA
CTGAGCGACGAAGCCCGGCGTGACCGCAGCGCTGATGATGTTGGTGGTGTTACCAGGAGT
GCCTAAGCTGAAGACGAAGTCCGAGGCTTTGACATGGATGGGGCGAATGCAAGGGTAGCC
AGCTAGGGTCTCAGCGCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ55JQ U 1
AF RR1CZ72JQ U 57
BS 1 195 RR1FQ55JQ
BS 196 197 RR1CZ72JQ
BS 198 415 RR1FQ55JQ
BS 416 416 RR1CZ72JQ
BS 417 417 RR1FQ55JQ
BS 418 418 RR1CZ72JQ
BS 419 538 RR1FQ55JQ
BS 539 740 RR1CZ72JQ

RD RR1FQ55JQ 543 0 0
CTAAGGTGAATGCTTAGTAATAATAATATAAACGGTCTGACCAACTTTAAGGATATGAAA
TGAAAAGCTCACATTACAATGTAACCATGTTGACAGGTTTTTTTGAAGAATTACAAAACA
GACAAAGACAAGAAGAATCCATCAAAGGGAAAAGAAAAAACAAACAGGCATTGTTGTTCC
TAAGTCCTTTTTTAT**TTTATCCAGTTCCACCAAGAACACCCTTAAGCGTCTTGATTAC
TTTAGGCTCAAGGAAAGTAGTAGCCGAGACGAGTTCAGTGGAAAGACTGTTGGCGAAAAG
GGCAAAGTCAAGAATCTGGAGACCAGGACTAGCGCTGCTGAAAGTGACAAACGCTGCAGC
AGCTGTTTTACCGGCATTGATCTGGAAATGAAGCAAGCCCTGCGGGAACACCATGCCTTG
TCCCGGTTTTAGCGTCTGCACGTAGACAGAGTTGGCGGAGGAGATGAACCCGGCGGTGAT
TGAGCCGTCGAGGACGAAGAGAACCTCAGAGGCACCAGGGTGAGTGTGCATTGGGATC
ACACC

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1CZ72JQ 684 0 0
GG
AATGAAAAGCTCACATTACAATGTAACCATGTTGACAGGTTTTTTTGAAGAATTACAAAA
CAGACAAAGACAAGAAGAATCCATCAAAGGGAAAAGAAAAAACAAACAGGCATTGTTGTT
CCTAAGTCCTTTTTTATTCTTTATCCAGTTCCACCAAGAACACCCTTAAGCGTCTTGATT
ACTTTAGGCTCAAGGAAAGTAGTAGCCGAGACGAGTTCAGTGGAAAGACTGTTGGCGAAA
AGGGCAAAGTCAAGAATCTGGAGACCAGGACTAGCGCTGCTGAAAGTGACAAACGCTGCA
GCAGCTGTTTTACCGGCATTGATCTGGAAATGAAGCAAGCCCTGCGGGAACACCATGACC
TGTCCCGGTTTTAGCGTCTGCACGTAGACAGAGTTGGCGGAGGAGATGAACCCGGCGGTG
ATTGAGCCGTCGAGGACGAAGAGAACCTCAGAGGCACCAGGGTGAGTGTGCATTGGGATC
ACACCTTTGGGTGCTAGGTCAAGCCTAGCCGTGGAGATGCCTAGACCGTTGAGAGCCGGG
AACTGAGCGACGAAGCCCGGCGTGACCGCAGCGCTGATGATGTTGGTGGTGTTACCAGGA
GTGCCTAAGCTGAAGACGAAGTCCGAGGCTTTGACATGGATGGGGCGAATGCAAGGGTAG
CCAGCTAGGGTCTCAGCGCGTT

QA 3 684 3 684
DS 



AS 1 4

CO CL1768Contig1 870 4 9 U
GGGGGTGACGTTAAATATCTACAAAAGCTTCTTCTTCCATCACTGCTTCTACCAATTTCC
CAAGAAAAAAACGATGGCAGTTGGAGATTTATCCTCTTCTTCCTCGGAGTTACATGTTCT
GGCTGTCGACGATAGTATTGTTGATCGTAAGGTTATTGAGAGGTTGCTTAGGATCTCTGC
TTGTAAAGTGACGACTGTTGAGAGTGGGACTAGGGCTCTTCAGTATCTTGGTCTAGATGG
AGACAAAGGATCTCCTGGTCTTAAGGATTTGAAGGTGAACTTGATAGTGACAGATTACTC
TATGCCGGGACTAACAGGTTATGAACTTCTCAAGAAGATCAAAGAGTCTTCAGCGTTCAG
AGAAATACCAGTAGTGATAATGTCGTCTGAGAACATACAACCTCGTATAGAACAATGCAT
GACAGAAGGAGCAGAGGATTTTCTGCTAAAACCGGTGAAATTAGCAGATGTGAAGCGGCT
CAAAGAACTTATAATGAGATTGAGAGGTGGTGAAGCTGAAGAAGAGAAAACCAGTAACCT
TAGTCCTAAGAGAATCCTTCAAAACGACATCTTCTTCTTCTTCATCTTCCTCTTCATTAT
CACCACCATTGTCATATTCATTGTCTAATGTTGTTTCCTCTCCGGGAAGATGACACTCAA
TCTTCCAAAAGGATGAAATTAGGATCATGATTGCGCTAAAAACTTCTTCTCTGTTTTTCT
TTTAGTTTTCTTGGTTTCTGTAATATACAATTAAGCCAAGAGGTGGGGTAAGTTTTTGTT
TTGGGTATATGCAAGGTTTAGAGCCTGATGCTCACCATATGACTCTTGTTAGTTTAATCA
ATCAAGTAAACGTGGAACGATTTGTATATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1BR72TF U 1
AF RR1B776JQ C 40
AF RR1B776TF U 40
AF RR1BI67JQ C 228
BS 1 320 RR1BR72TF
BS 321 321 RR1B776TF
BS 322 702 RR1BR72TF
BS 703 762 RR1B776TF
BS 763 763 RR1B776JQ
BS 764 794 RR1B776TF
BS 795 795 RR1B776JQ
BS 796 865 RR1B776TF
BS 866 870 RR1BI67JQ

RD RR1BR72TF 702 0 0
GGGGGTGACGTTAAATATCTACAAAAGCTTCTTCTTCCATCACTGCTTCTACCAATTTCC
CAAGAAAAAAACGATGGCAGTTGGAGATTTATCCTCTTCTTCCTCGGAGTTACATGTTCT
GGCTGTCGACGATAGTATTGTTGATCGTAAGGTTATTGAGAGGTTGCTTAGGATCTCTGC
TTGTAAAGTGACGACTGTTGAGAGTGGGACTAGGGCTCTTCAGTATCTTGGTCTAGATGG
AGACAAAGGATCTCCTGGTCTTAAGGATTTGAAGGTGAACTTGATAGTGACAGATTACTC
TATGCCGGGACTAACAGGTTGTGAACTTCTCAAGAAGATCAAAGAGTCTTCAGCGTTCAG
AGAAATACCAGTAGTGATAATGTCGTCTGAGAACATACAACCTCGTATAGAACAATGCAT
GACAGAAGGAGCAGAGGATTTTCTGCTAAAACCGGTGAAATTAGCAGATGTGAAGCGGCT
CAAAGAACTTATAATGAGATTGAGAGGTGGTGAAGCTGAAGAAGAGAAAACCAGTAACCT
TAGTCCTAAGAGAATCCTTCAAAACGACATCTTCTTCTTCTTCATCTTCCTCTTCATTAT
CACCACCATTGTCATATTCATTGTCTAATGTTGTTTCCTCTCCGGGAAGATGACACTCAA
TCTTCCAAAAGGATGAAATTAGGATCATGATTGCGCTAAAAA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1B776JQ 826 0 0
GG
ACTGCTTCTACCAATTTCCCAAGAAAAAAACGATGGCAGTTGGAGATTTATCCTCTTCTT
CCTCGGAGTTACATGTTCTGGCTGTCGACGATAGTATTGTTGATCGTAAGGTTATTGAGA
GGTTGCTTAGGATCTCTGCTTGTAAAGTGACGACTGTTGAGAGTGGGACTAGGGCTCTTC
AGTATCTTGGTCTAGATGGAGACAAAGGATCTCCTGGTCTTAAGGATTTGAAGGTGAACT
TGATAGTGACAGATTACTCTATGCCGGGACTAACAGGTTATGAACTTCTCAAGAAGATCA
AAGAGTCTTCAGCGTTCAGAGAAATACCAGTAGTGATAATGTCGTCTGAGAACATACAAC
CTCGTATAGAACAATGCATGACAGAAGGAGCAGAGGATTTTCTGCTAAAACCGGTGAAAT
TAGCAGATGTGAAGCGGCTCAAAGAACTTATAATGAGATTGAGAGGTGGTGAAGCTGAAG
AAGAGAAAACCAGTAACCTTAGTCCTAAGAGAATCCTTCAAAACGACATCTTCTTCTTCT
TCATCTTCCTCTTCATTATCACCACCATTGTCATATTCATTGTCTAATGTTGTTTCCTCT
CCGGGAAGATGACACTCAATCTTCCAAAAGGATGAAATTAGGATCATGATTGCGCTAAAA
ACTTCTTCTCTGTTTTTCTTTTAGTTTTCTTGGTTTCTGTAATATACAATTAAGCCAAGA
GGTGGGGTAAGTTTTTGTTTTGGGTATATGCAAGGTTTAGAGCCTGATGCTCACCATATG
ACTCTTGTTAGTTTAATCAATCAAGTAAACGTGGAACGATTTGT

QA 3 826 3 826
DS 

RD RR1B776TF 826 0 0
GG
ACTGCTTCTACCAATTTCCCAAGAAAAAAACGATGGCAGTTGGAGATTTATCCTCTTCTT
CCTCGGAGTTACATGTTCTGGCTGTCGACGATAGTATTGTTGATCGTAAGGTTATTGAGA
GGTTGCTTAGGATCTCTGCTTGTAAAGTGACGACTGTTGAGAGTGGGACTAGGGCTCTTC
AGTATCTTGGTCTAGATGGAGACAAAGGATCTCCTGGTCTTAAGGATTTGAAGGTGAACT
TGATAGTGACAGATTACTCTATGCCGGGACTAACAGGTTATGAACTTCTCAAGAAGATCA
AAGAGTCTTCAGCGTTCAGAGAAATACCAGTAGTGATAATGTCGTCTGAGAACATACAAC
CTCGTATAGAACAATGCATGACAGAAGGAGCAGAGGATTTTCTGCTAAAACCGGTGAAAT
TAGCAGATGTGAAGCGGCTCAAAGAACTTATAATGAGATTGAGAGGTGGTGAAGCTGAAG
AAGAGAAAACCAGTAACCTTAGTCCTAAGAGAATCCTTCAAAACGACATCTTCTTCTTCT
TCATCTTCCTCTTCATTATCACCACCATTGTCATATTCATTGTCTAATGTTGTTTCCTCT
CCGGGAAGATGACACTCAATCTTCCAAAAGGATGAAATTAGGATCATGATTGCGCTAAAA
ACTTCTTCTCTGTTTTTCTTTTAGTTTTCTTGGTTTCTGTAATATACAATTAAGCCAAGA
G*TGGGGTAAGTTTTTGTTTTGGGTATATGCAAAGTTTAGAGCCTGATGCTCACCATATG
ACTCTTGTTAGTTTAATCAATCAAGTAAACGTGGAACGATTTGT

QA 3 826 3 826
DS 

RD RR1BI67JQ 643 0 0
TTGGTCTAGATGGAGACAAAGGATCTCCTGGTCTTAAGGATTTGAAGGTGAACTTGATAG
TGACAGATTACTTTATGCCGGGACTAACAGGTTATGAACTTCTCAAGAAGATCAAAGAGT
CTTCAGCGTTCAGAGAAATACCAGTAGTGATAATGTCGTTTGAGAACATACAACCTCGTA
TAGAACAATGCATGACAGAAGGAGCAGAGGATTTTTTGCTAAAACCGGTGAAATTAGCAG
ATGTGAAGCGGCTCAAAGAACTTATAATGAGATTGAGAGGTGGTGAAGCTGAAGAAGAGA
AAACCAGTAACCTTAGTCCTAAGAGAATCCTTCAAAACGACATTTTTTTTTTTTTCATCT
TCCTCTTCATTATCACCACCATTGTCATATTCATTGTCTAATGTTGTTTCCTCTCCGGGA
AGAGGACACTCAATCTTCCAAAAGGATGAAATTAGGATCATGATTGCGCTAAAAACTTTT
TCTCTGTTTTTCTTTTAGTTTTCTTGGTTTCTGTAATATACAATTAAGCCAAGAGGTGGG
GTAAGTTTTTGTTTTGGGTATATGCAAGGTTTAGAGCCTGATGCTCACCATATGACTCTT
GTTCGTTTAATCAATCAAGTAAACGTGGAACGATTTGTATATG

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 5

CO CL1769Contig1 704 5 13 U
GGACTCCTTAGCAAGCTCAAGGCGGAAACACACAAAGAAACCCTAGATCCCCGTCGTCCT
TTTGTTCGAAATCATGTCGAGGAGAAAGACAAGACAGCCAAAGGAAGAGACAGTGACACT
TGGTCCAGCTGTTCGTGACGGAGAGCAAGTCTTTGGTGTTGTCCACATCTTTGCTTCTTT
CAACGACACTTTCATCCATGTCACTGATCTGTCTGGAAGAGAAACACTTGTTCGTATCAC
TGGTGGGATGAAGGTGAAAGCCGACAGAGATGAGTCCTCACCTTATGCTGCTATGCTTGC
TGCTCAAGATGTCGCTCAGCGTTGCAAGGAACTCGGAATCACAGCCATGCATGTGAAGCT
TCGTGCCACAGGTGGTAACAAGACCAAGACCCCTGGTCCTGGTGCTCAGTCTGCTCTCAG
AGCCCTTGCCCGTTCTGGCATGAAAATTGGTCGCATTGAGGATGTGACTCCAATCCCAAC
CGACAGTACCCGCAGAAAGGGTGGAAGAAGGGGAAGGAGGCTTTGAGTTCTTTCTGGCCT
CAGCCAGTGGATCACACTATATGCGAGGGGCTCATCTTTGTGTGTTGTTTTGTTTAGTAG
ACTGAAAAAGAGATCTTGGTTACTATATGCGTTGTTGTTTTCTCAAATCTTTACACATTT
ATGTTCCTGTTACACGACCATCAAATATTCAAAAGATTTGGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX75JQ C 1
AF RR1AY32TF U 11
AF RR1BY49TF U 11
AF RR1BX75TF U 50
AF RR1BY49JQ C 321
BS 1 12 RR1BX75JQ
BS 13 67 RR1AY32TF
BS 68 68 RR1BY49TF
BS 69 94 RR1AY32TF
BS 95 95 RR1BX75TF
BS 96 327 RR1AY32TF
BS 328 328 RR1BY49TF
BS 329 506 RR1AY32TF
BS 507 652 RR1BY49TF
BS 653 674 RR1BX75TF
BS 675 675 RR1BY49JQ
BS 676 690 RR1BX75TF
BS 691 704 RR1BY49JQ

RD RR1BX75JQ 505 0 0
GGACTCCTTAGCAAGCTCAAGGCGGAAACACACAAAGAAACCCTAGATCCCCGTCGTCCT
TTTGTTCGAAATCATGTCGAGGAGAAAGACAAGACAGCCAAAGGAAGAGACAGTGACACT
TGGTCCAGCTGTTCGTGACGGAGAGCAAGTCTTTGGTGTTGTCCACATCTTTGCTTCTTT
CAACGACACTTTCATCCATGTCACTGATCTGTCTGGAAGAGAAACACTTGTTCGTATCAC
TGGTGGGATGAAGGTGAAAGCCGACAGAGATGAGTCCTCACCTTATGCTGCTATGCTTGC
TGCTCAAGATGTCGCTCAGCGTTGCAAGGAACTCGGAATCACAGCCATGCATGTGAAGCT
TCGTGCCACAGGTGGTAACAAGACCAAGACCCCTGGTCCTGGTGCTCAGTCTGCTCTCAG
AGCCCTTGCCCGTTCTGGCATGAAAATTGGTCGCATTGAGGATGTGACTCCAATCCCAAC
CGACAGTACCCGCAGAAAGGGTGGA

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1AY32TF 496 0 0
GG
AAGCTCAAGGCGGAAACACACAAAGAAACCCTAGATCCCCGTCGTCCTTTTGTTCTAAAT
CATGTCGAGGAGAAAGACAAGAGAGCCAAAGGAAGAGACAGTGACACTTGGTCCAGCTGT
TCGTGACGGAGAGCAAGTCTTTGGTGTTGTCCACATCTTTGCTTCTTTCAACGACACTTT
CATCCATGTCACTGATCTGTCTGGAAGAGAAACACTTGTTCGTATCACTGGTGGGATGAA
GGTGAAAGCCGACAGAGATGAGTCCTCACCTTATGCTGCTATGCTTGCTGCTCAAGATGT
CGCTCAGCGTTGCAATGAACTCGGAATCACAGCCATGCATGTGAAGCTTCGTGCCACAGG
TGGTAACAAGACCAAGACCCCTGGTCCTGGTGCTCAGTCTGCTCTCAGAGCCCTTGCCCG
TTCTGGCATGAAAATTGGTCGCATTGAGGATGTGACTCCAATCCCAACCGACAGTACCCG
CAGAAAGGGTGGAA

QA 3 496 3 496
DS 

RD RR1BY49TF 642 0 0
GG
AAGCTCAAGGCGGAAACACACAAAGAAACCCTAGATCCCCGTCGTCCTTTTGTTCGAAAT
CATGTCGAGGAGAAAGACAAGAGAGCCAAAGGAAGAGACAGTGACACTTGGTCCAGCTGT
TCGTGACGGAGAGCAAGTCTTTGGTGTTGTCCACATCCTTGCTTCTTTCAACGACACTTT
CATCCATGTCACTGATCTGTCTGGAAGAGAAACACTTGTTCGTATCACTGGTGGGATGAA
GGTGAAAGCCGACAGAGATGAGTCCTCACCTTATGCTGCTATGCTTGCTGCTCAAGATGT
CGCTCAGCGTTGCAAGGAACTCGGAATCACAGCCATGCATGTGAAGCTTCGTGCCACAGG
TGGTAACAAGACCAAGACCCCTGGTCCTGGTGCTCAGTCTGCTCTCAGAGCCCTTGCCCG
TTCTGGCATGAAAATTGGTCGCATTGAGGATGTGACTCCAATCTCAACCGACAGTACCCG
CAGAAAGGGTGGAAGAAGGGGAAGGAGGCTTTGAGTTCTTTCTGGCCTCAGCCAGTGGAT
CACACTATATGCGAGGGGCTCATCTTTGTGTGTTGTTTTGTTTAGTAGACTGAAAAAGAG
ATCTTGGTTACTATATGCGTTGTTGTTTTCTCAAATCTTT

QA 3 642 3 642
DS 

RD RR1BX75TF 641 0 0
CCCGTCGTCCTTTTGTTCGAAATCATGTCGAGGAGAAAGACAAGACAGCCAAAGGAAGAG
ACAGTGACACTTGGTCCAGCTGTTCGTGACGGAGAGCAAGTCTTTGGTGTTGTCCACATC
TTTGCTTCTTTCAACGACACTTTCATCCATGTCACTGATCTGTCTGGAAGAGAAACACTT
GTTCGTATCACTGGTGGGATGAAGGTGAAAGCCGACAGAGATGAGTCCTCACCTTATGCT
GCTATGCTTGCTGCTCAAGATGTCGCTCAGCGTTGCAAGGAACTCGGAATCACAGCCATG
CATGTGAAGCTTCGTGCCACAGGTGGTAACAAGACCAAGACCCCTGGTCCTGGTGCTCAG
TCTGCTCTCAGAGCCCTTGCCCGTTCTGGCATGAAAATTGGTCGCATTGAGGATGTGACT
CCAATCCCAACCGACAGTACCCGCAGAAAGGGTGGAAGAAGGGGAAGGAGGCTTTGAGTT
CTTTCTGGCCTCAGCCAGTGGATCACTCTATATGCGAGGGGCTCATCTTTGTGTGTTGTT
TTGTTTAGTAGACTGAAAAAGAGATCTTGGTTACTATATGCGTTGTTGTTTTCTCAAATC
TTTACACATTTATGTTCCTGTTACATGACCATCAAATATTC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1BY49JQ 384 0 0
GTTGCAAGGAACTCGGAATCACAGCCATGCATGTGAAGCTTCGTGCCACAGGTGGTAACA
AGACCAAGACCCCTGGTCCTGGTGCTCAGTTTGCTCTCAGAGCCCTTGCCCGTTTTGGCA
TGAAAATTGGTCGCATTGAGGATGTGACTCCAATTTCAACCGACAGTACCCGCAGAAAGG
GTGGAAGAAGGGGAAGGAGGCTTTGAGTTCTTTCTGGCCTCAGCCAGTGGATCACACTAT
ATGCGAGGGGCTCATCTTTGTGTGTTGTTTTGTTTAGTAGACTGAAAAAGAGATTTTGGT
TACTATATGCGTTGTTGTTTTCTCAAATCTTTACACATTTATGTTCCTGTTACACGACCA
TCAAATATTCAAAAGATTTGGTTG

QA 1 384 1 384
DS 



AS 1 5

CO CL1770Contig1 587 5 8 U
GGGCCGTAAAACTTGTCTTCGTCTATCTTTGTAGCTTTTTTTTTCTCGATTAGTCTCTGA
TCATGGCGTTGAACACCGGAATCAGATCTGTCTCAAAGATCATTGCTTCATCCGAATCAT
CAATCTCCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCGACTGGAGCCAAGAAGATGAGTGGAG
GACATGGGCATGACGAGCCTTACTACCTCCACGCCAAGCACATGTACAATTTGGACCGCA
TGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTCGGTGTCTTCACAGCTTTCAGCATCGGTGTTG
GTGTTCCCATCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACCGCTTCTGGTTAATGAGTCT
TTCTCTCTCATGGCGCTTCTCTTGTTCCTCTTATTGAATAATTTTTATGATTTTCTCAAA
ACTTTTGCTTGTGCAAGAGAAAGTTTCTTGCTTCTTTTGAAATCTTATACAAAGTCTTAC
CGTTATGGTAAAAAGTATATTTTGTCTCTGTTTCTCCGTATCATTTGTTGGCTGTTTTGA
CGCTGGAATAATGAAAATCTGATATTGATATTTTTTTTATCACAAGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FG18JQ C 37
AF RR1FG18TF U 37
AF RR1B252JQ C 1
AF RR1BJ44TF U 46
AF RR1B252TF U 1
BS 1 36 RR1B252TF
BS 37 317 RR1FG18TF
BS 318 318 RR1BJ44TF
BS 319 489 RR1FG18TF
BS 490 515 RR1BJ44TF
BS 516 516 RR1B252TF
BS 517 560 RR1BJ44TF
BS 561 587 RR1B252TF

RD RR1FG18JQ 453 0 0
TTTTTTTTCTCGATTAGTCTCTGATCATGGCGTTGAACACCGGAATCAGATCTGTCTCAA
AGATCATTGCTTCATCCGAATCATCAATCTCCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCGA
CTGGAGCCAAGAAGATGAGTGGAGGACATGGGCATGACGAGCCTTACTACCTCCACGCCA
AGCACATGTACAATTTGGACCGCATGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTCGGTGTCT
TCACAGCTTTCAGCATCGGTGTTGGTGTTCCCATCTTTGCTTTTGTCTTCCAGCAGAGGA
AGACCGCTTCTGGTTAATGAGTCTTTCTCTCTCATGGCGCTTCTCTTGTTCCTCTTATTG
AATAATTTTTATGATTTTCTCAAAACTTTTGCTTGTGCAAGAGAAAGTTTCTTGCTTCTT
TTGAAATCTTATACAAAGTCTTACCGTTATGGT

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1FG18TF 453 0 0
TTTTTTTTCTCGATTAGTCTCTGATCATGGCGTTGAACACCGGAATCAGATCTGTCTCAA
AGATCATTGCTTCATCCGAATCATCAATCTCCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCGA
CTGGAGCCAAGAAGATGAGTGGAGGACATGGGCATGACGAGCCTTACTACCTCCACGCCA
AGCACATGTACAATTTGGACCGCATGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTCGGTGTCT
TCACAGCTTTCAGCATCGGTGTTGGTGTTCCCATCTTTGCTTTTGTCTTCCAGCAGAGGA
AGACCGCTTCTGGTTAATGAGTCTTTCTCTCTCATGGCGCTTCTCTTGTTCCTCTTATTG
AATAATTTTTATGATTTTCTCAAAACTTTTGCTTGTGCAAGAGAAAGTTTCTTGCTTCTT
TTGAAATCTTATACAAAGTCTTACCGTTATGGT

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1B252JQ 587 0 0
GGGCCGTAAAACTTGTCTTCGTCTATCTTTGTAGCTTTTTTTTTCTCGATTAGTCTCTGA
TCATGGCGTCGAACACCGGAATCAGATCTGTCTCAAAGATCATTGCTTCATCCGAATCAT
CAATCTCCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCGACTGGAGCCAAGAAGATGAGTGGAG
GACATGGGCATGACGAGCCTTACTACCTCCACGCCAAGCACATGTACAATTTGGACCGCA
TGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTCGGTGTCTTCACAGCTTTCAGCATCGGTGTTG
GTGTTCCCATCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACCGCTTCTGGTTAATGAGTCT
TTCTCTCTCATGGCGCTTCTCTTGTTCCTCTTATTGAATAATTTTTATGATTTTCTCAAA
ACTTTTGCTTGTGCAAGAGAAAGTTTCTTGCTTCTTTTGAAATCTTATACAAAGTCTTAC
CGTTATGGTAAAAAGTATATTTTGTCTCTGTTTCTCCGTATCATTTGTTGGCTGTTTTGA
CGCTGGAATAATGAAAATCTGATATTGATATTTTTTTTATCACAAGT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1BJ44TF 525 0 0
GG
GATTAGTCTCTGATCATGGCGTTGAACACCGGAATCAGATCTGTCTCAAAGATCATTGCT
TCATCCGAATCATCAATCTCCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCGACTGGAGCCAAG
AAGATGAGTGGAGGACATGGGCATGACGAGCCTTACTACCTCCACGCCAAGCACATGTAC
AATTTGGACCGCATGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTCGGTGTCTTCACAGCTTTC
AGCATCGGTGTTGGTGTTCCCATCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACCGCTTCT
GGTTAATGAGTCTTTCTCTCTCATGGCGCTTCTCTTGTTCCTCTTATTGAATAATTTTTA
TGATTTTCTCAAAACTTTTGCTTGTGCAAGAGAAAGTTTCTTGCTTCTTTTGAAATCTTA
TACAAAGTCTTACCGTTATGGTAAAAAGTATATTTTGTCTCTGTTTCTTCGTATCATTTG
TTGGCTGTTTTGACGCTGGAATAATGAAAATCT
TATTGATATT

QA 3 515 3 515
DS 

RD RR1B252TF 587 0 0
GGGCCGTAAAACTTGTCTTCGTCTATCTTTGTAGCTTTTTTTTTCTCGATTAGTCTCTGA
TCATGGCGTCGAACACCGGAATCAGATCTGTCTCAAAGATCATTGCTTCATCCGAATCAT
CAATCTCCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCGACTGGAGCCAAGAAGATGAGTGGAG
GACATGGGCATGACGAGCCTTACTACCTCCACGCCAAGCACATGTACAATTTGGACCGCA
TGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTCGGTGTCTTCACAGCTTTCAGCATCGGTGTTG
GTGTTCCCATCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACCGCTTCTGGTTAATGAGTCT
TTCTCTCTCATGGCGCTTCTCTTGTTCCTCTTATTGAATAATTTTTATGATTTTCTCAAA
ACTTTTGCTTGTGCAAGAGAAAGTTTCTTGCTTCTTTTGAAATCTTATACAAAGTCTTAC
CGTTATGGTAAAAAGTATATTTTGTCTCTGTTTCTCCGTATCATTTGTTGGCTGTTTTGA
CGCTGGAATAATGAAAATCTGATATTGATATTTTTTTTATCACAAGT

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 5

CO CL1771Contig1 845 5 9 U
TTTTTTAAACCCTAGTCTCATTCTTCATCTTCAAGCAGCCACCTCCTTCGCTAGCTATGG
AGTTTTGGGGTATTGAGATTAAGCCTGGAAAGCCCACCAAGGTCGAACAGGAAGATGGGT
ATCTGATCCACGTCTCTCAGATTGCCATTGGTGAGTTCAACAAGGTGGGAGATAAGACTG
TTCAGGTCTTTGTCAAGGTCGGTGGTGATGATGATAAGCAAAAGCTTCTCATTGGAAACC
TCTCTCAGAAGGTTCCTCAAGTTACTCTCGATCTCATCTTCGAGCAAGATTTTGAGATCT
CGCATGAGTGCAAAAGCACCAGCGTCTATATTCTTGGCTACAAGACCGTTGATTCTATGG
ATGATGAGATCAACTCTGATTTTGATTCAGAGGATGAGGGTATTCCCATGGATATGTTTA
AAAATCAATTGGAGAAATCAAACGCCAACATTGAAGGTGAGTCTGATGAGGATGAGGATG
ACTCTGAAGAAGATGACGAAACACCTGTAAAGGTTGAGCCTCCGAGCAAGAAGAGACCAA
ATGGTGGAGCAATTAACAATAACAACAACGCAGTTGCGTCAAAGAAAGCCAAAGTTGCAA
ATCAGCAAAAGCCATCAGGAGCGCATAAGGGGCACAAGTGCGGCGGTGTTCATCCTCCAA
AAAGAAACTAGAGAAAGAGACCAAGACTCAGTTTTTCATATGAATTTTTGATAGTATTTT
TTCCCTATTGTGGTGAATTGTTGAGTTTTACTTTGTGAGGATTTTGGATTGTTAAATCAT
TCAAATATATTTTATGTTGTTGTCTGCGATGTCAGTGGTTTTAAATGAAGTATGCTTTTT
TTGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 

AF RR1G036TF U 1
AF RR1CP86TF U 1
AF RR1EM09TF U 1
AF RR1E072JQ C 184
AF RR1FY77JQ C 279
BS 1 599 RR1CP86TF
BS 600 647 RR1EM09TF
BS 648 648 RR1E072JQ
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BS 700 700 RR1E072JQ
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BS 745 845 RR1E072JQ

RD RR1G036TF 493 0 0
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ATCTGATCCACGTCTCTCAGATTGCCATTGGTGAGTTCAACAAGGTGGGAGATAAGACTG
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TCTCTCAGAAGGTTCCTCAAGTTACTCTCGATCTCATCTTCGAGCAAGATTTTGAGATCT
CGCATGAGTGCAAAAGCACCAGCGTCTATATTCTTGGCTACAAGACCGTTGATTCTATGG
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AAAATCAATTGGAGAAATCAAACGCCAACATTGAAGGTGAGTCTGATGAGGATGAGGATG
ACTCTGAAGAAGA

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR1CP86TF 599 0 0
TTTTTTAAACCCTAGTCTCATTCTTCATCTTCAAGCAGCCACCTCCTTCGCTAGCTATGG
AGTTTTGGGGTATTGAGATTAAGCCTGGAAAGCCCACCAAGGTCGAACAGGAAGATGGGT
ATCTGATCCACGTCTCTCAGATTGCCATTGGTGAGTTCAACAAGGTGGGAGATAAGACTG
TTCAGGTCTTTGTCAAGGTCGGTGGTGATGATGATAAGCAAAAGCTTCTCATTGGAAACC
TCTCTCAGAAGGTTCCTCAAGTTACTCTCGATCTCATCTTCGAGCAAGATTTTGAGATCT
CGCATGAGTGCAAAAGCACCAGCGTCTATATTCTTGGCTACAAGACCGTTGATTCTATGG
ATGATGAGATCAACTCTGATTTTGATTCAGAGGATGAGGGTATTCCCATGGATATGTTTA
AAAATCAATTGGAGAAATCAAACGCCAACATTGAAGGTGAGTCTGATGAGGATGAGGATG
ACTCTGAAGAAGATGACGAAACACCTGTAAAGGTTGAGCCTCCGAGCAAGAAGAGACCAA
ATGGTGGAGCAATTAACAATAACAACAACGCAGTTGCGTCAAAGAAAGCCAAAGTTGCA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1EM09TF 744 0 0
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AGTTTTGGGGTATTGAGATTAAGCCTGGAAAGCCCACCAAGGTCGAACAGGAAGATGGGT
ATCTGATCCACGTCTCTCAGATTGCCATTGGTGAGTTCAACAAGGTGGGAGATAAGACTG
TTCATGTCTTTGTCAAGGTCGGTGGTGATGATGATAAGCAAAAGCTTCTCATTGGAAACC
TCTCTCAGAAGGTTCCTCAAGTTACTCTCGATCTCATCTTCGAGCAAGATTTTGAGATCT
CGCATGAGTGCAAAAGCACCAGCGTCTATATTCTTGGCTACAAGACCGTTGATTCTATGG
ATGACGAGATCAACTCTGATTTTGATTCAGAGGATGAGGGTATTCCCATGGATATGTTTA
AAAATCAATTGGAGAAATCAAACGCCAACATTGAAGGTGAGTCTGATGAGGATGAGGATG
ACTCTGAAGAAGATGACGAAACACCTGTAAAGGTTGAGCCTCCGAGCAAGAAGAGACCAA
ATGGTGGAGCAATTAACAATAACAACAACGCAGTTGCGTCGAAGAAAGCCAAAGTTGCAA
ATCAGCAAAAGCCATCAGGAGCGCATAAGGGGCACAAGTGCGGCGGT*TTCATCCTCCAA
AAAGAAACTAGAGAAAGAGACCAAGACTCAGTTTTTCATGTGAATTTTTGATAGTATTTT
T*CCCTATTGTGGTGAATTGTTGA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1E072JQ 662 0 0
AG
GTCTTTGTCAAGGTCTGTGGTGATGATGATAAGCAAAAGCTTCTCATTGGAAACCTCTCT
CAGAAGGTTCCTCAAGTTACTCTCGATCTCATCTTCGAGCAAGATTTTGAGATCTCGCAT
GAGTGCAAAAGCACCAGCGTCTATATTCTTGGCTACAAGACCGTTGATTCTATGGATGAT
GAGATCGACTCTGATTTTGATTCAGAGGATGAGGGTATTCCCATGGATATGTTTAAAAAT
CAATTGGAGAAATCAAACGCCAACATTGAAGGTGAGTCTGATGAGGATGAGGATGACTCT
GAAGAAGATGACGAAACACCTGTAAAGGTTGAGCCTCCGAGCAAGAAGAGACCAAATGGT
GGAGCAATTAACAATAACAACAACGCAGTTGCGTCAAAGAAAGCCAAAGTTGCAAATCAG
CAAAAGCCATCAGGAGCGCATAAGGGGCACAAGTGCGGCGGTGTTCATCCTCCAAAAAGA
AACTAGAGAAAGAGACCAAGACTCAGTTTTTCATATGAATTTTTGATAGTATTTTTTCCC
TATTGTGGTGAATTGTTGAGTTTTACTTTGTGAGGATTTTGGATTGTTAAATCATTCAAA
TATATTTTATGTTGTTGTCTGCGATGTCAGTGGTTTTAAATGAAGTATGCTTTTTTTGTT

QA 3 662 3 662
DS 

RD RR1FY77JQ 567 0 0
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TACAAGACCGTTGATTCTATGGATGATGAGATCAACTCTGATTTTGATTCAGAGGATGAG
GGTATTCTCATGGATATGTTTAAAAATCAATTGGAGAAATCAAACGCCAACATTGAAGGT
GAGTCTGATGAGGATGAGGATGACTCTGAAGAAGATGACGAAACACCTGTAAAGGTTGAG
TCTCCGAGCAAGAAGAGACCAAATGGTGGAGCAATTAACAATAACAACAACGCAGTTGCG
TCAAAGAAAGCCAAAGTTGCAAATCAGCAAAAGCCATCAGGAGCGCATAAGGGGCACAAG
TGCGGCGGTGTTCATCCTCCAAAAAGAAACTAGAGAAAGAGACCAAGACTCAGTTTTTCA
TATGAATTTTTGATAGTATTTTTTCCCTATTGTGGTGAATTGTTGAGTTTTACTTTGTGA
GGATTTTGGATTGTTAAATCATTCAAATATATTTTATGTTGTTGTCTGCGATGTCAGTGG
TTTTAAATGAAGTATGCTTTTTTTGTT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 5

CO CL1772Contig1 621 5 9 U
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TTCCACTTTCCAGGATTTGCTCAAGAGAAAAAAA**A*TGAGTAGAGGAAGTGCAGCCGT
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CAAGATCATGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGG
CAAAGCCGGTGCACTCGGTGATTCCGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACCGT
CACTTCCGATGGTCAATTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAA
GAAGCACAACGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTA
CGAGTTGAGGTACTTCAACATTGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGCTA
TTACATCTGTTTCCGTTTTTTTGTTTTGTGTTCGTTGTTGCTCAATACAATTTATCATCG
ACCTTGTGTTCTTCTTTATCGACACCTTATTTTAGTTTTGTTGAAGTTACCTCTTGGTTC
AGACTATTGTTTAAGAAAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1H176TF U 1
AF RR1EL02JQ C 135
AF RR1H176JQ C 43
AF RR1EA40TF U 7
AF RR1EL02TF U 19
BS 1 477 RR1H176TF
BS 478 478 RR1EA40TF
BS 479 528 RR1H176TF
BS 529 529 RR1EA40TF
BS 530 585 RR1H176TF
BS 586 586 RR1EA40TF
BS 587 600 RR1H176TF
BS 601 620 RR1EA40TF
BS 621 621 RR1EL02TF

RD RR1H176TF 600 0 0
GGGCTTTCGTCTCCCTCGACTAAAAAAAAAAAAGAACGCCGCTCGTCTCTTCAGAGAGTG
TTCCACTTTCCAGGATTTGCTCAAGAGAAAAAAA**A*TGAGTAGAGGAAGTGCAGCCGT
TGCAAAGGGAAAGAAGAAGGGAGTTTCCTTCTCCATTGATTGCTCCAAGCCTGTCGATGA
CAAGATCATGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGG
CAAAGCCGGTGCACTCGGTGATTCCGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACCGT
CACTTCCGATGGTCAATTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAA
GAAGCACAACGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTA
CGAGTTGAGGTACTTCAACATTGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTA
TTACATCTGTTTCCGTTTTTTTGTTTTGTGTTCGTTGTTGCTCAATACTATTTATCATCG
ACCTTGTGTTCTTCTTTATCGACACCTTATTTTAGTTTTGTTGAATTTACCTCTTGGTTC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1EL02JQ 458 0 0
AGAAGGGAGTTTCCTTCTCCATTGATTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATGGAGA
TTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCAC
TCGGTGATTCCGTCAAAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACCGTCACTTCCGATGGTC
AATTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAACGTGA
GGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACT
TCAACATTGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGCTATTACATCTGTTTCC
GTTTTTTTGTTTTGTGTTCGTTGTTGCTCAATACAATTTATCATCGACCTTGTGTTCTTC
TTTATCGACACCTTATTTTAGTTTTGTTGAAGTTACC
C

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1H176JQ 558 0 0
TCGTCTCTTCAGAGAGTGTTCCACTTTCCAGGATTTGCTCAAGAGAAAAAAA**A*TGAG
TAGAGGAAGTGCAGCCGTTGCAAAGGGAAAGAAGAAGGGAGTTTCCTTCTCCATTGATTG
CTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGA
GAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCACTCGGTGATTCCGTCACAATCACCCGTGA
GAAGAACAAGATCACCGTCACTTCCGATGGTCAATTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTT
GACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAACGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAA
CAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACATTGCTGAGAACGAGGGAGAGGA
AGAAGACTAGAAGAGTTATTACATCTGTTTCCGTTTTTTTGTTTTGTGTTCGTTGTTGCT
CAATACTATTTATCATCGACCTTGTGTTCTTCTTTATCGACACCTTATTTTAGTTTTGTT
GAATTTACCTCTTGGTTC

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1EA40TF 614 0 0
GG
GTCTCCCTCGACTAAAAAAAAAAA*GAACGCCGCTCGTCTCTTCAGAGAGTGTTCCACTT
TCCAGGATTTGCCCAAGAGAAAAAAAAAA*TGAGTAGAGGAAGTGCAGCCGTTGCAAAGG
GAAAGAAGAAGGGAGTTTCCTTCTCCATTGATTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCA
TGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCG
GTGCACTCGGTGATTCCGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACCGTCACTTCCG
ATGGTCAATTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACA
ACGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGA
GGTACTTCAACATTGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGCTATTACATCT
GTTTCCGTTTTTTTGTTTTGTGTTCGTTGTTGCTCAATACAATTTATCATCGACCTTGTG
TTCTTCTTTATCGACACCTTATTTTAGTTTTGTTGAAGTTACCCCTTGGTTCAGACTATT
GTTTAAGAAAAA

QA 3 614 3 614
DS 

RD RR1EL02TF 603 0 0
GGGACT
AAAAAAAAAGAACGCCGCTCGTCTCTTCAGAGAGTGTTCCACTTTCCAGGATTTGCTCAA
GAGAAAAAAAAAAATGAGTAGAGGAAGTGCAGCCGTTGCAAAGGGAAAGAAGAAGGGAGT
TTCCTTCTCCATTGATTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCCCT
CGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCACTCGGTGATTC
CGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACCGTCACTTCCGATGGTCAATTCTCCAA
GAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAACGTGAGGGATTGGCT
CAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACATTGC
TGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGCTATTACATCTGTTTCCGTTTTTTTGT
TTTGTGTTCGTTGTTGCTCAATACAATTTATCATCGACCTTGTGTTCTTCTTTATCGACA
CCTTATTTTAGTTTTGTTGAAGTTACCCCTTGGTTCAGACTATTGTTTAAGAAAAAT

QA 7 603 7 603
DS 



AS 1 4

CO CL1773Contig1 776 4 11 U
AGAAAATATTTCATTGCATTGATTCAATACCAGCTCCAAGAACATTATTATATTTTTATT
TTCTTATTGAAGAGACTTCGGAGCTACAGTTCTTTTAGGGGTTGACTTTGGGAACCCATC
CAGCGATCACATACTTCTCCTCCGTCTTTGTTTTCTCAAAGGAGTCAAGAGAGAACAAAG
CCTTCATGTAGGCACGGACATGTGGTAAGCTCCCAGGGACAGACCAGCTTTTGAAATGCC
CAAGAGCGACCTCTAGATAGTGAAGCTTGGGTGCTAAGCTAAGATCCACCGCCGTGACTC
TTCCCCCTGCGATGAAAGGACCGTCATGAGACTTGAGATGATCTTCCAGAGCTTGTAGCT
CATCAACCAAGGCCTTTTCGGTTCCGTCATTAGAGTCTTTGCTCTTGACGAAACTCACGA
AAGTGCTGAAGATGTTGGATCCAACAGAGGCAAACTGAGGTGGGGTCTTGAGAGATGGGT
CAGGATACTTGTCGTCGAGGATGTTGACGATGATGTCAGAATCAGGCACCCACTTGTCGT
CCATCTTAAGGACTGGTACTTTCCCTTGAGGATTAATGTCTAAGAACCACTGAGGTTTGT
CGGAGAGGTTAATAAGATGTATTTTGTAGGGCTGATTCTTCTCCTCGAGGGTGAGAAGGA
CCCGTTGGCTGAACGGGCAGTCGCCAAGAGCGTCAGGGGCACCAACAGCGGCTTTCACGC
AGACTTCGAGAGCCATCTTTAACCCTTTTTTCTTTTTTCTTTCGCAAGTGATGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1FO19JQ U 1
AF RR1DB70JQ U 14
AF RR1BV34TF C 58
AF RR1FO19TF C 180
BS 1 77 RR1FO19JQ
BS 78 78 RR1DB70JQ
BS 79 259 RR1FO19JQ
BS 260 260 RR1DB70JQ
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BS 493 496 RR1DB70JQ
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BS 510 706 RR1BV34TF
BS 707 707 RR1FO19TF
BS 708 776 RR1BV34TF

RD RR1FO19JQ 492 0 0
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TTCTTATTGAAGAGACTACGGAGCTACAGTTCTTTTAGGGGTTGACTTTGGGAACCCATC
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CAGGATACTTGT

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1DB70JQ 496 0 0
TTT
CATTGATTCAATACCAGCTCCAAGAACATTATTATATTTTTATTTTCTTATTGAAGAGAC
TTCGGAGCTACAGTTCTTTTAGGGGTTGACTTTGGGAACCCATCCAGCGATCACATACTT
CTCCTCCGTCTTTGTTTTCTCAAAGGAGTCAAGAGAGAACAAAGCCTTCATGTAGGCACG
GACATGTGGTAAGCTCCCAGGGACAGACCAGCTTTTGAAATGCCCAAGAGCGACCTCTAG
ATAGTGAAGCTTGGGTGCTAAGCTAAGATCCACCGCCGTGACTCTTCCCCCTGCGATGAA
AGGACCGTCATGAGACTTGAGATGATCTTCCAGAGCTTGTAGCTCATCAACCAAGGCCTT
TTCGGTTCCGTCATTGGAGTCTTTGCTCTTGACGAAACTCACGAAAGTGCTGAAGATGTT
GGATCCAACAGAGGCAAACTGAGGTGGGGTCTTGAGAGATGGGTCAGGATACTTGTCGTC
CAGGATGTTGACG

QA 4 496 4 496
DS 

RD RR1BV34TF 719 0 0
TA
TTTCTTATTGAAGAGACTTCGGAGATACAGTTCTTTTAGGGGTTGACTTTGGGAACCCAT
CCAGCGATCACATACTTCTCCTCCGTCTTTGTTTTCTCAAAGGAGTCAAGGGAGAACAAA
GCCTTCATGTAGGCACGGACATGTGGTAAGCTCCCAGGGACAGACCAGCTTTTGAAATGC
CCAAGAGCGACCTCTAGATAGTGAAGCTTGGGTGCTAAGCTAAGATCCACCGCCGTGACT
CTTCCCCCTGCGATGAAAGGACCGTCATGAGACTTGAGATGATCTTCCAGAGCTTGTAGC
TCATCAACCAAGGCCTTTTCGGTTCCGTCATTGGAGTCTTTGCTCTTGACGAAACTCACG
AAAGTGCTGAAGATGTTGGATCCAACAGAGGCAAACTGAGGTGGGGTCTTGAGAGATGGG
TCAGGATACTTGTCGTCGAGGATGTTGACGATGATGTCAGAATCAGGCACCCACTTGTCG
TCCATCTTAAGGACTGGTACTTTCCCTTGAGGATTAATGTCTAAGAACCACTGAGGTTTG
TCGGAGAGGTTAATAAGATGTATTTTGTAGGGCTGATTCTTCTCCTCGAGGGTGAGAAGG
ACCCGTTGGCTGAACGGGCAGTCGCCAAGAGCGTCAGGGGCACCAACGGCGGCTTTCACG
CAGACTTCGAGAGCCATCTTTAACCCTTTTTTCTTTTTTCTTTCGCAAGTGATGGCC

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR1FO19TF 595 0 0
GCCTTCATGTAGGCACGGACATGTGGTAAGCTCCCAGGGACAGACCAGCTTTTGAAATGC
CCAAGAGCGACCTCTAGATAGTGAAGCTTGGGTGCTAAGCTAAGATCCACCGCCGTGACT
CTTCCCCCTGCGATGAAAGGACCGTCATGAGACTTGAGATGATCTTCCAGAGCTTGTAGC
TCATCAACCAAGGCCTTTTCGGTTCCGTCATTAGAGTCTTTGCTCTTGACGAAACTCACG
AAAGTGCTGAAGATGTTGGATCCAACAGAGGCAAACTGAGGTGGGGTCTTGAGAGATGGG
TCAGGATACTTGTCGTCGAGGATGTTGACGATGATGTCAGAATCAGGCACCCACTTGTCG
TCCATCTTAAGGACTGGTACTTTCCCTTGAGGATTAATGTCTAAGAACCACTGAGGTTTG
TCGGAGAGGTTAATAAGATGTATTTTGTAGGGCTGATTCTTCTCCTCGAGGGTGAGAAGG
ACCCGTTGGCTGAACGGGCAGTCGCCAAGAGCGTCAGGGGCACCAACAGCGGCTTTCACG
CAGACTTCGAGAGCCATCTTTAACCCTTTTTTCTTTTTTCTTTCGCAAGTGAT
CC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 5

CO CL1774Contig1 612 5 7 U
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TTTTGTATGAGAAGAGCGATACATGGAGATGGCTAGTGAGGAAGACGAGAGATTCGAGAT
CCTTTTTCTTCACGTTCGCTACCATATGCGGTGTCATTCCTGGGATAATCGGCTACGGGG
TTATGCAGGCCACCAATTCCACTAACCCGGAGCTCGAGGCCCGGCTCCGACAATCCGCCC
GACCCGAAACCGTCATGATGGGTAAAGTAAACCAAGAGAGGCTAGCTGAGTACCTCGGGG
AGTTGAAACAGAAGCAGGATACCAACGACAGATACGTGGCCGCTCTAAGGGGAGAGACTC
TTACCAGGAAGCCTTACCAAAGAATTCAACCAGTGCCAAAGCCAAATGACACAGTCACAA
CCAAACCTCAGTAATGAATGATCACTTCTTAGAAGAGCTATTGTAATGGATGTTTATTGG
CAGTAATATTTTGTTTTTGAATCCGGCATGCTTTGTGGTTATGAAACTGGTGCAAGATTC
AGTCACTTCAAATATTCTGTGACGCACAGTGAATAAGGATTTAAAATCCATGTTTTGTAC
ATTGCTTCTTCA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1DJ06TF U 15
AF RR1C165JQ C 1
AF RR1C165TF U 1
AF RR1DJ06JQ C 15
AF RR1B958TF U 17
BS 1 66 RR1C165TF
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BS 118 598 RR1C165TF
BS 599 608 RR1B958TF
BS 609 612 RR1DJ06JQ

RD RR1DJ06TF 291 0 0
GGCCGGCGACAG
AGAGAGAGAGAGAGGGAGGGGGAAACGATGTCGCTTTTGTATGAGAAGAGCGATACATGG
AGATGGCTAGTGAGGAAGACGAGAGATTCGAGATCCTTTTTCTTCACGTTCGCTACCATA
TGCGGTGTCATTCCTGGGATAATCGGCTACGGGGTTATGCAGGCCACCAATTCCACTAAC
CCGGAGCTCGAGGCCCGGCTCCGACAATCCGCCCGACCCGAA*CCGTCATGATGGGTAAA
GTAAACCAAGAGAGGCTAGCTGAGTACCTCGGGGA
TTGA

QA 13 287 13 287
DS 

RD RR1C165JQ 598 0 0
GCCGGACATTCAGAAACTCCGGCGACAGAGAGAGAGAGAGGGAGGGGGAAACGATGTCGT
TTTTGTTTGAGAAGAGCGATACATGGAGATGGCTAGTGAGGAAGACGAGAGATTCGGGAT
CCTTTTTCTTCACGTTCGCTACCATATGCGGTGTCATTCCTGGGATAATCGGCTACGGGG
TTATGCAGGCCACCAATTCCACTAACCCGGAGCTCGAGGCCCGGCTCCGACAATCCGCCC
GACCCGAAACCGTCATGATGGGTAAAGTAAACCAAGAGAGGCTAGCTGAGTACCTCGGGG
AGTTGAAACAGAAGCAGGATACCAACGACAGATACGTGGCCGCTTTAAGGGGAGAGACTC
TTACCAGGAAGCCTTACCAAAGAATTCAACCAGTGCCAAAGCCAAATGACACAGTCACAA
CCAAACCTCAGTAATGAATGATCACTTTTTAGAAGAGCTATTGTAATGGATGTTTATTGG
CAGTAATATTTTGTTTTTGAATCCGGCATGCTTTGTGGTTATGAAACTGGTGCAAGATTC
AGTCACTTCAAATATTTTGTGACGCACAGTGAATAAGGATTTAAAATCCATGTTTTGT

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1C165TF 598 0 0
GCCGGACATTCAGAAACTCCGGCGACAGAGAGAGAGAGAGGGAGGGGGAAACGATGTCGT
TTTTGTTTGAGAAGAGCGATACATGGAGATGGCTAGTGAGGAAGACGAGAGATTCGGGAT
CCTTTTTCTTCACGTTCGCTACCATATGCGGTGTCATTCCTGGGATAATCGGCTACGGGG
TTATGCAGGCCACCAATTCCACTAACCCGGAGCTCGAGGCCCGGCTCCGACAATCCGCCC
GACCCGAAACCGTCATGATGGGTAAAGTAAACCAAGAGAGGCTAGCTGAGTACCTCGGGG
AGTTGAAACAGAAGCAGGATACCAACGACAGATACGTGGCCGCTCTAAGGGGAGAGACTC
TTACCAGGAAGCCTTACCAAAGAATTCAACCAGTGCCAAAGCCAAATGACACAGTCACAA
CCAAACCTCAGTAATGAATGATCACTTCTTAGAAGAGCTATTGTAATGGATGTTTATTGG
CAGTAATATTTTGTTTTTGAATCCGGCATGCTTTGTGGTTATGAAACTGGTGCAAGATTC
AGTCACTTCAAATATTCTGTGACGCACAGTGAATAAGGATTTAAAATCCATGTTTTGT

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DS 

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GGCCGGCGACAG
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AGATGGCTAGTGAGGAAGACGAGAGATTCGAGATCCTTTTTCTTCACGTTCGCTACCATA
TGCGGTGTCATTCCTGGGATAATCGGCTACGGGGTTATGCAGGCCACCAATTCCACTAAC
CCGGAGCTCGAGGCCCGGCTCCGACAATCCGCCCGACCCGAAACCGTCATGATGGGTAAA
GTAAACCAAGAGAGGCTAGCTGAGTACCTCGGGGAGTTGAAACAGAAGCAGGATACCAAC
GACAGATACGTGGCCGCTTTAAGGGGAGAGACTCCTACCAGGAAGCCTTACCAAAGAATT
CAACCAGTGCCAAAGCCAAATGACACAGTCACAACCAAACCTCAGTAATGAATGATCACT
TCTTAGAAGAGCTATTGTAATGGATGTTTATTGGCAGTAATATTTTGTTTTTGAATCCGG
CATGCTTTGTGGTTATGAAACTGGTGCAAGATTCAGTCACTTCAAATATTCTGTGACGCA
CAGTGAATAAGGATTTAAAATCCATGTTTTGTACATTGCTTCTTCA

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DS 

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GGCCGGCGAC
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AGATGGCTAGTGAGGGAGACGAGAGATTCGAGATCCTTTTTCTTCACGTTCGCTACCACA
TGCGGTGTCATTCCTGGGATAATCGGCTACGGGGTTATGCAGGCCACCAATTCCACTAAC
CCGGAGCTCGAGGCCCGGCTCCGACAATCCGCCCGACCCGAAACCGTCATGATGGGTAAA
GTAAACCAAGAGAGGCTAGCTGAGTACCTCGGGGAGTTGAAACAGAATCAGGATACCAAC
GACAGATACGTGGCCGCTCTAAGGGGAGAGACTCTTACCAGGAAGCCTTACCAAAGAATT
CAACCAGTGCCAAAGCCAAATGACACAGTCACAACCAAACCTCAGTAATGAATGATCACT
TCTTAGAAGAGCTATTGTAATGGATGTTTATTGGCAGTAATATTTTGTTTTTGAATCCGG
CATGCTTTGTGGTTATGAAACTGGTGCAAGATTCAGTCACTTCAAATATTCTGTGACGCA
CAGTGAATAAGGATTTAAAATCCATGTTTTGTACATTGCTTC

QA 11 592 11 592
DS 



AS 1 5

CO CL1775Contig1 1150 5 11 U
GGGAGGAGATGAATCACAAACATGTAGAAGGAGGAGACGAAGAATTGGAGGCTCAGATAG
AGATCTTGGAAGGGAAACTGAAGCAGCAGTCGCTTGAGTACTCTGAGCTAGAGAGTGAGG
TGAAGGAGTTAAAGAAAGAGCTGGAGGAACAAGCACGGGCCTTCGAGGAAGATATGGAGA
CGATGATGAGGGAGAAGACGGAGCAAGAGCAGAGCCATCAGAGCAGAGGAGAATCTGAGG
AAAACGAGGTGGAAAAACGCTATAGCAGCAGAGCGGCTTCAGGAGAAGTGCAAGAGGCTT
TCTCTAGAGATGGAGTCGAAGCTGAGCGAGCACGAGAGCCTGACAGTTGAAGCGGAGGAC
CTCCGTCTGCAGAACAGAGATCTAGAGGAGAAAGCACACAGAGAGATCACACAAGTGGAA
GAGAAGAAGGAAGCTCTGTCGATGAAAGTGGAGATGCTCGAAGGAGAGGTCCTGAAGCTT
ACTAAGATGAGAGACGAGGCCGATGCAGCGGCTGGTGAGACGGAGAAGATGATGCGAGAG
CTGAGGAAAGAGAGAGATGAGTTTGCTTTGGCTAAAGAGGAAGCGGAGAGAGCGCGGAGA
GAGCTGAGTCTTAGTAAGAGTTCAAACGATGAGAAGGAGACCAGGCTGGGGAATCTGAAG
AGAGAAGTTGAAGGTCTAAGCGTGCAGTACAGTGAGTTGCAGAACAGCTTTGTTCAAGAG
AAAATGGAGAACGAGGAGCTGAGGAAACAAGTGTCGAACTTGAAAGTAGATATCCGGAGG
AAAGAAGAGGAGATGACTAAGATCCTAGATGCAAGGATGGAAGCAAGGGCACAGGAAAAT
GGGAAGAAAGAGGAGAATCTAGCGAAGCTATCAGACGAATTGGCTTATTGTAAGAACAAA
AACAGTTCAATGG*AGAGAGAGTTGAAAGAGATGGAAGAGAGGTATTCAGAGATAAGCTT
GAGATTTGCAGAGGTTGAAGGTGAAAGACAAGAGCTTGTGATGGCTGTCAGAAACCTCAA
GAAACGGTAAGAAGTTGTTTTAGTTTATTTTGTATTGCTAATACAAATTGTTTGTTTGTA
ACATCATCTACCTTGACGAAGAATAACTTTATTATATGAAGTTGTGTTGTTAATAGAATT
CGTTTCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BJ41TF U 1
AF RR1AJ34TF U 201
AF RR1DE48JQ C 602
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AF RR1A676JQ C 624
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TGAAGGAGTTAAAGAAAGAGCTGGAGGAACAAGCACGGGCCTTCGAGGAAGATATGGAGA
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AAAACGAGGTGGAAAAACGCTATAGCAGCAGAGCGGCTTCAGGAGAAGTGCAAGAGGCTT
TCTCTAGAGATGGAGTCGAAGCTGAGCGAGCACGAGAGCCTGACAGTTGAAGCGGAGGAC
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QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1AJ34TF 820 0 0
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GAGAAGGGGACCAGGCTGGGGAATCTGAAGAGAGAAGTTGAAGGTCTAAGCGTGCAGTAC
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CCTCAGA

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DS 

RD RR1DE48JQ 483 0 0
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GGAAGAAAGAGGAGAATCTAGGGAAGCTTTCAGACGAATTGGCTTATTGTAAGAACAAAA
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AAACGGTAAGAAGTTTTTTTAGTTTATTTTGTATTGTTAATACAAATTGTTTGTTTGTAA
CAT

QA 1 483 1 483
DS 

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G
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CGAAGGAGAGGTCCTGAAGCTTACTAAGATGAGAGACGAGGCCGATGCAGCGGCTGGTGA
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GGAAGCGGAGAGAGCGCGGAGAGAGCTGAGTCTTAGTAAGAGTTCAAACGATGAGAAGGA
GACCAGGCTGGGGAATCTGAAGAGAGAAGTTGAAGGTCTAAGCGTGCAGTACAGTGAGTT
GCAGAACAGCTTTGTTCAAGAGAAAATGGAGAACGAGGAGCTGAGGAAACAAGTGTCGAA
CTTGAAAGTAGATATCCGGAGGAAAGAAGAGGAGATGACTAAGATCCTAGATGCAAGGAT
GGAAGCAAGGGCACAGGAAAATGGGAAGAAAGAGGAGAATCTAGCGAAGCTATCAGACGA
ATTGGCTTATTGTAAGAACAAAAACAGTTCAATGG*AGAGAGAGTTGAAAGAGATGGAAG
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TGATGGCTGTCAGAAACCTCAAGAAACGGTAAGAAGTTGTTTTAGTTTATTTTGTATTGC
TAATACAAATTGTTTGTTTGTAACATCATCTACCTTGACGAAGAATAACTTTATTATATG
AAGTTGTGTTGTTAATAGAATTCGTTTCTCTC

QA 2 753 2 753
DS 

RD RR1A676JQ 527 0 0
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GCAGTACAGTGAGTTGCAGAACAGCTTTGTTCAAGAGAAAATGGAGAACGAGGAGCTGAG
GAAACAAGTGTCGAACTTGAAAGTAGATATCCGGAGGAAAGAAGAGGAGATGACTAAGAT
CCTAGATGCAAGGATGGAAGCAAGGGCACAGGAAAATGGGAAGAAAGAGGAGAATCTAGC
GAAGCTATCAGACGAATTGGCTTATTGTAAGAACAAAAACAGTTCAATGG*AGAGAGAGT
TGAAAGAGATGGAAGAGAGGTATTCAGAGATAAGCTTGAGATTTGCAGAGGTTGAAGGTG
AAAGACAAGAGCTTGTGATGGCTGTCAGAAACCTCAAGAAACGGTAAGAAGTTGTTTTAG
TTTATTTTGTATTGCTAATACAAATTGTTTGTTTGTAACATCATCTACCTTGACGAAGAA
TAACTTTATTATATGAAGTTGTGTTGTTAATAGAATTCGTTTCTCTC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 2 5

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TGTTTCTCATAACAAAAACATAGGTTTCACACAACTTTCAGGGTTAACACAAAAAGACAA
GAACTTGAGATGCTCAGAACGAAAAAAAGCAAGTTAAAAAGCAAAGGGCTTCAAGTAGGC
TTCCTCATATTTCTTCCTGCACGAATCACTTCGTCCACCAAAAGCAGCTGTGAGGCAATC
ACTGGCCCTGAGTTGATAAGTTGGCGTTTCACTGAGTAATTGTCGAAAATACCAGCGAGC
TGCGGGTCAATTGGTTCACAGTCCTCAATGTTCAATCCCACTACGTTTCCTTTGTCATGC
TCGCTCGTTAGAGAAATGATCACGTCTTGGGTGTCAAGACCCGCGTTTTCTGCAAGTGTC
TTGGGCACCACGAGAAGGGCATTAGCAAAAGCTTCAACGCCAAGTTGGGTACGCCCTTGA
ACGGTTTTCTTGACTTCATTGAGTAAGTGATGTCTTGCTGCAACTTCAAAAGCTCCTGCT
CCTAGCACAACACACTCGTCTTCTATGGTGTTCTTGACCGATCTTAGACCATCACGAACC
GCATCCTTAATTTGAGCAATGGTGTGGTCATTAGGCCCTTTGATGAGGATGGTACACGAA
TTAGGGTTCTTAACTTGCTCCACGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DA27JQ U 49
AF RR1DA27TF C 49
AF RR1BH59JQ U 1
BS 1 108 RR1BH59JQ
BS 109 109 RR1DA27JQ
BS 110 686 RR1BH59JQ

RD RR1DA27JQ 229 0 0
CAC
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AAAAGACAAAAACTTGAAATGCTCAAAACGAAAAAAAGCAAGTTAAAAAGCAAAGGGCTT
CAAGTAGGCTTCCTCATATTTCTTCCTGCACGAATCACTTCGTCCACCAAAAGCAGCTGT
GAGGCAATCACTGGCCCTGAGTTGATAAGTTGGCGTTTCACTGAGT

QA 4 229 4 229
DS 

RD RR1DA27TF 229 0 0
CAC
ATTAAAAGATGTTTCTCATAACAAAAACATAGGTTTCACACAACTTTCAGGGTTAACACA
AAAAGACAAGAACTTGAGATGCTCAGAACGAAGAAAAGCAAGTTAAAAAGCAAAGGGCTT
CAAGTAGGCTTCCTCATATTTCTTCCTGCACGAATCACTTCGTCCACCAAAAGCAGCTGT
GAGGCAATCACTGGCCCTGAGTTGATAAGTTGGCGTTTCACTGAGT

QA 4 229 4 229
DS 

RD RR1BH59JQ 686 0 0
ATTTTAATGTTTTTCTCAGTTCGTAAAAATCAACTAGATCTACAAAGTCAGATTAAAAGA
TGTTTCTCATAACAAAAACATAGGTTTCACACAACTTTCAGGGTTAACGCAAAAAGACAA
GAACTTGAGATGCTCAGAACGAAAAAAAGCAAGTTAAAAAGCAAAGGGCTTCAAGTAGGC
TTCCTCATATTTCTTCCTGCACGAATCACTTCGTCCACCAAAAGCAGCTGTGAGGCAATC
ACTGGCCCTGAGTTGATAAGTTGGCGTTTCACTGAGTAATTGTCGAAAATACCAGCGAGC
TGCGGGTCAATTGGTTCACAGTCCTCAATGTTCAATCCCACTACGTTTCCTTTGTCATGC
TCGCTCGTTAGAGAAATGATCACGTCTTGGGTGTCAAGACCCGCGTTTTCTGCAAGTGTC
TTGGGCACCACGAGAAGGGCATTAGCAAAAGCTTCAACGCCAAGTTGGGTACGCCCTTGA
ACGGTTTTCTTGACTTCATTGAGTAAGTGATGTCTTGCTGCAACTTCAAAAGCTCCTGCT
CCTAGCACAACACACTCGTCTTCTATGGTGTTCTTGACCGATCTTAGACCATCACGAACC
GCATCCTTAATTTGAGCAATGGTGTGGTCATTAGGCCCTTTGATGAGGATGGTACACGAA
TTAGGGTTCTTAACTTGCTCCACGAA

QA 1 686 1 686
DS 



CO CL1776Contig2 827 2 3 U
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GGTAAACAAAAGACAAGACTTGAGATGCTCAGAACGAAGAAAAGCAAGTTAAAAAGCAAA
GGGCTTCAAGTAGGCTTCCTCATATTTCTTCCTGCACGAATCACTTCGTCCACCAAAAGC
AGCTGTGAGGCAATCACTGGCCCTGAGTTGATAAGTTGGCGTTTCACTGAGTAATTGTCG
AAGATACCAGCGAGCTGCGGGTCAATTGGTTCACCGTCCTCAATGTTCAATCCCACTACG
TTTCCTTTGTCATGCTCGCTCGTTAGAGAAATGATCACGTCTTGGGTGTCAAGACCTGCG
TTTTCTGCAAGTGTCTTGGGCACCACGAGAAGGGCATTAGCAAAAGCTTCTACGCCAAGT
TGGGCACGCCCCTTAACGGTTTTCTTGACTTCATTGAGTAAGTGATGTCTTGCTGCAACT
TCAAAAGCTCCTGCTCCTAGCACAACACACTCGTCTTCTATGGTGTTCTTGACCGATCTT
AAACCATCACGAACCGCATCCTTAATTTGAGCAATGGTGTGGTCATTAGGCCCTTTGATG
AGGATGGTACACGAATTAGGGTTCTTCACTTGCTCCACGAAGGTGTACTTTTCCTCTCCA
AGAACGTGCTCATAGACAAGTCCAGCCCATCCAAGCGACTCAGGGGTCAAGTCGTCAACA
GAATTCACAGCATCTCCACCACATGCCAAAACTAAACGTTCCATGTTCCTCCTCTTTGCT
CTTCGAAGGGCAATAATCCCTTCTCTAGCAAGAATATCCAACGATGC


BQ
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AF RR1EH03JQ U 96
AF RR1EH03TF C 1
BS 1 99 RR1EH03TF
BS 100 699 RR1EH03JQ
BS 700 827 RR1EH03TF

RD RR1EH03JQ 604 0 0
GAAA
AAAAGCAAGTTAAAAAGCAAAGGGCTTCAAGTAGGCTTCCTCATATTTCTTCCTGCACGA
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CGTTTCACTGAGTAATTGTCGAAGATACCAGCGAGCTGCGGGTCAATTGGTTCACCGTCC
TCAATGTTCAATCCCACTACGTTTCCTTTGTCATGCTCGCTCGTTAGAGAAATGATCACG
TCTTGGGTGTCAAGACCTGCGTTTTCTGCAAGTGTCTTGGGCACCACGAGAAGGGCATTA
GCAAAAGCTTCTACGCCAAGTTGGGCACGCCCCTTAACGGTTTTCTTGACTTCATTGAGT
AAGTGATGTCTTGCTGCAACTTCAAAAGCTCCTGCTCCTAGCACAACACACTCGTCTTCT
ATGGTGTTCTTGACCGATCTTAAACCATCACGAACCGCATCCTTAATTTGAGCAATGGTG
TGGTCATTAGGCCCTTTGATGAGGATGGTACACGAATTAGGGTTCTTCACTTGCTCCACG
AAGGTGTACTTTTCCTCTCCAAGAACGTGCTCATAGACAAGTCCAGCCCATCCAAGCGAC

QA 5 604 5 604
DS 

RD RR1EH03TF 827 0 0
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GGGCTTCAAGTAGGCT*CCTCATATTTCT*CCTGCACGAATCACTTCGTCCACCAAAAGC
AGCTGTGAGGCAATCACTGGCCCTGAGTTGATAAGTTGGCGTTTCACTGAGTAATTGTCG
AAGATACCAGCGAGCTGCGGGTCAATTGGTTCACCGTCCTCAATGTTCAATCCCACTACG
TTTCCTTTGTCATGCTCGCTCGTTAGAGAAATGATCACGTCTTGGGTGTCAAGACCTGCG
TTTTCTGCAAGTGTCTTGGGCACCACGAGAAGGGCATTAGCAAAAGCTTCTACGCCAAGT
TGGGCACGCCCCTTAACGGTTTTCTTGACTTCATTGAGTAAGTGATGTCTTGCTGCAACT
TCAAAAGCTCCTGCTCCTAGCACAACACACTCGTCTTCTATGGTGTTCTTGACCGATCTT
AAACCATCACGAACCGCATCCTTAATTTGAGCAATGGTGTGGTCATTAGGCCCTTTGATG
AGGATGGTACACGAATTAGGGTTCTTCACTTGCTCCACGAAGGTGTACTTTTCCTCTCCA
AGAACGTGCTCATAGACAAGTCCAGCCCATCCAAGCGACTCAGGGGTCAAGTCGTCAACA
GAATTCACAGCATCTCCACCACATGCCAAAACTAAACGTTCCATGTTCCTCCTCTTTGCT
CTTCGAAGGGCAATAATCCCTTCTCTAGCAAGAATATCCAACGATGC

QA 1 827 1 827
DS 



AS 2 5

CO CL1777Contig1 770 2 18 U
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ATAAAAGTATACTTAGACCGCAGCCTTGTCTTTAAAACTCGATTAGAAAAACAGACTAAG
CGACCCATAGGATCATCAAAACACAAGTCACCGAAGCAAAACTCATATGAGAGAGCGTAT
CAAACCAAAACCAATAATCTTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCT
TCAAACGGCCCTGCGTCCTCGATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGGGCTTCATCGGAG
ATGTCGACCTTAGTCCACTCGTACAGCTCCATGTCGTACACCTCATCCATAACGAACTTG
GGGATCTCTGGTCCACGGAACAGCCACAAACCCTTCACCTTGAACGGACCTTCTGCCCCG
CAAATCAACATCTTTCCAAAGGCGTACTTGCGTACCAAATCCATTCTCTGCAGGAATCCA
CCAACCTTGTTCAGGGTGACGAATGACACAGTGTTCTCGTCATTGTATTTGTAGTCGCAA
AACCACAGTGAGTATCCCTCTGGGTCATACATGTCCCAGAATCCTTTGATAGCAACCTCA
CGGAAGTTGGACTTGGTGTTTGAGTACAGCCTCTTCCACTCATCGAGAACCATTGGGCTC
GGTGGTAGCAAGTCAAGAGGGTTCTTTGCTTTGGGCTTTGGTGCCTCTTCCTCTTCAACA
GGCTTAGGTGCCTCTGCAACAGGGGCAGCCTTTTTCTTAGGCTCCTCCTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY61JQ U 1
AF RR1G539JQ U 20
BS 1 23 RR1FY61JQ
BS 24 24 RR1G539JQ
BS 25 427 RR1FY61JQ
BS 428 428 RR1G539JQ
BS 429 453 RR1FY61JQ
BS 454 454 RR1G539JQ
BS 455 482 RR1FY61JQ
BS 483 483 RR1G539JQ
BS 484 491 RR1FY61JQ
BS 492 492 RR1G539JQ
BS 493 509 RR1FY61JQ
BS 510 510 RR1G539JQ
BS 511 539 RR1FY61JQ
BS 540 540 RR1G539JQ
BS 541 550 RR1FY61JQ
BS 551 551 RR1G539JQ
BS 552 641 RR1FY61JQ
BS 642 770 RR1G539JQ

RD RR1FY61JQ 641 0 0
GGTATGGTAAATGAATTGTCTCAGCAAAAAGAGAACCATTAACAAACACAAGAATAAAAG
ATAAAAGTATACTTAGACCGCAGCCTTGTCTTTAAAACTCGATTAGAAAAACAGACTAAG
CGACCCATAGGATCATCAAAACACAAGTCACCGAAGCAAAACTCATATGAGAGAGCGTAT
CAAACCAAAACCAATAATCTTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCT
TCAAACGGCCCTGCGTCCTCGATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGGGCTTCATCGGAG
ATGTCGACCTTAGTCCACTCGTACAGCTCCATGTCGTACACCTCATCCATAACGAACTTG
GGGATCTCTGGTCCACGGAACAGCCACAAACCCTTCACCTTGAACGGACCTTCTGCCCCG
CAAATCAGCATCTTTCCAAAGGCGTACTTGCGTGCCAAATCCATTCTCTGCAGGAATCCA
CCGACCTTGTTGAGGGTGACGAATGACACTGTGTTCTCGTCATTGTATTTGTAGTCGCAG
AACCACAGTGGGTATCCCTCTGGGTCATACATGTCCCAGAATCCTTTGATAGCAACCTCA
CGGAAGTTGGACTTGGTGTTTGAGTACAGCCTCTTCCACTC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1G539JQ 751 0 0
CTCAACAAAAAGAGAACCATTAACAAACACAAGAATAAAAGATAAAAGTATACTTAGACC
GCAGCCTTGTCTTTAAAACTCGATTAGAAAAACAGACTAAGCGACCCATAGGATCATCAA
AACACAAGTCACCGAAGCAAAACTCATATGAGAGAGCGTATCAAACCAAAACCAATAATC
TTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCTTCAAACGGCTCTGCGTCCT
CGATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGGGCTTCATCGGAGATGTCGACCTTAGTCCACT
CGTACAGCTCCATGTCGTACACCTCATCCATAACGAACTTGGGGATCTCTGGTCCACGGA
ACAGCCACAAACCCTTCACCTTGAACGGACCTTCTGCCCCGCAAATCAACATCTTTCCAA
AGGCGTACTTGCGTACCAAATCCATTCTCTGCAGGAATCCACCAACCTTGTTCAGGGTGA
CGAATGACACAGTGTTCTCGTCATTGTATTTGTAGTCGCAAAACCACAGTGAGTATCCCT
CTGGGTCATACATGTCCCAGAATCCTTTGATAGCAACCTCACGGAAGTTGGACTTGGTGT
TTGAGTACAGCCTCTTCCACTCATCGAGAACCATTGGGCTCGGTGGTAGCAAGTCAAGAG
GGTTCTTTGCTTTGGGCTTTGGTGCCTCTTCCTCTTCAACAGGCTTAGGTGCCTCTGCAA
CAGGGGCAGCCTTTTTCTTAGGCTCCTCCTT

QA 1 751 1 751
DS 



CO CL1777Contig2 786 3 20 U
GTCCCGAGGGTCCCATCTTTGAGAGCAACGCCATTGCCCGTTATGTGAGCCGATTGAACG
GTGAGAACTCCTTGAACGGATCTTCCCTGATCGAATATGCACAAATTGAGCAATGGATCG
ATTTCTCCTCACTTGAGATTTTCGGAAGCATCTTCAAGTGGTTCGGTGCAAGAATTGGCT
ACATGCCATACAGTGTTCCGGGTGAGGAAGCTGCTATTTCTGCGTTGAAAAGAGCACTTG
ATGCTCTGAACACCCATCTCACTTCCAACACTTACCTTGTTGGACACTCTATCACCCTTG
CCGATATCATCACTGTCTGCAACTTGAGCCTGGGATTTACCACTATCATGACCAAGAGCT
TCACCTCTGCATTCCCCCATGTCGAGAGATACTTCTGGACCTTGATTAACCAGCCAAACT
TCAAGAAGGTGGTGGGTGATGTCAAACAGACTGAAGCTGTCCCTCCTGTTACTTCCAAGA
AAGCTGCTGCCCAGCCTGCAAAGGCCAAGGAAGAGCCTAAGAAAAAGGCTGCCCCTGCGG
CAGAGGCACCTAAGCCTGTTGAAGAGGAAGAGGCACCAAAGCCCAAAGCAAAGAACCCTC
TTGACTTGCTACCACCAAGCCCAATGGTTCTCGATGAGTGGAAGAGGCTGTACTCAAACA
CCAAGTCCAACTTCCGTGAGGTTGCTATCAAAGGATTCTGGGACATGTATGACCCAGAGG
GATACTCACTGTGGTTCTGCGACTACAAATACAATGACGAGAACACAGTGTCATTCGTCA
CCCTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY61TF U 56
AF RR1G539TF U 1
AF RR1FV58TF U 223
BS 1 299 RR1G539TF
BS 300 300 RR1FV58TF
BS 301 382 RR1G539TF
BS 383 383 RR1FV58TF
BS 384 511 RR1G539TF
BS 512 512 RR1FV58TF
BS 513 537 RR1G539TF
BS 538 539 RR1FV58TF
BS 540 572 RR1G539TF
BS 573 573 RR1FV58TF
BS 574 616 RR1G539TF
BS 617 617 RR1FV58TF
BS 618 646 RR1G539TF
BS 647 647 RR1FV58TF
BS 648 669 RR1G539TF
BS 670 670 RR1FV58TF
BS 671 680 RR1G539TF
BS 681 681 RR1FV58TF
BS 682 691 RR1G539TF
BS 692 786 RR1FV58TF

RD RR1FY61TF 124 0 0
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GATCGATTTCTCCTCACTTGAGATTTTCGGAAGCATCTTCAAGTGGTTCGGTGCAAGAAT
TGGC

QA 1 124 1 124
DS 

RD RR1G539TF 691 0 0
GTCCCGAGGGTCCCATCTTTGAGAGCAACGCCATTGCCCGTTATGTGAGCCGATTGAACG
GTGAGAACTCCTTGAACGGATCTTCCCTGATCGAATATGCACAAATTGAGCAATGGATCG
ATTTCTCCTCACTTGAGATTTTCGGAAGCATCTTCAAGTGGTTCGGTGCAAGAATTGGCT
ACATGCCATACAGTGTTCCGGGTGAGGAAGCTGCTATTTCTGCGTTGAAAAGAGCACTTG
ATGCTCTGAACACCCATCTCACTTCCAACACTTACCTTGTTGGACACTCTATCACCCTTT
CCGATATCATCACTGTCTGCAACTTGAGCCTGGGATTTACCACTATCATGACCAAGAGCT
TCACCTCTGCATTCCCCCATGTTGAGAGATACTTCTGGACCTTGATTAACCAGCCAAACT
TCAAGAAGGTGGTGGGTGATGTCAAACAGACTGAAGCTGTCCCTCCTGTTACTTCCAAGA
AAGCTGCTGCCCAGCCTGCAAAGGCCAAGGAGGAGCCTAAGAAAAAGGCTGCCCCTGTTG
CAGAGGCACCTAAGCCTGTTGAAGAGGAAGAG*CACCAAAGCCCAAAGCAAAGAACCCTC
TTGACTTGCTACCACCGAGCCCAATGGTTCTCGATGAGTGGAAGAG*CTGTACTCAAACA
CCAAGTCCA*CTTCCGTGAG*TTGCTATCAA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1FV58TF 564 0 0
G
GTTGAAAAGGGCACTTGATGCTCTGAACACCCATCTCACTTCCAACACTTACCTTGTTGG
ACACTCTATCACCCTTGCCGATATCATCACTGTCTGCAACTTGAGTCTGGGATTTACTAC
TATCATGACCAAGAGCTTCACCTCTGCATTCCCCCATGTCGAGAGATACTTCTGGACCTT
GATTAACCAGCCAAACTTCAAGAAGGTGGTGGGTGATGTCAAGCAGACTGAAGCTGTCCC
TCCTGTTACTTCCAAGAAAGCTGCTGCCCAGCCTGCAAAGGCCAAGGAAGAGCCTAAGAA
AAAGGCTGCCCCTGCGGCAGAGGCACCTAAGCCTGTTGAAGAGGAAGAGGCACCAAAGCC
CAAAGCAAAGAACCCTCTTGACTTGCTACCACCAAGCCCAATGGTTCTCGATGAGTGGAA
GAGGCTGTACTCAAACACCAAGTCCAACTTCCGTGAGGTTGCTATCAAAGGATTCTGGGA
CATGTATGACCCAGAGGGATACTCACTGTGGTTCTGCGACTACAAATACAATGACGAGAA
CACAGTGTCATTCGTCACCCTCA

QA 2 564 2 564
DS 



AS 1 5

CO CL1778Contig1 1139 5 10 U
GGGAGGTCCGACTTACTCATATCTTTGGTTCCGTCGTTGACTTTTTATCATTCTTCAAAT
CGTTTGAAACCTCTCGAAAAGAGTGATTGGCGTGGTAATCTTAGTTGAAAGTTTCCCTCC
TTTGTTTTCATTTCTCTCTTTAGATCTTTTACCTTTTGTTCAACTCCGCCTTCCGTTTGG
TACTCACTCGGTTTTAAAAAAAAACACTACTCGAAGAAGAAGAAGCTTGTTTCGCCATTG
ATCTTTCTTTTGGTGTGTGCTTTTGACGTTTTACTGTTACACTCTCGAGTTACTGTTATT
TTAATTTGGATATGAGCTCTGTCTGTAGTGGTGGGTGTGATTTCAAAGATGCAGCCTCTG
CTTCGACCCCTTCTAATAATGGCTCCTCCAATCATGTCTCCGTTGTTACCGGATCTGAAG
ATGCTCAAGAGTCTGACGGGGATGATAGTGGTAATATACACCAATATTTGAATCAAGAAT
CAAAAGACATCCCTGAGCCTTTACCTCTCAAGTCTTCAGATGATGAAGGAGAAGACAAGA
ACCACCTTGCCAAGGTCGTTATCTTCTCTCAGAGTGTGACTGCGGCGGCCACTGTCATTC
CAGCCATCAAAGGCAGCCGAGAGAAGCATGGCAAGCCGCTCGAGAAGCTGAGGGTGTCAT
GGGCTGAAGATGTGTATGATCCTCCACCTTCCATCGTCTCTCACACAAGGAGCAAGAAAC
AGCATCAGCATCAGAAATCAAAGAGCAGAGATAGCTTGAAGAAGAACGGAAAGAAAGGAC
ATAAGGGAAGCACTAGTTCTTCATCATCCCGTGGCAGCAAAGACAAGAAGTCGTCACCTT
CTTCTTCTCGCAGCAAACACAGTCGTGATAAGTTTGGATGGGCAACACAAGTGCCTATCT
CAGCTGCATCTTCTTGAATTGTCCTTGGCATGGGCGGCAGAGCACGTGCGTCTACTTTAC
TATTTCTCCTCTCCCATCTCTGAATTACAGAACGACTTTTGTTATTTCTACGGAATGGAT
TTTGTTGTTTACAATAATTGCTACTAGTTTTGCGAAGCTTTCTTCGTGTGTCTATGTTCT
GTAGACACTTTGTTTATTTCAAATTATGGCTAAATAGTTGTGTGCAAGATATGATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BV55TF U 62
AF RR1EI11TF U 62
AF RR1FG59TF U 1
AF RR1FG59JQ C 378
AF RR1BV55JQ C 419
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TAATTTGGATATGAGCTCTGTCTGTAGTGGTGGGTGTGATTTCAAAGATGCAGCCTCTGC
TTCGACCCCTTCTAATAATGGCTCCTCCAATCATGTCTCCGTTGTTACCGGATCTGAAGA
TGCTCAAGAGTCTGACGGGGATGATAGTGGTAATATACACCAATATTTGAATCAAGAATC
AAAAGACATCCCTGAGCCTTTACCTCTCAAGTCTTCAGATGATGAAGGAGAAGACAAGAA
CCACCTTGCCAAGGTCGTTATCTTCTCTCAGAGTGTGACTGCGGCGGCCACTGTCATTCC
AGCCATCAAAGGCAGCCGAGAGAAGCATGGCAAGCCGCTCGAGAAGCTGAGGGTGTCATG
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G

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DS 



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TCCAGCTTCTCAGCCTCTTTCTCTTCCTTACCTCGAGCTCCAAACGCAACGTTTTTATCA
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CAACCCAAATCTATCTAGAATATTCTCC


BQ
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AF RR1GV64JQ U 21
AF RR1B454JQ U 1
AF RR1GV64TF C 532
BS 1 141 RR1B454JQ
BS 142 142 RR1GV64JQ
BS 143 739 RR1B454JQ
BS 740 1108 RR1GV64TF

RD RR1GV64JQ 574 0 0
GTAC
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ACAAAGAGAAAGTTTGGACACAAAAGTAACAACATTGGGAGCGAGTGAAATTTGCACAAC
TATTCTTCAATCTTTGCCTTCTTCCGAGCCAAAAACCGTTCTCTAGCAGCAGCAATCGCA
TCCTCGCTTTTCTTGTTGTTGACAATGGCGGCCTTTGGAGCTTCTTTTGCTTCCTCTTTA
GTTGATGCGTCTTTCTCTTCTCTAACATCTGGACCAATCTTCTTCTCAGATGCATCTTGC
TCCTCTTCTTCTTCTTCTTGGGGTTCCATACTTCTCTTACGGCTTGGTCCAATATCTTGA
GATTCACGCAACACTTGCTTCTCCTGCGACTCTGCTTTCTTCTTCTCTTCTTTCCTCAGC
TCCTCCTCCAGCTTCTCAGCCTTTCTTTGTTCCTCCTCCAGCTTCTCAGCCTCTTTCTCT
TCCTTACCTCGAGCTCCAAACGCAACGTTTTTATCAATGTTGAAGTAGAAGTCACTCAAG
TCCTTCTTCTTTGTAACATCATCTTTTGCC

QA 5 574 5 574
DS 

RD RR1B454JQ 739 0 0
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AAAGTGATCCGATATATTAGTATTACAAAGAGAAAGTTTGGACACAAAAGTAACAACATT
GGGAGCGAGTGAAATTTGCACCACTATTCTTCAATCTTTGCCTTCTTCCGAGCCAAAAAC
CGTTCTCTAGCAGCAGCAATCGCATCCTCGCTTTTCTTGTTGTTGACAATGGCGGCCTTT
GGAGCTTCTTTTGCTTCCTCTTTAGTTGATGCGTCTTTCTCTTCTCTAACATCTGAACCA
ATCTTCTTATCAGATGCATCTTGCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTGGGGTTCCATACTTCTC
TTACGGCTTGGTCCAATATCTTGAGATTCACGCAACACTTGCTTCTCCTGCGACTCTGCT
TTCTTCTTCTCTTCTTTCCTCAGCTCCTCCTCCAGCTTCTCAGCCTTTCTTTGTTCCTCC
TCCAGCTTCTCAGCCTCTTTCTCTTCCTTACCTCGAGCTCCAAACGCAACGTTTTTATCA
ATGTTGAAGTAGAAGTCACTCAAGTCCTTCTTCTTTGTAACATCATCTTTTGCCTCACGA
ATTTCACGCAGCCTTTCTTCAGCAAGCCACTTCTTTTGCTCCTCTAGCTTCTTCTTATAC
GCCCCCGTTACGAACTTCTCTTTACCGGAGTAAAGATGCTCGTCTTTCTCCCTCTCCTTG
GCGAGCTTCCTCTCGTAAA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1GV64TF 577 0 0
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GCCTCACGAATTTCACGCAGCCTTTCTTCAGCAAGCCACTTCTTTTGCTCCTCTAGCTTC
TTCTTATACGCCCCCGTTACGAACTTCTCTTTACCGGAGTAAAGATGCTCGTCTTTCTCC
CTCTCCTTGGCGAGCTTCCTCTCGTAAACAACCTCATGTTCCTTGTTTCTCTGTTCCGCC
TTTTTCATCAAATGATGCACATACTTTGGCTTGCGATCTTGACGATCTTGCAGTTTAGGA
ACGACGGCTTTGTGTTTAATGTCGTCGTAAACTTCATCGTATGCAAAAGCAGAAGGATCC
TCCTCCAAGGCTTTCTTATGCTGCTCCTCAATTTCTTTAAGAGATTTGGCCTTTGAAGCT
TGACGAGAGATCTCCTTCTCGACATCACCTTCGTCTTCGTCTTCGTCGAATATCGAAGCG
CGGCGAGGTATTATTGGCTGCTTCTTCTGAGCCGGAGCCCTGATTTGCAATCCGTACTTC
TTCATTCTTCAACCCAAATCTATCTAGAATATTCTCC

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 5

CO CL1780Contig1 935 5 14 U
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CCCAATCATGACACTCGGATGACTGTTTCCAATTGAAAATTTGCGGCTTACAAGAAACAC
GAAGGGTTTATATAATAATATCTAAGAATCCAAACAAAATAAAAAACTTCAAAAAAGTCA
TAAACTTAAACAAGCATCAAGAACTCCAACCATATATCAAGTAGTCCATCCGTCACCAAG
ACCGTAAGCATCTCTATAACCGGCGTGGACATGGTCATGGTCCCCACCGGCGTTTGCTTC
ATCCAATATTTTCTGAACTTTCTCTGGGATAGGTTCTTCAGAGACCCGTCTGATGGATCT
CGGGAATGCAGAGACGAAATCAGCAATGTAATCTGTAAGCTCGCCCGATTTGCTTTCCTG
AGGCCACCGGCTGCCTGAATGAGTAACAAACTTTGCCTTTGGAAGAGCCTTAGCTACACG
TTGGCCTTCCTGGATCCATACATCAGAAACTTGGTTAGACCAAATCACTTGCATCGGGAT
ACCATTGACAGCATCAGAGTTACCCCACTGTGCAATGTCAAAGCTATGGTTTAGCTTCTT
AAGCGAGGCAAGAAGAGCTTCCCTCCCGTTTTTGCCTTTCAAAAGTATCCTATGAGCTTC
GACTTGCGATAAAGTCATCTCCTTTGAGCAACGTAAGCTCACTAGCTTCTTGAAACCAAA
CGAAAACCCTAACAAGACCTCTCTTATTACAGGTATGTGCAAAACCCACAAGGGCAGTGC
TGGGTTAACACTGGGGTCGACAAGCGTTATACCCCGAACACTTTGGGGATTCTCGGAAAC
CCAGTTTGCAGCTAACCCGAGAGCTGAATCATGAAGAACCAAATGCACAGGAGATAGACC
CAAAGTATCAATCACTTGACCTAAAACCTTAGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C054JQ U 1
AF RR1DU30JQ U 115
AF RR1H029JQ U 360
AF RR1C054TF C 247
AF RR1H029TF C 247
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BS 341 341 RR1DU30JQ
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BS 506 506 RR1H029JQ
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BS 910 910 RR1H029TF
BS 911 915 RR1C054TF
BS 916 935 RR1H029TF

RD RR1C054JQ 767 0 0
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ATCCAATATTTTCTGAACTTTCTCTGGGATAGGTTCTTCAAAGACCCGTCTGATGGATCT
CGGGAATGCAGAGACGAAATCAGCAATGTAATCTGTAAGCTCGCCCGATTTGCTTTCCTG
AGGCCACCGGCTGCCTGAATGAGTAACAAACTTTGCCTTTGGAAGAGCCTTAGCTACACG
TTGGCCTTCCTGGATCCATACATCAAAAACTTGGTTAGACCAAATCACTTGCATCGGGAT
ACCATTGACAGCATCAGAGTTACCCCACTGTGCAATGTCAAAGCTATGGTTTAGCTTCTT
AAGCGAGGCAAGAAGAGCTTCCCTCCCGTTTTTGCCTTTCAAAAGTATCCTATGAGCTTC
GACTTGCGATAAAGTCATCTCCTTTGAGCAGCGTAAGCTCACTAGCTTCTTGAAACCAAA
CGAAAACCCTAACAAGACCTCTCTTATTACAGGTATGTGCAAA
CCCA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1DU30JQ 619 0 0
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AAGTCATAAACTTAAACAAGCATCAAGAACTCCAACCATATATCAAGTAGTCCATCCGTC
ACCAAGACCGTAAGCATCTCTATAACCGGCGTGGACATGGTCATGGTCCCCACCGGCGTT
TGCTTCATCCAATATTTTCTGAACTTTCTCTGGGATAGGTTCTTCAGAGACCCGTCTGAT
GGATCTCGGGAATGCAGAGACGAAATCAGCAATGTAATCTGTAAGCTCGCCCGATTTGCT
TTCCTGAGGCCCCCGGCTGCCTGAATGAGTAACAAACTTTGCCTTTGGAAGAGCCATAGC
TACACGTTGGCCTTCCTGGATCCATACATCAAAAACTTGGTTAGACCAAATCACTTGCAT
CGGGATACCATTGACAGCATCCGAGTTACCCCACTGTGCAATGTCAAAGCTATGGTTTAG
CTTCTTAAGCGAGGCAAGAAGAGCTTCCCTCCCGTTTTTGCCTTTCAAAAGTATCCTATG
AGCTTCGACTTGCGATAAAGTCATCTCCTTTGAGCAACGTAAGCTCACTAGCTTCTTGAA
ACCAAACGAAAACCCTAAC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1H029JQ 437 0 0
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GAGGCCACCGGCCGCCTGAATGAGTAACAAACTTTGCCTTTGGAAGAGCCTTAGCTACAC
GTTGGCCTTCCTGGATCCATACATCAGAAACTTGTTTAGACCAAATCACTTGCATCGGGA
TACCATTGACAGCATCTGAGTTACCCCACTGTGCAATGTCAAAGCTATGGTTTAGCTTCT
TAAGCGAGCCAAGAAGAGCTTCCCTCCCGTTTCTTCCTTTCAAAAGTATCCTATGAGCTT
CGACTTGCGATAAAGTCATCTCCTTTGAGCAACGTAAGCTCACCAGCTTCTTGAAACCAA
ACGAAAACCCTAACAAGACCTCTCTTATTACAGGTATGTGCAAAACCCACAAGGGCAGTG
CTGGGTTAACACTGGGG

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR1C054TF 670 0 0
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TATTTTCTGAACTTTCTCTGGGATAGGTTCTTCAGAGACCCGTCTGATGGATCTCGGGAA
TGCAGAGACGAAATCAGCAATGTAATCTGTAAGCTCGCCCGATTTGCTTTCCTGAGGCCA
CCGGCTGCCTGAATGAGTAACAAACTTTGCCTTTGGAAGAGCCTTAGCTACACGTTGGCC
TTCCTGGATCCATACATCAGAAACTTGGTTAGACCAAATCACTTGCATCGGGATACCATT
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GGCAAGAAGAGCTTCCCTCCCGTTTTTGCCTTTCAAAAGTATCCTATGAGCTTCGACTTG
CGATAAAGTCATCTCCTTTGAGCAGCGTAAGCTCACTAGCTTCTTGAAACCAAACGAAAA
CCCTAACAAGACCTCTCTTATTACAGGTATGTGCAAAACCCACAAGGGCAGTGCTGGGTT
GATACTGGGGTCGACAAGCGTTATACTTCGAACACTTTGGGGATTCTCGGAAACCCAGTT
TGCAGCTAACCCGAGAGCTGAATCATGAAGAACCAAATGCACAGGAGATAGACCCAAAGT
ATCGATCAC
C

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1H029TF 689 0 0
AGCATCTCTATAAC*GGCGTGGACATGGTCATGGTCCCCACGGGCGTTTGCTTCATCCAA
TATTTTCTGAACTTTCTCTGGGATAGGTTCTTCAGAGACCCGTCTGATGGATCTCGGGAA
TGCAGAGACGAAATCAGCAATGTAATCTGTAAGCTCGCCAGATTTGCTTTCCTGAGGCCA
CCGGCCGCCTGAATGAGTAACAAACTTTGCCTTTGGAAGAGCCTTAGCTACACGTTGGCC
TTCCTGGATCCATACATCAGAAACTTGTTTAGACCAAATCACTTGCATCGGGATACCATT
GACAGCATCTGAGTTACCCCACTGTGCAATGTCAAAGCTATGGTTTAGCTTCTTAAGCGA
GCCAAGAAGAGCTTCCCTCCCGTTTCTTCCTTTCAAAAGTATCCTATGAGCTTCGACTTG
CGATAAAGTCATCTCCTTTGAGCAACGTAAGCTCACCAGCTTCTTGAAACCAAACGAAAA
CCCTAACAAGACCTCTCTTATTACAGGTATGTGCAAAACCCACAAGGGCAGTGCTGGGTT
AACACTGGGGTCGACAAGCGTTATACCCCGAACACTTTGGGGATTCTCGGAAACCCAGTT
TGCAGCTAACCCGAGAGCTGAATCATGAAGAACCAAATGCACAGGAGATAGACCCAAAGT
ATCAATCACTTGACCTAAAACCTTAGCTC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 4

CO CL1781Contig1 973 4 5 U
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CATACACGATAGTTCCAACTTCCAACAAAAAAAAAGAGAATCCTTTTTTGAACAACAAAT
TGAAGAGACAATCTAAACACTCAAAAAGATCCTTATTAGTTATTCCTCTGGGCAGCCTCC
TTTGCAAGTACTCTTTCCTTGGCCTTTGTCTTGGCCTGTGATTTGGATCCCATTATGCCT
CCTCCCCATTTCTTCCTGTACTCTTCGTACTTGTCGTTGAAGTTTGCCTTGATGGCTTCG
AGGATTTTGCTGAACTCAAGCTTGTCCTCATTCTTGACAGTGGTCAAACACAAGCAAGCA
GCAGTCTTTTGGTGAACCACAGCTCCAAGACGAGATTTGCCTTTGACAATGCAGTAAGGG
ACTTCCATCTTCCTGCAGAGAGCAGGTAACCAGACGACCAACTCGATGGGGTCGACATCA
TGAGCAATGACAACAAGCTGTGCCTTGTTCTGCTCGATGAGGTAGGTCACATGGTTAAGG
CCGTATTTGACAACAATAGGCTTCTTGGATTCAGAAGGCTTTCCCTCAGCTTCAGCTTGA
GCCTTCTTGACAAGACGCTCTTTCTTGGCGGCTTTGTCCTCTGGCCTATACTTGAGAAGT
ATCTTGAAGAGGCTGGTCGCAAGATTCTTGTCGAGGGTCTTGGTGAACTGATTAAGGGCA
GGTGGGACCTTCAACCTCTGCTTAAGGATCCTCTTCTGCCTTTGAAGACGGATAGACTTG
GGCCATTTGATGTATCGGGTAAGATCCTTCTTGGGAGGAAGAGCTCCACCAATACCAAAT
TGCTTAGGCCTCCTTTCGAATAGAGGATTCGTTACTTCCTCCGTCTTCTTCTTGGTAGGA
ACCTTGACTCCTTTCTTCGAGGCCATGTTCGTCCAAATGGGTGGTTTCTGCAAACGGACG
GCGCTGGAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GL91JQ U 1
AF RR1D742JQ U 23
AF RR1AE71JQ U 16
AF RR1AE71TF C 258
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BS 38 566 RR1GL91JQ
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BS 826 973 RR1AE71TF

RD RR1GL91JQ 570 0 0
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CATACACGATAGTTCCAACTTCCAACAAAAAAAAAGAGAATCCTTTTTTGAACAACAAAT
TGAAGAGACAATCTAAACACTCAAAAAGATCCTTATTAGTTATTCCTCTGGGCAGCCTCC
TTTGCAAGTACTCTTTCCTTGGCCTTTGTCTTGGCCTGTGATTTGGATCCCATTATGCCT
CCTCCCCATTTCTTCCTGTACTCTTCGTACTTGTCGTTGAAGTTTGCCTTGATGGCTTCG
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GCAGTCTTTTGGTGAACCACAGCTCCAAGACGAGATTTGCCTTTGACAATGCAGTAAGGG
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CCGTATTTGACAACAATAGGCTTCTT
GGAT

QA 1 566 1 566
DS 

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GG
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AAAGACCCTTATTAATTATTCCTCTGGGCAGCCTCCTTTGCAAGTACTCTTTCCTTGGCC
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TTCTTGTCGAGAGTCTTGGTGAACTGATTAAGGGCGGGTGGGACCTTCAACCTCTG

QA 3 718 3 718
DS 

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GCTTGAAAACTGTCTGAAGAGGGTGCAAAACACATCCATACACGATAGTTCCAACTTCCA
ACAAAAAAAAAGAGAATCCTTTTTTGAACAACAAATTGAAGAGACAATCTAAACACTCAA
AAAGATCCTTATTAGTTATTCCTCTGGGCAGCCTCCTTTGCAAGTACTCTTTCCTTGGCC
TTT*TCTTGGCCTGTGATTTGGATCCCATTATGCCTCCTCCCCATTTCTTCCTGCACTCT
TCGTACTTGTCGTTGAAGTTTGCCTTGATGGCTTCGAGGATTTTGCTGAACTCAAGCTTG
TCCTCATTCTTGACAGTGGTCAAACACAAGCAAGCAGCAGTCTTTTGGTGAACCACAGCT
CCAAGACGAGATTTGCCTTTGACAATGCAGTAAGGGACTTCCATCTTCCTGCAGAGAGCA
GGTAACCAGACGACCAACTCGATGGGGTCGACATCATGAGCAATGACAACAAGCTGTGCC
TTGTTCTGCTCGATGAGGTAGGTCACATGGTTAAGGCCGTATTTGACAACAATAGGCTTC
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TTGGCGGCTTTGTCCTCTGGCCTATACTTGAGAAGTATCTTGAAGAGGCTGGTCGCAAGA
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QA 10 810 10 810
DS 

RD RR1AE71TF 716 0 0
GC
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AGGCCATGTTCGTCCAAATGGGTGGTTTCTGCAAACGGACGGCGCTGGAGTCCC

QA 3 716 3 716
DS 



AS 2 5

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GATGTGAGCAGAACAGATTCTCAGCATCATTGGACA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FZ83TF U 1
AF RR1FP62TF U 1
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BS 1 516 RR1EI67TF
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QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1EI67TF 816 0 0
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GACGATGACGGTTATGACGGTTTCCTTTCTGATGAAGTAGGGAACCTGACAGAGCTCACT
GTCCTTAGCCTCAACAGGAACAGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGTTCCAACTC
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CTAGACGGGAGAATACCTCCACTCAACGGCTTGTGGAAGCTACAGGTGTTAGAACTCGGT
AACAATCACCTTTCCAGAACCCTCCCTAAGCTTCCACCAAGTCTAAGAACTCTATCTCTC
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GATGTGAGCAGAACAGATTCTCAGCATCATTGGACA

QA 1 816 1 816
DS 



CO CL1782Contig2 739 2 4 U
GGCTTGGTAACATTAGTGTCAATTGGCTCTTTTGAAATGACATTACGTTTTACATGTTGT
GAAAAAAACACCATTGGGGCGTCTCAATATTCTGTTTTGAATGTCATTTTTTCTATCATG
ATCACAAACAAACAAGGGCATGGACTTTGATCACATGATTATACTTTCTCATAAAAACTA
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GTTCTTAGGACATTGCAGACAGTTATTGGAAAGGCTTCCTCTGACTTGCTTGGAGAGCCT
TTGAAACTCCTCAGGAAGCAAACCTGTGAGGTAGTTGTTCTCCAAGTACAAGCTTCTCCA
TGAACTCTCAAGTCTTTTCCCATAAATCCTCGGAATATCTCCGGAGAACTTGTTGCTCCG
TAGATTGATATACTTCAAGTTTCCATAAGACGGCAGGTTCAGTGGAAGGTGACCTTGTAA
CTGGTTTCCTTCAGCGTCAAGTATCCGCAGGCGGGATTCAATGCCTGTAACCTGAACAAC
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GATTTGATGTCCAATGATGCCTGAGAATCTGTTCTGGCTCACATCTAGTGACACAAGATG
TTTCAGCCTATGCAAAGGCGATATACGCCCTGCAAGGCTGTTGTAGCAGAGAGATAGAGT
TCTTAGACTTGGTGGAAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ83JQ U 1
AF RR1EI67JQ U 77
BS 1 230 RR1FZ83JQ
BS 231 231 RR1EI67JQ
BS 232 598 RR1FZ83JQ
BS 599 739 RR1EI67JQ

RD RR1FZ83JQ 598 0 0
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GAAAAAAACACCATTGGGGCGTCTCAATATTCTGTTTTGAATGTCATTTTTTCTATCATG
ATCACAAACAAACAAGGGCATGGACTTTGATCACATGATTATACTTTCTCATAAAAACTA
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GTTCTTAGGACATTGCAGACAGTTATTGGAAAGGCTTCCTCTGACTTGCTTGGAGAGCCT
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TGAACTCTCAAGTCTTTTCCCATAAATCCTCGGAATATCTCCGGAGAACTTGTTGCTCCG
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CTGGTTTCCTTCAGCGTCAAGTATCCGCAGGCGGGATTCAATGCCTGTAACCTGAACAAC
CTCTATGGATATGAACTGGTTGAAAGACACATTGATGTGTGATATCTCTGGAAACGTT

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DS 

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A
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GCATGGACTTTGATCACATGATTATACTTTCTCATAGAAACTACTTCTGCATTGCATTGG
TGCATTGTGATTTTGGCTTTTGTACTCCTTGGCAGATTGGAACGTTCTTAGGACATTGCA
GACAGTTATTGGAAAGGCTTCCTCTGACTTGCTTGGAGAGCCTTTGAAACTCCTCAGGAA
GCAAACCTGTGAGGTAGTTGTTCTCCAAGTACAAGCTTCTCCATGAACTCTCAAGTCTTT
TCCCATAAATCCTCGGAATATCTCCGGAGAACTTGTTGCTCCGTAGATTGATATACTTCA
AGTTTCCATAAGACGGCAGGTTCAGTGGAAGGTGACCTTGTAACTGGTTTCCTTCAGCGT
CAAGTATCCGCAGGCGGGATTCAATGCCTGTAACCTGAACAACCTCTATGGATATGAACT
GGTTGAAAGACACATTGATGTGTGATATCTCTGGAAACGTTAGGATTTGATGTCCAATGA
TGCCTGAGAATCTGTTCTGGCTCACATCTAGTGACACAAGATGTTTCAGCCTATGCAAAG
GCGATATACGCCCTGCAAGGCTGTTGTAGCAGAGAGATAGAGTTCTTAGACTTGGTGGAA
GC

QA 2 663 2 663
DS 



AS 1 2

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CTCCACCTGTCCTTAACCACAGTCTTATCTGCCACCGTGTTCCTTCGATCCGCCTCCCAA
GCCATCGTTCTCCTACTTCTACCACATCCCTCCGCCTCTTCAACTGCGGTAGACCCCACC
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CGTCAGAGCATGAAGATCATTTAGGATAAATTGGTCATTTTCACATCACTGTTTTGCATC
TGTCCGATTCTCTTTGTGTGTGTGTGTTTTTATTTAAAGCAGCAGCGAGTAGGGAGAGTG
AAATAATGGCAGCAGCAGCGAGTAAAGAAGATGGGCAAGATCCGAGAATCCCTAAGATCG
CCTCTTCCATTAGAGTCATCCCTGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTCCAGGACATAA
CTACGCTACTTCTCGACACTGAGGCCTTTAAGGATACTATTGATATTTTTGTTGAACGAT
ACAAAGGCAAAGACATCTCTGTTGTTGCTGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTCATTTTTGGCC
CTCCTATTGCCTTGGCTATTGCCAAGTTTGTACCCATGAGGAAGCCCAAGAAGCTACCTG
GGGAAGTTATATCTGTGGAGTATTCATTGGAGTATGGAACAGACACGATGGAGATGCATG
TAGGTGCAGTGTAGCCTGGCGAGCGTGCTATCGTCATAGATGACCTCATTGCCACTGGTG
GGACTCTCGCTGCTGCTATCCGACTACTTGAGCGAGTAGGAGTGGAGATAGTGGAGTGTG
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TCATTCTTGTAACCTCGGATGCTGCCTAAACAAGAATAATAAAGCCCCTAAAAAAGGAAA
ATGGGGGTGGTTTGTTGGAGTTTATCAAAATGTGATTTTTATTTGTGTTCCTTTGGGATA
TGATGATCACTTTCTTCTTGTTTTTCAACTTTATCATAACTGGCTCGGACTATAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D641TF U 1
AF RR1FO80TF U 358
BS 1 583 RR1D641TF
BS 584 1078 RR1FO80TF

RD RR1D641TF 583 0 0
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CTCCACCTGTCCTTAACCACAGTCTTATCTGCCACCGTGTTCCTTCGATCCGCCTCCCAA
GCCATCGTTCTCCTACTTCTACCACATCCCTCCGCCTCTTCAACTGCGGTAGACCCCACC
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CGTCAGAGCATGAAGATCATTTAGGATAAATTGGTCATTTTCACATCACTGTTTTGCATC
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AAATAATGGCAGCAGCAGCGAGTAAAGAAGATGGGCAAGATCCGAGAATCCCTAAGATCG
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ACAAAGGCAAAGACATCTCTGTTGTTGCTGGTGTTGAAGCAAG

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1FO80TF 721 0 0
GG
GAAATAATGGCAGCAGCAGCGAGTAAAGAAGATGGGCAAGATCCGAGAATCCCTAAGATC
GCCTCTTCCATTAGAGTCATCCCTGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTTCAGGACATA
ACTACGCTACTTCTCGACACTGAGGCCTTTAAGGATACTATTGATATTTTTGTTGAACGA
TACAAAGGCAAAGACATCTCTGTTGTTGCTGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTCATTTTTGGC
CCTCCTATTGCCTTGGCTATTGCCAAGTTTGTACCCATGAGGAAGCCCAAGAAGCTACCT
GGGGAAGTTATATCTGTGGAGTATTCATTGGAGTATGGAACAGACACGATGGAGATGCAT
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GGGACTCTCGCTGCTGCTATCCGACTACTTGAGCGAGTAGGAGTGGAGATAGTGGAGTGT
GCATGCGTGATTGAGTTACCAGAGCTCAAGGGAAGGGAGAAACTAGGAGATGCGCCACTA
TTCATTCTTGTAACCTCGGATGCTGCCTAAACAAGAATAATAAAGCCCCTAAAAAAGGAA
AATGGGGGTGGTTTGTTGGAGTTTATCAAAATGTGATTTTTATTTGTGTTCCTTTGGGAT
ATGATGATCACTTTCTTCTTGTTTTTCAACTTTATCATAACTGGCTCGGACTATAAAAA

QA 3 721 3 721
DS 



AS 1 5

CO CL1784Contig1 456 5 9 U
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CACAATTCTCTTGCTGGGAGAAACGACAATTGCTCAGAAAGGAAAGGGTGTTAACCAATG
TACCGAAACATTACAAAACCAAAGTGGAACATGTGATGTCAAAAAATGTACAGCCGAATG
TGTCAAAAAGTATAAAACAGTGGCAGGTTCTTGCTCAAAAGGCGAAGACAACCACAAAGG
AAAAATTATATGCACATGTCATTATCAATGTCCTCGCTAACTTTTATTTATATTGACACT
CAAATAATATTTATAATAATATTTTTTTGTAACAGATTTATAATAATATTATAATATTAC
CTTTGTAAAAGAAAAAATAAAATTTTTAATAAATTGTTGCTGATGTTTTGGCATAATAAG
GTGTAATATATATTACTAAATAAAAAAATTGTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BL93JQ C 1
AF RR1BL93TF U 6
AF RR1GL20TF U 6
AF RR1FP15JQ C 6
AF RR1FP15TF U 6
BS 1 5 RR1BL93JQ
BS 6 200 RR1BL93TF
BS 201 201 RR1FP15TF
BS 202 233 RR1BL93TF
BS 234 234 RR1FP15TF
BS 235 285 RR1BL93TF
BS 286 286 RR1FP15TF
BS 287 330 RR1BL93TF
BS 331 456 RR1FP15TF

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DS 

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AATATTTATAATAATATTTTTTTGTAACAGATTTATAATAATATTATAATATTACCTTTG
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AAACATTACAAAACCAAAGTGGAACATGTGATGTCAAAAAATGTACAGCCGAATGTGTCA
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TTATATGCACATGTCATTATCAATGTCCTCGCTAACTTTTATTTATATTGACACTCAAAT
AATATTTATAATAATATTTTTTTGTAACAGATTTATAATAATATTATAATATTACCTTTG
TAAAAGAAAAAATAAAATTTTTAATAAATTGTTGCTGATGTTTTGGCATAATAAGGTGTA
ATATATATTACTAAATAAAAAAATTGTTGCT

QA 1 451 1 451
DS 



AS 1 5

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TCCCGTAGATTCTTTAGCCGGCTCCGACAAAGGATGGTTATTACCGGACATTTCTTTGAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB51JQ U 20
AF RR1DB51TF C 20
AF RR1D722JQ U 41
AF RR1EQ38JQ U 1
AF RR1EQ38TF C 472
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RD RR1DB51JQ 495 0 0
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QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1DB51TF 495 0 0
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ACAAACTTGTAGATGTTGAAAAAAAGAGATTTGAAAATACATAAAAAAGAAAGACCTAAT
CTCAGAGATAAACTAGGTCAGACGATTCTTTACACAACAAATTATAACACTTTTGTCTCA
ATGCCTCTCTCTCTCTATTTGTGATAATGTTATACAA*TCGGGTTTCTTCTTCGTCTTCT
TCACAAAGCTACTTATCCCCAACGCTGCGAATACGTTTCTGCAGATGCTCCAAACTCGCA
ACTCTCCTCATCGACTCTGTCCTGTTCATTTTGCAACCGACCAAGGCCTTGCTTTTGTTG
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AAGCCTGTGATTCTC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1D722JQ 615 0 0
GG
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GTTCTCTACACGC

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DS 

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GGTTTCTTCTTCGTCTTCTTCACAAAGCTACTTATCCCCAACGCTGCGAATACGTTTCTG
CAGATGCTCCAAACTCGCAACTCTCCTCATCGACTCTGTCCTGTTCATTTTGCAACCGAC
CAAGGCCTTGCTTTTGTTGTTGCTTGAGCTGGGGGTCTCAGGTGTGGTTACTTGGGAGCT
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GTGTAACAACATTGGGTTGAAGCCTGTGATTCTCTTCACTGTCTCCTCCGCCATTTTCAC
TTTAGCTCGTAGTGTCTCTAGATTGGCTTTCAAAACTCTGTTTTCTACAGATGCGTCATT
GAATGTCTGAGTTACGTCAGTGAGACCTTTCATGAGGTTTGAGTTCTCTACACGCAGCTG
TGAAACTTGTGTCTCTAGCTCACTAAGGTGTGCTTGCTTTCTTCTTCTGGATCTTCTAGC
TGATTCCCTGTTAGAGAGCATCCTTTTGACACGCTTGACGTTA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1EQ38TF 667 0 0
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CATTTTCACTTTAGCTCGTAGTGTCTCTAGATTGGCTTTCAAAACTCTGTTTTCTACAGA
TGCGTCATTGAATGTCTGAGTTACGTCAGTGAGACCTTTCATGAGGTTTGAGTTCTCTAC
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TCTTCTAGCTGATTCCCTGTTAGAGAGCATCCTTTTGACACGCTTGACGTTAGTAGGATT
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TATGGTACTGCTCATCACTGGTGTAGCTTTGGGAGAAGCTAAGGAGCCTTGGTCTGATGT
ATAGGCTCCTCCACCATTCTCAGATCTACCAGAGGTATCCTGAGGTTTGATGAAACCTCC
TCTTTTCATGGCGTCGGAGGATTCTTGTAAGAAGAGATGGAATGCCCACTCTGACTCACT
ACGACTCATTCCCGTAGATTCTTTAGCCGGCTCCGACAAAGGATGGTTATTACCGGACAT
TTCTTTGACAGAGAAACCTTTTTCCATTTTTTTTGTTGTTAAATTTGTTTTTTTTTTTTT
TGCTTCC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 4

CO CL1786Contig1 1544 4 4 U
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ATCACAAGCTTCTGAAACTTTCTTAGGTACCAAAGAGATCACCCTCAAAACTTTTGTGAG
TAGTCAGTCCACACTTCTTCATGGTTTTAGGAAGAAAGTGTATGAAGAATCTAAGAGGCA
CGATAGATAGACATCAACTCAGCCACAAGCTTCTTGTCATCATCATGCTTCATCACATAC
TTGGTTAAGAAAGCTTCATCAGTAACCGCTAACACAGGCGACAATGGAGGGAGTTCACTT
CCAAGCAGACCTTTAGACATGAGAGCTTTGATCACATAACACCTTGGGACAGTCCTCTTC
TCCAAACTGTATCCAAATACTGCAGGGTTGGAAACTAGAGCCTTCAGTGACCAGTTCATC
TCCTTCACAAGAAACTCAGTCTTCTTCTTCACCGACTCTGCAGATAACCCAATGCACTGA
GGACAGTGCTTAACCATTGTCACAAACTCATCTCTGCTGAATCCTAGACCGATAAATGTC
TCAAAGGAGTTCATTATATTCTTCTCCGAAAGCGCAAGAAACAACGGATTCTTCTTGAAA
ATCTCCCATACATCTACTGTACTAAACCCTAACTTTCTATAGAGATTAACCTTCTCTTCA
GTTGTTTTGTGGCTCATTTGGTAAACAACGCACAAAGCTCTGACAAACTTAGAGGTGGTG
GGATCGAAACCCATCCCAACAACTTTCTTGAGGGATTCTTGGAATCTTTGTTTTCCGGAG
ACGACATGGAAGTTGGAGGTGAGCAAGGAGAACAAGAACCTTTGAGGCACGCCCAATCGT
CTCAGAGCCAACACGTTTCTGATGATGTTCTCCTGGCAGGTACCATGTGGGAAAGACATT
TCGTAATTGGAGCACTTGTCTGCTTCGATGATGTCTTTGACGAAATCGTAGTACCTGCCG
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TCAGAGGTTGAAGCTCCTTCTCTGGACTGCAGAAACTTGAGATTGGGAGCAAGGGTTTTC
TCAGCATCTAATGTGAGCAGTTTTGGGTAGTTCGTAATGACGGTGGAGATTTGAGAATCT
GTGAAGCCATGACTCCTGAGAAGATTCAGAACAGAATCTGGATTGGCCTTGGCCTCAGAG
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TAAGAGACGGTAAAGTTGTTACCTTTTCGACAAACTTGAAGAGAGCTCACATCAGAAGCA
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GACTTTCTTCCATGGAGTATCCTCAGCGAGTACATGATACGAAG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F031JQ U 2
AF RR1F414JQ U 3
AF RR1BG08JQ U 1
AF RR1BG08TF C 802
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BS 10 863 RR1BG08JQ
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G
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QA 2 701 2 701
DS 

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CACAAGCTTCTGAAACTTTCTTAGGTACCAAAGAGATCACCCTCAAAACTTTTGTGAGTA
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ATAGATAGACATCAACTCAGCCACAAGCTTCTTGTCATCATCATGCTTCATCACATACTT
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AAGCAGACCTTTAGACATGAGAGCTTTGATCACATAACACCTTGGGACAGTCCTCTTCTC
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CTTCACAAGAAACTCAGTCTTCTTCTTCACCGACTCTGCAGATAACCCAATGCACTGAGG
ACAGTGCTTAACCATTGTCACAAACTCATCTCTGCTGAATCCTAGACCGATAAATGTCTC
AAAGGAGTTCATTATATTCTTCTCCGAAAGCGCAAGAAACAACGGATTCTTCTTGAAAAT
CTCCCATACATCTACTGTACTAAACCCTAACTTTCTATAGAGATTAACCTTCTCTTCAGT
TGTTTTGTGGCTCATTTGGTAAACAACGCACAAAGCTCTGACAAACTTAGAGGTGGTGGG
ATCGAAACCCATCCCAACAACTTTCTTGAGGGATTCTTGGAATCTTTGTT

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GGACAGTGCTTAACCATTGTCACAAACTCATCTCTGCTGAATCCTAGACCGATAAATGTC
TCAAAGGAGTTCATTATATTCTTCTCCGAAAGCGCAAGAAACAACGGATTCTTCTTGAAA
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QA 1 863 1 863
DS 

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CCCAAGATTCTCGGTACATTGGAAACTATCTCAGCGAGTTCAGAGGTTGAAGCTCCTTCT
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TCAGCGAGTTTGGTGGTGAAACCCAATGAATCAACGAGGTAAGAGACGGTAAAGTTGTTA
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QA 1 743 1 743
DS 



AS 2 4

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CGAAACTAGTACGGAAACAAATAAATAATATAGAAACAATGGTTAAGTAACAACAAGACC
ACAAGAACAAACAAATGCAGAATCGAGTTACCAGATTTGTTGGCAGAGTTTTGGCCAAAA
TCACGTAACATAATTTACTGAGTATGACCGACCTTATTCATTGATCAGAGTTAAGGGCTT
TGGAGATCCATTCTGACACTGCGGCTTGAGTTTCTGAATCCATTTTTGGAAGTAGAGACA
GTGGAGTCACAGTCACAAAACCATCTTCTAGAGCTTTGATATCCAAATCTTCATCAGAAT
GTTCTTGTTCTTTAGCCTCAAACTCTAGGCGGAAGTATTTCTTAACACGGCTATCAGTTT
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GTTGATTAGACATGAAATTCCCAACACCAGGGTGACGGTTAGCTGAAACAGCTTGCCAAC
TATGACTCTGCCTCCATGTACTTTGTTTTGTTACCTTGAAACCCTTGTTTGATGAGGGTG
ATGCTGGAATTTCTATGTTGAGAGAGCAGTCTTTAGGGAAGACTCCTTTCTCAATGTCTC
TCATAGTTGCGTTTATCAAAGGTAGACAGACACCAACAGCATCCTTAAAGTCACTTTCTT
TGCTTTCGCCTTTCTTCCAGTTCAATGATATTGACAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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DS 



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TTGTTTCTATATTATTTATTTGTTTCTCGTACC


BQ
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T

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GAAAGTGACTTTAAAGATGCTGTTGGTGTCTGTTTACCTTTGATACACGCAACTATCAGA
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CCCTCACCAAACAAGGGTTTCAAGGTGACAAAACAAAGCACGTGGAGGCAGAGTCATAGT
TGGCAAGCTGTTTCAGCTAACCGTCACCCTGGTGCTGGGAATTTCATGTCCAACCAACAG
AGCCTAGGAGCTCAGCTTGCTCAGCTTGGCAGAGATGCTTCGGCTGCTGGGGCGGCTCGT
CGTTTTACAACACAGAAGAAGAGTATTGTTGAGATTGAATCGGTTGGTGTTGCTGCTAAA
ACTGATAGCCGTGTTAAGAAATACTTCCGCCTAGAGTTTGTGTCTAAAGAACAAGAACAT
AAGGATGAAGATTTGGATATCAAGGCTCTAGAAGATGGTTTTGTTTCTGTGACTCCACTG
TCTCTACTTCCAAAAATGGATTCAGAAACTCAAGCCGCAGTATCAGAATGGATCTCCAAA
GCCCTTAACTCTGATCAATGAATAAGGTCGGTCATACTCAGTAAATTATGTTACTTAATT
TTGGCCAAAACTCTGCCAACAAATCTGGTAACTCGATTCTGCATTTGTTTGTTCTTGTGG
TCTTGTTGTTACTTAACCATTGTTTCTATATTATTTATTTGTTTCTCGTACC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 2 5

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TATTGTGGCCAGTGGGCTAGCTAGGCGTTGCATTGTGCAGGTTTCGTACGCCATTGGTGT
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GGATTTGAAGAGAGGTGGTAATGGTAGGTTCTTGAAGACTGCTGCTTATGGTCATTTCGG
AAGGGACGATGCTGACTTCACCTGGGAGGTTGTGAAGCCACTCAAGTCTAACAAGGTCCA
AGCTTGAAAAAAAACCTGAACCAGTTCTCATGTTTTGTCCTATGTTTCAGCTCTAAGATT
AATTATTAATTATTTTATCATTATGTTATTGTTGTGGTGCCATAAGTTAAAAAAAAAATC
ATATTTTGTATTTCTTGTTTCTTTTCAGAAGAGAATTATATAAAAAGGTTATATTCAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GX21JQ C 1
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BS 401 539 RR1AN37TF

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AATTATTAATTATTTTATCATTATGTTATTGTTGTGGTGCCATAAGTTAAAAAAAAAATC
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DS 

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G
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GGTCATTTCGGAAGGGACGATGCTGACTTCACCTGGGAGGTTGTGAAGCCACTCAAGTCT
AACAAGGTCCAAGCTTGGAGAAAAACCTGAACCAGTTCTCATGTTTTGTCTTATGTTTCA
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AAAAAAAAATCATATTTTGTATTTCTTGTTTCTTTTCAGAAGAGAATTATATAAAAAGGT
TATATTCAAT

QA 2 431 2 431
DS 



CO CL1788Contig2 1309 3 15 U
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AGTCTGTCAACGAGGGACACCCCGACAAGCTCTGCGACCAGATCTCCGACGCTATCCTCG
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ACATGGTCATGGTCTTCGGCGAAATCACCACCAAGGCTAACGTCGACTACGAGAAGATCG
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GCCACCTCACGAAGAAGCCTGAAGAGATCGGAGCTGGTGACCAAGGTCACATGTTCGGTT
ACGCCACCGACGAGACCCCCGAGCTCATGCCGCTTAGCCACGTCCTCGCCACCAAGCTTG
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AGACGCAAGTCACCGTTGAGTACTTCAACGAGAACGGAGCTATGGTCCCTGTCCGCGTCC
ACACTGTTTTGATCTCAACTCAGCATGATGAGACTGTGACCAACGATGAGATCGCAGCTG
ATCTCAAGGAGCATGTGATCAAGCCAGTGATCCCAGAGAAGTACCTTGACGAGAAGACCA
TCTTCCATCTCAACCCATCTGGTCGTTTCGTCATCGGAGGTCCTCACGGTGACGCTGGAC
TCACCGGGCGTAAGATCATCATCGACACTTACGGTGGTTGGGGTGCACACGGAGGTGGTG
CTTTCTCCGGAAAGGACCCGACCAAGGTTGACAGGAGTGGTGCTTACATCGTTAGGCAAG
CGGCTAAGAGTATTGTGGCTAGTGGGTTAGCTAGGCGTTGCATTGTGCAGGTCTCGTACG
CCATTGGTGTCCCTGAGCCGTTGTCAGTGTTTGTTGACAGCTACGGAACTGGGAAGATAC
CAGACAAGGAGATTCTTGAGATTGTGAAGGAGAGTTTTGATTTCAGGCCTGGGATGATCT
CTATCAACTTGGATTTGAAGAGAGGTGGTAATGGTAGGTTCTTGAAGACTGCTGCTTATG
GTCATTTCGGAAGGGACGATGCTGACTTCACCTGGGAGGTTGTGAAGCCACTCAAGTCTA
ACAAGGTCCAAGCTTGAAAAACCAGTTCTCATGTTTTGTCTTATGTTTCAGCTCTAAGAT
TAATTATTAATTATTTTATCATTACGTTATTGTTGTGGTGTCAAAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX21TF U 1
AF RR1A720TF U 385
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AGTCTGTCAACGAGGGACACCCCGACAAGCTCTGCGACCAGATCTCCGACGCTATCCTCG
ACGCTTGTCTCGAGCAAGACCCTGAAAGCAAAGTCGCTTGCGAGACATGCACCAAGACCA
ACATGGTCATGGTCTTCGGCGAAATCACCACCAAGGCTAACGTCGACTACGAGAAGATCG
TCCGCAAAACTTGCCGTGAGATCGGATTCATCTCCGATGACGTTGGACTAGACGCTGACA
ACTGCAAGGTCCTCGTCAACATCGAGCAGCAGAGTCCCGACATCGCTCAAGGTGTCCACG
GCCACCTCACGAAGAAGCCTGAAGAGATCGGAGCTGGTGACCAAGGTCACATGTTCGGTT
ACGCCACCGACGAGACTCCCGAGCTCATGCCGCTTAGCCACGTTCTTGCCACCAAGCTTG
GAGCTAAACTCACTGAGGTTCGCAAGAACGGGACTTGCGCGTGGCTTAGACCTGACGGTA
AGACGCAAGTCACCGTTGAGTACTTCAACGAGAACGGAGCTATGGTCCCTGTCCGCTTCC
ACACTGTTTTGATCTCAACTCAGCATGATGAGACTGTGACCAACGATGAGATCGCAGCTG
ATCTCAAG*AGCATGTGATCAAGCCAGTGATCCCAGAGAAGTACCTTGACGAGAAGACCA
TCTTCCATCTCA
CCCAT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1A720TF 737 0 0
G
GATCGGAGCTGGTGACCAAGGTCACATGTTCGGTTACGCCACCGACGAGACCCCCGAGCT
CATGCCGCTTAGCCACGTCCTCGCGACCAAGCTTGGAGCTAAACTCACTGAGGTTCGCAA
GAACGGGACTTGCGCGTGGCTTAGACCTGACGGTAAGACGCAAGTCACCGTTGAGTACTT
CAACGAGAACGGAGCTATGGTCCCTGTCCGCGTCCACACTGTTTTGATCTCAACTCAGCA
TGATGAGACTGTGACCAACGATGAGATCGCAGCTGATCTCAAGGAGCATGTGATCAAGCC
AGTGATCCCAGAGAAGTACCTTGACGAGAAGACCATCTTCCATCTCAACCCATCTGGTCG
TTTCGTCATCGGAGGTCCTCACGGTGACGCTGGACTCACCGGGCGTAAGATCATCATCGA
CACTTACGGTGGTTGGGGTGCACACGGAGGTGGTGCTTTCTCCGGAAAGGACCCGACCAA
GGTTGACAGGAGTGGTGCTTACATCGTTAGGCAAGCGGCTAAGAGTATTGTGGCTAGTGG
GTTAGCTAGGCGTTGCATTGTGCAGGTCTCGTACGCCATTGGTGTCCCTGAGCCGTTGTC
AGTGTTTGTTGACAGCTACGGAACTGGGAAGATACCAGACAAGGAGATTCTTGAGATTGT
GAAGGAGAGTTTTGATTTCAG*CCTGGGATGATCTCTATCAACTTGGATTTGAAGAGAGG
TGGTAATGGTAG
TTCT

QA 2 733 2 733
DS 

RD RR1A720JQ 840 0 0
G
ACCAAGCTTGGAGCTAAACTCACTGAGGTTCGCAAGAACGGGACTTGCGCGTGGCTTAGA
CCTGACGGTAAGACGCAAGTCACCGTTGAGTACTTCAACGAGAACGGAGCTATGGTCCCT
GTCCGCGTCCACACTGTTTTGATCTCAACTCAGCATGATGAGACTGTGACCAACGATGAG
ATCGCAGCTGATCTCAAGGAGCATGTGATCAAGCCAGTGATCCCAGAGAAGTACCTTGAC
GAGAAGACCATCTTCCATCTCAACCCATCTGGTCGTTTCGTCATCGGAGGTCCTCACGGT
GACGCTGGACTCACCGGGCGTAAGATCATCATCGACACTTACGGTGGTTGGGGTGCACAC
GGAGGTGGTGCTTTCTCCGGAAAGGACCCGACCAAGGTTGACAGGAGTGGTGCTTACATC
GTTAGGCAAGCGGCTAAGAGTATTGTGGCTAGTGGGTTAGCTAGGCGTTGCATTGTGCAG
GTCTCGTACGCCATTGGTGTCCCTGAGCCGTTGTCAGTGTTTGTTGACAGCTACGGAACT
GGGAAGATACCAGACAAGGAGATTCTTGAGATTGTGAAGGAGAGTTTTGATTTCAGGCCT
GGGATGATCTCTATCAACTTGGATTTGAAGAGAGGTGGTAATGGTAGGTTCTTGAAGACT
GCTGCTTATGGTCATTTCGGAAGGGACGATGCTGACTTCACCTGGGAGGTTGTGAAGCCA
CTCAAGTCTAACAAGGTCCAAGCTTGAAAAACCAGTTCTCATGTTTTGTCTTATGTTTCA
GCTCTAAGATTAATTATTAATTATTTTATCATTACGTTATTGTTGTGGTGTCAAAGTTC

QA 2 840 2 840
DS 



AS 1 5

CO CL1789Contig1 1145 5 14 U
GGAATACTTCATCTGAATCAGTATTAGCTTTACAGATTTGTTGCTGAATGGTTATGTTGT
TTCATAGTGTGGGACTAGCTCAATGTTCACAGAAGTATATAGTCTTCCCTAGGGGTTATT
ACAGATGCATAGTTGTTGGTTCATCTGAAACAGGGTTGTTGAAAAGAAGACAAGTGTTGG
AGCAAGTGGATTCTGAGTTGTCTAGCGGAAACGAGAGAGCTGCTTTGTCACTTGTCAAAG
ATCTCCAAGGAAATCCTGGCTGGCTTCGATGTTTTGGAGCAGCAAGACAGGTGCCTCAGA
GACTCTACACACTGGATGAACTGAAACTGAATGGCATTAACGCAGCTTCACTACTCTCCC
CAACAGATGCAACACTTGGTTCCATCGAAAGGAACCTTCAGATAGCTGGTGTCTCAGGAG
GGATAGTTGCTTGGAGAGCCTTAGACTTGAGCTCTCAACAGCTATTCTATATCTCTCTTG
GTCTTTTGTTCCTCTGGACTTTGGATTTGGTCTCATTTAATGGTGGGATTGGGAGTTTGG
TTCTTGATACAATTGGTCATACGTTCAGTCAACGTTACCATAACAGAGTTGTTCAACATG
AAGCAGGTCATTTCTTGGTGGCTTACTTGGTCGGTATCCTCCCACGGGGATACACACTCT
CAAGTCTTGAAGCTTTACAGAAAGAAGGTTCTCTCAACATTCAAGCTGGCTCAGCCTTTG
TAGACTTTGAGTTCCTTGAAGAAGTCAATGCTGGAAAAGTCTCAGCCACTATGCTGAACA
GATTCTCATGTATTGCACTTGCTGGTGTAGCAACTGAGTATCTCCTCTATGGTTATGCTG
AAGGTGGTCTTGACGACATTAGCAAGTTAGATGGTTTGGTGAAGAGTTTGGGGTTCACAC
AGAAGAAAGCAGACTCTCAGGTGAGGTGGTCAGTCCTCAACACTATACTGCTACTACGTC
GCCATGAGGTAGCTAGATCCAAGCTCGCTGAGGCTATGTCCAAAGGAGAATCTGTTGGTT
CCTGTATCCAAGTCATTGAAGATTCTATTGACCCTTCTGATATCTAGAAAACACACAATT
ATTATGTCTTGGTAGATTCTGTTAAGACATCTCCATAAATGTAAAGAAATCATTTTTTTT
GGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1F891TF U 1
AF RR1AR01TF U 9
AF RR1AR01JQ C 197
AF RR1EG15TF U 356
AF RR1F891JQ C 286
BS 1 239 RR1F891TF
BS 240 240 RR1AR01TF
BS 241 260 RR1F891TF
BS 261 261 RR1AR01TF
BS 262 319 RR1F891TF
BS 320 320 RR1AR01TF
BS 321 605 RR1F891TF
BS 606 606 RR1AR01TF
BS 607 685 RR1F891TF
BS 686 1070 RR1EG15TF
BS 1071 1071 RR1AR01JQ
BS 1072 1087 RR1EG15TF
BS 1088 1139 RR1AR01JQ
BS 1140 1145 RR1F891JQ

RD RR1F891TF 685 0 0
GGAATACTTCATCTGAATCAGTATTAGCTTTACAGATTTGTTGCTGAATGGTTATGTTGT
TTCATAGTGTGGGACTAGCTCAATGTTCACAGAAGTATATAGTCTTCCCTAGGGGTTATT
ACAGATGCATAGTTGTTGGTTCATCTGAAACAGGGTTGTTGAAAAGAAGACAAGTGTTGG
AGCAAGTGGATTCTGAGTTGTCTAGCGGAAACGAGAGAGCTGCTTTGTCACTTGTCAAAT
ATCTCCAAGGAAATCCTGGCGGGCTTCGATGTTTTGGAGCAGCAAGACAGGTGCCTCAGA
GACTCTACACACTGGATGAGCTGAAACTGAATGGCATTAACGCAGCTTCACTACTCTCCC
CAACAGATGCAACACTTGGTTCCATCGAAAGGAACCTTCAGATAGCTGGTGTCTCAGGAG
GGATAGTTGCTTGGAGAGCCTTAGACTTGAGCTCTCAACAGCTATTCTATATCTCTCTTG
GTCTTTTGTTCCTCTGGACTTTGGATTTGGTCTCATTTAATGGTGGGATTGGGAGTTTGG
TTCTTGATACAATTGGTCATACGTTCAGTCAACGTTACCATAACAGAGTTGTTCAACATG
AAGCACGTCATTTCTTGGTGGCTTACTTGGTCGGTATCCTCCCACGGGGATACACACTCT
CAAGTCTTGAAGCTTTACAGAAAGA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1AR01TF 677 0 0
GG
ATCTGAATCAGTATTAGCTTTACAGATTTGTTGCTGAATGGTTATGTTGTTTCATAGTGT
GGGACTAGCTCAATGTTCACAGAAGTATATAGTCTTCCCTAGGGGTTATTACAGATGCAT
AGTTGTTGGTTCATCTGAAACAGGGTTGTTGAAAAGAAGACAAGTGTTGGAGCAAGTGGA
TTCTGAGTTGTCTAGCGGAAACGAGAGAGCTGCTTTGTCACTTGTCAAAGATCTCCAAGG
AAATCCTGGCTGGCTTCGATGTTTTGGAGCAGCAAGACAGGTGCCTCAGAGACTCTACAC
ACTGGATGAACTGAAACTGAATGGCATTAACGCAGCTTCACTACTCTCCCCAACAGATGC
AACACTTGGTTCCATCGAAAGGAACCTTCAGATAGCCGGTGTCTCGGGAGGGATAGTTGC
TTGGAGAGCCTTAGACTTGAGCTCTCAACAGCTATTCTATATCTCTCTTGGTCTTTTGTT
CCTCTGGACTTTGGATTTGGTCTCATTTAATGGTGGGATTGGGAGTTTGGTTCTTGATAC
AATTGGTCATACGTTCAGTCAACGTTACCATAACAGAGTTGTTCAACATGAAGCAGGTCA
TTTCTTGGTGGCTTACTTGGTCGGTATCCTCCCACGGGGATACACACTCTCAAGTCTTGA
AGCTTTACAGAAAGA

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR1AR01JQ 943 0 0
AG
TGTCTAGCGGAAACGAGAGAGCTGCTTTGTCACTTGTCAAAGATCTCCAAGGAAATCCTG
GCTGGCTTCGATGTTTTGGAGCAGCAAGACAGGTGC*TCAGAGACTCTACACACTGGATG
AACTGAAACTGAATGGCATTAACGCAGCTTCACTACTCTCCCCAACAGATGCAACACTTG
GTTCCATCGAAAGGAACCTTCAGATAGCCGGTGTCTCGGGAGGGATAGTTGCTTGGAGAG
CCTTAGACTTGAGCTCTCAACAGCTATTCTATATCTCTCTTGGTCTTTTGTTCCTCTGGA
CTTTGGATTTGGTCTCATTTAATGGTGGGATTGGGAGTTTGGTTCTTGATACAATTGGTC
ATACGTTCAGTCAACGTTACCATAACAGAGTTGTTCAACATGAAGCAGGTCATTTCTTGG
TGGCTTACTTGGTCGGTATCCTCCCACGGGGATACACACTCTCAAGTCTTGAAGCTTTAC
AGAAAGAAGGTTCTCTCAACATTCAAGCTGGCTCAGCCTTTGTAGACTTTGAGTTCCTTG
AAGAAGTCAATGCTGGAAAAGTCTCAGCCACTATGCTGAACAGATTCTCATGTATTGCAC
TTGCTGGTGTAGCAACTGAGTATCTCCTCTATGGTTATGCTGAAGGTGGTCTTGACGACA
TTAGCAAGTTAGATGGTTTGGTGAAGAGTTTGGGGTTCACACAGAAGAAAGCAGACTCTC
AGGTGAGGTGGTCAGTCCTCAACACTATACTGCTACTACGTCGCCATGAGGTAGCTAGAT
CCAAGCTCGCTGAGGCTGTGTCCAAAGGAGAATCTGTTGGTTCCTGTATCCGAGTCATTG
AAGATTCTATTGACCCTTCTGATATCTAGAAAACACACAATTATTATGTCTTGGTAGATT
CTGTTAAGACATCTCCATAAATGTAAAGAAATCATTTTTTT

QA 3 943 3 943
DS 

RD RR1EG15TF 732 0 0
G
TCCCCAACAGATGCAACACTTGGTTCCATCGAAAGGAACCTTCAGATAGCTGGTGTCTCA
GGAGGGATAGTTGCTTGGAGAGCCTTAGACTTGAGCTCTCAACAGCTATTCTATATCTCT
CTTGGTCTTTTGTTCCTCTGGACTTTGGATTTGGTCTCATTTAATGGTGGGATTGGGAGT
TTGGTTCTTGATACAATTGGTCATACGTTCAGTCAACGTTACCATAACAGAGTTGTTCAA
CATGAAGCAGGTCATTTCTTGGTGGCTTACTTGGTCGGTATCCTCCCACGGGGATACACA
CTCTCAAGTCTTGAAGCTTTACAGAAAGAAGGTTCTCTCAACATTCAAGCTGGCTCAGCC
TTTGTAGACTTTGAGTTCCTTGAAGAAGTCAATGCTGGAAAAGTCTCAGCCACTATGCTG
AACAGATTCTCATGTATTGCACTTGCTGGTGTAGCAACTGAGTATCTCCTCTATGGTTAT
GCTGAAGGTGGTCTTGACGACATTAGCAAGTTAGATGGTTTGGTGAAGAGTTTGGGGTTC
ACACAGAAGAAAGCAGACTCTCAGGTGAGGTGGTCAGTCCTCAACACTATACTGCTACTA
CGTCGCCATGAGGTAGCTAGATCCAAGCTCGCTGAGGCTATGTCCAAAGGAGAATCTGTT
GGTTCCTGTATCCAAGTCATTGAAGATTCTATTGACCCTTCTGATATCTAGAAA*CACAC
AATTATTATGT

QA 2 732 2 732
DS 

RD RR1F891JQ 860 0 0
GACAGGTGC
CTCAGAGACTCTACACACTGGATGAGCTGAAACTGAATGGCATTAACGCAGCTTCACTAC
TCTCCCCAACAGATGCAACACTTGGTTCCATCGAAAGGAACCTTCAGATAGCTGGTGTCT
CAGGAGGGATAGTTGCTTGGAGAGCCTTAGACTTGAGCTCTCAACAGCTATTCTATATCT
CTCTTGGTCTTTTGTTCCTCTGGACTTTGGATTTGGTCTCATTTAATGGTGGGATTGGGA
GTTTGGTTCTTGATACAATTGGTCATACGTTCAGTCAACGTTACCATAACAGAGTTGTTC
AACATGAAGCAGGTCATTTCTTGGTGGCTTACTTGGTCGGTATCCTCCCACGGGGATACA
CACTCTCAAGTCTTGAAGCTTTACAGAAAGAAGGTTCTCTCAACATTCAAGCTGGCTCAG
CCTTTGTAGACTTTGAGTTCCTTGAAGAAGTCAATGCTGGAAAAGTCTCAGCCACTATGC
TGAACAGATTCTCATGTATTGCACTTGCTGGTGTAGCAACTGAGTATCTCCTCTATGGTT
ATGCTGAAGGTGGTCTTGACGACATTAGCAAGTTAGATGGTTTGGTGAAGAGTTTGGGGT
TCACACAGAAGAAAGCAGACTCTCAGGTGAGGTGGTCAGTCCTCAACACTATACTGCTAC
TGCGTCGCCATGAGGTAGCTAGATCCAAGCTCGCTGAGGCTATGTCCAAAGGAGAATCTG
TTGGTTCCTGTATCCAAGTCATTGAAGATTCTGTTGACCCTTCTGATATCTAGAAAACAC
ACAATTATTATGTCTTGGTAGATTCTGTTAAGACATCTCCATAAATGTAAAGAAATCATT
TTTTTTGGGTT

QA 10 860 10 860
DS 



AS 1 5

CO CL1790Contig1 629 5 3 U
GGATTCGAGCCGGGAAAATCCAGAAGAACCCTCCTCGCAAACGCTCCGTCGTCTATTGAT
CGCTGATCGGTTTGCTAGATTCAAGCAAGCAAGCTTCGAAACCCTAAATTCCTTACTCAT
TGCCATCGGCACTAGCTCAACTTCAGAATTGAAGGAGGCAATTTTGAGCAATATCAAGTG
AATCTTCGTCAGTGATCATCATCAGATACAATGTCAGCGTTGTTCAATTTCCATTCGTTT
TTGACGGTGGTGCTGCTTGTGATCTGCACGTGCACTTATCTCAAGATGCAGTTCCCTGCC
ATTCTCGAGCAGAAAACTGGGTTTCGTGGATTTTTTTGGAAAGCTGCTAGAATAGGTGAG
CGTTTGAGCCCTTGGATGTCTGTCGGATGCTTCATGATGGGTGTCTCCATCATTTTCTTC
TGAGTCTTCATTGACATACTTACTCAGTTTTCATATGCAAACGATTCTAAGGTTTTTTTT
TTCTTT*GATGAAACTGAAAGAGTAGATTATATTCTTTTTGGATTTTATGGTTTTGGTCT
TGTATTTGTTGTGTTGTTTTGATGTGAAAACTAAGCCCCAACTGTGAACATTGCCACACC
TAAAGAAGATTATATTGGTGGAATATATC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW36TF U 1
AF RR1ES88JQ C 57
AF RR1FC66JQ C 2
AF RR1ES88TF U 5
AF RR1FC66TF U 2
BS 1 355 RR1CW36TF
BS 356 356 RR1ES88TF
BS 357 629 RR1CW36TF

RD RR1CW36TF 629 0 0
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TTGACGGTGGTGCTGCTTGTGATCTGCACGTGCACTTATCTCAAGATGCAGTTCCCTGCC
ATTCTCGAGCAGAAAACTGGGTTTCGTGGATTTTTTTGGAAAGCTGCTAGAATAGATGAG
CGTTTGAGCCCTTGGATGTCTGTCGGATGCTTCATGATGGGTGTCTCCATCATTTTCTTC
TGAGTCTTCATTGACATACTTACTCAGTTTTCATATGCAAACGATTCTAAGGTTTTTTTT
TTCTTT*GATGAAACTGAAAGAGTAGATTATATTCTTTTTGGATTTTATGGTTTTGGTCT
TGTATTTGTTGTGTTGTTTTGATGTGAAAACTAAGCCCCAACTGTGAACATTGCCACACC
TAAAGAAGATTATATTGGTGGAATATATC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1ES88JQ 565 0 0
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TCATTGCCATCGGCACTAGCTCAACTTCAGAATTGAAGGAGGCAATTTTGAGCAATATCA
AGTGAATCTTCGTCAGTGATCATCATCAGATACAATGTCAGCGTTGTTCAATTTCCATTC
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TGCCATTCTCGAGCAGAAAACTGGGTTTCGTGGATTTTTTTGGAAAGCTGCTAGAATAGG
TGAGCGTTTGAGCCCTTGGATGTCTGTCGGATGCTTCATGATGGGTGTCTCCATCATTTT
CTTCTGAGTCTTCATTGACATACTTACTCAGTTTTCATATGCAAACGATTTTAAGGTTTT
TTTTT*CTTT*GATGAAACTGAAAGAGTAGATTATATTCTTTTTGGATTTTATGGTTTTG
GTCTTGTATTTGTTGTGTTGTTTTGATGTGAAAACTAAGCCCCAACTGTGAACATTGCCA
CACCTAAAGAAGATTATATTGGTGG

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1FC66JQ 620 0 0
GATTC
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AGATTATATTGGTGG

QA 6 620 6 620
DS 

RD RR1ES88TF 617 0 0
GG
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TTCATTGACATACTTACTCAGTTTTCATATGCAAACGATTCTAAGGTTTTTTTTT*CTTT
*GATGAAACTGAAAGAGTAGATTATATTCTTTTTGGATTTTATGGTTTTGGTCTTGTATT
TGTTGTGTTGTTTTGATGTGAAAACTAAGCCCCAACTGTGAACATTGCCACACCTAAAGA
AGATTATATTGGTGG

QA 3 617 3 617
DS 

RD RR1FC66TF 620 0 0
GATTC
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CGGCACTAGCTCAACTTCAGAATTGAAGGAGGCAATTTTGAGCAATATCAAGTGAATCTT
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GTGGTGCTGCTTGTGATCTGCACGTGCACTTATCTCAAGATGCAGTTCCCTGCCATTCTC
GAGCAGAAAACTGGGTTTCGTGGATTTTTTTGGAAAGCTGCTAGAATAGGTGAGCGTTTG
AGCCCTTGGATGTCTGTCGGATGCTTCATGATGGGTGTCTCCATCATTTTCTTCTGAGTC
TTCATTGACATACTTACTCAGTTTTCATATGCAAACGATTCTAAGGTTTTTTTTTTTCTT
TGATGAAACTGAAAGAGTAGATTATATTCTTTTTGGATTTTATGGTTTTGGTCTTGTATT
TGTTGTGTTGTTTTGATGTGAAAACTAAGCCCCAACTGTGAACATTGCCACACCTAAAGA
AGATTATATTGGTGG

QA 6 620 6 620
DS 



AS 1 5

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A*TTGCTTCTTTGGATCATCAATCATGTCACAGCAAGCATTCAATGCTGGCCAAACCAAG
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ATAATAAAAACTGAGATGTAATAATGTACTGCAACATACTATAATTTTCATTTTAAGGGA
ATGAAGCAAATTAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AE07JQ C 19
AF RR1AE07TF U 19
AF RR1AM35TF U 1
AF RR1ET69JQ C 19
AF RR1ET69TF U 19
BS 1 615 RR1AM35TF

RD RR1AE07JQ 522 0 0
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QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1AE07TF 522 0 0
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QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1AM35TF 615 0 0
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GGCCAGGAACAAACCGCTGGTTTTCTTGGCCAGACGGGAGAATCTGTGAAGAACATGGCT
CAAGGTGCTTTGGATGGTGTTAAGAACAGTCTTGGCATGAATGAGAAGAAATGAGGAAAT
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AGTTTCTGTTTTCTCTAAATTATCTATGTAATAACTATTTTCTTTTTGAAAGATTTTGTG
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QA 1 615 1 615
DS 

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QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1ET69TF 586 0 0
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TCTGCTGATAAATCTCATCCCACTAGAGAATCCGCCCAACATGGCCAGGAACAAACCGCT
GGTTTTCTTGGCCAGACGGGAGAATCTGTGAAGAACATGGCTCAAGGTGCTTTGGATGGT
GTTAAGAACAGTCTTGGCATGAATGAGAAGAAATGAGGAAATGAATATTCATACGTCTCA
ACTGTTTATTTACATATTTAAATATTATTTCTGATGTTTAGCAGTTTCTGTTTTCTCTAA
ATTATCTATGTAATAACTATTTTCTTTTTGAAAGATTTTGTGATAATAAAAACTGAGATG
TAATAATGTACTGCAACATACTATAATTTTCATTTTAAGGGAATGA

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 4

CO CL1792Contig1 614 4 2 U
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CGAAGAAGATAGCTCATGAGATCGGTGGTGTGAAGAGAGACGCTCTTCGATTCGGTCTCA
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AGGATTACTTAAATGATCCTCGTGACTCGGAGACATTCAAGCCTGTAGACTTCCACCACG
GGATGGAAGTTCGTCTTGGCATCTCAAAGGGCCCTGTTGCCCCAAGTTTCATATGAGGCA
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GAATCAAGTGTGTGAACTTATTTCGACGTTAGACTTCTACTATAAAGTTTGAAATCAGAT
GAAACTGGGCAATT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GP95TF U 1
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AF RR1BL09TF U 1
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QA 1 614 1 614
DS 



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TCGATT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1G723JQ U 1
AF RR1FX46JQ U 1
AF RR1FX46TF C 1
AF RR1G723TF C 1
AF RR1GY33JQ U 79
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C

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DS 

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C

QA 1 611 1 611
DS 

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C

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QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 5

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AAAAAAAAATTCTTTGATTTGTTGTCCCCAATTGAACCGGTTTTATTTGGTTACAGAAAC
GTTCCAATGTATTGTTCATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B130JQ C 100
AF RR1CM61TF U 1
AF RR1B130TF U 34
AF RR1AJ52JQ C 249
AF RR1AJ52TF U 249
BS 1 46 RR1CM61TF
BS 47 47 RR1B130TF
BS 48 149 RR1CM61TF
BS 150 150 RR1B130TF
BS 151 263 RR1CM61TF
BS 264 264 RR1AJ52TF
BS 265 315 RR1CM61TF
BS 316 316 RR1B130TF
BS 317 508 RR1CM61TF
BS 509 509 RR1B130TF
BS 510 661 RR1CM61TF
BS 662 921 RR1AJ52TF

RD RR1B130JQ 124 0 0
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ATCCTTAGCTTCCGCAGACGGAGAGCTCCCACGAAGACGACATCTTCGCAATCGA

QA 10 124 10 124
DS 

RD RR1CM61TF 664 0 0
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GCATCTAATTTGGTGTTATATTACTTAATCTTCCCATAGTTGAGATCTTTGCCAACAAAA
AAGAATGAACAAAACTACACGGATCGATACCCCCTCATCGTCTTCTCCATCCTTAGCTTC
CGCAGACGGAGAGCTCC*ACGAAGACGACATCTTCGCAATCGACATAACTCACGCGCCTC
GTCCTTCTCCAACGCGACAACAACAACAACACCCACAAGCTCGTCACCTTCAAAGAAGCA
AAAGCAGTTTAAAAACCGTGGAAGCTTCTGGTATCCTCGCTGCTCTCCCCGAGCCTTCAG
GAGGAAACAGTTACCTAAACCACGTGTTTCACCACAAACCCGCCTCTGTTCTCTCCACTT
CGGTCTCCTCCACAGCTTCTTCATCCTCTTCTTCCGGCGGCGGCGGCGGTGGTGGTGCTC
GAACCATCCCCGCTGCTCCTAAACCGTC*CAAGAACGGCTTCCGTTTACCTCTTCTTTTA
CAAACGGAGGGAAGTTTCCTCAGTCAGCTCCCGTTCAAGTACCGTCGGCGATGGTGAATC
GTCGTAAGAAGGAGTTCAAGCTTACTGATGTGGTGGACGATGATGAGGAGGAGGATGAAG
A
GAG

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1B130TF 629 0 0
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CCATAGTTGAGATCTTTGCCAACAAAAAAGAATGAACAAAACTACACGGATCGATATCCC
CTCATCGTCTTCTCCATCCTTAGCTTCCGCAGACGGAGAGCTCC*ACGAAGACGACATCT
TCGCAATCGACATAACTCACGCGCCTCGTCCTTCTCCAACGCGACAACAACAACAACACC
CACAAGCTCGTCACCTTCAAAGAAGCAAAAGCAGTTTAAAAAACGTGGAAGCTTCTGGTA
TCCTCGCTGCTCTCCCCGAGCCTTCAGGAGGAAACAGTTACCTAAACCACGTGTTTCACC
ACAAACCCGCCTCTGTTCTCTCCACTTCGGTCTCCTCCACAGCTTCTTCATCCTCTTCTT
CCGGCGGCGGCGGCGGTGGTGGTGCTCGAACCATCCCCGCTGCTCCTAAACCGTCTCAAG
AACGGCTTCCGTTTACCTCTTCTTTTACAAACGGAGGGAAGTTTCCTCAGTCAGCTCCCG
TTCAAGTACCGTCGGCGATGGTGAATCGTCGTAAGAAGGAGTTCAAGCTTACTGATGTGG
TGGACGATGATGAGGAGGAGGATGAAGA
A

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1AJ52JQ 673 0 0
G
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TAAAAAACGTGGAAGCTTCTGGTATCCTCGCTGCTCTCCCCGAGCCTTCAGGAGGAAACA
GTTACCTAAACCACGTGTTTCACCACAAACCCGCCTCTGTTCTCTCCACTTCGGTCTCCT
CCACAGCTTCTTCATCCTCTTCTTCCGGCGGCGGCGGCGGTGGTGGTGCTCGAACCATCC
CCGCTGCTCCTAAACCGTCTCAAGAACGGCTTCCGTTTACCTCTTCTTTTACAAACGGAG
GGAAGTTTCCTCAGTCAGCTCCCGTTCAAGTACCGTCGGCGATGGTGAATCGTCGTAAGA
AGGAGTTCAAGCTTACTGATGTGGTGGACGATGATGAGGAGGAGGATGAAGAAGAAGATG
GGGAGAGGCTTCCGCCTCACGAGATTGTAGCGAGGTCTTTGGCTCAGTCTTCTTTGCTGT
CTTGCTCTGTGCTTGAAGGTGCAGGAAGAACGCTTAAAGGGAGAGATCTTCGGCAGGTGA
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TATTGTTCATAT

QA 2 673 2 673
DS 

RD RR1AJ52TF 673 0 0
G
CAACGCGACAACAATAACAACACCCACAAGCTCGTCACCTTCAAAGAAGCAAAAGCAGTT
TAAAAAACGTGGAAGCTTCTGGTATCCTCGCTGCTCTCCCCGAGCCTTCAGGAGGAAACA
GTTACCTAAACCACGTGTTTCACCACAAACCCGCCTCTGTTCTCTCCACTTCGGTCTCCT
CCACAGCTTCTTCATCCTCTTCTTCCGGCGGCGGCGGCGGTGGTGGTGCTCGAACCATCC
CCGCTGCTCCTAAACCGTCTCAAGAACGGCTTCCGTTTACCTCTTCTTTTACAAACGGAG
GGAAGTTTCCTCAGTCAGCTCCCGTTCAAGTACCGTCGGCGATGGTGAATCGTCGTAAGA
AGGAGTTCAAGCTTACTGATGTGGTGGACGATGATGAGGAGGAGGATGAAGAAGAAGATG
GGGAGAGGCTTCCGCCTCACGAGATTGTAGCGAGGTCTTTGGCTCAGTCTTCTTTGCTGT
CTTGCTCTGTGCTTGAAGGTGCAGGAAGAACGCTTAAAGGGAGAGATCTTCGGCAGGTGA
GGAATGCTGTTTTCAGAAGAACCGGTTTCATTGATTGAGTTCTCTCATTTAAAAAAAAAA
TTCTTTGATTTGTTGTCCCCAATTGAACCGGTTTTATTTGGTTACAGAAACGTTCCAATG
TATTGTTCATAT

QA 2 673 2 673
DS 



AS 1 4

CO CL1795Contig1 921 4 12 U
GGAGATATCGCTAAGCGGAGGAGGGAGGGGAGAGGAAGCCTTAGATTAGAAAAGTTCCCG
CCGTCATGGCCGTTACGGCGTCTGGATTCATCGGCAAAGCTACAATCTCCTCCGTTCGAG
TAGAGTTCTCTTCCAAATTATCACACCTCAAACGTCCCTTCTCTGCCTCAAAGCCTCTGG
TGGTTCAGTCAGTCGCCTTATCGCCGCCGGCGAGAACAGTTGAGTCACCGCCGGTTGGTT
ACCGGAAAAATGTTGGGATTTGTCTCGTTAGTCCATGTAGAAAGATTTTTACTGCATCAA
AGATTCACGTTCCGGATACATGGCAGATGCCTCAGGGTGGTGCTGATGAGGGAGAAGATC
TTAGAAATGCTGCTTTTAGAGAGCTCAGAGAAGAAACAGGGGTTACCTCTGCTGAATTCA
TTGCCGAGATACCAAACTGGCTGACCTATGATTTCCCCCGGGATGTGAAGGACAAACTGA
ATCGGAAATGGCGAACAAGTTACAAAGGCCAAGCTCAGAAATGGTTTCTCTTCAAGTTCA
CTGGCAAGGAAGAAGAAATAAATCTCCTAGGAGATGGTACTGCAAAACCAGAGTTTAAGG
TGTGGTCCTGGATGCTACCCGAACAAGTGATTGAACATGCTGTATATTTCAAGAGACCTG
TCTATGAGCATGTCATAAATCAATTCAATCCTTACTTTGTGGATGAAGACAAGGA*CTCC
CGTAAGGATTGAA*CGTACACAAGATCGGTCAAATAAAAAAGTGAATACTGATTAGGAGG
AAATCAACCAATCATTACACCCCAACATCATAGATGAAATTGCTTCATTATCTTTATGTT
TGGACACTTCAAAAATTGTACTTATGAAATGCAAACTACTGTTCTTAGAGAGTCATAATC
AAAGTTTTCATGGCATTGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW42TF U 8
AF RR1C427TF U 1
AF RR1C427JQ C 142
AF RR1DT17JQ C 416
BS 1 713 RR1C427TF
BS 714 714 RR1C427JQ
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BS 734 753 RR1C427TF
BS 754 804 RR1C427JQ
BS 805 807 RR1DT17JQ
BS 808 890 RR1C427JQ
BS 891 892 RR1DT17JQ
BS 893 921 RR1C427JQ

RD RR1DW42TF 109 0 0
GGGCTAAGCGGA
GGAGGGAGGGGAGAGGAAGCCTTAGATTAGAAAAGT*CCCGCCGTC*TGGCCGTTACGGC
GTCTGGATTCATCGGCAAAGCTACAATCTCCTCCGTT

QA 13 109 13 109
DS 

RD RR1C427TF 754 0 0
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CCGTCATGGCCGTTACGGCGTCTGGATTCATCGGCAAAGCTACAATCTCCTCCGTTCGAG
TAGAGTTCTCTTCCAAATTATCACACCTCAAACGTCCCTTCTCTGCCTCAAAGCCTCTGG
TGGTTCAGTCAGTCGCCTTATCGCCGCCGGCGAGAACAGTTGAGTCACCGCCGGTTGGTT
ACCGGAAAAATGTTGGGATTTGTCTCGTTAGTCCATGTAGAAAGATTTTTACTGCATCAA
AGATTCACGTTCCGGATACATGGCAGATGCCTCAGGGTGGTGCTGATGAGGGAGAAGATC
TTAGAAATGCTGCTTTTAGAGAGCTCAGAGAAGAAACAGGGGTTACCTCTGCTGAATTCA
TTGCCGAGATACCAAACTGGCTGACCTATGATTTCCCCCGGGATGTGAAGGACAAACTGA
ATCGGAAATGGCGAACAAGTTACAAAGGCCAAGCTCAGAAATGGTTTCTCTTCAAGTTCA
CTGGCAAGGAAGAAGAAATAAATCTCCTAGGAGATGGTACTGCAAAACCAGAGTTTAAGG
TGTGGTCCTGGATGCTACCCGAACAAGTGATTGAACATGCTGTATATTTCAAGAGACCTG
TCTATGAGCATGTCATAAATCAATTCAATCCTTACTTTGTGGATGAAGACAAG*A*CTCC
CGTAAGG*TTGA**CGTACACAAGATCGGTCAA
T

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1C427JQ 780 0 0
CAC
ACCTCAAACGTCCCTTCTCTGCCTCAAAGCCTCTGGTGGTTCAGTCAGTCGCCTTATCGC
CGCCGGCGAGAACAGTTGAGTCACCGCCGGTTGGTTACCGGAAAAATGTTGGGATTTGTC
TCGTTAGTCCATGTAGAAAGATTTTTACTGCATCAAAGATTCACGTTCCGGATACATGGC
AGATGCCTCAGGGTGGTGCTGATGAGGGAGAAGATCTTAGAAATGCTGCTTTTAGAGAGC
TCAGAGAAGAAACAGGGGTTACCTCTGCTGAATTCATTGCCGAGATACCAAACTGGCTGA
CCTATGATTTCCCCCGGGATGTGAAGGACAAACTGAATCGGAAATGGCGAACAAGTTACA
AAGGCCAAGCTCAGAAATGGTTTCTCTTCAAGTTCACTGGCAAGGAAGAAGAAATAAATC
TCCTAGGAGATGGTACTGCAAAACCAGAGTTTAAGGTGTGGTCCTGGATGCTACCCGAAC
AAGTGATTGAACATGCTGTATATTTCAAGAGACCTGTCTATGAGCATGTCATAAATCAAT
TCAATCCTTACTTTGTGGATGAAGACAAGGA*CTCCCGTAAGGATTGAA*CGTACACAAG
ATCGGTCAAATAAAAAAGTGAATACTGATTAGGAGGAAATCAACCAATCATTACACCCCA
***TCATAGATGAAATTGCTTCATTATCTTTATGTTTGGACACTTCAAAAATTGTACTTA
TGAAATGCAAACTACTGTTCTTAGAGC*TCATAATCAAAGTTTTCATGGCATTGGAT

QA 4 780 4 780
DS 

RD RR1DT17JQ 499 0 0
ATTCATTGCCGAGATACCAAACTGGCTGACGTATGATTTCCCCCGGGATGTGAAGGACAA
ACTTAATCGGAAATGGCGAACAAGTTACAAAGGCCAAGCTCAGAAATGGTTTTTTTTCAA
GTTCACTGGCAAGGAAGAAGAAATAAATTTCCTAGGAGATGGTACTGCAAAACCAGAGTT
TAAGGTGTGGTCCTGGATGCTACCCGAACAAGTGATTGAACGTGCTGTATATTTCAAGAG
ACCTGTTTACGAGCATGTCATAAATCAATTCAATCCTTACTTTGTGGATGAAGACAAGGA
ACTCCCGTAAGGATTGAAACGTACACAAGATCGGTCAAA**AAAAAGTGAATACTGATTA
GGAGGAAATCAACCAATCATTATACCCCAACATCATAGATGAAATTGCTTCATTATCTTT
ATGTTTGGACACTTCAAAAATTGTACTTATGAAATGCAAACTACTGTTCTTAGAGAGTCA
TAATCGAAGTTTTCATGGC

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 5

CO CL1796Contig1 815 5 14 U
GGATACATTTAATATCTGCAACGATGACTGGCCGTGACGTTCTTTTCCTCTCCGTCCTCC
TCATCATCGCCAACGTCTCCTTCATCTCATCAGCCGACGATGAACCAGATTGTGTCTACA
CGTTCTACCTCCGAACCGGATCCGTTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTA
GGATCTACGACAAGTATGGAGACTACATCGGGATCCGAAACCTAGAGGCATGGGGTGGGT
TAATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAG
CGCCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACC
ACCATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCT
CTCAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGTCACCGTATGAGCTCA
CTGCTGTAAGGAATAACTGCCCGGTATCGCTTAGGGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTCTG
AGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGAGTGTC
TTGGAGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAACGTGTGATGCCAATAAAGAAAAATGATTCG
ATCGAATAAACATTCAGTTTTTTGGTTCTGTAAGAAGTAATCAGTTATCTTTGATTTAAG
ACTGCATTTGAGGGATTAAGAGAGGGCCCATTAAGAGATAATCACTTGATAATGTATTTT
AGTTTTGATGAACTAAAACGTTCGAAGTTAGAATA


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ70TFB U 2
AF RR1CG23TF U 95
AF RR1CG23JQ C 2
AF RR1AW54TF U 1
AF RR1GZ70JQ C 141
BS 1 143 RR1AW54TF
BS 144 144 RR1CG23TF
BS 145 313 RR1AW54TF
BS 314 315 RR1GZ70TFB
BS 316 499 RR1AW54TF
BS 500 500 RR1CG23TF
BS 501 505 RR1AW54TF
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BS 507 760 RR1AW54TF
BS 761 761 RR1GZ70JQ
BS 762 771 RR1AW54TF
BS 772 772 RR1GZ70JQ
BS 773 785 RR1AW54TF
BS 786 815 RR1GZ70JQ

RD RR1GZ70TFB 403 0 0
GATACATTTAATATCTGCAACGATGACTGGCCGTGACGTTCTTTTCCTCTCCGTCCTCCT
CATCATCGCCAACGTCTCCTTCATCTCATCAGCCGACGATGAACCAGATTGTGTCTACAC
GTTCTACCTCCGAACCGGATCCATTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAG
GATCTACGACAAGTATGGAGACTACATCGGGATCCGAAACCTAGAGGCATGGGGTGGGTT
AATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGC
GCCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACCA
CCATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGA

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR1CG23TF 416 0 0
CGACGATGAACCAGATTGTGTCTACACGTTCTACCTCCGAACCGGATCCGTTTGGAAAGC
CGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAGGATCTACGACAAGTATGGAGACTACATCGGGAT
CCGAAACCTAGAGGCATGGGGAGGGTTAATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGG
TAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGCGCCCTGTCTTCCCAGCCCAGTCTGTTCGTTGAA
TCTTACCTCCGACGGCTCGGGCGACCACCATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCAC
GACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCTCTCAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGC
GACTGATACGTCGCCGTATGAGCTCACTGCTGTAAGGAATAACTGCCCGGTATCGC

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR1CG23JQ 688 0 0
GATACATTTAATATCTGCAACGATGACTCGCTGTGACATTCTTTTCCTCTCCGTCCTCAT
CATCATCGCCAACGTCTCCTTCATCACATCAGCCGACGATGAACCAGATTGTGTCTACAC
GTTCTACCTCCGAACCGGATCCGTTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAG
GATTTACGACAAGTATGGAGACTACATCGGGATCCGAAACCTAGAGGCATGGGGAGGGTT
AATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGC
GCCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCGGGCGACCA
CCATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCTC
TCAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGTCGCCGTATGAGCTCAC
TGCTGTAAGGAATAACTGCCCGGTATCGCTTAGAGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTCTGA
GATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGTGTGTCT
TGGAGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAACGTGTGATGCCAATAAAGAAAAATAATTCGA
TCGAATAAAAATTCAGTTTTTT
TTTGAC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1AW54TF 785 0 0
GGATACATTTAATATCTGCAACGATGACTGGCCGTGACGTTCTTTTCCTCTCCGTCCTCC
TCATCATCGCCAACGTCTCCTTCATCTCATCAGCCGACGATGAACCAGATTGTGTCTACA
CGTTCTACCTCCGAACCGGATCCATTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTA
GGATCTACGACAAGTATGGAGACTACATCGGGATCCGAAACCTAGAGGCATGGGGTGGGT
TAATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAG
CGCCGTGTCTTCC**GCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACC
ACCATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCT
CTCAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGTCACCGTATGAGCTCA
CTGCTGTAAGGAATAACTGTCCGGTGTCGCTTAGGGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTCTG
AGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGAGTGTC
TTGGAGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAACGTGTGATGCCAATAAAGAAAAATGATTCG
ATCGAATAAACATTCAGTTTTTTGGTTCTGTAAGAAGTAATCAGTTATCTTTGATTTAAG
ACTGCATTTGAGGGATTAAGAGAGGGCCCATTAAGAGATA*TCACTTGATA*TGTATTTT
AGTTT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1GZ70JQ 675 0 0
TCCA
TTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAGGATCTACGACAAGTATGGAGACT
ACATCGGGATCCGAAACCTAGAGGCATGGGGTGGGTTAATGGGACCAGGTTACAACTACT
TCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGCGCCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCT
GTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACCACCATGGTTGGTATGTTAACTACG
TGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCTTTCAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGC
AATGGCTTGCGACTGATACGTCACCGTATGAGCTCACTGCTGTAAGGAATAACTGTCCGG
TGTCGCTTAGGGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTTTGAGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGA
TCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGAGTGTCTTGGAGACTTGTTTTATGTCGTCT
TGTGAACGTGTGATGCCAATAAAGAAAAATGATTCGATCGAATAAACATCCAGTTTTTTG
GTTCTGTAAGAAGTAATCAGTTATCTTTGATTTAAGACTGCATTTGAGGGATTAAGAGAG
GGCCCATTAAGAGATAATCACTTGATAATGTATTTTAGTTTTGATGAACTAAAACGTTCG
AAGTTAGAATA

QA 5 675 5 675
DS 



AS 1 2

CO CL1797Contig1 984 2 2 U
ACTCAACTCTTCTCTCGTCTTACTAAATATTACAGCGTCTTTCTCTTCCCGCACCATATA
ACTTAAGAGATAATATATTGGAAATATGAGCAGAACGGAGACAATGGGTTTGACCAAAAG
AGGAATGTTGCAGTCAAATAGTTGCAATCGCCTTATGGACCGTTCTGAGTCTCTCAAGAG
GGACAGTGTGATGAGCAATGGTGGTTCAGCCAAAGTGAGAGGAAGCTTGGAGCGCAAGAA
ATCAAAGAGTTTTAAAGAAGGAGAAAGCTGTCCTTCTTGGCTCATAACCGATGCTCCTGG
GAGTATAGCCGCTGTGAGGAGGGAGCAAGTTGCTGCACAACAAGCCCTAAGGAAACTCAA
GATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACCCTAACTAATTTCAACTCCTCCAAAATTGT
CCCCCTTGTCCACCCTAGCCCTCATCCTCATCCTCAGAGATGAGCAAAGTGAGAGGCGTT
GTGGAGAATGCTACTAAGATCCTAGAGATCAAGAAAAACTTCGGGTCACTAGAGAAGTAC
TTTTGGGGTTTTGTGAACAACAAGCCCATCTCCACGAACTACAAGTTTGGCCACAAGATT
CCGGTTAAGACATCAAAGTCGGATAGCATAAGCAAAGACATGGGTCCGAAGAGGCTTCAG
GTACGTGGGTCCCACTGTGGTTCACTCCTTCATGCAAGCCGCTGGTCTAACCAATGACCA
CTTGCTTACTTGTTACCGTCACATTCCTTGCACTCTCCTCAGTACCAATCCCTAATTTTT
TTTTCCATTTTTTATTTATTTACTTCATTGAAAGTGTGTTTTTAACTTTCGGGTGATTTG
TGTACAACAATTGTAGGCGTAGGAGAAAATGGATTGTGTGTTTTTACTTTGTCATGTAAG
ATAAACCAGCTGGGTAGCTGGTGTATTTTTATTTTGTTTTGTGTGAGGTTTTTATTATAA
TCACATGTATAAGGGTTTTTGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A975TF U 1
AF RR1A975JQ C 212
BS 1 658 RR1A975TF
BS 659 984 RR1A975JQ

RD RR1A975TF 658 0 0
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ACTTAAGAGATAATATATTGGAAATATGAGCAGAACGGAGACAATGGGTTTGACCAAAAG
AGGAATGTTGCAGTCAAATAGTTGCAATCGCCTTATGGACCGTTCTGAGTCTCTCAAGAG
GGACAGTGTGATGAGCAATGGTGGTTCAGCCAAAGTGAGAGGAAGCTTGGAGCGCAAGAA
ATCAAAGAGTTTTAAAGAAGGAGAAAGCTGTCCTTCTTGGCTCATAACCGATGCTCCTGG
GAGTATAGCCGCTGTGAGGAGGGAGCAAGTTGCTGCACAACAAGCCCTAAGGAAACTCAA
GATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACCCTAACTAATTTCAACTCCTCCAAAATTGT
CCCCCTTGTCCACCCTAGCCCTCATCCTCATCCTCAGAGATGAGCAAAGTGAGAGGCGTT
GTGGAGAATGCTACTAAGATCCTAGAGATCAAGAAAAACTTCGGGTCACTAGAGAAGTAC
TTTTGGGGTTTTGTGAACAACAAGCCCATCTCCACGAACTACAAGTTTGGCCACAAGATT
CCGGTTAAGACATCAAAGTCGGATAGCATAAGCAAAGACATGGGTCCGAAGAGGCTTC

QA 1 658 1 658
DS 

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CCTTCTTGGCTCATAACCGATGCTCCTGGGAGTATAGCCGCTGTGAGGAGGGAGCAAGTT
GCTGCACAACAAGCCCTAAGGAAACTCAAGATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACC
CTAACTAATTTCAACTCCTCCAAAATTGTCCCCCTTGTCCACCCTAGCCCTCATCCTCAT
CCTCAGAGATGAGCAAAGTGAGAGGCGTTGTGGAGAATGCTACTAAGATCCTAGAGATCA
AGAAAAACTTCGGGTCACTAGAGAAGTACTTTTGGGGTTTTGTGAACAACAAGCCCATCT
CCACGAACTACAAGTTTGGCCACAAGATTCCGGTTAAGACATCAAAGTCGGATAGCATAA
GCAAAGACATGG*TCCGAAGAGGCTTCAGGTACGTGGGTCCCACTGTGGTTCACTCCTTC
ATGCAAGCCGCTGGTCTAACCAATGACCACTTGCTTACTTGTTACCGTCACATTCCTTGC
ACTCTCCTCAGTACCAATCCCTAATTTTTTTTTCCATTTTTTATTTATTTACTTCATTGA
AAGTGTGTTTTTAACTTTCGGGTGATTTGTGTACAACAATTGTAGGCGTAGGAGAAAATG
GATTGTGTGTTTTTACTTTGTCATGTAAGATAAACCAGCTGGGTAGCTGGTGTATTTTTA
TTTTGTTTTGTGTGAGGTTTTTATTATAATCACATGTATAAGGGTTTTTGATG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 5

CO CL1798Contig1 453 5 14 U
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TGACTAGTAATAAAGAAATTACAATGACACAATACCATTACGGGGAATTGCTCAAAAGAT
TATAAAGTAACTAATCATTTAAGGATTGTGGTTTTGGGTATAGATGTAATCAGTGTGAGC
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TTCTTGTTCTAGTTTCTCAACGGAGATTTCTTCCGCATCAACGGAGGTTGAAATGGGCCG
GGCTGATGCGTATGTTAGCGTGGAACAGAGGAGGAGGGAAGCGATGAAGAAGAAAGTTGT
GAACTTCGCCATTTATTTATCTGACTAAGTACTATACACAATCTTGTTATTATTGAGTAT
ATATTGATTTAAAGTGAGGAGGAAGATATATCC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 

AF RR1BJ17JQ U 83
AF RR1A236TF C 1
AF RR1CV58JQ U 1
AF RR1CV58TF C 1
AF RR1A236JQ U 129
BS 1 1 RR1A236TF
BS 2 82 RR1CV58JQ
BS 83 264 RR1BJ17JQ
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BS 266 317 RR1BJ17JQ
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BS 391 391 RR1A236JQ
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BS 438 438 RR1A236JQ
BS 439 447 RR1CV58JQ
BS 448 448 RR1A236JQ
BS 449 453 RR1CV58JQ

RD RR1BJ17JQ 239 0 0
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GGATTGTGGTTTTGGGTATAGATGTAATCAGTGTGAGCAACTAAAGTTCTGCGTATCAAG
GCACACTCTTCTTCTCCAACACCTTCACAGTTTACCTCTTCTTGTTCTAGTTTCTCAACG
GAAATTTCTTCCGCATCAACGGAGGTTGAAATGGGCCGGGCTGATGCGTATGTTA
TCGT

QA 1 235 1 235
DS 

RD RR1A236TF 453 0 0
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TGACTAGTAATAAAGAAATTACAATGACACAATACCATTACGGGGAATTGCTCAAAAGAT
TATAAAGTAACTAATCATTTAAGGATTGTGGTTTTGGGTATAGATGTAATCAGTGTGAGC
AACTAAAGTTCTGCGTATCAAGGCACACTCTTCTTCTCCAACACCTTCACAGTTTACCTC
TTCTTGTTCTAGTTTCTCAACGGAGATTTCTTCCGCATCAACGGAGGTTGAAATGGGCCG
GGCTGATGCGTATGTTAGCGTGGAGCAGAGGAGGAGGGAAGCGATGAAGAAGAAAGTTGT
GAACTTCGCCATTTATTTATCTGACTAAGTACTATACACAATCTTGTTATTATTGAGTAT
ATATTGATTTAAAGTGAGGAGGAAGATATATCC

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1CV58JQ 453 0 0
G
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GACTAGTAATAAAGAAATTACAATGACACAATACCATTACGGGGAATTGCTCAAAAGATT
ATAAAGTAACTAATCATTTAAGGATTGTGGTTTTGGGTATAGATGTAATCAGTGTGAGCA
ACTAAAGTTCTGCGTATCAAGGCACACTCTTCTTCTCCAACACCTTCACAGTTTACCTCT
TCTTGTTCTAGTTTCTCAACGGAGATTTCTTCCGCATCAACGGAGGTTGAAATGGGCCGG
GCTGATGCGTATGTTAGCGTGGAACAGAGGAGGAGGGAAGCGATGAAGAAGAAAGTTGTG
AACTTCGCCATTTCTTTATCTGACTAAGTGCTATACACAATCTTGTTATTATTGAGTATA
TATTGATTTAAAGTGATGAGGAAGATGTATCC

QA 2 453 2 453
DS 

RD RR1CV58TF 453 0 0
G
ATCAAAACCCATAGTTCATATTATTAAGTGGCAGCGATGATTACAAATATGATGAAGTCT
GACTAGTAATAAAGAAATTACAATGACACAATACCATTACGGGGAATTGCTCAAAAGATT
ATAAAGTAACTAATCATTTAAGGATTGTGGTTTTGGGTATAGATGTAATCAGTGTGAGCA
ACTAAAGTTCTGCGTATCAAGGCACACTCTTCTTCTCCAACACCTTCACAGTTTACCTCT
TCTTGTTCTAGTTTCTCAACGGAGATTTCTTCCGCATCAACGGAGGTTGAAATGGGCCGG
GCTGATGCGTATGTTAGCGTGGAACAGAGGAGGAGGGAAGCGATGAAGAAGAAAGTTGTG
AACTTCGCCATTTCTTTATCTGACTAAGTGCTATACACAATCTTGTTATTATTGAGTATA
TATTGATTTAAAGTGATGAGGAAGATGTATCC

QA 2 453 2 453
DS 

RD RR1A236JQ 325 0 0
AACTAATCATTTAAGGATTGTGGTTTTGGGTATAGATGTAATCAGTGTGAGCAACTAAAG
TTCTGCGTATCAAGGCACACTCTTCTTCTCCAACACCTTCACAGTTTACCTCTTCTTGTT
CTAGTTTCTCAACGGAGATTTCTTCCGCATCAACGGAGGTTGAAATGGGCCGGGCTGATG
CGTATGTTAGCGTGGAGCAGAGGAGGAGGGAAGCGATGAAGAAGAAAGTTGTGAACTTCG
CCATTTATTTATCTGACTAAGTACTATACACAATCTTGTTATTATTGAGTATATATTGAT
TTAAAGTGAGGAGGAAGATATATCC

QA 1 325 1 325
DS 



AS 2 5

CO CL1799Contig1 844 3 8 U
GGAGACACACTTCTCCCCCTCTCTTCTATCCTCTCTCTCTGAGCAAAAATGGAAGTGTCT
CTTCTCTCATTTTCTTCTTCCCTGTCTCCTCTCTGCCACAACCGAGCCTTAACCCTAACT
CCCAAACTCTCCAAATCCCAAAACTACCCTCGTCTCCCTGTCATCAGATCCGCCGTGTCT
CGTTCCAAAAAGGAAGAAACCGTGGAGACCGTCAAGTCCCACCTCGAGAATTGCCACCTC
CTCGCCGCCATCAACTACAAAGGCCTCACCGTCAAGCAGTTCCAAGACCTCAGGAGAACT
CTCCCCGACACAACAAAGCTCGTCGTCGCCAAGAACACTTTGGTCATCAAAGCCATCGAA
GGCACCAAATGGGAAGCTCTCAAGCCTTGTATGAAAGGCATGAACGCTTGGCTCTTTGTC
CAGACCGATGAGATTCCTTCAGCCATCAAACCTTACCGTAGTTTCCAAAAGGAACGCAAG
CTCGAAGACAATGACTTTGCAGGCGCTGTCTTTGAAGGTAAGTTCTACGCTCCTGACAAC
TTCAAAGCTCTGGAGACCATGCCTACTCGTGCTGAGGTATACGCTAAGATGCTCGGAGCT
CTGCAGAGTCCGGCCATTAACCTCGTCTCTACGTTACAAGCACCAGCTATTGAGGTTATC
ATGGTGCTCAAGGCTTATGTCAAGAAGCTAGAAGATGAGAGTAATGCTGCATAACTTAGT
TTAAGTAAAGCTGTACTAATCTCAGAGAACGTAATGTACTAAGCAAAGCAAAATTCAAAC
TTTTTGTTTTTGTCTATGACTCGAGCAGCAATGTTTTTATTGTTATTACAGTCATTGGGT
TTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1HB79TF U 100
AF RR1CW94TF U 1
AF RR1CW94JQ C 162
BS 1 117 RR1CW94TF
BS 118 118 RR1HB79TF
BS 119 672 RR1CW94TF
BS 673 673 RR1HB79TF
BS 674 703 RR1CW94TF
BS 704 704 RR1HB79TF
BS 705 763 RR1CW94TF
BS 764 844 RR1CW94JQ

RD RR1HB79TF 623 0 0
TGG
CGAGCCTTAACCCTAACTCCCAAACTCTCCAAATCCCAGAACTACCCTCGTCTCCCTGTC
ATCAGATCCGCCGTGTCTCGTTCCAAAAAGGAAGAAACCGTCGAGACAGTCAAGTCCCAC
CTCGAGAAATGCCACCTCCTCGCCGCCATCAACTACAAAGGCCTCACCGTCAAGCAGTTC
CAAGACCTCAGGAGAACTCTCCCCGACACAACAAAACTCGTCGTCGCCAAGAACACTTTG
GTCATCAAAGCCATCGAAGGCACCAAATGGGAAGCTCTCAAGCCTTGTATGAAAGGCATG
AACGCTTGGCTCTTTGTCCAGACCGATGAGATCCCTTCTGCCATCAAACCTTACCGGAGT
TTCCAAAAGGAACGCAAGCTCGAAGACAATGACTTTGCAGGCGCTGTCTTTGAAGGTAAG
TTCTACGCTCCTGACAACTTCAAAGCTCTGGAGACCATGCCTACTCGTGCTGAGGTCTAC
GCTAAGATGCTCGGAGCTCTGCAGAGTCCGGCCATTAACCTCGTCTCTACGTTGCAAGCA
CCAGCTATTGAGGTTATCATGGTGCTCAAGGCTTATGTCAAGAAGCTAGAAGATGAGAGT
AATGCTGCATAACT
AGTTTT

QA 4 617 4 617
DS 

RD RR1CW94TF 770 0 0
GGAGACACACTTCTCCCCCTCTCTTCTATCCTCTCTCTCTGAGCAAAAATGGAAGTGTCT
CTTCTCTCATTTTCTTCTTCCCTGTCTCCTCTCTGCCACAACCGAGCCTTAACCCTATCT
CCCAAACTCTCCAAATCCCAAAACTACCCTCGTCTCCCTGTCATCAGATCCGCCGTGTCT
CGTTCCAAAAAGGAAGAAACCGTGGAGACCGTCAAGTCCCACCTCGAGAATTGCCACCTC
CTCGCCGCCATCAACTACAAAGGCCTCACCGTCAAGCAGTTCCAAGACCTCAGGAGAACT
CTCCCCGACACAACAAAGCTCGTCGTCGCCAAGAACACTTTGGTCATCAAAGCCATCGAA
GGCACCAAATGGGAAGCTCTCAAGCCTTGTATGAAAGGCATGAACGCTTGGCTCTTTGTC
CAGACCGATGAGATTCCTTCAGCCATCAAACCTTACCGTAGTTTCCAAAAGGAACGCAAG
CTCGAAGACAATGACTTTGCAGGCGCTGTCTTTGAAGGTAAGTTCTACGCTCCTGACAAC
TTCAAAGCTCTGGAGACCATGCCTACTCGTGCTGAGGTATACGCTAAGATGCTCGGAGCT
CTGCAGAGTCCGGCCATTAACCTCGTCTCTACGTTACAAGCACCAGCTATTGAGGTTATC
ATGGTGCTCAAG*CTTATGTCAAGAAGCTAGAAGATGAGAGTA*TGCTGCATAACTTAGT
TTAAGTAAAGCTGTACTAATCTCAGAGAACGTAATGTACTAAG
CAAAGCA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1CW94JQ 683 0 0
CATCAGATCCGCCGTGTCTCGTTCCAAAAAGGAAGAAACCGTGGAGACCGTCAAGTCCCA
CCTCGAGAATTGCCACCTCCTCGCCGCCATCAACTACAAAGGCCTCACCGTCAAGCAGTT
CCAAGACCTCAGGAGAACTCTCCCCGACACAACAAAGCTCGTCGTCGCCAAGAACACTTT
GGTCATCAAAGCCATCGAAGGCACCAAATGGGAAGCTCTCAAGCCTTGTATGAAAGGCAT
GAACGCTTGGCTCTTTGTCCAGACCGATGAGATTCCTTCAGCCATCAAACCTTACCGTAG
TTTCCAAAAGGAACGCAAGCTCGAAGACAATGACTTTGCAGGCGCTGTCTTTGAAGGTAA
GTTCTACGCTCCTGACAACTTCAAAGCTCTGGAGACCATGCCTACTCGTGCTGAGGTATA
CGCTAAGATGCTCGGAGCTCTGCAGAGTCCGGCCATTAACCTCGTCTCTACGTTACAAGC
ACCAGCTATTGAGGTTATCATGGTGCTCAAGGCTTATGTCAAGAAGCTAGAAGATGAGAG
TAATGCTGCATAACTTAGTTTAAGTAAAGCTGTACTAATCTCAGAGAACGTAATGTACTA
AGCAAAGCAAAATTCAAACTTTTTGTTTTTGTCTATGACTCGAGCAGCAATGTTTTTATT
GTTATTACAGTCATTGGGTTTTT

QA 1 683 1 683
DS 



CO CL1799Contig2 424 2 6 U
TCCCTTCTGCCATCAAACCTTACCGGAGTTTCCAAAAGGAACGCAAGCTCGAAGACAATG
ACTTTGCAGGCGCTGTCTTTGAAGGTAAGTTCTACGCTCCTGACAACTTCAAAGCTCTGG
AGACCATGCCTACTCGTGCTGAGGTATACGCTAAAATGCTCGGAGCTCTGCAGAGTCCGG
CCATTAACCTCGTCTCTACGTTACAAGCACCAGCGATTGAGGTTATCATGGTGCTCAAGG
CTTATGTCAAGAAGCTAGAAGATGAGAGTAATGCTGCATAACTAGTTTTAAGTAAAGCTG
TACTAATCTCAGAGAATGTAATGTACTAAGGCAAAGCAATTCAACTTTTTTTGTTTTCCT
CTATGACTCGAGCAGCAATGTTATTATTATTACAGTCATTGGGTTTTATTGAAATGTTGC
TGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1HB79JQ C 1
AF RR1GG38TF U 42
BS 1 44 RR1HB79JQ
BS 45 187 RR1GG38TF
BS 188 188 RR1HB79JQ
BS 189 288 RR1GG38TF
BS 289 289 RR1HB79JQ
BS 290 424 RR1GG38TF

RD RR1HB79JQ 338 0 0
TCCCTTCTGCCATCAAACCTTACCGGAGTTTCCAAAAGGAACGCAAGCTCGAAGACAATG
ACTTTGCAGGCGCTGTCTTTGAAGGTAAGTTTTACGCTCCTGACAACTTCAAAGCTCTGG
AGACCATGCCTACTCGTGCTGAGGTTTACGCTAAGATGCTCGGAGCTCTGCAGAGTCCGG
CCATTAACCTCGTCTTTACGTTGCAAGCACCAGCTATTGAGGTTATCATGGTGCTCAAGG
CTTATGTCAAGAAGCTAGAAGATGAGAGTAATGCTGCATAACTAGTTTTAAGTAAAGCTG
TACTAATCTCAGAGAATGTAATGTACTAAG
CAAAGCAA

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR1GG38TF 383 0 0
GGT
AAGCTCGAAGACAATGACTTTGCAGGCGCTGTCTTTGAAGGTAAGTTCTACGCTCCTGAC
AACTTCAAAGCTCTGGAGACCATGCCTACTCGTGCTGAGGTATACGCTAAAATGCTCGGA
GCTCTGCAGAGTCCGGCCATTAATCTCGTCTCTACGTTACAAGCACCAGCGATTGAGGTT
ATCATGGTGCTCAAGGCTTATGTCAAGAAGCTAGAAGATGAGAGTAATGCTGCATAACTA
GTTT*AAGTAAAGCTGTACTAATCTCAGAGAATGTAATGTACTAAGGCAAAGCAATTCAA
CTTTTTTTGTTTTCCTCTATGACTCGAGCAGCAATGTTATTATTATTACAGTCATTGGGT
TTTATTGAAATGTTGCTGCT

QA 4 383 4 383
DS 



AS 1 5

CO CL1800Contig1 807 5 29 U
GCCCAATCAGTTCCCATGGCCGCTTAATATGTCGGAGTTCGTACCAAGAACGGTTTGGCC
CGGATGCCATCCCGTTGAGTTTTCCCCTCCCCACATGATGGCTGCCGAGCCTGTAGCCGC
AACTGTGTTAGAGCCCACTGTGATTCTACCAACTGATATTGACACTTCAGGAGTGGAAGA
AAGCAAGCAAGATGTGGCGGCAACCGCGGGTGAAACTATGGATTCTGTTAATCATGTGAA
TGTAGTTGCTAGCATTGAAATGGAGAATGGAAACAAGAAATTTGAGGATGACGAGAGGAC
TTTTAGCATTTTGTTAAGAGGAAGAAGAAACAGGAAACAGACTCTGAGAATGCCCATCAG
TTTGCTCAACAGGCCTTATGATTCTCAACCGTTCAAGATTGCTTATAGCAGAGTCATCAG
AGGCAGCGAGGCTCCAAAGTCCGCAGCTTGAAACCAAAGACTCAGCATCGTCGATGAAAT
TCATCACTCACACACA*TCTCTCTCTCCCTGATCCTTGCTGTTTCTTAGGGGACAGTTTA
AAAGGTAATTTCGTTATCAGTCATCGGAAGCTGTGGCTTGTGATAGTCTCAAAATGATTT
GATCTGGATTCTAAGAGAAAAGAGGTTGAAGAGGGGAAAAAAGCAGAACTATTCTTTTTT
CTTTTATACCATGTGAGAGGTGCTGAACTATTGTTTTCTGGGTTTAAATTTTTAATTCAG
CCAATAAAATTTTAGGAAATTTTGGACATACAGTAATTGTTTTTTCATATCCCATTGTGG
CCATGTTAAAAAAACTTTTGTTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ71TF U 29
AF RR1E942TF U 1
AF RR1E942JQ C 140
AF RR1CS29JQ C 219
AF RR1CS29TF U 219
BS 1 39 RR1E942TF
BS 40 40 RR1GQ71TF
BS 41 42 RR1E942TF
BS 43 43 RR1GQ71TF
BS 44 117 RR1E942TF
BS 118 118 RR1GQ71TF
BS 119 287 RR1E942TF
BS 288 288 RR1GQ71TF
BS 289 322 RR1E942TF
BS 323 323 RR1GQ71TF
BS 324 342 RR1E942TF
BS 343 343 RR1GQ71TF
BS 344 390 RR1E942TF
BS 391 391 RR1GQ71TF
BS 392 496 RR1E942TF
BS 497 497 RR1GQ71TF
BS 498 511 RR1E942TF
BS 512 512 RR1GQ71TF
BS 513 526 RR1E942TF
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BS 620 620 RR1GQ71TF
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BS 642 642 RR1GQ71TF
BS 643 687 RR1E942TF
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BS 689 731 RR1E942TF
BS 732 785 RR1CS29TF
BS 786 807 RR1E942JQ

RD RR1GQ71TF 661 0 0
G
TGTCGGAGTTCGTACCAAGAACGGTTTGGCCCGGATGCCATCCCGTTGAGTTTTCCCCTC
CCCACATGGTGGCTGCCGAGCCTGTAGCCGCAACTGTGTTAGAGCCCACTGTGATTCTAC
CAACTGATATTGACACTTCAGGAGTGGAAGAAAGCAAGCAAGATGTGGCGGCAACCGCGG
GTGAAACTATGGATTCTGTTAATCATGTGAATGTAGTTGCTAGCATTGAAATGGAGAATG
GAAACAAGAAATTTGAGGATGACGAGAGGACTTTTAGCATTTTGTTAAGAGGAAGAAGAA
ACAGGAAACAGACTCTGAGAATGCCCATCAGTTTGCTCAACAGGCCTTATGATTCTCAAC
CGTTCAAGATTGCTTATAGCAGAGTCATCAGAGGCAGCGAGGCTCCAAAGTCCGCAGCTT
GAAACCAAAGACTCAGCATCGTCGATGAAATTCATCACTCACACACA*TCTCTCTCTCCC
TGATCCTTGCTGTTTCTTAGGGGACAGTTTAAAAGGTAATTTCGTTATCAGTCATCGGAA
GCTGTGGCTTGTGATAGTCTCAAAATGATTTGATCTGGATTCTAAGAGAAAAGAG*TTGA
AGAGGGGAAAAAAGCAGAACTATTCTTTTTTCTTTTATACCATGTGAGAGGTGCTGAA
CT

QA 2 659 2 659
DS 

RD RR1E942TF 731 0 0
GCCCAATCAGTTCCCATGGCCGCTTAATATGTCGGAGTTTGTCCCAAGAACGGTTTGGCC
CGGATGCCATCCCGTTGAGTTTTCCCCTCCCCACATGATGGCTGCCGAGCCTGTAGCTGC
AACTGTGTTAGAGCCCACTGTGATTCTACCAACTGATATTGACACTTCAGGAGTGGAAGA
AAGCAAGCAAGATGTGGCGGCAACCGCGGGTGAAACTATGGATTCTGTTAATCATGTGAA
TGTAGTTGCTAGCATTGAAATGGAGAATGGAAACAAGAAATTTGAGGTTGACGAGAGGAC
TTTTAGCATTTTGTTAAGAGGAGGAAGAAACAGGAAACAGACACTGAGAATGCCCATCAG
TTTGCTCAACAGGCCTTATGATTCTCAACCATTCAAGATTGCTTATAGCAGAGTCATCAG
AGGCAGCGAGGCTCCAAAGTCCGCAGCTTGAAACCAAAGACTCAGCATCGTCGATGAAAT
TCATCACTCACACACAATCTCTCTCTCCCTGGTCCTTGCTGTTTCTCAGGGGACAGTTTA
AAAGGTAATTTCGTTATCAGTCATCGGAAGCTGTGGCTTGTGATAGTCTCAAAATGATTT
GATCTGGATTCTAAGAGAAGAGAGGTTGAAGAGGGGAAAAAGGCAGAACTATTCTTTTTT
CTTTTATACCATGTGAGAGGTGCTGAAGTATTGTTTTCTGGGTTTAAATTTTTAATTCAG
CCAATAAAATT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1E942JQ 668 0 0
GTGATTCTACCAACTGATATTGACACTTCAGGAGTGGAAGAAAGCAAGCAAGATGTGGCG
GCAACCGCGGGTGAAACTATGGATTCTGTTAATCATGTGAATGTAGTTGCTAGCATTGAA
ATGGAGAATGGAAACAAGAAATTTGAGGTTGACGAGAGGACTTTTAGCATTTTGTTAAGA
GGAGGAAGAAACAGGAAACAGACACTGAGAATGCCCATCAGTTTGCTCAACAGGCCTTAT
GATTCTCAACCATTCAAGATTGCTTATAGCAGAGTCATCAGAGGCAGCGAGGCTCCAAAG
TCCGCAGCTTGAAACCAAAGACTCAGCATCGTCGATGAAATTCATCACTCACACACAATC
TCTCTCTCCCTGGTCCTTGCTGTTTCTCAGGGGACAGTTTAAAAGGTAATTTCGTTATCA
GTCATCGGAAGCTGTGGCTTGTGATAGTCTCAAAATGATTTGATCTGGATTCTAAGAGAA
GAGAGGTTGAAGAGGGGAAAAAGGCAGAACTATTCTTTTTTCTTTTATACCATGTGAGAG
GTGCTGAAGTATTGTTTTCTGGGTTTAAATTTTTAATTCAGCCAATAAAATTTTAGGAAA
TTTTGGACATACAGTAATTGTTTTTTCATATCCCATTGTGGCCATGTTAAAAAAACTTTT
GTTCTCCC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1CS29JQ 569 0 0
G
GGATTCTGTTAATCATGTGAATGTAGTTGCTAGCATTGAAATGGAGAATGGAAACAAGAA
ATTTGAGGATGACGAGAGGACTTTTAGCATTTTGTTAAGAGGAAGAAGAAACAGGAAACA
GACTCTGAGAATGCCCATCAGTTTGCTCAACAGGCCTTATGATTTTCAACCGTTCAAGAT
TGCTTATAGCAGAGTCATCAGAGGCAGCGAGGCTCCAAAGTCCGCAGCTTGAAACCAAAG
ACTCAGCATCGTCGATGAAATTCATCACTCACACACA*TCTCTCTCTCCCTGATCCTTGC
TGTTTCTTAGGGGACAGTTTAAAAGGTAATTTCGTTATCAGTCATCGGAAGCTGTGGCTT
GTGATAGTCTCAAAATGATTTGATCTGTATTTTAAGAGAAAAGAGGTTGAAGAGGGGAAA
AAAGCAGAACTATTCTTTTTTTTTTTATACCATGTGAGAGGTGCTGAACTATTGTTTTCT
GGGTTTAAATTTTTAATTCAGCCAATAAAATTTTAGGAAATTTTGGACATACAGTAATTG
TTTTTTCATATCCCATTGTGGCCATG
CT

QA 2 567 2 567
DS 

RD RR1CS29TF 569 0 0
G
GGATTCTGTTAATTATGTGAATGTAGTTGCTAGCATTGAAATGGAGAATGGAAACAAGAA
ATTTGAGGATGACGAGAGGACTTTTAGCATTTTGTTAAGAGGAAGAAGAAACAGGAAACA
GACTCTGAGAATGCCCATCAGTTTGCTCAACAGGCCTTATGATTCTCAACCGTTCAAGAT
TGCTTATAGCAGAGTCATCAGAGGCAGCGAGGCTCCAAAGTCCGCAGCTTGAAACCAAAG
ACTCAGCATCGTCGATGAAATTCATCACTCACACACA*TCTCTCTCTCCCTGATCCTTGC
TGTTTCTTAGGGGACAGTTTAAAAGGTAATTTCGTTATCAGTCATCGGAAGCTGTGGCTT
GTGATAGTCTCAAAATGATTTGATCTGTATTCTAAGAGAAAAGAGGTTGAAGAGGGGAAA
AAAGCAGAACTATTCTTTTTTCTTTTATACCATGTGAGAGGTGCTGAACTATTGTTTTCT
GGGTTTAAATTTTTAATTCAGCCAATAAAATTTTAGGAAATTTTGGACATACAGTAATTG
TTTTTTCATATCCCATTGTGGCCATG
CT

QA 2 567 2 567
DS 



AS 1 5

CO CL1801Contig1 743 5 10 U
AGGCCCGCGTCCGTCTCTCTTCACTTGTTATCTTCTTCCAGTCCTTCGTAGGGAAACAGG
AACCCATAATCATCAAATCTCAAGATGAATCGTGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACT
GTCCGCACTGGCGGAAAGGGGACAGTTAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGGCCAAT
ACTACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTAAAGAGAATTGGAGTCAACTCCATTCCA
GCTATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTCATCAACCCTAAA
GTGCAAGCTGCAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAA
*TTGGAAGATATTCTTCCTCAGATTCTCAGCCATCTCGGACCAGACAACATGGAGAATCT
GAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCAGCAAC
CATTCAAGAGGATGATGAGGACGACGATGATGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTT
CGAAGCCGCCGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTGCTTCTTCTTAAGACAAAAGAGCGAGAGA
CCACAAAAACAGCACTTTGGATTATTACATATCTTTATAATTGCTTGTTCGCTCTATCCT
CTTTTT*GTAGTGTTTCCTACCAGATTCTTGTTTCCCAGATAATGATTTAAAAGTTTTTA
TCCAATTGATCTGTTTTCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1DM72TF U 4
AF RR1AR20TF U 1
AF RR1G606JQ C 138
AF RR1G606TF U 138
AF RR1DM72JQ C 184
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BS 176 360 RR1AR20TF
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BS 362 547 RR1AR20TF
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BS 668 740 RR1AR20TF
BS 741 743 RR1DM72JQ

RD RR1DM72TF 657 0 0
GGG
GCGTCCGTCTCTCTTCACTTGTTATCTTCTTCCAGTCCTTCGTAGGGAAACAGGAACCCA
TAATCATCAAATCTCAATATGAATCGTGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACTGTCCGC
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GATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTAAAGAGGATTGGAGTCAACTCCATTCCAGCTATT
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GCTGCAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAA*TTGGA
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GCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCAGCAACCATTCA
AGAGGATGATGAGGACGACGATGATGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTTCGAAGC
CGCCGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTGCTTCTTCTTAAGACAAAAGAGCGAGAGACCACAA
AAACAGCACTTTGGATTATTACATATCTTTATAATTGCTTGTTCGCTCTATCCT

QA 4 657 4 657
DS 

RD RR1AR20TF 741 0 0
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AACCCATAATCATCAAATCTCAAGATGAATCGTGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACT
GTCCGCACTGGCGGAAAGGGGACAGTTAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAAT
ACTACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTAAAGAGAATTGGAGTCAACTCCATTCCA
GCTATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTCATCAACCCTAAA
GTGCAAGCTGCAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAA
ATTGGAAGATATTCTTCCTCAGATTCTCAGCCATCTCGGACCAGACAACATGGAGAATCT
GAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCAGCAAC
CATTCAAGAGGATGATGAGGACGACGATGATGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTT
CGAAGCCACCGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTGCTTCTTCTTAAGACAAAAGAGCGAGAGA
CCACAAAAACAGCACTTTGGATTATTACATATCTTTATAATTGCTTGTTCGCTCTATCCT
CTTTTTTGTAGTGTTTCCTACCAGATTCTTGTTTCCCAGATAATGATTTAAAAGTTTTTA
TCCAATTGATCTGTTTTCTT
C

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DS 

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AGGACGACGATGATGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTTCGAAGCCGCCGCTGAAG
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TGGATTATTACATATCTTTATAATTGCTTGTTCGCTCTATCCTCTTTTT*GTAGTGTTTC
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CTT

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DS 

RD RR1G606TF 603 0 0
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GCTTCAAAGCACCTTAAAGAGAATTGGAGTCAACTCCATTCCAGCTATTGAAGAAGTTAA
CATCTTCAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTCATCAACCCTAAAGTGCAAGCTGCAGTTGG
TGCAAACACATGGGTTGTTAGTGGTTCTCCTCAGACCAAAAAA*TTGGAAGATATTCTTC
CTCAGATTCTCAGCCATCTCGGACCAGACAACATGGAGAATCTGAAGAAGCTAGCAGAGC
AGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCAGCAACCATTCAAGAGGATGATG
AGGACGACGATGATGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTTCGAAGCCGCCGCTGAAG
AGAAAGTAGTTGCTGCTTCTTCTTAAGACAAAAGAGCGAGAGACCACAAAAACAGCACTT
TGGATTATTACATATCTTTATAATTGCTTGTTCGCTCTATCCTCTTTTT*GTAGTGTTTC
CTACCAGATTCTTGTTTCCCAGATAATGATTTAAAAGTTTTTATCCAATTGATCTGTTTT
CTT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1DM72JQ 560 0 0
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ATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTCATCAACCCTAAAGTG
CAAGCTGCAGTTGGTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAA*TT
GGAAGATATTCTTCCTCAGATTTTCAGCCATCTCGGACCAGACAACATGGAGAATCTGAA
GAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAATCTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCAGCAACCAT
TCAAGAGGATGATGAGGACGACGATGATGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTTCGA
AGCCGCCGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTGCTTCTTCTTAAGACAAAAGAGCGAGAGACCA
CAAAAACAGCACTTTGGATTATTACATATCTTTATAATTGCTTGTTCGCTCTATCCTCTT
TTT*GTAGTGTTTCCTACCAGATTCTTGTTTCCCAGATAATGATTTAAAAGTTTTTATCC
AATTGATCTGTTTTCTTCCC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 5

CO CL1802Contig1 993 5 7 U
GGCTCTCTCCTCCTGCTATAAGAAAATCGTCAGCCTCCATCTCTCTCTTACCCATAAGAA
AATCGTCAGCCTCCATCTATTACTCTTAGGATCGATTTGAAGCTTAAAAGTCTCTCCTTT
CAGATGGATGCTGATTACAAGAGACTCTTGTCTACGCTTCGATCCCGATCTGAGGTTTTA
ATGGGCTTTGAAGAAATAGATGGTGATGATGATTTCCAGGAGGAGTTTGCCTGCCCGTTC
TGCGCAGAATCGTATGATATCATCGCCTTGTGCTGTCACATAGACGATGAACATAATCTA
GAGTCAAAGAACGCGGTATGCCCTGTTTGCTCTCTAAGAGTGGGAATTGATATCGTAGCG
CACATTACACTTCATCATGGGAGTTTATTCAAGATGCAGCGAAAGAGGAAATCACAAAAA
ACTGGTTCACTTTCTCTTCTTCGGAAAGAGCTAAGAGAAGGAGATCTACAAAAGTTGTTA
GGAATTTCTTCTCGCATTGGTTCTACTACTGCATCTAGTGGAACTCCTGATCCTCTTCTT
TCGTCATTTATCTCACCTACACGATCACATTTATTTCCGGTGACTCGGCAAACGGAAAAA
GTATCGGACGAAAAACAAATAGAGCGCAAGAGACAAGTGTGTATCCCACCTGTCTCGTTG
AAGGATCAAGAAGAGACTAGGAATAGATCAGAGTTTGTTCAGAGGCTCTTGTCATCAGCT
ATTTTCTATGAGGTCTGATCAAAGCAAAGAAAATATAATTGCGGAACTACTACTGCGGGG
AATCAGACTTGAGAAGATCTGGTTTTGAGAAAGAAAGAAAAAAAAAGTGGCTGGGGTGAG
AAGAAGACGGAGAAGAGATGCAGCTGTGATATCTATTTCCATGTCTATGTATTGTGTATG
TTTTAATTATAAGACCACAAGTAGACGCTGCTGAATAAATTGTGTGGAATTGTGTGTGTT
CTAAAGTTTATTAAGTAGTCAAAACGTAAGACG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO51TF U 1
AF RR1GR76TF U 1
AF RR1FS47TF U 47
AF RR1FS47JQ C 359
AF RR1GO51JQ C 437
BS 1 415 RR1GO51TF
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BS 417 602 RR1GO51TF
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BS 947 993 RR1GO51JQ

RD RR1GO51TF 602 0 0
GGCTCTCTCCTCCTGCTATAAGAAAATCGTCAGCCTCCATCTCTCTCTTACCCATAAGAA
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CAGATGGATGCTGATTACAAGAGACTCTTGTCTACGCTTCGATCCCGATCTGAGGTTTTA
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GT

QA 1 602 1 602
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ATGGGCTTTGAAGAAATAGATGGTGATGATGATTTCCAGGAGGAGTTTGCCTGCCCGTTC
TGCGCAGAATCGTATGATATCATCGCCTTGTGCTGTCACATAGACGATGAACATAATCTA
GAGTCAAAGAACGCGGTATGCCCTGTTTGCTCTCTAAGAGTGGGAATTGATATCGTAGCG
CACATTACACTTCATCATGGGAGTTTATTCAAGATGCAGCGAAAGAGGAAATCACGAAAA
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TCGTCATTTATCTCACCTACACGATCACATTTATTTCCGGTGACTCGGCAAACGGGAAAA
GT

QA 1 602 1 602
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GGG
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AATCACAAAAAACTGGTTCACTTTCTCTTCTTCGGAAAGAGCTAAGAGAAGGAGATCTAC
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ATCCTCTTCTTTCGTCATTTATCTCACCTACACGATCACATTTATTTCCGGTGACTCGGC
AAACGGAAAAAGT

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QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 4

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TAAAGGCTGTTTGGATCTAGGGTTTGGGTTCAGCTACGACGAGATCCCTGAGCTCTGCAA
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F450TF U 1
AF RR1GB36TF U 1
AF RR1EK12TF U 1
AF RR1F450JQ C 444
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GAACCAGATGTGTCCAGCTGAAGAAGATTCTCAGCCACCACCACCGACCGCGAGCAACCC
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DS 

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TAAAGGCTGTTTGGATCTAGGGTTTGGGTTCAGCTACGACGAGATCCCTGAGCTCTGCAA
CACTTTGCCTGCTTTGGAGCTTTGTTACTCTATGAGCCAGAAGTTCTTGGATGATAAGCA
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DS 

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TCTGCCCCTTGTTAGCTGAGAATGGACCTGCATTAATTGTGTGACACATGGAGTAACTGT
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GGCTGAGGTAACTCATCATCTAACTGTCAGCGTTTTGATTAATAAGTTAATCTTCTTGTT
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QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 3

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TCCCTGCTACGTCCTCCACCAAAGCGTTCCCCACTGCGATCAGGTCCATACCGATCCCTA
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BQ
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AF RR1EP39JQ U 12
AF RR1AG74JQ U 1
AF RR1CH48TF C 523
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A
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DS 

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TCCCTGCTACGTCCTCCACCAGAGCGTTCCCCACTGCGATCAGGTCCATACCGATCCCTA
CCATACCTATCTTCTTTTCCACCATACCTATCATCCTTTGCACCGTACCTATCATCCCTA
GAGCTGTACCTATCATCTCTCGAGCTGTACCTTCCCCCACCACCACCTCTACCGGATTCA
TCAGGACACTCCCTCGCAAAATGTCCAGGCTTGCCACATTTAAAGCAATCACCGCCACCT
GAACCACCTCTCCCACCACCAGATGGACGGCTACGGTCACGGTCATACCCGCGATCACGA
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DS 

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CCACCACCCTGTGGCTGAGCTTTATCAACAGTGATAGTCCGCCCATCTAAATCCACCCCA
TTCATTGCCGCAATGGCTTCATCCATAGCTTTCTTCTCATCAAAAGTGATGAACCCAAAA
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AAAGCAGAGACCC

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 3

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TGGGAAAGTGAATGGTTTAGCTAAGCAAGCTATGGAACTGATGTACAGAATCAATGTTGG
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CTTGTTCAAATCCCTTGGTGGGTCTTCTTCTCGCAAAGCTTACTTCACCGGTAGGACTAA
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ATCATCGATTAGAGTAAGTGTGGGACCATCAAACAAGACCAGTGTTGATGAGCATGGGGT
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TGGGTTTGTTTCAACAGATATGATTCTCACTTCTTGCCCAAATAGAAGAAACCTAAGCAT
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TCTTTTTTAATGTTGTTTCTCATGGGTGATGTATTGTACTTTTTGTTTTTTTTTCTTTAT
GTATTTGTATCTGTGTATATTTATTCGACGGTCAATATCGATATATGTATGTTATTCACG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI66TF U 1
AF RR1A004JQ C 292
AF RR1CW20TF U 537
BS 1 481 RR1CI66TF
BS 482 482 RR1A004JQ
BS 483 593 RR1CI66TF
BS 594 594 RR1CW20TF
BS 595 638 RR1CI66TF
BS 639 639 RR1CW20TF
BS 640 698 RR1CI66TF
BS 699 699 RR1CW20TF
BS 700 730 RR1CI66TF
BS 731 731 RR1CW20TF
BS 732 738 RR1CI66TF
BS 739 739 RR1CW20TF
BS 740 747 RR1CI66TF
BS 748 1123 RR1CW20TF

RD RR1CI66TF 747 0 0
GATATCCGCGCCTAAGGATTTGATCGCTGACGTGGCAACCTCTGTATCTGGTGATGGAAC
TGGGAAAGTGAATGGTTTAGCTAAGCAAGCTATGGAACTGATGTACAGAATCAATGTTGG
TGGTAGAAAGGTCACTCCTTTCAATGACGCCTTGTGGAGAACTTGGCTGCCTGATGATGA
CTTGTTCAAATCCCTTGGTGGGTCTTCTTCTCGCAAAGCTTACTTCACCGGTAGGACTAA
GTATAGGCCCGGAGGTGCGAGCCGGGAAGTTGGTCCTGATAACGTCTACAACACTGCCCG
TGTGGGCAACGTTATGAGTTGGGACTTCCCTGTGAGCACGGGTTACAAATATCTGATCCG
GATGCATTTCTGTGACATTGCTAGCAAATCACTCGGTCTCCTCTATTTCAACGTTTACAT
CAACGGGAACTCGGCGTATCAAGATTTCGATATCTCTGACTCTACTGGTTACGTCCTAGC
C*CCCCTTATTACATGGATTTCGTGGTGGATCTTACAGCTGATTCCAACAACCCTTCAGG
ATCATCGATTAGAGTAAGTGTGGGACCATCAAACAAGACCAGTGTTGATGAGCGTGGGGT
GGATGCGATGTTGAACGGTGTTGAGATCATGAAGATGA*TAACTCGATGGGGAGTCTTGA
TGGGTTTGTTTCAACAGATATGATTCTCACTTCTTGCC*AAATAGAAGAAACCTAAGCAT
ATTCATCGCA*TGATGGCCTTTATGTG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1A004JQ 788 0 0
CACTGCCCGTGTGGGCAACGTTATGAGTTGGGACTTCCCTGTGAGCACGGGTTACAAATA
TCTGATCCGGATGCATTTCTGTGACATTGCTAGCAAATCACTCGGTCTCCTCTATTTCAA
CGTTTACATCAACGGGAACTTGGTGTATCAAGATTTCGATATCTCTGACTCTACTGGTTA
CGTCCTTGCTTCCCCTTATTACATGGATTTCGTGGTGGATCTTACCGCTGATTCCAACAA
CCCTTCGGGATCATCGATTAGAGTAAGTGTGGGACCATCAAACAAGACCAGTGTTGATGA
GCATGGGGTGGATGCGATGTTGAACGGTGTTGAGATCATGAAGATGAATAACTCGATGGG
GAGTCTTGATGGGTTTGTTTCAACAGATATGATTCTCACTTCTTGCCCAAATAGAAGAAA
CCTAAGCATATTCATCGCAATGATGGCGTTTATGTGTATATTCATGAGCTTTTACGTTGT
GGTTCAGAGGAAGAAAGTCAGAGATGACGTCTTTAACTGGACCAAGCTGCCCATGGACGT
CCCTCAAGATAATCTCAAGTCTGTGAATCAATTTGCAGCAAGAAAGCCTTGATGATATTG
CTTTTTGCTTGTTGGGTATACATAAACAAACTTCTTCCTCGAGTATTTTCTACTTTGATA
CGATGTTCTTCTTTTTTAATGTTGTTTTTCATGGGTGATGTATTGTACTTTTTGTTTTTT
TTTCTTTATGTATTTGTATCTGTGTATATTTATTCGACGGTCAATATCGATATATGTATG
TTATTCAC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1CW20TF 587 0 0
CG
GGATCATCGATTAGAGTAAGTGTGGGACCATCAAACAAGACCAGTGTTGATGAGCATGGG
GTGGATGCGATGTTGAACGGTGTTGAGATCATGAAGATGAATAACTCGATGGGGAGTCTT
GATGGGTTTGTTTCAACAGATATGATTCTCACTTCTTGCCCAAATAGAATAAACCTAAGC
ATATTCATCGCAATGATGGCGTTTATGTGTATATTCATGAGCTTTTACGTTGTGGTTCAG
AGGAAGAAAGTCAGAGATGACGTCTTTAACTGGACCAAGCTGCCCATGGACGTCCCTCAA
GATAATCTCAAGTCTGGGAATCAATTTGCAGCAAGAAAGCCTTGATGATATTGCTTTTTG
CTTGTTGGGTATACATAAACAAACTTCTTCCTCGAGTATTTTCTACTTTGATACGATGTT
CTTCTTTTTTAATGTTGTTTCTCATGGGTGATGTATTGTACTTTTTGTTTTTTTTTCTTT
ATGTATTTGTATCTGTGTATATTTATTCGACGGTCAATATCGATATATGTATGTTATTCA
CGAAATGTGTTCGACTGTTCATGCTATTATTTGATATCTTTCAGT

QA 3 587 3 587
DS 



AS 2 5

CO CL1806Contig1 437 2 2 U
GGCCCAGTTGCTACCTCTCTTAGGGTTTTCACATATTCGGCGTCTTCTCTCCCCGGATTC
GAAATGGCGAAGAGGACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGA
CCAAGTATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGC
GAGTTCTGCGGCAAGTACGGTGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGAC
TGCGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGCCGTCACCGTT
AGAAGCACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATTTGTCTCAGTCATAATT
TTGCTTATTTGCTGTGACAATTGTGGTTTTCAAGTACTACTATGCTTTTCTGTTTTTGAT
TCAAGACAGTTGTTTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1AQ18JQ C 1
AF RR1AQ18TF U 1
BS 1 434 RR1AQ18TF
BS 435 437 RR1AQ18JQ

RD RR1AQ18JQ 437 0 0
GGCCCAGTTGCTACCTCTCTTAGGGTTTTCACATATTCGGCGTCTTCTCTCCCCGGATTC
GAAATGGCGAAGAGGACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGA
CCAAGTATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGC
GAGTTCTGCGGCAAGTACGGTGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGAC
TGCGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGCCGTCACCGTT
AGAAGCACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATTTGTCTCAGTCATAATT
TTGCTTATTTGCTGTGACAATTGTGGTTTTCAAGTACTACTATGCTTTTCTGTTTTTGAT
TCAAGACAGTTGTTTAC

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR1AQ18TF 437 0 0
GGCCCAGTTGCTACCTCTCTTAGGGTTTTCACATATTCGGCGTCTTCTCTCCCCGGATTC
GAAATGGCGAAGAGGACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGA
CCAAGTATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGC
GAGTTCTGCGGCAAGTACGGTGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGAC
TGCGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGCCGTCACCGTT
AGAAGCACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATTTGTCTCAGTCATAATT
TTGCTTATTTGCTGTGACAATTGTGGTTTTCAAGTACTACTATGCTTTTCTGTTTTTGAT
TCAAGACAGTTGTT
TAC

QA 1 434 1 434
DS 



CO CL1806Contig2 515 3 9 U
CAAAGCAATGAGTAATGAAATAGCAGAGCAAAAACATAGTTGTCACAGAATAACTGATCC
ACGGCTAAATGTAAACAACAACTGTCTTGAATCAAAAACAGAAAAGCATAGTAGTACTTG
AAAACCATAATTGTCACAGCAAATAAGCAAAATTATGACTGAGACAAATTAACCCTCGAT
CTGCTCCCTCAACCTCCTGATTGTGCTTCTAACGGTGACGGCACTAGCGGTGTTCATGGT
GTAAGCACCACCAGCCTTGACCTTGCCACAGTCCTTGCATCCCCAAATACCAACAGCCAT
TCGCTTCACTCCGTACTTGCCGCAGAACTCGCAGAAGTACTTGCTGTGCTGGCTGACCTC
CATCTTCTTAATCTGCTTCCTGATACTCGCTCCATAACGAGTACCGTACTTGCCGACGAT
TCCGACCTTCTTGGTTCTCTTCGCCATTTCGAATCCGGAGAGAAGACGCCGAATATGTGG
AAAACCCTAGAGGTAGCAAATGCAACTGGGAGGCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1GH68JQ U 1
AF RR1GH68TF C 1
AF RR1A172JQ U 52
BS 1 162 RR1GH68JQ
BS 163 163 RR1A172JQ
BS 164 324 RR1GH68JQ
BS 325 325 RR1A172JQ
BS 326 333 RR1GH68JQ
BS 334 334 RR1A172JQ
BS 335 432 RR1GH68JQ
BS 433 512 RR1A172JQ
BS 513 515 RR1GH68TF

RD RR1GH68JQ 434 0 0
CAAAGCAATGAGTAATGAAATAGCAGAGCAAAAACATAGTTGTCACAGAATAACTGATCC
ACGGCTAAATGTAAACAACAACTGTCTTGAATCAAAAACAGAAAAGCATAGTAGTACTTG
AAAACCATAATTGTCACAGCAAATAAGCAAAATTATGACTGAAACAAATTAACCCTCGAT
CTGCTCCCTCAACCTCCTGATTGTGCTTCTAACGGTGACGGCACTAGCGGTGTTCATGGT
GTAAGCACCACCAGCCTTGACCTTGCCACAGTCCTTGCATCCCCAAATACCAACAGCCAT
TCGCTTCACTCCGTACTTGCCGCAAAACTCGCAAAAGTACTTGCTGTGCTGGCTGACCTC
CATCTTCTTAATCTGCTTCCTGATACTCGCTCCATAACGAGTACCGTACTTGCCGACGAT
TCCGACCTTCTT
GG

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR1GH68TF 515 0 0
CAG
AGCAATGAGTAATGAAATAGCAGAGCAAAAACATAGTTGTCACAGAATAACTGATCCACG
GCTAAATGTAAACAACAACTGTCTTGAATCAAAAACAGAAAAGCATAGTAGTACTTGAAA
ACCATAATTGTCACAGCAAATAAGCAAAATTATGACTGAGACAAATTAACCCTCGATCTG
CTCCCTCAACCTCCTGATTGTGCTTCTAACGGTGACGGCACTAGCGGTGTTCATGGTGTA
AGCACCACCAGCCTTGACCTTGCCACAGTCCTTGCATCCCCAAATACCAACAGCCATTCG
CTTCACTCCGTACTTGCCGCAGAACTCGCAGAAGTACTTGCTGTGCTGGCTGACCTCCAT
CTTCTTAATCTGCTTCCTGATACTCGCTCCATAACGAGTACCGTACTTGCCGACGATTCC
GACCTTCTTGGTTCTCTTCGCCATTTCGAATCCGGAGAGAAGACGCCGAATATGTGGAAA
ACCCTAGAGGTAGCAAATGCAACTGGGAGGCC

QA 4 515 4 515
DS 

RD RR1A172JQ 463 0 0
AACTGATCCACGGCTAAATGTAAACAACAACTGTCTTGAATCAAAAACAGAAAAGCATAG
TAGTACTTGAAAACCATAATTGTCACAGCAAATAAGCAAAATTATGACTGAGACAAATTA
ACCCTCGATCTGCTCCCTCAACCTCCTGATTGTGCTTCTAACGGTGACGGCACTAGCGGT
GTTCATGGTGTAAGCACCACCAGCCTTGACCTTGCCACAGTCCTTGCATCCCCAAATACC
AACAGCCTTTCGCTTCACTCCGTACTTGCCGCAGAACTCGCAGAAGTACTTGCTGTGCTG
GCTGACCTCCATCTTCTTAATCTGCTTCCTGATACTCGCTCCATAACGAGTACCGTACTT
GCCGACGATTCCGACCTTCTTGGTTCTCTTCGCCATTTCGAATCCGGAGAGAAGACGCCG
AATATGTGGAAAACCCTAGAGGTAGCAAATGCAACTGGGAG
CC

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 3

CO CL1807Contig1 1007 3 8 U
GCGGGAAGTCCACTACTGTTAGGTCCTTGGTCGATCTTTTACCCGAGATCAAGGTGGTTG
CAGGTGACCCTTACAACTCTGACCCGTTAGATCCTGAGTTCATGGGTGTTGAGGTGAGAG
AGAGGGTGGAAAGAGGCGAGCAGGTTCCTGTTGTTGCTACTAAGATCAACATGGTTGATC
TTCCGTTGGGTGCAACTGAAGATAGAGTTTGTGGAACAATTGAATCGAGAAGGCTTTGAC
AGAAGGTGTGAAAGCCTTTGAGCCTGGCTTGTTGGCTAAAGCCAACAGAGGGATACTCTA
TGTTGATGAAGTCAACCTCTTGGATGATCATTTGGTTGATGTGCTTCTTGATTCAGCTGC
TTCCGGTTGGAACACGGTTGAGAGAGAAGGGATCTCGATTTCTCACCCGGCGAGGTTTAT
CTTGATTGGTTCCGGGAATCCTGAGGAAGGAGAGCTTAGGCCACAGCTCCTTGATAGGTT
TGGTATGCATGCGCAAGTAGGGACGGTTAGAGATGCTGATCTACGTGTCAAGATTGTTGA
AGAGAGAGCTCGGTTTGATAGTAACCCACAGGATTTCCGCGAGACTTACAAAACGGAGCA
GGACAAGCTTCAAGACCAGATTTCAAATGCGAGAAGCAATCTCTCCTCTGTTCAGATTGA
CCGGGAGTTGAAGGTGAAGATCTCTAAGGTGTGTTCGGAGCTCAATGTTGATGGGCTGAG
AGGAGACATTGTGACTAACAGAGCAGCGAAAGCACTTGCAGCTCTCAAAGGAAAAGACCG
AGTGACTGCAGATGATGTTGCTACCGTTATCCCTAACTGCTTGAGGCACCGTCTCAGGAA
GGATCCGTTGGAGTCTATCGATTCAGGAGTGTTGGTTTCTGAGAAGTTCGCTGAGGTTTT
CAGTTGAATAAGGAGAAAAGATTTATGTTATCATTTTCTTAACTTTTGTAAACGGTGAGA
AGATCCTGAAACAAACAAACATGCAAATCTGATTCTATACTTTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EY18TF U 1
AF RR1DC84TF U 420
AF RR1DC84JQ C 647
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G
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GGACAAGCTTCAAGACCAGATTTCAAATGCGAGAAGCAATCTCTCCTCTGTTCAGATTGA
CCGGGAGTTGAAGGTGAAGATCTCTAAGGTGTGTTCGGAGCTCAATGTTGATGGGCTGAG
AGGAGACATTGTGACTAACAGAGCAGCGAAAGCACTTGCAGCTCTCAAAGGAAAAGACCG
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QA 1 348 1 348
DS 



AS 1 4

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AGAGCCACACGGCCTTCACTCTTCCAGGACTGTACCGTGTTGTTCACGGAATCGATGTGT
TTGATCCTAAGTTCAACATTGTCTCTCCTGGTGCTGATATGACCATCTACTTCCCTTACA
CAGAGGAGAAGCGTAGATTGACTAAGTTCCACCCTGAGATCGAGGAGCTACTCTACAGCG
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ATTGGGGATGAGATCTCGAAGGGAGGGCTTCAGAGGATTGAGGAGAAATACACGTGGCAG
ATATACTCACAGAGGCTTCTGACATTGACTGGTGTGTATGGATTCTGGAAGCATGTATCG
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CCACTGGCTAAGGCTGTTCCTCTTGCCGAGGAGGAATGAAGGAGATGCGGAACCATTATA
AAGAGCTTGAAGAGAGAAAGAGCTTGCAGTGTGTGAAGAAGAATAAAAAAAA*TCTCTTT
TGATTCTTACTGTCATTTTGATTTTAGGAGCGCTTTTGCTTCTTCGTTATTTCAATCCAT
TCGTCTTTGTTTTTATTTGATCATTTGCCTCTCAGGCAAGGCTAATGCGTTGTATTCTGA
TTGTTGAGAGAATGAAATTTCTATTTTTCTATCTT


BQ
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AF RR1AO79TF U 1
AF RR1AO79JQ C 345
AF RR1F109JQ C 845
AF RR1F109TF U 845
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BS 729 729 RR1AO79JQ
BS 730 769 RR1AO79TF
BS 770 770 RR1AO79JQ
BS 771 800 RR1AO79TF
BS 801 845 RR1AO79JQ
BS 846 1234 RR1F109TF
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AGAGCCACACGGCCTTCACTCTTCCAGGACTGTACCGTGTTGTTCACGGAATCGATGTGT
TTGATCCTAAGTTCAACATTGTCTCTCCTGGTGCTGATATGACCATCTACTTCCCTTACA
CAGAGGAGAAGCGTAGATTGACTAAGTTCCACCCTGAGATCGAGGAGCTACTCTACAGCG
ATGTTGAAAACCAAGAGCACTTATGTGTGCTCAAGGACAAGAAGAAGCCCATCCTCTTCA
CCATGGCTAGACTAGACCGTGTCAAGAACCTGTCAGGACTCGTCGAGTGGTACGGGAAGA
ACAAACGCCTGCGTGAGCTTGTTAACTTGGTGGTTGTTGGAGGAGACAGGAGGAAAGAGT
CGAAGGACAACGAAGAGAAGGCCGAGATGAAGAGAATGTATGACCTCATCGATGAGTACA
AGCTGAACGGTCAGTTCAGGTGGATCTCTTCACAGATGAACAGGGTTAGGAACGGTGAGC
TCTACCGTTACATCTGTGACACCAAGGGCGCCTTCGTGCAGCCTGCGTTGTATGAAGCCT
TTGGTCTTACTGTTGTGGAGGCCATGACCTGTGGTTTGCCGACTTTCGCCACTTGCAAAG
GTGGTCCGGCTGAGATCATCGTGCACGGCAAATCTGGCTTCCATATTGACCCTTACCATG
GTGATCAG*CTGCTGATACTCTTGCTGACTTCTTCACTAAGTGTAAGGA*GATCCATCTC
ATTGGGGATGAGATCTCGAA

QA 1 800 1 800
DS 

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GACAGGAGGAAAGAGTCGAAGGACAACGAAGAGAAGGCCGAGATGAAGAGAATGTATGAC
CTCATCGATGAGTACAAGCTGAACGGTCAGTTCAGGTGGATCTCTTCACAGATGAACAGG
GTTAGGAACGGTGAGCTCTACCGTTACATCTGTGACACCAAGGGCGCCTTCGTGCAGCCT
GCGTTGTATGAAGCCTTTGGTCTTACTGTTGTGGAGGCCATGACCTGTGGTTTGCCGACT
TTCGCCACTTGCAAAGGTGGTCCGGCTGAGATCATCGTGCACGGCAAATCTGGCTTCCAT
ATTGACCCTTACCATGGTGATCAGGCTGCTGATACTCTTGCTGACTTCTTCACTAAGTGT
AAGGAAGATCCATCTCATTGGG*ATGAGATCTCGAAGGGAGGGCTTCAGAGGATTGAGGA
GAAATACACGTGGCAGATATACTCACAGAGGCTTCTGACATTGACTGGTGTGTATGGATT
CTGGAAGCATGTATCGAACCTTAACCGTCTTGAGAGCCGTCGTTACCTTGAGATGTTCTA
TGCATTGAAGTATCGCCCACTGGCTAAGGCTGTTCCTCTTGCCGAGGAGGAATGAAGGAG
ATGCGGAACCATTATAAAGAGCTTGAAGAGAGAAAGAGCTTGCAGTGTGTGAAGAAGAAT
AAAAAAAAATCTCTTTTGATTCTTACTGTCATTTTGATTTTAGGAGCGCTTTTGCTTCTT
TGTTATTTCAATCCATTCGTCTTTGTTTTTATTTGATCATTTGCCTCTCAGGCAAGGCTA
ATGCGTTGTATTCTGATTGTTGAGAGAATGAAATTTCTATTTTTCTATCTT

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G
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CTTACTGTCATTTTGATTTTAGGAGCGCTTTTGCTTCTTCGTTATTTCAATCCATTCGTC
TTTGTTTTTATTTGATCATTTGCCTCTCAGGCAAGGCTAATGCGTTGTATTCTGATTGTT
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DS 

RD RR1F109TF 390 0 0
G
CTCACAGAGGCTTCTGACATTGACTGGTGTGTATGGATTCTGGAAGCATGTATCGAACCT
TGACCGTCTTGAGAGCCGTCGTTACCTTGAGATGTTCTATGCATTGAAGTATCGCCCACT
GGCTAAGGCTGTTCCTCTTGCCGAGGAGGAATGAAGGAGATGCGGAACCATTATAAAGAG
CTTGAAGAGAGAAAGAGCTTGCAGTGTGTGAAGAAGAATAAAAAAAA*TCTCTTTTGATT
CTTACTGTCATTTTGATTTTAGGAGCGCTTTTGCTTCTTCGTTATTTCAATCCATTCGTC
TTTGTTTTTATTTGATCATTTGCCTCTCAGGCAAGGCTAATGCGTTGTATTCTGATTGTT
GAGAGAATGAAATTTCTATTTTTCTATCT

QA 2 390 2 390
DS 



AS 1 5

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GGATCTCTCTCTATCCATCTCACTCATTTGCTCTGTTTCGCTGTGATCTTTCTTTCTCTT
CTGCTTTTCTTTTATCCAAAAGGGATAGTTTAAAAGTTCCGATCTTGCTCTGATAACTTC
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AGAAACTCTTTTCCAAGCAGAGATTTGATGCTGTGATCCATTTTGCTGGTCTTAAAGCTG
TGGGTGAAAGTGTTGGCAACCCTCGTCGCTACTTTGACAATAACTTGGTCGGAACAATCA
ATCTATATGAGACCATGGCAAAGTACAACTGCAAAATGATGGTGTTTTCATCATCTGCAA
CTGTTTATGGACAACCTGAGAAAATTCCATGCGTGGAAGACTTTGAATTGAAAGCAATGA
ATCCTTATGGTCGTACCAAGCTGTTTCTTGAAGAAATAGCTAGAGATATCCACGCAGCGG
AACCAGAATGGAGGATTGTTCTGCTGAGGTACTTCAATCCTGTGGGAGCGCATGAGAGTG
GCAGAATTGGTGAGGATCCAAAGGGAATCCCCAATAACCTCATGCCTTATATCCAACAAG
TGGCTGTGGGACGTTTACCTGAGCTCAATGTCTATGGACATGACTATCCTACCGAGGATG
GCAGTGCGGTAAGAGATTACATCCATGTGATGGATTTGGCAGATGGCCATATCGCTGCGC
TAAGGAAGCTATTTGCTGATCCGACGATTGGCTGTACTGCTTACAATCTAGGGACTGGAC
GAGGAACTTCTGTGTTAGAAATGGTTGCAGCTTTTGAAAAAGCTTCCGGCAAGAAAATAC
CTATTAAGCTCTGTCCAAGAAGGGCAGGAGATGCAACTGCAGTTTATGCTTCAACAGAGA
GAGCTGAGAAAGAACTTGGCTGGAAGGCAAAATACGGAGTTGATGAGATGTGCAGAGATC
AGTGGAACTGGGCAAACAACAATCCATGGGGCTACCAGAAGAAGCTTTGAGTGCTCACAT
CTCTCTCTGTTTTTCTTAGCTACCATGTCTAATCACCCAATATAAAAGAAAAGTGTGTAT
ACACATCATATAGTGTCTGCTTTATTTTCTATGTATCGAACCAGTCTCCTACTTCATTGA
ATAAATAGCTTTATACACATCTTTTCAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW96TF U 1
AF RR1EG09TF U 15
AF RR1CV69TF U 121
AF RR1CV69JQ C 661
AF RR1AW96JQ C 688
BS 1 573 RR1AW96TF
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BS 575 628 RR1AW96TF
BS 629 688 RR1EG09TF
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BS 838 898 RR1CV69JQ
BS 899 899 RR1AW96JQ
BS 900 1219 RR1CV69JQ
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BS 1221 1338 RR1CV69JQ
BS 1339 1352 RR1AW96JQ

RD RR1AW96TF 628 0 0
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CTGCTTTTCTTTTATCCAAAAGGGATAGTTTAAAAGTTCCGATCTTGCTCTGATAACTTC
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GATTTATTGGAACACATACTGTTGTTCAGCTTCTGAAAGAGGGTTTCAAGGTTTCGATCA
TCGATAATCTTGATAACTCTGTTATCGAAGCCGTCGATAGGGTTAGGGAGCTCGTTGGTC
CTGATCTCTCCAAGAAGCTCGAGTTTAATCTGGGTGATCTAAGAAACAAAGGGGATATTG
AGAAACTCTTTTCCAAGCAGAGATTTGATGCTGTGATCCATTTTGCTGGTCTTAAAGCTG
TGGGTGAAAGTGTTGGCAACCCTCGTCGCTACTTTGACAATAACTTGGTCGGAACAATCA
ATCTATATGAGACCATGGCAAAGTACAACTGCAAAATGATGGTGTTTTCATCATCTGCAA
CTGTTTATGGACAACCTGAGAAAATTCCATGCGCGGAAGACTTTGAATTGAAAGCAATGA
ATCCTTATGGTCGTACCAAGCTGTTTCT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1EG09TF 710 0 0
GG
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CAAAAGGGATAGTTTAAAAGTTCCGATCTTGCTCTGATAACTTCTCGAGTTCGTGGAAAT
GGGTTCTTCTGTGGAGCAGAACATTCTTGTTACTGGTGGTGCTGGATTTATTGGAACACA
TACTGTTGTTCAGCTTCTGAAAGAGGGTTTCAAGGTTTCGATCATCGATAATCTTGATAA
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GCAGAGATTTGATGCTGTGATCCATTTTGCTGGTCTTAAAGCTGTGGGTGAAAGTGTTGG
CAACCCTCGTCGCTACTTTGACAATAACTTGGTCGGAACAATCAATCTATATGAGACCAT
GGCAAAGTACAACTGCAGAATGATGGTGTTTTCATCATCTGCAACTGTTTATGGACAACC
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CAAGCTGTTTCTTGAAGAAATAGCTAGAGATATCCACGCAGCGGAACCAGAATGGAGGAT
TGTTCTGCTGAG*TACTTCAATCCTGTGGGAGCGCATGAGAGTGGCAG

QA 3 710 3 710
DS 

RD RR1CV69TF 717 0 0
GG
GAGTTCGTGGAAATGGGTTCTTCTGTGGAGCAGAACATTCTTATTACTGGTGGTGCTGGA
TTTATTGGAACACATACTGTTGTTCAGCTTCTGAAAGAGGGTTTCAAGGTTTCGATCATC
GATAATCTTGATAACTCTGTTATCGAAGCCGTCGATAGGGTTAGGGAGCTCGTTGGTCCT
GATCTCTCCAAGAAGCTCGAGTTTAATCTGGGTGATCTAAGAAACAAAGGGGATATTGAG
AAACTCTTTTCCAAGCAGAGATTTGATGCTGTGATCCATTTTGCTGGTCTTAAAGCTGTG
GGTGAAAGTGTTGGCAACCCTCGTCGCTACTTTGACAATAACTTGGTCGGAACAATCAAT
CTATATGAGACCATGGCAAAGTACAACTGCAAAACGATGGTGTTTTCATCATCTGCAACT
GTTTATGGACAACCTGAGAAAATTCCATGCGTGGAAGACTTTGAATTGAAAGCAATGAAT
CCTTATGGTCGTACCAAGCTGTTTCTTGAAGAAATAGCTAGAGATATCCACGCAGCGGAA
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AGAATTGGTGAGGATCCAAAGGGAATCCCCAATAACCTCATGCCTTATATCCA*CAAGTG
GCTGTGGGACGTTTACCTGAGCTCAATGTCTATGGACATGACTATCCTACCGAGG

QA 3 717 3 717
DS 

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GCAGAATTGGTGAGGATCCAAAGGGAATCCCCAATAACCTCATGCCTTATATCCAACAAG
TGGCTGTGGGACGTTTACCTGAGCTCAATGTCTATGGACATGACTATCCTACCGAGGATG
GCAGTGCGGTAAGAGATTACATCCATGTGATGGATTTGGCAGATGGCCATATCGCTGCTC
TAAGGAAGCTATTTGCTGATCCGACGATTGGCTGTACTGCTTACAATCTAGGGACTGGAC
GAGGAACTTCTGTGTTAGAAATGGTTGCAGCTTTTGAAAAAGCTTCCGGCAAGAAAATAC
CTATTAAGCTCTGTCCAAGAAGGGCAGGAGATGCAACTGCAGTTTATGCTTCAACAGAGA
GAGCTGAGAAAGAACTTGGCTGGAAGGCAAAATACGGAGTTGATGAGATGTGCAGAGATC
AGTGGAACTGGGCAAACAACAATCCATGGGGCTACCAGAAGAAGCTTTGAGTGCTCACAT
CTCTCTCTGTTTTTCTTAGTTACCATGTCTAATCACCCAATATAAAAGAAAAGTGTGTAT
ACACATCATATAGTGTCTGCTTTATTTTCTATGTATCGAACCAGTCTCCTACTTCATTGA
ATAAATAGCTTTATACAC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1AW96JQ 665 0 0
GGTACTTCAATCCTGTGGGAGCGCATGAGAGTGGCAGAATTGGTGAGGATCCAAAGGGAA
TCCCCAATAACCTCATGCCTTATATCCAACAAGTGGCTGTGGGACGTTTACCTGAGCTCA
ATGTCTATGGACATGACTATCCTACCGAGGATGGCAGTGCGGTAAGAGATTACATCCATG
TGATGGATTTGGCAGATGGCCATATCGCTGCGCTAAGGGAGCTATTTGCTGATCCGACGA
TTGGCTGTACTGCTTACAATCTAGGGACTGGACGAGGAACTTCTGTGTTAGAAATGGTTG
CAGCTTTTGAAAAAGCTTCCGGCAAGAAAATACCTATTAAGCTCTGTCCAAGAAGGGCAG
GAGATGCAACTGCAGTTTATGCTTCAACAGAGAGAGCTGAGAAAGAACTTGGCTGGAAGG
CAAAATACGGAGTTGATGAGATGTGCAGAGATCAGTGGAACTGGGCAAACAACAATCCAT
GGGGCTACCAGAAGAAGCTTTGAGTGCTCACATCTCTCTCTGTTTTTTTTAGCTACCATG
TCTAATCACCCAATATAAAAGAAAAGTGTGTATACACATCATATAGTGTCTGCTTTATTT
TCTATGTATCGAACCAGTCTCCTACTTCATTGAATAAATAGCTTTATACACATCTTTTCA
GTCCC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 5

CO CL1810Contig1 1201 5 17 U
GGATCTTTCTCTAGTAAAACCAATCAGAGAATTTTCTTCGGAGAAAAAAATGCATTCCTC
TTCTTTGTCTTCGTTGTCAACTTGGACATTAACCCTTATAACAGTGGGATGCCCTATGCT
TCATTCATCTCTCTCTAGTGCTCAAGCACTAACTCCTACTTTCTACGACAATACATGCCC
TAACGTGACTACCATCGTCCGGGGAATCATCGTCAACGAGCTAAGATCGGATCCTCGTAT
TGCTGCGAGCCTCCTTCGTCTTCACTTCCACGACTGCTTCGTGAATGGTTGCGATGCATC
GATCTTGCTAGACAACACAACATCATTTCGAACAGAAAAAGATGCCGCGCCAAATGCAAA
CTCGGCTCGAGGATTTCCAGTGGTTGACAGAATGAAAACAGCAGTGGAGGCACAATGTCC
GGGGACTGTTTCATGTGCAGATATTCTAACTATCGCAGCTCAACAATCAGTCAATCTGGC
AGGAGGTCCTTCATGGAGGGCTCCTTTGGGAAGACGAGATAGCCTACAAGCTTTTTTTAA
TCTTTCTAATAACAATCTTCCTGCTCCATTCTTCACGCTTCCCCAACTTAAAGCCAGTTT
CAGCAATGTCGGGCTTAACCTTCCTTCTGATCTCGTTGCCCCTTTCCGGGGGTCACACTT
TTGGTAAAAACCAATGCCAGTTTATTATGGACAGGCTATACAACTTCACCAACACTGGTT
TACCCGACCCTACCCTCAACACTACTTATCTCCAGACGCTTCGTGGACTATGCCCTCGTA
ATGGTAACCAGAGCGTTCTAGTGAATTTTGATCTACGTACACCGACAGTTTTTGACAACA
AATATTATGTGAATCTGAAAGAGCTCAAAGGACTTATCCAAACCGATCAAGAGCTGTTCT
CAAGCCCCAATGCCACTGATACTATCCCCTTGGTGAGAGAATACGCTGATGGCACACAAA
AGTTCTTCAATGCGTTTATAAAGGCGATGGATAGAATGGGAAACATTACCCCTCTCACAG
GATCTCAGGGACAGATCAGACAAAACTGTAGGGTGGTGAACTCCAACTCTCTGCTCCATG
ATGTTGTTGAAATCGTCGACTTTGTCAGCTCTATGTAATAATAGTTGGCTCAATATATGT
GGCAACTAATATGTAAGTTTGATAAAAATAATAAAACGCTCTCCTAATCTTGTTTAAGGA
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 

AF RR1FW56TF U 1
AF RR1AU49TF U 438
AF RR1EZ12TF U 424
AF RR1AU49JQ C 424
AF RR1EZ12JQ C 589
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BS 502 534 RR1FW56TF
BS 535 535 RR1AU49TF
BS 536 640 RR1FW56TF
BS 641 641 RR1AU49TF
BS 642 642 RR1EZ12TF
BS 643 803 RR1AU49TF
BS 804 804 RR1EZ12TF
BS 805 954 RR1AU49TF
BS 955 955 RR1EZ12TF
BS 956 1007 RR1AU49TF
BS 1008 1065 RR1EZ12TF
BS 1066 1070 RR1AU49JQ
BS 1071 1071 RR1EZ12JQ
BS 1072 1199 RR1AU49JQ
BS 1200 1201 RR1EZ12JQ

RD RR1FW56TF 640 0 0
GGATCTTTCTCTAGTAAAACCAATCAGAGAATTTTCTTCGGAGAAAAAAATGCATTCCTC
TTCTTTGTCTTCGTTGTCAACTTGGACATTAACCCTTATAACAGTGGGATGCCCTATGCT
TCATTCATCTCTCTCTAGTGCTCAAGCACTAACTCCTACTTTCTACGACAATACATGCCC
TAACGTGACTACCATCGTCCGGGGAATCATCGTCAACGAGCTAAGATCGGATCCTCGTAT
TGCTGCGAGCCTCCTTCGTCTTCACTTCCACGACTGCTTCGTGAATGGTTGCGATGCATC
GATCTTGCTAGACAACACAACATCATTTCGAACAGAAAAAGATGCCGCGCCAAATGCAAA
CTCGGCTCGAGGATTTCCAGTGGTTGACAGAATGAAAACAGCAGTGGAGGCACAATGTCC
GGGGACTGTTTCATGTGCAGATATTCTAACTATCGCAGCTCAACAATCAGTCAATCTGGC
AGGAGGTCCTTCATGGAGGGTTCCTTTGGGAAGACGAGATAGCCTACAAGCTTTCTTTAA
TCTTTCTAATAACAATCTTCCTGCTCCATTCTTCACGCTTCCCCAACTTAAAGCCAGTTT
CAGCAATGTCGGGCTTAACCTTCCTTCTGATCTCGTTGCC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1AU49TF 570 0 0
CAGATATTCTAACTATCGCAGCTCAACAATCAGTCAATCTGGCAGGAGGTCCTTCATGGA
GGGCTCCTTTGGGAAGACGAGATAGCCTACAAGCTTTTTTTAATCTTTCTAATAACAATC
TTCCTGCTCCATTCTTCACGCTTCCCCAACTTAAAGCCAGTTTCAGCAATGTCGGGCTTA
ACCTTCCTTCTGATCTCGTTGCCC*TTTCCGGGGGTCACACTTTTGGTAAAAACCAATGC
CAGTTTATTATGGACAGGCTATACAACTTCACCAACACTGGTTTACCCGACCCTACCCTC
AACACTACTTATCTCCAGACGCTTCGTGGACTATGCCCTCGTAATGGTAACCAGAGCGTT
CTAGTGGATTTTGATCTACGTACACCGACAGTTTTTGACAACAAATATTATGTGAATCTG
AAAGAGCTCAAAGGACTTATCCAAACCGATCAAGAGCTGTTCTCAAGCCCCAATGCCACT
GATACTATCCCCTTGGTGAGAGAATACGCTGATGGCATACAAAAGTTCTTCAATGCGTTT
ATAAAGGCGATGGATAGAATGGGAAACATT

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1EZ12TF 642 0 0
GACTGTTTCATGTGCAGATATTCTAACTATCGCAGCTCAACAATCAGTCAATCTGGCAGG
AGGTCCTTCATGGAGGGTTCCTTTGGGAAGACGAGATAGCCTACAAGCTTTCTTTAATCT
TTCTAATAACAATCTTCCTGCTCCATTCTTCACGCTTCCCCAACTTAAAGCCAGTTTCAG
CAGTGTCGGGCTTAACCTTCCTTCTGATCTCGTTGCCCCTTTCCGGGGGTCACACTTTTG
GTAAAAACCAATGCCAGTTTATTATGGACAGGCTATACAACTTCACCAACACTGGTTTAC
CCGACCCTACCCTCAACACTACTTATCTCCAGACGCTTCGTGGACTATGCCCTCGTAATG
GTAACCAGAGCGTTCTAGTGAATTTTGATCTACGTACACCGACAGTTTTTGACAACAAAT
ATTATGTGAATCTGAAAGAGCTCAAAGGACTTATCCAAACCGATCAAGAGCTGTTCTCAA
GCCCCAATGCCACTGATACTATCCCCTTGGTGAGAGAATACGCTGATGGCACACAAAAGT
TCTTCAATGCGTTTATAAAGGCGATGGATAGAATGGGAAACATTACCCCTCTCACAGGAT
CTCAGGGACAGATCAGACAAAACTGTAGGGTGGTGAACTCCA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1AU49JQ 776 0 0
GACTGTTTCATGTGCAGATATTCTAACTATCGCAGCTCAACAATCAGTCAATCTGGCAGG
AGGTCCTTCATGGAGGGCTCCTTTGGGAAGACGAGATAGCCTACAAGCTTTTTTTAATCT
TTCTAATAACAATCTTCCTGCTCCATTCTTCACGCTTCCCCAACTTAAAGCCAGTTTCAG
CAATGTCGGGCTTAACCTTCCTTCTGATCTCGTTGCCC*TTTCCGGGGGTCACACTTTTG
GTAAAAACCAATGCCAGTTTATTATGGACAGGCTATACAACTTCACCAACACTGGTTTAC
CCGACCCTACCCTCAACACTACTTATCTCCAGACGCTTCGTGGACTATGCCCTCGTAATG
GTAACCAGAGCGTTTTAGTGGATTTTGATCTACGTACACCGACAGTTTTTGACAACAAAT
ATTATGTGAATTTGAAAGAGCTCAAAGGACTTATCCAAACCGATCAAGAGCTGTTCTCAA
GCCCCAATGCCACTGATACTATCCCCTTGGTGAGAGAATACGCTGATGGCATACAAAAGT
TTTTCAATGCGTTTATAAAGGCGATGGATAGAATGGGAAACATTACCCCTCTCACAGGAT
CTCAGGGACAGATCAGACAAAACTGTAGGGTGGTGAACTCCAACTCTTTGCTCCATGATG
TTGTTGAAATCGTCGACTTTGTCAGCTCTATGTAATAATAGTTGGCTCAATATATGTGGC
AACTAATATGTAAGTTTGATAAAAATAATAAAACGCTCTCCTAATCTTGTTTAAGG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1EZ12JQ 613 0 0
TAAAGCCAGTTTCAGCAGTGTCGGGCTTAACCTTCCTTCTGATCTCGTTGCCCCTTTCCG
GGGGTCACACTTTTGGTAAAAACCAATGCCAGTTTATTATGGACAGGCTATACAACTTCA
CCAACACTGGTTTACCCGACCCTACCCTCAACACTACTTATCTCCAGACGCTTCGTGGAC
TATGCCCTCGTAATGGTAACCAGAGCGTTCTAGTGAATTTTGATCTACGTACACCGACAG
TTTTTGACAACAAATATTATGTGAATCTGAAAGAGCTCAAAGGACTTATCCAAACCGATC
AAGAGCTGTTCTCAAGCCCCAATGCCACTGATACTATCCCCTTGGTGAGAGAATACGCTG
ATGGCACACAAAAGTTCTTCAATGCGTTTATAAAGGCGATGGATAGAATGGGAAACATTA
CCCCTCTCACAGGATCTCAGGGACAGATCAGACAAAACTGTAGGGTGGTGAACTCCAACT
CTCTGCTCCATGATGTTGTTGAAATCGTCGACTTTGTCAGCTCTATGTAATAATAGTTGG
CTCAATATATGTGGCAACTAATATGTAAGTTTGATAAAAATAATAAAACGCTCTCCTAAT
CTTGTTTAAGGAT

QA 1 613 1 613
DS 



AS 2 5

CO CL1811Contig1 994 2 6 U
GTCATACCAGCAAGAAGTACTTTAGTAACTGAAAGTTTACATGGTACAATATGGATGCAT
ATACTCTGCAAGCATGTCTATATTCAAAAGTACAAGCACCAAACAAGAGACACTTGAACT
TACATAACATGACTACGTACATACAACAAACGGAACTACTCACTTGCGATCAAGAACCCA
TACGGCAGGCTTAAAAACCGACCCAAACCATATCTTACCATCATCTCTCTCATAAGCCTC
ACTCACATACTGCATTGTCTTCCCTTCTTTGTCCTCAAGTATCTCAACTATCTCCCCCGT
CTCCCCGGATATTTTGACGGCGACCCCATGCGGCTTAAACCCGTTCACTAACCCAATCAA
CAACTCTAACTTCACCGTCTTTTCAACCAACTTACCTAACCACTGATAATTATTCACGGC
CAGTCTTCCAAATAAGTTTTTCTTACAGTGTATGCCAATCCAAAAATCACCCGTGGGTGT
TAAACGGATGTTGTCAGGATAACCAGGAACCTTGGCGAAAATATCACGAGTCCCGGCTTT
AGGACCTTTAATCCAATATCTATGGACAAGGCCAGTGGCAGACTCACATGAGATTAAAAA
AGATCTATCTTTGTTTAGAGCCAAACCGTTGTTACAACGGAGATTGTCCATGACAACTTT
GGCCTCTTTCGTCTTCTTGTTGTATCTGATCACTCTTCCTGACCGCTCACCGTTGACAGT
CACGTAAAATACTTCCCTGAAATGATACTTGTCACTACTATCATTGAAGTAGAAGACATC
TTCCTCTTCGTCAATATCCATCTGGTTCGCAAACATTACTTTGCGACCTTCAACCTGGTC
CACTACCAACTCAGCCAAGCCTCCTTCTGGCCCCACTTTCATGACCCCAAAGTAACCATC
ACAGATGTACAAGTCTCCTGTTTTCTTCTCGAAACTAAGTCCAAGTGGCCTTCCACATGT
AGGTACTACTTCATGCCGTGAACAGTTTCCTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D145JQ U 1
AF RR1HA43JQ U 262
BS 1 519 RR1D145JQ
BS 520 520 RR1HA43JQ
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BS 599 731 RR1D145JQ
BS 732 994 RR1HA43JQ

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ATACTCTGCAAGCATGTCTATATTCAAAAGTACAAGCACCAAACAAGAGACACTTGAACT
TACATAACATGACTACGTACATACAACAAACGGAACTACTCACTTGCGATCAAGAACCCA
TACGGCAGGCTTAAAAACCGACCCAAACCATATCTTACCATCATCTCTCTCATAAGCCTC
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CTCCCCGGATATTTTGACGGCGACCCCATGCGGCTTAAACCCGTTCACTAACCCAATCAA
CAACTCTAACTTCACCGTCTTTTCAACCAACTTACCTAACCACTGATAATTATTCACGGC
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AGATCTATCTTTGTTTAGAGCCAAACCGTTGTTACAACGGAGATTGTCCATGACAACTTT
GGCCTCTTTCGTCTTCTTGTTGTATCTGATCACTCTTCCTGACCGCTCACCGTTGACAGT
CACGTAAAATA

QA 1 731 1 731
DS 

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CCCTTCTTTGTCCTCAAGTATCTCAACTATCTCCCCCGTCTCCCCGGATATTTTGACGGC
GACCCCATGCGGCTTAAACCCGTTCACTAACCCAATCAACAACTCTAACTTCACCGTCTT
TTCAACCAACTTACCTAAGCACTGATAATTATTCACGGCCAGTCTTCCAAATAAGTTTTT
CTTACAGTGTATGCCAATCCAAAAATCACCCGTGGGTGTTAAACGGATGTTGTCAGGATA
ACCAGGAACCTTGGCGAAAATATCACGAGTCCCGGCTTTAGGACCTTTAATCCAATATCT
ATGGACAAGGCCAGTGGCAGACTCACATGAGATTAAAAAAGATCTATCTTTGTTTAGAGC
CAAACCGTTGTTACAACGGAGATTGTCCATGACAACTTTGGCCTCTTTCGTCTTCTTGTT
GTATCTGATCACTCTTCCTGACCGCTCACCGTTGACAGTCACGTAAAATACTTCCCTGAA
ATGATACTTGTCACTACTATCATTGAAGTAGAAGACATCTTCCTCTTCGTCAATATCCAT
CTGGTTCGCAAACATTACTTTGCGACCTTCAACCTGGTCCACTACCAACTCAGCCAAGCC
TCCTTCTGGCCCCACTTTCATGACCCCAAAGTAACCATCACAGATGTACAAGTCTCCTGT
TTTCTTCTCGAAACTAAGTCCAAGTGGCCTTCCACATGTAGGTACTACTTCATGCCGTGA
ACAGTTTCCTCTG

QA 1 733 1 733
DS 



CO CL1811Contig2 1144 3 7 U
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AAAATAATGCCGATTAGTGAGAAAATTCCGACTTGGGCCGTTGTTCCGGCTACTTTTGCC
GTCTTTTCCGTAATTTCGTATCAGATCCTAATCGCGCCGGACAATTTGAACGGCACCAAA
AATGTATTGTCGATGGCTAAGACCATACCACTTCCTGTCGATGGACCAGAGAGCATCGAG
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CGTGGAGATGGTCTCGGTTGGGTTGAGTTCGCATACACATCTCCTCACAGAGGAAACTGT
TCACGGCATGAAGTAGTACCTACATGTGGAAGGCCACTTGGACTTAGTTTCGAGAAGAAA
ACAGGAGACTTGTACATCTGTGATGGTTACTTTGGGGTCATGAAAGTGGGGCCAGAAGGA
GGCTTGGCTGAGTTGGTAGTGGACCAGGTTGAAGGTCGCAAAGTAATGTTTGCGAACCAG
ATGGATATTGACGAAGAGGAAGATGTCTTCTACTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCAT
TTCAGGGAAGTATTTTACGTGACTGTCAACGGTGAGCGGTCAGGAAGAGTGATCAGATAC
AACAAGAAGACGAAAGAGGCCAAAGTTGTCATGGACAATCTCCGTTGTAACAACGGTTTG
GCTCTAAACAAAGATAGATCTTTCTTAATCTCATGTGAGTCTGCCACTGGCCTTGTCCAT
AGATATTGGATTAAAGGTCCTAAAGCCGGGACTCGTGATATTTTCGCCGTCAAAATATCC
GGGGAGACGGGGGAGATAGTTGAGATACTTGAGGACAAAGAAGGGAAGACAATGCAGTAT
GTGAGTGAGGCTTATGAGAGAGATGATGGTAAGATATGGTTTGGGTCGGTTTTTAAGCCT
GCCGTATGGGTTCTTGATCGCAAGTGAGTAGTTCCGTTTGTTGTATGTACGTAGTCATGT
TATGTAAGTTCAAGTGTCTCTTGTTTGGTGCTTGTACTTTTGAATATAGACATGCTTGTA
GAGTATATGCATCCATATTGTACCATGTAAACTTTCAGTTACTAAAGTACTTCCTGCTGG
TATG


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1D145TF U 1
AF RR1CM74TF U 2
AF RR1CM74JQ C 327
BS 1 36 RR1D145TF
BS 37 37 RR1CM74TF
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BS 614 674 RR1CM74TF
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RD RR1D145TF 613 0 0
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AAAATAATGCCGATTAGTGAGAAAATTCCGACTTGGGCCGTTGTTCCGGCTACTTTTGCC
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CGTGGAGATGGTCTCGGTTGGGTTGAGTTCGCATACACATCTCCTCACAGAGGAAACTGT
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GGCTTGGCTGAGTTGGTAGTGGACCAGGTTGAAGGTCGCAAAGTAATGTTTGCGAACCAG
ATGGATATTGACGAAGAGGAAGATGTCTTCTACTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCAT
TTCAGGGAAGTAT

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1CM74TF 673 0 0
GAAGCTAACAACAGCTAGTGTTACACACGTCTCTTCAACCAACATATTTGCCTCTGGTGA
AAATAATGCCGATTAGTGAGAAAATTCCGACTTGGGCCGTTGTTCCGGCTACTTTTGCCG
TCTTTTCCGTAATTTCGTATCAGATCCTAATCGCGCCGGACAATTTGAACGGCACCAAAA
ATGTATTGTCGATGGCTAAGACCATACCACTTCCTGTCGATGGACCAGAGAGCATCGAGT
GGGATCCGCAAGGAGGGGGTCCTTATGCTGCTGTTGTGGACGGCCGTATTCTCAAGTGGC
GTGGAGATGGTCTCGGTTGGGTTGAGTTCGCATACACATCTCCTCACAGAGGAAACTGTT
CACGGCATGAAGTAGTACCTACATGTGGAAGGCCACTTGGACTTAGTTTCGAGAAGAAAA
CAGGAGACTTGTACATCTGTGATGGTTACTTTGGGGTCATGAAAGTGGGGCCAGAAGGAG
GCTTGGCTGAGTTGGTAGTGGACCAGGTTGAAGGTCGCAAAGTAATGTTTGCGAACCAGA
TGGATATTGACGAAGAGGAAGATGTCTTCTACTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCATT
TCAGGGAAGTATTTTACGTGACTGTCAACGGTGAGCGGTCAGGAAGAGTGATCAGATACA
ACAAGAAGACGAA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1CM74JQ 818 0 0
AG
TCGCATACACATCTCCTCACAGAGGAAACTGTTCACGGCATGAAGTAGTACCTACATGTG
GAAGGCCACTTGGACTTAGTTTCGAGAAGAAAACAGGAGACTTGTACATCTGTGATGGTT
ACTTTGGGGTCATGAAAGTGGGGCCAGAAGGAGGCTTGGCTGAGTTGGTAGTGGACCAGG
TTGAAGGTCGCAAAGTAATGTTTGCGAACCAGATGGATATTGACGAAGAGGAAGATGTCT
TCTACTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCATTTCAGGGAAGTATTTTACGTGACTGTCA
ACGGTGAGCGGTCAGGAAGAGTGATCAGATACAACAAGAAGACGAAAGAGGCCAAAGTTG
TCATGGACAATCTCCGTTGTAACAACGGTTTGGCTCTAAACAAAGATAGATCTTTCTTAA
TCTCATGTGAGTCTGCCACTGGCCTTGTCCATAGATATTGGATTAAAGGTCCTAAAGCCG
GGACTCGTGATATTTTCGCCGTCAAAATATCCGGGGAGACGGGGGAGATAGTTGAGATAC
TTGAGGACAAAGAAGGGAAGACAATGCAGTATGTGAGTGAGGCTTATGAGAGAGATGATG
GTAAGATATGGTTTGGGTCGGTTTTTAAGCCTGCCGTATGGGTTCTTGATCGCAAGTGAG
TAGTTCCGTTTGTTGTATGTACGTAGTCATGTTATGTAAGTTCAAGTGTCTCTTGTTTGG
TGCTTGTACTTTTGAATATAGACATGCTTGTAGAGTATATGCATCCATATTGTACCATGT
AAACTTTCAGTTACTAAAGTACTTCCTGCTGGTATG

QA 3 818 3 818
DS 



AS 1 3

CO CL1812Contig1 457 3 2 U
GAGTATCACTCCGCATACTAAGTTCGAGGCGATTGTGTATGTGTTGAAGAAAGAGGAAGG
TGGGAGGCATTCTCCGTTTTTCGCGGGGTACAGGCCGCAGTTCTACATGAGGACGACGGA
TGTTACGGGGAAAGTGACCAAGATTATGAATGATAAAGATGAGGAGTCGAAGATGGTTAT
GCCTGGTGATAGGGTGAAGATTGTGGTTGAGCTTATTGTGCCTGTGGCTTGTGAGCAAGG
GATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGGTGGGAAGACCGTTGGTGCTGGTGTTATTCAGTCTAT
CATCGAATGAGAGGAGAGTGTTGGAGAGTTTCATGTAGTTCTACTTGCTTTCTTTTTGTT
TCCCTCTTGATTCATAAAACTCTCTTTTTTTGTGCCATTTTCTGTAAGAACTTGGAATCA
AAATGTCATATATTTCTTGGTTTCCTGACCCCTCCAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV84JQ C 1
AF RR1CV84TF U 1
AF RR1FA48TF U 88
BS 1 450 RR1CV84TF
BS 451 457 RR1FA48TF

RD RR1CV84JQ 450 0 0
GAGTATCACTCCGCATACTAAGTTCGAGGCGATTGTGTATGTGTTGAAGAAAGAGGAAGG
TGGGAGGCATTCTCCGTTTTTCGCGGGGTACAGGCCGCAGTTCTACATGAGGACGACGGA
TGTTACGGGGAAAGTGACCAAGATTATGAATGATAAAGATGAGGAGTCGAAGATGGTTAT
GCCTGGTGATAGGGTGAAGATTGTGGTTGAGCTTATTGTGCCTGTGGCTTGTGAGCAAGG
GATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGGTGGGAAGACCGTTGGTGCTGGTGTTATTCAGTCTAT
CATCGAATGAGAGGAGAGTGTTGGAGAGTTTCATGTAGTTCTACTTGCTTTCTTTTTGTT
TCCCTCTTGATTCATAAAACTCTCTTTTTTTGTGCCATTTTCTGTAAGAACTTGGAATCA
AAATGTCATATATTTCTTGGTTTCCTGACC

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR1CV84TF 450 0 0
GAGTATCACTCCGCATACTAAGTTCGAGGCGATTGTGTATGTGTTGAAGAAAGAGGAAGG
TGGGAGGCATTCTCCGTTTTTCGCGGGGTACAGGCCGCAGTTCTACATGAGGACGACGGA
TGTTACGGGGAAAGTGACCAAGATTATGAATGATAAAGATGAGGAGTCGAAGATGGTTAT
GCCTGGTGATAGGGTGAAGATTGTGGTTGAGCTTATTGTGCCTGTGGCTTGTGAGCAAGG
GATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGGTGGGAAGACCGTTGGTGCTGGTGTTATTCAGTCTAT
CATCGAATGAGAGGAGAGTGTTGGAGAGTTTCATGTAGTTCTACTTGCTTTCTTTTTGTT
TCCCTCTTGATTCATAAAACTCTCTTTTTTTGTGCCATTTTCTGTAAGAACTTGGAATCA
AAATGTCATATATTTCTTGGTTTCCTGACC

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR1FA48TF 370 0 0
GTACAGGCCGCAGTTCTACATGAGGACGACGGATGTTATGGGGAAAGCGACCAAGATTAT
GAATGATAAAGATGAGGAGTCGAAGATGGTTATGCCTGGTGATAGGGTGAAGATTGTGGT
TGAGCTTATTGTGCCTGTGGCTTGTGAGCAAGGGATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGGTGG
GAAGACCGTTGGTGCTGGTGTTATTCAGTCTATCATCGAATGAGAGGAGAGTGTTGGAGA
GTTTCATGTAGTTCTACTTGCTTTCTTTTTGTTTCCCTCTTGATTCATAAAACTCTCTTT
TTTTGTGCCATTTTCTGTAAGAACTTGGAATCAAAATGTCATACATTTCTTGGTTTCCTG
ACCCCTCCAT

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 5

CO CL1813Contig1 612 5 3 U
GGACCCAAGACAACAAACCCAACACATTCTTCATCTCTCTTCTTTGATCATCTCTTTCTA
CTACGCACCATGGGATTTTCTCGAAAGGAAAAGCTCAACACAAACACTTCCACTTCAAAT
CCTAATCTCTCTTCTGCCAGTACCCATAATAGTTCATACGTCTACCACGGTCCACAAGTC
CATACCATTAGAGAGTCCATAACATCTTCTACAAACGCAACATTTTGTGTCTATCAATAT
CCAAATAATTCAGTCCTTGTAAAACAAGCGGTTTTGCCCGCAACTATAGAGTCAGCTCAA
CGTTTCCGTTGCTAGTCTCTTGCTCAAACCAAAGGCGATAAATAAAATCACTGTTCCAGC
CTTTCAGGTTTCGTTGTTAAGGAATGAAGTTAGAATTATGGGAAAAATTGTCGGAGTTGT
CTTGCAATCTTTGTTTATTTAGATATGGTGCGAGTGAGTGAGTGCGGACCGGCTCAAACT
TTACTCTCTTAAGAGTTAGGTTGTAATATAATATTACAACTTGAATTTGTGTGCGTGTCT
GTTTGTAGCATGTTAAAAGTACATATATGTAACCTGGCCGCTTTTTTTTTAATGTAACCT
GGTCTTTATGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 0 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA81TF U 1
AF RR1AE31TF U 1
AF RR1G331JQ C 46
AF RR1G331TF U 1
AF RR1FZ26TF U 5
BS 1 324 RR1AE31TF
BS 325 325 RR1G331TF
BS 326 612 RR1AE31TF

RD RR1HA81TF 583 0 0
GGACCC
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ACCATGGGATTTTCTCGAAAGGAAAAGCTCAACACAAACACTTCCACTTCAAATCCTAAT
CTCTCTTCTGCCAGTACCCATAATAGTTCATACGTCTACCACGGTCCACAAGTCCATACC
ATTAGAGAGTCCATAACATCTTCTACAAACGCAACATTTTGTGTCTATCAATATCCAAAT
AATTCAGTCCTTGTAAAACAAGCGGTTTTGCCCGCAACTATAGAGTCAGCTCAACGTTTC
CGTTGCTAGTCTCTTGCTTAAACCAAAGGCGATAAATAAAATCACTGTTCCAGCCTTTCA
GGTTTCGTTGTTAAGGAATGAAGTTAGAATTATGGGAAAAATTGTCGGAGTTGTCTTGCA
ATCTTTGTTTATTTAGATATGGTGCGGGTGAGTGAGTGCGGACCGGCTCAAACTTTACTC
TCTTAAGAGTTAGGTTGTAATATAATATTACAACTTGAATTTGTGTGCGTGTCTGTTTGT
AGCATGTTAAAAGTACATATATGTAACCTGGCCGCTT

QA 7 583 7 583
DS 

RD RR1AE31TF 612 0 0
GGACCCAAGACAACAAACCCAACACATTCTTCATCTCTCTTCTTTGATCATCTCTTTCTA
CTACGCACCATGGGATTTTCTCGAAAGGAAAAGCTCAACACAAACACTTCCACTTCAAAT
CCTAATCTCTCTTCTGCCAGTACCCATAATAGTTCATACGTCTACCACGGTCCACAAGTC
CATACCATTAGAGAGTCCATAACATCTTCTACAAACGCAACATTTTGTGTCTATCAATAT
CCAAATAATTCAGTCCTTGTAAAACAAGCGGTTTTGCCCGCAACTATAGAGTCAGCTCAA
CGTTTCCGTTGCTAGTCTCTTGCTTAAACCAAAGGCGATAAATAAAATCACTGTTCCAGC
CTTTCAGGTTTCGTTGTTAAGGAATGAAGTTAGAATTATGGGAAAAATTGTCGGAGTTGT
CTTGCAATCTTTGTTTATTTAGATATGGTGCGAGTGAGTGAGTGCGGACCGGCTCAAACT
TTACTCTCTTAAGAGTTAGGTTGTAATATAATATTACAACTTGAATTTGTGTGCGTGTCT
GTTTGTAGCATGTTAAAAGTACATATATGTAACCTGGCCGCTTTTTTTTTAATGTAACCT
GGTCTTTATGTG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1G331JQ 558 0 0
GATCATCTCTTTCTACTACGCACCATGGGATTTTCTCGAAAGGAAAAGCTCAACACAAAC
ACTTCCACTTCAAATCCT***CTCTCTTCTGCCAGTACCCATAATAGTTCATACGTCTAC
CACGGTCCACAAGTCCATACCATTAGAGAGTCCATAACATCTTCTACAAACGCAACATTT
TGTGTCTATCAATATCCAAATAATTCAGTCCTTGTAAAACAAGCGGTTTTGCCCGCAACT
ATAGAGTCAGCTCAACGTTTCCGTTGCTAGTCTCTTGCTCAAACCAAAGGCGATAAATAA
AATCACTGTTCCAGCCTTTCAGGTTTCGTTGTTAAGGAATGAAGTTAGAATTATGGGAAA
AATTGTCGGAGTTGTCTTGCAATCTTTGTTTATTTAGATATGGTGCGAGTGAGTGAGTGC
GGACCGGCTCAAACTTTACTCTCTTAAGAGTTAGGTTGTAATATAATATTACAACTTGAA
TTTGTGTGCGTGTCTGTTTGTAGCATGTTAAAAGTACATATATGTAACCTGGCCGCTTTT
TTTTTAATGTAACCTGGT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1G331TF 603 0 0
GGACCC
AAGACAACAAACCCAACACATTCTTCATCTCTCTTCTTTGATCATCTCTTTCTACTACGC
ACCATGGGATTTTCTCGAAAGGAAAAGCTCAACACAAACACTTCCACTTCAAATCCT***
CTCTCTTCTGCCAGTACCCATAATAGTTCATACGTCTACCACGGTCCACAAGTCCATACC
ATTAGAGAGTCCATAACATCTTCTACAAACGCAACATTTTGTGTCTATCAATATCCAAAT
AATTCAGTCCTTGTAAAACAAGCGGTTTTGCCCGCAACTATAGAGTCAGCTCAACGTTTC
CGTTGCTAGTCTCTTGCTCAAACCAAAGGCGATAAATAAAATCACTGTTCCAGCCTTTCA
GGTTTCGTTGTTAAGGAATGAAGTTAGAATTATGGGAAAAATTGTCGGAGTTGTCTTGCA
ATCTTTGTTTATTTAGATATGGTGCGAGTGAGTGAGTGCGGACCGGCTCAAACTTTACTC
TCTTAAGAGTTAGGTTGTAATATAATATTACAACTTGAATTTGTGTGCGTGTCTGTTTGT
AGCATGTTAAAAGTACATATATGTAACCTGGCCGCTTTTTTTTTAATGTAACCTGGT

QA 7 603 7 603
DS 

RD RR1FZ26TF 604 0 0
GG
AAGACAACAAACCCAACACATTCTTCATCTCTCTTCTTTGATCATCTCTTTCTACTACGC
ACCATGGGATTTTCTCGAAAGGAAAAGCTCAACACAAACACTTCCACTTCAAATCCTAAT
CTCTCTTCTGCCAGTACCCATAATAGTTCATACGTCTACCACGGTCCACAAGTCCATACC
ATTAGAGAGTCCATAACATCTTCTACAAACGCAACATTTTGTGTCTATCAATATCCAAAT
AATTCAGTCCTTGTAAAACAAGCGGTTTTGCCCGCAACTATAGAGTCAGCTCAACGTTTC
CGTTGCTAGTCTCTTGCTTAAACCAAAGGCGATAAATAAAATCACTGTTCCAGCCTTTCA
GGTTTCGTTGTTAAGGAATGAAGTTAGAATTATGGGAAAAATTGTCGGAGTTGTCTTGCA
ATCTTTGTTTATTTAGATATGGTGCGAGTGAGTGAGTGCGGACCGGCTCAAACTTTACTC
TCTTAAGAGTTAGGTTGTAATATAATATTACAACTTGAATTTGTGTGCGTGTCTGTTTGT
AGCATGTTAAAAGTACATATATGTAACCTGGCCGCTTTTTTTTTAATGTAACCTGGT
CTTTA

QA 3 599 3 599
DS 



AS 1 3

CO CL1814Contig1 966 3 10 U
TGGATGATAACAAACAAACGACCGAAAGAACAAAAGCCTGCTAGCGACACTTGTGTAATC
GAGCAGGTGTGAAATGGAAAAAAAGGGACAGAAACGAGAGTATATTATTGTCTGGCATCC
AAAAACAAAAAAACCTTACAAGCTTATCCACCCCTGCCCCCTATTATATAAAGACACGAA
TCACACTACTAAAGTTGCTGTCTGAAGCTTTTCTTCTAGGCAGTAGTTACTTGAGAGGGA
GTCCTCTTCTTGCCTTTCTTAACCTCAGTTCCACCATTTTCTGCCAGCTCTGCCTTCCTC
TGGGCACGGATCATAGCACGTCTAGCGCGGGGTCGCATCTCTCTCACGGTACGAGGAGGC
ATGACAAAAGGCTCGAGTGGCTTGTCCCCAAAAGGATGCTCATTGCCTTCAAAGATCCTC
AGTTTCCGATCTCTGTCATCACGCAAGTTGTTAGTAGGAAGCATGCGCCAAACAGCCTTA
CGGATGACCTCGGTGGGGTCTTTGGCCATCTGATCTTTCAAACTTCGTTCTTTCAGGTGT
CCAACGTACCCAGTATGCCAGCGGTAGAACTTGTCGGTGAGCTTTCTACCGGTGATGCCG
ATATCCTTAGCATTGAGAACGATACAAATATCGCCATCATCGCGGTTAGGACAATAAGTA
GGCTTATCTTTGGCTTGAAGGACAGTAGAGATCTGAGAGGCAAGTCTACCGAGAACCTGG
CCTTTGGCATCAAAAACACGCCAACGAAGACCGTCGAGATTGATACGCTTTATACCTGCC
ACAGCTTTCTTAAGGTTGCCATTGAAAGAGGCAGCAGCTGCAGCTTGAGTGGCCATTGGG
TTGTTAAAGCTAAAGATATAGAGAAGGGCCTAAGATAAAATGGGAAAAGAAGATTTGGAT
TTCAAATTCAGTTATACAGATTCATATCTGCAGAGATGACTCACCGGTGAGAAGCGACGG
CGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1F661JQ U 118
AF RR1GX56JQ U 1
AF RR1F661TF C 388
BS 1 128 RR1GX56JQ
BS 129 129 RR1F661JQ
BS 130 151 RR1GX56JQ
BS 152 152 RR1F661JQ
BS 153 158 RR1GX56JQ
BS 159 159 RR1F661JQ
BS 160 368 RR1GX56JQ
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BS 370 709 RR1GX56JQ
BS 710 966 RR1F661TF

RD RR1F661JQ 352 0 0
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GAATCACACTACTAAAGTTGCTGTCTGAAGCTTTTCTTCTAGGCAGTAGTTACTTGAGAG
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QA 1 352 1 352
DS 

RD RR1GX56JQ 709 0 0
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AAAAACAAGAAAACCTTACAAGCTTATCCACGCCTGCCGCCTATTATATAAAGACACGAA
TCACACTACTAAAGTTGCTGTCTGAAGCTTTTCTTCTAGGCAGTAGTTACTTGAGAGGGA
GTCCTCTTCTTGCCTTTCTTAACCTCAGTTCCACCATTTTCTGCCAGCTCTGCCTTCCTC
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ATGACAAATGGCTCGAGTGGCTTGTCCCCAAAAGGATGCTCATTGCCTTCAAAGATCCTC
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DS 

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ATCTGATCTTTCAGACTTCGTTCTTTCAGGTGTCCAACGTACCCAGTATGCCAGCGGTAG
AACTTGTCGGTGAGCTTTCTACCGGTGATGCCGATATCCTTAGCATTGAGAACGATACAA
ATATCGCCATCATCGCGGTTAGGACAATAAGTAGGCTTATCTTTGGCTTGAAGGACAGTA
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AGACCGTCGAGATTGATACGCTTTATACCTGCCACAGCTTTCTTAAGGTTGCCATTGAAA
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CTGCAGAGATGACTCACCGGTGAGAAGCGACGGCGAAGC

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 5

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BQ
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AF RR1E282TF U 1
AF RR1EC37JQ C 1
AF RR1DM38TF U 0
AF RR1EF29TF U 1
AF RR1EC37TF U 1
BS 1 334 RR1E282TF
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AAAACACAGGGTTTTATGGGTGGTTCTTGTCAAGGACATAAAGGTAATTACATGTGTAAG
TGTTATGAAGGTAAATGAATATTTGCGAATTTTGTTACTTTCAAATACTCGTAGGTTTGG
TTTTATGAGTAATAATAAACGCAAATAAATACTTTAGTTGATGTATTTGTTTTATTCTAC
TTTTCAATATTTAAGATATTTTTCA

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DS 

RD RR1EC37JQ 450 0 0
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GTTCTTTGCATCTGTGTTTTGTTATCCTCAGGATTTGGAAAAGCAGCACTAAATCCAACG
GGAAAAAAATGTCCGGATCCAAATGGTGTAGACAAAAAAGCTGCATGTTATAGCTACTGC
AAAACACAGGGTTTTATGGGTGGTTCTTGTCAAGGACATAAAGGTAATTACATGTGTAAG
TGTTATGAAGGTAAATGAATATTTGCGAATTTTGCTACTTTCAAATACTCGTAGGTTTGG
TTTTATGAGGAATAATAAACGCAAATAAATACTTTAGTTGATGTATTTGTTTTATTCTAC
TTTTCAATATTTAAGATATTTTTCACGACC

QA 1 450 1 450
DS 

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GGA
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TCTTTGCATCTGTGTTTTGTTATCCTCAGGATTTGGAAAAGCAGCACTAAATCCAACGGG
AAAAAAATGTCCGGATCCAAATGGTGTAGACAAAAAAGCTGCATGTTATAGCTACTGCAA
AACACAGGGTTTTATGGGTGGTTCTTGTCAAGGACATAAAGGTAATTACATGTGTAAGTG
TTATGAAGGTAAATGAATATTTGCGAATTTTGTTACTTTCAAGTACTCGTAGGTTTGGTT
TTATGAGGAATAATAAACGCAAATAAATACTTTAGTTGATGTATTTGTTTTATTCTACTT
TTCAATATTTAAGATATTTTTCACG

QA 4 448 4 448
DS 

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GTTCTTTGCATCTGTGTTTTGTTATCCTCAGGATTTGGAAAAGCAGCACTAAATCCAACG
GGAAAAAAATGTCCGGATCCAAATGGTGTAGACAAAAAAGCTGCATGTTATAGCTACTGC
AAAACACAGGGTTTTATGGGTGGTTCTTGTCAAGGACATAAAGGTAATTACATGTGTAAG
TGTTATGAAGGTAAATGAATATTTGCGAATTTTGTTACTTTCAAATACTCGTAGGTTTGG
TTTTATGAGGAATAATAAACGCAAATAAATACTTTAGTTGATGTATTTGTTTTATTCTAC
TTTTCAATATTTAAGATATTTTTCACG

QA 1 447 1 447
DS 

RD RR1EC37TF 450 0 0
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GTTCTTTGCATCTGTGTTTTGTTATCCTCAGGATTTGGAAAAGCAGCACTAAATCCAACG
GGAAAAAAATGTCCGGATCCAAATGGTGTAGACAAAAAAGCTGCATGTTATAGCTACTGC
AAAACACAGGGTTTTATGGGTGGTTCTTGTCAAGGACATAAAGGTAATTACATGTGTAAG
TGTTATGAAGGTAAATGAATATTTGCGAATTTTGCTACTTTCAAATACTCGTAGGTTTGG
TTTTATGAGGAATAATAAACGCAAATAAATACTTTAGTTGATGTATTTGTTTTATTCTAC
TTTTCAATATTTAAGATATTTTTCACG
ACC

QA 1 447 1 447
DS 



AS 1 3

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AGAGAGGTGCAGGGAAGAGTACACCACATGCTTGCTTGGAGGAGAACACCACTTGGGACC
TTGTCAATGATATTGAAAAACTAAGGCAACATTTAAAAATTCCTGAATGGCTGGTTTTTG
GGGGATCTTGGGGAAGCACTTTAGCACTTGCGTACAGCCAGTCCCACCCTGATAAGGTTA
CTGGTTTGGTCCTTAGAGGGATCTTTATGTTGCGAAAGAAGGAGATTAATTGGTTTTATG
AGGGTGGTGCTGCTGCTATATATCCTGATGCTTGGGAGGAGTTCAGAGATCATATTCCAG
AAAACGAGAGAGGTAACCTAGTGGATGCATATCACAAAAGACCGAACTCCGATAATCTGG
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TTCCAAATGATGGAAACATTCAAAAGGCCGAAGATGATAAGTTTTCATTGGCGTTTGCAA
GGATTGAAAACCACTACTTTGTTAACAAGGCTTTCTTTACCTCGGACTCATACTTGCTGG
AGAATATCGATAAAATAAGACATATCAAGACCACCATTGTTCAGGGAAGGTATGACGTAG
TTTGTCCCATGATGTCTGCTTGGGATCTGCACAAAGCATGGCCAGAGGCAGACCTCAAGA
TTGTTGGTGATTGTGGACACTCGGCAAATGAGCCTGGAATAGCAGCAGAACTAGTGGTTG
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CAGGGACTTGTGTTAATTTTTCTTCAAGTTTGTTTCTGCAAAGTAAGACCACATTCACAG
ACAGACGTATAGTTTGTTTTCAACGTGAATCAAAGGTTATTGTCAAAAAGAATAATTTTG
AATGCTGATACAGTACTTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI59TF U 1
AF RR1FD09TF U 201
AF RR1BI59JQ C 307
BS 1 238 RR1BI59TF
BS 239 239 RR1FD09TF
BS 240 266 RR1BI59TF
BS 267 267 RR1FD09TF
BS 268 274 RR1BI59TF
BS 275 275 RR1FD09TF
BS 276 689 RR1BI59TF
BS 690 690 RR1FD09TF
BS 691 716 RR1BI59TF
BS 717 880 RR1FD09TF
BS 881 881 RR1BI59JQ
BS 882 923 RR1FD09TF
BS 924 924 RR1BI59JQ
BS 925 956 RR1FD09TF
BS 957 1102 RR1BI59JQ

RD RR1BI59TF 716 0 0
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AGAGAGGTGCAGGGAAGAGTACACCACATGCTTGCTTGGAGGAGAACACCACTTGGGATC
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CTGGTTTGGTCCTTAGAGGGATCTTTATGTTGCGAAAGAAGGAGATTAATTGGTTTTATG
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TTCCAAATGATGGAAACATTCAAAAGGCCGAAGATGATAAGTTTTCATTGGCGTTTGCAA
GGATTGAAAACCACTACTTTGTTAACAAG*CTTTCTTTACCTCGGACTCATACTTG

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1FD09TF 761 0 0
G
CACCACATGCTTGCTTGGAGGAGAACACCACTTGGGACCTTGTTAATGATATTGAAAAAC
TAAGGCAACATTTAAAAATTCCTGAATGGCTGGTTTTTGGTGGATCTTGGGGAAGCACTT
TAGCACTTGCGTACAGCCAATCCCACCCTGATAAGGTTACTGGTATGGTCCTTAGAGGGA
TCTTTATGTTGCGAAAGAAGGAGATTGATTGGTTTTATGAGGGTGGTGCTGCTGCTATAT
ATCCTGATGCTTGGGAGGAGTTCAGAGATCTTATTCCAGAAAACGAGAGAGGTAGCCTAG
TGGATGCATATCACAAAAGACTGAACTCCGATAATCTAGAAACTCAATATGCAGCTGCAA
GAGCTTGGACTAAATGGGAAATGAGGACTGCTCATCTTCTTCCAAATGATGGAAACATTC
AAAAGGCAGACGATGATAAGTTTTCATTGGCGTTTGCAAGGATTGAAAACCACTACTTTG
TTAACAAGGCTTTCTTTACCTCGGACTCATACTTGCTGGAGAATATCGATAAAATAAGAC
ATATCAAGACCACCATTGTTCAGGGAAGGTATGACGTAGTTTGTCCCATGATGTCTGCTT
GGGATCTGCACAAAGCATGGCCAGAGGCAGACCTCAAGATTGTTGGTGATTGTGGACACT
CGGCAAATGAGCCTGGAATCGCAGCAGAACTAGTGGTTGCAAATGAAAAGATGAAAGCTT
TTTTGGGATGAAAATACTCTATGGACTGCGTTCAT
ATCTC

QA 2 756 2 756
DS 

RD RR1BI59JQ 796 0 0
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TGGTCCTTAGAGGGATCTTTATGTTGCGAAAGAAGGAGATTAATTGGTTTTATGAGGGTG
GTGCTGCTGCTATATATCCTGATGCTTGGGAGGAGTTCAGAGATCATATTCCAGAAAACG
AGAGAGGTAACCTAGTGGATGCATATCACAAAAGACCGAACTCCGATAATCTGGAAACTC
AATATGCAGCTGCAAGAGCTTGGACTAAATGGGAAATGAGGACTGCTCATCTTCTTCCAA
ATGATGGAAACATTCAAAAGGCCGAAGATGATAAGTTTTCATTGGCGTTTGCAAGGATTG
AAAACCACTACTTTGTTAACAAGGCTTTCTTTACCTCGGACTCATACTTGCTGGAGAATA
TTGATAAAATAAGACATATCAAGACCATCATTGTTCAGGGAAGGTATGACGTAGTTTGTC
CCATGATGTCTGCTTGGGATCTGCACAAAGCATGGCCAGAGGCAGACCTCAAGATTGTTG
GTGATTGTGGACACTCGGCAAATGAGCCTGGAATAGCAGCAGAACTAGTGGTTGCAAATG
AAAAGATGAAAGCTTTTGTGGGATGAAAATACTCTATGGACTGCGTTCATATCTCAGGGA
CTTGTGTTAATTTTTCTTCAAGTTTGTTTCTGCAAAGTAAGACCACATTCACAGACAGAC
GTATAGTTTGTTTTCAACGTGAATCAAAGGTTATTGTCAAAAAGAATAATTTTGAATGCT
GATACAGTACTTGTTC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 5

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TCTGAGTGTCACCATACGCAAAGATCCTACACTGGAG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EI77JQ U 1
AF RR1EI77TF C 1
AF RR1GW37JQ U 1
AF RR1GW37TF C 1
AF RR1FU52JQ U 69
BS 1 227 RR1EI77JQ
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BS 229 392 RR1EI77JQ
BS 393 393 RR1GW37JQ
BS 394 405 RR1EI77JQ
BS 406 470 RR1GW37JQ
BS 471 697 RR1FU52JQ

RD RR1EI77JQ 405 0 0
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QA 1 405 1 405
DS 

RD RR1EI77TF 405 0 0
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AGATGCTTGGCCTCACGTTCAGACGGCTTGCAAGTTTCTGTCCCAGTGATCGATCAGCCT
GAGACCAGTAAGAGATCCAGATGCTGCGAATCTCATGAGTCAGCCGTGGCTCTGACAGTA
TCTCAACCCATCTCTTCACAAACCTGTCTTGC*TGTCTGGTGCCC

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR1GW37JQ 471 0 0
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C

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1GW37TF 471 0 0
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AGATGCTTGGCCTCACGTTCAGACGGCTTGCAAGTTTCTGTCCCAGTGATCGATCAGCCT
GAGACCAGTAAGAGATCCAGATGCTGCGAATCTCATGAGTCAGCCGTGGCTCTGACAGTA
TCTCAACCCATCTCTTCACAAACCTGTCTTGCCTGTCTGGTGCCCAGGATCTGTATCTGT
CTCCAGCCTGTTTGAAGTTGTTCTCCTTCTTGATGATACACTTTGTTCTG
C

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1FU52JQ 629 0 0
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GGCCTCACGTTCAGACGGCTTGCAAGTTTCTGTCCCAGTGATCGATCAGCCTGAGACCAG
TAAGAGATCCAGATGCTGCGAATCTCATGAGTCAGCCGTGGCTCTGACAGTATCTCAACC
CATCTCTTCACAAACCTGTCTTGCCTGTCTGGTGCCCAGGATCTGTATCTGTCTCCAGCC
TGTTTGAAGTTGTTCTCCTTCTTGATGATACACTTTGTTCTGATTCCAGTGTATGATTTG
TTAGGGATAGGAACCTTCTCTGCGCAGCGGACGGGGTCAAACTTTGATGGGTAGTAATTG
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CATTTTGGAGCATTAACCGGCAGCTGCAAGTAGTTAGGTCCAAGACGATGTCTCTGAGTG
TCACCATACGCAAAGATCCTACACTGGAG

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 5

CO CL1818Contig1 558 5 15 U
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ATCTCTCTTCTTCAGCTTTCTCAGGTACTCGCAGATGCATCTTCACCCAGCAACGGTGAA
ACTTCCTCTCTTTCTCAGATTCAGATGAACGACGAGAACCAAGAGGAGGCTTTTAAGAGA
ACATATCACCGTCCACGATTCAATTGTGGGTCTGCCTGCGCTAGGAGATGCAGAGAGACG
TCGAGGAAGAAAGTGTGTTACAGAGCTTGTGGAAGTTGCTGCGCAAAATGTCAGTGCGTA
CCGCCGGGGACCTCAGGCAACACAGCATCATGTCCTTGCTACGCTAATCTCCGTACACAT
GGCAATAAGCTCAAGTGTCCTTGAGACTACAAAAAAACCTCTATGTTACATGCTCTGATC
ATCTTCTAGCTAATAAACTATATGTTTGCTTCTATTGTATCTTGTGTGAGCTTATATATT
TCCCATTATGTTGCCATTATTCAAAACATTGTAATCGATTTCCGAATAATAAGATGAGTG
ATTTATTGTTTAAAAAAA


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C728JQ C 1
AF RR1CM07TF U 266
AF RR1FW33JQ C 2
AF RR1C728TF U 1
AF RR1FW33TF U 2
BS 1 3 RR1C728JQ
BS 4 30 RR1C728TF
BS 31 31 RR1FW33TF
BS 32 265 RR1C728TF
BS 266 308 RR1CM07TF
BS 309 309 RR1C728TF
BS 310 417 RR1CM07TF
BS 418 418 RR1C728TF
BS 419 490 RR1CM07TF
BS 491 491 RR1C728TF
BS 492 513 RR1CM07TF
BS 514 514 RR1C728TF
BS 515 544 RR1CM07TF
BS 545 551 RR1C728TF
BS 552 558 RR1FW33TF

RD RR1C728JQ 551 0 0
GACAAACTACTTCAAACCGACAAGATGGAGGAGATGAAAGTGGTGGCTTTTGTTATGCTC
ATCTCTCTTCTTCAGCTTTCTCAGGTACTCGCAGATGCATCTTCACCCAGCAACGGTGAA
ACTTCCTCTCTTTCTCAGATTCAGATGAACGACGAGAACCAAGAGGAGGCTTTTAAGAGA
ACATATCACCGTCCACGATTCAATTGTGGGTCTGCCTGCGCTAGGAGATGCAGAGAGACG
TCGAGGAAGAAAGTGTGTTACAGAGCTTGTGGAAGTTGCTGCGCAAAATGTCAGTGCGTA
CCGCCGGGGACCTCAGGCAACACAGCATCATGTCCTTGCTACGCTAATCTCCGTACACAT
GGCAATAAGCTCAAGTGTCCTTGAGACTACAAAAAAACCTCTATGTTACATGCTCTGATC
ATCTTCTAGCTAATAAACTATATGTTTGCTTCTATTGTATCTTGTGTGAGCTTATATATT
TCCCATTATGTTGCCATTATTCAAAACATTGTAATCGATTTCCGAATAATAAGATGAGTG
ATTTATTGTTT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1CM07TF 285 0 0
CTTGTGGAAGTTGCTGCGCAAAATGTCAGTGCGTACCGCCGGGTACCTCAGGCAACACAG
CATCATGTCCTTGCTACGCTAATCTCCGTACACATGGCAATAAGCTCAAGTGTCCTTGAG
ACTACAAAAAAACCTCTATGTTACATGCTCTGGTCATCTTCTAGCTAATAAACTATATGT
TTGCTTCTATTGTATCTTGTGTGAGCTTATATATTTCCCATTATGCTGCCATTATTCAAA
ACATTGTA*TCGATTTCCGAATAATAAGATGAGTGATTT
TATTGT

QA 1 279 1 279
DS 

RD RR1FW33JQ 550 0 0
GG
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TCTCTTCTTCAGCTTTCTCAGGTACTCGCAGATGCATCTTCACCCAGCAACGGTGAAACT
TCCTCTCTTTCTCAGATTCAGATGAACGACGAGAACCAAGAGGAGGCTTTTAAGAGAACA
TATCACCGTCCACGATTCAATTGTGGGTCTGCCTGCGCTAGGAGATGCAGAGAGACGTCG
AGGAAGAAAGTGTGTTACAGAGCTTGTGGAAGTTGCTGCGCAAAATGTCAGTGCGTACCG
CCGGGGACCTCAGGCAACACAGCATCATGTCCTTGCTACGCTAATCTCCGTACACATGGC
AATAAGCTCAAGTGTCCTTGAGACTACAAAAAAACCTCTATGTTACATGCTCTGATCATC
TTCTAGCTAATAAACTATATGTTTGCTTCTATTGTATCTTGTGTGAGCTTATATATTTCC
CATTATGTTGCCATTATTCAAAACATTGTAATCGATTTCCGAATAATAAGATGAGTGATT
TATTGTTT

QA 3 550 3 550
DS 

RD RR1C728TF 551 0 0
GAC
AAACTACTTCAAACCGACAAGATGGAGGAGATGAAAGTGGTGGCTTTTGTTATGCTCATC
TCTCTTCTTCAGCTTTCTCAGGTACTCGCAGATGCATCTTCACCCAGCAACGGTGAAACT
TCCTCTCTTTCTCAGATTCAGATGAACGACGAGAACCAAGAGGAGGCTTTTAAGAGAACA
TATCACCGTCCACGATTCAATTGTGGGTCTGCCTGCGCTAGGAGATGCAGAGAGACGTCG
AGGAAGAAAGTGTGTTACAGAGCTTGTGGAAGTTGCTGCGCAAAATGTCAGTGCGTACCG
CCGGGGACCTCAGGCAACACAGCATCATGTCCTTGCTACGCTAATCTCCGTACACATGGC
AATAAGCTCAAGTGTCCTTGAGACTACAAAAAAACCTCTATGTTACATGCTCTGATCATC
TTCTAGCTAATAAACTATATGTTTGCTTCTATTGTATCTTGTGTGAGCTTATATATTTCC
CATTATGTTGCCATTATTCAAAACATTGTAATCGATTTCCGAATAATAAGATGAGTGATT
TATTGTTT

QA 4 551 4 551
DS 

RD RR1FW33TF 557 0 0
GG
AAACTACTTCAAACCGACAAGATGGAGAAGATGAAAGTGGTGGCTTTTGTTATGCTCATC
TCTCTTCTTCAGCTTTCTCAGGTACTCGCAGATGCATCTTCACCCAGCAACGGTGAAACT
TCCTCTCTTTCTCAGATTCAGATGAACGACGAGAACCAAGAGGAGGCTTTTAAGAGAACA
TATCACCGTCCACGATTCAATTGTGGGTCTGCCTGCGCTAGGAGATGCAGAGAGACGTCG
AGGAAGAAAGTGTGTTACAGAGCTTGTGGAAGTTGCTGCGCAAAATGTCAGTGCGTACCG
CCGGGGACCTCAGGCAACACAGCATCATGTCCTTGCTACGCTAATCTCCGTACACATGGC
AATAAGCTCAAGTGTCCTTGAGACTACAAAAAAACCTCTATGTTACATGCTCTGATCATC
TTCTAGCTAATAAACTATATGTTTGCTTCTATTGTATCTTGTGTGAGCTTATATATTTCC
CATTATGTTGCCATTATTCAAAACATTGTAATCGATTTCCGAATAATAAGATGAGTGATT
TATTGTTTAAAAAAA

QA 3 557 3 557
DS 



AS 2 5

CO CL1819Contig1 551 3 8 U
GGAAGGAGAGCTACTACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAACCTCTGGAA
ACAAGTTCAGGATGTCACTTGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTGCTGACAACA
CCGGAGCCAAGAACCTTTACATCATTTCCGTAAAGGGTATCAAGGGTCGTCTCAACCGTC
TGCCATCCGCCTGTGTTGGTGACATGGTCATGGCCACTGTGAAGAAAGGTAAACCTGATC
TCCGTAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCGCCGAAAGG
ATGGTGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAA
TGAAGGGATCTGCCATCACTGGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGTGGCCAAGGA
TCGCTAGTGCTGCAAACGCTATCGTTTAAAATCTATCTTTTTGTGTTCGTTGAACTTTGT
CACTGTTGAGGATGCTTTGTTTCTTAAATCTTTACTTGTGTTATTCCTTAAATCTTGATT
TTAGTTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1CR85TF U 1
AF RR1FD54JQ C 1
AF RR1FD54TF U 1
BS 1 55 RR1CR85TF
BS 56 56 RR1FD54TF
BS 57 58 RR1CR85TF
BS 59 59 RR1FD54TF
BS 60 226 RR1CR85TF
BS 227 227 RR1FD54TF
BS 228 549 RR1CR85TF
BS 550 551 RR1FD54JQ

RD RR1CR85TF 549 0 0
GGAAGGAGAGCTACTACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAACCTCCGGTA
ACAAGTTCAGGATGTCACTTGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTGCTGACAACA
CCGGAGCCAAGAACCTTTACATCATTTCCGTAAAGGGTATCAAGGGTCGTCTCAACCGTC
TGCCATCCGCCTGTGTTGGTGACATGGTCATGGCCACTGTGAAGAA*GGTAAACCTGATC
TCCGTAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCGCCGAAAGG
ATGGTGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAA
TGAAGGGATCTGCCATCACTGGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGTGGCCAAGGA
TCGCTAGTGCTGCAAACGCTATCGTTTAAAATCTATCTTTTTGTGTTCGTTGAACTTTGT
CACTGTTGAGGATGCTTTGTTTCTTAAATCTTTACTTGTGTTATTCCTTAAATCTTGATT
TTAGTTTCC

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1FD54JQ 551 0 0
GGAAGGAAAGCTAC
TACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAACCTCTGGAAACAAGTTCAGGATG
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GTTGGTGACATGGTCATGGCCACTGTGAAGAAAGGTAAACCTGATCTCCGTAAGAAGGTT
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TACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAATGAAGGGATCTGCC
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AACGCTATCGTTTAAAATCTATCTTTTTGTGTTCGTTGAACTTTGTCACTGTTGAGGATG
CTTTGTTTCTTAAATCTTTACTTGTGTTATTCCTTAAATCTTGATTTTAGTTTCCCC

QA 15 551 15 551
DS 

RD RR1FD54TF 551 0 0
GGAAGGAAAGCTAC
TACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAACCTCTGGAAACAAGTTCAGGATG
TCACTTGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTGCTGACAACACCGGAGCCAAGAAC
CTTTACATCATTTCCGTAAAGGGTATCAAGGGTCGTCTCAACCGTCTGCCATCCGCCTGT
GTTGGTGACATGGTCATGGCCACTGTGAAGAAAGGTAAACCTGATCTCCGTAAGAAGGTT
ATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCGCCGAAAGGATGGTGTCTTCATG
TACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAATGAAGGGATCTGCC
ATCACTGGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGTGGCCAAGGATCGCTAGTGCTGCA
AACGCTATCGTTTAAAATCTATCTTTTTGTGTTCGTTGAACTTTGTCACTGTTGAGGATG
CTTTGTTTCTTAAATCTTTACTTGTGTTATTCCTTAAATCTTGATTTTAGTTTCC
CC

QA 15 549 15 549
DS 



CO CL1819Contig2 576 2 3 U
GGCTTCCCAACGAGAGAGCCTGTTACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAA
CCTCTGGAAACAAGTTCAGGATGTCACTGGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTG
CTGACAACACCGGAGCCAAGAACCTTTACATCATCTCCGTCAAAGGTATCAAGGGTCGTC
TTAACCGTCTACCATCCGCTTGTGTCGGCGACATGGTGATGGCTACCGTGAAGAAAGGAA
AACCTGATCTCCGTAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATTGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGC
GCCGAAAGGATGGTGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCA
AGGGTGAAATGAAAGGATCTGCTATCACTGGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGT
GGCCGAGGATCGCTAGTGCTGCTAACGCCATCGTTTGAGATCTTTCTCTCTTTTTTTTGT
GTTTGTTGAACGTTTTATCAGATCTCTTTTGAGGATGCTTTGTTTTCGTCTTAGACTTGT
GTTATCCCTTAATCTCGATTCTAGTTATCTACTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW59TF U 56
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AGGAAAACCTGATCTCCGTAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATTGTTAGGCAGAGGAAGCC
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G

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DS 

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CCTCTGGAAACAAGTTCAGGATGTCACTGGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTG
CTGACAACACCGGAGCCAAGAACCTTTACATCATTTCCGTCAAAGGTATCAAGGGTCGTT
TTAACCGTCTACCATCCGCTTGTGTCGGCGACATGGTGATGGCTACCGTGAAGAAAGGAA
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GCCGAAAGGATGGTGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCA
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GTTTGTTGAACGTTTTATCAGATCTCTTTTGAGGATGCTTTGTTTTCGTCTTAGACTTGT
GTTATCCCTTAATCTCGATTCTAGTTATCTACTTAA

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 5

CO CL1820Contig1 1145 5 8 U
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TGCTAAAAAAAATGTACCAAGAATATTGCTTAATGAAAAAATGTTAAAAGAAAAAAACAC
ATAACCGAAAAAGAATTAACCGTCAATTTTCACTGCGGAACTATTTATTCCAAAATAGTA
AAACGAAAACTCTCGGGAGGTCCTCTGCCGTGAGAAAATACGAGAGAAAGGTTGGGAGAC
TCCTTCAAGGTTTGAGAACAAGAAAAAGACCAAACCTTGGATGCTTGTCTAAGGCCTTAG
TGTCGATCTCACTCGAAACAGTCACTAGTGATTTGGGCACAACCTCGTGCTGAAGCAGAA
CACCGAGTTTGCCATTGTTGTTCAGCTTAGCTTTCACTGTGGTCGTACGATCGATCGCAT
ATAGCCCACCAACCGTTATCGTGTTTTCATTGGTAGAGAACTTCCTGTAAACCTCACCAA
CTGCTGCGCTTCTCTTGGATTCGTCAAGGTGGTGAAGGTAAGATGCTTTGATCGAGTCTC
CTTTGTCTCCCAGTATGATGGAAGCGCATGCGTCTGGTTTGGTCACACTGATACCAGCGT
TGTACTTGGTGAAAGTTTTGGAGGATGTGTCGTATCCAGCTTCAGCACCAAATGAGATGA
CCGGTGTGCCTAAAGTGGCTGTTATGTCGATCAACGGGTTCTGCTTCAAAGCTGCAGCAG
CGGTAACAGTTGCGTGGTCGTGGAAGTATTGAACCTCGAGCTTGCCAGAGCTGTTGTCAG
GGACTTTGAAGGAGGCAATGGCTTTGGTCGATGGGAGAATCTCGGTGAATGTGACAGTAG
TCAAAATAGTAGAATCAGTGTCGACTTTGACATCGAAGACAGCATTCTTGTACTTGTATT
GGGAGGTAACATCAGCAGCATGCACTCCTCCTTTCTTCAGAGCAGTAGACGTAAGTGCCA
CGCCGGAGGCACTGTAGGTGGAGATGCTGAATTTCTGATCGGTGTTGTAGTCTCTCGTCA
ACAGATCTTTGGCTTTCTTGCCGGTATCAGCGAATAGACCTGGACCTCTGCTCATGGTTT
TTGATCGGAGGTGCTGAGAGAGAGATCGGCGAGGTGACGATTTGGAGGAGAAGCAAGCGG
TTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1FQ10JQ U 45
AF RR1DP44JQ U 1
AF RR1C950JQ U 311
AF RR1FQ10TF C 264
AF RR1C950TF C 482
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GG
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AAAGAAAAAAACACATAACCGAAAAAGAATTAACCGTCAATTTTCACTGCGGAACTATTT
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QA 3 176 3 176
DS 

RD RR1DP44JQ 670 0 0
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AAACGAAAACTCTCGGGAGGTCCTCTGCCGTGAGAGAATACGAGAGAAAGGTTGGGAGAC
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ATAGCCCACCAACCGTTATCGTGTTTTCATTGGTAGAGAACTTCCTGTAAACCTCACCAA
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CTTTGTCTCCCAGTATGATGGAAGCGCATGCGTCTGGTTTGGTCACACTGATACCAGCGT
TGTACTTGGTGAAAGTTTTGGAGGATGTGTCGTATCCAGCTTCAGCACCAAATGAGATGA
CCGGTGTGCC

QA 1 670 1 670
DS 

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GCCATTGTTGTTCAGCTTAACTTTCACTGTGGTCGTACGATCGATCGCATATAGCCCACC
AACCGTTATCATGTTTTCATTGGTAGAGAACTTCCTGTAAACCTCACCAACTGCTGCGTT
TCTCTTGGATTCCTCAAGGTGGTGAAGGTAAGATGCTTTGATCGAGTCTCCTTTGTCTCC
CAGTATGATGGAAGCGCATGCGTCTGGTTTGGTCACACTGATACCAGCGTTGTACTTGGT
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DS 

RD RR1FQ10TF 741 0 0
AG
AAGACCAAACCTTGGATGCTTGTCTAAGGCTTTAGTGTCGATCTCACTCGAAACAGTCAC
TAGTGATTTGGGCACAACCTCGTGCTGAAGCAGAGCACCGAGTTTGCCATTGTTGTTCAG
CTTAGCTTTCACTGTGGTCGTACGATCGATCGCATATAGCCCACCAACCGTTATCGTGTT
TTCATTGGTAGAGAACTTCCTGTAAACCTCACCAACTGCTGCGCTTCTCTTGGATTCGTC
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TTTGACATCGAAGACAGCATTCTTGTACTTGTATTGGGAGGTAACATCAGCAGCATGCAC
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GCTGAATTTCTGATCGGT
C

QA 3 740 3 740
DS 

RD RR1C950TF 664 0 0
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GGTAACTGTTGCGTGGTCGTGGAAGTATTGAACCTCGAGCTTGCCAGAGCTGTTGTCAGG
GACTTTGAAGGAGGCAATGGCTTTGGTCGATGGGAGAATCTCGGTGAATGTGGCAGTAGT
CAAAATAGTAGAATCAGTGTCGACTTTGACATCGAAGACAGCATTCTTGTACTTGTATTG
GGAGGTAACATCAGCAGCATGCACTCCTCCTTTCTTCAGAGCAGTAGACGTAAGTGCCAC
GCCGGAGGCACTGTAGGTGGAGATGCTGAATTTCTGATCGGTGTTGTAGTCTCTCGTCAA
CAGATCTTTGGCTTTCTTGCCGGTATCAGCGAATAGACCTGGACCTCTGCTCATGGTTTT
TGATCGGAGGTGCTGAGAGAGAGATCGGCGAGGTGACGATTTGGAGGAGAAGCAAGCGGT
TTCC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 4

CO CL1821Contig1 848 4 6 U
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AAAGACGAAAACAAAATACATAGTTTCGTACATTTTCTTCTTTGGGATTTATCTGTGGTA
AAATAAGCGTCTGCCAGTTTCAAAACACCGAAAATATATGTCACATTGAGAACATAACAT
TTCTCAAGTGAAAAAAAAATCCATCGGGAAAAAGGTAGGGAAAAACAGGCAAAAACAAAT
TCTCCCACAAAAAAA*TCCCATCTTAAACAGAAAAAAAACTTAATGATCTAAAATAAAAG
GATTAAGAAAAGCAATTACGCAAGTGTTTCTTCAGGCCATTCAATGATTCTGTCCAATGA
AGGCCTCCATTTTCTACATCTCCTGCGAGACTCCTCCTCTTCCTCAGCAGCCTTTGCTGC
AGCTTCTCCGGCAAATCTCTCCACCTCTAGTTCCCTGAGAAAGTCGCCGAAAGAGGCCAA
AGTTGTTTCTCCTTTGCCTTGGACATCACCACCGGAGTTTAACTGGAAGAGAATGAGTTT
CTCTAACTCGTCTCTCCTTAGAACAATCTTCACCTTCCTATCTTTTCTGTTGTAATCTTT
CTTCACTTCTTTTTCTTCTTCTTGGACCATTCTTTTAAGGTTGCTTCCTCCATTCAAACA
GTTTCCCATTTTTATAAAATATAAAAGAAAATTTTGACACAAAAAGGAAAATGATATTTT
TGGGAAATGCCCACAAAAAAAAGTTTGTAGAAGAAAAAAGAAAACTTGGGAAATGCCCAA
GAAAAAATAATCTTTCTTCTTCTCCTTTTCTTCCGTGTGAATCAATCTGATGGAAGTTGG
AGACTTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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DS 



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BQ
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GTCTGTGAGCTCTTGACCAAAGCATCGAACCGTGAGAAGGTCCTTGGAGGGATTTGCGTC
GGGTTTTCCGTTTGCGTTTTTGCAGCTCCTTTAAGCATCATGAGAGTGGTGATACGAACA
AGAAGTGTGGAGTTTATGCCGTTCTCTCTATCATTGTTTCTTACACTCAGCGCCATAACG
TGGCTCTTCTATGGTCTTGCTATCAA*GACTTCTACGTTGCACTTCCAAACATTATGGGT
GCGTTTCTCGGAGCAGTTCAAATGATTCTCTACGTCATATACAAGTACTACAAAGCTCCA
AAA
CTGACG

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1G440TF 801 0 0
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CTTCATTTATTCGATAATCACATCCAAAAGTAGAAAAATAATCGAGAACTCATTTACAAA
AAAATCAAATGGCTCTCAACGTACTGGCTTTTACATTTGGAATCATGGGGAACATCATAT
CGTTCATCGTTTTCTTGGCACCAGTTCCAACTTTCGTCAGGATCTGCAAGAAAAAATCGA
TAGAAGGTTTTCAATCACTTCCCTATGTCTCAGCGCTCTTTAGCGCGACGCTATGGATTT
ACTATGCTATGCAGAAAGATGGATCAGGCTTACTTCTGATTACCATAAACGCCGTGGGAT
GCTTCATCGAAACCATCTACATCATACTCTTTATTACCTATGCTAACAAGAAAGCTAGAA
TTTCAACTTTGAAGGTTCTTGGGCTCTTGAACTTCTTGGGTTTTGCCGCTATTATCCTTG
TCTGTGAGCTCTTGACCAAAGCATCGAACCGTGAGAAGGTCCTTGGAGGGATTTGCGTCG
GGTTTTCCGTTTGCGTTTTTGCAGCTCCTTTAAGCATCATGAGAGTGGTGATACGAACAA
GAAGTGTGGAGTTTATGCCGTTCTCTCTATCATTGTTTCTTACACTCAGCGCCATAACGT
GGCTCTTCTATGGTCTTGCTATCAAAGACTTCTACGTTGCACTTCCAA*CATTATGGGTG
CGTTTCTCGGAGCAGTTCAAATGATTCTCTACGTCATATACAAGTACTACAA*GCTCCAA
AA*CTGACGACACGGAGAAAC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1CW51JQ 586 0 0
GTGAGCTCTTGACCAAAGCATCGAACCGTGAGAAGGTCCTTGGAGGGATTTGTGTCGGGT
TTTCCGTTTGCGTTTTTTTAGCTCCTTTAAGCATCATGAGAGTGGTGATACGAACAAGAA
GTGTGGAGTTTATGCCCTTTTTTCTATCATTGTTTTTTACACTCAGCGCCATAACGTGGC
TTTTTTATGGTCTTGCTATCAAAGACTTTTACGTTGCACTTCCAAACATTATGGGTGCGT
TTTTTGGAGCAGTTCAAATGATTTTTTACGTCATATACAAGTACTACAAAGCTCCAAAAA
CTGACGACACGGAGAAACCCAAAACGGTGCAGGATCACTCAATCGATATGGTCAAGCTTG
CAACAACTCCAGTTTCGGGTGAGATGATAGTTCATCCTCAAACTCATGGTGGTGGTGATT
TGGAGGGTCAGATGGAAACGAAAGTGTCAAACCAAATCCAAACCTAAGCAGCTTTTTCAT
ATTAGTGATTTTATCAATGCTGTACTGTTGAGTCGTGTTTCACTAGATTGTACTTTGTTG
CTTTTTTTTGTTTTTTTTCCCATCGTATTTATTTCGAATTAT
ATCG

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1CW51TF 576 0 0
CCAAAGCATCGAACCGTGAGAAGGTCCTTGGAGGGATTTGTGTCGGGTTTTCCGTTTGCG
TTTTTTTAGCTCCTTTAAGCATCATGAGAGTGGTGATACGAACAAGAAGTGTGGAGTTTA
TGCCCTTCTCTCTATCATTGTTTCTTACACTCAGCGCCATAACGTGGCTCTTCTATGGTC
TTGCTATCAAAGACTTCTACGTTGCACTTCCAAACATTATGGGTGCGTTTCTCGGAGCAG
TTCAAATGATTCTCTACGTCATATACAAGTACTACAAAGCTCCAAAAACTGACGACACGG
AGAAACCCAAAACGGTGCAGGATCACTCAATCGATATGGTCAAGCTTGCAACAACTCCAG
TTTCGGGTGAGATGATAGTTCATCCTCAAACTCATGGTGGTGGTGATTTGGAGGGTCAGA
TGGAAACGAAAGTGTCAAACCAAATCCAAACCTAAGCAGCTTTTTCATATTAGTGATTTT
ATCAATGCTGTACTGTTGAGTCGTGTTTCACTAGATTGTACTTTGTTGCTTTTCTTTGTC
TTTTCTCCCATCGTATTTATTTCGAATTATATCG
AA

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1G440JQ 804 0 0
ATGCTTCATCGAAACCATCTACATCATACTCTTTATTAC*TATGCTAACAAGAAAGCTAG
AATTTCAACTTTGAAGGTTCTTGGGCTCTTGAACTTCTTGGGTTTTGCCGCTATTATCCT
TGTCTGTGAGCTCTTGACCAAAGCATCGAACCGTGAGAAGGTCCTTGGAGGGATTTGCGT
CGGGTTTTCCGTTTGCGTTTTTGCAGCTCCTTTAAGCATCATGAGAGTGGTGATACGAAC
AAGAAGTGTGGAGTTTATGCCGTTCTCTCTATCATTGTTTCTTACACTCAGCGCCATAAC
GTGGCTCTTCTATGGTCTTGCTATCAAAGACTTTTACGTTGCACTTCCAAACATTATGGG
TGCGTTTCTCGGAGCAGTTCAAATGATTCTCTACGTCATATACAAGTACTACAAAGCTCC
AAAAACTGACGACACGGAGAAACCCAAAACGGTGCAGGATCACTCAATCGATATGGTCAA
GCTTGCAACAACTCCAGTTTCGGGTGAGATGATAGTTCATCCTCAAACTCATGGTGGTGG
TGATTTGGAGGGTCAGATGGAAACGAAAGTGTCAAACCAAATCCAAACCTAAGCAGCTTT
TTCATATTAGTGATTTTATCAATGCTGTACTGTTGAGTCGTGTTTCACTAGATTGTACTT
TGTTGCTTTTCTTTGTCTTTTCTCCCCTCGTATTTATTTCGAATTATGTCGAAATTTGTG
TTATCCTTCAAAAGTATGTACGCATGTTTTAGTTCTTGTAAAATAGTTCTGATGTTAAAT
ACTTGAATCGATCCTGGTTTGGCT

QA 1 804 1 804
DS 



AS 0 0

AS 1 5

CO CL1824Contig1 611 5 1 U
GGATATCTAACAAACAACAGTCTCACTTCTAAAATCATATATTTTTAGAATACATAAAAG
ATAAAGAAGAAGAAGA***TGGTATCAATTTCCAGCTCTTCCAAATCTTCCACAATCATG
AAGCTGGTGGTGATGGTGGCTGTGGTCTTGGTGGTGACGGTGGTGGATGGACAGAGCTGC
AATACCCACTTGAGTGGACTGAACGTGTGTGGTGAGTTTGTAGTTCCAGGAGCAGACACG
ACGAACCCGAGTGCCGAGTGTTGCAATGCTCTTGAGGCAGTGCCGAGCGACTGCATTTGC
AACACATTTCGCATTGCCTCTAGGCTTCCCACTCGCTGCAACATCCCTACACTTTCATGC
AACTGATGATATGGACGTTGTTATATCTATGAGAAGCAGGGAGGGAGATCAACGACAATA
TAGTATTTAATGAATAAAAACTCGAAGTTTTCTTGTTTCGTTCTGCCAGTTGCTGTAAAA
CCAATGGGTTTCGAATAAAAAATAGAAACTGAATAATCTTGAAGTGAAATTATAAATCTT
CAGCAAATTGGGTGGTCATATTCCTATGAGTAAACCTAATCAATAAAATAACAACGACAG
CAAATTGGGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB47JQ C 69
AF RR1EB47TF U 69
AF RR1G531JQ C 9
AF RR1G531TF U 9
AF RR1BD12TF U 1
BS 1 611 RR1BD12TF

RD RR1EB47JQ 457 0 0
GAAGAAGA***TGGTATCAATTTCCAGCTCTTCCAAATCTTCCACAATCATGAAGCTGGT
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CTTGAGTGGACTGAACGTGTGTGGTGAGTTTGTAGTTCCAGGAGCAGACACGACGAACCC
GAGTGCCGAGTGTTGCAATGCTCTTGAGGCAGTGCCGAGCGACTGCATTTGCAACACATT
TCGCATTGCCTCTAGGCTTCCCACTCGCTGCAACATCCCTACACTTTCATGCAACTGATG
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AATGAATAAAAACTCGAAGTTTTCTTGTTTCGTTCTGCCAGTTGCTGTAAAACCAATGGG
TTTCGAATAAAAAATAGAAACTGAATAATCTTGAAG
G

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1EB47TF 457 0 0
GAAGAAGA***TGGTATCAATTTCCAGCTCTTCCAAATCTTCCACAATCATGAAGCTGGT
GGTGATGGTGGCTGTGGTCTTGGTGGTGACGGTGGTGGATGGACAGAGCTGCAATACCCA
CTTGAGTGGACTGAACGTGTGTGGTGAGTTTGTAGTTCCAGGAGCAGACACGACGAACCC
GAGTGCCGAGTGTTGCAATGCTCTTGAGGCAGTGCCGAGCGACTGCATTTGCAACACATT
TCGCATTGCCTCTAGGCTTCCCACTCGCTGCAACATCCCTACACTTTCATGCAACTGATG
ATATGGACGTTGTTATATCTATGAGAAGCAGGGAGGGAGATCAACGACAATATAGTATTT
AATGAATAAAAACTCGAAGTTTTCTTGTTTCGTTCTGCCAGTTGCTGTAAAACCAATGGG
TTTCGAATAAAAAATAGAAACTGAATAATCTTGAAG
G

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1G531JQ 518 0 0
GGA
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GAGTGGACTGAACGTGTGTGGTGAGTTTGTAGTTCCAGGAGCAGACACGACGAACCCGAG
TGCCGAGTGTTGCAATGCTCTTGAGGCAGTGCCGAGCGACTGCATTTGCAACACATTTCG
CATTGCCTCTAGGCTTCCCACTCGCTGCAACATCCCTACACTTTCATGCAACTGATGATA
TGGACGTTGTTATATCTATGAGAAGCAGGGAGGGAGATCAACGACAATATAGTATTTAAT
GAATAAAAACTCGAAGTTTTCTTGTTTCGTTCTGCCAGTTGCTGTAAAACCAATGGGTTT
CGAATAAAAAATAGAAACTGAATAATCTTGAAG
CG

QA 4 516 4 516
DS 

RD RR1G531TF 494 0 0
GGA
AAACAACAGTCTCACTTCTAAAATCATATATTTTTAGAATACATAAAAGATAAAGAAGAA
GAAGAAGATGGTATCAATTTCCAGCTCTTCCAAATCTTCCACAATCATGAAGCTGGTGGT
GATGGTGGCTGTGGTCTTGGTGGTGACGGTGGTGGATGGACAGAGCTGCAATACCCACTT
GAGTGGACTGAACGTGTGTGGTGAGTTTGTAGTTCCAGGAGCAGACACGACGAACCCGAG
TGCCGAGTGTTGCAATGCTCTTGAGGCAGTGCCGAGCGACTGCATTTGCAACACATTTCG
CATTGCCTCTAGGCTTCCCACTCGCTGCAACATCCCTACACTTTCATGCAACTGATGATA
TGGACGTTGTTATATCTATGAGAAGCAGGGAGGGAGATCAACGACAATATAGTATTTAAT
GAATAAAAACTCGAAGTTTTCTTGTTTCGTTCTGCCAGTTGCTGTAAAACCAATGGGTTT
CGAATAAAAAA

QA 4 494 4 494
DS 

RD RR1BD12TF 611 0 0
GGATATCTAACAAACAACAGTCTCACTTCTAAAATCATATATTTTTAGAATACATAAAAG
ATAAAGAAGAAGAAGA***TGGTATCAATTTCCAGCTCTTCCAAATCTTCCACAATCATG
AAGCTGGTGGTGATGGTGGCTGTGGTCTTGGTGGTGACGGTGGTGGATGGACAGAGCTGC
AATACCCACTTGAGTGGACTGAACGTGTGTGGTGAGTTTGTAGTTCCAGGAGCAGACACG
ACGAACCCGAGTGCCGAGTGTTGCAATGCTCTTGAGGCAGTGCCGAGCGACTGCATTTGC
AACACATTTCGCATTGCCTCTAGGCTTCCCACTCGCTGCAACATCCCTACACTTTCATGC
AACTGATGATATGGACGTTGTTATATCTATGAGAAGCAGGGAGGGAGATCAACGACAATA
TAGTATTTAATGAATAAAAACTCGAAGTTTTCTTGTTTCGTTCTGCCAGTTGCTGTAAAA
CCAATGGGTTTCGAATAAAAAATAGAAACTGAATAATCTTGAAGTGAAATTATAAATCTT
CAGCAAATTGGGTGGTCATATTCCTATGAGTAAACCTAATCAATAAAATAACAACGACAG
CAAATTGGGTG

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL1825Contig1 1148 2 2 U
AGGGAGGAAAGCTAACCAGGTTTATCTAATTGACTTTGGACTTGCCAAAAGGTATCGTGA
TGCCAACACCAACCGCCACATCCCTTACAGGGAGAACAAGAATTTAACTGGAACTGCACG
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TCTTGGATACGTGCTTCTGTATTTCCTAAGAGGAAGTCTTCCATGGCAGGGTCTTAAGGC
TGTTGACAAGAAGCAAAAGTATGACAAAATTTGTGAGAAGAAGATATCAACTCCTATCGA
GGTTCTATGCAAAGGACACCCTGTGGAGTTTGCTTCATATTTTCATTACTGCCACACGCT
GACATTTGATCAGCGCCCTGATTATGGATTCTTGAAGCGCCTCTTTCGTGATTTATTCTC
ACGGGAAGGATATGAAATGGACTATATATTTGACTGGACTATAATAAAGTATCAACAAGC
ACAGAAAACTAGAAATCAGTCTCAGGCAGTTCCTGGCCCTAGCAATACTCGTGCAACGCC
AATGGACACAAGCAATCATCGAGGAGGACCAAATATTTCTTATGAAGCCGAGGTCTCTGA
GCGTGTGAGATCGGGCAAGGCCATTAGTCCAAGCCCACAGATTAATAACAATACTGCTAC
AGGGAGGACTCTGGGCTTTGATCAGCCCGTCCACAACAATGTGAACATGCCATCCACTTC
ACTGTCACCTGCGGGTACCTCAAAAAGAAATGTCGGAAAGTCAGGGTTCCCTCCGGAAAC
CTCAAATGCTGGATATGACAGTGGGAAAAGAACTGGCGGCTGGACTTCATCATACATGTC
TCCAAATAAATGATGCAAAGAAAAACAACATGATCTGAGATGGTGAGCAGCTATTTATGT
GAGTCATGCCCTTGGAAGATTAAAAAAGGTGTTAGTGACACCAAGTTCTGATTTCTGCTG
TATATTATCTGAGATGTGTGTGGACAGACAGGCAGCTATAGAAGATGGTGTTTTTCCATG
AACACATTCGTGTTACACACACAAAGACATGAAGTGTATGTTTGCTTTTCATTCAAGATT
TGCTCCCAACCCTTTGTATAATTCTTACACCAGATTTGTTATATTGTTATATATGTCAAT
TTTTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY72TF U 1
AF RR1CY72JQ C 431
BS 1 675 RR1CY72TF
BS 676 1148 RR1CY72JQ

RD RR1CY72TF 680 0 0
AGGGAGGAAAGCTAACCAGGTTTATCTAATTGACTTTGGACTTGCCAAAAGGTATCGTGA
TGCCAACACCAACCGCCACATCCCTTACAGGGAGAACAAGAATTTAACTGGAACTGCACG
GTATGCAAGTTGCAATACACATCTCGGAATTGAGCAGAGTCGACGGGATGACCTAGAGTC
TCTTGGATACGTGCTTCTGTATTTCCTAAGAGGAAGTCTTCCATGGCAGGGTCTTAAGGC
TGTTGACAAGAAGCAAAAGTATGACAAAATTTGTGAGAAGAAGATATCAACTCCTATCGA
GGTTCTATGCAAAGGACACCCTGTGGAGTTTGCTTCATATTTTCATTACTGCCACACGCT
GACATTTGATCAGCGCCCTGATTATGGATTCTTGAAGCGCCTCTTTCGTGATTTATTCTC
ACGGGAAGGATATGAAATGGACTATATATTTGACTGGACTATAATAAAGTATCAACAAGC
ACAGAAAACTAGAAATCAGTCTCAGGCAGTTCCTGGCCCTAGCAATACTCGTGCAACGCC
AATGGACACAAGCAATCATCGAGGAGGACCAAATATTTCTTATGAAGCCGAGGTCTCTGA
GCGTGTGAGATCGGGCAAGGCCATTAGTCCAAGCCCACAGATTAATAACAATACTGCTAC
AGGGAGGACTCTGGG
CTTTG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1CY72JQ 718 0 0
TATGAAATGGACTATATATTTGACTGGACTATAATAAAGTATCAACAAGCACAGAAAACT
AGAAATCAGTCTCAGGCAGTTCCTGGCCCTAGCAATACTCGTGCAACGCCAATGGACACA
AGCAATCATCGAGGAGGACCAAATATTTCTTATGAAGCCGAGGTCTCTGAGCGTGTGAGA
TCGGGCAAGGCCATTAGTCCAAGCCCACAGATTAATAACAATACTGCTACAGGGAGGACT
CTGGGCTTTGATCAGCCCGTCCACAACAATGTGAACATGCCATCCACTTCACTGTCACCT
GCGGGTACCTCAAAAAGAAATGTCGGAAAGTCAGGGTTCCCTCCGGAAACCTCAAATGCT
GGATATGACAGTGGGAAAAGAACTGGCGGCTGGACTTCATCATACATGTCTCCAAATAAA
TGATGCAAAGAAAAACAACATGATCTGAGATGGTGAGCAGCTATTTATGTGAGTCATGCC
CTTGGAAGATTAAAAAAGGTGTTAGTGACACCAAGTTCTGATTTCTGCTGTATATTATCT
GAGATGTGTGTGGACAGACAGGCAGCTATAGAAGATGGTGTTTTTCCATGAACACATTCG
TGTTACACACACAAAGACATGAAGTGTATGTTTGCTTTTCATTCAAGATTTGCTCCCAAC
CCTTTGTATAATTCTTACACCAGATTTGTTATATTGTTATATATGTCAATTTTTAGCT

QA 1 718 1 718
DS 



AS 2 4

CO CL1826Contig1 833 2 1 U
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AAGTGGGAAACAAATATTAGCGGCAGAAGAAAATACGAGTAATAGTGTGTATGTGTGTGC
AGCAATGGATTGGAGGTTACAACTTCCAACATAAGTGCCCACACTAGCAAAGCAATTAAA
GATATAAAGAATATTTCTTAGGAAACCCTTTCACACCTTACTTCCAAGCCACGGCATCGA
TGTCATCTCTAGCTTGTTTGTAGAGCTCGAGCCTTTTGGCTAAGGTTCCTCTTCTTTCCA
TCAGCTGTGGGTCTTCGTCCAACATCGCCCCCAGCTTTTCCTTCTCTTTCCTGCCGACTT
GAGCGTAAAAAAAGTTGAGGAGCGATCTCTTTGCTTCTCTAACTTGGCAGTAAACAACAG
CTTTTGGAAGAGAGATTCTCAATGTGTCGCAAACCATGTTTATGTATGCACTCACGTTGG
ATCCGATCTTTCTGAAGTGACTATCGGAGTATATGTCTGCGTTTGGCTGTGGGGCATTCC
TCGGGTTTGGTTTCTCTTTCTCGGATTCAAGGTGAAGTTTCCTGAAGAACTCAACAGTGA
GGTAGCTGGATTCCATGTCCACCAGACGTAGAACTGTTTTCCTGCTTTCGTCTCTGAATC
TTTCAAGAGCTTCATTTGCAGCTGCTGCTATATCGCTTGCTAGAGTTGGGAATCGCTTCA
GCTCCTCTGTTTCTGAAGTCGACTTTCTGACCAGCTCTTTCAATACAAAATGCACTGCAT
CGACAGTCGCTTCAGCTGGTCCTTTGAAATAGCTAAAGGATCCATCAATGAGC


BQ
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AF RR1CW16JQ U 101
AF RR1A537JQ U 1
BS 1 833 RR1A537JQ

RD RR1CW16JQ 265 0 0
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ACACTAGCAAAGCAATTAAAGATATAAAGAATATTTCTTAGGAAACCCTTTCACACCTTA
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TAAGGTTCCTCTTCTTTCCATCAGCTGTGGGTCTTCGTCCAACATCGCCCCCAGCTTTTC
CTTCTCTTTCCTGCCGACTTGAGCG

QA 1 265 1 265
DS 

RD RR1A537JQ 833 0 0
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AAGTGGGAAACAAATATTAGCGGCAGAAGAAAATACGAGTAATAGTGTGTATGTGTGTGC
AGCAATGGATTGGAGGTTACAACTTCCAACATAAGTGCCCACACTAGCAAAGCAATTAAA
GATATAAAGAATATTTCTTAGGAAACCCTTTCACACCTTACTTCCAAGCCACGGCATCGA
TGTCATCTCTAGCTTGTTTGTAGAGCTCGAGCCTTTTGGCTAAGGTTCCTCTTCTTTCCA
TCAGCTGTGGGTCTTCGTCCAACATCGCCCCCAGCTTTTCCTTCTCTTTCCTGCCGACTT
GAGCGTAAAAAAAGTTGAGGAGCGATCTCTTTGCTTCTCTAACTTGGCAGTAAACAACAG
CTTTTGGAAGAGAGATTCTCAATGTGTCGCAAACCATGTTTATGTATGCACTCACGTTGG
ATCCGATCTTTCTGAAGTGACTATCGGAGTATATGTCTGCGTTTGGCTGTGGGGCATTCC
TCGGGTTTGGTTTCTCTTTCTCGGATTCAAGGTGAAGTTTCCTGAAGAACTCAACAGTGA
GGTAGCTGGATTCCATGTCCACCAGACGTAGAACTGTTTTCCTGCTTTCGTCTCTGAATC
TTTCAAGAGCTTCATTTGCAGCTGCTGCTATATCGCTTGCTAGAGTTGGGAATCGCTTCA
GCTCCTCTGTTTCTGAAGTCGACTTTCTGACCAGCTCTTTCAATACAAAATGCACTGCAT
CGACAGTCGCTTCAGCTGGTCCTTTGAAATAGCTAAAGGATCCATCAATGAGC

QA 1 833 1 833
DS 



CO CL1826Contig2 834 2 2 U
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CTTGGATGGAGGACGACCTGGTGGAGACCGGATTTATGGAGTTTTTGACCATCAGTTACC
AGCAGCCTTAAAGAAACTTCCCTTTGATAGACATCTCTCTACCAAAAATGTCCAGAAAGT
TGTCTCAGAAGCAGATGGTTATCAGCCACATCTTATTGCTCCTGAACAAGGATACAGAAG
GCTCATTGATGGATCCATTAGCTATTTCAAAGGACCAGCTGAAGCGACTGTCGATGCAAT
GCATTTTGTATTGAAAGAGCTGGTCAGAAAGTCGACTTCAGAAACAGAGGAGCTGAAGCG
ATTCCCAACTCTAGCAAGCGATATAGCAGCAGCTGCAAATGAAGCTCTTGAAAGATTCAG
AGACGAAAGCAGGAAAACAGTTCTACGTCTGGTGGACATGGAATCCAGCTACCTCACTGT
TGAGTTCTTCAGGAAACTTCACCTTGAATCCGAGAAAGAGAAACCAAACCCGAGGAATGC
CCCACAGCCAAACGCAGACATATACTCCGATAGTCACTTCAGAAAGATCGGATCCAACGT
GAGTGCATACATAAACATGGTCTGCGACACATTGAGAATCTCTCTTCCAAAAGCTGTTGT
TTACTGCCAAGTTAGAGAAGCAAAGAGATCGCTCCTCAACTTCTTCTACGCTCAAGTCGG
CAGAAAGAGAAGAAAAGCTGGGGGCGATGTTGGACGAGACCCACAGCTGATGGAAAGAAG
AGACCTTAGCCAAAAGCTCGAGCTCTACAACAGCTAGAGATGACATCGATGCGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW16TF U 1
AF RR1A537TF U 49
BS 1 325 RR1CW16TF
BS 326 834 RR1A537TF

RD RR1CW16TF 325 0 0
GGCCCAGCTTTACACAATTTTGGAACTTTGTCGAGCATTTGATCGTGTCTTTAAGGAGCA
CTTGGATGGAGGACGACCTGGTGGAGACCGGATTTATGGAGTTTTTGACCATCAGTTACC
AGCAGCCTTAAAGAAACTTCCCTTTGATAGACATCTCTCTACCAAAAATGTCCAGAAAGT
TGTCTCAGAAGCAGATGGTTATCAGCCACATCTTATTGCTCCTGAACAAGGATACAGAAG
GCTCATTGATGGATCCATTAGCTATTTCAAAGGACCAGCTGAAGCGACTGTCGATGCAAT
GCATTTTGTATTGAAAGAGCTGGTC

QA 1 325 1 325
DS 

RD RR1A537TF 786 0 0
CTTTAAGGAGCACTTGGATGGAGGACGACCTGGTGGAGACCGGATTTATGGAGTTTTTGA
CCATCAGTTACCAGCAGCCTTAAAGAAACTTCCCTTTGATAGACATCTCTCTACCAAAAA
TGTTCAGAAAGTTGTCTCAGAAGCAGATGGTTATCAGCCACATCTTATTGCTCCTGAACA
AGGATACAGAAGGCTCATTGATGGATCCTTTAGCTATTTCAAAGGACCAGCTGAAGCGAC
TGTCGATGCAGTGCATTTTGTATTGAAAGAGCTGGTCAGAAAGTCGACTTCAGAAACAGA
GGAGCTGAAGCGATTCCCAACTCTAGCAAGCGATATAGCAGCAGCTGCAAATGAAGCTCT
TGAAAGATTCAGAGACGAAAGCAGGAAAACAGTTCTACGTCTGGTGGACATGGAATCCAG
CTACCTCACTGTTGAGTTCTTCAGGAAACTTCACCTTGAATCCGAGAAAGAGAAACCAAA
CCCGAGGAATGCCCCACAGCCAAACGCAGACATATACTCCGATAGTCACTTCAGAAAGAT
CGGATCCAACGTGAGTGCATACATAAACATGGTCTGCGACACATTGAGAATCTCTCTTCC
AAAAGCTGTTGTTTACTGCCAAGTTAGAGAAGCAAAGAGATCGCTCCTCAACTTCTTCTA
CGCTCAAGTCGGCAGAAAGAGAAGAAAAGCTGGGGGCGATGTTGGACGAGACCCACAGCT
GATGGAAAGAAGAGACCTTAGCCAAAAGCTCGAGCTCTACAACAGCTAGAGATGACATCG
ATGCGT

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 5

CO CL1827Contig1 503 5 7 U
GGGATGTTATCTTCTTCCCTATTTAGCTCTGCAAAATTCTTGTGTTCAACTCTCTATAAC
TCCTTTCAAAAATGAAGCTCTCTTTCCGTTTGATCTCAGCAGTTCCGCTTTTGTTCATGC
TCCTCGTCGCCACAGGGATGGGTCCTGTCACGGCCAAGGCACGCATGTGTGAAACGAGTA
GCCAGTTGTTCAATGGACCGTGTCTGAGCACAACCAATTGCGCCAATATTTGCAAGAATG
AAGGTTTTCCAGACGGTGACTGCCAGGGATTCCGCCTTCGCTGCATCTGCAACAGACCAT
GTTGATGAAAGTAAGTTACAAAAAGTAAAGACAGACCATGTTGATCCGTGATCATTTTAT
GTTTTTTCTTTCTTTCTATTTTTCCCTTAGTCTTTCAATTGACTTAAGGGGATATAAATC
TCGAATGCCCTTTAGTTTGTGTATTTCTATTTTCTTGTGAGGTTAAACTATTATAATACA
ATTTAATAAGTTGCAAGTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1FF57TF U 54
AF RR1B714JQ C 1
AF RR1C984JQ C 8
AF RR1C984TF U 8
AF RR1B714TF U 1
BS 1 8 RR1B714JQ
BS 9 55 RR1C984TF
BS 56 182 RR1FF57TF
BS 183 183 RR1C984TF
BS 184 467 RR1FF57TF
BS 468 500 RR1C984TF
BS 501 503 RR1B714JQ

RD RR1FF57TF 418 0 0
GG
ATAACTCCTTTCAAAAATGAAGCTCTCTTTCCGTTTGATCTCAGCAGTTCCGCTTTTGTT
CATGCTCCTCGTCGCCACAGGGATGGGTCCTGTCACGGCCAAGGCACGCATGTGTGAAAC
GAGTAGCTAGTTGTTCAATGGACCGTGTCTGAGCACAACCAATTGCGCCAATATTTGCAA
GAATGAAGGTTTTCCAGACGGTGACTGCCAGGGATTCCGCCTTCGCTGCATCTGCAACAG
ACCATGTTGATGAAAGTAAGTTACAAAAAGTAAAGACAGACCATGTTGATCCGTGATCAT
TTTATGTTTTTTCTTTCTTTCTATTTTTCCCTTAGTCTTTCAATTGACTTAAGGGGATAT
AAATCTCGAATGCCCTTTAGTTTGTGTATTTCTATTTTCTTGTGAGGTTAAA
TTAT

QA 3 414 3 414
DS 

RD RR1B714JQ 503 0 0
GGGATGTTATCTTCTTCCCTATTTAGCTCTGCAAAATTCTTGTGTTCAACTCTCTATAAC
TCCTTTCAAAAATGAAGCTCTCTTTCCGTTTGATCTCAGCAGTTCCGCTTTTGTTCATGC
TCCTCGTCGCCACAGGGATGGGTCCTGTCACGGCCAAGGCACGCATGTGTGAAACGAGTA
GCCAGTTGTTCAATGGACCGTGTCTGAGCACAACCAATTGCGCCAATATTTGCAAGAATG
AAGGTTTTCCAGACGGTGACTGCCAGGGATTCCGCCTTCGCTGCATCTGCAACAGACCAT
GTTGATGAAAGTAAGTTACAAAAAGTAAAGACAGACCATGTTGATCCGTGATCATTTTAT
GTTTTTTCTTTCTTTCTATTTTTCCCTTAGTCTTTCAATTGACTTAAGGGGATATAAATC
TCGAATGCCCTTTAGTTTGTGTATTTCTATTTTCTTGTGAGGTTAAATTATTATAATACA
ATTTAATAAGTTGCAAGTTTTAT

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR1C984JQ 493 0 0
G
ATCTTCTTCCCTATTTAGCTTTGCAAAATTCTTGTGTTCAACTCTCTATAACTCCTTTCA
AAAATGAAGCTCTCTTTCCGTTTGATCTCAGCAGTTCCGCTTTTGTTCATGCTCCTCGTC
GCCACAGGGATGGGTCCTGTCACGGCCAAGGCACGCATGTGTGAAACGAGTAGCCAGTTG
TTCAATGGACCGTGTCTGAGCACAACCAATTGCGCCAATATTTGCAAGAATGAAGGTTTT
CCAGACGGTGACTGCCAGGGATTCCGCCTTCGCTGCATCTGCAACAGACCATGTTGATGA
AAGTAAGTTACAAAAAGTAAAGACAGACCATGTTGATCCGTGATCATTTTATGTTTTTTC
TTTCTTTCTATTTTTCCCTTAGTCTTTCAATTGACTTAAGGGGATATAAATCTCGAATGC
CCTTTAGTTTGTGTATTTCTATTTTCTTGTGAGGTTAAACTATTATAATACAATTTAATA
AGTTGCAAGTTT

QA 2 493 2 493
DS 

RD RR1C984TF 494 0 0
G
ATCTTCTTCCCTATTTAGCTCTGCAAAATTCTTGTGTTCAACTCTCTATAACTCCTTTCA
AAAATGAAGCTCTCTTTCCGTTTGATCTCAGCAGTTCCGCTTTTGTTCATGCTCCTCGTC
GCCACAGGGATGGGTCCTGTCACGGCCAAGGCACGCATGTGTGAAACGAGTAGCCAGTTG
TTCAATGGACCGTGTCTGAGCACAACCAATTGCGCCAATATTTGCAAGAATGAAGGTTTT
CCAGACGGTGACTGCCAGGGATTCCGCCTTCGCTGCATCTGCAACAGACCATGTTGATGA
AAGTAAGTTACAAAAAGTAAAGACAGACCATGTTGATCCGTGATCATTTTATGTTTTTTC
TTTCTTTCTATTTTTCCCTTAGTCTTTCAATTGACTTAAGGGGATATAAATCTCGAATGC
CCTTTAGTTTGTGTATTTCTATTTTCTTGTGAGGTTAAACTATTATAATACAATTTAATA
AGTTGCAAGTTT
G

QA 2 493 2 493
DS 

RD RR1B714TF 503 0 0
GGGATGTT
ATCTTCTTCCCTATTTAGCTCTGCAAAATTCTTGTGTTCAACTCTCTATAACTCCTTTCA
AAAATGAAGCTCTCTTTCCGTTTGATCTCAGCAGTTCCGCTTTTGTTCATGCTCCTCGTC
GCCACAGGGATGGGTCCTGTCACGGCCAAGGCACGCATGTGTGAAACGAGTAGCCAGTTG
TTCAATGGACCGTGTCTGAGCACAACCAATTGCGCCAATATTTGCAAGAATGAAGGTTTT
CCAGACGGTGACTGCCAGGGATTCCGCCTTCGCTGCATCTGCAACAGACCATGTTGATGA
AAGTAAGTTACAAAAAGTAAAGACAGACCATGTTGATCCGTGATCATTTTATGTTTTTTC
TTTCTTTCTATTTTTCCCTTAGTCTTTCAATTGACTTAAGGGGATATAAATCTCGAATGC
CCTTTAGTTTGTGTATTTCTATTTTCTTGTGAGGTTAAATTATTATAATACAATTTAATA
AGTTGCAAGTTT
TAT

QA 9 500 9 500
DS 



AS 1 5

CO CL1828Contig1 571 5 6 U
GGCAGCCTCCTCAGCGTGTGAGCGAAGAAGCAGCGGAGAAAAAAATGGTTCAGCGTCTTG
TATACCGTTCGCGTCACAGCTACGCCACCAAATCTAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCC
CAGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACTAAGAAGCGTGCAAGTGGACCCAAATGTCCTG
TCACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTA
GATTGTCTAGAAACAGGAGGACCGTGAACCGTGCTTATGGTGGTGTTTTATCTGCTTTGG
CTGTTAGAGAAAGAATCGTTCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAGAAGATTGTGAAGAAGG
TTTTGAAGCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTTGCTCCCAGGAGCTAGATTATCATATAAG
CTTCTTTTGGAAAAAAA*TGTTTAATGG*ATCTGTTCTAGCAA*TAGTACTCTGGTTGCA
GAAGTTTGAGAGAAATACTTTTTTTTTC*GTTATCCATTGAGTTTTGATTCTGTCGACAT
TTCTCAAATATTGCGTTTTGTTTTCTCGTTC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1A685TF U 2
AF RR1A526JQ C 1
AF RR1AF64JQ C 14
AF RR1AF64TF U 14
AF RR1A526TF U 1
BS 1 3 RR1A526JQ
BS 4 507 RR1A685TF
BS 508 509 RR1AF64TF
BS 510 528 RR1A685TF
BS 529 569 RR1AF64TF
BS 570 571 RR1A526JQ

RD RR1A685TF 527 0 0
GG
AGCCTCCTCAGCGTGTGAGCGAAGAAGCAGCGGAGAAAAAAATGGTTCAGCGTCTTGTAT
ACCGTTCGCGTCACAGCTACGCCACCAAATCTAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCCCAG
GTGGTAAATTGACATTCCAGACCACTAAGAAGCGTGCAAGTGGACCCAAATGTCCTGTCA
CCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTAGAT
TGTCTAGAAACAGGAGGACCGTGAACCGTGCTTATGGTGGTGTTTTATCTGCTTTGGCTG
TTAGAGAAAGAATCGTTCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAGAAGATTGTGAAGAAGGTTT
TGAAGCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTTGCTCCCAGGAGCTAGATTATCATATAAGCTT
CTTTTGGAAAAAAA*TGTTTAATGG*ATCTGTTCTAGCAA*TAGTACTCTGGTTGCAGAA
GTTTGAGAGAAATACTTTTTTTTTTTGTTATCCATTGAGTTTTGA

QA 3 527 3 527
DS 

RD RR1A526JQ 571 0 0
GGCAGCCTCCTCAGCGTGTGAGCGAAGAAGCAGCGGAGAAAAAAATGGTTCAGCGTCTTG
TATACCGTTCGCGTCACAGCTACGCCACCAAATCTAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCC
CAGGTGGTAAATTGACATTCCAGACAACTAAGAAGCGTGCAAGTGGACCCAAATGTCCTG
TCACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTA
GATTGTCTAGAAACAGGAGGACCGTGAACCGTGCTTATGGTGGTGTTTTATCTGCTTTGG
CTGTTAGAGAAAGAATCGTTCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAGAAGATTGTGAAGAAGG
TTTTGAAGCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTTGCTCCCAGGAGCTAGATTATCATATAAG
CTTCTTTTGGAAAAAAA*TGTTTAATGG*ATCTGTTCTAGCAAATAGTACTCTGGTTGCA
GAAGTTTGAGAGAAATACTTTTTTTTT**GTTATCCATTGAGTTTTGATTCTGTCGACAT
TTCTCAAATATTGCGTTTTGTTTTCTCGTTC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1AF64JQ 558 0 0
GG
GTGTGAGCGAAGAAGCAGCGGAGAAAAAAATGGTTCAGCGTCTTGTATACCGTTCGCGTC
ACAGCTACGCCACCAAATCTAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCCCAGGTGGTAAATTGA
CATTCCAGACCACTAAGAAGCGTGCAAGTGGACCCAAATGTCCTGTCACCGGCAAGCGTA
TTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTAGATTGTCTAGAAACA
GGAGGACCGTGAACCGTGCTTATGGTGGTGTTTTATCTGCTTTGGCTGTTAGAGAAAGAA
TCGTTCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAGAAGATTGTGAAGAAGGTTTTGAAGCTCCAAA
AGGCCAAGGAAAAGGTTGCTCCCAGGAGCTAGATTATCATATAAGCTTCTTTTGGAAAAA
AAATGTTTAATGGCATCTGTTCTAGCAA*TAGTACTCTGGTTGCAGAAGTTTGAGAGAAA
TACTTTTTTTTTC*GTTATCCATTGAGTTTTGATTCTGTCGACATTTCTCAAATATTGCG
TTTTGTTTTCTCGT
AC

QA 3 556 3 556
DS 

RD RR1AF64TF 558 0 0
GG
GTGTGAGCGAAGAAGCAGCGGAGAAAAAAATGGTTCAGCGTCTTGTATACCGTTCGCGTC
ACAGCTACGCCACCAAATCTAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCCCAGGTGGTAAATTGA
CATTCCAGACCACTAAGAAGCGTGCAAGTGGACCCAAATGTCCTGTCACCGGCAAGCGTA
TTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTAGATTGTCTAGAAACA
GGAGGACCGTGAACCGTGCTTATGGTGGTGTTTTATCTGCTTTGGCTGTTAGAGAAAGAA
TCGTTCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAGAAGATTGTGAAGAAGGTTTTGAAGCTCCAAA
AGGCCAAGGAAAAGGTTGCTCCCAGGAGCTAGATTATCATATAAGCTTCTTTTGGAAAAA
AAATGTTTAATGGCATCTGTTCTAGCAA*TAGTACTCTGGTTGCAGAAGTTTGAGAGAAA
TACTTTTTTTTTC*GTTATCCATTGAGTTTTGATTCTGTCGACATTTCTCAAATATTGCG
TTTTGTTTTCTCGT
AC

QA 3 556 3 556
DS 

RD RR1A526TF 571 0 0
GGC
AGCCTCCTCAGCGTGTGAGCGAAGAAGCAGCGGAGAAAAAAATGGTTCAGCGTCTTGTAT
ACCGTTCGCGTCACAGCTACGCCACCAAATCTAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCCCAG
GTGGTAAATTGACATTCCAGACAACTAAGAAGCGTGCAAGTGGACCCAAATGTCCTGTCA
CCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTAGAT
TGTCTAGAAACAGGAGGACCGTGAACCGTGCTTATGGTGGTGTTTTATCTGCTTTGGCTG
TTAGAGAAAGAATCGTTCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAGAAGATTGTGAAGAAGGTTT
TGAAGCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTTGCTCCCAGGAGCTAGATTATCATATAAGCTT
CTTTTGGAAAAAAA*TGTTTAATGG*ATCTGTTCTAGCAAATAGTACTCTGGTTGCAGAA
GTTTGAGAGAAATACTTTTTTTTT**GTTATCCATTGAGTTTTGATTCTGTCGACATTTC
TCAAATATTGCGTTTTGTTTTCTCGT
TC

QA 4 569 4 569
DS 



AS 1 4

CO CL1829Contig1 766 4 16 U
GGGTCTCCAAACCAATTCTTGATTCGCTTTCGAATCGATTCGTCACGAATCCAATCCCCT
GATTTCCTTTTTCTTCTTCTCCAGTTTTCGATCTCAATCTCTTTCTCGAGAGAAACAAAC
GATGGGAAGAGGCAAGTTCAAGGGGAAACCTACGGGCCAGCGTCGATTCTCAAGTGCAGC
TGATATACTTGCTGGCACTTCCGCCGCACGTCCTCGGTCATTCAAGCAGAAAGAAGCTGA
ATACGAAGAAGATGTCGAAGAGGAGTCTGAAGAGGAGTCTGAAGAGGAATCCGAAGATGA
ATCTGATGTGAAGAAGAAAGGACATGAAGCTCTGATTGAAGTTGATAACCCTAACAGAGC
CAAACCAAAGACTTTAAAAGCTAGGGACCTTGATGCTAGTAAAACCACTGAACTCTCAAG
GCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAAGTTGCAGGA
GCAAGGCAAAACCGAATAATCAAGAAAGGATTTGGATCGTCTGGCTCTGATTCGCCAACA
GAGAGAAGAAGCTGCCAAGAAGCGAGAAGAGGAAAAAGCAGCATGAGACGCCAAGAAAGT
AGATGCTCGCAAATGAGAGAAGTTTTCCCCTTAAAAAATAACGAAAGAAGAATACTCATC
GAGTTTTACTTTGTTCCTTTTTCGATTGGTAAACAGATCATAAAACATTTGCCTAATACT
CAGTACCGTGGGGATTCCATCTTAATACATTTGAAGTTAATAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP16TF U 1
AF RR1AY24TF U 6
AF RR1CI78TF U 23
AF RR1CI78JQ C 73
BS 1 496 RR1GP16TF
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BS 639 685 RR1GP16TF
BS 686 715 RR1AY24TF
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BS 737 757 RR1CI78TF
BS 758 766 RR1CI78JQ

RD RR1GP16TF 685 0 0
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GAGTTTTACTTTGTTCCTTTTTCGA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1AY24TF 721 0 0
GG
CAAACCAATTCTTGATTCGCTTTCGAATCGATTCGTCACGAATCCAATCCCCTGATTTCC
TTTTTCTTCTTCTCCAGTTTTCGATCTCAATCTCTTTCTCGAGAGAAACAAACGATGGGA
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CTTGCTGGCACTTCCGCCGCACGTCCTCGGTCATTCAAGCAGAAATAGGCTGAATACGAA
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GTGAAGAAGAAAGGACATGAAGCTCTGATTGAAGTTGATAACCCTAACAGAGCCAAACCA
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AGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAAGTTGCAGGAGCAAGGC
AAAACCGAACAATCAAGAAAGGATTTGAATCGTCTGGCTCTGATTCGCCAACAGAGAGAA
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ACTTTGTTCCTTTTTCGATTGGTAAACAGATCATAAAACATTTGCCTAGTACTCAGT
AC

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR1CI78TF 742 0 0
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AGTTTTCGATCTCAATCTCTTTCTCGAGAGAAACAAACGATGGGAAGAGGCAAGTTCAAG
GGGAAACCTACGGGCCAGCGTCGATTCTCAAGTGCAGCTGATATACTTGCTGGCACTTCC
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AGGGACCTTGATGCTAGTAAAACCACTGAACTCTCAAGGCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAG
AAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAAGTTGCAGGAGCAAGGCAAAACCGAATAATCA
AGAAAGGATTTGGATCGTCTGGCTCTGATTCGCCAACAGAGAGAAGAAGCTGCCAAGAAG
CGAGAAGAGGAAAAAGCAGCATGAGACGCCAAGAAAGTAGATGCTCGCAAATGAGAGAAG
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CGATTGGTAAACAGATCATAAA*CATTTGC*TAATACTCAGTACCGTGGGGAT*CCATCT
TAATACATTTGAAGT
ATAATCC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1CI78JQ 694 0 0
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CAAGTTCAAGGGGAAACCTACGGGCCAGCGTCGATTCTCAAGTGCAGCTGATATACTTGC
TGGCACTTCCGCCGCACGTCCTCGGTCATTCAAGCAGAAAGAAGCTGAATACGAAGAAGA
TGTCGAAGAGGAGTCTGAAGAGGAGTCTGAAGAGGAATCCGAAGATGAATCTGATGTGAA
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GGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAAGTTGCAGGAGCAAGGCAAAAC
CGAATAATCAAGAAAGGATTTGGATCGTCTGGCTCTGATTCGCCAACAGAGAGAAGAAGC
TGCCAAGAAGCGAGAAGAGGAAAAAGCAGCATGAGACGCCAAGAAAGTAGATGCTCGCAA
ATGAGAGAAGTTTTCCCCTTAAAAAATAACGAAAGAAGAATACTCATCGAGTTTTACTTT
GTTCCTTTTTCGATTGGTAAACAGATCATAAAACATTTGCCTAATACTCAGTACCGTGGG
GATTCCATCTTAATACATTTGAAGTTAATAATCC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 5

CO CL1830Contig1 563 5 4 U
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TCAGCCATGAGACACAGTGTTATGCTAGTGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTTTA
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AGCAATTATGAGGGAACATGCGGAAAAAATGGAATTAATGTATGTGTAGAGGGCGTAAAA
AAGATGATTGTAACAAATACTGGAGGAAAACCTTTGCCAAAAGGTTTTGGAGTACAATGT
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CGATATGATTGCTAAATTTTAAATAGCTATAGGAATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AGATCAATGTAATCGAGATTTTTTGGCGTATATCTGGCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTA
CTAATAATTTTCCGAGTTAGATTTGTTATGGGTCAAAATAAATATAAAGTTGATCTAATA
ATATCCAAATTCTAGTTACATCC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD60JQ C 1
AF RR1FI26TF U 2
AF RR1CD60TF U 1
AF RR1H006JQ C 37
AF RR1H006TF U 37
BS 1 1 RR1CD60JQ
BS 2 544 RR1FI26TF
BS 545 557 RR1CD60TF
BS 558 563 RR1H006JQ

RD RR1CD60JQ 557 0 0
GGGTATTTCATAGGAGTGTAAGACAAACAATAATTCTTTTTTTAAAGAATTTCCTCATTT
TCAGCCATGAGACACAGTGTTATGCTAGTGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTTTA
AATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAAACATTACCA
AGCAATTATGAGGGAACATGCGGAAAAAATGGAATTAATGTATGTGTAGAGGGCGTAAAA
AAGATGATTGTAACAAATACTGGAGGAAAACCTTTGCCAACAGGTTTTGGAGTACAATGT
ACCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGT
CGATATGATTGCTAAATTTTAAATAGCTATAGGAATAATCTCTTTACTAATAAAGACATG
AGATCAATGTAATCGAGATTTTTTGGCGTATATCTGGCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTA
CTAATAATTTTCCGAGTTAGATTTGTTATGGGTCAAAATAAATATAAAGTTGATCTAATA
ATATCCAAATTCTAGTT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1FI26TF 543 0 0
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ATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAAACATTACCAA
GCAATTATGAGGGAACATGCGGAAAAAATGGAATTAATGTATGTGTAGAGGGCGTAAAAA
AGATGATTGTAACAAATACTGGAGGAAAACCTTTGCCAAAAGGTTTTGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAATAGCTATAGGAATAATCTCTTTACTAATAAAGACATGA
GATCAATGTAATCGAGATTTTTTGGCGTATATCTGGCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTAC
TAATAATTTTCCGAGTTAGATTTGTTATGGGTCAAAATAAATATAAAGTTGATCTAATAA
TAT

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1CD60TF 557 0 0
G
GGTATTTCATAGGAGTGTAAGACAAACAATAATTCTTTTTTTAAAGAATTTCCTCATTTT
CAGCCATGAGACACAGTGTTATGCTAGTGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTTTAA
ATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAAACATTACCAA
GCAATTATGAGGGAACATGCGGAAAAAATGGAATTAATGTATGTGTAGAGGGCGTAAAAA
AGATGATTGTAACAAATACTGGAGGAAAACCTTTGCCAACAGGTTTTGGAGTACAATGTA
CCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTC
GATATGATTGCTAAATTTTAAATAGCTATAGGAATAATCTCTTTACTAATAAAGACATGA
GATCAATGTAATCGAGATTTTTTGGCGTATATCTGGCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTAC
TAATAATTTTCCGAGTTAGATTTGTTATGGGTCAAAATAAATATAAAGTTGATCTAATAA
TATCCAAATTCTAGTT

QA 2 557 2 557
DS 

RD RR1H006JQ 527 0 0
TTTTTTTAAAGAATTTCCTCATTTTCAGCCATGAGACACAGTGTTATGCTAGTGGTTTCT
TGTGTTCTCACATTTCTCATTTTAAATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAA
AAGCTTTTCTGCAAAACATTACCAAGCAATTATGAGGGAACATGCGGAAAAAATGGAATT
AATGTATGTGTAGAGGGCGTAAAAAAGATGATTGTAACAAATACTGGAGGAAAACCTTTG
CCAAAAGGTTTTGGAGTACAATGTACCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTAT
ATTCGCATGCATCAATGTGAATGTCGATATGATTGCTAAATTTTAAATAGCTATAGGAAT
AATCTCTTTACTAATAAAGACATGAGATCAATGTAATCGAGATTTTTTGGCGTATATCTG
GCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTACTAATAATTTTCCGAGTTAGATTTGTTATGGGTCAA
AATAAATATAAAGTTGATCTAATAATATCCAAATTCTAGTTACATCC

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1H006TF 527 0 0
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TGTGTTCTCACATTTCTCATTTTAAATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAA
AAGCTTTTCTGCAAAACATTACCAAGCAATTATGAGGGAACATGCGGAAAAAATGGAATT
AATGTATGTGTAGAGGGCGTAAAAAAGATGATTGTAACAAATACTGGAGGAAAACCTTTG
CCAAAAGGTTTTGGAGTACAATGTACCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTAT
ATTCGCATGCATCAATGTGAATGTCGATATGATTGCTAAATTTTAAATAGCTATAGGAAT
AATCTCTTTACTAATAAAGACATGAGATCAATGTAATCGAGATTTTTTGGCGTATATCTG
GCAGGAAAAACAGCTCATGTCTTACTAATAATTTTCCGAGTTAGATTTGTTATGGGTCAA
AATAAATATAAAGTTGATCTAATAATATCCAAATTCTAGTT
ACATCC

QA 1 521 1 521
DS 



AS 2 4

CO CL1831Contig1 668 2 19 U
AGGACTAAATGCTTTTATTAGGAAGAGAGAGTTTCGATGTCTAAGAACCAAGACAGATGT
TTCTGCATCATTCATGTACAGTTTAAACACACATCTTGATTAACTCAACGACAAACACAA
AAAGGAAACTAAAGACCCCATTCATTTTATTATTACCAGAGAGCCATTCTTTGAGCGCTG
TTTTGTTCCTAAGATGACGAAAGCATATCACCAGTCATCTTCTCTGCTTCTTCTCCACGC
TCACCTGTCCGAACCCTAATGACATCTGACACAGGAAAAACGAATATTTTGCCATCACCG
ATCTCTCCTGTCCTTGCTCCATCGATTATGGTGTTGATTACAGACTCCACTTGTTCTTTC
TTAACAACGATCTCCATCTTAACTTTAGCAACAAACTTGTCTTCAGAGAACTCAGACCCA
CCATGTCTCTCCTTGGATCCACCTTGTGCACCAAACCCTCGGACATCAGAAACCGTAACA
CCTCGAATCCCGATTTTCAATAAAGCCGATGAAACATGCTGGATCCTCCATGGCCTGACA
ATTGCTTCAACCTTGTAAAACTTCGAGTCTGGAATATAATCGTAAGAGCTTTGGGCTCTA
ACGAGATGGGAAACGCGAGTGCTGGTCGGTGGTTTTGCGACCAAACCGAGGGAAGACGGT
GGGGAATG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H487JQ U 3
AF RR1DA62JQ U 1
BS 1 30 RR1DA62JQ
BS 31 32 RR1H487JQ
BS 33 136 RR1DA62JQ
BS 137 137 RR1H487JQ
BS 138 206 RR1DA62JQ
BS 207 207 RR1H487JQ
BS 208 236 RR1DA62JQ
BS 237 237 RR1H487JQ
BS 238 323 RR1DA62JQ
BS 324 324 RR1H487JQ
BS 325 362 RR1DA62JQ
BS 363 363 RR1H487JQ
BS 364 377 RR1DA62JQ
BS 378 378 RR1H487JQ
BS 379 389 RR1DA62JQ
BS 390 390 RR1H487JQ
BS 391 484 RR1DA62JQ
BS 485 485 RR1H487JQ
BS 486 668 RR1DA62JQ

RD RR1H487JQ 559 0 0
GACTACATGCTTTTATTAGGAAGAGAGAGTTTCGATGTCTAAGAACCAAGACAGATGTTT
CTGCATCATTCATGTACAGTTTAAACACACATCTTGATTAACTCAACGACAAACACAAAA
AGGAAACTAAAGACCCCATTCATTTTATTATTACCAGAGAGCCATTCTTTGAGCTCTGTT
TTGTTCCTAAGATGACGAAAGCATATCACCAGTCATCTTCTCTGCTTCTTCTCCACGCTC
ACCTGTCCGAACCCTTATGACATCTGACACAGGCAAAACGAATATTTTGCCATCACCGAT
CTCTCCTGTCCTTGCTCCATCGATTATGGTGTTGATTACAGACTCCACTTGTTCTTTCTT
AACAACGATCTCCATCTTAACTTTAGCAACGAACTTGTCTTCAGAGAACTCAGACCCACC
ATGTCTCTCTTTGGATCCACCTTGTGCACCAAACCCTCGGACATCAGAAACCGTAACACC
TCGAATCCCGATTTTCAATAAAGCCGATGAAACATGCTGGATCCTCCATGGCCTGACAAT
TGCTTCAACCTTGTAAAAC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1DA62JQ 668 0 0
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TTCTGCATCATTCATGTACAGTTTAAACACACATCTTGATTAACTCAACGACAAACACAA
AAAGGAAACTAAAGACTCCATTCATTTTATTATTACCAGAGAGCCATTCTTTGAGCGCTG
TTTTGTTCCTAAGATGACGAAAGCATGTCACCAGTCATCTTCTCTGCTTCTTCTCCTCGC
TCACCTGTCCGAACCCTAATGACATCTGACACAGGAAAAACGAATATTTTGCCATCACCG
ATCTCTCCTGTCCTTGCTCCATCTATTATGGTGTTGATTACAGACTCCACTTGTTCTTTC
TTGACAACGATCTCCATTTTAACTTTAGCGACAAACTTGTCTTCAGAGAACTCAGACCCA
CCATGTCTCTCCTTGGATCCACCTTGTGCACCAAACCCTCGGACATCAGAAACCGTAACA
CCTCTAATCCCGATTTTCAATAAAGCCGATGAAACATGCTGGATCCTCCATGGCCTGACA
ATTGCTTCAACCTTGTAAAACTTCGAGTCTGGAATATAATCGTAAGAGCTTTGGGCTCTA
ACGAGATGGGAAACGCGAGTGCTGGTCGGTGGTTTTGCGACCAAACCGAGGGAAGACGGT
GGGGAATG

QA 1 668 1 668
DS 



CO CL1831Contig2 650 2 10 U
GGGCCGAAAAACTCTTCACACGTCTGTAACTTTTACTTCTCTCATCAATCATGGCCGCTT
CAATCGCGAAACCCATCCCCACTACTCCTCTACGTTTCCATTTCAATCCAAAGACCAACA
TTTCATTCTCCGATTGCATCTCGATTTCTTCTGGATTCCGACATTCCCCACCGTCTTCCC
TCGGTCTGGTCGCAAAACCACCGACCAACACTCGCGTTTCCCATCTCGTTAGAGCCCAAA
GCTCTTACGATTATATTCCAGACTCGAAGTTTTACAAGGTTGAAGCAATTGTCAGGCCAT
GGAGGATCCAGCATGTTTCATCGGCTTTATTGAAAATCGGGATTAGAGGTGTTACGGTTT
CTGATGTCCGAGGGTTTGGTGCACAAGGTGGATCCAAAGAGAGACATGGTGGGTCTGAGT
TCTCTGAAGACAAGTTCGTCGCTAAAGTTAAAATGGAGATCGTTGTCAAGAAAGAACAAG
TGGAGTCTGTAATCAACACCATAATAGATGGAGCAAGGACAGGAGAGATCGGTGATGGCA
AAATATTCGTTTTGCCTGTGTCAGATGTCATAAGGGTTCGGACAGGTGAGCGTGGAGAAG
AAGCAGAGAAGATGACTGGTGATATGCTTTCGTCATCTTAGGAACAAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA62TF U 1
AF RR1H487TF U 88
BS 1 185 RR1DA62TF
BS 186 186 RR1H487TF
BS 187 207 RR1DA62TF
BS 208 208 RR1H487TF
BS 209 397 RR1DA62TF
BS 398 398 RR1H487TF
BS 399 436 RR1DA62TF
BS 437 437 RR1H487TF
BS 438 550 RR1DA62TF
BS 551 650 RR1H487TF

RD RR1DA62TF 550 0 0
GGGCCGAAAAACTCTTCACACGTCTGTAACTTTTACTTCTCTCATCAATCATGGCCGCTT
CAATCGCGAAACCCATCCCCACTACTCCTCTACGTTTCCATTTCAATCCAAAGACCAACA
TTTCATTCTCCGATTGCATCTCGATTTCTTCTGGATTCCGACATTCCCCACCGTCTTCCC
TCGGTTTGGTCGCAAAACCACCGACCAGCACTCGCGTTTCCCATCTCGTTAGAGCCCAAA
GCTCTTACGATTATATTCCAGACTCGAAGTTTTACAAGGTTGAAGCAATTGTCAGGCCAT
GGAGGATCCAGCATGTTTCATCGGCTTTATTGAAAATCGGGATTAGAGGTGTTACGGTTT
CTGATGTCCGAGGGTTTGGTGCACAAGGTGGATCCAAGGAGAGACATGGTGGGTCTGAGT
TCTCTGAAGACAAGTTTGTCGCTAAAGTTAAAATGGAGATCGTTGTCAAGAAAGAACAAG
TGGAGTCTGTAATCAACACCATAATAGATGGAGCAAGGACAGGAGAGATCGGTGATGGCA
AAATATTCGT

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1H487TF 563 0 0
CTATC
CGTTTCCATTTCAATCCAAAGACCAACATTTCCTTCTCTGATTGCATCTCGATTTCTTCT
GGATTCCGACATTCCCCACCGTCTTCCCTCGGTCTGGTCGCAAAACCACCGACCAACACT
CGCGTTTCCCATCTCGTTAGAGCCGAAAGCTCTTGTGATTATATTCCAGACTCGAAGTTT
TACAAGGTTGAAGCAATTGTCAGGCCATGGAGGATCCAGCATGTTTCATCGGCTTTATTG
AAAATCGGGATTCGAGGTGTTACGGTTTCTGATGTCCGAGGGTTTGGTGCACAAGGTGGA
TCCAAAGAGAGACATGGTGGGTCTGAGTTCTCTGAAGACAAGTTCGTTGCTAAAGTTAAG
ATGGAGATCGTTGTTAAGAAAGAACAAGTGGAGTCTGTAATCAACACCATAATCGATGGA
GCAAGGACAGGAGAGATCGGTGATGGCAAAATATTCGTTTTGCCTGTGTCAGATGTCATA
AGGGTTCGGACAGGTGAGCGTGGAGAAGAAGCAGAGAAGATGACTGGTGATATGCTTTCG
TCATCTTAGGAACAAAAC

QA 6 563 6 563
DS 



AS 1 4

CO CL1832Contig1 1067 4 17 U
GGATTCTCCTCTCTATTATTCTCTAAATCAGAAAAGGTTTCCAAGGAAGAGAGAAACGTA
GAGAGAAATGTCGGTGACATCCACGGTGGAGGAGAACCACCGTAAAAAGCCTTATTCGTC
GGAGAAAGAGGCGGAGAAGAGGAGACAGAGATGGGTGTTTTGGGGGAGAAAGTGGAGGAG
ATTGGATTACGTCAAACTAACAGCTTCACTGTTTGTGCATTCAATGGCTCTCTTGGCGCC
GTTTTATTTCAGCTGGTCGGCTCTTTGGGTAACGTTTTTGTTCTATACGATTGGTGGTCT
TGGTATTACGGTGTCGTATCACCGGAACTTGGCTCACCGGAGTTTCAAAGTCCCTAAATG
GCTCGAGTATCTCTTAGCCTATTGTGCCCTTCTCGCCATTCAGGGAGATCCGATCGATTG
GGTGAGTACTCATCGATATCATCACCAGTTTACAGATTCAGAAAGAGATCCACATAGTCC
TAAAGAAGGCTTTTGGTTTAGTCATCTTCTATGGATTTATGATTCTGCATATCTTGTTTC
AAAGTGTGGAAGAAGAACAAACGTGGAGGATTTGAAGAAGCAATGGTTCTATAGGTTCCT
TCAAAAAACGGTGATGTTTCATATTCTAGGACTTGGTCTCATTCTCTACTATCTTGGTGG
CATGTCCTTCGTTACTTGGGGAATGGGTGTAGGAGCAGCATTGGAGGTGCACGTGACTTG
CTTCATCAACTCCATCTGCCACATTTGGGGCACTCGGACATGGAAAACCAATGACACTTC
TCGTAATGTTTGGTGGCTATCTGTGTTTTCATTTGGAGAAAGTTGGCACAACAATCACCA
TGCGTTCGAGTCGTCGGCGAGGCAAGGAGTTGAATGGTGGCAAATAGACATCTCTTGGTA
CATTGTTCGGTCACTTGAGATTGTTGGGTTAGCATATGATGTGAAACTCCCGACGGAATC
TCAAAGACGTAGGATGGCTATTGTCCGTTGAAGAAAAGAAGGATTTATTCTATGTAAAAT
TAGAATATCTAGTCCTAGAAAAGAGTTTATTGTTTTACTTTTTAAGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN32TF U 1
AF RR1A037TF U 1
AF RR1CI18TF U 1
AF RR1CI18JQ C 564
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QA 1 538 1 538
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QA 1 504 1 504
DS 



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TAGAATCATTGTTTACACT


BQ
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20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AS96TF U 3
AF RR1G738TF U 1
AF RR1G894TF U 1
AF RR1EU14JQ C 63
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RD RR1AS96TF 538 0 0
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QA 1 538 1 538
DS 

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CATCAGTTTGCTGCCACAGTCAGGAGTTGCAAACCTCCTGAAGTTTACAAGGGAAAAGGC
ATCATATACATCGACGAAGTCGTCAAGAAGAAGGTTGGAAAGAAGTCGAAATAATCTTTC
TTTTTCTTTCTCTATGCTTCTTTTGCATTTTGGTTTGCGGAGAACTTGGGTGTTAAGACT
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QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1G894TF 552 0 0
GC
GGGATCCGCCGGCGAACAACAAGCACCGTCACATTAGTCCTCTTTTCATTTCGCTGGTAA
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CATATACATCGACGAAGTCGTCAAGAAGAAGGTTGGAAAGAAGTCGAAATAATCTTTCTT
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GTCAGTTTTT

QA 3 552 3 552
DS 

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TTT
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ATACCTTAAGCTGGGTTACAGTCACGAAGTCGAACTCGCGGTTCCTCCGGCTGTTCGTGT
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CTTTCTCTATGCTTCTTTTGCATTTTGGTTT*CGGAGAACTTGGGTGTTAAGACTTGGGA
TTTGCTTGTTATAATAAGTTTTTTACTCTGATGTATGAAACATCATTTTGAGGTTAAGTC
AGTTTTTATCAAACAAGATTAGAAGATTTTGTCTTGAAACTTTGATGTATGTTTTTAGAA
TCATTGTTTACACT

QA 4 557 4 557
DS 



AS 1 4

CO CL1834Contig1 1459 4 13 U
GGAAAGGACCAAGAACCAAGAATATACTCTCTCTTTGTTCCCCATGATCATCGTCGATGT
TAGTCATTTTATAATCAGAATTCATCCTTTCTCAATTCTTGAATCTGATTTTTGAAAAAG
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BQ
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G

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G
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CTTTAGATTGCATGCTATTGATCTCCCGTAGAAACAAATAAATATAC

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DS 



AS 1 5

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TGGGGTTTAGAAATAAACTACGCTTGTTTGAATCTTTCAATTCGATGTATTCTTGATTTT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1GH31TF U 19
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AF RR1E048JQ C 676
AF RR1E048TF U 676
AF RR1GI09JQ C 821
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BS 105 105 RR1GH31TF
BS 106 108 RR1GI09TF
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BS 414 414 RR1GH31TF
BS 415 490 RR1GI09TF
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BS 492 784 RR1GI09TF
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BS 799 1172 RR1E048TF
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DS 

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TGGGAGGGAGGAGGTTGATGAAGTTCGAGGAGTTGCCTGGGTATCTGCAGGATAACGAGT
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CTTGGCATAACGAGACTCTCAACATCTGGACGCACTTGATTGGGTTTATGATATTTATGT
GGATGATGGTGTTGAGCTCCTTAGAGACGACGGAGCTTAGCCTTGCAGGACTCTTCAACG
GCATGTCCGGAGCGTGGACTCGCCTCTCCAGCAATCACACTCTGCTTCGTCATGATTCCA
ACGTGACAGAGCACATCCCACTTCTCAACTCTCGAGAAGTAAACCACCAAAACCACCAAG
AAGCTGTTCCGAAATGGCCATGGCTCTTGTACTTAGCCGGAGCAATGGGTTGCCTAATCT
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GTTTGGACTACGCAGAATCTCACTGATGATCGTTTCCTCTTTCTTCGCGCCTATCTACTA
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TCTC*TCGCTATCATCAC

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DS 

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G
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CTTGCGATGGGATTCTGTAGCGTGGTACCAGCTTCACATGTGCTTTGCCTTTACTGGGGC
CACCCTAACGTGTTATTCGCTCTAGCTTGCGAGCTTGCCACTGGTCTGTCTTATGCTGTG
GGAGCAGTGTTTTATGTTAGCCGTGTGCCTGAGAGATGGAAGCCTGGAGCGTTTGACATT
GCCGGGCACAGCCATCAGATATTCCATGTGTTTGTTGTTTTGGGAGCTCTTGTTCATTGT
GTTGCCACTCTTGTCATTGTGGATTTTCGACGAGCGTCTCCTTGTGGGGTTTAGAAATAA
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GC

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G
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CCTAACTTCCGTTTCATCTACCTTTCTTCAATCTCAATCCTCGGTCTCCTCGCTATCATC
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CACCCTAACGTGTTATTCGCTCTAGCTTGCGAGCTTGCCACTGGTCTGTCTTATGCTGTG
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GCCGGGCACAGCCATCAGATATTCCATGTGTTTGTTGTTTTGGGAGCTCTTGTTCATTGT
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ACTACGCTTGTTTGAA
GC

QA 2 497 2 497
DS 

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GCTTGCGAGCTTGCCACTGGTCTGTCTTATGCTGTGGGAGCAGTGTTTTATGTTAGCCGT
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CATGTGTTTGTTGTTTTGGGAGCTCTTGTTCATTGTGTTGCCACTCTTGTCATTGTGGAT
TTTCGACGAGCGTCTCCTTGTGGGGTTTAGAAATAAACTACGCTTGTTTGAATCTTTCAA
TTCGATGTATTCTTGATTTTGATATTTGAAATTGAAACTAAGCTTGTAGGTTTTAGGGAC
CTTATCATTGGATTCCTCTGTTTCTCTCAAACTTCGTTTACCAAGGAAAAAAAACACTAT
AAAACTTCG

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 5

CO CL1836Contig1 1029 5 23 U
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TCGATGTAGTAAAGCCCGAACCTAGCCTTGTAACCATCTTGCCACTCAAAGTTGTCCATC
AAAGACCACACGTAGTATCCAGTAACTTTAACCTTGTCGTCGCATATGGCTTCATGCAAA
CTCAAAAGATGCCTCTGGAGATAATATTTCCTGTTGTGATCATTTGTTCCAACTGCGACG
TCATTGTGTAAGTCTCCAAGATCCTCTCCATATCCATTCTCAGTAATCATAATTTCTGGG
TCTCCATAGTTGTCCTTGATATACTTCAAAAGCTTCCTCATTCCTCTTGAATACACATCC
AGTTTCCCACCGGCAGGCTTGCTACCAATCTTGTATCCATCCACAGTCTTACTTTCCCAC
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CCAAACAATGATGTATAATAATTCATTCCGACAAAATCTGCAGAGTTCTTTAGGATTCTC
TTTTCAGCTTCAGTGAACTTTGGCAATCTATGACCAATGCGATCCTTCATCGACTGTGGA
TAGTCTCCGTAAGTTGCTGGATGCAAATGCCATCCCAGGATGAAATCAAGCACACGTTCA
ATGGGAGCTCCAATACTCTCAAGGTCGGCTGGTTCAAACCAAGCTGGACTGTGTGCAATT
CCTATTTTACCCCCAGCGCACTGTTCGCATGCTCTGAAGGCTTCAACGGAATGAGCATGA
GCTAAGAGC


BQ
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25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B888JQ U 226
AF RR1FW59JQ U 4
AF RR1DZ73JQ U 1
AF RR1FW59TF C 326
AF RR1B888TF C 331
BS 1 41 RR1DZ73JQ
BS 42 42 RR1FW59JQ
BS 43 67 RR1DZ73JQ
BS 68 68 RR1FW59JQ
BS 69 76 RR1DZ73JQ
BS 77 77 RR1FW59JQ
BS 78 91 RR1DZ73JQ
BS 92 92 RR1FW59JQ
BS 93 116 RR1DZ73JQ
BS 117 117 RR1FW59JQ
BS 118 137 RR1DZ73JQ
BS 138 138 RR1FW59JQ
BS 139 167 RR1DZ73JQ
BS 168 168 RR1FW59JQ
BS 169 197 RR1DZ73JQ
BS 198 198 RR1FW59JQ
BS 199 497 RR1DZ73JQ
BS 498 498 RR1FW59TF
BS 499 549 RR1DZ73JQ
BS 550 550 RR1FW59TF
BS 551 663 RR1DZ73JQ
BS 664 876 RR1FW59TF
BS 877 1029 RR1B888TF

RD RR1B888JQ 226 0 0
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AAATTGTTTTGGAAATCGATGTAGTAAAGCCCGAACCTAGCCTTGTAACCATCTTGCCAC
TCAAAGTTGTCCATCAAAGACCACACGTAGTATCCAGTAACTTTAACCTTGTCGTCGCAT
ATGGCTTCATGCAAACTCAAAAGATGCCTCTGGAGATAATATTTCC

QA 1 226 1 226
DS 

RD RR1FW59JQ 423 0 0
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GAAAAAAAACATAAATAAAAACGATAAAAATGATCCATAATACACACAAAACAAATAGTA
ATCCTCAATAACAAAACCCTTGCAATACGTTAACTTATTCTTCAAAGGATTCAGGATTTG
GATTCTTGATCTTAAAGTTCTTCCCTCAATATCTTGGATGTTGGAAATCCCGGCTTAAAA
AAATCAGCATACCATTTGCCGGAAACTTTCTGATGACGGGTCAAATTGTTTTGGAAATCG
ATGTAATAAAGCCCGAACCTAGCCTTGTAACCATCTTGCCACTCAAAGTTGTCCATCAAA
AACCACACGTAGTATCCAGTAACTTTAACCTTGTCGTCCCATATGGCTTCATGCAAACTC
AAA

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR1DZ73JQ 663 0 0
GCTGACGTAAACAACATCTTATTAATACGATGACTACTACAGAACCTCAAGTCTGGCTAA
CATGAAAGAAAACATAGATAAAAACGATAAAGATGATCCATAATACACACAAAACAGATA
GTAATCCTCAATAACAAGACCCTTGCAATACGTTAACTTATTCTTCAGAGGATTCAGGAT
TTGGATTCTTGATCTTAGAGTTCTTCCCTCAATATCTTGGATGTTGGAAATCCCGGCTTA
AGAAAATCAGCATACCATTTGCCGGAAACTTTCTGATGACGGGTCAAATTGTTTTGGAAA
TCGATGTAGTAAAGCCCGAACCTAGCCTTGTAACCATCTTGCCACTCAAAGTTGTCCATC
AAAGACCACACGTAGTATCCAGTAACTTTAACCTTGTCGTCGCATATGGCTTCATGCAAA
CTCAAAAGATGCCTCTGGAGATAATATTTCCTGTTGTGATCATTTGTTCCAACTGCGACG
TCATTGTGTAAGTCTCCGAGATCCTCTCCATATCCATTCTCAGTAATCATAATTTCTGGG
TCTCCATAGCTGTCCTTGATATACTTCAAAAGCTTCCTCATTCCTCTTGAATACACATCC
AGTTTCCCACCGGCAGGCTTGCTACCAATCTTGTATCCATCCACAGTCTTACTTTCCCAC
TGA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1FW59TF 551 0 0
CCTTGTAACCATCTTGCCACTCAAAGTTGTCCATCAAAGACCACACGTAGTATCCAGTAA
CTTTAACCTTGTCGTCGCATATGGCTTCATGCAAACTCAAAAGATGCCTCTGGAGATAAT
ATTTCCTGTTGTGATCATTTGTTCCAACTGCGACGTCCTTGTGTAAGTCTCCAAGATCCT
CTCCATATCCATTCTCAGTAATCATAATTTCTGGGTCTCCATAGTTGTCCTTGATATACT
TCAAAAGCTTCCTCATTCCTCTTGAATACACATCCAGTTTCCCACCGGCAGGCTTGCTAC
CAATCTTGTATCCATCCACAGTCTTACTTTCCCACTGAACAAGGGAGTCGGTCGTCCAAC
TCGGGTTCTTGGAATCACCTGTCTTCATATTAGCACCAAACAATGATGTATAATAATTCA
TTCCGACAAAATCTGCAGAGTTCTTTAGGATTCTCTTTTCAGCTTCAGTGAACTTTGGCA
ATCTATGACCAATGCGATCCTTCATCGACTGTGGATAGTCTCCGTAAGTTGCTGGATGCA
AATGCCATCCC

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1B888TF 699 0 0
TAACCATCTTGCCACTCAAAGTTGTCCATCAAAGACCACACGTAGTATCCAGTAACTTTA
ACCT*GTCGTCGCATATGGCTTCATGCAAACTCAAAAGATGCCTCTGGAGATAATATTTC
CTGTTGTGATCATTTGTTCCAACTGCGACGTCATTGTGTAAGTCTCCAAGATCCTCTCCA
TATCCATTCTCAGTAATCATAATTTCTGGGTCTCCATAGTTGTCCTTGATATACTTCAAA
AGCTTCCTCATTCCTCTTGAATACACATCCAGTTTCCCACCGGCAGGCTTGCTACCAATC
TTGTATCCATCCACAGTCTTACCTTCCCACTGAACAAGGGAGTCGGTCGTCCAACTCGGG
TTCTTGGAATCACCTGTCTTCATATTAGCACCAAACAATGATGTATAATAATTCATTCCG
ACAAAATCTGCAGAGTTCTTTAGGATTCTCTTTTCAGCTTCAGTGAACTTTGGCAATCTA
TGACCAATGCGATCCTTCATCGACTGTGGATAGTCTCCGTAAGTTGTTGGATGCAAATGC
CATCCCAGGATGAAATCAAGCACACGTTCAATGGGAGCTCCAATACTCTCAAGGTCGGCT
GGTTCAAACCAAGCTGGACTGTGTGCAATTCCTATTTTACCCCCAGCGCACTGTTCGCAT
GCTCTGAAGGCTTCAACGGAATGAGCATGAGCTAAGAGC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL1837Contig1 528 2 2 U
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GTTCACGGCAGAGCAGCTTAGCCAATACAACGGGACCGACTCATCGAAGCCGATCTACGT
GGCGATCAAGGGCCGAGTATTCGACGTCACCACCGGCAAATCCTTCTACGGTCCCGGAGG
CGATTACGCTTTATTCGCGGGAAAAGACGCGAGCAGAGCCCTGGGGAAGATGAGCAAGAA
CGAAGAAGACGTATCTCCTTCTCTCGAAGGTCTCACCGAGAAGGAGATGAGCACTCTTAA
TGATTGGGAGACGAAGTTTGAGGCTAAGTATCCCGTCGTTGGCCGCGTTGTCTCCTAAGG
TCAATCAGATCGTTACGATCTCTCTGGTTTGTAACTAATGGTGTGTGAGGATCTGTGTGT
TTGTGTGTTTCGTGTTTGATCTGATCGTTTGATGACGATTCGAAATATAATAATGTAATA
AATTGGTGTTTGTATTACTCACTCATGTCAGATTTGAGATTGCTCGCT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E992JQ C 1
AF RR1E992TF U 1
BS 1 2 RR1E992JQ
BS 3 528 RR1E992TF

RD RR1E992JQ 528 0 0
GGATCTTATCATTTCGATCTTTCCAGAAAAATTCGATTCCGAGAGCGAGAAAAAAATGGA
GTTCACGGCAGAGCAGCTTAGCCAATACAACGGGACCGACTCATCGAAGCCGATCTACGT
GGCGATCAAGGGCCGAGTATTCGACGTCACCACCGGCAAATCCTTCTACGGTCCCGGAGG
CGATTACGCTTTATTCGCGGGAAAAGACGCGAGCAGAGCCCTGGGGAAGATGAGCAAGAA
CGAAGAAGACGTATCTCCTTCTCTCGAAGGTCTCACCGAGAAGGAGATGAGCACTCTTAA
TGATTGGGAGACGAAGTTTGAGGCTAAGTATCCCGTCGTTGGCCGCGTTGTCTCCTAAGG
TCAATCAGATCGTTACGATCTCTCTGGTTTGTAACTAATGGTGTGTGAGGATCTGTGTGT
TTGTGTGTTTCGTGTTTGATCTGATCGTTTGATGACGATTCGAAATATAATAATGTAATA
AATTGGTGTTTGTATTACTCACTCATGTCAGATTTGAGATTGCTCGCT

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1E992TF 528 0 0
GG
ATCTTATCATTTCGATCTTTCCAGAAAAATTCGATTCCGAGAGCGAGAAAAAAATGGAGT
TCACGGCAGAGCAGCTTAGCCAATACAACGGGACCGACTCATCGAAGCCGATCTACGTGG
CGATCAAGGGCCGAGTATTCGACGTCACCACCGGCAAATCCTTCTACGGTCCCGGAGGCG
ATTACGCTTTATTCGCGGGAAAAGACGCGAGCAGAGCCCTGGGGAAGATGAGCAAGAACG
AAGAAGACGTATCTCCTTCTCTCGAAGGTCTCACCGAGAAGGAGATGAGCACTCTTAATG
ATTGGGAGACGAAGTTTGAGGCTAAGTATCCCGTCGTTGGCCGCGTTGTCTCCTAAGGTC
AATCAGATCGTTACGATCTCTCTGGTTTGTAACTAATGGTGTGTGAGGATCTGTGTGTTT
GTGTGTTTCGTGTTTGATCTGATCGTTTGATGACGATTCGAAATATAATAATGTAATAAA
TTGGTGTTTGTATTACTCACTCATGTCAGATTTGAGATTGCTCGCT

QA 3 528 3 528
DS 



AS 1 5

CO CL1838Contig1 571 5 3 U
GGAATTTTGGTCTTTCAAGAGAAACTAAAAACAAAAAAAGGAAAAATCCCTTTTCCGTCC
CAAGCAAATCAAACCTAGGTAGAGATGATCAGCATTCTCGCTCAGGAGCGTCTTCTCGGC
TTCACGCTAGGTAGCGCCTTGACCGGATTCATCGTTCTGGAGCAGCGAAAACTGATCCAT
GAATCCGTCGCCGATCGTAAATCTCAATCCGTGGATCAATCTCAGGTGAGAGAAGGGATA
TTCGGGAAGAAATATCGGATGGAGTTTGCGTCTCTGTGGAACAAAGCTGTGGACCAGACC
TTTGAACCTGCCATTCAATTCCTTAGTTCTCGTAAATGGTAGAGACTGGATGTATGGATA
CTTTTGCTCAATCCTGGCCTTGTTTCTCTACTTATTGTTGCTTATTTTTACAATTGTATG
ATGATGTTACCTTGAATACGCACTAGTATTCCTGTTTTGCTCTTTACTTTTCTTTGAGCA
CAGTGTTGTTGTGTTTACTGAGAATGTCCTTTGCTCTTTTGGTTTATTATTCGCTCTTCC
GCTTGATGATTGAGAGATGCTGTGACCTTTC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DN11JQ C 1
AF RR1DN11TF U 1
AF RR1DC27TF U 1
AF RR1GW91TF U 1
AF RR1DC27JQ C 108
BS 1 77 RR1DC27TF
BS 78 81 RR1DN11TF
BS 82 571 RR1DC27TF

RD RR1DN11JQ 525 0 0
GGAATTTTGGTCTTTCAAGAGAAACTAAAAACAAAAAAAGGAAAAATCCCTTTTCCGTCC
CAAGCAAATCAAACCTAGGTAGAGATGATCAGCATTCTCGCTCAGGAGCGTCTTCTCGGC
TTCACGCTAGGTAGCGCCTTGACCGGATTCATCGTTCTGGAGCAGCGAAAACTGATCCAT
GAATCCGTCGCCGATCGTAAATCTCAATCCGTGGATCAATCTCAGGTGAGAGAAGGGATA
TTCGGGAAGAAATATCGGATGGAGTTTGCGTCTCTGTGGAACAAAGCTGTGGACCAGACC
TTTGAACCTGCCATTCAATTCCTTAGTTCTCGTAAATGGTAGAGACTGGATGTATGGATA
CTTTTGTTCAATCCTGGCCTTGTTTCTCTACTTATTGTTGCTTATTTTTACAATTGTATG
ATGATGTTACCTTGAATACGCACTAGTATTCCTGTTTTGCTCTTTACTTTTCTTTGAGCA
CAGTGTTGTTGTGTTTACTGAGAATGTCCTTTGCTCTTTTGGTT
C

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1DN11TF 525 0 0
GGAATTTTGGTCTTTCAAGAGAAACTAAAAACAAAAAAAGGAAAAATCCCTTTTCCGTCC
CAAGCAAATCAAACCTAGGTAGAGATGATCAGCATTCTCGCTCAGGAGCGTCTTCTCGGC
TTCACGCTAGGTAGCGCCTTGACCGGATTCATCGTTCTGGAGCAGCGAAAACTGATCCAT
GAATCCGTCGCCGATCGTAAATCTCAATCCGTGGATCAATCTCAGGTGAGAGAAGGGATA
TTCGGGAAGAAATATCGGATGGAGTTTGCGTCTCTGTGGAACAAAGCTGTGGACCAGACC
TTTGAACCTGCCATTCAATTCCTTAGTTCTCGTAAATGGTAGAGACTGGATGTATGGATA
CTTTTGTTCAATCCTGGCCTTGTTTCTCTACTTATTGTTGCTTATTTTTACAATTGTATG
ATGATGTTACCTTGAATACGCACTAGTATTCCTGTTTTGCTCTTTACTTTTCTTTGAGCA
CAGTGTTGTTGTGTTTACTGAGAATGTCCTTTGCTCTTTTGGTT
C

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1DC27TF 571 0 0
GGAATTTTGGTCTTTCAAGAGAAACTAAAAACAAAAAAAGGAAAAATCCCTTTTCCGTCC
CAAGCAAATCAAACCTA****GAGATGATCAGCATTCTCGCTCAGGAGCGTCTTCTCGGC
TTCACGCTAGGTAGCGCCTTGACCGGATTCATCGTTCTGGAGCAGCGAAAACTGATCCAT
GAATCCGTCGCCGATCGTAAATCTCAATCCGTGGATCAATCTCAGGTGAGAGAAGGGATA
TTCGGGAAGAAATATCGGATGGAGTTTGCGTCTCTGTGGAACAAAGCTGTGGACCAGACC
TTTGAACCTGCCATTCAATTCCTTAGTTCTCGTAAATGGTAGAGACTGGATGTATGGATA
CTTTTGCTCAATCCTGGCCTTGTTTCTCTACTTATTGTTGCTTATTTTTACAATTGTATG
ATGATGTTACCTTGAATACGCACTAGTATTCCTGTTTTGCTCTTTACTTTTCTTTGAGCA
CAGTGTTGTTGTGTTTACTGAGAATGTCCTTTGCTCTTTTGGTTTATTATTCGCTCTTCC
GCTTGATGATTGAGAGATGCTGTGACCTTTC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1GW91TF 552 0 0
GGAATTTTGGTCTTTCAAGAGAAACTAAAAACAAAAAAAGGAAAAATCCCTTTTCCGTCC
CAAGCAAATCAAACCTAGGTAGAGATGATCAGCATTCTCGCTCAGGAGCGTCTTCTCGGC
TTCACGCTAGGTAGCGCCTTGACCGGATTCATCGTTCTGGAGCAGCGAAAACTGATCCAT
GAATCCGTCGCCGATCGTAAATCTCAATCCGTGGATCAATCTCAGGTGAGAGAAGGGATA
TTCGGGAAGAAATATCGGATGGAGTTTGCGTCTCTGTGGAACAAAGCTGTGGACCAGACC
TTTGAACCTGCCATTCAATTCCTTAGTTCTCGTAAATGGTAGAGACTGGATGTATGGATA
CTTTTGCTCAATCCTGGCCTTGTTTCTCTACTTATTGTTGCTTATTTTTACAATTGTATG
ATGATGTTACCTTGAATACGCACTAGTATTCCTGTTTTGCTCTTTACTTTTCTTTGAGCA
CAGTGTTGTTGTGTTTACTGAGAATGTCCTTTGCTCTTTTGGTTTATTATTCGCTCTTCC
GCTTGATGATTG

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1DC27JQ 464 0 0
GCGTCTTCTCGGCTTCACGCTAGGTAGCGCCTTGACCGGATTCATCGTTCTGGAGCAGCG
AAAACTGATCCATGAATCCGTCGCCGATCGTAAATCTCAATCCGTGGATCAATCTCAGGT
GAGAGAAGGGATATTCGGGAAGAAATATCGGATGGAGTTTGCGTCTCTGTGGAACAAAGC
TGTGGACCAGACCTTTGAACCTGCCATTCAATTCCTTAGTTTTCGTAAATGGTAGAGACT
GGATGTATGGATACTTTTGCTCAATCCTGGCCTTGTTTCTCTACTTATTGTTGCTTATTT
TTACAATTGTATGATGATGTTACCTTGAATACGCACTAGTATTCCTGTTTTGCTCTTTAC
TTTTCTTTGAGCACAGTGTTGTTGTGTTTACTGAGAATGTCCTTTGCTCTTTTGGTTTAT
TATTCGCTCTTCCGCTTGATGATTGAGAGATGCTGTGACCTTTC

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL1839Contig1 951 2 6 U
GGCAAAACGTATAGATGCTTTCGGTCATTGATAATATGGAAAACCACACATTACTATATG
TATAAATACAAAACATCCCAGAGTATAGATCTTCTTATAAATTATTACATAACATAGAAA
GCATATCTAGTAGGCTAGTAGCTGAACCAAACAACATGGGTCTCAGGGAGGAAGTGGCAG
ACCGGAACACTCCCAGGCTTCACCTTAAGGACTTTAAAGGCCAAGTGGTTTGGGTTCCAC
GCTGAGGTGTTCTTGTGGCATACCGCAACCGCTTTAGCCCGCAACCCGTTCTCTCCTTCG
AGTGGAACCGCGTAAACGCTCGTCATCATCGCTTTGTGGCAGTAGAAAACCGCGAATGGG
TACTTCTGTTTGTGACACACCACTGACTTGTCGTCTGATAACCTCTTTACCCCACCAGCT
GCGATTCTGTACTTTTGCATCGGTGCATTCTTCTCAGCCACCTCAGTGGAGACAGCACGG
ACGTGATCTTTGCCAAGTTTAGAAACGCTAAAATCAACCATAGACTCCAAAGACGTAGCA
CAATACTTCTCCTCTCCACCGACTCTTTTCGCTTCACACTCCTCAATCGTTTTCTTCATC
ATCTCAGCTTCTTCCGAACCAGGTTTCACCGAGAACGTGTTCAAGATCTCCGAGAACTTC
TCAGACCCGAACGGCACCGTTTCAGCCTCTCCACGTGGCAAGAACGCAGTTTTGCCCCCC
GGCCATAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTGCTGTGTTTTTAATAAACAGTCGCAGCGGCC
TGGTATCTTCGACCGGCGTGGGCTTACGCAGCAAGTGCTTCACCCTCACCGGCGCACCTT
CTCCCGAAGTTACGGTGCCATTTTGCCTAGTTCCTTCACCCGAGTTCTCTCAAGCGCCTT
GGTATTCTCTACCCAACCACCTGTGTCGGTTTGGGGTACGGTTCCTGGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS51JQ U 1
AF RR1B816TF C 283
BS 1 402 RR1DS51JQ
BS 403 403 RR1B816TF
BS 404 707 RR1DS51JQ
BS 708 708 RR1B816TF
BS 709 712 RR1DS51JQ
BS 713 951 RR1B816TF

RD RR1DS51JQ 715 0 0
GGCAAAACGTATAGATGCTTTCGGTCATTGATAATATGGAAAACCACACATTACTATATG
TATAAATACAAAACATCCCAGAGTATAGATCTTCTTATAAATTATTACATAACATAGAAA
GCATATCTAGTAGGCTAGTAGCTGAACCAAACAACATGGGTCTCAGGGAGGAAGTGGCAG
ACCGGAACACTCCCAGGCTTCACCTTAAGGACTTTAAAGGCCAAGTGGTTTGGGTTCCAC
GCTGAGGTGTTCTTGTGGCATACCGCAACCGCTTTAGCCCGCAACCCGTTCTCTCCTTCG
AGTGGAACCGCGTAAACGCTCGTCATCATCGCTTTGTGGCAGTAGAAAACCGCGAATGGG
TACTTCTGTTTGTGACACACCACTGACTTGTCGTCTGATAACTTCTTTACCCCACCAGCT
GCGATTCTGTACTTTTGCATCGGTGCATTCTTCTCAGCCACCTCAGTGGAGACAGCACGG
ACGTGATCTTTGCCAAGTTTAGAAACGCTAAAATCAACCATAGACTCCAAAGACGTAGCA
CAATACTTCTCCTCTCCACCGACTCTTTTCGCTTCACACTCCTCAATCGTTTTCTTCATC
ATCTCAGCTTCTTCCGAACCAGGTTTCACCGAGAACGTGTTCAAGATCTCCGAGAACTTC
TCAGACCCGAACGGCACCGTTTCAGCCTCTCCACGTGGCAAGAACGCGGTTT
TGC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1B816TF 669 0 0
AACCCGTTCTCTCTTTCGAGTGGAACCGCGTAAACGCTCGTCATCATCGCTTTGTGGCAG
TAGAAAACCGCGAATGGGTACTTCTGTTTGTGACACACCACTGACTTGTCGTCTGATAAC
CTCTTTACCCCACCAGCTGCGATTCTGTACTTTTGCATCGGTGCATTCTTCTCAGCCACC
TCAGTGGAGACAGCACGGACGTGATCTTTGCCAAGTTTAGAAACGCTAAAATCAACCATA
GACTCCAAAGACGTAGCACAATACTTCTCCTCTCCACCGACTCTTTTCGCTTCACACTCC
TCAATCGTTTTCTTCATCATCTCAGCTTCTTCCGAACCAGGTTTCACTGAGAACGTGTTC
AAGATCTCCGAGAACTTCTCAGACCC*AACGGCACCGTTTCCGCCTCTCCACGTGGCAAG
AACGCAGTTTTGCCCCCCGGCCATAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTGCTGTGTTTTTAA
TAAACAGTCGCAGCGGCCTGGTATCTTCGACCGGCGTGGGCTTACGCAGCAAGTGCTTCA
CCCTCACCGGCGCACCTTCTCCCGAAGTTACGGTGCCATTTTGCCTAGTTCCTTCACCCG
AGTTCTCTCAAGCGCCTTGGTATTCTCTACCCAACCACCTGTGTCGGTTTGGGGTACGGT
TCCTGGTTC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 4

CO CL1840Contig1 988 4 6 U
AGGGGAGCCATCTCTTCTTTGCTTATTCATCTCTTCATTTGTGTGTTTGCTTGGAGTCAG
AGAAATACAAGAAATGGCCACATCAGCAATCCAACACTCCTCTTCTGCCGGCCAAACGGC
CCTGAAGTCCTCCAACGATCTCCTCCGCAAAGTCGGAGCTGCTTCCAACAGTGGTGGTCG
CGTCGTCATGCGCCGTACCGTCAAGTCTACTCCTCAGAGCATCTGGTACGGACCAGACCG
TCCCAAGTACTTAGGACCATTCTCAGAGAACACACCATCATACCTAACCGGAGAGTACCC
CGGAGACTACGGCTGGGACACAGCTGGCCTCTCGGCCGACCCAGAAACCTTCGCAAAGAA
CCGTGAGCTTGAAGTAATCCACAGCAGATGGGCAATGCTCGGCGCATTAGGTTGCACATT
CCCAGAGATCCTCTCCAAAAACGGTGTTAAATTCGGTGAAGCCGTGTGGTTCAAGG*CAG
GGTCTCAGATCTTCTCAGAAGGAGGGCTTGACTACCTCGGAAACCCTAACTTGATCCACG
CGCAGAGCATATTAGCTATCTGGGCTTCTCAAGTTGTGCTGATGGGGGTTGATCGAAGGG
TACAGAATCGGAGGTGGACCTCTTGGTGAAGGCCTTGACCCGCTTTACCCAGGAGGGGCG
TTTGACCCGTTGAACTTAGCTGAGGATCCAGAGGCGTTTTCAGAATTGAAAGTGAAGGAG
CTTAAGAACGGTCGGCTTGCTATGTTCTCCATGTTTGGTTTCTTTGTCCAGGCCATCGTC
ACTGATAAAGGACCAATTGAGAATCTGTTTGACCATCTTGCGGACCCTGTGGCTAACAAT
GCCTGGGCTTACGCCACCAACTTCGTCCCCGGAAAATAGAATATTATCAGCTAATGTAAT
GTTTTTAAAACAATTAATGTATGGGAAATATGTGTCAGTTGATTTGATGTTCTGTCTTAA
TAAAAGAAATCATCGTAAGCTTGTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT85TF U 1
AF RR1A076TF U 330
AF RR1GT85JQ C 332
AF RR1C946TF U 619
BS 1 494 RR1GT85TF
BS 495 608 RR1A076TF
BS 609 619 RR1GT85JQ
BS 620 776 RR1C946TF
BS 777 777 RR1GT85JQ
BS 778 988 RR1C946TF

RD RR1GT85TF 494 0 0
AGGGGAGCCATCTCTTCTTTGCTTATTCATCTCTTCATTTGTGTGTTTGCTTGGAGTCAG
AGAAATACAAGAAATGGCCACATCAGCAATCCAACACTCCTCTTCTGCCGGCCAAACGGC
CCTGAAGTCCTCCAACGATCTCCTCCGCAAAGTCGGAGCTGCTTCCAACAGTGGTGGTCG
CGTCGTCATGCGCCGTACCGTCAAGTCTACTCCTCAGAGCATCTGGTACGGACCAGACCG
TCCCAAGTACTTAGGACCATTCTCAGAGAACACACCATCATACCTAACCGGAGAGTACCC
CGGAGACTACGGCTGGGACACAGCTGGCCTCTCGGCCGACCCAGAAACCTTCGCAAAGAA
CCGTGAGCTTGAAGTAATCCACAGCAGATGGGCAATGCTCGGCGCATTAGGTTGCACATT
CCCAGAGATCCTCTCCAAAAACGGTGTTAAATTCGGTGAAGCCGTGTGGTTCAAGG*CAG
GGTCTCAGATCTTC

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1A076TF 279 0 0
TC
TCGGCCGACCCAGAAACCTTCGCAAAGAACCGTGAGTTTGAAGTAATCCACAGCAGATGG
GCAATGCTCGGCGCATTAGGTTGCACATTCCCAGAGATCCTCTCCAAAAACGGTGTTAAA
TTCGGTGAAGCCGTGTGGTTCAAGGGCAGGGTCTCAGATCTTCTCAGAAGGAGGGCTTGA
CTACCTCGGAAACCCTAACTTGATCCACGCGCAGAGCATATTAGCTATCTGGGCTTCTCA
AGTTGTGCTGATGGGGGTTGATCGAAGGGTACAGAAT

QA 3 279 3 279
DS 

RD RR1GT85JQ 629 0 0
TCGGCCGACCCAGAAACCTTCGCAAAGAACCGTGAGCTTGAAGTAATCCACAGCAGATGG
GCAATGCTCGGCGCATTAGGTTGCACATTCCCAGAGATCCTCTCCAAAAACGGTGTTAAA
TTCGGTGAAGCCGTGTGGTTCAAGG*CAGGGTCTCAGATCTTCTCAGAAGGAGGGCTTGA
CTACCTCGGAAACCCTAACTTGATCCACGCGCAGAGCATATTAGCTATCTGGGCTTCTCA
AGTTGTGCTGATGGGG*TTGATCGAAGGGTACAGAATCGGAGGTGGACCTCTTGGTGAAG
GCCTTGACCCGCTTTACCCAGGAGGGGCGTTTGACCCGTTGAACTTAGCTGAGGATCCAG
AGGCGTTTTCAGAATTGAAAGTGAAGGAGCTTAAGAACGGTCGGCTTGCTATGTTCTCCA
TGTTTGGTTTCTTTGTCCAGGCCATCGTCACTGGTAAAGGACCAATTGAGAATCTGTTTG
ACCATCTTGCGGACCCTGTGGCTAACAATGCCTGGGCTTACGCCACCAACTTCGTCCCCG
GAAAATAGAATATTATCAGCTAATGTAATGTTTTTAAAACAATTAATGTATGGGAAATAT
GTGTCAGTTGATTTGATGTTCTGTCTTAA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1C946TF 370 0 0
G
CTCTTGGTGAAGGCCTTGACCCGCTTTACCCAGGAGGGGCGTTTGACCCGTTGAACTTAG
CTGAGGATCCAGAGGCGTTTTCAGAATTGAAAGTGAAGGAGCTTAAGAACGGTCGGCTTG
CTATGTTCTCCATGTTTGGTTTCTTTGTCCAGGCCATTGTCACTGATAAAGGACCAATTG
AGAATCTGTTTGACCATCTTGCGGACCCTGTGGCTAACAATGCCTGGGCTTACGCCACCA
ACTTCGTCCCCGGAAAATAGAATATTATCAGCTAATGTAATGTTTTTAAAACAATTAATG
TATGGGAAATATGTGTCAGTTGATTTGATGTTCTGTCTTAATAAAAGAAATCATCGTAAG
CTTGTGGTC

QA 2 370 2 370
DS 



AS 2 5

CO CL1841Contig1 746 2 2 U
GTGCAGAGGAGCATCTTATGCACCCGGCGCTCATCGAGAAAATCGAGAAGCTTAAGGAAG
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GCTGAGGTTGCTAGCTCAGGAGCATCGTCTTTCGAAGAGCTGAGTGATGAGCTGAAAGAG
AAGATTCTGATGACGAGAAGGGAGGTTGAAGCAGAGATGGTTGTTGTGTTGAAGTCGATC
GGTCTGGAGCTGGAGGCTGTGAAACCGAATCTGAAGGAGGTGGTAGCTGAGCAGAGTAGC
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GCTCGAGAAGAGCTCGCAGCTGCGCGTGACTAGCTGGAGAGGATCAGACGAGAGTGTGAA
GAGATGATGATGACGATGAGATGGTTCAGATCCGGAGATCAGAGATATCAACCCAGCTTT
GCATGAAAACACGAACAGACATTGAT


BQ
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AF RR1AB08TF U 1
AF RR1BU91TF U 1
BS 1 505 RR1AB08TF
BS 506 746 RR1BU91TF

RD RR1AB08TF 505 0 0
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AAGAGGTTTAAGGAAGCTGTGAGCCGCCCTGAGGTGATGGAGAAAGTTGAAGCGGTTAAA
GCTGAGGTTGCTAGCTCAGGAGCATCGTCTTTCGAAGAGCTGAGTGATGAGCTGAAAGAG
AAGATTCTGATGACGAGAAGGGAGGTTGAAGCAGAGATGGTTGTTGTGTTGAAGTCGATC
GGTCTGGAGCTGGAGGCTGTGAAACCGAATCTGAAGGAGGTGGTAGCTGAGCAGAGTAGC
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AAGATTGAGGAGGTGGTGAGGACGCCGGAGATCAAGAGCATGGTTGAGTTGCTGAAAGTG
GAGGCCGCAAAGGCGAGCCAGACGC

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1BU91TF 746 0 0
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GCTGAGGTTGCTAGCTCAGGAGCATCGTCTTTCGAAGAGCTGAGTGATGAGCTGAAAGAG
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GGTCTGGAGCTGGAGGCTGTGAAACCGAATCTGAAGGAGGTGGTAGCTGAGCAGAGTAGC
CTTGTTCCGAACGAGAACATTCAAGAAAAGCTTGAGAAGCTGAACCAGGAGATCACGGAG
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GAGGCCGCAAAGGCGAGCCAGACGCAGGATGGGAGTCAGAAGATCGAGGCGCTTGAGCAG
CAGATCAAGCAGAAGATAGGTGATGCTCTGAGCATGTCAGGGCTGCAGAAAAACAAGAGA
GCTCGAGAAGAGCTCGCAGCTGCGCGTGACTAGCTGGAGAGGATCAGACGAGAGTGTGAA
GAGATGATGATGACGATGAGATGGTTCAGATCCGGAGATCAGAGATATCAACCCAGCTTT
GCATGAAAACACGAACAGACATTGAT

QA 1 746 1 746
DS 



CO CL1841Contig2 848 3 7 U
CAAAATCTATGAATATATCAAAAGGGTTGAACAGAAGAGTGAAAAGTGTTACTTATTGTC
ATGTGAGAATCAAGAAAACAAAACTAGTTGTTCTAACGAAACAAGACATAACAAAAATAC
AGAAATGAATCCAAATACAAGTTTTAATCCAATCCAGAAAAGCTAAAACTAAAGAAAGCA
GGCTTCTAAGCTGTTGTTCCTCTTAGCTATTGCTCAGATCATAGACAGAAAGTTCTAAGA
AAAGCCTGTCTTTACCAATGTAAATCGAAAAGAGCTGCTTCAAGATCCTGCGAGTTTTGT
AAATCAATGTCTTGTTTCGTGTTTTCATGCAAAGCTGGGGTTGATTATCTCTGATCTCCC
GGATCCTGAACCATCTTCATCGTCATCATCATCTTCCTTCACACTCTCGTCTGATTCCTC
TCCAGCTAGTTCACGCGCAGCTGCGAGCTCCTTCTCGAGCTCCTCTTGTTTTTCCTGCAG
CCCTGACATGCTCAGAGCATCACCTATCTTCTGCTTGATCTGCTGCTCAAGCGCCTCGAT
CTTCTGACTCCCATCCTGCGTCTGGCTCGCCTTTGCGGCCTCCACTTTCAGCAACTCAAC
CATGCTCTTGATCTCCGGCGTCCTCACCACCTCCTCAATCTTCTCCGTGATCTCCTGGTT
CAGCTTCTCAAGCTTTTCTTGAATGTTCTCGTTCGGAACAAGGCTACTCTGCTCAGCTAC
CACCTCCTTCAGATTCGGTTTCACAGCCTCCAGCTCCAGACCGATCGACTTCAACACAAC
AACCATCTCTGCTTCAACCTCCCTTCTCGTCATCAGAATCTTCTCTTTCAGCTCATCACT
CAGCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA49TF C 1
AF RR1AB08JQ U 39
AF RR1BU91JQ U 43
BS 1 42 RR1EA49TF
BS 43 115 RR1AB08JQ
BS 116 116 RR1BU91JQ
BS 117 494 RR1AB08JQ
BS 495 495 RR1BU91JQ
BS 496 565 RR1AB08JQ
BS 566 848 RR1BU91JQ

RD RR1EA49TF 557 0 0
CAAAATCTATGAATATATCAAAAGGGTTGAACAGAAGAGTGAAAAGTGTTACTTATTGTC
ATGTGAGAATCAAGAAAACAAAACTAGTTGTTCTAACGAAACAAGACATAACAAAAATAC
AGAAATGAATCCAAATACAAGTTTTAATCCAATCCAGAAAAGCTAAAACTAAAGAAAGCA
GGCTTCTAAGCTGTTGTTCCTCTTAGCTATTGCTCAGATCATAGACAGAAAGTTCTAAGA
AAAGCCTGTCTTTACCAATGTAAATCGAAAAGAGCTGCTTCAAGATCCTGCGAGTTTTGT
AAATCAATGTCTTGTTTCGTGTTTTCATGCAAAGCTGGGGTTGATTATCTCTGATCTCCC
GGATCCTGAACCATCTTCATCGTCATCATCATCTTCCTTCACACTCTCGTCTGATTCCTC
TCCAGCAAGTTCACGCGCAGCTGCGAGCTCCTTCTCGAGCTCCTCTTGTTTTTCCTGCAG
CCCTGACATGCTCAGAGCATCACCTATCTTCTGCTTGATCTGCTGCTCAAGCGCCTCGAT
CTTCTGACTCCCATCC
C

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1AB08JQ 527 0 0
GTGA
AAAGTGTTACTTATTGTCATGTGAGAATCAAGAAAACAAAACTAGTTGTTCTAACGAAAC
AAGACATAACAAAGATACAGAAATGAATCCAAATACAAGTTTTAATCCAATCCAGAAAAG
CTAAAACTAAAGAAAGCAGGCTTCTAAGCTGTTGTTCCTCTTAGCTATTGCTCAGATCAT
AGACAGAAAGTTCTAAGAAAAGCCTGTCTTTACCAATGTAAATCGAAAAGAGCTGCTTCA
AGATCCTGCGAGTTTTGTAAATCAATGTCTTGTTTCGTGTTTTCATGCAAAGCTGGGGTT
GATTATCTCTGATCTCCCGGATCCTGAACCATCTTCATCGTCATCATCATCTTCCTTCAC
ACTCTCGTCTGATTCCTCTCCAGCTAGTTCACGCGCAGCTGCGAGCTCCTTCTCGAGCTC
CTCTTGTTTTTCCTGCAGCCCTGACATGCTCAAAGCATCACCTATCTTCTGCTTGATCTG
CTGCTCAAGCGCCTCGATCTTCTGACTCCCATCCTGCGTCTGG

QA 5 527 5 527
DS 

RD RR1BU91JQ 806 0 0
AAAGTGTTACTTATTGTCATGTGAGAATCAAGAAAACAAAACTAGTTGTTCTAACGAAAC
AAGACATAACAAAAATACAGAAATGAATCCAAATACAAGTTTTAATCCAATCCAGAAAAG
CTAAAACTAAAGAAAGCAGGCTTCTAAGCTGTTGTTCCTCTTAGCTATTGCTCAGATCAT
AGACAGAAAGTTCTAAGAAAAGCCTGTCTTTACCAATGTAAATCGAAAAGAGCTGCTTCA
AGATCCTGCGAGTTTTGTAAATCAATGTCTTGTTTCGTGTTTTCATGCAAAGCTGGGGTT
GATTATCTCTGATCTCCCGGATCCTGAACCATCTTCATCGTCATCATCATCTTCCTTCAC
ACTCTCGTCTGATTCCTCTCCAGCTAGTTCACGCGCAGCTGCGAGCTCCTTCTCGAGCTC
CTCTTGTTTTTCCTGCAGCCCTGACATGCTCAGAGCATCACCTATCTTCTGCTTGATCTG
CTGCTCAAGCGCCTCGATCTTCTGACTCCCATCCTGCGTCTGGCTCGCCTTTGCGGCCTC
CACTTTCAGCAACTCAACCATGCTCTTGATCTCCGGCGTCCTCACCACCTCCTCAATCTT
CTCCGTGATCTCCTGGTTCAGCTTCTCAAGCTTTTCTTGAATGTTCTCGTTCGGAACAAG
GCTACTCTGCTCAGCTACCACCTCCTTCAGATTCGGTTTCACAGCCTCCAGCTCCAGACC
GATCGACTTCAACACAACAACCATCTCTGCTTCAACCTCCCTTCTCGTCATCAGAATCTT
CTCTTTCAGCTCATCACTCAGCTCTT

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 4

CO CL1842Contig1 557 4 4 U
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GATTCCATTTTCTAAGATATATAAAGAAGATATTTAACCAGAAGAGATGTGTTATCTGAA
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GCTGAAAGCTGGTCTCAGCTCCGCACAACACCTTCAACGCCGGCTTACCTCCGATATCCG
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CTCTTCTCCCAATCCCGATGAATCTCTCCGTCAGGTCATGTACCTCAACTGCTGGAGCCA
AGGCTAATTCCAACTCCATGCAACCCATCAAAAGATGATGAAAACGATGATGATCATGAT
AGTAACTCGCTCTTGAACCCGCTGAGTTGAAAAAAGCGAGTTGGATTATCCAATGATAAC
TGTATATAGTTTCGGTGTAATATAGTCATATGTGTGATTATTAGAAGGTCAAAATAAATA
AATATCGTTTTTCTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1GS19TF U 1
AF RR1G126TF U 1
AF RR1GS19JQ C 36
AF RR1G126JQ C 230
BS 1 139 RR1G126TF
BS 140 140 RR1GS19TF
BS 141 553 RR1G126TF
BS 554 557 RR1G126JQ

RD RR1GS19TF 455 0 0
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GATTCCATTTTCTAAGATATATAAAGAAGATATTTAACCAGAAGAGATGTGTTATCTGAA
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GCTGAAAGCTGGTCTCAGCTCCGCACAACACCTTCAACGCCGGCTTACCTCCGATATCCG
CCCTCTCTCAGCCGCAGATGTCCCCGTAGACGGTGCGCGAGTTGAAGAGAAACGGCTTAC
CTCTTCTCCCAATCCCGATGAATCTCTCCGTCAGGTCATGTACCTCAACTGCTGGAGCCA
AGGCTAATTCCAACTCCATGCAACCCATCAAAAGATGATGAAAACGATGATGATCATGAT
GGTAACTCGCTCTTGAACCCGCTGAGTTGAAAAAA

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1G126TF 557 0 0
GGCCGACACGATCTAGTAAATCTCTCCAGTTTTCGAAAGAGCTTCACAAATCCTTTTAAA
GATTCCATTTTCTAAGATATATAAAGAAGATATTTAACCAGAAGAGATGTGTTATCTGAA
CAAGGTTTGGATTGCAGCATCGTACGTGGCTGCTCAGGGTAACCCCGATCACGGCGTCAA
GCTGAAAGCTGGTCTCAGCTCCGCACAACACCTTCAACGCCGGCTTACCTCCGATATCCG
CCCTCTCTCAGCCGCAGATGTCCCCGTAGACGGTGCGCGAGTTGAAGAGAAACGGCTTAC
CTCTTCTCCCAATCCCGATGAATCTCTCCGTCAGGTCATGTACCTCAACTGCTGGAGCCA
AGGCTAATTCCAACTCCATGCAACCCATCAAAAGATGATGAAAACGATGATGATCATGAT
AGTAACTCGCTCTTGAACCCGCTGAGTTGAAAAAAGCGAGTTGGATTATCCAATGATAAC
TGTATATAGTTTCGGTGTAATATAGTCATATGTGTGATTATTAGAAGGTCAAAATAAATA
AATATCGTTTTTC
TTCC

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1GS19JQ 522 0 0
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AACCAGAAGAGATGTGTTATCTGAACAAGGTTTGGATTGCAGCACCGTACGTGGCTGCTC
AGGGTAACCCCGATCACGGCGTCAAGCTGAAAGCTGGTTTCAGCTCCGCACAACACCTTC
AACGCCGGCTTACCTCCGATATCCGCCCTCTTTCAGCCGCAGATGTCCCCGTAGACGGTG
CGCGAGTTGAAGAGAAACGGCTTACCTCTTCTCCCAATCCCGATGAATCTCTCCGTCAGG
TCATGTACCTCAACTGCTGGAGCCAAGGCTAATTCCAACTCCATGCAACCCATCAAAAGA
TGATGAAAACGATGATGATCATGATGGTAACTCGCTCTTGAACCCGCTGAGTTGAAAAAA
GCGAGTTGGATTATCCAATGATAACTGTATATAGTTTCGGTGTAATATAGTCATATGTGT
GATTATTAGAAGGTCAAAATAAATAAATATCGTTTTTC
TTCC

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1G126JQ 328 0 0
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AAACGGCTTACCTCTTCTCCCAATCCCGATGAATCTCTCCGTCAGGTCATGTACCTCAAC
TGCTGGAGCCAAGGCTAATTCCAACTCCATGCAACCCATCAAAAGATGATGAAAACGATG
ATGATCATGATAGTAACTCGCTCTTGAACCCGCTGAGTTGAAAAAAGCGAGTTGGATTAT
CCAATGATAACTGTATATAGTTTCGGTGTAATATAGTCATATGTGTGATTATTAGAAGGT
CAAAATAAATAAATATCGTTTTTCTTCC

QA 1 328 1 328
DS 



AS 1 5

CO CL1843Contig1 532 5 8 U
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TCTTTTGCAGAGGCAAAAGTTTATGATTTCATACAAATTATTCAAGCAGAGAAGAAGAGA
GATTCAATTCAGCCAGAAGCAGTCTTCCTCTGCTGGAATACAACAGCAAAGATGGGAACA
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ATGCGGTCCAAGTTGTACATGTGCTTGGCGTGGAGGTAGTAAGGCTCGTCATGGCCATGT
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GTAGGAACCGATGGAGAAGCAGATAAAGATTAACGACGGCGAACTTGTTCCC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL85JQ U 1
AF RR1C242JQ U 5
AF RR1C242TF C 5
AF RR1H164TF C 25
AF RR1H164JQ U 25
BS 1 170 RR1BL85JQ
BS 171 171 RR1C242JQ
BS 172 173 RR1BL85JQ
BS 174 174 RR1C242JQ
BS 175 266 RR1BL85JQ
BS 267 267 RR1C242JQ
BS 268 526 RR1BL85JQ
BS 527 532 RR1H164JQ

RD RR1BL85JQ 527 0 0
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AAACGATGAAGAAACACACAAATAGTTGTAGCTACGATCCAAAAGAAGCAAGAAACAACC
TCTTTTGCAGAGGCAAAAGTTTATGATTTCATACAAATTATTCAAGCAGAAAAAAAGAGA
GATTCAATTCAGCCAGAAGCAGTCTTCCTCTGCTGGAATACAACAGCAAAGATGGGAACA
CCAACACCGATGCTGAAAGCGGTGAAAACAGCGAGAGACATCTTGAGGCCTTGGAACTTC
ATGCGGTCCAAGTTGTACATGTGCTTGGCGTGGAGGTAGTAAGGCTCGTCATGGCCATGT
CCTCCGCTCATCTTCTTAGCTCCAGTTGAGTGGAAGCTCCTGCTCACAGATCTGGAGACT
GATGATTCGGAAGAAGCTATGAGCCTTGAGACAGATCTGATGCCGGTGTTCAACGCCATG
GTAGGAACCGATGGAGAAGCAGATAAAGATTAACGACGGCGAACTT
C

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1C242JQ 524 0 0
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GATGAAGAAACACACAAATAGTTGTAGCTACGATCCAAAAGAAGCAAGAAACAACCTCTT
TTGCAGAGGCAAAAGTTTATGATTTCATACAAATTATTCAAGCAGAGAAGAAGAGAGATT
CAATTCAGCCAGAAGCAGTCTTCCTCTGCTGGAATACAACAGCAAAGATGGGAACACCAA
CACCGATGCTGAAAGCGGTGAAGACAGCGAGAGACATCTTGAGGCCTTGGAACTTCATGC
GGTCCAAGTTGTACATGTGCTTGGCGTGGAGGTAGTAAGGCTCGTCATGGCCATGTCCTC
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ATTCGGAAGAAGCTATGAGCCTTGAGACAGATCTGATGCCGGTGTTCAACGCCATGGTAG
GAACCGATGGAGAAGCAGATAAAGATTAACGACGGCGAACTT
CC

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1C242TF 524 0 0
CAAATTAAAAATATATAATTGCCAGATTATCATTATTCCAGCGTCAAACAGCCAGCAAAC
GATGAAGAAACACACAAATAGTTGTAGCTACGATCCAAAAGAAGCAAGAAACAACCTCTT
TTGCAGAGGCAAAAGTTTATGATTTCATACAAATTATTCAAGCAGAGAAGAAGAGAGATT
CAATTCAGCCAGAAGCAGTCTTCCTCTGCTGGAATACAACAGCAAAGATGGGAACACCAA
CACCGATGCTGAAAGCGGTGAAGACAGCGAGAGACATCTTGAGGCCTTGGAACTTCATGC
GGTCCAAGTTGTACATGTGCTTGGCGTGGAGGTAGTAAGGCTCGTCATGGCCATGTCCTC
CGCTCATCTTCTTAGCTCCAGTTGAGTGGAAGCTCCTGCTCACAGATCTGGAGACTGATG
ATTCGGAAGAAGCTATGAGCCTTGAGACAGATCTGATGCCGGTGTTCAACGCCATGGTAG
GAACCGATGGAGAAGCAGATAAAGATTAACGACGGCGAACTT
CC

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1H164TF 508 0 0
GCCAGATTATCATTATTCCAGCGTCAAACAGCCAGCAAACGATGAAGAAACACACAAATA
GTTGTAGCTACGATCCAAAAGAAGTAAGAAACAACCTCTTTTGCAGAGGCAAAAGTTTAT
GATTTCATACAAATTATTCAAGCAGAGAAGAAGAGAGATTCAATTCAGCCAGAAGCAGTC
TTCCTCTGCTGGAATACAACAGCAAAGATGGGAACACCAACACCGATGCTGAAAGCGGTG
AAGACAGCGAGAGACATCTTGAGGCCTTGGAACTTCATGCGGTCCAAGTTGTACATGTGC
TTGGCGTGGAGGTAGTAAGGCTCGTCATGGCCATGTCCTCCGCTCATCTTCTTAGCTCCA
GTTGAGTGGAAGTTCCTGCTCACAGATCTGGAGACTGATGATTCGGAAGAAGCTATGAGC
CTTGAGACAGATCTGATGCCGGTGTTCAACGCCATGGTAGGAACCGATGGAGAAGCAGAT
AAAGATTAACGACGGCGAACTT
GTTCCC

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR1H164JQ 508 0 0
GCCC
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TAGCTACGATCCAAAAGAAGTAAGAAACAACCTCTTTTGCAGAGGCAAAAGTTTATGATT
TCATACAAATTATTCAAGCAGAGAAGAAGAGAGATTCAATTCAGCCAGAAGCAGTCTTCC
TCTGCTGGAATACAACAGCAAAGATGGGAACACCAACACCGATGCTGAAAGCGGTGAAGA
CAGCGAGAGACATCTTGAGGCCTTGGAACTTCATGCGGTCCAAGTTGTACATGTGCTTGG
CGTGGAGGTAGTAAGGCTCGTCATGGCCATGTCCTCCGCTCATCTTCTTAGCTCCAGTTG
AGTGGAAGTTCCTGCTCACAGATCTGGAGACTGATGATTCGGAAGAAGCTATGAGCCTTG
AGACAGATCTGATGCCGGTGTTCAACGCCATGGTAGGAACCGATGGAGAAGCAGATAAAG
ATTAACGACGGCGAACTTGTTCCC

QA 5 508 5 508
DS 



AS 1 5

CO CL1844Contig1 1064 5 3 U
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CCACTACTACCACTAAAGAAAAGATCTACAAATTTCCACAAAGAAACATTAAAAACAGAA
AAGAACAGGTTTACGGGAAAAAAAATCTAAAGATTCTCAACCTTTCCTTATCCACGCCAA
CAGCTTTCTTTTTTTTCCCCCGTAAAAAACGCTCACTGGCTGCGAGAAGCACATCTATCG
TGACTTTTTGATATTTTAATCGTATATTATATGGTTTTTAAAAGATGCGATCGGAGATCT
GGTGGGTGTATTTTTTTTTTATACGCTAAGAGATACACCTCGTGGAGAAACTGGAGACTG
ATGAATCTACGGCGGCTCCGGCGTAAACCCTAGCGTGATCGCTCTCTTGACAGTAATCCA
TCATCGGACGGTACTCTAGATCGTCGTCGTGGTCGTACACAAACTCCGGCATCTCTATCT
CGTTCCTCCTCACGTGTTCCCACAAGTAGTCAACTCTGCTTATGTACCTTAGCTTCCCGT
ACAACCCGCCGGAGAAGAGGAATCGGCCGCAAGTGGCGAGGAAGAGACGTGACTGGAGGC
CTGGGTGGAGGAAGTAAACCTCCTGGAGATTGTCTCTGACGTTAACGGGAATCGCGTCGT
AGATTGCTCGTAGAGCTGAGATTCCCGGGAAATTCTCGCTCCTCTGCACGCCGGTGTGAA
CGTAAAGCACGGCGAACGGTTTTCTCCCTAATCGAGGAAAGATCTTCTCCTCTAGATACT
TGTTTAACACATCCAGTGACAGAAATCGAGCTGGAAAGAATTTGCCGATGATCCGAAGGA
TCTTACGGCCGCGTTTGTCTCTTCCATGGATCTTGAAGATCTCAAGCTTCTCGATTAGCT
GTTCTTGCTCAATCTCCGAAATCTGAGTGGTGGTCATCGCTTCGACGGTGGAAAAAAAAG
CTGTTGAAGTGCGGCGAGTGAAGGTGGGGTGAACTGATGATTTTAAAGAGATTTCAAAAG
GGCAAGAACTAGAAAAGTGTATTTATTGGAGGGGTTTAATGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ66JQ U 60
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AF RR1AA88TF C 1
AF RR1GZ45JQ U 43
AF RR1GZ45TFB C 393
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TA

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TGACTTTTTGATATTTTAATCGTATATTATATGGTTTTTAAAAGATGCGATCGGAGATCT
GGTGGGTGTATTTTTTTTTTATACGCTAAGAGATACACCTCGTGGAGAAACTGGAGACTG
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C

QA 1 514 1 514
DS 

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AAGAACAGGTTTACGGGAAAAAAAATCTAAAGATTCTCAACCTTTCCTTATCCACGCCAA
CAGCTTTCTTTTTTTTCCCCCGTAAAAAACGCTCACTGGCTGCGAGAAGCACATCTATCG
TGACTTTTTGATATTTTAATCGTATATTATATGGTTTTTAAAAGATGCGATCGGAGATCT
GGTGGGTGTATTTTTTTTTTATACGCTAAGAGATACACCTCGTGGAGAAACTGGAGACTG
ATGAATCTACGGCGGCTCCGGCGTAAACCCTAGCGTGATCGCTCTCTTGACAGTAATCCA
TCATCGGACGGTACTCTAGATCGTCGTCGTGGTCGTACACAAACTCCGGCATCTCTATCT
CGTTCCTCCTCACGTGTTCCCACAAGTAGTCAAC
C

QA 1 514 1 514
DS 

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TGGAGAAACTGGAGACTGATGAATCTACGGCGGCTCCGGCGTAAACCCTAGCGTGATCGC
TCTCTTGACCGTAATCCATCATCGGACGGTACTCTAGATCGTCGTCGTGGTCGTACACAA
ACTCCGGCATCTCTATCTCGTTCCTCCTCACGTGTTCCCACAAGTAGTCAACTCTGCTTA
TGTACCTTAGCTTCCCGTACAACCCGCCGGAGAA

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1GZ45TFB 672 0 0
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TCTCTGACGTTAACGGGAATCGCGTCGTAGATTGCTCGTAGAGCTGAGATTCCCGGGAAA
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CGAGGAAAGATCTTCTCCTCTAGATACTTGTTTAACACATCCAGTGACAGAAATCGAGCT
GGAAAGAATTTGCCGATGATCCGAAGGATCTTACGGCCGCGTTTGTCTCTTCCATGGATC
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ACTGATGATTTTAAAGAGATTTCAAAAGGGCAAGAACTAGAAAAGTGTATTTATTGGAGG
GGTTTAATGTCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 5

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GCGGAGAAGAGTTTGAGTACTCAGCCTTATCATGTAGAGCTTACTCAGCGTCTCTTGACG
AGTTCGGCGCCGTAGGAGACGGTGTGACCTCAAACACGGCTGCGTTTCGCGACGCAGTGT
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GGCTTACTGGAAGTTTCAACCTCACCAGCCATTTCACGCTTTTCCTCCACCGTGATGCTA
TTCTCCTCGCCTCCCAAGAAGAAAGTGACTATGAAGTGATAGAGCCATTGCCTTCGTACG
GAAGAGGGAGAGACACGGATGGTGGAAGATTCATCAGTCTACTTTTTGGTTCTAACTTAA
CCGACGTGGTTATCACCGGTGAGAATGGGACTATTGATGGACAAGGAGAGCCATGGTGGG
GAAAATTCAAGAGAGGAGAACTAAAATACACAAGACCTTATTTGATTGAGATTATGCATT
CTAATGGTATCCAGATCTCCAATCTCACTTTCTTGAATTCTCCTTCTTGGCACATCCATC
CTGTTTACAGCAGCAACATTGTTATCCAAGGTTTGACAATATTAGCACCGGTCACCGTAC
CAAATACCGACGGAATCAACCCAGATTCTTGCACGAACACGAGGATAGAAGATTGCTACA
TTGTCTCCGGAGACGATTGTATCGCCGTGAAGAGTGGATGGGATCAGTACGGAATCAACT
ACGGCATGCCCACGAAACAGCTCTTGATCCGACGGCTCACATGCATTTCACCTGACAGTG
CTGTGATCGCTCTCGGTAGCGAGATGTCCGGTGGTATTGAGGATGTTCGAGCTGAAGACA
TCGTCGCCATTAACTCTGAATCAGGAATCAGGATTAAGACAGCGATTGGACGTGGAGGGT
ACGTGAAGGATGTGTATGTAAGAGGCATGACGATGAAGACAATGAAGTATGTGTTTTGGA
TGACAGGAAGTTACGGTTCGCATCCGGACGAGCATTATGATCCGACAGCGTTACCGGTTA
TTCAGAACATTAATTATCAAGACATGGTCGCGGAGAACGTGACGATGCCGGCTCAGTTGG
CTGGAATAACGGGAGATCAGTTTACTGGGATATGTATTTCTAACGTGACGATCACGCTTT
TTAAGAAACCTAAGAAAGTGCTTTGGAATTGTACTGATGTTTTTGGTTACACAAGTGGTG
TGACTCCGGAGCCGTGTCAGCTTTTGCCGGAGAAGCAGCCGGGGACGGTTGTGCCGTGTA
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AGTAAACGTGTTATCAAAATGGAATGGACTTGATTTAATAACAGACGGAACTTAAACGGA
CATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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TCCTCCTTCTCAGTCACGATTCTCATACTCATCGCCACCGTCGCCACCACGGTCACCGTC
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AGTTCGGCGCCGTAGGAGACGGTGTGACCTCAAACACGGCTGCGTTTCGCGACGCAGTGT
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GGCTTACTGGAAGTTTCAACCTCACCAGCCATTTCACGCTTTTCCTCCACCGTGATGCTA
TTCTCCTCGCCTCCCAAGAAGAAAGTGACTATGAAGTGATAGAGCCATTGCCTTCGTACG
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CCGACGTGGTTATCACCGGTGAGAATGGGACTATTGATGGACAAGGAGAGCCATGGTGGG
GAAAATTCAAGAGAGGAGAACTAAAATACACAAGACCTTATTTGATTGAGATTATGCATT
CTAATGGTATCCAGATCTCCAATCTCACTTTCTTGAATTCTCCTTCTTGGCACATCCATC
CTGTTTACAGCAGCAACATTGTTATCCAAG*TTTGACAATATTAGCACCG*TCACCGTAC
AAATACCG

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G
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ATGGTGGGGAAAATTCAAGAGAGGAGAACTAAAATACACAAGACCTTATTTGATTGAGAT
TATGCATTCTAATGGTATCCAGATCTCCAATCTCACTTTCTTGAATTCTCCTTCTTGGCA
CATCCATCCTGTTTACAGCAGCAACATTGTTATCCAAGGTTTGACAATATTAGCACCGGT
CACCGTACCAAATACCGACGGAATCAACCCAGATTCTTGCACGAACACGAGGATAGAAGA
TTGCTACATTGTCTCCGGAGACGATTGTATCGCCGTGAAGAGTGGATGGGATCAGTACGG
AATCAACTACGGCATGCCCACGAAACAGCTCTTGATCCGACGGCTCACATGCATTTCACC
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TGAAGACATCGTCGCCATTAACTCTGAATCACGAAT

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ACG**GAAGACAATGAAGTATGTGTTTTGGATGACAGGAAGTTACGGTTCGCATCCGGAC
GAGCATTATGATCCGACAGCGTTACCGGTTATTCAGAACATTAATTATCAAGACATGGTC
GCGGAGAACGTGACGATGCCGGCTCAGTTGGCTGGAATAACGGGAGATCAGTTTACTGGG
ATATGTATTTCTAACGTGACGATCACGCTTTTTAAGAAACCTAAGAAAGTGCTTTGGAAT
TGTACTGATGTTTTTGGTTACACAAGTGGTGTGACTCCGGAGCCGTGTCAGCTTTTGCCG
GAGAAGCAGCCGGGGACGGTTGTGCCGTGTAACTTCCCGGAGAGTCCGATTCCTATTGAA
GAAGTTAAGCTACAGCGTTGTTACACCAGAAGAAGGCACATGTGAAGATGAAAACTTTTG
CTTCAATTTACAAATACATTTTTTGGTTATAAGTAAACGTGTTATCAAAATGGAATGGAC
TTGATTT
AAT

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AGACATGGTCGCGGAGAACGTGACGATGCCGGCTCAGTTGGCTGGAATAACGGGAGATCA
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GCTTTGGAATTGTACTGATGTTTTTGGTTACACAAGTGGTGTGACTCCGGAGCCGTGTCA
GCTTTTGCCGGAGAAGCAGCCGGGGACGGTTGTGCCGTGTAACTTCCCGGAGAGTCCGAT
TCCTATTGAAGAAGTTAAGCTACAGCGTTGTTACACCAGAAGAAGGCACATGTGAAGATG
AAAACTTTTGTTTCAATTTACAAATACATTTTTTGGTTATAAGTAAACGTGTTATCAAAA
TGGAATGGACTTGATTT

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AGCGTTGTTACACCAGAAGAAGGCACATGTGAAGATGAAAACTTTTGCTTCAATTTACAA
ATACATTTCTTGGTTATAAGTAAACGTGTTATCAAAATGGAATGGACTTGATTTAATAAC
AGACGGAACTTAAACGGACATG

QA 1 202 1 202
DS 



AS 1 4

CO CL1846Contig1 865 4 15 U
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TCCAGAATCTGGTGATATATATCATATACATAGCTTTTTTTTTCTTCCTTTACAGAACGA
AATTAGAGCTTCATCTTGTGTTACTTCCGGGGTAGATCTCAACAAAATTGATATCATAGA
GCAAAGTTGCATTGCCAGGTATGTTACAGTCACCAGAAAAGCACCCTGCAGGCTCAGGTC
CATAAGCTAACTTAGGTGGAATCTGAAGCTTACGCTTCCCCCCTACTCGCATAGGAGGTA
CTCCTTCGCCTCCAAGAATCCCTTGGTCTAGACCCCTTATAACCTTGCCGACACCAATCC
GCATAGTAAGAGGTCTTGCACGCTTATAGGTACTGTCAAACAACGTTCCGTCTGCAAACC
TCGCCGTATAGTGAACATTGACAAGTACGCCACGAGGAGCTTTGTCACCGAACCCAACAG
CGATATCGCAAAATCCAAGCCCTGATTTTGCGTAGCTGTATTCGAAGAGAGGGTCTCCAA
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TGGTGGCTAAAATGCCTAAACCCACTCCGAAAACGTTCTTCTTCGCGGCGGTGATGCTCC
TCTGTTTCTGCTGGCAGTCAATGGGAGAAGAAGAACAGAGACACGAGAATGACGATGAAG
AAGAAGAAGAGATGGTGGGTCTGAAGGAACGTGTATAGATAGATGATGCGAGTGTTAAAG
TCAAAATCGCCATTGTTGGATTCGTCAGAGCTTTCTTCCTTCTCTTCTTCCCTTATCCGT
GGGAAGTGCAAGCGTTTGGTCTTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1F773JQ U 1
AF RR1GT78JQ U 26
AF RR1D988TF C 112
AF RR1GT78TF C 340
BS 1 102 RR1F773JQ
BS 103 103 RR1GT78JQ
BS 104 271 RR1F773JQ
BS 272 272 RR1GT78JQ
BS 273 370 RR1F773JQ
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BS 372 490 RR1F773JQ
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BS 492 524 RR1F773JQ
BS 525 525 RR1GT78JQ
BS 526 574 RR1F773JQ
BS 575 575 RR1GT78JQ
BS 576 588 RR1F773JQ
BS 589 628 RR1GT78JQ
BS 629 865 RR1D988TF

RD RR1F773JQ 588 0 0
CAAAAGCAAGCTACTCATTGGGTTTAAGTTGGAAAATGTCAATGTTTACAGATGATAAAA
TCCAGAATCTGGTGATATATATCATATACATAGCTTTTTTTT*CTTCCTTTACAGAACGA
AATTAGAGCTTCATCTTGTGTTACTTCCGGGGTAGATCTCAACAAAATTGATATCATAGA
GCAAAGTTGCATTGCCAGGTATGTTACAGTCACCAGAAAAGCACCCTGCAGGCTCAGGTC
CATAAGCTAACTTAGGTGGAATCTGAAGCTTTCGCTTCCCCCCTACTCGCATAGGAGGTA
CTCCTTCGCCTCCAAGAATCCCTTGGTCTAGACCCCTTATAACCTTGCCGACACCAATCC
GCATAGTAAGTGGTCTTGCACGCTTATAGGTACTGTCAAACAACGTTCCGTCTGCAAACC
TCGCCGTATAGTGAACATTGACAAGTACGCCACGAGGAGCTTTGTCACCGAACCCAACAG
CGATATCGCAGAATCCAAGCCCTGATTTTGCGTAGCTGTATTCGCAGAGAGGGTCTCCAA
CAGTGGCGTAGTACTCTATCCTCGTGGCGTCTGCATCCAGAGGCGTCA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1GT78JQ 603 0 0
AG
GTTGGAGAATGTCAATGTTTACAGATGATAAAATCCAGAATCTGGTGATATATATCATAT
ACATAGCTTTTTTTTTCTTCCTTTACAGAACGAAATTAGAGCTTCATCTTGTGTTACTTC
CGGGGTAGATCTCAACAAAATTGATATCATAGAGCAAAGTTGCATTGCCAGGTATGTTAC
AGTCACCAGAAAAGCACCCTGCAGGCTCAGGTCCATAAGCTAACTTAGGTGGAATCTGAA
GCTTACGCTTCCCCCCTACTCGCATAGGAGGTACTCCTTCGCCTCCAAGAATCCCTTGGT
CTAGACCCCTTATAACCTTGCCGACACCAATCCGCATAGTAAGAGGTCTTGCACGCTTAT
AGGTACTGTCAAACAACGTTCCGTCTGCAAACCTCGCCGTATAGTGAACATTGACAAGTA
CGCCACGAGGAGCTTTGTCACCGAACCCAACAGCGATATCGCAAAATCCAAGCCCTGATT
TTGCGTAGCTGTATTCGAAGAGAGGGTCTCCAACAGTGGCGTAGTACTCTATCCTCGTGG
CGTCTGCGTCCAGAGGCGTCAGAGAGAGAATCGTGGTGGCTAAAATGCCTAAACCCACTC
C

QA 3 603 3 603
DS 

RD RR1D988TF 754 0 0
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TATCATAGAGCAAAGTTGCATTGCCAGGTATGTTACAGTCATCAGAAAAGCACCCTGCAG
GCTCAGGTCCATAAGCTAACTTAGGTGGAATCTGAAGCTTACGCTTCCCCCCTACTCGCA
TAGGAGGTACTCCTTCGCCTCCAAGAATCCCTTGGTCTAGACCCCTTATAACCTTGCCGA
CACCAATCCGCATAGTAAGAGGTCTTGCACGCTTATAGGTACTGTCAAACAACGTTCCGT
CTGCAAACCTCGCCGTATAGTGAACATTGACAAGTACGCCACGAGGAGCTTTGTCGCCGA
ACCCAACAGCGATATCGCAGAATCCAAGCCCTGATTTTGCGTAGCTGTATTCGCAGAGAG
GGTCTCCAACAGTGGCGTAGTACTCTATCCTCGTGGCGTCTGCGTCCAGAGGCGTCAGAG
AGAGAATCGTGGTGGCTAAAATGCCTAAACCCACTCCGAAAACGTTCTTCTTCGCGGCGG
TGATGCTCCTCTGTTTCTGCTGGCAGTCAATGGGAGAAGAAGAACAGAGACACGAGAATG
ACGATGAAGAAGAAGAAGAGATGGTGGGTCTGAAGGAACGTGTATAGATAGATGATGCGA
GTGTTAAAGTCAAAATCGCCATTGTTGGATTCGTCAGAGCTTTCTTCCTTCTCTTCTTCC
CTTATCCGTGGGAAGTGCAAGCGTTTGGTCTTCC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1GT78TF 526 0 0
ATAA
CTTGCCGACACCAATCCGCATAGTAAGAGGTCTTGCACGCTTATAGGTACTGTCAAACAA
CGTTCCGTCTGCAAACCTCGCCGTATAGTGAACATTGACAAGTACGCCACGAGGAGCTTT
GTCACCGAACCCAACAGCGATATCGCAAAATCCAAGCCCTGATTTTGCGTAGCTGTATTC
GAAGAGAGGGTCTCCAACAGTGGCGTAGTACTCTATCCTCGTGGCGTCTGCGTCCAGAGG
CGTCAGAGAGAGAATCGTGGTGGCTAAAATGCCTAAACCCACTCCGAAAACGTTCTTCTT
CGCGGCGGTGATGCTCCTCTGTTTCTGCTGGCAGTCAATGGGAGAAGAAGAACAGAGACA
CGAGAATGACGATGAAGAAGAAGAAGAGATGGTGGGTCTGAAGGAACGTGTATAGATAGA
TGATGTGAGTGTTAAAGTCGAAATCGCCATTGTTGGATTCGTCAGAGCTTTCTTCCTTCT
CTTCTTCCCTTATCCGTGGGAAGTGCAAGCGTTTGGTCTTCC

QA 5 526 5 526
DS 



AS 1 5

CO CL1847Contig1 1119 5 8 U
GGGCGGTCGCGTGATAATTTTCCTTTTCGACGACGGCCCCGTAGTGATTCCATTCCTCCC
AGCGCCTTGCAAATTCAGAACCGCGATTTTGTCTTTTGAAAATCAATCAAAAAGGGTTTG
ATCGTCGTATTGCAAAGAGGGTCGAAATGGGGTCTTCTTCTGATGCATGGATAAGAGAGT
ACAATGAGGCTTTAAAGCTCTCTGAGGATATCAATGGCATGATGTCTGAAAGGAACTCGT
CTGGTGTAACGGGGCCTGATGCTCAGCGTCGTGCTTCTGCTATTCGAAGAAAGATCACCA
TTTTGGGGACTCGATTAGACACTCTTCAATCCCTTCTTGTTGGGAAGCAACATGTGTCAG
AGAAGGAGGTGAATCGTCGCAAGGATATGGTTGGGAACTTGAGATCAAAGGCGAACCAGG
TGGCGTCTGCTTTGAACATGTCAAACTTTGCGAATAGAGACAGCTTGCTCGGGCCAGATA
CAAAGCCTGATGATGCAATGAACAGAGTCTCCGGCATGGACAACCAAGGCATTGTTGGAT
TTCAAAGACAAGTTATGAGAGAACAAGACGAAGGGCCGGAGAAGTTGGAGGAAACAGTCA
TGAGTACCAAACACATTGCTCTCGCTGTCAATGAAGAGCTCACTCTGCAGACAAGGCTTA
TCGAAGACTTAGACTACCATGTGGATGTTACAGACTCTCGCTTACGGCGGGTGCAGAAGA
GCCTAGCGGTGATGAACAAGAATATGAAAGGAGGTTGCTCGTGCATGTCAATGCTATTGT
CAGTGCTTGGAATCGTTGGTCTTGCTCTTGTCATTTGGCTGCTGGTTAAGTACCTCTAAA
TCTGATCTCCCACCACCACCAATGTGACGATGAATGAATTTGATATATATAAGCAATGAA
AAAATGTGTACCTCTTCTCCTTCTTTCTGCCTCTCCTCTATGCGAGAGTGGTTGTTATTA
TCAATATATTTGTATTGTTTCCTCTTTTGTGCCTTCTCTCTCATTACTGTGAGAAGAATG
TCGCTGCGTGTGCAAGAAACAAGTCTTATTCAATCTGTATTTCCCACGGTCGTGTATATG
TTCACGAATTTGTATAATGATCATATTAATAATTGTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1CZ61TF U 1
AF RR1GS03TF U 306
AF RR1CZ61JQ C 337
AF RR1GS03JQ C 512
AF RR1FU94TF U 619
BS 1 630 RR1CZ61TF
BS 631 631 RR1GS03TF
BS 632 644 RR1CZ61TF
BS 645 694 RR1GS03TF
BS 695 695 RR1FU94TF
BS 696 890 RR1GS03TF
BS 891 1117 RR1FU94TF
BS 1118 1119 RR1GS03JQ

RD RR1CZ61TF 644 0 0
GGGCGGTCGCGTGATAATTTTCCTTTTCGACGACGGCCCCGTAGTGATTCCATTCCTCCC
AGCGCCTTGCAAATTCAGAACCGCGATTTTGTCTTTTGAAAATCAATCAAAAAGGGTTTG
ATCGTCGTATTGCAAAGAGGGTCGAAATGGGGTCTTCTTCTGATGCATGGATAAGAGAGT
ACAATGAGGCTTTAAAGCTCTCTGAGGATATCAATGGCATGATGTCTGAAAGGAACTCGT
CTGGTGTAACGGGGCCTGATGCTCAGCGTCGTGCTTCTGCTATTCGAAGAAAGATCACCA
TTTTGGGGACTCGATTAGACACTCTTCAATCCCTTCTTGTTGGGAAGCAACATGTGTCAG
AGAAGGAGGTGAATCGTCGCAAGGATATGGTTGGGAACTTGAGATCAAAGGCGAACCAGG
TGGCGTCTGCTTTGAACATGTCAAACTTTGCGAATAGAGACAGCTTGCTCGGGCCAGATA
CAAAGCCTGATGATGCAATGAACAGAGTCTCCGGCATGGACAACCAAGGCATTGTTGGAT
TTCAAAGACAAGTTATGAGAGAACAAGACGAAGGGCCGGAGAAGTTGGAGGAAACAGTCA
TGAGTACCAAACACATTGCTCTCGCTGTCA*TGAAGAGCTCACT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1GS03TF 585 0 0
GGGACTCGATTAGACACTCTTCAATCCCTTCTTGTTGGGAAGCAACATGTGTCAGAGAAG
GAGGTGAATCGTCGCAAGGATATGGTTGGGAACTTGAGATCAAAGGCGAACCAGGTGGCG
TCTGCTTTGAACATGTCAAACTTTGCGAATAGAGACAGCTTGCTCGGGCCAGATACAAAG
CCTGATGATGCAATGAACAGAGTCTCCGGCATGGACAACCAAGGCATTGTTGGATTTCAA
AGACAAGTTATGAGAGAACAAGACGAAGGGCTGGAGAAGTTGGAGGAAACAGTCATGAGT
ACCAAACACATTGCTCTCGCTGTCAATGAAGAGCTCACTCTGCAGACAAGGCTTATCGAA
GACTTAGACTACCATGTGGATGTTACAGATTCTCGCTTACGGCGGGTGCAGAAGAGCCTA
GCGGTGATGAACAAGAATATGAAAGGAGGTTGCTCGTGCATGTCAATGCTATTGTCAGTG
CTTGGAATCGTTGGTCTTGCTCTTGTCATTTGGCTGCTGGTTAAGTACCTCTAAATCTGA
TCTCCCACCACCACCAATGTGACGATGAATGAATTTGATATATAT

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1CZ61JQ 729 0 0
TTGTTGGGAAGCAACATGTGTCAGAGAAGGAGGTGAATCGTCGCAAGGATATGGTTGGGA
ACTTGAGATCAAAGGCGAACCAGGTGGCGTCTGCTTTGAACATGTCAAACTTTGCGAATA
GAGACAGCTTGCTCGGGCCAGATACAAAGCCTGATGATGCAATGAACAGAGTCTCCGGCA
TGGACAACCAAGGCATTGTTGGATTTCAAAGACAAGTTATGAGAGAACAAGACGAAGGGC
CGGAGAAGTTGGAGGAAACAGTCATGAGTACCAAACACATTGCTCTCGCTGTCAATGAAG
AGCTCACTCTGCAGACAAGGCTTATCGAAGACTTAGACTACCATGTGGATGTTACAGACT
CTCGCTTACGGCGGGTGCAGAAGAGCCTAGCGGTGATGAACAAGAATATGAAAGGAGGTT
GCTCGTGCATGTCAATGCTATTGTCAGTGCTTGGAATCGTTGGTCTTGCTCTTGTCATTT
GGCTGCTGGTTAAGTACCTCTAAATCTGATCTCCCACCACCACCAATGTGACGATGAATG
AATTTGATATATATAAGCAATGAAAAAATGTGTACCTCTTCTCCTTCTTTCTGCCTCTCC
TCTATGCGAGAGTGGTTGTTATTATCAATATATTTGTATTGTTTCCTCTTTTGTGCCTTC
TCTCTCATTACTGTGAGAAGAATGTCGCTGCGTGTGCAAGAAACAAGTCTTATTCAATCT
GTATTTCCC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1GS03JQ 608 0 0
CGGCATGGACAACCAAGGCATTGTTGGATTTCAAAGACAAGTTATGAGAGAACAAGACGA
AGGGCTGGAGAAGTTGGAGGAAACAGTCATGAGTACCAAACACATTGCTCTCGCTGTCAA
TGAAGAGCTCACTCTGCAGACAAGGCTTATCGAAGACTTAGACTACCATGTGGATGTTAC
AGATTCTCGCTTACGGCGGGTGCAGAAGAGCCTAGCGGTGATGAACAAGAATATGAAAGG
AGGTTGCTCGTGCATGTCAATGCTATTGTCAGTGCTTGGAATCGTTGGTCTTGCTCTTGT
CATTTGGCTGCTGGTTAAGTACCTCTAAATCTGATCTCCCACCACCACCAATGTGACGAT
GAATGAATTTGATATATATAAGCAATGAAAAAATGTGTACCTCTTCTCCTTCTTTCTGCC
TCTCCTCTATGCGAGAGTGGTTGTTATTATCAATATATTTGTATTGTTTCCTCTTTTGTG
CCTTCTCTCTCATTACTGTGAGAAGAATGTCGCTGCGTGTGCAAGAAACAAGTCTTATTC
AATCTGTATTTCCCACGGTCGTGTATATGTTCACGAATTTGTATAATGATCATATTAATA
ATTGTCGC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1FU94TF 500 0 0
CTCTCGCTGTCAATGAAGAGCTCACTCTGTAGACAAGGCTTATTGAAGACTTAGACTACC
ATGTGGATGTTACAGACTCTCGCTTACGGCGGGTGCAGAAGAGCCTAGCGGTGATGAACA
AGAATATGAAAGGAGGTTGCTCGTGCATGTCAATGCTATTGTCAGTGCTTGGAATCGTTG
GTCTTGCTCTTGTCATTTGGCTGCTGGTTAAGTACCTCTAAATCTGATCTCCCACCACCA
CCAATGTGACGATGAATGAATTTGATATATATAAGCAATGAAAAAATGTGTACCTCTTCT
CCTTCTTTCTGCCTCTCCTCTATGCGAGAGTGGTTGTTATTATCAATATATTTGTATTGT
TTCCTCTTTTGTGCCTTCTCTCTCATTACTGTGAGAAGAATGTCGCTGCGTGTGCAAGAA
ACAAGTCTTATTCAATCTGTATTTCCCACGGTCGTGTATATGTTCACGAATTTGTATAAT
GATCATATTAATAATTGTC
T

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 4

CO CL1848Contig1 1089 4 19 U
ACACAGAAAAAACAACACACTTAAAACCACACAAAGTTGCATAATACTAAATTAAAAAAG
CAAATTACTCAACAGTAAAAATAAATTAGTCTTGACCAAGGAAATATCATTAATGTAGAA
CAACACACTTAGACACACACAAATTGCATAAAAAGCATTCCACCGACGGAGTTAATTATT
CTGATCCAGATAAATACTCAAATGGATCTAGTCTTGTGCAGAGGACGAGCAAGCTTCAAC
GGAAGCACTTTTGTTTATGCTCTGGTTATAACCATAGAGACTCAAGAGTTCCGACTGCTT
ATCCAAGATTCTTCTGACAATAGCAACGCGATGGACATCCTTACCAACTCGAGCCTCGCA
AGAGTCCTCGTACCTTATGTAGAAAACTGCATCAAAGTCGCAAAGTCCCTGGGTACTTTC
CATAGCCACTTTCAGAATCTTCAAACTGTCCAGGCTGTGCGTATCACGGCCAATTTTCTT
ATTGGATGTAGCAACTGCAAGTTCCAAGTACAAACGGATCCAATCATTGTCTTGAAGCTC
TGAATCCTTGAGCAAGTAAAATCGGTTTGTGCCGCCATCTTCAACAAAAGGGTTCTCTTG
AGGAAACTCGAGCACTTTGGGACTATTATCAAAGCTATAGCCACCTGTGATGGTCTTATT
TGTTTCACCTAGAGGTCTAGCAATACTGCACTTCAGATCAACTGGGTTTGGTGTATTTCT
TTACGCTACTGAGCTGCAATTTTTTGCCCTGGAGAAAGTTGTAACGATGAAGGCCTATTC
TGGAATAAAGGAAGACTAAGTCAGGACAACCATCATCACAGTAGTGTGCTCTCACTGGGT
TAATCGAGAATGGTGCTGCAGTAACATCGAACCCCTCGGATATGGTCAGTGCTTGATAGT
ATTTGATCCTTGGAAGAGCATGCCTCTCCTTAATCTCTTCCGGTCCGATCATAAACTTCC
GCGCCATCTTCTCCTTTCGCTCCCGCCGCCGCCGGCGACGCTCTATCTTCATCTTCTGTC
GCCGCCCCATCTTCGCCTTCCGCCCCCGCTCCATCTTCATCTTACGCCTCTGTGCTTTTT
TTGCTAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G301JQ U 23
AF RR1F260JQ U 1
AF RR1GK75JQ U 67
AF RR1GK75TF C 378
BS 1 98 RR1F260JQ
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BS 118 118 RR1G301JQ
BS 119 217 RR1F260JQ
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BS 219 306 RR1F260JQ
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BS 666 694 RR1GK75JQ
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RD RR1G301JQ 552 0 0
AAAG
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TCTAGTCTTGTGCAGAGGACGAGCAAGCTTCAACGGAAGCACTTTTGTTTATGCTCTGGT
TATAACCATAGAGACTCAAGAGTTCCGACTGCTTATCCAAGATTCTTCTGACAATAGCAA
CGCGATGGACATCCTTACCAACTCGAGCCTCGCAAGAGTCCTCGTACCTTATGTAGAAAA
CTGCATCAAAGTCGCAAAGTCCCTGGGTACTTTCCATAGCCACTTTCAGAATCTTCAAAC
TGTCCAGGCTGTGCGTATCACGGCCAATTTTCTTATTGGATGTAGCAACTGCAAGTTCCA
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TTGTGCCG

QA 5 552 5 552
DS 

RD RR1F260JQ 665 0 0
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CAACACACTTAGACACACACAAATTGCATAAAAAGCATTCCACCGACGGAGTTAATTATT
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GGAAGCACTTTTGTTTATGCTCTGGTTATAACCATAGAGACTCAAGAGTTCCGACTGCTT
ATCCAAAATTCTTCTGACAATAGCAACGCGATGGACATCCTTACCAACTCGAGCCTCGCA
AGAGTCCTCGTACCTTATGTAAAAAACTGCATCAAAGTCGCAAAGTCCCTGGGTAATTTC
CATAGCCACTTTCAAAATCTTCAAACTGTCCAGGCTGTGCGTATCACGGCCAATTTTCTT
ATTGGATGTAGCAACTGCAAGTTCCAAGTACAAACGGATCCAATCATTGTCTTGAAGCTC
TGAATCCTTGAGCAAGTAAAATCGGTTTGTGCCGCCATCTTCAACAAAAGGGTTCTCTTG
AGGAAACTCGAGCACTTTGGGACTCTTATCAAAGCTATAGCCACCTGTGATGGTCTTATT
TGTTT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1GK75JQ 628 0 0
ACTT
AACAGTAAAAATAAATTAGTCTTGACCAAGGAAATATCATTAATGTAGAACAACACACTT
AGACACACACAAATTGCATAAAAAGCATTCCACCGACGGAGTCAATTATTCTGATCCAGA
TAAATACTCAAATGGATCTAGTCTTGTGCAGAGGACGAGCAAGCTTCAATGGAAGCACTT
CTGTTTATGCTCTGGTTATAACCATAGAGGCTCAAGAGTTCCGACTGCTTATCCAAGATT
CTTCTGACAATAGCAACGCGATGGACATCCTTACCAACTCGAGCCTCGCAAGAGTCCTCG
TACCTTATGTAGAAAACTGCATCAAAGTCGCAAAGTCCCTGGGTACTTTCCATAGCCACT
TTCAGAATCTTCAAACTGTCCAGGCTGTGCGTATCACGGCCAATTTTCTTATTGGATGTA
GCAACTGCAAGTTCCAAGTACAAACGGATCCAATCATTGTCTTGAAGCTCTGAATCCTTG
AGCAAGTAAAATCGGTTTGTGCCGCCATCTTCAACAAAAGGGTTCTCTTGAGGAAACTCG
AGCACTTTGGGACTATTATCAAAGCTATAGCCACCTGTGATGGTCTTATTTGTTTCACCT
AGAGGTCTAGCAATACTGCACTTC

QA 5 628 5 628
DS 

RD RR1GK75TF 712 0 0
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TGGGACTATTATCAAAGCTATAGCCACCTGTGATGGTCTTATTTGTTTCACCTAGAGGTC
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AATTTTTTGCCCTGGAGAAAGTTGTAACGATGAAGGCCTATTCTGGAATAAAGGAAGACT
AAGTCAGGACAACCATCATCACAGTAGTGTGCTCTCACTGGGTTAATCGAGAATGGTGCT
GCAGTAACATCGAACCCCTCGGATATGGTCAGTGCTTGATAGTATTTGATCCTTGGAAGA
GCATGCCTCTCCTTAATCTCTTCCGGTCCGATCATAAACTTCCGCGCCATCTTCTCCTTT
CGCTCCCGCCGCCGCCGGCGACGCTCTATCTTCATCTTCTGTCGCCGCCCCATCTTCGCC
TTCCGCCCCCGCTCCATCTTCATCTTACGCCTCTGTGCTTTTTTTGCTAGCC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 2 4

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GACGCCGATTTCTTCAACAAGTTCGACGATGATTTCGACAACACCGATATCAACTGATCT
TCTTTAGTTCTCTAAGGTTTCAGATGTCCCCTTGTTGCGGTTGAGTTTTATGTAATTTTC
TGGAATAATCTATAAAACCCGTTAATTAGGGATTCTGTGTTTGCGAATCGAAGTATGTGT
TCATAAGTATGACTTTGCGATCTGGTTTTATGGGGTTTTGATTGCTTATCCGATTCATCA
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TGACTAGAACCTAATTCAGGTGTGTCTCGTTGTATATGAGACGTAAACTTTGTTGGTTGT
TTAAGTTTGTCCCCCTGCTCCCCTGGATGTTTGTTTGTGATTTCTTCACATATAGATGTT
ATATTCTTTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV87TF U 262
AF RR1C954TF U 1
BS 1 613 RR1C954TF

RD RR1GV87TF 145 0 0
GGATG
TCCCCTTGTTGCGGTTGAGTTTTATGTAATTTTCTGGAATAATCTATAAAACCCGTTAAT
TAGGGATTCTGTGTTTGCGAATCGAAGTATGTGTTCATAAGTATGACTTTGCGATTTGGT
TTTATGGGGTTTTGATTGCT

QA 6 145 6 145
DS 

RD RR1C954TF 613 0 0
GGGTTACAGGAGAGAGAGAGAAGAGACGAGAAAAAGAGGAGAAGAGAGATGAGGCCGATG
CAACTAGATATGTTGGCGGAGATGGAGGATGCAGGTTCTTCGATGGCCATGGACGTAGAT
GACATCGAAGCCATGGAGATGCTCAGCGAAGGAGGACTTATCGCTGAGAACAAGCTCGCC
GACGCCGATTTCTTCAACAAGTTCGACGATGATTTCGACAACACCGATATCAACTGATCT
TCTTTAGTTCTCTAAGGTTTCAGATGTCCCCTTGTTGCGGTTGAGTTTTATGTAATTTTC
TGGAATAATCTATAAAACCCGTTAATTAGGGATTCTGTGTTTGCGAATCGAAGTATGTGT
TCATAAGTATGACTTTGCGATCTGGTTTTATGGGGTTTTGATTGCTTATCCGATTCATCA
TTTGTGTACCGTAATTGTTTTGTCTTTGTTTCTTTCTGGAGTTGGAATTTTTTTTTTTCT
TGACTAGAACCTAATTCAGGTGTGTCTCGTTGTATATGAGACGTAAACTTTGTTGGTTGT
TTAAGTTTGTCCCCCTGCTCCCCTGGATGTTTGTTTGTGATTTCTTCACATATAGATGTT
ATATTCTTTCTCT

QA 1 613 1 613
DS 



CO CL1849Contig2 491 2 3 U
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TGCAACTGGATATGTTGGCGGAGATGGAGGATGCAGGCTCTTCGATGGCCATGGACGTAG
ATGACATCGAAGCCATGGAGATGCTCAGCGAAGGAGGACTTATCGCTGAGAACAAGCTCG
CGGACGCCGATTTCTTCAACAAGTTCGACGATGATTTCGACGACACCGATATCAACTGAT
CTTCTTTAGTTCTCTAAGGTTTCAGATTTTCCCCTTGTTGCGGTTGAGTTTTATGTAATT
TTCTGGAAGAATCTATAAAACCCGTTAATTAGGGATTCCGTGTTTGCGAATCGAAGTATG
TGTTCATAAGTATGACTTTGCGATTTGGTTTTATGGGGTTTTGCTTGCTTGCTTATCCGA
TTCATCATTTGTGTACCGTAGTTGTTTCGTCTTTGTTTCTTTCTGGAGTTGGAATTTTTT
TTTTTCTTGGC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1GJ26JQ C 1
AF RR1GJ26TF U 1
BS 1 2 RR1GJ26JQ
BS 3 489 RR1GJ26TF
BS 490 491 RR1GJ26JQ

RD RR1GJ26JQ 491 0 0
GGACAGGAGAGAGAGAGAAAAGAAGAGACGAGAAAAAGAGGAGAAGAGAGATGAGGCCGA
TGCAACTGGATATGTTGGCGGAGATGGAGGATGCAGGCTCTTCGATGGCCATGGACGTAG
ATGACATCGAAGCCATGGAGATGCTCAGCGAAGGAGGACTTATCGCTGAGAACAAGCTCG
CGGACGCCGATTTCTTCAACAAGTTCGACGATGATTTCGACGACACCGATATCAACTGAT
CTTCTTTAGTTCTCTAAGGTTTCAGATTTTCCCCTTGTTGCGGTTGAGTTTTATGTAATT
TTCTGGAAGAATCTATAAAACCCGTTAATTAGGGATTCCGTGTTTGCGAATCGAAGTATG
TGTTCATAAGTATGACTTTGCGATTTGGTTTTATGGGGTTTTGCTTGCTTGCTTATCCGA
TTCATCATTTGTGTACCGTAGTTGTTTCGTCTTTGTTTCTTTCTGGAGTTGGAATTTTTT
TTTTTCTTGGC

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1GJ26TF 491 0 0
GG
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CAACTGGATATGTTGGCGGAGATGGAGGATGCAGGCTCTTCGATGGCCATGGACGTAGAT
GACATCGAAGCCATGGAGATGCTCAGCGAAGGAGGACTTATCGCTGAGAACAAGCTCGCG
GACGCCGATTTCTTCAACAAGTTCGACGATGATTTCGACGACACCGATATCAACTGATCT
TCTTTAGTTCTCTAAGGTTTCAGATTTTCCCCTTGTTGCGGTTGAGTTTTATGTAATTTT
CTGGAAGAATCTATAAAACCCGTTAATTAGGGATTCCGTGTTTGCGAATCGAAGTATGTG
TTCATAAGTATGACTTTGCGATTTGGTTTTATGGGGTTTTGCTTGCTTGCTTATCCGATT
CATCATTTGTGTACCGTAGTTGTTTCGTCTTTGTTTCTTTCTGGAGTTGGAATTTTTTTT
TTTCTTG
GC

QA 3 489 3 489
DS 



AS 2 4

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BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AF21JQ C 1
AF RR1AF21TF U 1
BS 1 2 RR1AF21JQ
BS 3 347 RR1AF21TF
BS 348 353 RR1AF21JQ

RD RR1AF21JQ 353 0 0
GGGCTCTCTACGTGGACGGCGGCTAGGTTCAAACAACAGATCCGACAATGCCTAAGCAAA
TCCACGAGATCAAGGACTTTCTTCTGACAGCTAGAAGAAAGGATGCTCGGTCTGTGAAGA
TCAAAAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCAAAGTACCTCTACACGC
TCTGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTTAAGCAGTCTCTTCCTCCAGGTTTGA
GTGTGCAGGACCTTTGAAGATGATGAATCCATATGAGAATATGTTTTTGTTTACTTCAGC
TATTGTTCAAACTTTTTCGAGTATGACTATGTTTTCTAAATTTTTCTCTCTCC

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR1AF21TF 353 0 0
GG
GCTCTCTACGTGGACGGCGGCTAGGTTCAAACAACAGATCCGACAATGCCTAAGCAAATC
CACGAGATCAAGGACTTTCTTCTGACAGCTAGAAGAAAGGATGCTCGGTCTGTGAAGATC
AAAAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCAAAGTACCTCTACACGCTC
TGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTTAAGCAGTCTCTTCCTCCAGGTTTGAGT
GTGCAGGACCTTTGAAGATGATGAATCCATATGAGAATATGTTTTTGTTTACTTCAGCTA
TTGTTCAAACTTTTTCGAGTATGACTATGTTTTCTAAATTTTTCT
CTCTCC

QA 3 347 3 347
DS 



CO CL1850Contig2 401 2 2 U
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ATGCCTAAGCAAATCCACGAGATCAAGGACTTTCTTCTGACAGCTAGAAGGAAGGATGCT
CGGTCTGTGAAGATCAAGAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCAAAG
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CCTCCAGGTTTGAGTGTGCAAGACCTTTGAAGATGATGAATCCATATGAGAATATGTTTT
TGTTTACTTCAGCTATGTTCAGACTTTTTTGAGTATGACTATGTTTTCTGAAATTTTCTT
TTGTTTTAAAAGAATCAAATACGGTCTCTCTTGATCCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FS74JQ C 1
AF RR1FS74TF U 1
BS 1 10 RR1FS74JQ
BS 11 401 RR1FS74TF

RD RR1FS74JQ 401 0 0
TTTTTGGTTCTTCTTGCTCTCTGCGTGGACGGCGGCTAGTTTCAAACAACAGATCCGACA
ATGCCTAAGCAAATCCACGAGATCAAGGACTTTCTTCTGACAGCTAGAAGGAAGGATGCT
CGGTCTGTGAAGATCAAGAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCAAAG
TACCTCTACACGCTCTGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTTAAGCAGTCTCTT
CCTCCAGGTTTGAGTGTGCAAGACCTTTGAAGATGATGAATCCATATGAGAATATGTTTT
TGTTTACTTCAGCTATGTTCAGACTTTTTTGAGTATGACTATGTTTTCTGAAATTTTCTT
TTGTTTTAAAAGAATCAAATACGGTCTCTCTTGATCCTTTT

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1FS74TF 401 0 0
TTTTTGGTTC
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AGATCAAGAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCAAAGTACCTCTACA
CGCTCTGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTTAAGCAGTCTCTTCCTCCAGGTT
TGAGTGTGCAAGACCTTTGAAGATGATGAATCCATATGAGAATATGTTTTTGTTTACTTC
AGCTATGTTCAGACTTTTTTGAGTATGACTATGTTTTCTGAAATTTTCTTTTGTTTTAAA
AGAATCAAATACGGTCTCTCTTGATCCTTTT

QA 11 401 11 401
DS 



AS 1 3

CO CL1851Contig1 1309 3 5 U
GGAGTTTATTTCTAATTGAACAGAAGGTCTCAGATCAGAAAAAGTGCGAACGCCGTCGTG
GTTCTTCTTCTCGACGTACTCCACCGGCGAGGTTCCTCAAGGAAGAGGAGGCGCAAAATT
TGAACTAGTTATTTGCATAACAATGTCAGACACTGTACAAGAGCCTAAAACATCTCAAGA
TTCTCAACCTGCTCCTGCTGTCACACAAGAATCTCAATCTCAGCAAGTTTGCACTTTCTT
CAAGAAGCCATCTAAAGCTAAAAACATAAGGAAAAGACCTGCGGCTGATGCTGACGAAGA
AGACGACGATGATTCCAAAAGCGAGACCTCTATACTGAACAACCTCAAGAAAGTTGCTAA
ACCCGATAACAACAAGCTGTTTTTCTCCTCTGGACCATCCAAGATCTCTCCTACTACGGC
TCCTCCTGAGAAAGCCGTCGTCTTTCACTACGATTCGTCCAAGGAGATCCAGGTTCAAAA
CGACAGTAGAGCCACTGCCACTCTTGAAACCGAGACCGACTTCAACCAGGACGCACGAGC
CATCCGTGAGAGAGTCCTTAAGCGAGCTGACGAAGCCTTGAAAGGGAATAAAAAGAACAA
GGCTTCTGATGAGAAGCTCTACACTGGAATTCATGGGTACACGGATCACAAAGCTGGGTT
TAGAAGAGAGCAGACCATCTCCAGCGAGAAAGCTGGAGGCTCACACGGGCCTTTAAGAGC
TTCTGCGCACATCAGGGTATCCGCTAGGTTCGACTACCAGCCTGATATATGCAAAGATTA
CAAAGAAACTGGCTACTGTGGGTATGGAGACTCGTGTAAGTTTCTGCATGACCGTGGAGA
TTACAAACCTGGGTGGCAGATTGAGAAAGAGTGGGAAGAAGCTGAGAAAGTTAGGAAGAG
GAATAAAGCTATGGGAGTTGAAGATGAAGATGATGATGAGGCTGACAGCGAGGAAGATGA
AGATGCATTGCCCTTTGCTTGCTTCATTTGCAGAGAATCTTTCGCTGATCCAGTTGTGAC
CAAATGCAAACACTACTTCTGCGAGCATTGTGCTTTAAAGCATCACACGAAGAACAAGAA
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GAGAATGGCTGAAGAACGGAGTAAAGCTCAAGGATTGTGAAGTTTGTTTGTTCTTTCACA
GGCCAAAACTTACTTTCTCTTGTTTAAGGAATGCTTTTTGTCTGCTGCCTATATACTGTA
ATGGTCCTTTACAGATCAGGCGAGGAGTTCCTTATGTTTGATACTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1E047TF U 1
AF RR1A957TF U 171
AF RR1A957JQ C 521
BS 1 432 RR1E047TF
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GTTCTTCTTCTCGACGTACTCCACCGGCGAGGTTCCTCAAGGAAGAGGAGGCGCAAAATT
TGAACTAGTTATTTGCATAACAATGTCAGACACTGTACAAGAGCCTAAAACATCTCAAGA
TTCTCAACCTGCTCCTGCTGTCACACAAGAATCTCAATCTCAGCAAGTTTGCACTTTCTT
CAAGAAGCCATCTAAAGCTAAAAACATAAGGAAAAGACCTGCGGCTGATGCTGACGAAGA
AGACGACGATGATTCCAAAAGCGAGACCTCTATACTGAACAACCTCAAGAAAGTTGCTAA
ACCCGATAACAACAAGCTGTTTTTCTCCTCTGGACCATCCAAGATCTCTCCTACTACGGC
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DS 

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CTGCTGCTGCTGTCACACAAGAATCTCAATCTCAGCAAGTTTGCACTTTCTTCAAGAAGC
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ATGATTCCAAAAGCGAGACCTCTATACTGAACAACCTCAAGAAAGTTGCTAAACCCGATA
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AGAAAGCCGTCGTCTTTCACTACGATTCGTCCAAGGAGATCCAGGTTCAAAACGACAGTA
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AGAGAGTCCTTAAGCGAGCTGACGAAGCCTTGAAAGGGAATAAAAAGAACAAGGCTTCTG
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CTGGCTACTGTGGGTATGGAGACTCGTGTAAGTTTCTGCATGACCGTGGAGATTACAAAC
CTGGGTGGCAGATTGAGAAAGAGTGGGAAGAAGCTGAGAAAGTTAGGAAGAGGAATAAAG
CTATGGGAGTTGAAGATGAAGATGATGATGAGGCTGACAGCGAGGAAGATGAAGATGCAT
TGCCCTTTGCTTGCTTCATTTGCAGAGAATCTTTCGCTGATCCAGTTGTGACCAAATGCA
AACACTACTTCTGCGAGCATTGTGCTTTAAAGC

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ACGGATCACAAAGCTGGGTTTAGAAGAGAGCAGACCATCTCCAGCGAGAAAGCTGGAGGC
TCACACGGGCCTTTAAGAGCTTCTGCGCACATCAGGGTATCCGCTAGGTTCGACTACCAG
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GCTGAGAAAGTTAGGAAGAGGAATAAAGCTATGGGAGTTGAAGATGAAGATGATGATGAG
GCTGACAGCGAGGAAGATGAAGATGCATTGCCCTTTGCTTGCTTCATTTGCAGAGAATCT
TTCGCTGATCCAGTTGTGACCAAATGCAAACACTACTTCTGCGAGCATTGTGCTTTAAAG
CATCACACGAAGAACAAGAAGTGCTTTGTGTGTAACCAACCAACGATGGGGATTTTCAAT
GCAGCACATGAGATCAAGAAGAGAATGGCTGAAGAACGGAGTAAAGCTCAAGGATTGTGA
AGTTTGTTTGTTCTTTCACAGGCCAAAACTTACTTTCTCTTGTTTAAGGAATGCTTTTTG
TCTGCTGCCTATATACTGTAATGGTCCTTTACAGATCAGGCGAGGAGTTCCTTATGTTTG
ATACTTATC

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DS 



AS 1 4

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TTTCTCTTCTGACTTCGGAGGAGAAAGAAGAAGAAGAAAGTCAGTTACAACAAGGACTTC
AATGGCGCTCTCGAATACTATCTTCTCTGCTACTCATCCTCGCCCTTCTTCTTCCGCGAT
CAGCCGGCGAACTCGTTTCCCCGCTCAAATTCCACCTCCAGATCTATCGCTTGCTTTGAT
CGGTGATCGCCGCAACTTCGTAATGCCTCTATTGACGATGAGTATGAGAAACCGTGTATA
TACTTCGATTAACAGCACTGATGATGCCTCAGCTCCTTATCCGAAATCAGAAGACAACGA
CGATGACTCTGTTCCAATGCCAATGGTTTTTATAGACCAGGATGCTGACCCTGAAGCTAC
TATTGTACAACTCAGTTTTGGAGATCGTCTTGAGGCTCTCATTGACACTATGAGGGCGCT
GAAAGATTTGGGATTGGATGTAATAAAAGGAACTGTCACAACTGAAGGATCTGTTAAACA
GACAAG******************AGACACTGGTCGGAAAGTGGAAGATCCTGACTTGTT
GGAGCAAATTCGGTTAACAATCATCAACAATCTCTTGAAATACCATCCGGAATGTAGCGA
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TATCGCGACTCACATACATGTGAAGGAAGACGGACCAAAGAGGAGCCTGCTTTGCATAGA
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ATAGACGTCGAATCCGCAGAGATAGACACAGAAGGACTGGTTGCGAAAGATAAATTTCAC
GTAAGCTACCAAGGGCAAGCACTAAACAGTTCTTTGTCACAGGAGCTGGTGAACTGTCTG
CGTTACTTTCTGAGAAGGCCTGAAACTGACATCGATAGCTACTAGTGAACTTTTCTGTTC
AAAAACATAAACTGCTCTCTATCCTACTTCTTCACGCAGTCGTATCTGTGCTTCGTTCAA
GTCTTTTCTGTTTGGAAGATGATGTGAAAATTCCTGATATTAAAACTGAACCATTGTGGC
TATAAAAATAAATAAAGGTTCTTGACACTTGATTTTGGATCCTTTTGAAAATAATAAGAG
ACTCGATTTTGTTTAAAA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW57TF U 27
AF RR1A128TF U 1
AF RR1CF10JQ C 389
AF RR1A128JQ C 237
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BS 779 779 RR1A128JQ
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GTGGAA
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CTCATCCTCGCCCTTCTTCTTCCGCGATCAGCCGGCGAACTCGTTTCCCCGCTCAAATTC
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TGACGATGAGTATGAGAAACCGTGTATATACTTCGATTAACAGCACTGATGATGCCTCAG
CTCCTTATCCGAAATCAGAAGACAACGACGATGACTCT

QA 7 284 7 284
DS 

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AATGGCGCTCTCGAATACTATCTTCTCTGCTACTCATCCTCGCCCTTCTTCTTCCGCGAT
CAGCCGGCGAACTCGTTTCCCCGCTCAAATTCCACCTCCAGATCTATCGCTTGCTTTGAT
CGGTGATCGCCGCAACTTCGTAATGCCTCTATTGACGATGAGTATGAGAAACCGTGTATA
TACTTCGATTAACAGCACTGATGATGCCTCAGCTCCTTATCCGAAATCAGAAGACAACGA
CGATGACTCTGTTCCAATGCCAATGGTTTTTATAGACCAGGATGCTGACCCTGAAGCTAC
TATTGTACAACTCAGTTTTGGAGATCGTCTTGAGGCTCTCATTGACACTATGAGGGCGCT
GAAAGATTTGGGATTGGATGTAATAAAAGGAACTGTCACAACTGAAGGATCTGTTAAACA
GACAAG******************AGACACTGGTCGGAAAGTGGAAGATCCTGACTTGTT
GGAGCAAATTCGGTTAACAATCATCAACAATCTCTTGAAATACCATCCGGAATGTAGCGA
ACAACTTGCAATGGGTGAGACATTTGGAATAAAGGCTCCAGAAAATAAGGTTGATGTTGA
TATCGCGACTCACATACATGTGAAGGAAGACGGACCAAAGAGGAGCCTGCTTTGCATAGA
GACAGCGGACAGGCCAGGTCTGGTTTGTAGAGATGA*AAAAGTGATGGCTGATATCAAAC
ATAGACGTCGAATCCGCAGAGATAGACA

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DS 

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GGAACTGTCACAACTGAAGGATCTGTTAAACAGACAAGGTTTTCTATAACGAAACTAGAC
ACTGGTCGGAAAGTGGAAGATCCTGACTTGTTGGAGCAAATTCGGTTAACAATCATCAAC
AATCTCTTGAAATACCATCCGGAATGTAGCGAACAACTTGCAATGGGTGAGACATTTGGA
ATAAAGGCTCCAGAAAATAAGGTTGATGTTGATATCGCGACTCACATACATGTGAAGGAA
GACGGACCAAAGAGGAGCCTGCTTTGCATAGAGACAGCGGACAGGCCAGGTCTGGTT*GT
AGAGATGATAAAAGTGATGGTTGATATCAA*CATAGACGTCGAATCCGCAGAGATAGACA
CAGAAGGACTGGTTGCGAAAGATAAATTTCACGTAAGCTACCAAGGGCAAGCACTAAACA
GTTCTTTGTCACAGGAGCTGGTGAACTGTCTGCGTTACTTTCTGAGAAGGCCTGAAACTG
ACATCGATAGCTACTAGTGAACTTTTCTGTTCAAAAACATAAACTGCTCTCTATCCTACT
TCTTCACGCAGTCGTATCTGTGCTTCGTTCAAGTCTTTTCTGTTTGGAAGATGATGTGAA
AATTCCTGATATTAAAACTGAACCATTGTGGCTATAAAAATAAATAAAGGTTCTTGACAC
T
C

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DS 

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ACGACGATGACTCTGTTCCAATGCCAATGGTTTTTATAGACCAGGATGCTGACCCTGAAG
CTACTATTGTACAACTCAGTTTTGGAGATCGTCTTGAGGCTCTCATTGACACTATGAGGG
CGCTGAAAGATTTGGGATTGGATGTAATAAAAGGAACTGTCACAACTGAAGGATCTGTTA
AACAGACAAG******************AGACACTGGTCGGAAAGTGGAAGATCCTGACT
TGTTGGAGCAAATTCGGTTAACAATCATCAACAATCTCTTGAAATACCATCCGGAATGTA
GCGAACAACTTGCAATGGGTGAGACATTTGGAATAAAGGCTCCAGAAAATAAGGTTGATG
TTGATATCGCGACTCACATACATGTGAAGGAAGACGGACCAAAGAGGAGCCTGCTTTGCA
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AA*CATAGACGTCGAATCCGCAGAGATAGACACAGAAGGACTGGTTGCGAAAGATAAATT
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TTTGCGTTACTTTCTGAGAAGGCCTGAAACTGACATCGATAGCTACTAGTGAACTTTTCT
GTTCAAAAACATAAACTGCTCTCTATCCTACTTCTTCACGCAGTCGTATCTGTGCTTCGT
TCAAGTCTTTTCTGTTTGGAAGATGATGTGAAAATTCCTGATATTAAAACTGAACCATTG
TGGCTATAAAAATAAATAAAGGTTCTTGACACTTGATTTTGGATCCTTTTGAAAATAATA
AGAGACTCGATTTTGTTTAAAA

QA 1 922 1 922
DS 



AS 1 5

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TCTCTCTTTCCGATCTCAGATCTCTCGATCCCGTGAGATCTCTTCTTCCAAGGAATAGAA
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CGCTTGAGACCATTGACTCTCAGTTTCCCAAAGCCCCTTGTTGACTTTGCTAACAAACCC
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ATCAAAATCACTTGCTCACAAGAGACTGAGCCTATGGGTACTGCTGGTCCTCTGGCTCTA
GCTAGAGACAAACTGGTTGATGGATCTGGCGAGCCCTTCTTTGTCCTCAACAGTGATGTG
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ACTACAGGAAAAGTTGAGAAGTTTGTAGAGAAGCCAAAACTGTTTGTAGGCAACAAGATC
AACGCTGGGATCTACCTTCTAAACCCATCGGTTCTCGACAAGATCGAACTAAGACCAACA
TCAATCGAGAAAGAGACCTTCCCCAAGATTGCAGCAGCTCAAAGGGCTCTACGCCATGGT
GCTACCTGGATTCTGGATGGACATTGGACAACCCAAGGACTACATAACCGGCCTGAGACT
CTACTTAGACTCTCTGAGGAAGAAGTCTCCCGCCAAGCCAACCACTGGTGCACACATCGT
TGGGAATGTTCTGGTGGATGAAACCGCTAAGATTGGGGAAGGGTGTTTGATAGGACCAGA
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CTCAACGGTTGGGCAGTGGGCTAGGATTGAGAACATGACGATCTTGGGGGAAGATGTTCA
TGTTGGGGATGAGATATACACCAACGGAGGGGTTGTTTTGCCACACAAGGAGATCAAATC
CAACATCTTGAAGCCAGAGATAGTTATGTGATTATCTATGTGGGATCTTCTTTTTTGTTT
TTTGTGTATTTTCTCTCTCTCAAACTTTTTGCTTCTGCGTTATTCTTCTTTGGCTTTGAA
TAAAAGTATAAACAAAATGATGTATATCTATCTTGTTAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H782TF U 1
AF RR1AZ32TF U 6
AF RR1GR66TF U 434
AF RR1AZ32JQ C 771
AF RR1H782JQ C 956
BS 1 347 RR1H782TF
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BS 1103 1164 RR1AZ32JQ
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RD RR1H782TF 554 0 0
GGGATTTGCCAACAAAACTCTTTCCTTTCCTCATCATCACAGCTCAGCCTGACCCCCAAC
TCTCTCTTTCCGATCTCAGATCTCTCGATCCCGTGAGATCTCTTCTTCCAAGGAATAGAA
AGAGTGTAGTTTGAGTCCTAGAAGATGAAGGCTCTCATTCTTGTTGGAGGGTTCGGGACT
CGCTTGAGACCATTGACTCTCAGTTTCCCAAAGCCCCTTGTTGACTTTGCTAACAAACCC
ATGATCCTTCATCAGATAGAGGCGCTCAAGGCAGTTGGAGTTGACGAAGTGGTTTTGGCC
ATCAATTACCAACCAGAGGTGATGCTTAACTTCTTGAAGGACTTTGAGGCAAAGCTCGAA
ATCAAAATCACTTGCTCACAAGAGACTGAGCCTATGGGTACTGCTGGTCCTCTGGCTCTA
GCTAGAGACAAACTGGTTGATGGATCTGGCGAGCCCTTCTTTGTCCTCAACAGTGATGTG
ATCAGTGAGTACCCTCTCAAAGAGATGATTGAGTTTCACAAAGCTCACGGTGGTGAAGCC
TCCATTATGGTGAC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR1AZ32TF 808 0 0
GG
GCCAACAAAACTCTTTCCTTTCCTCATCATCACAGCTCAGCCTGACCCCCAACTCTCTCT
TTCCGATCTCAGATCTCTCGATCCCGTGAGATCTCTTCTTCCAAGGAATAGAAAGAGTGT
AGTTTGAGTCCTAGAAGATGAAGGCTCTCATTCTTGTTGGAGGGTTCGGGACTCGCTTGA
GACCATTGACTCTCAGTTTCCCAAAGCCCCTTGTTGACTTTGCTAACAAACCCATGATCC
TTCATCAGATAGAGGCGCTCAAGGCAGTTGGAGTTGACGAAGTGGTTTTGGCCATCAATT
ACCAACCAGAGGTGATGCTTAACTTCTTGAAGGACTTTGAAGCAAAGCTCGAAATCAAAA
TCACTTGCTCACAAGAGACTGAGCCTATGGGTACTGCTGGTCCTCTGGCTCTAGCTAGAG
ACAAACTGGTTGATGGATCTGGCGAGCCCTTCTTTGTCCTCAACAGTGATGTGATCAGTG
AGTACCCTCTCAAAGAGATGATTGAGTTTCACAAAGCTCACGGTGGTGAAGCCTCCATTA
TGGTGACAAAGGTTGATGAACCGTCCAAGTATGGAGTTGTTGTGATGGATGAAACTACAG
GAAAAGTTGAGAAGTTTGTAGAGAAGCCAAAACTGTTTGTAGGCAACAAGATCAACGCTG
GGATTTACCTTCTGAACCCATCGGTTCTCGACAAGATCGAACTAAGACCAACGTCAATCG
AGAAAGAGACCTTCCCCAAGATTGCAGCAGCTCAAAGGGCTCTACGCCATGGTGCTACCT
GGATTCTGGATGGACATTGGACAACC

QA 3 808 3 808
DS 

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G
GGTTGATGGATCTGGCGAGCCCTTCTTTGTCCTCAACAGTGATGTGATCAGTGAGTACCC
TCTCAAAGAGATGATTGAGTTTCACAAAGCTCACGGTGGTGAAGCCTCCATTATGGTGAC
AAAGGTTGATGAACCGTCCAAGTATGGAGTTGTTGTCATGGATGAAGCTACAGGAAAAGT
TGAGAAGTTTGTGGAGAAGCCAAAACTGTTTGTAGGCAACAAGATCAACGCTGGGATCTA
CCTTCTAAACCCATCGGTTCTCGACAAGATCGAGCTAAGACCAACATCGATCGAGAAAGA
GACCTTCCCCAAGATTGCAGCAGCTCAA*GGGCTCTACGCCATGGTGCTACCTGGATTCT
GGATGGACATTGGACAACCCAAGGACTACATAACCGGCCTGAGACTCTACTTAGACTCTC
TGAGGAAGAAGTCTCCTGCCAAGCTAACCACTGGTGCACACATCGTTGGGAATGTTCTGG
TGGATGAAACCGCTAAGATTGGGGAAGGGTGTTTGATAGGACCAGACGTGGCCATTGGTC
CAGGATGCGTTGTTGAGTCAGGGGTTAGGCTTTCACGGTGCACGGTCATGCGTGGGGCAA
GGATCAAGAAGCATGCGTGTGTCTCGAGCAGTATCGTAGG*TGGCACTCAACGGTTGGGC
AGTGGGCT

QA 2 669 2 669
DS 

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GCCTGAGACTCTACTTGGACTCTCTGAGGAAGAAGTCTCCCGCCAAGCCGACCACTGGTG
CACACATTGTTGGGAATGTTTTGGTGGATGAAACCGCTAAGATTGGGGAAGGGTGTTTGA
TAGGACCAGACGTGGCCATTGGTCCGGGCTGCGTTGTTGAGTCAGGGGTGAGGCTTTCAC
GGTGCACGGTCATGCGTGGGGCAAGGATCAAGAAGCATGCGTGTGTCTCGAGCAGTATCG
TAGGGTGGCACTCAACGGTTGGGCAGTGGGCTAGGATTGAGAACATGACGATCTTGGGGG
AAGATGTTCATGTTGGGGATGAGATATACACCAATGGAGGGGTTGTTTTGCCACACAAGG
AGATCAAATCCAACATCTTGAAGCCAGAGATAGTTATGTGATTATCTATGTGGGATCTTC
TTTTTTGTTTTTTGTGTATTTTCTCTCTCTCAAACTTTTTGCTTTTGCGTTATTTTTCTT
TGGCTTTGAATAAAAGTATAAACAAAATGATGTATATCTATCTTGTTAGAC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1H782JQ 378 0 0
CCGC
ACGTGGCCATTGGTCCGGGCTGCGTTGTTGAGTCAGGGGTGAGGCTTTCACGGTGCACGG
TCATGCGTGGGGCAAGGATCAAGAAGCATGCGTGTGTCTCGAGCAGTATCGTAGGGTAGC
ACTCAACGGTTGGGCAGTGGGCTAGGATTGAGAACATGACGATCTTGGGGGAAGATGTTC
ATGTTGGGGATGAGATATACACCAACGGAGGGGTTGTTTTGCCACACAAGGAGATCAAAT
CCAACATCTTGAAGCCAGAGATAGTTATGTGATTATCTATGTGGGATCTTCTTTTTTGTT
TTTTGTGTATTTTCTCTCTCTCAAACTTTTTGCTTCTGTGTTATTCTTCTTTGGCTTTGA
ATAAAAGTATAA
GC

QA 5 376 5 376
DS 



AS 2 4

CO CL1854Contig1 1423 2 2 U
GGATTGTCTCTCTGAAATAACTTTCCTTTACACTTTCTCATCGAAGCAGACATTGTACAA
TAACCTCCTCTAAAGGATGTCACTTTCTTCCCCCTTCAACGTCATCGCTTCCTACACACT
CAAACCCAAAACCTTCCTCAGAGATTCCAAACTCGTTTCACGATCTCACCACTCCTTTCC
TCTCCCTTCCACTCTCCAAACCCACGAACCCTCCTCGAACAATCTCTTCAAGCTCACGAA
GATATCAAGACTCAATCCAATTTCATCTCTTGGAATCTCAGAGACCGATGCATCGTCTTC
TTCCTCTACCTTCAGGAACAAACCCCCCAGCGAGATAAACGTCCTCGTCGTCGGCTCCAC
AGGGTACATAGGCAGATTCGTGGTGAAAGAGCTAGTCAAAAGAGGCTTCAACGTGATCGC
CGTGGCGAGAGAGAAGAGCGGCGTCAGAGGCAAAAACGACAAGGAAGAGACTTTGAAACA
GCTCCGAGGCTCCAACGTGTGTTTCTCAGACGTCACCGATTTAAACTCTCTCGAACAATC
TGTCGGAAACCTAGGCTTAGGCATCGACGTCGTCGTCTCCTGTCTCTCTAGCCGTAACGG
AGGCATCAAGACTCGTGGAAGATCGACTACGAAGCGACCAAGAACAGTCTCCTCGCAGGG
AAGAAGCATGGCGCGACGCACTTCGTCCTCCTCTCCGCCATCTGCGTCCAGAAGCCTCTC
CTCGAGTTCCAGCGAGCCAAGCTCAAGTTCGAATCCGAGCTGATGATGCAAGACTCCACC
TTTACCTACAGCATCGTGAGACCGACGGCTTTCTTCAAGAGCTTAGGCGGACAGGTGGAG
ATAGTCAAAGACGGGAAGCCTTACGTGATGTTCGGAGACGGGAAGCTCTGCGCTTGCAAA
CCCATCAGCGAGGAGGATTTAGCTTCGTTCATAGCGGACTGCGTGGTGGAAGAGGAGAAG
ATCAATAAGGTGTTGCCTATTGGGGGTCCGGGGAAGGCGTTGACGCCGTTGGAGCAAGGG
GAGATTCTGTTTAGGATACTTGGGAGAGAGCCTAGGTTCTTGAGAGTGCCTATATAGATT
ATGGACTTTGTGATTGGTGTTCTTGACGGTGTGGCGAAGGTGTTTCCTGGTGTTGCGGAG
GCTGCTGAGTTCGGGAAGATTGGGAGGTACTATGCGGCGGAGAGTATGTTGATTCTTGAT
CCGGAGACTGGGGAGTATAGTGAGGAGATGACGCCTAGTTATGGGAAGGATACGCTTGAG
GAGTTTTTTGAGAAGGTTGTTAGGGAAGGGATGGCTGGTCAAGAGCTTGGCGAACAGTTC
TTCTAGTTGGGAGAGAGTTTGAGCTGTGTTAAGTGTTATAAAAGCTGTGAATTTGAGAGA
TTTGTTGATCCGAACAAGAGTTATGAAACATATAATCACAGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D009TF U 1
AF RR1D009JQ C 636
BS 1 807 RR1D009TF
BS 808 1423 RR1D009JQ

RD RR1D009TF 807 0 0
GGATTGTCTCTCTGAAATAACTTTCCTTTACACTTTCTCATCGAAGCAGACATTGTACAA
TAACCTCCTCTAAAGGATGTCACTTTCTTCCCCCTTCAACGTCATCGCTTCCTACACACT
CAAACCCAAAACCTTCCTCAGAGATTCCAAACTCGTTTCACGATCTCACCACTCCTTTCC
TCTCCCTTCCACTCTCCAAACCCACGAACCCTCCTCGAACAATCTCTTCAAGCTCACGAA
GATATCAAGACTCAATCCAATTTCATCTCTTGGAATCTCAGAGACCGATGCATCGTCTTC
TTCCTCTACCTTCAGGAACAAACCCCCCAGCGAGATAAACGTCCTCGTCGTCGGCTCCAC
AGGGTACATAGGCAGATTCGTGGTGAAAGAGCTAGTCAAAAGAGGCTTCAACGTGATCGC
CGTGGCGAGAGAGAAGAGCGGCGTCAGAGGCAAAAACGACAAGGAAGAGACTTTGAAACA
GCTCCGAGGCTCCAACGTGTGTTTCTCAGACGTCACCGATTTAAACTCTCTCGAACAATC
TGTCGGAAACCTAGGCTTAGGCATCGACGTCGTCGTCTCCTGTCTCTCTAGCCGTAACGG
AGGCATCAAGACTCGTGGAAGATCGACTACGAAGCGACCAAGAACAGTCTCCTCGCAGGG
AAGAAGCATGGCGCGACGCACTTCGTCCTCCTCTCCGCCATCTGCGTCCAGAAGCCTCTC
CTCGAGTTCCAGCGAGCCAAGCTCAAGTTCGAATCCGAGCTGATGATGCAAGACTCCACC
TTTACCTACAGCATCGTGAGACCGACG

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1D009JQ 788 0 0
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CGCCATCTGCGTCCAGAAGCCTCTCCTCGAGTTCCAGCGAGCCAAGCTCAAGTTCGAATC
CGAGCTGATGATGCAAGACTCCACCTTTACCTACAGCATCGTGAGACCGACGGCTTTCTT
CAAGAGCTTAGGCGGACAGGTGGAGATAGTCAAAGACGGGAAGCCTTACGTGATGTTCGG
AGACGGGAAGCTCTGCGCTTGCAAACCCATCAGCGAGGAGGATTTAGCTTCGTTCATAGC
GGACTGCGTGGTGGAAGAGGAGAAGATCAATAAGGTGTTGCCTATTGGGGGTCCGGGGAA
GGCGTTGACGCCGTTGGAGCAAGGGGAGATTCTGTTTAGGATACTTGGGAGAGAGCCTAG
GTTCTTGAGAGTGCCTATATAGATTATGGACTTTGTGATTGGTGTTCTTGACGGTGTGGC
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GGCGGAGAGTATGTTGATTCTTGATCCGGAGACTGGGGAGTATAGTGAGGAGATGACGCC
TAGTTATGGGAAGGATACGCTTGAGGAGTTTTTTGAGAAGGTTGTTAGGGAAGGGATGGC
TGGTCAAGAGCTTGGCGAACAGTTCTTCTAGTTGGGAGAGAGTTTGAGCTGTGTTAAGTG
TTATAAAAGCTGTGAATTTGAGAGATTTGTTGATCCGAACAAGAGTTATGAAACATATAA
TCACAGGT

QA 1 788 1 788
DS 



CO CL1854Contig2 788 2 5 U
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AACAGTCTCCTCGAGTTCCAGCGAGCCAAGCTCAAGTTCGAATCCGAGCTGATGATGCAA
GACTCCACCTTTACCTACAGCATCGTGAGACCGACGGCTTTCTTCAAGAGCTTAGGCGGA
CAGGTGGAGATAGTCAAAGACGGGAAGCCTTACGTGATGTTCGGAGACGGGAAGCTCTGC
GCTTGCAAACCCATCAGCGAGGAGGATTTAGCTTCGTTCATAGCGGACTGCGTGGTGGAA
GAGGAGAAGATCAATAAGGTGTTGCCTATTGGGGGTCCGGGGAAGGCGTTGACGCCGTTG
GAGCAAGGGGAGATTCTGTTTAGGATACTTGGGAGAGAGCCTAAGTTCTTGAGAGTGCCT
ATAGAGATTATGGACTTTGTGATTGGTGTTCTTGACGGTGTGGCGAAGGTGTTTCCTGGT
GTTGCAGAGGCTGCTGAGTTCGGGAAGATTGGGAGGTACTATGCGGCGGAGAGTATGTTG
ATTCTTGATCCGGAGACTGGGGAGTATAGTGAGGAGATGACGCCTAGTTATGGGAAGGAT
ACGCTTGAGGAGTTTTTTGAGAAGGTTGTTAGGGAAGGGATGGCTGGTCAAGTGCTTGGC
GAACAGTTCTTCTAGTTGGGAGAGAGTTTGAGCTGTGTTAAGTGTTATAAAAGCTGTGAA
TTTGAGAGATTTGTTGATCCGAACAAGAGTTATGAAACATATAATCACAGGTAATTTTTT
CCTGGATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV87TF U 71
AF RR1FD76JQ C 1
BS 1 71 RR1FD76JQ
BS 72 582 RR1BV87TF
BS 583 583 RR1FD76JQ
BS 584 621 RR1BV87TF
BS 622 788 RR1FD76JQ

RD RR1BV87TF 551 0 0
G
CGAGTTCCAGCGAGCCAAGCTCAAGTTCGAATCCGAGCTGATGATGCAAGACTCCACCTT
TACCTACAGCATCGTGAGACCGACGGCTTTCTTCAAGAGCTTAGGCGGACAGGTGGAGAT
AGTCAAAGACGGGAAGCCTTACGTGATGTTCGGAGACGGGAAGCTCTGCGCTTGCAAACC
CATCAGCGAGGAGGATTTAGCTTCGTTCATAGCGGACTGCGTGGTGGAAGAGGAGAAGAT
CAATAAGGTGTTGCCTATTGGGGGTCCGGGGAAGGCGTTGACGCCGTTGGAGCAAGGGGA
GATTCTGTTTAGGATACTTGGGAGAGAGCCTAAGTTCTTGAGAGTGCCTATAGAGATTAT
GGACTTTGTGATTGGTGTTCTTGACGGTGTGGCGAAGGTGTTTCCTGGTGTTGCAGAGGC
TGCTGAGTTCGGGAAGATTGGGAGGTACTATGCGGCGGAGAGTATGTTGATTCTTGATCC
GGAGACTGGGGAGTATAGTGAGGAGATGACGTCTAGTTATGGGAAGGATACGCTTGAGGA
GTTTTTTGAG

QA 2 551 2 551
DS 

RD RR1FD76JQ 788 0 0
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AACAGTCTCCTCGAGTTCCAGCGAGCCAAGCTCAAGTTCGAATCCGAGCTGATGATGCAA
GACTCCACCTTTACCTACAGCATCGTGAGACCGACGGCTTTCTTCAAGAGCTTAGGCGGA
CAGGTGGAGATAGTCAAAGACGGGAAGCCTTACGTGATGTTCGGAGACGGGAAGCTCTGC
GCTTGCAAACCCATCAGCGAGGAGGATTTAGCTTCGTTCATAGCGGACTGCGTGGTGGAA
GAGGAGAAGATCAATAAGGTGTTGCCTATTGGGGGTCCGGGGAAGGCGTTGACGCCGTTG
GAGCAAGGGGAGATTCTGTTTAGGATACTTGGGAGAGAGCCTAAGTTCTTGAGAGTGCCT
ATAGAGATTATGGACTTTGTGATTGGTGTTCTTGACGGTGTGGCGAAGGTGTTTCCTGGT
GTTGCGGAGGCTGCTGAGTTCGGGAAGATTGGGAGGTACTATGCGGCGGAGAGTATGTTG
ATTCTTGATCCGGAGACTGGGGAGTATAGTGAGGAGATGACGCCTAGTTATGGGAAGGAT
ACGCTTGAGGAGTTTTTTGAGAAGGTTGTTAGGGAAGGGATGGCTGGTCAAGTGCTTGGC
GAACAGTTCTTCTAGTTGGGAGAGAGTTTGAGCTGTGTTAAGTGTTATAAAAGCTGTGAA
TTTGAGAGATTTGTTGATCCGAACAAGAGTTATGAAACATATAATCACAGGTAATTTTTT
CCTGGATC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 5

CO CL1855Contig1 743 5 9 U
GGAATAAAATACCTAACCTGAATATACAAGTTGGTCTTATTACACTCTATGTTCTCACAT
AAACAAAATAATTAACAAAAGAATTCAAACATCAACAAGAAAAAGAAACTGGAAAAAGAA
ACACACAAAGACAGGTATGGTTTCATTCAGTTCTCTTCTCCACGTCATCATCCTCAGCAA
GCATATACCTCTTCCAGAACCAATGTGGCTTCCACACTCTCTCCCTCATGTCATCAATAG
CGACTCCTTTAGTTTCCGGTACGAAAAACATCGCAAACAGTCCCATCACAATGATCCAAG
CGCTGAAGAAGAAGAAAATCCCCGATCTCATCCCGCAAAGCATCGACAAGAAAGCCTGAG
CGATCACGAAGGTGAAGAACATGTTGCACGAGACCGCAACAGCGAATCCTGCAGTTCGAG
TTTCTAGAGGAAACGTCTCGCTAGGAATCAGCCATCCTAAAGGTCCCCATGACCACGCGA
AACCCATCACGTAAACGCACACAAAGATCACAACCACTAAGGCTTGTGGCTTCCCTAGTG
ATTCCGTGGTGCCCAAGTCTTTCGCTAGGATGATTCCAATGATCAACTGGCAAATGAGCA
TGTGAACGGAAGATTGGAGAAGAAGGAATCTCCGTCCGGTTCTATCGACGAGGTAAATCC
CGACGAACGTACTGAGAACATTGATAACTCCGGTGATAACCGCAGAGAGAAGAGCTGCAT
CGCTTCCAAAGCCAACGGTCTGG


BQ
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DY28JQ U 1
AF RR1FO27TF C 1
AF RR1E121JQ U 1
AF RR1E121TF C 4
AF RR1CV74JQ U 1
BS 1 221 RR1CV74JQ
BS 222 222 RR1DY28JQ
BS 223 354 RR1CV74JQ
BS 355 355 RR1E121JQ
BS 356 510 RR1CV74JQ
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BS 543 543 RR1E121JQ
BS 544 743 RR1CV74JQ

RD RR1DY28JQ 305 0 0
GGAATAAAATACCTAACCTGAATATACAAGTTGGTCTTATTACACTCTATGTTCTCACAT
AAACAAAATAATTAACAAAAGAATTCAAACATCAACAAGAAAAAGAAACTGGAAAAAGAA
ACACACAAAGACAGGTATGGTTTCATTCAGTTCTCTTCTCCACGTCATCATCCTCAGCAA
GCATATACCTCTTCCAGAACCAATGTGGCTTCCACACTCTCTCCCTCATGTCATCAATAG
CGACTCCTTTAGTTTCCGGTACGAAAAACATCGCAAACAGTCCCATCACAATGATCCAAG
CGCTG

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR1FO27TF 444 0 0
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AAACAAAATAATTAACAAAAGAATTCAAACATCAACAAGAAAAAGAAACTGGAAAAAGAA
ACACACAAAGACAGGTATGGTTTCATTCAGTTCTCTTCTCCACGTCATCATCCTCAGCAA
GCATATACCTCTTCCAGAACCAATGTGGCTTCCACACTCTCTCCCTCATGTCATCAATAG
CGACTCCTTTAGTTTCCGGTACGAAAAACATCGCAAACAGTCCCATCACAATGATCCAAG
CGCTGAAGAAGAAGAAAATCCCCGATCTCATCCCGCAAAGCATCGACAAGAAAGCCTGAG
CGATCACGAAGGTGAAGAACATGTTGCACGAGACCGCAACAGCGAATCCTGCAGTTCGAG
TTTCTAGAGGAAACGTCTCGC
CCT

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR1E121JQ 560 0 0
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AAACAAAATAATTAACAAAAGAATTCAAACATCAACAAGAAAACGAAACTGGAAAAAGAA
ACACACAAAGACAGGTATGGTTTCATTCAGTTCTCTTCTCCACGTCATCATCCTCAGCAA
GCATATACCTCTTCCAGAACCAATGTGGCTTCCACACTCTCTCCCTCATGTCATCAATAG
CGACTCCTTTAGTTTCCGGTACGAAAAACATCGCAAACAGTCCCATCACAATGATCCAAG
CGCTGAAGAAGAAGAAAATCCCCGATCTCATCCCGCAAAGCATCGACAAGAAAGCCTGAG
CGATCACGAAGGTGAAGAACATGTTGCACGAGACCGCAACAGCGAATCCTGCAGTTCGAG
TTTCTAGAGGAAACGTCTCGCTAGGAATCAGCCATCCTAAAGGTCCCCATGACCACGCGA
AACCCATCACGTAAACGCACACAAAGATCACAACCACTAAGGCTTGTGGCTTCCCTAGTG
ATTCCGTGGTGCCCAAGTC
C

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1E121TF 557 0 0
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CAAAATAATTAACAAAAGAATTCAAACATCAACAAGAAAACGAAACTGGAAAAAGAAACA
CACAAAGACAGGTATGGTTTCATTCAGTTCTCTTCTCCACGTCATCATCCTCAGCAAGCA
TATACCTCTTCCAGAACCAATGTGGCTTCCACACTCTCTCCCTCATGTCATCAATAGCGA
CTCCTTTAGTTTCCGGTACGAAAAACATCGCAAACAGTCCCATCACAATGATCCAAGCGC
TGAAGAAGAAGAAAATCCCCGATCTCATCCCGCAAAGCATCGACAAGAAAGCCTGAGCGA
TCACGAAGGTGAAGAACATGTTGCACGAGACCGCAACAGCGAATCCTGCAGTTCGAGTTT
CTAGAGGAAACGTCTCGCTAGGAATCAGCCATCCTAAAGGTCCCCATGACCACGCGAAAC
CCATCACGTAAACGCACACAAAGATCACAACCACTAAGGCTTGTGGCTTCCCTAGTGATT
CCGTGGTGCCCAAGTC
C

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1CV74JQ 743 0 0
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AAACAAAATAATTAACAAAAGAATTCAAACATCAACAAGAAAAAGAAACTGGAAAAAGAA
ACACACAAAGACAGGTATGGTTTCATTCAGTTCTCTTCTCCACGTCATCATCCTCAGCAA
GCATATACCTCTTCCAGAACCAATGTGGCTTCCACACTCTCCCCCTCATGTCATCAATAG
CGACTCCTTTAGTTTCCGGTACGAAAAACATCGCAAACAGTCCCATCACAATGATCCAAG
CGCTGAAGAAGAAGAAAATCCCCGATCTCATCCCGCAAAGCATCGACAAGAAAGTCTGAG
CGATCACGAAGGTGAAGAACATGTTGCACGAGACCGCAACAGCGAATCCTGCAGTTCGAG
TTTCTAGAGGAAACGTCTCGCTAGGAATCAGCCATCCTAAAGGTCCCCATGACCACGCGA
AACCCATCACGTAAACGCACACAAAGATCAAAACCACTAAGGCTTGTGGCTTCCCTAGTG
ATCCCGTGGTGCCCAAGTCTTTCGCTAGGATGATTCCAATGATCAACTGGCAAATGAGCA
TGTGAACGGAAGATTGGAGAAGAAGGAATCTCCGTCCGGTTCTATCGACGAGGTAAATCC
CGACGAACGTACTGAGAACATTGATAACTCCGGTGATAACCGCAGAGAGAAGAGCTGCAT
CGCTTCCAAAGCCAACGGTCTGG

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 5

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GGGCGTTCACCCCGAAAGGCCTATCTACCTATTAACCCGGCGAGATCTGCAACTCTTCCC
GGCGGTCGAGAAAAAATGGTAGCGGCAAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAAGGAATCAAC
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AAATCCCTTCGCAGCTCCAAAGGTAAGTTGATTCTGATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTG
AGGAGATCAGAGATCGAGTACTACGCTATGCTTGCTAAAGTCGGTGTTCATCATTACAAT
GGCAACAATGTCGATTTGGGTACTGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTCTCTTGCCTCAGC
ATCGTTGATCCTGGTGATTCCGACATCATCAAGTCACTTCCTGGCGACCAGTGATTTTTG
GTTTTGTTCGGTTGTTACGGTCTTAGCCATGTTTTGTTTGATTTTATGCAATGTGTTCTT
GGAAAAGACAGAATGTGTTTGGTTTCTTTCTTAAACTCCTTAATTACAGTTTCGTCTCTA
CTGATGGAACCAGTTGCATGAAATGAAACTTTAGGTTAACTTTTTTTCCCAATTGCTATA
GACTTGTTCAC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC59JQ C 49
AF RR1CC59TF U 256
AF RR1GU48TF U 1
AF RR1DY11JQ C 1
AF RR1BU69TF U 1
BS 1 403 RR1BU69TF
BS 404 404 RR1CC59TF
BS 405 611 RR1BU69TF

RD RR1CC59JQ 479 0 0
GCAACTCTTCCCGGCGGTCGAGAAAAAATGGTAGCGGCAAAGAAGACGAAGAAGTCCCAT
GAAGGAATCAACAGCAGATTAGCTCTGGTCATGGAGAGTGGAAAGTACACTCTCGGCTAC
AAATCTGTTCTCAAATCCCTTCGCAGCTCCAAAGGTAAGTTGATTCTGATCTCGAGTAAC
TGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGAGATCGAGTACTACGCTATGCTTGCTAAAGTCAGTGTT
CATCATTACAATGGCAACAATGTCGATTTGGGTACTGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTC
TCTTGCCTCAGCATCGTTGATCCTGGTGATTCCGACATCATCAAGTCACTTCCTGGCGAC
CAGTGATTTTTGGTTTTGTTCGGTTGTTACGGTCTTAGCCATGTTTTGTTTGATTTTATG
CAATGTGTTCTTGGAAAAGACAGAATGTGTTTGGTTCCTTTCTTAAACTCCTTAATTAC

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR1CC59TF 272 0 0
GAGTACTACGCTATGCTTGCTAAAGTCAGTGTTCATCATTACAATGGCAACAATGTCGAT
TTGGGTACTGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTCTCTTGCCTCAGCATCGTTGATCCTGGT
GATTCCGACATCATCAAGTCACTTCCTGGCGACCAGTGATTTTTGGTTTTGTTCGGTTGT
TACGGTCTTAGCCATGTTTTGTTTGATTTTATGCAATGTGTTCTTGGAAAAGACAGAATG
TGTTTGGTTCCTTTCTTAAACTCCTTAATTAC

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR1GU48TF 519 0 0
GGGCGTTCACCCCGAAAGGCCTATCTACCTATTAACCCGGCGAGATCTGCAACTCTTCCC
GGCGGTCGAGAAAAAATGGTAGCGGCAAAGAAGACGTAGAAGTCCCATGAAGGAATCAAC
AGCAGATTAGCTCTGGTCATGAAGAGTGGAAAGTACACTCTCGGCTACAAATCTGTTCTC
AAATCCCTTCGCAGCTCCAAAGGTAAGTTGATTCTGATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTG
AGGAGATCAGAGATCGAGTACTACGCTATGCTTGCTAAAGTCGGTGTTCATCATTACAAT
GGCAACAATGTCGATTTGGGTACTGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTCTCTTGCCTCAGC
ATCGTTGATCCTGGTGATTCCGACATCATCAAGTCACTTCCTGGCGACCAGTGATTTTTG
GTTTTGTTCGGTTGTTACGGTCTTAGCCATGTTTTGTTTGATTTTATGCAATGTGTTCTT
GGAAAAGACAGAATGTGTTTGGTTTCTTTCTTAAACTCC

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1DY11JQ 585 0 0
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GGCGGTCGAGAAAAAATGGTAGCGGCAAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAAGGAATCAAC
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AAATCCCTTCGCAGCTCCAAAGGTAAGTTGATTCTGATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTG
AGGAGATCAGAGATCGAGTACTACGCTATGCTTGCTAAAGTCGGTGTTCATCATTACAAT
GGCAACAATGTCGATTTGGGTACTGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTCTCTTGCCTCAGC
ATCGTTGATCCTGGTGATTCCGACATCATCAAGTCACTTCCTGGCGACCAGTGATTTTTG
GTTTTGTTCGGTTGTTACGGTCTTAGCCATGTTTTGTTTGATTTTATGCAATGTGTTCTT
GGAAAAGACAGAATGTGTTTGGTTTCTTTTTTAAACTCCTTAATTACAGTTTCGTCTCTA
CTGATGGAACCAGTTGCATGAAATGAAACTTTAGGTTAACTTTT
C

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1BU69TF 611 0 0
GGGCGTTCACCCCGAAAGGCCTATCTACCTATTAACCCGGCGAGATCTGCAACTCTTCCC
GGCGGTCGAGAAAAAATGGTAGCGGCAAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAAGGAATCAAC
AGCAGATTAGCTCTGGTCATGAAGAGTGGAAAGTACACTCTCGGCTACAAATCTGTTCTC
AAATCCCTTCGCAGCTCCAAAGGTAAGTTGATTCTGATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTG
AGGAGATCAGAGATCGAGTACTACGCTATGCTTGCTAAAGTCGGTGTTCATCATTACAAT
GGCAACAATGTCGATTTGGGTACTGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTCTCTTGCCTCAGC
ATCGTTGATCCTGGTGATTCCGACATCATCAAGTCACTTCCTG*CGACCAGTGATTTTTG
GTTTTGTTCGGTTGTTACGGTCTTAGCCATGTTTTGTTTGATTTTATGCAATGTGTTCTT
GGAAAAGACAGAATGTGTTTGGTTTCTTTCTTAAACTCCTTAATTACAGTTTCGTCTCTA
CTGATGGAACCAGTTGCATGAAATGAAACTTTAGGTTAACTTTTTTTCCCAATTGCTATA
GACTTGTTCAC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 5

CO CL1857Contig1 711 5 8 U
GGAACAACTTGTCTTTTATTCAATCCAAAGAGAGATTCTTAATATCCACCTGATTCGAAA
ACATTTAAAGTAAACAGACTTTCAAACACACTTAGAATTCCACCTAATAAGCCTCACACA
AACAGAGCAAACTTGGAAGGTTAAGATGCCATTGCACCAATGTTGTTCTTATTCATAAAA
GAGAGAGAAAAAAAAGGAAAGGACTTTATCCTTGCTCAGAAGAAAAGAAACACGATGACA
TCTTTGATAACGATGATCTGGAACAAGCCCAGAGAGATGACCATAAGATTCCTGGTCATC
TCCTGGTGAACATAATCCGCCAAAACTTCTTCCATCCCTGCGTTAATGTGAAACAGAACA
GGGATCTTCCGTACGAGAGATGCGTTACTGTAACCTCGAGACGGTGGGAGACGAGCGAAT
TTGGCGAGATCAGATTGCCCGAGAGAAGAAACCGAACGATCGGCGGCGGCGAGATTCCCG
GAGTTAGGTTTCTGGGTTAGGGAGAATGGGATCGAGGAGATTTCTCTTCCGATTGGGTTC
CTCACGGCCGCGGATGCAGCGCACGGGGAGGAGATGTTACTCATCGAGAAAGGTGACGCC
TTTGAGAGAGATAGGTTGTGGGTTTGGCGGTGGAGACCGAGGATAGAGCGGCGGAGAGAC
ATCGCGGCGTAGGAGAGATTCCCAATTCTACTGTTCTTGAAATTAGATCCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC59JQ U 234
AF RR1GZ91JQ U 1
AF RR1G094JQ U 1
AF RR1G094TF C 109
AF RR1GZ91TFB C 111
BS 1 376 RR1G094JQ
BS 377 377 RR1GZ91JQ
BS 378 417 RR1G094JQ
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BS 444 603 RR1G094JQ
BS 604 711 RR1G094TF

RD RR1FC59JQ 213 0 0
GATGACATCTTTGATAACGATGATCTGGAACAAGCCCAGAGAGATGACCATAAGATTCCT
GGTCATCTCCTGGTGAACATAATCCGCCAAAACTTCTTCCATCCCTGCATTGATGTGAAA
CAAAACAGGGATCTTCCGTACGAGAGATGCGTTACTGTAACCTCGAGACGGTGGGAGACG
AGCGAATTTGGCGAGATCAGATTGCCCAAGAGA

QA 1 213 1 213
DS 

RD RR1GZ91JQ 571 0 0
GT
AACAACTTGTCTTTTATTCAATCCAAAGAGAGATTCTTAATATCCACCTGATTCGAAAAC
ATTTAAAGTAAACAGACTTTCAAACACACTTAGAATTCCACCTAATAAGCCTCACACAAA
CAGAGCAAACTTGGAAGGTTAAGATGCCATTGCACCAATGTTGTTCTTATTCATAAAAGA
GAGAGAAAAAAAAGGAAAGGACTTTATCCTTGCTCAGAAGAAAAGAAACACGATGACATC
TTTGATAACGATGATCTGGAACAAGCCCAGAGAGATGACCATAAGATTCCTGGTCATCTC
CTGGTGAACATAATCCGCCAAAACTTCTTCCATCCCTGCGTTAATGTGAAACAGAACAGG
GATCTTCCGTACGAGAGATGCGTTACTGTAACCTCGAGACGGTGGGAGACGAGCGAATTT
GGCGAGATCAGATTGCCCGAGAGAAGAAACCGAATGATCGGCGGCGGCGAGATTCCCGGA
GTTAGGTTTCTGGGTTAGGGAGAATGGGATCGAGGAGATTTCTCTTCCGATTGGGTTCCT
CACGGCCGCGGATGCAGCGCACGGGGAGG

QA 3 571 3 571
DS 

RD RR1G094JQ 603 0 0
GGAACAACTTGTCTTTTATTCAATCCAAAGAGAGATTCTTAATATCCACCTGATTCGAAA
ACATTTAAAGTAAACAGACTTTCAAACACACTTAGAATTCCACCTAATAAGCCTCACACA
AACAGAGCAAACTTGGAAGGTTAAGATGCCATTGCACCAATGTTGTTCTTATTCATAAAA
GAGAGAGAAAAAAAAGGAAAGGACTTTATCCTTGCTCAGAAGAAAAGAAACACGATGACA
TCTTTGATAACGATGATCTGGAACAAGCCCAGAGAGATGACCATAAGATTCCTGGTCATC
TCCTGGTGAACATAATCCGCCAAAACTTCTTCCATCCCTGCGTTAATGTGAAACAGAACA
GGGATCTTCCGTACGAAAGATGCGTTACTGTAACCTCGAGACGGTGGGAGACGAGCGGAT
TTGGCGAGATCAGATTGCCCGAAAGAAGAAACCGAACGATCGGCGGCGGCGAGATTCCCG
GAGTTAGGTTTCTGGGTTAGGGAGAATGGGATCGAGGAGATTTCTCTTCCGATTGGGTTC
CTCACGGCCGCGGATGCAGCGCACGGGGAGGAGATGTTACTCATCGAGAAAGGTGACGCC
TTT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1G094TF 603 0 0
TAAG
CTCACACAAACAGAGCAAACTTGGAAGGTTAAGATGCCATTGCACCAATGTTGTTCTTAT
TCATAAAAGAGAGAGAAAAAAAAGGAAAGGACTTTATCCTTGCTCAGAAGAAAAGAAACA
CGATGACATCTTTGATAACGATGATCTGGAACAAGCCCAGAGAGATGACCATAAGATTCC
TGGTCATCTCCTGGTGAACATAATCCGCCAAAACTTCTTCCATCCCTGCGTTAATGTGAA
ACAGAACAGGGATCTTCCGTACGAGAGATGCGTTACTGTAACCTCGAGACGGTGGGAGAC
GAGCGGATTTGGCGAGATCAGATTGCCCGAGAGAAGAAACCGAACGATCGGCGGCGGCGA
GATTCCCGGAGTTAGGTTTCTGGGTTAGGGAGAATGGGATCGAGGAGATTTCTCTTCCGA
TTGGGTTCCTCACGGCCGCGGATGCAGCGCACGGGGAGGAGATGTTACTCATCGAGAAAG
GTGACGCCTTTGAGAGAGATAGGTTGTGGGTTTGGCGGTGGAGACCGAGGATAGAGCGGC
GGAGAGACATCGCGGCGTAGGAGAGATTCCCAATTCTACTGTTCTTGAAATTAGATCCC

QA 5 603 5 603
DS 

RD RR1GZ91TFB 590 0 0
GC
CTCACACAAACAGAGCAAACTTGGAAGGTTAAGATGCCATTGCACCAATGTTGTTCTTAT
TCATAAAAGAGAGAGAAAAAAAAGGAAAGGACTTTATCCTTGCTCAGAAGAAAAGAAACA
CGATGACATCTTTGATAACGATGATCTGGAACAAGCCCAGAGAGATGACCATAAGATTCC
TGGTCATCTCCTGGTGAACATAATCCGCCAAAACTTCTTCCATCCCTGCGTTAATGTGAA
ACAGAACAGGGATCTTCCGTACGAGAGATGCGTTACTGTAACCTCGAGACGGTGGGAGAC
GAGCGAATTTGGCGAGATCAGATTGCCCGAGAGAAGAAACCGAATGATCGGCGGCGGCGA
GATTCCCGGAGTTAGGTTTCTGGGTTAGGGAGAATGGGATCGAGGAGATTTCTCTTCCGA
TTGGGTTCCTCACGGCCGCGGATGCAGCGCACGGGGAGGAGATGTTACTCATCGAGAAAG
GTGACGCCTTTGAGAGAGATAGGTTGTGGGTTTGGCTGTGGAGACCGAGGATAGAGCGGC
GGAGAGACATCGCGGCGTAGGAGAGATTCCCAATTCTACTGTTCTT
CC

QA 3 588 3 588
DS 



AS 1 3

CO CL1858Contig1 1337 3 31 U
GGATCGCTAAATTTTCTGGTAATCCCTTCTCCAACGAGTCCTTTCTCTCGAGCTTTCGTC
GAGCTCCTTTGACCACCATGGCGTCTTGCTTACAAGCATCCATGAATTCTATGCTTCCAC
GCTCTTCTCCTCCTTCTCTCTCTTTGAATTCATCTGGGAGGAAGGCCTTTCGCGTTAAAG
CCGCTGCCAAAATCCCTATGCCTCCGATGAACCCTAACGATCCTTTCCTATCGAAACTCG
CTTCAGTCGCCACGCAATCGCCGGAGAAACTTCTCGCTCGGCCGTTAAACGCCGATACGC
CGCCGTATCTCGACATCTTCGATTCGCCTCAGCTCATGTCTTCTCCTGCTCAGGTTGAGA
GATCAGTGGCTTATAACGAGCACAGGCCAAGAACACCTCCACCAGATTTGCCATCTATGC
TTCTTGACAGGAGAATTGTTTACATTGGAATGCCTCTGGTGCCGGCGGTTACGGAGCTGG
TTGTGGCAGAGCTGATGTATCTTCAGTGGTTGGATCCCAAGGAACCAATATACATTTACA
TCAACTCCAC*AGGGACCACTCGTGATGATGGCGAGACGGTTGGAATGGAATCAGAAGGT
TTTGCGATATATGATTCCTTGATGCAACTTAAAAACGAGGTACATACAGTGTGTGTGGGA
GCAGCCATAGGTCACGCATGTTTGTTGCTTTCAGCGGGCACAAAGGGTAAACGGTTTATG
ATGCCACACTCCAAAGCGATGATCCAGCAGCCTCGTGTGCCTTCTTCTGGGTTGATGCCT
GCCAGTGATGTCCTGATTCGTGCCAAAGAGGTTATAACGAACAGGGATATACTTGTGGGG
ACTACTATCAAAGCACACTGGGAATTCCGTGGAGACTGTGGCTAACGTGATGAGAAGACC
ATATTACATGGATGCACCAAAAGCTAAAGAATTTGGAGTCATTGACAAGATTCTTTGGCG
TGGTCAAGAAAAGATTATCGCAGACGTTGTTCCTTCAGATGAATTCGATAAGAATGCTGG
GATTAGAAGCGCAGAAAGAGTTTAGTTTCAAATACTCTTTACCTCAAAATCTCTGTTTCA
GTGTGGACAGCGTTAAATAGAATTACAAGCTCCCTTGGTTGCGGGACTGCCTTGTTTCGA
ACCACGGGTAAAACTGTCAATCATGCGATTAGGAGAAACAAATTAAAATGATCTTCAAAA
ACTATGTGATGAAGTTGTAATGTGTTTCAAAAGCTTAAGTAAATGCAGTGTCGAACTCTC
TCTTTTTCATCGTAAGACTAAGCTTAGGATTTGCATTGTCAGTTTGCCTTTAACCAGCCA
ATTTACCATACGATTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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TG

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GGTTGATGCCTGCCAGTGATGTCCTGATTCGTGCCAAAGAGGTTATAACGAACAGGGATA
TACTTGTGGG*ACTACTATCAAAGCACACTGGGAATTCCGTGGAGACTGTGGCTAACGTG
ATGAGAAGGCCATATTATATGGATGCACCAAAAGCTAAAGAATTTGGAGTCATTGACAAG
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DS 



AS 1 5

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CTCTGCTCTCTCCTCGGGAGCTTGCTCCTATGGTTCTATGGCTACGAGTTTCTTCGCCGG
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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

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GGCTAAGCC

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DS 

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AACCACAAACAAAAATGGGAAGCTGCTTTCTCTTCTTCGTCGTTTTACTATTATCGTCTT
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ACATAGCCGCTGCCGTGCCTTCAATATACAAAGACGGCGCCGGCTGCGGAGCTTGCTTCC
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G
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AACCACAAACAAAAATGGGAAGCTGCTTTCTCTTCTTCGTCGTTTTACTATTATCGTCTT
CCGTTGACGCCTGCGACCGATGTCTCCAACGCTCTAAGGCTGCTTATTCCTCCTCTGCCT
CTGCTCTCTCCTCGGGAGCTTGCTCCTATGGTTCTATGGCTACGAGTTTCTTCGCCGGTC
ACATAGCCGCTGCCGTGCCTTCAATATACAAAGACGGCGCCGGCTGCGGAGCTTGCTTCC
AGGTCAGATGCAACAACCCTTCTCTTTGCAGCACCAGAGGAACCACGGTGATGGTCACCG
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TC
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TTTTTTTTTACATAGCCTCATGGGTAATCAGCTATTCACTATTATTTGATTTTAACTGCA
ATCAATGTTAATTTATT

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DS 



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AAAAGGTTATGATTGGATCAAAACTTCTCAGCAGGTCTGGTATAACCAGACTTCGAAACG
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ACCAAATAATCCGCACTTATAATAAAGCTGTGTTTCAGACCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F657TF U 3
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AF RR1GU47TF U 169
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GG
CACCTTCTCGACTTTATTGGAGCCATAACAATGGCGGACAACAAAACAAAAACAAGCGTG
TTTGACTTCTTTCTCCTCTCCGTGTCTTCGGTTGGTCTCTGTTTTGCTCCGGTTCCAGCA
TCATCACAAGGTCGGAAACTCAGTTTCGGCGTGAACGGCCAATTCAAGATACTGTAAGTG
GCGGATATGCACTACGCAAACGGCAAGAGTACTTGGTGTAGCGATGTTTCTCTTATCCAG
TACTGGTTTAGCTGCTCCGACCTCAACACCATCGCCTTCATGTCGCGAGTCATTGCCGCC
GAGAAACCTGACCTCATCGTCTTCACCGGTGATAATATATTTGGGTCTGATGTGAAAGAC
GCTGTGAAATCCATGGATGCTGCTTTTGCTCCAGCGATTGCTTCTAAGATCCCTTGGGTT
GCTGTTTTGGGAAACCATGATCAAGAATCTACGTTGTCCCGACAAGAACTCATGATTTAT
ATAGTGATGCTTCCCAACACTCTGTCTCAAGTGAATCCTCCTGAGGCTTTTCACATTGAT
GGGTTTGGGAATTATAATCTCGAAATACATGGAGTTGCTGAGTCGAGTTT

QA 3 592 3 592
DS 

RD RR1BI53TF 661 0 0
GGGCCACCTTCTCGACTTTATTGGAGCCATAACAATGGCGGACAACAAAACAAAAACAAG
CGTGTTTGACTTCTTTCTCCTCTCCGTGTCTTTGGTTGGTCTCTGTTTTGCTCCGGTTCC
AGCATCAGCACAAGGTCGGAAACTCAGTTTCGGCGTGAACGGCCAATTCAAGATACTGCA
AGTGGCGGATATGCACTACGCAAACGGCAAGAGTACTTGGTGTAGCGATGTTTCTCTTAT
CCAGTACTGGTTTAGCTGCTCCGACCTCAACACCATCGCCTTCATGTCGCGAGTCATTGC
CGCCGAGAAACCTGACCTCATCGTCTTCACCGGTGATAATATATTTGGGTCTGATGTGAA
AGACGCTGTGAAATCCATGGACGCTGCTTTTGCTCCAGCGATTGCTTCTAAGATCCCTTG
GGTTGCTGTTTTGGGAAACCATGATCAAGAATCTACGTTGTCCCGACAAGAACTCATGAT
TTATATAGTGATGCTTCCCAACACTCTGTCTCAAGTGAATCCTCCTGAGGCTTTTCACAT
TGATGGGTTTGGGAATTATAATCTCGAAATACATGGAGTTGCTGAGTCGAGTTTACAGGA
AAAATCTCCTCTCAATCTCTATTTTCTAGATAGTGGAGATCACTCCAGTGTTCCTTCCAT
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1GU47TF 744 0 0
GG
AGATACTGCAAGTGGCGGATATGCACTACGCAAACGGCAAGAGTACTTGGTGTAGCGATG
TTTCTCTTATCCAGTACTGGTTTAGCTGCTCCGACCTCAACACCATCGCCTTCATGTCGC
GAGTCATTGCCGCCGAGAAACCTGACCTCATCGTCTTCACCGGTGATAATATATTTGGGT
CTGATGTGAAAGACGCTGTGAAATCCATGGATGCTGCTTTTGCTCCAGCGATTGCTTCTA
AGATCCCTTGGGTTGCTGTTTTGGGAAACCATGATCAAGAATCTACGTTGTCCCGACAAG
AACTCATGATTTATATAGTGATGCTTCCCAACACTCTGTCTCAAGTGAATCCTCCTGAGG
CTTTTCACATTGATGGGTTTGGGAATTATAATCTCGAAATACATGGAGTTGCTGAGTCGA
GTTTACAGGAAAAATCTCTTCTCAATCTCTATTTTCTAGATAGTGGAGATCACTCTAGTG
TTCCTTCCATAAAAGGTTATGATTGGATCAAAACTTCTCAGCAGGTCTGGTATAACCAGA
CTTCGAAACGTCTCCAGAGGGAATACAATGAAGAGCCTAATCCTCAACAAAGTACAGCTC
CAGGACTAGCTTACTTCCACATTCCACTACCGGAGTTTAAAAACTTTGACACAAAGAACG
CCACAACAGGAGTGAGACA*GAAGCTACAG*CTCAGCTACCAAAA*CTCAGG*TTCTTCA
CGACGTTGGTAGCTAGAG
AGAT

QA 3 740 3 740
DS 

RD RR1BI53JQ 768 0 0
TCACATTGATGGGTTTGGGAATTATAATCTCGAAATACATGGAGTTGCTGAGTCGAGTTT
ACAGGAAAAATCTCCTCTCAATCTCTATTTTCTAGATAGTGGAGATCACTCCAGTGTTCC
TTCCATAAAAGGTTATGATTGGATCAAAACTTCTCAGCAGGTCTGGTATAACCAGACTTC
GAAACGTCTCCAGAGGGAATACAATGAAGAGCCTAATCCTCAACAAGGTACAGCTCCAGG
ACTAGCTTACTTCCACATTCCACTACCGGAGTTTAAAAACTTTGACACAAAGAACGCCAC
AACAGGAGTGAGACAAGAAGCTACAGGCTCAGCTACCAAAAACTCAGGGTTCTTCACGAC
GTTGGTAGCTAGAGGAGATGTAAAATCAGTGTTTGTGGGTCATGACCATATCAACGACTT
TTGCGGTGAACTCAAAGGTGTGAATCTATGCTATGGGGGTGGGATTGGATACCATGCGTA
TGGTAAAGCTGGGTGGGAGAGGAGGGCGAGAGTTGTGGTTGCTGATTTGAACAAGAATGG
TACAGGGAGCTGGGGAGATGTGAAATCGATCAGGACATGGAAGAGGCTTGATGATGAGCA
TCTCTCTGTAATTGATGCACAGGTGCTTTGGACCAATTCACCAAGCCGATCGAGTGTTTC
TCGTTTATGAATATATGTGGTTTTGTTTCATTTGGTTATAGAAACGGAAACCAAATAGAA
ACGGAAACCAAATAATCCGCACTTATAATAAAGCTGTGTTTCAGACCG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1GU47JQ 622 0 0
ATCAAAACTTCTCAGCAGGTCTGGTATAACCAGACTTCGAAACGTCTCCAGAGGGAATAC
AATGAAGAGCCTAATCCTCAACAAGGTACAGCTCCAGGACTAGCTTACTTCCACATTCCA
CTACCGGAGTTTAAAAACTTTGACACAAAGAACGCCACAACAGGAGTGAGACAAGAAGCT
ACAGGCTCAGCTACCAAAAACTCAGGGTTCTTCACGACGTTGGTAGCTAGAGGAGATGTA
AAATCAGTGTTTGTGGGTCATGACCATATCAACGACTTTTGCGGTGAACTCAAAGGTGTG
AATCTATGCTATGGGGGTGGGATTGGATACCATGCGTATGGTAAAGCTGGGTGGGAGAGG
AGGGCGAGAGTTGTGGTTGCTGATTTGAACAAGAATGGTACAGGGAGCTGGGGAGATGTG
AAATCGATCAGGACATGGAAGAGGCTTGATGATGAGCATCTCTCTGTAATTGATGCACAG
GTGCTTTGGACCAATTCACCAAGCCGATCGAGTGTTTCTCGTTTATGAATATATGTGGTT
TTGTTTCATTTGGTTATAGAAACGGAAACCAAATAGAAACGGAAACCAAATAATCCGCAC
TTATAATAAAGCTGTGTTTCAG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 2 4

CO CL1861Contig1 821 2 2 U
GGATGGAAGGACTTCAGGTTCTGACCCTTGAGGATGTCGTCTCCGAAGCCGACATCTTTG
TCACCACCACCGGTAACAAAGACATCATCATGGTTGACCACATGAGGAAGATGAAGAACA
ACGCCATCGTCTGCAACATTGGTCACTTTGACAACGAGATTGACATGCTTGGTCTCGAGA
CCTTCCCTGTTGTCAAGCGTATCACCATCAAGCCCCAGACCGGCAGGTGGGTCTTCCCAG
ACACCAAGTCCGGAATCATTGTCCTGGCTGAGGGTCGTCTCATGAACTTGGGTTGTGCCA
CTGGTCACCCGAGTTTCGTCATGTCTTGCTCTTTCACCAACCAGGTGATCGCCCAGCTTG
AGCTTTGGAATGAGAAGTCGAGCGGTAAGTACGAGAAGAAGGTGTACGTTCTACCCAAGC
ATTTGGATGAGAAGGTTGCGGCTCTTCACTTGGGCAAGCTTGGAGCTAAGCTCACTAAGC
TCACAAAGGACCAATCTGACTACGTCAGCATTCCCATTGAAGGACCCTACAAGCCTGCTC
ACTACAGGTACTGAGAGGAGAGCTGTTTGGTTCTGCTTGTGGTTTGTGTCGTTTATGGTG
GGAAGAGTGGAAGATATTGGCCCGCTGATGAAGTTGACCTAATATCATTCTGAATAAATT
GGCTTTGAAGGTTGTGCTTGTTGTTCTTCTTTTTCTTGAAACTTAAATTAGCTTTTGGTT
ATGAGTGCCTTCTTGATTTGTTGTTGTGTTTTGATCGCCGCTGTACTCTTTAAACGAAAA
ATGGTAAAAGAGGAAACTATTTTCCTCACCAATTTTAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EJ19TF U 1
AF RR1EJ19JQ C 308
BS 1 658 RR1EJ19TF
BS 659 821 RR1EJ19JQ

RD RR1EJ19TF 668 0 0
GGATGGAAGGACTTCAGGTTCTGACCCTTGAGGATGTCGTCTCCGAAGCCGACATCTTTG
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CCTTCCCTGTTGTCAAGCGTATCACCATCAAGCCCCAGACCGGCAGGTGGGTCTTCCCAG
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CTGGTCACCCGAGTTTCGTCATGTCTTGCTCTTTCACCAACCAGGTGATCGCCCAGCTTG
AGCTTTGGAATGAGAAGTCGAGCGGTAAGTACGAGAAGAAGGTGTACGTTCTACCCAAGC
ATTTGGATGAGAAGGTTGCGGCTCTTCACTTGGGCAAGCTTGGAGCTAAGCTCACTAAGC
TCACAAAGGACCAATCTGACTACGTCAGCATTCCCATTGAAGGACCCTACAAGCCTGCTC
ACTACAGGTACTGAGAGGAGAGCTGTTTGGTTCTGCTTGTGGTTTGTGTCGTTTATGGTG
GGAAGAGTGGAAGATATTGGCCCGCTGATGAAGTTGACCTAATATCATTCTGAATAAA
TTGGCTTTGA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1EJ19JQ 514 0 0
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GAATGAGAAGTCGAGCGGTAAGTACGAGAAGAAGGTGTACGTTCTACCCAAGCATTTGGA
TGAGAAGGTTGCGGCTCTTCACTTGGGCAAGCTTGGAGCTAAGCTCACTAAGCTCACAAA
GGACCAATCTGACTACGTCAGCATTCCCATTGAAGGACCCTACAAGCCTGCTCACTACAG
GTACTGAGAGGAGAGCTGTTTGGTTCTGCTTGTGGTTTGTGTCGTTTATGGTGGGAAGAG
TGGAAGATATTGGCCCGCTGATGAAGTTGACCTAATATCATTCTGAATAAATTGGCTTTG
AAGGTTGTGCTTGTTGTTCTTCTTTTTCTTGAAACTTAAATTAGCTTTTGGTTATGAGTG
CCTTCTTGATTTGTTGTTGTGTTTTGATCGCCGCTGTACTCTTTAAACGAAAAATGGTAA
AAGAGGAAACTATTTTCCTCACCAATTTTAGAGC

QA 1 514 1 514
DS 



CO CL1861Contig2 882 2 6 U
TGCCATGAAGACCGCTGGTGCCAGAGTCATTGTCACCGAGATCGATCCCATCTGTGTTTT
ACAAGCTATGATGGAAGGACTTCAGGTTCTTACCCTTGAGGATGTCGTCTCTGAAGCAGA
CATCTTTGTCACCACCACCGGTAACAAAGACATCATCATGGTTGACCACATGAGGAAGAT
GAAGAACAACGCCATCGTCTGCAACATTGGTCGCTTTGACAACGAGATTGACATGCTTGG
TTTCGAGACCTTCCCTGGTGTCAAGCGTATCACCATCAAGCCCCAGACAGACAGGTGGGT
GTTCCCAGACACCAAGTCCGGAATCATTGTTCTGGCTGAGGGTCGTCTCATGAACTTGGG
TTGTGCCACTGGTCACCCGAGTTTCGTCATGTCTTGCTCTTTCACCAACCAGGTCATTGC
CCAGCTTGAGCTTTGGAATGAGAAGTCGAGCGGTAAGTACGAGAAGAAGGTGTACGTTCT
ACCCAAGCATTTGGATGAGAAGGTTGCGGCCCTTCACTTGGGCAAGCTTGGAGCTAAGCT
CACTAAGCTCACAAAGGACCAATCTGACTACGTCAGCATTCCCATTGAAGGACCCTACAA
GCCTACTCACTACAGGTACTGAGAAGCTGTTTGGTTCTGGTTGTGGTTTGTGTCGTGTAT
GGTGGGAAGAGTGGAAGATATTGGCCCGCTGATGAAGTTGACCAAATATCATTCTGAATA
AAGGGTTATTGGCTTTTGAAGGTTGTTGCTTGTTGTTCTTCTTTCTCTTGAGACTTAATT
TAGCTTTTGGTTATCAGTTCCTTCTCGATTTGTTTTTGTGTTCTGATCGCCGCTGTACTC
TTTAAACTTAAAATGGTAAAAGAGGAAACTATTTTCCTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ10TF U 1
AF RR1GJ10JQ C 519
BS 1 726 RR1GJ10TF
BS 727 727 RR1GJ10JQ
BS 728 743 RR1GJ10TF
BS 744 744 RR1GJ10JQ
BS 745 759 RR1GJ10TF
BS 760 882 RR1GJ10JQ

RD RR1GJ10TF 759 0 0
TGCCATGAAGACCGCTGGTGCCAGAGTCATTGTCACCGAGATCGATCCCATCTGTGTTTT
ACAAGCTATGATGGAAGGACTTCAGGTTCTTACCCTTGAGGATGTCGTCTCTGAAGCAGA
CATCTTTGTCACCACCACCGGTAACAAAGACATCATCATGGTTGACCACATGAGGAAGAT
GAAGAACAACGCCATCGTCTGCAACATTGGTCGCTTTGACAACGAGATTGACATGCTTGG
TTTCGAGACCTTCCCTGGTGTCAAGCGTATCACCATCAAGCCCCAGACAGACAGGTGGGT
GTTCCCAGACACCAAGTCCGGAATCATTGTTCTGGCTGAGGGTCGTCTCATGAACTTGGG
TTGTGCCACTGGTCACCCGAGTTTCGTCATGTCTTGCTCTTTCACCAACCAGGTCATTGC
CCAGCTTGAGCTTTGGAATGAGAAGTCGAGCGGTAAGTACGAGAAGAAGGTGTACGTTCT
ACCCAAGCATTTGGATGAGAAGGTTGCGGCCCTTCACTTGGGCAAGCTTGGAGCTAAGCT
CACTAAGCTCACAAAGGACCAATCTGACTACGTCAGCATTCCCATTGAAGGACCCTACAA
GCCTACTCACTACAGGTACTGAGAAGCTGTTTGGTTCTGGTTGTGGTTTGTGTCGTGTAT
GGTGGGAAGAGTGGAAGATATTGGCCCGCTGATGAAGTTGACCAAATATCATTCTGAATA
AAGGGT*ATTGGCTTTTGAAGGT*GTTGCTTGTTGTTCT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1GJ10JQ 364 0 0
TGGGCAAGCTTGGAGCTAAGCTCACTAAGCTCACAAAGGACCAATCTGACTACGTCAGCA
TTCCCATTGAAGGACCCTACAAGCCTACTCACTACAGGTACTGAGAAGCTGTTTGGTTCT
GGTTGTGGTTTGTGTCGTGTATGGTGGGAAGAGTGGAAGATATTGGCCCGCTGATGAAGT
TGACCAAATATCATTCTGAATAAAGGGTTATTGGCTTTTGAAGGTTGTTGCTTGTTGTTC
TTCTTTCTCTTGAGACTTAATTTAGCTTTTGGTTATCAGTTCCTTCTCGATTTGTTTTTG
TGTTCTGATCGCCGCTGTACTCTTTAAACTTAAAATGGTAAAAGAGGAAACTATTTTCCT
CACC

QA 1 364 1 364
DS 



AS 1 5

CO CL1862Contig1 1285 5 13 U
CTTCATCTTCTCCGTTTCCCTTCTCGCGATCTTCATCAATACTAATAATCAAACCTCCTC
TCCCATCTTTAATGTCTTTCGTTTCATCTCCATCTCTATCTATTTCTTATAAACCTCTTC
ACCTTTTGTTGCTTTGTTCTGTTCTCTCCAATCCAAACGTAGCTCAATTGTTCTCTAATC
TTCTCCGGAACGAGCTCACAAAGTACCCAGAAGCGTTGAGCTTGATCTGTGAGAAGAGGA
TTCATGGGTGTCACGTTTAAGATTTCAAAGATTGGTAGAAAGTTTGGGCAGAGGGTTTCT
ACTGAATCGTGTGATTGTGATCCTGACTCTCAAGTCTCAAGAGCACCTGAAGAATCCGAA
AGCAATCGTTCTAACAGGGAAATCAAAGGGCATTGTTGAAAGCCATGGTGGTGAATTTCT
GTAGCCATCTTTACTTGAAATATCTCCAGAGCATGAAGTTTCCTTCGTATTGAGTCTCTA
TCTGAATGTGTACTCTTTAGAAAAACCCTCTGAGCCAGTTTTCAGAGGCAAGAAGTTTCT
TTTTCAACAAAAGTTCGGTCTCTTTTATTTGTCAAAATATGCGACACTGCGGTAGACTAC
TAAATCAAGGTTTCATCAGATGCTGACAGGACCTTATAACTCAGTACGCCAAGCTAGAAG
AGGACTACGGAGATCCCACCATTTATCCAAGAAATTCTTGAGAAAGCTATCTTGCTCTCC
AAGAGAAGCAAGCCCAAGCCAAAAGACTCCAACTAACCAACTGCTCTCTCCTATTAATTT
CCTCTCTTTTAATACTAAATCTCTTGAGTGTAACTGCTTCCTCTTCTCTTTATTTTGCAG
GTACAAGCCACGTGACTGGATCATATCAGTGTCCCACATCTTTGATCGCCATCGGCGTCC
AGCTGCAGTAACGTTTGCAATTCACGGAGGGA****ACAACTACCTTGGAGATGATATTC
CTGGTGGTACATGTGTCTCCTGCAAAAGCTCTAATGGACAAAGGTTAAGTGGTGATGAGC
AGAGTAAGAGATTGATGGAATCCCCTCAAACCAGACACCCCCATCCGGTGGAAAACAAAA
GCTGCACTGCACAACTATGAGGGGATCAATCCAAGGGAAGACCAGGTTCTATTTCTCTTT
AGTTTCATTGCAATGTTTTTTCCTAGATATTCTCAGAATTTTATTCGTTGAACCATGTTT
GCATCTTAAGCTATTAATAATACGTAATCTATACTTCTAAAGAGACGTTGCTTTCATTTG
TATACTATTTCTCTGGAGCTTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ42TF U 1
AF RR1DP76TF U 363
AF RR1HA60TF U 540
AF RR1CZ42JQ C 444
AF RR1HA60JQ C 882
BS 1 668 RR1CZ42TF
BS 669 669 RR1DP76TF
BS 670 689 RR1CZ42TF
BS 690 692 RR1DP76TF
BS 693 721 RR1CZ42TF
BS 722 1049 RR1DP76TF
BS 1050 1076 RR1HA60TF
BS 1077 1113 RR1CZ42JQ
BS 1114 1114 RR1HA60JQ
BS 1115 1208 RR1CZ42JQ
BS 1209 1209 RR1HA60JQ
BS 1210 1234 RR1CZ42JQ
BS 1235 1285 RR1HA60JQ

RD RR1CZ42TF 725 0 0
CTTCATCTTCTCCGTTTCCCTTCTCGCGATCTTCATCAATACTAATAATCAAACCTCCTC
TCCCATCTTTAATGTCTTTCGTTTCATCTCCATCTCTATCTATTTCTTATAAACCTCTTC
ACCTTTTGTTGCTTTGTTCTGTTCTCTCCAATCCAAACGTAGCTCAATTGTTCTCTAATC
TTCTCCGGAACGAGCTCACAAAGTACCCAGAAGCGTTGAGCTTGATCTGTGAGAAGAGGA
TTCATGGGTGTCACGTTTAAGATTTCAAAGATTGGTAGAAAGTTTGGGCAGAGGGTTTCT
ACTGAATCGTGTGATTGTGATCCTGACTCTCAAGTCTCAAGAGCACCTGAAGAATCCGAA
AGCAATCGTTCTAACAGGGAAATCAAAGGGCATTGTTGAAAGCCATGGTGGTGAATTTCT
GTAGCCATCTTTACTTGAAATATCTCCAGAGCATGAAGTTTCCTTCGTATTGAGTCTCTA
TCTGAATGTGTACTCTTTAGAAAAACCCTCTGAGCCAGTTTTCAGAGGCAAGAAGTTTCT
TTTTCAACAAAAGTTCGGTCTCTTTTATTTGTCAAAATATGCGACACTGCGGTAGACTAC
TAAATCAAGGTTTCATCAGATGCTGACAGGACCTTATAACTCAGTACGCCAAGCTAGAAG
AGGACTACAGAGATCCCACCATTTATCCAG**AATTCTTGAGAAAGCTATCTTGCTCTCC
A
GAGA

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1DP76TF 690 0 0
G
AATCGTTCTAACAGGGAAATCAAAGGGCATTGTTGAAAGCCATGGTGGTGAATTTCTGTA
GCCATCTTTACTTGAAATATCTCCAGAGCATGAAGTTTCCTTCGTATTGAGTCTCTATCT
GAATGTGTACTCTTTAGGAAAACCCTCTGAGCCAGTTTTCAGAGGCAAGAAGTTTCTTTT
TCAACAAAAGTTGGGTCTCTTTTATTTGTCAAAATATGCGACACTGCGGTAGACTACTAA
ATCAAGGTTTCATCAGATGCTGACAGGACCTTATAACTCAGTACGCCAAGCTAGAAGAGG
ACTACGGAGATCCCACCATTTATCCAAGAAATTCTTGAGAAAGCTATCTTGCTCTCCAAG
AGAAGCAAGCCCAAGCCAAAAGACTCCAACTAACCAACTGCTCTCTCCTATTAATTTCCT
CTCTTTTAATACTAAATCTCTTGAGTGTAACTGCTTCCTCTTCTCTTTATTTTGCAGGTA
CAAGCCACGTGACTGGATCATATCAGTGTCCCACATCTTTGATCGCCATCGGCGTCCAGC
TGCAGTAACGTTTGCAATTCACGGAGGGA****ACAACTACCTTGGAGATGATATTCCTG
GTGGTACATGTGTCTCCTGCAAAAGCTCTAATGGACAAAGGTTAAGTGGTGATGAGCAGA
GTAAGAGATTGATGGAATCCCCTCAA
GCC

QA 2 687 2 687
DS 

RD RR1HA60TF 537 0 0
TTTTTCAACAAAAGTTGGGTCTCTTTTATTTGTCAAAATATGCGACACTGCGGTAGACTA
CTAAATCAAGGTTTCATCAGATGCTGACAGGACCTTATAACTCAGTACGCCAAGCTAGAA
GAGGACTACGGAGATCCCACCATTTATCCAAGAAATTCTTGAGAAAGCTATCTTGCTCTC
CAAGAGAAGCAAGCCCAAGCCAAAAGACTCCAACTAACCAACTGCTCTCTCCTATTAATT
TCCTCTCTTTTAATACTAAATCTCTTGAGTGTAACTGCTTCCTCTTCTCTTTATTTTGCA
GGTACAAGCCACGTGACTGGATCATATCAGTGTCCTACATCTTTGATCGCCATCGGCGTC
CAGCTGCAGTAACGTTTGCAATTCACGGAGGGA****ACAACTACCTTGGAGATGATATT
CCTGGTGGTACATGTGTCTCCTGCAAAAGCTCTAATGGACAAAGGTTAAGTGGTGATGAG
CAGAGTAAGAGATTGATGGAATCCCCTCAAACCAGACACCCCCATCCGGTGGAAAAC

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1CZ42JQ 791 0 0
CTCCAGAGCATGAAGTTTC*TTCGTATTGAGTCTCTATCTGAATGTGTACTCTTTAGAAA
AACCCTCTGAGCCAGTTTTCAGAGGCAAGAAGTTTCTTTTTCAACAAAAGTTCGGTCTCT
TTTATTTGTCAAAATATGCGACACTGCGGTAGACTACTAAATCAAGGTTTCATCAGATGC
TGACAGGACCTTATAACTCAGTACGCCAAGCTAGAAGAGGACTACGGAGATCCCACCATT
TATCCAAGAAATTCTTGAGAAAGCTATCTTGCTCTCCAAGAGAAGCAAGCCCAAGCCAAA
AGACTCCAACTAACCAACTGCTCTCTCCTATTAATTTCCTCTCTTTTAATACTAAATCTC
TTGAGTGTAACTGCTTCCTCTTCTCTTTATTTTGCAGGTACAAGCCTCGTGACTGGATCA
TATCAGTGTCCCACATCTTTGATCGCCATCGGCGTCCAGCTGCAGTAACGTTTGCAATTC
ACGGAGGGAGGGAACAACTACCTTGGAGATGATATTCCTGGTGGTACATGTGTCTCCTGC
AAAAGCTCTAATGGACAAAGGTTAAGTGGTGATGAGCAGAGTAAGAGATTGATGGAATCC
CCTCAAACCAGAGACCCCCATCCGGTGGAAAACAAAAGCTGCACTGCACAACTATGAGGG
GATCAATCCAGGGGAAGACCAGGTTCTATTTCTCTTTAGTTTCATTGCAATGTTTTTTCC
TAGATATTCTCAGAATTTTATTCGTTGAACCATGTTTGCATCTTA*GCTATTAATAATAC
GTAATCTATAC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1HA60JQ 404 0 0
TTGATCGCCATCGGCGTCCAGCTGCAGTAACGTTTGCAATTCACGGAGGGA****ACAAC
TACCTTGGAGATGATATTCCTGGTGGTACATGTGTCTCCTGCAAAAGCTCTAATGGACAA
AGGTTAAGTGGTGATGAGCAGAGTAAGAGATTGATGGAATCCCCTCAAACCAGACACCCC
CATCCGGTGGAAAACAAAAGCTGCACTGCACAACTATGAGTGGATCAATCCAAGGGAAGA
CCAGGTTCTATTTCTCTTTAGTTTCATTGCAATGTTTTTTCCTAGATATTCTCAGAATTT
TATTCGTTGAACCATGTTTGCATCTTAAGCTATTAATAATACGTAATCTATACTTCTAAA
GAGACGTTGCTTTCATTTGTATACTATTTCTCTGGAGCTTGATT

QA 1 404 1 404
DS 



AS 1 5

CO CL1863Contig1 704 5 4 U
GGACTTTTCATAATATGTACATCTCAAAAAATATCTAACGCCCAAGACACATAAACCGAG
AAACCAAACAAGTTGTAGTTGCTTCAGTTTGCTTCAGTTCCTACACCCTAACATCGTCGG
TGATTTAGAGCTGAGCTAAGGTTTGCAAAACAATGGAACCCGTGCGACGTATTGAGGATG
AGACAGAGCGGAGAAGAGCGTGTGGCATGATGTCGTATGACCTGACTCGTGATGTGGCAC
CTCGACTGGAACAAACTGGTGCGAAAGTAGGGGCCGTTGTTGTCTCTGATACTTTAAGAG
AATATAATTCTTTTAGAGCATTTAGGACGTTTGGACAGCATGGTTATGAGCATAGGAATC
CCTTGATCAATTTCCGAGTAACACCAGATCCAAATGTTAGGGAGCTTGATGATGCGCAAC
TGGCACTGTTGGTGCAGCAGACCAATTCTGCCCGAGCAGCCATCGAGGCAGAGCAGAACC
GCCGCGGCAACAACTGAGCAGGATTGGTTGTGCCACTTGTTGTTGTATGTGTGCAAGCGT
AAGAACTTGTGTGGTTCTATTGCTTTATCGTAGTTTATTGTCCTAGTGTTTTATTCGAGT
GTGTAAGCTACCTGTTTAATTCGAAGTCTGATTAAACTTCTTGTTGTTCTATCACTTCTT
TTATTTCCTTGTAGAATGAGTATCCCGTAAAACATTTTAAGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BP07TF U 1
AF RR1EE01TF U 79
AF RR1BQ49TF U 42
AF RR1BA03JQ C 84
AF RR1BA03TF U 84
BS 1 330 RR1BP07TF
BS 331 331 RR1EE01TF
BS 332 653 RR1BP07TF
BS 654 704 RR1BA03TF

RD RR1BP07TF 653 0 0
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AAACCAAACAAGTTGTAGTTGCTTCAGTTTGCTTCAGTTCCTACACCCTAACATCGTCGG
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AGACAGAGCGGAGAAGAGCGTGTGGCATGATGTCGTATGACCTGACTCGTGATGTGGCAC
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AATATAATTCTTTTAGAGCATTTAGGACGTCTGGACAGCATGGTTATGAGCATAGGAATC
CCTTGATCAATTTCCGAGTAACACCAGATCCAAATGTTAGGGAGCTTGATGATGCGCAAC
TGGCACTGTTGGTGCAGCAGACCAATTCTGCCCGAGCAGCCATCGAGGCAGAGCAGAACC
GCCGCGGCAACAACTGAGCAGGATTGGTTGTGCCACTTGTTGTTGTATGTGTGCAAGCGT
AAGAACTTGTGTGGTTCTATTGCTTTATCGTAGTTTATTGTCCTAGTGTTTTATTCGAGT
GTGTAAGCTACCTGTTTAATTCGAAGTCTGATTAAACTTCTTGTTGTTCTATC

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DS 

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AGTAGGGGCCGTTGTTGTCTCTGATACTTTAAGAGAATATAATTCTTTTAGAGCATTTAG
GACGTTTGGACAGCATGGTTATGAGCATAGGAATCCCTTGATCAATTTCCGAGTAACACC
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TTCTGCCCGAGCAGCCATCGAGGCAGAGCAGAACCGCCGCGGCAACAACTGAGCAGGATT
GGTTGTGCCACTTGTTGTTGTATGTGTGCAAGCGTAAGAACTTGTGTGGTTCTATTGCTT
TATCGTAGTTTATTGTCCTAGTGTTTTATTCGAGTGTGTAAGCTACCTGTTTAATTCGAA
GTCTGATTAAAC

QA 8 559 8 559
DS 

RD RR1BQ49TF 596 0 0
GG
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CACCCTAACATCGTCGGTGATTTAGAGCTGAGCTAAGGTTTGCAAAACAATGGAACCCGT
GCGACGTATTGAGGATGAGACAGAGCGGAGAAGAGCGTGTGGCATGATGTCGTATGACCT
GACTCGTGATGTGGCACCTCGGCTGGAACAAACTGGTGCGAAAGTAGGGGCCGTTGTTGT
CTCTGATACTTTAAGAGAATATAATTCTTTTAGAGCATTTAGGACGTTTGGACAGCATGG
TTATGAGCATAGGAATCCCTTGATCAATTTCCGAGTAACACCAGATCCAAATGTTAGGGA
GCTTGATGATGCGCAACTGGCACTGTTGGTGCAGCAGACCAATTCTGCCCAAGCAGCCAT
CGAGGCAGAGCAGAACCGCCGCGGCAACAACTGAGCAGAATTGGTTGTGCCACTTGTTGT
TGTGTGTGTGCAAGCGTAAGAACTTGTGTGGTTCTATTGCTTTATCGTAGTTTATTGTCC
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DS 

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GG
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CAAAACAATGGAACCCGTGCGACGTATTGAGGATGAGACAGAGCGGAGAAGAGCGTGTGG
CATGATGTCGTATGACCTGACTCGTGATGTGGCACCTCGACTGGAACAAACTGGTGCGAA
AGTAGGGGCCGTTGTTGTCTTTGATACTTTAAGAGAATATAATTCTTTTAGAGCATTTAG
GACGTTTGGACAGCATGGTTATGAGCATAGGAATCCCTTGATCAATTTCCGAGTAACACC
AGATCCAAATGTTAGGGAGCTTGATGATGCGCAACTGGCACTGTTGGTGCAGCAGACCAA
TTCTGCCCGAGCAGCCATCGAGGCAGAGCAGAACCGCCGCGGCAACAACTGAGCAGGATT
GGTTGTGCCACTTGTTGTTGTATGTGTGCAAGCGTAAGAACTTGTGTGGTTCTATTGCTT
TATCGTAGTTTATTGTCCTAGTGTTTTATTCGAGTGTGTAAGCTACCTGTTTAATTCGAA
GTCTGATTAAACTTCTTGTTGTTCTATCACTTCTTTTATTTCCTTGTAGAATGAGTATCC
CGTAAAACATTTTAAGACT

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DS 

RD RR1BA03TF 621 0 0
GG
AGTTTGCTTCAGTTCCTACACCCTAACATCGTCGGTGATTTAGAGCTGAGCTAAGGTTTG
CAAAACAATGGAACCCGTGCGACGTATTGAGGATGAGACAGAGCGGAGAAGAGCGTGTGG
CATGATGTCGTATGACCTGACTCGTGATGTGGCACCTCGACTGGAACAAACTGGTGCGAA
AGTAGGGGCCGTTGTTGTCTCTGATACTTTAAGAGAATATAATTCTTTTAGAGCATTTAG
GACGTTTGGACAGCATGGTTATGAGCATAGGAATCCCTTGATCAATTTCCGAGTAACACC
AGATCCAAATGTTAGGGAGCTTGATGATGCGCAACTGGCACTGTTGGTGCAGCAGACCAA
TTCTGCCCGAGCAGCCATCGAGGCAGAGCAGAACCGCCGCGGCAACAACTGAGCAGGATT
GGTTGTGCCACTTGTTGTTGTATGTGTGCAAGCGTAAGAACTTGTGTGGTTCTATTGCTT
TATCGTAGTTTATTGTCCTAGTGTTTTATTCGAGTGTGTAAGCTACCTGTTTAATTCGAA
GTCTGATTAAACTTCTTGTTGTTCTATCACTTCTTTTATTTCCTTGTAGAATGAGTATCC
CGTAAAACATTTTAAGACT

QA 3 621 3 621
DS 



AS 1 3

CO CL1864Contig1 1095 3 2 U
GAATCTAAACTTTTCTTCGATTATTATCAATCAATCAATCACCATGGAAGGAGAGGAGAT
GCTTGATTGGGAGCTCGTTCATGGCTCCGACACCGATTCGATCACATCGGAGATGGAATC
AAGCGTAATCGATGACGGTATGATCGTCTCTGATCATTTCTCTGCCGATCAAAGCATAGG
TTCTGGTGATTCTTCTCGGGTCGATTACGGGTCGGAGTATCCGAATCCGGCGGGTTTGGG
TTTCGATCGGTTGGATGTTTATCAACCGGGTGATGGTGCTGGTGTCGGAAACGAATTAGG
GTTTATCGATGGTGAGGGCATGTCCGAAACAAACAATCTCCAAGTCGAGATCCAAGCTGG
TGTTGAAGAACATGTCGAGGATGCAAGCAAGTGTTTGTCGAAAACGGACGATCTTCAAGT
TGAGAGCCAAGCTGGTGTTGAAGAACATATTGAGGATGCGAGCAAGTGTTTGGCTGAGTC
AGAGGGCAACGAACTGGAGTCTGGGAATGTGAGTGGTGAAGAGGAGATTGTTTCTGATAG
GGAAGCAGTTGAGGGAAGTGGAGGAGGGGATGTCGTGGCTGTGAGGTCTGGTGATGAGAG
TAAAAGTAGAGAGACTGTGTGGTGGAAGATGCCGTTTGTTCTTGTCAAGTACTATGCACT
TAGGATTGGTCCTGTTTGGTCTCTCTCCATGGCTGCAGCTGTGATGGGTTTTGTTCTCTT
GGGACGCAGACTCTATCATATGAAAAAGAAAGCTCAAAGGTTCCATCTCAAAGTTGCAAT
CGACGAGAAGAAGGTTTCGAGGGTGATGAGTCAGGCAGCTCGACTCAATGAAGCATTCAC
AGAGGTAAGAAGGGTCCCAGTGATCCGCCCTGCTCTGCCATCCCCTGGTGCATGGCCGGT
TTTGAGCCTTAGGTGAGAGAAGCCGGTTATACTATGTCTCATAACGTTATGTACCAGAGT
AGAGAGCACGTACTTGTGTGTGTACAGTGGCTCATCATGTTATGTACTAAAAGAATATGG
TGTTTGTGATGTTCCTATCAACCTATGCATAGTAGTAGTTCACCATATAATGCCGATCCC
TTTCAGTTGAGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT77TF U 108
AF RR1A120TF U 1
AF RR1DE37JQ C 428
BS 1 556 RR1A120TF
BS 557 1095 RR1DE37JQ

RD RR1FT77TF 119 0 0
G
GGAGATGGAATCAAGTGTAATCGATGACGGTATGATCGTCTCTGATCATTTCTCTGCCGA
TCAAAGCATAGGTTCTGGTGATTCTTCTCGGGTCGATTACGGGTCGGAGTATCCGAAT

QA 2 119 2 119
DS 

RD RR1A120TF 561 0 0
GAATCTAAACTTTTCTTCGATTATTATCAATCAATCAATCACCATGGAAGGAGAGGAGAT
GCTTGATTGGGAGCTCGTTCATGGCTCCGACACCGATTCGATCACATCGGAGATGGAATC
AAGCGTAATCGATGACGGTATGATCGTCTCTGATCATTTCTCTGCCGATCAAAGCATAGG
TTCTGGTGATTCTTCTCGGGTCGATTACGGGTCGGAGTATCCGAATCCGGCGGGTTTGGG
TTTCGATCGGTTGGATGTTTATCAACCGGGTGATGGTGCTGGTGTCGGAAACGAATTAGG
GTTTATCGATGGTGAGGGCATGTCCGAAACAAACAATCTCCAAGTCGAGATCCAAGCTGG
TGTTGAAGAACATGTCGAGGATGCAAGCAAGTGTTTGTCGAAAACGGACGATCTTCAAGT
TGAGAGCCAAGCTGGTGTTGAAGAACATATTGAGGATGCGAGCAAGTGTTTGGCTGAGTC
AGAGGGCAACGAACTGGAGTCTGGGAATGTGAGTGGTGAAGAGGAGATTGTTTCTGATAG
GGAAGCAGTTGAGGGA
GTGGA

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1DE37JQ 668 0 0
CAAGCTGGTGTTGAAGAACATATTGAGGATGCGAGCAAGTGTTTGGCTGAGTCAGAGGGC
AACGAACTGGAGTCTGGGAATGTGAGTGGTGAAGAGGAGATTGTTTCTGATAGGGAAGCA
GTTGAGGGAAGTGGAGGAGGGGATGTCGTGGCTGTGAGGTCTGGTGATGAGAGTAAAAGT
AGAGAGACTGTGTGGTGGAAGATGCCGTTTGTTCTTGTCAAGTACTATGCACTTAGGATT
GGTCCTGTTTGGTCTCTCTCCATGGCTGCAGCTGTGATGGGTTTTGTTCTCTTGGGACGC
AGACTCTATCATATGAAAAAGAAAGCTCAAAGGTTCCATCTCAAAGTTGCAATCGACGAG
AAGAAGGTTTCGAGGGTGATGAGTCAGGCAGCTCGACTCAATGAAGCATTCACAGAGGTA
AGAAGGGTCCCAGTGATCCGCCCTGCTCTGCCATCCCCTGGTGCATGGCCGGTTTTGAGC
CTTAGGTGAGAGAAGCCGGTTATACTATGTCTCATAACGTTATGTACCAGAGTAGAGAGC
ACGTACTTGTGTGTGTACAGTGGCTCATCATGTTATGTACTAAAAGAATATGGTGTTTGT
GATGTTCCTATCAACCTATGCATAGTAGTAGTTCACCATATAATGCCGATCCCTTTCAGT
TGAGTTTC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 4

CO CL1865Contig1 486 4 6 U
GGAACAAGTCAAAACACTCATATAGTGACCATATCAATATGAGCAGAAAAGATGACAAGG
ATGAGAGTTCGACATTTTACGATAACGCAACGAAAGTCATAGGTGTGGTTGGAGCCATTG
GAGCGGCCGTGAGTCTATTCTCGTGGATGACCTCAGGCTCGGAAGAGAACGGTCCAAAAG
AGAAGATGATGAAGGCTCCTGGTGGGAATGGTTCTATTATTCCTAGGGCACCTTTCGAAG
CCAACCCAAGAGACCACTTCAAGAACCAGCGTCAGCTTAATAAGAAATGAAAAAAATGAG
TATGTGGAGATATTTATAATTTCCCACTTAGTATTCTATAACCGAATAATAAACCGTTGC
ATGTGACAGATATATGTCTTATATGCAGCATGTTATATATATATATATGTATTGCAACTT
TAATTTTCTCGTGTTTAATTTTACTAAGTTTGGAATATTTGCTATTTTTATATATATTAA
TGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR1F649TF U 1
AF RR1DE41TF U 4
AF RR1D995JQ C 4
AF RR1D995TF U 4
BS 1 179 RR1F649TF
BS 180 180 RR1D995TF
BS 181 248 RR1F649TF
BS 249 249 RR1D995TF
BS 250 406 RR1F649TF
BS 407 486 RR1D995TF

RD RR1F649TF 421 0 0
GGAACAAGTCAAAACACTCATATAGTGACCATATCAATATGAGCAGAAAAGATGACAAGG
ATGAGAGTTCGACATTTTACGATAACGCAACGAAAGTCATAGGTGTGGTTGGAGCCATTG
GAGCGGCCGTGAGTCTATTCTCGTGGATGACCTCAGGCTCGGAAGAGAACGGTCCAAAAT
AGAAGATGATGAAGGCTCCTGGTGGGAATGGTTCTATTATTCCTAGGGCACCTTTCGAAG
CCAACCCAGGAGACCACTTCAAGAACCAGCGTCAGCTTAATAAGAAATGAAAAAAATGAG
TATGTGGAGATATTTATAATTTCCCACTTAGTATTCTATAACCGAATAATAAACCGTTGC
ATGTGACAGATATATGTCTTATATGCAGCATGTTATATATATATAT
ATGTATTGCGACTTT

QA 1 406 1 406
DS 

RD RR1DE41TF 430 0 0
GG
AAGTCAAAACACTCATATAGTGACCATATCAATATGAGCAGAAAAGATGACAAGGATGAG
AGTTCGACATTTTACGATAACGCAACGAAAGTCATAGGTGTGGTTGGAGCCATTGGAGCG
GCCGTGAGTCTATTCTCGTGGATGACCTCAGGCTCGGAAGAGAACGGTCCAAAGGAGAAG
ATGATGAAGGCTCCTGGTGGGAATGGTTCTATTATTCCTAGGGCACCTTTCGAAGCCAAC
CCAAGAGACCACTTCAAGAACCAGCGTCAGCTTAATAAGAAATGAAAAAAATGAGTATGT
GGAGATATTTATAATTTCCCACTTAGTATTCTATAACCGAATAATAAACCGTTGCATGTG
ACAGATATATGTCTTATATGCAGCATGTTATATATATATAT**GTATTGCAACTTTAATT
TTCTCGTG

QA 3 430 3 430
DS 

RD RR1D995JQ 483 0 0
GG
AAGTCAAAACACTCATATAGTGACCATATCAATATGAGCAGAAAAGATGACAAGGATGAG
AGTTCGACATTTTACGATAACGCAACGAAAGTCATAGGTGTGGTTGGAGCCATTGGAGCG
GCCGTGAGTCTATTCTCGTGGATGACCTCAGGCTCGGAAGAGAACGGTCCAAAAGAGAAG
ATGATGAAGGCTCCTGGTGGGAATGGTTTTATTATTCCTAGGGCACCTTTGGAAGCCAAC
CCAAGAGACCACTTCAAGAACCAGCGTCAGCTTAATAAGAAATGAAAAAAATGAGTATGT
GGAGATATTTATAATTTCCCACTTAGTATTCTATAACCGAATAATAAACCGTTGCATGTG
ACAGATATATGTCTTATATGCAGCATGTTATATATATATATATGTATTGCAACTTTAATT
TTCTCGTGTTTAATTTTACTAAGTTTGGAATATTTGCTATTTTTATATATATTAATGTTC
C

QA 3 483 3 483
DS 

RD RR1D995TF 483 0 0
GG
AAGTCAAAACACTCATATAGTGACCATATCAATATGAGCAGAAAAGATGACAAGGATGAG
AGTTCGACATTTTACGATAACGCAACGAAAGTCATAGGTGTGGTTGGAGCCATTGGAGCG
GCCGTGAGTCTATTCTCGTGGATGACCTCAGGCTCGGAAGAGAACGGTCCAAAAGAGAAG
ATGATGAAGGCTCCTGGTGGGAATGGTTCTATTATTCCTAGGGCACCTTTCGAAGCCAAC
CCAAGAGACCACTTCAAGAACCAGCGTCAGCTTAATAAGAAATGAAAAAAATGAGTATGT
GGAGATATTTATAATTTCCCACTTAGTATTCTATAACCGAATAATAAACCGTTGCATGTG
ACAGATATATGTCTTATATGCAGCATGTTATATATATATATATGTATTGCAACTTTAATT
TTCTCGTGTTTAATTTTACTAAGTTTGGAATATTTGCTATTTTTATATATATTAATGTTC
C

QA 3 483 3 483
DS 



AS 1 5

CO CL1866Contig1 494 5 4 U
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TGCGTACAGGGGAGATCCAGGAGTGCCACACGCAGATGCTGATAGGTTCGTGAACATATG
GATTGGTTCGGCTGCCTTCTCTGCTCTCACCTGGGTCAATCCTTACATGTGGCAGCTCTC
CAACCAATTCAATTATCATGATAAGTGGATGCTCTTTGAGCAGTACCACTGGAAAAAAGC
AAGGGCAAAGAAGCAGCCTTACGAATTCAAGTGGAATAAGATACCGAAAGAAGTCAGGGA
CTCGTATTATTACAACTGGCCTGTCTACTTCCCTTAGAAGAAACCTCTGCCTTGGAATCT
TTTCAGCTTGCCTTGTCGAACTTATTAAGAATGTAACTCTGTTTGCTTCTCGTTCTGTTC
CTTTTCTGTTGGATTTTAAGTTTGGTCTGTACTTGATCACTCAACTATCCTCTTCTAGAT
AAAACTCTTATGGC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1GA49TF U 34
AF RR1AN63TF U 1
AF RR1E212JQ C 1
AF RR1GA49JQ C 34
AF RR1E212TF U 1
BS 1 207 RR1AN63TF
BS 208 208 RR1GA49TF
BS 209 480 RR1AN63TF
BS 481 494 RR1E212TF

RD RR1GA49TF 299 0 0
GG
AGAAAATGGAGAAGTATTTTGGAAATGCGTACAGGGGAGATCCAGGAGTGCCACACGCAG
ATGCTGATAGGTTCGTGAACATATGGATTGGTTCGGCTGCCTTCTCTGCTCTCACCTGGG
TCAATCCTTACATGTGGCTGCTCTCCAACCAATTCAATTATCATGATAAGTGGATGCTCT
TTGAGCAGTACCACTGGAAAAAAGCAAGGGCAAAGAAGCAGCCTTACGAATTCAAGTGGA
ATAAGATACCGAAAGAAGTCAGGGACTCCTATTATTACAACTGGCCTGTCTACTTCC

QA 3 299 3 299
DS 

RD RR1AN63TF 480 0 0
GGGATAATAAACACATAGAGAGAAGAAGGGAGAGAAGAAAATGGAGAAGTATTTTGGAAA
TGCGTACAGGGGAGATCCAGGAGTGCCACACGCAGATGCTGATAGGTTCGTGAACATATG
GATTGGTTCGGCTGCCTTCTCTGCTCTCACCTGGGTCAATCCTTACATGTGGCAGCTCTC
CAACCAATTCAATTATCATGATAAGTG*ATGCTCTTTGAGCAGTACCACTGGAAAAAAGC
AAGGGCAAAGAAGCAGCCTTACGAATTCAAGTGGAATAAGATACCGAAAGAAGTCAGGGA
CTCGTATTATTACAACTGGCCTGTCTACTTCCCTTAGAAGAAACCTCTGCCTTGGAATCT
TTTCAGCTTGCCTTGTCGAACTTATTAAGAATGTAACTCTGTTTGCTTCTCGTTCTGTTC
CTTTTCTGTTGGATTTTAAGTTTGGTCTGTACTTGATCACTCAACTATCCTCTTCTAGAT

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR1E212JQ 494 0 0
GGGATAATAAACACATAGAGAGAAGAAGGGAGAGAAGAAAATGGAGAAGTATTTTGGAAA
TGCGTACAGGTGAGATCCAGGAGTGCCACACGCAGATGCTGATAGGTTCGTGAACATATG
GATTGGTTCGGCTGCCTTCTCTGCTCTCACCTGGGTCAATCCTTACATGTGGCAGCTCTC
CAACCAATTCAATTATCATGATAAGTGGATGCTCTTTGAGCAGTACCACTGGAAAAAAGC
AAGGGCAAAGAAGCAGCCTTACGAATTCAAGTGGAATAAGATACCGAAAGAAGTCAGGGA
CTCGTATTATTACAACTGGCCTGTCTACTTCCCTTAGAAGAAACCTCTGCCTTGGAATCT
TTTCAGCTTGCCTTGTCGAACTTATTAAGAATGTAACTCTGTTTGCTTCTCGTTCTGTTC
CTTTTCTGTTGGATTTTAAGTTTGGTCTGTACTTGATCACTCAACTATCCTCTTCTAGAT
AAAACTCTTATGGC

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1GA49JQ 461 0 0
GG
AGAAAATGGAGAAGTATTTTGGAAATGCGTACAGGGGAGATCCAGGAGTGCCACACGCAG
ATGCTGATAGGTTCGTGAACATATGGATTGGTTCGGCTGCCTTCTCTGCTCTCACCTGGG
TCAATCCTTACATGTGGCTGCTCTCCAACCAATTCAATTATCATGATAAGTGGATGCTCT
TTGAGCAGTACCACTGGAAAAAAGCAAGGGCAAAGAAGCAGCCTTACGAATTCAAGTGGA
ATAAGATACCGAAAGAAGTCAGGGACTCGTATTATTACAACTGGCCTGTCTACTTCCCTT
AGAAGAAACCTCTGCCTTGGAATCTTTTCAGCTTGCCTTGTCGAACTTATTAAGAATGTA
ACTCTGTTTGCTTCTCGTTCTGTTCCTTTTCTGTTGGATTTTAAGTTTGGTCTGTACTTG
ATCACTCAACTATCCTCTTCTAGATAAAACTCTTATGGC

QA 3 461 3 461
DS 

RD RR1E212TF 494 0 0
GGGATAATAAACACATAGAGAGAAGAAGGGAGAGAAGAAAATGGAGAAGTATTTTGGAAA
TGCGTACAGGTGAGATCCAGGAGTGCCACACGCAGATGCTGATAGGTTCGTGAACATATG
GATTGGTTCGGCTGCCTTCTCTGCTCTCACCTGGGTCAATCCTTACATGTGGCAGCTCTC
CAACCAATTCAATTATCATGATAAGTGGATGCTCTTTGAGCAGTACCACTGGAAAAAAGC
AAGGGCAAAGAAGCAGCCTTACGAATTCAAGTGGAATAAGATACCGAAAGAAGTCAGGGA
CTCGTATTATTACAACTGGCCTGTCTACTTCCCTTAGAAGAAACCTCTGCCTTGGAATCT
TTTCAGCTTGCCTTGTCGAACTTATTAAGAATGTAACTCTGTTTGCTTCTCGTTCTGTTC
CTTTTCTGTTGGATTTTAAGTTTGGTCTGTACTTGATCACTCAACTATCCTCTTCTAGAT
AAAACTCTTATGGC

QA 1 494 1 494
DS 



AS 2 5

CO CL1867Contig1 503 3 5 U
GGACAAAGCGTACCCGCGTGATTTCATGCAAGTAGGGAGAGTGAGAGTGCAGTTGAAAAA
AGAGGATGGGACTTTTGTTAATCCTGCCATTACTTCAAGGAAGCAGTTGATGCAGAAAAT
TGCGGAATTGGTACCCAGACATCCAGAGAGGATGAAGAAGCAGGAATCTCAGAAGGCGAA
GAAGCAAGAACCTCAGGCAACAACATCAACCTCTGGAACTTCTTCAAAGTCGGGCAAAGG
TGGCAAGAAGAAGAGATAAATTAACAAGCTCTCTCACTTTTTTTTTTCTCTTTCGTATCA
GATTCTATGGTTTTTAATTCATAAACTCACAAGAACGTGTTTGCAGAAGTAAAAGATTTT
GTTGGTTTTAATCACTGTGCTCTACCTTTTTGGCATGATCACATATATAGACGAGTACGA
ATTACAGAAACAAAAGAAGACAAATTATTATTAGCTGTTGCTTTTTGCGTAATGGCGTTT
GCCACATTTCCTCAAATGTTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO76JQ C 92
AF RR1EO76TF U 92
AF RR1C194TF U 1
BS 1 246 RR1C194TF
BS 247 247 RR1EO76TF
BS 248 286 RR1C194TF
BS 287 287 RR1EO76TF
BS 288 503 RR1C194TF

RD RR1EO76JQ 125 0 0
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ATGAAGAAGCAGGAATTTCAGAAGGGGAAGAAGCAAGAACCTCAGGCAACAACATCAACC
T
TTGG

QA 1 121 1 121
DS 

RD RR1EO76TF 278 0 0
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ATGAAGAAGCAGGAATCTCAGAAGGCGAAGAAGCAAGAACCTCAGGCAACAACATCAACC
TCTGGAACTTCTTCAAAGTCGGGCAAAGGTGGCAAGAAGAAGAGATAAATTAACAAGCTC
TCTCACTTTTTTTTTTCTCTTTCGTATCAGATTCTATGGTTTTTAATTCATAAACTCACA
AGAACGTGTTTGCAGAAGTAAAAGATTTTGTTGGTTTT

QA 1 278 1 278
DS 

RD RR1C194TF 503 0 0
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AGAGGATGGGACTTTTGTTAATCCTGCCATTACTTCAAGGAAGCAGTTGATGCAGAAAAT
TGCGGAATTGGTACCCAGACATCCAGAGAGGATGAAGAAGCAGGAATCTCAGAAGGCGAA
GAAGCAAGAACCTCAGGCAACAACATCAACCTCTGGAACTTCTTCAAAGTCGGGCAAAGG
TGGCAATAAGAAGAGATAAATTAACAAGCTCTCTCACTTTTTTTTT*CTCTTTCGTATCA
GATTCTATGGTTTTTAATTCATAAACTCACAAGAACGTGTTTGCAGAAGTAAAAGATTTT
GTTGGTTTTAATCACTGTGCTCTACCTTTTTGGCATGATCACATATATAGACGAGTACGA
ATTACAGAAACAAAAGAAGACAAATTATTATTAGCTGTTGCTTTTTGCGTAATGGCGTTT
GCCACATTTCCTCAAATGTTCCT

QA 1 503 1 503
DS 



CO CL1867Contig2 786 2 6 U
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TCAATCCACAAAAGCTTGATTCCAAGATGGATAGTGGAGCGATGAACATCAAGAAGTGGG
TAGTGATGTACCCAGTCTATATGAATTCCAAGAAAACTGTGGCGGAGGGGAGGAGAATCA
GTTTGAGTAAAGCTTGTGAGAACCCTAACTGCATTGAGATTAGTGACTGCTGCAAGCATC
TCAAACTCCCTGCCGCCATCGAGATTGACAAAGCTTATCCGCGTGATTTCATGCAAGTAG
GGAGAGTGAGAGTGCAGTTGAAAAAAGAGGATGGGACTTTTGTTAATCCTGCCGTTACTT
CAAGGAAGCAGTTGATGCAGAAAATTGCAGAATTGGTACCGAGACATCCAGAGAGGATGA
AGAAGCAGGAATCTCAGAAGGTGAAGAAGCAAGAACCTCAGGCAACAACATCAACCTCTG
GAACTTCTTCAAAGTCAGGCAAAGGTGGCAAGAAGAAGAGATAACTTAACAAGCTCTCTC
ACTCTTTTTTCTCCTTCGTATCAGATTCTATGGTTTTTAATTTCATAAACTCACAAGAAC
GTGTTTGCAGATGTAAAAGATTTTGTTGGTTTTCATCACTGTGCTTTACCTTTTTGGCAT
CGTAACATCAATAGACAAGTACGAATTACAGATTCAAAAGAAGAAGACAAATTGTTATTA
GTTGTTGCTTTTTTGTGTAATGGCGTTTGCCAACATTTCCTCAAGTAAAGTCAGAAAACA
CAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1F291TF U 1
AF RR1F291JQ C 280
BS 1 701 RR1F291TF
BS 702 704 RR1F291JQ
BS 705 733 RR1F291TF
BS 734 734 RR1F291JQ
BS 735 777 RR1F291TF
BS 778 786 RR1F291JQ

RD RR1F291TF 785 0 0
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TCAATCCACAAAAGCTTGATTCCAAGATGGATAGTGGAGCGATGAACATCAAGAAGTGGG
TAGTGATGTACCCAGTCTATATGAATTCCAAGAAAACTGTGGCGGAGGGGAGGAGAATCA
GTTTGAGTAAAGCTTGTGAGAACCCTAACTGCATTGAGATTAGTGACTGCTGCAAGCATC
TCAAACTCCCTGCCGCCATCGAGATTGACAAAGCTTATCCGCGTGATTTCATGCAAGTAG
GGAGAGTGAGAGTGCAGTTGAAAAAAGAGGATGGGACTTTTGTTAATCCTGCCGTTACTT
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AGAAGCAGGAATCTCAGAAGGTGAAGAAGCAAGAACCTCAGGCAACAACATCAACCTCTG
GAACTTCTTCAAAGTCAGGCAAAGGTGGCAAGAAGAAGAGATAACTTAACAAGCTCTCTC
ACTCTTTTTTCTCCTTCGTATCAGATTCTATGGTTTTTAATTTCATAAACTCACAAGAAC
GTGTTTGCAGATGTAAAAGATTTTGTTGGTTTTCATCACTGTGCTTTACCTTTTTGGCAT
CGTAACATCAATAGACAAGTACGAATTACAGATTCAAAAGAG**AGACAAATTGTTATTA
GTTGTTGCTTTTT*GTGTAATGGCGTTTGCCAACATTTCCTCAAGTAAAGTCAGAAA
CACAGTTT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1F291JQ 507 0 0
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TTGTTAATCCTGCCGTTACTTCAAGGAAGCAGTTGATGCAGAAAATTGCAGAATTGGTAC
CGAGACATCCAGAGAGGATGAAGAAGCAGGAATCTCAGAAGGTGAAGAAGCAAGAACCTC
AGGCAACAACATCAACCTTTGGAACTTTTTCAAAGTCAGGCAAAGGTGGCAAGAAGAAGA
GATAACTTAACAAGCTCTCTCACTCTTTTTTTTCCTTCGTATCAGATTTTATGGTTTTTA
ATTTCATAAACTCACAAGAACGTGTTTGCAGATGTAAAAGATTTTGTTGGTTTTCATCAC
TGTGCTTTACCTTTTTGGCATCGTAACATCAATAGACAAGTACGAATTACAGATTCAAAA
GAAGAAGACAAATTGTTATTAGTTGTTGCTTTTTTGTGTAATGGCGTTTGCCAACATTTC
CTCAAGTAAAGTCAGAAAACACAGTTT

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 5

CO CL1868Contig1 510 5 6 U
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GTAAGTGTGGTGTCGTATGTTCGAATTAATAAAGGTATGTATGTTTAAGCTGTTTGCTTT
AAATAAAATGAAGAATGCTGACCTTCTAAGTTTATAACAAGATCATGTTGTATGCTGTTT
CGTATTAATAATAAACTATACTTTTGTGTT


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 

AF RR1GF34TF U 1
AF RR1EA38TF U 3
AF RR1F455JQ C 3
AF RR1F455TF U 3
AF RR1EA38JQ C 316
BS 1 229 RR1GF34TF
BS 230 230 RR1F455TF
BS 231 481 RR1GF34TF
BS 482 482 RR1EA38TF
BS 483 505 RR1GF34TF
BS 506 510 RR1EA38TF

RD RR1GF34TF 505 0 0
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CAAAGACCCTAAATTCCATCTGCTTCACCACTCTTTTGCTCGTTGTCTTGTTAGTTTCCA
CCGAAATCCCCAAGAGCGAGGCGACTTGTAAGAAGTTTTTAGGCGAAGCCCCAGTATATC
CATGTAAGGAAAAAGCTTGTAAGGAAGTGTGTAAGGAACATTACTACCACTCGTGTAAAG
GAGAGTGTGAGAAGCATGGCTACGAAGAGCATTGCCACTGCTACGGAAAATACTGAAAAT
TACACAGATAAGTCTATCGTATAAAGTAAAAACAAATAAGACCTTTTATATATCTCTAAT
GTAAGTGTGGTGTCGTATGTTCGAATTAATAAAGGTATGTATGTTTAAGCTGTTTGCTTT
AAATAAAATGAAGAATGCTGACCTTCTAAGTTTATAACAAGATCATGTTGTATGCTGTTT
C*TATTAATAATAAACTATACTTTT

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1EA38TF 508 0 0
GG
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TAAGGAAAAAGCTTGTAAGGAAGTGTGTAAGGAACATTACTACCACTCGTGTAAAGGAGA
GTGTGAGAAGCTTGGCTACGAAGAGCATTGCCACTGCTACGGAAAATACTGAAAATTACA
CAGATAAGTCTATCGTATAAAGTAAAAACAAATAAGACCTTTTATATATCTCTAATGTAA
GTGTGGTGTCGTATGTTCGAATTAATAAAGGTATGTATGTTTAAGCTGTTTGCTTTAAAT
AAAATGAAGAATGCTGACCTTCTAAGTTTATAACAAGATCATGTTGTATGCTGTTTCGTA
TTAATAATAAACTATACTTTTGTGTT

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR1F455JQ 508 0 0
GG
ACAAATAATTAGTTAAGTGTAAGAAAAAAGAAAGAAAGCAAAAGCTGCAGAAATGGCAAA
GACCCTAAATTCCATCTGCTTCACCACTCTTTTGCTCGTTGTCTTGTTAGTTTCCACCGA
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TAAGGAAAAAGCTTGTAAGGAAGTGTGTAAGGAACATTACTACCATTCGTGTAAAGGAGA
GTGTGAGAAGCATGGCTACGAAGAGCATTGCCACTGCTACGGAAAATACTGAAAATTACA
CAGATAAGTCTATCGTATAAAGTAAAAACAAATAAGACCTTTTATATATCTCTAATGTAA
GTGTGGTGTCGTATGTTCGAATTAATAAAGGTATGTATGTTTAAGCTGTTTGCTTTAAAT
AAAATGAAGAATGCTGACCTTCTAAGTTTATAACAAGATCATGTTGTATGCTGTTTCGTA
TTAATAATAAACTATACTTTTGTGTT

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR1F455TF 508 0 0
GG
ACAAATAATTAGTTAAGTGTAAGAAAAAAGAAAGAAAGCAAAAGCTGCAGAAATGGCAAA
GACCCTAAATTCCATCTGCTTCACCACTCTTTTGCTCGTTGTCTTGTTAGTTTCCACCGA
AATCCCCAAGAGCGAGGCGACTTGTAAGAAGTTTTTAGGCGAAGCCCCAGTATATCCATG
TAAGGAAAAAGCTTGTAAGGAAGTGTGTAAGGAACATTACTACCATTCGTGTAAAGGAGA
GTGTGAGAAGCATGGCTACGAAGAGCATTGCCACTGCTACGGAAAATACTGAAAATTACA
CAGATAAGTCTATCGTATAAAGTAAAAACAAATAAGACCTTTTATATATCTCTAATGTAA
GTGTGGTGTCGTATGTTCGAATTAATAAAGGTATGTATGTTTAAGCTGTTTGCTTTAAAT
AAAATGAAGAATGCTGACCTTCTAAGTTTATAACAAGATCATGTTGTATGCTGTTTCGTA
TTAATAATAAACTATACTTTTGTGTT

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR1EA38JQ 195 0 0
ATT
GTATAAAGTAAAAACAAATAAGACCTTTTATATATCTTTAATGTAAGTGTGGTGTCGTAT
GTTCGAATTAATAAAGGTATGTATGTTTAAGCTGTTTGCTTTAAATAAAATGAAGAATGC
TGACCTTTTAAGTTTATAACAAGATCATGTTGTATGCTGTTTCGTATTAATAATAAACTA
TACTTTTGTGTT

QA 4 195 4 195
DS 



AS 1 4

CO CL1869Contig1 981 4 6 U
ACTTTGAAGACTAATGTTGTATTTTAATTTTTAAGTCGAGAATACTAGCAGAAGGGAACT
CAAGAAGATAATCTGATATTCTACCAACACTAAAGCAACAAAACTTTGACATAAAACTCC
AAACACAACCACAGAGAGCAAGCATCATCCAAGTGAATGATAGATACGATACAAAAACTT
TAATGAGTTTGATAAACAAAAAGCTTAAGCCTTTTTAAGAGGTTTCGACGTCCGAGAGAT
ACAAACCTTCTCGGTAAAGCTCAAAGTCATTAGGGCTCCATCTGCAGACTAAGTTGAGTT
TGAAAGTAGCCAACTTTATTCCCAACAGTCGCAAAATGCGAGAAGATTCTGGTGAAAGAG
GTTTGCCTTCTTCACAAACTACAAAGTCCGAGAGTAACTCTACCGTACCTTTGTTGAGCC
GAACAGGCATACCCTGCTTCCTTAGAAACGGTTCCATCTCATGAGTGAACTGTTCTAGAG
GACCTTCCTTCAGCTCAACCGTTTCAACTGTAGTGCTTCCAGTCCTTGAAAAGTCTGAAT
CCTCATAAGCATTAAACAAGCTTTCGACCTCTTCCTTTGGCATATCTGTTACAAGAAGTC
CAGCATCACCATGAAGCATCTTGGAGGCTTTAAAGATGCCAGGACGGAATTCATCAGAAG
CGGAACGACCAAGAGCAACCTGCACCACTTTGTTCGAACCAAGGAAGAACTTTCCATTGT
GTCTAAACTTCTGTCTAAACTCCTTGAACTTGATGTTTCTCATGTTCTCAAAAGAGAAAA
CGTAGACAGAATTATATTTCTCAACAGCCTCTCTGATTCCATTTACAATACCCTCCTTGT
GCTCTCTTCCTTTCTTCTTTGTCTTTGATAAAGTAACTGGTCTGTCTCTCTTTGATTTAG
GCATGTCTCAGACTGATGAAGTGAAAAAAAAAGTGAGAGAGCAACCAAAGTAGACGGCTT
TGGTTCTTTAAGCTCCTCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DW05JQ U 65
AF RR1GG09JQ U 1
AF RR1GG09TF C 258
AF RR1DW05TF C 490
BS 1 631 RR1GG09JQ
BS 632 684 RR1GG09TF
BS 685 685 RR1DW05TF
BS 686 901 RR1GG09TF
BS 902 902 RR1DW05TF
BS 903 981 RR1GG09TF

RD RR1DW05JQ 445 0 0
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ACAACCACAGAGAGCAAGCATCATCCAAGTGAATGATAGATACGATACAAAAACTTTAAT
GAGTTTGATAAACAAAAAGCTTAAGCCTTTTTAAGAGGTTTCGACGTCCGAGAGATCCAA
ACCTTCTCGGTAAAGCTCAAAGTCATTAGGACTCCATCTGCAGACTAAGTTGAGTTTGAA
AGTAGCCAACTTTATTCCCAACAGTCGCAAAATGCGAGAAGATTCTGGTGAAAGAGGTTT
GCCTTCTTCACAAACTACAAAGTCCGAGAGTAACTCTACCGTACCTTTGTTGAGCCGAAC
AGGCATACCCTGCTTCCTTAGAAACGGTTCCATCTCATGAGTGAACTGTTCTAGAGGACC
TTCCTTCAGCTCAACCGTTTCAACT

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1GG09JQ 631 0 0
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CAAGAAGATAATCTGATATTCTACCAACACTAAAGCAACAAAACTTTGACATAAAACTCC
AAACACAACCACAGAGAGCAAGCATCATCCAAGTGAATGATAGATACGATACAAAAACTT
TAATGAGTTTGATAAACAAAAAGCTTAAGCCTTTTTAAGAGGTTTCGACGTCCGAGAGAT
ACAAACCTTCTCGGTAAAGCTCAAAGTCATTAGGGCTCCATCTGCAGACTAAGTTGAGTT
TGAAAGTAGCCAACTTTATTCCCAACAGTCGCAAAATGCGAGAAGATTCTGGTGAAAGAG
GTTTGCCTTCTTCACAAACTACAAAGTCCGAGAGTAACTCTACCGTACCTTTGTTGAGCC
GAACAGGCATACCCTGCTTCCTTAGAAACGGTTCCATCTCATGAGTGAACTGTTCTAGAG
GACCTTCCTTCAGCTCAACCGTTTCAACTGTAGTGCTTCCAGTCCTTGAAAAGTCTGAAT
CCTCATAAGCATTAAACAAGCTTTCGACCTCTTCCTTTGGCATATCTGTTACAAGAAGTC
CAGCATCACCATGAAGCATCTTGGAGGCTTT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1GG09TF 724 0 0
AGCTCAAAGTCATTAGGGCTCCATCTGCAGACTAAGTTGAGTTTGAAAGTAGCCAACTTT
ATTCCCAACAGTCGCAAAATGCGAGAAGATTCTGGTGAAAGAGGTTTGCCTTCTTCACAA
ACTACAAAGTCCGAGAGTAACTCTACCGTACCTTTGTTGAGCCGAACAGGCATACCCTGC
TTCCTTAGAAACGGTTCCATCTCATGAGTGAACTGTTCTAGAGGACCTTCCTTCAGCTCA
ACCGTTTCAACTGTAGTGCTTCCAGTCCTTGAAAAGTCTGAATCCTCATAAGCATTAAAC
AAGCTTTCGACCTCTTCCTTTGGCATATCTGTTACAAGAAGTCCAGCATCACCATGAAGC
ATCTTGGAGGCTTTAAAGATGCCAGGACGGAATTCATCAGAAGCGGAACGACCAAGAGCA
ACCTGCATCACTTTGTTCGAACCAAGGAAGAACTTTCCATTGTGTCTAAACTTCTGTCTA
AACTCCTTGAACTTGATGTTTCTCATGTTCTCAAAAGAGAAAACGTAGACAGAATTATAT
TTCTCAACAGCCTCTCTGATTCCATTTACAATACCCTCCTTGTGCTCTCTTCCTTTCTTC
TTTGTCTTTGATAAAGTAACTGGTCTGTCTCTCTTTGATTTAGGGATGTCTCAGACTGAT
GAAGTGAAAAAAAAAGTGAGAGAGCAACCAAAGTAGACGGCTTTGGTTCTTTAAGCTCCT
CCTG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1DW05TF 492 0 0
TCAGCTCAACCGTTTCAACTGTAGTGCTTCCAGTCCTTGAAAAGTCTGAATCCTCATAAG
CATTAAACAAGCTTTCGACCTCTTCCTTTGGCATATCTGTTACAAGAAGTCCAGCATCAC
CATGAAGCACCTTGGAGGCTTTAAAGATGCCAGGACGGAATTCATCAGAAGCGGAACGAC
CAAGAGCAACCTGCACCACTTTGTTCGAACCAAGGAAGAACTTTCCATTGTGTCTAAACT
TCTGTCTAAACTCCTTGAACTTGATGTTTCTCATGTTCTCAAAAGAGAAAACGTAGACAG
AATTATATTTCTCAACAGCCTCTCTGATTCCATTTACAATACCCTCCTTGTGCTCTCTTC
CTTTCTTCTTTGTCTTTGATAAAGTAACTGGTCTGTCTCTCTTTGATTTAGGCATGTCTC
AGACTGATGAAGTGAAAAAAAA*GTGAGAGAGCAACCAAAGTAGACGGCTTTGGTTCTTT
AAGCTCCTCCTG

QA 1 492 1 492
DS 



AS 1 5

CO CL1870Contig1 588 5 7 U
GGACTTAGATAGTGCACGAAAAAAACTTAGAAAACAATTGAAACAAAAATGGCGTTTGCT
TCGAAGATCATCGCATGCCTCCTCGTCCTTAAGGTCTACATGGCAGCTCCAACAGAGTCA
CACATTACGTGTGGGATAGTGACATCCACATTGGCTCAGTGCATGGGCTACTTGACCAAC
TTTAGTCCAGTGCCATCAGACTACTGCTGCGCGGAAGTCAAAGCACTGAATGAAATGGCT
CAGACCACACCGGACCGCCGACAAGTATGCAACTGCCTTAAATCACTGGCTAAGGCAAAC
AATGGATTCATCAATATCGAGCTTGTGGGCACACTCCCTACCATTTGTGGTGTTTCAGTT
CCCTACCCATTTAATTTCAGCACCAATTGTGATAATATATCGATTGCCGTGTGAAAGAGG
GTAGCTAGAGATGTTGTACGACCACGACTAATCACAGTTGCCAGCTTTCTAACCTAGCAT
CACAGTTATTCTGCTTTCCATTTTATGATCTCATTGTCTCTTATTGTTATGTAATCATAC
ACTTCATATTGTAATAACGACAAAGGAACTTCCTCTCTCTTTATTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FT23TF U 1
AF RR1AJ78JQ C 10
AF RR1FK78JQ C 121
AF RR1FK78TF U 121
AF RR1AJ78TF U 10
BS 1 141 RR1FT23TF
BS 142 142 RR1FK78TF
BS 143 510 RR1FT23TF
BS 511 511 RR1FK78TF
BS 512 547 RR1FT23TF
BS 548 577 RR1FK78TF
BS 578 588 RR1AJ78TF

RD RR1FT23TF 547 0 0
GGACTTAGATAGTGCACGAAAAAAACTTAGAAAACAATTGAAACAAAAATGGCGTTTGCT
TCGAAGATCATCGCATGCCTCCTCGTCCTTAAGGTCTACATGGCAGCTCCAACAGAGTCA
CACATTACGTGTGGGATAGTGGCATCCACATTGGCTCAGTGCATGGGCTACTTGACCAAC
TTTAGTCCAGTGCCATCAGACTACTGCTGCGCGGAAGTCAAAGCACTGAATGAAATGGCT
CAGACCACACCGGACCGCCGACAAGTATGCAACTGCCTTAAATCACTGGCTAAGGCAAAC
AATGGATTCATCAATATCGAGCTTGTGGGCACACTCCCTACCATTTGTGGTGTTTCAGTT
CCCTACCCATTTAATTTCAGCACCAATTGTGATAATATATCGATTGCCGTGTGAAAGAGG
GTAGCTAGAGATGTTGTACGACCACGACTAATCACAGTTGCCAGCTTTCTAACCTAGCAT
CACAGTTATTCTGCTTTCCATTTTATGATCGCATTGTCTCTTATTGTTATGTAATCATAC
ACTTCAT

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1AJ78JQ 579 0 0
GGGGCACAA
AAAAAAACTTAGAAAACAATTGAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCGAAGATCATCGCATGC
CTCCTCGTCCTTAAGGTCTACATGGCAGCTCCAACAGAGTCACACATTACGTGTGGGATA
GTGACATCCACATTGGCTCAGTGCCTGGGCTACTTGACCAACTTTAGTCCAGTGCCATCA
GACTACTGCTGCGCGGAAGTCAAAGCACTGAATGAAATGGCTCAGACCACACCGGACCGC
CGACAAGTATGCAACTGCCTTAAATCACTGGCTAAGGCAAACAATGGATTCATCAATATC
GAGCTTGTGGGCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCAGTTCC*TACCCATTTAATTTC
AGCACCAATTGTGATAATATATCGATTGCCGTGTGAAAGAGGGTAGCTAGAGATGTTGTA
CGACCACGACTAATCACAGTTGCCAGCTTTCTAACCTAGCATCACAGTTATTCTGCTTTC
CATTTTATGATCTCATTGTCTCTTATTGTTATGTAATCATACACTTCATATTGTAATAAC
GACAAAGGAACTTCCTCTCTCTTTATTGTC

QA 10 579 10 579
DS 

RD RR1FK78JQ 457 0 0
G
ACATTACGTGTGGGATAGTGACATCCACATTGGCTCAGTGCATGGGCTACTTGACCAACT
TTAGTCCAGTGCCATCAGACTACTGCTGCGCGGAAGTCAAAGCACTGAATGAAATGGCTC
AGACCACACCGGACCGCCGACAAGTATGCAACTGCCTTAAATCACTGGCTAAGGCAAACA
ATGGATTCATCAATATCGAGCTTGTGGGCACACTCCCTACCATTTGTGGTGTTTCAGTTC
CCTACCCATTTAATTTCAGCACCAATTGTGATAATATATCGATTGCCGTGTGAAAGAGGG
TAGCTAGAGATGTTGTACGACCACGACTAATCACAGTTGCCAGCTTTCTAACCTAGCATC
ACAGTTATTCTGCTTTCCATTTTATGATCTCATTGTCTCTTATTGTTATGTAATCATACA
CTTCATATTGTAATAACGACAAAGGAACTTCCTCTC

QA 2 457 2 457
DS 

RD RR1FK78TF 457 0 0
G
ACATTACGTGTGGGATAGTGACATCCACATTGGCTCAGTGCATGGGCTACTTGACCAACT
TTAGTCCAGTGCCATCAGACTACTGCTGCGCGGAAGTCAAAGCACTGAATGAAATGGCTC
AGACCACACCGGACCGCCGACAAGTATGCAACTGCCTTAAATCACTGGCTAAGGCAAACA
ATGGATTCATCAATATCGAGCTTGTGGGCACACTCCCTACCATTTGTGGTGTTTCAGTTC
CCTACCCATTTAATTTCAGCACCAATTGTGATAATATATCGATTGCCGTGTGAAAGAGGG
TAGCTAGAGATGTTGTACGACCACGACTAATCACAGTTGCCAGCTTTCTAACCTAGCATC
ACAGTTATTCTGCTTTCCATTTTATGATCTCATTGTCTCTTATTGTTATGTAATCATACA
CTTCATATTGTAATAACGACAAAGGAACTTCCTCTC

QA 2 457 2 457
DS 

RD RR1AJ78TF 579 0 0
GGGGCACAA
AAAAAAACTTAGAAAACAATTGAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCGAAGATCATCGCATGC
CTCCTCGTCCTTAAGGTCTACATGGCAGCTCCAACAGAGTCACACATTACGTGTGGGATA
GTGACATCCACATTGGCTCAGTGCCTGGGCTACTTGACCAACTTTAGTCCAGTGCCATCA
GACTACTGCTGCGCGGAAGTCAAAGCACTGAATGAAATGGCTCAGACCACACCGGACCGC
CGACAAGTATGCAACTGCCTTAAATCACTGGCTAAGGCAAACAATGGATTCATCAATATC
GAGCTTGTGGGCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCAGTTCC*TACCCATTTAATTTC
AGCACCAATTGTGATAATATATCGATTGCCGTGTGAAAGAGGGTAGCTAGAGATGTTGTA
CGACCACGACTAATCACAGTTGCCAGCTTTCTAACCTAGCATCACAGTTATTCTGCTTTC
CATTTTATGATCTCATTGTCTCTTATTGTTATGTAATCATACACTTCATATTGTAATAAC
GACAAAGGAACTTCCTCTCTCTTTATTGTC

QA 10 579 10 579
DS 



AS 2 5

CO CL1871Contig1 580 2 3 U
GGGAGGAGGTATGAGAGATCGTGGTTCAAGCTTTGGTGGCCGTTCAGGTGGTGGTGGTTA
TGGTGGTTACGGTAGCAGCAGTGGCCGTTCAGGTGGTTCAGGCAACCGTTATTCTGGTGG
TTCGGATCGTTCTGGCTTTGGGAGCTTTGGTTCAGACCGTTCATCTGGTTTCGGGGGCTT
TGGTTCAGATCGTTCTTCACAGTCAAGCGGAAGGGGTGGCTTTGGTGGTCGGTCAGATGA
TTATGGTAGCAGTGGTGGCCGTAGCAACCGTTCTTCTGGTTTCGGTTCAGACCGTTCTTC
TGGTTTCGGGGGCTTTGGTTCGGATCGTTCTTCTCAGTCAGGTGGAAGGAGCAGCTTTGG
TGGTTTTGGCTCAAACGATGGTAAAAGGTCTTACTGAGAAAGTTACATGAAGTATTGGGT
AATGTTTTGACCCGACCCGGTAATAAGTGGTTGTCCTAGGAGGATTCGGTTTATCGGTTT
AGAGTAGTTTTCTAAGGGATACAAGGAGTCGGGCTATATATAAATCTGTAGTTATGTAAC
CAAACATACTATTTCTAAGTCTCTCTCTCTTTGGTTTGAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1AD77JQ C 1
AF RR1AD77TF U 1
BS 1 1 RR1AD77JQ
BS 2 576 RR1AD77TF
BS 577 580 RR1AD77JQ

RD RR1AD77JQ 580 0 0
GGGAGGAGGTATGAGAGATCGTGGTTCAAGCTTTGGTGGCCGTTCAGGTGGTGGTGGTTA
TGGTGGTTACGGTAGCAGCAGTGGCCGTTCAGGTGGTTCAGGCAACCGTTATTCTGGTGG
TTCGGATCGTTCTGGCTTTGGGAGCTTTGGTTCAGACCGTTCATCTGGTTTCGGGGGCTT
TGGTTCAGATCGTTCTTCACAGTCAAGCGGAAGGGGTGGCTTTGGTGGTCGGTCAGATGA
TTATGGTAGCAGTGGTGGCCGTAGCAACCGTTCTTCTGGTTTCGGTTCAGACCGTTCTTC
TGGTTTCGGGGGCTTTGGTTCGGATCGTTCTTCTCAGTCAGGTGGAAGGAGCAGCTTTGG
TGGTTTTGGCTCAAACGATGGTAAAAGGTCTTACTGAGAAAGTTACATGAAGTATTGGGT
AATGTTTTGACCCGACCCGGTAATAAGTGGTTGTCCTAGGAGGATTCGGTTTATCGGTTT
AGAGTAGTTTTCTAAGGGATACAAGGAGTCGGGCTATATATAAATCTGTAGTTATGTAAC
CAAACATACTATTTCTAAGTCTCTCTCTCTTTGGTTTGAC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1AD77TF 580 0 0
G
GGAGGAGGTATGAGAGATCGTGGTTCAAGCTTTGGTGGCCGTTCAGGTGGTGGTGGTTAT
GGTGGTTACGGTAGCAGCAGTGGCCGTTCAGGTGGTTCAGGCAACCGTTATTCTGGTGGT
TCGGATCGTTCTGGCTTTGGGAGCTTTGGTTCAGACCGTTCATCTGGTTTCGGGGGCTTT
GGTTCAGATCGTTCTTCACAGTCAAGCGGAAGGGGTGGCTTTGGTGGTCGGTCAGATGAT
TATGGTAGCAGTGGTGGCCGTAGCAACCGTTCTTCTGGTTTCGGTTCAGACCGTTCTTCT
GGTTTCGGGGGCTTTGGTTCGGATCGTTCTTCTCAGTCAGGTGGAAGGAGCAGCTTTGGT
GGTTTTGGCTCAAACGATGGTAAAAGGTCTTACTGAGAAAGTTACATGAAGTATTGGGTA
ATGTTTTGACCCGACCCGGTAATAAGTGGTTGTCCTAGGAGGATTCGGTTTATCGGTTTA
GAGTAGTTTTCTAAGGGATACAAGGAGTCGGGCTATATATAAATCTGTAGTTATGTAACC
AAACATACTATTTCTAAGTCTCTCTCTCTTTGGTT
TGAC

QA 2 576 2 576
DS 



CO CL1871Contig2 1043 3 11 U
GGTTTATGCGCAAAAAACCATATCAAACCAAAGAGAGACAAACTTAGAAATAGTATGTTT
GATTACATAACTACAGATTTATATATAGCCCGACTCCTTGTATCACTTAGTAAACTACTC
TACTCGATAAACCGAATCCTCCCAGGACAAGCACTTATTACCGGGTCGGGTCAAAACATT
ACTCAACCCCTCATGTAACTTTCTCAGTAAGACCTTTTACCATCGTTTGAGCCAAACCCA
CCAAAGCTACCCCTTCCACCTGACTGAAAAGAACGATCCGAACCAAAGCCTCCGAAACCA
GAAGAACGGTCTGAACCGAAACCAGAAAAACGGTTGCTACGGTCACCACTGCTACCATAA
TCATCTGAACGACCACCAAAGCCGCCCCTTCCGCCTGACTGTGAAGAACGATCAGAACCA
AAGCCCCCGAAACCAGATGAACGGTCTGAACCAAAGCTCCCAAAGCCAGAACGATCCGAA
CCACCAGAATAACGGTTGCCTGAACCACCTGAACGGCCACTGCTGCTACCGTAACCACCA
TAACCACCACCACCTGAACGGCCACCAAAGCTTGAACCACGATCTCTCATACCTCCTCCA
AAGGACTCACCAGATCGACCACCTATTCCTTCATATATGCTTCCACCACGTTCCACAGCA
ATGCTAGGGAGCTCAGTGAAGCGGCTCCCGACTTCTCTCTCAATTATTTTAACAGCCCTG
GATTGATCTTGACTGTAGATGAGAATAGCACTTCCTTTCTTCCCAGCACGGCCTGTTCTC
CCCGTTCTGTGGACAAATGTCTCCGTGTTATTCGGAAGCTCGTAATGAATCACCAAATCG
ACATTAGGAACATCAAGACCACGGGCAGCAACATCAGTGGCAACAAGAATGTTGAAATGC
CCATCACGGAAACCAGCAAGTGTTCTTTCCCTCTGACTCTGAGATATATCACCGTGTAAA
GCTTCGCACTTGAAGGTTCTTGCCAAGCCATATGAAAGGCGATCAGCATCCCGTTTTGTC
TGGGTGAAAACAATGCATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D480JQ U 1
AF RR1E617JQ U 24
AF RR1E617TF C 450
BS 1 267 RR1D480JQ
BS 268 268 RR1E617JQ
BS 269 284 RR1D480JQ
BS 285 285 RR1E617JQ
BS 286 327 RR1D480JQ
BS 328 328 RR1E617JQ
BS 329 450 RR1D480JQ
BS 451 451 RR1E617JQ
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BS 628 767 RR1E617JQ
BS 768 1043 RR1E617TF

RD RR1D480JQ 627 0 0
GGTTTATGCGCAAAAAACCATATCAAACCAAAGAGAGACAAACTTAGAAATAGTATGTTT
GATTACATAACTACAGATTTATATATAGCCCGACTCCTTGTATCACTTAGTAAACTACTC
TACTCGATAAACCGAATCCTCCCAGGACAAGCACTTATTACCGGGTCGGGTCAAAACATT
ACTCAACCCCTCATGTAACTTTCTCAGTAAGACCTTTTACCATCGTTTGAGCCAAACCCA
CCAAAGCTACCCCTTCCACCTGACTGAGAAGAACGATCCGAACCGAAGCCTCCGAAACCA
GAAGAACGGTCTGAACCGAAACCAGAAGAACGGTTGCTACGGTCACCACTGCTACCATAA
TCATCTGAACGACCACCAAAGCCGCCCCTTCCGCCTGACTGTGAAGAACGATCAGAACCA
AAGCCCCCGAAACCAGATGAACGGTCTGAAACAAAGCTCCCAAAGCCAGAACGATCCGAA
CCACCAGAATAACGGTTGCCTGAACCACCTGAACGGCCACTGCTGCTACCGTAACCACCA
TAACCACCACCACCTGAACGGCCACCAAAGCTTGAACCACGATCTCTCATACCTCCTCCA
AAGGACTCACCAGATCGACCACCTATT

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1E617JQ 744 0 0
CG
AACCAAAGAGAGACAAACTTAGAAATAGTATGTTTGATTACATAACTACAGATTTATATA
TAGCCCGACTCCTTGTATCACTTAGTAAACTACTCTACTCGATAAACCGAATCCTCCTAG
GACAAGCACTTATTACCGGGTCGGGTCAAAACATTACTCAACCCCTCATGTAACTTTCTC
AGTAAGACCTTTTACCATCGTTTGAGCCAAACCCACCAAAGCTACCCCTTCCACCTGACT
GAAAAGAACGATCCGAACCAAAGCCTCCGAAACCAGAAGAACGGTCTGAACCGAAACCAG
AAAAACGGTTGCTACGGTCACCACTGCTACCATAATCATCTGAACGACCACCAAAGCCGC
CCCTTCCGCTTGACTGTGAAGAACGATCAGAACCAAAGCCCCCGAAACCAGATGAACGGT
CTGAACCAAAGCTCCCAAAGCCAGAACGATCCGAACCACCAGAATAACGGTTGCCTGAAC
CACCTGAACGGCCACTGCTGCTACCGTAACCACCATAACCACCACCACCTGAACGGCCAC
CAAAGCTTGAACCACGATCTCTCATACCTCCTCCAAAGGACTCACCAGATCGACCACCTA
TTCCTTCATATATGCTTCCACCACGTTCCACAGCAATGCTAGGGAGCTCAGTGAAGCGGC
TCCCGACTTCTCTCTCAATTATTTTAACAGCCCTGGATTGATCTTGACTGTAGATGAGAA
TAGCACTTCCTTTCTTCCCAGC

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1E617TF 594 0 0
ACCAAAGCTCCCAAAGCCAGAACGATCCGAACCACCAGAATAACGGTTGCCTGAACCACC
TGAACGGCCACTGCTGCTACCGTAACCACCATAACCACCACCACCTGAACGGCCACCAAA
GCTTGAACCACGATCTCTCATACCTCCTCCAAAGGACTCACCAGATCGACCACCTATTCC
TTCATATATGCTTCCACCACGTTCCACAGCAATGCTAGGGAGCTCAGTGAAGCGGCTCCC
GACTTCTCTCTCAATTATTTTAACAGCCCTGGATTGATCTTGACTGTAGATGAGAATAGC
ACTTCCTTTCTTCCCAGCACGGCCTGTTCTCCCCGTTCTGTGGACAAATGTCTCCGTGTT
ATTCGGAAGCTCGTAATGAATCACCAAATCGACATTAGGAACATCAAGACCACGGGCAGC
AACATCAGTGGCAACAAGAATGTTGAAATGCCCATCACGGAAACCAGCAAGTGTTCTTTC
CCTCTGACTCTGAGATATATCACCGTGTAAAGCTTCGCACTTGAAGGTTCTTGCCAAGCC
ATATGAAAGGCGATCAGCATCCCGTTTTGTCTGGGTGAAAACAATGCATTTTCC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 5

CO CL1872Contig1 1445 5 17 U
GGACAAGGGTTGGCTTACAACTATGCATCCCTCTGTCTTCTAACTGCCTCCAATACTGAT
CTCAATTAGAATCTGCGGAGGCATTTTTAATCTTTTTAAAAAACTTTTTAATTCTCTTCT
TTGATGTTAAAAGAAAAAAAGATTTGGTTTCTTTCAGACAGGATTCATCGTTTAGTAAAT
CTATAGTCAGCCAATTTTTCATTTCGTTTTTCTTAGTATCGCTACTCTGATCTGATATTT
ATTTCGCCTTAGATGTTATTTTCTCTAGAGTAATTAGATCTTTGTATTGTTATTCCAGTT
GCAAGTATAATTTTGGCAGATCTCATGTTTTCAAAATCGTCTTTTGACTTAATTTTGTCA
GAACTCATGTTTTCAAAATCGTCTTTTCCCTTATTTTTTTTGTAAGATCTTATGTTGATG
GAGTTACTTTTTTTTTTAACGTTTCAATTGTCTTCTCTCAAGTTCAAAATTCAACTCTGT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

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G
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ATGGAGTTACTTTTTTTT**AACGTTTCAATTGTCTTCTCTCAAGTTCAAAATTCAACTC
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TCGGCGCTTCTTTTCGCAGCTCAATTAAGGTTTCTTTGGAATGAAGATGAAGAGAGCATC
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ATTCATGCCTCGTGG

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GTCGAGCTCTCCCCGCTTTTTTGTATTTGGCGCGTAATTTTGGTTACTGTTCATGGGTTC
GGCGCTTCTTTTCGCAGCTCAATTAAGGTTTCTTTGGAATGAAGATGAAGAGAGCATCCC
GTCGTGGAGTCCGAAATCTCGCAGCCGTTGCTCCTGCGTTGGATCAAGCACCCGCGGAAG
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CTCCAGATGGTCTTCTTCCTCTAGCACCTGGTTCCCATCTTCCACCATCAGGACCAGAAT
TCATGCCTCGTGGAGTTTTAGGATTTGTCTTCCCCTTGCCTGATGGTATAGTTAAAGAGT
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TGATGCACATCACATTTTCGTCAATGGTGGTCTAGTGTTGCTAGGACTTGGTGGTGATGC

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TAGTTAAAGAGTGATTCAGGTTTCCGGTGCTAATGGTGTTTTTGGTCCCAATGGTAATCG
TATCGGGTTTCATGATGCACATCACATTTTCGTCAATGGTGGTCTAGTGTTGCTAGGACT
TGGTGGTGATGCCAGGGTTCCAGGCTATCTTGACAAAATTGAAGCCCCTCTGGGATGTGT
AATAACCGTTCCTATTGGAGGTGAAATTGAATTCGCTAGGTATCCTCTTAAGTGAATTCG
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TACTCTAAAAGTTTCCAATC

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A
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CCAGGCTATCTTGACAAAATTGAAGCCCCTCTGGGATGTGTAATAACCGTTCCTATTGGA
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TATGGTGGCATTTTGTGCGTGCGGATATATTATTTTCTTTCTACTCTAAAAGTTTCCAAT
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QA 2 660 2 660
DS 



AS 1 4

CO CL1873Contig1 758 4 11 U
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GATTTCCCTCTCTGCATCTCCGTGTGCTCTCCTCCGACGGTGGTGGCGATTTTCGGAGGA
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TTGATGTGGTAGTCTTTGTAATTTGGGAGCTAGTGATCTTAGCATTCCTCGTGTTCTCAG
CAGTCTCCCTCTACTTCAAGCAGTTGGAACTCGCATTCATACTCGTTTGCGTCACTTTAC
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GGATGCTTCTTCCTCTCTCTATGTAAAACCCACCAGCAAAAATCGTTAAACCTTCTTACA
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CCGTTGAGCTCAGACTTGTCTCTGGTACGCATCGTTTCTGTCCTTTTGAACGATAGACCT
GACCTGATTAGTAAACCTGGAGAGATGGATTGGCTTAGCTTAGACAAAACACCACTGTCT
ACGTTATCAGCGTTTTTTTTGTGATTATAAAGAAGATATCTAGTTTTCCAACCTATCTTG
TATAACACATTTATATCATGTGTGTAGTTAATTTTTTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1BG79TF U 1
AF RR1EI85TF U 3
AF RR1F939JQ C 190
AF RR1F939TF U 190
BS 1 188 RR1BG79TF
BS 189 189 RR1EI85TF
BS 190 321 RR1BG79TF
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BS 323 326 RR1BG79TF
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BS 328 724 RR1BG79TF
BS 725 725 RR1EI85TF
BS 726 747 RR1BG79TF
BS 748 754 RR1F939TF
BS 755 758 RR1F939JQ

RD RR1BG79TF 754 0 0
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GATTTCCCTCTCTGCATCTCCGTGTGCTCTCCTCCGACGGTGGTGGCGATTTTCGGAGGA
AAGTGATGATAACGAGATCGAATCTAGCCGAGCAGCTAAGAGAATATCAGATTAGGTCAA
AGCATGATTGGGCCTCCGTATCCTTCTTCTCTTCCGCCTCCAATTTCTCGTCCTCAAGGG
TTGATGTGGTAGTCTTTGTAATTTGGGAGCTAGTGATCTTAGCATTCCTCGTGTTCTCAG
CAGTCTCCCTCTACTTCAAGCGGTTGTAACTCGCATTCATACTCGTTTGCGTCACTTTAC
TATTACTCCTCTGCATGAAAATCACAAAGCAAGTGAGAGTTGCTAGGAAGAAGAAGCGGA
GGATGCTTCTTCCTCTCTCTATGTAAAACCCACCAGCAAAAATCGTTAAACCTTCTTACA
CAATCAAAACCCATAACTGTCCCCTGCTGGCATGAACCCCATCATTAAGCATCGATGAAC
CCGTTGAGCTCAGACTTGTCTCTGGTACGCATCGTTTCTGTCCTTTTGAACGATAGACCT
GACCTGATTAGTAAACCTGGAGAGATGGATTGGCTTAGCTTAGACAAAACACCACTGTCT
ACGTTATCAGCGTTTTTTTTGTGATTATAAAGAAGATATCTAGTTTTCCAACCTATCTTG
TATA*CACATTTATATCATGTGTGTAG
TTAATTT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1EI85TF 745 0 0
GG
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TGATAGGGCCTCCGTATCCTTCTTCTCTTCCGCCTCCAATTTCTCGTCCTCAAGGGTTGA
TGTGGTAGTCTTTGTAATTTGGGAGCTAGTGATCTTAGCATTCCTCGTGTTCTCAGCAGT
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CAAAACCCATAACTGTCCCCTGCTGGCATGAACCCCATCATTAAGCATCGATGAACCCGT
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TGATTAGTAAACCTGGAGAGATGGATTGGCTTAGCTTAGACAAAACACCACTGTCTACGT
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ACACATTTATATCATGTGTGTAG

QA 3 745 3 745
DS 

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TCTACTTCAAGCAGTTGGAACTCGCATTCATACTCGTTTGCGTCACTTTACTATTACTCC
TCTGCATGAAAATCACAAAGCAAGTGAGAGTTGCTAGGAAGAAGAAGCGGAGGATGCTTC
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CCCATAACTGTCCCCTGCTGGCATGAACCCCATCATTAAGCATCGATGAACCCGTTGAGC
TCAGACTTGTCTCTGGTACGCATCGTTTCTGTCCTTTTGAACGATAGACCTGACCTGATT
AGTAAACCTGGAGAGATGGATTGGCTTAGCTTAGACAAAACACCACTGTCTACGTTATCA
GCGTTTTTTTTGTGATTATAAAGAAGATATCTAGTTTTCCAACCTATCTTGTATAACACA
TTTATATCATGTGTGTAGTTAATTTTTTT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1F939TF 569 0 0
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TAGTCTTTGTAATTTGGGAGCTAGTGATCTTAGCATTCCTCGTGTTCTCAGCAGTCTCCC
TCTACTTCAAGCAGTTGGAACTCGCATTCATACTCGTTTGCGTCACTTTACTATTACTCC
TCTGCATGAAAATCACAAAGCAAGTGAGAGTTGCTAGGAAGAAGAAGCGGAGGATGCTTC
TTCCTCTCTCTATGTAAAACCCACCAGCAAAAATCGTTAAACCTTCTTACACAATCAAAA
CCCATAACTGTCCCCTGCTGGCATGAACCCCATCATTAAGCATCGATGAACCCGTTGAGC
TCAGACTTGTCTCTGGTACGCATCGTTTCTGTCCTTTTGAACGATAGACCTGACCTGATT
AGTAAACCTGGAGAGATGGATTGGCTTAGCTTAGACAAAACACCACTGTCTACGTTATCA
GCGTTTTTTTTGTGATTATAAAGAAGATATCTAGTTTTCCAACCTATCTTGTATAACACA
TTTATATCATGTGTGTAGTTAATTT
TTTT

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 5

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TGGAGCCAACGTTGATGGATACAGTCCTATCTACAACGAGGAGGAGTGGTCAGCGAGTGG
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AACATACTTTGAACTTTATAAAAGAACTCTAGTATGTGTCTGTCCCATCTTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ48TF U 15
AF RR1B377JQ C 1
AF RR1B377TF U 1
AF RR1BQ57TF U 16
AF RR1FJ48JQ C 15
BS 1 578 RR1B377TF
BS 579 594 RR1FJ48JQ

RD RR1FJ48TF 489 0 0
AGGTAGCTAG
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CGGATTGGCTATTTGGGCAGTGACGCTCGCCGGAATCCTAGCCGGAGGAGCTCTTCTTGT
GTACAACACAAGTGCTTTGGCTCAGTAAATCTTTTAAAAGACATGTGTAACTCATGTTT

QA 11 489 11 489
DS 

RD RR1B377JQ 580 0 0
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TAAGAAGATCAAGACCGACAAGCCCTTTGGAGTTAACGGCAGCATGGACTTGAGGGACGG
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AACATACTTTGAACTTTATAAAAGAACTCTAGTATGTG
GC

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DS 

RD RR1B377TF 580 0 0
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CAGAGGATTACCGTCGCTCGCAAGAGCTCCTTCCTCCTTCAAAATCGTCGCCAGTGGCGT
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CGTCGACGCCTCCGGCAGAAAGGGCAAGGGTTATGGTGTTTACAAGTTTGTTGACAAGTA
TGGAGCCAACGTTGATGGATACAGTCCTATCTACAACGAGGAGGAGTGGTCAGCGAGTGG
TGATGTGTACAAGGGAGGAGTCACCGGATTGGCTATTTGGGCAGTGACGCTCGCCGGAAT
CCTAGCCGGAGGAGCTCTTCTTGTGTACAACACAAGTGCTTTGGCTCAGTAAATCTTTTA
AAAGACATGTGTAACTCATGTTTCTTTCTATGTTTGTGTTCTTTTCTCTGTAATGCTCAG
AACATACTTTGAACTTTATAAAAGAACTCTAGTATGTG
GC

QA 1 578 1 578
DS 

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CGGATTGGCTATTTGGGCAGTGACGCTCGCCGGAATCCTAGCCGGAGGAGCTCTTCTTGT
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AACTCTAG

QA 10 557 10 557
DS 

RD RR1FJ48JQ 580 0 0
AGGTAGCTAG
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AGCTCCTTCCTCCTTCAAAATCGTCGCCAGTGGCGTTAAGAAGATCAAGACCGACAAGCC
CTTTGGAGTTAACGGCAGCATGGACTTGAGGGACGGCGTCGACGCCTCCGGCAGAAAGGG
CAAGGGTTACGGTGTTTACAAGTTTGTTGACAAGTATGGAGCCAACGTTGATGGATACAG
TCCTATCTACAACGAGGAGGAGTGGTCAGCGAGTGGTGATGTGTACAAGGGAGGAGTCAC
CGGATTGGCTATTTGGGCAGTGACGCTCGCCGGAATCCTAGCCGGAGGAGCTCTTCTTGT
GTACAACACAAGTGCTTTGGCTCAGTAAATCTTTTAAAAGACATGTGTAACTCATGTTTC
TTTCTATGTTTGTGTTCTTTTCTCTGTAATGCTCAGAACATACTTTGAACTTTATAAAAG
AACTCTAGTATGTGTCTGTCCCATCTTTCC

QA 11 580 11 580
DS 



AS 1 4

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GGGAAAGCACAAACTCACATTCACAAATCAACTCGAAAAAGATCGAAGAAGAGAGACTCA
GAAATGGCTTCTACCTCCGCTGTATCATTTGTCATGCCACTCACCGAAAACCGATCATCT
TCAGCGAAAACCATTGCCTTCCTCAAGCCACTGCCTTTGAAACCATCTAAGGCGTCCTCC
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GCAGGAGGCGTGGTGCTCACGGTCATCATCGGTGTTGTTGTTGGTGTCTCCAACTTTGAT
CCTGTCAAGAGAGGCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTATT
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CAATCTTATATGCTTCTTATATT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1B748JQ C 1
AF RR1B748TF U 1
AF RR1B193TF U 33
AF RR1DS03TF U 2
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DS 

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G
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GG
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DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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C

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DS 

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C

QA 1 313 1 313
DS 

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QA 1 562 1 562
DS 

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QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 3

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BA58JQ U 1
AF RR1BA58TF C 1
AF RR1FV68JQ U 57
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BS 562 765 RR1FV68JQ

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CC

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CC

QA 1 561 1 561
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DS 



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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A582TF U 1
AF RR1AO03JQ C 288
AF RR1AO03TF U 288
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AAG

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G
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G
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CATGGTTGTTGAGACCTTCTCTGAGTACCCACCTCTTGGACGTTTCGCTGTGAGGGACAT
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GCGGTT

QA 2 487 2 487
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AAG

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DS 



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TTTTTTTTTGTTTCTGTTTGAATCTTTTGTTTCTTGTGATTGTGTTTTGTTGGGGAGGTC
C


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1AP66JQ U 3
AF RR1AP66TF C 3
AF RR1DD23JQ U 1
AF RR1GW11JQ U 3
AF RR1GW11TF C 201
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G
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C

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DS 

RD RR1AP66TF 264 0 0
G
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GCCATTAACCTTAGAACAAGCATCCACTTTGAAATTAGCACCACACAACACACCTTCACA
ATCAATCCTCGGCATCGCCTTC
C

QA 2 263 2 263
DS 

RD RR1DD23JQ 566 0 0
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QA 1 566 1 566
DS 

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A
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GCCATTAACCTTAGAACAAGCATCCACTTTGAAATTAGCACCACACAACACACTTTCACT
ATCAATCCTCGGCATCGCCTTCATCTCATTCCTCGGATGTTCAAAGCTCTTAAGCCCTGT
CTCACTGTGGAACATACACCCAGTAGGGAAAGGAGCAAACGATTTAGCACATCCTTGCTT
TATGATCTTCACATCATCAGACATCACAACAGACCCATCACCGGAGATCCCCCAGTAAAG
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QA 2 660 2 660
DS 

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CTTCCAAACCTCTGAGGACTTGATCAGCAGGGTAAGGACCACGGTCGCGGAGAGTTCGGT
AGGCTTCGATCACGAACATGGCCTCGCTCGTGTTCTTCCCAGTGAGCCCGTACTGTCGGT
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CCGGTGGGTGAGCGAATGCTTTCTGAAATATTGCCAACATTTTTTTTTTGTTTCTGTTTG
AATCTTTTGTTTCTTGTGATTGTGTTTTGTTGGGGAGGTCC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 2 5

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TCTTCAAGAGAACAGACACTGTGCTTATTCTCCATCATCATAAAGTCTTATATTAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DA03JQ U 1
AF RR1BU48JQ U 1
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BS 134 134 RR1DA03JQ
BS 135 325 RR1BU48JQ
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RD RR1DA03JQ 579 0 0
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TGGA

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1BU48JQ 776 0 0
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CAAGATCATTAGTGTGCTGGTCCAAGAAGGTCAGAGAGTTTTTTGAAGATCGAGGGTATC
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TCTTCAAGAGAACAGACACTGTGCTTATTCTCCATCATCATAAAGTCTTATATTAC

QA 1 776 1 776
DS 



CO CL1880Contig2 939 3 4 U
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CGTCGTTTATGTGTCCCATCGTGTTGTGTGCTTTAAATTAGAAACCAAACCAAAAGGGTG
ACAATAAAAACACATTTAGAAGCTTAGAAGAAGGAGTTTGTGAAGTTCTAGTTGGTTAGT
GTACCGTTTCTGGCAAATGCAGTGTCTCTTCTCTCT*****GGATGGAATACTATTAGAG
TAATATAAGACTTTATGATGATGGAGAATAAGCACAGTGTCTGTTCTCTTGAAGAAAGCA
GCATGAAACGACACAAGTCTGATCTCTCTTTCTCTTCCAAGGAGAGGAAGGACAAGGTTG
GAGAACGTGTTTCAGCTCTTCAACAGCTAGTTTCCCCTTATGGAAAGACCGACACTGCAT
CAGTTCTTCTGGAGGCGATGCAGTACATTCAGTTTCTTCAAGAACAAGTCAAGGTTCTAA
GCGCTCCATATCTGCAAACATCTCCCACTATTACGCGGGAAGAGCTGGAGGAGCACAGTC
TGAGAAGCAGAGGGTTGTGTCTTGTCTCAATGGAGTATACGTTAGGGATTGCTCAAAGCA
ATGGTGCTGATATATGGGCTCCTGTGAAGACTCCAACATCTCCTGCTTTTGATGTCTGAT
TCCGCCAATGCTAAGATATGTATGTCTCAAGAGTCGAGACTAATGAAAGATAAATCAAAA
AGTTAGTCTGAGGATGTCTATGTAACATACATTGATGGAGAGTGATCATAGTCATCAGTG
ATGGCTGTTTCTGTTTTTCTTTTACTGCTTAATCTCCAAACTATGTTGATGGCTTCATAG
TCCATTACTTATTTGTATAATTTTTCTACTACGTTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU48TF U 65
AF RR1CK05TF U 1
AF RR1CK05JQ C 138
BS 1 727 RR1CK05TF
BS 728 728 RR1CK05JQ
BS 729 762 RR1CK05TF
BS 763 939 RR1CK05JQ

RD RR1BU48TF 317 0 0
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GTTTATGTGTCCCATCGTGTTGTGTGCTTTAAATTAGAAACCAAACCAAAAGGGTGACAA
TAAAAACACATTTAGAAGCTTAGAAGAAGGAGTTTGTGAAGTTCTAGTTGGTTAGTGTAC
CGTTTCTGGCAAATGCAGTGTCTCTTCTCTCTACAAGGGATGGAATACTATTAGAGTAAT
ATAAGACTTTATGATGATGGAGAATAAGCACAGTGTCTGTTCTCTTGAAGAAAGCAGCAT
GAAACGACACAAGTCTG

QA 1 317 1 317
DS 

RD RR1CK05TF 771 0 0
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TTTTCAAGATCTGAAGACGGGAGAAAAGAAAGAATATCTAAATACCAGAGAGACCAAACT
CGTCGTTTATGTGTCCCATCGTGTTGTGTGCTTTAAATTAGAAACCAAACCAAAAGGGTG
ACAATAAAAACACATTTAGAAGCTTAGAAGAAGGAGTTTGTGAAGTTCTAGTTGGTTAGT
GTACCGTTTCTGGCAAATGCAGTGTCTCTTCTCTCT*****GGATGGAATACTATTAGAG
TAATATAAGACTTTATGATGATGGAGAATAAGCACAGTGTCTGTTCTCTTGAAGAAAGCA
GCATGAAACGACACAAGTCTGATCTCTCTTTCTCTTCCAAGGAGAGGAAGGACAAGGTTG
GAGAACGTGTTTCAGCTCTTCAACAGCTAGTTTCCCCTTATGGAAAGACCGACACTGCAT
CAGTTCTTCTGGAGGCGATGCAGTACATTCAGTTTCTTCAAGAACAAGTCAAGGTTCTAA
GCGCTCCATATCTGCAAACATCTCCCACTATTACGCGGGAAGAGCTGGAGGAGCACAGTC
TGAGAAGCAGAGGGTTGTGTCTTGTCTCAATGGAGTATACGTTAGGGATTGCTCAAAGCA
ATGGTGCTGATATATGGGCTCCTGTGAAGACTCCAACATCTCCTGCTTTTGATGTCTGAT
TCCGCCA*TGCTAAGATATGTATGTCTCAAGAGTCGAGACTA
TGAAGAAAA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1CK05JQ 802 0 0
ATCGTGTTGTGTGCTTTAAATTAGAAACCAAACCAAAAGGGTGACAATAAAAACACATTT
AGAAGCTTAGAAGAAGGAGTTTGTGAAGTTCTAGTTGGTTAGTGTACCGTTTCTGGCAAA
TGCAGTGTCTCTTCTCTCT*****GGATGGAATACTATTAGAGTAATATAAGACTTTATG
ATGATGGAGAATAAGCACAGTGTCTGTTCTCTTGAAGAAAGCAGCATGAAACGACACAAG
TCTGATCTCTCTTTCTCTTCCAAGGAGAGGAAGGACAAGGTTGGAGAACGTGTTTCAGCT
CTTCAACAGCTAGTTTCCCCTTATGGAAAGACCGACACTGCATCAGTTCTTCTGGAGGCG
ATGCAGTACATTCAGTTTCTTCAAGAACAAGTCAAGGTTCTAAGCGCTCCATATCTGCAA
ACATCTCCCACTATTACGCGGGAAGAGCTGGAGGAGCACAGTCTGAGAAGCAGAGGGTTG
TGTCTTGTCTCAATGGAGTATACGTTAGGGATTGCTCAAAGCAATGGTGCTGATATATGG
GCTCCTGTGAAGACTCCAACATCTCCTGCTTTTGATGTCTGATTCCGCCAATGCTAAGAT
ATGTATGTCTCAAGAGTCGAGACTAATGAAAGATAAATCAAAAAGTTAGTCTGAGGATGT
CTATGTAACATACATTGATGGAGAGTGATCATAGTCATCAGTGATGGCTGTTTCTGTTTT
TCTTTTACTGCTTAATCTCCAAACTATGTTGATGGCTTCATAGTCCATTACTTATTTGTA
TAATTTTTCTACTACGTTTGAC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 5

CO CL1881Contig1 599 5 10 U
GGGCTATAAATTGAGGGCAGTTCAAGAGCTCAATATACTGCAACCAATACTAAAAAATCC
ACTAGTAAACCAGAAACACACAAAACCCTTATTTAAAAATGGCAGTGATGAGTCACAACA
AAGCAGAAGGCAGGCTATACGAGTCAACTCAGACTCGGCTAGTTCCTTACATACGAACTG
TTGGCCAAGAGAGCGGAGGAGACGATGATGACGACGACAAAGACGTGGCTCCGGCGGCTT
GATCATGTGCATTTTACCGCATATATGCTATTTATAAACTAAATAGCAACCAGTTAATTC
AGTAGTAATTGTGCTTCTTGTCATAGAACCACACACACACATATCTATTTAGCTGAAGCA
CTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGTATGCCTTTATAGTATGTATTACATAAACA
ACATTTCTGACTCTGCAGTGTTGAGAGGTTTAGCTAGCTTTAAGTAATAATATAGTGTAT
CGTGTGTCACTTACTTATGAATGATGAAATAATATTACATTATATACACCATATTTGTGT
CAATTACATACATACAATGATATATATTTATATGTAATACAGTTCTTATCTTCCTTTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK67JQ C 1
AF RR1FK67TF U 1
AF RR1GY50JQ C 32
AF RR1GY50TF U 32
AF RR1B694TF U 53
BS 1 115 RR1FK67TF
BS 116 116 RR1GY50TF
BS 117 154 RR1FK67TF
BS 155 155 RR1GY50TF
BS 156 309 RR1FK67TF
BS 310 310 RR1GY50TF
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BS 431 525 RR1FK67TF
BS 526 599 RR1B694TF

RD RR1FK67JQ 525 0 0
GGGCTATAAATTGAGGGCAGTTCAAGAGCTCAATATACTGCAACCAATACTAAAAAATCC
ACTAGTAAACCAGAAACACACAAAACCCTTATTTAAAAATGGCAGTGATGAGTCATAACA
AAGCAGAAGGCAGGCTATACGAGTCAACTCAGACGCGGCTAGTTCCTTACATACGAACTG
TTGGCCAAGAGAGCGGAGGAGACGATGATGACGACGACAAAGACGTGGCTCCGGCGGCTT
GATCATGTGCATTTTACCGCATATATGCTATTTATAAACTAAATAGCAACCAGTTAATTC
AGTAGTAATCGTGCTTCTTGTCATAGAACCACACACACACATATCTATTTAGCTGAAGCA
CTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGTATGCCTTTATAGTATGTATTACATAAACA
ACATTTCTGGCTCTGCAGTGTTGAGAGGTTTAGCTAGCTTTAAGTAATAATATAGTGTAT
CGTGTGTCACTTACTTATGAATGATGAAATAATATTACATTATAT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1FK67TF 525 0 0
GGGCTATAAATTGAGGGCAGTTCAAGAGCTCAATATACTGCAACCAATACTAAAAAATCC
ACTAGTAAACCAGAAACACACAAAACCCTTATTTAAAAATGGCAGTGATGAGTCATAACA
AAGCAGAAGGCAGGCTATACGAGTCAACTCAGACGCGGCTAGTTCCTTACATACGAACTG
TTGGCCAAGAGAGCGGAGGAGACGATGATGACGACGACAAAGACGTGGCTCCGGCGGCTT
GATCATGTGCATTTTACCGCATATATGCTATTTATAAACTAAATAGCAACCAGTTAATTC
AGTAGTAATCGTGCTTCTTGTCATAGAACCACACACACACATATCTATTTAGCTGAAGCA
CTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGTATGCCTTTATAGTATGTATTACATAAACA
ACATTTCTGGCTCTGCAGTGTTGAGAGGTTTAGCTAGCTTTAAGTAATAATATAGTGTAT
CGTGTGTCACTTACTTATGAATGATGAAATAATATTACATTATAT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1GY50JQ 496 0 0
AGGGG
ACTGCAACCAATACTAAAAAATCCACTAGTAAACCAGAAACACACAAAACCCTTATTTAA
AAATGGCAGTGATGAGTCACAACAAAGCAGAAGGCAGGCTATACGAGTCAATTCAGACTC
GGCTAGTTCCTTACATACGAACTGTTGGCCAAGAGAGCGGAGGAGACGATGATGACGACG
ACAAAGACGTGGCTCCGGCGGCTTGATCATGTGCATTTTACCGCATATATGCTATTTATA
AACTAAATAGCAACCAGTTAATTCAGTAGTAATTGTGCTTCTTGTCATAGAACCACACAC
ACACATATCTATTTAGCTGAAGCACTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGTATGCC
TTTATAGTATGTATTACATAAACAACATTTCTGACTCTGCAGTGTTGAGAGGTTTAGCTA
GCTTTAAGTAATAATATAGTGTATCGTGTGTCACTTACTTATGAATGATGAAATAATATT
ACATTATAT
AC

QA 6 494 6 494
DS 

RD RR1GY50TF 496 0 0
AGGGG
ACTGCAACCAATACTAAAAAATCCACTAGTAAACCAGAAACACACAAAACCCTTATTTAA
AAATGGCAGTGATGAGTCACAACAAAGCAGAAGGCAGGCTATACGAGTCAACTCAGACTC
GGCTAGTTCCTTACATACGAACTGTTGGCCAAGAGAGCGGAGGAGACGATGATGACGACG
ACAAAGACGTGGCTCCGGCGGCTTGATCATGTGCATTTTACCGCATATATGCTATTTATA
AACTAAATAGCAACCAGTTAATTCAGTAGTAATTGTGCTTCTTGTCATAGAACCACACAC
ACACATATCTATTTAGCTGAAGCACTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGTATGCC
TTTATAGTATGTATTACATAAACAACATTTCTGACTCTGCAGTGTTGAGAGGTTTAGCTA
GCTTTAAGTAATAATATAGTGTATCGTGTGTCACTTACTTATGAATGATGAAATAATATT
ACATTATAT
AC

QA 6 494 6 494
DS 

RD RR1B694TF 547 0 0
AAAAATCCACTAGTAAACCAGAAACACACAAAACCCTTATTTAAAAATGGCAGTGATGAG
TCACAACAAAGCAGAAGGCAGGCTATACGAGTCAACTCAGACTCGGCTAGTTCCTTACAT
ACGAACTGTTGGCCAAGAGAGCGGAGGAGACGATGATGTCGACGACAAAGACGTGGCTCC
GGCGGCTTGATCATGTGCATTTTACCGCATATATGCTATTTATAAACTAAATAGCAACCA
GTTAATTCAGTAGTAATTGTGCTTCTCGTCATAGAACCACACACACA**TATCTATTTAG
CTGAAGCACTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGTATGCCTTTATAGTATGTATTA
CATAAACAACATTTCTGACTCTGCAGTGTTGAGAGGTTTAGCTAGCTTTAAGTAATAATA
TAGTGTATCGTGTGTCACTTACTTATGAATGATGAAATAATATTACATTATATACACCAT
ATTTGTGTCAATTACATACATACAATGATATATATTTATATGTAATACAGTTCTTATCTT
CCTTTGC

QA 1 547 1 547
DS 



AS 2 5

CO CL1882Contig1 825 3 21 U
AGATCAATATTTTTGTTTTAACTATAAATTTACTTTATACAGTTCCAATCAATCGTTAGA
TTTAATTCACGATAGGTATAGGAAAGAAAAAACGGCATATCATCATCTAGAAATACGATT
CCAAGTTTCTTTATAAACTTCGAGAAACTTAAAAGTACAATAAACGGTCACAAGATGGAA
ACTCAAACGTTAATCAAAGCAATCTCAGGGTTATTGAACAAACTTGGCTAATATGGCAAG
ATCCAGAATCTTGACGTCAAGATTATCCTCAATCTTAACAATACCATCTGATCCGTCGAT
TCCGATCAGCTTACCTATAGACCCGCGATATTTGGCCGCCAACGATTTTCACACGATCAT
TCTTCCTCGGGAGGAACTATCTCCAGTTCGCTCGGGAGAGCCATTATAGTGTCCCCTTCT
CCGGCTCGACCCGAGAAGACACTTTACACGTTCCATCCGAGACATCTCGGGATGACGCCC
ACATCGCTGTCTTCTCCAGCTCTTGTGTATCTCAAACCAAAAATATCAGGGCATGAACCA
TGCTTCAGCATCTCCACCTATAAACAGGAGACATGACATCGAGGCCAGTTCCAGGAGTCA
TTGGTTGTCCTCCGGGAGTTCCAGGTAAGTATGAAGCCGAGCTTGGCGTCATTGGCTGTC
CAGGTGTAGATGGTAGGTAAGGACTTGGGGCATTAGCATAGGCTGAACCACTATCTCTAG
GTGTCCCTCGTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCTAATTCCAATCCGTCGTAGTCTTCGTCTCC
ATCATCGTCTTCCTCTCTGTGGCGCGGCATCTTTGGTAACAGGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL89JQ U 65
AF RR1A088JQ U 1
AF RR1A088TF C 235
BS 1 332 RR1A088JQ
BS 333 333 RR1A088TF
BS 334 370 RR1A088JQ
BS 371 371 RR1A088TF
BS 372 423 RR1A088JQ
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BS 425 436 RR1A088JQ
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BS 471 471 RR1A088TF
BS 472 500 RR1A088JQ
BS 501 501 RR1A088TF
BS 502 515 RR1A088JQ
BS 516 516 RR1A088TF
BS 517 517 RR1A088JQ
BS 518 519 RR1A088TF
BS 520 530 RR1A088JQ
BS 531 531 RR1A088TF
BS 532 563 RR1A088JQ
BS 564 564 RR1A088TF
BS 565 825 RR1A088JQ

RD RR1BL89JQ 175 0 0
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GTTTCTTTATAAACTTCGAGAAACTTAAAAGTACAATAAACGGTCACAAGATGGAAACTC
AAACGTTAATCAAAGCAATCTCAGGGTTATTGAACAAACTTGGCTAATATGGCAA

QA 1 175 1 175
DS 

RD RR1A088JQ 825 0 0
AGATCAATATTTTTGTTTTAACTATAAATTTACTTTATACAGTTCCAATCAATCGTTAGA
TTTAATTCACGATAGGTATAGGAAAGAAAAAACGGCATATCATCATCTAGAAATACGATT
CCAAGTTTCTTTATAAACTTCGAGAAACTTAAAAGTACAATAAACGGTCACAAGATGGAA
ACTCAAACGTTAATCAAAGCAATCTCAGGGTTATTGAACAAACTTGGCTAATATGGCAAG
ATCCAGAATCTTGACGTCAAGATTATCCTCAATCTTAACAATACCATCTGATCCGTCGAT
TCCGATCAGCTTACCTATAGACCCGCGATATT*GGCCGCCAACGATTTTCACACGATCAT
TCTTCCTCGG*AGGAACTATCTCCAGTTCGCTCGGGAGAGCCATTATAGTGTCCCCTTCT
CCG*CTCGACCCGAGA*GACACTTTACACGTTCCATCCGAGACATCTCGG*ATGACGCCC
ACATCGCTGTCTTCTCCAGC*CTTGTGTATCTCAACC**AAAATATCAGG*CATGAACCA
TGCTTCAGCATCTCCACCTATAA*CAGGAGACATGACATCGAGGCCAGTTCCAGGAGTCA
TTGGTTGTCCTCCGGGAGTTCCAGGTAAGTATGAAGCCGAGCTTGGCGTCATTGGCTGTC
CAGGTGTAGATGGTAGGTAAGGACTTGGGGCATTAGCATAGGCTGAACCACTATCTCTAG
GTGTCCCTCGTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCTAATTCCAATCCGTCGTAGTCTTCGTCTCC
ATCATCGTCTTCCTCTCTGTGGCGCGGCATCTTTGGTAACAGGAA

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR1A088TF 548 0 0
GGCAAGATCCAGAAATC
TGACGTCAAGATT*TCCTCAATCTTAACAATACCATCTGATCCGTCGATTCCGATCAGCT
TACCTATAGACCCGCGATATTTGGCCGCCAACGATTTTCACACGATCATTCTTCCTCGGG
AGGAACTATCTCCAGTTCGCTCGGGAGAGCCATTATAGTGTCCCCTTCTCCGGCTCGACC
CGAGAAGACACTTTACACGTTCCATCCGAGACATCTCGGGATGACGCCCACATCGCTGTC
TTCTCCAGCTCTTGTGTATCTCAAACCAAAAATATCAGGGCATGAACCATGCTTCAGCAT
CTCCACCTATAAACAGGAGACATGACATCGAGGCCAGTTCCAGGAGTCATTGGTTGTCCT
CCGGGAGTTCCAGGTAAGTATGAAGCCGAGCTTGGCGTCATTGGCTGTCCAGGTGTAGAT
GGTAGGTAAGGACTTGGGGCATTAGCATAGGCTGAACCACTATCTCTAGGTGTCCCTCGT
CCTCCTCTTCTTCCTCCTCTAATTCCAATCCGTCGTAGTCTTCGTCTCCAT

QA 18 548 18 548
DS 



CO CL1882Contig2 686 2 1 U
GGGAAGTCCTCCTTCACGGGCATATGAAGCGCCAACTCCGGGCTCAGGATGGGCTAGTAC
ACCCGGTGGTAGTTACTCAGATGCTGGGACACCTAGAGATAGTGGTTCAGCCTATGCTAA
TGCCCCAAGTCCTTACCTACCATCTACACCTGGACAGCCAATGACGCCAAGCTCGGCTTC
ATACTTACCTGGAACTCCCGGAGGACAACCAATGACTCCTGGAACTGGCCTCGATGTCAT
GTCTCCTGTTATAGGTGGAGATGCTGAAGCATGGTTCATGCCTGATATTTGGTTGAGATA
CACAAGGCTGGAGAAGACAGCGATGTGGGCGTCATCCGAGATGTCTCGGATGGAACGTGT
AAAGTGTCTCTCGGGTCGAGCGGAGAAGGGGACACTATAATGGCTCTCCCGAGCGAACTG
GAGATAGTTCCTCCGAGGAAGAATGATCGTGTGAAAATCGTTGGCGGCCAGTATCGCGGG
TCTATAGGTAAGCTGATCGGAATCGACGGATCAGATGGTATTGTTAAGATTGAGGATAAT
CTTGACGTCAAGATTCTGGATCTTGCCATATTAGCCAAGTTTGTTCAATAACCCTGAGAT
TGCTTTGATTAACGTTTGAGTTTCCATCTTGTGACCGTTTATTGTACTTTTAAGTTTCTC
GAAGTTTATAAAGAAACTTGGAATCG


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EZ79TF U 1
AF RR1EZ79JQ C 4
BS 1 686 RR1EZ79TF

RD RR1EZ79TF 686 0 0
GGGAAGTCCTCCTTCACGGGCATATGAAGCGCCAACTCCGGGCTCAGGATGGGCTAGTAC
ACCCGGTGGTAGTTACTCAGATGCTGGGACACCTAGAGATAGTGGTTCAGCCTATGCTAA
TGCCCCAAGTCCTTACCTACCATCTACACCTGGACAGCCAATGACGCCAAGCTCGGCTTC
ATACTTACCTGGAACTCCCGGAGGACAACCAATGACTCCTGGAACTGGCCTCGATGTCAT
GTCTCCTGTTATAGGTGGAGATGCTGAAGCATGGTTCATGCCTGATATTTGGTTGAGATA
CACAAGGCTGGAGAAGACAGCGATGTGGGCGTCATCCGAGATGTCTCGGATGGAACGTGT
AAAGTGTCTCTCGGGTCGAGCGGAGAAGGGGACACTATAATGGCTCTCCCGAGCGAACTG
GAGATAGTTCCTCCGAGGAAGAATGATCGTGTGAAAATCGTTGGCGGCCAGTATCGCGGG
TCTATAGGTAAGCTGATCGGAATCGACGGATCAGATGGTATTGTTAAGATTGAGGATAAT
CTTGACGTCAAGATTCTGGATCTTGCCATATTAGCCAAGTTTGTTCAATAACCCTGAGAT
TGCTTTGATTAACGTTTGAGTTTCCATCTTGTGACCGTTTATTGTACTTTTAAGTTTCTC
GAAGTTTATAAAGAAACTTGGAATCG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1EZ79JQ 683 0 0
AAGTCCTCCTTCACGGGCATATGAAGCGCCAACTCCGGGCTCAGGATGGGCTAGTACACC
CGGTGGTAGTTACTCAGATGCTGGGACACCTAGAGATAGTGGTTCAGCCTATGCTAATGC
CCCAAGTCCTTACCTACCATCTACACCTGGACAGCCAATGACGCCAAGCTCGGCTTCATA
CTTACCTGGAACTCCCGGAGGACAACCAATGACTCCTGGAACTGGCCTCGATGTCATGTC
TCCTGTTATAGGTGGAGATGCTGAAGCATGGTTCATGCCTGATATTTGGTTGAGATACAC
AAGGCTGGAGAAGACAGCGATGTGGGCGTCATCCGAGATGTCTCGGATGGAACGTGTAAA
GTGTCTCTCGGGTCGAGCGGAGAAGGGGACACTATAATGGCTCTCCCGAGCGAACTGGAG
ATAGTTCCTCCGAGGAAGAATGATCGTGTGAAAATCGTTGGCGGCCAGTATCGCGGGTCT
ATAGGTAAGCTGATCGGAATCGACGGATCAGATGGTATTGTTAAGATTGAGGATAATCTT
GACGTCAAGATTTTGGATCTTGCCATATTAGCCAAGTTTGTTCAATAACCCTGAGATTGC
TTTGATTAACGTTTGAGTTTCCATCTTGTGACCGTTTATTGTACTTTTAAGTTTCTCGAA
GTTTATAAAGAAACTTGGAATCG

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 3

CO CL1883Contig1 1369 3 11 U
TTTTTTGGTTTCAAGAAACGTATCAACAATGGCTGACAGTGAAGACATTCAACCTCTTGT
CTGCGACAATGGAACTGGAATGGTTAAAGCTGGTTTTGCTGGGGATGATGCACCTCGAGC
TGTGTTCCCCAGCATCGTGGGTCGTCCACGTCACACCGGTGTGATGGTTGGAATGGGACA
AAAGGATGCGTACGTTGGTGATGAAGCTCAATCCAAACGTGGTATTCTAACTCTCAAGTA
CCCTATTGAGCACGGTATTGTCAACAACTGGGACGACATGGAGAAGATCTGGCATCACAC
TTTCTACAACGAGCTCCGTGTTGCACCCGAGGAGCATCCCGTTCTCCTCACGGAAGCACC
TCTCAACCCTAAAGCTAACCGTGAGAAGATGACTCAGATCATGTTTGAGACTTTCAATGC
CCCTGCCATGTACGTGGCTATTCAGGCTGTGCTCTCCCTTTATGCCAGTGGTCGTACAAC
CGGTATTGTGCTCGACTCTGGAGATGGTGTGAGCCACACGGTTCCTATCTACGAGGGCTA
TGCACTTCCACATGCCATCCTACGTCTTGATCTCGCGGGCCGTGACCTCACCGACGCGTT
TATGAAGATCCTAACCGAGCGTGGGTACTCTTTCACTACCACAGCAGAGCGTGAAATTGC
CAGAGACATAAAGGAGAAGCTCTGCTACATTGCTCTTGACTACGAGCAGGAGCTAGAGAC
ATCCAAAACAAGCTCATCTGTTGAGAAGAACTACGAGATGCCTGATGGGCAAGTGATCAC
CATCGGTGCTGAACGTTTCCGTTGTCCTGAGGTTCTTTACCAGCCGTCTATGATTGGTAT
GGAGAATCCAGGTATCCATGAAACGACCTATAACTCCATAATGAAGTGTGATGCCGACAT
CAGAAAGGACTTGTATGGTAACATCGTCCTCAGTGGTGGAACTACAATGTTCCCGGGGAT
CGCTGATCGAATGAGTAAGGAGATCACTGCATTGGCTCCAAGCAGCATGAAGATCAAAGT
TGTTGCACCTCCTGAGAGGAAATACTCTGTTTGGATTGGAGGGTCCATCTTGGCTTCACT
CAGTACCTTCCAGCAGATGTGGATTGCTAAGGCAGAGTATGACGAGTCAGGCCCGTCCAT
TGTTCACAGGAAGTGCTTTTAAGTAATGAAGTTCATCATTTTTCAGACAAGAAGCGAGCT
ACTCTTTGTTTTGGTTTCTTTTATATTCATTTTATTTGAGTTCAACTTTCTTTTGAGTTA
ATAATGATTGATGACACATCTTTCTCTTTTAACTATTATATTGCAATGTGGTTCATGTGC
TATGTCTGTTTTATATTTTCTACACTTTTATCAATTAAAGTTTTGAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D035TF U 1
AF RR1BC29TF U 7
AF RR1D035JQ C 641
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TGTGTTCCCCAGCATCGTGGGTCGTCCACGTCACACCGGTGTGATGGTTGGAATGGGACA
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CCCTATTGAGCACGGTATTGTCAACAACTGGGACGACATGGAGAAGATCTGGCATCACAC
TTTCTACAACGAGCTCCGTGTTGCACCCGAGGAGCATCCCGTTCTCCTCACGGAAGCACC
TCTCAACCCTAAAGCTAACCGTGAGAAGATGACTCAGATCATGTTTGAGACTTTCAATGC
CCCTGCCATGTACGTGGCTATTCAGGCTGTGCTCTCCCTTTATGCCAGTGGTCGTACAAC
CGGTATTGTGCTCGACTCTGGAGATGGTGTGAG

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DS 

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CAATGGAACTGGAATGGTTAAAGCTGGTTTTGCTGGGGATGATGCACCTCGAGCTGTGTT
CCCCAGCATCGTGGGTCGTCCACGTCACACCGGTGTGATGGTTGGAATGGGACAAAAGGA
TGCGTACGTTGGTGATGAAGCTCAATCCAAACGTGGTATTCTAACTCTCAAGTACCCTAT
TGAGCACGGTATTGTCAACAACTGGGACGACGTGGAGAAGATCTGGCATCACACTTTCTA
CAACGAGCTCCGTGTTGCACCCGAGGAGCATCCCGTTCTCCTCACGGAAGCACCTCTCAA
CCCTAAAGCTAACCGTGAGAAGATGACTCATATCATGTTTGAGACTTTCAATGCCCCTGC
CATGTACGTGGCTATTCAGGCTGTGCTCTCCCTTTATGCCAGTGGTCGTACAACCGGTAT
TGTGCTCGACTCTGGAGATGGTGTGAGCCACACGGTTCCTATCTACGAGGGCTATGCACT
TCCACATGCCATCCTACGTCTTGATCTCGCGGGCCGTGACCTCACCGACGCGTTTATGAA
GATCCTAACCGAGCGTGGGTACTCTTTCACTACCACAGCAGAGCGTGAAATTGTCAGAGA
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AACAAGCTCATCTGTTGAGAAGAACTACGAGATGCCTGATGGGCAAGTGATCACCATCGG
TGCTGAACGTTTCCGTTGTCCTGAG*TTCTTTACCAGCCGTCTATGATTGGTATG

QA 1 835 1 835
DS 

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TACGAGCAGGAGCTAGAGACATCCAAAACAAGCTCATCTGTTGAGAAGAACTACGAGATG
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ACTACAATGTTCCCGGGGATCGCTGATCGAATGAGTAAGGAGATCACTGCATTGGCTCCA
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GGGTCCATCTTGGCTTCACTCAGTACCTTCCAGCAGATGTGGATTGCTAAGGCAGAGTAT
GACGAGTCAGGCCCGTCCATTGTTCACAGGAAGTGCTTTTAAGTAATGAAGTTCATCATT
TTTCAGACAAGAAGCGAGCTACTCTTTGTTTTGGTTTCTTTTATATTCATTTTATTTGAG
TTCAACTTTCTTTTGAGTTAATAATGATTGATGACACATCTTTCTCTTTTAACTATTATA
TTGCAATGTGGTTCATGTGCTATGTCTGTTTTATATTTTCTACACTTTTATCAATTAAAG
TTTTGAACG

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 5

CO CL1884Contig1 637 5 9 U
GGGTGCAAAATGTCATCTTATGGTTTTCAGTACAAAAAGAGCATCTTGATCATCACATCA
TTGTGTACCGCTACTCACCCCACACATTTGCCCCACTTTTTAAACTGCTAAAACTTGCTC
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TGTCAATCAGTGGAGCTTCCCACTTGCCCTTGTAGTC


BQ
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AF RR1AI67JQ U 1
AF RR1D952JQ U 249
AF RR1AN31JQ U 3
AF RR1D952TF C 3
AF RR1AN31TF C 3
BS 1 76 RR1AI67JQ
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RD RR1AI67JQ 487 0 0
GGGTGCAAAATGTCATCTTATGGTTTTCAGTACAAAAAGAGCATCTTGATCATCACATCA
TTGTGTACCGCTACTCGCCCCACACATTTGCCCCACTTTTTAAACTGCTAAAACTTGTTC
TACCCTCCGACAAGCTAGATTGCTAGAGTACTTCAAAAGAAAGGATCAAAACAAAAATAA
AAGAGGCTCGAAAACTTTTGGTCTTCAGTCTTCAACGTTCTTTCCCTTACAGCTCATCAT
GAGCGGTGGCGTCTTTCTCCTCTGAGGTTTCCTCGCTAGCTTCGGATTTGGCCTCGGTCT
TTGATTCAGTATCTGATTCATCTCCTTCATCTTCCTCTGCTTCATCTTCAGCATCAGTTT
CTGCTGGAGCGTCCTTGGATTCCTCTTCCTCTTTCTTCTTCTCAATCTCATCGAAAGCTG
CTTTCTCCGCATCCTTGAGCTTTCCCCATGTTTCATCAGCCAACTTCTTGGCGTGGTCTG
GGTCATC

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1D952JQ 242 0 0
GG
GTCTTTCTCCTCTGAGGTTTCCTCCCTAGCTTCGGATTTGGCCTCGGTCTTTGATTCAGT
ATCTGATTCATCTCCTTCATCTTCCTCTGCTTCATCTTCAGCATCAGTTTCTGCTGGAGC
GTCCTTGGATTCCTCTTCCTCTTTCTTCTTCTCAATCTCATCGAAAGCTGCTTTCTCCCC
ATCCTTGAGCTTTCCCCATGTTTCATCAGCCAACTTCTTGGCGTAATCTGGGTCATC
CCA

QA 3 239 3 239
DS 

RD RR1AN31JQ 568 0 0
GTGCAAAATGTCATCTTATGGTTTTCAGTACAAAAAGAGCATCTTGATCATCACATCATT
GTGTACCGCTACTCACCCCACACATTTGCCCCACTTTTTAAACTGCTAAAACTTGCTCTA
CCCTCCGACAAGCTAGATTGCTAGAGTACTTCAAAAGAAAGGATCAAAACAAAAATAAAA
GAGGCTCGAAAACTTTTGGTCTTCAGTCTTCAACGTTCTTTCCCTTACAGCTCATCATGA
GCGGTGGCGTCTTTCTCCTCTGAGGTTTCCTCGCTAGCTTCGGATTTGGCCTCGGTCTTT
GATTCAGTATCTGATTCATCTCCTTCATCTTCCTCTGCTTCATCTTCAGCATCAGTTTCT
GCTGGAGCGTCCTTGGATTCCTCTTCCTCTTTCTTCTTCTCAATCTCATCGAAAGCTGCT
TTCTCCGCATCCTTGAGCTTTCCCCATGTTTCGTCAGCCAACTTCTTGGCGTAATCTGGG
TCATCGCAGATCAAGACATTGTCGAACAATGATCCTGATTTCACCTGCCACAATTCGATT
CCAACATACTTCAGTTTGGGGAAGACGT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1D952TF 577 0 0
GTGCAAAATGTCATCTTATGGTTT*CAGTACAAAAAGAGCATCTTGATCATCACATCATT
GTGTACCGCTACTCGCCCCACACATTTGCCCCACTTTTTAAACTGCTAAAACTTGTTCTA
CCCTCCGACAAGCTAGATTGCTAGAGTACTTCAAAAGAAAGGATCAAAACAAAAATAAAA
GAGGCTCGAAAACTTTTGGTCTTCAGTCTTCAACGTTCTTTCCCTTACAGCTCATCATGA
GCGGTGGCGTCTTTCTCCTCTGAGGTTTCCTCGCTAGCTTCGGATTTGGCCTCGGTCTTT
GATTCAGTATCTGATTCATCTCCTTCATCTTCCTCTGCTTCATCTTCAGCATCAGTTTCT
GCTGGAGCGTCCTTGGATTCCTCTTCCTCTTTCTTCTTCTCAATCTCATCGAAAGCTGCT
TTCTCCGCATCCTTGAGCTTTCCCCATGTTTCATCAGCCAACTTCTTGGCGTAGTCTGGG
TCATCGCAGATCAAGACATTGTCGAACAATGATCCTGATTTCACCTGCCACAATTCGATT
CCAACATACTTCAGTTTGGGGAAGACGTAGAGCTCTG

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1AN31TF 635 0 0
GTGCAAAATGTCATCTTATGGTTTTCAGTACAAAAAGAGCATCTTGATCATCACATCATT
GTGTACCGCTACTCACCCCACACATTTGCCCCACTTTTTAAACTGCTAAAACTTGCTCTA
CCCTCCGACAAGCTAGATTGCTAGAGTACTTCAAAAGAAAGGATCAAAACAAAAATAAAA
GAGGCTCGAAAACTTTTGGTCTTCAGTCTTCAACGTTCTTTCCCTTACAGCTCATCATGA
GCGGTGGCGTCTTTCTCCTCTGAGGTTTCCTCGCTAGCTTCGGATTTGGCCTCGGTCTTT
GATTCAGTATCTGATTCATCTCCTTCATCTTCCTCTGCTTCATCTTCAGCATCAGTTTCT
GCTGGAGCGTCCTTGGATTCCTCTTCCTCTTTCTTCTTCTCAATCTCATCGAAAGCTGCT
TTCTCCGCATCCTTGAGCTTTCCCCATGTTTCGTCAGCCAACTTCTTGGCGTAGTCTGGG
TCATCGCAGATCAAGACATTGTCGAACAATGATCCTGATTTCACCTGCCACAATTCGATT
CCAACATACTTCAGTTTGGGGAAGACGTAGAGCTCTGCGTCATCCTTGAAGTCAGGGTTG
TCAATCAGTGGAGCTTCCCACTTGCCCTTGTAGTC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 2 5

CO CL1885Contig1 732 3 8 U
CACAAGTGCTAATACACAGGTGACAATGAGTAACAAATAGTATAACAACACTAAACTCAA
AATATTAGTAGCAACAACACACATACAACAGTACGGATACAAGGCACAACCGGGCAGAAG
GATAACAACACTTAACGGATGATCAAAGTTTGAAAACAGAGAGATGAGAGGACTCATGAC
AACATTACTAATTTTAGGCCTTCCCTTCAGCGACCAGAGAGACTAATCTGTTCACAGTTT
TTATCAACAGACTCCTTAACAGCATCAACCACTAGCTGTGTCTTCCGGCTAATGCTCGGC
CAAAACCCATCAGGCTTTGCACCTTTGTTCTTGATTTCACCAACCAATCGAGCAAACTCT
CTCACCATACATGCCTCTTGCGGAAGCTCCGTCTTAACCGTATGCTCGCTCGGGGGATTA
ACCCACGCGGTCACGAATTCATTGAACCAAGCTTTAGTGCTCGTTGTGAACGATGCCTCG
GTCTCCTTAAACGGGATAATGAAATCATGAACACTAAGCGTGCCGTTGGTTCCAATGGCG
TTTATCTCCATTGTCAAGTTTGCCAAGAAGGAACAGTATATGGTAGCGGTTCGTCCGTCT
TCCCAAGTCAGAGAAGCTCCACATGAGAGAACCACTCCTGCATCATTAAGCACAGCGCCC
GGAAAGGCTGTGACAGTATTCGGAAGCTCGAAGTTGTTGGCTAAGAGAGTTGCTCTGATC
GCGTACCATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM25JQ U 28
AF RR1GO35JQ U 1
AF RR1FZ88TF C 113
BS 1 631 RR1GO35JQ
BS 632 632 RR1FZ88TF
BS 633 652 RR1GO35JQ
BS 653 653 RR1FZ88TF
BS 654 680 RR1GO35JQ
BS 681 681 RR1FZ88TF
BS 682 701 RR1GO35JQ
BS 702 732 RR1FZ88TF

RD RR1BM25JQ 582 0 0
GAGTAACAAATAGTATAACAACACTAAACTCAAAATATTAGTAGCAACAACACACATACA
ACAGTACGGATACAAG*CACAACCGGGCAGAAGGATAACAACACTTAACGGATGATCAAA
GTTTGAAAACAGAGAGATGAGAGGACTCATGACAACATTACTAATTTTAGGCCTTCCCTT
CAGCGACCAGAGAGACTAATCTGTTCACAGTTTTTATCAACAGACTCCTTAACAGCATCA
ACCACTAGCTGTGTCTTCCGGCTAATGCTCGGCCAAAACCCATCAGGCTTTGCACCTTTG
TTCTTGATTTCACCAACCAATCGAGCAAACTCTCTCACCATACATGCCTCTTGCGGAAGC
TCCGTCTTAACCGTATACTCGCTCGGGGGATTAACCCACGCGGTCACGAATTCATTGAAC
CAAGCTTTAGTGCTCGTTGTGAACGGTGCCTCGGTCTCCTTAAACGGGATAATGAAATCA
TGAACACTAAGCGTGCCGTTGGTTCCAATGGCGTTTATCTCCATTGTCAAGTTTGCCAAG
AAGGAACAGTATATGGTAGCGGTTCGTCCGTCTTCCCAAGTC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1GO35JQ 701 0 0
CACAAGTGCTAATACACAGGTGACAATGAGTAACAAATAGTATAACAACACTAAACTCAA
AATATTAGTAGCAACAACACACATACAACAGTACGGATACAAGGCACAACCGGGCAGAAG
GATAACAACACTTAACGGATGATCAAAGTTTGAAAACAGAGAGATGAGAGGACTCATGAC
AACATTACTAATTTTAGGCCTTCCCTTCAGCGACCAGAGAGACTAATCTGTTCACAGTTT
TTATCAACAGACTCCTTAACAGCATCAACCACTAGCTGTGTCTTCCGGCTAATGCTCGGC
CAAAACCCATCAGGCTTTGCACCTTTGTTCTTGATTTCACCAACCAATCGAGCAAACTCT
CTCACCATACATGCCTCTTGCGGAAGCTCCGTCTTAACCGTATGCTCGCTCGGGGGATTA
ACCCACGCGGTCACGAATTCATTGAACCAAGCTTTAGTGCTCGTTGTGAACGATGCCTCG
GTCTCCTTAAACGGGATAATGAAATCATGAACACTAAGCGTGCCGTTGGTTCCAATGGCG
TTTATCTCCATTGTCAAGTTTGCCAAGAAGGAACAGTATATGGTAGCGGTTCGTCCGTCT
TCCCAAGTCAGAGAAGCTCCACATGAGAGAATCACTCCTGCATCATTAAGCATAGCGCCC
GGAAAGGCTGTGACAGTATTGGGAAGCTCGAAGTTGTTGGC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1FZ88TF 620 0 0
GGCAGAAGGATAACAACACTTAACCGATGATCAAAGTTTAAAAACAGAGAGATGAGAGGA
CTCATGACAACATTACTAATTTTAGCCCTTCCCTTCAGCGACCAGAGAGACTAATCTGTT
CACAGTTTTTATCAACAGACTCCTTAACAGCATCAACCACTAGCTGTGTCTTCCGGCTAA
TGCTCGGCCAAAACCCATCAGGCTTTGCACCTTTGTTCTTGATTTCACCAACCAATCGAG
CAAACTCTCTCACCATACATGCCTCTTGCGGAAGCTCCGTCTTAACCGTGTGCTCGCTCG
GGGGATTAACCCACGCGGTCACGAACTCATTGAACCAAGCTTTAGTGCTCGTTGTGAACG
ATGCCTCGGTCTCCTTAAACGGGATAATGAAATCATGAACACTAAGCGTGCCGTTGGTTC
CAATGGCGTTTATCTCCATTGTCAAGTTTGCCAAGAAGGAACAGTATATGGTAGCGGTTC
GTCCGTCTTCCCAAGTCAGAGAAGCTCCACATGAGAGTACCACTCCTGCTTCGTTAAGCA
CAGCGCCGGGAAAGGCTGTGACGGTATTCGGAAGCTCGAAGTTGTTGGCTAAGAGAGTTG
CTCTGATCGCGTACCATCCC

QA 1 620 1 620
DS 



CO CL1885Contig2 966 2 8 U
GGATCTTAAAGCTCCACCTCTCTTATCCATCCTCCTCATTCTCTCTCCTCTCCCCGGAGA
AACCAACAGCTATGGCCACCACCGACTCGCCAATCCGAATCGGAGTAATGGGCTGCGCCG
AAATCGCGCGCAAAGTCTCTCGCGCCATCAACCTCTCTCCAAACGCCACCATCTCCGCCG
TCGCAAGCCGCTCCTTTGAAAAGGCTAAATCTTTCGCTACATCCAACGGCTACCCTGAAT
CGACCAAAATCCACGGCTCTTACGAATCGATTCTCGAAGATCCGGAGGTCGACGCGCTCT
ACGTTCCTCTACCCACTAGTCTCCACGTCGAGTGGGCTATACGCGCCGCCGAGAAAGGGA
AACACATCCTTCTTGAGAAGCCCGTCGCGTTGAATGTAGCTGAGTTTGATAAGATCGTTG
CGGCTTGTGAAGCTAATGGTGTTCAGATTATGGATGGTACTATGTGGGTTCATAATCCTA
GAACTGCTATGCTTAAGGAGTTTCTGTCTGATTCCGACCGCTTTGGTCAGCTCAAAACCG
TACAGAGTTGCTTCTCATTTGCTGGAGACGAAGATTTTCTCAAAAACGACATCCGTGTGA
AGCCAGGTCTTGATGGGCTTGGTGCGCTCGGAGACGCTGGATGGTACACGATCCGAGCAA
CTCTCTTAGCCAACAACTTCGAGCTTCCCAATACTGTCACAGCCTTTCCGGGCGCTATGC
TTAATGATGCAGGAGTGATTCTCTCATGTGGAGCTTCTCTGACTTGGGAAGACGGACGAA
CCGCTACCATATACTGTTCCTTCTTGGCAAACTTGACAATGGAGATAAACGCCATTGGAA
CCAACGGCACGCTTAGTGTTCATGATTTCATTATCCCGTTTAAGGAGACCGAGCACCGTT
CACAACGAGCACTAAAGCTTGGTTCAATGAATTCGTGACCGCGTGGGTTAATCCCCCGAG
CGAGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO35TF U 1
AF RR1BM25TF U 246
BS 1 289 RR1GO35TF
BS 290 290 RR1BM25TF
BS 291 497 RR1GO35TF
BS 498 498 RR1BM25TF
BS 499 541 RR1GO35TF
BS 542 543 RR1BM25TF
BS 544 563 RR1GO35TF
BS 564 966 RR1BM25TF

RD RR1GO35TF 563 0 0
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AACCAACAGCTATGGCCACCACCGACTCGCCAATCCGAATCGGAGTAATGGGCTGCGCCG
AAATCGCGCGCAAAGTCTCTCGCGCCATCAACCTCTCTCCAAACGCCACCATCTCCGCCG
TCGCAAGCCGCTCCTTTGAAAAGGCTAAATCTTTCGCTACATCCAACGGCTACCCTGAAT
CGACCAAAATCCACGGCTCTTACGAATCGATTCTCGAAGATCCGGAGGTTGACGCGCTCT
ACGTTCCTCTACCCACTAGTCTCCACGTCGAGTGGGCTATACGCGCCGCCGAGAAAGGGA
AACACATCCTTCTTGAGAAGCCCGTCGCGTTGAATGTAGCTGAGTTTGATAAGATCGTTG
CGGCTTGTGAAGCTAATGGTGTTCAGATTATGGATGGTACTATGTGGGTTCATAATCCTA
GAACTGCTATGCTTAAG*AGTTTCTGTCTGATTCCGACCGCTTTGGTCAGCTCAAAACCG
T**AGAGTTGCTTCTCATTTGCT

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1BM25TF 721 0 0
GG
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TCTACCCACTAGTCTCCACGTCGAGTGGGCTATACGCGCCGCCGAGAAAGGGAAACACAT
CCTTCTTGAGAAGCCCGTCGCGTTGAATGTAGCTGAGTTTGATAAGATCGTTGCGGCTTG
TGAAGCTAATGGTGTTCAGATTATGGATGGTACTATGTGGGTTCATAATCCTAGAACTGC
TATGCTTAAGGAGTTTCTGTCTGATTCCGACCGCTTTGGTCAGCTCAAAACCGTACAGAG
TTGCTTCTCATTTGCTGGAGACGAAGATTTTCTCAAAAACGACATCCGTGTGAAGCCAGG
TCTTGATGGGCTTGGTGCGCTCGGAGACGCTGGATGGTACACGATCCGAGCAACTCTCTT
AGCCAACAACTTCGAGCTTCCCAATACTGTCACAGCCTTTCCGGGCGCTATGCTTAATGA
TGCAGGAGTGATTCTCTCATGTGGAGCTTCTCTGACTTGGGAAGACGGACGAACCGCTAC
CATATACTGTTCCTTCTTGGCAAACTTGACAATGGAGATAAACGCCATTGGAACCAACGG
CACGCTTAGTGTTCATGATTTCATTATCCCGTTTAAGGAGACCGAGCACCGTTCACAACG
AGCACTAAAGCTTGGTTCAATGAATTCGTGACCGCGTGGGTTAATCCCCCGAGCGAGTA

QA 3 721 3 721
DS 



AS 1 4

CO CL1886Contig1 1495 4 20 U
GGAGAAAAAAAAATTGTCCGACATGAAACCAAATAGGTAATAAAAAAAACAAATCTGCGT
GTAAGGGATAAGAGTTTCGTGCTCGTGATTTTTGATTCCGGTCTCTCCATTATCGATTTC
AGACAACCACATTGGTCCTAGATCTGAACAAAAAGAAGATAAAAACATCCCCACGGATTG
GATATTACGATTAGTTTGACATCGAGATTCGATTGTTTTGTTCTGTTCGAGGGTCACGAC
ACGAGGGAGCGAGTTGATTTGGTTTGGATCCTCTTTCTGGACCTAATCTGTGGGGGGACA
TTGTTAGGTGGGATCTGAAAGAAGGGAGAGATGGTGGATGTATCGGCGGTTAGCGAAGAG
CTGGCTGAGCTCGAAGGACAAATCAATGACATCTTCCGTGCTCTGTCAAATGGATTCCAG
AAGCTGGAGAAGATCAAAGATGCTAATAGGCAGAGTAGGCAGCTCGAAGAGCTCACTGAT
AAAATGCGTGACTGCAAGAGCCTTATTAAAGATTTCGATAGGGAAGTCAAAAGCTTGGAA
AGTGGGAACGATGCCAACACTAACCGGATGCTGAACGATAGACGTCAATCTATGGTTAAG
GAACTAAACTCATATGTTGCTCTTAAGAAGAAATATTCATCCAATCTGGCAAGCAATAAC
AAGCGAGTAGATCTTTTCGATGGACCTGCTGAAGACCACATGGAAGAGAATGTCTTACTT
GCTTCAAACATGTCCAATCAAGAACTAATGAATAAAGGAAACTCCATGATGGATGACACT
GATCAAGCCATTGAAAGGGGGAAAAAGATTGTTCTGGAGACTATAAATGTGGGAACAGAT
ACTTCAGCAGCTCTCAAGGCTCAGACCGACCAAATGAGTAGAGTCGTCAATGAACTTGAT
TCTATCCATTTCTCACTCAAGAAGGCCTCCAAGCTGGTCAAGGAAATTGGTAGGCAGGTT
GCCACAGACAAATGTATTATGGCATTCCTTTTCCTTATTGTCATTGGTGTAATAGCCATC
ATCATCGTCAAGATTGTGAACCCAAACAACAAAGACATCCGTGACATACCTGGCCTAGGC
CTAGCTCCCCCAGCCATGAACAGACGTTTACTCTGGAACCATTACTGAAAACAAAAATTT
CACCTTTCATGCATTTATAATACTGCTACGTTGGGCAGGCTTCTTGGTCCTTCCATTAAG
TCCATGTTGCTGTAGATGAGACCACATCACTTGAGAAAATTAACCAGTTTTTTTATTCCC
ATGGCTTTTGGCTGCTGCGCATTTGAGAAGTTGCAGGAATCATATTCCTTCTCATTACAA
TCCCAGATTCAAAAAAAAAAATCATCCTTGTTGTTCATGTGCTTTGTATAACAAATGGAA
TGTTATATCATATATTCTTATGCATGTCTATTTTTGTTAAAACGCCTTCTCTGTTTCATG
TTCTGGTTACTCTGTTTTAACTGGTTTATGTTGAAAGTTGAAACTCGGTTATTCC


BQ
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AF RR1G366TF U 1
AF RR1AS50TF U 272
AF RR1AS50JQ C 607
AF RR1FS95JQ C 855
BS 1 281 RR1G366TF
BS 282 282 RR1AS50TF
BS 283 558 RR1G366TF
BS 559 559 RR1AS50TF
BS 560 654 RR1G366TF
BS 655 760 RR1AS50TF
BS 761 761 RR1AS50JQ
BS 762 800 RR1AS50TF
BS 801 801 RR1AS50JQ
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BS 827 827 RR1AS50JQ
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BS 835 835 RR1AS50JQ
BS 836 852 RR1AS50TF
BS 853 1310 RR1AS50JQ
BS 1311 1311 RR1FS95JQ
BS 1312 1336 RR1AS50JQ
BS 1337 1339 RR1FS95JQ
BS 1340 1406 RR1AS50JQ
BS 1407 1495 RR1FS95JQ

RD RR1G366TF 654 0 0
GGAGAAAAAAAAATTGTCCGACATGAAACCAAATAGGTAATAAAAAAAACAAATCTGCGT
GTAAGGGATAAGAGTTTCGTGCTCGTGATTTTTGATTCCGGTCTCTCCATTATCGATTTC
AGACAACCACATTGGTCCTAGATCTGAACAAAAAGAAGATAAAAACATCCCCACGGATTG
GATATTACGATTAGTTTGACATCGAGATTCGATTGTTTTGTTCTGTTCGAGGGTCACGAC
ACGAGGGAGCGAGTTGATTTGGTTTGGATCCTCTTTCTGGATCTAATCTGTGGGGGGACA
TTGTTAGGTGGGATCTGAAAGAAGGGAGAGATGGTGGATGTATCGGCGGTTAGCGAAGAG
CTGGCTGAGCTCGAAGGACAAATCAATGACATCTTCCGTGCTCTGTCAAATGGATTCCAG
AAGCTGGAGAAGATCAAAGATGCTAATAGGCAGAGTAGGCAGCTCGAAGAGCTCACTGAT
AAAATGCGTGACTGCAAGAGCCTTATTAAAGATTTCGATAGGGAAGTCAAAAGCTTGGAA
AGTGGGAACGATGCCAACGCTAACCGGATGCTGAACGATAGACGTCAATCTATGGTTAAG
GAACTAAACTCATATGTTGCTCTTAAGAAGAAATATTCATCCAATCTGGCAAGC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1AS50TF 583 0 0
TCTTTCTGGACCTAATCTGTGGGGGGACATTGTTAGGTGGGATCTGAAAGAAGGGAGAGA
TGGTGGATGTATCGGCGGTTAGCGAAGAGCTGGCTGAGCTCGAAGGACAAATCAATGACA
TCTTCCGTGCTCTGTCAAATGGATTCCAGAAGCTGGAGAAGATCAAAGATGCTAATAGGC
AGAGTAGGCAGCTCGAAGAGCTCACTGATAAAATGCGTGACTGCAAGAGCCTTATTAAAG
ATTTCGATAGGGAAGTCAAAAGCTTGGAAAGTGGGAGCGATGCCAACACTAACCGGATGC
TGAACGATAGACGTCAATCTATGGTTAAGGAACTAAACTCATATGTTGCTCTTAAGAAGA
AATATTCATCCAATCTGGCAAGCAATAACAAGCGAGTAGATCTTTTCGATGGACCTGCTG
AAGACCACATGGAAGAGAATGTCTTACTTGCTTCAAACATGTCCAATCAAGAACTAATGA
ATAAAGGAA*CTCCATGATGGATGACACTGATCAAGCCATTGAAAGGGG*AAAAAGATTG
TTCTGGAGACTATAA*TGTGGGA*CAGATACTTCAGCAGCT
CT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1AS50JQ 802 0 0
AACTCATATGTTGCTCTTAAGAAGAAATATTCATCCAATCTGGCAAGCAATAACAAGCGA
GTAGATCTTTTCGATGGACCTGCTGAAGACCACATGGAAGAGAATGTCTTACTTGCTTCA
AACATGTCCAATCAAGAACTAATGAATAAAGGAAACTCCATGATGGATGACACTGATCAA
GCCATTGAAAGGGGGAAAAAGATTGTTCTGGAGACTATAAATGTGGGAACAGATACTTCA
GCAGCTCTCAAGGCTCAGACCGACCAAATGAGTAGAGTCGTCAATGAACTTGATTCTATC
CATTTCTCACTCAAGAAGGCCTCCAAGCTGGTCAAGGAAATTGGTAGGCAGGTTGCCACA
GACAAATGTATTATGGCATTCCTTTTCCTTATTGTCATTGGTGTAATAGCCATCATCATC
GTCAAGATTGTGAACCCAAACAACAAAGACATCCGTGACATACCTGGCCTAGGCCTAGCT
CCCCCAGCCATGAACAGACGTTTACTCTGGAACCATTACTGAAAACAAAAATTTCACCTT
TCATGCATTTATAATACTGCTACGTTGGGCAGGCTTCTTGGTCCTTCCATTAAGTCCATG
TTGCTGTAGATGAGACCACATCACTTGAGAAAATTAACCAGTTTTTTTATTCCCATGGCT
TTTGGCTGCTGCGCATTTGAGAAGTTGCAGGAATCATATTCCTTTTCATTACAATCCCAG
ATTCAAAAAA***AATCATCCTTGTTGTTCATGTGCTTTGTATAACAAATGGAATGTTAT
ATCATATATTCTTATGCATG
GC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1FS95JQ 641 0 0
CAAGGCTCAGACCGACCAAATGAGTAGAGTCGTCAATGAACTTGATTCTATCCATTTCTC
ACTCAAGAAGGCCTCCAAGCTGGTCAAGGAAATTGGTAGGCAGGTTGCCACAGACAAATG
TATTATGGCATTCCTTTTCCTTATTGTCATTGGTGTAATAGCCATCATCATCGTCAAGAT
TGTGAACCCAAACAACAAAGACATCCGTGACATACCTGGCCTAGGCCTAGCTCCCCCAGC
CATGAACAGACGTTTACTCTGGAACCATTACTGAAAACAAAAATTTCACCTTTCATGCAT
TTATAATACTGCTACGTTGGGCAGGCTTCTTGGTCCTTCCATTAAGTTCATGTTGCTGTA
GATGAGACCACATCACTTGAGAAAATTAACCAGTTTTTTTATTCCCATGGCTTTTGGCTG
CTGCGCATTTGAGAAGTTGCAGGAATCATATTCCTTCTCATTACAATCCCAGATTCAAAA
AAAAAAATCATCCTTGTTGTTCATGTGCTTTGTATAACAAATGGAATGTTATATCATATA
TTCTTATGCATGTCTATTTTTGTTAAAACGCCTTCTCTGTTTCATGTTCTGGTTACTCTG
TTTTAACTGGTTTATGTTGAAAGTTGAAACTCGGTTATTCC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 0 0

AS 1 5

CO CL1888Contig1 1067 5 20 U
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CAAAGATGATGCAGATAATTGGTGATAAAGAAAGGTCTACAT*AAACAACAAATCATTTA
TTGGGGACAAAAGTATGAGGAAAACTCATGTCTCTGTCTGACTCTCTGATCAAACTAAAG
TGTTTTATGCAAACTGTCTTTTTAAAATTTGGCGGTTCATAGACTCGTCTTGGGTTTGGC
TTTGTAAGCAATGCGTCTGGTCACAGTGCGCATTGTCACGAATTCCTCTGCAGAAGACGG
ATGTATCCCAACCGTGCTGTCAAATTGTGCTTTGGTTGCTCCACACTTAAGCGCAATTGC
AATACCCTGCATGATCTCAGCTGCATCTGGACCGCACATGGACGCTCCAATAACCTTATC
AGTCTGCTCATCAACTATTAGCTTCATCAATGACCTTTCCTGGCGTCCAGAAATGGTGTT
CTTCATAGGATTAAAGCCTGAGGTGAAAACCAGAATATCCCCAGTCCCTTTTTCTACTGC
CTCTTCTTCACTGAGACCCACTACAGCTAGTGGAGGTATGCAAAACACAGCACAGGCTAC
ATTGCTGTAGTCTGCTTTAGTAGGTTTCTCACCAAAAACAGTGTTCGCAAAGCAGGTGGC
CTCCATTAACGCAACAGGTGTAAGGTTAATCCGGTTTGTAGCATCTCCCACAGCCCATAT
GCTAGGTATATTAGTGCGTGAGTACTCATCAACCTTCACAGCTCCAGCCTGATCAAGTTC
AACACCAACAGCTTCTAAGTTCAATCGCTTGGTGTTAGGATTCCTACCAGTAGCAAATAG
TACAACATCCGCCATGAATTCTTCTCCGTGAGACGAGATTACTTTGATCCCCTCGTCTGT
TTTTGTCAACTGAGTCAAACTTGTTTGCGGATGCAGATTAACACCCCTTCCTTCAAGATT
TCTAGCCACTAGTGCTCTCATTTCATCATCAATGCCCCTTAGTGGAAGTTCCTTCCTGAA
GAATAGATCCACTGTACCACCCATTCCACGCCATATTGATGCAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E673JQ U 40
AF RR1E673TF C 40
AF RR1G249JQ U 61
AF RR1GC57JQ U 1
AF RR1G249TF C 529
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BS 223 246 RR1GC57JQ
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BS 762 1067 RR1G249TF

RD RR1E673JQ 484 0 0
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CCC
C

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR1E673TF 484 0 0
CAAGGGTAGAATTTCTTTATTCAAAGATGATGCAGATAATTGGTGATAAAGAAAGGTCTA
CAT*AAACAACAAATCATTTATTGGGGACAAAAGTATGAGGAAAACTCATGTCTCTGTCT
GACTCTCTGATCAAACTAAAGTGTTTTATGCAAACTGTCTTTTTAAAATTTGGCGGTTCA
TAGACTCGTCTTGGGTTTGGCTTTGTAAGCAATGCGTCTGGTCACAGTGCGCATTGTCAC
GAATTCCTCTGCAGAAGACGGATGTATCCCAACCGTGCTGTCAAATTGTGCTTTGGTTGC
TCCACACTTAAGCGCAATTGCAATACCCTGCATGATCTCAGCTGCATCTGGACCGCACAT
GGACGCTCCAATAACCTTATCAGTCTGCTCATCAACTATTAGCTTCATCAATGACCTTTC
CTGGCGTCCAGAAATGGTGTTCTTCATAGGATTAAAGCCTGAGGTGAAAACCAGAATATC
CCC
C

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR1G249JQ 525 0 0
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TTGGGGACAAAAGTATGAGGAAAACTCATGTTTCTGTCTGACTCTCTGATCAAACTAAAG
TGTTTTATGCAAACTGTCTTTTTAAAATTTGGCGGTTCATAAACTCGTCTTGGGTTTGGC
TTTTTAGGCAATGCGTCTGGTCACAGTGCGCATTGTCACAAATTCCTCTGCAAAAAACGG
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CTTCATAGGATTAAAGCCTGAGGTGAAAACCAAAATATCCCCAGTCCCTTTTTCTACTGC
CTCTTCTTCACTGAAACCCACTACAGCTAGTGGAGGTATGCAAAA

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1GC57JQ 761 0 0
CACTAAATGCAACTACAAACAAAACTTAACAAACCAGTTCAAGGGTAGAATTTCTTTATT
CAAAGATGATGCAAATAATTGGTGATAAAGAAAGGTCTACATCAAACAACAAATCATTTA
TTGGGGACAAAAGTATGAGGAAAACTCATGTTTCTGTCTGACTCTCTGATCAAACTAAAG
TGTTTTATGCAAACTGTCTTTTTAAAATTTGGCGGTTCATAAACTCGTCTTGGGTTTGGC
TTTGTAGGCAATGCGTCTGGTCACAGTGCGCATTGTCACGAATTCCTCTGCAAAAAACGG
ATGTATCCCAACCGTGCTGTCAAATTGTGCTTTGGTTGCTCCACACTTAAGCGCAATTGC
AATACCCTGCATGATCTCAGCTGCATCTGGACCGCACATGGACGCTCCAATAACCTTATC
AGTCTGCTCATCAACTATTAGCTTCATCAATGACCTTTCCTGGCGTCCAGAAATGGTGTT
CTTCATAGGATTAAAGCCTGAGGTGAAAACCAAAATATCCCCAGTCGCTTTTTCTACTGC
CTCTTCTTCACTGAGACCCACTACAGCTAGTGGAGGTATGCAAAACACAGCACAGGCTAC
ATTGCTGTAGTCTGCTTTAGTAGGTTTCTCACCAAAAACAGTGTTCGCAAAGCAGGTGGC
CTCCATTAACGCAACAGGTGTAAGGTTAATCCGGTTTGTAGCATCTCCCACAGCCCATAT
GCTAGGTATATTAGTGCGTGAGTACTCATCAACCTTCACAG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1G249TF 539 0 0
TTTTTCTACTGCCTCTTCTTCACTGAGACCCACTACAGCTAGTGGAGGTATGCAAAACAC
AGCACAGGCTACATTGCTGTAGTCTGCTTTAGTAGGTTTCTCACCAAAAACAGTGTTCGC
AAAGCAGGTGGCCTCCATTAACGCAACAGGTGTAAGGTTAATCCGGTTTGTAGCATCTCC
CACAGCCCATATGCTAGGTATATTAGTGCGTGAGTACTCATCAACCTTCACAGCTCCAGC
CTGATCAAGTTCAACACCAACAGCTTCTAAGTTCAATCGCTTGGTGTTAGGATTCCTACC
AGTAGCAAATAGTACAACATCCGCCATGAATTCTTCTCCGTGAGACGAGATTACTTTGAT
CCCCTCGTCTGTTTTTGTCAACTGAGTCAAACTTGTTTGCGGATGCAGATTAACACCCCT
TCCTTCAAGATTTCTAGCCACTAGTGCTCTCATTTCATCATCAATGCCCCTTAGTGGAAG
TTCCTTCCTGAAGAATAGATCCACTGTACCACCCATTCCACGCCATATTGATGCAAACC

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 5

CO CL1889Contig1 1316 5 14 U
GGACCCAGAACAAGAATATTCAAGAAAGGAAGGATTAATATTCACAAATAAGCAAAACAT
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AAGTAAAGTAATTTAACTAAGCTCATCAGTACACCCTTTAAGCTGATTGTGAAGTAGATT
TTCCTAGCGAGACAGATGCAAGTGCATTCTTTGCTCTCTCTTGGAAGTCCCTTGTTTTGT
TGAGTCTCTGTTTAATCCATAGCCTCCTCACATCGATCATGTGAAGTGCACGGCCAAACA
GTTGGCTAGTCTCACCGAGTATTCCCAAGCTCAGGTGCGGAACGTGAGCTGCCCATAACC
TTTTCAAGCGCGCTCCCATAATGGGGAAGATCAAAATCGCCAGCTTCAGAAACAGAAACA
TCAGTGCAAGAACCAAATATGGATCTCTTTCTGCTATCTCTCTGAAAGATGACCCGTTGT
GTAGCCATGTGATCAGGTTACCGTGGGTGTCCAAGCTTGTTGGTTCAGCTTCATCGACAT
ACTGGAGAGGTTTAAGACCTGTTGTTAGTTGGTAAAACTGAATAAGGGATGCAAGATCCT
TTGGACCATGGTATCGCATCCTCAGTGTTTGATTCACCACCAGGATTGAAGGCAAGCTAT
GGATACCATACCTAGAAAAGACCGATGGTAAAGCCTGAGATTGCTCAACAACCAGGTGAC
CTATGTGGGGGAACATTGAACTCAGAGCATCAAACTTTGGGCGTACTGAAGTTGAGAAGG
GGCAACGAGAGGAATAAAATAGTATGGAAGTATAAGCATTTCCAAGGTTATGTGCATCCA
TGAGTCTGTCTAGCAAGTCTCCATCCACCTATAAAGGAGGTCTGGGATAGAGAAAAGGAG
GACACTTTCTCTCGATTCCGAATCGGAACACCTCGAACTCATCATGATGATCGCAAACGT
CAACGGAGGAAGCGAGCCCGGAAGGTAAGCATGACCCAGCTATCGCACATAGGAGGAGGA
GGAACACGGAGACCCGGAAACTCATCGAATTACAACGAAAAGGAAAGACCAATTATCAAA
AAAAAAAAATCTAAATCTAGGGCAAAAGAGAAATAGAGATCAATCGAATTTCCTGAAAAT
CGCTAAGCTTTGATTAGAGATAAAAATCGGATCAGAATTCGAGAGGACAAGAACACAGAA
ATGATGCTCAAGCAGATGATAAAGAAAAACAAAAGAAGAACAGGAGATAGATGAAAATCT
TGTCTGAAAATATCCGAAGGGGAAAGTCTCAGATCCGTGAGAATGTCGTAACGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1B773JQ U 16
AF RR1GL32JQ U 1
AF RR1EH68JQ U 98
AF RR1GL32TF C 563
AF RR1EH68TF C 585
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CCATAATGGGGAAGATCAAAATCGCCAGCTTCAGAAACAGAAACCTCAGTGCAAGAACCA
AATATGGATCTCTTTCTGCTATCTCTCTGAGAGATGACCCGTTGTGTAGCCATGTGATCA
GGTTACCGTGGGTGTCCAAGCTTGTTGGTTC

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DS 

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AAGTAAAGTAATTTAACTAAGCTCATCAGTACACCCTTTAAGCTGATTGTGAAGTAAATT
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GGATACCATACCTAGAAAAGA

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DS 

RD RR1EH68JQ 677 0 0
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CGGAACGTGAGCTGCCCATAACCTTTTCAGGCGCGCTCCCACAATGGGGAAGATCAAAAT
CGCCAGCTTCAGAAACAGAAACATCAGTGCAAGAACCAAATATGGATCTCTTTCTGCTAT
CTCTCTGAAAGATGACCCGTTGTGTAGCCATGTGATCAGGTTACCGTGGGTGTCCAAGCT
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TATGGAAGTATAAGCATTTCCAAGGTTATGTGCATCCATGAGTCTGTCTAGCAAGTCTCC
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AAAATCGGATCAGAATTCGAGAGGACAAGAACACAGAAATGATGCTCAAGCAGATGATAA
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AAAGTCTC
CC

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DS 

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TCAACAACCAGGTGACCTATGTGGGGGAACATTGAACTCAGAGCATCAAACTTTGGGCGT
ACTGAAGTTGAGAAGGGGCAACGAGAGGAATAAAATAGTATGGAAGTATAAGCATTTCCA
AGGTTATGTGCATCCATGAGTCTGTCTAGCAAGTCTCCATCCACCTCTAAAGGAGGTCTG
GGATAGAGAAAAGGAGGACACTTTCTCTCGATTCCGAATCGGAACACCTCGAACTCATCA
TGATGATCGCAAACGTCAACGGAGGAAGCGAGCCCGGAAGGTAAGCATGACCCAGCTATC
GCACATAGGAGGAGGAGGAACACGGAGACCCGGAAACTCATCGAATTACAACGAAAAGGA
AAGACCAATTATCAAAAAAAAAAA*TCTAAATCTAGGGCAAAAGAGAAATAGAGATCAAT
CGAATTTCCTGAAAATCGCTAAGCTTTGATTAGAGATAAAAATCGGATCAGAATTCGAGA
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AGATAGATGAAAATCTTGTCTGAAAATATCCGAAGGGGAAAGTCTCAGATCCGTGAGAAT
GTCGTAACGTCC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 5

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TGTTCTTGAAGGTTTTGTCCC


BQ
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AF RR1F431JQ U 1
AF RR1F431TF C 1
AF RR1DB89JQ U 139
AF RR1DB89TF C 139
AF RR1AF40JQ U 454
BS 1 189 RR1F431JQ
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C

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1F431TF 492 0 0
CAGCAGGAAACACTCTGTTATATATCTGATACAAAGCTATAGTAAGAGGATTAAACACTC
ACATATCAATATGAAACTTCATCACTAGCACAACCAAATATAATTCGCAATCACAGACAA
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AAAGCCCCAGAAAACGAAACAAATTCATCAAGAAACACATTTGTTCGAAACAACTTTTAG
TGATCATAAGTATTGTCGTCATCACTGTAACAAAAGTTATATCACCACCTTCAAAAACCA
ATATAAAGAGACCAAACCCGATATGATTGTCTTAATGACAAAGACTCAAACAAAGTAAAA
CAACAGCTTTTTCTTCTTCATAAAAGAAGAGAAAGGGAGTGTTGTTGATCAACGTTGCTG
GGAGAAGAGAGAACGCCTAATGATTCCAGTAGCTTCCATGTAACGATCAACGCATCTAGA
GACGCAGCTAC
C

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1DB89JQ 589 0 0
CACTGCT
AAACATGATCTCATATTCATTGATCGATCGACTAAAAAGCCCCAGAAAACGAAACAAATT
CATCAAGAAACACATTTGTTCGAAACAACTTTTAGTGATCATAAGTATTGTCGTCATCAC
TGTAACAAAAGTTATATCACCACCTTCAAAAACCAATATAAAGAGACCAAACCCGATATG
ATTGTCTTAATGACAAAGACTCAAACAAAGTAAAACAACAGCTTTTTCTTCTTCATAAAA
GAAGAGAAAGGGAGTGTTGTTGATCAACGTTGCTGGGAGAAGAGAGAACGCCTAATGATT
CCAGTAGCTTCCATGTAACGATCAACGCATCTAGAGACGCAGCTACTCTCGCCACTGCTT
AGGCTTGATCCTGGCTTCGCTATGCATTTATCAAAGCATTTTCCTCTCAGTGTCTCAACC
AACTCCTCCATGTAAGCTTGAGCTAGCTGAGCCTGCACCTGTTCCATCAATGCTTCCGGT
GATTGACTACTACCCATACCCGGCGGTGGAGATGAGAAATCCATTTTCTAATTCCAACCG
GACGACAAGATGACGGTGGAGATAGACCGACTTTTTGTTC
CC

QA 8 587 8 587
DS 

RD RR1DB89TF 589 0 0
CACTGCT
AAACATGATCTCATATTCATTGATCGATCGACTAAAAAGCCCCAGAAAACGAAACAAATT
CATCAAGAAACACATTTGTTCGAAACAACTTTTAGTGATCATAAGTATTGTCGTCATCAC
TGTAACAAAAGTTATATCACCACCTTCAAAAACCAATATAAAGAGACCAAACCCGATATG
ATTGTCTTAATGACAAAGACTCAAACAAAGTAAAACAACAGCTTTTTCTTCTTCATAAAA
GAAGAGAAAGGGAGTGTTGTTGATCAACGTTGCTGGGAGAAGAGAGAACGCCTAATGATT
CCAGTAGCTTCCATGTAACGATCAACGCATCTAGAGACGCAGCTACTCTCGCCACTGCTT
AGGCTTGATCCTGGCTTCGCTATGCATTTATCAAAGCATTTTCCTCTCAGTGTCTCAACC
AACTCCTCCATGTAAGCTTGAGCTAGCTGAGCCTGCACCTGTTCCATCAATGCTTCCGGT
GATTGACTACTACCCATACCCGGCGGTGGAGATGAGAAATCCATTTTCTAATTCCAACCG
GACGACAAGATGACGGTGGAGATAGACCGACTTTTTGTTC
CC

QA 8 587 8 587
DS 

RD RR1AF40JQ 288 0 0
TTCCATGTAACGATCAACGCATCTAGAGACGCAGCTACTCTCGCCACTGCTTAGGCTTGA
TCCTGGCTTCGCTATGCATTTATCAAAGCATTTTCCTCTCAATGTCTCAACCAACTCCTC
CATGTAAGCTTGAGCTAGCTGAGCCTGCACCTGTTCCATCAATGCTTCCGGTGATTGACT
ACTACCCATACCCGGCGGTGGAGATGAGAAATCCATTTTCTAATTCCAACCGGACGACAA
GATGGCGGTGGAGATAGACCGACTTTTTGTTCTTGAAGGTTTTGTCCC

QA 1 288 1 288
DS 



AS 1 5

CO CL1891Contig1 553 5 7 U
GGAGAGGAAGCCTAAGCCGACGCGAGGGACGACGACTAAGATGAGGGAGACGGTGAAGTT
GATAAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCATCGACAGGGAAGCCGCCATGGTTTCTCATAC
TATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGGCTTTTCGGAATCGAAAGATGGTGTGGTGAC
TTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGATCTGCCAGTACTTCTATTGGTCTCT
ACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACATCGAGCCTGAACTGACTCTGGAGCT
AATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACCTGAAAGACTAACGTAAACATGTAAAATCCCTG
GAGCACTTATGTGGGGTTATAAGACATTTGACAAAAATTGAGTTCTTGAAGAACTATTGA
ATAGCTCCAAGGGAAACTCGTCTACTTTGTTTACTAGTTAATGACTATTTAATGCAAACA
TCAAAGTTCCTGTGGCGTTATTCGTTGCTTATGTTCAAATAGCTTACATTGCTTTTGTAA
TAAGCAACAAAAA


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ22JQ C 159
AF RR1GZ22TFB U 40
AF RR1A279TF U 2
AF RR1A279JQ C 2
AF RR1E146TF U 1
BS 1 36 RR1E146TF
BS 37 37 RR1A279TF
BS 38 290 RR1E146TF
BS 291 291 RR1GZ22TFB
BS 292 337 RR1E146TF
BS 338 338 RR1GZ22TFB
BS 339 553 RR1E146TF

RD RR1GZ22JQ 358 0 0
AATCGAAAGATGGTGTGGTGACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGATCT
GCCAGTACTTTTATTGGTCTCTACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACATCG
AGCCTGAACTGACTCTGGAGCTAATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACCTGAAAGACTA
ACGTAAACATGTAAAATCCCTGGAGCACTTATGTGGGGTTATAAGACATTTGACAAAAAT
TGAGTTCTTGAAGAACTATTGAATAGCTCCAAGGGAAACTCGTCTACTTTGTTTACTAGT
TAATGACTATTTAATGCAAACATCAAAGTTCCTGTGGCGTTATTCGTTGCTTATGTTC

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1GZ22TFB 477 0 0
GATGAGGGAGACGGTGAAGTTGATAAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCATCGACAGGGA
AGCCGCCATGGTTTCTCATACTATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGGCTTTTCGGA
ATCGAAAGATGGTGTGGTGACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGATCTG
CCAGTACTTCTATTGGTCTCTACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACATCGA
GCCTGAACTGACTCTGGAGCTAATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACCTGAAAGACTAA
CGTAAACATGTAAAATCCCTGGAGCACTTATGTGGGGTTATAAGACATTTGACAAAAATT
GAGTTCTTGAAGAACTATTGAATAGCTCCAAGGGAAACTCGTCTACTTTGTTTACTAGTT
AATGACTATTTAATGCAAACATCAAAGTTCCTGTGGCGTTATTCGTTGCTTATGTTC

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1A279TF 498 0 0
GG
GAGGAAGCCTAAGCCGACGCGAGGGACGACGACTAAGATGAGGGAGACGGTGAAGTTGAT
AAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCATCGACAGGGAAGCCGCCATGGTTTCTCATACTAT
CCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGGCTTTTCGGAATCGAAAGATGGTGTGGTGACTTT
CCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGATCTGCCAGTACTTCTATTGGTCTCTACA
GTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACATCGAGCCTGAACTGACTCTGGAGCTAAT
GATGGCTGCTAATTATCTTCACACCTGAAAGACTAACGTAAACAAGTAAAATCCCTGGAG
CACTTATGTGGGGTTATAAGACATTTGACAAAAATTGAGTTCTTGAAGAACTATTGAATA
GCTCCAAGGGAAACTCGTCTACTTTGTTTACTAGTTAATGACTATTTAATGCAAACATCA
AAGTTCCTGTGGCG
CC

QA 3 496 3 496
DS 

RD RR1A279JQ 497 0 0
GG
GAGGAAGCCTAAGCCGACGCGAGGGACGACGATTAAGATGAGGGAGACGGTGAAGTTGAT
AAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCATCGACAGGGAAGCCGCCATGGTTTTTCATACTAT
CCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGGCTTTTCGGAATCGAAAGATGGTGTGGTGACTTT
CCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGATCTGCCAGTACTTCTATTGGTCTCTACA
GTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACATCGAGCCTGAACTGACTCTGGAGCTAAT
GATGGCTGCTAATTATCTTCACACCTGAAAGACTAACGTAAACAAGTAAAATCCCTGGAG
CACTTATGTGGGGTTATAAGACATTTGACAAAAATTGAGTTCTTGAAGAACTATTGAATA
GCTCCAAGGGAAACTCGTCTACTTTGTTTACTAGTTAATGACTATTTAATGCAAACATCA
AAGTTCCTG
GGCGCC

QA 3 491 3 491
DS 

RD RR1E146TF 553 0 0
GGAGAGGAAGCCTAAGCCGACGCGAGGGACGACGACGAAGATGAGGGAGACGGTGAAGTT
GATAAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCATCGACAGGGAAGCCGCCATGGTTTCTCATAC
TATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGGCTTTTCGGAATCGAAAGATGGTGTGGTGAC
TTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGATCTGCCAGTACTTCTATTGGTCTCT
ACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACATCGAGCCTGAACTGATTCTGGAGCT
AATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACCTGAAAGACTGACGTAAACATGTAAAATCCCTG
GAGCACTTATGTGGGGTTATAAGACATTTGACAAAAATTGAGTTCTTGAAGAACTATTGA
ATAGCTCCAAGGGAAACTCGTCTACTTTGTTTACTAGTTAATGACTATTTAATGCAAACA
TCAAAGTTCCTGTGGCGTTATTCGTTGCTTATGTTCAAATAGCTTACATTGCTTTTGTAA
TAAGCAACAAAAA

QA 1 553 1 553
DS 



AS 2 4

CO CL1892Contig1 317 2 5 U
TTTTTTTTTGTTATAATATTTGATTCGGTAACATACCCCAAACTTTGCAGTCGGCATAAG
GACAGTACTCTTGGTCGATGAGAACGGGAGTGCTAACATTGTCCATTGTGATATCCTCAA
AAATAATGTTGGAGGCAATACCAGGAGGAGATCCAGGCCATGTCTTGATGCGAACACCAT
TCATGGTGTTCTTGATGAGGCATTTCCTCACTGTGACTCCTTTGACTGGTTGCTCATTAG
GGTACCTTCCTAGACTCCCTACGGCAAATGCCATGTCCCGGTCCACATTCCACATTCTCA
ACAATGAGATTCTCAGT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX68JQ U 6
AF RR1BX68TF C 1
BS 1 5 RR1BX68TF
BS 6 41 RR1BX68JQ
BS 42 42 RR1BX68TF
BS 43 215 RR1BX68JQ
BS 216 317 RR1BX68TF

RD RR1BX68JQ 210 0 0
TTTTGTTATAATATTTGATTCGGTAACATACCCCAA*CTTTGCAGTCGGCATAAGGACAG
TACTCTTGGTCGATGAGAACGGGAGTGCTAACATTGTCCATTGTGATATCCTCAAAAATA
ATGTTGGAGGCAATACCAGGAGGAGATCCAGGCCATGTCTTGATGCGAACACCATTCATG
GTGTTCTTGATGAGGCATTTCCTCACTGTG

QA 1 210 1 210
DS 

RD RR1BX68TF 317 0 0
TTTTTTTTTGTTATAATATTTGATTCGGTAACATACCCCAAACTTTGCAGTCGGCATAAG
GACAGTACTCTTGGTCGATGAGAACGGGAGTGCTAACATTGTCCATTGTGATATCCTCAA
AAATAATGTTGGAGGCAATACCAGGAGGAGATCCAGGCCATGTCTTGATGCGAACACCAT
TCATGGTGTTCTTGATGAGGCATTTCCTCACTGTGACTCCTTTGACTGGTTGCTCATTAG
GGTACCTTCCTAGACTCCCTACGGCAAATGCCATGTCCCGGTCCACATTCCACATTCTCA
ACAATGAGATTCTCAGT

QA 1 317 1 317
DS 



CO CL1892Contig2 1176 2 6 U
GAGGGTGATTATTTGGTGAACAACATAGAGTTCTTAGGTCCGTGCAAGGGTCCTGTCACT
TTGGAAATGCACGGCAATATGAAGGCTCCGGCTACGGTCGGTGCCACTAAGCCTAACAGC
GGATGGATTGATTTTACAAATCTTGCTGATTTCACTTTGAATGGAAACGGAGCCATTTTT
GACGGTCAAGGCTCCCTCGCTTGGAAGGCCAATGACTGCGCAAAAACTGGAAAATGCAAC
TCTCTCCCCATCAACATACGATTCACGGGTCTCACAAACTCCAAAATTATTGGCATAACA
TCAACGAACAGCAAACTTTTCCACATGAACGTTCTCAACTGCAAGAACGTAACTCTTGAG
AAAATTGGTATTGATGCACCACCGGAGAGTCTCAACACTGATGGTATCCACATTGGAAGG
TCCATCGGCGTGAACTTACTAGGGGCAAAGATTAAAACAGGAGATGACTGTGTTTCCATA
GGAGATGGTACTGAGAATCTCATTGTTGAGAATGTGGAATGTGGACCGGGACACGGCATT
GCCGTAGGGAGTCTAGGAAGGTACCCTAATGAGCAACCAGTCAAAGGAGTCACAGTGAGG
AAATGCCTCATCAAGAACACCATGAATGGTGTTCGCATCAAGACATGGCCTGGATCTCCT
CCTGGTATTGCCTCCAACATTATTTTTGAGGATATCACAATGGACAATGTTAGCACTCCC
GTTCTCATCGACCAAGAGTACTGTCCTTATGCCGACTGCAAAGTTGGGGTACCATTTAAG
GTGAAATTGTCGGACGTGACCTTCAAGAACATTAAGGGCACATCAGCGACAAAGATTGCT
GTGAAATTAATTTGCAGCTCAGGCACGCCTTGCACTAATGTTGCTCTTGCTGACATCAAC
TTGGTCCACAAAGGTACAGAAGGACCAGCTGTAGGGGCCTGTGCTAACATGAAGCCTGTT
CTCACCGGACAGATGATTCCACCTGCTTGCACTGAGATCGCTAAATCGGGTCCTTGAATT
TTATTGTCGCTTGTCCACCAAGCATCCATTTAATCTGGTTAATTAAGACACTTTGATTAA
TTAGACTGCGATGGAAAAGTTTTGATATATCACTCTTGTATTTATTATACTTTTTTGACA
TATAAATGATGTGGATATCTCCAGAGAGAGTGACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV94TF U 1
AF RR1CV94JQ C 470
BS 1 652 RR1CV94TF
BS 653 653 RR1CV94JQ
BS 654 690 RR1CV94TF
BS 691 691 RR1CV94JQ
BS 692 764 RR1CV94TF
BS 765 1176 RR1CV94JQ

RD RR1CV94TF 764 0 0
GAGGGTGATTATTTGGTGAACAACATAGAGTTCTTAGGTCCGTGCAAGGGTCCTGTCACT
TTGGAAATGCACGGCAATATGAAGGCTCCGGCTACGGTCGGTGCCACTAAGCCTAACAGC
GGATGGATTGATTTTACAAATCTTGCTGATTTCACTTTGAATGGAAACGGAGCCATTTTT
GACGGTCAAGGCTCCCTCGCTTGGAAGGCCAATGACTGCGCAAAAACTGGAAAATGCAAC
TCTCTCCCCATCAACATACGATTCACGGGTCTCACAAACTCCAAAATTATTGGCATAACA
TCAACGAACAGCAAACTTTTCCACATGAACGTTCTCAACTGCAAGAACGTAACTCTTGAG
AAAATTGGTATTGATGCACCACCGGAGAGTCTCAACACTGATGGTATCCACATTGGAAGG
TCCATCGGCGTGAACTTACTAGGGGCAAAGATTAAAACAGGAGATGACTGTGTTTCCATA
GGAGATGGTACTGAGAATCTCATTGTTGAGAATGTGGAATGTGGACCGGGACACGGCATT
GCCGTAGGGAGTCTAGGAAGGTACCCTAATGAGCAACCAGTCAAAGGAGTCACAGTGAGG
AAATGCCTCATCAAGAACACCATGAATGGTGTTCGCATCAAGACATGGCCTG*ATCTCCT
CCTGGTATTGCCTCCAACATTATTTTTGAG*ATATCACAATGGACAATGTTAGCACTCCC
GTTCTCATCGACCAAGAGTACTGTCCTTATGCCGACTGCAAAGT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1CV94JQ 707 0 0
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GACACGGCATTGCCGTAGGGAGTCTAGGAAGGTACCCTAATGAGCAACCAGTCAAAGGAG
TCACAGTGAGGAAATGCCTCATCAAGAACACCATGAATGGTGTTCGCATCAAGACATGGC
CTGGATCTCCTCCTGGTATTGCCTCCAACATTATTTTTGAGGATATCACAATGGACAATG
TTAGCACTCCCGTTTTCATCGACCAAGAGTACTGTCCTTATGCCGACTGCAAAGTTGGGG
TACCATTTAAGGTGAAATTGTCGGACGTGACCTTCAAGAACATTAAGGGCACATCAGCGA
CAAAGATTGCTGTGAAATTAATTTGCAGCTCAGGCACGCCTTGCACTAATGTTGCTCTTG
CTGACATCAACTTGGTCCACAAAGGTACAGAAGGACCAGCTGTAGGGGCCTGTGCTAACA
TGAAGCCTGTTCTCACCGGACAGATGATTCCACCTGCTTGCACTGAGATCGCTAAATCGG
GTCCTTGAATTTTATTGTCGCTTGTCCACCAAGCATCCATTTAATCTGGTTAATTAAGAC
ACTTTGATTAATTAGACTGCGATGGAAAAGTTTTGATATATCACTCTTGTATTTATTATA
CTTTTTTGACATATAAATGATGTGGATATCTCCAGAGAGAGTGACAC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 4

CO CL1893Contig1 806 4 4 U
GCGCAAAACCAAAATAACTCTTTAACATAGTCCTCTGCAAAACACCAAAGTGAAAGTGTG
TTCTACGTTTCTTACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAACTGCTAAACACAAAAAGGAAAA
AAAAAAGCATCGTAACAACCATTCTTAGCTTCATTTCACTGACTTAGCGCTTCTTCTTGC
TGCCAGCCTTTGCTAAATTGGACTTTGAAGGCGTTGCTACCAAGTATATGAACAAAACCA
CC*ATCGATATCACTGAAACAAGTGATCCATATTTCGCCAGAATCCTCTTGGCCACGGCA
AGCGGGTCAGTTGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGGTAGTATTGGATTTGAGAAG
GCTTGCTGAAGAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGGGTTACCATAG
AAGGGCCCTTTAACCTTAGCCTCAAGTTCGAAAGAATGAGACAGAATACCTCCTGCATCA
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GTTTTATCAACCAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGATCCTTGGTTGTAGATGTCGAAG
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GCGGAGATCATAAGCTTAGCTAAGGAGATGGCAATGGATCTTCGTTGGAATTTGGTATGT
CACAGATCTGCGATTGGTTTCCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C931JQ U 361
AF RR1FS64JQ U 1
AF RR1C931TF C 145
AF RR1D986TF C 231
BS 1 314 RR1FS64JQ
BS 315 315 RR1C931TF
BS 316 728 RR1FS64JQ
BS 729 806 RR1C931TF

RD RR1C931JQ 131 0 0
GCTTGCTGAAGAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGGGTTACCATAG
AAGGGCCCTTTAACCTTAGCCTCAAGTTCGAAAGAATGAGACAGAATACCTCCTGCATCA
AGTCTCTCCCA

QA 1 131 1 131
DS 

RD RR1FS64JQ 728 0 0
GCGCAAAACCAAAATAACTCTTTAACATAGTCCTCTGCAAAACACCAAAGTGAAAGTGTG
TTCTACGTTTCTTACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAACTGCTAAACACAAAAAGGAAAA
AAAAAAGCATCGTAACAACCATTCTTAGCTTCATTTCACTGACTTAGCGCTTCTTCTTGC
TGCCAGCCTTTGCTAAATTGGACTTTGAAGGCGTTGCTACCAAGTATATGAACAAAACCA
CC*ATCGATATCACTGAAACAAGTGATCCATATTTCGCCAGAATCCTCTTGGCCACGGCA
AGCGGGTCAGTTGGTGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGGTAGTATTGGATTTGAGAAG
GCTTGCTGAAGAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGGGTTACCATAG
AAGGGCCCTTTAACCTTAGCCTCAAGTTCGAAAGAATGAGACAGAATACCTCCTGCATCA
AGTCTCTCCCATGATCTTGAAGTGTTTCCATTAACAACTTCAAAAGTTTTCTTAATCCAG
GTTTTATCAACCAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGATCCTTGGTTGTAGATGTCGAAG
GAGACGAGGACGCGCTCGGCGCCGGATTTGAGCCTGTTGAGAGTAACTTTCTTGTGAACC
ACCATGAACGGCATTTCAGAGGTCGCGAACGAAGCGGTGACGAGCGTGAAAACCGCCATG
GCGGAGAT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1C931TF 662 0 0
CTTAGCTCATTTCACTG
ACTTAGCGCTTCTTCTTGCTGCCAGC*TTTGCTAAATTGGACTTTGAAGGCGTTGCTACC
AAGTATATGAACAAAACCACCCATCGATATCACTGAAACAAGTGATCCATATTTCGCCAG
AATCCTCTTGGCCACGGCAAGCGGGTCAGTTGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGG
TAGTATTGGATTTGAGAAGGCTTGCTGAAGAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAAC
GACAGCAGGGTTACCATAGAAGGGCCCTTTAACCTTAGCCTCAAGTTCGAAAGAATGAGA
CAGAATACCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGATCTTGAAGTGTTTCCATTAACAACTTC
AAAAGTTTTCTTAATCCAGGTTTTATCAACCAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGATCC
TTGGTTGTAGATGTCGAAGGAGACGAGGACGCGCTCGGCGCCGGATTTGAGCCTGTTGAG
AGTAACTTTCTTGTGAACCACCATGAACGGCATTTCAGAGGTCGCGAACGAAGCGGTGAC
GAGCGTGAAAACCGCCATGGCGGAGATCATAAGCTTAGCTAAGGAGATGGCAATGGATCT
TCGTTGGAATTTGGTATGTCACAGATCTGCGATTGGTTTCCCCCT

QA 18 662 18 662
DS 

RD RR1D986TF 564 0 0
AACAAAACCACC*ATCGATATCACTGAAACAAGTGATCCATATTTCGCCAGAATCCTCTT
GGCCACGGCAAGCGGGTCAGTTGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGGTAGTATTGG
ATTTGAGAAGGCTTGCTGTAGAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGG
ATTACCATAGAAGGGCCCTTTAACCTTAGCCTCAAGTTCGAAAGAATGAGACAGAATACC
TCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGATCTTGAAGTGTTTCCATTAACAACTTCAAAAGTTTT
CTTAATCCAGGTTTTATCAAACAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGATCCTTGGTTGTA
GATGTCGAAGGAGACGAGGACGCGCTCGGCGCCGGATTTGAGCCTGTTGAGAGTAACTTT
CTTGTGAACCACCATGAACGGCATTTCAGAGGTCGCGAACGAAGCGGTGACGAGCGTGAA
AACCGCCATGGCGGAGATCATAAGCTTAGCTAAGGAGATGGCCATGGATCTTCGTTGGAA
TTTGGTATGTCACAGATCTGCGAT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 5

CO CL1894Contig1 903 5 15 U
ACTACAAGTTACTTGTGTTGATTGATTTGGTTTGGAACACCGTATATGACAATAACAGAG
TTTTGCTTTCGACAATTCAAACACGATCAAATCTCATTCCTTTTCTGGAATTGTTTTTTT
TCTTAACCAACCAAGTCCAAGCATCTATGGCAGCAGCAACATACAAACGCTTACGACTAT
ATGACACTCTCACTCAACCTTGCCAAACTCTCCAACATTCGAGCTGCTTTCCACAACCGT
CTCTCTTACAAACCTCGCCAGCTTCTCTCTTGAAGATTGTAAGACGTAAATGGAGAGTAC
GAAAGAGAATGTGAGAGCTGAACCAAAGAGGACATAAAATCCTGAGGAAACATCAATCTC
TGACTGTTCCTTCCATGTGTATCTAACAAGAACATGTTTTGGCCAGTGTTGAGGGTCCCA
GAACTGCTTGCGGATCTCCGGGTGTGTATTCAAATAGCTAAGAGGCATATCGACAACTTG
AGCTGTAACTCCAAGCAAATCTCCTCCAGAATATCTCAAATTGACATCGATCATTGGAAC
TTCTGAACTCTTCCGGTTT*ATCACCAAAAGCCAGTGTATTAGAAATTT*CTCACTTCCA
ACTTGGAATTTTATCTTATAAGGATCAGTGCCAGTGTAGCCAACTGGTTTCGCTATGGGG
ATCAGCACCTCGCGATTAACGGCGAAGATCGGGCAATGCTTTCCGATCACATCATGCCAA
GTCGTTCTCGAGGAATGGTACTGTCCCATCTTGCTCATCGCCACGACGTCTCCTGGTCGG
TAAGCGCTGGAGAGATGCGGGAATGATAGTGATACCACTAGTAGCAGAGCTTCAATTAAC
CATTTCCACCGTCGCGATCCTGCCGACGTAACCATGCCCGCCGCCATAACTTGATTCTTC
GGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1AZ02JQ U 158
AF RR1A602JQ U 81
AF RR1A008JQ U 1
AF RR1A008TF C 56
AF RR1A602TF C 129
BS 1 171 RR1A008JQ
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BS 463 582 RR1A008JQ
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BS 584 685 RR1A008JQ
BS 686 702 RR1A008TF
BS 703 703 RR1A602TF
BS 704 727 RR1A008TF
BS 728 903 RR1A602TF

RD RR1AZ02JQ 124 0 0
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TTCGAGCTGCTTTCCACAACCGTCTCTCTTACAAACCTCGCCAGCTTCTCTCTTGAAGAT
TGTA

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DS 

RD RR1A602JQ 541 0 0
ACT
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TCTATGGCAGCAGCAACATACAAACGCTTACGACTATATGACACTCTCACTCAACCTTGC
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TCTCTCTTGAAGATTGTAAGACGTAAATGGAGAGTACGAAAGAGAATGTGAGAGCTGAAC
CAAAGAGGACATAAAATCCTGAGGAAACATCAATCTCTGACTGTTCCTTCCATGTGTATC
TAACAAGAACATGTTTTGGCCAGTGTTGAGGGTCCCAGAACTGTTTGCGGAACTCCGGGT
GTGTATTCAAATAGCTAAGAGGCATATCGACAACTTGAGCTGTAACTCCAAGCAAATCTC
CTCCAGAATATCTCAAATTGACATCGATCATTGGAACTTCTGAACTCTTCCGGTTTTATC
ACCAAAAGCCAGTGTATTAGAAATTTTCTCACTTCCAACTTGGAATTTT
TATCTTATA

QA 4 532 4 532
DS 

RD RR1A008JQ 685 0 0
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TTTTGCTTTCGACAATTCAAACACGATCAAATCTCATTCCTTTTCTGGAATTGTTTTTTT
TCTTAACCAACCAAGTCCAAGCATCTATGGCAGCAGCAACATACAAACGCTCTCGACTAT
ATGACACTCTCACTCAACCTTGCCAAACTCTCCAACATTCGAGCTGCTTTCCACAACCGT
CTCTCTTACAAACCTCGCCAGCTTCTCTCTTGAAGATTGTAAGACGTAAATGGAGAGTAC
GAAAGAAAATGTGAGAGCTGAACCAAAGAGGACATAAAATCCTGAGGAAACATCAATCTC
TGACTGTTCCTTCCATGTGTATCTAACAAGAACATGTTTTGGCCAGTGTTGAGGGTCCCA
AAACTGCTTGCGGATCTCCGGGTGTGTATTCAAATAGCTAAAAGGCATATCGACAACTTG
AGCTGTAACTCCAAGCAAATCTCCTCCAGAATATCTCAAATTGACATCGATCATTGGAAC
TTCTGAACTCTTCCGGTTT*ATCACCAAAAGCCAGTGTATTAAAAATTT*CTCACTTCCA
ACTTGGAATTTTATCTTATAAGGATCAGTGCCAGTGTAGCCAACTGGTTTCGCTATGGGG
ATCAGCACCTCGCGATTAACGGCGA

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DS 

RD RR1A008TF 673 0 0
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TTTTTTCTTAACCAACCAAGTCCAAGCATCTATGGCAGCAGCAACATACAAACGCTCTCG
ACTATATGACACTCTCACTCAACCTTGCCAAACTCTCCAACATTCGAGCTGCTTTCCACA
ACCGTCTCTCTTACAAACCTCGCCAGCTTCTCTCTTGAAGATTGTAAGACGTAAATGGAG
AGTACGAAAGAGAATGTGAGAGCTGAACCAAAGAGGACATAAAATCCTGAGGAAACATCA
ATCTCTGACTGTTCCTTCCATGTGTATCTAACAAGAACATGTTTTGGCCAGTGTTGAGGG
TCCCAGAACTGCTTGCGGATCTCCGGGTGTGTATTCAAATAGCTAAGAGGCATATCGACA
ACTTGAGCTGTAACTCCAAGCAAATCTCCTCCAGAATATCTCAAATTGACATCGATCATT
GGAACTTCTGAACTCTTCCGGTTT*ATCACCAAAAGCCAGTGTATTAGAAATTT*CTCAC
TTCCAACTTGGAATTTTATCTTATAAGGATCAGTGCCAGTGTAGCCAACTGGTTTCGCTA
TGGGGATCAGCACCTCGCGATTAACGGCGAAGATCGGGCAATGCTTTTCGATCACATCAT
GCCAAGTCGTTC
C

QA 1 672 1 672
DS 

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AACCAAGTCCAAGCATCTATGGCAGCAGCAACATACAAACGCTTACGACTATATGACACT
CTCACTCAACCTTGCCAAACTCTCCAACATTCGAGCTGCTTTCCACAAC*GTCTCTCTTA
CAAACCTCGCCAGCTTCTCTCTTGAAGATTGTAAGACGTAAATGGAGAGTACGAAAGAGA
ATGTGAGAGCTGAACCAAAGAGGACATAAAATCGTGAGGAAACATCAATCTCTGACTGTT
CCTTCCATGTGTATCTAACAAGAACATGTTTTGGCCAGTGTTGAGGGTCCCAGAACTGTT
TGCGGATCTCCGGGTGTGTATTCAAATAGCTAAGAGGCATATCGACAACTTGAGCTGTAA
CTCCAAGCAAATCTCCTCCAGAATATCTCAAATTGACATCGATCATTGGAACTTCTGAAC
TCTTCCGGTTT*ATCACCAAAAGCCAGTGTATTAGAAATTT*CTCACTTCCAACTTGGAA
TTTTATCTTATAAGGATCAGTGCCAGTGTAGCCAACTGGTTTCGCTATGGGGATCAGCAC
CTCGCGATTAACGGCGAAGATCGGGCAATGCTTTCCGATCACATCATGCCAAGTCGTTCT
CGAGGAATGGTACTGTCCCATCTTGCTCATCGCCACGACGTCTCCTGGTCGGTAAGCGCT
GGAGAGATGCGGGAATGATAGTGATACCACTAGTAGCAGAGCTTCAATTAACCATTTCCA
CCGTCGCGATCCTGCCGACGTAACCATGCCCGCCGCCATAACTTGATTCTTCGGT

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 3

CO CL1895Contig1 914 3 11 U
GGACCCACTCACTCTCCTAACCGCAGCCAGTCAACGAAAATGAAGTCGTTAGCTTCCCCT
CCGTGCCTCCGCCTAACTCCGACGACACGTCATCACCTCTCTTCGCGTCAATCTTCTTCC
GCCTGTTACCCTCACGTCGTCTCTTCCGCAATCAAATCCAAGACCCTATCGTTCTCCTCA
TCCGCATCCGGTTTCGCGTCACAACCACTCTCCGTAGAGAAGGAGCTGCGCTCTTCGTTT
GTACAGACGGGGGCTGTTCGCCACGTCACTGGGTCGCTTATCAGAGGAGAAGGTCTTAGA
TTTGCTATTGTTGTTGCTCGTTTCAATGAGGTTGTGACGAAGCTGCTTCTGGAAGGAGCT
ATCGAGACTTTCAACAAGTACTCTGTTAGAGAAGAAGACATCGAGGTTATTTGGGTTCCT
GGTAGCTTTGAGATAGGTGTTGTTGCACAGAAGCTTGGGAAATCAGGAAAGTTTCATGCC
GTTTTATGTATCGGTGCTGTGATTAGAGGAGATACTACTCATTATGATGCTGTTGCTAAC
TCTGCTGCATCTGGAGTACTTTCTGCTGGCATTAATTCAGGTGTTCCATGCATATTTGGT
GTACTGACATGCGAGGACATGGATCAGGCTCTGAATCGATCTGGTGGCAAAGCCGGAAAC
AAGGGAGCTGAAACTGCTTTGACGGCGCTCGAGATGGCGTCTTTGTTTGAGCACCACCTG
AAATAGCTCCTCGTTCCATGGGAGGTGCAATGATCATCGCGTATGCGAGAACTTGTTGGC
TACAATCCAATCTTCCGAAACTGTACCTGAAAAGATTGTCAAAAAATGTTTTCTTTGTGA
AAAAATATTTAAACGCTTTTTGTAAGCTTCATGTCTTGTTTTTGAATCGTGTGTACTAAT
AATAATTCCTCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E275TF U 1
AF RR1B185TF U 10
AF RR1B185JQ C 84
BS 1 130 RR1E275TF
BS 131 131 RR1B185TF
BS 132 503 RR1E275TF
BS 504 504 RR1B185TF
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BS 523 523 RR1B185TF
BS 524 576 RR1E275TF
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BS 684 684 RR1B185JQ
BS 685 739 RR1B185TF
BS 740 914 RR1B185JQ

RD RR1E275TF 576 0 0
GGACCCACTCACTCTCCTAACCGCAGCCAGTCAACGAAAATGAAGTCGTTAGCTTCCCCT
CCGTGCCTCCGCCTAACTCCGACGACACGTCATCACCTCTCTTCGCGTCAATCTTCTTCC
GCCTGTTACCTTCACGTCGTCTCTTCCGCAATCAAATCCAAGACCCTATCGTTCTCCTCA
TCCGCATCCGGTTTCGCGTCACAACCACTCTCCGTAGAGAAGGAGCTGCGCTCTTCGTTT
GTACAGACGGGGGCTGTTCGCCACGTCACTGGGTCGCTTATCAGAGGAGAAGGTCTTAGA
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GTTTTATGTATCGGTGCTGTGATAAGAGGAGATACTACTCATCATGATGCTGTTGCTAAC
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DS 

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G
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TCGTTCCAT

QA 2 730 2 730
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DS 



AS 1 5

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AAAAAAAAACGACAAAAAGAATCTTCAAAGTGTATAAGAAATCAAGAATCTTCCGATATG
GGACCAGTCTCAACTCCCCTCCAAAAAAAAAAAAAAGTCTTTGCTTCTAAGCTGTGACAC
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CTATCAAACGGTTATCAATGTTCACGTCGTAACCTAACCCTAAAACATGCCATCTTCTGT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW59TF U 1
AF RR1DW59JQ C 197
AF RR1B269JQ U 824
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AF RR1A760JQ U 700
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TTAGTGTTTTGAGACCTATCTAGGGCTTTCATTACGAACCAAACCAAATCGTGCATGGTT
CTGTTTAAAAGCATAAACCGGTCCTTTTCTTTTGGTGCCTTGCGTTTGTATAAACGATTT
AAACCACATCTCGGCCTCTGAAGATACGTGTGTAATATTATATGTTTATCCTTTTAAAAA
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GTTTGGCTTTGAGATGATATGACATGATGATATGACATGATGACTTAGACAGAGTGTGCT
TCAAACTTACAAGCAACACTACGGGAACTGCTATGATAAATTTTAAAGTATTAGAGTAGC
TGTTGGGTTCATGAACATGTATAGCATTCACTGCTCCAACAAATCGCACCCTTTTCAAGT
TATTCTCACGTGTATCCAACAAATACCATGTTACCATGTTATTAACTTGTTCTTGTGTCA
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QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1DW59JQ 700 0 0
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ATATGACATGATGATATGACATGATGACTTAGACAGAGTGTGCTTCAAACTTACAAGCAA
CACTACGGGAACTGCTATGATAAATTTTAAAGTATTAGAGTAGCTGTTGGGTTCATGAAC
ATGTATAGCATTCACTGCTCCAACAAATCGCACCCTTTTCAAGTTATTCTCACGTGTATC
CAACAAATACCATGTTACCATGTTATTAACTTGTTCTTGTGTCAAATTCATGGTGAAATA
GAACCCATGAAGGGGTCGAGAGTTGACTTGGGAAAATATAACTCAAGAATCAAAAATTTC
AAGGTATGAGAAAGATTGTTGTTTTTATTTGAGAAAAAAAAATCATTTTAAATACATAGA
ATACTACAGCTTGAAAACAAAAGGAAATAAATTATCCATCCATCCTTTAGAGATAAAAAT
AAATATAACAAACAAAAAATAAGTATCCTGTAATCTATTAAACCATAAGTACATCATGGA
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GAGAATAATCTGAAATCTGACAAACTCTACAAAACATTCC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1B269JQ 132 0 0
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TACAAAACATTCCAAAAAAAAAAAAACGACAAAAAGAATCTTCAAAGTGTATAAGAAATC
AAGAATCTTCCG

QA 1 132 1 132
DS 

RD RR1B004JQ 709 0 0
GG
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TCCTGTAATCTATTAAACCATAAGTACATCATGGACCCTCTAATGTGTGATTATAAATTG
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TCTACAAAACATTCCAAAAAAAAAAAAACGACAAAAAGAATCTTCAAAGTGTATAAGAAA
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CAAAACGGTTTATACCTACCAATACCAATCTTTAGCCAAGGCTTCATATTGCCGTTATAA
TGAACCACAGCCGCGGTTTCTATCAAACGGTTATCAATGTTCACGTCGTAACCTAACCCT
AAAACATGCCATCTTCTGTCTAGCGGCTCAATGAGACCGTAAAAAGCCAACAGCCCCGGA
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CTACCAGTCACGTTCGCTTTCCTCCAAGCGATGAGATCGAAAACGTTCATACCAAAGGCC
CATCCGCACGCTTGCGGATCAAACTTGGAGCTGATGAGCGGGTCAGA

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR1A760JQ 780 0 0
GG
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TCCTGTAATCTATTAAACCATAAGTACATCATGGACCCTCTAATGTGTGATTATAAATTG
CTCTTCAGACCATAAGAAGAGAACAATAGTCTTCAGAGAATAATCTGAAATCTGACAAAC
TCTACAAAACATTCCAAAAAAAAAAAAACGACAAAAAGAATCTTCAAAGTGTATAAGAAA
TCAAGAATCTTCCGATATGGGACCAGTCTCAACTCCCCTCCAAAAAAAAAAAAAAGTCTT
TGCTTCTAAGCTGTGACACAATCTTGTAAATAAGGATGGCTGGAGTTCAAAAACTTGAAC
CAAAACGGTTTATACCTACCAATACCAATCTTTAGCCAAGGCTTCATATTGCCGTTATAA
TGAACCACAGCCGCGGTTTCTATCAAACGGTTATCAATGTTCACGTCGTAACCTAACCCT
AAGACATGCCATCTTCTGTCTAGCGGCTCAATGAGACCGTAGAAAGCCAACAGCCCCGGA
GGAAGCGTCCCTAGCTTCCAGAGCGTCCTCTCTCTGTTCTTCTCTTGCCAGTAATGGTAC
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TTGTAATAACGGTGAAAGGCTTCAAGACACGTCTCCACAGCTCCGTTGACGTTTCCGT

QA 3 780 3 780
DS 



AS 2 4

CO CL1897Contig1 664 2 6 U
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TAATCTGATCTCATCTCTCTATAACACAAAAAACAGTATCTATAGTTTCCTCAGGCGAGC
CTCCCTAAAAAGAGTCCCATTAAGAAGATCAAAGATAAAAAAAAGAATGCGATAGACCCA
AAATGTTTGCCTCTTATAGCCCCTTCCCCCCCGATGGTGTGCATAATTCTCTTTCACGAG
AAGCCCATCTACATATCGTTTTTTCTCTGGCTATGATCCGTTGATGTAGTCAAGCAGAAG
ACGATCGAGCTCAAAATGTTGACACAGAAGTTTCTTGGTTACAGGTAAAGCCGGTGCAGC
GTCAACATAAAAGTCCGGGAAACGAGAAACTTCTGCACCCTTTTCAAACAATATGTATGT
GGGAAGCTGAGACATTCCACCGGCAAGAGAGATTCCAAACTTAGCTGCAGCATTAGGGAA
AAGTCCAAGATCGATGGTTCCAAAAGACAAAAGACTATTCGAGTACGTGATGGAGAGCTC
AGGAAAGCAGCGGCTTGAACGAACACACTTGGCTGAACTGCATGCATAGAATTCTACCAA
CCAGTATTTAGTTGTGGTACCATCTGATAGCAAATCCTCCAACTGCATAGGTGTTAGCTT
CTCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1DH65JQ U 1
AF RR1B869TF C 9
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RD RR1DH65JQ 646 0 0
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TAATCTGATCTCATCTCTCTATAACACAAAAAACAGTATCTATAGTTTCCTCAGGCGAGC
CTCCCTAAAAAGAGTCCCATTAAGAAGATCAAAGATAAAAAAA*GAATGCGATAGACCCA
AAATGTTTGCCTCTTATAGCCCCTTCCCCCCCGATGGTGTGCATAATTCTCTTTCACGAG
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GGGAAGCTGAGACATTCCACCGGCAAGAGAGATTCCAAACTTAGCTGCAGCATTAGGGAA
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AGGAAAGCAGCGGCTTGAACGAACACACTTGGCTGAACTGCATGCATAGAATTCTACC**
**AGTATTTAGTTGTGGTACCATCTGATAGCAAATCCTCCAACTGC

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DS 

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TCTCATCTCTCTATAACACAAAAAACAGTATCTATAGTTTCCTCAGGCGAGCCTCCCTAA
AAAGAGTCCCATTAAGAAGATCAAAGATAAAAAAAAGAATGCGATAGACCCAAAATGTTT
GCCTCTTATAGCCCCTTCCCCCCCGATGGTGTGCATAATTCTCTTTCACGAGAAGCCCAT
CTACATATCGTTTTTTCTCTGGCTATGATCCGTTGATGTAGTCAAGCAGAAGACGATCGA
GCTCAAAATGTTGACACAGAAGTTTCTTGGTTACAGGTAAAGCCGGTGCAGCGTCAACAT
AAAAGTCCGGGAAACGAGAAACTTCTGCACCCTTTTCAAACAATATGTATGTGGGAAGCT
GAGACATTCCACCGGCAAGAGAGATTCCAAACTTAGCTGCAGCATTAGGGAAAAGTCCAA
GATCGATGGTTCCAAAAGACAAAAGACTATTCGAGTACGTGATGGAGAGCTCAGGAAAGC
AGCGGCTTGAACGAACACACTTGGCTGAACTGCATGCATAGAATTCTACCAACCAGTATT
TAGTTGTGGTACCATCTGATAGCAAATCCTCCAACTGCATAGGTGTTAGCTTCTCC

QA 1 656 1 656
DS 



CO CL1897Contig2 1089 2 2 U
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AAAGAAGAAAAATGGAGAAGAAGCGTGAAGGAGTAATGGAAAGAACGAGCCAGATCGTGT
CAGATCCGTACTACTTCCTCCACTTCATGGCCTTCTTCTCCTACCTTCCGATCCGCACCT
CCGTCGCACAGTACACTTCTAATCGACTCTTCGACAGAGAAGTCCAAGCCTTTCTAGCCT
TCCTCATGTTCTCAGCTATCAAGATGGTTAGGGAGGAAACATGGGAGGCTTTTGTCGCTG
ATAGCTTTCTCTACGCTAAGATCTTTCTCATTGCGGTTTCGTTGGTTATGGATTATCGAG
TTGCCATCTGGTTCTGTGTCATTTTTTCAGTGGTGTATCTTTTAGCTCAACAGCCAGCGT
TTAGTAAGTTAGGAACAGCGAAGAAGCTAACACCTATGCAGTTGGAGGATTTGCTATCAG
ATGGTACCACAACTAAATACTGGTTGGTAGAATTCTATGCATGCAGTTCAGCTAAGTGTT
CGTTCAAGCCGCTGCTTTCCTGAGCTCTCCATCACGTACTCGAATAGTCTTTTGTCTTTT
GGAACCATCGATCTTGGACTGTTCCCTAATGCTGCAGCAAAGTTTGGAATCTCTCTTGCC
GGTGGAATGTCTCAGCTTCCCACATACATATTGTTTGAAAAGGGTGTAGAAGTTTCTCGT
TTCCCAGACTTTTATGTTGACGCTGCACCGGCTTTACCCGTAACCAAGAAACTTCTGTGT
CAACATTTTGAGCTCGATCGTCTTCTGCTTGACTACATCAACGGATCATAGACAGAGAAA
ACATATGTAGATGGCTTCTCGTGAAAGAGGAGTATGCACACATCAGCGCACCATCTGGGG
CTATAAGAGGCAAACATTTTGGTCTATCGCATTCTTTTTTTATCTTTGATCTTCTTATAA
TGGGCATTTTTAGTGAGGCTCGCCTGAGGAAACTATAGATACTGTTTGTGTGTTATAGAG
AGATGAGAAGATTATGCTAAAAATTATTGAATTTGATTTGATGTTAATGAAATCTTCTGA
GTTTTTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ47TF U 1
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AAAGAAGAAAAATGGAGAAGAAGCGTGAAGGAGTAATGGAAAGAACGAGCCAGATCGTGT
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CCGTCGCACAGTACACTTCTAATCGACTCTTCGACAGAGAAGTCCAAGCCTTTCTAGCCT
TCCTCATGTTCTCAGCTATCAAGATGGTTAGGGAGGAAACATGGGAGGCTTTTGTCGCTG
ATAGCTTTCTCTACGCTAAGATCTTTCTCATTGCGGTTTCGTTGGTTATGGATTATCGAG
TTGCCATCTGGTTCTGTGTCATTTTTTCAGTGGTGTATCTTTTAGCTCAACAGCCAGCGT
TTAGTAAGTTAGGAACAGCGAAGAAGCTAACACCTATGCAGTTGGAGGATTTGCTATCAG
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CGTTCAAGCCGCTGCTTTCCTGAGCTCTCCATCACGTACTCGAATAGTCTTTTGTCTTTT
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DS 

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AGAATTCTATGCATGCAGTTCAGCTAAGTGTTCGTTCAAGCCGCTGCTTTCCTGAGCTCT
CCATCACGTACTCGAATAGTCTTTTGTCTTTTGGAACCATCGATCTTGGACTGTTCCCTA
ATGCTGCAGCAAAGTTTGGAATCTCTCTTGCCGGTGGAATGTCTCAGCTTCCCACATACA
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CGGCTTTACCCGTAACCAAGAAACTTCTGTGTCAACATTTTGAGCTCGATCGTCTTCTGC
TTGACTACATCAACGGATCATAGACAGAGAAAACATATGTAGATGGCTTCTCGTGAAAGA
GGAGTATGCACACATCAGCGCACCATCTGGGGCTATAAGAGGCAAACATTTTGGTCTATC
GCATTCTTTTTTTATCTTTGATCTTCTTATAATGGGCATTTTTAGTGAGGCTCGCCTGAG
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GAATTTGATTTGATGTTAATGAAATCTTCTGAGTTTTTAGT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 5

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TCTTTCATCTACATCAAATCCATTTTATTTGAAGAAACATAAACTCCGATGAACCGATTA
ATAAACCAAACAATCACAAACAAAAATATAAATAGAGAGCCTCTCAGACACACACACGCA
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CGTTTATCGAAATCCCTCTCTGCATAGAGATCCCTTCAAGAACCATTTCCTCAGCAAAGG
CCTTAGCATTAGCAGCTTGTCTCTCGACTTCCCTCCTCTTGTACCCCTGAATCTTCTTCA
GCCTGAAGAAATCTTCCCTCTCGAGCTCATCAAGCTCTCCCTTGATGTAACTAATCGTAT
TCTCAATCTTCGGTTTCACCACGTTCTCCAGAGCGTTCACCCTCCGATTAGTCGTCTTGA
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TCATCATATCTCCCATTGATTCTTTCGCCGTCACGATTTTCTTGAGAAGGGCTCGGAACT
GAACGGTTAGAGCGTCGCTCTTCTTCTTGAGGAGGGCGTGGCCTCTTGTGGCTCCAACGA
GACGAGCTTTCATCACACCGAGCATTGTGACAGTGGGGACCACATTCAAACGCGCGTTTT
GGCCGGCCATGGTGAAGAGAAAAAATACTGAGCCTCTAGAGAGAGCTTAAGAGGATACTT
CTCTTGCAAGTAAATCACTGAGATAAGATTGAACGAAGACACCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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QA 1 725 1 725
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EG51JQ U 32
AF RR1GF58JQ U 1
AF RR1GF58TF C 374
AF RR1GE90JQ U 105
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BS 767 905 RR1GE90JQ
BS 906 1252 RR1GE90TF

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TTAGAAACAACAAGTTAAGTTTTGTTGTTGTTGTTGTGCTTATGTTGCTATGGCAAACCC
AACTCTGGGTTTCTTCTGGTCTTGGAGGTCGAAGATTGTGTGATAGGCTCGCATAAAAGC
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GAATCCA

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DS 

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CGTGTTTAGATAGCATTATTGCTACCATATGGGTAAAGTTTTTTGCAAAAGACTTTATTT
AACTTGATCATCATCTGCAGCACCACTATTATTAGAAACAACAAGTTAAGTTTTGTTGTT
GTTGTTGTGCTTATGTTGCTATGGCAAACCCAACTCTGGGTTTCTTCTGGTCTTGGAGGT
CGAAGATTGTGTGATAGGCTCGCATAAAAGCGAGGCCTAAAAACCAGCGATGTGACTCCA
CAAAACGACTGAAGCACTTTCCACCATCCTTGGCTATGTAATCATCTGGCGTGAGGGGAA
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TCCCAGAATCAACAATTGCTACGCATTGTGCTGCACAATGTCGAGTTGGTGTTTCACCAA
TGTGAATAGTTGTCATTTTAATTCTCCAGAAATTTCTTATTCTCCCATAGACGGGAACAT
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TTGGATCTTCATGTCTTCCGTCACCGTGGTAACTTCTAATCCAAAAAGAAAATATGTTTT
TATTAATCAGTCTTTTGTTCATCATATTTTCCAAGACCGTAGTTGT

QA 1 766 1 766
DS 

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AATTGCTACGCATTGTGCTGCACAATGTCGAGTTGGTGTTTCACCAATGTGAATAGTTGT
CATTTTAATTCTCCAGAAATTTCTTATTCTCCCATAGACGGGAACATACGTATGTTCCCC
TTTAAAGTGGTTTGGGTCGAATCCACCAAACACTATTTGTCCACCATTTGGATCTTCATG
TCTTCCGTCACCGTGGTAACTTCTAATCCAAAAAGAAAATATGTTTTTATTAATCAGTCT
TTTGTTCATCATATTTTCCAAGACCGTAGTTGTTCCTTTCACCGCAAGGCTTGGAAATCC
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C

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DS 

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TCTGGCGTGAGGGGAAAAAGCTTTCCCCCGATCGTGAAGAAGATAGTGGGCATCGTACGC
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GTTGGTGTTTCACCAATGTGAATAGTTGTCATTTTAATTCTCCAGAAATTTCTTATTCTC
CCATAGACGGGAACATACGTATGTTCCCCTTTAAAGTGGTTTGGGTCGAATCCACCAAAC
ACTATTTGTCCACCATTTGGATCTTCATGTCTTCCGTCACCGTGGTAACTTCTAATCCAA
AAAGAAAATATGTTTTTATTAATCAGTCTTTTGTTCATCATATTTTCCAAGACCGTAGTT
GTTCCTTTCACCGCAAGGCTTGGAAATCCCAATCCTAGGATGCCATCATATACCACGTCT
TCTATATGAGGACCAGGTTTTGTTGCCTGTATAAACTCTTGTCTATCGAGTAAAACTCCA
CCCACCATTACTTTATCTCGA

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DS 

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T
CCCTTTAAAGTGGTTTGGGTCGAATCCACCAAACACTATTTGTCCACCATTTGGATCTTC
ATGTCTTCCGTCACCGTGGTAACTTCTAATCCAAAAAGAAAATATGTTTTTATTAATCAG
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ATAGGTTCTTGATGCTTTGGGATTGAACTTTTGATGCGGATGGACCGTTTTAGGATATGT
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TGGATCACCCACATCAATATCACCGTAGAGGACTACATCACGATAATTCACTAAACCTAT
AAAGCGGTTACCATTGATATATTTTTTCAGAATGACTTTGACAGTTCCATTCGATAATCC
GTGACAGGATCCAGATAGTAGCACAGCTGATATGACAAAAAA

QA 2 643 2 643
DS 



AS 1 3

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AACTTGACAAATCTTTTTTTTTTCTCACGACCAACCAAAGAACAAAACAAATAGACAACA
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AAACAAAAATTAAATCAAGTCTTAAGAGGTACTTAAAACCTCTCTCACCTCTCATGTTCC
GTGTGACACACTCCATCAAATCACAAGCAGTCTAAACCGCAAATCTCAAGAATAGGACCA
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ATCGACCAGACGACAATAATGGTCGGCATTCTATCTTGTTTCCCAAGCAAACCTTTAAGG
AAAGGGTAAAGATGAATGACCACCCAAAGTGCAAAGAACAACCTTCCAAAAAGCGGTCCC
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ATGATGAGGAGAGTCATTGGAGGGATGAGAAGTGAAGTCCATTTGAAGAGGTAAAGTTCT
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AGAACCTTGAGAAGACCTTGGAAGAGAGCAAAGAGATGAGCAGAGACGCCTCCGATGACC
CAAAACTGTTCGTTTCTCCACCAGTCATCGATCCCAACTTTGCCCCATTGCATCTCGAGA
ATACCAGTCACTGCAATGGACGAGAAGAGGGCCATGAAGAGGATACTCGCATAGTTGCTT
ATCTCGGGAACGATGAATTTGCCTGTGAGAAGACAGATGGCAGGGAGAGAACAGTAGACA
ATGAGTGGGAGAGAGGTCCACGGGTAAACCACAGAGTTGATGTAAGACAATCTTTCAAGC
CACTTCAAACCACCTCCATAGCCATACCAAATAGGACAATGCCTACTCAAGAAAATCTCA
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ATCTTGAACCCCGTGAGAATATCTTCTGTAACAGAACCGTAGATCCACCCAATCTCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AZ71JQ U 1
AF RR1EO20JQ U 29
AF RR1AZ71TF C 420
BS 1 217 RR1AZ71JQ
BS 218 218 RR1EO20JQ
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BS 307 307 RR1EO20JQ
BS 308 355 RR1AZ71JQ
BS 356 356 RR1EO20JQ
BS 357 734 RR1AZ71JQ
BS 735 782 RR1EO20JQ
BS 783 783 RR1AZ71TF
BS 784 849 RR1EO20JQ
BS 850 852 RR1AZ71TF
BS 853 870 RR1EO20JQ
BS 871 871 RR1AZ71TF
BS 872 884 RR1EO20JQ
BS 885 1198 RR1AZ71TF

RD RR1AZ71JQ 734 0 0
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AACTTGACAAATCTTTTTTTTTTCTCACGACCAACCAAAGAACAAAACAAATAGACAACA
AACAAACCTTCTTTTCATCTATATCTACAACACATTCTTGCAAGAATAACAATCACGTAA
AAACAAAAATTAAATCAAGTCTTAAGAGGTACTTAAACCCTCTCTCACCTCTCA*GTTCC
GTGTGACACACTCCATCAAATCACAAGCAGTCTAAACCGCAAATCTCAAGAATAGGACCA
CCTTTGGCCACAAACGGATTAACCCTCACCCAAAGAAGTGCAAGAATCGAGGCCAGGAGG
ATCGACCAGACGACAATAATGGTCGGCATTCTATCTTGTTTCCCAAGCAAACCTTTAAGG
AAAGGGTAAAGATGAATGACCACCCAAAGTGCAAAGAACAACCTTCCAAAAAGCGGTCCC
CACGAGTCATATCCGTTGCTTATAGCATCAGAGATTCCCACCACGATTCCGATGATGTTT
ATGATGAGGAGAGTCATTGGAGGGATGAGAAGTGAAGTCCATTTGAAGAGGTAAAGTTCT
GAGAACTCGCCGTCATCAGCTGCTTTTGATGTGACTGTGAAGTTAGTGTCCACACCAGCG
AGAACCTTGAGAAGACCTTGGAAGAGAGCAAAGAGATGAGCAGAGACGCCTCCGATGACC
CAAAACTGTTCGTT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1EO20JQ 861 0 0
CAAAAGAT
ATCAGAAGTATTCAATTAAAGAATAACTTGACAAATCTTTTTTTTT*CTCACGACCAA**
**AGAACAAAACAAATAGACAACAAACAAACCTTCTTTTCATCTATATCTACAACACATT
CTTGCAAGAATAACAATCACGTAAAAACAAAAATTAAATCAAGTCTTAAGAGGTACTTAA
AACCTCTCTCACCTCTCTTGTTCCGTGTGACACACTCCATCAAATCACAAGCAGTCTAAA
CCGCAAATCTCAAGAATAGGACCACCTTTGACCACAAACGGATTAACCCTCACCCAAAGA
AGTGTAAGGATCGAGGCCAAGAGGATCGACCAGACGACAATAATGGTCGGCATTCTATCT
TGTTTCCCAAGCAAACCTTTAAGGAAAGGGTAAAGATGAATGACCACCCAAAGTGCAAAG
AACAACCTTCCAAAAAGCGGTCCCCACGAGTCATATCCGTTGCTTATAGCATCAGAGATT
CCCACCACGATTCCGATGATGTTTATGATGAGAAGAGTCATTGGAGGGATGAGAAGTGAA
GTCCATTTGAAGAGGTAAAGTTCTGAGAACTCTCCGTCATCAGCTGCTTTTGATGTGACT
GTGAAGTTAGTGTCCACACCAGCAAGAACCTTGAGAAGACCTTGGAAGAGAGCAAACAGA
TGCGCAGAGACTCCTCCGATGACCCAAAACTGTTCGTTTCTCCACCAGTCATCGATCCCA
ACTTTGCCCCATTGCATCTCGAGAATGCCAGTCACTGCAATGGACGAGAAGAGGGCCATG
AAGAGGATACTCGCATAGTTGCTTATCTCGGGAC**ATGAATTTGCCTGTGAGA*GACAG
ATGGCAGG
AGAGA

QA 9 856 9 856
DS 

RD RR1AZ71TF 779 0 0
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CCACGAGTCATATCCGTTGCTTATAGCATCAGAGATTCCCACCACGATTCCGATGATGTT
TATGATGAGGAGAGTCATTGGAGGGATGAGAAGTGAAGTCCATTTGAAGAGGTAAAGTTC
TGAGAACTCGCCGTCATCAGCTGCTTTTGATGTGACTGTGAAGTTAGTGTCCACACCAGC
GAGAACCTTGAGAAGACCTTGGAAGAGAGCAAAGAGATGAGCAGAGACGCCTCCGATGAC
CCAAAACTGTTCGTTTCTCCACCAGTCATCGATCCCAACTTTGCCCCATTGCATCTCGAG
AATACCAGTCACTGCAATGGACGAGAAGAGGGCCATGAAGAGGATACTCGCATAGTTGCT
TATCTCGGGAACGATGAATTTGCCTGTGAGAAGACAGATGGCAGGGAGAGAACAGTAGAC
AATGAGTGGGAGAGAGGTCCACGGGTAAACCACAGAGTTGATGTAAGACAATCTTTCAAG
CCACTTCAAACCACCTCCATAGCCATACCAAATAGGACAATGCCTACTCAAGAAAATCTC
AACGGACCCAAGCGCCCATCTTAGGACTTGATGAAGACGGTCTGAAAGATTGATTGGAGC
TGATCCTTTGAAAGCTGGTAACTTAGGTGTACAGTAAACAGACCTCCATCCATGAGAATG
CATCTTGAACCCCGTGAGAATATCTTCTGTAACAGAACCGTAGATCCACCCAATCTCTC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 5

CO CL1901Contig1 1073 5 13 U
GCAGCGGGGAACGAGTTGATGAAGCTGGACCCTCCATACCTGTACAGGTGATTGGTTTAA
ACAATGTACCCATTGCTGGTGACGAGTTTGAGATTGTGTCTTCCCTTGATGTGGCGCGTG
AGATGGCAGAGGCACGTGCAGTATCACTACGAGATGAAAGGATATCTGCAAAGGCTGGGG
ATGGAAAAGTCACGCTTTCATCCTTAGCTTCTGCTGTATCAGCCAAAAAGATGTCAGGCT
TAGATTTGCATCAGCTTAATATCATCTTGAAGGTTGATGTACAGGGATCCATTGAAGCTG
TCAGACAAGCTCTGCAAGTACTTCCTCAAGAGAATGTGACATTGAAATTTTTGCTACAAG
CGACAGGGGATGTGAGCAACAGTGATGTTGATCTAGCTTCAGCGAGTGAAGCCATCATTT
TCGGGTTTAATGTCAAAGCATCTGGCTCCGTTAAAAAA*GCTGCAGAAAACAAAGGTGTT
GAAATCCGGCTATACAGAGTTATCTATGAGCTTATTGACGATGTACGAAACGCAATGGAA
GGACTTCTTGAGTCTGTTGAGGAACAAATCCCAATAGGGTCAGCAGAAGTTCGAGCTACT
TTCAGCAGTGGAAGCGGTCGTGTGGCTGGATGCATGGTGAATGAAGGCAAATTTGTCAAA
GATTGTGGCATCAGGGTGATCCGGAAGGGTAAAACCGTCCATGTCGGTGTCCTTGATTCT
CTTAAACGTGTCAAAGAAAATGTGAAAGAGGTGGGTGCTGGATTAGAATGTGGTATCGGT
ATGGATGACTATGATGATTGGATTGAAGGAGACACCATTGAGGCCTTTAACGCGGTTCAA
AAGAGGAGAACGTTAGAAGAAGCATCTGCTTCAATGTCTGCTGCAATTGAAGAGGCTGGA
GTTTGAGCTGTAATTTTTAGTCATCAAAGAAGCAAACAGGGTACAGCTTTGAGTTCGCAC
AACAGTTTGGTTGGTACATTGTGTGTATGGTCTCATGTTGTATATGGTAAATGTTTCTCT
ACATTCAGTTGATTAATGTAGGGAAAAAAACAAAATGTGACAATATTTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1CR17TF U 1
AF RR1CT70TF U 11
AF RR1CR17JQ C 329
AF RR1GW55TF U 405
AF RR1CT70JQ C 413
BS 1 587 RR1CR17TF
BS 588 588 RR1CT70TF
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BS 655 822 RR1GW55TF
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BS 824 1049 RR1GW55TF
BS 1050 1068 RR1CR17JQ
BS 1069 1073 RR1CT70JQ

RD RR1CR17TF 643 0 0
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ACAATGTACCCATTGCTGGTGACGAGTTTGAGATTGTGTCTTCCCTTGATGTGGCGCGTG
AGATGGCAGAGGCACGTGCAGTATCACTACGAGATGAAAGGATATCTGCAAAGGCTGGGG
ATGGAAAAGTCACGCTTTCATCCTTAGCTTCTGCTGTATCAGCCAAAAAGATGTCAGGCT
TAGATTTGCATCAGCTTAATATCATCTTGAAGGTTGATGTACAGGGATCCATTGAAGCTG
TCAGACAAGCTCTGCAAGTACTTCCTCAAGAGAATGTGACATTGAAATTTTTGCTACAAG
CGACAGGGGATGTGAGCAACAGTGATGTTGATCTAGCTTCAGCGAGTGAAGCCATCATTT
TCGGGTTTAATGTCAAAGCATCTGGCTCCGTTAAAAAA*GCTGCAGAAAACAAAGGTGTT
GAAATCCGGCTATACAGAGTTATCTATGAGCTTATTGACGATGTACGAAACGCAATGGAA
GGACTTCTTGAGTCTGTTGAGGAACAAATCCCAATAGGGTCAGCAGAGGTTCGAGCTACT
TTCAGCAGTGGA*GCGGTCGTGTGGCTGGATGCATGGTGA
TGA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1CT70TF 633 0 0
G
CGAGTTGATGAAGCTGGACCCTCCATACCTGTACAGGTGATTGGTTTAAACAATGTACCC
ATTGCTGGTGACGAGTTTGAGATTGTGTCTTCCCTTGATGTGGCGCGTGAGATGGCAGAG
GCACGTGCAGTATCACTACGAGATGAAAGGATATCTGCAAAGGCTGGGGATGGAAAAGTC
ACGCTTTCATCCTTAGCTTCTGCTGTATCAGCCAAAAAGATGTCAGGCTTAGATTTGCAT
CAGCTTAATATCATCTTGAAGGTTGATGTACAGGGATCCATTGAAGCTGTCAGACAAGCT
CTGCAAGTGCTTCCTCAAGAGAATGTGACATTGAAATTTTTGCTACAAGCGACAGGGGAT
GTGAGCAACAGTGATGTTGATCTAGCTTCAGCGAGTGAAGCCATCATTTTCGGGTTTAAT
GTCAAAGCATCTGGCTCCGTTAAAAA**GCTGCAGAAAACAAAGGTGTTGAAATCCGGCT
ATACAGAGTTATCTATGAGCTTATTGACGATGTACGAAACGCAATGGAAGGACTTCTTGA
GTCTGTTGAGGAACAAATCCCAATAGGGTCAGCAGAAGTTCGAGCTACTTTCAGCAGTGG
AAGCGGTCGTGTGGCTGGATGCATGGTGAATG

QA 2 633 2 633
DS 

RD RR1CR17JQ 744 0 0
AGAGAATGTGACATTGAAATTTT*GCTACAAGCGACAGGGGATGTGAGCAACAGTGATGT
TGATCTAGCTTCAGCGAGTGAAGCCATCATTTTCGGGTTTAATGTCAAAGCATCTGGCTC
CGTTAAAAAA*GCTGCAGAAAACAAAGGTGTTGAAATCCGGCTATACAGAGTTATCTATG
AGCTTATTGACGATGTACGAAACGCAATGGAAGGACTTCTTGAGTCTGTTGAGGAACAAA
TCCCAATAGGGTCAGCAGAGGTTCGAGCTACTTTCAGCAGTGGA*GCGGTCGTGTGGCTG
GATGCATGGTGAATGAAGGCAAATTTGTCAAAGATTGTGGCATCAGGGTGATCCGGAAGG
GTAAAACCGTCCATGTCGGTGTCCTTGATTCTCTTAAACGTGTCAAAGAAAATGTGAAAG
AGGTGGGTGCTGGATTATAATGTGGTATCGGTATGGATGACTATGATGATTGGATTGAAG
GAGACACCATTGAGGCCTTTAACGCGGTTCAAAAGAGGAGAACGTTAGAAGAAGCATCTG
CTTCAATGTCTGCTGCAATTGAAGAGGCTGGAGTTTGAGCTGTAATTTTTAGTCATCAAA
GAAGCAAACAGGGTACAGCTTTGAGTTCGCACAACAGTTTGGTTGGTACATTGTGTATAT
GGTCTCATGTTGTATATGGTAAATGTTTCTCTACATTCAGTTGATTAATGTAGGGAAAAA
AACAAAATGTGACAATATTT
GTTG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1GW55TF 645 0 0
G
GTGAAGCCATCATTTTCGGGTTTAATGTCAAAGCATCTGGCTCCGTTAAAAAAAGCTGCA
GAAAACAAAGGTGTTGAAATCCGGCTATACAGAGTTATCTATGAGCTTATTGACGATGTA
CGAAACGCAATGGAAGGACTTCTTGAGTCTGTTGAGGAACAAATCCCAATAGGGTCAGCA
GAAGTTCGAGCTACTTTCAGCAGTGGAAGCGGTCGTGTGGCTGGATGCATGGTGAATGAA
GGCAAATTCGTCAAAGATTGTGGCATCAGGGTGATCCGGAAGGGTAAAACCGTCCATGTC
GGTGTCCTTGATTCTCTTAAACGTGTCAAAGAAAATGTGAAAGAGGTGGGTGCTGGATTA
GAATGTGGTATCGGTATGGATGACTATGATGATTGGATTGAAGGAGACACCATTGAGACC
TTTAACGCGGTTCAAAAGAGGAGAACGTTAGAAGAAGCATCTGCTTCAATGTCTGCTGCA
ATTGAAGAGGCTGGAGTTTGAGCTGTAATTTTTAGTCATCAAAGAAGCAAACAGGGTACA
GCTTTGAGTTCGCACAACAGTTTGGTTGGTACATTGTGTGTATGGTCTCATGTTGTATAT
GGTAAATGTTTCTCTACATTCAGTTGATTAATGTAGGGAAAAAA

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR1CT70JQ 661 0 0
CATCATTTTCGGGTTTAATGTCAAAGCATCTGGCTCCGTTAAAAA**GCTGCAGAAAACA
AAGGTGTTGAAATCCGGCTATACAGAGTTATCTATGAGCTTATTGACGATGTACGAAACG
CAATGGAAGGACTTCTTGAGTCTGTTGAGGAACAAATCCCAATAGGGTCAGCAGAAGTTC
GAGCTACTTTCAGCAGTGGAAGCGGTCGTGTGGCTGGATGCATGGTGAATGAAGGCAAAT
TTGTCAAAGATTGTGGCATCAGGGTGTTCCGGAAGGGTAAAACCGTCCATGTCGGTGTCC
TTGATTTTCTTAAACGTGTCAAAGAAAATGTGAAAGAGGTGGGTGCTGGATTAGAATGTG
GTATCGGTATGGATGACTATGATGATTGGATTGAAGGAGACACCATTGAGGCCTTTAACG
CGGTTCAAAAGAGGAGAACGTTAGAAGAAGCATCTGCTTCAATGTCTGCTGCAATTGAAG
AGGCTGGAGTTTGAGCTGTAATTTTTAGTCATCAAAGAAGCAAACAGGGTACAGCTTTGA
GCTCGCACAACAGTTTGGTTGGTACATTGTGTGTATGGTCTCATGTTGTATATGGTAAAT
GTTTCTCTACATTCAGTTGATTAATGTAGGGAAAAAAACAAAATGTGACAATATTTTGTT
G

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 5

CO CL1902Contig1 1464 5 14 U
GGATACATTGTCAGTGTGTCTATATATAACACACTCCATATGCTATCATATTATTCACCA
ACTTAAAATTCTTTCTCCCCATTCGTTATCCAAACCGCATCTCTTCCCACAACTATGGAA
ACTAATTATTCTCCATTAGGGTTTCTAATTTCACTCTTCATCGTTGTTACTTTTCTTGCA
CCACAAGTCAAATCTAGGGCTTTCTACGTATTTGGTGACTCTCTCGTCGACAATGGAAAC
AACGATTACTTAGTCACCACTGCTCGTGCCGACAACTACCCATATGGTATCGATTACCCG
ACCCGTCGACCCACCGGACGTTTCTCAAATGGCCTCAACATCCCCGACATTATCAGTGAG
GCTATAGGCATGCCGTCGACTCTGCCGTACCTTAGCCCGCAGCTCACCGGAGAAAATCTT
CTCGTAGGTGCTAACTTCGCCTCCGCCGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAA
TTTGTAAACATAATTAGAATATCTAAGCAGTTCGAATACTTCCAACAGTACCAGCAACGA
GTGAGCGCATTGATCGGACCAGAAGCTACACAACAGCTAGTTAACCAAGCTCTTGCCTTA
ACCACACTCGGTGGAAACGATTTCGTTAACAACTATTATCTCATTCCTTTCTCTGCCCGC
TCTCGCCAGTTCACGTTACCGAACTACGTTGTCTATCTCATTTCCGAATACGGAAAGATC
CTTAGGAAACTCTATGAGTTGGGTGCAAGACGGGTTCTAGTAACCGGAACTGGTGCGATG
GGATGTGCACCTGCGGAACTGGCTCAGCATAGTCGAAATGGCGAATGCTATGGTGCTCTA
CAAACAGCAGCCGCTTTGTTCAATCCGCAATTAGTTAATTTGATCGCATCAGTCAATGCT
GAGATCGGTCAGGACGTTTTTGTAGCAGCCAATGCCTATCAAATGAACATGGATTATCTA
ACTAATCCAGAGCAATTCGGGTTTGTGACATCAAAGGTGGCATGTTGTGGACAAGGACCG
TACAATGGCATAGGACTATGCACACCAATCTCGAACTTATGTCCAAACAGAGATTTATAT
GCGTTTTGGGATGCGTTTCATCCGACAGAGAAAGCTAATAGGATCATTGTCAATCAGATC
CTCACTGGTTCCTCCAAGTATATGCACCCTATGAACCTCAGTACCGTCATGCTCTTGGAT
TCTTCTAGAATCTAATCTAAGTGAATTTATTTCAGTTAAATGTCAAGGCATTGCCTCCTT
TTGTAGTGTGCATCGTTGATTAATAACTTTGATCAGCATAATTAAAAAACTTTTCGTGTT
GGTGATGTGGTTTGATGTTTCTGCTTGTTGTACCTTGATGATTAGCTTAGTTTAGTCATT
TTTTTCATGTATGTGTGCCAACTATCATGTAATATTTGGAGTCATTGTTATATGGTTTTC
TGTTTTACTCGAGATTATTGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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AF RR1GT79TF U 221
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GG
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AAACAACGATTACTTAGTCACCACTGCTCGTGCCGACAACTACCCATATGGTATCGATTA
CCCGACCCGTCGACCCACCGGACGTTTCTCAAATGGCCTCAACATCCCCGACATTATCAG
TGAGGCTATAGGCATGCCGTCGACTCTGCCGTACCTTAGCCCGCAGCTCACCGGAGAAAA
TCTTCTCGTAGGTGCTAACTTCGCCTCCGCCGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAAT
TCAATTTGTAAACATAATTAGAATATCTAAGCAGTTCGAATACTTCCAACAGTACCAGCA
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ACTAATTATTCTCCATTAGGGTTTCTAATTTCACTCTTCATCGTTGTTACTTTTCTTGCA
CCACAAGTCAAATCTAGGGCTTTCTACGTATTTGGTGACTCTCTCGTCGACAATGGAAAC
AACGATTACTTAGTCACCACTGCTCGTGCCGACAACTACCCATATGGTATCGATTACCCG
ACCCGTCGACCCACCGGACGTTTCTCAGATGGCCTCAACATCCCCGACATTATCAGTGAG
GCTATAGGCATGCCGTCGACTCTGCCGTACCTTAGCCCGCAGCTCACCGGAGAAAATCTT
CTCGTAGGTGCTAACTTCGCCTCCGCCGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAA
TTTGTAAACATAATTAGAATATCTAAGTAGTTCGAATACTTCCAACAGTACCAGCAACGA
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ATCACACTCGGTGGAAACGATTTCGTTAACAACTATTATCTCATTCCTTTCTCTGCCCGC
TCTCGCCAGTTCACGTTACCGAACTACGTTGTCTATCTCATTTCCGAGTACGGAAAGATC
C

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ATCTAAGTGAATTTATTTCAGTTAAATGTCAAGGCATTGCCTCCTTTTGTAGTGTGCATC
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ATGTTTCTGCTTGTTGTACCTTGATGATTAGCTTAGTTTAGTCATTTTTTTCATGTATGT
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GTTTTTGTAGCAGCCAATGCCTATCAAATGAACATGGATTATCTAACTAATCCAGAGCAA
TTCGGGTTTGTGACATCAAAGGTGGCATGTTGTGGACAAGGACCGTACAATGGCATAGGA
CTATGCACACCAATCTCGAACTTATGTCCAAACAGAGATTTATATGCGTTTTGGGATGCG
TTTCATCCGACAGAGAAAGCTAATAGGATCATTGTCAATCAGATCCTCACTGGTTCCTCC
AAGTATATGCACCCTATGAACCTCAGTACCGTCATGCTCTTGGATTCTTCTAGAATCTAA
TCTAAGTGAATTTATTTCAGTTAAATGTCAAGGCATTGCCTCCTTTTGTAGTGTGCATTG
TTGATTAATAACTTTGATCAGCATAATTAAAAAACTTTTCGTGTTGGTGATGTGGTTTGA
TGTTTCTGCTTGTTGTACCTTGATGATTAGCTTAGTTTAGTCATTTTTTTCATGTATGTG
TGCCAACTATCATGTAATATTTGGAGTCATTGTTATATGGTTTTCTGTTTTACTCGAGAT
TATTGATTC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 5

CO CL1903Contig1 998 5 4 U
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TCCGCGATTACTAGCGATTCCAACTTCATGTTCCCGAGTTGCAGAGAACAATCCGAACTG
AGGCAATCTTTCCGGATTCGCTCCGCCTTACAGCCTTGCTTCCCATTGTAATTGCCATTG
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TCCAGTATATCACTGGCAGTCCCTCGTGAGTGCGTCACGCATCTTTTTGTTTGTTTCGGA
GCGGTTTTGTCAGGGCGTACTAAACCCACTTCCTTCGTCCCACACCACCGTTCGGCTCAC
CTGAATGCCGAGTCTTTCTCCGCCGACTAGTTAGGGCTTGGAAAGGCGCCGGAGGAACCC
AGCTTCTCCCCTAAAGGAGGAACCCCTTGTTACTGAGCAAAGCTAGTTGCTGTCACTCAA
TTCCTAGGTCTGGCACATCACTCGGCTACTTGGCTTACTTCGGTTTGCACAACCTTTCTC
CTTAGGCGCATATCTGAGCAACACAAGGCGAGGGTTTCGCTCGTTATAGGACTTAACCAA
ACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTGTATGAAAGTCAGTACCATC
CCGTTAAGGATAGGGTTTCTCGTTCATATGTCAAGGGCTGGTAAGGTTCTGCGCGTAGTA
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GTCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAGTGTTTAACGCGTTAGCTGAGCCCCAGATCAGA
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TCGCTCCCCATGCTTTCGCACACCAGCGTCGGTAGAGACCCAGAGAGCTGCCTTCGCTTT
TGGCGTTCCTTCGTAGATCCGTAGATTTCACCCCTCCC


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20 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ94JQ U 1
AF RR1GJ94TF C 1
AF RR1G692JQ U 135
AF RR1DL26JQ U 297
AF RR1DL26TF C 335
BS 1 362 RR1GJ94JQ
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BS 385 948 RR1DL26JQ
BS 949 998 RR1DL26TF

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TCCGCGATTACTAGCGATTCCAACTTCATGTTCCCGAGTTGCAGAGAACAATCCGAACTG
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TCCAGTATATCACTGGCAGTCCCTCGTGAGTGCGTCACGCATCTTTTTGTTTGTTTCGGA
GCGGTTTTGTCAGGGCGTACTAAACCCACTTCCTTCGTCCCACACCACCGTTCGGCTCAC
CT

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1GJ94TF 368 0 0
CCCAGGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAGGGCCCGGGTACATATTCACCGCGGCATGCTGA
TCCGCGATTACTAGCGATTCCAACTTCATGTTCCCGAGTTGCAGAGAACAATCCGAACTG
AGGCAATCTTTCCGGATTCGCTCCGCCTTACAGCCTTGCTTCCCATTGTAATTGCCATTG
TAGCACGTGTGTGGCCCAGCCCATAAGGGCAATGCGGACTTGACGTCATCCCCACCTTCC
TCCAGTATATCACTGGCAGTCCCTCGTGAGTGCGTCACGCATCTTTTTGTTTGTTTCGGA
GCGGTTTTGTCAGGGCGTACTAAACCCACTTCCTTCGTCCCACACCACCGTTCGGCTCAC
CT
GAATGC

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1G692JQ 250 0 0
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CCCAGCCCATAAGGGCCATGCGGACTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCAGTATATCACT
GGCAGTCCCTCGTGAGTGCGTCACGCATCTTTTTGTTTGTTTCGGAACGGTTTTGTCAGG
GCGTACTAAACCCACTTCCTTCGTCCCACACCACCGTTCGGCTCACCTGAATGCCGAGTC
TTTCTCCGCC

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DS 

RD RR1DL26JQ 652 0 0
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TCACCTGAATGCCGAGTCTTTCTCCGCCGACTAGTTAGGGCTTGGAAAGGCGCCGGAGGA
ACCCAGCTTCTCCCCTAAAGGAGGAACCCCTTGTTACTGAGCAAAGCTAGTTGCTGTCAC
TCAATTCCTAGGTCTGGCACATCACTCGGCTACTTGGCTTACTTCGGTTTGCACAACCTT
TCTCCTTAGGCGCATATCTGAGCAACACAAGGCGAGGGTTTCGCTCGTTATAGGACTTAA
CCAAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTGTATGAAAGTCAGTAC
CATCCCGTTAAGGATAGGGTTTCTCGTTCATATGTCAAGGGCTGGTAAGGTTCTGCGCGT
AGTATCGAATTAAACCACATGCTCCACCTCTTGTGCAGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGT
TTCGGTCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAGTGTTTAACGCGTTAGCTGAGCCCCAGAT
CAGAATAGACCAAGGGCGAACACTCATCGTTTACGGCATGGACTACCAGGGTATCTAATC
CCGTTCGCTCCCCATGCTTTCGCACACCAGCGTCGGTAGAGACCCAGAGAGC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1DL26TF 664 0 0
TCGTCCCACACCACCGTTCGGCTCAC*TGAATGCCGAGTCTTTCTCCGCCGACTAGTTAG
GGCTTGGAAAGGCGCCGGAGGAACCCAGCTTCTCCCCTAAAGGAGGAACCCCTTGTTACT
GAGCAGAGCTAGTTGCTGTCACTCAATTCCTAGGTCTGGCACATCACTCGGCTACTTGGC
TTACTTCGGTTTGCACAACCTTTCTCCTTAGGCGCATATCTGAGCAACACAAGGCGAGGG
TTTCGCTCGTTATAGGACTTAACCAAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCA
GCACCTGTATGAAAGTCAGTACCATCCCGTTAAGGATAGGGTTTCTCGTTCATATGTCAA
GGGCTGGTAAGGTTCTGCGCGTAGTATCGAATTAAACCACATGCTCCACCTCTTGTGCAG
GCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCGGTCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAGTGTTTA
ACGCGTTAGCTGAGCCCCAGATCAGAATAGACCAAGGGCGAACACTCATCGTTTACGGCA
TGGACTACCAGGGTATCTAATCCCGTTCGCTCCCCATGCTTTCGCACACCAGCGTCGGTA
GAGACCCAGAGAGCTGCCTTCGCTTTTGGCGTTCCTTCGTAGATCCGTAGATTTCACCCC
TCCC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 5

CO CL1904Contig1 1272 5 12 U
CAAAATCTATCAAAGGATTTGGCTAAAGATCTGAATAAACAGATTCATAACCGAGCAAAA
TATTTTGAAACAAAGGTTTCACATAACCAGAGACGATAACTAAACATCTGGTTTATTTTT
CTAAATCAAAGGAAACGCCAATGGCTAAGGATAATACATCAGGGAATAAGTTATTCAAGG
CTCGATCTTGATGCCGTTTTGGCTTGATTCTTGTGATGTCGAAGGAGAAGGAGGAGGAGG
AAGATGACCTTTCTCTTGCAAGCTCTTGACAGTGTCGTAAAGGCTTTGCTTGGTGGACGT
GAACTCTAAGCCTAAGTCCTTTATCTTTTGGTTAGTGAACTTGTACGGCTTGGCTCTTGG
GTTCTTCTCGTCCTTGCACTTGGTTGGAAGTGGGTACTCAGGGAATAACTTAGCCAAAAT
CTCAACAACTTCGCCGCGATGAAGTGCGCTCTCCGCAAGGAGATAACGTCCAGAGGCCGA
GGGTGCCTCGTAGACAAGAACATGAGCTAGTGCGACATCACGAACATCCACATAAGCCTG
AGTCAAATTAGCGTAAGTCTTAGCCGAGCCGGTTAGATACTTTAGTACGTGGAAGAGACT
GGCGTTGATCGTCGGCTGTAACGGCGGACCAAGAACCAGCACCGGATTCAAAACCACCAG
GTCAACACCTTTCTCCTCTGCCGTCTCCCACGCCGCTTGCTCCGCCACCATCTTGACGTA
ACAATACCAATTCTTAGTGTTTTTGCAGAACTCAAGATCACTCCAACAACTTTCGTCAAC
AACGGCTTCAGGGTCACGGTTCGGGTCCATGTAGACCGCACCAATTGAGGAGGTGATTAC
CACGCGCTTCACCTTGGTTTCAGCTGCAGCATTAATTACGAACTTGGCTCCGTTCACGGC
CGGCTCCACCATTTGTTCGGGATCGTCAGTGACCGGAGAAGCCGTGTGAAAGACGCCATC
GCAACCATCGATAGCCTCCTTAAGAGCATCATAGTCCTGAAGATCTGCTTTGCACAGAAT
CAGTCTCTCCTTGGCCCCTTCTAGTTCTCTCAAATGTGTGTTCTTCGGATCATCTGGATT
CCGTACGGTTCCCTTGACCGTGTAGCCTCTCTCAAGTAGTAACTTAACAATCCAAGAAGC
GATGTATCCACCAGCTCCAGTGACACAGACTGTTTTCCCTGGCGTTAAAGATTCGTCGAC
TGGCATCGTTTCCGGCAGTAGAAAACAAAAGCTACGGTCTTCGAAGAGACAGAAACAAAA
TGATGAATGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1D487JQ U 1
AF RR1B205JQ U 34
AF RR1AA85JQ U 28
AF RR1B205TF C 433
AF RR1AA85TF C 612
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BS 222 438 RR1AA85JQ
BS 439 439 RR1B205JQ
BS 440 715 RR1AA85JQ
BS 716 716 RR1B205JQ
BS 717 787 RR1AA85JQ
BS 788 1268 RR1B205TF
BS 1269 1272 RR1AA85TF

RD RR1D487JQ 221 0 0
CAAAATCTATCAAAGGATTTGGCTAAAGATCTGAATAAACAGATTCATAACCGAGCAAAA
TATTTTGAAACAAAGGTTTCACATAACCAGAAACGATAACTAAACATCTGGTTTATTTTT
CTAAATCAAAGGAAACGCCAATGGCTAAGGATAATACATCAGGGAATAAGTTATTCAAGG
CTCGATCTTGACGCCGTTTTGGCTTGATTCTTGTGATGTCG

QA 1 221 1 221
DS 

RD RR1B205JQ 746 0 0
AATAAACAGATTCATAACCGAGCAAAATATTTTGAAACAAAGGTTTCACATAACCAGAGA
CGATAACTAAACATCTGGTTTATTTTTCTAAATCAAAGGAAACGCCAATGGCTAAGGATA
ATACATCAGGGAATAAGTTATTCAAGGCTCGATCTTGATGCCGTTTTGGCTTGATTCTTG
TGATGTCGAAGGAGAAGGAGGAGGAGGAAGATGACCTTTCTCTTGCAAGCTCTTGACAGT
GTCGTAAAGGCTTTGCTTGGTGGACGTGAACTCTAAGCCTAAGTCCTTTATCTTTTGGTT
AGTGAACTTGTACGGCTTGGCTCTTGGGTTCTTCTCGTCCTTGCACTTGGTTGGAAGTGG
GTACTCAGGGAATAACTTAGCCAAAATCTCAACAACTTCGCCGCGATGAAGTGCGCTCTC
CGCAAGGAGATAACGTCCAGAGGCCGAGGGTGCCTCGTAGACAAGAACATGAGCTAGTGC
GACATCACGAACATCCACATAAGCCTGAGTCAAATTAGCGTAAGTCTTAGCCGAGCCGGT
TAGATACTTTAGTACGTGGAAGAGACTGGCGTTGATCGTCGGCTGTAACGGCGGACCAAG
AACCAGCACCGGATTCAAAACCACCAGGTCAACACCTTTCTCCTCTGCCGTCTCCCACGC
CGCTTGCTCCGCCACCATCTTGACGTAACAATACCAATTCTTAGTGTTTTTGCAGAACTC
AAGATCACTCCAACAACTTTCGTCAA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1AA85JQ 760 0 0
GATCTG
AATAAACAGATTCATAACCGAGCAAAATATTTTGAAACAA*GGTTTCACATAACCAGAGA
CGATAACTAAACATCTGGTTTATTTTTCTAAATCAAAGGAAACGCCAATGGCTAAGGATA
ATACATCAGGGAATAAGTTATTCAAGGCTCGATCTTGATGCCGTTTTGGCTTGATTCTTG
TGATGTCGAAGGAGAAGGAGGAGGAGGAAGATGACCTTTCTCTTGCAAGCTCTTGACAGT
GTCGTAAAGGCTTTGCTTGGTGGACGTGAACTCTAAGCCTAAGTCCTTTATCTTTTGGTT
AGTGAACTTGTACGGCTTGGCTCTTGGGTTCTTCTCGTCCTTGCACTTGGTTGGAAGTGG
GTACTCAGGGAATAACTTAGCCAAAATCTCAACAACTTCGCCGCGGTGAAGTGCGCTCTC
CGCAAGGAGATAACGTCCAGAGGCCGAGGGTGCCTCGTAGACAAGAACATGAGCTAGTGC
GACATCACGAACATCCACATAAGCCTGAGTCAAATTAGCGTAAGTCTTAGCCGAGCCGGT
TAGATACTTTAGTACGTGGAAGAGACTGGCGTTGATCGTCGGCTGTAACGGCGGACCAAG
AACCAGCACCGGATTCAAAACCACCAGGTCAACACCTTTCTCCTCTGCCGTCTCCCACGC
CGCTTGCTCCGCCACCATCTTGCCGTAACAATACCAATTCTTAGTGTTTTTGCAGAACTC
AAGATCACTCCAACAACTTTCGTCAACAACGGCT

QA 7 760 7 760
DS 

RD RR1B205TF 838 0 0
GCCGCGATGAAGTGCGCTCTCCGCAAGGAGATAACGTCCAGAGGCCGAGGGTGCCTCGTA
GACAAGAACATGAGCTAGTGCGACATCACGAACATCCACATAAGC*TGAGTCAAATTAGC
GTAAGTCTTAGCCGAGCCGGTTAGATACTTTAGTACGTGGAAGAGACTGGCGTTGATCGT
CGGCTGTAACGGCGGACCAAGAACCAGCACCGGATTCAAAACCACCAGGTCAACACCTTT
CTCCTCTGCCGTCTCCCACGCCGCTTGCTCCGCCACCATCTTGACGTAACAATACCAATT
CTTAGTGTTTTTGCAGAACTCAAGATCACTCCAACAACTTTCGTCAACAACGGCTTCAGG
GTCACGGTTCGGGTCCATGTAGACCGCACCAATTGAGGAGGTGATTACCACGCGCTTCAC
CTTGGTTTCAGCTGCAGCATTAATTACGAACTTGGCTCCGTTCACGGCCGGCTCCACCAT
TTGTTCGGGATCGTCAGTGACCGGAGAAGCCGTGTGAAAGACGCCATCGCAACCATCGAT
AGCCTCCTTAAGAGCATCATAGTCCTGAAGATCTGCTTTGCACAGAATCAGTCTCTCCTT
GGCCCCTTCTAGTTCTCTCAAATGTGTGTTCTTCGGATCATCTGGATTCCGTACGGTTCC
CTTGACCGTGTAGCCTCTCTCAAGTAGTAACTTAACAATCCAAGAAGCGATGTATCCACC
AGCTCCAGTGACACAGACTGTTTTCCCTGGCGTTAAAGATTCGTCGACTGGCATCGTTTC
CGGCAGTAGAAAACAAAAGCTACGGTCTTCGAAGAGACAGAAACAAAATGATGAAT
CC

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1AA85TF 661 0 0
TCGGCTGTAACGGCGGACCAAGAACCAGCACCGGATTCAAAACCACCAGGTCAACACCTT
TCTCCTCTGCCGTCTCCCACGCCGCTTGCTCCGCCACCATCTTGCCGTAACAATACCAAT
TCTTAGTGTTTTTGCAGAACTCAAGATCACTCCAACAACTTTCGTCAACAACGGCTTCAG
GGTCACGGTTCGGGTCCATGTAGACCGCACCAATTGAGGAGGTGATTACCACGCGCTTCA
CCTTGGTTTCAGCTGCAGCATTAATTACGAACTTGGCTCCGTTCACGGCCGGCTCCACCA
TTTGTTCGGGATCGTCAGTGACCGGAGAAGCCGTGTGAAAGACGCCATCGCAACCATCGA
TAGCCTCCTTAAGAGCATCATAGTCCTGAAGATCTGCTTTGCACAGAATCAGTCTCTCCT
TGGCCCCTTCTAGTTCTCTCAAATGTGTGTTCTTCGGATCATCTGGATTCCGTACGGTTC
CCTTGACCGTGTAGCCTCTCTCAAGTAGTAACTTAACAATCCAAGAAGCGATGTATCCAC
CAGCTCCAGTGACACAGACTGTTTTCCCTGGCGTTAAAGATTCGTCGACTGGCATCGTTT
CCGGCAGTAGAAAACAAAAGCTACGGTCTTCGAAGAGACAGAAACAAAATGATGAATGCC
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 5

CO CL1905Contig1 1221 5 7 U
GGAAGTACATTGATCATGATTATAAAATACATGAGAGCGAGAAATTAGGGTTTTGGTTAC
AGAAGTTTCTCCAATGTTTCTCCGACGTTTCTTGAAAACTCCTCAGATCTCCTCCTCTGT
GGGGACGATCAGAACCATCTCTAGCTCCCTTCACGCTACTCCTCCTGCTCCTTCGACCCC
TGCTCTAAAACGGAAGCTTTTTGCCAATCTTAAATCATCCGAGAAACCATGTGACGACGT
TCTGAGAGATATGGAAGAGCAAGGATTTCAGATATGTCAAGCCGATCTGATTCGCTGGGC
AGATCTATTGGAAAAGCAAGGCCAAGAAAAAAAACATTTTGAGATCTATTCCTTTATGGA
GTGGAAAGGTAGACTTATGGTGAATAAGTCTGTTCTTCGTCCTGCTGGAAATCAATCTTC
TGAGTTTGTTGGAAGAAGCACTTTCAGAAGGGTTGCTAAAACCATCGCTCCTTCTGTTGT
CAATATTGATGGACCTAACGACGGTTATGGCTCTGGGATTTTGTTTGGGGGAGAAGGCAA
AATAATAACTTGTGGTCATTTCGTCCTCAACCCCCACAAGTTTAGAAAGAGTCCTGTCTA
TCGATCCAAGCGAATGGAGGTAAAGATCACATTGAACTGTGGTCAAACGTTTCGAGGAGT
TGTTGCTGATTATGATGCAGATTATGATCTCGCACTAGTCAAGATTGAGGCACCAACGAA
AGCTTCATTCTCTCCTGCAAAGTTTGGAATCTCCAAGGATGTTTCTGTTGGGGATATGGT
GCTGTCCATCGGCAATCCTCTTGAGTTTGCAAACAGTTTCTCAGCAGGGATAATCAGTTG
TGTTAAACGCACAAACAAGGAAATTGGCTTAGAAGGCAATTGCCAATTCTATTTCCAAAC
TGATTGTGCTTTGAATGAGAGTAATTATGGAGGTCCGGTTGTTAATCTCGAGGGCGAGGT
CATTGGCGTTAACTGCGCATTTGGGGACGGAGTGGGTGTTGGGTTTGCAATACCCATAGA
CACAGTACTGAAGGTCATGAAGGAGAGAAACTGGTAGCCCATAGACACAGTGCTAAAGGT
CGTGAAGGAGAGGAACTGGTAGATTCTAGGATTTAAAACTCTTTATGTGGTACTTTGAAT
GCTCTTAATGTTTTGTTTCTATCACTGTCAACTTAATAACCTTCTTAACACGAGTGGAGA
CAACCGACTTTTTGCATGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1F276TF U 1
AF RR1FU46TF U 57
AF RR1AM23TF U 57
AF RR1AM23JQ C 474
AF RR1FU46JQ C 568
BS 1 709 RR1F276TF
BS 710 753 RR1AM23TF
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BS 1167 1167 RR1FU46JQ
BS 1168 1221 RR1AM23JQ

RD RR1F276TF 714 0 0
GGAAGTACATTGATCATGATTATAAAATACATGAGAGCGAGAAATTAGGGTTTTGGTTAC
AGAAGTTTCTCCAATGTTTCTCCGACGTTTCTTGAAAACTCCTCAGATCTCCTCCTCTGT
GGGGACGATCAGAACCATCTCTAGCTCCCTTCACGCTACTCCTCCTGCTCCTTCGACCCC
TGCTCTAAAACGGAAGCTTTTTGCCAATCTTAAATCATCCGAGAAACCATGTGACGACGT
TCTGAGAGATATGGAAGAGCAAGGATTTCAGATATGTCAAGCCGATCTGATTCGCTGGGC
AGATCTATTGGAAAAGCAAGGCCAAGAAAAAAAACATTTTGAGATCTATTCCTTTATGGA
GTGGAAAGGTAGACTTATGGTGAATAAGTCTGTTCTTCGTCCTGCTGGAAATCAATCTTC
TGAGTTTGTTGGAAGAAGCACTTTCAGAAGGGTTGCTAAAACCATCGCTCCTTCTGTTGT
CAATATTGATGGACCTAACGACGGTTATGGCTCTGGGATTTTGTTTGGGGGAGAAGGCAA
AATAATAACTTGTGGTCATTTCGTCCTCAACCCCCACAAGTTTAGAAAGAGTCCTGTCTA
TCGATCCAAGCGAATGGAGGTAAAGATCACATTGAACTGTGGTCAAACGTTTCGAGGAGT
TGTTGCTGATTATGATGCAGATTATGATCTCGCACTAGTCAAGATTGAG
CACCA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1FU46TF 651 0 0
GG
ACAGAAGTTTCTCCAATGTTTCTCCGACGTTTCTTGAAAACTCCTCAGATCTCCTCCTCT
GTGGGGACGATCAGAACCATCTCTAGCTCCCTTCACGCTACTCCTCCTGCTCCTTCGACC
CCTGCTCTAAAACGGAAGCTTTTTGCCAATCTTAAATCATCCGAGAAACCATGTGACGAC
GTTCTGAGAGATATGGAAGAGCAAGGATTTCAGATATGTCAAGCCGATCTGATTCGCTGG
GCAGATCTATTGGAAAAGCAAGGCCAAGAAAAAAAACATTTTGAGATCTATTCCTTTATG
GAGTGGAAAGGTAGACTTATGGTGAATAAGTCTGTTCTTCGTCCTGCTGGAAATCAATCT
TCTGAGTTTGTTGGAAGAAGCACTTTCAGAAGGGTTGCTAAAACCATCGCTCCTTCTGTT
GTCAATATTGATGGACCTAACGACGGTTATGGCTCTGGGATTTTGTTTGGGGGAGAAGGC
AAAATAATAACTTGTGGTCATTTCGTCCTCAACCCCCACAAGTTTAGAAAGAGTCCTGTC
TATCGATCCAAGCGAATGGAGGTAAAGATCACATTGAACTGTGGTCAAACGTTTCGAGGA
GTTGTTGCTGATTATGATGCAGATTATGATCTCGCACTAGTCAAGATTG

QA 3 651 3 651
DS 

RD RR1AM23TF 697 0 0
GG
ACAGAAGTTTCTCCAATGTTTCTCCGACGTTTCTTGAAAACTCCTCAGATCTCCTCCTCT
GTGGGGACGATCAGAACCATCTCTAGCTCCCTTCACGCTACTCCTCCTGCTCCTTCGACC
CCTGCTCTAAAACGGAAGCTTTTTGCCAATCTTAAATCATCCGAGAAACCATGTGACG**
GTTCTGAGAGATATGGAAGAGCAAGGATTTCAGATATGTCAAGCCGATCTGATTCGCTGG
GCAGATCTATTGGAAAAGCAAGGCCAAGAAAAAAAACATTTTGAGATCTATTCCTTTATG
GAGTGGAAAGGTAGACTTATGGTGAATAAGTCTGTTCTTCGTCCTGCTGGAAATCAATCT
TCTGAGTTTGTTGGAAGAAGCACTTTCAGAAGGGTTGCTAAAACCATCGCTCCTTCTGTT
GTCAATATTGATGGACCTAACGACGGTTATGGCTCTGGGATTTTGTTTGGGGGAGAAGGC
AAAATAATAACTTGTGGTCATTTCGTCCTCAACCCCCACAAGTTTAGAAAGAGTCCTGTC
TATCGATCCAAGCGAATGGAGGTAAAGATCACATTGAACTGTGGTCAAACGTTTCGAGGA
GTTGTTGCTGATTATGATGCAGATTATGATCTCGCACTAGTCAAGATTGAGGCACCAACG
AAAGCTTCATTCTCTCCTGCAAAGTTTGGAATCTC

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR1AM23JQ 748 0 0
CTGTTGTCAATATTGATGGACCTAACGACGGTTATGGCTCTGGGATTTTGTTTGGGGGAG
AAGGCAAAATAATAACTTGTGGTCATTTCGTCCTCAACCCCCACAAGTTTAGAAAGAGTC
CTGTCTATCGATCCAAGCGAATGGAGGTAAAGATCACATTGAACTGTGGTCAAACGTTTC
GAGGAGTTGTTGCTGATTATGATGCAGATTATGATCTCGCACTAGTCAAGATTGAGGCAC
CAACGAAAGCTTCATTCTCTCCTGCAAAGTTTGGAATCTCCAAGGATGTTTCTGTTGGGG
ATATGGTGCTGTCCATCGGCAATCCTCTTGAGTTTGCAAACAGTTTCTCAGCAGGGATAA
TCAGTTGTGTTAAACGCACAATCAAGGAAATTGGCTTAGAAGGCAATTGCCAATTCTATT
TCCAAACTGATTGTGCTTTGAATGAGAGTAATTATGGAGGTCCGGTTGTTAATCTCGAGG
GCGAGGTCATTGGCGTTAACTGCGCATTTGGGGACGGAGTGGGTGTTGGGTTTGCAATAC
CCATAGACACAGTACTGAAGGTCATGAAGGAGAGAAACTGGTAGCCCATAGACACAGTGC
TAAAGGTCGTGAAGGAGAGGAACTGGTAGATTCTAGGATTTAAAACTCTTTATGTGGTAC
TTTGAATGCTCTTAATGTTTTGTTTCTATCACTTTCAACTTAATAACCTTCTTAACACGA
GTGGAGACAACCGACTTTTTGCATGACT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1FU46JQ 654 0 0
CAACCCCCACAAGTTTAGAAAGAGTCCTGTCTATCGATCCAAGCGAATGGAGGTAAAGAT
CACATTGAACTGTGGTCAAACGTTTCGAGGAGTTGTTGCTGATTATGATGCAGATTATGA
TCTCGCACTAGTCAAGATTGAGGCACCAACGAAAGCTTCATTCTCTCCTGCAAAGTTTGG
AATCTCCAAGGATGTTTCTGTTGGGGATATGGTGCTGTCCATCGGCAATCCTCTTGAGTT
TGCAAACAGTTTCTCAGCAGGGATAATCAGTTGTGTTAAACGCACAAACAAGGAAATTGG
CTTAGAAGGCAATTGCCAATTCTATTTCCAAACTGATTGTGCTTTGAATGAGAGTAATTA
TGGAGGTCCGGTTGTTAATCTCGAGGGCGAGGTCATTGGCGTTAACTGCGCATTTGGGGA
CGGAGTGGGTGTTGGGTTTGCAATACCCATAGACACAGTACTGAAGGTCATGAAGGAGAG
AAACTGGTAGCCCATAGACACGGTGCTAAAGGTCGTGAAGGAGAGGAACTGGTAGATTCT
AGGATTTAAAACTCTTTATGTGGTACTTTGAATGCTCTTAATGTTTTGTTTCTATCACTG
TCAACTTAATAACCTTCTTAACACGAGTGGAGACAACCGACTTTTTGCATGACT

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 5

CO CL1906Contig1 957 5 19 U
GGGCAACAAAAACGGCAACGTTTTAACTCGCTCATAAAGTCCACCACCGTACTTCTCCAG
TTGACTCCGACAGTGGTTTAGTAGCAATAATAAAGATGGAGGGGATAGGGAACGACAAGA
GTTCGAGTTCGAGTTCAGGCCCGGGTCCTTGTCTGAGCAAATACGTGGATCCATCGAGCG
AAGAGTCTCACAGATACTATCTAGCGCGGCGGAACGCCTTGGAGATGCTCAGAGACAGAG
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TTATGAAGATGCTTTGGACAAGATCCTTTGCTTTAAACACAAGACTTTAGTTTTTTCTTT
TTTCAAGTAAAAAAATGTATTAAAGATCCTTTGCTTGTTCTTGAAAACATTTCCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

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DS 

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GG
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CACAGATACTATCTAGCGCGGCGGAACGCCTTGGAGATGCTCAGAGACAGAGGCTACGAA
GTCTCCCTCGAAGACATCAATCTCTCCCTCGAGGATTTTCGAACTGTTTACGGCGAGCGT
CCCGACGTTGACCGTCTCCGTATCTCCGCTCACCATCGCTCCGATTCTTCCAATAAGGTG
AAGGTTGTCTTTTTTGGTACTGGTAAGGTTAAAGTCAACACAATCCGCAGTGTTGCAGCA
GAGATACTTAGCCAAGAGACCATAACCGGGCTGATCCTGGTTCTGCAAAACCAAGTAACC
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TCCGCTCACCATCGCTCCGATTCTTCCGATAAGGTGG*GGTTGTCTTTTTTGGTACTGGT
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DS 

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GTCAACCTAACCGAGCATGTACTGAGCCTGCGTCATCGTGTTCTGAATGATGGAGAGAAG
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GGCGAACTCACTGAGTCCTATGTTGCCTACAGATGTGTATGGTGAAGAAATGCAGCCAAT
AAAAACAAATCATTTTGTGTACTTATTTTCGGCATAAAAAAACTTATGAAGATGCTTTGG
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TATTAAAGATCCTTTGCTTGTTCTTGAAAACATTTCCC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 5

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GGAAACTATTTAAAGCAGCCATGTCGAATACATAATTAAAGAGAAAATCAAACAATTAAA
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TAGAACACTCGCCACTGCGGCTACGTTGAGCCAGCTCGGCCGGGACGCAACCCATGGGCC
CTGTCCCAGTCACCAGGACACGTCGAGCACCCAAATCGTACATTTTCCGTAAGACTTTGC
GATATTCAGAAACGACATAGACAACGTAGTCGGGGAGAGAGAATTGACGAGATCTTGCGG
AGAAAGGGACCAAGTAGTAGTTGTTGACGAAATCGTTGCCTCCTAGTGTTATTAGAACCA
GTGCTCCGTTAACGAGCCGCTCCATCACTTCTTCTCCGACCAATCCACTCACCCTTACTT
TGTACTGCTCGAAGTACTCCAACTGCTTCGTGATCCGAATTATGTTCAGAAACTGGATAC
CCGTGTCGTTAAGGATTCCAATACCAGCGGAAGCAAAGTTGGCGCCAATCAGGAGCTTGT
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CGATACCGTAAGGGTAGTTATCGGCACGAGCAGTGGTCACTAGAAAGTCATTGTTACCAT
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AGCTCATCATTTGCAGGCAAACCCCTAGTAGTGCAACATTAGCCACCGAGTTCGTCATTG
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TTAGGTGCTTGCTTGGAGATGGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1H173JQ U 13
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AF RR1H754JQ U 6
AF RR1E061TF C 633
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DS 

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AGAGATCTGATAACGCTGTGCATAGTCCTATCCCATTATACGGTCCTTGTCCACAACACG
CCACCTTCGACGTTACGAATCCATATGCTTGTGGGTCGCTGATAAAGTCCATGTGCATTT
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CACTGCGGCTACGTTGAGCCAGCTCGGCCGGGACGCAACCCATGGGCCCTGTCCCAGTCA
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CGACATAGACAACGTA

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CT
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TCACCCTTACTTTGTACTGCTCGAAGTACTCCAACTGCTTCGTGATCCGAATTATGTTCA
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DS 



AS 1 5

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1DP68TF U 42
AF RR1A420JQ C 1
AF RR1GE63JQ C 446
AF RR1GE63TF U 446
AF RR1A420TF U 1
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G
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TAGTTTGGTAGTTTTGAGGAAAATACACAGTAGAGAGAGGTGTTTGTGTCTATTCGTTAG
AGTTTTTACGTGCACTCTGGCTAAACAATAATGGCTTTGCCTCTTTTCTTT
G

QA 2 712 2 712
DS 

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AATGTGGAGATTGACCAGATTGAACCGTGGGTCAAGGACTTCAAAGACGGAAAAGTTGCC
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G
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G
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TTATGAGTAGTTTGAGGC

QA 2 379 2 379
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GCTGAGAACCTTGACGAGATGGTCTTCAACTCTGGAAAGAACGTCTTGCTTGAATTCTAT
GCACCATGGTGTGGACACTGCCAAAAGCTTGTACCAATCTTGGACGAAGTCGCTGTGTCA
TACCAAAGCGGCCCAAGTGTTGTCATAGCTAAGCTAGACGCAACCGCAAACGACTTCCCA
AATGATACCTTCGATGTGAAGGGCTTCCCGACAACATACTTGAGATCAGCGAGCGGAAAC
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AAGGGCACTGCTGGAGAGCCCAAGAAGGAGGAAGCGACAGCTGAGGTCGTTAAGGACGAG
CTCTGAAA*GGAGAAATGTGTTGTGTCTCTTAGCTGCTAGCCTAGTTTGGTAGTTTTGAG
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GGCTAAACAATAATGGCTTTGCCTCTTTTCTTTTGTTTTTCTTTTCGGATCAACTTTTAT
GTTTTGAACTCAGTTCTCTTTTA

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DS 



AS 1 3

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ACTGGGTAAGCTGTGCTCGAAGCCCTAGCAAACCTCGGCCTCCTTCTCTTCTTCTTCCTC
GTCGGCCTCCTTCTCTTCTTCTTCCTCGCCGGCCACCTGCTCTTCTTCTCTTCTTCTTTC
TCCGAACTCTCTGATTTTCGATTTATCTCTTCATATTCATGCTAAGAATTGCTAGATCTG
TGTTGTGGTTGTCGAAATCTGATAGATTAAGGTTCTCTGATTTTATTGCTGTCTTTAAAC
TTGCTGAAAAAGTTGTCGATTTGATGTGATCTGTTTCTGAAAAAGCTGTCGGGTTAATCT
GTTCCTTATTGCTCAAGTATACTTGTCTTTGGTTGAATTCAAAATTGATATGAGAAGTTT
GGGTTTGATTTTCGTTTTGATCTGTTACTCTTCTTTTCTATTTTCTGTTTCTGATTATCA
ATCTGATTTATTAAGATTTGAATTGTAGTTTTGAATCTGTTTCTGTTGGCAAGTTGATTG
TTTTTGCTTTCTTTTGAATTTCCTACTGCTGTGTGTTGCTTTACGATCTCTACTTCGCAA
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ATTCAGCGCCTTGTCCCAACAAGTAGTGGCCAGAACAGAAGCTTGTGAAGGATGGTTTCA
TCATCAGGACACCAACCAAGATCCACTGTCCTGAAAAAATACCGAGAGTCAAAGAAGATT
GACAAGTACATGTATCGAGAGTCGAAGAAGATTGACAAGAAGATTGACAGAGAAACATCA
GAGGAGTCCATTGGATGCTTAGTTTAGCTTTAGGCTAATTATGTTTTGGCTTAATTTTTT
AATTTGTTCGTTAGTTATTTGTATACTGATTTCAAGTAATAAATAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT51TF U 18
AF RR1AC40TF U 1
AF RR1A559JQ C 161
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GG
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GATTGA

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DS 

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TTCTGTTGGCAAGTTGATTGTTTTTGCTTTCTTTTGAATTTCCTACTGCTGTGTGTTGCT
TTACGATCTCTACTTCGCAATCACATTCACAGGAAAACTTGCTTTTTGATGTTCAAGAAA
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GCTTGTGAAGGATGGTTTCATCATCAGGACACCAACCAAGATCCACTGTCCTGAAAAAAT
ACCGAGAGTCAAAGAAGATTGACAAGTACATGTATCGAGAGTCGAAGAAGATTGACAAGA
AGATTGACAGAGAAACATCAGAGGAGTCCATTGGATGCTTAGTTTAGCTTTAGGCTAATT
ATGTTTTGGCTTAATTTTTTAATTTGTTCGTTAGTTATTTGTATACTGATTTCAAGTAAT
AAATAAAA

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 5

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TTCGTCGTTCGTCAATGGAGATCTCTGCTGCGTCTGCTTCTCTAACTTCCTCTGGACTCG
TTCCTCGACTTCTCCCTCCCTTGTTCTATCCTCCTCAAGCTCGAACTACTTCCTGTGCAC
CATTTTCCTCTGCTAAACTCATTTCTCCTCCTCACAGACGTATACCTCCCTCTCCCTGTC
TCGCCGATCAGTCTACCTCCACCGGGGTCAATGTTGTTGATTCAGATCCCATCGATGCTG
TTAAGAGGAAAGCTATGGACATATCCCCTCAACTCAAAGGAGCTTCCATATTTCTGGTTG
GGATTAATAACCACATTAAAACCGACTTGGGGAAGCTTTTGGCTGACTCTTTACGATATT
ACTACTTTGATAGTGATAAGTTGATCGCAGAGGCGGCTGGTGTAAATGCATCCGTTCAAG
CTTTGAAGGAGGTTGATGAGATGGCTTTTAAGGAATCAGAGACTGAAGTGCTAAAGCAGC
TATCATCTATGGGTCGGCTTGTAGTTTGCGCTGGAGATGGTGCAGTCCAGAGCTTGACTA
ATCTTGCACTTCTTAGACACGGGATCTCCATATGGATCGATGTTCCTCTACAAATCGCAG
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TGGAGGTCTTGAAAGAAATAGAGAAGTTGACGAGAGTGAAGAAAATGATGGAGGAAGCTT
CTCGACCTTTCTAGGTTGATATTTTACTCACTCAATCACGCATCGCAAAATCTGTGAATT
TTTTTTAGGGTTTCTATCATGTTGTATATCATGAACATGTTATTTTCATCGTTATCACGG
ACATATATTAGGCATTTTTTGCATAAAATGTTCGGCATTGGGTGGAGGAGAAACATGTAG
CGTCTCTATCACGTGAGATCACGTGTAGGACTTATTCTGTTGATGAGTCGATCCACCAGT
ACGTGGGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C160TF U 1
AF RR1FP42TF U 51
AF RR1C066TF U 55
AF RR1FP42JQ C 294
AF RR1C160JQ C 461
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TTCCTCGACTTCTCCCTCCCTTGTTCTATCCTCCTCAAGCTCGAACTACTTCCTGTACAC
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ATCTTGCACTTCTTAGACACGGGATCTCCATATGGATCGATGTTCCTCTACAAATCGCAG
CT

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DS 

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GGGAA
GGAGTTTGGTCGTTCGTCAATGGAGATCTCTGCTGCGTCTGCTTCTCTAACTTCCTCTGG
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TGCACCATTTTCCTCTGCTAAACTCATTTCTCCTCCTCACAGACGTATACCTCCCTCTCC
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GGTTGGGATTAATAACCACATTAAAACCGACTTGGGGAAGCTTTTGGCTGACTCTTTACG
ATATTACTACTTTGATAGTGATAAGTTGATCGCAGAGGCGGCTGGTGTAAATGCATCCGT
TCAAGCTTTGAAGGAGGTTGATGAGATGGCTTTTAAGGAATCAGAGACTGAAGTGCTAAA
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GACTAATCTTGCACTTCTTAGACACGGGATCTCCATATGGATCGATGTTCCTCTACAAAT
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TTG

QA 6 723 6 723
DS 

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G
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TGCACCATTTTCCTCTGCTGAACTCATTTCTCCTCCTCACAGACGTATACCTCCCTCTCC
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TGCTGTTAAGAGGAAAGCTATGGACATATCCCCTCAACTCAAAGGAGCTTCCATATTTCT
GGTTGGGATTAATAACCACATTAAAACCGACTTGGGGAAGCTTTTGGCTGACTCTTTACG
ATATTACTACTTTGATAGTGATAAGTTGATCGCAGAGGCGGCTGGTGTAAATGCATCCGT
TCAAGCTTTGAAGGAGGTTGATGAGATGGCCTTTAAGGAATCAGAGACTGAAGTGCTAAA
GCAGCTATCATCTATGGGTCGGCTTGTAGTTTGCGCTGGAGATGGTGCAGTCCAGAGCTT
GACTAATCTTGCACTTCTTAGACACGGGATCTCCATATGGATCGATGTTCCTCTACAAAT
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A

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CGATGCTG
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DS 

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CATCGCAAAATCTGTGAATTTTTTTTAGGGTTTCTATCATGTTGTATATCATGAACATGT
TATTTTCATCGTTATCACGGACATATATTAGGCATTTTTTGCATAAAATGTTCGGCATTG
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TGATGAGTCGATCCACCAGTACGTGGGCCT

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 4

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TCTTCCATACCTGAAAGTCAATCGAAAGGCGACTTAAAAACAAGGCCTAGGGCGTGATCC
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TTTTGTTTTGTGACTATTTTGTTCAATGAGTTTCGCATTTGTCTCTTCTTATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 15 30 
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30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1DL14TF U 7
AF RR1D864TF U 17
AF RR1AB24JQ C 1
AF RR1AB24TF U 1
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CGAAAGGCGACTTAAAAACAAGGCCTAGGGCGTGATCCTTTCCGTCCCTTTATTTTTTTT
TTCATTTTGTACTCTTAAGTTGTGATTAAAAAAA

QA 7 580 7 580
DS 

RD RR1AB24JQ 653 0 0
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CAAACCCTAAATGGCATCTCTCTCTATGGCCTCCGTTATCCTTAGGTTCTCTCCTTTACG
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GAGCCTTGCCTCAGCTCACTGCATTTCTGGGCTCCGTGCGGTTATTCCTCAGAAGATATC
CACAGTCGTTTCTCAGAATCCTCAGAGGCTTCAGTCTCTTACTGTTTTCGCTCATAAGGG
ATACAAGATGAAGACCCACAAGGCGTCAGTGAAACGATTTAGAGTAACGGGAAGGGGGAA
GATAGTGAGGAGGAGATCCGGGAAGCAGCATTTGTTAGCTAAGAAGAACAACAAGAGGAA
GCTCCGTCTTTCCAAAATGCACGAAGTTAGCAGGAGCGACTATGACAATGTGATCGGAGC
TCTTCCATACCTGAAAGTCAATCGAAAGGCGACTTAAAAACAAGGCCTAGGGCGTGATCC
TTTCCGTCCCTTTATTTTTTTTTTCATTTTGTACTCTTAAGTTGTGATTAAAAAAATTAC
TTTTGTTTTGTGACTATTTTGTTCAATGAGTTTCGCATTTGTCTCTTCTTATC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1AB24TF 653 0 0
GGACAATCAATCAGATTCAGAGTGAGTGCAGAAATAAAAAAGAGAGATTGTTCGAGAGGA
CAAACCCTAAATGGCATCTCTCTCTATGGCCTCCGTTATCCTTAGGTTCTCTCCTTTACG
CTCTTCCCCAAAGGTTTCCTCCACTCACGGGTCCGTTCAATTCCCTCGATTCAGCTCGTC
GAGCCTTGCCTCAGCTCACTGCATTTCTGGGCTCCGTGCGGTTATTCCTCAGAAGATATC
CACAGTCGTTTCTCAGAATCCTCAGAGGCTTCAGTCTCTTACTGTTTTCGCTCATAAGGG
ATACAAGATGAAGACCCACAAGGCGTCAGTGAAACGATTTAGAGTAACGGGAAGGGGGAA
GATAGTGAGGAGGAGATCCGGGAAGCAGCATTTGTTAGCTAAGAAGAACAACAAGAGGAA
GCTCCGTCTTTCCAAAATGCACGAAGTTAGCAGGAGCGACTATGACAATGTGATCGGAGC
TCTTCCATACCTGAAAGTCAATCGAAAGGCGACTTAAAAACAAGGCCTAGGGCGTGATCC
TTTCCGTCCCTTTATTTTTTTTTTCATTTTGTACTCTTAAGTTGTGATTAAAAAAATTAC
TTTTGTTTTGTGACTATTTTGTTCAATGAGTTTCGCATTTGTCTCTTCTT
ATC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL1912Contig1 921 2 4 U
GGACGAACGCACTCATCCATAAAGGCAACGGCGGAGACGAGGAGGCTGGGAACACCGACG
GGGCAAAAGGTCATTTCTGATATCTTTTGGAGATCAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TGTTTAGATGGCATACATATCGAATTGGGTCAGGTACATGGCTCACAAGCTGGAGTACTC
CCTCACTCTCAGCCTCAAGAATCATACTAAAGAGAAGCTAAATGACCGGGAACTAGTTGG
TGTAGTCCTGAAGAATTTACTCTATGGAAGGATAACCTACTTACACTCTGGTAAAGGTCA
AGAGATGTCACCAACCATGGGAGCACATGACAACACACTGCTTGTCCGTAAGCTACCTGT
TGTTGATACAAGGTATGTTTTTGTTGGAGATGCTGTTGTGTTGAAGGACCCGAATGAAAC
AAACAAGTATCTAGTGAGAAGACTAGCAGCGTTAGAAGGATCAGAAATGGTATCAAGTGA
TGAGAAGGAGGAGCCTTTTGTTCTCGAAAAGGATCAGTGCTGGGTCGTAGCTGAAAACCA
AGAGATGAAATCTAAGGAAGCATACGATAGCCGAACATTTGGTCCGGTCTCAATGGCGGA
CATAGTAGGAAGAGCTATATATTGTCTGAGGACAGCCGTTGATCATGGTCCAGTTAGTAA
CAGTGAATTCGCAATGGAAGAGGATTCTCCACTCTTGGCGGTTGAACTTGACGTGGATGA
AATGGCTAAAGACCACAAGGCTTAGTAATAACAAAGGAACCTTGTTGCATTGCATTTTGT
ACCCCTTTGTTTCCGTTGGTTCGAAACTCCAATCTAGATGCCATTTGAGTGTCAGAGATG
TTTGTGGCGAATGTTTGGCCGTAGCTTTCTAAGCTTTCATACAGTTCCTTGTTGAGAGTG
CTGAAGAAAGCTTCATCAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET50TF U 1
AF RR1ET50JQ C 127
BS 1 608 RR1ET50TF
BS 609 609 RR1ET50JQ
BS 610 679 RR1ET50TF
BS 680 921 RR1ET50JQ

RD RR1ET50TF 679 0 0
GGACGAACGCACTCATCCATAAAGGCAACGGCGGAGACGAGGAGGCTGGGAACACCGACG
GGGCAAAAGGTCATTTCTGATATCTTTTGGAGATCAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TGTTTAGATGGCATACATATCGAATTGGGTCAGGTACATGGCTCACAAGCTGGAGTACTC
CCTCACTCTCAGCCTCAAGAATCATACTAAAGAGAAGCTAAATGACCGGGAACTAGTTGG
TGTAGTCCTGAAGAATTTACTCTATGGAAGGATAACCTACTTACACTCTGGTAAAGGTCA
AGAGATGTCACCAACCATGGGAGCACATGACAACACACTGCTTGTCCGTAAGCTACCTGT
TGTTGATACAAGGTATGTTTTTGTTGGAGATGCTGTTGTGTTGAAGGACCCGAATGAAAC
AAACAAGTATCTAGTGAGAAGACTAGCAGCGTTAGAAGGATCAGAAATGGTATCAAGTGA
TGAGAAGGAGGAGCCTTTTGTTCTCGAAAAGGATCAGTGCTGGGTCGTAGCTGAAAACCA
AGAGATGAAATCTAAGGAAGCATACGATAGCCGAACATTTGGTCCGGTCTCAATGGCGGA
CATAGTAG*AAGAGCTATATATTGTCTGAGGACAGCCGTTGATCATGGTCCAGTTAGTAA
CAGTGAATTCGCAATGGAA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1ET50JQ 795 0 0
GATGGCATACATATCGAATTGGGTCAGGTACATGGCTCACAAGCTGGAGTACTCCCTCAC
TCTCAGCCTCAAGAATCATACTAAAGAGAAGCTAAATGACCGGGAACTAGTTGGTGTAGT
CCTGAAGAATTTACTCTATGGAAGGATAACCTACTTACACTCTGGTAAAGGTCAAGAGAT
GTCACCAACCATGGGAGCACATGACAACACACTGCTTGTCCGTAAGCTACCTGTTGTTGA
TACAAGGTATGTTTTTGTTGGAGATGCTGTTGTGTTGAAGGACCCGAATGAAACAAACAA
GTATCTAGTGAGAAGACTAGCAGCGTTAGAAGGATCAGAAATGGTATCAAGTGATGAGAA
GGAGGAGCCTTTTGTTCTCGAAAAGGATCAGTGCTGGGTCGTAGCTGAAAACCAAGAGAT
GAAATCTAAGGAAGCATACGATAGCCGAACATTTGGTCCGGTCTCAATGGCGGACATAGT
AGGAAGAGCTATATATTGTCTGAGGACAGCCGTTGATCATGGTCCAGTTAGTAACAGTGA
ATTCGCAATGGAAGAGGATTCTCCACTCTTGGCGGTTGAACTTGACGTGGATGAAATGGC
TAAAGACCACAAGGCTTAGTAATAACAAAGGAACCTTGTTGCATTGCATTTTGTACCCCT
TTGTTTCCGTTGGTTCGAAACTCCAATCTAGATGCCATTTGAGTGTCAGAGATGTTTGTG
GCGAATGTTTGGCCGTAGCTTTCTAAGCTTTCATACAGTTCCTTGTTGAGAGTGCTGAAG
AAAGCTTCATCAGCC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 4

CO CL1913Contig1 838 4 2 U
GCAAAAACAAGTTTTTTCTTTTATGATTGTCGTACGAAAGACAAAGAAACTTGGTTCAAA
AGAGTTTCAGAACTAACCAGAAACAACCACAAACCTCAGATAGACAGACATAAAACCTCC
AAAACAGCAGGTTCATACCAGTTATATATAAAGTCTATCGACGACTCCTATTCTTCAATC
TTTTGGCTTCTAAGAAGAAGCAACGAACGTGTTTAGGATATTTCTCTTGAGAGTGAATTC
ATCAGCTTTCACCGGACTTATAGACTTGCTAAGGACGCGTCCAAGCCGCTCAGCTTCTTT
GGTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTATGTACTTCTTTGCGAGTGACGCGTAAAGCTTTCC
ATACCTTGCTGTGGAACCCTTAAGGTTACTAGCTTCCTCTTCGATGCGAGACAAGATTGC
CTTCTTCTCATCTTCACTCGCTGCAACTAGCTCCTTTACCAACGCATCTAAACTTTCAAT
TACACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCCTTTACTGTCTCTGCTGGTTCCAACTTTCTCGTT
GATGAAGCTTACAAAGTCATCTAAGTCCCTTCCACCGTTATAATCTTGACCGGCTTTGTT
GTCCTTTGGGAAGAATTTCAATGTTGGGAATCCACTTACTCCATACTTCTCGCCAAGGCT
TTTGTGTGCATCAGCATCCA*GTTGGCGATGACTACACCTTCTTCCTGCTTAAACACCGT
TGCTACCTTTTCGTATGTAGGAGCGAGGGACTTGCAGTGGCCGCACCAAGGGGCATAAAA
CTCGACCAAGACATCTTTGTTCTGATCCAGCACAATCGCATCGAAGTTATCAGGTGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI14JQ U 1
AF RR1CF85JQ U 1
AF RR1CP18JQ U 31
AF RR1CF85TF C 117
BS 1 766 RR1CF85JQ
BS 767 838 RR1CF85TF

RD RR1GI14JQ 652 0 0
GCAAAAACAAGTTTTTTCTTTTATGATTGTCGTACGAAAGACAAAGAAACTTGGTTCAAA
AGAGTTTCAGAACTAACCAGAAACAACCACAAACCTCAGATAGACAGACATAAAACCTCC
CAAACAGCAGGTTCATACCAGTTATATATAAAGTCTATCGACGACTCCTATTCTTCAATC
TTTTGGCTTCTAAGAAGAAGCAACGAACGTGTTTAGGATATTTCTCTTGAGAGTGAATTC
ATCAGCTTTCACCGGACTTATAGACTTGCTAAGGACGCGTCCAAGCCGCTCAGCTTCTTT
GGTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTATGTACTTCTTTGCGAGTGACGCGTAAAGCTTTCC
ATACCTTGCTGTGGAACCCTTAAGGTTACTAGCTTCCTCTTCGATGCGAGACAAGATTGC
CTTCTTCTCATCTTCACTCGCTGCAACTAGCTCCTTTACCAACGCATCTAAACTTTCAAT
TACACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCCTTTACTGTCTCTGCTGGTTCCAACTTTCTCGTT
GATGAAGCTTACAAAGTCATCTAAGTCCCTTCCACCGTTATAATCTTGACCGGCTTTGTT
GTCCTTTGGGAAGAATTTCAATGTTGGGAATCCACTTACTCCATACTTCTCG

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1CF85JQ 766 0 0
GCAAAAACAAGTTTTTTCTTTTATGATTGTCGTACGAAAGACAAAGAAACTTGGTTCAAA
AGAGTTTCAGAACTAACCAGAAACAACCACAAACCTCAGATAGACAGACATAAAACCTCC
AAAACAGCAGGTTCATACCAGTTATATATAAAGTCTATCGACGACTCCTATTCTTCAATC
TTTTGGCTTCTAAGAAGAAGCAACGAACGTGTTTAGGATATTTCTCTTGAGAGTGAATTC
ATCAGCTTTCACCGGACTTATAGACTTGCTAAGGACGCGTCCAAGCCGCTCAGCTTCTTT
GGTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTATGTACTTCTTTGCGAGTGACGCGTAAAGCTTTCC
ATACCTTGCTGTGGAACCCTTAAGGTTACTAGCTTCCTCTTCGATGCGAGACAAGATTGC
CTTCTTCTCATCTTCACTCGCTGCAACTAGCTCCTTTACCAACGCATCTAAACTTTCAAT
TACACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCCTTTACTGTCTCTGCTGGTTCCAACTTTCTCGTT
GATGAAGCTTACAAAGTCATCTAAGTCCCTTCCACCGTTATAATCTTGACCGGCTTTGTT
GTCCTTTGGGAAGAATTTCAATGTTGGGAATCCACTTACTCCATACTTCTCGCCAAGGCT
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DS 

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AAACCTCAGATAGACAGACATAAAACCTCCAAAACACCAGGTTCATAACAGTTATATATA
AAGTCTATCGACGACTCCTATTCTTCAATCTTTTGGCTTCTAAGAAGAAGCAACGAACGT
GTTTAGGATATTTCTCTTGAGAGTGAATTCATCAGCTTTCACCGGACTTATCGACTTGCT
AAGGACGCGTCCAAGCCGCTCAGCTTCTTTGGTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTATGTA
CTTCTTTGCGAGTGACGCGTAAAGCTTTCCATACCTTGCTGTGGAGCCCTTAAGGTTAGT
AGCTTCCTCTTCGATGCGAGACAAGATTGACTTCTTCTTATCTTCACTCGCTGCAACTAG
CTCCTTTACCAACGCATCTAAGGTTTCAACTACACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCCTTT
ACTGTCTCTGCTGGTTCCAACTTTCTCATTGATGAAACTTACAAAGTCATCCAAGTCCCT
TCCACCGTTATAATCTTGACCAGCTTTGTTGTCCTTTGGGAAGAATTTCAATGTTGGGAA
TCCACTTACTCCATACTTCTCGCCAAGGCTTTTGCGTGCATCAGCATCCAAGTTGGCAAT
GACTACACCTTCTTCCTGCTTAAACACCGTTGCTACCTTTTCGTATGTAGGAGCGAGGGA
CTTGCAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1CF85TF 722 0 0
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AATCTTTTGGCTTCTAAGAAGAAGCAACGAACGTGTTTAGGATATTTCTCTTGAGAGTGA
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CTTTGGTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTATGTACTTCTTTGCGAGTGACGCGTAAAGCT
TTCCATACCTTGCTGTGGAACCCTTAAGGTTACTAGCTTCCTCTTCGATGCGAGACAAGA
TTGCCTTCTTCTCATCTTCACTCGCTGCAACTAGCTCCTTTACCAACGCATCTAAACTTT
CAATTACACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCCTTTACTGTCTCTGCTGGTTCCAACTTTCT
CGTTGATGAAGCTTACAAAGTCATCTAAGTCCCTTCCACCGTTATAATCTTGACCGGCTT
TGTTGTCCTTTGGGAAGAATTTCAATGTTGGGAATCCACTTACTCCATACTTCTCGCCAA
GGCTTTTGTGTGCATCAGCATCCA*GTTGGCGATGACTACACCTTCTTCCTGCTTAAACA
CCGTTGCTACCTTTTCGTATGTAGGAGCGAGGGACTTGCAGTGGCCGCACCAAGGGGCAT
AAAACTCGACCAAGACATCTTTGTTCTGATCCAGCACAATCGCATCGAAGTTATCAGGTG
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 5

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GTGCTCAACGCAAGGAAGAGAGGAGGACTCATCTTCAGACTGTGTTTTCTATGAGACCAA
ATGTACCAATGGGTGGGTTCCATCACCCAACAGGAGGGCCAGCTGGAGGGCCACACCATC
AAATGTACATGGGCCAGAACGGTCAAGGTATGGTGCCTTCACAGCCTATGGGGTATGGGT
ACCAACTTCAGTTCATGCCTGGTGTGCGTCCGGGTGCTGGACCGGCTAACTACATGATGC
CTTACCCTCTTCAGAGGCAAACCCATCCTGGTCCCCGTGTTGGATTCAGGCGTGGTGCTC
CTAACATGCAGCACCACTTCCAGCAGCAGCAACAAATTATGCAGCACAATGGAAGATACC
TGGGAGGTGTGGGTAATATGATGAATCGTGTGGAAGCATCTGCTCCACAAGGCATCATAC
CATTGGATGCATCTGCGATCTCTCACAATGGTTCTCAAAATCAACAGAGGCCAGCTCTCC
TCCCCATTTCTAAGCTTACTTCTGCCTTGGCATTGGCTAGCCCTGCCAATCACTCACAGA
TTCTTGGAGAGCAGCTTTACCCACTTGTGGAAAAGCAGGAGCCAGTTCATGTGGCCAAAG
TTACAGGGATGTTGCTGGAGATGGACCAAGCTGAGATCTTGCACCTTCTTGAGTCACCTG
AAGCTCTTAAGGCCAAAGTGGCTATGGCTCTGGATGTACTCAGGCTCTCTGCTAATCCGA
CTGCTGTTTCTTCCGTTGATGATCAGTTTGCTCCCTCCTCAACGGAGTGAAATGAGTTTT
TACCCCAAAGAAAAAGACAATGTATCTTCTGCCTTTTATTAGACTATGCGCTTTGAAATT
TTTAGGACCTATTTAACCAGTTTTTCTTCTCGTTTGCTACTTTTAGTTTCATTGGATTTT
TCTTTTCTTTTAAGACTTGTAGTTTTTTTTCTTTCTTGAGTCTATCTAATGATTGAACTC
TTTTGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1EP37TF U 1
AF RR1E185TF U 28
AF RR1E185JQ C 299
AF RR1G150JQ C 562
AF RR1G150TF U 562
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ATGTACCAATGGGTGGGTTCTATCACCCAACAGGAGGGCCAGCTGGAGGGCCACACCATC
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AAGCTCTTAAAGCCAAAGTGGCTATGGCTC

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DS 

RD RR1E185TF 749 0 0
G
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TATGGTGCCTTCACAGCCTATGGGGTATGGGTACCAACTTCAGTTCGTGCCTGGTGTGCG
TCCGGGTGCTGGACCGGCTAACTACATGATGCCTTACCCTCTTCAGAGGCAAACCCATCC
TGGTCCCCGTGTTGGATTCAGGCGTGGTGCTCCTAACATGCAGCACCACTTCCAGCAGCA
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TGTGGAAGCATCTGCTCCACAAGGCATCATACCATTGGATGCATCTGCGATCTCTCACAA
TGGTTCTCAAAATCAACAGAGGCCAGCTCTCCTCCCCATTTCTAAGCTTACTTCTGCCTT
GGCATTGGCTAGCCCTGCCAATCACTCACAGATTCTTGGAGAGCAGCTTTACCCACTTGT
GGAAAAGCAGGAGCCGGTTCATGTGGCCAAAGTTACAGGGATGTTGCTGGAGATGGACCA
AGCTGAGATCTTGCACCTTCTTGAGTCACCTGAAGCTCTTAAAGCCAAAGTGGCTATGGC
TCTGGATGTACTCACGCTCTCTGCTAATCCGACTGCTGTTTCTTCCGTTGATGATCAGTT
TGCTCCCTCCTCAACGGAGTGAAATGAG

QA 2 749 2 749
DS 

RD RR1E185JQ 671 0 0
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CCTGGGAGGTGTGGGTAATATGATGAATCGTGTGGAAGCATCTGCTCCACAAGGCATCAT
ACCATTGGATGCATCTGCGATCTCTCACAATGGTTCTCAAAATCAACAGAGGCCAGCTCT
CCTCCCCATTTCTAAGCTTACTTCTGCCTTGGCATTGGCTAGCCCTGCCAATCACTCACA
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AGTTACAGGGATGTTGCTGGAGATGGACCAAGCTGAGATCTTGCACCTTCTTGAGTCACC
TGAAGCTCTTAAGGCCAAAGTGGCTATGGCTCTGGATGTACTCAGGCTTTCTGCTAATCC
GACTGCTGTTTCTTCCGTTGATGATCAGTTTGCTCCCTCCTCAACGGAGTGAAATGAGTT
TTTACCCCAAAGAAAAAGACAATGTATCTTCTGCCTTTTATTAGACTATGCGCTTTGAAA
TTTTTAGGACCTATTTAACCAGTTTTTCTTCTCGTTTGCTACTTTTAGTTTCATTGGATT
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TCTTTTGAACC

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DS 

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G
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GGACCAAGCTGAGATCTTGCACCTTCTTGAGTCACCTGAAGCTCTTAAGGCCAAAGTGGC
TATGGCTCTGGATGTACTCAGGCTTTTTGCTAATCCGACTGCTGTTTCTTCCGTTGATGA
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G

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DS 

RD RR1G150TF 408 0 0
G
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GGACCAAGCTGAGATCTTGCACCTTCTTGAGTCACCTGAAGCTCTTAAGGCCAAAGTGGC
TATGGCTCTGGATGTACTCAGGCTCTCTGCTAATCCGACTGCTGTTTCTTCCGTTGATGA
TCAGTTTGCTCCCTCCTCAACGGAGTGAAATGAGTTTTTACCCCAAAGAAAAAGACAATG
TATCTTCTGCCTTTTATTAGACTATGCGCTTTGAAATTTTTAGGACCTATTTAACCAGTT
TTTCTTCTCGTTTGCTACTTTTAGTTTCATTGGATTTTTCTTTTCTTTTAAGACTTGTAG
TTTTTTTTCTTTCTTGAGTCTATCTAATGATTGAACTCTTTTGAAC
G

QA 2 407 2 407
DS 



AS 1 5

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CGGTGATCCTCCTCCAAGACCGTTACGCCGGCAAGAAGGCGGTGATCATCCGCTCCTTCG
ACGACGGTAACCGCGAGCGACCTTACGGACACTGCCTCGTCGCGGGACTGAAGAAGTACC
CGAGCAAGGTGATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGGGTCAAGT
GTTTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGCTCGACGTGG
ATCTGAAGGAGGTGGCGACTCTCGAAGCTCTGGCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTC
TTAAGGAGGCCAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACTGGGAAGAACAGGTGGTTCT
TCACCAAGCTCAGGTTTTGAGAAAGTTTTATCGTTTTTGTAACGGAATCTACAGTATGCT
TTTTGTAGTTTGTCGGAACATGTTTTGGATGGTTTAAGACTTATGGTTTGATATTTGATT
CTTGGAATTTTTGTTCTTTTATTACGATCATTTGCTATGTTGGTGCCTTAGTTAATATAT
CTTCACTGGTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E034TF U 1
AF RR1H612JQ C 193
AF RR1H612TF U 175
AF RR1GW38TF U 5
AF RR1E034JQ C 1
BS 1 18 RR1E034JQ
BS 19 241 RR1E034TF
BS 242 242 RR1H612TF
BS 243 267 RR1E034TF
BS 268 268 RR1H612TF
BS 269 314 RR1E034TF
BS 315 575 RR1H612TF
BS 576 615 RR1E034JQ

RD RR1E034TF 314 0 0
GGGAGCTTGGGCGAGAGA
GAGAGAGAGAAGCCATGGTTAAGTTCCTAAAGCAGAACAAAGCGGTGATCCTCCTCCAAG
ACCGTTACGCCGGCAAGAAGGCGGTGATCATCCGCTCCTTCGACGACGGTAACCGCGAGC
GACCTTACGGACACTGCCTCGTCGCGGGACTGAAGAAGTACCCGAGCAAGGTGATCCGCA
AGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGGGTCAAGTGCTTCATCAAGGTCGTGA
ACTACCAGCTTCTGATGCCTACTCGTTACACGCTCGACGTGGATCTGAAGGAGGTG

QA 19 314 19 314
DS 

RD RR1H612JQ 383 0 0
TCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGGGTCAAGTGTTTCATCAAGG
TCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGCTCGACGTGGATCTGAAGGAGG
TGGCGACTCTCGAAGCTCTGGCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCTTAAGGAGGCCA
AGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACTGGGAAGAACAGGTGGTTCTTCACCAAGCTCA
GGTTTTGAGAAAGTTTTATCGTTTTTGTAACGGAATCTACAGTATGCTTTTTGTAGTTTG
TCGGAACATGTTTTGGATGGTTTAAGACTTATGGTTTGATATTTGATTCTTGGAATTTTT
GTTCTTTTATTACGATCATTTGC

QA 1 383 1 383
DS 

RD RR1H612TF 401 0 0
G
GTACCCGAGCAAGGTGATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGGGT
CAAGTGTTTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGCTCGA
CGTGGATCTGAAGGAGGTGGCGACTCTCGAAGCTCTGGCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGC
GGCTCTTAAGGAGGCCAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACTGGGAAGAACAGGTG
GTTCTTCACCAAGCTCAGGTTTTGAGAAAGTTTTATCGTTTTTGTAACGGAATCTACAGT
ATGCTTTTTGTAGTTTGTCGGAACATGTTTTGGATGGTTTAAGACTTATGGTTTGATATT
TGATTCTTGGAATTTTTGTTCTTTTATTACGATCATTTGC

QA 2 401 2 401
DS 

RD RR1GW38TF 556 0 0
GGGAGGGAGCTTGG
GAGAGAGAGAAGCCATGGTTAAGTTCCTAAAGCAGAACAAAGCGGTGATCCTCCTCCAAG
GCCGTTACGCTGGCAAGAAGGCTGTGATCATCCGCTCCTTCGACGACGGTAACCGCGAGC
GTCCATACGGACACTGCCTCGTCGCGGGACTCAAGAAGTACCCGAGCAAGGTGATCCGCA
AGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGGGTCAAGTGTTTCATCAAGGTCGTGA
ACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGCTCGACGTGGATCTGAAGGAGGTGGCGA
CTCTCGAAGCTCTGGCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCTTAAGGAGGCCAAGGCTA
AGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACTGGGAAGAACAGGTGGTTCTTCACCAAGCTCAGGTTTT
GAGAAAGTTTTATCGTTTTTGTAACGGAATCTACAGTATGCTTTTTGTAGTTTGTCGGAA
CATGTTTTGGATGGTTTAAGACTTATGGTTTGATATTTGATTCTTGGAATTTTTGTTC
AAAA

QA 15 552 15 552
DS 

RD RR1E034JQ 615 0 0
GGGAGCTTGGGCGAGAGAGAGAGAGAGAAGCCATGGTTAAGTTCCTAAAGCAGAACAAAG
CGGTGATCCTCCTCCAAGACCGTTACGCCGGCAAGAAGGCGGTGATCATCCGCTCCTTCG
ACGACGGTAACCGCGAGCGACCTTACGGACACTGCCTCGTCGCGGGACTGAAGAAGTACC
CGAGCAAGGTGATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGGGTCAAGT
GCTTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCTTCTGATGCCTACTCGTTACACGCTCGACGTGG
ATCTGAAGGAGGTGGCGACATTGGAAGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTC
TTAAGGAGGCCAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACTGGGAAGAACAGGTGGTTCT
TCACCAAGCTCAGGTTTTGAGAAAGTTTTATCGTTTTTGTAACGGAATCTACAGTATGCT
TTTTGTAGTTTGTCGGAACATGTTTTGGATGGTTTAAGACTTATGGTTTGATATTTGATT
CTTGGAATTTTTGTTCTTTTATTACGATCATTTGCTATGTTGGTGCCTTAGTTAATATAT
CTTCACTGGTTTAGC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 5

CO CL1916Contig1 661 5 3 U
GGAGGTTTTGGTGGGAGGGTAAAGAAGCAAAAACACAATGGGGGAGAAGGAAGCAAAGAT
CTACACTCTCTCAGAAGTTTCAGAGCACAATCACGCTCATGACTGCTGGATCGTCATCAA
TGCGAAGGTGTACAATGTAACCAAGTTCCTTGAAGACCATCCAGGTGGAGATGAAGTTCT
CCTGTCTTCAACAGGCAAGGATGCAACGGATGATTTTGAGGACGTGGGGCATAGCGAGAG
CGCAAGAGAGATGATGGAACAATACTACGTTGGAGAGATTGATCCGACAACAATCCCGAA
GAAAACCAAGTACACACCTCCGAAACAGCCTCACTACAACCAAGACAAGACCTCTGAGTT
CATTATCAAGATCCTCCAGTTCCTCGTTCCCCTTGCAATTCTCGGTTTGGCAGTTGGGAT
TCGTATCTACACCAAGTCAGCATAGTAGTCTTCTTTTTCATATCTTCTATATATAGAGAG
AGTTAGAGATAATAAGTTCTT**GAGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCTTTGTTCCTA
TCTTTTGTTGTGTGAACGTGTTTTGTATTGTTTCTTACGTGTTGTGATGAAGTCGCATCT
AAACAAGCAGTCTTGCAGAAATGCAGCTGATATTGATCTAATATAATTCATGTTGCGAAA
C


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH46JQ C 243
AF RR1DH46TF U 11
AF RR1DM41TF U 1
AF RR1DM41JQ C 322
AF RR1D804TF U 1
BS 1 501 RR1D804TF
BS 502 503 RR1DM41TF
BS 504 661 RR1D804TF

RD RR1DH46JQ 178 0 0
CAAGAGAGATGATGGAACAATACTACGTTGGAGAGATTGATCCGACAACAATCCCGAAGA
AAACCAAGTACACACCTCCGAAACAGCCTCACTACAACCAAGACAAGACCTCCGAGTTCA
TTATCAAGATCCTCCAGTTCCTCGTTCCCCTTGCAATTTTCGGTTTGGCAGTTGGGAT

QA 1 178 1 178
DS 

RD RR1DH46TF 645 0 0
GG
GGGAGGGTAAAGAAGCAAAAGCACAATGGGGGAGAAGGAAGCAAAGATCTACACTCTCTC
AGAAGTTTCAGAGCACAATCACGCTCATGACTGCTGGATCGTCATCAATGCGAAGGTGTA
CAATGTAACCAAGTTCCTTGAAGACCATCCAGGTGGAGATGAAGTTCTCCTGTCTTCAAC
AGGCAAGGATGCAACGGATGATTTTGAGGACGTGGGGCATAGCGAGAGCGCAAGAGAGAT
GATGGAACAATACTACGTTGGAGAGATTGATCCGACAACAATCCCGAAGAAAACCAAGTA
CACACCTCCGAAACAGCCTCACTACAACCAAGACAAGACCTCCGAGTTCATTATCAAGAT
CCTCCAGTTCCTCGTTCCCCTTGCAATTCTCGGTTTGGCAGTTGGGATTCGTATCTACAC
TAAGTCAGCATAGTAGTCTTCTTTTTCATATCTTCTATATATAGAGAGAGTTAGAGATAA
TAAGTTCTTTTGAGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCTTTGTTCCTATCTTTTGTTGTG
TGAACGTGTTTTGTATTGTTTCTTACGTGTTGTGATGAAGTCGCATCTAAACAAGCAGTC
TTGCAGAAATGCAGCTGATATTGATCTAATATAATTCATGTTG

QA 3 645 3 645
DS 

RD RR1DM41TF 657 0 0
GGAGGTTTTGGTGGGAGGGTAAAGAAGCAAAAACACAATGGGGGAGAAGGAAGCAAAGAT
CTACACTCTCTCAGAAGTTTCATAGCACAATCACGCTCATGACTGCTGGATCGTCATCAA
TGCGAAGGTGTACAATGTAACCAAGTTCCTTGAAGACCATCCAGGTGGAGATGAAGTTCT
CCTGTCTTCAACAGGCAAGGATGCAACGGATGATTTTGAGGACGTGGGGCATAGCGAGAG
CGCAAGAGAGATGATGGAACAATACTACGTTGGAGAGATTGATCCGACAACAATCCCGAA
GAAAACCAAGTACACACCTCCGAAACAGCCTCACTACAACCAAGACAAGACCTCTGAGTT
CATTATCAAGATCCTCCAGTTCCTCGTTCCCCTTGCAATTCTCGGTTTGGCAGTTGGGAT
TCGTATCTACACCAAGTCAGCATAGTAGTCTTCTTTTTCATATCTTCTATATATAGAGAG
AGTTAGAGATAATAAGTTCTT**GAGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCTTTGTTCCTA
TCTTTTGTTGTGTGAACGTGTTTTGTATTGTTTCTTACGTGTTGTGATGAAGTCGCATCT
AAACAAGCAGTCTTGCAGAAATGCAGCTGATATTGATCTAATATAATTCATGTTG
CG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1DM41JQ 313 0 0
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CCTCGTTCCCCTTGCAATTCTCGGTTTGGCAGTTGGGATTCGTATCTACACCAAGTCAGC
ATAGTAGTTTTCTTTTTCATATCTTCTATATATAGAGAGAGTTAGAGATAATAAGTTCTT
**GAGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCTTTGTTCCTATCTTTTGTTGGGTGAACGTGT
TTTGTATTGTTTTTTACGTGTTGTGATGAAGTCGCATCTAAACAAGCAGTCTTGCAGAAA
TGCAGCTGATATT

QA 1 313 1 313
DS 

RD RR1D804TF 661 0 0
GGAGGTTTTGGTGGGAGGGTAAAGAAGCAAAAACACAATGGGGGAGAAGGAAGCAAAGAT
CTACACTCTCTCAGAAGTTTCAGAGCACAATCACGCTCATGACTGCTGGATCGTCATCAA
TGCGAAGGTGTACAATGTAACCAAGTTCCTTGAAGACCATCCAGGTGGAGATGAAGTTCT
CCTGTCTTCAACAGGCAAGGATGCAACGGATGATTTTGAGGACGTGGGGCATAGCGAGAG
CGCAAGAGAGATGATGGAACAATACTACGTTGGAGAGATTGATCCGACAACAATCCCGAA
GAAAACCAAGTACACACCTCCGAAACAGCCTCACTACAACCAAGACAAGACCTCTGAGTT
CATTATCAAGATCCTCCAGTTCCTCGTTCCCCTTGCAATTCTCGGTTTGGCAGTTGGGAT
TCGTATCTACACCAAGTCAGCATAGTAGTCTTCTTTTTCATATCTTCTATATATAGAGAG
AGTTAGAGATAATAAGTTCTTTTGAGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCTTTGTTCCTA
TCTTTTGTTGTGTGAACGTGTTTTGTATTGTTTCTTACGTGTTGTGATGAAGTCGCATCT
AAACAAGCAGTCTTGCAGAAATGCAGCTGATATTGATCTAATATAATTCATGTTGCGAAA
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 2 5

CO CL1917Contig1 833 3 2 U
GGGGAGAGAGTAAAGAAAAAACCTAAAAAGATGAAACTCGCAGGTCTGAAATCGATCGAG
AACGCGCATGAAGACTCCGTCTGGGCGGCGACATGGGTTCCGGCGACGGAAGAACGCCCG
GCGTTGCTTCTGACCGGATCTCTAGACGAGACGGTGAAGGTATGGAGAGCAGACGAGCTG
GATCTCGTGAGGACTAACACAGGACACTCCTTGGGAGTAGCAGCTGTGGCGGCGCATCCT
TCCGGGATCATCGCAGCTTCTTCTTCGCTCGATAGCTTCGTCCGTGTCTTCGATGTTGAC
ACTAATGCCACCATCGCTGTTCTCGAGGCTCCTCCTTCTGAGGTTTGGGGTATGCAATTT
GAACCTAAGGGTACAATCCTTGCTGTTGCAGGGGGAAGTAGTGCATCCGTCAAGCTTTGG
GACACTGCGAGCTGGAGACTAATCTCAACTCTATCAATCCCACGCCCTGAAGCACCAAAG
CCTTCTGATAAAACCAGCAGCAAGAAGTTCGTTCTCTCCGTGGCTTGGTCTCCCAACGGG
AAACGCCTCGCTTGTGGTTCAATGGATGGCACCGTCTGCGTCTTTGATGTTGATCGCTCT
AAGCTTCTTCACCAGCTTGAAGGACACAACATGCCTGTGAGGTCCCTTGTGTTCTCACCT
GTAGATCCGAGAGTCCTCTTCTCTGGATCAGATGATGGGCATGTGAACATGCACGACGCA
GAAGGAAACTCTGGTGGGGTCATGTCGGGCATACTAGCTGGGTGCTGAGCGTTGATGCTA
GCCCAGACGTGAGCTATAGCACTGGCTCGAGCGATAGGACTGTGAGGCTGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E823TF U 1
AF RR1BU07TF U 1
AF RR1FM14TF U 7
BS 1 713 RR1BU07TF
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GGGGAGA
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TCATCGCAGCTTCTTCTTCGCTCGATAGCTTCGTCCGTGTCTTCGATGTTGACACTAATG
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TCGCTTGTGGTTCAATGGATGGCACCGTCTGCGTCTTTGATGTTGATCGCTCTAAGCTTC
TTCA

QA 8 611 8 611
DS 

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GCGTTGCTTCTGACCGGATCTCTAGACGAGACGGTGAAGGTATGGAGAGCAGACGAGCTG
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TCCGGGATCATCGCAGCTTCTTCTTCGCTCGATAGCTTCGTCCGTGTCTTCGATGTTGAC
ACTAATGCCACCATCGCTGTTCTCGAGGCTCCTCCTTCTGAGGTTTGGGGTATGCAATTT
GAACCTAAGGGTACAATCCTTGCTGTTGCAGGGGGAAGTAGTGCATCCGTCAAGCTTTGG
GACACTGCGAGCTGGAGACTAATCTCAACTCTATCAATCCCACGCCCTGAAGCACCAAAG
CCTTCTGATAAAACCAGCAGCAAGAAGTTCGTTCTCTCCGTGGCTTGGTCTCCCAACGGG
AAACGCCTCGCTTGTGGTTCAATGGATGGCACCGTCTGCGTCTTTGATGTTGATCGCTCT
AAGCTTCTTCACCAGCTTGAAGGACACAACATGCCTGTGAGGTCCCTTGTGTTCTCACCT
GTAGATCCGAGAGTCCTCTTCTCTGGATCAGATGATGGGCATGTGAACATGCA
TGATGCAGA

QA 1 713 1 713
DS 

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G
GAGTAAAAAAAAAACCTAAAAAGATGAAACTCGCAGGTCTGAAATCGATCGAGAACGCGC
ACGAAGATTCCGTCTGGGCGGCGACATGGGTTCCGGCGACGGAAGAACGCCCGGCGTTGC
TTCTGACCGGATCTCTAGACGAGACGGTGAAGCTATGGAGAGCGGACGAGCTGGATCTCG
TGAGGACTAACACAGGACATTCCTTGGGAGTAGCAGCTGTGGCGGCGCATCCTTCCGGGA
TCATCGCAGCTTCTTCTTCGCTCGACAGCTTCGTCCGTGTCTTCGATGTTGACACTAATG
CCACCATCGCTGTTCTCGAGGCTCCTCCTTCTGAGGTTTGGGGTATGCAATTTGAACCTA
AGGGTACAATCCTTGCTGTTGCAGGGGGAAGTAGTGCATCGGTCAAGCTATGGGACACTG
CGAGCTGGAGACTAATCTCAACTCTATCAATCCCACGTCCTGAAGCACCAAAGCCTTCTG
ATAAAACCAGTAGCAAGAAGTTCGTTCTCTCCGTGGCTTGGTCTCCCAACGGGTAACGCC
TTGCTTGTGGTTCAATGGATGGCACCATCTGCGTCTTTGATGTTGATCGATCTAAGCTTC
TTCACCAGCTTGAAGGACACAACATGCCTGTGAGGTCCCTTGTGTTCTCCCCTGTAGATC
CGAGAGTCCTCTTCTCTGGATCAGATGATGGGCATGTGAACATGCACGACGCAGAAGGAA
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QA 2 827 2 827
DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FM14JQ U 1
AF RR1E823JQ U 1
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TGAGATTAGTCTCCAGCTCGCAGTGTCCCATAGCTTGAC
CGAT

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DS 

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ATCATAGAGTGATACACTCTTGTCGTCGGAGACACTAGCGAGACGACCAGCACGGACACC
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CATGGACCCCACCAGCGTTTTCCCTTCTGCATCATGCATGTTCACATGCCCATCATCTGA
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GTGTCCTTCAAGCTGGTGAAGAAGCTTAGAGCGATCAACATCAAAGACGCAGACGGTGCC
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AACAGCAAGGATTGTACCC

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DS 



AS 1 5

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AGTGGGT


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EX74TF U 1
AF RR1E269TF U 3
AF RR1EX74JQ C 121
AF RR1BB69TF U 5
AF RR1BB69JQ C 5
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BS 727 727 RR1BB69TF
BS 728 741 RR1EX74TF
BS 742 742 RR1E269TF
BS 743 768 RR1EX74TF
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BS 770 780 RR1EX74TF
BS 781 784 RR1E269TF
BS 785 818 RR1BB69TF
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RD RR1EX74TF 780 0 0
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CACCAAACAAAAACAAAAATGGCGTCCAAAACCATCTTCTTCTCTTTCTTAGTCGTCTCC
GCCGTGTGTTTGTCCACTCTCGCCGGTTTTGTCGCCGCCGATGCTGACGATTTTGACCTT
TTCCAGATTCAGGGATCTGTTTACTGTGACACCTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTC
AGCAAATTCCTCGAAGGTGCGAAAGTAAAGTTGGAGTGCAGGAGCAGAACAAACGGAACC
CTAACGTTGACTAAAGAAGCCATTACCGACAAATCAGGAAGCTACAAGATTGAAGTAACC
GGTGATCACGAAGAAGAACTTTGCGAGCTCGTGTTGGTCCAATCACCAGACAGTGGTTGC
AGTGACGTAAGCAGAGACGCCTACTTACGTAACGCCGCTAAGATCAGTTTAACAGCGAAT
GACGGAATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTTGGTTTCATGGTTAAGACG
CCATTAGCCGATTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGCTCGGTATTGTACCTGACGTCATCTTT
TAAGCGAAGAAGAAGATATATTACGTCAGAGATATAAATTTCTACATGCTTAATCTTGAA
GGGTTTTCCGTCAAATTTATCAATGATTTATTGTTATGAATTAATATCTACATCATTTAT
TGAGGT*AATTTCTCGCTTTT*GTTCTTGTTTAATTTGAATTGTGAGC*ATACTTGCGTT

QA 1 780 1 780
DS 

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GGTT
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TGTTTGTCCACTCTCGCCGGTTTTGTCGCCGCCGATGCTGACGATTTTTACCTTTTCCAG
ATTCAGGGATCTGTTTACTGTGACACCTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTCAGCAAA
TTCCTCGAAGGTGCGAAAGTAAAGTTGGAGTGCAGGAGCAGAACAAACGGAACCCTAACG
TTGACTAAAGAAGCCATTACCGACAAACCAGGAAGCTACAAGATTGAAGTAACCGGTGAT
CACGAAGAAGAACTTTGCGAGCTCGTGTTGGTCCAATCACCAGACAGTGGTTGCAGTGAC
GTAAGCAGAGACGCCTACTTACGTAACGCCGCTAAGATCAGTTTAACAGCGAATGACGGA
ATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTTGGTTTCATGGTTAAGACGCCATTA
GCCGATTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGCTCGGTATTGTACCTGACGTCATCTTTTAAGCG
AAGAAGAAGATATATTACGTCAGAGATATAAATTTCTACATGCTTAATCTTGAAGGGTTT
TCCGTCAAATTTATCAATGATTTATTGTTATGAATTAATATCTACATCATTTATTGAGGT
*AATTTCTCGCTTTTTGTTCTTGTTTAATTTGAATTGTGAGCCATACTTGCGTTGTTA

QA 5 782 5 782
DS 

RD RR1EX74JQ 667 0 0
GCCGTGTGTTTGTCCACTCTCGCCGGTTTTGTCGCCGCCGATGCTGACGATTTTGACCTT
TTCCAGATTCAGGGATCTGTTTACTGTGACACCTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTC
AGCAAATTCCTCGAAGGTGCGAAAGTAAAGTTGGAGTGCAGGAGCAGAACAAACGGAACC
CTAACGTTGACTAAAGAAGCCATTACCGACAAATCAGGAAGCTACAAGATTGAAGTAACC
GGTGATCACGAAGAAGAACTTTGCGAGCTCGTGTTGGTCCAATCACCAGACAGTGGTTGC
AGTGACGTAAGCAGAGACGCCTACTTACGTAACGCCGCTAAGATCAGTTTAACAGCGAAT
GACGGAATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTTGGTTTCATGGTTAAGACG
CCATTAGCCGATTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGCTCGGTATTGTACCTGACGTCATCTTT
TAAGCGAAGAAGAAGATATATTACGTCAGAGATATAAATTTCTACATGCTTAATCTTGAA
GGGTTTTCCGTCAAATTTATCAATGATTTATTGTTATGAATTAATATCTACATCATTTAT
TGAGGTTAATTTCTCGCTTTTTGTTCTTGTTTAATTTGAATTGTGAGCCATACTTGCGTT
GTTA
TAC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1BB69TF 814 0 0
GG
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ACAAAAACAAAAATGGCGTCCAAAACCATCTTCTTCTCTTTCTTAGTCGTCTCCGCCGTG
TGTTTGTCCACTCTCGCCGGTTTTGTCGCCGCCGATGCTGACGATTTTGACCTTTTCCAG
ATTCAGGGATCTGTTTACTGTGACACCTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTCAGCAAA
TTCCTCGAAGGTGCGAAAGTAAAGTTGGAGTGCAGGAGCAGAACAAACGGAACCCTAACG
TTGACTAAAGAAGCCATTACCGACAAATCAGGAAGCTACAAGATTGAAGTAACCGGTGAT
CACGAAGAAGAACTTTGCGAGCTCGTGTTGGTCCAATCACCAGACAGTGGTTGCAGTGAC
GTAAGCAGAGACGCCTACTTACGTAACGCCGCTAAGATCAGTTTAACAGCGAATGACGGA
ATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTTGGTTTCATGGTTAAGACGCCATTA
GCCGATTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGCTCGGTATTGTACCTGACGTCATCTTTTAAGCG
AAGAAGAAGATATATTACGTCAGAGATATAAATTTCTACATGCTTATTCTTGAAGGGTTT
TCCGTCAAATTTATCAATGATTTATTGTTATGAATTAATATCTACATCATTTATTGAGGT
TAATTTCTCGCTTTTTGTTCTTGTTTAATTTGAATTGTGAGCCATACTTGCGTTGTTATG
CAATGATGAGGACATTATCATTTATTAGTACA

QA 3 814 3 814
DS 

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GG
GTCTTCTTCTCAAACATATCTAAACTTATCGTTTGAAACTAAAAAAGAAGAGACCACCAA
ACAAAAACAAAAATGGCGTCCAAAACCATCTTCTTCTCTTTCTTAGTCGTCTCCGCCGTG
TGTTTGTCCACTCTCGCCGGTTTTGTCGCCGCCGATGCTGACGATTTTGACCTTTTCCAG
ATTCAGGGATCTGTTTACTGTGACACCTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTCAGCAAA
TTCCTCGAAGGTGCGAAAGTAAAGTTGGAGTGCAGGAGCAGAACAAACGGAACCCTAACG
TTGACTAAAGAAGCCATTACCGACAAATCAGGAAGCTACAAGATTGAAGTAACCGGTGAT
CACGAAGAAGAACTTTGCGAGCTCGTGTTGGTCCAATCACCAGACAGTGGTTGCAGTGAC
GTAAGCAGAGACGCCTACTTACGTAACGCCGCTAAGATCAGTTTAACAGCGAATGACGGA
ATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTTGGTTTCATGGTTAAGACGCCATTA
GCCGATTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGCTCGGTATTGTACCTGACGTCATCTTTTAAGCG
AAGAAGAAGATATATTACGTCAGAGATATAAATTTCTACATGCTTATTCTTGAAGGGTTT
TCCGTCAAATTTATCAATGATTTATTGTTATGAATTAATATCTACATCATTTATTGAGGT
TAATTTCTCGCTTTTTGTTCTTGTTTAATTTGAATTGTGAGCCATACTTGCGTTGTTATG
CAATGATGAGGACATTATCATTTATTAGTACAAAAACAGCACTTTACTAGCCTGAGTGGG
T

QA 3 843 3 843
DS 



AS 1 4

CO CL1919Contig1 1152 4 19 U
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GAGAAGGACAAGATCGGGAAAAATGGCGTCATGAATTAAACCGGTGCTAATCTCTACAGG
AGTCGTAGCTGTAGCTATGCAACTAAAAATCATTGTCCCTGTTGTGGCACTAGATTTCTC
TCGAGCTCCCATCCTTTTCGGTTCCTTTCTCTCATGGCTGAAACCACCATACCTCTACGT
CATCACCAACGTCATCATCGCCATGATCGGGTTCTCATCCATATATCACCGGATCATCAC
AAACCCCGAGGTCAAAGACCACAGGGACTCATACGGCGGCGACCATAAGTTTCAGAACGA
GCAGAACGTCCACCGAGCTCAACCGCAGCGATCTGAAGATTTCAGTTTTATCGCCGCAGC
TCCGCCGTCAAAGACCATCGTTAAGGAGAAGGAGAGAGAAGAGGTGGTTACGGAGAAGCT
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ACCGGAAAATCAGACTCCGGTTGAGAAGCCTCTTGTTTCGGCTAGGATCGGCCAACGGAA
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AAAGCGGCAAGAGACTCTTGAGAATACGTGGAAAATGATAACGGAAGGGAAGCCGTTGAC
TAGCTATTACCGGAGACCAGACACGTTCGGACTTGGCGTAGAAGATTCCAACAAGACAAA
ACAGTCCGGTTTGAAGAAAGCCGAGACGTTTAGCGATCGGACCAAGTATTACCTCTCACC
GGCCGTGTCACGGAGTCGAAACGAGCTGAATATAAGAGCAGAAGCGTTTATAAAAAAGTG
CAACGACGAAAGGTTCGAGTCGATGAGACAGGACACAGAAATGAACCGTCGTGGTCTTTC
GTTTTAGTTTTAGTTGTGGTTTTTTTGGCTTTTGTTTTGTATTTTAGTTTCGATTGCATT
ATCTAGAAGCTATTAAGTAGTAACAAAAGGAAATGACAAATGTGGGAAGTCACGGATAAA
CAAAGCACCCTGATTGGCTTATAGCTTAGTTTAGTTTGTTATTTCGCATCTTTCAGTTAC
GAATGTAAAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FH42TF U 1
AF RR1BZ34TF U 5
AF RR1BZ34JQ C 341
AF RR1FH42JQ C 388
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BS 201 201 RR1BZ34TF
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BS 685 694 RR1FH42TF
BS 695 783 RR1BZ34JQ
BS 784 784 RR1FH42JQ
BS 785 929 RR1BZ34JQ
BS 930 930 RR1FH42JQ
BS 931 1086 RR1BZ34JQ
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BS 1088 1124 RR1BZ34JQ
BS 1125 1152 RR1FH42JQ

RD RR1FH42TF 697 0 0
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GAGAAGGACAAGATCGGGAAAAATGGCGTCATGAATTAAACCGGTGCTAATCTCTACAGG
AGTCGTAGCTGTAGCTATGCAACTAAAAATCATTGTCCCTGTTGTGGCACTAGATTTCTC
TCGAGCTCCCATCCTTTTCGTTTCCTTTCTCTCATGGCTGAAACCACCATACCTCTACGT
CATCACCAACGTCATCATCGCCATGATCGGGTTCTCATCCATATATCACCGGATCATCAC
AAACCCCGAGGTCAAAGACCACAGGGACTCATACGGCGGCGACCATAAGTTTCAGAACGA
GCAGAACGTCCACCGAGCTCAACCGCAGCGATCTGAAGATTTCAGTTTTATCGCCGCAGC
TCCGCCGTCAAAGACCATCGTTAAGGAGAAGGAGAGAGAAGAGGTGGTTACGGAGAAGCT
AGCAGAAGCTGCCGCAAAAGTAGAGGAGGAGAAGAAGTGTTTAGTGGTGGTGGTGTCCAA
ACCGGAAAATCAGACTCCGGTTGAGAAGCCTCTTGTTTCGGCTAGGATCGGCCAACGGAA
ACTGGTCAAGACCGCCACGGCAGAACGAAAATCTTTGAAAGCGTTGAGAGTGGCGAAGCC
AAAGCGGCAAGAGACTCTTGAGA*TACGTGGAAA
TGA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1BZ34TF 698 0 0
AAC
AACTACTAAACACCATTTCCATAAATCCGAAGAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAGAAGG
ACAAGATCGGGAAAAATGGCGTCATGGATTAAACCGGTGCTAATCTCTACAGGAGTCGTA
GCTGTAGCTATGCAACTAAAAATCATTGTCCCTGTTGTGGCACTAGATTTCTCTCGAGCT
CCCGTCCTTTTCGGTTCCTTTCTCTCATGGCTGAAACCACCATACCTCTACGTCATCACC
AACGTCATCATCGCCATGATCGGGTTCTCATCCATATATCACCGGATCATCACAAACCCC
GAGGTCAAAGACCACGGGGGCTCATACGGCGGCGACCATAAGTTTCAGAACGAGCAGAAC
GTCCACCGAGCTCAACCGCAGCGATCTGAAGATTTCAGTTTTATCGCCGCAGCTCCGCCG
TCAAAGACCATCGTTAAGGAGAAGGAGAGAGAAGAGGTGGTTACGGAGAAGCTAGCAGAA
GCTGCCGCAAAAGTAGAGGAGGAGAAGAAGTGTGGTGGGG*GGTGGTGGCCAAACCGGAA
AATCAGACTCCGGTTGAGAAGCCTCTTGTTTCGGCTAGGATCGGCCAACGGAAACTGGTC
AAGACCACCACGGCAGAACGAAAATCTTTGAAAGCGTTGAGAGTGGCGAAGCCAAAGCGG
CAAGAGACTCTTGAGA*TACGTGGAAA
ATGATACG

QA 4 690 4 690
DS 

RD RR1BZ34JQ 784 0 0
GACCATAAGTTTCAGAACGAGCAGAACGTCCACCGAGCTCAACCGCAGCGATCTGAAGAT
TTCAGTTTTATCGCCGCAGCTCCGCCGTCAAAGACCATCGTTAAGGAGAAGGAGAGAGAA
GAGGTGGTTACGGAGAAGCTAGCAGAAGCTGCCGCAAAAGTAGAGGAGGAGAAGAAGTGT
G**GTGGTGGTGGTGGCCAAACCGGAAAATCAGACTCCGGTTGAGAAGCCTCTTGTTTCG
GCTAGGATCGGCCAACGGAAACTGGTCAAGACCACCACGGCAGAACGAAAATCTTTGAAA
GCGTTGAGAGTGGCGAAGCCAAAGCGGCAAGAGACTCTTGAGAATACGTGGAAAATGATA
ACGGAAGGGAAGCCGTTGACTAGCTATTACCGGAGACCAGACACGTTCGGACTTGGCGTA
GAAGATTCCAACAAGACAAAACATTCCGGTTTGAAGAAAGCCGAGACGTTTAGCGATCGG
ACCAAGTATTACCTCTCACCGGCCGTGTCACGGAGTCGAAACGAGCTGAATATAAGAGCA
GAAGCGTTTATAAAAAAGTGCAACGACGAAAGGTTCGAGTCGATGAGACGGGACACAGAA
ATGAACCGTCGTGGTCTTTCGTTTTAGTTTTAGTTGTGGTTTTTTTGGCTTTTGTTTTGT
ATTTTAGTTTCGATTGCATTATCTAGAAGCTATTAAGTAGTAACAAAAGGAAATGACAAA
TGTGGGAAGTCACGGATAAACAAAGCCCCCTGATTGGCTTATAGCTTAGTTTAGTTTGTT
ATTT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1FH42JQ 765 0 0
GCGATCTGAAGATTTCAGTTTTATCGCCGCAGCTCCGCCGTCAAAGACCATCGTTAAGGA
GAAGGAGAGAGAAGAGGTGGTTACGGAGAAGCTAGCAGAAGCTGCCGCAAAAGTAGAGGA
GGAGAAGAAGTGTTTAGTGGTGGTGGTGTCCAAACCGGAAAATCAGACTCCGGTTGAGAA
GCCTCTTGTTTCGGCTAGGATCGGCCAACGGAAACTGGTCAAGACCGCCACGGCAGAACG
AAAATCTTTGAAAGCGTTGAGAGTGGCGAAGCCAAAGCGGCAAGAGACTCTTGAGAATAC
GTGGAAAATGATAACGGAAGGGAAGCCGTTGACTAGCTATTACCGGAGACCAGACACGTT
CGGACTTGGCGTAGAAGATTCCAACAAGACAAAACAGTCCGGTTTGAAGAAAGCCGAGAC
GTTTAGCGATCGGACCAAGTATTACCTCTCACCGGCCGTGTCACGGAGTCGAAACGAGCT
GAATATAAGAGCAGAAGCGTTTATAAAAAAGTGCAACGACGAAAGGTTCGAGTCGATGAG
ACAGGACACAGAAATGAACCGTCGTGGTCTTTCGTTTTAGTTTTAGTTGTGGTTTTTT*G
TCTTTTGTTTTGTATTTTAGTTTCGATTGCATTATCTAGAAGCTATTAAGTAGTAACAAA
AGGAAATGACAAATGTGGGAAGTCACGGATAAACAAAGCACCCTGATTGGCTTATAGCTT
AGTTTAGTTTGTTATTTCGCATCTTTCAGTTACGAATGTAAAGTC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 5

CO CL1920Contig1 743 5 13 U
GGATTCTCACAACTCTTCACCATCTCTCTCTGTAAAAATCTAAACAAAACTCATTTCAAG
TTCGATCAAGAAAACCAAGAACGATGCCTAAAGACAGGAAGATCGGAATCGCCATGGATT
TCTCGGAGAGCAGCAAGAACGCACTCAAATGGGCCATCGAGAACTTAGCTGACAAAGGAG
ACACACTTTACATCATCCACACGTTACCTACCTCTGATGCTGAATCTCGCAACGCCCTCT
GGCTCGAATCCGGTTCTCCTCTTATACCGTTGGCTGAATTTAGGGAACCGAAGATCATGG
AGAACTACGGTGTCAAGATCGACATCGCATGTCTTGACATGCTCGACACTGGTTCAAGGA
AGAAAGAGGTGCATGTAGTGACAAAACTATACTGGGGTGATGCAAGAGAGAAGCTGGTTG
ATGCTGTTAAAGAACTCAAACTGGATTCTATTGTCATGGGAAGCAGAGGACTCAGTGCCC
TTCAAAGAATAATAATGGGAAGCGTGAGCAGCTTTGTGATCGACCACGCGCCTTGCCCTG
TCACCATTGTCAAGGATGACTAGAAAGAAATGTCTTCTTCGCGCGTATAATCTACCAAAA
*TAATGTCGCAGTTTATGTTTTCAATAAAGAACTTTTTTTCTTGCTTTGTGTTTGTTCTA
TTTGAAATATTGACACATAATTTTCGCTTATGTGCGCTGATAATATTGAGAGGTGGCCTA
TAAGAGTCCAACGCTCATTCTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT17JQ C 322
AF RR1E152JQ C 7
AF RR1E152TF U 7
AF RR1CT17TF U 76
AF RR1AE25TF U 1
BS 1 287 RR1AE25TF
BS 288 288 RR1CT17TF
BS 289 462 RR1AE25TF
BS 463 463 RR1CT17TF
BS 464 583 RR1AE25TF
BS 584 584 RR1CT17TF
BS 585 600 RR1AE25TF
BS 601 601 RR1E152TF
BS 602 622 RR1AE25TF
BS 623 623 RR1E152TF
BS 624 647 RR1AE25TF
BS 648 648 RR1CT17TF
BS 649 743 RR1AE25TF

RD RR1CT17JQ 268 0 0
ACATCGCATGTCTTGACATGCTCGACACTGGTTCAAGGAAGAAAGAGGTGCATGTAGTGA
CAAAACTATACTGGGGTGATGCAAGAGAGAAGCTGGTTGATGCTGTTAAAGAACTCAAAC
TGGATTTTATTGTCATGGGAAGCAGAGGACTCAGTGCCCTTCAAAGAATAATAATGGGAA
GCGTGAGCAGCTTTGTGATCGACCACGCGCCTTGCCCTGTCACCATTGTCAAGGATGACT
AGAAAGAAATGTTTTTTTCGCGCGTATA

QA 1 268 1 268
DS 

RD RR1E152JQ 641 0 0
GG
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AGAAAACCAAGAACGATGCCTAAAGACAGGAAGATCGGAATCGCCATGGATTTCTCGGAG
AGCAGCAAGAACGCACTCAAATGGGCCATCGAGAACTTAGCTGACAAAGGAGACACACTT
TACATCATCCACACGTTACCTACCTCTGATGCTGAATCTCGCAACGCCCTCTGGCTCGAA
TCCGGTTCTCCTCTTATACCGTTGGCTGAATTTAGGGAACCGAAGATCATGGAGAACTAC
GGTGTCAAGATCGACATCGCATGTCTTGACATGCTCGACACTGGTTCAAGGAAGAAAGAG
GTGCATGTAGTGACAAAACTATACTGGGGTGATGCAAGAGAGAAGCTGGTTGATGCTGTT
AAAGAACTCAAACTGGATTCTATTGTCATGGGGAGCAGAGGACTCAGTGCCCTTCAAGGA
ATAATAATGGGAAGCGTGAGCAGCTTTGTGATCGACCACGCGCCTTGCCCTGTCACCATT
GTCAAGGACAACTAGAAAGAAATGTCTTCATCGCGCGTATAATCTACCAAAA*TAATGTC
GCAGTTTATGTTTTCAATAAAGAACTTTTTTTCTTGC
CG

QA 3 639 3 639
DS 

RD RR1E152TF 641 0 0
GG
ACAACTCTTCACCATCTCTCTCTGTAAAAATCTAAACAAAACTCATTTCAAGTTCGATCA
AGAAAACCAAGAACGATGCCTAAAGACAGGAAGATCGGAATCGCCATGGATTTCTCGGAG
AGCAGCAAGAACGCACTCAAATGGGCCATCGAGAACTTAGCTGACAAAGGAGACACACTT
TACATCATCCACACGTTACCTACCTCTGATGCTGAATCTCGCAACGCCCTCTGGCTCGAA
TCCGGTTCTCCTCTTATACCGTTGGCTGAATTTAGGGAACCGAAGATCATGGAGAACTAC
GGTGTCAAGATCGACATCGCATGTCTTGACATGCTCGACACTGGTTCAAGGAAGAAAGAG
GTGCATGTAGTGACAAAACTATACTGGGGTGATGCAAGAGAGAAGCTGGTTGATGCTGTT
AAAGAACTCAAACTGGATTCTATTGTCATGGGGAGCAGAGGACTCAGTGCCCTTCAAGGA
ATAATAATGGGAAGCGTGAGCAGCTTTGTGATCGACCACGCGCCTTGCCCTGTCACCATT
GTCAAGGACAACTAGAAAGAAATGTCTTCATCGCGCGTATAATCTACCAAAA*TAATGTC
GCAGTTTATGTTTTCAATAAAGAACTTTTTTTCTTGC
CG

QA 3 639 3 639
DS 

RD RR1CT17TF 612 0 0
G
AAGAACGATGCCTAAAGACAGGAAGATCGGAATCGCCATGGATTTCTCGGAGAGCAGCAA
GAACGCACTCAAATGGGCCATCGAGAACTTAGCTGACAAAGGAGACACACTTTACATCAT
CCACACGTTACCTACCTCTGATGCTGAATCTCGCAACGCCCTCTGGCTCGAATCCGGTTC
TCCTCTTATACCGTTGGCTGAATTTAGGGAACCGAAGATCATGGAGAACTACGGTGTCAA
GATCGACATCGCATGTCTTGACATGCTCGACACTGGTTCAAGGAAGAAAGAGGTGCATGT
AGTGACAAAACTATACTGGGGTGATGCAAGAGAGAAGCTGGTTGATGCTGTTAAAGAACT
CAAACTGGATTCTATTGTCATGGGAAGCAGAGGACTCAGTGCCCTTCAAAGAATAATAAT
GGGAAGCGTGAGCAGCTTTGTGATCGACCACGCGCCTTGCCCTGTCACCATTGTCAAGGA
TGACTAGAAAGAAATGTCTTCTTCGCGCGTATAATCTACCAAAAATAATGTCGCAGTTTA
TGTTTTTAATAAAGAACTTTTTTTCTTGCTTTGTGTTTGTTCTATTTGAAATATTGACAC
ATAATTTTCGC

QA 2 612 2 612
DS 

RD RR1AE25TF 743 0 0
GGATTCTCACAACTCTTCACCATCTCTCTCTGTAAAAATCTAAACAAAACTCATTTCAAG
TTCGATCAAGAAAACCAAGAACGATGCCTAAAGACAGGAAGATCGGAATCGCCATGGATT
TCTCGGAGAGCAGCAAGAACGCACTCAAATGGGCCATCGAGAACTTAGCTGACAAAGGAG
ACACACTTTACATCATCCACACGTTACCTACCTCTGATGCTGAATCTCGCAACGCCCTCT
GGCTCGAATCCGGTTCTCCTCTTATACCGTTGGCTGAATTTAGGGAATCGAAGATCATGG
AGAACTACGGTGTCAAGATCGACATCGCATGTCTTGACATGCTCGACACTGGTTCAAGGA
AGAAAGAGGTGCATGTAGTGACAAAACTATACTGGGGTGATGCAAGAGAGAAGCTGGTTG
ATGCTGTTAAAGAACTCAAACTGGATTCTATTGTCATGGGAAACAGAGGACTCAGTGCCC
TTCAAAGAATAATAATGGGAAGCGTGAGCAGCTTTGTGATCGACCACGCGCCTTGCCCTG
TCACCATTGTCAAGGATGACTAGAAAGAAATGTCTTCTTCGCGTGTATAATCTACCAAAA
ATAATGTCGCAGTTTATGTTTTTAATAAAGAACTTTTTTTCTTGCTT*GTGTTTGTTCTA
TTTGAAATATTGACACATAATTTTCGCTTATGTGCGCTGATAATATTGAGAGGTGGCCTA
TAAGAGTCCAACGCTCATTCTCA

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 5

CO CL1921Contig1 751 5 7 U
GGCCGCTGCAGCCGTCAATCATCTCTCAGAGAACAACAAATTTTTTTACGGAAGTTAAAA
GCATTTAAAGACACAACATGTCGGGTGATGAGGCTGCTGCTCCCGTTGTTGTTCCTCCCG
TTGCTGAGCCAGCGGCCATCCCAGAGGACATGGACTTGTTGACTGCCTTGGAGTTGACTC
TAAGGAAAGCTCGTGCTCATGGTGGGGTTGTCCGTGGTCTCCATGAGAGCGCTAAGCTTA
TTGAGAAGCGTGTTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTGACTACG
TCAAGCTTGTTAAGGCTCTCTGCGCTGATCACAGCATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGCG
CCAAGACCCTCGGCGAGTGGGCTGGTCTCTGCAAGATTGACTCTGAGGGTAACGCCAGGA
AGGTTGTTGGTTGCTCATGCCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTGCCCTCA
ATATCGTCAAGAAGCACATTGAATCTAACTAAGTTTAAGAAGCATTCTCCAATGTTTTTC
CATCTCAATGCTGTTTTATCTTGGTTTTGATACTTGA*TATTTTAGCAGACACCTCTCTG
AGATTTGTTTGGAACACGATCAAGTTTTGCTGTTATCTATATTCTACTCTTCCAAAGCCC
AATTTAGTTGATGTTTTCCTTCCCCATTATTTGATTTCAGACGATAAATCCGCGAAAGTC
ACTGGTTACTCTCTATGAAGCTGAATACGAC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D418TF U 3
AF RR1AX08TF U 1
AF RR1D418JQ C 3
AF RR1EP69TF U 1
AF RR1EP69JQ C 284
BS 1 280 RR1AX08TF
BS 281 281 RR1D418TF
BS 282 616 RR1AX08TF
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BS 618 659 RR1AX08TF
BS 660 737 RR1EP69TF
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RD RR1D418TF 481 0 0
GG
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TTAAAGACACAACATGTCGGGTGATGAGGCTGCTGCTCCCGTTGTTGTTCCTCCCGTTGC
TGAGCCAGCGGCCATCCCAGAGGACATGGACTTGTTGACTGCCTTGGAGTTGACTCTAAG
GAAAGCTCGTGCTCATGGTGGGGTTGTCCGTGGTCTCCATGAGAGCGCTAAGCTTATTGA
GAAGCGTGTTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTGACTACGTCAA
GCTTGTTAAGGCTCTCTGCGCTGATCACAGCATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGCGCCAA
GACCCTCGGCGAGTGGGCTGGTCTCTGCAAGATTGACTCTGAGGGTAACGCCAGGAAGGT
TGTTGGTTGCTCATGCCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTGCCCTCAATA

QA 3 481 3 481
DS 

RD RR1AX08TF 659 0 0
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GCATTTAAAGACACAACATGTCGGGTGATGAGGCTGCTGCTCCCGTTGTTGTTCCTCCCG
TTGCTGAGCCAGCGGCCATCCCAGAGGACATGGACTTGTTGACTGCCTTGGAGTTGACTC
TAAGGAAAGCTCGTGCTCATGGTGGGGTTGTCCGTGGTCTCCATGAGAGCGCTAAGCTTA
TTGAGAAGCGTGTTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGATTGCAACCAGCCTGACTACG
TCAAGCTTGTTAAGGCTCTCTGCGCTGATCACAGCATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGCG
CCAAGACCCTCGGCGAGTGGGCTGGTCTCTGCAAGATTGACTCTGAGGGTAACGCCAGGA
AGGTTGTTGGTTGCTCATGCCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTGCCCTCA
ATATCGTCAAGAAGCACATTGAATCTAACTAAGTTTAAGAAGCATTCTCCAATGTTTTTC
CATCTCAATGCTGTTTTATCTTGGTTTTGATACTTGA*TATTTTAGCAGACACCTCTCTG
AGATTTGTTTGGAACATGATCAAGTTTTGCTGTTATCTATATTCTACTCTTCCAAAGCC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1D418JQ 658 0 0
GG
GCTGCAGCCGTCAATCATCTCTCAGAGAACAACAAATTTTTTTACGGAAGTTAAAAGCAT
TTAAAGACACAACATGTCGGGTGATGAGGCTGCTGCTCCCGTTGTTGTTCCTCCCGTTGC
TGAGCCAGCGGCCATCCCAGAGGACATGGACTTGTTGACTGCCTTGGAGTTGACTCTAAG
GAAAGCTCGTGCTCATGGTGGGGTTGTCCGTGGTCTCCATGAGAGCGCTAAGCTTATTGA
GAAGCGTGTTGTTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTGACTACGTCAA
GCTTGTTAAGGCTTTTTGCGCTGATCACAGCATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGCGCCAA
GACCCTCGGCGAGTGGGCTGGTCTCTGCAAGATTGACTCTGAGGGTAACGCCAGGAAGGT
TGTTGGTTGCTCATGCCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTGCCCTCAATAT
CGTCAAGAAGCACATTGAATCTAACTAAGTTTAAGAAGCATTCTCCAATGTTTTTCCATC
TCAATGCTGTTTTATCTTGGTTTTGATACTTGAATATTTTAGCAGACACCTCTCTGAGAT
TTGTTTGGAACATGATCAAGTTTTGCTGTTATCTATATTCTACTCTTCCAAAGCC
C

QA 3 657 3 657
DS 

RD RR1EP69TF 737 0 0
GGCC
GCTGCAGCCGTCAATCATCTCTCAGAGAACAACAAATTTTTTTACGGAAGTTAAAAGCAT
TTAAAGACACAACATGTCGGGTGATGAGGCTGCTGCTCCCGTTGTTGTTCCTCCCGTTGC
TGAGCCAGCGGCCATCCCAGAGGACATGGACTTGTTGACTGCCTTGGAGTTGACTCTAAG
GAAAGCTCGTGCTCATGGTGGGGTTGTCCGTGGTCTCCATGAGAGCGCTAAGCTTATTGA
GAAGCGTGTTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTGACTACGTCAA
GCTTGTTAAGGCTCTCTGCGCTGATCACAGCATCAACTTGCTTACT*TTCCAAGCGCCAA
GACCCTCGGCGAGTGGGCTGGTCTCTGCAAGATTGACTCCGAGGGTAACGCCAGGAAGGT
TGTTGGTTGCTCATGCCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTGCCCTCAATAT
CGTCAAGAAGCACATTGAATCTAACTAAGTTTAAGAAGCATTCTCCAATGTTTTTCCATC
TCAATGCTGTTTTATCTTGGTTTTGATACTTGA*TATTTTAGCAGACACCTCTCTGAGAT
TTGTTTGGAACACGATCAAGTTTTGCTGTTATCTATATTCTACTCTTCCAAAGCCCAATT
TAGTTGATGTTTTCCTTCCCCATTATTTGATTTCAGACGATAAATCCGCGAAAGTCACTG
GTTACTCTCTATG

QA 5 737 5 737
DS 

RD RR1EP69JQ 468 0 0
CAACCAGCCTGATTACGTCAAGCTTGTTAAGGCTTTCTGCGCTGATCACAGCATCAACTT
GCTTACT*TTCCAAGCGCCAAGACCCTCGGGGAGTGGGCTGGTTTCTGCAAGATTGACTC
CGAGGGTAACGCCAGGAAGGTTGTTGGTTGCTCATGCCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGA
GGATACAACTGCCCTCAATATCGTCAAGAAGCACATTGAATCTAACTAAGTTTAAGAAGC
ATTCTCCAATGTTTTTCCATCTCAATGCTGTTTTATCTTGGTTTTGATACTTGA*TATTT
TAGCAGACACCTCTTTGAGATTTGTTTGGAACACGATCAAGTTTTGCTGTTATCTATATT
CTACTCTTCCAAAGCCCAATTTAGTTGATGTTTTCCTTCCCCATTATTTGATTTCAGACG
ATAAATCCGCGAAAGTCACTGGTTACTCTCTATGAAGCTGAATACGAC

QA 1 468 1 468
DS 



AS 1 5

CO CL1922Contig1 822 5 5 U
GCTAGCCAAACCAAAACAAACTCTGGCATCAAAATTATATAATATGTCACAGAGAACATA
ATCAGTTTAACATAAGGTGGAAGACAAAAAAGATGCATGCACTTTCACTTTCTTTTTGGT
TTCTTAACAACATTTCAACACTACTAAGGAGCTGTTTTCACTTCGTCACGGAAAGGTTTG
GGTGTCTTTGGGTGGCACCACCACCGTACAACCGGAATAGACTAAAAGCAGAGATGCAAG
AGACGAAAACCAAAGCAACAGAGGCAAGCAAGGCGGTTGCGGTTCCTCCAGCGGATCGGT
TGCAGAACTTGCCAAACATATTGCACAGCTTCATCCACTGCAGCTTTTCCTCGCCTCTTA
TTCCAATCAAACCAGACTCTGCTGATGCTGCTATTGCTGCCACACTCATGTAAGCCATCA
CCTGATCGCCTAAGAAAATGGCCCAAGCAAGGGACTTGTCGAGCAAAACGGTTCCTTTCA
TCGAACCCACCACGCAACGAACTGACTGCAACAAGGAATAAGCCGCAGCTATCCCATTAG
CGACCACCAAGAACACAAGGGCCTTCATGTCGGTGTACTTGGCTCTCTTCTCAATTGTAA
AGATTTGCTTGACCTGAGTGTTTGTCACTATCAGAATAAGCGCGAGGAGAGCGAGGAGAG
TAGCGGAGCACCTTAAGAGCAGCTCTGTTAGCTTCAGTCTCCGATCAATCAGCTTCATCT
TGCCTCCGTGGAAGACGGCTACGTTTCCTGGACTCATTTGTGCCCTTAAAAATATAAACT
TTAGGACAGAACACACAGTCCGTAGAGACCAGAGAGAAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DX69JQ U 113
AF RR1A601TF C 407
AF RR1GS28JQ U 135
AF RR1A601JQ U 1
AF RR1GS28TF C 166
BS 1 238 RR1A601JQ
BS 239 239 RR1GS28JQ
BS 240 419 RR1A601JQ
BS 420 420 RR1GS28JQ
BS 421 822 RR1A601JQ

RD RR1DX69JQ 125 0 0
TTTTTGGTTTCTTAACAACATTTCAACACTACTAAGGAGCTGTTTTCACTTCGTCACGGA
AAGGTTTGGGTGTCTTTGGGTGGCACCACCACCGTACAACCGGAATAGACTAAAAGCAGA
AATGC

QA 1 125 1 125
DS 

RD RR1A601TF 159 0 0
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AACGGTTCCTTTCATCGAACCCACCACGCAACGAACTGACTGCAACAAGGAATAAGCCGC
AGCTATCCCATTAGCGACCACCAAGAACACAAGGGCCTT

QA 1 159 1 159
DS 

RD RR1GS28JQ 638 0 0
G
CAACACCACTAAGGAGCTGTTTTCACTTCGTCACGGAAAGGTTTGGGTGTCTTTGGGTGG
CACCACCACCGTACAACCGGAATAGACTAAAAGCAGAGATGCAAGAGACGAAAACCAAAG
CAACAGAGGCAAGCAAGGCGGTTGCGGTTCCTCCAGCGGATCGGTTGCAGAACTTGCCAA
ACATATTGCACAGCTTCATCCACTGCAGCTTTTCCTCGCCTCTTATTCCAATCAAACCAG
ACTCTGCTGATGCTGCTATTGCTGCCACACTCATGTAAGCCATCACCTGATCGCCTAAGA
AAATGGCCCAAGCAAGGGACTTGTCGAGCAAAACGGTTCCTTTCATCGAACCCACCACGC
AACGAACTGACTGCAACAAGGAATAAGCCGCAGCTATCCCATTAGTGACCACCAAGAACA
CAAGGGCCTTCATGTCGGTGTACTTGGCTCTCTTCTCAATTGTAAAGATTTGCTTGACCT
GAGTGTTTGTCACTATCAGAATAAGCGCGAGGAGAGCGAGGAGAGTAGCGGAGCACCTTA
AGAGCAGCTCTGTTAGCTTCAGTCTCCGATCAATCAGCTTCATCTTGCCTCCGTGGAAGA
CGGCTACGTTTCCTGGACTCATTTGTGCCCTTAAAAA

QA 2 638 2 638
DS 

RD RR1A601JQ 822 0 0
GCTAGCCAAACCAAAACAAACTCTGGCATCAAAATTATATAATATGTCACAGAGAACATA
ATCAGTTTAACATAAGGTGGAAGACAAAAAAGATGCATGCACTTTCACTTTCTTTTTGGT
TTCTTAACAACATTTCAACACTACTAAGGAGCTGTTTTCACTTCGTCACGGAAAGGTTTG
GGTGTCTTTGGGTGGCACCACCACCGTACAACCGGAATAGACTAAAAGCAGAGATGCAGG
AGACGAAAACCAAAGCAACAGAGGCAAGCAAGGCGGTTGCGGTTCCTCCAGCGGATCGGT
TGCAGAACTTGCCAAACATATTGCACAGCTTCATCCACTGCAGCTTTTCCTCGCCTCTTA
TTCCAATCAAACCAGACTCTGCTGATGCTGCTATTGCTGCCACACTCATGTAAGCCATCG
CCTGATCGCCTAAGAAAATGGCCCAAGCAAGGGACTTGTCGAGCAAAACGGTTCCTTTCA
TCGAACCCACCACGCAACGAACTGACTGCAACAAGGAATAAGCCGCAGCTATCCCATTAG
CGACCACCAAGAACACAAGGGCCTTCATGTCGGTGTACTTGGCTCTCTTCTCAATTGTAA
AGATTTGCTTGACCTGAGTGTTTGTCACTATCAGAATAAGCGCGAGGAGAGCGAGGAGAG
TAGCGGAGCACCTTAAGAGCAGCTCTGTTAGCTTCAGTCTCCGATCAATCAGCTTCATCT
TGCCTCCGTGGAAGACGGCTACGTTTCCTGGACTCATTTGTGCCCTTAAAAATATAAACT
TTAGGACAGAACACACAGTCCGTAGAGACCAGAGAGAAATCC

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1GS28TF 657 0 0
TCACGGAAAGGTTTGG*TGTCTTTGGGTGGCACCACCACCGTACAACCGGAATAGACTAA
AAGCAGAGATGCAAGAGACGAAAACCAAAGCAACAGAGGCAAGCAAGGCGGTTGCGGTTC
CTCCAGCGGATCGGTTGCAGAACTTGCCAAACATATTGCACAGCTTCATCCACTGCAGCT
TTTCCTCGCCTCTTATTCCAATCAAACCAGACTCTGCTGATGCTGCTATTGCTGCCACAC
TCATGTAAGCCATCACCTGATCGCCTAAGAAAATGGCCCAAGCAAGGGACTTGTCGAGCA
AAACGGTTCCTTTCATCGAACCCACCACGCAACGAACTGACTGCAACAAGGAATAAGCCG
CAGCTATCCCATTAGTGACCACCAAGAACACAAGGGCCTTCATGTCGGTGTACTTGGCTC
TCTTCTCAATTGTAAAGATTTGCTTGACCTGAGTGTTTGTCACTATCAGAATAAGCGCGA
GGAGAGCGAGGAGAGTAGCGGAGCACCTTAAGAGCAGCTCTGTTAGCTTCAGTCTCCGAT
CAATCAGCTTCATCTTGCCTCCGTGGAAGACGGCTACGTTTCCTGGACTCATTTGTGCCC
TTAAAAATATAAACTTTAGGACAGAACACACAGTCCGTAGAGACCAGAGAGAAATCC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 4

CO CL1923Contig1 1024 4 31 U
GGGGGATGACGTTTACTCTGGATGATCTCCGCGGCGCGTTGAAGATGCCTAAAGAGCTCT
TCGCTGGCTTTGTCTTGCAGTACTCCGTCATGCCGTTATCAGCATTTCTAGTGAGTAAGC
TCTTGAATTTGCCATCACATTATGCAGCCGGTCTCATATTGGTTGGTTGCTGTCCAGGCG
GTACGGCAAGTAATATAGTCACCTACATTGCACGTGGGAATGTTGCACTATCAGTGTTGA
TGACAGCAGCTAGTACTCTTTCAGCTGTGATCATGACGCCGCTTCTTACGGCTAAGCTTG
CCCAACAATACGTCGCAGTTGATGCTCTTGGATTAGTAAAGTCAACACTACAGGTGGTTC
TTCTCCCAGTGCTGGCTGGTGCATTCATGAATCAGTACTTTCAAAGAGTGGTGAAGTTTG
TCTCTCCTCTCATGGCTCCGATTGCGGTTGGAACTGTCGCGATTCTCTGCGGGACTGCCA
TCGGTCAGAACGCGTCTGCGATACTCACGTCCGGGAAACAAGTGGTCATGGCTTGTGTCC
TTCTTCACCTCTCTGGATTCCTCTTTGGCTATCTGTTTTCGAGATTGCTCAGAATTGATG
TTGCTTCGTCAAGAACTGTCTCTATCGAAGTTGGCATGCAGAACTCGGTGCTTGGACTAG
TTCTGGCGGCAGAGCATTTTGGGAATCCGCTGACTGCAGTACCGTGCGCTGTTTCTAGCG
TCTGTCACTCCATCATCGGTAGCGTCTTGGCTGGAGTCTGGAGACGCAGTGCCCCTAAAC
AGCTTGAAGACTGAAAAAGAAATGAAAAAGTTGGGATTTTTTCACTCAGCCAGGACCGTT
TAGTTATGTCTTTTGACCAAAAGGTTTGTCTTTTTGGAGAGCTAAGAACTGTTTTGTCTT
TCTTTGGTCAGTCATGTTTTGTCTTTCTTTGGTAATTAAAAAAAAAAAAACTGTTTATGT
CGGTCTTGTTTACGGTGACATTTACCTTTGAATCTTCCACTCTTTCAAAGACTTCATGAT
CTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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G
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G
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TATCTGTTTTCGAGATTGCTCAGAATTGATGTTGTTTCGTCAAGAACTGTCTCTATCGAA
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CT

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GAGAGCTAAGAACTGTTTTGTCTTTCTTTGGTCAGTCATGTTTTGTCTTTCTTTGGTAAT
TAAAAAAAAAAAAACTGTTTATGTCGGTCTTGTTTACGGTGACATTTACCTTTGAATCTT
CCACTCTTTCAAAGACTTCATGATCTCC

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DS 



AS 1 4

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CAAAACAGCTATTCCGATCAACAATCTCCTCATCCCGCCGTCTCTCCACCGCTTCTCTCT
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GCTAAAAGCTCAGGCGTGAAGCAGTTCTTGTTCATAAGCAGCGCAGGGATCTACAAGTCC
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ATCGGCTCTGGCAACAACAAAGACTGCGAAGAATGGCTCTTCGACAGGATTGTGAGGGAT
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TGTACTCTCTTTTTTTTTCCCTCGGCTCATATGATATGATGAACATGATGATTCCAGCTA
AAAAGACCATTTAAATTCAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

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AF RR1GO38TF U 854
AF RR1BR05JQ C 549
AF RR1EK25JQ C 689
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GCA
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ATTTAAATTC
G

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QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 5

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TATCCCCATGGCTTTAGCGATTCCAGCAATCACAGGAGCTGCTCCAC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR1BL49JQ U 1
AF RR1C747JQ U 1
AF RR1C673JQ U 1
AF RR1BL49TF C 138
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CTAGATTAAAAGCCTCCGTCACAG*AGTAGACTGAGAGACAGCCGTAAGCAGCTTA

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DS 

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AG
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ATATCTCTATAACAAAAACCTATTCAAGTCGCAGCACAAAAGCTAACGCATAAACACACA
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GTCGCTCTGCAGCGTGCAGGATAAGTGATCATATCTCGGGCTATCAGACTCTAGGATAGC
GAGAGCTACCTTTCTTCTTCAAGAACTCCGGAATCTCCACCGAACCTCCTTCTCTGAAAG
AAGAAAAAGGTCTTCTCGTAGTAACTCCAACCGAGGCGGTATCTGCTTGTGCCATCTGAC
CCGCCCTTCCTTCTCCTTCTTCTTGTCGTTTGAATCCCGTTGCTATGAGTGTTATGCTCA
CTTGACCGGTGAGAGATGGATCCACAACAGCGCCGAATATAAGATTGGCAGTCGGATCAA
CAAGATCATATATAACTTCCGCTGCAGCATTTACCTCGAATAATGTCAAGTCGGTTCCAC
CAGTGATGTTCCAAACGATCCCAGTGGCTCTCTCAATGCCAATATCTAGCAAAGGTGACT
GTATTGCATTCAGCGCTGCATCTCTTGCTCTGCTCTTTCCTGTTGCAGTTCCTATCCCCA
TCAAAGAAGAGCCTGCATTCGCCATTATAGCTCTCACATCAGCAAAATCCACATTCACCA
ACCCAGGAATCGTAATGATATCAGATATGCCACGAACACCCTGACGAAGTATATCATCAG
CTAGAT*AAAAGCCTCCGTCACAGGAGTAGACTGAGAGACAGCCGTAAGCAGCTTATCAT
TCGGA
T

QA 3 847 3 847
DS 

RD RR1BL49TF 724 0 0
TTGATCATACATCAAAACATCTTGCTGTATCCCCAAAGAGACAACGTCGCTCTGCAGCGT
GCAGGATAAGTGATCATATCTCAGGCTATCAGACTCTAGGATAGCGAGAGCTACCTTTCT
TCTTCAAGAACTCCGGAATCTCCACCGAACCTCCTTCTCTGAAAGAAGAAGAAGGTCTTC
TCGTAGTAACTCCAACCGAGGCGGTATCTGCTTGTGCCATCTGACCCGCCCTTCCTTCTC
CTTCTTCTTGTCGTTTGAATCCCGTTGCTATGAGTGTTATGCTCACTTGACCGGTGAGAG
ATGGATCCACAACAGCGCCGAATATAAGATTGGCAGTCGGATCAACAAGATCATATATAA
CTTCCGCTGCAGCATTTACCTCGAATAATGTCAAGTCGGTTCCACCAGTGATGTTCCAAA
CGATCCCAGTGGCTCTCTCAATGCCAATATCTAGCAAAGGTGACTGTATTGCATTCAGCG
CTGCATCTCTTGCTCTGCTCTTTCCTGTTGCAGTTCCTATCCCCATCAAAGAAGAGCCTG
CATTCGCCATTATAGCTCTCACATCAGCAAAATCCACATTCACCAAACCAGGAATCGTAA
TGATATCAGATATGCCACGAACACCCTGACGAAGTATATCATCAGCTAGATTAAAAGCCT
CCGTCACAGGAGTAGACTGAGAGACAGCCGTAAGCAGCTTATCATTCGGAATCACAATGA
G
CGC

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1C747TF 715 0 0
TCTCTGAAAGAAGAAGAAGGTCTTCTCGTAGTAACTCCAACCGAGGCGGTATCTGCTTGT
GCCATCTGACCCGCCCTTCCTTCTCTTTCTTCTTGTCGTTTGAATCCCGTTGCTATGAGT
GTTATGCTCACTTGACCGGTGAGAGATGGATCCACAACAGCGCCGAATATAAGATTGGCA
GTCGGATCAACAAGATCATATATAACTTCCGCTGCAGCATTTACCTCGAATAATGTCAAG
TCGGTTCCACCAGTGATGTTCCAAACGATCCCAGTGGCTCTCTCAATGCCAATATCTAGC
AAAGGTGACTGTATTGCATTCAGCGCTGCATCTCTTGCTCTGCTCTTTCCTGTTGCAGTT
CCTATCCCCATCAAAGAAGAGCCTGCATTCGCCATTATAGCTCTCACATCAGCAAAATCC
ACATTCACCAAACCAGGAATCGTAATGATATCAGATATGCCACGAACACCCTGACGAAGT
ATATCATCAGCTAGATTAAAAGCCTCCGTCACAGGAGTAGACTGAGAGACAGCCGTAAGC
AGCTTATCATTCGGAATCACAATGAGAGTGTCCACATTGTCTCTAAGAGAAGCAAGCCCT
TCTTGAGCCTGAACCGCTCTTCTCCTACCTTCAAAGGAGAAAGGCGTCGTGGCTATACCA
ACCGTCAGTATCCCCATGGCTTTAGCGATTCCAGCAATCACAGGAGCTGCTCCAC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 5

CO CL1926Contig1 1334 5 20 U
GGGTTTCTTAATCTGAAAGCTCTCGTATTCAGTCCCATCATTTCATAGAGAATTAGGACT
AAAGAGGCGCATAGAGATGAGGCCCAAAGCTGCTTCAGGAAAAGCCATAATAGTGCTGTG
CCTCGCTAGCTTTCTTGCAGGCTCACTGTTCATGAGTCGATCTTTGAGTCGCTCTTACGT
GTCTGAAGAAGAGGATCAACATCTCGTAAAGCATTTGTCTAAACGTTTAGAAGCTCAAAA
GGACTGCGATGAACATAAACGCAAATTGATAGAAAGCAAATCCAGAGACATAATAGGAGA
AGTATCAAAAACCCACCAAGCAGTAAAAGCATTGGAGAGAACTATGTCAACGTTGGAGCT
GGAGTTAGCAGCAGGACGTACCAGCCATAGAAACAGTGAGTTCTGGAGCGAAAAGAGCGC
GAAAAACCAGAGTCTACAAAAAGCGTTTGCAGTGATAGGCATCAACACAGCATTCAGCAG
CAAGAAGAGACGAGATTCGGTGAGGCAGACATGGATGCCAACAGGAGAAAAGCTGAAGAA
AATCGAGAAAGAGAAAGGGATTGTTGTAAGGTTTGTGATAGGACACAGTGCAACACCAGG
AGGAGTATTAGACAAAGCCATAGATGAAGAAGATTCAGAGTATAAAGATTTCTTGAGACT
AAAACACATTGAAGGATATCACCAGCTCTCTACAAAGACAAGACTCTACTTCTCAACAGC
AGCAGCAATGTGGGACGCAGAGTTCTACGTGAAGGTAGACGACGACGTACATGTCAACTT
AGGAATGCTCGTTACCACACTAGCGAGATATCAATCAAGACCGAGGGTTTACATTGGATG
CATGAAGTCTGGTCCGGTTCTTTCACTAAAGGGAGTGAAGTACCACGAGCCAGAGTTCTG
GAAGTTTGGAGAAGAAGGGAACAAGTACTTCAGACATGCGACTGGACAGATCTACGCAAT
CTCTAAAGACTTAGCTGCGTACATCTCTACTAACCAGGGAATACTGCACAGGTACGCGAA
CGAGGACGTGTCGTTAGGAGCGTGGATGCTAGGGTTAGAGGTGGAGCATGTGGACGAGAG
GTCAATGTGCTGCGGGACGCCACCGGATTGTCAGTGGAAAGCGCAGGCTGGGAACGTGTG
CGCTGCGTCGTTCGATTGGTCATGCAGTGGGATTTGTAAGTCGGTTGATCGGATGGCACG
TGTGCACCGCGCTTGCGCGGAAGGAGACACTCCTCTCTCTAATTTTCGCTTCTTCTTCTG
AGTTGGTTGCCTTTGTGGAATGAATAAAGGAGACGTTGCAAAACGTAATAAAAATGATAT
TTTTGTTGGTGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1GC60TF U 1
AF RR1C080TF U 8
AF RR1A180TF U 345
AF RR1C080JQ C 568
AF RR1GC60JQ C 711
BS 1 233 RR1GC60TF
BS 234 234 RR1C080TF
BS 235 567 RR1GC60TF
BS 568 663 RR1C080TF
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BS 729 753 RR1C080TF
BS 754 1126 RR1A180TF
BS 1127 1127 RR1C080JQ
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BS 1135 1156 RR1A180TF
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BS 1158 1181 RR1A180TF
BS 1182 1334 RR1C080JQ

RD RR1GC60TF 567 0 0
GGGTTTCTTAATCTGAAAGCTCTCGTATTCAGTCCCATCATTTCATAGAGAATTAGGACT
AAAGAGGCGCATAGAGATGAGGCCCAAAGCTGCTTCAGGAAAAGCCATAATAGTGCTGTG
CCTCGCTAGCTTTCTTGCAGGCTCACTGTTCATGAGTCGATCTTTGAGTCGCTCTTACGT
GTCTGAAGAAGAGGATCAACATCTCGTAAAGCATTTGTCTAAACGTTTAGAAGTTCAAAA
GGACTGCGATGAACATAAACGCAAATTGATAGAAAGCAAATCCAGAGACATAATAGGAGA
AGTATCAAAAACCCACCAAGCAGTAAAAGCATTGGAGAGAACTATGTCAACGTTGGAGCT
GGAGTTAGCAGCAGGACGTACCAGCCATAGAAACAGTGAGTTCTGGAGCGAAAAGAGCGC
GAAAAACCAGAGTCTACAAAAAGCGTTTGCAGTGATAGGCATCAACACAGCATTCAGCAG
CAAGAAGAGACGAGATTCGGTGAGGCAGACATGGATGCCAACAGGAGAAAAGCTGAAGAA
AATCGAGAAAGAGAAAGGGATTGTTGT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1C080TF 746 0 0
GG
AATCTGAAAGCTCTCGTATTCAGTCCCATCATTTCATAGAGAATTAGGACTAAAGAGGCG
CATAGAGATGAGGCCCAAAGCTGCTTCAGGAAAAGCCATAATAGTGCTGTGCCTCGCTAG
CTTTCTTGCAGGCTCACTGTTCATGAGTCGATCTTTGAGTCGCTCTTACGTGTCTGAAGA
AGAGGATCAACATCTCGTAAAGCATTTGTCTAAACGTTTAGAAGCTCAAAAGGACTGCGA
TGAACATAAACGCAAATTGATAGAAAGCAAATCCAGAGACATAATAGGAGAAGTATCAAA
AACCCACCAAGCAGTAAAAGCATTGGAGAGAACTATGTCAACGTTGGAGCTGGAGTTAGC
AGCAGGACGTACCAGCCATAGAAACAGTGAGTTCTGGAGCGAAAAGAGCGCGAAAAACCA
GAGTCTACAAAAAGCGTTTGCAGTGATAGGCATCAACACAGCATTCAGCAGCAAGAAGAG
ACGAGATTCGGTGAGGCAGACATGGATGCCAACAGGAGAAAAGCTGAAGAAA*TCGAGAA
AGAGAAAGGGATTGTTGTAAGGTTTGTGATAGGACACAGTGCAACACCAGGAGGAGTATT
AGACAAAGCCATAGATGAAGAAGATTCAGAGTATAAAGATTTCTTGAGACTAAA*CACAT
TGAAG*ATATCACCAGCTCTCTACAAAGACAAGACTCTACTTCTCA*CAGCAGCAGCA*T
GTGGGACGCAGAGTTCTACGTGAA

QA 3 746 3 746
DS 

RD RR1A180TF 837 0 0
G
GTCAACGTTGGAGCTGGAGTTAGCAGCAGGACGTACCAGCCATAGAAACAGTGAGTTCTG
GAGCGAAAAGAGCGCGAAAAACCAGAGTCTACAAAAAGCGTTTGCAGTGATAGGCATCAA
CACAGCATTCAGCAGCAAGAAGAGACGAGATTCGGTGAGGCAGACATGGATGCCAACAGG
AGAAAATCTGAAGAAAATCGAGAAAGAGAAAGGGATTGTTGTAAGGTTTGTGATAGGACA
CAGTGCAACACCAGGAGGAGTATTAGGCAAAGCCATAGATGAAGAAGATTCAGAGTATAA
AGATTTCTTGAGACTAAAACACATTGAAGGATATCACCAGCTCTCTACAAAGACAAGACT
CTACTTCTCAACAGCAGCAGCAATGTGGGACGCAGAGTTCTACGTGAAGGTAGACGACGA
CGTACATGTCAACTTAGGAATGCTCGTTACCACACTAGCGAGATATCAATCAAGACCGAG
GGTTTACATTGGATGCATGAAGTCTGGTCCGGTTCTTTCACTAAAGGGAGTGAAGTACCA
CGAGCCAGAGTTCTGGAAGTTTGGAGAAGAAGGGAACAAGTACTTCAGACATGCGACTGG
ACAGATCTACGCAATCTCTAAAGACTTAGCTGCGTACATCTCTACTAACCAGGGAATACT
GCACAGGTACGCGAACGAGGACGTGTCGTTAGGAGCGTGGATGCTAGGGTTAGAGGTGGA
GCATGTGGACGAGAGGTCAATGTGCTGCGGGACGCCACCGGATTGTCAGTGGAAAGCGCA
G*CTGGGAGCGTGTGCGCTGCGTCGTTCGAT*GGTCATGCAGTGGGATTTGTAAGT

QA 2 837 2 837
DS 

RD RR1C080JQ 767 0 0
TAAGG
TTGTGATAGGACACAGTGCAACACCAGGAGGAGTATTAGACAAAGCCATAGATGAAGAAG
ATTCAGAGTATAAAGATTTCTTGAGACTAAAACACATTGAAGGATATCACCAGCTCTCTA
CAAAGACAAGACTCTACTTCTCAACAGCAGCAGCAATGTGGGACGCAGAGTTCTACGTGA
AGGTAGACGACGACGTACATGTCAACTTAGGAATGCTCGTTACCACACTAGCGAGATATC
AATCAAGACCGAGGGTTTACATTGGATGCATGAAGTCTGGTCCGGTTCTTTCACTAAAGG
GAGTGAAGTACCACGAGCCAGAGTTTTGGAAGTTTGGAGAAGAAGGGAACAAGTACTTCA
GACATGCGACTGGACAGATTTACGCAATCTCTAAAGACTTAGCTGCGTACATCTCTACTA
ACCAGGGAATACTGCACAGGTACGCGAACGAGGACGTGTCGTTAGGAGCGTGGATGCTAG
GGTTAGAGGTGGAGCATGTGGACGAGAGGTCAATGTGCTGCGGGACGCCACCGGATTGTC
AGTGGAAAGCGCAGGCTGGGAACGTGTGCGCTGCGTCGTTCGATTGGTCATACAGTGGGA
TTTGTAAGTCGGTTGATCGGATGGCACGTGTGCACCGCGCTTGCGCGGAAGGAGACACTC
CTCTCTCTAATTTTCGCTTCTTCTTCTGAGTTGGTTGCCTTTGTGGAATGAATAAAGGAG
ACGTTGCAAAACGTAATAAAAATGATATTTTTGTTGGTGTCG

QA 6 767 6 767
DS 

RD RR1GC60JQ 623 0 0
TCTCAACAGCAGCAGCAATGTGGGACGCAGAGTTCTACGTGAAGGTAGACGACGACGTAC
ATGTCAACTTAGGAATGCTCGTTACCACACTAGCGAGATATCAATCAAGACCGAGGGTTT
ACATTGGATGCATGAAGTCTGGTCCGGTTCTTTCACTAAAGGGAGTGAAGTACCACGAGC
CAGAGTTCTGGAAGTTTGGAGAAGAAGGGAACAAGTACTTCAGACATGCGACTGGACAGA
TCTACGCAATCTCTAAAGACTTAGCTGCGTACATCTCTACTAACCAGGGAATACTGCACA
GGTACGCGAACGAGGACGTGTCGTTAGGAGCGTGTATGCTAGGGTTAGAGGTGGAGCATG
TGGACGAGAGGTCGATGTGCTGCGGGACGCCACCGGATTGTCAGTGGAAAGCGCAGGCTG
G*AACGTGTGCGCTGCGTCGTTCGATTGGTCATGCAGTGGGATTTGTAAGTCGGTTGATC
GGATGGCACGTGTGCACCGCGCTTGCGCGGAAGGAGACACTCCTCTCTCTAATTTTCGCT
TCTTCTTCTGAGTTGGTTGCCTTTGTGGAATGAATAAAGGAGACGTTGCAAAACGTAATA
AAAATGATATTTTTGTTGGTG
CC

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 4

CO CL1927Contig1 411 4 6 U
GCATAATTTCTCCACCATGTGGTACTGAATTATAGAAACATAAATATATCTAGATGAATA
CACTTTGTTTTCTTTACCGAAATTAGAAATTACAAATCTTTTTTTTT*CCTTAAAACATC
CTCTCATTTAAAACAAACTAAACATGTTTAGTTCCTTGGTTGCTGCTACTCTTCTCCATC
TGAAGCCCATTCCCATACCCATACTCACCGTCCTCCACGAACCTTGACCAATAACAGTGT
GACCTCCACACTTGTCCCATTTCCTCAATCGGAATCCCTTTCGTCTCCGGCAAGAATATG
TAGACGAAAATCGACATCACCACCACGAAGAAGGCGAACACAAGGAACAACCCAAACTTC
AAATGACAAAGCATCGTCAAGAAGATCTGAGCGATTATGAAAGTGAAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G830JQ U 142
AF RR1G830TF C 10
AF RR1FT55TF C 1
AF RR1FT55JQ U 44
BS 1 43 RR1FT55TF
BS 44 141 RR1FT55JQ
BS 142 233 RR1G830JQ
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BS 235 258 RR1G830JQ
BS 259 411 RR1FT55JQ

RD RR1G830JQ 117 0 0
ACATGTTTAGTTCCTTGGTTGCTGCTACTCTTCTCCATCTGAAGCCCATTCCCATACCCA
TACTCACCGTCCTCCACGAACCTTGACCAATACCAGTGTGACCTCCACACTTGTCCC

QA 1 117 1 117
DS 

RD RR1G830TF 249 0 0
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TTCTTTACCGAAATTAGAAATTACAAATCTTTTTTTTTTCCTTAAAACATCCTCTCATTT
AAAACAAACTAAACATGTTTAGTTCCTTGGTTGCTGCTACTCTTCTCCATCTGAAGCCCA
TTCCCATACCCATACTCACCGTCCTCCACGAACCTTGACCAATACCAGTGTGACCTCCAC
ACTTGTCCC

QA 1 249 1 249
DS 

RD RR1FT55TF 411 0 0
GCATAATTTCTCCACCATGTGGTACTGAATTATAGAAACATAAATATATCTAGATGAATA
CACTTTGTTTTCTTTACCGAAATTAGAAATTACAAATCTTTTTTTTT*CCTTAAAACATC
CTCTCATTTAAAACAAACTAAACATGTTTAGTTCCTTGGTTGCTGCTGCTCTTCTCCATC
TGAAGCCCATTCCCATACCCATACTCACCGTCCTCCACGAACCTTGACCAATAACAGTGT
GACCTCCACACTTGTCCCATTTCCTCAATCGGAATCCCTTTCGTCTCCGGCAAGAATATG
TAGACGAAAATCGACATCACCACCACGAAGAAGGCGAACACAAGGAACAACCCAAACTTC
AAATGACAAAGCATCGTCAAGAAGATCTGAGCGATTATGAAAGTGAAGATC

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR1FT55JQ 368 0 0
ATATATCTAGATGAATACACTTTGTTTTCTTTACCGAAATTAGAAATTACAAATCTTTTT
TTTT*CCTTAAAACATCCTCTCATTTAAAACAAACTAAACATGTTTAGTTCCTTGGTTGC
TGCTGCTCTTCTCCATCTGAAGCCCATTCCCATACCCATACTCACCGTCCTCCACGAACC
TTGACCAATAACAGTGTGACCTCCACACTTGTCCCATTTCCTCAATCGGAATCCCTTTCG
TCTCCGGCAAGAATATGTAGACGAAAATCGACATCACCACCACGAAGAAGGCGAACACAA
GGAACAACCCAAACTTCAAATGACAAAGCATCGTCAAGAAGATCTGAGCGATTATGAAAG
TGAAGATC

QA 1 368 1 368
DS 



AS 1 4

CO CL1928Contig1 977 4 7 U
GAGCTTCCGGCTGGTCCTGTCGGATGGGCTTGGTCGTTGAACCAGTTCCGATCATTCAGG
TGGAACTTGACCGCTAGTGCAGCTAGGCCTAACCCTCAGGGATCTTACCATTATGGAAAG
ATCAACATCACACGCACCATAAAGCTCGTGAACACTCAGGCCAAGGTCGATGGTAAGCTT
AGGTACGCATTGAACGGAGTCTCCCACACAGAGCCCGAAACCCCTTTGAAGCTTGCTGAG
TACTTTGGTATTGCCGACAAGGTCTTTAAGTACAACATCATCACCGATAACCCTACCCCA
GAAGAGATCAAGAACATCAGGATCGAGCCAAACGTTCTTAACATCACTCACCGTACCTTC
GTTGAGGTGGTGTTCGAGAATCACGAGAAGACTGTTCAGTCTTGGCACTTGGACGGTTAC
TCTTTCTTTGCCGTTGCTGTTGAGCCAGGGACTTGGACCCCAGAGAAGAGAAAGAACTAC
AACCTCTTGGACGCGGTGAGCAGACACACAGTCCAAGTCTACCCAAAATGTTGGGCAGCA
ATCTTGCTCACATTTGATAACTGTGGAATGTGGAACATTCGATCTGAGAACACCGAGAGA
CGTTACTTAGGACAGCAGCTTTACGCTAGTATCTTGTCCCCAGAGAAATCACTTAGAGAT
GAATACAACATGCCTGAGACAAGCCTCCAGTGTGGTCTCGTCAAAAACACACCTAAACCT
GCCAACCCTTACGCTGGAGCCTAAGTTAACTTTTGCGAAATAATGCAACAAAAGAGTTTG
GATTATTCTGTTCATTTGATCGATGAGAGGCATTTGCACGATTTACTTTCCTGTTTTTTT
TT*CTCATTATTTTTACTTTTATCAATTTGATTTCAAAATAGTATATGGTTAATCGTATG
TACATGGAATTGACATGTATATGATATGATTATCCCTTAAGTAATTTTTTCTTCTTATAA
AAAACGCATTGATCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT44TF U 1
AF RR1D491JQ C 460
AF RR1D491TF U 460
AF RR1GT44JQ C 263
BS 1 638 RR1GT44TF
BS 639 639 RR1D491TF
BS 640 706 RR1GT44TF
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BS 708 727 RR1GT44TF
BS 728 956 RR1D491TF
BS 957 977 RR1GT44JQ

RD RR1GT44TF 731 0 0
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TGGAACTTGACCGCTAGTGCAGCTAGGCCTAACCCTCAGGGATCTTACCATTATGGAAAG
ATCAACATCACACGCACCATAAAGCTCGTGAACACTCAGGCCAAGGTCGATGGTAAGCTT
AGGTACGCATTGAACGGAGTCTCCCACACAGAGCCCGAAACCCCTTTGAAGCTTGCTGAG
TACTTTGGTATTGCCGACAAGGTCTTTAAGTACAACATCATCACCGATAACCCTACCCCA
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GTTGAGGTGGTGTTCGAGAATCACGAGAAGACTGTTCAGTCTTGGCACTTGGACGGTTAC
TCTTTCTTTGCCGTTGCTGTTGAGCCAGGGACTTGGACCCCAGAGAAGAGAAAGAACTAC
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ATCTTGCTCACATTTGATAACTGTGGAATGTGGAACATTCGATCTGAGAACACCGAGAGA
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GAATACAACATGCCTGAGACAAGCCTCCAGTGTGGTCTCGTCAAAA*CACACCTAAACCT
GCCAACC
TTAC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1D491JQ 497 0 0
G
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CAGAGAAATCACTTAGAGATGAATACAACATGCCTGAGACAAGCCTCCAGTGTGGTCTCG
TCAAAAACACACCTAAACCTGCCAACCCTTACGCTGGAGCCTAAGTTAACTTTTGCGAAA
TAATGCAACAAAAGAGTTTGGATTATTCTGTTCATTTGATCGATGAGAGGCATTTGCACG
ATTTACTTTCCTGTTTTTTTTT*CTCATTATTTTTACTTTTATCAATTTGATTTCAAAAT
AGTATATGGTTAATCGTATGTACATGGAATTGACATGTATATGATATGATTATCCCTTAA
GTAATTTTTTCTTCTT

QA 2 497 2 497
DS 

RD RR1D491TF 497 0 0
G
CAGAGAAGAGAAAGAACTACAACCTCTTGGACGCGGTGAGCAGACACACAGTCCAAGTTT
ACCCAAAGTGTTGGGCAGCAATCTTGCTCACATTTGATAACTGTGGAATGTGGAACATTC
GATCTGAGAACACCGAGAGACGTTACTTAGGACAGCAGCTTTACGCTAGTATCTTGTCCC
CAGAGAAATCACTTAGAGATGAATACAACATGCCTGAGACAAGCCTCCAGTGTGGTCTCG
TCAAAAACACACCTAAACCTGCCAACCCTTACGCTGGAGCCTAAGTTAACTTTTGCGAAA
TAATGCAACAAAAGAGTTTGGATTATTCTGTTCATTTGATCGATGAGAGGCATTTGCACG
ATTTACTTTCCTGTTTTTTTTT*CTCATTATTTTTACTTTTATCAATTTGATTTCAAAAT
AGTATATGGTTAATCGTATGTACATGGAATTGACATGTATATGATATGATTATCCCTTAA
GTAATTTTTTCTTCTT

QA 2 497 2 497
DS 

RD RR1GT44JQ 715 0 0
TCTTTAAGTACAACATCATCACCGATAACCCTACCCCAGAAGAGATCAAGAACATCAGGA
TCGAGCCAAACGTTCTTAACATCACTCACCGTACCTTCGTTGAGGTGGTGTTCGAGAATC
ACGAGAAGACTGTTCAGTCTTGGCACTTGGACGGTTACTCTTTCTTTGCCGTTGCTGTTG
AGCCAGGGACTTGGACCCCAGAGAAGAGAAAGAACTACAACCTCTTGGACGCGGTGAGCA
GACACACAGTCCAAGTCTACCCAAAATGTTGGGCAGCAATCTTGCTCACATTTGATAACT
GTGGAATGTGGAACATTCGATCTGAGAACACCGAGAGACGTTACTTAGGACAGCAGCTTT
ACGCTAGTATCTTGTCTCCAGAGAAATCACTTAGAGATGAATACAACATGCCTGAGACAA
GCCTCCAGTGTGGTCTCGTCAAAAACACACCTAAACCTGCCAACCCTTACGCTGGAGCCT
AAGTTAACTTTTGCGAAATAATGCAACAAAAGAGTTTGGATTATTCTGTTCATTTGATCA
ATGAGAGGCATTTGCACGATTTACTTTCCTGTTTTTTTTTTCTCATTATTTTTACTTTTA
TCAATTTGATTTCAAAATAGTATATGGTTAATCGTATGTACATGAAATTGACATGTATAT
GATATGATTATCCCTTAAGTAATTTTTTCTTCTTATAAAAAACGCATTGATCTTT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 5

CO CL1929Contig1 1265 5 7 U
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AATCCATTTAGTTGACTTACGAGTCGACTGGGTATGCTCAAACGAATTTGAACAAAACCT
TTTATGTTGATTAATAATACAGACGTGAGGAAGCCCTTATTATAATTTACAAGCCAAACC
TGATGGTGAAGTACTGATGATCGTGTACAATGAAGGTGAGGAAGAGAGATCTATGTTCCA
TTACATTGCAAAGTTGGTCTGGACTTTGCTCACCAGATGCTCTCCGTAGACAGCTCTTTT
GAAAACTTGTGATTCTCCTCTCACTGCAGGGTACTTATTTTTACAAACATCCAATGGCTC
CACCACCGCGTCAAAATTAGTCTCATAGAAGAATGCAACGCAGACACGGTATAGAGGAGA
GTTATTGATCACTCTATGAAGGGTGGATTCATATACTCCATTTGAAAGTATCTTTAACAT
GTCGCCGATGTTGCACACAAATGATCCAGGGATGGGAATGGCTGATATCCAGTCACCTCC
CAAATTTCTCACCTGGAGAGCAGTTTTGTCATCATCTTGATTTACAAGAGTTAACAAGCC
ATAATCAGTGTGAGCTCCACATCCAACATCGTTTTCGAGCTTGCCATTGGTGAAGGGAGC
ACCAGGATAGCCAATAAGACGCATCACCCAAAAAGGCTCTCCAGCAATCTTTCCTTCAAA
CTCATAAGGTGATCCTCCAAGAGCTAATGCAATTCCCCTCAGTATGTTTCTTGAAAGATC
TGTACAGAGCCTTAGATACTCCTCCATCAACTCTTTGAACTCATGAGGATTCTCTGGCCA
CTGGTTTGGCCCTTCCAGGGCTTTGCCTATATTACCATACTTCCCTTGCTTAAACTCTCT
GTAACAGTCAATGGCTTCGTGAATATCTGGTTTTCCCTTGGTTACATTTTCTCCAATTCT
CTGATATCCTCTGTATCCAGCAGCAGGAGTCATCTTGATCTTAAGTTTATCTTCGTAAGG
AAGCATGAAGAACTCACGCGTGATCTCTCTGACTTTCTTGATAAGATCCTCCGAGACTCC
ATGTCCTATCACGTAGAAGAATCCAGCGTCCCGACAAGCTCTGTCCAGTTGTTGGACAAC
CTCAATGACTCCAGGATCCTCTGCCATGTCGGGATCATCACACTTGAGCAGTAGAGGAGA
GATGTCGATGACTGGTAAGGATTTGAAGTCTGTGGCCATTCTTGTTTCCGTTTTTCTCTC
TCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 

AF RR1DV71JQ U 1
AF RR1BM58JQ U 30
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AF RR1DV71TF C 316
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AATCCATTTAGTTGACTTACGAGTCGACTGGGTATGCTCAAACGAATTTGAACAAAACCT
TTTATGTTGATTAATAATACAGACGTGAGGAAGCCCTTATTATAATTTACAAGCCAAACC
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TTACATTGCAAAGTTGGTCTGGACTTTGCTCACCAGATGCTCTCCGTAGACAGCTCTTTT
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ATAATCAGTGTGAGCTCCACATCCAACATCGTTTTCGAGCTTGCCATTGGTGAAAGGAGC
ACCAGGATAGCCAATAAGACGCATCAC

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GAAGCCCTTATTATAATTTACAAGCCAAACCTGATGGTGAAGTACTGATGATCGTGTACA
ATGAAGGTGAGGAAGAGAGATCTATGTTCCATTACATTGCAAAGTTGGTCTGGACTTTGC
TCACCAGATGCTCTCCGTAGACAGCTCTTTTGAAAGCTTGTGATTCTCCTCTCACTGCAG
GGTACTTATTTTTACAAACATCCAATGGCTCCACCACCGCGTCAAAATTAGTCTCATAGA
AGAATGCAACGCAGACACGGTATAGAGGAGAGTTATTGATCACTCTATGAAGGGTGGATT
CATATACTCCATTTGAAAGTATCTTTAACATGTCGCCGATGTTGCACACAAATGATCCAG
GGATGGGAATGGCTGATATCCAGTCACCTCCCAAATTTCTCACCTGGAGAGCAGTTTTGT
CATCATCTTGATTTACAAGAGTTAACAAGCCATAATCAGTGTGAGCTCCACATCCAACAT
CGTTTTCGAGCTTGTCATTGGTGAAGGGAGCACCAGGATAGCCAATAAGACGCATCACC

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CTATGTTCCATTACATTGCAAAGTTGGTCTGGACTTTGCTCACCAGATGCTCTCCGTAGA
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CCAATGGCTCCACCACCGCGTCAAAATTAGTCTCATAGAAGAATGCAACGCAGACACGGT
ATAGAGGAGAGTTATTGATCACTCTATGAAGGGTGGATTCATATACTCCATTTGAAAATA
TCTTTAACATGTCGCCGATGTTGCACACAAATGATCCAGGGATGGGAATGGCTGATATCC
AGTCACCTCCCAAATTTCTCACCTGGAGAGCAGTTTTGTCATCATCTTGATTTACAAGAG
TTAACAAGCCATAATCAGTGTGAGCTCCACATCCAACATCGTTTTCGAGCTTGCCATTGG
TGAAGGGAGCACCAGGATAGCCAATAAAACGCATCACCCAAAAAGGCTCTCCAGCAATCT
TTCCTTCAAACTCATAAGGTGATCCTCCAAGAGCTAATGCAATTCCCC

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ATGAAGGGTGGATTCATATACTCCATTTGAAAGTATCTTTAACATGTCGCCGATGTTGCA
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TCCACATCCAACATCGTTTTCGAGCTTGCCATTGGTGAAGGGAGCACCAGGATAGCCAAT
AAGACGCATCACCCAAAAAGGCTCTCCAGCAATCTTTCCTTCAAACTCATAAGGTGATCC
TCCAAGAGCTAATGCAATTCCCCTCAGTATGTTTCTTGAAAGATCTGTACAGAGCCTTAG
ATACTCCTCCATCAACTCTTTGAACTCATGAGGATTCTCTGGCCACTGGTTTGGCCCTTC
CAGGGCTTTGCCTATATTACCATACTTCCCTTGCTTAAACTCTCTGTAACAGTCAATGGC
TTCGTGAATATCTGGTTTTCCCTTGGTTACATTTTCTCCAATTCTCTGATATCCTCTGTA
TCCAGCAGCAGGAGTCATCTTGATCTTAAGTTTATCTTCGTAAGGAAGCATGAAGAACTC
ACGCGTGATCTCTCTGACTTTCTTGATAAGATCCT
TTTTTCTCTCTCTTCC

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DS 

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ATAAGGTGATCCTCCAAGAGCTAATGCAATTCCCCTCAGTATGTTTCTTGAAAGATCTGT
ACAGAGCCTTAGATACTCCTCCATCAACTCTTTGAACTCATGAGGATTCTCTGGCCACTG
GTTTGGCCCTTCCAGGGCTTTGCCTATATTACCATACTTCCCTTGCTTAAACTCTCTGTA
ACAGTCAATGGCTTCGTGAATATCTGGTTTTCCCTTGGTTACATTTTCTCCAATTCTCTG
ATATCCTCTGTATCCAGCAGCAGGAGTCATCTTGATCTTAAGTTTATCTTCGTAAGGAAG
CATGAAGAACTCACGCGTGATCTCTCTGACTTTCTTGATAAGATCCTCCGAGACTCCATG
TCCTATCACGTAGAAGAATCCAGCGTCCCGACAAGCTCTGTCCAGTTGTTGGACAACCTC
AATGACTCCAGGATCCTCTGCCATGTCGGGATCATCACACTTGAGCAGTAGAGGAGAGAT
GTCGATGACTGGTAAGGATTTGAAGTCTGTGGCCATTCTTGTTTCCGTTTTTCTCTCTCT
TC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 5

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GCTCCGGTGACACCGCCGCCGTATTTCTGGGGAGACATGCCGGAGGAAGAGTACTACACT
TCTCAAGGTGTGCGTAACACCAAATCCTACTTCGAAACACCCAACGGCAAGCTCTTCACG
CAGAGCTTCCTTCCCTTAGATGGTGACATCAAAGGAACGGTTTACATGTCTCACGGGTAC
GGATCCGACACGAGCTGGATGTTCCAGAAGATCTGCATGAGTTTCTCCAATTGGGGCTAC
GCCGTTTTCGCCGCCGATCTTCTCGGTCACGGCCGCTCCGATGGCATCCGCTGCTACTTG
GGTGATATGGAGAAAGTTGCAGCAACATCATTGTCATTCTTTAAGCATGTACGTTACAGC
GAGCCGTATAAGCATCTCCCTGCTTTCCTCTTTGGTGAATCTATGGGAGGTCTTGCCACA
CTTCTCATGTACTTTCAATCCGAACCGGATACTTGGACCGGTTTGATCTTTTCGGCTCCT
CTCTTTGTTATCCCGGAGGATATGAAACCGAGCAAGACTCATCTTTTCGCCTACGGTCTC
CTCTTTGGCTTGGCTGACACGTGGGCTGCAATGCCGGATAACAAGATGGTTGGCAAAGCT
ATCCATGACCCGGAAAAGCTCAAGATCATCGCAGCTAACCCACAAAGGTACACAGGGAAG
CCTAGAGTTGGAACAATGAGAGAGTTACTAAGGAAGACTCTATACGTGCAGGAGAACTTC
GGGAGAGTAACTATTCCGTTTCTGACGGTGCACGGGACAGCTGATGGAGTGACGTGTCCT
TCATCGTCAAAGCTACTATATGAGAAGGCATCTAGCGCTGATAAAACACTGAAGCTGTAT
GATGGGATGTACCATTCATTGATTCAGGGAGAGCCAGATGAGAATGTTGCAATCGTGTTG
AAGGATATGAGAGAGTGGATTGATGAGAGGGTTGAGAGGTATGGATCTAAGTAAAAGCAA
GCTTGAAAGTTACATTTTGCGAGGAGAAATGTGCGTTGATATCATGGTTCATAGTGGTTG
TTGATTCGAGTTGTTATGTTGTTTGTGTTTTATCCAAGAACATGACTTTTGGGATGTAAT
AATAAACTTATATATATCATGGATTACAGAATCCCTTTCT


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1CA53TF U 1
AF RR1A387TF U 255
AF RR1A387JQ C 266
AF RR1B423JQ C 454
AF RR1B423TF U 454
BS 1 295 RR1CA53TF
BS 296 296 RR1A387TF
BS 297 392 RR1CA53TF
BS 393 393 RR1A387TF
BS 394 616 RR1CA53TF
BS 617 617 RR1A387TF
BS 618 647 RR1CA53TF
BS 648 913 RR1A387TF
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BS 916 1054 RR1A387TF
BS 1055 1098 RR1B423TF
BS 1099 1120 RR1A387JQ

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GCTCCGGTGACACCGCCGCCGTATTTCTGGGGAGACATGCCGGAGGAAGAGTACTACACT
TCTCAAGGTGTGCGTAACACCAAATCCTACTTCGAAACACCCAACGGCAAGCTCTTCACG
CAGAGCTTCCTTCCCTTAGATGGTGACATCAAAGGAACGGTTTACATGTCTCACGGGTAC
GGATCCGACACGAGCTGGATGTTCCAGAAGATCTGCATGAGTTTCTCCAATTGGGGCTAC
GCCGTTTTCGCCGCCGATCTTCTCGGTCACGGCCGCTCCGATGGCATCCGCTGCTGCTTG
GGTGATATGGAGAAAGTTGCAGCAACATCATTGTCATTCTTTAAGCATGTACGTTACAGC
GAGCCGTATAAGCATCTCCCTGCTTTCCTCTTCGGTGAATCTATGGGAGGTCTTGCCACA
CTTCTCATGTACTTTCAATCCGAACCGGATACTTGGACCGGTTTGATCTTTTCGGCTCCT
CTCTTTGTTATCCCGGAGGATATGAAACCGAGCAAGACTCATCTTTTCGCCTACGGTCTC
CTCTTTGGCTTGGCTGACACGTGGGCTGCAATGCCGGATAACAAGATGGTTGGCAAAGCT
ATCCATGACCCGGAAA*GCTCAAGATCATCGCAGCTAACCCACAAAG
TAC

QA 1 647 1 647
DS 

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G
GATCTTCTCGGTCACGGCCGCTCCGATGGCATCCGCTGCTACTTGGGTGATATGGAGAAA
GTTGCAGCAACATCATTGTCATTCTTTAAGCATGTACGTTACAGCGAGCCGTATAAGCAT
CTCCCTGCTTTCCTCTTTGGTGAATCTATGGGAGGTCTTGCCACACTTCTCATGTACTTT
CAATCCGAACCGGATACTTGGACCGGTTTGATCTTTTCGGCTCCTCTCTTTGTTATCCCG
GAGGATATGAAACCGAGCAAGACTCATCTTTTCGCCTACGGTCTCCTCTTTGGCTTGGCT
GACACGTGGGCTGCAATGCCGGATAACAAGATGGTTGGCAAAGCTATCCATGACCCGGAA
AAGCTCAAGATCATCGCAGCTAACCCACAAAGGTACACAGGGAAGCCTAGAGTTGGAACA
ATGAGAGAGTTACTAAGGAAGACTCTATACGTGCAGGAGAACTTCGGGAGAGTAACTATT
CCGTTTCTGACGGTGCACGGGACAGCTGATGGAGTGACGTGTCCTTCATCGTCAAAGCTA
CTATATGAGAAGGCATCTAGCGCTGATAAAACACTGAAGCTGTATGATGGGATGTACCAT
TCATTGATTCAGGGAGAGCCAGATGAGAATGTTGCAATCGTGTTGAAGGATATGAGAG**
TGGATTGATGAGAGGGTTGAGAGGTATGGATCTAAGTAAAAGCAAGCTTGAAAGTTACAT
TTTGCGAGGAGAAATGTGCGTTGATATCATGGTTCATAGTGGTTGTTGATTCGAGTTGTT
ATGTTGTTTGTGTTTTATC

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DS 

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CATCATTGTCATTCTTTAAGCATGTACGTTACAGCGAGCCGTATAAGCATCTCCCTGCTT
TCCTCTTTGGTGAATCTATGGGAGGTCTTGCCACACTTCTCATGTACTTTCAATCCGAAC
CGGATACTTGGACCGGTTTGATCTTTTCGGCTCCTCTCTTTGTTATCCCGGAGGATATGA
AACCGAGCAAGACTCATCTTTTCGCCTACGGTCTCCTCTTTGGCTTGGCTGACACGTGGG
CTGCAATGCCGGATAACAAGATGGTTGGCAAAGCTATCCATGACCCGGAAAAGCTCAAGA
TCATCGCAGCTAACCCACAAAGGTACACAGGGAAGCCTAGAGTTGGAACAATGAGAGAGT
TACTAAGGAAGACTCTATACGTGCAGGAGAACTTCGGGAGAGTAACTATTCCGTTTCTGA
CGGTGCACGGGACAGCTGATGGAGTGACGTGTCCTTCATCGTCAAAGCTACTATATGAGA
AGGCATCTAGCGCTGATAAAACACTGAAGCTGTATGATGGGATGTACCATTCATTGATTC
AGGGAGAGCCAGATGAGAATGTTGCAATCGTGTTGAAGGATATGAGAG**TGGATTGATG
AGAGGGTTGAGAGGTATGGATCTAAGTAAAAGCAAGCTTGAAAGTTACATTTTGCGAGGA
GAAATGTGCGTTGATATCATGGTTCATAGTGGTTGTTGATTCGAGTTGTTATGTTGTTTG
TGTTTTATCCAAGAACATGACTTTTGGGATGTAATAATAAACTTATATATATCATGGATT
ACAGAATCCCTTTCT

QA 1 855 1 855
DS 

RD RR1B423JQ 645 0 0
G
GGACCGGTTTGATCTTTTCGGCTCCTCTCTTTGTTATCCCGGAGGATATGAAACCGAACA
AGACTCATCTTTTCGCCTACGGTCTCCTCTTTGGCTTGGCTGACACGTGGGCTGCAATGC
CGGATAACAAGATGGTTGGCAAAGCTATCCATGACCCGGAAAAGCTCAAGATCATCGCAG
CTAACCCACAAAGGTACACAGGGAAGCCTAGAGTTGGAACAATGAGAGAGTTACTAAGGA
AGACTCTATACGTGCAGGAGAACTTCGGGAGAGTAACTATTCCGTTTCTGACGGTGCACG
GGACAGCTGATGGAGTGACGTGTCCTTCATCGTCAAAGCTACTATATGAGAAGGCATCTA
GCGCTGATAAAACACTGAAGCTGTATGATGGGATGTACCATTCATTGATTCAGGGAGAGC
CAGATGAGAATGTTGCAATCGTGTTGAAGGATATGAGAGAGTGGATTGATGAGAGGGTTG
AGAGGTATGGATCTAAGTAAAAGCAAGCTTGAAAGTTACATTTTGCGAGGAGAAATGTGC
GTTGATATCATGGTTCATAGTGGTTGTTGATTCGAGTTGTTATGTTGTTTGTGTTTTATC
CAAGAACATGACTTTTGGGATGTAATAATAAACTTATATATATC

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR1B423TF 645 0 0
G
GGACCGGTTTGATCTTTTCGGCTCCTCTCTTTGTTATCCCGGAGGATATGAAACCGAACA
AGACTCATCTTTTCGCCTACGGTCTCCTCTTTGGCTTGGCTGACACGTGGGCTGCAATGC
CGGATAACAAGATGGTTGGCAAAGCTATCCATGACCCGGAAAAGCTCAAGATCATCGCAG
CTAACCCACAAAGGTACACAGGGAAGCCTAGAGTTGGAACAATGAGAGAGTTACTAAGGA
AGACTCTATACGTGCAGGAGAACTTCGGGAGAGTAACTATTCCGTTTCTGACGGTGCACG
GGACAGCTGATGGAGTGACGTGTCCTTCATCGTCAAAGCTACTATATGAGAAGGCATCTA
GCGCTGATAAAACACTGAAGCTGTATGATGGGATGTACCATTCATTGATTCAGGGAGAGC
CAGATGAGAATGTTGCAATCGTGTTGAAGGATATGAGAGAGTGGATTGATGAGAGGGTTG
AGAGGTATGGATCTAAGTAAAAGCAAGCTTGAAAGTTACATTTTGCGAGGAGAAATGTGC
GTTGATATCATGGTTCATAGTGGTTGTTGATTCGAGTTGTTATGTTGTTTGTGTTTTATC
CAAGAACATGACTTTTGGGATGTAATAATAAACTTATATATATC

QA 2 645 2 645
DS 



AS 1 4

CO CL1931Contig1 1786 4 6 U
GGATTACAAGAAGCGAAAGATAAACACTTTCCGACTCGTGAGAGAAAAAGATTGGAACTT
TCATTTCATGGGTTGTTGTCAATCCCTGTGTCCGGATGAACAAAACCCACTACAACCGTC
TCAAACCCACCACGTCGGCGGCGCTACGACGGCGGCTGGACTCGATAACGGCGGAGCTGG
TGATGAAGTTGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAATCCTGTCTTTCTCCGAGTTTTCTTT
GTCCGACCTGAAAGCAGCCACGAACAACTTCAGCTCAGACAACATCGTATCAGAAAGCGG
CGAGAAAGCCCCGAATCTTGTCTACAAAGGCCGACTTGAGAACCGTCGTTGGATCGCCGT
CAAGAAGTTCACTAAGATGGCTTGGCCTCATCCTAAACAATTCGCGGAAGAAGCATGGGG
TGTGGGGAAGCTAAGGCATAACCGGTTGGCGAATTTGATTGGATACTGCTGTGATGGAGA
TGAGAGGCTTCTTGTTGCTGAGTTCATGCCTAATGATACTCTCGCTAAGCATTTGTTCCA
TTGGGAGAATCAGACAATAGAATGGGCTATGAGGTTGCGAGTAGGGTATCATATAGCTGA
AGCTTTGGATTATTGTAGCACTGAGGGTCTTCCGTTGTACCATGATTTAAATGCTTACAG
AGTTCTCTTTGATGAGGATGGTGATCCTCGTCTCTCTTGTTTCGGCTTGATGAAGAACAG
CCGGGACGGTAAAAGTTATAGCACAAATCTAGCATATACACCACCTGAGTATCTAAGAAA
CGGAAGAGTGACACCTGAAAGTGTTACTTACAGCTTTGGAACTGTGCTTCTTGATTTACT
TAGCGGCAAACACATCCCTCCAAGCCATGCTCTGGATATGATACGTGGCAAGAATATTAT
CCAGTTGATGGATTCACACCTTGAGGGTAAGTTCTCAACGGAAGAAGCTACCGTAGTTGT
CGAACTCGCCTCTCAGTGTCTGCAATACGAGCCTCGAGAGAGACCTAACACAAAAGATCT
CGTCGCCACACTTGCACCGTTACAAACTAAACCAGATGTTCCTTCTTGTGTAATGCTTGG
AATAAAGAAGCAAGAAGAGACACCTCCAACGCCACAGAGGCCACTTTCGCCGTTAGGTGA
AGCTTGCTCAAGAATGGATCTCACAGCTATTCACCAGATCTTGGTCATGACACATTACAG
AGATGACGAAGGGACCAACGAGTTATCTTTCCAAGAATGGACACAACAGATAAAAGATAT
GCTTGATGCAAGGAAACGTGGTGATCAAGCTTTCCGTGATAAAGATTTCAAAACCGCCAT
AGACTGTTACTCACAGTTTGTAGACGTTGGAACAATGGTGTCACCAACTGTGTTTGGTCG
GAGAAGTCTATGCTACTTGCTGTGCGATCAGCCAGACGCAGCACTACGCGACGCGATGCA
AGCGCAATGCGTGTATCCTGACTGGCCAACGGCTTTCTACATGCAGTCCGTGGCATTAGC
GAAGCTGAATATGAACACAGACGCAGCTGATATGTTGAACGAAGCAGCTCAGCTTGAAGA
GAAGAGACAACGAGGAGGCGGCAAAGGATCTTGATTCTTGAGACAAGACCTGTGTTTACA
TCCTCTTGTAAAGTTTGTTTAGCTTCAGGAGATTCTTTCCTGTTGTTGTGATTGTTGATT
GGGAATGTAATGTAACCATAGAGGGAGGAAAAAATTGTTAATGTTTGTTTGTAATGATAT
ACATCTTATAAGAATGTTCCGATCATATATATCTCTCTAACGCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1B275TF U 1
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AF RR1B275JQ C 1098
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AGTTCTCTTTGATGAGGATGGTGATCCTCGTCTCTCTTGTTTCGGCTTGATGAAGAACAG

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G
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ATCTCACAGCTATTCACCAGATCTTGGTCATGACGCATTACAGAGATGACGAAGGGACCA
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TGCTGTGCGATCAGCCAGACGCAGCACTACGCGACGCGATGCAAGCGCAATGCGTGTATC
CTGACTGGCCGACGGCTTTCTACATGCAGTCCGTGGCATTAGCGAAGCTGAATATGAACA
CAGACGCAGCTGATATGTTGAACGAAGCAGCTCAGCTTGAAGAGAAGAGACAACGAGGAG
GCGGCAAAGGATCTTGATTCTTGAGACAAGACCTGTGTTTACATCTTCTTGTAAAGTTTG
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ATAGAGGGAGGAAAAAATTGTTAATGTTTGTTTGTAATGATATACATCTTATAAGAATGT
TCCGATCATATATATCTCTCTAACGCACC

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DS 



AS 1 4

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TCTGCTGCCTTGATGTCAGGTGCCAAGTTTGATGGTGCTGACATGTCTGAAGTCGTTATG
TCTAAAGCTTAC*CCGTTGGAGCTAGCTTCAAG*GGGGTGAATTTCTCGAATGCCGTTAT
CGATCGGGTGAACTTCGGGAAGTCGGATCTAAAAGGAGCTGTGTTCAAGAACACGGTCTT
GTCAG*GTTCCACATTCGAGGAGGCAAACCTGGAGGATGTGGTCTTTGAGGACACCATCA
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1EF34TF U 5
AF RR1AW60TF U 1
AF RR1GB14TF U 142
AF RR1GB14JQ C 142
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GG
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QA 3 597 3 597
DS 

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CATCTCTCTTCCCCCAATTTCTCCGGCAGATTCCGCCGTTCCACCGAGACCAGATCTTTT
GTAGCTCTTGTACATTGCTCCGCTAGAGAAAATGATCAAGGAATCAAGAAGACTTTGTTT
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GCCTCTCCTGTCATTGCTGCTAACCA*AGGCTTCCTCCGCTTTCAACAGATCCAAATCGG
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CTCGATCTCAGGTTCTGCGACTACACAAACGATCAGTCTAATCTCAAAGGCAAGACTCTC
TCTGCTGCCTTGATGTCAGGTGCCAAGTTTGATGGTGCTGACATGTCTGAAGTCGTTATG
TCTAAAGCTTACGCCGTTGGAGCTAGCTTCAAG*GGGGTGAATTTCTCGAATGCCGTTAT
CGATCGGGTGAACTTCGGGAAGTCGGATCTAAAAGGAGCTGTGTTCAAGAACACGGTCTT
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TTGGTTACATAGACCTTCAGAAGATATG

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DS 

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TACACAAACGATCAGTCTAATCTCAAAGGCAAGACTCTTTCTGCTGCCTTGATGTCAGGT
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AGATATGTAGGAACGTGACAATAAAACGAAGAAGGAAGACTCGTCTTGGGTTGCAGATAA
AGAGACAAAGGGTTTTGTATTTGGTGTGTGTAAGAATTTGAGAGTTGACACAAAAGAATG
TATGAAA*CAAATAAGTACGTTTAAGTGTTGAAG
ATATTAGACTCAGA

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DS 

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GACCAGAGGCTTCCTCCGCTTTCAACAGATCCAAATCGGTGTGAACAGGCTTTTGTCGGT
AACACGATAGGTCAAGCAAACGGGGTTTATGACAAGCCACTCGATTTCAGGTTTTGGGAC
TACACAAACGATCAGTTTAATTTCAAAGGCAAGACTCTTTTTGCTGCCTTGATGTCAGGT
GCCAAGTTTGATGGTGCTGACATGTCTGAAGTCGTTATGTTTAAAGCTTAC*CCGTTGGA
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AGGCAAACCTGGAGGATGTGGTCTTTGAGGACACCATCATTGGTTACATAGACCTTCAGA
AGATATGTAGGAACGTGACAATAAA*CGAAGAAGGAAGACTCGTCTTGGGTTGCAGATAA
AGAGACAAAGGGTTTTGTATTTGGTGTGTGTAAGAATTTGAGAGTTGACACAAAAGAATG
TATGAAAACAAATAAGTACGTTTAAGTGTTGAAGGATATTAGGACTCAGAAGAGTGTTAT
GAAGTTTTGTTTTTTTAT

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DS 



AS 1 4

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TCTTGTTCCTCAAAAAA*GACGACGAACATGGCGAAAAGCGGTGTAGATATGGAAGACAT
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AAAGGATGAGTTCTGCTTGTGTCATTTGTCCACTGGTGACATGCTTAGAGCTGCTGTTGC
TGCTAAGTCCCCTCTTGGTGTCAAGGCAAAGGAAGCTATGGACAAGGGAGAGCTTGTTTC
TGATGACTTGGTTGTTGGTATCATGGATGAAGCAATGAACAGACCCAAATGTCAGAAAGG
TTTCATTCTTGATGGCTTCCCTAGGACCGTAACACAAGCTGAGAAGCTTGATGAGATGCT
TAATAGAAGAGGAGCTCAGATTGACAAAGTGCTTAATTTTGCAATCGATGATTCGGTTCT
TGAAGAAAGAATTACTGGAAGGTGGATTCACCCTTCAAGTGGAAGGAGCTATCATACCAA
ATTCGCACCTCCTAAAGTTCCTGGAGTCGATGATGTGACTGGAGAGCCACTGATTCAACG
TAAAGATGACAATGCGGATGTTCTTAGGTCAAGGCTGGATGCATTCCACAAGCAGACGCA
ACCGGTAATTGACTACTACGCGAAGAAGGGGAATCTGGTGAACATACCAGCAGAGAAGGC
TCCGGAAGAGGTGACCAAAGTGGTGAAGAAGGTTGTGTCCACATGAGAATTGAGTTCTAA
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TCCTGGAATGTCTTGTACTTGAGAGCAAACATTTTGCTGCAGCTTTTGTGTAGTGTTTTC
ATTAAGGCCAATGTTTGTTACTGTCTAATGAGTAAAAAATAACATAAAGAGTTTAGTAAG
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FQ14TF U 1
AF RR1E187TF U 9
AF RR1E892TF U 35
AF RR1FQ14JQ C 204
BS 1 709 RR1FQ14TF
BS 710 777 RR1E892TF
BS 778 1021 RR1FQ14JQ

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QA 1 709 1 709
DS 

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GG
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AATGCGGATGTTC

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DS 

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G
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TGAACAGACCCAAATGTCAGAAAGGTTTCATTCTTGATGGCTTCCCTAGGACCGTAGCAC
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QA 2 743 2 743
DS 

RD RR1FQ14JQ 818 0 0
CCACTT
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AAGCAATGAACAGACCCAAATGTCAGAAAGGTTTCATTCTTGATGGCTTCCCTAGGACCG
TAACACAAGCTGAGAAGCTTGATGAGATGCTTAATAGAAGAGGAGCTCAGATTGACAAAG
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CATTTTGCTGCAGCTTTTGTGTAGTGTTTTCATTAAGGCCAATGTTTGTTACTGTCTAAT
GAGTAAAAAATAACATAAAGAGTTTAGTAAGG

QA 7 818 7 818
DS 



AS 1 4

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ATGTTACCGGTGCTCTTCTCTTCCCCTTCGATTCTCACCAGAAGAATCAGATGCGAAGCC
ACCGCGAAAAGTGGCGGCGCACTCTCATCTACATCTCCCGACTCCGACCCTAGGAGAGGC
GTCTCCGTTTATAAACCCAAGTCGTACGAGGTTCTAGTCTCCGACGCCGCCAACTCTCTC
GCCTTCGCCCTCCAGGAATCCAAATCTCGTCTGGAAATCGATTTCCCGCCTTTGCCCAGT
AGCATTTCCTCATACAAGGGTTCTTCAGACGATTTCATTGATGCCAATATTCAACTCGCC
TTGTCTGTCGTCCGGAAGCTTCAGGAGAAAGTAGAGACTAGAGCTTGCATTGTTTTTCCT
GATAAGCCTGAGAAACGCAGAGCTTCCCAACTCTTCAAAGCCGCGTTTGATTCGATTGAT
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GCTATAAGGAGTACCTTGGACTTTGATTTTGAAGATGAAAACGAAGGTAGTTGGGAGCCC
AAGGAGCCACCGACCCTTTATATGTTTATCAATTGCAGCACTAAAGAACTCTCTGTTATA
GAGCAGTTTGTGGAAAACTTTGCCACCTCAACCCCGGCTCTTCTCTTTAATCTTGAGCTA
GATACCTTACGTGCTGACCTAGGGCTACTTGGCTTTCCCCCTAAAGATCTGCACTACCGG
TTTCTTTCTCAGTTTGTTCCCGTCTTTTATATCCGTATCAGAGAGTATTCAAAGACAGTG
GCAGTGGCACCATATGTGTTGAACTACAACGGAGCACTTTTTCGGCAATATCCTGGGCCG
TGGCAGGTGATGCTTAAGCAATCTGATGGTTCATTTGCATGTGTTGCAGAAAGCCCCACT
CGTTTCACCCTGGGTGAAACGAAGGAAGAGCTTTTACAGGTTCTAGGACTACAAGAAGAG
AAAGGGAGCTCACTTGAGTTTCTGCGCAGGGGCTACAAGGCAGCAACTTGGTGGGAAGAA
GATGTGGATCTTGAGTTATCATCTAATTGGCGTAGCTAAACTGTGGCCAAGTCATGGATT
CACACCTTTAGTAAGTTTCACAAAATCTCCCAAGATTGCGATATTTACACCTGTATATGT
GCAACATTGATGAGAATGATAAACAATAGTTTGAAAATGTTTTATTCAGTCTAATACCCT
TTGAATAATACTCAGAGGAAATTACAGAGAAACTATATAAGGAGATATCTACAATTTAGG
TAAGAATATATATACTTACCATTCTCTCCGTAATTTAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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TCAGTCTAATACCCT

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G
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ATTTACACCTGTATATGTGCAACATTGATGAGA

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GTTTTATTCAGTCTAATACCCTTTGAATAATACTCAGAGGAAATTACAGAGAAACTATAT
AAGGAGATATCTACAATTTAGGTAAGAATATATATACTTACCATTCTCTCCGTAATTTAA
TGC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 5

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GCCGAGAAGAGCAGCAGCAGCAGCAGCCATGGATGCCAAAGAAGCCTCCGCCACCGATCT
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TGCAAGCAATAACGGTCTTCTTTTAGCACAATAGCTCTTTACATATTACTACATTTAAGC
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY25TF U 1
AF RR1DU62TF U 4
AF RR1BX47TF U 33
AF RR1BX47JQ C 445
AF RR1DU62JQ C 757
BS 1 32 RR1FY25TF
BS 33 34 RR1DU62TF
BS 35 49 RR1FY25TF
BS 50 50 RR1DU62TF
BS 51 114 RR1FY25TF
BS 115 115 RR1DU62TF
BS 116 232 RR1FY25TF
BS 233 233 RR1DU62TF
BS 234 457 RR1FY25TF
BS 458 458 RR1DU62TF
BS 459 627 RR1FY25TF
BS 628 709 RR1DU62TF
BS 710 1227 RR1BX47JQ
BS 1228 1228 RR1DU62JQ
BS 1229 1251 RR1BX47JQ
BS 1252 1274 RR1DU62JQ

RD RR1FY25TF 627 0 0
GGCCCACCCTGCAAAAACCCTAATCCCTCTCT**CATTTCACCTTCTCCCCCTCTTCTTC
GCCGAGAAGAGCAGCAGCAGCAGCAGCCATGGATGCCAAAGAAGCCTCCGCCACTGATCT
GAAGCGACCGAGAGAAGAGGAGGATAACGCCGCCGCCTCCATGGAGACAGAGAACGGAGA
TCAGACAAAGGAGCCTGCTTGTTTCTCCTCCGTGATTCCTGGATGGTTCTCCTAGATGAG
TCCCATGTGGCCAGGAGAGGCACACTCTTTGAAGGTTGAGAAGGTTTTGTTTCAAGGGAA
ATCAGATTATCAGGATGTCATTGTTTTCCAGTCTGCGACATATGGAAAAGTGTTGGTTTT
GGATGGAGTCATCCAACTCACGGAGAGAGACGAGTGCGCTTATCAGGAGATGATCACTCA
TCTTCCTTTGTGCTCCATCCCTAACCCAAAGAAGGTGCTGGTCATTGGAGGAGGAGATGG
AGGTGTCTTGCGTGAAGTTGCACGCCATGCTTCTGTTGAGCAGATTGACATGTGTGAAAT
TGATAAAATGGTGGTCGATGTCTCTAAGCAGTTTTTCCCTAATGTAGCAATTGGATTCGA
GGATCCTCGCGTTAACCTCGTCATTGG

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1DU62TF 707 0 0
GG
ACCCTGCAAAAACCCTAATCCCTCTCTCTCATTTCACCTTCTCCTCCTCTTCTTCGCCGA
GAAGAGCAGCAGCAGCAGCAGCCATGGATGCCAAAGAAGCCTCCGCCACCGATCTGAAGC
GACCGAGAGAAGAGGAGGATAACGCCGCCGCCTCCATGGAGACAGAGAACGGAGATCAGA
CAAAGGAGCCTGCTTGTTTCTCCTCCGTGATTCCTGGATGGTTCTCTGAGATGAGTCCCA
TGTGGCCAGGAGAGGCACACTCTTTGAAGGTTGAGAAGGTTTTGTTTCAAGGGAAATCAG
ATTATCAGGATGTCATTGTTTTCCAGTCTGCGACATATGGAAAAGTGTTGGTTTTGGATG
GAGTCATCCAACTCACGGAGAGAGACGAGTGCGCTTATCAGGAGATGATCACTCATCTTC
CTTTGTGCTCCATCCCTAACCCAAAGAAGGTGTTGGTCATTGGAGGAGGAGATGGAGGTG
TCTTGCGTGAAGTTGCACGCCATGCTTCTGTTGAGCAGATTGACATGTGTGAAATTGATA
AAATGGTGGTCGATGTCTCTAAGCAGTTTTTCCCTAATGTAGCAATTGGATTCGAGTATC
CTCGCGTTAACCTCGTCATTGGCGATGGTGTTGCTTTTTTGAAGAATGCTGCTGAAG*AA
CATATGATGCAGTTATTGTTGACTCATCAGATCCAATTGGTCCT
G

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR1BX47TF 677 0 0
CTCATTTCACCTTCTCCTCCTCTTCTTCGCCGAGAAGAGCAGCAGCAGCAGCAGCCATGG
ATGCCAAAGAAGCCTCCGCCACCGATCTGAAGCGACCGAGAGAAGAGGAGGATAACGCCG
CCGCCTCCATGGAGACAGAGAACGGAGATCAGACAGAGGAGCCTGCTTGTTTCTCCTCCG
TGATTCCTGGATGGTTCTCCGAGATGAGTCCCATGTGGCCAGGAGAGGCACACTCTTTGA
AGGTTGAGAAGGTTTTGTTTCAAGGGAAATCAGATTATCAGGATGTCATTGTTTTCCAGT
CTGCGACATATGGAAAAGTGTTGGTTTTGGATGGAGTCATCCAACTCACGGAGAGAGACG
AGTGCGCTTATCAGGAGATGATCACTCATCTTCCTTTGTGCTCCATCCCTAACCCAAAGA
AGGTGTTGGTCATTGGAGGAGGAGATGGAGGTGTCTTGCGTGAAGTTGCACGCCATGCTT
CTGTTGAGCAGATTGACATGTGTGAAATTGATAAAATGGTGGTCGATGTCTCTAAGCAGT
TTTTCCCTAATGTAGCAATTGGATTCGAGGATCCTCGCGTTAACCTCGTCATTGGCGATG
GTGTTGCTTTTTTGAAGAATGCTGCTGAAG*AACATATGATGCAGTTATTGTTGACTCAT
CAGATCCAATTGGTCCT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1BX47JQ 807 0 0
CCCAAAGAAGGTGTTGGTCATTGGAGGAGGAGATGGAGGTGTCTTGCGTGAAGTTGCACG
CCATGCTTCTGTTGAGCAGATTGACATGTGTGAAATTGATAAAATGGTGGTCGATGTCTC
TAAGCAGTTTTTCCCTAATGTAGCAATTGGATTCGAGGATCCTCGCGTTAACCTCGTCAT
TGGCGATGGTGTTGCTTTTTTGAAGAATGCTGCTGAAGGAACATATGATGCAGTTATTGT
TGACTCATCAGATCCAATTGGTCCTGCAAAGGAGTTGTTTGAGAAACCCTTCTTCCAATC
TGTGGCGAGAGCTCTTCGACCTGGTGGAGTTGTGTGCACTCAGGCTGAAAGCTTGTGGCT
TCACATGGACATCATCGAAGACATTGTTTCCAATTGCCGTGAGATCTTCAAGGGCTCTGT
GAACTACGCATGGACCAGTGTTCCAACATACCCGAGTGGGGTGATCGGATTCATGCTCTG
TTCAACTGAAGGGCCTGACGTTGACTTCAAGAACCCTGTGAACCCGATTGATGACAGCTC
CAGCAAATCAAAGGGACCCTTAAAGTTTTACAACGCTGAGATTCATTCAGCTGCGTTCTG
TTTGCCTTCTTTCGCCAAGAAGGTAATAGAGTCAAAAGCCAATTGAAAAGGGAGAGAAGC
CATCTGGGGGATTGTTGCATTTATCAAAATAAAACATTTTCACAATTTTTAGAATGTTCT
GGTTTGTTTCAAGCATGTTTCTGTGACACTCACTACTGCAAGCAATAACGGTCTTCTTTT
AGCCCAATAGCTCTTTACATATTACTA

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1DU62JQ 518 0 0
TCTTCGACCTGGTGGAGTTGTGTGCACTCAGGCTGAAAGCTTGTGGCTTCACGTGGACAT
CATCGAAGACATTGTTTCCAATTGCCGTGAGATCTTCAAGGGCTCTGTGAACTACGCATG
GACCAGTGTTCCAACATACCCGAGTGGGGTGATCGGATTCATGCTCTGTTCAACTGAAGG
GCCTGACGTTGACTTCAAGAACCCTGTGAACCCGATTGATGACAGCTCCAGCAAATCAAA
GGGACCCTTAAAGTTTTACAACGCTGAGATTCATTCAGCTGCGTTCTGTTTGCCTTCTTT
CGCCAAGAAGGTAATAGAGTCAAAAGCCAATTGAAAAGGGAGAGAAGCCATCTGGGGGAT
TGTTGCATTTATCAAAATAAAACATTTTCACAATTTTTAGAATGTTCTGGTTTGTTTCAA
GCATGTTTCTGTGGCACTCACTACTGCAAGCAATAACGGTCTTCTTTTAGCACAATAGCT
CTTTACATATTACTACATTTAAGCAAGTCGTATTTACC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 5

CO CL1936Contig1 909 5 6 U
GGATCGTTAACGGCGAACAAACTTAAAGATGAACGACTTAGATGTGTCGAAGCAGATCCA
GCAGATGGTGAGATTCATTCGCCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATCTCCGTCTC
CGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAAAAGAAGAAGAT
CAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATTGATTACTC
GATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATTGTCAATGC
CATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGATGCCTACAA
ACAGCTTCTCAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCTTCTGTGTT
GCTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAAGGA
GGAGTATGCTGGCAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACAACCATATT
CCTTCCCCCTCCTCCTACTTCCAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGAGGTGTTGT
GCTAGCTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGCTCGTCTTGATGT
GGCATTCCGTATGAAACTCCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTTGGCCAAGTTGCTGCCTA
ATGAATGAAAGAGATGTGATTCATACTGGTTTGTGTGTTTGTTTGTTACCCTTTTGGGAA
AGATTTATCTTTGTT**GATTCTTTGTTTCTGCAGAATTTTACTTTGAAGTCCAAAAGAA
CCCATCGAACTCGTCGTTTACTCGTGTATTTTTTTCCTCCTTCCTGAATGTTATCACTGG
CCATAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D123TF U 108
AF RR1E860TF U 75
AF RR1GN05TF U 1
AF RR1D123JQ C 187
AF RR1GN05JQ C 129
BS 1 104 RR1GN05TF
BS 105 105 RR1E860TF
BS 106 692 RR1GN05TF
BS 693 693 RR1D123TF
BS 694 798 RR1GN05TF
BS 799 909 RR1GN05JQ

RD RR1D123TF 597 0 0
G
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GATTGATTACTCGATGCAGCTGAATGCATCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGA
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GGATGCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGA
GCCTTCTGTGTTGTTGCATTGTCGTGAATAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGA
GGATGCAAGGGAGGAGTATGCTGGCAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTAGA
CACAACCATATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCCAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTC
TGGAGGTGTTGTGCTAGCTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGC
TCGTCTTGATGTGGCATTCAGTATGAAACTCCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTTG

QA 2 597 2 597
DS 

RD RR1E860TF 615 0 0
G
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CAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAAAAGAAGAAGATCAGGCAAGACTATGA
GAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATTGATTACTCGATGCAGCTGAATGC
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AGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGATGCCTACAAACAGCTTCTCAAGGA
TCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCTTCTGTGTTGCTGCGTTGTCGTGA
AGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAAGGAGGAGTATGCTGGCAA
AGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACAACCATATTCCTTCCCCCTCCTCC
TACTTCCAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGAGGTGTTGTGCTAGCTTCTCGTGA
TGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGCTCGTCTTGATGCGGCATTCCGTATGAA
GCTCCCAGTGATCC

QA 2 615 2 615
DS 

RD RR1GN05TF 799 0 0
GGATCGTTAACGGCGAACAAACTTAAAGATGAACGACTTAGATGTGTCGAAGCAGATCCA
GCAGATGGTGAGATTCATTCGCCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAGCGAGATCTCCGTCTC
CGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAAAAGAAGAAGAT
CAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATTGATTACTC
GATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATTGTCAATGC
CATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGATGCCTACAA
ACAGCTTCTCAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCTTCTGTGTT
GCTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAAGGA
GGAGTATGCTGGCAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACAACCATATT
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GCTAGCTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGCTCGTCTTGATGT
GGCATTCCGTATGAAACTCCCAGTGATCCGTATGTCATTGTTTGGCCAAGTTGCTGCCTA
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AGATTTATCTTTGTT**G
A

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CCCTCCTCCTACTTCCAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGAGGTGTTGTGCTAGC
TTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGCTCGTCTTGATGTGGCATT
CAGTATGAAACTCCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTTGGCCAAGTTGCTGCCTAATGAAT
GAAAGAGATGTGATTCATACTGGTTTGTGTGTTTGTTTGTTACCCTTTTGGGAAAGATTT
ATCTTTGTTGTGATTCTTTGTTTCTGCAGAATTTTACTTTGAAGTCCAAAAGAACCCATC
GAACTCGTC

QA 1 669 1 669
DS 

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GTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAAGGAGGAGTATG
CTGGCAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACAACCATATTCCTTCCCC
CTCCTCCTACTTCCAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGAGGTGTTGTGCTAGCTT
CTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGCTCGTCTTGATGTGGCATTCC
GTATGAAACTCCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTTGGCCAAGTTGCTGCCTAATGAATGA
AAGAGATGTGATTCATACTGGTTTGTGTGTTTGTTTGTTACCCTTTTGGGAAAGATTTAT
CTTTGTT**GATTCTTTGTTTCTGCAGAATTTTACTTTGAAGTCCAAAAGAACCCATCGA
ACTCGTCGTTTACTCGTGTATTTTTTTCCTCCTTCCTGAATGTTATCACTGGCCATAAAA
A

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 5

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GGGTGGAAACTTTTGTCCAAATCAAAGTTACCTCCATCGGAAAAGCGACCAACTACTGCT
TTTTCCTTGTCGAAACTTTCTGGGGGTCAAATATGAATTGCGAAGTTTGGCACCTGAAGG
AACTGGAAGTGGAATCCTTCGAGATACGCGAGGTTCTACGCTGTATTTTACATACAATTG
TCTTTCACCGTGCACTTGGTCTTATCCGCCCTAAAGATATTGATTTGGAGCTCTTTGACA
TCACTTATGTACAGTGTGGTGAAATAGAGGTAGAAAAGAAGATTGATGAGACGATTGAGC
ACTTCATAAGCTGGATTGAGAAACACCCCAACAAGAAAAGTCAGATATGTGTATCCTTTT
ATGAAGTCAAAAGCAAACAACCGTCTTGGTTCAACAATAAACAACGTTCGTATTGGGAAC
AATGGTACGTCAATCTCAATGTGCTTCACCAGACTAAATCTCCTTCCCACCACTCTAAAC
TAGTTATGGACACTGGAGAGGCGTCTGAGGAGAGAAGTTCTCGTAGGACAATGCTTGAGC
AATCCCTTCAAGAAGTCTTATTCCAAATCATAAAATTCGTGAATGAGAAAAAAGACCACG
TTCCTCCAATCAACGACGGTGTGATCTACTGCCCTTTTGAGATCACTATGCCAAGCTCAT
CAGACTCAACTTTTGGGATGGATATTTTAAAGAGGATGCTCCACAGTGGTGGCCATCCAT
CGATGCTCAGTTGATACACATTAGCCACTCAAAAACTTAACTAGTACATATATCAACACT
TCTATGTACTTGGTCCAGTCCAAATAACACTTACCCACTTGCATTTCCTGTGTAAATAAA
CATTACTATTATACAGTTGCCTCTTCCTTTTCTTGGAGTCGATGATAGATAATGTTTGGA
AGTGACATATAAACAGACAATGCATTTCTTAAGAAAAGTAGACTGTTGTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1FP47TF U 1
AF RR1EF59TF U 17
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QA 1 718 1 718
DS 

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GG
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GGATTGAGAAACACCCCAACAAGAAAAGTCAGATATGTGTATCCTTTTATGAAGTCAAAA
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QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1FP47JQ 677 0 0
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GCTCCACAGTGGTGGCCATCCATCGATGCTCAGTTGATACACATTAGCCACTCAAAAACT
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GTAGACTGTTGTTTT
CC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1C035TF 610 0 0
G
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TTCCCACCACTCTAAACTAGTTATGGACACTGGAGAGGCGTCTGAGGAGAGAAGTTCTCG
TAGGACAATGCTTGAGCAATCCCTTCAAGAAGTCTTATTCCAAATCATAAAATTCGTGAA
TGAGAAAAAAGACCACGTTCCTCCAATCAACGACGGTGTGATCTACTGCCCTTTTGAGAT
CACTATGCCAAGCTCATCAGACTCAACTTTTGGGATGGATATTTTAAAGAGGATGCTCCA
CAGTGGTGGCCATCCATCGATGCTCAGTTGATACACATTAGCCACTCAAAAACTTAACTA
GTACATATATCAACACTTCTATGTACTTGGTCCAGTCCAAATAACACTTACCCACTTGCA
TTTCCTGTGTAAATAAACATTACTATTATACAGTTGCCTCTTCCTTTTCTTGGAGTCGAT
GATAGATAATGTTTGGAAGTGACATATAAACAGACAATGCATTTCTTAAGAAAAGTAGAC
TGTTGTTTT

QA 2 610 2 610
DS 



AS 1 4

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TTGGCTATGGCGGAATCGTCTTCTTCGTCTTCGCCATCGCCTACCGAAGAGATTGTTCGA
TTGATCAAACGGTTAAGCGCTTACGTTACTTTCAAGATGTCTAGCCTCTTCTCTACATCT
ATTCCCAATCTGGATTCAAGATCTATTGGTGCAATCGCGGGGCTTGCGATAGCTGTGATA
TTCACATGGAGGGCTATAAGAAGATCACCAGGGGAGCCTCGAAGAAGGCAGCCAAAACGC
AGGACGATGCAGTCAGCTGAATCCTCCTCCTCTAGTGCTGCTGCTGCTGCTCAGTCAGAT
GTTTCTTTGCCTCATGAGGATAACGGAGTGCAAGATGTTGTTGATCACTTCTTTCAGCCT
GTCAAACCTACACTGGGGCAGATTGTTAGGCAGAAGCTTAGTGAAGGAAGGAAGGAAACA
TGCCGTCTTCTTGGAGTCATTCTTGAGGAATCAAGTCCAGAAGAACTCCAAAAACAAGCA
ACAGTGAGGTCATCGGTTCTGGAAGTTCTCCTAGAGATTACAAAGTATTCTGATTTATAT
CTCATGGAAAGAGTTCTTGACGACGAAAGTGAAGCCAGAGTTCTACAGGCTTTAGAGACT
GCAGGTGTTTTCAACTCTGGTGGTTTGGTCAAAGATAAGGTCCTGTTCTGTAGTACAGAG
ATCGGAAGAACATCCTTTGTTAGACAAATAGAACCTGACTGGCATATTGATACAAACCCA
GAGATCAGCACACAACTAGCTCGGTTCATCAATACCAGCTTCACGTGTCTGCATTGAAAC
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TTCCATCATAAAACTTGTAACTTCCTTTTTTTTGTTGTGTTGTCTGGACATTAAGAATGT
ACTGCGAGTGTTATCGGCGGAAGTAAAGAAACTTGTAATTTCTGTATCAACAACATTATC
GTGTTTTCTTGTTGCATCAATGGGATCTGTAATGTGAAGTTTTCGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BX10TF U 1
AF RR1BX10JQ C 616
AF RR1DE14JQ C 830
AF RR1DE14TF U 830
BS 1 699 RR1BX10TF
BS 700 700 RR1BX10JQ
BS 701 729 RR1BX10TF
BS 730 730 RR1BX10JQ
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BS 741 741 RR1BX10JQ
BS 742 775 RR1BX10TF
BS 776 776 RR1BX10JQ
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BS 792 830 RR1BX10JQ
BS 831 1170 RR1DE14TF
BS 1171 1187 RR1BX10JQ

RD RR1BX10TF 791 0 0
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TTGGCTATGGCGGAATCGTCTTCTTCGTCTTCGCCATCGCCTACCGAAGAGATTGTTCGA
TTGATCAAACGGTTAAGCGCTTACGTTACTTTCAAGATGTCTAGCCTCTTCTCTACATCT
ATTCCCAATCTGGATTCAAGATCTATTGGTGCAATCGCGGGGCTTGCGATAGCTGTGATA
TTCACATGGAGGGCTATAAGAAGATCACCAGGGGAGCCTCGAAGAAGGCAGCCAAAACGC
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GTCAAACCTACACTGGGGCAGATTGTTAGGCAGAAGCTTAGTGAAGGAAGGAAGGAAACA
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ACAGTGAGGTCATCGGTTCTGGAAGTTCTCCTAGAGATTACAAAGTATTCTGATTTATAT
CTCATGGAAAGAGTTCTTGACGACGAAAGTGAAGCCAGAGTTCTACAGGCTTTAGAGACT
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GAGATCAGCAC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1BX10JQ 572 0 0
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TTTGTTAGACAAATAGAACCTGACTGGCATATTGATACAAACCCAGAGATCAGCACACAA
CTAGCTCGGTTCATCAATACCAGCTTCACGTGTCTGCATTGAAACCAGAGCGAACGGCTC
CCAACGTGTTCACCTCGCAGTCTATAGAGCAGTTCTTTGGATGTGCTTAATCAAAAAAAA
A*GAGAGGTGAAAGATAAGCAACAAAACCTACAAACCTACAATGTTCAATTTGATCATCT
TCTTGTTTTGACAGAAGCAAAGAGCAGAGGCGTAAATGGTTTCGTTTCCATCATAAAACT
TGTAACTTCCTTTTTTTTGTTGTGTTGTCTGGACATTAAGAATGTACTGCGAGTGTTATC
GGCGGAAGTAAAGAAACTTGTAATTTCTGTATCAACAACATTATCGTGTTTTCTTGTTGC
ATCAATGGGATCTGTAATGTGAAGTTTTCGAC

QA 1 572 1 572
DS 

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G
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CAACATTATCGTGTTTTCTTGTTGCATCAATGGGATCTGT

QA 2 341 2 341
DS 

RD RR1DE14TF 341 0 0
G
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TTTGGATGTGCTTAATCAAAAAAAAAAGAGAGGTGAAAGATAAGCAACAAAACCTACAAA
CCTACAATGTTCAATTTGATCATCTTCTTGTTCTGACAGAAGCAAAGAGCAGAGGCGTAA
ACGGTCTCGTTTCCATCATAAAACTTGTAACTTCCTTTTTTTTGTTGTGTTGTCTGGACA
TTAAGAATGTACTGCGAGTGTTATCGGCGGAAGTAAAGAAACTTGTAATTTCTGTATCAA
CAACATTATCGTGTTTTCTTGTTGCATCAATGGGATCTGT

QA 2 341 2 341
DS 



AS 2 5

CO CL1939Contig1 712 3 3 U
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TTCATTTTCTCCTTCAACCTTCTCTGCTCCACCTTCACTTCCCTGTTATCGGGATCAATT
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AGCTTTTCAGCCTGCCTGTATTCTTTCAGCTTCAGTTTGCAAGCTGCGTCGTTCAGATTG
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AACTTGGCATTTCCTTCTTCCTTCTTCTTACCAGCAGCTTCAATCTTCTCCTCAGTGTTC
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BQ
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AF RR1DI77TF C 1
AF RR1DI77JQ U 5
AF RR1DN52JQ U 13
BS 1 4 RR1DI77TF
BS 5 666 RR1DI77JQ
BS 667 712 RR1DN52JQ

RD RR1DI77TF 666 0 0
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AGAACAACAATGTCTTGAAGGTCTCATCTAAAGCACAACTTAAAATGGAAATTAGGCAAA
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CACTTGGATAGTTTTGCAAACATGTTTCCGTAAAACTTGGCCTCCTTTTTGTTAAATTCC
TTCATTTTCTCCTTCAACCTTCTCTGCTCCACCTTCACTTCCCTGTTATCGGGATCAATT
TCAAGGGCCTTCTTGACATCAAACTCGGCCAAGTCCAAATCAGCCAACTCCATGTAGGCC
TGCGCTCTCCTGTAAAGGGCTTTCACATTGGTGCTTTCCAGCTCTAGCACCTTTGTGCAT
AGCTTTTCAGCCTGCCTGTATTCTTTCAGCTTCAGTTTGCAAGCTGCGTCGTTCAGATTG
CACGCCACTTTCAATGCTTTTGCTTGCTTCTTCTCCTCCTCACTGAAGGATGAGTCGTAT
TCAATGAATTTGACAGCCTTCTCATCTCTCTTAGAAGCGAGCGCATATTTGCCTGCCTTG
AACTTGGCATTTCCTTCTTCCTTCTTCTTACCAGCAGCTTCAATCTTCTCCTCAGTGTTC
ATGTCC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1DI77JQ 662 0 0
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CAACAATGTCTTGAAGGTCTCATCTAAAGCACAACTTAAAATGGAAATTAGGCAAAGATA
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TGGATAGTTTTGCAAACATGTTTCCGTAAAACTTGGCCTCCTTTTTGTTAAATTCCTTCA
TTTTCTCCTTCAACCTTCTCTGCTCCACCTTCACTTCCCTGTTATCGGGATCAATTTCAA
GGGCCTTCTTGACATCAAACTCGGCCAAGTCCAAATCAGCCAACTCCATGTAGGCCTGCG
CTCTCCTGTAAAGGGCTTTCACATTGGTGCTTTCCAGCTCTAGCACCTTTGTGCATAGCT
TTTCAGCCTGCCTGTATTCTTTCAGCTTCAGTTTGCAAGCTGCGTCGTTCAGATTGCACG
CCACTTTCAATGCTTTTGCTTGCTTCTTCTCCTCCTCACTGAAGGATGAGTCGTATTCAA
TGAATTTGACAGCCTTCTCATCTCTCTTAGAAGCGAGCGCATATTTGCCTGCCTTGAACT
TGGCATTTCCTTCTTCCTTCTTCTTACCAGCAGCTTCAATCTTCTCCTCAGTGTTCATGT
CC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1DN52JQ 700 0 0
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AGAAAAACATCCAAAGCCAGTAAGCCATTCTCCATGACGCTGCTGCTTCACTTGGATAGT
TTTGCAAACATGTTTCCGTAAAACTTGGCCTCCTTTTTGTTAAATTCCTTCATTTTCTCC
TTCAACCTTCTCTGCTCCACCTTCACTTCCCTGTTATCGGGATCAATTTCAAGGGCCTTC
TTGACATCAAACTCGGCCAAGTCCAAATCAGCCAACTCCATGTAGGCCTGCGCTCTCCTG
TAAAGGGCTTTCACATTGGTGCTTTCCAGCTCTAGCACCTTTGTGCATAGCTTTTCAGCC
TGCCTGTATTCTTTCAGCTTCAGTTTGCAAGCTGCGTCGTTCAAATTGCACGCCACTTTC
AATGCTTTTGCTTGCTTCTTCTCCTCCTCACTGAAGGATGAGTCGTATTCAATGAATTTG
ACAGCCTTCTCATATCTCTTAGAAGCGAGCGCATATTTGCCTGCCTTGAACTTGGCATTC
CCTTCTTCCTTCTTCTTACCAGCAGCTTCAATCTTCTCCTCAGTGTTCATGTCCCACGAT
TCCCTTTCCTTGTCGAAAGACACAAGGTCAACCTCATAAT

QA 1 700 1 700
DS 



CO CL1939Contig2 467 2 3 U
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TTATGTATCTTTGCCTAATTTCCATTTTAAGTGTGTTTTTAGATGAGACCTTCAAGACAT
TGTTGTTTCTTTATTAAATGTTAGCTTTGATAATTTATAACCTAGAT


BQ
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AF RR1EJ50JQ C 1
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BS 1 1 RR1EJ50JQ
BS 2 460 RR1EJ50TF
BS 461 467 RR1EJ50JQ

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TGCACAAAGGTTCTAGAGCTGGAAAGCACCAATGTGAAAGCCCTTTATAGGAGAGCGCAG
GCCTACATGGAGTTGGCTGATTTGGACTTAGTCGAGTTTGATGTCAAGAAGGCCCTTGAA
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GAGTTTAACAAAAAGGAGGCCAAGTTTTACGGAAACATGTTTGCAAAACTATCTAAGTGA
AGCAGCAGCATCAGAAGCGTCATGGAGAATGGCTTTTCTGGCTTTGGATGTTTTTCTCGT
TTATGTATCTTTGCCTAATTTCCATTTTAAGTGTGTTTTTAGATGAGACCTTCAAGACAT
TGTTGTTTCTTTATTAAATGTTAGCTTTGATAATTTATAACCTAGAT

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR1EJ50TF 467 0 0
G
ATCTGAACGACGCAGCTTGCAAACTGAAGCTGAAAGAATACAGGCAGGCTGAAAAGCTAT
GCACAAAGGTTCTAGAGCTGGAAAGCACCAATGTGAAAGCCCTTTATAGGAGAGCGCAGG
CCTACATGGAGTTGGCTGATTTGGACTTAGTCGAGTTTGATGTCAAGAAGGCCCTTGAAA
TTGATCCCGATAACAGGGAAGTGAAGGTGGAGCAGAGAAGGTTGAAGGAGAAAATGAAGG
AGTTTAACAAAAAGGAGGCCAAGTTTTACGGAAACATGTTTGCAAAACTATCTAAGTGAA
GCAGCAGCATCAGAAGCGTCATGGAGAATGGCTTTTCTGGCTTTGGATGTTTTTCTCGTT
TATGTATCTTTGCCTAATTTCCATTTTAAGTGTGTTTTTAGATGAGACCTTCAAGACATT
GTTGTTTCTTTATTAAATGTTAGCTTTGATAATTTATAA
CCAAGAT

QA 2 460 2 460
DS 



AS 1 3

CO CL1940Contig1 921 3 6 U
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TAGCTTCTTTAGATTCGTCTCGTAGCTGTTAGGTAAGAAAAGATGCAAGCTGTGATTCGT
TCGTTCGTGTCCGGTGGAAATGTTGTCAGATCGTCTCTGCTGCAGCATCTCCGTGTGATC
AACCCTGCGATTCAGCCTTCTGTGTTGTTGTCTTCACGCTCTGAGTCCACTCAGCCTGCT
CGTATGGAGGAGCATGGATTCGAGAGCACGACCATTTCTGATGTTATGAGCGCTAAAGGC
AAAAGCGCTGATGGATCTTGGCTTTGGTGTACCACTGATGACACAATGTTGGTGCCTTGG
TGGTTGTGGAACCTGGTGAGCAACAATCTCTTGCTGGTATCATTACAGAGAGAGATTATC
TGCGAAAGATCATTGTGCAAGGTAGATCATCCAAATCAACAAAAGTAGGAGACATTATGA
CTGAAGAGAATAAGCTTATCACCGTGACACCAGAGACCAAGGTGTTGGTCGCTATGCAGC
TGATGACAGATAACAGGATCAGGCACATTCCGGTGATCAAAGACAAGGGTATGATAGGAA
TGGTGTCCATAGGAGATGTGGTCCGTGCAGTGGTGACCGAGCATCGTGAGGAGCTTAACC
GCCTAAATGCCTTTATTCAGGGAGGTTACTAGACGCTAGCTACCCTTTGCTGTGTGGTGG
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GTCTCATGTTTGTTTGTTGTTTTTAAATCTGCTTTTTCAATTGGTTAACTTGTCAAGACT
AAGCTCTTGTGCTTTCCCTTTTTTTTTATGCTGCTACTTCTGCAAGATAATAAAACCAAA
GACTCCCCCCCCTCTTTATGG


BQ
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AF RR1DN58TF U 1
AF RR1DN58JQ C 257
AF RR1DV60TF U 562
BS 1 558 RR1DN58TF
BS 559 561 RR1DN58JQ
BS 562 624 RR1DV60TF
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RD RR1DN58TF 558 0 0
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TAGCTTCTTTAGATTCGTCTCGTAGCTGTTAGGTAAGAAAAGATGCAAGCTGTGATTCGT
TCGTTCGTGTCCGGTGGAAATGTTGTCAGATCGTCTCTGCTGCAGCATCTCCGTGTGATC
AACCCTGCGATTCAGCCTTCTGTGTTGTTGTCTTCACGCTCTGAGTCCACTCAGCCTGCT
CGTATGGAGGAGCATGGATTCGAGAGCACGACCATTTCTGATGTTATGAGCGCTAAAGGC
AAAAGCGCTGATGGATCTTGGCTTTGGTGTACCACTGATGACACAATGTTGGTGCCTTGG
TGGTTGTGGAACCTGGTGAGCAACAATCTCTTGCTGGTATCATTACAGAGAGAGATTATC
TGCGAAAGATCATTGTGCAAGGTAGATCATCCAAATCAACAAAAGTAGGAGACATTATGA
CTGAAGAGAATAAGCTTATCACCGTGACACCAGAGACCAAGGTGTTGGTCGCTATGCAGC
TGATGACAGATAACAGGA

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1DN58JQ 665 0 0
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CTTGGCTTTGGTGTACCACTGATGACACAATGTTGGTGCCTTGGTGGTTGTGGAACCTGG
TGAGCAACAATCTCTTGCTGGTATCATTACAGAGAGAGATTATCTGCGAAAGATCATTGT
GCAAGGTAGATCATCCAAATCAACAAAAGTAGGAGACATTATGACTGAAGAGAATAAGCT
TATCACCGTGACACCAGAGACCAAGGTGTTGGTCGCTATGCAGCTGATGACAGATAACAG
GATCAGGCACATTCCGGTGATCAAAGACAAGGGTATGATAGGAATGGTGTCCATAGGAGA
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AAAGCTTTTAAGATGTATGTATATATATGGAGTCTTGGTTGTTTGTCTCATGTTTGTTTG
TTGTTTTTAAATCTGCTTTTTCAATTGGTTAACTTGTCAAGACTAAGCTCTTGTGCTTTC
CCTTTTTTTTTATGCTGCTACTTCTGCAAGATAATAAAACCAAAGACTCCCCCCCCTCTT
TATGG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1DV60TF 348 0 0
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GAGGTTACTAGACGCTAGCTACCCTTTGCTGTGTGGTGGTTGTTGATGAATCTCGAAAGC
TTTTAAGATGTATGTATATATATGGAGTCTTGGTTGTTTGTCTCATGTTTGTTTGTTGTT
TTTAAATCTGCTTTTTCAATTGGTTAACTTGTCAAGACTAAGCTCTTGTGCTTTCCCTTT
TTTTTTATGCTGCTACTTCTGCAAGATAATAAAACCAAAGACTCCCCC

QA 1 348 1 348
DS 



AS 1 4

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GGCGAGCAAAGCCACATAAAAAAAGTTTTATACGGATTGCTGCCGCTGGAGCTCTTCTAA
TCTTTTGGTGGCTTCCGTAGACTTCTCCGTCGCTACACCTTTGCCGAGAGCAGTTTCTTC
TCAGCATCGCTTGTCATCTCAGAATGAGTCTCTCTGGTGCTGCTGCAGTTGGTTCAAGCA
GAAATTTGAGAAGAGCGGTGGAGTTTGGTAAAACTCATGTTGTTAGGCCCAAAGGGAAGC
ATCAAGCTACTATTGTCTGGCTACATGGCCTTGGCGACAATGGCTCCAGCTGGTCCCAGA
TGTTGGAGACGCTTCCCCTTCCAAATATCAAATGGATATGCCCGACTGCTCCTTCTCAGC
CAATAAGTTTGTTTGGTGGTTTCCCTTCCACAGCTTGGTTTGATGTTGTGGACCTGACTG
AAGATGGACCTGACGATGTAGAAGGACTGGATGTGACTGCCGAACATGTTGCAAAACTCT
TGTCAAATGAGCCTGCTGACATTAAGTTAGGTGTTGGAGGGTTCAGCATGGGTGCCGGGA
CGTCTCTATATTCTGCGACCTGTTTTGCACTCGGTAAATATGGAAATGGCAATCCTTACC
CTATCAATTTAAGCGCAGTCATTGGCTTAAGCGGGTGGCTTCCTTGTGCCAAGACACTAA
CTGGTAAACTAGAAGAGGAGCAGATCAAGAACCGAGCTGCATCGTTACCCATCTTAGTTT
GTCATGGAAAAGGTGATGATGTTGTACCGTTCAAGTTTGGGGAGAAATCATCACAGGCCT
TGATAGCACATGGGTTTAAGGAGACGACCTTCAAAGCTTACAGTGGACTTGGTCACTACA
CGATCCCACAGGAGACTGAGGATTTGTGCTCGTGGTTGACATCCACCCTCGGCCTCGAAG
GCTGAAAAGGCTCTTCAATTTGATGAAAAAAAAACTCCTGAGATTTTTCTTTGAATTGGA
TTTGGATCTTTCGGATTTTTTTACTTTCGGATCTGGATGTTGTTACATTTGGGATATTAA
TGTAAGACTACGCCCTCTCT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG44TF U 1
AF RR1D091TF U 46
AF RR1EN35TF U 57
AF RR1FE55JQ C 274
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GTCATGG

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CCCATCTTAGTTTGTCATG

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QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 3

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AAAAAA****GCAAAAGAGTTTACTACATAACCAGTTTGAGATCCTTTTCACTGACCAGT
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GGCTCAACACAATATGGCTCTCTTCAGACAGACAGTTTTGTCTGGTCGGTTGTACCTTCA
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CGTTCCATTCCGGGTTTATACTATGTTTGATTACACGGGTTTTAAGCTTCTGTTTTCCTG
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GCAAAGTTGGTTGCTGGTAGAAACTGTGCTTTTGGACTTTGGAAGGCTGCGATCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1F117JQ U 14
AF RR1G273JQ U 1
AF RR1F117TF C 46
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RD RR1F117JQ 651 0 0
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QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1F117TF 790 0 0
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GGATCGATGGCCTTAAATCCCCTTTGAACCGGGAACCTCGATCCACTCGAGCTGTAGCTC
GACCTCCCCACACTCCACGTGCTGGAGTCTAAGGAACATATTCTGCACAAGCTTCCCTTG
GCTCAACACAATATGGCTCTCTTCAGACAGACAGTTTTGTCTGGTCGGTTGTACCTTCAT
GATTATGGTTCCGTTGGGAAGTCCTCCTTCAAGCTTATGGCGTAGTTTAATGGCTTCAAG
ATATGGAGCAATGCCAAACTCTGCTTCTCCCATCTTATCATCCGCCGAGAACAAGTCCTT
GTCGTAAACCGTAAGTTTAACAGTGAGGTTTGGATCTGTAACAGAAAGAGTTAAATCGTC
GTTCCATTCCGGGTTTATACTATGTTTGATTACACGGGTTTTAAGCTTCTGTTTTCCTGA
GCGAAAGACGATGTAAGGATCGCTGCTTGAGGTATCTCTAATGGCGAGATTCACACCTCT
CTTCACATGAATTCTCAGAAGACCCAGCAGATTCTCCATTTTTGGGTCAATAGCAAGATG
CAAAGTTGGTTGCTGGTAGAAACTGTGCTTTTGGACTTTGGAAGGCTGCGATCC

QA 17 790 17 790
DS 



AS 1 5

CO CL1943Contig1 688 5 9 U
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1AV48JQ U 1
AF RR1G911JQ U 23
AF RR1GP94JQ U 23
AF RR1GP94TF C 23
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C

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TCCTGC

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TCCTGC

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GGCGACACGTATCCTGC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 5

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AAGCATTAAAGAAGAGCAAAAAAGTATCCACAACAATGTATATGTCACAGTCTGTATCAA
AACGCCTCCTTTTGGTCCCTATCTTGGCTGTGGTGGCCATACAACTTCTATTTGTACGCG
CTGCTTCGTCAGTGAACATGACAAATACGTATCTACACCACAAATGCTTTGTCAGTCAAG
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ACGACCAATGTTCTTTATATTTTTCTACGATCGATTCTATAGGGATGATCGATTACGACA
ACAATTTCTGTATGTCCAATAAAAAGAAAGTAGACGACTATCTATATAACGATTTAAAAC
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BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ51TF U 1
AF RR1GR55TF U 1
AF RR1A427TF U 3
AF RR1BW81TF U 228
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BS 873 873 RR1CS41TF
BS 874 902 RR1BW81TF
BS 903 903 RR1CS41TF
BS 904 918 RR1BW81TF
BS 919 919 RR1CS41TF
BS 920 960 RR1BW81TF
BS 961 1046 RR1CS41TF

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AAGCATTAAAGAAGAGCAAAAAAGTATCCACAACAATGTATATGTCACAGTCTGTATCAA
AACGCCTCCTTTTGGTCCCTATCTTGGCTGTGGTGGCCATACAACTTCTATTTGTACGCG
CTGCTTCGTCAGTGAACATGACAAATACGTATCTACACCACAAATGCTTTGTCAGTCAAG
GGAAATACAAACCGGGAAGTCAGTATGAGAAAAACCTAAAACGTATCAGGAATGAAATCT
CTCCTGAAAGTTTTAAAAGGGGTTACAACTCTACGCACCTTGGTGCAGGTCCCGATTTCA
TAATCATGTTCCTTCAATGCCGCGGAGACACCCACGGGCCCAAATGCCGTTCTTGCTATG
CTACCGCCCAACCCGAGTTTTTTAAGAGATGTCCAAGATATAAAGGTGGAATAATATGGT
ACGACCAATGTTCTTTATATTTTTCTACGATCGATTCTATAGGGATGATCGATTACGACA
ACAATTTCTGTATGTCCAATAAAAAGAAAGTAGACGACTATCTATATAACGATTTAAAAC
CGCGGTATTTCATCGACGATTTGATACAAAATACCACTCGCGAAGCTAACCCGAAAGCGC
CGTACTA

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DS 

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GGAT
ATCCCTCTCTTCTACACAAACATCACAGTCTTATAACGCTTATTTTACTGAGAAACAAGC
ATTAAAGAAGAGCAAAAAAGTATCCACAACAATGTATATGTCACAGTCTGTATCAAAACG
CCTCCTTTTGGTCCCTATCTTGGCTGTGGTGGCCATACAACTTCTATTTGTACGCGCTGC
TTCGTCAGTGAACATGACAAATACGTATCTACACCACAAATGCTTTGTCAGTCAAGGGAA
ATACAAACCGGGAAGTCAGTATGAGAAAAACCTAAAACGTATCAGGAATGAAATCTCTCC
TGAAAGTTTTAAAAGGGGTTACAACTCTACGCACCTTGGTGCAGGTCCCGATTTCATAAT
CATGTTCCTTCAATGCCGCGGAGACACCCACGGGCCCAAATGCCGTTCTTGCTATGCTAC
CGCCCAACCCGAGTTTTTTAAGAGATGTCCAAGATATAAAGGTGGAATAATATGGTACGA
CCAATGTTCTTTATATTTTTCTACGATCGATTCTATAGGGATGATCGATTACGACAACAA
TTTCTGTATGTCCAATAAAAAGAAAGTAGACGACTATCTATATAACGATTTAAAACCGCG
GTATTTCATCGACGATTTGATACAAAATACCACTCGCGAAGCTAACCCGAAAGCGCCGTA
CTA
CAC

QA 5 667 5 667
DS 

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GG
ATCCCTCTCTTCTACACAAACATCACAGTCTTATAACGCTTATTTTACTGAGAAACAAGC
ATTAAAGAAGAGCAAAAAAGTATCCACAACAATGTATATGTCACCGTCTGTATCAAAACG
CCTCCCTTTGGTCCCTATCTTGGCTGTGGCGGCCATACAACTTCTATTTGTACGCGCTGC
TTCGTCAGTGAACATGACAAATACGTATCTACACCACAAATGCTTTGTCAGTCAAGGGAA
ATACAAACCGGGAAGTCAGTATGAGAAAAACCTAAAACGTATCAGGAATGAAATCTCTCC
TGAAAGTTTTAAAAGAGGTTACAACTCTACGCACCTTGGTGCAGGTCCCGATTTCATAAT
CATGTTCCTTCAATGCCGCGGAGACACCCACGGGCCCAAATGCCGTTCTTGCTATGCTAC
CGCCCAACCCGAGTTTTTTAAGAGATGTCCAAGATATAAAGGTGGAATAATATGGTACGA
CCAATGTTCTTTATATTTTTCTACGATCGATTCTATAGGGATGATCGATTACGACAACAA
TTTCTGTATGTCCAATAAAAAGAAAGTAGACGACTATCTATATAACGATTTAAAACCGCG
GTATTTCATCGACGATTTGATACAAAATACCACTCGCGAAGCTAACCCGAAAGCGCCGTA
CTACACGGTGGAGGAGAA

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DS 

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AGGAATGAAATCTCTCCTGAAAGTTTTAAAAGAGGTTACAACTCTACGCACCTTGGTGCA
GGTCCCGATTTCATAATCATGTTCCTTCAATGCCGCGGAGACACCCACGGGCCCAAATGC
CGTTCTTGCTATGCTACCGCCCAACCCGAGTTTTTTAAGAGATGTCCAAGATATAAAGGT
GGAATAATATGGTACGACCAATGTTCTTTATATTTTTCTACGATCGATTCTATAGGGATG
ATCGATTACGACAACAATTTCTGTATGTCCAATAAAAAGAAAGTAGACGACTATCTATAT
AACGATTTAAAACCGCGGTATTTCATCGACGATTTGATACAAAATACCACTCGCGAAGCT
AACCCGAAAGCGCCGTACTACACGGTGGAGGAGAAGAAGGTGGCGAATGTAACTATATAT
GGAATGGCTGAGTGCTCCTTCGACATGTCGCAAAGAAACTGTAGGAAGTGTTTAGAACGA
AACAATTTCTATTTTAGAAGATGTTTTCATAATAAAATAGGAGCCAGAGTTTTGGGTAAA
AGCTGTAGTTTTAGGTATGAGCTTTATCCTTTCATTTCCC*TGAG*CCGGTCCTAAATAT
TTGAAGTCTTAAAAA*GCAATTTATATAAAA*GTATGCGGATCTTTTCTTTTATGAAAGT
TTTAAATTTTATT

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DS 

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AGTGTATGATGTAGTTTAAATAAATCTATACTCCTCGTACAGATT

QA 1 225 1 225
DS 



AS 1 4

CO CL1945Contig1 1397 4 6 U
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ATTGTTAGTTAGTTTGAGTCTGGTGTTGTTTGGTCTACAAACGGCCGTGTCACAGCGACA
ACAACAGTCACAAGTCCCATGTTTATACATCTTTGGTGACTCCTTGGTCGATAACGGAAA
CAATAACAGGCTGCTTTCTCTTGCGAGGGCTAATTACCGGCCTTATGGCATCGACTTTCC
CCAAGGTGCAACCGGAAGATTCACCAATGGTCGCACCTACGTTGATGCTCTTGCTCAAAT
TCTTGGATTTCGGACTTACATTCCACCATACTCCAGGATTCGTGGCCAGGCTTTGCTAAG
AGGTGCGAATTTCGCATCGGGTGCGGCCGGCATTAGAGATGAGACCGGTGACAACTTGGG
TGCGCATACTTCTATGAACCAGCAGGTCAATTCTTACACAAACGCGGTTCAACGAATGCT
TCAATACTTCAGAGGAGACATAAATGAGCTCCAAAGATACTTAAGCCGTTGCATTTTCTA
TTCGGGAATGGGTAGTAATGATTACCTCAACAATTACTTCATGCCTGACTTTTACTCAAC
CAGTACCGATTTCAATGACAAAACCTATGCCGAGTCCCTCATAAAAAACTACACACAACA
GCTCACTCGGTTGTACCAATTTGGAGCCCGGAAAGTGATCGTGACCGCAGTGGGACAAAT
CGGGTGCATACCTTATGAGCTAGCCCGCTATAATAACCGCAACAACAGCACAGGCAGGTG
CAATGACAAGATTAACAATGCAATTGCGTTGTTCAACTCTCAGCTCAAGAAACTAGTTGA
TCGTTTCAACAATGGTCAATTGCAAGGAGCCAAGTTTGTTTACCTTGATACCTACAAGAG
CACTTCAGATCTTGCTGCCAATGGAGCCGCTTACGGATTTTAGGTGGTGGACAAAGGTTG
TTGTGGGGTGGGGAGGAACAATGGTCAGATAACGTGTTTACCCCTGCAGCAGCCGTGCAG
TGACCGGACCAAGTATTTCTTTTGGGATGCGTTTCACCCGACAGAGGCGGCTAACATATT
GCTGGCTAAGTCTAATTTCAACTCTCGAGCTTACGCTTACCCCATTAACATTCAAGAACT
AGCCAATCTTTGAATAAAGGAGATCTTGATATGAGCTTGCTTGTATGCTGTGTTTTTTCA
CTTATATATTTCTTTGAAATAACTATGAATTTTCTTTGTTTTGTATTGTTCCTCTTATTT
TCAGCTATATGTATGTCTCAAGCTAATTGCAAATTGTTAGCCACATGATGTATCAAAGTT
GTCATATTATGTACATCTACAACTACAGTTCTTTTTTATATTTTCATGACTATATTTATT
GTGTGAAAATGTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CV51TF U 18
AF RR1D510TF U 1
AF RR1CV51JQ C 693
AF RR1D510JQ C 715
BS 1 785 RR1D510TF
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RD RR1CV51TF 631 0 0
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GTCTGGTGTTGTTTGGTCTACAAACGGCCGTGTCACAGCGACAACAACAGTCACAAGTCC
CATGTTTATACATCTTTGGTGACTCCTTGGTCGATAACGGAAACAATAACAGGCTGCTTT
CTCTTGCGAGGGCTAATTACCGGCCTTATGGCATCGACTTTCCCCAAGGTGCAACCGGAA
GATTCACCAATGGTCGCACCTACGTTGATGCTCTTGCTCAAATTCTTGGATTTCGGACTT
ACATTCCACCATACTCCAGGATTCGTGGCCAGGCTTTGCTAAGAGGTGCGAATTTCGCAT
CGGGTGCGGCCGGCATTAGAGATGAGACCGGTGACAACTTGGGTGCGCATACTTCTATGA
ACCAGCAGGTCAATTCTTACACAAACGCGGTTCAACGAATGCTTCAATACTTCAGAGGAG
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ATGATTACCTCAACAATTACTTCATGCCTGACTTTTACTCAACCAGTACCGATTTCAATG
ACAAAACCTATGCCGAGTCCCTCATAAAAAA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1D510TF 785 0 0
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ATTGTTAGTTAGTTTGAGTCTGGTGTTGTTTGGTCTACAAACGGCCGTGTCACAGCGACA
ACAACAGTCACAAGTCCCATGTTTATACATCTTTGGTGACTCCTTGGTCGATAACGGAAA
CAATAACAGGCTGCTTTCTCTTGCGAGGGCTAATTACCGGCCTTATGGCATCGACTTTCC
CCAAGGTGCAACCGGAAGATTCACCAATGGTCGCACCTACGTTGATGCTCTTGCTCAAAT
TCTTGGATTTCGGACTTACATTCCACCATACTCCAGGATTCGTGGCCAGGCTTTGCTAAG
AGGTGCGAATTTCGCATCGGGTGCGGCCGGCATTAGAGATGAGACCGGTGACAACTTGGG
TGCGCATACTTCTATGAACCAGCAGGTCAATTCTTACACAAACGCGGTTCAACGAATGCT
TCAATACTTCAGAGGAGACATAAATGAGCTCCAAAGATACTTAAGCCGTTGCATTTTCTA
TTCGGGAATGGGTAGTAATGATTACCTCAACAATTACTTCATGCCTGACTTTTACTCAAC
CAGTACCGATTTCAATGACAAAACCTATGCCGAGTCCCTCATAAAAAACTACACACAACA
GCTCACTCGGTTGTACCAATTTGGAGCCCGGAAAGTGATCGTGACCGCAGTGGGACAAAT
CGGGTGCATACCTTATGAGCTAGCCCGCTATAATAACCGCAACAACAGCACAGGCAGGTG
CAATG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1CV51JQ 705 0 0
AAGTGATCGTGACCGCAGTGGGACAAATCGGGTGCATACCTTATGAGCTAGCCCGCTATA
ATAACCGCAACAACAGCACAGGCAGGTGCAATGACAAGATTAACAATGCAATTGCGTTGT
TCAACTCTCAGCTCAAGAAACTAGTTGATCGTTTCAACAATGGTCAATTGCAAGGAGCCA
AGTTTGTTTACCTTGATACCTACAAGAGCACTTCAGATCTTGCTGCCAATGGAGCCGCTT
ACGGATTTTAGGTGGTGGACAAAGGTTGTTGTGGGGTGGGGAGGAACAATGGTCAGATAA
CGTGTTTACCCCTGCAGCAGCCGTGCAGTGACCGGACCAAGTATTTTTTTTGGGATGCGT
TTCACCCGACAGAGGCGGCTAACATATTGCTGGCTAAGTTTAATTTCAACTCTCGAGCTT
ACGCTTACCCCATTAACATTCAAGAACTAGCCAATCTTTGAATAAAGGAGATCTTGATAT
GAGCTTGCTTGTATGCTGTGTTTTTTCACTTATATATTTCTTTGAAATAACTATGAATTT
TCTTTGTTTTGTATTGTTCCTCTTATTTTCAGCTATATGTATGTCTCAAGCTAATTGCAA
ATTGTTAGCCACATGATGTATCAAAGTTGTCATATTATGTACATCTACAACTACAGTTCT
TTTTTATATTTTCATGACTATATTTATTGTGTGAAAATGTGTTTC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1D510JQ 683 0 0
ACAAATCGGGTGCATACCTTATGAGCTAGCCCGCTATAATAACCGCAACAACAGCACAGG
CAGGTGCAATGACAAGATTAACAATGCAATTGCGTTGTTCAACTCTCAGCTCAAGAAACT
AGTTGATCGTTTCAACAATGGTCAATTGCAAGGAGCCAAGTTTGTTTACCTTGATACCTA
CAAGAGCACTTCAGATCTTGCTGCCAATGGAGCCGCTTACGGATTTTAGGTGGTGGACAA
AGGTTGTTGTGGGGTGGGGAGGAACAATGGTCAGATAACGTGTTTACCCCTGCAGCAGCC
GTGCAGTGACCGGACCAAGTATTTCTTTTGGGATGCGTTTCACCCGACAGAGGCGGCTAA
CATATTGCTGGCTAAGTCTAATTTCAACTCTCGAGCTTACGCTTACCCCATTAACATTCA
AGAACTAGCCAATCTTTGAATAAAGGAGATCTTGATATGAGCTTGCTTGTATGCTGTGTT
TTTTCACTTATATATTTTTTTGAAATAACTATGAATTTTCTTTGTTTTGTATTGTTCCTC
TTATTTTCAGCTATATGTATGTCTCAAGCTAATTGCAAATTGTTAGCCACATGATGTATC
AAAGTTGTCATATTATGTACATTTACAACTACAGTTCTTTTTTATATTTTCATGACTATA
TTTATTGTGTGAAAATGTGTTTC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 3

CO CL1946Contig1 358 3 2 U
GGATCATTTCATTAGCAAAGATGAAAAACGCATTTAAACCTTCGCTTATTGGTTTGGTTA
TTCTCACAATTCTTCTGTTCGGAGAAACGGTGATTGCTCAGAAAGGAAAACCATGCTATT
CAGAATTGCCGGACAAAACATGTGAAATCAAGCGCTGCAACGATCAATGTATGAAAAAGA
ATAAAAATATACGGTTTCAAGGCAGGTGCATTAAAAATGTAACCGGAGAAATGTTTTGCC
GATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTATCTACACTAGAACTCAAATAATATTTA
TAATAATACTACAACTTTGTCAAAGAAATGAATAAAATTTTAATAAATTTGTGCTGGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1A849JQ C 1
AF RR1C520TF U 44
AF RR1A849TF U 1
BS 1 43 RR1A849TF
BS 44 358 RR1C520TF

RD RR1A849JQ 358 0 0
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TTCTCACAATTCTTCTGTTCGGAGAAACGGTGATTGCTCAGAAAGGAAAACCATGCTATT
CAGAATTGCCGGACAAAACATGTGAAATCAAGCGCTGCAACGATCAATGTATGAAAAAGA
ATAAAAATATACGGTTTCAAGGCAGGTGCATTAAAAATGTAACCGGAGAAATGTTTTGCC
GATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTATCTACACTAGAACTCAAATAATATTTA
TAATAATACTACAACTTTGTCAAAGAAATGAATAAAATTTTAATAAATTTGTGCTGGT

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1C520TF 315 0 0
GCTTATTGGTTTGGTTATTCTCACAATTCTTCTGTTCGGAGAAACGGTGATTGCTCAGAA
AGGAAAACCATGCTATTCAGAATTGCCGGACAAAACATGTGAAATCAAGCGCTGCAACGA
TCAATGTATGAAAAAGAATAAAAATATACGGTTTCAAGGCAGGTGCATTAAAAATGTAAC
CGGAGAAATGTTTTGCCGATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTATCTACACTAG
AACTCAAATAATATTTATAATAATACTACAACTTTGTCAAAGAAATGAATAAAATTTTAA
TAAATTTGTGCTGGT

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR1A849TF 358 0 0
GGATCATTTCATTAGCAAAGATGAAAAACGCATTTAAACCTTCGCTTATTGGTTTGGTTA
TTCTCACAATTCTTCTGTTCGGAGAAACGGTGATTGCTCAGAAAGGAAAACCATGCTATT
CAGAATTGCCGGACAAAACATGTGAAATCAAGCGCTGCAACGATCAATGTATGAAAAAGA
ATAAAAATATACGGTTTCAAGGCAGGTGCATTAAAAATGTAACCGGAGAAATGTTTTGCC
GATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTATCTACACTAGAACTCAAATAATATTTA
TAATAATACTACAACTTTGTCAAAGAAATGAATAAAATTTTAATAAATTTGTGCTGGT

QA 1 358 1 358
DS 



AS 1 5

CO CL1947Contig1 954 5 34 U
GGACGCGTTCTACCGCGCCGAAACCAAGAAGGTCTACGAACCAGCCTTGAAAGATTGCAA
CAGGATCACCATCACCAGTAGGAACCCCCAATGGATCACCGAGACGATGCCGATGCCACG
TGTCATGAGCGACGCTGTCCTCCTCCCCAACGGAGAAGTTCTAATCATCAACGGAGTGAG
ACGTGGAACCTCCGGATGGGGTAACGGCAGAGACCCAATATTCACCCCGATCATTTACGC
GCCGAACAAACCGTTGGGCCAACGTTTCAAAGAGCTCGCTCCTTCCCCTATCCCCCGCGT
CCACCACTCCATCGCGGTCGCTCTCCCCGACGGCAAAGTCCTCGTAGGTGGAAGCAACAC
TAACGACGGTTACAAGTACGACGTCATGTTCCCGACCGAGCTCCGCATCCAGAAATACTC
CCCGCCTTACCTCGACCCGGCTCTCGCCTACTTGAGACCATCCATCGTGAACACCGCTAC
ACCGAAACAGATCAGGTACGGAGAGAGGTTTAACATAAGGATCAACCTTAACCAGAAAGA
CGTGACGAAGGAGAACGTTATAGTTACAATGTTGGCACCACCGTTTACCACCCATGCCGT
GTCGATGAACATGAGGTTGCTCATGTTGGGTATCTTTGATATCAAGAAAGAGGTTCGCGA
CCTTCATCAGATCCATGCCCTTGCTCCTCCCAGTGGAAAAGTTGCTCCTCCTGGCTATTA
TCTTCTCTCTGTTGTCTACCAAGGCGTTCCTAGCGTTGGAGAATGGATCCAAATCGTCTG
ATTTTTTTAGTTTCCTCCCAGGATAATTTAATAATGACCTTATTTTTTTGATACCAACCC
TCACCCATAATAAATGTAAAATAAAACCATATTTTTGCTCATTGTGAATAAGTTTTTTTT
GATACTCTATAATTACTGTAAGTTTTTCTGATTGATATATAAGAGCATTGAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1EA27TF U 1
AF RR1DI62TF U 56
AF RR1DI62JQ C 219
AF RR1E879JQ C 442
AF RR1E879TF U 361
BS 1 153 RR1EA27TF
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BS 260 301 RR1EA27TF
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BS 954 954 RR1DI62JQ

RD RR1EA27TF 782 0 0
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CAGGATCACCATCACCAGTAGGAACCCCCAATGGATCACCGAGACGATGCCGATGCCACG
TGTCATGAGCGACGCTGTCCTCCTCCCCAACGGCGAAGTTCTAATCATTAACGGAGTGAG
ACGTGGAACCTCGGGATGGGGTAACGGCAGAGACCCAATATTCACCCCGATCATTTACGC
GCCGAACAAACCGTTAGGACAACGTTTCAAAGAGCTCGCTCCTTCCCCTATCCCCCGCGT
CTACCACTCCATCGCCGTCGCTCTCCCCGACGGTAAAGTCCTCGTAGGTGGAAGCAACAC
TAACGACGGTTACAAGTACGACGTCATGTTCCCGACCGAGCTCCGCATCCAGAAATACTC
CCCGCCTTACCTCGACCCGGCTCTCGCCTACTTGAGACCATCCATCGTGAACACCGCTAC
ACCGAAACAGATCAGGTACGGAGAGAGGTTTAACATAAGGATCAACCTTAACCAGAAAGA
CGTGACGAAGGAGAACGTTATAGTTACAATGTTGGCACCGCCGTTTACCACGCATGCCGT
GTCGATGAACATGAGGTTGCTCATGTTGGGTATCTTTGATATCAAGAAAGAGGTTCGCGA
CCTTCATCAGATCCATGCCGTTGCTCCTCCCAGTGGAAAAGTTGCTCCTCCTGGCTATTA
TCTTCTCTCTGT*GTCTACCAAG*CGTCCCTAGCGTTGGAGAATGGATCCAAATCGTCTG
AT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1DI62TF 762 0 0
G
GCAACAGGATCACCATCACCAGTAGGAACCCCCAATGGATCACCGAGACGATGCCGATGC
CACGTGTCATGAGCGACGCTGTCCTCCTCCCCAACGGAGAAGTTTTAATCATCAACGGAG
TGAGACGTGGAACCTCCGGATGGGGTAACGGCAGAGACCCAATATTCACCCCGATCATTT
ACGCGCCGAACAAACCGTTGGGCCAACGTTTCAAAGAGCTCGCTCCTTCCCCTATCCCCC
GCGTCCACCACTCCATCGCGGTCGCTCTCCCCGACGGCAAAGTCCTCGTAGGTGGAAGCA
ACACTAACGACGGTTACAAGTACGACGTCATGTTCCCGACCGAGCTCCGCATCCAGAAAT
ACTCCCCGCCTTACCTCGACCCGGCTCTCGCCTACTTGAGACCATCCATCGTGAACACCG
CTACACCGAAACAGATCAGGTACGGAGAGAGGTTTAACATAAGGATCAACCTTAACCAGA
AAGACGTGACGAAGGAGAACGTTATAGTTACAATGTTGGCACCACCGTTTACCACCCATG
CCGTGTCGATGAACATGAGGTTGCTCATGTTGGGTATCTTTGATATCAAGAAAGAGGTTC
GCGACCTTCATCAGATCCATGCCCTTGCTCCTCCCAGTGGAAAAGTTGCTCCTCCTGGCT
ATTATCTTCTCTCTGTTGTCTACCAAG*CGTTCCTAGCGTTGGAGAATGGATCCAAATCG
TCTGATTTTTT*AGTTTCCTCCCAGGATAATTTAATAATGA

QA 2 762 2 762
DS 

RD RR1DI62JQ 736 0 0
ATA
TCACCCCGATCATTTACGCGCCGAACAAACCGTTGGGCCAACGTTTCAAAGAGCTCGCTC
CTTCCCCTATCCCCCGCGTCCACCACTCCATCGCGGTCGCTCTCCCCGACGGCAAAGTCC
TCGTAGGTGGAAGCAACACTAACGACGGTTACAAGTACGACGTCATGTTCCCGACCGAGC
TCCGCATCCAGAAATACTCCCCGCCTTACCTCGACCCGGCTCTCGCCTACTTGAGACCAT
CCATCGTGAACACCGCTACACCGAAACAGATCAGGTACGGAGAGAGGTTTAACATAAGGA
TCAACCTTAACCAGAAAGACGTGACGAAGGAGAACGTTATAGTTACAATGTTGGCACCAC
CGTTTACCACCCATGCCGTGTCGATGAACATGAGGTTGCTCATGTTGGGTATCTTTGATA
TCAAGAAAGAGGTTCGCGACCTTCATCAGATCCATGCCCTTGCTCCTCCCAGTGGAAAAG
TTGCTCCTCCTGGCTATTATCTTCTCTCTGTTGTCTACCAAGGCGTTCCTAGCGTTGGAG
AATGGATCCAAATCGTCTGATTTTTTTAGTTTCCTCCCAGGATAATTTAATAATGACCTT
ATTTTTTTGATACCAACCCTCACCCATAATAAATGTAAAATAAAACCATATTTTTGCTCA
TTGTGAATAAGTTTTTTTTGATACTCTATAATTACTGTAAGTTTTTCTGATTGATATATA
AGAGCATTGAAGT

QA 4 736 4 736
DS 

RD RR1E879JQ 513 0 0
TCTCGCCTACTTGAGACCATCCATCGTGAACACCGCTACACCGAAACAGATCAGGTACGG
AGAGAGGTTTAACATAAGGATCAACCTTAACCAGAAAGACGTGACGAAGGAGAACGTTAT
AGTTACAATGTTGGCACCACCGGTTACCACCCATGCCGTGTCGATGAACATGAGGTTGCT
CATGTTGGGTATCTTTGATATCAAGAAAGAGGTTCGCGACCTTCATCAGATCCATGCCCT
TGCTCCTCCCAGTGGAAAAGTTGCTCCTCCTGGCTAT*ATCTTCTCTCTGTTGTCTACCA
AGGCGTTCCTAGCGTTGGAGAATGGATCCAAATCGTCTGATTTTTTTAGTTTCCTCCCAG
GATAATTTAATAATGACCTTATTTTTTTGATACCAACCCTCACCCATAATAAATGTAAAA
TAAAACCATATTTTTGCTCATTGTGAATAAGTTTTTTTTGATACTCTATAATTACTGTAA
GTTTTTCTGATTGATATATAAGAGCATTGAAG
C

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1E879TF 594 0 0
G
AACGACGGTTACAAGTACGACGTCATGTTCCCGACTGAGCTCCGCATCCAGAAATACTCC
CCGCCTTACCTCGACCCGGCTCTCGCCTACTTGAGACCATCCATCGTGAACACCGCTACA
CCGAAACAGATCAGGTACGGAGAGAGGTTTAACATAAGGATCAACCTTAACCAGAAAGAC
GTGACGAAGGAGAACGTTATAGTTACAATGTTGGCACCACCGGTTACCACCCATGCCGTG
TCGATGAACATGAGGTTGCTCATGTTGGGTATCTTTGATATCAAGAAAGAGGTTCGCGAC
CTTCATCAGATCCATGCCCTTGCTCCTCCCAGTGGAAAAGTTGCTCCTCCTGGCTAT*AT
CTTCTCTCTGTTGTCTACCAAGGCGTTCCTAGCGTTGGAGAATGGATCCAAATCGTCTGA
TTTTTTTAGTTTCCTCCCAGGATAATTTAATAATGACCTTATTTTTTTGATACCAACCCT
CACCCATAATAAATGTAAAATAAAACCATATTTTTGCTCATTGTGAATAAGTTTTTTTTG
ATACTCTATAATTACTGTAAGTTTTTCTGATTGATATATAAGAGCATTGAAG
C

QA 2 593 2 593
DS 



AS 1 5

CO CL1948Contig1 670 5 7 U
GGACATCTCTTCTCGCCTCTTTTCCTTTAACGAACTATTTGAAATCTAATTTCAAATTCA
ACTATTTGAAATCTAATTTCAAATTGGTTGTTGAGGTAAAGTTGAGCTCTAGTCATGGCC
AAGATCGCCTTGTTGCTTTTCGTCATGGCCATTCTGGTCTCTCTCCACGCTAATGAAGCT
CACCACCGTAAGGGAGATCCAGCGCGTGAAAAAGACTTAACAGCCAAGAAAAAGAGCATT
CAAGGTTTGACATCTGAAGTGAAATCGTTGAGCAAATCTGAACAGGTGGTGAATAACATT
GAAAAAGATCACAATAATAACAAAATGCTTTCAAAGAAAGATCACAAGAAGAAACTGGAC
TCAATGGCTTATGCACAGAAACTCAAAAAATTCCGCAGGGTTACCAAAATCAAGAGAGTA
CCTGCGAGAAAGAGGAAATCTGCATCCATAATCCAATCGATCTTGAAAGATTTTGGATTA
AACGGAGGGAGAAACTAACAAAAATAACAATTAGGGTTTGATTCATATTGATGACTTTAT
AAAGGAGGTTTGAACCTGGCCATGGATTTTAGCTTTACAAGTGAGTGGAGAAAATAATTT
CCCCATATTATGTTATTTACATCATATTGTAATTGATATAAGTTAATGAAATATTACTAC
TTATGATATC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 10 10 10 

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AF RR1FT06TF U 1
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A

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TTATGAT

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TTATGAT

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 3

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D562TF U 1
AF RR1BO44TF U 1
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RD RR1D562TF 709 0 0
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TGGCTGATGAAACCATAGAGATAATATTAGATAAGACATTTGAG
ATGCA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1BO44TF 804 0 0
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TCTCGCCCATCTCCCTCTCTGTATCTCTCCGGCTAGCCGTTCTCTTAGGTGGTGTAACGG
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GTTCCGTTGTTGATGATGGTTTGATAAACAAGGAGGAGTTTCAACTTGCCTTGTTTAAGA
GCAGGAAGAGGGAGAATATATTTGCCAACAGGATATTTGATATGTTTGATGTTAAACGAA
G*GGAGTAATTGATTTTGGAGACTTTGTAAGATCACTCAATGTGTTCCACCCCAATGCTT
CTCTAGAAGACAAAATTGATTTTACGTTTAGGCTTTATGACATGGACTGCACGGGTTTCA
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TGGCTG*TGAAACCATAGAGATAATATTAGATAAGACATTTGAG*ATGCAGACGTTAATC
AG*ATGGAAAGATTGATAAATTAGAGTGGAGAGATT*CGTGA**CAAAATCCATCACTGC
CTAAGATCATGACACTCCCATATC

QA 1 804 1 804
DS 

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GAGAATATATTTGCCAACAGGATATTTGATATGTTTGATGTTAAACGAAG*GGAGTAATT
GATTTTGGAGACTTTGTAAGATCACTCAATGTGTTCCACCCCAATGCTTCTCTAGAAGAC
AAAATTGATTTTACGTTTAGGCTTTATGACATGGACTGCACGGGTTTCATTGAACGATAG
GAGGTTAAGCAAATGTTGATCGCCCTTCTCTGTGAATCTGAAATGAAGTTGGCTG*TGAA
ACCATAGAGATAATATTAGATAAGACATTTGAGGATGCAGACGTTAATCAGGATGGAAAG
ATTGATAAATTAGAGTGGAGAGATTTCGTGAACAAAAATCCATCACTGCCTAAGATCATG
ACACTCCCATATCTCAGGGATATTACAACAACGTTTCCGAGCTTTGTCTTCAATTCTGAG
GTCGATGAGATTGCCACATGAAGAAACTGGTTCCTCAAAGTTTGAAGAAAAGAAGAAGAA
AGAACAAGACCAGTTCTGAGTTGATCAGCATCTGTTTGCAAATACTGTAGAGCTAGAGCA
TATCTTTTTTTTTTTTAATGTTTAATTTTCTGGGTTCCTATCTAATTCTCAGAACAGTTT
TGAAATCTTGAGTTTTTTAGCTTAAAAAGTGTATCATCAATCC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 5

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TGCTAGTGGTGCAAGCTCTAATGAAGAAAGCTCTACCGAGACCCAAAGTGAAACTGGTGC
CGAAAGTGGAGCATCTGCGGGTGCCCCGAGTGGAGGTCCAACCTCTGGCGATGCTGGTGC
TGGTGGTCCAAGCGGAAGTTCATCTGATATGTCGGCAGGAGGAGCAACCGGAAGCACTTC
AGGCAGTGGGAGTGCAACTTCGACTCAAACCTCTGCCGAAGGAGAAAGTGCAATGAATAG
CGGAGCTTCTTTCTCGGACACTACAGGTGCTAGCGGCACGGAAGCTCCCGCCAGTAGCCC
CTCTGGTTCAGCTTCAGCTTCAGGTAGTAGTGAAGCCTCCTCCTTAAGTGGAGACTCATC
TTTGCAAGCTGGAGGTTCATCCACCGGTGCCGCAAGTGGAAGTGCAACTGATGTCTCTGC
CCAAGGAGAGAGTTCGATGAAGGGAAGCATCGCATCTAAAAAAA*GTTCTGCTAGCTACA
AGAAGTCACACAAAGAATCCTCAGACCAGAGCAGCTTCAAGCATTCCTCAGAGGAGATAA
AAGCCGGCTCTTCTTCAAATTAAACTCGTCGGTTCTCGGACCAAATAGGTCAAACACATA
TTAAATACAATAATTTTTAATAAAGCAATGGCCCTGCTGAATTACAGCAGCGAGCTGTAG
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TTTTTTTTCTACTTTAAATGCCGTTGTAAAATATGAATATGAAAGAATTGTGAGTATATG
TATACATTATACATTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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T
AAATACAT

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DS 

RD RR1DT60JQ 667 0 0
G
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TAGCC
C

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RD RR1DT60TF 667 0 0
G
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ACCAAATAGGTCAAACACATATTAAATACAATAATTTTTAATAAAGCAATGGCCCTGCTG
AATTACAGCAGCGAGCTGTAGAATGTTTTTGCTAAATACTAGAGAATTATTGACATGCGT
TAGCC
C

QA 2 666 2 666
DS 

RD RR1B687JQ 799 0 0
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CACCGGTGCCGCAAGTGGAAGTGCAACTGATGTCTCTGCCCAAGGAGAGAGTTCGATGAA
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CAGACCAGAGCAGCTTCAAGCATTCCTCAGAGGAGATAAAAGCCGGCTCTTCTTCAAATT
AAACTCGTCGGTTCTCGGACCAAATAGGTCAAACACATATTAAATACAATAATTTTTAAT
AAAGCAATGGCCCTGCTGAATTACAGCAGCGAGCTGTAGAATGTTTTTGCTAAATACTAG
AGAATTATTGACATGCGTTAGCCTTACTGCATGCATAATTTTTTTTTCTACTTTAAATGC
CGTTGTAAAATATGAATAT

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1B868TF 738 0 0
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TGGTCCAAGCGGAAGTTCATCTGATATGTCGGCAGGAGGAGCAACCGGAAGCACTTCAGG
CAGTGGGAGTGCAACTTCGACTCAAACCTCTGCCGAAGGAGAAAGTGCAATGAATAGCGG
AGCTTCTTTCTCGGACACTACAGGTGCTAGCGGCACGGAAGCTCCCGCCAGTAGCCCCTC
TGGTTCAGCTTCAGCTTCAGGTAGTAGTGAAGCCTCCTCCTTAAGTGGAGACTCATCTTT
GCAAGCTGGAGGTTCATCCACCGGTGCCGCAAGTGGAAGTGCAACTGATGTCTCTGCCCA
AGGAGAGAGTTCGATGAAGGGAAGCATCGCATCTAAAAAAAAGTTCTGCTAGCTACAAGA
AGTCACACAAAGAATCCTCAGACCAGAGCAGCTTCAAGCATTCCTCAGAGGAGATAAAAG
CCGGCTCTTCTTCAAATTAAACTCGTCGGTTCTCGGACCAAATAGGTCAAACACATATTA
AATACAATAATTTTTAATAAAGCAATGGCCCTGCTGAATTACAGCAGCGAGCTGTAGAAT
GTTTTTGCTAAATACTAGAGAATTATTGACATGCGTTAGCCTTACTGCATGCATAATTTT
TTTTTCTACTTTAAATGCCGTTGTAAAATATGAATATGAAAGAATTGTGAGTATATGTAT
ACATTATACATTAA

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DS 



AS 1 5

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AACAAGATAAATAGAAATGAGAAAGAAGCAATAGTCTTTCCAACATCAAGAAGAGAGAGC
ATACACATAATAATCTTCTTTTTCTTGATGGATGATGATGATGAGAATCATGATCACAAT
GGCTCCACTATCACCATAAATTAAACCCTTGTAGCATTATGTATATATACCCCCATTGCG
ATCTTCTTGTAATCATACAAACTTTAGAGAACTGTCCTCCTCTCAGTCTATTTTTCTTAC
ATAAAAAGAATCACAAAGAGAATCTGTTTCAAAGTGATTAGAGTATAGGCTTTGACAATT
ATTAATGGAAGGTAAAGGACGAGTCGGATCATCAACTTCTTCTTCTTTCACCACCGAACT
CTTCGGCTTCCAAGATCCTTCGCCGTCATCTTCTTCCTCTGGAATCTTCTCTTCTATTTT
CCCTCATCCCTCCAAGAGTTCTCAGGGCTTTACAAGAGATGGTTCAAGCTCCAAACATGG
CTCACAAGCTCAACGTAGAGAATCTTCAACTACCCAAGAAGACAGAGTTGAGCCATGTCA
TCTAAGCTCTTCTCTTTACTATGGTGGTCAAGATGTATACTCTCGAT*CCACCACCAACC
AAAGTTACCCTACAGAAAAAAACGACCGTCTTAGAAGCGTAGAAAACGATGCTAATGGAC
AGAACTCGCAAGACGTTTCAAGAGGAGACTGGTGGCAAGGTTCTCTTTATTACTGAAGAA
CCGGTTCCTTTATTTGCTTTGTAAATCTCTCCACAAACCAATGAAGCTCAAGCCAAGTAC
TAATTATCTACCGAACCAAGACGTTGTATAAATAAGTTTATGCAAAAAACCGATAATTAA
TTTATTAGGCGATTTCTAAGATTAAAAAGTAATATTACAGAGATCTCCTAGTAAAAGGAT
CTTGAATAGATTTGTCTAGTACTTGTTCTGATCAACTGTATCAATATTTTCTCTGCTTTT
CTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

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DS 

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GG
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GAAAAAAACGACCGTCTTAGAAGCGTAGAAAACGATGCTAATGGACAGAACTCGCAAGAC
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AAAAA

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CTTTTCTATG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 5

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CX76TF U 1
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CCGGAAATCGAGAAGAAGACGAGTGAAGATGTTTCTCTTCTTTCAGATTCTAAGGACTAC
AACAAGGAAGATTTCTCTGAAACCTACTCTAATGCGAAACTTTTGTTATCAAATCATACA
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ACAAGAAGCTTGATGCTGCATATAATGAGGCTAAAGAGAAGTCAAACGGGTCCTGTCCTG
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TGGAGAACAATGAGAACAAGCCAGTTACAAATAGCCGAGACACACAGGAG*TAACCCTAG
AG

QA 1 542 1 542
DS 

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G
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AGATTTTAACCAGACGGTGGAGTACTGGCAGCAGGACAAGTGGATTGGTTGCTTCCCTGT
CAAGTGGCACATCATCAAAGACATCCCAAATAGTTCCTTGAGGCATATAACTCTGGAGAA
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GAAGAGAGACAATATCGGTTTAATGTTGTTGGTTTTGGTGGTAGTAGAGATGCAAGTTTC
TTGCTTT

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DS 

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ATTTTGGAGAACAATGAGAACAGGCCAGTTACAAATAGCCGAGACACACAGGAGGTAACC
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GTTGCTGAAGTAGCTAGCGCTTGCTGAATGCAGCAGAAAGCTGTACTTACGTTTGGGGGG
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TGTTTTTTTTTGAAGAGAGACAATATCGGTTTAATGTTGTTGGTTTTGGTGGTAGTAGAG
ATGCAAGTTTTTTGCTTT
TTTTTTT

QA 1 618 1 618
DS 

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GGT
CATATAACTCTGGAGAACAATGAGAACAAGCCAGTTACAAATAGCCGAGACACACAGGAG
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TGCATACTGGATGATTTTGTATTCTATGAGGGTCGTGAAAAGATAATCAAAGAGGGGAAA
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AACGGTGTTGCTGAAGTAGCTAGCGCTTGCTGAATGCAGCAGAAAGCTGTACTTACGTTT
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TGGGCTTGTTTTTTTTCGAAGAGAGACAATATCGGTTTAATGTTGTTGGTTTTGGTGGTA
GTAGAGATGCAAGTTTCTTGCTTTTTTTTTTAACTTC

QA 4 520 4 520
DS 



AS 1 4

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CAACACAAATCGCTAATAACTCAACGAAGATCCTTAAAAGGTTTTGCCAAGGAAA***CA
TGTTCAAGGTCTCAGTGCGGCTTTGTGGACCATGGTTTCCTTGTGAATTTGGTGGCAACT
CTTCTCAACAAGATCTAAGAGCTTCTCCAAATTCACTGCCCACGAGTTGAGAATCTCGTT
GCTGTCCTTTGCGATCTGGAAGCACACGATTCCTGATGGTCTGTCTATTTTTGCAATCAG
TGCCTTCGACACAACCATCTCTGAGAGATGCTTCTCCGCCTCCTCAATGCTTAGGCATAA
AAGCTCTGCAAGTCTCTTTAAGGTTATCCTTGAGTAGTACTTTGAGACAACGAGAATATT
ATGCTCAATGATTCTCAGCTTCAGATCTTCACCAGCTTTGTCACCCAAAGAGCCTCCAAC
CATGCTTTTTTCGTTCTCAAACTCACCCTTGTATTTGTTCCAGAGAGCTGTCCATTGAAT
AACCTCCATTGTCACAACCTGTTTTAGAAGCATCTTGAAATCAGGAATTTCTGATAAGTT
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CAAAAACCAGCAGATCTTCCTCAGAACTGGAATCCACCGCTCTGGCGTTTCTTTTACAGA
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AGCAGGAGCCTCCTCCACAATGTTCTCACCTTCCTTGGGTTTCTTCTTATCTTTTTTCGT
ATCTGCATCAAAAA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D612JQ U 20
AF RR1F637JQ U 1
AF RR1BU16JQ U 4
AF RR1F637TF C 348
BS 1 193 RR1F637JQ
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GCATT

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QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1BU16JQ 775 0 0
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TCAAGGTCTCAGTGCGGCTTTGTGGACCATGGTTTCCTTGTGAATTTGGTGGCAACTCTT
CTCAACAAGATCTAAGAGCTTCTCCAAATTCACTGCCCACGAGTTGAGAATCTCGTTGCT
GTCCTTTGCGATCTGGAAGCACACGATTCCTGATGGTCTGTCTATTTTTGCAATCAGTGC
CTTCGACACAACCATCTCTGAAAGATGCTTCTCCGCCTCCTCAATGCTTAGGCATAAAAG
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CTCAATGATTCTCAGCTTCAGATCTTCACCAGCTTTGTCACCCAAAGAGCCTCCAACCAT
GCTTTTTTCGTTCTCAAACTCACCCTTGTATTTGTTCCAGAGAGCTGTCCATTGAATAAC
CTCCATTGTCACAACCTGTTTTAGAAGCATCTTGAAATCAGGAATTTCTGATAAGTTTTT
ATCTTCCAAAGTTGCATTGAGCAAGCTTGATTGCATTGGATCATGAGGCGCCAAGACCAA
AAACCAGCAGATCTTCCTCAGAACTGGAATCCACTGCTCTGGCGTTTCTTTTACA

QA 1 775 1 775
DS 

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CAACGAGAATATTATGCTCAATGATTCTCAGCTTCAGATCTTCACCAGCTTTGTCACCCA
AAGAGCCTCCAACCATGCTTTTTTCGTTCTCAAACTCACCCTTGTATTTGTTCCAGAGAG
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TTTCTGATAAGTTTTTATCTTCCAAAGTTGCATTGAGCAAGCTTGATTGCATTGGATCAT
GAGGTGCCAAGACCAAAAACCAGCAGATCTTCCTCAGAACTGGAATCCACCGCTCTGGCG
TTTCTTTTACAGAAGGGATGTCATATATTGCCTTGTAGCTACGGCAGATTTCAAGGTACT
CATTGTTATGAGAGTAATACCGAATCATTAGCTCATAGTAAATTCTCTTGAGCTCCAACA
AAGTCGGTATATCAGCAGGAGCCTCCTCCACAATGTTCTCACCTTCCTTGGGTTTCTTCT
TATCTTTTTTCGTATCTGCATCAAAAA

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 5

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ACACTTTCCCTACGGATTATGTTCCCACTGTTTTCGATAACTTCAGCGCTAATGTTGTTG
TTAACGGAGCCACTATCAACCTTGGCTTGTGGGATACCGCCGGGCAGGAGGATTATAACA
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GTAAGGCTAGTTATGAGAACGTCTCCAAGAAGTGGATCCCAGAGCTGACCCACTATGCCC
CTGGTGTCCCTATTGTTCTTGTTGGAACCAAACTAGATCTTAGGGATGACAAACAGTTCT
TCGTTGACCACCCTGGTGCTGTACCTATTACCACTGTGCAGGGAGAGGAACTAATGAAGC
TAATTGGAGCTCCTTCCTACATTGAGTGCAGTTCAAAGTCACAGCAGAACGTGAAGGGGG
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AAGCACAAAAGGCCTGCTCCATTTTGTAATTTCTCTGCTTCTCTTGTCTCTCGCTCTTTC
CACTCTCTAGTGAAGGCCTAAGAAGAAGAAACACATTGGGCTTAAAAGATGGTTGTGATA
AGTTCCCTTAATCCTTAGAAAACGATTACTTCTGGTTTTTACTGATAAAATAGTTTCCAG
CTTTAGCTGAGAGCTAATATTGCACTACCACTACTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC96TF U 15
AF RR1ED26TF U 1
AF RR1EX79TF U 52
AF RR1ED26JQ C 137
AF RR1DC96JQ C 242
BS 1 80 RR1ED26TF
BS 81 81 RR1DC96TF
BS 82 498 RR1ED26TF
BS 499 499 RR1EX79TF
BS 500 546 RR1ED26TF
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BS 548 651 RR1ED26TF
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BS 690 733 RR1ED26TF
BS 734 812 RR1ED26JQ
BS 813 879 RR1DC96JQ

RD RR1DC96TF 430 0 0
GG
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GGGGTTGGATTTTTAAGAAATGAGCGCATCAAGGTTCATAAAGTGCGTGACCGTCGGTGA
CGGAGCAGTGGGTAAAACCTGTCTCCTCATCTCTTAC**CAGCAACACTTTCCCTACGGA
TTATGTTCCCACTGTTTTCGATAACTTCAGCGCTAATGTTGTTGTTAACGGAGCCACTAT
CAACCTTGGCTTGTGGGATACCGCCGGGCAGGAGGATTATAACAGATTGAGACCCTTGAG
TTACCGCGGTGCTGACGTTTTCATCTTAGCCTTCTCTCTTATCAGTAAGGCTAGTTATGA
GAACGTCTCCAAGAAGTGGATCCCAGAGCTGACCCACTATGCCCCTGGTGTCCCTATTGT
TCTTGTTG

QA 3 430 3 430
DS 

RD RR1ED26TF 744 0 0
TTTTTCTAGGGTTTTTAGAGATAGGTAAAATTGAAGAGGGTGTTGGTTCGTGAGGTGTGG
TAGTAGTAGATCTGAGGGGGCTGGATTTTTAAGAAATGAGCGCATCAAGGTTCATAAAGT
GCGTGACCGTCGGTGACGGAGCAGTGGGTAAAACCTGTCTCCTCATCTCTTACACCAGCA
ACACTTTCCCTACGGATTATGTTCCCACTGTTTTCGATAACTTCAGCGCTAATGTTGTTG
TTAACGGAGCCACTATCAACCTTGGCTTGTGGGATACCGCCGGGCAGGAGGATTATAACA
GATTGAGACCCTTGAGTTACCGCGGTGCTGACGTTTTCATCTTAGCCTTCTCTCTTATCA
GTAAGGCTAGTTATGAGAACGTCTCCAAGAAGTGGATCCCAGAGCTGACCCACTATGCCC
CTGGTGTCCCTATTGTTCTTGTTGGAACCAAACTAGATCTTAGGGATGACAAACAGTTCT
TCGTTGACCACCCTGGTGTTGTACCTATTACCACTGTGCAGGGAGAGGAACTAATGAAGC
TAATTGTAGCTCCTTCCTACATTGAGTGCAGTTCAAAGTCACAGCAGAACGTGAAGGGGG
TGTTTGATGCAGCGATCAGAGTGGTACTTCAACCTCCAAAGCAGAAGAAAA*GAAGAGCA
AAGCACAAAAGGCCTGCTCCATTTTGTA*TTTCTCTGCTTCTCTTGTCTCTCGCTCTTTC
CACTCTCTAGTGA
GGCTAGAGAAG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1EX79TF 690 0 0
GAGGTGTGGTAGTAGTAGATCTGAGGGGGTTGGATTTTTAAGAAATGAGCGCATCAAGGT
TCATAAAGTGCGTGACCGTCGGTGACGGAGCAGTGGGTAAAACCTGTCTCCTCATCTCTT
ACACCAGCAACACTTTCCCTACGGATTATGTTCCCACTGTTTTCGATAACTTCAGCGCTA
ATGTTGTTGTTAACGGAGCCACTATCAACCTTGGCTTGTGGGATACCGCCGGGCAGGAGG
ATTATAACAGATTGAGACCCTTGAGTTACCGCGGTGCTGACGTTTTCATCTTAGCCTTCT
CTCTTATCAGTAAGGCTAGTTATGAGAACGTCTCCAAGAAGTGGATCCCAGAGCTGACCC
ACTATGCCCCTGGTGTCCCTATTGTTCTTGTTGGAACCAAACTAGATCTTAGGGATGACA
AACAGTTCTTCGTTGACCACCCTGGTGCTGTACCTATTACCACTGTGCAGGGAGAGGAAC
TAATGAAGCTAATTGGAGCTCCTTCCTACATTGAGTGCAGTTCAAAGTCACAGCAGAACG
TGAAGGGGGTGTTTGATGCAGCGATCAGAGTGGTACTTCAACCCCCAAAGCAGAAGAAAA
AGAAGAGCAAAGCACAAAAGGCCTGCTCCATTTTGTAATTTCTCTGCTTCTCTTGTCTCT
CGCTCTTTCCACTCTCTAGTGA
AGCTTAAG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1ED26JQ 676 0 0
CGGAGCAGTGGGTAAAACCTGTCTCCTCATCTCTTACACCAGCAACACTTTCCCTACGGA
TTATGTTCCCACTGTTTTCGATAACTTCAGCGCTAATGTTGTTGTTAACGGAGCCACTAT
CAACCTTGGCTTGTGGGATACCGCCGGGCAGGAGGATTATAACAGATTGAGACCCTTGAG
TTACCGCGGTGCTGACGTTTTCATCTTAGCCTTCTCTCTTATCAGTAAGGCTAGTTATGA
GAACGTCTCCAAGAAGTGGATCCCAGAGCTGACCCACTATGCCCCTGGTGTCCCTATTGT
TCTTGTTGGAACCAAACTAGATCTTAGGGATGACAAACAGTTCTTCGTTGACCACCCTGG
TGTTGTACCTATTACCACTGTGCAGGGAGAGGAACTAATGAAGCTAATTGTAGCTCCTTC
CTACATTGAGTGCAGTTCAAAGTCACAGCAGAACGTGAAGGGGGTGTTTGATGCAGCGAT
CAGAGTGGTACTTCAACCTCCAAAGCAGAAGAAAAAGAAGAGCAAAGCACAAAAGGCCTG
CTCCATTTTGTAATTTCTCTGCTTCTCTTGTCTCTCGCTCTTTCCACTCTCTAGTGAAGG
CCTAAGAAGAAGAAACACATTGGGCTTAAAAGATGGTTGTGATAAGTTCCCTTAATCCTT
AGAAAACGATTACTTC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1DC96JQ 638 0 0
TAACGGAGCCACTATCAACCTTGGCTTGTGGGATACCGCCGGGCAGGAGGATTATAACAG
ATTGAGACCCTTGAGTTACCGCGGTGCTGACGTTTTCATCTTAGCCTTCTCTCTTATCAG
TAAGGCTAGTTATGAGAACGTCTCCAAGAAGTGGATCCCAGAGCTGACCCACTATGCCCC
TGGTGTCCCTATTGTTCTTGTTGGAACCAAACTAGATCTTAGGGATGACAAACAGTTCTT
CGTTGACCACCCTGGTACTGTACCTATTACCACTGTGCAGGGAGAGGAACTAATGAAGCT
AATTGGAGCTCCTTCCTACATTGAGTGCAGTTCAAAGTCACAGCAGAACGTGAAGGGGGT
GTTTGATGCAGCGATCAGAGTGGTACTTCAACCTCCAAAGCAGAAGAAAAAGAAGAGCAA
AGCACAAAAGGCCTGCTCCATTTTGTAATTTTTCTGCTTCTCTTGTCTCTCGCTCTTTCC
ACTCTCTAGTGAAGGCTTAAGAAGAAGAAACACATTGGGCTTAAAAGATGGTTGTGATAA
GTTCCCTTAATCCTTAGAAAACGATTACTTCTGGTTTTTACTGATAAAATAGTTTCCAGC
TTTAGCTGAGAGCTAATATTGCACTACCACTACTTGGT

QA 1 638 1 638
DS 



AS 2 4

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TGATAGCAGACATTAAAATAGACATATCCCAGACAACAACAACAAAAAAAAAGACGGAAC
AACAAAAAAAAGAGAGAAAATCAGACAAAGTGATAAAAAAAGATGATGACTGATGATGGT
TCAACTTTGCTAGGGGATACGATGAATTGAATAAAAGATCCAAACCCCTAGAAACTAGCA
GTTCAGTCAAAAGGATTTTTATTACTGCTATTCATCAGCTGGCTTTGGAGCTGACTCTTC
CTTGATCTCCTCATCCGCAGTATCATCCTGCATGTCGGATGTCCAGAGAGTGAGGTTGTC
ACGGAGAAGCTGCATGATCAAGGTGCTGTCTTTGTATGACTCTTCCCCTAGTGTGTCCAA
CTCCGCAATAGCGTCATCAAAGGCCTGTTTAGCGAGGATGCAGGCACGATCAGGAGAGTT
CAGGATCTCGTAGTAGAACACAGAGAAGTTCAGTGCCAGACCTAGACGGATCGGGTGAGT
TGGAGCTAGCTCTGCATTCGCAATATCCTGAGCAGATTTGTAAGCAGAGAGCGTATTCTC
AGCCGCATCTTTCCTCTCCTGCCCAGTCTTAAACTCAGCCAAGTACCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1EW60TF C 1
AF RR1EW60JQ U 3
BS 1 6 RR1EW60TF
BS 7 649 RR1EW60JQ

RD RR1EW60TF 649 0 0
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TGATAGCAGACATTAAAATAGACATATCCCAGACAACAACAACAAAAAAAAAGACGGAAC
AACAAAAAAAAGAGAGAAAATCAGACAAAGTGATAAAAAAAGATGATGACTGATGATGGT
TCAACTTTGCTAGGGGATACGATGAATTGAATAAAAGATCCAAACCCCTAGAAACTAGCA
GTTCAGTCAAAAGGATTTTTATTACTGCTATTCATCAGCTGGCTTTGGAGCTGACTCTTC
CTTGATCTCCTCATCCGCAGTATCATCCTGCATGTCGGATGTCCAGAGAGTGAGGTTGTC
ACGGAGAAGCTGCATGATCAAGGTGCTGTCTTTGTATGACTCTTCCCCTAGTGTGTCCAA
CTCCGCAATAGCGTCATCAAAGGCCTGTTTAGCGAGGATGCAGGCACGATCAGGAGAGTT
CAGGATCTCGTAGTAGAACACAGAGAAGTTCAGTGCCAGACCTAGACGGATCGGGTGAGT
TGGAGCTAGCTCTGCATTCGCAATATCCTGAGCAGATTTGTAAGCAGAGAGCGTATTCTC
AGCCGCATCTTTCCTCTCCTGCCCAGTCTTAAACTCAGCCAAGTACCT
C

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1EW60JQ 647 0 0
CGAG
AACAAGACAAGGACAGAGCCTTTCAAATTTGATTAGAAACACACAAAGCAAGGTTGATAG
CAGACATTAAAATAGACATATCCCAGACAACAACAACAAAAAAAAAGACGGAACAACAAA
AAAAAGAGAGAAAATCAGACAAAGTGATAAAAAAAGATGATGACTGATGATGGTTCAACT
TTGCTAGGGGATACGATGAATTGAATAAAAGATCCAAACCCCTAGAAACTAGCAGTTCAG
TCAAAAGGATTTTTATTACTGCTATTCATCAGCTGGCTTTGGAGCTGACTCTTCCTTGAT
CTCCTCATCCGCAGTATCATCCTGCATGTCGGATGTCCAGAGAGTGAGGTTGTCACGGAG
AAGCTGCATGATCAAGGTGCTGTCTTTGTATGACTCTTCCCCTAGTGTGTCCAACTCCGC
AATAGCGTCATCAAAGGCCTGTTTAGCGAGGATGCAGGCACGATCAGGAGAGTTCAGGAT
CTCGTAGTAGAACACAGAGAAGTTCAGTGCCAGACCTAGACGGATCGGGTGAGTTGGAGC
TAGCTCTGCATTCGCAATATCCTGAGCAGATTTGTAAGCAGAGAGCGTATTCTCAGCCGC
ATCTTTCCTCTCCTGCCCAGTCTTAAACTCAGCCAAGTACCTC

QA 5 647 5 647
DS 



CO CL1955Contig2 935 2 2 U
GGATCAGATCTCAGATCTCTCAAAGAAGAAAAAAACAATGGCGCATCATCTCCTCGATCG
AGCAGAAGGAGGAGAGCCGCGGCAACGACGACCACGTCAAGGCGATCCGAGACTACAGGG
GGAAGATCGAGACGGAGCTCTCCGGGATCTGCGACGGGATCCTCAAGCTCCTCGACGACA
GGCTCGTCCCTGCAGCCGGTTCGGGAGATTCGAAGGTGTTTTATCTGAAGATGAAGGGGG
ATTACCATAGGTACTTGGCTGAGTTTAAGACTGGTCAGGAGAGGAAAGATGCTGCTGAGA
ATACTCTCTCTGCTTATAAGTCTGCTCAGGATATTGCAAATGCAGAGTTAGCTCCAACTC
ACCCGATTCGTCTAGGTCTGGCATTGAACTTCTCTGTGTTCTACTACGAGATCCTTAACT
CTCCTGATCGTGCCTGCAGCCTCGCCAAACAGGCTTTTGATGACGCGATAGCAGAGTTGG
ACACTCTAGGTGAAGAGTCGTACAAAGACAGCACCTTGATCATGCAGCTTCTCCGTGACA
ACCTCACTCTCTGGACATCCGACATGCAGGATGATGATGCTGGGGAGGAGATCAAGGAAG
CATCAGCTCCAAAGCCAACTGAGGAACAGTAGTAGTAACAATCTTTTTTGATTGAACTGC
TAAGTTTCTAGGGGGTTTCGTCCATATGTTTCCTTAAGACGTCGTTCGCTTTCTTGCCAA
TTAGCTTTATCTCCAAAAGCTTTTTTATTCATTCATCATATTTCTGGCGAGTCGAACCAC
ATCAAATCGTCTTTTATATCTTTGCTTGATTTTCTTTTCTTTGTTTCTTTTTGTTCTGTC
TTTTTCTTTTTGACTTGTGTTTATCCATTTCAATGTCTGCTATAAACCTGCTTTGTGTTT
TCTTATCAATTTGAAGATCATAAAGGCTTGCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G110TF U 1
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GCTATAAACCTGCTTTGTGTTTTCTTATCAATTTGAAGATCATAAAGGCTTGCTGCC

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DS 



AS 1 5

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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR1CF04TF U 1
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A

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TCCCTTACAATCCAAAGGGCTAGCATCTTCGCCCCTCTATCTTCAGACTCTGTTTTCGCG
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CCTTCCCGTTTGACATATATTTTTCTAGCGATTTTTTTTAATTACTTTTGAAAGATGTTG
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T
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GGCTGGTACTACCGTTGCCTTGGCATCGACCCGTGAAAGTCTCCTTCCCGTTTGACATAT
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TAACCTTGATTGCCCAAGATTATTGGTTTGTGTTTCTGTTATTTGATTTCTCGTTTTGAA
AGAAATGATTTGTTTCTTGTGCTCAGTTTGAAATATTTGTCTTTTGATTTCT

QA 2 713 2 713
DS 

RD RR1E873JQ 685 0 0
GCATCGACCCGTGAAAGTCTCCTTCCCGTTTGACATATATTTTTCTAGCGATTTTTTTTA
ATTACTTTTGAAAGATGTTGTACAAGCTGAAGAAAAGAGGGATGGTTAAGGGAAACAGAA
TCTTGATCAGCGTTACGTTTCTTGGTAGCCCCGGTCCGATCCGGTTCGTTGCTAACGAAG
GAGATCTGGTTGCTGCTGTGATCGACACTGCTCTTAAATGTTACGCTCGAGAAGGTCGGC
TTCCCATTCTCGGATCCGACTTCAACGATTTTATTTTCTATTGTCCCATGGTTGGACCTG
AAGCTCTGAGTCCATGGGAAGCAGTTGGGTCGTTGGGAGCGAGGAACTTCGTGCTGTGTG
AGAAGTCAGAGGAAAAGAAAAAGGTGGAGGAAGAAAATGGAAGATCGAGTTTTCCCATTA
ATGGAGCTAGAAAAAGAAGAAAAAGAAGGTTTAGGGCTTGGATTAACAAATCCTTCAGTC
TTAAAGTCACTACTCATTAGACTTTATCGTCTTATGTGTAACCTTGATTGCCCAAGATTA
TTGGTTTGTGTTTCTGTTATTTGATTTCTCGTTTTGAAAGAAATGATTTGTTTCTTGTGC
TCAGTTTGAAATATTTGTCTTTTGATTTCTCGTTAACTTCTGATTTGTTTCTTGCATATG
CCTCAGAAATACAATTTTCGAGTTC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 5

CO CL1957Contig1 893 5 12 U
GGCTCGAGAAACAAACGGAAAATATCGATCGAGAGTTGAGAGTAAAGATGAAGATGGAGA
GAAGACAAGCGAGGAGCTCGAAGATCCATGTCTTTGTACTGGTCGGTCTGATACTATTGA
GCTCGATCGAGCGAATCTCAGCACTATCGGTTACGGTTAGCGACGATGAATGCGTCCAAG
AGTATGTCCTTTACGAAGGAGATAACGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATA
TCTTCTGGGGATCTGATCATCCCGGTTTGGATTTCACGGTGACGTCTCCTGCTGGGAACA
TAGTACACACGTTGAAGGGAACATCAGGAGATAAGTTTGAGTTCAAGGCTCCAAAAAGTG
GAATGTACAAGTTCTGTTTCCACAACCCTTACTCTACTCCTGAAACCGTCTCCTTCTACA
TCCATGTTGGTCATATCCCCAACGAGCATGACTTAGCTAAAGACGAGCATCTGGACCCGG
TGAATGTTAAGATAGCTGAGCTGAGAGAGGCTTTGGAGTCTGTTGTTGCTGAGCAAAAGT
ATTTGAAAGCACGTGATACCCGTCACCGTCATACCAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGA
TATTCTACACAGTAGGAGAGTACATATTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAGGTTCTCT
ACATCCGCAAGCTCTTCAGCAAGTCGGTTGCATACAACAGGGTTTGAATATATTTCAAGG
TTCTGTCTCTTTTTTCTATTATGTGTTGAATTGGTGAACACAATTATAAACAAGTGTTAG
TTAATTAAGACTTTAATATAATAGCTAAGATCCTTTTTTTTGTTTTCAGTGGCTACCATT
TTTATTGACTTAAGTTTACTTATGTTTTTTAATATGAAGAACTTGATAAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B104TF U 4
AF RR1FD21TF U 1
AF RR1EB40TF U 23
AF RR1FD21JQ C 23
AF RR1B104JQ C 4
BS 1 615 RR1FD21TF
BS 616 616 RR1B104TF
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BS 654 654 RR1B104JQ
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BS 687 687 RR1EB40TF
BS 688 688 RR1FD21TF
BS 689 689 RR1B104JQ
BS 690 701 RR1FD21TF
BS 702 702 RR1B104JQ
BS 703 707 RR1FD21TF
BS 708 893 RR1B104JQ

RD RR1B104TF 647 0 0
GG
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CAAGCGAGGAGCTCGAAGATCCATGTCTTTGTACTGGTCGGTCTGATACTATTGAGCTCG
ATCGAGCGAATCTCAGCACTATCGGTTACGGTTAGCGACGATGAATGCGTCCAAGAGTAT
GGCCTTTACGAAGGAGATAACGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATATCTTC
TGGGGATCTGATCATCCCGGTTTGGATTTCACGGTGACGTCTCCTGCTGGGAACATAGTA
CACACGTTGAAGGGAACATCAGGAGATAAGTTTGAGTTCAAGGCTCCAAAAAGTGGAATG
TACAAGTTCTGTTTCCACAACCCTTACTCTACTCCTGAAACCGTCTCCTTCTACATCCAT
GTTGGTCATATCCCCAACGAGCATGACTTAGCTAAAGACGAGCATCTGGACCCGGTGAAT
GTTAAGATAGCTGAGCTGAGAGAGGCTTTGGAGTCTGTTGTTGCTGAGCAAAAGTATTTG
AAAGCACGTGATACCCGTCACCGTCATACCAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGATATTC
TACACAGTAGGAGAGTACATATTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTT

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR1FD21TF 714 0 0
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GAAGACAAGCGAGGAGCTCGAAGATCCATGTCTTTGTACTGGTCGGTCTGATACTATTGA
GCTCGATCGAGCGAATCTCAGCACTATCGGTTACGGTTAGCGACGATGAATGCGTCCAAG
AGTATGTCCTTTACGAAGGAGATAACGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATA
TCTTCTGGGGATCTGATCATCCCGGTTTGGATTTCACGGTGACGTCTCCTGCTGGGAACA
TAGTACACACGTTGAAGGGAACATCAGGAGATAAGTTTGAGTTCAAGGCTCCAAAAAGTG
GAATGTACAAGTTCTGTTTCCACAACCCTTACTCTACTCCTGAAACCGTCTCCTTCTACA
TCCATGTTGGTCATATCCCCAACGAGCATGACTTAGCTAAAGACGAGCATCTGGACCCGG
TGAATGTTAAGATAGCTGAGCTGAGAGAGGCTTTGGAGTCTGTTGTTGCTGAGCAAAAGT
ATTTGAAAGCACGTGATACCCGTCACCGTCATACCAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGA
TATTCTACACAGTAG*AGAGTACATATTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAG*TTCTCT
ACATCCGCAAGCTCTTCAGCAAGTCGTT*GCATACAACAGG*TTTGA
ATATATT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1EB40TF 691 0 0
TATCGATCGAGAGTTGAGAGTAAAGATGAAGATGGAGAGAAGACAAGCGAGGAGCTCGAA
GATCCATGTCTTTGTACTGGTCGGTCTGATACTATTGAGCTCGATCGAGCGAATCTCAGC
ACTATCGGTTACGGTTAGCGACGATGAATGCGTCCAAGAGTATGTCCTTTACGAAGGAGA
TAACGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATATCTTCTGGGGATCTGATCATCC
CGGTTTGTATTTCACGGTGACGTCTCCTGCTGGGAACATAGTACACACGTTGAAGGGAAC
ATCAGGAGATAAGTTTGAGTTCAAGGCTCCAAAAAGTGGAATGTACAAGTTCTGTTTCCA
CAACCCTTACTCTACTCCTGAAACCGTCTCCTTCTACATCCATGTTGGTCATATCCCCAA
CGAGCATGACTTAGCTAAAGACGAACATTTGGACCCGGTGAATGTTAAGATAGCTGAGCT
GAGTGAGGCTTTGGAGTCTGTTGTTGCTGAGCAAAAGTATTTGAAAGCATGTGATACCCG
TCACCGTCACACCAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGATATTCTACACAGTAG*AGAGTA
CATATTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAG*TTCTCTACATCCGCAAGCTCTTCAGCAA
GTCGGT*GCATACAACAGG
TTTGACATAATT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1FD21JQ 790 0 0
TATCGATCGAGAGTTGAGAGTAAAGATGAAGATGGAGAGAAGACAAGCGAGGAGCTCGAA
GATCCATGTCTTTGTACTGGTCGGTCTGATACTATTGAGCTCGATCGAGCGAATCTCAGC
ACTATCGGTTACGGTTAGCGACGATGAATGCGTCCAAGAGTATGTCCTTTACGAAGGAGA
TAACGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATATCTTCTGGGGATCTGATCATCC
CGGTTTGGATTTCACGGTGACGTCTCCTGCTGGGAACATAGTACACACGTTGAAGGGAAC
ATCAGGAGATAAGTTTGAGTTCAAGGCTCCAAAAAGTGGAATGTACAAGTTCTGTTTCCA
CAACCCTTACTCTACTCCTGAAACCGTCTCCTTCTACATCCATGTTGGTCATATCCCCAA
CGAGCATGACTTAGCTAAAGACGAGCATCTGGACCCGGTGAATGTTAAGATAGCTGAGCT
GAGAGAGGCTTTGGAGTCTGTTGTTGCTGAGCAAAAGTATTTGAAAGCACGTGATACCCG
TCACCGTCATACCAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGATATTCTACACAGTAGGAGAGTA
CATATTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAGGTTCTCTACATCCGCAAGCTCTTCAGCAA
GTCGGTTGCATACAACAGGGTTTGAATATATTTCAAGGTTCTGTCTCTTTTTTCTATTAT
GTGTTGAATTGGTGAACACAATTATAAACAAGTGTTAGTTAATTAAGACTTTAATATAAT
AGCTAAGATC

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1B104JQ 890 0 0
GG
GAGAAACAAACGGAAAATATCGATCGAGAGTTGAGAGTAAAGATGAAGATGGAGAGAAGA
CAAGCGAGGAGCTCGAAGATCCATGTCTTTGTACTGGTCGGTCTGATACTATTGAGCTCG
ATCGAGCGAATCTCAGCACTATCGGTTACGGTTAGCGACGATGAATGCGTCCAAGAGTAT
GGCCTTTACGAAGGAGATAACGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATATCTTC
TGGGGATCTGATCATCCCGGTTTGGATTTCACGGTGACGTCTCCTGCTGGGAACATAGTA
CACACGTTGAAGGGAACATCAGGAGATAAGTTTGAGTTCAAGGCTCCAAAAAGTGGAATG
TACAAGTTCTGTTTCCACAACCCTTACTCTACTCCTGAAACCGTCTCCTTCTACATCCAT
GTTGGTCATATCCCCAACGAGCATGACTTAGCTAAAGACGAGCATCTGGACCCGGTGAAT
GTTAAGATAGCTGAGCTGAGAGAGGCTTTGGAGTCTGTTGTTGCTGAGCAAAAGTATTTG
AAAGCACGTGATACCCGTCACCGTCATACCAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGATATTC
TACACAGTAGGAGAGTACATATTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAGGTTCTCTACATC
CGCAAGCTCTTCAGCAAGTCGGTTGCATACAACAGGGTTTGAATATATTTCAAGGTTCTG
TCTCTTTTTTCTATTATGTGTTGAATTGGTGAACACAATTATAAACAAGTGTTAGTTAAT
TAAGACTTTAATATAATAGCTAAGATCCTTTTTTTTGTTTTCAGTGGCTACCATTTTTAT
TGACTTAAGTTTACTTATGTTTTTTAATATGAAGAACTTGATAAGCTT

QA 3 890 3 890
DS 



AS 1 4

CO CL1958Contig1 931 4 36 U
GGGTCGTCGTCTTGTTTGATTGATCTTTAGAAAATCGGAAATGGCAGAGTCGAAGGTTGT
AGTTCCGGAGTCAGTCCTGAAGAAGAGGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTCTCGAGAAGAA
GCAGAGCGCTGAAGCCGCCAAGAAGACGAACGCCGCCAACAGGAAGGTTATCTACAAAAG
AGCCGAGCAGTACGCCAAGGAGTATGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCATTGAAACG
TGAGGCTAAGCTTAAGGGAGGTTTCTATGTCGACCCTGAAGCTAAGCTCTTGTTCATCAT
CCGTATTCGTGGTATCAATGCCATTGACCCGAAGACTAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCG
TTTGAGACAGATATTCAACGGTGTGTTTCTCAAAGTTAACAAAGCTACAATGAACATGCT
TCGTCGTGTTGAGCCATACGTGACTTACGGGTTCCCCAATTTGAAGAGTGTTAAGGAATT
GATCTACAAGAGAGGATACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTC
TATCGTAGAGCAGGCTCTAGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATCCACGA
GATTCTAACAGTTGGACCTCATTTCAAGGAGGCCAACAACTTCCTGTGGCCATTCCAACT
CAAGGCACCGCTCGGTGACCTTAAGAAGAAGAGAAACCACTACGTTGAAGGTGGTGATGC
TGGAAACCGTGAGAACTTCATCAATGAGCTTATCAGGAGGATGAATTAGATGTTTTCTTT
TCCAATCTCAGTTTTTTTATCTACGTTGTCTTCACCAAATGCTTCCTCCAGGATTTTGAT
CTTCATTTTGTTCAAGTTAAATGACATTTTGAGTTACTTTGCATCTTAGTTTGTGCGATA
TTGATACCTCGATCATTACTACACTTTATTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ87TF U 1
AF RR1FY28TF U 1
AF RR1DV83TF U 1
AF RR1FY28JQ C 127
BS 1 33 RR1DV83TF
BS 34 36 RR1EZ87TF
BS 37 53 RR1DV83TF
BS 54 54 RR1EZ87TF
BS 55 72 RR1DV83TF
BS 73 73 RR1EZ87TF
BS 74 113 RR1DV83TF
BS 114 114 RR1EZ87TF
BS 115 135 RR1DV83TF
BS 136 136 RR1EZ87TF
BS 137 205 RR1DV83TF
BS 206 206 RR1EZ87TF
BS 207 231 RR1DV83TF
BS 232 232 RR1EZ87TF
BS 233 270 RR1DV83TF
BS 271 271 RR1EZ87TF
BS 272 402 RR1DV83TF
BS 403 403 RR1EZ87TF
BS 404 438 RR1DV83TF
BS 439 439 RR1EZ87TF
BS 440 551 RR1DV83TF
BS 552 552 RR1FY28TF
BS 553 576 RR1DV83TF
BS 577 577 RR1FY28TF
BS 578 609 RR1DV83TF
BS 610 610 RR1FY28TF
BS 611 631 RR1DV83TF
BS 632 632 RR1FY28TF
BS 633 633 RR1DV83TF
BS 634 634 RR1FY28TF
BS 635 657 RR1DV83TF
BS 658 658 RR1FY28JQ
BS 659 664 RR1DV83TF
BS 665 665 RR1FY28JQ
BS 666 682 RR1DV83TF
BS 683 931 RR1FY28JQ

RD RR1EZ87TF 549 0 0
GGGTCGTCGTCTTGTTTGATTGATCTTTAGAAAATCGGAAATGGCAGAGTCGAAGGTTGT
AGTTCCGGAGTCAGTCCTGAAGAAGAGGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTCTCGAGAAGAA
GCAGAGCGCTGAAGCCGCCAAGAAGACGAACGCCGCCAACAGGAAGGTTATCTACAAAAG
AGCCGAGCAGTACGCCAAGGAGTATGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCATTGAAACG
TGAGGCTAAGCTTAAGGGAGGTTTCTATGTCGACCCTGAAGCTAAGCTCTTGTTCATCAT
CCGTATTCGTGGTATCAATGCCATTGACCCGAAGACTAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCG
TTTGAGACAGATATTCAACGGTGTGTTTCTCAAAGTTAACAAAGCTACAATGAACATGCT
TCGTCGTGTTGAGCCATACGTGACTTACGGGTTCCCCAATTTGAAGAGTGTTAAGGAATT
GATCTACAAGAGAGGATACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTC
TATCGTAGA

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1FY28TF 660 0 0
GGGTCGTCGTCTTGTTTGATTGATCTTTAGAAAATCGGAAATGGCAGAGTCGAAGGTTTT
AGTTCCGGAGTCAGTCCTGAAGAAGAGGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTCTCGAGAAGAA
GCAGAGCGCTGAAGCCGCCAAGAAGACGAACGCCGCCAACAGGAAGGTTATCTACAAAAG
AGCCGAGCAGTACGCCAAGGAGTATGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCATTGAAACG
TGAGGCTAAGCTTAAGGGAGGTTTCTATGTCGACCCTGAAGCTAAGCTCTTGTTCATCAT
CCGTATTCGTGGTATCAATGCCATTGACCCGAAGACTAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCG
TTTGAGACAGATATTCAACGGTGTGTTTCTCAAAGTTAACAAAGCTACAATGAACATGCT
TCGTCGTGTTGAGCCATACGTGACTTACGGGTTCCCCAATTTGAAGAGTGTTAAGGAATT
GATCTACAAGAGAGGATACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTC
TATCGTAGAGCAGGCTCTAGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATCCACGA
GATTCTAACAGTTGGACCTCATTTCAAGGAGGCCAACAACTTCCTGTGGCCATTCCA
ACT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1DV83TF 682 0 0
GGGTCGTCGTCTTGTTTGATTGATCTTTAGAAATCGGGAAATGGCAGAGTCGAGGGTTGT
AGTTCCGGAGTCTGTCCTGAAGAAGAGGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTCTCGCGAAGAA
GCAGAGCGCTGAAGCTGCCAAGAAGACGAACGCCGCCAACAGGAAGGTTATCTACAAAAG
AGCCGAGCAGTACGCCAAGGAGTATACCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCTTTGAAACG
TGAGGCTAAGCTTAAGGGAGGTTTCTATGTTGACCCTGAAGCTAAGCTCTTGTTCATCAT
CCGTATTCGTGGTATCAATGCCATTGACCCGAAGACTAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCG
TTTGAGACAGATATTCAACGGTGTGTTTCTCAAAGTTAACAAGGCTACAATGAACATGCT
TCGTCGTGTTGAGCCATATGTGACTTACGGGTTCCCCAATTTGAAGAGTGTTAAGGAATT
GATCTACAAGAGAGGATACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTC
TATCGTAGAGC*GGCTCTAGGTAAACATGGGATCATATGCACTGAGGATTTGATCCACGA
GATTCTAACGGTTGGACCTCATTTCAAGGAG*CGAACAACTTCCTGTGGCCATTCCAGCT
CAAG*CACCGCTCGGTGACCTT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1FY28JQ 805 0 0
CGCTGAAGCCGCCAAGAAGACGAACGCCGCCAACAGGAAGGTTATCTACAAAAGAGCCGA
GCAGTACGCCAAGGAGTATGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCATTGAAACGTGAGGC
TAAGCTTAAGGGAGGTTTCTATGTCGACCCTGAAGCTAAGCTCTTGTTCATCATCCGTAT
TCGTGGTATCAATGCCATTGACCCGAAGACTAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTGAG
ACAGATATTCAACGGTGTGTTTCTCAAAGTTAACAAAGCTACAATGAACATGCTTCGTCG
TGTTGAGCCATACGTGACTTACGGGTTCCCCAATTTGAAGAGTGTTAAGGAATTGATCTA
CAAGAGAGGATACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTCTATCGT
AGAGCAGGCTCTAGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATCCACGAGATTCT
AACAGTTGGACCTCATTTCAAGGAGGCCAACAACTTCCTGTGGCCATTCCAACTCAAGGC
ACCGCTCGGTGGCCTTAAGAAGAAGAGAAACCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGAAA
CCGTGAGAACTTCATCAATGAGCTTATCAGGAGGATGAATTAGATGTTTTCTTTTCCAAT
CTCAGTTTTTTTATCTACGTTGTCTTCACCAAATGCTTCCTCCAGGATTTTGATCTTCAT
TTTGTTCAAGTTAAATGACATTTTGAGTTACTTTGCATCTTAGTTTGTGCGATATTGATA
CCTCGATCATTACTACACTTTATTT

QA 1 805 1 805
DS 



AS 2 5

CO CL1959Contig1 801 2 7 U
GGACAACAGAACTCAGTAGATAATCATAGATACACATATATAATAGATAAATTAAGACAG
AAAAAGAAATATAACATGTTTATAAAAGAATGTAGTCCTTCCAGTGTCTCTCTGGGTTGT
TCTTACTTGCTATCCATTATTAATTTTTAGTGTATAGGAAAGACTCACAAACAAGATGAA
TAAATGATACAAGGGGACTTTACATCGCATATAGTAATGTGACCATCGACATTGAAGTAC
ATTTTCACCACCACACGCACTATGCAGAGAAAAGACAAGCAAAAAAGCAAAGCAAAAAGG
TGGGGATGACTCTTTAAGAAGTCAACTGCTCAAGAATCTTGAGGAGTCTCGAATCTAGTT
GGTGTATCAATACCCGCCATACAACAAAGTCCACTGATCAAGATGAGAAGAAAAACTATT
CCCACTAGTATGCCTTCCAAAAGTGATGACTTGAATTTGCAGAGTTCATCACAGGTTGCG
GAAACACCAACAGAGCTGCTGTTTCCGGTACCACTTTCATCTAGAAACCTTTGGAGGGTT
TTGTAAGACGTGTACCAGTAAGGATCAGAAACATAAAGAGCTGTATATTTACTGCCAGAT
TGTTCCACAGAACTAACAAGTTCAGAGATGCTTTCACGCTCTGAATGTGACTGGCCAGAT
GATTCAGAACCCTCATAACAGAGCACAACCAAGTCAGTTTCTCCTTCTTTCCTTGTTTCT
CTTCTAGCAAGCAAATGATCTTTGAAAGATTGCAAGTCTGATAGTTTTTGAATTGTACCA
TCCTCAACAGAGCAAGAATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ89JQ U 62
AF RR1GB77JQ U 1
BS 1 131 RR1GB77JQ
BS 132 132 RR1DZ89JQ
BS 133 240 RR1GB77JQ
BS 241 241 RR1DZ89JQ
BS 242 303 RR1GB77JQ
BS 304 305 RR1DZ89JQ
BS 306 801 RR1GB77JQ

RD RR1DZ89JQ 597 0 0
AC
AAGAAATATAACATGTTTATAAAAGAATGTAGTCCTTCCAGTGTCTCTCTGGGTTGTTCT
TACTTGCTATCCATTATTAATTTTTAGTGTATAGGAAAGACTCACAAACAAGATGAATAA
ATGATACAAGGGGACTTTACATCGCATATAGTAATGTGACCATCGACATTGAAGTACATT
TTCACCACCACACGCACTATGCAGAGAAAAGACAAGCAAAAAAGCAAAGCAAAAAGGTGG
GGATGACTCTTTAAGAAGTCAACTGCTCAAGAATCTTGAGGAGTCTCGAATCTAGTTGGT
GTATCAATACCCGCCATACAACAAAGTCCACTGATCAAGATGAGAAGAAAAACTATTCCC
ACTAGTATGCCTTCGAAAAGTGATGACTTGAATTTGCAGAGTTCATCACAGGTTGCGGAA
ACACCAACAGAGCTGCTGTTTCCGGTACCACTTTCATCTAGAAACCTTTGGAGGGTTTTG
TAAGACGTGTACCAGTAAGGATCAGAAACATAAAGAGCTGTATATTTACTGCCAGATTGT
TCCACAGAACTAACAAGTTCAGAGATGCTTTCACGCTCTGAATGTGACTGGCCAG

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR1GB77JQ 801 0 0
GGACAACAGAACTCAGTAGATAATCATAGATACACATATATAATAGATAAATTAAGACAG
AAAAAGAAATATAACATGTTTATAAAAGAATGTAGTCCTTCCAGTGTCTCTCTGGGTTGT
TCTTACTTGCTCTCCATTATTAATTTTTAGTGTATAGGAAAGACTCACAAACAAGATGAA
TAAATGATACAAGGGGACTTTACATCGCATATAGTAATGTGACCATCGACATTGAAGTAC
CTTTTCACCACCACACGCACTATGCAGAGAAAAGACAAGCAAAAAAGCAAAGCAAAAAGG
TGG**ATGACTCTTTAAGAAGTCAACTGCTCAAGAATCTTGAGGAGTCTCGAATCTAGTT
GGTGTATCAATACCCGCCATACAACAAAGTCCACTGATCAAGATGAGAAGAAAAACTATT
CCCACTAGTATGCCTTCCAAAAGTGATGACTTGAATTTGCAGAGTTCATCACAGGTTGCG
GAAACACCAACAGAGCTGCTGTTTCCGGTACCACTTTCATCTAGAAACCTTTGGAGGGTT
TTGTAAGACGTGTACCAGTAAGGATCAGAAACATAAAGAGCTGTATATTTACTGCCAGAT
TGTTCCACAGAACTAACAAGTTCAGAGATGCTTTCACGCTCTGAATGTGACTGGCCAGAT
GATTCAGAACCCTCATAACAGAGCACAACCAAGTCAGTTTCTCCTTCTTTCCTTGTTTCT
CTTCTAGCAAGCAAATGATCTTTGAAAGATTGCAAGTCTGATAGTTTTTGAATTGTACCA
TCCTCAACAGAGCAAGAATCT

QA 1 801 1 801
DS 



CO CL1959Contig2 723 3 4 U
GGGGAGGATATGAATCTGTCTGTCCTTTAGTTGGATTTGAAAACTGGGGAGATTGATCCA
TCAAAATTTTCTCAGGACCGATCTCGATTCCACAGGGTAGGATTTGTTTCGTGGAGGAAG
ATGATGAAGATGCAAATTGGTGTTATAGCGTTGTTGGTGACTCTCTGTGTGATTGAATTT
GGATTGGCTTCTCCTAACACCGTTCCTGCTTTCCTCTGGTCTCCTCATCTCCAGGCTGGT
AATGGTGAATTAGATCAGGCTGTGAATTATCAGGTCATGTCTGCAAAGGATCTTGTAAAT
TCTGTGTTCACTCATGGAAGATGGTCAAACCTTCTGTGCTCTGAGAAGAAAGTTGAGCAA
CCTGTTGATGTCGCACTTGTGTTCATTGGCAGAGAGTTACTGTCTTCTGATGTTTCTTCG
AAAAGGAATTCAGACCCTTCCCTTGTTAACACATTGAATGGTCTCTTTATATCTTCCAAC
TTCTCGTTGGCATTCCCATATATCGCTGCGCCAGAGGAAGAGAGGATGGAGAATTTGTTG
CTTTCAGGGCTTAAACAAGCTTGCCCTCACAGTGTAGGAGTCAGCAATATTGTGTTTTCA
GATTCTTGCTCTGTTTGAGGATGGTACAATTCAAAAACTATCAGACTTGCAATCTTTCAA
AGATCATTTGCTTGCTAGAAGAGAAACAAGAAAGAAGAGAACTGACTTGGTTGTGCTCTG
TTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1DZ89TF U 37
AF RR1GB77TF U 1
AF RR1GR58TF U 20
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GTCTGCAAAGG
TCTT

QA 3 253 3 253
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GGATTGGCTTCTCCTAACACCGTTCCTGCTTTCCTCTGGTCTCCTCATCTCCAGGCTGGT
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TCTGTGTTCACTCATGGAAGATGGTCAAACCTTCTGTGCTCTGAGAAGAAAGTTGAGCAA
CCTGTTGATGTCGCACTTGTGTTCATTGGCAGAGAGTTACTGTCTTCTGATGTTTCTTCG
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GG
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TGGTCAAACCTTCTGTGCTCTGAGAAGAAAGTTGAGCAACCTGTTGATGTCGCACTTGTG
TTCATTGGCAGAGAGTTACTGTCTTCTGATGTTTCTTCGAAAAGGAATTCAGACCCTTCC
CTTGTTAACACATTGAATGGTCTCTTTATATCTTCCAACTTCTCGTTGGCATTCCCATAT
ATCGCTGCGCCAGAGGAAGAGAGGATGGAGAATTTGTTGCTTTCAGGGCTTAAACAAGCT
TGCCCTCACAGTGTAGGAGTCAGCAATATTGTGTTTTCAGATTCTTGCTCTGTT*GAGGA
TGGTACAATTCAAAAACTATCAGACTTGCAATCTTTCAAAGATCATTTGCTTGCTAGAAG
AGAAACAAGAAAGAAGAGAACTGACTTGGTTGTGCTCTGTTA

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DS 



AS 1 4

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TGGTCTTGAAATCGAGCTCCCATAGATCAAATGTGCCTTTCACGAAATTGTAGTGAGCTC
CTCTGATTGCAAGTGTGTTCTTCACTACCGCAGCTCTCACAAACGGGTACGAAAGCAAGT
TCCCAAGCGACACATTCACAGCTTCCTTCTCACACATGTTGCACTGATCGTCGTAGCTTA
GGTCTTGATTCTCTTCCTTGATCTTGTTCCTTGCTGGTGCACCTATCTTCACCCAGTTCT
CTATGAAGTCACTCTGAGTTGGTGCAGCATCATCTTCAATGGACATGAGTCCCTTAATGC
CACCACAACAGCTATGTCCTATCACCACAATGTTCTCCACCTTGAGATGTACAACTGCGT
ATTCAACGGCGGCTCCAACTCCCGAATGTCTCTTCTGGTCGAAAGGTGGAACCATGTTAG
CAATGTTTCTGACGACAAAGGCCTCACCAGGTTGGAAATTCAAAATGTGAGATGGACAAA
CTCGAGAATCCGAACAAGCGAATACCAGAAACTTTGGGCTCTGACCCTTGGCGAGATCAC
TGAAAAGAGCATCATTCTTCAGGTATTTTTCGGTTTTGAAGTGGGTGAAACCGGATTTGA
TGCGTTCAACGGCGTCGTTGTTGGAGGAATCGAGCTCCTTGAGCTCCTGAGTCAACACTT
TGATCTTCTCCGCGGCGACGTTCCCCAGATCTGTTTTCTTACTGAGAAGATCGTTCAGTC
CTTTAATGGCGGTTTCGTACGATTCCGTGGCCATCTCGTCTTCTTCCTTTAGCGTGATGA
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TGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 10 10 10 10 10 

AF RR1DK10JQ U 6
AF RR1GB42JQ U 1
AF RR1FN67TF C 454
AF RR1DK10TF C 527
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ATAAAAGAAGTTGAGACCAGAATCAACATTTGAGAAAGAGGAAAAAGATGAGTCAAAAGC
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TTGAAATCGAGCTCCCATAGATCAAATGTGCCTTTCACGAAATTGTAGTGAGCTCCTCTG
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TGATTCTCTTCCTTGATCTTGTTCCTTGCTGGTGCACCTATCTTCACCCAGTTCTCTATG
AAGTCACTCTGAGTTGGTGCAGCATCATCTTCAATGGACATGAGTCCCTTAATGCCACCA
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TTTCT

QA 1 665 1 665
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CCCCTGATAAAAGTAGCCAGTGAGGTACTTCTTGATTTGAACAGAAGTTTCAAACGTTGT
TCATAGTTTTATTTTTTACAGCTTTTTGAAACAGAAGCAGCAAAAGTTGGAAGTTTGAAA
TAATAATAAAAGAAGTTGAGACCAGAATCAACATTTGAGAAAGAGGAAAAAGATGAGTCA
AAAGCTTTTCGTGAGAAAGACAGCAGAGAGTATATGTTCAAGAGAAGGCATAAGCTGGAG
TGGTCTTGAAATCGAGCTCCCATAGATCAAATGTGCCTTTCACGAAATTGTAGTGAGCTC
CTCTGATTGCAAGTGTGTTCTTCACTACCGCAGCTCTCACAAACGGGTACGAAAGCAAGT
TCCCAAGCGACACATTCACAGCTTCCTTCTCACACATGTTGCACTGATCGTCGTAGCTTA
GGTCTTGATTCTCTTCCTTGATCTTGTTCCTTGCTGGTGCACCTATCTTCACCCAGTTCT
CTATGAAGTCACTCTGAGTTGGTGCAGCATCATCTTCAATGGACATGAGTCCCTTAATGC
CACCACAACAGCTATGTCCTATCACCACAATGTTCTCCACCTTGAGATGTACGACTGCGT
ATTCAACGGCGGCTCCAACTCCCGAATGTCTCTTCTGGTCGAAAGGTGGAACCATGTTAG
CAATGTTTCTGACGACAAAGGCCTCACCAGGTTGGAAATTCAAAATGTGAGATGGACAAA
CTCGAGAATCCGAACAAGCGAATACCAGAAACTTTGGGCTCTGACCCTTGGCGAGATCAC
TGAAAAGAGCATC

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DS 

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CTTCAATGGACATGAGTCCCTTAATGCCACCACAACAGCTATGTCCTATCACCACAATGT
TCTCCACCTTGAAATGTACAACTGCGTATTCAACGGCGGCTCCAACTCCCGAATGTCTCT
TCTGGTCGAAAGGTGGAACCATGTTAGCAATGTTTCTGACGACAAAGGCCTCACCAGGTT
GGAAATTCAAAATGTGAGATGGACAAACTCGAGAATCCGAACAAGCGAATACCAGAAACT
TTGGGCTCTGACCCTTGGCGAGATCACTGAAAAGAGCATCATTCTTCAGGTATTTTTCGG
TTTTGAAGTGGGTGAAACCGGATTTGATGCGTTCAACGGCGTCGTTGTTGGAGGAATCGA
GCTCCTTGAGCTCCTGAGTCAACACTTTGATCTTCTCCGCGGCGACGTTCCCCAGATCTG
TTTTCTTACTGAGAAGATCGTTCAGTCCTTTAATGGCGGTTTCGTACGATTCCGTGGCCA
TCTCGTCTTCTTCCTTTAGCGTGATGATAGGTTCAAAAAAGCAAAGGATAAAATGTTCTT
ATGGAGGAATGTGAAATCACTTAATGATGTCCC

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DS 

RD RR1DK10TF 557 0 0
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ATGTACAACTGCGTATTCAACGGCGGCTCCAACTCCCGAATGTCTCTTCTGGTCGAAAGG
TGGAACCATGTTAGCAATGTTTCTGACGACAAAGGCCTCACCAGGTTGGAAATTCAAAAT
GTGAGATGGACAAACTCGAGAATCCGAACAAGAGAATACCAGAAACTTTGGGCTCTGACC
CTTGGCGAGATCACTGAAGAGAGCATCATTCTTCAGGTATTTTTCGGTTTTGAAGTGGGT
GAAACCGGATTTGATGCGTTCAACGGCGTCGTTGTTGGAGGAATCGAGCTCCTTGAGCTC
CTGAGTCAACACTTTGATCTTCTCCGCGGCGACGTTCCCCAGATCTGTTTTCTTACTGAG
AAGATCGTTCAGTCCTTTAATGGCGGTTTCGTACGATTCCGTGGCCATCTCGTCTTCTTC
CTTTAGCGTGATGATAGGTTCAAAAAAGCAAAGGATAAAATGTTCTTATGGAGGAATGTG
AAATCACTTAATGAT
CC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 4

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GGGAGAGTAGAAGGAGAGAACGCCGTCACATACACAACACGCAGACACACCTTCTCCGTC
GTCTCCTCCACCAATCTCATCGCAATCATGATTATGTCAGAGGAGAACCGCCGCGCAATC
TCCAAGTACCTCTTCCAAGAGGGAGTTCTGTTTGCGAAAAAGGATTTCAATTTGGCGCAG
CATCCTTTGATCGAAGGAGTTCCGAATCTGCAAGTCATCAAGTTGATGCAGAGCTTCAAG
TCCAAGGAGTACGTGCGCGAGACGTTTGCGTGGATGCACTACTACTGGTTCCTCACTAAC
GAAGGCATTGACTTTCTAAGGACTTACCTCAACCTACCTTCTGAGATTGTTCCCGCCACT
TTGAAGAAGCAGCAGAAGCCTCTTGGTCGTCCCATGGGTGACCGTCCTCGTGGCCCACCT
CGTTCTGATGGAGAGAGGAGATTTGGTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGCACCTAGG
TCCGGTGGTGAGTTTGGTGATAAGAGTGGAGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCTTCAGG
GCACCTGGAGCTGGATCTAGGCCTGGGTTTGGCCGTGGAGCTGGTGGCTATGGTGCTGGT
CCAGCTGCTGGATCTGATCTTCCTTGAAAGGGAAATGTAATCCTTGTCTCTTTTT*GGTT
ATATTGTACCTTGGATTTGAGATGGAATTGTCTTTTACTCAATATGATTGTTTCTTTTAC
ATTACAAAGAATGTTCAATGTTCTGGATCGTTACAAATTTTTTTAGTGTCTGATGGTTTA
AAGTTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

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CATCCTTTGATCGAAGGAGTTCCGAATCTGCAAGTCATCAAGTTGATGCAGAGCTTCAAG
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CTTTACGTT

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TTGTTT
TTTACGTTACAA

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CT
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AAGTTAT

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DS 



AS 1 3

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GCTGAGAAGTTTATCTCGCGGAAGAGGCAACCATGGGTATCTCTCGTGACTCCATCCACA
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CTACCCCATCAGTTAATTATGCTCTAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 5 25 25 25 5 5 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW18TF U 1
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TTGCTGCTGCGTCCAAGAAGGACGGAGAGGACGGTGAGGAAGCTGCTCCAGCTCCTGCTG
CTCCTGAGGAGAC*AAGAAGAGTAACCACGTCTTGAGGAAGATCGAGAGCCGTCAAGAGG
GTCGCAGCCTTGATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGACGTCTGTTGGCTTGCA
TCTCATCTAG*CCAGGCCAGTGTGGACGTGCCGATGGATACATTCTGGAA*GCAAAGAGC
TAGAGTTCT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1AZ66TF 706 0 0
GG
AACTCCTACCGGCGCAGCTGAGAAGTTTATCTCGCGGAAGAGGCAACCATGGGTATCTCT
CGTGACTCCATCCACAAGAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAG
CGAAAGTACGAGATGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGTTGTCAAGCAACAAGACGGTG
AGAAGAATCCGAGTCCGTGGAGGTAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGACACCGGT
AACTACTCGTGGGGAAGTGAAGCGGTGACACGCAAGACCAGGGTTCTCGATGTCGTCTAC
AACGCTTCCAACGACGAGCTCGTCAGGACCAAGACTCTTGTGAAGAGTGCTATTGTTCAG
GTCGATGCCGCTCCTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCATTACGGAGTTGAGGTTGGTCGC
AAGAAGAAGAGTGCTGTTGCTGCTGCGTCCAAGAAGGACGGAGAGGACGGTGAGGAAGCT
GCTCCAGCTGCTGCTGCTCCTGAGGAGACCAAGAAGAGTAACCACGTCTTGAGGAAGATC
GAGAGCCGTCAAGAGGGTCGCAGCCTTGATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGA
CGTCTGTTGGCTTGCATCTCATCTAGGCCAGGCCAGTGTGGACGTGCCGATGGATACATT
CTGGAAAGCAAAGAGCTAGAGTTCTACCAGAAGAAGATCCAGAA

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR1A175JQ 801 0 0
TGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTACGAGATGGGAAGGCA
GCCAGCTAACACCAAGTTGTCAAGCAACAAGACGGTGAGGAGAATCCGAGTCCGTGGAGG
TAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGACACCGGTAACTACTCGTGGGGAAGTGAAGC
GGTGACACGCAAGACCAGGGTTCTCGATGTCGTCTACAACGCTTCCAACAACGAGCTCGT
CAGGACCAAGACTCTTGTGAAGAGTGCTATTGTTCAGGTCGATGCCGCTCCTTTCAAGCA
GTGGTACTTGCAGCATTACGGAGTTGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTGCTGCTTCTGT
CGCCGCCAAGAAGGACGGAGAGGAAGGTGATGAAGCTGCTCCAGCTGCTGCCGCTCCTGA
GGAGACCAAGAAGAGTAACCACGTCTTGAGGAAGATCGAGAGCCGTCAAGAGGGACGCAG
CCTTGATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGACGTCTGTTGGCTTGCATCTCATC
TAGGCCAGGCCAGTGTGGACGTGCCGATGGATACATTCTGGAAGGCAAAGAGCTAGAGTT
CTACCAGAAGAAGATCCAGAAGAAGAAGGGAAAGGGTGCCGCTTAAAAGCTTCACTTTTT
TACTTTCAAACTTTTTTTTTGTCTTATCATCAAACATGTTTTGAGTTTCAGTTTCTACTA
TTGTCTGAGAACCCGAGATGCTTTTGGATTAGCTTGCAATGATATTTCATAAACTACCCC
ATCAGTTAATTATGCTCTAAC

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 4

CO CL1963Contig1 660 4 8 U
GGATTCTTTCGTGTTCAGAATCATGGCTTTCGCCAACAATAACCAATGCACAAAAGTAAT
GTTTTATGCTTTTGTTCTTTATTTGTCAATATCGTCATTGTCAGTTTCCACAGATGCTAC
AATGGACAGACCAATCGCAAGAAGTTTGTTACCTTTTCAAAAGAAAACTGTTGTGATAAC
AAATTATGCAGTTAACAAAGAAGTTATGAATGTACATTGCAGCTCTTCAGAAAGTGATTT
GGGGTTAAAGCATATCTCTTATCATCAGTCAACTACTTTCCATTTTAAGGTAAATTGGAA
AGCCACTACAAAATTCCGTTGCCATGTTACATGGCGTGGAGGTGGAGATCATTGGTTTAC
TGCATTCAGTCGTGGGGATGGGAGAGACAAATGTGGTGAATGTGTTTGGCAAGTCTACGG
TGATGGTGGATATGGTGATAAGCCTCTGATGTTTTATGATCGCAACGAATATGGTTATCA
CCTTTACGATTGGGACAAATAATTTCAAAACAAGAAATACTACTTTATAATAGATCGACT
AACTACAATTCAATTTGACTAAGACTTGTAACTTAGTATTTATGTTATTATTGTTTTTGG
ATCATCTGAATAATTTTAATATAATGTAAACATTATTTGAATCAAAATCAAAACTATACC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EM16TF U 2
AF RR1FS26JQ C 1
AF RR1GY31TF U 1
AF RR1FS26TF U 1
BS 1 1 RR1FS26JQ
BS 2 244 RR1EM16TF
BS 245 245 RR1GY31TF
BS 246 417 RR1EM16TF
BS 418 595 RR1GY31TF
BS 596 596 RR1FS26TF
BS 597 642 RR1GY31TF
BS 643 660 RR1FS26TF

RD RR1EM16TF 416 0 0
GATTCTTTCGTGTTCAGAATCATGGCTTTCGCCAACAATAACCAATGCACAAAAGTAATG
TTTTATGCTTTTGTTCTTTATTTGTCAATATCGTCATTGTCAGTTTCCACAGATGCTACA
ATGGACAGACCAATCGCAAGAAGTTTGTTACCTTTTCAAAAGAAAACTGTTGTGATAACA
AATTATGCAGTTAACAAAGAAGTTATGAATGTACATTGCAGCTCTTCAGAAAGTGATTTG
GGGGTAAAGCATATCTCTTATCATCAGTCAACTACTTTCCATTTTAAGGTAAATTGGAAA
GCCACTACAAAATTCCGTTGCCATGTTACATGGCGTGGAGGTGGAGATCATTGGTTTACT
GCATTCAGTCGTGGGGATGGGAGAGACAAATGTGGTGAATGTGTTTGGCAAGTCTA

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR1FS26JQ 660 0 0
GGATTCTTTCGTGTTCAGAATCATGGCTTTCGCCAACAATAACCAATGCACAAAAGTAAT
GTTTTATGCTTTTGTTCTTTATTTGTCAATATCGTCATTGTCAGTTTCCACAGATGCTAC
AATGGACAGACCAATCGCAAGAAGTTTGTTACCTTTTCAAAAGAAAACTGTTGTGATAAC
AAATTATGCAGTTAACAAAGAAGTTATGAATGTACATTGCAGCTCTTCAGAAAGTGATTT
GGGGTTAAAGCATATCTCTTATCATCAGTCAACTACTTTCCATTTTAAGGTAAATTGGAA
AGCCACTACAAAATTCCGTTGCCATGTTACATGGCGTGGAGGTGGAGATCATTGGTTTAC
TGCATTCAGTCGTGGGGATGGGAGAGACAAATGTGGTGAATGTGTTTGGCAAGTCTACGG
TGATGGTGGATATGGTGATAAGCCTCTGATGTTTTATGATCGCAACGAATATGGTTATCA
CCTTTACGATTGGGACAAATAATTTCAAAACAAGAAATACTACTTTATAATAGATCGACT
AACTACAATTCAATTTGACTAAGACTTGTAACTTAGTATTTATGTTATTATTGTTTTTGG
ATCATCTGAATAATTTTAATATAATGTAAACATTATTTGAATCAAAATCAAAACTATACC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1GY31TF 642 0 0
G
GATTCTTTCGTGTTCAGAATCATGGCTTTCGCCAACAATAACCAATGCACAAAAGTAATG
TTTTATGCTTTTGTTCTTTATTTGTCAATATCGTCATTGTCAGTTTCCACAGATGCTACA
ATGGACAGACCAATCGCAAGAAGTTTGTTACCTTTTCAAAAGAAAACTGTTGTGATAACA
AATTATGCAGTTAACAAAGAAGTTATGAATGTACATTGCAGCTCTTCAGAAAGTGATTTG
GGGTTAAAGCATATCTCTTATCATCAGTCAACTACTTTCCATTTTAAGGTAAATTGGAAA
GCCACTACAAAATTCCGTTGCCATGTTACATGGCGTGGAGGTGGAGATCATTGGTTTACT
GCATTCAGTCGTGGGGATGGGAGAGACAAATGTGGTGAATGTGTTTGGCAAGTCTACGGT
GATGGTGGATATGGTGATAAGCCTCTGATGTTTTATGATCGCAACGAATATGGTTATCAC
CTTTACGATTGGGACAAATAATTTCAAAACAAGAAATACTACTTTATAATAGATCGACTA
ACTACAATTCAATTTGACTAAGACTTGTAACTTAGTATTTATGTTATTATTGTTGTTGGA
TCATCTGAATAATTTTAATATAATGTAAACATTATTTGAAT

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR1FS26TF 660 0 0
G
GATTCTTTCGTGTTCAGAATCATGGCTTTCGCCAACAATAACCAATGCACAAAAGTAATG
TTTTATGCTTTTGTTCTTTATTTGTCAATATCGTCATTGTCAGTTTCCACAGATGCTACA
ATGGACAGACCAATCGCAAGAAGTTTGTTACCTTTTCAAAAGAAAACTGTTGTGATAACA
AATTATGCAGTTAACAAAGAAGTTATGAATGTACATTGCAGCTCTTCAGAAAGTGATTTG
GGGTTAAAGCATATCTCTTATCATCAGTCAACTACTTTCCATTTTAAGGTAAATTGGAAA
GCCACTACAAAATTCCGTTGCCATGTTACATGGCGTGGAGGTGGAGATCATTGGTTTACT
GCATTCAGTCGTGGGGATGGGAGAGACAAATGTGGTGAATGTGTTTGGCAAGTCTACGGT
GATGGTGGATATGGTGATAAGCCTCTGATGTTTTATGATCGCAACGAATATGGTTATCAC
CTTTACGATTGGGACAAATAATTTCAAAACAAGAAATACTACTTTATAATAGATCGACTA
ACTACAATTCAATTTGACTAAGACTTGTAACTTAGTATTTATGTTATTATTGTTTTTGGA
TCATCTGAATAATTTTAATATAATGTAAACATTATTTGAATCAAAATCAAAACTATACC

QA 2 660 2 660
DS 



AS 1 4

CO CL1964Contig1 790 4 2 U
GGATCGAGAAATGGACCGGTTCATTTCTCGATCAAGGTACGACGACGGCGAAGAGTCTCC
TCCACCTGTCTCAGACGGCGGAGACGAAGACGGAGGGACACCGGAGCCACTCGCCGGAGC
TAAAATCAGGAGGAAAGCGTCTCGTTACAGAGGGCACCGTGGCGACTATCTCCACGTCTC
CACTCGTCCTGGCCTGATGAAGATTCTCGAGAAACAAGGTGACACGTCGATACGATTCGC
GGATAAGGTGTTGAAGTTCACAGGGTCGGGGAAGATGAAGAGGCGAATCTTCATCCTGAC
GGACTTCGCGATCTACCTGATCGATCCCGAGAGCGAGGCGATGACGCGGAGGATAGGTTT
GGCTGCGGTGGAGAAAGTGTGTCTGAGCAAGCTGAGCGATAACTTCTTCGCGGTGATTAT
CCCCACGGAGTATGATCTGCTCATGGCCAGCACTCGCAAGACTGAGCTTGTTCAGGTTAT
GGTCGATGTGACTAAGAGTGCTTCTGACTATGAGCTTGAAGTGCTTCTCTCCAACAGGTT
TGAGTACAATGCTTCTGCCTCGTTAGTGAAGGAAGTTTCGTTTGAGGAAGCTGAAGGGGG
TATCAAGACCAGTTTTAAGTGGAAGTGACTGCACCTCACCTTTCCTCGCTGTTCATAAAC
TTTCGTTTTGGCTACTAAAAAGCTCAACTCAGAGCGGTAATGTTGTTTATTATTATTCTG
TTTAATCTTGTTTTTCCTCAGACATGAATTGTGTAACTTTTTTTATTATATTGACAAGTG
TATTTTCTAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FX37TF U 1
AF RR1FW23TF U 1
AF RR1FW23JQ C 126
AF RR1FX37JQ C 131
BS 1 681 RR1FW23TF
BS 682 790 RR1FW23JQ

RD RR1FX37TF 543 0 0
GGATCGAGAAATGGACCGGTTCATTTCTCGATCAAGGTACGACGACGGCGAAGAGTCTCC
TCCACCTGTCTCAGACGGCGGAGACGAAGACGGAGGGACACCGGAGCCACTCGCCGGAGC
TAAAATCAGGAGGAAAGCGTCTCGTTACAGAGGGCACCGTGGCGACTATCTCCACGTCTC
CACTCGTCCTGGCCTGATGAAGATTCTCGAGAAACAAGGTGACACGTCGATACGATTCGC
GGATAAGGTGTTGAAGTTCACAGGGTCGGGGAAGATGAAGAGGCGAATCTTCATCCTGAC
GGACTTCGCGATCTACCTGATCGATCCCGAGAGCGAGGCGATGACGCGGAGGATAGGTTT
GGCTGCGGTGGAGAAAGTGTGTCTGAGCAAGCTGAGCGATAACTTCTTCGCGGTGATTAT
CCCCACGGAGTATGATCTGCTCATGGCCAGCACTCGCAAGACTGAGCTTGTTCAGGTTAT
GGTCGATGTGACTAAGAGTGCTTCTGACTATGAGCTTGAAGTGCTTCTCTCCAACAGGTT
TGA

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1FW23TF 681 0 0
GGATCGAGAAATGGACCGGTTCATTTCTCGATCAAGGTACGACGACGGCGAAGAGTCTCC
TCCACCTGTCTCAGACGGCGGAGACGAAGACGGAGGGACACCGGAGCCACTCGCCGGAGC
TAAAATCAGGAGGAAAGCGTCTCGTTACAGAGGGCACCGTGGCGACTATCTCCACGTCTC
CACTCGTCCTGGCCTGATGAAGATTCTCGAGAAACAAGGTGACACGTCGATACGATTCGC
GGATAAGGTGTTGAAGTTCACAGGGTCGGGGAAGATGAAGAGGCGAATCTTCATCCTGAC
GGACTTCGCGATCTACCTGATCGATCCCGAGAGCGAGGCGATGACGCGGAGGATAGGTTT
GGCTGCGGTGGAGAAAGTGTGTCTGAGCAAGCTGAGCGATAACTTCTTCGCGGTGATTAT
CCCCACGGAGTATGATCTGCTCATGGCCAGCACTCGCAAGACTGAGCTTGTTCAGGTTAT
GGTCGATGTGACTAAGAGTGCTTCTGACTATGAGCTTGAAGTGCTTCTCTCCAACAGGTT
TGAGTACAATGCTTCTGCCTCGTTAGTGAAGGAAGTTTCGTTTGAGGAAGCTGAAGGGGG
TATCAAGACCAGTTTTAAGTGGAAGTGACTGCACCTCACCTTTCCTCGCTGTTCATAAAC
TTTCGTTTTGGCTACTAAAAA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1FW23JQ 665 0 0
TCAGGAGGAAAGCGTCTCGTTACAGAGGGCACCGTGGCGACTATCTCCACGTCTCCACTC
GTCCTGGCCTGATGAAGATTCTCGAGAAACAAGGTGACACGTCGATACGATTCGCGGATA
AGGTGTTGAAGTTCACAGGGTCGGGGAAGATGAAGAGGCGAATCTTCATCCTGACGGACT
TCGCGATCTACCTGATCGATCCCGAGAGCGAGGCGATGACGCGGAGGATAGGTTTGGCTG
CGGTGGAGAAAGTGTGTCTGAGCAAGCTGAGCGATAACTTCTTCGCGGTGATTATCCCCA
CGGAGTATGATCTGCTCATGGCCAGCACTCGCAAGACTGAGCTTGTTCAGGTTATGGTCG
ATGTGACTAAGAGTGCTTCTGACTATGAGCTTGAAGTGCTTCTCTCCAACAGGTTTGAGT
ACAATGCTTCTGCCTCGTTAGTGAAGGAAGTTTCGTTTGAGGAAGCTGAAGGGGGTATCA
AGACCAGTTTTAAGTGGAAGTGACTGCACCTCACCTTTCCTCGCTGTTCATAAACTTTCG
TTTTGGCTACTAAAAAGCTCAACTCAGAGCGGTAATGTTGTTTATTATTATTCTGTTTAA
TCTTGTTTTTCCTCAGACATGAATTGTGTAACTTTTTTTATTATATTGACAAGTGTATTT
TCTAC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1FX37JQ 660 0 0
AGGAAAGCGTCTCGTTACAGAGGGCACCGTGGCGACTATCTCCACGTCTCCACTCGTCCT
GGCCTGATGAAGATTCTCGAGAAACAAGGTGACACGTCGATACGATTCGCGGATAAGGTG
TTGAAGTTCACAGGGTCGGGGAAGATGAAGAGGCGAATCTTCATCCTGACGGACTTCGCG
ATCTACCTGATCGATCCCGAGAGCGAGGCGATGACGCGGAGGATAGGTTTGGCTGCGGTG
GAGAAAGTGTGTCTGAGCAAGCTGAGCGATAACTTCTTCGCGGTGATTATCCCCACGGAG
TATGATCTGCTCATGGCCAGCACTCGCAAGACTGAGCTTGTTCAGGTTATGGTCGATGTG
ACTAAGAGTGCTTCTGACTATGAGCTTGAAGTGCTTCTCTCCAACAGGTTTGAGTACAAT
GCTTCTGCCTCGTTAGTGAAGGAAGTTTCGTTTGAGGAAGCTGAAGGGGGTATCAAGACC
AGTTTTAAGTGGAAGTGACTGCACCTCACCTTTCCTCGCTGTTCATAAACTTTCGTTTTG
GCTACTAAAAAGCTCAACTCAGAGCGGTAATGTTGTTTATTATTATTCTGTTTAATCTTG
TTTTTCCTCAGACATGAATTGTGTAACTTTTTTTATTATATTGACAAGTGTATTTTCTAC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 3

CO CL1965Contig1 642 3 9 U
GGATTCAATACTATATTGAGGATTAATTTTAATTATTTTGTAGAGAAATCAGAGGACAGA
AATAAAAAATAAAATGATAAGAAACACACAATATTCTTGCAGAAATACAATACTTAATTG
CAATAATCAGGAACATGACATTCCAATAGGAAGTTTAATTTAACCTCTCTTTTTTTCCAT
ACTCATCTTATTTTTAAAATCCTAGTTGGATTGAGCTTCAAGAAGGCTTGGATTTGATAG
AAGTGGCGTTGGAGAACAAAAGCTTAGCACCCTTCACAAGCTCTTCCTTGATCATGAACA
GAACAGCAGCTGCGAAAACGCTCTGAACAATCTTCGTGCTCATCCCTTTGTAAAACCCGT
GCAGCCCTTCATATCTAATC*TCTTCAGAATCGCATCCAGCGTTCCTTTGTAATGTTGTC
TTTTGTCCCCTGTTGTGACCTGTTTGGCTTGAAGTCGTGACTTTACAACCAAGAGAGGAT
AGGTTGTGACTGTAGCTCCGAGTTTAGCCACAGCTCCAAGAAGAAATGTCTCCAAAGCCG
TCACGTTGGTGCTACCCTTGAGCGCACGTTTTTTCTTCAGCTTTGATAACATTGTCTCGT
ATAACATAAATTGCATTGCTGGATTACAAACCATGATCAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C307JQ U 75
AF RR1C307TF C 75
AF RR1BT22JQ U 1
BS 1 138 RR1BT22JQ
BS 139 139 RR1C307JQ
BS 140 181 RR1BT22JQ
BS 182 182 RR1C307JQ
BS 183 255 RR1BT22JQ
BS 256 256 RR1C307JQ
BS 257 380 RR1BT22JQ
BS 381 381 RR1C307JQ
BS 382 642 RR1BT22JQ

RD RR1C307JQ 347 0 0
TGATAAGAAACACACAATATTCTTGCAGAAATACAATACTTAATTGCAATAATCAGGAAC
ATGACATTCCAATAGGAAGTTTAATTTAACCTCTCTTTTTTTCCATACTCATCTTATTTT
TAAAATCCTAGTTGGATTGAGCTTCAAGAAGGCTTGGATTTGATAGAAGTGGCGTTGGAG
AACAAAAGCTTAGCACCCTTCACAAGCTCTTCCTTGATCATGAACAGAACAGCAGCTGCG
AAAACGCTCTGAACAATCTTCGTGCTCATCCCTTTGTAAAACCCGTGCAGCCCTTCATAT
CTAATC*TCTTCAGAATCGCATCCAGCGTTCCTTTGTAATGTTGTC
C

QA 1 346 1 346
DS 

RD RR1C307TF 347 0 0
TGATAAGAAACACACAATATTCTTGCAGAAATACAATACTTAATTGCAATAATCAGGAAC
ATGACATTCCAATAGGAAGTTTAATTTAACCTCTCTTTTTTTCCATACTCATCTTATTTT
TAAAATCCTAGTTGGATTGAGCTTCAAGAAGGCTTGGATTTGATAGAAGTGGCGTTGGAG
AACAAAAGCTTAGCACCCTTCACAAGCTCTTCCTTGATCATGAACAGAACAGCAGCTGCG
AAAACGCTCTGAACAATCTTCGTGCTCATCCCTTTGTAAAACCCGTGCAGCCCTTCATAT
CTAATC*TCTTCAGAATCGCATCCAGCGTTCCTTTGTAATGTTGTC
C

QA 1 346 1 346
DS 

RD RR1BT22JQ 642 0 0
GGATTCAATACTATATTGAGGATTAATTTTAATTATTTTGTAGAGAAATCAGAGGACAGA
AATAAAAAATAAAATGATAAGAAACACACAATATTCTTGCAGAAATACAATACTTAATTG
CAATAATCAGGAACATGAAATTCCAATAGGAAGTTTAATTTAACCTCTCTTTTTTTCCAT
AATCATCTTATTTTTAAAATCCTAGTTGGATTGAGCTTCAAGAAGGCTTGGATTTGATAG
AAGTGGCGTTGGAGAGCAAAAGCTTAGCACCCTTCACAAGCTCTTCCTTGATCATGAACA
GAACAGCAGCTGCGAAAACGCTCTGAACAATCTTCGTGCTCATCCCTTTGTAAAACCCGT
GCAGCCCTTCATATCTAATCATCTTCAGAATCGCATCCAGCGTTCCTTTGTAATGTTGTC
TTTTGTCCCCTGTTGTGACCTGTTTGGCTTGAAGTCGTGACTTTACAACCAAGAGAGGAT
AGGTTGTGACTGTAGCTCCGAGTTTAGCCACAGCTCCAAGAAGAAATGTCTCCAAAGCCG
TCACGTTGGTGCTACCCTTGAGCGCACGTTTTTTCTTCAGCTTTGATAACATTGTCTCGT
ATAACATAAATTGCATTGCTGGATTACAAACCATGATCAATG

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 5

CO CL1966Contig1 843 5 8 U
GGCAACAAAGATAGACAGCCAATGGTTGGTGATTAAATAAGGAACTATATCCGTAGCTCC
GACGATTCTTCTTCTGTAGACGAAGACATAACTTCTTCTATGTATTCCTCGGGAAAAGAG
TGTATGCCTACAGAATGGACCGATGAGAAGCATAGTCTGTATCTTAAATCAATGGAAGCT
TCATTCGTAGACCAGCTTTATAGCTCCCTCGGTTCGAGTTTGATGAGCAAGGAGAACGTA
GGAGGAAACCCATCTGAAGAACAGAAGAGTAATGTAAGACAGCCTCATGAGTATCGTGTC
AAAGGAAGAAGACACGGTGGTGGTTCTAACCATGAGTTTCTTAAGAGCCCGTGGATCAAG
CACTATAGGACCATAGGAGAGGTATCTGACCAGAACTTTGCCAACGAAGTAACAAAAGGG
GAAAATAGTGGAAGCTCGAAGAAAATAAAGACAGTGATGAACGGATCGTCTAGTACTGAT
*CAGGTGGTTCCACTCAGAAAAACTCCAGCAGA*CATGACGTAAATT*GAACCCTCATCG
TTAGTT*GAAACACAGTCTGTTTTAGTGGTAACCGGTCTCCCTTTGTAATCCATATATAT
ATAGCACTGCTTTTGCTGATACCAAGACTAGATGTTCGGACAAGAACCCTGTGCAGCAAG
AAGATTACCACGAATGCGTTTGCATCTGGTTTTATCGTGTGATGTGTTTGCTTTTAAATC
AAAACTCCTTTTTATGTCTTTTCTTTTTCTTATTTAGCTTTTGCTTTTGCTTTTTGCTCG
GTGTGTTACATGCATATGATATGATGTTTGCTAACTTGGAAATTTACTAAAATAATAGAT
TAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G862TF U 225
AF RR1CM60TF U 1
AF RR1BO83JQ C 74
AF RR1BO83TF U 74
AF RR1CM60JQ C 111
BS 1 176 RR1CM60TF
BS 177 177 RR1BO83TF
BS 178 394 RR1CM60TF
BS 395 395 RR1G862TF
BS 396 723 RR1CM60TF
BS 724 724 RR1BO83TF
BS 725 736 RR1CM60TF
BS 737 843 RR1CM60JQ

RD RR1G862TF 367 0 0
GAGCAAGGAGAACGTAGGAGGAAACCCATCTGAAGAACAGAAGAGTAATGTAAGACAGCC
TCATGAGTATCGTGTCAAAGGAAGAAGACACGGTGGTGGTTCTAACCATGAGTTTCTTAA
GAGCCCGTGGATCAAGCACTATAGGACCATAGGAGAGGTATCTGACCAGAACTTTGCCAA
CGAAGTAACAAAAGGGGAAAATAGTGGAAGCTCGAAGAAAATAAAGACAGTGATGAACGG
ATCGTCTAGTACTGATTCAGGTGGTTCCACTCAGAAAAACTCCAGCAGAACATGACGTAA
ATTTGAACCCTCATCGTTAGTTTGAAACACAGTCTGTTTTAGTGGTAACCGGTCTCCC
CTTTGTAAT

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1CM60TF 740 0 0
GGCAACAAAGATAGACAGCCAATGGTTGGTGATTAAATAAGGAACTATATCCGTAGCTCC
GACGATTCTTCTTCTGTAGACGAAGACATAACTTCTTCTATGTATTCCTCGGGAAAAGAG
TGTATGCCTACAGAATGGACCGATGAGAAGCATAGTCTGTATCTTAAATCAATGGAGGCT
TCATTCGTAGACCAGCTTTATAGCTCCCTCGGTTCGAGTTTGATGAGCAAGGAGAACGTA
GGAGGAAACCCATCTGAAGAACAGAAGAGTAATGTAAGACAGCCTCATGAGTATCGTGTC
AAAGGAAGAAGACACGGTGGTGGTTCTAACCATGAGTTTCTTAAGAGCCCGTGGATCAAG
CACTATAGGACCATAGGAGAGGTATCTGACCAGAGCTTTGCCAACGAAGTAACAAAAGGG
GAAAATAGTGGAAGCTCGAAGAAAATAAAGACAGTGATGAACGGATCGTCTAGTACTGAT
*CAGGTGGTTCCACTCAGAAAAACTCCAGCAGA*CATGACGTAAATT*GAACCCTCATCG
TTAGTT*GAAACACAGTCTGTTTTAGTGGTAACCGGTCTCCCTTTGTAATCCATATATAT
ATAGCACTGCTTTTGCTGATACCAAGACTAGATGTTCGGACAAGAACCCTGTGCAGCAAG
AAGATTACCACGAATGCGTTTGCATCTGGTTTTATCGTGTGATGTGTTTGCTTTTAAATC
AAA*CTCCTTTTTATG
TCTT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1BO83JQ 665 0 0
GG
GTAGACGAAGACATAACTTCTTCTATGTATTCCTCGGGAAAAGAGTGTATGCCTACAGAA
TGGACCTATGAGAAGCATAGTCTGTATCTTAAATCAATGGAAGCTTCATTCGTAGACCAG
CTTTATAGCTCCCTCGGTTCGAGTTTGATGAGCAAGGAGAACGTAGGAGGAAACCCATCT
GAAGAACAGAAGAGTAATGTAAGACAGCCTCATGAGTATCGTGTCAAAGGAAGAAGACAC
GGTGGTGGTTCTAACCATGAGTTTCTTAAGAGCCCGTGGATCAAGCACTATAGGACCATA
GGAGAGGTATCTGACCAGAACTTTGCCAACGAAGTAACAAAAGGGGAAAATAGTGGAAGC
TCGAAGAAAATAAAGACAGTGATGAACGGATCGTCTAGTACTGAT*CAGGTGGTTCCACT
CAGAAAAACTCCAGCAGA*CATGACGTAAATT*GAACCCTCATCGTTAGTT*GAAACACA
GTCTGTTTTAGTGGTAACCGGTCTCCCTTTGTAATCCATATATATATAGCACTGCTTTTG
CTGATACCAAGACTAGATGTTCGGACAAGAACCCTGTGCAGCAAGAAGATTACCACGAAT
GCGTTTGCATCTGGTTTTATCGTGTGATGTGTTTGCTTTTAAATCAAAACTCCTTTTTAT
G
CC

QA 3 663 3 663
DS 

RD RR1BO83TF 665 0 0
GG
GTAGACGAAGACATAACTTCTTCTATGTATTCCTCGGGAAAAGAGTGTATGCCTACAGAA
TGGACCTATGAGAAGCATAGTCTGTATCTTAAATCAATGGAAGCTTCATTCGTAGACCAG
CTTTATAGCTCCCTCGGTTCGAGTTTGATGAGCAAGGAGAACGTAGGAGGAAACCCATCT
GAAGAACAGAAGAGTAATGTAAGACAGCCTCATGAGTATCGTGTCAAAGGAAGAAGACAC
GGTGGTGGTTCTAACCATGAGTTTCTTAAGAGCCCGTGGATCAAGCACTATAGGACCATA
GGAGAGGTATCTGACCAGAACTTTGCCAACGAAGTAACAAAAGGGGAAAATAGTGGAAGC
TCGAAGAAAATAAAGACAGTGATGAACGGATCGTCTAGTACTGAT*CAGGTGGTTCCACT
CAGAAAAACTCCAGCAGA*CATGACGTAAATT*GAACCCTCATCGTTAGTT*GAAACACA
GTCTGTTTTAGTGGTAACCGGTCTCCCTTTGTAATCCATATATATATAGCACTGCTTTTG
CTGATACCAAGACTAGATGTTCGGACAAGAACCCTGTGCAGCAAGAAGATTACCACGAAT
GCGTTTGCATCTGGTTTTATCGTGTGATGTGTTTGCTTTTAAATCAAAACTCCTTTTTAT
G
CC

QA 3 663 3 663
DS 

RD RR1CM60JQ 733 0 0
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AATGGAGGCTTCATTCGTAGACCAGCTTTATAGCTCCCTCGGTTCGAGTTTGATGAGCAA
GGAGAACGTAGGAGGAAACCCATCTGAAGAACAGAAGAGTAATGTAAGACAGCCTCATGA
GTATCGTGTCAAAGGAAGAAGACACGGTGGTGGTTCTAACCATGAGTTTCTTAAGAGCCC
GTGGATCAAGCACTATAGGACCATAGGAGAGGTATCTGACCAGAGCTTTGCCAACGAAGT
AACAAAAGGGGAAAATAGTGGAAGCTCGAAGAAAATAAAGACAGTGATGAACGGATCGTC
TAGTACTGAT*CAGGTGGTTCCACTCAGAAAAACTCCAGCAGA*CATGACGTAAATT*GA
ACCCTCATCGTTAGTT*GAAACACAGTCTGTTTTAGTGGTAACCGGTCTCCCTTTGTAAT
CCATATATATATAGCACTGCTTTTGCTGATACCAAGACTAGATGTTCGGACAAGAACCCT
GTGCAGCAAGAAGATTACCACGAATGCGTTTGCATCTGGTTTTATCGTGTGATGTGTTTG
CTTTTAAATCAAAACTCCTTTTTATGTCTTTTCTTTTTCTTATTTAGCTTTTGCTTTTGC
TTTTTGCTCGGTGTGTTACATGCATATGATATGATGTTTGCTAACTTGGAAATTTACTAA
AATAATAGATTAC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 5

CO CL1967Contig1 738 5 14 U
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GTTGATGTAACTAAGAAGGTTGACCCAAAGGCCAAGGCCTTGAAAGCTGCCAAGGCCGTG
AAGTCAGGCCAAGTCATTAAAAAGAAGGCGAAGACGATCAGAACAAAGGTGACATTCCAC
AGGCCAAAGACATTGACAAAGGCTAGAGACCCAAAGTACCCACGCATCAGTGCAACTCCG
AGGAACAAGTTGGACCACTACGGAACCCTCAAGTACCCACTCACAACCGAGTCCGCAATG
AAGAAGATCGAAGACAACAACACCTTGGTCTTCATCGTCGACATCCGTGCTGACAAGAAG
AAGATCAAGGATGCTGTCAAGAAAATGTACGACATTCAGACCAAGAAAGTCAACACACTC
ATTAGGCCTGATGGAACGAAGAAAGCGTACGTGAGATTGACCCCTGATTACGATGCTTTG
GATGTGGCTAACAAAATCGGGATCATCTAATCCTTATATCGTCACTTTTTTTTT**TTTT
GGAGTTTTGAAACAGACTTCTTGTTTCTGTCTTCTTTAGTCTGAGTTTTGTTAGAGAAAT
TTAATGATACTACTACATCTCTTTGGTGTGCTTTATGGTTGGTCTCGAAGATAATGTTTT
GGTACCACTGGTCGGTTATACTAGTCTCATTGTCTTGTTACCCTCTCTGCTACCGGTTTA
ATCGGGTATTCTTCTAAT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EZ49TF U 381
AF RR1BA63JQ C 1
AF RR1BA63TF U 1
AF RR1A058JQ C 1
AF RR1A058TF U 1
BS 1 265 RR1BA63TF
BS 266 266 RR1A058TF
BS 267 380 RR1BA63TF
BS 381 442 RR1EZ49TF
BS 443 443 RR1BA63TF
BS 444 493 RR1EZ49TF
BS 494 494 RR1BA63TF
BS 495 515 RR1EZ49TF
BS 516 516 RR1BA63TF
BS 517 534 RR1EZ49TF
BS 535 536 RR1BA63TF
BS 537 553 RR1EZ49TF
BS 554 666 RR1BA63TF
BS 667 738 RR1A058TF

RD RR1EZ49TF 173 0 0
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QA 1 173 1 173
DS 

RD RR1BA63JQ 666 0 0
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QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1BA63TF 666 0 0
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AAGATCAAGGATGCTGTCAAGAAAATGTACGACATTCAGACCAAGAAAGTCAACACACTC
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GATGTGGCTAACAAAATCGGGATCATCTAATCCTTATATCGTCACTTTTTTTTT**TTTT
GGAGTTTTGAAACAGACTTCTTGTTTCTGTCTTCTTTAGTCTGAGTTTTGTTAGAGAAAT
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GGTACC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1A058JQ 738 0 0
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AAGAAGATCGAAGACAACAACACCTTGGTCTTCATCGTCGACATCCGTGCTGACAAGAAG
AAGATCAAGGATGCTGTCAAGAAAGTGTACGACATTCAGACCAAGAAAGTCAACACACTC
ATTAGGCCTGATGGAACGAAGAAAGCGTACGTGAGATTGACCCCTGATTACGATGCTTTG
GATGTGGCTAACAAAATCGGGATCATCTAATCCTTATATCGTCACTTTTTTTTC**TTTT
GGAGTTTTGAAACAGACTTCTTGTTTCTGTCTTCTTTAGTCTGAGTTTTGTTAGAGAAAT
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ATCGGGTATTCTTCTAAT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1A058TF 738 0 0
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AAGTCAGGCCAAGTCATTAAAAAGAAGGCGAAGACGATCAGAACAAAGGTGACATTCCAC
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AGGAACAAGTTGGACCACTACGGAACCCTCAAGTACCTACTCATAACCTAGTCCGCAATG
AAGAAGATCGAAGACAACAACACCTTGGTCTTCATCGTCGACATCCGTGCTGACAAGAAG
AAGATCAAGGATGCTGTCAAGAAAGTGTACGACATTCAGACCAAGAAAGTCAACACACTC
ATTAGGCCTGATGGAACGAAGAAAGCGTACGTGAGATTGACCCCTGATTACGATGCTTTG
GATGTGGCTAACAAAATCGGGATCATCTAATCCTTATATCGTCACTTTTTTTTC**TTTT
GGAGTTTTGAAACAGACTTCTTGTTTCTGTCTTCTTTAGTCTGAGTTTTGTTAGAGAAAT
TTAATGATACTACTACATCTCTTTGGTGTGCTTTATGGTTGGTCTCGAAGATAATGTTTT
GGTACCACTGGTCGGTTATACTAGTCTCATTGTCTTGTTACCCTCTCTGCTACCGGTTTA
ATCGGGTATTCTTCTAAT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 5

CO CL1968Contig1 1035 5 14 U
GGACTACATGAAAGCTACTCTCCTCCATCATCTCGAGCTTACTGTATATAAAAAGCCTCT
CAAAACCCTTTCCCTTTATTCATTTTATTCACCAAAGAAAAAACTAATAGAAACTTAACT
AGACGACAAGAAATACATTTCTTGATTTCTTGGTAAATGGCGTCTTCAAATACTCTGGCG
ATATCTCCGAGGAAGCTCCGTTCAGACCTTTATTCATACTCTTACCAAGACGGTTCTAGC
ACACCACTCGTGATCTCTGTTCTCTCGTCTCTGATTGAACGGACGTTGGCTCGGAACGAG
AGGATCAGCCGGAGCTATGGTGGTTTTGGAAAGACACGTGTCTTCGACTGCCTAGAGATT
CCTGACATGACGATCCAATCGTATTTAGAGAGGATTTTCCGGTATACCAAAGCCGGTCCA
TCGGTTTATGTCGTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTCTGTCAGAATAATCAAGGTTTC
AGAATCAGTCTCACTAATGTACATCGTCTCCTCATCACAACCATCATGGTCGCTTCCAAA
TACGTCGAAGACATGAACTACAGAAACTCGTACTTTGCGAAAGTAGGAGGATTAGAGACA
GAAGATTTAAACAACTTGGAACTGGAGTTCTTGTTCTTGATGGGGTTTAAGTTGCATGTG
AATGTGAGCGTGTTCGAGAGTTACTGTTGTCATCTTGAGAGAGAAGTAAGTATAGGAGGA
GGTTATCAGATCGAGAAGGCATTGCGTTGCGCTGAGGAAATCAAATCCAGACAAATTGTT
CAAGATCCTAAACACCATAATCAATTTTCAAGAATCTTGTTGTAGTCAAAAACTCTGTTT
TGTTTTGTCGGTTTGCTTTTGAGGGTGTTTGACTTTTTGATTACCTTGTGTCCTTGTCGG
TTGGGTTTTTCTTGAAATGTAAATAGAGAGAAAATATAGAGACTGGTGTTGTATGTATCT
ATGTATTAGCAAATGTAGATTCTTCTATCATTCTGTGTACCTGTTGAGGTTTAAGGAAAT
GGTTTTCTCATATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER83TF U 1
AF RR1F958TF U 81
AF RR1DZ44TF U 244
AF RR1ER83JQ C 313
AF RR1DZ44JQ C 298
BS 1 168 RR1ER83TF
BS 169 169 RR1F958TF
BS 170 418 RR1ER83TF
BS 419 419 RR1F958TF
BS 420 680 RR1ER83TF
BS 681 716 RR1F958TF
BS 717 737 RR1DZ44TF
BS 738 738 RR1DZ44JQ
BS 739 831 RR1DZ44TF
BS 832 832 RR1DZ44JQ
BS 833 864 RR1DZ44TF
BS 865 865 RR1DZ44JQ
BS 866 895 RR1DZ44TF
BS 896 1035 RR1DZ44JQ

RD RR1ER83TF 680 0 0
GGACTACATGAAAGCTACTCTCCTCCATCATCTCGAGCTTACTGTATATAAAAAGCCTCT
CAAAACCCTTTCCCTTTATTCATTTTATTCACCAAAGAAAAAACTAATAGAAACTTAACT
AGACGACAAGAAATACATTTCTTGATTTCTTGGTAAATGGCGTCTTCAGATACTCTGGCG
ATATCTCCGAGGAAGCTCCGTTCAGACCTTTATTCATACTCTTACCAAGACGGTTCTAGC
ACACCACTCGTGATCTCTGTTCTCTCGTCTCTGATTGAACGGACGTTGGCTCGGAACGAG
AGGATCAGCCGGAGCTATGGTGGTTTTGGAAAGACACGTGTCTTCGACTGCCTAGAGATT
CCTGACATGACGATCCAATCGTATTTAGAGAGGATTTTCCGGTATACCAAAGCCGGTC*A
TCGGTTTATGTCGTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTCTGTCAGAATAATCAAGGTTTC
AGAATCAGTCTCACTAATGTACATCGTCTCCTCATCACAACCATCATGGTCGCTTCCAAA
TACGTCGAAGACATGAACTACAGAAACTCGTACTTTGCGAAAGTAGGAGGATTAGAGACA
GAAGATTTAAACAACTTGGAACTGGAGTTCTTGTTCTTGATGGGGTTTAAGTTGCATGTG
AATGTGAGCGTGTTCGAGAG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1F958TF 636 0 0
G
ATTTTATTCACCAAAGAAAAAACTAATAGAAACTTAACTAGACGACAAGAAATACATTTC
TTGATTTCTTGGTAAATGGCGTCTTCAAATACTCTGGCGATATCTCCGAGGAATCTCCGT
TCAGACCTTTATTCATACTCTTACCAAGACGGTTCTAGCACACCACTCGTGATCTCTGTT
CTCTCGTCTCTGATTGAACGGACGTTGGCTCGGAACGAGAGGATCAGCCGGAGCTATGGT
GGTTTTGGAAAGACACGTGTCTTCGACTGCCTAGAGATTCCTGACATGACGATCCAATCG
TATTTAGAGAGGATTTTCCGGTATACCAAAGCCGGTCCATCGGTTTATGTCGTGGCTTAT
GTCTACATTGACCGGTTCTGTCAGAATAATCAAGGTTTCAGAATCAGTCTCACTAATGTA
CATCGTCTCCTCATCACAACCATCATGGTCGCTTCCAAATACGTCGAAGACATGAACTAT
AGAAACTCGTACTTTGCGAAAGTAGGAGGATTAGAGACGGAAGATTTAAACAACTTGGAA
CTGGAGTTCTTGTTCTTGATGGGGTTTAAGTTGCATGTGAATGTGAGCGTGTTCGAGAGT
TACTGTTGTCATCTTGAGAGAGAAGTAAGTATAGG

QA 2 636 2 636
DS 

RD RR1DZ44TF 652 0 0
G
CACTCGTGATCTCTGTTCTCTCGTCTCTGATTGAACGGACGTTGGCTCGGAACGAGAGGA
TCAGCCGGAGCTACGGTGGTTTTGGAAAGACACGTGTCTTCGACTGCCTAGATATTCCTG
ACATGACGATCCAATCGTATTTAGAGGGGATTTTCCGGTATACCAAAGCCGGTCCATCGG
TTTATGTCGTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTCTGTCAGAGTAATCAAGGTTTCAGAA
TCAGTCTCACTAATGTACATCGTCTCCTCATCACAACCATCATGGTCGCTTCCAAATACG
TCGAAGACATGAACTACAGAAACTCGTACTTTGCGAAAGTAGGAGGATTAGAGACAGAAG
ATTTAAACAACTTGGAACTGGAGTTCTTGTTCTTGATGGGGTTTAAGTTGCATGTGAATG
TGAGCGTGTTCGAGAGTTACTGTTGTCATCTTGAGAGAGAAGTAAGTATAGGAGGAGGTT
ATCAGATCGAGAAAGCATTGCGTTGCGCTGAGGAAATCAAATCCAGACAAATTGTTCAAG
ATCCTAAACACCATAATCAATTTTCAAGAATCTTGTTGTAGTCAAAA*CTCTGTTTTGTT
TTGTCGGTTTGCTTTTGAGG*TGTTTGACTTTTTGATTACCTTGTGTCCTT

QA 2 652 2 652
DS 

RD RR1ER83JQ 680 0 0
AGCTATGGTGGTTTTGGAAAGACACGTGTCTTCGACTGCCTAGAGATTCCTGACATGACG
ATCCAATCGTATTTAGAGAGGATTTTCCGGTATACCAAAGCCGGTC*ATCGGTTTATGTC
GTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTCTGTCAGAATAATCAAGGTTTCAGAATCAGTCTC
ACTAATGTACATCGTCTCCTCATCACAACCATCATGGTCGCTTCCAAATACGTCGAAGAC
ATGAACTACAGAAACTCGTACTTTGCGAAAGTAGGAGGATTAGAGACAGAAGATTTAAAC
AACTTGGAACTGGAGTTCTTGTTCTTGATGGGGTTTAAGTTGCATGTGAATGTGAGCGTG
TTCGAGAGTTACTGTTGTCATCTTGAGAGAGAAGTAAGTATAGGAGGAGGTTATCAGATC
GAGAAGGCATTGCGTTGCGCTGAGGAAATCAAATCCAGACAAATTGTTCAAGATCCTAAA
CACCATAATCAATTTTCAAGAATCTTGTTGTAGTCAAAAACTCTGTTTTGTTTTGTCGGT
TTGCTTTTGAGGGTGTTTGACTTTTTGATTACCTTGTGTCCTTGTCGGTTGGGTTTTTCT
TGAAATGTAAATAGAGAGAAAATATAGAGACTGGTGTTGTATGTATCTATGTATTAGCAA
ATGTAGATTCTTCTATCATT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1DZ44JQ 738 0 0
GAGAGGATCAGCCGGAGCTACGGTGGTTTTGGAAAGACACGTGTCTTCGACTGCCTAGAT
ATTCCTGACATGACGATCCAATCGTATTTAGAGGGGATTTTCCGGTATACCAAAGCCGGT
CCATCGGTTTATGTCGTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTCTGTCAGAGTAATCAAGGT
TTCAGAATCAGTCTCACTAATGTACATCGTCTCCTCATCACAACCATCATGGTCGCTTCC
AAATACGTCGAAGACATGAACTACAGAAACTCGTACTTTGCGAAAGTAGGAGGATTAGAG
ACAGAAGATTTAAACAACTTGGAACTGGAGTTCTTGTTCTTGATGGGGTTTAAGTTGCAT
GTGAATGTGAGCGTGTTCGAGAGTTACTGTTGTCATCTTGAGAGAGAAGTAAGTATAGGA
GGAGGTTATCAGATCGAGAAGGCATTGCGTTGCGCTGAGGAAATCAAATCCAGACAAATT
GTTCAAGATCCTAAACACCATAATCAATTTTCAAGAATCTTGTTGTAGTCAAAAACTCTG
TTTTGTTTTGTCGGTTTGCTTTTGAGGGTGTTTGACTTTTTGATTACCTTGTGTCCTTGT
CGGTTGGGTTTTTCTTGAAATGTAAATAGAGAGAAAATATAGAGACTGGTGTTGTATGTA
TCTATGTATTAGCAAATGTAGATTCTTCTATCATTCTGTGTACCTGTTGAGGTTTAAGGA
AATGGTTTTCTCATATAC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 5

CO CL1969Contig1 679 5 13 U
GGGGGACGAGAACAAACAAAGTTGAAGGAAAAAAAAATCTAAAAGGGATCGATTTGCCTC
GCCATGTCTGGAGAAGAAGAAGAGAACGCCGCCGAGCTTAAGATCGGAGACGAGTTTTTG
AAGGCGAAGTGCTTAATGAACTGTGAGGTCTCTTTGATCCTCGAGCACAAGTATGAACAG
CTTCAGCAAGTCTCCGAGGATCCTATGAATCAAGTTTCTCAAGTGTTTGAGAAGTCTTTG
CAGTATGTGAAGCGTTTTAGCCGGTACAAGAATCCAGATGCTGTTAGACAAGTTCGAGAA
ATCCTGAGTAGACACCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGCAATCTCTGTCCC
GAAACTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACAAAAGGAAGAGCTCAT
AGTGACGAAGCGATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAGAGATTTGAGTAG
TGCAGAAAGTTCTCGAGATCTAAGATTATAAACAGTTTAATTTGAGGGTGTTATATTCAC
CTTTTAGATGATGTCTCGAGTTAATTTTTCATGTCTGAAATTTAAAGCTTTCCAGAATCT
CTAGAATAATAACTTCATGTTTAATGAAATGTAGTTTACAATACTTTAATATACCTAAAT
ATGAAGCTACAATTCTATC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1F330JQ C 1
AF RR1GR94TF U 22
AF RR1BV84TF U 3
AF RR1EM75TF U 1
AF RR1F330TF U 1
BS 1 12 RR1EM75TF
BS 13 13 RR1F330TF
BS 14 165 RR1EM75TF
BS 166 166 RR1F330TF
BS 167 331 RR1EM75TF
BS 332 332 RR1F330TF
BS 333 344 RR1EM75TF
BS 345 345 RR1F330TF
BS 346 396 RR1EM75TF
BS 397 397 RR1F330TF
BS 398 556 RR1EM75TF
BS 557 557 RR1F330TF
BS 558 679 RR1EM75TF

RD RR1F330JQ 659 0 0
GTTC
GACGAGAACAAACAAAGTTGAAGGAAAAAAAAATCTAAAAGGGATCGATTTGCCTCGCCA
TGTCTGGAGAAGAAGAAGAGAACGCCGCCGAGCTTAAGATCGGAGACGAGTTTTTGAAGG
CGAAGTGCTTAATGAACTGTGAGGTCTCTTTGATCCTCGAGCACAAGTATGAACAGCTTC
AGCAAGTCTCCGAGGATCCTATGAATCAAGTTTCTCAAGTGTTTGAGAAGTCTTTGCAGT
ATGTGAAGCGTTTTAGCCGGTACAAGAATCCAGATGCTGTTAGACAAGTTCGAGAAATCC
TGAGTAGACACCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGCAATCTCTGTCCCGAAA
CTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACAAAAGGAAGAGCTCATAGTG
ACGAAGCGATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAGAGATTTGAGTAGTGCA
GAAAGTTCTCGAGATCTAAGATTATAAACAGTTTAATTTGAGGGTGTTATATTCACCTTT
TAGATGATGTCTCGAGTTAATTTTTCATGTCTGAAATTTAAAGCTTTCCAGAATCTCTAG
AATAATAACTTCATGTTTAATGAAATGTAGTTTACAATACTTTAATATACCTAAA

QA 5 659 5 659
DS 

RD RR1GR94TF 621 0 0
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GAGAACGCCGCCGAGCTTAAGATCGGAGACGAGTTTTTGAAGGCGAAGTGCTTAATGAAC
TGTGAGGTCTCTTTGATCCTCGAGCACAAGTATGAACAGCTTCAGCAAGTCTCCGAGGAT
CCTATGAATCAAGTTTCTCAAGTGTTTGAGAAGTCTTTGCAGTATGTGAAGCGTTTTAGC
CGGTACAAGAATCCAGATGCTGTTAGACAAGTTCGAGAAATCCTGAGTAGACACCAACTC
ACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGCAATCTCTGTCCCGAAACTGCTGAAGAAGCAGTG
GCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACAAAAGGAAGAGCTCATAGTGACGAAGCGATTGAGAAG
ATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAGAGATTTGAGTAGTGCAGAAAGTTCTCGAGATCT
AAGATTATAAACAGTTTAATTTGAGGGTGTTATATTCACCTTTTAGATGATGTCTTGAGT
TAATTTTTCATGTCTGAAATTTAAAGCTTTCCAGAATCTCTAGAATAATAACTTCATGTT
TAATGAAATGTAGTTTACA
TA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1BV84TF 637 0 0
GG
GACGAGAAAAAACAAAGTTGAAGGAAAAAAAAATCTAAAAGGGATCGATTTGCCTCGCCA
TGTCTGGAGAAGAAGAAGAGAACGCCGCCGAGCTTAAGATCGGAGACGAGTTTTTGAAGG
CGAAGTGCTTAATGAACTGTGAGGTCTCTTTGATCCTCGAGCACAAGTATGAACAGCTTC
AGCAAGTCTCCGAGGATCCTATGAATCAAGTTTCTCAAGTGTTTGAGAAGTCTTTGCAGT
ATGTGAAGCGTTTTAGCCGGTACAAGAATCCAGATGCTGTTAGACAAGTTCGAGAAATCC
TGAGTAGACACCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGCAATCTCTGTCCCGAAA
CTGCCGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACAAAAGGAAGAGCTCATAGTG
ACGAAGCGATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAGAGATTTGAGTAGTGCA
GAAAGTTCTCGAGATCTAAGATTATAAACAGTTTAATTTGAGGGTGTTATATTCACCTTT
TAGATGATGTCTTGAGTTAATTTTTCATGTCTGAAATTTAAAGCTTTCCAGAATCTCTAG
AATAATAACTTCATGTTTAATGAAATGTAGTTTAC

QA 3 637 3 637
DS 

RD RR1EM75TF 679 0 0
GGGGGACGAGAAAAAACAAAGTTGAAGGAAAAAAAAATCTAAAAGGGATCGATTTGCCTC
GCCATGTCTGGAGAAGAAGAAGAGAACGCCGCCGAGCTTAAGATCGGAGACGAGTTTTTG
AAGGCGAAGTGCTTAATGAACTGTGAGGTCTCTTTGATCCTCGAGTACAAGTATGAACAG
CTTCAGCAAGTCTCCGAGGATCCTATGAATCAAGTTTCTCAAGTGTTTGAGAAGTCTTTG
CAGTATGTGAAGCGTTTTAGCCGGTACAAGAATCCAGATGCTGTTAGACAAGTTCGAGAA
ATCCTGAGTAGACACCAACTCACTGAGTTTGGGCTCTGTGTTCT*GGCAATCTCTGTCCC
GAAACTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTTTCAAGACAAAAGGAAGAGCTCAT
AGTGACGAAGCGATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAGAGATTTGAGTAG
TGCAGAAAGTTCTCGAGATCTAAGATTATAAACAGTTTAATTTGAGGGTGTTATATTCAC
CTTTTAGATGATGTCTTGAGTTAATTTTTCATGTCTGAAATTTAAAGCTTTCCAGAATCT
CTAGAATAATAACTTCATGTTTAATGAAATGTAGTTTACAATACTTTAATATACCTAAAT
ATGAAGCTACAATTCTATC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1F330TF 679 0 0
GTTC
GACGAGAACAAACAAAGTTGAAGGAAAAAAAAATCTAAAAGGGATCGATTTGCCTCGCCA
TGTCTGGAGAAGAAGAAGAGAACGCCGCCGAGCTTAAGATCGGAGACGAGTTTTTGAAGG
CGAAGTGCTTAATGAACTGTGAGGTCTCTTTGATCCTCGAGCACAAGTATGAACAGCTTC
AGCAAGTCTCCGAGGATCCTATGAATCAAGTTTCTCAAGTGTTTGAGAAGTCTTTGCAGT
ATGTGAAGCGTTTTAGCCGGTACAAGAATCCAGATGCTGTTAGACAAGTTCGAGAAATCC
TGAGTAGACACCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGCAATCTCTGTCCCGAAA
CTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACAAAAGGAAGAGCTCATAGTG
ACGAAGCGATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAGAGATTTGAGTAGTGCA
GAAAGTTCTCGAGATCTAAGATTATAAACAGTTTAATTTGAGGGTGTTATATTCACCTTT
TAGATGATGTCTCGAGTTAATTTTTCATGTCTGAAATTTAAAGCTTTCCAGAATCTCTAG
AATAATAACTTCATGTTTAATGAAATGTAGTTTACAATACTTTAATATACCTAAATATGA
AGCTACAATTCTATC

QA 5 679 5 679
DS 



AS 1 2

CO CL1970Contig1 683 2 3 U
GTCTGCAGTTGCGTCTTGGTATTGCTGGTACTCTGAGACAAGAACGTTCATGTTGCTCTC
TGCTTCTGTGAACTCCATCTCGTCCATTCCTTCACCTGTGTACCAATGCAAGAAAGCCTT
CCTCCTGAACATAGCTGTGAACTGCTCACTCACACGCCTGAACATCTCTTGGATCGATGT
TGAGTTCCCAATGAAAGTGGATGCCATCTTCAGACCGGTGGGAGGGATGTCACAGACTGT
TGATTTCACATTGTTGGGGATCCACTCAACAAAGTAGGAGGAGTTCTTGTTCTGCACGTT
CAGCATCTGCTCGTCGACTTCCTTTGTGCTCATTTGCCACGGAACATGGCGGAGGCTGTG
AGGTAACGCCCGTGCCTTGGGTCAGCAGCACACATCATGTTCTTGGAGTCCCACATTTGC
TGGGTGAGTTCAGGGACAGTGAGGGAACGGTACTGCTGAGATCCCTTGAGGTGAGAGGAG
CAAAACCCACCATGAAGAAGTGAAGACGAGGGAACGGGATCAGACTGACAGCAAGCTTAC
GGAGGTCAGAGTTAAGCTGACCAGGGAATCTCAGACAGTATGTGACACCAGACATTGTTG
CAGATATCAAATGGTTCAAGTCACCAAAGCTAGGGGTAGTGAGTTTGAGAGTCCTGAAAC
AAATATCGTACAAGGCCTCGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B058TF C 1
AF RR1B058JQ U 21
BS 1 20 RR1B058TF
BS 21 674 RR1B058JQ
BS 675 683 RR1B058TF

RD RR1B058TF 683 0 0
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TGCTTCTGTGAACTCCATCTCGTCCATTCCTTCACCTGTGTACCAATGCAAGAAAGCCTT
CCTCCTGAACATAGCTGTGAACTGCTCACTCACACGCCTGAACATCTCTTGGATCGATGT
TGAGTTCCCAATGAAAGTGGATGCCATCTTCAGACCGGTGGGAGGGATGTCACAGACTGT
TGATTTCACATTGTTGGGGATCCACTCAACAAAGTAGGAGGAGTTCTTGTTCTGCACGTT
CAGCATCTGCTCGTCGACTTCCTTTGTGCTCATTTGCCACGGAACATGGCGGAGGCTGTG
AGGTAACGCCCGTGCCTTGGGTCAGCAGCACACATCATGTTCTTGGAGTCCCACATTTGC
TGGGTGAGTTCAGGGACAGTGAGGGAACGGTACTGCTGAGATCCCTTGAGGTGAGAGGAG
CAAAACCCACCATGAAGAAGTGAAGACGAGGGAACGGGATCAGACTGACAGCAAGCTTAC
GGAGGTCAGAGTTAAGCTGACCAGGGAATCTCAGACAGTATGTGACACCAGACATTGTTG
CAGATATCAAATGGTTCAAGTCACCAAAGCTAGGGGTAGTGAGTTTGAGAGTCCTGAAAC
AAATATCGTACAAGGCCTCGTTC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1B058JQ 654 0 0
ATTGCTGGTACTCTGAGACAAGAACGTTCATGTTGCTCTCTGCTTCTGTGAACTCCATCT
CGTCCATTCCTTCACCTGTGTACCAATGCAAGAAAGCCTTCCTCCTGAACATAGCTGTGA
ACTGCTCACTCACACGCCTGAACATCTCTTGGATCGATGTTGAGTTCCCAATGAAAGTGG
ATGCCATCTTCAGACCGGTGGGAGGGATGTCACAGACTGTTGATTTCACATTGTTGGGGA
TCCACTCAACAAAGTAGGAGGAGTTCTTGTTCTGCACGTTCAGCATCTGCTCGTCGACTT
CCTTTGTGCTCATTTGCCACGGAACATGGCGGAGGCTGTGAGGTAACGCCCGTGCCTTGG
GTCAGCAGCACACATCATGTTCTTGGAGTCCCACATTTGCTGGGTGAGTTCAGGGACAGT
GAGGGAACGGTACTGCTGAGATCCCTTGAGGTGAGAGGAGCAAAACCCACCATGAAGAAG
TGAAGACGAGGGAACGGGATCAGACTGACAGCAAGCTTACGGAGGTCAGAGTTAAGCTGA
CCAGGGAATCTCAGACAGTATGTGACACCAGACATTGTTGCAGATATCAAATGGTTCAAG
TCACCAAAGCTAGGGGTAGTGAGTTTGAGAGTCCTGAAACAAATATCGTACAAG

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 5

CO CL1971Contig1 663 5 7 U
GGAACTCACAAAAGTGATTGATTTCATCTTGTTCAACCTTTGCGATCTTCAGCTCTTCTC
ACGCCACAAAACCCCTTCAAATTGACATCGTTCTGATCTTGAATTCGATTGGAAGTAGCT
ATACTATTAAAAAATGGCTTATGTGGACCACGCGTTCTCAATATCGGACGAGGACCTAAT
GATCGGGACTTCGTACACGGTGAGTAATCGGCCGCCGGTGAAGGAGATCTCGCTGGCGGT
GTCTCTCCTCTTGTTCGGAATCTTGGGAATCGTCTCCGGTTTCTTCATGGCCTACAACCG
AGTCGGCGGCGATCGAGGCCACGGGATTTTCTTCATTGTTCTGGGTTGTCTTCTGTTTAT
CCCGGGCTTTTACTATACACGGATTGCATACTACGCATACAAAGGATACAAAGGCTTCTC
CTTCTCAAACATACCCTCCGTTTAACACGAACGCCTATGTCTCTTCTTTCTTACTCAATG
TATAGTACTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGGTGGTGGTTGTTTCTGATGGATGGCAGGTTT
TTAATGACTTCTTCTCTTTAGTGTGATATTTGTTTACATGACTTGAATGATCGATCCGTG
TTTGATATGTAATCTCTCTTTTTATAATTTCTCATTCTCTATGTAAACATATACTACTTT
ACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1DQ23JQ C 303
AF RR1DQ23TF U 8
AF RR1C510TF U 134
AF RR1AU72TF U 1
AF RR1AU72JQ C 1
BS 1 9 RR1AU72JQ
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BS 27 138 RR1DQ23TF
BS 139 139 RR1AU72TF
BS 140 657 RR1DQ23TF
BS 658 663 RR1AU72JQ

RD RR1DQ23JQ 355 0 0
TCGGCGGCGATCGAGGCCACGGGATTTTCTTCATTGTTCTGGGTTGTCTTCTGTTTATCC
CGGGCTTTTACTATACACGGATTGCATACTACGCATACAAAGGATACAAAGGCTTCTCCT
TCTCAAACATACCCTCCGTTTAACACGAACGCCTATGTCTCTTCTTTCTTACTCAATGTA
TAGTACTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGGTGGTGGTTGTTTCTGATGGATGGCAGGTTTTT
AATGACTTCTTCTCTTTAGTGTGATATTTGTTTACATGACTTGAATGATCGATCCGTGTT
TGATATGTAATCTCTCTTTTTATAATTTCTCATTCTCTATGTAAACATATACTAC

QA 1 355 1 355
DS 

RD RR1DQ23TF 650 0 0
GG
AAAAGTGATTGATTTCGTCTTGTTCAACCTTTGCGATCTTCAGCTCTTCTCACGCCACAA
AACCCCTTCAAATTGACATCGTTCTGATCTTGAATTCGATTGGAAGTAGCTATACTATTA
AAAAATGGCGTATGTGGACCACGCGTTCTCAATATCGGACGAGGACCTAATGATCGGGAC
TTCGTACACGGTGAGTAATCGGCCGCCGGTGAAGGAGATCTCGCTGGCGGTGTCTCTCCT
CTTGTTCGGAATCTTGGGAATCGTCTCCGGTTTCTTCATGGCCTACAACCGAGTCGGCGG
CGATCGAGGCCACGGGATTTTCTTCATTGTTCTGGGTTGTCTTCTGTTTATCCCGGGCTT
TTACTATACACGGATTGCATACTACGCATACAAAGGATACAAAGGCTTCTCCTTCTCAAA
CATACCCTCCGTTTAACACGAACGCCTATGTCTCTTCTTTCTTACTCAATGTATAGTACT
AGTAGTAGTAGTAGTAGTAGGTGGTGGTTGTTTCTGATGGATGGCAGGTTTTTAATGACT
TCTTCTCTTTAGTGTGATATTTGTTTACATGACTTGAATGATCGATCCGTGTTTGATATG
TAATCTCTCTTTTTATAATTTCTCATTCTCTATGTAAACATATACTAC

QA 3 650 3 650
DS 

RD RR1C510TF 490 0 0
ATGGCGTATGTGGACCACGCGTTCTCAATATCGGACGAGGACCTAATGATCGGGACTTCG
TACACGGTGAGTAATCGGCCGCCGGTGAAGGAGATCTCGCTGGCGGTGTCTCTCCTCTTG
TTCGGAATCTTGGGAATCGTCTCCGGTTTCTTCATGGCCTACAACCGAGTCGGCGGCGAT
CGAGGCCACGGGATTTTCTTCATTGTTCTGGGTTGTCTTCTGTTTATCCCGGGCTTTTAC
TATACACGGATTGCATACTACGCATACAAAGGATACAAAGGCTTCTCCTTCTCAAACATA
CCCTCCGTTTAACACGAACGCCTATGTCTCTTCTTTCTTACTCAATGTATAGTACTAGTA
GTAGTAGTAGTAGTAGGTGGTGGTTGTTTCTGATGGATGGCAGGTTTTTAATGACTTCTT
CTCTTTAGTGTGATATTTGTTTACATGACTTGAATGATCGATCCGTGTT*GATATGTAAT
CTCTCTTTTT

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1AU72TF 663 0 0
GGAACTCAC
AAAAGTGATTGATTTCATCTTGTTCAACCTTTGCGATCTTCAGCTCTTCTCACGCCACAA
AACCCCTTCAAATTGACATCGTTCTGATCTTGAATTCGATTGGAAGTAGCTATACTATTA
AAAAATGGCTTATGTGGACCACGCGTTCTCAATATCGGACGAGGACCTAATGATCGGGAC
TTCGTACACGGTGAGTAATCGGCCGCCGGTGAAGGAGATCTCGCTGGCGGTGTCTCTCCT
CTTGTTCGGAATCTTGGGAATCGTCTCCGGTTTCTTCATGGCCTACAACCGAGTCGGCGG
CGATCGAGGCCACGGGATTTTCTTCATTGTTCTGGGTTGTCTTCTGTTTATCCCGGGCTT
TTACTATACACGGATTGCATACTACGCATACAAAGGATACAAAGGCTTCTCCTCCTCAAA
CATACCCTCCGTTTAACACGAACGCCTATGTCTCTTCTTTCTTACTCAATGTATAGTACT
AGTAGTAGTAGTAGTAG***GTGGTGGTTGTTTCTGATGGATGGCAGGTTTTTAATGACT
TCTTCTCTTTAGTGTGATATTTGTTTACATGACTTGAATGATCGATCCGTGTTTGATATG
TAATCTCTCTTTTTATAATTTCTCATTCTCTATGTAAACATATACTAC
TTTACC

QA 10 657 10 657
DS 

RD RR1AU72JQ 663 0 0
GGAACTCACAAAAGTGATTGATTTCATCTTGTTCAACCTTTGCGATCTTCAGCTCTTCTC
ACGCCACAAAACCCCTTCAAATTGACATCGTTCTGATCTTGAATTCGATTGGAAGTAGCT
ATACTATTAAAAAATGGCTTATGTGGACCACGCGTTCTCAATATCGGACGAGGACCTAAT
GATCGGGACTTCGTACACGGTGAGTAATCGGCCGCCGGTGAAGGAGATCTCGCTGGCGGT
GTCTCTCCTCTTGTTCGGAATCTTGGGAATCGTCTCCGGTTTCTTCATGGCCTACAACCG
AGTCGGCGGCGATCGAGGCCACGGGATTTTCTTCATTGTTCTGGGTTGTCTTCTGTTTAT
CCCGGGCTTTTACTATACACGGATTGCATACTACGCATACAAAGGATACAAAGGCTTCTC
CTCCTCAAACATACCCTCCGTTTAACACGAACGCCTATGTCTCTTCTTTCTTACTCAATG
TATAGTACTAGTAGTAGTAGTAGTAG***GTGGTGGTTGTTTCTGATGGATGGCAGGTTT
TTAATGACTTCTTCTCTTTAGTGTGATATTTGTTTACATGACTTGAATGATCGATCCGTG
TTTGATATGTAATCTCTCTTTTTATAATTTCTCATTCTCTATGTAAACATATACTACTTT
ACC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 5

CO CL1972Contig1 1558 5 12 U
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TGTAATGAAATTCTTCAAAAGTAACAAAAATATTATAGGAAATACAAAATGTTAAACACG
AAAGGTTCATCATCATCTTCTCCAGCAACTCTACCTTAATTCAACATTTAGCTTACTTTG
CACCTCATCACGCACCTTACTCTGCAGATCATTAACCTCCTCGTCTGTAAGAGAGCGCTC
CATGGAACGGAACACAATTCTGTAACAGTGACTCGTCATCCCTTTCTTATTGGTGAAACT
GTCGATTAACTTCACCTCTTCAACAAGATCCCCAGCGATCCCTCTCACAACTTCACAAAA
GTTATTCTCTGTGAATGATTCACTGATCCAGAAACTGATGTCCTTGTAACAAGGCGGATA
CTTTGAGAATGGCTTGAACTTGACTCCAAGCTCTCCTTTTTTAAACTGGGACGTAAACCG
TTCATCGTCGGACCAGAAAAGTCTAATATCAGGGATGTCAAACAAAACCATAGCAAGTCG
TTCCAATCCAAGTCCAAAGGCCCAAGCAACATTGTTTTCTAATCCACTCTGCTTCAAAAT
TCGTTGCTCTGTCACCCCACAGCCCAAAACTTCCAACCAGTCTTCCTTAAAATATATCTC
AAGCTCGAAAGATGGTTCTGTAAATGGAAAGTATGTATCAACCCATCTCATCTCCACACC
ACCAAACGAGTGACGTGCCAAACCCTCAAGACATTTCTTCAAATCCTCAGCTGCATATAA
CGTGGAATCTTTGCCAGACTCGTTCCAGTCCTCAGGAGAAAAGACACAAAAGCCTCCCAT
CTGATGGAAAACCGGATAATGAGTAGAGTCAATAGAGTCTCTACGGTAAACATCACCAGT
AACAAGGAAACGTCTACGACCTTCCCTCAAAAGCTCAGCCTGGTGAGCACTCGTATGACA
TCTCAAAACAGTTTGCGAGTCAACATAGTACGTGTCGTTAAGGCTTCTGCTAACATGATC
GGCAGGGACCAGGACATCATCAAAGTTTTGCTTGGTGGTAACAATAGGGGAAAGATCTTC
AAACTTGTCAAACTGCTTATCGTAATTGGAATCGAAGTAGTCGTAAATAGCGTTCTTTAA
GATACCAATAGGATGCTTATCACGTCTGTGTAGCTGCATTCCGAGTTTGGAGAAGATCGA
GTCTGGTACATTGTTCGTAGGATAATCATCTCTCACCACATCGTTTCTAGCGATGGTGAC
GCCGCCGATATCGACGGCGGAGACGATGGGGAAACGCCGCTTCTTCGTTTTGGGGAGAGG
GGAAGAGTAGAGAGCGTTTGAGGAGAAGGAGGAAGAAGAAGCGAAAGAGAAGCGTTTGAG
TCCATTGCTAGAGAGGATGGCGACGGAAGCTCGGGTGAAGATGGTGGACTGAACTGAGAA
AATGGTCATGGCGTCGTCTTGAGTTTAGTAACAGACGCAGTCGATGAAGAGGGAGGAGAG
GAGACAGGAGACTCCGATGACGAGAATCGCGGTGGCGACTGGTGGCTGCGAAAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
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C
C

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DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH46JQ U 38
AF RR1BJ61JQ U 1
AF RR1CH46TF C 194
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RD RR1CH46JQ 725 0 0
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AAACATCATTCATTCATTATTCCATCCCATTTAACATTTGCATAAACTGCATAAACAACC
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GTAAGGCTTGACAGCTTCATGGGCCCTAAACTTCTCGGCCCACTGGATCAGCCCAGGTGT
CGTTTCTTCCCGGAAAAACTTGACGCCGGAAAACGCCTCGATCACAGAGACCGGTCCCAA
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AAGGATGGAAGGACCAGAGGACCAAGCTTCATCGACGTACTGAACGATGTCGAGTGACTC
GCAGATGGAAACATCGCCGTGGATGAGAACAGGGACTTTCTTGAAGATGGGGTTGGACTT
GAGGAGGAGTTCGCTCTTTGCGTTGAGAACATCAGGTTCGTCCAAGTACTCGTACTTGAC
TGATT

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DS 

RD RR1BJ61JQ 786 0 0
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GAAAACTTATAAGAAAAAAAA*TCCCAAAGACAGACAAAACATCATTCATTCATTATTCC
ATCCCATTTAACATTTGCATAAACTGCATAAACAACCGTATCACTCAACACCAAACTTCT
TCTTTGCGAATGCAATGAACTCTTCCACGGTAGGCATGTAAGGCTTGACAGCTTCATGGG
CCCTAAACTTCTCGGCCCACTGGATCAGCCCAGGTGTCGTTTCTTCCCGGAGAAACTTGA
CGCCGGAAAACGCCTCGATCACAGAGACCGGTCCCAAGATGGTCCCACAAGCAATGTCGA
GGAAGCCAATGTTCTCTCCTCCAAAGAACCCTAACCCTTTGCTGCTCTTCTGAAATGCCT
CTTCAAGCATCGCCAAACACTCCATCAGCTTTCCCGCCGCCGCCATCCTCCCTTCGTCGT
CTTTTGCTCCTCCCACCGCATCCAACGATCCAAAGATCTTGTCGTCAACGAAGAGAGCCC
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GAGCCC

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1CH46TF 694 0 0
AATA
AACTCTTCCACGGTAGGCATGTAAGGCTTGACAGCTTCATGGGCCCTAAACTTCTCGGCC
CACTGGATCAGCCCAGGTGTCGTTTCTTCCCGGAGAAACTTGACGCCGGAAAACGCCTCG
ATCACAGAGACCGGTCCCAAGATGGTCCCACAAGCAATGTCGAGGAAGCCAATGTTCTCT
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CACTCCATCAGCTTTCCCGCCGCCGCCATCCTCCCTTCGTCGTCTTTTGCTCCTCCCACC
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CGTTCGTAAGGGTGAGAAGGAAGGATGGAAGGACCAGAGGACCAAGCTTCATCGACGTAC
TGAACGATGTCGAGTGACTCGCAGATGGAAACATCGCCGTGGATGAGAACAGGGACTTTC
TTGAAGATGGGGTTGGACTTGAGGAGGAGTTCGCTCTTTGCGTTGAGAACATCAGGTTCG
TCCAAGTACTCGTACTTGACTGATTTCAGGTGTAGAGCCACTCGAGCCCTGAGGGCATAA
GGGCTCGACCAAGAACCTAGGAGCTTCACCGTATCATTCTGAGCCATCTTTTTCTTTCTT
TTTTATTTCTTATGGCTTTTTATCGATCTA

QA 5 694 5 694
DS 



AS 1 5

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AAAGTTGTAAATGATCATCTTTTATTGGAATACTTATTTAGTACAATATAGATAGAACAA
GCTCCTTATCTATGACGCAAGTAGTAGAGATATGAAGATGATCATGATGGTGGGAAAAAG
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AATCTTGTTAGGCAGGGTTCTTTGTAGTACCGTTAATAAAGCTTTGGTACCATTTGCCAG
ATTCTTTGAGATTTCTATCATCGAGGTTTGTCCAGTTAACGTAACTAAGTCCGAATCTAA
CGGTAAAACCTTTGCAGAATTCATAATTGTCTCCAAGGGCCCATGCAAAGTATCCTTTTA
TGTTGACACCCTTCTCCCTGATGACCTTACGGAGAAAACATAGATGACTGCAGAGATAAT
CGATCCGCTTGGAATCGGAAATAGCTTCCCCACGGGTTTCATCACCGGGAGTACTGAATC
CGTTCTCAGTGATATAGATCAAAGGGTTATTGTATTTGGTTTTGAAGTAGTCCATAACGT
AATAAATGCCTTTTGGGTAGTAATACGCATTGCCGTTTTTTGCGTCTTTTACGAACAGTG
GACCAAGATTTTCACCACGTGAATTGTTATATGTGAGCTTTACGCCTGGGTCCATCATGG
CAGTGTGATTTGCCCATGTAACTGGGTTAGGTTTTTGCTGGGCGTACTGAGTGGTGTAGT
AATTGAGACCAAGAAAATAATATGAACCCGCAACGAGTTCTGCTTCTGCTTCCGTGAAAT
TGGGAAGCCGACTACCCACAATTTGTCTCATGATGTCTGGGTATCTACCCTTTGTTAGCG
GCTCCATGAACCATCCCAAGAAGAATTCTTTCATCCTATCAGCTGCATCTTTGCTGGCTT
TGTCAGTGGCATCAAATGGAAGAAACCATCTAGTTATCATCACTGGTCCGATCTTCCCTC
TTTGGAACTTATATTTTGTCCTGTAAACATCGACCGCCGCAGCATGAGCAAGAAGCTGGT
TATGTGCAACTATATAAGGTTCTGTTGAAGAATTTCCGCCGTAACATCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1GB19JQ U 246
AF RR1CZ34JQ U 2
AF RR1CZ34TF C 2
AF RR1C525JQ U 1
AF RR1C525TF C 382
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DS 

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TTC

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CATTA
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CACCCTTCTCCCTGATGACCTTACGGAGAAAACATAGATGACTGCAGAGATAATCGATCC
GCTTGGAATCGGCAATAGCTTCCTCACGGGTTTCATCACCGGGAGTACTGAATCCGTTCT
CAGTGATATAGATCAAAGGGTTATTGTATTTGGTTTTGAAGTAGTCCATAACGTAATAAA
TGCCTTTTGGGTAGTAATAGGCATTGCCGTTTTTTGCGTCTTTTACGAACAGTGGACCAA
GATTTTCACCACGTGAATTG

QA 6 625 6 625
DS 

RD RR1C525JQ 735 0 0
AAAGTTGTAAATGATCATCTTTTATTGGAATACTTATTTAGTACAATATAGATAGAACAA
GCTCCTTATCTATGAAGCAAGTAGTAGAGATATAAAGATGATCATGATGGTGGGAAAAAG
TGTTTCATGCATCTGCGAGCTTCTTGTTCTGGTTCTGGAATGAGAGGTTTGGGCGGCGGA
AATCTTGTTTGGCAGGGTTCTTTGTAGTACCGTTAATAAAGGTTTGGTACCATTTGCCAA
ATTCTTTGAGATTTCTATCATCGAGGTTTGTCCAGTTAACGTAACTAAGTCCGAATCTAA
CGGTAAAACCTTTGCAGAATTCATAATTGTCTCCAAGAGCCCATGCAAAGTATCCTTTTA
TGTTGACACCCTTTTCCCTGATGACCTTACGGAGAAAACATAGATGACTGCAGAGATAAT
CGATCCGCTTGGAATCGGAAATAGCTTCCCCACGGGTTTCTTCACCGGGAGTACTGAATC
CGTTCTCAGTGATATAGATCAAAGGGTTATTGTATTTGGTTTTGAAGTAGTCCATAACGT
AATAAATGCCTTTTGGGTAGTAATACGCATTGCCGTTTTTTGCGTCTTTTACGAACAGTG
GACCAAGATTTTCACCACGTGAATTGTTATATGTGAGCTTTACGCCTGGGTCCATCATGG
CAGTGTGATTTGCCCATGTAACTGGGTTAGGTTTTTGCTGGGCGTACTGAGTGGTGTAGT
AATTGAGACCAAGAA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1C525TF 690 0 0
ATGA
CTTACGGAGAAAACATAGATGACTGCAGAGATAATCGATCCGCTTGGAATCGGAAATAGC
TTCCCCACGGGTTTCTTCACCGGGAGTACTGAATCCGTTCTCAGTGATATAGATCAAAGG
GTTATTGTATTTGGTTTTGAAGTAGTCCATAACGTAATAAATGCCTTTTGGGTAGTAATA
CGCATTGCCGTTTTTTGCGTCTTTTACGAACAGTGGACCAAGATTTTCACCACGTGAATT
GTTATATGTGAGCTTTACGCCTGGGTCCATCATGGCAGTGTGATTTGCCCATGTAACTGG
GTTAGGTTTTTGCTGGGCGTACTGAGTGGTGTAGTAATTGAGACCAAGAAAATAATATGA
ACCCGCAACGAGTTCTGCTTCTGCTTCCGTGAAATTGGGAAGCCGACTACCCACAATTTG
TCTCATGATGTCTGGGTATCTACCCTTTGTTAGCGGCTCCATGAACCATCCCAAGAAGAA
TTCTTTCATCCTATCAGCTGCATCTTTGCTGGCTTTGTCAGTGGCATCAAATGGAAGAAA
CCATCTAGTTATCATCACTGGTCCGATCTTCCCTCTTTGGAACTTATATTTTGTCCTGTA
AACATCGACCGCCGCAGCATGAGCAAGAAGCTGGTTATGTGCAACTATATAAGGTTCTGT
TGAAGAATTTCCGCCGTAACATCTGC

QA 5 690 5 690
DS 



AS 1 4

CO CL1975Contig1 1172 4 14 U
GACAAAGAAAAAAAACTCGAGAAACCAAACACATTAGACATGAGTTTGAATCTCGTATCA
TCGTCTTCAACCTCAAACCATGTTTTCCTTTTGAATCCGATTCGGTCGGGGAGAGACCCG
AATATCATAAGCCGACAACAGAGAATCCCTAAAAGAGCGAAACCCTTTTGCGTTAGTTCT
TCGCTGAACTTGTCTGGACCCCGACCCAGACAAACCCTGTCTAGTAACTGGGATGTGTCT
AAATTCTCCGTTGATGCCGTTGCTCAATCTCCTTCTCGTCTCCCTAGCTTCGAGGAACTC
GACACCACAAACATGCTTCTCCGACAAAGAATCGTCTTCCTCGGTTCTCAGGTAGATGAT
ATGACAGCAGATTTGGTGATAAGTCAGCTCTTGTTACTAGATGCTCAGGACTCTGAGAGA
GACATAACGCTCTTTATCAATTCACCCGGTGGTTCTATCACTGCTGGGATGGGAATATAT
GATGCAATGAAACAATGCAAGGCCGACGTTTCGACTGTTTGCTTAGGACTAGCTGCATCC
ATGGGTGCGTTTCTCCTTGCTTCTGGTTCCAAAGGGAAACGCTTCTGCATGCCTAACTCT
AAAGTTATGATCCATCAGCCACTTGGTTCTGCCGGAGGCAAAGCAACGGAAATGAGCATT
CGCGTAAGAGAAATGATGTACCACAAGATTAAACTCAACAAAATCTTCTCTAGGATCACC
GGGAAGCCCGAATCAGAGATTGAAGGTGACACAGACCGTGATTACTTCTTGAACCCATGG
GAGGCCAAAGAGTATGGATTGGTAGACGCTGTAATCGATGATGGCAAACCGGGATTAGTC
GCACCAATTGGAGATGGTACTCCTCCACCAAACACCAAAGTGTGGGATTTTTGGAAAGTC
GAAGGAACCAAGAACGATAATAAAGATTTGCCAACCGAGCAATCCGTCATACAGAATGGC
TCCGCTACTCCTGAATAGAGAATTGTTGTTGCCGCCTTTACTGTTTCTTTTTAAATTCTT
TATGTTTTAATGTGCTAGGTGCAACCATAACAATGCATTTTCTGTGTTTGTACCATTTCT
CGGATAGATTTTTGGAGTTATTTGAAGACAAAAAAAAGATAAAGATTAGTTGTTGTAGCA
CAGAAGGTGCACCAGCTACATTGATCAGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H710TF U 1
AF RR1BX39TF U 549
AF RR1E837TF U 462
AF RR1FN37JQ C 344
BS 1 353 RR1H710TF
BS 354 354 RR1FN37JQ
BS 355 425 RR1H710TF
BS 426 426 RR1FN37JQ
BS 427 446 RR1H710TF
BS 447 447 RR1FN37JQ
BS 448 611 RR1H710TF
BS 612 612 RR1BX39TF
BS 613 629 RR1H710TF
BS 630 1081 RR1BX39TF
BS 1082 1099 RR1E837TF
BS 1100 1100 RR1FN37JQ
BS 1101 1108 RR1E837TF
BS 1109 1172 RR1FN37JQ

RD RR1H710TF 630 0 0
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TCGTCTTCAACCTCAAACCATGTTTTCCTTTTGAATCCGATTCGGTCGGGGAGAGACCCG
AATATCATAAGCCGACAACAGAGAATCCCTAAAAGAGCGAAACCCTTTTGCGTTAGTTCT
TCGCTGAACTTGTCTGGACCCCGACCCAGACAAACCCTGTCTAGTAACTGGGATGTGTCT
AAATTCTCCGTTGATGCCGTTGCTCAATCTCCTTCTCGTCTCCCTAGCTTCGAGGAACTC
GACACCACAAACATGCTTCTCCGACAAAGAATCGTCTTCCTCGGTTCTCAGGTCGATGAT
ATGACAGCAGATTTGGTGATAAGTCAGCTCTTGTTACTAGATGCTCAGGACTCTGAGAGA
GACATCACGCTCTTTATCAATTCACCTGGTGGTTCTATCACTGCTGGGATGGGAATATAT
GATGCAATGAAACAATGCAAGGCCGACGTTTCGACTGTTTGCTTAGGACTAGCTGCATCC
ATGGGTGCGTTTCTCCTTGCTTCTGGTTCCAAAGGGAAACGCTTCTGCATGCCTAACTCT
AAAGTTATGATTCATCAGCCACTTGGTTC
C

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1BX39TF 536 0 0
GTTTCTCCTTGCTTCTGGTTCCAAAGGGAAACGCTTCTGCATGCCTAACTCTAAAGTTAT
GATCCATCAGCCACTTGGTTCTGCCGGAGGCAAAGCAACGGAAATGAGCATTCGCGTAAG
AGAAATGATGTACCACAAGATTAAACTCAACAAAATCTTCTCTAGGATCACCGGGAAGCC
CGAATCAGAGATTGAAGGTGACACAGACCGTGATTACTTCTTGAACCCATGGGAGGCCAA
AGAGTATGGATTGGTAGACGCTGTAATCGATGATGGCAAACCGGGATTAGTCGCACCAAT
TGGAGATGGTACTCCTCCACCAAACACCAAAGTGTGGGATTTTTGGAAAGTCGAAGGAAC
CAAGAACGATAATAAAGATTTGCCAACCGAGCAATCCGTCATACAGAATGGCTCCGCTAC
TCCTGAATAGAGAATTGTTGTTGCCGCCTTTACTGTTTCTTTTTAAATTCTTTATGTTTT
AATGTGCTAGGTGCAACCATAACAATGCATTTTCTGTGTTTGTACCATTTCTC
TGA

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1E837TF 647 0 0
G
GCTGGGATGGGAATATATGATGCAATGAAACAATGCAAGGCCGACGTTTCGACTGTTTGC
TTAGGACTAGCTGCATCCATGGGTGCGTTTCTCCTTGCTTCTGGCTCCAAAGGGAAACGC
TTCTGCATGCCTAACTCTAAAGTTATGATTCATCAGCCACTTGGTTCCGCCGGAGGCAAA
GCAACGGAAATGAGCATTCGCGTGAGAGAAATGATGTACCACAAGATTAAACTTAACAAA
ATCTTCTCTAGAATCACCGGGAAGCCCGAATCAGAGATTGAAGGTGACACAGACCGTGAT
TACTTCTTGAACCCATGGGAGGCGAAAGAGCATGGTTTGATAGACGCTGTAATCGATGAT
GGCAAACCGGGACTAGTCGCACCAATTGGAGATGGTACTCCTCCACCTAACACCAAAGTG
TGGGATTTTTGGAAAGTCGAAGGAACCAAGAACGATAATAAAGATTTGCCAACCGAGCAA
TCCGTCATACAGAATGGCTCCGCCACTCCTGAATAGAGA*TTGTTGTTGCCGCCTTTACT
GTTTCTTTTTAAATTATTTATGTTTTCATGTGCTAGCTGCAACCATAACAATGCGTTTTC
TGTGTTTGTACCATTTCTCGGATAGATTTTTGGAGTTTTTTGAAGA

QA 2 647 2 647
DS 

RD RR1FN37JQ 829 0 0
GTTCTCAGGTAGATGATATGACAGCAGATTTGGTGATAAGTCAGCTCTTGTTACTAGATG
CTCAGGACTCTGAGAGAGACATAACGCTCTTTATCAATTCACCCGGTGGTTCTATCACTG
CTGGGATGGGAATATATGATGCAATGAAACAATGCAAGGCCGACGTTTCGACTGTTTGCT
TAGGACTAGCTGCATCCATGGGTGCGTTTCTCCTTGCTTCTGGTTCCAAAGGGAAACGCT
TCTGCATGCCTAACTCTAAAGTTATGATCCATCAGCCACTTGGTTCTGCCGGAGGCAAAG
CAACGGAAATGAGCATTCGCGTAAGAGAAATGATGTACCACAAGATTAAACTCAACAAAA
TCTTCTCTAGGATCACCGGGAAGCCCGAATCAGAGATTGAAGGTGACACGGACCGTGATT
ACTTCTTGAACCCATGGGAGGCCAAAGAGTATGGATTGGTAGACGCTGTAATCGATGATG
GCAAACCGGGATTAGTCGCACCAATTGGAGATGGTACTCCTC*ACCAAACACCAAAGTGT
GGGATTTTTGGAAAGTCGAAGGAACCAAGAACGATAATAAAGATTTGCCAACCGAGCAAT
CCGTCATACAGAATGGCTCCGCTACTCCTGAATAGAGAATTGTTGTTGCCGCCTTTACTG
TTTCTTTTTAAATTCTTTATGTTTTAATGTGCTAGGTGCAACCATAACAATGCATTTTCT
GTGTTTGTACCATTTCTCTGATAGATTTTTGGAGTTATTTGAAGACAAAAAAAAGATAAA
GATTAGTTGTTGTAGCACAGAAGGTGCACCAGCTACATTGATCAGCTTC

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 5

CO CL1976Contig1 598 5 9 U
GGACAAATATACATTTTGAACTAGAGAGTTATTAACATATCCAAAAAGAAGATGTCGTCG
AACCAAGAACTAAGCTACAAGGCCGGAGAAGCCACCGGTCAAGTTCAGCTGAAGAAGGAA
GAGTACTTGAACAAAGTATCACACGCAATGAATGAGAGTGCTGATCATCACTCACACTCA
CACGCGGAACATGATCAGAATAATCCTTCCCTAATTTCTCAGGCCTCCAATGTCATTCAA
CAGACAGGAGGGCAAGTGAAGAATATGGCACAAGGAGCAGCGGACGCTGTGAAAAACACT
CTTGGGATGAGTCCAGCCACTAACAACCCTAGCAGCCCGGCCGGCACGACCCGCCCGAGC
AACCCTAACTCCAAAAATCTTTAAAAGAAGTTGTTTTAAGAAATTGTTGGCCTGATCTTC
TCAACATAAATAAAAACTTTTTCATTGTGTTTGGTTTGCTCTATTTCTTCTCTGATTTTT
TTGTATTTTTGGTATTGTAAGTTGAGACATTATTACGTGTCTCACTCATCATAACCTTAG
TAAGGACTTTATTTATCTTATGAATGATCGTCAAATAATATCATCTATTTCTTTTTAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1H836TF U 1
AF RR1CN20TF U 1
AF RR1AG56JQ C 15
AF RR1AG56TF U 15
AF RR1D075TF U 1
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BS 68 68 RR1AG56TF
BS 69 367 RR1CN20TF
BS 368 368 RR1AG56TF
BS 369 481 RR1CN20TF
BS 482 482 RR1AG56TF
BS 483 545 RR1CN20TF
BS 546 546 RR1AG56TF
BS 547 598 RR1CN20TF

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QA 1 540 1 540
DS 

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CACGCGGAACATGATCAGAATAATCCTTCCCTAATTTCTCAGGCCTCCAATGTCATTCAA
CAGACAGGAGGGCAAGTGAAGAATATGGCACAAGGAGCAGCGGACGCTGTGAAAAACACT
CTTGGGATGAGTCCAGCCACTAACAACCCTAGCAGCCCGGCCGGCACGACCCGCCCGAGC
AACCCTAGCTCCAAAAATCTTTAAAAGAAGTTGTTTTAAGAAATTGTTGGCCTGATCTTC
TCAACATAAATAAAAACTTTTTCATTGTGTTTGGTTTGCTCTATTTCTTCTCTGATTTTT
T*GTATTTTTGGTATTGTAAGTTGAGACATTATTACGTGTCTCACTCATCATAACCTTAG
TAAGGGCTTTATTTATCTTATGAATGATCGTCAAATAATATCATCTATTTCTTTTTAA

QA 1 598 1 598
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QA 1 562 1 562
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TCAGAATAATCCTTCCCTAATTTCTCAGGCCTCCAATGTCATTCAACAGACAGGAGGGCA
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AGCCACTAACAACCCTAGCAGCCCGGCCGGCACGACCCGCCCGAGCAACCCTAACTCCAA
AAATCTTTAAAAGAAGTTGTTTTAAGAAATTGTTGGCCTGATCTTCTCAACATAAATAAA
AACTTTTTCATTGTGTTTGGTTTGCTCTATTTCTTCTCTGATTTTTTTGTATTTTTGGTA
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ATCTTATGAATGATCGTCAAAT

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1D075TF 593 0 0
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AACCAAGAACTAAGCTACAAGGCCGGAGAAGCCACCGGTCAAGTTCAGCTGAAGAAGGAA
GAGTACTTGAACAAAGTATCACACGCAATGAATGAGAGTGCTGATCATCACTCACACTCA
CACGCGGAACATGATCAGAATAATCCTTCCCTAATTTCTCAGGCCTCCAATGTCATTCAA
CAGACAGGAGGGCAAGTGAAGAATATGGCACAAGGAGCAGCGGACGCTGTGAAAAACACT
CTTGGGATGAGTCCAGCCACTAACAACCCTAGCAGCCCGGCCGGCACGACCCGCCCGAGC
AACCCTAGCTCCAAAAATCTTTAAAAGAAGTTGTTTTAAGAAATTGTTGGCCTGATCTTC
TCAACATAAATAAAAACTTTTTCATTGTGTTTGGTTTGCTCTATTTCTTCTCTGATTTTT
T*GTATTTTTGGTATTGTAAGTTGAGACATTATTACGTGTCTCACTCATCATAACCTTAG
TAAGGGCTTT*TTTATCTTATGAATGATCGTCAAATAATATCATCTATTTCTT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 4

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ACTGTAACCTACCCATCATACTACGCAGCAGCGCCTGGGTGGCATGCTGGTCCACCACAT
GGTATGCATTATGGCATGCAGCAGTATAATAACACAGTGCAGCCTTTCCAGAATGTTCCA
CAGCAAGGGAAGTCAGTGAACCCTTTTGACTTCACCTCTGAGCCACCATCACAGACACAA
CCAGAAACCATGTTCCCTTCCATGGCGCCTCTACAAAGTGCATTACCTCCTTCAGGCATG
ATGCCTTCTCAAGGAGTACACAATCATTTCAGTATTCCCTCTCAAGTCTCAGGCCATCCA
TCTGCAATGCCACCAAGGTTTGTATCTCCTCAAACGCCAGGAAACATGCCACCAAGCAAT
GTACGCCCAATTGGGAACATGGGCGCTCCATATGAGACACAACAAACATATCAGAATTTC
GGAAGCCCATATGCCTCTGCAGTTCCTTCGAACTCACCACCTTCTTTCTCTTCTGGAGGA
AACCCGTTTGGGTAAGAATAGCAAGAACATTAGCTCGAAATCTGTAATGCTTTTGAGGGA
TGATTGATTGGGCTCTTGGAAGTTTGAGTTCTAAAATGTGTGCAACCATTTGTTAAAAAG
AGTGGACGAAAAGTGTGAGGCATGAAAGTGGAGAAGAATTTGGGGTTTGTGTGGCTGTTA
AATCATTTATTATAAGCATCATTTTGAAATGGCTCTACTATTATTATTATTATCATTGTT
ATCATCATTATCATTACATTATTTGGTTTTCTATATTATTTCATTTCCCTTCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS77TF U 1
AF RR1GW03TF U 1
AF RR1GW03JQ C 163
AF RR1A066JQ C 111
BS 1 349 RR1GS77TF
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RD RR1GS77TF 531 0 0
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GGTATGCATTATGGCATGCAGCAGTATAATAACACAGTGCAGCCTTTCCAGAATGTTCCA
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CCAGAAACCATGTTCCCTTCCATGGCGCCTCTACAAAGTGCATTACCTCATTCAGGCATG
ATGCCTTCTCAAGGAGTACACAATCATTTCAGTATTCCCTCTCAAGTCTCAGGCCATCCA
TCTGCAATGCCACCAAGGTTTGTATCTCCTCAAACGCCAGGAAACATGCCACCAAGCAAT
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QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1GW03TF 725 0 0
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GGCCTGCAGTCTTCTGAAATCAAACCTCCCGGAAGAACGGAATTACCTGCGGATTTATTC
ACTGTAACCTACCCATCATACTACGCAGCAGCGCCTGGGTGGCATGCTGGTCCACCACAT
GGTATGCATTATGGCATGCAGCAGTATAATAACACAGTGCAGCCTTTCCAGAATGTTCCA
CAGCAAGGGAAGTCAGTGAACCCTTTTGACTTCACCTCTGAGCCACCATCACAGACACAA
CCAGAAACCATGTTCCCTTCCATGGCGCCTCTACAAAGTGCATTACCTCCTTCAGGCATG
ATGCCTTCTCAAGGAGTACACAATCATTTCAGTATTCCCTCTCAAGTCTCAGGCCATCCA
TCTGCAATGCCACCAAGGTTTGTATCTCCTCAAACGCCAGGAAACATGCCACCAAGCAAT
GTACGCCCAATTGGGAACATGGGCGCTCCATATGAGACACAACAAACATATCAGAATTTC
GGAAGCCCATATGCCTCTGCAGTTCCTTCGAACTCACCACCTTCTTTCTCTTCTGGAGGA
AACCCGTTTGGGTAAGAATAGCAAGAACATTAGCTCGAAATCTGTAATGCTTTTGAGGGA
TGATTGATTGGGCTCTTGGAAGTTTGAGTTCTAAA*TGTGTGCAACCATTTGTTAAAA
GAGTGGA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1GW03JQ 644 0 0
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CCTTTCCAGAATGTTCCACAGCAAGGGAAGTCAGTGAACCCTTTTGACTTCACCTTTGAG
CCACCATCACAGACACAACCAGAAACCATGTTCCCTTCCATGGCGCCTTTACAAAGTGCA
TTACCTCCTTCAGGCATGATGCCTTTTCAAGGAGTACACAATCATTTCAGTATTCCCTCT
CAAGTTTCAGGCCATCCATTTGCAATGCCACCAAGGTTTGTATTTCCTCAAACGCCAGGA
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CAAACATATCAGAATTTTGGAAGCCCATATGCCTTTGCAGTTCCTTCGAACTCACCACCT
TCTTTTTTTTTTGGAGGAAACCCGTTTGGGTAAGAATAGCAAGAACATTAGCTCGAAATT
TGTAATGCTTTTGAGGGATGATTGATTGGGCTCTTGGAAGTTTGAGTTTTAAAATGTGTG
CAACCATTTGTTAAAAAGAGTGGACGAAAAGTGTGAGGCATGAAAGTTGAGAAGAATTTG
GGGTTTGTGTGGCTGTTAAATCATTTATTATAAGCATCATTTTG

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1A066JQ 783 0 0
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TCCACCACATGGTATGCATTATGGCATGCAGCAGTTTAATAACACAGTGCAGCCTTTCCA
GAATGTTCCACAGCAAGGGAAGTCAGTGAACCCTTTTGACTTCACCTCTGAGCCACCATC
ACAGACACAACCAGAAACCATGTTCCCTTCCATGGCGCCTCTACAAAGTGCATTACCTCC
TTCAGGCATGATGCCTTCTCAAGGAGTACACAATCATTTCAGTATACCCTCTCAAGTCTC
AGGCCATCCATCTGCAATGCCACCAAGGTTTATATCTCCTCAAACGCCAGGAAACATGCC
ATCAAGCAATGTAAGCCCAATTGGGAACATGGGCGCTCCATATGAGACGCAACAAACATA
TCAGAATTTCGGAAGCCCATATGCCTCTGCAGTTCCTTCGAACTCACCACCTTCTTTCTC
TTCTGGAGGAAACCCGTTTGGGTAAGAATAGCAAGAACATTAGCTCGAAATCTGTAATGC
TTTTGAGGGATGATTGATTGGGCTCTTGGAAGTTTGAGTTCTAAAATGTGTGCAACCATT
TGTTAAAAAGAGTGGACGAAAAGTGTGAGGCATGAAAGTGGAGAAGAATTTGGGGTTTGT
GTGGCTGTTAAATCATTTATTATAAGCATCATTTTGAAATGGCTCTACTATTATTATTAT
TATCATTGTTATCATCATTATCATTACATTATTTGGTTTTCTATATTATTTCATTTCCCT
TCT

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 5

CO CL1978Contig1 1052 5 4 U
GGAACGCTCTTTCCATAAAACCCTAGACGACACAATGTTGGAGCTACGTCTCGTCCAGGG
CTCTCTGCTAAAAAAAGTTCTCGAATCGGTCAAGGATCTGGTCAACGATGCCAACTTCGA
CTGCTCCAGCACCGGCTTCTCCCTCCAAGCCATGGACTCCAGCCACGTGGCCCTCGTCTC
CCTCCTGCTCAGATCCGAAGGCTTCGAGCACTACAGGTGCGACAGGAACCTCTCCATGGG
GATGAATCTCGGCAACATGTCCAAGATGCTCAAGTGCGCCGGAAACGATGATATCATCAC
CATCAAAGCTGATGACGGTGGCGACACCGTCACCTTCATGTTCGAGAGTCCCACGCAAGA
CAAGATTGCAGATTTTGAGATGAAGCTGATGGATATAGACAGTGAGCATTTGGGGATACC
TGATGCTGAGTACCATTCCATTGTGAGGATGCCGTCTGGTGAGTTCTCGAGGATTTGTAA
AGATCTCAGCACCATCGGTGACACTGTTGTGATCTCTGTGACTAAAGAAGGGGTTAAGTT
CTCTACTGCTGGTGATATTGGGACAGCTAACATTGTCTTGAGACAAAACACAACTGTAGA
CAAGCCGGAAGATGCAATTGTGATAGAGATGAACGAGCCAGTGTCACTCTCGTTTGCCCT
GAGGTACATGAATTCCTTCACAAAGGCAACTCCGTTGTCGGACACGGTGACAATCAGCTT
ATCCTCTGAGCTGCCGGTGGTGGTGGAGTGTAAGGTGGCTGAGATGGGTTACATTCGTTA
CTACTTGGCTCCTAAGATTGAAGAAGAAGAAGATGACACCAAGGCCTAAGAACCAGTTTG
TATCCCAACAGCTTCTATTCATCTTTGTTGCTGTCATTGTGTGTTTCCGTTGTATTCCCC
TCTAGAATCAGTTGTTTTTTCTTAGACTTATTATGCTTCATGTTACCCAATGTTTGGCAA
GTTTAGTGCAACTCTAATGACTCATCAACAAACTAAGATTGTAATGTGAAGTATTACAAG
AAAAGCTGTATGGATTCAACTATACTTCTCGG


BQ
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AF RR1CB01TF U 1
AF RR1ES33TF U 1
AF RR1F983JQ C 341
AF RR1F983TF U 341
AF RR1CB01JQ C 724
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BS 737 925 RR1F983TF
BS 926 1052 RR1CB01JQ

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CTCTCTGCTAAAAAAAGTTCTCGAATCGGTCAAGGATCTGGTCAACGATGCCAACTTCGA
CTGCTCCAGCACCGGCTTCTCCCTCCAAGCCATGGACTCCAGCCACGTGGCCCTCGTCTC
CCTCCTGCTCGGATCCGAAGGCTTCGAGCACTACAGGTGCGACAGGAACCTCTCCATGGG
GATGAATCTCGGCAACATGTCCAAGATGCTCAAGTGCGCCGGAAACGATGATATCATCAC
CATCAAAGCTGATGACGGTGGCGACACCGTCACCTTCATGTTCGAGAGTCCCACGCAAGA
CAAGATTGCAGATTTTGAGATGAAGCTGATGGATATAGACAGTGAGCATTTGGGGATACC
TGATGCTGAGTACCATTCCATTGTGAGGATGCCGTCTGGTGAGTTCTCGAGGATTTGTAA
AGATCTCAGCACCATCGGTGACACTGTTGTGATCTCTGTGACTAAAGAAGGGGTTAAGTT
CTCTACTGCTGGTGATATTGGGACATCTAACATTGTCTTGAGACAAAACACAACTGTAGA
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TGGT

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QA 1 585 1 585
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GACACGGTGACAATCAGCTTATCCTCTGAGCTGCCGGTGGTGGTGGAGTGTAAGGTGGCT
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AAGGCCTAAGAACCAGTTTGTATCCCAACAGCTTCTATTCATCTTTGTTGCTGTCATTGT
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QA 1 585 1 585
DS 

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CTG
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TGCAACTCTAATGACTCATCAACAAACTAAGATTGTAATGTGAAGTATTACAAGAAAAGC
TGTATGGATTCAACTATACTTCTCGG

QA 4 329 4 329
DS 



AS 1 5

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TGAATGCCAACGTGAAGACGGTTCTTGAGCTGTCTAACAAGAACGACCAACCAACGCTAT
ATTACAGCCCCATGAAAGCTTCTGTCTCTTCTGAGAACATAAACCTCGGACAGAAGAAGC
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ATTTCACCTTTGTTTTGCTTTGTCACTTTTGTATTATTTTTTCTTGTTGTAGATGGAATA
ATATAGAAAAAAAAGAGAAGTGACTTTTGTTTCG


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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FA29TF U 1
AF RR1GL02TF U 1
AF RR1GA62TF U 1
AF RR1GA62JQ C 330
AF RR1GL02JQ C 349
BS 1 52 RR1FA29TF
BS 53 55 RR1GA62TF
BS 56 309 RR1FA29TF
BS 310 310 RR1GA62TF
BS 311 333 RR1FA29TF
BS 334 620 RR1GA62TF
BS 621 621 RR1GA62JQ
BS 622 748 RR1GA62TF
BS 749 1114 RR1GA62JQ

RD RR1FA29TF 333 0 0
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CAAAGAGGGCTTCTTCTTCTTCCGGATTTGCTGATCCCGCATTAGCATTCCCTGAGTTTG
CAGCAGCAAACCAATGCGTGCTCGAGAGAGTTCAAGAGGAAGAAGGAGAGGGAGAAGATA
GCAGCTACGGGAAAGGTTCTTTTGACCTAGGCTCAAGATCATTCTCAAGCCCTTCCATCT
CTAGAAACGAATATGATCATTACGTTGATACCCCTACAAAGGCTCCTTCCTTCAAGCTGC
CTCCTTCTGTTTTAAGGGCGTCGTCGTCTGGTT

QA 1 333 1 333
DS 

RD RR1GL02TF 545 0 0
GGAATGAAATCCAAAACAAAGCTCCAATGTCGGAGCTTCTTCCTCCTCCTCC***ACCAC
CAAAGAGGGCTTCTTCTTCTTCCGGATTTGCTGATCCCGCATTAGCATTCCCTGAGTTTG
CAGCAGCAAACCAATGCGTGCTCGAGAGAGTTCAAGAGGAAGAAGGAGAGGGAGAAGATA
GCAGCTACGGGAAAGGTTCTTTTGACCTAGGCTCAAGATCATTCTCAAGCCCTTCCATCT
CTAGAAACGAATATGATCATTACGTTGATACCCCTACAAAGGCTCCTTCCTTCAAGCTGC
CTCCTTCTGGTTTAAGGGCGTCGTCGTCTGGTTTCAGACACGGGGAAGAGACAGACCGCA
GTAGAAACTCAGGTTCCTTTGTGGAACGTATCGGTGAAGAGGAGGATAAGAGAGATTGGT
CTGGATGTTTCAGAAAATGCTGTGCATGCACGCGCATGTTTCTTTCAACCGTCCTTATAA
TCGTCTTGTTGACAGGTTTGTCTGTGAACTCTTCACTCCACTCTAGACTGCCTCAAGTTT
CTGTC

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1GA62TF 748 0 0
GGAATGAAATCCAAAACAAAGCTCCAATGTCGGAGCTTCTTCCTCCTCCTCC***ACCAC
CAAAGAGGGCTTCTTCTTCTTCCGGATTTGCTGATCCCGCATTAGCATTCCCTGAGTTTG
CAGCAGCAAACCAATGCGTGCTCGAGAGAGTTCAAGAGGAAGAAGGAGAGGGAGAAGATA
GCAGCTACGGGAAAGGTTCTTTTGACCTAGGCTCAAGATCATTCTCAAGCCCTTCCATCT
CTAGAAACGAATATGATCATTACGTTGATACCCCTACAAAGGCTCCTTCCTTCAAGCTGC
CTCCTTCTGGTTTAAGGGCGTCGTCGTCTGGTTTCAGACACGGGGAAGAGACAGACCGCA
GTAGAAACTCAGGTTCCTTTGTGGAACGTATCGGTGAAGAGGAGGATAAGAGAGATTGGT
CTGGATGTTTCAGAAAATGCTGTGCATGCACGCGCATGTTTCTTTCAACCGTCCTTATAA
TCGTCTTGTTGACAGGTTTGTCTGTGAACTCTTCACTCCACTCTAGACTGCCTCAAGTTT
CTGTCACAAACCTCAAGTTCTCGAGGTAGGATTTAGCCAATACGACAACGGATCTTCTGT
TGAATGCCAACGTGAAGACG*TTCTTGAGCTGTCTAACAAGAACGACCAACCAACGCTAT
ATTACAGCCCCATGAAAGCTTCTGTCTCTTCTGAGAACATAAACCTCGGACAGAAGAAGC
TTCTTGGATTCACGCAAAGCCCTGGAAA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1GA62JQ 785 0 0
TGG
TTCAGACACGGGGAAGAGACAGACCGCAGTAGAAACTCAGGTTCCTTTGTGGAACGTATC
GGTGAAGAGGAGGATAAGAGAGATTGGTCTGGATGTTTCAGAAAATGCTGTGCATGCACG
CGCATGTTTCTTTCAACCGTCCTTATAATCGTCTTGTTGACAGGTTTGTCTGTGAACTCT
TCACTCCACTCTAGACTGCCTCAAGTTTCTGTCACAAACCTCAAGTTCTCGAGGTAGGAT
TTAGCCAATACGACAACGGATCTTCTGTTGAATGCCAACGTGAAGACGGTTCTTGAGCTG
TCTAACAAGAACGACCAACCAACGCTATATTACAGCCCCATGAAAGCTTCTGTCTCTTCT
GAGAACATAAACCTCGGACAGAAGAAGCTTCTTGGATTCACGCAAAGCCCTGGAAACGTT
ACCTACTTGAATATTGCCACGAGGATCAGAAAATCCAAAGTGTATGATGTTGATTCTACG
TTGCTGAGGAACAAAGAGAAGAATCATGAAGCTGTGGTTAAATTGTTGGTGAGTGGGAAA
CTGGGGTTTGATTGGTTGGGGTTTAGGGTTCGTTTACCTATTGTTATTGCGTGTGAAGAT
GTGAAGCAGAGTGATGTGATAGATGGACTCAAGCCTATGTGTGATGTTCGAATCTTTTCC
CAATGAAACCGATTAATACACAAAGACCATTTCACCTTTGTTTTGCTTTGTCACTTTTGT
ATTATTTTTTCTTGTTGTAGATGGAATAATATAGAAAAAAAAGAGAAGTGACTTTTGTTT
CG

QA 4 785 4 785
DS 

RD RR1GL02JQ 766 0 0
AGACAGACCGCAGTAGAAACTCAGGTTCCTTTGTGGAACGTATCGGTGAAGAGGAGGATA
AGAGAGATTGGTCTGGATGTTTCAGAAAATGCTGTGCATGCACGCGCATGTTTCTTTCAA
CCGTCCTTATAATCGTCTTGTTGACAGGTTTGTCTGTGAACTCTTCACTCCACTCTAGAC
TGCCTCAAGTTTCTGTCACAAACCTCAAGTTCTCGAGGTAGGATTTAGCCAATACGACAA
CGGATCTTCTGTTGAATGCCAACGTGAAGACGGTTCTTGAGCTGTCTAACAAGAACGACC
AACCAACGCTATATTACAGCCCCATGAAAGCTTCTGTCTCTTCTGAGAACATAAACCTCG
GACAGAAGAAGCTTCTTGGATTCACGCAAAGCCCTGGAAACGTTACCTACTTGAATATTG
CCACGAGGATCAGAAAATCCAAAGTGTATGATGTTGATTTTACGTTGCTGAGGAACAAAG
AGAAGAATCATGAAGCTGTGGTTAAATTGTTGGTGAGTGGGAAACTGGGGTTTGATTGGT
TGGGGTTTAGGGTTCGTTTACCTATTGTTATTGCGTGTGAAGATGTGAAGCAGAGTGATG
TGATAGATGGACTCAAGCCTATGTGTGATGTTCGAATCTTTTCCCAATGAAACCGATTAA
TACACAAAGACCATTTCACCTTTGTTTTGCTTTGTCACTTTTGTATTATTTTTTCTTGTT
GTAGATGGAATAATATAGAAAAAAAAGAGAAGTGACTTTTGTTTCG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 5

CO CL1980Contig1 626 5 8 U
GGGTCGTCTGTCTTCTTAAAAGCCCTAGAGTTCAGTTCCTCCGACTCAGCCCCGAGCTAG
AGAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGCATCCTTGTGCAGAGAGTC
ATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGCATCCTCCTCCCTGAGAAGGCCTCCAAGCTGAAC
TCGGGAAAGGTGATAGCAGTGGGACCTGGGTCGAGGGATAAGGACGGGAAATTGATTCCG
GTGTCTGTCAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTTCCAGAGTACGGCGGTACTCAGGTCAAG
CTAGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGGGACGCTGCACGAA
GATTGAGAAAGGCTAAGCGGTGGTCTTGTTGGCGTTTTAATGTTATGGGAAGAGAAACAA
ACAAGTTATTTATAATTTTTAGTTTATGTGGTTGGACACGTCATTGAAA*TTTACTTTAA
TGGACTATATTTGTCCCTTCTGAGTCGGTCGTTCCAGTTTTTCCAAATTGTCATCAATCC
TAAGATAAGTTAAGTTAACCGGATTGTTGCATCTTGTGATTCCAATCCTTCTATGACGAT
GGCTTACTTGAATGTGCGTATTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA11JQ C 46
AF RR1CA11TF U 46
AF RR1E960TF U 1
AF RR1C836TF U 60
AF RR1D834TF U 43
BS 1 458 RR1E960TF
BS 459 459 RR1CA11TF
BS 460 465 RR1E960TF
BS 466 466 RR1D834TF
BS 467 469 RR1E960TF
BS 470 470 RR1D834TF
BS 471 577 RR1E960TF
BS 578 626 RR1D834TF

RD RR1CA11JQ 475 0 0
GG
AGCCCCGAGCTAGAGAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGCATCCT
TGTGCAGAGAGTCATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGCATCCTCCTCCCTGAGAAGGC
CTCCAAGCTGAACTCGGGAAAGGTGATAGCAGTGGGACCTGGGTCGAGGGATAAGGACGG
GAAATTGATTCCGGTGTCTGTCAAGGAAGGCGACACTGTTTTTCTTCCGGAGTACGGCGG
TACTCAGGTCAAGCTAGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGGGGACGTCTTGGG
GACGCTGCACGAAGATTGAGAAAGGCTAAGCGGTGGTCTTGTTGGCGTTTTAATGTTATG
GGAAGAGAAACAAACAAGTTATTTATAATTTTTAGTTTATGTGGTTGGACACGTCATTGA
AA*TTTACTTTAATGGACTATATTTGTCCCTTCTGAGTCGGTCGTTCCAGTTT

QA 3 475 3 475
DS 

RD RR1CA11TF 475 0 0
GG
AGCCCCGAGCTAGAGAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGCATCCT
TGTGCAGAGAGTCATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGCATCCTCCTCCCTGAGAAGGC
CTCCAAGCTGAACTCGGGAAAGGTGATAGCAGTGGGACCTGGGTCGAGGGATAAGGACGG
GAAATTGATTCCGGTGTCTGTCAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTTCCGGAGTACGGCGG
TACTCAGGTCAAGCTAGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGGGGACGTCTTGGG
GACGCTGCACGAAGATTGAGAAAGGCTAAGCGGTGGTCTTGTTGGCGTTTTAATGTTATG
GGAAGAGAAACAAACAAGTTATTTATAATTTTTAGTTTATGTGGTTGGACACGTCATTGA
AA*TTTACTTTAATGGACTATATTTGTCCCTTCTGAGTCGGTCGTTCCAGTTT

QA 3 475 3 475
DS 

RD RR1E960TF 577 0 0
GGGTCGTCTGTCTTCTTAAAAGCCCTAGAGTTCAGTTCCTCCGACTCAGCCCCGAGCTAG
AGAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGCATCCTTGTGCAGAGAGTC
ATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGCATCCTCCTCCCTGAGAAGGCCTCCAAGCTGAAC
TCGGGAAAGGTGATAGCAGTGGGACCTGGGTCGAGGGATAAGGACGGGAAATTGATTCCG
GTGTCTGTCAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTTCCAGAGTACGGCGGTACTCAGGTCAAG
CTAGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGGGACGCTGCACGAA
GATTGAGAAAGGCTAAGCGGTGGTCTTGTTGGCGTTTTAATGTTATGGGAAGAGAAACAA
ACAAGTTATTTATAATTTTTAGTTTATGTGGTTGGACATGTCATTTAAAATTTACTTTAA
TGGACTATATTTGTCCCTTCTGAGTCGGTCGTTCCAGTTTTTCCAAATTGTCATCAATCC
TAAGATAAGTTAAGTTAACCGGATTGTTGCATCTTGT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1C836TF 520 0 0
GG
GAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGCATCCTTGTGCAGAGAGTCA
TCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGCATCCTCCTCCCTGAGAAGGCCTCCAAGCTGAACT
CGGGAAAGGTGATAGCAGTGGGACCTGGGTCGAGGGATAAGGACGGGAAATTGATTCCGG
TGTCTGTCAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTTCCAGAGTACGGCGGTACTCAGGTCAAGC
TAGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGGGACGCTGCACGAAG
ATTGAGAAAGGCTAAGCGGTGGTCTTGTTGGCGTTTTAATGTTATGGGAAGAGAAACAAA
CAAGTTATTTATAATTTTTAGTTTATGTGGTTGGACATGTCATTGAAA*TTTACTTTAAT
GGACTATATTTGTCCCTTCTGAGTCGGTCGTTCCAGTTTTTCCAAATTGTCATCAATCCT
AAGATAAGTTAAGTTAACCGGATTGTTGCATCTTGT
GA

QA 3 518 3 518
DS 

RD RR1D834TF 584 0 0
GGATC
AGCCCCGAGCTAGAGAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGCATCCT
TGTGCAGAGAGTCATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGCATCCTCCTCCCTGAGAAGGC
CTCCAAGCTGAACTCGGGAAAGGTGATAACAGTGGGACCTGGGTCGAGGGATAAGGACGG
GAAATTGATTCCGGTGTCTGTCAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTTCCAGAGTACGGCGG
TACTCAGGTCAAGCTAGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGG
GACGCTGCACGAAGATTGAGAAAGGCTAAGCGGTGGTCTTGTTGGCGTTTTAATGTTATG
GGAAGAGAAACAAACAAGTTATTTATAATTTTTAGTTTATGTGGTTGGACATGTCATTGA
AA*TTTACTTTAATGGACTATATTTGTCCCTTCTGAGTCGGTCGTTCCAGTTTTTCCAAA
TTGTCATCAATCCTAAGATAAGTTAAGTTAACCGGATTGTTGCATCTTGTGATTCCAATC
CTTCTATGACGATGGCTTACTTGAATGTGCGTATTCTTG

QA 6 584 6 584
DS 



AS 1 5

CO CL1981Contig1 1245 5 17 U
GCAAGGCCCTTGTCGTGCTTTTCTGGCCGACTTAGCTGCGGGAGACGCGAGGAAAACGCG
AACCGCAAACGCGTTTTTTTCCTTTTTCATGGCGGTTGGAAACATATTGGGATACGCGGC
GGGTTCTTACACCAACCTACACAAGGCTTTCCCCTTCACGATGACTAGAGCGTGTGATAT
TTATTGCGCGAATCTCAAGAGCTGTTTCTTCCTCTCCATCATTTTACTCTTGTTCGTAAC
CATATCATCGCTCTGGTACGTTAAAGACAAGCAATGGTTGCCGGAAAAGGAAGACCTCGA
CGTGAAGACACCCTTCTTCGGGGAGACCATCAAAGCCTTCAAGGTGATGGAACGTCCCAT
GTGGATGCTGATAATCGTCACTGCCATTAATTGGATCGCCTGGTTCCCTTTTCTTCTGTT
TGATACCGATTGGATGGGTCGTGAGGTGTACGGTGGAGACTCGAGCGGGAACGATGGTTT
GAAGAAGCTTTACAACCAAGGAGTGCAAGCCGGTGCGTTGGGACTGATGATAAATGCCAT
CGTTCTTGGATTCATGTCGCTTGGTATTGAATGGATTAGTCGGAAAATGGGAGGTGCTAA
ACGACTTTGGGGAGTTGTGAACTTTATTCTTGCAGTGTGTTTGGCTATGACGGTTTTGGT
TACAAAGTTGGCTGAAGCTCACAGGAAAACCGCCGGTGAATTGGCCGGTCCGACCGATGG
CATTAGAGCTGGTGCATTGACTCTCTTTGCTATTCTTGGTATTCCACTTGCTATTACGTT
TAGTATTCCGTTTGCATTAGCTTCCATAATCTCAAGCAACTCTGGCGCTGGTCAAGGACT
TTCACTGGGAGTTTTAAATTTGGCAATCGTGATACCACAAATGGTTGTGTCGCTTGGAGC
TGGACAGTTCGATTCGTGGTTCGGAGGTGGAAACCTACCAGCATTTGTGGTCGGAGCAAT
TGCAGCTGCAGTCAGTGGTGTAGTGGCAATAATTGTTTTACCTTGACTAGATCTGTCTGG
TCATGTGGCAAGCTCTAATAATTCATGAGTGGATTACTTTATAAGACACTTTCGTCTTTT
TATTTGCATCCTATAAGACACATTATGCTTGAGAAGCACTTTCTCCTTCTCTAGTTGATT
TTTGGACTTTTTTTTCCTTCCAAATAAAAGAAACTAGTTGTACTTTTGTTCTGTACGGAG
TGGTTGCAGCTTTTTCTTTAAATAAAAGAAACAATTCCGTGAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN17TF U 1
AF RR1AY70TF U 263
AF RR1BM37TF U 360
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AF RR1AN17JQ C 413
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TTATTGCGCGAATCTCAAGAGCTGTTTCTTCCTCTCCATCATTTTACTCTTGTTCGTAAC
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CGTTCTTGGATTCATGTCGCTTGGTATTGAATGGATTAGTCGGAAAATGGGAGGTGCTAA
ACGACTTTGGGGAGTTGTGAACTTTACTCTTGCAGTGTGTTTGGCTATGACGGTTTTGGT
TACAAAG

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DS 

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CATCAAAGCCTTCAAGGTGATGGAACGTCCCATGTGGATGCTGATAATCGTCACTGCCAT
TAATTGGATCGCCTGGTTCCCTTCTCTTCTGTTTGATACCGATTGGATGGGTCGTGAGGT
GTACGGTGGAGACTCGAGCGGGAACGATGGTTTGAAGAAGCTTTACAACCAAGGAGTGCA
AGCCGGTGCGTTGGGACTGATGATAAATGCCATCGTTCTTGGATTCATGTCGCTTGGTAT
TGAATGGATTAGTCGGAAAATGGGAG*TGCTAAACGACTTTGGGGAGTTGTGAACTTTAT
TCTTGCAGTGTGTTTGGCTATGACGGTTTTGGTTACAAAG

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DS 

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G
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TGATACCGATTGGATGGGTCGTGAGGTGTACGGTGGAGACTCGAGCGGGAACGATGGTTT
GAAGAAGCTTTACAACCAAGGAGTGCAAGCCGGTGCGTTGGGACTGATGATAAATGCCAT
CGTTCTTGGATTCATGTCGCTTGGTATTGAATGGATTAGTCGGAAAATGGGAGGTGCTAA
ACGACTTTGGGGAGTTGTGAACTTTATTCTTGCAGTGTGTTTGGCTATGACGGTTTTGGT
TACAAAGTTGGTTGAAGCTCACAGGAAAACCGCCGGTGAATTGGCCGGTCCGACCGATGG
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TTCACTGGGAGTTTTAAATTTGGCAATCGTGATACCACAAATGGCTGTGTCGCTTGGAGC
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DS 

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TACAAAGTTGGCTGAAGCTCACAGGAAAACCGCCGGTGAATTGGCCGGTCCGACCGATGG
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TAGTATTCCGTTTGCATTAGCTTCCATAATCTCAAGCAACTCTGGCGCTGGTCAAGGACT
TTCACTGGGAGTTTTAAATTTGGCAATCGTGATACCACAAATGGTTGTGTCGCTTGGAGC
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TGCAGCTGCAGTCAGTGGTGTAGTGGCAATAATTGTTTTACCTTGACTAGATCTGTCTGG
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TATTTGCATCCTATAAGACACATTATGCTTGAGAAGCACTTT
TTCTT

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DS 

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AATGCCATCGTTCTTGGATTCATGTCGCTTGGTATTGAATGGATTAGTCGGAAAATGGGA
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GTTTTGGTTACAAAGTTGGCTGAAGCTCACAGGAAAACCGCCGGTGAATTGGCCGGTCCG
ACCGATGGCATTAGAGCTGGTGCATTGACTCTCTTTGCTATTCTTGGTATTCCACTTGCT
ATTACGTTTAGTATTCCGTTTGCATTAGCTTCCATAATCTCAAGCAACTCTGGCGCTGGT
CAAGGACTTTCACTGGGAGTTTTAAATTTGGCAATCGTGATACCGCAAATGGTTGTGTCG
CTTGGAGCTGGACAGTTCGATTCGTGGTTCGGAGGTGGAAACCTACCAGCATTTGTGGTC
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CTGTCTGGTCATGTGGCAAGCTCTAATAATTCATGAGTGGATTACTTTATAAGACACTTT
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AGTTGATTTTTGGACTTTTTTTTCCTTCCAAATAAAAGAAACTAGTTGTACTTTTGTTCT
GTACGGAGTGGTTGCAGCTTTTTCTTTAAATAAAAGAAACAATTCCGTGAGTT

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 5

CO CL1982Contig1 669 5 8 U
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GTCAATATCCCTTACAAGATCAGCAAAAGCACCAACTGCAACAGTGTGAAATGAGCTGCG
GTCGGATGAGGCTAATGCGGACGCTTCAAATATTATGTACGTAATGGATGAGAGAATGCT
AAAATAAGATGTTTAAGTGGTTGTTGTTTTTAGAGTTTTTCAGTTTCCTGTCTTTTATGT
TGTCATGCTCGTAGTACTTTGGTCGTCTGTACTATGTTCACAATCAACGTTATATGAATT
TCAGATCTAAGGTTTACGTTTTGTTGTTAAAAAGGTTTATGTTTTATTATATTCTTCTAT
ATTCTTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A746JQ C 1
AF RR1A746TF U 99
AF RR1CY09TF U 12
AF RR1FV37TF U 12
AF RR1FV37JQ C 12
BS 1 11 RR1A746JQ
BS 12 98 RR1CY09TF
BS 99 468 RR1A746TF
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GCTGGTCTAATGAAGTTGGCATGTTTGGTCTTGGCCTGCATGATCGTGGCCGGTCCAATC
ACATCGAACGCGGCTCTGAACTGTGGCACCGTTAACTCCAACGTGGCAGCGTGCATTGGC
TACCTAGCCCAGGGTGCGCCGGCCATTCCACCAGCGTGCTGCAGCGGCGTTACTAATCTA
AACAACCTGGCCCGTACAACCCCGGACCGTCAGCAAGCTTGCCGTTGCCTTGTAGGAGCC
GCTAACGCCTTCCCTAGTCTCAACGCTGCCCGTGCAGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGGA
GTCAATATCCCTTACAAGATCAGCAAAAGCACCAACTGCAACAGTGTGAAATGAGCTGCG
GTCGGATGAGGCTAATGCGGACGCTTCAAATATTATGTACGTAATGGACGAGAGAATGCT
AAAATAAGATGTTTAAGTGGTTGTTGTTTT*AGAGTTTTTCAGTTTCCTGTCTTTTATGT
TGTCATGCTCGTAGTACTTTGGTCGTCTGTACTATGTTCACAATCAACGTTATATGAATT
TCAGATCTAAGGTTTACGTTTTGTTGTTAAAAAGGTTTATGTTTTAT
TAT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1A746TF 552 0 0
CATGATCGTGGCCGGTCCAATCACATCGAACGCGGCTCTGAACTGTGGCACCGTTAACTC
CAACGTGGCAGCGTGCATTGGCTACCTAGCCCAGGGTGCGCCGGCCATTCCACCAGCGTG
CTGCAGCGGCGTTACTAATCTAAACAACCTGGCCCGTACAACCCCGGACCGTCAGCAAGC
TTGCCGTTGCCTTGTAGGAGCCGCTAACGCCTTCCCTAGTCTCAACGCTGCCCGTGCAGC
TGGACTTCCTAAGGCATGTGGAGTCAATATCCCTTACAAGATCAGCAAAAGCACCAACTG
CAACAGTGTGAAATGAGCTGCGGTCGGATGAGGCTAATGCGGACGCTTCAAATATTATGT
ACGTAATGGACGAGAGAATGCTAAAATAAGATGTTTAAGTGGTTGTTGTTTT*AGAGTTT
TTCAGTTTCCTGTCTTTTATGTTGTCATGCTCGTAGTACTTTGGTCGTCTGTACTATGTT
CACAATCAACGTTATATGAATTTCAGATCTAAGGTTTACGTTTTGTTGTTAAAAAGGTTT
ATGTTTTAT
TAT

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1CY09TF 636 0 0
TCCACACACATTTCATTTTGCAAACAACAAAATCTAAGAGAGAAATATGGCTGGTCTAAT
GAAGTTGGCATGTTTGGTCTTGGCCTGCATGATCGTGGCCGGTCCAATCACATCGAACGC
GGCTCTGAACTGTGGCACCGTTAACTCCAACGTGGCAGCGTGCATTGGCTACCTAGCCCA
GGGTGCGCCGGCCATTCCACCAGCGTGCTGCAGCGGCGTTACTAATCTAAACAACCTGGC
CCGTACAACCCCGGACCGTCAGCAAGCTTGCCGTTGCCTTGTAGGAGCCGCTAACGCCTT
CCCTAGTCTCAACGCTGC**GTGCAGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGGAGTCAATATCCC
TTACAAGATCAGCAAAAGCACCAACTGCAACAGTGTGAAATGAGCTGCGGTCGGATGAGG
CTAATGCGGACGCTTCAAATATTATGTACGTAATGGATGAGAGAATGCTAAAATAAGATG
TTTAAGTGGTTGTTGTTTTTAGAGTTTTTCAGTTTCCTGTCTTTTATGTTGTCATGCTCG
TAGTACTTTGGTCGTCTGTACTATGTTCACAATCAACGTTATATGAATTTCAGATCTAAG
GTTTACGTTTTGTTGTTAAAA*GGTTTATGTTTTAT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1FV37TF 608 0 0
TCCACACACATTTCATTTTGCAAACAACAAAATCTAAGAGAGAAATATGGCTGGTCTAAT
GAAGTTGGCATGTTTGGTCTTGGCCTGCATGATCGTGGCCGGTCCAATCACATCGAACGC
GGCTCTGAACTGTGGCACCGTTAACTCCAACGTGGCAGCGTGCATTGGCTACCTAGCCCA
GGGTGCGCCGGCCATTCCACCAGCGTGCTGCAGCGGCGTTACTAATCTAAACAACCTGGC
CCGTACAACCCCGGACCGTCAGCAAGCTTGCCGTTGCCTTGTAGGAGCCGCTAACGCCTT
CCCTAGTCTCAACGCTGCCCGTGCAGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGGAGTCAATATCCC
TTACAAGATCAGCAAAAGCACCAACTGCAACAGTGTGAAATGAGCTGCGGTCGGATGAGG
CTAATGCGGACGCTTCAAATATTATGTACGTAATGGATGAGAGAATGCTAAAATAAGATG
TTTAAGTGGTTGTTGTTTTTAGAGTTTTTCAGTTTCCTGTCTTTTATGTTGTCATGCTCG
TAGTACTTTGGTCGTCTGTACTATGTTCACAATCAACGTTATATGAATTTCAGATCTAAG
GTTTACGT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1FV37JQ 658 0 0
TCCACACACATTTCATTTTGCAAACAACAAAATCTAAGAGAGAAATATGGCTGGTCTAAT
GAAGTTGGCATGTTTGGTCTTGGCCTGCATGATCGTGGCCGGTCCAATCACATAGAACGC
GGCTCTGAACTGTGGCACCGTTAACTCCAACGTGGCAGCGTGCATTGGCTACCTAGCCCA
GGGTGCGCCGGCCATTCCACCAGCGTGCTGCAGCGGCGTTACTAATCTAAACAACCTGGC
CCGTACAACCCCGGACCGTCAGCAAGCTTGCCGTTGCCTTGTAGGAGCCGCTAACGCCTT
CCCTAGTCTCAACGCTGCCCGTGCAGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGGAGTCAATATCCC
TTACAAGATCAGCAAAAGCACCAACTGCAACAGTGTGAAATGAGCTGCGGTCGGATGAGG
CTAATGCGGACGCTTCAAATATTATGTACGTAATGGATGAGAGAATGCTAAAATAAGATG
TTTAAGTGGTTGTTGTTTTTAGAGTTTTTCAGTTTCCTGTCTTTTATGTTGTCATGCTCG
TAGTACTTTGGTCGTCTGTACTATGTTCACAATCAACGTTATATGAATTTCAGATCTAAG
GTTTACGTTTTGTTGTTAAAAAGGTTTATGTTTTATTATATTCTTCTATATTCTTACC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 5

CO CL1983Contig1 631 5 21 U
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CAAAATTCAATTTCAATTTCTAGGCAACAAAATGCAAATCATTAAGAGAAGACCATCAAA
GTTTCTTGGGTTTAGTGGTGGTTGAGGTGCCTTCCTTCTTCTCTGCCTCTGTGGATTTCT
TACGGTCTTTCCTCTCCCTCTTCTTCAAAGCAGTCATGTGAGCCTTAAGAATGGTGGCAT
ATGATGCTTGAAATCTCTGGTGATCCTTAGCCCCAACCGAAGTAGAAATGGTTTTCTTAG
CATCAGTAGCTCGAATAAGACATCTGTACTCTATGGATTCTCCAGCAGAGCTGAGTTTCC
TCTTCTGCAGCTTAAACTTCAAAGATGATCTTTTCAAAGTAACCCACACAGAACCCTTCT
CTTTGCTTTTCTCGAACATGCTCGTGAGTTCATTGAGGAACGGGTCCAACTGTAATAAAA
CCATAGTTTGAAAACCTTGGATGGATACTATTTGCAGATCCTCAAACACTGAAAAACTTC
TTCTTCTCTCTTTCGGATCGCCAGAGAGACTAGAGAAGCTGATGATGATCTGCTCCCGAA
ACCCGCCGGCCGGAGAAAATTTATTCGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1BC36JQ U 5
AF RR1E756JQ U 11
AF RR1BC36TF C 1
AF RR1B942TF C 8
AF RR1B942JQ U 9
BS 1 13 RR1BC36TF
BS 14 16 RR1BC36JQ
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BS 23 228 RR1BC36JQ
BS 229 229 RR1B942JQ
BS 230 269 RR1BC36JQ
BS 270 270 RR1B942JQ
BS 271 284 RR1BC36JQ
BS 285 285 RR1B942JQ
BS 286 318 RR1BC36JQ
BS 319 319 RR1B942JQ
BS 320 347 RR1BC36JQ
BS 348 348 RR1B942JQ
BS 349 417 RR1BC36JQ
BS 418 418 RR1B942JQ
BS 419 516 RR1BC36JQ
BS 517 517 RR1B942JQ
BS 518 531 RR1BC36JQ
BS 532 631 RR1B942JQ

RD RR1BC36JQ 527 0 0
CAAACGCAG
GCCAAAAA*TCTATATAATGACGAATCAAAATCTCTGATATCTTTTTCAAAATTCAATTT
CAATTTCTAGGCAACAAAATGCAAATCATTAAGAGAAGACCATCAAAGTTTCTTGGGTTT
AGTGGTGGTTGAGGTGCCTTCCTTCTTCTCTGCCTCTGTGGATTTCTTACGGTCTTTCCT
CTCCCTCTTCTTCAAAGCAGTCATGTGAGCCTTAAAAATGGTGGCATATGATGCTTGAAA
TCTCTGGTGATCCTTACCCCCAACCGAAGTAAAAATGGTTTTCTTAGCATCAGTAGCTCG
AATAAAACATCTGTACTCTATGGATTCTCCAGCAAAGCTGAGTTTCCTCTTCTGCAGCTT
AAACTTCAAAGATGATCTTTTCAAAGTAACCCACACAGAACCCTCCTCTTTGCTTTTCTC
GAACATGCTCGTGAGTTCATTGAGGAACGGGTCCAACTGTAATAAAACCATAGTTTGAAA
ACCTTGGATGGATACTATTTGCAAATCCTCAAACACTG

QA 10 527 10 527
DS 

RD RR1E756JQ 526 0 0
GCAAG
CCAAAAATCTATATAATGACGAATCAAAATCTCTGATATCTTTTTCAAAATTCAATTTC*
*****TAGGCAACAAAATGCAAATCATTAAGAGAAGACCATCAAAGTTTCTTGGGTTTAG
TGGTGGTTGAGGTGCCTTCCTTCTTCTCCGCCTCTGTGGATTTCTTACGGTCTTTCCTCT
CCCTCTTCTTCAAAGCAGTCATGTGAGCCTTAAGAATGGTGGCATATGATGCTTGAAATC
TCTGGTGATCCTTAGCCCCAACCGAAGTAGAAATGGTTTTCTTAGCATCAGTAGCTCGAA
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ACTTCAAAGATGATCTTTTCAAAGTAACCCACACAGAACCCTTCTCTTTGCTTTTCTCGA
ACATGCTCGTGAGTTCATTGAGGAACGGGTCCAACTGTAATAAAACCATAGTTTGAAAAC
CTTGGATGGATACTATTTGCAGATCCTCAAACACTGAAAAA

QA 6 526 6 526
DS 

RD RR1BC36TF 631 0 0
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CAAAATTCAATTTCAATTTCTAGGCAACAAAATGCAAATCATTAAGAGAAGACCATCAAA
GTTTCTTGGGTTTAGTGGTGGTTGAGGTGCCTTCCTTCTTCTCTGCCTCTGTGGATTTCT
TACGGTCTTTCCTCTCCCTCTTCTTCAAAGCAGTCATGTGAGCCTTAAGAATGGTGGCAT
ATGATGCTTGAAATCTCTGGTGATCCTTAGCCCCAACCGAAGTAGAAATGGTTTTCTTAG
CATCAGTAGCTCGAATAAGACATCTGTACTCTATGGATTCTCCAGCAGAGCTGAGTTTCC
TCTTCTGCAGCTTAGACTTCAAAGATGATCTTTTCAAAGTAACCCACACAGAACCCTCCT
CTTTGCTTTTCTCGAACATGCTCGTGAGTTCATTGAGGAACGGGTCCAACTGTAATAAAA
CCATAGTTTGAAAACCTTGGATGGATACTATTTGCAGATCCTCAAACACTGAAAAACTTC
TTCTTCTCTCTTTCGGATCGC*AGAGAGACTAGAGAAGCTGATGATGATCTGCTCCCGAA
ACCCGCCGGCCGGAGAAAATTTATTCGGTCC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1B942TF 624 0 0
ACGCAAGC
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TGGTGGTTGAGGTGCCTTCCTTCTTCTCTGCCTCTGTGGATTTCTTACGGTCTTTCCTCT
CCCTCTTCTTCAAAGCAGTCATGTGAGCCTTAAGAATGGTGGCATATGATGCTTGAAATC
TCTGGTGATCCTTAGCCCCAACCGAAGTAGAAATGGTTTTCTTAGCATCAGTAGCTCGAA
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ACTTCAAAGATGATCTTTTCAAAGTAACCCACACAGAACCCTTCTCTTTGCTTTTCTTGA
ACATGCTCGTGAGTTCATTGAGGAACGGGTCCAACTGTAATAAAACCATAGTTTGAAAAC
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QA 9 624 9 624
DS 

RD RR1B942JQ 623 0 0
ACGCAAG
CCAAAAATCTATATAATGACGAATCAAAATCTCTGGTATCTTTTTCAAAATTCAATTTCA
ATTTCTAGGCAACAAAATGCAAATCATTAAGAGAAGACCATCAAAGTTTCTTGGGTTTAG
TGGTGGTTGAGGGGCCTTCCTTCTTCTCTGCCTCTGTGGATTTCTTACGGTCTTTCCTCT
CCCTCTTCTTCAAAGCAGTCATGTGAGCCTTAAGAATGGTGGCATATGATGCTTGAAATC
TCTGGTGATCCTTAGCCCCAACCGAAGTAGAAATGGTTTTCTTAGCATCAGTAGCTCGAA
TAAGACATCTGTACTCTATGGATTCTCCAGCAGAGCTGAGTTTCCTCTTCTGCAGCTTAA
ACTTCAAAGATGATCTTTTCAAAGTAACCCACACAGAACCCTTCTCTTTGCTTTTCTTGA
ACATGCTCGTGAGTTCATTGAGGAACGGGTCCAACTGTAATAAAACCATAGTTTGAAAAC
CTTGGATGGATACTATTTGCAGATCCTCAAACACTGAAAAACTTCTTCTTCTCTCTTTCG
GATCGCCAGAGAGACTAGAGAAGCTGATGATGATCTGCTCCCGAAACCCGCCGGCCGGAG
AAAATTTATTCGGTCC

QA 8 623 8 623
DS 



AS 1 5

CO CL1984Contig1 618 5 7 U
GGAGACTGACAAAACGTTTTCTCCAAGTCATAATCTTTATCAATTTTTGAATCATGAAGG
GTACTACTTTGGTTATGGTTTCTTGTGTTTTCATATGTTTCGTTCTGAGTCATGGTAAAG
ACGGGGACTGTTATGATCAAATCCCGTTCCCTGAAAAATGCAGCAAACATGGAGACAAGA
AATGCTTCAAAGACATGCTTTCTGCGAACATAACACGGCGTTTTCTTAGTTGCAACTGTA
TAAACCGGGAACCATTCAAATCAACTGAAAACCTACAAACCGATTTACACAAGAAGGAAC
ACCCCGGACATATCTGCAATTGTCTCAGAGCTGTTCCCGGTGATTGTGTGCCAGATGCGT
AACAGAGTTTATGGTGGTGACACATAGATAAGCAATGGTGGTAATCTAATGGTATTCTTC
TTCTTAGTAAAGGCAATAATATTTGTTTCTAGTGTTCATGGTCAACACAGAGTTTGATGG
TCACCAATTAGACCCTAGGCGTTATTAATTAATTATGGACAATATATACGTATTTCACTC
AATTTTTCGCTTATTTTTGTTTACTTTCGGTATTTCCAAATCTGTATTAATAAAAAATAT
CACACTCTGTTTAATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AP49JQ C 1
AF RR1AP49TF U 1
AF RR1B916TF U 1
AF RR1CB91JQ C 7
AF RR1CB91TF U 7
BS 1 7 RR1AP49JQ
BS 8 540 RR1AP49TF
BS 541 569 RR1B916TF
BS 570 570 RR1CB91TF
BS 571 591 RR1B916TF
BS 592 616 RR1CB91TF
BS 617 618 RR1CB91JQ

RD RR1AP49JQ 540 0 0
GGAGACTGACAAAACGTTTTCTCCAAGTCATAATCTTTATCAATTTTTGAATCATGAAGG
GTACTACTTTGGTTATGGTTTCTTGTGTTTTCATATGTTTCGTTTTGAGTCATGGTAAAG
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G
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G
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CGCTTATTTTTGTTTACTTTCGGTATTTCCAAATCTGTATTAATAAAAAATATCACACTC
TGTTTAATT
CT

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DS 



AS 1 5

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GTTACTCTGGTGTGGAGGTTAGGGTTACTCCAATGAGGACTGAGATTATCATCAGAGCCA
CACGTACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGGAGGAGGATCAGAGAGTTGACATCTCTTG
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TTGCTGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTCATGGAAAGTGGTGCTAAAG
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BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1CJ86TF U 1
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AF RR1DI21TF U 3
AF RR1CJ86JQ C 264
AF RR1CB86JQ C 702
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AT

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DS 

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GG
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GG
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GCACCTGCACACATCAAACATGGCGACTCAAATGAGCAAGAAGAGAAAGTTTGTAGCTGA
CGGTGTGTTCTACGCCGAGTTGAACGAGGTTCTAACCAGAGAGCTTGCGGAAGATGGTTA
CTCTGGTGTGGAGGTTAGGGTTACTCCAATGAGGACTGAGATTATCATCAGAGCCACACG
TACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGGAGGAGGATCAGAGAGTTGACATCTCTTGTTCA
GAAGAGATTCAGGTTTCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGTTACCAACAG
GGGTCTCTGCGCTATTGCTCAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTCCTCGGTGGACTTGC
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CGGTTACATGGTTTCTTCTGGTCAGCCAACCAAGGATTACATCGACTCTGCTGTCAGACA
TGTTCTGCTTAGACAGGGTGTTCTCGGAAT
CAAGGTG

QA 3 632 3 632
DS 

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GAGA
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TTCGTGCAGCACGTGCCTAGTCCATGAAATTCAAGGACGGTTACATGGTTTTTTCTGGTC
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TCGGAATCAAGGTGAAGGTCATGCTTGACTGGGACCCTAAGGGAATAAATGGACCAAAAA
CACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCATACCCCCAAGGAGGATGATGTCAACTCTGCTC
CTGCTCAGGTTACTGCTCCGGCTGCCCTTGCACCGGAAGCTCCCCTCACAGTAGTAGATT
ACCCTGAGATGATCCCAGTCGCTTAGAAGAAACCCTTTGGTTACTCTTACCATGGGATAC
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CTCCAATTAGACAAGTTTTTTTTTCTCATGGTTCCAAACTTATGTCAAGTATTTTTTAGA
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C

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DS 

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CCAGTCGCTTAGAAGAAACCCTTTGGTTACTCTTACCATGGGATACTTCTGTTTTTGTTA
TAACTATTCTGTGTCTCTTGATACTCGGTAGTTGTTTTTCTATATCCTCCAATTAGACAA
GTTTTTTTTTCTCATGGTTCCAAACTTATGTCAAGTATTTTTTAGACTGGATGCTTATGT
TCAATGGAATTTTTGGTCTTAATAAGAACAAAAATTACTACT

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DS 



AS 1 4

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TCTCTCAGGTGGTTCCCAATCTCATTATGTGAATGCAAATGGACTGTCCACCACAAAACT
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CGTTTCAGTATCTGCAGAGTATGGGAGAAGGAGAGGAAGCGGTGGTGGTGGTGGTGATTT
CGTAGCTGGTTTTCTTCTTGGAGGTGCTTTGTTTGGCGCTGCCGCCTACATCTTTGCTCC
ACAGATACGAAGATCGATAATGAGTGAAGAAGATGAGTATGGATTCAAGAAGCCAGAGCA
ACCAAGTTACTACGATGAAGGTTTGGAGAAAACAAGGGAGACTTTGAACGAGAAGATCGG
ACAGCTTAACTCGGCTATTGACAATGTCTCTTCCCGTTTAAGAGGTCGAGGAAAGAAGAG
TTCTGCTTCCCCTGTCGAAACTGATGCAGAAGTTGAAGCTACTACTTGAAGAAAGAACAT
AAACACTTGCAAAGTTACTTCCTTTTCTGTTTTTTTGTGCTCTGTCCTATGTAGAACTCT
TGCAAATTGCAAAGTTACGGTGTTACTCTCTTTTGTTTTTTTAGTGAATTTTATTTGGTT
TCATTCAATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FU70TF U 1
AF RR1ER86TF U 22
AF RR1B805TF U 23
AF RR1ER86JQ C 129
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ACAGCTTAACTCGGCTATTGACAATGTCTCTTCCCGTTTAAGAGGTCGAGGAAAGAAGAG
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AAACACTTGCAAAGTTACTTCCTTTTCTGTTTTTT*GTGCTCTGTCCTATGTAGAACTCT
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DS 

RD RR1ER86TF 642 0 0
GGAT
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GAAGAAGATGAGTATGGATTCAAGAAGCCAGAGCAACCAAGTTACTACGATGAAGGTTTG
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GTCTCTTCCCGTTTAAGAGGTCGAGGAAAGAAGAGTTCTGCTTCCCCTGTCGAAACTGAT
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TCTGTTTTTTTGTGCTCTGTCCTATGTAGAACTCTTGCAAATTGCAAAGTTACCGTGTTA
CTCTCTTTTGTTTTTTTAGTGAATTTTATTTGGTTTCA

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DS 

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GGA
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TATGTGAATGCAAATGGACTGTCCACCACAAAACTCAATTCGATCTGTAAATCCTCTGCA
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AGAAGGAGAGGAAGCGGTGGTGGTGGTGGTGATTTCGTAGCTGGTTTTCTTCTTGGAGGT
GCTTTGTTTGGCGCTGCCGCCTACATCTTTGCTCCACAGATACGAAGATCGATAATGAGT
GAAGAAGATGAGTATGGATTCAAGAAGCCAGAGCAACCAAGTTACTACGATGAAGGTTTG
GAGAAAACAAGGGAGACTTTGAACGAGAAGATCGGACAGCTTAACTCGGCTATTGACAAT
GTCTCTTCCCGTTTAAGAGGTTGAGGAAAGAAGAGTTCTGCTTCCCCTGTCGAAACTGAT
GCAGAAGTTGAAGCTACTACTTGAAGAAAGAACATAAACACTTGCAAAGTTACTTCCTTT
TCTGTTTTTT*GTGCTCTGTCCTATGTAGAACTCTTGCAAATTGCAAAGTTACGGTGTTA
CTCTCTTTTGTTTTTTTAGTGAATTTTATTTGGTTTCA
T

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DS 

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GTTTTCTTCTTGGAGGTGCTTTGTTTGGCGCTGCCGCCTACATCTTTGCTCCACAGATAC
GAAGATCGATAATGAGTGAAGAAGATGAGTATGGATTCAAGAAGCCAGAGCAACCAAGTT
ACTACGATGAAGGTTTGGAGAAAACAAGGGAGACTTTGAACGAGAAGATCGGACAGCTTA
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TTC

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 5

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TCTTCATTGCTCCTTT*CGATCTCAATTTTTTCTCTCTGCGGAATCGTTTGTGAATGGTG
GAAACGAATCGGCTCGGTGGAAACTCTACGCTCTCCTTTCCAATCGAAAGGGCGAGCCTT
TTACTCCCTCTCTCCGCCTCCTCTGTTTTCGCTTTCGGTTCCTGCAAAGAAGGCTGGTAC
TTCCGCTGCTTCGGCATCGACCCGTGAATCCAATCTCCCCCCCACAATAGCCCTAATCTC
GCTCTGAGATCTGTTTATTTTTTTT*CTTTAAATCACTCTTGAAAATTTCGAAAAAGATG
TTGCTTTACAACAAGCAGAAGAAGAACCAGAACAACGCAAAGGGAAACAGAATCCTAATC
AGCGTTACGGTTCTCGGTAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAGATCTC
GTCGCCTCGGTTATCGATACTGCCCTTAAATGCTACGCTCGCGAAGGTCGTCTTCCTCTT
CTCGGATCCGATTTCAATGATTTCCTTCTCTATTGCCCCATGGTTGGACCTGAAGCTTTA
AGCGCGTGGAGTGCAATTGGATCGCTTGGTGCAAGGAACTTTACTCTGTGTAGGAAACCG
GAGGAGAAGAAAGTGGTCAAGGAAGGAGAATCTAATTCCATTAATGGAGCGAGGAAAGGA
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AGATCTTCTTTTTCAGACAAGACAGTATCCAGTTTTTGTGTCTCTTTTACTTCCGCTTTT
TTTTGTTTTGATTACGTACTCTGTCTGAAGCTTCCATTGACATTGAAGCTTTTTCTTTTT
TTTCCATCTCTCATTCACCGGTAATAAAAAATAATAATTCTTGTGTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 0 30 30 5 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H291TF U 2
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AF RR1BN42TF U 0
AF RR1BN42JQ C 126
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RD RR1H291TF 590 0 0
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T*CGATCTCAATTTTTTCTCTCTGCGGAATCGTTTGTGAATGGTGGAAACGAATCGGCTC
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AATGATTTTCTTCTCTATTGTCCCATGGTTGGACC
C

QA 15 589 15 589
DS 

RD RR1DS81TF 659 0 0
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TCTTCATTGCTCCTTT*CGACCTCAATTTTTTCTCTCTGCGGAATCGTTTGTGAATGGTG
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TTAATCCCTCTCTCTGCCTCCTCTGTTTTCGCTTTCGGTTCCTGCAAAGAAGGCTGGTAC
TTTCGCTGCTTCGGCATCGACCCGTGAATCCAATCTCCCCCCCACAACAACCCTAATCTC
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AGCGTTACGGTTCTTGGTAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAGATCTC
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CTCGGATCCGATTTCAATGATTTTCTTCTCTATTGTCCCATGGTTGGACCCGAAGCTTTA
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QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1BN42TF 678 0 0
GGAATCACATCCATTC
CATACGTTCTTCTTCCTCTTGCTTCGCGAAACCAAAAAC**CGCTTCTTCATTGCTCGTT
TTCGATCTCAATTGTTTTTCTCTGCGGAATCGTTTGTGAATGGTGGAAACGAATCGGCTC
GGTGGAAACTCTACGCTCTCCTTTCCAATCGAAAGGGCGAGCCTTTTACTCCCTCTCTCC
GCCTCCTCTGTTTTCGCTTTCGGTTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACTTCCGCTGCTTCGGC
ATCGACCCGTGAATCCAATCTCCCCCCCA*AATAGCCCTAATCTCGCTCTGAGATCTGTT
TATTTTTTTTTCTTTAAATCACTCTTGAAAATTTCGAAAAAGATGTTGCTTTACAACAAG
CAGAAGAAGAACCAGAACAACGCAAAGGGAAACAGAATCCTAATCAGCGTTACGGTTCTC
GGTAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAGATCTCGTCGCCTCGGTTATC
GATACTGCCCTTAAATGCTACGCTCGCGAAGGTCGTCTTCCTCTTCTCGGATCCGATTTC
AATGATTTCCTTCTCTATTGCCCCATGGTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAGTGCA
ATTGGATCGCTTGGTGCAAGGAACTTTACTCTGTGTAGGAAACCGGAGGAGAAGAAAGTG
GT

QA 17 678 17 678
DS 

RD RR1BN42JQ 825 0 0
CG
ATCGGCTCGG*GGAAACTCTACGCTCTC*TTTCCA*TCGAAAGGGCGAGC*TTTTACTCC
CTCTCTCCGCCTCCTCTGTTT*CGCTTTCGGTTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACTTCCGCT
GCTTCGGCATCGACCCGTGAATCCAATCTCCCCCCCCAAATAGCCCTAATCTCGCTCTGA
GATCTGTTTATTTTTTTT*CTTTAAATCACTCTTGAAAATTTCGAAAAAGATGTTGCTTT
ACAACAAGCAGAAGAAGAACCAGAACAACGCAAAGGGAAACAGAATCCTAATCAGCGTTA
CGGTTCTCGGTAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAGATCTCGTCGCCT
CGGTTATCGATACTGCCCTTAAATGCTACGCTCGCGAAGGTCGTCTTCCTCTTCTCGGAT
CCGATTTCAATGATTTCCTTCTCTATTGCCCCATGGTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGT
GGAGTGCAATTGGATCGCTTGGTGCAAGGAACTTTACTCTGTGTAGGAAACCGGAGGAGA
AGAAAGTGGTCAAGGAAGGAGAATCTAATTCCATTAATGGAGCGAGGAAAGGAGGAAGCT
TGAAGGCTTGGATCAACAAGTCTTTTAGCCTCAAAGTCTCCACCCATTGAAGAAGATCTT
CTTTTTCAGACAAGACAGTATCCAGTTTTTGTGTCTCTTTTACTTCCGCTTTTTTTTGTT
TTGATTACGTACTCTGTCTGAAGCTTCCATTGACATTGAAGCTTTTTCTTTTTTTTCCAT
CTCTCATTCACCGGTAATAAAAAATAATAATTCTTGTGTTGTT

QA 3 825 3 825
DS 

RD RR1F829TF 544 0 0
G
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CGATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAGATCTCGTCGCCTCGGTTATCGATACTGCCCTTA
AATGCTACGCTCGCGAAGGTCGTCTTCCTCTTCTCGGATCCGATTTCAATGATTTCCTTC
TCTATTGCCCCATGGTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAGTGCAATTGGATCGCTTG
GTGCAAGGAACTTTACTCTGTGTAGGAAACCAGAGGAGAAGAAAGTGGTCAAGGAAGGAG
AATCTAATTCCATTAATGGAGCGAGGAAAGGAGGAAGCTTGAAGGCTTGGATCAACAAGT
CTTTTAGCCTCAAAGTCTCCACCCATTGAAGAAGATCTTCTTTTTCAGACAAGACAGTAT
CCAGTTTTTGTGTCTCTTTTACTTTCTCTTTTTTT*GTTTTGATTACGTACTCTGTCTGA
AGCTTCCATTGACATTGAAGCTTTTTCTTTTTTTTCCATCTCTCATTCACCGGTAATAAA
AAA

QA 2 544 2 544
DS 



AS 1 5

CO CL1988Contig1 821 5 13 U
AATGGTTTCCACCAAATATATTTTTTCAAAAAACAATGCAATTTGCTCGTAAACGAACAT
ACAACACAAGAGTATCAGTAATCTTTTGTCTCGCACCGAAACTGAAAAACAACAGTATTG
TGTTTGGAAAGAATATAAATCCAAAAGACTTGATCAATTCCTCCACCGTGCCTATCTAAC
TAGTGGTGAAACTAAGTCAA*CTGCATAAGCAAAACTGAATGAACAAAAGGGGAAGAATC
ACAGTTCCTTGTCTTCAAGCTGTGCTTTTTCTGCTGCCTTCTCTGTTTCCTCTACAACAA
ACGTCTTGAGAGATTCAACGTCTCTTTTACCTTGGTATTTTGAAACTTCTTCTCCATTGT
AAAATAGCTTAAACGTTGGATAAGAGTGAATCTCGACTTTGGTGCAAACATCTCTGCTTT
TACCACAATCTACTTCCCCAATCTCAATTTCATCGTCACCTTCCATTGCGTTCCCCAATT
CTTCCCACAAGTTTCCCAGTTTCTTGCAGTGCTTACACCAAGGAACACAGAACTTTACAA
ACCACGCAGTATCCTTCTCCTTCACCTTGTCGGAGAAAGTTTCAGGCGTCAATGTAATGA
CTTCTGCTTTCGTCAACACAATCGTAAGAGAGAGCACAAGTAAAAGAGCAATAATCCGAC
CACCGAGCTTCATCGTAGCAAATCCCAATCCTTTTTCTCTAGCAGCTCACCAGCTCTGGA
TCGGATGTGGAAGCAATCAAATTCGATTCAATCTTCTGCAAAATCAATACCCACCAGACC
AGAGAAGACGAAAGCAAACCAAGTGCAACGACGAGTCCCCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU34JQ U 4
AF RR1H136JQ U 27
AF RR1E544JQ U 1
AF RR1CU34TF C 116
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RD RR1CU34JQ 565 0 0
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TGGTGAAACTAAGTCAA*CTGCATAAGCAAAACTGAATGAACAAAAGGGGAAAAATCACA
GTTCCTTGTCTTCAAGCTGTGCTTTTTCTGCTGCCTTCTCTGTTTCCTCTACAACAAACG
TCTTGAGAGATTCAACGTCTCTTTTACCTTGGTATTTTGAAACTTCTTCTCCATTGTAAA
ATAGCTTAAACGTTGGATAAAAGTGAATCTCGACTTTGGTGCAAACATCTCTGCTTTTAC
CACAATCTACTTCCCCAATCTCAATTTCATCGTCACCTTCCATTGCGTTCCCCAATTCTT
CCCACAAGTTTCCCAGTTTCTTGCAGTGCTTACACCAAGGAACACAGAACTTTACAAACC
ACGCAGTATCCTTCTCCTTCACCTT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1H136JQ 592 0 0
CAAAGC
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TGGTATTTTGAAACTTCTTCTCCATTGTAAAATAGCTTAAACGTTGGATAAGAGTGAATC
TCGACTTTGGTGCAAACATCTCTGCTTTTACCACAATCTACTTCCCCAATCTCAATTTCA
TCATCACCTTCCATTGCGTTCCCCAATTCTTCCCACAAGTTTCCCAGTTTCTTGCAGTGC
TTACACCAAGGAACACAGAACTTCACAAACCACGCAGTATCCTTCTCCTTCACCTTGTCG
GAGAAAGTTTCAGGCGTCAGTGTAATGACTTCTGCTTTCGTCAACA

QA 7 592 7 592
DS 

RD RR1E544JQ 763 0 0
AATGGTTTCCACCAAATATATTTTTTCAAAGAACAATGCAATTTGCTCGTAAACGAACAT
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TGTTTGGAAAGCATATAAATCCAAAAGACTTGATCAATTCCTCCACCGTGCCTATCTAAC
TAGTGGTGAAACTAAGTCAA*CTGCATAAGCAAAACTGAATGAACAAAAGGGGAAGAATC
ACAGTTCCTTGTCTTCAAGCTGTGCTTTTTCTGCTGCCTTCTCTGTTTCCTCTACAACAA
ACGTCTTGAGAGATTCAACGTCTCTTTTACCTTGGTATTTTGAAACTTCTTCTCCATTGT
AAAATAACTTAAACGTTGGATAAGAGTGAATCTCGACTTTGGTGCAAACATCTCTGCTTT
TACCACAATCTACTTCCCCAATCTCAATTTCATCGTCACCTTCCATTGCGTTCCCCAATT
CTTCCCACAAGTTTCCCAGTTTCTTGCAGTGCTTACACCAAGGAACACAGAGCTTTACAA
ACCACGCAGTATCCTTCTCCTTCACCTTGTCGGAGAAAGTTTCAGGCGTCAATGTA*TGA
CTTCTGCTTTCGTCAACACAATCGTAAGAGAGAGCACAAGTAAAAGAGCAATAATCCGAC
CACCGAGCTTCATCGTAGCAAATCCCAATCCTTTTTCTCTAGCAGCTCACCAGCTCTGGA
TCGGATGTGGAAGCAATCAAATTCGATTCAATCTTCTGCAAA
T

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1CU34TF 659 0 0
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GAATCACAGTTCCTTGTCTTCAAGCTGTGCTTTTTCTGCTGCCTTCTCTGTTTCCTCTAC
AACAAACGTCTTGAGAGATTCAACGTCTCTTTTACCTTGGTATTTTGAAACTTCTTCTCC
ATTGTAAAATAGCTTAAACGTTGGATAAGAGTGAATCTCGACTTTGGTGCAAACATCTCT
GCTTTTACCACAATCTACTTCCCCAATCTCAATTTCATCGTCACCTTCCATTGCGTTCCC
CAATTCTTCCCACAAGTTTCCCAGTTTCTTGCAGTGCTTACACCAAGGAACACAGAACTT
TACAAACCACGCAGTATCCTTCTCCTTCACCTTGTCGGAGAAAGTTTCAGGCGTCAATGT
AATGACTTCTGCTTTCGTCAACACAATCGTAAGAGAGAGCACAAGTAAAAGAGCAATAAT
CCGACCACCGAGCTTCATCGTAGCAAATCCCAATCCTTTTTCTCTAGCAGCTCACCAGCT
CTGGATCGGATGTGGAAGCAATCAAATTCGATTCAATCTTCTGCAAAATCAATACCC
CC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1E544TF 684 0 0
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CAA*CTGCATAAGCAAAACTGAATGAACAAAAGGGGAAGAATCACAGTTCCTTGTCTTCA
AGCTGTGCTTTTTCTGCTGCCTTCTCTGTTTCCTCTACAACAAACGTCTTGAGAGATTCA
ACGTCTCTTTTACCTTGGTATTTTGAAACTTCTTCTCCATTGTAAAATAACTTAAACGTT
GGATAAGAGTGAATCTCGACTTTGGTGCAAACATCTCTGCTTTTACCACAATCTACTTCC
CCAATCTCAATTTCATCGTCACCTTCCATTGCGTTCCCCAATTCTTCCCACAAGTTTCCC
AGTTTCTTGCAGTGCTTACACCAAGGAACACAGAGCTTTACAAACCACGCAGTATCCTTC
TCCTTCACCTTGTCGGAGAAAGTTTCAGGCGTCAATGTA*TGACTTCTGCTTTCGTCAAC
ACAATCGTAAGAGAGAGCACAAGTAAAAGAGCAATAATCCGACCACCGAGCTTCATCGTA
GCAAATCCCAATCCTTTTTCTCTAGCAGCTCACCAGCTCTGGATCGGATGTGGAAGCAAT
CAAATTCGATTCAATCTTCTGCAAAATCAATACCCACCAGACCAGAGAAGACGAAAGCAA
ACCAAGTGCAACGACGAGTCCCCC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 2 5

CO CL1989Contig1 876 3 2 U
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CAATACAAAAATACAGAAACATACCAAGCTCCTAAGAGCTCTTTATTACAGAACCGAAAC
GATAAGAGAACCCCTACAAACCCGAAAGCAAACCAAACCACCGTAAGAGAAAAGGGGACG
ACGAATAGGGGGGTTTGTTTCCGGAACAAAGTTCCAAGAATCCAGTAAATCTGTAGGTTT
ACCGATGATAAATACTAAAGAAGGAAAGAACAAAAACGCACACAGAACGAAAAGGAAGTA
ACATTCTCTCATTCTCAGAACGATAGCAAATCTTGTGGGTCACATTCTCATTCAGCTCTA
GACTGGCCAGCTCTGGAGGAGAGGATGATTCCTACAATAAGCCCGTAAAGAGCAAGCGCT
TCTGCGAAGATAAGGATAAGAATCATCCCAACAAAGAGCTTAGGCTGCTGAGCATTTGCC
CTGACACCGGCATCACCGACAATACCAATGGCCATTCCAGCGGAGAGACCAGCAAGACCA
CAAGCAAGACCGGAGGAGAGGTGAGCGTATCCATCAAAGAGGTAGTAAGACTTAGCCTTG
GGGTTAATACCGGTACTGATGATAACAGCAATAATCAAACCGTAAATACCCAACACACCA
GCCATAACAACGGGGACGATGGACTTCATGACCAACTCTGGCCTCATCACTCCCATGGAA
GCCACACCAACACCACTCTTTGCTGTTCCATAAGCAGCTCCCATACAGGAGAAGACGAGT
GCGGCTGCAGCGCCGAGGAAGCCGAAGAAAGGAGCTGTTTCATCACCGCTGAAGGTAGAC
ATGTTGAATTTTTTTTTTTTTGGGATTTGGATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DN54TF U 525
AF RR1BS81JQ U 1
AF RR1BS81TF C 177
BS 1 764 RR1BS81JQ
BS 765 876 RR1BS81TF

RD RR1DN54TF 165 0 0
GG
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AAGACTTAGCCTTGGGGTTAATACCGGTACTGATGATAACAGCAATAATCAAACCGTAAA
TACCCAACACACCAGCCATAACAACGGGGACGATGGACT
CTGC

QA 3 161 3 161
DS 

RD RR1BS81JQ 764 0 0
AGCAGATAAATGTATATTTTTAAAATCAAAACAAATAAATGTATTTAAACTTCCTCAGGA
CAATACAAAAATACAGAAACATACCAAGCTCCTAAGAGCTCTTTATTACAGAACCGAAAC
GATAAGAGAACCCCTACAAACCCGAAAGCAAACCAAACCACCGTAAGAGAAAAGGGGACG
ACGAATAGGGGGGTTTGTTTCCGGAACAAAGTTCCAAGAATCCAGTAAATCTGTAGGTTT
ACCGATGATAAATACTAAAGAAGGAAAGAACAAAAACGCACACAGAACGAAAAGGAAGTA
ACATTCTCTCATTCTCAGAACGATAGCAAATCTTGTGGGTCACATTCTCATTCAGCTCTA
GACTGGCCAGCTCTGGAGGAGAGGATGATTCCTACAATAAGCCCGTAAAGAGCAAGCGCT
TCTGCGAAGATAAGGATAAGAATCATCCCAACAAAGAGCTTAGGCTGCTGAGCATTTGCC
CTGACACCGGCATCACCGACAATACCAATGGCCATTCCAGCGGAGAGACCAGCAAGACCA
CAAGCAAGACCGGAGGAGAGGTGAGCGTATCCATCAAAGAGGTAGTAAGACTTAGCCTTG
GGGTTAATACCGGTACTGATGATAACAGCAATAATCAAACCGTAAATACCCAACACACCA
GCCATAACAACGGGGACGATGGACTTCATGACCAACTCTGGCCTCATCACTCCCATGGAA
GCCACACCAACACCACTCTTTGCTGTTCCATAAGCAGCTCCCAT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1BS81TF 700 0 0
GAC
GACGAATAGGTGGGTTTGTTTCCGGAACAAAGTTCCAAGAATCCAGTAAATCTGTAGGTT
TACCGATGATAAATACTAAAGAAGGAAAGAACAAAAACGCACACAGAACGAAAAGGAAGT
AACATTCTCTCATTCTCAGAACGATAGCAAATCTTGTGGGTCACATTCTCATTCAGCTCT
AGACTGGCCAGCTCTGGAGGAGAGGATGATTCCTACAATAAGCCCGTAAAGAGCAAGCGC
TTCTGCGAAGATAAGGATAAGAATCATCCCAACAAAGAGCTTAGGCTGCTGAGCATTTGC
CCTGACACCGGCATCACCGACAATACCAATGGCCATTCCAGCGGAGAGACCAGCAAGACC
ACAAGCAAGACCGGAGGAGAGGTGAGCGTATCCATCAAAGAGGTAGTAAGACTTAGCCTT
GGGGTTAATACCGGTACTGATGATAACAGCAATAATCAAACCGTAAATACCCAACACACC
AGCCATAACAACGGGGACGATGGACTTCATGACCAACTCTGGCCTCATCACTCCCATGGA
AGCCACACCAACACCACTCTTTGCTGTTCCATAAGCAGCTCCCATACAGGAGAAGACGAG
TGCGGCTGCAGCGCCGAGGAAGCCGAAGAAAGGAGCTGTTTCATCACCGCTGAAGGTAGA
CATGTTGAATTTTTTTTTTTTTGGGATTTGGATCTCC

QA 4 700 4 700
DS 



CO CL1989Contig2 962 2 4 U
GGGAAAGAGAGAGAAAAAAAAAAAAACTAAATAAATAAAAACACGCAGCGATATCCACGC
TGCTCCATCTCTCTCTCGCCAGATTTCAATCGTCGACTCGATTCTCAGATTCTCAGATTT
CAGATCCAAATCCAAAAAAAAAACTTAAACATGTCCACCTTCAGCGGCGATGAAACAGCT
CCTTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTCTTCTCCTGTATGGGAGCTGCT
TATGGAACAGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCCATGGGAGTGATGAGGCCAGAGTTG
GTCATGAAGTCCATCGTCCCCGTTGTTATGGCTGGTGTGTTGGGTATTTACGGTTTGATT
ATTGCTGTTATCATCAGTACCGGTATTAACCCCAAGGCTAAGTCTTACTACCTCTTTGAT
GGATACGCTCACCTCTCCTCCGGTCTTGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTTTCCGCTGGAATG
GCCATTGGGATCGTCGGTGATGCCGGTGTCAGGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTT
GTTGGGATGATTCTTATCCTTATCTTCGCAGAAGCGCTCGCTCTTTACGGGCTTATTGTA
GGAATCATCCTCTCCTCTAGAGCTGGCCAGTCCAGAGCTGAATGAGAATGTGACCACAAG
ATTTGCCATCGTTCTGAGAATGTGAGAATGTACTTCCATTTCGTTGTGTGCGTTTTTGTT
CTTTCCTTCTTTAGTATTTATCATTGGTAAACCTACAGATTTACTGGATTCTTGGAACTT
TGTTTCGGAAACAAACCCACCTATTCGTCATCCCCTTTTCTCTTTCGGTGGTTTGCTTTC
GGGTTTGTAGGGGTTCTCTTATCGTTCGGTTCTGTAATAAAGAGCTCTCAGGAGCTTGTA
TGTTTCTGTATTTTTGTATTGTCCTGAGGAATTTTAAATAACATTTATTTGTTTTGATTT
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1FH16TF U 1
AF RR1FH16JQ C 201
BS 1 679 RR1FH16TF
BS 680 680 RR1FH16JQ
BS 681 718 RR1FH16TF
BS 719 962 RR1FH16JQ

RD RR1FH16TF 718 0 0
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TGCTCCATCTCTCTCTCGCCAGATTTCAATCGTCGACTCGATTCTCAGATTCTCAGATTT
CAGATCCAAATCCAAAAAAAAAACTTAAACATGTCCACCTTCAGCGGCGATGAAACAGCT
CCTTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTCTTCTCCTGTATGGGAGCTGCT
TATGGAACAGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCCATGGGAGTGATGAGGCCAGAGTTG
GTCATGAAGTCCATCGTCCCCGTTGTTATGGCTGGTGTGTTGGGTATTTACGGTTTGATT
ATTGCTGTTATCATCAGTACCGGTATTAACCCCAAGGCTAAGTCTTACTACCTCTTTGAT
GGATACGCTCACCTCTCCTCCGGTCTTGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTTTCCGCTGGAATG
GCCATTGGGATCGTCGGTGATGCCGGTGTCAGGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTT
GTTGGGATGATTCTTATCCTTATCTTCGCAGAAGCGCTCGCTCTTTACGGGCTTATTGTA
GGAATCATCCTCTCCTCTAGAGCTGGCCAGTCCAGAGCTGAATGAGAATGTGACCACAAG
ATTTGCCATCGTTCTGAGA*TGTGAGAATGTACTTCCATTTCGTTGTGTGCGTTTTTG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1FH16JQ 762 0 0
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TGTTGGTGTGGCTTCCATGGGAGTGATGAGGCCAGAGTTGGTCATGAAGTCCATCGTCCC
CGTTGTTATGGCTGGTGTGTTGGGTATTTACGGTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTAC
CGGTATTAACCCCAAGGCTAAGTCTTACTACCTCTTTGATGGATACGCTCACCTCTCCTC
CGGTCTTGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTTTCCGCTGGAATGGCCATTGGGATCGTCGGTGA
TGCCGGTGTCAGGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCT
TATCTTCGCAGAAGCGCTCGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATCCTCTCCTCTAG
AGCTGGCCAGTCCAGAGCTGAATGAGAATGTGACCACAAGATTTGCCATCGTTCTGAGAA
TGTGAGAATGTACTTCCATTTCGTTGTGTGCGTTTTTGTTCTTTCCTTCTTTAGTATTTA
TCATTGGTAAACCTACAGATTTACTGGATTCTTGGAACTTTGTTTCGGAAACAAACCCAC
CTATTCGTCATCCCCTTTTCTCTTTCGGTGGTTTGCTTTCGGGTTTGTAGGGGTTCTCTT
ATCGTTCGGTTCTGTAATAAAGAGCTCTCAGGAGCTTGTATGTTTCTGTATTTTTGTATT
GTCCTGAGGAATTTTAAATAACATTTATTTGTTTTGATTTAC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 3

CO CL1990Contig1 1203 3 9 U
GGAATCGTCAGATTGCGAAAAATAGGAATCTCTGAATCTCTTCTCCTCCGTCGAAGTTTG
AATCCTCTCTCGTTCTCACCTGAGCTTCCTTTAGCTTCGATTCTCTCGCATTTGCTATTA
GATTATATGCACGAATGAGATCGTGACTGAAGCGAGAGAGAGAGATAAAATAAAAAAAAT
TAGGAGAGCGAAGATGAGCGAGGGCCAGAAGTTCCAGCTAGGAACAATCGGCGCTTTTAG
TTTGTCCGTTGTGTCGTCTGTGTCGATCGTGATCTGTAACAAGGCGCTTATTAGCACCCT
TGGCTTCACCTTCGCGACTACGTTGACAAGTCGGCATCTGTTGGTCACGTTTTGTTCCCT
TCATGTGGCGCTATGGATGAAGATGTTTGAACACAAACCTTTTGATCCACGAGCTGTGAT
GGGATTTGGCATACTGAATGGGATATCCATTGGACTATTGAACCTCAGCCTGGGCTTTAA
TTCCGTTGGTTTTTACCAGATGACAAAACTAGCAATCATCCCCTGTACTGTTCTCTTGGA
GACCCTCTTCTTCAGGAAAAAGTTCAGTCGAAAAATTCAGTTTTCATTAACCATCCTTCC
CCTTGGTGTTGGAATTGCAACCGTCACAGATCTTCAGCTTAATATGCTGGGTTCAGTCTT
GTCGCTCCTGGCTGTTATCACAACTTGCGTTGCTCAAATTATGACAAATACCATCCAGAA
GAAGTTCAAAGTTTCATCCACGCAGCTTCTTTATCAGTCTTGCCCTTATCAAGCAATTAC
ACTTTTTGTCACTGGCCCATTTTTAGATGGGCTCCTAACCAACCAGAACGTGTTTGCTTT
CAAGCACACTTCTCAAGTTGTGTTCTTCATCGTCCTGTCCTGCATGATATCAGTCTCTGT
AAACTTCAGCACTTTTCTGGTCATTGGGAAAACGTCTCCGGTCACATATCAGGTTCTCGG
ACATCTAAAAACATGCCTGGTTCTAGCATTTGGCTATGTGTTGCTGAAGGACCCATTCAA
TTGGCGCAACATTCTTGGTATTATGGTGGCTGTGATTGGAATGGTTGTTTATTCCTATTT
CTGCTCGGTTGAAACTCAGCAGAAGGCAAGTGAAACATCAACCCAGTTGCCTCAGATGAA
AGAGAGCGAGAAGGATCCGCTAATAGCAGCTGAAAATGGAAGCGGAGTGTTATCAGATGG
GGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1C112TF U 1
AF RR1D112TF U 490
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TTTGTCCGTTGTGTCGTCTGTGTCGATCGTGATCTGTAACAAGGCGCTTATTAGCACCCT
TGGCTTCACCTTCGCGACTACGTTGACAAGTCGGCATCTGTTGGTCACGTTTTGTTCCCT
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GGGATTTGGCATACTGAATGGGATATCCATTGGACTATTGAACCTCAGCCTGGGCTTTAA
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QA 1 737 1 737
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CACTGGCCCATTTTTAGATGGGCTCCTAACCAACCAGAACGTGTTTGCTTTCAAGCACAC
TTCTCAAGTTGTGTTCTTCATCGTCCTGTCCTGCATGATATCAGTCTCTGTAAACTTCAG
CACTTTTCTGGTCATTGGGAAAACGTCTCCGGTCACATATCAGGTTCTCGGACATCTAAA
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QA 1 612 1 612
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TGGTTCTAGCATTTGGCTATGTGTTGCTGAAGGACCCATTCAATTGGCGCAACATTCTTG
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CGCTAATAGCAGCTGAAAATGGAAGCGGAGTGTTATCAGATGGGGG

QA 1 526 1 526
DS 



AS 2 5

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BQ
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AF RR1E557TF U 1
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AF RR1DS30TF U 603
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TGAAGAAAAGTGTTTGATG

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DS 

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CATTGTTCACATCGGCGATCAGATTCTGAGGCTGAGTAATGGGAGATAAGGACAGGACAA
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QA 1 741 1 741
DS 

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G
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AGGTGTGGTTGTTGTTTTCCCGCGATAATAAGTTTCCATGTGTCGCTTCTCGTGGTCAGT
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QA 2 176 2 176
DS 



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CCTTCCGCCGTCATTGTTCACATCGGCGATCAGATTCTGAGGCTGAGTAATGGGAGATAT
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CCCGCGATAAGAAGTTTCCATGTGTCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1F802JQ C 1
AF RR1F802TF U 1
BS 1 626 RR1F802TF
BS 627 627 RR1F802JQ

RD RR1F802JQ 627 0 0
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CCCGCGATAAGAAGTTTCCATGTGTCG

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DS 

RD RR1F802TF 626 0 0
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AGAGTCCAAGACATTTCATCATCTTCCCTCCGCACCGAAGCCATCCCTTTGGAGTTCATC
AGATCGGAGAAAGAACAACCGGCGCACACCGATCTCAGTGGGATCACTCTGCTTGTGCCT
AACGAAGTTCCTGGACTTCAAGTCTTCAAAGACGATCACTGGTTCGACGCCGAGTATATT
CCTTCCGCCGTCATTGTTCACATCGGCGATCAGATTCTGAGGCTGAGTAATGGGAGATAT
AAGAATGTGTTGCATAGGACGGCGGTGGATAAGGACAGGACAAGGATGTCGTGGCCAGTT
TTCTTGGAGCCTCACCGTGAAATGGTCGTCGGGCCATTACCGGAGCTTATTAGCGATGGT
AATCCTCCAAAGTACAAGCCTTTTGCTTTCAAGGACTACAGTTACCGCAAGCTCAATAAG
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TTTAAATTATGTTATTTTAAAAAAACTGTTTTGTTTGAAATAAGGTGTGGTTGTTGTTTT
CCCGCGATAAGAAGTTTCCATGTGTC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 4

CO CL1992Contig1 1003 4 29 U
GGACACTGTGTCACACTCACACCTAACAAAGCTAATGGCTTCATCTGATCAAACGGCGAA
GATAATCGATGGGAAGGCGATTGCTCAAACCATCCGATCAGAGATCGCCGAGGAAGTTCG
CGATCTATCTGAGAAACACGGCAAGGTCCCAGGACTAGCGGTAGTTATAGTTGGGGCACG
GAAAGATTCACAGACATATGTGACTATGAAGAGGAAAGCGTGTGCTGAGGTTGGGATCAA
ATCATTTGATGTGGACCTACCAGAGGATGTTTCTGAAGCTGATCTTATAACCAAAGTTCA
TCTACTCAATTCAGATCCTCATGTTCATGGTATATTAGTTCAACTCCCATTGCCGAAACA
TATTAATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCAATCAGCATTGATAAAGATGTAGATGGCTTCCA
TCCTCTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCTTCCTTCCATGCAC
CCCTAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAAAAGGGCAACGAGC
TGTTGTAGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTACTGCTCAAGGC
TGATGCTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGATCCTGAGGCTATCATACGGGA
AGCTGACATCGTTATTGCTGCAGCCGGACAAGCCTGCATGATTAAGGGGGACTGGATTAA
GCCAGGGGCTGCGGTGATCGATGTTGGAACCAATGCAGTGAGCGACCCGAGCAGGAAATC
AGGATACCGGTTGGTTGGAGATGTGGATTACGCAGAGGCTTGTAAAGTTGCAGGGTTCGT
AACTCCGGTCCCTGGTGGTGTAGGTCCAATGACCGTGGCAATGCTGCTGAGGAACACCTT
AGACGGCGCCAAGCGGGTCATTGGCCAGTAAGATATCTATCCTACTGTATGTTATAAATG
AATCTCAAGTTTATCCATTATATAATTAAGCTCTCCCTTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F851TF U 1
AF RR1CI59TF U 120
AF RR1C839JQ C 322
AF RR1CI59JQ C 322
BS 1 174 RR1F851TF
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BS 176 183 RR1F851TF
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BS 185 324 RR1F851TF
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BS 959 1003 RR1CI59JQ

RD RR1F851TF 784 0 0
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CCCTAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGAATAAAGATAAAAGGGCAACGAGC
TGTTGTAGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTATTGCTCAAG*C
TGATGCTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGATCCTGAG*CTATCATACGGGA
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GCCAGGGGCTGCGGTGATCGATGTTGGA*CCAATGCAGTGAGCGACCCGAGCAG
AATCAGATAC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1CI59TF 691 0 0
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AATCATTTGATGTGGACCTACCAGAGGATGTTTCTGAAGCTGATCTTATAACCAAAGTTC
ATCTACTCAATTCAGATCCTGATGTTCATGGTATATTAGTTCAACTCCCATTGCCGAAAC
ATATTAATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCGATCAGCATTGATAAAGATGTAGATGGCTTCC
ATCCTCTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCTTCCTTCCATGCA
CCCCTAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAAAAGGGCAACGAG
CTGTTGTAGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTACTGCTCAAGG
CTGATGCTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGATCCTGAGGCTATCATACGGG
AAGCTGACATCGTTATTGCTGCAGCCGGACAAGCCTGCATGATTAAGGGGGACTGGATTA
AGCCAGGGGCTGCGGTGATCGATGTTGGAACCAATGCAGTGAGCGACCCGAGCAG**AAT
CAG*ATACCGGTTGGTTGGAGATGTGGATTA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1C839JQ 637 0 0
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TGGCCAGTAAGATATCTATCCTACTGTATGTTATAAA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1CI59JQ 682 0 0
TGTTCATGGTATATTAGTTCAACTCCCATTGCCGAAACATATTAATGAGGAGAATGTTTT
AAGTGCGATCAGCATTGATAAAGATGTAGATGGCTTCCATCCTCTGAATATTGGTAAGCT
AGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCTTCCTTCCATGCACCCCTAAGGGATGTTTGGAACT
CTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAAAAGGGCAACGAGCTGTTGTAGTAGGTCGGAGCAA
CATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTTTACTGCTCAAGGCTGATGCTACTGTTACCACCGT
ACATTCCCACACCAGAGATCCTGAGGCTATCATACGGGAAGCTGACATCGTTATTGCTGC
AGCCGGACAAGCCTGCATGATTAAGGGGGACTGGATTAAGCCAGGGGCTGCGGTGATCGA
TGTTGGAACCAATGCAGTGAGCGACCCGAGCAGGAAATCAGGATACCGGTTGGTTGGAGA
TGTGGATTACGCAGAGGCTTGTAAAGTTGCAGGGTTCGTAACTCCGGTCCCTGGTGGTGT
AGGTCCAATGACCGTGGCAATGCTGCTGAGGAACACCTTAGACGGCGCCAAGCGGGTCAT
TGGCCAGTAAGATATCTATCCTACTGTATGTTATAAATGAATCTCAAGTTTATCCATTAT
ATAATTAAGCTCTCCCTTTCAT

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 4

CO CL1993Contig1 1158 4 5 U
GTACCATTTGCGGATTGGCTTGGCTTCTTTTGCCTCCTATCCCTTCTCTTATAGATGGTT
CATGCGCCTTTTGTGGCCTTTCACATCTCTCTCCATGCTCTTCACTCTCGTCTACGCCAG
CAGCCCCTTTGTCGCTGAGAGAAACTCTTTTGAGAAGCTCAACTTGCAGTCTTGGATCAT
ACCCAGATATAATCTGCAGTACTTGTTAAAATGGAGGAAAGACGCGATCAACAACATGAT
TGAGAAAGCAATACTAGAGGCAAATAAAAAA*GGAGTGAAGGTGCTTAGCCTGGGTCTCA
TGAACCAAGGGGAGGAGCTAAACAGGAATGGAGAGGTGTATATTGACAAGCATCCAGAAA
TGAAAGTAAGATTGGTGGATGGCAGTAGATTGTCAGCAGCCGTCGTGATCAATAGTCTAC
CCAAATCAACGACAAAAGTAGTGATGACTGGCAATCTCACAAAGGTGGCATACACCATCG
CCTCTGCTCTTTGCCAGAGAGGAGTTCAGGTCTCGACCCTATTACCAGAAAAGTATGAGA
ACCTAAGATCATTTGTTCCACAAGAATGCAGAGACCGTTTGGTCCTTTTAACCTCTGAAG
CACTCGCATCAAACAAGATATGGCTGATGGGAGAAGGAACAACTAGAGAGGAGCAGGAAA
TGGCCACAAAAGGAACGTTATTTATCCCAATCTCACAGTTCCCCCTCAAGCAGTTTCGTA
GAGATTGTACCTATCATACACCACCGGCTTTAATAATTCCAAAATCTCTAGTGAATATCC
ACTCCTGTGAGAACTGGTTACCGAGAAAGGCGATGAGTGCAACTAGAGTGGCTGGCATAT
TGCACGCCTTAGAAGGATGGGAAATGCATGAGTGCGGCACAACCATTCTTCTCTCAGATT
TGGACCAAGTATGGGAAGCTTGTCTCAGCCACGGCTTCCAGCCTCTGCTGCTTCCGCATC
ACTTCAAATACCCCTGATTCCCTACTTTCAAATGATGTGTGTTGTTTCCGTAATTGATCA
TATATGATGTACAATAAGCTTCTAGACAAAGGATCCAGAATTTCACCTCTGTATTTATTT
TCATACTTTTAAATGATGTATGTTGTCAGCTGATGGTTTCACTCAATCTATGACAACCTA
CTATACTATTGCAATGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H133TF U 1
AF RR1A204TF U 118
AF RR1CZ23TF U 179
AF RR1ES32TF U 673
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CCTCTGCTCTTTGCCAGAGA

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DS 

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G
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ATTGAGAAAGCAATACTAGAGGCAAATAAAAAAAGGAGTGAAGGTGCTTAGCCTGGGTCT
CATGAACCAAGGGGAGGAGCTAAACAGGAATGGAGAGGTGTATATTGACAAGCATCCAGA
AATGAAAGTAAGATTGGTGGATGGCAGTAGATTGTCAGCAGCCGTCGTGATCAATAGTCT
ACCCAAATCAACGACAAAAGTAGTGATGACTGGCAATCTCACAAAGGTGGCATACACCAT
CGCCTCTGCTCTTTGCCAGAGAGGAGTTCAGGTCTCGACTCTATTACCAGAAAAGTATGA
GAACCTAAGATCATTTGTTCCACAAGAATGCAGAGACCGTTTGGTCCTTTTAACCTCTGA
AGCACTCGCATCAAACAAGATATGGCTGATGGGAGAAGGAACAACTAGAGAGGAGCAGGA
AATGGCCACAAAAGGAACGTTATTTATCCCAATCTCACAGTTCCCCCTCAAGCAGTTTCG
TAGAGATTGTACCTATCATACACCACCGGCTTTAATAATTCCAAAATCTCTAGTGAATAT
CCACTCCTGTGAGAACTGGTTACCGAGAAAGGCGATGAGTGCAACTAGAGTGGCTGGCAT
ATTGCACGCC

QA 2 731 2 731
DS 

RD RR1CZ23TF 673 0 0
GA
ACCCAGATATAATCTGCAGTACTTGTTAAAATGGAGGAAAGACGCGATCAACGACATGAT
TGAGAAAGCAATACTAGAGGCAAATAAAAAA*GGAGTGAAGGTGCTTAGCCTGGGTCTCA
TGAACCAAGGGGAGGAGCTAAACAGGAACGGAGAGGTGTATATTGACAAGCATCCAGAAA
TGAAAGTAGGATTGGTGGATGGCAGTAGATTGTCAGCAGCCGTTGTGATCAATAGTCTAC
CCAAATCAACGACAAAAGTAGTGATGACAGGCAATCTCACAAAGGTGGCCTACACCATCG
CCTCTGCTCTTTGCCAGAGAGGAGTTCAGGTCTCGACCCTATTACCAGAAAAGTATGAGA
ACCTAAGATCATTTGTTCCACAAGAATGCAGAGACCGTTTGGTCCTTTTAACCTCTGAAG
CACTCGCTTCAAACAAGATATTGCTGATGGGAGAAGGAACAACTAGAGAGGAGCAGGAAA
TGGCCACAAAAGGAACGTTATTTATCCCAATCTCACAGTTCCCCCTCAAGCAGTTTCGTA
GAGATTGTATCTATCATACACCACCGGCTTTAATAATTCCAAAATCTCTAGTGAATATCC
ACTCCTGTGAGAACTGGTTACCGAGAAAGGCTATGAGTGCAACTAGAGTGGCTGGCATAT
TGCACGCC
TTA

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR1ES32TF 486 0 0
GAACGTTGTTTATCCCAATCTCACAGTTCCCCCTCAAGCAGTTTCGTAGAGATTGTACCT
ATCATACACCACCGGCTTTAATAATTCCAAAATCTCTAGTGAATATCCACTCCTGTGAGA
ACTGGTTACCGAGAAAGGCGATGAGTGCAACTAGAGTGGCTGGCATGTTGCACGCCTTAG
AAGGATGGGAAATGCATGAGTGCGGCACAACCATTCTTCTCTCAGATTTGGACCAAGTAT
GGGAAGCTTGTCTCAGCCACGGCTTCCAGCCTCTGCTGCTTCCGCATCACTTCAAATACC
CCTGATTCCCTACTTTCAAATGATGTGTGTTGTTTCCGTAATTGATCATATATGATGTAC
AATAAGCTTCTAGACAAAGGATCCAGAATTTCACCTCTGTATTTATTTTCATACTTTTAA
ATGATGTATGTTGTCAGCTGATGGTTTCACTCAATCTATGACAACCTACTATACTATTGC
AATGCC

QA 1 486 1 486
DS 



AS 2 5

CO CL1994Contig1 778 2 14 U
GCAAAAATACATCAATCTTTATAAAAGCGTCATGAATGTAATGATTGACATGTTACCCCT
CAACGGGTAACTATTTGGATGTTTTCTTCTTTTAAAAGCAAAATATACTCTCAGACTGGT
TGGTAGAACAAATAGAAAGAAAATTAGTTGAAAAACAGGCAAATCCTACTCAATGATTCC
GACGCCACAGTCGATATCAACGTCCCCCATCCCTGTGTCCTCTTCTTCTTCTCCACTTTC
TTCATCGCCGCTAATTTCTTCATTGTCCATTCTCAGCTTCGCCATGTGTTCTGTCAGCAA
CTTACCATCTCGTTCACTCACAGCTCTAGGTGCCTCTTTAACGACGAGCTTGCCCTTGTG
TTTCTCAATTGTCTCAGTGCAAGCTACTATAGCCTCGTCTAGAATTTTAATCCCTTGCTC
CTTGTCAAGTGTGTGAGTAGTAAGGACATACAGAGGTGGAGCAACCAGTTTAATCTTAAC
AGGACAAGCATCGTTTCCAGCAGCTTCAGCCTTTCTCATGGCCTCCTTGATGTGAACAAC
TCCGTCAAACTGAAAACATTTCAACTCGATATCAGCACGGATTTTCATTGGTTGTGGAGT
CATTCTCCTCCTAATGTTCTTCACAAGTGCTTATTTCACTTCTTCCGTAACAGCAGGTAC
AAATCTAGTCACCTCCTGCCCATCAGAACCAACTTCTTTGATCTCACGGGTGAGGGAACC
CAACACAGAATCAGGATCAGTCACCAGGACCTTGAAGGCCTCAAAAGCATGTCCATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 0 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FD12JQ U 1
AF RR1G018JQ U 16
BS 1 181 RR1FD12JQ
BS 182 182 RR1G018JQ
BS 183 354 RR1FD12JQ
BS 355 355 RR1G018JQ
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BS 373 373 RR1G018JQ
BS 374 417 RR1FD12JQ
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BS 419 632 RR1FD12JQ
BS 633 633 RR1G018JQ
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BS 663 663 RR1G018JQ
BS 664 682 RR1FD12JQ
BS 683 778 RR1G018JQ

RD RR1FD12JQ 682 0 0
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TGGTAGAACAAATAGAAAGAAAATTAGTTGAAAAACAGGCAAATCCTACTCAATGATTCC
GGCGCCACAGTCGATATCAACGTCCCCCATCCCTGTGTCCTCTTCTTCTTCTCCACTTTC
TTCATCGCCGCTAATTTCTTCATTGTCCATTCTCAGCTTCGCCATGTGTTCTGTCAGCAA
CTTACCATCTCGTTCACTCACAGCTCTAGGTGCCTCTTTAACGACGAGCTTGCCTTTGTG
TTTCTCAATTGTTTCAGTGCAAGCTACTATAGCCTCGTCTAGAATTTTAATCCCTTGGTC
CTTGTCAAGTGTGTGAGTAGTAAGGACATACAGAGGTGGAGCAACCAGTTTAATCTTAAC
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TCCGTCAAACTGAAAACATTTCAACTCGATATCAGCACGGATTTTCATTGGTTGTGGAGT
CATTCTCCTCCTAATGTTCTTCACAAGTGCTTCTTTCACTTCTTCCGTAACAGCAGGTAC
AACTCTAGTCACCTCCTGCCCA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1G018JQ 763 0 0
G
CTTTATAAAAGCGTCATGAATGTAATGATTGACATGTTACCCCTCAACGGGTAACTATTT
GGATGTTTTCTTCTTTTAAAAGCAAAATATACTCTCAGACTGGTTGGTAGAACAAATAGA
AAGAAAATTAGTTGTAAAACAGGCAAATCCTACTCAATGATTCCGACGCCACAGTCGATA
TCAACGTCGCCCATCCCTGTGTCCTCTTCTTCTTCTCCACTTTCTTCATCGCCGCTAATT
TCTTCATTGTCCATTCTCAGCTTCGCCATGTGTTCTGTCAGCAACTTATCATCTCGTTCA
CTCACAGCTCTAGGTGCCTCTTTAACGACGAGCTTGCCCTTGTGTTTCTCAATTGTCTCA
GTGCAAGCTACTATAGCCTCGTCTAGAATTTTAATCCCTTGCTCCTTGTCAAGTGTGTGA
GTAGTAAGGACATACAGAGGTGGAGCAACCAGTTTGATCTTAACAGGACAAGCATCGTTT
CCAGCAGCTTCAGCCTTTCTCATGGCCTCCTTGATGTGAACAACTCCGTCAAACTGAAAA
CATTTCAACTCGATATCAGCACGGATTTTCATTGGTTGTGGAGTCATTCTCCTCCTAATG
TTCTTCACAAGTGCTTATTTCACTTCTTCCGTAACAGCAGGTACAAATTTTGTCACCTCC
TGCCCATCAGAACCAACTTCTTTGATCTCACGGGTGAGGGAACCCAACACAGAATCAGGA
TCAGTCACCAGGACCTTGAAGGCCTCAAAAGCATGTCCATAC

QA 2 763 2 763
DS 



CO CL1994Contig2 1082 3 27 U
GGGTACTAATCCCAAAGAATCTGCCAGACTACTCCGTCGCTTTAAAACCCTAAAATCTCT
CCGCCGTCTATCCAATTCTCCTCACCGTCAGCTCCCATCACAATCTCCCAAACCATGGCG
ACACCGAATCTAGAGTGCCGGATGTACGAAGCCAAGTACCCGGAAGTAGACATGGCGGTG
ATGATCCAGGTCAAGAGCATCGCAGACATGGGAGCCTACGTCTCCCTCCTCGAGTACAAC
AACACGGAAGGGATGATCCTCTTCTCCGAGCTCTCCCGCCGTCGGATCCGGAGCGTCAGC
AGCCTGATCAAGGTCGGGAAGATCGAGCCCGTCATGGTCCTGCGTGTGGACAAGGAGAGG
GGGTACATTGATCTGAGCAAACGAAGGGTCAGCGAGGAGGATATTCAGACTTGTGAAGAG
AGGTATAACAAGAGCAAGCTCGTTCATTCTATCATGCGCCACGTTGCTGAGACTCTTTCT
CTCGATTTGGAGGACTTGTATGTGAACATTGGTTGGCCTTTGTACCGAAAGTATGGTCAT
GCTTTTGAGGCCTTCAAGGTCCTGGTGACTGATCCTGATTCTGTGTTGGGTTCACTCACC
CGTGAGATCAAAGAAGTTGGTCCTGATGGGCAGGAGGTGACTAGAGTTGTACCTGCTGTT
ACGGAAGAAGTGAAAGAAGCACTTGTGAAGAACATTAGGAGGAGAATGACTCCACAACCA
ATGAAAATCCGTGCTGATATCGAGTTGAAATGTTTTCAGTTTGACGGAGTTGTTCACATC
AAGGAGGCCATGAGAAAGGCTGAAGCTGCTGGAAACGATGCTTGTCCTGTTAAGATTAAA
CTGGTCGCTCCACCTCTGTATGTCCTTACTACTCACACACTTGACAAGGACCAAGGGATT
AAAATTCTAGACGAGGCTATAGTAGCTTGCACTGAAACAATTGAGAAACACAAAGGCAAG
CTCGTCGTTAAAGAGGCACCTAGAGCTGTGAGTGAACGAGATGATAAGTTGCTGACAGAC
ACATGGCGAAGCTGAGATGGACAATGAAGAAATTAGCGGCGATGAAGAAAGTGGAGAAGA
TA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1G018TF U 1
AF RR1FD12TF U 335
AF RR1BW75TF U 376
BS 1 383 RR1G018TF
BS 384 384 RR1FD12TF
BS 385 404 RR1G018TF
BS 405 405 RR1FD12TF
BS 406 422 RR1G018TF
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BS 424 494 RR1G018TF
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BS 538 593 RR1G018TF
BS 594 594 RR1FD12TF
BS 595 621 RR1G018TF
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BS 623 641 RR1G018TF
BS 642 642 RR1FD12TF
BS 643 643 RR1G018TF
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BS 646 646 RR1FD12TF
BS 647 659 RR1G018TF
BS 660 845 RR1FD12TF
BS 846 846 RR1BW75TF
BS 847 1003 RR1FD12TF
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BS 1005 1019 RR1FD12TF
BS 1020 1082 RR1BW75TF

RD RR1G018TF 659 0 0
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CCGCCGTCTATCCAATTCTCCTCACCGTCAGCTCCCATCACAATCTCCCAAACCATGGCG
ACACCGAATCTAGAGTGCCGGATGTACGAAGCCAAGTACCCGGAAGTAGACATGGCGGTG
ATGATCCAGGTCAAGAGCATCGCAGACATGGGAGCCTACGTCTCCCTCCTCGAGTACAAC
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AGCCTGATCAAGGTCGGGAAGATCGAGCCCGTCATGGTCCTGCGTGTGGACAAGGAGAGG
GGGTACATTGATCTGAGCAAACGCAGGGTCAGCGAGGAGGATATCCAGACTTGTGAAGAG
AGATATAACAAGAGCAAGCTCGTTCATTCTATCATGCGCCACGTTGCTGAGACTCTTTCT
CTCGATTTGGAGGATTTGTATGTGAACATTGGTTGGCCTTTGTACCGAAAGTATGGACAT
GCTTTTGAGGCCTTCAAGGTCCTGGTGACTGATCCTGATTCTGTGTTGGGTTCCCTCACC
CGTGAGATCAAAGAAGTTGGTTCTGATGGGCAGGAGGTGACAAAATTTGTACCTGCTGT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1FD12TF 694 0 0
G
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GGAGGATATTCAGACTTGTGAAGAGAGGTATAACAAGAGCAAGCTCGTTCACTCTATCAT
GCGCCACGTTGCTGAGACCCTTTCTCTCGATTTGGAGGACTTGTATGTGAACATTGGTTG
GCCTTTGTACCGAAAGTATGGTCATGCTTTTGAGGCCTTCAAGGTCCTGGTGACTGATCC
TGATTCTGTGTTGGGTTCACTCACCCGTGAGATCAAAGAAGTTGGTCCTGATGGGCAGGA
GGTGACTAGAGTTGTACCTGCTGTTACGGAAGAAGTGAAAGAAGCACTTGTGAAGAACAT
TAGGAGGAGAATGACTCCACAACCAATGAAAATCCGTGCTGATATCGAGTTGAAATGTTT
TCAGTTTGACGGAGTTGTTCACATCAAGGAGGCCATGAGAAAGGCTGAAGCTGCTGGAAA
CGATGCTTGTCCTGTTAAGATTAAACTGGTTGCTCCACCTCTGTATGTCCTTACTACTCA
CACACTTGACAAGGACCAAGGGATTAAAATTCTAGACGAGGCTATAGTAGCTTGCACTGA
AACAATTGAGAAACACAAAGGCAAGCTCGTCGTTAAAGAGGCACCTAGAGCTGTGAGTGA
ACGAGATGGTAAGTTGCTGACAGA
ACACATGGC

QA 2 685 2 685
DS 

RD RR1BW75TF 707 0 0
AGCAAGCGC
AGGGTCAGCGAGGAGGACATTCAGACTTGTGAAGAGAGGTATAACAAGAGCAAGCTCGTT
CATTCTATCATGCGCCACGTTGCCGAGACTCTTTCTCTCGATTTGGAGGACTTGTATGTG
AACATTGGTTGGCCTTTGTACCGAAAGTATGGTCATGCTTTTGAGGCCTTCAAGGTCCTG
GTGACTGATCCTGATTCTGTGTTGGGTTCACTCACCCGTGAGATCAAAGAAGTTGGGCCT
GATGGGCAGGAGGTGACTAGAGTTGTACCTGCTGTTACGGAAGAAGTGAAAGAAGCACTT
GTGAAGAACATTAGGAGGAGAATGACTCCACAACCAATGAAAATCCGTGCTGATATCGAG
TTGAAATGTTTTCAGTTTGACGGAGTTGTTCCCATCAAGGAGGCCATGAGAAAGGCTGAA
GCTGCTGGAAACGATGCTTGTCCTGTTAAGATTAAACTGGTCGCTCCACCTCTGTATGTC
TTTACTACTCACACACTTGACAAGGACCAAGGGATTAAAATTCTAGACGAGGCTATAGTA
GCTTGCACTGAAACAATTGAGAAACACAAAGGCAAGCTCGTCGTTAAAGAGGCACCTAGA
GCTGTGAGTGAACGAGATGATAAGTTGCTGACAGACACATGGCGAAGCTGAGATGGACAA
TGAAGAAATTAGCGGCGATGAAGAAAGTGGAGAAGATA

QA 10 707 10 707
DS 



AS 1 5

CO CL1995Contig1 1665 5 4 U
GAGATGAACATAATCAAAGAAGAATCAGTCACAAATGTTGTCACATTACCCACGAGATTA
AGCATGGGAAGCTTTGACATATAGCAAAACTATAACAGACATTATTGGCTCAATAGCCTC
GGATGATAAATTTTAAGAGCTCCCACTACTTGCAAATACATCGCATATTCATTACATCAC
ATGATTCTCAGTCAGAGAAACACTTCACAACAACTAATCCAAACGCACCAAACCTCTTTT
CAGTTTTACATTTGAACCAAAGACAAGAGACAATACAAACAAACATGCATCAATATTCCT
GTTTATGCTTCAACAAGGATCCCTTTACTAGGCTTTCTTCTGTGAAGCTGCCGATTTAAT
GGCTGATTTTGCAAGAGAGGAAGGTTTGAGAACGCTCTTAGGATTAATAGCCTTTCTGAT
TTTGAAAGCAGCCCAGGCTGTCCCAAAAGCATGTCCCACTGCGTCTAGCCCTTCGTTTGT
CGCCTCTGCCGCTTTACCACCATGCCTGTGATCAACAAGTTCGGTTGCAACGGTGGACGA
GGTTGACATCACGTTCCTTCCAGCTACTTCAACAGCGTCACAGACCTTATTGAAACCGTC
AAGAGTTGCAAGGACGATTTCTCCAGGGAGAAGGCTAAAGAATTTCTTTCCTACTTTGGT
GTTTGCAACTGAACTTGTGAAGAAGCCTGAAACTTTAATTACTCCAGACAGAACACCGTT
TGCCACACTCTCTGTCATCTTGGTCATCTTCTTCACTCTCTTGATTCTTTTCAAGGTATC
AGGATGAACATCCCTCTCCTTCTCAGCCTTGCTCAACCTCCGTTTCATGAAATCATTCCC
CCAGTTGAGCCTATCCATAGTCACATCACCACACCATAGAATCCCTTTGATCAGATGCCC
CGAGCCACTAGCTATCAGCTTCGCCGTCTTCCCGCTATAATCCTCCACGTTGGGAGCTAG
AGTCGTCCAATACACCGCACACTGCTTCTCCACAACCTCTTTCCTCTCTCCAGTAAGCTC
CACCGGAGACGTCTCCCTCGCCACCGTCACATCCAAAATATCTTCCCCTGTTTCCTTGGC
TTCCTCCGACACTTTCTGAACCGTGAAACAGCTGTAGTGATCCAAGATCTTCTCAAGCTC
CTTCAGCAAATGCTCTTGACCTTTGGAAGCAATCGTGAGTCCGTAGTTCAACATACTGTT
CTCTTTCGCTTTATCCTCGTCTTCTTCATCGCTCGAATCAGATCCGAAGTCTTTAGAGGG
ACGGAGGGTGAAGAAGTAGTGAGACTCATCGACCTTGACGGAGTTCTCATCCTTAGTCAA
CGGCCATTGGATGATGGAGAGATCGCCGCAAGCGAGCTCGACGCTGTATGATTGGTCGAT
CAGGTGGAGAATCGCGCCGGAGACTGTCAAGATCACTTCCTCCGTCGCGGCGGGAGGAGC
CGAGACGGGGATCGAACGCGTGTCAGGTTGCTCTGGGAAGAGATTGTTGGCGAGATCGTT
CATGTCGAGGGAAGGATAGAGGTTGCTTGTAGAAGAGGAGGAGCTAGGGTTGAGAGGAGC
TTCGGGGTTTGACATGTCGACGGTAGGGTAAAGAGACGAAGATTGCTTGTTAGGGTTTCT
GTAAGATTCCATTATCGCCGGAGATTTTTGAAATCGGAGAAGAAG


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CQ04JQ U 125
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ATGATTCTCAGTCAGAGAAACACTTCACAACAACTAATCCAAACGCACCAAACCTCTTTT
CAGTTTTACATTTGAACCAAAGACAAGAGACAATACAAACAAACATGCATCAATATTCCT
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GGCTGATTTTGCAAGAGAGGAAGGTTTGAGAACGCTCTTAGGATTAATAGCCTTTCTGAT
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GATTTTGCAAGAGAGGAAGGTTTGAGAACGCTCTTAGGATTAATAGCCTTTCTGATTTTG
AAAGCAGCCCAGGCTGTCCCAAAAGCATGTCCCACTGCGTCTAGCCCTTCGTTTGTCGCC
TCTGCCGCTTTACCACCATGCCTGTGATCAACAAGTTCGGTTGCAACGGTGGACGAGGTT
GACATCACGTTCCTTCCAGCTACTTCAACAGCGTCACAGACCTTATTGAAACCGTCAAGA
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AAGAGTTGCAAGGACGATTTCTCCAGGGAGAAGGCTAAAGAATTTCTTTCCTACTTTGGT
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TGCCACACTCTCTGTCATCTTGGTCATCTTCTTCACTCTCTTGATTCTTTTCAAGGTATC
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C
C

QA 5 725 5 725
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CCCACTAT
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ATCTTCCCCTGTTTCCTTGGCTTCCTCCGACACTTTCTGAACCGTGAAACAGCTGTAGTG
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AAGAAG

QA 9 734 9 734
DS 



AS 1 5

CO CL1996Contig1 1562 5 20 U
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TCCCTCTCCTCCAGGCTCGGAGACAAGTACGAGGATCTGGTGATCAAGGAAGTTGGAGAA
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TTCGAAGCAACAACTCTGAGAAAGCACGGAGGTTTGTCTCCGGATCATGTTCCTGAAGTC
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ATCCTCCGCAAAGGACTCGTTGCTGGAATCCAGTACCCTTTCCTTGCAGAACACATGTCG
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GGTTTCGACATTGGAGCTTATCTTGGTAACTTGATTCTTGCTTTCTTTGCACAAGATGGA
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CATGGAGAAGCATACCTTGCAGATATCTATAACAATACCGAGGTTATGCAGCTTGTTCAA
GATAACTACATGAGGAATTTGTTTCATGACTCGCTCGGATTCGGCGCTGCAAAGATGATT
AGGAGAATAGTGGGAGTGGCACATGTGGAAGACTTTGAATCGATCAAAGAAGATAAAGAA
CGAGCGGTTTGCGAGAGAAAGGCGCTAGAGTTTGGGAAGATGCTTCTCAAGGAAAGGAGA
AAGTTTAAGTGTATCGGTGAAGTTGTTTCAGCTATTCAACAACAAAGCTGAGGCCTACCT
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GAAACTTGAATATCTCTTTGCTTTGGTGATCTTCTTGGTTGGAGTTGTTTGCCACTGCCA
AGAATGATCCCATTTTAAAAATAAAATAAGCACAACATATCTTTTTAAAGTACAATAAAC
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BQ
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10 10 

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AGAGCTTAAATCAATGTTCTGTGAAAGAGCTCAAGCTCTGATACATGGTGATCTTCACAC
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CTTT

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G
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CGGA

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GAGCGGTTTGCGAGAGAAAGGCGCTAGAGTTT

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CGAGAGAAAGGCGCTAGAGTTTGGGAAGATGCTTCTCAAGGAAAGGAGAAAGTTTAAGTG
TATCGGTGAAGTTGTTTCAGCTATTCAACAACAAAGCTGAGGCCTACCTGTCTTTTTGTA
TTGTGTGTGTTCTAATGATAAAGAGAAAAGAAAAAACAAAACAGATGTTGAAACTTGAAT
ATCTCTTTGCTTTGGTGATCTTCTTGGTTGGAGTTGTTTGCCACTGCCAAGAATGATCCC
ATTTTAAAAATAAAATAAGCACAACATATCTTTTTAAAGTACAATAAACAC

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 5

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GCATAAGAAAAAGAAGATGGAATAAAAACAAACACTTTTGTTTTCCTTCTTCATCCAAGA
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CTGGAAACAATCTTGGCATCGCCACGCCACCGTTGATAAACTTCATGATAGATATC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DM30JQ U 4
AF RR1B050TF C 1
AF RR1B050JQ U 3
AF RR1EA26JQ U 3
AF RR1DM30TF C 418
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ACACCCCCAAACTGGCACAATTTACTCATCCTCCACATCACTCACGAGGTGCGTTCCTCT
TGAACAACGCATAAGCATCGCTGTAAATAGCGATTGCATTGGCCAACACCGCAAGAACAA
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G
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CATCGAT
GTTC

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G
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TGAAAACTCCTAAGATCGTGTCCCTGCTTGTTGCTCTGCCATGACGATCCTTTAGTATAA
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DS 

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GAAGCGCGTAGCTAACTCGAACCGCATCGTTGAGGACAGAACCAAGAGGGATACCAAGAT
CAGTGTCGAAGTTTGAAAGGACATCATCAAGAGTATCGTCTCCAAACAAGAGGAAACCAA
AAATGCTTATCATTATGTATACAGATGAGCAAAGCACAAGAGCTGATCTGACAACAGGTT
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AAGCGGTGACGAGAACAGGTACAACTGTGAAGAGGTTCAAGAAAGATGTTAAGTCACTAA
CATCTGGAAACAATCTTGGCATCGCCACGCCACCGTTGATAAACTTCATGATAGATATC

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 5

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GGAACTTATGATCCTAAGAAGCTCCTTGGTGTTACTACACTCGATGTTGCTCGTGCCAAT
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GTAAAAAAAAATGTCAAGAACTTCTCTATGGGTTTTTGATG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM62TF U 1
AF RR1EC93JQ C 746
AF RR1AR41TF U 570
AF RR1CJ42TF U 646
AF RR1EM62JQ C 649
BS 1 743 RR1EM62TF
BS 744 1246 RR1AR41TF
BS 1247 1270 RR1CJ42TF
BS 1271 1301 RR1EM62JQ

RD RR1EM62TF 743 0 0
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GAATGGAGTTTCGTGGAGATGCCAACCAGAGGATTGCTATGATATCAGCTCATCTTCAAC
CTTCTTTCACCCCTCAGATGGAGGCCAAGAACTCTGTAGTGGGACGAGAAAACTGCAGAG
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TTGTCAATGCTCCTGGAGTCACTGCTGACGTTAGCCATATGGACACTGGAGCTGTTGTTA
GAGGATTCTTGGGAGCCAAGCAACTTGAGGACGCCTTAACTGGTATGGATCTTGTGATCA
TACCAGCTGGTGTGCCGAAAACCAGGGATGACACGTGATGATCTCTTTAAAATCAATGCT
GGGATTGTTAAGACACTATGTGAAGGAGTAGCCAAATGCTGTCCTAATGCTATTGTCAAC
TTGATTAGTAACCCTGTGAACTCTACTGTTGCTATTGCTGCTGAAGTTTTCAAGAAAGCT
GGAACTTATGATCCTAAGAAGCTCCTTGGTGTTACTACACTCGATGTTGCTCGTGCCAAT
ACATTTGTGGCTGAAGTTCTTGGCCTTGATCCAAGAGAAGTTGATGTACCAGTGGTTGGA
GGACACGCTGGAGTCACGATCTT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1EC93JQ 291 0 0
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CAATACTTTCAATGGCATATGCTGCAGCAAAGTTTGCAGATGCTTGCCTTCGCGGGTTGA
GAGGAGATGGGAATGTCATTGAGTGCTCTTTTGTTGCTTCACAGGTGACAGAGTTAGCTT
TCTTTGCAACCAAAGTGCGTCTTGGACGTACAGGAGCAGAGGAAGTGTTCC

QA 1 291 1 291
DS 

RD RR1AR41TF 677 0 0
G
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GTTACTACACTCGATGTTGCTCGTGCCAATACATTTGTGGCTGAAGTTCTTGGCCTTGAT
CCAAGAGAAGTTGATGTACCAGTGGTTGGAGGACA*GCTGGAGTCACGATCTTGCCACTA
TTGTCACAGGTTAAACCTCCTAGCAGCTTTACACAATCCGAGATTGAGTACCTGACAAAC
CGGATTCAAAATGGTGGAACTGAAGTTGTGGAGGCAAAAGCTGGAGCTGGATCTGCAACA
CTTTCAATGGCATATGCTGCAGCAAAGTTTGCAGATGCTTGCCTTCGCGGGTTGAGAGGA
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AACGAATACGAAAGGGTTGGTTTGGAGAAAGCAAAAGAAGAACTAGCTGGAAGTATTCAG
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TGTCCTGCTTTCTTCT

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DS 

RD RR1CJ42TF 625 0 0
GTT
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DS 

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CCAGTGGTTGGAGGACACGCTGGAGTCACGATCTTGCCACTATTGTCACAGGTTAAACCT
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TTCTTCAACTTTGTAAAAAAAAATGTCAAGAACTTCTCTATGGGTTTTTGATG

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 5

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GATTTTTATTCGGAGATGATTGTTATATTATTGA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR1FU23TF U 21
AF RR1FK32JQ C 1
AF RR1FK32TF U 1
AF RR1G908TF U 18
AF RR1DF80TF U 21
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BS 204 204 RR1G908TF
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GG
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TTTCAAACTCAAAAA

QA 3 497 3 497
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GCTGAATCTGTGTCACAGCGTTAAACATAGCTCTCGCTGAACCTATATCATTTGTTTGTT
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GATTTTTATTCGGAGATGATTGTTATATT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1FK32TF 569 0 0
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GACACCGTAGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTTGACATCAGGAGGAAGACT
AACTACCTCATCGTGGATTCAAATACAACTGTGAGACAAATTGAGGATGCTT*CAAGGAA
TTCTCATCGAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAGCCAATACGTTGCCAATATGATC
CGTTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTGCCTGCGATTCTGGAGATCCCTTCCAAG
GACCATCCCTATGATCCTGCTCATGATTCGGTTCTCTCCCGTGTCAAGTACCTCTTCTCT
GCTGAATCTGTGTCACAGCGTTAAACATAGCTCTCGCTGAACCTATATCATTTGTTTGTT
TTTGACATTCTTGTATTTCTCCTTTCAAACTCAAAAACTTTCAATAAATGTAAAACTCTT
GATTTTTATTCGGAGATGATTGTTATATT

QA 1 569 1 569
DS 

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AGACAACTGTGAGACAAATTGAGGATGCTTTCAAGGAATTCTCATCGAGAGATGATATTG
CTATCATCCTCATCAGCCAATACGTTGCCAATATGATCCGTTTCTTGGTGGATAGCTACA
ACAAGCCAGTGCCTGCGATTCTGGAGATCCCTTCCAAGGACCATCCCTATGATCCTGCTC
ATGATTCGGTTCTCTCCCGTGTCAAGTACCTCTTCTCTGCTGAATCTGTGTCACAGCGTT
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TTATATTATTGA

QA 6 557 6 557
DS 

RD RR1DF80TF 549 0 0
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CGCAACTCTGCCCTCATCGCTATGATCGCCGATGAGGACACCGTAGTTGGATTCTTGATG
GCTGGAGTTGGTAATGTTGACATCAGGAGGAAGACTAACTACCTCATCGTGGATTCAAAG
ACAACTGTGAGACAAATTGAGGATGCTTTCAAGGAATTCTCATCGAGAGATGATATTGCT
ATCATCCTCATCAGCCAATACGTTGCCAATATGATCCGTTTCTTGGTGGATAGCTACAAC
AAGCCAGTGCCTGCGATTCTGGAGATCCCTTCCAAGGACCATCCCTATGATCCTGCTCAT
GATTCGGTTCTCTCCCGTGTCAAGTACCTCTTCTCTGCTGAATCTGTGTCACAGCGTTAA
ACATAGCTCTCGCTGAACCTATATCATTTGTTTGTTTTTGACATTCTTGTATTTCTCCTT
TCAAACTCAAAAACTTTCAATAAATGTAAAACTCTTGATTTTTATTCGGAGATGATTGTT
ATATT

QA 5 549 5 549
DS 



AS 1 4

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AAACAAAAATGGCAATGTGGGGTTTGGTCTTATGCGTTCTTGCAATTCTTGCTGATTTCA
CAACAATTTCCGAAGCAAGAATCCCAGGAGTTTACAGTGGAGGTGGTTGGGAAACTGCTC
ATGCTACTTTCTATGGTGGCTCTGATGCTTCTGGCACCATGGGAGGTGCTTGTGGGTACG
GGAACTTGTACAGCCAAGGCTACGGCGTGAACACGGCGGCTCTAAGCACGGCTCTGTTCA
ACAACGGCTACAGTTGCGGTGCTTGTTTCGAGCTCAAATGCGCCAGTGACCCTAAGTGGT
GTCACTCAGGCAGCCCTTCCATTTTCGTCACTGCCACCAACTTCTGCCCTCCAAACTTCG
CTCAGCCCAGCGACAATGGAGGATGGTGCAACCCTCCTAGGCCTCACTTCGATCTCGCTA
TGCCTATGTTCCTCAAGATCGCCGAGTATCGCGCCGGAATCGTCCCCGTCTCTTTCCGCC
GAGTCCCATGCCGGAAGAAAGGAGGAATGAGGTTCACGATCAACGGTTTCCGTTACTTCA
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CGTCATGGAACATTGCTCCGGCTCATTGGCAGTTTGGTCAGACTTTCATGGGAAAGAACT
TCAGAGTCTAAGGGCACTTTGCGAAATCATCTATCAAAAATATCAGTTATTAGTATTTCT
ACTTTATCTTTTTTTTTGTCATTGAACTTGAAAAACCTTTCAAGAGTATCATCCAAACGG
ATGTGAGTACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DB25TF U 1
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AF RR1EM35JQ C 433
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AAACAAAAATGGCAATGTGGGGTTTGGTCTTATGCGTTCTTGCAATTCTTGCTGATTTCA
CAACAATTTCCGAAGCAAGAATCCCAGGAGTTTACAGTGGAGGTGGTTGGGAAACTGCTC
ATGCTACTTTCTATGGTGGCTCTGATGCTTCTGGCACCATGGGAGGTGCTTGTGGGTACG
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ACAACGGCTACAGTTGCGGTGCTTGTTTCGAGCTCAAATGCGCCAGTGACCCTAAGTGGT
GTCACTCAGGCAGCCCTTCCATTTTCGTCACTGCCACCAACTTCTGCCCTCCAAACTTCG
CTCAGCCCAGCGACAATGGAGGATGGTGCAACCCTCCTAGGCCTCACTTCGATCTCGCTA
TGCCTATGTTCCTCAAGATCGCCGAGTATCGCGCCGGAATCGTCCCCGTCTCTTTCCGCC
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ACTTGGTTCTGGTCACAAACGTCGCCGGTGCTGGAAACATAGTTCGGCTGAACGTGAAAG
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CTGTTTTGGT*GGTCAG*CACTATCGTT*AGAGTCACAGC
AGTGACGTAGATCA

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GG
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TCTGTTCAACAACGGCTACAGTTGCGGTGCTTGTTTCGAGCTCAAATGCGCCAGTGACCC
TAAGTGGTGTCACTCAGGCAGCCCTTCCATTTTCGTCACTGCCACCAACTTCTGCCCTCC
AAACTTCGCTCAGCCCAGCGACAATGGAGGATGGTGCAACCCTCCTAGGCCTCACTTCGA
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TTACTTCAACTTGGTTCTGGTCACAAACGTCGCCGGTGCTGGAAACATAGTTCGGCTGAA
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ATCATCCACGTCATGGAACATTGCTCCGGCTCATTGGCAGTTTGGTCAGACTTTCATGGG
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CCAAACGGATGTGAGTACC

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DS 

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TGCTGGAAACATAGTTCGGCTGAACGTGAAAGGAACAAGAACCTCGTGGATGAGCATGAG
CAGAAACTGGGGACAAAACTGGCAATCGAACTCTGTTTTGGTTGGTCAGGCACTATCGTT
TAGAGTCACAGCCAGTGACCGTAGATCATCCACGTCATGGAACATTGCTCCGGCTCATTG
GCAGTTTGGTCAGACTTTCATGGGAAAGAACTTCAGAGTCTAAGGGCACTTTGCGAAATC
ATCTATCAAAAATATCAGTTATTAGTATTTCTACTTTATCTTTTTTTTTGTCATTGAACT
TGAAAAACCTTTCAAGAGTATCATCCAAACGGATGTGAGTACC

QA 17 539 17 539
DS 



AS 1 5

CO CL2001Contig1 923 5 7 U
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CAGTATCCTACATTCACATAATAAAACCAATAATGGCTCGCCGCGACGTTCTCCTCCTCT
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TAAGCGCTAGAATCTACGACAAATACGGAGACTACATTGGGATCCGAAATCTAGAGGCAT
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GTGGGAAAGCACCGTGTCTTCCAAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTGACCTCCGACGGCT
CTGGCGACCACCACGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTCCACG
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TGTGTGTTTTTGGAGACTTGTTCTATGTTGTCTTGTGAACGTGTGATTGCAATAAAGAAA
AATGATTCGATCAAATAAAATTTTCAGTTTTTGTTGATTTAATCAAATATCTATTATTAA
AAGTGTATTTTTTTTTCTTAACTTAAAAAGAGTGTATTTTCATATGTTGAAGTGAAGGAT
TAAATATTATAAAGTTGTTGACG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK60TF U 1
AF RR1CR34TF U 1
AF RR1AY63TF U 123
AF RR1DK60JQ C 276
AF RR1CR34JQ C 207
BS 1 639 RR1CR34TF
BS 640 657 RR1AY63TF
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QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1CR34TF 639 0 0
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TCAAGTCTCAAACTCTACATATTTGCATCAAATCTATTAATAGTCGAACAGATCAGATCT
CAGTATCCTACATTCACATAATAAAACCAATAATGGCTCGCCGCGACGTTCTCCTCCTCT
CCGCCCTCCTCGTCATCGCCACCTTCTCCTCAGTCTCATTCGCCGACGATGATGCAGAAT
GTGTGTACACATTCTACCACAGGACCGGATCGATCTGGAAAGCCGGCACTGAATCGATCA
TAAGCGCTAGAATCTACGACAAATACGGAGACTACATTGGGATCCGAAATCTAGAGGCAT
GGGGTGGGCTAATGGGACCAGGTTACAAGTACTACGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCA
GTGGGAAAGCACCGTGTCTTCCAAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTGACCTCCGACGGCT
CTGGCGACCACCACGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTCCACG
CTAAGTGCTCGCAGCAAAGCTTTGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACCGATACTTCGCCTT
ATAATCTCACTGCTGTTAGGAATAACTGCCCGGTTTCTC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1AY63TF 655 0 0
GG
ATCCTACATTCACATAATAAAACCAATAATGGCTCGCCGCGACGTTCTCCTCCTCTCCGC
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GTACACATTCTACCTCAGGACCGGATCGATCTGGAAAGCCGGCACTGAATCGATCATAAG
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DS 



AS 1 5

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BQ
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TCAGTGCCTGATGTTCGGATATACG
CCCA

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CAA

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QA 1 635 1 635
DS 

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CGAGTCTCCCATCTTTGATTGATTCTTCGCACTCTTTTTTTTTT
TCTCCTCCC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 4

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ACAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAACACAAACATAAGGATTGATTATTGTTCATGGTAAAT
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CAGTGACTTGGGTCTTCCCGTCTGGTCTTAACCAACGGCAAGTCCCGTTCTTTCTGACCT
CAGTAAGCTTAGCACCGATCTTGGTAGCGAGAACATGGCTCAGAGGCATGAGCTCAGGGG
TCTCATCGGTAGCGTAACCAAACATGTGTCCCTGGTCACCAGCTCCAATGTCTTCAGGGC
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GCTCAAGGCAGGCGTCGAGGACAGCGTCGGAGATCTGGTCGCAAAGCTTGTCTGGGTGTC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B574JQ U 1
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AF RR1FE87JQ U 11
AF RR1AE70TF C 655
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QA 1 597 1 597
DS 

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DS 

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GGTCTTGCCGT

QA 1 851 1 851
DS 

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CC
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QA 3 836 3 836
DS 



AS 1 5

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TGAAAAAAATCCCTCAACTATCTTTTACAGTCTTGACTGTCTTAAGCATTCTTGTGCTAG
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AAGATGGGGTGTGTGTTGCTTCTGAATGCCAAGCTAATTGTGTTAAGTCAGTCGGAGCTA
AAGGGAAGAGTTTGTGTTCTGGGTCAAAGGAGAAAAAATCTATGCACTGCCATTGCCTTT
GTTAACATTCTGGTTTAGTATATTGAATAAATATGATGCTCAACCATGATATCGATCTCT
GAAGTATTTTTTTTTAA*TTTCTCTCTTGTTTTTT*CTTTAATATTTTTATTGGGAGCCT
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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A085TF U 1
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AF RR1BJ12TF U 3
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T

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ATAAAGTATTGAAGTTGACATATA
T

QA 5 448 5 448
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ATAAAGTATTGAAGTTGACATATA
AGAAAA

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GG
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TTTTTTTTAA*TTTCTCTCTTGTTTTTT***TTAATATTTTTATTGGGAGCCTTATAATA
AAGTATTGAAGTTGACATATAATTGAAGTATTGAAATTTTTGTTTTGGATTTGTTGCATT
TTTATATTAATGAATAACATAAATATGAATCAAGACACAATGGTTAGTAAAA

QA 3 534 3 534
DS 



AS 1 4

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TTACGGAAGAAAGAGAAGCTGCTACTTGTTTGGCGGAGTTTTTTAAAACTCCAGAGA***
*CGACCACAGTGACTCCTCAACATAGTCTTGTCATGGCACGGAAAGAGACCAACGCGCAA
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TATCATGCTTCAGTGTTTGTTGTAAAACCTTTTTTTTCTTGTTATAAAAACACCTGTTTC
TGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB93TF U 1
AF RR1AM38TF U 192
AF RR1AM38JQ C 316
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T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1AM38TF 687 0 0
CCGTTCAT
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AGGCCGTC*ACGTAAGGATGCATCCATGACTCAGCCAGAAAGTTCTCGAGGGACGACTCC
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GTTCGCACGGGGGAAAGTCGTTCCTGTGACTCCAGAAAACGACGTGGCTCCTCATGTCAA
AATGATCGTAAGAGAAGAGATTAAGAAACACACTGATGATCGTGATCAATCTCCTAATGA
TCAGACAGTGAAAGATGCTGTCGCTGACTCGGAGATGTCTGAATGTGCTCGAGCATTGTT
TTTACTACCACATGGGATAAATGGAGAAGACCCCAGGGAAGTTACGGAAGAAAGAGAAGC
TGCTACTTGTTTGGCGGAGTTTTTTAAAACTCCAGAGA****CGACCACAGTGACTCCTC
AACATAGTCTTGTCATGGCACGGAAAGAGACCAACGCGCAACATAAATCTCCTGGTGAGG
CTCGTGGGTTTGATCTTATGGCGGAGGAACCGGTTCATCCGGTAGAGGAAGTACCGCCAG
AGCTTCAACTAGGACTTGG

QA 9 687 9 687
DS 

RD RR1AM38JQ 744 0 0
CTCCAAAGGAGGACGTTAATCTGGTTGGTAAGACCATTTCTGGTGAGGTCGAAGGATCTT
TCGAAGCGGGGTTCACCATCAATGTGAAGGTGAAAGAAAGTGACATGAGACTGAGAGGTC
TTGTGTTCGCACGGGGGAAAGTCGTTCCTGTGACTCCAGAAAACGACGTGGCTCCTCATG
TCAAAATGATCGTAAGAGAAGAGATTAAGAAACACACTGATGATCGTGATCAATCTCCTA
ATGATCAGACAGTGAAAGATGCTGTCGCTGACTCGGAGATGTCTGAATGTGCTCGAGCAT
TGTTTTTACTACCACATGGGATAAATGGAGAAGACCCCAGGGAAGTTACGGAAGAAAGAG
AAGCTGCTACTTGTTTGGCGGAGTTTTTTAAAACTCCAGAGA****CGACCACAGTGACT
CCTCAACATAGTCTTGTCATGGCACGGAAAGAGACCAACGCGCAACATAAATCTCCTGGT
GAGGCTCGTGGGTTTGATCTTATGGCGGAGGAACCGGTTCATCCGGTAGAGGAAGTACCG
CCAGAGCTTCAACTAGGACTTGGGAACAAGACAATATTGAGGGGAGACGACAACAAAAAC
AGCACCGCAATGGAGATAGATCCTAAAAGCTCTGTGTCTAGGAATGG***CATAGCGAAC
TTGTTTAAAGGAAAAGAAAAGGTCGACTATTAGTTTAAAACTCTCTCTTTTATATTTCAG
ACTCTTCAATACATTTCTTCTCTC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1AY13JQ 709 0 0
TTGTGTTCGCACGGGGGAAAGTCGTTCCTGTGACTCCAGAAAACGACGCGGCTCCTCATG
TCAAAATGATCGTAAGAGAAGAGATTAAGAATCACACTGATGATCGTGATCAATCTCCTA
ATGATCAGACAGTGAAAGATGCTGTCGCTGACTCGGAGATGTCTGAATGTGCTCGAGCAT
TGTTTTTACTGCCACATGGAATAAATGGAGAAGCCCCCAAGGAAGTTACGGAAGAAAGAG
AAGCTGCTACTTGTTTGGTGGAGTTTTTTAAAACTCCAGAGACGCGCGACCATAGGGACT
GCTCAACATAGTCTTGTCATGGCACGGAAAGAGACCAACGAGCAACATAAATCTCCTGGT
GAGGCTCGTGGGTTTGATCTTATGGCGGAGGAACCGGTTCATCCGGTAGAGGAAGTACCG
CCAGAGCTTCAGCTAGGACTTGGGAACAAGACAATATTGAGGGGAGACGACAACAAAAAC
AGCACCGCAATGGAGATAGATCCTAAAAGCTCTGTGTCTAGGAGTGGCTTCATAGCGAAC
TTGTTTAAAGGAAAAGAAAAGGTCGACTATTAGTTTAAAACTCTCT**TTTATATTTCAG
ACTCTCCAATACATTTCTTCTCTCTTTTGTTTCAGTACTTTGTATTATCATGCTTCAGTG
TTTGTTGTAAAACCTTTTTTTTCTTGTTATAAAAACACCTGTTTCTGTT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 5

CO CL2006Contig1 876 5 10 U
CTCGCTTTTGGATCCTATTTTTTTATACGTCAGCTAGTTACAAAATCAAATCATATTGAG
AGCCTCGACGCGTGTCCGAGCTCGTCTGAGAGCTAGATTTGCCTCAATTGTTTGTCTCTT
GCCTTCAGCTTTTCTCAAGTTCGCTTCTGCTATTTCAAGAGTTTGCTGAGCTTCTTGTGG
ATCAATGTCACTATTCTTCTCTGCATCATTTACTAAAATAGTAATTTCATTATTGCCTAT
TCTAGCAAAACCGCCCATCAGAGCCATTGCTAACCATTGGTTATTAAGGCGTATTTTCAA
AATACCTATATCAACAGCTGTGGCAATCGGCGCGTGATTTGGTAATACGCCAATTTGTCC
ACTATTAGTAGATAAAATGATTTCTTTTACTTCTGAATCCCAAACAATTCGATTCGGAGT
CAGTACACAAAGATTTAAGGTCATTTCTTCAATTTACTCTCCATTTCCAAGTTCGTAGCC
TTCGCAGTAGCTTCATCGATGTTACCCACTAAGTAAAAGGCCTGTTCAGGAAGAGAATCA
AATTCTCCGGAAAGGATCAATTTAAACCCTCTAATTGTTTCCGCTAGACCAACATATTTT
CCCGGAGAACCTGTAAATACTTCTGCTACGAAAAAAGGTTGTGATAAGAAACGCTCAATC
TTTCGTGCTCTTGCGACGGTTAAGCGATCCTCTTCGGATAATTCGTCCAACCCCAGGATA
GCTATAATGTCCTGAAGCTCCTTGTAACGTTGTAAAGTTTGCTTAACTTGTTGCGCAGTT
TCATAATGTTCCTCGCCAACGATTCGAGGTTGTAGCATAGTTGACGTTGAATCTAAAGGA
TCTACCGCTGGATAGATACCTTTAGCAGCTAATCCC


BQ
10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E043JQ U 1
AF RR1E043TF C 1
AF RR1EZ53JQ U 1
AF RR1BX25JQ U 3
AF RR1EZ53TF C 499
BS 1 318 RR1E043JQ
BS 319 351 RR1EZ53JQ
BS 352 352 RR1BX25JQ
BS 353 445 RR1EZ53JQ
BS 446 803 RR1BX25JQ
BS 804 805 RR1EZ53TF
BS 806 810 RR1BX25JQ
BS 811 811 RR1EZ53TF
BS 812 835 RR1BX25JQ
BS 836 876 RR1EZ53TF

RD RR1E043JQ 318 0 0
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GCCTTCAGCTTTTCTCAAGTTCGCTTCTGCTATTTCAAGAGTTTGCTGAGCTTCTTGTGG
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TCTAGCAAAACCGCCCATCAGAGCCATTGCTAACCATTGGTTATTAAGGCGTATTTTCAA
AATACCTATATCAACAGC

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR1E043TF 318 0 0
CT
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CCTCGACGCGTGTCCGAGCTCGTCTGAGAGCTAGATTTGCCTCAATTGTTTGTCTCTTGC
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CAATGTCACTATTCTTCTCTGCATCATTTACTAAAATAGTAATTTCATTATTGCCTATTC
TAGCAAAACCGCCCATCAGAGCCATTGCTAACCATTGGTTATTAAGGCGTATTTTCAAAA
TACCTATATCAACAGC

QA 3 318 3 318
DS 

RD RR1EZ53JQ 445 0 0
CT
CGCTTTTGGATCCTATTTTTTTATACGTCAGCTAGTTACAAAATCAAATCATATTGAGAG
CCTCGACGCGTGTCCGAGCTCGTCTGAGAGCTAGATTTGCCTCAATTGTTTGTCTCTTGC
CTTCAGCTTTTCTCAAGTTCGCTTCTGCTATTTCAAGAGTTTGCTGAGCTTCTTGTGGAT
CAATGTCACTATTCTTCTCTGCATCATTTACTAAAATAGTAATTTCATTATTGCCTATTC
TAGCAAAACCGCCCATCAGAGCCATTGTTAACCATTGGTTATTAAGGGGTATTTTCAAAA
TACCTATATCAACAGCTGTGGCAATCGGCGCGTGATTTGGTAATACGCCGATTTGTCCAC
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GTACACAAAGATTTAAGGTCATT

QA 3 445 3 445
DS 

RD RR1BX25JQ 833 0 0
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CCTCGACGCGTGTCCGAGCTCGTCTGAGAGCTAGATTTGCCTCAATTGTTTGTCTCTTGC
CTTCAGCTTTTCTCAAGCTCGCTTCTGCTATTTCAAGAGTTTGCTGAGCTTCTTGTGGAT
CAATGTCACTATTCTTCTCTGCATCATTTACTAAAATAGTAATTTCATTATTGCCTATTC
TAGCAAAACCGCCCATCAGAGCCATTGTTAACCATTGGTTATTAAGGCGTATTTTCAAAA
TACCTATATCAACAGCTGTGGCAATCGGCGCGTGATTTGGTAATACGCCAATTTGTCCAC
TATTAGTAGATAAAATGATTTCTTTTACTTCTGAATCCCAAACAATTCGATTCGGAGTCA
GTACACAAAGATTTAAGGTCATTTCTTCAATTTACTCTCCATTTCCAAGTTCGTAGCCTT
CGCAGTAGCTTCATCGATGTTACCCACTAAGTAAAAGGCCTGTTCAGGAAGAGAATCAAA
TTCTCCGGAAAGGATCAATTTAAACCCTCTAATTGTTTCCGCTAGACCAACATATTTTCC
CGGAGAACCTGTAAATACTTCTGCTACGAAAAAAGGTTGTGATAAGAAACGCTCAATCTT
TCGTGCTCTTGCGACGGTTAAGCGATCCTCTTCGGATAATTCGTCCAACCCCAGGATAGC
TATAATGTCCTGAAGCTCCTTGTAACGTTGTAAAGTTTGCTTAACTTGTTGCGCAGTTTC
ATAATGTTCCTCGCCAACGAT**GAGGT*GTAGCATAGTTGACGTTGAATCTA

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR1EZ53TF 378 0 0
ATGTTACCCACTAAGTAAAAGGCCTGTTCAGGAAGAGAATCAAATTCTCCGGAAAGGATC
AATTTAAACCCTCTAATTGTTTCCGCTAGACCAACATATTTTCCCGGAGAACCTGTAAAT
ACTTCTGCTACGAAAAAAGGTTGTGATAAGAAACGCTCAATCTTTCGTGCTCTTGCGACG
GTTAAGCGATCCTCTTCGGATAATTCGTCCAACCCCAGGATAGCTATAATGTCCTGAAGC
TCCTTGTAACGTTGTAAAGTTTGCTTAACTTGTTGCGCAGTTTCATAATGTTCCTCGCCA
ACGATTCGAGGTTGTAGCATAGTTGACGTTGAATCTAAAGGATCTACCGCTGGATAGATA
CCTTTAGCAGCTAATCCC

QA 1 378 1 378
DS 



AS 1 5

CO CL2007Contig1 505 5 14 U
AGGCAGCAAGTCTCTGTGATAGCTTTCAATCTTCTTCTTCTCTTCTTCTCGATATCGTGT
CGATGGCATCGAACGCAGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACGTATATAACCT
ATTCCAACATCTGCGCGAATCTGGTGAGGAAATGTCTAAAGGAACCTTTCAAGGCTGAAT
CAATCAATCGCGAGAAGGTTCACTTCTCCCTCTCCAAATGGGCTGATGGAAAGCCCCAGA
AACCAGTTCTGCGCTCAGATGCACCTGAAGTTTGAGACATTTTGATCAAAGATATATGGT
TTCTTAGTTTGATGATGTATTGCTTCTCTGTATGGATGAGATAGTAAAAGGAATGCAATA
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CCATCAAATAATGATATAAACACGGGTACTTCTGTTTCTATTATGTTGTGGATTCTTCTG
ATATACTATTATTCTCAAATGAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G268TF U 14
AF RR1C236JQ C 13
AF RR1C236TF U 13
AF RR1C001JQ C 1
AF RR1C001TF U 1
BS 1 12 RR1C001TF
BS 13 15 RR1C236TF
BS 16 60 RR1G268TF
BS 61 61 RR1C236TF
BS 62 151 RR1G268TF
BS 152 152 RR1C236TF
BS 153 157 RR1G268TF
BS 158 158 RR1C236TF
BS 159 163 RR1G268TF
BS 164 164 RR1C236TF
BS 165 358 RR1G268TF
BS 359 359 RR1C236TF
BS 360 458 RR1G268TF
BS 459 505 RR1C001TF

RD RR1G268TF 445 0 0
GG
GTGATAGCTTTCAATCTTCTTCTTCTCTTCTTCTCGATATCGTGTGGATGGCATCGAACG
CAGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACGTATATAACCTATTCCAACATCTGCG
CGAATCTGGTGAGGAATTGTCTGAAGGAGCCTTTCAAGGCTGAATCAATCAATCGCGAGA
AGGTTCACTTCTCCCTCTCCAAATGGGCTGATGGAAAGCCCCAGAAACCAGTTCTGCGCT
CAGATGCACCTGAAGTTTGAGACATTTTGATCAAAGATATATGGTTTCTTAGTTTGATGA
TGTATTGCTTCTCTGTATGGATGAGATAGTAAAAGGAATGCAAGAACGTCTCTCCGCATA
TTTTATTTCCTTTATTGTTTGTAATGAAAGATTGATGATACTCTCCCATCAAATAATGAT
ATAAACACGGGTACTTCTGTTTC

QA 3 445 3 445
DS 

RD RR1C236JQ 436 0 0
TCTGTGATAGCTTTCAATCTTCTTCTTCTCTTCTTCTCGATATCGTGTCGATGGCATCGA
ACGCAGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACGTATATAACCTATTCCAACATCT
GCGCGAATCTGGTGAGGAAATGTCTAAAGGAACCTTTCAAGGCTGAATCAATCAATCGCG
AGAAGGTTCACTTCTCCCTCTCCAAATGGGCTGATGGAAAGCCCCAGAAACCAGTTTTGC
GCTCAGATGTACCTGAAGTTTGAGACATTTTGATCAAAGATATATGGTTTCTTAGTTTGA
TGATGTATTGCTTCTCTGTATGGATGAGATAGTAAAAGGAATGCAATAACGTCTCTCCGC
ATATTTTATTTCCTTTATTGTTTGTAATGAAAGATTGATGATACTCTCCCATCAAATAAT
GATATAAACACGGGTA

QA 1 436 1 436
DS 

RD RR1C236TF 436 0 0
TCTGTGATAGCTTTCAATCTTCTTCTTCTCTTCTTCTCGATATCGTGTCGATGGCATCGA
ACGCAGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACGTATATAACCTATTCCAACATCT
GCGCGAATCTGGTGAGGAAATGTCTAAAGGAACCTTTCAAGGCTGAATCAATCAATCGCG
AGAAGGTTCACTTCTCCCTCTCCAAATGGGCTGATGGAAAGCCCCAGAAACCAGTTCTGC
GCTCAGATGTACCTGAAGTTTGAGACATTTTGATCAAAGATATATGGTTTCTTAGTTTGA
TGATGTATTGCTTCTCTGTATGGATGAGATAGTAAAAGGAATGCAATAACGTCTCTCCGC
ATATTTTATTTCCTTTATTGTTTGTAATGAAAGATTGATGATACTCTCCCATCAAATAAT
GATATAAACACGGGTA

QA 1 436 1 436
DS 

RD RR1C001JQ 505 0 0
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CGATGGCATCGAACGCAGTGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACGTATATAACCT
ATTCCAACATCTGCGCGAGTCTGGTGAGGAAATGTCTAAAGGAACCTTTCAAGGCTGAAT
CAATCAATCGCGAGAAGGTTCACTTCTCCCTCTCCAAATGGGCTGATGGAAAGCCCCAGA
AACCAGTTCTGCGCTCAGATGCACCTGAAGTTTGAGACATTTTGATCAAAGATATATGGT
TTCTTAGTTTGATGATGTATTGCTTCTCTGTATGGATGAGATAGTAAAAGGAATGCAATA
ACGTCTCTCCGCATATTTTATTTCCTTTATTGTTTGTAATGAAAGATTGATGATACTCTC
CCATCAAATAATGATATAAACACGGGTACTTCTGTTTCTATTATGTTGTGGATTCTTCTG
ATATACTATTATTCTCAAATGAAGC

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1C001TF 505 0 0
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CGATGGCATCGAACGCAGTGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACGTATATAACCT
ATTCCAACATCTGCGCGAGTCTGGTGAGGAAATGTCTAAAGGAACCTTTCAAGGCTGAAT
CAATCAATCGCGAGAAGGTTCACTTCTCCCTCTCCAAATGGGCTGATGGAAAGCCCCAGA
AACCAGTTCTGCGCTCAGATGCACCTGAAGTTTGAGACATTTTGATCAAAGATATATGGT
TTCTTAGTTTGATGATGTATTGCTTCTCTGTATGGATGAGATAGTAAAAGGAATGCAATA
ACGTCTCTCCGCATATTTTATTTCCTTTATTGTTTGTAATGAAAGATTGATGATACTCTC
CCATCAAATAATGATATAAACACGGGTACTTCTGTTTCTATTATGTTGTGGATTCTTCTG
ATATACTATTATTCTCAAATGAAGC

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 5

CO CL2008Contig1 1130 5 17 U
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GGTCTCAAGGCTTCCTCTTCTCTCCTCTGTCTCACCATCTTATTAGGTGTTTCTTCCATT
GTATCAGCGGTTAACATAACCCGAGCACTCGAGAAATACCCTGAATTCAGCACCATGATC
GAGCTTTTCGCCAAGACCGAGCTTACACCAATTATCAACAAACGTCAGACAATTACCGTG
CTGGCTCTTAGCAACGATGCTATCGGTTCCATTTCTGGTAGACCCGAGGAGGAGCTCAAG
AACGTTCTTATGAATCATGTAGTTCTTGACTACTTTGATGAACTCAAGCTCAAGGCACTC
AAGGACAGGAGCACATTGCTCACTATCCTTTACCAATCTACCGGTTTGGGCCAGCAGCAA
AACGGTTTCCTCAACTGCACCAAAACTAACGGAAAGATTTACTTTGGGTCTGGTGTGAAA
GGCGCTCCTCAAACCGCTGAATACATCACAACCGTGTTCCGCAACCCGTACAATCTCTCT
GTGATCCAAATCAGCATGCCCATTGTGGCTCCTGGACTCGGATCTCCTGTTAACGTTCCT
CCACCACCACCCATGTCATCACCACCGACTCCATCTCCCAAGAAGGCTGCAACCACTCCA
GCTCCTGGACCATCTGAGGAGGAGGATTACGCAGATTCTCCTCCTGGTGCAGCTCCGGAA
GCAGCACCTGCATCAGCCCCATCAGAAGATGGTTCTCCCGCTCCGGCTCCTGGGAATGCT
GGTAAGAAGAAAATGGCAGCAGCTGATGAAGTTGAACCACCTACTTCTGCTTCTAACACC
GGTTTGAGTTCTGGTGCTGTTCTGGTTCTCGGGTTTTTGGTTAGTTTTGTTGGGTTCTAA
AATGGTTTAAGACAGAACAGAGTCGAGGACAGTAAACTGAATATGAGACTAGATCATGGT
GATATGAAGTGGATCAATACTTAACAATTTCTACTCACATTACTAAAACTCAAATTGCTT
TATCATTAGTGAATGAAAATATGATGTTCAACAATGTGAAATTTGTACTGAGATATTGTA
ACTTATGTGTTTATATTCATTCATCAATTGAACGTGTTACATATTCTAAC


BQ
10 10 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E247TF U 1
AF RR1C402TF U -4
AF RR1B349TF U 2
AF RR1B349JQ C 331
AF RR1E247JQ C 414
BS 1 115 RR1E247TF
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BS 194 385 RR1E247TF
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BS 740 758 RR1B349JQ
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BS 760 850 RR1B349JQ
BS 851 851 RR1E247JQ
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BS 913 913 RR1E247JQ
BS 914 1130 RR1B349JQ

RD RR1E247TF 641 0 0
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GGTCTCAAGGCTTCCTCTTCTCTCCTCTGTCTCACCATCTTATTAGGTGTTTCTTTCATT
GTATCAGCGGTTAACATAACCCGAGCACTCGAGAAATACCCTGAATTCAGCACCATGATC
GAGCTTTTCGCCCAGACCGAGCTTACACCAATTATCAACAAACGTCAGACAATTACCGTG
CTGGCTCTTAGCAACGATGCTATCGGTTCCATTTCTGGTAGACCCGAGGAGGAGCTCAAG
AACGTTCTTATGAATCATGTAGTTCTTGACTACTTTGATGAACTCAAGCTCAAGGCACTC
AAGGACAGGAGCACATTGCTCACTACCCTTTACCAATCTACCGGTTTGGGCCAGCAGCAA
AACGGTTTCCTCAACTGCACCAAAACTAACGGAAAGATTTACTTTGGGTCTGGTGTGAAA
GGCGCTCCTCAAACCGCTGAATACATCACAACCGTGTTCCGCAACCCGTACAATCTCTCT
GTGATCCAAATCAGCATGCCCATTGTGGCTCCTGGACTCGGATCTCCTGTTAACGTTCCT
CCACCACCACCCATGTCATCACCACCGACTCCATCTCCCAA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1C402TF 646 0 0
GGAAACT
CAGGCTTTGAGATTTCAA**AAAATAAGGGTGATAATTAAATAAACACCCGAAAAATGGG
TCTCAAGGCTTCCTCTTCTCTCCTCTGTCTCACCATCTTATTTGGTGTTTCTTCCATTGT
ATCAGCGGTTAACATAACCCGAGCACTCGAGAAATACCCTGAATTCAGCACTATGATCGA
GCTTTTCGCCAAGACCGAGCTTACACCAATTATAAACAAACGTCAGACAATTACCGTGCT
GGCTCTTAGCAACGATGCGATCGGTTCCATTTCTGGTAGACCCGAGGAGGAGCTCAAGAA
CGTTCTTATGAATCATGTAGTTCTTGACTACTTTGATGAACTCAAGCTCAAGGCACTCAA
GGACAGGAGCACATTGCTCACTACCCTTTACCAATCTACCGGTTTGGGCCAGCAGCAAAA
CGGTTTCCTCAACTGCACCAAAACTAACGGAAAGATTTACTTCGGGTCTGGTGTGAAAGG
CTCTCCTCAAACCGCTGAATACATCACAACCGTGTTCCGCAACCCGTACAATCTCTCTGT
GATCCAAATCAGCATGCCCATTGTGGCTCCTGGACTCGGATCTCCTGTTAACGTTCCTCC
ACCACCACCCATGTCATCACCACCGACTCCATCTCCCAA

QA 8 646 8 646
DS 

RD RR1B349TF 742 0 0
GG
AGGCATTGAGATTTCAAGAAAAATAAGGGTGATAA**AAATAAACACCCGAAAAATGGGT
CTCAAGGCTTCCTCTTCTCTCCTCTGTCTCACCATCTTATTAGGTGTTTCTTCCATTGTA
TCAGCGGTTAACATAACCCGAGCACTCGAGAAATGCCCTGAATTCAGCACCATGATCGAG
CTTTTCGCCAAGACCGAGCTTACACCAATTATCAACAAACGTCAGACAATTACCGTGCTG
GCTCTTAGCAACGATGCTATCGGTTCCATTTCTGGTAGACCCGAGGAGGAGCTCAAGAAC
GTTCTTATGAATCATGTAGTTCTTGACTACTTTGATGAACTCAAGCTCAAGGCACTCAAG
GACAGGAGCACATTGCTCACTATCCTTTACCAATCTACCGGTTTGGGCCAGCAGCAAAAC
GGTTTCCTCAACTGCACCAAAACTAACGGAAAGATTTACTTTGGGTCTGGTGTGAAAGGC
GCTCCTCAAACCGCTGAATACATCACAACCGTGTTCCGCAACCCGTACAATCTCTCTGTG
ATCCAAATCAGCATGCCCATTGTGGCTCCTGGACTCGGATCTCCTGTTAACGTTCCTCCA
CCACCACCCATGTCATCACCACCGACTCCATCTCCCAAGAAAGCTGCAACCACTCCAGCT
CCTGGACCATCTGAGGAGGAGGATTACGCAGATTCTCCTCCTGGTGCAGCTCCGGAAGCA
GCACCTGCATCAGCCC
CATC

QA 3 738 3 738
DS 

RD RR1B349JQ 800 0 0
TACTTTGATGAACTCAAGCTCAAGGCACTCAAGGACAGGAGCACATTGCTCACTATCCTT
TACCAATCTACCGGTTTGGGCCAGCAGCAAAACGGTTTCCTCAACTGCACCAAAACTAAC
GGAAAGATTTACTTTGGGTCTGGTGTGAAAGGCGCTCCTCAAACCGCTGAATACATCACA
ACCGTGTTCCGCAACCCGTACAATCTCTCTGTGATCCAAATCAGCATGCCCATTGTGGCT
CCTGGACTCGGATCTCCTGTTAACGTTCCTCCACCACCACCCATGTCATCACCACCGACT
CCATCTCCCAAGAAGGCTGCAACCACTCCAGCTCCTGGACCATCTGAGGAGGAGGATTAC
GCAGATTCTCCTCCTGGTGCAGCTCCGGAAGCAGCACCTGCATCAGCCCCATCAGAAGAT
GGTTCTCCTGCTCCGGCTCCTGGGAATGCTGGTAAGAAGAAAATGGCAGCAGCTGATGAA
GTTGAACCACCTACTTCTGCTTCTAACACCGGTTTGAGTTTTGGTGCTGTTCTGGTTCTC
GGGTTTTTGGTTAGTTTTGTTGGGTTCTAAAATGGTTTAAGATAGAACAGAGTCGAGGAC
AGTAAACTGAATATGAGACTAGATCATGGTGATATGAAGTGGATCAATACTTAACAATTT
CTACTCACATTACTAAAACTCAAATTGCTTTATCATTAGTGAATGAAAATATGATGTTCA
ACAATGTGAAATTTGTACTGAGATATTGTAACTTATGTGTTTATATTCATTCATCAATTG
AACGTGTTACATATTCTAAC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1E247JQ 705 0 0
GCAGCAAAACGGTTTCCTCAACTGCACCAAAACTAACGGAAAGATTTACTTTGGGTCTGG
TGTGAAAGGCGCTCCTCAAACCGCTGAATACATCACAACCGTGTTCCGCAACCCGTACAA
TCTCTCTGTGATCCAAATCAGCATGCCCATTGTGGCTCCTGGACTCGGATCTCCTGTTAA
CGTTCCTCCACCACCACCCATGTCATCACCACCGACTCCATCTCCCAAGAAGGCTGCAAC
CACTCCAGCTCCTG*ACCATCTGAGGAGGAGGATTACGCAGATTCTCCTCCTGGTGCAGC
TCCAGAAGCAGCACCTGCATCAGCCC*ATCAGAAGATGGTTCTCCCGCTCCGGCTCCTGG
GAATGCTGGTAAGAAGAAAATGGCAGCAGCTGATGAAGTTGAACTACCTACTTCTGCTTC
TAACACCGGTTTGAGTTCTGGTGCTGTTCTGGTTCTCGGGTTTTTGGTTAGTTTTGTTGG
GTTCTAAAATGGTTTAAGACAGAACAGAGTCGAGGACAGTAAACTGAATATGAGACTAGA
TCATGGTGATATGAAGTGGATCAATACTTAACAATTTCTACTCACATTACTAAAACTCAA
ATTGCTTTATCATTAGTGAATGAAAATATGATGTTCAACAATGTGAAATTTGTACTGAGA
TATTGTAACTTATGTGTTTATATTCATTCATCAATTGAACGTGTT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 3

CO CL2009Contig1 908 3 11 U
GATGCCAACTCTGGTGGGAGATGTTTGAGTGCTGAATACACAGATAGAGTTGGAGAGATT
GCTAAGAGACATGGATTGAAGCTTCATGTCGATGGAGCTCGCATTTTTAATGCTTCCGTT
GCACTTGGAGTTCCAGTCCATAGGCTTGTAAAGGCTGCTGACTCTGTTTCGGTGTGTCTC
TCTAAAGGTCTTGGAGCTCCGATAGGATCAGTAATCGTTGGTTCACAGAGTTTCATAGAA
AAGGCTAAAACGTTAAGGAAAACATTAGGTGGAGGAATGAGACAGATAGGCGTCCTGTGT
GCAGCCGCTTTGGTCACACTCCAAGAGAACCTCCCAAAGCTACAATCTGACCCCAAGAAG
ACAAAGTTGTTAGCTGAAGGGTTGAACAAAATGAAAGGGATTAGAGTGAACGTTGAAGCC
ATGGAGACCAACATGATATTCATGGATATGGAGGATGGATCAAGACTTACAGCTGAAAAA
CTCCGCAAGAGTCTAACCGAGCATGGCATTCTCGTCATCCCTGAAAACTCTTCCCGAATC
AGAATGGTTATACACCACCAGATAACAACAAGTGATGTGCATTACACATTATCTTGCTTG
CAACAAGCTGTGCAGACGATTCAGGAACCATGCCAAAACTAAATTGGCAAACCACAATGC
TCTCTCTCTTTTTAAATATTGTTTGTGTAGGAGTTGGGTTGCAGGATGTTGAAACTATTG
TCACAAGTTTTTTTGGTGAATAATGCAGGAGAGAAAGTTTTGGATCATGCCTCGTATGGA
AAGTGTTTAAACATATATGCATAGTGTGGTGTTCTTTTTCTCATTGTACATAAATGTCTC
CGTGTGCATTTTCGAGTGGAACATTGATAATATAAACCTCTTTTCTGTTCTGTACTTTGG
TCTTGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BJ07TF U 1
AF RR1B992TF U 72
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G
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G
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ATGATATTCATGGATATGGAGGATGGATCAAGACTTACAGCTGAAAAACTCCGCAAGAGT
CTAACCGAGCATGGCATTCTCGTCATCCCTGAAAACTCTTCCCGAATCAGAATGGTTATA
CACCACCAGATAACAACAAGTGATGTGCATTACACATTATCTTGCTTGCAACAAGCTGTG
CAGACGATTCAGGAACCATGCCAAAACTAAATTGGCAAACCACAATGCTCTCTCTCTTTT
TAAATATTGTTTGTGTAGGAGTTGGGTTGCAGGATGTTGAAACTATTGTCACAAGTTTTT
TTGGTGAATAATGCAGGAGAGAAGGTTTTGGATCATGCCTCGTATGGAAAGTGTTTAAAC
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CGAGTGGAACATTGATAATATAAACCTCTTTTCTGTTCTGTACTTTGGTCTTGACG

QA 2 837 2 837
DS 



AS 1 4

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CTTTTTCCTCTCTCTAATTGTTGTCTCCTGAGCAAAGAGTCGTTAAGATCATTGAGATTG
ATGAAGTCGACTGGTTTGTGATGATCGAATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
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15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1CA90TF U 1
AF RR1FR72TF U 53
AF RR1B166JQ C 431
AF RR1CA90JQ C 151
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QA 1 694 1 694
DS 

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GG
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TATAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCATCCAGATCGTTGTTCATCGATGGGGAACTTGGAG
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GACTCCAACAAGAGGTTCCTCTATGATGTTGGAGCTTATAATAGTGATGATGATGAAGCT
GACCAAAACGGAATGGGTGATTTTTTGAATGAAATGGCTGCCATGATGAATCAATCCAAG
CCTAATGAGAATAATTCAGGAGACAGTTTCGAACAGCTACAGGATCTGTTTAACGAGATG
TTTCAAGGAGACCCTACAGCATTCCCACCCTCATCATCTTCAACTTTCACTTCGTCTTGT
AGCTTTGTCTTTGACACGAATGGTCAGCAGTCACCGTTTGAGACGAGCTCGATGATGGGG
*AGAAGTGATCCTTTCGGATTTGACTCAAGATCTCACACTTTCTCTCTAGGGGTGGAACA
TCAGCAGGATTTCAAGAAAGGGACGAAGAACAATGGTGGAAGAAGAAGCAGACGGAAGAA
CAATTCTCAAACGTCTAACAACTAT

QA 3 687 3 687
DS 

RD RR1B166JQ 311 0 0
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CAGCATTCCCACCCTCATCATCTTCAACTTTCACTTCGTCTTGTAGCTTTGTCTTTGACA
CGAATGGTCAGCAGTCACCGTTTGAGACGAGCTCGATGATGGGG*AGAAGTGATCCTTTC
GGATTTGACTCAAGATCTCACACTTTCTCTCTAGGGGTGGAACATCAGCAGGATTTCAAG
AAAGGGACGAAGAACAATGGTGGAAGAAGAAGCAGACGGAAGAACAATTCTCAAACGTCT
AACAACTAT
GG

QA 1 309 1 309
DS 

RD RR1CA90JQ 842 0 0
ACCACCACCGAACTACGTACTGCTTATAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCATCCAGATCGT
TGTTCATCGATGGGGAACTTGGAGTTTGTAGACCAAGCAAAGAAGAAATTTCAGGCTATC
CAAGAAGCCTACTCTGTTCTGTCCGACTCCAACAAGAGGTTCCTCTATGATGTTGGAGCT
TATAATAGTGATGATGATGAAGCTGACCAAAACGGAATGGGTGATTTTTTGAATGAAATG
GCTGCCATGATGAATCAATCCAAGCCTAATGAGAATAATTCAGGAGACAGTTTCGAACAG
CTACAGGATCTGTTTAACGAGATGTTTCAAGGAGACCCTACAGCATTCCCACCCTCATCA
TCTTCAACTTTCACTTCGTCTTGTAGCTTTGTCTTTGACACGAATGGTCAGCAGTCACCG
TTTGAGACGAGCTCGATGATGGGG*AGAAGTGATCCTTTCGGATTTGACTCAAGATCTCA
CACTTTCTCTCTAGGGGTGGAACATCAGCAGGATTTCAAGAAAGGGACGAAGAACAATGG
TGGAAGAAGAAGCAGACGGAAGAACAATTCTCAAACGTCTAACAACTATGGAGTCTCCTC
CACTTCATAGGCCCTTTTTTTCAGAACCGTATTTTTTTTGATTTGTCGACTAGTCACACA
CACACAAGAGGACTACTGGTTCTGGTCCTTCTCAACGGCGATGCCCATCACAAAAAAATT
CTTAAAATACATTTTCTCGAAGCTTCTTTTCTTTTTCCTCTCTCTAATTGTTGTCTCCTG
AGCAAAGAGTCGTTAAGATCATTGAGATTGATGAAGTCGACTGGTTTGTGATGATCGAAT
AC

QA 1 842 1 842
DS 



AS 2 5

CO CL2011Contig1 852 2 15 U
GGATAAATTAATCTACTTCCTTCTCAAAGTATAAATTAGTTTAGCAATAATGAAGAGATA
AATATTACAGATATAAAAAGAGATAAATTTTGACCAAAAAAATACAAAAAATAAAAAGAG
ATAAATCTACAATAGACGTGTATTCACACGATCCTCCTAATTAATCTCAACTTCCCATCA
TCACACGATTCTTTTTCACCGTTTCATCTTTCTCCTCCTCTTCTCTATATCATTTCATCT
TTTCCTTTTCTCTTCTCTTTCTCCTGCATCGCAATCAAAAACTCTCTGTTCTAGAATTTA
TATCGAAGATGCCACTGGAGTATACTCCTATATCTCAGCTCAATGCGTCTAAGAAGGAAT
GGAAAATCAGAGTGCTGATCTCGCGGATTTGGGATTACTTTGCCAAATATAAACCTGATG
TTGTTCTTGGAATGGAAGCGATCCTTGTGGATGAAAAGGGTGATAGGATTCAAGCTTCTC
TGAAACCGAAACTGATTAAAAAATACAAAAGGGAGCTACAAGAAGGAGAGTATCTAGATG
TGATGAATTTTGAAGTAGTGGATAACAATGGTGATTACAGAGGAACCACACATCCTTTCA
AGATTAATTTTATATATACTACATATGCGAAGAAGCCCTCTTAGATGATTCCAAATCTCT
CCCGCTTCAACTTAAGCCCCTTTCCAGATATTTTATCTCTGTCAAATGTTGATGATGCCT
TCATAGACATACTTGGTGAAATTGTTGGCATGGATCAGATTACCGACAGAAACTATGCTG
GAATTTAACAAACTGTTGGACATTCAACTACGTGATCTGAGTGAACAATCATTGATGTAC
TCTATGGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DD79TF U 1
AF RR1BO13TF U 42
BS 1 344 RR1DD79TF
BS 345 345 RR1BO13TF
BS 346 684 RR1DD79TF
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BS 805 825 RR1DD79TF
BS 826 826 RR1BO13TF
BS 827 852 RR1DD79TF

RD RR1DD79TF 852 0 0
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AATATTACAGATATAAAAAGAGATAAATTTTGACCAAAAAAATACAAAAAATAAAAAGAG
ATAAATCTACAATAGACGTGTATTCACACGATCCTCCTAATTAATCTCAACTTCCCATCA
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TTTCCTTTTCTCTTCTCTTTCTCCTGCATCGCAATCAAAAACTCTCTGTTCTAGAATTTA
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TGATGAATTTTGAAGTAGTGGATAACAATGGTGATTACAGAGGAACCACACATCCTTTCA
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CCCGCTTCAACTTAAGCCCCTTTC*AGATATTTTATCTCTGTCAA*TGTTGATGATGCCT
TCATAGACATACTTGGTGAAATTGTTGGCATGGATCAGAT*ACCGACAGAAGCTATGCTG
GAATTTAACAAACTGTTGGACAT*CAACTACGTGATCTGAGTGAA*AATCATTGATGTAC
TCTATGGAAAAA

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR1BO13TF 811 0 0
G
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TACAAAAAATAAAAAGAGATAAATCTACAATAGACGTGTATTCACACGATCCTCCTAATT
AATCTCAACTTCCCATCATCACACGATTCTTTTTCACCGTTTCATCTTTCTCCTCCTCTT
CTCTATATCATTTCATCTTTTCCTTTTCTCTTCTCTTTCTCCTGCATCGCAATCAAAAAC
TCTCTGTTCTAGAATTTATATCGAGGATGCCACTGGAGTATACTCCTATATCTCAGCTCA
ATGCGTCTAAGAAGGAATGGAAAATCAGAGTGCTGATCTCGCGGATTTGGGATTACTTTG
CCAAATATAAACCTGATGTTGTTCTTGGAATGGAAGCGATCCTTGTGGATGAAAAGGGTG
ATAGGATTCAAGCTTCTCTGAAACCGAAACTGATTAAAAA*TACAAAAGGGAGCTACAAG
AAGGAGAGTATCTAGATGTGATGAATTTTGAAGTAGTGGATAACAATGGTGATTACAGAG
GAACCACACATCCTTTCAAGATTAATTTTATATATACTACATATGCGAAGAAGCCCTCTT
AGATGATTCCAAATCTCTCCCGCTTCAACTTAAGCCCCTTTCCAGATATTTTATCTCTGT
CAAATGTTGATGATGCCTTCATAGACATACTTGGTGAAATTGTTGGCATGGATCAGATTA
CCGACAGAAACTATGCTGGAATTTAACAAACTGTTGGACATTCAACTACGTGATCTGAGT
GAACAATCATTGATGTACTCTATGGAAAAA

QA 2 811 2 811
DS 



CO CL2011Contig2 651 3 2 U
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AAAAAAATACAAAAAATAAAAAGAGATAAATCTACAATAGACGTGTATTCACACGATCCT
CCTAATTAATCTCAACTTCCCATCATCACACGATTCTTTTTCACCGTTTCATCTTTCTCC
TCCTCTTCTCTATATCATTTCATCTTTTCCTTTTCTCTTCTCTTTCTCCTGCATCGCAAT
CAAAAACTCTCTGTTCTAGAATTTATATCGAAGATGCCACTGGAGTATACTCCTATATCT
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ATAGAGGCCAACAAATATTCATGCTATACTTGCGACAAGAATGAAACCACCACAAGTATA
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GATAGAGAAGTCATACAACTCATCCATAAATCTGCATATGAATTGCTTGAACAACAAGTG
CAGGTTGACCGTGAGAATGAAATTCCTCAAGAATTGATTGAACTAAATATATTAAATTAA
TAAATTTGTACAAACAATTTCATAAATATAAAATATTTAGAATGTGTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1CW40TF U 190
AF RR1FX40TF U 1
AF RR1FX40JQ C 253
BS 1 650 RR1FX40TF
BS 651 651 RR1FX40JQ

RD RR1CW40TF 146 0 0
CTATATCATTTCATCTTTTCCTTTTCTCTTCTCTTTCTCCTGCATCGCAATCAAAAACTC
TCTGTTCTAGAATTTATATCGAAGATGCCACTGGAGTATACTCCTATATCTCAGCTCAAT
GCGTCTAAGAAGGAA
AATCAGAGTGC

QA 1 135 1 135
DS 

RD RR1FX40TF 650 0 0
GGAGTTTAGCAATAATGAAGAGATAAATATTACAGATATAAAAAGAGATAAATTTTGACC
AAAAAAATACAAAAAATAAAAAGAGATAAATCTACAATAGACGTGTATTCACACGATCCT
CCTAATTAATCTCAACTTCCCATCATCACACGATTCTTTTTCACCGTTTCATCTTTCTCC
TCCTCTTCTCTATATCATTTCATCTTTTCCTTTTCTCTTCTCTTTCTCCTGCATCGCAAT
CAAAAACTCTCTGTTCTAGAATTTATATCGAAGATGCCACTGGAGTATACTCCTATATCT
CAGCTCAATGCGTCTAAGAAGGAATGGAAAATCAGAGCGCTGATCTCGCGGATTTGGGAA
ATAGAGGCCAACAAATATTCATGCTATACTTGCGACAAGAATGAAACCACCACAAGTATA
AGGTACAAAGTGCAAGTCAAAGTAGCTGATCATACTGGAAGTACATCTTTTATATTATTT
GATAGAGAAGTCATACAACTCATCCATAAATCTGCATATGAATTGCTTGAACAACAAGTG
CAGGTTGACCGTGAGAATGAAATTCCTCAAGAATTGATTGAACTAAATATATTAAATTAA
TAAATTTGTACAAACAATTTCATAAATATAAAATATTTAGAATGTGTTAC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1FX40JQ 399 0 0
GTTT
TAGAATTTATATGGAAGATGCCACTGGAGTATACTCCTATATCTCAGCTCAATGCGTCTA
AGAAGGAATGGAAAATCAGAGCGCTGATCTCGCGGATTTGGGAAATAGAGGCCAACAAAT
ATTCATGCTATACTTGCGACAAGAATGAAACCACCACAAGTATAAGGTACAAAGTGCAAG
TCAAAGTAGCTGATCATACTGGAAGTACATCTTTTATATTATTTGATAGAGAAGTCATAC
AACTCATCCATAAATCTGCATATGAATTGCTTGAACAACAAGTGCAGGTTGACCGTGAGA
ATGAAATTCCTCAAGAATTGATTGAACTAAATATATTAAATTAATAAATTTGTACAAACA
ATTTCATAAATATAAAATATTTAGAATGTGTTACC

QA 5 399 5 399
DS 



AS 1 5

CO CL2012Contig1 513 5 6 U
GGATCGTCAAAGCAGTCATCTGAAACCAACATTTCGAGAGAGAGAGATTTTGAGAGAGAT
GAGGTTGTTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGTACTTGGCCGTT
TCTCACCGGATTCGCCGTAACAGGCGTCCTCATCACCAAACTCACCGCTGGATTCACTGA
GGAAGACGCCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCGACTGATGTGAA
ATCTATTTCGAAAAGTGCTTCTGGCTTTCAAACTTTATTCTAATAAACATAAAAAA*GAG
AGAATCCTACATACTTGTTTTGTGATCTCTCGTTCCTTTCATTTTTTT**GTCTTTTCAC
AACTCTCTAAACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGATTCCAGTCTTTTCCCCCATGTTTGA
AATGGAATTATTCCTCTCTGTTTGTTAAGTTGAATCGAATGTAGATGGCATACCATCATT
AGTAACAAATCTCATCACAAGAGTTCATTAAGC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BR71JQ C 1
AF RR1AU36JQ C 1
AF RR1BR71TF U 1
AF RR1AU36TF U 1
AF RR1C842TF U 7
BS 1 296 RR1BR71TF
BS 297 297 RR1AU36TF
BS 298 348 RR1BR71TF
BS 349 350 RR1AU36TF
BS 351 403 RR1BR71TF
BS 404 513 RR1C842TF

RD RR1BR71JQ 222 0 0
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GAGGTTGTTCGATCCATGGCCAGTGTTTTTCAAGAGGGAGGGGAAACGTACTTGGCCGTT
TTTCCCCGGATTCGCCGTAACAGGGGTCCTCATCACCAAACTCACCGCTGGATTCACTGA
GGAAGACGCCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCG

QA 1 222 1 222
DS 

RD RR1AU36JQ 405 0 0
GGATCGTCAAAGCAGTCATCTGAAACCAACATTTCGAGAGAGAGAGATTTTGAGAGAGAT
GAGGTTGTTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGTACTTGGCCGTT
TCTCACCGGATTCGCCGTAACAGGCGTCCTCATCACCAAACTCACCGCTGGATTCACTGA
GAAAGACGCCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCGACTGATGTGAA
ATCTATTTCGAAAAGTGCTTCTGGCTTTCAAACTTTATTCTAATAAACATAAAAAA*GAG
AGAATCCTACATACTTGTTTTGTGATCTCTCGTTCCTTTCATTTTTTT**GTCTTTTCAC
AACTCTCTAAACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGATTCCAGTC
TC

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR1BR71TF 403 0 0
GGATCGTCAAAGCAGTCATCTGAAACCAACATTTCGAGAGAGAGAGATTTTGAGAGAGAT
GAGGTTGTTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGTACTTGGCCGTT
TCTCACCGGATTCGCCGTAACAGGCGTCCTCATCACCAAACTCACCGCTGGATTCACTGA
GGAAGACGCCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCGACTGATGTGAA
ATCTATTTCGAAAAGTGCTTCTGGCTTTCAAACTTTATTCTAATAAACATAAAAAAAGAG
AGAATCCTACATACTTGTTTTGTGATCTCTCGTTCCTTTCATTTTTTTTTGTCTTTTCAC
AACTCTCTAAACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGATTCCAGTC

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR1AU36TF 405 0 0
GGATCGTCAAAGCAGTCATCTGAAACCAACATTTCGAGAGAGAGAGATTTTGAGAGAGAT
GAGGTTGTTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGTACTTGGCCGTT
TCTCACCGGATTCGCCGTAACAGGCGTCCTCATCACCAAACTCACCGCTGGATTCACTGA
GAAAGACGCCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCGACTGATGTGAA
ATCTATTTCGAAAAGTGCTTCTGGCTTTCAAACTTTATTCTAATAAACATAAAAAA*GAG
AGAATCCTACATACTTGTTTTGTGATCTCTCGTTCCTTTCATTTTTTT**GTCTTTTCAC
AACTCTCTAAACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGATTCCAGTC
TC

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR1C842TF 507 0 0
GG
AAAGCAGTCATCTGAAACCAACATTTCGAGAGAGAGAGATTTTGAGAGAGATGAGGTTGT
TCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGTACTTGGCCGTTTCTCACCG
GATTCGCCGTAACAGGCGTCCTCATCACCAAACTCACCGCTGGATTCACTGAGGAAGACG
CCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCGACTGATGTGAAATCTATTT
CGAAAAGTGCTTCTGGCTTTCAAACTTTATTCTAATAAACATAAAAAA*GAGAGAATCCT
ACATACTTGTTTTGTGATCTCTCGTTCCTTTCATTTTTTTTTGTCTTTTCACAACTCTCT
AAACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGATTCCAGTCTTTTCCCCCATGTTTGAAATGGAAT
TATTCCTCTCTGTTTGTTAAGTTGAATCGAATGTAGATGGCATACCATCATTAGTAACAA
ATCTCATCACAAGAGTTCATTAAGC

QA 3 507 3 507
DS 



AS 1 5

CO CL2013Contig1 682 5 1 U
GCTCGAAGTTTTAGCCGTCTCTGCCTCTCCTATCGTCTCCTACATTCTTGCCTCTAGCTT
TCACAAAACAGCTGCCATGGCGGAACAGACTGAGAAGGCTTTTCTAAAGCAACCTAAGGT
CTTCCTTAGCTCGAAGATATCTGGAAAGGGAAAGCGACCTGGGAAGGGTGGAAACCGTTT
CTCCAAGAACATCGGTTTGGGCTTCAAGACTCCTCGTGAAGCCATTCAAGGAACTTACAT
TGACAGAAAATGTCCCTTCACCGGAACTGTTTCCATTAGAGGCCGTATCTTAGCCGGTAC
TTGCCACAGCGCCAAGATGCAGAGGACCATCATTGTCAGAAGGAACTATCTCCACTTTGT
CAAGAAGTATCAGAGGTACGAGAAGAGGCACTCCAACATCCCTGCTCATGTCTCACCATG
CTTCCGTGTCAAGGAAGGAGACCATGTCATCATCGGCCAATGCAGGCCATTGTCCAAGAC
TGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATTCCAGCTGGTGCTTCTGCTTTCGCGAAGAAGGC
TTTTACTGGAATGTAAGAAGGGAGCTTTTCATCTTAGTTTATGTTTTTGGATGCTTTTAT
CCCTTTATCTATGGAAGAATTTCACATTTGAGTGTTCAGATATTAATGTTTTAATGCATC
GATTTTGTTTATTTTGCCAAAA


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1AE47JQ C 39
AF RR1AE47TF U 3
AF RR1GE93TF U 2
AF RR1BS62TF U 1
AF RR1BS62JQ C 123
BS 1 682 RR1BS62TF

RD RR1AE47JQ 617 0 0
CCT
ACATTCTTGCCTCTAGCTTTCACAAAACAGCTGCCATGGCGGAACAGACTGAGAAGGCTT
TTCTAAAGCAACCTAAGGTCTTCCTTAGCTCGAAGATATCTGGAAAGGGAAAGCGACCTG
GGAAGGGTGGAAACCGTTTTTCCAAGAACATCGGTTTGGGCTTCAAGACTCCTCGTGAAG
CCATTCAAGGAACTTACATTGACAGAAAGTGTCCCTTCACCGGAACTGTTTCCATTAGAG
GCCGTATTTTAGCCG*TACTTGCCACAGCGCCAAGATGCAGAGGACCATCATTGTCAGAA
GGAACTATTTCCACTTTGTCAAGAAGTATCAGAGGTACGAGAAGAGGCACTCTAACATCC
CTGCTCATGTCTCACCATGCTTCCGTGTCAAGGAAGGAGACCATGTCATCATCGGCCAAT
GCAGGCCATTGTCCAAGACTGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATTCCAGCTGGTGCTT
CTGCTTTCGCGAAGAAGGCTTTTACTGGAATGTAAGAAGGGAGCTTTTCATCTTAGTTTA
TGTTTTTGGATGCTTTTATCCCTTTATCTATGGAAGAATTTCACATTTGAGTGTTCAGAT
ATTAATGTTTTAAT

QA 4 617 4 617
DS 

RD RR1AE47TF 653 0 0
GG
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AAAACAGCTGCCATGGCGGAACAGACTGAGAAGGCTTTTCTAAAGCAACCTAAGGTCTTC
CTTAGCTCGAAGATATCTGGAAAGGGAAAGCGACCTGGGAAGGGTGGAAACCGTTTCTCC
AAGAACATCGGTTTGGGCTTCAAGACTCCTCGTGAAGCCATTCAAGGAACTTACATTGAC
AGAAAGTGTCCCTTCACCGGAACTGTTTCCATTAGAGGCCGTATCTTAGCCG*TACTTGC
CACAGCGCCAAGATGCAGAGGACCATCATTGTCAGAAGGAACTATCTCCACTTTGTCAAG
AAGTATCAGAGGTACGAGAAGAGGCACTCTAACATCCCTGCTCATGTCTCACCATGCTTC
CGTGTCAAGGAAGGAGACCATGTCATCATCGGCCAATGCAGGCCATTGTCCAAGACTGTG
AGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATTCCAGCTGGTGCTTCTGCTTTCGCGAAGAAGGCTTTT
ACTGGAATGTAAGAAGGGAGCTTTTCATCTTAGTTTATGTTTTTGGATGCTTTTATCCCT
TTATCTATGGAAGAATTTCACATTTGAGTGTTCAGATATTAATGTTTTAAT

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR1GE93TF 654 0 0
GGG
GAAGTTTTAGCCGTCTCTGCCTCTCCTATCGTCTCCCACATTCTTGCCTCTAGCTTTCAC
AAAACAGCTGCCATGGCGGAACAGACTGAGAAGGCTTTTCTAAAGCAACCTAAGGTCTTC
CTTAGCTCGAAGATATCTGGAAAGGGAAAGCGACCTGGGAAGGGTGGAAACCGTTTCTCC
AAGAACATCGGTTTGGGCTTCAAGACTCCTCGTGAAGCCATTCAAGGAACTTACATTGAC
AGAAAATGTCCCTTCACCGGAACTGTTTCCATTAGAGGCCGTATCTTAGCCGGTACTTGC
CACAGCGCCAAGATGCAGAGGACCATCATTGTCAGAAGGAACTATCTCCACTTTGTCAAG
AAGTATCAGAGGTACGAGAAGAGGCACTCCAACATCCCTGCTCATGTCTCACCATGCTTC
CGTGTCAAGGAAGGAGACCATGTCATCATCGGCCAATGCAGGCTATTGTCCAAGACTGTG
AGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATTCCAGCTGGTGCTTCTGCTTTCGCGAAGAAGGCTTTT
ACTGGAATGTAAGAAGGGAGCTTTTCATCTTAGTTTATGTTTTTGGATGCTTTTATCC*T
TTATCTATGGAAGAATTTCACATTTGAGTGTTCAGATATTAATGTTTTAAT

QA 4 654 4 654
DS 

RD RR1BS62TF 682 0 0
GCTCGAAGTTTTAGCCGTCTCTGCCTCTCCTATCGTCTCCTACATTCTTGCCTCTAGCTT
TCACAAAACAGCTGCCATGGCGGAACAGACTGAGAAGGCTTTTCTAAAGCAACCTAAGGT
CTTCCTTAGCTCGAAGATATCTGGAAAGGGAAAGCGACCTGGGAAGGGTGGAAACCGTTT
CTCCAAGAACATCGGTTTGGGCTTCAAGACTCCTCGTGAAGCCATTCAAGGAACTTACAT
TGACAGAAAATGTCCCTTCACCGGAACTGTTTCCATTAGAGGCCGTATCTTAGCCGGTAC
TTGCCACAGCGCCAAGATGCAGAGGACCATCATTGTCAGAAGGAACTATCTCCACTTTGT
CAAGAAGTATCAGAGGTACGAGAAGAGGCACTCCAACATCCCTGCTCATGTCTCACCATG
CTTCCGTGTCAAGGAAGGAGACCATGTCATCATCGGCCAATGCAGGCCATTGTCCAAGAC
TGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATTCCAGCTGGTGCTTCTGCTTTCGCGAAGAAGGC
TTTTACTGGAATGTAAGAAGGGAGCTTTTCATCTTAGTTTATGTTTTTGGATGCTTTTAT
CCCTTTATCTATGGAAGAATTTCACATTTGAGTGTTCAGATATTAATGTTTTAATGCATC
GATTTTGTTTATTTTGCCAAAA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1BS62JQ 556 0 0
TCCTTAGCTCGAAGATATCTGGAAAGGGAAAGCGACCTGGGAAGGGTGGAAACCGTTTCT
CCAAGAACATCGGTTTGGGCTTCAAGACTCCTCGTGAAGCCATTCAAGGAACTTACATTG
ACAGAAAATGTCCCTTCACCGGAACTGTTTCCATTAGAGGCCGTATCTTAGCCGGTACTT
GCCACAGCGCCAAGATGCAGAGGACCATCATTGTCAGAAGGAACTATCTCCACTTTGTCA
AGAAGTATCAGAGGTACGAGAAGAGGCACTCCAACATCCCTGCTCATGTCTCACCATGCT
TCCGTGTCAAGGAAGGAGACCATGTCATCATCGGCCAATGCAGGCCATTGTCCAAGACTG
TGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATTCCAGCTGGTGCTTCTGCTTTCGCGAAGAAGGCTT
TTACTGGAATGTAAGAAGGGAGCTTTTCATCTTAGTTTATGTTTTTGGATGCTTTTATCC
CTTTATCTATGGAAGAATTTCACATTTGAGTGTTCAGATATTAATGTTTTAATGCATCGA
TTTTGTTTATTTTGCC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 4

CO CL2014Contig1 732 4 3 U
GAGAGACTGCCCACGGAAAATTCCCATTGAAAGCTGCTGGAGTGATGCATACAGTTGCAC
TGCGAACGGAAGCCACCATTACTACTAGTAGTGAAATGCCAGCTAATCTTGGCCAAGCCT
TTAAGAACCATATGAGCGAGATGTTTGCATATCATGCAACCATGATGTCAAACACACTTG
GAACTTCAACTGTTGTCTTCACCAGAACTGGTTTCATGGCCATACTACTAAGTCACTATC
GCCCTTCCGGCACAAT**ATGCCTTCACAAATGAGAAAAAGATACAGCAAAGATTAGCCT
CGTATCAAGGTGTATGTCCCATATATATGGAGTTCTCAGATGATGCAGAAGACACTTTCT
CTAATGCTTTGGCTACACTGCTGAAACAAGGAATGGTGAAGAAGGGAGAGGAAATAGCGA
TTGTACAGAGCGGGTCACAACCAATCTGGAGATCTCAATCGACTCATAACATTCAAGTCC
GCAAGGTGTAAAGCCTCTGAAGGCGTCTCAATGTTTCACCTGGTCAGATCGTTCTTTTTA
TTTATTTGTGAAACCGGTTTGCGGTTAATTTTCCTTGCACGTCCTTTTGTTGTGTACTCT
AAAACTTTCTGTTTACTGTTTCTTATTCAGTCTTGCTTTCCTATGATTATGTTTCTCGCA
GACATTATTGTTAGCTCATTAGTTGTTTCGTGGGAAGATTTTAATTTAGATGAGTAATAA
ATGTGTTTTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK89TF U 313
AF RR1DG63JQ C 1
AF RR1AH20TF U 12
AF RR1AH20JQ C 86
BS 1 12 RR1DG63JQ
BS 13 688 RR1AH20TF
BS 689 732 RR1AH20JQ

RD RR1CK89TF 330 0 0
TATGTCCCATATATATGGAGTTCTCAGATGATGCAGAAGACACTTTCTCTAATGCTTTGG
CTACACTGCTGAAACAAGGAATGGTGAAGAAGGGAGAGGAAATAGCGATTGTACAGAGCA
GGTCACAACCAATCTGGAGATCTCAATCGACTCATAACATTCAAGTCCGCAAGGTGTAAA
GCCTCTGAAGGCGTCTCAATGTTTCACCTGGTCAGATCGTTCTTTTTATTTATTTGTGAA
ACCGGTTTGCGGTTAATTTTCCTTGCACGTCCTTTTGTTGTGTACTCTAAAACTTTCTGT
TTACTGTTTCTTATTCAGTCTTGCTTTCCT

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR1DG63JQ 677 0 0
GAGAGACTGCCCACGGAAAATTCCCATTGAAAGCTGCTGGAGTGATGCATACAGTTGCAC
TGCGAACGGAAGCCACCATTACTACTAGTAGTGAAATGCCAGCTAATCTTGGCCAAGCCT
TTAAGAACCATATGAGTGAGATGTTTGCATATCATGCAACCATGATGTCAAACACACTTG
GAACTTCAACTGTTGTCTTCACCAGAACTGGTTTCATGGCCATACTACTAAGTCACTATC
GCCCTTCCGGCACAATCTATGCCTTCACAAATGAGAAAAAGATACAGCAAAGATTAGCCT
TGTATCAAGGTGTATGTCCCATATATATGGAGTTCTCAGATGATGCAGAAGACACTTTCT
CTAATGCTTTGGCTACACTGCTGAAACAAGGAATGGTGAAGAAGGGAGAGGAAATAGCGA
TTGTACAGAGCGGGTCACAACCAATCTGGAGATCTCAATCGACTCATAACATTCAAGTCC
GCAAGGTGTAAAGCCTCTGAAGGCGGCTCAATGTTTCACCTGGTCAGATCGTTCTTTTTA
TTTATTTGTGAAACCGGTTTGCGGTTAATTTTCCTTGCACGTCCTTTTGTTGTGTACTCT
AAAACTTTCTGTTTACTGTTTCTTATTCAGTCTTGCTTTCCTATGATTATGTTTCTCGCG
GACATTATTGTTAGC
AC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1AH20TF 677 0 0
G
ACGGAAAATTCCCATTGAAAGCTGCTGGAGTGATGCATACAGTTGCACTGCGAACGGAAG
CCACCATTACTACTAGTAGTGAAATGCCAGCTAATCTTGGCCAAGCCTTTAAGAACCATA
TGAGCGAGATGTTTGCATATCATGCAACCATGATGTCAAACACACTTGGAACTTCAACTG
TTGTCTTCACCAGAACTGGTTTCATGGCCATACTACTAAGTCACTATCGCCCTTCCGGCA
CAAT**ATGCCTTCACAAATGAGAAAAAGATACAGCAAAGATTAGCCTCGTATCAAGGTG
TATGTCCCATATATATGGAGTTCTCAGATGATGCAGAAGACACTTTCTCTAATGCTTTGG
CTACACTGCTGAAACAAGGAATGGTGAAGAAGGGAGAGGAAATAGCGATTGTACAGAGCG
GGTCACAACCAATCTGGAGATCTCAATCGACTCATAACATTCAAGTCCGCAAGGTGTAAA
GCCTCTGAAGGCGTCTCAATGTTTCACCTGGTCAGATCGTTCTTTTTATTTATTTGTGAA
ACCGGTTTGCGGTTAATTTTCCTTGCACGTCCTTTTGTTGTGTACTCTAAAACTTTCTGT
TTACTGTTTCTTATTCAGTCTTGCTTTCCTATGATTATGTTTCTCGCAGACATTATTGTT
AGCTCATTAGTTGTTT

QA 2 677 2 677
DS 

RD RR1AH20JQ 647 0 0
TAGTAGTGAAATGCCAGCTAATCTTGGCCAAGCCTTTAAGAACCATATGAGCGAGATGTT
TGCATATCATGCAACCATGATGTCAAACACACTTGGAACTTCAACTGTTGTTTTCACCAG
AACTGGTTTCATGGCCATACTACTAAGTCACTATCGCCCTTCCGGCACAAT**ATGCCTT
CACAAATGAGAAAAAGATACAGCAAAGATTAGCCTCGTATCAAGGTGTATGTCCCATATA
TATGGAGTTCTCAGATGATGCAGAAGACACTTTCTCTAATGCTTTGGCTACACTGCTGAA
ACAAGGAATGGTGAAGAAGGGAGAGGAAATAGCGATTGTACAGAGCGGGTCACAACCAAT
CTGGAGATCTCAATCGACTCATAACATTCAAGTCCGCAAGGTGTAAAGCCTTTGAAGGCG
TCTCAATGTTTCACCTGGTCAGATCGTTCTTTTTATTTATTTGTGAAACCGGTTTGCGGT
TAATTTTCCTTGCACGTCCTTTTGTTGTGTACTCTAAAACTTTCTGTTTACTGTTTTTTA
TTCAGTCTTGCTTTCCTATGATTATGTTTCTCGCAGACATTATTGTTAGCTCATTAGTTG
TTTCGTGGGAAGATTTTAATTTAGATGAGTAATAAATGTGTTTTTGA

QA 1 647 1 647
DS 



AS 2 4

CO CL2015Contig1 673 2 3 U
GCAATGAAGGAACACCAACTGGAAACACAGTTTTGTCCCTAAAACATTAGCTATCGTATC
CGTTAAACATGAACATTCCAGTTTCTGTTGCTTAAACCAAACCCCAAAACAATCAAATGT
CACAACAGAGGATAATCTACCAGCCAAGAATTTCTACAAATTATAAAAAATACATTTCAA
GAACCAGAAATATGCTTGCCATCAGATGCAACATCAGCGCAGTTCCTTGTTTTAAGGAAA
ATGGGATGTGGTAACCTCTTACTCTTGTTTCTTAAGTGCCGGGTCAGTGCTTGGGACTCC
TGATCCTGATGTCAGTTTCTTCACGCTATCTTTGGCCTCTGCGACAAACGAAGCGTCTGG
CTTGTGTTTATCCACAGGTTCTTTCAGGGCCAGACAGATGTAGAACACAATCACTACATT
GACTGATACCACCGCAAGAAATCCACTTAGAAGTGTAAGTGAGTGTGGGGACAATGTTGT
CCAACCAGGGAGCAAATCATGGTTGAAGCCGTATAAGATGGCAATAGGAAGCATCCACAT
GAACATTGATGCAACAACGAACTTCTGCATAACCCCAGCCATTTGATCTACAGCTGAATC
TGGCTCGGTCTCGGACTCTCGAGGTTTCCAGAGTATATTTGCTTGCAATTTTACAAAGTC
TAGATTTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN48JQ U 13
AF RR1A274TF C 1
BS 1 12 RR1A274TF
BS 13 587 RR1GN48JQ
BS 588 673 RR1A274TF

RD RR1GN48JQ 590 0 0
CACCAACTGGAAACACAGTTTTGTCCCTAAAACATTAGCTATCGTATCCGTTAAACATGA
ACATTCCAGTTTCTGTTGCTTAAACCAAACCCCAAAACAATCAAATGTCACAACAGAGGA
TAATCTACCAGCCAAGAATTTCTACAAATTATAAAAAATACATTTCAAGAACCAGAAATA
TGCTTGCCATCAGATGCAACATCAGCGCAGTTCCTTGTTTTAAGGAAAATGGGATGTGGT
AACCTCTTACTCTTGTTTCTTAAGTGCCGGGTCAGTGCTTGGGACTCCTGATCCTGATGT
CAGTTTCTTCACGCTATCTTTGGCCTCTGCGACAAACGAAGCGTCTGGCTTGTGTTTATC
CACAGGTTCTTTCAGGGCCAGACAGATGTAGAACACAATCACTACATTGACTGATACCAC
CGCAAGAAATCCACTTAGAAGTGTAAGTGAGTGTGGGGACAATGTTGTCCAACCAGGGAG
CAAATCATGGTTGAAGCCGTATAAGATGGCAATAGGAAGCATCCACATGAACATTGATGC
AACAACGAACTTCTGCATAACCCCAGCCATTTGAT
GCTGAATCTGGCTCG

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1A274TF 673 0 0
GCAATGAAGGAACACCAACTGGAAACACAGTTTTGTCCCTAAAACATTAGCTATCGTATC
CGTTAAACATGAACATTCCAGTTTCTGTTGCTTAAACCAAACCCCAAAACAATCAAATGT
CACAACAGAGGATAATCTACCAGCCAAGAATTTCTACAAATTATAAAAAATACATTTCAA
GAACCAGAAATATGCTTGCCATCAGATGCAACATCAGCGCAGTTCCTTGTTTTAAGGAAA
ATGGGATGTGGTAACCTCTTACTCTTGTTTCTTAAGTGCCGGGTCAGTGCTTGGGACTCC
TGATCCTGATGTCAGTTTCTTCACGCTATCTTTGGCCTCTGCGACAAACGAAGCGTCTGG
CTTGTGTTTATCCACAGGTTCTTTCAGGGCCAGACAGATGTAGAACACAATCACTACATT
GACTGATACCACCGCAAGAAATCCACTTAGAAGTGTAAGTGAGTGTGGGGACAATGTTGT
CGAACCAGGGAGCAAATCATGGTTGAAGCCGTATAAGATGGCAATAGGAAGCATCCACAT
GAACATTGATGCAACAACGAACTTCTGCATAACCTCAGCCATTTGATCTACAGCTGAATC
TGGCTCGGTCTCGGACTCTCGAGGTTTCCAGAGTATATTTGCTTGCAATTTTACAAAGTC
TAGATTTCTTTCC

QA 1 673 1 673
DS 



CO CL2015Contig2 673 2 4 U
GGGAGAGAGAGAACCGAAAAAAAAGAAATCTAGACATTGGAAATTGCAGGAAAGCAAAAA
TACTCAAGAGAGTCCGAGACCGAGTTAACTCGCCAGATTCAGCTGTAGATCAAATGGCTG
GGGTTATGCAGAAGTTCCTAGTTGCATCAATGTTCATGTGGATGCTTCCTATTGCCATCT
TATACGCTTTCAACCATGATTTGCTCCCTGGTTCAACAACATTGTCCCCACACTCTCTTA
CACTTCTAAGTGGATTTCTTGCGGTGGTATCAGTCAATGTAGTGATTGTGTTCTACATCT
GTCTGGCCCTGAAAGAACCTGTGGATAAACACAAGCCAGACGCTTCGTTTGTCGCAGAGG
CCAAAGATAGTGTGAAGAAACTGACATCAGGATCAGGAGTCCCGAGCACTGACCCGGCAC
TTAAGAAACAAGAGTAAGAGGTTACCAAATCCCATTTTCCTTAAAACAAGGAACAGCGCT
GATATTGCATCTGATGGCGAGCATGTTTCAGGTTCTTGAAATGTATTTTTTATAATTTGT
AGAAATTCTTGGCTGGTAGATTATCCTCTGTTGTGACATTTGATGGTTTTGGGGGTTTGG
TTTAAGCAACAGAAACTGCATTGTTCATGTTGAACGGATACGATAGCTTATGTTTTAGGG
ACAAAACTGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F690TF U 1
AF RR1FJ26TF U 30
BS 1 332 RR1F690TF
BS 333 333 RR1FJ26TF
BS 334 504 RR1F690TF
BS 505 673 RR1FJ26TF

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GGGTTATGCAGAAGTTCCTAGTTGCATCAATGTTCATGTGGATGCTTCCTATTGCCATCT
TATACGCTTTCAACCATGATTTGCTCCCTGGTTCAACAACATTGTCCCCACACTCTCTTA
CACTTCTAAGTGGATTTCTTGCGGTGGTATCAGTCAATGTAGTGATTGTGTTCTACATCT
GTCTGGCCCTGAAAGAACCTGTGGATAAACACGAGCCAGACGCTTCGTTTGTCGCAGAGG
CCAAAGATAGTGTGAAGAAACTGACATCAGGATCAGGAGTCCCGAGCACTGACCCGGCAC
TTAAGAAACAAGAGTAAGAGGTTACCAAATCCCATTTTCCTTAAAACAAGGAACAGCGCT
GATATTGCATCTGATGGCGAGCAT
GTT

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR1FJ26TF 644 0 0
GG
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GTTCATGTGGATGCTTCCTATTGCCATCTTATACGCTTTCAACCATGATTTGCTCCCTGG
TTCAACAACATTGTCCCCACACTCTCTTACACTTCTAAGTGGATTTCTTGCGGTGGTATC
AGTCAATGTAGTGATTGTGTTCTACATCTGTCTGGCCCTGAAAGAACCTGTGGATAAACA
CAAGCCAGACGCTTCGTTTGTCGCAGAGGCCAAAGATAGTGTGAAGAAACTGACATCAGG
ATCAGGAGTCCCGAGCACTGACCCGGCACTTAAGAAACAAGAGTAAGAGGTTACCAAATC
CCATTTTCCTTAAAACAAGGAACAGCGCTGATATTGCATCTGATGGCGAGCATGTTTCAG
GTTCTTGAAATGTATTTTTTATAATTTGTAGAAATTCTTGGCTGGTAGATTATCCTCTGT
TGTGACATTTGATGGTTTTGGGGGTTTGGTTTAAGCAACAGAAACTGCATTGTTCATGTT
GAACGGATACGATAGCTTATGTTTTAGGGACAAAACTGTGTT

QA 3 644 3 644
DS 



AS 1 3

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ACCCGAATGGCCTTTAATTGACCCAACATCTCTGTGCTACGTCATTTATCATTAAGAAGG
CAATAATTGGAAAATAAATACACAAATGAGTCATTTTCTGAATCCATATTAAAGATTGCA
CATAATGCTTTGAGAAAAATGTCCTGGGAGAGAGCTAATAGCTTAATTTCTTTTGGCAGA
TCAAAAAATACCCATCCCGAAGTCAGTTTTTGGTGTTTTCAATCTTGTCTTGGAGGGGAT
GTGGCCGTTGATGTACCTTTGGGTTGGCTTTCTTCGGTAGAAGATGTTTGTTGAGTCTGA
GTTTGATCGCCGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTTTGAGCTGCTCTTCTGTAATCTTGAGG
TAATCCTCGGTTGTGTAAGCTTTTGGTGATTGAACATCATTCGGACCACTTGCAGCAGTC
ACAGGATCTTCAGTGCTAGGAACTGATGTTGGTGGTGGTGGTGGAGTGTTCATTCTGTTC
CGGTTGTACACATTTGGAGTTGAGATTTCATCAAGGCCAATCTCACGCTCAAGGGTGCTT
TTGAAATCTCTTGAAACATCCTGTAGCTCTCTAATAGTGGGCTGAAGTGTACGCAGTGTT
TTCCCAAGAGTTCGAGCAACCTCTGCAAGGCCTTTAGGACCAAAGACGAGCAAAGCAACA
ACTCCAATTACCAAAGCCTCAGGTGCTCCAACGCCAAACAGAGACGCACGAATCACCATA
CCTTTACTACATCTTCTCTTTCTCTCTGGGTTTGAAGATTTCGGCGAAATTGAGATGCCC
ATATGCTTTAGACCAATGTAAGGAGAGTAACGAGAAGAACCCAAACATGAAGAGAGATAA
GGTTTCGAAGTTTTGTAACAAGGGAGAAGGTGAGACCTATTTGTAATCGTTGGTGAAGAA
GATGCTATAATCTGAGAGGCCATGGCCATGGGCAGCTTCGAAATTTTTATTATTACAGTT
TTTGTCTGTGTTAGCTTCGAAGAATCTTTAAGACATAACTCACTCCCTCACCTTCATCAG
GACCAATCCATGTCCATTAGCTTGGAGAAAAAAAAGGATAAAATGGAAATCTAAATTATC
CTATGGGAATATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FD24JQ U 1
AF RR1BA66JQ U 48
AF RR1FD24TF C 374
BS 1 673 RR1FD24JQ
BS 674 767 RR1BA66JQ
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BS 838 1096 RR1FD24TF

RD RR1FD24JQ 673 0 0
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CATAATGCTTTGAGAAAAATGTCCTGGGAGAGAGCTAATAGCTTAATTTCTTTTGGCAGA
TCAAAAAATACCCATCCCGAAGTCAGTTTTTGGTGTTTTCAATCTTGTCTTGGAGGGGAT
GTGGCCGTTGATGTACCTTTGGGTTGGCTTTCTTCGGTAGAAGATGTTTGTTGAGTCTGA
GTTTGATCGCCGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTTTGAGCTGCTCTTCTGTAATCTTGAGG
TAATCCTCGGTTGTGTAAGCTTTTGGTGATTGAACATCATTCGGACCACTTGCAGCAGTC
ACAGGATCTTCAGTGCTAGGAACTGATGTTGGTGGTGGTGGTGGAGTGTTCATTCTGTTC
CGGTTGTACACATTTGGAGTTGAGATTTCATCAAGGCCAATCTCACGCTCAAGGGTGCTT
TTGAAATCTCTTGAAACATCCTGTAGCTCTCTAATAGTGGGCTGAAGTGTACGCAGTGTT
TTCCCAAGAGTTCGAGCAACCTCTGCAAGGCCTTTAGGACCAAAGACGAGCAAAGCAACA
ACTCCAATTACCA

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DS 

RD RR1BA66JQ 790 0 0
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ATTAAAGATTGCACATAATGCTTTGAGAAAAATGTCCTGGGAGAGAGCTAATAGCTTAAT
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TCTTGGAGGGGATGTGGCCGTTGATGTACCTTTGGGTTGGCTTTCTTCGGTAGAAGATGT
TTGTTGAGTCTGAGTTTGATCGCCGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTT*GAGCTGCTCTTC
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ACTTGCAGCAGTCACAGGATCTTCAGTGCTAGGAACTGATGTTGGTGGTGGTGG***AGT
GTTCATTCTGTTCTGGTTGTACACATTTGGAGTTGAGATTTCATCAAGGCCAATCTCACG
CTCAAGGGTGCTTTTGAAATCTCTTGAAACATCCTGTAGCTCTCTAATAGTGGGCTGAAA
TGTACGCAGTGTTTTCCCAAGAGTTCGAGCAACCTCTGCAAGGCCTTTAGGACCAAAGAC
GAGCAAAGCAACAACTCCAATTACCAAAGCCTCAGGTGCTCCAACGCCAAACAGAGACGC
ACGAATCACCATACCTTTACTACATCTTCTCTTTCTCTCTGGGTTTGAAGATTTCGGCGA
GATTGAGATGCCCATATGCTTTAGACCAATGTAAGGAGAGTAACGAGAAGAACCCAAACA
TGAAGAGAGA

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1FD24TF 723 0 0
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TGCTAGGAACTGATGTTGGTGGTGGTGGTGGAGTGTTCATTCTGTTCCGGTTGTACACAT
TTGGAGTTGAGATTTCATCAAGGCCAATCTCACGCTCAAGGGTGCTTTTGAAATCTCTTG
AAACATCCTGTAGCTCTCTAATAGTGGGCTGAAGTGTACGCAGTGTTTTCCCAAGAGTTC
GAGCAACCTCTGCAAGGCCTTTAGGACCAAAGACGAGCAAAGCAACAACTCCAATTACCA
AAGCCTCAGGTGCTCCAACGCCAAACAGAGACGCACGAATCACCATACCTTTACTACATC
TTCTCTTTCTCTCTGGGTTTGAAGATTTCGGCGAAATTGAGATGCCCATATGCTTTAGAC
CAATGTAAGGAGAGTAACGAGAAGAACCCAAACATGAAGAGAGATAAGGTTTCGAAGTTT
TGTAACAAGGGAGAAGGTGAGACCTATTTGTAATCGTTGGTGAAGAAGATGCTATAATCT
GAGAGGCCATGGCCATGGGCAGCTTCGAAATTTTTATTATTACAGTTTTTGTCTGTGTTA
GCTTCGAAGAATCTTTAAGACATAACTCACTCCCTCACCTTCATCAGGACCAATCCATGT
CCATTAGCTTGGAGAAAAAAAAGGATAAAATGGAAATCTAAATTATCCTATGGGAATATC
TCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 5

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GGATCCCATTATCATATCATCCTTCAAAACACAAAGCTAGAGAGAAAGAAAATGTGTTCC
TCAAAATCAAAGAACATGAACCAAGAAGCCATTTCCCAAATCAATGGTCGTCCGGTTCTT
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CCTAAACAGGCTGCTAAACCGGTGAAATTACCAGAGAGCACTGATGGTGGCTGCAGAGAG
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TCTGTAAAATCAAACGAAAATAACTTAAATGTTGAACATGAGAAGAAGAAGAGATGCAGT
TTCATCACTACAAGTTCAGATCCAATCTATGTGGCTTACCATGACGAAGAATGGGGAGTT
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TCCGACTGGACTTCGGTTTTGAAGAGAAGAAACACTTTTAGAGAGGCTTTCTCTGGTTTC
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AAAAGAGATTTTGGATCATTCAACAAATACATATGGGAATTCATGAAGCACAAACCGGTT
ACCACAGAATACACATCTTGCCAAAAGATTCCGGTGAAGACATCAAAATCAGAAACCATA
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ATGCAAGCCGCCGGTTTGACCAACGACCATTTGATCACTTGCCCGAGACATCTCGAGTGT
AAGGCCAAAGCTGGTCTATAGGCAAAAGAAGATCATTGTTTTGGTCACATTGGCTTTATT
TATTAGTTTTACGTAATCATAATAATATTGATGTGTTATTATTGTAGCACTATATATACC
ATGTGATATATAGATTTGAGGTCCTAACTTTAGGTGTTGTTTCTTGTACAAAAGTAGTTG
TTTGTGTGTGTGATTGTGCCTTATCTTTAATATATATTTGTGTATTTGGTT


BQ
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AF RR1HA69TF U 838
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AF RR1HA69JQ C 838
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DS 

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CAGCCAAAATCGAACCAAGTTCCCACTTTAGACCGACGCAATTCACTCAAGAAATCCCCT
CCTAAACCTTTGATACATCCCATTGCATCAAAGTTCGCGTCACCAAGACAAATATCCCTA
AACTCTCCACCTTTGTCTCCCAACTTAAAACCCATAAGAAAACTGGCCGGTCATGAGAAA
CCTAAACAGGCTGCTAAACCGGTGAAATTACCAGAGAGCACTGATGGTGGCTTCAGAGAG
GTTAAGTCCTTGATGACTGTTCAGAAGCAGCCTGGAAGTATAGCTGCTGCACGAAGACAA
GAGGTTGCTATGAAACAAGAAGAAAGAAAGAAGAAAATCTCTCATTATGGTAGAGTAAAA
TCTGTAAAATCAAACGAGAATAACTTAAATGTTGAACATGAGAAGAAGAAGAGATGCAGT
TTCATCACTACAAGTTCAGATCCAATCTATGTGGCTTACCATGACGAAGAATGGGGAGTT
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TCCGACTGGACTTCGGTTTTGAAGAGAAGAA*CACTTTTAGAGAG*CTTTCTCTGGTTTC
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CG

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T
AAT

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ACAAACCGGTTACCACAGAATACACATCTTGCCAAAAGATTCCGGTGAAGACATCCAAAT
CAGAAACCATAAGCAAAGACATGGTTCGTCGTGGATTTAGATTCGTTGGCCCGACAGTTA
TACATTCGTTAATGCAAGCCGCCGGTTTGACCAACGACCATTTGATCACTTGCCCGAGAC
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AAAAGTAGTTGTTTGTGTGTGTGATTGTGCCTTATCTTTAATATATATTTGTGTATTTGG
TT

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DS 

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GTTACCACAGAATACACATCTTGCCAAAAGATTCCGGTGAAGACATCAAAATCAGAAACC
ATAAGCAAAGACATGGTTCGTCGTGGGTTTAGATTCGTTGGCCCGACAGTTATACATTCG
TTAATGCAAGCCGCCGGTTTGACCAACGACCATTTGATCACTTGCCCGAGACATCTCGAG
TGTAAGGCCAAAGCTGGTCTATAGGCAAAAGAAGATCATTGTTTTGGTCACATTGGCTTT
ATTTATTAGTTTTACGTAATCATAATAATATTGATGTGTTATTATTGTAGCACTATATAT
ACCATGTGATATATAGATTTGAGGTCCTAACTTTAGGTGTTGTTTCTTGTACAAAAGTAG
TTGTTTGTGTGTGTGATTGTGCCTTATCTTTAATATATATTTGT

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 5

CO CL2018Contig1 1143 5 11 U
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AGGAGCCTACTTTCGAGTCTCTTTGCAGAGGAGGGAAGAAACAGTACGAGCCGCCTAGGT
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GTTCATTTTTAATTTGCGTTTTTAATGAGAAGAGTGTATTGAAATATTCATTTGGCTCGA
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GTT


BQ
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35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1B648TF U 1
AF RR1FG51TF U 2
AF RR1A177TF U 66
AF RR1B648JQ C 400
AF RR1FG51JQ C 360
BS 1 54 RR1B648TF
BS 55 55 RR1FG51TF
BS 56 272 RR1B648TF
BS 273 273 RR1FG51TF
BS 274 287 RR1B648TF
BS 288 288 RR1FG51TF
BS 289 519 RR1B648TF
BS 520 520 RR1FG51TF
BS 521 673 RR1B648TF
BS 674 698 RR1FG51TF
BS 699 1143 RR1FG51JQ

RD RR1B648TF 673 0 0
GGGACCTTCTTCTCCTTTCAGTATCGGCCGTCGTCCGCACAGCATTAGGTTTCAGTACAG
AAGAGAAGAATTGTAGGAGAAAGATGTTGTACATCATAGGTTTAGGGTTAGGAGACGAAA
GAGACATAACGCTGAGAGGGCTCGAGGCCGTCAAGAAGTCTCAGAAAATCTACATGGAAG
CTTACACTTCTCTTTTGTCCTTTGGTCTCTCTTCTGATGGTCTTTCCAATCTCGAAAAGT
TTTATGGGAAACCGATCACACTTGCTGATAGATAAATGGTGGAAGAATAGGCAGGGGCTA
TGATTGAAGAAGCTATTGACAATGACATCGCTTTTCTCGTTGTTGGTGATCCCTTTGGAG
CTACAACGCATAGCGATCTTGTTGTTAGAGCTAAGAAACTCGGTGTGAAGGTAGAGGTAG
TGCACAACGCATCTGTCATGAACGCTGTTGGGATCTGTGGTCTGCAGCTTTACCACTACG
GAGAGACGGTCTCGATACCGTTCTTCACCGAGACTTGGAAGCCTGATAGCTTTTACGAGA
AGATCAAGAAGAACCGCGCTCTCGGACTGCACACGCTCTGCTTGCTTGATATCCGAGTGA
AGGAGCCTACTTTCGAGTCTCTTTGCAGAGGAGGGAAGAAACAGTACGAGCCGCCTAGGT
ATATGAGTGTTAA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1FG51TF 703 0 0
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AGAGAAGAGTTGTAGGAGAAAGATGTTGTACATCATAGGTTTAGGGTTAGGAGACGAAAG
AGACATAACGCTGAGAGGGCTCGAGGCCGTCAAGAAGTCTCAGAAAATCTACATGGAAGC
TTACACTTCTCTTTTGTCCTTTGGTCTCTCTTCTGATGGTCTTTCCAATCTCGAAAAGTT
TTATGGGAAACCGATCACACTTGCTGATAGAGAAATGGTGGAAGAAAAGGCAGGGGCTAT
GATTGAAGAAGCTATTGACAATGACATCGCTTTTCTCGTTGTTGGTGATCCCTTTGGAGC
TACAACGCATAGCGATCTTGTTGTTAGAGCTAAGAAACTCGGTGTGAAGGTAGAGGTAGT
GCACAACGCATCTGTCATGAACGCTGTTGGGATCTGTGGTCTGCAGCTTTACCACT*CGG
AGAGACGGTCTCGATACCGTTCTTCACCGAGACTTGGAGGCCTGATAGCTTTTACGAGAA
TATCAAGAAGAACCGCGCTCTCGGACTGCACACGCTCCGCTTGCTTGATATCCGAGTGAA
GGAGCCTACTTTCGATTCTCTTTGCAGAGGAGGGAAGAAACAGTACGAGCCGCCTAGGTA
TATGAGTGTTAATACGGCCATCGAGCAGCTGCTGGAG
TCAGCA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1A177TF 609 0 0
AAGAATTGTAGGAGAAAGATGTTGTACATCATAGGTTTAGGGTTAGGAGACGAAAGAGAC
ATAACGCTGAGAGGGCTCGAGGCCGTCAAGAAGTCTCAGAAAATCTACATGGAAGCTTAC
ACTTCTCTTTTGTCCTTTGGTCTCTCTTCTGATGGTCTTTCCAATCTCGAAAAGTTTTAT
GGGAAACCGATCACACTTGCTGATAGAGAAATGGTGGAAGAAAAGGCAGGGGCTATGATT
GAAGAAGCTATTGACAATGACATCGCTTTTCTCGTTGTTGGTGATCCCTTTGGAGCTACA
ACGCATAGCGATCTTGTTGTTAGAGCTAAGAAACTCGGTGTGAAGGTAGAGGTAGTGCAC
AACGCATCTGTCATGAACGCTGTTGGGATCTGTGGTCTGCAGCTTTACCACTACGGAGAG
ACGGTCTCGATACCGTTCTTCACCGAGACTTGGAGGCCTGATAGCTTTTACGAGAAGATC
AAGAAGAACCGCGCTCTCGGACTGCACACGCTCTGCTTGCTTGATATCCGAGTGAAGGAG
CCTACTTTCGAGTCTCTTTGCAGAGGAGGGAAGAAACAGTACGAGCCGCCTAG*TATATG
AGTGTTAAT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1B648JQ 736 0 0
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GTCTGCAGCTTTACCACTACGGAGAGACGGTCTCGATACCGTTCTTCACCGAGACTTGGA
AGCCTGATAGCTTTTACGAGAAGATCAAGAAGAACCGCGCTCTCGGACTGCACACGCTCT
GCTTGCTTGATATCCGAGTGAAGGAGCCTACTTTCGAGTCTCTTTGCAGAGGAGGGAAGA
AACAGTACGAGCCGCCTAGGTATATGAGTGTTAATACGGCCATCGAGCAGCTGCTGGAGG
TCCAGCAGAAGCGTGGTGATTCTGTGTACGGTGAAGAGACTGAGTGTGTGGGTTTTGCGA
GGCTTGGCGCTGAGGACCAGAAGATTGTTTCCGGGACGATGAAGCAACTGGAGGGTGTTG
ATTTTGGAGCTCCGTTGCATTGTCTTGTGATAGTTGGCAAGACTCATCCCGTGGAAGAAG
AGATGTTGGAGTTTTACAAATACGGAACTGCGAGTTAAAAGACCATTGGGACTGAAGAAG
GCTCAAGAGGGGAGGCAAGAACGTTTGAGATGTCTCTTTGAGTAAGAGATTGAAACTAGG
AACCGATGTGTCAGCAGTTTTGTTCATTTTTAATTTGCGTTTTTAATGAGAAGAGTGTAT
TGAAATATTCATTTGGCTCGACTTCGGGGTGCATGCACTTTGTATTTGTTTCACTGAGAA
TTTCAGTTTGTGATTT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1FG51JQ 784 0 0
GCTACAACGCATAGCGATCTTGTTGTTAGAGCTAAGAAACTCGGTGTGAAGGTAGAGGTA
GTGCACAACGCATCTGTCATGAACGCTGTTGGGATCTGTGGTCTGCAGCTTTACCACT*C
GGAGAGACGGTCTCGATACCGTTCTTCACCGAGACTTGGAGGCCTGATAGCTTTTACGAG
AATATCAAGAAGAACCGCGCTCTCGGACTGCACACGCTCCGCTTGCTTGATATCCGAGTG
AAGGAGCCTACTTTCGATTCTCTTTGCAGAGGAGGGAAGAAACAGTACGAGCCGCCTAGG
TATATGAGTGTTAATACGGCCATCGAGCAGCTGCTGGAGGTCCAGCAGAAGCGTGGTGAT
TCTGTGTACGGTGAAGAGACTGAGTGTGTGGGTTTTGCGAGGCTTGGCGCTGAGGACCAG
AAGATTGTTTCCGGGACGATGAAGCAACTGGAGGGTGTTGATTTTGGAGCTCCGTTGCAT
TGTCTTGTGATAGTTGGCAAGACTCATCCCGTGGAAGAAGAGATGTTGGAGTTTTACAAA
TACGGAACTGCGAGTTAAAAGACCATTGGGACTGAAGAAGGCTCAAGAGGGGAGGCAAGA
ACGTTTGAGATGTCTCTTTGAGTAAGAGATTGAAACTAGGAACCGATGTGTCAGCAGTTT
TGTTCATTTTTAATTTGCGTTTTTAATGAGAAGAGTGTATTGAAATATTCATTTGGCTCG
ACTTCGGGGTGCATGCACTTTGTATTTGTTTCACTGAGAATTTCAGTTTGTGATTTACTT
GGTT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 3

CO CL2019Contig1 634 3 6 U
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GTGCACAATCACAAAATTTATCTTATTGGGAAATTGTATGGCAAACTCACATTTCTAAAA
CAACAAAACATGGGAAAAGGAAAGCCTAACACTCTCTAGTCTCAAGCCGGCATAGAAACC
ATATGGTGAGTGATCGGTATCCAAACCCAATTAACCAAAGAAAGAGGTCTCTTAATTTAA
CACCATCTCCACATTCATCATCTTCAAGCAGTTTGAGCAACTGGTTCATCAGATGCTTCA
AGCCTTTCTATTCCTTCCCCAACCTCAACTCTCAGAAAATCGGCAACCTTCACAGGAGAA
CCCACCTCCTTGGACAAATTATCCACCAATGTCTTTATGTTAATAGAATCGTTCACAATG
AACTTTTGCTCCATTAGAGCAACTTCTTCGAAATATTTACGGAGACGGCCTTCCACCATC
TTCTCCACAGCCATCTGAGACTTGGCTGTACTTTCTGCCTGAGATTTGAGACAGACTTTC
GAATTTGCTAGAGTACTCATTTCCACAGCTGAAC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BL56JQ U 1
AF RR1BQ74JQ U 1
AF RR1BQ74TF C 1
BS 1 394 RR1BL56JQ
BS 395 395 RR1BQ74JQ
BS 396 417 RR1BL56JQ
BS 418 418 RR1BQ74JQ
BS 419 591 RR1BL56JQ
BS 592 634 RR1BQ74JQ

RD RR1BL56JQ 599 0 0
CATATATGTATGTAAAAATTATCAAAATATCTGGTAACTTGAGTAAGAAAACTCATCAAG
ACATGGTTTTGTCACACAGCTTCCATAGGCTGTATATAGCCAAAGAGTGAGAGAAGCCAT
GTGCACAATCACAAAATTTATCTTATTGGGAAATTGTATGGCAAACTCACATTTCTAAAA
CAACAAAACATGGGAAAAGGAAAGCCTAACACTCTCTAGTCTCAAGCCGGCATAGAAACC
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CACCATCTCCACATTCATCATCTTCAAGCAGTTTGAGCAACTGGTTCATCAGATGCTTCA
AGCCTTTCTATTCCTTCCCCAACCTCAACTCTCAAAAAATCGGCAACCTTCACAGGAAAA
CCCACCTCCTTGGACAAATTATCCACCAATGTCTTTATGTTAATAGAATCGTTCACAATG
AACTTTTGCTCCATTAGAGCAACTTCTTCGAAATATTTACGGAGACGGCCTTCCACCATC
TTCTCCACAGCCATCTGAGACTTGGCTGTACTTTCTGCCTGAGATTTGAGA
CAGACTTT

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1BQ74JQ 634 0 0
CATATATGTATGTAAAAATTATCAAAATATCTGGTAACTTGAGTAAGAAAACTCATCAAG
ACATGGTTTTGTCACACAGCTTCCATAGGCTGTATATAGCCAAAGAGTGAGAGAAGCCAT
GTGCACAATCACAAAATTTATCTTATTGGGAAATTGTATGGCAAACTCACATTTCTAAAA
CAACAAAACATGGGAAAAGGAAAGCCTAACACTCTCTAGTCTCAAGCCGGCATAGAAACC
ATATGGTGAGTGATCGGTATCCAAACCCAATTAACCAAAGAAAGAGGTCTCTTAATTTAA
CACCATCTCCACATTCATCATCTTCAAGCAGTTTGAGCAACTGGTTCATCAGATGCTTCA
AGCCTTTCTATTCCTTCCCCAACCTCAACTCTCAGAAAATCGGCAACCTTCACAGGAGAA
CCCACCTCCTTGGACAAATTATCCACCAATGTCTTTATGTTAATAGAATCGTTCACAATG
AACTTTTGCTCCATTAGAGCAACTTCTTCGAAATATTTACGGAGACGGCCTTCCACCATC
TTCTCCACAGCCATCTGAGACTTGGCTGTACTTTCTGCCTGAGATTTGAGACAGACTTTC
GAATTTGCTAGAGTACTCATTTCCACAGCTGAAC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1BQ74TF 634 0 0
CATATATGTATGTAAAAATTATCAAAATATCTGGTAACTTGAGTAAGAAAACTCATCAAG
ACATGGTTTTGTCACACAGCTTCCATAGGCTGTATATAGCCAAAGAGTGAGAGAAGCCAT
GTGCACAATCACAAAATTTATCTTATTGGGAAATTGTATGGCAAACTCACATTTCTAAAA
CAACAAAACATGGGAAAAGGAAAGCCTAACACTCTCTAGTCTCAAGCCGGCATAGAAACC
ATATGGTGAGTGATCGGTATCCAAACCCAATTAACCAAAGAAAGAGGTCTCTTAATTTAA
CACCATCTCCACATTCATCATCTTCAAGCAGTTTGAGCAACTGGTTCATCAGATGCTTCA
AGCCTTTCTATTCCTTCCCCAACCTCAACTCTCAGAAAATCGGCAACCTTCACAGGAGAA
CCCACCTCCTTGGACAAATTATCCACCAATGTCTTTATGTTAATAGAATCGTTCACAATG
AACTTTTGCTCCATTAGAGCAACTTCTTCGAAATATTTACGGAGACGGCCTTCCACCATC
TTCTCCACAGCCATCTGAGACTTGGCTGTACTTTCTGCCTGAGATTTGAGACAGACTTTC
GAATTTGCTAGAGTACTCATTTCCACAGCTGAAC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 5

CO CL2020Contig1 1061 5 6 U
ATCTCTCTCTCTCTTCCCTGCCAAGACTCTCTCACTTCCATGGACGCATCTCTTCCCTCC
TCGGCTCCGGCCGACACCTTCAACGGCGGCAATGCGGGGGAGCAGATTGCTCCTCCACTT
CAGCCTCCAGGCACGGATATGACTGGTATATGCTTCAGGGATCAGCTATGGATCAACTCG
TACCCTCTAGACCGTAACTACGTCTTCGACTACTTCGCTTTGTCTCCTTTCTACGACATC
ACCTGCAACAACGAGGTTCTTCGCCGGAGATCCGTTCATCCTCTCGATCACTCTCAACTC
TCGAAGATGACAGGGTTAGAGTATGTGATCAGTGATGCTACGGAGCCGAACCTGTTCGTG
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TTGGACGGTACTATCTACCAAGCTCCTCAGCTTTGTAGTGTCTTTGCAGCTCGTGTCGGT
CGGGCTGTTTATCACATTTCCAACGCTTTCTCTGTTGCTGCTTCCAAGTTGGAGACCATT
AAGCAGGTTGATGCTAAAAGCCAGAATGAGGCTTCTGAGACAAAGCCTGCTAGTGAGACG
GTTGATCTCAAGGAAGTGAAGCGAGTTGATTTGATTCTTAAGTCGTTATATAGCAAGTTA
CCCCCAGCACCTCCACCACCACCGTTCCCTGAAGGCTATGTTAGCCAGGAAGCATTAGGA
GAAAAGGAAGAAGAGCTTGGAACACAGGGAGGAGAGTCACAGCAGCCTCAAATTGATCCT
ATTATCGATCAAGGTCCTGCTAAGAGAATGAAGTTCTAATGCTCAATCAAGATTTGATTC
TTCAACTTTACATGTCAGATAAATAGAATCTTAGGTACACTAGCAAAGACTCTTCTACTT
TCTTCTCTTATCTTCTAATTTTGAACTCGCCATAGGCTATTGTTTACCTCATCACTTCTC
AAATTTTATCAGAAAGTAAGTCATCTCACGGCAACCACTTCAAGGTCAACTAATGTGTAT
TTGTCATGTACTTTATGAAATTGACAATTACTATGTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C793TF U 61
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GG
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CC

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ACTTTACATGTCAGATAAATAGAATTTTAGGTACACTAGCAAAGACTCTTCTACTTTCTT
CTCTTATCTTCTAATTTTGAACTCGCCATAGGCTATTGTTTACCTCATCACTTCTCAAAT
TTTATCAGAAAGTAAGTCATCTCACGGCAACCACTTCAAGGTCAACTAATGTGTATTTGT
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CG

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TTATGAAATTGACAATTACTATGTGATCC

QA 1 329 1 329
DS 



AS 1 5

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BQ
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T
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GGTTCAATTTCTGTGTCTGAAAAATCCATCCATGAATTCACTGTCAAGAATAGCTCCGGC
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AAATGTGGTTTCACGGAATCCAATTACACACAGCTCACTGAACTTTACCGGAAATACAAA
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AAACCATCATTCCTTGGAAGCAGGATCAAATGTAACTTCACCAAGTTCTTGGTCGGCAAA
GATGGTCAAGTCATTGATCGTTATGGCCCCACTGTTCCACCTC

QA 2 524 2 524
DS 

RD RR1GU32TF 574 0 0
GGGGATAAGACAGCAGCAAACAGACATAGGACTTGGTGTAGAACTCCGGCGGCGACATGG
GTGGTTCAATTTCTGTGTCTGAAAAATCCATCCATGAATTCACTGTCAAGAATAGCTCCG
GCAAGGAGGTTGACCTTAGCGTTTACCAAGGGAAGGTTCTTCTCGTCGTCAACGTCGCTT
CTAAATGTGGTTTCACGGAATCCAATTACACACAGCTCACTGAACTTTACCGGAAATACA
AAGATCAAGGGTTTGTGATATTGGCGTTTCCTTGCAACCAGTTTTTGAACCAAGAGCCTG
GTACAAGCCAAGATGCTCATGAATTTGCTTGTACCAGATTTAAGGCCGAGTACCCTGTCT
TCCAAAAGGTGCGTGTAAATGGACAAAACACAGCACCAGTCTACAAATTCCTCAAGTCTA
AGAAACCATCATTCCTTGGAAGCAGGATCAAATGGAACTTCACCAAGTTCTTGGTCGGCA
AAGATGGTCAAGTCATTGATCGTTATGGCCCCACTGTTCCACCTCTCTCCATCGAGAAAG
ACATCAAGAAAGCCCTCGGAGACGCAGAAGCGTT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1GN02TF 525 0 0
GGGG
AGAACTCCGGCGGCGACATGGGTGGTTCAATTTCTGTGTCTGAAAAATCCATCCATGAAT
TCACTGTCAAGAATAGCTCCGGCAAGGAGGTTGACCTTAGCGTTTACCAAGGGAAGGTTC
TTCTCGTCGTCAACGTCGCTTCTAAATGTGGTTTCACGGAATCCAATTACACACAGCTCA
CTGAACTTTACCGGAAATACAAAGATCAAGGGTTTGTGATATTGGCGTTTCCTTGCAACC
AGTTTTTGAACCAAGAGCCTGGTACAAGCCAAGATGCTCATGAATCTGCTTGTACCAGAT
TTAAGGCCGAGTACCCTGTCTTCCAAAAGGTGCGTGTAAATGGACAAAACACAGCACCAG
TCTACAAATTCCTCAAGTCTAAGAAACCATCATTCCTTGGAAGCAGGATCAAATGGAACT
TCACCAAGTTCTTGGTCGGCAAAGATGGTCAAGTCATTGATCGTTATGGCCCCACTGTTC
CACCTCTCTCCATCGAGAAAGACATCAAGAAAGCCCTCGGA

QA 5 525 5 525
DS 

RD RR1GU32JQ 544 0 0
AACGTCGCTTCTAAATGTGGTTTCACGGAATCCAATTACACACAGCTCACTGAACTTTAC
CGGAAATACAAAGATCAAGGGTTTGTGATATTGGCGTTTCCTTGCAACCAGTTTTTGAAC
CAAGAGCCTGGTACAAGCCAAGATGCTCATGAATTTGCTTGTACCAGATTTAAGGCCGAG
TACCCTGTCTTCCAAAAGGTGCGTGTAAATGGACAAAACACAGCACCAGTCTACAAATTC
CTCAAGTTTAAGAAACCATCATTCCTTGGAAGCAGGATCAAATGGAACTTCACCAAGTTC
TTGGTCGGCAAAGATGGTCAAGTCATTGATCGTTATGGCCCCACTGTTCCACCTCTCTCC
ATCGAGAAAGACATCAAGAAAGCCCTCGGAGACGCAGAAGCGTTTCCAAGTACTTAGCCC
TTGAAGAAGAAGAAGAGAGAGGCGAGAGGCTCTTGAAGAATTCGTTTCTTACTCTTTGAT
ATCCACTCATTTTGTAGTTTCTCTGGTGATGATGTGCAAGTTTCTTCCATATACCTATTT
GGGC

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1GN02JQ 571 0 0
GCTTCTAAATGTGGTTTCACGGAATCCAATTACACACAGCTCACTGAACTTTACCGGAAA
TACAAAGATCAAGGGTTTGTGATATTGGCGTTTCCTTGCAACCAGTTTTTGAACCAAGAG
CCTGGTACAAGCCAAGATGCTCATGAATCTGCTTGTACCAGATTTAAGGCCGAGTACCCT
GTCTTCCAAAAGGTGGGTGTAAATGGACAAAACACAGCACCAGTCTACAAATTCCTCAAG
TTTAAGAAACCATCATTCCTTGGAAGCAGGATCAAATGGAACTTCACCAAGTTCTTGGTC
GGCAAAGATGGTCAAGTCATTGATCGTTATGGCCCCACTGTTCCACCTCTCTCCATCGAG
AAAGACATCAAGAAAGCCCTCGGAGACGCAGAAGCGTTTCCAAGTACTTAGCCCTTGAAG
AAGAATAAGAGAGAGGCGAGAGGCTCTTGAAGAATTCGTCTCTTACTCTTTGATATCCAC
TCATTTTGTAGTTTCTCTGGTGATGATGTACAAGTTTCTTCCATATACCTATTTGGGCCT
TAGCATGAACGAAATATCCAAAGTCTATTTC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 5

CO CL2022Contig1 898 5 4 U
GGGGTTAGCTTTGCTATCTGAGAATACAAAATGGCGGCGGCGGCGAAAGCAGCGGTTGTA
TTGCCACGTCCGGTGACGTTTGTGACGGGAAATGCGAAGAAGCTCGAAGAGGTCAAAGCT
ATCATAGGAAGCTCAATTCCTTTCAAATCTCTCAAACTCGACCTGCCTGAGCTGCAAGGT
GAGCCTGAGGATATCTCCAAAGAGAAAGCTCGTTTGGCTGCTCTTCAGGTTAATGGGCCG
GTCCTAGTGGAGGATACATGTCTCTGTTTCAATGCTCTGAAGGGTCTTCCTGGGCCTTAC
ATCAAGTGGTTTCTTGAGAAGCTTGGCCATGAAGGTTTGAACAACTTACTGATGGCCTAT
GAAGATAAATCAGCTTATGCATTGTGTGCATTCTCTTTCTCGCATGGTCCCGGTGCTGAA
CCTCTTACATTTTTGGGGAAAACTCCGGGTAAGATAGTTCCAGCCAGAGGACCAACTGAT
TTCGGGTGGGATCCAGTTTTTCAACCTGATGGATATGACCAAACTTATGCAGAAATGGCA
AAGGAAGAAAAGAACAAGATATCTCATAGGTACAAGTCTTTAGCAATGGTGAAATCTCAC
TTTAAGGAGGCTGGCTACGTGTTCCAGACAACTGATGATGGTACCAATTAAAGTGAACCC
AGTTACCATTTTCCTTCAGCTTTTGAATATTTGAGCACTTGTTCTCCTTTTTTACAAGTA
GAAACACTTCTGTTCACAAGTTTCTAACCAAAACATATAATAGCAAACATATTCATTGGA
TTTTGTTTTCTGGTCAAGAGACAGTAAATCATTGCCATCATTTATGAAAGCTTGTTGCGT
GATTCACTATTTAGTGGAACTGGACTGCATTCGTATTAATATCATCTTGGATGTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A364TF U 146
AF RR1BL03TF U 11
AF RR1AF24TF U 1
AF RR1BL03JQ C 12
AF RR1AF24JQ C 248
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RD RR1A364TF 600 0 0
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AAGCTCGTTTGGCTGCTCTTCAGGTTAATGGGCCGGTCCTAGTGGAGGATACATGTCTCT
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DS 

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GG
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CTTGAGAATCTTGGCCATGAAGGTTTGAACAACTTACTGATGGCCTATGAAGATAAATCA
GCTTATGCATTGTGTGCATTCTCTTTCTCGCATGGTCCCGGTGCTGAACCTCTTACATTT
TTTGGGAAAACTCCGGGTAAGATAGTTCCAGCCAGAGGACCAACTGATTTCGGGTGGGAT
CCAGTTTTTCAACCTGATGGATATGACCAAACTTATGCAGAAATGGCAAAGGAAGAAAAG
AACAAGATATCTCATAGGTACAAGTCTTTAGCAATGGTGAAATCTCACTTTAAGGAGGCT
GGCTACGTGTTCCAGACAACTGATGATGGTACCAATTAAAGTGAACCCAGTTGCCATTTT
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TTCACAAGTTTCTAACCAAA
CATAT

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR1AF24TF 868 0 0
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TTGCCACGCCCGGTGACGTTTGTGACGGGAAATGCGAAGAAGCTCGAAGAGGTCAAAGCT
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AAGGAAGAAAAGAACAAGATATCTCATAGGTACAAGTCTTTAGCAATGGTGAAATCTCAC
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AGTTACCATTTTCCTTCAGCTTTTGAATATTTGAGCACTTGTTCTCCTTTTTTACAAGTA
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GATTCACTATTTAGTGGAACTGGACTGC

QA 1 868 1 868
DS 

RD RR1BL03JQ 831 0 0
G
GCTATCTGAGA*TACAAAATGGCGGCGGCGGCGAAAGCAGCGGT*GTAT*GCCACGTCCG
GTGACGTTTGTGACGGGAAATGCGAAGAAGCTCGAAGAGGTCAAAGCTATCATAGGAAGC
TCAATTCCTTTCAAATCTCTCAAACTCGACCTGCCTGAGCTGCAAGGTGAGCCTGAGGAT
ATCTCCAAAGAGAAAGCTCGTTTGGCTGCTCTTCAGGTTAATGGGCCGGTCCTAGTGGAG
GATACATGTCTCTGTTTCAATGCTCTGAAGGGTCTTCCTGGGCCTTACATCAAGTGGTTT
CTTGAGAATCTTGGCCATGAAGGTTTGAACAACTTACTGATGGCCTATGAAGATAAATCA
GCTTATGCATTGTGTGCATTCTCTTTCTCGCATGGTCCCGGTGCTGAACCTCTTACATTT
TTTGGGAAAACTCCGGGTAAGATAGTTCCAGCCAGAGGACCAACTGATTTCGGGTGGGAT
CCAGTTTTTCAACCTGATGGATATGACCAAACTTATGCAGAAATGGCAAAGGAAGAAAAG
AACAAGATATTTCATAGGTACAAGTCTTTAGCAATGGTGAAATCTCACTTTAAGGAGGCT
GGCTACGTGTTCCAGACAACTGATGATGGTACCAATTAAAGTGAACCCAGTTGCCATTTT
CCTTCAGCTTTTGAATATTTGAGCACTTGTTCTCCTTTTTTACAAGTAGAAACACTTCTG
TTCACAAGTTTCTAACCAAAACATATAATAGCAAACATATTCATTGGATTTTGTTTTCTG
GTCAAGAGACAGTAAATCATTGCCATCATTTATGAAAGCTTGTTGCGTG
G

QA 2 830 2 830
DS 

RD RR1AF24JQ 651 0 0
TGGAGGATACATGTCTCTGTTTCAATGCTCTGAAGGGTCTTCCTGGGCCTTACATCAAGT
GGTTTCTTGAGAAGCTTGGCCATGAAGGTTTGAACAACTTACTGATGGCCTATGAAGATA
AATCAGCTTATGCATTGTGTGCATTCTCTTTCTCGCATGGTCCCGGTGCTGAACCTCTTA
CATTTTTGGGGAAAACTCCGGGTAAGATAGTTCCAGCCAGAGGACCAACTGATTTCGGGT
GGGATCCAGTTTTTCAACCTGATGGATATGACCAAACTTATGCAGAAATGGCAAAGGAAG
AAAAGAACAAGATATCTCATAGGTACAAGTCTTTAGCAATGGTGAAATCTCACTTTAAGG
AGGCTGGCTACGTGTTCCAGACAACTGATGATGGTACCAATTAAAGTGAACCCAGTTACC
ATTTTCCTTCAGCTTTTGAATATTTGAGCACTTGTTCTCCTTTTTTACAAGTAGAAACAC
TTCTGTTCACAAGTTTCTAACCAAAACATATAATAGCAAACATATTCATTGGATTTTGTT
TTCTGGTCAAGAGACAGTAAATCATTGCCATCATTTATGAAAGCTTGTTGCGTGATTCAC
TATTTAGTGGAACTGGACTGCATTCGTATTAATATCATCTTGGATGTTGCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 4

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AAAAAGACAAGAGTGAGAGAGAGAGAGATGTCTTAACATTATTAAATTGTTTTTCTTTAT
TTCAAGCAACGAAGCTTTAACTCTCAGTTATGATTACCAACAATCATAAAAGAGCCACCA
ATAAGCCATTCTTTATTTCCTTTACTTCACCACACAGATCTTAATAACCGAGGCGACTCC
AATACGGTGCAGCGCCACAACAGCATCACCATGGTTGCACAGTCCTCTCTGCACAGCTGA
CTTCAAAGCGGCTTCAATGATAACCTCAGTGGACTCTATATCCGTCGCCTTTGCGGATCC
TTCAGCCAGCATAGGGATCAAACCTCTGTATATCAAACTGTGCCTCGCAGGCGACTCATC
ACTACAACTCCAGTCAAAGGAATCAGTAGTCATAGTTGGGACAGCCACCGACAGAATCGG
AACAGCCGGTCTGTACTTGGCCACAAGCTTAGCTGTCGAGCCTCCACGAGTCAGCGCAAT
GATGAGCTTCGCGTGAGACTTGTTTGCAGCCCTTACAGCTGACGATGCAAGACTCTCCAA
CGGGCTCATTGGAACCGGAGTTGCTCTGATCCTCTCTTTGAAGATCGTGTTGTAATCTAG
CGAGCTCTCTGCTTCGATGCAGATCTTAGCCATGACTTTCACGGCTATCTCAGGATACGC
ACCTGCGGCACTCTCTCCGCTGAGCATCACACAGTCTGTGCCGTCGAGGACAGCGTTTGC
AACGTCCGTGGCTTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT02JQ U 30
AF RR1EK40JQ U 1
AF RR1GT39JQ U 5
AF RR1GT39TF C 211
BS 1 48 RR1EK40JQ
BS 49 49 RR1FT02JQ
BS 50 273 RR1EK40JQ
BS 274 274 RR1FT02JQ
BS 275 440 RR1EK40JQ
BS 441 441 RR1FT02JQ
BS 442 535 RR1EK40JQ
BS 536 536 RR1GT39JQ
BS 537 660 RR1EK40JQ
BS 661 661 RR1GT39JQ
BS 662 663 RR1EK40JQ
BS 664 664 RR1GT39JQ
BS 665 673 RR1EK40JQ
BS 674 795 RR1GT39TF

RD RR1FT02JQ 524 0 0
ATGCAAAAAAACAGTCTTATCTTATTACATCAAAAAGACAAGAGTGAGAGAGAGAGAGAT
GTCTTAACATTATTAAATTGTTTTTCTTTATTTCAAGCAACGAAGCTTTAACTCTCAGTT
ATGATTACCAACAATCATAAAAGAGCCACCAATAAGCCATTCTTTATTTCCTTTACTTCC
CCACACAGATCTTAATAACCGAGGCGACTCCAATACGGTGCAGCGCCACAACAGCATCAC
CATGGTTGCACAGTCCTCTCTGCACAGCTGACTTCAAAGCGGCTTCAATGATAACCTCAG
TGGACTCTATATCCGTCGCCTTTGCGGATCCTTCAGCCAGCATAGGGATCAAACCTCTGT
ATATCAAACTGTGCCTCGCAGGCGACTCATCACTACAACTCCAGTCAAAGGAATCAGTAG
TCATAGTTGGGACAGCCACCGACAGAATCGGAACAGCCGGTCTGTACTTGGCCACAAGCT
TAGCTGTCGAGCCTCCACGAGTCAGCACAATGATGAGCTTCGCG

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1EK40JQ 673 0 0
GCTTAATTAATCTTTTATAAGCAAAGCTTATGCAAAGAAACAGTCTTACCTTATTACATC
AAAAAGACAAGAGTGAGAGAGAGAGAGATGTCTTAACATTATTAAATTGTTTTTCTTTAT
TTCAAGCAACGAAGCTTTAACTCTCAGTTATGATTACCAACAATCATAAAAGAGCCACCA
ATAAGCCATTCTTTATTTCCTTTACTTCACCACACAGATCTTAATAACCGAGGCGACTCC
AATACGGTGCAGCGCCACAACAGCATCACCATGATTGCACAGTCCTCTCTGCACAGCTGA
CTTCAAAGCGGCTTCAATGATAACCTCAGTGGACTCTATATCCGTCGCCTTTGCGGATCC
TTCAGCCAGCATAGGGATCAAACCTCTGTATATCAAACTGTGCCTCGCAGGCGACTCATC
ACTACAACTCCAGTCAAAGGGATCAGTAGTCATAGTTGGGACAGCCACCGACAGAATCGG
AACAGCCGGTCTGTACTTGGCCACAAGCTTAGCTGTCGAGCCTCCACGAGTCAGCACAAT
GATGAGCTTCGCGTGAGACTTGTTTGCAGCCCTTACAGCTGACGATGCAAGACTCTCCAA
CGGGCTCATTGGAACCGGAGTTGCTCTGATCCTCTCTTTGAAGATCGTGTTGTAATCTAG
GGAACTCTCTGCT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1GT39JQ 672 0 0
AATTAATCTTTTATAAGCAAAGCTTATGCAAAGAAACAGTCTTATCTTATTACATCAAAA
AGACAAGAGTGAGAGAGAGAGAGATGTCTTAACATTATTAAATTGTTTTTCTTTATTTCA
AGCAACGAAGCTTTAACTCTCAGTTATGATTACCAACAATCATAAAAGAGCCACCAATAA
GCCATTCTTTATTTCCTTTACTTCACCACACAG*TCTTAATAACCGAGGCGACTCCAATA
CGGTGCAGCGCCACAACAGCATCACCATGGTTGCACAGTCCTCTCTGCACAGCTGACTTC
AAAGCGGCTTCAATGATAACCTCAGTGGACTCTATATCCGTCGCCTTTGCGGATCCTTCA
GCCAGCATAGGGATCAAACCTCTGTATATCAAACTGTGCCTCGCAGGCGACTCATCACTA
CAACTCCAGTCAAAGGAATCAGTAGTCATAGTTGGGACAGCCACCGACAGAATCGGAACA
GCCGGTCTGTACTTGGCCACAAGCTTAGCTGTCGAGCCTCCACGAGTCAGCGCAATGATG
AGCTTCGCGTGAGACTTGTTTGCAGCCCTTACAGCTGACGATGCAAGACTCTCCAACGGG
CTCATTGGAACCGGAGTTGCTCTGATCCTCTCTTTGAAGATCGTGTTGTAATCTAGCGAG
CTCTCTGCT
TCG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1GT39TF 585 0 0
CCACACAG
TCTTAATAACCGAGGCGACTCCAATACGGTGCAGCGCCACAACAGCATCACCATGGTTGC
ACAGTCCTCTCTGCACAGCTGACTTCAAAGCGGCTTCAATGATAACCTCAGTGGACTCTA
TATCCGTCGCCTTTGCGGATCCTTCAGCCAGCATAGGGATCAAACCTCTGTATATCAAAC
TGTGCCTCGCAGGCGACTCATCACTACAACTCCAGTCAAAGGAATCAGTAGTCATAGTTG
GGACAGCCACCGACAGAATCGGAACAGCCGGTCTGTACTTGGCCACAAGCTTAGCTGTCG
AGCCTCCACGAGTCAGCGCAATGATGAGCTTCGCGTGAGACTTGTTTGCAGCCCTTACAG
CTGACGATGCAAGACTCTCCAACGGGCTCATTGGAACCGGAGTTGCTCTGATCCTCTCTT
TGAAGATCGTGTTGTAATCTAGCGAGCTCTCTGCTTCGATGCAGATCTTAGCCATGACTT
TCACGGCTATCTCAGGATACGCACCTGCGGCACTCTCTCCGCTGAGCATCACACAGTCTG
TGCCGTCGAGGACAGCGTTTGCAACGTCCGTGGCTTC

QA 9 585 9 585
DS 



AS 2 5

CO CL2024Contig1 267 3 6 U
GGCTTTGAGAAGAAAAGAGTTCCTCCGCAATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGA
GGAGGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGACTCCTCTCTTGA
AGACTTCGCTTTCCAGTTATTTCATTTCGCTAAGTACTTTTATTTGGATCTTGTTTAAGC
TCTAAGTGTTCTTGTCTTCGTTTTTGTCGGATTGTATGGATCCTCAATTAACGTTAAATC
TTTTATCTTTCTAATGAGTTTGTCACC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D363TF U 1
AF RR1GD62TF U 1
AF RR1GE73TF U 1
BS 1 66 RR1D363TF
BS 67 67 RR1GD62TF
BS 68 190 RR1D363TF
BS 191 191 RR1GD62TF
BS 192 248 RR1D363TF
BS 249 267 RR1GD62TF

RD RR1D363TF 252 0 0
GGCTTTGAGAAGAAAAGAGTTCCTCCGCAATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGA
GGAGGTCGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGACTCCTCTCTTGA
AGACTTCGCTTTCCAGTTATTTCATTTCGCTAAGTACTTTTATTTGGATCTTGTTTAAGC
TCTAAGTGTTTTTGTCTTCGTTTTTGTCGGATTGTATGGATCCTCAATTAACGTTAAATC
TTTTATCT
TTCT

QA 1 248 1 248
DS 

RD RR1GD62TF 267 0 0
GGC
TTTGAGAAGAAAAGAGTTCCTCCGCAATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGA
GGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGACTCCTCTCTTGAAGA
CTTCGCTTTCCAGTTATTTCATTTCGCTAAGTACTTTTATTTGGATCTTGTTTAAGCTCT
AAGTGTTCTTGTCTTCGTTTTTGTCGGATTGTATGGATCCTCAATTAACGTTAAATCTTT
TATCTTTCTAATGAGTTTGTCACC

QA 4 267 4 267
DS 

RD RR1GE73TF 248 0 0
GGC
TTTGAGAAGAAAAGAGTTCCTCCGCAATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGA
GGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGACTCCTCTCTTGAAGA
CTTCGCTTTCCAGTTATTTCATTTCGCTAAGTACTTTTATTTGGATCTTGTTTAAGCTCT
AAGTGTTCTTGTCTTCGTTTTTGTCGGATTGTATGGATCCTCAATTAACGTTAAATCTTT
TATCT

QA 4 248 4 248
DS 



CO CL2024Contig2 238 2 2 U
GGTTTTGAGAAAAAAAGAGTTCCCCCGCAATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGA
GGAGGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGACTCCTCTCTTGA
AGACTTCGCTTTCCAGTTATTTCATTTCGCTAAGTACTTTTGTTTGGATCTTGTTTAAGT
TCTAAGTGTTCTTGTCTTCGTTTTTGTCGAATTATATGGATCCTCAATTAACGTTAAA


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EE27JQ C 1
AF RR1EE27TF U 1
BS 1 3 RR1EE27JQ
BS 4 238 RR1EE27TF

RD RR1EE27JQ 238 0 0
GGTTTTGAGAAAAAAAGAGTTCCCCCGCAATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGA
GGAGGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGACTCCTCTCTTGA
AGACTTCGCTTTCCAGTTATTTCATTTCGCTAAGTACTTTTGTTTGGATCTTGTTTAAGT
TCTAAGTGTTCTTGTCTTCGTTTTTGTCGAATTATATGGATCCTCAATTAACGTTAAA

QA 1 238 1 238
DS 

RD RR1EE27TF 238 0 0
GGT
TTTGAGAAAAAAAGAGTTCCCCCGCAATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGA
GGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGACTCCTCTCTTGAAGA
CTTCGCTTTCCAGTTATTTCATTTCGCTAAGTACTTTTGTTTGGATCTTGTTTAAGTTCT
AAGTGTTCTTGTCTTCGTTTTTGTCGAATTATATGGATCCTCAATTAACGTTAAA

QA 4 238 4 238
DS 



AS 1 5

CO CL2025Contig1 667 5 22 U
GACTTGGACCCGAGCCGACGGACGGAGGAACGAA****TCGAACTCAAAAGCTTTGCGGA
GAGAGAGAGAGAGAGATCTTCGTTTTGATCCCGTGGAAGAATTGCGACAATGGCAGAAAA
GGCAGTGACCATCAGAACCCGAAAATTCATGACCAACAGACTTCTCTCAAGGAAGCAGTT
CGTTATTGATGTTCTTCACCCTGGAAGAGCCAATGTTTCAAAGGCTGAGCTGAAGGAGAA
GCTAGCAAGGATGTACGAGGTCAAGGACCCAAACGCCATCTTTGTTTTCAAATTCAGAAC
CCATTTTGGAGGTGGTAAATCATCCGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGCGC
TAAGAAGTTTGAACCCAAGTACAGACTTATCAGGAATGGTCTTGACACCAAGATCGAGAA
ATCAAGGAAACAAATTAAGGAAAGGAAGAACCGTGCTAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAA
GACCAAGGCTGGTGATCCCAAGAAGAAGTGAGAGATCACAAGCTAGTATCAGTCATTTTC
TGTTCTTCATAATCGAACTTTTATGTTCATCTTAAAGTTCTTTGTTTGCAATTAGATTTT
CTCTGCAACTAAGACATCTAAACATAATCAAAGGTTTTTGTTCAATACTATATTTTAAGC
TCTGCTC


BQ
20 20 20 20 20 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 5 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1EB68JQ C 1
AF RR1EB68TF U 1
AF RR1C145TF U 6
AF RR1A865TF U 6
AF RR1A865JQ C 6
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BS 35 38 RR1C145TF
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BS 87 92 RR1EB68TF
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BS 94 97 RR1EB68TF
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BS 104 114 RR1EB68TF
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BS 281 516 RR1EB68TF
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BS 518 648 RR1EB68TF
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CCATTTTGGAGGTGGTAAATCATCCGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGCGC
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CTCTGCAACTAAGACATCTAAACATAATCAAAGGTTTTTGTTCAATAC
T

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1EB68TF 649 0 0
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CGTTATTGATGTTCTTCACCCTGGAAGAGCCAATGTTTCAAAGGCTGAGCTGAAGGAGAA
GCTAGCAAGGATGTACGAGGTCAAGGACCCAAACGCCATATTTGTTTTCAAATTCAGAAC
CCATTTTGGAGGTGGTAAATCATCCGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGCGC
TAAGAAGTTTGAACCCAAGTACAGACTTATCAGGAATGGTCTTGACACCAAGATCGAGAA
ATCAAGGAAACAAATTAAGGAAAGGAAGAACCGTGCTAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAA
GACCAAGGCTGGTGATCCCAAGAAGAAGTGAGAGATGACAAGCTAGTATCAGTCATTTTC
TGTTCTTCATAATCGAACTTTTATGTTCATCTTAAAGTTCTTTGTTTGCAATTAGATTTT
CTCTGCAACTAAGACATCTAAACATAATCAAAGGTTTTTGTTCAATAC
T

QA 1 648 1 648
DS 

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GGAAACAAATTAAGGAAAGGAAGAACCGTGCTAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAAGACCA
AGGCTGGTGATCCCAAGAAGAAGTGAGAGATCACAAGCTAGTATCAGTCATTTTCTGTTC
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DS 

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TTGGAGGTGGTAAATCATCCGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTTGAGAGCGCTAAGA
AGTTTGAACCCGAGTACAGACTTATCAGGAATGGTCTTGACACCAAGATCGAGAAATCAA
GGAAACAAATTAAGGAAAGGAAGAACCGTGCTAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAAGACCA
AGGCTGGTGATCCCAAGAAGAAGTGAGAGATCACAAGCTAGTATCAGTCATTTTCTGTTC
TTCATAATCGAACTTTTATGTTCATCTTAAAGTTCTTTGTTTGCAATTAGATTTTCTCTG
CAACTAAGACATCTAAACATAATCAAAGGTTTTTGTTCAATACTATATTTTAAGCTCTGC
TC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 4

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TGGGTTGATTCCATGCGTGATTCTTCTCCTACACGTCTCAGATCCTCTTCTCATGACTCT
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GAGGTTGTAAAGGGTGTGGCTCTAAAGTTCCCTACTGCTATAGTCACTGGAAGATCCATT
GATAAGGTGCGTGCTTTTGTCAAACTCAACGAGATTTACTACGCTGGAAGCCATGGCATG
GACATTGAAGGACCGACCAACGAAAGTAGTTACGGCGAGAGTAATCAA*GGAGTGCTGTT
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GACAAAATGTATCCCTGGGGCTATGGTGGAGAACAACAAGTTTTGTCTGTCCGTACATTT
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TTTTAAATTTCGTGAACGATTCAGAAAAGGGAGAAAAATGTATTAATACC


BQ
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AF RR1EV93TF U 431
AF RR1A270TF U 1
AF RR1ET87TF U 102
AF RR1ET87JQ C 678
BS 1 708 RR1A270TF
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BS 710 754 RR1A270TF
BS 755 757 RR1ET87TF
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BS 788 861 RR1ET87TF
BS 862 1430 RR1ET87JQ

RD RR1EV93TF 130 0 0
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CTCCTATAGTTGAAGATCCCGACAAAGCGTACATAACACATGAGATGCGAGAGGTTGTAA
AGGGTGTGGC

QA 1 130 1 130
DS 

RD RR1A270TF 754 0 0
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CTATCTCTCCTCTCGTTCTCAACACTTGTGAGAAATATGACTAACCAGACTGTTATCGTC
TCAGACAGGAAACCCATCTTGGGTTCGAAAACCATAACTGTCTCTGTCTCTAACTCTCCC
CTGTTCTCTTCACTTCCCACTTACTTTACCTTCCCTCCTCGAAAGTTCTTGGAACTTCTT
GAAGCAGCTGACAAAAACAACAACAACAAGAACAATCTTGGTGCTGGAAAGATTGCATCG
TGGGTTGATTCCATGCGTGATTCTTCTCCTACACGTCTCAGATCCTCTTCTCATGACTCT
GACTCAGACAACGAGGACAAAGCATCTTGGATCGGTAGATTTCCATCAGCTTTGAATATG
TTTGATGAGATAATGAATGCTGCAAAAGGGAAACAAATTGTGATGTTCCTTGATTACGAT
GGGACGCTTTCTCCTATAGTTGAAGATCCCGACAAAGCGTACATAACACATGAGATGCGA
GAGGTTGTAAAGGGTGTGGCTCTAAAGTTCCCTACTGCTATAGTCACTGGAAGATCCATT
GATAAGGTGCGTGCTTTTGTCAAACTCAACGAGATTTACTACGCTGGAAGCCATGGCATG
GACATTGAAGGACCGACCAACGAAAGTAGTTACGGCGAGAGTAATCAAAGGAGTGCTGTT
TCAACCAGCTCGTGAGTTTATACCGATGATCGAG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1ET87TF 760 0 0
G
AACCAGACTGTTATCGTCTCAGACAGGAAACCCATCTTGGGTTCGAAAACCATAACTGTC
TCTGTCTCTAACTCTCCCCTGTTCTCTTCACTTCCCACTTAGTTTACCTTCCCTCCTCGA
AAGTTCTTGGAACTTCTTGAAGCAGCTGACAAAAACAACAACAACAAGAACAATCTTGGT
GCTGGAAAGATTGCATCGTGGGTTGATTCCATGCGTGATTCTTCTCCTACACGTCTCAGA
TCCTCTTCTCATGACTCTGACTCAGACAACGAGGACAAAGCATCTTGGATCGGTAGATTT
CCATCAGCTTTGAATATGTTTGATGAGATAATGAATGCTGCAAAAGGGAAACAAATTGTG
ATGTTCCTTGATTACGATGGGACGCTTTCTCCTATAGTTGAAGATCCCGACAAAGCGTAC
ATAACACATGAGATGCGAGAGGTTGTAAAGGGTGTGGCTCTAAAGTTCCCTACTGCTATA
GTCACTGGAAGATCCATTGATAAGGTGCGTGCTTTTGTCAAACTCAACGAGATTTACTAC
GCTGGAAGCCATGGCATGGACGTTGAAGGACCGACCAACGAAAGTAGTTACGGCGAGAGT
AATCAA*GGAGTGCTGTTTCAACCAGCTCGTGAGTTTATACCGATGATCGAGAAG*TGGT
TAAGATTTTAGAAGAAA*GACAAA*TGTATCCCTGGGGCTATGGTGGAGAACAACAAGTT
TTGTCTGTCCGTACATTTTCGACGTGTCGATGAGAAAAG

QA 2 760 2 760
DS 

RD RR1ET87JQ 753 0 0
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TTATACCGATGATCGAGAAGGTGGTTAAGATTTTAGAAGAAAAGACAAAATGTATCCCTG
GGGCTATGGTGGAGAACAACAAGTTTTGTCTGTCCGTACATTTTCGACGTGTCGATGAGA
AAAGATGGGCCGCATTAGCCGAACAAGTAAAATCAGTTCTAGTTGATTATCCAAAGCTGA
AACTAACCCAAGGTAGAAAGGTGCTTGAAATCCGCCCCACGATCAAATGGGACAAGGGTC
AGGCCCTCAATTTTTTGTTAAGATCACTAGGATTTGAAAGTTCGGAAAATGTTGTTCCGG
TCTATATTGGAGATGACCGTACGTACGAAGATGCTTTTAAGGTTTTACGTGAAAAAGGAC
AAGGTTTTGGGATTCTTGTCTCAAAAGTTCCAAAGGAAACCAATGCCTCTTATTTTCTTC
AAGACCCTTCTCAGGTAAATGAGTTTCTGAAGCGTCTGGTAGAGTGGAAGAGGAATACAG
CTGGGGAAGAGTGAAACAAATACCACATCAATAACACCTGAGTTTATTTTTAAATTTTGA
GGAGGAATATTAGTATATATAGCCAACCTTTTAAGAAAACTAGTAGATGCCTAGAGGGTG
TTTCGGCCAGAAGTATCTTTACTTTTCTACATGTATCCAGAAATTTTAAATTTCGTGAAC
GATTCAGAAAAGGGAGAAAAATGTATTAATACC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 4

CO CL2027Contig1 1112 4 5 U
GGAGAGTTCCGTTCCTGTGCTGTGGAGAAAGAACGAAGACGGCTAACATGAAAGAGGTAA
CTACAAGCAGAAACAGGAAGAGGAAGAGGCAACGAAATAGTAAAGAAGAGCCTTGCGAGT
CACCCAAGAATCAAAACAACGACAAAAAACTGCAAAGATATACCAAAAACGATGGAGGAT
CTTCAGCTCTGTCGAAACAACCTAAACCTTCCAACTTTCTCGACACGCTTCGAGAGAAAC
TATCAGGTGGAAACTTCAGGAGGCTCAATGAGAAGCTCTACACTTGCTCTGGAAAAGAAG
CTTTAGACTATTTTAATGAAGATCCAACCTTGTTTGATATGTATCATACAGGTTATCAGC
AACAAATGACGAATTGGCCTGAGCTTCCTGTTAACTCCATTATCAATTGGTTATCGTCTA
AAAGCTCTTCTTTAGTTGTCGCTGATTTTGGCTGTGGTGATGCAAGGATTGCAAAGAGTG
TGAAGAACAAAGTTTTCTCCTTTGATCTCGTCTCAAAGGACCCATCTGTTATTGCCTGCG
ATATGTCTAATACTCCACTTGAGTCTTCATCAGTAGATGTAGCTGTTTTCTGTCTTTCAT
TAATGGGAACAAACTATTCTAGTTTCATCAAAGAGGCACATCGTGTTCTTCGTCCAAGTG
GTTGGCTTCTTATAGCGGAAGTCAAAAGCAGGTTTGATCCAAACAATGGAGGAGCAGATC
CAAAAGACTTTGTGAAAGCAGTTTCTGACCTTGGTTTTAGTTCCTCATTAAAGGACTTCT
CGAACAAGATGTTCATCTTACTGCATTTCAAGAAGAAGGAGCAGTTGAATTCAAATAAGA
AGAAAATTGATTGGCCTGAGTTGAAAGCATGTTTATATAAACGTCGATGATGGGTTTATA
TGCTCTGCAAGATCACACACACCAAGAGTATGTTTCAGTCACTTTCTGCTGGGTTTATAT
GATGCAAGATCACATTAAGTGTATGTTTCAATCACTTTCTGTTGGTTTATATGATGGAGG
ATGACACTAAGAGTGTCTTACCAATGTTGTTATTATCTAGACATTAGTGTTTCACCGTTC
TTTATGAAGTTTTATAAGAGAGAATCAGTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C545TF U 1
AF RR1G963TF U 27
AF RR1C545JQ C 392
AF RR1G963JQ C 601
BS 1 65 RR1C545TF
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RD RR1C545TF 687 0 0
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TATCAGGTGGAAACTTCAGGAGGCTCAATGAGAAGCTCTACACTTGCTCTGGAAAAGAAG
CTTTAGACTATTTTAATGAAGATCCAACCTTGTTTGATATGTATCATACAGGTTATCAGC
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AAAGCTCTTCTTTAGTTGTCGCTGATTTTGGCTGTGGTGATGCAAGGATTGCAAAGAGTG
TGAAGAACAAAGTTTTCTCCTTTGATCTCGTCTCAAAGGACCCATCTGTTATTGCCTGCG
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TAATGGGAACAAACTATTCTAGTTTCATCAAAGAGGCACATCGTGTTCTTCGTCCAAGTG
GTTGGCTTCTTATAGCGGAAGTCAAAA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1G963TF 734 0 0
GGG
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CAACGAAATAGTAAAGAAGAGCCTTGCGAGTCACCCAAGAATCAAAACAACGACAAAAAA
CTGCAAAGATATACCAAAAACGATGGAGGATCTTCAGCTCTGTCGAAACGACCTAAACCT
TCCAACTTTCTCGACACGCTTCGAGAGAAACTATCAGGTGGAAACTTCAGGAGGCTCAAT
GAGAAGCTCTACACTTGCTCTGGAAAAGAAGCTTTAGACTATTTTAATGAAGATCCAACC
TTGTTTGATATGTATCATACAGGTTATCAGCAACAAATGACGAATTGGCCTGAGCTTCCT
GTTAACTCCATTATCAATTGGTTATCGTCTAAAAGCTCTTCTTTAGTTGTCGCTGATTTT
GGCTGTGGTGATGCAAGGATTGCAAAGAGTGTGAAGAACAAAGCTTTCCCCTTTGATCTC
GTCTCAAAGGACCCATCTGTTATTGCCTGCGATATGTCTAATACTCCACTTGAGTCTTCA
TCAGTAGATGTAGCTGTTTTCTGTCTTTCATTAATGGGGACAAACTATTCTAGTTTCATC
AAAGAGGCACATCGTGTTCTTCGTCCAAGTGGTTGGCTTCTTATAGCGGAAGTCAAAAGC
AGGTTTGATCCAAACAATGGAGGAGCAGATCCAAAAGACTTTGTGAAAGCAGTTTCTGAC
CTTGGTTTTAG

QA 4 734 4 734
DS 

RD RR1C545JQ 721 0 0
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CTGTGGTGATGCAAGGATTGCAAAGAGTGTGAAGAACAAAGTTTTCTCCTTTGATCTCGT
CTCAAAGGACCCATCTGTTATTGCCTGCGATATGTCTAATACTCCACTTGAGTCTTCATC
AGTAGATGTAGCTGTTTTCTGTCTTTCATTAATGGGAACAAACTATTCTAGTTTCATCAA
AGAGGCACATCGTGTTCTTCGTCCAAGTGGTTGGCTTCTTATAGCGGAAGTCAAAAGCAG
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TGGTTTTAGTTCCTCATTAAAGGACTTCTCGAACAAGATGTTCATCTTACTGCATTTCAA
GAAGAAGGAGCAGTTGAATTCAAATAAGAAGAAAATTGATTGGCCTGAGTTGAAAGCATG
TTTATATAAACGTCGATGATGGGTTTATATGCTCTGCAAGATCACACACACCAAGAGTAT
GTTTCAGTCACTTTCTGCTGGGTTTATATGATGCAAGATCACATTAAGTGTATGTTTCAA
TCACTTTCTGTTGGTTTATATGATGGAGGATGACACTAAGAGTGTCTTACCAATGTTGTT
ATTATCTAGACATTAGTGTTTCACCGTTCTTTATGAAGTTTTATAAGAGAGAATCAGTCA
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1G963JQ 502 0 0
TAATGGGGACAAACTATTCTAGTTTCATCAAAGAGGCACATCGTGTTCTTCGTCCAAGTG
GTTGGCTTCTTATAGCGGAAGTCAAAAGCAGGTTTGATCCAAACAATGGAGGAGCAGATC
CAAAAGACTTTGTGAAAGCAGTTTCTGACCTTGGTTTTAGTTCCTCATTAAAGGACTTCT
CGAACAAGATGTTCATCTTACTGCATTTCAAGAAGAAGGAGCAGTTGAATTCAAATAAGA
AGAAAATTGATTGGCCTGAGTTGAAAGCATGTTTATATAAACGTCGATGATGGGTTTATA
TGCTCTGCAAGATCACACAC**CAAGAGTATGTTTCAGTCTCTTTCTGCTGGGTTTATAT
GATGCAAGATCACATTAAGTGTATGTTTCAATCACTTTCTGTTGGTTTATATGATGGAGG
ATGACACTAAGAGTGTCTTACCAATGTTGTTATTATCTAGACATTAGTGTTTCACCGTTC
TTTATGAAGTTTTATAAGAGAG

QA 1 502 1 502
DS 



AS 2 5

CO CL2028Contig1 691 3 41 U
GAGATCGGAAGAAAAAAGCTTTTGAAAAAAGAAAAAAAAACAGTTAGAAAGAAAGATGGA
GAGAAGCACACCAGTGAGAAACCCTCACACTTCCACCGCCGATCTGCTTTCCTGGTCCGA
AACTCCTCCTCCTCTTGATCACTCATCCTCTTCCGCCGCTCGTTCTCACCAGCCGTCAGA
TGGAATCAGCAAGGTTCTTGGCGGCGGTCAGATCACAGAAGAGGAAGCTCAGTCCCTCAA
TAAGCTGAAGAACTGCTCAGGTTACAAGTTAAAAGAGATGACTGGAAGTGGCATATTTAC
CAATGAGCCCAAAGGCGTATCTGAATCCGATTATGCTTCTACTGACCCAAAGACTGGACT
TCGTTACTATCAACAAACTCTAAACGGAGTGAGTCAGATATCATTCAGCGCTGACGGGAA
TGTTTCCCCAAAGAAACCAACCACTTTAACCGAGGTTGCAAAGCAGAGAGAGCTGAGCGG
GAACTTGCTTACCGAGGCAGACTTGAAGAGCAAGAAGCAGATCTCAAGTGCTAAGATCGA
AGAGATAAGCGGTCACAACATCTTCGGACCTCCAACTGAGATTCAGCCTCGATCCTTGGC
CGCTGCACATCAAGAAGCTAGAGGTAACAGAGACATGGGAGAGCCTGCACCAAGGAACCT
ACGCACTTCTGTTAAAGTCTCCAATCCTGCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 5 20 20 20 5 5 20 20 20 5 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1EU61TF U 13
AF RR1BM52TF U 1
AF RR1C211TF U 1
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BS 149 149 RR1C211TF
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BS 679 679 RR1C211TF
BS 680 691 RR1BM52TF

RD RR1EU61TF 638 0 0
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AGAAGCTAGAGGTAACAGAGACATGGGAGAGCCTGCAC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1BM52TF 691 0 0
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AACTCCTCTTCCTCTTGATCACTCTTCC*CTTCCGCCGCTCGTTCTCACCAGCCGTCAGA
TGGAATCAGCAAGGTTCTTGGCGGCGGTCAGATCACAGACGAGGAAGCTCAGTCCCTCAA
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CAATGAGCCCAAAGGCGTATCTGAATCCGATTATGCTTCTACTGACCCAAAGACTGGACT
TCGTTACTATCAACAAACTCTGAACGGAGTGAGTCAGATATCTTTCAGCGCTGACGGGAA
TGTTTCCCCTAAGAAACCAACCACTTTAACCGAGGTTGCAAAGCAGAGAGAGCTGAGCGG
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ACGCACTTCTGTTAAAGTTTCCAATCCTGCA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1C211TF 688 0 0
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GAGAAGCACACCAGTGAGAAACCCTCACACTTCCACCGCCGATCTGCTTTCCTGGTCCGA
AACTCCTCCTCCTCTTGATCACTCATCCTCTTCCGCCGCTCGTTCTCACCAGCCGTCAGA
TGGAATCAGCAAGGTTCTTGGCGGCGGTCAGATCACAGAAGAGGAAGCTCAGTCCCTCAA
TAAGCTGAAGAACTGCTCAGGTTACAAGTTAAAAGAGATGACTGGAAGTGGCATATTTAC
CAATGAGCCCAAAGGCGTATCTGAATCCGATTATGCTTCTACTGATCCAAAGACTGGACT
TCGTTACTATCAACAAACTCTAAACGGAGTGAGTCAGATATCATTCAGCGCTGACGGGAA
TGTTTCCCCAAAGAAACCAACCACTTTAACCGAGGTTGCAAAGCAGAGAGAGCTGAGCGG
GAACTTGCTTACCGAGGCAGACTTGAAGAGCAAGAAGCAGATCTCAAGTGCTAAGATCGA
AGAGATAAGCGGTCACAACATCTTCGGACCTCCAACTGAGATTCAGCCTCGATCCTTGGC
CGCTGCACATCAAGAAGCTAGAGGTAACAGAGACATGGGAGAGCCTGCACCAAGGAACCT
ACGCACTTCTGTTAAAGTCTCCAATCCT

QA 1 688 1 688
DS 



CO CL2028Contig2 703 2 2 U
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GTCAAAGACAATAATCCATACAAAGATTAGCTCAAAGGGGTTTTCGACCATCTAAGAAAC
TAAGATTCTAAAGAGAACATTAAACGTGACAAGCTTTGAATTTTTTTGAATACCAAACTG
ACACAAGTTTTTATTAGACCAAAGAGATGCTGCTCTCACCGCCTGGTGGCTTCCTCACAC
CTCCAAAATAGTCTCGGGACTCTGACTTCCCGTCTGCAAATATATTGTTTCCGCTCATCT
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1C211JQ U 1
AF RR1EU61JQ U 53
BS 1 678 RR1C211JQ
BS 679 703 RR1EU61JQ

RD RR1C211JQ 678 0 0
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GTCAAAGACAATAATCCATACAAAGATTAGCTCAAAGGGGTTTTCGACCATCTAAGAAAC
TAAGATTCTAAAGAGAACATTAAACGTGACAAGCTTTGAATTTTTTTGAATACCAAACTG
ACACAAGTTTTTATTAGACCAAAGAGATGCTGCTCTCACCGCCTGGTGGCTTCCTCACAC
CTCCAAAATAGTCTCGGGACTCTGACTTCCCGTCTGCAAATATATTGTTTCCGCTCATCT
CCCTCAGTTTAGCTGAGCTTAGCTGCTTGTCTCCAGTCCCAGGGGACTCATCTCCTTTGA
AGATACCATTGCCCGTGAGCTCCTGAAACTTCTGGTCATGTATCTTCTTCGATGTCTTCA
CTTCAGGTTCTTCACTAAACAGTATGTTGCTCTGTCCTCCTGCAGGATTGGAGACTTTAA
CAGAAGTGCGTAGGTTCCTTGGTGCAGGCTCTCCCATGTCTCTGTTACCTCTAGCTTCTT
GATGTGCAGCGGCCAAGGATCGAGGCTGAATCTCAGTTGGAGGTCCGAAGATGTTGTGAC
CGCTTATCTCTTCGATCTTAGCACTTGAGATCTGCTTCTTGCTCTTCAAGTCTGCCTCGG
TAAGCAAGTTCCCGCTCA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1EU61JQ 651 0 0
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TAAGAAACTAAGATTCTAAAGAGAACATTAAACGTGACAAGCTTTGAATTTTTTTGAATA
CCAAACTGACACAAGTTTTTATTAGACCAAAGAGATGCTGCTCTCACCGCCTGGTGGCTT
CCTCACACCTCCAAAATAGTCTCGGGACTCTGACTTCCCGTCTGCAAATATATTGTTTCC
GCTCATCTCCCTCAGTTTAGCTGAGCTTAGCTGCTTGTCTCCAGTCCCAGGGGACTCATC
TCCTTTGAAGATACCATTGCCCGTGAGCTCCTGAAACTTCTGGTCATGTATCTTCTTCGA
TGTCTTCACTTCAGGTTCTTCACTAAACAGTATGTTGCTCTGTCCTCCTGCAGGATTGGA
GACTTTAACAGAAGTGCGTAGGTTCCTTGGTGCAGGCTCTCCCATGTCTCTGTTACCTCT
AGCTTCTTGATGTGCAGCGGCCAAGGATCGAGGCTGAATCTCGGTTGGAGGTCCGAAGAT
GTTGTGACCGCTTATCTCTTCGATCTTAGCACTTGAGATCTGCTTCTTGCTCTTCAAGTC
TGCCTCGGTAAGCAAGTTCCCGCTCAGTTCTCTCTGCTTTGCAACCTCGGT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 5

CO CL2029Contig1 704 5 8 U
TTTTTATTAGTCTCCTTGTCCTCCTCTAATCATCATCTCAAACTCCGAAAAAAAAAAATC
TATTCTTTCTGCTCCGAGAATCTATCAATGTCGAGATTTGCTCTCGCTATCTCTTGTCTT
CTCTTCGTCTCGACGATTGTTAGAGCAACCGATGTCAGTTACTGTGATGAAAACGAACAG
TATGAAGTAAAGGTAAAAGGAGTTGATATATCGCCTGATCCTATAGCTCGTGGCGAGCCA
GCCACCTTCAGCATCTCTGCTAACACAGATAATGTGATCTCAAAAGGAAAGCTGGTGATC
GAAGTTTCATATTTTGGGTGGCATATTCATTCTGAGACACATGATCTTTGTGATGAGACA
ACATGTCCAGTGGCAGTTGGAGATTTCTTGGTAGCACACTCGCAAGTTCTACCTGGTTAT
ACTCCTCCTGGTTCATACTCGCTTAAGATGAAGATGCTTGATGGACACAAGAAGGAGCTA
ACATGCATCAAATTCTCATTCATGATTGGATTGGGATCATCATCGGTGGCCGACATGTAG
AGCTATTTTGCTCGCTGGGATATACCCATGCGATCACTCCATTTGCTTTGTATAAAAAAA
GAAAAACAACATTTCTCTTTACCAACATTGTTGATCAAAAATCATTTGAAATTTTCTCAA
TCTTGTTCCCCATGTTATACCATTTGATAAAATCCCTTTTATAG


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F573TF U 4
AF RR1H831TF U 1
AF RR1CQ14TF U 1
AF RR1CQ14JQ C 97
AF RR1H831JQ C 25
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BS 281 289 RR1CQ14TF
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GG
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TTTCTGCTCCGAGAATCTATCAATGTCGAGATTTGCTCTCGCTATCTCTTGTCTTCTCTT
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AGTAAAGGTAAAAGGAGTTGATATATCGCCTGATCCTATAGCTCGTGGCGAGCCAGTCAC
CTTCAGCATCTCTGCTAACACAGATAATGTGATCTCAAAAGGAAAGCCGGTGATCGAAGT
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TCCAGTGGCAGTTGGAGATTTCTTGGTAGCACACTCGCAAGTTCTACCTGGTTATACTCC
TCCTGGTTCATACTCGCTTAAGATGGAGATGCTTGATGGACACAAGAAGGAGCTAACACG
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TTTTGCTCGCTGGGATATACCCATGCGATCACTCCATTTGCTTTGTATAAAAAAAGAAAA
A

QA 3 603 3 603
DS 

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TTTTT
ATTAGTCTCCTTGTCCTCCTCTAATCATCATCTCAAACTCCGAAAAAAAAAAATCTATTC
TTTCTGCTCCGAGAATCTATCAATGTCGAGATTTGCTCTCGCTATCTCTTGTCTTCTCTT
CGTCTCGACGATTGTTAGAGCAACCGATGTCAGTTACTGTGATGAAAACGAACAGCATGA
AGTAAAGGTAAAAGGAGTTGATATATCGCCTGATCCTATAGCTCGTGGCGAGCCAGCCAC
CCTCAGCATCTCTGCTAACACAGATAATGTGATCTCAAAAGGAAAGCTGGTGATCGAAGT
TTCATATTTTGGGTGGCATATTCATTCTGAGACACATGATCTTTGTGATGAGACAACATG
TCCAGTGGCAGTTGGAGATTTCTTGGTAGCACACTCGCAAGTTCTACCTGGTTATACTCC
TCCTGGTTCATACTCGCTTAAGATGAAGATGCTTGATGGACACAAGAAGGATCTAACATG
CATCAAATTCTCATTCATGATTGGATTGGGATCATCATCGGTGGCCGACATGTAGAGCTA
TTTTGCTCGCTGGGATATACCCATGCGATCACTCCATTTGCTTTGTATAAAAAAAGAAAA
ACAACATTTCTCTTTACCAACATTGTTGATCAAA

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DS 

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GCCACCTTCAGCATCTCTGCTAACACAGATAATGTGATCCCAAAAGGAAGGCTGGTGATC
GAAGTTTCATATTTTGGGTGGCATATTCATTCTGAGACACATGATCTTTGTGATGAGACA
ACATGTCCAGTGGCAGTTGGAGATTTCTTGGTAGCACACTCGCAAGTTCTACCTGGTTAT
ACTCCTCCTGGTTCATACTCGCTTAAGATGAAGATGCTTGATGGACACAAGAAGGAGCTA
ACATGCATCAAATTCTCATTCATGATTGGATTGGGATCATCATCGGTGGCCGACATGTAG
AGCTATTTTGCTCGCTGGGATATACCCATGCGATCACTCCATTTGCTTTGTATAAAAAAA
GAAAAACAACATTTCTCTTTACCAACATTGTTGATCAAAA*TCATTTGAAATTTTCTCAA
TCTTGTTCCCCATGTTATACCATTTGA
T

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DS 

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AGTTACTGTGATGAAAACGAACAGTATGAAGTAAAGGTAAAAGGAGTTGATATATCGCCT
GATCCTATAGCTCGTGGCGAGCCAGCCACCTTCAGCATCTCTGCTAACACAGATAATGTG
ATCCCAAAAGGAAGGCTGGTGATCGAAGTTTCATATTTTGGGTGGCATATTCATTCTGAG
ACACATGATCTTTGTGATGAGACAACATGTCCAGTGGCAGTTGGAGATTTCTTGGTAGCA
CACTCGCAAGTTCTACCTGGTTATACTCCTCCTGGTTCATACTCGCTTAAGATGAAGATG
CTTGATGGACACAAGAAGGAGCTAACATGCATCAAATTCTCATTCATGATTGGATTGGGA
TCATCATCGGTGGCCGACATGTAGAGCTATTTTGCTCGCTGGGATATACCCATGCGATCA
CTCCATTTGCTTTGTATAAAAAAAGAAAAACAACATTTCTCTTTACCAACATTGTTGATC
AAAAATCATTTGAAATTTTCTCAATCTTGTTCCCCATGTTATACCATTTGA

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DS 

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GCAACCGATGTCAGTTACTGTGATGAAAACGAACAGCATGAAGTAAAGGTAAAAGGAGTT
GATATATCGCCTGATCCTATAGCTCGTGGCGAGCCAGCCACCCTCAGCATCTCTGCTAAC
ACAGATAATGTGATCTCAAAAGGAAAGCTGGTGATCGAAGTTTCATATTTTGGGTGGCAT
ATTCATTCTGAGACACATGATCTTTGTGATGAGACAACATGTCCAGTGGCAGTTGGAGAT
TTCTTGGTAGCACACTCGCAAGTTCTACCTGGTTATACTCCTCCTGGTTCATACTCGCTT
AAGATGAAGATGCTTGATGGACACAAGAAGGATCTAACATGCATCAAATTCTCATTCATG
ATTGGATTGGGATCATCATCGGTGGCCGACATGTAGAGCTATTTTGCTCGCTGGGATATA
CCCATGCGATCACTCCATTTGCTTTGTATAAAAAAAGAAAAACAACATTTCTCTTTACCA
ACATTGTTGATCAAAAATCATTTGAAATTTTCTCAATCTTGTTCCCCATGTTATACCATT
TGATAAAATCCCTTTTATAG

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 5

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CACTAGAGGACCTGCGTTTATATCGGAGTTACAGTCGGTGATCCCGAACTCTGATTATCG
CAAGAGAGGAACTTATGATTTGAAGAAGATTGTAGAGTACGCAAAGAAGAAGGATTATAC
ATCTATTATTGTAGTTCATACTAATCGCAGAGAGCCTGATGCGCTCCTTATCATTGGTTT
GCCAAATGGTCCTACTGCTCATTTCAAATTGTCAAATCTTGTTCTAAGGAAGGATATTAA
GAATCATGGAAACCCTACAAGCCATGAACCGGAACTGATTTTAAATAACTTCACAACTCG
TCTAGGAAACCGTGTTGGGAGGTTTTTCCAGTCACTGTTTCCTCAAGAACCTAACTTCCG
CGGTAGGAGAGTTGTAACGTTCCATAACCAGCGTGACTTTATACTTTTCAGACATCATCG
TTACATATTCGACGTAAAGGAAGACAAACAAAGTGGTGCGAAAGGAAAAGATGGTGTTGC
TAAAGAGAGATTCAAGCCTCGTCTTCAGGAATGTGGTCCAAAATTCACGCTTAAGCTAGT
GACTTTGCAGCATGGAACCTTTGACACAAAAGGCGGAGAGTTTGAATGGGTTCATAAGCC
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CCAAGTTTTGTGTTTATTTTCGTTTGAAGTTTTATAACCCAAAACCAAAACTGTAGCTTT
TACTTAAATCGTCTTCTAAAACTTCACATTTCTTCTCAATATAAGCCATCAAGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FH71TF U 1
AF RR1FH71JQ C 803
AF RR1G189TF U 483
AF RR1EU48TF U 610
AF RR1EU48JQ C 623
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BS 574 574 RR1G189TF
BS 575 604 RR1FH71TF
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BS 668 710 RR1FH71TF
BS 711 711 RR1G189TF
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BS 747 970 RR1G189TF
BS 971 971 RR1EU48TF
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CGAAGAGCCTCCACAGAAGATGGTTCCGAAGACGATTGAGAATACGAGAGAAGCTGACGA
GACTGTTTGCAGACCTGATGATGAAGAATTGTTTGCGGACATCGATGCTGATGAGTTTAA
TCCTGTCCTGAGGCGTGAAGTCACTCCTAAGGTCTTGATCACTACATGTCGTTTCAATTC
CACTAGAGGACCTGCGTTTATATCGGAGTTACAGTCGGTGATCCCGAACTCTGATTATCG
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ATCTCTTATTGTAGTTTATACTAATCGCAGAGAGCCTGATGCGCTCCTTATCATTGGTTT
GCCAAACGGTCCTACTGCTCATTTCAAATTGTCAAATCTTGTTCTAAGGA*GGATATTAA
GAATCATGGAAACCCTACAAGCCATG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1FH71JQ 101 0 0
TTTTTCCAGTCACTGTTTCCTCAAGAACCTAACTTCCGTGGTAGGAGAGTTGTAACGTTC
CATAACCAGGGTGACTTTATACTTTTCAGACATCATCGTTA

QA 1 101 1 101
DS 

RD RR1G189TF 664 0 0
GG
AGAGGACCTGCGTTTATATCGGAGTTACAGTCGGTGATCCCGAACTCTGATTATCGCAAG
AGAGGAACTTATGATTTGAAGAAGATTGTAGAGTACGCAAAGAAGAAGGATTATACATCT
ATTATTGTAGTTCATACTAATCGCAGAGAGCCTGATGCGCTCCTTATCATTGGTTTGCCA
AATGGTCCTACTGCTCATTTCAAATTGTCAAATCTTGTTCTAAGGAAGGATATTAAGAAT
CATGGAAACCCTACAAGCCATGAACCGGAACTGATTTTAAATAACTTCACAACTCGTCTA
GGAAACCGTGTTGGGAGGTTTTTCCAGTCACTGTTTCCTCAAGAACCTAACTTCCGCGGT
AGGAGAGTTGTAACGTTCCATAACCAGCGTGACTTTATACTTTTCAGACATCATCGTTAC
ATATTCGACGTAAAGGAAGACAAACAAAGTGGTGCGAAAGGAAAAGATGGTGTTGCTAAA
GAGAGAGTCAAGCCTCGTCTTCAGGAATGTGGTCCAAAATTCACGCTTAAGCTAGTGACT
TTGCAGCATGGAACCTTTGACACAAAAGGCGGAGAGTTTGAATGGGTTCATAAGCCTGAA
ATGGACACGAGCAGGAGGAGGTTCTTCCTGTGAT*GAATGCTGCTGTGTCTTCACCCCAA
GT

QA 3 664 3 664
DS 

RD RR1EU48TF 642 0 0
GGTATTTC
ATACTAATCGCAGAGAGCCTGATGCGCTCCTTATCATTGGTTTGCCAAATGGTCCTACTG
CTCATTTCAAATTGTCAAATCTTGTTCTAAGGAAGGATATTAAGAATCATGGAAACCCTA
CAAGCCATGAACCGGAACTGATTTTAAATAACTTCACAACTCGTCTAGGAAACCGTGTTG
GGAGGTTTTTCCAGTCACTGTTTCCTCAAGAACCTAACTTCCGCGGTAGGAGAGTTGTAA
CGTTCCATAACCAGCGTGACTTTATACTTTTCAGACATCATCGTTACATATTCGACGTAA
AGGAAGACAAACAAAGTGGTGCGAAAGGAAAAGATGGTGTTGCTAAAGAGAGATTCAAGC
CTCGTCTTCAGGAATGTGGTCCAAAATTCACGCTTAAGCTAGTGACTTTGCAGCATGGAA
CCTTTGACACAAAAGGCGGAGAGTTTGAATGGGTTCATAAGCCTGAAATGGACACGAGCA
GGAGGAGGTTCTTCCTGTGATTGAATGCTGCTGTGTCTTCACCCCAAGTTTTGTGTTTAT
TTTCGTTTGAAGTTTTATAACCCAAAACCAAAACTGTAGCTTTTACTTAAATCGTCTTCT
AAAACTTCACATTTCTTCTCAATATAAGCCATCA

QA 9 642 9 642
DS 

RD RR1EU48JQ 635 0 0
AATCGCAGAGAGCCTGATGCGCTCCTTATCATTGGTTTGCCAAATGGTCCTACTGCTCAT
TTCAAATTGTCAAATCTTGTTCTAAGGAAGGATATTAAGAATCATGGAAACCCTACAAGC
CATGAACCGGAACTGATTTTAAATAACTTCACAACTCGTCTAGGAAACCGTGTTGGGAGG
TTTTTCCAGTCACTGTTTCCTCAAGAACCTAACTTCCGCGGTAGGAGAGTTGTAACGTTC
CATAACCAGCGTGACTTTATACTTTTCAGACATCATCGTTACATATTCGACGTAAAGGAA
GACAAACAAAGTGGTGCGAAAGGAAAAGATGGTGTTGCTAAAGAGAGATTCAAGCCTCGT
CTTCAGGAATGTGGTCCAAAATTCACGCTTAAGCTAGTGACTTTGCAGCATGGAACCTTT
GACACAAAAGGCGGAGAGTTTGAATGGGTTCATAAGCCTGAAATGGACACGAGCAGGAGG
AGGTTCTTCCTGTGATTGAATGCTGCTGTGTCTTCACCCCAAGTTTTGTGTTTATTTTCG
TTTGAAGTTTTATAACCCAAAACCAAAACTGTAGCTTTTACTTAAATCGTCTTCTAAAAC
TTCACATTTCTTCTCAATATAAGCCATCAAGATTC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 5

CO CL2031Contig1 702 5 9 U
GGGTGGCTGAGACTCGTTTCACCGCTTGAGAATCTGTTTTAGACCAAAAGTCTAGTGCTT
TGGTCTTCTTTGTAACTGTAAATAGGATGGCCGCGTCTCTTCCGACCACTTTATGTCTTA
GCCATGGCGACGAGTGTTGCAAACGTTCACCCAACCAAGGCCATGCCCTTGCTGTGAAGA
GGAACCTAATGGGTTACTCGGGGCGCTGCGTAGGTACTAGAGTGAGGAGATTGGTCGTGA
CGGCTGCGACTGAAGGATCTAGAAAATCTAAAGAGAGTCAACCGTCGTGGGCGAATCCTG
ACTCGGATGAGCCACCTCCTTGGGCCAGAGAGGAAGGTCGTTCTTCTACGTCCCAAGAGG
GCATTGAGGTTCCCTTCTATGTTTATCTGCTAGCCTCTGCAATCACTGCCATTGCTGCTA
TCGGTTCTGTTTTTGAGTACTCGAGTAAGAATCCAGTGTTCGGGGTGTTGGACTCTGACA
GTATCTTTTATACTCCCGTGCTTGGATTCTTTGCTTTCACTGGAATCCCCACTTCTGTAT
TCCTATGGTTCAAATCCGTTGAAGCTGCTAATAAGGAAGCTGCAGAACAAGATAAGAGAG
ATGGATATCGTTAAAACTGTCTTCGCAACTTTTACAGTGATTGTTGTTGTCCTCCACATA
CATACATTTATGATAATATGAAGATACTTCTGCATTTTTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 30 10 10 10 10 

AF RR1DG81TF U 1
AF RR1E462TF U 70
AF RR1EX86JQ C 71
AF RR1EX86TF U 71
AF RR1E462JQ C 341
BS 1 211 RR1DG81TF
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BS 306 306 RR1E462TF
BS 307 537 RR1DG81TF
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BS 539 697 RR1DG81TF
BS 698 698 RR1E462TF
BS 699 702 RR1E462JQ

RD RR1DG81TF 697 0 0
GGGTGGCTGAGACTCGTTTCACCGCTTGAGAATCTGTTTTAGACCAAAAGTCTAGTGCTT
TGGTCTTCTTTGTAACTGTAAATAGGATGGCCGCGTCTCTTCCGACCACTTTATGTCTTA
GCCATGGCGACGAGTGTTGCAAACGTTCACCCAACCAAGGCCATGCCCTTGCTGTGAAGA
GGAACCTAATGGGTTACTCGGGGCGCTGCGTGGGTACTAGAGTGAGGAGATTGGTCGTGA
CGGCTGCGACTGAAGGATCTAGAAAATCTAAAGAGAGTCAACCGTCGTGGGCGAATCCTG
ACTCGTATGAGCCACCTCCTTGGGCCAGAGAGGAAGGTCGTTCTTCTACGTCCCAAGAGG
GCATTGAGGTTCCCTTCTATGTTTATCTGCTAGCCTCTGCAATCACTGCCATTGCTGCTA
TCGGTTCTGTTTTTGAGTACTCGAGTAAGAATCCAGTGTTCGGGGTGTTGGACTCTGACA
GTATCTTTTATACTCCCGTGCTTGGATTCTTTGCTTTCACTGGAATCCCCACTTCTGCAT
TCCTATGGTTCAAATCCGTTGAAGCTGCTAATAAGGAAGCTGCAGAACAAGATAAGAGAG
ATGGATATCGTTAAAACTGTCTTCGCAACTTTTACAGTGATTGTTGTTGTCCTCCACATA
CATACATTTATGATAATATGAAGATACTTCTGCATTT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1E462TF 630 0 0
GG
GTAACTGTAAATAGGATGGCCGCGTCTCTTCCGACCACTTTATGTCTTAGCCATGGCGAC
GAGTGTTGCAAACGTTCACCCAACCAAGGCCATGCCCTTGCTGTGAAGAGGAACCTAATG
GGTTACTCGGGGCGCTGCGTGGGTACTAGAGTGAGGAGATTGGTCGTGACGGCTGCGACT
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CCACCTCCTTGGGCCAGAGAGGAAGGTCGTTCTTCTACGTCCCAAGAGGGCATTGAGGTT
CCCTTCTATGTTTATCTGCTAGCCTCTGCAATCACTGCCATTGCTGCTATCGGTTCTGTT
TTTGAGTACTCGAGTAAGAATCCAGTGTTCGGGGTGTTGGACTCTGACAGTATCTTTTAT
ACTCCCGTGCTTGGATTCTTTGCTTTCACTGGAATCCCCACTTCTGTATTCCTATGGTTC
AAATCCGTTGAAGCTGCTAATAAGGAAGCTGCAGAACAAGATAAGAGAGATGGATATCGT
TAAAACTGTCTTCGCAACTTTTACAGTGATTGTTGTTGTCCTCCACATACATACATTTAT
GATAATATGAAGATACTTCTGCATTTT
T

QA 3 629 3 629
DS 

RD RR1EX86JQ 629 0 0
G
GTAACTGTAAATAGGATGGCCGCGTCTCTTCCGACCACTTTATGTCTTAGCCATGGCGAC
GAGTGTTGCAAACGTTCACCCAACCAAGGCCATGCCCTTGCTGTGAAGAGGAACCTAATG
GGTTACTCGGGGCGCTGCGTAGGTACTAGAGTGAGGAGATTGGTCGTGACGGCTGCGACT
GAAGGATCTAGAAAATCTAAAGAGAGTCAACCGTCGTGGGCGAATCCTGACTCGGATGAG
CCACCTCCTTGGGCCAGAGAGGAAGGTCGTTCTTCTACGTCCCAAGAGGGCATTGAGGTT
CCCTTCTATGTTTATCTGCTAGCCTCTGCAATCACTGCCATTGCTGCTATCGGTTCTGTT
TTTGAGTACTCGAGTAAGAATCCAGTGTTCGGGGTGTTGGACTCTGACAGTATCTTTTAT
ACTCCCGTGCTTGGATTCTTTGCTTTCACTGGAATCCCCACTTCTGTATTCCTATGGTTC
AAATCCGTTGAAGCTGCTAATAAGGAAGCTGCAGAACAAGATAAGAGAGATGGATATCGT
TAAAACTGTCTTCGCAACTTTTACAGTGATTGTTGTTGTCCTCCACATACATACATTTAT
GATAATATGAAGATACTTCTGTATTTT
C

QA 2 628 2 628
DS 

RD RR1EX86TF 629 0 0
G
GTAACTGTAAATAGGATGGCCGCGTCTCTTCCGACCACTTTATGTCTTAGCCATGGCGAC
GAGTGTTGCAAACGTTCACCCAACCAAGGCCATGCCCTTGCTGTGAAGAGGAACCTAATG
GGTTACTCGGGGCGCTGCGTAGGTACTAGAGTGAGGAGATTGGTCGTGACGGCTGCGACT
GAAGGATCTAGAAAATCTAAAGAGAGTCAACCGTCGTGGGCGAATCCTGACTCGGATGAG
CCACCTCCTTGGGCCAGAGAGGAAGGTCGTTCTTCTACGTCCCAAGAGGGCATTGAGGTT
CCCTTCTATGTTTATCTGCTAGCCTCTGCAATCACTGCCATTGCTGCTATCGGTTCTGTT
TTTGAGTACTCGAGTAAGAATCCAGTGTTCGGGGTGTTGGACTCTGACAGTATCTTTTAT
ACTCCCGTGCTTGGATTCTTTGCTTTCACTGGAATCCCCACTTCTGTATTCCTATGGTTC
AAATCCGTTGAAGCTGCTAATAAGGAAGCTGCAGAACAAGATAAGAGAGATGGATATCGT
TAAAACTGTCTTCGCAACTTTTACAGTGATTGTTGTTGTCCTCCACATACATACATTTAT
GATAATATGAAGATACTTCTGTATTTT
C

QA 2 628 2 628
DS 

RD RR1E462JQ 362 0 0
TTTTTT
TACGTCCCAAGAGGGCATTGAGGTTCCCTTCTATGTTTATTTGCTAGCCTCTGCAATCAC
TGCCATTGCTGCTATCGGTTCTGTTTTTGAGTACTCGAGTAAGAATCCAGTGTTCGGGGT
GTTGGACTCTGACAGTATCTTTTATACTCCCGTGCTTGGATTCTTTGCTTTCACTGGAAT
CCCCACTTCTGTATTCCTATGGTTCAAATCCGTTGAAGCTGCTAATAAGGAAGCTGCAGA
ACAAGATAAGAGAGATGGATATCGTTAAAACTGTCTTCGCAACTTTTACAGTGATTGTTG
TTGTCCTCCACATACATACATTTATGATAATATGAAGATACTTCTGCATTTTTAGG

QA 7 362 7 362
DS 



AS 1 5

CO CL2032Contig1 914 5 15 U
GACAAATGACACTCACGTTGCCGTTTAGAAATCAACCTGTGAAGATTATTCATAGAAATG
CTTATGAGAAAACAAAATCCGTCTAACATTGAAGTCATAAAGGGTTCCACACAAACGAAC
AAACACACAGAAATAAAAACTTCACTCAGACGAGTAAAGAAGATGCATTCTTAATCTCAA
AGAAGTCCTGAAGAGCAGTCATTTTAATAGCACTTGACTTCAAGCTCTTGATTCCCTCAG
CCGTGGCCAGTGCTCCAGCAACAGTGGTGATAACCGGGACCTTGTAGGCTAGAGCCATCT
GTCTGAGCTGCCTCCCATCCTTCTGATCAAGAGCATCACCTGAGCTTGTGATCAACATCA
GATGAATCTGACCATTAGCCACCATATCAGCAGCATGTGGTCTTCCTTCATGCAACTTCA
ACACTCTCTCCACTGGGATGCCTTTCAGTTCCAGGAAATGCGCTGTTCCCGATGTGGCAA
CGATCTTGAACCCAAGGTCTAGGAAGGACACTGCAATTTTCTCCAGGTGCGGTTTGGTCA
TATCGTTTAAGCTGAGGAAGACAGTACCATTTAAAGGTAGCTTTTGACCTGCAGCAATCT
GAGCCATTGCAAAGGCACTTGGGAACTCGGAACTGATGCTCATCACTTCCCCTGTGCTTC
TCATCTCTGGCCCGAGTATCACATCACAACCTTGGAACTTCTCAAATGGGAAAACAGCTT
CCTTCACAGAGATGTGTTTAGGGATAACTTCTTCTTCGAAATTCAGATCTTTGAGAGATT
TTCCAGACATGACCAGAGCTGCATACTTGGCGAGAGGGTGTCCAATGGCCTTTGAGACAA
AAGGGACAGTACGTGAAGCTCGTGGATTTGCTTCCAGCAAGTAAACATCACCAGATGATG
TGATTGCGTACTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ57JQ U 51
AF RR1AV52JQ U 1
AF RR1AV52TF C 1
AF RR1C603JQ U 33
AF RR1GQ57TF C 428
BS 1 436 RR1AV52JQ
BS 437 437 RR1C603JQ
BS 438 511 RR1AV52JQ
BS 512 512 RR1C603JQ
BS 513 682 RR1AV52JQ
BS 683 683 RR1C603JQ
BS 684 724 RR1AV52JQ
BS 725 725 RR1C603JQ
BS 726 784 RR1AV52JQ
BS 785 785 RR1C603JQ
BS 786 802 RR1AV52JQ
BS 803 841 RR1C603JQ
BS 842 842 RR1GQ57TF
BS 843 863 RR1C603JQ
BS 864 914 RR1GQ57TF

RD RR1GQ57JQ 617 0 0
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ACAAACGAACAAACACACAGAAATAAAAACTTGACTCAAACGAGTAGAGAAAATGCATTC
TTAATCTCAAAGAAGTCCTGAAGAGCAGTCATTTTAATAGCACTTGACTTCAAGCTCTTG
ATTCCCTCAGCCGTGGCCAATGCTCCAGCAACAGTGGTGATAACCGGGACCTTGTAGGCT
AGAGCCATCTGTCTGAGCTGCCTCCCATCCTTCTGATCAAGAGCATCACCTGAGCTTGTG
ATCAACATCAGATGAATCTGACCATTAGCCACCATATCTGCAGCATGTGGTCTTCCTTCA
TGCAACTTCAGCACTCTCTCCACTGGGATGCCTTTCAGTTCCAGGAAATGCGCTGTTCCC
GATGTGGCAACGATCTTGAACCCAAGGTCTAGGAAGGACACTGCAATTTTCTCCAGGTGC
GGTTTGGTCATATCGTTTAAGCTGAGGAAGACAGTACCATTTAAAGGTAGCTTTTGACCT
GCAGCAATCTGAGCCATTGCAAAGGCACTTGGGAACTCGGAACTGATGCTCATCACTTCC
CCTGTGCTTCTCATCTC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1AV52JQ 802 0 0
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CTTATGAGAAAACAAAATCCGTCTAACATTGAAGTCATAAAGGGTTCCACACAAACGAAC
AAACACACAGAAATAAAAACTTCACTCAGACGAGTAAAGAAGATGCATTCTTAATCTCAA
AGAAGTCCTGAAGAGCAGTCATTTTAATAGCACTTGACTTCAAGCTCTTGATTCCCTCAG
CCGTGGCCAGTGCTCCAGCAACAGTGGTGATAACCGGGACCTTGTAGGCTAGAGCCATCT
GTCTGAGCTGCCTCCCATCCTTCTGATCAAGAGCATCACCTGAGCTTGTGATCAACATCA
GATGAATCTGACCATTAGCCACCATATCAGCAGCATGTGGTCTTCCTTCATGCAACTTCA
ACACTCTCTCCACTGGAATGCCTTTCAGTTCCAGGAAATGCGCTGTTCCCGATGTGGCAA
CGATCTTGAACCCAAGGTCTAGGAAGGACACAGCAATTTTCTCCAGGTGCGGTTTGGTCA
TATCGTTTAAGCTGAGGAAGACAGTACCATTTAAAGGTAGCTTTTGACCTGCAGCAATCT
GAGCCATTGCAAAGGCACTTGGGAACTCGGAACTGATGCTCATCACTTCCCCTGTGCTTC
TCATCTCTGGCCCGAGTATCACGTCACAACCTTGGAACTTCTCAAATGGGAAAACAGCTT
CCTTGACAGAGATGTGTTTAGGGATAACTTCTTCTTCGAAATTCAGATCTTTGAGAGATT
TTCCCGACATGACCAGAGCTGC

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1AV52TF 802 0 0
GACAAATGACACTCACGTTGCCGTTTAGAAATCAAC*TGTGAAGATTATTCATAGAAATG
CTTATGAGAAAACAAAATCCGTCTAACATTGAAGTCATAAAGGGTTCCACACAAACGAAC
AAACACACAGAAATAAAAACTTCACTCAGACGAGTAAAGAAGATGCATTCTTAATCTCAA
AGAAGTCCTGAAGAGCAGTCATTTTAATAGCACTTGACTTCAAGCTCTTGATTCCCTCAG
CCGTGGCCAGTGCTCCAGCAACAGTGGTGATAACCGGGACCTTGTAGGCTAGAGCCATCT
GTCTGAGCTGCCTCCCATCCTTCTGATCAAGAGCATCACCTGAGCTTGTGATCAACATCA
GATGAATCTGACCATTAGCCACCATATCAGCAGCATGTGGTCTTCCTTCATGCAACTTCA
ACACTCTCTCCACTGGAATGCCTTTCAGTTCCAGGAAATGCGCTGTTCCCGATGTGGCAA
CGATCTTGAACCCAAGGTCTAGGAAGGACACAGCAATTTTCTCCAGGTGCGGTTTGGTCA
TATCGTTTAAGCTGAGGAAGACAGTACCATTTAAAGGTAGCTTTTGACCTGCAGCAATCT
GAGCCATTGCAAAGGCACTTGGGAACTCGGAACTGATGCTCATCACTTCCCCTGTGCTTC
TCATCTCTGGCCCGAGTATCACGTCACAACCTTGGAACTTCTCAAATGGGAAAACAGCTT
CCTTGACAGAGATGTGTTTAGGGATAACTTCTTCTTCGAAATTCAGATCTTTGAGAGATT
TTCCCGACATGACCAGAGCTGC

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1C603JQ 831 0 0
CAAC
CTGTGAAGATTATTCATAGAAATGCTTATAAGAAAACAAAATCCGTCTAACATTGAAGTC
ATAAAGGGTTCCACACAAACGAACAAACACACAGAAATAAAAACTTGACTCAAACGAGTA
AAGAAGATGCATTCTTAATCTCAAAGAAGTCCTGAAGAGCAGTCATTTTAATAGCACTTG
ACTTCAAGCTCTTGATTCCCTCAGCCGTGGCCAATGCTCCAGCAACAGTGGTGATAACCG
GGACCTTGTAGGCTAGAGCCATCTGTCTGAGCTGCCTCCCATCCTTCTGATCAAGAGCAT
CACCTGAGCTTGTGATCAACATCAGATGAATCTGACCATTAGCCACCATATCTGCAGCAT
GTGGTCTTCCTTCATGCAACTTCAGCACTCTCTCCACTGGGATGCCTTTCAGTTCCAGGA
AATGCGCTGTTCCCGATGTGGCAACGATCTTGAACCCAAGGTCTAGGAAGGACACTGCAA
TTTTCTCCAGGTGCGGTTTGGTCATATAGTTTAAGCTGAGGAAGACAGTACCATTTAAAG
GTAGCTTTTGACCTGCAGCAATCTGAGCCAATGCAAAGGCACTTGGGAACTCGGAACTGA
TGCTCATCACTTCCCCTGTGCTTCTCATCTCTGGCCCGAGTATCACATCACAACCTTGGA
ACTTCTCAAATGGGAAAACAGCTTCTTTCACGGAGATGTGTTTAGGGATAACTTCTTCTT
CGAAATTCAGATCTTTGAGAGATTTTCCAGACATGACCAGAGCTGCATACTTGGCGAGAG
GGTGTCCAATGGCCTTTGAGACAAA*GGGACAGTACGTGAAGCTCGT

QA 5 831 5 831
DS 

RD RR1GQ57TF 487 0 0
CTCCACTGGGATGCCTTTCAGTTCCAGAAAATGCGCTGTTCCCGATGTGGCAACGATCTT
GAACCCAAGGTCTAGGAAGGACACTGCAATTTTCTCCAGGTGCGGTTTGGTCATATCGTT
TAAGCTGAGGAAGACAGTACCATTTAAAGGTAGCTTTTGACCTGCAGCAATCTGAGCCAT
TGCAAAGGCACTTGGGAACTCGGAACTGATGCTCATCACTTCCCCTGTGCTTCTCATCTC
TGGCCCGAGTATCACATCACAACCTTGGAACTTCTCAAATGGGAAAACAGCTTCTTTCAC
GGAGATGTGTTTAGGGATAACTTCTTCTTCGAAATTCAGATCTTTGAGAGATTTTCCAGA
CATGACCAGAGCTGCATACTTGGCGAGAGGGTGTCCAATGGCCTTTGAGACAAAAGGGAC
AGTACGTGAAGCTCGTGGATTTGCTTCCAGCAAGTAAACATCACCAGATGATGTGATTGC
GTACTGC

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 5

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TGTGTTTACACTTGTGTTTTAAACTTAGCCAGGACTTGTTTCTCCAAACACAAATTAAAA
CGAGAGAGACACCAATTTATGAAAATTTTATCTATAAGTTAATTTTTTTTTTTTT**GCA
AGAAGAAGAAAATGGATCTGAGACTTTAATTTACATGCTTTCAAGGATTTTATAAAGCTG
TTTCTACGTTAGAACAGGAATATCAACGAAGATAGCCACCTCACAGAAACAAAAAAAAA*
CTGACTCTTATAAAAGCAAAGACAACACACACATATAGATGGGTAAGTTAGCAAAGAACA
GAAACTAGTTTGTGAATCTGGGTTCAGAAAAGAGAGAGGGAGAAAAAGATGTTAGATGAA
GAAAATGATGAAATGTTTGGTTGGTCC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1EX59JQ U 1
AF RR1CZ47TF C 2
AF RR1CZ47JQ U 12
AF RR1EX59TF C 1
AF RR1EY50JQ U 1
BS 1 138 RR1EX59JQ
BS 139 139 RR1CZ47JQ
BS 140 175 RR1EX59JQ
BS 176 177 RR1CZ47JQ
BS 178 187 RR1EX59JQ
BS 188 188 RR1EY50JQ
BS 189 201 RR1EX59JQ
BS 202 202 RR1CZ47JQ
BS 203 277 RR1EX59JQ
BS 278 289 RR1CZ47JQ
BS 290 291 RR1EY50JQ
BS 292 386 RR1CZ47JQ
BS 387 387 RR1EY50JQ
BS 388 391 RR1CZ47JQ
BS 392 442 RR1EY50JQ
BS 443 447 RR1EX59TF

RD RR1EX59JQ 277 0 0
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TGTGTTTACACTTGTGTTTTAAACTTAGCCAGGACTTGTTTCTCCAAACACAAATTAAAA
CGAGAGAGACACCAATTTGTGAAAATTTTATCTATAAGTTAATTTTTTTTTTTTTTTGCA
AGAAGAAAAAAATGGATCTGAAACTTTAATTTACATGCTTTCAAGGATTTTATAAAGCTG
TTTCTACGTTAGAACAGGAATATCAACGAAGATAGCC

QA 1 277 1 277
DS 

RD RR1CZ47TF 394 0 0
GGGGAAGGAAGATAAATTGATAGAGACGAAATTTACATGATTTGAAGTTTTTATAAATTT
GTGTTTACACTTGTGTTTTAAACTTAGCCAGGACTTGTTTCTCCAAACACAAATTAAAAC
GAGAGAGACACCAATTTATGAAAATTTTATCTATAAGTTAATTTTTTTTTTTTT**GCAA
GAAGAAGAAAATGGATCTGAGACTTTAATTTACATGCTTTCAAGGATTTTATAAAGCTGT
TTCTACGTTAGAACAGGAATATCAACGAAGATAGCCACCTCACAGAAA**AAAAAAAA*C
TGACTCTTATAAAAGCAAAGACAACACACACATATAGATGGGTAAGTTAGCAAAGAACAG
AGACTAGTTTGTGAATCTGGGTTCAGAAAA
GAGA

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1CZ47JQ 380 0 0
GATAAATTGATAGAGACGAAATTTACATGATTTGAAGTTTTTATAAATTTGTGTTTACAC
TTGTGTTTTAAACTTAGCCAGGACTTGTTTCTCCAAACACAAATTAAAACGAGAGAGACA
CCAATTTATGAAAATTTTATCTATAAGTTAATTTTTTTTTTTTT**GCAAGAAGAAAAAA
ATGGATCTGAGACTTTAATTTACATGCTTTCAAGGATTTTATAAAGCTGTTTCTACGTTA
GAACAGGAATATCAACGAAAATAGCCACCTCACAGAAA**AAAAAAAA*CTGACTCTTAT
AAAAGCAAAGACAACACACACATATAGATGGGTAAGTTAGCAAAGAACAGAAACTAGTTT
GTGAATCTGGGTTCAAAAAA

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR1EX59TF 447 0 0
A
GGGGAAGGAAGATAAATTGATAGAGACGAAATTTACATGATTTGAAGTTTTTATAAATTT
GTGTTTACACTTGTGTTTTAAACTTAGCCAGGACTTGTTTCTCCAAACACAAATTAAAAC
GAGAGAGACACCAATTTGTGAAAATTTTATCTATAAGTTAATTTTTTTTTTTTTTTGCAA
GAAGAAGAAAATGGATCTGAGACTTTAATTTACATGCTTTCAAGGATTTTATAAAGCTGT
TTCTACGTTAGAACAGGAATATCAACGAAGATAGCCACCTCACAGAAACAAAAAAAAA*C
TGACTCTTATAAAAGCAAAGACAACACACACATATAGATGGGTAAGTTAGCAAAGAACAG
AGACTAGTTTGTGAATCTGGGTTCAGAAAAGAGAGAGGGAGAAAAAGATGTTAGATGAAG
AAGATGATGAAATGTTTGGTTGGTCC

QA 2 447 2 447
DS 

RD RR1EY50JQ 444 0 0
G
GGGGAAGGAAGATAAATTGATAGAGACGAAATTTACATGATTTGAAGTTTTTATAAATTT
GTGTTTACACTTGTGTTTTAAACTTAGCCAGGACTTGTTTCTCCAAACACAAATTAAAAC
GAGAGAGACACCAATTTATGAAAATTTTATCTATAAGTTAATTTTTTTTTTTTT**GCAA
GAAGAAGAAAATGGATCTGAGACTTTAATTTACATGCTTTCAAGGATTTTATAAAGCTGT
TTCTACGTTAGAACAGGAATATCAACGAAGATAGCCACCTCACAGAAACAAAAAAAAAAC
TGACTCTTATAAAAGCAAAGACAACACACACATATAGATGGGTAAGTTAGCAAAGAACAG
AAACTAGTT*GTGAATCTGGGTTCAGAAAAGAGAGAGGGAGAAAAAGATGTTAGATGAAG
AAAATGATGAAATGTTTGGTT
CC

QA 2 442 2 442
DS 



AS 1 4

CO CL2034Contig1 905 4 6 U
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CAAAACCAAGGGAGTTGAACCTGTTATAATGTCTGCAGGAGAGTTGGAGTCTGATAGAGC
TGGGGAACCGGGAAAACTCATACGTGACCGCTATAGAACAGCTTCACAAGTCATTCAGAA
TCAAGGGAAGATGAGTGTTCTAATGATCAATGATATAGATGCTGGCCTTGGTAGATTTGG
GGAAACACAAATGACAGTGAACAACCAGATAGTCGTTGGTACTCTGATGAATCTTGCGGA
TAATCCTACTAGGGTGAGTATTGGACAAGACTGGAGAGAAGCTGACACTGTAAACAGAGT
TCCTCTCATTGTCACAGGGAACGATTTCTCCAAGCTATATGCTCCACTGATCCGTGAAGG
GAGAATGGAGAAGTTCTACTGTCAGCCAACTCGTGAAGACATAGTTAACATTGTTAGCAG
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AAATCAAGCACTTGACTTCTATGGAGCACTGAGGTCACGTACATATGATAGATCTATCCT
CAAGTGGGTAGATGAAGTTGGAGGAATAGAGGCTCTAGAGAAAACTCTTCTCAGGCGTAA
AAAGACCCAAGAGATTCCTAAATTCATTCCCCCTGAGCAAACAATGGAGGCGTTGCTGGA
ATCAGGTTACTCTCTCATTAATGAACAACAACTTATCAACGAAACAAAGCTTTCCAAGGA
GTACATGAAGAACATTGACGATTAATAATACCCTACCAAACATACATTCATGATTTTTTC
TTTCTTTCTTAAGGTCTACTGATAAGTTGTCAGACAAAGCTTAAAAAGCATAACTCAATC
ACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR1BV92TF U 1
AF RR1EG84JQ C 210
AF RR1BV92JQ C 148
AF RR1G290TF U 505
BS 1 643 RR1BV92TF
BS 644 673 RR1G290TF
BS 674 674 RR1BV92JQ
BS 675 753 RR1G290TF
BS 754 754 RR1BV92JQ
BS 755 905 RR1G290TF

RD RR1BV92TF 649 0 0
GATCTTAGGTATCTGGGGAGGTAAAGGACAAGGGAAAACGTTTCAGACCGAACTTATGTT
CAAAACCAAGGGAGTTGAACCTGTTATAATGTCTGCAGGAGAGTTGGAGTCTGATAGAGC
TGGGGAACCGGGAAAACTCATACGTGACCGCTATAGAACAGCTTCACAAGTCATTCAGAA
TCAAGGGAAGATGAGTGTTCTAATGATCAATGATATAGATGCTGGCCTTGGTAGATTTGG
GGAAACACAAATGACAGTGAACAACCAGATAGTCGTTGGTACTCTGATGAATCTTGCGGA
TAATCCTACTAGGGTGAGTATTGGACAAGACTGGAGAGAAGCTGACACTGTAAACAGAGT
TCCTCTCATTGTCACAGGGAACGATTTCTCCAAGCTATATGCTCCACTGATCCGTGAAGG
GAGAATGGAGAAGTTCTACTGTCAGCCAACTCGTGAAGACATAGTTAACATTGTTAGCAG
AATGTACGAGAAAGATGGGATATCACGGAAAGAAGTTGTAAGCATTGTTGATAAGTTTCC
AAATCAAGCACTTGACTTCTATGGAGCACTGAGGTCACGTACATATGATAGATCTATCCT
CAAGTGGGTAGATGAAGTTGGAGGAATAGAGGCTCTAGAGAAA
CTCTTC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1EG84JQ 673 0 0
ATGATATTGATGCTGGCCTTGGTAGATTCGGGGAAACACAAATGACAGTGAACAACTAGA
TAGTCGTTGGTACTCTGATGAATCTTGCGGATAATCCTACAAGGGTGAGTATCGGACAAG
ACTGGAGAGAAGCTGACACTGTAAACAGAGTTCCTCTCATTGTCACAGGGAACGATTTCT
CCAAGCTTTATGCTCCACTGATCCGTGAAGGAAGAATGGAGAAGTTCTACTGGCAGCCAA
CTCGTGAAGACATAGTTAACATTGTTAGCAGAATGTACGAGAAAGATGGTATATCACGGA
AAGAAGTTGTAAGCATTGTTGATAAGCTTCCAAATCAAGCACTTGACTTCTATGGAGCAC
TGAGGTCACGTACATATGATAGATCTATCCTCAAGTGGGTAGATGAAGTTGGAGGAATAG
AGGCTCTAGAGAAAACTCTTCTCAGGCGTAAAAAGACCCAAGAGATTCCTAAATTCATTC
CCCCTGAGCAAACAACGGAGGCGTTGCTGGAATCAGGTTACTCTCTCATTAATGAACAAC
AACTTATCAACGAAACAAAGCTTTCCAAGGAGTACATGAAGAACATTGACGATTAATAAT
ACCCTACCAAACATACATTCATGATTTTTTCTTTCTTTCTTAAGGTCTACTGATAAGTTG
TCAGACAAAGCTT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1BV92JQ 758 0 0
CCGCTATAGAACAGCTTCACAAGTCATTCAGAATCAAGGGAAGATGAGTGTTCTAATGAT
CAATGATATAGATGCTGGCCTTGGTAGATTTGGGGAAACACAAATGACAGTGAACAACCA
GATAGTCGTTGGTACTCTGATGAATCTTGCGGATAATCCTACTAGGGTGAGTATTGGACA
AGACTGGAGAGAAGCTGACACTGTAAACAGAGTTCCTCTCATTGTCACAGGGAACGATTT
CTCCAAGCTATATGCTCCACTGATCCGTGAAGGGAGAATGGAGAAGTTCTACTGTCAGCC
AACTCGTGAAGACATAGTTAACATTGTTAGCAGAATGTACGAGAAAGATGGGATATCACG
GAAAGAAGTTGTAAGCATTGTTGATAAGTTTCCAAATCAAGCACTTGACTTCTATGGAGC
ACTGAGGTCACGTACATATGATAGATCTATCCTCAAGTGGGTAGATGAAGTTGGAGGAAT
AGAGGCTCTAGAGAAAACTCTTCTCAGGCGTAAAAAGACCCAAGAGATTCCTAAATTCAT
TCCCCCTGAGCAAACAATGGAGGCGTTGCTGGAATCAGGTTACTCTCTCATTAATGAACA
ACAACTTATCAACGAAACAAAGCTTTCCAAGGAGTACATGAAGAACATTGACGATTAATA
ATACCCTACCAAACATACATTCATGATTTTTTCTTTCTTTCTTAAGGTCTACTGATAAGT
TGTCAGACAAAGCTTAAAAAGCATAACTCAATCACTCT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1G290TF 401 0 0
G
CGGAAAGAAGTTGTAAGCATTGTTGATAAGTTTCCAAATCAAGCACTTGACTTCTATGGA
GCACTGGGGTCACGTACATATGATAGATCTATCCTCAAGTGGGTAGATGAAGTTGGAGGA
ATAGAGGCTCTAGAGAAAACTCTTCTCAGGCGTAAAAAGACCCAAGAGGTTCCTAAATTC
ATTCCCCCTGAGCAAACAATGGAGGCGTTGCTGGAATCAGGTTACTCTCTCATTAATGAA
CAACAACTCATCAACGAAACAAAGCTTTCCAAGGAGTACATGAAGAACATTGACGATTAA
TAATACCCTACCAAACATACATTCATGATTTTTTCTTTCTTTCTTAAGGTCTACTGATAA
GTTGTCAGACAAAGCTTAAAAAGCATAACTCAATCACTCT

QA 2 401 2 401
DS 



AS 1 5

CO CL2035Contig1 675 5 6 U
GGATCACAAGCAACTTCCACACAAAAGCAACCCTCTCTCTGATAAAAGTCCAAGAACACA
AAACAAGTCAGCTACTACAATGTCAATCTCAAAAGTCTCTCTCTGCCTGATCTTTCTCAC
TTTCCTCACTTCCCCACTTGTGCTCTGCTCTCGCAGCCCAAAAATGGCGGTAGCAGCAAC
AGCCGCAATAGAGAAGAAGCTCCAGAAAACACATGTTGATCCTCCGGTATTGCCTGTTCT
TGAATCCACTGAGGTCGATTCATCACCCTCCATGGTCAAGATTGATGATGAACCTGCAAC
AAACTCTGCGATATCCGGGTTTTTCAGGTCTAAATTCCCATTCCAAGGCTGGCCTTTCCA
CAAGTATGGTTCTTTCCCAATGGCTAAGCCTGCGAGTCCTTCTGTTCCTACTACAACACC
GGCTACTGGAGCTGAGGAAGAAGAATCTGAGAAGGTGCCTTCTTCACCAAGCAAAGGAAA
CAGAGATGGTGGCAACGCATGATTATATGAAGACAAGAAAATGTACTTACTACTAAAACC
TTATCGTGTTTAATGACTGTTGAATCTTTATCCACTAATTTTACATAAATGTATCGAATA
AAAATGTATCATGTACTATAAATGGTATGTGACATTTTACATGGATAATGAAATGAATAC
AATTAATCTTATCTA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1EY15TF U 1
AF RR1EY15JQ C 452
AF RR1B129JQ C 429
AF RR1FQ80TF U 1
AF RR1B129TF U 365
BS 1 386 RR1EY15TF
BS 387 387 RR1FQ80TF
BS 388 644 RR1EY15TF
BS 645 656 RR1FQ80TF
BS 657 657 RR1B129TF
BS 658 675 RR1FQ80TF

RD RR1EY15TF 644 0 0
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AAACAAGTCAGCTACTACAATGTCAATCTCAAAAGTCTCTCTCTGCCTGATCTTTCTCAC
TTTCCTCACTTCCCCACTTGTGCTCTGCTCTCGCAGCCCAAAAATGGCGGTAGCAGCAAC
AGCCGCAATAGAGAAGAAGCTCCAGAAAACACATGTTGATCCTCCGGTATTGCCTGTTCT
TGAATCCACTGAGGTCGATTCATCACCCTCCATGGTCAAGATTGATGATGAACCTGCAAC
AAACTCTGCGATATCCGGGTTTTTCAGGTCTAAATTCCCATTCCAAGGCTGGCCTTTCCA
CAAGTATGGTTCTTTCCCAATGGCTA*GCCTGCGAGTCCTTCTGTTCCTACTACAACACC
GGCTACTGGAGCTGAGGAAGAAGAATCTGAGAAGGTGCCTTCTTCACCAAGCAAAGGAAA
CAGAGATGGTGGCAACGCATGATTATATGAAGACAAGAAAATGTACTTACTACTAAAACC
TTATCGTGTTTAATGACTGTTGAATCTTTATCCACTAATTTTACATAAATGTATCGAATA
AAAATGTATCATGTACTATAAATGGTATGTGACATTTTACATGG

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1EY15JQ 193 0 0
AAGGTGCCTTCTTCACCAAGCAAAGGAAACAGAGATGGTGGCAACGCATGATTATATGAA
GACAAGAAAATGTACTTACTACTAAAACCTTATCGGGTTTAATGACTGTTGAATCTTTAT
CCACTAATTTTACATAAATGTATCGAATAAAAATGTATCATGTACTATAAATGGTATGTG
ACATTTTACATGG

QA 1 193 1 193
DS 

RD RR1B129JQ 221 0 0
GAGCTGAGGAAGAAGAATTTGAGAAGGTGCCTTTTTCACCAAGCAAAGGAAACAGAGATG
GTGGCAACGCATGATTATATGAAGACAAGAAAATGTACTTATTACTAAAACCTTATCGTG
TTTAATGACTGTTGAATCTTTATCCACTAATTTTACATAAAT**ATGGAATAAAAATGTT
TCATGTACTATAAATGGTATGTGACATTTTACATGG
ATAAT

QA 1 216 1 216
DS 

RD RR1FQ80TF 675 0 0
GGATCACAAGCAACTTCCACACAAAAGCAACCCTCTCTCTGATAAAAGTCCAAGAACACA
AAACAAGTCAGCTACTACAATGTCAATCTCAAAAGTCTCTCTCTGCCTGATCTTTCTCAC
TTTCCTCACTTCCCCACTTGTGCTCTGCTCTCGCAGCCCAAAAATGGCGGTAGCAGCAAC
CGCCGCAATAGAGAAGAAGCTCCAGAAAACACATGTTGATCCTCCGGTATTGCCTGTTCT
TGAATCCACTGAGGTTGATTCATCACCCTCCATGGTCAAGATTGATGATGAACCTGCAAC
AAACTCTGCGATATCCGGGTTTTTCAGGTCTAAATTCCCATTCCAAGGCTGGCCTTTCCA
CAAGTATGGTTCTTTCCCAATGGCTAAGCCTGCGAGTCCTTCTGTTCCTACTACAACACC
GGTTACTGGAGCTGAGGAAGAAGAATCTGAGAAGGTGCCTTCTTCACCAAGCAAAGGAAA
CAGAGATGGTGGCAACGCATGATTATATGAAGACAAGAAAATGTACTTACTACTAAAACC
TTATCGTGTTTAATGACTGTTGAATCTTTATCCACTAATTTTACATAAATGTATCGAATA
AAAATGTATCATGTACTATAAATGGTATGTGACATTTTACATGGATAATGAAATGA*TAC
AATTAATCTTATCTA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1B129TF 306 0 0
G
ATGGTTCTTTCCCAATGGCTAAGCCTGCGAGTCCTTCTGTTCCTACTACAACACCGGCTA
CTGGAGCTGAGGAAGAAGAATCTGAGAAGGTGCCTTCTTCACCAAGCAAAGGAAACAGAG
ATGGTGGCAACGCATGATTATATGAAGACAAGAAAATGTACTTACTACTAAAACCTTATC
GTGTTTAATGACTGTTGAATCTTTATCCACTAATTTTACATAAAT**ATCGAATAAAAAT
GTATCATGTACTATAAATGGTATGTGACATTTTACATGGATAATGAAATGAATACAATTA
ATCTT

QA 2 306 2 306
DS 



AS 1 3

CO CL2036Contig1 813 3 24 U
AGGAAATACTGAAGTGTGTTCTCATTTATTGATACAAAAATCTGAAAAATGTGACA**AA
TTTTAATTTAAATGAGTACAAACAAACCGTTTCCATTGCCTCTATACAC*AGTCAGACAC
CAAAATGATACAAGGAACGTAGTGTATTTTTTTGACAC***AGTTAATAAGTTTAGTCGG
CAGGTGGTGGTGAAGAGAGCTCAACAAGCGTCTTCTCTGCTGTTCTCCTCTTCAGCAACT
CCGTAGTTGCTTTAACTGACGCTTGCAGCCTATTATGTTTATCAAGTTTGCATCCTCCGC
ACCAACTTGAAAATTCTCTTTGATAACTCTTCATCTCTCGAAAAGTTGAGCTTCTACACC
ACAGAATCAAGTTGACTCGGTGTCCAGAAGTAGTAGCTTTAGCACCATGACGGTGACGTC
CACGATGAAGAATGGCTCGACCAGGTACATGAGAGTAATCGTAATTTTCATTTTCACCGC
TTTCGGAATTCACATGGTGATCACATCTCACACCTCGGAAGTAGAGCTCCCCACCAGAAA
ATTGTTTACCCAAGCAGACATTCAAAGAAACCTCCGAGTCATCCACATGGAACCCAAGAT
CAGTATCCCTGTCTTTTCCATACTCAACAATAAAGCCATGGTGAGAATCTAAACCGGTTC
CAGAGACTTCCGGGAACAAAACTTGAGATAAAGGACTAATGAAGTCATCAACCAACTTCT
GAAGCATGCTTTCAAAGCCAAAATCATCAAGGACAACACCAAATCTGTTCATAGTATTGG
GTCTCATTATTGTGGATCTTGAATCATACACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO27JQ U 1
AF RR1G985TF C 11
AF RR1DX90JQ U 43
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TTTCGGAATTCACATGGTGATCACATCTCACACCTCGGAAGTAGAGCTCCCCACCAAAAA
A

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DS 

RD RR1G985TF 716 0 0
TTTCATTTGGCTTCATTTA
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TTTCCATTGCCTCTATACAC*AGTCAGACACCAAAATGATACAAGGAACGTAGTGTATTT
TTTTGACAC***AGTTAATAAGTTTAGTCGGCAGGTGGTGGTGAAGAGAGCTCAACAAGC
GTCTTCTCTGCTGTTCTCCTCTTCAGCAACTCCGTAGTTGCTTTAACAGACGCTTGCAGC
CTATTATGTTTATCAAGTTTGCATCCTCCGCACCAACTTGAAAATTCTCTTTGATAACTC
TTCATCTCTCGAAAAGTTGAGCTTCTACACCACAGAATCAAGTTGACTCGGTGTCCAGAA
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TGAGAGTAATCGTAATTTTCATTTTCACCGCTTTCGGAATTCACATGGTGATCACATCTC
ACACCTCGGAAGTAGAGCTCCCCACCAGAAAATTGTTTACCCAAGCAGACATTCAAAGAA
ACCTCCGAGTCATCCACATGGAACCCAAGATCAGTATCCCTGTCTTTTCCATACTCAACA
ATAAAGCCATGGTGAGAATCTAAACCGGTTCCAGAGACTTCCGGGAACAAAACTTGAGAT
AAAGGACTAATGAAGTCATCAACCAACTTCTGAAGC
C

QA 20 715 20 715
DS 

RD RR1DX90JQ 771 0 0
C
GAAAAATGTGACA**AATTTTAATTTAAATGAGTACAAACAAACCGTTTCCATTGCCTCT
ATACACCAGTCAGACACCGAAATGATACAAAGAAGGTAGTGTGTTTTTTTGACAC***AG
TTAATAAGTTTAGTCGGCAGGTGGTGGTGAAGAGAGCTCAACAAGCGTCTTCTCTGCTGT
TCTCCTCTTCAGCAACTCCGTAGTTGCTTTAACTGTCGCTTGCAGCCTATTATGTTTATC
AAGTTTGCATCCTCCGCACCAGCTTGAAAATTCTCTTTGATAACTCTTCATCTCTCGAAA
AGTTGAGCTTCTACACCACAGAATCAAGTTGACACGGTGTCCAGAAGTAGTAGCTTTAGC
ACCATGACGGTGACGTCCACGATGAAGAATGGCTCGACCAGGTACATGAGAGTAATCATA
ATTTTCATTTTCACCGCTTTCGGAATTCACATGGTGATCACATCTCACACCTCGGAAGTA
GAGCTCCCCACCAGAAAATTGTTTACCCAAGCAGACATTCAAAGAAACCTCCGAGTCATC
CACATGGAACCCAAGATCGGTATCCCTGTCTTTTCCATACTCAACAATAAAGCCATGGTG
AGAATCTAAACCGGTTCCAGAGACTTCCGGGAACAAAACTTGAGATAAAGGACTAATGAA
GTCATCAACCAACTTCTGAAGCATGCTTTCAAAGCCAAAATCATCAAGGACAACACCAAA
TCTGTTCATAGTATTGGGTCTCATTATTGTGGATCTTGAATCATACACCC

QA 2 771 2 771
DS 



AS 1 2

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AAAACTTTTTTGATATTACAGAAATTCCAGCTCTTTACAGTTCCACTTCTTGAAGCTCCT
CTCCAAGGCTGCTGCTGCTGCTACCGTTGTTGAGTGGGCTTGGTCTGAGGTTTGATGGAC
CCGTTGGAAATGTATACGAACTGTTCAAACTCCCGCTCCATGAAGCTGTTCTTCTGGAAC
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TATCTAAACTTGGAAATCTCTGCATTGTCGTCATTGGAAATGGTGTCGGGGACTGGAATG
AAAAGTGGCTTGTTGGTGGTGGTGGTGTTGGAACCCCTGCAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1H175JQ U 1
AF RR1GZ58JQ U 52
BS 1 67 RR1H175JQ
BS 68 68 RR1GZ58JQ
BS 69 331 RR1H175JQ
BS 332 332 RR1GZ58JQ
BS 333 426 RR1H175JQ
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BS 428 482 RR1H175JQ
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RD RR1H175JQ 482 0 0
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AAAACTTTTTTGATATTACAGAAATTCCAGCTCTTTACAGTTCCACTTCTTGAAGCTCCT
CTCCAAGGCTGCTGCTGCTGCTACCGTTGTTGAGTGGGCTTGGTCTGAGGTTTGATGGAC
CCGTTGGAAATGTATACGAACTGTTCAAACTTCCGCTCCATGAAGCTGTTCTTCTGGAAC
CTGACGGAGGAAACTCACCGTTTGGAACCAAACTTGTTCCTGATCCACTTCTTCTGATGT
TATCTAGACTTGGAAATCTCTGCATTGTCGTCATTGGAAATGGTGTCGGGGACTGGAATG
AA

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1GZ58JQ 474 0 0
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GAAGCTCCTCTCCAAGGCTGCTGCTGCTGCTACCGTTGTTGAGTGGGCTTGGTCTGAGGT
TTGATGGACCCGTTGGAGATGTATACGAGCTGTTCAAACTCCCGCTCCATGAAGCTGTTC
TTCTGGAACCTGACGGAGGAAACTCACCGTTTGGAACCAAACTTGTTCCTGATCCACTTC
TTCTGATGTTATCTAAACTTGGAAATCTCTGCATTGTCGTCATTGGAAATGGTGTCGGGG
ACTGGAATGAAAAGTGGCTTGTTGGTGGTGGTGGTGTTGGAACCCCTGCAAAAG

QA 1 474 1 474
DS 



AS 1 5

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ACCATGCTGTACCCTCATTCAAGGACTCGCTGATGTTGAAGCAGCCGTTTGTCTCTGTAC
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CCTCAATGTTTGCAGCAAACAAGTTCCTCCTGGCTTCCAGTGCTAAGCAACTATATCATA
TATAATTTAAACACACATGTATATATTTATCTTCTTGTTTTGAAAAGACAAGGTGATTCT
ATATACTTTTAATATTGTGTGCCTTTATCTTTGTGTGTTCTTATTCTAGTCTTACCTGTT
ATGGAGTTCATTGGCTCAATTTATGTTTCTCTCTGGGTGATCCGTAAAGATTCTTGAAAT
GTACCGTTTCATTGTTTCCCATTAACACTCTTATATCGGGGCTATTATCGTTGCTTTGGT
TGTATTGTGATTTATGAATTAATAAAGGATTTATATTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1F781TF U 1
AF RR1H621TF U 1
AF RR1G205TF U 1
AF RR1F781JQ C 111
AF RR1G205JQ C 246
BS 1 299 RR1F781TF
BS 300 300 RR1H621TF
BS 301 639 RR1F781TF
BS 640 723 RR1G205TF
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RD RR1F781TF 639 0 0
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TGTCTGCGCCAATGTGCTCAACGGCCTCCTCGACTTGACCCTTGGCAAGCCACCGGTCGG
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CGCTCTTAAGGCTAACGTTCTTGGAATCAACTTGAACCTTCCGATCTCTCTCAGTCTTCT
CCTCAATGTTTGCAGCAAACAAGTTCCTCCTGGCTTCCAGTGCTAAGCAACTATATCATA
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ATATACTTTTAATATTGTGTGCCTTTATCTTTGTGTGTTCTTATTCTAGTCTTACCTGTT
ATGGAGTTCATTGGCTCAATTTATGTTTCTCTCTGGGTG

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1H621TF 615 0 0
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AAGCTCCATAACCCTTTTCTTGGCTCTCAATCTCATCTTCTTCACAACAATCTCTGCATG
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TGTCTGCGCCAATGTGCTCAACGGCCTCCTCGACTTGACCCTTGGCAAGCCACCGGTCGA
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CCTCAATGTTTGCAGCAAACAAGTTCCTCCTGGCTTCCAGTGCTAAGCAACTATATCATA
TATAATTTAAACACACATGTATATATTTATCTTCTTGTTTTGAAAAGACAAGGTGATTCT
ATATACTTTTAATATTGTGTGCCTTTATCTTTGTGTGTTCTTATTCTAGTCTTACCTGTT
ATGGAGTTCATTGGC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1G205TF 723 0 0
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AAGCTCCATAACCCTTTTCTTGGCTCTCAATCTCATCTTCTTCACAACAATCTCTGCATG
CGGTAGCTGCACTCCTTGCGGAGGAGGTTGCCCCTCTCCCAAGCCAAAGCCAACTCCTAA
ACCAACCCCAAGCCCTAGCTCTGGCATGGGAAAGTGCCCTAAAGATACCCTCAAGCTTGG
TGTCTGCGCCAATGTGCTCAACGGCCTCCTCGACTTGACCCTTGGTAAGCCACCGGTCGA
ACCATGCTGTACCCTCATTCAAGGACTCGCTGATGTTGAAGCAGCCGTTTGTCTCTGTAC
CGCTCTTAAGGCTAACGTTCTTGGAATCAACTTGAACCTTCCGATCTCTCTCAGTCTTCT
CCTCAATGTTTGCAGCAAACAAGTTCCTCCTGGCTTCCAGTGCTAAGCAACTATATCATA
TATAATTTAAACACACATGTATATATTTATCTTCTTGTTTTGAAAAGACGAGGTGATTCT
ATATACTTTTAATATTGTGTGCCTTTATCTTTGTGTGTTCTTATTCTAGTCTTACCTGTT
ATGGAGTTCATTGGCTCAATTTATGTTTCTCTCTGGGTGATCCGTAAAGATTCTTGAAAT
GTACCGTTTCATTGTTTCCCATTAACACTCTTATATCGGGGCTATTATCGTTGCTTTGGT
TGT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1F781JQ 648 0 0
TCTCTGCATGCGGTAGCTGCACTCCTTGCGGAGGAGGTTGCCCCTCTCCCAAGCCAAAGC
CAACTCCTAAACCAACCCCAAGCCCTAGCTCTGGCATGGGAAAGTGCCCTAAAGATACCC
TCAAGCTTGGTGTCTGCGCCAATGTGCTCAACGGCCTCCTCGACTTGACCCTTGGCAAGC
CACCGGTCGGACCATGCTGTACCCTCATTCAAGGACTCGCTGATGTTGAAGCAGCCGTTT
GTCTCTGTACCGCTCTTAAGGCTAACGTTCTTGGAATCAACTTGAACCTTCCGATCTCTC
TCAGTCTTCTCCTCAATGTTTGCAGCAAACAAGTTCCTCCTGGCTTCCAGTGCTAAGCAA
CTATATCATATATAATTTAAACACACATGTATATATTTATCTTCTTGTTTTGAAAAGACA
AGGTGATTCTATATACTTTTAATATTGTGTGCCTTTATCTTTGTGTGTTCTTATTCTAGT
CTTACCTGTTATGGAGTTCATTGGCTCAATTTATGTTTCTCTCTGGGTGATCCGTAAAGA
TTCTTGAAATGTACCGTTTCATTGTTTCCCATTAACACTCTTATATCGGGGTTATTATTG
TTGCTTTGGTTGTATTGTGATTTATGAATTAATAAAGGATTTATATTT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1G205JQ 481 0 0
GCGCCAATGTGCTCAACGGCCTCCTCGACTTGACCCTTGGTAAGCCACCGGTCGAACCAT
GCTGTACCCTCATTCAAGGACTCGCTGATGTTGAAGCAGCCGTTTGTCTCTGTACCGCTC
TTAAGGCTAACGTTCTTGGAATCAACTTGAACCTTCCGATCTCTCTCAGTCTTCTCCTCA
ATGTTTGCAGCAAACAAGTTCCTCCTGGCTTCCAGTGCTAAGCAACTATATCATATATAA
TTTAAACACACATGTATATATTTATCTTCTTGTTTTGAAAAGACGAGGTGATTCTATATA
CTTTTAATATTGTGTGCCTTTATCTTTGTGTGTTCTTATTCTAGTCTTACCTGTTATGGA
GTTCATTGGCTCAATTTATGTTTCTCTCTGGGTGATCCGTAAAGATTCTTGAAATGTACC
GTTTCATTGTTTCCCATTAACACTCTTATATCGGGGCTATTATCGTTGCTTTGGTTGT
ATT

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 5

CO CL2039Contig1 899 5 11 U
GGAAACTAGCCAAAACTCTCTTTCTTTGACCCGATCGAGAGAATAGAATCGAATCCAAAG
TGCGATGGCGACAGAGGATGTGAACGAAGCCCTTACGGCGGCGGAAGTACCGGCAATAGA
GACGACGGAGAAGCAGCCCCCTCACAAGCTCGAAAGAAAGTGGAGTTTCTGGTTCGATAA
CCAATCCAAACCTAAGCAAGGCGCCGCC*TGGGGAGCCTCTCTTCGCAAAGCCTATACCT
TCGACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGA
CGGCGAATGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTG
AGTGTGCTAACGGCGGAAAGTGGACTTATGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAG
ACAAGGCTTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGGAGAGCAATTTGATGAGGCAGATG
AGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAGGACAAGCTCTCCTTGTGGACAA
GGACCAAATCTAATGAAGCTGTTCTGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTTG
ATGTCGCTGACAAGATAACTTTCACTAACCATGATGATCCTAGAAGAACTCGGTTCACTG
TCTGAAGAGAAATGACGCAAGGGTGGTGAGACCTGAGGAAGATGCAATATCGCTTTGTCT
TGCATTATTCTGTCGGTTTACTCATAGCTGAGACCTTTAGGGAAACTCACTTTGAGGTGT
AACTCTACAAAGTTTTATTTTCACTGGAAAGAGTTTCTTAATATTAAGTTCAGTTATTTC
TTTTTGGAAGCATCAAATTTTGGAGACACACATTAAATTTGAATGTTTGATTTTTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM51TF U 1
AF RR1D350TF U 6
AF RR1EB90TF U 6
AF RR1D350JQ C 115
AF RR1EB90JQ C 159
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BS 378 378 RR1D350TF
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BS 537 654 RR1D350TF
BS 655 697 RR1EB90TF
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BS 785 825 RR1D350JQ
BS 826 899 RR1EB90JQ

RD RR1EM51TF 536 0 0
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TCGACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGA
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AGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAGGACAAGCTCTCCTTGTGG

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1D350TF 649 0 0
GG
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TGACAAGATAACTTTCACTAACCATGATGATCCTAGAAGAACTCGGT

QA 3 649 3 649
DS 

RD RR1EB90TF 779 0 0
GG
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GCGACAGAGGATGTGAACGAAGCCCTTACGGCGGCGGAAGTACCGGCAATAGAGACGACG
GAGAAGCAGCCCCCTCACAAGCTCGAAAGAAAGTGGAGTTTCTGGTTCGATAACCAATCC
AAACCTAAGCAAGGCGCCCCC*TGGGGAGCCTCTCTTCGCAAAGCCTATACCTTCGACAC
CGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGACGGCGAA
TGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTGAGTGTGC
TAATGGCGGAAAGTGGACTTTTGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAGACAAGGC
TTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGGAGAGTAATTTGATGAGGCTGATGAGATTTG
TGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAGGACAAGCTCTCCTTGTGGACAAGGACCAA
ATCTAATGAAGCTGTTCTGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTTGATGTCGC
TGACAAGATAACTTTCACTAACCATGATGATTCTAGAAGAACTCGGTTCACTGTCTGAAG
AGAAATGACGCAAGGGTGGTGAGACCTGAG*AAGATGCAATATCGCTTTGTCTTGCATTA
TTCTGTCGGTT*ACTCATAGCTGAGACCTTTAGGGAAACTCACTTTGAGGTGTAACT

QA 3 779 3 779
DS 

RD RR1D350JQ 711 0 0
AATAGAGACGACGGAGAAGCAGCCCCCTCACAAGCTCGAAAGAAAGTGGAGTTTCTGGTT
CGATAACCAATCCAAACCTAAGCAAGGCGCCGCC*TGGGGAGCCTCTCTTCGCAAAGCCT
ATACCTTCGACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCA
AATTGACGGCGAATGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAG
ATCCTGAGTGTGCTAACGGCGGAAAGTGGACTTATGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTG
CTTTAGACAAGGCTTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGGAGAGCAATTTGACGAGG
CAGATGAGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAGGACAAGCTCTCCTTGT
GGACAAGGACCAAATCTAATGAAGCTGTTTTGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGATA
TACTTGATGTCGCTGACAAGATAACTTTCACTAACCATGATGATCCTAGAAGAACTCGGT
TCACTGTCTGAAGAGAAATGACGCAAGGGTGGTGAGACCTGAGGAAGATGCAATATCGCT
TTGTCTTGCATTATTCTGTCGGTTTACTCATAGCTGAGACCTTTAGGGAAACTCACTTTG
AGGTGTAACTCTACAAAGTTTTATTTTCACTGGAAAGAGTTTCTTAATATT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1EB90JQ 741 0 0
AGTGGAGTTTCTGGTTCGATAACCAATCCAAACCTAAGCAAGGCGCCCCCCTGGGGAGCC
TCTCTTCGCAAAGCCTATACCTTCGACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACT
ATATTCATCCCTAGCAAATTGACGGCGAATGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGTT
GAGCCCAAGTGGGAAGATCCTGAGTGTGCTAATGGCGGAAAGTGGACTTTTGTTGTTACC
TCCAACAGGAAGCCTGCTTTAGACAAGGCTTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGGA
GAGTAATTTGATGAGGCTGATGAGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAG
GACAAGCTCTCCTTGTGGACAAGGACCAAATCTAATGAAGCTGTTCTGATGGGTATTGGG
AAGAAGTGGAAGGATATACTTGATGTCGCTGACAAGATAACTTTCACTAACCATGATGAT
TCTAGAAGAACTCGGTTCACTGTCTGAAGAGAAATGACGCAAGGGTGGTGAGACCTGAGG
AAGATGCAATATCGCTTTGTCTTGCATTATTCTGTCGGTTTACTCATAGCTGAGACCTTT
AGGGAAACTCACTTTGAGGTGTAACTCTACAAAGTTTTATTTTCACTGGAAAGAGTTTCT
TAATATTAAGTTCAGTTATTTCTTTTTGGAAGCATCAAATTTTGGAGACACACATTAAAT
TTGAATGTTTGATTTTTATGC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 4

CO CL2040Contig1 946 4 21 U
GAGAGATGCTTGCATCTGGCTCACAAGATGGAAAGATTAAGGTCTGGCGTATAAGGACTG
GTCTATGCTTCCGTCGTCTAGAGCGTGCACATTCCGAAGGAGTTACAAGTCTAACCTTCT
CTCGGGATGGAACTCAATTACTAAGTACCTCCTTTGACCACACTGCAAGAATCCATGGTT
TGAAATCTGGGAAATTGTTGAAAGAGTTCCGCGGTCATACATCTTATGTAAACAATGCCA
TCTTTACAAGTGATGGAACCCGTGTAATCACTGCCTCCAGTGACTGCACAGTGAAGGTCT
GGGATTCAAAGACGACAGATTGTCTACAAACATTCAAGCCACCACCTTCACCAAGAGGAA
GTGAAGCTTCAGTTAATTCTGTTCATCTGTTCCCTAAAAACACAGAACACATTGTTGTGT
GCAACAAGACATCATCTATATGCATCATGACACTCCAAGGACAGGTTGTGAAGAGTTTCT
CATCCGGTAAGAGGGAAGGAGGAGATTTTGTAGCAGCATGTGTATCTACAAAAGGAGATT
GGATATACTGCCTTGGCGAAGACAAGAAACTGTACTGTTTCAGCTATCAAACCGGTGGTC
TTGAGCATTTTATGATGGTGCATGAGAAAGATGTGATAGGCTTATCACACCACCCACATA
GAAACCTCATCGCTACCTATAGTGCAGATTGCACCATGAAGTTGTGGAAACCCTGAGCTG
CTTCATCATCAAACCTTTACAAGACTCATTTAAAAGGATCTCTCGTTGACTATGGATTTC
AAATTGAGTGTATTAAGTCCAATGGGATGTGTTAAACTAAAATGAGTCTCGGAAGAGGAT
TACTTTGTTATCCTTATAACCAGGAGAATAGGAGTTGTCGTTCTCGTTTAGGTACACTGT
CACTTGATATTTCCCTCAATATGGTTAACATTCTCTTACTTTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF89TF U 1
AF RR1BI69TF U 255
AF RR1A914JQ C 156
AF RR1EF89JQ C 202
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BS 753 759 RR1BI69TF
BS 760 760 RR1A914JQ
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BS 776 841 RR1BI69TF
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BS 843 865 RR1BI69TF
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BS 881 881 RR1A914JQ
BS 882 887 RR1BI69TF
BS 888 946 RR1A914JQ

RD RR1EF89TF 752 0 0
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CTCGGGATGGAACTCAATTACTAAGTACCTCCTTTGACCACACTGCAAGAATCCATGGTT
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TCTTTACAAGTGATGGAACCCGTGTAATCACTGCCTCCAGTGACTGCACAGTGAAGGTCT
GGGATTCAAAGACGACAGATTGTCTACAAACATTCAAGCCACCACCTTCACCAAGAGGAA
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GCAACAAGACATCATCTATATGCATCATGACACTCCAAGGACAGGTTGTGAAGAGTTTCT
CATCCGGTAAGAGGGAAGGAGGAGATTTTGTATCAGCATGTGTATCTACAAAAGGAGATT
GGATATACTGCCTTGGCGAAGACAA**AACTGTACTGTTTCAGCTATCAAACCGGTGGTC
TTGAGCATTTTATGATGGTGCATGAGAAAGATGTGATACGCTTATCACACCACCCACATA
GAAACCTCATCGCTACCTATAGTGCAGATTGCACCATGAAGTTGTGGAAACCCTGAGCTG
CTTCATCATCAAACCTTTACA*GACTCATTTA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1BI69TF 633 0 0
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ACAGATTGTCTACAAACATTCAAGCCACCACCTTCACTAAGAGGAAGTGAAGCTTCAGTT
AATTCTGTTCATCTGTTTCCTAAAAACACAGAACACATTGTTGTGTGCAACAAGACATCA
TTTATATACATCATGACACTCCAAGGACAGGTTGTGAAGAGTTTCTCATCAGGTAAGAGG
GAAGGAGGAGATTTTATAGCAGCATGTGTATCTACAAAAGGAGATTGGATATACTGCCTT
GGTGAAGACAAGAAACTGTACTGCTTCAGCTATCAAACCGGTGGTCTTGAGCATTTTATG
ATGGTGCATGAGAAAGATGTGATAGGCTTATCACACCACCCACTTAGAAACCTCATCGCT
ACCTATAGTGCAGATTGCACCATGAAGTTGTGGAAACCCTGAGCTGCTTCATCATCAAAC
CTT*ACAAGACTCATTTAAAAGGATGTCTCGTTGACTATGAATTTCAAATTGAGTGTATT
AAGTCCAATGGGATGTGTTAAACTAAAATGAGTCTCGGAAGAGGATTGCTTTGTTATCCT
TATAACCAGGAAAATAGGAGTTGTCGGTCTCGT

QA 1 633 1 633
DS 

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CATACATCTTATGTAAACAATGCCATCTTTACAATTGATGGAACCCGTGTAATCACTGCC
TCCAGTGACTGCACAGTGAAGGTCTGGGATTCAAAGACGACAGATTGTCTACAAACATTC
AAGCCACCACCTTCACCAAGAGGAAGTGAAGCTTCGGTTAATTCTGTTCATCTGTTCCCT
AAAAACACAGAACACATTGTTGTGTGCAACAAGACATCATCTATATGCATCATGACACTC
CAAGGACAGGTTGTGAAGAGTTTCTCATCCGGTAAGAGGGAAGGAGGAGATTTTGTAGCA
GCATGTGTATCTACAAAAGGAGATTGGATATACTGCCTTGGCGAAGACAAGAAACTGTAC
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ATAGGCTTATCACACCACCCACATAGAAACCTCATCGCTACCTATAGTGCAGATTGCACC
ATGAAGTTGTGGAAACCCTGAGCTGCTTCATCATCAAACCTTTACAAGACTCATTTAAAA
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ACTAAAATGAGTCTCGGAAGAGGATTACTTTGTTATCCTTATAACCAGGAGAATAGGAGT
TGTCGTTCTCGTTTAGGTACACTGTCACTTGATATTTCCCTCAATATGGTTAACATTCTC
TTACTTTGCCC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1EF89JQ 736 0 0
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GTGTAATCACTGCCTCCAGTGACTGCACAGTGAAGGTCTGGGATTCAAAGACGACAGATT
GTCTACAAACATTCAAGCCACCACCTTCACCAAGAGGAAGTGAAGCTTCAGTTAATTCTG
TTCATCTGTTCCCTAAAAACACAGAACACATTGTTGTGTGCAACAAGACATCATCTATAT
GCATCATGACACTCCAAGGACAGGTTGTGAAGAGTTTCTCATCCGGTAAGAGGGAAGGAG
GAGATTTTGTATCAGCATGTGTATCTACAAAAGGAGATTGGATATACTGCCTTGGCGAAG
ACAA**AACTGTACTGTTTCAGCTATCAAACCGGTGGTCTTGAGCATTTTATGATGGTGC
ATGAGAAAGATGTGATAGGCTTATCACACCACCCACATAGAAACCTCATCGCTACCTATA
GTGCAGATTGCACCATGAAGTTGTGGAAACCCTGAGCTGCTTCATCATCAAACCTTTACA
AGACTCATTTAAAAGGATCTCTCGTTGACTATGGATTTCAAATTGAGTGTATTAAGTCCA
ATGGGATGTGTTAAACTAAAATGAGTCTCGGAAGAGGATTACTTTGTTATCCTTATAACC
AGGAGAATAGGAGTTGTCGTTCTCGTTTAGGTACACTGTCACTTGATATTTCCCTCAATA
TGGTTAACATTCTCT
C

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 5

CO CL2041Contig1 679 5 15 U
GGCCCCTCCTCCTTCCTCTCCGAGCTGAATCTCAAATCTCTGCTTCTGCAGTCGGTTCTC
TTCCTCAATTTCAAAGCTTCCGTCTTTTTTTTTCGAGATTAGTGTTAGCAATGGCGACGC
ATTACAATAGCTTCTTCGGCAGCAGCGAAGAGCCACACTTTCTGGAATCTTGCTCTCTTT
GCCGTAAACACCTCGCTCTCAACTCAGATATCTTCATGTACAGAGGAGACAAGGCGTTTT
GTAGCAAAGAGTGTAGAGAAGAACAGATCGAGCACGATGAAGCCAAGGAGAAAAGCTGGA
GACTTTCCGCTAGATCTCTCCGCAAGAAATCTTCCGAAGCAGCTAAAGATTCCGCCGCCG
GAAAATCCGTACGGACAGGAACTCTCGTGGTGGCCTAGTTGTGTTTTTATTACATAAGCA
GATAGTTTTTTTCTCTATATATTACCCTCTTTAAGAAAAAAGAAAAAAAACATGCAAAGT
TTTGCTCTGTTTCTATCTTTATCTTGTTTCCGATGTCGGAATCTGAGAAAAGTGTTAGAT
CTGGTTTTTATGTAAATGAATGTGTTGATAGTTTTTTTTTTGTTCTCTGGGGGGGTTTAA
ATTTTGTTCCGACAATAAACAGAGCATACTATGTTCTAAATTCAATTTCTTTTTAATCTT
ATAATTTCACTCAGTTAAT


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1AK27TF U 1
AF RR1BI86TF U 2
AF RR1EY54TF U 5
AF RR1BI86JQ C 2
AF RR1H565TF U 11
BS 1 79 RR1AK27TF
BS 80 80 RR1BI86TF
BS 81 243 RR1AK27TF
BS 244 244 RR1BI86TF
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RD RR1AK27TF 573 0 0
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TTCCTCAATTTCAAAGCTTTCGTCTTTTTTTTTCGAGATTAGTGTTAGCAATGGCGACGC
ATTACAATAGCTTCTTCGGCAGCAGCGAAGAGCCACACTTTCTGGAATCTTGCTCTCTTT
GCCGTAAACACCTCGCTCTCAACTCAGATATCTTCATGTACAGAGGAGACAAGGCGTTTT
GTAACAAAGAGTGTAGAGAAGAACAGATCGAGCACGATGAAGCCAAGGAGAAAAGCTGGA
GACTTTCCGCTAGATCTCTCCGCAAGAAATCTTCCGAAGCAGCTAAGGATTCCGCCGCCG
GAAAATCCGTACGGACAGGAACTCTCGTGGTGGCCTAGTTGTGTTTTTATTACATAAGCA
GATAGTTTTTTTCTCTATATATTACCCTCTTTAAGAAAAAAGAAAAAAAACATGCAAAGT
TTTGCTCTGTTTCTATCTTTATCTTGTTTCCGATGTCGGAATCTGAGAAAAGTGTTAAAT
CTGGTTTTTATGTAAATGAATGTGTTGATAGTT

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1BI86TF 617 0 0
GCCC
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TCCGCTAGATCTCTCCGCAAGAAATCTTCCGAAGCAGCTAAAGATTCCGCCGCCGGAAAA
TCCGTACGGACAGGAACTCTCGTGGTGGCCTAGTTGTGTTTTTATTACATAAGCAGATAG
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TCTGTTTCTATCTTTATCTTGTTTCCGATGTCGGAATCTGAGAAAAGTGTTAGATCTGGT
TTTTATGTAAATGAATGTGTTGATAGTTTTCTTTTTGTTCTCTGGGGGGGTTTAAATTTT
GTTCCGACAATAA

QA 5 617 5 617
DS 

RD RR1EY54TF 648 0 0
G
CTCCTCCTTCCTCTCCGAGCTGAATCTCAAATCTCTGCTTCTGCAGTCGGTTCTCTTCCT
CAATTTCAAAGCTTTCGTCTTTTTTTTTCGAGATTAGTGTTAGCAATGGCGACGCATTAC
AATAGCTTCTTCGGCAGCAGCGAAGAGCCACACTTTCTGGAATCTTGCTCTCTTTGCCGT
AAACACCTCGCTCTCAACTCAGATATCTTCATGTACAGAGGAGACAAGGCGTTTTGTAGC
AAAGAGTGTAGAGAAGAACAGATCGAGCACGATGAAGCCAAGGAGAAAAGCTGGAGACTT
TCCGCTAGATCTCTCCGCAAGAAATCTTCCGAAGCAGCTAAAGATTCCGCCGCCGGAAAA
TCCGTACGGACAGGAACTCTCGTGGTGGCCTAGTTGTGTTTTTATTACATAAGCAGATAG
TTTTTTTCTCTATATATTACCCTCTTTAAGAAAAAAGAAAAAAAACATGCAAAGTTTTGC
TCTGTTTCTATCTTTATCTTGTTTCCGATGTCGGAATCTGAGAAAAGTGTTAGATCTGGT
TTTTATGTAAATGAATGTGTTGATAGTTTTTTTTTTGTTCTCTGGGGGGGTTTAAATTTT
GTTCCGACAATAAGCAGAGCATACTATGTTCTAAATTCAATTTCTTT

QA 2 648 2 648
DS 

RD RR1BI86JQ 675 0 0
GCCC
CTCCTCCTTCCTCTCCGAGCTGAATCTCAAATCTCTGCTTCTGCAGTCGGTTCTCTTCCT
CAATTTCAAAGCTTCCGTCTTTTTTTT*CGAGATTAGTGTTAGCAATGGCGACGCATTAC
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GTTCCGACAATAAACAGAGCATACTATGTTCTAAATTCAATTTCTTTTTAATCTTATAAT
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QA 5 675 5 675
DS 

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G
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CAAGGCTTTCGTCTTTTTTTTTCGAGATTAGTGTTAGCAATGGCGACGCATTACAATAGC
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TCTCTATATATTACCCTCTTTAAGAAAAAAGAAAAAAAACATGCAAAGTTTTGCTCTGTT
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ACAATAAACAGAGCATACTATGTTCTAAATTCAATTTCTTTTTAATCTTATAATTTCACT
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QA 2 669 2 669
DS 



AS 1 4

CO CL2042Contig1 1507 4 18 U
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TCTCCAGAGGCAAACAACACAAAGTCTCAATCTTTGTTGAGGAGGAGAAGATGAGAGGTG
GGAGTCTATGGCAGCTAGGCCAATCCATAACCCGTCGTCCTGCTCAATCCGACAAGAAAG
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ACTTCCACGTCGCACACGGAGGAAAGATGGTTCCTTTCGCCGGTTGGAGCATGCCCATTC
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ACGTCGCGCACATGTGTGGCTTAAGCCTCAAGGGCAAAGACTGTGTGCCTTTCCTAGAGA
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CGAATGAGAAAGGGGGTGCCATTGATGACTCGGTGATCACCAAGGTGACTGATGAGCATA
TCTATCTGGTGGTGAATGCTGGTTGTAGGGATAAGGATTTGGCTCATATTGAGGAGCACA
TGAAGGCTTTTAAGTCCAAAGGAGGTGATGTCTCTTGGCATATCCATGATGAGAGATCTC
TTCTCGCCCTTCAGGGTCCTTTGGCTGCTCCGGTGCTTCAACACCTGACTAAAGAAGACT
TGAGCAAGCTTTACTTTGGTCAGTTCCAGATCCTGGACATTAATGGTTCCACCTGCTTCC
TTACCAGGACCGGGTATACTGGAGAAGATGGGTTTGAGATCTCGGTTCCATCAGAGCATG
CAGTTGATTTAGCCAAAGCGATCTTGGAGAAGTCCGAGGGGAAGGTAAGGCTTACGGGTC
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CTGAAGGAGGGTTTCTTGGCGCTGATGTGATCCTCAAACAGCTTCAAGATGGACCTACGA
TCAGGAGGGTAGGATTCTTCTCCTCTGGACCGCCGGCGAGGTCGCATAGCGAGGTGCACG
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TCTTGGTCCGTGGGAAACCTTATGAAGGCAACATCACCAAGATGCCGTTTGTGGCCACCA
AATACTACAAGCCATCATAATATGTGTGTCTTTCTTCTTCTTCTTCTTTGACTTGTTTCT
CTTTCTTTTCTTAAATGACTTCTGTTCTGATTTGGTCTGAAAGAGTACGTTCTTTTGCCA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI67TF U 1
AF RR1BN59TF U 78
AF RR1CI67JQ C 732
AF RR1BN59JQ C 776
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RD RR1CI67TF 736 0 0
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ACTTCCACGTCGCACACGGAGGAAAGATGGTTCCTTTCGCCGGTTGGAGCATGCCCATTC
AGTACAAAGACTCCATCATCGACTCCACCGTTAACTGCAGGGTCAACGGGAGTCTATTCG
ACGTCGCGCACATGTGTGGCTTAAGCCTCAAGGGCAAAGACTGTGTGCCTTTCCTAGAGA
CCCTCGTGGTTGCTGACGTGGCTGGTTTGGCTCCCGGAACGGGGAGTTTGACTGTGTTCA
CGAATGAGAAAGGGGGTGCCATTGATGACTCGGTGATCACCAAGGTGACTGATGAGCATA
TCTATCTGGTGGTGAATGCTGGTTGTAGGGATAAGGATTTGGCTCATATTGAGGAGCACA
TGAAGGCTTTTAAGTCCAAAGGAGGTGATGTCTCTTGGCATATCCATGATGAGAGATCTC
TTCTCGCCCTTCAGGGTCCTTTGGCTGCTCCGGTGCTTCA*CACCTGACTAAAGAAGACT
TGAGCA*GCTTTACTT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1BN59TF 763 0 0
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GGCCAATCCATAACCCGTCGTCTTGCTCAATCCGACAAGAAAGCTCCCTCACGCCGCTGC
TTCGCCTCTGGTGGTGCTGACCTAAAAAAAACCGCTCTTTACGACTTCCACGTCGCACAC
GGAGGAAAGATGGTTCCTTTCGCCGGTTGGAGCATGCCCATTCAGTACAAAGACTCCATC
ATCGACTCCACCGTTAACTGCAGGGTCAACGGGAGTCTATCCGACGTCGCGCACATGTGT
GGCTTAAGCCTCGAGGGCAAAGACTGTGTGCCTTTCCTAGAGACCCTCGTGGTTGCTGAC
GTGGCTGGTTTGGCTCCCGGAACGGGGAGTTTGACTGTGTTCACGAATGAGAAAGGGGGT
GCCATTGATGACTCGGTGATCACCAAGGTGACTGATGAGCATATCTATCTGGTGGTGAAT
GCTGGTTGTAGGGATAAGGATTTGGCTCATATTGAGGAGCACATGAAGGCTTTTAAGTCC
AAAGGAGGTGATGTCTCTTGGCATATCCATGATGAGAGATCTCTTCTCGCCCTTCAGGGT
CCTTTGGCTGCTCCGGTGCTTCAACACCTGACTAAAGAAGACTTGAGCAAGCTTTACTTT
GGTCAGTTCCAGATCCTGGATATTAATGGTTCCACCTGCTTCCTTACCAGGACCGGGTAT
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QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1CI67JQ 720 0 0
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GCCAAAGCGATCTTGGAGAAGTCCGAGGGGAAGGTAAGGCTTACGGGTCTAGGAGCAAGA
GACAGTCTCAGGCTAGAAGCAGGGCTTTGTCTATACGGTAACGACATGGAGCAGCACATC
ACTCCTGTCGAAGCTGGACTCGCATGGGCCATAGGGAAACGCAGAAGAGCTGAAGGAGGG
TTTCTTGGCGCTGATGTGATCCTCAAACAGCTTCAAGATGGACCTACGATCAGGAGGGTA
GGATTCTTCTCCTCTGGACCGCCGGCGAGGTCGCATAGCGAGGTGCACGATGAGAATGGG
AACAAGATCGGAGAGATCACGAGTGGTGGGTTTAGCCCCAACCTGAAGAAGAACGTAGCC
ATGGGGTACTTGAAGTCAGGTCAGCACAAGAACGGGACCAAAGTGAAGATCTTGGTCCGT
GGGAAACCTTATGAAGGCAACATCACCAAGATGCCGTTTGTGGCCACCAAATACTACAAG
CCATCATAATATGTGTGTCTTTCTTCTTCTTC***TTTGACTTGTTTCTCTTTCTTTTCT
TAAATGACTTCTGTTCTGATTTGGTCTGAAAGAGTACGTTCTTTTGCCAAGAGGGCATAT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1BN59JQ 732 0 0
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GCATGCAGTTGATTTAGCCAAAGCGATCTTGGAGAAGTCCGATGGGAAGGTAAGGCTTAC
GGGTCTAGGAGCAAGAGACAGTCTCAGGCTAGAAGCAGGGCTTTGTCTATACGGTAACGA
CATGGAGCAGCACATCACTCCTGTCGAAGCTGGACTCGCATGGGCCATAGGGAAACGCAG
AAGAGCTGAATGAGGGTTTCTTGGCGCTGATGTGATCCTCAAACAGCTTCAAGATGGGCC
TACGATCAGGAGGGTAGGATTCTTCTCCTCTGGACCGCCGGCGAGGTCGCATAGCGAGGT
GCACGATGAGAATGGGAACAAGATCGGAGAGATCACGAGTGGTGGGCTTAGCCCCAACCT
GAAGAAGAACGTAGCCATGGGGTACGTGAAGTCAGGTCAGCACAAGAACGGGACCAAAGT
GAAGATCTTGGTCCGTGGGAAACCTTATGAAGGCAACATCACCAAGATGCCGTTTGTGGC
CACCAAATACTACAAGCCATCATAATATGTGTGTCTTTCTTCTTCTTCTTCTTTGACTTG
TTTCTCTTTCTTTTCTTAAATGACTTCTGTTCTGATTTGGTCTGAAAGAGTACGTTCTTT
TGCCAAGATGGCATATGCTTATTCCACTGTTATTGAAAGAACGTTCTTATTGAAATAAAT
CTTTTTAACACC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 5

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CAAGGGACCAAGTTTAAAAAAGAGTGTAGAAAAGTCCAAACAAGTAGCAGAGATATTTGA
GTTAAACAAACACACATTCATCATCCTCACCATACCCAAATGTCATTAGAGGTGAGAGAG
AGAGAGAAAAGAGAGAGAGAGGCCTTTGTCGACTTTAAATTGTCTGCAGCTGAAAGAAGG
AGATTCTGATAATTGAACCTCCTAGAGAGGTCGCATGCTTGCAAACCAGTGCTTCCGCAG
CTTCCTCCTCGTTCTCAAACTGCACCAGAGCTTGCTTTTTCCCGTTCATCTCAAACACTT
TTGTGTTCAGTATGGCCCCATGCTCTTGGACGTGGTTCACCACTTCTTCCTCTGTCACGT
AT*GCGGAAGAGTGGACAAGTGAATCATCTTGGTAGGGGAGCAGCAATAGCGGTAGTTCT
TTGCAGCATTGCGGTTGAAACGGTTCAGGTTCGAGTTAACATAATCATGCGAGTCTGTGC
CTGGTGTTATATTTGGATGCTTCGAGTAGTTCACCTCTAGCCGCTTACCAAACAGCATCG
CTCCCTTGAGGAAATGAACTGCAAGTTCAGCTTGGAAACCATCTCCCATTTGGACAAGGG
CATGGTCAGGTTTGTTTCGAAGAAGCTTTATCCTCACAATGTTCCCGTAAAGAGAAGAGA
GATTGAACAGCTTATCCTCATCAACACTATCTGTATTAAGATTGGAGACAAGGATTGTAC
ACCTATCATTTGTGCCAGTTATACCCGGAGGCAAGCCACCGCCGAAGGCAGCTGCAATCG
CAGATGTGTTTGCCATCTGAGGATAGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B359TF C 15
AF RR1EC45JQ U 1
AF RR1FG50JQ U 57
AF RR1C595JQ U 8
AF RR1C595TF C 203
BS 1 386 RR1EC45JQ
BS 387 387 RR1C595JQ
BS 388 420 RR1EC45JQ
BS 421 421 RR1C595JQ
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BS 655 755 RR1C595JQ
BS 756 870 RR1C595TF

RD RR1B359TF 180 0 0
AT
ATTAAATGTTTATTACCATTAAATCAGCACAAACAAATTTAAACCAAGGGACCAAGTTTA
AGAAAGAGTGTAGAAAAGTCCAAACAAGTAGCAGAGGTATTTGAGTTAAACAAACACACA
TTCATCATCCTCACCATACCCAAATGTCATTAGAGGTGAGAGAGAGAGAGAAAAGA
GC

QA 3 178 3 178
DS 

RD RR1EC45JQ 654 0 0
AATCATAAAGATAACCATTAAATGTTTATTACCATTAAATCAGCACAAACAAATTTAAAC
CAAGGGACCAAGTTTAAAAAAGAGTGTAGAAAAGTCCAAACAAGTAGCAGAGATATTTGA
GTTAAACAAACACACATTCATCATCCTCACCATACCCAAATGTCATTAGAGGTGAGAGAG
AGAGAGAAAAGAGAGAGAGAGGCCTTTGTCGACTTTAAATTGTCTGCAGCTGAAAGAAGG
AGATTCTGATAATTGAACCTCCTAGAGAGGTCGCATGCTTGCAAACCAGTGCTTCCGCAG
CTTCCTCCTCGTTCTCAAACTGCACCAGAGCTTGCTTTTTCCCGTTCATCTCAAACACTT
TTGTGTTCAGTATGGCCCCATGCTCT*GGACGTGGTTCACCACTTCTTCCTCTGTCACGT
CTTGCGGAAGAGTGGACAAGTGAATCATCTTGGTAGGGGAGCAGCAATAGCGGTAGTTCT
TTGCAGCATTGCGGTTGAAACGGTTCAGGTTCGAGTTAACATAATCATGCGAGTCTGTGC
CTGGTGTTATATTTGGATGCTTCGAGTAGTTCACCTCTAGCCGCTTACCAAACAGCATCG
CTCCCTTGAGGAAATGAACTGCAAGTTCAGCTTGGAAACCATCTCCCATTTGGA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1FG50JQ 608 0 0
AAACCAAGGGACCAAGTTTAAAAAAGAGTGTAAAAAAGTCCAAACAAGTAGCAAAAATAT
TTGAGTTAAACAAACACACATTCATCATCCTCACCATACCCAAATGTCATTAGAGGTGAG
AGAGAGAGAGAAAAGAAAGAGAGAGGCCTTTGTCGACTTTAAATTGTCTGCAGCTGAAAG
AAGGAGATTCTGATAATTGAACCTCCTAGAGAGGTCGCATGCTTGCAAACCAGTGCTTCC
GCAGCTTCCTCCTCGTTCTCAAACTGCACCAGAGCTTGCTTTTTCCCGTTCATCTCAAAC
ACTTTTGTGTTCAGTATGGCCCCATGCTCTTGGACGTGGTTCACCACTTCTTCCTCTGTC
ACGTCTTGCGGAAAAGTGGACAAGTGAATCATCTTGGTAGGGGAGCAGCAATAGCGGTAG
TTCTTTGCAGCATTGCGGTTGAAACGGTTCAGGTTCGAGTTAACATAATCATGCGAGTCT
GTGCCTGGTGTTATATTTGGATGCTTCGAGTAGTTCACCTCTAGCCGCTTACCAAACAGC
ATCGCTCCCTTGAGGAAATGAACTGCAAGTTCAGCTTGGAAACCATCTCCCATTTGGACA
AGGGCATG

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1C595JQ 748 0 0
AAGATAACC
ATTAAATGTTTATTACCATTAAATCAGCACAAACAAATTTAAACCAAGGGACCAAGTTTA
AAAAAGAGTGTAGAAAAGTCCAAACAAGTAGCAGAGATATTTGAGTTAAACAAACACACA
TTCATCATCCTCACCATACCCAAATGTCATTAGAGGTGAGAGAGAGAGAGAAAAGAGAGA
GAGAGGCCTTTGTCGACTTTAAATTGTCTGCAGCTGAAAGAAGGAGATTCTGATAATTGA
ACCTCCTAGAGAGGTCGCATGCTTGCAAACCAGTGCTTCCGCAGCTTCCTCCTCGTTCTC
AAACTGCACCAGAGCTTGCTTTTTCCCGTTCATCTCAAACACTTTTGTGTTCAGTATGGC
CCCATGCTCTTGGACGTGGTTCACCACTTCTTCCTCTGTCACGTAT*GCGGAAGAGTGGA
CAAGTGAATCATCTTGGTAGGGGAGCAGCAATAGCGGTAGTTCTTTGCAGCATTGCGGTT
GAAACGGTTCAGGTTCGAGTTAACATAATCATGCGAGTCTGTGCCTGGTGTTATATTTGG
ATGCTTCGAGTAGTTCACCTCTAGCCGCTTACCAAACAGCATCGCTCCCTTGAGGAAATG
AACTGCAAGTTCAGCTTGGAAACCATCTCCCATTTGGACAAGGGCATGGTCAGGTTTGTT
TCGAAGAAGCTTTATCCTCACAATGTTCCCGTAAAGAGAAGAGAGATTGAACAGCTTATC
CTCATCAACACTATCTGTA

QA 10 748 10 748
DS 

RD RR1C595TF 668 0 0
GCC
TTGTCGACTTTAAATTGTCTGCAGCTGAGAGAAGGAGATTCTGATAATTGAACCTCCTAG
AGAGGTCGCATGCTTGCAAACCAGTGCTTCCGCAGCTTCCTCCTCGTTCTCAAACTGCAC
CAGAGCTTGCTTTTTCCCGTTCATCTCAAACACTTTTGTGTTCAGTATGGCCCCATGCTC
TTGGACGTGGTTCACCACTTCTTCCTCTGTCACGTAT*GCGGAAGAGTGGACAAGTGAAT
CATCTTGGTAGGGGAGCAGCAATAGCGGTAGTTCTTTGCAGCATTGCGGTTGAAACGGTT
CAGGTTCGAGTTAACATAATCATGCGAGTCTGTGCCTGGTGTTATATTTGGATGCTTCGA
GTAGTTCACCTCTAGCCGCTTACCAAACAGCATCGCTCCCTTGAGGAAATGAACTGCAAG
TTCAGCTTGGAAACCATCTCCCATTTGGACAAGGGCATGGTCAGGTTTGTTTCGAAGAAG
CTTTATCCTCACAATGTTCCCGTAAAGAGAAGAGAGATTGAACAGCTTATCCTCATCAAC
ACTATCTGTATTAAGATTGGAGACAAGGATTGTACACCTATCATTTGTGCCAGTTATACC
CGGAGGCAAGCCACCGCCGAAGGCAGCTGCAATCGCAGATGTGTTTGCCATCTGAGGATA
GGCCC

QA 4 668 4 668
DS 



AS 1 5

CO CL2044Contig1 678 5 4 U
GGGATCATCAAACATACACCATCACAAGTAAACAAGTCAAGCTACAATGTCAATCTCAAG
AGTCTCTCTGTGCCTTATTTTTCTCACCTTCCTCACTTCCCCACTTGTGCTCTGCTCTTC
CAGCCCCAAAGTGGCTGTAGCAGCCTCAAGGCCCTCAACAGAAGAAGTTCCAAAAAGACA
TATTGATCCTCCGGCAATGCTTGTTTCTGACTCCACCGAGGTTGATTCATCATCTTCCAT
GTCCAAGATTGATGATGCGTCTGCAAGGAACTCCGCCATAGCAGGTTTCTTCAGGTATAG
ATTCCCATTCCACGGCTGGCCTTTCCCAATGGTTAACCCTACAAATCCCTCTGTTCCTGC
AACACCGGTGACTGGAGCTGGGGAAGAGGAATCTGAGAAGGTGCCTTCTTCACCAAGTGA
AGGAAACAGAGATGGAGGCAACGCGTGAGGATGACTGAAGACAAGAAATGTTCTACGACA
AACTTATATATTGTGCTTAATGACTCATTAATATGATAATGACTCATTATCATCTTAGTT
TTTAAATATTGTATTAAATGAAAAAAATGTACCATGCACTATAAATGTTACGTGACATTT
AACATGGATAATGAAATGACTGCAATTTATATTATCTACCAAGCTATGTGTCATACCGGT
TTCTTAGGTAGACACATG


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GW77TF U 1
AF RR1H744TF U 6
AF RR1GW77JQ C 119
AF RR1FL33JQ C 2
AF RR1FL33TF U 2
BS 1 640 RR1GW77TF
BS 641 667 RR1FL33TF
BS 668 668 RR1FL33JQ
BS 669 678 RR1FL33TF

RD RR1GW77TF 640 0 0
GGGATCATCAAACATACACCATCACAAGTAAACAAGTCAAGCTACAATGTCAATCTCAAG
AGTCTCTCTGTGCCTTATTTTTCTCACCTTCCTCACTTCCCCACTTGTGCTCTGCTCTTC
CAGCCCCAAAGTGGCTGTAGCAGCCTCAAGGCCCTCAACAGAAGAAGTTCCAAAAAGACA
TATTGATCCTCCGGCAATGCTTGTTTCTGACTCCACCGAGGTTGATTCATCATCTTCCAT
GTCCAAGATTGATGATGCGTCTGCAAGGAACTCCGCCATAGCAGGTTTCTTCAGGTATAG
ATTCCCATTCCACGGCTGGCCTTTCCCAATGGTTAACCCTACAAATCCCTCTGTTCCTGC
AACACCGGTGACTGGAGCTGGGGAAGAGGAATCTGAGAAGGTGCCTTCTTCACCAAGTGA
AGGAAACAGAGATGGAGGCAACGCGTGAGGATGACTGAAGACAAGAAATGTTCTACGACA
AACTTATATATTGTGCTTAATGACTCATTAATATGATAATGACTCATTATCATCTTAGTT
TTTAAATATTGTATTAAATGAAAAAAATGTACCATGCACTATAAATGTTACGTGACATTT
AACATGGATAATGAAATGACTGCAATTTATATTATCTACC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1H744TF 633 0 0
CATCAAACATACACCATCACAAGTAAACAAGTCAAGCTACAATGTCAATCTCAAGAGTCT
CTCTGTGCCTTATTTTTCTCACCTTCCTCACTTCCCCACTTGTGCTCTGCTCTTCCAGCC
CCAAAGTGGCTGTAGCAGCCTCAAGGCCCTCAACAGAAGAAGTTCCAAAAAGACATATTG
ATCCTCCGGCAATGCTTGTTTCTGACTCCACCGAGGTTGATTCATCATCTTCCATGTCCA
AGATTGATGATGCGTCTGCAAGGAACTCCGCCATAGCAGGTTTCTTCAGGTATAGATTCC
CATTCCACGGCTGGCCTTTCCCAATGGTTAACCCTACAAATCCCTCTGTTCCTGCAACAC
CGGTGACTGGAGCTGGGGAAGAGGAATCTGAGAAGGTGCCTTCTTCACCAAGTGAAGGAA
ACAGAGATGGAGGCAACGCGTGAGGATGACTGAAGACAAGAAATGTTCTACGACAAACTT
ATATATTGTGCTTAATGACTCATTAATATGATAATGACTCATTATCATCTTAGTTTTTAA
ATATTGTATTAAATGAAAAAAATGTACCATGCACTATAAATGTTACGTGACATTTAACAT
GGATAATGAAATGACTGCAATTTATATTATCTA

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1GW77JQ 522 0 0
TCCAGCCCCAAAGTGGCTGTAGCAGCCTCAAGGCCCTCAACAGAAGAAGTTCCAAAAAGA
CATATTGATCCTCCGGCAATGCTTGTTTCTGACTCCACCGAGGTTGATTCATCATCTTCC
ATGTCCAAGATTGATGATGCGTCTGCAAGGAACTCCGCCATAGCAGGTTTCTTCAGGTAT
AGATTCCCATTCCACGGCTGGCCTTTCCCAATGGTTAACCCTACAAATCCCTCTGTTCCT
GCAACACCGGTGACTGGAGCTGGGGAAGAGGAATCTGAGAAGGTGCCTTCTTCACCAAGT
GAAGGAAACAGAGATGGAGGCAACGCGTGAGGATGACTGAAGACAAGAAATGTTTTACGA
CAAACTTATATATTGTGCTTAATGACTCATTAATATGATAATGACTCATTATCATCTTAG
TTTTTAAATATTGTATTAAATGAAAAAAATGTACCATGCACTATAAATGTTACGTGACAT
TTAACATGGATAATGAAATGACTGCAATTTATATTATCTACC

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1FL33JQ 677 0 0
GGAT
CATCAAACATACACCATCACAAGTAAACAAGTCAAGCTACAATGTCAATCTCAAGAGTCT
CTCTGTGCCTTATTTTTCTCACCTTCCTCACTTCCCCACTTGTGCTCTGCTCTTCCAGCC
CCAAAGTGGCTGTAGCAGCCTCAAGGCCCTCAACAGAAGAAGTTCCAAAAAGACATATTG
ATCCTCCGGCAATGCTTGTTTCTGACTCCACCGAGGTTGATTCATCATCTTCCATGTCCA
AGATTGATGATGCGTCTGCAAGGAACTCCGCCATAGCAGGTTTCTTCAGGTATAGATTCC
CATTCCACGGCTGGCCTTTCCCAATGGTTAACCCTACAAATCCCTCTGTTCCTGCAACAC
CGGTGACTGGAGCTGGGGAAGAGGAATCTGAGAAGGTGCCTTCTTCACCAAGTGAAGGAA
ACAGAGATGGAGGCAACGCGTGAGGATGACTGAAGACAAGAAATGTTTTACGACAAACTT
ATATATTGTGCTTAACGACTCATTAATATGATAATGACTCATTATCATCTTAGTTTTTAA
ATATTGTATTAAATGAAAAAA*TGTACCATGCACTATAAATGTTACGTGACATTTAACAT
GGATAATGAAATGACTGCAATTTATATTATCTACCAAGCTATGTGTCATACCGGTTTCTT
AGGTAGACACATG

QA 5 677 5 677
DS 

RD RR1FL33TF 677 0 0
GGAT
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CTCTGTGCCTTATTTTTCTCACCTTCCTCACTTCCCCACTTGTGCTCTGCTCTTCCAGCC
CCAAAGTGGCTGTAGCAGCCTCAAGGCCCTCAACAGAAGAAGTTCCAAAAAGACATATTG
ATCCTCCGGCAATGCTTGTTTCTGACTCCACCGAGGTTGATTCATCATCTTCCATGTCCA
AGATTGATGATGCGTCTGCAAGGAACTCCGCCATAGCAGGTTTCTTCAGGTATAGATTCC
CATTCCACGGCTGGCCTTTCCCAATGGTTAACCCTACAAATCCCTCTGTTCCTGCAACAC
CGGTGACTGGAGCTGGGGAAGAGGAATCTGAGAAGGTGCCTTCTTCACCAAGTGAAGGAA
ACAGAGATGGAGGCAACGCGTGAGGATGACTGAAGACAAGAAATGTTCTACGACAAACTT
ATATATTGTGCTTAACGACTCATTAATATGATAATGACTCATTATCATCTTAGTTTTTAA
ATATTGTATTAAATGAAAAAA*TGTACCATGCACTATAAATGTTACGTGACATTTAACAT
GGATAATGAAATGACTGCAATTTATATTATCTACCAAGCTATGTGTCATACCGGTTTCTT
AG*TAGACACATG

QA 5 677 5 677
DS 



AS 1 4

CO CL2045Contig1 1273 4 2 U
GGGAGTCGAGAAGAAGAAGAAAGAAGAATAGTCCGATCTGAACAAGCTAGGGTTTCGTCT
ATCATCAATCAATCTCCGATCAAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTCGCGAAGGGAGGCGTC
TCCTCCCTTCAATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCACCACCCCGTCTCCTCTCTCTTCTG
ACCGGGAGGAGGGACCTTTTGGAGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAACCGTA
TGAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCTA
AGCTTAGAGCTGTTCAAGGACGAGCTGAGAACTCCCGTGGTCTTTGGCAGCCATTTACTG
CTCTTCTTGGAGATAATCCCAACATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTCTCTT
CTGACAAGGGTCTCTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTCAGCAGGGCTCTCT
ACAAATTGAACGCTGGTCCTGAAAAGGACGTGAAGTTTGTTATCGTGGGAGAGAAAGCGA
AAGCTATAATGTTTCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCCTTACTGTCACAGAGCTGAACA
AGAATCCGCTCAATTATGCTCAGGTCTCAGTTCTTGCTGATGACATCCTGAAAAACGTTG
AATTTGATGCTTTGCGCATTGTCTACAACAAGTTCCATTCCGTTGTCGCATTTCTACCAA
CTGTGGCCACTGTGTTGTCCCCTGAGATCATTGAAAAGGAATCTGAAGTTGGAGGAAAAC
TCGGTGAGCTTGACTCATACGAGATCGAAGGTGGTGAAACAAAGGGAGAAATTCTGCAGA
ATCTGGCCGAGTTCCAGTTTTCTTGTGTGATGTTCAACGCGGTGCTGGAGAATGCGTGTA
GTGAGATGGGAGCAAGGATGTCAGCAATGGACAGCTCAAGCAGAAACGCAGGAGAGATGC
TTGACCGTCTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGCCAAGCTTCTATCACAACAGAGCTTA
TCGAGATTATCTCTGGAGCTTCTGCACTTGAAGCTGCTAAATAAGCAAAGCACATCATCC
TTGTTTTGCGTTAAACTTGGCTTTTGATATATCTATATCTACCATAAAGGAGAAGAGTGT
GTTTTGAACTCTTCAGGGCTACCGAAATCATTTTCTTTTACTGGCTTCTTGTTTTGGCCA
ACCTGACTTGACTAAGATTTTTCTTACAATAAATTTCCCTGTAATTTCCAGCAAGTTTTG
CAAACAAGAATGA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1EE23TF U 1
AF RR1BJ40TF U 1
AF RR1BJ40JQ C 651
AF RR1EE23JQ C 685
BS 1 753 RR1BJ40TF
BS 754 1273 RR1BJ40JQ

RD RR1EE23TF 631 0 0
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TGAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCTA
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CTGACAAGGGTCTCTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTCAGCAGGGCTCTCT
ACAAATTGAACGCTGGTCCTGAAAAGGACGTGAAGTTTGTTATCGTGGGAGAGAAAGCGA
AAGCTATAATGTTTCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCCTTACTGTCACAGAGCTGAACA
AGAATCCGCTCAATTATGCTCAGGTCTC
AGT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1BJ40TF 753 0 0
GGGAGTCGAGAAGAAGAAGAAAGAAGAATAGTCCGATCTGAACAAGCTAGGGTTTCGTCT
ATCATCAATCAATCTCCGATCAAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTCGCGAAGGGAGGCGTC
TCCTCCCTTCAATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCACCACCCCGTCTCCTCTCTCTTCTG
ACCGGGAGGAGGGACCTTTTGGAGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAACCGTA
TGAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCTA
AGCTTAGAGCTGTTCAAGGACGAGCTGAGAACTCCCGTGGTCTTTGGCAGCCATTTACTG
CTCTTCTTGGAGATAATCCCAACATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTCTCTT
CTGACAAGGGTCTCTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTCAGCAGGGCTCTCT
ACAAATTGAACGCTGGTCCTGAAAAGGACGTGAAGTTTGTTATCGTGGGAGAGAAAGCGA
AAGCTATAATGTTTCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCCTTACTGTCACAGAGCTGAACA
AGAATCCGCTCAATTATGCTCAGGTCTCAGTTCTTGCTGATGACATCCTGAAAAACGTTG
AATTTGATGCTTTGCGCATTGTCTACAACAAGTTCCATTCCGTTGTCGCATTTCTACCAA
CTGTGGCCACTGTGTTGTCCCCTGAGATCATTG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1BJ40JQ 623 0 0
AAAAACGTTGAATTTGATGCTTTGCGCATTGTCTACAACAAGTTCCATTCCGTTGTCGCA
TTTCTACCAACTGTGGCCACTGTGTTGTCCCCTGAGATCATTGAAAAGGAATCTGAAGTT
GGAGGAAAACTCGGTGAGCTTGACTCATACGAGATCGAAGGTGGTGAAACAAAGGGAGAA
ATTCTGCAGAATCTGGCCGAGTTCCAGTTTTCTTGTGTGATGTTCAACGCGGTGCTGGAG
AATGCGTGTAGTGAGATGGGAGCAAGGATGTCAGCAATGGACAGCTCAAGCAGAAACGCA
GGAGAGATGCTTGACCGTCTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGCCAAGCTTCTATCACA
ACAGAGCTTATCGAGATTATCTCTGGAGCTTCTGCACTTGAAGCTGCTAAATAAGCAAAG
CACATCATCCTTGTTTTGCGTTAAACTTGGCTTTTGATATATCTATATCTACCATAAAGG
AGAAGAGTGTGTTTTGAACTCTTCAGGGCTACCGAAATCATTTTCTTTTACTGGCTTCTT
GTTTTGGCCAACCTGACTTGACTAAGATTTTTCTTACAATAAATTTCCCTGTAATTTCCA
GCAAGTTTTGCAAACAAGAATGA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1EE23JQ 589 0 0
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AGATCATTGAAAAGGAATCTGAAGTTGGAGGAAAACTCGGTGAGCTTGACTCATACGAGA
TCGAAGGTGGTGAAACAAAGGGAGAAATTCTGCAGAATCTGGCCGAGTTCCAGTTTTCTT
GTGTGATGTTCAACGCGGTGCTGGAGAATGCGTGTAGTGAGATGGGAGCAAGGATGTCAG
CAATGGACAGCTCAAGCAGAAACGCAGGAGAGATGCTTGACCGTCTCACCCTCACTTACA
ACAGGACTCGCCAAGCTTCTATCACAACAGAGCTTATCGAGATTATCTCTGGAGCTTCTG
CACTTGAAGCTGCTAAATAAGCAAAGCACATCATCCTTGTTTTGCGTTAAACTTGGCTTT
TGATATATCTATATCTACCATAAAGGAGAAGAGTGTGTTTTGAACTCTTCAGGGCTACCG
AAATCATTTTCTTTTACTGGCTTCTTGTTTTGGCCAACCTGACTTGATTAAGATTTTTCT
TACAATAAATTTCCCTGTAATTTCCAGCAAGTTTTGCAAACAAGAATGA

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 5

CO CL2046Contig1 1326 5 9 U
GGGTCAAGGCTTTTGTGTCTCTGGTGTGTGATATATCTGGAGCTGATTCGGCTCCATTTC
GAGAATACAGAAAAAGAAGAGATGACTTGCTTTTCTTGTTTGAATCCTCGGACCAAGGAC
GTAAGAGTCGACATTGATACCGCACGCCCAACAACCGATTCATCAGTTCGTGGAAGTGAT
ACAACAGGAACAGGGTCCGTTTCGGGTATTTTAGTTAACGGGAAGGTGAACAGTCTGACG
AAGCCTGGTGGTGGAGCTAGGAGTTTCACTTTTAAAGAGTTGGCTGAAGCGACAAGAAAC
TTCCGTGAAGTTAATTTGCTAGGAGAAGGAGGCTTTGGGAGAGTTTACAAGGGTCGTTTA
GATTCGGGACAAGTGGTGGCTATAAAGCAACTGAATCCAGATGGGCTTCAAGGGAACCGA
GAGTTCATAGTAGAAGTCCTTATGCTTAGCTTGTTCCACCACCCGAATCTAGTTACGTTG
ATCGGTTACTGTACTTCTGGTGATCAGAGACTTCTTGTCTATGAATACATGCCTATGGGC
AGCTTAGAAGATCACCTTTTTTGATTTTGATCCAAATCAAGAACCGTTAACCTGGAACAC
ACGCATGAAAATCGCGGTAGGTGCGGCTCGGGGAATAGAGTATCTTCACTGCACTGCAAA
CCCGCCTGTGATCTACCGCGACTTGAAATCCGCAAACATATTGCTAGACAAAGAGTTCAA
CCCCAAGCTCTCTGATTTCGGACTGGCAAAACTCGGTCCGGTAGGAGATAGAACTCATGT
CTCCACACGTGTCATGGGAACTTACGGTTACTGCGCTCCCGAGTACGCAATGAGCGGGAA
ACTTACCGTTAAATCGGATATTTACTGCTTCGGTGTAGTCTTGCTTGAGCTGGTTACTGG
GAGGAAAGCCATTGACATGAGTCAAAAGCAAGGCGAGCAAAATCTTGTCGCTTGGTCACG
TCCATACCTTAAGGATCAGAAGAAGTTTGGACACTTAGTGGATCCTTCTCTACGAGGAAA
ATACCCCAGACGATGTTTAAACTATGCGATTGCGATAATCGCAATGTGTTTGAACGAGGA
AGCTCATTATCGACCGTTTATAGGTGACATTGTGGTGGCACTTGAGTACTTAGCCGCACA
GAGTCAGTCTCATGAAGCTCGTAACGTCTCCTCCACGTCACCTGAGGTCAGAAGAACGCC
GCGACGAGACTCTTAGACACACACGCAACTCTTGAGCTCTTTAAGAACTTTCAGTTTGGT
GTTCTTGTAAAAATGTTTGTCTTTCGCACAAATAATTTGGTAAATGTGTTATTAGTTTCT
TATTAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
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30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR80TF U 1
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AF RR1BI32TF U 360
AF RR1D410TF U 558
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ACAACAGGAACAGGGTCCGTTTCGGGTATTTTAGTTAACGGGAAGGTGAACAGTCTGACG
AAGCCTGGTGGTGGAGCTAGGAGTTTCACTTTTAAAGAGTTGGCTGAAGCGACAAGAAAC
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AGCTTAGAAGATCACCTTTTTTGATTTTGATCCAAATCAAGAACCGTTAACCTGGAACAC
ACGCATGAAAATCGCGGTAGGTGCGGCTCGGGGAATAGAGTATCTTCACTGCACTGCAAA
CCCGCCTGTGATCTACCGCGACTTGAAATC

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DS 

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GAGAATACAGAAAAAGAAGAGATGACTTGCTTTTCTTGTTTGAATCCTCGGACCAAGGAC
GTAAGAGTCGACATTGATACCGCACGCCCAACAACCGATTCATCAGTTCGTGGAAGTGAT
ACAACAGGAACAGGGTCCGTTTCGGGTATTTTAGTTAACGGGAAGGTGAACAGTCTGACG
AAGCCTGGTGGTGGAGCTAGGAGTTTCACTTTTAAAGAGTTGGCTGAAGCGACAAGAAAC
TTCCGTGAAGTTAATTTGCTAGGAGAAGGAGGCTTTGGGAGAGTTTACAAGGGTCGTTTA
GATTCGGGACAAGTGGTGGCTATAAAGCAACTGAATCCAGATGGGCTTCAAGGGAACCGA
GAGTTCATAGTAGAAGTCCTTATGCTTAGCTTGTTCCACCACCCGAATCTAGTTACGTTG
ATCGGTTACTGTACTTCTGGTGATCAGAGACTTCTTGTCTATGAATACATGCCTATGGGC
AGCTTAGAAGATCACCTTTTTTGATTTTGATCCAAATCAAGAACCGTTAACCTGGAACAC
ACGCATGAAAATCGCGGTAG*TGCGGCTCGGGGAATAGAGTATCTTCACTGCACTGCAA*
CCCGCCTGTGATCTACCGCGACTTGAAATCCGCAAACATATTGCTAGACAA*GAGTTCAA
CCC
AAGC

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G
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GAGTTCATAGTAGAAGTCCTTATGCTTAGCTTGTTCCACCACCCGAATCTAGTTACGTTG
ATCGGTTACTGTACTTCTGGTGATCAGAGACTTCTTGTCTATGAATACATGCCTATGGGC
AGCTTAGAAGATCACCTTTTT*GATTTTGATCCAAATCAAGAACCGTTAACCTGGAACAC
ACGCATGAAAATCGCGGTAGGTGCGGCTCGGGGAATAGAGTATCTTCACTGCACTGCAAA
CCCGTCTGTGATCTACCGCGACTTGAAATCCGCAAACATATTGCTAGACAAAGAGTTCAA
CCCCAAGCTCTCTGATTTCGGACTGGCAAAACTCGGTCCGGTAGGAGATAGAACTCATGT
CTCCACACGTGTCATGGGAACTTACGGTTACTGCGCTCCCGAGTACGCAATGAGCGGGAA
ACTTACCGTTAAATCGGATATTTACTGCTTCGGTGTAGTCTTGCTTGAGCTGGTTACTGG
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TCCATACCTTAA
CGA

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TAGGTGCGGCTCGGGGAATAGAGTATCTTCACTGCACTGCAAACCCGCCTGTGATCTACC
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TCGGACTGGCAAAACTCGGTCCGGTAGGAGATAGAACTCATGTCTCCACACGTGTCATGG
GAACTTACGGTTACTGCGCTCCCGAGTACGCAATGAGCGGGAAACTTACCGTTAAATCGG
ATATTTACTGCTTCGGTGTAGTCTTGCTTGAGCTGGTTACTGGGAGGAAAGCCATTGACA
TGAGTCAAAAGCAAGGCGAGCAAAATCTTGTCGCTTGGTCACGTCCATACCTTAAGGATC
AGAAGAAGTTTGGACACTTAGTGGATCCTTCTCTACGAGGAAAATACCCCAGACGATGTT
TAAACTATGCGATTGCGATAATCGCAATGTGTTTGAACGAGGAAGCTCATTATCGACCGT
TTATAGGTGACATTGTGGTGGCACTTGAGTACTTAGCCGCACAGAGTCAGTCTCATGAAG
CTCGTAACGTCTCCTCCACGTCACCTGAG*TCAGAAGAACGCCGCGACGAGACTCTTAGA
CACACACGCAACT

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DS 

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AACACACGCATGAAAATCGCGGTAGGTGCGGCTCGGGGAATAGAGTATCTTCACTGCACT
GCAAACCCGCCTGTGATCTACCGCGACTTGAAATCCGCAAACATATTGCTAGACAAAGAG
TTCAACCCCAAGCTCTCTGATTTCGGACTGGCAAAACTCGGTCCGGTAGGAGATAGAACT
CATGTCTCCACACGTGTCATGGGAACTTACGGTTACTGCGCTCCCGAGTACGCAATGAGC
GGGAAACTTACCGTTAAATCGGATATTTACTGCTTCGGTGTAGTCTTGCTTGAGCTGGTT
ACTGGGAGGAAAGCCATTGACATGAGTCAAAAGCAAGGCGAGCAAAATCTTGTCGCTTGG
TCACGTCCATACCTTAAGGATCAGAAGAAGTTTGGACACTTAGTGGATCCTTCTCTACGA
GGAAAATACCCCAGACGATGTTTAAACTATGCGATTGCGATAATCGCAATGTGTTTGAAC
GAGGAAGCTCATTATCGACCGTTTATAGGTGACATTGTGGTGGCACTTGAGTACTTAGCC
GCACAGAGTCAGTCTCATGAAGCTCGTAACGTCTCCTCCACGTCACCTGAGGTCAGAAGA
ACGCCGCGACGAGACTCTTAGACACACACGCAACTCTTGAGCTCTTTAAGAACTTTCAGT
TTGGTGTTCTTGTAAAAATGTTTGTCTTTCGCACAAATAATTTGGTAAATGTGTTATTAG
TTTCTTATTAG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 5

CO CL2047Contig1 1404 5 12 U
GGAGTACCAAACCACAGAGAGAGTAAACAGCTAAATACAAAGAGAACCCCAAAGAAGCTA
ATATTTAATTATTTACCGTTTCGCCGCAAAGTTTGTATTTCCGTAACATTTAACACCCTC
AAAGAAGTTAAACGCCGCCATGTGTGGAGGAGCTATAATCTCCGATTTCATCCCTCCGCC
GAAGTCCCGCCGCGTCACCAGTGAGTTTATCTGGCCGGATCCGAAGAAGAAGTCGAAGAA
GCGATCCAGTTTCTTCGATCTGGACGACGAATTCGAGGCTGATTTCAAAGGGTTCAAGGA
TGATGATGATTATTCTTCTTTTGACTGCGAAGATGTGAAGAAGCCCTTTGTCTTCACCGC
ACCTACCAAACTCGTAGCTTCCCGTCCCACCACCCTCGCCACCACTGGTTCAGTTTCTTG
CAAGAAGACCATAGAGTCCGGCGATAAATCTGGCAAGAGGAAGAGAAAGAATCAGTACAG
GGGGATTAGGCTGCGCCCCTGCGGAAAATGGGCTGCTGAGATCCGTGATCCTAAGAAAGG
CTCTCGAGAATGGCTTGGAACGTTCGACACCGCTGAGGAAGCAGCAAGAGCTTATGATGC
AGCTGCACGCACGATCCGTGGCGATAAAGCTAAAGTGAATTTCCCTGAAGAGGAGATGGT
TCCTACTGCTAAGACCAGTAATCTTAAGAAACCAGTGGCTAAACCAAACCAAACCGTAGC
TTTGGTTCAGCAGCCAACACCACATCTGAGTCAGTACTGCAACAACTCCTTTGGTGATGT
TGGTTTCATTGAAGAGAAGCCTCAGATGTACAACAATCAGTTCTTCGATGTTGGACAGTA
TTTCAGTTCTGATCAGGGCAGCCACTCATTCGACCGCTCTGAGTTTGGGTGGAGTGATCA
TGGCCCCAAGACACCACCAGAGATCTCCTCAATGCTAGTCAATAACAACCAAGCTACCAC
CTTTGCTGAAGAAACCAATGCAGCCAAGAAGGTCAAACTCAACTCCGAGGACGAGACGAG
CAACAATGATGATCTGATGGCATACCTTGACAATGCCTTGTGGGAGTCTCCTTTAGAAGT
GGAAGATATGCTCGGAGTAGATGCTGCTGGTGTGACTCAGGAAGAGGGAAACCCAATGGA
GCTATGGAGCTTAGATGATATCAACTCCATGCTGGATGGAGGAGTCTTCTGAAGTGTGAT
TGAATGATGGGTTGGTTACCTAGTTTGTAAATAAAGCTGTTTTTTTGTGTGTGTGTTGGT
GAGTTTCAAAAGCCCATTGTGAAGACAAACAGCGGTTTATTTAAGTCTTCAGTTTGGTTT
TTGTGTTTGTTGTTGTCTCACTGGGCTTTGTTTTGTATCCCCCAAGACTTGTTTAACATT
AATAATAATAAAAATGTTGGAACC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GP70TF U 1
AF RR1D522TF U 6
AF RR1D522JQ C 667
AF RR1C326TF U 910
AF RR1GP70JQ C 749
BS 1 501 RR1GP70TF
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BS 503 736 RR1GP70TF
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BS 776 909 RR1D522JQ
BS 910 1382 RR1C326TF
BS 1383 1404 RR1D522JQ

RD RR1GP70TF 780 0 0
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TCCTACTGCTAAGACCAGTAATCTTAAGAAACCAGTGGCTAAACCAAACCAAACCGTAGC
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GATGT

QA 1 775 1 775
DS 

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GGG
AAACCACAGAGAGAGTAAACAGCTAAATACAAAGAGAACCCCAAAGAAGCTAATATTTAA
TTATTTACTGTTTCGCCGCAAAGTTTGTATTTCCGTAACATTTAACACCCTCAAAGAAGT
TAAACGCCGCCATGTGTGGAGGAGCTATAATCTCCGATTTCATCCCTCCGCCGAAGTCCC
GCCGCGTCACCAGTGAGTTTATCTGGCCGGATCCGAAGAAGAAGTCGAAGAAGCGATCCA
GTTTCTTCGATCTGGACGACGAATTCGAGGCTGATTTCAAAGGGTTCAAGGATGATGATG
ATTATTCTTCTTTTGACTGCGAAGATGTGAAGAAGCCCTTTGTCTTCACCGCACCTACCA
AACTCGTAGCTTCCCGTCCCACCACCCTCGCCACCACTGGTTCAGTTTCTTGCAAGAAGA
CCATAGAGTCCGGCGATAAATCTGGCAAGAGGAAGAGAAAGAATCAGTACAGGGGGATTA
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QA 4 770 4 770
DS 

RD RR1D522JQ 738 0 0
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CATTGAAGAGAAGCCTCAGATGTACAACAATCAGTTCTTCGATGTTGGACAGTATTTCAG
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TGAAGAAACCAATGCAGCCAAGAAGGTCAAACTCAACTCCGAGGACGAGACGAGCAACAA
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TATGCTCGGAGTAGATGCTGCTGGTGTGACTCAGGAAGAGGGAAACCCAATGGAGCTATG
GAGCTTAGATGATATCAACTCCATGCTGGATGGAGGAGTCTTCTGAAGTGTGATTGAATG
ATGGGTTGGTTACCTAGTTTGTAAATAAAGCTGTTTTTTTGTGTGTGTGTTGGTGAGTTT
CAAAAGCCCATTGTGAAGACAAACAGCGGTTTATTTAAGTCTTCAGTTTGGTTTTTGTGT
TTGTTGTTGTCTCACTGGGCTTTGTTTTGTATCCCCCAAGACTTGTTTAACATTAATAAT
AATAAAAATGTTGGAACC

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DS 

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TGATCTGATGGCATACCTTGACAATGCCTTGTGGGAGTCTCCTTTAGAAGTGGAAGATAT
GCTCGGAGTAGATGCTGCTGGTGTGACTCAGGAAGAGGGAAACCCAATGGAGCTATGGAG
CTTAGATGATATCAACTCCATGCTGGATGGAGGAGTCTTCTGAAGTGTGATTGAATGATG
GGTTGGTTACCTAGTTTGTAAATAAAGCTGTTTTTTTGTGTGTGTGTTGGTGAGTTTCAA
AAGCCCATTGTGAAGACAAACAGCGGTTTATTTAAGTCTTCAGTTTGGTTTTTGTGTTTG
TTGTTGTCTCACTGGGCTTTGTTTTGTATCCCCCAAGACTTGTTTAACATTAA
TAATAATAAAAA

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DS 

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TACAACAATCAGTTCTTCGATGTTGGACAGTATTTCAGTTCTGATCAGGGCAGCCACTCA
TTCGACTGCTCTGAGTTTGGGTGGAGTGATCATGGCCCCAAGACACCACCAGAGATCTCC
TCAATGCTAGTCAATAACAACCAAGCTACCACCTTTGCTGAAGAAACCAATGCAGCCAAG
AAGGTCAAACTCAACTCCGAGGACGAGACGAGCAACAATGATGATCTGATGGCATACCTT
GACAATGCCTTGTGGGAGTCTCCTTTAGAAGTGGAAGATATGCTCGGAGTAGATGCTGCT
GGTGTGACTCAGGAAGAGGGAAACCCAATGGAGCTATGGAGCTTAGATGATATCAACTCC
ATGCTGGATGGAGGAGTTTTTTGAAGTGTGATTGAATGATGGGTTGGTTACCTAGTTTGT
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ACAGCGGTTTATTTAAGTCTTCAGTTTGGTTTTTGTGTTTGTTGTTGTCTCACTGGGCTT
TGTTTTGTATCCCCCAAGACTTGTTTAACATTAA**ATAATAAAAATGTTGGAACC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 5

CO CL2048Contig1 694 5 4 U
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TCAAACCTCCACAATCTCTCTCCCTAAACCTTACCTATCCAACACCTTCTCCTTCCCGTT
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TTCAAAAGGTCTCTAATGATATTAGTCATGCAGACTATGTAGTGCTTGATATGAGTGTTG
GCCTGTAGCCTTATTGTAGTAAAATGATTATCACATACCAATAGTTATTTGTTTATCATT
AACGAAAAAGAAAAGTAAATAACTACAACTGAGC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG17TF U 1
AF RR1EQ84TF U 1
AF RR1EG17JQ C 106
AF RR1D390JQ C 32
AF RR1D390TF U 32
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BS 327 639 RR1EG17TF
BS 640 694 RR1D390TF

RD RR1EG17TF 639 0 0
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GCCTGTAGCCTTATTGTAGTAAAATGATTATCACATACC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1EQ84TF 641 0 0
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TCAAACCTCCACAATCTCTCTCCCTAAACCTTACCTATCCAACACCTTCTCCTTCCCGTT
TCGGAACGTTAGTCTCTCGACAAGAAATCGCCGAATTTTTCTCACCGTCGCTCGTTCGTA
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GATTCTATCCAAGGCTCTTGAGTCGGGCATGGACGTGCCGTACGACTGCAACCTCGGCGT
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TTGTCACATTAAGATGATCCCTGAGGAAGAGCTCTTGTCTCTCCAGCTCGCAACAGCTAA
CGACTAAACAGTGGACGTTGGTGTATGTTACGGTGTCGTTTTTTGCTTGCTTTTCAAACG
TTCAAAAGGTCTCTAATGATATTAGTCATGCAGACTATGTAGTGCTTGATATGAGTGTTG
GCCTGTAGCCTTATTGTAGTAAAATGATTATCACATACC
AA

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1EG17JQ 534 0 0
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CCTATCCAACACCTTCTCCTTCCCGTTTCGGAACGTTAGTCTCTCGACAATAAATCGCCG
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CATACCAATAGTTATTTGTTTATCATTAACGAAAAAGAAAAGTAAATAACTACAACTGAG
C

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DS 



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CAAAAGTAAACAACAAACTTCATAATAAACGTTTAAAATATTGGAAAGTAACATAAAGAC
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ACAAACTCCTTTGCTCCGTACCTATGTTCCATCAGCTTCATTGTCTCCACAAACTTCTCA
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ACTAAAGTCGTTGGTTGCACTTTAGCATCATAAAAACTTTTGGCAACTTGTTGTGACACC
TTTTCAAGATCACGGCTTTGGTAACTCTCGTCGAGTGACAAAGACGAGTAAGGAGTGAAC
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CGAGCAAAGCTTTTCTGTACAAGTTTGTTGTATGGAGAATGGAAAGTAGTCAGCATCATT
GATGGAGACTCTTTGCCTTCGAGTT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED70JQ U 1
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C

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AT
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DS 

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DS 

RD RR1EB06JQ 841 0 0
G
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DS 



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TGGTGGCAATTTCGTGAACCATAAATCCACCGGAAGATTATGTGATGGATTGCTCGCACC
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TACCCCAGCTGATCTACCTCGCGGTGCAAGTTTTGCCTCGGCTGGTTCCGGTTATGACGA
TCTTACAGCTAATATATCCAACGTGTGGAGTTTCTCGACGCAAGCAACTTACTTTTTGCA
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TACTCGACAAAAGCAATTCACTGTTGAACAATACATCGACTTTCTCTCCTCCCGTATGCT
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TCCCATGGGATGCATGCCCCTAATAAAATACCTAAAAGGGCAGAAGACTTGCGTTGATCA
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ATCTAAATTTGGTCTGAAAACTATATACGTCGATGCTTATTCCACCATCCAAGAAGCGAC
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CTATGAATATGGAGAGACATGTAAAGATATGAACGTATGCAAAGATCCTACCAAATATAT
TTTTTGGGATGCAGTCCATCCAACACAAAGAATGTATCAAATCATTGTTAAAAAAGCAAT
TGCATCTATTAGTGAAGAGTTTCTTGTTTAGAATATGTTGTATTTTCGCATTACTATCAT
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TTATATACTTATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1A773TF U 1
AF RR1DE80TF U 433
AF RR1A773JQ C 473
AF RR1DL74TF U 992
AF RR1DE80JQ C 611
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BS 723 754 RR1A773TF
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BS 1245 1270 RR1DL74TF
BS 1271 1276 RR1A773JQ

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TTTTTTTTGTCAATCAGTCTCCTGTCTATTAATTAAAATGTTGCTTGCTATGTTTATGTC
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TACTCGACAAAAGCAATTCACTGTTGAACAATACATCGACTTTCTCTCCTCCCGTATGCT
TTACGACGCCAAGATGTTGCATAGACTTGGAGCT

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DS 

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G
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ATGCCCCTAATAAAATACCTAAAAGGGCAGAAGACTTGCGTTGATCAATTAAACCAAATT
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GTCCATCCAACACAAAGAATGTATCAAATCATTGTTAAAAA*GCAATTGCATCTATTAGT
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TTTAAAGTTATGT

QA 2 794 2 794
DS 

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TTTTTGCATTACAAAATTCACCTCAATAAATTGGTCGGACCTTTAGAGAGCGCAAAAATG
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GTCGATTTTACTCGACAAAAGCAATTCACTGTTGAACAATACATCGACTTTCTCTCCTCC
CGTATGCTTTACGACGCCAAGATGTTGCATAGACTTGGAGCTAGAAGGTTGGTCGTGGTA
GGAGTTCCTCCCATGGGATGCATGCCCCTAATAAAATACCTAAAAGGGCAGAAGACTTGC
GTTGATCAATTAAACCAAATTGCCTTCTCCTTCAACTCAAAAATCATCAAGAATCTCGAG
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ACTGGTACCTATGAATATGGAGAGACATGTAAAGATATGAACGTATGCAAAGATCCTACC
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DS 

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ATGTATCAAATCATTGTTAAAAAAGCAATTGCATCTATTAGTGAAGAGTTTCTTGTTTAG
AATATGTTGTATTTTCGCATTACTATCATCGTGTACGAATAATTTAAAGTTATGTCCCAT
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ATCTCT

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DS 

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AAGATGTTGCATAGACTTGGAGCTAGAAGGTTGGTCGTGGTAGGAGTTCCTCCCATGGGA
TGCATGCCCCTAATAAAATACCTAAAAGGGCAGAAGACTTGCGTTGATCAATTAAACCAA
ATTGCCTTCTCCTTCAACTCAAAAATCATCAAGAATCTCGAGCTTCTGCAATCTAAATTT
GGTCTGAAAACTATATACGTCGATGCTTATTCCACCATCCAAGAAGCGACTAAAACCCCA
AGAAAATTTGGTTTCCTAGAAGCTTCAAAAGGATGTTGTGGAACTGGTACCTATGAATAT
GGAGAGACATGTAAAGATATGAACGTATGCAAAGATCCTACCAAATATATTTTTTGGGAT
GCAGTCCATCCAACACAAAGAATGTATCAAATCATTGTTAAAAAAGCAATTGCATCTATT
AGTGAAGAGTTTCTTGTTTAGAATATGTTGTATTTTCGCATTACTATCATCGTGTACGAA
TAATTTAAAGTTATGTCCCATAATGTAATAGACAAAGATTTAAAGATATGTTATATACTT

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL2051Contig1 1236 2 6 U
GGGAACTCACTCGTGTCCGTCATTTTGTCTTGAAGACTTTCTTCTACTTGGGTAGGTATA
ATAAACACAAGTGAAACAGGAGTAACCCCAACCCCAAACCTCGCCGCCTAAATCGATGGA
GCCTTCCCAAAGACCAAACCAGTCATCATCGATTCTAAGCGAAATCGAACGCATGCCAGA
AGCTCCACGTCAGCGTATCTCTCACCACCGTCGAGCTCGCTCCGACACTTTCTTCTCCGC
CGGAGAATCAATCGACGATCTCCTCATCTTCGATCCTTCCGATGTCGATTTCTCTTCCCT
CGATTTCCTCAACGCTCCACCAACGGTGCTCCTCCGCCGCCCATTCCTCTCCCTCCCGGC
CGTCACGTCCGGAGCTTCTCAGTCGATTCCGAATCCAATTTCTTCGACGATCTCGTCGCT
GAGGATACTCAATTGGCCCGCTCCGGAGGGAGAAAAGGTGGTCACCATCATCGGAGTAAT
TCTATGGACGGAGCTACGAGCTCCGGCTCCTTTAACATGGACTCGATTCTAGCCGCCGGT
GCTAAGAAGAACATGGGTATGGCTAGTGACAGACTCGCCGAGCTTGCGTTGCTTGATCCC
AAACGAGCTAAACGGATTCTAGCGAATAGACAATCGGCGGCTAGGTCAAAAGAGAGGAAG
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GAAGCACTGCGGGGAGAACTGAACCGACTCAAGATAGCCGCTGGAGAAATTCCTCAAGGG
AACGGGAACTCATTCAACAACAACCGCGCGCAATTTTCATTTCAGCTGGTGGGGGACAAC
AACAAGAACCAGCAGATGAGCACAAATGGGCAGCCATCGAGCTTCATGGATTTCACCAAG
AGAGGCTAAGTTCCCATATCTTACAGCTTTGTTACTCATTTGGGGGATGCTATATTATTG
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GAGGTGTGTTCATTTCAATATCACGGTCTTCATATGTTATGAGTAGTAACTACTGTAATA
TTTATCCAGAAATCTTTATTACAAACATATTTACAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP67TF U 1
AF RR1AI23JQ C 544
BS 1 680 RR1FP67TF
BS 681 681 RR1AI23JQ
BS 682 731 RR1FP67TF
BS 732 732 RR1AI23JQ
BS 733 775 RR1FP67TF
BS 776 1236 RR1AI23JQ

RD RR1FP67TF 782 0 0
GGGAACTCACTCGTGTCCGTCATTTTGTCTTGAAGACTTTCTTCTACTTGGGTAGGTATA
ATAAACACAAGTGAAACAGGAGTAACCCCAACCCCAAACCTCGCCGCCTAAATCGATGGA
GCCTTCCCAAAGACCAAACCAGTCATCATCGATTCTAAGCGAAATCGAACGCATGCCAGA
AGCTCCACGTCAGCGTATCTCTCACCACCGTCGAGCTCGCTCCGACACTTTCTTCTCCGC
CGGAGAATCAATCGACGATCTCCTCATCTTCGATCCTTCCGATGTCGATTTCTCTTCCCT
CGATTTCCTCAACGCTCCACCAACGGTGCTCCTCCGCCGCCCATTCCTCTCCCTCCCGGC
CGTCACGTCCGGAGCTTCTCAGTCGATTCCGAATCCAATTTCTTCGACGATCTCGTCGCT
GAGGATACTCAATTGGCCCGCTCCGGAGGGAGAAAAGGTGGTCACCATCATCGGAGTAAT
TCTATGGACGGAGCTACGAGCTCCGGCTCCTTTAACATGGACTCGATTCTAGCCGCCGGT
GCTAAGAAGAACATGGGTATGGCTAGTGACAGACTCGCCGAGCTTGCGTTGCTTGATCCC
AAACGAGCTAAACGGATTCTAGCGAATAGACAATCGGCGGCTAGGTCAAAAGAGAGGAAG
ATTAAGTATACTGGTGAGCTGGAGAGGAAAGTTCAGACACTTCAGAACGAAGCTACTACA
CTCTCTGCTCA*GTCACTATGTTGCAGAGAGGAACATCAGACCTGACCACTGAAA
CAACACC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1AI23JQ 693 0 0
AAGAAGAACATGGGTATGGCTAGTGACAGACTCGCCGAGCTTGCGTTGCTTGATCCCAAA
CTAGCTAAACGGATTCTAGCGAATAGACAATCGGCGGCTAGGTCAAAAGAGAGGAAGATT
AAGTATACTGGTGAGCTCGAGAGGAAAGTTCAGACACTTCAGAACGAAGCTACTACACTC
TCTGCTCAAGTCACTATGTTGCAGAGAGGAACATCAGACCTGACCACTGAAAACAAACAC
CTCAAAATGCGGTTGCAAGCATTAGAACAACAAGCTGAACTTAGGGACGCTTTGAATGAA
GCACTGCGGGGAGAACTGAACCGACTCAAGATAGCCGCTGGAGAAATTCCTCAAGGGAAC
GGGAACTCATTCAACAACAACCGCGCGCAATTTTCATTTCAGCTGGTGGGGGACAACAAC
AAGAACCAGCAGATGAGCACAAATGGGCAGCCATCGAGCTTCATGGATTTCACCAAGAGA
GGCTAAGTTCCCATATCTTACAGCTTTGTTACTCATTTGGGGGATGCTATATTATTGGAT
GTATGTATCTATGTGTGTTTTATGGTTTGTGTTGAGTAGTTTGATTGTATGTCTATGGAG
GTGTGTTCATTTCAATATCACGGTCTTCATATGTTATGAGTAGTAACTACTGTAATATTT
ATCCAGAAATCTTTATTACAAACATATTTACAC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 5

CO CL2052Contig1 890 5 10 U
GCAAAGAATTGTGATTTTTTCTTTAAGAGTAACAAAACTACCACTTGATTGATCCCTTCC
CCCCCAATCAACAATAATTAAATAATAAAATACATAGTTTACAGAGCACATCATCATCTT
TGGAAATGAAATAAAAAAAGGGGTCAGGAGGAGGCGGCAGTAGTGGTGCAAGGCGCCAAG
CTGTTGTGAGGAAGGTTGACTCCCGCGGCTCTCACAGACACCGCCGGTCCTCTAGCTCTG
CTCACAACTAGGCTGGTGTCAAAGAAGACAACTATGACTGTAATGTCATCATGGAAATGT
CTACGTACTCCTCTGTCTATCTTTTTCAGGTCAGAGTACCTCATCTCTCTCTTCTTTGCT
GCTTCTTTAAGCGCCACTTTCACCAGCCTCTTTGTTATCCCGTTACGCGGATGATTGTGG
ACAATCTCTACAGCTTCTTGGTTGCTCATATGTTCCCAAAGTCCATCGGAGGCACATATT
ATAAACTGGTCATGGGGCTGGAGTGTGTGGACGGTGATGGAGGGCTCTGCACTGAGTAAG
GGCCTGCTGAAGGGTGCCCTCAGTCTGAATTTCGCATACAATGGTTCCCTGTTGAACTCC
GAGCGTTTCAGATATACATCCCCAATGGATCTTGAAACCTGAATGATTCCTTTAACTCTC
CAAACGTTATGTTTGAGAAGCACGATATCAGGATGGTCGGGATGGAGGCTCTGTAGTTCA
CGTCGAACAGACTCAATAGAAGCATTGTGCTCTTGAGAGAGCTGAGTGGCGTGAACAAGG
CCCCCAGCAGAAGTGAGTTGACCGAGGACGGCACGAGAATCACCAGCATTGGCAACGTAG
AGGATACCATCGCAGACAACGGAAACAAGGCAGCAAGAGCCAACGGTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA75JQ U 51
AF RR1A552JQ U 1
AF RR1CX88JQ U 95
AF RR1CX88TF C 232
AF RR1FA75TF C 112
BS 1 88 RR1A552JQ
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BS 586 609 RR1A552JQ
BS 610 890 RR1FA75TF

RD RR1FA75JQ 526 0 0
GATCCCTTCCCCCCCAATCAACAATAATTAAATAATAAAATACATAGTTTACAGAGCACA
TCATCATCTTTGGAAATGAAATAAAAAAAGGGGTCAGGAGGAGGCGGCAGTAGTGGTGCA
AGGCGCCAAGCTGTTGTGAGGAAGGTTGACTCCCGCGGCTCTCACAAACACCGCCGGTCC
TCTAGCTCTGCTCACAACTAGGCTGGTGTCAAAAAAAACAACTATGACTGTAATGTCATC
ATGGAAATGTCTACGTACTCCTCTGTCTATCTTTTTCAGGTCAAAATACCTCATCTCTCT
CTTCTTTGCTGCTTCTTTAAGCGCCACTTTCACCAGCCTCTTTGTTATCCCGTTACGCGG
ATGATTGTGGACAATCTCTACAGCTTCTTGGTTGCTCATATGTTCCCAAAGTCCATCGGA
GGCACATATTATAAACTGGTCATGGGGCTGGAGTGTGTGGACGGTGATGGAGGGCTCTGC
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QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1A552JQ 609 0 0
GCAAAGAATTGTGATTTTTTCTTTAAGAGTAACAAAACTACCACTTGATTGATCCCTTCC
CCCCCAATCAACAATAATTAAATAATAAGATACATAGTTTACAGAGCACATCATCATCTT
TGGAAATGAAATAAAAAAAGGGGTCAGGAGGAGGCGGCAGTAGTGGTGCAAGGCGCCAAG
CTGTTGTGAGGAAGGTTGACTCCCGCGGCTCTCACAGACACCGCCGGTCCTCTGGCTCTG
CTCACAACTAGGCTGGTGTCAAAGAAGACAACTATGACTGTAATGTCATCATGGAAATGT
CTACGTACTCCTCTGTCTATCTTTTTCAGGTCAGAGTACCTCATCTCTCTCTTCTTTGCT
GCTTCTTTAAGCGCCACTTTCACCAGCCTCTTTGCTATCCCGTTACGCGGATGATTGTGG
ACAATCTCTACAGCTTCTTGGTTGCTCATATGTTCCCAAAGTCCATCGGAGGCACATATT
ATAAACTGGTCATGGGGCTGGAGTGTGTGGACGGTGATGGAGGGCTCTGCACTGAGTAAG
GGCCTGCTGAAGGGTGCCCTCAGTCTGAATTTCGCATACAATGGCTCCCTGTTGAACTCC
GAGCGTTTC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1CX88JQ 515 0 0
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CGGCAGTAGTGGTGCAAGGCGCCAAGCTGTTGTGAGGAAGGTTGACTCCCGCGGCTCTCA
CAAACACCGCCGGTCCTCTAGCTCTGCTCACAACTAGGCTGGTGTCAAAAAAAACAACTA
TGACTGTAATGTCATCATGGAAATGTCTACGTACTCCTCTGTCTATCTTTTTCAGGTCAA
AATACCTCATCTCTCTCTTCTTTGCTGCTTCTTTAAGCGCCACTTTCACCAGCCTCTTTG
TTATCCCGTTACCCGGATGATTGTGGACAATCTCTACAGCTTCTTGGTTGCTCATATGTT
CCCAAAGTCCATCGGAGGCACATATTATAAACTGGTCATGGGGCTGGAGTGTGTGGACGG
TGATGGAGGGCTCTGCACTGAGTAAGGGCCTGCTGAAGGGTGCCCTCAGTCTGAATTTCG
CATACAATGGTTCCCTGTTGAACTCCGAGCGTTTC

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR1CX88TF 580 0 0
CTAGCTCTGCTCACAACTAGGCTGGTGTCAAAGAAGACAACTATGACTGTAATGTCATCA
TGGAAATGTCTACGTACTCCTCTGTCTATCTTTTTCAGGTCAGAGTACCTCATCTCTCTC
TTCTTTGCTGCTTCTTTAAGCGCCACTTTCACCAGCCTCTTTGTTATCCCGTTACGCGGA
TGATTGTGGACAATCTCTACAGCTTCTTGGTTGCTCATATGTTCCCAAAGTCCATCGGAG
GCACATATTATAAACTGGTCATGGGGCTGGAGTGTGTGGACGGTGATGGAGGGCTCTGCA
CTGAGTAAGGGCCTGCTGAAGGGTGCCCTCAGTCTGAATTTCGCATACAATGGTTCCCTG
TTGAACTCCGAGCGTTTCAGATATACATCCCCAATGGATCTTGAAACCTGAATGATTCCT
TTAACTCTCCAAACGTTATGTTTGAGAAGCACGATATCAGGATGGTCGGGATGGAGGCTC
TGTAGTTCACGTCGAACAGACTCAATAGAAGCATTGTGCTCTTGAGAGAGCTGAGTGGCG
TGAACAAGGCCCCCAGCAGAAGTGAGTTGACCGAGGACGG

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1FA75TF 779 0 0
CATCATCTTTGGAAATGAAATAAAAAGAGGG*TCAGGAGGAGGCGGCAGTAGTGGTGCAA
GGCGCCAAGCTGTTGTGAGGAAGGTTGACTCCCGCGGCTCTCACAGACACCGCCGGTCCT
CTAGCTCTGCTCACAACTAGGCTGGTGTCAAAGAAGACAACTATGACTGTAATGTCATCA
TGGAAATGTCTACGTACTCCTCTGTCTATCTTTTTCAGGTCAGAGTACCTCATCTCTCTC
TTCTTTGCTGCTTCTTTAAGCGCCACTTTCACCAGCCTCTTTGTTATCCCGTTACGCGGA
TGATTGTGGACAATCTCTACAGCTTCTTGGTTGCTCATATGTTCCCAAAGTCCATCGGAG
GCACATATTATAAACTGGTCATGGGGCTGGAGTGTGTGGACGGTGATGGAGGGCTCTGCA
CTGAGTAAGGGCCTGCTGAAGGGTGCCCTCAGTCTGAATTTCGCATACAATGGTTCCCTG
TTGAACTCCGAGCGTTTCAGATATACATCCCCAATGGATCTTGAAACCTGAATGATTCCT
TTAACTCTCCAAACGTTATGTTTGAGAAGCACGATATCAGGATGGTCGGGATGGAGGCTC
TGTAGTTCACGTCGAACAGACTCAATAGAAGCATTGTGCTCTTGAGAGAGCTGAGTGGCG
TGAACAAGGCCCCCAGCAGAAGTGAGTTGACCGAGGACGGCACGAGAATCACCAGCATTG
GCAACGTAGAGGATACCATCGCAGACAACGGAAACAAGGCAGCAAGAGCCAACGGTGGC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 5

CO CL2053Contig1 1164 5 6 U
GGCACCACAAACAGAGAAGAAACAAAAATCAAAACTACTGTTGTTTTGTCTGAGAGAGAT
CGAACAGAAGATGGAAGGCAAGGAAGAAGATGTTAGGGTTGGAGCTAACAAGTTCCCAGA
GAGACAACCAATCGGGACTTCAGCTCAGAGCGACAAGGACTACAACGAGCCACCACCGGC
TCCTCTGTTCGAGCCTGGTGAGCTTTCGTCATGGTCCTTCTGGCGAGCTGGTATCGCTGA
GTTTATAGCTACTTTCCTCTTCCTCTACATCACTGTTTTGACCGTCATGGGAGTTAAAAG
ATCACCGAACATGTGTGCTTCCGTCGGAATCCAAGGTATTGCTTGGGCCTTCGGTGGTAT
GATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACCGCTGGTATCTCCGGTGGACACATCAACCCAGCGGT
CACTTTTGGTCTGTTCTTAGCCAGGAAGCTGTCACTCACCAGAGCTTTGTACTACATAGT
GATGCAGTGCTTGGGAGCCATATGCGGAGCTGGTGTGGTTAAAGGTTTCCAGCCTAATCA
ATACCAGGCTCTAGGAGGAGGAGCCAACACTGTGGCTCATGGATACACCAAAGGTAGTGG
TCTTGGTGCTGAAATCATCGGTACATTCGTCCTCGTTTACACAGTTTTCTCAGCCACTGA
TGCCAAGAGAAACGCCCGTGACTCTCATGTCCCTATTCTTGCACCACTCCCAATCGGGTT
TGCGGTTTTCTTGGTTCACTTAGCAACCATCCCAATCACTGGCACAGGCATCAACCCAGC
TAGAAGTCTCGGAGCTGCAATCATCTACAACAAAGACCATTCCTGGGACGACCACTGGGT
GTTTTGGGTTGGACCCTTCATTGGTGCTGCACTTGCTGCTCTTTACCATGTGATTGTCAT
CAGAGCAATCCCCTTCAAGTCCAGAAACTAAGTTAAAACAAAACATCAAGCCCTCTGGTT
CTGGTCCAGTGTCCTAAGTTGCTTCTATTGTTATTCCATATGTGTAAAATGTGTGTATGT
ATGAACGTATGTGCGTGCCCTCTCCTTTGCTTAAGGCAATAAATGTAGCTTGTAAACAAA
GAAGAACATCTCAAAAGTTCAACATAAATCATTCTTGAAAGTTATGAAATGTTTTATTTC
TTAGAATCAAAATGGTTAGTTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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DS 



AS 1 4

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TGTATCCGTATTTCTCAGTTACTATGGTTTTCTCACCG


BQ
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15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH56JQ C 1
AF RR1CH56TF U 1
AF RR1AM05TF U 27
AF RR1AM05JQ C 377
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BS 562 562 RR1AM05TF
BS 563 632 RR1CH56TF
BS 633 633 RR1AM05TF
BS 634 639 RR1CH56TF
BS 640 640 RR1AM05TF
BS 641 661 RR1CH56TF
BS 662 662 RR1AM05TF
BS 663 675 RR1CH56TF
BS 676 676 RR1AM05TF
BS 677 684 RR1CH56TF
BS 685 685 RR1AM05TF
BS 686 702 RR1CH56TF
BS 703 703 RR1AM05TF
BS 704 726 RR1CH56TF
BS 727 751 RR1AM05TF
BS 752 777 RR1CH56JQ
BS 778 818 RR1AM05JQ

RD RR1CH56JQ 777 0 0
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AAACTAATGAAAATGCAAGCAGTTCTCATCATCCTGGTTTTCTCCGGTTTACTGGCAGTT
AAGACAACGTTAGCAGCACAACATGTGATAGGCGGGAGCCAAGGCTGGGAACAATCCGTT
GACTTTGATTCTTGGACGTCCGATAAATCTTTCAAAGTCGGGGACCAACTTGTTTTTAAG
TATTCCGGACTACACAGCGTTGTAGAGCTGGGAAGCGAAGCGGCATACAAGAGTTGTGAC
CTGGGAACACCTGTAAATTCCTTAAGCTCTGGGAACGACGTCGTTAAGCTTTCTAAAACC
GGTGCTCGTTATTTCGCATGTGGGACCCCAGGGCATTGCGAATCAGGCATGAAGGTTAAA
GTCAACGTTGTCTCTGCTGACTCCACCGCCGTTTCCTCTCCGGGTTCGGATTCAAGCTCC
GACTCAGATTCCGGTTCGAACAGCGGCTCATCTCCGGGTTCGGGCTCGAGCTCCGGGTCG
AGTTCGAGTTCGGGTCATGGG*TTACGTGTTTCCATTGGGTATATATTGGCCGTTGGATC
GTTGGTTATTGGTCTTATTTGGGCTTTCTGAGGACTAAGGCTTTTGTATTGTTGCATCGA
GGAATATATTTTGGG*AGGGGAGAATATAAATAAACTTTCGAATTATTAATCCGTATTTG
TTGTATTTTGCGAATTTGCGTCGTTATGTATTTCGAATATTGCATTTCTGATTTTGT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1CH56TF 726 0 0
GGACAAGTACTAGCTAGCAGCAGGTGACATAGTATTTCTAAACTGGGGTCCAATTCACTA
AAACTAATGAAAATGCAAGCAGTTCTCATCATCCTGGTTTTCTCCGGTTTACTGGCAGTT
AAGACAACGTTAGCAGCACAACATGTGATAGGCGGGAGCCAAGGCTGGGAACAATCCGTT
GACTTTGATTCTTGGACGTCCGATAAATCTTTCAAAGTCGGGGACCAACTTGTTTTTAAG
TATTCCGGACTACACAGCGTTGTAGAGCTGGGAAGCGAAGCGGCATACAAGAGTTGTGAC
CTGGGAACACCTGTAAATTCCTTAAGCTCTGGGAACGACGTCGTTAAGCTTTCTAAAACC
GGTGCTCGTTATTTCGCATGTGGGACCCCAGGGCATTGCGAATCAGGCATGAAGGTTAAA
GTCAACGTTGTCTCTGCTGACTCCACCGCCGTTTCCTCTCCGGGTTCGGATTCAAGCTCC
GACTCAGATTCCGGTTCGAACAGCGGCTCATCTCCGGGTTCGGGCTCGAGCTCCGGGTCG
AGTTCGAGTTCGGGTCATGGGGTTACGTGTTTCCATTGGGTATATATTGGCCGTTGGATC
GTTGGTTATTGGTCTTATTTGGGCTTTCTGAG*ACTAAG*CTTTTGTATTGTTGCATCGA
G*AATATATTTTGGGGAGGGGAGA*TATAAATAAACTTTCGA*TTATTAATCCGTATTTG
TTGTAT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1AM05TF 725 0 0
GG
ATAGTATTTCTAAACTGGGGTCCAATTCACTAAAACTAATGAAAATGCAAGCAGTTCTCA
TCATCCTGGTTTTCTCCGGTTTACTGGCAGTTAAGACAACGTTAGCAGCACAACATGTGA
TAGGCGGGAGCCAAGGCTGGGAACAATCCGTTGACTTTGATTCTTGGACGTCCGATAAAT
CTTTCAAAGTCGGAGACCAACTTGTTTTTAAGTATTCCGGACTACACAGCGTTGTAGAGC
TGGGAAGCGAAGCGGCATACAAGAGTTGTGACCTGGGAACACCTGTGAATTCCTTAAGCT
CTGGGAACGACGTCGTTAAGCTTTCTAAAACCGGTGCTCGTTATTTCGCATGTGGGACCC
CAGGGCATTGCGAATCAGGCATGAAGGTTAAAGTCAACGTTGTCTCTGCTGACTCCACCG
CCGTTTCCTCTCCGGGTTCGGATTCAAGCTCCGACTCAGATTCCGGTTCGAACAGCGGCT
CATCTCCGGGTTCGGGCTCGAGCTCCGGGTCGAGTTCGAGTTCGGGTCATGGG*TTACGT
GTTTCCATTGGGTATATATTGGCCGTTGGATCGTTGGTTATTGGTCTTATTTGGGCTTTC
TGAGGACTAAGGCTTTTGTATTGTTGCATCGAGGAATATATTTTGGG*AGGGGAGAATAT
AAATAAACTTTCGAATTATTAATCCGTATTTGTTGTATTTTGCGAATTTGCGTCATTATG
TAT

QA 3 725 3 725
DS 

RD RR1AM05JQ 442 0 0
CATGTGGGACCCCAGGGCATTGCGAATCAGGCATGAAGGTTAAAGTCAACGTTGTCTCTG
CTGACTCCACCGCCGTTTCCTCTCCGGGTTCGGATTCAAGCTCCGACTCAGATTCCGGTT
CGAACAGCGGCTCATCTCCGGGTTCGGGCTCGAGCTCCGGGTCGAGTTCGAGTTCGGGTC
ATGGG*TTACGTGTTTCCATTGGGTATATATTGGCCGTTGGATCGTTGGTTATTGGTCTT
ATTTGGGCTTTCTGAGGACTAAGGCTTTTGTATTGTTGCATCGAGGAATATATTTTGGG*
AGGGGAGAATATAAATAAACTTTCGAATTATTAATCCGTATTTGTTGTATTTTGCGAATT
TGCGTCATTATGTATTTCGAATATTGCATTTCTGATTTTGTTATTGTATCCGTATTTCTC
AGTTACTATGGTTTTCTCACCG

QA 1 442 1 442
DS 



AS 1 4

CO CL2055Contig1 829 4 14 U
GGAATTCATATCAAATCCATCGAGCTTCGAGACGAATCTGCTTGTGGGATCTCAAAGATC
AACTGGAGAGAACTCAACAATGTCAGGCTTTCACGGGACTCATGATTCATGTCCTTTGGT
GAAGAACATTCTTCTTCTGGACTCTGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGA
TGACTGGCCTACTCATGCTGCCAAGTTGACTTTTGAGAAGTATGTCTTCTCCAAGACCTC
TAAGACCAATGCTCGCACTGAAGCTGAGATCACATTGTTGGACAGTAATATCATTGTCTA
TAAGTTCGCCCAGGACCTTCACTTCTTTGTTACTGGAGGCGAAAATGAAAACGAGCTCGT
CTTGTCTTCGGTTCTTCAAGGCTTTTTCGATGCTGTTGCGCTTCTTCTGAGGAGCAATGT
GGAAAAGATGGAGGCTCTTGAGAACTTGGATCTCATCTTTCTATGCCTGGATGAAATGGT
CGATCAGGGGGTGGTTCTTGAAACAGACCCTAACGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCA
GAGCACGGAAGCTAGTGGTTCACTCTCTGAACAGACGTTAACTCAAGCACTGGCAACAGC
TCGGGAACATCTGGCAAGAAGTCTGCTTACATGAGTTTCCTCATTTGCATTGCAATGCCC
ACTTCCAACTTCTATGAAGAGTACCTCTCATGGGATTTGTCTCCCGGTTTTATAATAATC
TTGTAATAAATGATGTGTGCAAATGCTGGAATATTTTTGAAGACCGGATATTGCAGTATG
AAGACTTGTTTCTTTACTTAAAAATATTTTCATTATTACTTATTTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO75TF U 1
AF RR1E065TF U 6
AF RR1E065JQ C 39
AF RR1FO75JQ C 191
BS 1 427 RR1FO75TF
BS 428 428 RR1E065TF
BS 429 529 RR1FO75TF
BS 530 667 RR1E065TF
BS 668 668 RR1E065JQ
BS 669 677 RR1E065TF
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BS 685 685 RR1E065JQ
BS 686 702 RR1E065TF
BS 703 728 RR1E065JQ
BS 729 729 RR1FO75JQ
BS 730 819 RR1E065JQ
BS 820 829 RR1FO75JQ

RD RR1FO75TF 529 0 0
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AACTGGAGAGAACTCAACAATGTCAGGCTTTCACGGGACTCATGATTCATGTCCTTTGGT
GAAGAACATTCTTCTTCTGGACTCTGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGA
TGACTGGCCTACTCATGCTGCCAAGTTGACTTTTGAGAAGTATGTCTTCTCCAAGACCTC
TAAGACCAATGCTCGCACTGAAGCTGAGATCACATTGTTGGACAGTAATATCATTGTCTA
TAAGTTCGCCCAGGACCTTCACTTCTTTGTTACTGGAGGCGAAAATGAAAACGAGCTCGT
CTTGTCTTCGGTTCTTCAAGGCTTTTTCGATGCTGTTGCGCTTCTTCTGAGGAGCAATGT
GGAAAAGGTGGAGGCTCTTGAGAACTTGGATCTCATCTTTCTATGCCTGGATGAAATGGT
CGATCAGGGGGTGGTTCTTGAAACAGACCCTAACGTCATTGCGGGGAAA

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1E065TF 697 0 0
GG
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GAGAACTCAACAATGTCAGGCTTTCACGGGACTCATGATTCATGTCCTTTGGTGAAGAAC
ATTCTTCTTCTGGACTCTGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGATGACTGG
CCTACTCATGCTGCCAAGTTGACTTTTGAGAAGTATGTCTTCTCCAAGACCTCTAAGACC
AATGCTCGCACTGAAGCTGAGATCACATTGTTGGACAGTAATATCATTGTCTATAAGTTC
GCCCAGGACCTTCACTTCTTTGTTACTGGAGGCGAAAATGAAAACGAGCTCGTCTTGTCT
TCGGTTCTTCAAGGCTTTTTCGATGCTGTTGCGCTTCTTCTGAGGAGCAATGTGGAAAAG
ATGGAGGCTCTTGAGAACTTGGATCTCATCTTTCTATGCCTGGATGAAATGGTCGATCAG
GGGGTGGTTCTTGAAACAGACCCTAACGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACG
GAAGCTAGTGGTTCACTCTCTGAACAGACGTTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGGGAA
CATCTGGCAAGAAGTCTGCTTACATGAGTTTCCTCATTTGCATTGCAATGCCCACTTCCA
*CTTCTATGA*GAGTAC*TCTCATGGGATTTGTCT

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR1E065JQ 782 0 0
TGCTTGTGGGATCTCAAAGATCAACTGGAGAGAACTCAACAATGTCAGGCTTTCACGGGA
CTCATGATTCATGTCCTTTGGTGAAGAACATTCTTCTTCTGGACTCTGAAGGGAAGCGTG
TGGCTGTCAAGTATTACTCCGATGACTGGCCTACTCATGCTGCCAAGTTGACTTTTGAGA
AGTATGTCTTCTCCAAGACCTCTAAGACCAATGCTCGCACTGAAGCTGAGATCACATTGT
TGGACAGTAATATCATTGTCTATAAGTTCGCCCAGGACCTTCACTTCTTTGTTACTGGAG
GCGAAAATGAAAACGAGCTCGTCTTGTCTTCGGTTCTTCAAGGCTTTTTCGATGCTGTTG
CGCTTCTTCTGAGGAGCAATGTGGAAAAGATGGAGGCTCTTGAGAACTTGGATCTCATCT
TTCTATGCCTGGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTTGAAACAGACCCTAACGTCA
TTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACGGAAGCTAGTGGTTCACTCTCTGAACAGACGT
TAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGGGAACATCTGGCAAGAAGTCTGCTTACATGAGTTT
CCTCATTTGCATTGCAATGCCCACTTCCAACTTCTATGAAGAGTACCTCTCATGGGATTT
GTCTCCCGGTTTTATAATAATCTTGTAATAGATGATGTGTGCAAATGCTGGAATATTTTT
GAAGACCGGATATTGCAGTATGAAGACTTGTTTCTTTACTTAAAAATATTTTCATTATTA
C
C

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1FO75JQ 639 0 0
ACTCATGCTGCCAAGTTGACTTTTGAGAAGTATGTCTTCTCCAAGACCTCTAAGACCAAT
GCTCGCACTGAAGCTGAGATCACATTGTTGGACAGTAATATCATTGTCTATAAGTTCGCC
CAGGACCTTCACTTCTTTGTTACTGGAGGCGAAAATGAAAACGAGCTCGTCTTGTCTTCG
GTTCTTCAAGGCTTTTTCGATGCTGTTGCGCTTCTTCTGAGGAGCAATGTGGAAAAGGTG
GAGGCTCTTGAGAACTTGGATCTCATCTTTCTATGCCTGGATGAAATGGTCGATCAGGGG
GTGGTTCTTGAAACAGACCCTAACGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGTAGAGCACAGAA
GCTAGTGGTTCACTCTCTGAACAGACGTTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGGGAACAT
CTGGCAAGAAGTCTGCTTACATGAGTTTCCTCATTTGTATTGCAATGCCCACTTCCAACT
TCTATGAAGAGTACCTCTCATGGGATTTGTCTCCCGGTTTTATAATAATCTTGTAATAAA
TGATGTGTGCAAATGCTGGAATATTTTTGAAGACCGGATATTGCAGTATGAAGACTTGTT
TCTTTACTTAAAAATATTTTCATTATTACTTATTTCTGC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 5

CO CL2056Contig1 923 5 3 U
GGATCCGATCCTTTCCAATCCACACGTCCAGTAACAAAAAACCCAAAAAAAA*TGAACAC
TCCAATAAAACTCCCCTTTCTAATTCTATGCATCGCCCTAACCGCAACTGGATTTATAAT
CCCAGCCAAACGTGACGCCGTCACACCGCAACACCTGAAAACCGTCGCAGGGATCTGCGG
CGTTGTCCAAGACAAACGTCTCTGTAGCATAACCCTGAACACTGTCCCAAGCAATGACCC
TGACGTTTTGGTCCGTCACTTAGCGACGGCTGCAGAAACCTCGGTTAAAAAGGGCTTGAA
GTTCCTCTCTGGAATCAAACCCAAGTACAAGGGAGACAAATTTGCCACAACTTGCATCAC
CAGTTGCGAGAAACAGCTAAACAACGCCTTGGAAGACTTTTCAGATTTCTGGAAAGCCGC
TGGAAAAGACATCAAGAGCATGGCCGATAATTACTTCACATGCAAGAAGAAGATGACATC
GATCTTCAACTACCAATCGACTTGTCTCGATGACATCTATGACAAAACGTTGTTGAAAGA
AGTTCAAGGAGGGATTGGGCTTGGGAAAAGAATGAGTGGCGAGTCTGTAGATGTGTTCGC
TGGAATGGGCAAAGTATTTAACACTCTTAACATTAAGACCAAACTTAACCAGAAAGATAC
CGATTCGTTGCTCCCACCACCTTTGTCATTTTACTACTACTGATCTATTTATTGAAGAAA
AAGCATGGCATCGTCTATGGTGATGAATAATCTGCATCTTTTGGGTTTTTT***TTCAGT
TATGTTAGGAATCTTGTAAAGAAAGGTTCCTTCTAATGTATGTTTGTTATTAATACGTTA
TGGGTGATAATCATGTATGGACCTCGTGGTTGGAAAGGATATGGACAAATGTGATTATAT
AATACTAATAACATATTTGGTAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
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G
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BQ
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TCTCTGTTCCCCATAAACCCACCTTCAATCTCTCCCACAGAAACCCTAAAACCATTGTCT
CCGCCGCCGTCACACTCTCCACCGATCCCTCTCCTCGATTCCCCTTCTCCGACTCAACCA
AATCAATCACAACCCTCGCGATTCTCGCCGGAATCGTAACGAAATCCCTAATTCACAAAC
TCTCCGCCGCCTTCGTAACTTTATCCCCGCAGTTCCAGGCATCTCTCCGAATCTCCGGTC
CGCTGTTCTTCGCGGCGGTTCGCGACCGTCCCGCCGGGTATCTCAACACGCCGTTGACGG
TTGTTGCGGCGGGTTTATCCAAGTGGCTTGATATCTACAGTGGTGTACTGATGGTTAGGG
TTTTGCTGAGTTGGTTCCCAAACATTCCTTGGGATCGTCAGCCTCTCTCCGCCATTAGAG
ATCTTTGTGATCCTTATCTGAATCTCTTCAGGAACATTATCCCTCCTGTCTTTGATACCC
TTGATGTTAGCCCTTTGCTTGCTTTTGCTGTTTTGGGTACTTTGGGTTCCATTCTCAACA
ATAGCAGATGATAAGCTGGCGGAT*CATACGAATGGTGGATCTTATGTGGTTTT*ATTTT
*TTGTTT*CACTATGTAGTGACAGTACTATATTGTTGTTGTTT
CA

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DS 

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GG
AAAAGAAAAAGAAGAAAAAAAAGCATTCTCCAGCTCCAAACAACGACAATAGCTCTCTTT
TCGACCACCAACAACATCCTCTCTCTTCGCTCCTCAATCCTCATGAACCCTAGATTCCTT
CCAATCAACCACCACTGTAATCCTCCTCTCCGCCTCTCTGTTCCCCATAAACCCACCTTC
AATCTCTCCCACAGAAACCCTAAAACCATTGTCTCCGCCGCCGTCACACTCTCCACCGAT
CCCTCTCCTCGATTCCCCTTCTCCGACTCAACCAAATCAATCACAACCCTCGCGATTCTC
GCCGGAATCGTAACGAAATCCCTAATTCACAAACTCTCCGCCGCCTTCGTAACCTTATCC
CCGCAGTTCCAGGCATCTCTCCGAATCTCCGGTCCGCTGTTCTTCGCGGCGGTTCGCGAC
CGTCCCGCCGGGTATCTCAACACGCCGTTGACGGTTGTTGCGGCGGGTTTATCCAAGTGG
CTTGATATCTACAGTGGTGTACTGATGGTTAGGGTTTTGCTGAGTTGGTTCCCAAACATT
CCTTGGGATCGTCAGCCTCTCTCCGCCATTAGAGATCTTTGTGATCCTTATCTGAATCTC
TTCAGGAACATTATCCCTCCTGTCTTTGATACCCTTGATGTTAGCCCTTTGCTTGCTTTT
GCTGTTTTGGGTACTTTGGGTTCCATTCTCAACAATAGCAGATGATAAGCTGGCGGATTC
ATACGAATGGTGGATCTTATGTGGTTTT*ATTTTCTTGTTTTCACTATGTAGTGACAGTA

QA 3 782 3 782
DS 

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G
GCCGCCTTCGTAACCTTATCTCCGCAGTTCCAGGCATCTCTCCGAATCTCCGGTCCGCTG
TTCTTCGCGGCGGTTCGCGACCGTCCCGCCGGGTATCTCAACACGCCGTTGACGGTTGTT
GCGGCGGGTTTATCCAGGTGGCTTGATATCTACAGTGGTGTACTGATGGTTAGGGTTTTG
TTGAGTTGGTTCCCAAACATTCCTTGGGATCGTCAGCCTCTCTCCGCCATTAGAGATCTT
TGTGATCCTTATCTGAATCTCTTCAGGAACATTATCCCTCCTGTCTTTGATACCCTTGAT
GTTAGCCCTTTGCTTGCTTTTGCTGTTTTGGGTACTTTGGGTTCCATTCTCAACAATAGC
AGATGATAAGCTGGCGGATTCATACGAATGGTGGATCTTATGTGGTTTTTATTTTCTTGT
TTTCACTATGTAGTGACAGTACTATATTGTTGTTGTTTTCAATAAAATAATATTGGAGAC
C
C

QA 2 482 2 482
DS 

RD RR1FV56JQ 465 0 0
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GCGGGTTTATCCAAGTGGCTTGATATCTACAGTGGTGTACTGATGGTTAGGGTTTTGCTG
AGTTGGTTCCCAAACATTCCTTGGGATCGTCAGCCTCTTTCCGCCATTAGAGATCTTTGT
GATCCTTATTTGAATTTTTTCAGGAACATTATCCCTCCTGTTTTTGATACCCTTGATGTT
AGCCCTTTGCTTGCTTTTGCTGTTTTGGGTACTTTGGGTTCCATTCTCAACAATAGCAGA
TGATAAGCTGGGGGATTCATACGAATGGTGGATTTTATGTGGTTTTTATTTTTTTGTTTT
CACTATGTAGTGACAGTACTATATTGTTGTTGTTTTCAATAAAATAATATTGGAGACCTT
GTTTGTGCTGAGAATTAGATCGATATGCAAAAGCTTTTGGTTTTT

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1D893TF 258 0 0
G
CTCCTGTCTTTGATACCCTTGATGTTAGCCCTTTGCTTGCTTTTGCTGTTTTGGGTACTT
TGGGTTCCATTCTCAACAATAGCAGATGATAAGCTGGCGGATTCATACGAATGGTGGATC
TTATGTGGTTTTTATTTTCTTGTTTTCACTATGTAGTGACAGTACTATATTGTTGTTGTT
TTCAATAAAATAATATTGGAGACCTTGTTTGTGCTGAGAATTAGATCGATATGCAAAAGC
TTTTGGTTTTTATTGAC

QA 2 258 2 258
DS 



AS 1 5

CO CL2058Contig1 851 5 10 U
TTTTTTAGACAAGAAAAAAATGGCTGCAGCATTCTCTTACACTGCGTGTCCTAAGCTATC
TCTATTACAGCCTCCCATGGTTGCTCAAATCCGACCATTTAGAACATCCCAAAAGGCTTT
CGTGGTGACAAACCCTGAGCAAGACAACACACTCCAGGAACAAGACATAGAGACAATCAA
AGAAGAGCAACCAGCAGAGAAGCAGATGAAGAAGCAGCCAACGCCATTGAGACCAGTGGA
GAAACAGTCAAATGTGAAGAGCACAGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAG
CAGTGTGACACGCCACGTCAGGATATACGCTGCTTATATAGATCCCGAGACTTGTGAGTT
TGACCAGACGCAGTTGGATAAACTCACTTTGATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTG
GGAAGATGAAAGCTGTAACAAGGTTTATTCTTATTTCCAAGAACTTGTCGATCACTATGA
GGGAGCACCATTGACAGAGTATACACTAAGGTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACAT
AAGGAAGATGTTGTTTGATGGAGAGATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTCTTAATTT
*CAGTATGGGAAAGCCTCGTGTTCAGTTCAACACCAGCAACATTGAAGGTGG*TGGAGAT
GACCAGCCTCAAGAAGATGCATAATGAAAACAGCTCTATACCAAAGTTGTGGACAAACGA
GATCAAAAATATATGACGTTTTTTATATGGGTTGATAAAATACTCTTTTTTTTTTTTTTC
CATTCTCTCGTCTTATAAGTAGAATATAAAGCATGTCCATGATTTTGCTGACACTATAGT
TTAAGAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN20TF U 1
AF RR1A146TF U 7
AF RR1E028TF U 9
AF RR1GN20JQ C 141
AF RR1E028JQ C 145
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BS 760 834 RR1GN20JQ
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RD RR1GN20TF 752 0 0
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GAAACAGTCAAATGTGAAGAGCACAGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAG
CAGTGTGACACGCCACGTCAGGATATACGCTGCTTATATAGATCCCGAGACTTGTGAGTT
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AAGGAAGATGTTGTTTGATGGAGAGATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTCTTAATTT
*CAGTATGGGAAAGCCTCGTGTTCAGTTCAACACCAGCAACATTGAAGGTGG*TGGAGAT
GACCAGCCTCAAGAAGATGCATAATGAAA*CAGCTCTATACCAAAGTTGTGGACAA*CGA
GATCAAAAATATATGACGTTTTTT
TATGGGTT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1A146TF 758 0 0
AGAC
AAGAAAAAAATGGCTGCAGCATTCTCTTACACTGCGTGTCCTAAGCTATCTCTATTACAG
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AAAGCCTCGTGTTCAGTTCAACACCAGCAACATTGAAAGTGGGTGGAGATGACCAGCCTC
AAGAAGATGCATAATGAAA*CAGCTCTATACCAAAGTTGTGGACAAACGAGATCAAAA*T
ATATGACGTTTTTTATATGGGTTGATAAA
TACTC

QA 5 753 5 753
DS 

RD RR1E028TF 754 0 0
GG
AAGAAAAAAATGGCTGCAGCATTCTCTTACACTGCGTGTCCTAAGCTATCTCTATTACAG
CCTCCCATGGTTGCTCAAATCCGACCATTTAGAACATCCCAAAAGGCTTTCGTGGTGACA
AACCCTGATCAAGACAACACACTCCAGGAACAAGACATAGAGACAATCAAAGAAGAGCAA
CCAGCAGAGAAGCAGATGAAGAAGCAGCCAACGCCATTGAGACCAGTGGAGAAACAGTCA
AATGTGAAGAGCACAGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAGCAGTGTGACA
CGCCACGTCAGGATATACGCTGCTTATATAGATCCCGAGACTTGTGAGTTTGACCAGACG
CAGTTGGATAAACTCACTTTGATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTGGGAAGATGAA
AGCTGTAACAAGGTTTATTCTTATTTCCAAGAACTTGTCGATCACTATGAGGGAGCACCA
TTGACAGAGTATACACTAAGGTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACATAAGGAAGATG
TTGTTTGATGGAGAGATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTCTTAATTT*CAGTATGGG
AAAGCCTCGTGTTCAGTTCAACACCAGCAACATTGAA*GTGG*CGGAGATGACCAGCCTC
AAGAAGATGCATAATGAAAACAGCTCTATACCAAAGTTGTGGACAAACGAGATCAAAAAT
ATATGACGTTTTTTATATGGGTTGATAAA
ATA

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR1GN20JQ 694 0 0
AAGACAACACACTCCAGGAACAAGACATAGAGACAATCAAAGAAGAGCAACCAGCAGAGA
AGCAGATGAAGAAGCAGCCAACGCCATTGAGACCAGTGGAGAAACAGTCAAATGTGAAGA
GCACAGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAGCAGTGTGACACGCCACGTCA
GGATATACGCTGCTTATATAGATCCCGAGACTTGTGAGTTTGACCAGACGCAGTTGGATA
AACTCACTTTGATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTGGGAAGATGAAAGCTGCAACA
AGGTTTATTTTTATTTCCAAGAACTTGTCGATCACTATGAGGGAGCACCATTGACAGAGT
ATACACTAAGGTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACATAAGGAAGATGTTGTTTGATG
GAGAGATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTTTTAATTT*CAGTATGGGAAAGCCTCGT
GTTCAGTTCAACACCAGCAACATTGAAGGTGG*TGGAGATGACCAGCCTCAAGAAGATGC
ATAATGAAAACAGCTCTATACCAAAGTTGTGGACAAACGAGATCAAAAATATATGACGTT
TTTTATATGGGTTGATAAAATACTCTTTTTTTTTTTTTTCCATTCTCTCGTCTTATAAGT
AGAATATAAAGCATGTCCATGATTTTGCTGACAC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1E028JQ 707 0 0
CAACACACTCCAGGAACAAGACATAGAGACAATCAAAGAAGAGCAACCAGCAGAGAAGCA
GATGAAGAAGCAGCCAACGCCATTGAGACCAGTGGAGAAACAGTCAAATGTGAAGAGCAC
AGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAGCAGTGTGACACGCCACGTCAGGAT
ATACGCTGCTTATATAGATCCCGAGACTTGTGAGTTTGACCAGACGCAGTTGGATAAACT
CACTTTGATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTGGGAAGATGAAAGCTGTAACAAGGT
TTATTTTTATTTCCAAGAACTTGTCGATCACTATGAGGGAGCACCATTGACAGAGTATAC
ACTAAGGTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACATAAGGAAGATGTTGTTTGATGGAGA
GATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTTTTAATTT*CAGTATGGGAAAGCCTCGTGTTC
AGTTCAACACCAGCAACATTGAAGGTGG*GGGAGATGACCAGCCTCAAGAAGATGCATAA
TGAAAACAGCTTTATACCAAAGTTGTGGACAAACGAGATCAAAAATATATGACGTTTTTT
ATATGGGTTGATAAAATACTCTTTTTTTTTTT***CCATTCTCTCGTCTTATAAGTAGAA
TATAAAGCATGTCCATGATTTTGCTGACACTATAGTTTAAGAGTTCC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 4

CO CL2059Contig1 814 4 16 U
GGGAAAACGAAATCGGAATAAATAATCGGCTGAGAGAGAAAGATAGAGGAGAAGAAATCA
ACGCAGGCATGGTAGGCGCAGCAGCATCAGCGAACCTCGCGAGCCTGAGATCGACAACGA
CGTCTCTGTTTACAAATCGGCCATTCTCTTTGTCCATGTTAGGCGGAATCAAAAGCTCCC
TCGCATTAAGGACATGTCTAAAGCCCACACCTCTCCGATTCGCGACGTCGTGGCCAACAC
CTCCACACCACGTTTCTTCCGTTAGGGCCATGTCATCATCGTCTCCATCTCCCTCGCTAG
AGGAGACGGTTAAGACGACTGTAGCAGAAAACCCTGTGGTTGTCTACTCCAAATCCTGGT
GCTCATACTCGTCTGAAGTGAAGTCGTTGTTCAATGGGCTTCAAGTTAAGCCTCTCGTTA
TTGAACTTGATGAACTTGGTGCAAAGGGGTCACAGCTGCAGAATGTCTTGGAGAAACTCA
CCGGACAATACACTGTTCCTAATGTTTTCATCGGAGGCAAGCACATTGGTGGCTGCTCAG
ATACGGTGCAGCTGTACAACAAAGGAGAGTTGGAGCCAATGTTAGCTGAGGCCAATGCCA
AAACCGGTCAGAGCTAGAGATGAAAGCTGCTTACGTTTCTGTTTTTGTTTAATCAGAACC
TCTGAACTAAAATTCTTGAAGTCGACATGATTTGCTGTCTACGTAGAGATTTCATAAGAA
CCTATTATGCGTGGAAGTAAAATAAATAAACAGGCAGACTGGTCTCTCTTACTAAACCGG
GAGTTTGGTCGAGTCACTTGAATTTGCATCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU16TF U 1
AF RR1C177TF U 30
AF RR1C177JQ C 109
AF RR1GG51JQ C 519
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BS 356 356 RR1C177TF
BS 357 431 RR1GU16TF
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BS 463 629 RR1GU16TF
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BS 631 702 RR1GU16TF
BS 703 719 RR1C177TF
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BS 742 742 RR1C177JQ
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RD RR1GU16TF 702 0 0
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DS 

RD RR1C177TF 785 0 0
GG
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CCCTGTGGTTGTCTACTCCAAATCCTGGTGCTCATACTCGTCTGAAGTGAAGTCGTTGTT
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ACAGCTGCAGAATGTCTTGGAGAAACTCACCGGACAATACACTGTTCCTAATGTTTTCAT
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TACGTTTCTGTTTTTGTTTAATCAGAACCTCTGAACTAAAATTCTTGAAGTCGACATGAT
TTGCTGTCTACGTAGAGATTTCATAAGA*CCTATTATGCGTGGAAGTAAA*TAAATAAAC
AGGCAGACTGGTCTCTCTTACTAAACCGGGAGTTTGGTCGAGTCACTTGAATTTGCATCA
AAA

QA 3 785 3 785
DS 

RD RR1C177JQ 704 0 0
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CGTGGCCAACACCTCCACACCACGTTTCTTCCGTTAGGGCCATGTCATCATCGTCTCCAT
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CCAAATCCTGGTGCTCATACTCGTCTGAAGTGAAGTCGTTGTTCAATGGGCTTCAAGTTA
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TGGAGAAACTCACCGGACAATACACTGTTCCTAATGTTTTCATCGGAGGCAAGCACATTG
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AGGCCAATGCCAAAACCGGTCAGAGCTAGAGATGAAAGCTGCTTACGTTTCTGTTTTTGT
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ATTTGCAATC

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DS 

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CTGTTTTTGTTTAATCAGAACCTCTGAACTAAAATTCTTGAAGTCGACATGATTTGCTGT
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CTGGTCTCTCTTACTAAACCGGGAGTTTGGTCGAGTCACTTGAA
ATTTGCAATC

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DS 



AS 1 5

CO CL2060Contig1 828 5 10 U
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CACAATCTCTCATACTTCTATTTCTCCCTCTCCTTTCACAAGGAAGGGCGTAGAAGATAC
CAAAAAA*CTCAAGCACAAAAGTAATAATATAACTCATCTATACAAAGAAAAAAATACAA
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ATCTGTAAATGCAACCTATCCATTAACTAAATCTTGCATCAACGGGCAAGGTTGCATCGG
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CAGTGCGATCACGCATTGCTATAGGTACGCGAAATAAGAAACAGAATGATAGAGAGGAGG
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TTTCTTAACGTACCATATGTTATACGTTTGATTCATTTTATATTTACTTTTGTTCTTTTT
T*GTTTCTTTATTTCATCATGATGCATATAAGCTTTTGATTCATTTATATATCGCCTTTT
TTCCTTTGTTGTTGTTGTCCTTGTGTTTCGTTTCGTTCATATATTTAAGTTCCGTTTGTC
TATTATATACATCATATGATGTTCTTAGTACAATTAAGCATTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AI87TF U 61
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AF RR1GY11JQ C 155
AF RR1BA73JQ C 80
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G
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AAAAAA*CTCAAGCACAAAAGTAATAATATAACTCATCTATACAAAGAAAAAAATACAAA
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*GTTTCTTTATTTCATCATGATGCATATAAGCTTTTGATTCATT

QA 2 645 2 645
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RD RR1GY11TF 756 0 0
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CAAAAAAACTCAAGCACAAAAGTAATAATATAACTCATCTATACAAAGAAAAAAATACAA
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AGGACGTCGTTACATTGGATACGATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAATAGACG
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CAGTGCGATCACGCATTGCTATAGGTACGCGAAATAAGAAACAGAATGATAGAGAGGAGG
AATTGATTCAACACGGTTCGATCTTCATTCATTCCTCATTCTTGATCGCTAATAATTTTC
TTTCTTAACGTACCATATGTTATACGTTTGATTCATTTTATATTTACTTTTGCCTTTTTT
T*GTTTCTTTATTTCATCATGATGCATATAAGCTTTTGATTCATTTATATATCGCCTTTT
TTCCTTTGTTGTTGTTGTCCTTGTGTTTCGTTTCGT

QA 1 756 1 756
DS 

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GTTATACGTTTGATTCATTTTATATTTACTTTTGTTCTTTTTTTGTTTCTTTATTTCATC
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CCTTGTGTTTCGTTTCGTTCATATATTTAAGTTCCGTTTGTCTATTATATACATCATATG
ATGTTCTTAGTACA*TTAAGCATTTGTTTT

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DS 

RD RR1GY11JQ 630 0 0
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AGGAACAATCCTTACAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGCTATAGGTACGCGAAA
TAAGAAACAGAATGATAGAGAGGAGGAATTGATTCAACACGGTTCGATCTTCATTCATTC
CTCATTCTTGATCGCTAATAATTTTCTTTCTTAACGTACCATATGTTATACGTTTGATTC
ATTTTATATTTACTTTTGCCTTTTTTT*GTTTCTTTATTTCATCATGATGCATATAAGCT
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GTTCATATATTTAAGTTCCGTTTGTCTATT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1BA73JQ 749 0 0
ATTTCTCCCTCTCCTTTCACAAGGAAGGGCGTAGAAGATACCAAAAAA*CTCAAGCACAA
AAGTAATAATATAACTCATCTATACAAAGAAAAAAATA**AAATGGGTGGTGTCAAATTG
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CCATTAACTAAATCTTGCATCAACGGGCAAGGTTGCATCGGAGACGATGATGAACTCGAG
TCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGTCGTCAGCTTGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGG
TACGATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGATCTTACTATGAT
TGCAAGAAGAGGAGAAGGAACAATCCTTACAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGC
TATAGGTACGCGAAATAAGAAACAGAATGATAGAGAGGAGGATTTGATTCAACACGGTTC
GATCTTCATTCATTCCTCATTCTTGATCGCTAATAATTTTCTTTCTTAACGTACCATATG
TTATACGTTTGATTCATTTTATATTTACTTTTGTTCTTTTTT*GTTTCTTTATTTCATCA
TGATGCATATAAGCTTTTGATTCATTTATATATCGCCTTTTTTCCTTTGTTGTTGTTGTC
CTTGTGTTTCGTTTCGTTCATATATTTAAGTTCCGTTTGTCTATTATATACATCATATGA
TGTTCTTAGTACAATTAAGCATTTGTTTT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 5

CO CL2061Contig1 1055 5 4 U
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AATATTTCTTTTCTTTTGAAACACTTCTTTCAATATTTCACTCCCTGGTTTATACATAAC
ATAGGACAATGAAGATACCATCAATGGTATGCGTTGTTTTCTTTATCGCCATCTTTATTA
CCATTGTTTCGAGTTCACCAGACCATGGAGAAGTTGAGGACGAAACTGAGTTTAACTACG
AGAAGGGAGGAGAGAAGGGGCCAGAGAAATGGGGAACACTAAAGCCAGAATGGAAAATGT
GTGGAAACGGCACGATGCAGTCACCTATTGATCTTACGGACAATAGAGTCTTCATTGATC
ATAAGATTGGATCGTTACACAGCCATTATCTACCTTCTAATGGCACCATTAAGAACAGAG
GCCATGATATCATGTTGGAATTTGAAGGAGGAAATGCAGGTATGGGTATAACTATCAATG
GTACTGTATATCAACTTCAACAGCTTCATTGGCACTCTCCTTCCGAACACACGATCAACG
GTAAAAGGTTTGTCCTAGAGGAACACATGGTTCATCAGAGCAAAGATGGTCGCTTCGCCG
TTGTGGCGTTCCTCTACAATTTGGGAAAACCTGACCCTTTTCTCCTTTCGTTGGAAAGAC
AATTGAAGAGGATAACTGATAGACATGAATCCGAGGAATTTATCAGTATGATTGATCCTA
GAATGATCAATTTCAAATCAAGATTCTATTACAGATATTTAGGATCACTCACAACTCCCC
CCTGTTCTGAAAATGTTACTTGGTCCATTTCCAGAGAGACGAGGACTGTAACGTTGAAAC
AGTTGAGCCTGCTTCGTGTGACTGTACATGATCAATCTAATTCGAATGCTAGACCGCTTC
AACGTCAAAACCAGCGTCCAGTGAAATTTTACTTACCAACATGGCATATTTAACCATTAT
GAAGTCGTTGTTTGTTCACTCTATTTGAGCTTTGGTTAAACCTAGTTTTCATTAGTTTTA
TATGTACTGAGAACCAGAAGGGAACACTAATAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ35TF U 10
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AF RR1BF51TF U 1
AF RR1BF51JQ C 237
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GG
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ATGTTGGAATTTGAAGGAGGAAATGCAGGTATGGGTATAACTATCAATGGTACTGTATAT
CAACTTCAACAGCTTCATTGGCACTCTCCTTCCGAACACACGATCAACGGTAAAAGGTTT
GTCCTAGAGGAACACATG*TTCATCAGAGCAAAGATGGTCGCTTCGCCGTTGTGGCGTTC
CTCTACA

QA 3 609 3 609
DS 

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GGGAGAAC
AAATACAATTGTTTATCACCATAACCCCTAAAGTGTCTAATCTTCTTTCAATATTTCTTT
TCTTTTGAAACACTTCTTTCAATATTTCACTCCCTGGTTTATACATAACATAGGACAATG
AAGATACCATCAATGGTATGCGTTGTTTTCTTTATCGCCATCTTTATTACCATTGTTTCG
AGTTCACCTGACCATGGAGAAGTTGAGGACGAAACTGAGTTTAACTACGAGAAGGGAGGA
GAGAAGGGGCCAGAGAAATGGGGAACACTAAAGCCAGAATGGAAAATGTGTGGAAACGGC
ACGATGCAGTCACCTATTGATCTTACGGACAATAGAGTCTTCATTGATTATAAGATTGGG
TCGTTACACAGCCATTATCTACCTTCTAATGGCACCATTAAGAACAGAGGCCATGATATC
ATGTTGGAATTTGAAGGAGGAAATGCAGGTATGGGTATAACTATCAATGGTACTGTATAT
CAACTTCAACAGCTTCATTGGCACTCTCCTTCCGAACACACGATCAACGGTAAAAGGTTT
GTCCTAGAGGAACACATGGTTCATCAGAGCAAAGATGGTCGCTTCGCCGTTGTGGCGTTC
CTCTACAATTTGGGAAAACCTGACCCTTTTCTCCTTTCGTTGGAAAGACAATTGAAGAGG
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TTCAAATCAAGATTCTATTACAGATAT

QA 9 755 9 755
DS 

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ATAGGACAATGAAGATACCATCAATGGTATGCGTTGTTTTCTTTATCGCCATCTTTATTA
CCATTGTTTCGAGTTCACCAGACCATGGAGAAGTTGAGGACGAAACTGAGTTTAACTACG
AGAAGGGAGGAGAGAAGGGGCCAGAGAAATGGGGAACACTAAAGCCAGAATGGAAAATGT
GTGGAAACGGCACGATGCAGTCACCTATTGATCTTACGGACAATAGAGTCTTCATTGATC
ATAAGATTGGATCGTTACACAGCCATTATCTACCTTCTAATGGCACCATTAAGAACAGAG
GCCATGATATCATGTTGGAATTTGAAGGAGGAAATGCAGGTATGGGTATAACTATCAATG
GTACTGTATATCAACTTCAACAGCTTCATTGGCACTCTCCTTCCGAACACACGATCAACG
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AATTGAAGAGGATAACTGATAGACATGAATCCGAGGAATTTATCAGTATGATTGATCCTA
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CCTGTTCTGAAAATGTTACTTG

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1BF51JQ 819 0 0
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ATGTGTGGAAACGGCACGATGCAGTCACCTATTGATCTTACGGACAATAGAGTCTTCATT
GATCATAAGATTGGATCGTTACACAGCCATTATCTACCTTCTAATGGCACCATTAAGAAC
AGAGGCCATGATATCATGTTGGAATTTGAAGGAGGAAATGCAGGTATGGGTATAACTATC
AATGGTACTGTATATCAACTTCAACAGCTTCATTGGCACTCTCCTTCCGAACACACGATC
AACGGTAAAAGGTTTGTCCTAGAGGAACACATGGTTCATCAGAGCAAAGATGGTCGCTTC
GCCGTTGTGGCGTTCCTCTACAATTTGGGAAAACCTGACCCTTTTCTCCTTTCGTTGGAA
AGACAATTGAAGAGGATAACTGATAGACATGAATCCGAGGAATTTATCAGTATGATTGAT
CCTAGAATGATCAATTTCAAATCAAGATTCTATTACAGATATTTAGGATCACTCACAACT
CCCCCCTGTTCTGAAAATGTTACTTGGTCCATTTCCAGAGAGACGAGGACTGTAACGTTG
AAACAGTTGAGCCTGCTTCGTGTGACTGTACATGATCAATCTAATTCGAATGCTAGACCG
CTTCAACGTCAAAACCAGCGTCCAGTGAAATTTTACTTACCAACATGGCATATTTAACCA
TTATGAAGTTGTTGTTTGTTCACTCTATTTGAGCTTTGGTTAAACCTAGTTTTCATTAGT
TTTATATGTACTGAGAACCAGAAGGGAACACTAATAAAA

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR1BO63JQ 771 0 0
GGCCAGAGAAATGGGGAACACTAAAGCCAGA*TGGAAAATGTGTGGAAACGGCACGATGC
AGTCACCTATTGATCTTACGGACAATAGAGTCTTCATTGATTATAAGATTGGGTCGTTAC
ACAGCCATTATCTACCTTCTAATGGCACCATTAAGAACAGAGGCCATGATATCATGTTGG
AATTTGAAGGAGGAAATGCAGGTATGGGTATAACTATCAATGGTACTGTATATCAACTTC
AACAGCTTCATTGGCACTCTCCTTCCGAACACACGATCAACGGTAAAAGGTTTGTCCTAG
AGGAACACATGGTTCATCAGAGCAAAGATGGTCGCTTCGCCGTTGTGGCGTTCCTCTACA
ATTTGGGAAAACCTGACCCTTTTCTCCTTTCGTTGGAAAGACAATTGAAGAGGATAACTG
ATAGACATGAATCCGAGGAATTTATCAGTATGATTGATCCTAGAATGATCAATTTCAAAT
CAAGATTCTATTACAGATATTTAGGATCACTCACAACTCCCCCCTGTTCTGAAAATGTTA
CTTGGTCCATTTCCAGAGAGACGAGGACTGTAACGTTGAAACAGTTGAGCCTGCTTCGTG
TGACTGTACATGATCAATCTAATTCGAATGCTAGACCGCTTCAACGTCAAAACCAGCGTC
CAGTGAAATTTTACTTACCAACATGGCATATTTAACCATTATGAAGTCGTTGTTTGTTCA
CTCTATTTGAGCTTTGGTTAAACCTAGTTTTCATTAGTTTTATATGTACTG

QA 1 771 1 771
DS 



AS 2 5

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AGAGAAACTCAGAATAATATTAATGAATACAATAAAAGAATTACACTAAAATAATATCAT
TTTCTACTACAAAACCAAAATATGAAACTTTTCTTCTCAAACCATAGTAGAGCAGTCTGA
CGTGGTAGGATCATACAACGCAGGTAGCAAGAACTTCCTGCCGTTTGCACCATACGCATT
AAAACTACCTCCCGTCGTAAAATCAACAAGTAAATTTCCAGCGTAACCAGGATAAGCTCC
TTTCCCATAAACGCCGGGACACGCGGACGCAGCTTCGAGCGGTGCGTTTTGTGGGCACTG
GTAATAACCATTACCGAACGGGTTCGTTGCGGTTCCAGCTAAAAGACTAGCTAAGTTAAT
CACCATACCGTCGAGTCCCACATCGTTGTCCGGCGCCACGAGAGGCGGGCTCTGAGGACC
GTACACAGGTGCGTGAAATGGCCATGCGCATTGACCCAGACATTGCGTTTCGGCGTTTCC
GACCCAAATGTAAGCGAATTTGGATCCACGTTTACCCGTGTTACCACGAGCGTGTCCGTG
CGTCCCGCATCGATTCATACCAAAGCCAGTTACCGCCACGTCAGCTGAAGTCAAAACGAC
GTTAACCGCGTCGTATTGATCGCCTTTTGAGGCTAACTTGCGGATATCTCTGTCTGTTAG
AGACTTTCCGAGAGAGTACGTCTCGTCGAGGATCTGTGACTTGAGAGTGAGTGAGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CD17JQ U 1
AF RR1B631JQ U 48
BS 1 449 RR1CD17JQ
BS 450 450 RR1B631JQ
BS 451 455 RR1CD17JQ
BS 456 778 RR1B631JQ

RD RR1CD17JQ 455 0 0
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CGTGGTAGGATCATACAACGCAGGTAGCAAGAACTTCCTGCCGTTTGCACCATACGCATT
AAAACTACCTCCCGTCGTAAAATCAACAAGTAAATTTCCAGCGTAACCAGGATAAGCTCC
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GTAATAACCATTACCGAACGGGTTCGTTGCGGTTCCAGCTAAAAGACTAGCTAAGTTAAT
CACCATACCGTCGAGTCCCACATCGTTGTTCGGCG

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1B631JQ 731 0 0
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AAAATAATATCATTTTCTACTACAAAACCAAAATATGAAACTTTTCTTCTCAAACCATAG
TAGAGCAGTCTGACGTGGTAGGATCATACAACGCAGGTAGCAAGAACTTCCTGCCGTTTG
CACCATACGCATTAAAACTACCTCCCGTCGTAAAATCAACAAGTAAATTTCCAGCGTAAC
CAGGATAAGCTCCTTTCCCATAAACGCCGGGACACGCGGACGCAGCTTCGAGCGGTGCGT
TTTGTGGGCCCTGGTAATAACCATTACCGAACGGGTTCGTTGCGGTTCCAGCTAAAAGAC
TAGCTAAGTTAATCACCATACCGTCGAGTCCCACATCGTTGTCCGGCGCCACGAGAGGCG
GGCTCTGAGGACCGTACACAGGTGCGTGAAATGGCCATGCGCATTGACCCAGACATTGCG
TTTCGGCGTTTCCGACCCAAATGTAAGCGAATTTGGATCCACGTTTACCCGTGTTACCAC
GAGCGTGTCCGTGCGTCCCGCATCGATTCATACCAAAGCCAGTTACCGCCACGTCAGCTG
AAGTCAAAACGACGTTAACCGCGTCGTATTGATCGCCTTTTGAGGCTAACTTGCGGATAT
CTCTGTCTGTTAGAGACTTTCCGAGAGAGTACGTCTCGTCGAGGATCTGTGACTTGAGAG
TGAGTGAGAGT

QA 1 731 1 731
DS 



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ATATTCCCAAGAAAAGAAAAAAATGAAAATGTGTTCGTTAGTTTTCAAACTCTTTTTATT
TGTGTCTCTCTTCCAAATCTCAATCTCTGCTAGGAAACTAGCACAAGATGGATCAAACCA
GTTTCAATCATTGAAATACCACAAAGGAGCACTTCTCTCCGGCAAAATCTCCGTTAACCT
AATCTGGTACGGCAAATTCAAACCAGCTCAAAGAGCAATCATCTCCGATTTCATCACTTC
GCTTTCACATTCATCTTCAAAAACTCCAAACCAACCATCTGTCGCCACGTGGTGGAAAAC
CACTGAGAAATACTACAAACTCGCCGCAGGAGATAAAACACCTTCTCCTTCACTCTCACT
CACTCTCAAGTCACAGATCCTCGACGAGACATACTCTCTCGGAAAGTCTCTAACAGACAG
AGATATCCGCAAGTTAGCCTCAAAAGGCGATCAATACGACGCGGTTAACGTCGTTTTGAC
TTCAGCTGACGTGGCGGTAACTGGCTTTGGTATGAATCGATGCGGGACGCACGGACACGC
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GCCCGCCTCTCGTGGCGCCGAACAACGATGTGGGACTCGACGGTATGGTGATAACTTAGC
TAGTCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD17TF U 1
AF RR1B631TF U 7
AF RR1H765TF U 1
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RD RR1CD17TF 670 0 0
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GTTTCAATCATTGAAATACCACAAAGGAGCACTTCTCTCCGGCAAAATCTCCGTTAACCT
AATCTGGTACGGCAAATTCAAACCAGCTCAAAGAGCAATCATCTCCGATTTCATCACTTC
GCTTTCACATTCATCTTCAAAAACTCCAAACCAACCATCTGTCGCCACGTGGTGGAAAAC
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TTCAGCTGACGTGGCGGTAACTGGCTTTGGTATGAATCGATGCGGGACGCACGGACACGC
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AAACGCAATG

QA 1 670 1 670
DS 

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TCTCTTCCAAATCTCAATCTCTGCTAGGAAACTAGCACAAGATGGATCAAACCAGTTTCA
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CAAGTCACAGATCCTCGACGAGACGTACTCTCTCGGAAAGTCTCTAACAGACAGAGATAT
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CTCTCGTGGCGCCGGACAACGATGTGGGACTC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1H765TF 787 0 0
GGACAA
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CCAAGAAAAGAAAAAAATGAAAATGTGTTCGTTAGTTTTCAAACTCTTTTTATTTGTGTC
TCTCTTCCAAATCTCAATCTCTGCTAGGAAACTAGCACAAGATGGATCAAACCAGTTTCA
ATCATTGAAATACCACAAAGGAGCACTTCTCTCCGGCAAAATCTCCGTTAACCTAATCTG
GTACGGCAAATTCAAACCAGCTCAAAGAGCAATCATCTCCGATTTCATCACTTCGCTTTC
ACATTCATCTTCAAAAACTCCAAACCAACCATCTGTCGCCACGTGGTGGAAAACCACTGA
GAAATACTACAAACTCGCCGCAGGAGATAAAACACCTTCTCCTTCACTCTCACTCACTCT
CAAGTCACAGATCCTCGACGAGACATACTCTCTCGGAAAGTCTCTAACAGACAGAGATAT
CCGCAAGTTAGCCTCAAAAGGCGATCAATACGACGCGGTTAACGTCGTTTTGACTTCAGC
TGACGTGGCGGTAACTGGCTTTGGTATGAATCGATGCGGGACGCACGGACACGCTCGTGG
TAACACGGGTAAACGTGGATCCAAATTCGCTTACATTTGGG*TCGGAAACGCCGAAACGC
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CTCTCGTGGCGC*GAACAACGATGTGGGACTCGACGGTATGGTGATAACTTAGCTAGTCT
T

QA 7 787 7 787
DS 



AS 1 5

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TACACACAGAGAGGTTTAGTCACTCAGACAGCGAGGAAGGAACACTGCTTTCGGGCGTGT
TCAGGTATAAGCTTGGACAACAGCTCTACGCTTGCTCCTTTAAGCTCTTGAGGTTTGAAG
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CAAGGGTGAGCCTTTATCTGAGGGAACTTGAATTCAGTGTAGTTTGGATTCATACATTTG
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CTCTCACCTGGAAACAGAGGCTGTCCAAGGAGCAGCTCAGCAAGAACACACCCTGCAGAC
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TCTCTGTGGCAGACTCCTACTCCTCCATGAC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1H874JQ U 22
AF RR1FK87JQ U 1
AF RR1GD91JQ U 22
AF RR1GD91TF C 124
AF RR1H874TF C 185
BS 1 305 RR1FK87JQ
BS 306 306 RR1GD91JQ
BS 307 307 RR1FK87JQ
BS 308 308 RR1GD91JQ
BS 309 365 RR1FK87JQ
BS 366 366 RR1GD91JQ
BS 367 421 RR1FK87JQ
BS 422 422 RR1GD91JQ
BS 423 510 RR1FK87JQ
BS 511 511 RR1GD91JQ
BS 512 634 RR1FK87JQ
BS 635 635 RR1GD91JQ
BS 636 703 RR1FK87JQ
BS 704 704 RR1GD91JQ
BS 705 733 RR1FK87JQ
BS 734 807 RR1GD91JQ
BS 808 871 RR1GD91TF

RD RR1H874JQ 570 0 0
C
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ACATTCATAAAAGATTAAAAGCTAACAATAATAATCTTTGAGAACGGGCTAACTCCATTA
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CTCAGACAGCGAGGAAGGAACACTGCTTTCGGGCGTGTTCAGGTATAAGCTTGGACAACA
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CAGCTTCTGGAGGTGTACGCTTATGGAATATTTTGTGCCAAGGGTGAGCCTTTATCTGAG
GGAACTTGAATTCAGTGTAGTTTGGATTCATACATTTGATTTCCTCTCGAGTTGGCGTTC
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QA 2 570 2 570
DS 

RD RR1FK87JQ 733 0 0
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CTGACAATAAACGACACAGGCTACATTCATAAAAGATTAAAAGCTAACAATAATAATCTT
TGAGAACGGGCTAACTCCATTACTTAAGCAAACGCATGTGTACATACATACATACATACA
TACACACAGAGAGGTTTAGTCACTCAGACAGCGAGGAAGGAACACTGCTTTCGGGCGTGT
TCAGGTATAAGCTTGGACAACAGCTCTACGCTTGCTCCTTTAAGCTCTTGAGGTTTGAAG
TTGAAAAAAGGAGGCAAGGGACGACCATTGGGTAGACGTGTATTGGGATCACGTAGCTCA
TCGAAAAACGGGTGAACTATTGCCTCCATAGCGGTTGATCTGAGGTTTGGAGAATACTGG
AAAAGTCTTGAGGCGAGATCTACAGCTTCTGGAGGTGTACGCTTATGGAATATTTTGTGC
CAAGGGTGAGCCTTTATCTGAGGGAACTTGGATTCAGTGTAGTTTGGATTCATACATTTG
ATTTCCTCTCGAGTTGGCGTTCCAAGAACCTTGATGATCTCCACTAGTTGGTCGACTCCA
CTCTCACCTGGAAACAGAGGCTGTCCAAGGAGCAACTCAGCAAGAACACACCCTGCAGAC
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TAACGGGAACAGA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1GD91JQ 786 0 0
C
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ACATTCATAAAAGATTAAAAGCTAACAATAATAATCTTTGAGAACGGGCTAACTCCATTA
CTTAAGCAAACGCATGTGTACATACATACATACATACATACACACAGAGAGGTTTAGTCA
CTCAGACAGCGAGGAAGGAACACTGCTTTCGGGCGTGTTCAGGTATAAGCTTGGACAACA
GCTCTACGCTTGCTCCTTTAAGCTCTTGAGGTTTGAAGTTGAAGAGAGGAGGCAAGGGAC
GACCATTGGGTAGACGTGTATTGGGATCACGTAGCTCATCGAAGAACGGGTGAACTATTG
CCTCCATAGCGGTTGATCTGAGGTTTGGAGAATACTGGAGAAGTCTTGAGGCGAGATCTA
CAGCTTCTGGAGGTGTACGCTTATGGAATATTTTGTGCCAAGGGTGAGCCTTTATCTGAG
GGAACTTGAATTCAGTGTAGTTTGGATTCATACATTTGATTTCCTCTCGAGTTGGCGTTC
CAAGAACCTTGATGATCTCCACTAGTTGGTCGACTCCACTCTCACCTGGAAACAGAGGCT
GTCCAAGGAGCAGCTCAGCAAGAACACACCCTGCAGACCATATGTCAATAGCTGTTGTGT
ATTCTGTAGCTCCAAATATAAGCTCAGGTGCTCGGTAGTAACGGGAACAGATGTATGAGA
TGTTTGGTTCGCCTTTCACCAGAACTTTAGCGCTACCAAAGTCGCAGAGCTTGACCTGAT
GTGTA

QA 2 786 2 786
DS 

RD RR1GD91TF 748 0 0
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ACACAGAGAGGTTTAGTCACTCAGACAGCGAGGAAGGAACACTGCTTTCGGGCGTGTTCA
GGTATAAGCTTGGACAACAGCTCTACGCTTGCTCCTTTAAGCTCTTGAGGTTTGAAGTTG
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AAGAACGGGTGAACTATTGCCTCCATAGCGGTTGATCTGAGGTTTGGAGAATACTGGAGA
AGTCTTGAGGCGAGATCTACAGCTTCTGGAGGTGTACGCTTATGGAATATTTTGTGCCAA
GGGTGAGCCTTTATCTGAGGGAACTTGAATTCAGTGTAGTTTGGATTCATACATTTGATT
TCCTCTCGAGTTGGCGTTCCAAGAACCTTGATGATCTCCACTAGTTGGTCGACTCCACTC
TCACCTGGAAACAGAGGCTGTCCAAGGAGCAGCTCAGCAAGAACACACCCTGCAGACCAT
ATGTCAATAGCTGTTGTGTATTCTGTAGCTCCAAATATAAGCTCAGGTGCTCGGTAGTAA
CGGGAACAGATGTATGAGATGTTTGGTTCGCCTTTCACCAGAACTTTAGCGCTACCAAAG
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CTGTGGCAGACTCCTACTCCTCCATGAC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1H874TF 687 0 0
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AGAGAGGAGGCAAGGGACGACCATTGGGTAGACGTGTATTGGGATCACGTAGCTCATCGA
AGAACGGGTGAACTATTGCCTCCATAGCGGTTGATCTGAGGTTTGGAGAATACTGGAGAA
GTCTTGAGGCGAGATCTACAGCTTCTGGAGGTGTACGCTTATGGAATATTTTGTGCCAAG
GGTGAGCCTTTATCTGAGGGAACTTGAATTCAGTGTAGTTTGGATTCATACATTTGATTT
CCTCTCGAGTTGGCGTTCCAAGAACCTTGATGATCTCCACTAGTTGGTCGACTCCACTCT
CACCTGGAAACAGAGGCTGTCCAAGGAGCAGCTCAGCAAGAACACACCCTGCAGACCATA
TGTCAATAGCTGTTGTGTATTCTGTAGCTCCAAATATAAGCTCAGGTGCTCGGTAGTAAC
GGGAACAGATGTATGAGATGTTTGGTTCGCCTTTCACCAGAACTTTAGCGCTACCAAAGT
CGCAGAGCTTGACCTGATGTGTATGAGGATTAACCAGAAGATTCTGTGGTTTTATGTCTC
TGTGGCAGACTCCTACTCCTCCATGAC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 5

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ACACCCTCGTCACTGCTGTTGTAGCCATGATCCTCTTCTCTATGGGAGCACAAGCCGCTT
GCGGAGCCACATTTGCAATCGTTCCTTTTGTCTCCCGGCGAGCCCTTGGAATCATCTCGG
GTTTAACCGGGGCCGGAGGAAACTTTGGGTCAGGGCTCACGCAGCTCATCTTTTTCTCGA
CCTCAAGGTTCTCAACCGAACAAGGGCTAACATGGATGGGAGTAATGATAGTTGCTTGCA
CGTTGCCTGTGACTTTAATCCACTTTCCTCAATGGGGAAGCATGTTCTTGCCTCCTTCCA
AAGATCCAGTCAAAGGTACGGAGGAGCATTATTATGGTTCCGAGTGGAACGAGCAGGAGA
AGCAGAAGAACTTGCATCAAGGAAGCCTCCGGTTTGCGGAGAACTCTAAGTCTGAGGGTG
GCCGCCGCGTCCGTTCAGCTGCTACACCGCCTGAGAACACACCCAACAATGTTTGATCAT
ACCGACATATGGGAAGTGTTGACGGATGGTTGCAGATAAGAATGTGTCCCACAACTAGTT
TTCTTCAAATCATGTTATCAATGCTAGCAGGACTTTTTCTATAATGTATCTTTCTTTCTT
AGTGAAACCTCTGTATTGCTTTCAGCTTCAAGAAATCGTTCGAATTGTCACTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ07TF U 80
AF RR1AV75JQ C 1
AF RR1AV75TF U 1
AF RR1FZ07JQ C 151
AF RR1AJ73TF U 297
BS 1 81 RR1AV75TF
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RD RR1FZ07TF 570 0 0
GT
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TAGCCATGATCCTCTTCTCTATGGGAGCACAAGCCGCTTGCGGAGCCACATTTGCAATCG
TTCCTTTTGTCTCCCGGCGAGCCCTTGGAATCATCTCGGGTTTAACCGGGGCCGGAGGAA
ACTTTGGGTCAGGGCTCACGCAGCTCATCTTTTTCTCGACCTCAAGGTTCTCAACCGAAC
AAGGGCTAACATGGATGGGAGTAATGATAGTTGCTTGCACGTTGCCTGTGACTTTAATCC
ACTTTCCTCAATGGGGAAGCATGTTCTTGCCTCCTTCCAAAGATCCAGTCAAAGGTACGG
AGGAGCATTATTATGGTTCCGAGTGGAGCGAGCAGGAGAAGCAGAAGAACTTGCATCAAG
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CTACACCGCCTGAGAACACACCCAACAATGTTTGATCATACCGACATATGGGAAGTGTTG
ACGGATGGTTGCAGATAAGAATGTGTCC

QA 3 570 3 570
DS 

RD RR1AV75JQ 736 0 0
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ACACCCTCGTCACTGCTGTTGTAGCCATGATCCTCTTCTCTATGGTAGCACAAGCCGCTT
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CGTTGCCTGTGACTTTAATCCACTTTCCTCAATGGGGAAGCATGTTCTTGCCTCCTTCCA
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GCCGCCGCGTCCGTTCAGCTGCTACACCGCCTGAGAACACACCCAACAATGTTTGATCAT
ACCGACATATGGGAAGTGTTGACGGATGGTTGCAGATAAGAATGTGTCCCACAACTAGTT
TTCTTCAAATCATGTTATCAATGCTAGCAGGACTTTTTCTATAATGTATCTTTCTTTCTT
AGTGAAACCTCTGTAT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1AV75TF 736 0 0
CGGCAGGAGGCTATGCATCTGACTTGGCAGCCAGTTACTTTGGGATGAGAGGAAGGTTGT
GAGCGTTGTGGATCATGCAGACAGCCGGTGGTCTCTTCTGTGTGTGGCTCGGCCGCGCAA
ACACCCTCGTCACTGCTGTTGTAGCCATGATCCTCTTCTCTATGGTAGCACAAGCCGCTT
GCGGAGCCACATTTGCAATCGTTCCTTTTGTCTCCCGGCGAGCCCTTGGAATCATCTCGG
GTTTAACCGGGGCCGGAGGAAACTTTGGGTCAGGGCTCACGCAGCTCATCTTTTTCTCGA
CCTCAAGGTTCTCAACCGAACAAGGGCTAACATGGATGGGAGTAATGATAGTTGCTTGCA
CGTTGCCTGTGACTTTAATCCACTTTCCTCAATGGGGAAGCATGTTCTTGCCTCCTTCCA
AAGATCCAGTCAAAGGTACGGAGGAGCATTATTATGGTTCCGAGTGGAACGAGCAGGAGA
AGCAGAAGAACTTGCATCAAGGAAGCCTCCGGTTTGCGGAGAACTCTAAGTCTGAGGGTG
GCCGCCGCGTCCGTTCAGCTGCTACACCGCCTGAGAACACACCCAACAATGTTTGATCAT
ACCGACATATGGGAAGTGTTGACGGATGGTTGCAGATAAGAATGTGTCCCACAACTAGTT
TTCTTCAAATCATGTTATCAATGCTAGCAGGACTTTTTCTATAATGTATCTTTCTTTCTT
AGTGAAACCTCTGTAT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1FZ07JQ 598 0 0
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TCTCCCGGCGAGCCCTTGGAATCATCTCGGGTTTAACCGGGGCCGGAGGAAACTTTGGGT
CAGGGCTCACGCAGCTCATCTTTTTCTCGACCTCAAGGTTCTCAACCGAACAAGGGCTAA
CATGGATGGGAGTAATGATAGTTGCTTGCACGTTGCCTGTGACTTTAATCCACTTTCCTC
AATGGGGAAGCATGTTCTTGCCTCCTTCCAAAGATCCAGTCAAAGGTACGGAGGAGCATT
ATTATGGTTCCGAGTGGAGCGAGCAGGAGAAGCAGAAGAACTTGCATCAAGGAAGCCTCC
GGTTTGCGGAGAACTCTAAGTCTGAGGGTGGCCGCCGCGTCCGTTCAGCTGCTACACCGC
CTGAGAACACACCCAACAATGTTTGATCATACCGACATATGGGAAGTGTTGACGGATGGT
TGCAGATAAGAATGTGTCCCACAACTAGTTTTCTTCAAATCATGTTATCAATGCTAGCAG
GACTTTTTCTATAATGTATCTTTCTTTCTTAGTGAAACCTCTGTATTGCTTTCAGCTT

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1AJ73TF 477 0 0
G
CGACCTCAAGGTTCTCAACCGAACAAGGGCTAACATGGATGGGAGTAATGATAGTTGCTT
GCACGTTGCCTGTGACTTTAATCCACTTTCCTCAATGGGGAAGCATGTTCTTGCCTCCTT
CCAAAGATCCAGTCAAAGGTACGGAGGAGCATTATTATGGTTCCGAGTGGAACGAGCAGG
AGAAGCAGAAGAACTTGCATCAAGGAAGCCTCCGGTTTGCGGAGAACTCTAAGTCTGAGG
GTGGCCTCCGCGTCCGTTCAGCTGCTACACCGCCTGAGAACACACCCAACAATGTTTGAT
CATACCAACATATGGGAAGTGTTGACGGATGGTTGCAGATAAGAATGTGTCCCACAACTA
GTTTTCTTCAAATCATGTTATCAATGCTAGCAGGACTTTTTCTATAATGTATCTTTCTTT
CTTAGTGAAACCTCTGTATTGCTTTCAGCTTCAAGAAATCGTTCGAATTGTCACTT

QA 2 477 2 477
DS 



AS 1 3

CO CL2065Contig1 940 3 10 U
GGGGACTCATTTGTCTCTCTTCTTCCCCCTCCGCGCCGCGCTCTCGTTTCACTTCCTCTC
AAAGAGAAATGGCTGAATCCAAGGTGGTGGTTCCAGAGTCTGTGCTAAAGAAGATCAAGA
GGGAAGAGGAATGGGCATTGACCAAGAAACAGGAAGCTGCAGCTGCTAAGAAGAAGAGTG
TTGAGACCAGGAAGCTTATCTTCAAAAGAGCTGAGCAATATGCTAAAGAATATGCCGAGC
AGGATAACGAGTTGATCCGTTTGAAGCGTGAGGCTAAGTTGAAAGGAGGGTTCTATGTTG
ACCCTGAGGCTAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGACCCAA
AAACCAAGAAGATTCTGCAGCTCTTGCGTTTAAGACAAATCTTCAATGGTGTGTTCCTTA
AGGTGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTGTTGAGCCTTACGTGACTTACGGAT
ACCCAAACTTGAAGAGTGTCAAAGAGCTAATCTACAAGAGGGGTTTTGGAAAGCTGAACC
ACCAGAGGATAGCACTCACTGACAACTCCATAGTGAATGAAGCTCTAGGAAAGCACAACA
TCATCTGCGTTGAGGATCTGATCCACGAGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAAGAAG
CCAACAACTTCCTTTGGCCATTCCAGTTGAAGGCACCACTCGGTGGCCTTAAGAAGAAGA
GAAACCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGAAACAGAGAGAATTTCATCAACGAGCTTG
TCAGGAGGATGAACTGATGAATGCCTCCCTTCTTTTTCTTCTCCATTTCGTAGCTTTTTG
GTTTGGATCTGAGCGTTTTGTTTTGACCGTGTGATCTTAGTCGAGCATAGGCTTTGATTA
ATAAACTTTGTTTTGCTTTCTATAATCCAATGTTGATCAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CF40TF U 1
AF RR1BB41TF U 2
AF RR1BB41JQ C 27
BS 1 207 RR1CF40TF
BS 208 208 RR1BB41TF
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BS 519 692 RR1CF40TF
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BS 694 702 RR1CF40TF
BS 703 703 RR1BB41JQ
BS 704 711 RR1CF40TF
BS 712 940 RR1BB41JQ

RD RR1CF40TF 724 0 0
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QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1BB41TF 688 0 0
GGGACTCATTTGTCTCTCTTCTTCCCCCTCCGCGCCGCGCTCTCGTTTCACTTCCTCTCA
AAGAGAAATGGCTGAATCCAAGGTGGTGGTTCCAGAGTCTGTGCTAAAGAAGATCAAGAG
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GGATAACGAGTTGATCCGTTTGAAGCGTGAGGCTAAGTTGAAAGGAGGGTTCTATGTTGA
CCCTGAGGCTAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGACCCAAA
AACCAAGAAGATTCTGCAGCTCTTGCGTTTAAGACAAATCTTCAATGGTGTGTTCCTTAA
GGTGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTGTTGAGCCTTACGTGACTTACGGATA
CCCAAACTTGAAGAGTGTCAAAGAGCTAATCTACAAGAGGGGTTTTGGAAAGCTGAACCA
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CAACAACTTCCTTTGGCCATTCCAGTTG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1BB41JQ 914 0 0
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TTGCGTCGTGTTGAGCCTTACGTGACTTACGGATACCCAAACTTGAAGAGTGTCAAAGAG
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TTGAAGGCACCACTCGGTGGCCTTAAGAAGAAGAGAAACCACTACGTTGAAGGTGGTGAT
GCTGGAAACAGAGAGAATTTCATCAACGAGCTTGTCAGGAGGATGAACTGATGAATGCCT
CCCTTCTTTTTCTTCTCCATTTCGTAGCTTTTTGGTTTGGATCTGAGCGTTTTGTTTTGA
CCGTGTGATCTTAGTCGAGCATAGGCTTTGATTAATAAACTTTGTTTTGCTTTCTATAAT
CCAATGTTGATCAC

QA 1 914 1 914
DS 



AS 1 5

CO CL2066Contig1 897 5 3 U
TTTTTTACTAAACAAACAACATTTATTGTCAATCTTGGTTGCTACCTTCAAAAGAAAGAA
ATAAAGAAAGAAAGATCAACTCATCAGAAAGCTACTTTGAGAGAAAGAGAGTGAGCTCTG
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GCCGTTGGTTTAGCCATTGCCGCTGAGCAGAGAAGAAGTGTCGGGAAGGTTGTAACGGAC
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GGTGCATTCCTTCTCCTCTTTATAAGCCAAGTCCTTATTATGAGTGCTAGCCGCTGCTTC
TGCTGTGGGAAGTCCCTAACCCCCGGCGGTTCGAGAGCTTGTGCCCTCCTTCTCTTCCTC
ATTTGCTGGGTATTCTTCCTGGTCGCTGAGGTATGTTTGCTTGCGGCATCAATCAGAAAC
GCGTACCACACGAAATACAGGAAGATGTGGAACATCGATAACCCGCCTAGCTGTGAAGTT
ATAAGGAAAGGAGTGTTTGCAGCTGGTGCTGCTTTTACCCTCTTCACCGCCATCGTCTCT
CAGTTCTATTACGTTTGCTACTCTCGTGCTAGAGATGCTTACCAGAATCCGTCCTACTAA
AATATGTCATACTTTCACAGCAAGCTACGTTTAGGCTTCAAGAACCATATTCATGTGGGC
AGTGAGTTTGTTTCCGATGTGATGTTAAAGATTTGATGGTTTGTCTTGAGGATGATACAT
TGAGAAGTGATTGTTTCTTGTGACCTAAGTATAGTGTCGCGTCTCGTAATGTATAAGGAG
TAAAAATCATGCTTTTGTATTAAAACAAAAAAACAGAGAAAACATGCTTTGTGAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1EF02TF U 1
AF RR1DJ40TF U 106
AF RR1EF02JQ C 94
AF RR1G485JQ C 487
AF RR1G485TF U 97
BS 1 701 RR1EF02TF
BS 702 846 RR1G485TF
BS 847 897 RR1EF02JQ

RD RR1EF02TF 701 0 0
TTTTTTACTAAACAAACAACATTTATTGTCAATCTTGGTTGCTACCTTCAAAAGAAAGAA
ATAAAGAAAGAAAGATCAACTCATCAGAAAGCTACTTTGAGAGAAAGAGAGTGAGCTCTG
AGAAAATCACCAATGGCTTCGAAGCTTGTAGTCATAATTGTGTTCATCCTCGATCTCGTC
GCCGTTGGTTTAGCCATTGCCGCTGAGCAGAGAAGAAGTGTCGGGAAGGTTGTAACGGAC
ACTGAGAAGACATATGAGTACTGCGTGTACGGCACGGACATTGCTACGAGCTATGGAGCT
GGTGCATTCCTTCTCCTCTTTATAAGCCAAGTCCTTATTATGAGTGCTAGCCGCTGCTTC
TGCTGTGGGAAGTCCCTAACCCCCGGCGGTTCGAGAGCTTGTGCCCTCCTTCTCTTCCTC
ATTTGCTGGGTATTCTTCCTGGTCGCTGAGGTATGTTTGCTTGCGGCATCAATCAGAAAC
GCGTACCACACGAAATACAGGAAGATGTGGAACATCGATAACCCGCCTAGCTGTGAAGTT
ATAAGGAAAGGAGTGTTTGCAGCTGGTGCTGCTTTTACCCTCTTCACCGCCATCGTCTCT
CAGTTCTATTACGTTTGCTACTCTCGTGCTAGAGATGCTTACCAGAATCCGTCCTACTAA
AATATGTCATACTTTCACAGCAAGCTACGTTTAGGCTTCAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1DJ40TF 677 0 0
G
GAGAGTGAGCTCTGAGAAAATCACCAATGGCTTCGAAGCTTGTAGTCATAATTGTGTTCA
TCCTCGATCTCGTCGCCGTTGGTTTAGTCATTGCCGCTGAGCAGAGAAGAAGTGTCGGGA
AGGTTGTAACGGACACTGAGAAGACATATGAGTACTGCGTGTACGGCACGGACATTGCTA
CGAGCTATGGAGCTGGTGCATTCCTTCTCCTCTTTATAAGCCAAGTCCTTATTATGAGTG
CTAGCCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCCCTAACCCCCGGCGGTTCAAGAGCTTGTGCCC
TCCTTCTCTTCCTCATTTGCTGGGTATTCTTCCTGGTCGCCGAGGTATGTTTGCTTGCGG
CATCAATCAGAAACGCGTACCACACGAAATACAGGAAGATGTGGAACATCGATAACCCGC
CGAGCTGTGAAGTTATAAGGAAAGGAGTCTTCGCAGCTGGTGCTGCTTTTACCCTCTTCA
CCGCCATCGTCTCTCAGTTCTATTACGTTTGCTACTCTCGTGCTAGAGATGCTTACCAGA
ATCCGTCCTACTAAAATATGTCATACTTTCACAGCAAGCTACGTTTAGGCTTCAAGAACC
ATATTCATGTGGGCAGTGAGTTTGTTTCCGATGTGATGTTAAAGATTTGATGGTTTGTCT
TGAGGATGATACATTG

QA 2 677 2 677
DS 

RD RR1EF02JQ 804 0 0
ACTTT
GAGAGAAAGAGAGTGAGCTCTGAGAAAATCACCAATGGCTTCGAAGCTTGTAGTCATAAT
TGTGTTCATCCTCGATCTCGTCGCCGTTGGTTTAGCCATTGCCGCTGAGCAGAGAAGAAG
TGTCGGGAAGGTTGTAACGGACACTGAGAAGACATATGAGTACTGCGTGTACGGCACGGA
CATTGCTACGAGCTATGGAGCTGGTGCATTCCTTCTCCTCTTTATAAGCCAAGTCCTTAT
TATGAGTGCTAGCCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCCCTAACCCCCGGCGGTTCGAGAGC
TTGTGCCCTCCTTTTCTTCCTCATTTGCTGGGTATTCTTCCTGGTCGCTGAGGTATGTTT
GCTTGCGGCATCAATCAGAAACGCGTACCACACGAAATACAGGAAGATGTGGAACATCGA
TAACCCGCCTAGCTGTGAAGTTATAAGGAAAGGAGTGTTTGCAGCTGGTGCTGCTTTTAC
CCTCTTCACCGCCATCGTCTCTCAGTTCTATTACGTTTGCTACTCTCGTGCTAGAGATGC
TTACCAGAATCCGTCCTACTAAAATATGTCATACTTTCACAGCAAGCTACGTTTAGGCTT
CAAGAACCATATTCATGTGGGCAGTGAGTTTGTTTCCGATGTGATGTTAAAGATTTGATG
GTTTGTCTTGAGGATGATACATTGAGAAGTGATTGTTTCTTGTGACCTAAGTATAGCGTC
GCGTCTCGTAATGTATAAGGAGTAAAAATCATGCTTTTGTATTAAAACAAAAAAACAGAG
AAAACATGCTTTGTGAATC

QA 6 804 6 804
DS 

RD RR1G485JQ 387 0 0
CACACGAAATACAGGAAGATGTGGAACATCGATAACCCGCCTAGCTGTGAAGTTATAAGG
AAAGGAGTGTTTGCAGCTGGTGCTGCTTTTACCCTCTTCACCGCCATCGTCTCTCAGTTC
TATTACGTTTGCTACTCTCGTGCTAGAGATGCTTACCAGAATCCGTCCTACTAAAATATG
TCATACTTTCACAGCAAGCTACGTTTAGGCTTCAAGAACCATATTCATGTGGGCAGTGAG
TTTGTTTCCGATGTGATGTTAAAGATTTGATGGTTTGTCTTGAGGATGATACATTGAGAA
GTGATTGTTTCTTGTGACCTAAGTATAGTGTCGCGTCTCGTAATGTATAAGGAGTAAAAA
TCATGCTTTTGTATTAAAACAAAAAAA

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR1G485TF 750 0 0
GG
GAGAGAAAGAGAGTGAGCTCTGAGAAAATCACCAATGGCTTCGAAGCTTGTAGTCATAAT
TGTGTTCATCCTCGATCTCGTCGCCGTTGGTTTAGCCATTGCCGCTGAGCAGAGAAGAAG
TGTCGGGAAGGTTGTAACGGACACTGAGAAGACATATGAGTACTGCGTGTACGGCACGGA
CATTGCTACGAGCTATGGAGCTGGTGCATTCCTTCTCCTCTTTATAAGCCAAGTCCTTAT
TATGAGTGCTAGCCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCCCTAACCCCCGGCGGTTCAAGAGC
TTGTGCCCTCCTTCTCTTCCTCATTTGCTGGGTATTCTTCCTGGTCGCTGAGGTATGTTT
GCTTGCGGCATCAATCAGAAACGCGTACCACACGAAATACAGGAAGATGTGGAACATCGA
TAACCCGCCTAGCTGTGAAGTTATAAGGAAAGGAGTGTTTGCAGCTGGTGCTGCTTTTAC
CCTCTTCACCGCCATCGTCTCTCAGTTCTATTACGTTTGCTACTCTCGTGCTAGAGATGC
TTACCAGAATCCGTCCTACTAAAATATGTCATACTTTCACAGCAAGCTACGTTTAGGCTT
CAAGAACCATATTCATGTGGGCAGTGAGTTTGTTTCCGATGTGATGTTAAAGATTTGATG
GTTTGTCTTGAGGATGATACATTGAGAAGTGATTGTTTCTTGTGACCTAAGTATAGTGTC
GCGTCTCGTAATGTATAAGGAGTAAAAA

QA 3 750 3 750
DS 



AS 1 4

CO CL2067Contig1 1038 4 7 U
GATTGATCAAGGGTGCAGGGAGAGCTTTCTCAGCCGGCGGTGATCTAAAGATGTTTTATG
ACGCCCGTGAATCAAAGGATTCTTGCCTTGAGGTTGTTTACCGAATGTACTGGCTTTGCT
ACCATATCCACACATACAAGAAGACACAGGTTTCTCTTGTAAATGGGATATCGATGGGTG
GAGGTGCATCATTGATGGTCCCAATGAAGTTCTCTGTTGTGACAGAGAAAACTGTTTTTG
CAACTCCAGAAGCAAGCATTGGGTTTCACACCGATTGTGGGTTTAGACTCTGGAGACATG
GATGTAGTTCGGTCCACAATTGAAGAGTTCGCCGAGAAAGTAGACCTCGACAAAAACAGC
ATCCTTAACAAGCAGTCGATAATTGATGAGTGTTTCTCAAAAGAAAGTGTGAAGCAGATC
ATACAAGCATTTGAAGCTGAAGGGAGCAAAGAGGGAAATGAGTGGATAACTCCAATCATC
AAAGGTCTCAAACGTTCATCTCCCACAGGGTTGAAAATAACCCTAAGATCGATTCGTGAA
GGTAGGAAACAAACACTGAGTGAGTGCCTCAAGAAGGAGTTTAGAATCACTGTGAATATT
TTGAGGAGCATCATATCACCTGACGTGTATGAGGGTATAAGAGCTCTGACCATAGACAAA
GACAATTCTCCCAAGTGGAATCCAGCGACGTTGGATGAGGTAGCTGAGGAGAAGATCAAC
TTGGTGTTTGAGCCCATGGAGGGTGATATTGAGCTTCTTATCCCTGAAACCGAAGCAAAC
AGGTGGGAAGGCAAATACGAGACTTCAGGTTGTGCCTGAGAGAGTACGATAGTAGAAGAG
AAGAGATGATACTGTATGTTGTTTTCGTTCAACTGCCAAGACTTTATGCAAAACTCCGAA
ACTCCACCTAGTATTTACTGTATTATTTACATAATGTGTTGTTGTCCATGCAGTGATGGT
TTAATAAGGGTTGTTATGTCTGAACAAATTTATGTTTTCATGGTTGTTATTAGTGTCTAA
AATACATATGATCATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU18TF U 1
AF RR1G912JQ C 270
AF RR1GU18JQ C 288
AF RR1DA32TF U 595
BS 1 479 RR1GU18TF
BS 480 595 RR1G912JQ
BS 596 876 RR1DA32TF
BS 877 877 RR1G912JQ
BS 878 915 RR1DA32TF
BS 916 916 RR1G912JQ
BS 917 1038 RR1DA32TF

RD RR1GU18TF 479 0 0
GATTGATCAAGGGTGCAGGGAGAGCTTTCTCAGCCGGCGGTGATCTAAAGATGTTTTATG
ACGCCCGTGAATCAAAGGATTCTTGCCTTGAGGTTGTTTACCGAATGTACTGGCTTTGCT
ACCATATCCACACATACAAGAAGACACAGGTTTCTCTTGTAAATGGGATATCGATGGGTG
GAGGTGCATCATTGATGGTCCCAATGAAGTTCTCTGTTGTGACAGAGAAAACTGTTTTTG
CAACTCCAGAAGCAAGCATTGGGTTTCACACCGATTGTGGGTTTAGACTCTGGAGACATG
GATGTAGTTCGGTCCACAATTGAAGAGTTCGCCGAGAAAGTAGACCTCGACAAAAACAGC
ATCCTTAACAAGCAGTCGATAATTGATGAGTGTTTCTCAAAAGAAAGTGTGAAGCAGATC
ATACAAGCATTTGAAGCTGAAGGGAGCAAAGAGGGAAATGAGTGGATAACTCCAATCAT

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR1G912JQ 713 0 0
AGGGC
TTGTGGGTTTAGACTCTGGAGACATGGATGTAGTTCGGTCCACAATTGAAGAGTTCGCCG
AGAAAGTAGACCTCGACAAAAACAGCATCCTTAACAAGCAGTCGATAATTGATGAGTGTT
TCTCAAAAGAAAGTGTGAAGCAGATCATACAAGCATTTGAAGCTGAAGGGAGCAAAGAGG
GAAATGAGTGGATAACTCCAATCATCAAAGGTCTCAAACGTTCATCTCCCACAGGGTTGA
AAATAACCCTAAGATCGATTCGTGAAGGTAGGAAACAAACACTGAGTGAGTGCCTCAAGA
AGGAGTTTAGAATCACTGTGAATATTTTGAGGAGCATCATATCCCCTGACGTGTATGAGG
GTATAAGAGCTCTGACCATAGACAAAGACAATTCTCCCAAGTGGAATCCAGCGACGTTGG
ATGAGGTAGCTGAGGAGAAGATCAACTTGGTGTTTGAGCCCATGGAGGGTGATATTGAGC
TTCTTATCCCTGAAACCGAAGCAAACAGGTGGGAAGGCAAATACGAGACTTCAGGTTGTG
CCTGAGAGAGTACGATAGTAGAAGAGAAGAGATGATACTGTATGTTGTTTTCGTTCAACT
GCCAAGACTTTATGCAAAACTCCGAAACTCCACCTAGTATTTACTGTATTATTTACATAA
TGTGTTGTTGTCCATGCAGTGATGGTTTAATAAGGGTTGTTATGTCTG

QA 6 713 6 713
DS 

RD RR1GU18JQ 709 0 0
CTCTGGAGACATGGATGTAGTTCGGTCCACAATTGAAGAGTTCGCCGAGAAAGTAGACCT
CGACAAAAACAGCATCCTTAACAAGCAGTCGATAATTGATGAGTGTTTCTCAAAAGAAAG
TGTGAAGCAGATCATACAAGCATTTGAAGCTGAAGGGAGCAAAGAGGGAAATGAGTGGAT
AACTCCAATCATCAAAGGTCTCAAACGTTCATCTCCCACAGGGTTGAAAATAACCCTAAG
ATCGATTCGTGAAGGTAGGAAACAAACACTGAGTGAGTGCCTCAAGAAGGAGTTTAGAAT
CACTGTGAATATTTTGAGGAGCATCATATCACCTGACGTGTATGAGGGTATAAGAGCTCT
GACCATAGACAAAGACAATTCTCCCAAGTGGAATCCAGCGACGTTGGATGAGGTAGCTGA
GGAGAAGATCAACTTGGTGTTTGAGCCCATGGAGGGTGATATTGAGCTTCTTATCCCTGA
AACCGAAGCAAACAGGTGGGAAGGCAAATACGAGACTTCAGGTTGTGCCTGAGAGAGTAC
GATAGTAGAAGAGAAGAGATGATACTGTGTGTTGTTTTCGTTCAACTGCCAAGACTTTAT
GCAAAACTCCGAAACTCCACCTAGTATTTACTGTATTATTTACATAATGTGTTGTTGTCC
ATGCAGTGATGGTTTAATAAGGGTTGTTATGTCTGAACAAATTTATGTT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1DA32TF 444 0 0
G
ATATTTTGAGGAGCATCATATCACCTGACGTGTATGAGGGTATAAGAGCTCTGACCATAG
ACAAAGACAATTCTCCCAAGTGGAATCCAGCGACGTTGGATGAGGTAGCTGAGGAGAAGA
TCAACTTGGTGTTTGAGCCCATGGAGGGTGATATTGAGCTTCTTATCCCTGAAACCGAAG
CAAACAGGTGGGAAGGCAAATACGAGACTTCAGGTTGTGCCTGAGAGAGTACGATAGTAG
AAGAGAAGAGATGATACTGTATGTTGTTTTCGTTCAACTGCTAAGACTTTATGCAAAACT
CCGAAACTCCACCTAGTATTCACTGTATTATTTACATAATGTGTTGTTGTCCATGCAGTG
ATGGTTTAATAAGGGTTGTTATGTCTGAACAAATTTATGTTTTCATGGTTGTTATTAGTG
TCTAAAATACATATGATCATACT

QA 2 444 2 444
DS 



AS 1 5

CO CL2068Contig1 652 5 7 U
GGACAATAACCCTAATTAAAAACCCCAACGACGGAAACCCGCAGGATTGATAAAATAGAT
TTTTGTCCGGTGGAGAAGATGGGAGCTGCAGAAACGGTCGTGGAAGCTGAGAAAGTCGAC
GACTTGCTCGATGCAGCTAGATACAATGATATAGATGATCTCAAAAGCTTGGCTTTTGAT
GGTGTCTCTCTTAACTCTCGCGACTCCCAAGGCCGAACAGCGCTTCATATGGCTGCGGCG
AATGGACATATGAGTATAGTGGAGTATCTCATCAGTCAAGGAGTGGATATTAACGCTCTT
AACGAGGAGAACAATGCTCCTCTGCATTGGGCTTGTTTGAATGGACATATCGAGGTTGTG
AAGAAAATGATCTTGGCTGGAGCCAGTCTTAGTCTTTTGAACCGGTACGAGCGGACTCCC
ATGGACGAAGCTATTGGTGCAGGGAAGATGGAGATTATAGATGCTATCAACACCACTGTT
GCACAAATGGAACTTGAAAACACCCATGTCGCCTGACTTTAAATGGCTGTCTTCATAAAA
TGCTTGTTCTCTCTCTGTAGTTTTCAGCATAGTTTTTGTTATGTGGAAGTTTTTGCGTTG
TTATTTGTAGACTGATGGTTAGAACTGGAATCATCTGAATTCGAATTCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1CC75JQ C 1
AF RR1ED30TF U 6
AF RR1CC75TF U 14
AF RR1CN27JQ C 1
AF RR1CN27TF U 1
BS 1 7 RR1CC75JQ
BS 8 147 RR1ED30TF
BS 148 148 RR1CC75TF
BS 149 209 RR1ED30TF
BS 210 210 RR1CC75TF
BS 211 644 RR1ED30TF
BS 645 652 RR1CN27TF

RD RR1CC75JQ 652 0 0
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TTTTGTCCGGTGGAGAAGATGGGAGCTGCAGAAACGGTCGTGGAAGCTGAGAAAGTCGAC
GACTTGCTCGATGCAGCTAGATACAATGATATAGATGATCTCAAAAGCTTGGCTTTTGAT
GGTGTCTCTCTTAACTCTCGCGACTCCCAAGGCCGAACAGCGCTTCATATGGCTGCGGCG
AATGGACATATGAGTATAGTGGAGTATCTCATCAGTCAAGGAGTGGATATTAACGCTCTT
AACGAGGAGAACAATGCTCCTCTGCATTGGGCTTGTTTGAATGGACATATCGAGGTTGTG
AAGAAAATGATCTTGGCTGGAGCCAGTCTTAGTCTTTTGAACCGGTACGAGCGGACTCCC
ATGGACGAAGCTATTGGTGCAGGGAAGATGGAGATTATAGATGCTATCAACACCACTGTT
GCACAAATGGAACTTGAAAACACCCATGTCGCCTGACTTTAAATGGCTGTCTTCATAAAA
TGCTTGTTCTCTCTCTGTAGTTTTCAGCATAGTTTTTGTTATGTGGAAGTTTTTGCGTTG
TTATTTGTAGACTGATGGTTAGAACTGGAATCATCTGAATTCGAATTCCACC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1ED30TF 639 0 0
GG
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CGGTGGAGAAGATGGGAGCTGCAGAAACGGTCGTGGAAGCTGAGAAAGTCGACGACTTGC
TCGATGCAGCTAGATACAATTATATAGATGATCTCAAAAGCTTGGCTTTTGATGGTGTCT
CTCTTAACTCTCGCGACTCCCAGGGCCGAACAGCGCTTCATATGGCTGCGGCGAATGGAC
ATATGAGTATAGTGGAGTATCTCATCAGTCAAGGAGTGGATATTAACGCTCTTAACGAGG
AGAACAATGCTCCTCTGCATTGGGCTTGTTTGAATGGACATATCGAGGTTGTGAAGAAAA
TGATCTTGGCTGGAGCCAGTCTTAGTCTTTTGAACCGGTACGAGCGGACTCCCATGGACG
AAGCTATTGGTGCAGGGAAGATGGAGATTATAGATGCTATCAACACCACTGTTGCACAAA
TGGAACTTGAAAACACCCATGTCGCCTGACTTTAAATGGCTGTCTTCATAAAATGCTTGT
TCTCTCTCTGTAGTTTTCAGCATAGTTTTTGTTATGTGGAAGTTTTTGCGTTGTTATTTG
TAGACTGATGGTTAGAACTGGAATCATCTGAATTCGA

QA 3 639 3 639
DS 

RD RR1CC75TF 631 0 0
AATTAAAAACCCCAACGACGGAAACCCGCAGGATTGATAAAATAGATTTTTGTCCGGTGG
AGAAGATGGGAGCTGCAGAAACGGTCGTGGAAGCTGAGAAAGTCGACGACTTGCTCGATG
CAGCTAGATACAATGATATAGATGATCTCAAAAGCTTGGCTTTTGATGGTGTCTCTCTTA
ACTCTCGCGACTCCCAAGGCCGAACAGCGCTTCATATGGCTGCGGCGAATGGACATATGA
GTATAGTGGAGTATCTCATCAGTCAAGGAGTGGATATTAACGCTCTTAACGAGGAGAACA
ATGCTCCTCTGCATTGGGCTTGTTTGAATGGACATATCGAGGTTGTGAAGAAAATGATCT
TGGCTGGAGCCAGTCTTAGTCTTTTGAACCGGTACGAGCGGACTCCCATGGACGAAGCTA
TTGGTGCAGGGAAGATGGAGATTATAGATGCTATCAACACCACTGTTGCACAAATGGAAC
TTGAAAACACCCATGTCGCCTGACTTTAAATGGCTGTCTTCATAAAATGCTTGTTCTCTC
TCTGTAGTTTTCAGCATAGTTTTTGTTATGTGGAAGTTTTTGCGTTGTTATTTGTAGACT
GATGGTTAGAACTGGAATCATCTGAATTCGA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1CN27JQ 652 0 0
GGACAAT
AACCCTAATTAAAAACCCCAACGACGGAAACCCGCAGGATTGATAAAATAGATTTTTGTC
CGGTGGAGAAGATGGGAGCTGCAGAAACGGTCGTGGAAGCTGAGAAAGTCGACGACTTGC
TCGATGCAGCTAGATACAATGATATAGATGATCTCAAAAGCTTGGCTTTTGATGGTGTCT
CTCTTAACTCTCGCGACTCCCAAGGCCGAACAGCGCTTCATATGGCTGCGGCGAATGGAC
ATATGAGTATAGTGGAGTATCTCATCAGTCAAGGAGTGGATATTAACGCTCTTAACGAGG
AGAACAATGCTCCTCTGCATTGGGCTTGTTTGAATGGACATATCGAGGTTGTGAAGAAAA
TGATCTTGGCTGGAGCCAGTCTTAGTCTTTTGAACCGGTACGAGCGGACTCCCATGGACG
AAGCTATTGGTGCAGGGAAGATGGAGATTATAGATGCTATCAACACCACTGTTGCACAAA
TGGAACTTGAAAACACCCATGTCGCCTGACTTTAAATGGCTGTCTTCATAAAATGCTTGT
TCTCTCTCTGTAGTTTTCAGCATAGTTTTTGTTATGTGGAAGTTTTTGCGTTGTTATTTG
TAGACTGATGGTTAGAACTGGAATCATCTGAATTCGAATTCCACC

QA 8 652 8 652
DS 

RD RR1CN27TF 652 0 0
GGACAAT
AACCCTAATTAAAAACCCCAACGACGGAAACCCGCAGGATTGATAAAATAGATTTTTGTC
CGGTGGAGAAGATGGGAGCTGCAGAAACGGTCGTGGAAGCTGAGAAAGTCGACGACTTGC
TCGATGCAGCTAGATACAATGATATAGATGATCTCAAAAGCTTGGCTTTTGATGGTGTCT
CTCTTAACTCTCGCGACTCCCAAGGCCGAACAGCGCTTCATATGGCTGCGGCGAATGGAC
ATATGAGTATAGTGGAGTATCTCATCAGTCAAGGAGTGGATATTAACGCTCTTAACGAGG
AGAACAATGCTCCTCTGCATTGGGCTTGTTTGAATGGACATATCGAGGTTGTGAAGAAAA
TGATCTTGGCTGGAGCCAGTCTTAGTCTTTTGAACCGGTACGAGCGGACTCCCATGGACG
AAGCTATTGGTGCAGGGAAGATGGAGATTATAGATGCTATCAACACCACTGTTGCACAAA
TGGAACTTGAAAACACCCATGTCGCCTGACTTTAAATGGCTGTCTTCATAAAATGCTTGT
TCTCTCTCTGTAGTTTTCAGCATAGTTTTTGTTATGTGGAAGTTTTTGCGTTGTTATTTG
TAGACTGATGGTTAGAACTGGAATCATCTGAATTCGAATTCCACC

QA 8 652 8 652
DS 



AS 2 4

CO CL2069Contig1 750 2 1 U
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CTTTCGTTTCCGATTCGAGCAGAGTTCGTCGTGTCCAGGAGAAAAAAAAATGTCGGATGT
TCCTCGAAAGGGTGGGTTCAGCTTCGATCTGTACAAGCGAAACGATATGCTTATACAAAA
GGGTCTTAAAGCTCCCTCCTTTTTGAAGACCGGAACCACCATCGTCGGTTTGATCTTCAA
GGATGGTGTGATACTAGGTGCGGATACGCGAGCAACTGAAGGGCCTATTGTTGCTGATAA
GAATTGTGAGAAAATTCACTACATGGCTCCAAACATTTATTGTTGTGGTGCTGGAACCGC
TGCTGACACTGAAGCTGTCACTGATATGGTCAGCTCACAGCTGCGGTTGCATCGTTACCA
GACTGGCCGAGACTCTCGGGTTATTACTGCCTTGACCCTTCTCAAAAAACACCTTTTCAG
CTATCAAGGTCATGTCTCAGCTGCTCTCGTCCTTGGTGGAGTTGACATCACTGGTCCTCA
TCTTCATACTATATACCCACACGGTTCAACGGACACTCTACCATTCGCCACAATGGGTTC
TGGGTCTCTTGCTGCTATGTCTGTGTTTGAGGCAAAGTACAAAGAAAGTCTAACTAGGGA
TGAAGGATTAAGCTGGTCGCTGAGCCATTTGCTCTGGTATATTCACGACCTGGTAGTGGT
AGCACGTGGACATCTGCGTATCACTAAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ21TF U 7
AF RR1EL54TF U 1
BS 1 750 RR1EL54TF

RD RR1EZ21TF 656 0 0
GGGAAGCA
AAAAAAAAAAAAAAAGCTCTAGCTCTCTCTTTCCCGTCGTCTTCTACTTTCGTTTCCGAT
TCGAGCAGAGTTCGTCGTGTCCAGGAGAAAAAAAAATGTCGGATGTTCCTCGAAAGGGTG
GGTTCAGCTTCGATCTGTGCAAGCGAAACGATATGCTTATACAAAAGGGTCTTAAAGCTC
CCTCCTTTTTGAAGACCGGAACCACCATCGTCGGTTTGATCTTCAAGGATGGTGTGATAC
TAGGTGCGGATACGCGAGCAACTGAAGGGCCTATTGTTGCTGATAAGAATTGTGAGAAAA
TTCACTACATGGCTCCAAACATTTATTGTTGTGGTGCTGGAACCGCTGCTGACACTGAAG
CTGTCACTGATATGGTCAGCTCACAGCTGCGGTTGCATCGTTACCAGACTGGCCGAGACT
CTCGGGTTATTACTGCCTTGACCCTTCTCAAAAAACACCTTTTCAGCTATCAAGGTCATG
TCTCAGCTGCTCTCGTCCTTGGTGGAGTTGACATCACTGGTCCTCATCTTCATACTATAT
ACCCACACGGTTCAACGGACACTCTACCATTCGCCACAATGGGTTCTGGGTCTCTTGCTG
CTATGTCTGTGTTTGAGGCAAAGTACAAAGAAAGTCTAACTAGGGATG

QA 9 656 9 656
DS 

RD RR1EL54TF 750 0 0
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CTTTCGTTTCCGATTCGAGCAGAGTTCGTCGTGTCCAGGAGAAAAAAAAATGTCGGATGT
TCCTCGAAAGGGTGGGTTCAGCTTCGATCTGTACAAGCGAAACGATATGCTTATACAAAA
GGGTCTTAAAGCTCCCTCCTTTTTGAAGACCGGAACCACCATCGTCGGTTTGATCTTCAA
GGATGGTGTGATACTAGGTGCGGATACGCGAGCAACTGAAGGGCCTATTGTTGCTGATAA
GAATTGTGAGAAAATTCACTACATGGCTCCAAACATTTATTGTTGTGGTGCTGGAACCGC
TGCTGACACTGAAGCTGTCACTGATATGGTCAGCTCACAGCTGCGGTTGCATCGTTACCA
GACTGGCCGAGACTCTCGGGTTATTACTGCCTTGACCCTTCTCAAAAAACACCTTTTCAG
CTATCAAGGTCATGTCTCAGCTGCTCTCGTCCTTGGTGGAGTTGACATCACTGGTCCTCA
TCTTCATACTATATACCCACACGGTTCAACGGACACTCTACCATTCGCCACAATGGGTTC
TGGGTCTCTTGCTGCTATGTCTGTGTTTGAGGCAAAGTACAAAGAAAGTCTAACTAGGGA
TGAAGGATTAAGCTGGTCGCTGAGCCATTTGCTCTGGTATATTCACGACCTGGTAGTGGT
AGCACGTGGACATCTGCGTATCACTAAGGG

QA 1 750 1 750
DS 



CO CL2069Contig2 842 2 10 U
GGTAGACAATGCGGAATGATTCGATTCGATTTGGAAATGTAATTAGCTTTTAAGAAAATT
TCTGAGTCTCACGAGAGTGGAATACTAGAAAGATGGGACAGAGCCACAAGATTTGGGATG
ATCCATAAAACATTTCATTGGTAAAGAAAGACAAGACTGATATGTCTCACGCACACTTCG
CTCTTCATTTACTCTTCCATAGCTTCACCCACTTCTGTAATTTCAACTCGCTCCATCAAT
GGGGTGATATTGGTGCGAAGAACCTCGGTTTTCTTGGTGAACGAATAGCCTTTGCTGCTG
ACATAGGTTCTTGGGTTTGGTTCCATGTAGTTCCTCAAATATTCCTTGTTCCCCTTAGTG
ATAACGCAGATGTCCACGTTGCTACCACTACCCAGGTCGTTGAATATACCAAAGCAAATG
GCCTCAGCGACCAGCTTAATTCCTTCATCCCTAGTTAGACCTTCTTTGTACTTTGCCTCA
AACACAGACATAGCAGCAAGAGACCCAGAACCCATTGTGGCGAATGGTAGAGTGTCCGTT
GAACCGTGTGGGTATATAGTATGAAGATGAGGACCAGTGATGTCAACTCCACCAAGGACG
AGAGCAGCTGAGACATGACCTTGATAGCTGAAAAGGTGTTTTTTGAGAAGGGTCAAGGCA
GTAATAACCCGAGAGTCTCGGCCAGTCTGGTAACGATGCAACCGCAGCTGTGAGCTGACC
ATATCAGAGACAGCTTCAGTGTCAGCAGCGGTTCCAGCACCACAACAATAAATGTTTGGA
GCCATGTAGTGAATTTTCTCACAATTCTTATCAGCAACAATAGGCCCTTCAGTTGCTCGC
GT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1EZ21JQ U 1
AF RR1AY48JQ U 40
BS 1 248 RR1EZ21JQ
BS 249 249 RR1AY48JQ
BS 250 337 RR1EZ21JQ
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BS 339 411 RR1EZ21JQ
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BS 413 727 RR1EZ21JQ
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BS 729 780 RR1EZ21JQ
BS 781 842 RR1AY48JQ

RD RR1EZ21JQ 780 0 0
GGTAGACAATGCGGAATGATTCGATTCGATTTGGAAATGTAATTAGCTTTTAAGAAAATT
TCTGAGTCTCACGAGAGTGGAATACTAGAAAGATGGGACAGAGCCACAAGATTTGGGATG
ATCCATAAAACATTTCATTGGTAAAGAAAGACAAGACTGATATGTCTCACGCACACTTCG
CTCTTCATTTACTCTTCCATAGCTTCACCCACTTCTGTAATTTCAACTCGCTCCATCAAT
GGGGTGATCTTGGTGCGAAGAACCTCGGTTTTCTTGGTGAACGAATAGCCTTTGCTGCTG
ACATAGGTTCTTGGGTTTGGTTCCATGTAGTTCCTCAGATATTCCTTGTTCCCCTTAGTG
ATAACGCAGATGTCCACGTTGCTACCACTACCCAGGTCGTTGAATATACCAGAGCAAATG
GCCTCAGCGACCAGCTTAATTCCTTCATCCCTAGTTAGACCTTCTTTGTACTTTGCCTCA
AACACAGACATAGCAGCAAGAGACCCAGAACCCATTGTGGCGAATGGTAGAGTGTCCGTT
GAACCGTGTGGGTATATAGTATGAAGATGAGGACCAGTGATGTCAACTCCACCAAGGACG
AGAGCAGCTGAGACATGACCTTGATAGCTGAAAAGGTGTTTTTTGAGAAGGGTCAAGGCA
GTAATAACCCGAGAGTCTCGGCCAGTCTGGTAACGATGCAACCGCAGCTGTGAGCTGACC
ATATCAGTGACAGCTTCAGTGTCAGCAGCGGTTCCAGCACCACAACAATAAATGTTTGGA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1AY48JQ 803 0 0
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AGAGCCACAAGATTTGGGATGATCCATAAAACATTTCATTGGTAAAGAAAGACAAGACTG
ATATGTCTCACGCACACTTCGCTCTTCATTTACTCTTCCATAGCTTCACCCACTTCTGTA
ATTTCAACTCGCTCCATCAATGGGGTGATATTGGTGCGAAGAACCTCGGTTTTCTTGGTG
AACGAATAGCCTTTGCTGCTGACATAGGTTCTTGGGTTTGGTTCCATGTAGTTCCTCAAA
TATTCCTTGTTCCCCTTAGTGATAACGCAGATGTCCACGTTGCTACCACTACCCAGGTCG
TTGAATATACCAAAGCAAATGGCCTCAGCGACCAGCTTAATTCCTTCATCCCTAGTTAGA
CCTTCTTTGTACTTTGCCTCAAACACAGACATAGCAGCAAGAGACCCAGAACCCATTGTG
GCGAATGGTAGAGTGTCCGTTGAACCGTGTGGGTATATAGTATGAAGATGAGGACCAGTG
ATGTCAACTCCACCAAGGACGAGAGCAGCTGAGGCATGACCTTGATAGCTGAAAAGGTGT
TTTTTGAGAAGGGTCAAGGCAGTAATAACCCGAGAGTCTCGGCCAGTCTGGTAACGATGC
AACCGCAGCTGTGAGCTGACCATATCAGAGACAGCTTCAGTGTCAGCAGCGGTTCCAGCA
CCACAACAATAAATGTTTGGAGCCATGTAGTGAATTTTCTCACAATTCTTATCAGCAACA
ATAGGCCCTTCAGTTGCTCGCGT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

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CATACTGGGTTCTCTACGCAATCATCTCCCTCTTCGAACTCATTTTCTCCAAACTTCTCG
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AGTTTAACGGAGCAGAACATGTCTACAGACATTTCATCAGGCCATTCTACATGAACCCTC
AAAGAGCTTCCACCAATATTTGGTACGTTCCTCAGAAGAAGCTCAACTTCTTTCCGAAAC
GTGACGACGACGATATCCTCACTGCTGCTGAGAAGTACATGGAGAAACACGGCACCGACG
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GAGGAGGAAGCAATAACTACATGATCTTTGATGATGATTATAGGTACTAAGTTTACCATG
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ATATCATATGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H302TF U 1
AF RR1H302JQ C 276
BS 1 717 RR1H302TF
BS 718 718 RR1H302JQ
BS 719 765 RR1H302TF
BS 766 766 RR1H302JQ
BS 767 775 RR1H302TF
BS 776 792 RR1H302JQ

RD RR1H302TF 790 0 0
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AAGTTCTCATCAAGAACTTCGATGTTCTTGCTCTCCCATTGGTCGCTCTCGTCTACCCTC
TGTATGCATCAGTGAAAGCAATAGAGACAAAATCATTAGCAGAAGACGAGCAATGGCTCA
CATACTGGGTTCTCTACGCAATCATCTCCCTCTTCGAACTCATTTTCTCCAAACTTCTCG
AATTGTTTCCGATATGGCCGTTCTTGAAGCTGGTGGGGATATGCTGGCTAGTGCTGCCAC
AGTTTAACGGAGCAGAACATGTCTACAGACATTTCATCAGGCCATTCTACATGAACCCTC
AAAGAGCTTCCACCAATATTTGGTACGTTCCTCAGAAGAAGCTCAACTTCTTTCCGAAAC
GTGACGACGACGATATCCTCACTGCTGCTGAGAAGTACATGGAGAAACACGGCACCGACG
CATTTGAACGAACGATCGTCAGGAAGGATAGTTATGAAAGAGGGAGGAGAGGAGGAGGAG
GAGGAGGAAGCAATAACTACATGATCTTTGATGATGATTATAGGTACTAAGTTTACCATG
TTTCCTGTGGTTTTGATCGGTCACTGATCTGCTCTTAAACCTGTTTGGCTACATTATTCA
GTTTGTAAGCTGGGCTGTGTGACTTTTGTTTATCTCTATGACTTAAATAATTGTCAG*AT
TATGTCTAAGCTTCATCCTTATGTAGAGATATGTGTCGCATGTTT*GTGTGAGTA
TAGATATCATATGCC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1H302JQ 517 0 0
GGGATATGCTGGCTAGTGCTGCCACAGTTTAACGGAGCAGAACATGTCTACAGACATTTC
ATCAGGCCATTCTACATGAACCCTCAAAGAGCTTCCACCAATATTTGGTACGTTCCTCAG
AAGAAGCTCAACTTCTTTCCGAAACGTGACGACGACGATATCCTCACTGCTGCTGAGAAG
TACATGGAGAAACACGGCACCGACGCATTTGAACGAACGATCGTCAGGAAGGATAGTTAT
GAAAGAGGGAGGAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGCAATAACTACATGATCTTTGATGAT
GATTATAGGTACTAAGTTTACCATGTTTCCTGTGGTTTTGATCGGTCACTGATCTGCTCT
TAAACCTGTTTGGCTACATTATTCAGTTTGTAAGCTGGGCTGTGTGACTTTTGTTTATCT
CTATGACTTAAATAATTGTCAGGATTATGTTTAAGCTTCATCCTTATGTAGAGATATGTG
TCGCATGTTTTGTGTGAGTAATAGAATATCATATGCC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 5

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AGGAACAGAAGAAGGTGACGGAGAACGTTCCTACCGTGTCTGAACCAACTCCATCAGCGC
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CTCCACCACCAGTTCTTCCATCTCCGGCGCCTGCAGAGGAGAAGCTAGAGGACTCCAAGG
CTATTGTTCCCATCGTCGCAAAGGAAGCAGGGGAAGAAAAGAAAGAAGGTTCGGTTAATC
GAGATGCGGTCCTGGCTAGAGTTGAGACAGAGAAGAGGATGTCACTTATCAAAGCTTGGG
AAGAGGCTGAGAAGTGCAAAGTGGAGAACAAAGCTGAGAAGAAACTTTCTTCAATTGAGT
CATGGGAGAACAACAAGAAAGCAGCAGTGGAAGCTGAGCTCAAGAAACTGGAGGAACAAT
TGGAGAAGAAGAAGGCAGAGTATGTGGAGCAAATGAAGAACAAAATAGCTCAAATTCACA
AACAGGCAGAAGAGAAGAGGGCCATGATCGAAGCTAGACGTGGTGAAGAGGTTCTCAAAG
CCGAGGAATTAGCTGCCAAGTACCGTGCCACTGGAACGGCACCTAAAAAGCTATTTGGAT
GCATGTGATTTATATATCATACATCAATGGGAAGACATAAACTGAATCTGGTGTTGCTGT
AATGG*TTTTTTTTCAATTTATTTTCATTGTATTATTTAACTAGATGATAACCGTGAACT
TTTTTTTAAATATGTTGTATCTAAATAAATAATACATTTTTTTGTTGTC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1DJ47TF U 44
AF RR1FC08TF U 1
AF RR1CQ12TF U 1
AF RR1FC08JQ C 133
AF RR1DJ47JQ C 202
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AGCTATTTGGATGCATGTGATTTATATATCATACATCAATGGGAAGACATAAACTGAATC
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TCAAT

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CT

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AATGG*TTTTTTTTCAATTTATTTTCATTGTATTATTTAACTAGATGATAACCGTGAACT
TTT

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TGTTGTATCTAAATAAATAATACATTTTTTTGTTG
CC

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TTTTCATTGTATTATTTAACTAGATGATAACCGTGAACTTTTTTTTAAATATGTTGTATC
TAAATAAATAATACATTTTTTTGTTGTC

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DS 



AS 1 5

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ACTTTTTAATC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA43TF U 1
AF RR1C843TF U 1
AF RR1AH27TF U 1
AF RR1AS02TF U 1
AF RR1AS02JQ C 409
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RD RR1C843TF 698 0 0
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GGTCCCATTCAACTTTCTTGGAATTACAATTACGGTCAGGCGGGTCGAGCATTGGGTTTT
GACGGTTTACGTAACCCGGAAAGTGTAGCCAACAACTCCGTTTTAGCATTCAAAACAGCT
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CGGTACAGACCTACCAAAGCAGATATAGCAGCAA
CCGG

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DS 

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ATCCACAAGGAAAACAACGCATGCCCTGCAAAAGGTTTCTACCCCTACGAAGCATTCGTG
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C

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DS 

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DS 



AS 1 5

CO CL2073Contig1 1543 5 8 U
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC01TF U 1
AF RR1AN39TF U 1
AF RR1D611TF U 687
AF RR1D611JQ C 951
AF RR1CV17TF U 1304
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RD RR1BC01TF 614 0 0
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ATACGTACGTCAAGCGCTACCATCGATTGAGATGTCTCTTGAAACGTTTCCTTCACCTTC
TGGTCATAATGTTCCTGAACAGGTTCATCTAACGCAAGGAGACCATGACGGACGTGCCAT
GATCGTCTCGTGGGTGACACCGTTAAACCTAGCTGGTTCCAACGTCGTTACTTACTGGAT
CGCCAGTAACAACAGCGACGTGAAGCCTGCGAAGAAGAAATCTCATGGTTCAACGTCCTC
TTACAGATACTATGACTACGTTTCTGGTTTTCTTCACCACGCCACCATTAAAGGACTCGA
GTATGATACTAAGTACATCTATGAGGTTGGTACCCATAAATCCGTTAGACAGTTTCACTT
CACGACTCCTCCCATGGTTGGACCTGATGTTCCCTACACATTCGGGATTATTGGTGATCT
TGGACAAACCTATGCTTCAAACGAGACATTGTACCATTACATGTCGAACCCTAAACGCCA
AGCAGTTCTCTTTG

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1AN39TF 819 0 0
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CCTACTCTCCCTCGTTCTTCTGAGCATCAACACTTTAATCAATGCTGGATTAACCAGCAA
ATACGTACGTCAAGCGCTACCATCGATTGAGATGTCTCTTGAAACGTTTCCTTCACCTTC
TGGTCATAATGTTCCTGAACAGGTTCATCTAACGCAAGGAGACCATGACGGACGTGCCAT
GATCGTCTCGTGGGTGACACCGTTAAACCTAGCTGGTTCCAACGTCGTTACTTACTGGAT
CGCCAGTAACAACAGCGACGTGAAGCCTGCGAAGAAGAAATCTCATGGTTCAACGTCCTC
TTACAGATACTATGACTACGTTTCTGGTTTTCTTCACCACGCCACCATTAAAGGACTCGA
GTATGATACTAAGTACATCTATGAGGTTGGTACCCATAAATCCGTTAGACAGTTTCACTT
CACGACTCCTCCCATGGTTGGACCTGATGTTCCCTACACATTCGGGATTATTGGTGATCT
TGGACAAACCTATGCTTCAAACGAGACATTGTACCATTACATGTCGAACCCTAAAGGCCA
AGCAGTTCTCTTTGCCGGAGACTTGTCTTACGCAGACGACCATCCAAACCATGACCAGAG
AAAGTGGGATACATGGGGAAGATTCATGGAGCCTTGCGCTGCTTACCAGCCATTTATCTA
TGCCGCTGGGAATCACGAGATAGATTTCGCTCCGGAGATTGATGAGACTCACCCCTTCAA
GCCTTACATGCACCGTTACACTAACTCCTACAAAGCCTC

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR1D611TF 657 0 0
G
GGAGCCTTGCGCTGCTTACCAGCCATTTATCTATGCCGCTGGGAATCACGAGATAGATTT
CGCTCCGGAGATTGATGAGACTCACCCCTTCAAGCCTTACATGCACCGTTACACTAACTC
CTACAAAGCCTCAGGGAGCATATCTCCACTTTGGTACTCAGTCAGACGTGGCCCTGCTCA
CATCATCGTCCTTTCCTCTTACTCTGCCTATGGCAAATACACACCACAATACTTGTGGCT
GGAGCAAGAGCTGAAGAACGTGAACAGAGAGGAGACTCCGTGGTTGATTGTCATGGTTCA
TTCGCCGTGGTACAACAGCAACAACTACCATTACATGGAAGGTGAGAGTATGAGGATTAT
GTTTGAGTCGTGGCTTGTTAACAGCAAAGTTGACTTGGTCTTGGCTGGTCATGTCCATGC
CTATGAGAGATCCGAACGTTTCTCCAATATTAAGTACAACATCACCAATGGCTTGAGTAC
CCCTGTGAAAGATCTTACTGCTCCAATGTACATCACTATTGGAGATGGAGGAAACATTGA
AGGAATCGCAAACAGCTACACTGACCCACAACCAAGCTACTCAGCGTATAGAGAAGCTAG
TTTCGGTCACGCTCTCTTGGAGATTAAGAACAAGACCCATGCGCTTTACACTTGGC

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR1D611JQ 593 0 0
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ACTACCATTACATGGAAGGTGAGAGTATGAGGATTATGTTTGAGTCGTGGCTTGTTAACA
GCAAAGTTGACTTGGTCTTGGCTGGTCATGTCCATGCCTATGAGAGATCCGAACGTTTCT
CCAATATTAAGTACAACATCACCAATGGCTTGAGTACCCCTGTGAAAGATCTTACTGCTC
CAATGTACATCACTATTGGAGATGGAGGAAACATTGAAGGAATCGCAAACAGCTACACTG
ACCCACAACCAAGCTACTCAGCGTATAGAGAAGCTAGTTTCGGTCACGCTCTCTTGGAGA
TTAAGAACAAGACCCATGCGCTTTACACTTGGCATAGGAACCAAGACAATGAACCCGTCG
CAGCTGATTCTGTCATGTTGTATAACCGATACAATTTACAGACCGATGAGTAGTTTGAGT
GTCTAAGTTCTTGTTTTTTTGTTATTTGATTTAGGATTTTATTTGTTTTCTCTGATTTTC
TGTTTCGATTTGTTTTTTCATCAGATTTAATAAGATTGCGTTAGATTTTCTCC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1CV17TF 234 0 0
TTGGAGATTAAGAACAAGACCCATGCGCTTTACACTTGGCATAGGAACCAAGACAATGAG
CCCGTCGCAGCTGATTCTGTCATGTTGTATAACCGATACAATTTACAGACCGATGAGTAG
TTTGAATGTCTAAGTTCTTGTTTTTTTGTTATTTGATTTAGGATTTTATTTGTTTTCTCT
GATTTTCTGTTTCGATTTGTTTTTTCATCAGATTTAATAAGATTGCGTTAGATT

QA 1 234 1 234
DS 



AS 1 5

CO CL2074Contig1 771 5 8 U
GGGTGCCACTCTTCACACCCCTACTTCTTTCTGACTGACGGTGGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGCTATCCCGCCATTAGTGAACCGCAACATCCCTTCTTTCTCTCTACTTGGCCT
CGCCGCCGGTGTTAGAAGCAAAAAGAATCCTTTCGCTCTAAAAATTGACGAAATTGCAGT
GTCAAGGGAAGAGAACGTTACTTACTGCAACCTCTTCACCGGTCTTATAAATCTATGATT
AATGCAAATTCAAATGAGTAGGACTCATCTCCCTGAAGTTGAGAAATCTAAAGCTCCTCC
TCAAACTAATTGGTCAGAACATGTAAAGGCGCTCGGTGCTCCATCCTCCGTTACTAAGCA
TCTCAGCTCCAGTTTCCTTTACGCTCTAGAAAGTCAGAAGCCCAGAGGGTGCAGAGATCT
GGCTGCAAGGTCAATTGCGTTTCCCAGTGTGAATGCGCATACTTTGGCCGCCGCGCACCC
GCAAATTGACAAGGCTTGGCGTGTTCTTTCAAATCTCTCAATAAATAAGACCTACCTAAG
ACCTTGAATCACTCCCCCGGTTGATGAGAGTTGCACCAATGGCTCATATTCTGCAAGAGA
GAGGTCCACTGTGAAAGTTACATCTAGCACTCGTTGAAACTTTTTGACTTCAGTTCATAT
GTTTTTACTCTCCATCTGTTCCACCGTGCATAAACTTTTGTTTTTAGCCGTTACTTAGCA
TTGCCACTTCTTTATTTAACTGATGATACATTTTCTCCTGCATTGTCAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK54TF U 1
AF RR1AE56JQ C 15
AF RR1CK54JQ C 414
AF RR1AE56TF U 15
AF RR1C072TF U 83
BS 1 63 RR1CK54TF
BS 64 67 RR1AE56TF
BS 68 195 RR1CK54TF
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BS 339 761 RR1CK54TF
BS 762 771 RR1C072TF

RD RR1CK54TF 761 0 0
GGGTGCCACTCTTCACACCCCTACTTCTTTCTGACTGACGGTGGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGA****GCTATCCCGCCATTAGTGAACCGCAACATCCCTTCTTTCTCTCTACTTGGCCT
CGCCGCCGGTGTTAGAAGCAAAAAGAATCCTTTCGCTCTAAAAATTGACGAAATTGCAGT
GTCAAGGGAAGAGAAAGTTACTTACTGCAACCTCTTCACCGGTCTTATAAATCTATGATT
AATGCAAATTCAAATGAGTAGGACTCATCTCCCTGAAGTTGAGAAATCTAAAGCTCCTCC
TCAAACTAATTGGTCAGAACATGTAAAGGCGCTCGGTACTCCATCCTCCGTTACTAAGCA
TCTCAGCTCCAGTTTCCTTTACGCTCTAGAAAGTCAGAAGCCCAGAGGGTGCAGAGATCT
GGCTGCAAGGTCAATTGCGTTTCCCAGTGTGAATGCGCATACTTTGGCCGCCGCGCACCC
GCAAATTGACAAGGCTTGGCGTGTTCTTTCAAATCTCTCAATAAATAAGACCTACCTAAG
ACCTTGAATCACTCCCCCGGTTGATGAGAGTTGCACCAATGGCTCATATTCTGCAAGAGA
GAGGTCCACTGTGAAAGTTACATCTAGCACTCGTTGAAACTTTTTGACTTCAGTTCATAT
GTTTTTACTCTCCATCTGTTCCACCGTGCATAAACTTTTGTTTTTAGCCGTTACTTAGCA
TTGCCACTTCTTTATTTAACTGATGATACATTTTCTCCTGC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1AE56JQ 747 0 0
GG
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AGCAAAAAGAATCCTTTCGCTCTAAAAATTGACGAAATTGCAGTGTCAAGGGAAGAGAAC
GTTACTTACTGCAACCTCTTCACCGGTCTTATAAATCTATGATTAATGCAAATTCAAATG
AGTAGGACTCATCTCCCTGAAGTTGAGAAATCTAAAGCTCCTCCTCAAACTAATTGGTCA
GAACATGTAAAGGCGCTCGGTGCTCCATCCTCCGTTACTAAGCATTTCAGCTCCAGTTTC
CTTTACGCTCTAGAAAGTCAGAAGCCCAGAGGGTGCAGAGATCTGGCTGCAAGGTCAATC
GCGTTTCCCAGTGTGAATGCGCATACTTTGGCCGCCGCGCACCCGCAAATTGACAAGGCT
TGGCGTGTTCTTTCAAATCTCTCAATAAATAAGACCTACCTAAGACCTTGAATCACTCCC
CCGGTTGATGAGAGTTGCACCAATGGCTCATATTCTGCAAGAGAGAGGTCCACTGTGAAA
GTTACATCTAGCACTCGTTGAAACTTTTTGACTTCAGTTCATATGTTTTTACTCTCCATC
TGTTCCACCGTGCATAAACTTTTGTTTTTAGCCGTTACTTAGCATTGCCACTTCTTTATT
TAACTGATGATACATTTTCTCCTGC

QA 3 747 3 747
DS 

RD RR1CK54JQ 348 0 0
GAGATCTGGCTGCAAGGTCAATTGCGTTTCCCAGTGGGAATGGGCATACTTTGGCCGCCG
CGCACCCGCAAATTGACAAGGCTTGGGGTGTTTTTTCAAATCTCTCAATAAATAAGACCT
ACCTAAGACCTTGAATCACTCCCCCGGTTGATGAGAGTTGCACCAATGGCTCATATTTTG
CAAGAGAGAGGTCCACTGTGAAAGTTACATTTAGCACTCGTTGAAACTTTTTGACTTCAG
TTCATATGTTTTTACTCTCCATCTGTTCCCCCGGGCATAAACTTTTGTTTTTAGCCGTTA
CTTAGCATTGCCACTTTTTTATTTAACTGATGATACATTTTTTCCTGC

QA 1 348 1 348
DS 

RD RR1AE56TF 745 0 0
GG
ACCCCTACTTCTTTCTGACTGACGGTGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTATCCCG
CCATTAGTGAACCGCAACATCCCTTCTTTCTCTCTACTTGGCCTCGCCGCCGGTGTTAGA
AGCAAAAAGAATCCTTTCGCTCTAAAAATTGACGAAATTGCAGTGTCAAGGGAAGAGAAC
GTTACTTACTGCAACCTCTTCACCGGTCTTATAAATCTATGATTAATGCAAATTCAAATG
AGTAGGACTCATCTCCCTGAAGTTGAGAAATCTAAAGCTCCTCCTCAAACTAATTGGTCA
GAACATGTAAAGGCGCTCGGTGCTCCATCCTCCGTTACTAAGCATCTCAGCTCCAGTTTC
CTTTACGCTCTAGAAAGTCAGAAGCCCAGAGGGTGCAGAGATCTGGCTGCAAGGTCAATC
GCGTTTCCCAGTGTGAATGCGCATACTTTGGCCGCCGCGCACCCGCAAATTGACAAGGCT
TGGCGTGTTCTTTCAAATCTCTCAATAAATAAGACCTACCTAAGACCTTGAATCACTCCC
CCGGTTGATGAGAGTTGCACCAATGGCTCATATTCTGCAAGAGAGAGGTCCACTGTGAAA
GTTACATCTAGCACTCGTTGAAACTTTTTGACTTCAGTTCATATGTTTTTACTCTCCATC
TGTTCCACCGTGCATAAACTTTTGTTTTTAGCCGTTACTTAGCATTGCCACTTCTTTATT
TAACTGATGATACATTTTCTCCT

QA 3 745 3 745
DS 

RD RR1C072TF 689 0 0
GG
GAACCGCAACATCCCTTCTTTCTCTCTACTTGGCCTCGCCGCCGGTGTTAGAAGCAAAAA
GAATCCTTTCGCTCTAAAAATTGACGAAATTGCAGTGTCAAGGGAAGAGAAAGTTACTTA
CTGCAACCTCTTCACCGGTCTTATAAATTTATGATTAATGCAAATTCAAATGAGTAGGAC
TCATCTCCCTGAAGTTGAGAAATCTAAAGCTCCTCCTCAAACTAATTGGTCAGAACATGT
AAAGGCGCTCGGTACTCCATCCTCCGTTACTAAACATCTCAGCTCCAGTTTCCTTTACGC
TCTAGAAAGTCAGAAGCCCAGAGGGTGCAGAGATCTGGCTGCAAGGTCAATTGCGTTTCC
CAGTGTGAATGCGCATACTTTGGCCGCCGCGCACCCGCAAATTGACAAGGCTTGGCGTGT
TCTTTCAAATCTCTCAATAAATAAGACCTACCTAAGACCTTGAATCACTCCCCCGGTTGA
TGAGAGTTGCACCAATGGCTCATATTCTGCAAGAGAGAGGTCCACTGTGAAAGTTACATC
TAGCACTCGTTGAAACTTTTTGACTTCAGTTCATATGTTTTTACTCTCCATCTGTTCCAC
CGTGCATAAACTTTTGTTTTTAGCCGTTACTTAGCATTGCCACTTCTTTATTTAACTGAT
GATACATTTTCTCCTGCATTGTCAGCT

QA 3 689 3 689
DS 



AS 1 5

CO CL2075Contig1 1277 5 32 U
GGAGTGTGACTAACAACTTCAGCGAAGAGAATATACTCGGGATAGGCGGTTTCGGTGTAG
TTTACAAAGGTGAACTCCATGATGGAACTAAAATAGCTGTCCAGAGGATGGAGTCTTCTT
CGGTTGTGAGTGATAAGGGACTCGCTGAGTTCAAATCAGAGATCACGGTTTTGACTAAAA
TGCGTCACCGTCATCTTGTTGCGCTTCTAGGGTACTGCCTTGATGGTAACGAGAGGCTTC
TTGTCTATGAGTACATGCCGCAAGGAACACTGAGCCAGCATCTGTTCCACTGGAAAGAAG
AAGAGCGTAAACCACTTGATTGGACTAGAAGGTTGGCTATCGCGTTGGATGTAGCTAGGG
GTGTGGAGTATTTACACACGCTTGCTCATCAGAGTTTCATCCATAGGGATCTAAAACCAT
CTAACATTCTTCTTGGTGATGATATGCGTGCTAAAGTCTCTGACTTTGGGTTAGTACGCT
TAGCCCCTGAAGGCAAATACTCCATCGATACTAGAGTCGCTGGGACCTTCGGTTACCTTG
CTCCAGAATATGCAGTGACGGGAAGAGTGACGACTAAGGTAGACATATTCAGCCTCGGGG
TCATACTTATGGAGCTAATCACTGGTCGTAAAGCCTTGGATGAGACGCAACCTGAGGACA
GCGTCCATCTAGTGACATGGTTCCGTCGTGTGGCAGCAAGCAAAGACAAAGACGAGAACG
CCTTCAAAAACGCAATAGACCCGAACATCAAGCTGGACGAAGACACCTTAGCTAGCGTTG
AAAAAGTTTGGGAGCTTGCTGGTCATTGCTGTGCACGTGAGCCTTACCAAAGACCTGACA
TGTCTCACATCGTTAACGTTCTTTCTTCTCTCACTGTCCAATGGAAACCCACTGAGGTCG
ATCCTGATGACCTTTACGGTATAGACTATGATCTTCCGCTTCCGCAGGCGGTTAAGAAAT
GGCAAGCTTCTGAAGGGCTTAGCCAAACGGGAGATGACTCTGGTTCTTCGTCCTCGGTTT
ATGGAAGCAAAGATAATACCCAGACAAGTATCCCAACACGCCCGTCTGGATTTGCTGACT
CGTTCACATCTGTGGATGGACGTTGAAGAAAATAAA*GACTGCGTTTCTCAGTTTCGTTA
AAAACGTTTTTAGTAGTATAGAAGTAGTAGATGAAGAATCCTTGTGTGAAAAAAGTTCCT
ATTTTCTTGTTCTTTGTTTTTGTCTGAAGCATTTACTTGTGACATCTATTTTTCATGAAA
ACTTTTGGTTTAAGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS37TF U 1
AF RR1D126TF U 138
AF RR1GC87TF U 376
AF RR1GS37JQ C 598
AF RR1GC87JQ C 440
BS 1 427 RR1GS37TF
BS 428 428 RR1D126TF
BS 429 460 RR1GS37TF
BS 461 461 RR1D126TF
BS 462 475 RR1GS37TF
BS 476 476 RR1D126TF
BS 477 508 RR1GS37TF
BS 509 509 RR1GC87TF
BS 510 511 RR1GS37TF
BS 512 512 RR1D126TF
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BS 526 784 RR1D126TF
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BS 919 919 RR1GC87TF
BS 920 936 RR1D126TF
BS 937 1106 RR1GC87TF
BS 1107 1109 RR1GC87JQ
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BS 1151 1151 RR1GC87JQ
BS 1152 1162 RR1GC87TF
BS 1163 1198 RR1GC87JQ
BS 1199 1199 RR1GS37JQ
BS 1200 1200 RR1GC87JQ
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BS 1202 1277 RR1GC87JQ

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TGCGTCACCGTCATCTTGTTGCGCTTCTAGGGTACTGCCTTGATGGTAACGAGAGGCTTC
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AAGAGCGTAAACCACTTGATTGGACTAGAAGGTTGGCTATCGCGTTGGATGTAGCTAGGG
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QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1D126TF 799 0 0
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GTTGCGCTTCTAGGGTACTGTCTTGATGGTAACGAGAGGCTTCTTGTCTATGAGTACATG
CCGCAAGGAACACTGAGCCAGCATCTGTTCCACTGGAAAGAAGAAGAGCGTAAACCGCTT
GATTGGACTAGAAGGTTGGCTATCGCGTTGGATGTAGCTAGGGGTGTGGAGTATTTACAC
ACGCTTGCTCATCAGAGTTTCATCCATAGGGATCTAAAACCATCTAACATTCTTCTTGGT
GATGATATGCGTGCTAAAGTCTCTGACTTTGGGTTAGTACGCTTAGCCCCTGAAGGCAAA
TACTCCATCGAGACTAGAGTCGCTGGGACCTTCGGTTACCTTGCTCCAGAATATGCAGTG
ACGGGAAGAGTGACGACTAAGGTAGACATATTCAGCCTCGGGGTCATACTTATGGAGCTA
ATCACTGGTCGTAAAGCCTTGGATGAGACGCAACCTGAGGACAGCGTCCATCTAGTGACA
TGGTTCCGTCGTGTGGCAGCAAGCAAAGACAAAGACGAGAACGCCTTCAAAAACGCAATA
GACCCGAACATCAAGCTGGACGAAGACACCTTAGCTAGCGTTGAAAA*GTTTGGGAGCTT
GCTGGTCATTGCTGTGCACGTGAGCCTTACCAAAGACCTGACATGTCTCACATCGTTAAC
GTTCTTTCTTCTCTCACTGTCCA*TGGAAACCCACTGAG*TCGATCCTGATGACCTTTAC
G*TATAGACTATGATCTTC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1GC87TF 789 0 0
G
CACGCTTGCTCATCAGAGTTTCATCCATAGGGATCTAAAACCATCTAACATTCTTCTTGG
TGATGATATGCGTGCTAAAGTCTCTGACTTTGGGTTAGTACGCTTAGCCCCTGAAGGCAA
ATACTCCATCGATACTAGAGTCGCTGGGACCTTCGGTTACCTTGCTCCAGAATATGCAGT
GACGGGAAGAGTGACGACTAAGGTAGACATATTCAGCCTCGGGGTCATACTTATGGAGCT
AATCACTGGTCGTAAAGCCTTGGATGAGACGCAACCTGAGGACAGCGTCCATCTAGTGAC
ATGGTTCCGTCGTGTGGCAGCAAGCAAAGACAAAGACGAGAACGCCTTCAAAAACGCAAT
AGACCCGAACATCAAGCTGGACGAAGACACCTTAGCTAGCGTTGAAAAAGTTTGGGAGCT
TGCTGGTCATTGCTGTGCACGTGAGCCTTACCAAAGACCTGACATGTCTCACATCGTTAA
CGTTCTTTCTTCTCTCACTGTCCAATGGAAACCCACTGAGGTCGATCCTGATGACCTTTA
CGGTATAGACTATGATCTTCCGCTTCCGCAGGCGGTTAAGAAATGGCAAGCTTCTGAAGG
GCTTAGCCAAACGGGAGATGACTCTGGTTCTTCGTCCTCGGTTTATGGAAGCAAAGATAA
TACCCAGACAAGTATCCCAACACGCCCGTCTGGATTTGCTGACTCGTTCACATCTGTGGA
TGGACGTTGA**GAAATAAA*GACTGCGTTTCTCAGTTTCGTTAAAA*CGTTTT*AGTAG
TATAGA
GT

QA 2 787 2 787
DS 

RD RR1GS37JQ 638 0 0
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ACAGCGTCCATCTAGTCACATGGTTCCGTCGTGTGGCAGCAAGCAAAGACAAAGACGAGA
ACGCCTTCAAGAACGCAATAGACCCAAACATCAAGCTGGACGAAGACACCTTAGCCAGCG
TTGAAAAAGTTTGGGAGCTTGCTGGTCATTGCTGTGCACGTGAGCCTTACCAAAGACCTG
ACATGTCTCACATCGTTAACGTTCTTTCTTCGCTCACTGTCCAGTGGAAACCCACTGAGG
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AGTGGCAAGCTTTTGAAGGGCTTAGCCAAACGGGAGATGACTCTGGTTTTTCGTCCTCTG
TTTATGGAAGCAAAGATAACACACAGACAAGTATCCCAACACGCCCGTCTGGATTTGCTG
ACTCGTTCACATCTGTGGATGGACGTTGAAGAAAATAAAAGACTGCGTTTTTCAGTTTCG
TTAAAAACGTTTTTAGTAGTATAGAAGTAGTAGATGAAGAATCCTTGTGTGAAAAAAGTT
CCTATTTTCTTGTTCTTTGTTTTTGTTTGAAGCATTTA

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DS 

RD RR1GC87JQ 838 0 0
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CTCCATCGATACTAGAGTCGCTGGGACCTTCGGTTACCTTGCTCCAGAATATGCAGTGAC
GGGAAGAGTGACGACTAAGGTAGACATATTCAGCCTCGGGGTCATACTTATGGAGCTAAT
CACTGGTCGTAAAGCCTTGGATGAGACGCAACCTGAGGACAGCGTCCATCTAGTGACATG
GTTCCGTCGTGTGGCAGCAAGCAAAGACAAAGACGAGAACGCCTTCAAAAACGCAATAGA
CCCGAACATCAAGCTGGACGAAGACACCTTAGCTAGCGTTGAAAAAGTTTGGGAGCTTGC
TGGTCATTGCTGTGCACGTGAGCCTTACCAAAGACCTGACATGTCTCACATCGTTAACGT
TCTTTCTTCTCTCACTGTCCAATGGAAACCCACTGAGGTCGATCCTGATGACCTTTACGG
TATAGACTATGATCTTCCGCTTCCGCAGGCGGTTAAGAAATGGCAAGCTTCTGAAGGGCT
TAGCCAAACGGGAGATGACTCTGGTTCTTCGTCCTCGGTTTATGGAAGCAAAGATAATAC
CCAGACAAGTATCCCAACACGCCCGTCTGGATTTGCTGACTCGTTCACATCTGTGGATGG
ACGTTGAAGAAAATAAA*GACTGCGTTTCTCAGTTTCGTTAAAAACGTTTTTAGTAGTAT
AGAAGTAGTAGATGAAGAATCCTTGTGTGAAAAAAGTTC*TCTTTTCTTGTTCTTTGTTT
TTGTCTGAAGCATTTACTTGTGACATCTATTTTTCATGAAAACTTTTGGTTTAAGTGT

QA 1 838 1 838
DS 



AS 1 4

CO CL2076Contig1 826 4 8 U
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AACAAGAACTCGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGATTGGGATCAGAAAGGAGGA
ACCATTCCTGATTACTCTATGGATTTCTCTAAGATCAGAGAGATGAGGAAACAGAACAAG
AGAGATCCTTCTCGCGCCAGTCTTGGCAACGATGAAGAACTCGTTAATCCTTTTCATAAT
CAACCTACTTCGGTTGATAATGCTAAGCCTAAGCTCACCACCGTTCACAGTGACAACAAC
AACAAAACCCACAATGACTTCTCTCATCACCAGCCACTTTCTCCATCTGCGAGGAGAGGA
ATCTTCAGCTGCTTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTGAAGGTGTATCTTATCATAGAGACCG
ATGAGAGGAGATGAATCTTCTTCAGCTGTTTCAGTTATTTTACAATAATAATAGTAGTGA
TGATGATTTCAAGACAGAAATTAAAAAATGGCAGTGTGGCAACTTATTACTACGGAAGCA
GCAGTAAATCAAGTTTGTCTGCTGTTTACTGTTATCTTAAACTGTCTAACAATATGATGT
TTTTGGTAAATGTGAAGTGTAGTTAGTTTTCTTTCTATTTCTTTGTAATTTTTTAGTTTG
GTTTAGAAATTGGTGAAGTTTCAATATTGTGTAATGCCATCATAGCAGGTATGTGATACA
TTACAACGATGCATTTAGATTATAAAAGTAAAATATTGTGTTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED86TF U 1
AF RR1DO35TF U 25
AF RR1DO35JQ C 456
AF RR1CL59JQ C 71
BS 1 263 RR1ED86TF
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RD RR1ED86TF 756 0 0
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TTTTGGTAAATGTGAAGTGTAGTTAGTTTTCTTTCTATTTCTTTGTAATTTTTTAGTTTG
GTTTAGAAATTGGTGAAGTTTCA*TATTGTGTA
ATG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1DO35TF 715 0 0
GG
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ACCACAGTTTGGAGATTGGGATCAGAAAGGAGGAACCATTCCTGATTACTCTATGGATTT
CTCTAAGATCAGAGAGATGAGGAAACAGAACAAGAGAGATCCTTCTCGCGCCAGTCTTGG
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GCCTAAGCTCACCACCGTTCACAGTGACAACAACAACAAAACCCACAATGACTTCTCTCA
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TGTTTCAGTTATTTTACAATAATAATAGTAGTGATGATGATTTCAAGACAGAAATTAAAA
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TACTGTTATCTTAAACTGTCTAACAATATGATGTTTTTGGTAAATGTGAAGTGTAGTTAG
TTTTCTTTCTATTTCTTTGTAATTTTTTAGTTTGGTTTAGAAATTGGTGAAGT

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR1DO35JQ 290 0 0
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TATTTTACAATAATAATAGTAGTGATGATGATTTCAAGACAGAAATTAAAAAATGGCGGT
GGGGCAACTTATTACTACGGAAGCAGCAGTAAATCAAGTTTGTCTGCTGTTTACTGTTAT
CTTAAACTGTCTAACAATATGATGTTTTTGGTAAATGTGAAGTGTAGTTAGTTTTCTTTC
TATTTCTTTGTAATTTTTTAGTTTGGTTTAGAAATTGGTGAAGTTTCA
AT

QA 1 288 1 288
DS 

RD RR1CL59JQ 756 0 0
TCTTTACTACTACTCTCTACAGACTTGATCATATGGAAGATCCAAAGGAGAACAAGAACT
CGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGATTGGGATCAGAAAGGAGGAACCATTCCTG
ATTACTCTATGGATTTCTCTAAGATCAGAGAGATGAGGAAACAGAACAAGAGAGATCCTT
CTCGCGCCAGTCTTGGCAACGATGAAGAACTCGTTAATCCTTTTCATAATCAACCTACTT
CGGTTGATAATGCTAAGCCTAAGCTCACCACCGTTCACAGTGACAACAACAACAAAACCC
ACAATGACTTCTCTCATCACCAGCCACTTTCTCCATTTGCGAGGAGAGGAATCTTCAGCT
GCTTCAATTGCTGCGTTAAAGCTTGAAGGTGTATCTTATCATAGAGACCGATGAGAGGAG
ATGAATCTTCTTCAGCTGTTTCAGTTATTTTACAATAATAATAGTAGTGATGATGATTTC
AAGACAGAAATTAAAAAATGGCAGTGTGGCAACTTATTACTACGGAAGCAGCAGTAAATC
AAGTTTGTCTGCTGTTTACTGTTATCTTAAACTGTCTAACAATATGATGTTTTTGGTAAA
TGTGAAGTGTAGTTAGTTTTCTTTCTATTTCTTTGTAATTTTTTAGTTTGGTTTAGAAAT
TGGTGAAGTTTCAATATTGTGTAATGCCATCATAGCAGGTATGTGATACATTACAACGAT
GCATTTAGATTATAAAAGTAAAATATTGTGTTTTCG

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 5

CO CL2077Contig1 750 5 11 U
GGACCACAATGAAGATGTTTCAAAATAACAAAATGATATACTTCATTGTGTTTGCTTTTC
TTTTCAATGGTTGCACAGCCAACAAAGTGGCAGATTCTTTGATTCAAGAATCTTGCAAAA
ACGCTTCAAAGTCTCCAGGTCCGGACATGATTCCACATTTCGAAGAAGTTTGCATTGCAT
CTCTCAAAGAGAATCTGAAGAGCCAAAAAGCAAGAAATCTCGGTGATTTGACTATGGTAG
GAGCAAATAACGCCATATCAAACTTAACGAACGTGAAAAGAATGGTGGAGAAGATTATAA
AAGAGAAAAAATATAAAAATAGTCTTACTAAAAAGTTGTTGGAAGAATGCCTTAAGCTTT
ACTCCAATAGCTTTAAATCGCTAACTTCAGGTTTGAATTACGTCAAAATACGGAATTTTG
ATAAGGCTGCAGATGATTTTATGAATGCAGAGGATGGGCCAGCATTTTGCGGATTGAAAT
TTAACGGCGACAATCAACAAATATCTCCTGTGAAAGAAGAGAATATTTTTCTCATAACAA
TGTTCCAAATTCCTAAGACGTTTGCTCGGGACGTCTCGTACGACCAAAGAAATAATAAAA
ACAAAAAGGAAGAAACAAACTAGTGGAGTATCTCGTTAGAAATAAATTAGGTTTGTGAAG
ATGCTTAGCCAGACTAGCGTCCAGTTAAATAAAAGGGTGCTACGTGAGTTCTACTGAGCA
ACAATTATGAAAAATATAGTTAGTTCTCGT


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C205TF U 1
AF RR1CA64TF U 4
AF RR1D906JQ C 42
AF RR1D906TF U 1
AF RR1C205JQ C 1
BS 1 5 RR1C205JQ
BS 6 647 RR1C205TF
BS 648 649 RR1CA64TF
BS 650 650 RR1C205JQ
BS 651 658 RR1CA64TF
BS 659 659 RR1D906TF
BS 660 685 RR1CA64TF
BS 686 696 RR1D906TF
BS 697 697 RR1C205JQ
BS 698 712 RR1D906TF
BS 713 750 RR1C205JQ

RD RR1C205TF 647 0 0
GGACC
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AATGGTTGCACAGCCAACAAAGTGGCAGATTCTTTGATTCAAGAATCTTGCAAAAACGCT
TCAAAGTCTCCAGGTCCGGACATGATTCCACATTTCGAAGAAGTTTGCATTGCATCTCTC
AAAGAGAATCTGAAGAGCCAAAAAGCAAGAAATCTCGGTGATTTGACTATGGTAGGAGCA
AATAACGCCATATCAAACTTAACGAACGTGAAAAGAATGGTGGAGAAGATTATAAAAGAG
AAAAAATATAAAAATAGTCTTACTAAAAAGTTGTTGGAAGAATGCCTTAAGCTTTACTCC
AATAGCTTTAAATCGCTAACTTCAGGTTTGAATTACGTCAAAATACGGAATTTTGATAAG
GCTGCAGATGATTTTATGAATGCAGAGGATGGGCCAGCATTTTGCGGATTGAAATTTAAC
GGCGACAATCAACAAATATCTCCTGTGAAAGAAGAGAATATTTTTCTCATAACAATGTTC
CAAATTCCTAAGACGTTTGCTCGGGACGTCTCGTACGACCAAAGAAATAATAAAAACAAA
AAGGAAGAAACAAACTAGTGGAGTATCTCGTTAGAAATAAAT

QA 6 647 6 647
DS 

RD RR1CA64TF 686 0 0
GG
ACAATGAAGATGTTTCAAAATAACAAAATGATATACTTCATTGTGTTTGCTTTTCTTTTC
AATGGTTGCACAGCCAACAAAGTGGCAGATTCTTTGATTCAAGAATCTTGCAAAAACGCT
TCAAAGTCTCCAGGTCCGGACATGATTCCACATTTCGAAGAAGTTTGCATTGCATCTCTC
AAAGAGAATCTGAAGAGCCAAAAAGCAAGAAATCTCGGTGATTTGACTATGGTAGGAGCA
AATAACGCCATATCAAACTTAACGAACGTGAAAAGAATGGTGGAGAAGATTATAAAAGAG
AAAAAATATAAAAATAGTCTTACTAAAAAGTTGTTGGAAGAATGCCTTAAGCTTTACTCC
AATAGCTTTAAATCGCTAACTTCAGGTTTGAATTACGTCAAAATACGGAATTTTGATAAG
GCTGCAGATGATTTTATGAATGCAGAGGATGGGCCAGCATTTTGCGGATTGAAATTTAAC
GGCGACAATCAACAAATATCTCCTGTGAAAGAAGAGAATATTTTTCTCATAACAATGTTC
CAAATTCCTAAGACGTTTGCTCGGGACGTCTCGTACGACCAAAGAAATAATAAAAACAAA
AAG*AAGAAACAAACTAGTGGAGTATCTCGTTAGAAATAAATTACGTTTGTGA*GATGCT
TAGCCAGACTAGCGTCCAGT
AAAT

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR1D906JQ 671 0 0
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ATTCAAGAATCTTGCAAAAACGCTTCAAAGTCTCCGGGTCCGGACATGATTCCACATTTC
GAAGAAGTTTGCATTGCATCTCTCAAAGAGAATCTGAAGAGCCAAAAAGCAAGAAATCTC
GGTGATTTGACTATGGTAGGAGCAAATAACGCCATATCAAACTTAACGAACGTGAAAAGA
ATGGTGGAGAAGATTATAAAAGAGAAAAAATATAAAAATAGTCTTACTAAAAAGTTGTTG
GAAGAATGCCTTAAGCTTTACTCCAATAGCTTTAAATCGCTAACTTCAGGTTTGAATTAC
GTCAAAATACGGAATTTTGATAAGGCTGCAGATGATTTTATGAATGCAGAGGATGGGCCA
GCATTTTGCGGATTGAAATTTAACGGCGACAATCAACAAATATCTCCTGTGAAAGAAGAG
AATATTTTTCTCATAACAATGTTCCAAATTCCTAAGACGTTTGCTCGGGACGTCTCGTAC
GACCAAAGAAATAATAAAAACAAAAAGGAAGAAACAAACTAGTGGAGTATCTCGTTAGAA
ATAAATTAGGTTTGTGAAGATGCTTAGCCAGACTAGCGTCCAGTTAAATAAAAGGGTGCT
ACGTGAGTTCT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1D906TF 712 0 0
GGACC
ACAATGAAGATGTTTCAAAATAACAAAATGATATACTTCATTGTGTTTGCTTTTCTTTTC
AATGGTTGCACAGCCAACAAAGTGGCAGATTCTTTGATTCAAGAATCTTGCAAAAACGCT
TCAAAGTCTCCGGGTCCGGACATGATTCCACATTTCGAAGAAGTTTGCATTGCATCTCTC
AAAGAGAATCTGAAGAGCCAAAAAGCAAGAAATCTCGGTGATTTGACTATGGTAGGAGCA
AATAACGCCATATCAAACTTAACGAACGTGAAAAGAATGGTGGAGAAGATTATAAAAGAG
AAAAAATATAAAAATAGTCTTACTAAAAAGTTGTTGGAAGAATGCCTTAAGCTTTACTCC
AATAGCTTTAAATCGCTAACTTCAGGTTTGAATTACGTCAAAATACGGAATTTTGATAAG
GCTGCAGATGATTTTATGAATGCAGAGGATGGGCCAGCATTTTGCGGATTGAAATTTAAC
GGCGACAATCAACAAATATCTCCTGTGAAAGAAGAGAATATTTTTCTCATAACAATGTTC
CAAATTCCTAAGACGTTTGCTCGGGACGTCTCGTACGACCAAAGAAATAATAAAAACAAA
AAGGAAGAAACAAACTAGTGGAGTATCTCGTTAGAAATAAATTA*GTTTGTGAAGATGCT
TAGCCAGACTAGCGTCCAGTTAAATAAAAGG*TGCTACGTGAGTTCT

QA 6 712 6 712
DS 

RD RR1C205JQ 750 0 0
GGACCACAATGAAGATGTTTCAAAATAACAAAATGATATACTTCATTGTGTTTGCTTTTC
TTTTCAATGGTTGCACAGCCAACAAAGTGGCAGATTCTTTGATTCAAGAATCTTGCAAAA
ACGCTTCAAAGTCTCCAGGTCCGGACATGATTCCACATTTCGAAGAAGTTTGCATTGCAT
CTCTCAAAGAGAATCTGAAGAGCCAAAAAGCAAGAAATCTCGGTGATTTGACTATGGTAG
GAGCAAATAACGCCATATCAAACTTAACGAACGTGAAAAGAATGGTGGAGAAGATTATAA
AAGAGAAAAAATATAAAAATAGTCTTACTAAAAAGTTGTTGGAAGAATGCCTTAAGCTTT
ACTCCAATAGCTTTAAATCGCTAACTTCAGGTTTGAATTACGTCAAAATACGGAATTTTG
ATAAGGCTGCAGATGATTTTATGAATGCAGAGGATGGGCCAGCATTTTGCGGATTGAAAT
TTAACGGCGACAATCAACAAATATCTCCTGTGAAAGAAGAGAATATTTTTCTCATAACAA
TGTTCCAAATTCCTAAGACGTTTGCTCGGGACGTCTCGTACGACCAAAGAAATAATAAAA
ACAAAAAGGAAGAAACAAACTAGTGGAGTATCTCGTTAGAAATAAATTAGGTTTGTGAAG
ATGCTTAGCCAGACTAGCGTCCAGTTAAATAAAAGGGTGCTACGTGAGTTCTACTGAGCA
ACAATTATGAAAAATATAGTTAGTTCTCGT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 5

CO CL2078Contig1 1120 5 13 U
GGAATCTCAGAAATGCAATGTCAATTATCCTGTTATTTTGTAAATTCGTAGATGCTATGT
TATACTAACGAAATCATTGTATTTGGATTTGTAGATGGATTATAGAAGCATGGTCTCTTC
TTGACAGAGATCACTGAATCCTTGAAAACCAGCACGCTTCATCTTCCAATTATTGGAAAG
CTGTGGGTCTGTGGTTTATATACAAGATCTCCAGCATACAGTTTGTTCATCTGTTGATGT
CGTGCACGGTATGGCGTCTTCCGTATCCTCGCTGATTCGAAGATGTCGATCATTATCAAA
GGTGGTGCTAATATGAGAGGAAGGACTGAGAAGAGGAGCGATGATGAGCTCGAGATCTTG
AGGAATGCCGGTGGTGTGCTGCTTCAAAGAGAGATCCCTGACTCAGTCAACATTCTCAAG
TTGCTAAGGCCTTAAATAGAGCAGTTGTTTCAGTCATCCTTGACGTTGGAGGAATGGATA
CGCCGTTCCCTAATGAGCTATTGGATTCAGTTGATGTCTTAAGCTAGAATGACACTGAGC
TTGGTCTCTTGACCGGAATGCATACTGAAACTATTGAACAGTCTAAGCCTGGCTGTTGCA
AAGTGCCATAAGTTGGTTTATAATTCTTCTTTCGCACATTTCCAGTACTGAAACTCAATT
TTGGTTACTGGCTTAGTGGGTTTTAGGCTATCAGTCTGCCACAAATTGTAATTAGGGCTG
TGTATATTATTAACTAAAACCACATGTGCTGTCGTCATCACTCAGCATTCGTTGAGCACC
TCTCGGAAACTATCTAATCCCTCCCCGCCGTCTCGGTTTTCACCGCCGATTAGAAAACGA
GAAGGTCGCCCCAGCTTCGTCAAACATGTTTGGTGATCATGTCAACGTGAGCGAAGGTAG
TTTCATGAGATTGTGAAGCCTGTTTATTCCTATCCCTCGACAGAAAATGGACTATTCCTC
GAGTGACCAGTTTCCTTAGTAACATACAAAGCGTCCTCCGCTGGAAAGAGAGGGGCCAAG
CGATCCATTTTCTTTCAAATTTGGTTAGTTAACATTATTGTGTTGACAAAAAAGGTTAAC
AGTATTTTATCATATTATGAATGATATATTTGAATTCCAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1B934TF U 1
AF RR1AO63TF U 1
AF RR1AY36TF U 14
AF RR1B934JQ C 282
AF RR1AY36JQ C 358
BS 1 163 RR1AO63TF
BS 164 164 RR1B934TF
BS 165 321 RR1AO63TF
BS 322 322 RR1B934TF
BS 323 672 RR1AO63TF
BS 673 673 RR1B934TF
BS 674 778 RR1AO63TF
BS 779 779 RR1AY36TF
BS 780 825 RR1AO63TF
BS 826 834 RR1AY36TF
BS 835 953 RR1B934JQ
BS 954 954 RR1AY36JQ
BS 955 1120 RR1B934JQ

RD RR1B934TF 701 0 0
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TATACTAACGAAATCATTGTATTTGGATTTGTAGATGGATTATAGAAGCATGGTCTCTTC
TTGACAGAGATCACTGAATCCTTGAAAACCAGCACGCTTCATCTTCCAATTATTGGAAAG
CTGTGGGTCTGTGGTTTATATACAAGATCTCCAGCATACAGTTTGTTCATCTGTTGATGT
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GGTGGTGCTAATATGAGAGGAAGGACTGAGAAGAGGAGCGATGATGAGCTCGAGATCTTG
AGGAATGCCGGTGGTGTGCTGCTTCAAAGAGAGATCCCTGACTCAGTCAACATTCTCAAG
TTGCTAAGGCCTTAAATAGAGCAGTTGTTTCAGTCATCCTTGACGTTGGGGGAATGGATA
CGCCGTTCCCTAATGAGCTATTGGATTCAGTTGATGTCTTAAGCTAGAATGACACTGAGC
TTGGTCTCTTGACCGGAATGCATACTGAAACTATTGAACAGTCTAAGCCTGGCTGTTGCA
AAGTGCCATAAGTTGGTTTATAATTCTTCTTTCGCACATTTCCAGTACTGAAACTCAATT
TTGGTTACTGGCTTAGTGGGTTTTAGGCTATCAGTCTGCCA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1AO63TF 825 0 0
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TATACTAACGAAATCATTGTATTTGGATTTGTAGATGGATTATAGAAGCATGGTCTCTTC
TTGACAGAGATCACTGAATCCTTGAAAACCAGCACGCTTCATCCTCCAATTATTGGAAAG
CTGTGGGTCTGTGGTTTATATACAAGATCTCCAGCATACAGTTTGTTCATCTGTTGATGT
CGTGCACGGTATGGCGTCTTCCGTATCCTCGCTGATTCGAAGATGTCGATCATTATCAAA
GGTGGTGCTAATATGAGAGGATGGACTGAGAAGAGGAGCGATGATGAGCTCGAGATCTTG
AGGAATGCCGGTGGTGTGCTGCTTCAAAGAGAGATCCCTGACTCAGTCAACATTCTCAAG
TTGCTAAGGCCTTAAATAGAGCAGTTGTTTCAGTCATCCTTGACGTTGGAGGAATGGATA
CGCCGTTCCCTAATGAGCTATTGGATTCAGTTGATGTCTTAAGCTAGAATGACACTGAGC
TTGGTCTCTTGACCGGAATGCATACTGAAACTATTGAACAGTCTAAGCCTGGCTGTTGCA
AAGTGCCATAAGTTGGTTTATAATTCTTCTTTCGCACATTTCCAGTACTGAAACTCAATT
TTGGTTACTGGCATAGTGGGTTTTAGGCTATCAGTCTGCCACAAATTGTAATTAGGGCTG
TGTATATTATTAACTAAAACCACATGTGCTGTCGTCATCACTCAGCATTCGTTGAGCATC
TCTCGGAAACTATCTAATCCCTCCCCGCCGTCTCGGTTTTCACCG

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR1AY36TF 821 0 0
G
GCAATGTCAATTATCCTGTTATTTTGTAAATTCGTAGATGCTATGTTATACTAACGAAAT
CATTGTATTTGGATTTGTAGATGGATTATAGAAGCATGGTCTCTTCTTGACAGAGATCAC
TGAATCCTTGAAAACCAGCACGCTTCATCTTCCAATTATTGGAAAGCTGTGGGTCTGTGG
TTTATATACAAGATCTCCAGCATACAGTTTGTTCATCTGTTGATGTCGTGCACGGTATGG
CGTCTTCCGTATCCTCGCTGATTCGAAGATGTCGATCATTATCAAAGGTGGTGCTAATAT
GAGAGGATGGACTGAGAAGAGGAGCGATGATGAGCTCGAGATCTTGAGGAATGCCGGTGG
TGTGCTGCTTCAAAGAGAGATCCCTGACTCAGTCAACATTCTCAAGTTGCTAAGGCCTTA
AATAGAGCAGTTGTTTCAGTCATCCTTGACGTTGGAGGAATGGATACGCCGTTCCCTAAT
GAGCTATTGGATTC*GTTGATGTCTTAAGCTAGAATGACACTGAGCTTGGTCTCTTGACC
GGAATGCATACTGAAACTATTGAACAGTCTAAGCCTGGCTGTTGCAAAGTGCCATAAGTT
GGTTTATAATTCTTCTTTCGCACATTTCCAGTACTGAAACTCAATTTTGGTTACTGGCTT
AGTGGGTTTTAGGCTATCAGTCTGCCACAAATTGTAATTAGGGCTGTGTATATTATTAAC
TAAAACCACATGTGCTGTCGTCATCACTCAGCATTCGTTGAGCACCTCTCGGAAACTATC
TAATCCCTCCC*GCCGTCTCGGTTTTCACCGCCGATTAGA

QA 2 821 2 821
DS 

RD RR1B934JQ 839 0 0
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TGATGAGCTCGAGATCTTGAGGAATGCCGGTGGTGTGCTGCTTCAAAGAGAGATCCCTGA
CTCAGTCAACATTCTCAAGTTGCTAAGGCCTTAAATAGAGCAGTTGTTTCAGTCATCCTT
GACGTTGGGGGAATGGATACGCCGTTCCCTAATGAGCTATTGGATTCAGTTGATGTCTTA
AGCTAGAATGACACTGAGCTTGGTCTCTTGACCGGAATGCATACTGAAACTATTGAACAG
TCTAAGCCTGGCTGTTGCAAAGTGCCATAAGTTGGTTTATAATTCTTCTTTCGCACATTT
CCAGTACTGAAACTCAATTTTGGTTACTGGCTTAGTGGGTTTTAGGCTATCAGTCTGCCA
CAAATTGTAATTAGGGCTGTGTATATTATTAACTAAAACCACATGTGCTGTCGTCATCAC
TCAGCATTCGTTGAGCATCTCCCGGAAACTATCTAATCCCTCCCCGCCGTCTCGGTTTTC
ACCGCCGATTAGAAAACGAGAAGGTCGCCCCAGCTTCGTCAAACATGTTTGGTGATCATG
TCAACGTGAGCGAAGGTAGTTTCATGAGATTGTGAAGCCTGTTTATTCCTATCCCTCGAC
AGAAAATGGACTGTTCCTCGAGTGACCAGTTTCCTTAGTAACATACAAAGCGTCCTCCGC
TGGAAAGAGAGGGGCCAAGCGATCCATTTTCTTTCAAATTTGGTTAGTTAACATTATTGT
GTTGACAAAAAAGGTTAACAGTATTTTATCATATTATGAATGATATATTTGAATTCCAT

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR1AY36JQ 763 0 0
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AAGTTGCTAAGGCCTTAAATAGAGCAGTTGTTTCAGTCATCCTTGACGTTGGAGGAATGG
ATACGCCGTTCCCTAATGAGCTATTGGATTC*GTTGATGTCTTAAGCTAGAATGACACTG
AGCTTGGTCTCTTGACCGGAATGCATACTGAAACTATTGAACAGTCTAAGCCTGGCTGTT
GCAAAGTGCCATAAGTTGGTTTATAATTCTTCTTTCGCACATTTCCAGTACTGAAACTCA
ATTTTGGTTACTGGCTTAGTGGGTTTTAGGCTATCAGTCTGCCACAAATTGTAATTAGGG
CTGTGTATATTATTAACTAAAACCACATGTGCTGTCGTCATCACTCAGCATTCGTTGAGC
ACCTCTCGGAAACTATCTAATCCCTCCCCGCCGTCTCGGTTTTCACCGCCGATTAGAAAA
CGAGAAGGTCGCCCCAGCTTCGTCAAACATGTTTGGTGATCATGTCAACGTGAGCGAAGG
TAGTTTCATGAGATTGTGAAGCCTGTTTATTCCTATCCCTCGACAGAAAATGGACTATTC
CTCGAGTGACCAGTTTCCTTAGTAACATACAAAGCGTCCTCCGCTGGAAAGAGAGGGGCT
AAGCGATCCATTTTCTTTCAAATTTGGTTAGTTAACATTATTGTGTTGACAAAAAAGGTT
AACAGTATTTTATCATATTATGAATGATATATTTGAATTCCAT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 5

CO CL2079Contig1 762 5 7 U
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CTCTTCCTTATCTCTTTCCTCATCCTCTTACCTCTCTCCCTACAAGATCCCAGTCCAGAA
GTCAAAGCAGAAGTCAAAGCACCGACTCGTGCTCACGCGGAGCTCACCAATCATGGTTTC
CCGATTGGTCTCCTCCCTCTATCCATCAAAGACTACTACATCAACAAAACCTCCGGCGAC
TTCTCCCTCTTCCTCCACGGCACGTGCAAAATCACGCTTCCTCCCGACAACTACCTCGCC
ACTTACTCCAACAAGGTAACGGGTCGGATCACCAAGGGTCAGATCGCGGAGCTCCGTGGC
ATCCGGGTCAGAGCGTTTTTCCAGTGGTGGTCCATCACCGGGATTCGATCCTCCGGTGAT
AACCTTGTCTTCGAGGTCGGCGTCGTAACCGCTAAATACCCTTCGAAGAACTTCGACGAG
AGTCTTGATTGTGAAGGGAAACGATCTTCTTCTTGATTCAATTCAAG*******AGATCT
GTGAAGCCAGGACAGGAGCAACAAGTGAAAGCTACTTTGTAATATATTTATCTCCATCCG
AAAAATAAAGCTTGTAATGTAAAAACCGAATCTAAACCACTACTCTATTCTTGTATTCTC
TGCAAACTAAGGGCTCAATGGAGTCTTGCAAGTTGTGAACTAAGTATGGGTTAATGACTT
AATGTGAGACTTTAAAAACAAGCAAGAACCATTTTATTTCTC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AV96TF U 1
AF RR1DW94TF U 1
AF RR1DW94JQ C 1
AF RR1F874TF U 205
AF RR1DG24TF U 115
BS 1 201 RR1AV96TF
BS 202 202 RR1DG24TF
BS 203 696 RR1AV96TF
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RD RR1AV96TF 707 0 0
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CTCTTCCTTATCTCTTTCCTCATCCTCTTACCTCTCTCCCTACAAGATCCCAGTCCAGAA
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CCGATTGGTCTCCTCCCTCTACCCATCAAAGACTACTACATCAACAAAACCTCCGGCGAC
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AACCTTGTCTTCGAGGTCGGCGTCGTAACCGCTAAATACCCTTCGAAGAACTTCGACGAG
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GTGAAGCCAGGACAGGAGCAACAAGTGAAAGCTACTTTGTAATATATTTATCTCCATCCG
AAAAATAAAGCTTGTAATGTAAAAACCGAATCTAAACCACTACTCTATTCTTGTATTCTC
TGCAAACTAAGGGCTCAATGGAGTCTTGCAAGTTGTAAACTAAGTAT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1DW94TF 667 0 0
GGAACACTTTTGTGGTTTCGAAGCTTTGTTTCTCCGTCGCGAACGAACATGAAGATATCT
CTCTTCCTTATCTCTTTCCTCATCCTCTTACCTCTCTCCCTACAAGATCCCAGTCCAGAA
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CCGATTGGTCTCCTCCCTCTATCCATCAAAGACTACTACATCAACAAAACCTCCGGCGAC
TTCTCCCTCTTCCTCCACGGCACGTGCAAAATCACGCTTCCTCCCGACAACTACCTCGCC
ACTTACTCCAACAAGGTAACGGGTCGGATCACCAAGGGTCAGATCGCGGAGCTCCGTGGC
ATCCGGGTCAGAGCGTTTTTCCAGTGGTGGTCCATCACCGGGATTCGATCCTCCGGTGAT
AACCTTGTCTTCGAGGTCGGCGTCGTAACCGCTAAATACCCTTCGAAGAACTTCGACGAG
AGTCTTGATTGTGAAGGGAAACGATCTTCTTCTTGATTCAATTCAAG*******AGATCT
GTGAAGCCAGGACAGGAGCAACAAGTGAAAGCTACTTTGTAATATATTTATCTCCATCCG
AAAAATAAAGCTTGTAATGTAAAAACCGAATCTAAACCACTACTCTATTCTTGTATTCTC
TGCAAAC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1DW94JQ 762 0 0
GGAACACTTTTGTGGTTTCGAAGCTTTGTTTCTCCGTCGCGAACGAACATGAAGATATCT
CTCTTCCTTATCTCTTTCCTCATCCTCTTACCTCTCTCCCTACAAGATCCCAGTCCAGAA
GTCAAAGCAGAAGTCAAAGCACCGACTCGTGCTCACGCGGAGCTCACCAATCATGGTTTC
CCGATTGGTCTCCTCCCTCTATCCATCAAAGACTACTACATCAACAAAACCTCCGGCGAC
TTCTCCCTCTTCCTCCACGGCACGTGCAAAATCACGCTTCCTCCCGACAACTACCTCGCC
ACTTACTCCAACAAGGTAACGGGTCGGATCACCAAGGGTCAGATCGCGGAGCTCCGTGGC
ATCCGGGTCAGAGCGTTTTTCCAGTGGTGGTCCATCACCGGGATTCGATCCTCCGGTGAT
AACCTTGTCTTCGAGGTCGGCGTCGTAACCGCTAAATACCCTTCGAAGAACTTCGACGAG
AGTCTTGATTGTGAAGGGAAACGATCTTCTTCTTGATTCAATTCAAG*******AGATCT
GTGAAGCCAGGACAGGAGCAACAAGTGAAAGCTACTTTGTAATATATTTATCTCCATCCG
AAAAATAAAGCTTGTAATGTAAAAACCGAATCTAAACCACTACTCTATTCTTGTATTCTC
TGCAAACTAAGGGCTCAATGGAGTCTTGCAAGTTGTGAACTAAGTATGGGTTAATGACTT
AATGTGAGACTTTAAAAACAAGCAAGAACCATTTTATTTCTC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1F874TF 534 0 0
ATCAAAGACTACTACATCAACAAAACCTCCGGCGACTTCTCCCTCTTCCTCCACGGCACG
TGCAAAATCACGCTTCCTCCCGACAACTACCTCGCCACTTACTCCAACAAGGTAACGGGT
CGGATCACCAAGGGTCAGATCGCGGAGCTCCGTGGCATCCGGGTCAGAGCGTTTTTCCAG
TGGTGGTCCATCACCGGGATTCGATCCTCCGGTGATAACCTTGTCTTCGAGGTCGGCGTC
GTAACCGCTAAATACCCTTCGAAGAACTTCGACGAGAGTCTTGATTGTGAAGGGAAACGA
TCTTCTTCTTGATTCAATTCAAGAGGTAAAAGATCTGTGAAGCCAG*ACAGGAGCAACAA
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ACCGAATCTAAACCACTACTCTATTCTTGTATTCTCTGCAAACTAAGGGCTCAATGGAGT
CTTGCAAGTTGTGAACTAAGTATGGGTTAATGACTTAATGTGAGACTTT
AAAAA

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1DG24TF 619 0 0
G
CAGAAGTCAAAGCAGAAGTCAAAGCACCGACTCGTGCTCACGCGGAGCTCACCAATCATG
GTTTCCCGACTGGTCTCCTCCCTCTATCCATCAAAGACTACTACATCAACAAAACCTCCG
GCGACTTCTCCCTCTTCCTCCACGGCACGTGCAAAATCACGCTTCCTCCCGACAACTACC
TCGCCACTTACTCCAACAAGGTAACGGGTCGGATCACCAAGGGTCAGATCGCGGAGCTCC
GTGGCATCCGGGTCAGAGCGTTTTTCCAGTGGTGGTCCATCACCGGGATTCGATCCTCCG
GTGATAACCTTGTCTTCGAGGTCGGCGTCGTAACCGCTAAATACCCTTCGAAGAACTTCG
ACGAGAGTCTTGATTGTGAAGGGAAACGATCTTCTTCTTGATTCAATTCAAG*******A
GATCTGTGAAGCCAGGACAGGAGCGACAAGTGAAAGCTACTTTGTAATATATTTATCTCC
ATCCGAAAAATAAAGCTTGTAATGTAAAAACCGAATCTAAACCACTACTCTATTCTTGTA
TTCTCTGCAAACTAAGGGCTCAATGGAGTCTTGCAAGTTGTGAACTAAGTATGGGTTAAT
GACTTAATGTGAGACTTT

QA 2 619 2 619
DS 



AS 1 5

CO CL2080Contig1 944 5 20 U
GGCATGAGCTCTCCTCTATATTGGAAGTCATCCGCAAGATGCATCAGCTGGAAATAAAAC
CGAATGTTGTTACCTTCTCTGCCATTCTGAATGCTTGCAGTCGGTGCAATTCATTTGAAG
ATGCATCGGTGCTGCTAGAGGAGCTCAGGCTGTTTGATAATCAGGTGTATGGGGTTGTAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FI34JQ C 384
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G
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ATGAGTTACCTAACCTTTTGAGCATATTGACTGGTTGGGGGAAACACAGCAAAGTGGTTG
GAGACGCGGCACTAAGGCCAGCGGTTGAGGCGCTTTTGAGGGGAATGGACGCACCGTTCT
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CTGT

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C

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AA
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CTGCGGTGTGCTGATATTTTGTAACAAAGTAAGACGCAAATTGTAATTTTGAGCCATAAA
AATGTTTTATCAACT

QA 3 377 3 377
DS 



AS 1 4

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TGCTGAAGACGGAGAAGCTCCATGACGAAGCAGCACGCGAACTGGTCTCCTTACGATAAC
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ACACCCCTTTCCGAACCTGAAGCAGTTGACTTGGTCAAGACTGTTTTCGCATCTGCCACT
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AGGACCGAAGTCATGGACTTGAGGAAAGACTAAGCAGCATATGAATGTTGTGAACACTCT
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TGACAAAGTTCTTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G873TF U 1
AF RR1FC87TF U 19
AF RR1G873JQ C 114
AF RR1CL67TF U 187
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BS 710 718 RR1G873TF
BS 719 721 RR1FC87TF
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BS 723 781 RR1FC87TF
BS 782 782 RR1CL67TF
BS 783 786 RR1FC87TF
BS 787 799 RR1CL67TF
BS 800 802 RR1G873JQ
BS 803 891 RR1CL67TF
BS 892 892 RR1G873JQ
BS 893 908 RR1CL67TF
BS 909 917 RR1G873JQ

RD RR1G873TF 718 0 0
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GACAAAGCTGTGCTCTCTTCCTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGAAAGCGTTGCAGAAAGTT
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AATGTTCTTGGAGGGCTTGACGAGGACGGTAAAGGATGCGTCTTCACCTACGATGCTGTT
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GAGAGGGATATCTACACTGGAGACAAGCTTGAGATCATGATTCTCAAG*CCGATGGCA

QA 1 718 1 718
DS 

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GG
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CATCGCTGGATCGGATTACTGCGTTATCGCCGCCGATACTCGGATGTCTACCGGTTACAG
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CTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGAAAGCGTTGCAGAAAGTTTTGAAATCAAGGCACTTGGT
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QA 3 768 3 768
DS 

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CGATACTCGGATGTCTACCGGTTACAGTATTCTCACTCGCGATTACTCCAAAATCCATAA
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GAAAGTTTTGAAATCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCAGATGAGCTG
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TCCTTTATGACAAAGTTCTTTTGG

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DS 

RD RR1CL67TF 722 0 0
G
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CTGTGCTCTCTTCCTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGAAAGCGTTGCAGAAAGTTTTGAAAT
CAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCAGATGAGCTGTCCTGCGACGGCTC
AGCTTCTTTCCAACACGCTTTACTTCAAGCGCTTTTTTCCTTACTATGCATTTAATGTTC
TTGGAGGGCTTGACGAGGACGGTAAAGGATGCGTCTTCACCTACGATGCTGTTGGTTCGT
ATGAGAAGGTTGGATACAGTGCTCAAGGTTCTGGTTCCACTCTAATCATGCCTTTCCTTG
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TTTCCGAACCTGAAGCAGTTGACTTGGTCAAGACTGTTTTCGCATCTGCCACTGAGAGGG
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AAGTCATGGACTTGAGGAAAGACTAAGCAGCATATGAATGTTGTGAACACTCTCACCTTC
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TATTATTGGCTTAATGTATTACAGTAATCAACTCATGCTTGAAGTTTCCTTTATGACAAA
G

QA 2 722 2 722
DS 



AS 2 5

CO CL2082Contig1 1154 3 16 U
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ACGTTTAAATTTAAGAAACCATATACAAACAATGTTGCCACACGAGCACTTTTGAGATTG
GTCTAAAAGCAGAACATTGAACCATATGTGATAGTGATGATAAAAAGATACCCTCAGTTC
TTCCTGTCACGAGCACACTTGACTTGCACGGCAAGCGTCTTGACAACGTTCTTGCATGAA
TCTTTCTTGTCTTGTTTGAATGTGCTTTTGTTCACCGGAATCACACACTCTCCTTTCCCC
AAACAATGCTTCTCAACGACTTTCTTTGAAACGGGAGCATTACAAGTACCAAGTGTGAAG
TTTCCACAAGTACCAATAGGGTTTCCGAAGCTAGCGAACTCGACTTCTGCGATCTTCTTG
TTGCCAGAGCATTTAAGAGTAGCTGTGAGACTCACGTTATCAGTGATGGCTTGGACCTGG
TCTTGCTTCCTTGTCCAGTGCCTAACACTTGGAATGTAGTATTCTCCGACGTAAGTACAA
ACAGTGTCTCTGTTGACGATGACGAAGTCTATAATCTCAGGCTTCACGTTAGGCTCTTCC
TCGAATATAACAAGAAGGTTTTTCTTGGGCTTCAAGAAAGATCTAGGGATGTGATATTCT
ATTTGCGTGGATTGATTTAATGAGTTCAAGAAAGACATCCAATATCTTCCAACGCCTTCT
CCATTCACCCAAATCAATCCCTTTCCCATTCCACTCATGCGAACCGCTGCTGCGCTTTCA
CTCTCCGGTGCATAGAATGAAGTCAAGTACATCCAAAACCCAATCCTAAGATGGAAACAC
TACGAGGACCAGTGTATCTGTGCTCCAAGTAAGCTCCACTATCCTGTAAGAACAGAAAAA
AAAAGCCAACCAATTATATGAAACATATCTTCATCAATATATTCATTTAAAAAACGTTGA
ATTATATTTGTTACTTACTGGAAATCCAGTGAGAACACCAAGCATAACAAGGTGATTCTC
TCCTTCTTTTAGTGCAACCGGTTCTTGGAAACAAAACTCTTCTCGTCATGGCTTCCATGT
CCACTTCCTAGCAATAGAGAAAATATCATCATCATCATAGTTCATTTTCATATTTTTGCA
TCATATATACACCA


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 0 0 15 15 15 15 0 15 0 0 15 0 0 0 15 0 0 0 0 15 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BK26JQ U 1
AF RR1BY84JQ U 2
AF RR1BL19TF U 370
BS 1 787 RR1BK26JQ
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BS 825 1154 RR1BL19TF

RD RR1BK26JQ 825 0 0
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CTCTCCG*TGCATAGAA*GTAGTCTGGTACATGTAAGTCCTGGTG

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR1BY84JQ 782 0 0
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CGTTTAAATTTAAGAAACCATATACAAACAATGTTGCCACACGAGCACTTTTGAGATTGG
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TCCTGTCACGAGCACACTTGACTTGCACGGCAAGCGTCTTGACAACGTTCTTGCATGAAT
CTTTCTTGTCTTGTTTGAATGTGCTTTTGTTCACCGGAATCACACACTCTCCTTTCCCCA
AACAATGCTTCTCAACGACTTTCTTTGAAACGGGAGCATTACAAGTACCAAGTGTGAAGT
TTCCACAAGTACCAATAGGGTTTCCGAAGCTAGCGAACTCGACTTCTGCGATCTTCTTGT
TGCCAGAGCATTTAAGAGTAGCTGTGAGACTCACGTTATCAGTGATGGCTTGGACCTGGT
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CGAATATAACAAGAAGGTTTTTCTTGGGCTTCAAGAAAGATCTAGGGATGTGATATTCTA
TTTGCGTGGATTGATTTAATGAGTTCAAGAA*GACATCCAATATCTTCCAACGCCTTCTC
CATTCACCCAAATCAATCCCTTTCC*ATTCCACTCATGCGAACCGCTGCTGCGCTTTCAC
TC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1BL19TF 785 0 0
GG
ACCAATAGGGTTTCCGAAGCTAGCGAACTCGACTTCTGCGATCTTCTTGTTGCCAGAGCA
TTTAAGAGTAGCTGTGAGACTCACGTTATCAGTGATGGCTTGGACCTGGTCTTGCTTCCT
TGTCCAGTGTCTAACACTTGGAATGTAGTCTTCTCCGACGTAAGTACAAACAGTGTCTCT
GTTGACGATGACGAAGTCTATAATCTCAGGCTTCACGTTAGGCTCTTCCTCGAATATAAC
AAGAAGGTTTTTCTTGGGCTTCAAGAAAGGTCTAGGGATGTGATATTCTATTTGCGTGGA
TTGATTTAATGAGTTCAAGAAAGACATCCAATATCTTCCAACGCCTTCTCCATTCACCCA
AATCAATCCCTTTCCCATTCCACTCATGCGAACCGCTGCTGCGCTTTCACTCTCCGGTGC
ATCGAATGAGGTCAAGTAC*TCCAGAACTCAATCCTAAGATGGAAACACTACGAGGACCA
GTGTATCTGTGCTCCAAGTAAGCTCCACTATCCTGTAAGAACAGAAAAAAAAAGCCAACC
AATTATATGAAACATATCTTCATCAATATATTCATTTAAAAAACGTTGAATTATATTTGT
TACTTACTGGAAATCCAGTGAGAACACCAAGCATAACAAGGTGATTCTCTCCTTCTTTTA
GTGCAACCGGTTCTTGGAAACAAAACTCTTCTCGTCATGGCTTCCATGTCCACTTCCTAG
CAATAGAGAAAATATCATCATCATCATAGTTCATTTTCATATTTTTGCATCATATATACA
CCA

QA 3 785 3 785
DS 



CO CL2082Contig2 803 2 1 U
GGAGAGAGACTCGGAATCCATACCGAGAAAGGTTTGAAGAAGGTCAAATGGCAGAAATTC
ACTGGAAAAGCACCAGGACTTACATGGTACCAGACCTACTTCTATGCACCGGAGAGTGAA
AGCGCAGCAGCGGTTCGCATGAGTGGAATGGGAAAGGGATTGATTTGGGTGAATGGAGAA
GGCGTTGGAAGATATTGGATGTCTTTCTTGAACTCATTAAATCAATCCACGCAAATAGAA
TATCACATCCCTAGATCTTTCTTGAAGCCCAAGAAAAACCTTCTTGTTATATTCGAGGAA
GAGCCTAACGTGAAGCCTGAGATTATAGACTTCGTCATCGTCAACAGAGACACTGTTTGT
ACTTACGTCGGAGAATACTACATTCCAAGTGTTAGGCACTGGACAAGGAAGCAAGACCAG
GTCCAAGCCATCACTGATAACGTGAGTCTCACAGCTACTCTTAAATGCTCTGGCAACAAG
AAGATCGCAGAAGTCGAGTTCGCTAGCTTCGGAAACCCTATTGGTACTTGTGGAAACTTC
ACACTTGGTACTTGTAATGCTCCCGTTTCAAAGAAAGTCGTTGAGAAGCATTGTTTGGGG
AAAGGAGAGTGTGTGATTCCGGTGAACAAAAGCACATTCAAACAAGACAAGAAAGATTCA
TGCAAGAACGTTGTCAAGACGCTTGCCGTGCAAGTCAAGTGTGCTCGTGACAGAAGAACT
GAGGTATCTTTTATCATCACTATCACATATGGTTCATGTTCTGCTTTAGACAATCTCAAA
GTGCTCGTGGGGCAACATTGTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BY84TF U 1
AF RR1BK26TF U 1
BS 1 803 RR1BK26TF

RD RR1BY84TF 710 0 0
GGAGAGAGACTCGGAATCCATACCGAGAAAGGTTTGAAGAAGGTCAAATGGCAGAAATTC
ACTGGAAAAGCACCAGGACTTACATGGTACCAGACCTACTTCTATGCACCGGAGAGTGAA
AGCGCAGCAGCGGTTCGCATGAGTGGAATGGGAAAGGGATTGATTTGGGTGAATGGAGAA
GGCGTTGGAAGATATTGGATGTCTTTCTTGAACTCATTAAATCAATCCACGCAAATAGAA
TATCACATCCCTAGATCTTTCTTGAAGCCCAAGAAAAACCTTCTTGTTATATTCGAGGAA
GAGCCTAACGTGAAGCCTGAGATTATAGACTTCGTCATCGTCAACAGAGACACTGTTTGT
ACTTACGTCGGAGAATACTACATTCCAAGTGTTAGGCACTGGACAAGGAAGCAAGACCAG
GTCCAAGCCATCACTGATAACGTGAGTCTCACAGCTACTCTTAAATGCTCTGGCAACAAG
AAGATCGCAGAAGTCGAGTTCGCTAGCTTCGGAAACCCTATTGGTACTTGTGGAAACTTC
ACACTTGGTACTTGTAATGCTCCCGTTTCAAAGAAAGTCGTTGAGAAGCATTGTTTGGGG
AAAGGAGAGTGTGTGATTCCGGTGAACAAAAGCACATTCAAACAAGACAAGAAAGATTCA
TGCAAGAACGTTGTCAAGACGCTTGCCGTGCAAGTCAAGTGTGCTCGTGA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1BK26TF 803 0 0
GGAGAGAGACTCGGAATCCATACCGAGAAAGGTTTGAAGAAGGTCAAATGGCAGAAATTC
ACTGGAAAAGCACCAGGACTTACATGGTACCAGACCTACTTCTATGCACCGGAGAGTGAA
AGCGCAGCAGCGGTTCGCATGAGTGGAATGGGAAAGGGATTGATTTGGGTGAATGGAGAA
GGCGTTGGAAGATATTGGATGTCTTTCTTGAACTCATTAAATCAATCCACGCAAATAGAA
TATCACATCCCTAGATCTTTCTTGAAGCCCAAGAAAAACCTTCTTGTTATATTCGAGGAA
GAGCCTAACGTGAAGCCTGAGATTATAGACTTCGTCATCGTCAACAGAGACACTGTTTGT
ACTTACGTCGGAGAATACTACATTCCAAGTGTTAGGCACTGGACAAGGAAGCAAGACCAG
GTCCAAGCCATCACTGATAACGTGAGTCTCACAGCTACTCTTAAATGCTCTGGCAACAAG
AAGATCGCAGAAGTCGAGTTCGCTAGCTTCGGAAACCCTATTGGTACTTGTGGAAACTTC
ACACTTGGTACTTGTAATGCTCCCGTTTCAAAGAAAGTCGTTGAGAAGCATTGTTTGGGG
AAAGGAGAGTGTGTGATTCCGGTGAACAAAAGCACATTCAAACAAGACAAGAAAGATTCA
TGCAAGAACGTTGTCAAGACGCTTGCCGTGCAAGTCAAGTGTGCTCGTGACAGAAGAACT
GAGGTATCTTTTATCATCACTATCACATATGGTTCATGTTCTGCTTTAGACAATCTCAAA
GTGCTCGTGGGGCAACATTGTTT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 4

CO CL2083Contig1 541 4 10 U
GGAGCGGCCGTGAGATCAGAGTTTGTTTCCGGCTGTAATCGAAACCATCGGAGATGAAGT
TTCACACAATGTCCGGCGAGGAAGACGCCACCGTAAGGGAGCCACTAGATCTGATTCGTC
TAAGCCTCGACGAGAGAATCTATGTCAAGCTCCGCTCAGACCGCGAACTTCGCGGCAAGC
TTCACGCGTTTGATCAGCATTTGAACATGATTCTGGGTGATGTCGAAGAAGTAATCACAA
CTGTAGAAATCGATGACGAGACCTACGAAGAGATTGTCAGGACGATAAAGCGCAATATTC
AGTATCTGTTTGTGAGAGGAAATGGAGTGATATTGGTGTCTCCACCTCTGAGGACAACTT
GAGTTTTAGCAACTCAAATCTGAAGTCTTAACTTAAGGAAGACTCTTTTTTTTTCTAAAC
AAAAAAGTCTCGTGTGTCCTCTATATATCAAGGAAGGCCTTTGTTGGCCAGTGACGTATT
TTATTCAGTCGATTGTTGTTTAAAAAACTCAGAAAGCATCTATTATATTACTTCGATTCA
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 
10 

AF RR1D551TF U 1
AF RR1AG64JQ C 27
AF RR1AG64TF U 27
AF RR1D551JQ C 122
BS 1 54 RR1D551TF
BS 55 55 RR1AG64TF
BS 56 68 RR1D551TF
BS 69 69 RR1AG64TF
BS 70 320 RR1D551TF
BS 321 321 RR1AG64TF
BS 322 474 RR1D551TF
BS 475 475 RR1AG64TF
BS 476 536 RR1D551TF
BS 537 541 RR1D551JQ

RD RR1D551TF 541 0 0
GGAGCGGCCGTGAGATCAGAGTTTGTTTCCGGCTGTAATCGAAACCATCGGAGACGAAGT
TTCACACAGTGTCCGGCGAGGAAGACGCCACCGTAAGGGAGCCACTAGATCTGATTCGTC
TAAGCCTCGACGAGAGAATCTATGTCAAGCTCCGCTCAGACCGCGAACTTCGCGGCAAGC
TTCACGCGTTTGATCAGCATTTGAACATGATTCTGGGTGATGTCGAAGAAGTAATCACAA
CTGTAGAAATCGATGACGAGACCTACGAAGAGATTGTCAGGACGATAAAGCGCAATATTC
AGTATCTGTTTGTGAGAGGAGATGGAGTGATATTGGTGTCTCCACCTCTGAGGACAACTT
GAGTTTTAGCAACTCAAATCTGAAGTCTTAACTTAAGGAAGACTCTTTTTTTTTCTAAAC
AAAAAAGTCTCGTGTGTCCTCTATATATCAAGGAAGGCCTTTGTTGGCCAGTGATGTATT
TTATTCAGTCGATTGTTGTTTAAAAAACTCAGAAAGCATCTATTATATTACTTCGA
TTCAC

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1AG64JQ 513 0 0
GG
CCGGCTGTAATCGAAACCATCGGAGATGAAGTTTCACACAATGTCCGGCGAGGAAGACGC
CACCGTAAGGGAGCCACTAGATCTGATTCGTTTAAGCCTCGACGAGAGAATTTATGTCAA
GCTCCGCTCAGACCGCGAACTTCGCGGCAAGCTTCACGCGTTTGATCAGCATTTGAACAT
GATTCTGGGTGATGTCGAAGAAGTAATCACAACTGTAGAAATCGATGACGAGACCTACGA
AGAGATTGTCAGGACGATAAAGCGCAATATTCAGTATCTGTTTGTGAGAGGAAATGGAGT
GATATTGGTGTCTCCATCTCTGAGGACAACTTGAGTTTTAGCAACTCAAATCTGAAGTCT
TAACTTAAGGAAGACTCTTTTTTTT*CTAAACAAAAAAGTCTCGTGTGTCCTCTATATAT
CAAGGAAGGCCTTTGTTGGCCAGTGACGTATTTTATTCAGTCGATTGTTGTTTAAAAAAC
TCAGAAAGCATCTATTATATTACTTCGA
CCC

QA 3 510 3 510
DS 

RD RR1AG64TF 513 0 0
GG
CCGGCTGTAATCGAAACCATCGGAGATGAAGTTTCACACAATGTCCGGCGAGGAAGACGC
CACCGTAAGGGAGCCACTAGATCTGATTCGTCTAAGCCTCGACGAGAGAATCTATGTCAA
GCTCCGCTCAGACCGCGAACTTCGCGGCAAGCTTCACGCGTTTGATCAGCATTTGAACAT
GATTCTGGGTGATGTCGAAGAAGTAATCACAACTGTAGAAATCGATGACGAGACCTACGA
AGAGATTGTCAGGACGATAAAGCGCAATATTCAGTATCTGTTTGTGAGAGGAAATGGAGT
GATATTGGTGTCTCCATCTCTGAGGACAACTTGAGTTTTAGCAACTCAAATCTGAAGTCT
TAACTTAAGGAAGACTCTTTTTTTT*CTAAACAAAAAAGTCTCGTGTGTCCTCTATATAT
CAAGGAAGGCCTTTGTTGGCCAGTGACGTATTTTATTCAGTCGATTGTTGTTTAAAAAAC
TCAGAAAGCATCTATTATATTACTTCGA
CCC

QA 3 510 3 510
DS 

RD RR1D551JQ 420 0 0
AAGCCTCGACGAGAGAATTTATGTCAAGCTCCGCTCAGACCGCGAACTTCGCGGCAAGCT
TCACGCGTTTGATCAGCATTTGAACATGATTCTGGGTGATGTCGAAGAAGTAATCACAAC
TGTAGAAATCGATGACGAGACCTACGAAGAGATTGTCAGGACGATAAAGCGCAATATTCA
GTATCTGTTTGTGAGAGGAGATGGAGTGATATTGGTGTCTCCACCTCTGAGGACAACTTG
AGTTTTAGCAACTCAAATCTGAAGTCTTAACTTAAGGAAGACTCTTTTTTTTTCTAAACA
AAAAAGTTTCGTGTGTCCTCTATATATCAAGGAAGGCCTTTGTTGGCCAGTGATGTATTT
TATTCAGTCGATTGTTGTTTAAAAAACTCAGAAAGCATCTATTATATTACTTCGATTCAC

QA 1 420 1 420
DS 



AS 1 5

CO CL2084Contig1 825 5 27 U
GGAGACTTGTAAGTGGTAGCCATTATGGCAGTCTCTTCACTCTCAATCCGCTTTTGTGTT
TCACCAACAATCTCGCACAAGACAGATATTCCCTGTCCAAACCCATCACTCAGAGCTTGT
TGTTCACTTTCATCCGGCAGCAGTCTTGACTCCTCGGAGAATAGAAATGGAAGCAACTGG
AAGAGAAGGCAAGCTCTTGTGGGAGTAGGAACTTTATTGGCAACTTCAGTTCCAGCAACT
TTGCTTCTTGCTGAAGAGGTACCAAAAAGCTACTCTGCTTTTGTGGATAGAGAAGATGGT
TATTCGTATTATTACCCATCAGACTGGAGGGAATTTGACTTCAGGGCACATGATTCAGCC
TTCAAGGATAGATATTTGCAGCTGCAGAATGTTCGTGTCAGGTTCATACCAACAGAGAAA
ACAGACATCCGCGAAGTGGGTCCAATGGATGAGGTGGTTTATGATCTAGTGAAGCATAAG
TTTGCAGCACCAAACCAAGTAGCTACCATTTATGATATGAAAGAGAGGGTGGAGGATGGA
AGGAGCTATTACACATTTGAGTATGGACTAAGAACTCCCATCTATGCAACCACTTCTTTT
GCAACTGTGGCTGTTGGAAACAACAGATACTACACACTCATAGTTGGAGCAAACGAGAGA
AGATGGAGGAAAGTGAAGAAGCAGCTCCAAGTTGTTGCCGACTCTTTGAAGATTCTTCAG
ATTTGACAAGAGACGATAAACAAATCTTCTGTTACTCTTTATCTATACTCTCTGTTGGTT
ACAAA*CTGTATGTAGATTTCAGTTGATATTCTTATATTCTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 10 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F024TF U 4
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AF RR1CL60TF U 1
AF RR1BG61TF U 4
AF RR1F024JQ C 120
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A*AAA*CTGTATGTAGATTT

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AACAACAGATACTACACACTCATAGTTGGAGCAAACGAGAGAAGATGGAGGAAAGTGAAG
AAGCAGCTCCAAGTTGTTGCCGACTCTTTGAAGATTCTTCAGATTTGACAAGAGACGATA
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DS 



AS 1 5

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TATGTTTATTTCATATTATCATGTTATTTTGATCGAAATGTTTATGAAGTGTTTTCTTTT
AAAAATGTCAATGTTTATGAACTATGAAGTGTGTGTGTGTGTGGGTTCTATATTACGAAG
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TGGGGTATGTTCACGGCTCATATGATTATTCTATTTTGAGAGTTTGTATATTATACTATA
TATTTATAACATTTCTCTTTTACC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1EH18JQ C 274
AF RR1EH18TF U 274
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BS 726 728 RR1GJ19TF
BS 729 729 RR1EH18TF
BS 730 745 RR1GJ19TF
BS 746 845 RR1EH18TF
BS 846 924 RR1CD64JQ

RD RR1CD64TF 683 0 0
GGACCACACCACCGTATAATATCAAAGATCCAACATGGCAACTCCCCAAGATAAACTTTC
CTCCAAATCTTTTAAGTGGTTTTCCACCAAAGCCCTAAAACTAAACCTAGGTTTCCAAAA
CCGACGAGGGTCATCACCAAAATCCAATTCTTCTTCAAGCTTAAACTCTCCAAGAAGCAA
CACCGATGAAAACAACAACAACATAAAAAGTTGCCACTCCCATGACGAGCTCCGTCGAGT
CTTCAGCCACTTCGACGTTAACAGCGACGGTAAGATCTCAGCCTTTGAGCTCAGATACTA
CTTCGGAACCGTAGGTGAGTATATAACTCACGAGGCAGCTCAAGAGGCGATAAACGAAGT
CGATACTGACGCTGATGGACCTTTAGGGTTTGAGGATTTTGTTGGATTGATGACGAGAAG
AGATCTTGACGCTAATGGTGACGGCGGCCGAGAATTGAAGACGACGTTTGAGATGTTTGA
GGTGGAGAAAGGGTCAGGATGCATAACACCAAAGGGTTTGCAAAATATGCTTACGAAGTT
AGGGGAATCAAGAACGTATGGAGAGTGTGAAGCAATGATAAATTATTACGATATTGATGG
TAATGGAGTTCTTGATTATCATGAGTTTCGGCAAATGATGACCGTTTAGTTTAATTAATT
TATGTTTATTTCATATTATCATG

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1GJ19TF 742 0 0
GG
ACACCACCATATAATATCAAAGATCCAACATGGCAACTCCCCAAGATAAACTTTCCTCCA
AATCTTTTAAGTGGTTTTCCACCAAAGCCCTAAAACTAAACCTAGGTTTCCAAAACCGAC
GAGGGTCATCACCAAAATCCAATTCTTCTTCAAGCTTAAACTCTCCAAGAAGCAACACCG
ATGAAAACAACAACAACATAAAAAGTTGCCACTCCCATGACGAGCTCCGTCGAGTCTTCA
GCCACTTCGACGTTAACAGCGACGGTAAGATCTCAGCCTTTGAGCTCAGAGACTACTTCG
GATCCGTAGGTGAGTATATAACTCACGAGGC***TCAAGAGGCGATAAACGAAGTCGATA
CTGACGCTGATGGATCTTTAGGGTTTGAGGATTTTGTTGGATTGATGACGAGAAGAGATC
TTGACGCTAATGGTGACGGCGGCCGAGAATTGAAGACGGCGTTTGAGATGTTTGAGGTGG
AGAAAGGGTCAGGATGCATAACACCAAAGGGTTTGCAAAATATGCTTACGAAGTTAGGGG
AATCAAGAACGTATGGAGAGTGTGAAGCAATGATAAATTATTACGATATTGATGGTAATG
GAGTTCTTGATTATCATGAGTTTCGGCAAATGATGACCGTTTAGTTTAATTAATTTATGT
TTATTTCATATTATCATGTTATTTTGATCGAA*TGTTTATGAAGTGTTTTCTTTTAAAA*
TGTTAATGTTTATGAACTAT

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR1EH18JQ 572 0 0
GATCTCAGCCTTTGAGCTCAGAGACTACTTCGGATCCGTAGGTGAGTATATAACTCACGA
GGCAGCTCAAGAGGCGATAAACGAAGTCGATACTGACGCTGATGGATCTTTAGGGTTTGA
GGATTTTGTTGGATTGATGACGAGAAGAGATCTTGACGCTAATGGTGACGGCGGCCGAGA
ATTGAAGACGGCGTTTGAGATGTTTGAGGTGGAGAAAGGGTCAGGATGCATAACACCAAA
GGTTTTGCAAAATATGCTTACGAAGTTAGGGGAATCAAGAACGTATGGAGAGTGTGAAGC
AATGATAAATTATTACGATATTGATGGTAATGGAGTTCTTGATTATCATGAGTTTCGGCA
AATGATGACCGTTTAGTTTAATTAATTTATGTTTATTTCATATTATCATGTTATTTTGAT
CGAAATGTTTATGAAGTGTTTTCTTTTAAAAATGTCAATGTTTATGAACTATGAAGTGTG
TGTGTGTGTGGGTTCTATATTACGAAGTGGCTTAATTACTTGTGTGGACGACTACTAATA
AATTATATGAATGATAGATTTTTATTTTGGGG

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1EH18TF 572 0 0
GATCTCAGCCTTTGAGCTCAGAGACTACTTCGGATCCGTAGGTGAGTATATAACTCACGA
GGCAGCTCAAGAGGCGATAAACGAAGTCGATACTGACGCTGATGGATCTTTAGGGTTTGA
GGATTTTGTTGGATTGATGACGAGAAGAGATCTTGACGCTAATGGTGACGGCGGCCGAGA
ATTGAAGACGGCGTTTGAGATGTTTGAGGTGGAGAAAGGGTCAGGATGCATAACACCAAA
GGTTTTGCAAAATATGCTTACGAAGTTAGGGGAATCAAGAACGTATGGAGAGTGTGAAGC
AATGATAAATTATTACGATATTGATGGTAATGGAGTTCTTGATTATCATGAGTTTCGGCA
AATGATGACCGTTTAGTTTAATTAATTTATGTTTATTTCATATTATCATGTTATTTTGAT
CGAAATGTTTATGAAGTGTTTTCTTTTAAAAATGTCAATGTTTATGAACTATGAAGTGTG
TGTGTGTGTGGGTTCTATATTACGAAGTGGCTTAATTACTTGTGTGGACGACTACTAATA
AATTATATGAATGATAGATTTTTATTTTGGGG

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1CD64JQ 685 0 0
TCTTCAGCCACTTCGACGTTAACAGCGACGGTAAGATCTCAGCCTTTGAGCTCAGATACT
ACTTCGGATCCGTAGGTGAGTATATAACTCACGAGGCAGCTCAAGAGGCGATAAACGAAG
TCGATACTGACGCTGATGGATCTTTAGGGTTTGAGGATTTTGTTGGATTGATGACGAGAA
GAGATCTTGACGCTAATGGTGACGGCGGCCGAGAATTGAAGACGACGTTTGAGATGTTTG
AGGTGGAGAAAGGGTCAGGATGCATAACACCAAAGGGTTTGCAAAATATGCTTACGAAGT
TAGGGGAATCAAGAACGTATGGAGAGTGTGAAGCAATGATAAATTATTACGATATTGATG
GTAATGGAGTTCTTGATTATCATGAGTTTCGGCAAATGATGACCGTTTAGTTTAATTAAT
TTATGTTTATTTCATATTATCATGTTATTTTGATCGAAATGTTTATGAAGTGTTTTCTTT
TAAAAATGTTAATGTTTATGAACTATGAAGTGTGTGTGTGTGTGGGTTCTATATTACGAA
GTGGCTTAATTACTTGTGTGGACGACTACTAATAAATTATATGAATGATAGATTTTTATT
TTGGGGTATGTTCACGGCTCATATGATTATTCTATTTTGAGAGTTTGTATATTATACTAT
ATATTTATAACATTTCTCTTTTACC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL2086Contig1 537 2 12 U
GGAACAAAGCATTGGTGAATATACCAATTCCACTTATAACATTTACTTGTGTTACACAGT
ATTGGGACATCACCACATATTTCTAGAGCTCAAGTTTTGACAGTACAAATGTACAGAAAA
ATCGGAAGTATACAGATTCATTACCTAAACAGAAGCTGGCGTTGGTGTAAATGTTGGGAT
TGAGGCAGGAACTCGGTTTTCCGGCGGGATCTCAGTGAACTCGGAGAGAATTGCTCGGAA
CTCGTCCCCTCCGATAGTTTCTTTCTCTAAAAGCACTTCAACTATCTTATCCATGGCCTC
ACGGTTGTTCCTTATGTGGCTTAAAGCTATCTCGTATGCACTGTCTGACAGTTTCTTCAC
CGCAAAATCAATGTCCTCTGCGAGCTTCTCGGACATGGAGTTTCTTGCCATCATCCTCAT
GATCACATCGCTTTGTGCCGATGAATCCATCAACGACCATGGCCCAATTTCAAACATTCC
AAATGTTGTTACCATCTGCTTAGCCAAACCGGTGATCTGTTGCAAGTCACCAACCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H070JQ U 1
AF RR1BA72JQ U 230
BS 1 246 RR1H070JQ
BS 247 247 RR1BA72JQ
BS 248 269 RR1H070JQ
BS 270 270 RR1BA72JQ
BS 271 364 RR1H070JQ
BS 365 365 RR1BA72JQ
BS 366 392 RR1H070JQ
BS 393 393 RR1BA72JQ
BS 394 462 RR1H070JQ
BS 463 463 RR1BA72JQ
BS 464 470 RR1H070JQ
BS 471 537 RR1BA72JQ

RD RR1H070JQ 470 0 0
GGAACAAAGCATTGGTGAATATACCAATTCCACTTATAACATTTACTTGTGTTACACAGT
ATTGGGACATCACCACATATTTCTAGAGCTCAAGTTTTGACAGTACAAATGTACAGAAAA
ATCGGAAGTATACAGATTCATTACCTAAACAGAAGCTGGCGTTGGTGTAAATGTTGGGAT
TGAGGCAGGAACTCGGTTTTCCGGCGGGATCTCAGTGAACTCGGAGAGAATTGCTCGGAA
CTCGTCGCCTCCGATAGTTTCTTTCTCTAGAAGCACTTCAACTATCTTATCCATGGCCTC
ACGGTTGTTCCTTATGTGGCTTAAAGCTATCTCGTATGCACTGTCTGACAGTTTCTTCAC
CGCAGAATCAATGTCCTCTGCGAGCTTCTCGGGCATGGAGTTTCTTGCCATCATCCTCAT
GATCACATCGCTTTGTGCCGATGAATCCATCAACGACCATGGTCCAATTT

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1BA72JQ 308 0 0
ATTGCTCGGAACTCGTCCCCTCCGATAGTTTCTTTCTCTAAAAGCACTTCAACTATCTTA
TCCATGGCCTCACGGTTGTTCCTTATGTGGCTTAAAGCTATCTCGTATGCACTGTCTGAC
AGTTTCTTCACCGCAAAATCAATGTCCTCTGCGAGCTTCTCGGACATGGAGTTTCTTGCC
ATCATCCTCATGATCACATCGCTTTGTGCCGATGAATCCATCAACGACCATGGCCCAATT
TCAAACATTCCAAATGTTGTTACCATCTGCTTAGCCAAACCGGTGATCTGTTGCAAGTCA
CCAACCGC

QA 1 308 1 308
DS 



AS 1 5

CO CL2087Contig1 838 5 14 U
GGGACTCGACCTAAAGCTTAAACCCTAGCAACCGCGTAGAAAGAAGAGAAAAGGCGAAAG
CTTCTCACAAGGTTAATAACAATGGCTGAGCAACAAGAGATCCTCGATTCAGTGTCGGCA
GCCGAAGTGAAACCAGATCCAATAACGGACACTGAAGTCGAAGAAGCTGCAGAGAAACGC
GGGAGAGAGGAGACGACGGAGGAAACAGAGGATGGAGGAGGCGAATCCAAGAAGCAGAAA
GTGGGAGAGGAAGAGAAACCCAACGGGTCGGATCCGGTCAAGCTGGGTCCCAAGGAGTTC
GTCACCTCTGTGGCGATGTTTGATTACTTCACCAAGTTTATGCATTTCTGGCCCACTGAT
CTCGATGTCAACAAGTATGAGCACATGGTGCTGCTAGATTTGATCAAGAAGGGCCATACT
GAGCCTGACAATAAGATTGGAGGAGGGATCAAAGCCTCCCAAGTGAGAACCCACCCGATG
TGGAAAAGCAGGTGTTTTTTTCTGGTTAGGGAAGACGACACTGCTGACGATTTCAGCTAC
AGGAAGTGCGTTGATCACATCCTACCTTTGCCTGAAAACATGAAGACTCCTGGGTCTAAC
GGTAATGGACATGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGAAGAGGTGGCCGCGGTGGTGGCAGAGGT
GGGAGATTCAGAAGATGAATTGACCCTTTTGTTGCTTTGTCGAAATTTTGGAGCTTTTAA
TGTTAAGTTCTGTTTGCTTAAAACATATTTAAGTTATGATCTTGTTGAATGCTGTTGTTA
TTTCCCGGAGAATGTTTGTCACTTTATTGTTCAAGAACCAGAAGCTACAGCTCGTCTC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ29TF U 1
AF RR1H350TF U 1
AF RR1A283TF U 2
AF RR1BD92TF U 2
AF RR1A283JQ C 29
BS 1 84 RR1CZ29TF
BS 85 85 RR1H350TF
BS 86 176 RR1CZ29TF
BS 177 177 RR1A283TF
BS 178 457 RR1CZ29TF
BS 458 458 RR1A283TF
BS 459 619 RR1CZ29TF
BS 620 643 RR1A283TF
BS 644 746 RR1BD92TF
BS 747 752 RR1A283JQ
BS 753 783 RR1BD92TF
BS 784 784 RR1A283JQ
BS 785 796 RR1BD92TF
BS 797 838 RR1A283JQ

RD RR1CZ29TF 619 0 0
GGGACTCGACCTAAAGCTTAAACCCTAGCAACCGCGTAGAAAGAAGAGAAAAGGCGAAAG
CTTCTCACAAGGTTAATAACAATGACTGAGCAACAAGAGATCCTCGATTCAGTGTCGGCA
GCCGAAGTGAAACCAGATCCAATAACGGACACTGAAGTCGAAGAAGCTGCAGAGAAGCGC
GGGAGAGAGGAGACGACGGAGGAAACAGAGGATGGAGGAGGCGAATCCAAGAAGCAGAAA
GTGGGAGAGGAAGAGAAACCCAACGGGTCGGATCCGGTCAAGCTGGGTCCCAAGGAGTTC
GTCACCTCTGTGGCGATGTTTGATTACTTCACCAAGTTTATGCATTTCTGGCCCACTGAT
CTCGATGTCAACAAGTATGAGCACATGGTGCTGCTAGATTTGATCAAGAAGGGCCATACT
GAGCCTGACAATAAGATTGGAGGAGGGATCAAAGCCTTCCAAGTGAGAACCCACCCGATG
TGGAAAAGCAGGTGTTTTTTTCTGGTTAGGGAAGACGACACTGCTGACGATTTCAGCTAC
AGGAAGTGCGTTGATCACATCCTACCTTTGCCTGAAAACATGAAGACTCCTGGGTCTAAC
GGTAATGGACATGGTGGTG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1H350TF 610 0 0
G
GGACTCGACCTAAAGCTTAAACCCTAGCAACCGCGTAGAAAGAAGAGAAAAGGCGAAAGC
TTCTCACAAGGTTAATAACAATGGCTGAGCAACAAGAGATCCTCGATTCAGTGTCGGCAG
CCGAAGTGAAACCAGATCCAATAACGGACACTGAAGTCGAAGAAGCTGCAGAAA**CGCG
GGAGAGAGGAGACGACGGAGGAAACAGAGGATGGAGGAGGCGAATCCAAGAAGCAGAAAG
TGGGAGAGGAAGAGAAACCCAACGAGTCGGATCCGGTCAAGCTGGGTCCCAAGGAGTTCG
TCACCTCTGTGGCGATGTTTGATTACTTCACCAAGTTTATGCATTTCTGGCCCACTGATC
TCGATGTCAACAAGTATGAGCACATGGTGCTGCTAGATTTGATCAA*AAGGGCCATACTG
AGCCTGACAATAAGATTGGAGGAGGGATCAAAGCCTTCCAAGTGAGAACCCACCCGATGT
GGAAAAGCAGGTGTTTTTTTCTGGTTAGGGAAGACGACACTGCTGGCGATTTCAGCTACA
GGAAGTGCGTTGATCACATCCTACCTTTGCCTGAAAACATGAAGACTCCTGGGTCTAACG
GTAATGGAC

QA 2 610 2 610
DS 

RD RR1A283TF 642 0 0
GGACTCGACCTAAAGCTTAAACCCTAGCAACCGCGTAGAAAGAAGAGAAAAGGCGAAAGC
TTCTCACAAGGTTAATAACAATGGCTGAGCAACAAGAGATCCTCGATTCAGTGTCGGCAG
CCGAAGTGAAACCAGATCCAATAACGGACACTGAAGTCGAAGAAGCTGCAGAGAAACGCG
GGAGAGAGGAGACGACGGAGGAAACAGAGGATGGAGGAGGCGAATCCAAGAAGCAGAAAG
TGGGAGAGGAAGAGAAACCCAACGGGTCGGATCCGGTCAAGCTGGGTCCCAAGGAGTTCG
TCACCTCTGTGGCGATGTTTGATTACTTCACCAAGTTTATGCATTTCTGGCCCACTGATC
TCGATGTCAACAAGTATGAGCACATGGTGCTGCTAGATTTGATCAAGAAGGGCCATACTG
AGCCTGACAATAAGATTGGAGGAGGGATCAAAGCCTCCCAAGTGAGAACCCACCCGATGT
GGAAAAGCAGGTGTTTTTTTCTGGTTAGGGAAGACGACACTGCTGACGATTTCAGCTACA
GGAAGTGCGTTGATCACATCCTACCTTTGCCTGAAAACATGAAGACTCCTGGGTCTAACG
GTAATGGACATGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGAAGAGGTGGCC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1BD92TF 795 0 0
GGACTCGACCTAAAGCTTAAACCCTAGCAACCGCGTAGAAAGA***GAAAAGGCGAAAGC
TTCTCACAAGGTTAGTAACAATGGCTGAGCAACAAGAGATCCTCGATTCAGTGTCGGCAG
CCGAAGTGAAACCAGATCCAATAACGGACACTGAAGTCGAAGAAGCTGCAGAGAAACGCG
GGAGAGAGGAGACGACGGAGGAAACAGAGGATGGAGGAGGCGAATCCAAGAAGCAGAAAG
TGGGAGAGGAAGAGAAACCCAACGGGTCGGATCCGGTCAAGCTGGGTCCCAAGGAGTTCG
TCACCTCTGTGGCGATGTTTGATTACTTCACCAAGTTCATGCATTTCTGGCCGACAGATC
TCGATGTCAACAAGTATGAGCACATGGTGCTGCTAGATCTGATCAAGAAGGGCCATACTG
AGCCTGACAATAAGATTGGAGGAGGGATCAAAGCCTTCCAAGTGAGAACCCACCCGATGT
GGAAAAGCAGGTGCTTCTTTCTGGTTAGGGAAGACGACACTGCTGACGATTTCAGCTACA
GGAAGTGCGTTGATCACATCCTACCTTTGCCTGAAAACATGAAGACTCCTGGGTCTAACG
GTAATGGACATGGTGGTGGTAGTGGTGGTAGAAGAGGTGGCCGCGGTGGTGGCAGAGGTG
GGAGATTCAGAAGATGAATTGACCCTTTTGTTGCTTTGTCGAAATTTTGGAGCTTTTAAT
GTTAAGTTCTGTTTGCTTAAAACAT******GTTATGATCTTGTTGAATGCTGTTGTTAT
TTTCCGGAGAATGTT

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1A283JQ 810 0 0
CAACCGCGTAGAAAGAAGAGAAAAGGCGAAAGCTTCTCACAAGGTTAATAACAATGGCTG
AGCAACAAGAGATCCTCGATTCAGTGTCGGCAGCCGAAGTGAAACCAGATCCAATAACGG
ACACTGAAGTCGAAGAAGCTGCAGAGAAACGCGGGAGAGAGGAGACGACGGAGGAAACAG
AGGATGGAGGAGGCGAATCCAAGAAGCAGAAAGTGGGAGAGGAAGAGAAACCCAACGGGT
CGGATCCGGTCAAGCTGGGTCCCAAGGAGTTCGTCACCTCTGTGGCGATGTTTGATTACT
TCACCAAGTTTATGCATTTCTGGCCCACTGATCTCGATGTCAACAAGTATGAGCACATGG
TGCTGCTAGATTTGATCAAGAAGGGCCATACTGAGCCTGACAATAAGATTGGAGGAGGGA
TCAAAGCCTCCCAAGTGAGAACCCACCCGATGTGGAAAAGCAGGTGTTTTTTTCTGGTTA
GGGAAGACGACACTGCTGACGATTTCAGCTACAGGAAGTGCGTTGATCACATCCTACCTT
TGCCTGAAAACATGAAGACTCCTGGGTCTAACGGTAATGGACATGGTGGTGGTGGTGGTG
GTAGAAGAGGTGGCCGCGGTGGTGGCAGAGGTGGGAGATTCAGAAGATGAATTGACCCTT
TTGTTGCTTTGTCGAAATTTTGGAGCTTTTAATGTTAAGTTCTGTTTGCTTAAAACATAT
TTAAGTTATGATCTTGTTGAATGCTGTTGTTATTTCCCGGAGAATGTTTGTCACTTTATT
GTTCAAGAACCAGAAGCTACAGCTCGTCTC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 5

CO CL2088Contig1 1141 5 3 U
GATTTCTCAACATCTGCCTTTATTTCGGAAACCATCGACAATCAGCCAAATCACACAGAG
AACAAAAACTAAAAGATAACTCAAACCAACAATCACAGCGGCGCAAGAGAGAAAGGCAAT
GCCTAGGGGCTAGGGTTGACAAATCGTATATAAACACATAATTAATACAACAACTACATT
TGGTTTGATAAATTTAAACCCGCCGGTTTAGCCAATCCAATATGACTCCAGCGATAATTC
CTCGTTCCGGTTCAAAGAGCAGATCATGCAACAACCCGTCGAACAGCTTGATCGACTTGT
CGGACGAGGAAGCTTCATCGTAGAGTCTCTGAGTAGCTTTAGGATCAGTAACCGTATCAG
CCGTCCCGTGGAGCACAAGAAAAGGGACCTTGATTCTGTTCAGGTTCCCCAGCAGATGAG
AGCCAAGTCTGAGGATCTCGTAACCGGTTCTGGCTCTGATAAACCCTGTGTAGACCAACG
GGTCAGAGTATTTAGCCAGGAGAGCTTCCGGGTCGCGAGAAACAGGCATTATTTTCTTTT
TAGCAGCGCTCAACTGGTACCTTGGGATGAGGAACGCGAGGAATGGTGCAATTACCCAAA
AGACGGGGTGAGATGGTTGGACTCCAACTGCGGGTGAAGTTAACACAATCCCTGAAACTT
GAGCTTCGATCTTTGGATCTAGCATAGCCTTCAAGATGATGGCGCCTCCTGTTGAGTGGC
CAACGCAGAAACAGGGCAGTCCCGGGTTTTCTGAGATTACCTTTTCAAGAAACGAGTTCA
AATCAGTGACAGCATAATCAAGAGAAGGAACATAAGCATGAAGTCCATCGCTTCCACCAT
GACCGATCCAGTCTATTCCATAGACCTTGAATCCATTAACATTTAGCTGCTTTGCAAAAT
CACTATACCTGCCACTGTGTTCGTTCAGACCATGTAGCAGAACAACAAGCCCCCTACAAG
CATTATCAGCCAAACAAAAAAGATAAATAGAAGAAGACAATAAACAAAAGAGATTTAAGA
TACAAAACTTGCAACATATGTGAACGTAAAGGTATATAGTCAAGAAACCTTGAAGAACAT
TGTATTATATACACCAAAAAGCTTTCTCCTGAACAAGTCTTCAGTGTTTATATAATACAT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1AT08JQ U 6
AF RR1BA83JQ U 1
AF RR1BA83TF C 45
AF RR1B950JQ U 53
AF RR1AT08TF C 470
BS 1 746 RR1BA83JQ
BS 747 923 RR1B950JQ
BS 924 1141 RR1AT08TF

RD RR1AT08JQ 625 0 0
G
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AACTAAAAGATAACTCAAACCAACAATCACAGCGGCGCAAGAAAGAAAGGCAATGCCTAG
GGGCTAGGGTTGACAAATCGTATATAAACACATAATTAATACAACAACTGCATTTGGTTT
GATAAATTTAAACCCGCCGGTCTAGCCAATCCAATATGACTCCAGCGATAATTCCTCGTT
CCGGTTCAAAGAGCAGATCATGCAACAACCCGTCGAACAGCTTGATCGACTTGTCGGACG
AGGAAGCTTCATCGTAAAGTCTCTGAGTAGCTTTAGGATCAGTAACCGTATCAGCCGTCC
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GTCTGAGGATCTCGTAACCGGTTCTGGCTCTGATAAACCCTGTGTAGACCAACGGGTCAG
AGTATTTAGCCAGGAGAGCTTCCGGGTCGCGAGAAACAGGCATTATTTTCTTTTTAGCAG
CGCTCAACTGGTACCTTGGGATGAGGAACGCGAGGAATGGTGCAATTACCCAAAAGACGG
GGTGAGATGGTTGGACTCCAACTG

QA 2 625 2 625
DS 

RD RR1BA83JQ 746 0 0
GATTTCTCAACATCTGCCTTTATTTCGGAAACCATCGACAATCAGCCAAATCACACAGAG
AACAAAAACTAAAAGATAACTCAAACCAACAATCACAGCGGCGCAAGAGAGAAAGGCAAT
GCCTAGGGGCTAGGGTTGACAAATCGTATATAAACACATAATTAATACAACAACTACATT
TGGTTTGATAAATTTAAACCCGCCGGTTTAGCCAATCCAATATGACTCCAGCGATAATTC
CTCGTTCCGGTTCAAAGAGCAGATCATGCAACAACCCGTCGAACAGCTTGATCGACTTGT
CGGACGAGGAAGCTTCATCGTAGAGTCTCTGAGTAGCTTTAGGATCAGTAACCGTATCAG
CCGTCCCGTGGAGCACAAGAAAAGGGACCTTGATTCTGTTCAGGTTCCCCAGCAGATGAG
AGCCAAGTCTGAGGATCTCGTAACCGGTTCTGGCTCTGATAAACCCTGTGTAGACCAACG
GGTCAGAGTATTTAGCCAGGAGAGCTTCCGGGTCGCGAGAAACAGGCATTATTTTCTTTT
TAGCAGCGCTCAACTGGTACCTTGGGATGAGGAACGCGAGGAATGGTGCAATTACCCAAA
AGACGGGGTGAGATGGTTGGACTCCAACTGCGGGTGAAGTTAACACAATCCCTGAAACTT
GAGCTTCGATCTTTGGATCTAGCATAGCCTTCAAGATGATGGCGCCTCCTGTTGAGTGGC
CAACGCAGAAACAGGGCAGTCCCGGG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1BA83TF 757 0 0
GCCAAATCACACAGAGAACAAAAACTAAAAGATAACTCAAACCAACAATCACAGCGGCGC
AAGAGAGAAAGGCAATGCCTAGGGGCTAGGGTTGACAAATCGTATATAAACACATAATTA
ATACAACAACTACATTTGGTTTGATAAATTTAAACCCGCCGGTTTAGCCAATCCAATATG
ACTCCAGCGATAATTCCTCGTTCCGGTTCAAAGAGCAGATCATGCAACAACCCGTCGAAC
AGCTTGATCGACTTGTCGGACGAGGAAGCTTCATCGTAGAGTCTCTGAGTAGCTTTAGGA
TCAGTAACCGTATCAGCCGTCCCGTGGAGCACAAGAAAAGGGACCTTGATTCTGTTCAGG
TTCCCCAGCAGATGAGAGCCAAGTCTGAGGATCTCGTAACCGGTTCTGGCTCTGATAAAC
CCTGTGTAGACCAACGGGTCAGAGTATTTAGCCAGGAGAGCTTCCGGGTCGCGAGAAACA
GGCATTATTTTCTTTTTAGCAGCGCTCAACTGGTACCTTGGGATGAGGAACGCGAGGAAT
GGTGCAATTACCCAAAAGACGGGGTGAGATGGTTGGACTCCAACTGCGGGTGAAGTTAAC
ACAATCCCTGAAACTTGAGCTTCGATCTTTGGATCTAGCATAGCCTTCAAGATGATGGCG
CCTCCTGTTGAGTGGCCAACGCAGAAACAGGGCAGTCCCGGGTTTTCTGAGATTACCTTT
TCAAGAAACGAGTTCAAATCAGTGACAGCATAATC
CC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1B950JQ 871 0 0
ACACAGAGAACAAAAACTAAAAGATAACTCAAACCAACAATCACAGCGGCGCAAGAGAAA
AAGGCAATGCCTAGGGGCTAGGGTTGACAAATCGTATATAAACACATAATTAATACAACA
ACTACATTTGGTTTGATAAATTTAAACCCGCCGGTTTAGCCAATCCAATATGACTCCAGC
GATAATTCCTCGTTCCGGTTCAAAGAGCAGATCATGCAACAACCCGTCGAACGGCTTGAT
CGACTTGTCGGACGAGGAAGCTTCATCGTAGAGTCTCTGAGTAGCTTTAGGATCAGTAAC
CGTATCAGCCGTCCCGTGGAGCACAAGAAAAGGGACCTTGATTCTGTTCAGGTTCCCCAG
CAGATGAGAGCCAAGTCTGAGGATCTCGTAACCGGTTCTGGCTCTGATAAACCCTGTGTA
GACCAACGGGTCAGAGTATTTAGCCAGGAGAGCTTCCGGGTCGCGAGAAACAGGCATTAT
TTTCTTTTTAGCAGCGCTCAACTGGTACCTTGGGATGAGGAACGCGAGGAATGGTGCAAT
TACCCAAAAGACGGGGTGAGATGGTTGGACTCCAACTGCGGGTGAAGTTAACACAATCCC
TGAAACTTGAGCTTCGATCTTTGGATCTAGCATAGCCTTCAAGATGATGGCGCCTCCTGT
TGAGTGGCCAACGCAGAAACAGGGCAGTCCCGGGTTTTCTGAGATTACCTTTTCAAGAAA
CGAGTTCAAATCAGTGACAGCATAATCAAGAGAAGGAACATAAGCATGAAGTCCATCGCT
TCCACCATGACCGATCCAGTCTATTCCATAGACCTTGAATCCATTAACATTTAGCTGCTT
TGCAAAATCACTATACCTGCCACTGTGTTCG

QA 1 871 1 871
DS 

RD RR1AT08TF 672 0 0
GTAGACCAACGGGTCAGAGTATTTAGCCAGGAGAGCTTCCGGGTCGCGAGAAACAGGCAT
TATTTTCTTTTTAGCAGCGCTCAACTGGTACCTTGGGATGAGGAACGCGAGGAATGGTGC
AATTACCCAAAAGACGGGGTGAGATGGTTGGACTCCAACTGCGGGTGAAGTTAACACAAT
CCCTGAAACTTGAGCTTCGATCTTTGGATCTAGCATAGCCTTCAAGATGATGGCGCCTCC
TGTTGAGTGGCCAACGCAGAAACAGGGCAGTCCCGGGTTTTCTGAGATTACCTTTTCAAG
AAACGAGTTCAAATCAGTGACGGCATAATCAAGAGAAGGAACATAAGCATGAAGTCCATC
GCTTCCACCATGACCGATCCAGTCTATTCCATAGACCTTGAATCCATTAACATTTAGCTG
CTTTGCAAAATCACTATACCTGCCACTGTGTTCGTTCAGACCATGTAGCAGAACAACAAG
CCCCCTACAAGCATTATCAGCCAAACAAAAAAGATAAATAGAAGAAGACAATAAACAAAA
GAGATTTAAGATACAAAACTTGCAACATATGTGAACGTAAAGGTATATAGTCAAGAAACC
TTGAAGAACATTGTATTATATACACCAAAAAGCTTTCTCCTGAACAAGTCTTCAGTGTTT
ATATAATACATT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 5

CO CL2089Contig1 665 5 10 U
GGCCTCGTCCACAGAGAAAAACCCCAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTTCTCCACAACCCG
GCGGCGAAAATGAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCTCGCAGGAAGAACCGTAAGGCT
CATTTCACAGCCTCATCGAGCGAGAGACGCGTCATCATGAGCTCACCTCTTTCCACCGAC
CTTCGCGCGAAGTACAACGTCAGATCCATGCCCATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATC
GTTCGCGGGACCTACAAGGGGCGCGAGGGAAAGGTCGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGG
GTGATTCACATCGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTGAACGGAACCACCGTGAACGTCGGC
GTGCAGCCGTCGAAAGTGGTGATCACGAAGCTTCGTCTTGATAAGGACAGGAAGTCGTTG
TTGGAGAGGAAGGCGAAGGGTCGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGTACCAAGTTCACT
GCTGAGGATGTTATGCAGAACGTTGATTAAGCGAGAGATTTGTCGTAAGGTTTTTTTATC
GTTGTTTCAAATTTTGTTATATCGAATGTTTTATTTATGTTTCGAACATGAACATCTGTC
TTTTGGTTTCAGTTTCGGTAATGAGTTCTACTCTTTAGCTTTTATCTACAGTTTAATTGA
TGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1BB57TF U 1
AF RR1C002JQ C 1
AF RR1DD09TF U 18
AF RR1BB57JQ C 8
AF RR1C002TF U 1
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BS 632 665 RR1C002TF

RD RR1BB57TF 633 0 0
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GCGGCGAAAATGAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCTCGCAGGAAGAACCGTAAGGCT
CATTTCACAGCCTCATCGAGCGAGAGACGCGTCATCATAAGCTCACCTCTTTCCACCGAC
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GTTCGCGGGACCTACAAGGGGCGCGAGGGAAAGGTCGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTAG
GTGATTCACATCGAGAGGATCACTAGGGAGAAGGTGAACGGAACCACCGTGAATGTCGGC
GTGCAGCCGTCGAAAGTGGTGATCACGAAGCTTCGTCTTGATAAGGACAGGAAGTCGTTG
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TTTTGGTTTCAGTTTCGGTAATGAGTTCTAC
CC

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DS 

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GGCCTCG
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TTCAGTTTCGGTAATG

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DS 

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TTTATTTATGTTTCGAACATGAACATCTGTCTTTTGGTTTCAGTTTCGGTAATGAGTTCT
AC
TCTTTAG

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RD RR1BB57JQ 626 0 0
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AAATGAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCTCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCA
CAGCCTCATCGAGCGAGAGACGCGTCATCATAAGCTCACCTCTTTCCACCGACCTTCGCG
CGAAGTACAACGTCAGATCCATGCCCATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCG
GGACCTACAAGGGGCGCGAGGGAAAGGTCGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTAGGTGATTC
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CAAATTTTGTTATATCGAATGTTTTATTTATGTTTCGAACATGAACATCTGTCTTTTGGT
TTCAGTTTCGGTAATGAGTTCTAC
CC

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GGCCTCG
TCCACAGAGAAAAACCCTAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTTCTCCACAACCCGGCGGCGA
AAATGAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCTCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCA
CAGCCTCATCGAGCGAGAGACGCGTCATCATGAGCTCACCTCTTTCCACCGACCTTCGCG
CGAAGTACAACGTCAGATCCATGCCCATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCG
GGACCTACAAGGGGCGCGAGGGAAAGGTCGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTC
ACATCGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTGAACGGAACCACCGTGAACGTCGGCGTGCAGC
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ATGTTATGCAGAACGTTGATTAAGCGAGAGATTTGTCGTAAGGTTTTTTTATCGTTGTTT
CAAATTTTGTTATATCGAATGTTTTATTTATGTTTCGAACATGAACATCTGTCTTTTGGT
TTCAGTTTCGGTAATGAGTTCTACTCTTTAGCTTTTATCTACAGTTTAATTGATGCAT

QA 8 665 8 665
DS 



AS 1 5

CO CL2090Contig1 1021 5 6 U
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AAACAAAATACATAAAAGCGGTCCATTTTGGTTGGTTGGTGAATGGTGGTGATAAGAGCA
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CCTTCATTGATTCTGGTTCTCTTGGATATACACTTGTCTCCAGAATATACTGGTAGAGTT
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TGTCTTCTCCATTTGTAGGAGATGTCTTCGTTGTCTCTGCTGTTGTCGTCGCCATCTCTC
TCTCTGTATATGTTTTTTTCTTTGGACAACTTATATGTTAAAGTGTTTTTGGGTGATTCC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1GR05JQ U 43
AF RR1BP93JQ U 1
AF RR1GX04JQ U 43
AF RR1GX04TF C 45
AF RR1BP93TF C 246
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RD RR1GR05JQ 565 0 0
GG
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ATCTTGTGAGCAACCCCAGCTTTCTCGATGATCGGTAGCCCCAACTCGTAGTTCTCCCTG
TTAACATCCATAGCCAGAATTTT

QA 3 565 3 565
DS 

RD RR1BP93JQ 746 0 0
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ATTTGAAAAACAGAGGGAGGAAAGTTATCCACCCACACTCAAAAGTGTGATATCTCAATC
AATTGATCCGACGACAGATAGTGATCCCATCACCAACGGGAAGCATGCAAATCTCGATCC
TAGGGTCAGCAGCGAGAGCCTTGTTAAGCTCAAGAACAAAGTCTCTGTAGTAACGAACGT
ACTTCCTCATCGGTGCATCAGGAGGGGCCACAACGGAGCCGTTCCAAAGAGTGTTGTCGT
AGCCGATCACTCCTCCAACTTTCACAAGATCAATCAAACGTTTATGGTAGTTGATGTAGT
TGTCTTTGTCAGCATCAACGAATATAAAGTCAAATGTTCCATGGTTCTTCTCGTCAGCAA
CGAGTTCATCAAGAACAGGAAGAGCAGGGCCTTCCCTGAAGTCGATCTTGTGAGCAACCC
CAGCTTTCTCGATGATCGGTAGCCCCAACTCGTAGTTCTCTCTGTTAACATCCATAGCCA
GAATTTTTCCGTCTTCAGGGAGAGCAAGAGCAGTGGCGAGAAGAGAGTAGCCAGTGTAAA
CGCCGATCTCCATAGTGTTCTTGGCATTAACGAGCTTGATGAGCATGTTGAGAAACTGAC
CTTCATCTGCCGATGTTGTCATTATG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1GX04JQ 694 0 0
GG
ACAATGGGGAGATACTAAACAAAATACATAAAAGCGGTCCATTTTGGTTGGTTGGTGAAT
GGTGGTGATAAGAGCAATTTGAAAAACAGAGGGAGGAAAGTTATCCACCCACACTCAAAA
GTGTGATATCTCAATCAATTGATCCGACGACAGATAGTGATCCCATCACCAACGGGAAGC
ATGCAAATCTCGATCCTAGGGTCAGCAGCGAGAGCCTTGTTAAGCTCAAGAACAAAGTCT
CTGTAGTAACGAACGTACTTCCTCATCGGTGCATCAGGAGGGGCCACAACGGAGCCGTTC
CAAAGAGTGTTGTCGTAGCCGATCACTCCTCCAACTTTCACAAGATCAATCAAACGTTTA
TGGTAGTTGATGTAGTTGTCTTTGTCAGCATCAACGAATATAAAGTCAAATGTTCCATGG
TTCTTCTCGTCAGCAACGAGTTCATCAAGAACAGGAAGAGCAGGGCCTTCCCTGAAGTCG
ATCTTGTGAGCAACCCCAGCTTTCTCGATGATCGGTAGCCCCAACTCGTAGTTCTCCCTG
TTAACATCCATAGCCAGAATTTTTCCGTCTTCAGGGAGAGCAAGAGCAGTGGCGAGAAGA
GAGTAGCCAGTGTAAACGCCGATCTCCATAGTGTTCTTGGCATTAACGAGCTTGATGAGC
ATGTTGAGAAACTGACCTTCATCTGCCGATGT

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR1GX04TF 693 0 0
ACAATGGGGAGATACTAAACAAAATACATAAAAGCGGTCCATTTTGGTTGGTTGGTGAAT
GGTGGTGATAAGAGCAATTTGAAAAACAGAGGGAGGAAAGTTATCCACCCACACTCAAAA
GTGTGATATCTCAATCAATTGATCCGACGACAGATAGTGATCCCATCACCAACGGGAAGC
ATGCAAATCTCGATCCTAGGGTCAGCAGCGAGAGCCTTGTTAAGCTCAAGAACAAAGTCT
CTGTAGTAACGAACGTACTTCCTCATCGGTGCATCAGGAGGGGCCACAACGGAGCCGTTC
CAAAGAGTGTTGTCGTAGCCGATCACTCCTCCAACTTTCACAAGATCAATCAAACGTTTA
TGGTAGTTGATGTAGTTGTCTTTGTCAGCATCAACGAATATAAAGTCAAATGTTCCATGG
TTCTTCTCGTCAGCAACGAGTTCATCAAGAACAGGAAGAGCAGGGCCTTCCCTGAAGTCG
ATCTTGTGAGCAACCCCAGCTTTCTCGATGATCGGTAGCCCCAACTCGTAGTTCTCCCTG
TTAACATCCATAGCCAGAATTTTTCCGTCTTCAGGGAGAGCAAGAGCAGTGGCGAGAAGA
GAGTAGCCAGTGTAAACGCCGATCTCCATAGTGTTCTTGGCATTAACGAGCTTGATGAGC
ATGTTGAGAAACTGACCTTCATCTGCCGATGT
C

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1BP93TF 776 0 0
TCAGCAGCGAGAGCCTTGTTAAGCTCAAGAACAAAGTCTCTGTAGTAACGAACGTACT*C
CTCATCGGTGCATCAGGAGGGGCCACAACGGAGCCGTTCCAAAGAGTGTTGTCGTAGCCG
ATCACTCCTCCAACTTTCACAAGATCAATCAAACGTTTATGGTAGTTGATGTAGTTGTCT
TTGTCAGCATCAACGAATATAAAGTCAAATGTTCCATGGTTCTTCTCGTCAGCAACGAGT
TCATCAAGAACAGGAAGAGCAGGGCCTTCCCTGAAGTCGATCTTGTGAGCAACCCCAGCT
TTCTCGATGATCGGTAGCCCCAACTCGTAGTTCTCTCTGTTAACATCCATAGCCAGAATT
TTTCCGTCTTCAGGGAGAGCAAGAGCAGTGGCGAGAAGAGAGTAGCCAGTGTAAACGCCG
ATCTCCATAGTGTTCTTGGCATTAACGAGCTTGATGAGCATGTTGAGAAACTGACCTTCA
TCTGCCGATGTTGTCATTATGTTCCAAGGGTGTTTTGCTGTGACTTCCCTGAGTTCCTTC
ATTGATTCTGGTTCTCTTGGATATACACTTGTCTCCAGAATATACTGGTAGAGTTCGTCG
CTCTGTAAGAGACTCTTGTGACCGACTTCTTGGTGTCGGAGATTCTGAGATTGCTTGTCT
TCTCCATTTGTAGGAGATGTCTTCGTTGTCTCTGCTGTTGTCGTCGCCATCTCTCTCTCT
GTATATGTTTTTTTCTTTGGACAACTTATATGTTAAAGTGTTTTTGGGTGATTCCC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 5

CO CL2091Contig1 1087 5 9 U
GGAAATCCGGTCCGACAATGGCGATTTCCGTAACTCATTGTTTCTCCTTCTCCTCTTCAT
CGCTCTATCTGTCTCCATCTACATCAAGAAAATCGAGAATCATACCCATCTATTTCCATG
GAAGACCACCTTCATCTCCATTATTTTCGAAACTAAACCGAGGGGTTCAATTCATGTATC
TATCTCGGAAAAATGTCGTATCATGTCACTCTGCCCACCAAGCTTCACCAACTAATGGTG
AAGAAACGAATTCAAAGCACCCACCAGATGTAAAAACCCTGATTAAAGCTTATAAACAAG
CTCTCTTCAATGGACACGAACTCACCGTTACAGAGATCGAAACGGTTTTTTGTGAAATCG
AGAAGGAAAAGAATAGATTCGACCACAAGGTTTTATCATTATCAATGAAGATAGCTTCAG
AGAAGGACACGAAAATCAGGTTGCAGGCTGATTTTGACAATACAAGGAAAAAGCTTGACA
AGGATCGGCTTAGCACAGAGTCAAACGCAAAAGTGCAAATCATGAAGAGTCTCTTGCCAC
TCGTTGATAGTTTTGAGAGCGCTAGGCAACAGACTAAACCCAATACAGAAATGGAGAAGA
AGATCGATACGAGTTATCAGGG*AATTTACAGGCAATTCGTTGAAGTGTTGAGACACCTT
CGTGTTAAAGCCATTCCAACTCTGGGCAAGCCTTTTGATCCTTTGTTGCACGAGGCTATT
TCGCGAGAAGAATCTGAGGCGGTTAAGGTAGGAATGATAACCGAGGAGCTTACCCGGGGT
TTTCTTCTAGGAGATCGGGTTCTGCGACCAGCAAAGGTTAAAGTCTCTCTAGGACCCATC
AAGAAGAAGACTGCTTCACCTTCTGCTTGAGTTGATGTTTGGTAAATGGTTCTATGTGTC
TTTGTGTTTAACTCAACTTCTTTCTTTTTCAATGGTAAACACACAAACATAGCTATATCT
GATTAGGAATTTCGTTTGCTGCTGAGAGTTGGTTTTACTCATGGATTTATTTAATCAGAA
GCTTCAGGTTCATGTCGTCAGTTTTGGTTTTTAACAAATAAGTTGATACAAATATTTTTT
CGACCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV51TF U 7
AF RR1AY94TF U 1
AF RR1E305TF U 1
AF RR1E305JQ C 346
AF RR1BN33JQ C 380
BS 1 622 RR1AY94TF
BS 623 623 RR1E305TF
BS 624 717 RR1AY94TF
BS 718 718 RR1E305TF
BS 719 743 RR1AY94TF
BS 744 752 RR1E305JQ
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BS 754 1037 RR1E305JQ
BS 1038 1087 RR1BN33JQ

RD RR1BV51TF 340 0 0
GG
GGTCCGACAATGGCGATTTCCGTAACTCATTGTTTCTCCTTCTCCTCTTCATCGCTCTAT
CTGTCTCCATCTACATCAAGAAAATCGAGAATCATACCCATCTATTTCCATGGAAGACCA
CCTTCATCTCCATTATTTTCGAAACTAAACCGAGGGGTTCAATTCATGTATCTATCTCGG
AAAAATGTCGTATCATGTCACTCTGCCCACCAAGCTTCACCAACTAATGGTGAAGAAACG
AATTCAAAGCACCCACCAGATGTAAAAACCCTGATTAAAGCTTATAAACAAGCTCTCTTC
AATGGACACGAACTCACCGTTACAGAGATCGAAACGGT

QA 3 340 3 340
DS 

RD RR1AY94TF 743 0 0
GGAAATCCGGTCCGACAATGGCGATTTCCGTAACTCATTGTTTCTCCTTCTCCTCTTCAT
CGCTCTATCTGTCTCCATCTACATCAAGAAAATCGAGAATCATACCCATCTATTTCCATG
GAAGACCACCTTCATCTCCATTATTTTCGAAACTAAACCGAGGGGTTCAATTCATGTATC
TATCTCGGAAAAATGTCGTATCATGTCACTCTGCCCACCAAGCTTCACCAACTAATGGTG
AAGAAACGAATTCAAAGCACCCACCAGATGTAAAAACCCTGATTAAAGCTTATAAACAAG
CTCTCTTCAATGGACACGAACTCACCGTTACAGAGATCGAAACGGTTTTTTGTGAAATCG
AGAAGGAAAAGAATAGATTCGACCACAAGGTTTTATCATTATCAATGAAGATAGCTTCAG
AGAAGGACACGAAAATCAGGTTGCAGGCTGATTTTGACAATACAAGGAAAAAGCTTGACA
AGGATCGGCTTAGCACAGAGTCAAACGCAAAAGTGCAAATCATGAAGAGTCTCTTGCCAC
TCGTTGATAGTTTTGAGAGCGCTAGGCAACAGACTAAACCCAATACAGAAATGGAGAAGA
AGATCGATACGAGTTATCAGGGGAATTTACAGGCAATTCGTTGAAGTGTTGAGACACCTT
CGTGTTAAAGCCATTCCAACTCTGGGCAAGCCTTTTGATCCTTTGTTGCACGAGGCTGTT
TCGCGAGAAGAATCTGAGGCGGT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1E305TF 745 0 0
GGAAATCC
GGTCCGACAATGGCGATTTCCGTAACTCATTGTTTCTCCTTCTCCTCTTCATCGCTCTAT
CTGTCTCCATCTACATCAAGAAAATCGAGAATCACACCCATCTATTTCCATGGAAGACCA
CCTTCATCTCCATTATTTTCGAAACTAAACCGAGGGGTTCAATTCATGTATCTATCTCGG
AAAAATGTCGTATCATGTCACTCTGCCCACCAAGCTTCACCAACTAATGGTGAAGAAACG
AATTCAAAGCACCCATCAGATGTAAAAACCCTGATTAAAGCTTATAAACAAGCTCTCTTC
AATGGACACGAACTCACCTTTACAGAGATCGAAACGGTTTTTTGTGAAATCGAGAAGGAA
AAGAATAGATTCGACCACAAGGTTTTATCATTATCAATGAAGATAGCTTCAGAGAAGGAC
ACGAAAATCAGGTTGCAGGCTGATTTTGACAATACAAGGAAAAAGCTTGACAAGGATCGG
CTTAGCACAGAGTCAAACGCAAAAGTGCAAATCATGAAGAGTCTCTTGCCACTCGTTGAT
AGTTTTGAGAGCGCTAGGCAACAGACTAAACCCAATACAGAAATGGAGAAGAAGATCGAT
ACGAGTTATCAGGG*AATTTACAGGCAATTCGTTTAAGTGTTGAGACACCTTCGTGTTAA
AGCCATTCCAACTCTGGGCAAGCCTTTTGATCCTTTGTTGCACGAG*CTATTTCGCGAGA
AGAATCTGAGTCGGT
AA

QA 9 743 9 743
DS 

RD RR1E305JQ 694 0 0
TTTTTTGTGAAATCGAGAAGGAAAAGAATAGATTCGACCACAAGGTTTTATCATTATCAA
TGAAGATAGCTTCAGAGAAGGACACGAAAATCAGGTTGCAGGCTGATTTTGACAATACAA
GGAAAAAGCTTGACAAGGATCGGCTTAGCACAGAGTCAAACGCAAAAGTGCAAATCATGA
AGAGTCTCTTGCCACTCGTTGATAGTTTTGAGAGCGCTAGGCAACAGACTAAACCCAATA
CAGAAATGGAGAAGAAGATCGATACGAGTTATCAGGG*AATTTACAGGCAATTCGTTTAA
GTGTTGAGACACCTTCGTGTTAAAGCCATTCCAACTCTGGGCAAGCCTTTTGATCCTTTG
TTGCACGAGGCTATTTCGCGAGAAGAATCTGAGTCGGTTAAGGTAGGGATGATAACCGAG
GAGCTTACCCGGGGTTTTCTTCTAGGAGATCGGGTTCTGCGACCAGCAAAGGTTAAAGTC
TCTCTAGGACCCATCAAGAAGAAGACTGCTTCACCTTCTGCTTGAGTTGATGTTTGGTAA
ATGGTTCTATGTGTCTTTGTGTTTAACTCAACTTCTTTCTTTTTCAATGGTAAACACACA
AACATAGCTATATCTGATTAGGAATTTCGTTTGCTGCTGAGAGTTGGTTTTACTCATGGA
TTTATTTAATCAGAAGCTTCAGGTTCATGTCG
CC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1BN33JQ 708 0 0
G
GACCACAAGGTTTTATCATTATCAATGAAGATAGCTTCAGAGAAGGACACGAAAATCAGG
TTGCAGGCTGATTTTGACAATACAAGGAAAAAGCTTGACAAGGATCGGCTTAGCACAGAG
TCAAACGCAAAAGTGCAAATCATGAAGAGTCTCTTGCCACTCGTTGATAGTTTTGAGAGC
GCTAGGCAACAGACTAAACCCAATACAGAAATGGAGAAGAAGATCGATACGAGTTATCAG
GG*AATTTACAGGCAATTCGTTGAAGTGTTGAGACACCTTCGTGTTAAAGCCATTCCAAC
TCTGGGCAAGCCTTTTGATCCTTTGTTGCACGAGGCTATTTCGCGAGAAGAATCTGAGGC
GGTTAAGGTAGGAATGATAACCGAGGAGCTTACCCGGGGTTTTCTTCTAGGAGATCGGGT
TCTGCGACCAGCAAAGGTTAAAGTCTCTCTAGGACCCATCAAGAAGAAGACTGCTTCACC
TTCTGCTTGAGTTGATGTTTGGTAAATGGTTCTATGTGTCTTTGTGTTTAACTCAACTTC
TTTCTTTTTCAATGGTAAACACACAAACATAGCTATATCTGATTAGGAATTTCGTTTGCT
GCTGAGAGTTGGTTTTACTCATGGATTTATTTAATCAGAAGCTTCAGGTTCATGTCGTCA
GTTTTGGTTTTTAACAAATAAGTTGATACAAATATTTTTTCGACCTG

QA 2 708 2 708
DS 



AS 1 5

CO CL2092Contig1 1109 5 11 U
GGGACGCCCGATTTCATCTAATCCATGGAGAGATTACAGCGAATCTTCGGCGCCGGCGGG
GGTCTAGGTCACGCATCTCCCGATTCCCCCACTCTCGACACCTCGGAGCAAGTCTACATC
TCCTCTCTCGCCCTCCTCAAGATGCTCAAACACGGGAGAGCTGGAGTTCCTATGGAGGTT
ATGGGATTGATGCTGGGAGAGTTCATGGATGAGTACACTGTGAGAGTTGTGGATGTTTTC
GCCATGCCTCAGAGTGGGACAGGTGTTAGTGTTGAAGCTGTTGATCATGTTTTCCAGACT
AATATGCTCGACATGCTTAAACAGACTGGAAGACCTGAAATGGTGGTGGGTTGGTATCAT
TCGCATCCTGGGTTTGGATGCTGGCTTTCCGGTGTTGATATTAATACTCAACAGAGTTTT
GAAGCTTTGAACCAGCGAGCTGTAGCTGTGGTGGTTGATCCTATTCAGAGTGTGAAGGGG
AAAGTGGTGATTGATGCCTTCCGCTCGATAAACCCTCAGACCATTATGCTTGGGCAAGAG
CCTCGTCAAACAACGTCCAACCTTGGCCACCTTAACAAACCATCGATCCAGGCCTTGATT
CATGGATTGAACAGACACTATTATTCGATAGCCATCAACTACAGGAAGAACGAGCTCGAG
GAGAAGATGTTACTAAACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGGTCTGACGCTAAGACGC
TTTGACACTCACTCCAAGACAAACGAACAGACCGTGCAGGAAATGTTGAGCTTGGCTGCT
AAATATAACAAGGCGGTACAAGAGGAAGACGAGTTGTCACCGGAGAAACTGGCAATTGTG
AATGTGGGAAGACAAGACGCAAAGAAGCATCTGGAAGAACATGTTCCCAACTTGATGTCT
TCCAACATTGTTCAGACACTAGGCACCATGCTTGACACTGTTGTCTTCTAGAGAGCTTAT
TCACATCTCCAGTCAGCTTTGTTTCTCTTCTGCATCTCCTTATTTTCAGTTGAATCCTCT
CTTTATATCCTATCTCCTAGCATTTGATAAGTTGTATTGTACTATCTGAAATCGTTCTTT
TCATTAATGCCATGGATTAATTCTGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1FY48TF U 6
AF RR1BJ51TF U 1
AF RR1BQ67TF U 1
AF RR1BJ51JQ C 176
AF RR1BQ67JQ C 281
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BS 761 766 RR1BQ67TF
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BS 768 782 RR1BQ67TF
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BS 957 1109 RR1BJ51JQ

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AGGTCACGCATCTCCCGATTCCCCCACTCTCGACACCTCGGAGCAAGTCTACATCTCCTC
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ATTGATGCTGGGAGAGTTCGTGGATGAGTACACTGTGAGAGTTGTGGATGTTTTCGCCAT
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GCTCGACATGCTTAAACAGACTGGAAGACCTGAAATGGTGGTGGGTTGGTATCATTCGCA
TCCTGGGTTTGGATGCTGGCTTTCCGGTGTTGATATTAATACTCAACAGAGTTTTGAAGC
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TCAAACAACGTCCAACCTTGGCCACCTTAACAAACCATCGATCCAGGCCTTGATTCATGG
ATTGAACAGACACTATTATTCGATAGCCATCAACTACAGGAAGAACGAGCT

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DS 

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GGTCTAGGTCACGCATCTCCCGATTCCCCCACTCTCGACACCTCGGAGCAAGTCTACATC
TCCTCTCTCGCCCTCCTCAAGATGCTCAAACACGGGAGAGCTGGAGTTCCTATGGAGGTT
ATGGGATTGATGCTGGGAGAGTTCATGGATGAGTACACTGTGAGAGTTGTGGATGTTTTC
GCCATGCCTCAGAGTGGGACAGGTGTTAGTGTTGAAGCTGTTGATCATGTTTTCCAGACT
AATATGCTCGACATGCTTAAACAGACTGGAAGACCTGAAATGGTGGTGGGTTGGTATCAT
TCGCATCCTGGGTTTGGATGCTGGCTTTCCGGTGTTGATATTAATACTCAACAGAGTTTT
GAAGCTTTGAACCAGCGAGCTGTAGCTGTGGTGGTTGATCCTATTCAGAGTGTGAAGGGG
AAAGCGGTGATTGATGCCTTCCGCTCGATAAACCCTCAGACCATTATGCTTGGGCAAGAG
CCTCGTCAAACAACGTCCAACCTTGGCCACCTTAACAAACCATCGATCCAGGCCTTGATT
CATGGATTGAACAGACACTATTATTCGATAGCCATCAACTACAGGAAGAACGAGCTCGAG
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GGGAC
GCCCGATTTCATCTAATCCATGGAGAGATTACAGCGAATCTTCGGCGCCGGCGGGGGTCT
AGGTCACGCATCTCCCGATTCCCCCACTCTCGACACCTCGGAGCAAGTCTACATCTCCTC
TCTCGCCCTCCTCAAGATGCTCAAACACGGGAGAGCTGGAGTTCCTATGGAGGTTATGGG
ATTGATGCTGGGAGAGTTCGTGGATGAGTACACTGTGAGAGTTGTGGATGTTTTCGCCAT
GCCTCAGAGTGGGACAGGTGTTAGTGTTGAAGCTGTTGATCACGTTTTCCAGACTAATAT
GCTCGACATGCTTAAACAGACTGGAAGACCTGAAATGGTGGTGGGTTGGTATCATTCGCA
TCCTGGGTTTGGATGCTGGCTTTCCGGTGTTGATATTAATACTCAACAGAGTTTTGAAGC
TTTGAACCAGCGAGCTGTAGCTGTGGTGGTTGATCCTATTCAGAGTGTGAAGGGGAAAGT
GGTGATTGATGCCTTCCGCTCGATAAACCCTCAGACCATTATGCTTGGGCAAGAGCCTCG
TCAAACAACGTCCAACCTTGGCCACCTTAACAAACCATCGATCCAGGCCTTGATTCATGG
ATTGAACAGACACTATTATTCGATAGCCATCAACTACAGGAAGAACGAGCTCGAGGAGAA
GATGTTACTAAACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGGTCTGACGCTAAGACGCTTTGA
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TATACAGGCGGTACA

QA 6 782 6 782
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GTTTTGAAGCTTTGAACCAGCGAGCTGTAGCTGTGGTGGTTGATCCTATTCAGAGTGTGA
AGGGGAAAGCGGTGATTGATGCCTTCCGCTCGATAAACCCTCAGACCATTATGCTTGGGC
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TTGTGAATGTGGGAAGACAAGACGCAAAGAAGCATCTGGAAGAACATGTTCCCAACTTGA
TGTCTTCCAACATTGTTCAGACACTAGGCACCATGCTTGACACTGTTGTCTTCTAGAGAG
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TCTTTTCATTAATGCCATGGATTAATTCTGTTAC

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DS 

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TGTGATCACG
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TTGGTATCATTCGCATCCTGGGTTTGGATGCTGGCTTTCCGGTGTTGATATTAATACTCA
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TGTGAAGGGGAAAGTGGTGATTGATGCCTTCCGCTCGATAAACCCTCAGACCATTATGCT
TGGGCAAGAGCCTCGTCAAACAACGTCCAACCTTGGCCACCTTAACAAACCATCGATCCA
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GGCAATTGTGAATGTGGGAAGACAAGACGCAAAGAAGCATCTGGAAGAACATGTTTCCAA
CTTGATGTCTTCCAACATTGTTCAGACACTAGGCACCATGCTTGACACTGTTGTCTTCTA
GAGAGCTTATTCACATCTCCAGTCAGCTTTGTTTCTCTTCTGCATCTCCTTATTTTCAGT
TGAATCCTCTCTTTATATCCTATCTCCTAGCATTTGATAAGTTGTATTGTACTATCTGAA
ATCGTTCTTTTCATTAATGCCATGGATTAATTCTGTT

QA 11 827 11 827
DS 



AS 1 4

CO CL2093Contig1 1437 4 10 U
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AAGGCATCCTCACTACATAATACTACAGCATTTAAATAGCTTACAGGTTACGCTTGGGGT
TTATAAGATGTTCGGTTCCTCTTGTATTTCCAAAACTCGTCCTTCTTCCCTCTAGGCTTA
GCTTCAACACGACCGAACTTGCTATTAATAATACCAAGTATAGCATTTTTATCTTTTCTA
TTCTTTGTCTTTGCCTTGTCTTCAAGAATCGCCCTAAGTTTCTCATATGACCTCGGGTCT
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GCAGCCATTTCTTTCAACAGCTGCGGCAGTTTCGAATCTTGTCCTCCCCTTGCGTAACCA
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ACAACATCCCTCGCTTCAATGTAGCGGCCTTGTTTCGCAAACCCATCAAGAAGAGTGTTA
TACGTCACTCGTGTCCCTTGTATTTTCTCTCTCAGCATTAGCTTCCAAATCTCCATCAGC
TTTCCAACATCACCCGACCTTCTGAACGCATCTAGAAGCGATGTGTACGTCTCAACCGAC
GGTTTAATCCCTTCTTTACACATCTCTTCAAAGGAAGCATAAGCTTTCTCGTGCCACCCG
CTAACAGAGTACGCATGGATAAGAGCTGTGTAAGAATGCGAAGTAGGTTTCAAACCTACT
CTCTTCATCCGCAGGAAAGCATCAGCAGCCATATCACTCATCTTCTTCGTCCTACCGTAC
GCACTAATCAAACAAGTATAAGATTTCACATTAGGCTCTAAACCCAAACCCTCCATCTCA
TTCAGAAGCGTCTCCACGATATCAGGCTGCATCCTTCTGGAATAAGCATCCATAAGAATG
TTATAACTCGCAGATGTGGGCTTCAACCCTTTACTCCTCATCTCAGCGAAAAGACCTTCC
ACTTCTTCTATCTGGTTGGACTTGTTGTAAGCATCCATCAGCGTGTTGTACACAACGGTG
TTCGAACGTGTCCCTCTCTTCTCCATCTCAGTTTGTATCACAAGAGCTTCTTCTTTAAGT
CCTTCGTCGCAAAAGGATTTCACAAGGGCGCAGAAAACATCCTGATTCCAACAATGCACA
CCTCTCTCGCTCATCTTCTCGAATATCTCCCAAACTTGCTTCGCAGTTCGTCCTGCTCTC
CTCAATGTGGTGATCATTACTGCACATGTTACATTGTCTGGAACAACATTGATCTTATCC
ATAGACTCATACACTCCAAAGCATCATCATACCTAATTAAAAGAATGAATTTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EB60TF C 1
AF RR1BA51JQ U 15
AF RR1CM06TF U 157
AF RR1CM06JQ C 735
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TTATAAGATGTTCGGTTCCTCTTGTATTTCCAAAACTCGTCCTTCTTCCCTCTAGGCTTA
GCTTCAACACGACCGAACTTGCTATTAATAATACCAAGTATAGCATTTTTATCTTTTCTA
TTCTTTGTCTTTGCCTTGTCTTCAAGAATCGCCCTAAGTTTCTCATATGACCTCGGGTCT
GATACTTGCCCGGTTTTAACCATCATCTTGTGGTAAAAGAATGCTCTTTTGAAGTCTCGG
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ACAACATCCCTCGCTTCAATGTAGCGGCCTTGTTTCGCAAACCCATCAAGAAGAGTGTTA
TACGTCACTCGTGTCCCTTGTATTTTCTCTCTCAGCATTAGCTTCCAAATCTCCATCAGC
TTTCCAACATCACCCGACCTTCTGAACGCATCTAGAAGCGATGTGTACGTCTCAACCGAC
G
C

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TGTCTTCAAGAATCGCCCTAAGTTTCTCATATGACCTCGGGTCTGATACTTGCCCGGTTT
TAACCAGCATCTTGTGGTAAAAGAATGCTCTTTTGAAGTCTCGGACACGGACAAAAGCGT
AGATCATGGTTGAATATGTGATGGAATCGGGTTTCAAGTTAAGAGCAGCAATTTCTTTCA
ACAGCTGCGGCAGTTTCGAATCTTGTCCTCCCCTTGCGTAACCATTCATCAGCATATTGT
AAGTCATAACAGTCGGCTCCAAACCCATTTTACCAAACTCTGAAACAACATCCCTCGCTT
CAATGTAGCGGCCTTGTTTCGCAAACCCATCAAGAAGAGTGTTATACGTCACTCGTGTCC
CTTGTATTTTCTCTCTCAGCATTAGCTTCCAAATCTCCATCAGCTTTCCAACATCACCCG
ACCTTCTGAACGCATCTAGAAGCGATGTGTACGTCTCAACCGACGGTTTAATCCCTTCTT
TACACATCTCTTCAAAGGAAGCATAAGCTTTCTCGTGCCACCCGCTAACAGA

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GGAATCGGGTTTCAAGTTAAGAGCAGCCATTTCTTTCAACAGCTGCGGCAGTTTCGAATC
TTGTCCTCCCCTTGCGTAACCATTCATCAGCATATTGTAAGTCATAACAGTCGGCTCCAA
ACCCATTTTACCAAACTCTGAAACAACATCCCTCGCTTCAATGTAGCGGCCTTGTTTCGC
AAACCCATCAAGAAGAGTGTTATACGTCACTCGTGTCCCTTGTATTTTCTCTCTCAGCAT
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CGAAGTAG*TTTCAAACCTACTC
TCTTCATC

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TCTCTTCTCCATCTCAGTTTGTATCACAAGAGCTTCTTCTTTAAGTCCTTCGTCGCAAAA
GGATTTCACAAGGGCGCAGAAAACATCCTGATTCCAACAATGCACACCTCTCTCGCTCAT
CTTCTCGAATATCTCCCAAACTTGCTTCGCAGTTCGTCCTGCTCTCCTCAATGTGGTGAT
CATTACTGCACATGTTACATTGTCTGGAACAACATTGATCTTATCCATAGACTCATACAC
TCCAAAGCATCATCATACCTAATTAAAAGAATGAATTTTGACC

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DS 



AS 1 5

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TCTTCCAAAAATCCTCTGCGTTCTCTCATCAATCCTCCATTGTTGAAGCTTGCTCTCCGA
CTCCGGTTGCTCTCTCAGAGCCGGAGTCGGATTTAGCTTTCTTTGAATCATCCTTTTTGG
GTTTTAATCGGTTAAGATCTTCATGTTTTGTTCTCCTTTTTTTCTCTTTGGTCGGATTTC
TAGATCTTATCCTTCCAGGAGATGAGAGCTTTGCATGTTGATCCTCGTGTGTTATATTGA
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TTTGAATGATTTGCATGTTGGCTTTGTGTTCTCTTTGGCTCATTTTGGGTCTCGATCTTC
GGCCTTCTTGATCTTTCGAGAATGGTTGAACCCATTTATGAGTTGTCTCGCTCCTTGTCT
TCAACCAAAAGATTTGATCGGGTTCTTATCTTTCGTCCTGCTTCATTTCGGCGTCTCGTG
ACATTCTATCTTCGTCAACGTTCTATCTCTGTCATCGCCGTTCCAGTTGTAGACTTAAGA
ACTGATATTGTTCTGTCTCTTGGATCTCGAAGCACTGGTCTCCTATTCGCATGGGCTATT
CTCTATAGGAGGAGTCACAAGCCAGAGGTTTTAGCTTTGGATGCATCCTCGCCTTGTCTC
GTTCAAAGGGGCTCACTTTAAGTCATCGTGCTTCTTGTTCATTGTTTTGTAAAGGTTCTT
TTATTTGGTTCCTCACTTCTTCTAGTTTAGATCAGTTTGTATTAAGGATGGTTCATGCTC
TGGTTTTGATGTTGTTCATTGTCTCCCATGTATGGGCTGTTGTTTCTGGGAACCTTTCTT
TTGGTTCGTTAGACTGTTCTTACCGGGATTATGGTAATCGTCGGTCTATGTATTTGGTTT
TCGTTGATATGAATGAAATAGTGTTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1BN96TF U 59
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AF RR1BI80TF U 50
AF RR1BI80JQ C 177
AF RR1BN96JQ C 288
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RD RR1BN96TF 568 0 0
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GACTCCGGTTGCTCTCTCAGAGCCGGAGTCGGATTTAGCTTTCTTTGAATCATCCTTTTT
GGGTTTTAATCGGTTAAGATCTTCATGTTTTGTTCTCCTTTTTTTCTCTTTGGTCGGATT
TCTAGATCTTATCCTTCCAGGAGATGAGAGCTTTGCATGTTGATCCTTGTGTGTTATATT
GATCGATCTAGTTGAAGTGAGTTGGGTTTTTTTTT*CTTTCTCGTTAAGAACCTGTTTTC
GGTTTGAATGATTTGCATGTTGGCTTTGTGTTCTCTTTGGCTCATTTTGGGTCTCGATCT
TCGGCCTTCTTGATCTTTCGAGAATGGTTGAACCCATTTATGAGTTGTCTCGCTCCTTGT
CTTCAACCAAAAGATTTGATCGGGTTCTTATCGTTCGTCCTGCTTCATTTCGGCGTCTCG
TGACATTCTATCTTCGTCAACGTTCTATCTCTGTCATCGCCGTTCCAGTTGTAGACTTAA
GAACTGATATTGTTCTGTCTCTTGGATC

QA 1 568 1 568
DS 

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TCTTCCAAAAATCCTCTGCGTTCTCTCATCAATCCTCCATTGTTGAAGCTTGCTCTCCGA
CTCCGGTTGCTCTCTCAGAGCCGGAGTCGGATTTAGCTTTCTTTGAATCATCCTTTTTGG
GTTTTAATCGGTTAAGATCTTCATGTTTTGTTCTCCTTTTTTTCTCTTTGGTCGGATTTC
TAGATCTTATCCTTCCAGGAGATGAGAGCTTTGCATGTTGATCCTCGTGTGTTATATTGA
TCGATCTAGTTGAAGTGAGTTGGGTTTTTTTTTTCTTTCTCGTTAAGAACCTGTTTTCGG
TTTGAATGATTTGCATGTTGGCTTTGTGTTCTCTTTGGCTCATTTTGGGTCTCGATCTTC
GGCCTTCTTGATCTTTCGAGAATGGTTGAACCCATTTATGAGTTGTCTCGCTCCTTGTCT
TCAACCAAAAGATTTGATCGGGTTCTTATCTTTCGTCCTGCTTCATTTCGGCGTCTCGTG
ACATTCTATCTTCGTCAACGTTCTATCTCTGTCATCGCCGTTCCAGTTGTAGACTTAAGA
ACTGATATTGTTCTGTCTCTTGGATCTCGAAGCACTGGTCTCCTATTCGCATGGGCTATT
CTCTATAGGGGGAGTCACAAGCCGGAGGTTTTAGCTTTGGATGCATCCTCGCCTTGTCTC
GTTCAAAGGGGCTCACTTTAAGTCATCGTGCTTCTTGTTCATTGTTTTGT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1BI80TF 826 0 0
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TTGTTCTCCGACTCCGGTTGCTCTCTCAGAGCCGGAGTCGGATTTAGCTTTCTTTGAATC
ATCCTTTTTGGGTTTTAATCGGTTAAGATCTTCATGTTTTGTTCTCCTTTTTTTCTCTTT
GGTCGGATTTCTAGATCTTATCCTTCCAGGAGATGAGAGCTTTGCATGTTGATCCTCGTG
TGTTATATTGATCGATCTAGTTGAAGTGAGTTGGGTTTTTTTT**CTTTCTCGTTAAGAA
CCTGTTTTCGGTTTGAATGATTTGCATGTTGGCTTTGTGTTCTCTTTGGCTCATTTTGGG
TCTCGATCTTCGGCCTTCTTGATCTTTCGAGAATGGTTGAACCCATTTATGAGTTGTCTC
GCTCCTTGTCTTCAACCAAAAGATTTGATCGGGTTCTTATCTTTCGTCCTGCTTCATTTC
GGCGTCTCGTGACATTCTATCTTCGTCAACGTTCTATCTCTGTCATCGCCGTTCCAGTTG
TAGACTTAAGAACTGATATTGTTCTGTCTCTTGGATCTCGAAGCACTGGTCTCCTATTCG
CATGGGCTATTCTCTATAGGAGGAGTCACAAGCCAGAGGTTTTAGCTTTGGATGCATCCT
CGCCTTGTCTCGTTCAAAGGGGCTCACTTTAAGTCATCGTGCTTCTTGTTCATTGTTTTG
TAAAGGT*CTTTTATTTGGTTCCTCACTTCTTCTAGTTTAGATCAGTTTGTATTAAG*AT
GGTTCATGCTCTGGTTTTGATGTTGTTCAT*GTCTCCCATGTATGG

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR1BI80JQ 810 0 0
TTGGGTTTTAATCGGTTAAGATCTTCATGTTTTGTTCTCCTTTTTTTCTCTTTGGTCGGA
TTTCTAGATCTTATCCTTCCAGGAGATGAGAGCTTTGCATGTTGATCCTCGTGTGTTATA
TTGATCGATCTAGTTGAAGTGAGTTGGGTTTTTTTT**CTTTCTCGTTAAGAACCTGTTT
TCGGTTTGAATGATTTGCATGTTGGCTTTGTGTTCTCTTTGGCTCATTTTGGGTCTCGAT
CTTCGGCCTTCTTGATCTTTCGAGAATGGTTGAACCCATTTATGAGTTGTCTCGCTCCTT
GTCTTCAACCAAAAGATTTGATCGGGTTCTTATCTTTCGTCCTGCTTCATTTCGGCGTCT
CGTGACATTCTATCTTCGTCAACGTTCTATCTCTGTCATCGCCGTTCCAGTTGTAGACTT
AAGAACTGATATTGTTCTGTCTCTTGGATCTCGAAGCACTGGTCTCCTATTCGCATGGGC
TATTCTCTATAGGAGGAGTCACAAGCCAGAGGTTTTAGCTTTGGATGCATCCTCGCCTTG
TCTCGTTCAAAGGGGCTCACTTTAAGTCATCGTGCTTCTTGTTCATTGTTTTGTAAAGGT
TCTTTTATTTGGTTCCTCACTTCTTCTAGTTTAGATCAGTTTGTATTAAGGATGGTTCAT
GCTCTGGTTTTGATGTTGTTCATTGTCTCCCATGTATGGGCTGTTGTTTCTGGGAACCTT
TCTTTTGGTTCGTTAGACTGTTCTTACCGGGATTATGGTAATCGTCGGTCTATGTATTTG
GTTTTCGTTGATATGAATGAAATAGTGTTC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1BN96JQ 699 0 0
TGTGTTATATTGATCGATCTAGTTGAAGTGAGTTGGGTTTTTTTTT*CTTTCTCGTTAAG
AACCTGTTTTCGGTTTGAATGATTTGCATGTTGGCTTTGTGTTCTCTTTGGCTCATTTTG
GGTCTCGATCTTCGGCCTTCTTGATCTTTCGAGAATGGTTGAACCCATTTATGAGTTGTC
TCGCTCCTTGTCTTCAACCAAAAGATTTGATCGGGTTCTTATCGTTCGTCCTGCTTCATT
TCGGCGTCTCGTGACATTCTATCTTCGTCAACGTTCTATCTCTGTCATCGCCGTTCCAGT
TGTAGACTTAAGAACTGATATTGTTCTGTCTCTTGGATCTCGAAGCACTGGTCTCCTATC
CGCATGGGCTATTCTCTATAGGAGGAGTCACAAGCCGGAGGTTTTAGCTTTGGATGCATC
CTCGCCTTGTCTCGTTCAAAGGGGCTCACTTTAAGTCATCGTGCTTCTTGTTCATTGTTT
TGTAAAGGTTCTTTTATTTGGTTCCTCACTTCTTCTAGTTTAGATCAGTTTGTATTAAGG
ATGGTTCATGCTCTGGTTTTGATGTTGTTCATTGTCTCCCATGTATGGGCTGTTGTTTCT
GGGAACCTTTCTTTTGGTTCGTTAGACTGTTCTTACCGGGATTATGGTAATCGTCGGTCT
ATGTATTTGGTTTTCGTTGATATGAATGAAATAGTGTT
T

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

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TTGTTGATGGCTGGGGATTGAGTCCACGTGGTGCTGGATTCCTTTTTGGCGGCAGTGTTG
TCTCCTCGTTTAACCACACAAACAACATTGACTACATAGCTCGAGCACATCAGCTTGTTA
TGGAGGGTTACAAATGGATGTTCGATAGCCAGATTGTGACTGTCTGGTCAGCCCCAAATT
ACTGTTACAGGTGCGGTAATGTGGCTTCGATTCTAGAGCTTGACGAGAATCTAAACAAAG
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CCCCTGATTACTTCCTATAAGGGGCAGAACTTTGACAACCCTACTACTTCCGAAGTAGAA
CTGAGGAAGAGAATCACAAACTCGTTCAAGAGTCTGTGTCACAGTGCAGACAGAAGAAGT
CTATACGATACACAGGCGAGATCTATTTAAGTCACACTGGGGGTTGTTTGAAAAAAGAGA
TACTGTTGTTTCCGGATTTTACTTGTAATGGTAGTTAAAGAGTATTGTGTGTGATGGTAG
TTAAAAATGAGTGTGTTGATGTCATAATTTCAAGTTTTGTAATTTCATAAGAAAAGACCT
CAAAAACATTTTTGAAGCCCAACAATCATTTCAATAGAGAGTTTCACATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1F217JQ C 1
AF RR1H540TF U 28
BS 1 28 RR1F217JQ
BS 29 127 RR1H540TF
BS 128 128 RR1F217JQ
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BS 708 712 RR1F217JQ

RD RR1F217JQ 712 0 0
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TTGTTGATGGCTGGGGATTGAGTCCACGTGGTGCTGGATTCCTTTTTGGCGGCAGTGTTG
TCTCCTCGTTTAACCACACAAACAACATTGACTACATAGCTCGAGCCCATCAGCTTGTTA
TGGAGGGTTACAAATGGATGTTCGATAGCCAGATTGTGACTGTCTGGTCAGCCCCAAATT
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AGTTCCGTGTGTTCGAGGCAGCGCAGCAGGACTCGAGAGGGCCTCCCGCTAAAAAACCTG
CCCCTGATTACTTCCTATAAGGGGCAGAACTTTGACAACCCTACTACTTCCGAAGTAGAA
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CTATGCGATACACAGGCGAGATCTATTTAAGTCACACTGGGG*TTGTTTGAAAAAA*AGT
TACTGTTGTTTCCGGATTTTACTTGTAATGGTAGTTAAAGAGTATTGTGTGTGATGGTAG
TTAAAAATGAGTGTGTTTATGTCATAATTTCAAGTTTTGTAATTTCATAAGAAAAGACCT
CAAAAACATTTTTGAAGCCCAACAGTCATTTCAATAGAGAGTTTCACATGAC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1H540TF 680 0 0
G
GTGTGACCTCCTATGGTCTGATCCTGAAGATATTGTTGATGGCTGGGGATTGAGTCCACG
TGGTGCTGGATTCCTTTTTGGCGGCAGTGTTGTCTCCTCTTTTAACCACACAAACAACAT
TGACTACATAGCTCGAGCACATCAGCTTGTTATGGAGGGTTACAAATGGATGTTCGATAG
CCAGATTGTGACTGTCTGGTCAGCCCCAAATTACTGTTACAGGTGCGGTAATGTGGCTTC
GATTCTAGAGCTTGACGAGAATCTAAACAAAGAGTTCCGTGTGTTCGAGGCAGCGCAGCA
GGACACGAGAGGGCCTCCCGCCAAAAAACCTGCCCCTGATTACTTCCTATAAGGGGCAGA
ACTTTGACAACCCTACTACTTCCGAAGTAGAACTGAGGAAGAGAATCACAAACTCGTTCA
AGAGTCTGTGTCACAGTGCAGACAGAAGAAGTCTATACGATACACAGGCGAGATCTATTT
AAGTC*CACTGGGGGTTGTTTGAAAAAAGAGATACTGTTGTTTCCGGATTTTACTTGTAA
TGGTAGTTAAAGGGTGTTGTGTGTGATGGTAGTTAAAAATGAGTGTGTTGATGTCATAAT
TTCAAGTTTTGTAATTTCATAAGAAAAGACCTCAAAA*CATTTTTGAAGCCCAACAATCA
TTTCAATAGAGAGTTTCAC

QA 2 680 2 680
DS 



AS 1 4

CO CL2096Contig1 793 4 10 U
GGAGAAGAAAGAAACATAACTCGCGACCAAAAAAATTTGCAGATTCTTGAAAACTATTAG
GGTTGATTTGATTCATGGGCTTACTAGATCATCTCTGGGAT***ACCGTCGCTGGTCCTC
GGCCAGATAACGGCCTTGGCAAGCTTCGGAGACACCATACCTTCAGTTTCCGGCCTAGCT
CCGTCAATGATCAATCGGACGGTGGAAGCGTGAGATCGTACGGTGAAGTATCACCAGAGG
AGGCCGTGAAGGTAACACGCAGCATCATGATAATAAAACCACCAGGATACCAAGGCGGTT
CAGCTCCGGTTTCACCGGCTGGTTCAACTCCACCGGTATCTCCTTTCTCTGAGCAAACGC
AGGAGGAAAGGAACCCTTTCGGTTTAGGAGAAGGTCGACGTCGGACGCGTTCGATAAGGG
AGCAGGATCAGAGAATGGACCAAGGAACTCTCCTCCTACTTACGGCCTGTGATCTCTAAT
CTCTAACTCAAATGAGAGAAAGAAGAAGAAAAAGAACAGAGTAGCTCCCCAACACGCTTT
CGTTTAGACGACACATCAAGTGGTCCTTCCTTGCATGCAGAGTTCGTGTTTCTTCCGTTT
GTAGGCCAAACGAGGTTCTCTTTTTGTGTGTGTTTGTGCGTGTATGAGTTTGTTCTGTGT
GTGTGTGTGTTGTGAATACGTCTCTGTTTTTTTTTTCCTTTCTTTTTCTGTATGTCATCT
CGCTTTCGCAGTGCTTCTACGTGTCTGTACATATTTGCTGGAGTGATAATAAAAATAAGT
AGATGCTTAATGC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1F721TF U 2
AF RR1BR16TF U 1
AF RR1BR16JQ C 36
AF RR1F721JQ C 166
BS 1 227 RR1BR16TF
BS 228 228 RR1F721TF
BS 229 235 RR1BR16TF
BS 236 236 RR1F721TF
BS 237 695 RR1BR16TF
BS 696 696 RR1BR16JQ
BS 697 706 RR1BR16TF
BS 707 707 RR1BR16JQ
BS 708 768 RR1BR16TF
BS 769 793 RR1BR16JQ

RD RR1F721TF 598 0 0
AGGG
AGAAAGAAACATAACTCGCGACCAAAAAAATTTGCAGATTCTTGAAAACTATTAGGGTTG
ATTTGATTCATGGGCTTACTAGATCATCTCTGGGATGATACCGTCGCTGGTCCTCGGCCA
GATAACGGCCTTGGCAAGCTTCGGAGACACCATACCTTCAGTTTCCGGCCTAGCTCCGTC
AATGATCAATCGGACGGTGGAAGCGTGAGATCGTACGGTGAAGTATCACCAGAGGAGGCC
GTGAAGGTAACACGCAGCATCATGATAATAAAACCACCAGGATACCAAGGCGGTTCAGCT
CCGGTTTCACCGGCTGGTTCAACTCCACCGGTATCTCCTTTCTCTGAGCAAACGCAGGAG
GAAAGTAACCCTTTCGGTTTAGGAGAAGGTCGACGTCGGACGCGTTCGATAAGGGAGCAG
GATCAGAGGATGGACCAAGGAACTCTCCTCCTACTTACGGCCTGTGATCTCTAATCTCTA
ACTCAAATGAGAGAAAGAAGAAGAAAAAGAACAGAGTAGCTCCCCAACACGCTTTCGTTT
AGACGACACATCAAGTGGTCCTTCCTTGCATGCAGAGTTCGTGTTTCTTCCGTT

QA 5 598 5 598
DS 

RD RR1BR16TF 769 0 0
GGAGAAGAAAGAAACATAACTCGCGACCAAAAAAATTTGCAGATTCTTGAAAACTATTAG
GGTTGATTTGATTCATGGGCTTACTAGATCATCTCTGGGAT***ACCGTCGCTGGTCCTC
GGCCAGATAACGGCCTTGGCAAGCTTCGGAGACACCATACCTTCAGTTTCCGGCCTAGCT
CCGTCAATGATCAATCGGACGGTGGAAGCGTGAGATCGTACGGTGAATTATCACCTGAGG
AGGCCGTGAAGGTAACACGCAGCATCATGATAATAAAACCACCAGGATACCAAGGCGGTT
CAGCTCCGGTTTCACCGGCTGGTTCAACTCCACCGGTATCTCCTTTCTCTGAGCAAACGC
AGGAGGAAAGGAACCCTTTCGGTTTAGGAGAAGGTCGACGTCGGACGCGTTCGATAAGGG
AGCAGGATCAGAGAATGGACCAAGGAACTCTCCTCCTACTTACGGCCTGTGATCTCTAAT
CTCTAACTCAAATGAGAGAAAGAAGAAGAAAAAGAACAGAGTAGCTCCCCAACACGCTTT
CGTTTAGACGACACATCAAGTGGTCCTTCCTTGCATGCAGAGTTCGTGTTTCTTCCGTTT
GTAGGCCAAACGAGGTTCTCTTTTTGTGTGTGTTTGTGCGTGTATGAGTTTGTTCTGTGT
GTGTGTGTGTTGTGAATACGTCTCTGTTTTTTTTT*CCTTTCTTTT*CTGTATGTCATCT
CGCTTTCGCAGTGCTTCTACGTGTCTGTACATATTTGCTGGAGTGATA
A

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1BR16JQ 758 0 0
TTTGCAGATTCTTGAAAACTATTAGGGTTGATTTGATTCATGGGCTTACTAGATCATCTC
TGGGAT***ACCGTCGCTGGTCCTCGGCCAGATAACGGCCTTGGCAAGCTTCGGAGACAC
CATACCTTCAGTTTCCGGCCTAGCTCCGTCAATGATCAATCGGACGGTGGAAGCGTGAGA
TCGTACGGTGAATTATCACCTGAGGAGGCCGTGAAGGTAACACGCAGCATCATGATAATA
AAACCACCAGGATACCAAGGCGGTTCAGCTCCGGTTTCACCGGCTGGTTCAACTCCACCG
GTATCTCCTTTCTCTGAGCAAACGCAGGAGGAAAGGAACCCTTTCGGTTTAGGAGAAGGT
CGACGTCGGACGCGTTCGATAAGGGAGCAGGATCAGAGAATGGACCAAGGAACTCTCCTC
CTACTTACGGCCTGTGATCTCTAATCTCTAACTCAAATGAGAGAAAGAAGAAGAAAAAGA
ACAGAGTAGCTCCCCAACACGCTTTCGTTTAGACGACACATCAAGTGGTCCTTCCTTGCA
TGCAGAGTTCGTGTTTCTTCCGTTTGTAGGCCAAACGAGGTTCTCTTTTTGTGTGTGTTT
GTGCGTGTATGAGTTTGTTCTGTGTGTGTGTGTGTTGTGAATACGTCTCTGTTTTTTTTT
TCCTTTCTTTTTCTGTATGTCATCTCGCTTTCGCAGTGCTTCTACGTGTCTGTACATATT
TGCTGGAGTGATAATAAAAATAAGTAGATGCTTAATGC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1F721JQ 623 0 0
GTTTCCGGCCTAGCTCCGTCAATGATCAATCGGACGGTGGAAGCGTGAGATCGTACGGTG
AAGTATCACCAGAGGAGGCCGTGAAGGTAACACGCAGCATCATGATAATAAAACCACCAG
GATACCAAGGCGGTTCAGCTCCGGTTTCACCGGCTGGTTCAACTCCACCGGTATCTCCTT
TCTCTGAGCAAACGCAGGAGGAAAGTAACCCTTTCGGTTTAGGAGAAGGTCGACGTCGGA
CGCGTTCGATAAGGGAGCAGGATCAGAGGATGGACCAAGGAACTCTCCTCCTACTTACGG
CCTGTGATCTCTAATCTCTAACTCAAATGAGAGAAAGAAGAAGAAAAAGAACAGAGTAGC
TCCCCAACACGCTTTCGTTTAGACGACACATCAAGTGGTCCTTCCTTGCATGCAGAGTTC
GTGTTTCTTCCGTTTGTAGGCCAAACGAGGTTCTCTTTTTGTGTGTGTTTGTGCGTGTAT
GAGTTTGTTCTGTGTGTGTGTGT**TGTGAATACGTCTCTGTTTTTTTTTTCCTTTCTTT
TTCTGTATGTCATCTCGCTTTCGCAGTGCTTCTACGTGTCTGTACATATTTGCTGGAGTG
ATAATAAAAATAAGTAGATGCTT

QA 1 623 1 623
DS 



AS 2 5

CO CL2097Contig1 906 3 11 U
GGGAATCTCACCGAAGCAGCTCCGATCTGAGTTTTTAGCAATGGCGAAACTAATCCTTAG
CCTCCTCTCGTTGATTCTTATCGGTCTCATCACGATCGCTTCCGCCGCAGTTATCTTCGA
GGAGCGCTTTGATGATGGATGGGAGAACAGATGGGTTAAATCTGAGTGGAAGAAAGATGA
CAAGTCTGCTGGGGAGTGGAGCCACACTGCAGGAAACTGGTCTGGTGATGCTAACGATAA
AGGTATCCAGACCAGTGAGGACTATAGATTCTACGCCATTTCAGCTGAGTTCCCTGAATT
TAGCAACAAGGACAAAACCTTAGTCTTTCAGTTCTCGGTCAAGCACGAGCAGAAGCTTGA
CTGTGGTGGTGGTTACATGAAGCTGCTCAGTGGTGATGTTGACCAGAAGAAATTTGGTGG
TGACACCCCATACAGCATCATGTTTGGTCCCGATATCTGTGGCTACAGCACGAAGAAAGT
GCATGCTATCCTTACCTACAATGACGCCAACCACCTGATCAAGAAGGATGTTCCATGTGA
AACTGACCAGCTCACCCACGTGTACACATTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACAGTAT
TCTCATTGACAATGTTGAGAAGCAAACCGGTAGCCTGTACTCTGACTGGGATCTTCTCCC
ACCAAAGAAGATCAAGGACCCCAGCGCCAAGAAGCCTGAGGACTGGGACGAGCAAGAGTA
CATTCCCGACCCTGAAGACAAGAAACCTGACGGATACGATGATATCCCAAAGGAGATCCC
AGATACCGATGCAACGAAGCCTGAGGACTGGGATGAAGAAGAAGATGGTGAGTGGACTGC
CCCTACCATTCCCAACCCTGAGTACATGGGTGAATGGAAGCCCAAGCAAATCAAGAACCC
CAACTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM31TF U 1
AF RR1AI67TF U 37
AF RR1CR13TF U 261
BS 1 91 RR1BM31TF
BS 92 92 RR1AI67TF
BS 93 624 RR1BM31TF
BS 625 625 RR1AI67TF
BS 626 731 RR1BM31TF
BS 732 732 RR1AI67TF
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BS 741 741 RR1AI67TF
BS 742 761 RR1BM31TF
BS 762 801 RR1AI67TF
BS 802 906 RR1CR13TF

RD RR1BM31TF 768 0 0
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CCTCCTCTCGTTGATTCTTATCGGTCTCATCGCGATCGCTTCCGCCGCAGTTATCTTCGA
GGAGCGCTTTGATGATGGATGGGAGAACAGATGGGTTAAATCTGAGTGGAAGAAAGATGA
CAAGTCTGCTGGGGAGTGGAGCCACACTGCAGGAAACTGGTCTGGTGATGCTAACGATAA
AGGTATCCAGACCAGTGAGGACTATAGATTCTACGCCATTTCAGCTGAGTTCCCTGAATT
TAGCAACAAGGACAAAACCTTAGTCTTTCAGTTCTCGGTCAAGCACGAGCAGAAGCTTGA
CTGTGGTGGTGGTTACATGAAGCTGCTCAGTGGTGATGTTGACCAGAAGAAATTTGGTGG
TGACACCCCATACAGCATCATGTTTGGTCCCGATATCTGTGGCTACAGCACGAAGAAAGT
GCATGCTATCCTTACCTACAATGACGCCAACCACCTGATCAAGAAGGATGTTCCATGTGA
AACTGACCAGCTCACCCACGTGTACACATTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACAGTAT
TCTCATTGACAATGTTGAGAAGCAGACCGGTAGCCTGTACTCTGACTGGGATCTTCTCCC
ACCAAAGAAGATCAAGGACCCCAGCGCCAAGAAGCCTGAGGACTGGGACGAGCAAGAGTA
CATTCCCGACC*TGAAGACA*GAAACCTGACGGATACGATG
ATATCCC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1AI67TF 765 0 0
AGCAATGGCGAAACTACTCCTTAGCCTCCTCTCGTTGATTCTTATCGGTCTCATCACGAT
CGCTTCCGCCGCAGTTATCTTCGAGGAGCGCTTTGATGATGGATGGGAGAACAGATGGGT
TAAATCTGAGTGGAAGAAAGATGACAAGTCTGCTGGGGAGTGGAGCCACACTGCAGGAAA
CTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGGTATCCAGACCAGTGAGGACTATAGATTCTACGC
CATTTCAGCTGATTTCCCTGAATTTAGCAACAAGGACAAAACCTTAGTCCTTCAGTTCTC
GGTCAAGCACGAGCAGAAGCTTGACTGTGGTGGTGGTTACATGAAGCTGCTCAGTGGTGA
TGTTGACCAGAAGAAATTTGGTGGTGACACCCCATACAGCATCATGTTTGGTCCCGATAT
CTGTGGCTACAGCACGAAGAAAGTGCATGCTATCCTTACCTACAATGACGCCAACCACCT
GATCAAGAAGGATGTTCCATGTGAAACTGACTAGCTCACCCACGCGTACACATTCATCCT
CCGCCCAGATGCTACTTACAGTATTCTCATTGACAATGTTGAGAAGCAAACCGGTAGCCT
GTACTCTGACTGGGATCTTCTCCCACCAAAGAAGATCAAGGACCCCAGCGCCAAGAAGCC
TGAGGACTGGGACGAGCAAGAGTACATTCCCGACCCTGAAGACAAGAAACCTGACGGATA
CGATGATATCCCAAAGGAGATCCCAGATACCGATGCAACGAAGCC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1CR13TF 646 0 0
G
CTATAGATTCTACGCCATTTCAGCTGAGTTCCCTGAATTTAGCAACAAGGACAAAACCTT
AGTCTTTCAGTTCTCGGTCAAGCACGAGCAGAAGCTTGACTGTGGTGGTGGTTACATGAA
GCTGCTCAGTGGTGATGTTGACCAGAAGAAATTTGGTGGTGACACCCCATACAGCATCAT
GTTTGGTCCCGATATCTGTGGCTACAGCACGAAGAAAGTGCATGCTATCCTTACCTACAA
TGACGCCAACCACCTGATCAAGAAGGATGTTCCATGTGAAACTGACCGGCTCACCCACGT
GTACACATTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACAGTATTCTCATTGACAATGTTGAGAA
GCAAACCGGTAGCCTGTACTCTGACTGGGATCTTCTCCCACCAAAGAAGATCAAGGACCC
CAGCGCCAAGAAGCCTGAGGACTGGGACGAGCAAGAGTACATTCCCGACCCTGAAGACAA
GAAACCTGACGGATACGATGATATCCCAAAGGAGATCCCAGATACCGATGCAACGAAGCC
TGAGGACTGGGATGAAGAAGAAGATGGTGAGTGGACTGCCCCTACCATTCCCAACCCTGA
GTACATGGGTGAATGGAAGCCCAAGCAAATCAAGAACCCCAACTA

QA 2 646 2 646
DS 



CO CL2097Contig2 758 2 3 U
GGATCTCAGTGAAGAAGCTCCGATCTGAGTTTTAGCAATGGCGAAACTAATCCTTAGCCT
CGTATCGTTGATTCTTATCGGTCTCGTCGCGATCGCTTCCGCCGCAGTTATCTTCGAGGA
GCGCTTTGATGATGGATGGGAGAAGAGATGGGTTAAATCTGAGTGGAAGAAAGATGACAA
GTCTGCTGGGGAGTGGAACCACACTTCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGG
TATCCAGACCAGTGAGGACTATAGATTCTACGCTATTTCAGCAGAGTTCCCTGAATTCAG
CAACAAGGACAAAACTTTAGTCTTCCAGTTCTCAGTCAAGCACGAGCAAAAGCTTGACTG
TGGTGGCGGCTACATGAAGCTTCTCAGTGGTGATGTTGACCAGAAGAAGTTTGGTGGCGA
CACTCCATACAGCATCATGTTTGGTCCCGATATCTGTGGCTACAGCACGAAGAAAGTGCA
TGCTATCCTTACCTACAACGACGCCAACCACCTGATCAAGAAGGATGTTCCGTGTGAAAC
TGACCAGCTCACCCATGTGTACACTTTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACACAATTCT
CATTGACAATGTTGAGAAGCAAACCGGTAGCCTGTACTCTGATTGGGATCTTCTACCACC
CAAGAAGATCAAGGACCCCAGCGCCAAGAAGCCTGAGGATTGGGACGAGCAAGAGTACAT
TTCCGACCCTGAAGACAAGAAACCTGACGGATACGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E575TF U 20
AF RR1D185TF U 1
BS 1 498 RR1D185TF
BS 499 499 RR1E575TF
BS 500 758 RR1D185TF

RD RR1E575TF 608 0 0
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GGTCTCGTCGCGATCGCTTCCGCCGCAGTTATCTTCGAGGAGCGCTTTGATGATGGATGG
GAGAAGAGATGGGTTAAATCTGAGTGGAAGAAAGATGACAAGTCTGCTGGGGAGTGGAAC
CACACTTCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGGTATCCAGACCAGTGAGGAC
TATAGATTCTACGCTATTTCAGCTGAGTTCCCTGAATTCAGCAACAAGGACAAAACTTTA
GTCTTCCAGTTCTCAGTCAAGCACGAGCAAAAGCTTGACTGTGGTGGCGGCTACATGAAG
CTTCTCAGTGGTGATGTTGACCAGAGGAAGTTTGGTGGCGACACTCCATACAGCATCATG
TTTGGTCCCGATATCTGTGGCTACAGCACGAAGAAAGTGCATGCTATCCTTACCTACAAC
GACGCCAACCACCTGATCAAGAAGGATGTTCCGTGTGAAACTGACCAGCTCACCCATGTG
TACACTTTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACACAATTCTCATTGACAATGTTGAGAAG
CAAACCGG

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1D185TF 758 0 0
GGATCTCAGTGAAGAAGCTCCGATCTGAGTTTTAGCAATGGCGAAACTAATCCTTAGCCT
CGTATCGTTGATTCTTATCGGTCTCGTCGCGATCGCTTCCGCCGCAGTTATCTTCGAGGA
GCGCTTTGATGATGGATGGGAGAAGAGATGGGTTAAATCTGAGTGGAAGAAAGATGACAA
GTCTGCTGGGGAGTGGAACCACACTTCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGG
TATCCAGACCAGTGAGGACTATAGATTCTACGCTATTTCAGCAGAGTTCCCTGAATTCAG
CAACAAGGACAAAACTTTAGTCTTCCAGTTCTCAGTCAAGCACGAGCAAAAGCTTGACTG
TGGTGGCGGCTACATGAAGCTTCTCAGTGGTGATGTTGACCAGAAGAAGTTTGGTGGCGA
CACTCCATACAGCATCATGTTTGGTCCCGATATCTGTGGCTACAGCACGAAGAAAGTGCA
TGCTATCCTTACCTACAATGACGCCAACCACCTGATCAAGAAGGATGTTCCGTGTGAAAC
TGACCAGCTCACCCATGTGTACACTTTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACACAATTCT
CATTGACAATGTTGAGAAGCAAACCGGTAGCCTGTACTCTGATTGGGATCTTCTACCACC
CAAGAAGATCAAGGACCCCAGCGCCAAGAAGCCTGAGGATTGGGACGAGCAAGAGTACAT
TTCCGACCCTGAAGACAAGAAACCTGACGGATACGATG

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 5

CO CL2098Contig1 900 5 9 U
GGGGAGAAGGAGGTTGACTGGAAGAATTTCAAAAGCTCAGAGAGAGGATAGTATTAGAAG
AACAGTGTATGTTTCTGACATTGACCAGAGTGTGACTGAGGAGGGTCTTGCTGCCTTGTT
TAGTAACTGTGGACAAGTTGTTGACTGTCGAATTTGTGGGGATCCACATTCAGTTCTTCG
GTTTGCGTTTGTCGAGTTTGCTGATGACCAGGGCGCACATAAAGCTTTAAGCCTTGGTGG
AACGATGCTCGGGTACTATCCCGTGAGGGTCTTACCCTCCAAAACTGCTATTCTTCCAGT
GAATCCCACATTTCTTCCTAGGTCTGAAGATGAAAGGGAGATGTGTTCAAGGACCATCTA
TTGCACAAACATTGACAAAAAGGTTTCTCAAGCTGATATGAGAAACTTATTTGAGTCAGC
ATGTGGTGAGGTAACTCGTCTGAGGCTTCTTGGGGATCAACTGCATTCAACTCGCATTGC
TTTTGTTGAGTTTGCTCTGGCGGATAGTGCAACTAGGGCGCTCAATTGCAGCGGGATGGT
CATTGGATCCCAACCCATAAGGGTAAGTCCATCAAAGACACCAGTGAGGCCACGAATCAC
TCGACCACCATCCACAAACTAGAGACAGACCTGACTAGTTTCCTGGATTTCCAGAAGAGA
GATGATTGCAGACTTTTTGTTTCCTTCAGTAACTTTTGTTCTTTCGTTTATCTTTTTACG
TTTTAGCTACAGTTATCTCCAATTATGTTAGTACCTGGAAACACTACGTTCCTGCTTCTG
AATTTGGAGTGTTCTTGTTAGGTTCCTGTCTTTTCAGACTGAGATACTTCTCTATGTTTC
ATCATCTTTCTCTTTAGGGATTTTCTTGAACATTCGTTTTAAAAAGTTGTTGGTTTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FK08TF U 1
AF RR1DL22TF U 66
AF RR1DL22JQ C 180
AF RR1A518TF U 86
AF RR1FK08JQ C 84
BS 1 284 RR1FK08TF
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BS 286 716 RR1FK08TF
BS 717 717 RR1DL22TF
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BS 777 781 RR1DL22TF
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BS 783 792 RR1DL22TF
BS 793 900 RR1FK08JQ

RD RR1FK08TF 780 0 0
GGGGAGAAGGAGGTTGACTGGAAGAATTTCAAAAGCTCAGAGAGAGGATAGTATTAGAAG
AACAGTGTATGTTTCTGACATTGACCAGAGTGTGACTGAGGAGGGTCTTGCTGCCTTGTT
TAGTAACTGTGGACAAGTTGTTGACTGTCGAATTTGTGGGGATCCACATTCAGTTCTTCG
GTTTGCGTTTGTCGAGTTTGCTGATGACCAGGGCGCACATAAAGCTTTAAGCCTTGGTGG
AACGATGCTCGGGTACTATCCCGTGAGGGTCTTACCCTCCAAAATTGCTATTCTTCCAGT
GAATCCCACATTTCTTCCTAGGTCTGAAGATGAAAGGGAGATGTGTTCAAGGACCATCTA
TTGCACAAACATTGACAAAAAGGTTTCTCAAGCTGATATGAGAAACTTATTTGAGTCAGC
ATGTGGTGAGGTAACTCGTCTGAGGCTTCTTGGGGATCAACTGCATTCAACTCGCATTGC
TTTTGTTGAGTTTGCTCTGGCGGATAGTGCAACTAGGGCGCTCAATTGCAGCGGGATGGT
CATTGGATCCCAACCCATAAGGGTAAGTCCATCAAAGACACCAGTGAGGCCACGAATCAC
TCGACCACCATCCACAAACTAGAGACAGACCTGACTAGTTTCCTGGATTTCCAGAAGAGA
GATGATTGCAGACTTTTTGTTTCCTTCAGTAACTTTTGTTCTTTCGTTTATCTTTT*ACG
TTTTAGCTACAGTTATCTCCAATTATGTTAGTACCTGGAAACACTACGTTCCTGCT
CTGA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1DL22TF 730 0 0
G
GTATGTTTCTGACATTGACCAGAGTGTGACTGAGGAGGGTCTTGCTGCCTTGTTTAGTAA
CTGTGGACAAGTTGTTGACTGTCGAATTTGTGGGGATCCACATTCAGTTCTTCGGTTTGC
GTTTGTCGAGTTTGCTGATGACCAGGGCGCACATAAAGCTTTAAGCCTTGGTGGAACGAT
GCTCGGGTACTATCCCGTGAGGGTCTTACCCTCCAAAACTGCTATTCTTCCAGTGAATCC
CACATTTCTTCCTAGGTCTGAAGATGAAAGGGAGATGTGTTCAAGGACCATCTATTGCAC
AAACATTGACAAAAAGGTTTCTCAAGCTGATATGAGAAACTTTTTTGAGTCAGCATGTGG
TGAGGTAACTCGTCTGAGGCTTCTTGGGGATCAACTGCATTCAACTCGCATTGCTTTTGT
TGAGTTTGCTCTGGCGGATAGTGCAACTAGGGCGCTCAATTGCAGCGGGATGGTCATTGG
ATCCCAACCCATAAGGGTAAGTCCATCAAAGACACCAGTGAGGCCACGAATCACTCGACC
ACCATCCACAAACTAGAGAGAGATCTGACTAGTTTCCTGGATTTCCAGAAGAGAGATGAT
TGCAGACTTTTTGTTTCCTTCAGTAACTTTTGTTCTTTCGTTTATCTTTTTACGTTTTAG
CTACAGTTATCTCCAATTATGTTAGTACCTGGAAACACTACGTTC*TGCTTCTGA*TTTG
GAGTGT
CTG

QA 2 727 2 727
DS 

RD RR1DL22JQ 655 0 0
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GAACGATGCTCGGGTACTATCCCGTGAGGGTCTTACCCTCCAAAACTGCTATTCTTCCAG
TGAATCCCACATTTCTTCCTAGGTCTGAAGATGAAAGGGAGATGTGTTCAAGGACCATCT
ATTGCACAAACATTGACAAAAAGGTTTCTCAAGCTGATATGAGAAACTTTTTTGAGTCAG
CATGTGGTGAGGTAACTCGTCTGAGGCTTCTTGGGGATCAACTGCATTCAACTCGCATTG
CTTTTGTTGAGTTTGCTCTGGCGGATAGTGCAACTAGGGCGCTCAATTGCAGCGGGATGG
TCATTGGATCCCAACCCATAAGGGTAAGTCCATCAAAGACACCAGTGAGGCCACGAATCA
CTCGACCACCATCCACAAACTAGAGAGAGATCTGACTAGTTTCCTGGATTTCCAGAAGAG
AGATGATTGCAGACTTTTTGTTTCCTTCAGTAACTTTTGTTCTTTCGTTTATCTTTTTAC
GTTTTAGCTACAGTTATCTCCAATTATGTTAGTACCTGGAAACACTACGTTCCTGCTTCT
GAATTTGGAGTGTTCTTGTTAGGTTCCTGTCTTTTCAGACTGAGATACTTCTCT
C

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1A518TF 712 0 0
G
AGAGTGTGACTGAGGAGGGTCTTGCTGCCTTGTTTAGTAACTGTGGACAAGTTGTTGACT
GTCGAATTTGTGGGGATCCACATTCAGTTCTTCGGTTTGCGTTTGTCGAGTTTGCTGATG
ACCAGGGCGCACATAAAGCTTTAAGCCTTGGTGGAACGATGCTCGGGTACTATCCCGTGA
GGGTCTTACCCTCCAAAACTGCTATTCTTCCAGTGAATCCCACATTTCTTCCTAGGTCTG
AAGATGAAAGGGAGATGTGTTCAAGGACCATCTATTGCACAAACATTGACAAAAAGGTTT
CTCAAGCTGATATGAGAAACTTATTTGAGTCAGCATGTGGTGAGGTAACTCGTCTGAGGC
TTCTTGGGGATCAACTGCATTCAACTCGCATTGCTTTTGTTGAGTTTGCTCTGGCGGATA
GTGCAACTAGGGCGCTCAATTGCAGCGGGATGGTCATTGGATCCCAACCCATAAGGGTAA
GTCCATCAAAGACACCAGTGAGGCCACGAATCACTCGACCACCATCCACAAACTAGAGAC
AGACCTGACTAGTTTCCTGGATTTCCAGAAGAGAGATGATTGCAGACTTTTTGTTTCCTT
CAGTAACTTTTGTTCTTTCGTTTACCTTTTTACGTTTTAGCTACAGTTATCTCCAATTAT
GTTAGTACCTGGAAACACTACGTTCCTGCTTCTGAATTTGGAGTGT
TCTTG

QA 2 707 2 707
DS 

RD RR1FK08JQ 817 0 0
ACC
AGAGTGTGACTGAGGAGGGTCTTGCTGCCTTGTTTAGTAACTGTGGACAAGTTGTTGACT
GTCGAATTTGTGGGGATCCACATTCAGTTCTTCGGTTTGCGTTTGTCGAGTTTGCTGATG
ACCAGGGCGCACATAAAGCTTTAAGCCTTGGTGGAACGATGCTCGGGTACTATCCCGTGA
GGGTCTTACCCTCCAAAATTGCTATTCTTCCAGTGAATCCCACATTTCTTCCTAGGTCTG
AAGATGAAAGGGAGATGTGTTCAAGGACCATCTATTGCACAAACATTGACAAAAAGGTTT
CTCAAGCTGATATGAGAAACTTATTTGAGTCAGCATGTGGTGAGGTAACTCGTCTGAGGC
TTCTTGGGGATCAACTGCATTCAACTCGCATTGCTTTTGTTGAGTTTGCTCTGGCGGATA
GTGCAACTAGGGCGCTCAATTGCAGCGGGATGGTCATTGGATCCCAACCCATAAGGGTAA
GTCCATCAAAGACACCAGTGAGGCCACGAATCACTCGACCACCATCCACAAACTAGAGAC
AGACCTGACTAGTTTCCTGGATTTCCAGAAGAGAGATGATTGCAGACTTTTTGTTTCCTT
CAGTAACTTTTGTTCTTTCGTTTATCTTTTTACGTTTTAGCTACAGTTATCTCCAATTAT
GTTAGTACCTGGAAACACTACGTTCCTGCTTCTGAATTTGGAGTGTTCTTGTTAGGTTCC
TGTCTTTTCAGACTGAGATACTTCTCTATGTTTCATCATCTTTCTCTTTAGGGATTTTCT
TGAACATTCGTTTTAAAAAGTTGTTGGTTTTCAC

QA 4 817 4 817
DS 



AS 1 5

CO CL2099Contig1 1830 5 12 U
GGGAAACACATGGCAGCGATTTCTCCATGGCTTTCTTCTCCACAGAGCTTCTCGAGTCCC
CGCGTTTCCACTCGATATAGTTCAGCAAGATGCACATCACTTCCTGCTCTCGTCAGTTCC
AATGAGGAACAGCATCAGATACTGTCAAGAGATGAGGTTGGGATGAAGAGAAGGGAAGTC
ATGTTAAACATAGCTTCTTCCTCTGCTTTCTTACTTCCACCTGCATTTGCAGAGACAAAT
TCATCGGAGGCTTTCCGTGTGTACACAGATGAAGCTAACAAGTTCGAGACATCAATTCCA
CAAGAGTGGCAAGTCGGACAAGC***ACAACCTAACGGGTTCAAGTCAATCACAGCTTTT
TACCCTGAAGAAGCTTCATCTTACAATGTGAGCGTAGCGATCACTGGACTAGGTCCAGAT
TTCACTAGGATGGAATCTTTTGGAAAGGTCGAAGCTTTTGCAGAAACACTGGTCAGTGGG
TTGGATAGAAGCTGGCAGAAACCAGCAGGAGTTACTGCAAAGCTAGTTGATAGCAGATCT
TCCAAAGGGTTCTATTACATTGAGTATACATTACAAAACCCTGGAGAAGCTCGTAAGCAT
TTGTACTCTGCAATTGGGATGGCAACTAACGGTTGGTACAACCGTTTATACACTGTCACT
GGACAATTTAATGACGAAGAATCTGCTGATCAAAGCTCCAAGATCCAGAAGGCAGTCAAG
TCTTTCAAATTCATCTGAGAATGTCATTCATATCAATCACCGAAACCATATTGATCAAAC
ATTTTGTTTACTGAACAATCACTTTTTTCAATCAAATTCTGAGATTTAAAAAAAAAACTA
ACTCCATACTTTGAAGTAAGCTTTGGATAACAATCATTCATCAGTGTGTTCAGACAAGGA
AGAAGAGACAAACCCTACACAACTAAAGGATATAAACATGCTTTTACTTACAATGCAGGA
CTTGGAACAGAGGCTATATACCTATGAATGTTTACTCACTACACTCCTGTACCTGAAGAA
AGTGTAGTGGTATTACGACTTTAGACTAAAAGAAAAAAAAAAGAATCAGATTTTGATTCT
AGTATTATGTATATGCTTGTGTATGTGTGTCTACTATATATAGTACACCAACTTATTACC
AACGGTTACCCCTCCTCGGGGAAAACCGTTACCATGACTGCAAACTCAACCCCCAGCTTG
AGCCGGCAGCATCTTTTGTGTCTGTGTTTTAGATAAATACACATTGACGGATGAGTAAGA
AAAACGGAAGCACAAACCCTGAGACTCCCATTTTCCTTCTGTGCCCTTCCAGTGAGCAAA
GACTATTTTTTATATAACCTTTCAGATGCAAGATAAATAACTTGACGACTTAAAAAATAA
ACAGGAAGCCTTCTGCTGCCACATTGAATTAGCAATTTCGCTGCTCCTTTCTCCTCAGTC
TTTCAAGGATAACTTGTTGTTTGGTCAGAACTGCTACTCTGCATAAACTGAGGGGGATGA
ACAATGATATGGGACTGTGCTGGAGCAGGGCCTGGAGGGTATGGAACTTGAAGAGCAGGA
GGCATGGATGAAGTAGCCATCGCACTAACAGTTGGTCCTCCACCAAGTTGTAGAACATGG
CTTCCTGGAACCGAGTACCCTTGAACTGCTGTATAGCTCTGGCCACCTGGAACAGTCTGA
CTTAATTGCCCGTATTGATAAACTGGTGTGTTAACTGCTCCTCCAGGTACTCCGTAGACC
TGAAGGTATTACTGACCCATGTATGGAGGACCATATAACCCCTGTGACTGTGAGTGCATG
TACTCAGGTCCATATGCAGCCACCCCATAC


BQ
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AF RR1A385TF U 1
AF RR1F826TF U 1
AF RR1A385JQ C 289
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AF RR1AW06TF C 1058
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CGCGTTTCCACTCGATATAGTTCAGCAAGATGCGCATCACTTCCTGCTCTCGTCAGTTCC
AATGAGGAACAGCATCAGATACTGTCAAGAGATGAGGTTGGGATGAAGAGAAGGGAAGTC
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TCATCGGAGGCTTTCCGTGTGTACACAGATGAAGCTAACAAGTTCGAGATATCAATTCCA
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TTCACTAGGATGGAATCTTTTGGAAAGGTCGAAGCTTTTGCAGAAACACTGGTCAGTGGG
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TCCAAAGGGTTCTATTACATTGAGTATACATTACAAAACCCTGGAGGAGCTCGTAAGCAT
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AC
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AAAAAAACTAACTCCATACTTTGAAGTAAGCTTTGGATAACAATCATTCATCAGTGTGTT
CAGACAAGGAAGAAGAGACAAACCC
C

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CCTCAGTCTTTCAAGGATAACTTGTTGTTTGGTCAGAACTGCTACTCTGCATAAACTGAG
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GA

QA 1 782 1 782
DS 

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QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 5

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ATTCTCTTCCTCACGCTACTCCTCTTCGCTGCTCTGGCTTTGATCCAGGCAAAGGAAGAT
TTAAAGGAGATCACTCACAAAGTTTACTTCGAT*TTGAGATTGACGGCAAAGAAGCTGGT
CGAGTTGTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTTCCCAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCT
CTTTGCACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAGCCTCTACACTACAAGGGGAGC
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TTTTTCATCACGACGGTGACAACAAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAA
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CCTAAGAGCAAAGTTGTTATTGCTGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAATCCTAAGCACT
TCTTCTTCATGAAGAGGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTCTTGTATTTTAAACACACTCGA
ATGCTATCCAACCGAACAAAAGCACTTCAGTTTCAGAGCTTTTTTTTAATAAATCATTTT
CT


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

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AF RR1AK93TF U 3
AF RR1B287TF U 1
AF RR1B287JQ C 1
AF RR1DA61TF U 574
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CTT

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GG
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CTTCATGAAGA

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CT

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DS 

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QA 1 209 1 209
DS 



AS 1 5

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CTGCTTCACGTTT


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1A651TF U 11
AF RR1FP17JQ C 3
AF RR1GF70JQ C 121
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TTCAGGCGAGGGGCTTTACGAAGGTCTTGACTGGTTGTCCAACAACATCGCCGGCAAGGC
GTAGAGGAGAAGTTTGTGGTTGAGTTGATTTTGCTGGGCAGATCTGGATGCAGGG*CAAA
CATTATCCGATTTTT*CTTCTTTATTG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1GF70TF 732 0 0
GGCGTCGCGC
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GTTTAGCAAGCTATTTGCCAAGAAGGAGATGAGGATTCTGATGGTTGGTCTTGATGCGGC
TGGTAAGACCACCATTTTGTACAAGCTCAAGCTCGGAGAGATTGTCACCACCATTCCCAC
TATTGGGTTCAATGTTGAAACTGTGGAGTACAAGAACATCAGTTTCACAGTGTGGGATGT
CGGGGGTCAAGACAAGATTCGTCCCTTGTGGAGGCATTACTTCCAGAACACTCAAGGACT
CATCTTTGTGGTGGATAGCAATGACAGAGACCGTGTTGTTGAGGCTAGAGATGAATTGCA
CAGAATGCTCAATGAGGATGAGCTACGTAATGCTGTTCTGCTCGTGTTTGCTAACAAACA
GGATCTTCCAAATGCCATGAACGCAGCTGAGATCACCGACAAGCTTGGTCTCCACTCTCT
CCGTCAGCGTCACTGGTACATCCAGAGCACATGTGCCACTTCAGGCGAGGGGCTTTACGA
AGGTCTTGACTGGTTGTCCAACAACATCGCCGGCAAGGCGTAGAGGAGAAGTTTGTGGTT
GAGTTGATTTTGCTGGGCAAATCTGGATGCAGGGGCAAACGTTATCTGATTTTT*CTTCT
TTATTGTTCTCTTCTTTTT**TTTTTGTTTGTTTCGGGTATCTGGATTTGATTTTGTGAT
CG

QA 11 732 11 732
DS 

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GGGCGTCGCGC
ATCTCTCTCTCTTTCGATCGATCAGAGTGAAGCAAGGATGGGTTTGTCTTTCGGGAAGCT
GTTTAGCAAGCTATTTGCCAAGAAGGAGATGAGGATTCTGATGGTTGGTCTTGATGCGGC
TGGTAAGACCACCATTTTGTACAAGCTCAAGCTCGGAGAGATTGTCACCACCATTCCCAC
TATTGGGTTCAATGTTGAAACTGCGGAGTACACGAACATCAGTTTCACAGTGTGGGATGT
CGGGGGTCAAGACAAGATTCGTCCCCTGTGGAGGCATTACTTCCAGAACACTCAAGGACT
CATCTTTGTGGTGGATAGCAATGACAGAGACCGTGTTGTTGAGGCTAGAGATGAATTGCA
CAGAATGCTCAATGAGGATGAGCTACGTGATGCTGTTCTGCTCGTGTTTGCTAACAAACA
GGATCTTCCAAATGCCATGAACGCAGCTGAGATCACCGACAAGCTTGGTCTCCACTCTCT
CCGTCAGCGTCACTGGTACATCCAGAGCACATGTGCCACTTCAGGCGAGGGGCTTTACGA
AGGTCTTGACTGGTTGTCCAACAACATCGCCGGCAAGGCGTAGAGGAGAAGTTTGTGGTT
GAGTTGATTTTGCTGGGCAAATCTGGATGCAGGGGCAAACGTTATCTGATTTTTTCTTCT
TTATTGTTCTCTTCTTTTT*TTTTTTGTTTGTTTCGGGTATCTGGATTTGATTTTGTGAT
CGTTGTTCTGATTTGTGCAAGGAGGAGTCTCTTGCACGTAAAACATAGAAACTACCTTTT
TATAT
AGTTTG

QA 12 796 12 796
DS 

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GTTTGTCTTTCGGGAAGCTGTTTAGCAAGCTATTTGCCAAGAAGGAGATGAGGATTCTGA
TGGTTGGTCTTGATGCGGCTGGTAAGACCACCATTTTGTACAAGCTCAAGCTCGGAGAGA
TTGTCACCACCATTCCCACTATTGGGTTCAATGTTGAAACTGTGGAGTACAAGAACATCA
GCTTCACAGTGTGGGATGTCGGGGGTCAAGACAAGATTCGTCCCTTGTGGAGGCATTACT
TCCAGAACACTCAAGGTCTCATCTTTGTGGTGGACAGCAATGACAGAGACCGTGTTGTTG
AGGCTAGAGATGAATTGCACAGAATGCTCAATGAGGATGAGCTGCGTGATGCTGTTCTGC
TCGTGTTTGCTAACAAGCAGGATCTTCCAAATGCCATGAACGCAGCTGAGATCACTGATA
AGCTTGGTCTCCACTCTCTCCGTCAGCGTCACTGGTACATCCAGAGCACCTGTGCCACTT
CAGGCGAGGGGCTTTACGAAGGTCTTGACTGGTTGTCCAACAACATCGCCGGCAAGGCGT
AGAGGAGAAGTTTGTGGTTGAGTTGATTTTGCTGGGCAGATCTGGATGCAGGGGCAAACA
TTATCCGATTTTTTCTTCTTTATTGTTCTCTTCTTTTTCTTTTTTGTTTGTTTCGGGTAT
GTGGATTTGATTTTGTGATCGTTGTTCTGATCTGTGCAAGGAGGAGTCTCTTGCACGTAA
AACATAGAAACTACCTTTTTATAT*GTTTGTAATCGAAGATTTATACTCTACTTCTTTCT
GCTTCACGTTT

QA 1 851 1 851
DS 

RD RR1GF70JQ 724 0 0
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GATTGTCACCACCATTCCCACTATTGGGTTCAATGTTGAAACTGTGGAGTACAAGAACAT
CAGTTTCACAGTGTGGGATGTCGGGGGTCAAGACAAGATTCGTCCCTTGTGGAGGCATTA
CTTCCAGAACACTCAAGGACTCATCTTTGTGGTGGATAGCAATGACAGAGACCGTGTTGT
TGAGGCTAGAGATGAATTGCACAGAATGCTCAATGAGGATGAGCTACGTAATGCTGTTCT
GCTCGTGTTTGCTAACAAACAGGATCTTCCAAATGCCATGAACGCAGCTGAGATCACCGA
CAAGCTTGGTCTCCACTCTCTCCGTCAGCGTCACTGGTACATCCAGAGCACATGTGCCAC
TTCAGGCGAGGGGCTTTACGAAGGTCTTGACTGGTTGTCCAACAACATCGCCGGCAAGGC
GTAGAGGAGAAGTTTGTGGTTGAGTTGATTTTGCTGGGCAAATCTGGATGCAGGGGCAAA
CGTTATCTGATTTTTTCTTCTTTATTGTTCTCTTCTTTTT*TTTTTTGTTTGTTTCGGGT
ATCTGGATTTGATTTTGTGATCGTTGTTCTGATTTGTGCAAGGAGGAGTCTCTTGCACGT
AAAACATAGAAACTACCTTTTTATATAGTTTGTAATCGAAGATTTATACTCTACTTCTTT
CTG
G

QA 1 723 1 723
DS 



AS 2 5

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AGTTCTTTGAATTCAAACATTTGAAAACTTTCCTATCTGGTTAAAAGCCCATACTCTCTC
ATCAAGGCTAAGGTAGAGGTAACGCATCTGGTACTGGTACTGGTACTGATACAGCCACAG
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AAAAGAGGAAGGCAGAGCCAAGTCCTATGGTATCGCCGAGGACTCTTGTCTCAGGAGACT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E345JQ U 3
AF RR1E345TF C 1
BS 1 9 RR1E345TF
BS 10 513 RR1E345JQ
BS 514 751 RR1E345TF

RD RR1E345JQ 511 0 0
ATATAAT
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ATTCTCACAAAGCTTTGCAAAACTTATTGGGTGTGGGGGCAAAAGCAAGACAGTTCTTTG
AATTCAAACATTTGAAAACTTTCCTATCTGGTTAAAAGCCCATACTCTCTCATCAAGGCT
AAGGTAGAGGTAACGCATCTGGTACTGGTACTGGTACTGATACAGCCACAGGTAAACTGT
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QA 8 511 8 511
DS 

RD RR1E345TF 751 0 0
TTATATAATCAACATTCTCTTAT*CAGCAACATAGATCATTCAAGTTCAAAAAGCTACAA
ACACTATCCATTCTCACAAAGCTTTGCAAAACTTATTGGGTGTGTGGGCAAAAGCAAGAC
AGTTCTTTGAATTCAAACATTTGAGAACTTTCCTATCTGGTTAAAAGCCCATACTCTCTC
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GTAGTGGGCCTGATGGGACCGGTTTCCGGGAAGACGCCAAACGAAACCCAAAGACAGAAG
AGAAGAGGAAGGCAGAGCCAAGTCCTATGGTATCGCCGAGGACTCTTGTCTCAGGAGACT
TGGTAAGGAAGTAGGCAGAAGCCATAAGGACAGAGCCAGTCAAACCACCAAAGAGAGAAC
CCTTGCTTCCAGATTTGCTATAGGCGAAGAGACCGCCTCCTAGAAGAAGAACACCATAAC
CAGCAGAGACGGCGGGAGCTAGCTCCGACAGCTCCGCCTTACAACATAAACCATACCCTC
GTCTGCTCCTCGATTTAGGAAGTCCCGACCAATTCCGGCAGGAGTCGCTGACACTCCGCC
CCAGTAGTTTAGTGTTCCGCACCGACACCACCGAAGGAATGTGCAACGTTAGCGCAAAAG
ACGACATTGCTTCAGCCGAATGTTTCGTCCC

QA 1 751 1 751
DS 



CO CL2102Contig2 738 3 11 U
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GGTGGTGTCGGTGCGGAACACTAAACTACTGGGGCGGAGTGTCAGCGACTCCTGCCGGAA
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GCTGTCGGAGCTAGCTCCTGCCGTCTCTGCTGGTTATGGTGTTCTTCTTCTAGGAGGCGG
TCTCTTCGCCTATAGCAAATCTGGAAGCAAGGGTTCTCTCTTTGGGGGTTTGACTGGCTC
TGTCCTTATGGCTTCTGCCTACTTCCTTACCAAGTCTCCTGAGACAAGAGTCCTCGGCGA
TACCATAGGACTTGGCCCTGCCTTCCTCTTCTCTTCTGTCTTTGGGTTTCGTTTGGCGTC
CTCCCGGAAACCGGTCCCATCAGGCCCGCTACTACTTCTCTCTATCGCCACGTTGTCCTT
CTTTGTAATGGCGTATATGCACGACAGTTTACCTGTGGCTGTACCAGTACCAGTACCAGA
TGCGTTACCTCTACCTTAGCCTTGATGAGAGAGCATGGGCTTTTAACCAAGTAGGAAAGT
TCTCAAATGTTTGAATTCAAAGAACTGTTTTGCTTTTGCCCACACACCCAATAAGTAGCG
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CTGAATAAGAGAATGTTG


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV14TF U 1
AF RR1BJ85JQ C 2
AF RR1BJ85TF U 2
BS 1 123 RR1EV14TF
BS 124 124 RR1BJ85TF
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RD RR1EV14TF 683 0 0
GGGGACGAAACATTCGGCTGAAGCAATGTCGTCTTTTGCGCTAACGTTACACATTCCTTC
GGTGGTGTCGGTGCGGAACACTAAACTACTGGGGCGGAGTGTCAGCGACTCCTGCCGGAA
TTGTTCGGGACTTCCTAAATCGAGGAGCAGACGAGGATATGGTTTATGTTGTAAGGCGGA
GCTGTCGGAGCTAGCTCCTGCCGTCTCTGCTGGTTATGGTGTTCTTCTTCTAGGAGGCGG
TCTCTTCGCCTATAGCAAATCTGGAAGCAAGGGTTCTCTCTTTGGGGGTTTGACTGGCTC
TGTCCTTATGGCTTCTGCCTACTTCCTTACCAAGTCTCCTGAGACAAGAGTCCTCGGCGA
TACCATAGGACTTGGCTCTGCCTTCCTCTTCTCTTCTGTCTTTGGGTTTCGTTTGGCGTC
CTCCCGGAAACCGGTCCCATCAGGCCCGCTACTACTTCTCTCTATCGCCATGTTGTCCTT
CTTTGTAATGGCGTATATGCACGACAGTTTACCTGTGGCTGTACCAGTACCAGTACCAGA
TGCGTTACCTCTACCTTAGCCTTGATGAGAGAGCATGGGCTTTTAACCAAGTAGGAAAGT
TCTCAAATGTTTGAATTCAAAGAACTGTTTTGCTTTTGCCCACACACCCAATAAGTAGCG
CAAAAGCTTTGTGAGAATGGATA

QA 1 683 1 683
DS 

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GTGGTGTCGGTGCGGAACACTAAACTACTGGGGCGGAGTGTCAGCGACTCCTGCCGGAAT
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CTGTCGGAGCTAGCTCCTGCCGTCTCTGCTGGTTATGGTGTTCTTCTTCTAGGAGGCGGT
CTCTTCGCCTATAGCAAATCTGGAAGCAAGGGTTCTCTCTTTGGGGGTTTGACTGGCTCT
GTCCTTATGGCTTCTGCCTACTTCCTTACCAAGTCTCCTGAGACAAGAGTCCTCGGCGAT
ACCATAGGACTTGGCCCTGCCTTCCTCTTCTCTTCTGTCTTTGGGTTTCGTTTGGCGTCC
TCCCGGAAACCGGTCCCATCAGGCCCGCTACTACTTCTCTCTATCGCCACGTTGTCCTTC
TTTGTAATGGCGTATATGCACGACAGTTTACCTGTGGCTGTACCAGTACCAGTACCAGAT
GCGTTACCTCTACCTTAGCCTTGATGAGAGAGCATGGGCTTTTAACCAAGTAGGAAAGTT
CTCAAATGTTTGAATTCAAAGAACTGTTTTGCTTTTGCCCACACCCCCAATAAGTAGCGC
AAAAGCTTTGTGAGAATGGATAATGTTTGTAGCTTTTTGAACTTGAATGATCTATGCTGC
TGAATAAGAGAATGTTG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1BJ85TF 729 0 0
GGGACGAAACATTCGGCTGAAGCAATGTCGTCTTTTGCGCTAACGTTACACATTCCTTCG
GTGGTGTCGGTGCGGAACACTAAACTACTGGGGCGGAGTGTCAGCGACTCCTGCCGGAAT
TGGTCGGGACTTCCTAAATCGAGGAGCAGACGAGGGTATGGTTTATGTTGTAAGGCGGAG
CTGTCGGAGCTAGCTCCTGCCGTCTCTGCTGGTTATGGTGTTCTTCTTCTAGGAGGCGGT
CTCTTCGCCTATAGCAAATCTGGAAGCAAGGGTTCTCTCTTTGGGGGTTTGACTGGCTCT
GTCCTTATGGCTTCTGCCTACTTCCTTACCAAGTCTCCTGAGACAAGAGTCCTCGGCGAT
ACCATAGGACTTGGCCCTGCCTTCCTCTTCTCTTCTGTCTTTGGGTTTCGTTTGGCGTCC
TCCCGGAAACCGGTCCCATCAGGCCCGCTACTACTTCTCTCTATCGCCACGTTGTCCTTC
TTTGTAATGGCGTATATGCACGACAGTTTACCTGTGGCTGTACCAGTACCAGTACCAGAT
GCGTTACCTCTACCTTAGCCTTGATGAGAGAGCATGGGCTTTTAACCAAGTAGGAAAGTT
CTCAAATGTTTGAATTCAAAGAACTGTTTTGCTTTTGCCCACACACCCAATAAGTAGCGC
AAAAGCTTTGTGAGAATGGATAATGTTTGTAGCTTTTTGAACTTGAATGATCTATGCTGC
TGA
ATAAGA

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 5

CO CL2103Contig1 766 5 4 U
ACCCCAAAAGTTCGAACTTCTTGCACATTACCACCAAAACTTTCAAGTTACACATTTCCC
CACCTTGTGGCAATATTATCAAATCAAACTAGCTAAGATTTTACAACATGATTATTAATT
AATGAGACAATGAAAATCTATTATGTTTCACAAACTCCTTTCTAACATTTCTTGAAACCT
CCTGTAAGATTCGACTTTCTCGAGCAAGAACTTCTCGTGGCAATTAGCAATGAACATATC
GGCCAAATGATCAATATCATCATCATCATTGGCTCCTTCATCATCTCTTACCTCTTCCAA
ATCCTCGACCTTCTTGTGCTCTAGCCACTCGAGGTAGCCAGAGAGGTGAGAGTCATCAGC
TTCTTCACCATTGATGCCAGAGACAGAAAAAGAGAAAGGTTGAGGCACAGGAACAACATC
AGAGGAACACCAGTTGTAGTGCAATCTAAACGATCCGAAGAAGATCTTGCGTTGATTCTT
TGAAGCCTTTCTTGGATAAAACATCGTCAGCTTTCGTTTCTTGTTGCTGTTGTGTTTAGA
CATCTCTAGAAAGATTGATTTAGCTCTAGAGACAGCTCTAAGGAAACGGTAGAGAGGGTG
TGAAAGGAGATTTTGGATTAGGGTTTTGAGTTTCATGGACGGTGTTGAAGAAGAAGAAGA
AGAAGAAGATGATGATGATGATTTGAGCTGCATGACTTTAACACTCAAGAGAGAGACTCT
TTCTCACACTTATTTTGTGTGTTTTCTTTTTTTCGCTATGCATCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR47JQ U 13
AF RR1D569JQ U 13
AF RR1AD89JQ U 1
AF RR1AD89TF C 1
AF RR1D569TF C 85
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RD RR1GR47JQ 363 0 0
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GAT

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR1D569JQ 655 0 0
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GACTTTCTCGAGCAAGAACTTCTCGTGGCAATTAGCAATGAACATATCGGCCAAATGATC
AATATCATCATCATCATTGGCTCCTTCATCATCTCTTACCTCTTCCAAATCCTCGACCTT
CTTGTGCTCTAGCCACTCGAGGTAGCCAGAGAGGTGAGAGTCATCAGCTTCTTCACCATT
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DS 

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CC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1AD89TF 761 0 0
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AATGAGACAATGAAAATCTATTATGTTTCACAAACTCCTTTCTAACATTTCTTGAAACCT
CCTGTAAGATTCGACTTTCTCGAGCAAGAACTTCTCGTGGCAATTAGCAATGAACATATC
GGCCAAATGATCAATATCATCATCATCATTGGCTCCTTCATCATCTCTTACCTCTTCCAA
ATCCTCGACCTTCTTGTGCTCTAGCCACTCGAGGTAGCCAGAGAGGTGAGAGTCATCAGC
TTCTTCACCATTGATGCCAGAGACAGAAAAAGAGAAAGGTTGAGGCACAGGAACAACATC
AGAGGAACACCAGTTGTAGTGCAATCTAAACGATCCGAAGAAGATCTTGCGTTGATTCTT
TGAAGCCTTTCTTGGATAAAACATCGTCAGCTTTCGTTTCTTGTTGCTGTTGTGTTTAGA
CATCTCTAGAAAGATTGATTTAGCTCTAGAGACAGCTCTAAGGGAACGGTAGAGAGGGTG
TGAAAGGAGATTTTGGATTAGGGTTTTGAGTTTCATGGACGGTGTTGAAGAAGAAGAAGA
AGAAGAAGATGATGATGATGATTTGAGCTGCATGACTTTAACACTCAAGAGAGAGACTCT
TTCTCACACTTATTTTGTGTGTTTTCTTTTTTTCGCTAT
CC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1D569TF 682 0 0
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CAAGAACTTCTCGTGGCAATTAGCAATGAACATATCGGCCAAATGATCAATATCATCATC
ATCATTGGCTCCTTCATCATCTCTTACCTCTTCCAAATCCTCGACCTTCTTGTGCTCTAG
CCACTCGAGGTAGCCAGAGAGGTGAGAGTCATCAGCTTCTTCACCATTGATGCCAGAGAC
AGAAAAAGGGAAAGGTTGAGGCACAGGAACAACATCAGAGGAACACCAGTTGTAGTGCAA
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TTTGAGTTTCATGGACGGTGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGATGATGATGATTT
GAGCTGCATGACTTTAACACTCAAGAGAGAGACTCTTTCTCACACTTATTTTGTGTGTTT
TCTTTTTTTCGCTATGCATCCC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 5

CO CL2104Contig1 786 5 14 U
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CAATTTGGCCAGGCTCACCCTCTTCACGGCTCTTCATGTGTTTGGTCTTGAGGTTAACAT
CTTTGATGACAACGGTGCTGTTGTGGGTAAAGATCTTAGTGACTTCTCCAATCTTACCCT
TGTCGCGTCCAGAGATGACTTTGACCGTATCTCCGAACTTGACATGCATCTTGTGAAGAA
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ACTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 

AF RR1BS55TF C 30
AF RR1AO80JQ U 20
AF RR1BS55JQ U 30
AF RR1BP01JQ U 1
AF RR1AO80TF C 19
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BS 277 277 RR1AO80JQ
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BS 682 684 RR1AO80TF
BS 685 785 RR1BP01JQ
BS 786 786 RR1AO80TF

RD RR1BS55TF 605 0 0
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GGAAGAAACTTAATACATTCATCAGACAAATATATCAAAAGTGGAGACGTTAAGATGAAG
AGGCAACTGCAACTTGAGTAGTTTCTTTATCTTTAGCCTCCCTAAGTTGCTTCCACTTCT
CGATGGTGTCGATAAGTTCCCC*AGTTTTGATCAGATACCCTTACCTTCTGTCCATCTTC
AAGGACCCTTGTGACCCCACCCGGCTTACAACCTCCTTTT**TTCGAATACAGCATCACA
TTTGAGCTGTGGATCGGTGCTTCGATCTTGACAATTTGGCCAGGCTCACCCTCTTCACGG
CTCTTCATGTGTTTGGTCTTGAGGTTAACATCTTTGATGACAACGGCGCTGTTGTGGGTA
AAGATCTTAGTGACTTCTCCAATCTTACCCTTGTCGCGTCCAGAGATGACTTTGACCGTA
TCTCCGAACTTGACATGCATCTTGTGAAGAATGGGAAGACTGTTTGGTTTGCATTTCTTC
CGTTCCCAACGCTTTAGCTTTGCAAAGACAAGACATGGGTTCTTAACGAGTTTGACCGGA
GAAGC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1AO80JQ 675 0 0
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CATAACTTAAGGAAGAAACTTAATACATTCATCAGACAAATATATCAAAAGTGGAGACGT
TAAGATGAAGAGGCAACTGCAACTTGAGTAGTTTCTTTATCTTTAGCCTCCTTAAGTTGC
TTCCACTTCTCGATGGTGTCGATAAGTTCCCC*AGTTTTGATCAGATACC*TTACCTTCT
GTCCATCTTCAAGGACCCT*GTGACCC*ACCCGGCTTACAACCTCCTTTTCTTTCGAATA
CAGCATCACATTTGAGCTGTGGATCGGTGCTTCGATCTTGACAATTTGGCCAGGCTCACC
CTCTTCACGGCTCTTCATGTGTTTGGTCTTGAGGCTAACATCTTTGATGACAACGGTGCT
GTTGTGGGTAAAGATCTTAGTGACTTCTCCAATCTTACCCTTGTCGCGTCCAGAGATGAC
TTTGACCGTATCTCCGAACTTGACATGCATCTTGTGAAGAATGGGAAGACTGTTTGGTTT
GCATTTCTTCCGTTCCCAACGCTTTAGCTTTGCAAAGACAAGACATGGGTTCTTAACGAG
TTTGACCGGAGAAGCGAGGGAGAGGGGAATCGGGGAAAGGAGACGCTGGCCGAGGAAGGA
GG
AGTTGGAGGTTAT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1BS55JQ 650 0 0
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GGAAGAAACTTAATACATTCATCAGACAAATATATCAAAAGTGGAGACGTTAAGATGAAG
AGGCAACTGCAACTTGAGTAGTTTCTTTATCTTTAGCCTCCCTAAGTTGCTTCCACTTCT
CGATGGTGTCGATAAGTTCCCC*AGTTTTGATCAGATACC*TTACCTTCTGTCCATCTTC
AAGGACCTT*GTGACCC*ACCCGGCTTACAACCTCCTTTT**TTCGAATACAGCATCACA
TTTGAGCTGTGGATCGGTGCTTCGATCTTGACAATTTGGCCAGGCTCACCCTCTTCACGG
CTCTTCATGTGTTTGGTCTTGAGGTTAACATCTTTGATGACAACGGCGCTGTTGTGGGTA
AAGATCTTAGTGACTTCTCCAATCTTACCCTTGTCGCGTCCAGAGATGACTTTGACCGTA
TCTCCGAACTTGACATGCATCTTGTGAAGAATGGGAAGACTGTTTGGTTTGCATTTCTTC
CGTTCCCAACGCTTTAGCTTTGCAAAGACAAGACATGGGTTCTTAACGAGTTTGACCGGA
GAAGCGAGGGAGAGGGGAATCGGGGAAAGGAGACGCTGGCCGAGGAAGGA

QA 1 650 1 650
DS 

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GTTTAAGTACCATTCTAAGCATAACTTAAGGAAGAAACTTAATACATTCATCAAACAAAT
ATATCAAAAGTGGAGACGTTATGATGAGGAGGCAACTGCAACTTGAGTAGTTTCTTTATC
TTTAGCCTCCTTAAGTTGCTTCCACTTCTCGATGGTGTCGATAAGTTCCCC*AGTTTTGA
TCAGATACC*TTACCCTCTGTCCATCTTCAAGGACCTT*GTGACCC*ACCCGGCTTACAA
CCTCCTTTTCTTTCGAATACAGCATCACATTTGAGCTGTGGATCGGTGCTTCGATCTTGA
CAATTTGGCCAGGCTCACCCTCTTCACGGCTCTTCATGTGTTTGGTCTTGAGGTTAACAT
CTTTGATGACAACGGTGCTGTTGTGGGTAAAGATCTTAGTGACTTCTCCAATCTTACCCT
TGTCGCGTCCAGAGATGACTTTGACCGTATCTCCGAACTTGACATGCATCTTGTGAAGAA
TGGGAAGACTGTTTGGTTTGCATTTCTTCCGTTCCCAACGCTTTAGCTTTGCAAAGACAA
GACATGGGTTCTTAACGAGTTTGACCGGAGAAGCGAGGGAGAGGGGAATCGGGGAAAGGA
GACGCTGGCCGAGGAAGGAGG***TGGAGGTTATTGAAAGAGAAGTGAAAGAGCTTTGAA
GAGCAGACATGGTCGCCATTTCTTCAACTTTGGTCTCGCCTCTCCAAGTGGAGCGCTAAC
ACTTC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1AO80TF 768 0 0
G
CAAAAACTTTGTAAAAAATGTATGTTTAGAATAAAACACAAGTTTAAGTACCATTCTAAG
CATAACTTAAGGAAGAAACTTAATACATTCATCAGACAAATATATCAAAAGTGGAGACGT
TAAGATGAAGAGGCAACTGCAACTTGAGTAGTTTCTTTATCTTTAGCCTCCTTAAGTTGC
TTCCACTTCTCGATGGTGTCGATAAGTTCCCCCAGTTTTGATCAGATACC*TTACCTTCT
GTCCATCTTCAAGGACCCT*GTGACCC*ACCCGGCTTACAACCTCCTTTTCTTTCGAATA
CAGCATCACATTTGAGCTGTGGATCGGTGCTTCGATCTTGACAATTTGGCCAGGCTCACC
CTCTTCACGGCTCTTCATGTGTTTGGTCTTGAGGCTAACATCTTTGATGACAACGGTGCT
GTTGTGGGTAAAGATCTTAGTGACTTCTCCAATCTTACCCTTGTCGCGTCCAGAGATGAC
TTTGACCGTATCTCCGAACTTGACATGCATCTTGTGAAGAATGGGAAGACTGTTTGGTTT
GCATTTCTTCCGTTCCCAACGCTTTAGCTTTGCAAAGACAAGACATGGGTTCTTAACGAG
TTTGACCGGAGAAGCGAGGGAGAGGGGAATCGGGGAAAGGAGACGCTGGCCGAGGAAGGA
GGAGTTGGAGGTTATTGAAAGAGAAGTGAAAGAGCTTTGAAGAGCAGACATGGTCGCCAT
TTCTTCAACTTTGGTCTCGCCTCTCCAAGTGGAGCGCTAACACTTCC

QA 2 768 2 768
DS 



AS 1 4

CO CL2105Contig1 976 4 16 U
GGGAGAGAGTAAGAGAGAATTAAGTAAAATAAAATGGGAAGAGGGAGAGTAGAGTTGAAG
AGGACAGAGAACAAGATCAATAGGCAAGTGACGTTTGCAAAGAGAAGGAATGGTCTTTTG
AAGAAAGTATACGAGCTTTCCGTTCTATGTGATGCAGAGGTTGCTCTCATCATCTTCTCT
AGTAGAGGAAAACAGTACGAGTTTTGCAGCAGTTCGAGCATGCTTCGGACACTAGACAGG
TACCAAAAGTGCAACTATGGAGCTCCAGAGCCCAATGTGCCTTCAAGGGAAGCCTTAGCA
GAACTTAATAGCCAGCATGAGTATCTCAAGCTTAAGGAGCGTTACGACGCTTTACAGAGA
ACTCAAAGGAATCTATTGGGAGAAGATCTTGGACCTCTTAGTACAAAAGAGCTCGAGTCA
CTTGAGAGACAGCTTGACTCTTCTTTGAAGCAGATCAGAGCTCTCCGAACACAATTCATG
CTCGACCAACTCAATGATCTTCAGAGTAAGGAACGCATGTTGGCTGAGACAAATAAAACC
CTGAGGCTAAGGTTAGCTGATGGATATCAGATGCCTCTCCAACTTAACCCGAACCCAGAA
GATCATCACCATGTTGAGTACGGTCGTCATCAACAAGTACATGAACACTCTCAGCAAGCT
TTCTTCCAGCCTTTGGAATGCGAACCCATTCTTCAAATGGGGTATCAGGGGCAGCAAGAT
CATGGAATGGGAGCTGGACCAAGTGTGAATAATTACATGTTGGGTTGGTTACCTTATGAC
ACCAACTCTATTTGAAACTTTCTTCCTTTTTCTGTTCGTTTTTTTGACATTTTTATTTTA
AAACTTTCTTCTACTCTCTTAGGCTTCCATTATGATTTCCCCTCTCTATAGTCTGTCTTG
TGTGCATGTGTGTGTGATGTTCTTTTTATGTTCGTCTACTATTCAATAATAAATTCAACA
TGATTTGCTACCTCCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI91TF U 1
AF RR1B683TF U 4
AF RR1B683JQ C 102
AF RR1CI91JQ C 222
BS 1 127 RR1CI91TF
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BS 826 968 RR1B683JQ
BS 969 976 RR1CI91JQ

RD RR1CI91TF 748 0 0
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AGGACAGAGAACAAGATCAATAGGCAAGTGACGTTTGCAAAGAGAAGGAATGGTCTTTTG
AAGAAAGCATACGAGCTTTCCGTTCTATGTGATGCAGAGGTTGCTCTCATCATCTTCTCT
AGTAGAGGAAAACAGTACGAGTTTTGCAGCAGTTCGAGCATGCTTCGGACACTAGACAGG
TACCAAAAGTGCAACTATGGAGCTCCAGAGCCCAATGTGCCTTCAAGGGAAGCCTTAGCA
GAACTTAATAGCCAGCATGAGTATCTCAAGCTTAAGGAGCGTTACGGCGCTTTACAGAGA
ACTCAAAGGAATCTATTGGGAGAAGATCTTGGACCTCTTAGTACAAAAGAGCTCGAGTCA
CTTGAGAGACAGCTTGACTCTTCTTTGAAGCAGATCAGAGCTCTCCGAACACAATTCATG
CTCGACCAACTCAATGATCTTCAGAGTAAGGAACGCATGTTGGCTGAGACAAATAAAACT
CTGAGGCTAAGGTTAGCTGATGGATATCAGATGCCTCTCCAACTTAACCCGAACCCAGAA
GATCATCACCATGTTGAGTACGGTCGTCATCAACAAGTACATGAACACTCTCAGCAAGCT
TTCTTCCAGCCTTTGGAATGCGAACCCATTCTTCAAATGGGGTATCAGGG*CAGCA*GAT
CATGGAATGGGAGCTGGAC
AAGTGTGAT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1B683TF 805 0 0
G
GAGAGTAAGAGAGAATTAAGTAAAATAAAATGGGAAGAGGGAGAGTAGAGTTGAAGAGGA
TAGAGAACAAGATCAATAGGCAAGTGACGTTTGCAAAGAGAAGGAATGGTCTTTTGAAGA
AAGTATACGAGCTTTCCGTTCTATGTGATGCAGAGGTTGCTCTCATCATCTTCTCTAGTA
GAGGAAAACAGTACGAGTTTTGCAGCAGTTCGAGCATGCTTCGGACACTAGACAGGTACC
AAAAGTGCAACTATGGAGCTCCAGAGCCCAATGTGCCTTCAAGGGAAGCCTTAGCAGAAC
TTAATAGCCAGCGTGAGTATCTCAAGCTTAAGGAGCGTTACGACGCTTTACAGAGAACTC
AAAGGAATCTATTGGGAGAAGATCTTGGACCTCTTAGTACAAAAGAGCTCGAGTCACTTG
AGAGACAGCTTGACTCTTCTTTGAAGCAGATCAGAGCTCTCCGAACACAATTCATGCTCG
ACCAACTCAATGATCTTCAGAGTAAGGAACGCATGTTGGCTGAGACAAATAAAACCCTGA
GGCTAAGGTTAGCTGATGGATATCAGATGCCTCTCCAACTTAACCCGAACCCAGAAGATC
ATCACCATGTTGAGTACGGTCGTCATCAACAAGTACATGAACACTCTCAGCAAGCTTTCT
TCCAGCCTTTGGAATGCGAACCCATTCTTCAAATGGGGTATCAGGGGCAGCAAGATCATG
GAATGGGAGCTGGACCAAGTGTGAATAATTACATGTTGGGTTGGTTACCTTATGACACCA
ACTCTATTTGAAACTTTCTTCCTT

QA 2 805 2 805
DS 

RD RR1B683JQ 867 0 0
GAGAAGGAATGGTCTTTTGAAGAAAGTATACGAGCTTTCCGTTCTATGTGATGCAGAGGT
TGCTCTCATCATCTTCTCTAGTAGAGGAAAACAGTACGAGTTTTGCAGCAGTTCGAGCAT
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TTCAAGGGAAGCCTTAGCAGAACTTAATAGCCAGCGTGAGTATCTCAAGCTTAAGGAGCG
TTACGACGCTTTACAGAGAACTCAAAGGAATCTATTGGGAGAAGATCTTGGACCTCTTAG
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TCTCCGAACACAATTCATGCTCGACCAACTCAATGATCTTCAGAGTAAGGAACGCATGTT
GGCTGAGACAAATAAAACCCTGAGGCTAAGGTTAGCTGATGGATATCAGATGCCTCTCCA
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GTATCAGGGGCAGCAAGATCATGGAATGGGAGCTGGACCAAGTGTGAATAATTACATGTT
GGGTTGGTTACCTTATGACACCAACTCTATTTGAAACTTTCTTCCTTTTTCTGTTCGTTT
TTT*GACATTTTTATTTTAAAACTTTCTTCTACTCTCTTAGGCTTCCATTATGATTTCCC
CTCTCTATAGTCTGTCTTGTGTGCATGTGTGTGTGATGTTCTTTTTATGTTCGTCTACTA
TTCAATAATAAATTCAACATGATTTGC

QA 1 867 1 867
DS 

RD RR1CI91JQ 755 0 0
GCTTCGGACACTAGACAGGTACCAAAAGTGCAACTATGGAGCTCCAGAGCCCAATGTGCC
TTCAAGGGAAGCCTTAGCAGAACTTAATAGCCAGCATGAGTATCTCAAGCTTAAGGAGCG
TTACGGCGCTTTACAGAGAACTCAAAGGAATCTATTGGGAGAAGATCTTGGACCTCTTAG
TACAAAAGAGCTCGAGTCACTTGAGAGACAGCTTGACTCTTCTTTGAAGCAGATCAGAGC
TCTCCGAACACAATTCATGCTCGACCAACTCAATGATCTTCAGAGTAAGGAACGCATGTT
GGCTGAGACAAATAAAACTCTGAGGCTAAGGTTAGCTGATGGATATCAGATGCCTCTCCA
ACTTAACCCGAACCCAGAAGATCATCACCATGTTGAGTACGGTCGTCATCAACAAGTACA
TGAACACTCTCAGCAAGCTTTCTTCCAGCCTTTGGAATGCGAACCCATTCTTCAAATGGG
GTATCAGGGGCAGCAAGATCATGGAATGGGAGCTGGACCAAGTGTGAATAATTACATGTT
GGGTTGGTTACCTTATGACACCAACTCTATTTGAAACTTTCTTCCTTTTTCTGTTCGTTT
TTTTGACATTTTTATTTTAAAACTTTCTTCTACTCTCTTAGGCTTCCATTATGATTTCCC
CTCTCTATAGTCTGTCTTGTGTGCATGTGTGTGTGATGTTCTTTTTATGTTCGTCTACTA
TTCAATAATAAATTCAACATGATTTGCTACCTCCC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 4

CO CL2106Contig1 1000 4 9 U
GGAACAATGGCTGGAGGTGCAGCTTTGACTCCGACCTCTGTAGGATCTAAGTCACTACTC
CCATTGAGGAACCATGAAGCAGTAGCAGAGAGAGGCAATAACAACAGCAACAACAACCTG
AAATCATTGCCTAAAGCGGTTCAGCCTGTTACATCAATCGAAGGAGAGATGGTTAAGAGG
CCACGAGGTAGACCAGCTGGCTCCAAGAACAAACCCAAACCACCAATCATTGTGACTCAC
GACGGTCCAAATTCCCTCAGAGCTCATGCCGTTGAGATCAGCTCAGGTAATGACATCTGT
GAGACTTTATCAGATTACGCAAGAAGTAAACAGAGAGGTCTCTGCATACTAAGTGCTAAT
GGCTGCGTCACCAATGTTACATTAAGGCAGCCAGCTTCATCAGGAGGTATTGTGACTTTA
CACGGACGTTTCGAGATCCTCTCACTGCTTGGATCAATCTTGCCTCCACCAGCACCGCTT
GGGATCACTGGTTTGACCATTTACTTAGCCGGCCCTCAAGGACGGGTCGTAGGTGGAGGA
GTGGTCGGTGGGCTAATTGCATCTGGTCCTGTTGTTCTCATGGCTGCATCTTTCATGAAT
GCTGTGTTTGATCGTCTTCCTCTGGATGATGATGAAGCTGCTTCCATGCAGAACCAGCAA
TACTACCAGAATGGAAGATCCCGTCCCTTAGACGACATTCATGGATTGCCTCAAAACCTG
CTCACTAATGGAAACTCGGGTTTTGATATTTACTCCTGGGGGCCTGCGCAGCGTGCCATG
TCCAAGCCTTAATATTACTCATCTAATCTCCGTGTGGTTCGTCATATCAAATTACCATAG
TATTATTATATAACTTACCATGGAATCAAAGATCAATGTTTCTGTAGGTAGAGAGGGAAC
CATAAGTTTGGTGAAAGAACTGAAACTGATCTTCCTCTGTAGTTTGTACCTGCAACAGCA
AAAAAGAAGAAACTTATAAAACTCACTAAAGAACTTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E014TF U 1
AF RR1AA27TF U 524
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AF RR1H317JQ C 371
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CTCACTAATGGAAACTCGGGT
CTGA

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GG
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QA 3 417 3 417
DS 

RD RR1E014JQ 691 0 0
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QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1H317JQ 617 0 0
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ATGGAAGATCCCGTCCCTTAGACGACATTCATGGATTGCCTCAAAACCTGCTCACTAATG
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AATATTACTCATCTAATCTCCGTGTGGTTCGTCATATCAAATTACCATAGTATTATTATA
TAACTTACCATGGAATCAAAGATCAATGTTTCTGTAGGTAGAGAGGGAACCATAAGTTTG
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AACTTATAAAACTCAC
C

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 5

CO CL2107Contig1 1074 5 15 U
GGAAAACAAATAAAATTAAAAAATCTATTTGAAGAAGCTGTGACAAATCTTCTGAAAGCC
ATACAGGTCAACTACTCAGATCCCGAAACACACAAGACTTCTCGATACTCACGCGCAAAG
AGCAGAAGGAAGAAGAACTGAAGAAGAAGAAAGAATGGGTGTTGTGAAGTCAGCGATTGG
GGATATGCTTATGACCTTCTCGTGGGTTGTCCTCTCCGCGACCTTCGGTTTACAGACGAC
GGAGATCATCTCCGCCGCTGGGTTTCAGGGGATCGCTTGGGCTCCGCTGGCCATCACCAC
GTTTCTGATTTTCGTCTACGTCTCGATATTCACCGTCGTCTTCGGTAGCGCTAGCTTTAA
TCCCACCGGAAACGCCGCCTTTTATGCCGCCGGTATCCCCGGAGATACTCTTTTCACTTT
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TAAGGAGAAAACCTTATATCATTGTTTAAATTCACGCTTTATATCATGAATTTGTGCGGA
CGGTAACTATTCTCCAGTTCGTGCATATATATATCTTCACTTTTTTCTGGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 15 30 15 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G554TF U 1
AF RR1AA66TF U 59
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GGATATGCTTATGACCTTCTCGTGGGTTGTCCTCTCCGCGACCTTCGGTTTACAGACGAC
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GTTTCTGATTTTCGTCTACGTCTCGATATTCACCGTCGTCTTCGGTAGCGCTAGCTTTAA
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CACTGGAGCTATTGCTGAAACCATCTTAAGTTTTGGTATCACCTTTGCGGCTTTGCTTAT
TATCATCAGGGGTCCACGAAGATTACTCGCCAAGACTTTCTTGCTCGCTCTTGCAACCAT
TTGCTTCGTTGTTGCTGGCTCTAAATACACCGGACCAGCCATGA

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ATGCTTATGACCTTCTCGTGGGTTGTCCTCTCCGCGACCTTCGGTTTACAGACGACGGAG
ATCATCTCCGCCGCTGGGTTTCAGGGGATCGCTTGGGCTCCGCTGGCCATCACCACGTTT
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ACCGGAAACGCCGCCTTTTATGCCGCCGGTATCCCCGGAGATACTCTTTTCACTTTGGCG
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ATCAGGGGTCCACGAAGATTACTCGCCAAGACTTTCTTGCTCGCTCTTGCAACCATTTGC
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TCTTTCGTTGGTGCTTTATCTGCTGCATTGGTCTTCCGTACTATCTTCCGCCA*CCTAAA
CCCCAGAAGA
GAACAG

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GG
AGGTCAACTACTCAGATCCCGAAACACACAAGACTTCTCGATACTCACGCGCAAAGAGCA
GAAGGAAGAAGAACTGAAGAAGAAGAAAGAATGGGTGTTGTGAAGTCAGCGATTGGGGAT
ATGCTTATGACCTTCTCGTGGGTTGTCCTCTCCGCGACCTTCGGTTTACAGACGACGGAG
ATCATCTCCGCCGCTGGGTTTCAGGGGATCGCTTGGGCTCCGCTGGCCATCACCACGTTT
CTGATTTTCGTCTACGTCTCGATATTCACCGTCGTCTTCGGTAGCGCTAGCTTTAATCCC
ACCGGAAACGCCGCCTTTTATGCCTCCGGTATCCCCGGAGATACTCTTTTCACTTTGGCG
ATCAGGTTGCCTGCTCAGGCAGCTGGTGCGGCAGGAGGTGCATTCGCCATCATGGAGTTC
ATACCAGAGAAGTACAAGCATATGATTTCGGGACCTTCCCTTCAGGTTGATGTGCACACT
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ATCAGGGGTCCACGAAGATTACTCGCCAAGACTTTCTTGCTCGCTCTTGCAACCATTTGC
TTCGTTGTTGCTGGCTCTAAATACACCGGACCAGCCATGAATCCGGCCATTGCGTTCGGG
TGGGCATACATGTACAGCTCTCACAACACTTGGGAC*ATTTCTACGTGTACTGGATCAGT
TCTTTCGTTGGTGCTTT*TCTGCTGCATTGGTCTTCCGTACTATCTTCCCGCC*CCTAAA
CCC
AGAGAGAA

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DS 

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ATCCCCGGAGATACTCTTTTCACTTTGGCGATCAGGTTGCCTGCTCAGGCAGCTGGTGCG
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GGTATCACCTTTGCGGCTTTGCTTATTATCATCAGGGGTCCACGAAGATTACTCGCCAAG
ACTTTCTTGCTCGCTCTTGCAACCATTTGCTTCGTTGTTGCTGGCTCTAAATACACCGGA
CCAGCCATGAATCCGGCCATTGCGTTCGGGTGGGCATACACGTACAGCTCTCACAACACT
TGGGACCATTTCTACGTGTACTGGACCAGTTCTTTCGTTGGTGCTTTATCTGCTGCATTG
GTCTTCCGTACTATCTTCCCGCCACCTAAACCCCAGAAGAAGAAACAGAAGAAAGCCTAA
GAGGATAAACTAATCGAGACAACACCGGTTCAATTCTTTACCGGTTTGGGATATAGAAAG
ATTCAGAAGGTTTTTCCATTCTAAAATAAGGAGAAAACCTTATATCATTGTTTAAATTCA
CGCTTTATATCATGAATTTGTGCGGACGGTAACTATTCTCCAGTTCGTGCATATATATAT
CTTCACT
CCC

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DS 

RD RR1AA66JQ 669 0 0
TACTCTTTTCACTTTGGCGATCAGGTTGCCTGCTCAGGCAGCTGGTGCGGCAGGAGGTGC
ATTCGCCATCATGGAGTTCATACCAGAGAAGTACAAGCATATGATTTCGGGACCTTCCCT
TCAGGTTGATGTGCACACTGGAGCTATTGCTGAAACCATTTTAAGTTTTGGTATCACCTT
TGCGGCTTTGCTTATTATCATCAGGGGTCCACGAAGATTACTCGCCAAGACTTTTTTGCT
CGCTCTTGCAACCATTTGCTTCGTTGTTGCTGGCTCTAAATACACCGGACCAGCCATGAA
TCCGGCCATTGCGTTCGGGTGGGCATACATGTACAGCTCTCACAACACTTGGGACCATTT
TTACGTGTACTGGATCAGTTCTTTCGTTGGTGCTTTATTTGCTGCATTGGTTTTCCGTAC
TATTTTCCCGCCACCTAAACCCCAGAAGAAGAAACAGAAGAAAGCCTAAGAGGATAAAAT
AATCGAGACAACACCGGTTCAATTTTTTACCGGTTTGGGATATAGAAAGATTCAGAAGGT
TTTTCCATTTTAAAATAAGGAGAAAACCTTATATCATTGTTTAAATTCACGCTTTATATC
ATGAATTTGTGCGGACGGTAACTATTTTCCAGTTCGTGCATATATATATTTTCACTTTTT
TCTGGTTTT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 5

CO CL2108Contig1 866 5 21 U
GGAAATCACTAAAACTGTCTCCACGCGCCTTCGAGTGGGATTCACGCGCATTTTCGACTG
CCCTAATCGCCTCCGATAAGATCTCGCCGCGACTCGTTTGTATAGCGATTCTTACCGTGT
TGACTCAGTTACGATTTAAGCGATGGATCCGATGGATATAGTCGGCAAATCCAAAGAAGA
CGCTTCGCTTCCGAAAGCTACGATGACTAAGATCATAAAGGAGATGTTACCACCTGATGT
TCGTGTTGCTAGAGACGCTCAAGATCTTCTTATTGAGTGTTGTGTAGAGTTTATAAATCT
TGTATCTTCAGAATCTAATGAGGTTTGTAACAAAGAGGATAGACGAACGATTGCTCCTGA
GCATGTTCTCAAGGCGTTACAGGTTCTGGGATTTGGAGAGTATATTGAGGAAGTCTATGC
TGCTTATGAGCAACATAAGTATGAAACCATGCAGGACACGCAGAGGAGTGTGAAATGCAA
CAGTGGAGCTCAGATGACTGAGGAGGAAGCTGCAGCTGAGCAGCAACGTATGTTTGCAGA
AGCACGTGCGAGAATGAACGGAGGTGGTCCGGTTCCTCAACCCGAACATCCTGAAACCGA
ACAGCCTGAAACCGACCAGAGAAATCTGCAAAGCTAATTGGAGCTAGCCTATATGGCTTG
GTAGGCAAAAAAATAAAAAAGAAATGAAAAGAGCATCCTTTTAACGTTCCCTTGTAAGTG
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GTGATTCCGATGTAGTTACTAGTTAGTAAGCATTTCTTGTTTTGTGTTTACACTTCTATC
CTGAGTACATATGGTTGATGATGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1GY47TF U 31
AF RR1D217JQ C 1
AF RR1D217TF U 40
AF RR1GY47JQ C 76
AF RR1A208TF U 115
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BS 747 864 RR1A208TF
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GG
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TTGAGTGTTGTGTAGAGTTTATAAATCTTGTATCTTCAGAATCTAATGAGGTTTGTAACA
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QA 3 501 3 501
DS 

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TGTATCTTCAGAATCTAATGAGGTTTGTAACAAAGAGGATAGACGAACGATTGCTCCTGA
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TGCTTATGAGCAACATAAGTATGAAACCATGCAGGACACGCAGAGGAGTGTGAAATGCGA
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CAAATGTGCTCTTTAGT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1D217TF 715 0 0
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GTATAGCGATTCTTACCGTGTTGACTCAGTTACGATTTAAGCGATGGATCCGATGGATAT
AGTCGGCAAATCCAAAGAAGACGCTTCGCTTCCGAAAGCTACGATGACTAAGATCATAAA
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GTATATTGGGGAAGTCTATGCTGCTTATGAGCAACATAAGTATGAAACCATGCAGGACAC
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GCAGCAACGTATGTTTGCAGAAGCACGTGCGGGAATGAACGGAGGTGGTCCGGTTCCTCA
ACCCGAACATCCTGAAACCGAACAGCCTGAAACCGACCAGAGAAATCTGCAAAGCTAATT
GGAGCTAGCCTATATGGCTTGGTAGGCAAAAAAT**AAAAAGAAATGAAAAGAGCATCCT
TTTA*CGT*CCCTTGTAAGTGCAA*TGTGCTCTTTAGTCTTAGTATA
TATAAGCT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1GY47JQ 791 0 0
ATAG
GATCTCGCCGCGACTCGTTTGTATAGCGATTCTTACCGTGTTGACTCAGTTACGATTTAA
GCGATGGATCCGATGGATATAGTCGGCAAATCCAAAGAAGACGCTTCGCTTCCGAAAGCT
ACGATGACTAAGACCATAAAGGAGATGTTACCACCTGATGTTCGTGTTGCTAGAGACGCT
CAAGATCTTCTTATTGAGTGTTGTGTAGAGTTTATAAATCTTGTATCTTCAGAATCTAAT
GAGGTTTGTAACAAAGAGGATAGACGAACGATTGCTCCTGAGCATGTTCTCAAGGCGTTA
CAGGTTCTGGGATTTGGAGAGTATATTGAGGAAGTCTATGCTGCTTATGAGCAACATAAG
TATGAAACCATGCAGGACACGCAGAGGAGTGTGAAATGCAACAGTGGAGCTCAGATGACT
GAGGAGGAAGCTGCAGCTGAGCAGCAACGTATGTTTGCAGAAGCACGTGCGAGAATGAAC
GGAGGTGGTCCGGTTCCTCAACCCGAACATCCTGAAACCGAACAGCCTGAAACCGACCAG
AGAAATCTGCAAAGCTAATTGGAGCTAGCCTATATGGCTTGGTAGGCAAAAAAATAAAAA
AGAAATGAAAAGAGCATCCTTTTAACGTTCCCTTGTAAGTGCAAATGTGCTCTTTAGTCT
TAGTATAATATAAGCTAGTGTTCTACGATCTTGAAACACTTGTGATTCCGATGTAGTTAC
TAGTTAGTAAGCATTTCTTGTTTTGTGTTTACACTTCTATCCTGAGTACATATGGTTGAT
GATGGGT

QA 5 791 5 791
DS 

RD RR1A208TF 750 0 0
GG
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ATCTTGTATCTTCAGAATCTAATGAGGTTTGTAACAAAGAGGATAGACGAACGATTGCTC
CTGAGCATGTTCTCAAGGCGTTACAGGTTCTGGGATTTGTAGAGTATATTGAGGAAGTCT
ATGCTGCTTATGAACAGCATAAGTATGAAACCATGCAGGACACGCAGAGGAGTGTGAAAT
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CTTGGTAGGCAAAAAAATAAAAAAGAAATGAAAAGAGCATCCTTTTAACGTTCCCTTGTA
AGTGCAAATGTGCTCTTTAGTCTTAGTATAATATAAGCTAGTGTTCTACGATCTTGAAAC
ACTTGTGATTCCGATGTAGTTACTAGTTAGTAAGCATTTCTTGTTTTGTGTTTACACTTC
TATCCTGAGTACATATGGTTGATGATGG

QA 3 750 3 750
DS 



AS 1 5

CO CL2109Contig1 1101 5 18 U
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AGGAAACCTTGCCTGAATGGCAAGACAAATTTCTCTCCTACAAGGAGCTCAAGAAGAAGC
TGAAGCTCTTGGAGCCCATAGGTGGCGGCGACAATCGCCCAAACAAGCGTTCGAGATCCG
ACCCAAATTCCAGCGACACAGATCCAACGAAGGAGGAACTTGATTTCATTCGCCTTCTCG
AGGAAGAGCTCGAGAAATTCAATTCTTTCTTCGTCGAGAAAGAGGAAGAATACATCATTA
GATTGAAGGAATTGAAGGACCAAGTGGCAAAGGCGAGCAATTCAAATGGAGATATGATTA
CTATAAAGAGAGAGATTGTAGACTTTCATGGAGAAATGGTCCTGCTGATGAATTATAGTG
CTCTCAATTATACAGGGTTAGCTAAGATTCTCAAAAAGTACGACAAAAGAACCGGTGCTC
TTATCCGACTACCATTCATCCAAAAGGTTCTGCAAGAACCTTTCTTCACCACTGACCTGC
TCAACACATTTGTGAAAGAGTGTGAGGCTATGCTTGACCGCCTCTTCCCGTCTAACAAAA
AACGGAATCTTGAGGAAGACAAATCAGAGCCAACAACGTCTGGAACTGTCAAGTCAGAAA
CTAACAGTTCTGATCTTCTCAGACTTCCAAAAGATTTGTCTGAGATTGAGTACATGGAGA
GCTTGTATATGAAGAGCACTGTCTCCGCTCTAAGGGTTTTAAAGGAAATCCGCAGCGGTA
GCTCAACAGTTAGCGTCTTCTCGTTGCCACCATTACAGGCTAGTGGATTAGATGATGATT
CATGGAAGACGAAAATTGGTGCCCTGGAGCAAGTAGCGGAATGAATTGTGACTTATTATC
ATATTGCAATCTCTCTTTTCTTTAATAGTTATGTACAAGTAATCGAATTCACTTAATCTT
GTGTAAAAGATGAAACAAAACTTAGAGCTGTGACCAGCATTACACATTTTGCATTTGCTG
CGTTTTCCTTTTGCTGCATATCTTGAATGGAACTATCTATGTAACAGCAACGTCTTTTTA
TAAGAAAAGTGGTGGAAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AY04TF U 1
AF RR1F787TF U 131
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GCTTGTATATGAAGAGCACTGTCTCCGCGCTAAGGGT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1F787TF 699 0 0
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AGAGATTGTAGACTTTCATGGAGAAATGGTCCTGCTGATGAATTATAGTGCTCTCAATTA
TACAGGGTTAGCTAAGATTCTCAAAAAGTACGACAAAAGAACCGGTGCTCTTATCCGACT
ACCATTCATCCAAAAGGTTCTGCAAGAACCTTTCTTCACCACTGACCTGCTCAACACATT
TGTGAAAGAGTGTGAGGCTATGCTTGACCGCCTCTTCCCGTCTAACAAAAAACGGAATCT
TGAGGAAGACAAATCAGAGCCAACAACGTCTGGAACTGTCAAGTCAGAAACTAACAGTTC
TGATCTTCTCAGACTTCCAAAAGATTTGTCTGAGATTGAGTACATGGAGAGCTTGTATAT
GAAGAGCACTGTCTCCGCTCTAAGGGTTTTAAAGGAAATCCGCAGCGGTAGCTCAACAGT
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DS 

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AACAAGCGTTCGAGATCCGACCCAAATTCCAGCGACACAGATCCAACGAAGGAGGAACTT
GATTTCATTCGCCTTCTCGAGGAAGAGCTCGAGAAATTCAATTCTTTCTTCGTCGAGAAA
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TCAAATGGAGATATGATTACTATAAAGAGAGAGATTGTAGACTTTCATGGAGAAATGGTC
CTGCTGATGAATTATAGTGCTCTCAATTATACAGGGTTAGCTAAGATTCTCAAAAAGTAC
GACAAAAGAACCGGTGCTCTTATCCGACTACCATTCATCCAAAAGGTTCTGCAAGAACCT
TTCTTCACCACTGACCTGCTCAACACATTTGTGAAAGATTGTGAGGCTATGCTTGACCGC
CTCTTCCCGTCTAACAAAAAACGGAATCTTGAGGAAGACAAATCAGAGCCAACAACGTCT
GGAACTGTCAAGTCAGAAACTAACAGTTCTGATCTTCTCAGACTTCCAAAAGATTTGTCT
GAGATTGAGTACATGGAGAGCTTGTATATGAAGAGCACTGTCTCCGCGCTAAGGGTTTTA
AAGGAAATCCGCAGCGGTAGCTCAACAGTTAGCGTCTTCTCGTTGCCACCATTACAGGCT
AGTGGATTAGATGATGATTCATGGAAGACGAAAATTGGTGCCCTGGAGCAAGTAGCGGAA
TGAATTGTGACTTATTATCATATTGCAATCTCTCTTTTCTTTAATAGTTATGTACAAGTA
ATCGAATTCACTTAATCTTGTGTAAAAGATGAAACAAAACTTAGAGCTGTGAC
CAG

QA 1 893 1 893
DS 

RD RR1CA18TF 816 0 0
GC
GAGCTCGAGAAATTCAATTCTTTCTTCGTCGAGAAAGAGGAAGAATACATCATTAGATTG
AAGGAATTGAAGGACCAAGTGGCAAAGGCGAGCAATTCAAATGGAGATATGATTACTATA
AAGAGAGAGATTGTAGACTTTCATGGAGAAATGGTCCTGCTGATGAATTATAGTGCTCTC
AATTATACAGGGTTAGCTAAGATTCTCAAAAAGTACGACAAAAGAACCGGTGCTCTTATC
CGACTACCATTCATCCAAAAGGTTCTGCAAGAACCTTTCTTCACCACTGACCTGCTCAAC
ACATTTGTGAAAGAGTGTGAGGCTATGCTTGACCGCCTCTTCCCGTCTAACAAAAAACGG
AATCTTGAGGAAGACAAATCAGAGCCAACAACGTCTGGAACTGTCAAGTCAGAAACTAAC
AGTTCTGATCTTCTCAGACTTCCAAAAGATTTGTCTGAGATTGAGTACATGGAGAGCTTG
TATATGAAGAGCACTGTCTCCGCTCTAAGGGTTTTAAAGGAAATCCGCAGCGGTAGCTCA
ACAGTTAGCGTCTTCTCGTTGCCACCATTACAGGCTAGTGGATTAGATGAGGATTCATGG
AAGACGAAAATTGGTGCCCTGGAGCAAGTAGCGGAATGAATTGTGACTTATTATCATATT
GCAATCTCTCTTTTCTTTAATAGTTATGTACAAGTAATCGAATTCACTTAATCTTGTGTA
AA*GATGAAACAAAACTTAGAGCTGTGAC*AGCATTACACATTTTGCATTTGCTGCGTTT
TC**TTTGCTGCATATCTTGA
TGGACTATCTATG

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DS 

RD RR1F787JQ 784 0 0
GACCAAGTGGCAAAGGCGAGCAATTCAAATGGAGATATGATTACTATAAAGAGAGAGATT
GTAGACTTTCATGGAGAAATGGTCCTGCTGATGAATTATAGTGCTCTCAATTATACAGGG
TTAGCTAAGATTCTCAAAAAGTACGACAAAAGAACCGGTGCTCTTATCCGACTACCATTC
ATCCAAAAGGTTCTGCAAGAACCTTTCTTCACCACTGACCTGCTCAACACATTTGTGAAA
GAGTGTGAGGCTATGCTTGACCGCCTCTTCCCGTCTAACAAAAAACGGAATCTTGAGGAA
GACAAATCAGAGCCAACAACGTCTGGAACTGTCAAGTCAGAAACTAACAGTTCTGATCTT
CTCAGACTTCCAAAAGATTTGTCTGAGATTGAGTACATGGAGAGCTTGTATATGAAGAGC
ACTGTCTCCGCTCTAAGGGTTTTAAAGGAAATCCGCAGCGGTAGCTCAACAGTTAGCGTC
TTCTCGTTGCCACCATTACAGGCTAGTGGATTAGATGATGATTCATGGAAGACGAAAATT
GGTGCCCTGGAGCAAGTAGCGGAATGAATTGTGACTTATTATCATATTGTAATCTCTCTT
TTCTTTAATAGTTATGTACAAGTAATCGAATTCACTTAATCTTGTGTAAAAGATGAAACA
AAACTTAGAGCTGTGACCAGCATTACACATTTTGCATTTGCTGCGTTTTTCTTTTGCTGC
ATATCTTGAATGGAACTATCTATGTAACAGCAACGTCTTTTTATAAGAAAAGTGGTGGAA
GCTT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 5

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TTCCTTTTCTCCCTAGCAAAACCCTAGCTTCGACGAATCGCTTACCGTTTCTTCTTCCGA
GTCGGATCGAATCGCCATGGCCAAGAGCTCTTTCAAGCTTTCTAATCCTCTGGAGACAAG
GATGAATGAAGCGAGTCGAATCAGAGAGAAGTACCCTGACAGAGTCCCGGTGATCGTGGA
GAAGGCTGGACAGAGTGATGTTCCTGACATTGACAAGAAGAAGTATCTCGTCCCAGCTGA
TCTAACCGTTGGTCAGTTTGTGTACGTGGTTCGCAAAAGAATCAAGCTTGGAGCTGAGAA
AGCAATCTTCGTCTTTGTCAAGGATACATTGCCTCCAACTGCTGCGTTGATGTCTGCGAT
CTATGAAGAACACAAAGATGAAGATGGGTTCCTCTACATGACTTACAGCGGAGAGAACAC
TTTTGGTTCTTTCATCGTTGCTTGAT*TAAGTAAAATTTCCGATCTTTCCATGAATGTAC
ATAGATAAAAAGGAGGAAGATAAGATGTACATTCCTTCCTTATTCTCTCTTGCTTTTGCT
TTTTCTTTTGCTTTGAATCTTTGACATTTGGGTTTATTATAATCTTCACAAACCTTTTCC
T


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT52TF U 28
AF RR1E430JQ C 1
AF RR1AB71TF U 28
AF RR1E430TF U 1
AF RR1GP27TF U 28
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BS 229 229 RR1E430TF
BS 230 252 RR1AB71TF
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BS 315 315 RR1E430TF
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BS 348 369 RR1AB71TF
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CTATGAAGAACACAAAGATGAAGATGGGTTCCTCTACATGACTTACAGCGGAGAGAACAC
TTTTGGTTCTTTCATCGTTGCTTGAT*TAAGTAAAATTTCCGATCTTTCCATGAATGTAC
ATAGATAAAAAGGAGGAAGATAAGATGTACATTCCTTCCTTATTCTCTCTTGCTTTTGCT
TTTTCTTTTGCTTTGAATCTTTGACATTTGGGTTTATTATAATCTTCACAAA
ACCTTTTCCTT

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DS 

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GG
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TTGACAAGAAGAAGTATCTCGTCCCAGCTGATCTAACCGTTGGTCAGTTTGTGTACGTGG
TCCGCAAAAGAATCAAGCTTGGAGCTGAGAAAGCAATCTTTGTCTTTGTCAAAGACACAT
TGCCTCCAACTGCTGCATTGATGTCTGCGATCTATGAAGAACACAAAGATGAAGACGGGT
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*ATTCCTTCCTTATTCTCTCTGGCTTTTGCTTTTTCTTTTGCTTTGAATCTTTGACATTT
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QA 3 634 3 634
DS 



AS 1 4

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TTTTTAGCTTTATCTATTTTTCTTGTTTATTTTCTGTTTGTAGTGTTTCTTGTTTTGGGT
CTATTGGTTTTGTTTCATATAAGTATGGAACTTTGGGTATTAAGTTATATATGAAATCAA
GATGATAAGTAACATATAACAGGGTCAATCTGTAAAAGATGTTACATATCAGAAGATATA
ATTCTTCATTACC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1EO53TF U 1
AF RR1FQ65TF U 1
AF RR1FQ65JQ C 13
AF RR1EO53JQ C 173
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BS 755 853 RR1FQ65JQ

RD RR1EO53TF 754 0 0
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GG
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ATTGG

QA 3 727 3 727
DS 

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QA 6 841 6 841
DS 

RD RR1EO53JQ 681 0 0
TCATCTGGTTCAAGTGGATCATTCGGTACAGCTTTCATAGTTATAGCTGCGATCCTTATC
TTAGCAGCACTGGCTTGTGTTTTTGGAAGGCTATGCAACCGCGGTCCCAAAGAACACAAA
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CGGTTATTAAACATGGAGTAAGGTTCCAGTGACTGGAAAAATGGAGGTTGGCTTCAGACA
CGGTGGTTCATGCTCAAGCACCGGTCAGGAGAATGCTTTAAATAAGACAAGAGACTTACT
CAAGCTTGTTTTTAGCTTTATCTATTTTTCTTGTTTATTTTCTGTTTGTAGTGTTTCTTG
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GAAATCAAGATGATAAGTAACATATAACAGGGTCAATCTGTAAAAGATGTTACATATCAG
AAGATATAATTCTTCATTACC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 3

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B677TF U 337
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AS 1 5

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BQ
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY87TF U 44
AF RR1BM18TF U 28
AF RR1AA30TF U 1
AF RR1BM18JQ C 215
AF RR1AA30JQ C 220
BS 1 797 RR1AA30TF
BS 798 798 RR1BM18JQ
BS 799 832 RR1AA30TF
BS 833 833 RR1BM18JQ
BS 834 849 RR1AA30TF
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BS 851 910 RR1AA30TF
BS 911 993 RR1BM18JQ
BS 994 1047 RR1AA30JQ

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GG
AAGAAGAAATGAGGCATAATTGTTGCCATATTTCGTTCGCCTCCACTCTCAAGATCCTCA
ATTTCGTTCAAGCTTTCTTCGGTGTTTCCATCATCATCTACTCCATATGGATGCTCGATC
AATTCCACCGTCACGTCCCCGTCGATCCTCCCACTTTGAACAATCCTGCTGGTCTCATGG
CAAGCGTCGTTCTAGGGTCTAGTGGTGGTGGTGATCATGGGTTTAGCCTCCGTTCCTTGG
ACCTTCCTGCTCCATGGTTCATCTACTCTTTTATGGCGGTTGGTGTATTGGTCTGCATTG
CTACCTTCATTGGTTTCATTGCTGCTGAAGCTATCAATACCTGTTGCTTGTGTTTCTACT
CTATTCTCAAAACTCTGCTCATTCTACTTGAAGCTGCCCTTGTTGCATTCATCGCCATTG
ATCGTCACTGGGAAAAGGATCTTCCGTATGATCCAACTGGAGAGCTCAATAGTCTTCGGG
CTTTCATTGAGGACAACATTGATATATGCAAATGGGTCGGGGCTGCTG

QA 3 530 3 530
DS 

RD RR1BM18TF 765 0 0
GGT
TCTTTTCGTGATCGAAAGAAGAAATGAGACATAATTGCTGCCATATTTCGTTCGCCTCAA
CTCTCAAGATCCTCAATTTCGTTCAAGCTTTCTTCGGTGTTTCCATCATCATCTACTCCA
TATGGATGCTCGATCAATTCCACCGTCACGTCCCCGTCGATCCTCCCACTTTGAACAATC
CTGCTGGTCTCATGGCGAGCGTCGTTCTAGGGTCTAGTGGTGGTGGTGATCATGGGTTTA
GCCTCCGTTCCTTGGACCTACCTGCTCCATGGTTCATCTACTCTTTTATGGCGGTTGGTG
TATTGGTCTGCATTGTTACCTTCATTGGTTTCATTGCTGCTGAAGCTATCAATACCTGTT
GCTTGTGTTTCTACTCTATTCTCAAAACTCTGCTCATTCTCTTTGAAGCTGCACTTGTTG
CATTCATTGCCATTGATCGTCACTGGGAAAAGGATCTTCCGTATGATCCAACTGGAGAGC
CCAATAGTCTTCGGGCTTTCATTGAGGACAACATCGATATATGCAAATGGGTCGGGGCTG
CTGTAGTAGTCGTCCAGATACTGTCGCTGCTACTGGCCATGGTTCTCAGAGCTATGGTTT
CACCTAAGAGACCCGAGCTTGACGATGAGGAAGACTACGAGA*CCCGAGGAGTAGAGCTT
GGGATCCACTTCTTGGTTCTCAAGCAAACCAAGCCTCTGCTGGATCTAGCAAGAGTGAAA
*CTGGAGCTCTCGCATCAGAGAAAAGTATGGACTGAAC
AGAC

QA 4 761 4 761
DS 

RD RR1AA30TF 915 0 0
GGATCCATCCATCCATCCATCAATCAATCATCTTTTCGTGATCGAAAGAAGAAATGAGGC
ATAATTGCTGCCATATTTCGTTCGCCTCAACTCTCAAGATCCTCAATTTCGTTCAAGCTT
TCTTCGGTGTTTCCATCATCATCTACTCCATATGGATGCTCGATCAATTCCACCGTCACG
TCCCCGTCGATCCTCCCACTTTGAACAATCCTGCTGGTCTCATGGCGAGCGTCGTTCTAG
GGTCTAGTGGTGGTGGTGATCATGGGTTTAGCCTCCGTTCCTTGGACCTTCCTGCTCCAT
GGTTCATCTACTCTTTTATGGCGGTTGGTGTATTGGTCTGCATTGTTACCTTCATTGGTT
TCATTGCTGCTGAAGCTATCAATACCTGTTGCTTGTGTTTCTACTCTATTCTCAAAACTC
TGCTCATTCTCTTTGAAGCTGCACTTGTTGCATTCATTGCCATTGATCGTCACTGGGAAA
AGGATCTTCCGTATGATCCAACTGGAGAGCTCAATAGTCTTCGGGCTTTCATTGAGGACA
ACATCGATATATGCAAATGGGTCGGGGCTGCTGTAGTAGTCGTCCAGATACTGTCGCTGC
TACTAGCCATGGTTCTCAGAGCTATGGTTTCACCTAAGAGACCCGAGCTTGACGATGAGG
AAGACTACGAGAACCCGAGGAGTAGAGCTTGGGATCCACTTCTTGGTTCTCAAGCAAACC
AAGCCTCTGCTGGATCTAGCAAGAGTGAAAACTGGAGCTCTCGCATCAGAGAAAAGTATG
GACTGAACCAGACTCAG*CGGGGTGAACCCTAAAGGCTGATGATGGAGCCAA*TAAACAT
GATTCTGAA*CTGCATGCGTCCATATGGTCTCTTTGTGTGGCTCTCTTTCTCTATGTTTT
GCTCTCTGTA
CTTTC

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DS 

RD RR1BM18JQ 779 0 0
TGGTCTCATGGCGAGCGTCGTTCTAGGGTCTAGTGGTGGTGGTGATCATGGGTTTAGCCT
CCGTTCCTTGGACCTACCTGCTCCATGGTTCATCTACTCTTTTATGGCGGTTGGTGTATT
GGTCTGCATTGTTACCTTCATTGGTTTCATTGCTGCTGAAGCTATCAATACCTGTTGCTT
GTGTTTCTACTCTATTCTCAAAACTCTGCTCATTCTCTTTGAAGCTGCACTTGTTGCATT
CATTGCCATTGATCGTCACTGGGAAAAGGATCTTCCGTATGATCCAACTGGAGAGCCCAA
TAGTCTTCGGGCTTTCATTGAGGACAACATCGATATATGCAAATGGGTCGGGGCTGCTGT
AGTAGTCGTCCAGATACTGTCGCTGCTACTGGCCATGGTTCTCAGAGCTATGGTTTCACC
TAAGAGACCCGAGCTTGACGATGAGGAAGACTACGAGA*CCCGAGGAGTAGAGCTTGGGA
TCCACTTCTTGGTTCTCAAGCAAACCAAGCCTCTGCTGGATCTAGCAAGAGTGAAAACTG
GAGCTCTCGCATCAGAGAAAAGTATGGACTGAACCAGACTCAGGCGGGGTGAACCCTAAA
GGCTGATGATGAAGCCAAATAAACATGATTCTGAAACTGCATGCGTCCATATGGTCTCTT
TGTGTAGCTCTCTTTCTCTATGTTTTGCTCTCTGTAACTTTCTCTGAGTGTGCTTAAATA
GTTAACTCGATAACAGTGTCCTTTTGTGTGTCGCTAGAACATCATAAACATCTCTACTT

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DS 

RD RR1AA30JQ 828 0 0
TCATGGCGAGCGTCGTTCTAGGGTCTAGTGGTGGTGGTGATCATGGGTTTAGCCTCCGTT
CCTTGGACCTTCCTGCTCCATGGTTCATCTACTCTTTTATGGCGGTTGGTGTATTGGTCT
GCATTGTTACCTTCATTGGTTTCATTGCTGCTGAAGCTATCAATACCTGTTGCTTGTGTT
TCTACTCTATTCTCAAAACTCTGCTCATTCTCTTTGAAGCTGCACTTGTTGCATTCATTG
CCATTGATCGTCACTGGGAAAAGGATCTTCCGTATGATCCAACTGGAGAGCTCAATAGTC
TTCGGGCTTTCATTGAGGACAACATCGATATATGCAAATGGGTCGGGGCTGCTGTAGTAG
TCGTCCAGATACTGTCGCTGCTACTAGCCATGGTTCTCAGAGCTATGGTTTCACCTAAGA
GACCCGAGCTTGACGATGAGGAAGACTACGAGAACCCGAGGAGTAGAGCTTGGGATCCAC
TTCTTGGTTCTCAAGCAAACCAAGCCTTTGCTGGATCTAGCAAGAGTGAAAACTGGAGCT
CTCGCATCAGAGAAAAGTATGGACTGAACCAGACTCAGGCGGGGTGAACCCTAAAGGCTG
ATGATGGAGCCAAATAAACATGATTCTGAAACTGCATGCGTCCATATGGTCTCTTTGTGT
GGCTCTCTTTCTCTATGTTTTGCTCTCTGTAACTTTCTCTGAGTGTGCTTAAATAGTTAA
CTCGATAACAGTGTCCTTTTGTGTGTCGCTAGAACATCATAAACATCTCTACTTGTGTTT
GTTTGCCTGTAGAATCCTCTCTAAATTATCATTTCCACTATAAAGATT

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 5

CO CL2114Contig1 863 5 15 U
GGGAAGCTAAATTAGAATCTGAATATCTCTCTTCTCTCTCTGTCGCGATCGTGGAGGATC
GATCGAGTAGCGAGTGAACATCATGTTTATGATAGATTGGTTCTACGGTGTTCTCGCTTC
GCTAGGGTTATGGCAGAAAGAGGCTAAGATCTTGTTCCTCGGACTCGACAACGCCGGCAA
AACCACCTTGCTTCACATGCTCAAGGACGAGAGATTGGTGCAGCACCAGCCGACACAGCA
TCCAACCTCTGAAGAACTGAGCATTGGTAAAATCAAGTTCAAGGCTTTTGATTTGGGTGG
TCATCAGATTGCTCGCAGGGTCTGGAAGGACTACTACGCTAAGGTGGATGCCGTGGTGTA
CCTAGTGGATGCATACGACAAGGAGAGATTCGCAGAATCGAAAAAGGAACTGGACGCACT
TCTCTCAGACGAATCTCTAGCCACCGTCCCCTTCCTCATCCTAGGAAACAAGATAGACAT
ACCGTACGCTGCATCAGAGGACGAGCTCCGTTACCATCTCGGCCTCTCCAACTTCACCAC
GGGAAAGGGTAAAGTGAACCTAGTTGATTCCAACGTAAGACCACTGGAGGTTTTCATGTG
CAGCATCGTCAGGAAGATGGGTTATGGCGAAAGCTTCAAGTGGCTCTCTCAGTACATCAA
GTAACTAAGACTCCAAACCACATGGCTATCATTATTGTTAAACCGTAAGTTTCTATAAAT
CTCGTTTTGTATTTTGTCTTGCGTTTCTTTTTTTTTCTTGCATGTGTTGTAAGAAATGTC
GTGAAACGTAGCAACTCGTGTGTCTCTCTGCCTTTTGTCTCTTGTAGTGACTTTTAAATT
TTAATTCATATTATTTTAAACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DT19TF U 7
AF RR1EL17TF U 1
AF RR1C602TF U 7
AF RR1EL17JQ C 212
AF RR1DT19JQ C 269
BS 1 462 RR1EL17TF
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BS 464 676 RR1EL17TF
BS 677 677 RR1DT19TF
BS 678 718 RR1EL17TF
BS 719 719 RR1C602TF
BS 720 727 RR1EL17TF
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BS 735 735 RR1C602TF
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BS 820 863 RR1EL17JQ

RD RR1DT19TF 699 0 0
GG
AAATTAGAATCTGAATATCTCTCTTCTCTCTCTGTCGCGATCGTGGAGGATCGATCGAGT
AGCGAGTGAACATCATGTTTATGATAGATTGGTTCTACGGTGTTCTCGCTTCGCTAGGGT
TATGGCAGAAAGAGGCTAAGATCTTGTTCCTCGGACCCGACAACGCCGGCAAAACCACCT
TGCTTCACATGCTCAAGTACGAGAGATTGGTGCAGCACCAGCCGACGCAGCATCCAACCT
CTGAAGAACTGAGCATTGGTAAAATCAAGTTCAAGGCTTTTGATTTGGGTGGTCATCAGA
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ACGAATCTTTATCCACCGTCCCCTTCCTCATCCTAGGAAACAAGATAGACATACCGTACG
CTGCATCAGAGGACGAGCTCCGTTACCATCTCGGCCTCTCCAACTTCACCACGGGAAAGG
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TCAG*AAGATGGGTTATGGCGAAAGCTTCAAGTGGCTCTCTCAGTACATCAAGTAACCAA
GACTCCAAACCACATGGCTATCATTATTGTTAAACCG

QA 3 699 3 699
DS 

RD RR1EL17TF 762 0 0
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GCTAGGGTTATGGCAGAAAGAGGCTAAGATCTTGTTCCTCGGACTCGACAACGCCGGCAA
AACCACCTTGCTTCACATGCTCAAGGACGAGAGATTGGTGCAGCACCAGCCGACACAGCA
TCCAACCTCTGAAGAACTGAGCATTGGTAAAATCAAGTTCAAGGCTTTTGATTTGGGTGG
TCATCAGATTGCTCGCAGGGTCTGGAAGGACTACTACGCTAAGGTGGATGCCGTGGTGTA
CCTAGTGGATGCATACGACAAGGAGAGATTCGCAGAATCGAAAAAGGAACTGGACGCACT
TCTCTCAGACGAATCTCTAGCCACCGTCCCCTTCCTCATCCTTGGAAACAAGATAGACAT
ACCGTACGCTGCATCAGAGGACGAGCTCCGTTACCATCTCGGCCTCTCCAACTTCACCAC
GGGAAAGGGTAAAGTGAACCTAGTTGATTCCAACGTAAGACCACTGGAGGTTTTCATGTG
CAGCATCGTCAGGAAGATGGGTTATGGCGAAAGCTTCAAGTGGCTCTCTCAGTACATCAA
GTAACTAAGACTCCAA*CCACATGGCTATCATTATTGTTAAACCGTAAGTTTCTATAA*T
CTCGTTT*GTATTT*GTCTTGCGTTTCTTTTTTTTT
TGCATG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1C602TF 755 0 0
GG
AAATTAGAATCTGAATATCTCTCTTCTCTCTCTGTCGCGATCGTGGAGGATCGATCGAGT
AGCGAGTGAACATCATGTTTATGATAGATTGGTTCTACGGTGTTCTCGCTTCGCTAGGGT
TATGGCAGAAAGAGGCTAAGATCTTATTCCTCGGACTCGACAGCGCCGGCAAAACCACCT
TGCTTCACATGCTCAAGGACGAGAGATTGGTGCAGCACCAGCCGACGCAGCATCCAACCT
CTGAAGAACTGAGCATTGGTAAAATCAAGTTCAAGGCTTTTGATTTGGGTGGTCATCAGA
TTGCTCGCAGGGTCTGGAAGGACTACTACGCTAAGGTGGATGCCGTGGTGTACCTAGTGG
ATGCATACGACAAGGAGAGATTCGCAGAATCGAAAAAGGAACTGGACGCACTTCTCTCAG
ACGAATCTCTGGCCACCGTCCCCTTCCTCATCCTCGGAAACAAGATAGACATACCGTACG
CTGCATCAGAGGACGAGCTCCGTTACCTTCTCGGCCTCTCCAACTTCACCACGGGAAAGG
GTAAAGTGAACCTAGTTGATTCCAACGTAAGACCACTGGAGGTTTTCATGTGCAGCATCG
TCAGGAAGATGGGTTATGGCGAA*GCTTCAAGTGGCTCTCTCAGTACATCAAGTAACTAA
AGCTCCAAACCACATGGCTATCATTATTGTTAAACCGTAAGTTTCTATAAATCTCGTTTT
GTATTTTGTCTTGCGTTTCTTTTTTTTT
GCATG

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR1EL17JQ 652 0 0
AGATTGGTGCAGCACCAGCCGACACAGCATCCAACCTCTGAAGAACTGAGCATTGGTAAA
ATCAAGTTCAAGGCTTTTGATTTGGGTGGTCATCAGATTGCTCGCAGGGTCTGGAAGGAC
TACTACGCTAAGGTGGATGCCGTGGTGTACCTAGTGGATGCATACGACAAGGAGAGATTC
GCAGAATCGAAAAAGGAACTGGACGCACTTCTCTCAGACGAATCTCTAGCCACCGTCCCC
TTCCTCATCCTTGGAAACAAGATAGACATACCGTACGCTGCATCAGAGGACGAGCTCCGT
TACCATCTCGGCCTCTCCAACTTCACCACGGGAAAGGGTAAAGTGAACCTAGTTGATTCC
AACGTAAGACCACTGGAGGTTTTCATGTGCAGCATCGTCAGGAAGATGGGTTATGGCGAA
GGCTTCAAGTGGCTCTCTCAGTACATCAAGTAACTAAGACTCCAAACCACATGGCTATCA
TTATTGTTAAACCGTAAGTTTCTATAAATCTCGTTTTGTATTTTGTCTTGCGTTTCTTTT
TTTTT*TTGCATGTGTTGTAAGAAATGTCGTGAAACGTAGCAACTCGTGTGTCTCTCTGC
CTTTTGTTTCTTGTAGTGACTTTTAAATTTTAATTCATATTATTTTAAACTT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1DT19JQ 595 0 0
AAAATCAAGTTCAAGGCTTTTGATTTGGGTGGTCATCAGATTGCTCGCAGGGTCTGGAAG
GACTACTACGCTAAGGTGGATGCCGTGGTGTACCTAGTGGATGCATACGACAAGGAGAGA
TTCGCAGAATCGAAAAAGGAACTGGACGCACTTCTCTCAGACGAATCTTTATCCACCGTC
CCCTTCCTCATCCTAGGAAACAAGATAGACATACCGTACGCTGCATCAGAGGACGAGCTC
CGTTACCATCTCGGCCTCTCCAACTTCACCACGGGAAAGGGTAAAGTGAACCTAGTTGAT
TCCAACGTAAGACCACTGGAGGTTTTCATGTGCAGCATCGTCAGGAAGATGGGTTATGGC
GAAGGCTTCAAGTGGCTCTCTCAGTACATCAAGTAACCAAGACTCCAAACCACATGGCTA
TCATTATTGTTAAACCGTAAGTTTCTATAAATCTCGTTTTGTATTTTGTCTTGCGTTTCT
TTTTTTTTCTTGCATGTGTTGTAAGAAATGTCGTGAAACGTAGCAACTCGTGTGTCTCTC
TGCCTTTTGTCTCTTGTAGTGACTTTTAAATTTTAATTCATATTATTTTAAACTT

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 5

CO CL2115Contig1 833 5 11 U
GAGCAAGAGTTGAAAACAAAATACTCACTTTGCAGATCGCCAACTTCCTTCCCACGCTTA
GCTAGAGGAGGAATCTATACTTAAGTCTTCTTCTACATCTCTGATTTGTAACCAACGATT
CTGCTTCGAGAAGTGAAATCAATTCTGAAGAACCAGACAACATCCTTCAGATGGGAGATA
CTTCATTTCTCGATAGAATGCTTCTCCAGCTTCGTTCCACTTGCAAGTACTACAGTGGTT
ACCCTAAGGATCTAGGGCCATCGCAGGTTATCCATTTCACATCAGAAAGAGAGTTTGTCC
AGCTCCTTCACCAGGGCTATCCTGTCGTTGTCGCATTCACCATTAGAAGTAACTACACAC
AACATCTTGACCGGATGCTTGAGGAAGCTGCTTCTGAGTTCTATCCCAACATCAAGTTTA
TGCGCGTTGAGTGCCCCAAGTATCCTGGATTCTTCATTACTCGCCAGAAAAGCGAATATC
CCTTCATTGAAATATTCCATAGCCCACAACAAGCGGGTAATGAAGGAAAGGTACAGGATC
CAAATATCACCCGCTATTCTGTGAAAGTCGTACCTTACAATTATGATATGAGCCCTTATG
GGTTCAGAGAGTTCTTCAAGCGCCAGGGAGTTCGTACTTCGGATCCTAAATGAACAACTT
GAAGGTTTGGTGCGTATTCAAAAACCTTTTGAGTGTATCAATGGCTTCTATTAGCTACCA
ATGATTTGTTTTTTTTAAGAACTATTGTAATACTATACTACACTTCCCTCTTCCTTCAAA
ATAAATAAACTTTTGTGATTTGCAATAAGTACAAATAGAATGGTAGGAAGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1C122TF U 21
AF RR1E122TF U 1
AF RR1DV80TF U 21
AF RR1DV80JQ C 151
AF RR1C122JQ C 239
BS 1 453 RR1E122TF
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BS 775 833 RR1DV80JQ

RD RR1C122TF 668 0 0
GG
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TTCTGAAGAACCAGACAACATCCTTCAGATGGGAGATACTTCATTTCTCGATAGAATGCT
TCTCCAGCTTCGTTCCACTTGCAAGTACTACAGTGGTTACCCTAAGGATCTAGGGCCATC
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TGTCGTTGTCGCATTCACCATTAGAAGTAACTACACACAACATCTTGACCGGATGCTTGA
GGAAGCTGCTTCTGAGTTCTATCCCAACATCAAGTTTATGCGCGTTGAGTGCCCCAAGTA
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CCAGGGAGTTCGTACTTCGGATCCTAAATGAACAACTTGAAGGTTTGGTGCGTATTCAAA
A
CCTTT

QA 3 663 3 663
DS 

RD RR1E122TF 731 0 0
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GCTAGAGGAGGAATCTATACTTAAGTCTTCTTCTACATCTCTGATTTGTAACCAACGATT
CTGCTTCGAGAAGTGAAATCAATTCTGAAGAACCAGACAACATCCTTCAGATGGGAGATA
CTTCATTTCTCGATAGAATGCTTCTCCAGCTTCGTTCCACTTGCAAGTACTACAGTGGTT
ACCCTAAGGATCTAGGGCCATCGCAGGTTATCCATTTCACATCAGAAAGAGAGTTTGTCC
AGCTCCTTCACCAGGGCTATCCTGTCGTTGTCGCATTCACCATTAGAAGTAACTACACAC
AACATCTTGACCGGATGCTTGAGGAAGCTGCTTCTGAGTTCTATCCCAACATCAAGTTTA
TGCGCGTTGAGTGCCCCAAGTATCCTGGATTCTGCATTACTCGCCAGAAAAGCGAATATC
CCTTCATTGAAATATTCCATAGCCCACAACAAGCGGGTAATGAAGGAAAGGTACAGGATC
CAAATATCACCCGCTATTCTGTGAAAGTCGTACCTTACAATTATGATATGAGCCCTTATG
GGTTCAGAGAGTTCTTCAAGCGCCAGGGAGTTCGTACTTCGGATCCTAAATGAACAACTT
GAAG*TTTGGTGCGTATTCAAAA*CCTTTTGAGTGTATCAATGGCTTCTATTAGCTACCA
ATGATTTGTTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1DV80TF 754 0 0
GG
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AAGTCTTCTTCTACATCTCTGATTTGTAACCAACGATTCTGCTTCGAGAAGTGAAATCAA
TTCTGAAGAACCAGACAACATCCTTCAGATGGGAGATACTTCATTTCTCGATAGAATGCT
TCTCCAGCTTCGTTCCACTTGCAAGTACTACAGTGGTTACCCTAAGGATCTAGGGCCATC
GCAGGTTATCCATTTCACATCAGAAAGAGAGTTTGTCCAGCTCCTTCACCAGGGCTATCC
TGTCGTTGTCGCATTCACCATTAGAAGTAACTACACACAACATCTTGACCGGATGCTTGA
GGAAGCTGCTTCTGAGTTCTATCCCAACATCAAGTTTATGCGCGTTGAGTGCCCCAAGTA
TCCTGGATTCTTCATTACTCGCCAGAAAAGCGAATATCCCTTCATTGAAATATTCCATAG
CCCACAACAAGCGGGTAATGAAGGAAAGGTACAGGATCCAAATATCACCCGCTATTCTGT
GAAAGTCGTACCTTACAATTATGATATGAGCCCTTATGGGTTCAGAGAGTTCTTCAAGCG
CCAGGGAGTTCGTACTTCGGATCCTAAATGAACAACTTGAAG*TTTGGTGCGTATTCAAA
A*CCTTTTGAGTGTATCAATGGCTTCTATTAGCTACCAATGATTTGTTTTTTT*AAGAAC
TATTGTAATACTATACTACACTTCCCTCTTCC

QA 3 754 3 754
DS 

RD RR1DV80JQ 683 0 0
AACCAGACAACATCCTTCAGATGGGAGATACTTCATTTCTCGATAGAATGCTTCTCCAGC
TTCGTTCCACTTGCAAGTACTACAGTGGTTACCCTAAGGATCTAGGGCCATCGCAGGTTA
TCCATTTCACATCAGAAAGAGAGTTTGTCCAGCTCCTTCACCAGGGCTATCCTGTCGTTG
TCGCATTCACCATTAGAAGTAACTACACACAACATCTTGACCGGATGCTTGAGGAAGCTG
CTTCTGAGTTCTATCCCAACATCAAGTTTATGCGCGTTGAGTGCCCCAAGTATCCTGGAT
TCTTCATTACTCGCCAGAAAAGCGAATATCCCTTCATTGAAATATTCCATAGCCCACAAC
AAGCGGGTAATGAAGGAAAGGTACAGGATCCAAATATCACCCGCTATTCTGTGAAAGTCG
TACCTTACAATTATGATATGAGCCCTTATGGGTTCAGAGAGTTCTTCAAGCGCCAGGGAG
TTCGTACTTCGGATCCTAAATGAACAACTTGAAGGTTTGGTGCGTATTCAAAAACCTTTT
GAGTGTATCAATGGCTTCTATTAGCTACCAATGATTTGTTTTTTTTAAGAACTATTGTAA
TACTATACTACACTTCCCTCTTCCTTCAAAATAAATAAACTTTTGTGATTTGCAATAAGT
ACAAATAGAATGGTAGGAAGGGC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1C122JQ 595 0 0
TTACCCTAAGGATCTAGGGCCATCGCAGGTTATCCATTTCACATCAGAAAGAGAGTTTGT
CCAGCTCCTTCACCAGGGCTATCCTGTCGTTGTCGCATTCACCATTAGAAGTAACTACAC
ACAACATCTTGACCGGATGCTTGAGGAAGCTGCTTCTGAGTTCTATCCCAACATCAAGTT
TATGCGCGTTGAGTGCCCCAAGTATCCTGGATTCTTCATTACTCGCCAGAAAAGCGAATA
TCCCTTCATTGAAATATTCCATAGCCCACAACAAGCGGGTAATGAAGGAAAGGTACAGGA
TCCAAATATCACCCGCTATTCTGTGAAAGTCGTACCTTACAATTATGATATGAGCCCTTA
TGGGTTCAGAGAGTTCTTCAAGCGCCAGGGAGTTCGTACTTCGGATCCTAAATGAACAAC
TTGAAGGTTTGGTGCGTATTCAAAAACCTTTTGAGTGTATCAATGGCTTCTATTAGCTAC
CAATGATTTGTTTTTTTTAAGAACTATTGTAATACTATACTACACTTCCCTCTTCCTTCA
AAATAAATAAACTTTTGTGATTTGCAATAAGTACAAATAGAATGGTAGGAAGGGC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 5

CO CL2116Contig1 1358 5 10 U
GGAGAGACTCAGTGACCATTTCTATAATAATCTACCAATCTCTCTGACGCGCTTTCTTCT
CCGGTGTCTCATCTTCACGTCCGGCGCATTTCGTGGAAGCAGAAGAGGCTAAAAAGCTAT
GGACAGCTTCTGGCAATTGGGTGATGAGCTACGAGGCCAGACTCAGTCACGAGCATCAGA
GGATCACAAATGGTCCACCGTCGCAACCAAGCTCGCTGAGCAGACGAGGATGAAAAGCGA
AAGGTTGAACAACCTCGATCTCTCCAAAGCTGGCTACTCTGAGTTCAGACCATCCGACAA
GCTTGGTTTCCACGACAACAACAACAACAACCTTAGCTTCAACATGTTTAACAACAGCAA
TGTTTACAACAACATGAATGCTGCTGTTTTCCAGAAGAATGATTTCTTCAAAAGTGGAGG
AGGCAACACGAAGGTTAACAAGTATAGTGGCAATGTTGTTGCTAACAAAGAGCTGAGCAA
ACACAACAACAGCAATGATAGTGCTGTTGACAAGAGGTTTAAGACTCTGCCTGCGTCGGA
GACGCTTCCAAGGAACGAAGTTCTTGGCGGGTACATCTTTGTTTGCAACAACGATACCAT
GGAGGAGGACTTGAAGCGTCACCTGTTTGGGTTACCTCCAAGATACAGAGACTCTGTGAG
GGCAATAACACCTGGATTGCCTCTGTTTCTTTACAATTACACCACTCACCAGCTCCATGG
TATCTTTGAGGCAACAACTTTTGGAGGTACTAATATAGATGCGACTGCTTGGGAAGACAA
AAAGTGCAAAGGAGAGTCAAGATTTCCCGCGCAGGTGAGGATCAGAGTGAGGAAGATCTG
CAAAGCCTTGGAAGAGGATTCCTTCAGGCCTGTTCTTCACCACCACGAAGGTCCAAAATT
CCGCCTTGAGCTCTCTGTTCCCGAGACATTGGATCTGCTAGATCTCTGCGAACAAGCTGG
TTCTCCATAAAGCCGATCAACCTTGCATTACCACGTTGCTAAGTGGCGGAGTGGCGTTCT
GTCTGATATCTCTATCTATATATATATATGCATAGTACCGTAAGAGCGTAAGCTTGTGGG
ATTTAGTTAAGAGTCATGTATGGTTTACTAAGTGAGGAGTGTGTGCGTCTTAGCAAAAGG
GTGAAGAGGCTCCGGGGAATAAGCGCACGACTCTCAGTTCTTGTTGTGTCTCTAATGTGA
GTTTGTCTCTGTGTGTTGTGAGAGATTTGATAACTCCTTTGAAACATAAGATTTTATGTA
GAAGAATATATATAGAGAGAAAGTGAGAGTAAACAACAGAGCCAGAAACAATGGAATGAG
CTTCTGTTTGTGTTTGCTTGTGTAAGGAAAGTTTAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1F517TF U 1
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AF RR1F087TF U 9
AF RR1F517JQ C 568
AF RR1A860JQ C 722
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GGACAGCTTCTGGCAATTGGGTGATGAGCTACGAGGCCAGACTCAGTCACGAGCATCAGA
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GCTTGGTTTCCACGACAACAACAACAACAACCTTAGCTTCAACATGTTTAACAACAGCAA
TGTTTACAACAACATGAATGCTGCTGTTTTCCAGAAGAATGATTTCTTCAAAAGTGGAGG
AGGCAACACGAAGGTTAACAAGTATAGTGGCAATGTTGTTGCTAACAAAGAGCTGAGCAA
ACACAACAACAGCAATGATAGTGCTGTTGACAAGAGGTT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1A860TF 773 0 0
GGGAGACTC
AGTGACCATTTCTATAATAATCTACCAATCTCTCTGACGCGCTTTCTTCTCCGGTGTCTC
ATCTTCACGTCCGGCGCATTTCGTGGAAGCAGAAGAGGCTAAAAAGCTATGGACAGCTTC
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TGGTCCACCGTCGCAACCAAGCTCGCTGAGCAGACGAGGATGAAAAGCGAAAGGTTGAAC
AACCTCGATCTCTCCAAAGCTGGCTACTCTGAGTTCAGACCATCCGACAAGCTTGGTTTC
CACGACAACAACAACAACAACCTTAGCTTCAACATGTTTAACAACAGCAATGTTTACAAC
AACATGAATGCTGCTGTTTTCCAGAAGAATGATTTCTTCAAAAGTGGAGGAGGCAACACG
AAGGTTAACAATTATAGTGGCAATGTTGTTGCTAACAAAGAGCTGAGCAAACACAACAAC
AGCAATGATAGTGCTGTTGACAAGAGGTTTAAGACTCTGCCTGCGTCGGAGACGCTTCCA
AGGAACGAAGTTCTTGGCGGGTACATCTTTGTTTGCAACAACGATACCATGGAGGAGGAC
TTGAAGCGTCACCTGTTTGGGTTACCTCCAAGATACAGAGACTCTGTGAGGGCAATAACA
CCTGGATTGCCTCTGTTTCTTTACAATTACACCACTCACCAGCTCCATGGTATCTTTGAG
GCAACAACTTTTGGAGGTACTAATATAGATGCGACTGCTTGGGA

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DS 

RD RR1F087TF 729 0 0
GG
AGTGACCATTTCTATAATAATCTACCAATCTCTCTGACGCGCTTTCTTCTCCGGTGTCTC
ATCTTCACGTCCGGCGCATTTCGTGGAAGCAGAAGAGGCTAAAAAGCTATGGACAGCTTC
TGGCAATTGGGTGATGAGCTACGAGGCCAGACTCAGTCACGAGCATCAGAGGATCACAAA
TGGTCCACCGTCGCAACCAAGCTCGCTGAGCAGACGAGGATGAAAAGCGAAAGGTTGAAC
AACCTCGATCTCTCCAAAGTTGGCTACTCTGAGTTCAGACCATCCGACAAGCTTGGTTTC
CACGACAACAACAACAACAACCTTAGCTTCAACATGTTTAACAACAGCAATGTTTACAAC
AACATGAATGCTGCTGTTTTCCAGAAGAATGATTTCTTCAAAAGTGGAGGAGGCAACACG
AAGGTTAACAAGTATAGTGGCAATGTTGTTGCTAACAAAGAGCTGAGCAAACACAACAAC
AGCAATGATAGTGCTGCCGACAAGAGGTTTAAGACTCTGCCTGCGTCGGAGACGCTTCCA
AGGAACGAAGTTCTTGGCGGGTACATCTTTGTTTGCAACAACGATACCATGGAGGAGGAC
TTGAAGCGTCACCTGTTTGGGTTACCTCCAAGATACAGAGACTCTGTGAGGGCAATAACA
CCTGGATTGCCTCTGTTTCTTTACAATTACACCACTCACCAGCTCCATGGTATCTTTGAG
CACAACT

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DS 

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TGGGTTACCTCCAAGATACAGAGACTCTGTGAGGGCAATAACACCTGGATTGCCTCTGTT
TCTTTACAATTACACCACTCACCAGCTCCATGGTATCTTTGAGGCAACAACTTTTGGAGG
TACTAATATAGATGCGACTGCTTGGGAAGACAAAAAGTGCAAAGGAGAGTCAAGATTTCC
CGCGCAGGTGAGGATCAGAGTGAGGAAGATCTGCAAAGCCTTGGAAGAGGATTCCTTCAG
GCCTGTTCTTCACCACTACGAAGGTCCAAAATTCCGCCTTGAGCTCTCTGTTCCCGAGAC
ATTGGATCTGCTAGATCTCTGCGAACAAGCTGGTTCTCCATAAAGCCGATCAACCTTGCA
TTACCACGTTGCTAAGTGGCGGAGTGGCGTTCTGTCTGATATCTCTATCTATATATATA*
*TGCATAGTACCGTAAGAGCGTAAGCTTGTGGGATTTAGTTAAGAGTCATGTATGGTTTA
CTAAGTGAGGAGTGTGTGCGTCTTAGCAAAAGGGTGAAGAGGCTCCGGGGAATAAGCGCA
CGACTCTCAGTTCTTGTTGTGTCTCTAATGTGAGTTTGTCTCTGTGTGTTGTGAGAGATT
TGATAACTCCTTTGAAACATAAGATTTTATGTAGAAGAATATATATAGAGAGAAAGTGAG
AGTAAACAACAGAGCCAGAAACAATGGAATGAGCTTCTGTTTGTGTTTGCTTGTGTAAGG
AAAGTTT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1A860JQ 637 0 0
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AAGTGCAAAGGAGAGTCAAGATTTCCCGCGCAGGTGAGGATCAGAGTGAGGAAGATCTGC
AAAGCCTTGGAAGAGGATTCCTTCAGGCCTGTTCTTCACCACCACGACGGTCCAAAATTC
CGCCTTGAGCTTTCTGTTCCCGAGATATTGGATTTGCTAGATTTTTGCGAACAAGCTGGT
TCTCCATAAAGCCGATCAACCTTGCATTACCACGTTGCTAAGTGGCGGAGTGGCGTTCTG
TCTGATATCTCTATCTATATATATATATGCATAGTACCGTAAGAGCGTAAGCTTGTGGGA
TTTATTTAAGAGTCATGTATGGTTTACTAAGTGAGGAGTGTGTGCGTTTTAGCAAAAGGG
TGAAGAGGCTCCGGGGAATAAGCGCACGACTCTCAGTTCTTGTTGTGTCTTTAATGTGAG
TTTGTCTCTGTGTGTTGTGAGAGATTTGATAACTCCTTTGAAACATAAGATTTTATGTAG
AAGAATATATATAGAGAGAAAGTGAGAGTAAACAACAGAGCCAGAAACAATGGAATGAGC
TTCTGTTTGTGTTTGCTTGTGTAAGGAAAGTTTAAAC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 5

CO CL2117Contig1 900 5 16 U
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GCAACTATGGCAAGACCTTCAAGAAGCCGCGACGTCCTTACGAGAAGGAGCGTCTTGACG
CCGAGCTGAAGCTTGTCGGAGAATACGGTCTTCGTTGCAAGAGAGAGCTGTGGAGGGTTC
AGTACGCGCTTAGCCGTATCCGCAACGCTGCCAGAGAGCTTCTCACCCTCGACGAGAAAA
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AGCGCCGTCTCCAGACTCTTGTGTTCAAGTCCGGTATGGCCAAGTCCATTCACCACGCCC
GTGTCCTTATCCGACAAAGACACATCAGGGTTGGGAGGCAACTGGTGAACATTCCATCGT
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GTGGTGGTGATGGAGATGAGGATGATGAAGAGTGAAAGTACCAAACCTTTTAAAACCCTC
CATTGTTAGATAAATAATGTAATCTTTGGAGTTGTTTTCTTGAACTGGAAGAAGTCAAGC
GTGTTGGTTTGTAATGGATTTAGCCTTTTATGTGGTGTGTGTTTTGCAATAATGTGGTAG
TGGACCTCTATGTTCTTGCTTGAACAATGATGCCACTTTCAGATCTTGTTGTTTTAGTAA
TGTATGTTGTGGTCCAAAATGCAAATCGTAACACGATAGGGATGCTTGGCCACTTGATTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 15 30 30 15 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI41TF U 1
AF RR1FP04TF U 1
AF RR1FP04JQ C 81
AF RR1BI41JQ C 85
AF RR1BL80TF U 616
BS 1 249 RR1BI41TF
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BS 251 447 RR1BI41TF
BS 448 448 RR1FP04TF
BS 449 593 RR1BI41TF
BS 594 654 RR1FP04TF
BS 655 655 RR1BL80TF
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BS 704 704 RR1BL80TF
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BS 728 891 RR1BL80TF
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RD RR1BI41TF 593 0 0
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QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1FP04TF 727 0 0
GGAGAGATCACTCTCCTCTCTGTTTTGTGTCTGCAGCCATGGTGCAAGTCAGGTTCTACC
GCAACTATGGCAAGACCTTCAAGAAGCCGCGACGTCCTTACGAGAAGGAGCGTCTTGACG
CCGAGCTGAAGCTTGTCGGAGAATACGGTCTTCGTTGCAAGAGAGAGCTGTGGAGGGTTC
AGTACGCGCTTAGCCGTATCCGCAACGCTGCCAGAGAGCTTCTCACCCTCGACGAGAAAA
ACCCTCGTCAGATCTTTCAAGGTGAAGCTCTTCTTAGGAGGATGAACACGAATGGGCTTC
TTGACGAATCCCAGAACAAGCTCGACTACGTTCTTGCTTTGACTGTTGAGAATTTCCTCG
AGCGCCGTCTCCAGACTCTTGTGTTCAAGTCCGGTATGGCCAAGTCCATTCACCACGCCC
GTGTCCTTATCCGACAAAGACACATCAGGGTTGGGAGGCAACTGGTGAACATTCCATCGT
TCATGGTGAAAGTGGACTCGCAGAAACACATTGACTTTTCTCTGACTAGTCCATTTGGTG
GTGGTCGACCTGGAAGAGTGAAGAGAAGGAACGAGAGAGCTGGAGCCAAGAAAGCCGGTG
GTGGTGGTGATGGAGATGAGGATGATGAAGAGTGAAAGTACCAAACCTTTTAAA*CCCTC
CATTGTTAGATAA*TAATGTAATCTTTGGAGTTGTTTTCTTGA*CTGGA**AAGTCAAGC
GTGTTGG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1FP04JQ 745 0 0
AAGA
AGCCGCGACGTCCTTACGAGAAGGAGCGTCTTGACGCCGAGCTGAAGCTTGTCGGAGAAT
ACGGTCTTCGTTGCAAGAGAGAGCTGTGGAGGGTTCAGTACGCGCTTAGCCGTATCCGCA
ACGCTGCCAGAGAGCTTCTCACCCTCGACGAGAAAAACCCTCGTCAGATCTTTCAAGGTG
AAGCTCTTCTTAGGAGGATGAACACGAATGGGCTTCTTGACGAATCCCAGAACAAGCTCG
ACTACGTTCTTGCTTTGACTGTTGAGAATTTCCTCGAGCGCCGTCTCCAGACTCTTGTGT
TCAAGTCCGGTATGGCCAAGTCCATTCACCACGCCCGTGTCCTTATCCGACAAAGACACA
TCAGGGTTGGGAGGCAACTGGTGAACATTCCATCGTTCATGGTGAAAGTGGACTCGCAGA
AACACATTGACTTTTCTCTGACTAGTCCATTTGGTGGTGGTCGACCTGGAAGAGTGAAGA
GAAGGAACGAGAGAGCTGGAGCCAAGAAAGCCGGTGGTGGTGGTGATGGAGATGAGGATG
ATGAAGAGTGAAAGTACCAAACCTTTTAAAACCCTCCATTGTTAGATAAATAATGTAATC
TTTGGAGTTGTTTTCTTGAACTGGAAGAAGTCAAGCGTGTTGGTTTGTAATGGATTTAGC
CTTTTATGTGGTGTGTGTTTTGCAATAATGTGGTAGTGGACCTCTATGTTCTTGCTTGAA
CAATGATGCCACTTTCAGATC

QA 5 745 5 745
DS 

RD RR1BI41JQ 816 0 0
AGCCGCGACGTCCTTACGAGAAGGAGCGTCTTGACGCCGAGCTGAAGCTTGTCGGAGAAT
ACGGTCTTCGTTGCAAGAGAGAGCTGTGGAGGGTTCAGTACGCGCTTAGCCGTATCCGCA
ACGCTGCCAGAGAGCTTCTCACCCTCGACGAGAAAAACCCTCGTCGGATCTTTCAAGGTG
AAGCTCTTCTTAGGAGGATGAACACGAATGGGCTTCTTGACGAATCCCAGAACAAGCTCG
ACTACGTTCTTGCTTTGACTGTTGAGAATTTCCTCGAGCGCCGTCTCCAGACTCTTGTGT
TCAAGTCCGGTATGGCCAAGTCCATTCACCACGCCCGTGTCCTTATCCGACAAAGACACA
TCAGGGTTGGGAGGCAACTGGTGAACATTCCATCGTTCATGGTGAAAGTGGACTCGCAGA
AACACATTGACTTTTCTCTGACTAGTCCATTTGGTGGTGGTCGACCTGGAAGAGTGAAGA
GAAGGAACGAGAGAGCTGGAGCCAAGAAAGCCGGTGGTGGTGGTGATGGAGATGAGGATG
ATGAAGAGTGAAAGTACCAAACCTTTTAAAACCCTCCATTGTTAGATAAATAATGTAATC
TTTGGAGTTGTTTTCTTGAACTGGAAGAAGTCAAGTGTGTTGGTTTGTAATGGATTTAGC
CTTTTATGTGGTGTGTGTTTTGCAATAATGTGGTAGTGGACCTCTATGTTCTTGCTTGAA
CAATGATGCCACTTTCAGATCTTGTTGTTTTAGTAATGTATGTTGTGGTCTAAAATGCAA
ATCGTAACACGATAGGGATGCTTGGCCACTTGATTG

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1BL80TF 276 0 0
ATGAGGATGATGAAGAGTGAAAGTACCAAACCTTTTAAAACCCTCCATTGTTAGATAAAT
AATGTAATCTTTGGAGTTGTTTTCTTGAACTGGAAGAACTCAAGTGTGTTGGTTTGTAAT
GGATTTAGCCTTTTATGTGGTGTGTGTTTTGCAATAATGTGGTAGTGGACCTCTATGTTC
TTGCTTGAACAATGATGCCACTTTCAGATCTTGTTGTTTTAGTAATGTATGTTGTGGTCC
AAAATGCAAATCGTAACACGATAGGGATGCTTGGCC

QA 1 276 1 276
DS 



AS 1 5

CO CL2118Contig1 780 5 6 U
GGGAAAGGACGAAACTGTGTGAAGAAGACAAGAGGATGGGAACAGCAGCTGCAGCGCCAT
GGAAGCAGCTTCTCTTTGGTGCGATCGAGGCCAATTCTCACCTAAAACACTATTCTTACG
CTCAGCTCGCGACGATTGGTGTTAATGGACGCCCTTCTAATCGCACCGTCGTATTCAGGG
GATTTGAAGAGAACAGTGACAAAATTCAAATCAACACCGATCTTCGTAGTCGTAAGATTC
AAGAGCTTAAGCAGTGTCCGTTCTCCGAGATGTGTTGGTATTTCTCTGATACTTGGGAGC
AGTTTCGGATCAATGGAAGGGTTGAAGTCATTGATGCATCCAGTTCTGACCAGACCAAGC
TTCAGCTAAGAGAGAAAGCTTGGTTTGCTAATTCTCTAAAGTCAAGGCTGATGTACATCT
GTCCTGCGCCTGGTACTACTTACAATGGTGAGCAACCAGATCAAGAAGTTAAGTTAGATC
CCTCAAGTGGTCCAGTTCCTGATTACTGTCTAATGCTTCTAGAGCCTGAAAAGGTTGATT
ACTTGAATCTTAAAAGTAATCAGAGGCTTTTGTTCTCATCCATGATTAGTGGAACAGG*A
GAGAAGTGCTGGACTTCTGAAAAGGTTAACCCATAATTAAGTTTTAATGGCTGTGTGGTA
GATTTGATTCGCCAGTTTGTAGCAATTCGTAATACTTTCAGACAGACTACTGTGTATCTC
TGCTTTCTGTGTTGGATCATATTGAAAAAA*TGAATAAAAAATCTGAATCTTTCTCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH80TF U 4
AF RR1BM76TF U 1
AF RR1BM35JQ C 19
AF RR1CH80JQ C 71
AF RR1BM35TF U 19
BS 1 30 RR1BM76TF
BS 31 31 RR1CH80TF
BS 32 648 RR1BM76TF
BS 649 649 RR1CH80TF
BS 650 761 RR1BM76TF
BS 762 780 RR1BM35JQ

RD RR1CH80TF 717 0 0
GG
AGGACGAAACTGTGTGAA**AGACAAGAGGATGGGAACAGCAGCTGCAGCGCCATGGAAG
CAGCTTCTCTTTGGTGCGATCGAGGCCAATTCTCACCTAAAACACTATTCTTACGCTCAG
CTCGCGACGATTGGTGTTAATGGACGCCCTTCTAATCGCACCGTCGTATTCAGGGGATTT
GAAGAGAACAGTGACAAAATTCAAATCAACACCGATCTTCGTAGTCGTAAGATTCAAGAG
CTTAAGCAGTGTCCGTTCTCCGAGATGTGTTGGTATTTCTCTGATACTTGGGAGCAGTTT
CGGATCAATGGAAGGGTTGAAGTCATTGATGCATCCAGTTCTGACCAGACCAAGCTTCAG
CTAAGAGAGAAAGCTTGGTTTGCTAATTCTCTAAAGTCAAGGCTGATGTACATCTGTCCT
GCGCCTGGTACTACTTACAATGGTGAGCAACCAGATCAAGAAGTTAAGTTAGATCCCTCA
AGTGGTCCAGTTCCTGATTACTGTCTAATGCTTCTAGAGCCTGAAAAGGTTGATTACTTG
AATCTTAAAAGTAATCAGAGGCTTTTGTTCTCATCCATGATTAGTGGAACAGGGAGAGAA
GTGCTGGACTTCTGAAAAG*TTAACCCATAATTAAGTTTTAATGGCTGTGTGGTAGATTT
GATTCGCCAGTTTGTAGCAATTCGTAATACTTTCAGACAGACTACTGTGTATCTC

QA 3 717 3 717
DS 

RD RR1BM76TF 761 0 0
GGGAAAGGACGAAACTGTGTGAAGAAGACAGGAGGATGGGAACAGCAGCTGCAGCGCCAT
GGAAGCAGCTTCTCTTTGGTGCGATCGAGGCCAATTCTCACCTAAAACACTATTCTTACG
CTCAGCTCGCGACGATTGGTGTTAATGGACGCCCTTCTAATCGCACCGTCGTATTCAGGG
GATTTGAAGAGAACAGTGACAAAATTCAAATCAACACCGATCTTCGTAGTCGTAAGATTC
AAGAGCTTAAGCAGTGTCCGTTCTCCGAGATGTGTTGGTATTTCTCTGATACTTGGGAGC
AGTTTCGGATCAATGGAAGGGTTGAAGTCATTGATGCATCCAGTTCTGACCAGACCAAGC
TTCAGCTAAGAGAGAAAGCTTGGTTTGCTAATTCTCTAAAGTCAAGGCTGATGTACATCT
GTCCTGCGCCTGGTACTACTTACAATGGTGAGCAACCAGATCAAGAAGTTAAGTTAGATC
CCTCAAGTGGTCCAGTTCCTGATTACTGTCTAATGCTTCTAGAGCCTGAAAAGGTTGATT
ACTTGAATCTTAAAAGTAATCAGAGGCTTTTGTTCTCATCCATGATTAGTGGAACAGG*A
GAGAAGTGCTGGACTTCTGAAAAGGTTAACCCATAATTAAGTTTTAATAGCTGTGTGGTA
GATTTGATTCGCCAGTTTGTAGCAATTCGTAATACTTTCAGACAGACTACTGTGTATCTC
TGCTTTCTGTGTTGGATCATATTGAAAAAA*TGAATAAAAA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1BM35JQ 762 0 0
GGGAAG
AAGACAAGAGGATGGGAACAGCAGCTGCAGCGCCATGGAAGCAGCTTCTCTTTGGTGCGA
TCGAGGCCAATTCTCACCTAAAACACTATTCTTACGCTCAGCTCGCGACGATTGGTGTTA
ATGGACGCCCTTCTAATCGCACCGTCGTATTCAGGGGATTTGAAGAGAACAGTGACAAAA
TTCAAATCAACACCGATCTTCGTAGTCGTAAGATTCAAGAGCTTAAGCAGTGTCCGTTTT
CCGAGATGTGTTGGTATTTCTCTGATACTTGGGAGCAGTTTCGGATCAATGGAAGGGTTG
AAGTCATTGATGCATCCAGTTCTGACCAGACCAAGCTTCAGCTAAGAGAGAAAGCTTGGT
TTGCTAATTCTCTAAAGTCAAGGCTGATGTACATCTGTCCTGCGCCTGGTACTACTTACA
ATGGTGAGCAACCAGATCAAGAAGTTAAGTTTGATCCCTCAAGTGGTCCAGTTCCTGATT
ACTGTCTAATGCTTCTAGAGCCTGAAAAGGTTGATTACTTGAATCTTAAAAGTAATCAGA
GGCTTTTGTTCTCATCCATGATTAGTGGAACAGT*AGAGAAGTGCTGGACTTCTGAAAAG
GTTAACCCATAATTAAGTTTTAATGGCTGTGTGGTAGATTTGATTCGCCAGTTTGTAGCA
ATTCGTAATACTTTCAGACAGACTACTGTGTATCTCTGCTTTCTGTGTTGGATCATATTG
AAAAAAATGAATAAAAAATCTGAATCTTTCTCTTTC

QA 7 762 7 762
DS 

RD RR1CH80JQ 681 0 0
TCTCTTTGGTGCGATCGAGGCCAATTCTCACCTAAAACACTATTCTTACGCTCAGCTCGC
GACGATTGGTGTTAATGGACGCCCTTCTAATCGCACCGTCGTATTCAGGGGATTTGAAGA
GAACAGTGACAAAATTCAAATCAACACCGATCTTCGTAGTCGTAAGATTCAAGAGCTTAA
GCAGTGTCCGTTTTCCGAGATGTGTTGGTATTTTTCTGATACTTGGGAGCAGTTTCGGAT
CAATGGAAGGGTTGAAGTCATTGATGCATCCAGTTCTGACCAGACCAAGCTTCAGCTAAG
AGAGAAAGCTTGGTTTGCTAATTCTCTAAAGTCAAGGCTGATGTACATCTGTCCTGCGCC
TGGTACTACTTACAATGGTGAGCAACCAGATCAAGAAGTTAAGTTAGATCCCTCAAGTGG
TCCAGTTCCTGATTACTGTCTAATGCTTCTAGAGCCTGAAAAGGTTGATTACTTGAATCT
TAAAAGTAATCAGAGGCTTTTGTTCTCATCCATGATTAGTGGAACAGG*AGAGAAGTGCT
GGACTTCTGAAAAGGTTAACCCATAATTAAGTTTTAATGGCTGTGTGGTAGATTTGATTC
GCCAGTTTGTAGCAATTCGTAATACTTTCAGACAGACTACTGTGTATCTCTGCTTTCTGT
GTTGGATCATGTTGAAAAAA
A

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1BM35TF 743 0 0
GGGAAG
AAGACAAGAGGATGGGAACAGCAGCTGCAGCGCCATGGAAGCAGCTTCTCTTTGGTGCGA
TCGAGGCCAATTCTCACCTAAAACACTATTCTTACGCTCAGCTCGCGACGATTGGTGTTA
ATGGACGCCCTTCTAATCGCACCGTCGTATTCAGGGGATTTGAAGAGAACAGTGACAAAA
TTCAAATCAACACCGATCTTCGTAGTCGTAAGATTCAAGAGCTTAAGCAGTGTCCGTTCT
CCGAGATGTGTTGGTATTTCTCTGATACTTGGGAGCAGTTTCGGATCAATGGAAGGGTTG
AAGTCATTGATGCATCCAGTTCTGACCAGACCAAGCTTCAGCTAAGAGAGAAAGCTTGGT
TTGCTAATTCTCTAAAGTCAAGGCTGATGTACATCTGTCCTGCGCCTGGTACTACTTACA
ATGGTGAGCAACCAGATCAAGAAGTTAAGTTTGATCCCTCAAGTGGTCCAGTTCCTGATT
ACTGTCTAATGCTTCTAGAGCCTGAAAAGGTTGATTACTTGAATCTTAAAAGTAATCAGA
GGCTTTTGTTCTCATCCATGATTAGTGGAACAGT*AGAGAAGTGCTGGACTTCTGAAAAG
GTTAACCCATAATTAAGTTTTAATGGCTGTGTGGTAGATTTGATTCGCCAGTTTGTAGCA
ATTCGTAATACTTTCAGACAGACTACTGTGTATCTCTGCTTTCTGTGTTGGATCATATTG
AAAAAA*TGAATAAAAA

QA 7 743 7 743
DS 



AS 1 5

CO CL2119Contig1 1435 5 13 U
GGAACTTTGGCTGCGGTTTCTAGCAGCCTCTTTTCTCATTTTATGAATCATTATTACAAC
TCTTGAATCTCTTGCAGACAACTAAAGTCTTTCTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAA
GCTCTTAAGAGCTATCTCTTTATCTATGTTGTTTCTGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTG
GTTTATCTTCATGGTATCAGAGCTTCAGCCGATCTATGGGATTCATGGGTCTTATCATCT
CACTAACATCTGGTTTATAGACTCGGTTGCAACACAATATCCCCAACGAAAAAAAAAAAA
AAAAGAAGGAGCTTTGTCTCAAGTCAAGAGTGGGGTCGGCGAGGTAGCAAGGAAGGAGTG
AACGAGTTCTTCTCAAAGACGGACAGTCATCTCTCTGTCTTTTATTACATCAAAGGAGTT
CAAGGTTGAAGCTTTCATGGGTTTGATTTCGCACGCTTAACCACTCAGGAGCTGGAAGAA
GATGACAAACTCTGCAAGTGGAGCCTGGTTCGTTCTTGCCGATTCATTAAGACCAGACTC
AAGCCACTGTCAAGTACTACAAGGGTTCCATTCCATGTCCATACTGTCCTGCTCTCAACT
TTTCAAACCGCACCTGCCCTCAAGGAGCACGTCAAATCTGTTTATCTATGGTATGCATCT
GTTCTTTTCTCTGCGACAGAACAAGTGAATGTCCGTTTGATAGATTGAGAAGGATGTTAG
CTGGCTGGTTTTAGATAAGGAATCGTGAGGTTGATTGAATTACTAGGTTGCGGTTAGTTT
CAATGATGGGTTTGGGGCTGCAAGTTGGTGTTTTTGATTAGCGCACACAAGATGTTTGAT
ACAATGCCAAAGAGAAAGTCAGAAGGTCATACACAGAGTTTAGTTGATTATTGGTGGACG
ATAGATAGTGGGAAGGATCTAAGTTGTTATGGGAAGGTCACTTTTGTTATCAGAAAAATT
TGATGAGTTACACGGGTCACAAAAGAACCCGGGCTCTTTGTGAGAAAGAAAGGTCACAAT
GTACCTCTGAGTGAGTTTGACTAAGCTCTCCAAGTTCAAGAGAAACCTCTGAGTGAAGCC
ATGCAATACTCACCAAGTATAGACCAACAATTTCTTCTATGTTTTAAATTGAAGACTACA
CCTATAGCTCCTTGTGACCATGCTTCCACTACTTACTCCACCAAGCCATTTGTTTTCTGC
GGTTCAAACTCAGCATCTTGCTTTCATCCGACGCTCAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGTA
CACAAGACAAGCCCAAGACAAGCCCATTACTATGTTATAAATCCATGTGTGTTAGGGTTC
CTTTGCAAGTAAGTTAGCAGTATAAATAAGATTGTAATGTGTTAGAGAAAGGAACTTTGG
CTGCGGTTTCTAGCAGCCTCTTTTCTCATTTTATGAATCATTATTACAACTCTTG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1DU17TF U 2
AF RR1BR79TF U 1
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AF RR1BR79JQ C 621
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GG
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TGAATCTCTTGCAGACAACTAAAGTCTTTCTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAAGCT
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DS 

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CACTAACATCTGGTTTATAGACTCGGTTGCAACACAATATCCCCAACGAAAAAAAAAAAA
A**AGAAGGAGCTTTGTCTCAAGTCAAGAGTGGGGTCGGCGAGGTAGCAAGGAAGGAGTG
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AAGCCACTGTCAAGTACTACAAGGGTTCCATTCCATGTCCATACTGTCCTGCTCTCAACT
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CTGGCTGGTT

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G
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ATTCATTAAGACCAGACTCAAGCCACTGTCAAGTACTACAAGGGTTCCATTCCATGTCCA
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CGCACACAAGATGTTTGATACAATGCCAAAGAGAAAGTCAGAAGGTCATACA

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AATCGTGAGGTTGATTGAATTAGTAGGTTGCGGTTAGTTTCAATGATGGGTTTGGGGCTG
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AAGTTGTTATGGGAAGGTCACTTTTGTTATCAGAAAAATTTGATGAGTTACACGGGTCAC
AAAAGAACCCGGGCTCTTTGTGAGAAAGAAAGGTCACAATGTACCTCTGAGTGAGTTTGA
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TTTCTTCTATGTTTTAAATTGAAGACTACACCTATAGCTCCTTGTGACCATGCTTCCACT
ACTTACTCCACCAAGCCATTTGTTTTCTGCGGTTCAAACTCAGCATCTTGCTTTCATCCG
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ATTGTAATGTGTTAGAGAAAGGAACTTTGGCTGCGGTTTCTAGCAGCCTCTTTTCT

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 3

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CAGTGAAAAGGAGCTTCTCGTCAACAGGTTCATTTCGATTCCAAAAGACATGGGAACATT
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TGCTGTGGTAACGGCTCATTTCGTACCCATTGAAGGACAACAACGTCCCCGGACTACCAT
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BQ
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AF RR1DQ41TF U 11
AF RR1BF03TF U 1
AF RR1ED51TF U 2
BS 1 28 RR1BF03TF
BS 29 29 RR1ED51TF
BS 30 59 RR1BF03TF
BS 60 60 RR1ED51TF
BS 61 105 RR1BF03TF
BS 106 106 RR1ED51TF
BS 107 147 RR1BF03TF
BS 148 148 RR1ED51TF
BS 149 153 RR1BF03TF
BS 154 154 RR1ED51TF
BS 155 177 RR1BF03TF
BS 178 178 RR1ED51TF
BS 179 216 RR1BF03TF
BS 217 217 RR1ED51TF
BS 218 243 RR1BF03TF
BS 244 244 RR1ED51TF
BS 245 255 RR1BF03TF
BS 256 256 RR1ED51TF
BS 257 285 RR1BF03TF
BS 286 286 RR1ED51TF
BS 287 342 RR1BF03TF
BS 343 343 RR1ED51TF
BS 344 396 RR1BF03TF
BS 397 397 RR1ED51TF
BS 398 414 RR1BF03TF
BS 415 415 RR1ED51TF
BS 416 459 RR1BF03TF
BS 460 460 RR1ED51TF
BS 461 489 RR1BF03TF
BS 490 490 RR1ED51TF
BS 491 501 RR1BF03TF
BS 502 502 RR1ED51TF
BS 503 666 RR1BF03TF
BS 667 669 RR1ED51TF
BS 670 697 RR1BF03TF
BS 698 698 RR1ED51TF
BS 699 713 RR1BF03TF
BS 714 714 RR1ED51TF
BS 715 741 RR1BF03TF
BS 742 742 RR1ED51TF
BS 743 772 RR1BF03TF
BS 773 829 RR1ED51TF

RD RR1DQ41TF 518 0 0
GGCAGAGAG
AGAAAGGTAAGAAAGATTGTGTGTCTAGGGTTCTGAAAAGCGAAGAAGATGATCGGAGTG
GGGAAAATGAAGCAGTACTCTAATGTCCTTGACAAGCCACTCAGCAAAGGCAAACAAGAG
GTGAGCTTGAGCGCGTTTGCTTTCTTATTCTCGGAGCTGGTTCAGTACAATCAAACCCAG
GTTGATAACATTGCTGAGCTTGAAAGAAGACTAGAGGATGCTGGTTATGCAGTTGGATCT
CGAGTTTTGGAGCTTCTTTGCAACCGTGAGAAGGGAAACAGAAGAGAGACACGGTTACTA
GGGATCCTTTCTTTCGTCCACAGTACCGTGTGGAAGGTGTTGTTTGGAAAGGTTGCTGAT
TCACTTGAGAAAGGAACAGAACATGAAGATGAGTATATGATCAGTGAAAAGGAGCTTCTC
GTCAACAGGTTCATTTCGATTCCAAAAGACATGGGAACATTCAACTGCGGTGCGTTTGTG
GCCGGCATAGTGAAGGGTGTTCTGGATAA

QA 10 518 10 518
DS 

RD RR1BF03TF 772 0 0
GGGAAATTTCCTCAGAGAGAGAAAGGTA*GAAAGATTGTGTGTCTAGGGTTCTGAAAAGG
GAAGAAGATGATCGGAGTGGGGAAAATGAAGCAGTACTCTAATGTTCTTGACAAGCCACT
CAGCAAAGGCAAACAAGAGGTGAGCTTAAGCGCATTTGCTTTCTTATTCTCGGAGCTCGT
TCAGTACAATCAAACCCAGGTTGATAACATTGCTGAACTTGAAAGAAGACTAGAGGATGC
TGGGTATGCAGTTGGGTCTCGAGTTTTGGAGCTTCTTTGCAACCGAGAGAAGGGAAACAG
AAGAGAGACACGGTTACTAGGGATCCTGTCTTTCGTCCACAGCACCGTGTGGAAGGTGTT
GTTTGGAAAGGTTGCTGATTCACTTGAGAAAGGAACCGAACATGAAGATGAGTACATGAT
CAGTGAAAAGGAGCTTCTCGTCAACAGGTTCATTTCGATCCCAAAAGACATGGGAACATT
CAACTGCGGAGCGTTTGTGGCAGGCATAGTGAAGGGAGTTCTGGATAACGCAGGGTTCCC
TGCTGTGGTAACGGCTCATTTCGTACCCATTGAAGGACAACAACGTCCCCGGACTACCAT
TTTGATCAAGTTTGCTGATGAGGTGCTTAAAAGAGAGGCACGGCTCAGCCAGTGAGAGCA
CCTTCG***AGTTGCCACGCACGATCTGTTTGGCTTTGTGTGAACTGCTTGTGTAAGTCT
TGTCTGTATGGTTTGGCTTAACTTATACTGTTAACATTTTGAATTGAGCTGC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1ED51TF 828 0 0
GGAAAT
TTCCTCAGAGAGAGAAAGGTAAGAAAGATTGTGTGTCTAGGGTTCTGAAAAGCGAAGAAG
ATGATCGGAGTGGGGAAAATGAAGCAGTACTCTAATGTCCTTGACAAGCCACTCAGCAAA
GGCAAACAAGAGGTGAGCTTGAGCGCGTTTGCTTTCTTATTCTCGGAGCTGGTTCAGTAC
AATCAAACCCAGGTTGATAACATTGCTGAGCTTGAAAGAAGACTAGAGGATGCTGGTTAT
GCAGTTGGATCTCGAGTTTTGGAGCTTCTTTGCAACCGTGAGAAGGGAAACAGAAGAGAG
ACACGGTTACTAGGGATCCTGTCTTTCGTCCACAGTACCGTGTGGAAGGTGTTGTTTGGA
AAGGTTGTTGATTCACTTGAGAAAGGAACAGAACATGAAGATGAGTATATGATCAGTGAA
AAGGAGCTTCTCGTCAACAGGTTCATTTCGATTCCAAAAGACATGGGAACATTCAACTGC
GGTGCGTTTGTGGCCGGCATAGTGAAGGGAGTTCTGGATAACGCAGGGTTTCCTGCTGTG
GTAACGGCTCATTTCGTACCCATTGAAGGACAACAACGTCCTCGGACTACCATTTTGATC
AAGTTTGCTGATGAGGTGCTTAAAAGAGAGGCACGGCTCAGCCAGTGAGAGCACCTTCGT
CGAGTTGCCATGCACGATCTGTTTGGCTTTATGTGAACTGCTTGTGCAAGTCTTGTCTGT
ATGGTTTGGCTTTAAT*ATATTGT**ACATTTTGA**TGAGCTGCAAGCCATTGTCCGTT
GATGATGTAACTACATACATACCTCTGTACATTCTGCTGATG

QA 7 828 7 828
DS 



AS 2 5

CO CL2121Contig1 753 2 4 U
GGAAGGGAGATTCTCCTCTCTGCATCCTCCGTCGTCTCTTACAACTCTCCTCTCTGCCGA
GTGTTTCTGAGCGAAACTCTAATTTGCTTGCGACTCGTATCACTTGCAGGGGAACTTGTA
AGGAGGAGACAAGATGAGATTGGTCAAGTGTTGGTTTTGCTCTTCTACGATATATCCTGG
ACATGGTATTCAGTTTGTCCGCAACGATGCAAAGATTTTCCGGTTCTGTAGGTCTAAGTG
CCATAAGAACTTCAAGATGAAGAGGAACCCTCGTAAAGTGAAGTGGACTAAAGCCTACAG
AGCTGCACACGGAAAGGACATGACTCAGGATAAAACATTTGAGTTTGAGAAGAAGAGAAA
CAGACCCGAGAGGTATGATAGGAACGTTACGGAGGATACTCTCAAGGCCATTAAGAAGAT
TGATAAGATCAGAAGCACTAGAGAAGCTGACCACATCAGCAAGAGGTTGAAGCCAAACAA
ACAGAAGGCACTCAAGAGTGATCTCAAGGAGATAGACCAGCACATTAATTTGATCAAGGC
ACCAGGTTCGCAGCAACAAGACTCAGAGAAGGTGAAAGTTATGGTCTCCAGCAACAAGTC
TGTTCGAAACGAAGCCATGGAAGAGTGATTATGTGGTGACATTTGAGATTCCATTTAGAA
GATGTATTCACTATACTCCGAAGCTGGTGTTGTCTTTTTAAAAAAAAAGAGTTTTAAGAT
TGTTTTGTTTTTGCAATGTATTAAATTCCCTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP68TF U 1
AF RR1CP68JQ C 86
BS 1 649 RR1CP68TF
BS 650 650 RR1CP68JQ
BS 651 698 RR1CP68TF
BS 699 753 RR1CP68JQ

RD RR1CP68TF 699 0 0
GGAAGGGAGATTCTCCTCTCTGCATCCTCCGTCGTCTCTTACAACTCTCCTCTCTGCCGA
GTGTTTCTGAGCGAAACTCTAATTTGCTTGCGACTCGTATCACTTGCAGGGGAACTTGTA
AGGAGGAGACAAGATGAGATTGGTCAAGTGTTGGTTTTGCTCTTCTACGATATATCCTGG
ACATGGTATTCAGTTTGTCCGCAACGATGCAAAGATTTTCCGGTTCTGTAGGTCTAAGTG
CCATAAGAACTTCAAGATGAAGAGGAACCCTCGTAAAGTGAAGTGGACTAAAGCCTACAG
AGCTGCACACGGAAAGGACATGACTCAGGATAAAACATTTGAGTTTGAGAAGAAGAGAAA
CAGACCCGAGAGGTATGATAGGAACGTTACGGAGGATACTCTCAAGGCCATTAAGAAGAT
TGATAAGATCAGAAGCACTAGAGAAGCTGACCACATCAGCAAGAGGTTGAAGCCAAACAA
ACAGAAGGCACTCAAGAGTGATCTCAAGGAGATAGACCAGCACATTAATTTGATCAAGGC
ACCAGGTTCGCAGCAACAAGACTCAGAGAAGGTGAAAGTTATGGTCTCCAGCAACAAGTC
TGTTCGAAACGAAGCCATGGAAGAGTGATTATGTGGTGACATTTGAGAT*CCATTTAGAA
GATGTATTCACTATACTCCGAAGCTGGTGTTGTCTTTT
A

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CP68JQ 668 0 0
GCTTGCGACTCGTATCACTTGCAGGGGAACTTGTAAGGAGGAGACAAGATGAGATTGGTC
AAGTGTTGGTTTTGCTCTTCTACGATATATCCTGGACATGGTATTCAGTTTGTCCGCAAC
GATGCAAAGATTTTCCGGTTCTGTAGGTCTAAGTGCCATAAGAACTTCAAGATGAAGAGG
AACCCTCGTAAAGTGAAGTGGACTAAAGCCTACAGAGCTGCACACGGAAAGGACATGACT
CAGGATAAAACATTTGAGTTTGAGAAGAAGAGAAACAGACCCGAGAGGTATGATAGGAAC
GTTACGGAGGATACTCTCAAGGCCATTAAGAAGATTGATAAGATCAGAAGCACTAGAGAA
GCTGACCACATCAGCAAGAGGTTGAAGCCAAACAAACAGAAGGCACTCAAGAGTGATCTC
AAGGAGATAGACCAGCACATTAATTTGATCAAGGCACCAGGTTCGCAGCAACAAGACTCA
GAGAAGGTGAAAGTTATGGTCTCCAGCAACAAGTCTGTTCGAAACGAAGCCATGGAAGAG
TGATTATGTGGTGACATTTGAGGTTCCATTTAGAAGATGTATTCACTATACTCCGAAGCT
GGTGTTGTCTTTTTAAAAAAAAAGAGTTTTAAGATTGTTTTGTTTTTGCAATGTATTAAA
TTCCCTGA

QA 1 668 1 668
DS 



CO CL2121Contig2 802 3 20 U
CTCTCTGCATCCTCCGTCGTCTCTTACAACTCTCCTCTCTGCCGAGTGTTTCTGAGAGAA
ACTCTAATTTGCTTGCGACTCGTATCACTTGCAGGGGAACTTGTAAGGAGGAGACAAGAT
GAGATTGGTCAAGTGTTGGTTTTACTCTTCTACGATATATCCTGGACATGGTATTCAGTT
TGTCCGCAACGATGCCAAGATTTTCCGGTTCTGTAGGTCTAAGTGCCACAAGAACTTCAA
GATGAAGAGGAACCCCCGTAAAGTGAATTGGACTAAAGCATACAGAGCTGCACACGGAAA
GGACATGACTCAGGATAAAACTTTTGAGTTTGAGAAGAAGAGAAACAGACCCGAGAGGTA
TGATAGGAACGTTACGGAGGATACTCTCAAGGCCATTAAGAAGATTGATAAGATCAGAAG
CACTAGAGAAGCTGACCACATCAGCAAGAGGTTGAAGCCAAACAAACAGAAGTCATTCAA
GAGTGATCTCAAGGAGATAGACCAGCACATTAATTTGATCAAGGCACCAGGTTCTCAGCA
ACAAGACTCAGAGAAGGCGAAAGTTTTGGTCTCCAGCAACAAGTCTGTTCAAAACGAAGC
CATGGAAGAGTGATTCTGTGGTAACGTTTGAGGATCCATTTAGAAGATGTATTCACTGTA
CTCCGAAGCTGGTGTTGTCTTTTGAAAAAA*GAGTTTTAAGATTGTTGTTTTTGCAATGT
ATTAAATTACCTGATACAACTAAAACAAATTTAAGTATTATTTTATGTCTGCCTTAAGGA
TATTTCTTTTCTTTTCATCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D058TF U 1
AF RR1C450TF U 63
AF RR1C450JQ C 66
BS 1 143 RR1D058TF
BS 144 144 RR1C450TF
BS 145 255 RR1D058TF
BS 256 256 RR1C450TF
BS 257 267 RR1D058TF
BS 268 268 RR1C450TF
BS 269 472 RR1D058TF
BS 473 473 RR1C450TF
BS 474 657 RR1D058TF
BS 658 658 RR1C450TF
BS 659 682 RR1D058TF
BS 683 683 RR1C450TF
BS 684 716 RR1D058TF
BS 717 717 RR1C450TF
BS 718 725 RR1D058TF
BS 726 726 RR1C450TF
BS 727 738 RR1D058TF
BS 739 778 RR1C450TF
BS 779 779 RR1C450JQ
BS 780 802 RR1C450TF

RD RR1D058TF 742 0 0
CTCTCTGCATCCTCCGTCGTCTCTTACAACTCTCCTCTCTGCCGAGTGTTTCTGAGAGAA
ACTCTAATTTGCTTGCGACTCGTATCACTTGCAGGGGAACTTGTAAGGAGGAGACAAGAT
GAGATTGGTCAAGTGTTGGTTTTGCTCTTCTACGATATATCCTGGACATGGTATTCAGTT
TGTCCGCAACGATGCCAAGATTTTCCGGTTCTGTAGGTCTAAGTGCCACAAGAACTTCAA
GATGAAGAGGAACCCTCGTAAAGTGAAGTGGACTAAAGCATACAGAGCTGCACACGGAAA
GGACATGACTCAGGATAAAACTTTTGAGTTTGAGAAGAAGAGAAACAGACCCGAGAGGTA
TGATAGGAACGTTACGGAGGATACTCTCAAGGCCATTAAGAAGATTGATAAGATCAGAAG
CACTAGAGAAGCTGACCACATCAGCAAGAGGTTGAAGCCAAACAAACAGAAGGCATTCAA
GAGTGATCTCAAGGAGATAGACCAGCACATTAATTTGATCAAGGCACCAGGTTCTCAGCA
ACAAGACTCAGAGAAGGCGAAAGTTTTGGTCTCCAGCAACAAGTCTGTTCAAAACGAAGC
CATGGAAGAGTGATTCTGTGGTAACGTTTGAGGATCCATTTAGAAGATGTATTCACTATA
CTCCGAAGCTGGTGTTGTCTTT*GAAAAAA*GAGTTTTAAGATTGTTGTTTTTGCA*TGT
ATTAA*TTACCTGATACA
CTAA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1C450TF 740 0 0
GCT
AATTTGCTTGCGACTCGTATCACTTGCAGGGGAACTTGTAAGGAGGAGACAAGATGAGAT
TGGTCAAGTGTTGGTTTTACTCTTCTACGATATATCCTGGACATGGTATTCAGTTTGTCC
GCAACGATGCCAAGATTTTCCGGTTCTGTAGGTCTAAGTGCCACAAGAACTTCAAGATGA
AGAGGAACCCCCGTAAAGTGAATTGGACTAAAGCATACAGAGCTGCACACGGAAAGGACA
TGACTCAGGATAAAACTTTTGAGTTTGAGAAGAAGAGAAACAGACCCGAGAGGTATGATA
GGAACGTTACGGAGGATACTCTCAAGGCCATTAAGAAGATTGATAAGATCAGAAGCACTA
GAGAAGCTGACCACATCAGCAAGAGGTTGAAGCCAAACAAACAGAAGTCATTCAAGAGTG
ATCTCAAGGAGATAGACCAGCACATTAATTTGATCAAGGCACCAGGTTCTCAGCAACAAG
ACTCAGAGAAGGCGAAAGTTTTGGTCTCCAGCAACAAGTCTGTTCAAAACGAAGCCATGG
AAGAGTGATTCTGTGGTAACGTTTGAGGATCCATTTAGAAGATGTATTCACTGTACTCCG
AAGCTGGTGTTGTCTTTTGAAAAAA*GAGTTTTAAGATTGTTGTTTTTGCAATGTATTAA
ATTACCTGATACAACTAAAACAAATTTAAGTATTATTTTATGTCTGCCTTAAG*ATATTT
CTTTTCTTTTCATCTTG

QA 4 740 4 740
DS 

RD RR1C450JQ 737 0 0
AATTTGCTTGCGACTCGTATCACTTGCAGGGGAACTTGTAAGGAGGAGACAAGATGAGAT
TGGTCAAGTGTTGGTTTTACTCTTCTACGATATATCCTGGACATGGTATTCAGTTTGTCC
GCAACGATGCCAAGATTTTCCGGTTCTGTAGGTCTAAGTGCCACAAGAACTTCAAGATGA
AGAGGAACCCCCGTAAAGTGAATTGGACTAAAGCATACAGAGCTGCACACGGAAAGGACA
TGACTCAGGATAAAACTTTTGAGTTTGAGAAGAAGAGAAACAGACCCGAGAGGTATGATA
GGAACGTTACGGAGGATACTCTCAAGGCCATTAAGAAGATTGATAAGATCAGAAGCACTA
GAGAAGCTGACCACATCAGCAAGAGGTTGAAGCCAAACAAACAGAAGTCATTCAAGAGTG
ATCTCAAGGAGATAGACCAGCACATTAATTTGATCAAGGCACCAGGTTTTCAGCAACAAG
ACTCAGAGAAGGCGAAAGTTTTGGTCTCCAGCAACAAGTCTGTTCAAAACGAAGCCATGG
AAGAGTGATTCTGTGGTAACGTTTGAGGATCCATTTAGAAGATGTATTCACTGTACTCCG
AAGCTGGTGTTGTCTTTTGAAAAAAAGAGTTTTAAGATTGTTGTTTTTGCAATGTATTAA
ATTACCTGATACAACTAAAACAAATTTAAGTATTATTTTATGTCTGCCTTAAGGATATTT
CTTTTCTTTTCATCTTG

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 3

CO CL2122Contig1 885 3 2 U
GGAGAGAAGCTTACACAACAATTTTATTTTGGGAGAAAGAGTGATCATCGGAAGCATCAT
CTCGGCGATGGGTTGGCTGACGAGATTTTTAACAGCGGTAGCGTTTTTAGCCGCCGGAGT
TATATTCTCACCGGAGACATTCGGATCGTTATCAAAGGGCGAGAATTCGGCGAAGGTTTT
GATATTGGTGAAGCTAGCTCATCTACTCAGCTTCGCTACAGCTTGGGGAGCTGCTCTCTG
GGCTACCTTAATCGGCGGAATCATCATGTTCAAGAACTTACCGAGGCATCAATTTGGTAA
CCTTCAGAGCAAGATGTTTCCAGCTTATTTCACTCTTGTTGGTTCTTGCTGCGCTATTTC
ACTCTCTGCCTTTGGGTATCTCCATCCATGGAAGTCTTCTTCTGCTGTGGAGAAGTATCA
GCTAGGGTTCCTTGTCTCGGCTTTTGCTTTCAATCTCACTGATTTGCTCGTCTTCACTCC
CATGACCATCGATATGATGAAGCAAAGGCACAAAGTTGAGAGAGAGAACAACATTGGAGA
TGAAGTTGGTTGGTCCAAGAATAGAGAGAAGGCAAAGACTATCCCTCAGCTAGCTGCCAT
GAACAAAAAGTTTGGTATGATTCACGGCTTGTCATCTCTCGCTAACATCTTTTCTTTTGG
AAGCCTTGCCATGCATTCTTGGTACCTTGCTGGGAAGATGGATCTCTAAGTTTCTTGTCA
CAAAGGTCTGAGCTTTTATGCCCTCCTTCATCAATAAAATCTCTTGCTTTGTAAAGATTA
TTATACCACAAGGCGAAACAGTTTGTTATAATGATATCATTTTTTTTTCTTTTAAACACT
AGATGTTTTCTTTTTCTCTGAAATAGTTGATGTGTGAATGCTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU81TF U 29
AF RR1FK25TF U 1
AF RR1FK25JQ C 111
BS 1 719 RR1FK25TF
BS 720 885 RR1FK25JQ

RD RR1GU81TF 162 0 0
GGGGGA
GAAAGAGTGATCATCGGAAGCATCATCTCGGCGATGGGTTGGCTGACGAGATTTTTAACA
GCGGTAGCGTTTTTAGCCGCCGGAGTTATATTCTCACCGGAGACATTCCGATCGTTATCA
AAGGGCGAGAATTCGGCGAAGGTTTTGATATTGGTG

QA 7 162 7 162
DS 

RD RR1FK25TF 719 0 0
GGAGAGAAGCTTACACAACAATTTTATTTTGGGAGAAAGAGTGATCATCGGAAGCATCAT
CTCGGCGATGGGTTGGCTGACGAGATTTTTAACAGCGGTAGCGTTTTTAGCCGCCGGAGT
TATATTCTCACCGGAGACATTCGGATCGTTATCAAAGGGCGAGAATTCGGCGAAGGTTTT
GATATTGGTGAAGCTAGCTCATCTACTCAGCTTCGCTACAGCTTGGGGAGCTGCTCTCTG
GGCTACCTTAATCGGCGGAATCATCATGTTCAAGAACTTACCGAGGCATCAATTTGGTAA
CCTTCAGAGCAAGATGTTTCCAGCTTATTTCACTCTTGTTGGTTCTTGCTGCGCTATTTC
ACTCTCTGCCTTTGGGTATCTCCATCCATGGAAGTCTTCTTCTGCTGTGGAGAAGTATCA
GCTAGGGTTCCTTGTCTCGGCTTTTGCTTTCAATCTCACTGATTTGCTCGTCTTCACTCC
CATGACCATCGATATGATGAAGCAAAGGCACAAAGTTGAGAGAGAGAACAACATTGGAGA
TGAAGTTGGTTGGTCCAAGAATAGAGAGAAGGCAAAGACTATCCCTCAGCTAGCTGCCAT
GAACAAAAAGTTTGGTATGATTCACGGCTTGTCATCTCTCGCTAACATCTTTTCTTTTGG
AAGCCTTGCCATGCATTCTTGGTACCTTGCTGGGAAGATGGATCTCTAAGTTTCTTGTC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1FK25JQ 775 0 0
CCC
CCGGAGTTATATTCTCACCGGAGACATTCGGATCGTTATCAAAGGGCGAGAATTCGGCGA
AGGTTTTGATATTGGTGAAGCTAGCTCATCTACTCAGCTTCGCTACAGCTTGGGGAGCTG
CTCTCTGGGCTACCTTAATCGGCGGAATCATCATGTTCAAGAACTTACCGAGGCATCAAT
TTGGTAACCTTCAGAGCAAGATGTTTCCAGCTTATTTCACTCTTGTTGGTTCTTGCTGCG
CTATTTCACTCTCTGCCTTTGGGTATCTCCATCCATGGAAGTCTTCTTCTGCTGTGGAGA
AGTATCAGCTAGGGTTCCTTGTCTCGGCTTTTGCTTTCAATCTCACTGATTTGCTCGTCT
TCACTCCCATGACCATCGATATGATGAAGCAAAGGCACAAAGTTGAGAGAGAGAACAACA
TTGGAGATGAAGTTGGTTGGTCCAAGAATAGAGAGAAGGCAAAGACTATCCCTCAGCTAG
CTGCCATGAACAAAAAGTTTGGTATGATTCACGGCTTGTCATCTCTCGCTAACATCTTTT
CTTTTGGAAGCCTTGCCATGCATTCTTGGTACCTTGCTGGGAAGATGGATCTCTAAGTTT
CTTGTCACAAAGGTCTGAGCTTTTATGCCCTCCTTCATCAATAAAATCTCTTGCTTTGTA
AAGATTATTATACCACAAGGCGAAACAGTTTGTTATAATGATATCATTTTTTTTTCTTTT
AAACACTAGATGTTTTCTTTTTCTCTGAAATAGTTGATGTGTGAATGCTATT

QA 4 775 4 775
DS 



AS 1 5

CO CL2123Contig1 1145 5 4 U
GGGTCGAAGCCCATTATCATCGTCAATGGCTAAAGCCAGCACCACTCTGTTTGCTGTCAC
CTCCTCTGTTTCGACTCGTTTCTCTCTTCTCCCTCCTTCTATATCTCTTAAACTCTCAGC
TCCAAGCGCGAGACTCGCCGTGCCAATGGCTGCTATGGCCACCACTGCTAAAAAGGTGGC
TCCTGCTGTGATCGTGGGTGGCGGGAGAGTCGGACAAGCGTTGCAGGAAATGGGTAGTGG
CGATGATGTATTGGTGAAGAGAGGAGAACCCGTTCCGGTTGATTTCGAAGGACCAATATT
GGTTTGTACTAGAAATGATGATCTCGATGCTGTTCTTGAAGCTACTCCTCAGTCTAGATG
GAAAGATTTGGTGTTTTTCCAAAATGGAATGATGGAGCCGTGGTTCGAGAGCAAAGGTTT
GGGTGATGCAGACCAAGTGTTGGCCTATTTTGCCGTGTCAAAGCTCGGTGAGCCTCCTGT
GGATGGGATAACTGACACTAACCCAGAAGGTTTAACTGCTGCTTATGGCAAATGGGCTTC
GGATGTAGCTGCAAGACTGCAATCTGGTGGCCTCTCTTGCAAGGTACTTGACAAAGAAGC
TTTTGAGAAGCAAATGCTGGAGAAACTCATATGGATTTGTGCGTTTATGCTTGTTGGAGC
TCGTCATCCAGGTGCTAGTGTTGGCATGGTGGAGAAAGAATACAGAGATGAAGTGGCGAG
ACTCATCCAAGAACTCGCAGCAGCTGCTGCTGCAGAAAAAGGACTAACCTTTGAAGACAA
CATGGTGGAGAGACTGTGTGCTTATTCCCGCGCCGTTGCTCATTTCCCAACCGCTGTTAA
AGAATTTAAATGGAGGAATGGTTGGTTTTATTCGCTCTCAGAGAAGGCGATTGCAGAAGG
GAAACCTGATCCTTGTCCACTCCACACCGAATGGCTGAGAGAGCTAAAAGTGATATAGAG
CCTTGACGGTACGTGACACCCTTTAGTAGATTTGTACACGTGTATGAGAAGCCAAGTAAC
GGTAAAACGTTTGATATTCTGTAAAAGAAAAAGTCCCGACTTTTATTTGTGAAAAGTCTG
TGTATTCAACGATCAAACATCTGGTTCTTGTCCCATCCGTTAGAAAATCTGAAGTTTTTT
TTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DU84TF U 4
AF RR1C668TF U 1
AF RR1FL69TF U 11
AF RR1FL69JQ C 380
AF RR1C668JQ C 378
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BS 701 759 RR1C668TF
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GACTCGTTTCTCTCTTCTCCCTCCTTCTATATCTCTTAAACTCTCAGCTCCAAGCGCGAG
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CGTGGGTGGCGGGAGAGTCGGACAAGCGTTGCAGGAAATGGGTAGTGGCGATGATGTATT
GGTGAAGAGAGGAGAACCCGTTCCGGTTGATTTCGAAGGACCAATATTGGTTTGTACTAG
AAATGATGATCTCGATGCTGTTCTTGAAGCTACTCCTCAGTCTAGATGGAAAGATTTGGT
GTTTTTCCAAAATGGAATGATGGAGCCGTGGTTTGAGAGCAAAGGTTTGGGTGATGCAGA
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TGACACTAACCCAGAAGGTTTAACTGCTGCTTATGGCAAATGGGCTTCGGATGTAGCTGC
AAGACTGCAATCTGGTGGCCTCTCTTGCAAGGTACTTGACAA

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DS 

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CTCCTCTGTTTCGACTCGTTTCTCTCTTCTCCCTCCTTCTATATCTCTTAAACTCTCAGC
TCCAAGCGCGAGACTCGCCGTGCCAATGGCTGCTATGGCCACCACTGCTAAAAAGGTGGC
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CGATGATGTATTGGTGAAGAGAGGAGAACCCGTTCCGGTTGATTTCGAAGGACCAATATT
GGTTTGTACTAGAAATGATGATCTCGATGCTGTTCTTGAAGCTACTCCTCAGTCTAGATG
GAAAGATTTGGTGTTTTTCCAAAATGGAATGATGGAGCCGTGGTTCGAGAGCAAAGGTTT
GGGTGATGCAGACCAAGTGTTGGCCTATTTTGCCGTGTCAAAGCTCGGTGAGCCTCCTGT
GGATGGGATAACTGACACTAACCCAGAAGGTTTAACTGCTGCTTATGGCAAATGGGCTTC
GGATGTAGCTGCAAGACTGCAATCTGGTGGCCTCTCTTGCAAGGTACTTGACAAAGAAGC
TTTTGAGAAGCAAATGCTGGAGAAACTCATATGGATTTGTGCGTTTATGCTTGTTGGAGC
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GG
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GACTCGTTTCTCTCTTCTCCCTCCTTCTATATCTCTTAAACTCTCAGCTCCAAGCGCGAG
ACTCGCCGTGCCAATGGCTGCTATGGCCACCACTGCTGAAAAGGTGGCTCCTGCTGTGAT
CGTGGGTGGCGGGAGAGTCGGACAAGCGTTGCAGGAAATGGGTAGTGGCGATGATGTATT
GGTGAAGAGAGGAGAACCCGTTCCGGTTGATTTCGAAGGACCAATATTGGTTTGTACTAG
AAATGATGATCTCGATGCTGTTCTTGAAGCTACTCCTCAGTCTAGATGGAAAGATTTGGT
GTTTTTCCAAAATGGAATGATGGAGCCGTGGTTCGAGAGCAAAGGTTTGGGTGATGCAGA
CCAAGTGTTGGCCTATTTTGCCGTGTCAAAGCTCGGTGAGCCTCCTGTGGATGGGATAAC
TGACACTAACCCAGAAGGTTTAACTGCTGCTTATGGCAAATGGGCTTCGGATGTAGCTGC
AAGACTGCAATCTGGTGGCCTCTCTTGCAAGGTACTTGACAAAGAAGCTTTTGAGAAGCA
AATGCTGGAGAAACTCATATGGATTTGTGCGTTTATGCTTGTTGGAGCTCGTCATCCAG*
TGCTAGTGTTGGCATGGTGGAGAAAGAATACAGAGATGAAGTGGCGAGACTCATC

QA 3 717 3 717
DS 

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CAAAATGGAATGATGGAGCCGTGGTTCGAGAGCAAAGGTTTGGGTGATGCAGACCAAGTG
TTGGCCTATTTTGCCGTGTCAAAGCTCGGTGAGCCTCCTGTGGATGGGATAACTGACACT
AACCCAGAAGGTTTAACTGCTGCTTATGGCAAATGGGCTTCGGATGTAGCTGCAAGACTG
CAATCTGGTGGCCTCTCTTGCAAGGTACTTGACAAAGAAGCTTTTGAGAAGCAAATGCTG
GAGAAACTCATATGGATTTGTGCGTTTATGCTTGTTGGAGCTCGTCATCCAGGTGCTAGT
GTTGGCATGGTGGAGAAAGAATACAGAGATGAAGTGGCGAGACTCATCCAAGAACTCGCA
GCAGCTGCTGCTGCAGAAAAAGGACTAACCTTTGAAGACAACATGGTGGAGAGACTGTGT
GCTTATTCCCGCGCCGTTGCTCATTTCCCAACCGCTGTTAAAGAATTTAAATGGAGGAAT
GGTTGGTTTTATTCGCTCTCAGAGAAGGCGATTGCAGAAGGGAAACCTGATCCTTGTCCA
CTCCACACCGAATGGCTGAGAGAGCTAAAAGTGATATAGAGCCTTGACGGTACGTGACAC
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TGTAAAAGAAAAAGTCCCGACTTTTATTTG
AG

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DS 

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TGTTGGCCTATTTTGCCGTGTCAAAGCTCGGTGAGCCTCCTGTGGATGGGATAACTGACA
CTAACCCAGAAGGTTTAACTGCTGCTTATGGCAAATGGGCTTCGGATGTAGCTGCAAGAC
TGCAATCTGGTGGCCTCTCTTGCAAGGTACTTGACAAAGAAGCTTTTGAGAAGCAAATGC
TGGAGAAACTCATATGGATTTGTGCGTTTATGCTTGTTGGAGCTCGTCATCCAGGTGCTA
GTGTTGGCATGGTGGAGAAAGAATACAGAGATGAAGTGGCGAGACTCATCCAAGAACTCG
CAGCAGCTGCTGCTGCAGAAAAAGGACTAACCTTTGAAGACAACATGGTGGAGAGACTGT
GTGCTTATTCCCGCGCCGTTGCTCATTTCCCAACCGCTGTTAAAGAATTTAAATGGAGGA
ATGGTTGGTTTTATTCGCTCTCAGAGAAGGCGATTGCAGAAGGGAAACCTGATCCTTGTC
CACTCCACACCGAATGGCTGAGAGAGCTAAAAGTGATATAGAGCCTTGACGGTACGTGAC
ACCCTTTAGTAGATTTGTACACGTGTATGAGAAGCCAAGTAACGGTAAAACGTTTGATAT
TCTGTAAAAGAAAAAGTCCCGACTTTTATTTGTGAAAAGTCTGTGTATTCAACGATCAAA
CATCTGGTTCTTGTCCCATCCGTTAGAAAATCTGAAGTTTTTTTTCTC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 5

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TGGAGGAGACGATTCCTTTCAAGAATCTTCATAGCAGAGAGTATCAAGGTCACAAGAAGA
AGGTACATTCGGTGGCTTGGAACTCTAATGGGACAAAGCTTGCTTCTGGTTCTGTTGACC
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TAAAGGGACATACTGATAGTGTGGATCAGCTATGCTGGGACCCTAAACATTCAGATCCTG
TTGCTACTGCCTCTGGTGATAAGAGCGTTCGTCTCTGGGATGCTCGCAGTGGAAAATGCA
CACAGCAGGCAGAACTTAGTGGGGAGAATATAAACATCACCTACAGACCTGACGGGACAC
ATATAGCTGTTGGTAATAGGGACGATGAGCTTACCATTCTGGATGTCCGTAAGTTTAATA
AATCCCTATACAAGCGCAAATTCTCATATGAGGTAAATGAGATTGCTTGGAATATGTCAG
GAGATCTTTTCTTCTTGACCACTGGACTTGGCACTGTTGAAGTTCTCTCATATCCACTTG
AGAAAATGCAAAATGATCTAAAACCAGTTGACACTCTCACTGCCCACACAGCCGGGTGCT
ATTGCATTGCAATTGATCCTAAAGGAAGATACTTTGCAGTTGGGAGTGCGGATTCCTTAG
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TATTTATAGATATTGCAAACGTCCAAACTGGGCGGACGGTGCATCAAATTCCATGTAGAG
CTGCCATGAATAGCGTGGAGTGGAATCCCAAATACAACTTACTTGCATATGCAGGTGATG
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CGTAGGAACACAGTACACCACCGCATCTGGTTCCAGATATAAGCAACTCTGCTCGGGCAC
TTGGTCGAATTGAAAAAGTTTGTGTACTATTAAACATGTGTTAACAGTATCAATATTTTT
CACATGGAATGTTTTGCAGTTGTGCTTTTTATATATGAATCTGTCATTTTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ74TF U 1
AF RR1AD86TF U 43
AF RR1AD86JQ C 320
AF RR1FJ74JQ C 682
AF RR1H351TF U 465
BS 1 297 RR1FJ74TF
BS 298 298 RR1AD86TF
BS 299 414 RR1FJ74TF
BS 415 415 RR1AD86TF
BS 416 615 RR1FJ74TF
BS 616 616 RR1AD86TF
BS 617 655 RR1FJ74TF
BS 656 656 RR1AD86TF
BS 657 671 RR1FJ74TF
BS 672 739 RR1AD86TF
BS 740 740 RR1H351TF
BS 741 806 RR1AD86TF
BS 807 1025 RR1H351TF
BS 1026 1026 RR1AD86JQ
BS 1027 1164 RR1H351TF
BS 1165 1194 RR1AD86JQ

RD RR1FJ74TF 683 0 0
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TGGAGGAGACGATTCCTTTCAAGAATCTTCATAGCAGAGAGTATCAAGGTCACAAGAAGA
AGGTACATTCGGTGGCTTGGAACTCTAATGGGACAAAGCTTGCTTCTGGTTCTGTTGACC
AAACAGCTCGTGTTTGGACCATTGAACCTCACGGTCATAGTAAGGTTAAGGACCTTCAGC
TAAAGGGACATACTGATAGTGTGGATCAGCTATGCTGGGACCCTAAACATTCAGATCTTG
TTGCTACTGCCTCTGGTGATAAGAGCGTTCGTCTCTGGGATGCTCGCAGTGGAAAATGCA
CACAGCAGGCAGAACTTAGTGGGGAGAATATAAACATCACCTACAGACCTGACGAGACAC
ATATAGCTGTTGGTAATAGGGACGATGAGCTTACCATTCTGGATGTCCGTAAGTTTAATA
AATCCCTATACAAGCGCAAATTCTCATATGAGGTAAATGAGATTGCTTGGAATATGTCAG
GAGATCTTTTCTTCTTGACCACTGGACTTGGCACTGTTGAAGTTCTCTCATATCCACTTG
AGAAAATGCAAAATGGTCTAAAACCAGTTGACACTCTCACTGCCCACACAGCCGG*TGCT
ATTGCATTGCA
TTGATCTAAAGA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1AD86TF 764 0 0
TTGAGTGGAACAAGGAGATGGAGGAGACGATTCCTTTCAAGAATCTTCATAGCAGAGAGT
ATCAAGGTCACAAGAAGAAGGTACATTCGGTGGCTTGGAACTCTAATGGGACAAAGCTTG
CTTCTGGTTCTGTTGACCAAACAGCTCGTGTTTGGACCATTGAACCTCACGGTCATAGTA
AGGTTAAGGACCTTGAGCTAAAGGGACATACTGATAGTGTGGATCAGCTATGCTGGGACC
CTAAACATTCAGATCCTGTTGCTACTGCCTCTGGTGATAAGAGCGTTCGTCTCTGGGATG
CTCGCAGTGGAAAATGCACACAGCAGGCAGAACTTAGTGGGGAGAATATAAACATCACCT
ACAGACCTGACGGGACACATATAGCTGTTGGTAATAGGGACGATGAGCTTACCATTCTGG
ATGTCCGTAAGTTTAATAAATCCCTATACAAGCGCAAATTCTCATATGAGGTAAATGAGA
TTGCTTGGAATATGTCAGGAGATCTTTTCTTCTTGACCACTGGACTTGGCACTGTTGAAG
TTCTCTCATATCCACTTGAGAAAATGCAAAATGATCTAAAACCAGTTGACACTCTCACTG
CCCACACAGCCGGGTGCTATTGCATTGCAATTGATCCTAAAGGAAGATACTTTGCAGTTG
GGAGTGCGGATTCCTTAGTCAGCCTTTGGGATATGTCGGACATGCTTTGTTTGAGAACAT
TTACAAAACTTGACTCGCCAGTCAGGACAATAAGCTTCAATCAT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1AD86JQ 875 0 0
TAAGAGCGTTCGTCTCTGGGATGCTCGCAGTGGAAAATGCACACAGCAGGCAGAACTTAG
TGGGGAGAATATAAACATCACCTACAGACCTGACGGGACACATATAGCTGTTGGTAATAG
GGACGATGAGCTTACCATTCTGGATGTCCGTAAGTTTAATAAATCCCTATACAAGCGCAA
ATTCTCATATGAGGTAAATGAGATTGCTTGGAATATGTCAGGAGATCTTTTCTTCTTGAC
CACTGGACTTGGCACTGTTGAAGTTCTCTCATATCCACTTGAGAAAATGCAAAATGATCT
AAAACCAGTTGACACTCTCACTGCCCACACAGCCGGGTGCTATTGCATTGCAATTGATCC
TAAAGGAAGATACTTTGCAGTTGGGAGTGCGGATTCCTTAGTCAGCCTTTGGGATATGTC
GGACATGCTTTGTTTGAGAACATTTACAAAACTTGACTCGCCAGTCAGGACAATAAGCTT
CAATCATTCAGGAGAATACATTGCTTCAGCCAGTGAGGATCTATTTATAGATATTGCAAA
CGTCCAAACTGGGCGGACGGTGCATCAAATTCCATGTAGAGCTGCCATGAATAGCGTGGA
GTGGAATCCCAAATACAACTTACTTGCATATGCAGGTGATGACAAGAGTGCCAAATATTA
TGGCGATGAAGGTGTTTTCCGGATATTTGGTTTTGATAGCTCGTAGGAACACAGTACACC
ACCGCATCTGGTTCCAGATATAAGCAACTCTGCTCGGGCACTTGGTCGAATTGAAAAAGT
TTGTGTACTATTAAACATGTGTTAACAGTATCAATATTTTTCACATGGAATGTTTTGCAG
TTGTGCTTTTTATATATGAATCTGTCATTTTATCT

QA 1 875 1 875
DS 

RD RR1FJ74JQ 471 0 0
AAGGAAGATACTTTGCAGTTGGGAGTGCGGATTCCTTAGTCAGCCTTTGGGATATGTCAG
ACATGCTTTGTTTGAGAACATTTACAAAACTTGACTCGCCAGTCAGGACAATAAGCTTCA
ATCATTCAGGAGAATACATTGCTTCAGCCAGTGAGGATCTATTTATAGATATTGCAAACG
TCCAAACTGGGCGGACGGTGCATCAAATTCCATGTAGAGCTGCCATGAATAGCGTGGAGT
GGAATCCCAAATACAACTTACTTGCATATGCAGGTGATGACAAGAGTGCCAAATATTATG
GCGATGAAGGTGTTTTCCGGATATTTGGTTTTGATAGCTCGTAGGAACACAGTACACCAC
CGCATCTGGTTCCAGATATAAGCAACTCTGCTCGGGCACTTGGTGGAATTGAAAAAGTTT
GTGTACTATTAAACATGTGTTAACAGTATCAATATTTTTCACATGGAATGT

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1H351TF 700 0 0
GTCCGTAAGTTTAATAAATCCCTATACAAGCGCAAATTCTCATATGAGGTAAATGAGATT
GCTTGGAATATGTCAGGAGATCTTTTCTTCTTGACCACTGGACTTGGCACTGTTGAAGTT
CTCTCATATCCACTTGAGAAAATGCAAAATGATCTAAAACCAGTTGACACTCTCACTGCC
CACACAGCCGGGTGCTATTGCATTGCAATTGATCCTAAAGGAAGATACTTTGCAGTTGGG
AGTGCGGATTCCTTAGTCAGCCTTTGGGATATGTCAGACATGCTTTGTTTGAGAACATTT
ACAAAACTTGACTCGCCAGTCAGGACAATAAGCTTCAATCATTCAGGAGAATACATTGCT
TCAGCCAGTGAGGATCTATTTATAGATATTGCAAACGTCCAAACTGGGCGGACGGTGCAT
CAAATTCCATGTAGAGCTGCCATGAATAGCGTGGAGTGGAATCCCAAATACAACTTACTT
GCATATGCAGGTGATGACAAGAGTGCCAAATATTATGGCGATGAAGGTGTTTTCCGGATA
TTTGGTTTTGATAGCTCGTAG*AACACAGTACACCACCGCATCTGGTTCCAGATATAAGC
AACTCTGCTCGGGCACTTGGTCGAATTGAAAAAGTTTGTGTACTATTAAACATGTGTTAA
CAGTATCAATATTTTTCACATGGAATGTTTTGCAGTTGTG

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 5

CO CL2125Contig1 894 5 5 U
GGCTCTTTGTTTGATCTGCAAGAATCGGGAAAATGGCAGAGTCGAAGGTTGTAGTTCCAG
AGTCAGTGCTGAAGAAGAGGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTCTCGCTAAGAAGCAGACCG
CCGAAGCTGCCAAGAAGACGAACGCCGCCAACAGGAAGCTTATCTACAAAAGAGCTGAGC
AGTACGCCAAGGAGTACGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCGTTGAAACGTGAGGCTA
AGCTTAAAGGTGGTTTCTATGTTGACCCTGAAGCTAAGCTCTTGTTCATCATCCGTATTC
GTGGTATCAATGCTATTGACCCAAAGACAAAGAAGATTCTTCAGCTTTTGCGTCTCAGAC
AGATCTTCAACGGTGTGTTTCTGAAAGTCAACAAGGCTACAATGAACATGCTTCGTCGTG
TTGAGCCCTATGTGACCTATGGATTCCCTAACTTGAAGAGTGTTAAGGAATTGATCTACA
AGAGAGGATACGGAAAGCTTAACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTCCATCGTTG
ATCAGGCTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATTCACGAGATTCTAA
CAGTTGGACCTCATTTCAAGGAGGCCAACAACTTCCTGTGGCCATTCCAGCTCAAGGCAC
CCCTCGGCGGTCTTAAGAAAAAGAGGAATCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCCGGCAACC
GTGAAAACTTCATTAATGAGCTTATCAGAAGGATGAATTAGAAGAGATGTCTTGTCGTAT
TATCTATGAACTTGACTACTTCACCATGTTTTTGCTTCTGGATTTTGATGTTTTCTCTTA
TGTTAAAAGACATTCGGAGCTTTCTCTGCTATTATTGCGTTTGGATTTTAGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1G339TF U 1
AF RR1AG77TF U 1
AF RR1AD23JQ C 502
AF RR1AG77JQ C 8
AF RR1AD23TF U 502
BS 1 701 RR1AG77TF
BS 702 702 RR1AD23TF
BS 703 747 RR1AG77TF
BS 748 893 RR1AD23TF
BS 894 894 RR1AG77JQ

RD RR1G339TF 652 0 0
GGCTCTT
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AGGTGGTTTCTATGTTGACCCTGAAGCTAAGCTCTTGCTCATCATCCGTATTCGTGGTAT
CAATGCTATTGACCCAAAGACAAAGAAGATTCTTCAGCTTTTGCGTCTCAGACAGATCTT
CAACGGTGTGCTTCTGAAAGTCAACAAGGCTACAATGAACATGCTTCGTCGTGTTGAGCC
CTATGTGACCTATGGATTCCCTAACTTGAAGAGTGTTAAGGAATTGATCTACAAGAGAGG
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TTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATTCACGAGATTCTAACAGTTGG
ACCTCATTTCAAGGAGGCCAACAACTTCCTGTGGCCATTCCAGCT

QA 8 652 8 652
DS 

RD RR1AG77TF 747 0 0
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AGTCAGTGCTGAAGAAGAGGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTCTCGCTAAGAAGCAGACCG
CCGAAGCTGCCAAGAAGACGAACGCCGCCAACAGGAAGCTTATCTACAAAAGAGCTGAGC
AGTACGCCAAGGAGTACGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCGTTGAAACGTGAGGCTA
AGCTTAAAGGTGGTTTCTATGTTGACCCTGAAGCTAAGCTCTTGTTCATCATCCGTATTC
GTGGTATCAATGCTATTGACCCAAAGACAAAGAAGATTCTTCAGCTTTTGCGTCTCAGAC
AGATCTTCAACGGTGTGTTTCTGAAAGTCAACAAGGCTACAATGAACATGCTTCGTCGTG
TTGAGCCCTATGTGACCTATGGATTCCCTAACTTGAAGAGTGTTAAGGAATTGATCTACA
AGAGAGGATACGGAAAGCTTAACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTCCATCGTTG
ATCAGGCTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATTCACGAGATTCTAA
CAGTTGGACCTCATTTCAAGGAGGCCAACAACTTCCTGTGGCCATTCCAGCTCAAGGCAC
CCCTCGGCGGTCTTAAGAAAAAGAGGAATCACTACGTTGAAAGTGGTGATGCCGGCAACC
GTGAAAACTTCATTAATGAGCTTATCA

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1AD23JQ 315 0 0
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AGAGGAATCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCCGGCAACCGTGAAAACTTCATTAATGAGC
TTATCAGAAGGATGAATTAGAAGAGATGTCTTGTCGTATTATCTATGAACTTGACTACTT
CCCCATGTTTTTGCT

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR1AG77JQ 887 0 0
TGTTTGATCTGCAAGAATCGGGAAAATGGCAGAGTCGAAGGTTGTAGTTCCAGAGTCAGT
GCTGAAGAAGAGGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTCTCGCTAAGAAGCAGACCGCCGAAGC
TGCCAAGAAGACGAACGCCGCCAACAGGAAGCTTATCTACAAAAGAGCTGAGCAGTACGC
CAAGGAGTACGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCGTTGAAACGTGAGGCTAAGCTTAA
AGGTGGTTTCTATGTTGACCCTGAAGCTAAGCTCTTGTTCATCATCCGTATTCGTGGTAT
CAATGCTATTGACCCAAAGACAAAGAAGATTCTTCAGCTTTTGCGTCTCAGACAGATCTT
CAACGGTGTGTTTCTGAAAGTCAACAAGGCTACAATGAACATGCTTCGTCGTGTTGAGCC
CTATGTGACCTATGGATTCCCTAACTTGAAGAGTGTTAAGGAATTGATCTACAAGAGAGG
ATACGGAAAGCTTAACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTCCATCGTTGATCAGGC
TTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATTCACGAGATTCTAACAGTTGG
ACCTCATTTCAAGGAGGCCAACAACTTCCTGTGGCCATTCCAGCTCAAGGCACCCCTCGG
CGGTCTTAAGAAAAAGAGGAATCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCCGGCAACCGTGAAAA
CTTCATTAATGAGCTTATCAGAAGGATGAATTAGAAGAGATGTCTTGTCGTATTATCTAT
GAACTTGACTACTTCACCATGTTTTTGCTTCTGGATTTTGATGTTTTCTCTTATGTTAAA
AGACATTCGGAGCTTTCTCTGCTATTATTGCGTTTGGATTTTAGCTG

QA 1 887 1 887
DS 

RD RR1AD23TF 392 0 0
ACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTCCATCGTTGATCAGGCTTTGGGTAAACATG
GGATCATCCGCACTGAGGATTTGATTCACGAGATTCTAACAGTTGGGCCTCATTTCAAGG
AGGCCAACAACTTCCTGTGGCCATTCCAGCTCAAGGCACCCCTCGGCGGTCTTAAGAAAA
AGAGGAATCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCCGGCAACCGTGAAAACTTCATTAATGAGC
TTATCAGAAGGATGAATTAGAAGAGATGTCTTGTCGTATTATCTATGAACTTGACTACTT
CACCATGTTTTTGCTTCTGGATTTTGATGTTTTCTCTTATGTTAAAAGACATTCGGAGCT
TTCTCTGCTATTATTGCGTTTGGATTTTAGCT

QA 1 392 1 392
DS 



AS 2 5

CO CL2126Contig1 795 2 36 U
GGCCATCTCAAACAAACTTCCAATTAGAGACAATTCACAAAACATACTTCAGATTCTTCC
CACTGTTGAAAGACGAATTGGGTCTCGATCAAAATTAGAAACAATGGATTTCTCCGGCAT
GTTTCTCACTTTGGCCTTGGCGGCTCTGTTTCTCTGTTTACTCCGGTTCTTAGCCGGATT
CCGTCGTAGCTACTCCTCGAAACTCCCTCTTCCTCCGGGAACAATGGGTTATCCTTACGT
CGGCGAAACATTCCAGCTTTACTCACAAGACCCTAATGTCTTCTTCGCATCAAAACAGAA
AAGATACGGATCGGTGTTCAAGACTCATGTACTGGGATGCCCATGTGTGATGATCTCGAG
CCCTGAAGCTGCCAAGTTCGTATTGGTTACAAAGTCACATTTGTTTAAACCTACTTTCCC
GGCGAGCAAAGAGAGGATGCTCGGAAAGCAAGCCATCTTCTTCCACCAGGGAGATTACCA
TGCTAAACTCAGAAAGCTCGTCTTAAGAGCTTTCATGCCTGATTCAATCAGAAACATGGT
CCCACACATCGAATCAATCGCTCAGGAATCTCTAAATTCCTGGGATGGAACTCAGCTCAA
CACTTACCAAGAGATAAAAACATACACTTTCAACGTGGCGTTAATCTCAATACTCGGACA
AGACGCAGTCTTTTACCGTGAAGATCTGAAACGATGCTACTACATTCTTGAGAAAGTTAC
AACTCCATGCCGATTAATCTCCCGGGAACACTATTCCACAAAGCATGAAAGCCCGCAAGG
AGTAGCTCAAATCCT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AGT
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DS 

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GG
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CGATGCCGATTAATCTCCCGGGAACACTATTCCACAAAGCATGAAAGCTCGCA*GGAGTA
GCTCAAATCCT

QA 3 793 3 793
DS 



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AGCCAATGAAGTAATTTTCTCACTCGAATGAAAAAGAATCTTCCACTTTCAAACTTTAGA
AAGCTACGAAGGTGCTCTTGTAATTTTCTAAACGTCCACCTCTGGTTTTCGCTCTAAGGC
AATAGGCAATCCATTTTGAGGAAGAGCAAACGGTCCATACTGAATTCCATCGCTAGGTCC
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AGCTAACTCATTGCCCGGACAAAAATGGATCCCATTCCCAAATGGCATGAATGTATTTGG
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ATCGTATTCAACATCTTCAACAGCTTCTCTGAATGCGAAAGATAAGATTGTAGCAACTCT
CATTGTCTCCTGGACAACTCTAGAA*GTTAGTGTCATCTTCTTTGTATCTTCCCAAGTGA
GACTCTCTCCTTCTTTCTTCCCTTTCCTTATCGCCATTTGTTCTTCAGTGACAGCTTCTA
GGACAGTTGGATTATCTGCCAAGTACTTGAGGATCCACGTCAGCACACTCGTTGTCGTGT
CTCTTGCCGCGAAGATAACTCCGATTATGTTGTCAGCGATTTGTTCGTCGCTTAACCCTT
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TGAAAGC


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1G863JQ U 1
AF RR1FT69JQ U 83
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AGCCAATGAAGTAATTTTCTCACTCGAATGAAAAAGAATCTTCCACTTTCAAACTTTAGA
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ATTTTCTAAACGTCCACCTCTGGTTTTCGCTCTAAGGCAATAGGCAATCCATTTTGAGGA
AGAGCAAACGGTCCATACTGAATTCCATCGCTAGGTCCCATAATTGACCACCTGTACTTA
GTGGTGAGATGATGGATTAGAATAGAGATTTCAAGTTTAGCTAACTCATTGCCCGGACAA
GAATGGATCCCATTCCCAAATGGCATGAATGTATTTGGTTTCGGCGCAACTTCAAATCTT
GAAGGATCAAACTTTCCCGGATCCGAAAAGAAATCAGCATTGTGATGAATATTTCTGAAT
AGTGGCAGTACTTTCCATCCCTTTGGAATCAAGTATCCATCGTATTCAACATCTTCAACA
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TTGTAGCAACTCTCATTGTCTCCTGGACAACTCTAGAAAGTTAGTGTCATCTTCTTTGTA
TCTTCCCAAGTGAGACTCTCTCCTTCTTTCTTCCCTTTCCTTATCGCCATTTGTTCTTCA
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CTCGTTGTCGTGTCTCTTGCCGCGAAGATAACTCCGATTATGTTGTCAGCGATTTGTTCG
TCGCTTAACCCTTCTTTGTCTTCCATGAATGATCCAAGAAGATCTTTGTACGTGGATGGG
TTCTGTCTTCTTTTGGCTAAGATGTTAGCGAGGATTTGAGCTAACTCCTTGCGGGCTTTC
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GAGATTAACGCCACGTTGAAAGTGTATGTTTTCATCTCTTGGTAAGTGTTGAGCTGAGTT
CCATCCCAGGAGTCGAGAGATTCCTGAGCAATTGATTCGATGTGTGGGACCATGTTTCTG
ATTGAATCAGGCATGAAAGC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 5

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GTTGCTTGCTTTGCTTGATCCTTGGGGTTGTTGCAGCACTCTGATTTCTTCTTGAAGTTA
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TTCATATCCATACACTCTCTCTCC*GCTCAGAAACCTTTTCTCTCACGTTCTCGCCTCTA
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TCAGTGACAAATAACCAGCCAGATATAGACGCCCTGAGCCTAAGCTGTTCGAAAAATAGA
ACCTGAACAATCACCCGAAGAGGCAGCCTCTCGTTCTGAGCCGCGTGCGTGCTAGCTTCC
AGCGAAAGCTTCTGGCAGTTCATGAGTCTACATATCTGCTCTCTTTCTGAATCCGTGATC
CACGCATGCGCCTTCAGGTACACGTCTATCGCGTGATAGACTCCATCATCAAGGGGTCTT
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ACGAGATCCTCCCTAGAGGATTGACTCGCGTGAAGCACCATCGCTGTCTGAAGCAGCCTG
AGAAGAAACTTGGTCGGGTTCACACCTTTCTTGTTAGGAAGCAAAGCAACGATCTCTTCG
AGAGTAGTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BC83JQ U 1
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AF RR1C422TF C 281
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RD RR1BC83JQ 660 0 0
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AGCGAAAGCTTCTGGCAGTTCATGAGTCTACATATCTGCTCTCTTTCTGAATCCGTGATC
CACGCATGCGCCTTCAGGTACACGTCTATCGCGTGATAGACTCCATCATCAAGGGGTCTT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1C422JQ 714 0 0
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GTTGCTTGCTTTGCTTGATCCTTGGGGTTGTTGCAGCACTCTGATTTCTTCTTGAAGTTA
AGCTTCCTTGTAAAGTTCTTCCAGCTTCTCTTCGACCTCACAAGCTTCTGAAGCTCTTCT
TTCATATCCATACACTCTCTCTCC*GCTCAGAAACCTTTTCTCTCACGTTCTCGCCTCTA
GGTTTTAGCAAACCACCACCATTGCCGACACTTTGTTGTAGATCAGGGTTATCTAGATTC
TCAGTGACAAATAACCAGCCAGATATAGACGCCCTGAGCCTAAGCTGTTCGAAAAATAGA
ACCTGAACAATCACCCGAAGAGGCAGCCTCTCGTTCTGAGCCGCGTGCGTGCTAGCTTCC
AGCGAAAGCTTCTGGCAGTTCATGAGTCTACATATCTGCTCTCTTTCTGAATCCGTGATC
CACGCATGCGCCTTCAGGTACACGTCTATCGCGTGATAGACTCCATCATCAAGGGGTCTT
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QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1EV38JQ 680 0 0
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GTAAAGTTCTTCCAGCTTCTCTTCGACCTCACAAGCTTCTGAAGCTCTTCTTTCATATCC
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QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1C422TF 710 0 0
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CCGCGTGCGTGCTAGCTTCCAGCGAAAGCTTCTGGCAGTTCATGAGTCTACATATCTGCT
CTCTTTCTGAATCCGTGATCCACGCATGCGCCTTCAGGTACACGTCTATCGCGTGATAGA
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AAAGCGTTTCAGAGTATCCCATGTTTGGTATAAGAAGATCCACCAGAGCAGCTTGGTCCA
GCTGATTACCGATTCTCGTCACGAGATCCTCCCTAGAGGATTGACTCGC
C

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DS 

RD RR1BC83TF 628 0 0
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GCGTGCGTGCTAGCTTCCAGCGAAAGCTTCTGGCAGTTCATGAGTCTACATATCTGCTCT
CTTTCTGAATCCGTGATCCACGCATGCGCCTTCAGGTACACGTCTATCGCGTGATAGACT
CCATCATCAAGGGGTCTTGCGTAATCAGGTATCGCAGCAGCGATGGCTTCGAACTTCGCT
AGCTTTAGGTTAACGTCAGGTGCCACCTCAGCGAGATAACCGTCGACGAGAGTTGCTACT
AAGGTTGTAGGAGTGAGCAAATCGTCTTCTTCGATGGAAGGAGAAGGGACAACAACCCCT
GCTTGTTCTGTTGAAGAGACAAACTGTTCGATCATTCTCAAAACGCATTCGACGTCATAA
AGCGTTTCAGAGTATCCCATGTTTGGTATAAGAAGATCCACCAGAGCAGCTTGGTCCAGC
TGATTACCGATTCTCGTCTCGAGATCCTCCCTAGAGGATTGACTCGCGTGAAGCACCATC
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AAAGCAACGATCTCTTCGAGAGTAGTCC

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 5

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GGACCGTTCTACCCCTTTTCTTCTTCCTCCTCTCTTTCCTTTCCCACCACCAAAACGTTA
ATTCAAGATTCTCTCCCTTTTTCTAGTCTTATAACTATGGGAACCGAAGTCATCAGGCCT
CAGAACTGTCTGGTTAACCGGATGAGAGATTCTCCGGCGACCATTTTTCACCATCCCCGG
AGAAACCATTCTCACCGGAAGCCGCCTCTCCGACCTGACCAAAGGAGACGGTTCGGTTCC
GTTGACTTCAGAACAACGGCCAAGGACGTCGTCAGGAGAAGAGGAGAGTCTTTTGATTCG
TTTTCGAACATCAAGAACCGGAGATGTAATGGACATGAGCTAGTGTCTCCCGACGATATC
TACGCGGGGTCTTCCATTTTCGTTGTTTCTCCGGCGCCGAGTTCGCTCCCTCTGCCGTCG
TTCTCGAGGAGGGATGCGGAGAGCCAGGTCGTTGTTGTTTCCGTTGATGATTCGGCGTCT
CAGGATCTCCGGCGACTTCTCCGGCTTGAGTTTTGAGTTAACGCGGGAAAATTAATGGGA
TCGTCAGCTATATAACGGTTCTCATATGTATTTAAATCTGGGAATCGTCTCCGTTATTGT
TTTTACCAATCTGTCCTTCCTTCGAAAAATTTGTTTTAGAAATGGGTGGGGTCTGAAAGA
TCGTATAGAAAAGTACAGGGTCAGATTTAGAAACAAATGTTAAATATTAGCTGACTTTTC
AGTTTTATGTGGGTCTTCGCGCGAAATGGAATTAAAAGAGAATTATTCTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BO43TF U 64
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GTTGACTTCAGAACAACGGCCAAGGACGTCGTCAGGAGAAGAGGAGAGTCTTTTGATTCG
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TTCTCGAGGAGGGATGCGGAGAGCCAGGTCGTTGTTGTTTCCGTTGATGATTCGGCGTCT
CAGGATCTCCGGCGACTTCTCCGGCTTGAGTTTTGAGTTAACGCGGGAAAATTAATGGGA
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TTTTACCAATCTGTCCTTCCTT
CG

QA 1 682 1 682
DS 

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GG
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TCCTCTCTTTCCTTTCCCACCACCAAAACGTTAATTCAAGATTCTCTTCCTTTTTCTAGT
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GG
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CCATTCTCACTGGAAGCCGCCTCTCCGACCTGACCAAAGGAGACGGTTCGGTTCCGTTGA
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GAACATCAAGAACCGGAGATGTAATGGACATGAGCTAGTGTCTCCCGACGATATCTACGC
GGGGTCTTCCATTTTCGTTGTTTCTCCGGCGCCGAGTTCGCTCCCTCTGCCGTCGTTCTC
GAGGAGGGATGCGGAGAGCCAGGTCGTTGTTGTTTCCGTTGATGATTCGGCGTCTCAGGA
TCTCCGGCGACTTCTCCGGCTTGAGTTTTGAGTTAACGCGGGAAAATTAATGGGATCGTC
AGCTATATAACGGTTCTCATATGTATTTAAATCTGGGAATCGTCTCCGTTATTGTTTTTA
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TAGTCTTATAACTATGGGAACCGAAGTCATCAGGCCTCAGAACTGTCTGGTTAACCGGAT
GAGAGATTCTCCGGCGACCATTTTTCACCATCCCCGGAGAAACCATTCTCACCGGAAGCC
GCCTCTCCGACCTGACCAAAGGAGACGGTTCGGTTCCGTTGACTTCAGAACAACGGCCAA
GGACGTCGTCAGGAGAAGAGGAGAGTCTTTTGATTCGTTTTCGAACATCAAGAACCGGAG
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TGTTTCTCCGGCACCGAGTTCGCTCCCTCTGCCGTCGTTCTCGAGGAGGGATGCGGAGAG
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GCTTGAGTTTTGAGTTAACGCGGGAAAATTAATGGGATCGTCAGCTATATAACGGTTCTC
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AAATGGAATTAAAAGAGAATTATTCTTCG

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DS 



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TCTATATATGGTTTTAAAGATAGATATCTTCACTTATATATAAATATGATCAGACGGTTC
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TGATATATAATTTTCTTCTCAGCACTCTGTCCC*ATTGTACTTCAAAGCTCCAGCACTGA
TTACCATACACACATTATTAAGCTAGCTTAGCTTGCTTGTTGCTCTCCAGCATTAGACCA
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CTTATGTCTGGATTATTAGCCTTGATCCTCTGAATTTCCTCTTTTATAAATTGATTGTAG
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GTTTGTGTAGCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA85JQ U 1
AF RR1G744JQ U 1
AF RR1G744TF C 39
AF RR1G334JQ U 50
AF RR1GA85TF C 146
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RD RR1GA85JQ 763 0 0
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TGATATATAATTTTCTTCTCAGCACTCTGTCCC*ATTGTACTTCAAAGCTCCAGCACTGA
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GGCGTTGCATAGGGTGTTGCCTGGAAATTAGGGCGTGAAAGCGACTGAAGAGCAGCTGCC
ATGTTTACAGACCACAGATTGGTGCAGTGGCCGCATCGGACGGTCACGATGTCGAACAGA
CTGCTGCCTGGGACACTTACCGCAAGAACTATGTTGCAGAAGTTACAAGGAATATAGCAA
AGTTGCTCAGCCGCCGTCGCGGAGTTAGACATGATCGATAGAAGGA*CCAGACTGCGCAA
GTTTG
CGTC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1G744TF 752 0 0
ATCAGCTTATTAATAAAATTTATCTATATATGGTTT*AAAGATAGATATCTTCACTTATA
TATAAATATGATCAGACGGTTCCCCGAGATCATATAAATATAC*TAGTGAGTAATATACT
TCACAATGATATAAATAACATTTGATATATAATTTTCTTCTCAGCACTCTGTCCCCATTG
TACTTCAAAGCTCCAGCACTGATTACCATACACACATTATTAAGCTAGCTTAGCTTGCTT
GTTGCTCTCCAGCATTAGACCAAAGTGAATATGAGGAAAGTGTGCCCAATTCTTGGCGGC
GGTGCTGAATGCTTCCCTGTGGCTTATGTCTGGATTATTAGCCTTGATCCTCTGAATTTC
CTCTTTTATAAATTGATTGTAGGCTGAAGGTACTCGCTGCCTCTTTTCGGGAGGACGGTT
TACAACTCTTTGCTCAGAAATAGTACGAGCTGAAATTCTGGAAGAAATTTTGGTGTGGCC
TCTTGAGGAAGATCCATACTCTGGCGTTGCATAGGGTGTTGCCTGGAAATTAGGGCGTGA
AAGCGACTGAAGAGCAGCTGCCATGTTTACAGACCACAGATTGGTGCAGTGGCCGCATCG
GACGGTCACGATGTCGAACAGACTGCTGCCTGGGACACTTACCGCAAGAACTATGTTGCA
GAAGTTACAAGGAATATAGCAAAGTTGCTCAGCCGCCGTCGCGGAGTTAGACATGATCGA
TAGAAGGAACCAGACTGCGCAAGTTTG
CGTCC

QA 1 747 1 747
DS 

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AATAAAATTTATCTATATATGGTTTTAAAGATAGATATCTTCACTTATATATAAATATGA
TCAGACGGTTCCCCGAGATCATATAAATATACCTAGTGAGTAATATACTTCACAATGATA
TAAATAACATTTGATATATAATTTTCTTCTCAGCACTCTGTCCC*ATTGTACTTCAAAGC
TCCAGCACTGATTACCATACACACATTATTAAGCTAGCTTAGCTTGCTTGTTGCTCTCCA
GCATTAGACCAAAGTGAATATGAGGAAAGTGTGCCCAATTCTTGGCGGCGGTGCTGAATG
CTTCCCTGTGGCTTATGTCTGGATTATTAGCCTTGATCCTCTGAATTTCCTCTTTTATAA
ATTGATTGTAGGCTGAAGGTACTCGCTGCCTCTTTTCGGGAGGACGGTTTACAACTCTTT
GCTCAGAAATAGTACGAGCTGAAATTCTGGAAGAAATTTTGGTGTGGCCTCTTGAGGAAG
ATCCATACTCTGGCGTTGCATAGGGTGTTGCCTGGAAATTAGGGCGTGAAAGCGACTGAA
GAGCAGCTGCCATGTTTACAGACCACAGATTGGTGCAGTGGCCGCATCGGACGGTCACGA
TGTCGAACAGACTGCTGCCTGGGACACTTACCGCAAGAACTATGTTGCAGAAGTTACAAG
GAATATAGCAAAGTTGCTCAGCCGCCGTCGCGGAGTTAGACGTGATCGATAGAAGGAACC
AGACTGCGCAAGTTTGTGTAGCC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1GA85TF 645 0 0
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TCTGTCCC*ATTGTACTTCAAAGCTCCAGCACTGATTACCATACACACATTATTAAGCTA
GCTTAGCTTGCTTGTTGCTCTCCAGCATTAGACCAAAGTGAATATGAGGAAAGTGTGCCC
AATTCTTGGCGGCGGTGCTGAATGCTTCCCTGTGGCTTATGTCTGGATTATTAGCCTTGA
TCCTCTGAATTTCCTCTTTTATAAATTGATTGTAGGCTGAAGGTACTCGCTGCCTCTTTT
CGGGAGGACGGTTTACAACTCTTTGCTCAGAAATAGTACGAGCTGAAATTCTGGAAGAAA
TTTTGGTGTGGCCTCTTGAGGAAGATCCATACTCTGGCGTTGCATAGGGTGTTGCCTGGA
AATTAGGGCGTGAAAGCGACTGAAGAGCAGCTGCCATGTTTACAGACCACAGATTGGTGC
AGTGGCCGCATCGGACGGTCACGATGTCGAACAGACTGCTGCCTGGGACACTTACCGCAA
GAACTATGTTGCAGAAGTTACAAGGAATATAGCAAAGTTGCTCAGCCGCCGTCGCGGAGT
TAGACATGATCGATAGAAGGAACCAGACTGCGCAAGTTTG
CGTCC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 5

CO CL2130Contig1 1170 5 12 U
CTTGGAGAGTCCTGAGAACTTTGAGACTCTGGCCGTCGTTTTCAACAGGTCAAGTAGGTT
TGCGAGGCTACAGAGTGTTATGTGCACGCTCGCTGGGAAGAATGCTTATGTGAGGTTCAG
TTGTAGTACTGGTGATGCTATGGGGATGAATATGGTATCCAAAGGTGTGCAGAATGTTCT
CGAGTTTCTTACTGAGGATTTTCCTGACATGGATGTGATTGGAATCTCTGGTAACTTTTG
TTCGGACAAGAAGCCTGCTGCTGTGAACTGGATCGAGGGACGTGGCAAATCAGTTGTTTG
CGAGGCAGTAATCAGAGGAGAGACCGTGAACAAGGTGTTGAAAACGAGCGTGGCTGCTTT
GGTGGAGCTCAATATGCTCAAGAACCTTACGGGCTCTGCTATTGCAGGCTCTCTTGGTGG
ATTCAACGCTCACGCCAGCAACATTGTCTCTGCTGTGTTCTTAGCAACTGGTCAAGATCC
AGCTCAAAACGTTGAGAGCTCTCAGTGTATCACAATGATGGAAGCCATTAATGACGGGAA
AGATATCCATATCTCGGTCACTATGCCATCTATTGAGGTGGGGACAGTGGGAGGAGGAAC
ACAGCTTGCGTCACAATCAGCGTGTTTGAACTTGCTCGGAGTTAAAGGAGCAAGCAAGGA
GTCGCCGGGGATGAACTCAA*GGAGGCTAGCGACGATAGTGGCAG*AGCAGTTTTGGCAG
GAGAGTTATCACTTATGTCAGCAATAGCAGCTGGACAACTTGTGAGGAGTCACATGAAAT
ACAATAGATCCAGCAGAGACATCTCTGGAGCGACGACAACAACATGATTTGAATCATCAT
CATTTCTGTTTGGCCCAAAACTCGAAGGAGGACAAAAATGTAAAGAAGGCAGGCTTTTTA
CAACTCATATTCACTCATAACTGTGTGGTGGACAACACACTTAGCCATGTGCGTGCCTTT
GCCTTCTTTTGTTCAATAAAAACTTAAAATTGTTTTTGTTTGTTTTGTTTTTTTGTTTGA
CTTGTAAACTCTTTTTTTAATGTGGGGATTAAGAGTGAGAGAGGGAGAGATTTGTGATTG
TCATTGTCTCCTTCTTTCCTCTATCTCTCTCACTCATGGATAATTCATGTTCTCTTTGAT
TTGTCTAAGCTTTGTCTTCTGTTTGTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW27TF U 23
AF RR1AB09TF U 1
AF RR1FA71TF U 56
AF RR1FA71JQ C 566
AF RR1CP10TF U 900
BS 1 520 RR1AB09TF
BS 521 521 RR1FW27TF
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BS 645 645 RR1FW27TF
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BS 682 783 RR1AB09TF
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BS 785 802 RR1AB09TF
BS 803 826 RR1FA71TF
BS 827 900 RR1FA71JQ
BS 901 1170 RR1CP10TF

RD RR1FW27TF 632 0 0
GAGACTCTGGCCGTCGTTTTCAACAGGTCAAGTAGGTTTGCGAGGCTACAGAGTGTTATG
TGCACGCTCGCTGGGAAGAATGCTTATGTGAGGTTCAGTTGTAGTACTGGTGATGCTATG
GGGATGAATATGGTATCCAAAGGTGTGCAGAATGTTCTCGAGTTTCTTACTGAGGATTTT
CCTGACATGGATGTGATTGGAATCTCTGGTAACTTTTGTTCGGACAAGAAGCCTGCTGCT
GTGAACTGGATCGAGGGACGTGGCAAATCAGTTGTTTGCGAGGCAGTAATCAGAGGAGAG
ACCGTGAACAAGGTGTTGAAAACGAGCGTGGCTGCTTTGGTGGAGCTCAATATGCTCAAG
AACCTTACGGGCTCTGCTATTGCAGGCTCTCTTGGTGGATTCAACGCTCACGCCAGCAAC
ATTGTCTCTGCTGTGTTCTTAGCAACTGGTTAAGATCCAGCTCAAAACGTTGAGAGCTCT
CAGTGTATCACAATGATGGAAGCCATTAACGACGGGAAAGATATCCATATCTCGGTCACT
ATGCCATCTATTGAGGTGGGGACAGTGGGAGGAGGAACACAGCTTGCGTCACAATCAGCG
TGTTTGAACTTGCTCGGAGTTAAAGGAGCAAG

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1AB09TF 803 0 0
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TGCGAGGCTACAGAGTGTTATGTGCACGCTCGCTGGGAAGAATGCTTATGTGAGGTTCAG
TTGTAGTACTGGTGATGCTATGGGGATGAATATGGTATCCAAAGGTGTGCAGAATGTTCT
CGAGTTTCTTACTGAGGATTTTCCTGACATGGATGTGATTGGAATCTCTGGTAACTTTTG
TTCGGACAAGAAGCCTGCTGCTGTGAACTGGATCGAGGGACGTGGCAAATCAGTTGTTTG
CGAGGCAGTAATCAGAGGAGAGACCGTGAACAAGGTGTTGAAAACGAGCGTGGCTGCTTT
GGTGGAGCTCAATATGCTCAAGAACCTTACGGGCTCTGCTATTGCAGGCTCTCTTGGTGG
ATTCAACGCTCACGCCAGCAACATTGTCTCTGCTGTGTTCTTAGCAACTGGTCAAGATCC
AGCTCAAAACGTTGAGAGCTCTCAGTGTATCACAATGATGTAAGCCATTAATGACGGGAA
AGATATCCATATCTCGGTCACTATGCCATCTATTGAGGTGGGGACAGTGGGAGGAGGAAC
ACAGCTTGCGTCACAATCAGCGTGTTTGAACTTGCTCGGAGTTAGAGGAGCAAGCAAGGA
GTCGCCGGGGATGAACTCAAAGGAGGCTAGCGACGATAGTGGCAG*AGCAGTTTTGGCAG
GAGAGTTATCACTTATGTCAGCAATAGCAGCTGGACAACTTGTGAGGAGTCACATGAAAT
ACA*TAGATCCAGCAGAGACAT
C

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1FA71TF 771 0 0
G
GGTTTGCGAGTCTACAGAGTGTTATGTGCACGCTCGCTGGGAAGAATGCTTATGTGAGGT
TCAGTTGTAGTACTGGTGATGCTATGGGGATGAATATGGTATCCAAAGGTGTGCAGAATG
TTCTCGAGTTTCTTACTGAGGATTTTCCTGACATGGATGTGATTGGAATCTCTGGTAACT
TTTGTTCGGACAGGAAGCCTGCTGCTGTGAACTGGATCGAGGGACGTGGCAAATCAGTTG
TTTGCGAGGCAGTAATCAGAGGAGAGACCGTGAACAAGGTGTTGAAAACGAGCGTGGCTG
CTTTGGTGGAGCTCAAT*TGCTCAAGAACCTTACGGGCTCTGCTATTGCAGGCTCTCTTG
GTGGATTCAACGCTCACGCCAGCAACATTGTCTCTGCTGTGTTCTTAGCAACTGGTCAAG
ATCCAGCTCAAAACGTTGAGAGCTCTCAGTGTATCACAATGATGGAAGCCATTAATGACG
GGAAAGATATCCATATCTCGGTCACTATGCCATCTATTGAGGTGGGGACAGTGGGAGGAG
GAACACAGCTTGCGTCACAATCAGCGTGTTTGAACTTGCTCGGAGTTAAAGGAGCAAGCA
AGGAGTCGCCGGGGATGAACTCAA*GGAGGCTAGCGACGATAGTGGCAG*AGCAGTTTTG
GCAGGAGAGTTATCACTTATGTCAGCAATAGCAGCTGGACAACTTGTGAGGAGTCACATG
AAATACAATAGATCCAGCAGAGACATCTCTGGAGCGACGACAACAACATG

QA 2 771 2 771
DS 

RD RR1FA71JQ 571 0 0
CCATCTATTGAGGTGGGGACAGTGGGAGGAGGAACACAGCTTGCGTCACAATCAGCGTGT
TTGAACTTGCTCGGAGTTAAAGGAGCAAGCAAGGAGTCGCCGGGGATGAACTCAA*GGAG
GCTAGCGACGATAGTGGCAGGAGCAGTTTTGGCAGGAGAGTTATCACTTATGTCAGCAAT
AGCAGCTGGACAACTTGTGAGGAGTCACATGAAATACAATAGATCCAGCAGAGACATTTT
TGGAGGGACGACAACAACATGATTTGAATCATCATCATTTCTGTTTGGCCCAAAACTCGA
AGGAGGACAAAAATGTAAAGAAGGCAGGCTTTTTACAACTCATATTCACTCATAACTGTG
TGGTGGACAACACACTTAGCCATGTGCGTGCCTTTGCCTTTTTTTGTTCAATAAAAACTT
AAAATTGTTTTTGTTTGTTTTGTTTTTTTGTTTGACTTGTAAACTTTTTTTTTAATGTGG
GGATTAAGAGTGAGAGAGGGAGAGATTTGTGATTGTCATTGTCTCCTTCTTTCCTCTATC
TCTCTCACTCATGGATAATTCATGTTTTCTT

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1CP10TF 271 0 0
G
CAACTCATATTCACTCATAACTGTGTGGTGGACAACACACTTAGCCATGTGCGTGCCTTT
GCCTTCTTTTGTTCAATAAAAACTTAAAATTGTTTTTGTTTGTTTTGTTTTTTTGTTTGA
CTTGTAAACTCTTTTTTTAATGTGGGGATTAAGAGTGAGAGAGGGAGAGATTTGTGATTG
TCATTGTCTCCTTCTTTCCTCTATCTCTCTCACTCATGGATAATTCATGTTCTCTTTGAT
TTGTCTAAGCTTTGTCTTCTGTTTGTTAGC

QA 2 271 2 271
DS 



AS 1 4

CO CL2131Contig1 1074 4 13 U
GGGTGTGTGATATGGGAAACGTGAACGCGAGAGAAGAAGAAGCGAATAGTAACCACCACC
AGAACGACGACAACGCTGCAACTGAGATTAGCTCTCACCATCATCAAGCTTCCGACTTTG
CAGCACCTATGGGTGGTCATCAATCTCCTCCTCACAGCCCTCGCGCCACTCAGTCTCCTC
TCATGTTCGCTCCTCAGGTACCGGTGATTCCTCTGCAAAGACCAGACGAAATCCACATCC
CGAACCCTTCGTGGATGCAGCAATCGCCTCCTTACGAAGAGGCTCCAAACGAGCAAGGGA
TCCCCACTATGATCACTTGGTGCCACGGCGGCAAAGACATCTCTGTTGAAGGATCTTGGG
ATAATTGGAAGTCAAGAAGTCGGCTGCAGAGATCTGGTAAAGACTTTACTATAATGAAAG
TACTTCCTTCAGGTGTCTATGAGTACAGGTTCATCGTCGATGGTCAGTGGATGCACGCCC
CTGAGCTCCCTTTTGCTCGTGATGACGCTGGCAACACTTTCAACCTTTTGGACCTCCAGG
ACTATGTTCCTGAAGACATTCAAAGCATATCTGGATTCGAGCCTCCTCAACCTCCAGAGG
CTAGTTACAGCAGCTTGCTTCTGGGAGCTGAGGACTACTCCAAAGAACCGCCTCTCGTTC
CGCCTCACTTGCAGATGACTCTACTGAACCTGCCGCCAGGCAACAACCCTGACGGTCCCT
CGCCGCCTCTGCCGAGACCTCAGCATGTTATTCTCAATCATCTCTACATGCAGAAAGGCA
AGAGCGGTCCTTCTGTGGTTGCCCTTGGTTCCACTAACCGCTTTTTGGCCAAGTATGTAA
CTGTGGTGCTCTACAAGTCCCTCCAGAGGTGATAGCAAGTTCATCTGAATTTTACATGCG
CTTATCTTAAGTTTGGTGTTTTAACTCATGGAGAATGAATGGGTAATCGCTAGCAAAGTT
ATTATTGTCAGGCCGACAAATCTCTCTTTTTTTTTGGGTTTTGGTTTGTTTGGCTTTCAA
GTTTTCACAACAGTTGTCTCGCACCTGCTAGTCTTATATTATTGTTTGGCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ14TF U 87
AF RR1A167TF U 1
AF RR1AJ45TF U 19
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CCTCCTTACGAAGAGGCTCCAAACGAGCAAGGGATCTCCACTATGATCACTTGGTGCCAC
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AGGTTCATCGTCGATGGTCAGTGGATGCACGCCCCTGAGCTCCCTTTTGCTCGTGATGAC
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ATATCTGGATTCGAGCCTCCTCAATCTCCAGAGGCTAGTTACAGCAGCTTGCTTCTGGGA
GCTGAGGACTACTCCAAAGAACCGCCTCTCGTTCCGCCTCACTTGCAGATGACTCTTCTG
AACCTGCCCCCAGGCAACAACCCT

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CGAACCCTTCGTGGATGCAGCAATCGCCTCCTTACGAAGAGGCTCCAAACGAGCAAGGGA
TCCCCACTATGATCACTTGGTGCCACGGCGGCAAAGACATCTCTGTTGAAGGATCTTGGG
ATAATTGGAAGTCAAGAAGTCGGCTGCAGAGATCTGGTAAAGACTTTACTATAATGAAAG
TGCTTCCTTCAGGTGTCTATGAGTACAGGTTCATCGTCGATGGTCAGTGGATGCACGCCC
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CGCCTCACTTGCAGATGACTCTTCTGAACCTGCCCCCAGGCAACAACCCTGACGGTCCCT
CGCCGCCGCTGCCGAGACCTCAGCATGTTATTCTCAATCATCTCTACATGCAG

QA 1 773 1 773
DS 

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GG
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CCGGTGATTCCTCTGCAAAGACCAGACGAAATCCACATCCCGAACCCTTCGCGGATGCAG
CAATCGCCTCCTTACGAAGAGGCTCCAAACGAGCAAGGGATCCCCACTATGATCACTTGG
TGCCACGGCGGCAAAGACATCTCTGTTGAAGGATCTTGGGATAATTGGAAGTCAAGAAGT
CGGCTGCAGAGATCTGGTAAAGACTTTACTATAATGAAAGTACTTCCTTCAGGTGTCTAT
GAGTACAGGTTCATCGTCGATGGTCAGTGGATGCACGCCCCTGAGCTCCCTTTTGCTCGT
GATGACGCTGGCAACACTTTCAACCTTTTGGACCTCCAGGACTATGTTCCTGAAGACATT
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CTGGGAGCTGAGGACTACTCCAAAGAACCGCCTCTCGTTCCGCCTCACTTGCAGATGACT
CTACTGAACCTGCCGCCAGGCAACAACCCTGACGGTCCCTCGCCGCCTCTGCCGAGACCT
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GCCCTTGGTTCCACTAACCGCTTTTTGGCCAAGTATGTAACTGTGGTGCTCTACAAGTCC
CTCCAGAGGTGATAGCAAGTTCATCTGAATTTTACATGCG

QA 3 882 3 882
DS 

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ATTGGAAGTCAAGAAGTCGGCTGCAGAGATCTGGTAAAGACTTTACTATAATGAAAGTAC
TTCCTTCAGGTGTCTATGAGTACAGGTTCATCGTCGATGGTCAGTGGATGCACGCCCCTG
AGCTCCCTTTTGCTCGTGATGACGCTGGCAACACTTTCAACCTTTTGGACCTCCAGGACT
ATGTTCCTGAAGACATTCAAAGCATATCTGGATTCGAGCCTCCTCAACCTCCAGAGGCTA
GTTACAGCAGCTTGCTTCTGGGAGCTGAGGACTACTCCAAAGAACCGCCTCTCGTTCCGC
CTCACTTGCAGATGACTTTACTGAACCTGCCGCCAGGCAACAACCCTGACGGTCCCTCGC
CGCCTCTGCCGAGACCTCAGCATGTTATTCTCAATCATCTCTACATGCAGAAAGGCAAGA
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TGGTGCTCTACAAGTCCCTCCAGAGGTGATAGCAAGTTCATCTGAATTTTACATGCGCTT
ATCTTAAGTTTGGTGTTTTAACTCATGGAGAATGAATGGGTAATCGCTAGCAAAGTTATT
ATTGTCAGGCCGACAAATCTCTCTTTTTTTTTGGGTTTTGGTTTGTTTGGCTTTCAAGTT
TTCACAACAGTTGTCTCGCACCTGCTAGTCTTATATTATTGTTTGGCTTTC

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 4

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GGGAAACACCACTTTCTCAGTCCTTTCTCCGCGACAGAAATGGCTGCTCAATCTTTTACT
TTGGCGAACCTAAAGATCGATTCTTTCTACAACCAGAAACTACCTTCTCCGTCACACTTC
TTCTCCACAAGAAATCCATTAAAATCCCCGAACCTGACGAATCCATGGATGCGCGGTGAT
TCTTCTCTCTCTCTCGATTCTCCCGCCTCCGTCTCCTCACGCAGAAAGATCCCAATCGCC
GTCGTTGCCAGCTTACCCACCGCGAATCCAGAATCTGCGGTTTCTGATGCGAAAAAGCCA
AAATGGTCATGGAGAGGAATCAAATCATTTGCAATGGGGGAGCTGGAAGCTAGGAAGCTC
AAGTATCCCAACACTGGTACTGAATCACTTCTCATGGGTATCTTGGTCGAAGGGACTAGT
TTTACTTCCAAGTTCTTGAGGGCTCATAAGATAACGCTTTACAAAGTCCGTGAAGAAACA
GCCAAGTTACTAGGTAAAGCTGATTTGTATTCCTTCAGCCCTGAACATCCTCCTTTAACC
CAAGATGCACAGAGAGCTCTTGACTCTGCTGTCAATCAGAATCTCAAAGCAGGTGGTATT
GGGGAAATAATGCCAGCCCATATATTGCTGGGAATCTGGTATGAAGTTGAATCTCCTGGT
CACAAGATACTGGCAACTCTTGGTTTCACTGATAAAAA*GCTAAAGAGTTAGAGTCCTTT
GCCTCTGAATCTGGATTTCTTGATGAATAGTGTGTCTTTGTTACATTTATCATCCTCCAT
TTATGCCATCTTAATTTTCATACAAAAGTCTCCAAATTTATGGTTGCAGTTTGCAATGAT
GTTACTTATCTGTTCATCCTACTGATTATTAATTTTCACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1CF38TF U 29
AF RR1GK48TF U 27
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TCTTCTCTCTCTCTCGATTCTCCCGCCTCCGTCTCCTCACGCAGAAAGATCCCAATCGCC
GTCGTTGCCAGCTTACCCACCGCGAATCCAGAATCTGCGGTTTCTGATGCGAAAAAGCCA
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TTTACTTCCAAGTTCTTGAGGGCTCATAAGATAACGCTTTACAAAGTCCGTGAAGAAACA
GTCAGGTTACTAGGTAAAGCTGATTTGTATTCCTTCAGCCCTGAACATCCTCCTTTAACC
CAAGATGCACAGAGAGCTCTTGACTCTGCTGTCAATCAGAATCTCAAAGCAGGTGGTATT
GGGGAAATAATGCCAGCCCATATATTGCTGGGAATCTGGTATGAAGTTGAATCTCCTGGT
CACAAGATACTGGCAACTCTTGGTTTCACTGATGAAAA*GCTAAAGAGTTAGAGTCCTTT
GCCTCTGA*TCTGGATTTCTTGATGA*TAGTGTGTCTTTGTTACATTTATCATCCTCC

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DS 

RD RR1CF38TF 698 0 0
GG
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AACCAGAAACTACCTTCTCCGTCACACTTCTTCTCCACAAGAAATCCATTAAAATCCCTG
AACCTGACGAATCCATGGATGGGCGGTGATTCTTCTCTCTTTCTCGATTCTCCCGCCTCC
GTCTCCTCACGCAGAAAGATCCAAATCTCCGTCGTTTCCAGCTTACCCACCGCGAATCCA
GAATCTGCTGTTTCTGATGAGAAAAAGCCAAAATGGTCATGGAGAGGAATCAAATCATTT
GCAATGGGGGAGCTGGAAGCTAGGAAGCTCAAGTATCCCAACACTGGTACTGAATCACTT
CTCATGGGTATCTTGGTTGAAGGGACTAGTTTTACTTCCAAGTTCTTGAGGGCGCATAAG
ATAACGCTTTACAAAGTCCGTGAAGAAACAGTCAAGTTACTAGGTAAAGCTGATTTGTAT
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GGAATCTGGTATGAAGTTGAATCTCCTGGTCACAAGATACTGGCAACTCTTGGTTTCACT
GATGAAAA*GCTAAAGAGTTAGAGTCCTTTGCCTCT

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR1GK48TF 708 0 0
GGCC
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AACCAGAAACTACCTTCTCCGTCACACTTCTTCTCCACAAGAAATCCATTAAAATCCCCG
AACCTGACGAATCCATGGATGCGCGGTGATTCTTCTCTCT**CTCGATTCTCCCGCCTCC
GTCTCCTCACGCAGAAAGATCCCAATCGCCGTCGTTGCCAGCTTACCCACCGCGAATCCA
GAATCTGCGGTTTCTGATGCGAAAAAGCCAAAATGGTCATGGAGAGGAATCAAATCATTT
GCAATGGGGGAGCTGGAAGCTAGGAAGCTCAAGTATCCCAACACTGGTACTGAATCACTT
CTCATGGGTATCTTGGTCGAAGGGACTAGTTTTACTTCCAAGTTCTTGAGGGCTCATAAG
ATAACGCTTTACAAAGTCCGTGAAGAAACAGCCAAGTTACTAGGTAAAGCTGATTTGTAT
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GATAAAAA*GCTAAAGAGTTAGAGTCCTTTGCCTCTGA
ATCTGG

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DS 

RD RR1GK48JQ 699 0 0
TCT
TCTCTCTCTCGATTCTCCCGCCTCCGTCTCCTCACGCAGAAAGATCCCAATCGCCGTCGT
TGCCAGCTTACCCACCGCGAATCCAGAATCTGCGGTTTCTGATGCGAAAAAGCCAAAATG
GTCATGGAGAGGAATCAAATCATTTGCAATGGGGGAGCTGGAAGCTAGGAAGCTCAAGTA
TCCCAACACTGGTACTGAATCACTTCTCATGGGTATCTTGGTCGAAGGGACTAGTTTTAC
TTCCAAGTTCTTGAGGGCTCATAAGATAACGCTTTACAAAGTCCGTGAAGAAACAGCCAA
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TGCACAGAGAGCTCTTGACTCTGCTGTCAATCAGAATCTCAAAGCAGGTGGTATTGGGGA
AATAATGCCAGCCCATATATTGCTGGGAATCTGGTATGAAGTTGAATCTCCTGGTCACAA
GATACTGGCAACTCTTGGTTTCACTGATAAAAAAGCTAAAGAGTTAGAGTCCTTTGCCTC
TGAATCTGGATTTCTTGATGAATAGTGTGTCTTTGTTACATTTATCATCCTCCATTTATG
CCATCTTAATTTTCATACAAAAGTCTCCAAATTTATGGTTGCAGTTTGCAATGATGTTAC
TTATCTGTTCATCCTACTGATTATTAATTTTCACTT

QA 4 699 4 699
DS 



AS 1 5

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TCTCTAGAAACCTCCGCTTGATCTTGCCGGCTTATCGGCTCCGGTTGCTTCTTAGCGCCG
GGGCCGATCCATCCTTTTCTTTTGTTTTATTTTCCTTCTCTCTCGGATTGATCTTTCTAG
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TGGCTTTGATTGAATTGCATGTCGATTTTGAGCTTTCTTTGGTTCATACCAGGTCTCGAT
CTTCAACCCTCTCAGTCTCTTGAGCTTGGTTGTTCCTGGTTTTGAGTTGTTTCACTCCTT
GTCATTAACCTCAAGATCCGATCGAGATTTTCTCTTCCGTTTGGCTTCGATGGGCGTTTC
TATTCTTCTGCACCATCCTTTTCCTGTTGATGACTTATGAACAAGACGTGTTCTGTCTCC
TGGAGTTTGAAGCTTTGGTCTATCAATTGCATGTGCTATTTATTATAGGAGGAATCGCAA
ACCAGAGGTTTATCCAAGAATGGCTACCTCGCTTTGCCTTGTTTAAGAAGCTCTGCTAAT
CATCATGTTTTATTGTTCACTTTTGGTGAATGTTTATTTTGATCTGTATACTCACTTCTT
CTAGTTTGATTAGGTGTTGTTCTTGTGGTTTCCCTTGTCTGGGCTTTAGTTTCTGGAAAA
CCTTAGGTTTGTCCAGCTTTCTTTCCAGAGTCACTGATGTGTGCTGCTGGCTTTGTATCT
CACCAATGTATCTCCTTGTTCTCCATGTTTGAATGAATGCAGTGTTTAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A160TF U 10
AF RR1B407TF U 1
AF RR1B407JQ C 1
AF RR1A160JQ C 181
AF RR1DD54TF U 177
BS 1 11 RR1B407TF
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RD RR1A160TF 696 0 0
GG
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CTCCGCTTGATCTTGCCGGCTTATCGGCTCCGGTTGCTTCTTAGCGCCGGGGCCGATCCA
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TCAGTCTCTTGAGCTTGGTTGTTCCTGGTTTTGAGTTGTTTCACTCCTTGTCATTAACCT
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ACCATCCTTTTCCTGTTGATGACTTATGAACAAGACGTGTTCTGTCTCCTGGAGTTTGAA
GCTTTGGTCTATCAATTGCATGTGCTATTTATTATAGGAGGAATCGCAAACCAGAGGTTT
ATCCAAGAATGGCTACCTCGCTTTGCCTTGTTTAAGAAGCTCTGCTAATCATCATGTTTT
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AGGTGTTGTTCTTGTGGTTTCCCTTGTCTGGGCT

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR1B407TF 722 0 0
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CTTCAACCCTCTCAGTCTCTTGAGCTTGGTTGTTCCTGGTTTTGAGTTGTTTCACTCCTT
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TATTCTTCTGCACCATCCTTTTCCTGTTGATGACTTATGAACAAGACGTGTTCTGTCTCC
TGGAGTTTGAAGCTTTGGTCTATCAATTGCATGTGCTATTTATTATAGGAGGAATCGCAA
ACCAGAGGTTTATCCAAGAATGGCTACCTCGCTTTGCCTTGTTTAAGAAGCTCTGCTAAT
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CTAGTTTGATTAGGTGTTGTTCTTGTGGTTTCCCTTGTCTGGGCTTTAGTTTCTGGAAAA
CC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1B407JQ 830 0 0
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TCTCTAGAAACCTCCGCTTGATCTTGCCGGCTTATCGGCTCCGGTTGCTTCTTAGCGCCG
GGGCCGATCCATCCTTTTCTTTTGTTTTATTTTCCTTCTCTCTCGGATTGATCTTTCTAG
TTTGAAGTGAGTTGGATACTTGTATCCGTCAGATTTGGTTCTATCTAAGAACCTTGCATG
TGGCTTTGATTGAATTGCATGTCGATTTTGAGCTTTCTTTGGTTCATACCAGGTCTCGAT
CTTCAACCCTCTCAGTCTCTTGAGCTTGGTTGTTCCTGGTTTTGAGTTGTTTCACTCCTT
GTCATTAACCTCAAGATCCGATCGAGATTTTCTCTTCCGTTTGTCTTCGATGGGCGTTTC
TATTCTTCTGCACCATCCTTTTCCTGTTGATGACTTATGAACAAGACGTGTTCTGTCTCC
TGGAGTTTGAAGCTTTGGTCTATCAATTGCATGTGCTATTTATTATAGGAGGAATCGCAA
ACCAGAGGTTTATCCAAGAATGGCTACCTCGCTTTGCCTTGTTTAAGAAGCTCTGCTAAT
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CTAGTTTGATTAGGTGTTGTTCTTGTGGTTTCCCTTGTCTGGGCTTTAGTTTCTGGAAAA
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CACCAATGTATCTCCTTGTTCTCCATGTTTGAATGAATGCAGTGTTTAAG

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DS 

RD RR1A160JQ 647 0 0
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TTTCAACCCTTTCAGTCTCTTGAGCTTGGTTGTTCCTGGTTTTGAGTTGTTTCACTCCTT
GTCATTAACCTCAAGATCCGATCGAGATTTTTTTTTCCGTTTGGCTTCGATGGGCGTTTT
TATTTTTTTGCACCATCCTTTTCCTGTTGATGACTTATGAACAAGACGTGTTCTGTTTCC
TGGAGTTTGAAGCTTTGGTCTATCAATTGCATGTGCTATTTATTATAGGAGGAATCGCAA
ACCAGAGGTTTATCCAAGAATGGCTACCTCGCTTTGCCTTGTTTAAGAAGCTTTGCTAAT
CATCATGTTTTATTGTTCACTTTTGGTGAATGTTTATTTTGATCTGTATACTCACTTCTT
CTAGTTTGATTAGGTGTTGTTCTTGTGGTTTCCCTTGTCTGGGCTTTAGTTTCTGGAAAA
CCTTAGGTTTGTCCAGCTTTCTTTCCAGAGTCACTGATGTGTGCTGCTGGCTTTGTATCT
CACCAATGTATCTCCTTGTTCTCCATGTTTGAATGAATGCAGTG
TTT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1DD54TF 648 0 0
GG
AGTTTGAAGTGAGTTGGATACTTGTATCCGTCAGATTTGGTTCTATCTAAGAACCTTGCA
TGTGGCTTTGATTGAATTGCATGTCGATTTTGAGCTTTCTTTGGTTCATACCAGGTCTCG
ATCTTCAACCCTCTCAGTCTCTTGAGCTTGGTTGTTCCTGGTTTTGAGTTGTTTCACTCC
TTGTCATTAACCTCAAGATCCGATCGAGATCTTCTCTTCCGTTTGGCTTCGATGGGCGTT
TCTATTCTTCTGCACCATCCTTTTCCTGTTGATGACTTATGAACAAGACGTGTTCTGTCT
CCTGGAGTTTGAAGCTTTGGTCTATCAATTGCATGTGCTATTTATTATAGGAGGAATCGC
AAACCAGAGGTTTATCCAAGAATGGCTACCTCGCTTTGCCTTGTTTAAGAAGCTCTGCTA
ATCATCATGTTTTATTGTTCACTTTTGGTGAATGTTTATTTTGATCTGTATACTCACTTC
TTCTAGTTTGATTAGGTGTTGTTCTTGTGGTTTCCCTTGTCTGGGCTTTAGTTTCTGGAA
AACCTTAG*TTTGTCCAGCTTTCTTTCCAGAGTCACTGATGCGTGCTGCTGGCTTTGTAT
CTCACCAATGTATCTCCTTGTTCTCCATGTTTGAATGAATGCAGTG

QA 3 648 3 648
DS 



AS 1 5

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ATTCGCGTTCGCGAACCGTAGATCCAGGAGGTGAAATCTGGAAACGTCTGAGGAACTTTG
AAGCCAAATCGAGAATTTGATTGAGCTATGAATCCTAGAAGGGAGCCTCGTGGTGGAAGA
AGTTCTCTCTTTGATGGAATCGAAGAGGGAGGAATCAGAGCTGCTTCTTCTTACTCTCAT
GAAATCAATGAGCATGAGAATGAGCGTGCCTTGGAAGGATTACAAGACAGAGTCGTTCTC
TTAAAACGACTTTCTGGCGATATTAACGAAGAGGTGGATACTCATAACCGCATGCTTGAC
AGAATGGGTAATGATATGGATTCATCAAGGGGAATTCTCTCAGGAACCATGGACCGGTTT
AAAACTGTTTTTGAGACCAAATCAAGCAGAAGAATGCTGACACTCGTCGCAGCATTCGTG
GGTTTATTTCTAGTCATTTACTATCTTACCCGTTGAAATTGGCAAAACCAGAGTACTCTG
AAACAATCCATCCATATCATATTTTCATGCTCTCTGTTGGCTCCTTCAATCTCTGTCAGT
GTAATGAATGAATGTGATATGCACCTAGTGTTACAGCGTGATCAAGTGCTTAAGATATAA
GTGACAGAAATTCACAATAGCTTATAAAAGTTTTATGCGATGGATTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR1B333JQ C 1
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AF RR1B333TF U 1
AF RR1CS19JQ C 79
AF RR1CS19TF U 79
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TCAAGGGGAATTCTCTCAGGAACCATGGACCGGTTTAAAACTGTTTTTGAGACCAAATCA
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ACTATCTTACCCGTTGAAATTGGCAAAACCAGAGTACTCTGAAACAATCCATCCATATCA
TATTTTCATGCTCTCTGTTGGCTCCTTCAATCTCTGTCAGTGTAATGAATGAATGTGATA
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GCTTATAAAAGTTTTATGCGATGG
ATTTT

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DS 



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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EI81TF U 1
AF RR1C452TF U 4
AF RR1AT19JQ C 526
AF RR1AT19TF U 526
AF RR1EI81JQ C 538
BS 1 22 RR1EI81TF
BS 23 23 RR1C452TF
BS 24 420 RR1EI81TF
BS 421 421 RR1C452TF
BS 422 650 RR1EI81TF
BS 651 651 RR1C452TF
BS 652 679 RR1EI81TF
BS 680 739 RR1C452TF
BS 740 740 RR1AT19TF
BS 741 749 RR1C452TF
BS 750 750 RR1AT19TF
BS 751 758 RR1C452TF
BS 759 759 RR1AT19TF
BS 760 768 RR1C452TF
BS 769 1236 RR1AT19TF
BS 1237 1258 RR1EI81JQ

RD RR1EI81TF 679 0 0
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AACGGCCACGATGGAACCGCTTGGTGGTAACAAAGGACAAGGATTCAACGATGTTGGTTT
TGAAGGTGTGAAGAAAATAACTGTGGGAGCCGATGATGTAAACATAACTTATATCAAGAT
CGAATACGTAAAGAACGGAAAAGTCGACATCCGTGAGCATGGAGCGGCTCGTGGCGAACT
AAAAGAGTTTTCAGTGGATTATCCGAAAGATAGTATCACTGCCGTTGGTGGAACATACAA
GCATATTTACTCTTATGATACAACGCTTATCACATCGCTGTACTTCACAACCTCTAAAGG
ATTTACCTCTCCTTTATTCGGTGAGATGAAGGGAACCGAATTCGAGTTCAAAGGTGAAAA
TGGAGAAAAGCTTATTGGATTCCATGGACGTAGCAGTAATGCTATCGATGCCATCGGAGC
TTATTTCGGCTCTAACTCCGGAGGTGATGACTCAAACAGTGGAAGCGGATCTAGTACTCA
AAAACTTGACGCTCAAGGTGGCAACGGAGGCAATGAATGGGATGATGGAGGTGATCACGA
CGGTGTGACAAAGATACATATCGCAGTTGGTAGAGGTATTGAGCAAATCACGTTTGATTA
TCTCAAGAATGGACAGACA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1C452TF 765 0 0
GG
GCGATTCACTCTTCTCCCCCATCATCTTTCAGTCAG***ATATCTGACGGATTTGAACGG
CTATGATGGAACCGCTTGGTGGTAACAAAGGACAAGGATTCAACGATGTTGGTTTTGAAG
GTGTGAAGAAAATAACTGTGGGAGCCGATGATGTAAACATAACTTATATCAAGATCGAAT
ACGTAAAGAACGGAAAAGTCGACATCCGTGAGCATGGAGCGGCTCGTGGCGAACTAAAAG
AGTTTTCAGTGGATTATCCGAAAGATAGTATCACTGCCGTTGGTGGAACATACAAGCATA
TTTACTCTTATGATACAACGCTTATCACATCGCTGTACTTCACAACCTCTAAAGGATTTA
CCTCTCCTTTATTCGGTGAGATGAAGGGAACCGAATTCGAGTTCAAAGGTGAAAACGGAG
AAAAGCTTATTGGATTCCATGGACGTAGCAGTAATGCTATCGATGCCATCGGAGCTTATT
TCGGCTCTAACTCCGGAGGTGATGACTCAAACAGTGGAAGCGGATCTAGTACTCAAAAAC
TTGACGCTCAAGGTGGCAACGGAGGCAATGAATGGGATGATGGAGGTGATCACGACGGTG
TGACAAAGATACATATCGCAGTTGGTAGAGGTATTGAGCAAATCAGGTTTGATTATCTCA
AGAACGGACAGACAAAGGAAGGACCCGCCCATGGTGTGAAGGGTGGCAGATCTTCCATTA
GAACGTTTGAGATA*GTCATCCCA*CGAGTATT*ACTTTCTGC

QA 3 765 3 765
DS 

RD RR1AT19JQ 711 0 0
G
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GGAGGAG**CACGACGGTGTGACAAAGATACATATCGCAGTTGGTAGAGGTATTGAGCAA
ATCAGGTTTGATTATCTCAAGAATGGACAGACAAAGGAAGGACCCGCCCATGGTGTGAAG
GGTGGCAGATCTTCCATTAGAACGTTTGAGATAAGTCATCCCAACGAGTATTTACTTTCT
GCGAAGGGTTGGTCTGATTCATCCAACAAGATTGTGGGAATTAAATTCATAACCAACACA
AAGACTTCAGAATGTTATGGATTTGAAAAAGTTCCTGGAGAAGAAGGTACAGATATTTCA
CTTGAAGTGAAAGACAAGAAGATCGTTGGTTTTCATGGCCTCGCTGACTCGCAACTCAAT
TCTCTTGGAGCTTATTTCGCTCCAATCACCAGCTGAAATCGTTGTTGGGTCCGTTTCTTG
ATTTCCCTATGAATAAGGTTACATCAGAGCCATACTTGTGTGGATTTCCGTATGGACTAA
ATACGTTTTATGTTTGTTTTTCTTAAATAATAATACGTTTTATGTTGTTTCTCAAAAAAA
AA**GACTATGTTTCACGTTTTCTTATGTTTGAGTGTGATTTTTGTGTTTGAGTGCGATG
TTTCTGTTGTCATTTGTGGATTTTCATAAAGTATGACTATGTTTATTTTT

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR1AT19TF 715 0 0
G
GGATCTAGTACTCAAAAACTTGACGCTCAAGGTGGCAACGGAGGCAATGAATGGGATGAT
GGAGGAG**CACGACGGTGTGACAAAGATACATATCGCAGTTGGTAGAGGTATTGAGCAA
ATCAGGTTTGATTATCTCAAGAATGGACAGACAAAGGAAGGACCCGCCCATGGTGTGAAG
GGTGGCAGATCTTCCATTAGAACGTTTGAGATAAGTCATCCCAACGAGTATTTACTTTCT
GCGAAGGGTTGGTCTGATTCATCCAACAAGATTGTGGGAATTAAATTCATAACCAACACA
AAGACTTCAGAATGTTATGGATTTGAAAAAGTTCCTGGAGAAGAAGGTACAGATATTTCA
CTTGAAGTGAAAGACAAGAAGATCGTTGGTTTTCATGGCCTCGCTGACTCGCAACTCAAT
TCTCTTGGAGCTTATTTCGCTCCAATCACCAGCTGAAATCGTTGTTGGGTCCGTTTCTTG
ATTTCCCTATGAATAAGGTTACATCAGAGCCATACTTGTGTGGATTTCCGTATGGACTAA
ATACGTTTTATGTTTGTTTTTCTTAAATAATAATACGTTTTATGTTGTTTCTCAAAAAAA
AA**GACTATGTTTCACGTTTTCTTATGTTTGAGTGTGATTTTTGTGTTTGAGTGCGATG
TTTCTGTTGTCATTTGTGGATTTTCATAAAGTATGACTATGTTTATTTTT
AAAA

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR1EI81JQ 721 0 0
TCAAAAACTTGACGCTCAAGGTGGCAACGGAGGCAATGAATGGGATGATGGAGGTGATCA
CGACGGTGTGACAAAGATACATATCGCAGTTGGTAGAGGTATTGAGCAAATCAGGTTTGA
TTATCTCAAGAATGGACAGACAAAGGAAGGACCCGCCCATGGTGTGAAGGGTGGCAGATC
TTCCATTAGAACGTTTGAGATAAGTCATCCCAACGAGTATTTACTTTCTGCGAAGGGTTG
GTCTGATTCATCCAACAAGATTGTGGGAATTAAATTCATAACCAACACAAAGACTTCAGA
ATGTTATGGATTTGAAAAAGTTCCTGGAGAAGAAGGTACAGATATTTCACTTGAAGTGAA
AGACAAGAAGATCGTTGGTTTTCATGGCCTCGCTGACTCGCAACTCAATTTTCTTGGAGC
TTATTTCGCTCCAATCACCAGCTGAAATCGTTGTTGGGTCCGTTTCTTGATTTCCCTATG
AATAAGGTTACATCAGAGCCATACTTGTGTGGATTTCCGTATGGACTAAATACGTTTTAT
GTTTGTTTTTCTTAAATAATAATACGTTTTATGTTGTTTCTCAAAAAAAAAAAGACTATG
TTTCACGTTTTCTTATGTTTGAGTGTGATTTTTGTGTTTGAGTGCGATGTTTCTGTTGTC
ATTTGTGGATTTTCATAAAGTATGACTATGTTTATTTTTATTTGGGTACGTTTCCAAAAA
A

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 4

CO CL2136Contig1 965 4 6 U
GGAGAACCGGGCTTGTTTCAGATCGCGACAAGCCCTAACGAGTGTAAACTTGTTGTTACC
CATCTGCCCCCAAAAATCGACGACGAACGTGATCTCAGCTATCGATTTCCAGACATCGAA
AAAATGGCTGTCTGCGCCAAACTCGGGAGTTTACAGAACAGAAATGTTCCAGTGACATCA
ATGCTCCGCTACATGTCCACAAAACTTTTCATTGGTGGCCTATCGCCAGGAACTGACGAC
CATTCCTTGAAGGATGCTTTCTCTACCTTCAATGGAGTGACAGAGGCAAGAGTCATGACA
AACAAAGTGACAGGAAGGTCAAGGGGTTATGGATTTGTCAATTTCACAAGTGAGGAGTCT
GCCAAGTCTGCTATTTCAGCTATGGATGGACAGGAGTTGAATGGGTGTAACATCCGTGTG
GATGCTGCAAAAGAATGGCCAAGCTTGCCGTTATCTTTGGTCGAAGGTACAGAAGATGAG
AAGAAAGGCAATAAGATGGTGAGCCGATCTGTATGGAAAGATCCGTTCGTTGACGCCTTC
TTGATGAAGAAGAAAAACGCAGCTCTGAACAGGAAAATATGGTCAAGGAGGTCGACGATT
CTGCCAGAGTATGTTGATTCGTCGGTGAGGATCTACAATGGCAAAACTCATGTGCGTTGT
AAGATCACAGAGGGGAAAGTTGGGCATAAGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGAAAAGTG
ACCAAGCATCCTAGAGCAAAGTAAGTTTAATGTTTTTGAGAATGAATTGGGTCAGCTTTG
AGAGGATTTGTTGGAGAAAGAAAAACAGAAACGAATCAATAAGAATTTCCAAGTAGGGAT
ATAACTTCATTTGAGCTTAGAAGTGTTTTTTTTGTATCAGCCTCCAAGGTCATGTTTTCA
ATTTTTATAATGATTGGAAGTTTGGGACATTAGATCATTTTTCACTTTGATAAATGGTTA
TTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1CW14TF U 75
AF RR1BB77TF U 1
AF RR1GY19JQ C 208
AF RR1BB77JQ C 69
BS 1 761 RR1BB77TF
BS 762 762 RR1BB77JQ
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BS 771 804 RR1BB77TF
BS 805 965 RR1BB77JQ

RD RR1CW14TF 689 0 0
GGCG
GACGACGAACGTGATCTTAGCTATCGATTTCCAGACATCGAAAAAATGGCTGTCTGCGCC
AAACTCGGGAGTTTACAGAACAGAAATGTTCCAGTGACATCAATGCTCCGCTACATGTCC
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TTCTCTACCTTCAATGGAGTGACAGAGGCAAGAGTCATGACAAACAAAGTGACAGGAAGG
TCAAGGGGTTATGGATTTGTCAATTTCACAAGTGAGGAGTCCGCCAAGTCTGCTATTTCA
GCTATGGATGGACAGGAGTTGAATGGGTGTAACATCCGTGTGGATGCTGCAAAAGAATGG
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TCGTCGGTGAGGATCTACAATGGCAAAACTCATGTGCGTTGTAAGATCACAGAGGGGAAA
GTTGGGCATAAGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGAAAAGTGACCAAGCATCCTAGAGCA
AAGTAAGTTTAATGTTTTTGAGA
TG

QA 5 687 5 687
DS 

RD RR1BB77TF 811 0 0
GGAGAACCGGGCTTGTTTCAGATCGCGACAAGCCCTAACGAGTGTAAACTTGTTGTTACC
CATCTGCCCCCAAAAATCGACGACGAACGTGATCTCAGCTATCGATTTCCAGACATCGAA
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ATGCTCCGCTACATGTCCACAAAACTTTTCATTGGTGGCCTATCGCCAGGAACTGACGAC
CATTCCTTGAAGGATGCTTTCTCTACCTTCAATGGAGTGACAGAGGCAAGAGTCATGACA
AACAAAGTGACAGGAAGGTCAAGGGGTTATGGATTTGTCAATTTCACAAGTGAGGAGTCT
GCCAAGTCTGCTATTTCAGCTATGGATGGACAGGAGTTGAATGGGTGTAACATCCGTGTG
GATGCTGCAAAAGAATGGCCAAGCTTGCCGTTATCTTTGGTCGAAGGTACAGAAGATGAG
AAGAAAGGCAATAAGATGGTGAGCCGATCTGTATGGAAAGATCCGTTCGTTGACGCCTTC
TTGATGAAGAAGAAAAACGCAGCTCTGAACAGGAAAATATGGTCAAGGAGGTCGACGATT
CTGCCAGAGTATGTTGATTCGTCGGTGAGGATCTACAATGGCAAAACTCATGTGCGTTGT
AAGATCACAGAGGGGAAAGTTGGGCATAAGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGAAAAGTG
ACCAAGCATCCTAGAGCAAAGTAAGTTTAATGTTTTTGAGA*TGAATTGCGTCAGCTTTG
AGAGGATTTGTTGGAGAAAGAAAA
CAGAAAC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1GY19JQ 702 0 0
TTCATTGGTGGCCTATCGCCAGGAACTGACGACCATTCCTTGAAGGATGCTTTCTCTACC
TTCAATGGAGTGACAGAGGCAAGAGTCATGACAAACAAAGTGACAGGAAGGTCAAGGGGT
TATGGATTTGTCAATTTCACAAGTGAGGAGCCTGCCAAGTCTGCTATTTCAGCTATGGAT
GGACAGGAGTTGAATGGGTGTAACATCCGTGTGGATGCTGCAAAAGAATGGCCAAGCTTG
CCGTTATCTTTGGTCGAAGGTACAGAAGATGAGAAGAAAGGCAATAAGATGGTGAGCCGA
TCTGTATGGAAAGATCCGTTCGTTGACGCCTTCTTGATGAAGAAGAAAAACGCAGCTTTG
AACAGGAAAATATGGTCAAGGAGGTCGACGATTCTGCCAGAGTATGTTGATTCGTCGGTG
AGGATTTACAATGGCAAAACTCATGTGCGTTGTAAGATCGCAGAGGGGAAAGTTGGGCAT
AAGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGAAAAGTGACCAAGCATCCTAGAGCAAAGTAAGTT
TAATGTTTTTGAGAATGAATTGGGTCAGCTTTGAGAGGATTTGTTGGAGAAAGAAAAACA
GAAACGAATCAATAAGAATTTCCAAGTAGGGATATAACTTCATTTGAGCTTAGAAGTGTT
TTTTTTGTATCAGCCTCCAAGGTCATGTTTTCAATTTTTATA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1BB77JQ 897 0 0
CCCCAAAATC
GACGACGAACGTGATCTCAGCTATCGATTTCCAGACATCGAAAAAATGGCTGTCTGCGCC
AAACTCGGGAGTTTACAGAACAGAAATGTTCCAGTGACATCAATGCTCCGCTACATGTCC
ACAAAACTTTTCATTGGTGGCCTATCGCCAGGAACTGACGACCATTCCTTGAAGGATGCT
TTCTCTACCTTCAATGGAGTGACAGAGGCAAGAGTCATGACAAACAAAGTGACAGGAAGG
TCAAGGGGTTATGGATTTGTCAATTTCACAAGTGAGGAGTCTGCCAAGTCTGCTATTTCA
GCTATGGATGGACAGGAGTTGAATGGGTGTAACATCCGTGTGGATGCTGCAAAAGAATGG
CCAAGCTTGCCGTTATCTTTGGTCGAAGGTACAGAAGATGAGAAGAAAGGCAATAAGATG
GTGAGCCGATCTGTATGGAAAGATCCGTTCGTTGACGCCTTCTTGATGAAGAAGAAAAAC
GCAGCTCTGAACAGGAAAATATGGTCAAGGAGGTCGACGATTCTGCCAGAGTATGTTGAT
TCGTCGGTGAGGATCTACAATGGCAAAACTCATGTGCGTTGTAAGATCACAGAGGGGAAA
GTTGGGCATAAGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGAAAAGTGACCAAGCATCCTAGAGCA
AAGTAAGTTTAATGTTTTTGAGAATGAATTGGGTCAGCTTTGAGAGGATTTGTTGGAGAA
AGAAAAACAGAAACGAATCAATAAGAATTTCCAAGTAGGGATATAACTTCATTTGAGCTT
AGAAGTGTTTTTTTTGTATCAGCCTCCAAGGTCATGTTTTCAATTTTTATAATGATTGGA
AGTTTGGGACATTAGATCATTTTTCACTTTGATAAATGGTTATTTAT

QA 11 897 11 897
DS 



AS 1 5

CO CL2137Contig1 1264 5 14 U
GGGAAATAATTGAGAAAAAGGGATAATGGCATAATGCTCTTGTGAGAGAGCAGAGAGAGA
GAGCGGGGCTAGCACGAACGAACAAGAAGAATCTTTCTTTCTTCGTCGAACATTTGTCTT
TGTCTTCCATCTCAATCGAATCTCTCCGTCACCGTCTCCGCCG***TTTTGAGAGGAGGG
TTATGGATGTTTCAGCTAGGAAGTCTCAGAAAGCAGGACGTGAAAAGTTGAGGAGGGAGA
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CCAAACTCAAATTTGAGTACACCGCTTTGACTGATGAGTCCCGCGAGCTGACACAGGAGA
AAAACGACCTGAGAGAAGAAAAGACATCGCTCAAATCAGATATAGAGAATCTCAATCTCC
AGTACCAGCAGAGATTAAGGTCAATGTCTCCGTGGGGAGCTGCGATGGATCACACCGTCA
TGATGGCTCCACCACCTTCTTTTCCATATCCGATGCCTATGGCTATGCCTCCCGGTTCAA
TCCCAATGCATCATCATCCACCTATGCCATCTTACACTTACTTTGGCAACCAGAACCCTA
GCATGATGCCAGCGCCTTACATGCCCTATATGCAGCCTCCTAATACCGTCGTTGAGCAAC
AATCCGTGCACATACCACAGAACAACCGTTCCAGGGAACCTAGAACAAAGGTTTCAAGAG
AGAGCAGGTCCGATAAAGCAGAGGACTCTAACGACGTGGCAACACAACTCGAGTTAAAAA
CTCCTGGATCTACGTCTGATAAGGATACATTACAAAGGCCAGAGAAGAGCAAGAGATGTA
AGAGAAACAGCAACAACAACAACTCTGTGGAAGAAAGCTCTCACTCAAGCAAGTGTTCAT
CTTCTCCGAGCGTCCGAGACAACACTTCTTCCAGTAGCGTAGCTGGTGGCCTAAAACCTG
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AAAG


BQ
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5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1B548TF U 1
AF RR1BG07TF U 42
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AF RR1BG07JQ C 259
AF RR1AC57JQ C 432
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**GCGGGGCTAGCACGAACGAACAAGAAGAATCTTTCTTTCTTCGTCGAACATTTGTCTT
TGTCTTCCATCTCAATCGAATCTCTCCGTCACCGTCTCCGCCG***TTTTGAGAGGAGGG
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AGGAGGGTTATGGATGTTTCAGCTAGGAAGTCTCAGAAAGCAGGACGTGAAAAGTTGAGG
AGGGAGAAACTTAATGAGCATTTTGTTGAACTTGGCAATGTACTCGATCCAGAAAGACCC
AAGAATGACAAAGCTACCATTCTCACTGATACTCTTCAGTTGCTCAAAGACCTCACTTCT
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AATCTCCAGTACCAGCAGAGATTAAGGTCAATGTCTCCGTGGGGAGCTGCGATGGATCAC
ACCGTCATGATGGCCCCACCACCTTCTTTTCCATATCCGATGCCTATGGCTATGCCTCCC
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TCAAGAGAGA

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GGG
GAGAAAAAGGGATAATGGCATAATGCTCTTGTGAGAGAGCAGAGAGAGAGAGCGGGGCTA
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TCAATCGAATCTCTCCGTCACCGTCTCCGCCG***TTTTGAGAGGAGGGTTATGGATGTT
TCAGCTA***AGTCTCAGAAAGCAGGACGTGAAAAGTTGAGGAGGGAGAAACTTAATGAG
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ACGTCTGATAAGGATACATT

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CACCTATGCCATCTTACACTTACTTTGGCAACCAGAACCCTAGCATGATGCCAGCGCCTT
ACATGCCCTATATGCAGCCTCCTAATACCGTCGTTGAGCAACAATCCGTGCACATACCAC
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ACAACACTTCTTCCAGTAGCGTAGCTGGTGGCCTAAA*CCTGATGATGCAAAATGAGGAT
TGAGTATATGATGCGACTACAAAACGGTTAAACATCGTTCTGATGCCTTAGTTCTACAAA
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TTATAT
CCAG

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AGATTAAGGTCAATGTCTCCGTGGGGAGCTGCGATGGATCACACCGTCATGATGGCTCCA
CCACCTTCTTTTCCATATCCGATGCCTATGGCTATGCCTCCCGGTTCAATCCCAATGCAT
CATCATCCACCTATGCCATCTTACACTTACTTTGGCAACCAGAACCCTAGCATGATGCCA
GCGCCTTACATGCCCTATATGCAGCCTCCTAATACCGTCGTTGAGCAACAATCCGTGCAC
ATACCACAGAACAACCGTTCCAGGGAACCTAGAACAAAGGTTTCAAGAGAGAGCAGGTCC
GATAAAGCAGAGGACTCTAACGACGTGGCAACACAACTCGAGTTAAAAACTCCTGGATCT
ACGTCTGATAAGGATACATTACGAAGGCCAGAGAAGAGCAAGAGATGTAAGAGAAACAGC
AACAACAACAACTCTGTGGAAGAAAGCTCTCACTCAAGCAAGTGTTCATCTTCTCCGAGC
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TGAGGATTGAGTATATGATGCGACTACAAAACGGTTAAACATCGTTCTGATGCCTTAGTT
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AAGAGGTTTATATTCAAATTAGGCCAACTTTCATTAAAGCTAAATAACACATTGTAACAA
AATAGCGCCATAAAATCAATCATTCAATAAACTATAAAAAGTTACATTAAAAG

QA 1 833 1 833
DS 



AS 2 5

CO CL2138Contig1 825 2 16 U
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TTCTGTTTCCCTTCATCTAAAAGTTGAGATCACTAGAGTAGATTAGAACAGAGAAGAGTT
ATGGGAAAAGGAGGAATGTCTCAGGGAGAAGGCTCAAAGGTTGAAGAAGAGAACATGGCT
GCTTGGTTGGTTGGTCTCAACACTCTCAAGATCCAACCTTTTCCTCTTCCCTCCCTTGGT
CCTCATGATGTGAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGAATTTGTGGAAGTGATGTTCATTAC
CTCAAGACCATGAGATGTGCGGATTTCATTGTGAAAGAACCGATGGTGATTGGACATGAA
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BQ
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AF RR1AO11TF U 1
AF RR1E266TF U 73
BS 1 78 RR1AO11TF
BS 79 79 RR1E266TF
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RD RR1AO11TF 697 0 0
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QA 1 697 1 697
DS 

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GG
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TGGGATTAGTTGCTGGAGAT*CAACCTCTGCAAGGAAGGAAGATACAATCTTTGTCCTGA
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QA 3 753 3 753
DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B982JQ U 1
AF RR1B982TF C 1
AF RR1AO11JQ U 132
BS 1 429 RR1B982JQ
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C

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1B982TF 771 0 0
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TTTTTTTTTTTACGGTTGTTTCAGAGATTGAACATAACTTTAATAGCATTGCTTCCACGA
GCACTGGTTTCAAAGGCATCTTCCACTTCCTTCTGAGAGAAACCAAATCTGTGGGTTATG
AGTGGCTTAACATCAATCTTACCACTTGTAAGGAACTCGAGACATAAAGGCCATGTGTTC
TTGTACCTGAACACACCCACCACATCTACCTCCCTTGCAGCTGCGGGTGTGAGAGGGACA
GTCATTATACCATGACCCATTCCGACAAGGCAGACTTTACCGCCGCATCGAGTGGCTGCT
AATGTCGTCGACATTGTTTTGTTGAAACCCGCACAATCGAATGTCACATCGATCTTTGGC
CCTATAGCTTTCTTAATTTGTTCAACCTCAAAACCAACATCCTCTAAGCTTGTTGTCACC
TTGACAATCCCATCTGCACCTAGCTGTTTGGCTACAGATAAACGGTTATCATCAACATCC
ACAATCACAATCCTTGGCACACCAAAAGCACGAGCAGCCAACATGGTGACAAGTCCAATA
GGTCCGGCTCCCATTACCAACACGTTTGTCTCAGGACCAACCTCAGCTCGGCGACAAGCA
TGCACGCCAACACTTAGTGGTTCACACATTGCTCCTTCCTCCAAACTCAC
C

QA 1 770 1 770
DS 

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ACTTAGTGGTTCACACATTGCTCCTTCCTCCAAACTCACATTCTCAGGCAATTTGAAGCA
TA

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 5

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 15 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G135TF U 8
AF RR1GO12JQ C 271
AF RR1BH71TF U 1
AF RR1GO12TF U 8
AF RR1CY59TF U 249
BS 1 21 RR1BH71TF
BS 22 22 RR1G135TF
BS 23 25 RR1BH71TF
BS 26 26 RR1G135TF
BS 27 546 RR1BH71TF
BS 547 547 RR1GO12TF
BS 548 654 RR1BH71TF
BS 655 655 RR1GO12TF
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BS 696 742 RR1BH71TF
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GG
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AACTTGAGAATAAGAAAGC

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AAGCAGCTGTTGAAGCCCAATTCAAGAAAATCGAGGAGCAACTTGAGAATAAGAAAGCAG
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AACACAGAGCCACCGGTATTGTCCCCAAGGCAACCTGTGGTTGTT

QA 1 345 1 345
DS 

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AAGCCCTTGCCATCGTGGAGAAACCTTTAGAGCCTTCACCAAAGAAAGCTTCGTCTGGTG
GTTCGATCGATAGAGATATTAAGCTAGCTGATTTGTCAAAGGAGAAGACATTGGCTTATG
TCAAAGCATGGGAAGATAGCGAAAAGACCAAAGCTGAGAACAAAGCTGAGAAGAAGATGT
CTGATATTCTTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCAGCTGTTGAAGCCCAACTCAAGAAAA
TCGAGGAGCAACTTGAGAATAAGAAAGCAGAGTATGCAGAGAAGATGAAGAACAAAGTTG
CAGCAATTCACAAAGAGGCAGAAGAGAGAAGAGCCATGATTGAAGCTAAGCGTGGAGAAG
ATGTTCTCAAAGCTGAAGAGATGGCTGCTAAACACAGAGCCACCGGTATTGTCCCCAAGG
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TGTAAAGTGTAAACATTTCACTCTTTCTCCTATTTAGTGGCTTTGTAATATTTGTTTGTA
TATTGACTTTTTGTGTGAACAT
C

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1GO12TF 750 0 0
GG
AATTCGCTGTTTTCATATTTGGCTGAGAGAGACTATGGCTGAGGAACAAAAGATAACGTT
AGACACAGCACCTCCGGCTCCGGCTGATACTCTTGCTCCACCTCCGGCTGCAGCTGAGAC
TCCTTCTCCAACTCCAGCTCCGGCTCCGGAAAAAA*CTGCTGATGACTCCAAAGCCCTTG
CCATCGTGGAGAAACCTTTAGAGCCTTCACCAAAGAAAGCTTCGTCTGGTGGTTCGATCG
ATAGAGATATTAAGCTAGCTGATTTGTCAAAGGAGAAGACATTGGCTTATGTCAAAGCAT
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TTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCAGCTGTTGAAGCCCAACTCAAGAAAATCGAGGAGC
AACTTGAGAATAAGAAAGCAGAGTATGCAGAGAAGATGAAGAACAAAGTTGCAGCAATTC
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AAGCTGAAGAGATGGCTGCTAAACACAGAGCCACCGGTATTGTCCCCAAGGCAACCTGTG
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QA 3 750 3 750
DS 

RD RR1CY59TF 494 0 0
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CTTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCAGCTGTTGAAGCCCAACTCAAGAAAATCGAGGAG
CAACTTGAGAATAAGAAAGCAGAGTATGCAGAGAAGATGAAGAACAAAGTTGCAGCAATT
CACAAAGAGGCAGAAGAGAGAAGAGCCATGATTGAAGCTAAGCGTGGAGAAGATGTTCTC
AAAGCTGAAGAGATGGCTGCTAAACACAGAGCCACCGGTATTGTCCCCAAGGCAACCTGT
GGTTGTTTCTGATCTTTTAAATTTGCTTTCAAATGAATTTTTTTTTTCAA*CTGTAAAGT
GTAAACATTTCACTCAT*CTCCTATTCAGTGGCTTTGTAATATTTGTTTGTATATTGACT
TTTTGTGTGAACAT

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 5

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GTTGGGCTCTTATACAGGAAAGAGCACTGAAGCAGCCTTCTCCAGCTCAGAGAGAGAAGA
CACTGGATAAACAACTTCATACTCTGATCGAGCAATTAGCCGCAAAGCAGGCCCAAGCAG
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TGTACACGAGTACGCTCCTGTTGTGCTTTTAGTTTTGCGCAGTGGGGTCAAAAACACTGA
ATATAAAGTTTACAGGAATACGATGATTGTTCTCAAATGTGACTCCTGGAACTCCTACAG
TAATCGTTCTTTAAAAT


BQ
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25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX14JQ C 1
AF RR1E201JQ C 63
AF RR1CX14TF U 51
AF RR1E201TF U 1
AF RR1CY60TF U 407
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RD RR1CX14JQ 694 0 0
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DS 

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AGAAGATATGAGAGCTTCAACGTTGAAGGGAACGCTGCAAGGAACAGATTCAAGAGAACA
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TCATCTGCTACAAGAAATGAGAGTCAAACAAGGCTTATATATCTCAGGTCAGCTTTTGTC
GTCTACATTTTGGCTTTGCAAGTCCTGGTTTTCATCAAGATATTCTTTTGAGAAGCTATG
TACACGAGTACGCTCCTGTTGTGCTTTTAGTTTTGCGCAGTGGGGTCAAAAACACTGAAT
ATAAAGTTTACAGGAATACGATGATTGTTCTC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1CX14TF 644 0 0
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TACCTTCCGTATTCATCTGCTACAAGAAATGAGAGTCAAACAAGGCTTATATATCTCAGG
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TGAGAAGCTATGTACACGAGTACGCTCCTGTTGTGCTTTTAGTTTTGCGCAGTGGGGTCA
AAA*CACTGAATATAAAGTTTACAGGAATACGATGATTGTTCTC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1E201TF 694 0 0
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GTTGGGCTCTTATACAGGAAAGAGCACTGAAGCAGCCTTCTCCAGCTCAGAGAGAGAAGA
CACTGGATAAACAACTTCATACTCTGATCGAGCAATTAGCCGCAAAGCAGGCCCAAGCAG
AGGGGATTGTTGGTGAGATTCACTCGAATGAGATGGAGTTAGAGAGACTGAACAGTTTGT
GGAGAAGATATGAGAGCTTCAACGTTGAAGGGAACGCTGCAAGGAACAGATTCAAGAGAA
CAAATTCAGATAGAGGGTTTGGATCTGACCATGAAGTTGATTCTCACTCCTACCTTCCGT
ATTCATCTGCTACAAGAAATGAGAGTCAAACAAGGCTTATATATCTCAGGTCAGCTTTTG
TCGTCTACATTTTGGCTTTGCAAGTCCTGGTTTTCATCAAGATATTCTTTTGAGAAGCTA
TGTACACGAGTACGCTCCTGTTGTGCTTTTAGTTTTGCGCAGTGGGGTCAAAAACACTGA
ATATAAAGTTTACAGGAATACGATGATTGTTCTC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1CY60TF 331 0 0
G
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TCCTACCTTCCGTATTCATCTGCTACAAGAAATGAGAGTCAAACAAGGCTTATATATCTC
AGGTCAGCTTTTGTCGTCTACATTTTGGCTTTGCAAGTCCTGGTTTTCATCAAGATATCC
TTTTGAGAAGCTATGTACACGAGTACGCTCCTGTTGTGCTTTTAGTTTTGCGCAGTGGGG
TCAAAAACACTGAATATAAAGTTTACAGGAATACGATGATTGTTCTTAAATGTGACTCCT
GGAACTCCTACAGTAATCGTTCTTTAAAAT

QA 2 331 2 331
DS 



AS 1 4

CO CL2141Contig1 1276 4 20 U
CAGTCACCAAGAATCTAAAAGAAGTTTGATTAATCTCATACAAGGGGTTTATGAAAGGCT
GCGTTTATGAGCAGCCAAAGTTACACAAGCACAATGTCAATACACAGATATATAAGAAAT
CTATCATCTGAAAACCCTACTTGCATAAGTAAATGGGCCTTGGGCTTGGGCTCTAATACT
CCCCCGCAAACTTGGGATCGGGTGAAAGCTAAGATGCCAAGTTTGAATGCAGATGATGAT
GGCTTGGAGAGAAACGTGGGAAGTAGAAAATCCATCTGAAGCAGGTAGACAACTCTAATC
GCCTAGGAGAATAGTCACTAGTGTGAGAACATTTTCAGGTTCTTTTGACCTATTTGTCTC
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TTTGCTTCCCACAGCTAACCAAACTTTACTGTTT*CTCCGCTTCTTATCTATACCACCAA
AGACTTTGCTTCTAAGCAATCTAACATTCTCTTTGGCAATTTAACAAGCACCTTGTGAGC
CATAAAAAAAATCAGAAACTTGCAACCACAGCCCATAGTTATCAAAACCAATCGTCTCCT
ACTCATTCACTGTCAAGCTTCCAAAACCATGAATCTACAAACAGCCAACTAATATCCCTC
TTAAGCTATGACAAACGAATGTTCATCCCTTGAAGAGACCTAAAAGCTTCTGCCTTTGAA
GGACATACCAGAATATCTCGGACGAGGCCATGACATAAGGGTCCATTCTGGACTGATTCC
TTCCAGGGAGATGCTTCCCATGATGGTGACAATGGCGGCTTTCTTCTGCAACTTGGATGT
CTTCTACGTAGCTTTATAACCAGAGCTGTGAGTATTACGACCACTAGCTCAATATCTTCG
CTGGTGTATTCTGGATTAAATAGAAGGCTTTGTCTCTGGTGGAAGGCTCGGAAAAGACAG
GGTTTTTTTTTTTTCAGATGAAAGTTTTTTTTTTTGAACGTGTTTGATGTGCTGAGATTG
AGTAAAGCAAAAGAAGAACAAAATAAAAATTCAAACTCCAGGATCTAATCCCTGAAGCTC
TGATACCATGAAGACATTTTATAACAGGATAGATTTGTGTCTTATAGACTTATTGAAGAT
AGCTCAAATGAGCTTTATTATGCAGAGAAATAAAGAACGTAAAAGATTTGTAAGTTGTCA
CCAAGAATCTAAAAGAGTTTGATTAATCTCATACAAGGGTTTATGAAAGGCTGCGTTTAT
GAGCAGCCAAAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1FM79JQ U 1
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AF RR1FH60TF C 683
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BS 831 973 RR1AI85TF
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TCCATCTGAAGCAGGTAGACAACTCTAATCGCCTAGGAGAATAGTCACTAGTGTGAGAAC
ATTTTCAGGTTCTTTTGACCTATTTGTCTCACAATGAGTTGGGGTCTTTTGCCCTCTTAA
CTCAACTAAGCTATTTCATGGCTGATAAAATTTGCTTCCCACAGCTAACCAAACTTTACT
GTTT*CTCCGCTTCTTATCTATACCACCAAAGACTTTGCTTCTAAGCAATCTAACATTCT
CTTTGGCAATTTAACAAGCACCTTGTGAGCCATAAAAAAAATCAGAAACTTGCAACCACA
GCCCATAGTTATCAAAACCAATCGTCTCCTACTCATTCACTGTCAAGCTTCCAAAACCAT
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TGAAGAGACCTAAAAGCTTCTGCCTTTGAAGGACATACCAGAATATCTCGGACGAGGCCA
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AATGGCGGCTTTCTTCTGCA

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AATTTGCT
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TGCTTCTAAGCAATCTAACATTCTCTTTGGCAATTTAACAAGCACCTTGTGAGCCATAAA
AAAAATCAGAAACTTGCAACCACAGCCCATAGTTATCAAAACCAATCGTCTCCTACTCAT
TCACTGTCAAGCTTCCAAAACCATGAATCTACAAACAGCCAACTAATATCCCTCTTAAGC
TATGACAAACGAATGTTCATCCCTTGAAGAGACCTAAAAGCTTCTGCCTTTGAAGGACAT
ACCAGAATATCTCGGACGAGGCCATGACATAAGGGTCCATTCTGGACTGATTCCTTCCAG
GGAGATGCTTCCCATGATGGTGACAATGGCGGCTTTCTTCTGCAACTTGGATGTCTTCTA
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TTTTTTT*CAGATGAAAGTTTTTTTTTT*GAACGTGTTTGATGTGCTGAGATTGAGTAAA
GCAAAAGAAGAACAAAATAAAAATTCAAACTCCAGGATCTAATCCCTGAAGCTCTGATAC
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AATGAGCTTTATTATGCAGAGAAATAAAGAACGTAAAAGATTTGTAAGTTGTCACCAAGA
ATCTAAAAGAGTTTGATTAATCTCATACAAGGGTTTATGAAAGGCTGCGTTTATGAGCAG
CCAAAGTTC

QA 9 857 9 857
DS 

RD RR1FH60TF 594 0 0
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CGAGGCCATGACATAAGGGTCCATTCTGGACTGATTCCTTCCAGGGAGATGCTTCCCATG
ATGGTGACAATGGCGGCTTTCTTCTGCAACTTGGATGTCTTCTACGTAGCTTTATAACCA
GAGCTGTGAGTATTACGACCACTAGCTCAATATCTTCGCTGGTGTATTCTGGATTAAATA
GAAGGCTTTGTCTCTGGTGGAAGGCTCGGAAAAGACAGGGTTTTTTTTTTTTCAGATGAA
AGTTTTTTTTTTTGAACGTGTTTGATGTGCTGAGATTGAGTAAAGCAAAAGAAGAACAAA
ATAAAAATTCAAACTCCAGGATCTAATCCCTGAAGCTCTGATACCATGAAGACATTTTAT
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CAGAGAAATAAAGAACGTAAAAGATTTGTAAGTTGTCACCAAGAATCTAAAAGAGTTTGA
TTAATCTCATACAAGGGTTTATGAAAGGCTGCGTTTATGAGCAGCCAAAGTTCC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 5

CO CL2142Contig1 627 5 18 U
CAATTCAAATGTCTAAATAATATTAAGGCCCAAGGATTAAGCAAAACAGAATAAGATGTT
CAACAAAAATAAACTCAAAAGGATAACATATATAGGAACAAAACAAAAGTCTGAAACAAA
CAAAAAGCTGAAAAGTCGCTGGAATTCAAAGACAAGTTTTGTAGATTAAAAAAAAGCATG
AATCTAAGAATCAGCAATGGTGACCTCGACCTCAACACCAGGCTCAATGGTGATGGAAGT
GATCTGCTTCACCACATCAGGAGAGCTGAACAGATCGATCACACGCTTGTGCACACGGAG
CTCAAATCTGTCCCATGTGTTGGTTCCTTCACCACAAGGAGCTTTCCTAGTGGTAATCTT
GAGAACTTTGGTTGGCATCCTCACTGGTCCTTTCACTCTCAATCTCTTGTCTTTTGCTCC
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TCTGATCTTGTGAATCTGCTCTTGAGTCTCCTCAAATCCTGCCTTTCCTTGCTTCATTGG
TGGTGCGTATGCCATAGCTATCTTCTACTTTTCTTTTCAAGTTACTTAAGCAGAGAAGAC
AGAAGATAGGAGCCGCTGAGTTGATGA


BQ
10 10 10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AA
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DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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ACTGCAGATATAAACCGTTTGAACCTTCACACCGTAGAAAGCTCTCATCAGAACTTTCCC
TTT*AGGAGAGTTCTTGACCTTAGGCAAGCTCAGAGACTTCACAAGA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1C377JQ 778 0 0
G
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AACACACTTAGACCAAAGAGACAAAGCTCAACAGACGCACACTTTCAGAGACCTAGACTC
TGCCTTTCTTGTCAGGCTTACACTTGTTTACTCTTACTCCACATTTGCATCGCCAGAGAA
CGAGTCACTAGACCTAAGATTACATAGCAACACATCTCTTCCGCTTAAAGTCATTTTGAA
GAAACTGTCAACTTCCTCTAGTAACTGATCTAACCCTTGAGAAAACTTCTCAGCCTGCGT
CCCCAGCTCCATCACATAGTCTCTAAATCTTTCATCTTCCACAGGATCAACACCGTCTTG
TATCATTGGGTAAAGCTTCTCCACACTAGCATCAACCCTCTCCAGCTCTTTGAGAATCGT
AGTACTCCTACCCGAAGACAACAAGTCTCTGATCTCAGCGTTCACAACACTCTGCATATC
AGCGAAAGCCTTAGCCCACAGCGGTTTATCAGAGACGGTTAAATCGAAAAGATCGTTGGT
GGAATCAGACCAGGCCGCGGTAAATACACTGCAGATATAAACCGTTTGAACCTTCACACC
GTAGAAAGCTCTCATCAGAACTTTCCCTTT*AGGAGAGTTCTTGACCTTAGGCAAGCTCA
GAGACTTCACAAGAGAGTCTAAAACCGCACGGCAGTTTTCGACTCTAGCGTTGTTGGCAT
TAACATGCTGCCTCCAGCTATCGAGAGAAGACCGAGCCTGGAGATACTTCTCACCAG

QA 2 778 2 778
DS 

RD RR1B793JQ 809 0 0
C
AGTCAAACAGAAGTTTTATATAATTTGTATGTATTGATTTCAATCAGTACAGACAAGACC
AACACACTTAGACCAAAGAGACAAAGCTCAACAGACGCACACTTTCAGAGACCTAGACTC
TGCCTTTCTTGTCAGGCTTACACTTGTTTACTCTTACTCCACATTTGCATCGCCAGAGAA
TGAGTCACTAGACCTAAGATTACATAGCAACACATCTCTTCCGCTTAAAGTCATTTTGAA
GAAACTGTCAACTTCCTCTAGTAACTGATCTAACCCTTGAGAAAACTTCTCAGCCTGCGT
CCCCAGCTCCATCACATAGTCTCTAAATCTTTCATCTTCCACAGGATCAACACCGTCTTG
TATCATTGGGTAAAGCTTCTCCACACTAGCATCAACCCTCTCCAGCTCTTTGAGAATCGT
AGTACTCCTACCCGAAGACAACAAGTCTCTGATCTCAGCGTTCACAACACTCTGCATATC
AGCGAAAGCCTTAGCCCACAGCGGTTTATCAGAGACGGTTAAATCGAAAAGATCGTTGGT
GGAATCAGACCAGGCCGCGGTAAATACACTGCAGATATAAACCGTTTGAACCTTCGCACC
GTAGAAAGCTCTCATCAGAACTTTCCCTTT*AGGAGAGTTCTTGACCTTAGGCAAGCTCA
GAGACTTCACAAGAGAGTCTAAAACCGCACGGCAGTTTTCGACTCTAGCGTTGTTGGCAT
TAACATGCTGCCTCCAGCTATCGAGAAAAGACCGAGCCTGGAGATACTTCTCACCAGAAC
CAGACTGTAAACTATGCAGAACGCACTT

QA 2 809 2 809
DS 

RD RR1B793TF 792 0 0
TCGCA
CGTAGAAAGCTCTCATCAGAACTTTCCCTTTTAGGAGAGTTCTTGACTTTAGGCAAGCTC
AGAGACTTCACAAGAGAGTCTAAAACCGCACGGCAGTTTTCGACTCTAGCGTTGTTGGCA
TTAACATGCTGCCTCCAGCTATCGAGAAAAGACCGAGCCTGGAGATACTTCTCACCAGAA
CCAGACTGTAAACTATGCAGAACGCACTTAAGGTAGAGATCTCCTTGGTTGAGACGCGTG
AACTCCGAGCTAAAGGCGTTGCAGAGATCTAGTAGCTTGACGCTTATGTCGAGGTAGACG
TCGACCCATTTCTCTTCCCAGTCGGAGACGGGGAGCTGGAGGTCGGTGATGAGGGTGCTG
ATGTTGTTGTGAGTCTCGCAGAGTGACTCCATAGCTAGCTTCATCCAGGATAGAGTGAGG
ATGTCGTCTTTGGACTTGGGCATGAGTTTCTTGAGCCTCTCTGCTAAAAGTAACTCGAAG
CCGTTCAGTAGAGAGAGTAGCCACGGGGATAAAGCTGAGCTCTTTGGGGATAGCATGCGA
AAGGGGTTCCCAAATGGGAAGAAACCTCTCGGTGGATCTTGTGCTCTGCTCATTTTGATA
GACAATGGAAATAAACCATAATCAATTGATATAATTCTTAATCGAAACACTTGAAGCTCA
GCAATTCGGAGAATAAAGTTTCAGTCTTTAGAGATTCGAAGAACCCTAGAAACTAATTTT
CCACACAAAAAATCTACATCGAGCAGGGAACTCTCAGTTTCCAGAAGAACAAACATCTAA
TAGATCC

QA 6 792 6 792
DS 



AS 1 5

CO CL2144Contig1 807 5 4 U
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CATTCAACGTTTCTCTGAAAGTATTCATTCTGATGGAGCTTGATAGCGGCCGCGGCGTAG
AAAATAACATCAAGGAGAAGTTTGGTTCCTCATCGACTTCTTCTTCTTATTCCATCGGCG
TGAACAGCGACGATGAAAGCGGGGACAATGAAGCTGAGTCTCCTTACAAGGGTCCTCTTG
ATATGATGGAATCTCTCGAAGAGGTTTTACCAATCAGGAGAGGTATATCGAAGTTCTACA
AGGGAAAATCAAAGTCTTTCAGGAGCTTAACGGAAACTGAATCCTCTCCGATGAAAGATT
TAGGGACACCAGAGAACCTTTACAGTCGCCGTCGGAGAAACCTTCTCAGTCACCGGCTTT
GTAGCCGAGGTGGGATCTCGAAGAAACCCGTCAAGACTGCTGCCTTTACGGTGGTCTCTT
TCTCCGGCGATGATTCGCCTAAAGCCCCTCCTCTTTCGAAGAGAAATCTCCAGCCGTTGC
AGAGCAAAGAGTGTTCTGGTAATTGTGTTCCCGTTGTTGTTTCGCCGCGTTGCTTCCAGT
CGGTGGCGAATAGAGACATCCATAATATTATTTGTTAGAATATTTACTATATCGATTTTG
GCTAAGTGAGTTTTGATTTGAAATAAAAAAAA*TTGTTACAGTTTAATTGGTCAATGACT
TTTATTTTTAGTTATTGTAAACAAGTTTTAAAAAGTAATCTGGAAAATCATTGGTCCACT
AATTTGACTAAATATTCATTAATGCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE83JQ C 1
AF RR1EE83TF U 1
AF RR1FA45TF U 34
AF RR1FC80JQ C 239
AF RR1FC80TF U 34
BS 1 685 RR1EE83TF
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RD RR1EE83JQ 680 0 0
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TGAACAGCGACGATGAAAGCGGGGACAATGAAGCTGAGTCTCCTTACAAGGGTCCTCTTG
ATATGATGGAATCTCTCGAAGAGGTTTTACCAATCAGGAGAGGTATATCGAAGTTCTACA
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GTAGCCGAGGTGGGATCTCGAAGAAACCCGTCAAGACTGCTGCCTTTACGGTGGTCTCTT
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GCTAAGTGAGTTTTGATTTG

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DS 

RD RR1EE83TF 685 0 0
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CATTCAACGTTTCTCTGAAAGTATTCATTCTGATGGAGCTTGATAGCGGCCGCGGCGTAG
AAAATAACATCAAGGAGAAGTTTGGTTCCTCATCGACTTCTTCTTCTTATTCCATCGGCG
TGAACAGCGACGATGAAAGCGGGGACAATGAAGCTGAGTCTCCTTACAAGGGTCCTCTTG
ATATGATGGAATCTCTCGAAGAGGTTTTACCAATCAGGAGAGGTATATCGAAGTTCTACA
AGGGAAAATCAAAGTCTTTCAGGAGCTTAACGGAAACTGAATCCTCTCCGATGAAAGATT
TAGGGACACCAGAGAACCTTTACAGTCGCCGTCGGAGAAACCTTCTCAGTCACCGGCTTT
GTAGCCGAGGTGGGATCTCGAAGAAACCCGTCAAGACTGCTGCCTTTACGGTGGTCTCTT
TCTCCGGCGATGATTCGCCTAAAGCCCCTCCTCTTTCGAAGAGAAATCTCCAGCCGTTGC
AGAGCAAAGAGTGTTCTGGTAATTGTGTTCCCGTTGTTGTTTCGCCGCGTTGCTTCCAGT
CGGTGGCGAATAGAGACATCCATAATATTATTTGTTAGAATATTTACTATATCGATTTTG
GCTAAGTGAGTTTTGATTTGAAATA

QA 1 685 1 685
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DS 

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TTTAGGGACACCAGAGAACCTTTACAGTCGCCGTCGGAGAAACCTTCTCAGTCACCGGCT
TTGTAGCCGAGGTGGGATCTCGAAGAAACCCGTCAAGACTGCTGCCTTTACGGTGGTCTC
TTTCTCCGGCGATGATTCGCCTAAAGCCCCTCCTCTTTCGAAGAGAAATCTCCAGCCGTT
GCAGAGCAAAGAGTGTTCTGGTAATTGTGTTCCCGTTGTTGTTTCGCCGCGTTGCTTCCA
GTCGGTGGCGAATAGAGACATCCATAATATTATTTGTTAGAATATTTACTATATCGATTT
TGGCTAAGTGAGTTTTGATTTGAAATAAAAAAAAATTGTTACAGTTTAATTGGTCAATGA
CTTTTATTTTTAGTTATTGTAAACAAGTTTTAAAAAGTAATCTGGAAAATCATTGGTCCA
CTAATTTGAC
C

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1FC80TF 756 0 0
GG
AGAGCACACTCATATATATTAAAGACATTCAACGTTTCTCTGAAAGTATTCATTCTGATG
GAGCTTGATAGCGGCCGCGGCGTAGAAAATAACATCAAGGAGAAGTTTGGTTCCTCATCG
ACTTCTTCTTCTTATTCCATCGGCGTGAACAGCGACGATGAAAGCGGGGACAATGAAGCT
GAGTCTCCTTACAAGGGTCCTCTTGATATGATGGAATCTCTCGAAGAGGTTTTACCAATC
AGGAGAGGTATATCGAAGTTCTACAAGGGAAAATCAAAGTCTTTCAGGAGCTTAACGG**
*CTGAATCCTCTCCGATGAAAGATTTAGGGACACCAGAGAACCTTTACAGTCGCCGTCGG
AGAAACCTTCTCAGTCACCGGCTTTGTAGCCGAGGTGGGATCTCGAAGAAACCCGTCAAG
ACTGCTGCCTTTACGGTGGTCTCTTTCTCCGGCGATGATTCGCCTAAAGCCCCTCCTCTT
TCGAAGAGAAATCTCCAGCCGTTGCAGAGCAAAGAGTGTTCTGGTAATTGTGTTCCCGTT
GTTGTTTCGCCGCGTTGCTTCCAGTCGGTGGCGAATAGAGACATCCATAATATTATTTGT
TAGAATATTTACTATATCGATTTTGGCTAAGTGAGTTTTGATTTGAAATAAAAAAAA*TT
GTTACAGTTTAATTGGTCAATGACTTTTATTTTTAGTTATTGTAAACAAGTTTTAAAAAG
TAATCTGGAAAATCATTGGTCCACTAATTTGAC
C

QA 3 755 3 755
DS 



AS 1 5

CO CL2145Contig1 926 5 4 U
GGAGAGCTCAGCTGCTGCAATGGAGGCGACTGGTGCGAATGAACCAGATACGAAAAGCTC
CAGTTCCTCTCCGGGAGTAACGATACCGAACTTCTTCGTATCGCTCTCCTCGGCATTTAC
GCAAACACCTTCCGTGCGTACGAACAAGCCCGGTTTGCGACTTCTACCACCACCAGCTTC
AGACTCCGTCAAGTTGATTCAAGACTTCCATCGTTCTCTACTCTCCGCGACTGAGAAATT
CGGAGGCTTCATCCACTCACTCGCCGCTAAGAACCCTCTGTTTCGGGAAGCGGTTCGCTT
GTCCTCCGAGTTTCGCGGTGTTTGCGACGAGATTCGTTTGAGGAACAACACTACAAGGGT
TAGGTTTGCTATGTCTGAACACGGGTTTGCAGCGGTTCTGCCTGGAGATTCGGTTGCAGG
AATGGTGGTTGCTAACGGGTTGATAAACTTCTTCAACATCTACAACACTGTCCTTGTTGT
CCGTCTAGTACTCACCTGGTTCCCCACTGCTCCTCCTGCCATTGTTAACCCCCTCAGCAC
TTTATGTGATCCGTACTTGAACATATTCCGGGGAGTCATACCGCCTCTTGGAGGATTAGA
TTTATCTCCCATTTTGGCTTTCCTTGTTCTCAACGCCTTCACCAGCACTGCTATGGCGCT
TCCTTGCGAGCTCCCACCAGCTGAAGGAGCGGCTTCTCCATCGTCTTGTGAGACCAAGTG
GATGAGAAGGAGAAGGCTGAGCAGCAACAAGAACCAAACACCCAGCTCGGCTTCTATGAA
CTGACCTTATTAAAAACATTACTCTTTTCTACGCTTCAGAATGTGACATATAACTTTTGA
GTAATTTTATTCATTTGCATCTCTGGATTCCGAGTTATATTTGTGTAAATTTTCTTTATA
AAATGAATAAAAAAAATGTTGTTCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1AZ60TF U 1
AF RR1ER24TF U 1
AF RR1AD20TF U 1
AF RR1AZ60JQ C 135
AF RR1AD20JQ C 189
BS 1 225 RR1AD20TF
BS 226 226 RR1AZ60TF
BS 227 728 RR1AD20TF
BS 729 926 RR1AZ60JQ

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DS 

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CAGTTCCTCTCCGGGAGTAACGATACCGAACTTCTTCGTATCGCTCTCCTCGGCATTTAC
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AGACTCCGTCAAGTTGATTCAAGACTTCCATCGTTCTCTACTCTCCGCGACTGAGAAATT
CGGAGGCTTCATCCACTCACTCGCCGCTAAGAACCCTCTGTTTCGGGAAGCGGTTCGCTT
GTCCTCCGAGTTTCGCGGTGTTTGCGACGAGATTCGTTTGAGGAACAACACTACAAGGGT
TAGGTTTGCTATGTCTGAACACGGGTTTGCAGCGGTTCTGCCTGGAGATTCGGTTGCAGG
AATGGTGGTTGCTAACGGGTTGATAAACTTCTTCAACATCTACAACACTGTCCTTGTTGT
CCGTCTAGTACTCACCTGGTTCCCCACTGCTCCTCCTGCCATTGTTAACCCCCTCAGCAC
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TTTATCTCCCATTTTGGCTTTCCTTGTTCTCAACGCCTTCACCAGCACTGCTATGGCGCT
TCCTTGCGAGCTCCCACCAGCTG

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DS 

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AGACTCCGTCAAGTTGATTCAAGACTTCCATCGTTCTCTACTCTCTGCGACTGAGAAATT
CGGAGGCTTCATCCACTCACTCGCCGCTAAGAACCCTCTGTTTCGGGAAGCGGTTCGCTT
GTCCTCCGAGTTTCGCGGTGTTTGCGACGAGATTCGTTTGAGGAACAACACTACAAGGGT
TAGGTTTGCTATGTCTGAACACGGGTTTGCAGCGGTTCTGCCTGGAGATTCGGTTGCAGG
AATGGTGGTTGCTAACGGGTTGATAAACTTCTTCAACATCTACAACACTGTCCTTGTTGT
CCGTCTAGTACTCACCTGGTTCCCCACTGCTCCTCCTGCCATTGTTAACCCCCTCAGCAC
TTTATGTGATCCGTACTTGAACATATTCCGGGGAGTCATACCGCCTCTTGGAGGATTAGA
TTTATCTCCCATTTTGGCTTTCCTTGTTCTCAACGCCTTCACCAGCACTGCTATGGCGCT
TCCTTGCGAGCTCCCACCAGCTGAAGGAGCGGCTTCTCCATCGTCTTGTGAGACCAAGTG
GATGAGAA
AGGAGAA

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DS 

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ACTCACTCGCCGCTAAGAACCCTCTGTTTCGGGAAGCGGTTCGCTTGTCCCCCGAGTTTC
GCGGTGTTTGCGACGAGATTCGTTTGAGGAACAACACTACAAGGGTTAGGTTTGCTATGT
CTGAACACGGGTTTGCAGCGGTTCTGCCCGGAGATTCGGTTGCAGGAATGGTGGTTGCTA
ACGGGTTGATAAACTTCTTCAACATCTACAACACTGTCCTTGTTGTCCGTCTAGTACTCA
CCTGGTTCCCCACTGCTCCTCCTGCCATTGTTAACCCCCTCAGCACTTTATGTGATCCGT
ACTTGAACATATTCCGGGGAGTCATACCACCTCTTGGAGGATTAGATTTATCTCCCATTT
TGGCTTTCCTTGTTCTCAACGCCTTCACCAGCACTGCTATGGCGCTTCCTTGCGAGCTCC
CACCAGCTGAAGGAGCGGCTTCTCCATCGTCTTGTGAGACCAAGTGGATGAGAAGGAGAA
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AACATTACTCTTTTCTACGCTTCAGAATGTGACATATAACTTTTGAGTAATTTTATTCAT
TTGCATCTCTGGATTCCGAGTTATATTTGTGTAAATTTTCTTTATAAAATGAATAAAAAA
AATGTTGTTCTT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1AD20JQ 737 0 0
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TCATCCACTCACTCGCCGCTAAGAACCCTCTGTTTCGGGAAGCGGTTCGCTTGTCCTCCG
AGTTTCGCGGTGTTTGCGACGAGATTCGTTTGAGGAACAACACTACAAGGGTTAGGTTTG
CTATGTCTGAACACGGGTTTGCAGCGGTTCTGCCTGGAGATTCGGTTGCAGGAATGGTGG
TTGCTAACGGGTTGATAAACTTCTTCAACATCTACAACACTGTCCTTGTTGTCCGTCTAG
TACTCACCTGGTTCCCCACTGCTCCTCCTGCCATTGTTAACCCCCTCAGCACTTTATGTG
ATCCGTACTTGAACATATTCCGGGGAGTCATACCGCCTCTTGGAGGATTAGATTTATCTC
CCATTTTGGCTTTCCTTGTTCTCAACGCCTTCACCAGCACTGCTATGGCGCTTCCTTGCG
AGCTCCCACCAGCTGAAGGAGCGGCTTCTCCATCGTCTTGTGAGACCAAGTGGATGAGAA
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ATTAAAAACATTACTCTTTTTTACGCTTCAGAATGTGACATATAACTTTTGAGTAATTTT
ATTCATTTGCATCTCTGGATTCCGAGTTATATTTGTGTAAATTTTCTTTATAAAATGAAT
AAAAAAAATGTTGTTC
G

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 5

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AACTACTGGACACAAGGCGATGCCTTGAAACAAACCATAGCCTCTTACGATCCTAATCCT
CTTAACGCCACCGCAACGGCGAACCCAGAAATTTTTTTCTGAGGTGTCAAAAACTAGAAA
ATGTTTCATAGTGGGGAATTGAACCCGTATTTGTGGGTTCATTGCCTACCTTTTCAACCA
AATTTGCCGAGGTCATCATGTAAACATAAGTGACAAAGACTAGTTTATATCATATTTGTG
GTGTCAGGTGACTCCACTATCCACAACGTGGGTTCGCCCCTGCGCCACCGACCATTTGAG
TTACCATGTCGCTTTAGCAGCGGACGCCACGGAATCAATCAACAGCGCAAGGAGAGAACT
TTCAAAGGTGAGAAATGGTCGGAAAATGCGTAGCTTACAAGTTACAAACGACCCTATAGA
CAAATGCTGGAGATGCCACGGTGACTGGGAGAAGAACCGTAAGAAACTAGCGGGTTGTGT
GCTCGGATTCGGCAGGAGAACCACCGGAGGCAAAGACGGCCTTTCTACCTCGTCAACGAT
GCCTCTAATGATGATCTTATCAAACCTTTAACAAAGCGCCACACTTTATGATCTCAGTTT
GTTAGCATGTTTTTTTCTCTGTTTTTGCCATGTCTAACAAAAGTTTGTTTATAAACTCTT
AGCTTGTAAACCCTTTTCATCAAAATATCATATTCACAGTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1B245JQ C 164
AF RR1CA07TF U 53
AF RR1B245TF U 1
AF RR1G771JQ C 53
AF RR1G771TF U 53
BS 1 298 RR1B245TF
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BS 300 375 RR1B245TF
BS 376 380 RR1CA07TF
BS 381 763 RR1B245TF

RD RR1B245JQ 420 0 0
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GCCTACCTTTTCAACCAAATTTGCCGAGGTCATCATGTAAACATAAGTGACAAAGACTAG
TTTATATCATATTTGCGGTGTCAGGTGACTCCACTATCCACAACGTGGGTTCGCCCCTGC
GCCACCGACCATTTGAGTTACCATGTCGCTTT*****CGGACGCCACGGAATCAATCAAC
AGCGCAAGGAGAGAACTTTCAAAGGTGAGAAATGGTCGGAAAATGCGTAGCTTACAAGTT
ACAAACGACCCTATAGACAAATGCTGGAGATGCCACGGTGACTGGGAGAAGAACCGTAAG
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QA 1 420 1 420
DS 

RD RR1CA07TF 657 0 0
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CTCAGTTTGTTAGCATGTTTTTTTCTCTGTTTTTGCCATGTCTAACAAAAGTTTGTT

QA 1 657 1 657
DS 

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AATTTGCCGAGGTCATCATGTAAACATAAGTGACAAAGACTAGTTTATATCATATTTGCG
GTGTCAGGTGACTCCACTATCCACAACGTGGGTTCGCCCCTGCGCCACCGACCATTTGAG
TTACCATGTCGCTTT*****CGGACGCCACGGAATCAATCAACAGCGCAAGGAGAGAACT
TTCAAAGGTGAGAAATGGTCGGAAAATGCGTAGCTTACAAGTTACAAACGACCCTATAGA
CAAATGCTGGAGATGCCACGGTGACTGGGAGAAGAACCGTAAGAAACTAGCGGGTTGTGT
GCTCGGATTCGGCAGGAGAACCACCGGAGGCAAAGACGGCCTTTCTACCTCGTCAACGAT
GCCTCTAATGATGATCTTATCAAACCTTTAACAAAGCGCCACACTTTATGATCTCAGTTT
GTTAGCATGTTTTTTTCTCTGTTTTTGCCATGTCTAACAAAAGTTTGTTTATAAACTCTT
AGCTTGTAAACCCTTTTCATCAAAATATCATATTCACAGTTAA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1G771JQ 709 0 0
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TATTTGTGGTGTCAGGTGACTCCACTATCCACAACGTGGGTTCGCCCCTGCGCCACCGAC
CATTTGAGTTACCATGTCGCTTTAGCAGCGGACGCCACGGAATCAATCAACAGCGCAAGG
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CCTATAGACAAATGCTGGATATGCCACGGTGACTGGGAGAAGAACCGTAAGAAACTAGCG
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TCAACGATGCCTCTAATGATGATCTTATCAAACCTTTAACAAAGCGCCACACTTTATGAT
CTCAGTTTGTTAGCATGTTTTTTTCTCTGTTTTTGCCATGTCTAACAAAAGTTTGTTTAT
AAACTCTTAGCTTGTAAACCCTTTTCATCAAAATATCATATTCACAGTT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1G771TF 709 0 0
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CTAATCCTCTTAACGCCACCGCAACGGCGAACCCAGAAATTTTTTTCTGAGGTGTCAAAA
ACTAGAAAATGTTTCATAGTGGGGAATTGAACCCGTATTTGTGGGTTCATTGCCTACCTT
TTCAACCAAATTTGCCGAGGTCATCATGTAAACATAAGTGACAAAGACTAGTTTATATCA
TATTTGTGGTGTCAGGTGACTCCACTATCCACAACGTGGGTTCGCCCCTGCGCCACCGAC
CATTTGAGTTACCATGTCGCTTTAGCAGCGGACGCCACGGAATCAATCAACAGCGCAAGG
AGAGAACTTTCAAAGGTGAGAAATGGTCGGAAAATGCGTAGCTTACAAGTTACAAACGAC
CCTATAGACAAATGCTGGATATGCCACGGTGACTGGGAGAAGAACCGTAAGAAACTAGCG
GGTTGTGTGCTCGGATTCGGCAGGAGAACCACCGGAGGCAAAGACGGCCTTTCTACCTCG
TCAACGATGCCTCTAATGATGATCTTATCAAACCTTTAACAAAGCGCCACACTTTATGAT
CTCAGTTTGTTAGCATGTTTTTTTCTCTGTTTTTGCCATGTCTAACAAAAGTTTGTTTAT
AAACTCTTAGCTTGTAA*CCCTTTTCATCAAA*TATCATATTCACAGTT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 5

CO CL2147Contig1 1259 5 15 U
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TCTCTATTTCTCACTCCTCGTTCTCTCTCTAAATTTCTTATTTCAGTATATCAAACCAAG
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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CAGG
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TGGA

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GG
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TACACAAA*CTGCTGTTT*GT*GGAAACTGCTGCGGTTCT
GGAGCATTATT

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DS 

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GTTTTGTTGTGTCGGGTTTATGTATACATGCTAAAACAGTGTGCTTACTTTT

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TTGTTGTGTCGGGTTTATGTATACATGCTAAAACAGTGTGCTTACTTTTAACTTTTAAGT
GTAACCATGTTTTTATA

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DS 



AS 1 5

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AGGGCAAGATCTCTGGTGGTAGTAATCCCCCTCGTGACGCCGACGATACGTTTTCTGGAC
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DF40TF U 7
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AF RR1BS26JQ C 287
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AGGGCAAGATCTCTGGTGGTAGTAATCCCCCTCGTGACGCCGACGATACGTTTTCTGGAC
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AAGAGTCTCTCTTCCCGTTCCGTGGAACGTTTACTGAGAAGACTGCAGATAAGCCTGACT
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G
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CACTATCGACAGCCAGAAAGTCTCTGGATCTGTACCTTCTGTTCCAGATCCAGGCCACAC
CACCGTCAAATTCACAGAATCAAATCTTCAAACCTTTCCTCCTTCTGCTGCTCAGGGCAA
GATCTCTGGTGGTAGTAATCCCCCTCGTGACTCCGACGATACGTTTTCTGGACCTGGTAA
CGGTAGTAGTAGTAGAGATGAGCCTCAGACTGGTGGCTGGCTCCATAAATTCACTGTTGG
TGCTTACAAGCCGTTCTTCGATGTCGACACTTCGGATGTTGTGGACAGACTCAAAGAGTC
TCTCTTCCCGTTCCGTGGAACGTTTACTGAGAAGACTGCAGATAAGCCTGACTTGTATGG
TCCGTTTTGGATATGCACGACTTTGATATTCGTGGCGGCATCTATCGGCACGTTTGTCAC
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CCTTTGT

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ATGATAATATATCTACAGATTCATCC
GTAG

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DS 

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AATTTTTTTGTACTGTATTAAATTTTAAGTCTTACCAATTT

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 5

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TGTCGTCGTCATCATCAACTAGCAACTTCTGTTATGAAACAGAGCAACAGCATCAGAAGA
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BQ
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30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1A288TF U 1
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AF RR1B867JQ C 324
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DS 

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GG
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TGGTGATAGATTAGTTGTTCTTGATTTCTACTCTCCTGGTTGTGGTGGCTGCAAATCTCT
CCACCCAAAGATCTGTCAATTGGCTGAATCAAACCCAAACGTGATGTTTCTCAAAGTGAA
TCAAGAAGAGCTTAGAACAATGTGTCATGGCCTTAACGTCCACGTGCTTCCTTTCTTCAA
GTTTTATAGAGGAGCAGAGGGTAAACTGTGTAGTTTCAGCTGCACCATCGCCACCATTAA
TAAGTTCAAGAAAGCTTTGGACAAGCACGGTAGCGAGAGGTGCAGCCTCGGGCCAGCGAA
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GCATCA

QA 3 848 3 848
DS 

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CTAGATTTGAAGGGACACCCCATGTCTTCAAACCAAACACTCACCGCCTTGTCTTCTTCT
TCTTCTTCCTATGTTGTTCCTACAAAGACATCATCAATTGGTATGAGTAGAGGGATGAGA
TGGTGGGAGAAGTCAACGAAAGACAACATGTTAGAGATTCACTCTGCTAATCATCTCGTT
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GGTGGCTGCAAATCTCTCCACCCAAAGATCTGTCAATTGGCTGAAACAAACCCAAACGTG
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GGGCTCTTATTGATTTGTAGATATGACTATTGATTAGTATCATTGTGTTTTT

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DS 

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CATCTCGTTGACTCTTTGCTTAACGCTGGTGATAGATTAGTTGTTCTTGATTTCTACTCT
CCTGGTTGTGGTGGCTGCAAATCTCTCCACCCAAAGATCTGTCAATTGGCTGAATCAAAC
CCAAACGTGATGTTTCTCAAAGTGAATCAAGAAGAGCTTAGAACAATGTGTCATGGCCTT
AACGTCCACGTGCTTCCTTTCTTCAAGTTTTATAGAGGAGCAGAGGGTAAACTGTGTAGT
TTCAGCTGCACCATCGCCACCATTAATAAGTTCAAGAAAGCTTTGGACAAGCACGGTAGC
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CAAAAGTGAAGGTAAAGAGATTTGGTTTATGC

QA 1 752 1 752
DS 

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TCATCATCAACTAGCAACTTCTGTTATGAAACAGAGCAACAGCATCAGAAGATGGTGGTA
TAAAGAGACGGGTCTTTTCCATCAGGGCTCTTATTGATTTGTAGATATGATTATTGATTA
GTATCATTGTGTTTTTGCTTGGAATCTATGGTTAGTTATTATGATTTACTAGTAGCTTAG
TAAATCAAAACAGAACAAAAGTGAAGGTAAAGGGAGTTGGTTTATGC

QA 1 227 1 227
DS 



AS 1 4

CO CL2150Contig1 927 4 21 U
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GAGGTTCTGTTACAACGAGAAACTGGTTCTTCTGGGAGACGAGGTTTATCAGCAGAACAT
ATACCAGGATGAGCGTCCCTTTATCAGCTCCAAGAAGGTTTTGATGGAGATGGGTTCGCC
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GGTTATTCCAGAATGTGATTTACTTTCTTTCTCCTTTCTTCTTCTTCTTGTTATGATATG
ATGGAACAAACCTATTGTGTTCTGCTACACTCTTTAAAGCTAAATCTCTGTAGTACTCTT
CTCTTTCTATAAAACTCTTCCATGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV09TF U 1
AF RR1BM40JQ C 193
AF RR1BM40TF U 193
AF RR1DV09JQ C 212
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GGT
ATCAGATG

QA 1 783 1 783
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G
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C

QA 2 726 2 726
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RD RR1BM40TF 727 0 0
G
GTCCAGCTTGTGTCTTCCACACTGTCTCTAAAGGTTATTGGGGAGAGTGTGGACAGAGAG
GTGGATACTTTGAGATGACTAACATCCCTCCCAGGGTTGTTGAAGAGATATACAAGGTGG
CATCAATTGCTCTCAGCCCCAATGTATCTGCTCAGATCTTTATGGGTTTGATGGTTAGTC
CTCCAAAGCCTGGAGACATTTCATATGACCAGTTCGCTCGTGAAAGCAAGGGGATTCTTG
AATCTTTGAGAAGAAGAGCAAAGATCATGACTGATGGATTCAACAGCTGCAAGAACGTTG
TCTGCAATTTCACAGAAGGTGCAATGTATTCGTTTCCTCAAATACGGTTACCAACGGGAG
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TCCATCTGAGGACAACGATCTTGCCTGCGGAAGAGGAGATGCCGGAGATCATGGATAGTT
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TGTGATTTACTTTCTTTCTCCTTTCTTCTTCTTCTTGTTATGATATGATGGAACAAACCT
ATTGTGTTCTGCTACACTCTTTAAAGCTAAATCTCTGTAGTACTCTTCTCTTTCTATAAA
ACTCT
C

QA 2 726 2 726
DS 

RD RR1DV09JQ 716 0 0
ACACTGTCTCTAAAGGTTATTGGGGAGAGTGTGGACAGAGAGGTGGATACTTTGAGATGA
CTAACATCCCTCCCAGGGTTGTTGAAGAGATATACAAGGTGGCATCAATTGCTCTCAGTC
CCAATGTATCTGCTCAGATCTTTATGGGTTTGATGGTTAGTCCTCCAAAGCCTGGAGACA
TTTCATATGACCAGTTCGCTCGTGAAAGCAAGGGGATTCTTGAATCTTTGAGAAGAAGAG
CAAAGATCATGACTGATGGATTCAACAGCTGCAAGAACGTTGTCTGCAATTTCACAGAAG
GTGCAATGTATTCGTTTCCTCAAATACGGTTACCAACGGGAGCTTTCCAAGCTGCGAAGC
AAGCAGGAAAAGTGCCAGACGTTTTTTATTGTCTAAAGCTCTTAGAAGCCACAGGAATCT
CCACAGTGCCTGGCTCTGGATTTGGACAGAAAGAAGGTGTGTTCCAT*TGAGGACAACGA
TCTTGCCTGCGGAAGAGGAGATGCCGGAGATCATGGATAGTTTCAAGAAGTTCAACGACG
AGTTCATGACTCAGTATGATAATGGCTTTGGTTATTCCAGAATGTGATTTACTTTCTTTC
TCCTTTCTTCTTCTTCTTGTTATGATATGATGGAACAAACCTATTGTGTTCTGCTACACT
CTTTAAAGCTAAATCTCTGTAGTACTCTTCTCTTTCTATAAAACTCTTCCATGTCT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 2 5

CO CL2151Contig1 826 3 4 U
GGATCAAGACATAGGCAAAAGAAAATGAAGATATCATCAACTGGTTGCATCTTTCTCCTT
ATCATCATCTCCATTGCCGTTGTTTTGAGTGCACCACCAGGGGGAGAAGTTGAGGACGAA
ACGGAGTTTAGCTACGAAGCAAAAGGACCCAAGGGGCCAGCGAAATGGGGGACACTAAAG
AAAGAGTGGAAGTTGTGTGGAATTGGAAAACTGCAATCTCCGATTAATCTTACGGACGAA
AATGTCAAAGTTACTAGTAAACTTGGATCTCTCCGAAGCCGGTATTTACCTTCCAATGCC
ACTATTAAGAACAGAGGACATGATATCATGTTGGAATTTAAAGGAGGGAATAAAGGTATT
GGTATCACTATTCGTGGTATAAAATACAAACTTCAGCAGCTTCATTGGCATTCTCCTTCC
GAACACTCAATCAATGGCAAAAGGTATGCTCTTGAGGAACACATGGTTCATCAGAGCAAA
AGTGGACGTTTCGCTGTTGTCGCGTTCTTATACAATATTGGGGAACCTGATCCTTTTCTT
CTTTCGTTGGAAGAACATTTGAACAAGATAACTGATACACACGAGTCCGAGGATTATGTC
GGGATGATTGATCCCAAAAAACTCACTTTCGAATCAAAATAACACTATAGATATCTTGGA
TCACTTACAACTCCTCCATGTTCTGAACCTGTTATTTGGTCTGTTTCCAGAAAGATTAGG
ACCGTAACAAGTCAGCAAGTGGAGCTTCTCCACGTGGCTGTACATGATGCTTCTGATACA
AATGCTAGCCGGTTCAGCCAATCGATAAGCGCGTGGTGCATTTATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER65TF U 1
AF RR1D287TF U 1
AF RR1AK51TF U 5
BS 1 719 RR1D287TF
BS 720 720 RR1AK51TF
BS 721 786 RR1D287TF
BS 787 826 RR1AK51TF

RD RR1ER65TF 723 0 0
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AAGTTACTAGTAAACTTGGATCTCTCCGAAGCCGGTATTTACCTTCCAATGCCACTATTA
AGAACAGAGGACATGATATCATGTTGGAATTTAAAGGAGGGAATAAAGGTATTGGTATCA
CTATTCGTGGTATAAAATACAAACTTCAGCAGCTTCATTGGCATTCTCCTTCCGAACACT
CAATCAATGGCAAAAGGTATGCTCTTGAGGAACACATGGTTCATCAGAGCAAAAGTGGAC
GTTTCGCTGTTGTCGCGTTCTTATACAATATTGGGGAACCTGATCCTTTTCTTCTTTCGT
TGGAAGAACATTTGAACAAGATAACTGATACACACGAGTCCGAGGATTATGTCGGGATGA
TTGATCCCAAAAAACTCACTTTCGAATCAAAATAACACTATAGATATCTTGGATCACTTA
CAACTCCTCCATGTTCTGAACCTGTTATTTGGTCTGTTTCCAGAAAGATTAG
ACCG

QA 8 719 8 719
DS 

RD RR1D287TF 786 0 0
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ATCATCATCTCCATTGCCGTTGTTTTGAGTGCACCACCAGGGGGAGAAGTTGAGGACGAA
ACGGAGTTTAGCTACGAAGCAAAAGGACCCAAGGGGCCAGCGAAATGGGGGACACTAAAG
AAAGAGTGGAAGTTGTGTGGAATTGGAAAACTGCAATCTCCGATTAATCTTACGGACGAA
AATGTCAAAGTTACTAGTAAACTTGGATCTCTCCGAAGCCGGTATTTACCTTCCAATGCC
ACTATTAAGAACAGAGGACATGATATCATGTTGGAATTTAAAGGAGGGAATAAAGGTATT
GGTATCACTATTCGTGGTATAAAATACAAACTTCAGCAGCTTCATTGGCATTCTCCTTCC
GAACACTCAATCAATGGCAAAAGGTATGCTCTTGAGGAACACATGGTTCATCAGAGCAAA
AGTGGACGTTTCGCTGTTGTCGCGTTCTTATACAATATTGGGGAACCTGATCCTTTTCTT
CTTTCGTTGGAAGAACATTTGAACAAGATAACTGATACACACGAGTCCGAGGATTATGTC
GGGATGATTGATCCCAAAAAACTCACTTTCGAATCAAAATAACACTATAGATATCTTGGA
TCACTTACAACTCCTCCATGTTCTGAACCTGTTATTTGGTCTGTTTCCAGAAAGATTAG*
ACCGTAACAAGTCAGCAAGTGGAGCTTCTCCACGTGGCTGTACATGATGCTTCTGATACA
AATGCT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1AK51TF 822 0 0
GTG
GACATAGGCAAAAGAAAATGAAGATATCATCAACTGGTTGCATCTTTCTCCTTATCATCA
TCTCCATTGCCGTTGTTTTGAGTGCACCACCAGGGGGAGAAGTTGAGGACGAAACGGAGT
TTAGCTACGAAGCAAAAGGACCCAAGGGGCCAGCGAAATGGGGGACACTAAAGAAAGGGT
GGAAGTTGTGTGGAATTGGAAAACTGCAATCTCCGATTAATCTTACGGACGAAAATGTCA
AAGTTACTAGTAAACTTGGATCTCTCCGAAGCCGGTATTTACCTTCCAATGCCACTATTA
AGAACAGAGGACATGATATCATGTTGGAATTTAAAGGAGGGAATAAAGGTATTGGTATCA
CTATTCGTGGTATAAAATACAAACTTCAGCAGCTTCATTGGCATTCTCCTTCCGAACACT
CAATCAATGGCAAAAGGTATGCTCTTGAGGAACACATGGTTCATCAGAGCAAAAGTGGAC
GTTTCGCTGTTGTCGCGTTCTTATACAATATTGGGGAACCTGATCCTTTTCTTCTTTCGT
TGGAAGAACATTTGAACAAGATAACTGATACACACGAGTCCGAGGATTATGTCGGGATGA
TTGATCCCAAAAAACTCACTTTCGAATCAAAACAACACTATAGATATCTTGGATCACTTA
CAACTCCTCCATGTTCTGAACCTGTTATTTGGTCTGTTTCCAGAAAGATTAGGACCGTAA
CAAGTCAGCAAGTGGAGCTTCTCCACGTGGCTGTACATGATGCTTCTGATACAAATGCTA
GCCGGTTCAGCCAATCGATAAGCGCGTGGTGCATTTATA

QA 4 822 4 822
DS 



CO CL2151Contig2 567 2 1 U
ATGAAAACGTGTCTAATGATTTTTTTTTTAAATATGCATTGTGAGTTTGAATTGGATAGT
GATCAAATGACGACACTAGCGCAAAACGATAAACTACATGTAATGGCAGACCCGTTTTAC
ATTATATGAGAAAATAATATAGTTTTTTGGTGCAACACAGCGAGTGGCGTATAGGTTAAT
ACAGACTCGTTTTCTGTTTTTTTTTTTGCTTAAATTTGACAGACTCGTTTTCTGTTGACA
TCAAATTAATACATACTTATTTGTTCTCCGTTGGTGGTATGTATAAATGCACCACGCGCT
TATTGATTGGCTGAACCGGCCTAGCATTTGTATCAAAAGCATCATGTACAGCCACGTGGA
GAAGCTCCACTTGCTGACTTGTTACGGTCCTAATCTTTCTGGAAACAGACCAAATAACAG
GTTCAGAACATGGAGGAGTTGTAAGTGATCCAAGATATCTATAGTGTTATTTTGATTCGA
AAGTGAGTTTTTTGGGATCAATCATCCCGACATAATCCTCGGACTCGTGTGTATCAGTTA
TCTTGTTCAAATGTTCTTCCAACGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D287JQ U 30
AF RR1ER65JQ U 1
BS 1 567 RR1ER65JQ

RD RR1D287JQ 479 0 0
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TAAACTACATGTAATGGCAGACCCGTTTTACATTATATGAGAAAATAATATAGTTTTTTG
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TTAAATTTGACAGACTCGTTTTCTGTTGACATCAAATTAATACATACTTATTTGTTCTCC
GTTGGTGGTATGTATAAATGCACCACGCGCTTATTGATTGGCTGAACCGGCCTAGCATTT
GTATCAAAAGCATCATGTACAGCCACGTGGAGAAGCTCCACTTGCTGACTTGTTACGGTC
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CCAAGATATCTATAGTGTTATTTTGATTCGAAAGTGAGTTTTTTGGGATCAATCATCCC

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR1ER65JQ 567 0 0
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ATTATATGAGAAAATAATATAGTTTTTTGGTGCAACACAGCGAGTGGCGTATAGGTTAAT
ACAGACTCGTTTTCTGTTTTTTTTTTTGCTTAAATTTGACAGACTCGTTTTCTGTTGACA
TCAAATTAATACATACTTATTTGTTCTCCGTTGGTGGTATGTATAAATGCACCACGCGCT
TATTGATTGGCTGAACCGGCCTAGCATTTGTATCAAAAGCATCATGTACAGCCACGTGGA
GAAGCTCCACTTGCTGACTTGTTACGGTCCTAATCTTTCTGGAAACAGACCAAATAACAG
GTTCAGAACATGGAGGAGTTGTAAGTGATCCAAGATATCTATAGTGTTATTTTGATTCGA
AAGTGAGTTTTTTGGGATCAATCATCCCGACATAATCCTCGGACTCGTGTGTATCAGTTA
TCTTGTTCAAATGTTCTTCCAACGAAA

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 5

CO CL2152Contig1 1047 5 13 U
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ATGAACTTTCGAAGGGAGAATCGTGCATCGAGGACATCTCTCTTCGACGGGCTTGATGGA
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GCCGGGGAGGGTTCTTCCGAGTCATCCATCCATCCAAGGGGAGAGAAAAGAAACGCTACG
ATCACGAGAAGGGCAAACGATTCGTTCCTAATTGTTTCGATCCGACCTCAAGAAGAAGAA
GGAAGAGGCATATCATCATCATTCATCATGATAGGATTGTTCAAGGTTAAGGAGAAGCAA
AAAGAGGAAGCTAAGAACAACAACACAAGAGGAGCTTCTGCCAAGAAACAATCTGCTGGT
GAACTTCGTCTTCACAAAGATATAACAGAGCTGAATCTGCCAAAGTCTTGTTCAATATCT
TTTCCTAATGGAAAGAATGACTTGATGAACTTTGAAGTCACCATCAAACCCGACGACGGC
TATTACTTAGGTGGTAAATTCGTTTTCACGTTCCAAGTCTCTCCGGTGTATCCACATGAA
GCTCCAAAAGTTAAGTGCAAGACCAAGGTGTACCATCCGAATATCGATTTAGAAGGTAAC
GTTTGTCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACTCTCATC
TACGGTCTTTTCCATCTCTTCACGGAACCCAATCACGAGGATCCTCTCAACCATGACGCA
GCAGCGGTTTTAAGGGATAACCCCAAGCGTTTTGAGTCTAATGTCAAGAGGGCTATGAGT
GGTGGCTATGTTGGCCAAACCTCATTCCCTCGCTGCATCTAAGTTATAATAAGCTATGCT
TCTGTTTCACTTCACTTTTCTTCTTCCCTAGAGACTTTTTGTGTTTGCTCTCTTGTACAT
TTTGGCTTTTATGACATCGCTTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CL88TF U 1
AF RR1BF35JQ C 341
AF RR1BF35TF U 246
AF RR1E084TF U 256
AF RR1E084JQ C 340
BS 1 644 RR1CL88TF
BS 645 645 RR1BF35TF
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BS 689 715 RR1CL88TF
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BS 717 743 RR1CL88TF
BS 744 868 RR1BF35TF
BS 869 870 RR1E084TF
BS 871 968 RR1BF35TF
BS 969 969 RR1E084TF
BS 970 986 RR1BF35TF
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RD RR1CL88TF 744 0 0
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ATGAACTTTCGAAGGGAGAATCGTGCATCGAGGACATCTCTCTTCGACGGGCTTGATGGA
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GCCGGGGAGGGTTCTTCCGAGTCATCCATCCATCCAAGGGGAGAGAAAAGAAACGCTACG
ATCACGAGAAGGGCAAACGATTCGTTCCTAATTGTTTCGATCCGACCTCAAGAAGAAGAA
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AAAGAGGAAGCTAAGAACAACAACACAAGAGGAGCTTCTGCCAAGAAACAATCTGCTGGT
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TTTCCTAATGGAAAGAATGACTTGATGAACTTTGAAGTCACCATCAAACCCGACGACGGC
TATTACTTAGGTGGTAAATTCGTTTTCACGTTCCAAGTCTCTCCCGTGTATCCACATGAA
GCTCCAAAAGTTAAGTGCAAGACCAAG*TGTACCATCCGAATATCGATTTAGAAG*TAAC
GTTTGTCTCAACATCTTGCGTGA
G

QA 1 743 1 743
DS 

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TCAAGGTTAAGGAGAAGCAAAAAGAGGAAGCTAAGAACAACAACACAAGAGGAGCTTCTG
CCAAGAAACAATCTGCTGGTGAACTTCGTCTTCACAAAGATATAACAGAGCTGAATCTGC
CAAAGTCTTGTTCAATATCTTTTCCTAATGGAAAGAATGACTTGATGAACTTTGAAGTCA
CCATCAAACCCGACGACGGCTATTACTTAGGTGGTAAATTCGTTTTCACGTTCCAAGTCT
CTCCGGTGTATCCACATGAAGCTCCAAAAGTTAAGTGCAAGACCAAGGTGTACCATCCGA
ATATCGATTTAGAAGGTAACGTTTGTCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTC
TCAACATTAACACT
TTCA

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DS 

RD RR1BF35TF 743 0 0
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GAGAAGGGCAAACGATTCGTTCCTAATTGTTTCGATCCGACCTCAAGAAGAAGAAGGAAG
AGGCATATCATCATCATTCATCATGATAGGATTGTTCAAGGTTAAGGAGAAGCAAAAAGA
GGAAGCTAAGAACAACAACACAAGAGGAGCTTCTGCCAAGAAACAATCTGCTGGTGAACT
TCGTCTTCACAAAGATATAACAGAGCTGAATCTGCCAAAGTCTTGTTCAATATCTTTTCC
TAATGGAAAGAATGACTTGATGAACTTTGAAGTCACCATCAAACCCGACGACGGCTATTA
CTTAGGTGGTAAATTCGTTTTCACGTTCCAAGTCTCTCCGGTGTATCCACATGAAGCTCC
AAAAGTTAAGTGCAAGACCAAGGTGTACCATCCGAATATCGATTTAGAAGGTAACGTTTG
TCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACTCTCATCTACGG
TCTTTTCCATCTCTTCACGGAACCCAATCACGAGGATCCTCTCAACCATGACGCAGCAGC
GGTTTTAAGGGATAACCCCAAGCAGTTTGAGTCTAATGTCAAGAGGGCTATGAGTGGTGG
CTATGTTGGCCAAACCTCATTCCCTCGCTGCATCTAAGTTATAATAAGCTATGCTTCTGT
TTCGCTTCACTTTTCTTCTTC
TC

QA 1 741 1 741
DS 

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GGG
GAGTCATCCATCCATCCAAGGGGAGAGAAAAGAAACGCTACGATCACGAGAAGGGCAAAC
GATTCGTTCCTAATTGTTTCGATCCGACCTCAAGAAGAAGAAGGAAGAGGCATATCATCA
TCATTCATCATGATAGGATTGTTCAAGGTTAAGGAGAAGCAAAAAGAGGAAGCTAAGAAC
AACAACACAAGAGGAGCTTCTGCCAAGAAACAATCTGCTGGTGAACTTCGTCTTCACAAA
GATATAACAGAGCTGAATCTGCCAAAGTCTTGTTCAATATCTTTTCCTAATGGAAAGAAT
GACTTGATGAACTTTGAAGTCACCATCAAACCCGACGACGGCTATTACTTAGGTGGTAAA
TTCGTTTTCACGTTCCAAGTCTCTCCGGTGTATCCACATGAAGCTCCAAAAGTTAAGTGT
AAGACCAAGGTGTACCATCCGAATATCGATTTAGAAGGTAACGTTTGTCTCAACATCTTG
CGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACTCTCATCTACGGTCTTTTCCATCTC
TTCACGGAACCCAATCACGAGGATCCTCTCAACCATGACGCAGCAGCGGTTTTAAGGGAT
AACCCCAAGCGTTTTGAGTCTAATGTCAAGAGGGCTATGAGTGGTGGCTATGTTGGCCAA
ACCTCATTCCCTCGCTGCATCTAAGTTATAATAAGCTATGCTTCTGTTTCACTTCACTTT
TCTTCTTC
CCTAGAGA

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DS 

RD RR1E084JQ 708 0 0
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TTCAAGGTTAAGGAGAAGCAAAAAGAGGAAGCTAAGAACAACAACACAAGAGGAGCTTCT
GCCAAGAAACAATCTGCTGGTGAACTTCGTCTTCACAAAGATATAACAGAGCTGAATCTG
CCAAAGTCTTGTTCAATATCTTTTCCTAATGGAAAGAATGACTTGATGAACTTTGAAGTC
ACCATCAAACCCGACGACGGCTATTACTTAGGTGGTAAATTCGTTTTCACGTTCCAAGTC
TCTCCGGTGTATCCACATGAAGCTCCAAAAGTTAAGTGTAAGACCAAGGTGTACCATCCG
AATATCGATTTAGAAGGTAACGTTTGTCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTT
CTCAACATTAACACTCTCATCTACGGTCTTTTCCATCTCTTCACGGAACCCAATCACGAG
GATCCTCTCAACCATGACGCAGCAGCGGTTTTAAGGGATAACCCCAAGCGTTTTGAGTCT
AATGTCAAGAGGGCTATGAGTGGTGGCTATGTTGGCCAAACCTCATTCCCTCGCTGCATC
TAAGTTATAATAAGCTATGCTTCTGTTTCACTTCACTTTTCTTCTTCCCTAGAGACTTTT
TGTGTTTGCTCTCTTGTACATTTTGGCTTTTATGACATCGCTTTTATT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 5

CO CL2153Contig1 720 5 6 U
GGGACGCAGTCTTGTCTCCGCAACTCTCTTATAGCTCCTTGAAATGGCGTCAGAGAAGAA
GCTGTCGAACCCCATGAGGGACGTTAAGGTCCAGAAGCTTGTTCTCAACATCTCCGTTGG
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CCCTGTTTTCTCAAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCTTTTGGTATCAGGCGTAACGAAAA
GATTGCGTGCTACGTCACTGTTAGAGGTGACAAGGCAATGCAGCTTCTCGAGAGTGGCTT
GAAAGTTAAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAGTGACACTGGTTGCTTTGGATT
CGGTATCCAAGAGCACATTGATCTCGGAATCAAGTATGATCCATCTACTGGTATCTACGG
AATGGATTTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCGTGTGGCACGTAGACGTAGATG
CAAGGCCCGTGTTGGCATCCAACACAGAGTGACTAAGGATGATGCAATGAAATGGTTCCA
AGTCAAGTATGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCACAGAACATCACCGGTTAAAAAAAAA*
TCTTGTTGATTTTAGCTTTGTTTCGTGTTCTTTTATCTTTTATGATTTCTGGATGTTAAA
GAATTTCTTGTTGTAGTAAAACCTTTTTTTGACATGTGGTAGAATCTAAAATCTTCCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1EK67JQ C 438
AF RR1B882TF U 1
AF RR1EK67TF U 3
AF RR1FF01TF U 4
AF RR1FF01JQ C 46
BS 1 82 RR1B882TF
BS 83 83 RR1FF01TF
BS 84 684 RR1B882TF
BS 685 685 RR1EK67TF
BS 686 715 RR1B882TF
BS 716 720 RR1FF01JQ

RD RR1EK67JQ 222 0 0
TTT
TTGAACGTCCAGGATACCGTGTGGCACGTAGACGTAGATGCAAGGCCCGTGTTGGCATCC
AACACAGAGTGATTAAGGATGATGCAATGAAATGGTTCCAAGTCAAGTATGAAGGAGTTA
TCCTCAACAAGTCACAGAACATCCCCGGTTAAAAAAAAA*TCTTGTTGATTTTAGCTTTG
TTTCGTGTTTTTTTATTTTTTATGATTTTTGGATGTTAA

QA 4 222 4 222
DS 

RD RR1B882TF 715 0 0
GGGACGCAGTCTTGTCTCCGCAACTCTCTTATAGCTCCTTGAAATGGCGTCAGAGAAGAA
GCTGTCGAACCCCATGAGGGACATTAAGGTCCAGAAGCTTGTTCTCAACATCTCCGTTGG
TGAAAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCATAAAGGTTTTGGAACAGCTCAGTGGACAAAC
CCCTGTTTTCTCAAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCTTTTGGTATCAGGCGTAACGAAAA
GATTGCGTGCTACGTCACTGTTAGAGGTGACAAGGCAATGCAGCTTCTCGAGAGTGGCTT
GAAAGTTAAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAGTGACACTGGTTGCTTTGGATT
CGGTATCCAAGAGCACATTGATCTCGGAATCAAGTATGATCCATCTACTGGTATCTACGG
AATGGATTTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCGTGTGGCACGTAGACGTAGATG
CAAGGCCCGTGTTGGCATCCAACACAGAGTGACTAAGGATGATGCAATGAAATGGTTCCA
AGTCAAGTATGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCACAGAACATCACCGGTTAAAAAAAAA*
TCTTGTTGATTTTAGCTTTGTTTCGTGTTCTTTTATCTTTTATGATTTCTGGATGTTAAA
GAATTTCTTGTTGTAGTAAAACCTCTTTTTGACATGTGGTAGAATCTAAAATCTT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1EK67TF 695 0 0
GGGGC
AGTCTTGTCTCCGCAACTCTCTTATAGCTCCTTGAAATGGCGTCAGAGAAGAAGCTGTCG
AACCCCATGAGGGACATTAAGGTCCAGAAGCTTGTTCTCAACATCTCCGTTGGTGAAAGT
GGTGATCGTCTCACCCGTGCCATAAAGGTTTTGGAACAGCTCAGTGGACAAACCCCTGTT
TTCTCAAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCTTTTGGTATCAGGCGTAACGAAAAGATTGCG
TGCTACGTCACTGTTAGAGGTGACAAGGCAATGCAGCTTCTCGAGAGTGGCTTGAAAGTT
AAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAGTGACACTGGTTGCTTTGGATTCGGTATC
CAAGAGCACATTGATCTCGGAATCAAGTATGATCCATCTACTGGTATCTACGGAATGGAT
TTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCGTGTGGCACGTAGACGTAGATGCAAGGCC
CGTGTTGGCATCCAACACAGAGTGACTAAGGATGATGCAATGAAATGGTTCCAAGTCAAG
TATGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCACAGAACATCACCGGTTAAAAAAAA**TCTTGTT
GATTTTAGCTTTGTTTCGTGTTCTTTTATCTTTTATGATTTCTGGATGTTAAAGAATTTC
TTGTTGTAGTAAAACCTTTTTTTGACA
AAA

QA 6 692 6 692
DS 

RD RR1FF01TF 717 0 0
GGGT
AGTCTTGTCTCCGCAACTCTCTTATAGCTCCTTGAAATGGCGTCAGAGAAGAAGCTGTCG
AACCCCATGAGGGACGTTAAGGTCCAGAAGCTTGTTCTCAACATCTCCGTTGGTGAAAGT
GGTGATCGTCTCACCCGTGCCATAAAGGTTTTGGAACAGCTCAGTGGACAAACCCCTGTT
TTCTCAAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCTTTTGGTATCAGGCGTAACGAAAAGATTGCG
TGCTACGTCACTGTTAGAGGTGACAAGGCAATGCAGCTTCTCGAGAGTGGCTTGAAAGTT
AAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAGTGACACTGGTTGCTTTGGATTCGGTATC
CAAGAGCACATTGATCTCGGAATCAAGTATGATCCATCTACTGGTATCTACGGAATGGAT
TTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCGTGTGGCACGTAGACGTAGATGCAAGGCC
CGTGTTGGCATCCAACACAGAGTGACTAAGGATGATGCAATGAAATGGTTCCAAGTCAAG
TATGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCACAGAACATCACCGGTTAAAAAAAAAATCTTGTT
GATTTTAGCTTTGTTTCGTGTTCTTTTATCTTTTATGATTTCTGGATGTTAAAGAATTTC
TTGTTGTAGTAAAACCTTTTTTTGACATGTGGTAGAATCTAAAATCTT
CCAGG

QA 5 712 5 712
DS 

RD RR1FF01JQ 675 0 0
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CAACATCTCCGTTGGTGAAAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCATAAAGGTTTTGGAACA
GCTCAGTGGACAAACCCCTGTTTTCTCAAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCTTTTGGTAT
CAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACTGTTAGAGGTGACAAGGCAATGCAGCT
TCTCGAGAGTGGCTTGAAAGTTAAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAGTGACAC
TGGTTGCTTTGGATTCGGTATCCAAGAGCACATTGATCTCGGAATCAAGTATGATCCATC
TACTGGTATTTACGGAATGGATTTTTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCGTGTGGC
ACGTAGACGTAGATGCAAGGCCCGTGTTGGCATCCAACACAGAGTGACTAAGGATGATGC
AATGAAATGGTTCCAAGTCAAGTATGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCACAGAACATCAC
CGGTTAAAAAAAAAATCTTGTTGATTTTAGCTTTGTTTCGTGTTCTTTTATCTTTTATGA
TTTCTGGATGTTAAAGAATTTCTTGTTGTAGTAAAACCTTTTTTTGACATGTGGTAGAAT
CTAAAATCTTCCAGG

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 4

CO CL2154Contig1 1285 4 17 U
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GATCCTTATTATCAGGCTTTGAAGCTATCTCGTTAGAGATTACAATATTGTTAACTAAAC
ATGTTTAAGAGAAGGAATGCTCACCAGCCTGATGATGGTTCTCAGCATGATAACAAGGTT
AGAGAATTGAGATCTGGGATAGGACCGCTCTCTGGACATAGTTCAATGTTCTGCTCTGAT
GCTTCTTTGAGGAGGTATTTGGCTGCTCGTAACTGGAACGTGGAGAAAGCCAAGAAAATG
CTTGAGGAGACTCTTAAGTGGAGATCAACATACAAACCTCAAGAGATCCGATGGAATCAA
GTAGCACATGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAGAGCTGGTTTTCATGATAGACAAGGT
AGAGTAGTGCTTATAATGAGACCAGCATTACAGAATTCAACATCAGCAGAAGGTAATATA
AAGCATTTGGTCTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCCAAGGGACAAGAACAA
ATGTCTTGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCTGCTAATGTCCCTATGAAAACA
ACACGAGAGATTGTCTACATTCTACAGAATCATTACCCTGAGAGACTCGGTATCGCCTTT
CTCTACAATCCACCAAGACTCTTCCAAGCAGTCTACAAGGCTGTTAAATACTTCTTGGAC
CCATGTACAGCTCAAAAGGTCAAATTTGTGTACCCTAAAGACAAAACAAGTGATGAACTG
ATGACATCACATTTTGATGTTGAGAATCTTCCCAAGGAGTTTGGAGGAGAAGCAACACTA
GAGTATGATCATGAGGAGTTCTCAAAACAAATGTGTGAAGATGATGTCAAAACAGCAAAG
TTCTGGGGATTGGAGGAGAAACAGTATCCGAAACCAAACGGTTTCTCTCCAGCCGATGTT
GTTCCTGAGCCAGCCACTTTTATTGCATCAGCAGCTAGCTGAGTTATATATATACAGACA
GAAACAAGAAGAGATGAATAGTAAAGGTATATTTTCGTCCAAGAAGAACCAATAAAAATG
TCCTGTTTACTTAGATAATTAATAAGGTTCCAAGTCTTTGCTTAGTGAGCCAAATACATT
TTAAAATATGTTATAATTAACAGAGACGTTCCTTGTCATGAATATTGTATGTGTGAGAAT
ATTGTTCCATGTGTAACTGTTTTGTGTTTAGTAATTGAAGCTAGCAGAGTAATCCTTTTA
TTTATGATGATTATTTTTCAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FU55TF U 1
AF RR1BV14TF U 434
AF RR1FU55JQ C 665
AF RR1CM64JQ C 682
BS 1 606 RR1FU55TF
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BS 1155 1285 RR1FU55JQ

RD RR1FU55TF 693 0 0
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GATCCTTATTATCAGGCTTTGAAGCTATCTCGTTAGAGATTACAATATTGTTAACTAAAC
ATGTTTAAGAGAAGGAATGCTCACCAGCCTGATGATGGTTCTCAGCATGATAACAAGGTT
AGAGAATTGAGATCTGGGATAGGACCGCTCTCTGGACATAGTTCAATGTTCTGCTCTGAT
GCTTCTTTGAGGAGGTATTTGGCTGCTCGTAACTGGAACGTGGAGAAAGCCAAGAAAATG
CTTGAGGAGACTCTTAAGTGGAGATCAACATACAAACCTCAAGAGATCCGATGGAATCAA
GTAGCACATGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAGAGCTGGTTTTCATGATAGACAAGGT
AGAGTAGTGCTTATAATGAGACCAGCATTACAGAATTCAACATCAGCAGAAGGTAATATA
AAGCATTTGGTCTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCCAAGGGACAAGAACAA
ATGTCTTGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCTGCTAATGTCCCTATGAAAACA
ACACGA*AGATTGTCTACGTTCTACAGAATCATTACCCTGAGAGACTCGGTATCGCCTTT
CTCTACAATCCACCAAGACTCTTCCAAGCAGTC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1BV14TF 721 0 0
GG
ATGAGACCAGCATTACAGAATTCAACATCAGCAGAAGGTAATATAAAGCATTTGGTCTAT
CTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCCAAGGGACAAGAACAAATGTCTTGGCTCATT
GATTTCACTGGTTGGTCTATGGCTGCTAATGTCCCTATGAAAACAACACGAGAGATTGTC
TACATTCTACAGAATCATTACCCTGAGAGACTCGGTATCGCCTTTCTCTACAATCCACCA
AGACTCTTCCAAGCAGTCTACAAGGCTGTTAAATACTTCTTGGACCCATGTACAGCTCAA
AAGGTCAAATTTGTGTACCCTAAAGACAAAACAAGTGATGAACTGATGACATCACATTTT
GATGTTGAGAATCTTCCCAAGGAGTTTGGAGGAGAAGCAACACTAGAGTATGATCATGAG
GAGTTCTCAAAACAAATGTGTGAAGATGATGTCAAAACAGCAAAGTTCTGGGGATTGGAG
GAGAAACAGTATCCGAAACCAAACGGTTTCTCTCCAGCCGATGTTGTTCCTGAGCCAGCC
ACTTCTATTGCATCAGTAGCTAGCTGAGTTATATATATACAGACAGAAACAAGAAGAGAT
GAATAGTAAAGGTATATTCTCGTCCAAGAAGA*CCAATAAAAATGTCCTGTTTACTTAGA
TAATTAATAAG*TTCCAAGTCTTTGCTTAGTGAGCCAAATACATTTTAAAATATGTTAT

QA 3 721 3 721
DS 

RD RR1FU55JQ 621 0 0
ACAATCCACCAAGACTCTTCCAAGCAGTCTACAAGGCTGTTAAATACTTCTTGGACCCAT
GTACAGCTCAAAAGGTCAAATTTGTGTACCCTAAAGACAAAACAAGTGATGAACTGATGA
CATCACATTTTGATGTTGAGAATCTTCCCAAGGAGTTTGGAGGAGAAGCAACACTAGAGT
ATGATCATGAGGAGTTCTCAAAACAAATGTGTGAAGATGATGTCAAAACAGCAAAGTTCT
GGGGATTGGAGGAGAAACAGTATCCGAAACCAAACGGTTTCTCTCCAGCCGATGTTGTTC
CTGAGCCAGCCACTTTTATTGCATCAGCAGCTAGCTGAGTTATATATATACAGACAGAAA
CAAGAAGAGATGAATAGTAAAGGTATATTTTCGTCCAGGAAGAACCAATAAAAATGTCCT
GTTTACTTAGATAATTAATAAGGTTCCAAGTCTTTGCTTAGTGAGCCAAGTACATTTTAA
AATATGTTATAATTAACAGAGACGTTCCTTGTCATGAATATTGTATGTGTGAGAATATTG
TTCCATGTGTAACTGTTTTGTGTTTAGTAATTGAAGCTAGCAGAGTAATCCTTTTATTTA
TGATGATTATTTTTCAAGTCC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1CM64JQ 582 0 0
TTCCAAGCAGTCTACAAGGCTGTTAAATACTTCTTGGACCCATGTACAGCTCAAAAGGTC
AAATTTGTGTACCCTAAAGACAAAACAAGTGATGAACTGATGACATCACATTTTGATGTT
GAGAATTTTCCCAAGGAGTTTGGAGGAGAAGCAACACTAGAGTATGATCATGAGGAGTTC
TCAAAACAAATGTGTGAAGATGATGTCAAAACAGCAAAGTTTTGGGGATTGGAGGAGAAA
CAGTATCCGAAACCAAACGGTTTCTCTCCAGCCGATGTTGTTCCTGAGCCAGCCACTTTT
ATTGCATCAGCAGCTAGCTGAGTTATATATATACAGACAGAAACAAGAAGAGATGAATAG
TAAAGGTATATTTTCGTCCAAGAAGAACCAATAAAAATGTCCTGTTTACTTAGATAATTA
ATAAGGTTCCAAGTCTTTGCTTAGTGAGCCAAATACACTTTAAAATATGTTATAATTAAC
AGAGACGTTCCTTGTCATGAATATTGTATGTGTGAGAATATTGTTCCATGTGTAACTGTT
TTGTGTTTAGTAATTGAAGCTAGCAGAGTAATCCTTTTATTT

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 5

CO CL2155Contig1 834 5 2 U
GGACTGCTTATAAATGAACCCCCATAGACACCCACAATCACAACCCAAGAGCTTAAAAAC
ACCAAGCAACAATGTCAAAAAAATCAAAGGCTTCTTCTCTATGTCAACTCCTCCTCCTCC
TCTTCTTGTCTCTCAATTCTCAACCAGCACTCTCCTCTCGTGCCCCAAAACCGCAATCAC
AACCAACATCAGCTCAAACCATAATCGATGATGATTCGTCTTCAATGGCCAAGATCGACC
ATGCAAAATCCATGATTGCTGGATTCTTCAACCACAAGTTTCCAATAAAGGGCTGGCCTA
TCCCCTACTACCCACCTTTCACAATGGTTAACCCTAATATTCCAACAAACCCATCTGGAG
CTCAAGAGGAATCAGAGAAGTTACCTTCTCCCCCAAGCAAAGCCAAAAAA*GATGGAGGA
AACGCCTGAATTTAGCATTTTACTTGTGTGTTTTAAAAATATATTTTTCATCGAACACTT
AAAAATTTGTGTGCCATTAAGCGTTGATACTGATGGAAAAGTGAGGTTAAAACCGCAGAC
TGTTGCATTATTAGTAGAACACCTACTCTCAGTCTAGTTAAATATCACCGAATCTGAGCT
ATTGATCCCACAAAGAAATGGCAATTAGTCTTCAAAACCTACATAAGAAGGACAATACGT
TTCGTTGAGTTGGAAAATGCAAAATATAGTTGTGTTAGCCACATTTTGTTAGTTCCTTAT
GCTCTTACAGATAACCAGTCACAATATATATTTTCTGTATAATATATAGAATCCCTCAAA
ACATTATGCAAATTCATGAAATGAAAATTTAAGAAAAAAGAAACAATAAAATTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
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G
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CCTCAAAACATTATGCAAATTCATGAAATGAAAATTTAAGAAAAAAGAAACAATAAAATT
C

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DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR1ET15TF U 5
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BS 786 803 RR1F942TF
BS 804 805 RR1ET15JQ
BS 806 821 RR1F942TF
BS 822 1019 RR1ET15JQ

RD RR1ET15TF 571 0 0
GGAC
GGAGAGAGAGATCTTGATTCTTCCTTCCACACTTCACCAAAAAAATAAAATGAAAGAGAT
CGCCGATCAAAACTTCTTCCGCTACTGCCTCCTCGCCCTAATTTACTCCGGCCCACCCAC
CGCCATCGCTCTCAAATTCCTCCAAGCTCCTTACGGCAAACACAACCGCACCGGATGGGG
CCCCACTTTATCTCCCCCACTCGCTTGGTTCCTCATGGAGAGCCCCACCTTATGGCTCTC
CCTCCTCCTCTTCCCCTTCGGCCGCCACTTTCTCAATCCAAAATCTCTCCTCCTCTTCTC
GCCTTACCTCCTCCATTACTTCCACCGCACCATCATCTACCCTCTCCGCCTCCTCCGCAG
CTCCTCCCCGAGTAAAAAGGGCTTTCGGATCAGCGTCGCCGCCATGGCGTTCACCTTTAA
TCTCTTCAACGCCTATATCCAGGCGAGGTACGTTTCTCATTACAAGAACGACTACGAAGT
ACAGTGGTTCTGGTGGCGGTTTATCGTTGGTTCGGTGATCTTCGTAACCGGTATGTGGAT
TAACATCACGTCGGACCGGACTCTGGT

QA 5 571 5 571
DS 

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AAAGAGATCGCCGATCAAAACTTCTTCCGCTACTGCCTCCTCGCCCTAATTTACTCCGGC
CCACCCACCGCCATCGCTCTCAAATTCCTCCAAGCTCCTTACGGCAAACACAACCGCACC
GGATGGGGCCCCACTTTATCTCCCCCACTCGCTTGGTTCCTCATGGAGATCCCCACCTTA
TGGCTCTCCCTCCTCCTCTTCCCCTTCGGCCGCCACTTTCTCAATCCAAAATCTCTCCTC
CTCTTCTCGCCTTACCTCCTCCATTACTTCCACCGCACCATCATCTACCCTCTCCGCCTC
CTCCGGAGCTCCTCCCCAAGTAAAAAGGGCTTTCCGATCAGCGTCGCCGCCATGGCGTTC
ACCTTTAATCTCTTCAACGCCTATATCCAGGCGAGGTACGTTTCTCATTACAAGAACGAC
TACGAAGTACAGTGGTTCTGGTGGCGGTTTATCGTTGGTTCGGTGATCTTCGTAACCGGT
ATGTGGATTAACATCACGTCGGACCGGACCCTGGTACGGCTGAAGAAAGAGCACTACGGA
GTTTATGTGATACCGAGAGGAGGCTTGTTCGAGTTTGTAAGCTGTCCTAATTACTTCGGA
GAGGTGGTCGAGTGGTTCGGCTGGGGTGTAATGACCTGGTCTTGGCCCGGGATTGGATTT
TTTCTGTACACGTGTTCCAACTTGATCCCGCGCTCACATGCGAGCCACATATGGTACAAT
GACA*GTTTAGAGCCGAGTACCC**AGACTCGGAAAGCTGT
A

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1CU32TF 799 0 0
GGACA
GGAGAGAGAGATCTTGATTCTTCCTTCCACACTTCACCAAAGAA*TAAAATGAAAGAGAT
CGCCGATCAAAACTTCTTCCGCTACTGCCTCCTCGCCCTAATTTACTCCGGCCCACCCAC
CGCCATCGCTCTCAAATTCCTCCAAGCTCCTTACGGCAAACACAACCGCACCGGATGGGG
CCCCACTTTATCTCCCCCACTCGCTTGGTTCCTCATGGAGAGCCCCACCTTATGGCTCTC
CCTCCTCCTCTTCCCCTTCGGCCGCCACTTTCTCAATCCAAAATCTCTCCTCCTCTTCTC
GCCTTACCTCCTCCATTACTTCCACCGCACCATCATCTACCCTCTCCGCCTCCTCCGGAG
CTCCTCCCCAAGTAAAAAGGGCTTTCCGATCAGCGTTGCCGCCATGGCGTTCACCTTTAA
TCTCTTCAACGCCTATATCCAGGCGAGGTACGTTTCTCATTACAAGAACGACTACGAAGT
ACAGTGGTTCTGGTGGCGGTTTATCGTTGGTTCGGTGATCTTCGTAACCGGTATGTGGAT
TAACATCACGTCGGACCGGACTCTGGTACGGCTGAAGAAGGAGCACTACGGAGTTTATGT
GATACCGAGAGGAGGCTTGTTCGAGTTTATAAGCTGTCCTAATTACTTCGGAGAGGTGGT
CGAGTGGTTCGGCTGGGGTGTAATGACCTGGTCTTGGTCCGGGATTGGATTTTT*CTGTA
CACGTGTTCCAACTTGATCCCGCGCGCACATGCGAGCCACATATGGTACAATGACAAGTT
TAGAGCCGAGTACC

QA 6 799 6 799
DS 

RD RR1ET15JQ 718 0 0
TCTTCTCGCCTTACCTCCTCCATTACTTCCACCGCACCATCATCTACCCTCTCCGCCTCC
TCCGCAGCTCCTCCCCGAGTAAAAAGGGCTTTCGGATCAGCGTCGCCGCCATGGCGTTCA
CCTTTAATCTCTTCAACGCCTATATCCAGGCGAGGTACGTTTCTCATTACAAGAACGACT
ACGAAGTACAGTGGTTCTGGTGGCGGTTTATCGTTGGTTCGGTGATCTTCGTAACCGGTA
TGTGGATTAACATCACGTCGGACCGGACTCTGGTACGGCTGAAGAAGGAGCACTACGGAG
TTTATGTGATACCGAGAGGAGGCTTGTTCGAGTTTGTAAGCTGTCCTAATTACTTCGGAG
AGGTGGTCGAGTGGTTCGGCTGGGGTGTAATGACTTGGTCTTGGCCCGGGATTGGATTTT
TTCTGTACACGTGTTCCAACTTGATCCCGCGCGCACATGCGAGCCACATATGGTACAATG
ACAAGTTTAGAGCCGAGTACCCCAAGACTCGGAAAGCTGTTATTCCTTTTGTGTTCTGAA
GAAAAGAAGAAACCATTTAACCCTTTTCTAATTTAGCTTCGTCTAGATTCAGTAACCGGT
TTAGTTCTCTTAATTTTGGTTTATTGTTCCGGTTTATGTTGGTGTGTTCTTCAGTAGTGC
AAAACTGTGTGTCATTAAGACAAAAGGTTTGAATAAAAGAGTGCCACGTCATAAGATC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 4

CO CL2157Contig1 809 4 11 U
GCAAAATATCATCAAAGTTTCAAATATATACTAAGCCAAGTGAAATACGACTTTTATTAT
CTTCTGATCAGTTACTTCTCATTCCCGTACTAGACAATAACAATAAAATAAATATATGAA
ATGACAAAAAAAAAACATGATACTATCTGGAGCTTTATCTTATTACTGACATGGTTGATT
AAAATATAATAAGACGATGGGGATTACAAATATATTATGGAAACACACAATTTATAAGAA
TTTTCAAGTTTTATTTTCCAGATTCTATGCTGAAACCCATCTATATTATTACCAGATGAA
ACATCCGCGGATTCCGAAGCAAGAGGGGGATTGTGATCTACGAATGGGGTAGTGATCAAT
AGAAGAGTCAAAGGATGAAAATCTTCTAATGACCTTCCCTTTTGTCTGACACTTGAACAG
ATGGTACTCATTCTCATCCATCAGCACCCTCTCCGACAGAGACGGTGAAGAAGCCGACAG
TTTCATGACCTTGTTATTCTTCTTGTGACCACCTGATGATAACCACAAGAGTCTGGTATG
GATTAGTGCCAGGATTTTCTTGATGGGTTTTCTTGAACTACCTCGGATTTGTTCGCTGGA
GAAGGACAAATGACACGGCGGAGGGGTGAGAGGCAACGGAGGTAGCTCGGAGGAGGGGTG
CTTGTGCTTGGGAGTGCCGGGATGGGATTCCCATTCGAATGGGATGGAACCGGCGGCTCC
GTCGTAGTAGTAGATTCTAAAGGAACAAGCTGGTGCCTGAGAAGATAACCTTCGTTTGCT
CGACGGTATCTTGTCGGAAAAGGTGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 15 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FM95JQ U 30
AF RR1CN62JQ U 1
AF RR1EZ32JQ U 30
AF RR1EZ32TF C 119
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BS 135 135 RR1FM95JQ
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BS 740 781 RR1EZ32JQ
BS 782 809 RR1EZ32TF

RD RR1FM95JQ 665 0 0
ACTAAGCCAAGTGAAATACGACTTTTATTATCTTCTGATCAGTTACTTCTCATTCCCGTA
CTAGACAATAACAATAAAATAAATATATGAAATGACAAAAAAAAAACATGATACTATCTG
GAGCTTTATCTTATTACTGACATGGTTGATTAAAATATAATAAGACGATGGGGATTACAA
ATATATTATGGAAACACACAATTTATAAGAATTTTCAAGTTTTATTTCCCAGATTCTATG
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ATTGTGATCTACGAATGGGGTAGTGATCAATAGAAGAGTCAAAGGATGAAAATCTTCTAA
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TTCTTGAACTACCACGGATTTGTTCGCTGGAGAAGGACAAATGACACGGCGGAGGGGTGA
GAGGCAGCGGAGGTAGCTCGGAGGAGGGGTGCTTGTGCTTGGGAGTGCCGGGATGGGATT
CCCAT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1CN62JQ 739 0 0
GCAAAATATCATCAAAGTTTCAAATATATACTAAGCCAAGTGAAATACGACTTTTATTAT
CTTCTGATCAGTTACTTCTCATTCCCGTACTAGACAATAACAATAAAATAAATATATGAA
ATGACAAAAAAAAA*CATGATACTATCTGGAGCTTTATCTTATTACTGACATGGTTGATT
AAAATATAATAAGACGATGGGGATTACAAATATATTATGGAAACACACAATTTATAAGAA
TTTTCAAGTTTTATTTTCCAGATTCTATGCTGAAACCCATCTATATTATTACCAGATGAA
ACATCCGCGGATTCCGAAGCAAGAGGGGGATTGTGATCTACGAATGGGGTAGTGATCAAT
AGAAGAGTCAAAGGATGAAAATCTTCTAATGACCTTCCCTTTTGTCTGACACTTGAACAG
ATGGTACTCATTCTCATCCATCAGCACCCTCTCCGACAGAGACGGTGAAGAAGCCGACAG
TTTCATGACCTTGTTATTCTTCTTGTGACCACCTGATGATAACCACAAGAGTCTGGTATG
GATTAGTGCCAGGATTTTCTTGATGGGTTTTCTTGAACTACCACGGATTTGTTCGCTGGA
GAAGGACAAATGACACGGCGGAGGGGTGAGAGGCAGCGGAGGTAGCTCGGAAGAGGGGTG
CTTGTGCTTGGGAGTGCCGGGATGGGATTCCCATTCGAATGGGATGGAACCGGCGGCTCC
GTCGTAGTAGTAGATTCTA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1EZ32JQ 752 0 0
ACTAAGCCAAGTGAAATACGACTTTTATTATCTTCTGATCAGTTACTTCTCATTCCCGTA
CTAGACAATAACAATAAAATAAATATATGAAATGACAAAAAAAA**CATGATACTATCTG
GAGCTTTATCTTATTACTGACATGGTTGATTAAAATATAATAAGACGATGGGGATTACAA
ATATATTATGGAAACACACAATTTATAAGAATTTTCAAGTTTTATTTTCCAGATTCTATG
CTGAAACCCATCTATATTATTACCAGATGAAACATCCGCGGATTCCGAAGCAAGAGGGGG
ATTGTGATCTACGAATGGGGTAGTGATCAATAGAAGAGTCAAAGGATGAAAATCTTCTAA
TGACCTTCCCTTTTGTCTGACACTTGAACAGATGGTACTCATTCTCATCCATCAGCACCC
TCTCCGACAGAGACGGTGAAGAAGCCGACAGTTTCATGACCTTGTTATTCTTCTTGTGAC
CACCTGATGATAACCACAAGAGTCTGGTATGGATTAGTGCCAGGATTTTCTTGATGGGTT
TTCTTGAACTACCTCGGATTTGTTCGCTGGAGAAGGACAAATGACACGGCGGAGGGGTGA
GAGGCAACGGAGGTAGCTCGGAGGAGGGGTGCTTGTGCTTGGGAGTGCCGGGATGGGATT
CCCATTCGAATGGGATGGAACCGGCGGCTCCGTCGTAGTAGTAGATTCTAAAGGAACAAG
CTGGTGCCTGAGAAGATAACCTTCGTTTGCTC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1EZ32TF 691 0 0
TGAAATGAC
AAAAAAAACATGATACTATCTGGAGCTTTATCTTATTACTGACATGGTTGATTAAAATAT
AATAAGACGATGGGGATTACAAATATATTATGGAAACACACAATTTATAAGAATTTTCAA
GTTTTATTTTCCAGATTCTATGCTGAAACCCATCTATATTATTACCAGATGAAACATCCG
CGGATTCCGAAGCAAGAGGGGGATTGTGATCTACGAATGGGGTAGTGATCAATAGAAGAG
TCAAAGGATGAAAATCTTCTAATGACCTTCCCTTTTGTCTGACACTTGAACAGATGGTAC
TCATTCTCATCCATCAGCACCCTCTCCGACAGAGACGGTGAAGAAGCCGACAGTTTCATG
ACCTTGTTATTCTTCTTGTGACCACCTGATGATAACCACAAGAGTCTGGTATGGATTAGT
GCCAGGATTTTCTTGATGGGTTTTCTTGAACTACCTCGGATTTGTTCGCTGGAGAAGGAC
AAATGACACGGCGGAGGGGTGAGAGGCAACGGAGGTAGCTCGGAGGAGGGGTGCTTGTGC
TTGGGAGTGCCGGGATGGGATTCCCATTCGAATGGGATGGAACCGGCGGCTCCGTCGTAG
TAGTAGATTCTAAAGGAACAAGCTGGTGCCTGAGAAGATAACCTTCGTTTGCTCGACGGT
ATCTTGTCGGAAAAGGTGGCCC

QA 10 691 10 691
DS 



AS 1 3

CO CL2158Contig1 966 3 11 U
AGAGAGTAAAAACTCCATGTATTCATAACTTCATATTCCAAAGTCTTTGGTATGGTATTT
GTGGTCCAATTGAGACCAAAAACAAAACCAAACCCAGTTTTCACATCAGTATGGACTACT
TGCAAGCAAAGCAATACAGCAAGTCAGTATCGGTTTGCAAAAGCTGAAGCATCTTTTATT
CAATCCAAAACATTCTCTGAATAAATTATTAGGCAAAAAGAACCTTTAAAGAATTCAGCG
GTAGAGGCTCTCCGACTTCAGATTCTCGGCAATCTCTGTCTCCCACCGATCTCCATTCTC
AAGAAGCTTCTCTTTGTCATACAGAAGTTCCTCATGAGTCTCGGTTGCAAACTCAAAGTT
GGGTCCTTCCACGATTGCATCAACAGGGCAAGCTTCTTGGCAAAAACCACAGTAGATGCA
CTTTGTCATGTCTATATCATACCTAGTGGTTCTGCGGCTTCCATCTTCCCTCTCCTCTGC
CTCTATGGTGATTGCTTGAGCTGGACATACAGCTTCACAGAGTTTGCAGGCAATGCAGCG
TTCTTCCCCAGTTGGATACCTTCGAAGAGCGTGCTCACCACGGAAGCGAGGGCTCAATGG
ACCCTTTTCAAAAGGATAATTGATTGTAACTTTTGGATCAAAGAAGTACTTGAGAGTCAG
CGACAAGCCCCGGACCATTTCAGTGAGAAATAGGGTGTTCATGCTCCGCTCAAAGACAGT
ACTCCAGTCCTTGGAGATCTCCTTAGCAAGTTGCTCAGCTTCTTGATCATCTTTATTGGT
GCCATACGATATAGCACGGGACTGTAGCCCAACGAGATGAGATCCCTGTAAAGCTTGCCC
TGAAGAAACGATATGTCGGGTCCGGAGAGCGTTGAGCGACCTGCGAGCCAGAAACGAAGC
CATTGATGGAGGCTCCAAATATCAAATTTGGATCTTTTCTTCTTCGCTTGGACACGATGA
TACTCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
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20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

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AAT

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ATCTTTTCTTCTTCGCTTGGACACGATGATACTCA

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AS 2 4

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TTTGAGCGGTCTTATCTTTACTTCTCCACCTCAGATTACCATGTCTACGGTTCCGGTGAA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC55TF U 1
AF RR1BC55JQ C 338
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CGCATGTGTCATTCTATGCCTTATCGTAAGCTCTTTTCTCTAAGTTTATCTGTTCTTTTA
AA

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR1BC55JQ 816 0 0
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GTCATTTGGCCCGCAGCTGGAGGGTTTGCGGCGATGGCAATAATGGGAAGAATGGATCAA
ATGTTATCTCCAAAAGGGATTACAATGTCTGTTGCACCACTTGGTGCCGTCTGCGCCATT
CTTTTCACTAGTCCATCTGCTCCTGCTGCTCGGAAATACAATATGTTTTTATCTCAAATA
GCTTGTGCTGCGATTGGAGTGGTAGCGCTCTCCGTATTCGGTCCAGGTTGGCTCGCCCGG
AGCGTTGCCCTCGCCGCTTCTATTGGTTTTATGGTCATTGCTCGTGCCAATCACCCTCCT
GCGGCGAGCCTACCACTAATGTTCATAGATGGAGCGAAGTTCCATCACTTGAATTTCTGG
TACGCTTTGTTCCCAGGTGCAGCCGCATGTGTCATTCTATGCCTTATCGTAAGCTCTTTT
CTCTAAGTTTATCTGTTCTTTTAAAAGGCAAAATTTAAGCAATGTTACGGTATATATTCT
GGTTAATTATAAGGTTTCAGGTGATTAAATACTGATGTGATTAAGTTTGGTCTCTTTACA
GCAATCAGTCGTGTGCTACTTGAAGGAAAACATAAAATTTTGATGAATCATCAAGCGACA
CATATGATCGAATGATAGATATAAATAAGTGTACAAATATACACATATTTATGGAACCAT
TGTGAATGTATTTTGTTTATCTATGTATATTCATTCCCTTGTACGTATAAATACGTTCTT
TTTTTTAGTTATCATCTGAGACATTTAACGTATCGC

QA 1 816 1 816
DS 



CO CL2159Contig2 767 2 8 U
GGATTGGTGAAGGGGACAGAGAAGAAGAGTATTTTAGCCTTTTCTTGTGATATTTTCCTA
GATTTTGAGCGGTCTTATCTTTACTTCTCCAACTCAGATTACCATGTCTACGGTTCCGGT
GAAGTCACTACCACCGGTTGGCTTATATCCTATTCGCCGGAACCTCGCTAGTACGACGAC
TTTGAAGTCCCAGGCAATGCCCACCTCCGTTTCAAGCAAGCATATTATCGGGTTGTCTAC
TTATAATAGATGCTTTGAATTTAAATCTTGGAGCCAAATGAGGAATCCAGCGTTTTTAAG
CCACCGTCGGCGAGTTAGTACGGTGGTGGCTTCAGCCGGAAACATGACTGCACCGTCGTC
TTGGGAGTCTTGGATGCCAGATAAGAAGGCGGCGGCGACGAGTCTATTGCTGAGTGACGT
CATTTGGCCCGCAGCTGGAGGGTTTGCGGCGATGGCAATAATGGGAAGAATGGATCAAAT
GTTATCTCCAAAAGGGATTACAATGTCTGTTGCACCACTTGGTGCCATCTGCGCCATTCT
TTTCACTAGTCCATCTGCTCCTGCTGCTCGGAAATACAATATGTTTTTATCTCAAATAGC
TTGTGCTGCGATTGGAGTGGTAGCGCTCTCCGTATTCGGTCCAGGTTGGCTCGCCCGGAG
CGTTGCCCTCGCCGCTTCTATCGGTTTTATGGTCATTGCTCGTGCCAATCACCCTCCTGC
GGCGAGCCTACCACTAATGTTCATAGATGGAGCAAAGTTCCATCACT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G955TF U 1
AF RR1FN57TF U 4
BS 1 335 RR1G955TF
BS 336 336 RR1FN57TF
BS 337 526 RR1G955TF
BS 527 527 RR1FN57TF
BS 528 657 RR1G955TF
BS 658 658 RR1FN57TF
BS 659 718 RR1G955TF
BS 719 767 RR1FN57TF

RD RR1G955TF 718 0 0
GGATTGGTGAAGGGGACAGAGAAGAAGAGTATTTTAGCCTTTTCTTGTGATATTTTCCTA
GATTTTGAGCGGTCTTATCTTTACTTCTCCAACTCAGATTACCATGTCTACGGTTCCGGT
GAAGTCACTACCACCGGTTGGCTTATATCCTATTCGCCGGAACCTCGCTAGTACGACGAC
TTTGAAGTCCCAGGCAATGCCCACCTCCGTTTCAAGCAAGCATATTATCGGGTTGTCTAC
TTATAATAGATGCTTTGAATTTAAATCTTGGAGCCAAATGAGGAATCCAGCGTTTTTAAG
CCACCGTCGGCGAGTTAGTACGGTGGTGGCTTCAGTCGGAAACATGACTGCACCGTCGTC
TTGGGAGTCTTGGATGCCAGATAAGAAGGCGGCGGCGACGAGTCTATTGCTGAGTGACGT
CATTTGGCCCGCAGCTGGAGGGTTTGCGGCGATGGCAATAATGGGAAGAATGGATCAAAT
GTTATCTCCAAAAGGGATTACAATGTCTGTTGCACCACTTGGTGCCGTCTGCGCCATTCT
TTTCACTAGTCCATCTGCTCCTGCTGCTCGGAAATACAATATGTTTTTATCTCAAATAGC
TTGTGCTGCGATTGGAGTGGTAGCGCTCTCCGTATTCGGTCCAGGTTGGCTCGCCCG*AG
CGTTGCCCTCGCCGCTTCTATCGGTTTTATGGTCATTGCTCGTGCCAATCACCCTCCT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1FN57TF 764 0 0
GG
GGTGAAGGGGACAGAGAAGAAGAGTATTTTAGCCTTTTCTTGTGATATTTTCCTAGATTT
TGAGCGGTCTTATCTTTACTTCTCCAACTCAGATTACCATGTCTACGGTTCCGGTGAAGT
CACTACCACCGGTTGGCTTATATCCTATTCGCCGGAACCTCGCTAGTACGACGACTTTGA
AGTCCCAGGCAATGCCCACCTCCGTTTCAAGCAAGCATATTATCGGGTTGTCTACTTATA
ATAGATGCTTTGAATTTAAATCTTGGAGCCAAATGAGGAATCCAGCGTTTTTAAGCCACC
GTCGGCGAGTTAGTACGGTGGTGGCTTCAGCCGGAAACATGACTGCACCGTCGTCTTGGG
AGTCTTGGATTCCAGATAAGAAGGCGGCGGCGACGAGTCTATTGCTGAGTGACGTCATTT
GGCCCGCAGCTGGAGGGTTTGCGGCGATGGCAATAATGGGAAGAATGGATCAAATGTTAT
CTCCAAAAGGGATTACAATGTCTGTTGCACCACTTGGTGCCATCTGCGCCATTCTTTTCA
CTAGTCCATCTGCTCCTGCTGCTCGGAAATACAATATGTTTTTATCTCAAATAGCTTGTG
CTGCGATTGGAGTGGTAGCGCTCTCCGTATTCGGTCCAGGTTGGCTCGCCCGGAGCGTTG
CCCTCGCCGCTTCTATCGGTTTTATGGTCATTGCTCGTGCCAATCACCCTCCTGCGGCGA
GCCTACCACTAATGTTCATAGATGGAGCAAAGTTCCATCACT

QA 3 764 3 764
DS 



AS 2 5

CO CL2160Contig1 830 3 7 U
GGATCGAAAAATCGCAAAATCTTTCGTGAACCAAAAAATGTCACGTCTCCCGATCCTAAT
CGCCGCCTTCCTCTTCCTCTCCGTCGCCACCGCCGAATCAGACTCTCCGACGGCGTACTC
CCTCCTCCAAAGCTACAACTTCCCCGTCGGAATCCTCCCAAAAGGAGTCGTCGCTTACGA
TCTCGACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTTCTCCCT
CGTGGGCTCTTACCAGTTGAACTACAAATCGACGATCAGCGGCTACATCTCCGAGAACAA
GCTCACGAAGCTGAGTGGTATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTGTGGCTCAACATCGTCGA
GGTCGTTAGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTTTCGGTTGGGATCACGTCGGCGAATTTCGA
GATCGAGGAGTTCCTAGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGGTTCGAGTGCGAGAAATCGAG
TTCCGACAAGTTTGACAGAAGCTTCCCTTTTGTCTCTTCGTCGTGGAATGATTGAATCTT
TGTCTAATAATAATATGTTCTCGTCATTGGCTGAGGAATCATTTAAGTTTATGTTATTGT
TTCAATCAATCTGGTTATGGTTAGGATTTGTTATGTTTATGTTATTGTTTCAATCTATCT
GGTGGAAAGATGATTTGCTTGTAGATGTTTGAGGATCCTTAGTGAATATGCTTTTGGTGG
GTAAGTGTTTGAATCAGGACATGGTTCTTCAGAGAACTAGACTGGTTCCTGTACTGCATC
ACACCATCGTGTTGACGATCAATGAGTTAATACATCATTACCATTGAGCT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E996TF U 1
AF RR1FG83TF U 1
AF RR1FG83JQ C 37
BS 1 432 RR1E996TF
BS 433 433 RR1FG83TF
BS 434 525 RR1E996TF
BS 526 526 RR1FG83TF
BS 527 595 RR1E996TF
BS 596 733 RR1FG83TF
BS 734 830 RR1FG83JQ

RD RR1E996TF 602 0 0
GGATCGAAAAATCGCAAAATCTTTCGTGAACCAAAAAATGTCACGTCTCCCGATCCTAAT
CGCCGCCTTCCTCTTCCTCTCCGTCGCCACCGCCGAATCAGACTCTCCGACGGCGTACTC
CCTCCTCCAAAGCTACAACTTCCCCGTCGGAATCCTCCCAAAAGGAGTCGTCGCTTACGA
TCTCGACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTTCTCCCT
CGTGGGCTCTTACCAGTTGAACTACAAATCGACGATCAGCGGCTACATCTCCGAGAACAA
GCTCACGAAGCTGAGTGGTATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTGTGGCTCAACATCGTCGA
GGTCGTTAGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTTTCGGTTGGGATCACGTCGGCGAATTTCGA
GATCGAGGAGTTTCTAGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGGTTCGAGTGCGAGAAATCGAG
TTCCGACAAGTTTGACAGAAGCTTCCCTTTTGTCTCTTCGTCGTGAAATGATTGAATCTT
TGTCTAATAATAATATGTTCTCGTCATTGGCTGAGGAATCATTTAAGTTTATGTT
TTGTTTC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1FG83TF 733 0 0
GGAT
CGAAAAATCGCAAAATCTTTCGTGAACCAAAAAATGTCACGTCTCCCGATCCTAATCGCC
GCCTTCCTCTTCCTCTCCGTCGCCACCGCCGAATCAGACTCTCCGACGGCGTACTCCCTC
CTCCAAAGCTACAACTTCCCCGTCGGAATCCTCCCAAAAGGAGTCGTCGCTTACGATCTC
GACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTTCTCCCTCGTG
GGCTCTTACCAGTTGAACTACAAATCGACGATCAGCGGCTACATCTCCGAGAACAAGCTC
ACGAAGCTGAGTGGTATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTGTGGCTCAACATCGTCGAGGTC
GTTAGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTTTCGGTTGGGATCACGTCGGCGAATTTCGAGATC
GAGGAGTTCCTAGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGGTTCGAGTGCGAGAAATCGAGTTCC
GACAAGTTTGACAGAAGCTTCCCTTTTGTCTCTTCGTCGTGGAATGATTGAATCTTTGTC
TAATAATAATATGTTCTCGTCATTGGCTGAGGAATCATTTAAGTTTATGTTATTGTTTCA
ATCAATCTGGTTATGGTTAGGATTTGTTATGTTTATGTTATTGTTTCAATCTATCTGGTG
GAAAGATGATTTGCTTGTAGATGTTTGAGGATCCTTAGTGAATATGCTTTTGGTGGGTAA
GTGTTTGAA

QA 5 733 5 733
DS 

RD RR1FG83JQ 794 0 0
AATGTCACGTCTCCCGATCCTAATCGCCGCCTTCCTCTTCCTCTCCGTCGCCACCGCCGA
ATCAGACTCTCCGACGGCGTACTCCCTCCTCCAAAGCTACAACTTCCCCGTCGGAATCCT
CCCAAAAGGAGTCGTCGCTTACGATCTCGACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTT
CAACGGCTCCTGCAGCTTCTCCCTCGTGGGCTCTTACCAGTTGAACTACAAATCGACGAT
CAGCGGCTACATCTCCGAGAACAAGCTCACGAAGCTGAGTGGTATCAAGGTCAAAGTCCT
CTTCCTGTGGCTCAACATCGTCGAGGTCGTTAGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTTTCGGT
TGGGATCACGTCGGCGAATTTCGAGATCGAGGAGTTCCTAGAGTCTCCTCAGTGTGGGTG
TGGGTTCGAGTGCGAGAAATCGAGTTCCGACAAGTTTGACAGAAGCTTCCCTTTTGTCTC
TTCGTCGTGGAATGATTGAATCTTTGTCTAATAATAATATGTTCTCGTCATTGGCTGAGG
AATCATTTAAGTTTATGTTATTGTTTCAATCAATCTGGTTATGGTTAGGATTTGTTATGT
TTATGTTATTGTTTCAATCTATCTGGTGGAAAGATGATTTGCTTGTAGATGTTTGAGGAT
CCTTAGTGAATATGCTTTTGGTGGGTAAGTGTTTGAATCAGGACATGGTTCTTCAGAGAA
CTAGACTGGTTCCTGTACTGCATCACACCATCGTGTTGACGATCAATGAGTTAATACATC
ATTACCATTGAGCT

QA 1 794 1 794
DS 



CO CL2160Contig2 607 2 6 U
GGCAAACGAAAAATCGCAAAATCTTTCGTGAACCAAAAAATGTCACGTCTCCCGATCCTA
ATCGCCGCCTTCCTCTTCCTCTCCGTCGCCACCGCCGAATCAGACTCTCCGACGGCGTAC
TCCCTCCTCCAAAGCTACAACTTCCCCGTCGGAATCCTCCCAAAAGGAGTCGTCGCGTAC
GATCTCGACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTTCTCC
CTCGTGGGCTCGTACCAGTTGAACTACAAATCGACGATCAGCGGCTACATCTCCGAGAAC
AAGCTCACGAAGCTGAGTGGTATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTCTGGCTCAACATCGTC
GAGGTCGTTAGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTTTCCGTCGGGATCACGTCGGCGAATTTC
GAGATCGAGGAGTTTCTGGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGTTTCGAGTGTGAGAAATCG
AGTTCCGACAAGTTTGACAGAAGCTTCCCTTTCGTCTCCTCGTCGTGAAAAAATTGAATC
TTTGTCTAATAATAATATGTTCTCGTCATTGTCTGAGGAATCCTTTAAGTTTATGTTATT
GTTTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1GW45TF U 1
AF RR1A310TF U 2
BS 1 95 RR1GW45TF
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BS 97 426 RR1GW45TF
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BS 428 604 RR1GW45TF
BS 605 607 RR1A310TF

RD RR1GW45TF 607 0 0
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ATCGCCGCCTTCCTCTTCCTCTCCGTCGCCACCGCTGAATCAGACTCTCCGACGGCGTAC
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GATCTCGACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTTCTCC
CTCGTGGGCTCGTACCAGTTGAACTACAAATCGACGATCAGCGGCTACATCTCCGAGAAC
AAGCTCACGAAGCTGAGTGGTATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTCTGGCTCAACATCGTC
GAGGTCGTTAGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTTTCCGTCGGGATCACGTCGGCGAATTTC
GAGATCTAGGAGTTTCTGGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGTTTCGAGTGTGAGAAATCG
AGTTCCGACAAGTTTGACAGAAGCTTCCCTTTCGTCTCCTCGTCGTGAAAAAATTGAATC
TTTGTCTAATAATAATATGTTCTCGTCATTGTCTGAGGAATCCTTTAAGTTTATGTTATT
GTTT
TAA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1A310TF 606 0 0
GGAAA
CGAAAAATCGCAAAATCTTTCGTGAACCAAAAAATGTCACGTCTCCCGATCCTAATCGCC
GCCTTCCTCTTCCTCTCCGTCGCCACCGCCGAATCAGACTCTCCGACGGCGTACTCCCTC
CTCCAAAGCTACAACTTCCCCGTCGGAATCCTCCCAAAAGGAGTCGTCGCGTACGATCTC
GACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTTCTCCCTCGTG
GGCTCGTACCAGTTGAACTACAAATCGACGATCAGCGGCTACATCTCCGAGAACAAGCTC
ACGAAGCTGAGTGGTATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTCTGGCTCAACATCGTCGAGGTC
GTTAGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTTTCCGTCGGGATCACGTCGGCGAATTTCGAGATC
GAGGAGTTTCTGGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGTTTCGAGTGTGAGAAATCGAGTTCC
GACAAGTTTGACAGAGGCTTCCCTTTTGTCTCTTCGTCGTGAAAAAATTGAATCTTTGTC
TAATAATAATATGTTCTCGTCATTGTCTGAGGAATCCTTTAAGTTTATGTTATTGTTTTA
A

QA 6 606 6 606
DS 



AS 1 4

CO CL2161Contig1 928 4 9 U
GCTCGGAGATTTGGTTGCGAAGAAGAACGAGCTTAAGATTTTGATTCAGGTGGAGATTTA
ATCAGTTGATTATGGAGAGTGAAACGAAACCAACCTTCAGCAAATCAACAGGGCTTCCAC
GCAAGCGATTCTACAGAGCAAGAGCTCATAGCAACCCACTCAGCGACTCTCACTTCCCCA
TTCCCATCTCCCCATCTCACGTCGACTTTTCGCTTCACTTCCCCAAGTTCGTTGGAGCCA
ACAACGAAGAAGAAGTCACGAAGAAGGTTGAGTTCGCTGATATCGGATGCGGCTTTGGCG
GCCTTCTCATCTCCCTCGCGACGCTCTTCCCTGATACATTGATGATCGGCATGGAGCTGA
GGGATAAAGTTACTGAATACGTCAAGGAACGGATCTTAGCCTTGAGGAAGACGAGCTCGG
GGGGACAGTACGAGAACATCTCTGTTGTTAGGACTAACTCGATGAAGTACATTCCGAATT
ACTTTGAGAAAGGACAGCTTTCCAAGATGTTTTTCCTCTTTCCGGATCCGCATTTCAAGG
AGAAGAATCACAGGAGGAGGGTGATTAGTATTGATTTGCTGGATGAGTATGCGTACGTTC
TTAGAGCTGGTGGGATTATATACACGATCACTGACGTTGAGGAGCTTGGTGAGTGGATGA
GGTCTTGCTTGGAGAAACATCCCATGTTTGAGTCTTTGACACAGGAGGAGCTTGATTCTG
ATCCTGTTGTTGAGCTTCTGTGCAGTGCTACTGAGGAAGGACAGAAAGTTGCCAGGAATG
GAGGTCAGACTTTCAGAGCCGTTTTCAGACGCATTGCATATGTTTCTTGAATTCAATCTC
TTTCTTTCTTTTTTGTAGTGAACACCTTATTGTTGTTGTAACACCAGATTCTTTCTTCAC
TTCAAATTTATTGGGATAGTATTTTTAC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1D824TF U 1
AF RR1AA74TF U 3
AF RR1AA74JQ C 135
AF RR1D824JQ C 173
BS 1 257 RR1D824TF
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ATCAGTTGATTATGGAGAGTGAAACGAAACCAACCTTCAGCAAATCAACAGGGCTTCCAC
GCAAGCGATTCTACAGAGCAAGAGCTCATAGCAACCCACTCAGCGACTCTCACTTCCCCA
TTCCCATCTCCCCATCTCACGTCGACTTTTCGCTTCACTTCCCCAAGTTCGTTGGAGCCA
ACAACGAAGAAGAAGTCTCGAAGAAGGTTGAGTTCGCTGATATCGGATGCGGCTTTGGCG
GCCTTCTCATCTCCCTCGCGACGCTCTTTCCTGATACATTGATGATCGGCATGGAGCTGA
GGGATAAAGTTACTGAATACGTCAAGGAACGGATCTTAGCCTTGAGGAAGACGAGCTCGG
GGGGACAGTACGAGAACATCTCTGTTGTTAGGACTAACTCGATGAAGTACATTCCGAATT
ACTTTGAGAAAGGACAGCTTTCCAAGATGTTTTTCCTCTTTCCGGATCCGCATTTCAAGG

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1AA74TF 911 0 0
GG
GGAGATTTGGTTGCGAAGAAGAACGAGCTTAAGATTTTGATTCAGGTGGAGATTTAATCA
GTTGATTATGGAGAGTGAAACGAAACCAACCTTCAGCAAATCAACAGGGCTTCCACGCAA
GCGATTCTACAGAGCAAGAGCTCATAGCAACCCACTCAGCGACTCTCACTTCCCCATTCC
CATCTCCCCATCTCACGTCGACTTTTCGCTTCACTTCCCCAAGTTCGTTGGAGCCAACAA
CGAAGAAGAAGTCACGAAGAAGGTTGAGTTCGCTGATATCGGATGCGGCTTTGGCGGCCT
TCTCATCTCCCTCGCGACGCTCTTCCCTGATACATTGATGATCGGCATGGAGCTGAGGGA
TAAAGTTACTGAATACGTCAAGGAACGGATCTTAGCCTTGAGGAAGACGAGCTCGGGGGG
ACAGTACGAGAACATCTCTGTTGTTAGGACTAACTCGATGAAGTACATTCCGAATTACTT
TGAGAAAGGACAGCTTTCCAAGATGTTTTTCCTCTTTCCGGATCCGCATTTCAAGGAGAA
GAATCACAGGAGGAGGGTGATTAGTATTGATTTGCTGGATGAGTATGCGTACGTTCTTAG
AGCTGGTGGGATTATATACACGATCACTGACGTTGAGGAGCTTGGTGAGTGGATGAGGTC
TTGCTTGGAGAAACATCCCATGTTTGAGTCTTTGACACAGGAGGAGCTTGATTCTGATCC
TGTTGTTGAGCTTCTGTGCAGTGCTACTGAGGAAGGACAGAAAGTTGCCAGGAATGGAGG
TCAGACTTTCAGAGCCGTTTTCAGACGCATTGCATATGTTTCTTGAATTCAATCTCTTTC
TTTCTTTTTTGTAGTGA*CACCTTATTGTTGTTGTAACACCAGATTCTTTCTTCACTTCA
AATTTATTG

QA 3 911 3 911
DS 

RD RR1AA74JQ 794 0 0
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TCTCACGTCGACTTTTCGCTTCACTTCCCCAAGTTCGTTGGAGCCAACAACGAAGAAGAA
GTCACGAAGAAGGTTGAGTTCGCTGATATCGGATGCGGCTTTGGCGGCCTTCTCATCTCC
CTCGCGACGCTCTTCCCTGATACATTGATGATCGGCATGGAGCTGAGGGATAAAGTTACT
GAATACGTCAAGGAACGGATCTTAGCCTTGAGGAAGACGAGCTCGGGGGGACAGTACGAG
AACATCTCTGTTGTTAGGACTAACTCGATGAAGTACATTCCGAATTACTTTGAGAAAGGA
CAGCTTTCCAAGATGTTTTTCCTCTTTCCGGATCCGCATTTCAAGGAGAAGAATCACAGG
AGGAGGGTGATTAGTATTGATTTGCTGGATGAGTATGCGTACGTTCTTAGAGCTGGTGGG
ATTATATACACGATCACTGACGTTGAGGAGCTTGGTGAGTGGATGAGGTCTTGCTTGGAG
AAACATCCCATGTTTGAGTCTTTGACACAGGAGGAGCTTGATTCTGATCCTGTTGTTGAG
CTTCTGTGCAGTGCTACTGAGGAAGGACAGAAAGTTGCCAGGAATGGAGGTCAGACTTTC
AGAGCCGTTTTCAGACGCATTGCATATGTTTCTTGAATTCAATCTCTTTCTTTCTTTTTT
GTAGTGAACACCTTATTGTTGTTGTAACACCAGATTCTTTCTTCACTTCAAATTTATTGG
GATAGTATTTTTAC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1D824JQ 756 0 0
CTTCCCCATTCCCATCTCCCCATCTCACGTCGACTTTTCGCTTCACTTCCCCAAGTTCGT
TGGAGCCAACAACGAAGAAGAAGTCTCGAAGAAGGTTGAGTTCGCTGATATCGGATGCGG
CTTTGGCGGCCTTCTCATCTCCCTCGCGACGCTCTTTCCTGATACATTGATGATCGGCAT
GGAGCTGAGGGATAAAGTTACTGAATACGTCAAGGAACGGATCTTAGCCTTGAGGAAGAC
GAGCTCGGGGGGACAGTACGAGAACATCTCTGTTGTTAGGACTAACTCGATGAAGTACAT
TCCGAATTACTTTGAGAAAGGACAGCTTTCCAAGATGTTTTTCCTCTTTCCGGATCCGCA
TTTCAAGGAGAAGAATCACAGGAGGAGGGTGATTAGTATTGATTTGCTGGATGAGTATGC
GTACGTTCTTAGAGCTGGTGGGATTATATACACGATCACTGACGTTGAGGAGCTTGGTGA
GTGGATGAGGTCTTGCTTGGAGAAACATCCCATGTTTGAGTCTTTGACACAGGAGGAGCT
TGATTCTGATCCTGTTGTTGAGCTTCTGTGCAGTGCTACTGAGGAAGGACAGAAAGTTGC
CAGGAATGGAGGTCAGACTTTCAGAGCCGTTTTCAGACGCATTGCATATGTTTCTTGAAT
TCAATCTCTTTCTTTCTTTTTTGTAGTGAACACCTTATTGTTGTTGTAACACCAGATTCT
TTCTTCACTTCAAATTTATTGGGATAGTATTTTTAC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 4

CO CL2162Contig1 880 4 7 U
GGAAGATCGATTAACAAGACCATTTATTTAACCTTTTTGGTGTTTGTTGTGCACTTGATG
TATTAATCATTCCATACATAGTTGAGGTGAGATAGTGGGCTTATATGATACAAACACAAC
AAACATTATTAATTGAGATGCATGAAAACAAGATGATCACCGAAAGAGTGTCTAGATTTG
CATGGCTTCGGAACCAATGAACTTGGTAAGACCAAAGGTAAGAGCCATAGCCATCCAGCC
ACCAATGACCACCCTAACGCTTGACTTGAACACACTTGTCTTTCCCAGAACCGCACCGGT
CACTCCAAACACCAACAATGCCAGGGTGGCCACGATCGCTACCACCGCCATTCTTACCTT
ATGATTCTCTATGAATACAGCTGCAAGAAGCGGCATTGCTGCTCCCACTGAAAATGCTAA
CGCTGATGCCAACGCTGCTTGTCCTGGATTTGGTAGCCGCTCTTTCTTCTCCTCCTCATC
TTGTTCGTCGATTGCTGATAGTGATGTCTTAGTCTCAATAGCTCTCTTCATCTGAGCAGT
TTCAATATCCCTTTGTGTGCAGACAGACACAAACTCTCCAATGGCCATACTGCACGCACC
TGCTACAAGGCCGGCAAAACCAACAAGCAACATTGCTTTAACGTCTTCCTTGATAGAACC
AACACCCATCATGAGCGACGCGACTGTGACCAGACCATCGTTGGCTCCGAGCAAGGCAGC
TCTTAGCCACTGAGCTCTCTGCATGTAGTCCACTTCCTCCTTCTCTGCTCTTGGACTGAT
TCTTTGTTGTTTTGGGCTGCTTCTTTCTGAAAGCTCTAAGTTGGAAGCCATGGTGTGGAA
TTCTTACTTACTAAGTAGTACTTAAACTTTGTTCTATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1C343JQ U 13
AF RR1C343TF C 133
AF RR1BD24TF C 181
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TGCT

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CATACATAGTTGAGGTGAGATAGTGGGCTTATATGATACAAACACAACAAACATTATTAA
TTGAGATGCATGAAAACAAGATGATCACCGAAAGAGTGTCTAGATTTGCATGGCTTCGGA
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GAGCGACGCGACTGTGACCAGACCATCGTTGGCTCCGAGCAAGGCAGCTCTTAGCCACTG
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TGGGCTGCTTCTT

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DS 

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GTTCTATCAC

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DS 

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ACCAATGACCACCCTAACGCTTGACTTGAACACACTTGTCTTTCCCAGAACCGCACCGGT
CACTCCAAACACCAACAATGCCAGGGTGGCCACGATCGCTACCACCGCCATTCTTACCTT
ATGATTCTCTATGAATACAGCTGCAAGAAGCGGCATTGCTGCTCCCACTGAAAATGCTAA
CGCTGATGCCAACGCTGCTTGTCCTGGATTTGGTAGCCGCTCTTTCTTCTCCTCCTCCTC
TTGTTCGTCGATTGCTGATAGTGATGTCTTAGTCTCAATAGCTCTCTTCATCTGAGCAGT
TTCAATATCCCTTTGTGTGCAGACAGACACGAACTCTCCAATGGCCATACTGCACGCACC
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TTCTTACTTACTAAGTAGTACTTAAACTTTGTTCTATC
C

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 4

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AAAAGATTGTTCACTACGACTGACTGACTGAGATACAGCAACAGACACAAACTTTAAAAC
CATAACACGTGGAATAAATCTGTCTTGTTCCTCTACAAACACACTTACTCTTTTGTCTAA
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TCGATTGTTGTGACAAAATCAAATATATCTTTCAAATCCTTCATCCACAACCGGGTAAAA
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GCGACCTGTCCGAGGGGAAAGGACTCTGGCTGCGGCACGAAGCTATGGGCCGAAATGAAG
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TCTGCACATACAATACCATCAACCTCCTTTAAGGTCCTCGACCTAAAGTTATCCATCCGA
CGTCGGAAAAAATACACACTATCTTGTGCAGACGGTGGATACACACTGTTGGCAACCATC
TTACACACATCAAAATCTGAAACAAAAACATCAATCAACTGATTGATGTATGGGATTATC
AATGCCGGTTCGGTTTCCAACGTCGGCTTTGGTGGCACCGGATGTGTATCAACTGGAAAC
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CGATTCAAATCCGGAGCCGATCCCACTGGATATTTCTTGAAGCTGAGAACCACAGCCTTC
AGATCTTCCATCTCTGCAACCACATCCTTCACCACCTGCGCCATCGTTTTTCTCTGCTTC
TTCTCTTCTTCGCCCTTCTTTTTCTTCTCTGGTGTTTCTTCAGCCCGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F969JQ U 1
AF RR1A255JQ U 35
AF RR1A255TF C 399
AF RR1ER70TF C 409
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BS 431 500 RR1F969JQ
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AAAAGATTGTTCACTACGACTGACTGACTGAGATACAGCAACAGACACAAACTTTAAAAC
CATAACACGTGGAATAAATCTGTCTTGTTCCTCTACAAACACACTTACTCTTTTGTCTAA
TAGTTTTCTATGACTGGGTACTCTGCTCCCTCTTCCACAGCTGTCTTTGCCAAAGCAGCC
TCGATTGTTGTGACAAAATCAAATATATCTTTCAAATCCTTCATCCACAACCGGGTAAAA
TCACAATCCCGCAAGGCATCCAGACAACAACTTACCAGATGAACCAAATCCACACCATCG
CCTGCGAGCTGTCTGATCAAAGACTTCACTGAAGCCTGCTCCACAGGATTTGAGACATGT
GCGACCTGTTCGAGGGGAAAGGACTCTGGCTGCGGCACGAAGCTATGGGCCGAAATGAAG
TCTCTTCCACTGTTGATCAC
CTCGCA

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1A255JQ 686 0 0
GGCAACTCAAGCTTTTTTGAAAAAGTAAAAGATTGTTCACTACGACTGACTGACTGAGAT
ACAGCAACAGACACAAACTTTAAAACCATAACACGTGGAATAAATCTGTCTTGTTCCTCT
ACAAACACACTTACTCTTTTGTCTAATAGTTTTCTATGACTGGGTACTCTGCTCCCTCTT
CCACAGCTGTCTTTGCCAAAGCAGCCTCGATTGTTGTGACAAAATCAGATATATCTTTCA
AATCCTTCATCCACAACCGGGTAAAATCACAATCCCGCAAGGCATCCAGACAACAACTTA
CCAGATGAACCAAATCCACACCATCGCCTGCGAGCTGTCTGATCAAAGACTTCACTGAAG
CCTGCTCCACAGGATTTGAGACATGTGCGACCTGTCCGAGGGGAAAGGACTCTGGCTGCG
GCACGAAGCTATGGGCCGAAATGAAGTCTCTTCCACTGTTGATCACCTCGCAGAAACAGC
GCTGTATCCTCTTCAGTTTCTCTACAGACTCGTGGTGATTTGGGTTTGTGCGAAGACTGT
CTACAAGCCTCATCATCAGGTCCACCTCAATTCCCTTGACCTTCCAAATCTGAACATGAA
CCTCTTCAGCCTTCATCATTCTGCGCTCTGCACATACAATACCATCAACCTCCTTTAAGG
TCCTCGACCTAAAGTTATCCATCCGA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1A255TF 730 0 0
CTCCACAGGATTTGAGACATGTGCGACCTGTCCGAGGGGAAAGGACTCTGGCTGCGGCAC
GAAGCTATGGGCCGAAATGAAGTCTCTTCCACTGTTGATCACCTCGCAGAGACAGCGCTG
TATCCTCTTCAGTTTCTCTACAGACTCGTGGTGATTTGGGTTTGTGCGAAGACTGTCTAC
AAGCCTCATCATCAGGTCCACCTCAATTCCCTTGACCTTCCAAATCTGAACATGAACCTC
TTCAGCCTTCATCATTCTGCGCTCTGCACATACAATACCATCAACCTCCTTTAAGGTCCT
CGACCTAAAGTTATCCATCCGACGTCGGAAAAAATACACACTATCTTGTGCAGACGGTGG
ATACACACTGTTGGCAACCATCTTACACACATCAAAATCTGAAACAAAAACATCAATCAA
CTGATTGATGTATGGGATTATCAATGCCGGTTCGGTTTCCAACGTCGGCTTTGGTGGCAC
CGGATGTGTATCAACTGGAAACTCTATACTTCTCACCATATACTTCATTTCCTTCACGGC
AGACTCGACCCAAACACGAATGCGATTCAAATCCGGAGCCGATCCCACTGGATATTTCTT
GAAGCTGAGAACCACAGCCTTCAGATCTTCCATCTCTGCAACCACATCCTTCGCCACCTG
CGCCATCGTTTTTCTCTGCTTCTTCTCTTCTTCGCCCTTCTTTTTCTTCTCTGGTGTTTC
TTCAGCCCGC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1ER70TF 715 0 0
TTTGAGACATGTGCGACCTGTCCGAGGGGAAAGGACTCTGGCTGCGGCACGAAGCTATGG
GCCGAAATGAAGTCTCTTCCACTGTTGATCAC*TCGCAGAGACAGCGCTGTATCCTCTTC
AGTTTCTCTACAGACTCGTGGTGATTTGGGTTTGTGCGAAGACTGTCTACAAGCCTCATC
ATCAGGTCCACCTCAATTCCCTTGACCTTCCAAATCTGAACATGAACCTCTTCAGTCTTC
ATCATTCTGCGCTCTGCACATACAATACCATCAACCTCCTTTAAGGTCCTCGACCTAAAG
TTATCCATCCGACGTCGGAAAAAATACACACTATCTTGTGCAGACGGTGGATACACACTG
TTGGCAACCATCTTACACACATCAAAATCTGAAACAAAAACATCAATCAACTGATTGATG
TATGGGATTATCAATGCCGGTTCGGTTTCCAACGTCGGCTTTGGTGGCACCGGATGTGTA
TCAACTGGAAACTCTATACTTCTCACCATATACTTCATTTCCTTCACGGCAGACTCGACC
CAAACACGAATGCGATTCAAATCCGGAGCCGATCCCACTGGATATTTCTTGAAGCTGAGA
ACCACAGCCTTCAGATCTTCCATCTCTGCAACCACATCCTTCACCACCTGCGCCATCGTT
TTTCTCTGCTTCTTCTCTTCTTCGCCCTTCTTTTTCTTCTCTGGTTTTTCTTC
CC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 5

CO CL2164Contig1 776 5 8 U
CATAACACATCAACTTAATTTTGTATTTTACCATTTTAATACATAAAACTCTTTTCATTT
CCAATAGAATAAGAGCAGCAGAGTGTACTACATTTTACAACCCAAGTAAGGTAAAGTCTT
TACATGAGGATTTGGTTCATCCTGAAAAACCAGCAGCAGACCTGGCTGTTTCAATGGCTT
CGACCAGATTATCATATTTGGCACCAGTAACTTCCTTGGCGACTTTATTATCCTTAAAGA
TTTTGAAAGTTGGAACCACTCTTAATCCTAGCTCCTTTACTAATGGCCTGTTTTCAGGGT
TGCAGTCAAGCTTTAGAAACACAACGTCCTCGTACTTCTCTGATAAATCTTTGTACTTAG
GTGCAATCACTTTACATGGACCACACCATTGAGTGTACATGTCAAGCACCACAATCTTAT
CACCGGCGGCTTTAACGGTGGGCCAGAAGGTGTCCTTATCCACTTCCGTCACTTGACCAA
CACTTACATTCACTGTCTCTAAGCTACACCTCACCACATAGGAATCTACCCTTTTCCCAT
AATCCAATGAGCAGAGACCAATCCTCGTGGTGGCGACGCCGGAGTAAGGGATGCGGCACT
GCTTCTTCTTCAGGGGACCACCAAGTCCACCGTTGGTTGAAGCTAAAGCGGTAGGAGATG
GTGCGAGACGGAGAGAGAGAGGCATTGCTTGGGGAACTTTTTGAGTTCAAGAAGAGAGAA
GCAGACGAAGACGATGAAGTTTGGAGTTTCGAGAAAAGTTGATGAGCTTGGCTTCC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK03JQ U 191
AF RR1FK45JQ U 1
AF RR1AF25JQ U 5
AF RR1AF25TF C 5
AF RR1FK45TF C 22
BS 1 84 RR1FK45JQ
BS 85 85 RR1AF25JQ
BS 86 315 RR1FK45JQ
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BS 581 712 RR1AF25TF
BS 713 713 RR1FK45TF
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RD RR1DK03JQ 284 0 0
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TGGAACCACTCTTAATCCTAAATCCTTTACTAATGGCCTGTTTTCAGGGTTGCAGTCAAG
CTTTAGAAACACAACGTCCTCCTACTTCTCTGATAAATCTTTGTACTTAGGTGCAATCAC
TTTACATGGACCACACCATTGAGTGTACATGTCAAGCACCACAATCTTATCACCGGCGGC
TTTAACGGTGGGCCAAAAGGTGTCCTTATCCACTTCCGTCACTT

QA 1 284 1 284
DS 

RD RR1FK45JQ 580 0 0
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CCAATAGAATAAGAGCAGCAGAGTTTACTACATTTTACAACCCAAGTAAGGTAAAGTCTT
TACATGAGGATTTGGTTCATCCTGAAAAACCAGCAGCAGACCTGGCTGTTTCAATGGCTT
CGACCAGATTATCATATTTGGCACCAGTAACTTCCTTGGCGACTTTATTATCCTTAAAGA
TTTTGAAAGTTGGAACCACTCTTAATCCTAGCTCCTTTACTAATGGCCTGTTTTCAGGGT
TGCAGTCAAGCTTTAAAAACACAACGTCCTCGTACTTCTCTGATAAATCTTTGTACTTAG
GTGCAATCACTTTACATGGACCACACCATTGAGTGTACATGTCAAGCACCACAATCTTAT
CACCGGCGGCTTTAACGGTGGGCCAGAAGGTGTCCTTATCCACTTCCGTCACTTGACCAA
CACTTACATTCACTGTCTCTAAGCTACACCTCACCACATAGGAATCTACCCTTTTCCCAT
AATCCAATGAGCAGAGACCAATCCTCGTGGTGGCGACGCC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1AF25JQ 549 0 0
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TAAAATAAGAGCAGCAAAGTGTACTACATTTTACAACCCAAGTAAGGTAAAGTCTTTACA
TGAGGATTTGGTTCATCCTGAAAAACCAGCAGCAAACCTGGCTGTTTCAATGGCTTCGAC
CAAATTATCATATTTGGCACCAGTAACTTCCTTGGCGACTTTATTATCCTTAAAGATTTT
GAAAGTTGGAACCACTCTTAATCCTGGCTCCTTTACTAATGGCCTGTTTTCAGGGTTGCA
GTCAAGCTTTAAAAACACAACGTCCTCGTACTTCTCTGATAAATCTTTGTACTTAGGTGC
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GGCGGCTTTAACGGTGGGCCAAAAGGTGTCCTTATCCACTTCCGTCACTTGACCAACACT
TACATTCACTGTCTCTAAGCTACACCTCACCACATAGGAATCTACCCTTTTCCCATAATC
CAATGAGCA

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1AF25TF 772 0 0
ACACATCAACTTAATTTTGTATTTTACCATTTTAATACATAAAACTCTTTTCATTTCCAA
TAGAATAAGAGCAGCAGAGTGTACTACATTTTACAACCCAAGTAAGGTAAAGTCTTTACA
TGAGGATTTGGTTCATCCTGAAGAACCAGCAGCAGACCTGGCTGTTTCAATGGCTTCGAC
CAGATTATCATATTTGGCACCAGTAACTTCCTTGGCGACTTTATTATCCTTAAAGATTTT
GAAAGTTGGAACCACTCTTAATCCTGGCTCCTTTACTAATGGCCTGTTTTCAGGGTTGCA
GTCAAGCTTTAGAAACACAACGTCCTCGTACTTCTCTGATAAATCTTTGTACTTAGGTGC
AATCACTTTACATGGACCACACCATTGAGTGTACATGTCAAGCACCACAATCTTATCACC
GGCGGCTTTAACGGTGGGCCAGAAGGTGTCCTTATCCACTTCCGTCACTTGACCAACACT
TACATTCACTGTCTCTAAGCTACACCTCACCACATAGGAATCTACCCTTTTCCCATAATC
CAATGAGCAGAGACCAATCCTCGTGGTGGCGACGCCGGAGTAAGGGATGCGGCACTGCTT
CTTCTTCAGGGGACCACCAAGTCCACCGTTGGTTGAAGCTAAAGCGGTAGGAGATGGTGC
GAGACGGAGAGAGAGAGGCATTGCTTGGGGAACTTTTTGAGTTCAAGAGGAGAGAAGCAG
ACGAAGACGATGAAGTTTGGAGTTTCGAGAAAAGTTGATGAGCTTGGCTTCC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1FK45TF 750 0 0
TTGTA
TTTACCATTTTAATACATAAAACTCTTTTCATTTCCA*TAGAATAAGAGCAGCAGAGTTT
ACTACATTTTACAACCCAAGTAAGGTAAAGTCTTTACATGAGGATTTGGTTCATCCTGAA
GAACCAGCAGCAGACCTGGCTGTTTCAATGGCTTCGACCAGATTATCATATTTGGCACCA
GTAACTTCCTTGGCGACTTTATTATCCTTAAAGATTTTGAAAGTTGGAACCACTCTTAAT
CCTAGCTCCTTTACTAATGGCCTGTTTTCAGGGTTGCAGTCAAGCTTTAGAAACACAACG
TCCTCGTACTTCTCTGATAAATCTTTGTACTTAGGTGCAATCACTTTACATGGACCACAC
CATTGAGTGTACATGTCAAGCACCACAATCTTATCACCGGCGGCTTTAACGGTGGGCCAG
AAGGTGTCCTTATCCACTTCCGTCACTTGACCAACACTTACATTCACTGTCTCTAAGCTA
CACCTCACCACATAGGAATCTACCCTTTTCCCATAATCCAATGAGCAGAGACCAATCCTC
GTGGTGGCGACGCCGGAGTAAGGGATGCGGCACTGCTTCTTCTTCAGGGGACCACCAAGT
CCACCGTTGGTTGAAGCTAAAGCGGTAGGAGATGGTGCGAGACGGAGAGAGAGAGGCATT
GCTTGGGGAACTTTTTGAGTTCAAGAAGAGAGAAGCAGACGAAGACGATGAAGTTTGGAG
TTTCGAGAAAAGTTGATGAGCTT
CC

QA 6 748 6 748
DS 



AS 1 5

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GGATAAAATAATTGAAAGTCCTTTTAGCAAAATCATATCTAAAGAAATAAATAGTTACAG
TCATCAATAATTCACTTTGTTCTCAAGATCATCATCATCATCTGACTACACGTTGATTGG
TTTAAGAGGAAGGCTCGAATCTACCAGAGTGAGATCTGACTGGTTAAAAATGGGGAGGAC
GACGTGGTTCGACGATGACGGGTTAAAGAAAGGAGAGTGGACGGCGGAGGAAGACCGGAT
GCTCGTCGTTTACATCAGCGAACACGGTCTCGGGGAGTGGCGTACCCTGCCTAAGAGAGC
CGGTCTGCAAAGATGTGGAAAGAGTTGTAGATTAAGGTGGCTGAATTATTTAAGGCCTGG
AATTAAAAGAGGCAAGTTCACTCCTCAGGAGGAAGAAGATATTATCAAATTTCATTCTCT
TCTTGGAAACAGGTGGGCAGCAATAGCAAAGCAAATGCCAAACCGAACTGACAATGACAT
AAAAAATCATTGGAACTCATGCCTAAAGAAAAGACTCGCTAGAAGCGGCATCGATCCCAC
GACCCATAAGCCTACCGTCACCGTTGCGAAAGCCACTTCCTCCTCGACGACGTCGTCTCC
AACACCAACCCCTTCTTCGTCCTCTTCTACTTCTTCTTCTTTTTCCTCTACAGGCTCCGC
ACGTCTACTTAACAAGCCTGCTACTGGAATCTCGTCGAGAAAACATGAACTCGATAGGAT
CAAGAATGTCATCATGTCGGAGCCAAGACAAGCCGTTGAAGAAGACGAGATGATGATAAG
CAGCAAGGAAGATGAGGAGGAAGTGATTGGCTGTTCCATGGAGATTGATGGGAATCTGAT
CAGTACGACTTCGTTTGATGAGTACTTAACATGTGACTTTACTCCTTCGGATACAACTGG
CTTCGTGTCCGCTTTTGATGACTACTCATTAGTCGAGCCATATGATCTATATCAATCTGA
TTTCTATCATGAGACTACTGATGATCAACTTGACCTGTTCCTCCTTTGAAATTCACTCTC
TTGAACAAGTTTCTTGCTTTTTTCTTTTTTTTTTGTATCCGTTAGTTCAGTGTGACGAAA
GAGAGAGGTTTCTGAAAAGGGCAAGTACTCATCAGTACTGTGAGTGACATGTATGGTCAA
TGTTTCTGTGTTTTGACTGTT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP37TF U 3
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AF RR1EW66TF U 13
AF RR1EW66JQ C 279
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GG
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CAATAATTCACTTTGTTCTCAAGATCATCATCATCATCTGACTACACGTTGATTGGTTTA
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GTCGTTTACATCAGCGAACACGGTCTCGGGGAGTGGCGTACCCTGCCTAAGAGAGCCGGT
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AAAAGAGGCAAGTTCACTCCTCAGGAGGAAGAAGATATTATCAAATTTCATTCTCTTCTT
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AATCATTGGAACTCATGCCTAAAGAAAAGACTCGCTAGAAGCGGCATCGATCCCACGACC
CATAAGCCTATCGTCACCGTTGCGAAAGCCACTTCCTCCTCGACGACGTCGTCTCCAACA
CCAACCCCTTCTTCGTCCTCTTCTACTT

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DS 

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GCTCGTCGTTTACATCAGCGAACACGGTCTCGGGGAGTGGCGTACCCTGCCTAAGAGAGC
CGGTCTGCAAAGATGTGGAAAGAGTTGTAGATTAAGGTGGCTGAATTATTTAAGGCCTGG
AATTAAAAGAGGCAAGTTCACTCCTCAGGAGGAAGAAGATATTATCAAATTTCATTCTCT
TCTTGGAAACAGGTGGGCAGCAATAGCAAAGCAAATGCCAAACCGAACTGACAATGACAT
AAAAAATCATTGGAACTCATGCCTAAAGAAGAGACTCGCTAGAAGCGGCATCGATCCCAC
GACCCATAAGCCTACCGTCACCGTTGCGAAAGCCACTTCCTCCTCGACGACGTCGTCTCC
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G
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ATCAGCGAACACGGTCTCGGGGAGTGGCGTACCCTGCCTAAGAGAGCCGGTCTGCAAAGA
TGTGGAAAGAGTTGTAGATTAAGGTGGCTGAATTATTTAAGGCCTGGAATTAAAAGAGGC
AAGTTCACTCCTCAGGAGGAAGAAGATATTACCAAATTTCATTCTCTTCTTGGAAACAGG
TGGGCAGCAATAGCAAAGCAAATGCCAAACCGAACTGACAATGACATAAAAAATCATTGG
AACTCATGCCTAAAGAAAAGACTCGCTAGAAGCGGCATCGATCCCACGACCCATAAGCCT
ACCGTCACCGTTGCGAAAGCCACTTCCTCCTCGACGACGTCGTCTCCAACACCAACCCCT
TCTTCGTCCTCTTCTACTTCTTCTTCTTTTTCCTCTACAGGCTCCGCACGTCTACTTAAC
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CTAGAAGCGGCATCGATCCCACGACCCATAAGCCTACCGTCACCGTTGCGAAAGCCACTT
CCTCCTCGACGACGTCGTCTCCAACACCAACCCCTTCTTCGTCCTCTTCTACTTCTTCTT
CTTTTTCCTCTACAGGCTCCGCACGTCTACTTAACAAGCTTGCTACTGGAATCTCGTCGA
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DS 

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TGCGAAAGCCACTTCCTCCTCGACGACGTCGTCTCCAACACCAACCCCTTCTTCGTCCTC
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AAGACAAGTCGTTGAAGAAGACGAGATGATGATAAGCAGCAAGGAAGATGAGGAGGAAGT
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CTTAACGTGTGACTTTACTCCTTCGGATACAACTGGCTTCGTGTCCGCTTTTGATGACTA
CTCATTAGTCGAGCCATATGATCTATATCAATTTGATTTCTATCATGAGACTACTGATGA
TCAACTTGACCTGTTCCTCCTTTGAAATTCACTCTCTTGAACAAGTTTCTTGCTTTTTTC
TTTTTTTTTTGTATCCGTTAGTTCAGTGTGACGAAAGAGAGAGGTTTCTGAAAAGGGCAA
GTACTCATCAGTACTGTGAGTGACATGTATGGTCAATGTTTCTGTGTTTTGACTGTT

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DS 



AS 1 4

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CGGTGAGATCGAGAGCCTAGAACTCGACCCATCTGTTCCTCTGGTCATCATCGCGACACA
GATGTTCGCTTGACGGGACCTTTTTCTCGCCGCGCGATCTTTGCCTCTTTCCTGTAATTC
GCCGTCTTTTGCTCAAATAAACGAGATCTGCTTTTCCACGACTCTGAAGGAGTATGTCGA
CACCAGCAAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACC*TGCT
GGAATCAGCGGTGCTCCCCAGGACAACAATATCATGCTCTGGAATGCTGTCATATTCGGG
CCTGATGACACCCCGTGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTCTCTGAGGAT
TATCCGAATAAACCACCAACAGTTCGCTTTGTGTCTCGGATGTTCCATCCGAATATTTAT
GCAGATGGGAGTATTTGCTTGGACATTCTACAAAACCAGTGGAGTCCAATTTATGATGTT
GCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTGCTCTGTGACCCTAATCCGAATTCTCCTGCA
AATTCGGAAGCCGCTCGGATGTACAGCGAAAACAAGCGTGAGTACAACAGAAAAGTGCGT
GATGTTGTCGAGCAAAGCTGGACTGCTGACTAAGTATTAGTTACTTGTAAGCTCTGCTGC
AACTCATCAACTCAATGTCCACCCACTAAGCAACGGCTTTCTTATCTTTTCCCATTCATG
TCTTTTGTGTGTGTTTCAAAACTCTAATGATTGGGATGCTGTCATGGCTTCTATGAAAGC
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TATATATGTGTATTATGGGTTTCTTGCTAGGTGCCAAAACAACGTTGTACCAAAATGATA
AAAAAACTTGTAATATATTAAAGGATTTGTGGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP77TF U 1
AF RR1AD25TF U 29
AF RR1AD25JQ C 211
AF RR1CL51JQ C 106
BS 1 123 RR1FP77TF
BS 124 124 RR1AD25TF
BS 125 371 RR1FP77TF
BS 372 372 RR1AD25TF
BS 373 675 RR1FP77TF
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BS 677 737 RR1FP77TF
BS 738 795 RR1AD25TF
BS 796 994 RR1CL51JQ

RD RR1FP77TF 737 0 0
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CGGTGAGATCGAGAGCCTAGAACTCGACCCATCTGTTCCTCTGGTCATCATCGCGACACA
GAT*TTCGCTTGACGGGACCTTTTTCTCGCCGCGCGATCTTTGCCTCTTTCCTGTAATTC
GCCGTCTTTTGCTCAAATAAACGAGATCTGCTTTTCCACGACTCTGAAGGAGTATGTCGA
CACCAGCAAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACC*TGCT
GGAATCAGCGGTGCTCCCCAGGACAACAATATCATGCTCTGGAATGCTGTCATATTCGGG
CCTGATGACACTCCGTGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTCTCTGAGGAT
TATCCGAATAAACCACCAACAGTTCGCTTTGTGTCTCGGATGTTCCATCCGAATATTTAT
GCAGATGGGAGTATTTGCTTGGACATTCTACAAAACCAGTGGAGTCCAATTTATGATGTT
GCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTGCTCTGTGACCCTAATCCGAATTCTCCTGCA
AATTCGGAAGCCGCTCGGATGTACAGCGAAAACAAGCGTGAGTACAACAGAAAAGTGCGT
GATGTTGTCGAGCAA*GCTGGACTGCTGACTAAGTATTAGTTACTTGTAAGCTCTGCTGC
AACTCATCAACTCAATG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1AD25TF 776 0 0
GG
GAACTTTTCAATTCCTCTCATCCAATCGCACGGTGAGATCGAGAGCCTAGAACTCGACCC
ATCTGTTCCTCTGGTCATCATCGCGACACAGATGTTCGCTTGACGGGACCTTTTTCTCGC
CGCGCGATCTTTGCCTCTTTCCTGTAATTCGCCGTCTTTTGCTCAAATAAACGAGATCTG
CTTTTCCACGACTCTGAAGGAGTATGTCGACACCAGCAAGGAAGAGGTTGATGAGGGATT
TCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACC*TGCTGGAATCAGCGGTGCTCCCCAGGACAACAAT
ATCATGCTCTGGAATGCTGTCATATTCGGGCCTGATGACACCCCGTGGGATGGAGGTACT
TTCAAACTCTCACTGCAGTTCTCTGAGGATTATCCGAATAAACCACCAACAGTTCGCTTT
GTGTCTCGGATGTTCCATCCGAATATTTATGCAGATGGGAGTATTTGCTTGGACATTCTA
CAAAACCAGTGGAGTCCAATTTATGATGTTGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTG
CTCTGTGACCCTAATCCGAATTCTCCTGCAAATTCGGAAGCCGCTCGGATGTACAGCGAA
AACAAGCGTGAGTACAACAGAAAAGTGCGTGATGTTGTCGAGCAAAGCTGTACTGCTGAC
TAAGTATTAGTTACTTGTAAGCTCTGCTGCAACTCATCAACTCAATGTCCACCCACTAAG
CAACGGCTTTCTTATCTTTTCCCATTCATGTCTTTTGTGTGTGTT
TCAAAACTC

QA 3 767 3 767
DS 

RD RR1AD25JQ 663 0 0
CTTTTCCACGACTCTGAAGGAGTATGTCGACACCAGCAAGGAAGAGGTTGATGAGGGATT
TCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACC*TGCTGGAATCAGCGGTGCTCCCCAGGACAACAAT
ATCATGCTCTGGAATGCTGTCATATTCGGGCCTGATGACACCCCGTGGGATGGAGGTACT
TTCAAACTCTCACTGCAGTTCTTTGAGGATTATCCGAATAAACCACCAACAGTTCGCTTT
GTGTCTCGGATGTTCCATCCGAATATTTATGCAGATGGGAGTATTTGCTTGGACATTTTA
CAAAACCAGTGGAGTCCAATTTATGATGTTGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTG
CTCTGTGACCCTAATCCGAATTCTCCTGCAAATTCGGAAGCCGCTCGGATGTACAGCGAA
AACAAGCGTGAGTACAACAGAAAAGTGCGTGATGTTGTCGAGCAAAGCTGTACTGCTGAC
TAAGTATTAGTTACTTGTAAGCTTTGCTGCAACTCATCAACTCAATGTCCACCCACTAAG
CAACGGCTTTTTTATCTTTTCCCATTCATGTCTTTTGTGTGTGTTTCAAAACTCTAATGA
TTGGGATGCTGTCATGGCTTCTATGAAAGCCTAACATCCTTGTAAAAACTTTGTACCAAA
CCT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1CL51JQ 889 0 0
CATCATCGCGACACAGATGTTCGCT*GACGGGAC*TTTTTCTCGCCGCGCGATCTTTGCC
TCTTTC*TGTAAT*CGC*GTCTTTTGCTCAAATAAACGAGATCTGCTTTTCCACGACTCT
GAAGGAGTATGTCGACACCAGCAAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGC
AAGACCCACCCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCCCAGGACAACAATATCATGCTCTGGAAT
GCTGTCATATTCGGGCCTGATGACACCCCGTGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTG
CAGTTCTCTGAGGATTATCCGAATAAACCACCAACAGTTCGCTTTGTGTCTCGGATGTTC
CATCCGAATATTTATGCAGATGGGAGTATTTGCTTGGACATTCTACAAAACCAGTGGAGT
CCAATTTATGATGTTGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTGCTCTGTGACCCTAAT
CCGAATTCTCCTGCAAATTCGGAAGCCGCTCGGATGTACGGCGAAAACAAGCGTGAGTAC
AACAGAAAAGTGCGTGATGTTGTCGAGCAAAGCTGGACTGCTGACTAAGTATTAGTTACT
TGTAAGCTCTGCTGCAACTCATCAACTCAATGTCCACCCACTAAGCAGCGGCTTTCTTAT
CTTTTCCCATTCATGTCTTTTGTGTGTGTTTCAAAACTCTAATGATTGGGATGCTGTCAT
GGCTTCTATGAAAGCCTAACATCCTTGTAAAAACTTTGTACCAAACCTTCTGAATTATTC
ACTTTTTTTTTCTTGTATATATGTGTATTATGGGTTTCTTGCTAGGTGCCAAAACAACGT
TGTACCAAAATGATAAAAAAACTTGTAATATATTAAAGGATTTGTGGCT

QA 1 889 1 889
DS 



AS 2 5

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AATTCGACGAAAATTAAAATTATATTTTTAGATAAAGAAAAAAAAGAGAAACTATGAACA
AAGGAAGAAAAAAAAATCATGATTTGCATTATTGTTGATTAAATCAAATCACTCATCTTC
TTCTTCCTGCAGATCTGATAGAGCAAAACAACTCCTAGACTTGAATGCTCTGTTCTTGAA
CGATGAGTTTCTTGCAATGACAACTCCTCTTGGTCCTCCTCGCTCTTCATCGCTCAGATC
TCCCTCCTCTTCTTCATCATCATCATCTTGATCTTCGTTTACAGGCAAAAGAGGCATAGA
TTTAGGGTTTTGCCACGAGTAGAACGATCTTCTTGCTAACTTGTTGCAGATCTGTAACCT
TCTACGCTTATTCAACGGATTCTCTTGCTTTGGTACTTCTTTCACACTCCCGATCTCTCC
TAAGTTCCCAAACGATTTTGATTTCCCTTTGTAGTGATTCGATAACCCTCTTTTGTTGGG
GAGAGAATCTTCGAGAGAACTCATCGAAGCCAATCCTCGAAGCCCTAGTTCTTTCTCATC
GTCTTCTTCGCTTTCTTCGTCCTCCTCCTCGCTGTCTCCCGGAGTTCCGATCGATGAACT
TTCCAACGAATAATCCGCCGTCTGTCCTGACCAGATTCCGCTTCCGACACGACTCAAACC
GGCTCCCTCATCATTCACGGTATCGAAAGAAGAGGAGGAGGAGGAAGCTTTGTCCCTCCT
CATCGTCATCGTCGGCAGATCGCTTCCTTGTTCTTCCGAGTCTTCGATGGAGAACGTAGA
TCTTCCTCCCGCCATTACTTCCATCGCCGTGTCGTCTCCAGGCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW65JQ U 1
AF RR1BO37JQ U 91
BS 1 886 RR1AW65JQ

RD RR1AW65JQ 886 0 0
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AATTCGACGAAAATTAAAATTATATTTTTAGATAAAGAAAAAAAAGAGAAACTATGAACA
AAGGAAGAAAAAAAAATCATGATTTGCATTATTGTTGATTAAATCAAATCACTCATCTTC
TTCTTCCTGCAGATCTGATAGAGCAAAACAACTCCTAGACTTGAATGCTCTGTTCTTGAA
CGATGAGTTTCTTGCAATGACAACTCCTCTTGGTCCTCCTCGCTCTTCATCGCTCAGATC
TCCCTCCTCTTCTTCATCATCATCATCTTGATCTTCGTTTACAGGCAAAAGAGGCATAGA
TTTAGGGTTTTGCCACGAGTAGAACGATCTTCTTGCTAACTTGTTGCAGATCTGTAACCT
TCTACGCTTATTCAACGGATTCTCTTGCTTTGGTACTTCTTTCACACTCCCGATCTCTCC
TAAGTTCCCAAACGATTTTGATTTCCCTTTGTAGTGATTCGATAACCCTCTTTTGTTGGG
GAGAGAATCTTCGAGAGAACTCATCGAAGCCAATCCTCGAAGCCCTAGTTCTTTCTCATC
GTCTTCTTCGCTTTCTTCGTCCTCCTCCTCGCTGTCTCCCGGAGTTCCGATCGATGAACT
TTCCAACGAATAATCCGCCGTCTGTCCTGACCAGATTCCGCTTCCGACACGACTCAAACC
GGCTCCCTCATCATTCACGGTATCGAAAGAAGAGGAGGAGGAGGAAGCTTTGTCCCTCCT
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TCTTCCTCCCGCCATTACTTCCATCGCCGTGTCGTCTCCAGGCAAC

QA 1 886 1 886
DS 

RD RR1BO37JQ 766 0 0
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ATTGTTGATTAAATCAAATCACTCATCTTCTTCTTCCTGCAGATCTGATAGAGCAAAACA
ACTCCTAGACTTGAATGCTCTGTTCTTGAACGATGAGTTTCTTGCAATGACAACTCCTCT
TGGTCCTCCTCGCTCTTCATCGCTCAGATCTCCCTCCTCTTCTTCATCATCATCATCTTG
ATCTTCGTTTACAGGCAAAAGAGGCATAGATTTAGGGTTTTGCCACGAGTAGAACGATCT
TCTTGCTAACTTGTTGCAGATCTGTAACCTTCTACGCTTATTCAACGGATTCTCTTGCTT
TGGTACTTCTTTCACACTCCCGATCTCTCCTAAGTTCCCAAACGATTTTGATTTCCCTTT
GTAGTGATTCGATAACCCTCTTTTGTTGGGGAGAGAATCTTCGAGAGAACTCATCGAAGC
CAATCCTCGAAGCCCTAGTTCTTTCTCATCGTCTTCTTCGCTTTCTTCGTCCTCCTCCTC
GCTGTCTCCCGGAGTTCCGATCGATGAACTTTCCGACGAATAATCCGCCGTCTGTCCTGA
CCAGATTCCGCTTCCGACACGACTCAAACCGGCTCCCTCATCGTTCACGGTATCGAAAGA
AGAGGAGGAGGAGGAAGCTTTGTCCCTCCTCATCGTCATCGTCGGCAGATCGCTTCCTTG
TTCTTCCGAGTCTTCGATGGAGAACGTAGATCTTCCTCCCGCCATT

QA 1 766 1 766
DS 



CO CL2167Contig2 822 3 8 U
TTATCCCTTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTTCTGCCATTGCTATTCCTACGATTCTCTGAG
TCTGTGATTTGAGGATCCGACCCAAAAGTTGATGAGACAGAACCCCCCAGAAGCAAAAAA
GGCAACGTGATTTCCGACCAAACCGGTAAGAAAGTTTCTTGATTTTTTGTTGCCTGGAGA
CGACACGGCGATGGAAGTAATGGCGGGAGGAAGATCTACGTTCTCCATCGAAGACTCGGA
AGAACAAGGAAGCGATCTGCCGACGATGACGATGAGGAGGGACAAAGCTTCCTCCTCCTC
CTCTTCTTTCGATACCGTGAACGATGAGGGAGCCGGTTTGAGTCGTGTCGGAAGCGGAAT
CTGGTCAGGACAGACGGCGGATTATTCGTCGGAAAGTTCATCGATCGGAACTCCGGGAGA
CAGCGAGGAGGAGGACGAAGAAAGCGAAGAAGACGATGAGAAAGAACTAGGGCTTCGAGG
ATTGGCTTCGATGAGTTCTCTCGAAGATTCTCTCCCCAACAAAAGAGGGTTATCGAATCA
CTACAAAGGGAAATCAAAATCGTTTGGGAACTTAGGAGAGATCGGGAGTGTGAAAGAAGT
ACCAAAGCAAGAGAATCCGTTGAATAAGCGTAGAAGGTTACAGATCTGCAACAAGTTAGC
AAGAAGATCGTTCTACTCGTGGCAAAACCCTAAATCTATGCCTCTTTTGCCTGTAAACGA
AGATCAAGATGATGATGAAGAGGAGGGAGACGATGGTGATCTGAGCGATGAAGAGAGAGG
AGGAACAAGAGTGTTATTGCAAGAAACTCATCGTTCAAGAAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW65TF U 1
AF RR1BO37TF U 1
AF RR1F890TF U 48
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BS 97 97 RR1BO37TF
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BS 391 727 RR1AW65TF
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QA 1 727 1 727
DS 

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TCTGTGATTTGAGGATCCGACCCAAAAGTTGATGAGACAGAACCCCCCAGAAGCAAAAAA
GGCAACGTGATTTCCGACCAAACCGGTAAGAAAGTTTCTTGATTTTTTGTTGCCTGGAGA
CGACACGGCGATGGAAGTAATGGCGGGAGGAAGATCTACGTTCTCCATCGAAGACTCGGA
AGAACAAGGAAGCGATCTGCCGACGATGACGATGAGGAGGGACAAAGCTTCCTCCTCCTC
CTCTTCTTTCGATACCGTGAACGATGAGGGAGCCGGTTTGAGTCGTGTCGGAAGCGGAAT
CTGGTCAGGACAGACGGCGGATTATTCGTCGGAAAGTTCATCGATCGGAACTCCGGGAGA
CAGCGAGGAGGAGGACGAAGAAAGCGAAGAAGACGATGAGAAAGAACTAGGGCTTCGAGG
ATTGGCTTCGATGAGTTCTCTCGAAGATTCTCTCCCCAACAAAAGAGGGTTATCGAATCA
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AGATCAA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1F890TF 775 0 0
GG
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ACTCCGGGAGACAGCGAGGAGGAGGACGAAGAAAGCGAAGA***CGATGACAAAGAACTA
GGGCTTCGAGGATTGGCTTCGATGAGCTCTTTAGAAGATTCTCTCCCCAACAAAAGAGGG
CCATCGAATCACTACAAAGGGAAATCAAAATCGTTTGGGAACTTAGGAGAGATCGGGAGT
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AACAAGTTAGCGAGAAGATCGTTCTACTCGTGGCAAAACCCTAAATCTATGTCTCTTTTG
CCTGTAAACGAAGATCAAGATGATGATGAAGAGGAGGGAGACGATGGTGATCTGAGCGAT
GAAGAGAGAGGAGGAACAAGAGTGTTATTGCAAGAAACTCATCGTTCAAGAAC

QA 3 775 3 775
DS 



AS 1 4

CO CL2168Contig1 1034 4 8 U
TCCGCAGCGTAAGCGGAAGCTCGAAACTCCGGTCAATCCTCCACCGCCACCGCCACCGCC
ACCTTGTCCAGCAGTAGACGAGGATTCCTCCGACGAGGAGGTAGATCCGGTGGCACTGGC
GAAGTATCGACAACAAGTATCCGAATCTGGCGGTTTCGACGTGGACTTGTTCTTTCAACC
TTTTGGTGGGATAATTCCCGGTGGCTGTAATGACCACAGCTTACTCTTCGGGAAGGTCGG
ACTCCATTGTTACAACCTTCAAAAGGGTACTAACTTGCAGTTCAAGAAAGTCACCAAAGC
CAATACACAAATCTGTTCAATTTTATCGTTTTACATCACACTGGAGGCCATTGATCCTGC
CCACGACGACTCACTTGTTACTTTCCAGACCTGTGTCACCGATACTGTGCTCATGCACCA
AGCACGTTTGAGAACCTTCACAACTACTTGCAGAATCAAGCCTCAAGTCCCAGGAACGGG
AGAATTAGGTTCCATTTGGTACCCGGATGATGATGTAGATGCCTGTTACAAAGTTGATTT
GCCTAATTGGCTACAAGATGATGTACTTACAGGAGAGGATAAGCTTCAATTTTATGAGGT
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GACCCGTGCTGGTCAGGAGTGCAGAGGTATCGTAAGGAGAACTACTGATGGAAAACCTGG
ACACATGTGCCTTGAAGCTAGGTGTTGGATCGACAAGTAGAGTTGCTGGTTCTCTCTTTC
ATTAGCTAATCTCTACTCTATGAGTCGATGATGTCTTTTAACTAATTCCAGTACTTGTAT
TTCCTTTTTATCTACTACTCTACTTATAAGTTATGCCTTTTGACTAATTTCAGTTCTTAA
GTCTCCCGTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX90TF U 1
AF RR1G596TF U 219
AF RR1CX90JQ C 306
AF RR1CW04JQ C 309
BS 1 567 RR1CX90TF
BS 568 625 RR1G596TF
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RD RR1CX90TF 567 0 0
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QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1G596TF 777 0 0
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AGCCTCAAGTCCCAGGAACGGGAGAATTAGGTTCCATTTGGTACCCGGATGATGATGTAG
ATGCCTGTTACAAAGTTGATTTGCCTAATTGGCTACAAGATGATGTACTTACAGGAGAGG
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TATACGCTGAGTTTGCATTGTTCTCCTATTTCGAGGATGACCTGAGCGATTATATGCCAT
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CAGTCTTCTTCCTGAGTTTCAAGACCCGTGCTGGTCAGGAGTGCAGAGGTATCGTAAGGA
GAACTACTGATGGAAAACCTGGACACATGTGCCTTGAAGCTAGGTGTTGGATCGACAAGT
AGAGTTGCTGGTTCTCTCTTTCATTAGCTAATCTCTACTCTATGAGTCGATGATGTCTTT
*AACTAATTCCAGTACTTGTATTTCCTTTTTATCTACTACTCTACTTATAAGTTATG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1CX90JQ 712 0 0
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ACGACTCACTTGTTACTTTCCAGACCTGTGTCACCGATACTGTGCTCATGCACCAAGCAC
GTTTGAGAACCTTCACAACTACTTGCAGAATCAAGCCTCAAGTCCCAGGAACGGGAGAAT
TAGGTTCCATTTGGTACCCGGATGATGATGTAGATGCCTGTTACAAAGTTGATTTGCCTA
ATTGGCTACAAGATGATGTACTTACAGGAGAGGATAAGCTTCAATTTTATGAGGTGAAAG
ATTGGGAGCTGAAGGACAACCAGTGGCTTTATCTATACGCTGAGTTTGCATTGTTCTCCT
ATTTCGAGGATGACCTGAGCGATTATATGCCATTTGAGATGAGGAAAGTAGTGGTGCAAA
CCAAGGAAGATATGAAGCTCAAGTCGGGCAATGCAGTCTTCTTCCTGAGTTTCAAGACCC
GTGCTGGTCAGGAGTGCAGAGGTATCGTAAGGAGAACTACTGATGGAAAACCTGGACACA
TGTGCCTTGAAGCTAGGTGTTGGATCGACAAGTAGAGTTGCTGGTTCCCTCTTTCATTAG
CTAATCTCTACTCTATGAGTCGATGATGTCTTTTAACTAATTCCAGTACTTGTATTTCCT
TTTTATCTACTACTCTACTTATAAGTTATGCCTTTTGACTAATTTCAGTTCT

QA 1 712 1 712
DS 

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GGCTACAAGATGATGTACTTACAGGAGAGGATAAGCTTCAATTTTATGAGGTGAAAGATT
GGGAGCTGAAGGACAACCAGTGGCTTTATCTATACGCTGAGTTTGCATTGTTCTCCTATT
TCGAGGATGACCTGAGCGATTATATGCCATTTGAGATGAGGAAAGTAGTGGTGCAAACCA
AGGAAGATATGAAGCTCAAGTCGGGCAATGCAGTTTTCTTCCTGAGTTTCAAGACCCGTG
CTGGTCAGGAGTGCAGAGGTATCGTAAGGAGAACTACTGATGGAAAACCTGGACACATGT
GCCTTGAAGCTAGGTGTTGGATCGACAAGTAGAGTTGCTGGTTCTCTCTTTCATTAGCTA
ATCTCTACTCTATGAGTCGATGATGTCTTTTAACTAATTCCAGTACTTGTATTTCCTTTT
TATCTACTACTCTACTTATAAGTTATGCCTTTTGACTAATTTCAGTTCTTAAGTCTCCCG
TTATTT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 5

CO CL2169Contig1 966 5 12 U
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TAGTGATGAAAACTCTGCCAAAGAAAGCGGAAGTGATAACGAAGCTGCTGCTTCCAATAC
CAACAGCCAAAGCTCATCCACAACATCAGCGAAAGGAGTCGAAATTCAAACATCCAAAGA
AGCAAGGTCGTTCATTCATGCCTTAGAGAAGAAGTACGCAGGAACAGTAGAACTCGGTGC
GTTCTTCGAGAAACTCAAGACTTCCATGTCTGCTTCCACAAAGATATCTAACACTGACGA
AAAACGTTTCGTTTCTAAAATGAATTCTGCTGTTAGTTCTGTGTCCGAAGCCGCATCTAC
TGTTACTTCAAAGTTAGCCAAATCACCAGAGGCGAAGAGCCGCATGAAATCTTCCAAAGA
ACAATTGATGAAGACTTTCAAAGAACTAGAAGACCTTAACAGTAAAATAGTGAGCGAAAA
TAAAGGCAAAACAGTGTCGTCCACACAACACTCAGAGCTTAAACAGGCACTCAGTAAATG
GGAACAAGTCACCACCCAGTTTGTGGAGAATCTTACCTCTTCGAGTTCTTCATCTTCATC
TTCATCTTCATCTTCCTCTTCCTCTCAGTCTCAGAAATCTCAACAGTCTAAACAATCTCA
TGAGTCTCAACAGTCTCAGCAGGGCAGTACCATGAAGACTCAGACCAATTGATGCGACTC
AAATCATCAAGAAAGACAAACTAGTACAGCCATATATGATAATTAGTAACCAACTAGAGG
TTTTTGTTTCTTTCAATAAGACTAATTAGATCGGTGTAGGCAAGCAATATCTACCTATAG
ACCGACGTATGCAAATAATGTATACTGTATGCGCTCTCTTTGTGCTTTACAAAGAGAAGT
AAGCGAGACACAAAAGGGATTTTGAATAGTTTTTTTTTTGTGTTCCTACCTATATGTTTT
TTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ31TF U 1
AF RR1E487TF U 631
AF RR1CI17TF U 243
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TTCATCTTCATCTTCCTCTTCCTCTCAGTCTCAGAAATCTCAACAGTCTAAACAATCTCA
TGAGTCTCAACAGTCTCA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1E487TF 227 0 0
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QA 1 227 1 227
DS 

RD RR1CI17TF 667 0 0
G
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ACAAGTCACCACCCAGTTTGTGGAGAATCTTACCTCTTCGAGTTCTTCATCTTCATCTTC
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TCATCAAGAAAGACAAACTAGTACAGCCATATATGATAATTAGTAACCAACTAGAGGTTT
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GACGTATGCAAATAATGTATACTGTATGCGCTCTCTTTGTGCTTTACAAAGAGAAGTAAG
CGAGAC

QA 2 667 2 667
DS 

RD RR1A375TF 779 0 0
G
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CTTTCAAAGAACTAGAAGACCTTAACAGTAAAATAGTGAGCGAAAATAAAGGCAAAACAG
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CCCAGTTTGTGGAGAATCTTACCTCTTCGAGTTCTTCATCTTCATCTTCATCTTCATCTT
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CTCAGCAGGGCAGTACCATGAAGACTCAGACCAATTGATGCGACTCAAATCATCAAGAAA
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AATAAGACTAATTAGATCGGTGTAG*CAAGCAATATCTACCTATAGACCGACGTATGCAA
ATAATGTATACTGTATGCGCTCTCTTTGTGCTTTACAAAGAGAAGTAAGCGAGAC
ACA

QA 2 776 2 776
DS 

RD RR1A375JQ 833 0 0
G
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TCAAGACTTCCATGTCTGCTTCCACAAAGATATCTAACACTGACGAAAAACGTTTCGTTT
CTAAAATGAATTCTGCTGTTAGTTCTGTGTCCGAAGCCGCATCTACTGTTACTTCAAAGT
TAGCCAAATCACCAGAGGCGAAGAGCCGCATGAAATCTTCCAAAGAACAATTGATGAAGA
CTTTCAAAGAACTAGAAGACCTTAACAGTAAAATAGTGAGCGAAAATAAAGGCAAAACAG
TGTCGTCCACACAACACTCAGAGCTTAAACAGGCACTCAGTAAATGGGAACAAGTCACCA
CCCAGTTTGTGGAGAATCTTACCTCTTCGAGTTCTTCATCTTCATCTTCATCTTCATCTT
CCTCTTCCTCTCAGTCTCAGAAATCTCAACAGTCTAAACAATCTCATGAGTCTCAACAGT
CTCAGCAGGGCAGTACCATGAAGACTCAGACCAATTGATGCGACTCAAATCATCAAGAAA
GACAAACTAGTACAGCCATATATGATAATTAGTAACCAACTAGAGGTTTTTGTTTCTTTC
AATAAGACTAATTAGATCGGTGTAGGCAAGCAATATCTACCTATAGACCGACGTATGCAA
ATAATGTATACTGTATGCGCTCTCTTTGTGCTTTACAAAGAGAAGTAAGCGAGACACAAA
AGGGATTTTGAATAGTTTTTTTTTTGTGTTCCTACCTATATGTTTTTTTCTT

QA 2 833 2 833
DS 



AS 1 5

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TATTGTCTGCTTTGAGTGCTAATTGTGTCCTAAAGAAGGTGGTGGAGGTCTTGTTTTACC
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AAGGGTTGCTTCCTTTGCCAAAGATTCATAACCCAAACGACCCACGAAGGATAGAGTTGA
AAGAGCTCGAGGCAGTAAAGGCGGTGATCGATGTGAAAGCGCACTCTTTGGTGCGGAGAG
AGCTCTGGGCTGGTCTCGGTTACTTGATACTACAGACCGCAGGGTTCATGAGGCTAACGT
TCTGGGAACTCTCTTGGGATGTGATGGAGCCAATATGTTTCTACGTCACGTCCATGTACT
TTATGGCTGGGTACGGTTTCTTCCTCAGGACGTCGAGAGAGCCTTCTTTTGAAGGGTTTT
ATCAAAGCAGGTTCGAGGCTAAACAGAGGAAATTGATGAGTCTTGATAAGTTTGATGTTG
AGAGGTACGAAGAACTGAAGAAGCTGTTTTACCCTAAGGCTTCACATCGTGTTTCCAAGA
TTCTTGGAACTGTCGGGAGTTAAAATTTTGATTTACACAGAAAAACGGTTTTGATTCAAT
GTTGTTGTCACAAATGGTGTCTGTTTTTTCCTAACCAGAGGAATCCTACCAAGAAAAGGA
GAACAAAAGAAAAAAAAAACAAAGGTAGATGAAGTTCTCAAGTTTTCAATTTTCCAAAAA
AACGTTTGCGGCTTTTGTAAAATCAGGGAAGAGTCATGTTTCAATGTTTTCATTATGATC
AATTTTAAGTGTAAAACATCTTGTAAATAAGTGTTTTAGTTGTAATAGAAACTATTAATA
CTTGACAAATGTATTCATATCTCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G051TF U 404
AF RR1EB81JQ C 1
AF RR1CC41JQ C 251
AF RR1CC41TF U 582
AF RR1GH67TF U 404
BS 1 283 RR1EB81JQ
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BS 285 404 RR1EB81JQ
BS 405 479 RR1G051TF
BS 480 480 RR1GH67TF
BS 481 597 RR1G051TF
BS 598 598 RR1CC41TF
BS 599 644 RR1G051TF
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BS 646 658 RR1G051TF
BS 659 896 RR1CC41TF
BS 897 926 RR1GH67TF

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G
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TCTTTTGAAGGGTTT*ATCAAAGCAGGTTCGAGGCTAAACAGAGGAAATTGATGAGTCTT
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CATCGTGTTTCCAGGATTCTTGGAACTGTCGGGAGTTAAAATTTTGATTTACACAGAAAA
*CGGTTTTGATTCA
T

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DS 

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TATTGTCTGCTTTGAGTGCTAATTGTGTCCTAAAGAAGGTGGTGGAGGTCTTGTTTTACC
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AAGGGTTGCTTCCTTTGCCAAAGATTCATAACCCAAACGACCCACGAAGGATAGAGTTGA
AAGAGCTCGAGGCAGTAAAGGCGGTGATCGATGTGAAAGCGCATTCTTTGGTGCGGAGAG
AGCTCTGGGCTGGTCTCGGTTACTTGATACTACAGACCGCAGGGTTCATGAGGCTAACGT
TCTGGGAACTCTCTTGGGATGTGATGGAGCCAATATGTTTCTACGTCACGTCCATGTACT
TTATGGCTGGGTACGGTTTCTTCCTCAGGACGTCGAGAGAGCCTTCTTTTGAAGGGTTTT
ATCAAAGCAGGTTCGAGGCTAAACAGAGGAAATTGATGAGTCTTGATAAGTTTGATGTTG
AGAGGTACGAAGAACTGAAGAAGCTGTTTTACCCTAAGGCTTCACATCGTGTTTCCAAGA
TTCTTGGAACTGTCGGGAGTTAAAATTTTGATTTACACAGAAAAACGGTTTTGATTCAAT
GTTGTTGTCACAAATGGTGTCTGTTTTTTCCTAACCAGAGGAATCCTACCAA
AAAGGAGAACG

QA 1 712 1 712
DS 

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TGGTCTCGGTTACTTGATACTACAGACCGCAGGGTTCATGAGGCTAACGTTCTGGGAACT
CTCTTGGGATGTGATGGAGCCAATATGTTTTTACGTCACGTCCATGTACTTTATGGCTGG
GTACGGTTTCTTCCTCAGGACGTCGAG*GAGCCTTCTTTTGAAGGGTTTTATCAAAGCAG
GTTCGAGGCTAAACAGAGGAAATTGATGAGTCTTGATAAGTTTGATGTTGAGAGGTACGA
AGAACTGAAGAAGCTGTTTTACCCTAAGGCTTCACATCGTGTTTCCAAGATTCTTGGAAC
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CAAATGGTGTCTGTTTTTTCCTAACCAGAGGAATCCTACCAAGAAAAGGAGAACAAAAGA
AAAAAAAAACAAAGGTAGATGAAGTTCTCAAGTTTTCAATTTTCCAAAAAAACGTTTGCG
GCTTTTGTAAAATCAGGGAAGAGTCATGTTTCAATGTTTTCATTATGATCAATTTTAAGT
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QA 1 646 1 646
DS 

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AAAACGGTTTTGATTCAATGTTGTTGTCACAAATGGTGTCTGTTTTTTCCTAACCAGAGG
AATCCTACCAAGAAAAGGAGAACAAAAGAAAAAAAAAACAAAGGTAGATGAAGTTCTCAA
GTTTTCAATTTTCCAAAAAAACGTTTGCGGCTTTTGTAAAATCAGGGAAGAGTCATGTTT
CAATGTTTTCATTATGATCAATTTTAAGTGTAAAACATCTTGTAAATAAGTGTTTTAGTT
GTAATAGAAACTATT

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR1GH67TF 523 0 0
G
GTCACGTCCATGTACTTTATGGCTGGGTACGGTTTCTTCCTCAGGACGTCGAGAGAGCCT
TCTTTTGAAGGGTTTTATCAAAGCAGGTTCGAGGCTAAACAGAGGAAATTGATGAGTCTT
GATAAGTTTGATGTTGAGAGGTACGAAGAACTGAAGAAGCTGTTTTACCCTAAGGCTTCA
CATCGTGTTTCCAGGATTCTTGGAACTGTCGGGAGTTAAAATTTTGATTTACACAGAAAA
ACGGTTTTGATTCAATGTTGTTGTCACAAATGGTGTCTGTTTTTTCCTAACCAGAGGAAT
CCTACCAAGAAAAGGATAACAAAAGAAAAAAAAAACAAAGGTAGATGAAGTTCTCAAGTT
TTCAATTTTCCAAAAAA*CGTTTGCGGTTTTTGTAAAATCAGGGAAGAGTCATGTTTCAA
TGTTTTCATTATGATCAATTTTAAGTGTAAAACATCTTGTAAATAAGTGTTTTAGTTGTA
ATAGAAACTATTAATACTTGACAAATGTATTCATATCTCCAT

QA 2 523 2 523
DS 



AS 1 5

CO CL2171Contig1 1344 5 5 U
GGACAAAATAAAAATGATATCTCTACCACACATTACAGCGATTACACCCAACCGGTCTCT
CCTCCACTCAATTAACCGGCCGGTTTACACTCGCCGCCATGTCCAACAACGCACGACGAT
GGCTTTACCATCGCCGAAGCGAGTGGTTCTGGTGAGGCACGGGCAGAGCACGTGGAACGA
AGAAGGGAGGATCCAAGGGAGCTCCGACTTCTCCGTCTTGACGAACAAAGGCGAGTCTCA
AGCCGACATTTCTCGCCAGATGCTCCTCCACGACTCCTTCGACGTCTGCTTCACCAGTCC
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ATTCGATTACGATCTCAGAGAAATCGATCTTTGTTCTTTTCAAGGTCTACTTAAGAAAGA
AGGTAAAGCAAAGTTTGGTGAAGCCTTTAGGCAATGGCAAGAAGATCCGGCGAACTTTAT
CATCGATGGACACTACCCTGTAAGAGAGTTATGGTCACGTGCTGGAAGCTGCTGGAGCGG
TGTACTTGCTCATGAGAGCAAGTCTGTTCTTGTTGTTGCTCATAATGCTGTTAACCAGGC
TCTTCTGTCTACAGCCGTTGGTCTTGGAACAGAGTATTTTAGGAGGGTGTTGCAGAGCAA
TTGCGGTGTAAGTGTACTTGATTTTACACCAAGAGCTGACGGTGGATCTCCTCATGTGTG
TCTTAATCGGCTTAATCAGACGCCTAGTTCGCCTCTAGCTGGTGGAAGTTCTGGTGGGAG
GAAAGCTAGTAAGCAGATCATACTTGTCTGCCATGGTCAGAGTGATAATGAGGCTGGTGC
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TCTTGATCTAAGGGTTACTTCAATAGTGTGTAGCTCCACAACAGCGTCCATTGAGACTGC
TGGAGTAATATCCAGGGTGCAAGAAGCTGCGGGTTGTTTGGGTGTAGATAGTGTGCCTCG
CTTTGTAAACACGAAACAAATGAATGAGCTTGATGTTGAGGACATTATTCACGATGCCTT
AACCTCGATAAAAAATGTCTCGAGTTGTTCCAGCTAGACGCAGGCAGCATTAGCGTCATA
GATTTTCCGGATGGTCCTAGCCAAAGAGGAGTGATCCGTTGCACAAACTACACTGCTCAT
CTAGGAAGATGGTCTGTCCCCATCACAACACCTGCTGTCTAAAGAGTAAACAGTATTTTT
TTGTATCTTCCAAGTTTTGGTCACTTGTTATTACATAAAAAACAATTTGTAAGATCCTGT
AACAACACTGTACTCAAAGCTCAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BT20TF U 1
AF RR1FD57TF U 1
AF RR1GD81TF U 18
AF RR1BT20JQ C 581
AF RR1FD57JQ C 729
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BS 753 753 RR1BT20JQ
BS 754 769 RR1FD57TF
BS 770 1344 RR1BT20JQ

RD RR1BT20TF 638 0 0
GGACAAAATAAAAATGATATCTCTACCACACATTACAGCGATTACACCCAACCGGTCTCT
CCTCCACTCAATTAACCGGCCGGTTTACACTCGCCGCCATGTCCAACAACGCACGACGAT
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AGAAGGGAGGATCCAAGGGAGCTCCGACTTCTCCGTCTTGACGAACAAAGGCGAGTCTCA
AGCCGACATTTCTCGCCAGATGCTCCTCCACGACTCCTTCGACGTCTGCTTCACCAGTCC
ATTGAAGAGATCGAAGAAAACAGCTGAGATCATATGGGGAAGTCGAGAAGCTGAGATGTT
ATTCGATTACGATCTCAGAGAAATCGATCTTTGTTCTTTTCAAGGTCTACTTAAGAAAGA
AGGTAAAGCAAAGTTTGGTGAAGCCTTTAGGCAATGGCAAGAAGATCCGGCGAACTTTAT
CATCGATGGACACTACCCTGTAAGAGAGTTATGGTCACGTGCTGGAAGCTGCTGGAGCGG
TGTACTTGCTCATGAGAGCAAGTCTGTTCTTGTTGTTGCTCATAATGCTGTTAACCAGGC
TCTTCTGTCTACAGCCGTTGGTCTTGGAACAGAGTATT

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DS 

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CCTCCACTCAATTAACCGGCCGGTTTACACTCGCCGCCATGTCCAACAACGCACGACGAT
GGCTTTACCATCGCCGAAGCGAGTGGTTCTGGTGAGGCACGGGCAGAGCACGTGGAACGA
AGAAGGGAGGATCCAAGGGAGCTCCGACTTCTCCGTCTTGACGAACAAAGGCGAGTCTCA
AGCCGACATTTCTCGCCAGATGCTCCTCCACGACTCCTTCGACGTCTGCTTCACCAGTCC
ATTGAAGAGATCGAAGAAAACAGCTGAGATCATATGGGGAAGTCGAGAAGCTGAGATGTT
ATTCGATTACGATCTCAGAGAAATCGATCTTTGTTCTTTTCAAGGTCTACTTAAGAAAGA
AGGTAAAGCAAAGTTTGGTGAAGCCTTTAGGCAATGGCAAGAAGATCCGGCGAACTTTAT
CATCGATGGACACTACCCTGTAAGAGAGTTATGGTCACGTGCTGGAAGCTGCTGGAGCGG
TGTACTTGCTCATGAGAGCAAGTCTGTTCTTGTTGTTGCTCATAATGCTGTTAACCAGGC
TCTTCTGTCTACAGCCGTTGGTCTTGGAACAGAGTATTTTAGGAGGGTGTTGCAGAGCAA
TTGCGGTGTAAGTGTACTTGATTTTACACCAAGAGCTGACGGTGGATCTCCTCATGTGTG
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DS 

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GGCCGGTTTACACTCGCCGCCATGTCCAACAACGCACGACGATGGCTTTACCATCGCCGA
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GGAGCTCCGACTTCTCCGTCTTGACGAACAAAGGCGAGTCTCAAGCCGACATTTCTCGCC
AGATGCTCCTCCACGACTCCTTCGACGTCTGCTTCACCAGTCCATTGAAGAGATCGAAGA
AAACAGCTGAGATCATATGGGGAAGTCGAGAAGCTGAGATGTTATTCGATTACGATCTCA
GAGAAATCGATCTTTGTTCTTTTCAAGGTCTACTTAAGAAAGAAGGTAAAGCAAAGTTTG
GTGAAGCCTTTAGGCAATGGCAAGAAGATCCGGCGAACTTTATCATCGATGGACACTACC
CTGTAAGAGAGTTATGGTCACGTGCTGGAAGCTGCTGGAGCGGTGTACTTGCTCATGAGA
GCAAGTCTGTTCTTGTTGTTGCTCATAATGCTGTTAACCAGGCTCTTCTGTCTACAGCCA
TTGGTCTTGGAACAGAGTATTTTAGGAGGGTGTTGCAGAGCAATTGCGGTGTAAGTGTAC
TTGATTTTACACCAAGAGCTGACG*TGGATCTCCTCATGTGTGTCTTA
TCG

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DS 

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AGGAGGGTGTTGCAGAGCAATTGCGGTGTAAGTGTACTTGATTTTACACCAAGAGCTGAC
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GGTGGAAGTTCTGGTGGGAGGAAAGCTAGTAAGCAGATCATACTTGTCTGCCATGGTCAG
AGTGATAATGAGGCTGGTGCTAGTGATCAGCCAATGAACATGCTTGGGGTGATACAGTCG
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ACAGCGTCCATTGAGACTGCTGGAGTAATATCCAGGGTGCAAGAAGCTGCGGGTTGTTTG
GGTGTAGATAGTGTGCCTCGCTTTGTAAACACGAAACAAATGAATGAGCTTGATGTTGAG
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CAGGCAGCATTAGCGTCATAGATTTTCCGGATGGTCCTAGCCAAAGAGGAGTGATCCGTT
GCACAAACTACACTGCTCATCTAGGAAGATGGTCTGTCCCCATCACAACACCTGCTGTCT
AAAGAGTAAACAGTATTTTTTTGTATCTTCCAAGTTTTGGTCACTTGTTATTACATAAAA
AACAATTTGTAAGATCCTGTAACAACACTGTACTCAAAGCTCAC

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DS 

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GTAAGCAGATCATACTTGTCTGCCATGGTCAGAGTGATAATGAGGCTGGTGCTAGTGATC
AGCCAATGAACATGCTTGGGGTGATACAGTCGCAGAAAACCGCAGAGCTTCTTCTTGATC
TAAGGGTTACTTCAATAGTGTGTAGCTCCACAACAGCGTCCATTGAGACTGCTGGAGTAA
TATCCAGGGTGCAAGAAGCTGCGGGTTGTTTGGGTGTAGATAGTGTGCCTCGCTTTGTAA
ACACGAAACAAATGAATGAGCTTGATGTTGAGGACATTATTCACGATGCCTTAACCTCGA
TAAAAAATGTCTCGAGTTGTTCCAGCTAGACGCAGGCAGCATTAGCGTCATAGATTTTCC
GGATGGTCCTAGCCAAAGAGGAGTGATCCGTTGCACAAACTACACTGCTCATCTAGGAAG
ATGGTCTGTCCCCATCACAACACCTGCTGTCTAAAGAGTAAACAGTATTTTTTTGTATCT
TCCAAGTTTTGGTCACTTGTTATTACATAAAAAACAATTTGTAAGATCCTGTAACAACAC
TGTACTCAAAGCTCAC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 4

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GTTTTTTTCAATTATGAGCTCGAGTTCTTCGTTGAATTGAACAGTATTTTCAAAATATTA
GCTGATGATGTCGCAGAAGCAAATTTCCGACGATCGAGGATCTCCACATTTCAGGCGTAC
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TACCGCTACTTGAATCAGACTGGAGCGCCTGTTGTTCTCTTCCTCTTCTGCTGTCTCGTG
CCATCATCCATCATCTTCTTGATACTTCATCATCCATGGAAAGGAAGGGCACTTTCCAAT
CAACAGATTGTACCTTCTCTTATCAATGGGGTCATCACAGCTCTCTACTTCATCTTGTGG
GAACGCTTAGAGCTATCTTGTCAGAGTACTCTGGTGCTGTTTTTGGAGTACTATATGTAC
GAAGAGGCCATGTCTGGCAAAAGGTAGGTGGCCTTATTGCAATGCTGCTAGCTCTGTTTT
TCTTGTCTCAAGGATGGGCAACATCATCTCTCTCCCCCTTTTCCTCAAAAGATAGTACGG
AAATCAAAGAGGAAGAAGTATTAACAGCACAAGCACTAGGGTTGCTGGGAATGATGATAC
CCGTTTTTGCTAGAATCTTATCTGCATTAAGGCGAGTTATTGCGCGGCATGTTTCTCTTA
ACAACCAGCAGAAGAAACGACTTCATGCGATAACCATTACTTCTGCAACATGTTTCTTGT
TTCCTTTGGCTATGTGGGACCTTGTCATAGGGACGTCTTCAGGGAAAACAGTCGAGCTGC
CATTTTCTGCGTGGGCTTTCCTTAGCACCATTGCTTTCAGGATCATTCTAATATTCTATG
TTGACAATATCGCAGAAGAGATGTTTCCTTTAAAGCTTTACCTCTTCTTTCATCTTTACA
TTTCATTTACACACACAACAGCTGCTTTTATGTATTACATGTTTCTCTCTTACAGATTGC
ATATGGTGTTTTCTTCCCCCAAGACATTTAATGGTAGCAGGAGCATGCATAATCGTCATG
GAGATTGCTTACGAGATGGACTTTTCTCTTCCTGGTTTCATTGTCTGTTGCTTAGTGTTA
GGGTTTGGAATATTCGAAGCAACATCTCTAGAACGAAGCAAGAAATACTCTTCCATAAAA
TCAGAAGATCAGTCAAACGGAGTCCTTGATAGCGACTTTGATACTTCTCCAATTCTTCCA
ATATAGCTTAGCTACCAATCCTCACCATGCTAACGACCTCGTACTCTTGAAATGTCATTG
TCCATGACAATGTAAATCTTTGTTTGTTTTTAACTCGTTCTCAGTCTTTGTACCTTCATC
TTTCGTTTTCCTTGGTGGAGCATTTATGATTTTTGTTTTTGTTTTGGGGTAGACAGAAGA
TGTAAGAAAAAAGGTTGTAAGGAAGCAGTTTATAGATTGAAGGACGGATCAGTGAATGGG
TCACCATTAGATACTCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E989TF U 74
AF RR1AE26TF U 1
AF RR1C969TF U 819
AF RR1AE26JQ C 628
BS 1 284 RR1AE26TF
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BS 691 691 RR1E989TF
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BS 1167 1440 RR1C969TF
BS 1441 1519 RR1AE26JQ

RD RR1E989TF 744 0 0
GG
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GAAGCAAATTTCCGACGATCGCGGATCTCCACATTTCAGGCGTACCCTTTCCAGATCATC
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TCTCTTATCAATGGGGTCATCACAGCTCTCTACTTTATCTTGTGGGAACGCTTAGAGCTA
TCTTGTCAGAGTACTCTGGTGCTGTTTTTGGAGTACTATATGTACGAAGAGGCCATGTCT
GGCAAAAGGTAGGTGGCCTTATTGCAATGCTGCTAGCTCTGTTTTTCTTGTCTCAAGGAT
GGGCAACATCATCTCTCTCCCCCTTTTCCTCAAAAGATAGTACGGAAATCAAAGAGGAGG
AAGTATTAACAGCACAAGCACTAGGGTTGCTGGGAATGATGATACCCGTTTTTGCTAGAA
TCTTATCTGCATTAAGGCGAGTTATTGCGCGGCGTGTTTCTCTTAACAACCAGCAGAAGA
AACGACTTCATGCGATA*CCATTACTTCTGCAACATGTTTCTTGTTTCCTTTGGCTATGT
GGGACCT*GTCATAGGGACGTC

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1AE26TF 858 0 0
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GTTTTTTTCAATTATGAGCTCGAGTTCTTCGTTGAATTGAACAGTATTTTCAAAATATTA
GCTGATGATGTCGCAGAAGCAAATTTCCGACGATCGAGGATCTCCACATTTCAGGCGTAC
CCTTTCCAGATCATCCATGTCATTGGGAACTTTTGTAGGATATGGTCAGTTTATTCTATG
TACCGCTACTTGAATCAGACTGGAGCGCCTGTTGTTCTCTTCCTTTTCTGCTGTCTCGTG
CCGTCATCCATCATCTTCTTGATACTTCATCATCCATGGAAAGGAAGGGCACTTTCCAAT
CAACAGATTGTACCTTCTCTTATCAATGGGGTCATCACAGCTCTCTACTTCATCTTGTGG
GAACGCTTAGAGCTATCTTGTCAGAGTACTCTGGTGCTGTTTTTGGAGTACTATATGTAC
GAAGAGGCCATGTCTGGCAAAAGGTAGGTGGCCTTATTGCAATGCTGCTAGCTCTGTTTT
TCTTGTCTCAAGGATGGGCAACATCATCTCTCTCCCCCTTTTCCTCAAAAGATAGTACGG
AAATCAAAGAGGAAGAAGTATTAACAGCACAAGCACTAGGGTTGCTGGGAATGATGATAC
CCGTTTTTGCTAGAATCTTATCTGCATTAAAGCGAGTTATTGCGCGGCATGTTTCTCTTA
ACAACCAGCAGAAGAAACGACTTCATGCGATAACCATTACTTCTGCAACATGTTTCTTGT
TTCCTTTGGCTATGTGGGACCTTGTCATAGGGACGTCTTCAGG*AAAACAGTCGAGCTGC
*ATTTTCTGCGTGGGCTT

QA 1 858 1 858
DS 

RD RR1C969TF 622 0 0
G
CAGGGAAAACAGTCGAGCTGCCATTTTCTGCGTGGGCTTTCCTTAGCACCATTGCTTTCA
GGATCATTCTAATATTCTATGTTGACAATATCGCAGAAGAGATGTTTCCTTTAAAGCTTT
ACCTCTTCTTTCATCTTTACATTTCATTTACACACACAACAGCTGCTTTTATGTATTACA
TGTTTCTCTCTTACAGATTGCATATGGTGTTTTCTTCCCCCAAGACATTTAATGGTAGCA
GGAGCATGCATAATCGTCATGGAGATTGCTTACGAGATGGACTTTTCTCTTCCTGGTTTC
ATTGTCTGTTGCTTAGTGTTAGGGTTTGGAATATTCGAAGCAACAT*TCTAGAACGAAGC
AAGAAATACTCTTCCATAAAATCAGAAGATCAGTCAAACGGAGTCCTTGATAGCGACTTT
GATACTTCTCCAATTCTTCCAATATAGCTTAGCTACCAATCCTCACCATGCTAACGACCT
CGTACTCTTGAAATGTCATTGTCCATGACAATGTAAATCTTTGTTTGTTTTTAACTCGTT
CTCAGTCTTTGTACCTTCATCTTTCGTTTTCCTTGGTGGAGCATTTATGATTTTTGTTTT
TGTTTTGGGGTAGACAGAAGA

QA 2 622 2 622
DS 

RD RR1AE26JQ 892 0 0
CACAAGCACTAGGGTTGCTGGGAATGATGATACCCGTTTTTGCTAGAATCTTATCTGCAT
TAAGGCGAGTTATTGCGCGGCATGTTTCTCTTAACAACCAGCAGAAGAAACGACTTCATG
CGATAACCATTACTTCTGCAACATGTTTCTTGTTTCCTTTGGCTATGTGGGACCTTGTCA
TAGGGACGTCTTCAGGGAAAACAGTCGAGCTGCCATTTTCTGCGTGGGCTTTCCTTAGCA
CCATTGCTTTCAGGATCATTCTAATATTCTATGTTGACAATATCGCAGAAGAGATGTTTC
CTTTAAAGCTTTACCTCTTCTTTCATCTTTACATTTCATTTACACACACAACAGCTGCTT
TTATGTATTACATGTTTCTCTCTTACAGATTGCATATGGTGTTTTCTTCCCCCAAGACAT
TTAATGGTAGCAGGAGCATGCATAATCGTCATGGAGATTGCTTACGAGATGGACTTTTCT
CTTCCTGGTTTCATTGTCTGTTGCTTAGTGTTAGGGTTTGGAATATTCGAAGCAACATCT
CTAGAACGAAGCAAGAAATACTCTTCCATAAAATCAGAAGATCAGTCAAACGGAGTCCTT
GATAGCGACTTTGATACTTCTCCAATTCTTCCAATATAGCTTAGCTACCAATCCTCACCA
TGCTAACGACCTCGTACTCTTGAAATGTCATTGTCCATGACAATGTAAATCTTTGTTTGT
TTTTAACTCGTTCTCAGTCTTTGTACCTTCATCTTTCGTTTTCCTTGGTGGAGCATTTAT
GATTTTTGTTTTTGTTTTGGGGTAGACAGAAGATGTAAGAAAAAAGGTTGTAAGGAAGCA
GTTTATAGATTGAAGGACGGATCAGTGAATGGGTCACCATTAGATACTCATG

QA 1 892 1 892
DS 



AS 1 5

CO CL2173Contig1 723 5 6 U
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CGTGTTTTGTTGGTTTGAATGGAGGTTTTGGGTGTAAACTGAACACTTTAGAGTTTCAAA
ATAATCTTAATCCAGGTACCATTCTCAAAGTTAATTGCTCAACCAACACAAACATAGTTG
AAAGTCTCCATGAGGTAAAAGTCAATGAAAAATATCAAATTCCAGTTAGAGAAAAAGGAA
CACCACGAAGAATTGTATGGCGTTGCCTCTTACGACATGGAGAAAAAGTGGAAAATCATC
AAATTATATGGCGTGCATACAGAGGAGCTAGTGCGTATCGATGTGGTGAAAAACGTTCGT
GGATTGCTAAAATTGATGGAATTTACTTAGAGAAAAATAATAAAGCAAAGGGACTCCAAC
ATCATTGGGTCGTGTCTAAACCATGAGTTTGTCTTCTTAAAAACTATTTACATATGATGG
TAAGACTATTTCTTGTCATATGTGATAAATAATTATTTTAATTTGAGACAACAATATACA
AATAAATGTATGATAAATATCAGTATATTATTTATTCGGTCTAGAATGAGACTGATTGGT
AACCTCAACATGTTAATTTTTATTTATTTTATAATAGATCCATGTTACACATTTGTTGGT
GTGTTTTAATTACTGTATGAGAAAGTGAAAATAATTTAATGGTAAATTTTCATGCTTATC
ACT


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR1CR11TF U 2
AF RR1F806TF U 2
AF RR1F806JQ C 2
AF RR1C723JQ C 1
AF RR1C723TF U 1
BS 1 1 RR1C723JQ
BS 2 422 RR1CR11TF
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RD RR1CR11TF 567 0 0
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QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1F806TF 706 0 0
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AAAAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1F806JQ 701 0 0
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AATTATATGGCGTGCATACAGAGGAGCTAGTGCGTATCGATGTGGTGAAAAACGTTCGTG
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TCATTGGGTCGTGTCTAAACCATGAGTTTGTCTTCTTAAAAACTATTTACATATGATGGT
AAGACTATTTCTTGTCATATGTGATAAATAATTATTTTAATTTGAGACAACAATATACAA
ATAAATGTATGATAAATATCAGTATATTATTTATTCGGTCTAGAATGAGACTGATTGGTA
ACCTCAACATGTTAATTTTTATTTATTTTATAATAGATCCATGTTACACATTTGTTGGTG
TGTTTTAATTACTGTATGAGAAAGTGAAAATAATTTAATGG

QA 1 701 1 701
DS 

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AAAGTCTCCATGAGGTAAAAGTCAATGAAAAATATCAAATTCCAGTTAGAGAAAAAGGAA
CACCACGAAGAATTGTATGGCGTTGCCTCTTACGACATGGAGAAAAAGTGGAAAATCATC
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GGATTGCTAAAATTGATGGAATTTACTTAGAGAAAAATAATAAAGCAAAGGGACTCCAAC
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TAAGACTATTTCTTGTCATATGTGATAAATAATTATTTTAATTTGAGACAACAATATACA
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AACCTCAACATGTTAATTTTTATTTATTTTATAATAGATCCATGTTACACATTTGTTGGT
GTGTTTTAATTACTGTATGAGAAAGTGAAAATAATTTAATGGTAAATTTTCATGCTTATC
ACT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1C723TF 723 0 0
G
GGAACCAATATTTTAGATAAAAAAGATGAAATACCTTATATTTATACTAGTTTTTTCTAC
GTGTTTTGTTGGTTTGAATGGAGGTTTTGGGTGTAAACTGAACACTTTAGAGTTTCAAAA
TAATCTTAATCCAGGTACCATTCTCAAAGTTAATTGCTCAACCAACACAAACATAGTTGA
AAGTCTCCATGAGGTAAAAGTCAATGAAAAATATCAAATTCCAGTTAGAGAAAAAGGAAC
ACCACGAAGAATTGTATGGCGTTGCCTCTTACGACATGGAGAAAAAGTGGAAAATCATCA
AATTATACGGCGTGCATACAGAGGAGCTAGTGCGTATCGATGTGGTGAAAAACGTTCGTG
GATTGCTAAAATTGATGGAATTTACTTAGAGAAAAATAATAAAGCAAAGGGACTCCAACA
TCATTGGGTCGTGTCTAAACCATGAGTTTGTCTTCTTAAAAACTATTTACATATGATGGT
AAGACTATTTCTTGTCATATGTGATAAATAATTATTTTAATTTGAGACAACAATATACAA
ATAAATGTATGATAAATATCAGTATATTATTTATTCGGTCTAGAATGAGACTGATTGGTA
ACCTCAACATGTTAATTTTTATTTATTTTATAATAGATCCATGTTACACATTTGTTGGTG
TGTTTTAATTACTGTATGAGAAAGTGAAAATAATTTAATGGTAAATTTTCATGCTTATCA
CT

QA 2 723 2 723
DS 



AS 1 5

CO CL2174Contig1 543 5 5 U
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ACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1CQ09JQ C 6
AF RR1CQ09TF U 6
AF RR1H268TF U 11
AF RR1H268JQ C 11
AF RR1H490TF U 1
BS 1 447 RR1H490TF
BS 448 448 RR1CQ09TF
BS 449 463 RR1H490TF
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BS 465 543 RR1H490TF

RD RR1CQ09JQ 533 0 0
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AGGTGGCTGATGGTGAGACCAATAAGGTTTACGAGGCCAAGGTTTTGGAGAAAGCCTGGG
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TCTCTCTGACTTTCGTTTGTGTATTATTTCAAGTTGTCACTTTA
TT

QA 8 531 8 531
DS 

RD RR1CQ09TF 533 0 0
GGATAGC
AACGAATCAAAATAATCAACAGAGAGAAAGGAAGGAAGCAGGCGATAATGGCGGATCAAG
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AGGTGGCTGATGGTGAGACCAATAAGGTCTACGAGGCCAAGGTTTTGGAGAAAGCCTGGG
AGAATCTCAAGAAGTTGGAGCACTTCAACCACGTTCGCGATGTTTAAATGCGAGTAAACA
CATCTCAGGCTACGTGATAAGAGTCCCTTGTTTAACCAAAGTATATTTTAAATAAGTGAA
TGTGAATCCAGTCCATGTGTTTGATTTGATGGGATGTGTACGGAACTGGTGATTTGTGTA
TCTCTCTGACTTTCGTTTGTGTATTATTTCAAGTTGTCACTTTA
TT

QA 8 531 8 531
DS 

RD RR1H268TF 528 0 0
GG
AACGAATCAAAATAATCAACAGAGAGAAAGGAAGGAAGCAGGCGATAATGGCGGATCAAG
GAACAGTCGTGGGAGGAGTTCGCGATATAGATCCAAATGCAAATGATCTCCAAGTCGAGA
GTCTCGCTCGTTTCGCTGTCGATGAGCACAACAAGAAGGAGAACGTGACACTGGAGTACA
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AGAATCTCAAGAAGTTGGAGCACTTCAACCACGTTCGCGATGTTTAAATGCGAGTAAACA
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CT

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GG
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AGAGGCTCCTTGGTGCGAAAACACAGGTTGTGGCGGGAACGATGCACCATCTCACCGTGG
AGGTGGCTGATGGTGAGACCAATAAGGTTTACGAGGCCAAGGTTTTGGAGAAAGCCTGGG
AGAATCTCAAGAAGTTGGAGCACTTCAACCACGTTCGCGATGTTTAAATGCGAGTAAACA
CATCTCAGGCTACGTGATAAGAGTCCCTTGTTTAACCAAAGTATATTTTAAATAAGTGAA
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TCTCTCTGACTTTCGTTTGTGTATTATTTCAAGTTGTCACTTTA
CT

QA 3 526 3 526
DS 

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AGAAAGCCTGGGAGAATCTCAAGAAGTTGGAGCACTTCAACCACGTTCGCGATGTTTAAA
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ACC

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 5

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AGCCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTTGATGCTTCAGACAATCCGATTCTGACCTTGAGA
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AATGATTTGGTGTACACGTTGAAACGATCGTCAATGATTCAATTGATCAAGCCAAAACTA
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CACAAGAACCATACCGCACAAAGCATATTAATAGGAAAGAGTAACTTCTCGGTCACGGTT
TATCCGAATGTTGATTATGCGTTTATAGTATCTCTCATTGTAATTCTTGATGACATTAAC
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ATTGTACTCTTGATACGTGCAACATTTGACTTATAGATAATACTTATAATT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TGA

QA 1 657 1 657
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TGCCGTCACTGACGTCAACGGAAACCTCCTTTTCAAAGTCAAAGAACCATTGTTTAGCCT
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GTTTTTGGCTCAAAACAAGGAAATGAAGGTATGTGACTTCCATGTTAAAGGAAGTTGGAT
TGACCGGTCATGTGTCGTCTACGCCGGGAAATCTGATGCCATTGTTGCTCAGATGCACAA
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GAATGTTGATTATGCGTTTATAGTATCTCTCATTGTAATTCTTGATGACATTAACCGAGA
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A*GAATTCATG

QA 6 736 6 736
DS 

RD RR1E683JQ 672 0 0
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GACTTCCATGTTAAAGGAAGTTGGATTGACCGGTCATGTGTCGTTTACGCCGGGAAATCT
GATGCCATTGTTGCTCAGATGCACAAGAACCATACCGCACAAAGCATATTAATAGGAAAG
AGTAACTTCTCGGTCACGGTTTATCCGAATGTTGATTATGCGTTTATAGTATCTCTCATT
GTAATTCTTGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGATGACTAAACTAATGTTTTTTTAACT
AATGATTCTTGATTTTAATATGAAACAAGAATTCATGAAAGTGTTGAGGTTTTGTTTGGA
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AGTTCCTTGAATAAGCAATCGATTGTACTCTTGATACGTGCAACATTTGACTTATAGATA
ATACTTATAATT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 5

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CTTAGCTTCCAAGATCTCAGATTTTTGTTCAGTGATATCGTAGGAGCGTGGAGCCAAGAC
GCACAGGAAAAACAGATCCGTTTTCTGTTCCAAGAATGCTTTGTGGCTTTGCCTGAAGGA
CAACACTTCAACAAAATCTGCGATAATACCAGTTTCTTCTTCCACTTCCCTAGCTACTCC
ATCGCAAATATCCTCACCCTCGTGGATAACACCAGTAGGGAGCTTCCAGACATTTTTGTC
TCTGAAATAACCGCTCTTTTCCTGGACAACGAGGACCTCACGAGTAGCTTTGTTGAGGAC
AAGAGCACCAACACCAACAATGTGAGAAGCATTGGCAGGGATAGTGTCAGGGGTGTTTGA
GATCCAAGACACAAGCATCAAGTACTCTGGCTCTGCGTGATGATATCTAAACCCTTCACT
AACTGCAGATTCAACAAGGTTAGCTAAACCAAGAGGTAGCTTTATCCAAATCCCCCTCTT
ACCCTCTTGTCTCCAATGGGAAAGAGAAGCCCTGAGCCTATGGGTAAAAACTTCAGCATC
CATTGGTTCATTCATGGTCACCGTAACGCCATCGTAATTGTCTGTCTCCCCGATAAGTAT
ATCCATCTCTCTCTCTCTCAAGCAAATCTAAAAACCAGACACGACTTTGCTTTGATTAAT
CAAATTCGAACTGTGTCTCGAGAAGAGAATAGACTCTGCTTTGATTCGTCATTTTTGTTT
TTGTCTATTTGTAATTGAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H281JQ U 1
AF RR1GC90JQ U 20
AF RR1CQ43JQ U 132
AF RR1CQ43TF C 394
AF RR1H281TF C 383
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BS 79 79 RR1GC90JQ
BS 80 435 RR1H281JQ
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BS 510 510 RR1CQ43JQ
BS 511 754 RR1GC90JQ
BS 755 1163 RR1H281TF

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AAACCGGTTAAGACAATGTCAAAAGGAAGAAGCAATTGTCTCAGAAAGATGGTTTTTGTT
TTTTTTTATTTGAGATACAAATACAAAGGACACAACACAATAATGACAAATGCAGAGATT
CCATGAGAATGCGATTCAGAGAGAAGAGGATGATGCTTGGTCACGCGCTGCTATAACGTT
CTTGGCGTGATCAGCATTGCAGTAGACGAAGCTCTTTTTACCAGTTCCCGTGACAGTTTC
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CTTGAACATCTCCTTCTTCTGGTTCCATGGCTGATCTACGTATTCTTTGATCGGCATCCA
CTTAGCTTCCAAGAT

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CAAAAGGAAGAAGCAATTGTCTCAGAAAGATGGTTTTTGTTTTTTTT*ATTTGAGATACA
AATACAAAGGACACAACACAATAATGACAAATGCAGAGATTCCATGAGAATGCGATTCAG
AGAGAAGGGGATGATGCTTGGTCACGCGCTGCTATAACGTTCTTGGCGTGATCAGCATTG
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TGGTTCCATGGCTGATCTACGTATTCTTTGATCGGCATCCACTTAGCTTCCAAGATCTCA
GATTTTTGTTCAGTGATATCGTAGGAGCGTGGAGCCAAGACGCACAGGAAAAACAGATCC
GTTTTCTGTTTCAAGAATGCTTTGTGGCTTTGCCTGAAGGACAACACTTCAACAAAATCT
GCGATAATACCAGTTTCTTCTTCCACTTCCCTAGCTACTCCATCGCAAATATCCTCACCC
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TCCTGGACAACGAGGACCTCACGAGTAGCTTTGTTGAGGACAAGAGCACCAACACCAACA
ATGTGAGAAGCATTG

QA 1 735 1 735
DS 

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CGATTCAGAGAGAAGAGGATGATGCTTGGTCACGCGCTGCTATAACGTTCTTGGCGTGAT
CAGCATTGCAGTAGACGAAGCTCTTTTTACCAGTTCCCGTGACAGTTTCCACAGCGGAAA
ATCCAACGTAGTCTTCATCACACTTCTTCTCGCAGATTTCAGCCATGATCTTGAACATCT
CCTTCTTCTGGTTCCATGGCTGATCTACGTATTCTTTGATCGGCATCCACTTAGCTTCCA
AGATCTCAGATTTTTGTTCAGTGATATCGTAGGAGCGTGGAGCCAAGACGCACAGGAAAA
ACAGATCCGTTTTCTGTTCCAAGAATGCTTTGTGGCTTTGCCTGAAGGACAACACTTCAA
CAAAATCTGCGATAATACCAGTTTCTTCTTCCACTTCCCTAGCTACTCCATCGCAAATAT
CCTCACCCTCGTGGATAACACCAGTAGGGAGCTTCCAGACATTTTTGTCTCTGAAATAAC
CGCTCTTTTTCTGGACAACGAGGACCTCACGAGTAGCTTTGTTGAGGACAAGAGCAC

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DS 

RD RR1CQ43TF 731 0 0
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GATATCGTAGGAGCGTGGAGCCAAGACGCACAGGAAAAACAGATCCGTTTTCTGT*CCAA
GAATGCTTTGTGGCTTTGCCTGAAGGACAACACTTCAACAAAATCTGCGATAATACCAGT
TTCTTCTTCCACTTCCCTAGCTACTCCATCGCAAATATCCTCACCCTCGTGGATAACACC
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GACCTCACGAGTAGCTTTGTTGAGGACAAGAGCACCAACACCAACAATGTGAGAAGCATT
GGCAGGGATAGTGTCAGGGGTGTTTGAGATCCAAGACACAAGCATCAAGTACTCTGGCTC
TGCGTGATGATATCTAAACCCTTCACTAACTGCAGATTCAACAAGGTTAGCTAAACCAAG
AGGTAGCTTTATCCAAATCCCCCTCTTCCCCTCTTGTCTCCAATGGGAAAGAGAAGCCCT
GAGCCTATGGGTAAAAACTTCAGCATCCATTGGTTCATTCATGGTCACCGTAACGCCATC
GTAATTGTCTGTCTCCCCGATAAGTATATCCATCTCTCTCTCTCTCAAGCAAATCTAAAA
ACCAGACACGACTTTGCTTTGATTAATCAAATTCGAACTGTGTCTCGAGAAGAGAATAGA
CTTTGCTTT
CC

QA 1 729 1 729
DS 

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GTTCCAT
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CAGTGATATCGTAGGAGCGTGGAGCCAAGACGCACAGGAAAAACAGATCCGTTTTCTGTT
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CAGTTTCTTCTTCCACTTCCCTAGCTACTCCATCGCAAATATCCTCACCCTCGTGGATAA
CACCAGTAGGGAGCTTCCAGACATTTTTGTCTCTGAAATAACCGCTCTTTTCCTGGACAA
CGAGGACCTCACGAGTAGCTTTGTTGAGGACAAGAGCACCAACACCAACAATGTGAGAAG
CATTGGCAGGGATAGTGTCAGGGGTGTTTGAGATCCAAGACACAAGCATCAAGTACTCTG
GCTCTGCGTGATGATATCTAAACCCTTCACTAACTGCAGATTCAACAAGGTTAGCTAAAC
CAAGAGGTAGCTTTATCCAAATCCCCCTCTTACCCTCTTGTCTCCAATGGGAAAGAGAAG
CCCTGAGCCTATGGGTAAAAACTTCAGCATCCATTGGTTCATTCATGGTCACCGTAACGC
CATCGTAATTGTCTGTCTCCCCGATAAGTATATCCATCTCTCTCTCTCTCAAGCAAATCT
AAAAACCAGACACGACTTTGCTTTGATTAATCAAATTCGAACTGTGTCTCGAGAAGAGAA
TAGACTCTGCTTTGATTCGTCATTTTTGTTTTTGTCTATTTGTAATTGAAAAAA

QA 8 781 8 781
DS 



AS 1 5

CO CL2177Contig1 1398 5 15 U
GGATCATCTCATAAACCAAAAACCACATTATCCGAGATTTGATTATTTCTCACTACCTTC
TTGTCATTTTTTTCTGTAACCATGAGTCTTCTGACCGATCTCATTAACCTTGACCTCTCA
GACAACACTGAGAAAATCATCGCTGAATACATATGGGTTGGTGGTTCAGGAATGGACATG
AGAAGCAAAGCTAGGACTCTCTCTGGACCTGTGACCGATCCATCACAACTCCCAAAGTGG
AATTATGATGGTTCAAGCACTGGCCAAGCTCCTGGTGAAGACAGTGAAGTGATCTTATAC
CCTCAAGCGATTTTCAAGGATCCGTTCCGTAGAGGCAACCACATTCTTGTCATGTGTGAT
ACTTACACCCCTGCGGGTGAACCAATTCCTACGAACAAGAGACATGCTGCTGCTCAGATC
TTTAGCCACCCTGATGTTGTAGCTGAAGTGCCATGGTATGGAATCGAGCAAGAGTACACT
CTCTTGCAGAAGGATGTGAAGTGGCCTGTTGGATGGCCCATTGGTGGCTTCCCTGGCCCT
CAGGGACCATACTACTGCAGTGTTGGAGCTGACAAGTCTTTTGGAAGAGACATTGTTGAT
GCTCACTACAAGGCTTGTTTGTATGCCGGAATTAACATCAGTGGGATCAATGGAGAAGTC
ATGCCTGGTCAGTGGGAGTTCCAAGTCGGACCATCTGTTGGTATCTCAGCTGCTGATGAA
GTGTGGATCGCTCGCTACATTTTGGAGAGGATCACAGAGATTGCTGGTGTGGTTGTACCT
TTTGACCCAAAGCCAATTCCTGGTGACTGGAACGGAGCTGGTGCTCACACCAACTACAGT
ACTAAGTCGATGAGGGAGGAAGGAGGATACGAGATAATCAAGAAGGCAATCGATAAGCTC
GGACTGAGACACAAGGAGCACATTTCTGCTTATGGTGAAGGCAACGAGCGCCGTCTCACC
GTACACCATGAAACTGCTGACATCAACACTTTCAAATGGGGTGTTGCAAACCGTGGAGCA
TCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAAGGGAAAGGATACTTTGAGGATAGGAGG
CCAGCTTCCAACATGGACCCTTACATTGTTACTTCCATGGTTGCAGAGACTACTATCCTT
TGGAATCCTTGAAGAAATATGACAATAATATAACTTGAA*TCTTTTGGGG*TTTCAAGTT
TGTGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATTACCGGGTTGATGTTACCGGGGTTTGCGGTTTG
GGGCCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGGTTTGTGATTGGAGCAAAACCTGATTTG
CTCTGTTTCTTTGACCTTTTATTTGACCCCTTAAAATTTGTATTAATAAGACGATCTGAA
AAGGCCTTTTCATGTTTC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1CM76TF U 1
AF RR1BJ49TF U 514
AF RR1BJ49JQ C 569
AF RR1CM76JQ C 635
AF RR1AS59TF U 1125
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BS 1265 1298 RR1BJ49TF
BS 1299 1398 RR1AS59TF

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GACAACACTGAGAAAATCATCGCTGAATACATATGGGTTGGTGGTTCAGGAATGGACATG
AGAAGCAAAGCTAGGACTCTCTCTGGACCTGTGACCGATCCATCACAACTCCCAAAGTGG
AATTATGATGGTTCAAGCACTGGCCAAGCTCCTGGTGAAGACAGTGAAGTGATCTTATAC
CCTCAAGCGATTTTCAAGGATCCGTTCCGTAGAGGCAACCACATTCTTGTCATGTGTGAT
ACTTACACCCCTGCGGGTGAACCAATTCCTACGAACAAGAGACATGCTGCTGCTCAGATC
TTTAGCCACCCTGATGTTGTAGCTGAAGTGCCATGGTATGGAATCGAGCAAGAGTACACT
CTCTTGCAGAAGGATGTGAAGTGGCCTGTTGGATGGCCCATTGGTGGCTTCCCTGGCCCT
CAGGGACCATACTACTGCAGTGTTGGAGCTGACAAGTCTTTTGGAAGAGACATTGTTGAT
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GTGTGGATCGCTCG*TACATTTTGGAGAG*ATCACAGAG

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DS 

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G
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CTGTTGGTATCTCAGCTGCTGATGAAGTGTGGATCGCTCGCTACATTTTGGAGAGGATCA
CAGAGATTGCTGGTGTGGTTGTACCTTTTGACCCAAAGCCAATTCCTGGTGACTGGAACG
GAGCTGGTGCTCACACCAACTACAGTACTAAGTCGATGAGGGAGGAAGGAGGATACGAGA
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GTGAAGGCAACGAGCGCCGTCTCACCGTACACCATGAAACTGCTGACATCAACACTTTCA
AATGGGGTGTTGCAAACCGTGGAGCATCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAAG
GGAAAGGATACTTTGAGGATAGGAGGCCAGCTTCCAACATGGACCCTTACATTGTTACTT
CCATGGTTGCAGAGACTACTATCCTTTGGAATCCTTGAAGAAATATGACAATAATATAAC
TTGAA*TCTTTTGGGG*TTTCAAGTTTGTGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATTACCGGG
TTGATGTTACCGGGGTTTGCGGTTTGGGGTCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGGT
TTGT

QA 2 785 2 785
DS 

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GACCATCTGTTGGTATCTCAGCTGCTGATGAAGTGTGGATCGCTCGCTACATTTTGGAGA
GGATCACAGAGATTGCTGGTGTGGTTGTACCTTTTGACCCAAAGCCAATTCCTGGTGACT
GGAACGGAGCTGGTGCTCACACCAACTACAGTACTAAGTCGATGAGGGAGGAAGGAGGAT
ACGAGATAATCAAGAAGGCAATCGATAAGCTCGGACTGAGACACAAGGAGCACATTTCTG
CTTATGGTGAAGGCAACGAGCGCCGTCTCACCGTACACCATGAAACTGCTGACATCAACA
CTTTCAAATGGGGTGTTGCAAACCGTGGAGCATCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGAGA
AGGAAGGGAAAGGATACTTTGAGGATAGGAGGCCAGCTTCCAACATGGACCCTTACATTG
TTACTTCCATGGTTGCAGAGACTACTATCCTTTGGAATCCTTGAAGAAATATGACAATAA
TATAACTTGAA*TCTTTTGGGG*TTTCAAGTTTGTGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATT
ACCGGGTTGATGTTACCGGGGTTTGCGGTTTGGGGTCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTT
TGGGGTTTGTGATTGGAGCAAAACCTGATTTGCTCTGTTTCTTTGACCTTTTATTTGACC
CCTTAAAATTTGTATTAATAAGACGATCTGAAAAGGCC

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DS 

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CTGTTGGTATCTCAGCTGCTGATGAAGTGTGGATCGCTCGTTACATTTTGGAGAGGATCA
CAGAGATTGCTGGTGTGGTTGTATCTTTTGACCCAAAACCAATTCCTGGTGACTGGAACG
GAGCTGGTGCTCACACCAACTACAGTACTAAGTCGATGAGGGAGGAAGGAGGATACGAGA
TAATCAAGAAGGCAATCGATAAGCTCGGACTGAGACACAAGGAGCACATTTCTGCTTATG
GTGAAGGCAACGAGCGCCGTCTCACCGGACACCATGAAACTGCTGACATCAACACTTTCA
AATGGGGTGTTGCAAACCGTGGAGCATCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAAG
GGAAAGGATACTTTGAGGATAGGAGGCCAGCTTCCAACATGGACCCTTACATTGTTACTT
CCATGGTTGCAGAGACTACTATCCTTTGGAATCCTTGAAGAAATATGACAATAATATAAC
TTGAA*TCTTTTGGGG*TTTCAAGTTTGTGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATTACCGGG
TTGATGTTACCGGGGTTTGTGGTTTGGGGCCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGGT
TTGTGATTGGAGCAAAACCTGATTTGCTCTGTTTCTTTGACCTTTTATTTGACCCCTTAA
AATTTGTATTAATAAGACGATCTGAAAAGGCCTTTTCATGTT
CC

QA 1 762 1 762
DS 

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TTGGGGGTTTCAAGTTTGTGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATTACCGGGTTGATGTTAC
CGGGGTTTGTGGTTTGGGGCCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGGTTTGTGATTGG
AGCAAAACCTGATTTGCTCTGTTTCTTTGACCTTTTATTTGACCCCTTAAAATTTGTATT
AATAAGACGATCTGAAAAGGCCTTTTCATGTTTC

QA 1 274 1 274
DS 



AS 1 5

CO CL2178Contig1 1387 5 12 U
TTTTTAATAAAACTAGTTTAATAAAACTAGTAATAACAATTTTCTTATATATATATTATT
ATTTTGCTTTCTTTTATCTTAAAAAAATAAAAAATAAAAAATAAAATAAGAGATGGGTTA
CATTTTTCTGACCATGATTGCGTTTCTTGTTATTTTTGCCTTACCGGCGGTTGTCGCCAA
CGATATAACTCCGATTCCAGAAGACAAAGGCCAAGTCGAGGCATGGTTCAAGGCCAACGT
TCAACCCTATTCAGCGAGGCGAGGCACACTCGACCCTGCCCTGGATGCAGCTGAAGCATC
GCCACAGATTATTACCGTGAATCAAGGAGGAGGCGGTGATTTTAAGACAATAAATGAAGC
GATCAAGAGCATTCCGACAGGGAACACAAAGCGTGTGATCATCAAGTTGGCTCCTGGTGT
ATACCGTGAGAAAGTCACAATCGACGTAGGTCGACCATTCATTACATTGATGGGTAAACC
TGGTGCAGAAACGACCTTGACCTTCGACGGGACGGCCTCTAAATTCGGAACCATGGAGAG
TGCGACGCTTATCGTCTGGGCCCAATATTTTGTGGCAGCCAACTTACACATTAGAAATAC
TGCTCCAATGCCGAAAGCAGGATCACAAGGACAAGCGCTCGCTATGAGGATCAACGGCGA
TAAAGCGGCTTTCTACAACTGCAGATTCTATGGTTTCCAAGACACTCTTTGTGATGATAT
AGGCAACCATTTCTTCAAGGACTGTTACATCGAGGGAACCTATGATTTTATCTTCGGAAG
AGGAGCTTCCTTGTACTTGAACACGCAATTGCACGCTGTTGGAGATGGATTAAGAGTGAT
CACAGCACACAATCGACAGAGTGAGAACCAGCAGAATGGGTATTCATTCGTGCATTGCAA
GATTACTGGAGTTGGAACGGGGATCTACTTGGGTAGGGCATGGATGAGCCACCCTAAGGT
CGTCTATGCCTACACTGAGATGTCCAGTGTCGTCAACCCAACCGGATGGCAAGAGAACAA
GAACCGCGCCCATGACAAGACGGTGTTCTATGGAGAATACATGTGTACGGGACCAGGATC
ACACAAAGAGAAGAGAGTGGCCCACACACAAGACATTGACAAAAACGAAGCTAACAGTTT
CCTTACCCTCGGCTACATCAAAGGCTCATTGTGGCTCCTCCCTCCGCCCACTTACTAAAC
CACACCCATCTCATAACTATTATTCTATACTTTTGACTGAAAATACATGTGTATAAATGT
ATGTCTTGCATGCATTATTTCTTCTTGAATTTATTTCGAAAGTCCTCTCTTCCTGTATGT
AATGGAAGAGTAGAGACTTGTGTAATTTTGGTTGCACTATAATAAAATACATCAATATTC
ATAACTG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL50TF U 1
AF RR1AZ56TF U 379
AF RR1AZ56JQ C 572
AF RR1AC18TF U 623
AF RR1AC18JQ C 623
BS 1 449 RR1BL50TF
BS 450 450 RR1AZ56TF
BS 451 619 RR1BL50TF
BS 620 620 RR1AZ56TF
BS 621 624 RR1BL50TF
BS 625 1074 RR1AZ56TF
BS 1075 1075 RR1AC18TF
BS 1076 1124 RR1AZ56TF
BS 1125 1125 RR1AC18TF
BS 1126 1221 RR1AZ56TF
BS 1222 1380 RR1AC18TF
BS 1381 1387 RR1AC18JQ

RD RR1BL50TF 624 0 0
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ATTTTGCTTTCTTTTATCTTAAAAAAATAAAAAATAAAAAATAAAATAAGAGATGGGTTA
CATTTTTCTGACCATGATTGCGTTTCTTGTTATTTTTGCCTTACCGGCGGTTGTCGCCAA
CGATATAACTCCGATTCCAGAAGACAAAGGCCAAGTCGAGGCATGGTTCAAGGCCAACGT
TCAACCCTATTCAGCGAGGCGAGGCACACTCGACCCTGCCCTGGATGCAGCTGAAGCATC
GCCACAGATTATTACCGTGAATCAAGGAGGAGGCGGTGATTTTAAGACAATAAATGAAGC
GATCAAGAGCATTCCGACAGGGAACACAAAGCGTGTGATCATCAAGTTGGCTCCTGGTGT
ATACCGTGAGAAAGTCACAATCGACGTAG*TCGACCATTCATTACATTGATGGGTAAACC
TGGTGCAGAAACGACCTTGACCTTCGACGGGACGGCCTCTAAATTCGGAACCATGGAGAG
TGCGACGCTTATCGTCTGGGCCCAATATTTTGTGGCAGCCAACTTACACATTAGAAATAC
TGCTCCAATGCCGAAAGCACGATC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1AZ56TF 843 0 0
GT
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TCGACGTAGGTCGACCATTCATTACATTGATGGGTAAACCTGGTGCAGAAACGACCTTGA
CCTTCGACGGGACGGCCTCTAAATTCGGAACCATGGAGAGTGCGACGCTTATCGTCTGGG
CCCAATATTTTGTGGCAGCCAACTTACACATTAGAAATACTGCTCCAATGCCGAAAGCAG
GATCACAAGGACAAGCGCTCGCTATGAGGATCAACGGCGATAAAGCGGCTTTCTACAACT
GCAGATTCTATGGTTTCCAAGACACTCTTTGTGATGATATAGGCAACCATTTCTTCAAGG
ACTGTTACATCGAGGGAACCTATGATTTTATCTTCGGAAGAGGAGCTTCCTTGTACTTGA
ACACGCAATTGCACGCTGTTGGAGATGGATTAAGAGTGATCACAGCACACAATCGACAGA
GTGAGAACCAGCAGAATGGGTATTCATTCGTGCATTGCAAGATTACTGGAGTTGGAACGG
GGATCTACTTGGGTAGGGCATGGATGAGCCACCCTAAGGTCGTCTATGCCTACACTGAGA
TGTCCAGTGTCGTCAACCCAACCGGATGGCAAGAGAACAAGAACCGCGCCCATGACAAGA
CGGTGTTCTATGGAGAATACATGTGTACGGGACCGGGATCACACAAAGAGAAGAGAGTGG
CCCACACACAAGACATTGACAAAA*CGAAGCTAACAGTTTCCTTACCCTCGGCTACATCA
AAGGCTCATTGTGGCTCCTCCCTCCGCCCACTTACTAAACCACACCCATCTCATAACTAT
T

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DS 

RD RR1AZ56JQ 809 0 0
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GGTTTCCAAGACACTCTTTGTGATGATATAGGCAACCATTTCTTCAAGGACTGTTACATC
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CACGCTGTTGGAGATGGATTAAGAGTGATCACAGCACACAATCGACAGAGTGAGAACCAG
CAGAATGGGTATTCATTCGTGCATTGCAAGATTACTGGAGTTGGAACGGGGATCTACTTG
GGTAGGGCATGGATGAGCCACCCTAAGGTCGTCTATGCCTACACTGAGATGTCCAGTGTC
GTCAACCCAACCGGATGGCAAGAGAACAAGAACCGCGCCCATGACAAGACGGTGTTCTAT
GGAGAATACATGTGTACGGGACCGGGATCACACAAAGAGAAGAGAGTGGCCCACACACAA
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TGGCTCCTCCCTCCGCCCACTTACTAAACCACACCCATCTCATAACTATTATTCTATACT
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TATTTCGAAAGTCCTCTCTTTCTGTATGTAATGGAAGAGTAGAGACTTGTGTAATTTTGG
TTGCACTATAATAAAATACATCAATATTC

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DS 

RD RR1AC18TF 765 0 0
G
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GTTACATCGAGGGAACCTATGATTTTATCTTCGGAAGAGGAGCTTCCTTGTATTTGAACA
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TCTACTTGGGTAGGGCATGGATGAGCCACCCTAAGGTCGTCTATGCCTACACTGAGATGT
CCAGTGTCGTCAACCCAACCGGATGGCAAGAGAACAAGAACCGCGCCCATGACAAGACGG
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ACACACAAGACATTGACAAAAACGAAGCTAACAGTTTCCTTACCCTCGGCTACATCAAAG
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TCTATACTTTTGACTGAAAATACATGTGTATAAATGTATGTCTTGCATGCATTATTTCTT
CTTGAATTTATTTCGAAAGTCCTCTCTTCCTGTATGTAATGGAAGAGTAGAGACTTGTGT
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ATAACTG

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DS 

RD RR1AC18JQ 765 0 0
G
CACAAGGACAAGCGCTCGCTATGAGGATCAACGGCGATAAAGCGGCTTTCTACAACTGCA
GATTCTATGGTTTCCAAGACACTCTTTGTGATGATATAGGCAACCATTTCTTCAAGGACT
GTTACATCGAGGGAACCTATGATTTTATCTTCGGAAGAGGAGCTTCCTTGTATTTGAACA
CGCAATTGCACGCTGTTGGAGATGGATTAAGAGTGATCACAGCACACAATCGACAGAGTG
AGAACCAGCAGAATGGGTATTCATTCGTGCATTGCAAGATTACTGGAGTTGGAACGGGGA
TCTACTTGGGTAGGGCATGGATGAGCCACCCTAAGGTCGTCTATGCCTACACTGAGATGT
CCAGTGTCGTCAACCCAACCGGATGGCAAGAGAACAAGAACCGCGCCCATGACAAGACGG
TGTTCTATGGAGAATACATGTGTACGGGACCAGGATCACACAAAGAGAAGAGAGTGGCCC
ACACACAAGACATTGACAAAAACGAAGCTAACAGTTTCCTTACCCTCGGCTACATCAAAG
GCTCATTGTGGCTCCTCCCTCCGCCCACTTACTAAACCACACCCATCTCATAACTATTAT
TCTATACTTTTGACTGAAAATACATGTGTATAAATGTATGTCTTGCATGCATTATTTCTT
CTTGAATTTATTTCGAAAGTCCTCTCTTCCTGTATGTAATGGAAGAGTAGAGACTTGTGT
AATTTTGGTTGCACTATAATAAAATACATCAATATTCATAACTG

QA 2 765 2 765
DS 



AS 1 5

CO CL2179Contig1 796 5 52 U
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TACCGATGCTTTAGCCGTCAAGTCCTTTGACAAAATCGCCGACATCTGCGATAGTCTCAT
GCTCCAGGTTTCTGCGGAAGGAATCTCATTCCAGGAAGACTGGCCTTACGCTATCCATCT
CCTCGCTTACTTCTTCGTTGACGATTGTGATAGTGCACGTTTCTTATGGAAAACAATACC
TACGAGTGTGAAGGAGAGCAAGCCTGAAGTTGCTGTTGCTTGGAGGATTGGTCAGAAGCT
CTGGACACGTGACTATGCTGGTGTCTATGAAGCTATCCGTGGTTTTCATTGGAGTCAAGA
TGCTAAAGATATGGTTGCCGCTTTCTCAGATGTTTACACAAAAAGGATGTTTCAGCTCTT
GTTGTCTGCCTACTCCACAATTACCATCAGCGATTTGGCTCTTTTCCTAGGCATGACACA
AGATGATGCCACTACTTATGTTGTGGAGAAAGGATGGACAGTGGATGAAGCATCTCGAAT
GGTGACTGTGAAGAAGCAAGCGGTTCAAAGAGAGCAAAAGGTGGATTCATCGAAGCTGCA
ACGCTTGACAGAGTATGTGTTCCACCTTGAACACTAAACTCTC**CTATTTTTAAATAGC
GGAAAACCTTCTAAAGACCAACCAAGATTTTGTTTCAA*GAGACAGATGG*TCTAGCTAG
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AGCTGATTTCGGTGTT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 5 35 5 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 5 35 35 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E465TF U 1
AF RR1DP86TF U 1
AF RR1E465JQ C 1
AF RR1EM49TF U 1
AF RR1DP86JQ C 89
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BS 67 67 RR1E465TF
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BS 124 124 RR1E465TF
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BS 180 180 RR1E465TF
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BS 732 752 RR1DP86TF
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RD RR1E465TF 721 0 0
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TTTCA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1DP86TF 752 0 0
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QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1E465JQ 751 0 0
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TACCGATGCTTTAGCCGTCAAGTCCTTTGACAAAATCGCCGACATCTGCGATAGTCTCAT
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CCTCGCTTACTTCTTCGTTGACGATTGTGATAGTGCACGTTTCTTATGGAAAACAATACC
TACGAGTGTGAAGGAGAGCAAGCCTGAAGTTGCTGTTGCTTGGAGGATTGGTCAGAAGCT
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TTTCAGTTTTTAATGGGAGATTTATTTCA
CG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1EM49TF 741 0 0
GGATCTTGGCAAAGCTCCAATAGTAAAACGAAAACCAGTAGTCATGGATCTCTCTCCTGT
TACCGATGCTTTAGCCGTCAAGTCCTTTGACAAAATCGCCGACATCTGCGATAGTCTCAT
GCTCCAGGTTTCTGCGGAAGGAATCTCATTCCAGGAAGACTGGCCTTACGCTATCCATCT
CCTCGCTTACTTCTTCGTTGACGATTGTGATAGTGCACGTTTCTTATGGAAAACAATACC
TACGAGTGTGAAGGAGAGCAAGCCTGAAGTTGCTGTTGCTTGGAGGATTGGTCAGAAGCT
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TGCTAAAGATATGGTTGCCGCTTTCTCAGATGTTTACACAAAAAGGATGTTTCAGCTCTT
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GGTGACTGTGAAGAAGCAAGCGGTTCAAAGAGAGCAAAAGGTGGATTCATCGAAGCTGCA
ACGCTTGACAGAGTATGTGTTCCACCTTGAACACTAAACTCTC**CTATTTTTA*ATAGC
GGAAAACCTTCTAAAGACCAACCAAGATTTTGTTTCAA*GAGACAGATGG**CT**CTAG
TTTCAGTTTTTAATGGGAGAT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1DP86JQ 708 0 0
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DS 



AS 2 4

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AAGGTGGAATGTGAACTAAACTTTCCAAGTTTCCAGGAAGCGGTATCAGTACCTTGGAAA
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GAGAATGAAGGGCGTAAACATGGAGAATGCTCGCTGCTTGATCTTCCCACAGTCTTGGAA
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ATACTAGCACAGGAAGTGATAAAAGCTGTATCAGGGAAAGGAGAGCCGTTAAAGAACTTC
TTCTACTATGATGCTCAAGATGGCAAAGGTGTGATGGAAGACATTTCCAACTCTTTTACC
TCTTGAACCAGCGAGAGCTAGTACCATATGTTATCATCAGAGACTGCTTATTATATATCT
CAATCGTGTCTTTTGAATTATTCTAAATGTTTCGGTTATGATATTTCCTTGTTTGTAGTA
GAATAATTTGTTGAGCAACGGATATTTTGAATTGTCAGTTTCAACTTCC


BQ
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AAGGTGGAATGTGAACTAAACT

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DS 

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CTGT
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ATATTTTGAATTGTCAGTTTCAACTTCC

QA 5 812 5 812
DS 



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ATGGTACTAGCTCGCTGGTTTAAGAGGTAAAAGAGTTGGAAATGTCTTCCATCACACCTT
TGCCATCTTGAACATCATAGTAGAAGAAGTTCTTTAACGGTTCTCCTTTCCCTGATACAG
CTTTTATCACTTCCCTGTGCTAGTATTCCTCCTACGATGGCACAAGCTGGTGGAAATTCG
ATAGTACCGGTGATAAGTCTTTCCAAGAAACTATCTGGTACATGGCTCTCGCTCACAGCG
TTGGCCTCACAAAGCTTCTTTTTGATTTCCAAGACTGTGGGAAGATCAAGCAGTGAACAT
TCTCCATGTTTACGCCCTTCATTCTCCTCAAACACTTCTATTACTCTCATGGCAAAGTAG
AGCTTTGCCGTTCTCCTAGGAATCGGTTTCCAAGGTACTGATACCGCTTCCTGGAAACTT
GGAAAGTTTAGTTCACATTCCACCTTCTCTTCAAGCTTTTTCTTTGTGTATTTGTAATCC
TGAAGGTCCACAAAGATTTCACCACATGAGTCTCTACAATCCACTGTATAGAATGCCACT
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CCTATAACCACTACATCGAACTTCTCAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF03JQ U 1
AF RR1FW79JQ U 44
BS 1 314 RR1EF03JQ
BS 315 315 RR1FW79JQ
BS 316 470 RR1EF03JQ
BS 471 808 RR1FW79JQ

RD RR1EF03JQ 470 0 0
GAAGTTTTTACTCAGTTAATTGAATTATAAAAATTCTAAACTTGAAAGTTGAAACTGACA
ATTCAAAATATCCGTTGCTCAACAAATTATTTCTACAAACAAGGAAGTATCATAACCGAA
ACATTAGAATAATTCAAAAGAAACGACTGAGAGATAATAAGCAGTAGTCTCTGATAACAT
ATGGTACTAGCTCGCTGGTTTAAGAGGTAAAAGAGTTGGAAATGTCTTCCATCACACCTT
TGCCATCTTGAACATCATAGTAGAAGAAGTTCTTTAACGGTTCTCCTTTCCCTGATACAG
CTTTTATCACTTCC*TGTGCTAGTATTCCTCCTACGATGGCACAAGCTGGTGGAAATTCG
ATAGTACCGGTGATAAGTCTTTCCAAGAAACTATCTGGTACATGGCTCTCGCTCACAGCG
TTGGCCTCACAAAGCTTCTTTTTGATTTCCAAGACTGTGGGAAGATCAAG

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1FW79JQ 765 0 0
GA
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AGTATCATAACCGAAACATTAGAATAATTCAAAAGAAACGACTGAGAGATAATAAGCAGT
AGTCTCTGATAATATATGGTACTAGCTCGCTGGTTTAAGAGGTAAAAGAGTTGGAAATGT
CTTCCATCACACCTTTGCCATCTTGAGCATCATAGTAGAAGAAGTTCTTTAACGGTTCTC
CTTTCCCTGATACAGCTTTTATCACTTCCCTGTGCTAGTATTCCTCCTACGATGGCACAA
GCTGGTGGAAATTCGATAGTACCGGTGATAAGTCTTTCCAAGAGACTATCTGGTACATGG
CTCTCGCTCACAGCGTTGGCCTCACAGAGCTTCTTTTTGATTTCCAAGACTGTGGGAAGA
TCAAGCAGTGAACATTCTCCATGTTTACGCCCTTCATTCTCCTCAAACACTTCTATTACT
CTCATGGCAAAGTAGAGCTTTGCCGTTCTCCTAGGAATCGGTTTCCAAGGTACTGATACC
GCTTCCTGGAAACTTGGAAAGTTTAGTTCACATTCCACCTTCTCTTCAAGCTTTTTCTTT
GTGTATTTGTAATCCTGAAGGTCCACAAAGATTTCACCACATGAGTCTCTACAATCCACT
GTATAGAATGCCACTCGTTTCGATAGCTTCCTACATTTTTCATTAACAGCTTTTTTGGTA
GCAAGAGAACCGTAGCCTATAACCACTACATCGAACTTCTCAA

QA 3 765 3 765
DS 



AS 1 4

CO CL2181Contig1 629 4 5 U
GGGACAGCCAAACCCTTACATCTCAAGCTAATTAAGAAAATCTTTAATCAATATGAACGG
CATGAGTGGATCTTCTTCGTCGGCTCCTGCACCTTCACCGTCAGCGTTCTTTCAACATCA
CCGCCGTCATCACGGTGGCATGATGCACATGACTTTCTTTTGGGGGAAAAACACGGAGGT
TCTATTCGATGGCTGGCCAGGGACCAATCTGACCATGTATTGGGCATGCCTGGCCACCAT
TTTCGTATTTTCAGCATTGTCGGAGTGGATTTCGCGGTGCGGAGTCATGAAAGCCGGTCC
GGCTAGCTTTGCCAGCGGGATAGTTCAGACGGTGGTTTACACCGTGAGGGCTGGTTTGTC
TTATTTGATCATGTTGGCTGTGATGTCATTCAATGGAGGAGTCTTCTTGGCTGCAATGGC
TGGCTTTGGCTTAGGGTTTATGATTTTTGGAAGTAGGGCTTTTAGGGAAACTGGTAGTAA
TCACAATCACACGGAGGTTCAATCACATTGTTAACTCCCTGTGACATCCAATAATAATGA
AAATAAAATCACATTCTGGGAATTCGTTCTAGTTATTCTCATTTATTGTCTTGTTTAGGT
CTAATATATGATCGTGTACCGTTATTTAA


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A115TF U 1
AF RR1E225TF U 2
AF RR1BD02JQ C 4
AF RR1BD02TF U 4
BS 1 9 RR1A115TF
BS 10 10 RR1E225TF
BS 11 574 RR1A115TF
BS 575 590 RR1E225TF
BS 591 629 RR1BD02TF

RD RR1A115TF 574 0 0
GGGACAGCCGAACCCTTACATCTCAAGCTAATTAAGAAAATCTTTAATCAATATGAACGG
CATGAGTGGATCTTCTTCGTCGGCTCCTGCACCTTCACCGTCAGCGTTCTTTCAACATCA
CCGCCGTCATCACGGTGGCATGATGCACATGACTTTCTTTTGGGGGAAAAACACGGAGGT
TCTATTCGATGGCTGGCCAGGGACCAATCTGACCATGTATTGGGCATGCCTGGCCACCAT
TTTCGTATTTTCAGCATTGTCGGAGTGGATTTCGCGGTGCGGAGTCATGAAAGCCGGTCC
GGCTAGCTTTGCCAGCGGGATAGTTCAGACGGTGGTTTACACCGTGAGGGCTGGTTTGTC
TTATTTGATCATGTTGGCTGTGATGTCATTCAATGGAGGAGTCTTCTTGGCTGCAATGGC
TGGCTTTGGCTTAGGGTTTATGATTTTTGGAAGTAGGGCTTTTAGGGAAACTGGTAGTAA
TCACAATCACACGGAGGTTCAATCACATTGTTAACTCCCTGTGACATCCAATAATAATGA
AAATAAAATCACATTCTGGGAATTCGTTCTAGTT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1E225TF 589 0 0
GGAC
AGCCAAACCCTTACATCTCAAGCTAATTAAGAAAATCTTTAATCAATATGAACGGCATGA
GTGGATCTTCTTCGTCGGCTCCTGCACCTTCACCGTCAGCGTTCTT**AACATCACCGCC
GTCATCACGGTGGCATGATGCACATGACTTTCTTTTGGGGGAAAAACACGGAGGTTCTAT
TCGATGGCTGGCCAGGGACCAATCTGACCATGTATTGGGCATGCCTGGCCACCATTTTCG
TATTTTCAGCATTGTCGGAGTGGATTTCGCGGTGCGGAGTCATGAAAGCCGGTCCGGCTA
GCTTTGCCAGCGGGATAGTTCAGACGGTGGTTTACACCGTGAGGGCTGGTTTGTCTTATT
TGATCATGTTGGCTGTGATGTCATTCAATGGAGGAGTCTTCTTGGCTGCAATGGCTGGCT
TTGGCTTAGGGTTTATGATTTTTGGAAGTAGGGCTTTTAGGGAAACTGGTAGTAATCACA
ATCACACGGAGGTTCAATCACATTGTTAACTCCCTGTGACATCCAATAATAATGAAAATA
AAATCACATTCTGGGAATTCGTTCTAGTTATTCTCATTTATTGTC

QA 5 589 5 589
DS 

RD RR1BD02JQ 626 0 0
GG
AGCCAAACCCTTACATCTCAAGCTAATTAAGAAAATCTTTAATCAATATGAACGGCATGA
GTGGATCTTCTTCGTCGGCTCCTGCACCTTCACCGTCAGCGTTCTTTCAACATCACCGCC
GTCATCACGGTGGCATGATGCACATGACTTTCTTTTGGGGGAAAAACACGGAGGTTCTAT
TCGATGGCTGGCCAGGGACCAATCTGACCATGTATTGGGCATGCCTGGCCACCATTTTCG
TATTTTCAGCATTGTCGGAGTGGATTTCGCGGTGCGGAGTCATGAAAGCCGGTCCGGCTA
GCTTTGCCAGCGGGATAGTTCAGACGGTGGTTTACACCGTGAGGGCTGGTTTGTCTTATT
TGATCATGTTGGCTGTGATGTCATTCAATGGAGGAGTCTTCTTGGCTGCAATGGCTGGCT
TTGGCTTAGGGTTTATGATTTTTGGAAGTAGGGCTTTTAGGGAAACTGGTAGTAATCACA
ATCACACGGAGGTTCAATCACATTGTTAACTCCCTGTGACATCCAATAATAATGAAAATA
AAATCACATTCTGGGAATTCGTTCTAGTTATTCTCATTTATTGTCTTGTTTAGGTCTAAT
ATATGATCGTGTACCGTTATTTAA

QA 3 626 3 626
DS 

RD RR1BD02TF 626 0 0
GG
AGCCAAACCCTTACATCTCAAGCTAATTAAGAAAATCTTTAATCAATATGAACGGCATGA
GTGGATCTTCTTCGTCGGCTCCTGCACCTTCACCGTCAGCGTTCTTTCAACATCACCGCC
GTCATCACGGTGGCATGATGCACATGACTTTCTTTTGGGGGAAAAACACGGAGGTTCTAT
TCGATGGCTGGCCAGGGACCAATCTGACCATGTATTGGGCATGCCTGGCCACCATTTTCG
TATTTTCAGCATTGTCGGAGTGGATTTCGCGGTGCGGAGTCATGAAAGCCGGTCCGGCTA
GCTTTGCCAGCGGGATAGTTCAGACGGTGGTTTACACCGTGAGGGCTGGTTTGTCTTATT
TGATCATGTTGGCTGTGATGTCATTCAATGGAGGAGTCTTCTTGGCTGCAATGGCTGGCT
TTGGCTTAGGGTTTATGATTTTTGGAAGTAGGGCTTTTAGGGAAACTGGTAGTAATCACA
ATCACACGGAGGTTCAATCACATTGTTAACTCCCTGTGACATCCAATAATAATGAAAATA
AAATCACATTCTGGGAATTCGTTCTAGTTATTCTCATTTATTGTCTTGTTTAGGTCTAAT
ATATGATCGTGTACCGTTATTTAA

QA 3 626 3 626
DS 



AS 1 4

CO CL2182Contig1 1038 4 6 U
GGGGGTACAACCCTGACAAAATCCCATTCGTCCCCATCTCTGGTTTCGAGGGTGACAACA
TGACTGAGAGGTCAACCAACCTTGACTGGTACAAGGGACCAACTCTCCTCGAGGCTCTTG
ACCAGATCAACGAGCCCAAGAGACCCTCTGACAAGCCCCTCCGTCTCCCACTTCAGGATG
TCTACAAGATCGGTGGTATTGGAACGGTGCCAGTGGGACGTGTTGAGACTGGTCTGCTCA
AGCCTGGTATGGTTGTCACCTTCGCTCCTTCAGGGTTGACCACTGAGGTCAAGTCTGTTG
AGATGCACCACGAGTCTCTTGTGGAGGCACTTCCAGGTGACAACGTTGGATTCAATGTTA
AGAATGTTGCTGTCAAGGATCTCAAGCGTGGGTATGTTGCATCCAACTCCAAGGATGACC
CTGCTAAGGGAGCTGCCAACTTCACATCCCAGGTCATCATCATGAACCACCCTGGTCAGA
TCGGTAACGGATACGCCCCAGTTCTCGATTGCCACACGTCCCACATTGCAGTCAAGTTCT
CTGAGATCTTGACCAAGATTGACAGGCGATCTGGTAAGGAGATCGAGAAGGAGCCCAAGT
TTTTGAAGAATGGTGATGCTGGTATGGTTAAGATGACTCCGACCAAGCCCATGGTTGTTG
AGACTTTCTCTGAGTACCCACCGTTGGGACGTTTCGCTGTTAGGGACATGAGGCAGACCG
TTGCTGTTGGTGTCATCAAGAGTGTTGACAAGAAGGACCCAACCGGTGCCAAGGTCACCA
AGGCCGCAGTGAAGAAGGGAGCCAAATGATGAGACTTCTCTCGTCTTTTGTGTTTTCTTT
TGCTTTAAAAAAAAACTTTGATGGCGTTTGAGCCTTTGTTCTTTTATTTTCGGTTACTTT
CTCATCTCTACCTCCTTTTTGCATATCTCTGAGACTTGTGGGTTTACAATTATGCAGTTT
CTGGATAATTTTGCCTAATGTGTTTTAGTGTTCCGTTGTGCTACTCATTAATTTTCTCTC
TTCTTGAACGCCCTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EA65TF U 1
AF RR1EA65JQ C 564
AF RR1BT21JQ C 504
AF RR1BT21TF U 504
BS 1 712 RR1EA65TF
BS 713 713 RR1BT21TF
BS 714 738 RR1EA65TF
BS 739 739 RR1BT21TF
BS 740 750 RR1EA65TF
BS 751 1038 RR1BT21TF

RD RR1EA65TF 753 0 0
GGGGGTACAACCCTGACAAAATCCCATTCGTCCCCATCTCTGGTTTCGAGGGTGACAACA
TGACTGAGAGGTCAACCAACCTTGACTGGTACAAGGGACCAACTCTCCTCGAGGCTCTTG
ACCAGATCAACGAGCCCAAGAGACCCTCTGACAAGCCCCTCCGTCTCCCACTTCAGGATG
TCTACAAGATCGGTGGTATTGGAACGGTGCCAGTGGGACGTGTTGAGACTGGTCTGCTCA
AGCCTGGTATGGTTGTCACCTTCGCTCCTTCAGGGTTGACCACTGAGGTCAAGTCTGTTG
AGATGCACCACGAGTCTCTTGTGGAGGCACTTCCAGGTGACAACGTTGGATTCAATGTTA
AGAATGTTGCTGTCAAGGATCTCAAGCGTGGGTATGTTGCATCCAACTCCAAGGATGACC
CTGCTAAGGGAGCTGCCAACTTCACATCCCAGGTCATCATCATGAACCACCCTGGTCAGA
TCGGTAACGGATACGCCCCAGTTCTCGATTGCCACACGTCCCACATTGCAGTCAAGTTCT
CTGAGATCTTGACCAAGATTGACAGGCGATCTGGTAAGGAGATCGAGAAGGAGCCCAAGT
TTTTGAAGAATGGTGATGCTGGTATGGTTAAGATGACTCCGACCAAGCCCATGGTTGTTG
AGACTTTCTCTGAGTACCCACCGTTGGGACGTTTCGCTGTTAGGGACATGAG*CAGACCG
TTGCTGTTGGTGTCATCA*GAGTGTTGACA
GAA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1EA65JQ 443 0 0
AGGCGATCTGGTAAGGAGATCGAGAAGGAGCCCAAGTTTTTGAAGAATGGTGATGCTGGT
ATGGTTAAGATGACTCCGACCAAGCCCATGGTTGTTGAGACTTTCTCTGAGTACCCACCG
TTGGGACGTTTCGCTGTTAGGGACATGAGGCAGACCGTTGCTGTTGGTGTCATCAAGAGT
GTTGACAAGAAGGACCCAACCGGTGCCAAGGTCACCAAGGCCGCAGTGAAGAAGGGAGCC
AAATGATGAGACTTCTCTCGTCTTTTGTGTTTTCTTTTGCTTTAAAAAAAAACTTTGATG
GCGTTTGAGCCTTTGTTCTTTTATTTTCGGTTACTTTCTCATCTCTACCTCCTTTTTGCA
TATCTCTGAGACTTGTGGGTTTACAATTATGCAGTTTCTGGATAATTTTGCCTAATGTGT
TTTAGTGTTCCGTTGTGCTACTC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR1BT21JQ 535 0 0
G
TCGATTGCCACACGTCCCACATTGCAGTCAAGTTCTCTGAGATCTTGACCAAGATTGACA
GGCGATCTGGTAAGGAGATCGAGAAGGAGCCCAAGTTTTTGAAGAATGGTGATGCTGGTA
TGGTTAAGATGACTCCGACCAAGCCCATGGTTGTTGAGACTTTCTCTGAGTACCCACCGT
TGGGACGTTTCGCTGTTAGGGACATGAGGCAGACCGTTGCTGTTGGTGTCATCAAGAGTG
TTGACAAGAAGGACCCAACCGGTGCCAAGGTCACCAAGGCCGCAGTGAAGAAGGGAGCCA
AATGATGAGACTTCTCTCGTCTTTTGTGTTTTCTTTTGCTTTAAAAAAAAACTTTGATGG
CGTTTGAGCCTTTGTTCTTTTATTTTCGGTTACTTTCTCATCTCTACCTCCTTTTTGCAT
ATCTCTGAGACTTGTGGGTTTACAATTATGCAGTTTCTGGATAATTTTGCCTAATGTGTT
TTAGTGTTCCGTTGTGCTACTCATTAATTTTCTCTCTTCTTGAACGCCCTTGTT

QA 2 535 2 535
DS 

RD RR1BT21TF 535 0 0
G
TCGATTGCCACACGTCCCACATTGCAGTCAAGTTCTCTGAGATCTTGACCAAGATTGACA
GGCGATCTGGTAAGGAGATCGAGAAGGAGCCCAAGTTTTTGAAGAATGGTGATGCTGGTA
TGGTTAAGATGACTCCGACCAAGCCCATGGTTGTTGAGACTTTCTCTGAGTACCCACCGT
TGGGACGTTTCGCTGTTAGGGACATGAGGCAGACCGTTGCTGTTGGTGTCATCAAGAGTG
TTGACAAGAAGGACCCAACCGGTGCCAAGGTCACCAAGGCCGCAGTGAAGAAGGGAGCCA
AATGATGAGACTTCTCTCGTCTTTTGTGTTTTCTTTTGCTTTAAAAAAAAACTTTGATGG
CGTTTGAGCCTTTGTTCTTTTATTTTCGGTTACTTTCTCATCTCTACCTCCTTTTTGCAT
ATCTCTGAGACTTGTGGGTTTACAATTATGCAGTTTCTGGATAATTTTGCCTAATGTGTT
TTAGTGTTCCGTTGTGCTACTCATTAATTTTCTCTCTTCTTGAACGCCCTTGTT

QA 2 535 2 535
DS 



AS 1 4

CO CL2183Contig1 799 4 6 U
GGACAACGAACAAGAAGGCTTGTTATCATGGCTGCTTCCTCAATCCCGCCGTCAACCGCC
GCAACCTCCGTCGTTCGAAAATCGATCTTCCTCTCCACCACCTTCTCCTCCTTCCCCGCT
TCTTCCTTGCCTCCCGCCGTCAAATCACCGCAAAAACACATTCACAGAAGACTTCTCCTA
GCTTCCTCCTCCTCATCCGCCGCCGTTCCTTCCGATTCCAAACCGGCGGCGAAGAAAGAA
ACAGTCTATTTCGACGGCGGGGCTCACTACGGAGATCTACTGGCCAACCTCGTGTTAGGC
CTAACCATCCTGTGGCTCCCGCTGACGCTAGCCGCCGTGTCTCGAGCGTTTAACCTCCGT
TACAGGTTCACCAACCTCCGCGTGACGGTGATATCAGGGCTCACCGGAGAAGAGCGGAGC
GATTTCTCGTACAAGGTGATCAAGGACGTCCAGGTTGTGCCGAGGTTCATCGGAGAGTGG
GGTGACATCATCATCACGTTGAGAGACGGGACGAAGGTGGACCCGAGAAGCGTTCCTAAG
TTCAGAGAGATTGCTAAGTACTGCTTGTCCATGGCTGATCAACCTGCCGTTGTCAAAGGA
TCTGGTGCCAAAGGCTTCTGAAAATGTTGTTTCTCTACTTTTCTTGCTAAATTAAAAAAA
ATATATTAAATCTTGTCTTGCGATTTTTTTTTTCAGTAGAGTTTGTATCGTTCCATGTCG
ATATTTGTTACTGATTTCATCTTCTTTGTATGTTCTATCTTATCTATGAGAGAGTCGACG
GTGAGACAGCGTGTATACT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AA03JQ C 272
AF RR1GN56TF U 1
AF RR1AA03TF U 3
AF RR1GN56JQ C 99
BS 1 395 RR1GN56TF
BS 396 396 RR1AA03TF
BS 397 637 RR1GN56TF
BS 638 638 RR1GN56JQ
BS 639 753 RR1AA03TF
BS 754 799 RR1GN56JQ

RD RR1AA03JQ 253 0 0
GAGATTTACTGGCCAACCTCGTGTTAGGCCTAACCATCCTGTGGCTCCCGCTGACGCTAG
CCGCCGTGTCTCGAGCGTTTAACCTCCGTTACAGGTTCACCAACCTCCGGGTGACGGTGA
TATCAGGGCTCCCCGGAGAAGAGCGGAGCGATTTTTCGTACAAGGTGATCAAGGACGTCC
AGGTTGTGCCGAGGTTCATCGGAGAGGGGGGGGACATCATCATCACGTTGAGAGACGGGA
CGAAGGTGGACC
T

QA 1 252 1 252
DS 

RD RR1GN56TF 638 0 0
GGACAACGAACAAGAAGGCTTGTTATCATGGCTGCTTCCTCAATCCCGCCGTCAACCGCC
GCAACCTCCGTCGTTCGAAAATCGATCTTCCTCTCCACCACCTTCTCCTCCTTCCCCGCT
TCTTCCTTGCCTCCCGCCGTCAAATCACCGCAAAAACACATTCACAGAAGACTTCTCCTA
GCTTCCTCCTCCTCATCCGCCGCCGTTCCTTCCGATTCCAAACCGGCGGCGAAGAAAGAA
ACAGTCTATTTCGACGGCGGGGCTCACTACGGAGATCTACTGGCCAACCTCGTGTTAGGC
CTAACCATCCTGTGGCTCCCGCTGACGCTAGCCGCCGTGTCTCGAGCGTTTAACCTCCGT
TACAGGTTCACCAACCTCCGCGTGACGGTGATATCGGGGCTCACCGGAGAAGAGCGGAGC
GATTTCTCGTACAAGGTGATCAAGGACGTCCAGGTTGTGCCGAGGTTCATCGGAGAGTGG
GGTGACATCATCATCACGTTGAGAGACGGGACGAAGGTGGACCCGAGAAGCGTTCCTAAG
TTCAGAGAGATTGCTAAGTACTGCTTGTCCATGGCTGATCAACCTGCCGTTGTCAAAGGA
TCTGGTGCCAAAGGCTTCTGAAAATGTTGTTTCTCTA
C

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1AA03TF 751 0 0
GG
AACGAACAAGAAGGCTTGTTATCATGGCTGCTTCCTCAATCCCGCCGTCAACCGCCGCAA
CCTCCGTCGTTCGAAAATCGATCTTCCTCTCCACCACCTTCTCCTCCTTCCCCGCTTCTT
CCTTGCCTCCCGCCGTCAAATCACCGCAAAAACACATTCACAGAAGACTTCTCCTAGCTT
CCTCCTCCTCATCCGCCGCCGTTCCTTCCGATTCCAAACCGGCGGCGAAGAAAGAAACAG
TCTATTTCGACGGCGGAGCTCACTACGGAGATCTACTGGCCAACCTCGTGTTAGGCCTAA
CCATCCTGTGGCTCCCGCTGACGCTAGCCGCCGTGTCTCGAGCGTTTAACCTCCGTTACA
GGTTCACCAACCTCCGCGTGACGGTGATATCAGGGCTCACCGGAGAAGAGCGGAGCGATT
TCTCGTACAAGGTGATCAAGGACGTCCAGGTTGTGCCGAGGTTCATCGGAGAGTGGGGTG
ACATCATCATCACGTTGAGAGACGGGACGAAGGTGGACCTGAGAAGCGTTCCTAAGTTCA
GAGAGATTGCTAAGTACTGCTTGTCCATGGCTGATCAACCTGCCGTTGTCAAAGAATCTG
GTGCCAAAGGCTTCTGAAAATGTTGTTTCTCTATTTTTCTTGCTAAATTAAAAAAAATAT
ATTAAATCTTGTCTTGCGATTTTTTTTTTCAGTAGAGTTTGTATCGTTCCATGTCGATAT
TTGTTACTGATTTCATCTTCTTTGTATGT

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR1GN56JQ 701 0 0
CACCTTCTCCTCCTTCCCCGCTTCTTCCTTGCCTCCCGCCGTCAAATCACCGCAAAAACA
CATTCACAGAAGACTTCTCCTAGCTTCCTCCTCCTCATCCGCCGCCGTTCCTTCCGATTC
CAAACCGGCGGCGAAGAAAGAAACAGTCTATTTCGACGGCGGGGCTCACTACGGAGATCT
ACTGGCCAACCTCGTGTTAGGCCTAACCATCCTGTGGCTCCCGCTGACGCTAGCCGCCGT
GTCTCGAGCGTTTAACCTCCGTTACAGGTTCACCAACCTCCGCGTGACGGTGATATCGGG
GCTCACCGGAGAAGAGCGGAGCGATTTTTCGTACAAGGTGATCAAGGACGTCCAGGTTGT
GCCGAGGTTCATCGGAGAGTGGGGTGACATCATCATCACGTTGAGAGACGGGACGAAGGT
GGACCCGAGAAGCGTTCCTAAGTTCAGAGAGATTGCTAAGTACTGCTTGTCCATGGCTGA
TCAACCTGCCGTTGTCAAAGGATCTGGTGCCAAAGGCTTCTGAAAATGTTGTTTCTCTAC
TTTTCTTGCTAAATTAAAAAAAATATATTAAATCTTGTCTTGCGATTTTTTTTT*CAGTA
GAGTTTGTATCGTTCCATGTCGATATTTGTTACTGATTTCATCTTCTTTGTATGTTCTAT
CTTATCTATGAGAGAGTCGACGGTGAGACAGCGTGTATACT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 4

CO CL2184Contig1 1287 4 19 U
CGACTGCTTTAAATTATTTATTCTTAGCCATTACAGTCTTGAGTTGATCTTTATAATCAC
TCTTTGGAAAATGAGTCCCTTTGTAAGATGAGCTTATTATATCCACTTTTTTGATATATT
AATAAAAGAGCTTATTATCTAGTTACCAGACAACAATATCATTAACCATCCAACATTATG
TTTCACTCGTGAGCAACCACAACAACTTGCTTCCCAACATTCTTACCATGGAAGAGTCCA
ATCAGAGCTTCAGGGGCTTTCTCGAGTCCTTCAGCTACATCTTCCACGTACGCAATCTTC
CCTTCTTTGATGCACGGGATCACAAACTCCAAGAACTTTGAGTACTTGTCGTAAAAATCA
AATACTGCAAAGCCTTGAATGCGGATTCGCTTGTAAATTATGTTGGATAGGTTGTGTACA
CCTTCGTGGTTCTCAAGATTGTACTGTGAGATCATTCCACAGACAGCGATACGCCCGTGA
ACGTTCATGTTTAAGAGCACTGCGTCTAGCATTTTGCCTCCTACGTTCTCAAAGTATATG
TCAATGCCTTTGGGAAAACACCTTTTGAGGGCAGCAGTAAGGTCTTGTTCTTCCTTGTAG
TTAAACGCACCATCAAACCCAAACTTGTTTTTGAGGAGATCAACCTTTTCTTTACTTACA
GCGCTTCCAACGACATAGCAACCCATCATCTTAGCAAACTGTCCCACAAGCTGGCCAACT
GCACCAGATACAGCCGACACATAGACTGTCTCTCCTTTCTTCGGCGAACAGACTTCATAG
AATCCGGCATAGGCGGTCATACCGGGCATACCGAGAAGTCCAGTGTAGTAGGACAAGGGA
ACATCGGTGTGATGGATCTTGAAATGCATGTCAGGAATAGGAGTAACAACACTGTACTCC
TCCCATCCAACGATTCCCCACATTAAGTCGCCTTCTTTGTAATCCGGATGGCCTGATTCT
ATCACTCTAGACACTCCAAACCCTAAGATTGGCTTGCCGGGAGTGTAAGCCTGAGCAATA
CCAGAAGCAGCAGGCTTCCCCATGCGAGAACGCATGTAAGGATCGCATGACAGGTAGAGA
TTCTTCACAAGAACAGAGTTAGACCCCTCGGGAAGCATAAGCTCGACGGTGGTGGTGGTT
GTTATATCAAAGTCTGATTCCTTTGGGAAACCACTCACGTAATCTCTCAGTATCACCTGC
TTGTTCGTCACCGTCGCTCCGCCATTTCATCCGGTGCTCATCGTTTTCTTCTGAGTTCTG
AGTTACGTGAAACTGTTACTTTCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H402JQ U 1
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AATAAAAGAGCTTATTATCTAGTTACCAGACAACAATATCATTAACCATCCAACATTATG
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AATACTGCAAAGCCTTGAATGCGGATTCGCTTGTAAATTATGTTGGATAGGTTGTGTACA
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TCAATGCCTTTGGGAAAACACCTTTTGAGGGCAGCAGTAAGGTCTTGTTCTTCCTTGTAG
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CGAGTCCTTCAGCTACATCTTCCACGTACGCAATCTTCCCTTCTTTGATGCACGGGATCA
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GGATTCGCTTGTAGATTATGTTGGATAGGTTGTGTACACCTTCGTGGTTCTCAAGATTGT
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AGACTGTCTCTCCTTTCTTCGGCGAACAGACTTCATAGAATCCGGCATAGGCGGTCATAC
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TTAAGTCGCCTTCTTT

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AGAAGTCCAGTGTAGTAGGACAAGGGAACATCGGTGTGATGGATCTTGAAATGCATGTCA
GGAATAGGAGTAACAACACTGTACTCCTCCCATCCAACGATTCCCCACATTAAGTCGCCT
TCTTTGTAATCCGGATGGCCTGATTCTATCACTCTAGACACTCCAAACCCTAAGATTGGC
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CTCACGTAATCTCTCAGTATCACCTGCTTGTTCGTCACCGTCGCTCCGCCATTTCATCCG
GTGCTCATCGTTTTCTTCTGAGTTCTGAGTTACGTGAAACTGTTACTTTCTTTC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 3

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AGCAGAATCCCTCCTCAACTCTCCTCTCCGTGATGCTGCAGATAACAGCCTATCCAACCC
ACACGCTCACGGCTCGGGCCACGTAGATCCTCAAAAGGCTCTCTCCCCGGGTCTTGTCTA
CGACATCTCGACTGAGGAATACATCAGGTTCTTGTGCTCTCTCGACTACACAGTAGATCA
CATCGTGGCGATTGTGAAGCGACCAAGCGTTAACTGCTCGAAGAAGTTCTCTAATCCTGG
GCAGCTCAATTACCCAAGTTTCTCGGTTTTGTTTGGTGGCAAAAGGGTTGTGCGGTACAC
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ACCTAGTGTTGGGATATCGGTTAAACCATCGAAGCTTGCGTTTGGAAGTGTGGGAGAGAA
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GTATGGATCCATCACTTGGAGCAATCCGCAACACCAAGTAAGAAGTCCCGTGGCATTCTC
ATGGAACCGGTTTTGATTACAAAAAATAAACACAAATCTAAATCTAACATCCCAGTGATG
TTTTCTGTTTTTAAGTTTATTTACTGTTCGAGAAGATCTCAGTTCCTAAAGTGACTGTGG
TTTAGGATAAACAAAAACTTATCCTGAGCCATAAGCAATGCTAATCGTTCTTTGTTTGAT
TTGTGTTTGAATGTACTGTGTGGATGGATGGGTAGAAAAAATGTTGTCAAGGAAAGAACG
TTGATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV54TF U 1
AF RR1AG11TF U 198
AF RR1EV54JQ C 114
BS 1 513 RR1EV54TF
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BS 730 730 RR1EV54JQ
BS 731 815 RR1AG11TF
BS 816 847 RR1EV54JQ

RD RR1EV54TF 513 0 0
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AGCAGAATCCCTCCTCAACTCTCCTCTCCGTGATGCTGCAGATAACAGCCTATCCAACCC
ACACGCTCACGGCTCGGGCCACGTAGATCCTCAAAAGGCTCTCTCCCCGGGTCTTGTCTA
CGACATCTCGACTGAGGAATACATCAGGTTCTTGTGCTCTCTCGACTACACAGTAGATCA
CATCGTGGCGATTGTGAAGCGACCAAGCGTTAACTGCTCGAAGAAGTTCTCTAATCCTGG
GCAGCTCAATTACCCAAGTTTCTCGGTTTTGTTTGGTGGCAAAAGGGTTGTGCGGTACAC
CAGGGAGGTAACCAACGTGGGTGAAGCGAACTCGGTTTATAAAGTGGTGGTTAGTGGAGC
ACCTAGTGTTGGGATATCGGTTAAACCATCGAAGCTTGCGTTTGGAAGTGTGGGAGAGAA
GAAGAGGTACACGGTCACGTTTGTAAGCAAAAA

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1AG11TF 618 0 0
G
ATACATCAGGTTCTTGTGCTCTCTCGACTACACAGTAGATCACATCGTGGCGATTGTGAA
GCGACCAAGCGTTAACTGCTCGAAGAAGTTCTCTAATCCTGGGCAGCTCAATTACCCAAG
TTTCTCGGTTTTGTTTGGTGGCAAAAGGGTTGTGCGGTACACCAGGGAGGTAACCAACGT
GGGTGAAGCGAACTCGGTTTATAAAGTGGTGGTTAGTGGAGCACCTAGTGTTGGGATATC
GGTTAAACCATCGAAGCTTGCGTTTGGAAGTGTGGGAGAGAAGAAGAGGTACACGGTCAC
GTTTGTAAGCAAAAAGGGAGTGAGTTTGACGAACAAGGCTGAGTATGGATCCATCACTTG
GAGCAATCCGCAACACCAAGTAAGAAGTCCCGTGGCATTCTCATGGAACCGGTTTTGATT
ACAAAAAATAAACACAAATCTAAATCTAACATCCCAGTGATGTTTTCTGTTTTTAAGTTT
ATTTACTGTTCGAGAAGATCTCAGTTCCTAAAGTGACTGTGGTTTAGGATAGACAAAAAC
TTATCCTGAGCCATAAGCAATGCTAATCGTTCTTTGTTTGATTTGTGTTTGAATGTACTG
TGTGGATGGATGGGTAG

QA 2 618 2 618
DS 

RD RR1EV54JQ 734 0 0
CCAACCCACACGCTCACGGCTCGGGCCACGTAGATCCTCAAAAGGCTCTCTCCCCGGGTC
TTGTCTACGACATCTCGACTGAGGAATACATCAGGTTCTTGTGCTCTCTCGACTACACAG
TAGATCACATCGTGGCGATTGTGAAGCGACCAAGCGTTAACTGCTCGAAGAAGTTCTCTA
ATCCTGGGCAGCTCAATTACCCAAGTTTCTCGGTTTTGTTTGGTGGCAAAAGGGTTGTGC
GGTACACCAGGGAGGTAACCAACGTGGGTGAAGCGAACTCGGTTTATAAAGTGGTGGTTA
GTGGAGCACCTAGTGTTGGGATATCGGTTAAACCATCGAAGCTTGCGTTTGGAAGTGTGG
GAGAGAAGAAGAGGTACACGGTCACGTTTGTAAGCAAAAAGGGAGTGAGTTTGACGAACA
AGGCTGAGTATGGATCCATCACTTGGAGCAATCCGCAACACCAAGTAAGAAGTCCCGTGG
CATTCTCATGGAACCGGTTTTGATTACAAAAAATAAACACAAATCTAAATCTAACATCCC
AGTGATGTTTTCTGTTTTTAAGTTTATTTACTGTTCGAGAAGATTTCAGTTCCTAAAGTG
ACTGTGGTTTAGGATAAACAAAAACTTATCCTGAGCCATAAGCAATGCTAATCGTTCTTT
GTTTGATTTGTGTTTGAATGTACTGTGTGGATGGATGGGTAGAAAAAATGTTGTCAAGGA
AAGAACGTTGATAT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 4

CO CL2186Contig1 1068 4 10 U
GCAAACGAGGAAAAGCCTTCAGTTTTGTATTTACTTTTCATGTAAATTCAAACGCAAAAA
CTGCGCACAACAATCAAGACTGGTAGTACCATGAGAAAGCATATGATCTGTGAAAAAAAA
AGAAAAGCAATGATCAAAGAAGGAGAGGGGCACTGGGCACACAGAAACCATCACGTAAAA
AATGATAATCATTTGGTCCCGCACCGATTTTTAAAGGCCTTTGAACGGCATCTAAACTAC
ACGCGCTTCTCTCCCTTTTCTCTCAACCTAAAGCTTCGTTTTTCTTTTGGGCGGTGGCTC
TATGGGTTTCCGGCGATCTTGTCGGTGGCTTTAAGGCTCCCCCACTCGGATTCAGCACGT
CATGACGGAATCGTGTCATCCGGCGTTCTCTAGTAGGTGTTTCTCTTTCTTCTTTGCGAG
ATCGGGTGGGTCATGGTGCGACGGACCCCTAGACGAGATCTGAAGCTCTGGTGACTCGTC
GGGAGTACGGTGGTTGAGATCTGTTAGAGGACGACAGAAACTTCACTGGAAACCGCTGGT
CAGTTATCGGTGCTAAGGTTTCCATCTCCGATTGAAGCGTTTGTGTTCCGGTGGCGGCGG
ATCTTTTGAGTGGGATGGCGGTTCCCCTTAAACTGTTTCTCGCCGTCCTAGAAAAGTCTC
TTCCCCGCCATAAGAAGAGGAGAAACACGCAGAGTCTCGGACCTGCGACGGAGGGAAGCA
TTTTGCAGCTTGCGGCGGTGAGGGTTTGGAGTCGGTCTTCTTGCTGGAGTCGATGTTTTG
GAGCCGCGGGACACCTTTGAGGGTGGTTTCTTTGATGGTAACCGGAGGCGGAGCTTGCGC
TGGTTTGGACGTCCTGGTCATGCGAAGTTGCCGGTAGTCAGATCTGATAGCCACGACGTC
CCCTCGGAGGAGGAAGCTTGCTTCCCTGTCTTCTTTCCCCCAACCTTACTTCCTTACTGC
TTCGATTTGGTCTCTGTTTTTCTTTTCATTAGCCTGTAACCTAGATTTTGCTGTTTCTCC
GGCGAATCGCTGCGTTAGGGATGTACGATTCCGATTGCCCTTTTTAGG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AC81JQ U 6
AF RR1FJ53JQ U 1
AF RR1AC81TF C 351
AF RR1FJ53TF C 411
BS 1 12 RR1FJ53JQ
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BS 214 214 RR1AC81JQ
BS 215 754 RR1FJ53JQ
BS 755 755 RR1AC81TF
BS 756 797 RR1FJ53JQ
BS 798 989 RR1AC81TF
BS 990 990 RR1FJ53TF
BS 991 1068 RR1AC81TF

RD RR1AC81JQ 642 0 0
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CACAACAATCAAGACTGGTCGTACCATGAGAAAGCATATGATCTGTGAAAAAAAA*GAAA
AGCAATGATCAAAGAAGGAGAGGGGCACTGGGCACACAGAAACCATCACGTAAAAAATGA
TAATCATTTGGTCCCGCACCGATTTTTAAAGGCCTTTGAACGGCATCTAAACTACACGCG
CTTCTCTCTCTTTTCTCTCAACCTAAAGCTTCGTTTTTCTTTTGGGCGGTGGCTCTATGG
GTTTCCGGCGATCTTGTCGGTGGCTTTAAGGCTCCCCCACTCGGATTCAGCACGTCATGA
CGGAATCGTGTCATCCGGCGTTCTCTAGTAGGTGTTTCTCTTTCTTCTTTGCGAGATCGG
GTGGGTCATGGTGCGACGGACCCCTAGACGAAATCTGAAGCTCTGGTGACTCGTCGGGAG
TACGGTGGTTGAAATCTGTTAGAGGACGACAGAAACTTCACTGGAAACCGCTGGTCAGTT
ATCGGTGCTAAGGTTTCCATCTCCGATTGAAGCGTTTGTGTTCCGGTGGCGGCGGATCTT
TTGAGTGGGATGGCGGTTCCCCTTAAACTGTTTCTCGCCGTC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1FJ53JQ 797 0 0
GCAAACGAGGAAGAGCCTTCAGTTTTGTATTTACTTTTCATGTAAATTCAAACGCAAAAA
CTGCGCACAACAATCAAGACTGGTAGTACCATGAGAAAGCATATGATCTGTGAAAAAAAA
AGAAAAGCAATGATCAAAGAAGGAGAGGGGCACTGGGCACACAGAAACCATCACGTAAAA
AATGATAATCATTTGGTCCCGCACCGATTTTTAGAGGCCTTTGAACGGCATCTAAACTAC
ACGCGCTTCTCTCCCTTTTCTCTCAACCTAAAGCTTCGTTTTTCTTTTGGGCGGTGGCTC
TATGGGTTTCCGGCGATCTTGTCGGTGGCTTTAAGGCTCCCCCACTCGGATTCAGCACGT
CATGACGGAATCGTGTCATCCGGCGTTCTCTAGTAGGTGTTTCTCTTTCTTCTTTGCGAG
ATCGGGTGGGTCATGGTGCGACGGACCCCTAGACGAGATCTGAAGCTCTGGTGACTCGTC
GGGAGTACGGTGGTTGAGATCTGTTAGAGGACGACAGAAACTTCACTGGAAACCGCTGGT
CAGTTATCGGTGCTAAGGTTTCCATCTCCGATTGAAGCGTTTGTGTTCCGGTGGCGGCGG
ATCTTTTGAGTGGGATGGCGGTTCCCCTTAAACTGTTTCTCGCCGTCCTAGAAAAGTCTC
TTCCCCGCCATAAGAAGAGGAGAAACACGCAGAGTCTCGGACCTGCGACGGAGGGAAGCA
TTTTGCAGCTTGCGGCGGTGAGGGTTTGGAGTCG*TCTTCTTGCTGGAGTCGATGTTTTG
GAGCCGCGGGACACCTT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1AC81TF 718 0 0
TTCAGCACGTCATGACGGAATCGTGTCATCCGGCGTTCTCTAGTAGGTGTTTCTCTTTCT
TCTTTGCGAGATCGGGTGGGTCATGGTGCGACGGACCCCTAGACGAGATCTGAAGCTCTG
GTGACTCGTCGGGAGTACGGTGGTTGAGATCTGTTAGAGGACGACAGAGACTTCACTGGA
AACCGCTGGTCAGTTATCGGTGCTAAGGTTTCCATCTCCGATTGAAGCGTTTGTGTTCCG
GTGGCGGCGGATCTTTTGAGTGGGATGGCGGTTCCCCTTAAACTGTTTCTCGCCGTCCTA
GAAACGTCTCTTCCCCGCCATAAGAAGAGGAGAAACACGCAGAGTCTCGGACCTGCGACG
GAGGGAAGCATTTTGCAGCTTGCGGCGGTGAGGGTTTGGAGTCGGTCTTCTTGCTGGAGT
CGATGTTTTGGAGCCGCGGGACACCTTTGAGGGTGGTTTCTTTGATGGTAACCGGAGGCG
GAGCTTGCGCTGGTTTGGACGTCCTGGTCATGCGAAGTTGCCGGTAGTCAGATCTGATAG
CCACGACGTCCCCTCGGAGGAGGAAGCTTGCTTCCCTGTCTTCTTTCCCCCAACCTTACT
TCCTTACTGCTTCGATTTGGTCTCTGTTTTTCTTTTCAT*AGCCTGTAACCTAGATTTTG
CTGTTTCTCCGGCGAATCGCTGCGTTAGGGATGTACGATTCCGATTGCCCTTTTTAGG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1FJ53TF 658 0 0
TT
TTTGCGAGATCGGGTGGGTCATGGTGCGACGGACCCCTAGACGAGATCTGAAGCTCTGGT
GACTCGTCGGGAGTACGGTGGTTGAGATCTGTTAGAGGACGACAGAGACTTCACTGGAAA
CCGCTGGTCAGTTATCGGTGCTAAGGTTTCCATCTCCGATTGAAGCGTTTGTGTTCCGGT
GGCGGCGGATCTTTTGAGTGGGATGGCGGTTCCCCTTAAACTGTTTCTCGCCGTCCTAGA
AAAGTCTCTTCCCCGCCATAAGAAGAGGAGAAACACGCAGAGTCTCGGACCTGCGACGGA
GGGAAGCATTTTGCAGCTTGCGGCGGTGAGGGTTTGGAGTCGGTCTTCTTGCTGGAGTCG
ATGTTTTGGAGCCGCGGGACACCTTTGAGGGTGGTTTCTTTGATGGTAACCGGAGGCGGA
GCTTGCGCTGGTTTGGACGTCCTGGTCATGCGAAGTTGCCGGTAGTCAGATCTGATAGCC
ACGACGTCCCCTCGGAGGAGGAAGCTTGCTTCCCTGTCTTCTTTCCCCCAACCTTACTTC
CTTACTGCTTCGATTTGGTCTCTGTTTTTCTTTTCCTTAGCCTGTAACCTAGATTTTGCT
GTTTCTCCGGCGAATCGCTGCGTTAGGGATGTACGATTCCGATTGCCCTTTTTAGG

QA 3 658 3 658
DS 



AS 1 3

CO CL2187Contig1 1119 3 8 U
AGCCAAAGGAACACAATTAAGGGAAGAACCAACACAAACAGCAGTTGTCCATACATACGG
AATGCAATTTTATAAGCATCTATACATTGCATCGAGATATTACATATATAATTTTCACAC
GAGCTGCTGCGAAAATTAAAAAAAAAGGGAAGCTTTTAAAGTCCAGTCCATACAGTGTTT
GATCAAGTAGAGGAAAGTACTTATCAGGTGTTGTGCTGAGGTGTTTTGGTTGCTCTCTCC
AAATCAATCTTGCAATCTTCTCGCAGATCTTTCATTGTCATAAAGCTATCTTGAAGGTGG
TTGCTTTCATGCGCGAGGATATCGCCCATGCTAAGAAACAGCGACCTCCACTGAGCCGTG
AGATCAGATTCTAGCTTCGCGGAACCAACAGAGTTTACCAAGGCATGAGGTTTTTCTCTG
TTGTCATTCCTTTGAATCAAGCTGCTAGCTACTTTCTGACTATTTTTCAAGGCGGATAAT
CGACCTTTGATGTCCTGGTAATGAAGATCCGACCAGATATACGCAGCTTTAAGGCAAAAA
GAACAAGAGCAAGACTTTATCAAGTCATCGTCATTCACATTCTCTTCT******TCCTTG
TTAACAACATTGGAGCATCTACTCATCTCAAACGATCTCACATTCTGACATCTACCCAAC
TCCTTCCTACCAATCTCAGCATCATCGCTGTTGCTGCTGCTGCTCAACACCGCAGATAAA
GCCAACCCTTCATCGGTGTTTAACTCTCGTGCACCGTCTCTATCACCAGGTTCAAAGTAG
ATCTCCTTCTCTTTCAACGGTCTGGAAACCTCCACCATAGCATCACGAGATTGTTTGTCC
TCAGAGCTACACTTAGAATCCGAAGAAGACTCGTTCTGCTTAACCAAGTCATCTACAACT
ACACACAACCTCTTTGAGAACTCTACTCTTGAACTACCACCATCTCCGGATTTCTTAAGT
GAAGAATCACTCGAAATCAACGACGAGATTCCTCTCTTCTTCTGAAGATTGCTCAGATCA
CTCAAAGCGGTTCGGATCTCTCCCGGTGGTGGCGGTGCTGCTAATTCGCCGCTATCTTCA
GTCATATCTGGAGAGATTGAGAGGATCCGTCGTCGGTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU88JQ U 2
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RD RR1GU88JQ 690 0 0
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ATCTCCTTCTCTTTC

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TCTCTTCT******TCCTTGTTAACAACATTGGAGCATCTACTCATCTCAAACGATCTCA
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DS 



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BQ
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AF RR1DT23JQ U 1
AF RR1AM83JQ U 134
AF RR1AM83TF C 26
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TT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1AM83TF 782 0 0
ACAACTAAGGAAGAACAAAAACAAAAACAAAGAAACATAGTGTTGTTAAATGAAAGTACA
AAGTATGATATGGTTTTCAGTTTTGAGACTGAGAATTGAAGAAGAAGAAGAAGAAG***G
TATGAGAAAACAAGTGAAGAGGAATCCTGCTACCATGTTTCTATGCCTTGTTTGCGATGT
TGTTGGAGAGCCAGTCAAGTCCCTCGTAGAGTCCTTCTCCAGAAGTGGCACATGTGCTCT
GAATGTACCAGTGTCGTTGGCGGAGAGAGTGAAGGCCAAGCTTGTCAGTAATCTCAGCAG
CGTTCATTGCGTTGGGAAGATCTTGTTTGTTAGCAAAGACAAGCAGAACTGCATCCCTCA
ACTCATCCTCGTTCAACATCCTGTGAAGCTCGTCCCTGGCTTCAACAACACGGTCGCGAT
CGTTGCTGTCCACAACAAAGATAAGTCCCTGTGTGTTCTGGAAGTAGTGTCTCCACAATG
AACGGATCTTGTCCTGACCCCCGACATCCCAGACGGTAAAGCTGATGTTCTTGTATTCCA
CAGTTTCAACATTGAAACCAATGGTAGGGATAGTGGTGACGATCTCACCAAGTTTGAGCT
TGTAGAGGATGGTAGTCTTACCAGCAGCATCAAGACCCACCATCAGAATACGCATCTCTT
TCTTCGCAAACAGCTTGCTGAACAGTTTCCCAAATGACAACCCCATCTTTTTTTTTTCCA
AACCGAAGAAACAACGCCGCAGGAGATCTTAGCTCTGATGGCCTTTCAACGTTTCACGAT
CC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 3

CO CL2189Contig1 839 3 9 U
GGAGAACCAATCTCAACAGATAAGGAAACTTCACAAGACAGAAACAGAGAGAGAGATGAG
CCGTTGCTGCTATCTTGGGCTCTGTGTCCCGAATGCTTTGACCCCTCTTTCTCCAAGGCC
TCGCAGCGTCAAAGCTCCTTTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAACACCGA
TTCACTTCTTCAAAATGTTGCCAAGATGAGAGCAAAGGCTGGTGATATCTTTGGAGCAAA
GAAGACAATCTTTGCAGCTCAACTAGGGACAGTTCTTGCCATGATTGATCATCCGGCGTT
GGCTATAACTGGAGTCAACCACGAGCAGGAACTGGGCAGCGTGGTGCTCGACCTCGGTAT
CATATCTGTTTTCTACTTCCTAGTAATGCCACCAATCATAATGAACTGGCTGAGAGTAAG
ATGGTACAGAAGGAAGTTCTTCGAGATGTATTTACAGTTCATGTTCGTCTTCATGTTCTT
CCCCGGGCTACTGTTATGGGCACCATTTCTCAACTTCAGAAAGTTCCCAAGAGATCCAAA
TATGAAGTATCCTTGGGACAAACCAAAAGACCCTTCCACTATCAAGAACGGTTACCTAAA
GTACCCATTTGCACAGCCAGAAGACTACGACTACTAAAAGTTCCTTACATATCTTGTCAC
TGTATATACTCTGGACTCACTCAATGTGCAGGCTCTTTTCTTATACTCAGTTTTTAAGGC
TCTATGTTCAATATAGACTCGTTTATATTTGGACATGAACAACCAATGTTCGCCTACGCA
TTTAACAACTATATGATTGTGAAACTCAAAATATAATAAACAGAAATAACTTTATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G015TF U 1
AF RR1H935TF U 40
AF RR1G015JQ C 11
BS 1 357 RR1G015TF
BS 358 358 RR1H935TF
BS 359 371 RR1G015TF
BS 372 372 RR1H935TF
BS 373 411 RR1G015TF
BS 412 572 RR1H935TF
BS 573 573 RR1G015JQ
BS 574 686 RR1H935TF
BS 687 839 RR1G015JQ

RD RR1G015TF 411 0 0
GGAGAACCAATCTCAACAGATAAGGAAACTTCACAAGACAGAAACAGAGAGAGAGATGAG
CCGTTGCTGCTATCTTGGGCTCTGTGTCCCGAATGCTTTGACCCCTCTTTCTCCAAGGCC
TCGCAGCGTCAAAGCTCCTTTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAACACCGA
TTCACTTCTTCAAAATGTTGCCAAGATGAGAGCAAAGGCTGGTGATATCTTTGGAGCAAA
GAAGACAATCTTTGCAGCTCAACTAGGGACAGTTCTTGCCATGATTGATCATCCGGCGTT
GGCTATAACTGGAGTCAACCACGAGCAGGAACTGGGCAGCGTGGTGCTCGACCTCGG*AT
CATATCTGTTT*CTACTTCCTAGTAATGCCACCAATCATAATGAACTGGCT

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR1H935TF 648 0 0
G
GAAACAGAGAGAGAGATGAGCCGTTGCTGCTATCTTGGGCTCTGTGTCCCAAATGCTTTG
ACCCCTCTTTCTCCAAGGCCTCGCAGCGTCAAAGCTCCTTTCTGTATTACATCTCACACA
AAACCCATCTCTAACACCGATTCACTTCTTCAAAATGTTGCCAAGATGAGAGCAAAGGCT
GGTGATATCTTTGGAGCAAAGAAGACAATCTTTGCAGCTCAACTAGGGCCAGTTCTTGCC
ATGATTGATCATCCGGCGTTGGCTATAACTGGAGTCAACCACGAGCAGGAACTGGGCAGC
GTGGTGCTCGACCTCGGTATCATATCTGTTTTCTACTTCCTAGTAATGCCACCAATCATA
ATGAACTGGCTGAGAGTAAGATGGTACAGAAGGAAGTTCTTCGAGATGTATTTACAGTTC
ATGTTCGTCTTCATGTTCTTCCCCGGGCTACTGTTATGGGCACCATTTCTCAACTTCAGA
AAGTTCCCAAGAGATCCAAATATGAAGTATCCTTGGGACAAACCAAAAGACC*TTCCACT
ATCAAGAACGGTTACCTAAAGTACCCATTTGCACAGCCAGAAGACTACGACTACTAAAAG
TTCCTTACATATCTTGTCACTGTATATACTCTGGACTCACTCAATG
T

QA 2 647 2 647
DS 

RD RR1G015JQ 829 0 0
TCTCAACAGA*AAGGAAACTTCACAAGACAGAAACAGAGAGAGAGATGAGCCGTTGCTGC
TATCTTGGGCTCTGTGTCCCGAATGCTTTGACCCCTCTTTCTCCAAGGCCTCGCAGCGTC
AAAGCTCCTTTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAACACCGATTCACTTCTT
CAAAATGTTGCCAAGATGAGAGCAAAGGCTGGTGATATCTTTGGAGCAAAGAAGACAATC
TTTGCAGCTCAACTAGGGACAGTTCTTGCCATGATTGATCATCCGGCGTTGGCTATAACT
GGAGTCAACCACGAGCAGGAACTGGGCAGCGTGGTGCTCGACCTCGGTATCATATCTGTT
TTCTACTTCCTAGTAATGCCACCAATCATAATGAACTGGCTGAGAGTAAGATGGTACAGA
AGGAAGTTTTTCGAGATGTATTTACAGTTCATGTTCGTCTTCATGTTCTTCCCCGGGCTA
CTGTTATGGGCACCATTTCTCAACTTCAGAAAGTTCCCAAGAGATCCAAATATGAAGTAT
CCTTGGGACAAACCAAAAGACCCTTCCACTATCAAGAACGGTTACCTCAAGTACCCATTT
GCACAGCCAGAAGACTACGACTACTAAAAGTTCCTTACATATCTTGTCACTGTATATACT
CTGGACTCACTCAATGTGCAGGCTCTTTTCTTATACTCAGTTTTTAAGGCTCTATGTTCA
ATATAGACTCGTTTATATTTGGACATGAACAACCAATGTTCGCCTACGCATTTAACAACT
ATATGATTGTGAAACTCAAAATATAATAAACAGAAATAACTTTATTCCC

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 4

CO CL2190Contig1 626 4 9 U
GGCACACAACATCACAAGCTTGATAAAGAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAAATCTTAAAA
CTTCACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGCTCTTCTCCTTGTTTTGAATGTCAT
CTTCTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCTTGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAA
CAAGAAACCCGCACCGTCGTCTCCTTACACCAAACCCAGTTGCAAAGATGCTCTTAAACT
CAAGGTATGTGCCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTCTACCAGAAAAGGCCGAATG
TTGCGCCCTTATCAAAGGTCTAGCTAATCTCGATGCTGGGGTCTGTCTCTGCACCGCTTT
GAAGGCTAATGTCCTTGGCATTAATCTTCATGTTCCTATTTCACTGAGTGTTCTCCTTAA
CCAGTGTGGTACGAAGATTCCATCTGGTTTCCAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAA
ATCGATGTTCTAAATTATCACTTGAATACGATTGTTGTTTTAAAATTTCGTGTACTTTTC
AAATTTTCTTGTTTTATTCTACTATTATCTATTGTTTGTAATCCGCTACATGTTTTATTG
ATGAAATAATTAAGGTGTTTTCATTT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1CI79JQ C 1
AF RR1CI79TF U 1
AF RR1BW51TF U 3
AF RR1BW51JQ C 234
BS 1 3 RR1CI79JQ
BS 4 352 RR1CI79TF
BS 353 353 RR1BW51TF
BS 354 435 RR1CI79TF
BS 436 436 RR1BW51TF
BS 437 613 RR1CI79TF
BS 614 614 RR1BW51TF
BS 615 625 RR1CI79TF
BS 626 626 RR1BW51TF

RD RR1CI79JQ 625 0 0
GGCACACAACATCACAAGCTTGATAAAGAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAAATCTTAAAA
CTTCACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGCTCTTCTCCTTGTTTTGAATGTCAT
CTTCTTCACTTTGGTCAGTTTTACGGCCCCTTGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAA
CAAGAAACCCGCACCGTCGTCTCCTTACACCAAACCCAGTTGCAAAGATGCTCTTAAACT
CAAGGTATGTGCCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTCTACCAGAAAAGGCCGAATG
TTGCGCCCTTATCAAAGGTCTAGCTAATCTCGATGCTGGGGTCTGTCTTTGCGCCGCTTT
GAAGGCTAATGTCCTTGGCATTAATCTTCATGTTCCTATTTCACTGAGTGTTCTCCTTAA
CCAGTGTGGTACGAATATTCCATCTGGTTTCCAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAA
ATCGATGTTCTAAATTATCACTTGAATACGATTGTTGTTTTAAAATTTCGTGTACTTTTC
AAATTTTCTTGTTTTATTCTACTATTATCTATTGTTTGTAATCCGCTACATGTTTTATTG
ATGAAATAATTAAGGTGTTTTCATT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1CI79TF 625 0 0
GGC
ACACAACATCACAAGCTTGATAAAGAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAAATCTTAAAACTT
CACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGCTCTTCTCCTTGTTTTGAATGTCATCTT
CTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCTTGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACAA
GAAACCCGCACCGTCGTCTCCTTACACCAAACCCAGTTGCAAAGATGCTCTTAAACTCAA
GGTATGTGCCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTCTACCAGAAAAGGCCGAATGTTG
CGCCCTTATCAAAGGTCTAGCTAATCTCGATGCTGGGGTCTGTCTCTGCGCCGCTTTGAA
GGCTAATGTCCTTGGCATTAATCTTCATGTTCCTATTTCACTGAGTGTTCTCCTTAACCA
GTGTGGTACGAATATTCCATCTGGTTTCCAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAAATC
GATGTTCTAAATTATCACTTGAATACGATTGTTGTTTTAAAATTTCGTGTACTTTTCAAA
TTTTCTTGTTTTATTCTACTATTATCTATTGTTTGTAATCCGCTACATGTTTTATTGATG
AAATAATTAAAGTGTTTTCATT

QA 4 625 4 625
DS 

RD RR1BW51TF 624 0 0
G
ACACAACATCACAAGCTTGATAAAGAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAAATCTTAAAACTT
CACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGCTCTTCTCCTTGTTTTGAATGTCATCTT
CTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCTTGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACAA
GAAACCCGCACCGTCGTCTCCTTACACCAAACCCAGTTGCAAAGATGCTCTTAAACTCAA
GGTATGTGCCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTCTACCAGAAAAGGCCGAATGTTG
CGCCCTTATCAAAGGTCTAGCTAATCTCGATGCTGGGGTCTGTCTCTGCACCGCTTTGAA
GGCTAATGTCCTTGGCATTAATCTTCATGTTCCTATTTCACTGAGTGTTCTCCTTAACCA
GTGTGGTACGAAGATTCCATCTGGTTTCCAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAAATC
GATGTTCTAAATTATCACTTGAATACGATTGTTGTTTTAAAATTTCGTGTACTTTTCAAA
TTTTCTTGTTTTATTCTACTATTATCTATTGTTTGTAATCCGCTACATGTTTTATTGATG
AAATAATTAAGGTGTTTTCATTT

QA 2 624 2 624
DS 

RD RR1BW51JQ 372 0 0
TTAAACTCAAGGTATGTGCCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTTTTTACCAGAAAAGG
CCGAATGTTGCGCCCTTATCAAAGGTCTAGCTAATCTCGATGCTGGGGTCTGTTTTTGCA
CCGCTTTGAAGGCTAATGTCCTTGGCATTAATTTTCATGTTCCTATTTCACTGAGTGTTT
TCCTTAACCAGTGTGGTACGAAGATTCCATTTGGTTTCCAATGTGCTTAGAGATAGCCCG
TTATTAAATCGATGTTTTAAATTATCCCTTGAATACGATTGTTGTTTTAAAATTTCGTGT
ACTTTTCAAATTTTCTTGTTTTATTTTACTATTATCTATTGTTTGTAATCCGCTACATGT
TTTATTGATGAA

QA 1 372 1 372
DS 



AS 1 4

CO CL2191Contig1 1293 4 7 U
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CGAAAATGGCGTCTACGGTTTTTCTATCCAGTTTCTCGCCATCGTCTTCGTCGTCGTTAC
AACTCCGTTCTTCTTTCAACGGTGAGCATGTATCGTCTTCCAGGAGCTTCGCTCCGTTCA
CTTCCTCTTCTCCATCACTGCTCTCCGGTCAGAAGAACTCGTATCCTCCGAGAAAATTTC
ACGTTTCCGCTAAGAAAGTCTCTGGATTAGAAGAAGCCATTAGAATCAGAAGGATGAGAG
AGCTGGAGAAAACTTCAAAAGTTAGGAGAAACCCACCGTTACGACGTGGAAGAGTATCAC
CTCGTCTTCTTGTCCCTGACCACATACCAAGGCCTCCTTACGTTGAGTCTGGCGTGTTAC
CCGATATATCTCCCGAGTTCCAGATTCCTGGTCCCGAAGGCATTACCAAGATGAGAGCTG
CTTGCGAGCTCGCTGCTCGGGTTCTAACCTTTGCAGGAACTTTGGTTAAACCATCTGTGA
CGACTAATGAGATAGACAAAGCGGTGCACGATATGATCATCGAAGCTGGTGCTTATCCTT
CGCCTCTTGGGTATGGTGGATTTCCTAAAAGTGTGTGCACATCGGTTAACGAGTGTATGT
GTCACGGGATACCGGATTCTCGTCAGCTACAGAATGGAGATATAATAAACATCGATGTCG
CGGTTTACTTGGATGGTTACCATGGAGATACATCAAAAACTTTCTTCTGTGGAGAGGTAA
ATGAAGGTTTTAAACGACTTGTACAGATTACGGAGGAATGCTTAGAGAGAGGGATAGCCG
TTTGTAAAGATGGAGCAAGCTTCAAGAAAATCGGCAAGAGAATAAGTGAGCATGCCGAGA
AGTATGGCTACAACGTGGTGGAGCGCTTTGTTGGGCATGGTGTTGGACCAGTATTCCACT
CAGAACCCTTGATTTATCATTACCGAAATGATGAGCCTGGGCAAATGGTTGAGGGACAAA
CTTTCACAATCGAACCGATTCTAACGATTGGAACCACGGAATGTGTAACATGGCCAGACA
ACTGGACCACTCTAACGGCTGATGGTGGGGTAGCCGCACAGTGTGAGCATACAATTCTCA
TTACTAGAACTGGTTCTGATATTCTTACCAAATGCTGAATCTATTCACTTTTGTCTTTCT
TTCCGTTTCCCTCTTTTGTCAAATGCTCTTATTTCTTCAGGCTGTTCATGGACCATGAAA
TCATATAGAATATACCTCCATATGGTTTATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E537TF U 175
AF RR1GL90TF U 1
AF RR1FL18TF U 499
AF RR1FL18JQ C 500
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BS 468 718 RR1GL90TF
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BS 1218 1237 RR1FL18TF
BS 1238 1293 RR1FL18JQ

RD RR1E537TF 377 0 0
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AATTTCACGTTTCCGCTAAGAAAGTCTCTGGATTAGAAGAAGCCATTAGAATCAGAAGGA
TGAGAGAGCTGGAGAAAACTTCAAAAGTTATGAGAAACCCACCGTTACGACGTGGAAGAG
TATCACCTCGTCTTCTTGTCCCTGACCACATACCAAGGCCTCCTTACGTTGAGTCTGGCG
TGTTACCCGATATATCTCCCGAGTTCCAGATTCCTGGTCCCGAAGGCATTACCAAGATGA
GAGCTGCTTGCGAGCTCGCTGCTCGGGTTCTAACCTTTGCAGGAACTTTGGTTAAACCAT
CTGTGACGACTAATGAG

QA 1 377 1 377
DS 

RD RR1GL90TF 718 0 0
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CGAAAATGGCGTCTACGGTTTTTCTATCCAGTTTCTCGCCATCGTCTTCGTCGTCGTTAC
AACTCCGTTCTTCTTTCAACGGTGAGCATGTATCGTCTTCCAGGAGCTTCGCTCCGTTCA
CTTCCTCTTCTCCATCACTGCTCTCCGGTCAGAAGAACTCGTATCCTCCGAGAAAATTTC
ACGTTTCCGCTAAGAAAGTCTCTGGATTAGAAGAAGCCATTAGAATCAGAAGGATGAGAG
AGCTGGAGAAAACTTCAAAAGTTAGGAGAAACCCACCGTTACGACGTGGAAGAGTATCAC
CTCGTCTTCTTGTCCCTGACCACATACCAAGGCCTCCTTACGTTGAGTCTGGCGTGTTAC
CCGATATATCTCCCGAGTTCCAGATTCCTGGTCCCGAAGGCATTACGAAGATGAGAGCTG
CTTGCGAGCTCGCTGCTCGGGTTCTAACCTTTGCAGGAACTTTGGTTAAACCATCTGTGA
CGACTAATGAGATAGACAAAGCGGTGCACGATATGATCATCGAAGCTGGTGCTTATCCTT
CGCCTCTTGGGTATGGTGGATTTCCTAAAAGTGTGTGCACATCGGTTAACGAGTGTATGT
GTCACGGGATACCGGATTCTCGTCAGCTACAGAATGGAGATATAATAAACATCGATGT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1FL18TF 739 0 0
GGGT
TCTAACCTTTGCAGGAACTTTGGTTAAACCATCTGTGACGACTAATGAGATAGACAAAGC
GGTGCACGATATGATCATCGAAGCTGGTGCTTATCCTTCGCCTCTTGGGTATGGTGGATT
TCCTAAAAGTGTGTGCACATCGGTTAACGAGTGTATGTGTCACGGGATACCGGATTCTCG
TCAGCTACAGAATGGAGATATAATAAACATCGATGTCGCGGTTTACTTGGATGGTTACCA
TGGAGATACATCAAAAACTTTCTTCTGTGGAGAGGTAAATGAAGGTTTTAAACGACTTGT
ACAGATTACGGAGGAATGCTTAGAGAGAGGGATAGCCGTTTGTAAAGATGGAGCAAGCTT
CAAGAAAATCGGCAAGAGAATAAGTGAGCATGCCGAGAAGTATGGCTACAACGTGGTGGA
GCGCTTTGTTGGGCATGGTGTTGGACCAGTATTCCACTCAGAACCCTTGATTTATCATTA
CCGAAATGATGAGCCTGGGCAAATGGTTGAGGGACAAACTTTCACAATCGAACCGATTCT
AACGATTGGAACCACGGAATGTGTAACATGGCCAGACAACTGGACCACTCTAACGGCTGA
TGGTGGGGTAGCCGCACAGTGTGAGCATACAATTCTCATTACTAGAACTGGTTCTGATAT
TCTTACCAAATGCTGAATCTATTCACTTTTGTCTTTCTTTCCGTTTCCCTCTTT*GTCAA
ATGCTCTTATTTCTT

QA 5 739 5 739
DS 

RD RR1FL18JQ 794 0 0
GGG
TCTAACCTTTGCAGGAACTTTGGTTAAACCATCTGTGACGACTAATGAGATAGACAAAGC
GGTGCACGATATGATCATCGAAGCTGGTGCTTATCCTTCGCCTCTTGGGTATGGTGGATT
TCCTAAAAGTGTGTGCACATCGGTTAACGAGTGTATGTGTCACGGGATACCGGATTCTCG
TCAGCTACAGAATGGAGATATAATAAACATCGATGTCGCGGTTTACTTGGATGGTTACCA
TGGAGATACATCAAAAACTTTCTTCTGTGGAGAGGTAAATGAAGGTTTTAAACGACTTGT
ACAGATTACGGAGGAATGCTTAGAGAGAGGGATAGCCGTTTGTAAAGATGGAGCAAGCTT
CAAGAAAATCGGCAAGAGAATAAGTGAGCATGCCGAGAAGTATGGCTACAACGTGGTGGA
GCGCTTTGTTGGGCATGGTGTTGGACCAGTATTCCACTCAGAACCCTTGATTTATCATTA
CCGAAATGATGAGCCTGGGCAAATGGTTGAGGGACAAACTTTCACAATCGAACCGATTCT
AACGATTGGAACCACGGAATGTGTAACATGGCCAGACAACTGGACCACTCTAACGGCTGA
TGGTGGGGTAGCCGCACAGTGTGAGCATACAATTCTCATTACTAGAACTGGTTTTGATAT
TCTTACCAAATGCTGAATCTATTCACTTTTGTCTTTCTTTCCGTTTCCCTCTTTTGTCAA
ATGCTCTTATTTCTTCAGGCTGTTCATGGACCATGAAATCATATAGAATATACCTCCATA
TGGTTTATGAT

QA 4 794 4 794
DS 



AS 1 3

CO CL2192Contig1 1122 3 27 U
GGACATAGGATTTTGCTTTCAGCTTTCTTCTCCTAAAAACCTCACACACCAACAACAACA
AACGTGGGATGGGATCTCTTGTTCGTGAATGGGTTGGGTTTCAGCAGTTTCCAGCGGCAA
CCCAAGAAAAGTTAATTGAATTCTTCTCCAAATTGAAGCAAAAGGACATGAACTCACTGA
CAGTTGTTGTAATGGGTAAAGGCGGTGTCGGAAAATCATCCACCGTCAACTCTTTAATCG
GCGAACAAGTCGTCCGTGTCAGTCCTTTCCAGGCGGAAGGTTTGAGGCCAGTGATGGTTT
CAAGAACAATGGGAGGCTTCACTATAAACATCATTGACACCCCTGGCCTTGTGGAAGCTG
GTTACGTCAATCACCAAGCCCTCGAGTTAATCAAAGGGTTTCTTGTGAACAGAACCATAG
ATGTGTTCCTGTATGTTGATCGTCTGGATGTGTATAGAGTGGATGAGCTAGATAAGCAAG
TTGTTCAAGCTATCACCCAAACCTTTGGCAAAGAGATATGGTGCAAAACGTTACTTGTTT
TGACTCATGCTCAATTCTCCCCACCCGATGACCTTTCCTACGAAACATTCTCTTCCAAGA
GATCAGATTCTCTCCTCAAAACTATCCGCGCTGGTTCTAAGATGCGTAAACAACAGTTTG
AGGATTCTGCAATTGAG*TTGTTTATGCGGAGAACAGTGGGAGATGCAGCAAGAATGACA
AGGACGAAAAGGCATTACCAAATGGTGAGGCGTGGATCCCGAACTTGGTTAAGGCCATAA
CCGATGTTGCTACAAATCAGAAGAAAGCGATTCATGTTGACAAGAAGATGGTAGATGGAT
CTTACTCTGATGACAAAGGAAAGAAACTCATCCCTCTTATCATTGCTGCTCAGTGGTTCG
TCGTTAAGATGATCCAAGGAGCCATCAGAAATGACATCAAGATTAGTGGTAAGCCACTCT
AAGAGCTCTGAAGACATGAATGAGGTTTTGTTGTGATCCAACTTCAAGGAGATGAGTTTT
TTCTTTTGATCGATTTTAGTTGCAGCATTTTCATGTTTTTCCTTTATCTTGTTTGTAATT
TTTGGATATTTGTTCGAAGAATAAAATTGTTTTGAAATGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP81TF U 1
AF RR1BU64TF U 41
AF RR1BU64JQ C 354
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BS 554 554 RR1BU64TF
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ATGTGTTGCTGTATGTTGATCGTTTGGATGTGTATAGAGTGGATGAGCTAGATAAGCAAG
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TGACTCATGCTCAGTTCTCCCCACCCGATGACCTTTCCTATGAAACATTCTCTTCCAAGA
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AGGATTCTGCAATTGAG*TTGTCTATGCGGAGAACAGTGGGAGATGCAGCAAGAATGACA
AGG

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DS 

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CAACAACAACAAACGTGGGATGGGATCTCTTGTTCGTGAATGGGTTGGGTTTCAGCAGTT
TCCAGCGGCAACCCAAGAAAAGTTAATTGAATTCTTCTCCAAATTGAAGCAAAAGGACAT
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CTCTTTAATCGGCGAACAAGTCGTCCGTGTCAGTCCTTTCCAGGCGGAAGGTTTGAGGCC
AGTGATGGTTTCAAGAACAATGGGAGGGTTCACTATTAACATCATTGACACCCCTGGCCT
TGTGGAAGCTGGTTACGTCAATCACCAAGCCCTCGAGTTAATCAAAGGGTTTCTTGTGAA
CAGAACCATAGATGTGTTCCTGTATGTTGATCGTCTGGATGTGTATAGAGTGGATGAGCT
AGATAAGCAAGTTGTTCAAGCTATCACCCAAACCTTTGGCAAAGAGATATGGTGCAAAAC
GTTACTTGTTTTGACTCATGCTCAATTCTCCCCACCCGATGACCTTTCCTACGAAACATT
CTCTTCCAAGAGATCAGATTCTCTCCTCAAAACTATCCGCGCTGGTTCTAAGATGCGTAA
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TA*GGCCATAACCGATGTTGCTACAA*TCAGAAGAAA

QA 10 766 10 766
DS 

RD RR1BU64JQ 769 0 0
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ACCATAGATGTGTTCCTGTATGTTGATCGTCTGGATGTGTATAGAGTGGATGAGCTAGAT
AAGCAAGTTGTTCAAGCTATCACCCAAACCTTTGGCAAAGAGATATGGTGCAAAACGTTA
CTTGTTTTGACTCATGCTCAATTCTCCCCACCCGATGACCTTTCCTACGAAACATTCTCT
TCCAAGAGATCAGATTCTCTCCTCAAAACTATCCGCGCTGGTTCTAAGATGCGTAAACAA
CAGTTTGAGGATTCTGCAATTGAGGTTGTTTATGCGGAGAACAGTGGGAGATGCAGCAAG
AATGACAAGGACGAAAAGGCATTACCAAATGGTGAGGCGTGGATCCCGAACTTGGTTAAG
GCCATAACCGATGTTGCTACAAATCAGAAGAAAGCGATTCATGTTGACAAGAAGATGGTA
GATGGATCTTACTCTGATGACAAAGGAAAGAAACTCATCCCTCTTATCATTGCTGCTCAG
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GAGTTTTTTCTTTTGATCGATTTTAGTTGCAGCATTTTCATGTTTTTCCTTTATCTTGTT
TGTAATTTTTGGATATTTGTTCGAAGAATAAAATTGTTTTGAAATGGCC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 4

CO CL2193Contig1 908 4 9 U
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TGGTGGAGGCAGAGGAATCGGGTATGCCATAGTAGAAGAGTTAGCTGGTTTTGGAGCTAA
AATCTATGTATGTGACATATCCCAAGTTTTGCTCAATCAAAGTTTAAGGGAATGGGAAAA
GAAAGGGTTTCAAGTGAGTGGTTCAGTCTGTGATGTAACTTCTCGATCCGAGAGAGAAAC
TTTGATGCAAAAGGTCTCCTCTCTGTTCAATGGCAAGCTCAATATTTTCGTGAACAATGT
GGGCGGACTTCGTTCAAAGCCAACGACAGAATATGATGCAGACGATTTTAATTTCCATAT
CGCAACAAACTTGGAACCTGCTTTCCATTTTTGCCAGCTTTCACATCCTCTCCTAAAGGC
TTCAGGCTATGGAAGTATCGTCTTCATTTCATCTGTTGCTGGGGTTGTATTCTTTGAATC
TGGATCCCTTTATAGTCTAGCCAAAGGAGCTCTGAATCAGCTAGCAAGAAATTTGGCATG
TGAATGGGCAAAAGATGGTATAAGAGCCAACGCTGTTGCTCCTAATGTTATCAAGACTCC
TCTGTCTCAACCATATCTTGATGACGTCGGTTTCAAGGAGGGATTGTTTGGTAGAACTCC
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TGCAGCGTCTTATATAACAGGCCAAACCATTTGTGTTGATGGAGGCCTCACCGTTAACGG
TTTCTCCTATCAACCACATGCTTGAGCATGGCCTTGTCGCGCGCGTTTTATTTTCTGGCA
CTGTCTGTCTTTTGAACTCTTAAAGTCTGCTCTTTAATAAAAATTGTCACACTGTGAGTT
TAATATAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU83TF U 2
AF RR1GM21TF U 1
AF RR1F948TF U 36
AF RR1GM21JQ C 516
BS 1 457 RR1GM21TF
BS 458 458 RR1BU83TF
BS 459 678 RR1GM21TF
BS 679 679 RR1F948TF
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BS 741 741 RR1F948TF
BS 742 760 RR1GM21TF
BS 761 777 RR1F948TF
BS 778 908 RR1GM21JQ

RD RR1BU83TF 633 0 0
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GGTGGAGGCAGAGGAATCGGGTATGCCATAGTAGAAGAGTTAGCTGGTTTTGGAGCTAAA
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AAAGGGTTTCAAGTGAGTGGTTCAGTCTGTGATGTAACTTCTCGATCCGAGAGAGAAACT
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TCAGGCTATGGAAGTATCGT*TTCATTGCATCTGTTGCTGGGGTTGTATTCTTTGAATCT
GGATCCCTTTATAGTCTAGCCAAAGGAGCTCTGAATCAGCTAGCAAGAAATTTGGCATGT
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CTGTCTCAACCATATCTTGATGACGTCG
TTTCA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1GM21TF 760 0 0
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TGGTGGAGGCAGAGGAATCGGGTATGCCATAGTAGAAGAGTTAGCTGGTTTTGGAGCTAA
AATCTATGTATGTGACATATCCCAAGTTTTGCTCAATCAAAGTTTAAGGGAATGGGAAAA
GAAAGGGTTTCAAGTGAGTGGTTCAGTCTGTGATGTAACTTCTCGATCCGAGAGAGAAAC
TTTGATGCAAAAGGTCTCCTCTCTGTTCAATGGCAAGCTCAATATTTTCGTGAACAATGT
GGGCGGACTTCGTTCAAAGCCAACGACAGAATATGATGCAGACGATTTTAATTTCCATAT
CGCAACAAACTTGGAACCTGCTTTCCATTTTTGCCAGCTTTCACATCCTCTCCTAAAGGC
TTCAGGCTATGGAAGTATCGTCTTCATTTCATCTGTT*CTGGGGTTGTATTCTTTGAATC
TGGATCCCTTTATAGTCTAGCCAAAGGAGCTCTGAATCAGCTAGCAAGAAATTTGGCATG
TGAATGGGCAAAAGATGGTATAAGAGCCAACGCTGTTGCTCCTAATGTTATCAAGACTCC
TCTGTCTCAACCATATCTTGATGACGTCGGTTTCAAGGAGGGATTGTTTGGTAGAACTCC
ACTTGCTCGCGCTGGAGA*CCAAATGAAGTTGCATCACTGGTGGTATTCTTGTGTCTACC
TGCAGCGTCTTATATAACAG*CCAAACCATTTGTGTTGAT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1F948TF 742 0 0
GGG
AAGGTATGACTGCTCTTGTAACTGGTGGAGGCAGAGGAATCGGGTACGCCATAGTAGAAG
AGTTAGCTGGTTTTGGAGCTAAAATCTATGTATGTGACATATCCCAAGTTTTGCTCAATC
AAAGTTTAAGGGAATGGGAAAAGAAAGGGTTTCAAGTGAGTGGTTCAGTCTGTGATGTAA
CTTCTCGATCCGAGAGAGAAACTTTGATGCAAAAGGTCTCCTCTCTGTTCAATGGCAAGC
TCAATATTTTCGTGAACAATGTGGGCGGACTTCGTTCAAAGCCAACGACAGAATATGATG
CAGACGATTTTAATTTCCATATCGCAACAAACTTGGAACCTGCTTTCCATTTTTGCCAGC
TTTCACATCCTCTCCTAAAGGCTTCAGGCTATGGAAGTATCGTCTTCATTTCATCTGTTG
CTGGGGTTGTATTCTTTGAATCTGGATCCCTTTATAGTCTAGCCAAAGGAGTTCTGAATC
AGCTAGCAAGAAATTTGGCATGTGAATGGGCAAAAGATGGTATAAGAGCCAACGCTGTTG
CTCCTAATGTTATCAAGACTCCTCTGTCTCAACCATATCTTGATGACGTCGGTTTCAAGG
AGGGATTGTTTGGTAGAACTCCACTTGCTCGCGCTGGAGAACCAAATGAAGTTGCATCAC
TGGTGGTATTCTTGTGTCTACCTGCAGCGTCTTATATAACAGGCCAAACCATTTGTGTTG
ATGGAGGCCTCACCGTTAA

QA 4 742 4 742
DS 

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TTGCTCCTAATGTTATCAAGACTCCTCTGTCTCAACCATATCTTGATGACGTCGGTTTCA
AGGAGGGATTGTTTGGTAGAACTCCACTTGCTCGCGCTGGAGAACCAAATGAAGTTGCAT
CACTGGTGGTATTCTTGTGTCTACCTGCAGCGTCTTATATAACAGGCCAAACCATTTGTG
TTGATGGAGGCCTCACCGTTAACGGTTTCTCCTATCAACCACATGCTTGAGCATGGCCTT
GTCGCGCGCGTTTTATTTTCTGGCACTGTCTGTCTTTTGAACTCTTAAAGTCTGCTCTTT
AATAAAAATTGTCACACTGTGAGTTTAATATAC

QA 1 393 1 393
DS 



AS 1 4

CO CL2194Contig1 977 4 12 U
AATTGTGAACAAACTAGATCATGTTCGGCGCTACAGCAATATCCAAAGTAACATTTAGTC
CCAATTGACATAATTGTCATTGTGAACATTCAGGTACGAACAAAAACAGTAACAAGTGTC
TATTAGGAACAGAGTAATAAAGAGGGAGTCTTAAAAAAAGGCTAAAGAAGAAGAATGAGA
GAGATGAAGAAAGTGTTGACTTGGGCTCCATCTCACTGTTCTTTTGCTTAATCACTGGAA
TTGGCCTGAAGAGGGAAGCATGGCCTCCACACAGTTTCTTTGCCAATATCCATTAATGCT
ATTCCTTTAACTGTCAGTTCTGCTCTAATCTGATCACTTTTCTCAAACTCTTTGTTCTTC
CTCGCCATTATCCTTTCTTCTATCTTTTGTGAAATGTCTTCTTCGCTCAATCCTGCCCTT
GTTAGTGTTTTCTGTTTCATTTCTTTCAAAATCTCGGCATAGCTCAGGGTAGTGAGCAAA
CCAAGCACATCCAGAACTTCCCTTGCTGTTTTCTCAATCTCAACGAGTGACACAAGCAGT
GACATCCTCTGTTTCTTCTGCATTTTCTTGAGCTTGCCAATGGAAGCATTGATGAACTTC
AATGCATCTTGGTAAGCACCCGTGAGTATATGGGCAGTATTCAAATCGTCTAACATCTTT
CCTTCAAACTCACTTTTGAGCTTGTTGATGATCTCTTTGGCTTCTGCTGTCTGTTCAGAT
TTTCCAGAGTCTTCAGACATTGCTTCTCGATATGGCAGGAGAGCATCATTAAGATCTTGC
AATGTCTGATAAACATAATACAAAGCTTCAGAGGAACTGTCTAGCTGAGACGCTGAGAAG
CTCAGAGGAGACCGGTAGTGAGCACTCATCAAGAAGTGCCTCAGAGCCAGTGGATGGTAA
CTTTCTGTCATTTCCTCTGATAGTTTTGAAGTTTTTCTTTGATTTTGCCATCTTCTCGTT
GTTGAAAGTGACATGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D886TF C 43
AF RR1BE14JQ U 172
AF RR1FB17JQ U 1
AF RR1BC27JQ U 23
BS 1 320 RR1FB17JQ
BS 321 321 RR1BC27JQ
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BS 460 758 RR1FB17JQ
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BS 817 843 RR1FB17JQ
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RD RR1D886TF 465 0 0
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TTTGCTTAATCACTGGAATTGGCCTGAAGAGGGAAGCATGGCCTCCACACAGTTTCTTTG
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CTCAGGGTAGTGAGCAAACCAAGCACATCCAGAACTTCCCTTGC
C

QA 1 464 1 464
DS 

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AA
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TGCCCTTGTTAGTGTTTTCTGTTTCATTTCTTTCAAAATCTCGGCATAGCTCAGGGTAGT
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TTCAGATTTTCC

QA 3 554 3 554
DS 

RD RR1FB17JQ 843 0 0
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GAGATGAAGAAAGTGTTGACTTGGGCTCCATCTCACTGTTCTTTTGCTTAATCACTGGAA
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ATTCCTTTAACTGTCAGTTCCGCTCTAATCTGATCACTTTTCTCAAACTCTTTGTTCTCC
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GTTAGTGTTTTCTGTTTCATTTCTTTCAAAATCTCGGTGTAGCTCAGGGTAGTGAGCAAA
CCAAGCACATCCAGAACTTCCCTTGCTGTTTTCTCAATCTCAACGAGTGACACAAGCAGT
GACATCCTCTGTTTCTTCTGCATTTTCTTGAGCTTGCCAATGGAAGCATTGATGAACTTC
AATGCATCTTGGTAAGCACCCGTGAGTATATGGGCAGTATTCAAATCGTCTAACATCTTT
CCTTCAAACTCACTTTTGAGCTTGTTGATGATCTCTTTGGCTTCTGCTGTCTGTTCAGAT
TTTCCAGAGTCTTCAGACATTGCTTCTCGATATGGCAG*AGAGCATCATTAAGATCTTGC
AATGTCTGATAAACATAATACAAAGCTTCAGAGGA*CTGTCTAGCTGAGACGCTGAGAAG
CTC

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR1BC27JQ 955 0 0
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TGAACATTCAGGTACGAACAAAAACAGTAACAAGTGTCTATTAGGAACAGAGTAATAAAG
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GGGCTCCATCTCACTGTTCTTTTGCTTAATCACTGGAATTGGCCTGAAGAGGGAAGCATG
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CTCTAATCTGATCACTTTTCTCAAACTCTTTGTTCTTCCTCGCCATTATCCTTTCTTCTA
TCTTTTGTGAAATGTCTTCTTCGCTCAATCCTGCCCTTGTTAGTGTTTTCTGTTTCATTT
CTTTCAAAATCTCGGCATAGCTCAGGGTAGTGAGCAAACCAAGCACATCCAGAACTTCCC
TTGCTGTTTTCTCAATCTCAACGAGTGACACAAGCAGTGACATCCTCTGTTTCTTCTGCA
TTTTCTTGAGCTTGCCAATGGAAGCATTGATGAACTTCAATGCATCTTGGTAAGCACCCG
TGAGTATATGGGCAGTATTCAAATCGGCTAACATCTTTCCTTCAAACTCACTTTTGAGCT
TGTTGATGATCTCTTTGGCTTCTGCTGTCTGTTCAGATTTTCCAGAGTCTTCAGACATTG
CTTCTCGATATGGCAGGAGAGCATCATTAAGATCTTGCAATGTCTGATAAACATAATACA
AAGCTTCAGAGGAACTGTCTAGCTGAGACGCTGAGAAGCTCAGAGGAGACCGGTAGTGAG
CACTCATCAAGAAGTGCCTCAGAGCCAGTGGATGGTAACTTTCTGTCATTTCCTCTGATA
GTTTTGAAGTTTTTCTTTGATTTTGCCATCTTCTCGTTGTTGAAAGTGACATGCC

QA 1 955 1 955
DS 



AS 1 2

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GTTCCCTTTTCAATTCTGCTTCTTCCTCTTAAGCTTAATAGGGTTTCCTCATTCCCAGGC
TCCATGACTTCCTGCGATTTCTCCCCCTCTGCTTGATTCTCTCTCTCTCAGGTAGGTAAC
ACACGAACTCTCTCTTTACTCTACCTCGATCCATCTATGTGCTCTCTCTATGTATACAAC
TAGATCTCGTTTGCTTCTCCTGAACAAATCTAGTTTGCAAATCTAATTCGAATCTGCCTT
GACTTGATTCGATTCAAAGGTAACTGTACAAACCTCCTTCGTTGTTTATTGAGAACCTAA
TTGATTTGCAACTGTGAAGATTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGATGAATGTGAGTCA
TGCATCGGTGCATCCGGTGGAAGATCCTCCTCCAGCTACAGCAGCCACACAACAACAAGT
AGAGAATAATCATCCGCCACGTGTTAGGATGGATGATATAGAAGGCATGCCTGGCACTTT
ACTCGGCGTCGCTCTTCGTTTCTTCCAGTTCTTCTTTGCTGCTGCTTCTCTTTCCGTCAT
GGCTTCTACTTCTGACTTCCCTTCCGTCACCGCCTTCTGCTACCTAGTTGCAGCCACTGG
ACTGCAGAGCTTGTGAAGTCTTGCACTAGCCGCCGTTGATGTCTATGCCATTATGGTCAA
ACGTTCGCTTCAGAACCGACGGCCTGTGAGCGTGTTTGCAATTGGCGATGGGGTGACGTC
GACCCTGACTTTTGCAGCGGCTTGTGCATCGGCGGGCATAACGGTGCTGATAGACAATGA
TCTGAATAGCTGCTCACAAAACCACTGTGTTCAGTTTGAAACATCAACAGCATTAGCCCT
CATAAGCTGGTTTGCTGCTTTGCCTTCTTTTCTCTTCAACTTCTGGTCTCTCGCATCCCG
TTGATAAAAGACATACAATATGATGTTGCTGCTCCACGAGCATGCGTTTCCACGGTGTGT
TAAATGTGTGTAAGGGGGTTTTGGGTTTTTTCACGGTGTATAGTGACTGCTTTTTCTTCT
TATTCGGGTTTGGATCCAACATTCTTCTAAACCCATTACCAGGAAATTGGGAATTGTTGT
TCGTTTTGTTAAACACTTCGGGATCTATGATTGAAAGGAAAGTTCAGTTCTTGTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD72TF U 1
AF RR1EW74JQ C 463
BS 1 615 RR1GD72TF
BS 616 616 RR1EW74JQ
BS 617 681 RR1GD72TF
BS 682 682 RR1EW74JQ
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BS 685 695 RR1GD72TF
BS 696 1138 RR1EW74JQ

RD RR1GD72TF 695 0 0
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TCCATGACTTCCTGCGATTTCTCCCCCTCTGCTTGATTCTCTCTCTCTCAGGTAGGTAAC
ACACGAACTCTCTCTTTACTCTACCTCGATCCATCTATGTGCTCTCTCTATGTATACAAC
TAGATCTCGTTTGCTTCTCCTGAACAAATCTAGTTTGCAAATCTAATTCGAATCTGCCTT
GACTTGATTCGATTCAAAGGTAACTGTACAAACCTCCTTCGTTGTTTATTGAGAACCTAA
TTGATTTGCAACTGTGAAGATTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGATGAATGTGAGTCA
TGCATCGGTGCATCCGGTGGAAGATCCTCCTCCAGCTACAGCAGCCACACAACAACAAGT
AGAGAATAATCATCCGCCACGTGTTAGGATGGATGATATAGAAGGCATGCCTGGCACTTT
ACTCGGCGTCGCTCTTCGTTTCTTCCAGTTCTTCTTTGCTGCTGCTTCTCTTTCCGTCAT
GGCTTCTACTTCTGACTTCCCTTCCGTCACCGCCTTCTGCTACCTAGTTGCAGCCACTGG
ACTGCAGAGCTTGTGGAGTCTTGCACTAGCCGCCGTTGATGTCTATGCCATTATGGTCAA
ACGTTCGCTTCAGAACCGACG*CTTGTGAGCGTGT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1EW74JQ 676 0 0
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TGCTTCTCTTTCCGTCATGGCTTCTACTTCTGACTTCCCTTCCGTCACCGCCTTCTGCTA
CCTAGTTGCAGCCACTGGACTGCAGAGCTTGTGAAGTCTTGCACTAGCCGCCGTTGATGT
CTATGCCATTATGGTCAAACGTTCGCTTCAGAACCGACGGCCTGTGAGCGTGTTTGCAAT
TGGCGATGGGGTGACGTCGACCCTGACTTTTGCAGCGGCTTGTGCATCGGCGGGCATAAC
GGTGCTGATAGACAATGATCTGAATAGCTGCTCACAAAACCACTGTGTTCAGTTTGAAAC
ATCAACAGCATTAGCCCTCATAAGCTGGTTTGCTGCTTTGCCTTCTTTTCTCTTCAACTT
CTGGTCTCTCGCATCCCGTTGATAAAAGACATACAATATGATGTTGCTGCTCCACGAGCA
TGCGTTTCCACGGTGTGTTAAATGTGTGTAAGGGGGTTTTGGGTTTTTTCACGGTGTATA
GTGACTGCTTTTTCTTCTTATTCGGGTTTGGATCCAACATTCTTCTAAACCCATTACCAG
GAAATTGGGAATTGTTGTTCGTTTTGTTAAACACTTCGGGATCTATGATTGAAAGGAAAG
TTCAGTTCTTGTAGCT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 4

CO CL2196Contig1 783 4 13 U
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ACGTTACTTGTCACAACTTCAGCAACATCCTCTTAGAACAAAGGCTATTACTGCTGGAGT
TTTGTCTGGTGTTAGTGATGTTGTTTCGCAGAAACTCTCTGGGATACAGAAGATTCAGCT
GAGAAGGGTTCTTCTCAAAATGATTTTTGCAGGTGGTTTTCTCGGACCAGTAGGGCATTA
CTTTCATACAACTCTAGATAAGATTTTTCAAGGGAAGAAGGACACAAAGACTGTTGCAAA
GAAGGTAATCGTGGAACAGCTGACATTGTCACCATTGAACCATTTGCTTTTCATGATCTA
TTATGGAGTAGTCATTGAAAGAACTCCTTGGATTCTTGTTAGAGACAGGATCAAGAAGAC
TTACCCTACAGTCCAGCTTACAGCATGGACGTTTTTCCCTGTCGTTGGATGGGTAAACTA
CAAGTATGTGCCACTGCACTTCCGGGTCATCTTGCACAGCCTCGTCGCATTCTTCTGGGG
AATCTTCCTGACCCTGCGAGCAAGGTCAATGACACTAGCTCTGGCAAAAGCTAAGTGATC
AGGGAAACACATCAAGCAAGCACTAGCTATGATCTTTTTTTT*CTGTAAGTTAAACAAGT
CTAAAAAGTAAATGATAAAGGGTGAAACCGAATAAGAATATGTATTAAGATGATAATAAC
AATGGTTTCAAGTTATTACAAACATTTGTTCAAAACACATTCACAAACTTATAAGAAATG
GGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1DK58TF U 1
AF RR1FB74TF U 1
AF RR1FB74JQ C 22
AF RR1DK58JQ C 126
BS 1 47 RR1DK58TF
BS 48 48 RR1FB74TF
BS 49 105 RR1DK58TF
BS 106 106 RR1FB74TF
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BS 424 563 RR1DK58TF
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BS 599 697 RR1FB74TF
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BS 699 732 RR1FB74TF
BS 733 783 RR1DK58JQ

RD RR1DK58TF 598 0 0
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GAGAAGGGTTCTTCTCAAAATGATTTTTGCAGGTGGTTTTCTCGGACCAGTAGGGCATTA
CTTTCATACAACTCTAGATAAGATTTTTCAAGGGAAGAAGGACACAAAGACTGTTGCAAA
GAAGGTAATCGTGGAACAGCTGACATTGTCACCATTGAACCATTTGCTTTTCATGATCTA
TTATGGAGTAGTCATTGAAAGAACTCCTTGGATTCTTGTTAGAGACAGGATCAAGAAGAC
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CAAGTATGTGCCACTGCACTTCCGGGTCATCTTGCACAGCCTCGTCGCATTCTTCTGGGG
AATCTTCCTGACCCTGCGAGCAAAGTCAATGACACTAGCTCTGGCAAAAGCTAAGTGA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1FB74TF 737 0 0
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ACGTTACTTGTCACAACTTCAGCAACATCCTCTTAGAACAAAGGCTATTACTGCTGGAGT
TTTGTCTGGTGTTAGTGATGTTGTTTCGCAGAAACTCTCTGGGATACAGAAGATTCAGCT
GAGAAGGGTTCTTCTCAAAATGATTTTTGCAGGTGGTTTTCTCGGACCAGTAGGGCATTA
CTTTCATACAACTCTAGATAAGATTTTTCAAGGGAAGAAGGACACAAAGACTGTTGCAAA
GAAGGTAATCGTGGAACAGCTGACATTGTCACCATTGAACCATTTGCTTTTCATGATCTA
TTATGGAGTAGTCATTGAAAGAACTCCTTGGATTCTTGTTAGAGACAGGATCAAGAAGAC
TTACCCTACAGTCCAGCTTACAGCATGGACGTTTTTCCCTGTCGTTGGATGGGTAAACTA
CAAGTATGTGCCACTGCACTTCCGGGTCATCTTGCACAGCCTGGTCGCATTCTTCTGGGG
AATCTTCCTGACCCTGCGAGCAAGGTCAATGACACTAGCTTTGGCAAAAGCTAAGTGATC
AGGGAAACACATCAAGCAAGCACTAGCTATGATCTTTTTTTT*CTGTAAGTTAAACAAGT
CTAAAAAGTAAATGATAAAGGGTGAAACCGAATAAGA*TATGTATTAAGATGATAATAAC
AATGGTTTCAAG
CTAAA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1FB74JQ 713 0 0
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GCAACATCCTCTTAGAACAAAGGCTATTACTGCTGGAGTTTTGTCTGGTGTTAGTGATGT
TGTTTCGCAGAAACTCTCTGGGATACAGAAGATTCAGCTGAGAAGGGTTCTTCTCAAAAT
GATTTTTGCAGGTGGTTTTCTCGGACCAGTAGGGCATTACTTTCATACAACTCTAGATAA
GATTTTTCAAGGGAAGAAGGACACAAAGACTGTTGCAAAGAAGGTAATCGTGGAACAGCT
GACATTGTCACCATTGAACCATTTGCTTTTCATGATCTATTATGGAGTAGTCATTGAAAG
AACTCCTTGGATTCTTGTTAGAGACAGGATCAAGAAGACTTACCCTACAGTCCAGCTTAC
AGCATGGACGTTTTTCCCTGTCGTTGGATGGGTAAACTACAAGTATGTGCCACTGCACTT
CCGGGTCATCTTGCACAGCCTGGTCGCATTCTTCTGGGGAATCTTCCTGACCCTGCGAGC
AAGGTCAATGACACTAGCTTTGGCAAAAGCTAAGTGATCAGGGAAACACATCAAGCAAGC
ACTAGCTATGATCTTTTTTTT*CTGTAAGTTAAACAAGTCTAAAAAGTAAATGATAAAGG
GTGAAACCGAATAAGAATATGTATTAAGATGATAATAACAATGGTTTCAAG
CT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1DK58JQ 658 0 0
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ATACAACTCTAGATAAGATTTTTCAAGGGAAGAAGGACACAAAGACTGTTGCAAAGAAGG
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GAGTAGTCATTGAAAGAACTCCTTGGATTCTTGTTAGAGACAGGATCAAGAAGACTTGCC
CTACAGTCCAGCTTACAGCATGGACGTTTTTCCCTGTCGTTGGATGGGTAAACTACAAGT
ATGTGCCACTGCACTTCCGGGTCATCTTGCACAGCCTCGTCGCATTCTTTTGGGGAATCT
TCCTGACCCTGCGAGCAAGGTCAATGACACTAGCTCTGGCAAAAGCTAAGTGATCAGGGA
AACACATCAAGCAAGCACTAGCTATGATCTTTTTTTTTCTGTAAGTTAAACAAGTCTAAA
AAGTAAATGATAAAGGGTGAAACCGAATAAGAATATGTATTAAGATGATAATAACAATGG
TTTCAAGTTATTACAAACATTTGTTCAAAACACATTCACAAACTTATAAGAAATGGGT

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 4

CO CL2197Contig1 1378 4 10 U
GGGAGTCTGAATCTTCATCTCCCATTAACCCTAATCTCATTGTAGCAAAATCTCCACCAA
GAAAAATCTGAATCGGTCTCGCGACGATCAAATCCCCCATCGGAAATCACCGAACATACT
TAACATTGACTGTAGGGTGCGTTTCGAACCCGAGATGGGTGCTCCTAAGCAGAAATGGAC
TCAAGAAGAAGAGTCAGCTCTAAAGTCTGGCGTTGTCAAGCATGGACCTGGCAAATGGCG
CACCATCCTCAAAGACCCTGAGTTTAGTGGAGTGCTGTACCTCCGTTCCAATGTGGATCT
TAAGGACAAGTGGAGAAATATGAGTGTCATGGCCAATGGGTGGGGATCGCGTGATAAGTC
TAGGTTAGCTCTTAAAAGGACGCACTCGCTTCCTAAACAGGATGATAGCTCGCTTGCTAA
TACAAGCTCATTGCAAAGTGATGAAGACATGGCTGATGCTAAGCATTTTTCCACCACCGG
CACTTCTGCACTGCAACTTCCTACTACTCCTACTCCAAGGAGACCTAATGTAAGGCTGGA
TAGCCTTATAATGGAAGCAATATCTACCATGAAAGAGCTTGGTGGCTCTAACAAAACAAC
TATTGGTGCCTACATTGAGGAACAATATCACGCTCCACCGGACTTTAAACGGTTGCTGTC
TACCAAGCTAAAGTACTTGACAGCTTGTGGTAAACTCATCAAGATTAAACGCAGGTATAG
AATTCCACACACCACTCCTTTGTCTTCCCACAGGAGAAGACATTTGGGAACACCGTTTGG
AAAACAGAGTGTTCTTTCTTTGCCTTCACCTAAAACAGAGAGATATGAAGTGAATGTTCA
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GCAAGCGGCTGCAGAACAGGCAGTTGAGGAGGCAGAAGCTGCCATGGCAGCGGCTGAAGA
AGCTGCAAAGGAAGCAGAGGCAGCAGAAGCTGAAGCAGAAGAAGCTCAAGCTTACGCTGA
AGAAGCTTTAAAGACACTGAGAGGAAGAAACAACTGCAAAATGATGGTCTGTACGTGAGG
TGACAGAGAAGAAGAAGCTAAATGTGTTGCAGGTGAAGAGAGAGAAGCGTAGAAGTAGTG
TTTGTGTGTTGATGATTCTCTACTTGGGAACTCTTTTTAGTTATAAGCCAGTAATCTCAG
ATGCTAAAGCCATTGTATTTGTTCACACTTCACTTCACAGCCAAAATAAGTTTTAAAAAC
ATGTCCACTGCAGTTTTTCGTGTAAAACTTGATAAGAAAGGTGTCAATTTGTGAAAATAT
TTTCATGAACATCGAGTTAACATTTGAATTGTATGAGTGATTTTATCACATTTGGTCT


BQ
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AF RR1GK59TF U 1
AF RR1F114TF U 54
AF RR1F114JQ C 472
AF RR1GK59JQ C 809
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GG
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AAGTCTAGGTTAGCTCTTAAAAGGACGCACTCGCTTCCTAAACAGGATGATAGCTCGCTT
GCTAATACAAGCTCATTGCAAAGTGATGAAGACATGGCTGATGCTAAGCATTTTTCCACC
ACCGGCACTTCTGCACTGCAACTTCCTACTACTCCTACTCCAAGGAGACCTAATGTAAGG
CTGGATAGCCTTATAATGGAAGCAATATCTACCATGAAAGAGCTTGGTGGCTCTAACAAA
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TATAGAATTCCACACACCACTCCTTTGTCTTCC
ACAGA

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ACCGTTTGGAAAACAGAGTGTTCTTTCTTTGCCTTCACCTAAAACAGAGAGATATGAAGT
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TAATCTCAGATGCTAAAGCCATTGTATTTGTTCACACTTCACTTCACAGCCAAAATAAGT
TTT

QA 1 783 1 783
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GAGGCAGAAGCTGCCATGGCAGCGTCTGAAGAAGCTGCAAAGGAAGCAGAGGCAGCAGAA
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AACAACTGCAAAATGATGGTCTGTACGTGAGGTGACAGAGAAGAAGAAGCTAAATGTGTT
GCAGGTGAAGAGAGAGAAGCGTAGAAGTAGTGTTTGTGTGTTGATGATTCTCTACTTGGG
AACTCTTTTTAGTTATAAGCCAGTAATTTCAGATGCTAAAGCCATTGTATTTGTTCACAC
TTCACTTCACAGCCAAAATAAGTTTTAAAAACATGTCCACTGCAGTTTTTCGTGTAAAAC
TTGATAAGAAAGGTGTCAATTTGTGAAAATATTTTCATGAACATCGAGTTAACATTTGAA
TTGTATGAGTGATTTTATCACATTTGGTCT

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 4

CO CL2198Contig1 871 4 7 U
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ATGAAAACACACAAAAAAAAAACTTGTTATTGGTCAAATCCAACACAAACCGGAGAATAA
GATTCGTATCATGTACAAAAAAGTGTCAAGGTAGATGATGAGAAAAATAACAAGTCTGAC
AACAAGCGACTCCTAAAACATTAGACTCCACTCTCTTCAGGACTGTGGTTTAGAACTCC*
ACGAACCTACACACATATTTGCTCACTCTGGTTGAGAGTATCAGCCACGGTATGATCCCA
ACCATCACATGGCCTGTCAAGTGACCTCCTGTCCCCCAAGATAACAGCCTCCCAAAGGGT
TGAACAAGCTGCTTAGCAATAATAGCAA*TTGGAGTCCTCCAGAACCAGAGTACCAAGAT
TATATATACCACAACCTTTGAAGCAA*GCAGAACCTTTCCATACAGATCGTATGACAGAT
TAATTTCTTTATTGTGATGCTCCAAATATTGTGCAAGTTCTTTCTCTTTACTAGCTGCAG
ACCTCCTAAGCTTAGCCGCTTGCGCAAACGTGGCTGGCTGAGACAACCCAGTGGCCTCTC
TCAAAAGCTGCTTAATCTCAGATCTCAGCTCCGCTTCCCTCGTGTTCTTCGACCCTTTCT
TCTTCAACTGGTCTAGCCTCTTTGACAGCAACTGGAACACGACGACGACGAAGAACGTCA
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TAATTTTTTCCGTCGTAGATTTCCACAATCTCAATACTTCTTCAAGCGTAAGACTTCATA
TGGAAAGAAAAGAAAACAGACAAGAGGATCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP75TF C 1
AF RR1DP75JQ U 2
AF RR1B682TF C 66
AF RR1B682JQ U 22
BS 1 1 RR1DP75TF
BS 2 79 RR1DP75JQ
BS 80 81 RR1B682JQ
BS 82 281 RR1DP75JQ
BS 282 282 RR1B682JQ
BS 283 619 RR1DP75JQ
BS 620 871 RR1B682JQ

RD RR1DP75TF 619 0 0
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ATGAAAACACACAAAAAAA**ACTTGTTATTGGTCAAATCCAACACAAACCGGAGAATAA
GATTCGTATCATGTACAAAAAAGTGTCAAGGTAGATGATGAGAAAAATAACAAGTCTGAC
AACAAGCGACTCCTAAAACATTAGACTCCACTCTCTTCAGGACTGTGGTTTAGAACTCC*
ACGAACCTACACACATATTTGCTCACTCTGGTTGAGAGTATTAGCCACGGTATGATCCCA
ACCATCACATGGCCTGTCAAGTGACCTCCTGTCCCCCAAGATAACAGCCTCCCAAAGGGT
TGAACAAGCTGCTTAGCAATAATAGCAA*TTGGAGTCCTCCAGAACCAGAGTACCAAGAT
TATATATACCACAACCTTTGAAGCAA*GCAGAACCTTTCCATACAGATCGTATGACAGAT
TAATTTCTTTATTGTGATGCTCCAAATATTGTGCAAGTTCTTTCTCTTTACTAGCTGCAG
ACCTCCTAAGCTTAGCCGCTTGCGCAAACGTGGCTGGCTGAGACAACCCAGTGGCCTCTC
TCAAAAGCTGCTTAATCTC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1DP75JQ 618 0 0
CAATACGTAGAGTGGAGACTGATCTACTGTAATGACATTCGGCCAATGTCGTTACAACTA
TGAAAACACACAAAAAAA**ACTTGTTATTGGTCAAATCCAACACAAACCGGAGAATAAG
ATTCGTATCATGTACAAAAAAGTGTCAAGGTAGATGATGAGAAAAATAACAAGTCTGACA
ACAAGCGACTCCTAAAACATTAGACTCCACTCTCTTCAGGACTGTGGTTTAGAACTCC*A
CGAACCTACACACATATTTGCTCACTCTGGTTGAGAGTATTAGCCACGGTATGATCCCAA
CCATCACATGGCCTGTCAAGTGACCTCCTGTCCCCCAAGATAACAGCCTCCCAAAGGGTT
GAACAAGCTGCTTAGCAATAATAGCAA*TTGGAGTCCTCCAGAACCAGAGTACCAAGATT
ATATATACCACAACCTTTGAAGCAA*GCAGAACCTTTCCATACAGATCGTATGACAGATT
AATTTCTTTATTGTGATGCTCCAAATATTGTGCAAGTTCTTTCTCTTTACTAGCTGCAGA
CCTCCTAAGCTTAGCCGCTTGCGCAAACGTGGCTGGCTGAGACAACCCAGTGGCCTCTCT
CAAAAGCTGCTTAATCTC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1B682TF 554 0 0
ACACACAAA
AAAAAAAACTTGTTATTGGTCAAATCCAACACAAACCGGAGAATAAGATTCGTATCATGT
ACAAAAAAGTGTCAAGGTAGATGATGAGAAAAATAACAAGTCTGACAACAAGCGACTCCT
AAAACATTAGACTCCACTCTCTTCAGGACTGTGGTTTAGAACTCCCACGAACCTACACAC
ATATTTGCTCACTCTGGTTGAGAGTATCAGCCACGGTATGATCCCAACCATCACATGGCC
TGTCAAGTGACCTCCTGTCCCCCAAGATAACAGCCTCCCAAAGGGTTGAACAAGCTGCTT
AGCAATAATAGCAAATTGGAGTCCTCCAGAACCAGAGTACCAAGATTATATATACCACAA
CCTTTGAAGCAAAGCAGAACCTTTCCATACAGATCGTATGACAGATTAATTTCTTTATTG
TGATGCTCCAAATATTGTGCAAGTTCTTTCTCTTTACTAGCTGCAGACCTCCTAAGCTTA
GCCGCTTGCGCAAACGTGGCTGGCTGAGACAACCCAGTGGCCTCTCTCAAAAGCTGCTTA
ATCTC

QA 10 554 10 554
DS 

RD RR1B682JQ 850 0 0
GG
TCTACTCTAATGACATTCGGCCAATGTCGTTACAACTATGAAAACACACAAAAAAAAAAC
TTGTTATTGGTCAAATCCAACACAAACCGGAGAATAAGATTCGTATCATGTACAAAAAAG
TGTCAAGGTAGATGATGAGAAAAATAACAAGTCTGACAACAAGCGACTCCTAAAACATTA
GACTCCACTCTCTTCAGGACTGTGGTTTAGAACTCC*ACGAACCTACACACATATTTGCT
CACTCTGGTTGAGAGTATCAGCCACGGTATGATCCCAACCATCACATGGCCTGTCAAGTG
ACCTCCTGTCCCCCAAGATAACAGCCTCCCAAAGGGTTGAACAAGCTGCTTAGCAATAAT
AGCAA*TTGGAGTCCTCCAGAACCAGAGTACCAAGATTATATATACCACAACCTTTGAAG
CAA*GCAGAACCTTTCCATACAGATCGTATGACAGATTAATTTCTTTATTGTGATGCTCC
AAATATTGTGCAAGTTCTTTCTCTTTACTAGCTGCAGACCTCCTAAGCTTAGCCGCTTGC
GCAAACGTGGCTGGCTGAGACAACCCAGTGGCCTCTCTCAAAAGCTGCTTAATCTCAGAT
CTCAGCTCCGCTTCCCTCGTGTTCTTCGACCCTTTCTTCTTCAACTGGTCTAGCCTCTTT
GACAGCAACTGGAACACGACGACGACGAAGAACGTCAGAGGAGCGGCCACAAAGCCGCGA
TCTTTAATCAGATTCTCTCCTTCCATGATTTACTGATTAATTTTTTCCGTCGTAGATTTC
CACAATCTCAATACTTCTTCAAGCGTAAGACTTCATATGGAAAGAAAAGAAAACAGACAA
GAGGATCC

QA 3 850 3 850
DS 



AS 1 4

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ATAAATTGGTGAGCCTCCAGTCTACTAAGTTTTGTAACATGCAAAACATTCCAGATAAAC
TTAGCAAAACACCATTAAAGTAGACACATAAAAAGAAGGAAGAAAGTTTTACTGGCTGGA
AGTGGCAGCGGCAGCAGCAGCAGCAGCGCCGACAAGAACACCTTGAGCATTACCTTCCTT
TTTGTTATTACCTTCTTCCTTGGAATCGTCCTGCTTCCTTAGCCTGATCTGATACTTGGC
TTCAAACTCACTCATATCTTTCTTCTTCTTCTCCAACGTCTCGTAAAGCTTCCTCACAAC
CTCCTCGAGCCCTTCCTTGTTGCGCTGGACAGCTGGGAGCACCTCTCTGACGGTTCTCTC
CACAAGAACGCCTCCTATCATGCGGAAGCATTTCCTAGACTGGTCCAGAGGCTGGATGGC
GTTGATGACGAGAGAGTGTTCGCTGACTTGCATCTCGAGATCGGTAATGTTGGAATAGAT
CTGGCTCAGCTCTGATCTCATGGACTCGTAGATGTTCAGAACCGCTTGCTCGTTCGGTGG
TTCTCTCAAGCCACCGCTCGCCATTGATTCTGTACTCTTTTAGAAACGAAACCACAGGAG
AAAGATCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGGCGCAGAGAGTAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1D528TF C 1
AF RR1D528JQ U 13
AF RR1DD66JQ U 13
AF RR1DD66TF C 13
BS 1 12 RR1D528TF
BS 13 705 RR1D528JQ

RD RR1D528TF 705 0 0
TTTTTTTTCTTTAAGAAAGATGATGATAACTTATAAGAAAGCATAACACAAAACTGATCT
ATAAATTGGTGAGCCTCCAGTCTACTAAGTTTTGTAACATGCAAAACATTCCAGATAAAC
TTAGCAAAACACCATTAAAGTAGACACATAAAAAGAAGGAAGAAAGTTTTACTGGCTGGA
AGTGGCAGCGGCAGCAGCAGCAGCAGCGCCGACAAGAACACCTTGAGCATTACCTTCCTT
TTTGTTATTACCTTCTTCCTTGGAATCGTCCTGCTTCCTTAGCCTGATCTGATACTTGGC
TTCAAACTCACTCATATCTTTCTTCTTCTTCTCCAACGTCTCGTAAAGCTTCCTCACAAC
CTCCTCGAGCCCTTCCTTGTTGCGCTGGACAGCTGGGAGCACCTCTCTGACGGTTCTCTC
CACAAGAACGCCTCCTATCATGCGGAAGCATTTCCTAGACTGGTCCAGAGGCTGGATGGC
GTTGATGACGAGAGAGTGTTCGCTGACTTGCATCTCGAGATCGGTAATGTTGGAATAGAT
CTGGCTCAGCTCTGATCTCATGGACTCGTAGATGTTCAGAACCGCTTGCTCGTTCGGTGG
TTCTCTCAAGCCACCGCTCGCCATTGATTCTGTACTCTTTTAGAAACGAAACCACAGGAG
AAAGATCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGGCGCAGAGAGTAGTCCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1D528JQ 693 0 0
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TTCTTCCTTGGAATCGTCCTGCTTCCTTAGCCTGATCTGATACTTGGCTTCAAACTCACT
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TTCCTTGTTGCGCTGGACAGCTGGGAGCACCTCTCTGACGGTTCTCTCCACAAGAACGCC
TCCTATCATGCGGAAGCATTTCCTAGACTGGTCCAGAGGCTGGATGGCGTTGATGACGAG
AGAGTGTTCGCTGACTTGCATCTCGAGATCGGTAATGTTGGAATAGATCTGGCTCAGCTC
TGATCTCATGGACTCGTAGATGTTCAGAACCGCTTGCTCGTTCGGTGGTTCTCTCAAGCC
ACCGCTCGCCATTGATTCTGTACTCTTTTAGAAACGAAACCACAGGAGAAAGATCGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGCGGCGCAGAGAGTAGTCCC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1DD66JQ 693 0 0
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CATTAAAGTAGACACATAAAAAGAAGGAAGAAAGTTTTACTGGCTGGAAGTGGCAGCGGC
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TTCTTCCTTGGAATCGTCCTGCTTCCTTAGCCTGATCTGATACTTGGCTTCAAACTCACT
CATATCTTTCTTCTTCTTCTCCAACGTCTCGTAAAGCTTCCTCACAACCTCCTCGAGCCC
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TCCTATCATGCGGAAGCATTTCCTAGACTGGTCCAGAGGCTGGATGGCGTTGATGACGAG
AGAGTGTTCGCTGACTTGCATCTCGAGATCGGTAATGTTGGAATAGATCTGGCTCAGCTC
TGATCTCATGGACTCGTAGATGTTCAGAACCGCTTGCTCGTTCGGTGGTTCTCTCAAGCC
ACCGCTCGCCATTGATTCTGTACTCTTTTAGAAACGAAACCACAGGAGAAAGATCGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGCGGCGCAGAGAGTAGTCCC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1DD66TF 693 0 0
AAGAAAGATGATGATAACTTATAAGAAAGCATAACACAAAACTGATCTATAAATTGGTGA
GCCTCCAGTCTACTAAGTTTTGTAACATGCAAAACATTCCAGATAAACTTAGCAAAACAC
CATTAAAGTAGACACATAAAAAGAAGGAAGAAAGTTTTACTGGCTGGAAGTGGCAGCGGC
AGCAGCAGCAGCAGCGCCGACAAGAACACCTTGAGCATTACCTTCCTTTTTGTTATTACC
TTCTTCCTTGGAATCGTCCTGCTTCCTTAGCCTGATCTGATACTTGGCTTCAAACTCACT
CATATCTTTCTTCTTCTTCTCCAACGTCTCGTAAAGCTTCCTCACAACCTCCTCGAGCCC
TTCCTTGTTGCGCTGGACAGCTGGGAGCACCTCTCTGACGGTTCTCTCCACAAGAACGCC
TCCTATCATGCGGAAGCATTTCCTAGACTGGTCCAGAGGCTGGATGGCGTTGATGACGAG
AGAGTGTTCGCTGACTTGCATCTCGAGATCGGTAATGTTGGAATAGATCTGGCTCAGCTC
TGATCTCATGGACTCGTAGATGTTCAGAACCGCTTGCTCGTTCGGTGGTTCTCTCAAGCC
ACCGCTCGCCATTGATTCTGTACTCTTTTAGAAACGAAACCACAGGAGAAAGATCGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGCGGCGCAGAGAGTAGTCCC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 3

CO CL2200Contig1 669 3 10 U
GCAGATATTAAAAAAATTATTATTATTTAAAAGCATGAAGAATTGTTCTTAGACAAAAAA
AAATCTAAAGGAAAGCAATGAAACAAAGACACAACGTTATAAAGAAAAAGCCAACGAAAA
TGTTATTTTGGAGAATAACACAGACTGGAGTAGATTAATTATTTGAGAGGGATAAACCTG
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AACTCAGCCAAGTAATGACCAATCATCTCAGGTTTGATCTCAACTTGGTTAAATGTCTTT
CCATTGTACACACCAATGACACTTCCAATCATTTCAGGCACGATGATCATGTTCCTTAGG
TGGGTTCTCACTGCTTCTGGCTTCTCACCAGCTGGTGCATCCCTTTTCCCTTTGCGCAAT
TTTTTTGATCAAAGCCATAGGCTTTCTCGTCAACCCTCTAAAGAACCTTCTGCGAATACG
GGAACTGAAAAGCTTGACAAGATCATCGGTAGACATGTCGAGAAGAGCATCGAGATCGAC
TCCTTTGTAGGAGAACTTCTTGAACGTTCTCTTTTTCACGATCCCAGTCGCAGCAGCTGC
ATCCGCCATTGTTCAGATTGTTGAAAACCCTACAAATCGAAAGCCTCAAAACAGTGTCTG
CGCAAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B954JQ U 48
AF RR1AS40JQ U 150
AF RR1B954TF C 1
BS 1 55 RR1B954TF
BS 56 224 RR1B954JQ
BS 225 225 RR1AS40JQ
BS 226 270 RR1B954JQ
BS 271 308 RR1AS40JQ
BS 309 309 RR1B954TF
BS 310 425 RR1AS40JQ
BS 426 426 RR1B954TF
BS 427 524 RR1AS40JQ
BS 525 669 RR1B954TF

RD RR1B954JQ 223 0 0
CTTAGACA
AAAAAAAATCTAAAGGAAAGCAATGAAACAAAGACACAACGTTATAAAGAAAAAGCCAAC
GAAAATGTTATTTTGGAGAATAACACAGACTGGAGTAGATTAATTATTTGAGAGGGATAA
ACCTGGAGGAGTTAGTGGCACCAACACCAGGCCTACCGTGCTTAACAGGGTTATACGAGA
TTGAAAACTCAGCCAAGTAATGACCAATCATCTCA

QA 9 223 9 223
DS 

RD RR1AS40JQ 375 0 0
GTAA
ATTAATTATTTGAGAGGGATAAACCTGGAGGAGTTAGTGGCACCAACACCAGGCCTACCG
TGCTTAACAGGCTTGTATGAAATTGAAAATTCAGCCAAGTAATGACCAATCATCTCAGGT
TTGATCTCAACTTGGTTAAATGTCTTTCCATTGTATACACCAATGACACTTCCAATCATT
TCAGGCACGATGATCATGTTCCTTAGGTGGGTTCTCACTGCTTCTGGCTTCTCACCAGCT
GGTGCATCCCTTTTCCCTTTGCGCAATTTTTT*GATCAAAGCCATAGGCTTTCTCGTCAA
CCCTCTAAAGAACCTTCTGCGAATACGGGAACTGAAAAGCTTGACAAGATCATCGGTAGA
CATGTCGAGAA

QA 5 375 5 375
DS 

RD RR1B954TF 669 0 0
GCAGATATTAAAAAAATTATTATTATTTAAAAGCATGAAGAATTGTTCTTAGACAAAAAA
AAATCTAAAGGAAAGCAATGAAACAAAGACACAACGTTATAAAGAAAAAGCCAACGAAAA
TGTTATTTTGGAGAATAACACAGACTGGAGTAGATTAATTATTTGAGAGGGATAAACCTG
GAGGAGTTAGTGGCACCAACACCAGGCCTACCGTGCTTAACAGGCTTATACGAGATTGAA
AACTCAGCCAAGTAATGACCAATCATCTCAGGTTTGATCTCGACTTGGTTAAATGTCTTT
CCATTGTACACACCAATGACACTTCCAATCATTTCAGGCACGATGATCATGTTCCTTAGG
TGGGTTCTCACTGCTTCTGGCTTCTCACCAGCTGGTGCATCCCTTTTCGCTTTGCGCAAT
TTTTTTGATCAAAGCCATAGGCTTTCTCGTCAACCCTCTAGAGAACCTTCTGCGAATACG
GGAACTGAAGAGCTTGACAAGATCATCGGTAGACATGTCGAGAAGAGCATCGAGATCGAC
TCCTTTGTAGGAGAACTTCTTGAACGTTCTCTTTTTCACGATCCCAGTCGCAGCAGCTGC
ATCCGCCATTGTTCAGATTGTTGAAAACCCTACAAATCGAAAGCCTCAAAACAGTGTCTG
CGCAAACCC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 4

CO CL2201Contig1 666 4 9 U
TCTTGTTGTTTTCAATGGCGATTTCTCTGCCCACCTCCTATGTCTCTCCCCCTGAGTCGT
GTTTCTCCTTTTCATCCTCGTCGAAGTTATCTTCTCATTCATCCCTGCGCTTACCGTCTC
AGATTCGCCGCTTCGGAATCCGTCACGAAAGAGTGAACTCGCCGTCGTCTTCTCGCTGCG
CCCCACTCACT******GTTAGAGCAAAGAAGCAAACCTTCAACTCTTTTGATGATTTAT
TGCTCAACTCCGACAAACCTTTACTTGTAGACTTTTATGCCACATGGTGTGGTCCATGCC
AGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACTCTGAAAGATAAGATTACAGTTG
TGAAAATCGATACTGAAAAGTACCCAAAGGTTGCCAACAAATACCAGGTTGAGGCTTTAC
CTACATTCATTTTATTCAAAGACGGGAAACTCTGGGACCGTTTTGAGGGTGCCTTGCCAG
CGAACCAACTTGTGGAACGGATCGAGACTTCATTGCAAGTGAAGCAATAGATATGGTAAC
AAGTGAAGCAATAGATATGATAAACAAAGAAAACTTGTCATTTCATGAACAAACAATCCG
TTGTAACAAAACGTTCATTGTTGATTGCTACCTATTCAATATATGGCATTAGCCATTTGA
GATAGG


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H507TF U 1
AF RR1F361TF U 1
AF RR1DV21TF U 3
AF RR1F361JQ C 1
BS 1 5 RR1F361JQ
BS 6 191 RR1H507TF
BS 192 197 RR1F361TF
BS 198 296 RR1H507TF
BS 297 297 RR1F361TF
BS 298 552 RR1H507TF
BS 553 561 RR1F361TF
BS 562 652 RR1DV21TF
BS 653 666 RR1F361JQ

RD RR1H507TF 552 0 0
TCTTG
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TCCTTTTCATCCTCGTCGAAGTTATCTTCTCATTCATCCCTGCGCTTACCGTCTCAGATT
CGCCGCTTCGGAATCCGTCACGAAAGAGTGAACTCGCCGTCGTCTTCTCGCTGCGCCCCA
CTCACTATGCAGGTTAGAGCAAAGAAGCAAACCTTCAACTCTTTTGATGATTTATTGCTC
AACTCCGACAAACCTTTACTTGTAGACTTTTATGCCACATGGTGTGGTCCACGCCAGCTT
ATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACTCTGAAAGATAAGATTACAGTTGTGAAA
ATCGATACTGAAAAGTACCCAAAGGTTGCCAACAAATACCAGGTTGAGGCTTTACCTACA
TTCATTTTATTCAAAGACGGGAAACTCTGGGACCGTTTTGAGGGTGCCTTGCCAGCGAAC
CAACTTGTGGAACGGATCGAGACTTCATTGCAAGTGAAGCAATAGATATGGTAACAAGTG
AAGCAAT

QA 6 552 6 552
DS 

RD RR1F361TF 561 0 0
TCTTG
TTGTTTTCAATGGCGATTTCTCTGCCCACCTCCTATGTCTCTCCCCCTGAGTCGTGTTTC
TCCTTTTCATCCTCGTCGAAGTTATCTTCTCATTCATCCCTGCGCTTACCGTCTCAGATT
CGCCGCTTCGGAATCCGTCACGAAAGAGTGAACTCGCCGTCGTCTTCTCGCTGCGCCCCA
CTCACT******GTTAGAGCAAAGAAGCAAACCTTCAACTCTTTTGATGATTTATTGCTC
AACTCCGACAAACCTTTACTTGTAGACTTTTATGCCACATGGTGTGGTCCATGCCAGCTT
ATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACTCTGAAAGATAAGATTACAGTTGTGAAA
ATCGATACTGAAAAGTACCCAAAGGTTGCCAACAAATACCAGGTTGAGGCTTTACCTACA
TTCATTTTATTCAAAGACGGGAAACTCTGGGACCGTTTTGAGGGTGCCTTGCCAGCGAAC
CAACTTGTGGAACGGATCGAGACTTCATTGCAAGTGAAGCAATAGATATGGTAACAAGTG
AAGCAATAGATATGAT

QA 6 561 6 561
DS 

RD RR1DV21TF 650 0 0
TTT
TTGTTTTCAATGGCGATTTCTCTGCCCACCTCCTATGTCTCTCCCCCTGAGTCGTGTTTC
TCCTTTTCATCCTCGTCGAGGCTGTTTTCTCATTCATCCCTGCGCTTACCGTCTCAGATT
CGCCGCTTCGGAATCCGTCACGAAAGAGTGAACTCGCCGTCGTCGTCTCGCTGCGCCCCA
CTCACT******GTTAGAGCAAAGAAGCAAACCTTCAACTCTTTTGATGATTTATTGCTC
AACTCTGACAAACCTTTACTTGTAGACTTTTATGCCACATGGTGTGGTCCATGCCAGCTT
ATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACTCTGAAAGATAAGATTACAGTTGTGAAA
ATCGATACTGAAAAGTACCCAAAGGTTGCCAACAAATACCAGGTTGAGGCTTTACCTACA
TTCATTTTATTCAAAGACGGGAAACTTTGGGACCGTTTTGAGGGTGCCTTGCCAGCGAAC
CAACTTGTGGAACGGATCGAGACTTCATTGCAAGTGAAGCAATAGATATGGTAACAAGTG
AAGCAATAGATATGATAAACAAAGAAAACTTGTCATTTCATGAACAAACAATCCGTTGTA
ACAAAACGTTCATTGTTGATTGCTACCTATTCAATATATGGCATTAG

QA 4 650 4 650
DS 

RD RR1F361JQ 666 0 0
TCTTGTTGTTTTCAATGGCGATTTCTCTGCCCACCTCCTATGTCTCTCCCCCTGAGTCGT
GTTTCTCCTTTTCATCCTCGTCGAAGTTATCTTCTCATTCATCCCTGCGCTTACCGTCTC
AGATTCGCCGCTTCGGAATCCGTCACGAAAGAGTGAACTCGCCGTCGTCTTCTCGCTGCG
CCCCACTCACT******GTTAGAGCAAAGAAGCAAACCTTCAACTCTTTTGATGATTTAT
TGCTCAACTCCGACAAACCTTTACTTGTAGACTTTTATGCCACATGGTGTGGTCCATGCC
AGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACTCTGAAAGATAAGATTACAGTTG
TGAAAATCGATACTGAAAAGTACCCAAAGGTTGCCAACAAATACCAGGTTGAGGCTTTAC
CTACATTCATTTTATTCAAAGACGGGAAACTCTGGGACCGTTTTGAGGGTGCCTTGCCAG
CGAACCAACTTGTGGAACGGATCGAGACTTCATTGCAAGTGAAGCAATAGATATGGTAAC
AAGTGAAGCAATAGATATGATAAACAAAGAAAACTTGTCATTTCATGAACAAACAATCCG
TTGTAACAAAACGTTCATTGTTGATTGCTACCTATTCAATATATGGCATTAGCCATTTGA
GATAGG

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 4

CO CL2202Contig1 875 4 15 U
TTTTTATAAAACCCTACCTTTGAAAATCTCGACTCTCTCTCTCTTTCGCCGCCGACGACA
GTAAAAATGGGTGCTAAGGCAAAAAAAGCCCTGAAGAAGAACATGAAGAAGATCTCTGCT
TCCGCTGCTGCTACTTCCTCATCTCAGCTAGCTATTCCCCAGAAACCCAAACCATCAGCC
GACTTTTTGCCACTAGAAGGCGGTCCAGCTCGAAAAGCTCCAGTGACCAAATCTATCGAG
AACAAATCCACCGTGCTGTACATCGGTCGCCTCCCTCACGGTTTCTACGAGACTGAGATT
GAAGCTTTCTTCACGCAGTTTGGAACAGTAAATAGAGTCAGAGTCGCGCGAAACAAAAAG
ACTGGGAAATCAAAACATTTTGGATTCATTCAGTTTGAGGACCCCGAGGTGGCAGAGATT
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CCACCAGAGGATGTTAAACCAAATCTGTGGAAAGGTTTTAAGTGCCAGTACAAACCAGTT
GATTGGGTTCAGATCGAGCGTAAACAACACAACAAGGAAAGGACATTGGAAGAACATAGG
AAAATGCTGAACAAGGTTGTAAAACGTGATCAGAAAAGGAGAAAGAGAATCGAAGCTGCT
GGAATAGAATATCAATGCCCCGAGCTTGTTGGAAATACCCAGCCATTACCTAAGAAGATC
AAGTTTAGTGAAGAAGACTAGGGTACCAAAGCATGTGGAAAAACACATTTTGGATAAGCT
TTTGCTTTTGTAATGGTATCTGGTTTGTTGTACTTTTGACGTCGGATCCAAAACTCAACT
TTTTATTGCAATGAAAAAATTATGTTTTAAACGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1EH70TF U 1
AF RR1EH70JQ C 290
AF RR1AZ01JQ C 335
AF RR1AZ01TF U 335
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BS 758 874 RR1AZ01TF
BS 875 875 RR1AZ01JQ

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AAGTTTAGTGA*GAAGACTAGG*TACCAAAGCATGTG

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DS 

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C

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DS 

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T

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DS 

RD RR1AZ01TF 541 0 0
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GTGGAAAAACACATTTTGGATAAGCTTTTGCTTTTGTAATGGTATCTGGTTTGTTGTACT
TTTGACGTCGGATCCAAAACTCAACTTTTTATTGCAATGAAAAAATTATGTTTTAAACGA
T

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 4

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CGCAAGCTCTCTGTCGAATGGGCTAAGGGTGAACGTGGGAAGCCTCATGGAAAGGCAGCT
TCCAATCAGAGGCCTACAAAGACACTCTTTGTCATCAACTTTGACCCTATCCGCACTAAA
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ACACAAAACAGCAAATTAATGGACAGGGTTGTTTCTATTGAGTACGCTTTGAGGGATGAT
GATGAAAGAGATGATCGATATGCTCCTAGTCCCAGAAGGAGATCTCCTAGTCCTGTCTAC
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AGAGGTTGAAGATGTTGCTACGGAATGTGCTCTACGAGTGGTTGTGTTTTCTATGTTAGT
CTGAACCTTAGTTGCTATGCTATTATGCTACGTGGTGTTAGTTTTAGTAGCTTGTAATGA
CATTAATCTTTGTGAAGAATTTGAAGCTTGGATTCTCTCTTAATCAATTCAGTTTCTTCA
TTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 

AF RR1CD59TF U 77
AF RR1F015TF U 1
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AF RR1CD59JQ C 231
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CTGATT

QA 1 546 1 546
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TATGAAAGAGATGATCGATATGCTCCTAGTCCCAGAAGGGGATCTCCTAGTCCTGTCTAC
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AGAGGT*GGAGATGTTGCTACGGA
TGTGCTCT

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GG
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TTATGTTAGTTTGAACCTTAGTTGCTATGCTATTATGCTACGTGGTGTTAGTTTTAGTAG
CTTGTAATGACATTAATCTTTGTGAAGAATTTGAAGCTTGGATTCTCTCTTAATCAATTC
AGTTTCTTCATT

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR1CD59JQ 734 0 0
CTATGAGAAACGCAAGCTCTCTGTCGAATGGGCTAAGGGTGAACGTGGGAAGCCTCATGG
AAAGGCAGCTTCCAATCAGAGGCCTACAAAGACACTCTTTGTCATCAACTTTGACCCTAT
CCGCACTAAAGAGCGTGATATTGAGAGGCACTTTGAGCCGTATGGTAAAGTTCTCAATGT
CCGCATAAGACGCAACTTTGCATTCGTTCAGTTTGCAACTCAGGAAGATGCAACCAAGGC
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GAGGGATGATGATGAAAGAGATGATCGATATGCTCCTAGTCCCAGAAGGAGATCTCCTAG
TCCTGTCTACAGGAGGCGTCCCAGTCCTGATTACGGCCGTCCTCGCAGTCCTGAGTATGA
CAGGTACAAGGGTCCAGCTCCTTATGAAAGGCGTAGGAGCCCAGATTACGGTCGTCGCAG
TCCTGAATATGGGAGAGCTAGAAGCCCTGGTTATGACAGATACAGAAGCCGGTCTCCTGT
ATACAGAGCAAGAGGTTGAAGATGTTGCTACGGAATGTGCTCTACGAGTGGTTGTGTTTT
CTATGTTAGTCTGAACCTTAGTTGCTATGCTATTATGCTACGTGGTGTTAGTTTTAGTAG
CTTGTAATGACATTAATCTTTGTGAAGAATTTGAAGCTTGGATTCTCTCTTAATCAATTC
AGTTTCTTCATTAG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 3

CO CL2204Contig1 649 3 2 U
GGAAAGAAGAAGTTATCACGAAAAATCAAAGAAGTAGAAGTTATCACAGCATGGGTCAAG
CCCTCAATACCGCAAAAGGAAATGGCGAGGTAAATGGGAAAGACTTGGAATCTATGGCAG
AAAATTGCTACCGCAAACGCCTTGAAGAGCAAGATGATGATCAAGAATGGTCTTTTGGCG
ACTTCTACCGCATTGTGGATGAAGCTATCGAAGAAATTAATA**AGACTCGGTGGTACCC
AACTTAAGGTGCCAAGTGTTGATAAACTACAAGAAGCTTATGAGAGACACAATCTCGGTA
ACGGAAAGAAGATATCGAAGGAGGAGTTTCAGAAGCTTCTTCAGGAGGTTTTGATAGGCG
CTGGTTTCACCGGCGTTGGAGGAGTAAAAGAGTTTCTACTCTTCATTTTTGGAGTTCCTG
CCTTGGCCGTATTCCTCAAAAACCGGATAGCTCCTACATCCTTTCCCAACGACTTGCTCA
TCCCCGCCGTCACTTCCGCCACCGTCTTCCTCCTCGCCAAGCTCAACAAGATATGACTTT
TATGTGTTTGATATTTTCTAGCTTTGCTTTGTTTTCTAAATTTGTATTGTGTAACGTTTA
TGAGTGACGTCAATGACTTTGTGTTATATTTGGAGAATTTATTTACACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1FH54JQ C 1
AF RR1FH54TF U 1
AF RR1D039TF U 110
BS 1 647 RR1FH54TF
BS 648 649 RR1FH54JQ

RD RR1FH54JQ 649 0 0
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AAAATTGCTACCGCAAACGCCTTGAAGAGCAAGATGATGATCAAGAATGGTCTTTTGGCG
ACTTTTACCGCATTGTGGATGAAGCTATCGAAGAAATTAATA**AGACTCGGTGGTACCC
AACTTAAGGTGCCAAGTGTTGATAAACTACAAGAAGCTTATGAGAGACACAATTTCGGTA
ACGGAAAGAAGATATCGAAGGAGGAGTTTCAGAAGCTTTTTCAGGAGGTTTTGATAGGCG
CTGGTTTCACCGGCGTTGGAGGAGTAAAAGAGTTTTTACTTTTCATTTTTGGAGTTCCTG
CCTTGGCCGTATTCCTCAAAAACCGGATAGCTCCTACATCCTTTCCCAACGACTTGTTCA
TCCCCGCCGTCACTTCCGCCACCGTTTTCCTCCTCGCCAAGCTCAACAAGATATGACTTT
TATGTGTTTGATATTTTCTAGCTTTGCTTTGTTTTCTAAATTTGTATTGTGTAACGTTTA
TGAGTGACGTCAATGACTTTGTGTTATATTTGGAGAATTTATTTACACC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1FH54TF 647 0 0
GGAAAGAAGAAGTTATCACGAAAAATCAAAGAAGTAGAAGTTATCACAGCATGGGTCAAG
CCCTCAATACCGCAAAAGGAAATGGCGAGGTAAATGGGAAAGACTTGGAATCTATGGCAG
AAAATTGCTACCGCAAACGCCTTGAAGAGCAAGATGATGATCAAGAATGGTCTTTTGGCG
ACTTCTACCGCATTGTGGATGAAGCTATCGAAGAAATTAATA**AGACTCGGTGGTACCC
AACTTAAGGTGCCAAGTGTTGATAAACTACAAGAAGCTTATGAGAGACACAATCTCGGTA
ACGGAAAGAAGATATCGAAGGAGGAGTTTCAGAAGCTTCTTCAGGAGGTTTTGATAGGCG
CTGGTTTCACCGGCGTTGGAGGAGTAAAAGAGTTTCTACTCTTCATTTTTGGAGTTCCTG
CCTTGGCCGTATTCCTCAAAAACCGGATAGCTCCTACATCCTTTCCCAACGACTTGCTCA
TCCCCGCCGTCACTTCCGCCACCGTCTTCCTCCTCGCCAAGCTCAACAAGATATGACTTT
TATGTGTTTGATATTTTCTAGCTTTGCTTTGTTTTCTAAATTTGTATTGTGTAACGTTTA
TGAGTGACGTCAATGACTTTGTGTTATATTTGGAGAATTTATTTACA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1D039TF 518 0 0
GTC
TATGGCAGAAAATTGCTACCGCAAACGCCTTGAAGAGCAAGATGATGATCAAGAATGGTC
TTTTGGCGACTTCTACCGCATTGTGGATGAAGCTATCGAAGAAATTAATAGAAGACTCGG
TGGTACCCAACTTAAGGTGCCAAGTGTTGATAAACTACAAGAAGCTTATGAGAGACACAA
TCTCGGTAACGGAAAGAAGATATCGAAGGAGGAGTTTCAGAAGCTTCTTCAGGAGGTTTT
GATAGGCGCTGGTTTCACCGGCGTTGGAGGAGTAAAAGAGTTTCTACTCTTCATTTTTGG
AGTTCCTGCCTTGGCCGTATTCCTCAAAAACCGGATAGCTCCTACATCCTTTCCCAACGA
CTTGCTCATCCCCGCCGTCACTTCCGCCACCGTCTTCCTCCTCGCCAAGCTCAACAAGAT
ATGACTTTTATGTGTTTGATATTTTCTAGCTTTGCTTTGTTTTCTAAATTTGTATTGTGT
AACGTTTATGAGTGACGTCAATGACTTTGTGTTAT

QA 4 518 4 518
DS 



AS 1 4

CO CL2205Contig1 967 4 11 U
TTTTTTTCGCAGATCTCGAAGAGAGCCCGTAAATTTCTCATCGATTCCGCAGGGAAAACT
TAAACGATCCTTTGACTCAAAAGTTTATATGTTTTTATAGATTTTTGTTTTTTCTTGGGT
TTTTTTTTGGCAGAGTAAAAAAGGTTCGTTTTTCTCGATGGGTTCTTCGTCGGGGCAACC
CGAGTTTGATTACTTGTTCAAAGTTTTATTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGCAAAAGCTC
TCTTTTGCTTAGTTTCACATCCAATACGTTTGATGATCTTTCTCCCACAATCGGAGTTGA
TTTCAAGGTCAAATATCTTACCATTGGAGAGAAGAAACTGAAGCTTGCGATTTGGGACAC
AGCTGGGCAAGAGAGATTTAGGACGCTAACAAGTTCGTATTACAGAGGAGCTCAGGGCAT
CATAATGGTATATGATGTGACACGACGAGATACATTCACCAATCTATCAGATATATGGGC
TAAGGAAATCGACCTGTACTCGACTAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGGAATAA
AGTCGACAAGGAGAGTGAACGAGCTGTATCTAAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGGA
GTATGG*ATGTTTGTTTTTGG*AGTGCAGTGCAAAGACCCGAGTCAATGTTGAGCAATGT
TTTGAAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAAACGCCGAGTCTTACTGCTGAAGGTACGTCT
GGAGGGAAGAAGAACATCTTCAAACAAAACCCAGCACAGACCAGCAATGCTTCATCGAGT
TACTGCTGCGCGTCTTAGACGTGGCTTTACGGTTTATGACACAACATCCACTCTTGTTTG
TCTTCTTGCCCTTGATTGTCTATCTGTTTCCCAGAAAAACTGCAGCATCTTGGATGTAAA
TCTTAACCCTACTTTCAAAGTTGTGTCCACTGGTTTTCTTATTTGAGATCATCCCATCTT
ATTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 

AF RR1GY54TF U 1
AF RR1CD39TF U 149
AF RR1GY54JQ C 125
AF RR1CD39JQ C 240
BS 1 359 RR1GY54TF
BS 360 360 RR1CD39TF
BS 361 712 RR1GY54TF
BS 713 713 RR1GY54JQ
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BS 781 781 RR1GY54JQ
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BS 791 926 RR1GY54JQ
BS 927 927 RR1CD39JQ
BS 928 967 RR1GY54JQ

RD RR1GY54TF 727 0 0
TTTTTTTCGCAGATCTCGAAGAGAGCCCGTAAATTTCTCATCGATTCCGCAGGGAAAACT
TAAACGATCCTTTGACTCAAAAGTTTATATGTTTTTATAGATTTTTGTTTTTTCTTGGGT
TTTTTTTTGGCAGAGTAAAAAAGGTTCGTTTTTCTCGATGGGTTCTTCGTCGGGGCAACC
CGAGTTTGATTACTTGTTCAAAGTTTTATTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGCAAAAGCTC
TCTTTTGCTTAGTTTCACATCCAATACGTTTGATGATCTTTCTCCCACAATCGGAGTTGA
TTTCAAGGTCAAATATCTTACCATTGGAGAGAAGAAACTGAAGCTTGCGATTTGGGACAT
AGCTGGGCAAGAGAGATTTAGGACGCTAACAAGTTCGTATTACAGAGGAGCTCAGGGCAT
CATAATGGTATATGATGTGACACGACGAGATACATTCACCAATCTATCAGATATATGGGC
TAAGGAAATCGACCTGTACTCGACTAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGGAATAA
AGTCGACAAGGAGAGTGAACGAGCTGTATCTAAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGGA
GTATGG*ATGTTTGTTTTTGG*AGTGCAGTGCAAAGACCCGAGTCAATGTTGAGCAATGT
TTTGAAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAAACGCCGAGTCTTACTGCTGAAG*TACGTCT
GGAGGGA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1CD39TF 642 0 0
T
TTTTCTCGATGGGTTCTTCGTCGGGGCAACCCGAGTTTGATTACTTGTTCAAAGTTTTAT
TGATCGGAGATTCTGGTGTTGGCAAAAGCTCTCTTTTGCTTAGTTTCACATCCAATACGT
TTGATGATCTTTCTCCCACAATCGGAGTTGATTTCAAGGTCAAATATCTTACCATTGGAG
AGAAGAAACTGAAGCTTGCGATTTGGGACACAGCTGGGCAAGAGAGATTTAGGACGCTAA
CAAGTTCGTATTACAGAGGAGCTCAGGGCATCATAATGGTATATGATGTGACACGACGAG
ATACATTCACCAATCTATCAGATATATGGGCTAAGGAAATCGACCTGTACTCGACTAATC
AGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGGAATAAAGTCGACAAGGAGAGTGAACGAGCTGTAT
CTAAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGGAGTATGGGATGTTTGTTTTTGGGAGTGCAG
TGCAAAGACCCGAGTCAATGTTGAGCAATGTTTTGAAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGA
AACGCCGAGTCTTACTGCTGAAG*TTCGTCTGGAGGGAAGAAGAACATCTTCAAACAAAA
CCCAGCACAGACCAGCAATGCTTCATCGAGT*ACTGCTGCG

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR1GY54JQ 843 0 0
TTTTGGCAGAGTAAAAA*GGTTCGTTTT*CTCGATGGGTTCTTCGTCGGGGCAACCCGAG
TTTGAT*ACTTGTTCAAAGTTTTATTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGCAAAAGCTCTCTT
TTGCTTAGTTTCACATCCAATACGTTTGATGATCTTTCTCCCACAATCGGAGTTGATTTC
AAGGTCAAATATCTTACCATTGGAGAGAAGAAACTGAAGCTTGCGATTTGGGACATAGCT
GGGCAAGAGAGATTTAGGACGCTAACAAGTTCGTATTACAGAGGAGCTCAGGGCATCATA
ATGGTATATGATGTGACACGACGAGATACATTCACCAATCTATCAGATATATGGGCTAAG
GAAATCGACCTGTACTCGACTAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGGAATAAAGTC
GACAAGGAGAGTGAACGAGCTGTATCTAAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGGAGTAT
GG*ATGTTTGTTTTTGG*AGTGCAGTGCAAAGACCCGAGTCAATGTTGAGCAATGTTTTG
AAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAAACGCCGAGTCTTACTGCTGAAGGTACGTCTGGAG
GGAAGAAGAACATCTTCAAACAAAACCCAGCACAGACCAGCAATGCTTCATCGAGTTACT
GCTGCGCGTCTTAGACGTGGCTTTACGGTTTATGACACAACATCCACTCTTGTTTGTCTT
CTTGCCCTTGATTGTCTATCTGTTTCCCAGAAAAACTGCAGCATCTTGGATGTAAATCTT
AACCCTACTTTCAAAGTTGTGTTCACTGGTTTTCTTATTTGAGATCATCCCATCTTATTC
AGC

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR1CD39JQ 725 0 0
CTCTTTTGCTTAGTTTCACATCCAATACGTTTGATGATCTTTCTCCCACAATCGGAGTTG
ATTTCAAGGTCAAATATCTTACCATTGGAGAGAAGAAACTGAAGCTTGCGATTTGGGACA
CAGCTGGGCAAGAGAGATTTAGGACGCTAACAAGTTCGTATTACAGAGGAGCTCAGGGCA
TCATAATGGTATATGATGTGACACGACGAGATACATTCACCAATCTATCAGATATATGGG
CTAAGGAAATCGACCTGTACTCGACTAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGGAATA
AAGTCGACAAGGAGAGTGAACGAGCTGTATCTAAAAAAGAAGGCATTGACTTTGCTCGGG
AGTATGG*ATGTTTGTTTTTGG*AGTGCAGTGCAAAGACCCGAGTCAATGTTGAGCAATG
TTTTGAAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAAACGCCGAGTCTTACTGCTGAAGGTTCGTC
TGGAGGGAAGAAGAACATCTTCAAACAAAACCCAGCACAGACCAGCAATGCTTCATCGAG
TTACTGCTGCGCGTCTTAGACGTGGCTTTACGGTTTATGACACAACATCCACTCTTGTTT
GTCTTCTTGCTCTTGATTGTCTATCTGTTTCCCAGAAAAACTGCAGCATCTTGGATGTAA
ATCTTAACCCTACTTTCAAAGTTGTGTCCACTGGTTTTCTTATTTGAGATCATCCCATCT
TATTC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 4

CO CL2206Contig1 669 4 2 U
GCATATCTGCACTTTGGCCTTTCTTTTATTGTAACAAAATGATTCAACAAACATTATATC
CGTGTCTGAAGACAACATCTTCTACTCTTGTCTTGTTTGATTGAAAATTGACACAAACCA
CAAAATAATGTAATCATACATCCAAGTCGAACTTATTGAGAAGCATATCCCAAATCTACC
ACCAAACAATCAAGGTTCTCCACAGAGTAAACAAAGAAAAGAAGAGATCATTTCGACTTC
TTCCCAACCTTCTTCTTGACGACTTCGTCAATGTACATTATGCCTTTGCCCTTATAAACC
TCAGGAGGTTTGCAACTCCTGACAGTGGCAGCAAACTGATGCACCCTATCCTTGTCGATC
CCGGTGCAGCAAACCACATTGTTCTTGAAACAGAAGACCCTGACCGCGGGAGGAACTGCC
AGCTCGACCTCATGACTGTAACCTAACTTGAGGTATAAGAAACGCCCTGCTTCCTCGGCT
CTGGCTTTGTATCCAACTCCAACAATTTTCAAGAACCGAAAGAATTTGGCTTCCATCTTC
CCTTCTTGCCACACAGAATGTTCACCTGTCTTTATTGCTTTCCGGCGAAAAGAAAAGAGG
ACTAATGTGTCAGTGCTACTTCTTCGCCGGCGGATCCAGATCACTCCCCCAACTCCTCCG
GCCTAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EY46JQ U 1
AF RR1EY46TF C 1
AF RR1DW70JQ U 99
AF RR1DW70TF C 294
BS 1 624 RR1EY46JQ
BS 625 669 RR1DW70JQ

RD RR1EY46JQ 624 0 0
GCATATCTGCACTTTGGCCTTTCTTTTATTGTAACAAAATGATTCAACAAACATTATATC
CGTGTCTGAAGACAACATCTTCTACTCTTGTCTTGTTTGATTGAAAATTGACACAAACCA
CAAAATAATGTAATCATACATCCAAGTCGAACTTATTGAGAAGCATATCCCAAATCTACC
ACCAAACAATCAAGGTTCTCCACAGAGTAAACAAAGAAAAGAAGAGATCATTTCGACTTC
TTCCCAACCTTCTTCTTGACGACTTCGTCAATGTACATTATGCCTTTGCCCTTATAAACC
TCAGGAGGTTTGCAACTCCTGACAGTGGCAGCAAACTGATGCACCCTATCCTTGTCGATC
CCGGTGCAGCAAACCACATTGTTCTTGAAACAGAAGACCCTGACCGCGGGAGGAACTGCC
AGCTCGACCTCATGACTGTAACCTAACTTGAGGTATAAGAAACGCCCTGCTTCCTCGGCT
CTGGCTTTGTATCCAACTCCAACAATTTTCAAGAACCGAAAGAATTTGGCTTCCATCTTC
CCTTCTTGCCACACAGAATGTTCACCTGTCTTTATTGCTTTCCGGCGAAAAGAAAAGAGG
ACTAATGTGTCAGTGCTACTTCTT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1EY46TF 641 0 0
GCATATCTGCACTTTGGCCTTTCTTTTATTGTAACAAAATGATTCAACAAACATTATATC
CGTGTCTGAAGACAACATCTTCTACTCTTGTCTTGTTTGATTGAAAATTGACACAAACCA
CAAAATAATGTAATCATACATCCAAGTCGAACTTATTGAGAAGCATATCCCAAATCTACC
ACCAAACAATCAAGGTTCTCCACAGAGTAAACAAAGAAAAGAAGAGATCATTTCGACTTC
TTCCCAACCTTCTTCTTGACGACTTCGTCAATGTACATTATGCCTTTGCCCTTATAAACC
TCAGGAGGTTTGCAACTCCTGACAGTGGCAGCAAACTGATGCACCCTATCCTTGTCGATC
CCGGTGCAGCAAACCACATTGTTCTTGAAACAGAAGACCCTGACCGCGGGAGGAACTGCC
AGCTCGACCTCATGACTGTAACCTAACTTGAGGTATAAGAAACGCCCTGCTTCCTCGGCT
CTGGCTTTGTATCCAACTCCAACAATTTTCAAGAACCGAAAGAATTTGGCTTCCATCTTC
CCTTCTTGCCACACAGAATGTTCACCTGTCTTTATTGCTTTCCGGCGAAAAGAAAAGAGG
ACTAATGTGTCAGTGCTACTTCTTCGCCGGCGGATCCAGAT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1DW70JQ 571 0 0
GATTGAAAATTGACACAAATCACAAAATAATGTAATCATACATCCAAGTCGAACTTATTG
AGAAGCATATCCCAAATCTACCACCAAACAATCAAGGTTCTCCACAGAGTAAACAAAGAA
AAGAAGAGATCATTTCGACTTCTTCCCAACCTTCTTCTTGACGACTTCGTCAATGTACAT
TATGCCTTTGCCCTTATAAACCTCAGGAGGTTTGCAACTCCTGACAGTGGCAGCAAACTG
ATGCACCCTATCCTTGTCGATCCCGGTGCAGCAAACCACATTGTTCTTGAAACAGAAGAC
CCTGACCGCGGGAGGAACTGCCAGCTCGACCTCATGACTGTAACCTAACTTGAGGTATAA
GAAACGCCCTGCTTCCTCGGCTCTGGCTTTGTATCCAACTCCAACAATTTTCAAGAACCG
AAAGAATTTGGCTTCCATCTTCCCTTCTTGCCACACAGAATGTTCACCTGTCTTTATTGC
TTTCCGGCGAAAAGAAAAGAGGACTAATGTGTCAGTGCTACTTCTTCGCCGGCGGATCCA
GATCACTCCCCCAACTCCTCCGGCCTAAAAA

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1DW70TF 376 0 0
ATAAACCTCAGGAGGTTTGCAACTCCTGACAGTGGCAGCAAACTGATGCACCCTATCCTT
GTCGATCCCGGTGCAGCAAACCACATTGTTCTTGAAACAGAAGACCCTGACCGCGGGAGG
AACTGCCAGCTCGACCTCATGACTGTAACCTAACTTGAGGTATAAGAAACGCCCTGCTTC
CTCGGCTCTGGCTTTGTATCCAACTCCAACAATTTTCAAGAACCGAAAGAATTTGGCTTC
CATCTTCCCTTCTTGCCACACAGAATGTTCACCTGTCTTTATTGCTTTCCGGCGAAAAGA
AAAGAGGACTAATGTGTCAGTGCTACTTCTTCGCCGGCGGATCCAGATCACTCCCCCAAC
TCCTCCGGCCTAAAAA

QA 1 376 1 376
DS 



AS 1 4

CO CL2207Contig1 831 4 2 U
GGAAGAAGGCGCAGTCCGTCTCGGTTATTCCAGAAAGATGGCGGACGAAAAGGTTAGAGA
TGAAGCGATGCAGATCATTGGAATGTTTCAGATCCTTCCTAGACTTGTCGTTTTCGATCT
CGATTATACTCTCTGGCCTTTCTACTGTGAATGTCGTTCTAAACGAGAAATGCCGTCTTT
GTATCCACAAGCAAAGGGTATAGTGAGTGCTCTGAAAGAGAAAGGAATTCAAATGGCGAT
TGCTTCCAGATCTCCCACTTCAGACATCGCCAACACTTTCATTGACAAATTGAATATTAA
GTCCATGTTTGTCGCCAAGGAAATATTCTCGAGTTGGAGTCACAAGACGGAGCATTTTCA
AAAGATACACACAAGGACAGGGGTGCCGTTTACTGACATGCTCTTCTTCGATGATGAGGA
CAGAAACATTAAATCAGTTTCTAAAATGGGAGTGACAAGCATCTTGGTGGGTGATGGAGT
TACACTTGGAGCACTCAGACAAGGGCTTACTGAATTTTCTCATAACCATAACACTATCGA
GAAGAACAAACAGGTTTGGCGCAACAAGTATTCCGGAAAGTCTGCCTCATCTGAGACCGA
CAAAGACTGACATTTCCGGTTTTTTTCCGGAGTTGTATAACCCATTATACCATTCTATGG
TGATCATCCACCCTTATTATTTACTGTATAAATAAATTGCCTGGATACGTGAAAGTTTTG
TGTTGAAGATTCTAACTCTCTCAATACAGGCTTTGTTGTTACATGGATGTTCCTAGAGTA
ACTGTGTTTTCCTATGAACTCACTGAAATGGTGGTGCTTGTGCGTAGTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP22TF U 1
AF RR1GE18TF U 60
AF RR1GG73TF U 60
AF RR1CP22JQ C 88
BS 1 726 RR1CP22TF
BS 727 831 RR1GG73TF

RD RR1CP22TF 744 0 0
GGAAGAAGGCGCAGTCCGTCTCGGTTATTCCAGAAAGATGGCGGACGAAAAGGTTAGAGA
TGAAGCGATGCAGATCATTGGAATGTTTCAGATCCTTCCTAGACTTGTCGTTTTCGATCT
CGATTATACTCTCTGGCCTTTCTACTGTGAATGTCGTTCTAAACGAGAAATGCCGTCTTT
GTATCCACAAGCAAAGGGTATAGTGAGTGCTCTGAAAGAGAAAGGAATTCAAATGGCGAT
TGCTTCCAGATCTCCCACTTCAGACATCGCCAACACTTTCATTGACAAATTGAATATTAA
GTCCATGTTTGTCGCCAAGGAAATATTCTCGAGTTGGAGTCACAAGACGGAGCATTTTCA
AAAGATACACACAAGGACAGGGGTGCCGTTTACTGACATGCTCTTCTTCGATGATGAGGA
CAGAAACATTAAATCAGTTTCTAAAATGGGAGTGACAAGCATCTTGGTGGGTGATGGAGT
TACACTTGGAGCACTCAGACAAGGGCTTACTGAATTTTCTCATAACCATAACACTATCGA
GAAGAACAAACAGGTTTGGCGCAACAAGTATTCCGGAAAGTCTGCCTCATCTGAGACCGA
CAAAGACTGACATTTCCGGTTTTTTTCCGGAGTTGTATAACCCATTATACCATTCTATGG
TGATCATCCACCCTTATTATTTACTGTATAAATAAATTGCCTGGATACGTGAAAGTTTTG
TGTTGA
GATTCTACTCTCTCATAC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1GE18TF 686 0 0
GG
GAAGCGATGCAGATCATTGGAATGTTTCAGATCCTTCCTAGACTTGTCGTTTTCGATCTC
GATTATACTCTCTGGCCTTTCTACTGTGAATGTCGTTCTAAACGAGAAATGCCGTCTTTG
TATCCACAAGCAAAGGGTATAGTGAGTGCTCTGAAAGAGAAAGGAATTCAAATGGCGATT
GCTTCCAGATCTCCCACTTCAGACATCGCCAACACTTTCACTGACAAATTGAATATTAAG
TCCATGTTTGTCGCCAAGGAAATATTCTCGAGTTGGAGTCACAAGACGGAGCATTTTCAA
AAGATACACACAAGGACAGGGGTGCCGTTTACTGACATGCTCTTCTTCGATGATGAGGAC
AGAAACATTAAATCAGTTTCTAAAATGGGAGTGACAAGCATCTTGGTGGGTGATGGAGTT
ACACTTGGAGCACTCAGACAAGGGCTTACTGAATTTTCTCATAACCATAACACTATCGAG
AAGAACAAACAGGTTTGGCGCAACAAGTATTCCGGAAAGTCTGCCTCATCTGAGACCGAC
AAAGACTGACATTTCCGGTTTTTTTCCGGAGTTGTATAACCCATTATACCATTCTATGGT
GAT*ATCCACCCTTATTATTTACTGTATAAATAAATTGCCTGGATACGTGAAAGTTTTGT
GTTGA
AGATTCTAACTCTCTCAAT

QA 3 667 3 667
DS 

RD RR1GG73TF 772 0 0
GG
GAAGCGATGCAGATCATTGGAATGTTTCAGATCCTTCCTAGACTTGTCGTTTTCGATCTC
GATTATACTCTCTGGCCTTTCTACTGTGAATGTCGTTCTAAACGAGAAATGCCGTCTTTG
TATCCACAAGCAAAGGGTATAGTGAGTGCTCTGAAAGAGAAAGGAATTCAAATGGCGATT
GCTTCCAGATCTCCCACTTCAGACATCGCCAACACTTTCACTGACAAATTGAATATTAAG
TCCATGTTTGTCGCCAAGGAAATATTCTCGAGTTGGAGTCACAAGACGGAGCATTTTCAA
AAGATACACACAAGGACAGGGGTGCCGTTTACTGACATGCTCTTCTTCGATGATGAGGAC
AGAAACATTAAATCAGTTTCTAAAATGGGAGTGACAAGCATCTTGGTGGGTGATGGAGTT
ACACTTGGAGCACTCAGACAAGGGCTTACTGAATTTTCTCATAACCATAACACTATCGAG
AAGAACAAACAGGTTTGGCGCAACAAGTATTCCGGAAAGTCTGCCTCATCTGAGACCGAC
AAAGACTGACATTTCCGGTTTTTTTCCGGAGTTGTATAACCCATTATACCATTCTATGGT
GAT*ATCCACCCTTATTATTTACTGTATAAATAAATTGCCTGGATACGTGAAAGTTTTGT
GTTGAAGATTCTAACTCTCTCAATACAGGCTTTGTTGTTACATGGATGTTCCTAGAGTAA
CTGTGTTTTCCTATGAACTCACTGAAATGGTGGTGCTTGTGCGTAGTTGA

QA 3 772 3 772
DS 

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TGAATGTCGTTCTAAACGAGAAATGCCGTCTTTGTATCCACAAGCAAAGGGTATAGTGAG
TGCTCTGAAAGAGAAAGGAATTCAAATGGCGATTGCTTCCAGATCTCCCACTTCAGACAT
CGCCAACACTTTCATTGACAAATTGAATATTAAGTCCATGTTTGTCGCCAAGGAAATATT
CTCGAGTTGGAGTCACAAGACGGAGCATTTTCAAAAGATACACACAAGGACAGGGGTGCC
GTTTACTGACATGCTCTTCTTCGATGATGAGGACAGAAACATTAAATCAGTTTCTAAAAT
GGGAGTGACAAGCATCTTGGTGGGTGATGGAGTTACACTTGGAGCACTCAGACAAGGGCT
TACTGAATTTTCTCATAACCATAACACTATCGAGAAGAACAAACAGGTTTGGCGCAACAA
GTATTCCGGAAAGTCTGCCTCATCTGAGACCGACAAAGACTGACATTTCCGGTTTTTTTC
CGGAGTTGTATAACCCATTATACCATTCTATGGTGATCATCCACCCTTATTATTTACTGT
ATAAATAAATTGCCTGGATACGTGAAAGTTTTGTGTTGAAGATTCTAACTCTCTCAATAC
AGGCTTTGTTGTTACATGGATGTTCCTAGAGTAACTGTGTTTTCCTATG

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 4

CO CL2208Contig1 1394 4 16 U
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CAAGACCTACCGAAGAATCCCACTCCTCCCGACGATGGCTATCTCTCCCGACGAGACCTG
TTACGCCGTCAACTCACTTGCTTCCGACCACCACTCCATTCCTCTGTCACGGGTCAGAAG
GCTGTCGCAGTCGAGCTGTCCTTCCCCACCAATAAAGCTGGATCTACTGGAGCTCGTTTT
CAAACATCATTCGACCACCAGATCTAAAAGTTCAAGCTATAGAAAGGTTGTCTCTTTGCG
GTTTGTCACCAGCTCCTCTGTGCTCCTGCGACTCAATGATGGTTCTCTCTCGCTGGAGCA
ACTTCTATTGCCAGACCCACCGGACCCTCCTGACTGTACTTCCATTGAGATTTTACAACC
TCTCTCGCCGTACGTAAGAGTCATCGTCCAACCTACTCCACCCTTCGACGCTGCTCCTCT
CTATGAAAACAGAACCACCAGATCAACTCATCCTGAGCATGGGCTCACCGGATCTGGGGG
ATTATGTGTAACTGAAGCGTCTCTCTATCCCGTCTCTTCCCATCTCAACTCTGTGAACCG
CTGGTCATGCATTCTCTCAGCCAAATCAACCCCGACAGATCTCTTGATATGATTTTTCGT
TGTGTTGTAATGGGATTGCGACTTAGTTCAGGTCTCGACAAGAGCTATGGATCCCGATAC
GGTAATATCGGAGTTCACTTTCTCAGCTGGATCTCAGTTCGCATTCCCTCATGGTTGATC
GTCAAGAGCATCACCTCACCTCCGCCGCGTTCCCTCGTTACTCCAGTCCCTTCCGAGAGC
CGTTGGTACTCAACCAAGACATGCTTTGGTTTGAACCAAAACCATTTATGGAGCTTAAAC
TTGCTGATTGTTATAAACTTGAGCCACCATTCCTCCTCCAAAGCATCATGTCTGTCCACG
GTCTGTAGTTGCACCTCAGTGCAAAGGGTTCACCTAGCCCAAAGCTGTGATGTTGTGTTT
AAATTGCCATTATTTGTGCATCCATCACAGCTTCACCCAGTCTCTTCGGAGATCCTTGGT
GTCGAAGTTAGAGCTGTTCATGCTCGCCCCACCTCCTTCCAAACTTTGCCGTTTGGTCTA
ATCAACGTCGCGTGCGACTATTTCATGCTCGTGGTAGTAATCTATTCAGGGACACAACAA
ATGCTTCCCACGGTTCTCCAATTGTTGGAGCAAGACTCTCTCGTTAGCTTTGTTATCCCC
TGTTTTAGTGTTCTGTTTTATGTTGTTCTTCAAACCGTCGAGGATCCTTCCGGTTATTAT
TTGTTATCGTGGAGTTTAGTTTCGGATGTAATCGTTTAAACTCGTTTTAGATTTAATATA
ATTGTTTGTGGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1CB79TF U 1
AF RR1A802TF U 13
AF RR1CB79JQ C 614
AF RR1A802JQ C 751
BS 1 50 RR1CB79TF
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BS 721 721 RR1A802TF
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BS 885 1084 RR1CB79JQ
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BS 1086 1392 RR1CB79JQ
BS 1393 1394 RR1A802JQ

RD RR1CB79TF 739 0 0
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CAAGACCTACCGAAGAATCCCACTCCTCCCGACGATGGCTATCTCTCCCGACGAGACCTG
TTACGCCGTCAACTCACTTGCTTCCGACCACCACTCCATTCCTCTGTCACGGGTCAGAAG
GCTGTCGCAGTCGAGCTGTCCTTCCCCACCAATAAAGCTGGATCTACTGGAGCTCGTTTT
CAAACATCATTCGACCACCAGATCTAAAAGTTCAAGCTATAGAAAGGTTGTCTCTTTGCG
GTTTGTCACCAGCTCCTCTGTGCTCCTGCGACTCAATGATGGTTCTCTCTCGCTGGAGCA
ACTTCTATTGCCAGACCCACCGGACCCTCCTGACTGTACTTCCGTTGAGATTTTACAACC
TCTCTCGCCGTACGTAAGAGTCATCGTCCAACCTACTCCACCCTTCGACGCTGCTCCTCT
CTATGAAAACAGAACCACCAGATCAACTCATCCTGAGCATGGGCTCACCGGATCTGGGGG
ATTATGTGTAACTGAAGCGTCTCTCTATCCCGTCTCTTCCCATCTCAACTCTGTGAACCG
CTGGTCATGCATTCTCTCAGCCAAATCAACCCCGACAGATCTCTTGATATGATTTTTCGT
TGTGTTGTAATGGGATTGCGACTTAGTTCACGTCTCGACA*GAGCTATGGATCCCGATAC
AGTAATATCGGAGT
CACTT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1A802TF 872 0 0
GG
GCTAAGGATCCGCGTTAAAAATGGCCTAAGGAATATATCGAAGCTCCAAGACCTACCGAA
GAATCCCACTCCTCCCGACGATGGCTATCTCTCCCGACGAGACCTGTTACGCCGTCAACT
CACTTGCTTCCGACCACCACTCCATTCCTCTGTCACGGGTCAGAAGGCTGTCGCAGTCGA
GCTGTCCTTCCCCACCAATAAAGCTGGATCTACTGGAGCTCGTTTTCAAACATCATTCGA
CCACCAGATCTAAAAGTTCAAGCTATAGAAGGGTTGTCTCTTTGCGGTTTGTCACCAGCT
CCTCTGTGCTCCTGCGACTCAATGATGGTTCTCTCTCGCTGGAGCAACTTCTATTGCCAG
ACCCGCCGGACCCTCCTGACTGTACTTCCATTGAGATTTTACAACCTCTCTCGCCGTACG
TAAGAGTCATCGTCCAACCTACTCCACCCTTCGACGCTGCTCCTCTCTATGAAAACAGAA
CCACCAGATCAACTCATCCTGAGCATGGGCTCACCGGATCTGGGGGATTATGTGTAACTG
AAGCGTCTCTCTATCCCGTCTCTTCCCATCTCAACTCTGTGAACCGCTGGTCATGCATTC
TCTCAGCCAAATCAACCCCGACAGATCTCTTGATATGATTTTTCGTTGTGTTGTAATGGG
ATTGCGACTTAGTCCAGGTCTCGACAAGAGCTATGGATCCCGATACGGTAATATCGGAGT
TCACTTTCTCAGCTGGATCTCAGTTCGCATTCCCTCATGGTTGATCGTCAAGAGCATCAC
CTCACCTCCGCCGCGTTCCCTCGTTACTCCAGTCCCTTCCGAGAGCCGTTGGTACTCAAC
CAAGACATGCTTTGGTTTGAACCAAAACCA

QA 3 872 3 872
DS 

RD RR1CB79JQ 780 0 0
CTCTCAGCCAAATCAACCCCGACAGATCTCTTGATATGATTTT*CGTTGTGTTGTAATGG
GATTGCGACTTAGTTCAGGTCTCGACAAGAGCTATGGATCCCGATACGGTAATATCGGAG
TTCACTTTCTCAGCTGGATCTCAGTTCGCATTCCCTCATGGTTGATCGTCAAGAGCATCA
CCTCACCTCCGCCGCGTTCCCTCGTTACTCCAGTCCCTTCCGAGAGCCGTTGGTACTCAA
CCAAGACATGCTTTGGTTTGAACCAAAACCATTTATGGAGCTTAAACTTGCTGATTGTTA
TAAACTTGAGCCACCATTCCTCCTCCAAAGCATCATGTCTGTCCACGGTCTGTAGTTGCA
CCTCAGTGCAAAGGGTTCACCTAGCCCAAAGCTGTGATGTTGTGTTTAAATTGCCATTAT
TTGTGCATCCATCACAGCTTCACCCAGTCTCTTCGGAGATCCTTGGTGTCGGAGTTAGAG
CTGTTCATGCTCGCCCCACCTCCTTCCAAACTTTGCCGTTTGGTCTAATCAACGTCGCGT
GCGACTATTTCATGCTCGTGGTAGTAATCTATTCAGGGACACAACAAATGCTTCCCACGG
TTCTCCAATTGTTGGAGCAAGACTCTCTCGTTAGCTTTGTTATCCCCTGTTTTAGTGTTC
TGTTTTATGTTGTTCTTCAAACCGTCGAGGATCCTTCCGGTTATTATTTGTTATCGTGGA
GTTTAGTTTCGGATGTAATCGTTTAAACTCGTTTTAGATTTAATATAATTGTTTGTGGG
A

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1A802JQ 644 0 0
ATCTCAGTTCGCATTCCCTCATGGTTGATCGTCAAGAGCATCACCTCACCTCCGCCGCGT
TCCCTCGTTACTCCAGTCCCTTCCGAGAGCCGTTGGTACTCAACCAAGACATGCTTTGGT
TTGAACCAAAACCATTTATGGAGCTTAAACTTGCTGATTGTTATAAACTTGAGCCACCAT
TCCTCCTCCAAAGCATCATGTCTGTCCACGGTCTGTAGTTGCACCTCAGTGCAAAGGGTT
CACCTAGCCCAAAGCTGTGATGTTGTGTTTAAATTGCCATTATTTGTGCATCCATCACAG
CTTCACCCAGTTTTTTCGGAGATCCTTGGTGTCGAAGTTAGAGCTGTTCATGCTCGCCCC
ACCTCCTTCCAAACTTTGCCGTTTGGTCTAATCAACGTCGCGTGCGACTATTTCATGCTC
GTGGTAGTAATCTATTCAGGGACACAACAAATGCTTCCCACGGTTCTCCAATTGTTGGAG
CAAGACTCTCTCGTTAGCTTTGTTATCCCCTGTTTTAGTGTTCTGTTTTATGTTGTTCTT
CAAACCGTCGAGGATCCTTCCGGTTATTATTTGTTATCGTGGAGTTTAGTTTCGGATGTA
ATCGTTTAAACTCGTTTTAGATTTGATATAATTGTTTGTGGGGC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 4

CO CL2209Contig1 911 4 8 U
TTTTTTCTCTGATGAGAACCCTTACTTTAAGAACACTGTCTTGTCAAAGACATATCACAT
GATTGATGAAGATGAGCCTATCCTCGAAAAGGCCATTGGGACGGAGATCGAGTGGTATCC
TGAAAAATGTTTGACTCAGAAGATCCTTAAAAAGAAGCCGAAGAAGGGATCTAAAAACAC
AAAGCCGATCACTAAGACTGAGGACTGTGAGAGTTTCTTCAACTTTTTCAGTCCACCTCA
GGTTCCTGATGACGAGGATGATCTTGATGATGACATGGCTGAGGAACTTCAAGGTCAAAT
GGAGCACGACTATGATATTGGATCAACCATTAAAGAGAAAATAATCTCGCATGCGGTGTC
ATGGTTCACTGGGGAAGCTGTTGACCCAGATGACCTTGAGATGGATGACGATGATGATGA
GATTGATGAAGATGATGATGAGGACGAGGAAGACGATGAGGAGGATGAGGAAGACGATGA
TGAGGACGAGGAAGAAGAACAAGGAAAGAAGTCATCAGCTGGGCACAAGAAGTCTGGAAG
AAGTCAGCTTGCCGAAGGCCAACAAGGTGAGAGACCACCGGAGTGTAAGCAGCAGTGAGG
AGTCTTCTTTACCGGCGAAGAAGCTGCTTCTTATTTATGAAGAAGAAGAAAGAAAAGAGT
CAGGTCTTTGAGACTAGGTCGTGTTTCTTAATTTGGAGAGTCATGGTCCAGTTTTTATGA
TATCAAGTTTTGGGTGGTGGTTTGCTTTTTTCTTTTTTTATTAAAAATGTTCTTTGGTTT
GGTTATCGTGTGTTCTCAATGAACTGGTCTGAATTATAGAACTTGTCGATTTGGTCAAAC
TATGCTTCAAAAAGTCCTGTATTATCAGTCTCGGCCTTGGGTAGCTTCTTATTGTTCTGC
TTATTTTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1C418JQ C 53
AF RR1EX23JQ C 366
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G
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G
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GTC

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TTCAAAAAGTCCTGTATTATCAGTCTCGGCCTTGGGTAGCTTCTTATTGTTCTGCTTATT
TTTACG

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 4

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TCTGAGTGTTTTAACTCTACGTTTAGGTTTTGTGATGGTTGAATGTAATTTATATTTTTA
TAATCGTCGTGTGTTATATTGCTACTACTATCTTCTTCTGTTAGGGGTTTCTGGAGAATT
TATAATGTTCTTTAGGAAGTAACTTCAAAAAAAATACTCATCGAGATAGGTTTGTAACTT
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GACTTTACATTAATGTTCATACGTTCTTGCAGCATATAATGTACTTAGTACTAGTTGT


BQ
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AF RR1DT84TF U 34
AF RR1AQ68TF U 1
AF RR1F341TF U 399
AF RR1DT84JQ C 559
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RD RR1DT84TF 643 0 0
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ACGGTGGCTGCTCCGGCACCGGCAGTGGTGCATAGCCGACAGCTAGGGGCACAGCTGTCG
GGAAGCATGAGTTTCAGCAGCCAAATGTCGAAGGAAGACGAGGAGATGTCGAGGACGGCT
TTGTCTGCTTTCAGGGCGAAAGAAGAGGAGATCGAGAAGAAGAAGATGGAGATTAGG*AA
AGGGTTCAAGCTCAGCTCGGTCGTGTCGAAGAAGAGACCAAGCGTCTCGCTTTGATCCGT
GAGGAGCTTGAGGGTTTAGCTGACCCCATGAGGAAAGAAGTTGCTTTGGTTAGGAAGAAG
ATTGATTCTGTCAACAAAGAGTTGAAGCCTTTGGGTCATATTGTTCAGAAAAAGGAACGA
GAGTACAAAGAAGCTCTTGAAGCATTCAACGAAAAGAACAGGGAGAAGGTGCAGCTCATC
ACCAAGCTTATGGAGCTGGTGGGAGAGAGCGAAAAGGTGAGAATGAAGAAGCTGGAAGAG
CTAAGCAAGAACATAGATTCTATACACTGACTTTGAATCCAAG

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DS 

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AGAACCACAGAGAGAGAACTAAAGGGGGTTTCTTTATTTAATTGTAAGAGTAAAAAGATG
AAGGAGATGCAGGCGATAGAGACGTCATAGCCGACGGTGGCTGCTCCGGCACCGGCAGTG
GTGCATAGCCGACAGCTAGGGGCACAGCTGTCGGGAAGCATGAGTTTCAGCAGCCAAATG
TCGAAGGAAGACGAGGAGATGTCGAGGACGGCTTTGTCTGCTTTCAGGGCGAAAGAAGAG
GAGATCGAGAAGAAGAAGATGGAGATTAGGGAAAGGGTTCAAGCTCAGCTCGGTCGTGTC
GAAGAAGAGACCAAGCGTCTCGCTTTGATCCGTGAGGAGCTTGAGGGTTTAGCTGACCCC
ATGAGGAAAGAAGTTGCTTTGGTTAGGAAGAAGATTGATTCTGTCAACAAAGAGTTGAAG
CCTTTGGGTCATACTGTTCAGAAAAAGGAACGAGAGTACAAAGAAGCTCTTGAAGCATTC
AACGAAAAGAACAGGGAGAAGGTGCAGCTCATCACCAAGCTTATGGAGCTGGTGGGAGAG
AGCGAAAAGGTGAGAATGAAGAAGCTGGAAGAGCTAAGCAAGAACATAGATTCTATACAC
TGACTTTGAATCCAAGACAGGAACCAAAAAAAAAAGCTTCTTGGGGGCCAGAGACCATTC
TCTGAGTGTTTTAACTCTACGTTTAGGTTTTGTGATGGTTGAATGTAATTTATATTTTTA
TAATCGTCGTGTGTTATATTGCTACTACTATCTTCTTCTGT

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DS 

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GCTTGAGGGTTTAGCTGACCCCATGAGGAAAGAAGTTGCTTTGGTTAGGAAGAAGATTGA
TTCTGTCAACAAAGAGTTGAAGCCTTTGGGTCATACTGTTCAGAAAAAGGAACGAGAGTA
CAAAGAAGCTCTTGAAGCATTCAACGAAAAGAACAGGGAGAAGGTGCAGCTCATCACCAA
GCTTATGGAGCTGGTGGGAGAGAGCGAAAAGGTGAGAATGAAGAAGCTGGAAGAGCTAAG
CAAGAACATAGATTCTATACACTGACTTTGAATCCAAGACAGGAACCAAAAAAAAA*GCT
TCTTGGGGGCCAGAGACCATTCTCTGAGTGTTTTAACTCTACGTTTAGGTTTTGTGATGG
TTGAATGTAATTTATATTTTTATAATCGTCGTGTGTTATATTGCTACTACTATCTTCTTC
TGTTAGGGGTTTCTGGAGAATTTATAATGTTCTTTAGGAAGTAACTTCAAAAAAAATACT
CATCGAGATAGGTTTGTAACTTAACACTACTCTCTTTCTTTCTTTGAATCTTCTTTCTCT
TGTTTGTGCCTTTATATAGTTGGACTTTACATTAATGTTCATACGTTCTTGCAGCATATA
ATGTACTTAGTACTAGTTGT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1DT84JQ 432 0 0
AAGGTGCAGCTCATCACCAAGCTTATGGAGCTGGTGGGAGAGAGCGAAAAGGTGAGAATG
AAGAAGCTGGAAGAGCTAAGCAAGAACATAGATTCTATACACTGACTTTGAATCCAAGAC
AGGAACCAAAAAAAAAAGCTTTTTGGGGGCCAGAGACCATTTTTTGAGTGTTTTAACTCT
ACGTTTAGGTTTTGTGATGGTTGAATGTAATTTATATTTTTATAATCGTCGTGTGTTATA
TTGCTACTACTATCTTCTTCTGTTAGGGGTTTCTGGAGAATTTATAATGTTCTTTAGGAA
GTAACTTCAAAAAAA*TACTCATCGAGATAGGTTTGTAACTTAACACTACTCTCTTTCTT
TCTTTGAATCTTCTTTCTCTTGTTTGTGCCTTTATATAGTTGGACTTTACATTAATGTTC
ATACGTTCTTGC

QA 1 432 1 432
DS 



AS 1 4

CO CL2211Contig1 960 4 4 U
GGAATTTTGTGTGTTAGAGAGAGAGAGAGATATTTCTAGGGTTTGTTCGATTCTCCGACA
ACGATGATGAATCCCGAGGATGCGAAGGCGAAAGGAGATTCGACGGAGGTGGAATCTGAC
TCTTCTGTCTCTAAAAAACCGAAGATCGAAGATGAAGACGACACAGGCATGGAAGACGAA
GTCGATAGCGATAGCAATAACCCATACTTATGGAGTGCCGACGAAGAAGAAGATGACTCT
CCGACAATCAACTATTCAAACTTGCAAGATCCGGAACCGGAGTGGGACAAGGACAGTTAC
GACGACCACGAATTGGTATTCGATGCTGACGGCCGTAAAGGTTTCTCCAGCGACAAGGCG
TATGAAGAGTTCCGCGAGTATAAAACCATGTGCTTTAAGAATAGGGGGTTTATAGATGAT
CCATTCAGATCCATCTACCCCATGAGAGATCTGGACGATCTCTCGATAACCCCGACTGAT
AGGCAATATTTGACAGATATTGCTTCCCTCTGTGTTAAGAAACTCAACGAGCAGAATGGT
TCGTCTGTGGAAGTTGTAAGCATTGTGAGAGGCAATCTTAAACCGGGAGGTGGGTTTAAG
CTTTACATCACCTTTATGGCTCGAGAGTATCCTAATGGTCCTCCCGTGGAGTATCAAGCC
AAGGCCATGGATTTTGCGGGAGACAAAATACCTCCATTTCCCATTCTCTGCAGACCAACG
TCTAGCATGCCTTAAAGATTGGGTATGATCCTCTTCTAGAGGAAGATGAAGATCAAAATA
AGGATTTTCAGTTATAAGTTTCATGAGTTCTCATGTGGATTTAGCTTTTCTATTTGGCTT
TCAAACTTATAAGTTGTATCTTATAATGGTTGCTATTTTATGTTCAATGTTTCTTTTATA
TTTTGGAGGTTTAAGTGGAGAGTATACATTCATTCTAACACTAGTGCATTGATCCCTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E134TF U 1
AF RR1AW64TF U 1
AF RR1AW64JQ C 60
AF RR1E134JQ C 257
BS 1 23 RR1AW64TF
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BS 861 960 RR1AW64JQ

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QA 1 566 1 566
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TCTTCTGTCTCTAAAAAACCGAAGATCGAAGATGAAGACGACACAGGCATGGAAGACGAA
GTCGATAGCGATAGCAATAACCCATACTTATGGAGTGCCGACGAAGAAGAAGATGACTCT
CCGACAATCAACTATTCAAACTTGCAAGATCCGGAACCGGAGTGGGACAAGGACAGTTAC
GACGACCACGAATTGGTATTCGATGCTGACGGCCGTAAAGGTTTCTCCAGCGACAAGGCG
TATGAAGAGTTCCGCGAGTATAAAACCATGTGCTTTAAGAATAGGGGGTTTATAGATGAT
CCATTCAGATCCATCTACCCCATGAGAGATCTGGACGATCTCTCGATAACCCCGACTGAT
AGGCAATATTTGACAGATATTGCTTCCCTCTGTGTTAAGAAACTCAACGAGCAGAATGGT
TCGTCTGTGGAAGTTGTAAGCATTGTGAGAGGCAATCTTAAACCGGGAGGTGGGTTTAAG
CTTTACATCACCTTTATGGCTCGAGAGTATCCTAATGGTCCTCCCGTGGAGTATCAAGCC
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TCTAGCATGCCTTAAAGATTGGGTATGATCCTCTTCTAGAGGAAGATGAAGATCAAAATA
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TCAAACTTATAAGTTGTATC

QA 1 860 1 860
DS 

RD RR1AW64JQ 901 0 0
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CTCTTCTGTCTCTAAAAAACCGAAGATCGAAGATGAAGACGACACAGGCATGGAAGACGA
AGTCGATAGCGATAGCAATAACCCATACTTATGGAGTGCCGACGAAGAAGAAGATGACTC
TCCGACAATCAACTATTCAAACTTGCAAGATCCGGAACCGGAGTGGGACAAGGACAGTTA
CGACGACCACGAATTGGTATTCGATGCTGACGGCCGTAAAGGTTTCTCCAGCGACAAGGC
GTATGAAGAGTTCCGCGAGTATAAAACCATGTGCTTTAAGAATAGGGGGTTTATAGATGA
TCCATTCAGATCCATCTACCCCATGAGAGATCTGGACGATCTCTCGATAACCCCGACTGA
TAGGCAATATTTGACAGATATTGCTTCCCTCTGTGTTAAGAAACTCAACGAGCAGAATGG
TTCGTCTGTGGAAGTTGTAAGCATTGTGAGAGGCAATCTTAAACCGGGAGGTGGGTTTAA
GCTTTACATCACCTTTATGGCTCGAGAGTATCCTAATGGTCCTCCCGTGGAGTATCAAGC
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GTCTAGCATGCCTTAAAGATTGGGTATGATCCTCTTCTAGAGGAAGATGAAGATCAAAAT
AAGGATTTTCAGTTATAAGTTTCATGAGTTCTCATGTGGATTTAGCTTTTCTATTTGGCT
TTCAAACTTATAAGTTGTATCTTATAATGGTTGCTATTTTATGTTCAATGTTTCTTTTAT
ATTTTGGAGGTTTAAGTGGAGAGTATACATTCATTCTAACACTAGTGCATTGATCCCTTT
T

QA 1 901 1 901
DS 

RD RR1E134JQ 691 0 0
CAAACTTGCAAGATCCGGAACCGGAGTGGGACAAGGACAGTTACGACGACCACGAATTGG
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ACCCCATGAGAGATCTGGACGATCTCTCGATAACCCCGACTGATAGGCAATATTTGACAG
ATATTGCTTCCCTCTGTGTTAAGAAACTCAACGAGCAGAATGGTTCGTCTGTGGAAGTTG
TAAGCATTGTGAGAGGCAATCTTAAACCAGGAGGTGGGTTTAAGCTTTACATCACCTTTA
TGGCTCGAGAGTATCCTAATGGTCCTCCCGTGGAGTATCAAGCCAAGGCCATGGATTTTG
CGGGAGACAAAATACCTCCATTTCCCATTTTCTGCAGACCAACGTCTAGCATGCCTTAAA
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AGTTTCATGAGTTCTCATGTGGATTTAGCTTTTCTATTTGGCTTTCAAACTTATAAGTTG
TATCTTATAATGGTTGCTATTTTATGTTCAATGTTTCTTTTATATTTTGGAGGTTTAAGT
GGAGAGTATACATTCATTCTAACACTAGTGC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 4

CO CL2212Contig1 626 4 7 U
GGAATCCTAGGGTCATCAATAAAAATCTTGTGTAATTTTTTCAATCTCCACAGCCTTAAC
CCAACCAAAACAAAACAAAACTAAATAATGGGTGGCTGTGCGAGTAAACCCAAGGAATCA
GACATGAACAACGAAGAAGGCTCTGTTCCTAACAAGCCTGTGTCTGAAACCATAGTACAG
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GTCGAACCTAAGGAAGCATCTGAGGTCGAGCCGACCAAGGAAGCATCTCCTGCTGTTGAG
CCAGAGGTTGCAGCAGCTGTGGAAGAGTCATCTTCTGCTGGTGAGGCTGCAGCACCTGAG
AAGGTGGAGAACGCAGCGGCTGCAACAGAAAATGCTGAAGCAGCTGTGGAAGCGGTCGTC
GCTGCTGAACCCGTAAAGGATGAGGTTAAAAAGGAAGAGAAAGAAGTTGTTGTCGCTATT
TGATTGATTAAATCTTGTGAAAATGTTTTGAATGTTGTTGTTTACCACCTGGATTTGATT
TGCTACTAACTGGTTTTATCGAGCTGTTTCTTTGTATTTCACAATGGTTATTCTTTGATT
CAATTAAATAAAAATCAGTTTTGCTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BB13JQ C 1
AF RR1G957TF U 36
AF RR1E896TF U 1
AF RR1BB13TF U 1
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QA 1 626 1 626
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A

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CAATTAAATAAAAA

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DS 

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CCAACCAAAACAAAACAAAACTAAATAATGGGTGGCTGTGCGAGTAAACCCAAGGAATCA
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AAGGTGGAGAACGCAGCGGCTGCAACAGAAAATGCTGAAGCAGCTGTGGAAGCGGTCGTC
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TGATTGATTAAATCTTGTGAAAATGTTTTGAATGTTGTTGTTTACCACCTGGATTTGATT
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CAATTAAATAAAAATCAGTTTTGCTT

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 4

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GCCACGTCGGACAGTGCTACGCTGTTCTCGTGACCGCTGACCAAACCGCCAAGAACTACT
ACATGGTTGCATCCACTAGGTTCCTCAAGAAGCAAGTGAGCACCGTCGGTGTGATGAGCT
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GGTCTCTTAACCAGTTCAGATCCTTCAGGTGGAACTTAACCGCCAGCGCGGCTAGACCTA
ACCCGCAAGGATCTTACCATTACGGAAAGATCAACATCACCCGTACCATCAAGCTCGCCA
ACAGCAAGAATTTGGTTGACGGAAAGGTCAGGTTTGGACTCAACGGTGTATCACACATTG
ATACCGAGACTCCCTTGAAGCTTGCTGAGTACTTCGAGATGTCCGAGAAGGTCTTCAAAT
ACAACGTCATCAAGGACGAGCCAACAGCCAAGATCACAACACTAACCGTCGAGCCCAATG
TTTTGAACATCACTTTCCGTACCTTTGTGGAAATCGTCTTCGAGAACCATGAGAAGAGCA
TGCAATCCTTCAATTTGGATGGTTACTCATTCTTCTCTGTCGCCTCTGAGCCCGGAACAT
GGACACCAGAGAAGAGAAACAACTACAACTTGCTCGATGCCGTCAGCAGACACACCGTGC
AAGTGTTCCCCAAGTCCTGGTCCGCCATCCTCTTGACATTCGACAATGCTGGTATGTGGA
ACATCTGATCAGAGAACTGGGAGAGAAGATACTTGGGACAGCAAATGTACGTCAGCGTCC
TCTCACCTGAGAAATCTTTAAGAGACGAATACAACATCCCACTCAACACCAACCTTTGCG
GTATCGTCAAGGGCTTGCCATTACCTACACCCTACACTATTTAAACTCATCACTTCCTCA
AAGTTTCTTTTTGTATTTCTAATTGATATGTAAAATTGTACTTTCCATAAGTGAGTGTAT
TACGCGACTAAAATAACCCTTTCCTAATTCCATTAAACATTACTACTATATTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FP24TF U 1
AF RR1FP24JQ C 322
AF RR1B371JQ C 597
AF RR1B371TF U 597
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BS 798 798 RR1FP24JQ
BS 799 1016 RR1B371TF

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GGACACCAGAGAAGA

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DS 

RD RR1FP24JQ 648 0 0
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GTTACTCATTTTTTTCTGTCGCCTTTGAGCCCGGAACATGGACACCAGAGAAGAGAAACA
ACTACAACTTGCTCGATGCCGTCAGCAGACACACCGTGCAAGTGTTCCCCAAGTCCTGGT
CCGCCATCCTCTTGACATTCGACAATGCTGGTATGTGGAACATCAGATCAGAGAACTGGG
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TACCTACACCCTACACTATTTAAACTCATCACTTCCTCAAAGTTTCTTTTTGTATTTTTA
ATTGATATGTAAAATTGTACTTTCCATAAGTGAGTGTATTACGCGACT

QA 1 648 1 648
DS 

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G
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TATTACGCGACTAAAATAACCCTTTCCTAATTCCATTAAACATTACTACTATATTTACG

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DS 

RD RR1B371TF 420 0 0
G
CATGGACACCAGAGAAGAGAAACAACTACAACTTGCTCGATGCCGTCAGCAGACACACCG
TGCAAGTGTTCCCCAAGTCCTGGTCCGCCATCCTCTTGACATTCGACAATGCTGGTATGT
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GCGGTATCGTCAAGGGCTTGCCATTACCTACACCCTACACTATTTAAACTCATCACTTCC
TCAAAGTTTCTTTTTGTATTTCTAATTGATATGTAAAATTGTACTTTCCATAAGTGAGTG
TATTACGCGACTAAAATAACCCTTTCCTAATTCCATTAAACATTACTACTATATTTACG

QA 2 420 2 420
DS 



AS 2 4

CO CL2214Contig1 931 2 6 U
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GAGAAAGGTATACATTCCGGCGACGACGACGATGGCGCTGAAAGAGATCAGAGATCGCTT
AGGCCATTCCCTTGAGAAGCTGCGCACCGCAACCGGCGTATACGAGACACAGCTGAGGGT
CTTCAAGAATGAGATCGCACACGCACTTTTTGACGGCAACATCCCTGATTCGCTCGTGCT
TGAGATTGAGGACAAACTACAGAAGGTTATTGATTCCTCTGATACGTCTGCGAAGTTATA
CAAGACTATATTGGAAGAACTTTCTAGGATTCTAAACCCCAGAAGGCTTGAAAAGATCGT
GATGTTTATCGGCTTACAAGGCATTGGAAAGAGCTATACATGTGCCAGATATGCTCGTTA
TCAAAAGAAAATGGGATTTCAGTCGGCTATAGTATGCGGTGATACTTTTGCGTCCGATGC
TTGTGAGTTTCTAAAGAAGGCGATTGGCACCAAAAATGTCCCTGTGTACAAAAGCGGCAC
GACTGATCCTGTCAAACTTGCTACCGAAGGGATTGCAAATTTGAAAAAACTCAATTCTGA
CTTCATAGTAGTTGACACAAGTGGCAAGAACACTGAGTTTTCCACTCTGTTTGTAGAGAT
GCAGGAACTAGCCAATACGTTGAAACCAGATCTTGTAATATTTGTCATCGACGGCAGTAT
TGGCCAAGCTGCATTTGAACAAGCTCGTTCGTTCAGGGAAAGCTTTCCTGCTGGGCTTGC
TTTTGTTACCCAGATAACCACCAACGCAAAGTCCCTTGGTGCTCTCGCCGCTGTTGCCGC
AGCACAGTGTCCGATAATATCTCTACAGAAGAGCCAAGTTTGAGAGTTTAAAGACTTGAA
CCCAATTCATTTGCCAGTCTACTCATGCCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E936TF U 1
AF RR1G722TF U 155
BS 1 440 RR1E936TF
BS 441 441 RR1G722TF
BS 442 502 RR1E936TF
BS 503 503 RR1G722TF
BS 504 576 RR1E936TF
BS 577 931 RR1G722TF

RD RR1E936TF 576 0 0
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GAGAAAGGTATACATTCCGGCGACGACGACGATGGCGCTGAAAGAGATCAGAGATCGCTT
AGGCCATTCCCTTGAGAAGCTGCGCACCGCAACCGGCGTATACGAGACACAGCTGAGGGT
CTTCAAGAATGAGATCGCACACGCACTTTTTGACGGCAACATCCCTGATTCGCTCGTGCT
TGAGATTGAGGACAAACTACAGAAGGTTATTGATTCCTCTGATACGTCTGCGAAGTTATA
CAAGACTATATTGGAAGAACTTTCTAGGATTCTAAACCCCAGAAGGCTTGAAAAGATCGT
GATGTTTATCGGCTTACAAGGCATTGGAAAGAGCTATACATGTGCCAGATATGCTCGTTA
TCAAAAGAAAATGGGATTTCGGTCGGCTATAGTATGCGGTGATACTTTTGCGTCCGATGC
TTGTGAGTTTCTAAAGAAGGCGGTTGGCACCAAAAATGTCCCTGTGTACAAAAGCGGCAC
GACTGATCCTGTCAAACTTGCTACCGAAGGGATTGC

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1G722TF 777 0 0
GGCGTATACGAGACACAGCTGAGGGTCTTCAAGAATGAGATCGCACACGCACTTTTTGAC
GGCAACATCCCTGATTCGCTCGTGCTTGAGATTGAGGACAAACTACAGAAGGTTATTGAT
TCCTCTGATACGTCTGCGAAGTTATACAAGACTATATTGGAAGAACTTTCTAGGATTCTA
AACCCCAGAAGGCTTGAAAAGATCGTGATGTTTATCGGCTTACAAGGCATTGGAAAGAGC
TATACATGTGCCAGATATGCTCGTTATCAAAAGAAAATGGGATTTCAGTCGGCTATAGTA
TGCGGTGATACTTTTGCGTCCGATGCTTGTGAGTTTCTAAAGAAGGCGATTGGCACCAAA
AATGTCCCTGTGTACAAAAGCGGCACGACTGATCCTGTCAAACTTGCTACCGAAGGGATT
GCAAATTTGAAAAAACTCAATTCTGACTTCATAGTAGTTGACACAAGTGGCAAGAACACT
GAGTTTTCCACTCTGTTTGTAGAGATGCAGGAACTAGCCAATACGTTGAAACCAGATCTT
GTAATATTTGTCATCGACGGCAGTATTGGCCAAGCTGCATTTGAACAAGCTCGTTCGTTC
AGGGAAAGCTTTCCTGCTGGGCTTGCTTTTGTTACCCAGATAACCACCAACGCAAAGTCC
CTTGGTGCTCTCGCCGCTGTTGCCGCAGCACAGTGTCCGATAATATCTCTACAGAAGAGC
CAAGTTTGAGAGTTTAAAGACTTGAACCCAATTCATTTGCCAGTCTACTCATGCCTA

QA 1 777 1 777
DS 



CO CL2214Contig2 835 2 7 U
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TAGGTGGGTACATCAAAGAGTAGTGAAAAAAACCCAATAGCAAAATGTGTCTAACAGTTT
GAAAATAAGTTCTTTAACCAATTTGTATTAATATCTAGCATCCAAATATGCCATGCACAC
TTCACACCTTGCGCAACACGTCTTCTAACTTACTCCAAGCAGTCGCCATTGTCTTATAAG
TCGAGATCATGCTTCTAGCTTGTACCATGGTCACTCCAGATTGAGTTGAAATTTGAACAA
GCCGCTCGTAGCTGACACGCGAAGTGTCAAGCTCTTCATTTGCCATGCTGTTCATTATTT
TGATGCACAGCTTCATCGTTGGAATGTCGACCAGTGGCTTAGGACCGCGCGAAACCTGTC
GCTCATCTCCGCATACTTTCGTGAAATAACTATGCATTCTCCTAAAAGTATAGGCAAACT
CAGGAGTCTCCTCACATTTATTAGGCATGAGTAGACTGGCAAATGAATTGGGTTCAAGTT
CTTTAAACTCCTCAAACTTGGCTCCTTCTGTAGAGAATATTATCGGACACTGTGCTGCGG
CAACAGCGGCGAGAGCACCAAGGGACTTTGCGTTGGTGGTTATCTGGGTAACAAAAGCAA
GCCCAGCAGGAAAGCTTCCCCTGAACGAACGAGCTTGTTCAAATGCAGCTTGGCCAATAC
TGCCGTCGATGACAAATATTACAAGATCTGGTTTCAACGTATTGGCTAGTTCCTGCATCT
CTACAAACAGAGTGGAAAACTCAGTGTTCTTGCCACTTGTGTCAACTACTATGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E936JQ U 78
AF RR1G722JQ U 1
BS 1 150 RR1G722JQ
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RD RR1E936JQ 655 0 0
GG
GTAGTGAAAAAAACCCAATAGCAAAATGTGTCTAACAGTTTGAAAATAATTTCTTTAACC
AATTTGTATTAATATCTAGCATCCAAATATGCCATGCACACTTCACACCTTGCGCAACAC
GTCTTCTAACTTACTCCAAGCAGTCGCCATTGTCTTATAAGTCGAGATCATGCTTCTAGC
TTGTACCATGGTCACTCCAGATTGAGTTGAAATTTGAACAAGCCGCTCGTAGCTGACACG
CGAAGTGTCAAGCTCTTCATTTGCCATGCTGTTCATTATTTTGATGCACAGCTTCATCGT
TGGAATGTCGACCAGTGGCTTAGGACCGCGCGAAACCTGTCGCTCATCTCCGCATACTTT
CGTGAAATAACTATGCATTCTCCTAAAAGTATAGGCAAACTCAGGAGTCTCCTCACGTTT
ATTAGGCATGAGTAGACTGGCAAATGAATTGGGTTCAAGTTCTTTAAACTCCTCAAACTT
GGCTCCTTCTGTAGAGAATATTATCGGACACTGTGCTGCGGCAACAGCGGCGAGAGCACC
AAGGGACTTTGCGTTGGTGGTTATCTGGGTAACAAAAGCAAGCCCAGCAGGGAAGCTTCC
CCTGAACGAACGAGCTTGTTCAAATGCAGCTTGGCCAATACTGCCGTCGATGA

QA 3 655 3 655
DS 

RD RR1G722JQ 835 0 0
CGAATGTTACTATTTATTAACGGGTCAACTGAGTGGGCGGGGTAGGGTGATTGTTACGAT
TAGGTGGGTACATCAAAGAGTAGTGAAAAAAACCCAATAGCAAAATGTGTCTAACAGTTT
GAAAATAAGTTCTTTAACCAATTTGTATTAGTATCTAGCATCCAAATATGCCATGCACAC
TTCACACCTTGCGCAACACGTCTTCTAACTTACTCCAAGCAGTCGCCATTGTCTTATAAG
TCGAGATCATGCTTCTGGCTTGTACCATGGTCACTCCAGATTGAGTTGAAATTTGAACAA
GCCGCTCGTAGCTGACACGCGAAGTGTCAAGCTCTTCATTTGCCATGCTGTTCATTATTT
TGATGCACAGCTTCATCGTTGGAATGTCGACCAGTGGCTTAGGACCGCGCGAAACCTGTC
GCTCATCTCCGCATACTTTCGTGAAATAACTATGCATTCTCCTAAAAGTATAGGCAAACT
CAGGAGTCTCCTCACATTTATTAGGCATGAGTAGACTGGCAAATGAATTGGGTTCAAGTT
CTTTAAACTCCTCAAACTTGGCTCCTTCTGTAGAGAATATTATCGGACACTGTGCTGCGG
CAACAGCGGCGAGAGCACCAAGGGACTTTGCGTTGGTGGTTATCTGGGTAACAAAAGCAA
GCCCAGCAGGAAAGCTTTCCCTGAACGAACGAGCTTGTTCAAATGCAGCTTGGCCAATAC
TGCCGTCGATGACAAATATTACAAGATCTGGTTTCAACGTATTGGCTAGTTCCTGCATCT
CTACAAACAGAGTGGAAAACTCAGTGTTCTTGCCACTTGTGTCAACTACTATGAA

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 4

CO CL2215Contig1 1182 4 2 U
GCAATATGGAAGTAATCGAGCTTGATACAGATTTTGGTAGCTCATTTTCTGGAGCCCTGA
CTGATGAGCAGGGGAGGATTCGGGCCATTTGGGGAAGCTTTTCCACTCAGATTAAATATA
GTTCCACTTCGTCAGAAGACCATCAGTTTGTCAGAGGTATCCCGGTATATGCGATCAGCC
AAGTCCTTGAGAAAATCATAACCGGTGGAAATGGACCAGCTCTTCTCATAAATGGTATCA
AAAGACCAATGCCACTCGTTCGAATTTTGGAAGTTGAGCTGTATCCTACGTTGCTCTCAA
AAGCACGGAGTTTTGGTCTGAGTGATGAATGGATCCAAATCCTAGTCAAGAAGGATCCTG
TTAGACGACAAGTTCTACGTGTTAAAGGTTGCCTGGCAGGATCAAAAGCTGAAAATCTTC
TAGAACAAGGCGACATGGTTCTGGCAGTCGAGAAGATGCCAGTTACATGCTTCAACGACA
TTGAAGCCGCTTGCCTGACATTGGATAAGGGTAGCCACAGCGATGAGAATCTCAATCTAA
CAATCCTTCGACAGGGCCGAGAAATGGAGCTCGTAGTTGGAACTGATAAAAGAGATGGAA
ATGGAACAACAAGAGTGATAAACTGGTGCGGCTGTGTTGTTCAAGATCCTCATCCCGCGG
TTCGCTCTCTTGGATTTCTTCCTGAGGAAGGTCATGGTGTCTATGTGACAAGATGGTGTC
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AATTTGTGCGTATAAGGACCGTTCATCTTAACGGCAAGCCACGAGTGTTGACTCTAAAAC
AAGATCTCCATTATTGGCCAACTTGGGAGCTGAGGTTCGACCCAGAGACTGCTCTTTGGC
GGAGAAACATATTGAAAGCCTTGAAATAAGAAGCCTTTTAGGTGCATATTTGCATGATCC
AACTTTGTTGTATTTCTATCGATATTAAAACTCAAAATATTCATTATAACATTACTCGAA
GAACTGTCACTACAATTTACAGGGAGAAAAAAACTAAGAAGGATTTTACATCCAGTAAAA
ATTGATCAAATTGAAAGAAAAAAAGAAGATCGTTTCATAATT


BQ
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AF RR1DQ34TF U 1
AF RR1DQ34JQ C 455
AF RR1BG53JQ C 552
AF RR1BG53TF U 552
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TTCGCTCTCTTGGATTTCTTCC

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TAAGAAGGATTTTACATCC

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GG
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GG
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AAAGAAAAAAAGAAGATCGTTTCATAATT

QA 3 631 3 631
DS 



AS 1 2

CO CL2216Contig1 724 2 3 U
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TTCATACTTCCCGACGGTATCAGCGATCCGATCAATGCAAGGCTCTGGAAACGCAGTCCC
GTTGTCCCACAACAGCTCGTCGTTAACCGATAGCGGCTTGTCGGGGACGATGTGTTTGCC
GACGGGGAGACCCATGCCGGCGCGTTGGCGGAGAGAAGAGGCGCCAGATCGGGATACGAC
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ATCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1E669JQ U 12
AF RR1E669TF C 1
BS 1 11 RR1E669TF
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CCATGATCCGTGACGCCACACCGCTCAGTCTTCCTGCCATTTTTCTCCTTTTGCGATGCC
TTCTTTTTGTTTCAGGTTTGCTCTTTTGTTCGTTT

QA 1 635 1 635
DS 

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TTCTGAGCAGGAAATTATAACATCTCAAAGAAGCAAGGCAGGTGAAGAAAAAAACACGCT
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CAGGTTGTCATACGGATACACTCGTGGTGTAAAAGGAACCTTTGAAGCTTTATCGTTCAC
AACAGCGAGCATACCAAGAGTCGCAAAGAACCCTAAACCGCCACACAACCACCCCAATGC
TTCATACTTCCCGACGGTATCAGCGATCCGATCAATGCAAGGCTCTGGAAACGCAGTCCC
GTTGTCCCACAACAGCTCGTCGTTAACCGATAGCGGCTTGTCGGGGACGATGTGTTTGCC
GACGGGGAGACCCATGCCGGCGCGTTGGCGGAGAGAAGAGGCGCCAGATCGGGATACGAC
GCCGTTTCTGCCCATGATCCGTGACGCCACACCGCTCAGTCTTCCTGCCATTTTTCTCCT
TTTGCGATGCCTTCTTTTTGTTTCAGGTTTGCTCTTTTGTTCGTTTTCAGGAGATTCAAG
ATGAATCGATTTTAGATTAGACACGGCTGGCAATGACCAAAATCTATAAACGGGGTCGTA
ATCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 4

CO CL2217Contig1 1502 4 26 U
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GCTTATTGCCATGGAAGATCATCATCCCCACGACGAATCCTTCGACCTTCAAGAGATTCG
AAGCCGCGTGAAAGAGCTCGAGTACCTTCGCCGTAATTGCATAGACGAAACTGGAGAATC
GGTTCCTTCCGATTCCGAGTCTTCGGCCCAAGATTTTGCTCTTGAGCTTCAGACAAAGAT
GAAGATTGTTGAAGATTATTATGACCATGATTTTGATTCAATGGATGTTGAGGAGTCAGA
TGCTTACTTGGAGTATTTGAGAAAGGAGCTTCATTCTGCTGAGGCTGAAACCGCCAAGGT
TTCTCAAGAAATTGAACGTCTTTCTGTCTCTCATGCCCAAGATTCTACTAGCCTGGAATC
GGATCTTGAAGGTCTTCTTTTCTCCCTGGATTTTCTCTCATCTCAGGATGTGGATAAGTC
AAAAGAGAACCTACTATCCAGCAGCCCAATGGAAGTATGTGATGTGGATTATGACGACAA
ATTTAAGATGTTTGAACTTGAGAATCAGATTGAAGAGAAAAAGGTGGTTCTCAAGTCATT
GGAAGATCTGGATTCTGTACGTAAAAGGCTTGATGCTGCAGAACAGGTCGAGGACGCATT
CACTGGCTTGAAGGTTCTCAAGTTTGATGAAAACTTCATTACGCTCCAACTGCGAACATG
TATTCCAAAACTAGATGGCTTGCTTGGACAGCACGAACTTGTGCACAATACTCAACCATC
TGAATTGATCCATGAATTGCTAATTCATCTTAAAGATAAAACTAGAGAGATAACAAAAGT
TGAGATGCTTCCAAATGATGTATACATAGGAGACATCATTGACGCTGCTGATTCTCTCAG
GCAGATAACGTTACATTCTGCATTGCCAGACGCAAGATCTTCACTCCAGTGGCTTGTCGC
CAATGTGGAAGAAAGAATAATTTCGGCCACTTTAAGAAAATATATGGTGAAAAGTTCAAA
AACAGTCAGGCACACTTTTGAATACTACGACAAAGATGAAACAATTGTGGCTCATATAGC
AGGAGGTATCGATGCATTTTTAAAAGTCTCTGATAGTTGGCCGCTGCTGAATTCTCCACT
AAAGCTCGCATCTCTCAAGAACTCTGAGAATCATTCAAATGGAATTTCGCTGAGCCTAAT
CTGCAAAGTAGAAGAACTAGCGAATTCACTGGATTTACAGACCCGGCAAAACTTATCAAG
CTTTATGGATGCTATTGAGAAGATACTTGTGCAGCAAAGTCGTGAGGAACTCCATTTCAG
TGAACCTTCCCAAAAGTGAGTACCAAGAACTTCCTCGACTCCATAACCTAACATATTTTG
ACAAGTTTGTGCAGTTTGTCTTCAGTTTAGATCTCCATAACGTTGTATTCGTTTCCTATA
TGCAACTTTTTGTTGTAATACTTTGAAATAACTTCTGCCACGGTCAATCATATCTAATGA
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1B225TF U 1
AF RR1GW78TF U 23
AF RR1AE96TF U 38
AF RR1AE96JQ C 805
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BS 338 347 RR1B225TF
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BS 496 518 RR1B225TF
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BS 520 543 RR1B225TF
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RD RR1B225TF 642 0 0
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GCTTATTGCCATGGAAGATCATCATCCCCACGACGAATCCTTCGACCTTCAAGAGATTCG
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GGATCTTGAATGTCTTCCTTTCTCCCTGGATTTTCTCTCATCTCAGGATGTGGATAAGTC
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ATTCAAGATGTTTGAACTTGAGAATCAGATTGAAGAGAAAAAGCTGGTTCTCAAGTCATT
GGAAGATCTGGATTCTGTACGTAAAAGTCTTGATGCTGCAGA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1GW78TF 645 0 0
GG
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TCCCCACGACGAATCCTTCGACCTTCAAGAGATTCGAAGCCGCGTGAAAGAGCTCGAGTA
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CCATGATTTTGATTCAATGGATGTTGAGGAGTCAGATGCTTACTTGGAGTATTTGAGAAA
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CCTGGATTTTCTCTCATCTCAGGATGTGGATAAGTCAAAAGAGAACCTACTATCCAGCAG
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TCAGATTGAAGAGAAAAAGGTGGTTCTCAAGTCATTGGAAGATCTGGATTCTGTACGTAA
AAGGCTTGATGCTGCAGAACAG*TCGAGGACGCATTCA
TGGCT

QA 3 640 3 640
DS 

RD RR1AE96TF 853 0 0
GG
ACTCCCTCACTGGCGGAAGAAGCTTATTGCCATGGAAGATCATCATCCCCACGACGAATC
CTTCGACCTTCAAGAGATTCGAAGCCGCGTGAAAGAGCTCGAGTACCTTCGCCGTAATTG
CATAGACGAAACTGGAGAATCGGTTCCTTCCGATTCCGAGTCTTCGGCCCAAGATTTTGC
TCTTGAGCTTCAGACAAAGATGAAGATTGTTGAAGATTATTATGACCATGATTTTGATTC
AATGGATGTTGAGGAGTCAGATGCTTACTTGGAGTATTTGAGAAAGGAGCTTCATTCTGC
TGAGGCTGAAACCGCCAAGGTTTCTCAAGAGATTGAACGTCTTTCTGTCTCTCATGCCCA
AGATTCTACTAGCCTGGAATCGGATCTTGAAGGTCTTCTTTTCTCCCTGGATTTTCTCTC
ATCTCAGGATGTGGATAAGTCAAAAGAGAACCTACTATCCAGCAGCCCAATGGAAGTATG
TGATGTGGATTATGACGACAAATTTAAGATGTTTGAACTTGAGAATCAGATTGAAGAGAA
AAAGGTGGTTCTCAAGTCATTGGAAGATCTGGATTCTGTACGTAAAAGGCTTGATGCTGC
AGAACAGGTCGAGGACGCATTCACTGGCTTGAAGGTTCTCAAGTTTGATGAAAACTTCAT
TACGCTCCAACTGCGAACATGTATTCCAAAACTAGATGGCTTGCTTGGACAGCACGAACT
TGTGCACAATACTCAACCATCTGAATTGATCCATGAATTGCTAATTCATCTTAAAGATAA
AACTAGAGAGATAACAAAAGTTGAGATGCTTCCAAATGATGTATACATAGGAGACATCAT
TGACGCTGCTG

QA 3 853 3 853
DS 

RD RR1AE96JQ 698 0 0
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CATAGGAGACATCATTGACGCTGCTGATTCTCTCAGGCAGATAACGTTACATTCTGCATT
GCCAGACGCAAGATCTTCACTCCAGTGGCTTGTCGCCAATGTGGAAGAAAGAATAATTTC
GGCCACTTTAAGAAAATATATGGTGAAAAGTTCAAAAACAGTCAGGCACACTTTTGAATA
CTACGACAAAGATGAAACAATTGTGGCTCATATAGCAGGAGGTATCGATGCATTTTTAAA
AGTCTCTGATAGTTGGCCGCTGCTGAATTCTCCACTAAAGCTCGCATCTCTCAAGAACTC
TGAGAATCATTCAAATGGAATTTCGCTGAGCCTAATCTGCAAAGTAGAAGAACTAGCGAA
TTCACTGGATTTACAGACCCGGCAAAACTTATCAAGCTTTATGGATGCTATTGAGAAGAT
ACTTGTGCAGCAAAGTCGTGAGGAACTCCATTTCAGTGAACCTTCCCAAAAGTGAGTACC
AAGAACTTCCTCGACTCCATAACCTAACATATTTTGACAAGTTTGTGCAGTTTGTCTTCA
GTTTAGATCTCCATAACGTTGTATTCGTTTCCTATATGCAACTTTTTGTTGTAATACTTT
GAAATAACTTCTGCCACGGTCAATCATATCTAATGATG

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 3

CO CL2218Contig1 922 3 7 U
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TACACTCAGAGTCGACGAAGCATAAAACATGCAACAAAACTCACTTATCTTCACAACACT
TGGGACGATATAAAATGTTAGCTGAAGAAAACAGTCTCTTGTACACAAATTAAATGAATC
ATATAAGATCCCCAGCTTATGTAATCTTTGTATGTCAAAAGAGAGATATGTAACATCTTC
TTTCTCATCTTTCACTTTTGTTGTCCTGATGTCATGGCCTTAAGCTTCTCCTCCAAGATG
TCCTTCTCCAGACCATACATTCTGTTCAAAGCGTGCATATTCTCAAGTGTCTCGCTCAGC
GTTCTACTGTCACTCCCATCACATCTCAAATGCTGCATCGGACCATGCAAGAATCTGTTC
ACGATACCTCTGCTCAAGTCATCAACCGCTCTCGTCGTCTTCTTGTTGATGTCATCTCCC
ATTTTGGACATGCACTTCTCCAGCTCCGCCATCCTGATCCTCTCTGCATAAGCTCTCAGC
TTCTTGATGGTCGGAACCGTCTCTAACGAATCCCTCCACGCTTCAAACTGGTTTGATTCC
TCTGCTATTATGGTCTGAGCTTCCATCGCTTTCCTCAACCTGTCTTCTTTATTAGCAGCC
ACCACTTCCTTGAGGTCGTCCACGTTGTAAACCCGCGCTGTTTCCACTTCATTGACGCAA
GACCCGACGTTTCTCGGAACAGAGATGTCAACGAACAGCCTCACTCCTCCAATCTCCGGA
CTAGCTGGAGGGAGAGTCTCCACGTGCTCCTTCAAGAACAACGGGGTCTCCGAGGCTGTG
CTGGTGAAAACAACATCCGCTTCCGCAGCAGAAGCTAGCATCTCATCGAGAGGTCGGTAG
ATAACCTCAACGCCAGGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1CS95JQ U 1
AF RR1B615JQ U 107
AF RR1CS95TF C 283
BS 1 252 RR1CS95JQ
BS 253 253 RR1B615JQ
BS 254 624 RR1CS95JQ
BS 625 830 RR1B615JQ
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BS 832 899 RR1B615JQ
BS 900 922 RR1CS95TF

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ATATAAGATCCCCAGCTTATGTAATCTTTGTATGTCAAAAGAGAGATATGTAACATCTTC
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DS 

RD RR1B615JQ 804 0 0
G
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ATGTAACATCTTCTTTCTCATCTTTCACTTTTGTTGTCCTGATGTCATGGCCTTAAGCTT
CTCCTCCAAGATGTCCTTCTCCAGACCATACATTCTGTTCAAAGCATGCATATTCTCAAG
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ATAAGCCCTCAGCTTCTTGATGGTCGGAACCGTCTCTAACGAATCCCTCCACGCTTCAAA
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TTTATTAGCAGCCACCACTTCCTTGAGGTCGTCCACGTTGTAAACCCGCGCTGTTTCCAC
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GAGAGGTCGGTA
GATAACCTCAA

QA 2 793 2 793
DS 

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TCTGCATAAGCTCTCAGCTTCTTGATGGTCGGAACCGTCTCTAACGAATCCCTCCACGCT
TCAAACTGGTTTGATTCCTCTGCTATTATGGTCTGAGCTTCCATCGCTTTCCTCAACCTG
TCTTCTTTATTAGCAGCCACCACTTCCTTGAGGTCGTCCACGTTGTAAACCCGCGCTGTT
TCCACTTCATTGACGCAAGACCCGACGTTTCTCGGAACAGAGATGTCAACGAACAGCCTC
ACTCCTCCAATCTCCGGACTAGCTGGAGGGAGAGTCTCCACGTGCTCCTTCAAGAACAAC
GGGGTCTCCGAGGCTGTGCTGGTGAAAACAACATCCGCTTCCGCAGCAGAAGCTAGCATC
TCATCGAGAGGTCGGTAGATAACCTCAACGCCAGGGATCC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 4

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TACTCCGACGAGAGACCCAAGCTCCTATATCTCTCCGATTGAACGAAGATTCCTTGGCCG
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TCACCGGCTGTTGTTGACGCTGATTCTGAGAGTTTCGATGTGAAAGAGTCTCAGGGTGAA
ACCAATGCTGTAGATATTGGCGTTCAACAACATTCGAGTGGTGCTGTGGTGGAACTTGGT
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TCGGATCTCCACTACCAGGATATCAAAGGTCGATTATCGGTACTGAAGAAGAGCCAGAAA
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TCTGAAAACTCCAATCACTCCACAAATGTAGAGTTTGATGTCATGGGTCAGTGGACATCT
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ATAACCATGAAAGAGTTGAGAGAAAATTGCAAGATTGATTTGGAGAGAGCGACGAAAACA
CCTCAACAGAACAACAGTTAGATATTGTTGGTGTTTTTAAAATTACTGTTTGCACTTTGG
AAGAGGCTCTGTAACCTTTGAAGCAACTCATGTATGTATCATAACTTCTAGTGTCATCCG
ATTATTGCATCTTTGTTACTTGTTAGCTATGATAATCTTGCTTCTCTTTTAGCAATTTGT
CTGTTCTTTAAGAATTTTTGTTACCATA


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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D561TF U 1
AF RR1CR64TF U 294
AF RR1D561JQ C 582
AF RR1CR64JQ C 609
BS 1 550 RR1D561TF
BS 551 551 RR1CR64TF
BS 552 576 RR1D561TF
BS 577 938 RR1CR64TF
BS 939 940 RR1D561JQ
BS 941 967 RR1CR64TF
BS 968 973 RR1D561JQ
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BS 975 1008 RR1D561JQ
BS 1009 1009 RR1CR64JQ
BS 1010 1268 RR1D561JQ
BS 1269 1348 RR1CR64JQ

RD RR1D561TF 576 0 0
GGAAGGTCGGAAGATCCGCACAGGTTCCCGCCTCAACCACCTCAAAAACCCTAGCTCACC
TACTCCGACGAGAGACCCAAGCTCCTATATCTCTCCGATTGAACGAAGATTCCTTGGCCG
TCGACAGATGCCACTAATCTATTGATGACTGGAGATAGCTGCAGCTTAGTGTCCAAGGAA
ACGCGTCTCCCTTTGTGTGATATGACTAATGTACCAAGCAAGAGAGGAATCTCCTCGATT
TTGGGTGATTTTCTTTTGAAATCTGGGGACGATGCTGGTAAGACCGTGGTTCGTGAAGGC
TCAGGGGTGAAGTTTTCCAAGAGGCTGTGTTTAGTTGTAGACGACTTGATCAAGGAGAGT
ACTAGGACTAGTGATACAAACGATGGTTCTTCCTCTGATGACAAGATTAGCTTCGGTGAC
TCACCGGCTGTTGTTGACGCTGATTCTGAGAGTTTCGATGTGAAAGAGTCTCAGGGTGAA
ACCAATGCTGTAGATATTGGCGTTCAACAACATTCGAGTGGTGCTGTGGTGGAACTTGGT
CAGAGGGAGTTTGACAAGGACTCGAACGTTGCTGAT

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1CR64TF 691 0 0
G
GAAGGCTCAGGGGTGAAGTTTTCCAAGAGGCTGTGTTTAGTTGTAGACGACTTGGTCAAG
GAGAGTACTAGGACTAGTGATACAAACGATGGTTCTTCCTCTGATGACAAGATTAGCTTC
GGTGACTCACCGGCTGTTGTTGACGCTGATTCTGAGAGTTTCGATGTGAAAGAGTCTCAG
GGTGAAACCAATGCTGTAGATATTGGCGTTCAACAACATTCGAGTGGTGCTGTGGTGGAA
CTTGGTCAGAGGGAGTGTGAC**GGACTCGAACGTTGCTGATTTTTCGAGTCAAACCGAT
GCTGTTACCGGTGAAGACTTGACCATGACTGTATTCAGTAGCAGCAATTGCGAAAGTGAT
GAAAGGTTGCCGATGGTGGCTACGGAAGGAACGGGTTTGTTGCCTAGTTCTGAGGCTATC
AAGCCGTTTAATATTAGCAGATGTTCGGCTGTTGGCAATATTGGGATGGTAAACCAAGAT
ATGGAAGCTGATGATGAGCTTAAATCATGCTCTTATTCCTTTTGCCTGAAAGCTGCATAT
ATCTGGTCGGATCTCCACTACCAGGATATCAAAGGTCGATTATCGGTACTGAAGAAGAGC
CAGAAAGAAGCTAGTAGCTTGATTCGAAGGAATGGTAAAGGAAG**CAACAACGGATGTT
TATGGATCTGAAA
CTCCATCACTCACAAAT

QA 2 674 2 674
DS 

RD RR1D561JQ 687 0 0
GAGTCAAACCGATGCTGTTACCGGTGAAGACTTGACCATGACTGTATTCAGTAGCAGCAA
TTGCGAAAGTGATGAAAGGTTGCCGATGGTGGCTACGGAAGGAACGGGTTTGTTGCCTAG
TTCTGAGGCTATCAAGCCGTTTAATATTAGCAGATGTTCGGCTGTTGGCAATATTGGGAT
GGTAAACCAAGATATGGAAGCTGATGATGAGCTTAAATCATGCTCTTGTTCCTTTTGCCT
GAAAGCTGCATATATCTGGTCGGATCTCCACTACCAGGATATCAAAGGTCGATTATCGGT
ACTGAAGAAGAGCCAGAAAGAAGCTAGTAGCTTGATTCGAAGGAATGGTAAAGGAAGGCC
GACAACGGATGTTTATGGATCTGAAAACTCCAGTCACTCCACAAATGTAGAGTTTGATGT
CATGGGTTAGTGGACATCTCTCTTTCTTAACATGGAGGGTATCCTGGCTCGTGAAAGCAG
CCACCTTCAGGATAGCTTCATAACCATGAAAGAGTTGAGAGAAAATTGCAAGATTGATTT
GGAGAGAGCGACGAAAACACCTCAACAGAACAACAGTTAGATATTGTTGGTGTTTTTAAA
ATTACTGTTTGCACTTTGGAAGAGGCTCTGTAACCTTTGAAGCAACTCATGTATGTATCA
TAACTTCTAGTGTCATCCGATTATTGC

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1CR64JQ 740 0 0
AGACTTGACCATGACTGTATTCAGTAGCAGCAAT*GCGAAAGTGATGAAAG*TTGCCGAT
GGTGGCTACGGAAGGAACGGGTTTGTTGCCTAGTTCTGAGGCTATCAAGCCGTTTAATAT
TAGCAGATGTTCGGCTGTTGGCAATATTGGGATGGTAAACCAAGATATGGAAGCTGATGA
TGAGCTTAAATCATGCTCTTATTCCTTTTGCCTGAAAGCTGCATATATCTGGTCGGATCT
CCACTACCAGGATATCAAAGGTCGATTATCGGTACTGAAGAAGAGCCAGAAAGAAGCTAG
TAGCTTGATTCGAAGGAATGGTAAAGGAAGGCCAACAACGGATGTTTATGGATCTGAAAA
CTCCAATCACTCCACAAATGTAGAGTTTGATGTCATGGGTCAGTGGACATCTCTCTTTCT
TAACATGGAGGGTATCCTGGCTCGTGAAAGCAGCCACCTTCAGGATAGCTTCATAACCAT
GAAAGAGTTGAGAGAAAATTGCAAGATTGATTTGGAGAGAGCGACGAAAACACCTCAACA
GAACAACAGTTAGATATTGTTGGTGTTTTTAAAATTACTGTTTGCACTTTGGAAGAGGCT
CTGTAACCTTTGAAGCAACTCATGTATGTATCATAACTTCTAGTGTCTTCCGATTATTGC
ATCTTTGTTACTTGTTAGCTATGATAATCTTGCTTCTCTTTTAGCAATTTGTCTGTTCTT
TAAGAATTTTTGTTACCATA

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL2220Contig1 635 2 1 U
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ATGAGGTCAAGGACCCAAACGCCATATTTGTTTTCAAATTCAGAACCCATTTTGGAGGTG
GCAAATCTTCAGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGCGCTAAGAAGTTCGAAC
CCAAGTACAGACTTATCAGGAATGGTCTTGATACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAAA
TCAAGGAAAGAAAGAACCGTGCCAAGAAGATACGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTG
ACCCCAAGAAGAAGTGAGATCTCAAGAGACAGTATCAGCCATTTTCGGTTCTTGTTCTGC
ATATCACCTGTTATGTCATTTTAAGTTTTATTTGTCTGCTTTTAGATTTTTTTTTTTCTC
TCCAACTAGACATGTATACTAAATCTCGAGCTTTTTTGCTTGTTTCAATCGAATTCTTTT
TGAAGTTCTAATCTATTAGAGAAATTCATAATTCG


BQ
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AF RR1BL71JQ C 1
AF RR1BL71TF U 1
BS 1 635 RR1BL71TF

RD RR1BL71JQ 635 0 0
GACGAACTCAAATCTTTTGCAGAGAGATCGTAACAATGTCGGAAAAGGCAGTCACCATCA
GAACCCGAAAGTTCATGACCAACAGACTTCTCTCAAGGAAGCAGTTCGTTATTGATGTTC
TTCACCCTGGAAGAGCCAATGTTTCAAAGGCTGAGCTTAAGGAGAAGCTAGCGAGGATGT
ATGAGGTCAAGGACCCAAACGCCATATTTGTTTTCAAATTCAGAACCCATTTTGGAGGTG
GCAAATCTTCAGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGCGCTAAGAAGTTCGAAC
CCAAGTACAGACTTATCAGGAATGGTCTTGATACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAAA
TCAAGGAAAGAAAGAACCGTGCCAAGAAGATACGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTG
ACCCCAAGAAGAAGTGAGATCTCAAGAGACAGTATCAGCCATTTTCGGTTCTTGTTTTGC
ATATCACCTGTTATGTCATTTTAAGTTTTATTTGTCTGCTTTTAGATTTTTTTTTTTCTC
TCCAACTAGACATGTATACTAAATCTCGAGCTTTTTTGCTTGTTTCAATCGAATTCTTTT
TGAAGTTCTAATCTATTAGAGAAATTCATAATTCG

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1BL71TF 635 0 0
GACGAACTCAAATCTTTTGCAGAGAGATCGTAACAATGTCGGAAAAGGCAGTCACCATCA
GAACCCGAAAGTTCATGACCAACAGACTTCTCTCAAGGAAGCAGTTCGTTATTGATGTTC
TTCACCCTGGAAGAGCCAATGTTTCAAAGGCTGAGCTTAAGGAGAAGCTAGCGAGGATGT
ATGAGGTCAAGGACCCAAACGCCATATTTGTTTTCAAATTCAGAACCCATTTTGGAGGTG
GCAAATCTTCAGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGCGCTAAGAAGTTCGAAC
CCAAGTACAGACTTATCAGGAATGGTCTTGATACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAAA
TCAAGGAAAGAAAGAACCGTGCCAAGAAGATACGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTG
ACCCCAAGAAGAAGTGAGATCTCAAGAGACAGTATCAGCCATTTTCGGTTCTTGTTCTGC
ATATCACCTGTTATGTCATTTTAAGTTTTATTTGTCTGCTTTTAGATTTTTTTTTTTCTC
TCCAACTAGACATGTATACTAAATCTCGAGCTTTTTTGCTTGTTTCAATCGAATTCTTTT
TGAAGTTCTAATCTATTAGAGAAATTCATAATTCG

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 4

CO CL2221Contig1 705 4 10 U
GGAGATTAAAATCGGCTAAGCTTCGTCAAATCCGAACTCGTCCATGGCGATTTCTCAAGC
TCAGCCTCTGCTTCTTCTACTCTTCTCGCTCTTCCTCTTACCTTCTTTGCGCGCCACTTC
TTTCCACAACTGCGATAAGAGGCTCGATCCCGTTAAAGTCAAGGGTGTGGAGATCTCTCC
TGACCCTGTTGTGAGTGGCGAAGCCGCAACATTTAAGATCACTGGTTCTACTGATGAAGA
CATCTCTGGAGGAAAAGTAGTGATCAGTGTTTCATATTTTGGAGTTCATGTCCATACCGA
AACACACGATCTCTGCGATGAGTCTTCCTGCCCGATTGCACCTGGCAGCTTTGTCCTTTC
TCATTCCCAAACACTGCCTTCTATTACACCCCCCGGTACTTATACGCTTAAGATGACGAT
AAACGACAAGGATGGTGGGCGACTGGCCTGCATCAGCTTCAAATTCAAGATCAAATTGTC
TTCCACGGTTTATGCTAGTTCAGTCTCCCTGTGAAAATATGGTTGCCTCTTTTGTGAACC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCGTAGACTTTTGTGTGGTGTCCAAATAAAAATGCTCCTT
TGAGGCTTGTGAACCTCTCTCTCGTAGACTCTGTGTTGTGTCCATATAACATACTCCTTT
GATCTACATCTCAATATTTTGTTCCTCTATATTTATTACGTTCTT


BQ
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AF RR1H039TF U 1
AF RR1EF44JQ C 1
AF RR1H039JQ C 327
AF RR1EF44TF U 1
BS 1 39 RR1H039TF
BS 40 41 RR1EF44TF
BS 42 75 RR1H039TF
BS 76 76 RR1EF44TF
BS 77 146 RR1H039TF
BS 147 147 RR1EF44TF
BS 148 504 RR1H039TF
BS 505 505 RR1EF44TF
BS 506 557 RR1H039TF
BS 558 705 RR1EF44TF

RD RR1H039TF 559 0 0
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TCAGCCTCTGCTTCTCCTACTCTTCTCGCTCTTCCTCTTACCTTCTTTGCGCGCCACTTC
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TCATTCCCAAACACTGCCTTCTATTACACCCCCCGGTACTTATACGCTTAAGATGACGAT
AAACGACAAGGATGGTGGGCGACTGGCCTGCATCAGCTTCAAATTCAAGATCAAATTGTC
TTCCACGGTTTATGCTAGTTCAGTTTCCCTGTGAAAATATGGTTGCCTCTTTTGTGAACC
TCTCTCTCTCTCTCTCT
GT

QA 1 557 1 557
DS 

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TCAGCCTCTGCTTCTTCTACTCTTCTCGCTCTTCCTCTTACCTTCTTTGCGCGCCACTTC
TTTCCACAACTGCGATAAGAGGCTCGATCCCGTTAAAGTCAAGGGTGTGGAGATCTCTCC
TGACCCTGTTGTGAGTGGCGAAGCCGCAACATTTAAGATCACTGGTTCTACTGATGAAGA
CATCTCTGGAGGAAAAGTAGTGATCAGTGTTTCATATTTTGGAGTTCATGTCCATACCGA
AACACACGATCTCTGCGATGAGTCTTCCTGCCCGATTGCACCTGGCAGCTTTGTCCTTTC
TCATTCCCAAACACTGCCTTCTATTACACCCCCCGGTACTTATACGCTTAAGATGACGAT
AAACTACAAGGATGGTGGGCGACTGGCCTGCATCAGCTTCAAATTCAAGATCAAATTGTC
TTCCACGGTTTATGCTAGTTCAGTCTCCCTGTGAAAATATGGTTGCCTCTTTTGTGAACC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCGTAGACTTTTGTGTGGTGTCCAAATAAAAATGCTCCTT
TGAGGCTTGTGAACCTCTCTCTCGTAGACTCTGTGTTGTGTCCATATAACATACTCCTTT
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QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1H039JQ 362 0 0
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CACCCCCCGGTACTTATACGCTTAAGATGACGATAAACGACAAGGATGGTGGGCGACTGG
CCTGCATCAGCTTCAAATTCAAGATCAAATTGTTTTCCACGGTTTATGCTAGTTCAGTTT
CCCTGTGAAAATATGGTTGCCTCTTTTGTGAACCTTTTTCTCTCTCTTTCT**GTCGTAG
ACTTTTGTGTGGTGTCCAAATAAAAATGCTCCTTTGAGGCTTGTGAACCTCTCTTTCGTA
GACTCTGTGTTGTGTCCATATAACATAATCCTTTGATCTACATCTCAATATTTTGTTCCT
GG

QA 1 360 1 360
DS 

RD RR1EF44TF 705 0 0
GGAGATTAAAATCGGCTAAGCTTCGTCAAATCCGAACTCGTCCATGGCGATTTCTCAAGC
TCAGCCTCTGCTTCTTCTACTCTTCTCGCTCTTCCTCTTACCTTCTTTGCGCGCCACTTC
TTTCCACAACTGCGATAAGAGGCTCGATCCCGTTAAAGTCAAGGGTGTGGAGATCTCTCC
TGACCCTGTTGTGAGTGGCGAAGCCGCAACATTTAAGATCACTGGTTCTACTGATGAAGA
CATCTCTGGAGGAAAAGTAGTGATCAGTGTTTCATATTTTGGAGTTCATGTCCATACCGA
AACACACGATCTCTGCGATGAGTCTTCCTGCCCGATTGCACCTGGCAGCTTTGTCCTTTC
TCATTCCCAAACACTGCCTTCTATTACACCCCCCGGTACTTATACGCTTAAGATGACGAT
AAACTACAAGGATGGTGGGCGACTGGCCTGCATCAGCTTCAAATTCAAGATCAAATTGTC
TTCCACGGTTTATGCTAGTTCAGTCTCCCTGTGAAAATATGGTTGCCTCTTTTGTGAACC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCGTAGACTTTTGTGTGGTGTCCAAATAAAAATGCTCCTT
TGAGGCTTGTGAACCTCTCTCTCGTAGACTCTGTGTTGTGTCCATATAACATACTCCTTT
GATCTACATCTCAATATTTTGTTCCTCTATATTTATTACGTTCTT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 4

CO CL2222Contig1 940 4 5 U
GGGCCGTCTTCTCTACTCTCTTTTGCAAGAAACAGAGTTGCAGGTCACCGGAAAACTCTT
GGATTCTACGTTGTGTCTCTCTTCTTGCAGCTTGAAAGCAAATCTAAATATGTCGTCGCT
ACGTAATGCTGTTCCTCGGCCAGCTCACAAGGAGCGATCTCAACCACAAGCGAGGAAGAG
GTTTGGCCTCCTCGAGAAGCATAAGGACTATGTCATCCGAGCTAAAGCTTACCACCAAAA
GGAAGACATTAAAAAGAAACTTAAGCAGAAGGCAGCTTTCAAGAATCCAGATGAGTTCTA
TTTCAAGATGATCAATAGTAAAACTGTTGATGGAGTTCACAGACCAAAGGAAGAGATAAA
CAAGTACAGTGCAGAAGAGCCCATGATCATGAAGACCCAAGATATTGGATATGTGTTCCA
AAAATGGCAGAGTGAGAAAAACAAAATTGACAAGCTTACTGCATCACTGCAATGCACGGA
GGACCAGCCTAGCCGTAGACATGTCTACTTTGCAGAAGACAGAGAGGAAGCTAGAGAGCT
GGAGTTGCAAGCTAAAAGCAAAATTGATATTTCCGCCACATATATTCCGAAAGATATTAA
AAAGAAAATGGATAGATCATACAGAGATCTCGAGGCGAGGAAGAGCAGAGCAAAAGATTT
GGAGAAACTATACATGGACATGTCAATGCAAAAGGAGTTACAGAAGAAGGGTCGCAAACG
TAAGCTGCGTGAAGACGAGATACTCAACCCAAATGGTAAACCGGTTTACAAATGGAAAGC
TGATCGAAAACGCTGAAAGTAAAAAGCAAAGCTTTCATGGTTGTGTATCTCTTCACATCA
TGTTTCTCTATCTCTACTGAAGTTTATTATATACTGTACTTTTTAATGGGACATTGTCGT
TAAGCTATAGTTAAGGTGATTGATGAAATTTTGAAAGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H892TF U 1
AF RR1G307TF U 12
AF RR1H892JQ C 143
AF RR1G307JQ C 300
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BS 600 906 RR1H892JQ
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RD RR1H892TF 599 0 0
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QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1G307TF 531 0 0
GG
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TGTCTCTCTTCTTGCAGCTTGAAAGCAAATCTAAATATGTCGTCGCTA****ATGCTGTT
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GAGAAGCATAAGGACTATGTCATCCGAGCTAAAGCTTACCACCAAAAGGAAGTCATTAAA
AAGAAACTTAAGCAGAAGGCAACTTTCAAGAATCCAGATGAGTTCTATTTCAAGATGATC
AATAGTAAAACTGTTGATGGAGTTCACAGACCAAAGGAAGAGATAAACAAGTACAGTGCA
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GAGAAAAACAAAATTGACAAGCTTACTGCATCACTGCAATGTACGGAGGACCAGCCTAGC
CGTAGACATGTCTACTTTGCAGAAGACAGAGAGGAAGCTAGAGAGCTGG

QA 3 531 3 531
DS 

RD RR1H892JQ 765 0 0
GCTCACAAGGAGCGATCTCAACCACAAGCGAGGAAGAGGTTTGGCCTCCTCGAGAAGCAT
AAGGACTATGTCATCCGAGCTAAAGCTTACCACCAAAAGGAAGACATTAAAAAGAAACTT
AAGCAGAAGGCAGCTTTCAAGAATCCAGATGAGTTCTATTTCAAGATGATCAATAGTAAA
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GTTTACTTTGCAGAAGACAGAGAGGAAGCTAGAGAGCTGGAGTTGCAAGCTAAAAGCAAA
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AGAGATCTCGAGGCGAGGAAGAGCAGAGCAAAAGATTTGGAGAAACTATACATGGACATG
TCAATGCAAAAGGAGTTACAGAAGAAGGGTCGCAAACGTAAGCTGCGTGAAGACGAGATA
CTCAACCCAAATGGTAAACCGGTTTACAAATGGAAAGCTGATCGAAAACGCTGAAAGTAA
AAAGCAAAGCTTTCATGGTTGTGTATCTCTTCACATCATGTTTCTCTATCTCTACTGAAG
TTTATTATATACTGTACTTTTTAATGGGACATTGTCGTTAAGCT
G

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1G307JQ 641 0 0
ATTTCAAGATGATCAATAGTAAAACTGTTGATGGAGTTCACAGACCAAAGGAAGAGATAA
ACAAGTACAGTGCAGAAGAGCTCATGATCATGAAGACCCAAGATATTGGATATGTGTTCC
AAAAATGGCAGAGTGAGAAAAACAAAATTGACAAGCTTACTGCATCACTGCAATGTACGG
AGGACCAGCCTAGCCGTAGACATGTTTACTTTGCAGAAGACAGAGAGGAAGCTAGAGAGC
TGGAGTTGCAAGCTAAAAGCAAAATTGATATTTCCGCCACATATATTCCGAAAGATATTA
AAAAGAAAATGGATAGATCATACAGAGATCTCGAGGCGAGGAAGAGCAGAGCAAAAGATT
TGGAGAAACTATACATGGACATGTCAATGCAAAAGGAGTTACAGAAGAAGGGTCGCAAAC
GTAAGCTGCGTGAAGGCGAGATACTCAACCCAAATGGTAAACCGGTTTACAAATGGAAAG
CTGATCGAAAACGCTGAAAGTAAAAAGCAAAGCTTTCATGGTTGTGTATCTCTTCACATC
ATGTTTCTCTATCTCTACTGAAGTTTATTATATACTGTACTTTTTAATGGGACATTGTCG
TTAAGCTATAGTTAAGGTGATTGATGAAATTTTGAAAGAAA

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 3

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GCAAAAAGTGTTATTACATTGGGAAATGTTACGAAACAGAAGCACAAATCAAACTCACTC
TGAATCCTCTTCTCACATGAATCACTTGATTAGCTAGCATCAAATCATATAAAGAGATAT
GATTCATTATTGATCAACAATCAAAATATTAAACATAAACATGACACACGTGAAATTAAT
TACATCAATTTTACATAGCAGCTTCTCCCAAAATAAAAATTTTACATAGCAGCCGGAGCT
AGAGCAGGGGCTGAGGAGTCGGAGTCGGAGACAGGGCCTGGAGCTGTCTCAGAAGCAGGC
CCAGGAGCCCCGCCAGAACTGAGCATTTCCAACATCGAACGGTGTGGATTTGTCCGTTGA
GCATCACACAGATCAGGTAAGAATGCACCTTCACCGGCAGCGAGATTGAAAAAAAGATCA
AGAATGTTAGGACAATAATCCAAACAAGCCGGAGAGCAAAGCTTAGCAGCGAATCCTGCC
TCCATCATTGCGTCCGATGAGATCCCTACGGTTTTCCGATCAACACCACAAGCGGCTACA
CACTCATAGCTCTCCACGTGGTTTACAATTCCTTTAACTTCCACCGCGGAAGTCCGGCAA
GTGTATTCTCCGGCGACGTTAGCTGTCTCCAGCAAACATCTTTTCCCGGTAGCAGATATC
GAGAACGCGCACATACTAGCGGGCAGATTCTCACAAATGATTT*CTTCCCCTAAAGCGGC
ATGGAGAAGAGATGAGAGAATGAGAAAGATTGGCAATTTGAGGGAAGAATAAGACACTGA
TTGCTTCTGTTTTTTTTGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1GC70JQ U 265
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CCTACGGTTTTCCGATCAACACCACAAGCGGCTACACACTCATAGCTCTCCACGTGGTTT
ACAATTCCTTTAACTTCCACCGCGGAAGTCCGGCAAGTGTATTCTCCGGCGACGTTAGCT
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GATTCATTATTGATCAACAATCAAAATATTAAACATAAACATGACACACGTGAAATTAAT
TACATCAATTTTACATAGCAGCTTCTCCCAAAATAAAAATTTTACATAGCAGCCGGAGCT
AGAGCAGGGGCTGAGGAGTCGGAGTCGGAGACAGGGCCTGGAGCTGTCTCAGAAGCAGGC
CCAGGAGCCCCGCCAGAACTGAGCATTTCCAACATCGAACGGTGTGGATTTGTCCGTTGA
GCATCACACAGATCAGGTAAGAATGCACCTTCACCGGCAGCGAGATTGAAAAAAAGATCA
AGAATGTTAGGACAATAATCCAAACAAGCCGGAGAGCAAAGCTTAGCAGCGAATCCTGCC
TCCATCATTGCGTCCGATGAGATCCCTACGGTTTTCCGATCAACACCACAAGCGGCTACA
CACTCATAGCTCTCCACGTGGTTTACAATTCCTTTAACTTCCACCGCGGAAGTCCGGCAA
GTGTATTCTCCGGCGACGTTAGCTGTCTCCAGCAAACATCTTTTCCCGGTAGCAGATATC
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TTGCTTCTGTT

QA 1 791 1 791
DS 

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ATAAAAATTTTACATAGCAGCCGGAGCTAGAGCAGGGGCTGAGGAGTCGGAGTCGGAGAC
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AGAGCAAAGCTTAGCAGCGAATCCTGCCTCCATCATTGCGTCCGATGAGATCCCTACGGT
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TTTAACTTCCACCGCGGAAGTCCGGCAAGTGTATTCTCCGGCGACGTTAGCTGTCTCCAG
CAAACATCTTTTCCCGGTAGCAGATATCGAGAACGCGCACATACTAGCGGGCAGATTCTC
ACAAATGATTT*CTTCCCCTAAAGCGGCATGGAGAAGAGATGAGAGAATGAGAAAGATTG
GCAATTTGAGGGAAGAATAAGACACTGATTGCTTCTGTTTTTTTTGTTCCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 4

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TGCCCCTACCATTCCCAACCCCGAGTACAACGGTGAATGGAAGCCCAAGAAAATCAAGAA
CCCTAACTACAAGGGCAAATGGAAGGCTCCAATGATTGACAACCCTGACTTCAAGGATGA
CCCAGAACTCTATGTCTTCAAATTTAAGTATGTTGGAGTAGAGTTGTGGCAGGTGAAATT
TGGATCATTGTTCGACAATGTCTTAGTTTGCGATGACCCTGACTACGCTAAGAAGTTGGC
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AAGAATATGGTGAAATGATGGGCGTGGCAGCTTCTTTTAGACTTTGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C707TF U 1
AF RR1C707JQ C 702
AF RR1AN20JQ C 1104
AF RR1AN20TF U 1104
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RD RR1C707TF 824 0 0
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GGACTGTGGTGGAGGATACATGAAGCTTCTCAGTGGTGATGTTGACCAGAAGAAATTCGG
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CCCAGCCAAGAAGATTAAAGATCCAAGCGCCAAGAAGCCTGAGGACTGGGATGACAAAGA
GTACATTCCTGATCCTGAAGACACAAAGCCAGCTGGATACGATGACATCCCAAAG*AGAT
CCCAGACGCTGATGCAAAGAAGC*TGAGGACTGGGATGATGAAG

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1C707JQ 788 0 0
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ATGACATCCCAAAGGAGATCCCAGACGCTGATGCAAAGAAGCCTGAGGACTGGGATGATG
AAGAAGATGGTGAGTGGACTGCCCCTACCATTCCCAACCCCGAGTACAACGGTGAATGGA
AGCCCAAGAAAATCAAGAACCCTAACTACAAGGGCAAATGGAAGGCTCCAATGATTGACA
ACCCTGACTTCAAGGATGACCCAGAACTCTATGTCTTCAAATTTAAGTATGTTGGAGTAG
AGTTGTGGCAGGTGAAATTTGGATCATTGTTCGACAATGTCTTAGTTTGCGATGACCCTG
ACTACGCTAAGAAGTTGGCTGAGGAAACCTGGGGAAAGCTCAAGGATGCTGAGAAAGCAG
CATTCGACGAAGCTGAGAAGAAGAGAGAGGAAGAGGAATCAAAGGATGCTCCCGCTGCTG
ATTTTGATGCTGAGGATGAACAAGATGACGATGACCATGAAGGAGATGAATCCGACACTG
AATCAAAAACTGAGGAAACCAAGGAAGAAGCCTCCTCGGACAAGGATGATGCCGCCCATG
ACGAGCTTTAAGCCGAAGAAGGTGGAGATTATGAAGGATTCAACAAGTTTTCAGAGTTGT
ATTTGTTTTTCTTTCTTTTAAAGAATTATTTCAGCGCTAGTTTGTTGGGGATGTTAGAAC
TTTTTTAGCTACCAAAAAAAAGAATATGGTGAAATGATGGGCGTGGCAGCTTCTTTTAGA
CTTTGATG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1AN20JQ 356 0 0
G
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GGATGCTCCCGCTGCTGATTCTGATGCTGAGGATGAACAAGATGACGATGACCATGAAGG
AGATGAATCCGACACTGAATCAAAAACTGAGGAAACCAAGGAAGAAGCCTCCTCGGACAA
GGATGATGCCGCCCATGACGAGCTTTAAGCCGAAGAAGGTGGAGATTATGAAGGATTCAA
CAAGTTTTCAGAGTCGTATTTGTTTTTCTTTCTTTTAAAGAATTATTTCAGCGCTAGTTT
GTTGGGGATGTTAGAACTTTTTTAGCTACCAAAAAAAA
AAGAATAATGTTTCCTT

QA 2 339 2 339
DS 

RD RR1AN20TF 356 0 0
G
GGATGCTGAGAAAGCAGCATTCGACGAAGCTGAGAAGAAGAGAGAGGAAGAGGAATCAAA
GGATGCTCCCGCTGCTGATTCTGATGCTGAGGATGAACAAGATGACGATGACCATGAAGG
AGATGAATCCGACACTGAATCAAAAACTGAGGAAACCAAGGAAGAAGCCTCCTCGGACAA
GGATGATGCCGCCCATGACGAGCTCTAAGCCGAAGAAGGTGGAGATTATGAAGGATTCAA
CAAGTTTTCAGAGTCGTATTTGTTTTTCTTTCTTTTAAAGAATTATTTCAGCGCTAGTTT
GTTGGGGATGTTAGAACTTTTTTAGCTACCAAAAAAAA
AAGAATAATGTTTCCTT

QA 2 339 2 339
DS 



AS 1 4

CO CL2225Contig1 1263 4 11 U
GGAGGAAGGAATCCGAGGAACACCCTAAAATAAAAGAAAGGTTAAAAACCCAAGAGAGAC
GAAGCAAATCGAAAGAAAAAACGAGAGAGGTTTTCAGCTAAATCAAATTCCTAGCGAAGT
TTCTCGTGATAAGAAGAAAGAGAGTCGGTGGTGATATGAGTTCAAGTGAAGCTTTCCCCG
TGATGCAGGAAATCATGCTTGAGTTTCGTGCTGGTAAGATGTCTTTGCAGGGAACAAGAG
TTGTCCCTGATGCACGAAAAGGACTTGTCCGCATTGCTAGAGGTGAGGAGGGACTGGTTC
ATTTCCAGTGGCTTGATCGAACCCAGAATGCAGTGGAAGATGATCAAATCGTTTTCCCTG
ATGAAGCTCTATTTGAAAAGGTTAATCAATCATCAGACAGGGTGTACATTCTGAAGTTCA
ACAGTGATGACCGCAAGCTATTCTTATGGATACAGGAGCCGAGAGCTGAAGGTGATGCAG
ATATATGTTCTGCGGTCAATCAGTACCTTAATCAACCACTAGAGTTTGGTGAAGTTGCTG
TGCCGGAGGATGTGGAAGACATGGCAGAAGACGATGTTTCATCCAGAGCTGGAAACTTGG
TTGTACCAAATGTGTCTACAGAGGTGAGTGATGTGTCATCTTCGTCTGGACCAGTTAAGC
TGGCAGACTTGCAAAGAATTCTGAACAACCTCTCTTCTGGTCCTGTAGGTATCCCTGGAG
ATGAAGAGGAAGGCCTAGTATTAGGGGATATCCTGAAGCCTGAGTTGATTATGCCATTGC
TTGAGATGTTACCGGTACAAGAACGATTGTCTTCCCATTTACCTGAGGGTCACTGTAGGG
ATGAAGATATACTGGAGTTGTTACAGAGCCCTCCTTTTCGTCAGCAAGTAGATGCATTTA
CCTACGTACTTCGCACAGGACAGATAGATTTGACTCAGTTCGGTATCGACCCAAGTAAAT
ATAAGTTCACAGTTGTCTCATTCCTTGAGGCACTTGAGGACTCGGTTGCAACGCAATCAA
ACGACGCAATGGATGAGAGTTGATCTTTTCATAATGATTTTGTTTGAAGTTCGACCTTTC
AACTAAGAAAATCATTTCCGTTGTTCGATGAATTTGGGTTTATGAATTTTGTTGAAGTTT
ATGTGTCGGGATTTTATTTTGTCGAACACAGGTTTTCAAGCATTGTTATCAGCTTTTAGT
TTATTATTCGATATAACAGAAAAATATAAAGCCAGGTCGGTTTTACCAGTTAGGTCGGTA
TTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1E509TF U 1
AF RR1E094TF U 55
AF RR1E509JQ C 641
AF RR1E094JQ C 515
BS 1 318 RR1E509TF
BS 319 319 RR1E094TF
BS 320 589 RR1E509TF
BS 590 590 RR1E094TF
BS 591 702 RR1E509TF
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BS 1023 1263 RR1E094JQ

RD RR1E509TF 702 0 0
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GAAGCAAATCGAAAGAAAAAACGAGAGAGGTTTTCAGCTAAATCAAATTCCTAGCGAAGT
TTCTCGTGATAAGAAGAAAGAGAGTCGGTGGTGATATGAGTTCAAGTGAAGCTTTCCCCG
TGATGCAGGAAATCATGCTTGAGTTTCGTGCTGGTAAGATGTCTTTGCAGGGAACAAGAG
TTGTCCCTGATGCACGAAAAGGACTTGTCCGCATTGCTAGAGGTGAGGAGGGACTGGTTC
ATTTCCAGTGGCTTGATCTAACCCAGAATGCAGTGGAAGATGATCAAATCGTTTTCCCTG
ATGAAGCTCTATTTGAAAAGGTTAATCAATCATCAGACAGGGTGTACATTCTGAAGTTCA
ACAGTGATGACCGCAAGCTATTCTTATGGATACAGGAGCCGAGAGCTGAAGGTGATGCAG
ATATATGTTCTGCGGTCAATCAGTACCTTAATCAACCACTAGAGTTTGGTGAAGTTGCTG
TGCCGGAGGATGTGGAAGACATGGCAGAAGACGATGTTTCATCCAGAGCCGGAAACTTGG
TTGTACCAAATGTGTCTACAGAGGTGAGTGATGTGTCATCTTCGTCTGGACCAGTTAAGC
TGGCAGACTTGCAAAGAATTCTGAACAACCTCTCTTCTGGTC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1E094TF 718 0 0
G
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GAAGTTTCTCGTGATAAGAAGAAAGAGAGTCGGTGGTGATATGAGTTCAAGTGAAGCTTT
CCCCGTGATGCAGGAAATCATGCTTGAGTTTCGTGCTGGTAAGATGTCTT*GCAGGGAAC
AAGAGTTGTCCCTGATGCACGAAAAGGACTTGTCCGCATTGCTAGAGGTGAGGAGGGACT
GGTTCATTTTCAGTGGCTTGATCGAACCCAGAATGCAGTGGAAGATGATCAAATCGTTTT
CCCTGATGAAGCTCTATTTGAAAAGGTTAATCAATCATCAGACAGGGTGTACATTCTGAA
GTTCAACAGTGATGACCGCAAGCTATTCTTATGGATACAGGAGCCGAGAGCTGAAGGTGA
TGCAGATATATGTTCTGCGGTCAATCAGTACCTTAATCAACCACTAGAGTTTGGTGAAGT
TGCTGTGCCGGAGGATGTGGAAGACATGGCAGAAGACGATGTTTCATCCAGAGCTGGAAA
CTTGGTTGTACCAAATGTGTCTACAGAGGTGAGTGATGTGTCATCTTCGTCTGGACCAGT
TAAGCTGGCAGACTTGCAAAGAATTCTGAACAACCTCTCTTCTGGTCCTGTAGGTATCCC
TGGAGATGAAGAGGAAG*CCTAGTATTAGGGGATATCCTGAAGCCTGAGTTGATTAT

QA 2 718 2 718
DS 

RD RR1E509JQ 554 0 0
TTCGTCTGGACCAGTTAAGCTGGCAGACTTGCAAAGAATTCTGAACAACCTCTCTTCTGG
TCCTGTAGGTATCCCTGGAGATGAAGAGGAAGGCCTAGTATTAGGGGATATCCTGAAGCC
TGAGTTGATTATGCCATTGCTTGAGATGTTACCGGTACAAGAACGATTGTCTTCCCATTT
ACCTGAGGGTCACTGTAGGGATGAAGATATACTGGAGTTGTTACAGAGCCCTCCTTTTCG
TCAGCAAGTAGATGCATTTACCTACGTACTTCGCACAGGACAGATAGATTTGACTCAGTT
CGGTATCGACCCAAGTAAATATAAGTTCACAGTTGTCTCATTCCTTGAGGCACTTGAGGA
CTCGGTTGCAACGCAATCAAACGACGCAATGGATGAGAGTTGATCTTTTCATAATGATTT
TGTTTGAAGTTCGACCTTTCAACTAAGAAAATCATTTCCGTTGTTCGATGAATTTGGGTT
TATGAATTTTGTTGAAGTTTATGTGTTGGGATTTTATTTTGTCGAACACAGGTTTTCAAG
CATTGTTATCAGC
C

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1E094JQ 749 0 0
ACCACTAGAGTTTGGTGAAGTTGCTGTGCCGGAGGATGTGGAAGACATGGCAGAAGACGA
TGTTTCATCCAGAGCTGGAAACTTGGTTGTACCAAATGTGTCTACAGAGGTGAGTGATGT
GTCATCTTCGTCTGGACCAGTTAAGCTGGCAGACTTGCAAAGAATTCTGAACAACCTCTC
TTCTGGTCCTGTAGGTATCCCTGGAGATGAAGAGGAAGGCCTAGTATTAGGGGATATCCT
GAAGCCTGAGTTGATTATGCCATTGCTTGAGATGTTACCGGTACAAGAACGATTGTCTTC
CCATTTACCTGAGGGTCACTGTAGGGATGAAGATATACTGGAGTTGTTACAGAGCCCTCC
TTTTCGTCAGCAAGTAGATGCATTTACCTACGTACTTCGCACAGGACAGATAGATTTGAC
TCAGTTCGGTATCGACCCAAGTAAATATAAGTTCACAGTTGTCTCATTCCTTGAGGCACT
TGAGGACTCGGTTGCAACGCAATCAAATGACGCAATGGATGAGAGTTGATCTTTTCATAA
TGATTTTGTTTGAAGTTCGACCTTTCAACTAAGAAAATCATTTCCGTTGTTCGATGAATT
TGGGTTTATGAATTTTGTTGAAGTTTATGTGTCGGGATTTTATTTTGTCGAACACAGGTT
TTCAAGCATTGTTATCAGCTTTTAGTTTATTATTCGATATAACAGAAAAATATAAAGCCA
GGTCGGTTTTACCAGTTAGGTCGGTATTC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 4

CO CL2226Contig1 988 4 9 U
GGATCATCTTCTTCATTAAGCAAAACAAAAAACTTCAACCACTTCCTCTTCTTCAGTTTT
CATCGAAAACAATGGCTGGAGTTGCCTTTGGTTCTTTTGATGATTCTTTCAGCTTGGCTT
CTCTAAGAGCTTACCTGGCTGAGTTCATCTCCACTTTGCTCTTTGTTTTCGCTGGTGTTG
GTTCCGCCATTGCCTACGCGAAGCTGACGTCAGATGCGGCTCTTGATACCCCGGGGCTTG
TCGCCATCGCGGTATGCCATGGTTTCGCCCTCTTCGTGGCGGTTACAATCGGAGCCAACA
TCTCCGGTGGCCATGTGAACCCAGCCGTCACTTTTGGCCTTGCTGTCGGTGGTCAAATCA
CACTAATCACCGGAGTTTTCTACTGGGTGGCTCAGCTTCTCGGCTCTACCGCCGCTTGCT
TCCTTCTTAAATACGTCACCGGTGGTTTGGCGGTTCCAACCCACAGTGTTGCTGCGGGAG
TAGGAGCGATAGAAGGAGTAGTGATGGAGATCATCATCACTTTCGCTTTAGTCTACACGG
TCTACGCCACCGCCGCTGATCCCAAGAAAGGTTCTCTCGGAACCACCGCTCCTCTCGCCA
TTGGTCTCATCGTCGGTGCCAACATCCTAGCCGCGGGTCCATTCTCCGGTGGATCCATGA
ACCCAGCACGTTCCTTTGGACCAGCTGTTGCAGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGGGTCT
ACTGGGTTGGACCACTCATCGGTGGTGGACTCGCTGGAGTTACCTACGGAAATGTCTTCA
TGACTTCCGAACATGTTCCTCTTGCTTCTGAGTTCTAAGCAAGAAAATGTGATGATTCTG
TGTTTGGTTTCTTTGTCTCTCGATCGATCTGTTGCTTTGTTCGGAGTTTGGTCAGGTTTC
ATTGTATCTTATATCCAATTTGTATGAGTATCATTTAATGGAATCAGTTCGTTGTATCTA
ATGGAATCATTACGATATTTTTATGGCT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG36TF U 1
AF RR1H681TF U 4
AF RR1H681JQ C 237
AF RR1EG36JQ C 230
BS 1 585 RR1EG36TF
BS 586 586 RR1H681TF
BS 587 727 RR1EG36TF
BS 728 732 RR1H681TF
BS 733 733 RR1EG36JQ
BS 734 759 RR1H681TF
BS 760 864 RR1EG36JQ
BS 865 865 RR1H681JQ
BS 866 988 RR1EG36JQ

RD RR1EG36TF 727 0 0
GGATCATCTTCTTCATTAAGCAAAACAAAAAACTTCAACCACTTCCTCTTCTTCAGTTTT
CATCGAAAACAATGGCTGGAGTTGCCTTTGGTTCTTTTGATGATTCTTTCAGCTTGGCTT
CTCTAAGAGCTTACCTGGCTGAGTTCATCTCCACTTTGCTCTTTGTTTTCGCTGGTGTTG
GTTCCGCCATTGCCTACGCGAAGCTGACGTCAGATGCGGCTCTTGATACCCCGGGGCTTG
TCGCCATCGCGGTATGCCATGGTTTCGCCCTCTTCGTGGCGGTTACAATCGGAGCCAACA
TCTCCGGTGGCCATGTGAACCCAGCCGTCACTTTTGGCCTTGCTGTCGGTGGTCAAATCA
CACTAATCACCGGAGTTTTCTACTGGGTGGCTCAGCTTCTCGGCTCTACCGCCGCTTGCT
TCCTTCTTAAATACGTCACCGGTGGTTTGGCGGTTCCAACCCACAGTGTTGCTGCGGGAG
TAGGAGCGATAGAAGGAGTAGTGATGGAGATCATCATCACTTTCGCTTTAGTCTACACGG
TCTACGCCACCGCCGCTGATCCCAAGAAAGGTTCTCTCGGAACCATCGCTCCTCTCGCCA
TTGGTCTCATCGTCGGTGCCAACATCCTAGCCGCGGGTCCATTCTCCGGTGGATCCATGA
ACCCAGCACGTTCCTTTGGACCAGCTGTTGCAGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGGGTCT
ACTGGGT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1H681TF 756 0 0
GG
ATCTTCTTCATTAAGCAAAACAAAAAACTTCAACCACTTCCTCTTCTTCAGTTTTCATCG
AAAACAATGGCTGGAGTTGCCTTTGGTTCTTTTGATGATTCTTTCAGCTTGGCTTCTCTA
AGAGCTTACCTGGCTGAGTTCATCTCCACTTTGCTCTTTGTTTTCGCTGGTGTTGGTTCC
GCCATTGCCTACGCGAAGCTGACGTCAGATGCGGCTCTTGATACCCCGGGGCTTGTCGCC
ATCGCGGTATGCCATGGTTTCGCCCTCTTCGTGGCGGTTGCAATCGGAGCCAACATCTCC
GGTGGCCATGTGAACCCAGCCGTCACTTTTGGCCTTGCTGTCGGTGGTCAAATCACACTA
ATCACCGGAGTTTTCTACTGGGTGGCTCAGCTTCTCGGCTCTACCGCCGCTTGCTTCCTT
CTTAAATACGTCACCGGTGGTTTGGCGGTTCCAACCCACAGTGTTGCTGCGGGAGTAGGA
GCGATAGAAGGAGTAGTGATGGAGATCATCATCACTTTCGCTTTAGTCTACACGGTCTAC
GCCACCGCCGCTGATCCCAAGAAAGGTTCTCTCGGAACCACCGCTCCTCTCGCCATTGGT
CTCATCGTCG*TGCCAACATCCTAGCCGCGGGTCCATTCTCCGGTGGATCCATGAACCCA
GCACGTTCCTTTGGAC*AGCTGTTGCAGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGGGTCTACTGG
GTTGGAC*ACTCATCGGTGGTGGACTCGCTGGAG

QA 3 756 3 756
DS 

RD RR1H681JQ 723 0 0
CTTGTCGCCATCGCGGTATGCCATGGTTTCGCCCTCTTCGTGGCGGTTGCAATCGGAGCC
AACATCTCCGGTGGCCATGTGAACCCAGCCGTCACTTTTGGCCTTGCTGTCGGTGGTCAA
ATCACACTAATCACCGGAGTTTTCTACTGGGTGGCTCAGCTTCTCGGCTCTACCGCCGCT
TGCTTCCTTCTTAAATACGTCACCGGTGGTTTGGCGGTTCCAACCCACAGTGTTGCTGCG
GGAGTAGGAGCGATAGAAGGAGTAGTGATGGAGATCATCATCACTTTCGCTTTAGTCTAC
ACGGTCTACGCCACCGCCGCTGATCCCAAGAAAGGTTCTCTCGGAACCACCGCTCCTCTC
GCCATTGGTCTCATCGTCGGTGCCAACATCCTAGCCGCGGGTCCATTCTCCGGTGGATCC
ATGAACCCAGCACGTTCCTTTGGACCAGCTGTTGCAGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGG
GTCTACTGGGTTGGACCACTCATCGGTGGTGGACTCGCTGGAGTTACCTACGGAAATGTC
TTCATGACTTCCGAACATGTTCCTCTTGCTTCTGAGTTCTAAGCAAGAAAAT*TGATGAT
TCTGTGTTTGGTTTCTTTGTCTCTCGATCGATCTGTTGCTTTGTTCGGAGTTTGGTCAGG
TTTCATTGTATCTTATATCCAATTTGTATGAGTATCATTTAATGGAATCAGTTCGTTGTA
TCT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1EG36JQ 759 0 0
CCCGGGG
CTTGTCGCCATCGCGGTATGCCATGGTTTCGCCCTCTTCGTGGCGGTTACAATCGGAGCC
AACATCTCCGGTGGCCATGTGAACCCAGCCGTCACTTTTGGCCTTGCTGTCGGTGGTCAA
ATCACACTAATCACCGGAGTTTTCTACTGGGTGGCTCAGCTTCTCGGCTCTACCGCCGCT
TGCTTCCTTCTTAAATACGTCACCGGTGGTTTGGCGGTTCCAACCCACAGTGTTGCTGCG
GGAGTAGGAGCGATAGAAGGAGTAGTGATGGAGATCATCATCACTTTCGCTTTAGTCTAC
ACGGTCTACGCCACCGCCGCTGATCCCAAGAAAGGTTCTCTCGGAACCATCGCTCCTCTC
GCCATTGGTCTCATCGTCGGTGCCAACATCCTAGCCGCGGGTCCATTCTCCGGTGGATCC
ATGAACCCAGCACGTTCCTTTGGACCAGCTGTTGCAGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGG
GTCTACTGGGTTGGACCACTCATCGGTGGTGGACTCGCTGGAGTTACCTACGGAAATGTC
TTCATGACTTCCGAACATGTTCCTCTTGCTTCTGAGTTCTAAGCAAGAAAATGTGATGAT
TCTGTGTTTGGTTTCTTTGTCTCTCGATTGATCTGTTGCTTTGTTCGGAGTTTGGTCAGG
TTTCATTGTATCTTATATCCAATTTGTATGAGTATCATTTAATGGAATCAGTTCGTTGTA
TCTAATGGAATCATTACGATATTTTTATGGCT

QA 8 759 8 759
DS 



AS 1 4

CO CL2227Contig1 885 4 5 U
GGGGAACTTCACGCAGAGAAACATTCTCGCTCGGTTCGGAAACGCATCCTCTCTCTCTCT
CTCTCCGGTTGTATTCCAGCTGCATCGACCAAATCTCATAAACTTACCAAAAGAAATAAC
CTCTCATCATCCAACATGTTCAAGAAGTTTTCAATGGAGGAGGTTTCATCGCAAAACCAA
GTAAAGGCTTCTGTCCAACGTAGGATTCGCCAGAGTATTCAAGAAGAGTACCCGGGACTT
GAAACGGTGTTGGAGGATCTACTTCCCAAAAAGTCTCCTCTCATTGTAGTCAAGTGCCCA
AACCATCTGACGCTAGTTGTTGTCAACAATGTCCCTCTCTTCTTCTGTATCCGTGATGGG
CCATACATGCCAACTCTGCGTCTTCTTCATCAGTACCCAAATATAATGAAGAGGTTTCAA
GTTGATAGAGGTGCTATAAAGTTTGTTTTCTCTGGTGCCAACATAATGTGTCCTGGTCTC
ACATCTCCTGGAGGTGTTCTGGATGAAGAAGTTGAGGCAGAAAGGCCTGTGGCTATATAT
GCAGAAGGAAAGCAGCATGCCTTAGCAATAGGCTTCACCAAAATGTCAGCCAAGGACATT
AAGAGCATCAACAAAGGAATCGGAGTGGACAACATGCATTACCTCAACGACG*TCTCTGG
AAGATGGAACGACTAGATTGAGGAACGAAGTCAAATGTCGTGTGAATCAATCATTCTGGA
GGAGATCTCCTTTTTTATGTGTCTCTAAACTTTTATGGAGCTTTTGTCCGGATCTCAACC
TTAGTCATCTGTTTTCAAATATTTGATGTTTTGTTTTTTTTACGAGAACAACATCAACCT
TAGCTAAGGTTATACAGTTTCCCAATATTTTACTAGCTCCGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BW93TF U 3
AF RR1E020TF U 1
AF RR1FR65TF U 9
AF RR1FR65JQ C 177
BS 1 576 RR1E020TF
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CTGTCCAACGTAGGATTCGCCAGAGTATTCAAGAAGAGTACCCGGGACTTGAAACGGTGT
TGGAGGACCTACTTCCCAAAAAGTCTCCTCTCATTGTAGTCAAGTGCCCAAACCATCTGA
CGCTAGTTGTTGTCAACAATGTCCCTCTCTTCTTCTGTATCCGTGATGGGCCATACATGC
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GTGCTATAAAGTTTGTTTTCTCTGGTGCCAACATAATGTGTCCTGGTCTCACATCTCCTG
GAGGTGTTCTGGATGAAGAAGTTGAGGCAGAAAGGCCTGTGGCTATATATGCAGAAGGAA
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GACTAGAT*GAGGA*CGA*GTCAAATGTCGTGTGA
TCATCATC

QA 9 703 9 703
DS 

RD RR1E020TF 725 0 0
GGGGAACTTCACGCAGAGAAACATTCTCGCTCGGTTCGGAAACGCATCCTCTCTCTCTCT
CTCTCCGGTTGTATTCCAGCTGCATCGACCAAATCTCATAAACTTACCAAAAGAAATAAC
CTCTCATCATCCAACATGTTCAAGAAGTTTTCAATGGAGGAGGTTTCATCGCAAAACCAA
GTAAAGGCTTCTGTCCAACGTAGGATTCGCCAGAGTATTCAAGAAGAGTACCCGGGACTT
GAAACGGTGTTGGAGGATCTACTTCCCAAAAAGTCTCCTCTCATTGTAGTCAAGTGCCCA
AACCATCTGACGCTAGTTGTTGTCAACAATGTCCCTCTCTTCTTCTGTATCCGTGATGGG
CCATACATGCCAACTCTGCGTCTTCTTCATCAGTACCCAAATATAATGAAGAGGTTTCAA
GTTGATAGAGGTGCTATAAAGTTTGTTTTCTCTGGTGCCAACATAATGTGTCCTGGTCTC
ACATCTCCTGGAGGTGTTCTGGATGAAGAAGTTGAGGCAGAAAGGCCTGTGGCTATATAT
GCAGAAGGAAAGCAGCATGCCTTAGCAATAGGCTTCGCCAAAATGTCAGCCAAGGACATT
AAGAGCATCAACAAAGGAATCGGAGTGGACAACATGCATTACCTCAACGACG*TCTCTGG
AAGATGGAACGACTAGATTGAGGAACGAAGTCAAATGTCGTGTGAATCAATCATTCTGGA
GGAGA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1FR65TF 727 0 0
GG
ACGCAGAGAAACATTCTCGCTCGGTTCGGAAACGCATCCTCTCTCTCTCTCTCTCCGGTT
GTATTCCAGCTGCATCGACCAAATCTCATAAACTTACCAAAAGAAATAACCTCTCATCAT
CCAACATGTTCAAGAAGTTTTCAATGGAGGAGGTTTCATCGCAAAACCAAGTAAAGGCTT
CTGTCCAACGTAGGATTCGCCAGAGTATTCAAGAAGAGTACCCGGGACTTGAAACGGTGT
TGGAGGATCTACTTCCCAAAAAGTCTCCTCTCATTGTAGTCAAGTGCCCAAACCATCTGA
CGCTAGTTGTTGTCAACAATGTCCCTCTCTTCTTCTGTATCCGTGATGGGCCATACATGC
CAACTCTGCGTCTTCTTCATCAGTACCCAAATATAATGAAGAGGTTTCAAGTTGATAGAG
GTGCTATAAAGTTTGTTTTCTCTGGTGCCAACATAATGTGTCCTGGTCTCACATCTCCTG
GAGGTGTTCTGGATGAAGAAGTTGAGGCAGAAAGGCCTGTGGCTATATATGCAGAAGGAA
AGCAGCATGCCTTAGCAATAGGCTTCACCAAAATGTCAGCCAAGGACATTAAGAGCATCA
ACAAAGGAATCGGAGTGGACAACATGCATTACCTCAACGACG*TCTCTGGAAGATGGAAC
GACTAGATTGAGGA*CGAAGTCAAATGTCGTGTGAATCAATCATTCTGGAGGAGATCTCC
TTTTT

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR1FR65JQ 709 0 0
CCAAGTAAAGGCTTCTGTCCAACGTAGGATTCGCCAGAGTATTCAAGAAGAGTACCCGGG
ACTTGAAACGGTGTTGGAGGATCTACTTCCCAAAAAGTCTCCTCTCATTGTAGTCAAGTG
CCCAAACCATCTGACGCTAGTTGTTGTCAACAATGTCCCTCTCTTCTTCTGTATCCGTGA
TGGGCCATACATGCCAACTCTGCGTCTTCTTCATCAGTACCCAAATATAATGAAGAGGTT
TCAAGTTGATAGAGGTGCTATAAAGTTTGTTTTCTCTGGTGCCAACATAATGTGTCCTGG
TCTCACATCTCCTGGAGGTGTTCTGGATGAAGAAGTTGAGGCAGAAAGGCCTGTGGCTAT
ATATGCAGAAGGAAAGCAGCATGCCTTAGCAATAGGCTTCACCAAAATGTCAGCCAAGGA
CATTAAGAGCATCAACAAAGGAATCGGAGTGGACAACATGCATTACCTCAACGACGGTCT
CTGGAAGATGGAACGACTAGATTGAGGAACGAAGTCAAATGTCGTGTGAATCAATCATTC
TGGAGGAGATCTCCTTTTTTATGTGTCTCTAAACTTTTATGGAGCTTTTGTCCGGATCTC
AACCTTAGTCATCTGTTTTCAAATATTTGATGTTTTGTTTTTTTTACGAGAACAACATCA
ACCTTAGCTAAGGTTATACAGTTTCCCAATATTTTACTAGCTCCGTATT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 3

CO CL2228Contig1 924 3 37 U
GGAGTCATCAAAATCCAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGTGAATCTCTGTCCTCGATCG
ACAACGACGACGACGAGCAACGCTCTAGCTCCTCCGGAGAACCAAATTCCGTCGTAGATC
TTATCAGGATGAGTAACGATCTTCTCGACATCGATCCTATCGACCTTCAATTCCCTTTGG
AATTGAAGAAGCAGATCTCTTCGTCTCTCTATCTGGCTAACAAAACCGACAATTATGTCG
CCTTCAAGGTTAAAACGACGAATCCGAAGAAGTATTGTGTTAGGCCTAACACTGGTGTTG
TTCTTCCGAGATCCTCTTCTGAAGTTCTAGTGACTATGCAAGCGCAAAAGGAAGCTCCTG
CTGATATGCAGTGCAAGGACAAGTTCTTGCTTCAGTGTGTTGTGGCTAGTCCCGGAGCCA
CTGCCAAGGAAGTTACTCCTGAGATGTTTAGCAAAGAGGCAGAGCATCGAGTTGAGGAGA
CTAAATTGAGAGTTGTCTATGTTGATCCACCACGGCCACCATCACCCGTTCGTGAAGGAT
CGGAAGAGGGCTCTTCTCCTAGAGCTTCTGTCTCTGACAGTGCCAACGTTTCTGATTTTA
CTGCTGCTCCAAGATTTAGCGTGGACAGGCTTGAACCTCAGGAAAACTCATCTGAGGCGA
GAGCTCTCGTCGCAAGGCTCACCGAGGAAAAGAACTCTGCGCTTCAACTGAACAAGAAAC
TTCAACAAGAATTGGAGCAGTTGAAGAGTGAAAGCAAGAGGAGTCAGAGTGGTGGTGGAA
TCCCGTTCATGTACGTTCTTCTGGTGGGATTAATCGGTCTAATCTTGGGATACATCATGA
AGAGGACATGATCACGTTGAATTGAAAAAACAAACCCCCCCCCACAAAGTCTCAAAAGTA
GCTCGGACAAACCAAAAAGACAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP32TF U 1
AF RR1C849TF U 24
AF RR1C849JQ C 246
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BS 758 773 RR1C849TF
BS 774 924 RR1C849JQ

RD RR1FP32TF 722 0 0
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AATTGAAGAAGCAGATCTCTTCGTCTCTCTATCTGGCTAACAAAACCGACAATTATGTCG
CCTTCAAGGTTAAAACGACGAATCCGAAGAAGTATTGTGTTAGGCCTAACACTGGTGTTG
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CTGCTGCTCCAAGATTTAGCGTGGACAGGCTTGAACCTCAGGAAAACTCATCTGAGGCGA
GAGCTCTCATCACAAGGCCCACCGAGGAAAAGAACTCTGCGCTTCAACTAAACAAGAAAC
TT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1C849TF 750 0 0
GG
CTCTCTCTCTCTCCGTGAATCTCTGTCCTCGATCGACAACGACGACGACGAGCAACGCTC
TAGCTCCTCCGGAGAACCAAATTCCGTCGTAGATCTTATCAGGATGAGTAACGATCTTCT
CGACATCGATCCTATCGACCTTCAATTCCCTTTGGAATTGAAGAAGCAGATCTCTTCGTC
TCTCTATCTGGCTAACAAAACCGACAATTATGTCGCCTTCAAGGTTAAAACGACGAATCC
GAAGAAGTATTGTGTTAGGCCTAACACTGGTGTTGTTCTTCCGAGATCCTCTTCTGAAGT
TCTAGTGACTATGCAAGCGCAAAAGGAAGCTCCTGCTGATATGCAGTGCAAGGACAAGTT
CTTGCTTCAGTGTGTTGTGGCTAGTCCCGGAGCCACTGCCAAGGAAGTTACTCCTGAGAT
GTTTAGCAAAGAGGCAGAGCATCGAGTTGAGGAGACTAAATTGAGAGTTGTCTATGTTGA
TCCACCACGGCCACCATCACCCGTTCGTGAAGGATCGGAAGAGGGCTCTTCTCCTAGAGC
TTCTGTCTCTGACAGTGCCAACGTTTCTGATTTTACTGCTGCTCCAAGATTTAGCGTGGA
CAGGCTTGAACCTCACGAAAACTCATCTGAGGCGAGAGCTCTCGTCGCAAG*CTCACCGA
GGAAAAGAACTCTGCGCTTCAACTGAACAAGAAACTTCA**CAGAATTGGAGCAGTTGA*
GAGTGAAAGCA*GAGGAGTCAGAGTGGT

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR1C849JQ 679 0 0
AAGGTTAAAACGACGAATCCGAAGAAGTATTGTGTTAGGCCTAACACTGGTGTTGTTCTT
CCGAGATCCTCTTCTGAAGTTCTAGTGACTATGCAAGCGCAAAAGGAAGCTCCTGCTGAT
ATGCAGTGCAAGGACAAGTTCTTGCTTCAGTGTGTTGTGGCTAGTCCCGGAGCCACTGCC
AAGGAAGTTACTCCTGAGATGTTTAGCAAAGAGGCAGAGCATCGAGTTGAGGAGACTAAA
TTGAGAGTTGTTTATGTTGATCCACCACGGCCACCATCACCCGTTCGTGAAGGATCGGAA
GAGGGCTCTTCTCCTAGAGCTTCTGTCTCTGACAGTGCCAACGTTTTTGATTTTACTGCT
GCTCCAAGATTTAGCGTGGACAGGCTTGAACCTCAGGAAAACTCATTTGAGGCGAGAGCT
CTCGTCGCAAGGCTCACCGAGGAAAAGAACTTTGCGCTTCAACTGAACAAGAAACTTCAA
CAAGAATTGGAGCAGTTGAAGAGTGAAAGCAAGAGGAGTCAGAGTGGTGGTGGAATCCCG
TTCATGTACGTTCTTCTGGTGGGATTAATCGGTCTAATCTTGGGATACATCATGAAGAGG
ACATGATCACGTTGAATTGAAAAAACAAACCCCCCCCCACAAAGTCTCAAAAGTAGCTCG
GACAAACCAAAAAGACAGG

QA 1 679 1 679
DS 



AS 2 4

CO CL2229Contig1 808 2 1 U
ACTTTCACTAATATTTGGCAACTAGTGTAAAAGGAAACAAGTTGAACCATGTGTTGTTAT
AAAATAAAGGGCACACCACGTTACATTTTTTGTAAACAGCCATAGCTTTTGTTCATGGAA
GTTGCCTCCGATGGCTCAGTCTTGCTAACTATCCACACTCTCCATTGGCCTTGCAAGCTG
CAAAATTATCGCAACCGCATATCAAATTGCCATTTGAAACATCAACAGCTTGCGGGGCTC
CTCCACCATCACTTCTCTTGTAGAAATCGACTGCTATGAAGTTAGGCCATCTTTGTCCTG
CGGCTTGGTAACATGCTTTGATGGATTCAAGAAGTGGAGCAGAGCTTTGTCTACATGCTA
CTACCAAATCCGGAGCATCTGGAAAATGGTTAACAAGTACAAGAGATTTCGATTTATCGC
TCATTGGTGCTGATTGAGCTCTGTTAGGACACGCTCCTTCCTTCAACCCTCCATTTCCAT
ATTGGTTCTCAACCATGTACTTCCACTGGTATGCGATTCCTTCGGTTGCTTCTTTACTTC
TGTCGGATGTGAAAACTAGCAACCTTTGGTTTTGTTTTATCATGTCGTCAAGCGTTGGCC
AGTCCCCTCCAGTTTTGGGCATTCTAGTAACTGGAAACATGAACTTTTGTAGCCCTGCCG
CATTAAACACTTTCGTGAGGCCCATGGGAGATTTCACATAGTCCTCTATAATAATCGTTA
CAACTTCATCCTTGTTATTCTCTAGAAACACTTGTATCTCCCTTAGAACGTTAACCGCTG
GTTGGAAAGCGGTGAAATTAAAACACGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EV30JQ U 34
AF RR1EF31JQ U 1
BS 1 808 RR1EF31JQ

RD RR1EV30JQ 204 0 0
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AAACAGCCATAGCTTTTGTTCATGGAAGTTGCCTCCGATGGCTCAGTCTTGCTAACTATC
CACACTCTCCATTGGCCTTGCAAGCTGCAAAATTATCGCAACCGCATTTCAAATTGCCAT
TTGAAACATCAACAGCTTGCGGGG

QA 1 204 1 204
DS 

RD RR1EF31JQ 808 0 0
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AAAATAAAGGGCACACCACGTTACATTTTTTGTAAACAGCCATAGCTTTTGTTCATGGAA
GTTGCCTCCGATGGCTCAGTCTTGCTAACTATCCACACTCTCCATTGGCCTTGCAAGCTG
CAAAATTATCGCAACCGCATATCAAATTGCCATTTGAAACATCAACAGCTTGCGGGGCTC
CTCCACCATCACTTCTCTTGTAGAAATCGACTGCTATGAAGTTAGGCCATCTTTGTCCTG
CGGCTTGGTAACATGCTTTGATGGATTCAAGAAGTGGAGCAGAGCTTTGTCTACATGCTA
CTACCAAATCCGGAGCATCTGGAAAATGGTTAACAAGTACAAGAGATTTCGATTTATCGC
TCATTGGTGCTGATTGAGCTCTGTTAGGACACGCTCCTTCCTTCAACCCTCCATTTCCAT
ATTGGTTCTCAACCATGTACTTCCACTGGTATGCGATTCCTTCGGTTGCTTCTTTACTTC
TGTCGGATGTGAAAACTAGCAACCTTTGGTTTTGTTTTATCATGTCGTCAAGCGTTGGCC
AGTCCCCTCCAGTTTTGGGCATTCTAGTAACTGGAAACATGAACTTTTGTAGCCCTGCCG
CATTAAACACTTTCGTGAGGCCCATGGGAGATTTCACATAGTCCTCTATAATAATCGTTA
CAACTTCATCCTTGTTATTCTCTAGAAACACTTGTATCTCCCTTAGAACGTTAACCGCTG
GTTGGAAAGCGGTGAAATTAAAACACGT

QA 1 808 1 808
DS 



CO CL2229Contig2 788 2 14 U
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CTTCTTTCACTTAGGGTTTTCATTTCTTTTGGTGGAAGGAAACAATGTTGCAAAGATTGG
TCTCCCTTCTCATTGTTCTCCTGATTCAGTCTTCTTTCGTTTTTGAGATTTCCTCTGCTC
TCCAGGAAGGAAAAACATGTATACGAAACAACAACTGTGACGCTGGATTACACTGTGAAA
CATGTCTAGCCAACAATAATTTGAGACCCAGATGCTCTCGAACCCAACCCATCAACCCCA
TCTCAAAGGTAAAGGGATTGCCTTTCAACAAGTACGCATGGTTAACAACACACAACTCGT
TTGCAAGATTGGGGCAAGTATCAAAAACCGGTTCTGTAATTTTAGCTCCTACTAATCAAC
AAGATTCGGTCACAACCCAACTCACGAACGGTGTAAGAGGGTTTATGCTCGACATGTACG
ACTTCGAAAACGATATCTGGCTTTGTCACTCTTTCGATGGAACGTGTTTTAATTTCACCG
CTTTCCAACCAGCGATTAACGTTCTAAGGGAGATACAAGTGTTTCTAGAGAATAACAAGG
ATGAAGTTGTAACGATTATTATAGAAGACTATGTGAAATCTCCCATGGGCCTCACGAAAG
TGTTTAATGCGGCAGGCTACAAAGTTCATGTTTCCAGTTACTAGAATGCCCAAAACTGGA
GGGACTGGCCACGCTTGACGACATGATAAAACAAACCAAAGGTGCTAGTTTCACATCCGA
CAGAAGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF31TF U 1
AF RR1EV30TF U 20
BS 1 123 RR1EF31TF
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BS 125 204 RR1EF31TF
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BS 601 625 RR1EF31TF
BS 626 626 RR1EV30TF
BS 627 705 RR1EF31TF
BS 706 788 RR1EV30TF

RD RR1EF31TF 714 0 0
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CTTCTTTCACTTAGGGTTTTCATTTCTTTTGGTGGAAGGAAACAATGTTGCAAAGATTGG
TCTTCCTTCTCATTGTTCTCCTGATTCAGTCTTCTTTCGTTTTTGAGATTTCCTCTGCTC
TCCAGGAAGGAAAAACATGTATACTAAACAACAACTGTGACGCTGGATTACACTGTGAAA
CATGTCTAGCCAACAATAATTTGAGACCCAGATGCTCTCGAACCCAACCCATCAACCCCA
TCTCAAAGGTAAAGGGATTGCCTTTCAACAAGTACGCATGGTTAACAACACACAACTCTT
TTGCAAGATTGGGGCAAGTATCAAAAACCGGTTCTGTAATTTTAGCTCCTACTAATCAAC
AAGATTCGGTCACAACCCAACTCACGAACGGTGTAAGAGGGTTTATGCTCGACATGTACG
ACTTCGAAAACGATATCTGGCTTTGTCACTCTTTCGATGGAACGTGTTTTAATTTCACCG
CTTTCCAACCAGCGGTTAACGTTCTAAGGGAGATACAAGTGTTTCTAGAGAATAACAAG*
ATGAAGTTGTAACGATTATTATAGAGGACTATGTGAAATCTCCCATGGGCCTCACGAAAG
TGTTTAATGCGGCAGGCTACAAAGTTCATGTTTCCAGTTACTAGA
TGCCAAACT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1EV30TF 769 0 0
GG
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ATTTCTTTTGGTGGAAGGAAACAATGTTGCAAAGATTGGTCTCCCTTCTCATTGTTCTCC
TGATTCAGTCTTCTTTCGTTTTTGAGATTTCCTCTGCTCTCCAGGAAGGTAAAACATGTA
TACGAAACGACAACTGTGACGCTGGGTTACACTGTGAAACATGTCTAGCCAACAATAATT
TGAGACCCAGATGCTCTCGGACCCAACCCATCAACCCCATCTCAAAGGTAAAGGGATTGC
CTTTCAACAAGTACGCATGGTTAACAACACACAACTCGTTTGCAAGATTGGGGCAAGTAT
CAAAAACCGGTTCTGTAATTTTGGCTCCTACTAATCAACAAGATTCGGTCACAACCCAAC
TCACGAACGGTGTAAGAGGGTTTATGCTCGACATGTACGACTTCGAAAACGATATCTGGC
TTTGTCACTCTTTCGATGGAACGTGTTTTAATTTCACCGCTTTCCAACCAGCGATTAACG
TTCTAAGGGAGATACAAGTGTTTCTAGAGAATAACAAGGATGAAGTTGTAACGATTATTA
TAGAAGACTATGTGAAATCTCCCATGGGCCTCACGAAAGTGTTTAATGCGGCAGGCTACA
AAGTTCATGTTTCCAGTTACTAGAATGCCCAAAACTGGAGGGACTGGCCACGCTTGACGA
CATGATAAAACAAACCAAAGGTGCTAGTTTCACATCCGACAGAAGTA

QA 3 769 3 769
DS 



AS 1 3

CO CL2230Contig1 1501 3 19 U
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ATTGATAACAACAATGGATGAAGAATATGATGTGATTGTTCTTGGGACTGGTCTCAAGGA
GTGTATCCTTAGTGGTCTCCTTTCTGTCGATGGCCTCAAGGTACTGCACATGGATAGAAA
CGACTACTATGGAGGAGAATCAAGCTCTCTTAACCTCACTCAGCTATGGAAGCGTTTCAG
GGGAAGTGACACTCCTCAAGAAAATCTTGGAGCTATCAGAGAATACAATGTCGATATGAT
CCCAAAGTTCATAATGGCTAATGGAACCCTTGTTCAAACCCTTATTCACACCGATGTCAC
CAAGTACCTTAACTTCAAAGCTGTTGATGGTAGCTTCGTCTACAAGAAGGGCAAGATCTA
TAAAGTCCCAGCCACTGATGTGGAAGCCCTAAAGTCGCCATTGATGGGTCTGTTCGAGAA
ACGACGTGCGAGAAAGTTCTTTATCTATGTGCAAGACTACGATGAGAAGGATCCCAAGTC
TCACGAAGGACTTGACCTCAGCAAAGTCACTGCCAGAGAGATAATCTCGAAGTATGGATT
AGAAGATGATACCATTGACTTCATAGGCCATGCCTTAGCACTTCACAATGATGATGACTA
CTTGGATCAACCCGCCATTGATTTTGTTATGAGAATCAAGCTCTACGCGGAATCTTTGGC
ACGGTTCCAAGGAGGATCTCCTTACATCTACCCATTGTACGGTCTAGGAGAGTTGCCACA
GGCTTTTGCGCGTTTGAGCGCTGTTTATGGTGGGACTTACATGCTAAACAAGCCTGAATG
CAAGGTTGAGTTTGATAGCTCTGGAAAAGCTATTGGTGTCACTTCCGCAGGAGAAACTGC
TAAATGCAAGAAACTTGTCTGTGATCCTTCTTACTTGTCTGACAAGGTTAAGAAAGTTGG
GAAGGTGGCTCGAGCGGTGTGTATAATGAGCCATCCTATTCCAGACACCAACGATGCTCA
CTCGGTCCAAATCATTCTTCCTCAAAAGCAACTCGGCCGCAAATCAGACATGTACTTGTT
CTGTTGTTCATACGCTCACAACGTGGCACCAAAGGGCAAATACATTGCTTTTGTGTCTGC
AGAAGCTGAAACTGACAATCCAGAGGAAGAGCTTAAACCTGGAATCGAATTGCTTGGACC
TACAGATGAGATCTTCTACCATTCTTATGACACATACGCTCCTACCAATCAACAAGAAGA
AGATAACTGCTTCATCTCTGGTACTTATGATGCAACAACACATTTCGAGAGTACAGTTGC
GGATGTACTAGAGATGTACACCAAAATCACTGGAAAGACTCTTGATTTATCTGTGGACTT
GAGTGCTGCAAGTGCTGCTGCAGAAAACTGATTGACTTTTTTTATTATTGCACCCAGAGT
TCTTAAACTGCATGTGACTCTTTCTCTTTATTCTGATACAGTTTAAAGTACCTTTTTGCT
C


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR1CF81TF U 1
AF RR1AX45TF U 502
AF RR1CF81JQ C 684
BS 1 687 RR1CF81TF
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RD RR1CF81TF 717 0 0
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TAAAGTCCCAGCCACTGATGTGGAAGCCCTAAAGTCGCCATTGATGGGTCTGTTCGAGAA
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TCACGAAGGACTTGACCTCAGCAAAGTCACTGCCAGAGAGATAATCTCGAAGTATGGATT
AGAAGATGATACCATTGACTTCATAGGCCATGCCTTAGCACTTCACAATGATGATGACTA
CTTGGATCAACCCGCCATTGATTTTGT*ATGAGA*TCAAGCTCTACGCGGA
TCTTTG

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DS 

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G
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TTTGTTATGAGAATCAAGCTCTACGCGGAATCTTTGGCACGGTTCCAAGGAGGATCTCCT
TACATCTACCCATTGTACGGTCTAGGAGAGTTGCCACAGGCTTTTGCGCGTTTGAGCGCT
GTTTATGGTGGGACTTACATGCTAAACAAGCCTGAATGCAAGGTTGAGTTTGATAGCTCT
GGAAAAGCTATTGGTGTCACTTCCGCAGGAGAAACTGCTAAATGCAAGAAAGTTGTCTGT
GATCCTTCTTACTTGTCTGACAAGGTTAAGAAAGTTGGGAAGGTGGCTCGAGCGGTGTGT
ATAATGAGCCATCCTATTCCAGACACCAACGATGCTCACTCGGTTCAAATCATTCTTCCT
CAAAAGCAACTCGGCCGCAAATCAGACATGTACTTGTTCTGTTGTTCATACGCTCACAAC
GTGGCACCAAAGGGCAAATACATTGCTTTTGTGTCTGCAGAAGCTGAAACTGACAATCCA
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TCTTATGATACATACGTTCCTACCAATCAACAAGAAGAAGATAACTGCTTCATCTCTGGT
ACTTATGATGCAACAACACATTTCGAGAGTACAGTTGCGGATGTACTAGAGATGTACACC
AAA*TCACTGGGAAGACTCTTGA

QA 2 864 2 864
DS 

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ATTTGTATGAG
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ACTTACATGCTAAACAAGCCTGAATGCAAGGTTGAGTTTGATAGCTCTGGAAAAGCTATT
GGTGTCACTTCCGCAGGAGAAACTGCTAAATGCAAGAAACTTGTCTGTGATCCTTCTTAC
TTGTCTGACAAGGTTAAGAAAGTTGGGAAGGTGGCTCGAGCGGTGTGTATAATGGGCCAT
CCTATTCCAGACACCAACGATGCTCACTCGGTCCAAATCATTCTTCCTCAAAAGCAACTC
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AAACCTGGAATCGAATTGCTTGGACCTACAGATGAGATCTTCTACCATTCTTATGACACA
TATGCTCCTACCAATCAACAAGAAGAAGATAACTGCTTCATCTCTGGTACTTATGATGCA
ACAACACATTTCGAGAGTACAGTTGCGGATGTACTAGAGATGTACACCAAAATCACTGGA
AAGACTCTTGATTTATCTGTGGACTTGAGTGCTGCAAGTGCTGCTGCAGAAAACTGATTG
ACTTTTTTTATTATTGCACCCAGAGTTCTTAAACTGCATGTGACTCTTTCTCTTTATTCT
GATACAGTTTAAAGTACCTTTTTGCTC

QA 12 818 12 818
DS 



AS 1 3

CO CL2231Contig1 870 3 2 U
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TCTGTTTGTGCGAGTATAGAGACGCGGAGATGTTGAGGATGATGCCGGAGTGTAAACACT
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GGTCTGAAATCTAACACACGGTCCTGTGAC


BQ
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AF RR1F876TF U 1
AF RR1AV04TF U 1
AF RR1AV04JQ C 270
BS 1 665 RR1AV04TF
BS 666 870 RR1AV04JQ

RD RR1F876TF 641 0 0
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TTCCTCCATCGTCTCCACACGATTCCAACCACTCTTACCTCGCAACTATAGGCTTTGGCT
ACTCCATAGCCATAGCTCTCGGTTTCCTAGTCATCCTTTCAACCGTTCTTTTATCCTCCT
ACATCTGTTGCCGCAACTCTCGCCGCCGCACAACCGCCGTTGAATCCACCGTAGAAGCTG
GCGCAAGCGTTATCCTCCCTCGCGTAATCTTCGTCGCGGAAGAGGATCTTGAAGCGGGTG
ACGTCAACGTGGGACTTGATCAAGCCGTCATAAACTCTTACCCTAAGTTCCACTTCTCCA
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GGAACTC*CCGCTTCCGACTCCGACATCTACGCCTCAGTCAACACCTTTGTCGGAAGTTG
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DS 

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TCTGTTTGTGCGAGTATAGAGACGCGGAGATGTTGAGGATGATGCCGGAGTGTAAACACT
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TGCCGCTCTCGCAGTACGCCGCTGACCGGAGGAGAGCAAGAAGATGAGATTGTTTTACAT
AGATC

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DS 

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TTC
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AACTCTTACCCTAAGTTCCACTTCTCCAAAGACACCTTCGCAGCGTCTTCAGACGTTTTT
GGTAGCGGAGGAGATGCGACGTGTTCGATCTGTTTGTGCGAGTATAGAGACGCGGAGATG
TTGAGGATGATGCCGGAGTGTAAACACTACTTCCATTTATGTTGTCTAGACGCGTGGCTC
AAACTGAACGGATCTTGTCCTGTTTGTCGGAACTCGCCGCTTCCGACTCCGACATTTACG
CCTCAGTCAACACCTTTGTCGGAAGTTGTGCCGCTCTCGCAGTACGCCGCTGACCGGAGG
AGAGCAAGAAGATGAGATTGTTTTACATAGATCTATTCGCCTAATTAGGGTATTAATATT
ATTATTTTTGGCTCTGTTTCATTACAGCTCCACTGCTTTGTAATTAAACATTCCGTTAAA
AGTGGAGTTTGCCATTAATATCATCGAAATGAAATTCGTTTTGAAGTTTGAACGATTTGC
TTTCACGTGCTTTATCCCTTGTTGCAGCGGTCTGAAATCTAACACACGGTCCTGTGAC

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DS 



AS 2 4

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TTTATAGAATAAGTAGAATAGAAAATGGAATAATAAACATAAAATAAAAATATTACTCTA
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TGTTTTTCACTTTTTAGAGTAAAAGAGATGAAATCATATTCCTTTTGATTGGATGAAAGT
AGAGTAAATTTGTTGAAATATTTTTTCACCCACTTTAGTTTACTCTAACTCAACCATATA
ATCATAACCTAAATTTTTAAAATTTTAATCTAATACAACTTTATCAACCAATTTTAACAT
AGTTTAATCTGCTTTCAGCGTAAGCAATTATAAATATTGAATAAGTTAATTCTAAAAGAA
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TGGGGATGTATAATTTCAAATACACAGATTTCAAGGAGAATGTTTGGTGGATCCCACCCT
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CAAGCACATACTTGATCTTAATTTCAAATTGTTTTCCTAACCAAAGCAATTTAGAACAAG
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CTCTTTTAATTTAATCTCTCTTGATTTTTCTATATATATGCACCGGGTCTGTGACTTAAT
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CCAATAATATTCTTAAATCCAAATTAACCC


BQ
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RD RR1AX06TF 802 0 0
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AGAGTAAATTTGTTGAAATATTTTTTCACCCACTTTAGTTTACTCTAACTCAACCATATA
ATCATAACCTAAATTTTTAAAATTTTAATCTAATACAACTTTATCAACCAATTTTAACAT
AGTTTAATCTGCTTTCAGCGTAAGCAATTATAAATATTGAATAAGTTAATTCTAAAAGAA
AAACAAAGAACAGCAAATGTCAAGATCTGGATTGATGAAGTTGAAAGTTTGAAACCATGG
TGGGGATGTATAATTTCAAATACACAGATTTCAAGGAGAATGTTTGGTGGATCCCACCCT
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TCAATTTGTTT
CTTTTAAGAGA

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1AX06JQ 842 0 0
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TTGTTTTCCTAACCAAAGCAATTTAGAACAAGTCCATGACATAAACATTTTCCAAACATA
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GGATCGTGTGAAAGTCATCAGAGCTTACCTGTCTCTTTTAATTTAATCTCTCTTGATTTT
TCTATATATATGCACCGGGTCTGTGACTTAATACAATCCATGCGTTTCGCACAGATTTGT
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CTAAAAAAAAGTCATTCAATATGTATGCACCTCCAATAATATTCTTAAATCCAAATTAAC
CC

QA 1 842 1 842
DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BW27JQ C 1
AF RR1BW27TF U 1
BS 1 317 RR1BW27TF

RD RR1BW27JQ 317 0 0
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GGATCATGGTGTTAATTGTTCTCAGTTTGATGATGAAATTAGTAGTATCATAATGCTATT
TATTTATTTAGTTAATATTATTTTCATTTCACTTTGAACCTTCTCATTGGTGTTTTTTTT
TTGTTAATTTTGGGTTAATTTGGATTTAAGGATATTATTGGAGGTGCATACATATTGAAT
GACTTTTTTTTTTTTAGTTTCGTTATGGCTCGCTAACACAGGTTATAAATGATACATTGG
TTGGTCTTCTGATGTTC

QA 1 317 1 317
DS 

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GGATCATGGTGTTAATTGTTCTCAGTTTGATGATGAAATTAGTAGTATCATAATGCTATT
TATTTATTTAGTTAATATTATTTTCATTTCACTTTGAACCTTCTCATTGGTGTTTTTTTT
TTGTTAATTTTGGGTTAATTTGGATTTAAGGATATTATTGGAGGTGCATACATATTGAAT
GACTTTTTTTTTTTTAGTTTCGTTATGGCTCGCTAACACAGGTTATAAATGATACATTGG
TTGGTCTTCTGATGTTC

QA 1 317 1 317
DS 



AS 1 3

CO CL2233Contig1 1134 3 4 U
CGGTTTAAAGGAGTTTATTACAGAGTCTTGGTGCCTTATTACAGATGGTTAGCAGAGAGG
TTCTAAGTTACTATGGTATTGCTCATTGAAACAAACATTACAGGAAAAAGATACGTGGAA
GAAACATACAACAAAAAAAAAGAGATACATTGCCATCTCCTTTCGGTATTTACAATTTTT
GGTTTTCAATCTGGATCAGACCAAGTCCTTATTGAAGTAAGATAACCTCACTAAGCGCTT
GCCACCATCCTGAGATCTCTAGTTCATGACAATCCAAATGTGAACATGTTTTCTGGTGTA
TAGACTACTATTATTGTTGGATTTTCCTGAACTCTGTAAGAACTGGGTAGATATTCTCAA
AGGCGGTGTAAGTCTCTTCTCTCATTTTGGCTCCAGTTATAACAATCTTTCCAGACACAA
AAATAAGGAGCACTATCTTTGGTTGTTTCATCCTATATATCAATCCTGGGAATAGTTCAG
GCTCGTAACTTGAGAAAGCACTGTGAGAGTAAGCAAGACCTTCAAGCCTAATGGGGAATT
TGACATCACAAGAGCCTACAATGTTCTGAATCTTGAAATCCTTGAACTTTGCAGGAAAGC
CAAGCTTTTGAACAATCCGAGCGTACTTCCTCGCAGCCAGTTTTGAAAGGTGTTCACTCT
TAGCACCAGTACACACCATTTTTCCAGAAGCAAAGATCAAAGCGGTGGTCTTTGGCTCTC
TTATCCTCATGATTACCGCAGCAAAACGCTTGGGGTTATATTCAGCATTACGAGCCTGCA
AAGCAATGGCTTTAAGATCAAGCTTGCAGTCTAAGTTGACTGTTGAGACAATGTTTTGAA
GAGTAGGAACAATCCCTGAAGGATGCCTGCTAAGGTCAACTGGCTGGCTCCCTTCCATTC
CTTGCTCAGCCATTCTCTTTCGCTAGTTTGCAATCCGGAATCTAAAATCTAGGGTTTAGT
TAGCCCCAAAATGATTGGAAGAGGAAGGATTCGAAAAAAAAGGGGGAAGGCTTTATATAT
AGACAAGAGTGATGAGATTTTAGAGAGGGAAAAGAGATTTGTAAAATGGGGGATTTATAA
AGGAAGAGACTCGTTTTCTATATCGCTCCCTCTCTCTCTGCCTCTTGGGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BT60JQ U 58
AF RR1BW79JQ U 1
AF RR1BT60TF C 435
BS 1 138 RR1BW79JQ
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BS 741 1134 RR1BT60TF

RD RR1BT60JQ 646 0 0
G
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AAGAAACATACAACAAAAAAAAAGAGATACATTGCCATCTCCTTTCGGTATTTACAATTT
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TATAGACTACTATTATTGTTGGATTTTCCTGAACTCTGTAAGAACTGGGTAGATATTCTC
AAAGGCGGTGTAAGTCTCTTCTCTCATTTTGGCTCCAGTTATAACAATCTTTCCAGACAC
AAAAATAAGGAGCACTATCTTTGGTTGTTTCATCCTATATATCAATCCTGGGAATAGTTC
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GCCAAGCTTTTGAACAATCCGAGCGTACTTCCTCGCAGCCAGTTTTGAAAGGTGTTCACT
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QA 2 646 2 646
DS 

RD RR1BW79JQ 740 0 0
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TTCTAAGTTACTATGGTATTGCTCATTGAAACAAACATTACAGGAAAAAGATACGTGGAA
GAAACATACAACAAAAAA**AGAGATACATTGCCATCTCCTTTCGGTATTTACAATTTTT
GGTTTTCAATCTGGATCAGACCAAGTCCTTATTGAAGTAAGATAACCTCACTAAGCGCTT
GCCACCATCCTGAGATCTCTAGTTCATGACAATCCAAATGTGAACATGTTTTCTGGTGTA
TAGACTACTATTATTGTTGGATTTTCCTGAACTCTGTAAGAACTGGGTAGATATTCTCAA
AGGCGGTGTAAGTCTCTTCTCTCATTTTGGCTCCAGTTATAACAATCTTTCCAGACACAA
AAATAAGGAGCACTATCTTTGGTTGTTTCATCCTATATATCAATCCTGGGAATAGTTCAG
GCTCGTAACTTGAGAAAGCACTGTGAGAGTAAGCAAGACCTTCAAGCCTAATGGGGAATT
TGACATCACAAGAGCCTACAATGTTCTGAATCTTGAAATCCTTGAACTTTGCAGGAAAGC
CAAGCTTTTGAACAATCCGAGCGTACTTCCTCGCAGCCAGTTTTGAAAGGTGTTCACTCT
TAGCACCAGTACACACCATTTTTCCAGAAGCAAAGATCAAAGCGGTGGTCTTTGGCTCTC
TTATCCTCATGATTACCGCA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1BT60TF 700 0 0
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GCAAGACCTTCAAGCCTAATGGGGAATTTGACATCACAAGAGCCTACAATGTTCTGAATC
TTGAAATCCTTGAACTTTGCAGGAAAGCCAAGCTTTTGAACAATCCGAGCGTACTTCCTC
GCAGCCAGTTTTGAAAGGTGTTCACTCTTAGCACCAGTACACACCATTTTTCCAGAAGCA
AAGATCAAAGCGGTGGTCTTTGGCTCTCTTATCCTCATGATTACCGCAGCAAAACGCTTG
GGGTTATATTCAGCATTACGAGCCTGCAAAGCAATGGCTTTAAGATCAAGCTTGCAGTCT
AAGTTGACTGTTGAGACAATGTTTTGAAGAGTAGGAACAATCCCTGAAGGATGCCTGCTA
AGGTCAACTGGCTGGCTCCCTTCCATTCCTTGCTCAGCCATTCTCTTTCGCTAGTTTGCA
ATCCGGAATCTAAAATCTAGGGTTTAGTTAGCCCCAAAATGATTGGAAGAGGAAGGATTC
GAAAAAAAAGGGGGAAGGCTTTATATATAGACAAGAGTGATGAGATTTTAGAGAGGGAAA
AGAGATTTGTAAAATGGGGGATTTATAAAGGAAGAGACTCGTTTTCTATATCGCTCCCTC
TCTCTCTGCCTCTTGGGGATCC

QA 19 700 19 700
DS 



AS 1 4

CO CL2234Contig1 1028 4 4 U
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TCCCATAGGCTTTTGACAGCCCTTGTTGACTCGAGGGAAAAGAAGGAGTTCAAAGTTAAG
AACTGTGTCACTGACATTGACCCTGAGAGGGAGAAGGAAAAGAGAGAAAGGATGGAAAGC
CAAAACCTCAAGGTTAGTACAAAGCTGAGTCAAGCGAGGGAGAAAATCAAGCGCAAGTAT
CCACTTCCTGTTGCAAGGAGACAACTCTCCACTGGATACTTGGAAGATGCTCTCGAAGAG
GACGAAGAGACAGACCACTATGGTTCTCACCGCTCAAACCGTGGCTATGAGGAGGATCTG
GAAGCTGAGGCGCAACGGGAACGAAGAATTATGAACGCCAAGAAGAGCCAGAAAGGCTTT
CCGGGGAGGTCATCAATGAGTTCAGCGAGACCGACAAGGCGTCAAGCGGAGTATTCAGAG
AGCGAGAGAGAGGAATCAGAGTATGAGACTGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAGGAGGAAAGG
CCACGTTCCCGTAAAAGAGTCAAGGAACCAGAAGATGAGTACGAGGAAGATGAGGAGGAA
GAAGAAGAAGGAAAAACCAACAGATATTCAGAAGAAGATGAAGAAGAAGAAGAGGGAGTT
AAGGCAGGGAAGGAACGTGGTAGTAGCCGGAAAAGGAAAGGGATTGAGTCGGACGAGGAG
GAGGAGTCTCCTCCGAGAAAAGCTCCGACTCATCGTCGTATGGCCATGGTTTACGACAGT
GATGAAGACTAACAATTTTTCCATAAACAAAGCACTATCCCGTTTCATCGAAATAAAAAA
AATTGTAATGTCAGTGTTTTGAACTTGTCTCGTTTTAATTAAATAGAAAACGATCATCAG
ATCATGATATGGATTTTTTGATCATTTTGTTTCATGTAATTTGTAGTTGAAGACAGTGTT
CATTTTTCTTATTGGCAACTCTCTAAAGGTTGGTGAGATTAAGAAGACAACAAAAATTCT
GAACATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BX07TF U 86
AF RR1EW69TF U 1
AF RR1EW69JQ C 235
AF RR1BX07JQ C 252
BS 1 668 RR1EW69TF
BS 669 669 RR1EW69JQ
BS 670 685 RR1EW69TF
BS 686 1028 RR1EW69JQ

RD RR1BX07TF 574 0 0
TTGACTCGAGGGAAAAGAAGGAGTTCAAAGTTAAGAACTGTGTCACTGACATTGACCCTG
AGAGGGAGAAGGAAAAGAGAGAAAGGATGGAAAGCCAAAACCTCAAGGTTAGTACAAAGC
TGAGTCAAGCGAGGGAGAAAATCAAGCGCAAGTATCCACTTCCTGTTGCAAGGAGACAAC
TCTCCACTGGATACTTGGAAGATGCTCTCGAAGAGGACGAAGAGACAGACCACTATGGTT
CTCACCGCTCAAACCGTGGCTATGAGGAGGATCTGGAAGCTGAGGCGCAACGGGAACGAA
GAATTATGAACGCCAAGAAGAGCCAGAAAGGCTTTCCGGGGAGGTCATCAATGAGTTCAG
CGAGACCGACAAGGCGTCAAGCGGAGTATTCAGAGAGCGAGAGAGAGGAATCAGAGTATG
AGACTGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAGGAGGAAAGGCCACGTTCCCGTAAAAGAGTCAAGG
AACCAGAAGATGAGTACGAGGAAGATGAGGAGGAAGAAGAAGAAGGAAAA*CCAACAGAT
ATTCAGAAGAAGATGAAGAAGA*GAAGAGGGAGT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1EW69TF 685 0 0
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TCCCATAGGCTTTTGACAGCCCTTGTTGACTCGAGGGAAAAGAAGGAGTTCAAAGTTAAG
AACTGTGTCACTGACATTGACCCTGAGAGGGAGAAGGAAAAGAGAGAAAGGATGGAAAGC
CAAAACCTCAAGGTTAGTACAAAGCTGAGTCAAGCGAGGGAGAAAATCAAGCGCAAGTAT
CCACTTCCTGTTGCAAGGAGACAACTCTCCACTGGATACTTGGAAGATGCTCTCGAAGAG
GACGAAGAGACAGACCACTATGGTTCTCACCGCTCAAACCGTGGCTATGAGGAGGATCTG
GAAGCTGAGGCGCAACGGGAACGAAGAATTATGAACGCCAAGAAGAGCCAGAAAGGCTTT
CCGGGGAGGTCATCAATGAGTTCAGCGAGACCGACAAGGCGTCAAGCGGAGTATTCAGAG
AGCGAGAGAGAGGAATCAGAGTATGAGACTGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAGGAGGAAAGG
CCACGTTCCCGTAAAAGAGTCAAGGAACCAGAAGATGAGTACGAGGAAGATGAGGAGGAA
GAAGAAGAAGGAAAAACCAACAGATATTCAGAAGAAGATGAAGAAGAAGAAGAGGGAGTT
AAGGCAGG*AAGGAACGTGGTAGTA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1EW69JQ 794 0 0
AAGTATCCACTTCCTGTTGCAAGGAGACAACTCTCCACTGGATACTTGGAAGATGCTCTC
GAAGAGGACGAAGAGACAGACCACTATGGTTCTCACCGCTCAAACCGTGGCTATGAGGAG
GATCTGGAAGCTGAGGCGCAACGGGAACGAAGAATTATGAACGCCAAGAAGAGCCAGAAA
GGCTTTCCGGGGAGGTCATCAATGAGTTCAGCGAGACCGACAAGGCGTCAAGCGGAGTAT
TCAGAGAGCGAGAGAGAGGAATCAGAGTATGAGACTGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAGGAG
GAAAGGCCACGTTCCCGTAAAAGAGTCAAGGAACCAGAAGATGAGTACGAGGAAGATGAG
GAGGAAGAAGAAGAAGGAAAAACCAACAGATATTCAGAAGAAGATGAAGAAGAAGAAGAG
GGAGTTAAGGCAGGGAAGGAACGTGGTAGTAGCCGGAAAAGGAAAGGGATTGAGTCGGAC
GAGGAGGAGGAGTCTCCTCCGAGAAAAGCTCCGACTCATCGTCGTATGGCCATGGTTTAC
GACAGTGATGAAGACTAACAATTTTTCCATAAACAAAGCACTATCCCGTTTCATCGAAAT
AAAAAAAATTGTAATGTCAGTGTTTTGAACTTGTCTCGTTTTAATTAAATAGAAAACGAT
CATCAGATCATGATATGGATTTTTTGATCATTTTGTTTCATGTAATTTGTAGTTGAAGAC
AGTGTTCATTTTTCTTATTGGCAACTCTCTAAAGGTTGGTGAGATTAAGAAGACAACAAA
AATTCTGAACATTT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1BX07JQ 777 0 0
TGCAAGGAGACAACTCTCCACTGGATACTTGGAAGATGCTCTCGAAGAGGACGAAGAGAC
AGACCACTATGGTTCTCACCGCTCAAACCGTGGCTATGAGGAGGATCTGGAAGCTGAGGC
GCAACGGGAACGAAGAATTATGAACGCCAAGAAGAGCCAGAAAGGCTTTCCGGGGAGGTC
ATCAATGAGTTCAGCGAGACCGACAAGGCGTCAAGCGGAGTATTCAGAGAGCGAGAGAGA
GGAATCAGAGTATGAGACTGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAGGAGGAAAGGCCACGTTCCCG
TAAAAGAGTCAAGGAACCAGAAGATGAGTACGAGGAAGATGAGGAGGAAGAAGAAGAAGG
AAAAACCAACAGATATTCAGAAGAAGATGAAGAAGAAGAAGAGGGAGTTAAGGCAGGGAA
GGAACGTGGTAGTAGCCGGAAAAGGAAAGGGATTGAGTCGGACGAGGAGGAGGAGTCTCC
TCCGAGAAAAGCTCCGACTCATCGTCGTATGGCCATGGTTTACGACAGTGATGAAGACTA
ACAATTTTTCCATAAACAAAGCACTATCCCGTTTCATCGAAATAAAAAAAATTGTAATGT
CAGTGTTTTGAACTTGTCTCGTTTTAATTAAATAGAAAACGATCATCAGATCATGATATG
GATTTTTTGATCATTTTGTTTCATGTAATTTGTAGTTGAAGACAGTGTTCATTTTTCTTA
TTGGCAACTCTCTAAAGGTTGGTGAGATTAAGAAGACAACAAAAATTCTGAACATTT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 4

CO CL2235Contig1 999 4 8 U
GGAACTTTCTTCTGTCGATCAAAGCTAAGCAAAAAAAAAAA*TCAATCTTTGCGTCACTT
CTCTAGGGTTCTTCTTCTCTAAGCTTCATCTACTAAACATGAGTCGTCATCCTGAAGTGA
AGTGGGCTGAGACCACTGACAAGATCTTCCTCACTGTAGTATTAGCTGATTCCAAGGAGA
CCAAAGTTAATCTAGACCCTGAAGGTGTCTTTGATTTCTCTGCGAAAGCTGGTCCCGAGA
ACCACGTTTATGAACTTAAACTCGAGCTTCACGGTAAAGTCAATGTAGAGGAAAGCAAGA
TCAGTATTGGAGTAAGAAGCATCTTCTGCATAATAGAGAAAGCAGAGCCTGAGAGGTGGA
ATAAGCTAGTCCGTGGAGGGAAAGCGCCTCACTATGTCAAGATTGATTGGGACAAGTGGG
TTGATGAGGACGACGAAGGCACCGCTGGTGCTGGAGATATGGATATGGGAGGAATGGGTG
GAATGGATTTCTCGAACTTTGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGGACTTGGCGGTATGGGTG
GCATGGGTGGACTCGGTGGTATGGCCGGACTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGTGGTATGG
GTGGCATGGGAGGCATGGGTGGAATGGAAGAGTTTGAAGACAGTGATGATGAAGAATTTG
CAAAACCAGGAGATAAGAAAGATGAAGCCGTCAATGAAGAAGCGAAACCAATAGATGTCA
AGGAAGACAAGTGAAGAAGATGATGTTCGTTCCAGAGATGAACTCATTACTGTGTTTTGC
TTTCAAGTTTATTATTAGCTAAGGGTTATTATTATTATCTTTTTAAGTTTATTAAACCCT
CTGATTTACTTCCTCTTTTTAAAAATGTTTTTGTTTTAATGGATTTGTTTACATTTTTGG
CATTGCCAAAACATCGAGTTTGCGTGGTAGCCTTCATTGTGAAGCTGCCGAGACGACCAA
ATCTAAACGGGCTTGTAAAAGTCCCACAAAATATTCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D015TF U 12
AF RR1D015JQ C 12
AF RR1EK23TF U 1
AF RR1EK23JQ C 397
BS 1 41 RR1EK23TF
BS 42 42 RR1D015TF
BS 43 501 RR1EK23TF
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BS 555 738 RR1EK23TF
BS 739 999 RR1EK23JQ

RD RR1D015TF 622 0 0
GG
GTCGATCAAAGCTAAGCAAAAAAAAAAA*TCAATCTTTGCGTCACTTCTCTAGGGTTCTT
CTTCTCTAAGCTTCATCTACTAAACATGAGTCGTCATCCTGAAGTGAAGTGGGCTGAGAC
CACTGACAAGATCTTCCTCACTGTAGTATTAGCTGATTCCAAGGAGACCAAAGTTAATCT
AGACCCTGAAGGTGTCTTTGATTTCTCTGCGAAAGCTGGTCCCGAGAACCACGTTTATGA
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AAGAAGCATCTTCTGCATAATAGAGAAAGCAGAGCCTGAGAGGTGGAATAAGCTAGTCCG
TGGAGGGAAAGCGCCTCACTATGTCAAGATTGATTGGGACAAGTGGGTTGATGAGGACGA
CGAAGGCACCGCTGGTGCTGGAGATATGGATATGGGAGGAATGGGTGGAATGGATTTCTC
GAACTTTGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGGACTTGGCGGTATGGGTGGCATGGGTGGACT
CGGTGGTATGGCCGGACTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGTGGTATGGGTGGCATGGGAGG
CATGGGTGGAATGGAAGAGT

QA 3 622 3 622
DS 

RD RR1D015JQ 650 0 0
GG
GTCGATCAAAGCTAAGCAAAAAAAAAAA*TCAATCTTTGCGTCACTTCTCTAGGGTTCTT
CTTCTCTAAGCTTCATCTACTAAACATGAGTCGTCATCCTGAAGTGAAGTGGGCTGAGAC
CACTGACAAGATCTTCCTCACTGTAGTATTAGCTGATTCCAAGGAGACCAAAGTTAATCT
AGACCCTGAAGGTGTCTTTGATTTCTCTGCGAAAGCTGGTCCCGAGAACCACGTTTATGA
ACTTAAACTCGAGCTTCACGGTAAAGTCAATGTAGAGGAAAGCAAGATCAGTATTGGAGT
AAGAAGCATCTTCTGCATAATAGAGAAAGCAGAGCCTGAGAGGTGGAATAAGCTAGTCCG
TGGAGGGAAAGCGCCTCACTATGTCAAGATTGATTGGGACAAGTGGGTTGATGAGGACGA
CGAAGGCACCGCTGGTGCTGGAGATATGGATATGGGAGGAATGGGTGGAATGGATTTCTC
GAACTTTGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGGACTTGGCGGTATGGGTGGCATGGGTGGACT
CGGTGGTATGGCCGGACTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGTGGTATGGGTGGCATGGGAGG
CATGGGTGGAATGGAAGAGTTTGAAGGCAGTGATGATGAAGAATTTGC

QA 3 650 3 650
DS 

RD RR1EK23TF 738 0 0
GGAACTTTCTTCTGTCGATCAAAGCTAAGCAAAAAAAAAAAATCAATCTTTGCGTCACTT
CTCTAGGGTTCTTCTTCTCTAAGCTTCATCTACTAAACATGAGTCGTCATCCTGAAGTGA
AGTGGGCTGAGACCACTGACAAGATCTTCCTCACTGTAGTATTAGCTGATTCCAAGGAGA
CCAAAGTTAATCTAGACCCTGAAGGTGTCTTTGATTTCTCTGCGAAAGCTGGTCCCGAGA
ACCACGTTTATGAACTTAAACTCGAGCTTCACGGTAAAGTCAATGTAGAGGAAAGCAAGA
TCAGTATTGGAGTAAGAAGCATCTTCTGCATAATAGAGAAAGCAGAGCCTGAGAGGTGGA
ATAAGCTAGTCCGTGGAGGGAAAGCGCCTCACTATGTCAAGATTGATTGGGACAAGTGGG
TTGATGAGGACGACGAAGGCACCGCTGGTGCTGGAGATATGGATATGGGAGGAATGGGTG
GAATGGATTTCTCGAACTTTG*TGGAATGGGTGGTATGGAAGGACTTGGCGGTATGGGTG
GCATGGGTGGACTTGGTGGTATGGCCGGACTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGTGGTATGG
GTGGCATGGGAGGCATGGGTGGAATGGAAGAGTTTGAAGACAGTGATGATGAAGAATTTG
CAAAACCAGGAGATAAGAAAGATGAAGCCGTCAATGAAGAAGCGAAACCAATAGATGTCA
AGGAAGACAAGTGAAGAA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1EK23JQ 603 0 0
TCAAGATTGATTGGGACAAGTGGGTTGATGAGGACGACGAAGGCACCGCTGGTGCTGGAG
ATATGGATATGGGAGGAATGGGTGGAATGGATTTCTCGAACTTTG*TGGAATGGGTGGTA
TGGAAGGACTTGGCGGTATGGGTGGCATGGGTGGACTTGGTGGTATGGCCGGACTTGAAG
GACTTGGCGGCATGGGTGGTATGGGTGGCATGGGAGGCATGGGTGGAATGGAAGAGTTTG
AAGACAGTGATGATGAAGAATTTGCAAAACCAGGAGATAAGAAAGATGAAGCCGTCAATG
AAGAAGCGAAACCAATAGATGTCAAGGAAGACAAGTGAAGAAGATGATGTTCGTTCCAGA
GATGAACTCATTACTGTGTTTTGCTTTCAAGTTTATTATTAGCTAAGGGTTATTATTATT
ATCTTTTTAAGTTTATTAAACCCTCTGATTTACTTCCTCTTTTTAAAAATGTTTTTGTTT
TAATGGATTTGTTTACATTTTTGGCATTGCCAAAACATCGAGTTTGCGTGGTAGCCTTCA
TTGTGAAGCTGCCGAGACGACCAAATCTAAACGGGCTTGTAAAAGTCCCACAAAATATTC
ATC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 4

CO CL2236Contig1 608 4 2 U
AGTGAATCTAACGTCGTGGTATGAAAACATATAACTGAAACGGGTTTGCTTCAAACAGCC
ATCCTCTTGTGTCTTGTCAATGCAGACAAAATACAACAAATCACACCATCTTAATTGACT
TAATTTTGGGAATTACATGTATATATTTTAAGAACCAACTTACGCCGTTTGAATAACTTT
ATTTTAAAGGACTTGCATTACACAAACATCACAAGGCACTATTTATAGCTTCTCACGCAA
GCAAACTTAGGTTTAAACAGACCCAAACCCGTAAGCACCCATATCCAACCTCGGCTTAGG
ATGAACAACCAAAGGAACCGCTCTTTGCAGAGTGATCCCATAAGTCTCCTCCATGTTCAG
CTTCTCCGGCGTAATTCCTCCGGCCAGTTCCCATTCAAATCCGTGCACAAGCGTCGCCGT
CAGTAACTGAATCGTCCGTAACCCTAAACTCAGCCCGGCGCAGATTCTCCTCCCTGCTCC
GAACGGTATGAGCTCGAAGTCGTTTCCTTTCACATCGACGCCGGCTTTTTCACCACCGGG
TAAGAATCTCTCGGGTCGAAACGATAACGGGTCGGTCCATTGGTCAGGGTCACGGGCTAC
GGCCCATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EM55JQ U 1
AF RR1EM55TF C 1
AF RR1E254JQ U 109
AF RR1E254TF C 109
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BS 344 608 RR1E254JQ

RD RR1EM55JQ 343 0 0
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DS 

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ATCCTCTTGTGTCTTGTCAATGCAGACAAAATACAACAAATCACACCATCTTAATTGACT
TAATTTTGGGAATTACATGTATATATTTTAAGAACCAACTTACGCCGTTTGAATAACTTT
ATTTTAAAGGACTTGCATTACACAAACATCACAAGGCACTATTTATAGCTTCTCACGCAA
GCAAACTTAGGTTTAAACAGACCCAAACCCGTAAGCACCCATATCCAACCTCGGCTTAGG
ATGAACAACCAAAGGAACCGCTCTTTGCAGAGTGATCCCATAAGTCTCCTCCATGTTCAG
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C

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DS 

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CTCCATGTTCAGCTTCTCCGGCGTAATTCCTCCGGCCAGTTCCCATTCAAATCCGTGCAC
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DS 

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CTCCATGTTCAGCTTCTCCGGCGTAATTCCTCCGGCCAGTTCCCATTCAAATCCGTGCAC
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CCTCCCTGCTCCGAACGGTATGAGCTCGAAGTCGTTTCCTTTCACATCGACGCCGGCTTT
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QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 4

CO CL2237Contig1 1054 4 3 U
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AGAAACATACACTAGAAAAGCGTCTATCACCAAAAGGTTTCAACTTATAAAGCAACAAAA
AAAAACATAAATTGTATTTAAAAGAAGGAAAAAAACTACAAGTGAAAATTTTGTTTAAAC
AACAAGAAAGGACTACCCCAAACTTTGTTAGAAACCCTTTTGAGGTTGGGCACAGAAAGC
TAAGCTAGCGTGTGCCTTCTCTGCTTTTTGCCTAAGCAAAGTTTAACAACTTCAAGGCAG
AACTTAGAACCCAAAGAAGCCGAGTTCACTTGCTTTCTCCTTCTCGAAGGTCTCGAAATA
CTGATATATGATTGTGACCGCCAAGAGAATTCCAGTCCCTGACCCAATGGCTCCCATGAA
ATCAGCCAGCACGGTCAATGCACCGATGCACACTCCTCCGAAAGCTGCTGCTGTTGGGAT
ATACCTGTTCAGCTCCTTCAGCAAGTTTGACTCTCTGTGTCCAGGCGTCACCATTTGTTG
TTCCTTAAGTTGCTTAGCTACGTCCCTAGCTGAAGATCCAGAGACCTCAATCCATGTCTT
TGAGAAAAGAGCACAAGCAGTGAGCATGAAAACAATGTAGAACAGAGCATGGAACGGATG
AGCTGCCATGTCAGAGAAGCTTGCTGGAGCTGTGATTAGGTAAGCCAGACCACTAACTGG
AATAGATTGCCCACTGTACTCAGACTCTTTCCATTGTCCCAAAAGGTTTACAAAGAAGTT
TCCACTGAACTTCCTGTAGAGAAGCTGAGAGATGAAGTAGAGATTTGAGACGAGAGCGGA
CTGGAGGATGATGGGCATGTTAGAGGTGTAGAAGAGCTTGATTGGGTAAGAACCCTGTTG
TCCACGGGCATTCTTTGATCTCACAGGCAAAACCACACGGAAGCCTTGGAAGTAGATGAC
AATCAGGAAGATCAAGACAGTGGCAAGCAAGTTGGTAACGTTCGGAAGGTTCTGCCGGTA
GAATGCTTGGCGGAGAGCTGCAACCTTGTTGGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ94JQ U 1
AF RR1FQ94TF C 1
AF RR1B149JQ U 19
AF RR1B149TF C 351
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C

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RD RR1FQ94TF 406 0 0
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TAAGCTAGCGTGTGCCTTCTCTGCTTTTTGCCTAAGCAAAGTTTAACAACTTCAAGGCAG
AACTTAGAACCCAAAGAAGCCGAGTTCACTTGCTTTCTCCTTCTCGAAGGTCTCGAAATA
CTGATATATGATTGTGACCGCCAAGAGAATTCCAGTCCCTGACCC
C

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR1B149JQ 613 0 0
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TAAAAGAAGGAAAAAAACTACAAGTGAAAATTTTGTTTAAACAACAAGAAAGGACTACCC
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CTCTGCTTTTTGCCTAAGCAAAGTTTAACAACTTCAAGGCAGAACTTAGAACCCAAAGAA
GCCGAGTTCACTTGCTTTCTCCTTCTCGAAGGTCTCGAAATACTGATATATGATTGTGAC
CGCCAAGAGAATTC*AGTCCCTGACCCAATGGCTCCCATGAAATCAGCCAGCACGGTCAA
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CAGCAAGTTTGACTCTCTGTGTCCAGGCGTCACCATTTGTTGTTCCTTAAGTTGCTTAGC
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AGTGAGCATG
GAA

QA 1 610 1 610
DS 

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CTCCCATGAAATCAGCCAGCACGGTCAATGCACCGATGCACACTCCTCCGAAAGCTGCTG
CTGTTGGGATATACCTGTTCAGCTCCTTCAGCAAGTTTGACTCTCTGTGTCCAGGCGTCA
CCATTTGTTGTTCCTTAAGTTGCTTAGCTACGTCCCTAGCTGAAGATCCAGAGACCTCAA
TCCATGTCTTTGAGAAAAGAGCACAAGCAGTGAGCATGAAAACAATGTAGAACAGAGCAT
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CACTAACTGGAATAGATTGCCCACTGTACTCAGACTCTTTCCATTGTCCCAAAAGGTTTA
CAAAGAAGTTTCCACTGAACTTCCTGTAGAGAAGCTGAGAGATGAAGTAGAGATTTGAGA
CGAGAGCGGACTGGAGGATGATGGGCATGTTAGAGGTGTAGAAGAGCTTGATTGGGTAAG
AACCCTGTTGTCCACGGGCATTCTTTGATCTCACAGGCAAAACCACACGGAAGCCTTGGA
AGTAGATGACAATCAGGAAGATCAAGACAGTGGCAAGCAAGTTGGTAACGTTCGGAAGGT
TCTGCCGGTAGAATGCTTGGCGGAGAGCTGCAACCTTGTTGGAC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 4

CO CL2238Contig1 859 4 21 U
GGGAAGACATCAGTCTATGGCCACCGATCTCTTTCCGGTTATTATAACTTCGCCGCTTCT
TCTCAGTCGCTTCTCCCGTGACGGTATCGTATCGGAGACTGTTCGTCTTTCCTTAAATCC
TTAAATCAGGTTTCTTTGAAGGTATGGGGGATGAGATTGATTTGAGTGGAGATGGAGGCG
TCTTGAAACAGATTGTAAGGAGAGCTAAACCTGATGCTATTGCACCTTCTGATGATTTTC
CTGTCGTCGATGTTCACTATGAGGGTATATTGGCTGAAGATGGGAAGGTTTTTGACACTA
CACGCGAAGACAATCTGGTTTTCTCCTTCGAGTTGGGTTCAGGAAGTGTTATACGGTCAT
GGGATATTGCGCTTAAGACCATGAAGGTTGGGGAAGTTGCGAAACTCACATGTAAGCCAG
AGTATGCTTACGGAAGTGGTGGATCTCCTCCTGACATCCCACCTGATGCAACTTTGATAT
TTGAAGTGGAATTGGTTGCTTGTAGACCGAGGAAAGGTGCTAGTGTTGGAAGTGTTTCTG
AGGATAGAGCTAGGCTAGAAGATCTGAAGAAGCAGAGAGAGATTGCTGCAGCTGCTAAAG
AGGATGATAAGAAAAAGAGAGAAGAAGCAAAAGCAGCTGCAGCTGCTAGGATTCAAGCTA
AGCTAGACGCTAAGAAGGGTCAAGGCAAGGGAAAAGGCAAAGGCAAATCTAAATAAGTGA
CAAAAAAGCATGAGTCCAACGTTGTTGTAAGCTCCTAAAGATTATATAAGTTCATGATTT
TAAAGCTTGTTGTTAAGTGGCACTCATCAATTATCATAATGACCAATACATGAGTTGTTT
TGGGTCTAAGATATTTCCG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ55TF U 1
AF RR1DC62TF U 5
AF RR1BG88TF U 165
AF RR1DC62JQ C 215
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RD RR1FJ55TF 674 0 0
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TCTCAGTCGCTTCTTCCGTGACGGTATCGTATCGGAGACTGTTCGTCTTTCCTTAAATCC
TTAAATCAGGTTTCTTTGAAGGTATGGGGGATGAGATTGATTTGAGTGGAGATGGAGGCG
TCTTGAAACAGATTGTAAGGAGAGCTAAACCTGATGCTATTGCACCTTCTGATGATTTTC
CTGTCGTCGATGTTCACTATGAGGGTATATTGGCTGAAGATGGGAAGGTTTTTGACACTA
CACGCGAAGACAATCTGGTTTTCTCCTTTGAGTTGGGTTCAGGCAGTGTTATCCGGTCAT
GGGATATTGCGCTTAAGACCATGAAGGTTGGGGAAGTTGCGAAAATCACATGTAAGCCAG
ATTATGCTTACGGAAGTGGAGGATCTCCTCCTGACATCCCACCTGATGCAACTTTGATAT
TTGAAGTGGAATTGGTTGCTTGTAGACCGAGGAAAGGTGCTAGTGTTGGAAGTGTTTCTG
GGGATAGAGCTAGGCTAGAAGATCTGAAGAAGCAGAGAGAGATTGCTGCAGCTGCTAAAG
AGGATGATAAGAAAAAGAGAGAAGAAGCAAAAGCAGCTGCAGCTGCTAG*ATTCAAGCTA
AGCTAGACGCTAA
G

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1DC62TF 669 0 0
G
GACATCAGTCTATGGCCACCGATCTCTTTCCGGTTATTATAACTTCGCCGCTTCTTCTCA
GTCGCTTCTCCCGTGACGGTATCGTATCGGAGACTGTTCGTCTTTCCTTAAATCCTTAAA
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GTCGATGTTCACTATGAGGGTATATTGGCTGAAGATGGGAAGGTTTTTGACACTACACGC
GAAGACAATCTGGTTTTCTCCTTCGAGTTGGGTTCAGGAAGTGTTATACGGTCATGGGAT
ATTGCGCTTAAGACCATGAAGGTTGGGGAAGTTGCGAAACTCACATGTAAGCCAGAGTAT
GCTTACGGAAGTGGTGGATCTCCTCCTGACATCCCACCTGATGCAACTTTGATATTTGAA
GTGGAATTGGTTGCTTGTAGACCGAGGAAAGGTGCTAGTGTTGGAAGTGTTTCTGAGGAT
AGAGCTAGGCTAGAAGATCTGAAGAAGCAGAGAGAGATTGCTGCAGCTGCTAAAGAGGAT
GATAAGAAAAAGAGAGAAGAAGCAAAAGCAGCTGCAGCTGCTAGGATTCAAGCTAAGCTA
GACGCTAA

QA 2 669 2 669
DS 

RD RR1BG88TF 677 0 0
G
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AGGTTTTTGACACTACACGCGAAGACAATCTGGTTTTCTCCTTCGAGTTGGGTTCAGGAA
GTGTTATACGGTCACGGGATATTGCGCTTAAGACCATGAAGGTTGGGGAAGTTGCGAAAC
TCACATGTAAGCCAGAGTATGCTTACGGAAGTGGTGGATCTCCTCCTGACATCCCACCTG
ATGCAACTTTGATATTTGAGGTGGAATTGGTTGCTTGTAGACCGAGGAAAGGTGCTAGTG
TTGGAAGTGTTTCTGAGGATAGAGCTAGGCTAGGAGATCTGAAGAAGCAGAGAGAGATTG
CTGCAGCTGCTAAAGAGGATGATAAGAAAAAGAGAGAAGAAGCAAAAGCAGCTGCAGCTG
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AATCTAAATAAGTGACAAAAAAGCATGAGTCCAACGTTGTTGTAAGCTCCTAAAGATTAT
ATAAGTTCATGATTTTAAAGCTTGTTGTTAAGTGGCACTCATCAATTATCATAATGACCA
ATACATGAGTTGTTTT

QA 2 677 2 677
DS 

RD RR1DC62JQ 645 0 0
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TGAAGATGGGAAGGTTTTTGACACTACACGCGAAGACAATCTGGTTTTCTCCTTCGAGTT
GGGTTCAGGAAGTGTTATACGGTCATGGGATATTGCGCTTAAGACCATGAAGGTTGGGGA
AGTTGCGAAACTCACATGTAAGCCAGAGTATGCTTACGGAAGTGGTGGATCTCCTCCTGA
CATCCCACCTGATGCAACTTTGATATTTGAAGTGGAATTGGTTGCTTGTAGACCGAGGAA
AGGTGCTAGTGTTGGAAGTGTTTCTGAGGATAGAGCTAGGCTAGAAGATCTGAAGAAGCA
GAGAGAGATTGCTGCAGCTGCTAAAGAGGATGATAAGAAAAAGAGAGAAGAAGCAAAAGC
AGCTGCAGCTGCTAGGATTCAAGCTAAGCTAGACGCTAAGAAGGGTCAAGGCAAGGGAAA
AGGCAAAGGCAAATCTAAATAAGTGACAAAAAAGCATG*GTCCAACGTTGTTGTAAGCTC
CTAAAGATTATATAAGTTCATGATTTTAAAGCTTGTTGTTAAGTGGCACTCATCAATTAT
CATAATGACCAATACATGAGTTGTTTTGGGTCTAAGATATTTCCG

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 4

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TTTGCTGCTGCTTCCATGACCACCGTCATGGCCACAGAGGTTGGAGCTCCGGCACCAGGA
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CTTGTGTCTCTCTTCACCTACTACTTAAACTAAATAAGCTTATACAAAAAAAAAAA*TTG
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GGAAGAAGACATAATTTGATTATGATCAGATAATTTTTATGTAATACATGCTGATTATAA
AAATATACAATGGGTTCTTCTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ89JQ C 88
AF RR1ES64TF U 1
AF RR1E676JQ C 1
AF RR1CZ89TF U 81
BS 1 87 RR1ES64TF
BS 88 245 RR1CZ89TF
BS 246 246 RR1ES64TF
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BS 437 443 RR1E676JQ

RD RR1CZ89JQ 323 0 0
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ATGGCCACAGAGGTTGGAGCTCCGGCACCAGGACCCGCCGCAAGTGGAGCCTCCGTAGCC
GTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGAGCTTCCCTTGTTTCTCTCTTCACCTACTACTTA
AACTAAATAAGCTTATACAAAAAAAAAA**TTGATGTTTCTATCAATTTATACTACGTCA
CGGTTTTGTACGTGTAGGCAAAGTGAATAACACGGAAGAAGACATAATTTGATTATGATC
AGATAATTTTTATGTAATACATG

QA 1 323 1 323
DS 

RD RR1ES64TF 410 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAGAAAGAAACAAAACTACCACTAAAAAAACAAAAAGA
AAAAAAACTTTCAGGTCCCAACTAGAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGTGGAGTTCTT
TTTGCTGCTGCTTCCATGACCACCGTCATGGCCACAGAGGTTGGAGCTCCGGCACCAGGA
CCCGCCGCAAGTGGAGCCTCCGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGAGCTTCC
CTTGTGTCTCTCTTCACCTACTACTTAAACTAAATAAGCTTATACAAAAAAAAAAA*TTG
ATGTTTCTATCAATTTATACTACGTCACGGTTTTGTACGTGTAGGCAAAGTGAATAACAC
GGAAGAAGACATAATTTGATTATGATCAGATAATTTTTATGTAATACATG

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR1E676JQ 443 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAGAAAGAAACAAAACTACCACTAAAAAAACAAAAAGA
AAAAAAACTTTCAGGTCCCAACTAGAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGTGGAGTTCTT
TTTGCTGCTGCTTCCATGACCACCGTCATGGCCACAGAGGTTGGAGCTCCGGCACCAGGA
CCCGCCGCAAGTGGAGCCTCCGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGAGCTTCC
CTTGTGTCTCTCTTCACCTACTACTTAAACTAAATAAGCTTATACAAAAAAAAAAAATTG
ATGTTTCTATCAATTTATACTACGTCACGGTTTTGTACGTGTAGGCAAAGTGAATAACAC
GGAAGAAGACATAATTTGATTATGATCAGATAATTTTTATGTAATACATGCTGATTATAA
AAATATACAATGGGTTCTTCTCC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR1CZ89TF 361 0 0
ACTAGAA
ATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGTGGAGTTCTTTTTGCTGCTGCTTCCATGACCACCGTC
ATGGCCACAGAGGTTGGAGCTCCGGCACCAGGACCCGCCGCAAGTGGAGCCTCCGTAGCC
GTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGAGCTTCCCTTGTTTCTCTCTTCACCTACTACTTA
AACTAAATAAGCTTATACAAAAAAAAAA**TTGATGTTTCTATCAATTTATACTACGTCA
CGGTTTTGTACGTGTAGGCAAAGTGAATAACACGGAAGAAGACATAATTTGATTATGATC
AGATAATTTTTATGTAATACATGCTGATTATAAAAATATACAATGGGTT
TCTCC

QA 8 356 8 356
DS 



AS 1 4

CO CL2240Contig1 599 4 10 U
GGCACACAAAAAATGCAGATCTTTGTGAAAACCCTGACGGGGAAGACGATAACCCTAGAG
GTCGAATCATCCGACACGATCGACAATGTCAAGGCCAAGATTCAGGACAAGGAAGGGATC
CCACCGGACCAGCAGCGACTGATCTTCGCCGGGAAGCAGCTCGAAGACGGGAGGACGCTC
GCAGACTACAACATCCAGAAGGAATCGACGCTTCACTTGGTGCTCCGCCTGAGAGGAGGA
GCGAAGAAGAGGAAGAAGAAGACGTACACGAAGCCGAAGAAGATCAAGCACAAGCACAAG
AAGGTGAAGCTCGCGGTTCTGCAGTTTTACAAGGTGGATGGGACAGGGAAGGTTCAGAGG
CTGAGGAAAGAGTGTCCTTCGGTTAGTTGTGGTCCGGGAACTTTCATGGCGAGTCATTTC
GATAGGCATTACTGTGGCAAGTGTGGAACCACTTATGTCTTCAAGAAGCCTGATGAAGAG
TGATTAGTTGTTATGTGTTTTTTTTTTGCCTGCCTTTTTATTATTGAATTATCGTATTGG
AACTTATAATTGGCTTAATTCGGATTGGTTTCGTTTTATTGAGGTTTGCAACTTTTTTT


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1FI52JQ C 1
AF RR1FI52TF U 1
AF RR1EE87JQ C 2
AF RR1EE87TF U 2
BS 1 3 RR1FI52JQ
BS 4 137 RR1FI52TF
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BS 204 204 RR1EE87TF
BS 205 335 RR1FI52TF
BS 336 336 RR1EE87TF
BS 337 350 RR1FI52TF
BS 351 351 RR1EE87TF
BS 352 599 RR1FI52TF

RD RR1FI52JQ 599 0 0
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GTCGAATCATCCGACACGATCGACAATGTCAAGGCCAAGATTCAGGACAAGGAAGGGATC
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GCGAAGAAGAGGAAGAAGAAGACGTACACGAAGCCGAAGAAGATCAAGCACAAGCACAAG
AAGGTGAAGCTCGCGGTTTTGCAGTTTTACAAGGTTGATGGGACAGGGAATGTTCAGAGG
CTGAGGAAAGAGTGTCCTTCGGTTAGTTGTGGTCCGGGAACTTTCATGGCGAGTCATTTC
GATAGGCATTACTGTGGCAAGTGTGGAACCACTTATGTCTTCAAGAAGCCTGATGAAGAG
TGATTAGTTGTTATGTGTTTTTTTTTTGCCTGCCTTTTTATTATTGAATTATCGTATTGG
AACTTATAATTGGCTTAATTCGGATTGGTTTCGTTTTATTGAGGTTTGCAACTTTTTTT

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1FI52TF 599 0 0
GGC
ACACAAAAAATGCAGATCTTTGTGAAAACCCTGACGGGGAAGACGATAACCCTAGAGGTC
GAATCATCCGACACGATCGACAATGTCAAGGCCAAGATTCAGGACAAGGAAGGGATCCCA
CCGGACCAGCAGCGTCTGATCTTCGCCGGGAAGCAGCTCGAAGACGGGAGGACGCTCGCA
GACTACAACATCCAGAAGGAGTCGACGCTTCACTTGGTGCTCCGCCTGAGAGGAGGAGCG
AAGAAGAGGAAGAAGAAGACGTACACGAAGCCGAAGAAGATCAAGCACAAGCACAAGAAG
GTGAAGCTCGCGGTTCTGCAGTTTTACAAGGTTGATGGGACAGGGAATGTTCAGAGGCTG
AGGAAAGAGTGTCCTTCGGTTAGTTGTGGTCCGGGAACTTTCATGGCGAGTCATTTCGAT
AGGCATTACTGTGGCAAGTGTGGAACCACTTATGTCTTCAAGAAGCCTGATGAAGAGTGA
TTAGTTGTTATGTGTTTTTTTTTTGCCTGCCTTTTTATTATTGAATTATCGTATTGGAAC
TTATAATTGGCTTAATTCGGATTGGTTTCGTTTTATTGAGGTTTGCAACTTTTTTT

QA 4 599 4 599
DS 

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GG
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CCGGACCAGCAGCGACTGATCTTCGCCGGGAAGCAGCTCGAAGACGGGAGGACGCTCGCG
GACTACAACATCCAGAAGGAATCGACGCTTCACTTGGTGCTCCGCCTGAGAGGAGGAGCG
AAGAAGAGGAAGAAGAAGACGTACACGAAGCCGAAGAAGATCAAGCACAAGCACAAGAAG
GTGAAGCTCGCGGTTCTGCAGTTTTACAAGGTGGATGGGACGGGTAAGGTTCAGAGGCTG
AGGAAAGAGTGTCCTTCGGTTAGTTGTGGTCCGGGAACTTTCATGGCGAGTCATTTTGAT
AGGCATTACTGTGGCAAGTGTGGAACCACTTATGTCTTCAAGAAGCCTGATGAAGAGTGA
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TTATAATTGGCTTAATTCGGATTGGTTTCGTTTTATTGAGGTTTGCAACTTTTTTT

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DS 

RD RR1EE87TF 598 0 0
GG
ACACAAAAAATGCAGATCTTTGTGAAAACCCTGACGGGGAAGACGATAACCCTAGAGGTC
GAATCATCCGACACGATCGACAATGTCAAGGCCAAGATTCAGGACAAGGAAGGGATCCCA
CCGGACCAGCAGCGACTGATCTTCGCCGGGAAGCAGCTCGAAGACGGGAGGACGCTCGCG
GACTACAACATCCAGAAGGAATCGACGCTTCACTTGGTGCTCCGCCTGAGAGGAGGAGCG
AAGAAGAGGAAGAAGAAGACGTACACGAAGCCGAAGAAGATCAAGCACAAGCACAAGAAG
GTGAAGCTCGCGGTTCTGCAGTTTTACAAGGTGGATGGGACGGGTAAGGTTCAGAGGCTG
AGGAAAGAGTGTCCTTCGGTTAGTTGTGGTCCGGGAACTTTCATGGCGAGTCATTTTGAT
AGGCATTACTGTGGCAAGTGTGGAACCACTTATGTCTTCAAGAAGCCTGATGAAGAGTGA
TTAGTTGTTATGTGTTTTTTTT**GCCTGCCTTTTTATTATTGAATTATCGTATTGGAAC
TTATAATTGGCTTAATTCGGATTGGTTTCGTTTTATTGAGGTTTGCAACTTTTTTT

QA 3 598 3 598
DS 



AS 1 4

CO CL2241Contig1 974 4 14 U
GGGAACAGAGAGAAACAGAGAAAAGACGAAAATGGCAGGCGGAAGCGGCGGCGGCGGCAC
AACAACATCAGGAGCAACGGCGGATCTTCACTCCGCCGCGAGATCCGGTGATTTAGCGGC
AGTTCAACTAATCATCAGCTCTAATCCTCTGGCCGTCAATTCTAGAGATAAACATTCTCG
GACTCCACTACACTTGGCAGCATGGGCAGGGCACCACGAGGTCGTGAGCTACTTATGCAA
GAACAAAGCCGATGTTGGTGCTGCAGCAGTGGATGATATGGGTGCCATCCACTTTGCTTC
TCAGAAGGGACACTTGGAAGTTGTGAGGACTCTACTGTCTGTCGGAGTTTCTTTGAAG*C
CATCACTCGCAAAGGACTGACACCTCTTCACTACGCTGCTCAAGGTTCTCACTTGGACCT
CGTCAAGTACTTGGTTAAGAAAGGAGCCAATGTCAGAGCCACGACTAAGGCCGGGAAGAA
TCCTGCGGATGTTGCGGGGAACCCTGAAACGCAAAGCTTCCTCGAAGAATGCGAAGAGCA
AGCGAGGAAAGATAAGGTGAAGAGCAGTCAGAAAAAGACAGAGGAAGTGAAACCAGAGAG
TTCTAGTGTCGACAAGGGTTTGAAAAGGAAGGATTCTGAGGATGATGGGAACGAGCAGGA
GGAAGAGAAAGTAGAAGCTTCGCCGAAAGCGAAGAAGCCAAAAGTTGTTCTACGTCATCT
TCAAGAGGAGACTGATGACACAGAAGCTGATCAAGAAGAAGAAACCTAGAAACCAAACGA
TGGAAACTTCAACTGAAGTGTCTACTTGAAATGAGTTGTAACATCCATCACATGAGATAA
TTGAGAGATTTTACCAATACTTTAGTTTGTTTCTATGATACGTATAAGTTTGTAGAAGAA
TTCATCAGTTTCTTTTAGGCTGTTTAATCAAAACGTTCATCAGATTCTAAAACTGTTCCT
CTGCATTGCTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG03TF U 8
AF RR1F062TF U 1
AF RR1GG03JQ C 354
AF RR1F062JQ C 291
BS 1 544 RR1F062TF
BS 545 546 RR1GG03TF
BS 547 658 RR1F062TF
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BS 811 811 RR1F062JQ
BS 812 834 RR1F062TF
BS 835 974 RR1F062JQ

RD RR1GG03TF 647 0 0
GG
GAGAAACAGAGAAAAGACGAAAATGGCAGGCGGAAGCGGCGGCGGCGGCACAACAACATC
AGGAGCAACGGCGGATCTTCACTCCGCCGCGAGATCCGGTGATTTAGCGGCAGTTCAACT
AATCATCAGCTCTAATCCTCTGGCCGTCAATTCTAGAGATAAACATTCTCGGACTCCACT
ACACTTGGCAGCATGGGCAGGGCACCACGAGGTCGTGAGCTACTTATGCAAGAACAAAGC
CGATGTTGGTGCTGCAGCAGTGGATGATATGGGTGCCATCCACTTTGCTTCTCAGAAGGG
ACACTTGGAAGTTGTGAGGACTCTACTGTCTGTCGGAGTTTCTTTGAAGTCCACCACTCG
CAAAGGACTGACACCTCTTCACTACGCTGCTCAAGGTTCTCACTTGGACCTCGTCAAGTA
CTTGGTTAAGAAAGGAGCCAATGTCAGAGCCACGACTAAGGCCGGGAAGAATCCTGCGGA
TGTTGCGGGGAACCCTGAAACGCAAAGCTTCCTCGAAGAATGCGAAGAGCAAGCGAGGAA
AGATAAGGTGAAGAGCAGTCAGAAAAAGACAGAGGAAGTGAAACCAGAGAGTTCTAGTGT
CGACAAGGGTTTGAAAAGGAAGGATTCTGAGGATGATGGGAACGA

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR1F062TF 834 0 0
GGGAACAGAGAGAAACAGAGAAAAGACGAAAATGGCAGGCGGAAGCGGCGGCGGCGGCAC
AACAACATCAGGAGCAACGGCGGATCTTCACTCCGCCGCGAGATCCGGTGATTTAGCGGC
AGTTCAACTAATCATCAGCTCTAATCCTCTGGCCGTCAATTCTAGAGATAAACATTCTCG
GACTCCACTACACTTGGCAGCATGGGCAGGGCACCACGAGGTCGTGAGCTACTTATGCAA
GAACAAAGCCGATGTTGGTGCTGCAGCAGTGGATGATATGGGTGCCATCCACTTTGCTTC
TCAGAAGGGACACTTGGAAGTTGTGAGGACTCTACTGTCTGTCGGAGTTTCTTTGAAG*C
CATCACTCGCAAAGGACTGACACCTCTTCACTACGCTGCTCAAGGTTCTCACTTGGACCT
CGTCAAGTACTTGGTTAAGAAAGGAGCCAATGTCAGAGCCACGACTAAGGCCGGGAAGAA
TCCTGCGGATGTTGCGGGGAACCCTGAAACGCAAAGCTTCCTCGAAGAATGCGAAGAGCA
AGCG**GAAAGATAAGGTGAAGAGCAGTCAGAAAAAGACAGAGGAAGTGAAACCAGAGAG
TTCTAGTGTCGACAAGGGTTTGAAAAGGAAGGATTCTGAGGATGATGGGAACGAGCAG*A
GGAAGAGAAAGTAGAAGCTTCGCCGAAAGCGAAGAAGCCAAA*GTTGTTCTACGTCATCT
TCAAGAGGAGACTGATGACACAGAAGCTGATCAAGAAGA*GAAACCTAGAAAC*AAACGA
TGGAAACTTCAACTGAAGTGTCTACTTGAA*TGAGTTGTAACATCCATCACATG

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR1GG03JQ 460 0 0
TGAAGTCCAC
CACTCGCAAAGGACTGACACCTCTTCACTACGCTGCTCAAGGTTCTCACTTGGACCTCGT
CAAGTACTTGGTTAAGAAAGGAGCCAATGTCAGAGCCACGACTAAGGCCGGGAAGAATCC
TGCGGATGTTGCGGGGAACCCTGAAACGCAAAGCTTCCTCGAAGAATGCGAAGAGCAAGC
GAGGAAAGATAAGGTGAAGAGCAGTCAGAAAAAGACAGAGGAAGTGAAACCAGAGAGTTC
TAGTGTCGACAAGGGTTTGAAAAGGAAGGATTCTGAGGATGATGGGAACGAGCAGGAGGA
AGAGAAAGTAGAAGCTTCGCCGAAAGCGAAGAAGCCAAAAGTTGTTCTACGTCATCTTCA
AGAGGAGACTGATGACACAGAAGCTGATCAAGAAGAAGAAACCTAGAAACCAAACGATGG
AAACTTCAACTGAAGTGTCTACTTGAA
ATG

QA 11 457 11 457
DS 

RD RR1F062JQ 684 0 0
ACTTTGCTTCTCAGAAGGGACACTTGGAAGTTGTGAGGACTCTACTGTCTGTCGGAGTTT
CTTTGAAG*CCATCACTCGCAAAGGACTGACACCTCTTCACTACGCTGCTCAAGGTTCTC
ACTTGGACCTCGTCAAGTACTTGGTTAAGAAAGGAGCCAATGTCAGAGCCACGACTAAGG
CCGGGAAGAATCCTGCGGATGTTGCGGGGAACCCTGAAACGCAAAGCTTCCTCGAAGAAT
GCGAAGAGCAAGCG**GAAAGATAAGGTGAAGAGCAGTCAGAAAAAGACAGAGGAAGTGA
AACCAGAGAGTTCTAGTGTCGACAAGGGTTTGAAAAGGAAGGATTCTGAGGATGATGGGA
ACGAGCAGGAGGAAGAGAAAGTAGAAGCTTCGCCGAAAGCGAAGAAGCCAAAAGTTGTTC
TACGTCATCTTCAAGAGGAGACTGATGACACAGAAGCTGATCAAGAAGAAGAAACCTAGA
AACCAAACGATGGAAACTTCAACTGAAGTGTCTACTTGAAATGAGTTGTAACATCCATCA
CATGAGATAATTGAGAGATTTTACCAATACTTTAGTTTGTTTCTATGATACGTATAAGTT
TGTAGAAGAATTCATCAGTTTCTTTTAGGCTGTTTAATCAAAACGTTCATCAGATTCTAA
AACTGTTCCTCTGCATTGCTTACT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 4

CO CL2242Contig1 1391 4 7 U
GGGGTAATATTATAAACCATAAGTTTATTCCCGTCTCTTCTTCTCACCACTCGTTAATCT
TGTTCCTCTGTCGTCTTCCTCTCACCGCCTCTCTCCCTTGATTTTTTTTTCTTTTATATT
TATCCAAACAATCATTTTTAAGATACCTTTTTTTTTGTGTGGAAAGACTATGGCCTTGTT
CGTGAGCTTGATCTTAGGGATAATCGCTGGATGGTTAGCTTTCGTTGTTGGGTTGCTCAT
AGGATGGGCATGGAGACCCAGAGGGGCTTCTTGTTCTGACAAGGAAAGAGTGAAACTTCA
GTGTTGTGCTCCTCGATCTTTTGATTTGTCTTTACCATCGTCTCCCTCTCCTCGTTCCGC
AACTCCTCCGTTAAAGGGCTTTGGTTCTGCTCCTTGCTTGAAAGCTCTTGCCTGCGACAC
GTGGACTATGGCTTTGAGACAGCAGAAAACAGTCTCCCCTGTTTCTTCTTCTTCTTCTTC
TTCATGTGATGATGTGATTGCTGGAGGGAAGAAAACAGAGGAGAGGTTGCCTAATACTGT
GACAGAGTTAGATTTGAGACATCTTGTGCAGTTGGTTGAGAGGAAAGATGGTGGTCATGC
TTGGATTCAGATGATGGACCGGGTTACTCCTGGTATGAGATACCAAGCTTGGCTAAGAGA
GCCTAAGAATGGTCCTACTTAGTATAGAAGCAGGACTGTGTTTGAAGATGCAACTCCTGA
GATTGTAAGAGATTTTTTCTGGGATGATGAGTTTAGACCAAATTGGGATACAATGCTCTC
TAGTTCAACTACTGTTGAAGAGTGCACAAGTACTGGAACCATGATTGTTAGATGGATACG
CAAGTTCCCCTTTCTTCTGCAGTGATAGAGAGTATGTGATTGGTCGCAGGATATGGAACT
GTGGCAAATCTTATTACTGTGTTACGAAGGGAGTGTCGGTTCCTTGTGTTCCACGCAACA
ACAAACAGAAACGTGTGGACTTGTTCTACTCGAGCTGGTGCATTCGACCAGTGGAATCAA
GAAGAGAGGATGGAGTGGCAAGTGCCTGCGAAGTGCTTCTGTTTCACCACGAAGACATGG
GGATACCAAGAGAGATCGCAAAGCTCGGTGTGAAACGAGGGATGTGGGGAGCGGTTAAGA
AGATGGAACCTGGTTCACGTGCTTACCAAGAGCAAAGACTCTTAAGAGGTTTGCTAACGG
TGGAAGAAAACGTGAGCGCCAAGGAACTTCAACAACAACAAGTCAGAGTCGAACTACTAC
TAATACATAGATTGAAGTTCAAATGATTCAGGATTAGTTTTTAGAACTGTAATAAGCTGT
TTCTGCCAAATCTTATACATATGGAACAGTTTTTTTATAAAAGTAATCAATAAAAAGAAA
GTAATTTGTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DY80TF U 1
AF RR1FV73TF U 1
AF RR1FV73JQ C 555
AF RR1DY80JQ C 745
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BS 380 383 RR1DY80TF
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RD RR1DY80TF 383 0 0
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TGTTCCTCTGTCGTCTTCCTCTCACCGCCTCTCTCCCTTGATTTTTTTTTCTTTTATATT
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CGTGAGCTTGATCTTAGGGATAATCGCTGGATGGTTAGCTTTCGTTGTTGGGTTGCTCAT
AGGATGGGCATGGAGACCCAGAGGGGCTTCTTGTTCTGACAAGGAAAGAGTGAAACTTCA
GTGTTGTGCTCCTCGATCTTTTGATTTGTCTTTACCATCGTCTCCCTCTCCTCGTTCCGC
AACTCCTCCGTTAAAGGGGTTTG

QA 1 383 1 383
DS 

RD RR1FV73TF 651 0 0
GGGGTAATATTATAAACCATAAGTTTATTCCCGTCTCTTCTTCTCACCACTCGTTAATCT
TGTTCCTCTGTCGTCTTCCTCTCACCGCCTCTCTCCCTTGATTTTTTTTTCTTTTATATT
TATCCAAACAATCATTTTTAAGATACCTTTTTTTTTGTGTGGAAAGACTATGGCCTTGTT
CGTGAGCTTGATCTTAGGGATAATCGCTGGATGGTTAGCTTTCGTTGTTGGGTTGCTCAT
AGGATGGGCATGGAGACCCAGAGGGGCTTCTTGTTCTGACAAGGAAAGAGTGAAACTTCA
GTGTTGTGCTCCTCGATCTTTTGATTTGTCTTTACCATCGTCTCCCTCTCCTCGTTCCGC
AACTCCTCCGTTAAAGGGCTTTGGTTCTGCTCCTTGCTTGAAAGCTCTTGCCTGCGACAC
GTGGACTATGGCTTTGAGACAGCAGAAAACAGTCTCCCCTGTTTCTTCTTCTTCTTCTTC
TTCATGTGATGATGTGATTGCTGGAGGGAAGAAAACAGAGGAGAGGTTGCCTAATACTGT
GACAGAGTTAGATTTGAGACATCTTGTGCAGTTGGTTGAGAGGAAAGATGGTGGTCATGC
TTGGATTCAGATGATGGACCGGTTTACTCCTGGTATGAGATACCAAGCTTG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1FV73JQ 837 0 0
TGAGACATCTTGTGCAGTTGGTTGAGAGGAAAGATGGTGGTCATGCTTGGATTCAGATGA
TGGACCGGGTTACTCCTGGTATGAGATACCAAGCTTGGCTAAGAGAGCCTAAGAATGGTC
CTACTTAGTATAGAAGCAGGACTGTGTTTGAAGATGCAACTCCTGAGATTGTAAGAGATT
TTTTCTGGGATGATGAGTTTAGACCAAATTGGGATACAATGCTCTCTAGTTCAACTACTG
TTGAAGAGTGCACAAGTACTGGAACCATGATTGTTAGATGGATACGCAAGTTCCCCTTTC
TTCTGCAGTGATAGAGAGTATGTGATTGGTCGCAGGATATGGAACTGTGGCAAATCTTAT
TACTGTGTTACGAAGGGAGTGTCGGTTCCTTGTGTTCCACGCAACAACAAACAGAAACGT
GTGGACTTGTTCTACTCGAGCTGGTGCATTCGACCAGTGGAATCAAGAAGAGAGGATGGA
GTGGCAAGTGCCTGCGAAGTGCTTCTGTTTCACCACGAAGACATGGGGATACCAAGAGAG
ATCGCAAAGCTCGGTGTGAAACGAGGGATGTGGGGAGCGGTTAAGAAGATGGAACCTGGT
TCACGTGCTTACCAAGAGCAAAGACTCTTAAGAGGTTTGCTAACGGTGGAAGAAAACGTG
AGCGCCAAGGAACTTCAACAACAACAAGTCAGAGTCGAACTACTACTAATACATAGATTG
AAGTTCAAATGATTCAGGATTAGTTTTTAGAACTGTAATAAGCTGTTTCTGCCAAATCTT
ATACATATGGAACAGTTTTTTTATAAAAGTAATCAATAAAAAGAAAGTAATTTGTTT

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR1DY80JQ 647 0 0
TGATGAGTTTAGACCAAATTGGGATACAATGCTCTCTAGTTCAACTACTGTTGAAGAGTG
CACAAGTACTGGAACCATGATTGTTAGATGGATACGCAAGTTCCCCTTTCTTCTGCAGTG
ATAGAGAGTATGTGATTGGTCGCAGGATATGGAACTGTGGCAAATCTTATTACTGTGTTA
CGAAGGGAGTGTCGGTTCCTTGTGTTCCACGCAACAACAAACAGAAACGTGTGGACTTGT
TCTACTCGAGCTGGTGCATTCGACCAGTGGAATCAAGAAGAGAGGATGGAGTGGCAAGTG
CCTGCGAAGTGCTTCTGTTTCACCACGAAGACATGGGGATACCAAGAGAGATCGCAAAGC
TCGGTGTGAAACGAGGGATGTGGGGAGCGGTTAAGAAGATGGAACCTGGTTCACGTGCTT
ACCAAGAGCAAAGACTCTTAAGAGGTTTGCTAACGGTGGAAGAAAACGTGAGCGCCAAGG
AACTTCAACAACAACAAGTCAGAGTCGAACTACTACTAATACATAGATTGAAGTTCAAAT
GATTCAGGATTAGTTTTTAGAACTGTAATAAGCTGTTTCTGCCAAATCTTATACATATGG
AACAGTTTTTTTATAAAAGTAATCAATAAAAAGAAAGTAATTTGTTT

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 4

CO CL2243Contig1 1018 4 9 U
GAAAAGGCAACGCATCAGATCACCCTTTCTTCTTCTTTAGATTGGATCTGCCGAGTACGG
TGGTGCAATGTCTAGCTACCAGTCTCCTTCCTTTGACGACGGCGGGGAGGTTAATCCTTT
TGCGAATCCTTCAACTGTTCCTGCTGCGTATGAGCACACCACTGATATTCCTCTAGACTC
TCGGAAGGATCTGAAAGCTAAGGAGAAGGAACTCCAGGCAAAAGAAGCTGATTTGAAGAG
GCGAGAGCAGGAACTCAAGCGGAAAGAGGATGCTATAGCACAGGCCGGGATTGTGATAGA
AGACAAAAACTGGCCACCGTTTCTTCCTCTCATCCATCATGACATTTCGAATGAGATTCC
CATCCATCTCCAGAGAATCCAATATGTTGCATTCACATCGTTTCTGGGTCTTGTGGTGTG
CCTGTTATGGAACATTGTTGCAGTCACCACCGCGTGGATTAAGGGAGAAGGTCCAACCAT
ATGGTTTCTAGCTATTATCTATTTCATATCGGGGGTTCCTGGAGCGTATGTTATGTGGTA
TAGACCTCTTTATCGTGCCATGAGGACTGATAGTGCTCTCAAGTTTGGGTGGTTTTTCTT
AACATATCTGTTTCACATAGGGTTTTGTGTATTCGCGGCGGTGGCTCCTCCAATTATCTT
CAAGGGGAAGTCGCTGACGGGAATATTACCGGCGATTGACGTGTTGAGCGGGAACATATT
AGTTGGGATATTCTACTTCATTGGGTTTGGATTCTTTTGCCTGGAGTCACTCGTGAGCAT
CTGGGTTATTCAGCAAGTATACATGTACTTCAGAGGGAGCGGTAAAGCAGCAGAGATGAA
GCAGGAGGCAACAAGACGAGCAATGATGGCAGCTCTCTGACCACACACCCTTGAGTCTTA
ACCATGAAGATACCATACAGACAGATCCTCTCCTTTTCACTCTTCTTTTGCTTCATTTAA
CTAAATGTAACCAAAACTTCTTGATTTCTTTTTAACCATCATCTTTGAAAGGAGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E127TF U 37
AF RR1E786TF U 1
AF RR1FR33TF U 37
AF RR1E127JQ C 365
BS 1 191 RR1E786TF
BS 192 192 RR1E127TF
BS 193 440 RR1E786TF
BS 441 441 RR1E127TF
BS 442 676 RR1E786TF
BS 677 682 RR1FR33TF
BS 683 683 RR1E127JQ
BS 684 810 RR1FR33TF
BS 811 1018 RR1E127JQ

RD RR1E127TF 623 0 0
GG
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ACGGCGGGGAGGTTAATCCTTTTGCGAATCCTTCAACTGTTCCTGCTGCGTATGAGCACA
CCACTGATATTCCTCTAGACTCTCGGAAGGATCTGAAAGCTAAGGAGAAGGAACTCCAGG
CAAAAGAAGCTGATTTGAAGAGGCGAGAGCAGGAACTCAAGCGGAAAGAGGATGCTATAG
CACAGGCCGGGATTGTGATAGAAGACAAAAACTGGCCACCGTTTCTTCCTCTCATCCATC
ATGACATTTCGAATGAGATTCCCATCCATCTCCAGAGAATCCAATATGTTGCATTCACAT
CGTTTCTGGGTCTTGTGGTGTGCCTGTTATGGAACATTGTTGCAGTCACCACCGCGTGGA
TTAAGGGAGAAGGTCCAACCATATGGTTTCTAGCTATTATCTATTTCATATCGGGGGTTC
CTGGAGCGTATGTTATGTGGTATAGACCTCTTTATCGTGCCATGAGGACTGATAGTGCTC
TCAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTAACATATCTGTTTCACATAGGGTTTTGTGTATTCGCGG
CGGTGGCTCCTCCAATTATCT

QA 3 623 3 623
DS 

RD RR1E786TF 676 0 0
GAAAAGGCAACGCATCAGATCACCCTTTCTTCTTCTTTAGATTGGATCTGCCGAGTACGG
TGGTGCAATGTCTAGCTACCAGTCTCCTTCCTTTGACGACGGCGGGGAGGTTAATCCTTT
TGCGAATCCTTCAACTGTTCCTGCTGCGTATGAGCACACCACTGATATTCCTCTAGACTC
TCGGAAGGATCCGAAAGCTAAGGAGAAGGAACTCCAGGCAAAAGAAGCTGATTTGAAGAG
GCGAGAGCAGGAACTCAAGCGGAAAGAGGATGCTATAGCACAGGCCGGGATTGTGATAGA
AGACAAAAACTGGCCACCGTTTCTTCCTCTCATCCATCATGACATTTCGAATGAGATTCC
CATCCATCTCCAGAGAATCCAATATGTTGCATTCACATCGTTTCTGGGTCTTGTGGTGTG
CCTGTTATGGAACATTGTTGTAGTCACCACCGCGTGGATTAAGGGAGAAGGTCCAACCAT
ATGGTTTCTAGCTATTATCTATTTCATATCGGGGGTTCCTGGAGCGTATGTTATGTGGTA
TAGACCTCTTTATCGTGCCATGAGGACTGATAGTGCTCTCAAGTTTGGGTGGTTTTTCTT
AACATATCTGTTTCACATAGGGTTTTGTGTATTCGCGGCGGTGGCTCCTCCAATTATCTT
CAAGGGGAAGTCGCTG

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1FR33TF 774 0 0
GG
AGATTGGATCTGCCGAGTACGGTGGTGCAATGTCTAGCTACCAGTCTCCTTCCTTTGACG
ACGGCGGGGAGGTTAATCCTTTTGCGAATCCTTCAACTGTTCCTGCTGCGTATGAGCACA
CCACTGATATTCCTCTAGACTCTCGGAAGGATCTGAAAGCTAAGGAGAAGGAACTCCAGG
CAAAAGAAGCTGATTTGAAGAGGCGAGAGCAGGAACTCAAGCGGAAAGAGGATGCTATAG
TACAGTC*GGGATTGTGATAGAAGACAAAAACTGGCCACCGTTTCTTCCTCTCATCCATC
ATGACATTTCGAATGAGATTCCCATCCATCTCCAGAGAATCCAATATGTTGCATTCACAT
CGTTTCTGGGTCTTGTGGTGTGCCTGTTATGGAACATTGTTGCAGTCACCACCGCGTGGA
TTAAGGGAGAAGGTCCAACCATATGGTTTCTAGCTATTATCTATTTCATATCGGGGGTTC
CTGGAGCGTATGTTATGTGGTATAGACCTCTTTATCGTGCCATGAGGATTGATAGTGCTC
TCAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTAACATATCTGTTTCACATAGGGTTTTGTGTATTCGCGG
CGGTGGCTCCTCCAATTATCTTCAAGGGGAAGTCGCTGACGGGA*TATTACCGGCGATTG
ACGTGTTGAGCGGGAACATATTAGTTGGGATATTCTACTTCATTGGGTTTGGATTCTTTT
GCCTGGAGTCACTCGTGAGCATCTGGGTTATTCAGCAAGTATACATGTACTT

QA 3 774 3 774
DS 

RD RR1E127JQ 654 0 0
CATCTCCAGAGAATCCAATATGTTGCATTCACATCGTTTCTGGGTCTTGTGGTGTGCCTG
TTATGGAACATTGTTGCAGTCACCACCGCGTGGATTAAGGGAGAAGGTCCAACCATATGG
TTTCTAGCTATTATCTATTTCATATCGGGGGTTCCTGGAGCGTATGTTATGTGGTATAGA
CCTCTTTATCGTGCCATGAGGACTGATAGTGCTCTCAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTAACA
TATCTGTTTCACATAGGGTTTTGTGTATTCGCGGCGGTGGCTCCTCCAATTATCTTCAAG
GGGAAGTCGCTGACGGGAATATTACCGGCGATTGACGTGTTGAGCGGGAACATATTAGTT
GGGATATTCTACTTCATTGGGTTTGGATTCTTTTGCCTGGAGTCACTCGTGAGCATCTGG
GTTATTCAGCAAGTATACATGTACTTCAGAGGGAGCGGTAAAGCAGCAGAGATGAAGCAG
GAGGCAACAAGACGAGCAATGATGGCAGCTCTCTGACCACACACCCTTGAGTCTTAACCA
TGAAGATACCATACAGACAGATCCTCTCCTTTTCACTCTTCTTTTGCTTCATTTAACTAA
ATGTAACCAAAACTTCTTGATTTCTTTTTAACCATCATCTTTGAAAGGAGCCCC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 2 4

CO CL2244Contig1 679 2 5 U
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ACCAAACATAGAGATACATAAAAGCCAGTGAACAAACAGACTCTTATACATCCATGAACA
CAATCCACCAGATTTTATTATTTTCCCATGCACCATGATTCCTGTCTCTTGTTCTTTCTC
CCTTTGCAAGAGAATCAAGTAACAAGTAGAATCTTACCAATATGGCTACTACTCTCCATC
AGGCTATGAGCCTCTGCTGCTTGCGACAACGGTAAGTACTTGTAAATCACTGGTTTTACC
TTCCCTGCCTCTATCGCTGGCCAAACAATCTTCTCCACTTCCGCTACAACAACCGCTTTG
TTCTCCTTGCTTCTTGGTCTTAACGCAGCTCCTAAGACAGTGAGACGCTTCGGGAGCAGA
CTACTTAGTTTTATCTCTGCATTAGCTCCTCCCATTAAACCGATGATACATAACCTTCCA
TCGAAGTTTAAGCTGTCGAGGTTTTTCTGCAAATAAGGCGCTCCAATGCAGTCCAAGATA
ACATCCACACCTTTCCCATCGGTTTCAGCTTTCACCCTTGCCACAAAGTCCTCGGTTTTG
TAATTTATACAAGCATCAGCCCCGAGTTCTTTGCAAGCAGCTAACTTTTCCTCATTTCCT
GCTGTGACAAATACTCTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H531JQ U 106
AF RR1G686JQ U 1
BS 1 251 RR1G686JQ
BS 252 252 RR1H531JQ
BS 253 390 RR1G686JQ
BS 391 391 RR1H531JQ
BS 392 679 RR1G686JQ

RD RR1H531JQ 392 0 0
C
TACATCCATGAACACAATCCACCAGATTTTATTATTTTCCCATGCACCATGATTCCTGTC
TCTTGTTCTTTCTCCCTTTGCAAGAGAATCAAGTAACAAGTAGAATCTTACCAATATGGC
TACTACTCTCCATCAGGCTATGAGCCTCTGCTGCTTGCGACAACGGTAAGTACTTGTAAA
TCACTGGTTTTACCTTCCCTGCTTCTATCGCTGGCCAAACAATCTTCTCCACTTCCGCTA
CAACAACCGCTTTGTTCTCCTTGCTTCTTGGTCTTAACGCAGCTCCTAAGACAGTGAGAC
GCTTCGGGAGCAGACTACTTAGTTTTATCTCTGCATTAGCTCCTCCCATTAAACCGATGA
TACATAACCTTCCATCGAAGTTTAAGCTGTC

QA 2 392 2 392
DS 

RD RR1G686JQ 679 0 0
AAGAAGAAAACATAGTACTTTAGTGTTGACAGCTTATTAATATTCCATAATTACATAGTA
ACCAAACATAGAGATACATAAAAGCCAGTGAACAAACAGACTCTTATACATCCATGAACA
CAATCCACCAGATTTTATTATTTTCCCATGCACCATGATTCCTGTCTCTTGTTCTTTCTC
CCTTTGCAAGAGAATCAAGTAACAAGTAGAATCTTACCAATATGGCTACTACTCTCCATC
AGGCTATGAGCTTCTGCTGCTTGCGACAACGGTAAGTACTTGTAAATCACTGGTTTTACC
TTCCCTGCCTCTATCGCTGGCCAAACAATCTTCTCCACTTCCGCTACAACAACCGCTTTG
TTCTCCTTGCTTCTTGGTCTTAACGCAGCTTCTAAGACAGTGAGACGCTTCGGGAGCAGA
CTACTTAGTTTTATCTCTGCATTAGCTCCTCCCATTAAACCGATGATACATAACCTTCCA
TCGAAGTTTAAGCTGTCGAGGTTTTTCTGCAAATAAGGCGCTCCAATGCAGTCCAAGATA
ACATCCACACCTTTCCCATCGGTTTCAGCTTTCACCCTTGCCACAAAGTCCTCGGTTTTG
TAATTTATACAAGCATCAGCCCCGAGTTCTTTGCAAGCAGCTAACTTTTCCTCATTTCCT
GCTGTGACAAATACTCTGA

QA 1 679 1 679
DS 



CO CL2244Contig2 761 2 1 U
GGAGAAGAAGGAAGAGGGTTTTGATACGGAAGCTAGAGAGAGAGAGAATGAAGGCGATCG
TGATCACGAAGCCAGGAGCGCCGGAGGTTCTGCAACTCCGAGAAGTGGAAGACCCACAAG
TGAAAGACGACGAGGTTCTCATCAGAGTTCACGCCACTGCTCTGAATCGCGCAGATACTC
TCCAGAGACTCGGCTCCTACTCTCCGCCACCTGGCTCTAGCCCTTACCCTGGTCTCGAGT
GTTCCGGTACCATCGAATCCCTCGGCAACTCCGTCGTCTCTCGTTGGAAGGTCGGAGACC
AGGTGTGTGCTCTTCTCTCTGGAGGAGGTTACGCAGAGAAGGTTGCTGTACCTGTTGGAC
AAATCCTACCAATCCCCGCTGGTATCTCTCTGAAAGATGCAGCTGCTTTCCCTGAAGTGG
CATGCACTGTTTGGTCAACTGTCTTCATGATGGGCCGTCTCTCCCCTGGTGAATCCTTCT
TGGTTCATGGAGGTTCAAGTGGGATCGGGACATTTGCAATTCAGATGGCTAAACATCAAG
GAGTCAGAGTATTTGTCACAGCAGGAAATGAGGAAAAGTTAGCTGCTTGCAAAGAACTCG
GGGCTGATGCTTGTATAAATTACAAAACCGAGGACTTTGTGGCAAGGGTGAAAGCTGAAA
CCGATGGGAAAGGTGTGGATGTTATCTTGGACTGCATTGGAGCGCCTTATTTGCAGAAAA
CCTCGACAGCTAAACTTCGATGGAAGTTATGTATCATCGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1H531TF U 1
AF RR1G686TF U 25
BS 1 761 RR1H531TF

RD RR1H531TF 761 0 0
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TGATCACGAAGCCAGGAGCGCCGGAGGTTCTGCAACTCCGAGAAGTGGAAGACCCACAAG
TGAAAGACGACGAGGTTCTCATCAGAGTTCACGCCACTGCTCTGAATCGCGCAGATACTC
TCCAGAGACTCGGCTCCTACTCTCCGCCACCTGGCTCTAGCCCTTACCCTGGTCTCGAGT
GTTCCGGTACCATCGAATCCCTCGGCAACTCCGTCGTCTCTCGTTGGAAGGTCGGAGACC
AGGTGTGTGCTCTTCTCTCTGGAGGAGGTTACGCAGAGAAGGTTGCTGTACCTGTTGGAC
AAATCCTACCAATCCCCGCTGGTATCTCTCTGAAAGATGCAGCTGCTTTCCCTGAAGTGG
CATGCACTGTTTGGTCAACTGTCTTCATGATGGGCCGTCTCTCCCCTGGTGAATCCTTCT
TGGTTCATGGAGGTTCAAGTGGGATCGGGACATTTGCAATTCAGATGGCTAAACATCAAG
GAGTCAGAGTATTTGTCACAGCAGGAAATGAGGAAAAGTTAGCTGCTTGCAAAGAACTCG
GGGCTGATGCTTGTATAAATTACAAAACCGAGGACTTTGTGGCAAGGGTGAAAGCTGAAA
CCGATGGGAAAGGTGTGGATGTTATCTTGGACTGCATTGGAGCGCCTTATTTGCAGAAAA
CCTCGACAGCTAAACTTCGATGGAAGTTATGTATCATCGGT

QA 1 761 1 761
DS 

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G
ACGGAAGCTAGAGAGAGAGAGAATGAAGGCGATCGTGATCACGAAGCCAGGAGCGCCGGA
GGTTCTGCAACTCCGAGAAGTGGAAGACCCACAAGTGAAAGACGACGAGGTTCTCATCAG
AGTTCACGCCACTGCTCTGAATCGCGCAGATACTCTCCAGAGACTCGGCTCCTACTCTCC
GCCACCTGGCTCTAGCCCTTACCCTGGTCTCGAGTGTTCCGGTACCATCGAATCCCTCGG
CAACTCCGTCGTCTCTCGTTGGAAGGTCGGAGACCAGGTGTGTGCTCTTCTCTCTGGAGG
AGGTTACGCAGAGAAGGTTGCTGTACCTGTTGGACAAATCCTACCAATCCCCGCTGGTAT
CTCTCTGAAAGATGCAGCTGCTTTCCCTGAAGTGGCATGCACTGTTTGGTCAACTGTCTT
CATGATGGGCCGTCTCTCCCCTGGTGAATCCTTCTTGGTTCATGGAGGTTCAAGTGGGAT
CGGGACATTTGCAATTCAGATGGCTAAACATCAAGGAGTCAGAGTATTTGTCACAGCAGG
AAATGAGGAAAAGTTAGCTGCTTGCAAAGAACTCGGGGCTGATGCTTGTATAAATTACAA
AACCGAGGACTTTGTGGCAAGGGTGAAAGCTGAAACCGATGGGAAAGGTGTGGATGTTAT
CTTGGACTGCATTGGAGCGCCTTATTTGCAGAAAACCTCGACAGCT
TAA

QA 2 707 2 707
DS 



AS 1 4

CO CL2245Contig1 1213 4 12 U
GCTTTAAAACAGAATATATTCATCGCTGTGGTGGGATCATATAAGATAAAATAATAATAA
TAATAAGATGGTTAGGGCAAATTTTTTGAGCGTGATTATGCTGATGCATGCAATTATTGG
TCTTCCTTATAACGTGAGGGGGTTGAGTATGGGTTACTACTTGATGAGCTGTCCTGCCGC
AGAACAGATTGTGACAAATACTGTTAACAATGCTCTTCAAGCCGATCCCACTTTGGCCGC
AGGTCTTATCCGCATGCTCTTCCACGACCGTTTCATTGAGGGATGTGATGCGTCGATTCT
GCTAGACTCAACAAAAGACAACACTGCAGAAAAGGATTCACCTGCGAATCTGAGTCTACG
TGGCTACGAGATCATAGACGATGCAAAAAAGAAAATTGAGGCTAGATGTCCAGGAGTTGT
ATCTTGCGCAGATATTATTGCAATGGCTGCTAGAGATGCTGTTTTTTCAGCTAATGGTCC
ATATTATCAAATACCAAAAGGAAGATTTGATGGTAAAAGATCGAAGATAGAAGATACAAG
AAATCTTCCTTCACCTTTTCTCAATGCTTCTCAACTCATTCAGACTTTTGGCCAACGTGG
CTTCACTCCACAAGATGTTGTTGCTCTCTCCGGAGCACATACTCTTGGAGTTGCACGATG
CTCATCCTTTAAAGCCAGACTTACCACACCAGACTCTTCAATGGACTCTTCCTTTGTAAA
CACTCTCACTAAAACTTGTAGTGCC*GGTGACAATGCAGAGCAACCATTTGATGCCACGC
GCAACAACTTCGACAATGCTTATTTCATTGCCCTTCAGAGGAAATCAGGAGTCCTCTTTT
CAGACCAAACATTATCCAACACTCCAGCGACTAGGAATATCGTTAATGGCTATGCCTTTA
ACCAAGCTAAGTTTTTCTTTGATTTCCAAATGGCCATGCAAAAGATGAGCAATCTTGATG
TTAAACTTGGCTCTCAAGGTGAAGTCCGTAAAAATTGTCGCATTCTTAACTAAGCATATG
CCAAATGTATTTAGTATGATATTTGTATCAGTACTCCTACCTTTAGTTATGTCTCTACTC
TCATCATATGATTCATGATGAATCTCTTCTGCTACCATATATAAAATTGGTGTTTGTAAT
ATGTAATTGTCCACTTGTTGTTTGTGGGTTTTAGAATAATATATCTATAAAATATGGTCG
ATGACTTTATTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GU79TF U 180
AF RR1AZ64TF U 1
AF RR1AZ64JQ C 305
AF RR1GU79JQ C 572
BS 1 268 RR1AZ64TF
BS 269 269 RR1GU79TF
BS 270 745 RR1AZ64TF
BS 746 746 RR1AZ64JQ
BS 747 795 RR1AZ64TF
BS 796 796 RR1AZ64JQ
BS 797 820 RR1AZ64TF
BS 821 928 RR1AZ64JQ
BS 929 929 RR1GU79JQ
BS 930 1019 RR1AZ64JQ
BS 1020 1020 RR1GU79JQ
BS 1021 1213 RR1AZ64JQ

RD RR1GU79TF 411 0 0
G
AGAACAGATTGTGACAAATACTGTTAACAATGCTCTTCAAGCCGATCCCACTTTGGCCGC
AGGTCTTATCCGCATGCTCTTCCACGACCGTTTCATTGAGGGATGTGATGCGTCGATTCT
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ATCTTGCGCAGATATTATTGCAATGGCTGCTAGAGATGCTGTTTTTTCAGCTAATGGTCC
ATATTATCAAATACCAAAAGGAAGATTTGATGG*AAAAGATCGAAGATAGAAGATACAAG
AAATCTTCCTTCACCTTTTCTCA*TGCTTCTCA*CTCATTCAGACTTTTG

QA 2 411 2 411
DS 

RD RR1AZ64TF 820 0 0
GCTTTAAAACAGAATATATTCATCGCTGTGGTGGGATCATATAAGATAAAATAATAATAA
TAATAAGATGGTTAGGGCAAATTTTTTGAGCGTGATTATGCTGATGCATGCAATTATTGG
TCTTCCTTATAACGTGAGGGGGTTGAGTATGGGTTACTACTTGATGAGCTGTCCTGCCGC
AGAACAGATTGTGACAAATACTGTTAACAATGCTCTTCAAGCCGATCCCACTTTGGCCGC
AGGTCTTATCCGCATGCTCTTCCACGACTGTTTCATTGAGGGATGTGATGCGTCGATTCT
GCTAGACTCAACAAAAGACAACACTGCAGAAAAGGATTCACCTGCGAATCTGAGTCTACG
TGGCTACGAGATCATAGACGATGCAAAAAAGAAAATTGAGGCTAGATGTCCAGGAGTTGT
ATCTTGCGCAGATATTATTGCAATGGCTGCTAGAGATGCTGTTTTTTCAGCTAATGGTCC
ATATTATCAAATACCAAAAGGAAGATTTGATGGTAAAAGATCGAAGATAGAAGATACAAG
AAATCTTCCTTCACCTTTTCTCAATGCTTCTCAACTCATTCAGACTTTTGGCCAACGTGG
CTTCACTCCACAAGATGTTGTTGCTCTCTCCGGAGCACATACTCTTGGAGTTGCACGATG
CTCATCCTTTAAAGCCAGACTTACCACACCAGACTCTTCAATGGACTCTTCCTTTGTAAA
CACTCTCACTAAAACTTGTAGTGCCCGGTGACAATGCAGAGCAACCATTTGATGCCACGC
GCAACAACTTCGACA*TGCTTATTTCATTGCCCTTCAGAG

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1AZ64JQ 909 0 0
ACTCAACA
AAAAGACAACACTGCAGAAAAGGATTCAC*TGCGAATCTGAGTCTACGTGGCTACGAGAT
CATAGACGATGCAAAAAAGAAAATTGAGGCTAGATGTCCAGGAGTTGTATCTTGCGCAGA
TATTATTGCAATGGCTGCTAGAGATGCTGTTTTTTCAGCTAATGGTCCATATTATCAAAT
ACCAAAAGGAAGATTTGATGGTAAAAGATCGAAGATAGAAGATACAAGAAATCTTCCTTC
ACCTTTTCTCAATGCTTCTCAACTCATTCAGACTTTTGGCCAACGTGGCTTCACTCCACA
AGATGTTGTTGCTCTCTCCGGAGCACATACTCTTGGAGTTGCACGATGCTCATCCTTTAA
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AACTTGTAGTGCC*GGTGACAATGCAGAGCAACCATTTGATGCCACGCGCAACAACTTCG
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QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 4

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 

AF RR1H751TF U 1
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TGGTCCT

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DS 

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TACCAGGGTTTCCAGACAATGTAAGAATGAACGAGAAGGGTGAGTTTTGGGTTGCAATAA
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CTTTAGACTGCCCATACCCATGAAGCTGCTGGCTAAAGCCATGGGGATGAGAATGTACAC
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CGT

QA 5 787 5 787
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AACCATATTGCCTCTGTGCCTTATCCTTTCAAAATGAATTAGTGAACAACTTTGTTCTGT
AGTTCTTAGCTTGTGGAAGTGTTATCCTCTTGATTAACATCCATGAAGCCCTGTAGCTTG
AATAACCTTTTCTCATTATTTACGTTGATAAATAATGCATATTCTATTTTCGT

QA 1 413 1 413
DS 



AS 1 4

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ATGCTGTCAATGAGGCATTGGACTCTGTTAACAAGTTTGAATGCGTCTTAGATACGGGAG
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GATGGTGTGTATGAAGCACAAGCCCTCTCATTGGCCCATCAAGACTCTAGCTGCCAACTC
CATGTACCGAATCTGTCAAACCATTCTCCTCAACTACGAAACGAGAGACTACGGAACAGG
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TGCGTTGAAATGTAACAATATCTCACTAGTATATGCTATTGAAGAATGTCTTTGTTGTTT
GTCTCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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CC

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TTCTGACGGTGATAACAAGATAGTTTCTTCTCATGACTCAAATGAAGTGTGCATCACTGT
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DS 

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ATGCATGTTTATGATTGTTGTTGGTGATGATGCACTTCACATGTGATAATGATATGTAGC
ACTTTGCGTTGAAATGTAACAATATCTCACTAGTATATGCTATTGAAGAATGTCTTTGTT
GTTTGTCTC

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DS 



AS 1 4

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AAGTCTTCAATTAACTTTTGAAGCAAAACCAAAAAGAAACAAAATTATCTGTGAAAGCAA
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ACCATTGAGCTCAACAACAATCTTACCAGACCTGTGATCATCAACGTACTCAAACTCACC
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BQ
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AF RR1CB26JQ U 43
AF RR1CB26TF C 1
AF RR1F470TF C 46
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BS 541 541 RR1F470TF
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AAA

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DS 

RD RR1F470TF 674 0 0
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TATCTGTGAAAGCAAACAGAGAAACGCCTACTACTCTCTTAACATTGAGCTAAATCGAAA
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GTCCATGATACCGGCTGAGGTTGTTAGAACAATGTAGCCAAACTGTCTGGAAGGAAGAAG
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CTTAGAAGAAGGCCTAATCATGACCTGCCTCTTGCCTCTCTTCTCGGCATTGTACATACT
CTTCAAACCATCGTTAAGCACACTGATTCTCACCATCTTTCAAA*GATCAAAACACTTGG
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CT*ACTACATACCC

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DS 



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CGTTTCCTTGGTGACGATTATTACATCTGCAGGTTTCAGAAACCTGGAGAGATAGAAGCA
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GGACCGCTTTACCTCCCCAAAGGCAAACTCTTCAAAAGCTCAGAAAACGGTGGCGCGTCT
TCTGCGTTACCACCGTGGCTAACACAAGAAGACCTCGACTATTACGTCACCAAGTACCAC
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ACTGCACCTTGGACCGGTGCTAAGATTGGTGTACCGGTGAAGTTCATAGTAGGAGATCAG
GATTTGACGTACAATTCGCCGGGGGCTAAGGAGTACATCAACGGTGGGGGATTCAAGAAA
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TCAAAAATCTACTTTTATTTAAATAAATGAAAAACGGATTTAACGTCTGTGTGTTTTACA
ACAATTACATTTTAGTATTTTATTTTTACATATATTTGCTTGTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1AL11TF U 1
AF RR1A919TF U 1
AF RR1A919JQ C 407
AF RR1AL11JQ C 934
BS 1 846 RR1A919TF
BS 847 1185 RR1A919JQ

RD RR1AL11TF 678 0 0
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GGACCGCTTTACCTCCCC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1A919TF 846 0 0
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AAAGTAAACGGCATAAACATGCACGTGGCCGAGCTTTCCGGATCCGGATCTGGAGGAGAC
CCGATCATCCTCTTCATCCACGGATTCCCTGAGCTTTGGTACACGTGGCGGCACCAGATG
ACTGCGCTTTCGTCCCTAGGGTACCGTACCATCGCGCCGGATCTTAGAGGATACGGAGAC
ACAGACGCGCCGGAGAAAGTGGAGGACTATACTTACTTCAACATGGTCGGAGACTTGGTG
GCACTCATCGACGCAGTGACCGGTGGAGACGAGCCGGTTTTCGTGGTGGGTCATGACTGG
GGAGCGATGATCGCGTGGCAGTTGTGTATGTACCGACCAGAGAAAGTCAAGGCACTGGTC
AACATGAGTGTCCTCTTCTCTCCGAGGAACCCAGATCGTGTCCCGATTCCGACCTTGAGA
CGTTTCCTTGGTGACGATTATTACATCTGCAGGTTTCAGAAACCTGGAGAGATAGAAGCA
GAGTTCGAAACATTGGGAACAGAGAAGGTGTTGAAAGATTTCTTAACCTACAAAACGCCT
GGACCGCTTTACCTCCCCAAAGGCAAACTCTTCAAAAGCTCAGAAAACGGTGGCGCGTCT
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AACAAAGGCTTCACTGGACCAATTAACTACTACCGCAACATTGACCGAAATTGGGAGCTG
ACTGCA

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR1A919JQ 779 0 0
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TTCCGACCTTGAGACGTTTCCTTGGTGACGATTATTACATCTGCAGGTTTCAGAAACCTG
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ACGGTGGCGCGTCTTCTGCGTTACCACCGTGGCTAACACAAGAAGACCTCGACTATTACG
TCACCAAGTACCACAACAAAGGCTTCACTGGACCAATTAACTACTACCGCAACATTGACC
GAAATTGGGAGCTGACTGCACCTTGGACCGGTGCTAAGATTGGTGTACCGGTGAAGTTCA
TAGTAGGAGATCAGGATTTGACGTACAATTCGCCGGGGGCTAAGGAGTACATCAACGGTG
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AGTTTCTCTAAAAATCAAAAATCTACTTTTATTTAAATAAATGAAAAACGGATTTAACGT
CTGTGTGTTTTACAACAATTACATTTTAGTATTTTATTTTTACATATATTTGCTTGTCC

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1AL11JQ 248 0 0
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AAGGGAGTGGGACATTTCCTCCACGAGGAGAAGCCTGAGGAGATCAATCAACATATTCAC
AGCTTCTTCCAAAAGTTTCTCTAAAAATCAAAAATCTACTTTTATTTAAATAAATGAAAA
ACGGATTTAACGTCTGTGTGTTTTACAACAATTACATTTTAGTATTTTATTTTTACATAT
ATTTGCTT

QA 1 248 1 248
DS 



AS 1 4

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GGGAGAGTCGCCCTTGTGAACTATGGAAAAGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATCGTTGAC
GTCGTGGACCAGAACAGGGCTTTGGTAGACGCCCCTGACATGGAGAGAATCCAGATGAAC
TTCAAGAGGCTGTCTCTTACTGACATCGTTATCGAGATTAACCGAGTGCCAAAGAAGAAG
GCGTTGATCGAGGCCATGGAGAAGGCTGACGTAAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCGTGG
GGTAGGAAGCTCATTGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAACGATTTTGACAGATTCAAG
ATCATGTTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAG
AAGGAGATCACTGCCTGATCAACTTTAGGATTCTCTGTTTTTCGATTTTGAATTTGGTAG
TTAGTGTTTTTTGAAAGTGTCAAACATCATTTATCTACTCTGCTGTCAGATGTTAAGTTC
AAGTTTGAATGAAACCTTGTTTGGAAGACTTCATTTTGTTGTTTGATCGCACTCTCTTCA
CTAAAAGCATGTTTATTTTCTATTTAGTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A359TF U 1
AF RR1H629TF U 14
AF RR1D593JQ C 6
AF RR1D593TF U 6
BS 1 200 RR1A359TF
BS 201 201 RR1H629TF
BS 202 269 RR1A359TF
BS 270 270 RR1H629TF
BS 271 272 RR1A359TF
BS 273 273 RR1D593TF
BS 274 346 RR1A359TF
BS 347 348 RR1H629TF
BS 349 445 RR1A359TF
BS 446 446 RR1D593TF
BS 447 568 RR1A359TF
BS 569 632 RR1D593TF

RD RR1A359TF 571 0 0
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GTCGTGGACCAGAACAGGGCTTTGGTAGACGCCCCTGACATGGAGAGAATCCAGATGAAC
TTCAAGAGGCTGTCTCTTACCGACATCGTTATCGAGATTAACCGAGTGCCAAAGAAGAAG
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TTAGTGTTTTTTGAAAGTGTCAAACATCATTTATCTACTCTGCTGTCAGATGTTAAGTTC
AAGTTTGAATGAAACCTTGTTTGGAAGA
CTT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1H629TF 555 0 0
GG
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GTGAACTATGGAAAAGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATCGTTGACGTCGTGGACCAGAAC
AGGGCTTTGGTAGACGCCCCTGACATGGAGAGAATCCAGATGAACTTCAAGAGGCTGTCT
CTTACTGACATCGTTATCGAGATTAACCGAGTGCCAAAGAAGAAGGCGTTGATCGAGGCC
ATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCT**TGGGGTAGGAAGCTCAAT
GTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAACGATTTTGACAGATTCAAGATCATGTTGGCCAAA
ATCAAGAAAGCCGGTGTTGTCAGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAGAAGGAGATCACTGCC
TGATCAACTTGAGGATTCTCTGTTTTTCGATTTTGAATTTGGTAGTTAGTGTTTTTTGAA
AGTGTCAAACATCATTTATCTACTCTGCTGTCAGATGTTAAGTTCAAGTTTGAATGAAAC
CTTGTTTGGAAGA

QA 3 555 3 555
DS 

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GG
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TGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAGAAGGAGA
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TTTTTGAAAGTGTCAAACATCATTTATCTACTCTGCTGTCAGATGTTAAGTTCAAGTTTG
AATGAAACCTTGTTTGGAAGACTTCATTTTGTTGTTTGATCGCACTCTCTTCACTAAAAG
CATGTTTATTTTCTATTTAGTCTCT

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR1D593TF 627 0 0
GG
GAACATTCAAGCTACCGCCGGCGAAAATGGTTTTCAAGAGGTACGTCGAGATCGGGAGAG
TCGCCCTTGTGAACTATGGAAAAGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATCGTTGACGTCGTGG
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GGCTGTCTCTTACTGACATCGTTATCGAGATTAACCGAGTGCCAAAGAAGAAGGCGTTGA
TCGAGGCCATGGAGAAGGCTGACGTAAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCGTGGGGTAGGA
AGCTCATTGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAACGATTTTGACAGATTCAAGATCATGT
TGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAGAAGGAGA
TCACTGCCTGATCAACTTTAGGATTCTCTGTTTTTCGATTTTGAATTTGGTAGTTAGTGT
TTTTTGAAAGTGTCAAACATCATTTATCTACTCTGCTGTCAGATGTTAAGTTCAAGTTTG
AATGAAACCTTGTTTGGAAGACTTCATTTTGTTGTTTGATCGCACTCTCTTCACTAAAAG
CATGTTTATTTTCTATTTAGTCTCT

QA 3 627 3 627
DS 



AS 1 4

CO CL2251Contig1 1047 4 11 U
GGAATAGTAAAACCCTCATTTCTCGATAGCCCCAAACCTAGAAAGAAGAAGCCTCCCGAA
AATGTCGTTGACCACCGTGTTTCGCCGAGCCTCGTCTAGAGTGGCTACTCTCGCCTTCCG
TTCCGTTAGATCTCCGGTTAGCGTCCGCAGTGGCTCCGAGAGGCTGATTCTTCGTAGCCA
GCAGCAGTTCCACCGCGCATCGGTGATTCCTTTCTCGAGATTTTACTCGACGGAAAGTGC
GGTCACGAAAACAACCGCCGACGAGAATCTGGTGAGCGTTCTCGAATCTGAAATCGATTG
CGCCGTTAAGGAGGAGGCCCCTGATCAGGACGTCATGGAAGAGATACCAGAAGGGTTTCC
TTTCAAGATCATTGATACTCCTGGTGAACGAACCGTGTTGCTTCAAAGGAATTTTGAGGA
TGAAACTATCCAAGTCGAAGTTGACTCCTCTTCACCTTATGACGATGATGATGATGAAGA
TGAACAAGAACAAGAACAAGCTGAACAGAACGATGATGCTGAAGATGACGAACACTCTGT
CAAAATCCGGATTCCCATGGTTGTCAGTGTCTCCAAAGGTGATGGTGTCTGTCTTGAGTT
TGGAGTCAGCGCTTTCCCTGATGAGATCGTCATTGATAGTTTATCCATCAAACATCCTCA
AGGTTCTGACAATGACCTTGCTTATGAAGGACCCGACTTTGATGACTTGGATGAGAACCT
GCAGAAGGCTTTCCACAGGTTCCTCGAGATCAGAGGGATCAAGCCCAGCTTCACTGACTT
TCTCGCTGGTTATGTCGCCAACAAAGACAGCAGGGAGTATCTTCAATGGCTTAAGGACGT
CTAGTCTTTTGTTGAGAACTGATTACTCACTCTTTCTTTCCATCAATAATAAGTGTCAAA
CTTTTAGTTGAGGTTTTTTTTTCTTTACTTCAAAATGTTTTGAGTTTATTTCAGATGAAC
CTGTTCTCATCTTGCCTGGTGGTCCATGATGATCCATAAAATTCGTTGAAATGAGTTGTT
GCCTTATTGGATACGTCTACAATTTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AP53TF U 1
AF RR1H544TF U 216
AF RR1AP53JQ C 214
AF RR1H544JQ C 325
BS 1 688 RR1AP53TF
BS 689 689 RR1H544TF
BS 690 726 RR1AP53TF
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BS 740 800 RR1AP53TF
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BS 914 918 RR1H544TF
BS 919 1047 RR1AP53JQ

RD RR1AP53TF 805 0 0
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TTTCAAGATCATTGATACTCCTGGTGAACGAACCGTGTTGCTTCAAAGGAATTTTGAGGA
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TGAACAAGAACAAGAACAAGCTGAACAGAACGATGATGCTGAAGATGACGAACACTCTGT
CAAAATCCGGATTCCCATGGTTGTCAGTGTCTCCAAAGGTGATGGTGTCTGTCTTGAGTT
TGGAGTCAGCGCTTTCCCTGATGAGATCGTCATTGATAGTTTATCCATCAAACATCCTCA
AGGTTCTGACAATGACCTTGCTTATGAAAGACCCGACTTTGATGACTTGGATGAGAACCT
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TCTCGCTGGTTATGTCGCCA
CAAAG

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1H544TF 703 0 0
G
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CGTTCTCGAATCTGAAATCGATTGCGCCGTTAAGGAGGAGGCCCCTGATCAGGACGTCAT
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TGCTGAAGATGACGAACACTCTGTCAAAATCCGGATTCCCATGGTTGTCAGTGTCTCCAA
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TTTCCATCAATAATAAGTGTCAAACTTTTAGTTGAGTTTTTT

QA 2 703 2 703
DS 

RD RR1AP53JQ 834 0 0
CTC
GAGATTTTACTCGACGGAAAGTGCGGTCACGAAAACAACCCCCGACGAGAATCTGGTGAG
CGTTCTCGAATCTGAAATCGATTGCGCCGTTAAGGAGGAGGCCCCTGATCAGGACGTCAT
GGAAGAGATACCAGAAGGGTTTCCTTTCAAGATCATTGATACTCCTGGTGAACGAACCGT
GTTGCTTCAAAGGAATTTTGAGGATGAAACTATCCAAGTCGAAGTTGACTCCTCTTCACC
TTATGACGATGATGATGATGAAGATGAACAAGAACAAGAACAAGCTGAACAGAACGATGA
TGCTGAAGATGACGAACACTCTGTCAAAATCCGGATTCCCATGGTTGTCAGTGTCTCCAA
AGGTGATGGTGTCTGTCTTGAGTTTGGAGTCAGCGCTTTCCCTGATGAGATCGTCATTGA
TAGTTTATCCATCAAACATCCTCAAGGTTCTGACAATGACCTTGCTTATGAAGGACCCGA
CTTTGATGACTTGGATGAGAACCTGCAGAAGGCTTTCCACAGGTTCCTCGAGATCAGAGG
GATCAAGCCCAGCTTCACTGACTTTCTCGCTGGTTATGTCGCCAACAAAGACAGCAGGGA
GTATCTTCAATGGCTTAAGGACGTCAAGTCTTTTGTTGAGAACTGATTACTCACTCTTTC
TTTCCATCAATAATAAGTGTCAAACTTTTAGTTGAGGTTTTTTTTTCTTTACTTCAAAAT
GTTTTGAGTTTATTTCAGATGAACCTGTTCTCATCTTGCCTGGTGGTCCATGATGATCCA
TAAAATTCGTTGAAATGAGTTGTTGCCTTATTGGATACGTCTACAATTTCA

QA 4 834 4 834
DS 

RD RR1H544JQ 714 0 0
TCAGGACGTCATGGAAGAGATGCCAGAAGGGTTTCCTTTCAAGATCATTGATACTCCTGG
TGAACGAACCGTGTTGCTTCAAAGGAATTTTGAGGATGAAACTATCCAAGTCGAAGTTGA
CTCCTCTTCACCTTATGACGATGATGATGATGAAGATGAACAAGAACAAGAACAAGCTGA
ACAGAACGATGATGCTGAAGATGACGAACACTCTGTCAAAATCCGGATTCCCATGGTTGT
CAGTGTCTCCAAAGGTGATGGTGTCTGTCTTGAGTTTGGAGTCAGCGCTTTCCCTGATGA
GATCGTCATTGATAGTTTATCCATCAAACATCCTCAAGGTTCTGACAATGACCTTGCTTA
TGAAGGACCCGACTTTGATGACTTGGATGAGAACCTGCAGAAGGCTTTCCACAGGTTCCT
CGAGATCAGAGGGATCAAGCCCAGCTTCACTGACTTTCTCGCTGGTTATGTCGCCAACAA
AGACAGCAGGGAGTATCTTCAATGGCTTAAGGACGTCTAGTCTTTTGTTGAGAACTGATT
ACTCACTCTTTCTTTCCATCAATAATAAGTGTCAAACTTTTAGTTGAGGTTTTTTTTTCT
TTACTTCAAAATGTTTTGAGTTTATTTCAGATGAACCTGTTCTCATCTTGCCTGGTGGTC
CATGATGATCCATAAAATTCGTTGAAATGAGTTGTTGCCTTATTGGATACGTCT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 4

CO CL2252Contig1 646 4 4 U
GGCACTTTAGATATCATCGAGAAAGAGAAAGAAAGATAGAGAGATAAATGGTGAAGGCAC
GTACCGTGGGTGTGGGAATGGACTATTCTCCGACGAGCAAATCGGCTCTTCGGTGGACTG
CGGGGAATCTCCTTGACGATGGAGACACCATCATCTTGATTCATGTTCAACCCCAAAACG
CTGAGCACACCCGCAAAATCCTCTTTGAGGAAACCGGTTCACCGTTGATTCCTCTGGAGG
AATTTAGAGAGGTTAATTTCTCTAAACAGTATGGACTTGCTTATGATCCGGAGGTTCTTG
ATGTTCTTGATACTCTCTCTAGGGCAAAGAAGGTGAAGGTGGTGGCAAAAGTGTATTGGG
GAGATCCAAGAGAGAAACTTTGCGATGCCGTCGAAAATCTAAAACTCGATTCCATTGTTC
TTGGCAGTCGAGGCTTGGGTCCTCTCAAAAGGATGTTGCTGGGTAGTGTGAGCAACCATG
TGGTGACAAATGCAACATGTCCAGTCACGGTTGTTAAAGCCAATTAAAGTCTATTGTTCT
TTAAAATTTGAAAACAGCGTGTGGAATGTGTGCACTGGTTTCGACTTGTATGTTGTATCC
ATACATTAGTCTTTCAATAAACTAAAGCTAAATGAAATCTGTAGTT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E107JQ C 1
AF RR1E107TF U 1
AF RR1EB55TF U 2
AF RR1BC68TF U 153
BS 1 3 RR1E107JQ
BS 4 626 RR1E107TF
BS 627 627 RR1BC68TF
BS 628 646 RR1EB55TF

RD RR1E107JQ 629 0 0
GGCACTTTAGATATCATCGAGAAAGAGAAAGAAAGATAGAGAGATAAATGGTGAAGGCAC
GTACCGTGGGTGTGGGAATGGACTATTCTCCGACGAGCAAATCGGCTCTTCGGTGGACTG
CGGGGAATCTCCTTGACGATGGAGACACCATCATCTTGATTCATGTTCAACCCCAAAACG
CTGAGCACACCCGCAAAATCCTCTTTGAGGAAACCGGTTCACCGTTGATTCCTCTGGAGG
AATTTAGAGAGGTTAATTTCTCTAAACAGTATGGACTTGCTTATGATCCGGAGGTTCTTG
ATGTTCTTGATACTCTCTCTAGGGCAAAGAAGGTGAAGGTGGTGGCAAAAGTGTATTGGG
GAGATCCAAGAGAGAAACTTTGCGATGCCGTCGAAAATCTAAAACTCGATTCCATTGTTC
TTGGCAGTCGAGGCTTGGGTCCTCTCAAAAGGATGTTGCTGGGTAGTGTGAGCAACCATG
TGGTGACAAATGCAACATGTCCAGTCACGGTTGTTAAAGCCAATTAAAGTCTATTGTTCT
TTAAAATTTGAAAACAGCGTGTGGAATGTGTGCACTGGTTTCGACTTGTATGTTGTATCC
ATACATTAGTCTTTCAATAAACTAAA
GGG

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1E107TF 629 0 0
GGC
ACTTTAGATATCATCGAGAAAGAGAAAGAAAGATAGAGAGATAAATGGTGAAGGCACGTA
CCGTGGGTGTGGGAATGGACTATTCTCCGACGAGCAAATCGGCTCTTCGGTGGACTGCGG
GGAATCTCCTTGACGATGGAGACACCATCATCTTGATTCATGTTCAACCCCAAAACGCTG
AGCACACCCGCAAAATCCTCTTTGAGGAAACCGGTTCACCGTTGATTCCTCTGGAGGAAT
TTAGAGAGGTTAATTTCTCTAAACAGTATGGACTTGCTTATGATCCGGAGGTTCTTGATG
TTCTTGATACTCTCTCTAGGGCAAAGAAGGTGAAGGTGGTGGCAAAAGTGTATTGGGGAG
ATCCAAGAGAGAAACTTTGCGATGCCGTCGAAAATCTAAAACTCGATTCCATTGTTCTTG
GCAGTCGAGGCTTGGGTCCTCTCAAAAGGATGTTGCTGGGTAGTGTGAGCAACCATGTGG
TGACAAATGCAACATGTCCAGTCACGGTTGTTAAAGCCAATTAAAGTCTATTGTTCTTTA
AAATTTGAAAACAGCGTGTGGAATGTGTGCACTGGTTTCGACTTGTATGTTGTATCCATA
CATTAGTCTTTCAATAAACTAAA
GCG

QA 4 626 4 626
DS 

RD RR1EB55TF 645 0 0
GG
ACTTTAGATATCATCGAGAAAGAGAAAGAAAGATAGAGAGATAAATGGTGAAGGCACGTA
CCGTGGGTGTGGGAATGGACTATTCTCCGACGAGCAAATCGGCTCTTCGGTGGACTGCGG
GGAATCTCCTTGACGATGGAGACACCATCATCTTGATTCATGTTCAACCCCAAAACGCTG
AGCACACCCGCAAAATCCTCTTTGAGGAAACCGGTTCACCGTTGATTCCTCTGGAGGAAT
TTAGAGAGGTTAATTTCTCTAAACAGTATGGACTTGCTTATGATCCGGAGGTTCTTGATG
TTCTTGATACTCTCTCTAGGGCAAAGAAGGTGAAGGTGGTGGCAAAAGTGTATTGGGGAG
ATCCAAGAGAGAAACTTTGCGATGCCGTCGAAAATCTAAAACTCGATTCCATTGTTCTTG
GCAGTCGAGGCTTGGGTCCTCTCAAAAGGATGTTGCTGGGTAGTGTGAGCAACCATGTGG
TGGCAAATGCAACATGTCCAGTCACGGTTGTTAAAGCCAATTAAAGTCTATTGTTCTTTA
AAATTTGGAAACAGCGTGTGGAATGTGTGCACTGGTTTCGACTTGTATGTTGTATCCATA
CATTAGTCTTTCAATAAACTAAATCTAAATGAAATCTGTAGTT

QA 3 645 3 645
DS 

RD RR1BC68TF 482 0 0
G
TCTTGATTCATGTTCAACCCCAAAACGCTGAGCACACCCGCAAAATCCTCTTTGAGGAAA
CCGGTTCACCGTTGATTCCTCTGGAGGAATTTAGAGAGGTTAATTTCTCTAAACAGTATG
GACTTGCTTATGATCCGGAGGTTCTTGATGTTCTTGATACTCTCTCTAGGGCAAAGAAGG
TGAAGGTGGTGGCAAAAGTGTATTGGGGAGATCCAAGAGAGAAACTTTGCGATGCCGTCG
AAAATCTAAAACTCGATTCCATTGTTCTTGGCAGTCGAGGCTTGGGTCCTCTCAAAAGGA
TGTTGCTGGGTAGTGTGAGCAACCATGTGGTGACAAATGCAACATGTCCAGTCACGGTTG
TTAAAGCCAATTAAAGTCTATTGTTCTTTAAAATTTGGAAACAGCGTGTGGAATGTGTGC
ACTGGTTTCGACTTGTATGTTGTATCCATACATTAGTCTTTCAATAAACTAAAG
CTAAATG

QA 2 475 2 475
DS 



AS 1 3

CO CL2253Contig1 973 3 13 U
CCAAAGTATATCTCTATTAACTTCATCAAAAGTTACAATCCAAGTAATAAAATACAGAAT
ATATATATATAGCACAAAATCATGCGAGCAAGAGACCAAGAATTAAACACACACAAAAGC
AGGCCAGAAATAATAGTATAATACAAAAGTAGCAAGCTACACACAAAAAAAAAAAGGAGA
AATAAACTCTCATCAAAAGATGCTACTGAATTGGCTGCTTAGTGAATCCTTTAGATTAGA
GTAGAGGCCATAAAGCGAGTACTGCTTCAGATTTGCAACCTCGTACCACGAGTTCAACGC
GGTGTAATGCTTATCCGTGCCTTGAAACGCCAGTTGGATCCCCAAGCTACAATCTACTTG
CCCTCCTTGGTTCTTGCAGCTCTGTCTTTTGATCGCGCATTGTTCATTGTTGAGGCACAC
GAATTTCGCGTCTCCATTGCATTTGGAGCATCCGTCTTTCTTCCAGAACAAGTTCTCAAG
CCTGCCCTTTTGGAACTTAAGAAAAAGGGTGAAGCTTGTTACGACGTTATCGTTGTCTGC
AACCATAATCGGAACTGATCTCGCAGCGTATTTTGCACCAGCGAATGCTACCATATATCC
CTTTGATGAATCCGGACGGTAACTGGAGGAGCTAGAAGAGGTGTTGACGGTGAGGAGCGT
GATCTCATCGACTTTGGGTCTGAACACGGCGAGCTCAGAGTTGCCGTTGAGAGAGAGGCG
ATGATCGCAGGGAGAGTACTGAACGGAACGGTTGGGGCCAAAGAAGGAATCATTCGCCGC
GAAGGCAATTCCGAAGGTGAATCCGTCTCCGACCGCGACGGTGGAATCTGAGCAAGGAGA
GTAGACGTGGTTGTCGTCGCCGGCAGATGTCAGGGATGAAGTCAGCGCCGCTGCGAAGAG
GAAACAGAGGAGGAGGAATCTAGCCATTCTGTCAGAGAGTTTAACTTCTAAAACTTCTTC
TTCTCCCTCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD65JQ U 1
AF RR1AI27JQ U 83
AF RR1AI27TF C 235
BS 1 244 RR1CD65JQ
BS 245 246 RR1AI27JQ
BS 247 485 RR1CD65JQ
BS 486 486 RR1AI27JQ
BS 487 503 RR1CD65JQ
BS 504 504 RR1AI27JQ
BS 505 549 RR1CD65JQ
BS 550 550 RR1AI27JQ
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BS 715 715 RR1AI27JQ
BS 716 743 RR1CD65JQ
BS 744 861 RR1AI27JQ
BS 862 973 RR1AI27TF

RD RR1CD65JQ 743 0 0
CCAAAGTATATCTCTATTAACTTCATCAAAAGTTACAATCCAAGTAATAAAATACAGAAT
ATATATATATAGCACAAAATCATGCGAGCAAGAGACCAAGAATTAAACACACACAAAAGC
AGGCCAGAAATAATAGTATAATACAAAAGTAGCAAGCTACACACAAAAAAAAAAAGGAGA
AATAAACTCTCATCAAAAGATGCTACTGAATTGGCTGCTTAGTGAATCCTTTAGATTAGA
GTAG**GCCATAAAGCGAGTACTGCTTCAGATTTGCAACCTCGTACCACGAGTTCAACGC
GGTGTAATGCTTATCCGTGCCTTGAAACGCCAGTTGGATCCCCAAGCTACAATCTACTTG
CCCTCCTTGGTTCTTGCAGCTCTGTCTTTTGATCGCGCATTGTTCATTGTTGAGGCACAC
GAATTTCGCGTCTCCATTGCATTTGGAGCATCCGTCTTTCTTCCAGAACAAGTTCTCAAG
CCTGCACTTTTGGAACTTAAGAACAAGGGTGAAGCTTGTTACGACGTTATCGTTGTCTGC
AACCATAATTGGAACTGATCTCGCAGCGTATTTTGCACCAGCGAATGCTACCATATATCC
CTTTGATGAATCCGGACGGTAACTGGAGGAGCTAGAAGAGGTGTTGACGGTGAGGAGCGT
GATCTCATCGACTTTGGGTCTGAACACGGCGAGCTCAGAGTTGCCGTTGAGAGAAAGGCG
ATGATCGCAGGGAGAGTACTGAA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1AI27JQ 779 0 0
C
GCGAGCAAGAGACCAAGAATTAAACACACACAAAAGCAGGCCAGAAATAATAGTATAATA
CAAAAGTAGCAAGCTACACACAAAAAAA****GGAGAAATAAACTCTCATCAGAAGATGC
TACTGAATTGGCTGCTTAGTGAATCCTTTAGATTAGAGTAGAGGCCATAAAGCGAGTACT
GCTTCAGATTTGCAACCTCGTACCACGAGTTCAACGCGGTGTAATGCTTATCCGTGCCTT
GAAACGCCAGTTGGATCCCCAAGCTACAATCTACTTGCCCTCCTTGGTTCTTGCAGCTCT
GTCTTTTGATCGCGCATTGTTCATTGTTGAGGCACACGAATTTCGCGTCTCCATTGCATT
TGGAGCATCCGTCTTTCTTCCAGAACAAGTTCTCAAGCCTGCCCTTTTGGAACTTAAGAA
AAAGGGTGAAGCTTGTTACGACGTTATCGTTGTCTGCAACCATAATCGGAACTGATCTCG
CAGCGTATTTTGCACCAGCGAATGCTACCATATATCCCTTTGATGAATCCGGACGGTAAC
TGGAGGAGCTAGAAGAGGTGTTGACGGTGAGGAGCGTGATCTCATCGACTTTGGGTCTGA
ACACGGCGAGCTCAGAGTTGCCGTTGAGAGAGAGGCGATGATCGCAGGGAGAGTACTGAA
CGGAACGGTTGGGGCCAAAGAAGGAATCATTCGCCGCGAAGGCAATTCCGAAGGTGAATC
CGTCTCCGACCGCGACGGTGGAATCTGAGCAAGGAGAGTAGACGTGGTTGTCGTCGCC

QA 2 779 2 779
DS 

RD RR1AI27TF 739 0 0
ATTAGAGTAG
AGGCCATAAAGCGAGTACTGCTTCAGATTTGCAACCTCGTACCACGAGTTCAACGCGGTG
TAATGCTTATCCGTGCCTTGAAACGCCAGTTGGATCCCCAAGCTACAATCTACTTGCCCT
CCTTGGTTCTTGCAGCTCTGTCTTTTGATCGCGCATTGTTCATTGTTGAGGCACACGAAT
TTCGCGTCTCCATTGCATTTGGAGCATCCGTCTTTCTTCCAGAACAAGTTCTCAAGCCTG
CCCTTTTGGAACTTAAGAAAAAGGGTGAAGCTTGTTACGACGTTATCGTTGTCTGCAACC
ATAATCGGAACTGATCTCGCAGCGTATTTTGCACCAGCGAATGCTACCATATATCCCTTT
GATGAATCCGGACGGTAACTGGAGGAGCTAGAAGAGGTGTTGACGGTGAGGAGCGTGATC
TCATCGACTTTGGGTCTGAACACGGCGAGCTCAGAGTTGCCGTTGAGAGAGAGGCGATGA
TCGCAGGGAGAGTACTGAACGGAACGGTTGGGGCCAAAGAAGGAATCATTCGCCGCGAAG
GCAATTCCGAAGGTGAATCCGTCTCCGACCGCGACGGTGGAATCTGAGCAAGGAGAGTAG
ACGTGGTTGTCGTCGCCGGCAGATGTCAGGGATGAAGTCAGCGCCGCTGCGAAGAGGAAA
CAGAGGAGGAGGAATCTAGCCATTCTGTCAGAGAGTTTAACTTCTAAAACTTCTTCTTCT
CCCTCCCCC

QA 11 739 11 739
DS 



AS 1 4

CO CL2254Contig1 879 4 7 U
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ACAAAATTATTAATACTATTACATTCCTATCAAATCTCTCTCTGTCTCAGACTGTTTGTC
TTAGAGACGACAAGTAGATTCCTTTTCTTTTTTCATTTGCCCTCCCAGCATCCAATAATT
GTCATATAATTTTCTCGAGACAGAAATAAGATTCTTTGGTTTTTATTTCCCGAGAAAATA
CGATCTTGATTTCATCTGTTACCAGAGCTTCTTCTTTCTGCTTTTGAAGGAACAAGAACA
AATCAAAAGATTTGAGCTTTTAATGGAATCAAGGATGGAAGGAGATGTGTTTTCTGGATT
TGGAGAGAGATACCAGATGGATGGCAAAGTGTTGCAGAGTTTCCAGAAGAGCTTTGTTCA
GGTTCAAGACATTTTGGATCAAAACCGGCTTCTCATCAATGAGATCAATCAGAACCATGA
GTCCAAACAAGCAGATCACTTGGGAAGAAACGTTGGTTTGATAAGAGAGCTCAACAACAA
TATCAGAACTGTGGCTAGTCTTTATGGTGATCTTTCTCATTCTTTTGCCAAATCCATTGA
TGCTTCATCAGAAGGGGAATCCACTGGGACCAACAACCAAAAGAGATTTAGATCCGGGTA
AAATATTATTTACCAAAAAAAAGAAAGATCAATCTCTCTGTGTTCTGTAGATTTAATGCT
AATCTGAATGTGTATTGCTTGAGGGTCTTCAAACAAGATAAACAAGGGTCGCTTCTGTTG
TAATGAGTTCATGTCTTTAATGCAGAGAATAAATAAGGAAGTTCATGTCCTTCATTGATC
AGACCTTTGGGACTTAATGATATGTAGAGCTCTTTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C575TF U 1
AF RR1C575JQ C 91
AF RR1D649TF U 170
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RD RR1C575TF 655 0 0
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GTCATATAATTTTCTCGAGACAGAAATAAGATTCTTTGGTTTTTATTTCCCGAGAAAATA
CGATCTTGATTTCATCTGTTACCAGAGCTTCTTCTTTCTGCTTTTGAAGGAACAAGAACA
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TATCAGAACTGTGGCTAGTCTTTATGGTGATCTTTCTCATTCTTTTGCCAAATCCATTGA
TGCTTCATCAGAAGGGGAATCCACTGGGACCAACAACCAAAAGAGATTTAGATCC

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1C575JQ 722 0 0
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TTTCATTTGCCCTCCCAGCATCCAATAATTGTCATATAATTTTCTCGAGACAGAAATAAG
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CTTCTTTCTGCTTTTGAAGGAACAAGAACAAATCAAAAGATTTGAGCTTTTAATGGAATC
AAGGATGGAAGGAGATGTGTTTTCTGGATTTGGAGAGAGATACCAGATGGATGGCAAAGT
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TCTTTCTCATTCTTTTGCCAAATCCATTGATGCTTCATCAGAAGGGGAATCCACTGGGAC
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AATCTCTCTGTGTTCTGTAGATTTAATGCTAATCTGAATGTGTATTGCTTGAGGGTCTTC
AAACAAGATAAACAAGGGTCGCTTCTGTTGTAATGAGTTCATGTCTTTAATGCAGAGAAT
AA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1D649TF 675 0 0
G
TCCAATAATTGTCATATAATTTTCTCGAGACAGAAATAAGATTCTTTGGTTTTTATTTCC
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AACAAGAACAAATCAAAAGATTTGAGCTTTTAATGGAATCAAGGATGGAAGGAGATGTGT
TTTCTGGATTTGGAGAGAGATACCAGATGGATGGCAAAGTGTTGCAGAGTTTCCAGAAGA
GCTTTGTTCAGGTTCAAGACATTTTGGATCAAAACCGGCTTCTCATCAATGAGATCAATC
AGAACCATGAGTCCAAACAAGCAGATCACTTGGGAAGAAACGTTGGTTTGATAAGAGAGC
TCAACAACAATATCAGAACTGTGGCTAGTCTTTATGGTGATCTTTCTCATTCTTTTGCCA
AATCCATTGATGCTTCATCAGAAGGGGAATCCACTGGGACCAACAACCAAAAGAGATTTA
GATCCGGGTAAAATATTATTTACCAAAAAAA*GAAAGATCAATCTCTCTGTGTTCTGTAG
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GCTTCTGTTGTAATGAGTTCATGTCTTTAATGCAGAGAATAAATAAGGAAGTTCATGTCC
TTCATTGATCAGAC

QA 2 675 2 675
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RD RR1EP78TF 640 0 0
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TCAAAAGATTTGAGCTTTTAATGGAATCAAGGATGGAAGGAGATGTGTTTTCTGGATTTG
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TTCAAGACATTTTGGATCAAAACCGGCTTCTCATCAATGAGATCAATCAGAACCATGAGT
CCAAACAAGCAGATCACTTGGGAAGAAACGTTGGTTTGATAAGAGAGCTCAACAACAATA
TCAGAACTGTGGCTAGTCTTTATGGTGATCTTTCTCATTCTTTTGCCAAATCCAT*GATG
CTTCATCAGAAGGGGAATCCACTGGGACCAACAACCAAAAGAGATTTAGATCCGGGTAAA
ATATTATTTACCAAAAAAAAGAAAGATCAATCTCTCTGTGTTCTGTAGATTTAATGCTAA
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ATGAGTTCATGTCTTTAATGCAGAGAATAAATAAGGAAGTTCATGTCCTTCATTGATCAG
ACCTTTGGGACTTAATGATATGTAGAGCTCTTTGCTT

QA 4 640 4 640
DS 



AS 1 4

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AAAAATAAATAAACAGTGAGACCAACCATCATGGCCGTCGATCTAATGCGTTTCCCTCAG
ATGGACGATCAAAAAGCTATCCAAGAGGCTGCATCGCAAGGCTTACAGAGCATGGAGCAT
CTGATCCGCGTCCTCTCCAATAACCGCCCCGAACATAACAACAGCAACGTCGACTGCTCC
GAGATAACCGATTTCACCGTTTCTAAATTCAAAACGGTTATCTCTCTGCTTAACCGCACT
GGTCACGCCCGGTTCAGACGCGGACCGGTTCGCTCCCCACAGAAACAACAGAATCAAACC
GTTAAACCCGAGTCTCCTCCGATCGTTGTTCCTCAGCCGTCTAGACCGACGGCGAAGCTT
CTTCCGGCGGTCGTGGCTCCGCCGAGCATAACTCTCGATTTCACTAAGCCCACCGTCTTC
GGATCCAGCTCCAAGAGCTCCGAGATGGACTTCGCCAAGGAGAACTTCAGCGTCTCGTTA
AACTCTTCCTACATGTCGTCGGCGATAACCGGCGACGGCAGCGTCTCCGAGGGTTCCTCG
ATCTTCCTCGCGTCGCAGCCTGTGACCTCCTCCGGTAAGCCTCCGTTGGCCGGTGGTCAT
CCTTACAGAAAAAGATGCCTCGAGCACGAGCAATCAGAGAATTTTTCCGGCAAGATCTCC
GGCTCCGGCCACGGGAAGTGCCACTGTAAGAAAAGCAGGAAAAATAAAGTGAAAAGAACC
ATCAGGGTACCAGCGATAAGTTCGAAGATCGCCGATATTCCACCGGACGAGTATTCATGG
AGGAAGTACGGTCAAAAACCGATCAAGGGCTCACCACATCCACGTGGTTACTACAAGTGT
AGTACGTTTAAAGAGTGTCCGGCGAGGAAACACGTGGAACGAGCTTTGGATGATCCATCG
ATGCTCATCGTGACTTATGAATGGGAGCACGAACACAACCCGTCCGCGATGCAACAGAAT
GTTTCTTCTTCAGGCGTTAATGATTTGGTGTTTAATTCGGCATGACTTTGACTTGATTGT
TTTGAGTAATAGAGGGATTGATTTGTAAATTTTTTGTACTAAAACATATTTTAATTAGAA
AAATTAGTCTCTGGTGGAATGTATTTGATAATACCG


BQ
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AF RR1CL13TF U 1
AF RR1CL13JQ C 478
AF RR1EP33JQ C 714
AF RR1EP33TF U 714
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AAAAATAAATAAACAGTGAGACCAACCATCATGGCCGTCGATCTAATGCGTTTCCCTCAG
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CTGATCCGCGTCCTCTCCAATAACCGCCCCGAACATAACAACAGCAACGTCGACTGCTCC
GAGATAACCGATTTCACCGTTTCTAAATTCAAAACGGTTATCTCTCTGCTTAACCGCACT
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CTTCCGGCGGTCGTGGCTCCGCCGAGCATAACTCTCGATTTCACTAAGCCCACCGTCTTC
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ATCTTCCTCGCGTCGCAGCCTGTGACCTCCTCCGGTAAGCCTCCGTTGGCCGGTGGTCAT
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TTAAACTCTTCCTACATGTCGTCGGCGATAACCGGCGACGGCAGCGTCTCCGAGGGTTCC
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CATCCTTACAGAAAAAGATGCCTCGAGCACGAGCAATCAGAGAATTTTTCCGGCAAGATC
TCCGGCTCCGGCCACGGGAAGTGCCACTGTAAGAAAAGCAGGAAAAATAAAGTGAAAAGA
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TGTAGTACGTTTAAAGAGTGTCCGGCGAGGAAACACGTGGAACGAGCTTTGGATGATCCA
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TCCATCGATGCTCATCGTGACTTATGAATGGGAGCACGAACACAACCCGTCCGCGATGCA
ACAGAATGTTTCTTCTTCAGGCGTTAATGATTTGGTGTTTAATTCGGCATGACTTTGACT
TGATTGTTTTGAGTAATAGAGGGATTGATTTGTAAATTTTTTGTACTAAAACATATTTTA
ATTAGAAAAATTAGTCTCTGGT

QA 1 442 1 442
DS 



AS 1 4

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ATGGAACTTATGCGATGAAGAAAGTTCTGATTCAGAACAAGGAGCAGCTGGAACTGGTGC
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ATGCCATTATTCCTGTTAAGGGTGGTGGCCAAGAGGGAGCTGGGAAACATGAGGCCTTCC
TGCTGTTTCCTGTTCACCTGGATGGGACCTTGCTGGATAATTCCACAGCTATGAAGGCTA
AGAAGGAAACATTCTCAACAACTGATGTCTTGCATATATTTCGTCAGCTTTGTGATGGAC
TCAAACACATGCACTCTCTGGAGCCACCATATGCTCACAACGATGTCAAACCTGGAAACG
TGCTGTTAACACGTAGGAAAGGACAGACTCCTCTCGCGATTTTGATGGACTTTGGGAGTG
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CAGCTGAACATTCTTCAGCACCGTTTGGAGCTCCCGAGCTCTGGGATTGCCCAAGCCATG
CGGATATTGATGAGAGAACTGATATCTGGTCACTAGGCTGCACACTATACGCAATAATGT
ACGGTGTGTCTCCGTTTGAATATGTACTTGAAGAATCTGTTGGAAGTCTTCAGCTTGCAA
TCGTGAACGCTAAGATCAAATGGCCAAAGGCAGGACCAAAGGCTTCGTATCCTGAAGCAC
TTCACCAGTTCGTGACTTGGATGCTGCAACCTCAGGCTGCGGTTCGACCTCGCATTGACG
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ATTTTCGCTTTATCTATTTGTAAGACGTCTTTTTAAAATAATGTTATTTATCAGACAG


BQ
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AF RR1GZ35TFB U 1
AF RR1AF04TF U 220
AF RR1AF04JQ C 589
AF RR1GZ35JQ C 600
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TTACCGAGAGAGAGAGAGAGACTGAGGAAGCAAGCATGGGGTGTTCGTTTTCGGGATTGA
ACGCGCTTTACGACAACGGGGGAGGCGACGTGTGGATCAATGAGAACCGTTTCAGGATCG
TGAGGCAGCTCGGCGAAGGCGGATTCGCTTTCGTGTTTCTGGTGAAGGAAATCGTCGCCG
ACGCTTCGTCCGGTGGCGGTCTGGCGTCGAAAGTCAAGGATCCAGCTCATCTCTCCGATG
ATGGAACTTATGCGATGAAGAAAGTTCTGATTCAGAACAAGGAGCAGCTGGAACTGGTGC
GGGAGGAGATTCGTGTTTCGTCTCTGTTCAGCCACCCTAATTTGCTTCCTCTCCTTGATC
ATGCCATTATTCCTGTTAAGGGTGGTGGCCAAGAGGGAGCTGGGAAACATGAGGCCTTCC
TGCTGTTTCCTGTTCACCTGGATGGGACCTTGCTGGATAATTCCACAGCTATGAAGGCTA
AGAAGGAAACATTCTCAACAACTGATGTCTTGCATATATTTCGTCAGCTTTGTGATGGAC
TCAAACACATGCACTCTCTGGAGCCACCATATTCTCACAACGATGTCAAACCTGGAAACG
TGCTGTTAACAC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1AF04TF 766 0 0
G
GGTGAAGGAAATCGTCGCCGACGCTTCGTCCGGTGGCGGTCTGGCGTCGAAAGTCAAGGA
TCCAGCTCATCTCTCCGATGATGGAACTTATGCGATGAAGAAAGTTCTGATTCAGAACAA
GGAGCAGCTGGAACTGGTGCGGGAGGAGATTCGTGTTTCGTCTCTGTTCAGCCACCCTAA
TTTGCTTCCTCTCCTTGATCATGCCATTATTCCTGTTAAGGGTGGTGGCCAAGAGGGAGC
TGGGAAACATGAGGCCTTCCTGCTGTTTCCTGTTCACCTGGATGGGACCTTGCTGGATAA
TTCCACAGCTATGAAGGCTAAGAAGGAAACATTCTCAACAACTGATGTCTTGCATATATT
TCGTCAGCTTTGTGATGGACTCAAACACATGCACTCTCTGGAGCCACCATATGCTCACAA
CGATGTCAAACCTGGAAACGTGCTGTTAACACGTAGGAAAGGACAGACTCCTCTCGCGAT
TTTGATGGACTTTGGGAGTGCTCGTCCTGCACGGAAGCAAATCCGCTCCCGTCAAGAGGC
CTTACAGTTACAGGAATGGACAGCTGAACATTCTTCAGCACCGTTTGGAGCTCCCGAGCT
CTGGGATTGCCCAAGCCATGCGGATATTGATGAGAGAACTGATATCTGGTCACTAGGCTG
CACACTATACGCAATAATGTACGGTGTGTCTCCGTTTGAATATGTACTTGAAGAATCTGT
TGGAAGTCTTCAGCTTGCAATCGTGAACGCTAAGATCAAATGGCC

QA 2 766 2 766
DS 

RD RR1AF04JQ 730 0 0
TTTGTGATGGACTCAAACACATGCACTCTCTGGAGCCACCATATGCTCACAACGATGTCA
AACCTGGAAACGTGCTGTTAACACGTAGGAAAGGACAGACTCCTCTCGCGATTTTGATGG
ACTTTGGGAGTGCTCGTCCTGCACGGAAGCAAATCCGCTCCCGTCAAGAGGCCTTACAGT
TACAGGAATGGACAGCTGAACATTCTTCAGCACCGTTTGGAGCTCCCGAGCTCTGGGATT
GCCCAAGCCATGCGGATATTGATGAGAGAACTGATATCTGGTCACTAGGCTGCACACTAT
ACGCAATAATGTACGGTGTGTCTCCGTTTGAATATGTACTTGAAGAATCTGTTGGAAGTC
TTCAGCTTGCAATCGTGAACGCTAAGATCAAATGGCCAAAGGCAGGACCAAAGGCTTCGT
ATCCTGAAGCACTTCACCAGTTCGTGACTTGGATGCTGCAACCTCAGGCTGCGGTTCGAC
CTCGCATTGACGATATCATCATCCATGTCGACAAGTTGATCGCAAAATTCACCAAGTGAT
TCCCTATTCAGGTGGTATAATCTAAAGAGTTAAAAAAGAAAAGGATTTTAATATACATTA
CTTGCTCTCTTTATTTATATGTTTTAGCTATTTTGAAAATTCCCATATTAGATACATATT
AAACCACATGATATTTTCGCTTTATCTATTTGTAAGACGTCTTTTTAAAATAATGTTATT
TATCAGACAG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1GZ35JQ 717 0 0
CTCAAACACATGCACTCTCTGGAGCCACCATATTCTCACAACGATGTCAAACCTGGAAAC
GTGCTGTTAACACGTAGGAAAGGACAGACTCCTCTTGCGATTTTGATGGACTTTGGGAGT
GCTCGTCCTGCACGGAAGCAAATCCGCTCCCGTCAAGAGGCCTTACAGTTACAGGAATGG
ACAGCTGAACATTCTTCAGCACCGTTTAGAGCTCCCGAGCTCTGGGATTGCCCAAGCCAT
GCGGATATTGATGAGAGAACTGATATCTGGTCACTAGGCTGCCCACTATACGCAATAATG
TACGGTGTGTCTCCGTTTGAATATGTACTTGAAGAATTTGATGGAAGTCTTCAGCTTGCA
ATCGTGAACGCTAAGATCAAATGGCCAAAGGCAGGACCAAAGGCTTCGTATCCTGAAGCA
CTTCACCAGTTCGTGACTTGGATGCTGCAACCTCAGGCTGCGGTTCGACCTCGCATTGAC
GATATCATCATCCATGTCGACAAGTTGATCGCAAAATTCACCAAGTGATTCCCTATTCAG
GTGGTATAATCTAAAGAGTTAAAAAAGAAAAGGATTTTAATATACATTACTTGCTCTCTT
TATTTATATGTTTTAGCTATTTTGAAAATTCCCATATTAGATACATATTAAACCACATGA
TATTTTCGCTTTATCTATTTGTAAGACGTCTTTTTAAAATAATGTTATTTATCAGAC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 3

CO CL2257Contig1 695 3 10 U
GGAGTCAATAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCTCTCTACTATGGCGACGGCGATGGCGACTT
TCTAGGGTTTCATGGTTTCTCAAGGTTGGGATCCCGGAGATCTATGGCTTCATAGAGAAT
ATCGGAAGGTTTTAAGTGGTTATCGAAGAGCAAATCTTCATCTTTATGAAAGTTGCAGTG
GTGGATGGAAGCAGAAAGAGGTTACTGTAAGGAAATATCTTATGGATTCTCGGAGGATAT
TATGGAGACTTGGAAAGTCCAGGAAGGCAAGGCAAGGCGATTCGACGAGATCTTTGACTC
TATCCCGTCGAGGGGAAGTTTCCGCACGCATCTCTCAATCGCGAGATTGCGGTCGTATGA
TTCTCGTTCCCATTAAAACGAAATCGCAAGATCTAGGAAATGGGAATCATAGTGTAGAGG
AGGATGTAGTGGATCTTGATGAAAATCGGATTGATGTAGATGGCAATGAAAAGGTCATTA
GTGGTGATGAGGAGTTTATAGTTATCATCGGCTTCAAAGATTTGTGGTGCGAGTGTTTGG
TCAGCTTCGGTGTTTTTATTTTTGTTTTTTCAATAAGCTCTGTGAGCATATCATTTTGTA
GTACTGATGAGGTCTCTTGGCTTTATTTTGGCCTTTTGTTTCTGGTATGTCTTCATGTTA
AGGTTCTGAACTGGAATAAATTTGGTTTCTTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FK83TF U 1
AF RR1A411JQ C 257
AF RR1A411TF U 257
BS 1 329 RR1FK83TF
BS 330 330 RR1A411TF
BS 331 428 RR1FK83TF
BS 429 429 RR1A411TF
BS 430 501 RR1FK83TF
BS 502 502 RR1A411TF
BS 503 641 RR1FK83TF
BS 642 642 RR1A411TF
BS 643 658 RR1FK83TF
BS 659 695 RR1A411TF

RD RR1FK83TF 658 0 0
GGAGTCAATAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCTCTCTACTATGGCGACGGCGATGGCGACTT
TCTAGGGTTTCATGGTTTCTCAAGGTTGGGATCCCGGAGATCTATGGCTTCATAGAGAAT
ATCGGAAGGTTTTAAGTGGTTATCGAAGAGCAAATCTTCATCTTTATGAAAGTTGCAGTG
GTGGATGGAAGCAGAAAGAGGTTACTGTAAGGAAATATCTTATGGATTCTCGGAGGATAT
TATGGAGACTTGGAAAGTCCAGGAAGGCAAGGCAAGGCGATTCGACGAGATCTTTGACTC
TATCCCGTCGAGGGGAAGTTTCCGCACGCGTCTCTCAATCGCGAGATTGCGGTCGTATGA
TTCTCGTTCCCATTAAAACGAAATCGCAAGATCTAGGAAATGGGAATCATAGTGTAGAGG
AGGATGTAATGGATCTTGATGAAAATCGGATTGATGTAGATGGCAATGAAAAGGTCATTA
GTGGTGATGAGGAGTTTATAGGTATCATCGGCTTCAAAGATTTGTGGTGCGAGTGTTTGG
TCAGCTTCGGTGTTTTTATTTTTGTTTTTTCAATAAGCTCTGTGAGCATATCATTTTGTA
GTACTGATGAGGTCTCTTGGCTTTATTTTGGCCTTTTGTTT*TGGTATGTCTTCATGT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1A411JQ 439 0 0
GTCCAGGAAGGCAAGGCAAGGCGATTCGACGAGATCTTTGACTCTATCCCGTCGAGGGGA
AGTTTCCGCACGCATCTCTCAATCGCGAGATTGCGGTCGTATGATTCTCGTTCCCATTAA
AACGAAATCGCAAGATCTAGGAAATGGGAATCATAGTGTAGAGGAGGATGTAGTGGATCT
TGATGAAAATCGGATTGATGTAGATGGCAATGAAAAGGTCATTAGTGGTGATGAGGAGTT
TATAGTTATCATCGGCTTCAAAGATTTGTGGTGCGAGTGTTTGGTCAGCTTCGGTGTTTT
TATTTTTGTTTTTTCAATAAGCTCTGTGAGCATATCATTTTGTAGTACTGATGAGGTCTC
TTGGCTTTATTTTGGCCTTTTGTTTCTGGTATGTCTTCATGTTAAGGTTCTGAACTGGAA
TAAATTTGGTTTCTTTGGT

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR1A411TF 439 0 0
GTCCAGGAAGGCAAGGCAAGGCGATTCGACGAGATCTTTGACTCTATCCCGTCGAGGGGA
AGTTTCCGCACGCATCTCTCAATCGCGAGATTGCGGTCGTATGATTCTCGTTCCCATTAA
AACGAAATCGCAAGATCTAGGAAATGGGAATCATAGTGTAGAGGAGGATGTAGTGGATCT
TGATGAAAATCGGATTGATGTAGATGGCAATGAAAAGGTCATTAGTGGTGATGAGGAGTT
TATAGTTATCATCGGCTTCAAAGATTTGTGGTGCGAGTGTTTGGTCAGCTTCGGTGTTTT
TATTTTTGTTTTTTCAATAAGCTCTGTGAGCATATCATTTTGTAGTACTGATGAGGTCTC
TTGGCTTTATTTTGGCCTTTTGTTTCTGGTATGTCTTCATGTTAAGGTTCTGAACTGGAA
TAAATTTGGTTTCTTTGGT

QA 1 439 1 439
DS 



AS 1 4

CO CL2258Contig1 1050 4 13 U
GGGATTCTGCCTCGATCCTTCCTTCATCTGCTCTCAAGTTAAATCGATTTTGTTTCTTGT
ATCAGCGATCATCTGCTTTGCGATATTTCTGTAATCTTCGAAATCGGGTGATCGGAGGAA
ACATGTTCAATTTCTGGGGATCAAAGGAGCAACTTGGGGAGTCTCGTCCTTCTTCTCCAG
AACCATCTCCACAACCATGGTATTCTCCGTCTCTGGTCACCTCTCCTAGCTTATCTCGGC
CTCAGTCATCATCAGGTGGGCACATCCCATCCCATGTTTCACCTACTGAAGCTGCCTCCA
TTATCTCACTTTTGAAAGACAAAAGTGTGGATGAGCTCAGGAAGCTTCTCACTGACAAGG
ATGCTTACCAACACTTCTTGAACTCCCTTGAGCAGGTCACTATTCAAAACAACATCAGAG
AAGAGCTTCGCAAAGAAACATTACATCTTGCTAGAGAAAACATGGAGAAAGAACCACAGA
TGGTGGAGCTCAGAAACCAATGCAGAATAATCCGTACGAGTGAGCTTGCAACTGCTCAAG
AGAAGCTCAATGAGCTCGAGAATCAAAGAGACGAGATCCTCAAATTCTACTCTCCTGCTT
CTCTTCTTCATAGACTTCAAGATGCTATGAAGAAGGGAGATGAAGAATCAGAGGAGCTGC
AACAGAAGTATATGGACAAGGAGATTGATACAGCAGCGTTTGTGCAGAAGTATAAGAAGC
TAAGAAGCCAGTACCATCGTCGCGCTTTAATCCATCTCTCTGCTAAAACTTCATTCACCA
GTTGATAGCTCCTTGGTTGTTTCCTTGAGCCGTTGTGGAAGAAACTTTAAAAACAGTTTC
AGCTCTTTGGCTGTTTCCTTGAGCCGTTGTGTAAGTAAAAAAAAAGAAGAAGAAACCTTA
AAAACAGTTCAGATTCAGTATTGTCTATTGATATATATATATTCGAAAAAAAATATTATT
GGATTACAGAATCATTTTATTGTGATCTCTGAATCTGAACCTTGTTATGTTTGAATGTTT
TTTTTTGTTATATACATTAATACATGGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D725TF U 1
AF RR1BC85TF U 24
AF RR1D725JQ C 180
AF RR1BC85JQ C 325
BS 1 176 RR1D725TF
BS 177 177 RR1BC85TF
BS 178 397 RR1D725TF
BS 398 398 RR1BC85TF
BS 399 461 RR1D725TF
BS 462 462 RR1BC85TF
BS 463 637 RR1D725TF
BS 638 638 RR1BC85TF
BS 639 680 RR1D725TF
BS 681 681 RR1BC85TF
BS 682 701 RR1D725TF
BS 702 876 RR1D725JQ
BS 877 1050 RR1BC85JQ

RD RR1D725TF 701 0 0
GGGATTCTGCCTCGATCCTTCCTTCATCTGCTCTCAAGTTAAATCGATTTTGTTTCTTGT
ATCAGCGATCATCTGCTTTGCGATATTTCTGTAATCTTCGAAATCGGGTGATCGGAGGAA
ACATGTTCAATTTCTGGGGATCAAAGGAGCAACTTGGGGAGTCTCGTCCTTCTTCTTCAG
AACCATCTCCACAACCATGGTATTCTCCGTCTCTGGTCACCTCTCCTAGCTTATCTCGGC
CTCAGTCATCATCAGGTGGGCACATCCCATCCCATGTTTCACCTACTGAAGCTGCCTCCA
TTATCTCACTTTTGAAAGACAAAAGTGTGGATGAGCTCAGGAAGCTTCTCACTGACAAGG
ATGCTTACCAACACTTCTTGAACTCCCTTGAGCAGGTTACTATTCAAAACAACATCAGAG
AAGAGCTTCGCAAAGAAACATTACATCTTGCTAGAGAAAACTTGGAGAAAGAACCACAGA
TGGTGGAGCTCAGAAACCAATGCAGAATAATCCGTACGAGTGAGCTTGCAACTGCTCAAG
AGAAGCTCAATGAGCTCGAGAATCAAAGAGACGAGATCCTCAAATTCTACTCTCCTGCTT
CTCTTCTTCATAGACTTCAAGATGCTATGAAGAAGGG*GATGAAGAATCAGAGGAGCTGC
AACAGAAGTATATGGACAAG*AGATTGATACAGCAGCGTTT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1BC85TF 668 0 0
GG
ATCTGCTCTCAAGTTAAATCGATTTTGTTTCTTGTATCAGCGATCATCTGCTTTGCGATA
TTTCTGTAATCTTCGAAATCGGGTGATCGTAGGAAACATGTTCAATTTCTGGGGATCAAA
GGAGCAACTTGGGGAGTCTCGTCCTTCTTCTCCAGAACCATCTCCACAACCATGGTATTC
TCCGTCTCTGGTCACCTCTCCTAGCTTATCTCAGCCTCAGTCATCATCAGGTGGGCACAT
CTCATCCCATGTTTCACCTACTGAAGCTGCCTCCATTATCTCACTTTTGAAAGACAAAAG
TGTGGATGAGCTCAGGAAGCTTCTCACTGACAAGGATGCTTACCAACACTTCTTGAACTC
CCTTGAGCAGGTCACTATTCAAAACAACATCAGAGAAGAGCTTCGCAAAGAAACATTACA
TCTTGCTAGAGAAAACATGGAGAAAGAACCACAGATGGTGGAGCTCAGAAACCAATGCAG
AATAGTCCGTACGAGTGAGCTTGCAACTGCTCAAGAGAAGCTCAATGAGCTCGAGAATCA
AAGAGACGAGATCCTCAAATTCTACTCTCCTGCTTCTCTTCTTCATAGACTTCAAGATGC
TATGAAGAAGGGAGATGAAGAATCAGAGGAGCTGCAACAGAAGTATATGGACAAGGAGAT
TGATAC

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR1D725JQ 697 0 0
GAACCATCTCCACAACCATGGTATTCTCCGTCTCTGGTCACCTCTCCTAGCTTATCTCGG
CCTCAGTCATCATCAGGTGGGCACATCCCATCCCATGTTTCACCTACTGAAGCTGCCTCC
ATTATCTCACTTTTGAAAGACAAAAGTGTGGATGAGCTCAGGAAGCTTCTCACTGACAAG
GATGCTTACCAACACTTCTTGAACTCCCTTGAGCAGGTTACTATTCAAAACAACATCAGA
GAAGAGCTTCGCAAAGAAACATTACATCTTGCTAGAGAAAACTTGGAGAAAGAACCACAG
ATGGTGGAGCTCAGAAACCAATGCAGAATAATCCGTACGAGTGAGCTTGCAACTGCTCAA
GAGAAGCTCAATGAGCTCGAGAATCAAAGAGACGAGATCCTCAAATTCTACTCTCCTGCT
TCTCTTCTTCATAGACTTCAAGATGCTATGAAGAAGGGGGATGAAGAATCAGAGGAGCTG
CAACAGAAGTATATGGACAAGGAGATTGATACAGCAGCGTTTGTGCAGAAGTATAAGAAG
CTAAGAAGCCAGTACCATCGTCGCGCTTTAATCCATCTCTCTGCTAAAACTTCATTCACC
AGTTGATAGCTCCTTGGTTGTTTCCTTGAGCCGTTGTGGAAGAAACTTTAAAAACAGTTT
CAGCTCTTTGGCTGTTTCCTTGAGCCGTTGTGTAAGT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1BC85JQ 726 0 0
GTGTGGATGAGCTCAGGAAGCTTCTCACTGACAAGGATGCTTACCAACACTTCTTGAACT
CCCTTGAGCAGGTCACTATTCAAAACAACATCAGAGAAGAGCTTCGCAAAGAAACATTAC
ATCTTGCTAGAGAAAACATGGAGAAAGAACCACAGATGGTGGAGCTCAGAAACCAATGCA
GAATAGTCCGTACGAGTGAGCTTGCAACTGCTCAAGAGAAGCTCAATGAGCTCGAGAATC
AAAGAGACGAGATCCTCAAATTTTACTCTCCTGCTTTTTTTCTTCATAGACTTCAAGATG
CTATGAAGAAGGGAGATGAAGAATCAGAGGAGCTGCAACAGAAGTATATGGACAAGGAGA
TTGATACAGCAGCGTTTGTGCAGAAGTATAAGAAGCTAAGAAGCCAGTACCATCGTCGCG
CTTTAATCCATCTTTTTGCTAAAACTTCATTCACCGGTTGATAGCTCCTTGGTTGTTTCC
TTGAGCCGTTGTGGAAGAAACTTTAAAAACAGTTTCAGCTCTTTGGCTGTTTCCTTGAGC
CGTTGTGTAAGTAAAAAAAAAGAAGAAGAAACCTTAAAAACAGTTCAGATTCAGTATTGT
CTATTGATATATATATATTCGAAAAAAAATATTATTGGATTACAGAATCATTTTATTGTG
ATCTCTGAATCTGAACCTTGTTATGTTTGAATGTTTTTTTTTGTTATATACATTAATACA
TGGTGG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 3

CO CL2259Contig1 1184 3 3 U
CTGTTCGATGCTTCAAGGAAAACGGGCATACCCTTTTACTGGAAGATAGCATCAGTTTGC
TCACGGTTATAAAAGGTACATGCAAGTACAGACGCTCACGTAGATATGATTTTGCTTCTG
ATTTCTTACCTCCCAGTAAGGGAGAACTTGATTTTGCCCTTCAGGAACTACTCAGGGTCT
TAAGAAATGCTGTTAGTTCTGTGTTTTTGTCAACTATGGAAGATGGTAGGATAGTGAAGG
GACTCGCTGGTGTTCCAGATGAAGGTCCGGTGTTACTTGTTGGTTATCACATGCTGATGG
GGTTGGAACTCGGTCCAATGTCCGAGGCATTTATCAAAGAGAAAAACATTCTCTTCCGTG
GGATGGCGCATCCGATTCTTTACGCAGAAAACGAGTCAGGGAAGGGTTTTGATTACGTGG
ACTGGATTAAAGTATTTGGTGCCTACCCTGTCACCGCAACCAATCTTTTCAAGCTCTTGT
CTTCTAAGTCTCATGTTCTTCTCTATCCCGGCGGTGCCCGAGAGGCTCTCCATAACCGGG
GTGAACAATACAAACTGATTTGGCCAGAGCAGCAAGAGTTTGTAAGAATGGCAGCACGGT
TTGGCGCAACTATAGTGCCATTTGGAACGGTTGGTGAAGACGACATAGCTGAATTGGTTC
TTGATTACAATGACCTGATGAAGATTCCGTTTCTCAGTAACTATATCTCGGAAGTAACTC
GCGATACAAAAGACTTTAAGTTGAGGGAAGAATCAAGTGGGGAGGTAGCAAACCAGCAAC
TCTACTTGCCAGGGCTCTTACCGAAAATCCCTGGTCGGTTCTATTACCTATTCGGGAAAC
CGATACACACTAAAGGAAGACCAGAGCTTGTGAAAGACAAAGAAGCAGCGAAACAGGTTT
ACTTGGAAGCGAAAGAGGAAGTGGAGAAAAGCATAGCCTACTTGTTGAAGAAACGTGAGG
AAGATCCGTACAGAAGTGTTGTGGATAGATTAAGTTACAGTTTGACACACCTTCCTGAGA
ATGATGTCCCTTCTTTCGAACCATGATTGGAACAGGAGCTGGTAAGCTTTAGTAAGTAAA
TCTCATAAAACAAAACAAGATGTCATGTCATTGATTATGTTGTCTTAATAGAAAAATTCA
GTGTATATCCCAAATTTTATATAAATGAAATTGTTTAATGCAAG


BQ
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AF RR1GU36TF U 1
AF RR1CU30TF U 520
AF RR1CU30JQ C 472
BS 1 581 RR1GU36TF
BS 582 961 RR1CU30TF
BS 962 1184 RR1CU30JQ

RD RR1GU36TF 581 0 0
CTGTTCGATGCTTCAAGGAAAACGGGCATACCCTTTTACTGGAAGATAGCATCAGTTTGC
TCACGGTTATAAAAGGTACATGCAAGTACAGACGCTCACGTAGATATGATTTTGCTTCTG
ATTTCTTACCTCCCAGTAAGGGAGAACTTGATTTTGCCCTTCAGGAACTACTCAGGGTCT
TAAGAAATGCTGTTAGTTCTGTGTTTTTGTCAACTATGGAAGATGGTAGGATAGTGAAGG
GACTCGCTGGTGTTCCAGATGAAGGTCCGGTGTTACTTGTTGGTTATCACATGCTGATGG
GGTTGGAACTCGGTCCAATGTCCGAGGCATTTATCAAAGAGAAAAACATTCTCTTCCGTG
GGATGGCGCATCCGATTCTTTACGCAGAAAACGAGTCAGGGAAGGGTTTTGATTACGTGG
ACTGGATTAAAGTATTTGGTGCCTACCCTGTCACCGCAACCAATCTTTTCAAGCTCTTGT
CTTCTAAGTCTCATGTTCTTCTCTATCCCGGCGGTGCCCGAGAGGCTCTCCATAACCGGG
GTGAACAATACAAACTGATTTGGCCAGAGCAGCAAGAGTTT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1CU30TF 442 0 0
GAGAGGCTCTCCATAACCGGGGTGAACAATACAAACTGATTTGGCCAGAGCAGCAAGAGT
TTGTAAGAATGGCAGCACGGTTTGGCGCAACTATAGTGCCATTTGGAACGGTTGGTGAAG
ACGACATAGCTGAATTGGTTCTTGATTACAATGACCTGATGAAGATTCCGTTTCTCAGTA
ACTATATCTCGGAAGTAACTCGCGATACAAAAGACTTTAAGTTGAGGGAAGAATCAAGTG
GGGAGGTAGCAAACCAGCAACTCTACTTGCCAGGGCTCTTACCGAAAATCCCTGGTCGGT
TCTATTACCTATTCGGGAAACCGATACACACTAAAGGAAGACCAGAGCTTGTGAAAGACA
AAGAAGCAGCGAAACAGGTTTACTTGGAAGCGAAAGAGGAAGTGGAGAAAAGCATAGCCT
ACTTGTTGAAGAAACGTGAGGA

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR1CU30JQ 713 0 0
G
GCTCTTGTCTTCTAAGTCTCATGTTCTTCTCTATCCCGGCGGTGCCCGAGAGGCTCTCCA
TAACCGGGGTGAACAATACAAACTGATTTGGCCAGAGCAGCAAGAGTTTGTAAGAATGGC
AGCACGGTTTGGCGCAACTATAGTGCCATTTGGAACGGTTGGTGAAGACGACATAGCTGA
ATTGGTTCTTGATTACAATGACCTGATGAAGATTCCGTTTCTCAGTAACTATATCTCGGA
AGTAACTCGCGATACAAAAGACTTTAAGTTGAGGGAAGAATCAAGTGGGGAGGTAGCAAA
CCAGCAACTTTACTTGCCAGGGCTCTTACCGAAAATCCCTGGTCGGTTCTATTACCTATT
CGGGAAACCGATACACACTAAAGGAAGACCAGAGCTTGTGAAAGACAAAGAAGCAGCGAA
ACAGGTTTACTTGGAAGCGAAAGAGGAAGTGGAGAAAAGCATAGCCTACTTGTTGAAGAA
ACGTGAGGAAGATCCGTACAGAAGTGTTGTGGATAGATTAAGTTACAGTTTGACACACCT
TCCTGAGAATGATGTCCCTTCTTTCGAACCATGATTGGAACAGGAGCTGGTAAGCTTTAG
TAAGTAAATCTCATAAAACAAAACAAGATGTCATGTCATTGATTATGTTGTCTTAATAGA
AAAATTCAGTGTATATCCCAAATTTTATATAAATGAAATTGTTTAATGCAAG

QA 2 713 2 713
DS 



AS 1 4

CO CL2260Contig1 815 4 12 U
TTACAAAAGCCAGAGAATGCATAATAGGGTAAAGATAAAAGAGACCTACAAAGAAAGCCA
AAACCGCACTAACAAGCTGCAAAACGGGAAATAAAGAACATGCTGTAAATTATTTGGGGG
AATCAAATGACAGTAATAGAGATACAACACATAACAATTTTCTTTATTTTAACATATCAC
CAAATCTTGGGTTTTCTCAGAAGATGTTGCACCACCCAACTTCGATATTACAAGGCCAAC
TTAGATCCTATCAATATCCTCGTCCTCAAACTCAACGTAATCATCAACATTATTATCATC
ATCTTCATCAAGATCACCAACAATGCCTTCATTAAGACGGGTATTCTCAGGAAGCTCACC
ATAGGCCTTGAGAAGCCTGGCCTCATCAGACATGTACTTGAGGATGACGTCAGCTTTGTC
ATCTTGGTAGTCCCTCAGGCCAACAAGGACGATGTCACCGGCTGCGATCCAGACCTTCTT
GTGCATCTTACCACGGATATGGCAAAGACGTTTGGTGCCGTCAATGCACATGGCTTCGCA
TCGGCCATTGCCGAGCATGCGGAGGACTTGAGCGTACTCTTGGCCATCTTCTTTAAAGAT
AAGCTCACGCTTCTCGTCATCAGCTTCGTTCTTTCCTCTCTTCCTGTTCTTTCCTCCTTT
CCCCTTGTTCTTCGGCATGGTGTCGAAATACGGATGGATGGACCAAATTTTAAGCTAATC
ACGAAGATCGTCGAAGTGACTCATTTTTTCTCAAAAGGTCTCTCTCTTTCTTTTTATAGG
AATTTGAGTTTCGTTGTAGCTGCGTGTTGCTCTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FE46JQ U 116
AF RR1FE46TF C 116
AF RR1AZ41TF C 1
AF RR1AZ41JQ U 2
BS 1 4 RR1AZ41TF
BS 5 211 RR1AZ41JQ
BS 212 212 RR1FE46JQ
BS 213 297 RR1AZ41JQ
BS 298 298 RR1FE46JQ
BS 299 381 RR1AZ41JQ
BS 382 382 RR1FE46JQ
BS 383 504 RR1AZ41JQ
BS 505 505 RR1FE46JQ
BS 506 687 RR1AZ41JQ
BS 688 688 RR1FE46JQ
BS 689 815 RR1AZ41JQ

RD RR1FE46JQ 629 0 0
GGGGGAATCAAATGACAGTAATAGAGATACAACACATAACAATTTT*TTTATTTTAACAT
ATCACCAAATCTTGGGTTTTCTCAGAAGATGTTGCACCATCCAACTTTGATATTACAAGG
CCAACTTAGATCCTATCAATATCCTCGTCCTCAAACTCAACGTAATCATCAACATTATTA
TCATCATCTTCATCAAGATCACCAACAATGCCTTCATTAAGACGGGTATTCTCAGGAAGC
TCACCATAGGCCTTGAGAAGCCTGGCCTCATCAGACATGTACTTGAGGATGACGTCAGCT
TTGTCATCTTGGTAGTCCCTCAGGCCAACAAGGACGATGTCACCGGCTGCGATCCAGACC
TTCTTGTGCATCTTACCACGGATATGGCAAAGACGTTTGGTTCCGTCAATGCACATGGCT
TCGCATCGGCCATTGCCGAGCATGCGGAGGACTTGAGCGTACTCTTGGCCATCTTCTTTA
AAGATAAGCTCACGCTTCTCGTCATCAGCTTCGTTCTTTCCTCTCTTCCTGTTCTTTCCT
CCTTTTCCCTTGTTCTTCGGCATGGTGTCGAAATACGGATGGATGGACCAAATTTTAAGC
TAATCACGACGATCGTCGATGTGA
ATCCC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1FE46TF 629 0 0
GGGGGAATCAAATGACAGTAATAGAGATACAACACATAACAATTTT*TTTATTTTAACAT
ATCACCAAATCTTGGGTTTTCTCAGAAGATGTTGCACCATCCAACTTTGATATTACAAGG
CCAACTTAGATCCTATCAATATCCTCGTCCTCAAACTCAACGTAATCATCAACATTATTA
TCATCATCTTCATCAAGATCACCAACAATGCCTTCATTAAGACGGGTATTCTCAGGAAGC
TCACCATAGGCCTTGAGAAGCCTGGCCTCATCAGACATGTACTTGAGGATGACGTCAGCT
TTGTCATCTTGGTAGTCCCTCAGGCCAACAAGGACGATGTCACCGGCTGCGATCCAGACC
TTCTTGTGCATCTTACCACGGATATGGCAAAGACGTTTGGTTCCGTCAATGCACATGGCT
TCGCATCGGCCATTGCCGAGCATGCGGAGGACTTGAGCGTACTCTTGGCCATCTTCTTTA
AAGATAAGCTCACGCTTCTCGTCATCAGCTTCGTTCTTTCCTCTCTTCCTGTTCTTTCCT
CCTTTTCCCTTGTTCTTCGGCATGGTGTCGAAATACGGATGGATGGACCAAATTTTAAGC
TAATCACGACGATCGTCGATGTGA
ATCCC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1AZ41TF 815 0 0
TTACAAAAGCCAGAGAATGCATAATAGGGTAAAGATAAAAGAGACGTACAAAGAAAGCCA
AAACCGCACTAACAAGCTGCAAAACGGGAAATAAAGAACATGCTGTAAATTATTTGGGGG
AATCAAATGACAGTAATAGAGATACAACACATAACAATTTTCTTTATTTTAACATATCAC
CAAATCTTGGGTTTTCTCAGAAGATGTTGCATCACCCAACTTCGATATTACAAGGCCAAC
TTAGATCCTATCAATATCCTCGTCCTCAAACTCAACGTAATCATCAACATTATTATCGTC
ATCTTCATCAAGATCACCAACAATGCCTTCATTAAGACGGGTATTCTCAGGAAGCTCACC
ATAGGCCTTGAGAAGCCTGGCTTCATCAGACATGTACTTGAGGATGACGTCAGCTTTGTC
ATCTTGGTAGTCCCTCAGGCCAACAAGGACGATGTCACCGGCTGCGATCCAGACCTTCTT
GTGCATCTTACCACGGATATGGCAGAGACGTTTGGTGCCGTCAATGCACATGGCTTCGCA
TCGGCCATTGCCGAGCATGCGGAGGACTTGAGCGTACTCTTGGCCATCTTCTTTAAAGAT
AAGCTCACGCTTCTCGTCATCAGCTTCGTTCTTTCCTCTCTTCCTGTTCTTTCCTCCTTT
CCCCTTGTTCTTCGGCATGGTGTCGAACTACGGATGGATGGACCAAATTTTAAGCTAATC
ACGAAGATCGTCGAAGTGACTCATTTTTTCTCAAAAGGTCTCTCTCTTTCTTTTTATAGG
AATTTGAGTTTCGTTGTAGCTGCGTGTTGCTCTCC

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1AZ41JQ 814 0 0
ACA
AAAAGCCAGAGAATGCATAATAGGGTAAAGATAAAAGAGACCTACAAAGAAAGCCAAAAC
CGCACTAACAAGCTGCAAAACGGGAAATAAAGAACATGCTGTAAATTATTTGGGGGAATC
AAATGACAGTAATAGAGATACAACACATAACAATTTTCTTTATTTTAACATATCACCAAA
TCTTGGGTTTTCTCAGAAGATGTTGCATCACCCAACTTCGATATTACAAGGCCAACTTAG
ATCCTATCAATATCCTCGTCCTCAAACTCAACGTAATCATCAACATTATTATCGTCATCT
TCATCAAGATCACCAACAATGCCTTCATTAAGACGGGTATTCTCAGGAAGCTCACCATAG
GCCTTGAGAAGCCTGGCTTCATCAGACATGTACTTGAGGATGACGTCAGCTTTGTCATCT
TGGTAGTCCCTCAGGCCAACAAGGACGATGTCACCGGCTGCGATCCAGACCTTCTTGTGC
ATCTTACCACGGATATGGCAGAGACGTTTGGTGCCGTCAATGCACATGGCTTCGCATCGG
CCATTGCCGAGCATGCGGAGGACTTGAGCGTACTCTTGGCCATCTTCTTTAAAGATAAGC
TCACGCTTCTCGTCATCAGCTTCGTTCTTTCCTCTCTTCCTGTTCTTTCCTCCTTTCCCC
TTGTTCTTCGGCATGGTGTCGAACTACGGATGGATGGACCAAATTTTAAGCTAATCACGA
AGATCGTCGAAGTGACTCATTTTTTCTCAAAAGGTCTCTCTCTTTCTTTTTATAGGAATT
TGAGTTTCGTTGTAGCTGCGTGTTGCTCTCC

QA 4 814 4 814
DS 



AS 2 4

CO CL2261Contig1 810 2 2 U
GGTTGTTTTCTCGCTGTGGTTTGCGTTTGCAATCAATGTTAAGGGTTCAAAGAGTTGTCG
TCTATGGCTCCTTTTCCTCTTCTCGGATATTGCTTACCCTTTGTCCTATCCTCGTCACTG
CAAGGTTGTGTTGCTCTGGCCGTGTGTGTTCATGAGCATTTCAGTACCGCATTACTTGTT
GTTCTCCCGTTTCTCCAGCGGGTTTCAACAGTTTTGCGCAGATTAGACCGGCTCATGTTC
TGTGATGCTGGAGAAAGGTTCGGTCCGAGTCTCTGATTTGGTCAGTCGGGGGTCTTGTGT
CGAAGTGGAGACTTTCTTGAGGGATGGTCATCCCGATGCGTGGTGGACCCTTGGTCTTCC
TCGTAGGCAATTTCTCTTCTTATTTGCAGGTACTGAAGAGCTCGACTTTGCTTGCTTCTT
TCTCAGCCATTTCAAGTATCGGGCTGGTGGGTTTCAGAGGTTCTGCTTGCTGCTCTTCGG
GTATGCTTTCATATTCCTCTCTTCCTTCTCGGCTTTAAGTTCTTTAATGTCAGTGGAGGT
GAAAAACTCGGGGAGATCGTCACGAACTAGCTACTTCGGTGATGGCATGGGATGTTCCGG
TAACCGAAGAAATGAGGTGAACGCCACCTTCCCGTGGTTACCATCAACGGTAGAGAACGG
GGGTTGATAGTCTAAGATTCACGGAGTTCACTAGCGGAATGCGCCGGAGTGGTGGTTGAG
CGAAGCTAGTCGTTTTTCGTTTTTGATTTAGACCATTTTGTTCGATCCGAGCTTGTAAAC
CGAAACTTGAATTCCCTTTTTGGGTCGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C172TF U 1
AF RR1C172JQ C 116
BS 1 738 RR1C172TF
BS 739 810 RR1C172JQ

RD RR1C172TF 738 0 0
GGTTGTTTTCTCGCTGTGGTTTGCGTTTGCAATCAATGTTAAGGGTTCAAAGAGTTGTCG
TCTATGGCTCCTTTTCCTCTTCTCGGATATTGCTTACCCTTTGTCCTATCCTCGTCACTG
CAAGGTTGTGTTGCTCTGGCCGTGTGTGTTCATGAGCATTTCAGTACCGCATTACTTGTT
GTTCTCCCGTTTCTCCAGCGGGTTTCAACAGTTTTGCGCAGATTAGACCGGCTCATGTTC
TGTGATGCTGGAGAAAGGTTCGGTCCGAGTCTCTGATTTGGTCAGTCGGGGGTCTTGTGT
CGAAGTGGAGACTTTCTTGAGGGATGGTCATCCCGATGCGTGGTGGACCCTTGGTCTTCC
TCGTAGGCAATTTCTCTTCTTATTTGCAGGTACTGAAGAGCTCGACTTTGCTTGCTTCTT
TCTCAGCCATTTCAAGTATCGGGCTGGTGGGTTTCAGAGGTTCTGCTTGCTGCTCTTCGG
GTATGCTTTCATATTCCTCTCTTCCTTCTCGGCTTTAAGTTCTTTAATGTCAGTGGAGGT
GAAAAACTCGGGGAGATCGTCACGAACTAGCTACTTCGGTGATGGCATGGGATGTTCCGG
TAACCGAAGAAATGAGGTGAACGCCACCTTCCCGTGGTTACCATCAACGGTAGAGAACGG
GGGTTGATAGTCTAAGATTCACGGAGTTCACTAGCGGAATGCGCCGGAGTGGTGGTTGAG
CGAAGCTAGTCGTTTTTC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1C172JQ 695 0 0
CACTGCAAGGTTGTGTTGCTCTGGCCGTGTGTGTTCATGAGCATTTCAGTACCGCATTAC
TTGTTGTTCTCCCGTTTCTCCAGCGGGTTTCAACAGTTTTGCGCAGATTAGACCGGCTCA
TGTTCTGTGATGCTGGAGAAAGGTTCGGTCCGAGTCTCTGATTTGGTCAGTCGGGGGTCT
TGTGTCGAAGTGGAGACTTTCTTGAGGGATGGTCATCCCGATGCGTGGTGGACCCTTGGT
CTTCCTCGTAGGCAATTTCTCTTCTTATTTGCAGGTACTGAAGAGCTCGACTTTGCTTGC
TTCTTTTTCAGCCATTTCAAGTATCGGGCTGGTGGGTTTCAGAGGTTCTGCTTGCTGCTC
TTCGGGTATGCTTTCATATTCCTCTCTTCCTTCTCGGCTTTAAGTTCTTTAATGTCAGTG
GAGGTGAAAAACTCGGGGAGATCGTCACGAACTAGCTACTTCGGTGATGGCATGGGATGT
TCCGGTAACCGAAGAAATGAGGTGAACGCCACCTTCCCGTGGTTACCATCAACGGTAGAG
AACGGGGGTTGATAGTCTAAGATTCACGGAGTTCACTAGCGGAATGCGCCGGAGTGGTGG
TTGAGCGAAGCTAGTCGTTTTTCGTTTTTGATTTAGACCATTTTGTTCGATCCGAGCTTG
TAAACCGAAACTTGAATTCCCTTTTTGGGTCGATT

QA 1 695 1 695
DS 



CO CL2261Contig2 630 2 2 U
TTTGCTAGTTGAATTGAATGTGTATATGTACAACTTCGCTTGGAGATTGTTTATTTCTAT
ACGTTTTATAACTTCCATGATTCTCTGCAATCACACTTGTGCTTATCATATCTTTAACTT
GGAGGTAACAGAACTGCAGATGTTGCAGGGGAAAGAATACTCTCTAGTCATCTATTTTTT
TAACGAGATGTTGGCAGTAGACTAAGAGTTGTATACTACAGAATAATGTTCAACTATTAA
GAAAAATAACTGGGTTACAATTTTTAAGCATTGATTATAACAATTTGCCGAATTTGGTGG
TTGTCTTTTACAACAACATAAGTTTACAGTTTTACAGAAAACGCTGAACAGAGTAATTTT
GTAAGCATTGATAATAACGATTTCCAAGATTTGGGTTTTTGTATTTTACAACAACACAAG
ATTAAGGGTGATGGCGTTGACTCTGGTTTCGTCTGAACGTGCACGGAGGATGAAGCAGCT
GGGTAGTTGTTTTCTCGCTGTGGTTTGCGTTTGCAATCAATGTTAAGGGTTCAAAGAGTT
GTCGTCTATGGCTCCTCTTCCTCTTCTCGGATATTGCTTACCCTTTGTCCTATCCTCGTC
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BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1D044TF C 1
AF RR1D044JQ U 4
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C

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DS 

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TTTTATAACTTCCATGATTCTCTGCAATCACACTTGTGCTTATCATATCTTTAACTTGGA
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TCTTTTACAACAACATAAGTTTACAGTTTTACAGAAAACGCTGAACAGAGTAATTTTGTA
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QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 4

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1EQ63TF U 1
AF RR1AH83JQ C 1
AF RR1EQ63JQ C 65
AF RR1AH83TF U 1
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QA 1 736 1 736
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GATCTTCTGGCGTACCCTTCGTGGTATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGAGCTGCTGC
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QA 1 743 1 743
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GGAATGAGACA

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 4

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AAATTCATCATCCTCGCTCAAGTCCACCGCTCCAAAATCTCAATTACAACCCTAAAACCT
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC29TF U 1
AF RR1DD45TF U 1
AF RR1GC29JQ C 142
AF RR1DD45JQ C 522
BS 1 219 RR1DD45TF
BS 220 220 RR1GC29TF
BS 221 348 RR1DD45TF
BS 349 349 RR1GC29TF
BS 350 570 RR1DD45TF
BS 571 578 RR1GC29JQ
BS 579 579 RR1DD45JQ
BS 580 668 RR1GC29JQ
BS 669 683 RR1DD45JQ

RD RR1GC29TF 397 0 0
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QA 1 397 1 397
DS 

RD RR1DD45TF 572 0 0
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AAATTCATCATCCTCGCTCAAGTCCACCGCTCCAAAATCTCAATTACAACCCTAAAACCT
CGTAAATGCAACAAAAACAAGCCCCGACCATCAAAATCCATAACCGATAACATGTTCAAC
AATGCTTGTCCTGGCAAAACGCTTACTGAAATTTATCATAATGACCTTAAAAACTTATCC
CCTCTAGCTAATTCAGTATTGTTTACGGAAGATCAGCCAGTTAAAGAAGAGCAGACGAGT
CAACAAGAACATGCGAAGCTGTGCAACCTCAACCGCAAAGACGGTAAGCCGGTAATCACA
ACAGAATATGGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAATTAAGCTTGTTTTGGTACATGAAA
TGTTCCATAAGCTATATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGCGAT
ACTTGTGTTGGGAGTAGCACTATGGTTGTAGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCGGTTTTA
CCTTTCAATAATTAACTAATATCATCAAGT
CT

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1GC29JQ 527 0 0
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CTTACTGAAATTTATCATCATGACCTTAAAAACTTATCCCCTCTAGCTAATTCAGTATTG
TTTACGGAAGATCAGCCAGTTAAAGAAGAGCAGACGAGTCAACAAGAACATGGGAAGCTG
TGCAACCTCAACCGCAAAGACGGTAAGTCGGTAATCACAACAGAATATGGAGATTTGAGA
CGTGAAGTTGCTCAATTAAGCTTGTTTTGGTACATGAAATGTTCCATAAGCTATATATTA
AGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTGATACTTGTGTTGGGAGTAGCACT
ATGGTTGTAGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCGGTTTTACCTTTCAATAATTAACTAATA
TCATCAAGTTTACGGGGTGGAAAAAGTTGTATTAAAATTAGTAACTTCGCTGTGTTGTAA
TGTGTTGAAAAGTCTTGATATGTGTAATGAAAAACGTCAATTTATGT

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1DD45JQ 162 0 0
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AAAAAGTTGTATTAAAATTAGTAACTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAAGTCTTGATA
TGTGTAATGAAAAACGTCAATTTATGTAACAAATGTTGTTTT

QA 1 162 1 162
DS 



AS 1 3

CO CL2264Contig1 947 3 13 U
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AACAGTCCGTTTGCTGTTGTTGAGGAGCTTGTGCGTGAGATTGAGATTTCTCACTGGGGT
AGCCTTCAGGTAACTGAGAATTATAAGTTGACTCATGGGGGAGCTCGTCATAAGGGTGTC
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CTCTTTGCAGTGCTTCCTCCCAGAGTTAACTCTGTTTACTATAGGGATGACATTGGAAAC
ATCTCAACTTCGCATTTGCGTACAGGCTTTAAGAAGTCAGAACTTGAATTTGAACCGAGA
TACCCGTTATTTGGAGGGTGGAGAGCAACATTTATCATCGGCTATCGAGTTCCATTGGAG
GACTATCTCTTTGAATCACCTGATGGCAGACGTTACTTGAACTTTACCTTTGGCTGCCCC
CTCGTTGAAACTATAGTTAACAAGTTGACTCTCAAAGTCGTGCTTCCTGAAGGATCAAAG
GACCCTTCTGCTGTTTTGCCC*TTCACAGTCAATCAAGACTTACAGGTCAAGTACTCATA
CCTTGACATCTTGGGAAGAACCGTGGTTGTGTTGCAAAAGGATAATGTAGTTCCCACTCA
CAACGTACCCTTCCAGGTGTACTATACGTTCAAACCAATATACATGCTTGCGGAACCGTT
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TCTCAATATCGCCAAGAAGTAGAAATCTCATAGACAAGTTCATTTTTATATAGACTCCTA
AAAGATGTAGTAGACCCCTTTATAATACTACTTTTTTTTGGTTAAAAACAAATAATTATG
TAGTTGCTGTTGACTTTCCTAGTTGTGTATCTTTGCCGCTCTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CJ27TF U 1
AF RR1D865TF U 218
AF RR1CJ27JQ C 232
BS 1 640 RR1CJ27TF
BS 641 641 RR1D865TF
BS 642 693 RR1CJ27TF
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RD RR1CJ27TF 756 0 0
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AACAGTCCGTTTGCTGTTGTTGAGGAGCTTGTGCGTGAGATTGAGATTTCTCACTGGGGT
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GACCCTTCTGCTGTTTTGCCC*TTCACAGTCAATCAAGACTTACAGGTCAAGTACTCATA
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CAACGTACCCTTCCAGGTGTACTATACGTTCAA*CCAATATACATGCTTGCGGA*CCGTT
CATGCT*GTATCGGCAT**CTCTTCGTCTTTGTGGC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1D865TF 663 0 0
GG
GGATCATCCTCTTTCAATGCGCTCCTTGCAGTGCTTCCTCCCAGAGTTAACTCTGTTTAC
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GGCTATCGAGTTCCATTGGAGGACTATCTCTTTGAATCACCTGATGGCAGACGTTACTTG
AACTTTACCTTTGGCTGCCCCCTCGTTGAAACTATAGTTAACAAGTTGACTCTCAAAGTC
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CTTACAGGTCAAGTACTCATACCTTGACATCTTGGGAAGAACCGTGGTTGTGTTGCAAAA
GGATAATGTAGTTCCCACTCACAACGTACCCTTCCAGGTGTACTATACGTTCAAACCAAT
ATACATGCTTGCGGAACCGTTCATGCTTGTATCGGCATTCTTCTTCGTCTTTGTGGCTTC
TCTTGCTTATGTACACATCGATCTCAATATCGCCAAGAAGTAGAAATCTCATAGACAAGT
TCATTTTTATATAGACTCCTAAAAGATGTAGTAGACCCCTTTATAATACTACTTTTTTTT
G

QA 3 663 3 663
DS 

RD RR1CJ27JQ 716 0 0
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ATTGGAAACATCTCAACTTCGCATTTGCGTACAGGCTTTAAGAAGTCAGAACTTGAATTT
GAACCGAGATACCCGTTATTTGGAGGGTGGAGAGCAACATTTATCATCGGCTATCGAGTT
CCATTGGAGGACTATCTCTTTGAATCACCTGATGGCAGACGTTACTTGAACTTTACCTTT
GGCTGCCCCCTCGTTGAAACTATAGTTAACAAGTTGACTCTCAAAGTCGTGCTTCCTGAA
GGATCAAAGGACCCTTTTGCTGTTTTGCCC*TTCACAGTCAATCAAGACTTACAGGTCAA
GTACTCATACCTTGACATCTTGGGAAGAACCGTGGTTGTGTTGCAAAAGGATAATGTAGT
TCCCACTCACAACGTACCCTTCCAGGTGTACTATACGTTCAAACCAATATACATGCTTGC
GGAACCGTTCATGCTTGTATCGGCATTCTTCTTCGTCTTTGTGGCTTCTCTTGTTTATGT
ACACATCGATCTCAATATCGCCAAGAAGTAGAAATCTCATAGACAAGTTCATTTTTATAT
AGACTCCTAAAAGATGTAGTAGACCCCTTTATAATACTACTTTTTTTTGGTTAAAAACAA
ATAATTATGTAGTTGCTGTTGACTTTCCTAGTTGTGTATCTTTGCCGCTCTTTGTT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 4

CO CL2265Contig1 709 4 7 U
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TGTTGAGATGTAAAATCCTTTTAAACTAAAATACAAACAATCCAAATAAAACAAACTCAA
TGCTTGGATCTCTTGGGAGTGGGTGAAGCGTAGGCATCCAAAGAACCAACATCCCCACCC
TCCTTCTCCATCTTCTTTCTCGTCATTATTTTATTGATCTTGTTAAGCTCGTTGTTAAGT
TTCTGGTCACGGTTCTGCTTCTTTGTCTTTCTACCGTCTTGCATCTTTACCCCAAACTGG
AACGCTGCTTTTGGCATCGCTTCCTTCTGCTCATTATATTTTTCCCATTCCTCTTCTGTC
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TCAGCTTCTTCATCGCTACCGACAACCTCATGGTTGTACTCTTGGTAACCCGGGTAACAC
TCTGAAAAAACTCTCGGATACAAAAGTTGGATCTTTCTCCCGTGCGTCTTTCTCCCTCAA
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CTGAGACATGAGTTGAGGATCTTGTAAAACACCCGTTTCTGGTTGCGCAACGTAACCCTC
CATTCCAGGCTGCAGGTACTGCTCTTCATACCCTGTTTGCTCTGCGTAT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1HB76TF C 2
AF RR1D867TF C 1
AF RR1D867JQ U 4
AF RR1CS39JQ U 27
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GG
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CC

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DS 

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TGCTTGGATCTCTTGGGAGTGGGTGAAGCGTAGGCATCCAAAGAACCAACATCCCCACCC
*CCTTCTCCATCTTCTTTCTCGTCATTATTTTATTGATCTTGTTAAGCTCGTTGTTAAGT
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AACGCTGCTTTTGGCATCGCTTCCTTCTGCTCATTATATTTTTCCCATTCCTCTTCTGTC
TCAAAATCCCATCGATGTAAACCCCCTTTTGCCTTTCCGCCCATGTCCATTTTAGACAAA
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C

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TGAGATGTAAAATCCTTTTAAACTAAAATACAAACAATCCAAATAAAACAAACTCAATGC
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GCTGCTTTTGGCATCGCTTCCTTCTGCTCATTATATTTTTCCCATTCCTCTTCTGTCTCA
AAATCCCATCGATGTAAACCCCCTTTTGCCTTTCCGCCCATGTCCATTTTAAACAAATCA
GCTTCTTCATCGCTACCGACAACCTCATGGTTGTACTCTTGGTAACCCGGGTAACACTCT
GAAAAAACTCTCGGATACAAAAGTTGGATCTTTCTCCCGTGCGTCTTTCTCCCTCAACTG
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C

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TAAAATACAAACAATCCAAATAAAACAAACTCAATGCTTGGATCTCTTGGGAGTGGGTGA
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TATTTTATTGATCTTGTTAAGCTCGTTGTTAAGTTTCTGGTCACGGTTCTGCTTCTTTGT
CTTTCTACCGTCTTGCATCTTTACCCCAAACTGGAACGCTGCTTTTGGCATCGCTTCCTT
CTGCTCATTATATTTTTCCCATTCCTCTTCTGTCTCAAAATCCCATCGATGTAAACCCCC
TTTTGCCTTTCCACCCATGTCCATTTTAAACAAATCAGCTTCTTCATCGCTACCGACAAC
CTCATGGTTGTACTCTTGGTAACCCGGGTAACACTCTGAATAA*CTCTCGGATGCAAAAG
TTGGATCTTTCTCCCGTGCGTCTTTCTCCCTCAACTGTAAAAGCCTTTGGTCATCACGCT
TGAACACTGATCCCAAACCCCTATCTTTCTCTTCCTGAGACATGAGTTGAGGATCTTGTA
ACACACCCGTTTCTGGTTGCGCAACGTAACCCTCCATTCCAGGCTGCAGGTACTGCTCTT
CATACCCTGTTTGCTCTGCGTAT

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 3

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CGCCTGGGTGGATTCTTTTCTCTCCCAGACGATTTTGCGTTGGCAAAAATCCAGAGTATC
TCAATCAACACCGCCGAGTCAACTCGCTCCACCAAGCCATGAATCGGCTGAGAGGGCGAG
GGGCATGGATCCTAGGTTCGGCAGCTATGCCTCATCTGAAGAAGAAAGCCCAGAACTCAT
TGGTCGCTATCCAAGACTCCTATCTCTCCACCAAGGATTTGCTCGAGAGGCAGAGGGTCG
TGTTTACAGTTGCAACTTCTGTTGCATCTGTCACTACCGCTTGGATTGGTTATTCATTAC
GACACTACAATGAAACTAGGATCGATCAGAGGCTGGAATCTATTGAGAATGCGATGAAAC
ACACACATGAATTGGAACGAGGAGAACTCAAGGAGCTTGTGGATCCAGTGGGTTCCAGAT
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TGAAGACACCACCTGAGAATGCTGCTTGAAAGAACCAGAAAACTGGTCTGGGGAGAAACA
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AGATTCTTGACATTAATCTAAAGTCTACACATCGGCTTGTCATGAAGCCAAAAGGCTGTT
CCTCTTTGTTCCTTGTAATTGATCAAGTTCAAATACTGTTGTATGTATCTTTTATCTTCT
TCTTGAGACAATACTAATTGCTTTTGACAGTGGCC


BQ
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15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1F181TF U 1
AF RR1G544TF U 3
AF RR1F181JQ C 363
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GGGCATGGATCCTAGGTTCGGCAGCTATGCCTCATCTGAAGAGGAAAGCCCAGAACTCAT
TGGTCGCTATCCAAGACTCCTATCTCTCCACCAAGGATTTGCTCGAGAGGCAGAGGGTCG
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GACACTACAATGAAACTAGGATCGATCAGAGGCTGGAATCTATTGAGAATGCGATGAAAC
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CCTCGAGGCTCCTCAGACAACCGTTCCCAAG
CAGACAAACACCA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1G544TF 694 0 0
GGGTCGGAGA
AAAAAAAAATCTGCTTGAAGCTTCGTCCTTTTTGCTTGTGGGGGAAATCGCCTGGGTGGA
TTCTTTTCTCTCCCAGACGATTTTGCGTTGGCAAAAATCCAGAGTATCTCAATCAACACC
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AAGACTCCTATCTCTCCGCCAAGGATTTGCTCGAGAGGCAGAGGGTCGTGTTTACAGTTG
CAACTTCTGTTGCATCTGTCACTACCGCTTGGATTGGTTATTCATTACGACACTACAATG
AAACTAGGATCGATCAGAGGCTGGAATCTATTGAGAATGCGATGAAACACACACATGAAT
TGGAACGAGGAGAACTCAAGGAGCTTGTGGATCCAGTGGGTTCCAGATTCACTTCAACAA
TTGCTATGGCTGGAACCACTTTGATCATCGGGTATGGGTTGGGGTGGCGCGGAGGGATAT
GGTATGCAAACAGGAAGTTTAAAAGAGAACAAATGAGATTGGCTGGTCAGTTAAAACCGA
GGGAATGGAAGTTATTATTGGGGAGGATAAAACCCCGAGCTTGGCCTACCTCAAG*CTCC
TCAGACGACCATTCCCAAG
CAGAC

QA 11 689 11 689
DS 

RD RR1F181JQ 633 0 0
CACTACAATGAAACTAGGATCGATCAGAGGCTGGAATCTATTGAGAATGCGATGAAACAC
ACACATGAATTGGAACGAGGAGAACTCAAGGAGCTTGTGGATCCAGTGGGTTCCAGATTC
ACTTCAACAATTGCTATGGCTGGAACCACTTTGATCATCGGGTATGGCTTGGGGTGGCGC
GGAGGGATATGGTATGCAAACAGGAAGTTTAAAAGAGAACAAATGAGATTGGCTGGTCAG
TTAAAACCGAGGGAATGGAAGTTGTTATTAGGGAGGATAAAACCCCGAGCTTGGCCTACC
TCGAGGCTCCTCAGACAACCGTTCCCAAGGCAGAACAAAACAACCACAGAAAATGCTTTG
AAGACACCACCTGAGAATGCTGCTTGAAAGAACCAGAAAACTGGTCTGGGGAGAAACAAT
TCAAAAGCAATAGCTAATCGGAACAAAGAACGATTATTTTTCTTTTTACACTCTCTGTAG
ATTCTTGACATTAATCTAAAGTCTACACATCGGCTTGTCATGAAGCCAAAAGGCTGTTCC
TCTTTGTTCCTTGTAATTGATCAAGTTCAAATACTGTTGTATGTATCTTTTATCTTCTTC
TTGAGACAATACTAATTGCTTTTGACAGTGGCC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 4

CO CL2267Contig1 718 4 5 U
GGACCTACCCAAAGCCTAAAACCCCAGAAAAAAAGTGAGAATAAACCAAAACTGCTTCGC
TCCCAGCTCGTAAGCAGGACAAAAAAAGAGGAATGCCGACGCTCACAAAGATTTACTCCA
TGGAAGAAGTGGCAGCTCACAACAAGCAAGATGACTGCTGGATTGTAATCGACGGCAAGG
TCTATGACGTAACCTCTTATATGGATGAGCACCCTGGAGGAGATGATGTACTTCTTGCTG
TCACTGGCAAAGATGCAACGGATGAATTCGAAGACGCGGGGCACAGCAAAACCGCTAGGG
AACTCATGGAGGAGTATTTCATCGGCGAGCTTGACGAAGATTCCGTACAGGAAATACCAG
AGCTCAAGATCTACAAGAAGGAGGAGCCAAAGGATTCTGTTCAGAAGCTTGTCGTCTTGA
CGAAGCAGTACTGGGTTGTTCCCGTCTCGGTCATCACCATCTCTGTTGCCGTGAGTCTCT
TGTTCTCTCGCAAGAAGTAGTAGGAGTAGTCTCTGGAGACGATCTTGAGTTATTGAATTA
CTGGGGTGAATCAACTATCCACGAGAACTCCCCCCCTCACGTTATAGATTTTGAATCACA
GAAAAGAATCATATTATTTTTCAGTTTTCAATCACTTAATGGTTTTACATTTTTGAGTTA
ATGATATGATTATTGGATGCTTTGGTTTTGCTTATAAAAAAAAGCCTGTTTGTCATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1CX04JQ C 1
AF RR1GQ20JQ C 298
AF RR1GQ20TF U 298
AF RR1CX04TF U 1
BS 1 297 RR1CX04TF
BS 298 382 RR1GQ20TF
BS 383 383 RR1CX04TF
BS 384 714 RR1GQ20TF
BS 715 718 RR1CX04JQ

RD RR1CX04JQ 718 0 0
GGACCTACCCAAAGCCTAAAACCCCAGAAAAAAAGTGAGAATAAACCAAAACTGCTTCGC
TCCCAGCTCGTAAGCAGGACAAAAAAAGAGGAATGCCGACGCTCACAAAGATTTACTCCA
TGGAAGAAGTGGCAGCTCACAACAAGCAAGATGACTGCTGGATTGTAATCGACGGCAAGG
TCTATGACGTAACCTCTTATATGGATGAGCACCCTGGAGGAGATGATGTACTTCTTGCTG
TCACTGGCAAAGATGCAACGGATGAATTCGAAGACGCGGGGCACAGCAAAACCGCTAGGG
AACTCATGGAGGAGTATTTCATCGGCGAGCTTGACGAAGATTCCGTACAGGAAATACCAG
AGCTCAAGATCTACAAGAAGGAGGAGCCAAAGGATTCTGTTCAGAAGCTTGTCGTCTTGA
CGAAGCAGTACTGGGTTGTTCCCGTCTCGGTCATCACCATCTCTGTTGCCGTGAGTCTCT
TGTTCTCTCGCAAGAAGTAGTAGGAGTAGTCTCTGGAGACGATCTTGAGTTATTGAATTA
CTGGGGTGAATCAACTATCCACGAGAACTCCCCCCCTCACGTTATAGATTTTGAATCACA
GAAAAGAATCATATTATTTTTCAGTTTTCAATCACTTAATGGTTTTACATTTTTGAGTTA
ATGATATGATTATTGGATGCTTTGGTTTTGCTTATAAAAAAAAGCCTGTTTGTCATCC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1GQ20JQ 417 0 0
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TGACGAAGCAGTACTGGGTTGTTCCCGTCTCGGTCATCACCATCTCTGTTGCCGTGAGTC
TCTTGTTCTCTCGCAAGAAGTAGTAGGAGTAGTCTCTGGAGACGATCTTGAGTTATTGAA
TTACTGGGGTGAATCAACTATCCACGAGAACTCCCCCCCTCACGTTATAGATTTTGAATC
ACAGAAAAGAATCATATTATTTTTCAGTTTTCAATCACTTAATGGTTTTACATTTTTGAG
TTAATGATATGATTATTGGATGCTTTGGTTTTGCTTATAAAAAAAAGCCTGTTTGTC

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR1GQ20TF 417 0 0
GGGAACTCATGGAGGAGTATTTCATCGGCGAGCTTGACGAAGATTCCGTACAGGAAATAC
CAGAGCTCAAGATCTACAAGAAGGATGAGCCAAAGGATTCTGTTCAGAAGCTTGTCGTCT
TGACGAAGCAGTACTGGGTTGTTCCCGTCTCGGTCATCACCATCTCTGTTGCCGTGAGTC
TCTTGTTCTCTCGCAAGAAGTAGTAGGAGTAGTCTCTGGAGACGATCTTGAGTTATTGAA
TTACTGGGGTGAATCAACTATCCACGAGAACTCCCCCCCTCACGTTATAGATTTTGAATC
ACAGAAAAGAATCATATTATTTTTCAGTTTTCAATCACTTAATGGTTTTACATTTTTGAG
TTAATGATATGATTATTGGATGCTTTGGTTTTGCTTATAAAAAAAAGCCTGTTTGTC

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR1CX04TF 702 0 0
GGACCTACCCAAAGCCTAAAACCCCAGAAAAAAAGTGAGAATAAACCAAAACTGCTTCGC
TCCCAGCTCGTAAGCAGGACAAAAAAAGAGGAATGCCGACGCTCACAAAGATTTACTCCA
TGGAAGAAGTGGCAGCTCACAACAAGCAAGATGACTGCTGGATTGTAATCGACGGCAAGG
TCTATGACGTAACCTCTTATATGGATGAGCACCCTGGAGGAGATGATGTACTTCTTGCTG
TCACTGGCAAAGATGCAACGGATGAATTCGAAGACGCGGGGCACAGCAAAACCGCTAGGG
AACTCATGGAGGAGTATTTCATCGGCGAGCTTGACGAAGATTCCGTACAGGAAATACCAG
AGCTCAAGATCTACAAGAAGGAGGAGCCAAAGGATTCTGTTCAGAAGCTTGTCGTCTTGA
CGAAGCAGTACTGGGTTGTTCCCGTCTCGGTCATCACCATCTCTGTTGCCGTGAGTCTCT
TGTTCTCTCGCAAGAAGTAGTAGGAGTAGTCTCTGGAGACGATCTTGAGTTATTGAATTA
CTGGGGTGAATCAACTATCCACGAGAACTCCCCCCCTCACGTTATAGATTTTGAATCACA
GAAAAGAATCATATTATTTTTCAGTTTTCAATCACTTAATGGTTTTACATTTTTGAGTTA
ATGATATGATTATTGGATGCTTTGGTTTTGCTTATAAAAAAA

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 4

CO CL2268Contig1 910 4 10 U
GGAATCACATTCCTTCTTCTTCTTCACAACTCTCTCTCTCGAAAAAAAAAGTCCCTCTTC
CTAGCTCGATTTCGATCTCAACTTTTCGTGTGGAATCGTTTGTGAATGGTGGAAACGAAT
CCGATCAGTGGTGAGTTTACGCTTTCCCTTCAAATCCAAAGGGCGAGCCTCCTCCTTCTC
TCTGCATCCTCTGCTTTCTCTTTCGGCTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACTTCCGCTGCATC
GGCCTCGACCCGTGAAACCCTAATCTCGATTTCTAGGGTTTCTCTTTTATTTGGGATCCA
TCTACCGTTTTTTTTTGTTTTTTAAATATCTCTTTAATCTCTACCAAAGATGTTGCTCTA
CAACAAGCAGAATAAGAACGCTAAGGGAAACCGGATCCTAATCAGCGTAACCGTTCTCGG
CAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAGATCTCGTCGCTTCTGTTATCGA
CACTGCTCTCAAGTGCTACGCTCGCGAAGGTCGCCTCCCTCTCCTCGGATCTGATTTCAA
TGACTTTCTTCTCTACTGTCCCATGTTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAATGCGAT
TGGATCGCTTGGTGCGAGGAACTTTACTCTGTGTAAGAAACCAGAGGAGAAGAAGGTTGT
GGCCAAGGAAGGAGCAAGGAAAGGAGGGAGCTTTAAAGCTTGGATCAACAAGTCCTTCAG
CCTCAAAGTCTCCACCCATTAAAAACGCTTTTTTGTATTTTTTTTTCAGACAAAGACAAG
ATCAGTTTTTATGTTTTTTGCATTTATGATTTGATTCCAATTGTCAAAAAAGCTTCCATT
GGCATTGATGAAGCCTCGTTTCTTTTATATCTATCATTCAACGGAAATAAAAGTTTAAAT
TTCTTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H526TF U 1
AF RR1FU19TF U 5
AF RR1CB55TF U 1
AF RR1FU19JQ C 141
BS 1 342 RR1CB55TF
BS 343 344 RR1H526TF
BS 345 353 RR1CB55TF
BS 354 354 RR1H526TF
BS 355 372 RR1CB55TF
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BS 656 656 RR1FU19JQ
BS 657 667 RR1CB55TF
BS 668 910 RR1FU19JQ

RD RR1H526TF 633 0 0
GGAATC
ACATTCCTTCTTCTTCTTCACAACTCTCTCTCG***AAAAAAAAGTCCCTCTTCCTAGCT
CGATTTCGATCTCAACTTTTCGTGTGGAATCGTTTGTGAATGGTGGAAACGAATCCGATC
AGTGGTGAGTTTACGCTTTCCCTTCAAATCCAAAGGGCGAGCCTCCTCCTTCTCTCTGCA
TCCTCTGCTTTCTCTTTCGGCTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACTTCCGCTGCATCGGCCTC
GACCCGTGAAACCCTAATCTCGATTTCTAGGGTTTCTCTTTTATTTGGGATCCATCTACC
GTTTTTTTTTGTTTTTTAAATATCTCTTTAATCTCTACCAAAGATGTTGCTCTACAACAA
GCAGAAGAAGAACGCTAAGGGAAACCGGATCCTAATCAGCGTAACCGTTCTCGGCAGCGC
CGGTCCGATCCGGTTCGCTGCTTACGAGGAAGATCTCGTCGCTTCTGTTATCGACACTGC
TCTCAAGTGCTACGCTCGCGAAGGTCGCCTCCCTCTCCTCGGATCTGATTTCAATGACTT
TCTTCTCTACTGTCCCATGTTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAATGCGATTGGATC
GCTTGGTGCGAGGAACTTTACTCTGTG

QA 7 633 7 633
DS 

RD RR1FU19TF 638 0 0
GG
ACATTCCTTCTTCTTCTTCACAACTCTCTCTCTCGAAAAAAAAAGTCCCTCTTCCTAGCT
CGATTTCGATCTCAACTTTTCGTGTGGAATCGTTTGTGAATGGTGGAAACGAATCCGATC
AGTGGTGAGTTTACGCTTTCCCTTCAAATCCAAAGGGCGAGCCTCCTCCTTCTCTCTGCA
TCCTCTGCTTTCTCTTTCGGCTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACTTCCGCTGCATCGGCCTC
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GTTTTTTTTTGTTTTTTAAATATCTCTTTAATCTCTACCAAAGATGTTGCTCTACAACAA
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CGGTCCGATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAGATCTCGTCGCTTCTGTTATCGACACTGC
TCTCAAGTGCTACGCTCGCGAAGGTCGCCTCCCTCTCCTCGGATCTGATTTCAATGACTT
TCTTCTCTACTGTCCCATGTTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAATGCGATTGGATC
GCTTGGTGCGAGGAACTTTACTCTGTGTAAGAAACC

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GGCCTCGACCCGTGAAACCCTAATCTCGATTTCTAGGGTTTCTCTTTTATTTGGGATCCA
TCTACCGTTTTTTTTTGTTTTTTAAATATCTCTTTAATCTCT**CAAAGATGTCGCTCTA
CAACAAGCAGAAGAAGAACGCTAAGGGAAACCGGATCCTAATCAGCGTAACCGTTCTCGG
CAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAGATCTCGTCGCTTCTGTTATCGA
CACTGCTCTCAAGTGCTACGCTCGCGAAGGTCGCCTCCCTCTCCTCGGATCTGATTTCAA
TGACTTTCTTCTCTACTGTCCCATGTTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAATGCGAT
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GGCCAAG
AAGAG

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DS 

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TTTCGGCTC*TGCAAAGAAGGCTGGTACTTCCGCTGCATCGGCCTCGACCCGTGAAACCC
TAATCTCGATTTCTAGGGTTTCTCTTTTATTTGGGATCCATCTACCGTTTTTTTTTGTTT
TTTAAATATCTCTTTAATCTCTACCAAAGATGTTGCTCTACAACAAGCAGAATAAGAACG
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TCGTTGCTTACGAGGAAGATCTCGTCGCTTCTGTTATCGACACTGCTCTCAAGTGCTACG
CTCGCGAAGGTCGCCTCCCTCTCCTCGGATCTGATTTCAATGACTTTCTTCTCTACTGTC
CCATGTTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAATGCGATTGGATCGCTTGGTGCGAGGA
ACTTTACTCTGTGTAAGAAACCAGAGGAGGAGAAGGTTGTGGCCAAGGAAGGAGCAAGGA
AAGGAGGGAGCTTTAAAGCTTGGATCAACAAGTCCTTCAGCCTCAAAGTCTCCACCCATT
AAAAACGCTTTTTTGTATTTTTTTTTCAGACAAAGACAAGATCAGTTTTTATGTTTTTTG
CATTTATGATTTGATTCCAATTGTCAAAAAAGCTTCCATTGGCATTGATGAAGCCTCGTT
TCTTTTATATCTATCATTCAACGGAAATAAAAGTTTAAATTTCTTTTCCC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 3

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CCTCCTGGTGCTCCCGGAGGTTATCCTCCTGCAGGCTATCCTGCTCCTCACCATGCAGGT
AGAGACTCTCCTTTGTAGTTTATTGTATCAACAAACTGCTAAATAGTTGTGCAGTGTTTG
AAGAATCATAGGACAATAGCTTCTAATATTTCGATGTTTGCTATGCTAAAAGCTAAGCAC
TGTTCTTGTTGTTTTGTTGGATTATAAACCTTTTTTGTTTGAATAGTAATAGGAAAAGTA
AATAGTAAACTCAGTGCTGTTATACTATGCAAAAGCCTAAGACAATTTCCTTGTAGTTTG
ATGTGTCTGCTATGTAATGTTTTCGAGTTGAAGTATATATTTTGAAGAACAATAGTTTTT
AAAACTTTGCTAGTTATGTTTATGCAAATGCTATGCAATGGCGAGTTTATTATCCTATCC
TCTCTTTAACTTGATGCACACTTGTGCAAACTATTGAATTGATTTGTGTTTCATCAGGAC
ATTCTAGTGGTGGACTAGGAGGTATGATCGCCGGTGCAGCTGGTGCAGCCGCAACTGCCT
ATGGAGCTCACCACATTGCTCATGGAGCACACAACCCGTACGGGCATGCAGGGCCCGCAG
GGTTTGGCCACGTTGGTCACGGTGGATATGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGAAAGCATG
GAGGCAAATTCAAGCACGGAGGCAAGTTCAAGCATGGAAAGCATGGGAAGCACGGTATGT
TTGGAGGAGGCAAATTCAAGAAGTGGAAGTAATCTCAAACAGAAAAAATAACCTATGAGA
TTCTCTTCTCCAGTAGTCTCATTACCTGGCCGATGTTTCTAATAATCAAACCCCCTCTCA
AAATAATTACAACTTAACTATATATCGGTTTAGAGATTGCTGGTTTAGAGAAAATAAAAT
GGAGAGTGATAGTATAATGTAAAAACCTTATGGTATCTGTAGAAGAGGTTTCTTCAATCT
CTCAATAGCAGATGCTTTGAAACTTATCTATGATTTTGGTTTTGTAATTGACAGTTTGTG
TTTGTTCTGGTTCTTTTTTTCTTTAAGTTTAAATATTATGTTTGATTCTGACCCGCCCTT
TAAAGGGCGGGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AX57TF U 1
AF RR1AX57JQ C 290
AF RR1GF75TF U 828
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AGAGACTCTCCTTTGTAGTTTATTGTATCAACAAACTGCTAAATAGTTGTGCAGTGTTTG
AAGAATCATAGGACAATAGCTTCTAATATTTCGATGTTTGCTATGCTAAAAGCTAAGCAC
TGTTCTTGTTGTTTTGTTGGATTATAAACCTTTTTTGTTTGAATAGTAATAGGAAAAGTA
AATAGTAAACTCAGTGCTGTTATACTATGCAAAAGCCTAAGACAATTTCCTTGTAGTTTG
ATGTGTCTGCTATGTAATGTTTTCGAGTTGAAGTATATATTTTGAAGAACAATAGTTTTT
AAAACTTTGCTAGTTATGTTTATGCAAATGCTATGCAATGGCGAGTTTATTATCCTATCC
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ATGGAGCTCACCACATTGCTCATGGAGCACACAACCCGTACGGGCATGCAGGGCCCG

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DS 

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GA
T

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DS 

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G
TAACCTATGAGATTCTCTTCTCCAGTAGTCTCATTACCTGGCCGATGTTTCTAATAATCA
AACCCCCTCTCAAAATAATTACAACTTAACTATATATCGGTTTAGAGATTGCTGGTTTAG
AGAAAATAAAATGGAGAGTGATAGTATAATGTAAAAACCTTATGGTATCTGTAGAAGAGG
TTTCTTCAATCTCTCAATAGCAGATGCTTTGAAACTTATCTATGATTTTGGTTTTGTAAT
TGACAGTTTGTGTTTGTTCTGGTTCTTTTTTTCTTTAAGTTTAAATATTATGTTTGATTC
TGACCCGCCCTTTAAAGGGCGGGTAT

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DS 



AS 1 4

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ATCTCCCATTAGAATAATCCCAAATACAACACACATAGAACCTAATGCTTTTGAAACCGT
CGAGAGCAAGCGACCAATACGCAACCTCAATCGAACCGGACACAGTGAAGAACAGCATTA
CCACTTACCAAACCGAAAAAAAACCGTAGCAGATAGAGCGACAAGAAGGAACAATGCAAC
CGCTTCAAAAGAGACAAACACCCAAGACCACAGAAAGCTCCATCTCCAATCGTCCCTCGA
GCAGAAAGTGGAAGCCGGAAACAGAATCCCAAACACCAGAGAAGGAAGCCACAAAAGTCA
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CGCGCCTTAAGCACTTCTGTGAGGTCCATCAGTCTACCCAGAACAAGATAAAATTAAGAT
CAGGAGAAGCACAGAGGCTCCTCCGCGACTTCACTCCCCTAGATCTGGAACACCGTAAAA
GGATCGAAATCTACGACCTGCCGAAGCTAAAACGAACCACACCGAAGATGAGAGATGAGA
CCAAAAGACAAAAAACAGCTAAAAGGCACAACGCTGGAGCTCGAAAGCCACCAGACGTTG
GCCGAACTAAAGGCGGCGTTAGGGTTTACTTAGAGAGATTAGAGAGTGTTTCAGAGAGAG
GACTTGTCGCTTCTTTACGTTTCTATTTTCTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
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25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DU50JQ U 1
AF RR1CG88JQ U 2
AF RR1DU50TF C 147
AF RR1CG88TF C 302
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BS 772 785 RR1CG88JQ
BS 786 933 RR1DU50TF

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GAGAAGAAACTCTCGACCTAAACTCACGAAGAAACAGAGCAACACCATAGACTCAAGTGA
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ATCTCCCATTAGAATAATCCCAAATACAACACACATAGAACCTAATGCTTTTGAAACCGT
CGAGAGCAAGCGACCAATACGCAACCTCAATCGAACCGGACACAGTGAAGAACAGCATTA
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CGCTTCAAAAGAGACAAACACCCAAGACCACAGAAAGCTCCATCTCCAATCGTCCCTCGA
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GTGCTCTACCAACATTGAAAACCACCGAACTTTGTCCTGAGAAGAGAGGATAAACCTCCA
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GGATCGAAATCTACGACCTGCCGAAGCTAAAACGAACCACACCGAAGATGA
AGATGAG

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DS 

RD RR1CG88JQ 788 0 0
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GAGCCAGAGGAAACAAGCTTCCCCGGAAACTAAGCCCTATTACACAAAGGGACACAAGAG
AGAAGAAACTCTCGACCTAAACTCACGAAGAAACAGAGCAACACCATAGACTCAAGTGAA
AACTCATCAAGAAGCACAACCATACTTTTCCTTACAAGTCCAGATACAACTAACCTGAGA
TCTCCCATTAGAATAATCCCAAATACAACACACATAGAACCTAATGCTTTTGAAACCGTC
GAGAGCAAGCGACCAATACGCAACCTCAATCGAACCGGACACAGTGAAGAACAGCATTAC
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GCTTCAAAAGAGACAAACACCCAAGACCACAGAAAGCTCCATCTCCAATCGTCCCTCGAG
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CAAA
GACA

QA 1 784 1 784
DS 

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CGAAGAAACAGAGCAACACCATAGACTCAAGTGAAA*CTCATCAAGAAGCACAACCATAC
TTTTCGT*ACAAGTCCAGATACAACTAAC*TGAGATCTCCCATTAGAATAATCCCAAATA
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TAGCAGATAGAGCGACAAGAAGGAACAATGCAACCGCTTCAAAAGAGACAAACACCCAAG
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CATCAGTCTACCCAGAACAAGCTAAAATTAAGATCAGGAGAAGCACAGAGGCTCCTCCGC
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TACTTAGAGAGATTAGAGAGTGTTTCAGAGAGAGGACTTGTCGCTTCTTTACGTTTCTAT
TTTCTCC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1CG88TF 632 0 0
GAGAGCAAGCGACCAATACGCAACCTCAATCGAACCGGACACAGTGAAGAACAGCATTAC
CACTTACCAAACCGAAAAAAAACCGTAGCAGATAGAGCGACAAGAAGGAACAATGCAACC
GCTTCAAAAGAGACAAACACCCAAGACCACAGAAAGCTCCATCTCCAATCGTCCCTCGAG
CAGAAAGTGGAAGCCGGAAACAGAATCCCAAACACCAGAGAAGGAAGCCACAAAAGTCAG
TGCTCTACCAACATTGAAAACCACCGAACTTTGTCCTGAGAAGAGAGGATAAACCTCCAC
GCGCCTTAAGCACTTCTGTGAGGTCCATCAGTCTACCCAGAACAAGATAAAATTAAGATC
AGGAGAAGCACAGAGGCTCCTCCGCGACTTCACTCCCCTAGATCTGGAACACCGTAAAAG
GATCGAAATCTACGACCTGCCGAAGCTAAAACGAACCACACCGAAGATGAGAGATGAGAC
CAAAAGACAAAAAACAGCTAAAAGGCACAACGCTGGAGCTCGAAAGCCACCAGACGTTGG
CCGAACTAAAGGCGGCGTTAGGGTTTACTTAGAGAGATTAGAGAGTGTTTCAGAGAGAGG
ACTTGTCGCTTCTTTACGTTTCTATTTTCTCC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 3

CO CL2271Contig1 1484 3 8 U
AAAAAGGAAAGAAACTTTATTGATCTTATCATCATGTCAATGAGAATGCTTATACAAAAT
ACTCTTTCAGATAGTTTGCTTTGCCTTTTAGCGCTCGATTTGTATAGTGACATGACTGAT
ATTATACTCCCTGCGGATGTAATCAATCACCTCGTTGAGCACCATATCAGCATCTGCCTC
TGGTGTGATATTAACATGGCAAGCAAGCAGCACTTTCCCCACCGTGATAGCCCAAATGTG
AAGCTCATGAACAGCCACCACCTCTTCCATCTCCAGCAAACCCTTTTCCAGCTTCGTGGC
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GGTGGTCCCCAAGACAATAACCGAAAAGACAAGCATGCAGATGAGATCAACTATCTTACA
CTCCGGTTTGTACCAGATGACCGCTCCACCGATCATAACGCCAACGCTCTGGATGGAGTC
TCCAAGGACATGAAGATAAGCTCCTTGGACGTTGATGTTCCTCTTTCTCTTCTCTGATTT
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ATGACCATGATGGTGATGTGTGGCAACAGTCACCCCATGACTGTGATGGTCATGACCGTG
ACCATGTCCATGACCGTGACCGTGATCATGTCCTAACAGAACAGCCATCACGATATTCAC
AAGCAACCCAAAAGCAGCAACAAGGAACATAAGGAACCCATTAACCTCACTGGTCTCACT
AAGAAGTCTGATGATAGCTTCATAGACAAGAATCCCTGTAAGCAGCCAAATGAGCTGGAT
AGAGACAAGAGCACCAAGAATCTCAACCCTGAAAAACCCATAAGTCTGCCTAGGAGTCGC
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AAGATGAGCTGCGTCGGTGAGTATAGCCAAGCTATTAGCTTTGATGCCACCAAAGACTTC
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GTGACCCTTTTTATAAGAAAAGGTGTAAGGCGGCCACGGAGAGATGGGCTGGGCAGCTTC
TCCTACTTTTCCTTTTTCTTTTGTTTTTCCACTCTTATCCTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FE70JQ U 11
AF RR1BB74JQ U 1
AF RR1BB74TF C 690
BS 1 252 RR1BB74JQ
BS 253 253 RR1FE70JQ
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BS 442 442 RR1FE70JQ
BS 443 871 RR1BB74JQ
BS 872 1484 RR1BB74TF

RD RR1FE70JQ 740 0 0
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ACAGCCACCACCTCTTCCATCTCCAGCAAACCCTTTTCCAGCTTCGTGGCGTCAATCTCC
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TACCAGATGACCGCTCCACCGATCATAACGCCAACGCTCTGGATGGAGTCTCCAAGGACA
TGAAGATAAGCTCCTTGGACGTTGATGTTCCTCTTTCTCTTCTCTGATTTCTCCAGCAAC
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TGGTGATGTGTGGTAACAGTCACCCCATGACTGTGATGGTCATGACCGTGACCATGTCCA
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AAAGCAGCAACAAAGAACAT

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DS 

RD RR1BB74JQ 871 0 0
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ATTATACTCCCTGCGGATGTAATCAATCACCTCGTTGAGCACCATATCAGCATCTGCCTC
TGGTGTGATATTAACATGGCAAGCAAGCAGCACTTTCCCCACCGTGATAGCCCAAATGTG
AAGCTCATGAACGGCCACCACCTCTTCCATCTCCAGCAAACCCTTTTCCAGCTTCGTGGC
GTCAATCTCCCTCGGTGTGCTCTCCATCAACACCTCAAGAATGCTTCTGATCATGTTGAT
GGTGGTCCCCAAGACAATAACCGAAAAGACAAGCGTGCAGATGAGATCAACTATCTTACA
CTCCGGTTTGTACCAGATGACTGCTCCACCGATCATAACGCCAACGCTCTGGATGGAGTC
TCCAAGGACATGAAGATAAGCTCCTTGGACGTTGATGTTCCTCTTTCTCTTCTCTGATTT
CTCCAGCAACTGCTCAGTCACATCCCCATGAGCGTGATGATGCTTGTCCTCTCCATGATC
ATGACCATGATGGTGATGTGTGGCAACAGTCACCCCATGACTGTGATGGTCATGACCGTG
ACCATGTCCATGACCGTGACCGTGATCATGTCCTAACAGAACAGCCATCACGATATTCAC
AAGCAACCCAAAAGCAGCAACAAGGAACATAAGGAACCCATTAACCTCACTGGTCTCACT
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AGAGACAAGAGCACCAAGAATCTCAACCCTG

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DS 

RD RR1BB74TF 795 0 0
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TAAGGAACCCATTAACCTCACTGGTCTCACTAAGAAGTCTGATGATAGCTTCATAGACAA
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TGAAAAACCCATAAGTCTGCCTAGGAGTCGCTTCCCAGCCAGCAGCCCACAAGGAGAACA
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AGCTATTAGCTTTGATGCCACCAAAGACTTCAACGGTCATGAAGAGAAGACACAGCACCA
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TGGGTAGAACAATGAGAGAGGAAGTGGAGGTTGATAGATTCACTACTACTTGTCCTCCTC
CTCCGCCTTTAAAGAATGTCGAGGGAAAGGAGTGACCCTTTTTATAAGAAAAGGTGTAAG
GCGGCCACGGAGAGATGGGCTGGGCAGCTTCTCCTACTTTTCCTTTTTCTTTTGTTTTTC
CACTCTTATCCTCCC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 4

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GGAGTAACCGAGAGTTTGAACGGTCGTGAGAGAGAGCTTTCACTTCACTTCAATGGCGGC
AATATCCTCTGTTCAATGCTTATCCTCTTACGATTCTCATCATCATTATCATCATCAACG
CTCTCAGAGTGGTTCGCGTTGGAGATTGGGTTCTAGGGTTTTAGTATCTTCGAGTCTGTG
TAAGATTTCTCTGCTTTCTGGAGTTTATTTGAAGCGAAGGAGACATTTGATGTGTGCAGT
CAAGGGAGGAGCTGCAGAAGGAGCGTTTAAGAAGACTGTTGAACTCGATATGATGATAGA
TGCTCTTAAAGATGCTAACCCTAGAGAACTTGAGAAGCTTGTTGTTGAAAACATCCTTGC
CTTTGATGAAGTTTTTTGGCTTAGACTAGCTGCCAGGTCGGATACTTGCACATCAGATGA
TGACAAGAAGGACTATGAGGAGTTAGCTGCAACTGTGACGACCATAGTTGACTGCGTTGT
TAATATGACTCAGGAGAAGATAGAGTCGTCTACTGATGTTCTGAAAGCGATATTAAGACC
CGTTGTGGAAGGAGTTGAAGAAATCTCATGGCCTCCCAGAGATCCTCAAGCCATCAATCA
AATGGAAAAGGAAATGATACAACGGGAAAAAGAAGGGCAATTAGACGAAGGGTTTCTTTC
ACAAGTTAGTGCTCAGCTACGGCAGGCAAAAGAAGATAAAAACAAACCAGGGCTTGCGGC
CATGCTCCAGAAAGTTCTACAACTCTATGCTGCTACGGTCCTCTCCAAGCGTAGCTACGC
AAAGAAAGGGAACGAAGTTGTAAAGGCGGAGCAGTTTCTGGAAACTCTGACCAAAGCTCC
TGAGGAACAATGGAACAAGCTTTTCTTAGAAGGGTTAACACTCGGGAAAGGTGAAGTAAC
ACCTGATGAGCTATCTGCTGTTATAAAGAAACGCGTTGAGCGCACGCTGATTCGAACTGA
AGGAGGTTCATACGAGCAGCGAATCTTGATCGAGTATCTCAAAGGGATGGAGTCCAGAGC
AAATGATGTTATGAAATTACTTCAGGGTTAAATATCAATTCCAAATTTATATTTTATCCT
TCCAAGTTTATATAAAAATCAATTCATAAACTCATAATGAACTTTTTGGTGTGTTTAACG
ATTCAAACTAGACACATTACGTAC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1FG80TF U 1
AF RR1AQ81TF U 4
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AF RR1AQ81JQ C 394
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RD RR1FG80TF 628 0 0
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AATATCCTCTGTTCAATGCTTATCCTCTTACGATTCTCATCATCATTATCATCATCAACG
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TAAGATTTCTCTGCTTTCTGGAGTTTATTTGAAGCGAAGGAGACATTTGATGTGTGCAGT
CAAGGGAGGAGCTGCAGAAGGAGCGTTTAAGAAGACTGTTGAACTCGATATGATGATAGA
TGCTCTTAAAGATGCTAACCCTAGAGAACTTGAGAAGCTTGTTGTTGAAAACATCCTTGC
CTTTGATGAAGTTTTTTGGCTTAGACTAGCTGCCAGGTCGGATACTTGCACATCAGATGA
TGACAAGAAGGACTATGAGGAGTTAGCTGCAACTGTGACGACCATAGTTGACTGCGTTGT
TAATATGACTCAGGAGAAGATAGAGTCGTCTACTGATGTTCTGAAAGCGATATTAAGACC
CGTTGTGGAAGGAGTTGAAGAAATCTCATGGCCTCCCAGAGATCCTCAAGCCATCAATCA
AGTGGAAAAGGAAATGATACAACGGGAA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1AQ81TF 694 0 0
GG
AACCGAGAGTTTGAACGGTCGTGAGAGAGAGCTTTCACTTCACTTCAATGGCGGCAATAT
CCTCTGTTCAATGCTTATCCTCTTACGATTCTCATCATCATTATCATCATCAACGCTCTC
AGAGTGGTTCGCGTTGGAGATTGGGTTCTAGGGTTTTAGTATCTTCGAGTCTGTGTAAGA
TTTCTCTGCTTTCTGGAGTTTATTTGAAGCGAAGGAGACATTTGATGTGTGCAGTCAAGG
GAGGAGCTGCAGAAGGAGCGTTTAAGAAGACTGTTGAACTCGATATGATGATAGATGCTC
TTAAAGATGCTAACCCTAGAGAACTTGAGAAGCTTGTTGTTGAAAACATCCTTGCCTTTG
ATGAAGTTTTTTGGCTTAGACTAGCTGCCAGGTCGGATACTTGCACATCAGATGATGACA
AGAAGGACTATGAGGAGTTAGCTGCAACTGTGACGACCATAGTTGACTGCGTTGTTAATA
TGACTCAGGAGAAGATAGAGTCGTCTACTGATGTTCTGAAAGCGATATTAAGACCCGTTG
TGGAAGGAGTTGAAGAAATCTCATGGCCTCCCAGAGATCCTCAAGCCATCAATCAAATGG
AAAAGGAAATGATACAACGGGAAAAAGAAGGGCAATTAGACGAAGGGTTTCTTTCACAAG
TTAGTGCTCAGCTACGGCA
AAAGAAGATAAAA

QA 3 681 3 681
DS 

RD RR1FG80JQ 782 0 0
TTAGACTAGCTGCCAGGTCGGATACTTGCACATCAGATGATGACAAGAAGGACTATGAGG
AGTTAGCTGCAACTGTGACGACCATAGTTGACTGCGTTGTTAATATGACTCAGGAGAAGA
TAGAGTCGTCTACTGATGTTCTGAAAGCGATATTAAGACCCGTTGTGGAAGGAGTTGAAG
AAATCTCATGGCCTCCCAGAGATCCTCAAGCCATCAATCAAGTGGAAAAGGAAATGATAC
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AACTCTATGCTGCTACGGTCCTCTCCAAGCGTAGCTACGCAAAGAAAGGGAACGAAGTTG
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TTTTCTTAGAAGGGTTAACACTCGGGAAAGGTGAAGTAACACCTGATGAGCTATCTGCTG
TTATAAAGAAACGCGTTGGGCGCACGCTGATTCGAACTGAAGGAGGTTCATACGAGCAGC
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TTCAGGGTTAAATATCAATTCCAAATTTATATTTTATCCTTCCAAGTTTATATAAAAATC
AATTCATAAACTCATAATGAACTTTTTGGTGTGTTTAACGATTCAAACTAGACACATTAC
G
G

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1AQ81JQ 771 0 0
CAGGTCGGATACTTGCACATCAGATGATGACAAGAAGGACTATGAGGAGTTAGCTGCAAC
TGTGACGACCATAGTTGACTGCGTTGTTAATATGACTCAGGAGAAGATAGAGTCGTCTAC
TGATGTTCTGAAAGCGATATTAAGACCCGTTGTGGAAGGAGTTGAAGAAATCTCATGGCC
TCCCAGAGATCCTCAAGCCATCAATCAAATGGAAAAGGAAATGATACAACGGGAAAAAGA
AGGGCAATTAGACGAAGGGTTTCTTTCACAAGTTAGTGCTCAGCTACGGCA****AAAGA
AGATAAAAACAAACCAGGGCTTGCGGCCATGCTCCAGAAAGTTCTACAACTCTATGCTGC
TACGGTCCTCTCCAAGCGTAGCTACGCAAAGAAAGGGAACGAAGTTGTAAAGGCGGAGCA
GTTTCTGGAAACTCTGACCAAAGCTCCTGAGGAACAATGGAACAAGCTTTTCTTAGAAGG
GTTAACACTCGGGAAAGGTGAAGTAACACCTGATGAGCTATCTGCTGTTATAAAGAAACG
CGTTGAGCGCACGCTGATTCGAACTGAAGGAGGTTCATACGAGCAGCGAATCTTGATCGA
GTATCTCAAAGGGATGGAGTCCAGAGCAAATGATGTTATGAAATTACTTCAGGGTTAAAT
ATCAATTCCAAATTTATATTTTATCCTTCCAAGTTTATATAAAAATCAATTCATAAACTC
ATAATGAACTTTTTGGTGTGTTTAACGATTCAAGCTAGACACATTACGTAC

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 4

CO CL2273Contig1 904 4 8 U
GGGAGAGAGTTAAAGATCTACGAAAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGAGAGCAGACAA
GCGAAGAGGATCTCGAAGATCAATGTCTTTGTATTGGTCGGTCTGATACTATTGAATTCA
ATCAATCCAATCTCCTCGCTCTCGGTTACAGTCGAGGAAGATGAATGCGTCCAAGAGTAC
GTCCTCTACGAAGGAGACACCGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATGTCTTC
TGGGGACCGGATCATACCGGTATTGATTTCACGGTGACGCCACCAGCTGGGAACATTGTA
CAGACGTTGAAGGGGACATCAGGAGATAAGTTTGAGTTCAAGGCACCGAGGAGTGGGATG
TACAAGTTTTGTTTCCACAACCCTTACTCTGCTCCTGAGACTGTCTCCTTCTATATTCAC
GTTGGTCATATCCCTAACGAGCATGACTTAGCCAAAGACGAACATTTGGACCCGGTGAAT
GTTAAGATAGCTGAGCTGAGAGAGTCTTTGGAATCTGTTGTTGCTGAGCAGAAGTATCTT
AAAGCACGTGATACCCGTCACCGTCATACTAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGATATTC
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AAATGTTAGTTAATTAAGACCTTAACATCGAAAGACCCTTTTTGTTTTTGTTTTCGGTAT
CTACATTTTTCATTAACTTCAGTTTTGTTTATGTTTTAACAATGGAGAACTTGATATGCT
TACA


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 10 

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GG
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TCTTAAAGCACGTGATACCCGTCACCGTCATACTAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGAT
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CC*ACGACATCGTTTTGTCTCTTTTTTTTTTAATGTTTTGAATTGGTAACACACCATCTT
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GTATCTACATTTTTCATTAACTTCAGTTTTGTTTATGTTTTAACAATGGAGAACTTGATA
TGCTTACA

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 3

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CTTAGAGAAAGCAATGGAGGTGATAACCGACGAGGTAAACGCCACGGCGACGGAAACTCT
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TATGCAAATCATATTTAAGTATATACTACTATCAAACATTTCAGAAAAAATAAAAATAAA
AAACAGTGGTGTAGTGACG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DL58TF U 51
AF RR1BA62TF U 1
AF RR1BA62JQ C 153
BS 1 757 RR1BA62TF
BS 758 979 RR1BA62JQ

RD RR1DL58TF 630 0 0
GG
GAAAGAGTCTTAGAGAAAGCAATGGAGGTGATAACCGACGAGGTAAACGCCACGGCGACG
GAAACTCTTGGTCGAAACGATCCGGAGGAGGAGGCGCTCGTGACCGCAGAGGAGAGGAAG
ATTGAAAGGGATAATAATGGGGGAGAGAGGAAGAGGGAGAGCGAGACGCCTCCAGAGGAT
GATTGTTGCCCGATCTGCTTCGGCTCCTTTACGGTTCCGTGTCGAGGGGATTGTGGCCAT
TGGTATTGCGGAAGCTGCATCTTGCAGTACTGGAACTACGCTGCAGTATCTACGCCTTGC
AAGTGTCCCATGTGTGTTCGTCACATCACTAAGCTGACACCGGACGCGTCCTTGCAGCAG
CGCCAAGAGCCGGAGGTGAAGGAGGTTCTTGCTAAGATCCGTAGGTATAACCGTCTCTTT
GTTGGAGGTTTTACTGGTTTTGTTCAGAAGGTGAAGGAGCTGCCTTTGCTAATGAAGAGA
ATGGTATGGCACATAATGGATCCAGATACAAACAGCCTGTATTTTAGCGAAGTTCGCATC
TTTGCA*ATGCTGATGAGTACCCTTTACACTGCCTCCGAGTTTAACTTCATCCCAACGGG
AGGGTTCAGAATAGTAACTGTGTTCGAG

QA 3 630 3 630
DS 

RD RR1BA62TF 765 0 0
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CTTAGAGAAAGCAATGGAGGTGATAACCGACGAGGTAAACGCCACGGCGACGGAAACTCT
TGGTCGAAACGATCCGGAGGAGGAGGCGCTCGTGACCGCAGAGGAGAGGAAGATTGAAAG
GGATAATAATGGGGGAGAGAGGAAGAGGGAGAGCGAGACGCCTCCAGAGGATGATTGTTG
CCCGATCTGCTTCGGTTCCTTTACGGTTCCGTGTCGAGGGGATTGTGGCCATTGGTATTG
CGGAAGCTGCATCTTGCAGTACTGGAACTACGCTGCAGTATCTACGCCTTGCAAGTGTCC
CATGTGTGTTCGTCACATCACTAAGCTGACACCGGACGCGTCCTTGCAGCAGCGCCAAGA
GCCGGAGGTGAAGGAGGTTCTTGCTAAGATCCGTAGGTATAACCGTCTCTTTGTTGGAGG
TTTTACTGGTTTTGTTCAGAAGGTGAAGGAGCTGCCTTTGCTAATGAAGAGAATGGTATG
GCACATAATGGATCCAGATACAAACAGCCTGTATTTTAGCGAAGTTCGCATCTTTGCAGA
TGCTGATGAGTACCCTTTACACTGCCTCCGAGTTTAACTTCATCCCAACGGGAGGGTTCA
GAATAGTAACTGTGTTCGAGTACGGTGCTATAGCAATGATCTTGATTCTGCGCTTGGTGG
GGGTATACAGGAGGAGACGTCTTGCTCAGCGGGTTAG
CATGTTGC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1BA62JQ 827 0 0
TGACCGCAGAGGAGAGGAAGATTGAAAGGGATAATAATGGGGGAGAGAGGAAGAGGGAGA
GCGAGACGCCTCCAGAGGATGATTGTTGCCCGATCTGCTTCGGTTCCTTTACGGTTCCGT
GTCGAGGGGATTGTGGCCATTGGTATTGCGGAAGCTGCATCTTGCAGTACTGGAACTACG
CTGCAGTATCTACGCCTTGCAAGTGTCCCATGTGTGTTCGTCACATCACTAAGCTGACAC
CGGACGCGTCCTTGCAGCAGCGCCAAGAGCCGGAGGTGAAGGAGGTTCTTGCTAAGATCC
GTAGGTATAACCGTCTCTTTGTTGGAGGTTTTACTGGTTTTGTTCAGAAGGTGAAGGAGC
TGCCTTTGCTAATGAAGAGAATGGTATGGCACATAATGGATCCAGATACAAACAGCCTGT
ATTTTAGCGAAGTTCGCATCTTTGCAGATGCTGATGAGTACCCTTTACACTGCCTCCGAG
TTTAACTTCATCCCAACGGGAGGGTTCAGAATAGTAACTGTGTTCGAGTACGGTGCTATA
GCAATGATCTTGATTTTGCGCTTGGTGGGGGTATACAGGAGGAGACGTCTTGCTCAGCGG
GTTAGGCATGTTGCAGCTGCAGAAGTTGAACCAGAATAAAGAACATACGAACGAATGTAT
AAACATGTGAAGAAGCAAACATTTGTTCATTGTGGATAGGTTTGGTAGATCATAGAAAAC
CATGAGTCATGTGTAGTTTTACTGTCCATATGCAAATCATATTTAAGTATATACTACTAT
CAAACATTTCAGAAAAAATAAAAATAAAAAACAGTGGTGTAGTGACG

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 4

CO CL2275Contig1 799 4 2 U
GGGGTTGTCGAAGCAGAGCTTCTTCGATGGCTGCCACTTCCTCCTCTGTGATGCTGCTCC
GGAACTTCTCTACGGTGGGGAGGATTGCTCAATCTGTTCGATCGAATTCGAGAATCTTCT
CTACCGGAGAATTGATTTGGGCTCTTCCTCGTATTGCTTCTCAAAGAACCATCTCTTCTA
CTCGTGCCGCACACAATGAAGAGGCCGCCGCGAAATCTGCTTCTGACACCGGAGCCCCGA
CCATATTTGACAAGATCATAGCGAAAGAGATTCCATCAGACATTGTCTATGAAGATGAGA
GTGTTTTGGCATTCAGAGACATAAACCCACAGGCTCCTGTTCATGTTTTGGTCATCCCTA
AGTTGAGAGATGGCTTGACCACGCTTGGCAAGGCTGAACCAAGACACGTAGAAGCTCTTG
GTCAACTTCTGCACGCATCAAAGATTGTTGCTGAGAAAGAAGGCATTGTGGATGGGTTCC
GTGTGGTTATAAACAACGGTGCTGAAGGATGCCAATCCGTTTACCATCTTCATCTCCACG
TCCTTGGGGGCCGACAGATGAAGTGGCCACCCGGTTAGGAAGAAGGGTTCATGCCAAACC
AAATCATGCACAATCAGCAAGCTCATCAATGACTATTTTAGCTGTTCAAATTCTGTTAAT
TGTAATCCTTTTCGCTTAATATGGTTTACTAGTTACCGGTGATTTGGTAAAATAAAACCA
TCCGTTCCTAAAAGTTGAACTAGAAAAGTTATTTTGTTTTGGTTAAGATATATTTGTTCA
TTATTAATGAATTAATGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1H809TF U 14
AF RR1BS70TF U 1
AF RR1BS70JQ C 107
AF RR1H809JQ C 164
BS 1 702 RR1BS70TF
BS 703 799 RR1BS70JQ

RD RR1H809TF 632 0 0
G
AGAGCTTCTTCGATGGCTGCCACTTCCTCCTCTGTGATGCTGCTCCGGAACTTCTCTACG
GTGGGGAGGATTGCTCAATCTTTTCGATCGAATTCGAGAATCTTCTCTACCGGAGAATTG
ATTTGGGCTCTTCCTCGTATTGCTTCTCAAAGAACCATCTCTTCTACTCGTGCCGCACAC
AATGAAGAGGCCGCCGCGAAATCTGCTTCTGACACCGGAGCCCCGACCATATTTGACAAG
ATCATAGCGAAAGAGATTCCATCAGACATTGTCTATGAAGATGAGAGTGTTTTGGTATTC
AGAGACATAAACCCACAGGCTCCTGTTCATGTTTTGGTCATCCCTAAGTTGAGAGATGGC
TTGATCACGCTTGGCAAGGCTGAACCAAGACACGTAGAAGTTCTTGGTCAACTTCTGCAC
GCATCAAAGATTGTTGCTGAGAAAGAAGGCATTGTGGATGGGTTCCGTGTGGTTATAAAC
AACGGTGCTGAAGGATGCCAATCCGTTTACCATCTTCATCTCCACGTCCTTGGGGGCCGA
CAGATGAAGTGGCCACCCGGTTAGGAAGAAGGGTTCATGCCAAACCAAATCATGCACAAT
CAGCAAGCTCATCAATGACTATTTTAGCTGT

QA 2 632 2 632
DS 

RD RR1BS70TF 702 0 0
GGGGTTGTCGAAGCAGAGCTTCTTCGATGGCTGCCACTTCCTCCTCTGTGATGCTGCTCC
GGAACTTCTCTACGGTGGGGAGGATTGCTCAATCTGTTCGATCGAATTCGAGAATCTTCT
CTACCGGAGAATTGATTTGGGCTCTTCCTCGTATTGCTTCTCAAAGAACCATCTCTTCTA
CTCGTGCCGCACACAATGAAGAGGCCGCCGCGAAATCTGCTTCTGACACCGGAGCCCCGA
CCATATTTGACAAGATCATAGCGAAAGAGATTCCATCAGACATTGTCTATGAAGATGAGA
GTGTTTTGGCATTCAGAGACATAAACCCACAGGCTCCTGTTCATGTTTTGGTCATCCCTA
AGTTGAGAGATGGCTTGACCACGCTTGGCAAGGCTGAACCAAGACACGTAGAAGCTCTTG
GTCAACTTCTGCACGCATCAAAGATTGTTGCTGAGAAAGAAGGCATTGTGGATGGGTTCC
GTGTGGTTATAAACAACGGTGCTGAAGGATGCCAATCCGTTTACCATCTTCATCTCCACG
TCCTTGGGGGCCGACAGATGAAGTGGCCACCCGGTTAGGAAGAAGGGTTCATGCCAAACC
AAATCATGCACAATCAGCAAGCTCATCAATGACTATTTTAGCTGTTCAAATTCTGTTAAT
TGTAATCCTTTTCGCTTAATATGGTTTACTAGTTACCGGTGA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1BS70JQ 693 0 0
TTCGAGAATCTTCTCTACCGGAGAATTGATTTGGGCTCTTCCTCGTATTGCTTCTCAAAG
AACCATCTCTTCTACTCGTGCCGCACACAATGAAGAGGCCGCCGCGAAATCTGCTTCTGA
CACCGGAGCCCCGACCATATTTGACAAGATCATAGCGAAAGAGATTCCATCAGACATTGT
CTATGAAGATGAGAGTGTTTTGGCATTCAGAGACATAAACCCACAGGCTCCTGTTCATGT
TTTGGTCATCCCTAAGTTGAGAGATGGCTTGACCACGCTTGGCAAGGCTGAACCAAGACA
CGTAGAAGCTCTTGGTCAACTTCTGCACGCATCAAAGATTGTTGCTGAGAAAGAAGGCAT
TGTGGATGGGTTCCGTGTGGTTATAAACAACGGTGCTGAAGGATGCCAATCCGTTTACCA
TCTTCATCTCCACGTCCTTGGGGGCCGACAGATGAAGTGGCCACCCGGTTAGGAAGAAGG
GTTCATGCCAAACCAAATCATGCACAATCAGCAAGCTCATCAATGACTATTTTAGCTGTT
CAAATTCTGTTAATTGTAATCCTTTTCGCTTAATATGGTTTACTAGTTACCGGTGATTTG
GTAAAATAAAACCATCCGTTCCTAAAAGTTGAACTAGAAAAGTTATTTTGTTTTGGTTAA
GATATATTTGTTCATTATTAATGAATTAATGGC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1H809JQ 636 0 0
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TGACACCGGAGCCCCGACCATATTTGACAAGATCATAGCGAAAGAGATTCCATCAGACAT
TGTCTATGAAGATGAGAGTGTTTTGGTATTCAGAGACATAAACCCACAGGCTCCTGTTCA
TGTTTTGGTCATCCCTAAGTTGAGAGATGGCTTGATCACGCTTGGCAAGGCTGAACCAAG
ACACGTAGAAGTTCTTGGTCAACTTCTGCACGCATCAAAGATTGTTGCTGAGAAAGAAGG
CATTGTGGATGGGTTCCGTGTGGTTATAAACAACGGTGCTGAAGGATGCCAATCCGTTTA
CCATCTTCATCTCCACGTCCTTGGGGGCCGACAGATGAAGTGGCCACCCGGTTAGGAAGA
AGGGTTCATGCCAAACCAAATCATGCACAATCAGCAAGCTCATCAATGACTATTTTAGCT
GTTCAAATTCTGTTAATTGTAATCCTTTTCGCTTAATATGGTTTACTAGTTACCGGTGAT
TTGGTAAAATAAAACCATCCGTTCCTAAAAGTTGAACTAGAAAAGTTATTTTGTTTTGGT
TAAGATATATTTGTTCATTATTAATGAATTAATGG
T

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 4

CO CL2276Contig1 1115 4 17 U
GGGACCCGGAGAAAGCTGTTGAGATGGTCGATGAGAACACCATATGTGTTGCGGCCGTTC
TTGGTTCCACTCTTAATGGAGAGTTTGAAGATGTCAAACTCTTGAATGATCTCTTGGCCA
TAAAAAATAAAGAAACCGGATGGGACACACCAATCCATGTGGATGCCGCAAGTGGAGGAT
TCATAGCACCGTTTTTGTATCCGGAACTGGAATGGGACTTTAGATTGCCCTTGGTGAAGA
GTATAAATGTGAGTGGTCACAAGTATGGGCTTGTACGCAGGTATTGGTTGGGTGGTCTGG
AGAAACAAAGAGGATTTGCCTGAGGAACTCATATTCCATATCAATTATCTTGGTGCTGAC
CAACCCACATTTACACTCAATTTCTCCAAAGGTTCAAGTCAAGTCATAGCTCAATACTAC
CAACTTATCCGACTGGGCCACGAGGGTTATAGAAATGTGATGGAGAACTGCAGAGAGAAT
ATGATCGTGTTAAGGGAAGGACTTGAGAAGACAGGAAGGTTCAACATTGTATCAAAAGAT
GAGGGAGTGCCACTTGTTGCTTTCTCCTTGAAAGATAGCAGCTCTCACACTGAGTTCGAG
ATCTCCGACATGCTTCGCAGGTACGGATGGATTGTGCCTGCATATACTATGCCTCCAAAC
GCACAACACATAACTGTTCTTCGAGTGGTCATCAGAGAAGATTTCTCAAGGACACTCGCG
GAGAGACTTGTGATCGATATTGAGAAAGTGATGCGTGAGCTCGATGAGCTTCCTTCGCGA
GTAATCCACAAGATTTCGCTAGGAGAGGAGAAGAGTGAAGTTAATGGTGATAACGTGATG
GTGACGGTGAAGAAAAGCGATATGGAAAAACAGAGAGAAGTCATCAACGGCTGGAAGAAA
TTT*GTTTCTGACAGGAAGAAGACAAATGGTATCTGTTAACTGAATATTAATGAATATGC
CTGGACTGCTTT*ATTTAATAATGCGTTTGCATTGATTCGGAGATTTGAAGTTTTTTTTC
CTTTGTTGTTATTGAACTAAGTTTTATTTGAATAATAACAACTTGTCATATCTTTTGATA
TTATTGCAAGATTATGAAAAAATCTGCGTGTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E060TF U 1
AF RR1CX53TF U 818
AF RR1A072JQ C 471
AF RR1E060JQ C 606
BS 1 536 RR1E060TF
BS 537 537 RR1A072JQ
BS 538 551 RR1E060TF
BS 552 552 RR1A072JQ
BS 553 689 RR1E060TF
BS 690 817 RR1A072JQ
BS 818 903 RR1CX53TF
BS 904 904 RR1A072JQ
BS 905 972 RR1CX53TF
BS 973 973 RR1A072JQ
BS 974 989 RR1CX53TF
BS 990 1030 RR1A072JQ
BS 1031 1031 RR1E060JQ
BS 1032 1058 RR1A072JQ
BS 1059 1059 RR1E060JQ
BS 1060 1072 RR1A072JQ
BS 1073 1115 RR1E060JQ

RD RR1E060TF 689 0 0
GGGACCCGGAGAAAGCTGTTGAGATGGTCGATGAGAACACCATATGTGTTGCGGCCGTTC
TTGGTTCCACTCTTAATGGAGAGTTTGAAGATGTCAAACTCTTGAATGATCTCTTGGCCA
TAAAAAATAAAGAAACCGGATGGGACACACCAATCCATGTGGATGCCGCAAGTGGAGGAT
TCATAGCACCGTTTTTGTATCCGGAACTGGAATGGGACTTTAGATTGCCCTTGGTGAAGA
GTATAAATGTGAGTGGTCACAAGTATGGGCTTGTACGCAGGTATTGGTTGGGTGGTCTGG
AGAAACAAAGAGGATTTGCCTGAGGAACTCATATTCCATATCAATTATCTTGGTGCTGAC
CAACCCACATTTACACTCAATTTCTCCAAAGGTTCAAGTCAAGTCATAGCTCAATACTAC
CAACTTATCCGACTGGGCCACGAGGGTTATAGAAATGTGATGGAGAACTGCAGAGAGAAT
ATGATCGTGTTAAGGGAAGGACTTGAGAAGACAGGAAGGTTCAACATTGTATCAAAGGAT
GAGGGAGTGCCCCTTGTTGCTTTCTCCTTGAAAGATAGCAGCTCTCACACTGAGTTCGAG
ATCTCCGACATGCTTCGCAGGTACGGATGGATTGTGCCTGCATATACTATGCCTCCAAAC
GCACAACACATAACTGTTCTTCGAGTGGT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1CX53TF 183 0 0
AAGTTAATGGTGATAACGTGATGGTGACGGTGAAGAAAAGCGATATGGAAAAACAGAGAG
AAGTCATCAACGGCTGGAAGAAATTTTGTTTCTGACAGGAAGAAGACAAATGGTATCTGT
TAACTGAATATTAATGAATATGCCTGGACTGCTTTTATTTAATAATGCGTTT
TGCATTTGATT

QA 1 172 1 172
DS 

RD RR1A072JQ 602 0 0
GGAGAGA
AATATGATCGTTTTAAGGGAAGGACTTGAGAAGACAGGAAGGTTCAACATTGTATCAAAA
GATGAGGGAGTGCCACTTGTTGCTTTCTCCTTGAAAGATAGCAGCTCTCACACTGAGTTC
GAGATTTCCGACATGCTTCGCAGGTACGGATGGATTGTGCCTGCATATACTATGCCTCCA
AACGCACAACACACAACTGTTCTTCGAGTGGTCATCAGAGAAGATTTCTCAAGGACACTC
GCGGAGAGACTTGTGATCGATATTGAGAAAGTGATGCGTGAGCTCGATGAGCTTCCTTCG
CGAGTAATCCACAAGATTTCGCTAGGAGAGGAGAAGAGTGAAGTTAATGGTGATAACGTG
ATGGTGACGGTGAAGAAAAGCGATATGGAAAAACAGAGAGAAGTCATCAACGGCTGGAAG
AAATTT*GTTTCTGTCAGGAAGAAGACAAATGGTATCTGTTAACTGAATATTAATGAATA
TGCCTGGACTGCTTT*ATTTAATAATGCGTTTGCATTGATTCGGAGATTTGAAGTTTTTT
TTCCTTTGTTGTTGTTGAACTAAGTTTTATTTGAATAATAATAACTTGTCATATC

QA 8 602 8 602
DS 

RD RR1E060JQ 510 0 0
CGACATGCTTCGCAGGTACGGATGGATTGTGCCTGCATATACTATGCCTCCAAACGCACA
ACACATAACTGTTCTTCGAGTGGTCATCAGAGAAGATTTCTCAAGGACACTCGCGGAGAG
ACTTGTGATCGATATTGAGAAAGTGATGCGTGAGCTGGATGAGCTTCCTTCGCGAGTAAT
CCACAAGATTTCGCTAGGAGAGGAGAAGAGTGAAGTTAATGGTGATAACGTGATGGTGAC
GGTGAAGAAAAGCGATATGGAAAAACAGAGAGAAGTCATCAACGGCTGGAAGAAATTT*G
TTTTTGACAGGAAGAAGACAAATGGTATCTGTTAACTGAATATTAATGAATATGCCTGGA
CTGCTTT*ATTTAATAATGCGTTTGCATTGATTCGGAGATTTGAAGTTTTTTTTCCTTTG
TTGTTATTGAACTAAGTTTTATTTGAATAATAACTACTTGTCATATCTTTTGATATTATT
GCAAGATTATGAAAAAATCTGCGTGTTTTC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 4

CO CL2277Contig1 719 4 16 U
AATACACACTCCATTTATTGATAGCACAAGGTTTCTCACAAGTACTAATTAATAACAAAC
ATCATGAAAAATGAAACGTATATGGAAAATAAACAAAAACATAAGTACATAACATCAGGG
AAAAGCTTACAACATGATAGGACGGATACAAATATTAATACTTATGAACCCTTCGATCCA
TCTTTTGTTTATAGAGAGATAAAAAAACGCTTTTGTCATCAAGGGTGCGTGAGACCACCG
CAGTCGCTTCCACCGCCAATTCCTCCTAAACCACCTACTCCGCCTAGACCACCTACACCA
CCGAGCCCACCTACACCACCACCAAAACCTGAACCACCACCAATTCCACCTATTCCAACA
CCGAGACCTGAACCACCGCCGAGACCACCTACACCTCCTAAACCACCAATTCCTCCTCCT
ACAGGCAAAACTCCTGCGACACCACCTACTCCACCAGCTACACCACCAAGACCTGCTCCG
ACACCACCAACACCACCAACTCCAGCAGCTCCACCGATTCCAGCAAACGCAACAAAGTTC
TTTTGGTCGTCAAGGCCAGCTCCGACATTATTGGCCGGGGCCGGTCTTGTGGTAGTGACG
GATTGAGCCACAGTGAGAGCAACGAGGAACACGGCTAAACACCTTATTGCCATCTCTTGT
TAATCTTTTTGTAGCTTAACTTTATTATGTGTACTTTGTAAGTAGTGAGTATGTAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1C868JQ U 40
AF RR1C868TF C 1
AF RR1DI53JQ U 100
AF RR1DI53TF C 97
BS 1 39 RR1C868TF
BS 40 245 RR1C868JQ
BS 246 246 RR1DI53JQ
BS 247 357 RR1C868JQ
BS 358 358 RR1DI53JQ
BS 359 364 RR1C868JQ
BS 365 365 RR1DI53JQ
BS 366 372 RR1C868JQ
BS 373 373 RR1DI53JQ
BS 374 380 RR1C868JQ
BS 381 381 RR1DI53JQ
BS 382 382 RR1C868JQ
BS 383 383 RR1DI53JQ
BS 384 555 RR1C868JQ
BS 556 714 RR1DI53JQ
BS 715 719 RR1C868TF

RD RR1C868JQ 516 0 0
AAGTACTAATTAATAACAAACATCATGAAAAATGAAACGTATATGGAAAATAAACAAAAA
CATAAGTACATAACATCAGGGAAAAGCTTACAACATGATAGGACGGATACAAATATTAAT
ACTTATGAACCCTTCGATCCATCTTTTGTTTATAGAGAGATAAAAAAACGCTTTTGTCAT
CAAGGGTGCGTGAGACCACCGCAGTCCCTTCCACCGCCAATTCCTCCTAAACCACCTACT
CCGCCTAGACCACCTACACCACCGAGCCCACCTACACCACCACCAAAACCTGAACCACCA
CCAATTCCACCTATTCCACCACCGAAACCTGAATCACCGCCAAAACCACCTACACCTCCT
AAACCACCAATTCCTCCTCCTACAGGCAAAACTCCTGCGACACCACCTACTCCACCAGCT
ACACCACCAAGACCTGCTCCGACACCACCAACACCACCAACTCCAGCAGCTCCACCGATT
CCAGCAAACGCAACAAAGTTCTTTTGGTCGTCAAGG

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1C868TF 719 0 0
AATACACACTCCATTTATTGATAGCACAAGGTTTCTCACAAGTACTAATTAATAACAAAC
ATCATGAAAAATGAAACGTATATGGAAAATAAACAAAAACATAAGTACATAACATCAGGG
AAAAGCTTACAACATGATAGGACGGATACAAATATTAATACTTATGAACCCTTCGATCCA
TCTTTTGTTTATAGAGAGATAAAAAAACGCTTTTGTCATCAAGGGTGCGTGAGACCACCG
CAGTCGCTTCCACCGCCAATTCCTCCTAAACCACCTACTCCGCCTAGACCACCTACACCA
CCGAGCCCACCTACACCACCACCAAAACCTGAACCACCACCAATTCCACCTATTCCACCA
CCGAGACCTGAATCACCGCCGAGACCACCTACACCTCCTAAACCACCAATTCCTCCTCCT
ACAGGCAAAACTCCTGCGACACCACCTACTCCACCAGCTACACCACCAAGACCTGCTCCG
ACACCACCAACACCACCAACTCCAGCAGCTCCACCGATTCCAGCAAACGCAACAAAGTTC
TTTTGGTCGTCAAGGCCAGCTCCGACATTCTTGGCCAGGGCCGGTCTTGTGGTAGTGACG
GATTGAGCCACAGTGAGAGCAACGAGGAACACGGCTAAACACCTTATTGCCATCTCTTGT
TAATCTTTTTGTAGCTTAACTTTATTATGTGTACTTTGTAAGTAGTGAGTATGTAGTCC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1DI53JQ 618 0 0
CG
TAAGTACATAACATCAGGGAAAAGCTTACAACATGATAGGACGGATACAAATATTAATAC
TTATGAACCCTTCGATCCATCTTTTGTTTATAGAGAGATAAAAAAACGCTTTTGTCATCA
AGGGTGCGTGAGACCACCGCAGTCGCTTCCACCGCCAATTCCTCCTAAACCACCTACTCC
GCCTAGACCACCTACACCACCGAGCCCACCTACACCACCACCAAGACCTGAACCACCACC
AATTCCACCTATTCCAACACCGAGACCTGAACCACCGCCGAGACCACCTACACCTCCTAA
ACCACCAATTCCTCCTCCTACAGGCAAAACTCCTGCGACACCACCTACTCCACCAGCTAC
ACCACCAAGACCTGCTCCGGCACCACCAACACCACCAACTCCAGCAGCTCCACCGATTCC
AGCAAACGCAACAAAGTTCTTTTGGTCGTCAAGGCCAGCTCCGACATTATTGGCCGGGGC
CGGTCTTGTGGTAGTGACGGATTGAGCCACAGTGAGAGCAACGAGGAACACGGCTAAACA
CCTTATTGCCATCTCTTGTTAATCTTTTTGTAGCTTAACTTTATTATGTGTACTTTGTAA
GTAGTGAGTATGT
CCC

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR1DI53TF 621 0 0
AAA
CGTAAGTACATAACATCAGGGAAAAGCTTACAACATGATAGGACGGATACAAATATTAAT
ACTTATGAACCCTTCGATCCATCTTTTGTTTATAGAGAGATAAAAAAACGCTTTTGTCAT
CAAGGGTGCGTGAGACCACCGCAGTCGCTTCCACCGCCAATTCCTCCTAAACCACCTACT
CCGCCTAGACCACCTACACCACCGAGCCCACCTACACCACCACCAAGACCTGAACCACCA
CCAATTCCACCTATTCCAACACCGAGACCTGAACCACCGCCGAGACCACCTACACCTCCT
AAACCACCAATTCCTCCTCCTACAGGCAAAACTCCTGCGACACCACCTACTCCACCAGCT
ACACCACCAAGACCTGCTCCGGCACCACCAACACCACCAACTCCAGCAGCTCCACCGATT
CCAGCAAACGCAACAAAGTTCTTTTGGTCGTCAAGGCCAGCTCCGACATTATTGGCCGGG
GCCGGTCTTGTGGTAGTGACGGATTGAGCCACAGTGAGAGCAACGAGGAACACGGCTAAA
CACCTTATTGCCATCTCTTGTTAATCTTTTTGTAGCTTAACTTTATTATGTGTACTTTGT
AAGTAGTGAGTATGT
CCC

QA 4 618 4 618
DS 



AS 1 4

CO CL2278Contig1 1307 4 18 U
GCGATAAAGGAGTTTGCTACAATTGTTCCAGCGATAGCTCGTGCATTAGTTCCAGCTATT
GAAAAAACTGTAACTTCTTCAATCACGGAATCCTTCCAGAGGGCACTTAGTGACAAAGCA
GTCAATCATCTTGACAAATCTGTTAATTCAAAGCTTGAGGCGACCATAATGAAGCAATTT
CAAACCCAGTTTCAGACATCTGGCAGGCAAGCCCTCCAGGAAGCTCTTAGGTCGGGGCTG
GAGGCTTCAGTCATACCTTCCTTCGAGAGGTCATGCAAGACCATGTTTGAGCAAGTAGAC
ACAGCCTTCCAGAAAGGGATGGCCGAGCACACAAACGCAGCCCAGCAAAGGTTTGACGGT
GGGCACTCCCCGCCTGCTCATACATTAAAGGAAACCATTACTTCTGCGACGTCAGTTACT
CAAGCCTTGAGCCGTGAATTAGCGGAGAGCCAAAGGAATCGCTTAGCTCTCGCAGCTGCT
GGAGCAAATTCTAGTGGATCAAACGCCTTGGTTTCTCAACGAAGTAGCGGACCTTTGGGT
GCTATTCTT*GAAAAGGTTGAAGCAGACCCAATAGCAGAACTATCCAGGTTGATATCCGA
ACGCAAATACGAGGAATCTTTTACGTCAGCTTTACAAAGAAGCGATGTCTCCATAGTATC
ATGGCTTTGCTCACAGGTGGATCTGCGTGGACTATTGGCGATGAATCCACTTCCTCTGAG
CCAAGGCGTACTTCTGTCTTTGCTGCAGCAGCTAGCCTGCGACATAAGCAAGGACACGTC
CCGTAAGCTTGCGTGGATGACTGATGTGGTTACAGCAATTAACCCATCAGACCCGATGGT
AGCGGCCCACGGTCGGCCAATCTTTGAGCAAGTGTATCAGATTCTGCACCACCACCGCAA
CGTACCAGGCAGCGACGTTTCTGCCACAAGACTTATAATGCATG**ATAAACTCCATGCT
TATGGCCTGCAAATGATCCTCTCACGCTTTTGTTCGCTGCTTATATTTAAAAAAAAACAC
AGGAACACCAACATCATCTACTCGCGTCTGTGTTCTACCTTTGTCGGATTTTTGATCATC
TTTTCATTTTTGATTTGAATTTTGCATTTTTCCCTTTTCATCAATTTTCTTTTTAAATGT
AAAATCTGGTTGTTTCATATGCGTTGCCTATATTTCCCCAAGTTGATCTTATGTAAAAGA
ACAAACAAATGTTTGGAGTTTTTCATTCAAAAGACACAGGCACGTATTTGCTTATGTGTT
CTGTTCTTTACAATGTATATGTGTTAACAAATTATTTTCCTGTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EC27TF U 1
AF RR1B952TF U 230
AF RR1B952JQ C 375
AF RR1EC27JQ C 537
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BS 677 677 RR1B952TF
BS 678 692 RR1EC27TF
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BS 919 919 RR1B952JQ
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BS 1009 1179 RR1B952JQ
BS 1180 1307 RR1EC27JQ

RD RR1EC27TF 692 0 0
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ATGGCTTTGCTCACAG*TGGATCTGCGTGGAC

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GACCTTTGGGTGCTATTCTT*GAAAAGGTTGAAGCAGACCCAATAGCAGAACTATCCAGG
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DS 

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TGAATTAGCGGAGAGCCAAAGGAATCGCTTAGCTCTCGCAGCTGCTGGAGCAAATTCTAG
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CATCTACTCGCGTCTGTGTTCTACCTTTGTCGGATTTTTGATCATCTTTTCATTTTTGAT
TTGAATTTTGCATTTTTCCCTTTTCATCAATTTTCTTTTTAAATGTAAAATCTGGTTGTT
TCATATGCGTTGCCTATATTTCCCC
G

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DS 

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TATCATGGCTTTGCTCACAGGTGGATCTGCGTGGACTATTGGCGATGAATCCACTTCCTC
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TGGTAGCGGCCCACGGTCGGCCAATCTTTGAGCAAGTGTATCAGATTCTGCACCACCACC
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CATCTTTTCATTTTTGATTTGAATTTTGCATTTTTCCCTTTTCATCAATTTTCTTTTTAA
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TGTTCTGTTCTTTACAATGTATATGTGTTAACAAATTATTTTCCTGTTCTT

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 4

CO CL2279Contig1 463 4 1 U
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ATCTTCCTCTTTTAAGACTAGTATTTATGAAGCTTAATTATTT


BQ
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AF RR1F025TF U 1
AF RR1F113TF U 1
AF RR1F625TF U 1
AF RR1FA25TF U 1
BS 1 463 RR1F025TF

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AGGGATGTAACGAGTAGGACTCATATTGTAATATGGAGAGCATATAGAGGAGCTGCCAAT
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DS 

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GTACATTGCTGGTCTAACAGAGGTGAAGACAAAGGTATGACTCATGTATTATTCAACCAA
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AGGGATGTAACGAGTAGGACTCATATTGTAATATGGAGAGCATATAGAGGAGCTGCCAAT
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ATCTTCCTCTTTTAAGACTAGTATTTATGAAGCTTAATTAT

QA 1 461 1 461
DS 

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AGGGATGTAACGAGTAGGACTCATATTGTAATATGGAGAGCATATAGAGGAGCTGCCAAT
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AATAATAAACTGGCCAAAGAATTCTTTAGTTGGTCTAAATAGTGCATTTTTTTCTTATTC
ATCTTCCTCTTTTAAGACTAGTATTTATGAAGCTTAATTAT
TT

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR1FA25TF 463 0 0
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GGCACTACTCCAAACACTTTAGCATTTAAAAACCAACTTGGAGCTGCGCATGTACTCAAT
GTACATTGCTGGTCTAACAGAGGTGAAGACAAAGGTATGACTCATGTATTATTCAACCAA
CCATACAGCATTCCAGTTGAGGAAGGAGGAAAAGGGAGAATAGTATGGAAATGTGAATTA
AGGGATGTAACGAGTAGGACTCATATTGTAATATGGAGAGCATATAGAGGAGCTGCCAAT
GTTCGATGTGGCGAGAGACGCGAATATATAGTTGAACTTAAAGGTGTTTCCTTACTGAAA
AATAATAAACTGGCCAAAGAATTCTTTAGTTGGTCTAAATAGTGCATTTTTTTCTTATTC
ATCTTCCTCTTTTAAGACTAGTATTTATGAAGCTTAATTAT
TT

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 2

CO CL2280Contig1 1391 2 4 U
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CCCAAAGGATCACTTTCTCTCTTCACCACATCTTTCTCAACTAAGGAAGAATAAGAATAT
AAATTGTGAAACCCAACTCGAAGAAAAGATAGATATCTGCTTTCAACAGTCTCCGGCATG
AGTTTCAAACCTAATGCCATGAAGAATGTGGCTATGGCGACAGCTTCTGCTCTGTTTCTT
CTAGGGTTTCTTGTCTCTTCAGTCTCTGCTTCTGTCTCTTACGATAGCAGAGCCATTACC
ATCAATGGCAAAAGAAGAATCCTTATCTCTGGATCTATTCATTACCCCAGAAGCACTCCT
GAGATGTGGCCAGATCTAATAAGGAAAGCAAAAGAAGGAGGTTTAGATGTGATTCAGACT
TATGTTTTCTGGAATGGGCATGAGCCTTCTCCTGGAAAATATTATTTTGAAGGAAACTAC
GATTTGGTTAAGTTTGTCAAGTTGGTCAAACAGTCTGGACTCTATCTTCATCTAAGGATT
GGTCCTTATGTCTGTGCAGAATGGAACTTTGGTGGATTCCCTGTTTGGCTTAAGTATGTT
CCAGGGATTAGCTTCAGAACTGATAATGGTCCTTTCAAGGCTCAAATGCAAAGATTCACT
ACAAAGATTGTTAACATGATGAAAGCTGAGAGGCTGTTTGAATCCCAAAGTGCATTTACA
GTGTGGGCCTGGACAGAAGATCACCACTGTTAAGTTCGCTAGCTTTGGGACACCTGAAGG
AACTTGTGGTAGCTACCGTCAAGGAAGTTGTCATGCTCACCATTCTTATGATGCTTTCAA
CAGACTTTGTGTTGGGCAGAACTGGTGTTCTGTAACAGTAGCACCGGCCATGTTTGGTGG
TGATCCGTGTCCAAATGTGATGAAGAAACTCGCAGTAGAAGCGGTTTGCGGTTAAACCAG
CAATTTCACATTCTTACAGTGTTTTTTTCTTTCTGATGGTATTAGTATGTTTGTGGCTAT
TTTACAAGCGGTGGAAGTTGTACAAAAGGGAAACAACACACCGTTGGAGAGTTGTTGATT
TATATGTGAATAAGCTTTGTGTGGTAATTGTAACCCTAAGAAAGAAAGGAGAAGAAGAAG
AAGCACATTGAGACTGGAGAATAAGGTGTCCATGTGTTGATGATCCTTTGAGGGCAAAAC
TGGGATTATATTATTCTCTGAGTTTTGCTTCCAACGTTTGTTTGTTGTTGTTGCTGTAGT
AATTGTATTAGCTGAGACATTCTTCTGCAATTATCTCATTGCTGAACTTATGTAACGTTT
TTATTTCTCTTTGAATGAAACATTTTTAAGTCTTTAAATAAAACAATGAATGAGACAAAA
GTCAAAAGAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B653TF U 1
AF RR1B653JQ C 549
BS 1 779 RR1B653TF
BS 780 780 RR1B653JQ
BS 781 793 RR1B653TF
BS 794 1391 RR1B653JQ

RD RR1B653TF 793 0 0
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CCCAAAGGATCACTTTCTCTCTTCACCACATCTTTCTCAACTAAGGAAGAATAAGAATAT
AAATTGTGAAACCCAACTCGAAGAAAAGATAGATATCTGCTTTCAACAGTCTCCGGCATG
AGTTTCAAACCTAATGCCATGAAGAATGTGGCTATGGCGACAGCTTCTGCTCTGTTTCTT
CTAGGGTTTCTTGTCTCTTCAGTCTCTGCTTCTGTCTCTTACGATAGCAGAGCCATTACC
ATCAATGGCAAAAGAAGAATCCTTATCTCTGGATCTATTCATTACCCCAGAAGCACTCCT
GAGATGTGGCCAGATCTAATAAGGAAAGCAAAAGAAGGAGGTTTAGATGTGATTCAGACT
TATGTTTTCTGGAATGGGCATGAGCCTTCTCCTGGAAAATATTATTTTGAAGGAAACTAC
GATTTGGTTAAGTTTGTCAAGTTGGTCAAACAGTCTGGACTCTATCTTCATCTAAGGATT
GGTCCTTATGTCTGTGCAGAATGGAACTTTGGTGGATTCCCTGTTTGGCTTAAGTATGTT
CCAGGGATTAGCTTCAGAACTGATAATGGTCCTTTCAAGGCTCAAATGCAAAGATTCACT
ACAAAGATTGTTAACATGATGAAAGCTGAGAGGCTGTTTGAATCCCAAAGTGCATTTACA
GTGTGGGCCTGGACAGAAGATCACCACTGTTAAGTTCGCTAGCTTTGGGACACCTGAAG*
AACTTGTGGTAGC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1B653JQ 843 0 0
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TAGCTTCAGAACTGATAATGGTCCTTTCAAGGCTCAAATGCAAAGATTCACTACAAAGAT
TGTTAACATGATGAAAGCTGAGAGGCTGTTTGAATCCCAAAGTGCATTTACAGTGTGGGC
CTGGACAGAAGATCACCACTGTTAAGTTCGCTAGCTTTGGGACACCTGAAGGAACTTGTG
GTAGCTACCGTCAAGGAAGTTGTCATGCTCACCATTCTTATGATGCTTTCAACAGACTTT
GTGTTGGGCAGAACTGGTGTTCTGTAACAGTAGCACCGGCCATGTTTGGTGGTGATCCGT
GTCCAAATGTGATGAAGAAACTCGCAGTAGAAGCGGTTTGCGGTTAAACCAGCAATTTCA
CATTCTTACAGTGTTTTTTTCTTTCTGATGGTATTAGTATGTTTGTGGCTATTTTACAAG
CGGTGGAAGTTGTACAAAAGGGAAACAACACACCGTTGGAGAGTTGTTGATTTATATGTG
AATAAGCTTTGTGTGGTAATTGTAACCCTAAGAAAGAAAGGAGAAGAAGAAGAAGCACAT
TGAGACTGGAGAATAAGGTGTCCATGTGTTGATGATCCTTTGAGGGCAAAACTGGGATTA
TATTATTCTCTGAGTTTTGCTTCCAACGTTTGTTTGTTGTTGTTGCTGTAGTAATTGTAT
TAGCTGAGACATTCTTCTGCAATTATCTCATTGCTGAACTTATGTAACGTTTTTATTTCT
CTTTGAATGAAACATTTTTAAGTCTTTAAATAAAACAATGAATGAGACAAAAGTCAAAAG
AAC

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 4

CO CL2281Contig1 1234 4 8 U
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CCTCAAAATAATGTTTTCGCAAAAGCTTCACGAAGCATTCAAAGGCACGGTGGAGAGGAT
CACAGGTCCTCGCACGATCACAGCGTTCAAGGAGAAGGGAGTACTCAGCGTCAGCGAGTT
CGTCCTCGCCGGAGACAATCTCGTCTCCAAGTGCCCCACTTGGTCCTGGGAATCTGGTGA
CCCAAGCAAGAGGAAGCCATACTTACCCTTGGAGAAACAGTTTTTGATTACTAGAAACGT
ACCTTGTCTACGGAGAGCTGCATCTGTGGCAGAGGAGTACGAAGCTGCTGGAGGTGAAGT
GTTGGTTGATGATGAAGATAATGATGGTTGGCACGCTACTCATGGGAAACCTAAAGATAA
AGGCAATGAAGATGAGAACCTGCCGTCCATGGATGCCTTGGATATAAACGAGAAAAGTGG
TATACGGTCGATACCTACGTATTTCGGAGCTGGGGAGGATGATGATGATATTCCAGATAT
GGAAGAGTTTGATGAGGCTGACAATGTGGTGGAAAATGATCCGGCAACTCTTCAGTCAAC
TTATCTTGTGGCTCATGAACCTGATGACGATAACATTCTCCGAACTCGTACGTATGATAT
CAGCATAACGTATGATAAGTATTACCAAACTCCTCGTGTTTGGCTGACCGGTTATGATGA
GTCAAGGATGCTGCTGCAACCTGAACTTGGGATGGAGGATGTAAGCCAAGACCATGCTCG
TAAGACGGTCACAATTGAAGATCATCCACACTTGCCTGGGAAACATGCTTCAGTCCATCC
ATGTCGACATGGAGCTGTTATGAAGAAGATCATTGATGTATTAATGTCCCGTGGAGTAGA
ACCTGAAGTTGACAAGTACCTTTTCCTGTTCTTGAAGTTCATGGCATCAGTTATTCCAAC
TATCGAGTATGATTACACAATGGACTTTGATCTCGGTAGCTCAAGCACCTAATTACTTGT
GTCATGGATGGGCTTGGTGGCTCTCTGCACACTGTACATAAGAACTGTCATCATTTTCTT
TTCTCTTCAAAAGGAACTGTAAGGTGTTGTTGTGCTTTCATCACACGTTCATCTGCTGAA
GTTTATGCAGATCAATAGTAATTTACCATTGATCAGAAAACAAACTGTGAATGTAACTCT
ATTCTCACATCTAATTTAATAGTGTGTTTTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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AF RR1E561TF U 1
AF RR1C286TF U 48
AF RR1C286JQ C 461
AF RR1E561JQ C 543
BS 1 168 RR1E561TF
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BS 170 592 RR1E561TF
BS 593 803 RR1C286TF
BS 804 1114 RR1C286JQ
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BS 1225 1234 RR1E561JQ

RD RR1E561TF 592 0 0
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CCTCAAAATAATGTTTTCGCAAAAGCTTCACGAAGCATTCAAAGGCACGGTGGAGAGGAT
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CGTCCTCGCCGGAGACAATCTCGTCTCCAAGTGCCCCACTTGGTCCTGGGAATCTGGTGA
CCCAAGCAAGAGGAAGCCATACTTACCCTTGGAGAAACAGTTTTTGATTACTAGAAACGT
ACCTTGTCTACGGAGAGCTGCATCTGTGGCAGAGGAGTACGAAGCTGCTGGAGGTGAAGT
GTTGGTTGATGATGAAGATAATGATGGTTGGCACGCTACTCATGGGAAACCTAAAGATAA
AGGCAATGAAGATGAGAACCTGCCGTCCATGGATGCCTTGGATATAAACGAGAAAAGTGG
TATACGGTCGATACCTACGTATTTCGGAGCTGGGGAGGATGATGATGATATTCCAGATAT
GGAAGAGTTTGATGAGGCTGACAATGTGGTGGAAAATGATCCGGCAACTCTT

QA 1 592 1 592
DS 

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GG
GCGAGAGGTCACCTCAAAATAATGTTTTCGCAAAAGCTTCACGAAGCATTCAAAGGCACG
GTGGAGAGGATCACAGGTCCTCGCACGATCACAGCGTTCAAGGAGAAGGGAGTACTCAGC
GTCAGCGAGTTCGTCCTCGCCGGAGACAATCTCGTCTCCAAGTGCCCCACTTGGTCCTGG
GAATCTGGTGACCCAAGCAAGAGGAAGCCATACTTACCCTTGGAGAAACAGTTTTTGATT
ACTAGAAACGTACCTTGTCTACGGAGAGCTGCATCTGTGGCAGAGGAGTACGAAGCTGCT
GGAGGTGAAGTGTTGGTTGATGATGAAGATAATGATGGTTGGCTCGCTACTCATGGGAAA
CCTAAAGATAAAGGCAATGAAGATGAGAACCTGCCGTCCATGGATGCCTTGGATATAAAC
GAGAAAAGTGGTATACGGTCGATACCTACGTATTTCGGAGCTGGGGAGGATGATGATGAT
ATTCCAGATATGGAAGAGTTTGATGAGGCTGACAATGTGGTGGAAAATGATCCGGCAACT
CTTCAGTCAACTTATCTTGTGGCTCATGAACCTGATGACGATAACATTCTCCGAACTCGT
ACGTATGATATCAGCATAACGTATGATAAGTATTACCAAACTCCTCGTGTTTGGCTGACC
GGTTATGATGAGTCAAGGATGCTGCTGCAACCTGAACTTGGGATGGAGGATGTAAGCCAA
GACCATGCTCGTAAGACGGTCACAATTGAAGATC

QA 3 756 3 756
DS 

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GATGATGATATTCCAGATATGGAAGAGTTTGATGAGGCTGACAATGTGGTGGAAAATGAT
CCGGCAACTCTTCAGTCAACTTATCTTGTGGCTCATGAACCTGATGACGATAACATTCTC
CGAACTCGTACGTATGATATCAGCATAACGTATGATAAGTATTACCAAACTCCTCGTGTT
TGGCTGACCGGTTATGATGAGTCAAGGATGCTGCTGCAACCTGAACTTGGGATGGAGGAT
GTAAGCCAAGACCATGCTCGTAAGACGGTCACAATTGAAGATCATCCACACTTGCCTGGG
AAACATGCTTCAGTCCATCCATGTCGACATGGAGCTGTTATGAAGAAGATCATTGATGTA
TTAATGTCCCGTGGAGTAGAACCTGAAGTTGACAAGTACCTTTTCCTGTTCTTGAAGTTC
ATGGCATCAGTTATTCCAACTATCGAGTATGATTACACAATGGACTTTGATCTCGGTAGC
TCAAGCACCTAATTACTTGTGTCATGGATGGGCTTGGTGGCTCTCTGCACACTGTACATA
AGAACTGTCATCATTTTCTTTTCTCTTCAAAAGGAACTGTAAGGTGTTGTTGTG*TTTCA
TCACACGTTCATCTGCTGAAGTTTATGCAGATCAATAGTAATTTACCATTGATCAGAAAA
CAAACTGTGAATGTAACTCTATTCTCACATCTAATTTAATAGTG

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1E561JQ 692 0 0
AAGAGTTTGATGAGGCTGACAATGTGGTGGAAAATGATCCGGCAACTCTTCAGTCAACTT
ATCTTGTGGCTCATGAACCTGATGACGATAACATTCTCCGAACTCGTACGTATGACATCG
GCATAACGTATGATAAGTATTACCAAACTCCTCGTGTTTGGCTGACCGGTTATGATGAGT
CAAGGATGCTGCTGCAACCTGAACTTGTGATGGAGGATGTAAGCCAAGACCATGCTCGTA
AGACGGTCACAATTGAAGATCATCCACACTTGCCTGGGAAACATGCTTCAGTCCATCCAT
GTCGACATGGAGCTGTTATGAAGAAGATCATTGATGTATTAATGTCCCGTGGAGTAGAAC
CTGAAGTTGACAAGTACCTTTTCCTGTTCTTGAAGTTCATGGCATCAGTTATTCCAACTA
TCGAGTATGATTACACAATGGACTTTGATCTCGGTAGCTCAAGCACCTAATTACTTGTGT
CATGGATGGGCTTGGTGGCTCTCTGCACACTGTACATAAGAACTGTCATCATTTTCTTTT
CTCTTCAAAAGGAACTGTAAGGTGTTGTTGTGCTTTCATCACACGTTCATCTGCTGAAGT
TTATGCAGATCAATAGTAATTTACCATTGATCAGAAAACAAACTGTGAATGTAACTCTAT
TCTCACATCTAATTTAATAGTGTGTTTTTGGT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 3

CO CL2282Contig1 1262 3 2 U
CTTCATTCTCTGATTCCACATTTCGGATCTCACCATCTCAGCAATAAGAGACAGATTCAT
GTTGACTGTTTTCTTCCTTTTCGTTATGCTTCTCTAAGAAGGTTCATCTATGTCTTGATT
TAGGTTCTTAATGAAATACATCAGCAGTCTCTTTTGCTAATATATTTGATGAATGAAAGA
GACATCTAAATTATTAATGCTGATGATCTGTTCTTACACAACATCATAATGGTTCTGAAA
TTGTTAATTGCATGGGTGTGACACTTCCCCTTAATGGTAATTGCAGGGTGTATCCGCTGT
GTCAGAAACAATTGGAAACAAAAATCCCTCTTGCCTGAATAACACTGATGAGTCAGCCAT
GAAGTTTGAAGCGTCTGATATCAAAATCACCACACAAGACAAGACTCTACTGTTTCCAGC
TTCAAGAACTTGATCAGTTTCATAGACTACAAAGCAACGAACTCCTAATTTTTCCAGGAC
TGAAAATAGAAAAACAAATCTATTCTGAGATGAGTTGTTCTCTGTACCCATAAGCTTAGG
CTTGTTGTACCAACTGATTTCTGACTGTTCTAACCATAAATAAAAAAACCATTCACCTTA
CTTCATAATACTTCTCAAAACATACTCAAAGTTTTGTTACTTCCAATACAGAGTAATATC
GTTTGTTTAGTGATCTTGGCAAAAGATGAAGCTACAAGTTTTTCCTACTCAGCTGCGATG
CAAAGTGATCAGCTGCAGCCATAGCTCGAGAAGCTGAACCAATCGATCCATCATACAGAG
CAACCAATACATAAACCGCGGTCCGCATAACAATAGCTCCTTCACCAGCAGGCTGGGTTG
TGTTTAAGCACCGAGCAGCAAACCAGTTCTCGTGGATCGATGTTATTATGTACTGGTTGG
AACCAAGAACAAAGGTGTCGGTAGGAAGATTGCCACGTCTCATGAAATCGATGAACTGCT
TCAGCTCAACTGGATAGAGATCAATCCCTTCTTGCTCAGCTATTGTTGATAAGAGACGAG
AAGGTGCTGCAGGGTCGTAGTTAATCAAAACAGCAGCCTTCAGTGGTCTGCTTCCTGAAG
AGCCGACATTACCAGTAACCCATTTGTACCAAGCTCTATCCACGAACGTCGAATCCATCG
ATGGGTTCTCTGGAAACTGTTAAGAGATTTATAAAAGCAATGATCTTCCAAGTAAAGTCC
AAAGCTTTATTTCTCCAAATCACTCTATCAAAGCCTTTGTTTGTGTACTCTCTCTCTCTC
CC


BQ
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20 20 

AF RR1AF18JQ U 1
AF RR1AA92JQ U 581
AF RR1AA92TF C 581
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A
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A
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QA 2 682 2 682
DS 



AS 1 4

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GAGTTAAAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 5 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 
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AF RR1DG85JQ U 36
AF RR1DW58JQ U 1
AF RR1DW58TF C 471
AF RR1DG85TF C 472
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RD RR1DG85JQ 636 0 0
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TAGTCTGTTCTTTTTCCTCATCAACCACCCCATACCTTGGTACAACCGGTAAATACTTGT
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QA 1 636 1 636
DS 

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TTCGTCGTATACAATCTTG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1DW58TF 718 0 0
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TGGGCAATGCG*TTACAGCAAGCTGAACATGGCTGGGTAAAGCACCAGCTTT*GCAGCTG
TCTTCAAGTTCTGTAGTCGATTCTTTTCTTGCTTTCCAACTCTCTTCTTTTTATCGTCTA
GTCTCTTGGCAAAAGGATCTTCTCCTGGTTCATCTGATGCCTTTGCTTCAATAATGGGAA
TATCATTATCATCGTTGACACGGTCATAACCATGGCGACGCTTAAACTGATCAGTTGTTT
CGTCGTATACAATCTTGTCCTTCTTGCGCTTCTGTATACCTTTCTTAAGAGCAAACTCTT
CCTACTTTGTAGGAGGCTTGGGCCTTGGAAGATGTTTCTCTCTAGGGAGTTTGGTAGTAG
GAGGAGGCAACTGGACAAGGGGACCATCAACAGTTTCAGTAGAAGGAAAGTTGAAAAGAG
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CTCTTGAAGACGGGGCAGAAGGGAACCGGTGATTGGGATTGAAAGCTAGAAGATTTCCGA
CATCGATCTGGTAGATTTGGTCCATCTCCGTGTCCATGTCGTCTTCCCACCGTCTCAGAG
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T

QA 13 717 13 717
DS 

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AATATCATTATCATCGTTGACACGGTCATAACCATGGCGACGCTTAAACTGATCAGTTGT
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AGAGTGGAATGGAGGAAGAAAGGCACTTTTTTATTTTTGTTAGGGTTCTGCAATGTTTTT
GAGTTAAAGTCCC

QA 10 742 10 742
DS 



AS 1 4

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CTATGGGATATGAATCCGGGCTGGTTAATACTTTTTTCCTCTTTACAGTTACAATATTAT
TAAATCCATTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP37TF U 1
AF RR1BV58TF U 1
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AF RR1BV58JQ C 292
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QA 1 717 1 717
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CAATATTATTAAATCCATTAC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 4

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CTCGAAGTGCGAGCGAAGCAGCAAAGTTTGGAGTCCCCTTGAAACATTTCCGGGATGATT
TTCAGATTGATTTTGCATTCCGTGATGCTGATGCTGTAGAAGAGGGTACGCCTATCTCAG
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TAGGATTGCCATTCAAACCCATGAGGGAACTGTTCTACACATAGTACCCTAAGTTATAGA
GCAATAATGCAACTTTTATAACTATACTATTATAACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DR13TF U 484
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G
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G
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AACTCCTATTACAAACCTCGCTAACGTGGCTAAAAGCCTGGATACGATTGATGGGGTTGT
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QA 2 620 2 620
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AS 2 4

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BQ
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1E818JQ C 1
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G
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QA 2 546 2 546
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BQ
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AF RR1FT17TF C 1
AF RR1FT17JQ U 9
BS 1 8 RR1FT17TF
BS 9 628 RR1FT17JQ

RD RR1FT17TF 628 0 0
TTTTTTTTAATTCCGATTAGTGAAGAGTCAAATCAATGTTTAATATTGCCAACTAGTATT
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TAAAAAAGCGTGACTTTCTTACGTTAATCACAATTTCATCAAATTAAATAGATACTTTCC
TCACCTAATCAAATCTCTCTCTACAAAAGTGAAGTCAAAACTTTCTCTCTCGTCTCATAA
CAACAATATGGAGAAAGATTCTTGGGCAGATCTGTGGGACAACAATCAATCGACGGCGAA
AACAACCGACGACGGTAAAAGCCGCGGCGGTGGTGGCGGTGGTGCGTCTGGTAAATACAA
AGAGAAGATGGAGGCTGGACTAGGGAAGACGAAAGCGGCGGCGAGTTCGGGGTTTAAGAA
AGTGAAGGCGGGAACGTCGTTGGGTCTTAGCTGGGTCAAAGACAAGTATGCCAAAACCAC
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TTTTGTATAGTCGAACAGATCTGATGATATCGAATATTATTTGTTTTGGATTCTTCTTGT
GATGTGTTGGACAGATTCGGTTGTTT
CC

QA 1 626 1 626
DS 

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CGAAGAAGTAATCTTCTATCTATATATCTACCGCCACCGAACTCTACATAAATAAAAAAG
CGTGACTTTCTTACGTTAATCACAATTTCATCAAATTAAATAGATACTTTCCTCACCTAA
TCAAATCTCTCTCTACAAAAGTGAAGTCAAAACTTTCTCTCTCGTCTCATAACAACAATA
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ACGACGGTAAAAGCCGCGGCGGTGGTGGCGGTGGTGCGTCTGGTAAATACAAAGAGAAGA
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AGTCGAACAGATCTGATGATATCGAATATTATTTGTTTTGGATTCTTCTTGTGATGTGTT
GGACAGATTCGGTTGTTTCC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 4

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GCAAGATGATTACGCTGTTCAGAGCTTTGAGCGTGGTATTGCTGCTCAGGAAGCTGGCGC
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GAGTTTCAAGGAGAATGGAGGCACAGTTACAGCTGGAAATGCCTCTAGCATAAGTGATGG
TGCAGCTGCTATTGTCCTAGTGAGTGGAGAGAAGGCGCTTCAGCCAGGACTTCAAGTACT
TGCAAAAGTTAAAGGTTATGGTGATGCAGCTCAGGAGCCAGAGTTTTTCACTACTGCTCC
TGCTCTGGCAATACCAAAAGCTATTGCACATGCTGGTTTGGAATCTTCTCAAGTTGATTA
CTATGAGATCAATGAAGCATTTGCAGTTGTAGCACTTGCAAATCAAAAGCTACTTGGGAT
TAGTCCGGAGAAGGTGAATGTAAATGGAGGAGCCGTCTCCTTAGGACATCCTCTAGGCTG
CAGTGGAGCGCGTATTCTAATCACATTGCTTGGGATACTGAAGAAGAGAAACGGCAAGTA
CGGTGTGGGAGGAGTGTGCAACGGAGGAGGAGGTGCTTCTGCTCTTGTTCTTGAAGTCGT
TTGATGCATTTATATGAATCCCAGGTTGTTGAACTATATAGAGCGTATCTACTATCATTC
TACCAGCTTGCACTTCAAGTTTGATATTGGTTGGTCTCTCTCAATAAACGAGTGATGATG
ATCTTTGATGTTGTTAAGTTTATTTAGTTAT**TATATGAAAACTATGTTTCTGTTTCCG
TACTTTGTGACCTCAGTTCTCAGTTATGAACCTACCGATTTATTTTTATTTTAATGAATT
TGACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1FB60TF U 1
AF RR1DD80TF U 258
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AF RR1DD80JQ C 300
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QA 1 652 1 652
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QA 1 758 1 758
DS 

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ACCAATCGATTTATTTT

QA 1 506 1 506
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CTGCTCTGGCAATACCAAAAGCTATTGCACATGCTGGTTTGGAATCTTCTCAAGTTGATT
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TTAGTCCGGAGAAGGTGAATGTAAATGGAGGAGCCGTCTCCTTAGGACATCCTCTAGGCT
GCAGTGGAGCGCGTATTCTAATCACATTGCTTGGGATACTGAAGAAGAGAAACGGCAAGT
ACGGTGTGGGAGGAGTGTGCAACGGAGGAGGAGGTGCTTCTGCTCTTGTTCTTGAAGTCG
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CTACCAGCTTGCACTTCAAGTTTGATATTGGTTGGTCTCTCTCAATAAACGAGTGATGAT
GATCTTTGATGTTGTTAAGTTTATTTAGTTAT**TATATGAAAACTATGTTTCTGTTTCC
GTACTTTGTGACCTCAGTTCTCAGTTATGAACCTACCGATTTATTTTTATTTTAATGAAT
TTGACCG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 4

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AAATATAAAGAGACCAATGGGAAAGTTGTACAATGCAAGAGTCAACAACTCACATTAGAA
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GAGTTTGCGCAGAGCGGCTTTGCCCAAATCAACCCCACATGCATCAGAAAGCCTCACCAG
ATACAACAACACATCTGATAATTCTTCTCCGAGATGCACTTTATCTTCCTCTTTCCAATC
TGGAAGTCCTCTTTCCACTTCCCCTCTCCATTGGAATATCTCTGATAACTCTCCCACTTC
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TGCAAAATCATCCATCTTCTTACTCAGAGTTTCAAGAGAAACTTTTTCCTTCTCTTCCCC
CATGTCCATTTTACACAGAAACAAAACCCTTAAACACTCACTTAGATATCTTATAGAAGG
AGGAGATATCTAAGATTTATAGAAGAAAATGTGATATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1E330JQ U 153
AF RR1GG06JQ U 1
AF RR1E330TF C 6
AF RR1GG06TF C 13
BS 1 620 RR1GG06JQ
BS 621 640 RR1E330TF

RD RR1E330JQ 351 0 0
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GTGCTGGGTACTTAATGGCATTGAGCTCGAGTTTGCGCAAAGCGGCTTTGCCCAAATCAA
CCCCACATGCATCAAAAAGCCTCACCAGATACAACAACACATCTGATAATTCTT*TCCGA
AATGCACTTTATCTTCCTCTTTCCAATCTGGAAGTCCTCTTTCCACTTCCCCTCTCCATT
GGAATATCTCTGATAACTCTCCCACTTCACCCACCATGGCTAAAAGGAGGTTCCTTGGGC
TGTGATACTTCTCCCAATCTCTAGCCTTTGCAAAATCATCCATCTTCTTAC

QA 1 351 1 351
DS 

RD RR1GG06JQ 620 0 0
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AAATATAAAGAGACCAATGGGAAAGTTGTACAATGCAAGAGTCAACAACTCACATTAGAA
TTGTTTATTTAAGAAAAAAAAAGACATAGATTAATTATCTTCTTTCAACTTAGTATTGTC
GCTTGAATCACCACAATGATCAGTCTGTTTGGGTGCTGGGTACTTAATGGCATTGAGCTC
GAGTTTGCGCAGAGCGGCTTTGCCCAAATCAACCCCACATGCATCAGAAAGCCTCACCAG
ATACAACAACACATCTGATAATTCTTCTCCGAGATGCACTTTATCTTCCTCTTTCCAATC
TGGAAGTCCTCTTTCCACTTCCCCTCTCCATTGGAATATCTCTGATAACTCTCCCACTTC
ACCCACCATGGCTAAAAGGAGGTTCCTTGGGCTGTGATACTTCTCCCAATCTCTAGCCTT
TGCAAAATCATCCATCTTCTTACTCAGAGTTTCAAGAGAAACTTTTTCCTTCTCTTCCCC
CATGTCCATTTTACACAGAAACAAAACCCTTAAACACTCACTTAGATATCTTATAGAAGG
AGGAGATATCTAAGATTTAT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1E330TF 635 0 0
AAAAAGT
GAACGCTTATGTCAATCAATATCCAATTCAGTGCAAGACAGGAAAACCAAATATAAAGAG
ACCAATGGGAAAGTTGTACAATGCAAGAGTCAACAACTCACATTAGAATTGTTTATTTAA
GAAAAAAAAAGACATAGATTAATTATCTTCTTTCAACTTAGTATTGTCGCTTGAATCACC
ACAATGATCAGTCTGTTTGGGTGCTGGGTACTTAATGGCATTGAGCTCGAGTTTGCGCAG
AGCGGCTTTGCCCAAATCAACCCCACATGCATCAGAAAGCCTCACCAGATACAACAACAC
ATCTGATAATTCTT*TCCGAGATGCACTTTATCTTCCTCTTTCCAATCTGGAAGTCCTCT
TTCCACTTCCCCTCTCCATTGGAATATCTCTGATAACTCTCCCACTTCACCCACCATGGC
TAAAAGGAGGTTCCTTGGGCTGTGATACTTCTCCCAATCTCTAGCCTTTGCAAAATCATC
CATCTTCTTACTCAGAGTTTCAAGAGAAACTTTTTCCTTCTCTTCCCCCATGTCCATTTT
ACACAGAAACAAAACCCTTAAACACTCACTTAGATATCTTATAGAAGGAGGAGATATCTA
AGATTTATAGAAGAAAATGTGATATCCC

QA 8 635 8 635
DS 

RD RR1GG06TF 624 0 0
GAACGCTTATGTCAATCAATATCCAATTCAGTGCAAGACAGGAAAACCAAATATAAAGAG
ACCAATGGGAAAGTTGTACAATGCAAGAGTCAACAACTCACATTAGAATTGTTTATTTAA
GAAAAAAAAAGACATAGATTAATTATCTTCTTTCAACTTAGTATTGTCGCTTGAATCACC
ACAATGATCAGTCTGTTTGGGTGCTGGGTACTTAATGGCATTGAGCTCGAGTTTGCGCAG
AGCGGCTTTGCCCAAATCAACCCCACATGCATCAGAAAGCCTCACCAGATACAACAACAC
ATCTGATAATTCTTCTCCGAGATGCACTTTATCTTCCTCTTTCCAATCTGGAAGTCCTCT
TTCCACTTCCCCTCTCCATTGGAATATCTCTGATAACTCTCCCACTTCACCCACCATGGC
TAAAAGGAGGTTCCTTGGGCTGTGATACTTCTCCCAATCTCTAGCCTTTGCAAAATCATC
CATCTTCTTACTCAGAGTTTCAAGAGAAACTTTTTCCTTCTCTTCCCCCATGTCCATTTT
ACACAGAAACAAAACCCTTAAACACTCACTTAGATATCTTATAGAAGGAGGAGATATCTA
AGATTTATAGAAGAAAATGTGATA

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 4

CO CL2289Contig1 1049 4 6 U
GGAGGACAAAGGTTAAGCACCAAAAAAAAAAAAACACTTCCCCGGCGAATATTCTCTCGT
TTTCCGGCACCGAACATCGGCGTAGATCGCCAGTTTAACAGACAGTGGATTAAAATGGCG
GTGGACAGTGTGTATCTGATGCAGTTTGTGGAAGAAACATCGTTTTACAATCGCATTGTT
CTGAATCACCTCTTGCCGTCGAATCTATGGGATTTTTTACCGCATTTTCTCCAGACGTGG
CTCCGGAACTACCTCGCCGGAACCTTGCTCCACTTCATCTCAGGCTTTCTCTGGTGCTTC
TACATCTATTACCTCAAACTTAACGTTTATCTCCCCAGAGATGCCATTCCTACAAGAAAG
GCTATGCTTTTGCAAATATCTGTGGCAATGAAGGCGATGCCTTGGTACACTCTGCTTCCA
ACTGTCTCCGAGTATATGATCGAAAGTGGCTGGACCAAATGTTACTCTAAGATAGGCGAA
GTCAGCTGGATACTCTACTTTGTTTCCATCGCTGTCTATCTTGTTTTAGTCGAGTTTGGT
ATTTATTGGATGCACAGAGAGCTCCATGACATTAAGCCTCTTTACAAATATCTCCATGCC
ACCCATCATATCTACAACAAGCAGAACACACTCTCTCCCTTTGCCGGG*CTTGCGTTCCA
CCCACTAGACGGGATACTTCAAGCAGTTCCGTATGTGGTAGCTCTGTTCATAGTGCCAAT
TCATTTCACAACCCATCTAGGTCTCTTGTTCATGGAAGCGATATGGACAGCGAACATCCA
CGACTGCATCCACGGTAACATATGGCCTGTGATGGGTGCAGGGTACCATACGATACACCA
CACCACTTACAAGCATAACTATGGACATTACACCATATGGATGGATTGGATGTTTGGCTC
CCTTAGAGACCCTCTCTTACAAGAAGAAGATTATAAAACAGAGTGAGAATGCCCCCTTTG
TGTTTTCCTTTTCTTGTTCAAAGTTGCAACCTTTTTATGTTTTTCTGTCAAACCGTTCCA
GTTATTTTTTGTTCAGAGATGTTGACGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1F407TF U 18
AF RR1FC40TF U 1
AF RR1F407JQ C 338
AF RR1FC40JQ C 354
BS 1 184 RR1FC40TF
BS 185 185 RR1F407TF
BS 186 648 RR1FC40TF
BS 649 649 RR1F407TF
BS 650 736 RR1FC40TF
BS 737 1049 RR1F407JQ

RD RR1F407TF 641 0 0
GGACC
AAAAAAAAAAAACACTTCCCCGGCGAATATTCTCTCGTTTTCCGGCACCGAACATCGGCG
TAGATCGCCAGTTTAACAGACAGTGGATTAAAATGGCGGTGGACAGTGTGTATCTGATGC
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ATCTATGGGATTTTTTACCGCATTTTCTCCAGACGTGGCTCCGGAACTACCTCGCCGGAA
CCTTGCTCTACTTCATCTCAGGCTTTCTCTGGTGCTTCTACATCT*TTACCTCAAACTTA
ACGTTTATCTCCCCAGAGATGCCATTCCTACAAGAAAGGCTATGCTTTTGCAAATATCTG
TGGCAATGAAGGCGATGCCTTGGTACACTCTGCTTCCAACTGTCTCCGAGTATATGATCG
AAAGTGGCTGGACCAAGTGTTACTCTAAGATAGGCGAAGTCAGCTGGATACTCTACTTTG
TTTCCATCGCTGTCTATCTTGTTTTAGTCGAGTTTGGTATTTATTGGATGCACAGAGAGC
TCCATGACATTAAGCCTCTTTACAAATATCTCCATGCCACCCATCATATCTACAACAAGC
AGAACACACTCTCTCCCTTTGCCGGG*CTTGCGTTC

QA 6 641 6 641
DS 

RD RR1FC40TF 753 0 0
GGAGGACAAAGGTTAAGCACCAAAAAAAAAAAAACACTTCCCCGGCGAATATTCTCTCGT
TTTCCGGCACCGAACATCGGCGTAGATCGCCAGTTTAACAGACAGTGGATTAAAATGGCG
GTGGACAGTGTGTATCTGATGCAGTTTGTGGAAGAAACATCGTTTTACAATCGCATTGTT
CTGAGTCACCTCTTGCCGTCGAATCTATGGGATTTTTTACCGCATTTTCTCCAGACGTGG
CTCCGGAACTACCTCGCCGGAACCTTGCTCCACTTCATCTCAGGCTTTCTCTGGTGCTTC
TACATCTATTACCTCAAACTTAACGTTTATCTCCCCAGAGATGCCATTCCTACAAGAAAG
GCTATGCTTTTGCAAATATCTGTGGCAATGAAGGCGATGCCTTGGTACACTCTGCTTCCA
ACTGTCTCCGAGTATATGATCGAAAGTGGCTGGACCAAATGTTACTCTAAGATAGGCGAA
GTCAGCTGGATACTCTACTTTGTTTCCATCGCTGTCTATCTTGTTTTAGTCGAGTTTGGT
ATTTATTGGATGCACAGAGAGCTCCATGACATTAAGCCTCTTTACAAATATCTCCATGCC
ACCCATCATATCTACAACAAGCAGAACACACTCTCTCCCTTTGCCGGGGCTTGCGTTCCA
CCCACTAGACGGGATACTTCAAGCAGTTCCGTATGTGGTAGCTCTGTTCATAGTGCCAAT
TCATTTCACAACCCAT
CTAGTCTCTTGTTCATG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1F407JQ 712 0 0
GAGATGCCATTCCTACAAGAAAGGCTATGCTTTTGCAAATATCTGTGGCAATGAAGGCGA
TGCCTTGGTACACTCTGCTTCCAACTGTCTCCGAGTATATGATCGAAAGTGGCTGGACCA
AGTGTTACTCTAAGATAGGCGAAGTCAGCTGGATACTCTACTTTGTTTCCATCGCTGTCT
ATCTTGTTTTAGTCGAGTTTGGTATTTATTGGATGCACAGAGAGCTCCATGACATTAAGC
CTCTTTACAAATATCTCCATGCCACCCATCATATCTACAACAAGCAGAACACACTCTCTC
CCTTTGCCGGG*CTTGCGTTCCACCCACTAGACGGGATACTTCAAGCAGTTCCGCATGTG
GTAGCTCTGTTCATAGTGCCAATTCATTTCACAACCCATCTAGGTCTCTTGTTCATGGAA
GCGATATGGACAGCGAACATCCACGACTGCATCCACGGTAACATATGGCCTGTGATGGGT
GCAGGGTACCATACGATACACCACACCACTTACAAGCATAACTATGGACATTACACCATA
TGGATGGATTGGATGTTTGGCTCCCTTAGAGACCCTCTCTTACAAGAAGAAGATTATAAA
ACAGAGTGAGAATGCCCCCTTTGTGTTTTCCTTTTCTTGTTCAAAGTTGCAACCTTTTTA
TGTTTTTCTGTCAAACCGTTCCAGTTATTTTTTGTTCAGAGATGTTGACGGC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1FC40JQ 696 0 0
AAGAAAGGCTATGCTTTTGCAAATATCTGTGGCAATGAAGGCGATGCCTTGGTACACTCT
GCTTCCAACTGTCTCCGAGTATATGATCGAAAGTGGCTGGACCAAATGTTACTCTAAGAT
AGGCGAAGTCAGCTGGATACTCTACTTTGTTTCCATCGCTGTCTATCTTGTTTTAGTCGA
GTTTGGTATTTATTGGATGCACAGAGAGCTCCATGACATTAAGCCTCTTTACAAATATCT
CCATGCCACCCATCATATCTACAACAAGCAGAACACACTCTCTCCCTTTGCCGGG*CTTG
CGTTCCACCCACTAGACGGGATACTTCAAGCAGTTCCGTATGTGGTAGCTCTGTTCATAG
TGCCAATTCATTTCACAACCCATTTAGGTTTCTTGTTCATGGAAGCGATATGGACAGCGA
ACATCCACGACTGCATCCACGGTAACATATGGCCTGTGATGGGTGCAGGGTACCATACGA
TACACCACACCACTTACAAGCATAACTATGGACATTACACCATATGGATGGATTGGATGT
TTGGCTCCCTTAGAGACCCTCTCTTACAAGAAGAAGATTATAAAACAGAGTGAGAATGCC
CCTTTTGTGTTTTCCTTTTCTTGTTCAAAGTTGCAACCTTTTTATGTTTTTCTGTCAAAC
CGTTCCAGTTATTTTTTGTTCAGAGATGTTGAC
TGC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 2 4

CO CL2290Contig1 623 2 2 U
GGCTGAACAGAAACAAGCACACTCCCAGAAGCATTCAGAGCTGGAGGCTGCACTAAAGCA
ATCACAAGAAGAGATTGAAACTAAGAAAAAGGCAGTCACTGAATTTGAATCGATGGTCAA
AGATCTTGAACAGAAAGTGCAGCTCGCGGATGCTAAAGCTAAGGAAACGGAGGCAAAGGA
TGTAGTTATTAAATTTCGAGACGTTGACTTGTCCTTTTCATCTCCAAAAACGTACGAGCA
AGAAGAAGTCAGAGGCATCTCCTTCTTCTTCTTCATCTTCAAGCAACGTAACCGCTACTC
AGACGGCTACAACTTCTCATCTCATGACACTGAAGATCGTCTCTGGAGTAGCTCTGATCT
CCGTTATCATCGGTATAATTCTTGGGAAAAAGTACTAGTGTTCTTGTTTGGTGTGATGTT
CATATGTGAAGATCACTCCTTTTATTTGTTTTTTTTATAATTTTGATATAAAAATCTCTC
AGAAGCTTCATGAGAGATGTAATGTTTAGCAGAATTTGGGAAGCTTTGCTTCTCTCTGCA
GATTGTTTTTGGTTCTTAATTGTGGCTTGTTGGTCAAGCAATGTTCTGATACTCTTAAAA
TTAAATGAAGGTGAAGTTATTTG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FP71JQ C 1
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DS 

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G
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TAAATGAAGGTGAAGTTATTTG

QA 2 623 2 623
DS 



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BQ
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AF RR1GG44JQ C 269
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BS 742 1040 RR1GG44JQ

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QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 4

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1DO93JQ U 1
AF RR1DO93TF C 1
AF RR1DE46JQ U 2
AF RR1DE46TF C 2
BS 1 78 RR1DO93JQ
BS 79 79 RR1DE46JQ
BS 80 619 RR1DO93JQ

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GGATCTCCATAATCAGCAAAATTGATCTTTGTAAAAACTTCTTTAGACTTATTGCAACCA
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TAATCAAAAGTAACAAAAA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1DO93TF 619 0 0
G
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AAACCATGCAACCATTTTCTTAAAGACCTTATTAATTAAGGAGCAACTAAGAAACTCAAG
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CCTTCAAGGCAGCTTCTGCGCCGCAATTTCCATGTCTATAGTGTTCACACTTGCCGGAAG
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AATCAAAAGTAACAAAAA

QA 2 619 2 619
DS 

RD RR1DE46JQ 618 0 0
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AAACCATGCAACCATTTCCTTAAAGACCTTATTAATTAAGGAGCAACTAAGAAACTCAAG
CTTTTTTACAAGTGAGTTGAATAAAAAACTTAGCCTCTTTATTGCAGTGACTCGCACCAA
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CCTTCAAGGCAGCTTCTGCGCCGCAATTTCCATGTCTATAGTGTTCACACTTGCCGGAAG
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GCACCCACGGAGATTCCATAGTAGATTCTGCACAGATAATATATTCCTTGCCCATGTCTG
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CATCATTGGAAGAAATATTCATATTGGAAGCTAAACCAAGCACAGAGGAATAAGATAGAA
CTAGAAGAAAGATGTAGCCTCGACGACGGCTATGAGAAGTATCCATTTTGTTGTCTCCGT
AATCAAAAGTAACAAAAA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1DE46TF 618 0 0
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AAACCATGCAACCATTTCCTTAAAGACCTTATTAATTAAGGAGCAACTAAGAAACTCAAG
CTTTTTTACAAGTGAGTTGAATAAAAAACTTAGCCTCTTTATTGCAGTGACTCGCACCAA
ACATCTCGTCCGAAGTCATAAACACACATATGTTTTTTCCAACACAATTCTTTTTGGCGA
CCTTCAAGGCAGCTTCTGCGCCGCAATTTCCATGTCTATAGTGTTCACACTTGCCGGAAG
GATCTCCATAATCAGCAAAATTGATCTTTGTAAAAACTTCTTTAGACTTATTGCAACCAA
GCACCCACGGAGATTCCATAGTAGATTCTGCACAGATAATATATTCCTTGCCCATGTCTG
TGCCATAATGAGTGTAAGCATATTGATCTTCAAAGAAACTGTCGGTTTTGTTGCCTCTTG
CATCATTGGAAGAAATATTCATATTGGAAGCTAAACCAAGCACAGAGGAATAAGATAGAA
CTAGAAGAAAGATGTAGCCTCGACGACGGCTATGAGAAGTATCCATTTTGTTGTCTCCGT
AATCAAAAGTAACAAAAA

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 4

CO CL2292Contig1 720 4 8 U
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GAGCGACGGTTCCAAAGATTATCATCATCTACAGAGAGAAACTCAAAAAGATTGAAGAAG
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GGAGGTCTCTCACCAACTACTGATGTAGATATCTTGAAACAAGTTTTTGGCAAATCTGGC
AAAATCGTTGATGTGGTAGTGGTTTCGGACCGTGAAACTGGTGTATCGAAGGGGTTTGGT
TTCGTAACATATGATTCCATCGATGCTGCTAATAAGGCAATGCAACAGATGAATGATCAG
AAACTTGATAGGCGAATAATTGGAGTGAACCCGGCTGATTCAGGAGGCGGTGGAGGTGGT
TTTTGGAAGAAGGGGAGGCTATGGTGGTGGCCGTGGTGGATTTGGTCGAGGTGGGTTTGG
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CAATTCCACCGAGATTGATTAGTCTGCTTGTTTGAATTTTCTCTTTCACAGAGAAGAGAC
CAATATTTTTGTTATAACGTTCACTGAAGCTTTGAATAAACAGATGAAACAGCTATAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BA96JQ C 1
AF RR1BA96TF U 1
AF RR1AA36JQ C 8
AF RR1AA36TF U 8
BS 1 9 RR1BA96JQ
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RD RR1BA96JQ 714 0 0
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AAACTTGATAGGCGAATAATTGGAGTGAACCCGGCTGATTCAGGAGGCGGTGGAGGTGGT
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CAATTCCACCGAGATTGATTAGTCTGCTTGTTTGAATTTTCTCTTTCACAGAGAAGAGAC
CAATATTTTTGTTATAACGTTCACTGAAGCTTTGAATAAACAGATGAAACA
GCT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1BA96TF 711 0 0
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TATGATTCCATCGATGCTGCTAATAAGGCAATGCAACAGATGAATGGTCAGAAACTTGAT
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QA 10 711 10 711
DS 

RD RR1AA36JQ 713 0 0
GG
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AACGCTATGTTACAGGGCAATCTTTCTTTGACTCCATCCAAACTCTTTGTTGGAGGTCTC
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TATGATTCCATCGATGCTGCTAATAAGGCAATGCAACAGATGAATGATCAGGAACTTGAT
GGGCGAATAATTGGAGTGAACCCGGCTGATTCAGGAGGCGGTGGAGGTGGTTTTTGGAAG
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ATTCGGACGTGGTGGCTATAACTTTGTTCGTTAACTTGGTATCTAGGAATGCAATTCCAC
CGAGATTGATTAGTCTGCTTGTTTTAATTTTCTCTTTCACAGAGAAGAGACCAATATTTT
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QA 3 713 3 713
DS 

RD RR1AA36TF 713 0 0
GG
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ATGGGTTTGTTTAGTAAAGCTGGAAACATATTCAGGCAGCCTAGAGCTATGCAAGCCACC
AACGCTATGTTACAGGGCAATCTTTCTTTGACTCCATCCAAACTCTTTGTTGGAGGTCTC
TCACCAACTACTGATGTAGATATCTTGAAACAAGTTTTTGGCAAATTTGGCAAAATCGTT
GATGTGGTAGTGGTTTCGGACCGTGAAACTGGTGTATCGAAGGGGTTTGGTTTCGTAACA
TATGATTCCATCGATGCTGCTAATAAGGCAATGCAACAGATGAATGATCAGGAACTTGAT
GGGCGAATAATTGGAGTGAACCCGGCTGATTCAGGAGGCGGTGGAGGTGGTTTTTGGAAG
AAGGGGAGGCTATGGTGGTGGCCGTGGTGGATTTGGTCGAGGTGGGTTTGGACGTGGTGG
ATTCGGACGTGGTGGCTATAACTTTGTTCGTTAACTTGGTATCTAGGAATGCAATTCCAC
CGAGATTGATTAGTCTGCTTGTTTTAATTTTCTCTTTCACAGAGAAGAGACCAATATTTT
TGTTATAACGTTCACTGAAGCTTTGAATAAACAGATGAAACAGCT
ATAAAC

QA 3 707 3 707
DS 



AS 1 4

CO CL2293Contig1 1079 4 9 U
GGATACAACATTTTGTTATCTCCACAGATTCCAACTAAACAGGAATTAAACTCACAAGAT
CAAGAAGAAGATGGTGATGCTATTTATTAAGCTCTGCCTCTTCGCCATGGCCCCCCTCTG
CACTGTCGCTGCGAATGCTCAGACACAAGGAATAGGGTTTGGATATGGAGGTAGAAATGG
ACCAAACCAATGGGGACACTTAAACCCTCACTACACTGAATGCTCGGTCGGTAAATTGCA
ATCTCCAATTGATATCCAAAGGGGACAAACCTTTTACAACAGCACATTAGAACCGCTTCA
CCGCGATTACCACACCACAAATGCAACACTCGTGAACCACGTCTGCAATGTCGCCATGTT
CTTCGCGGAAGGAGCAGGAGATGTGGTAATAAACGATAAGAACTATACCTTATTGCAAAT
GCATTGGCACACTCCTTCGGAACATCATCTCCATGGTGTCCAATATGCAGCTGAACTACA
CATGGTACACCAAGCAAAAGATGGAAGCCTTGCTGTGGTAGCAAGCCTCTTCAAAATCGG
CAGTGAAGAGCCTTTCCTCTCTCAGATGAAGGATAAATTAATGAAGCTAAAGGATGAGAG
GCTCAAAGGGAACCAAACAGCACAAGTGGAAGTTGGAAAAATAAACACAAGACATATCGA
ACGTAAGACTCGAAAGTACTTCAGATACTATGGCTCACTCACCACTCCTCCTTGTTCCGA
AAACGTATCTTGGACCATTCTTGGCAAGGTGAGGTCAATGTCAAAGGAACAAGTAGAACT
ACTACGATCTCCATTGGACATTTCTTACAAGAAAAATGCAAGACCTTGTCAACCCCTAAA
CGGCCGGCGAGTTGAGATGTTCCACGAGCGCGTCACCGAAAAGGAAACCGGAAACAAAAA
GAAAAAACCCAATTAAACCGCAAAAGCATATCGATTTGTTCAAAACCTAATCAGCCCCCA
AAAAAACTAGTTTTGTAAAATCGTAATGAAAAAATAATAATTGTATGTGGTACTATAATC
TGTTGTTTGCTGTACTTGATCTTTGATTTCCAAATTTGATAATGTGGTGTTGAGAGCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C234TF U 1
AF RR1E670TF U 1
AF RR1E670JQ C 298
AF RR1C234JQ C 440
BS 1 238 RR1C234TF
BS 239 239 RR1E670TF
BS 240 310 RR1C234TF
BS 311 311 RR1E670TF
BS 312 735 RR1C234TF
BS 736 965 RR1E670JQ
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BS 967 1051 RR1E670JQ
BS 1052 1079 RR1C234JQ

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CAAGAAGAAGATGGTGATGCTATTTATTAAGCTCTGCCTCTTCGCCATGGCCCCCCTCTG
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ATCTCCAATTGATATCCAAAGGGGACAAACCTTTTACAACAGCACATTAGAACCGCTTCA
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GCATTGGCACACTCCTTCGGAACATCATCTCCATGGTGTCCAATATGCAGCTGAACTACA
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AAACGTATCTTGGAC
ATTCTTGG

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DS 

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CAAGAAGAAGATGGTGATGCTATTTATTAAGCTCTGTCTCTTCGCCATGGCCCCCCTCTG
CACTGTCGCTGCGAATGCTCAGACACAAGGAATAGGGTTTGGATATGGAGGTAGAAATGG
ACCAAACCAATGGGGACACTTAAACCCTCACTACACTGAATGCTCGGTCGGTAAATTGCA
ATCTCCAATTGATATCCAAAGGGGACAAACCTTTTACAACAGCACATTAGAACCGCTTCA
CCGCGATTACCACACCACAAATGCAACACTCGTGAACCACGTCTGCAATGTCGCCATGTT
CTTCGCGGAAGGAGCAGGAGATGTGGTAATAAACGATAAGAACTATACCTTATTGCAAAT
GCATTGGCACACTCCTTCGGAACATCATCTCCATGGTGTCCAATATGCAGCTGAACTACA
CATGGTACACCAAGCAAAAGATGGAAGCTTTGCTGTGGTAGCAAGCCTCTTCAAAATCGG
CAGTGAAGAGCCTTTCCTCTCTCAGATGAAGGATAAATTAATGAAGCTAAAGGATGAGAG
GCTCAAAGGGAACCAAACAGCACAAGTGGAAGTTGGAAAAATAAACACAAGACATATCGA
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AAACGTATCTTG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1E670JQ 754 0 0
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GTTCTTCGCGGAAGGAGCAGGAGATGTGGTAATAAACGATAAGAACTATACCTTATTGCA
AATGCATTGGCACACTCCTTCGGAACATCATCTCCATGGTGTCCAATATGCAGCTGAACT
ACACATGGTACACCAAGCAAAAGATGGAAGCTTTGCTGTGGTAGCAAGCCTCTTCAAAAT
CGGCAGTGAAGAGCCTTTCCTCTCTCAGATGAAGGATAAATTAATGAAGCTAAAGGATGA
GAGGCTCAAAGGGAACCAAACAGCACAAGTGGAAGTTGGAAAAATAAACACAAGACATAT
CGAACGTAATACTCGAAAGTACTTCAGATACTATGGCTCACTCACCACTCCTCCTTGTTC
CGAAAACGTATCTTGGACCATTCTTGGCAAGGTGAGGTCAATGTCAAAGGAACAAGTAGA
ACTACTACGATCTCCATTGGACATTTCTTACAAGAAAAATGCAAGACCTTGTCAACCCCT
AAACGGCCGGCGAGTTGAGATGTTCCACGAGCGCGTCACCGAAAAGGAAACCGGAAACAA
AAAGAAAAAACCCAATTAAACCGCAAAAGCATATCGATTTGTTCAAAACCTAATCAGCCC
CCAAAAAA*CTAGTTTTGTAAAATCGTAATGAAAAAATAATAATTGTATGTGGTACTATA
ATCTGTTGTTTGCTGTACTTGATCTTTGATTTCC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1C234JQ 640 0 0
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GATGGAAGCCTTGCTGTGGTAGCAAGCCTCTTCAAAATCGGCAGTGAAGAGCCTTTCCTC
TCTCAGATGAAGGATAAATTAATGAAGCTAAAGGATGAGAGGCTCAAAGGGAACCAAACA
GCACAAGTGGAAGTTGGAAAAATAAACACAAGACATATCGAACGTAAGACTCGAAAGTAC
TTCAGATACTATGGCTCACTCACCACTCCTCCTTGTTCCGAAAACGTATCTTGGACCATT
CTTGGCAAGGTGAGGTCAATGTCAAAGGAACAAGTAGAACTACTACGATCTCCATTGGAC
ATTTCTTACAAGAAAAATGCAAGACCTTGTCAACCCCTAAACGGCCGGCGAGTTGAGATG
TTCCACGAGCGCGTCACCGAAAAGGAAACCGGAAACAAAAAGAAAAAACCCAATTAAACC
GCAAAAGCATATCGATTTGTTCAAAACCTAATCAGCCCCCAAAAAAACTAGTTTTGTAAA
ATCGTAATGAAAAAATAATAATTGTATGTGGTACTATAATCTGTTGTTTGCTGTACTTGA
TCTTTGATTTCCAAATTTGATAATGTGGTGTTGAGAGCCC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 3

CO CL2294Contig1 886 3 7 U
CGGTGGCAGAAATAAAGAACAGTTTATTCAAATTTTTGCTCTCTTCTTAGTCCTTTTCTG
TTTCCAGTTATTTTGGAAACGTCCCCCACCATGTAGAAGTACAAACAGATTACAAATACA
AAAAGATTTCACTGTCTTAAATTTTTTTTTTTAAAAACAAACAAACAAAAGGTTTCAAAC
TTCAAGATATTTAGCCACCGTCTGAACATCTTTATCTCCTCTTCCGCTGAAGTTCAAGAC
CACTCTAGCTCCGTCTGGTAACGTGGGACACAGCTTCTCGAGGTGAGCTAGTGCGTGAGA
GGTCTCCAGTGCCGGGATGATTCCCTCTAACCGCGAAACTCTCTTGAACGCTTCCAACGC
TTCTTCATCGGTTACGCTAAAGTATTCAGCTCGTCCCATGTCTTTAAGGAAACTGTGCTC
CGGTCCAACTCCAGGGTAGTCCAATCCTGCACTGATGGAGTGAGGTTCAATGATTTGACC
ATCATCATCTTGCAGCAAGTAACTCATAGCACCATGTAGAACACCAACATCTCCCTTAGT
CAACGTAGCAGCGTGTTTACCACTATCCACTCCAAATCCCGCAGCTTCCACACCGATCAA
CCTGACCTCTGTATCATCCACAAACTCATGGAACAGTGATAAACCGGTGGTGGAGAATAG
TGTTTAACTGGAGGAGGAGGGGATCTGTATTCGTAGTGTTTCTTGGGCGGTGGTGGAGAA
TGGTAAACCGGAGGAGAATAATGCTTAACCGGAGGTGGAGGAGAGGAGTAGAAGTAGTTA
GCGGTTGATTGTGATACAAAGGTGAGAGAAATTGTTAAGACAAGCAAAGTTGCTACTAAA
GTGGCCATTGGAGACCCCATTGATTGTTTGTTGCTTTGGTTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE70JQ U 1
AF RR1EQ18JQ U 4
AF RR1EQ18TF C 222
BS 1 255 RR1DE70JQ
BS 256 256 RR1EQ18JQ
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BS 706 886 RR1EQ18TF

RD RR1DE70JQ 651 0 0
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TTTCCAGTTATTTTGGAAACGTCCCCCACCATGTAGAAGTACAAACAGATTACAAATACA
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CACTCTAGCTCCGTCCGGTAACGTGGGACACAGCTTCTCGAGGTGAGCTAGTGCGTGAGA
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CGGTCCAACTCCAGGGTAGTCCAATCCTGCACTGATGGAGTGAGGTTCAATGATTTGACC
ATCATCATCTTGCAGCAAGTAACTCATAGCACCATGTAGAACACCAACATCTCCCTTTGT
CAACGTAGCAGCGTGTTTACCACTATCCACTCCAAATCCCGCAGCTTCCACACCGATCAA
CCTGACCTCTGTATCATCCACAAACTCATGGAACAGT
CCCATCGCGTTCGA

QA 1 637 1 637
DS 

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GGCAG
GAAATAAAGAACAGTTTATTCAAATTTTTGCTCTCTTCTTAGTCCTTT*CTGTTTCCAGT
TATTTTGGAAACGTCCCCCACCATGTAGAAGTACAAACAGATTACAAATACAAAAAGATT
TCACTGTCTTAAATTTTTTTTTTTAAAAACAAACAAACAAAAGGTTTCAAACTTCAAGAT
ATTTAGCCACCGTCTGAACATCTTTATCTCCTCTTCCGCTGAAGTTCAAGACCACTCTAG
CTCCGTCTGGTAACGTGGGACACAGCTTCTCGAGGTGAGCTAGTGCGTGAGAGGTCTCCA
GTGCCGGGATGATTCCCTCTAACCGCGAAACTCTCTTGAACGCTTCCAACGCTTCTTCAT
CGGTTACGCTAAAGTATTCAGCTCGTCCCATGTCTTTAAGGAAACTGTGCTCCGGTCCAA
CTCCAGGGTAGTCCAATCCTGCACTGATGGAGTGAGGTTCAATGATTTGACCATCATCAT
CTTGCAGCAAGTAACTCATAGCACCATGTAGAACACCAACATCTCCCTTAGTCAACGTAG
CAGCGTGTTTACCACTATCCACTCCAAATCCCGCAGCTTCCACACCGATCAACCTGACCT
CTGTATCATCCACAAACTCATGGAACAGTGATAAACCGGTGGTGGAGAATAGTGTTTAAC
TGGAGGAGGAGGGGATCTGTATTCGTAGTGTTTCTTG

QA 6 702 6 702
DS 

RD RR1EQ18TF 665 0 0
TTCCGCTGAAGTTCAAGACCACTCTAGCTCCGTCTGGTAACGTGGGACACAGCTTCTCGA
GGTGAGCTAGTGCGTGAGAGGTCTCCAGTGCCGGGATGATTCCCTCTAACCGCGAAACTC
TCTTGAACGCTTCCAACGCTTCTTCATCGGTTACGCTAAAGTATTCAGCTCGTCCCATGT
CTTTAAGGAAACTGTGCTCCGGTCCAACTCCAGGGTAGTCCAATCCTGCACTGATGGAGT
GAGGTTCAATGATTTGACCATCATCATCTTGCAGCAAGTAACTCATAGCACCATGTAGAA
CACCAACATCTCCCTTAGTCAACGTAGCAGCGTGTTTACCACTATCCACTCCAAATCCCG
CAGCTTCCACACCGATCAACCTGACCTCTGTATCATCCACAAACTCATGGAACAGTGATA
AACCGGTGGTGGAGAATAGTGTTTAACTGGAGGAGGAGGGGATCTGTATTCGTAGTGTTT
CTTGGGCGGTGGTGGAGAATGGTAAACCGGAGGAGAATAATGCTTAACCGGAGGTGGAGG
AGAGGAGTAGAAGTAGTTAGCGGTTGATTGTGATACAAAGGTGAGAGAAATTGTTAAGAC
AAGCAAAGTTGCTACTAAAGTGGCCATTGGAGACCCCATTGATTGTTTGTTGCTTTGGTT
TATCC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 2 4

CO CL2295Contig1 616 2 3 U
GCATATACAAAGTTGGCATTTTGGGATGGGTGAAGTTCTGGTTGATGCCGTGGTTGGGCT
ATCACTTTTGGATGAGCACGTTCACGATGGTTCATCATACAGCTCCACACATTCCTTTCA
AGCCTGCGGATGAGTGGAATGCAGCTCAGGCACAGCTTAACGGAACTGTTCATTGTGATT
ATCCTAGTTGGATTGAGATTCTGTGCCATGATATTAATGTACACATCCCACATCACATTA
GCCCAAGAATACCGAGCTACAATCTCCGTGCGGCTCATGAGTCTATTCAAGAGAACTGGG
GAAAGTACACAAACTTGGCTACATGGAACTGGCGCTTGATGAAGACAATAATGACTGTGT
GCCATGTCTATGACAAAGAGGAGAACTACATTCCTTTTGACCGATTAGCCCCAGAGGAGT
CGCAGCCGATAACATTCCTCAAGAAAGCAATGCCTGACTACGCAGCTTGATGGCCTATGC
CTTGGTCTTTTAAAAAATCTCAATATCTTTTTGCAGTGGCCAAATGTTATATGTAAGATT
CTCCAACGTTTCACCAACGCTTTATACTGTATCTTATTCCGAAACTTATCAGCAGAGAGT
AAACTAATTGCAAGCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AV62JQ C 1
AF RR1AV62TF U 1
BS 1 1 RR1AV62JQ
BS 2 614 RR1AV62TF
BS 615 616 RR1AV62JQ

RD RR1AV62JQ 616 0 0
GCATATACAAAGTTGGCATTTTGGGATGGGTGAAGTTCTGGTTGATGCCGTGGTTGGGCT
ATCACTTTTGGATGAGCACGTTCACGATGGTTCATCATACAGCTCCACACATTCCTTTCA
AGCCTGCGGATGAGTGGAATGCAGCTCAGGCACAGCTTAACGGAACTGTTCATTGTGATT
ATCCTAGTTGGATTGAGATTCTGTGCCATGATATTAATGTACACATCCCACATCACATTA
GCCCAAGAATACCGAGCTACAATCTCCGTGCGGCTCATGAGTCTATTCAAGAGAACTGGG
GAAAGTACACAAACTTGGCTACATGGAACTGGCGCTTGATGAAGACAATAATGACTGTGT
GCCATGTCTATGACAAAGAGGAGAACTACATTCCTTTTGACCGATTAGCCCCAGAGGAGT
CGCAGCCGATAACATTCCTCAAGAAAGCAATGCCTGACTACGCAGCTTGATGGCCTATGC
CTTGGTCTTTTAAAAAATCTCAATATCTTTTTGCAGTGGCCAAATGTTATATGTAAGATT
CTCCAACGTTTCACCAACGCTTTATACTGTATCTTATTCCGAAACTTATCAGCAGAGAGT
AAACTAATTGCAAGCC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1AV62TF 616 0 0
G
CATATACAAAGTTGGCATTTTGGGATGGGTGAAGTTCTGGTTGATGCCGTGGTTGGGCTA
TCACTTTTGGATGAGCACGTTCACGATGGTTCATCATACAGCTCCACACATTCCTTTCAA
GCCTGCGGATGAGTGGAATGCAGCTCAGGCACAGCTTAACGGAACTGTTCATTGTGATTA
TCCTAGTTGGATTGAGATTCTGTGCCATGATATTAATGTACACATCCCACATCACATTAG
CCCAAGAATACCGAGCTACAATCTCCGTGCGGCTCATGAGTCTATTCAAGAGAACTGGGG
AAAGTACACAAACTTGGCTACATGGAACTGGCGCTTGATGAAGACAATAATGACTGTGTG
CCATGTCTATGACAAAGAGGAGAACTACATTCCTTTTGACCGATTAGCCCCAGAGGAGTC
GCAGCCGATAACATTCCTCAAGAAAGCAATGCCTGACTACGCAGCTTGATGGCCTATGCC
TTGGTCTTTTAAAAAATCTCAATATCTTTTTGCAGTGGCCAAATGTTATATGTAAGATTC
TCCAACGTTTCACCAACGCTTTATACTGTATCTTATTCCGAAACTTATCAGCAGAGAGTA
AACTAATTGCAAG
CC

QA 2 614 2 614
DS 



CO CL2295Contig2 712 2 7 U
GCCATCAAAGATAACTGACTTCTTCCAGCTAAGAAACTGATAAAGGACTTGCAATTAGTT
TACTCTCTGCTGATAAGTTTCGGAATAAGATACAGTATAAAGCGTTGGTGAAACGTTGGA
AAATCATCTTACATATAACATTGGCCACTGCAAAAAGATATTGAAATTTTCAAAAGACCA
ATGCATAGGCCATCAAGCTGCGTAGTCAGGCATTGCTTTCTTGAGGAATGTTATCGGCCG
CGACTCCTCTGGGGCTAATCGGTCAAAAGGAATGTAGTTCTCCTCTTTGTCATAGACATG
GCACACAGTCATTATTGTCTTCATCAAGCGCCAGTTCCATGTAGCCAAGTTTGTGTACTT
TCCCCAGTTCTCTTGAATAGACTCATGAGCCGCACGAAGATTGTAGCTCGGTATCCTTGG
GCTAATGTGATGTGGGATGCGTACATTGATATCATGGCATAGAATCTCAATCCAACTAGG
ATAATCACAATGAACAGTTCCGTTAAGCTGTGCCTGAGCCGCGTTCCACTCATCCGCAGA
CTTGAAAGGAATGTGTGGAGCTGTATGATGAACCATCGTGAACGTGCTCATCCAAAAGTG
ATAGCCCAACCACGGCATCAACCAGAACTTCACCCATCCCAAAATGCCAACTTTGTATAT
GATCAGTGGCCACCCAACGGCCATGAAGGCGAAAACACAAGCCAAACTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ72JQ U 30
AF RR1D466JQ U 1
BS 1 46 RR1D466JQ
BS 47 47 RR1GJ72JQ
BS 48 120 RR1D466JQ
BS 121 121 RR1GJ72JQ
BS 122 164 RR1D466JQ
BS 165 165 RR1GJ72JQ
BS 166 712 RR1D466JQ

RD RR1GJ72JQ 161 0 0
TAAA
AAACTGATAAAGGACTTGCAATTAGTTTACTCTCTGCTGATAAGTTTCGGAATAAGATAC
AGTATAAAGCGTTGGTGAAACGTTGGAAAATCATCTTACATATAACATTGGCCACTGCAA
AAAGATATTGAAATTTTCAAAAGACCAATGCATAGGC

QA 5 161 5 161
DS 

RD RR1D466JQ 712 0 0
GCCATCAAAGATAACTGACTTCTTCCAGCTAAGAAACTGATAAAGGGCTTGCAATTAGTT
TACTCTCTGCTGATAAGTTTCGGAATAAGATACAGTATAAAGCGTTGGTGAAACGTTGGA
GAATCATCTTACATATAACATTGGCCACTGCAAAAAGATATTGAGATTTTCAAAAGACCA
ATGCATAGGCCATCAAGCTGCGTAGTCAGGCATTGCTTTCTTGAGGAATGTTATCGGCCG
CGACTCCTCTGGGGCTAATCGGTCAAAAGGAATGTAGTTCTCCTCTTTGTCATAGACATG
GCACACAGTCATTATTGTCTTCATCAAGCGCCAGTTCCATGTAGCCAAGTTTGTGTACTT
TCCCCAGTTCTCTTGAATAGACTCATGAGCCGCACGAAGATTGTAGCTCGGTATCCTTGG
GCTAATGTGATGTGGGATGCGTACATTGATATCATGGCATAGAATCTCAATCCAACTAGG
ATAATCACAATGAACAGTTCCGTTAAGCTGTGCCTGAGCCGCGTTCCACTCATCCGCAGA
CTTGAAAGGAATGTGTGGAGCTGTATGATGAACCATCGTGAACGTGCTCATCCAAAAGTG
ATAGCCCAACCACGGCATCAACCAGAACTTCACCCATCCCAAAATGCCAACTTTGTATAT
GATCAGTGGCCACCCAACGGCCATGAAGGCGAAAACACAAGCCAAACTTATC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 4

CO CL2296Contig1 878 4 12 U
GAATCACTCGGTGAATCCAAAGATCACCGATCGGAGACTCTCCTGTCATCTATCAGGTGG
TTATCATCGTCGCTTAAAGGTCAGACCTTTACCTCGCCGCAAGAAAAGATGCTCGGTTGA
CGACGAACCTCCACCGATCTTTACCCTTTTTAGCTCAACAATATAGAGTGAAAGAGAAAG
GATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGAGGGACTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCC
ACCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAACATCATGCTCTGGAATGCTGTTAT
TTTCGGGCCTGATGATACCCCCTGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTTTC
AGAAGATTATCCAAACAAACCACCTACTGTCCAGTTTGTTTCACGGATGTTCCATCCTAA
CATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTCCAAAACCAGTGGAGTCCTATATA
TGATGTCGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTGCTCTGTGATCCTAATCCGAATTC
TCCTGCCAACTCGGAAGCTGCGCGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGAGAGTACAACAGAAG
AGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAAGTAAATAGTCTTTTCTTTGT
AGCATTTTTGTCTTCAAAAAAAACAATTGAACCTCTTCTCTTGTGTTTGATTCCACCAAC
ACCGTCTCCCTCTCCCCTTTTTATGTTTATGTCTTTGTGTGTGTGTGTGTTTCAGACTCT
GTGATTTGTTTGTTCCTTGCAATGTTTCTATGTGTTTCCATGTATTATCTTAACCAAATT
CGTCTTCATAATTGTTATATGTATTTCACTTCGATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1CQ48TF U 1
AF RR1EX53TF U 24
AF RR1EX53JQ C 150
AF RR1CQ48JQ C 153
BS 1 682 RR1CQ48TF
BS 683 683 RR1EX53JQ
BS 684 741 RR1CQ48TF
BS 742 742 RR1EX53JQ
BS 743 758 RR1CQ48TF
BS 759 793 RR1EX53TF
BS 794 794 RR1EX53JQ
BS 795 801 RR1EX53TF
BS 802 802 RR1EX53JQ
BS 803 830 RR1EX53TF
BS 831 876 RR1EX53JQ
BS 877 878 RR1CQ48JQ

RD RR1CQ48TF 758 0 0
GAATCACTCGGTGAATCCAAAGATCACCGATCGGAGACTCTCCTGTCATCTATCAGGTGG
TTATCATCGTCGCTTAAAGGTCAGACCTTTACCTCGCCGCAAGAAAAGATGCTCGGTTGA
CGACGAACCTCCACCGATCTTTACCCTTTTTAGCTCAACAATATAGAGTGAAAGAGAAAG
GATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGAGGGACTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCC
ACCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAACATCATGCTCTGGAATGCTGTTAT
TTTCGGGCCTGATGATACCCCCTGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTTTC
AGAAGATTATCCAAACAAACCACCTACTGTCCAGTTTGTTTCACGGATGTTCCATCCTAA
CATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTCCAAAACCAGTGGAGTCCTATATA
TGATGTCGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTGCTCTGTGATCCTAATCCGAATTC
TCCTGCCAACTCGGAAGCTGCGCGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGAGAGTACAACAGAAG
AGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAAGTAAATAGTCTTTTCTTTGT
AGCATTTTTGTCTTCAAAAAAA*CAATTGAACCTCTTCTCTTGTGTTTGATTCCACCAAC
ACCGTCTCCCTCTCCCCTTTT*ATGTTTATGTCTTTGT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1EX53TF 807 0 0
GG
ACCGATCGGAGACTCTCCTGTCATCTATCAGGTGGTTATCATCGTCGCTTAAAGGTCAGA
CCTTTACCTCGCCGCGAGAAAAGATGCTCGGTTGACGACGAACCTCCACCGATCTTTACC
CTTTTTAGCTCAACAATATAGAGTGAAAGAGAAAGGATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGA
TTGATGAGGGACTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCT
CAAGACAACAACATCATGCTCTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGATACCCCCTGG
GATGGGGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTTTCAGAAGATTATCCGAACAAACCACCT
ACTGTCCGGTTTGTTTCACGGATGTTCCATCCTAACATATATGCTGATGGGAGTATATGC
TTGGACATTCTCCAAAACCAGTGGAGTCCTATATATGATGTCGCTGCTATACTTACCTCC
ATCCAGTCATTGCTCTGTGATCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAACTCGGAAGCTGCGCGA
ATGTTCAGCGAAAGCAAACGAGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGC
TGGACTGCTGACTAAGTAAATAGTCTTTTCTTTGTAGCATTTTTGTCTTCAAAAAAA*CA
ATTGAACCTCTTCTCTTGTGTTTGATTCCACCAACACCGTCTCCCTCTCCC*TTTT*ATG
TTTATGTCTTTGTGTGTGTGTGTGTTTCAGACTCTGTGATTTGTTTGT*CCTTGCA*TGT
TTCTATGTGTTTCCATGTATTATCT

QA 3 807 3 807
DS 

RD RR1EX53JQ 727 0 0
TTA
GCTCAACAATATAGAGTGAAAGAGAAAGGATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGA
GGGACTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACA
ACAACATCATGCTCTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGATACCCCCTGGGATGGGG
GTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTTTCAGAAGATTATCCGAACAAACCACCTACTGTCC
GGTTTGTTTCACGGATGTTCCATCCTAACATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACA
TTCTCCAAAACCAGTGGAGTCCTATATATGATGTCGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGT
CATTGCTCTGTGATCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAACTCGGAAGCTGCGCGAATGTTCA
GCGAAAGCAAACGAGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTG
CTGACTAAGTAAATAGTCTTTTCTTTGTAGCATTTTTGTCTTCAAAAAAAACAATTGAAC
CTCTTCTCTTGTGTTTGATTCCACCAACACCGTCTCCCTCTCCCCTTTTTATGTTTATGT
CTTTGTGTGTGTGTGTGTTTCAGACTCTGTGATTTGTTTGTTCCTTGCAATGTTTCTATG
TGTTTCCATGTATTATCTTAACCAAATTCGTCTTCATAATTGTTATATGTATTTCACTTC
GATC

QA 4 727 4 727
DS 

RD RR1CQ48JQ 726 0 0
GCTCAACAATATAGAGTGAAAGAGAAAGGATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGA
GGGACTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACA
ACAACATCATGTTCTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGATACCCCCTGGGATGGAG
GTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTTTCAGAAGATTATCCAAACAAACCACCTACTGTCC
AGTTTGTTTCACGGATGTTCCATCCTAACATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACA
TTCTCCAAAACCAGTGGAGTCCTATATATGATGTCGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGT
CATTGCTCTGTGATCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAACTCGGAAGCTGCGCGAATGTTCA
GCGAAAGCAAACGAGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTG
CTGACTAAGTAAATAGTCTTTTCTTTGTAGCATTTTTGTCTTCAAAAAAAACAATTGAAC
CTCTTCTCTTGTGTTTGATTCCACCAACACCGTCTCCCTCTCCCCTTTTTATGTTTATGT
CTTTGTGTGTGTGTGT**TTCAGACTCTGTGATTTGTTTGTTCCTTGCAATGTTTCTATG
TGTTTCCATGTATTATCTTAACCAAATTCGTCTTCATAATTGTTATATGTATTTCACTTC
GATCAC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 4

CO CL2297Contig1 664 4 11 U
GGGACGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTTTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAACGACGATGG
CGACCACTTTCAGCTCTTCGGTGTCCATGCAAGCTACCTCTCTGGCAACAACAACAACGA
GGAATATTAGTTTCCATAAGCCTGCTTTGGTTTCAAACCATGGAAGGACTAATCTCTCCT
TCAAGCTAAGCCGCACTCGCCTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACAAGAGACAGTAGAGA
AAGTATCTGAGATAGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCAG
AAACCAAATTTGTCGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATAGGTT
TAGAGGAAGAGTTTGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACAGTTG
AGCAAGCTGCTGAACTCATCGAAGAGCTCATGCAAGCCAAGAAGTGACTTTAAGCTTTAG
TTTACCCTCAAAATAAAAAACAGAGCAAGGCTTTGAGTTTATTGTTTTCATTATGTTTTT
AATGTGTCAAGTGAGTCTTGTATTTGTCCTAATGGTTTAGTAGTATCTGTATCCACGAGT
TTCTATCTGTCTCCTGAATCTTATGGTGCCCGAAAAAATTTCAGAATGAAAATAATTTTC
AATT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1FE79TF U 1
AF RR1DI24TF U 2
AF RR1AV28TF U 11
AF RR1AV28JQ C 11
BS 1 209 RR1FE79TF
BS 210 210 RR1DI24TF
BS 211 254 RR1FE79TF
BS 255 255 RR1DI24TF
BS 256 355 RR1FE79TF
BS 356 356 RR1AV28TF
BS 357 474 RR1FE79TF
BS 475 475 RR1AV28TF
BS 476 629 RR1FE79TF
BS 630 632 RR1DI24TF
BS 633 664 RR1AV28JQ

RD RR1FE79TF 637 0 0
GGGACGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTTTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAACGACGATGG
CGACCACTTTCAGCTCTTCGGTGTCCATGCAAGCTACCTCTCTGGCAACAACAACAACGA
GGAATATTAGTTTCCATAAGCCTGCTTTGGTTTCAAACCATGGAAGGACTAATCTCTCCT
TCAAGCTAAGCCGCACTCGCCTCTCAATCCCTTGCGCGGCCAAACAAGAGACAGTAGAGA
AAGTATCTGAGATAATCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCAG
AAACCAAATTTGTCGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTT
TAGAGGAAGAGTTTGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACAGTTG
AGCAAGCTGCTGAACTCATCGAAGAGCTCATGCAAGCCAAGAAGTGACTTTAAGTTTTAG
TTTACCCTCAAAATAAAAAACAGAGCAAGGCTTTGAGTTTATTGTTTTCATTATGTTTTT
AATGTGTCAAGTGAGTCTTGTATTTGTCCTAATGGTTTAGTAGTATCTGTATCCACGAGT
TTCTATCTGTCTCCTGAATCTTATGGTGC
ACGAAAAA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1DI24TF 637 0 0
GGACGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTTTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAACGACGATGGC
GACCACTTTCAGCTCTTCGGTGTCCATGCAAGCTACCTCTCTGGCAACAACAACAACGAG
GAATATTAGTTTCCATAAGCCTGCTTTGGTTTCAAACCATGGAAGGACTAATCTCTCCTT
CAAGCTAAGCCGCACTCGCCTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACAAGAGACAGTAGAGAA
AGTATCTGAGATAGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCAGA
AACCAAATTTGTCGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTT
AGAGGAAGAGTTTGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACAGTTGA
GCAAGCTGCTGAACTCATCGAAGAGCTCATGCAAGCCAAGAAGTGACTTTAAGTTTTAGT
TTACCCTCAAAATAAAAAACAGAGCAAGGCTTTGAGTTTATTGTTTTCATTATGTTTTTA
ATGTGTCAAGTGAGTCTTGTATTTGTCCTAATGGTTTAGTAGTATCTGTATCCACGTGTT
TCTATCTGTCTCCTGGATCTTATGGTGCCCG
AAAAAA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1AV28TF 622 0 0
GG
GTACACTCCGCCATCTTTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAACGACGATGGCGACCACTTTCA
GCTCTTCGGTGTCCATGCAAGCTACCTCTCTGGCAACAACAACAACGAGGAATATTAGTT
TCCATAAGCCTGCTTTGGTTTCAAACCATGGAAGGACTAATCTCTCCTTCAAGCTAAGCC
GCACTCGCCTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACAAGAGACAGTAGAGAAAGTATCTGAGA
TAGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCAGAAACCAAATTTG
TCGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATAGGTTTAGAGGAAGAGT
TTGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACAGTTGAGCAAGCTGCTG
AACTCATCGAAGAGCTCATGCAAGCCAAGAAGTGACTTTAAGCTTTAGTTTACCCTCAAA
ATAAAAAACAGAGCAAGGCTTTGAGTTTATTGTTTTCATTATGTTTTTAATGTGTCAAGT
GAGTCTTGTATTTGTCCTAATGGTTTAGTAGTATCTGTATCCACGAGTTTCTATCTGTCT
CCTGAATCTTATGGTGC
CCG

QA 3 619 3 619
DS 

RD RR1AV28JQ 654 0 0
GG
GTACACTCCGCCATCTTTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAACGACGATGGCGACCACTTTCA
GCTTTTCGGTGTCCATGCAAGCTACCTCTCTGGCAACAACAACAACGAGGAATATTAGTT
TCCATAAGCCTGCTTTGGTTTCAAACCATGGAAGGACTAATCTCTCCTTCAAGCTAAGCC
GCACTCGCCTCTCAATTTCTTGCGCGGCCAAACAAGAGACAGTAGAGAAAGTATTTGAGA
TAGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCAGAAACCAAATTTG
TCGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATAGGTTTAGAGGAAGAGT
TTGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACAGTTGAGCAAGCTGCTG
AACTCATCGAAGAGCTCATGCAAGCCAAGAAGTGACTTTAAGCTTTAGTTTACCCTCAAA
ATAAAAAACAGAGCAAGGCTTTGAGTTTATTGTTTTCATTATGTTTTTAATGTGTCAAGT
GAGTCTTGTATTTGTCCTAATGGTTTAGTAGTATCTGTATCCACGAGTTTCTATCTGTCT
CCTGAATCTTATGGTGCCCGAAAAAATTTCAGAATGAAAATAATTTTCAATT

QA 3 654 3 654
DS 



AS 1 2

CO CL2298Contig1 1030 2 6 U
GACTTCACTGAAAAATAGGAAATTTAGAGGGAATCAATCGCAAATTCGCAAAGTGGTTTT
CAAATTTGGTATCCAAACAAACAAAACAAACAATAAAAGTGTGTCTGGTACGAGTTCTGA
GCTATCACTCAGAATTATCACATAACCTTCTAGGAAGTTTCTTTCTACCTTCATAAAACC
AGTTCCTAGTCTTCAGCATTACTCTGCTGCACCTTCTGGCTTTGATGTCTCCTTTATCTC
ATCTCCTGCTTCGTCTGTCATGTCTGAAGTCCAGAAAGTGAGATTGTCTCTGAAAAGCTG
CATGATCAGCGTACTGTCCTTGTATGATTCCTCACCCAACGTATCCAACTCAGCAATTGC
TTCATCAAAAGCCTGCTTGGCGAGGCTGCAGGCACGGTCAGGCGAGTTAAGTATCTCATA
GTAAAACACAGAGAAGTTGAGCGCAAGACCAAGCCTGATGGGGTGAGTGGGAGCCAACTC
AGCAGTGGCAATGTCCTGAGCAGACTTGTAAGAAACCAAAGTGCTTTCAGCAGCATCCTT
CCTCTCGTCGCCAGCCTTGAACTCAGCAAGGTACCTGTGATAATCTCCCTTCATCTTGAG
GTAAAACACTTTAGACTCAGGAGGCGAAGCAGACGGGATGAGATGAGCTTCGAGGACATT
CAAAATCCCGTCGCAGATTTTGCTAAGCTCGGCTTCGATCTTCCCCCTGTAGTCCTTGAT
GATAGCGACGTGATCCTCGTTCCCTTTGCTCTCTTCCTTCTGCTCGATGGAAGAGATGAT
CCTCCACGACGCCCTCCTGGCTCCGATCACGTTCTTGTAAGCGACCGAGAGAAGGTTCCT
CTCTTCGACGGTGAGTTCTTCGTTGTCAACGGATTTGGCTACTTTCTCCATGAACTCCAC
CATTTCTTCGTAACGCTCCGCCTGCTCCGCTAGTTTCGCCATGTACACATTCTCTTCCCG
TGATGATGATGTCATCTTTTGAATCCTTTGTTCTTCGTCTAAAGATCTGAGTGGTGGTTT
GAAATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR54JQ U 1
AF RR1DR38TF C 369
BS 1 441 RR1GR54JQ
BS 442 442 RR1DR38TF
BS 443 537 RR1GR54JQ
BS 538 538 RR1DR38TF
BS 539 628 RR1GR54JQ
BS 629 1030 RR1DR38TF

RD RR1GR54JQ 628 0 0
GACTTCACTGAAAAATAGGAAATTTAGAGGGAATCAATCGCAAATTCGCAAAGTGGTTTT
CAAATTTGGTATCCAAACAAACAAAACAAACAATAAAAGTGTGTCTGGTACGAGTTCTGA
GCTATCACTCAGAATTATCACATAACCTTCTAGGAAGTTTCTTTCTACCTTCATAAAACC
AGTTCCTAGTCTTCAGCATTACTCTGCTGCACCTTCTGGCTTTGATGTCTCCTTTATCTC
ATCTCCTGCTTCGTCTGTCATGTCTGAAGTCCAGAAAGTGAGATTGTCTCTGAAAAGCTG
CATGATCAGCGTACTGTCCTTGTATGATTCCTCACCCAACGTATCCAACTCAGCAATTGC
TTCATCAAAAGCCTGCTTGGCGAGGCTGCAGGCACGGTCAGGCGAGTTAAGTATCTCATA
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CCTCTCGTCGCCAGCCTTGAACTCAGCAAGGTACCTGTGATAATCTCCCTTCATCTTGAG
GTAAAACACTTTAGACTCAGGAGGCGAA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1DR38TF 662 0 0
AAACG
TGCTTGGCGAGGCTGCAGGCACGGTCAGGGGAGTTAAGTATCTCATAGTAAAACACAGAG
AAGTTGAGCGCAAGACCAAGCCTGATGGGGTGAGTGGGAGCCAACTCAGCAGTGGCAATG
TCCTGAGCAGACTTGTAAGAAACCAAAGTGCTTTCAGCAGCATCCTTCCTCTCGTCGCCA
GCCTTGAACTCAGCAAGGTACCTGTGATAATCTCCCTTCATCTTGAGGTAAAACACTTTA
GACTCTGGAGGCGAAGCAGACGGGATGAGATGAGCTTCGAGGACATTCAAAATCCCGTCG
CAGATTTTGCTAAGCTCGGCTTCGATCTTCCCCCTGTAGTCCTTGATGATAGCGACGTGA
TCCTCGTTCCCTTTGCTCTCTTCCTTCTGCTCGATGGAAGAGATGATCCTCCACGACGCC
CTCCTGGCTCCGATCACGTTCTTGTAAGCGACCGAGAGAAGGTTCCTCTCTTCGACGGTG
AGTTCTTCGTTGTCAACGGATTTGGCTACTTTCTCCATGAACTCCACCATTTCTTCGTAA
CGCTCCGCCTGCTCCGCTAGTTTCGCCATGTACACATTCTCTTCCCGTGATGATGATGTC
ATCTTTTGAATCCTTTGTTCTTCGTCTAAAGATCTGAGTGGTGGTTTGAAATTTTCC

QA 6 662 6 662
DS 



AS 1 4

CO CL2299Contig1 1040 4 6 U
GGACAGAGAAAGAGAGAAGGGGAGAAAGAGAGGGCGAGTTTCAGCGGTTGTGAACAGAGT
AAGAGACACGTGGTTAGAGAGAGACAATGGTTGGACTGTCGAGGCCTCAGATCGTTCTTT
TTGGATCATCCATCGTCCAGATGAGCTTTGGTCATGGTGGTTGGGGCGCCATTCTCTCCG
AGGTCTATGCTCGCAAGGCCGACATCATTCTTCGAGGATATTATGGATGGAACTCAACTC
GTGCTTTGGAAGTTATTGACAAAGTGTTCCCCAAGGATGCCTTGGTACAACCTTCTCTGG
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ACGTCCCACTACCTGAATACGTCCAAAACATGAAGAAGATCGCTCTTCATCTTCAGAGCC
TTTCAGACTCAACTCGTATCATATTCCTTAGTTGTCCTCCAGTGTACGAAGCCAAAGTTC
GTCAAAACCAGAGCCCATACTTGAGCGAGGTAATCCGCACAAACGAGCTATGCAAGACGT
ATTCAGACGCTTGTGTAGAGCTGTGCAAAGAGTTAGGCCTACAAGTAGTTGATCTCTACT
CTGCTTTTCAGAAAGCAGATGACTGGGAAACCGTTTGCTTCACAGATGGGATTCATTTGT
CAGCACAAGGAAGCAAACTCGTGGCAGCAGAGATACTGAGAGTGGTTAAAGAAGCGGAGT
GGAGACCTTCGCTTCACTGGAAGTCGATGCCAACTGAATTCTCAGAGGACTCACCTTATG
ATCTTGTTGCAGCAGATGGAAAAACGACGTTGAACGCTTCCGAGTGGACTTACTTTTGGG
GAGAACAATGGGAGTAAAACATTACACCACACACAACAATAACAAGACCTTTATATGATA
TATACTGTTGGCTTGTTTAGACTGTTTTACGAGTTTTCTCTACTGAAACGTTATTATTTT
ACAAGTAATAAGTGTGTTTTTTCGTCGTGCTCGAGTAGTTTCTTGAATCTTATCTTTCAT
TATTGAACCTTAGTTTCTCC


BQ
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AF RR1FH75TF U 1
AF RR1AK09TF U 1
AF RR1FH75JQ C 410
AF RR1AK09JQ C 603
BS 1 784 RR1AK09TF
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BS 815 840 RR1AK09TF
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RD RR1FH75TF 665 0 0
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AAGAGACACGTGGTTAGAGAGAGACAATGGTTGGACTGTCGAGGCCTCAGATCGTTCTTT
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AGGTCTATGCTCGCAAGGCCGACATCATTCTTCGAGGATATTATGGATGGAACTCAACTC
GTGCTTTGGAAGTTATTGACAAAGTGTTCCCCAAGGATGCCTTGGTACAACCTTCTCTGG
TAGTTGTCTATTTTGGAGGAAACGACTCAATGGGACCTCACCCTTCTGGTCTAGGACCTC
ACGTCCCACTACCTGAATACGTCCAAAACATGAAGAAGATCGCTCTTCATCTTCAGAGCC
TTTCAGACTCAACTCGTATCATATTCCTTAGTTGTCCTCCAGTGTACGAAGCCAAAGTTC
GTCAAAACCAGAGCCCATACTTGAGCGAGGTAATCCGCACAAACGAGCTATGCAAGACGT
ATTCAGACGCTTGTGTAGAGCTGTGCAAAGAGTTAGGCCTACAAGTAGTTGATCTCTACT
CTGCTTTTCAGAAAGCAGATGACTGGGAAACCGTTTGCTTCACAGATGGGATTCATTTGT
CAGCA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1AK09TF 840 0 0
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AAGAGACACGTGGTTAGAGAGAGACAATGGTTGGACTGTCGAGGCCTCAGATCGTTCTTT
TTGGATCATCCATCGTCCAGATGAGCTTTGGTCATGGTGGTTGGGGCGCCATTCTCTCCG
AGGTCTATGCTCGCAAGGCCGACATCATTCTTCGAGGATATTATGGATGGAACTCAACTC
GTGCTTTGGAAGTTATTGACAAAGTGTTCCCCAAGGATGCCTTGGTACAACCTTCTCTGG
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ACGTCCCACTACCTGAATACGTCCAAAACATGAAGAAGATCGCTCTTCATCTTCAGAGCC
TTTCAGACTCAACTCGTATCATATTCCTTAGTTGTCCTCCAGTGTACGAAGCCAAAGTTC
GTCAAAACCAGAGCCCATACTTGAGCGAGGTAATCCGCACAAACGAGCTATGCAAGACGT
ATTCAGACGCTTGTGTAGAGCTGTGCAAAGAGTTAGGCCTACAAGTAGTTGATCTCTACT
CTGCTTTTCAGAAAGCAGATGACTGGGAAACCGTTTGCTTCACAGATGGGATTCATTTGT
CAGCACAAGGAAGCAAACTCGTGGCAGCAGAGATACTGAGAGTGGTTAAAGAAGCGGAGT
GGAGACCTTCGCTTCACTGGAAGTCGATGCCAACTGAATTCTCAGAGGACTCACCTTATG
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AGCCAAAGTTCGTCAAAACCAGAGCCCATACTTGAGCGAGGTAATCCGCACAAACGAGCT
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TGATCTTTACTCTGCTTTTCAGAAAGCAGATGACTGGGAAACCGTTTGCTTCACAGATGG
GATTCATTTGTCAGCACAAGGAAGCAAACTCGTGGCAGCAGAGATACTGAGAGTGGTTAA
AGAAGCGGAGTGGAGACCTTCGCTTCACTGGAAGTCGATGCCAACTGAATTCTCAGAGGA
CTCACCTTATGATCTTGTTGCAGCAGATGGAAAAACGACGTTGAACGCTTCCGAGTGGAC
TTACTTTTGGGGAGAACAATGGGAGTAAAACATTACACCACACACAACAATAACAAGACC
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GTTATTATTTTACAAGTAATAAGTGTGTTTTTTCGTCGTGCTCGAGTAGTTTCTTGAATC
TTATCTTTCATTATTGAACCTTAGTTTCTCC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1AK09JQ 438 0 0
GCTTTTCAGAAAGCAGATGACTGGGAAACCGTTTGCTTCACAGATGGGATTCATTTGTCA
GCACAAGGAAGCAAACTCGTGGCAGCAGAGATACTGAGAGTGGTTAAAGAAGCGGAGTGG
AGACCTTCGCTTCACTGGAAGTCGATGCCAACTGAATTTTCAGAGGACTCACCTTATGAT
CTTGTTGCAGCAGATGGAAAAACGACGTTGAACGCTTCCGAGTGGACTTACTTTTGGGGA
GAACAATGGGAGTAAAACATTACACCACACACAACAATAACAAGACCTTTATATGATATA
TACTGTTGGCTTGTTTAGACTGTTTTACGAGTTTTCTCTACTGAAACGTTATTATTTTAC
AAGTAATAAGTGTGTTTTTTCGTCGTGCTCGAGTAGTTTCTTGAATCTTATCTTTCATTA
TTGAACCTTAGTTTCTCC

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 3

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AGGAATCAAATGGCTCAATCTTTATTAAAATCTCTATGTTGTGATAAGATTCAAGAAACA
GAGAAAAGAGAAGCTGAACAGGTACACTTGTGGAGGGGCTGGTTTTACTTGCGGAGTAAA
CGGCGAGCTCGTCGGTTAGATTGTTTCACTCTGAAGTTAAGCTCGTCGACATCGTCTTGA
AGATGATCAAGTCCATTGTTTTGCCTTTCGATTTCAGTTCCCATATCAACAGCCATGTTC
TTTAGTTCACCGAGTAGATCACTCAAATCTGCAAGTCCATCGTCCTGCTTTGCTTTCTCC
ATCTCTATTTTCTGATAAGCATCAGCGGATTCAGGGAGAGGTTCACGGGTTCTTCTTGAA
TGTGGTTTGGGTAGATGGTTCAGTCCCAGCTTTTCTCTAGTCTCTAAGTTGTTAACTCTT
CTCTTAGGGGATTCACCTCTAGTTATGACAGGACCGGTAATGGAGCGAGTCTTTTTAGGC
TTCCAAGTCCTTGAGAAAATGCCTCCGAGGCTACCAAGAAGCTTCTCACCCCGACTGAGA
TCACGATCGATGTCAACAGCCTTGTGGTGAGTCCTCGTGATCTTCTCGCCTTGCTCATTC
AACATGACCAAAGTTCTGGTAGCGTCTGATCTCATCCCTTGCGCTACTTTCAAACACCCT
TGCACCGTCTTGGTTGTCTCCTCAGACTTGTACACAGCATAGCTCTCGAGCTGTTCAACC
AACTGGTTCTCAACACCACCCGAGTCACGGAAATGATTCTTGAAAGAGGGGTTCGAACTC
GATGGTGAAGTGAATCTTTTCTCAACCTCCTCCTCCTCGCCATCATCGTCGTCAAAAGGG
TTGAAGCTGTGACTCTTCTTCTTAGTAGGTAGAGAAGAAGGCTGAGGGGAGATCTTGTTA
GATGGCTTCAAGGTGTGTTTGATATCATCATCAAACTCGTCGTCTGAATCAAAAGGATTG
GAAGCAGAAGGAGAAGGCTTATTATGCTTGGGGAGTCGTGTTTCCAGGGGCTTCTTCAAA
CCAAACATTTTGTAATCCAAACCTGGATGAGCGAGCGGATAGAGAGAACGAAGAAGGTTC
GATAACGGAGAAGAAGGAGGAGGATTTTAGGCGGATCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ62JQ U 1
AF RR1DQ05JQ U 4
AF RR1FJ62TF C 433
BS 1 132 RR1FJ62JQ
BS 133 133 RR1DQ05JQ
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BS 765 772 RR1DQ05JQ
BS 773 1118 RR1FJ62TF

RD RR1FJ62JQ 764 0 0
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TGCACCGTCTTGGTTGTCTCCTCAGACTTGTACACAGCATAGCTCTCGAGCTGTTCAACC
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QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1DQ05JQ 769 0 0
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CGAGCTCGTCGGTTAGATTGTTTCACTCTGAAGTTAAGCTCGTCGACATCGTCTTGAAGA
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TCTATTTTCTGATAAGCATCAGCGGATTCAGGGAGAGGTTCACGGGTTCTTCTTGAATGT
GGTTTGGGTAGATGGTTCAGTCCCAGCTTTTCTCTAGTCTCTAAGTTGTTAACTCTTCTC
TTAGGGGATTCACCTCTAGTTATGACAGGACCGGTAATGGAGCGAGTCTTTTTAGGCTTC
TAAGTCCTTGAGAAAATGCCTCCGAGGCTACCAAGAAGCTTCTCACCCCGACTGAGATCA
CGATCGATGTCAACAGCCTTGTGGTGAGTCCTCGTGATCTTCTCGCCTTGCTCATTCAAC
ATGACCAAAGTTCTGGTAGCGTCTGATCTCATCCCTTGCGCTACTTTCAAACACCCTTGC
ACCGTCTTGGTTGTCTCCTCAGACTTGTACACAGCATAGCTCTCGAGCTGTTCAACCGAC
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QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1FJ62TF 686 0 0
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GAGAAAATGCCTCCGAGGCTACCAAGAAGCTTCTCACCCCGACTGAGATCACGATCGATG
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GTTCTGGTAGCGTCTGATCTCATCCCTTGCGCTACTTTCAAACACCCTTGCACCGTCTTG
GTTGTCTCCTCAGACTTGTACACAGCATAGCTCTCGAGCTGTTCAACCAACTGGTTCTCA
ACACCACCCGAGTCACGGAAATGATTCTTGAAAGAGGGGTTCGAACTCGATGGTGAAGTG
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TAATCCAAACCTGGATGAGCGAGCGGATAGAGAGAACGAAGAAGGTTCGATAACGGAGAA
GAAGGAGGAGGATTTTAGGCGGATCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 4

CO CL2301Contig1 1292 4 12 U
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TTGTCGAGGTAGCGTATGGAGCATCCGTGAAAGCAGTTTTAACGTTGTTGGAGAAGAATC
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CCGGTTACAAACCCACGGCGGAGCTGCAACTTTCTGATCTACTCCGTTTCGTCAACTCTA
TAAAAGAGATGCCTATAGCGATCAATACCGAGAAGCCGAAGACGCAACACTATGAACTAC
CAACGGCTTTCTTCGAACTTGTTCTTGGAAGAAACATGAAATACAGCTCATGTTATTTCC
CAAAGGATTCAAGTAGCTTAGAAGAAGCAGAGGAAGCAATATTGGCCCTATATTGCGAAA
GAACTAAAGTGGAAGATGGACAAAGTGTTCTCGATGTCGGATGTGGCTGGGGATCTTTGT
CTTTGTACATTGCCCGCAAGTATAGCAATTGCAAGTTAACCGGTTTTTGCAACTCAAAGA
CGCAGAAAGCATTTATTGATGACCAATGCAGGAAACTCGGCATTAAAAATGTTGAAATCA
TTGTTGGGGATATTAGCACTTTTGAGCATGAAGGAATCTATGATCGAGTATTCTCCATCG
AAATGTTTGAGCATATGAAAAACTATGGAGAGCTTCTAAAGAAAATTGGGAGCTGGATGA
AGGAAGATAGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCATAAGACATTTGCTTATCACTTTG
AGGATGTGCATGACGATGACTGGATCACAAGATACTTCTTTAGTGGAGGAACAATTCCAT
CGGCGAATCTTCTCCTCTATTTCCAAGACGATGTTTCGATTGTGGATCACTGGCTCCTAA
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TTGCAATAAGGGATATAATGGAAATGACTTATGGGAAAGAGGAGGCAGTGAAGTGGATGG
TTTACTGGAGAACCTTCTTCATGGCAGTTGCTGAGCTTTTTGGATACAACAATGGAGAAG
AGTGGATGATTTCACACTTCCTATTCAAGAAGAAATGATTATATCTTTCTTCTCCTAGTA
ATCAGTTTATGATTTATCTTTGAATTTCTGTTAGCCAAATAAAGAATAAAACATTATCCT
TCTACTTTGATTGATTGTCTTCCTGGTTAATACAATCGTATGCTTTCCTATGAAAAAAAG
AAGCTCAATGGATGTTAATCTGTTTTCCACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ93TF U 1
AF RR1EZ93JQ C 556
AF RR1FA47TF U 958
AF RR1CL29JQ C 850
BS 1 704 RR1EZ93TF
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CCGGTTACAAACCCACGGCGGAGCTGCAACTTTCTGATCTACTCCGTTTCGTCAACTCTA
TAAAAGAGATGCCTATAGCGATCAATACCGAGAAGCCGAAGACGCAACACTATGAACTAC
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CTTTGTACATTGCCCGCAAGTATAGCAATTGCAAGTTAACCGGTTTTTGCAACTCAAAGA
CGCAGAAAGCATTTATTGATGACCAATGCAGGAAACTCGGCATTAAAAATGTTGAAATCA
TTGTTGGGGATATTAGCACTTTTGAGCATGAAGGAATCTATGATCGAGTATTCTCCATCG
AAATGTTTGAGCATATGAAAAACTATGGAGAGCTTCTAAAGAAA*TTGGGAGCTGGATGA
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AGG

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1EZ93JQ 697 0 0
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GCACTTTTGAGCATGAAGGAATCTATGATCGAGTATTCTCCATCGAAATGTTTGAGCATA
TGAAAAACTATGGAGAGCTTCTAAAGAAAATTGGGAGCTGGATGAAGGAAGATAGTCTTC
TGTTTGTTCACTATTTCTGCCATAAGACATTTGCTTATCACTTTGAGGATGTGCATGACG
ATGACTGGATCACAAGATACTTCTTTAGTGGAGGAACAATTCCATCGGCGAATCTTCTCC
TCTATTTCCAAGACGATGTTTCGATTGTGGATCACTGGCTCCTAAACGGGAAGCATTACG
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TAATGGAAATGACTTATGGGAAGGAGGAGGCAGTGAAGTGGATGGTTTACTGGAGAACCT
TCTTCATGGCAGTTGCTGAGCTTTTTGGATACAACAATGGAGAAGAGTGGATGATTTCAC
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ATCTTTGAATTTCTGTTAGCCAAATAAAGAATAAAACATTATCCTTCTACTTTGATTGAT
TGTCTTCCTGGTTAATACAATCGTATGCTTTCCTATG

QA 1 697 1 697
DS 

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G
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GGTTTACTGGAGAACCTTCTTCATGGCAGTTGCTGAGCTTTTTGGATACAACAATGGAGA
AGAGTGGATGATTTCACACTTCCTATTCAAGAAGAAATGATTATATCTTTCTTCTCCTAG
TAATCAGTTTATGATTTATCTTTGAATTTCTGTGAGCCAAATAAAGAATAAAACATTATC
CTTCTACTTTGATTGATTGTCTTCCTGGTTAATACAATCGTATGCTTTCCTATG

QA 2 295 2 295
DS 

RD RR1CL29JQ 443 0 0
TTT
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ACGCAAGGACCAGTGAAGAGTGGCTCAAAAGAATGGACAAGGAGATAGTTGCAATAAGGG
ATATAATGGAAATGACTTATGGGAAAGAGGAGGCAGCGAAGTGGATGGTTTACTGGAGAA
CCTTCTTCATGGCAGTTGCTGAGCTTTTTGGATACAACAATGGAGAAGAGTGGATGATTT
CACACTTCCTATTCAAGAAGAAATGATTATATCTTTCTTCTCCTAGTAATCAGTTTATGA
TTTATCTTTGAATTTCTGTTAGCCAAATAAAGAATAAAACATTATCCTTCTACTTTGATT
GATTGTCTTCCTGGTTAATACAATCGTATGCTTTCCTATGAAAAAAAGAAGCTCAATGGA
TGTTAATCTGTTTTCCACAC

QA 4 443 4 443
DS 



AS 1 4

CO CL2302Contig1 849 4 4 U
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ACTTAGAGAAGGAATCGCAGCTGTTAAGGGCAAAGCTGATGAGAAAAAACGCAACTTTGT
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CAGTGGCTCTGTCAAGCTCCCTCACATTCCTCGCCCTAAAATGAAGATCTGTATGCTCGG
AGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATTGGACTAGACTATATGGATGTTGAGGC
TTTGAAAAAGCTCAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGC
TTTCCTGGCTTCTGAATCCGTCATTAAGCAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAA
CAAGGCAGGAAAGTTCCCTACTCTAGTGAGTCACCAGGAGTCGTTGGAAGGAAAGGTGAA
TGAGACCAAAGCGACAGTGAAGTTCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGATGTTGCTGT
TGGTAACCTTTCCATGGAAGAGAAGCAGCTCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCGTTAACTT
CCTTGTCTCGCTGTTGAAGAAGAATTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCAC
CATGGGACCACCACAAAGGATCTTTTGAGCTCTCTGCTCTTTTCTTCTTTGAATTTTTGC
TTTTTGTTTTTGTTTCAAAGATCTTGTTCTTCTTGAGATATGGTTCGGATTGATATTAGC
GGAACTCAGGTGCTAGTTTACTTTTCGTTGAACAATATAATACGGCAATGTTTGCTTTTT
TTGGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BZ93TF U 1
AF RR1BZ93JQ C 74
AF RR1A949JQ C 138
AF RR1A949TF U 138
BS 1 668 RR1BZ93TF
BS 669 669 RR1A949TF
BS 670 697 RR1BZ93TF
BS 698 849 RR1A949TF

RD RR1BZ93TF 697 0 0
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CAGTGGCTCTGTCAAGCTCCCTCACATTCCTCGCCCTAAAATGAAGATCTGTATGCTCGG
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TGAGACCAAAGCGACAGTGAAGTTCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGATGTTGCTGT
TGGTAACCTTTCCATGGAAGAGAAGCAGCTCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCGTTAACTT
CCTTGTCTCGCTGTTGAAGAAGAATTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCAC
CATGGGAC*ACCACAAAGGATCTTTTGAGCTCTCTGC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1BZ93JQ 763 0 0
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CTTCAGATTGGTCTCAAGAACTATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCTGTC
AAGCTCCCTCACATTCCTCGCCCTAAAATGAAGATCTGTATGTTCGGAGATGCTCAGCAT
GTTGAGGAGGCTGAGAAGATTGGACTAGACTATATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTC
AACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCCTGGCTTCT
GAATCCGTCATTAAGCAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAGGCAGGAAAG
TTCCCTACTCTAGTGAGTCACCAGGAGTCGTTGGAAGGAAAGGTGAATGAGACCAAAGCG
ACAGTGAAGTTCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGATGTTGCTGTTGGTAACCTTTCC
ATGGAAGAGAAGCAGCTCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCGTTAACTTCCTTGTCTCGCTG
TTGAAGAAGAATTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCA
CAAAGGATCTTTTGAGCTCTCTGCTCTTTTCTTCTTTGAATTTTTGCTTTTTGTTTTTGT
TTCAAAGATCTTGTTCTTCTTGAGATATGGTTCGGATTGATATTAGCGGAACTCAGGTGC
TAGTTTACTTTTCGTTGAACAATATAATACGGCAATGTTTGC
C

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1A949JQ 712 0 0
G
GATTGGTCTCAAGAACTATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCTGTCAAGCT
CCCTCACATTCCTCGCCCTAAAATGAAGATCTGTATGCTCGGAGATGCTCAGCATGTTGA
GGAGGCTGAGAAGATTGGACTAGACTATATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAA
GAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCCTGGCTTCTGAATC
CGTCATTAAGCAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAGGCAGGAAAGTTCCC
TACTCTAGTGAGTCACCAGGAGTCGTTGGAAGGAAAGGTGAATG*GACCAAAGCGACAGT
GAAGTTCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTTGGTAGCCTTTCCATGGA
AGAGAAGCAGCTCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCGTTAACTTCCTTGTCTCGCTGTTGAA
GAAGAATTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCACAAAG
GATCTTTTGAGCTCTCTGCTCTTTTCTTCTTTGAATTTTTGCTTTTTGTTTTTGTTTCAA
AGATCTTGTTCTTCTTGAGATATGGTTCGGATTGATATTAGCGGAACTCAGGTGCTAGTT
TACTTTTCGTTGAACAATATAATACGGCAATGTTTGCTTTTTTTGGCTTCC

QA 2 712 2 712
DS 

RD RR1A949TF 712 0 0
G
GATTGGTCTCAAGAACTATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCTGTCAAGCT
CCCTCACATTCCTCGCCCTAAAATGAAGATCTGTATGCTCGGAGATGCTCAGCATGTTGA
GGAGGCTGAGAAGATTGGACTAGACTATATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAA
GAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCCTGGCTTCTGAATC
CGTCATTAAGCAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAGGCAGGAAAGTTCCC
TACTCTAGTGAGTCACCAGGAGTCGTTGGAAGGAAAGGTGAATG*GACCAAAGCGACAGT
GAAGTTCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTTGGTAGCCTTTCCATGGA
AGAGAAGCAGCTCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCGTTAACTTCCTTGTCTCGCTGTTGAA
GAAGAATTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCACAAAG
GATCTTTTGAGCTCTCTGCTCTTTTCTTCTTTGAATTTTTGCTTTTTGTTTTTGTTTCAA
AGATCTTGTTCTTCTTGAGATATGGTTCGGATTGATATTAGCGGAACTCAGGTGCTAGTT
TACTTTTCGTTGAACAATATAATACGGCAATGTTTGCTTTTTTTGGCTTCC

QA 2 712 2 712
DS 



AS 1 3

CO CL2303Contig1 1353 3 16 U
CCCATGGCTTAAGGAAAACTATGGCTGTGAAGTTGTGTGTTTCACCGCAGATGTTGGTCA
GGGGATAAAAGAGTTGGATGGTTTGGAACAAAAGGCTAAGGCTAGTGGTGCTTCTCAGTT
GGTTGTTAAGGATCTCACCGAGGAGTTTGTTAAAGATTACATATTCCCTTGTCTCAGAGC
TGGTGCCATCTACGAACGAAAATACTTGCTTGGTACCTCCATGGCTCGACCTGTCATTGC
TAAGGCCATGGTAGATGTAGCTGCTGAGGTTGGAGCTGATGCTGTTGCACATGGGTGTAC
TGGTAAAGGAAATGACCAGGTTCGGTTTGAGCTCACCTTCTTTTCGTTAAACCCTGAACT
TAAAGTTGTGGCACCATGGAGAGAATGGGAGATCCAAGGCAGAGAAGACGCTATCGAGTA
TGCGAAGAAGCATAACGTTCCTGTTCCCGTGACAAAGAAATCCATTTACAGCCGAGATAG
GAACCTCTGGCACCCTAGTCACGAGGG*TGATATATTGG*AAGATCCAGCAAACGAGCCC
AAGAGAGATATGTACATGATGAGTGTAGACCCC*GAAGATGCTCCTGATCAGCCTGAATA
CATCGAGATCGGG*ATAGAATCTGGACTACCAGTGGCACTCAACGGGAAGGCACTCTCTC
CAGCTACCCTTCTCTCCGAGCTAAACACAATAGGAGGGAAACACGGCATTGGCCGTATCG
ACATGGTGGAGAACCGTCTGGTCGGGATGAAGTCACGCGGTGTCTACGAGACCCCGGGAG
GCACCATCCTCTTTGCAGCTGTGCAGGAGTTAGAATCACTCACTCTAGACAGAGAAAGCA
TTCAGGTGAAAGACTCGTTAGCTCTGAAATACGCAGAGATGGTCTACGCGGGAAGGTGGT
TTGATCCGCTTAAGGAGTCCATGGACGCATTCATGGAGAAGTTGACCGAGAAAACCACTG
GACCCGTTACACTGAAGCTGTACAAAGGATCCGTGTCGGTGACAGGGCGTAAGAGTCCGA
ACAGTCTGTACAGGCAAGACATATCTTCGTTTGAAGGGAGTGAGATTTACAACCAAGCGG
ATGCAGCAGGGTTTATTCGTCTCTATGGGCTTCCCATGAGAGTTAGGGCGATGCTTGGGA
AAGGTATCTAGAGAGGAAGAATTCACCAACATTGTCTTCTTGTTGGAGTTGAGAGTTTAT
TTGCATGACAGTAAAGATCTCTTGTTGTGTTCAAACATTTGATGGCGTTTAGCTTCCGGA
ATAATTGTTGTTATTTTTCTATAAATTGAATAATGTGTTACTGTGAATGATGTAGCTTAG
GTTGCATTAACAATTTAATCACAGTTTTATCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD26TF U 135
AF RR1AA78TF U 1
AF RR1B620JQ C 490
BS 1 494 RR1AA78TF
BS 495 495 RR1CD26TF
BS 496 519 RR1AA78TF
BS 520 520 RR1CD26TF
BS 521 573 RR1AA78TF
BS 574 574 RR1CD26TF
BS 575 613 RR1AA78TF
BS 614 614 RR1CD26TF
BS 615 716 RR1AA78TF
BS 717 717 RR1B620JQ
BS 718 732 RR1AA78TF
BS 733 733 RR1B620JQ
BS 734 750 RR1AA78TF
BS 751 751 RR1B620JQ
BS 752 800 RR1AA78TF
BS 801 1353 RR1B620JQ

RD RR1CD26TF 545 0 0
TCACCGAGGAGTTTGTTAAAGATTACATATTCCCTTGTCTCAGAGCTGGTGCCATCTACG
AACGAAAATACTTGCTTGGTACCTCCATGGCTCGACCTGTCATTGCTAAGGCCATGGTAG
ATGTAGCTGCTGAGGTTGGAGCTGATGCTGTTGCACATGGGTGTACTGGTAAAGGAAATG
ACCAGGTTCGGTTTGAGCTCACCTTCTTTTCGTTAAACCCTGAACTTAAAGTTGTGGCAC
CATGGAGAGAATGGGAGATCCAAGGCAGAGAAGACGCTATCGAGTATGCGAAGAAGCATA
ACGTTCCTGTTCCCGTGACAAAGAAATCCATTTACAGCCGAGATAGGAACCTCTGGCACC
CTAGTCACGAGGG*TGATATATTGG*AAGATCCAGCAAACGAGCCCAAGAGAGATATGTA
CATGATGAGTGTAGACCCC*GAAGATGCTCCTGATCAGCCTGA*TACATCGAGATCGGG*
ATAGAATCTGGACTACCAGTGGCACTCAACGGGA*GGCACTCTCTCCAGCTACCCTT
CTCTCCGA

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1AA78TF 800 0 0
CCCATGGCTTAAGGAAAACTATGGCTGTGAAGTTGTGTGTTTCACCGCAGATGTTGGTCA
GGGGATAAAAGAGTTGGATGGTTTGGAACAAAAGGCTAAGGCTAGTGGTGCTTCTCAGTT
GGTTGTTAAGGATCTCACCGAGGAGTTTGTTAAAGATTACATATTCCCTTGTCTCAGAGC
TGGTGCCATCTACGAACGAAAATACTTGCTTGGTACCTCCATGGCTCGACCTGTCATTGC
TAAGGCCATGGTAGATGTAGCTGCTGAGGTTGGAGCTGATGCTGTTGCACATGGGTGTAC
TGGTAAAGGAAATGACCAGGTTCGGTTTGAGCTCACCTTCTTTTCGTTAAACCCTGAACT
TAAAGTTGTGGCACCATGGAGAGAATGGGAGATCCAAGGCAGAGAAGACGCTATCGAGTA
TGCGAAGAAGCATAACGTTCCTGTTCCCGTGACAAAGAAATCCATTTACAGCCGAGATAG
GAACCTCTGGCACCTTAGTCACGAGGG*TGATATATTGGGAAGATCCAGCAAACGAGCCC
AAGAGAGATATGTACATGATGAGTGTAGACCCCCGAAGATGCTCCTGATCAGCCTGAATA
CATCGAGATCGGGGATAGAATCTGGACTACCAGTGGCACTCAACGGGAAGGCACTCTCTC
CAGCTACCCTTCTCTCCGAGCTAAACACAATAGGAGGGAAACACGGCATTGGCCGTGTCG
ACATGGTGGAGACCCGTCTGGTCGGGATGA*GTCACGCGGTGTCTACGAGACCCCGGGAG
GCACCATCCTCTTTGCAGCT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1B620JQ 864 0 0
GCACTT
TAGTCACGAGGGGTGATATATTGG*AAGATCCAGCAAACGAGCCCAAGAGAGATATGTAC
ATGATGAGTGTAGACCCC*GAAGATGCTCCTGATCAGCCTGAATACATCGAGATCGGG*A
TAGAATCTGGACTACCAGTGGCACTCAACGGGAAGGCACTCTCTCCAGCTACCCTTCTCT
CCGAGCTAAACACAATAGGAGGGAAACACGGCATTGGCCGTATCGACATGGTGGAGAACC
GTCTGGTCGGGATGAAGTCACGCGGTGTCTACGAGACCCCGGGAGGCACCATCCTCTTTG
CAGCTGTGCAGGAGTTAGAATCACTCACTCTAGACAGAGAAAGCATTCAGGTGAAAGACT
CGTTAGCTCTGAAATACGCAGAGATGGTCTACGCGGGAAGGTGGTTTGATCCGCTTAAGG
AGTCCATGGACGCATTCATGGAGAAGTTGACCGAGAAAACCACTGGACCCGTTACACTGA
AGCTGTACAAAGGATCCGTGTCGGTGACAGGGCGTAAGAGTCCGAACAGTCTGTACAGGC
AAGACATATCTTCGTTTGAAGGGAGTGAGATTTACAACCAAGCGGATGCAGCAGGGTTTA
TTCGTCTCTATGGGCTTCCCATGAGAGTTAGGGCGATGCTTGGGAAAGGTATCTAGAGAG
GAAGAATTCACCAACATTGTCTTCTTGTTGGAGTTGAGAGTTTATTTGCATGACAGTAAA
GATCTCTTGTTGTGTTCAAACATTTGATGGCGTTTAGCTTCCGGAATAATTGTTGTTATT
TTTCTATAAATTGAATAATGTGTTACTGTGAATGATGTAGCTTAGGTTGCATTAACAATT
TAATCACAGTTTTATCGC

QA 7 864 7 864
DS 



AS 1 4

CO CL2304Contig1 440 4 3 U
AGGTTTTAAGATAGAAACCATATATATGATAAAAGTATAAAATAAATCTCAATTCTTCTT
CATAATAAACAAAAGAATATGGATGACACCCTTGGCAATAAAGGCACAAATCACAAATAA
AATAGATCAGATCAAGCGGTGGTAGAAGGTGCTGAAGATGTTGTTGGCTTAAAAGGTCGT
TGTGGGAGACCACACTTGGTCAAACATCCATCGTAACAAGGTTTGTTTTGTTTGCCACAG
GCAATGGAACAGGCTGTGAAACAAACGAATCTTGAATCTTGTGGCTTGGCCTCGTCAACA
TTGGCTCCATTGCATGCTTGTAAAACACACCCTATCATGATAAGTGCCATCATCATACAC
ACTTTTCCCGCCATTTTTTTCTTTACAAGTTTATTAGGATTTGTGTTTTATTTAATTTTT
GATAGATTTGAGTTGTGCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1BM72JQ U 1
AF RR1BM72TF C 1
AF RR1BF29JQ U 44
AF RR1BF29TF C 44
BS 1 379 RR1BM72JQ
BS 380 380 RR1BF29JQ
BS 381 440 RR1BM72JQ

RD RR1BM72JQ 440 0 0
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GATAGATTTGAGTTGTGCCC

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DS 

RD RR1BM72TF 440 0 0
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CATAATAAACAAAAGAATATGGATGACACCCTTGGCAATAAAGGCACAAATCACAAATAA
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TGTGGGAGACCACACTTGGTCAAACATCCATCGTAACAAGGTTTGTTTTGTTTGCCACAG
GCAATGGAACAGGCTGTGAAACAAACGAATCTTGAATCTTGTGGCTTGGCCTCGTCAACA
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ACTTTTCCCGCCATTTTTT*CTTTACAAGTTTATTAGGATTTGTGTTTTATTTAATTTTT
GATAGATTTGAGTTGTGCCC

QA 1 440 1 440
DS 

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TGTTTTATTTAATTTTTGATAGATTTGAGTTGTGCCC

QA 1 397 1 397
DS 

RD RR1BF29TF 397 0 0
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GCACAAATCACAAATAAAATAGATCAGATCAAGCGGTGGTAGAAGGTGCTGAAGATGTTG
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TGTTTTGTTTGCCACAGGCAATGGAACAGGCTGTGAAACAAACGAATCTTGAATCTTGTG
GCTTGGCCTCGTCAACATTGGCTCCATTGCATGCTTGTAAAACACACCCTATCATGATAA
GTGCCATCATCATACACACTTTTCCCGCCATTTTTTTCTTTACAAGTTTATTAGGATTTG
TGTTTTATTTAATTTTTGATAGATTTGAGTTGTGCCC

QA 1 397 1 397
DS 



AS 1 4

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TTGGCACGACAAAGAATCACAACGGCTCACAACTCACAAGGGAAAGATTTGACTTAAGTC
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AGGGTTGATCACATAAGTAGAAGAGAAGCAAAAACAGAGAGGCGAAGAGACAGAGTTAGT
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GTTGGGGATATTGCTGTAACCGGAGGTAGTGGTGGCTCAATTAGATCATCATCTGTGAAA
ACCGGGATTGGAGCTTGGGCTGGAGGTAAGGCATTAAGAAGTTGTACAAAAGTACCGGGT
GGAACAGGGCCCATGTAAACTGGAAGTTCTTTTTCACTCAAACATCGATTCCTTTTGTAT
CTTGCGGCTGTGAAAGGGAACCCTGTGATGATTCCATTTGTACCGGCTCCAAGGATATAT
GAGTTTATCTCGACGGTTGGATCAGAGAAGAAGTCATATGCTTGAGATACAAACTCGTTC
TGGAACAGTTCCACATAAACCGGGAGCTTAGACTTCTGGAGCTTCTCCACAACCTTGGTT
TGCCTAGTGATGAAAGAATCAAATAAAGAAAAGACTGATGTTTTTCCAATGACAACAGCA
TTAGCAAATTTCTTTATGTCTTCGATAGCAGAATCACTAATATCAACAATTTTTTCTTCC
ACTTTGTAGACAGTCTCATAATTGCTCTGCTTCTTGAAGTCCACAAGAACCGAGCTGTTC
GTTGACTGAATCATGACCTTTGTTTTGGTTGTTCCATTGCTATATCCAGTTTCCATAAGG
CTATCAAGAACCGCTTTGACCACGTCGAGCCCTTGCTTCTCTCTCAAGTACACTGCATTT
CTACACTGATCAAAACACCTGAGAGCGAAGTTGAATTCTTTGCCAAGTTTAGGAACTGAG
AAAGCAAAATAAGCTTTCCAGAATTTTTCTCAGTAGGATTCCTGAACATACTGTATACAC
TGTAGGGGTTTGAAATCGCAGGAGTAAAGTTCCTGATCTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL72JQ U 15
AF RR1GF18JQ U 1
AF RR1GF18TF C 158
AF RR1BL72TF C 453
BS 1 501 RR1GF18JQ
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RD RR1BL72JQ 555 0 0
CAA
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TGGATCAGAGAA

QA 4 555 4 555
DS 

RD RR1GF18JQ 774 0 0
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ACAACAGGGAAAATAATTACGAGGGTAGAAGACCTTATGAACAAAGAGGTGATTAGATCA
AGGGTTGATCACATAAGTAGAAGAGAAGCAAAAACAGAGAGGCGAAGAGACAGAGTTAGT
CGAGTTTGTCCGCTCGGCCTAGGTGGTTGTGCATTGGTTGATGAGATTCCAGGAGCTAAG
GTTGGGGATATTGCTGTAACCGGAGGTAGTGGTGGCTCAATTAGATCATCATCTGTGAAA
ACCGGGATTGGAGCTTGGGCTGGAGGTAAGGCATTAAGAAGTTGTACAAAAGTACCGGGT
GGAACAGGGCCCATGTAAACTGGAAGTTCTTTTTCACTCAAACATCGATTCCTTTTGTAT
CTTGCGGCTGTGAAAGGGAACTCTGTGATGATTCCATTTGTACCGGCTCCAAGGATATAT
GAGTTTATCTCGACGGTTGGATCAGAGAAGAAGTCATATGCTTGAGATACAAACTCGTTC
TGGAACAGTTCCACATAAACCGGGAGCTTAGACTTCTGGAGCTTCTCCACAACCTTGGTT
TGCCTAGTGATGAAAGAATCAAATAAAGAAAAGACTGATGTTTTTCCAATGACAACAGCA
TTAGCAAATTTCTTTATGTCTTCGATAGCAGAATCACTAATATCAACAATTTTT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1GF18TF 701 0 0
TGAACAAAGAGGTGATTAGATCAAGGGTTGATCACATAAGTAGAAGAGAAGCAAAAACAG
AGAGGCGAAGAGACAGAGTTAGTCGAGTTTGTCCGCTCGGCCTAGGTGGTTGTGCATTGG
TTGATGAGATTCCAGGAGCTAAGGTTGGGGATATTGCTGTAACCGGAGGTAGTGGTGGCT
CAATTAGATCATCATCTGTGAAAACCGGGATTGGAGCTTGGGCTGGAGGTAAGGCATTAA
GAAGTTGTACAAAAGTACCGGGTGGAACAGGGCCCATGTAAACTGGAAGTTCTTTTTCAC
TCAAACATCGATTCCTTTTGTATCTTGCGGCTGTGAAAGGGAACTCTGTGATGATTCCAT
TTGTACCGGCTCCAAGGATATATGAGTTTATCTCGACGGTTGGATCAGAGAAGAAGTCAT
ATGCTTGAGATACAAACTCGTTCTGGAACAGTTCCACATAAACCGGGAGCTTAGACTTCT
GGAGCTTCTCCACAACCTTGGTTTGCCTAGTGATGAAAGAATCAAATAAAGAAAAGACTG
ATGTTTTTCCAATGACAACAGCATTAGCAAATTTCTTTATGTCTTCGATAGCAGAATCAC
TAATATCAACAATTTTTTCTTCCACTTTGTAGACAGTCTCATAATTGCTCTGCTTCTTGA
AGTCCACAAGAACCGAGCTGTTCGTTGACTGAATCATGACC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1BL72TF 670 0 0
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TCCATTTGTACCGGCTCCAAGGATATATGAGTTTATCTCGACGGTTGGATCAGAGAAGAA
GTCATATGCTTGAGATACAAACTTGTTCTGGAACAGTTCCACATAAACCGGGAGCTTAGA
CTTCTGGAGCTTCTCCACAACCTTGGTTTGCCTAGTGATGAAAGAATCAAATAAAGAAAA
GACTGATGTTTTTCCAATGACAACAGCATTAGCAAATTTCTTTATGTCTTCGATAGCAGA
ATCACTAATATCAACAATTTTTTCTTCCACTTTGTAGACAGTCTCATAATTGCTCTGCTT
CTTGAAGTCCACAAGAACCGAGCTGTTCGTTGACTGAATCATGACCTTTGTTTTGGTTGT
TCCATTGCTATATCCAGTTTCCATAAGGCTATCAAGAACCGCTTTGACCACGTCGAGCCC
TTGCTTCTCTCTCAAGTACACTGCATTTCTACACTGATCAAAACACCTGAGAGCGAAGTT
GAATTCTTTGCCAAGTTTAGGAACTGAGAAAGCAAAATAAGCTTTCCAGAATTTTTCTCA
GTAGGATTCCTGAACATACTGTATACACTGTAGGGGTTTGAAATCGCAGGAGTAAAGTTC
CTGATCTCAC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 4

CO CL2306Contig1 1288 4 12 U
AACATCGATGGCGGAATTTCTGACAAAAAGCCCTTACTCTCCTCCTTCCTGGGCTTCACA
TCTTCGTCCGCTTCCTTCTCACATCTTCTCCCTCGCTCACCGTCCTACACCGATCCATCG
ATGGAACATTCCAAATCTCCCCAACGGCACTGAACTCTGGACCAAGCGTGATGACTTCAC
GGGGATGGAACTGAGCGGAAACAAAGTCCGGAAACTCGAGTTCCTAATGGCCGACGCCGT
GGAGCAACAAGCCGACACCGTCATCACCATCGGAGGTATCCAGAGCAATCACTGCCGTGC
CACAACCGTCGCTTCTAACTATCTCAATCTCGACACTCATCTTATACTCCGCACCTCCAA
GCTTCTTGCGGATGGAGATCCTGGGTTAGTTGGGAATCTCCTTGTTGAGCGTCTCGTTGG
AGCTAACGTTCACCTCATCTCTAAGGAAGAGTACTCCTCCATTGGGAGTGAGGCTCTAAC
TAGTGCCCTGAAAGAGAAGCTGGAGAAAGAAGGGAAAAAGCCTTATGTTATTCCCGTTGG
TGGATCCAACTCTTTGGGAACTTGGGGTTATATTGAAGCAGCAAGGGAAATTGAGGAGCA
GCTAAAATGTAGAACCGATGACCTGAAGTTTGATGATATTGTGGTGGCATGTGGCAGTGG
TGGTACGATTGCTGGTATCTCATTGGGGTCTTGGTTGGGAACACTAAAAGCCAGGGTTCA
TGCTTTCTCCGTATGCGATGATCCTGATTACTTCTATGACTTTGTCCAAGGTCTTCTGGA
CGGACTTCAAGCTGGTGTTAACTCTCGTGATATTGTTACCATCCACAATGCCAAGGGAAA
AGGTTATGCCATGAATACTGCAGAGGAGCTTAAGTTTTTAAAGGACCTAGCAAGTGCAAC
AAGTGTTATTCTTGATCCTGTTTACAGTGGGAAAGCTGCGTACGGTTTGATAAATGAGAT
GACTAAGGATCCCAAAAGTTGGGAGGGAAAGAAGATATTGTTCATACACACTGGTGGGCT
TCTTGGGCTGTATGATAAAGTTGATCAAATGGCTTCTATGATGGGAAACTGGAGCCGGAT
GGATGTTCAAGAATCCGTCCCAAGAAAAGAAGGTGTTGGAAAAATGTTCTAGCAGAACAA
AAATCTGATTCTGTAATAATCCTGTGAAGATGAGACAGGTTGAGTCCACAATTATTTGTG
CATTTAACATATCAATTCCTGTTAATTTTATTGTATGTATTATGTTTAATAGCACTATCG
ATGATTACGATAAATAATTGGTGTCTCC


BQ
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GC

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G

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DS 

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ATTGTTACCATCCACAATGCCAAGGGAAAAGGTTATGCCATGAACACTGCAGAGGAGCTT
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DS 



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ATGCAAACCCTCCACTCCTCAAATCCCAAGTCCCGACCAAACTCCACTCAACAATAAGTC
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY55TF U 1
AF RR1BN45TF U 23
AF RR1CY55JQ C 375
BS 1 60 RR1CY55TF
BS 61 61 RR1BN45TF
BS 62 660 RR1CY55TF
BS 661 701 RR1BN45TF
BS 702 702 RR1CY55JQ
BS 703 767 RR1BN45TF
BS 768 768 RR1CY55JQ
BS 769 785 RR1BN45TF
BS 786 786 RR1CY55JQ
BS 787 808 RR1BN45TF
BS 809 809 RR1CY55JQ
BS 810 815 RR1BN45TF
BS 816 816 RR1CY55JQ
BS 817 828 RR1BN45TF
BS 829 1054 RR1CY55JQ

RD RR1CY55TF 660 0 0
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GTGCAAACCCTCCACTCCTCAAATCCCAAGTCCCGACCAAACTCCACTCAACAATAAGTC
TCCTTCATTACACCTTCTCTCCAAAACACATCTATCCATCACCCTTTCTCAGACCACCAT
CCTCTGTTCCCCTGTCCTCGCATCACCAACAGCCCCCTTCACCTCGATCTCCGACCAATC
CACAGGGAAAATCGATCTGGAGTCGATCCTGATCACGATCGACAACTTTTTCAACAAGTA
CCCGTTCTTCGTGGCGGGATGCACGTTCATGTACCTCGTGGTTTACCCGGCGGTGATCTT
CTACCTGAGGAAGTATAAACCGATATCCGCCATGAACGCGTTTCGGAAGCTCAAGAGCCA
GCCCGATTCGCAGCTTTTGGATATCAGAGACGAGAAGACTTTGGCTTCGTTGGCGTCGCC
GAGTCTCAAGTTTCTTGGTAAGAGCTCGGTTCAGGTTCCGTATAGTGAAGAAGATGAGTC
CGGGTTCTTGAAGAGAGTTAAATGAATCTTCTCTGATCCGGAGAACACTGTTGTTTGTGT
ACTTGACAATTTTGATGGTAACTCCATGAAAGTGGCTGAATTGCCCGTTGAGAATGGATT

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DS 

RD RR1BN45TF 814 0 0
GG
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CCCAAGTCCCGACCAAACTCCACTCAACAATAAGTCTCCTTCATTACACCTTCTCTCCAA
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ACCAACAGCCCCCTTCACCTCGATCTCCGACCAATCCACAGGGAAAATCGATCTGGAGTC
GATCCTGATCACGATCGACAACTTTTTCAACAAGTACCCGTTCTTCGTGGCGGGATGCAC
GTTCATGTACCTCGTGGTTTACCCGGCGGTGATCTTCTACCTGAGGAAGTATAAACCGAT
ATCCGCCATGAACGCGTTTCGGAAGCTCAAGAGCCAGCCCGATTCGCAGCTTTTGGATAT
CAGAGACGAGAAGACTTTGGCTTCGTTGGCGTCGCCGAGTCTCAAGTTTCTTGGTAAGAG
CTCGGTTCAGGTTCCGTATAGTGAAGAAGATGAGTCCGGGTTCTTGAAGAGAGTTAAAGG
AATCTTCTCTGATCCGGAGAACACTGTTGTTCGTGTACTTGACAATTTTGATGGTAACTC
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TGGA*CTGAAA*CTGATTCTAGAC
ATAGAGCT

QA 3 806 3 806
DS 

RD RR1CY55JQ 680 0 0
ATA
AACCGATATCCGCCATGAACGCGTTTCGGAAGCTCAAGAGCCAGCCCGATTCGCAGCTTT
TGGATATCAGAGACGAGAAGACTTTGGCTTCGTTGGCGTCGCCGAGTCTCAAGTTTCTTG
GTAAGAGCTCGGTTCAGGTTCCGTATAGTGAAGAAGATGAGTCCGGGTTCTTGAAGAGAG
TTAAATGAATCTTCTCTGATCCGGAGAACACTGTTGTTTGTGTACTTGACAATTTTGATG
GTAACTCCATGAAAGTGGCTGAATTGCCCGTTGAGAATGGATTCAAGGAGGCTTATTACA
TCAAAGGCGGCGCGAGAGGGAAAAATGGTTGGTTGGCCATTCAAGAGGAGCTTTTGCCTC
CACCTGTGCACATGTATACTACTTCCAAAAATGCGAAATCTTCAAGTAACAGTGAAGCGT
CCGTTGTTGGAACTGAAAACTGATTCTAGACCATAGAGCCAAATGGTGTGCAGATTCACA
TTCATAATGCTACAAATGAGCTTTTTGCCTCAATATTGTAGCGATGATAATACAAGGCCA
TTGAAGCATTAGGAAGAGAAAGCTAAGCTTTTCTAGGGTAGAAGACTTGTTTAGAGCTCA
TGTCCAGTCTCTTCCAAGTTCTCCTTTTATACAGACTCAATTCTCAGGCCATTACAAACA
CAAATGGCATTTGTTAT

QA 4 680 4 680
DS 



AS 1 4

CO CL2308Contig1 881 4 7 U
GGATATATTCTCTCCAATAAAATCTTCTTTTAAGTATTTTTGGCAAATTCCCGTGTTCTC
TATCTCATAAAAACCAAATCAAAAGATTTAACAATGGAGTCTAACAGCTTGAACATAGAC
ATGGAGAAAGATCAAGAAACTGCTTTCGATTACTCAAAACGATCTCCGTGGATACGAGCT
GCCGTGCTTGGTGCCAACGACGGTCTTGTCTCAACGGCTTCACTTATGATGGGTGTCAGT
GCAGTTAAGCCAGACGTCAAAACCATGATTTTAACCGGGTTCGCAGGTTTAGTTGCCGGA
GCTTGTAGCATGGCAATCGGAGAGTTTGTCTCCGTAAACTCTCAGTACGACATAGAGGTG
GCTCAAATAAAGAGAGAGAGCGGAGAAGAGATAGAGGAAGCAAAGCTTCCGAGCCCGATG
CTAGCGTCTGTTGCATCTGCTGTAGCGTTTATTCTGGGAGCGACCGTGCCTTTATTGGCG
GCTGCGTTTGTGAAAACGTATGAAATGAGGATTGTAGTGATTGCTGCGGCGGTGACGTTC
GTTTTGGTTATGATTGGGTGGTTAGGAGCGGTTTTGGGGAAAGCACCGGTGGTTAAGTCG
TTGGCTAGGACTCTGATTGGAGGATGGTTAGCTATGACGGTTACTTTTGTTGTGACCACA
CTGTTTAGATCACATTTTAGATCACATGGTTTGTGATGGTTTGTGCGTGTGCGCGACCGC
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TAGAATATTTATTTAACATGATTACCAAAAATAAAATAAAACTTTAGAATATTTCATGTA
AGAAGATACATTGGAAATTTGGAATATATGGGTTTGTGAGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1GM15TF U 1
AF RR1GM69TF U 1
AF RR1GM69JQ C 100
AF RR1GM15JQ C 171
BS 1 307 RR1GM15TF
BS 308 308 RR1GM69TF
BS 309 550 RR1GM15TF
BS 551 743 RR1GM69TF
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RD RR1GM15TF 550 0 0
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TATCTCATAAAAACCAAATCAAAAGATTTAACAATGGAGTCTAACAGCTTGAACATAGAC
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GCCGTGCTTGGTGCCAACGACGGTCTTGTCTCAACGGCTTCACTTATGATGGGTGTCAGT
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GCTTGTATCATGGCAATCGGAGAGTTTGTCTCCGTAAACTCTCAGTACGACATAGAGGTG
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CTAGCGTCTGTTGCATCTGCTGTAGCGTTTATTCTGGGAGCGACCGTGCCTTTATTGGCG
GCTGCGTTTGTGAAAACGTATGAAATGAGGATTGTAGTGATTGCTGCGGCGGTGACGTTC
GTTTTGGTTA

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1GM69TF 759 0 0
GGATATATTCTCTCCAATAAAATCTTCTTTTAAGTATTTTTGGCAAATTCCCGTGTTCTC
TATCTCATAAAAACCAAATCAAAAGATTTAACAATGGAGTCTAACAGCTTGAACATAGAC
ATGGAGAAAGATCAAGAAACTGCTTTCGATTACTCAAAACGATCTCCGTGGATACGAGCT
GCCGTGCTTGGTGCCAACGACGGTCTTGTCTCAACGGCTTCACTTATGATGGGTGTCAGT
GCAGTTAAGCCAGACGTCAAAACCATGATTTTAACCGGGTTCGCAGGTTTAGTTGCCGGA
GCTTGTAGCATGGCAATCGGAGAGTTTGTCTCCGTAAACTCTCAGTACGACATAGAGGTG
GCTCAAATAAAGAGAGAGAGCGGAGAAGAGATAGAGGAAGCAAAGCTTCCGAGCCCGATG
CTAGCGTCTGTTGCATCTGCTGTAGCGTTTATTCTGGGAGCGACCGTGCCTTTATTGGCG
GCTGCGTTTGTGAAAACGTATGAAATGAGGATTGTAGTGATTGCTGCGGCGGTGACGTTC
GTTTTGGTTATGATTGGGTGGTTAGGAGCGGTTTTGGGGAAAGCACCGGTGGTTAAGTCG
TTGGCTAGGACTCTGATTGGAGGATGGTTAGCTATGACGGTTACTTTTGTTGTGACCACA
CTGTTTAGATCACATTTTAGATCACATGGTTTGTGATGGTTTGTGCGTGTGCGCGACCGC
AACCTTCTTCATGTTTTCATGCA*CACAATTTAAGCGGT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1GM69JQ 782 0 0
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TCACTTATGATGGGTGTCAGTGCAGTTAAGCCAGACGTCAAAACCATGATTTTAACCGGG
TTCGCAGGTTTAGTTGCCGGAGCTTGTAGCATGGCAATCGGAGAGTTTGTCTCCGTAAAC
TCTCAGTACGACATAGAGGTGGCTCAAATAAAGAGAGAGAGCGGAGAAGAGATAGAGGAA
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GCGACCGTGCCTTTATTGGCGGCTGCGTTTGTGAAAACGTATGAAATGAGGATTGTAGTG
ATTGCTGCGGCGGTGACGTTCGTTTTGGTTATGATTGGGTGGTTAGGAGCGGTTTTGGGG
AAAGCACCGGTGGTTAAGTCGTTGGCTAGGACTCTGATTGGAGGATGGTTAGCTATGACG
GTTACTTTTGTTGTGACCACACTGTTTAGATCACATTTTAGATCACATGGTTTGTGATGG
TTTGTGCGTGTGCGCGACCGCAACCTTCTTCATGTTTTCATGCAACACAATTTAAGCGGT
TACGTTTTTTTATATGAACTTTAGAATATTTATTTAACATGATTACCAAAAATAAAATAA
AACTTTAGAATATTTCATGTAAGAAGATACATTGGAAATTTGGAATATATGGGTTTGTGA
GC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1GM15JQ 711 0 0
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GGGTGTCAGTGCAGTTAAGCCAGACGTCAAAACCATGATTTTAACCGGGTTCGCAGGTTT
AGTTGCCGGAGCTTGTAGCATGGCAATCGGAGAGTTTGTCTCCGTAAACTCTCAGTACGA
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GAGCCCGATGCTAGCGTCTGTTGCATCTGCTGTAGCGTTTATTCTGGGAGCGACCGTGCC
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GGTGACGTTCGTTTTGGTTATGATTGGGTGGTTAGGAGCGGTTTTGGGGAAAGCACCGGT
GGTTAAGTCGTTGGCTAGGACTCTGATTGGAGGATGGTTAGCTATGACGGTTACTTTTGT
TGTGACCACACTGTTTAGATCACATTTTAGATCACATGGTTTGTGATGGTTTGTGCGTGT
GCGCGACCGCAACCTTCTTCATGTTTTCATGCAACACAATTTAAGCGGTTACGTTTTTTT
ATATGAACTTTAGAATATTTATTTAACATGATTACCAAAAATAAAATAAAACTTTAGAAT
ATTTCATGTAAGAAGATACATTGGAAATTTGGAATATATGGGTTTGTGAGC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 4

CO CL2309Contig1 1232 4 3 U
TTTTTCTGAGTCTTGAAAGCATTACTTTACTAAACCTAGCTCTATCTCTCTTCATAGTGT
CGACATGGCTTGCGAAAACAACCTCGTTGTGAAGCAAATCATGGACTTATATAGCCAAAT
CTCAAACCTCGAGAGTCTAAAACCATCCAAGAATGTCGACACTTTGTTCGGACAACTTGT
CTCCACGTGCTTGCCAACGGACACAGACATCGATGTCACAAAATTACACGATGAAAAAGT
CAAAGACATGAGATCTCATCTCATCAAGCTTTGTGGTGAAGCCGAAGGATACCTGGAGCA
ACACTTCTCCACAATCATAGGCTCGTTTGAAGACAACCCACTTAACCATTTACACATCTT
TCCTTATTACAACAACTACCTCAAACTAAGCAAACTCGAATTCGATCTCCTAGCTCAACA
CACAAGCCATGTCCCTACAAAAATCGCTTTTATCGGCTCCGGTCCGATGCCACTTACATC
CATCGTCTTGGCCAAGTTTCACCTTCCCAACACAACGATCCACAACTTCGACATCGACTC
ACAGGCTAACACACTCGCTTCAAGCCTCGTTTCTCGTGATCCAGACCTCTCGGAACGCAT
GATCTTCCACACGACTGATGTGTTAAACGCCAAGGAAGGGTTAGACCAGTACGACGTCGT
TTTCTTGGCGGCTCTTGTTGGGATGGATAAAGAGTCAAAAGTCAAAGCTATTGAGCATTT
GGAGAAGCATATGGCTCCTGGCGCTGTGCTGATGCTAAGGAGTGCTCATGGTCTTAGAGC
TTTCTTGTATCCAATCGTTGACTCTTGTGATCTTAAAGGGTTTGAAGTGTTGACCATTTA
TCATCCGTCAGATGATGTGGTTAACTCGGTGGTGGTCGCACGTAAGCTTGGTGGTTCGAG
TGAAGGTGGTAGCAGCCATATCGAAAGGTGTGTGATTATGCCTTGTAATTGCTCCAAGAT
ACACGCCATAATGAACAGTCGAGGTATGAACAAGAATATGACCGAGGAGTTTAGTGCCAT
TGAATAAATACAGAACCACACGACTCTTTCTATAGAGGTATGTATCATGTTTTTGCACTT
TTAAATTTTGTGTCTATCTGTTTGTGATGTGGGTGATATGTTTGTTAAACATAATAATTT
TTGTGAGTTCTTTGGTCGTCGTATCAGTGTGAAGTCACAGAATCCTTGTTGTTTGTACTT
TTAATTATTTCGATCAATAAAACATAAAATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1DW24TF U 1
AF RR1BS33TF U 477
AF RR1BS33JQ C 477
AF RR1DW24JQ C 506
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BS 560 1186 RR1BS33TF
BS 1187 1232 RR1BS33JQ

RD RR1DW24TF 559 0 0
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CGACATGGCTTGCGAAAACAACCTCGTTGTGAAGCAAATCATGGACTTATATAGCCAAAT
CTCAAACCTCGAGAGTCTAAAACCATCCAAGAATGTCGACACTTTGTTCGGACAACTTGT
CTCCACGTGCTTGCCAACGGACACAGACATCGATGTCACAAAATTACACGATGAAAAAGT
CAAAGACATGAGATCTCATCTCATCAAGCTTTGTGGTGAAGCCGAAGGATACCTGGAGCA
ACACTTCTCCACAATCATAGGCTCGTTTGAAGACAACCCACTTAACCATTTACACATCTT
TCCTTATTACAACAACTACCTCAAACTAAGCAAACTCGAATTCGATCTCCTAGCTCAACA
CACAAGCCATGTCCCTACAAAAATCGCTTTTATCGGCTCCGGTCCGATGCCACTTACATC
CATCGTCTTGGCCAAGTTTCACCTTCCCAACACAACGATCCACAACTTCGACATCGACTC
ACAGGCTAACACACTCGCT

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1BS33TF 710 0 0
G
ATCCATCGTCTTGGCCAAGTTTCACCTTCCCAACACAACGATCCACAACTTCGACATCGA
CTCACAGGCTAACACACTCGCTTCAAGCCTCGTTTCTCGTGATCCAGACCTCTCGGAACG
CATGATCTTCCACACGACTGATGTGTTAAACGCCAAGGAAGGGTTAGACCAGTACGACGT
CGTTTTCTTGGCGGCTCTTGTTGGGATGGATAAAGAGTCAAAAGTCAAAGCTATTGAGCA
TTTGGAGAAGCATATGGCTCCTGGCGCTGTGCTGATGCTAAGGAGTGCTCATGGTCTTAG
AGCTTTCTTGTATCCAATCGTTGACTCTTGTGATCTTAAAGGGTTTGAAGTGTTGACCAT
TTATCATCCGTCAGATGATGTGGTTAACTCGGTGGTGGTCGCACGTAAGCTTGGTGGTTC
GAGTGAAGGTGGTAGCAGCCATATCGAAAGGTGTGTGATTATGCCTTGTAATTGCTCCAA
GATACACGCCATAATGAACAGTCGAGGTATGAACAAGAATATGACCGAGGAGTTTAGTGC
CATTGAATAAATACAGAACCACACGACTCTTTCTATAGAGGTATGTATCATGTTTTTGCA
CTTTTAAATTTTGTGTCTATCTGTTTGTGATGTGGGTGATATGTTTGTTAAACATAATAA
TTTTTGTGAGTTCTTTGGTCGTCGTATCAGTGTGAAGTCACAGAATCCT

QA 2 710 2 710
DS 

RD RR1BS33JQ 756 0 0
G
ATCCATCGTCTTGGCCAAGTTTCACCTTCCCAACACAACGATCCACAACTTCGACATCGA
CTCACAGGCTAACACACTCGCTTCAAGCCTCGTTTCTCGTGATCCAGACCTCTCGGAACG
CATGATCTTCCACACGACTGATGTGTTAAACGCCAAGGAAGGGTTAGACCAGTACGACGT
CGTTTTCTTGGCGGCTCTTGTTGGGATGGATAAAGAGTCAAAAGTCAAAGCTATTGAGCA
TTTGGAGAAGCATATGGCTCCTGGCGCTGTGCTGATGCTAAGGAGTGCTCATGGTCTTAG
AGCTTTCTTGTATCCAATCGTTGACTCTTGTGATCTTAAAGGGTTTGAAGTGTTGACCAT
TTATCATCCGTCAGATGATGTGGTTAACTCGGTGGTGGTCGCACGTAAGCTTGGTGGTTC
GAGTGAAGGTGGTAGCAGCCATATCGAAAGGTGTGTGATTATGCCTTGTAATTGCTCCAA
GATACACGCCATAATGAACAGTCGAGGTATGAACAAGAATATGACCGAGGAGTTTAGTGC
CATTGAATAAATACAGAACCACACGACTCTTTCTATAGAGGTATGTATCATGTTTTTGCA
CTTTTAAATTTTGTGTCTATCTGTTTGTGATGTGGGTGATATGTTTGTTAAACATAATAA
TTTTTGTGAGTTCTTTGGTCGTCGTATCAGTGTGAAGTCACAGAATCCTTGTTGTTTGTA
CTTTTAATTATTTCGATCAATAAAACATAAAATTC

QA 2 756 2 756
DS 

RD RR1DW24JQ 727 0 0
CCCAACACAACGATCCACAACTTCGACATCGACTCACAGGCTAACACACTCGCTTCAAGC
CTCGTTTCTCGCGATCCAGACCTCTCGGAACGCATGATCTTCCACACGACTGATGTGTTA
AACGCCAAGGAAGGGTTAGACCAGTACGACGTCGTTTTCTTGGCGGCTCTTGTTGGGATG
GATAAAGAGTCAAAAGTCAAAGCTATTGAGCATTTGGAGAAGCATATGGCTCCTGGAGCT
GTGCTGATGCTAAGGAGTGCTCATGGTCTTAGAGCTTTCTTGTATCCAATCGTTGACTCT
TGTGATCTTAAAGGGTTTGAAGTGTTGACCATTTATCATCCGTCAGATGATGTGGTTAAC
TCGGTGGTGGTCGCACGTAAGCTTGGTGGTTCGAGTGAAGGTGGTAGCAGCCATATCGAA
AGGTGTGTGATTATGCCTTGTAATTGCTCCAAGATACACGCCATAATGAACAGTCGAGGT
ATGAACAAGAATATTATCGAGGAGTTCAGTGCCATTGAATAAATACAGAACCACACGACT
CTTTCTATAGAGGTATGTATCATGTTTTTGCACTTTTAAATTTTGTGTCTATCTGTTTGT
GATGTGGGTGATATGTTTGTTAAACATAATAATTTTTGTGAGTTCTTTGGTCGTCGTATC
AGTGTGAAGTCACAGAATCCTTGTTGTTTGTACTTTTAATTATTTCGATCAATAAAACAT
AAAATT
G

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 4

CO CL2310Contig1 403 4 9 U
GTAGAGCTCTGGCATCGGTTCAGGCTAAATCCTGAAGAAAGCTAGAAAGCGCTGTTTGAT
GAGCCTGCGTCCGATTTGTGAGTTGGTTAGGTAAAGGCTGACCAAGCCAATGATGCTTAG
CTGCCCAGTCGTGCCGAGGAATTCCCGTCCGACCAGAGGAGGGAAGAGAGTGACTAAGCA
GCAGCTCCACTTGTCGCGTACTTCTTTAGCTGCACCGTCATCGCCGGCCGGACAAACCCT
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GGGAAGTCAGAAGGTCTGCAAGCCTCGTCTTCGCCCCTGCTTTAGCTGCACTTGGTGCGT
AAGAGGGAGACCCGGTCGCTCAGATACAGACAGCAGCTCATCT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1HA30JQ C 1
AF RR1GM26JQ C 1
AF RR1HA30TF U 49
AF RR1GM26TF U 1
BS 1 48 RR1GM26TF
BS 49 272 RR1HA30TF
BS 273 273 RR1GM26TF
BS 274 344 RR1HA30TF
BS 345 345 RR1GM26TF
BS 346 382 RR1HA30TF
BS 383 383 RR1GM26TF
BS 384 390 RR1HA30TF
BS 391 403 RR1GM26TF

RD RR1HA30JQ 169 0 0
GTAGAGCTCTGGCATCGGTTCAGGCTAAATCCTGAAGAAAGCTAGAAAGCGCTGTTTGAT
GAGCCTGCGTCCGATTTGTGAGTTGGTTAGGTAAAGGCTGACCAAGCCAATGATGCTTAG
CTGCCCAGTCGTGCCGAGGAATTCCCGTCCGACCAGAGGAGGGAAGAGA

QA 1 169 1 169
DS 

RD RR1GM26JQ 403 0 0
GTAGAGCTCTGGCATCGGTTCAGGCTAAATCCTGAAGAAAGCTAGAAAGCGCTGTTTGAT
GAGCCTGCGTCCGATTTGTGAGTTGGTTAGGTAAAGGCTGACCAAGCCAATGATGCTTAG
CTGCCCAGTCGTGCCGAGGAATTCCCGTCCGACCAGAGGAGGGAAGAGAGTGACTAAGCA
GCAGCTCCACTTGTCGCGTACTTCTTTAGCTGCACCGTCATCGCCGGCCGGACAAACCCT
TCCAACAAATGGGGAGTGGGCCAAAGGAACACGACACATCCAGTGAAGAGATCCCGGACA
GGGAAGTCAGAAGGTCTGCAAGCCTCGTCTTCGCCCCTGCTTTAGCTGCACTTGGTGCGT
AAGAGGGAGACCCGGTCGCTCAGATACAGACAGCAGCTCATCT

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR1HA30TF 342 0 0
GCGCTGTTTGATGAGCCTGCGTCCGATTTGTGAGTTGGTTAGGTAAAGGCTGACCAAGCC
AATGATGCTTAGCTGCCCAGTCGTGCCGAGGAATTCCCGTCCGACCAGAGGAGGGAAGAG
AGTGACTAAGCAGCAGCTCCACTTGTCGCGTACTTCTTTAGCTGCACCGTCATCGCCGGC
CGGACAAACCCTTCCAACAAATGGGGAGTGGGCCAAAGGAACACCACACATCCAGTGAAG
AGATCCCGGACAGGGAAGTCAGAAGGTCTGCAAGCCTCGTCTTCGCCCCTGCTTTATCTG
CACTTGGTGCGTAAGAGGGAGACCCGGTCGCTCATATACAGA

QA 1 342 1 342
DS 

RD RR1GM26TF 403 0 0
GTAGAGCTCTGGCATCGGTTCAGGCTAAATCCTGAAGAAAGCTAGAAAGCGCTGTTTGAT
GAGCCTGCGTCCGATTTGTGAGTTGGTTAGGTAAAGGCTGACCAAGCCAATGATGCTTAG
CTGCCCAGTCGTGCCGAGGAATTCCCGTCCGACCAGAGGAGGGAAGAGAGTGACTAAGCA
GCAGCTCCACTTGTCGCGTACTTCTTTAGCTGCACCGTCATCGCCGGCCGGACAAACCCT
TCCAACAAATGGGGAGTGGGCCAAAGGAACACGACACATCCAGTGAAGAGATCCCGGACA
GGGAAGTCAGAAGGTCTGCAAGCCTCGTCTTCGCCCCTGCTTTAGCTGCACTTGGTGCGT
AAGAGGGAGACCCGGTCGCTCAGATACAGACAGCAGCTCATCT

QA 1 403 1 403
DS 



AS 1 4

CO CL2311Contig1 476 4 4 U
GGAATACACAAAATATCTCCCCCGAGGAAAACAGAGAGATAGAAAAGAAGGAAGAAAGAT
GGGAGCATTCGAGGAAAAGGTGAAGATGAGGGCGATAGAGCTGAAGCGTTTGCTGAAGAA
AGGTATCAAAGTCGTCGGCAAATCCTGCAAGAAGGGATGGTCCAAAGTCAAGAACCTTAA
GCGCTAATGATTCCCTCCATCCTTCCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCATCTTTATCTCTGTG
TTTTCTTTCTTTCTTCCCCTCTAAAAAAAAGATAAGATGCCCTAAGTTTTGTCTTCTGTT
TTTTTCTAATGGTGTGATTGATTTTATATTGATGTAAGTCTTTTCTTAATGGTGTCTTGT
CTTCATTCTTTTCTTCTTCGTCCTAATTACTTACGATATGGTTGGATGTCAACAATACCT
TCTTCAATGGATATGATGAGATCTACTCTTAATACTAAGCAATTATTTTACACATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1A486TF U 1
AF RR1BI83TF U 1
AF RR1HA59TF U 72
AF RR1HA59JQ C 116
BS 1 278 RR1A486TF
BS 279 279 RR1BI83TF
BS 280 449 RR1A486TF
BS 450 476 RR1BI83TF

RD RR1A486TF 449 0 0
GGAATACACAAAATATCTCCCCCGAGGAAAACAGAGAGATAGAAAAGAAGGAAGAAAGAT
GGGAGCATTCGAGGAAAAGGTGAAGATGAGGGCGATAGAGCTGAAGCGTTTGCTGAAGAA
AGGTATCAAAGTCGTCGGCAAATCCTGCAAGAAGGGATGGTCCAAAGTCAAGAACCTTAA
GCGCTAATGATTCCCTCCATCCTTCCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCATCTTTATCTCTGTG
TTTTCTTTCTTTCTTCCCCTCTAAAAAAAAGATAAGATACCCTAAGTTTTGTCTTCTGTT
TTTTTCTAATGGTGTGATTGATTTTATATTGATGTAAGTCTTTTCTTAATGGTGTCTTGT
CTTCATTCTTTTCTTCTTCGTCCTAATTACTTACGATATGGTTGGATGTCAACAATACCT
TCTTCAATGGATATGATGAGATCTACTCT

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR1BI83TF 476 0 0
GGAATACACAAAATATCTCCCCCGAGGAAAACAGAGAGATAGAAAAGAAGGAAGAAAGAT
GGGAGCATTCGAGGAAAAGGTGAAGATGAGGGCGATAGAGCTGAAGCGTTTGCTGAAGAA
AGGTATCAAAGTCGTCGGCAAATCCTGCAAGAAGGGATGGTCCAAAGTCAAGAACCTTAA
GCGCTAATGATTCCCTCCATCCTTCCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCATCTTTATCTCTGTG
TTTTCTTTCTTTCTTCCCCTCTAAAAAAA*GATAAGATGCCCTAAGTTTTGTCTTCTGTT
TTTTTCTAATGGTGTGATTGATTTTATATTGATGTAAGTCTTTTCTTAATGGTGTCTTGT
CTTCATTCTTTTCTTCTTCGTCCTAATTACTTACAATATGGTTGGATGTCAACAATACCT
TCTTCAATGGATATGATGAGATCTACTCTTAATACTAAGCAATTATTTTACACATC

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR1HA59TF 400 0 0
G
GGAAAAGGTGAAGATGAGGGCGATAGAGCTGAAGCGTTTGCTGAAGAAAGGTATCAAAGT
CGTCGGCAAATCCTGCAAGAAGGGATGGTCCAAAGTCAAGAACCTTAAGCGCTAATGATT
CCCTCCATCCTTCCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCATCTTTATCTCTGTGTTTTCTTTCTTT
CTTCCCCTCTAAAAAAAAGATAAGATGCCCTAAGTTTTGTCTTCTGTTTTTTTCTAATGG
TGTGATTGATTTTATATTGATGTAAGTCTTTTCTTAATGGTGTCTTGTCTTCATTCTTTT
CTTCTTCGTCCTAATTACTTACGATATGGTTGGATGTCAACAATACCTTCTTCAATGGAT
ATGATGAGATCTACTCTTAATACTAAGCAATTATTTTAC

QA 2 400 2 400
DS 

RD RR1HA59JQ 338 0 0
AAGAAAGGTATCAAAGTCGTCGGCAAATCCTGCAAGAAGGGATGGTCCAAAGTCAAGAAC
CTTAAGCGCTAATGATTCCCTCCATCCTTCCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCATTTTTATCT
CTGTGTTTTCTTTCTTTCTTCCCCTCTAAAAAAAAGATAAGATGCCCTAAGTTTTGTTTT
CTGTTTTTTTCTAATGGTGGGATTGATTTTATATTGATGTAAGTCTTTTCTTAATGGTGT
CTTGTCTTCATTCTTTTTTTTTTCGTCCTAATTACTTACGATATGGTTGGATGTCAACAA
TCCCTTTTTCAATGGATATGATGAGATTTACTCT
TAAT

QA 1 334 1 334
DS 



AS 1 4

CO CL2312Contig1 782 4 10 U
GGAATCGTGAACGTCTCTCTCCTCCACAAGCTCCACGAGAAAGGATCGGAATCCGAATCC
ATCAGTTACTCTCGCCGCCGGTGAATCGCCGGCGTAATCAGCAAACTGAAAAATCGTTAG
TCGGTCCGAGAAAGGGAATAGATTGTTGTTTACTGATGCGTAGAAGCGGTTAGTTTCTGA
ACGATAAGAATGTCTCTGAGGATAAAATTAGTGGTGGATAAGTTTGTGGAGGAGCTAAAG
CAAGCACTCGACGCCGACATACAAGATCGGATCATGAAGGAGAGGGAGATGCAGAGCTAC
ATCGAGGAGCGAGAGCGCGAAGTCGCTGAGCGAGAAGCCGCCTGGAAAGCCGAGCTCTCT
CGCCGCGAGACGGAGATTGCTAGACAGGAAGCTAGGTTGAAGATGGAGAGAGAGAATCTG
GAGAAGGAGAAGAGCGTTCTCATGGGGACGGCGTCGAATCAGGATAATCAAGACGGGGCT
CTGGAGATTACTGTGAGTGGTGAGAAGTATCGCTGCCTTAGATTCTCCAAGGCCAAGAAA
TGACTCTGCACAAACCCGACTTCTACGGTTTTCTGCTTAGGGTTTGTTTGATTCATGTGT
CTTGTGGTACATTGTACTCTCTTTTACTTAGGGCCTTTCTAGTGGAACACAAAATGAAGA
ACATTTAGGGCTCAATGTTGGTTTGGAGATCGTATGTTCTTGGAAGATGTATTCTTTTGT
GGTCTTGTTAGATTTGCTGGACCGGCAGACAAATTTGGTCCGACATGGTATCTCTCTCAA
GG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1FW44TF U 1
AF RR1G909TF U 24
AF RR1G280TF U 1
AF RR1G909JQ C 230
BS 1 366 RR1FW44TF
BS 367 367 RR1G909TF
BS 368 462 RR1FW44TF
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BS 464 506 RR1FW44TF
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BS 566 566 RR1G909TF
BS 567 657 RR1FW44TF
BS 658 782 RR1G909JQ

RD RR1FW44TF 657 0 0
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ATCAGTTACTCTCGCCGCCGGTGAATCGCCGGCGTAATCAGCAAACTGAAAAATCGTTAG
TCGGTCCGAGAAAGGGAATAGATTGTTGTTTACTGATGCGTAGAAGCGGTTAGTTTCTGA
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CGCCGCTAGACGGAGATTGCTAGACAGGAAGCTAGGTTGAAGATGGAGAGAGAGAATCTG
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CTGGAGATTACTGTGAGTGGTGAGAATTATCGCTGCCTTAGATTCTCCAAGGCCAAGAAA
TGACTCTGCACAAACCCGACTTCTATGGTTTTCTGCTTAGGGTTTGTTTGATTCATGTGT
CTTGTGGTACATTGTACTCTCTTTTACTTAGGGCCTTTCTAGTGGAACACAAAATGA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1G909TF 604 0 0
GG
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TTGTTTACTGATGCGTAGAAGCGGTTAGTTTCTGAACGATAAGAATGTCTCTGAGGATAA
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CTGAGCGAGAAGCCGCCTGGAAAGCCGAGCTCTCTCGCCGCGAGACGGAGATTGCTAGAC
AGGAAGCTAGGTTGAAGATGGAGAGAGAGAATCTGGAGAAGGAGAAGAGCGTTCTCATGG
GGACGGCGTCGAATCAGGATAATCAAGACGGGGCTCTGGAGATTACTGTGAGTGGTGAGA
AGTATCGCTGCCTTAGATTCTCCAAGGCCAAGAAATGACTCTGCACAAACCCGACTTCTA
CGGTTTTCTGCTTAGGGTTTGTTTGATTCATGTGTCTTGTGGTACATTGTACTCTCTTTT
AC

QA 3 604 3 604
DS 

RD RR1G280TF 627 0 0
GGAATCGTGAACGTCTCTCTCCTCCACAAGCTCCACGAGAAAGGGTCGGAATCCGAATCC
ATCAGTTACTCTCGCCGCCGGTGAATCGCCGGCGTAATCAGCAAACTGAAAAATCGTTAG
TCGGTCCGAGAAAGGGAATAGATTGTTGTTTACTGATGCGTAGAAGCGGTTAGTTTCTGA
ACGATAAGAATGTCTCTGAGGATAAAATTAGTGGTGGATAAGTTTGTGGAGGAGCTAAAG
CAAGCACTCGACGCCGACATACAAGATCGGATCATGAAGGAGAGGGAGATGCAGAGCTAC
ATCGAGGAGCGAGAGCGCGAAGTCGCTGAGCGAGAAGCCGCCTGGAAAGCCGAGCTCTCT
CGCCGCTAGACGGAGATTGCTAGACAGGAAGCTAGGTTGAAGATGGAGAGAGAGAATCTG
GAGAAGGAGAAGAGCGTTCTCATGGGGACGGCGTCGAATCAGTATAATCAAGACGGGGCT
CTGGAGATTACTGTGAGTGGTGAGAATTATCGCTGCCTTAGATTCTCCAAGGCCAAGAAA
TGACTCTGCACAAACCCGACTTCTATGGTTT*CTGCTTAGGGTTTGTTTGATTCATGTGT
CTTGTGGTACATTGTACTCTCTTTTAC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1G909JQ 553 0 0
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GAGAGAATCTGGAGAAGGAGAAGAGCGTTCTCATGGGGACGGCGTCGAATCAGGATAATC
AAGACGGGGCTCTGGAGATTACTGTGAGTGGTGAGAAGTATCGCTGCCTTAGATTCTCCA
AGGCCAAGAAATGACTCTGCACAAACCCGACTTTTACGGTTTTCTGCTTAGGGTTTGTTT
GATTCATGTGTCTTGTGGTACATTGTACTCTCTTTTACTTAGGGCCTTTCTAGTGGAACA
CAAAATGAAGAACATTTAGGGCTCAATGTTGGTTTGGAGATCGTATGTTCTTGGAAGATG
TATTCTTTTGTGGTCTTGTTAGATTTGCTGGACCGGCAGACAAATTTGGTCCGACATGGT
ATCTCTCTCAAGG

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 4

CO CL2313Contig1 693 4 9 U
GGACATCCAACAGGAAAACACAAGCTTCTAAACACCAATTAAAAGCAACTAAGTTTTCAT
ATTTTCTTATCACACAAAAAAAGAAGAAGAAGAGGGAAGCAAGCAAGAAGCAATGGCTTC
GGCTCTGAAACTCTTCACATGCCTTGTTTTGACGGTTTACATAGCTGCATCGGTAGATAC
ATCAATCTCATGTAACGCAGTGGCAAGTTGCATAGCTCCTTGTGTCCCCTACCTAAGACA
AGGCGGGGTCGTGACGCCTGCATGTTGTGGAGGAATGAGAAATTTGAATGGTTTAGCTCA
AACCACACTAGACCGTCAACAAGCATGCAAATGCGTACAGTCCATTATAAGTTCCATCCC
TGGTCTCAACCCAAATCTAGCTGCTGGTCCTCCTGGACGGTGCGGTGTTAGCTTTCCCTA
TCCTATCTCGGCGAGCAATAACTGCGACAGAGTCAGGGGAAGTTGGAACTCATATATCAT
CATGAAGATGAATGGTATAGTCTAGAATAAATAAAACAACAAGCCTATGTACGTTAATCT
GAGCATGCCCTACGTTTTTGTCTTGTATTTATTTTGTTGTTGAAAAGTTTGTCAAGTTGT
AATCTTTTGAGTCATCTCGTTGTAATGACAACTTCCCAATCATTTATGTCCAACTTACAA
AAATAAACAAGATTCTGAAGTAACCATTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EO94JQ C 404
AF RR1EO94TF U 5
AF RR1B489JQ C 1
AF RR1B489TF U 577
BS 1 6 RR1B489JQ
BS 7 178 RR1EO94TF
BS 179 179 RR1B489JQ
BS 180 576 RR1EO94TF
BS 577 609 RR1B489TF
BS 610 610 RR1EO94TF
BS 611 637 RR1B489TF
BS 638 638 RR1B489JQ
BS 639 693 RR1B489TF

RD RR1EO94JQ 238 0 0
GGTGTTAGCTTTCCCTATCCTATTTCGGCGAGCAATAACTGGGACAGAGTCAGGGGAAGT
TGGAACTCATATATCATCATGAAGATGAATGGTATAGTTTAGAATAAATAAAACAACAAG
CCTATGTACGTTAATCTGAGCATGCCCTACGTTTTTGTTTTGTATTTATTTTGTTGTTGA
AAAGTTTGTCAAGTTGTAATCTTTTGAGTCATCTCGTTGTAATGACAACTTCCC
AATC

QA 1 234 1 234
DS 

RD RR1EO94TF 634 0 0
GG
CCAACAGGAAAACACAAGCTTCTAAACACCAATTAAAAGCAACTAAGTTTTCATATTTTC
TTATCACACAAAAAAAGAAGAAGAAGAGGGAAGCAAGCAAGAAGCAATGGCTTCGGCTCT
GAAACTCTTCACATGCCTTGTTTTGACGGTTTACATAGCTGCATCGGTAGATGCATCAAT
CTCATGTAACGCAGTGGCAAGTTGCATAGCTCCTTGTGTCCCCTACCTAAGACAAGGCGG
GGTCGTGACGCCTGCATGTTGTGGAGGAATGAGAAATTTGAATGGTTTAGCTCAAACCAC
ACTAGACCGTCAACAAGCATGCAAATGCGTACAGTCCATTATAAGTTCCATCCCTGGTCT
CAACCCAAATCTAGCTGCTGGTCCTCCTGGACGGTGCGGTGTTAGCTTTCCCTATCCTAT
CTCGGCGAGCAATAACTGCGACAGAGTCAGGGGAAGTTGGAACTCATATATCATCATGAA
GATGAATGGTATAGTCTAGAATAAATAAAACAACAAGCCTATGTACGTTAATCTGAGCAT
GCCCTACGTTTTTGTCTTGTATTTATTTTGTTGTTGAAAAGTTTGTCAAGTTGTAATCTT
TTGAGTCATCTCGTTGTAATGACAACTTCCC
A

QA 3 633 3 633
DS 

RD RR1B489JQ 693 0 0
GGACATCCAACAGGAAAACACAAGCTTCTAAACACCAATTAAAAGCAACTAAGTTTTCAT
ATTTTCTTATCACACAAAAAAAGAAGAAGAAGAGGGAAGCAAGCAAGAAGCAATGGCTTC
GGCTCTGAAACTCTTCACATGCCTTGTTTTGACGGTTTACATAGCTGCATCGGTAGATAC
ATCAATCTTATGTAACGCAGTGGCAAGTTGCATAGCTCCTTGTGTCCCCTACCTAAGACA
AGGCGGGGTCGTGACGCCTGCATGTTGTGGAGGAATGAGAAATTTGAATGGTTTAGCTCA
AACCACACTAGACCGTCAACAAGCATGCAAATGCGTACAGTCCATTATAAGTTCCATCCC
TGGTCTCAACCCAAATCTAGCTGCTGGTCTTCCTGGACGGTGCGGTGTTAGCTTTCCCTA
TCCTATCTCGGCGAGCAATAACTGCGACAGAGTCAGGGGAAGTTGGAACTCATATATCAT
CATGAAGATGAATGGTATAGTCTAGAATAAATAAAACAACAAGCCTATGTACGTTAATCT
GAGCATGCCCTACGTTTTTGTCTTGTATTTATTTTGTTGTTGAAAAGTTTGTCAAGTTGT
AATCTTTTGGGTCATCTCGTTGTAATGACAACTTCCCAATCATTTATGTCCAACTTACAA
AAATAAACAAGATTCTGAAGTAACCATTTATAT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1B489TF 117 0 0
TTGTTGAAAAGTTTGTCAAGTTGTAATCTTTTGGGTCATCTCGTTGTAATGACAACTTCC
CCATCATTTATGTCCAACTTACAAAAATAAACAAGATTCTGAAGTAACCATTTATAT

QA 1 117 1 117
DS 



AS 1 4

CO CL2314Contig1 721 4 1 U
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CTCCAGAGAAATCACTTAGAGATGAATACAACATGCCCGAGACAAGCCTCCAATGTGGTC
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TATATGGTTTACTCGTATATACATGGAATTGACATGTATCTTATGTCTACCTTAAGTAAC
TTTTTTTCTTTTCAAGAAGCATTAGTCTTCTCTTTGTTTTTTTTGTTTCTTCACTTTTTG
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C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1ES27JQ C 368
AF RR1ES27TF U 368
AF RR1DQ47TF U 1
AF RR1DQ47JQ C 12
BS 1 721 RR1DQ47TF

RD RR1ES27JQ 345 0 0
GAAATCACTTAGAGATGAATACAACATGCCCGAGACAAGCCTCCAATGTGGTCTCGTCAA
AAACACACCTAAGCCTGCTAACCCTTACGCTGGTGCCTAAGTTTAAAACTATTAAAAATG
CAACGAAAGAGTTTTGACTCTTCTGTTGATTTTCCGAAATTAATTTTTAAAATTATATGG
TTTACTCGTATATACATGGAATTGACATGTATCTTATGTCTACCTTAAGTAACTTTTTTT
CTTTTCAAGAAGCATTAGTCTTCTCTTTGTTTTTTTTGTTTCTTCACTTTTTGTAACAAT
TATGTAATGTATCCATAATCTTGATGAAATAAGCAAAAGAGATCT

QA 1 345 1 345
DS 

RD RR1ES27TF 345 0 0
GAAATCACTTAGAGATGAATACAACATGCCCGAGACAAGCCTCCAATGTGGTCTCGTCAA
AAACACACCTAAGCCTGCTAACCCTTACGCTGGTGCCTAAGTTTAAAACTATTAAAAATG
CAACGAAAGAGTTTTGACTCTTCTGTTGATTTTCCGAAATTAATTTTTAAAATTATATGG
TTTACTCGTATATACATGGAATTGACATGTATCTTATGTCTACCTTAAGTAACTTTTTTT
CTTTTCAAGAAGCATTAGTCTTCTCTTTGTTTTTTTTGTTTCTTCACTTTTTGTAACAAT
TATGTAATGTATCCATAATCTTGATGAAATAAGCAAAAGAGATCT

QA 1 345 1 345
DS 

RD RR1DQ47TF 721 0 0
GCATCACCGATGACCCGACTCCGGAACAGATCAAGACCATCAAGGTCGAGCCTAACGTTC
TTAACATCACTCACCGCACCTTCATCGAGGTGGTGTTCGAGAACCACGAGAAGAGTGTTC
AGTCTTGGCACTTGGACGGTTATTCTTTCTTCTCCGTTGCTGTTGAGCCAGGGACTTGGA
CCCCAGAGAAGAGGAAGAACTACAACCTCTTGGATGCAGTGAGCAGACACACAGTTCAAG
TCTACCCGAAGTGCTGGGCAGCAATCTTGCTCACATTTGATAACTGTGGAATGTGGAACG
TTCGATCTGAGAACACAGAGAGACGTTACTTAGGACAGCAGCTTTACGTCAGCGTCTTGT
CTCCAGAGAAATCACTTAGAGATGAATACAACATGCCCGAGACAAGCCTCCAATGTGGTC
TCGTCAAAAACACACCTAAGCCTGCTAACCCTTACGCTGGTGCCTAAGTTTAAAACTATT
AAAAATGCAACGAAAGAGTTTTGACTCTTCTGTTGATTTTCCGAAATTAATTTTTAAAAT
TATATGGTTTACTCGTATATACATGGAATTGACATGTATCTTATGTCTACCTTAAGTAAC
TTTTTTTCTTTTCAAGAAGCATTAGTCTTCTCTTTGTTTTTTTTGTTTCTTCACTTTTTG
TAACAATTATGTAATGTATCCATAATCTTGATGAAATAAGCAAAAGAGATCTTATTTGTC
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1DQ47JQ 710 0 0
GACCCGACTCCGGAACAGATCAAGACCATCAAGGTCGAGCCTAACGTTCTTAACATCACT
CACCGCACCTTCATCGAGGTGGTGTTCGAGAACCACGAGAAGAGTGTTCAGTCTTGGCAC
TTGGACGGTTATTCTTTCTTCTCCGTTGCTGTTGAGCCAGGGACTTGGACCCCAGAGAAG
AGGAAGAACTACAACCTCTTGGATGCAGTGAGCAGACACACAGTTCAAGTCTACCCGAAG
TGCTGGGCAGCAATCTTGCTCACATTTGATAACTGTGGAATGTGGAACGTTCGATCTGAG
AACACAGAGAGACGTTACTTAGGACAGCAGCTTTACGTCAGCGTCTTGTCTCCAGAGAAA
TCACTTAGAGATGAATACAACATGCCCGAGACAAGCCTCCAATGTGGTCTCGTCAAAAAC
ACACCTAAGCCTGCTAACCCTTACGCTGGTGCCTAAGTTTAAAACTATTAAAAATGCAAC
GAAAGAGTTTTGACTCTTCTGTTGATTTTCCGAAATTAATTTTTAAAATTATATGGTTTA
CTCGTATATACATGGAATTGACATGTATCTTATGTCTACCTTAAGTAACTTTTTTTCTTT
TCAAGAAGCATTAGTCTTCTCTTTGTTTTTTTTGTTTCTTCACTTTTTGTAACAATTATG
TAATGTATCCATAATCTTGATGAAATAAGCAAAAGAGATCTTATTTGTCC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 2 4

CO CL2315Contig1 851 2 4 U
GCTAAACTTCTCATTAAATTAACAAAACGGATGGTTTCAATTTTCATCATACAAAAAAAT
CTCAAGCTACCGATGATAAAAATAAAATAAAAATCTCACTACTACAACACAACACCCCTT
CATCGAACGAGACTCCAGGTTAGGTCCAGGACCATTTTAGATCCTACCAAGAACCCTCTC
AGCCGCAGCAATCGTGAACTGTATATCCTCTTGAGTGTGAGCCAAGCTAGTAAACCCAGC
TTCGAACTGAGACGGCGCAAAGTAAACACCTTCTTCCAACATTCCCCTAAAGAACCTACC
AAACTTCTCCGTATCACTCTTCTTGGCATCCGCAAAGTTGTACACCGGTCCTTCCGTGAA
AAAGAAACCGAACATACCGCTTATGTAACCGCCGCACATTGCATGTCCGGTTTTCTTCCC
GGCTTCTAAGATGCCGTTGGTTAGCTCCTTTGTGATCTTGTCTAGATACTCGTATGTTCC
TGGCTGCTTTAGCCGCTTCAGTGTATGAATACCTGCAGTCATTGCCAGAGGGTTACCACT
TAGTGTCCCGGCTTGGTACATTGGTCCTGCAGGAGCAACCATCTCCATAATATCTCGTCT
TCCACCATAAGCTCCCACTGGAAGACCGCCACCGATGATTTTCCCAAGAGTAGTCAAGTC
AGGAGTGATTCCAAAGTACTCTTGAGCTCCACCATAAGCTAAACGAAAGCCAGTCATGAC
TTCATCAAAGATGAGAAGCGCACCATTGTCTCTACTCAGCTGACGCAAACCATTGATGAA
CTCAGCGTAGAGTGATGAACCCCGAGTTACCAACAACAGCTCGAGGATATCGCAGAGATC
TCCCTTTATGC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AK48JQ U 1
AF RR1FE43JQ U 4
BS 1 278 RR1AK48JQ
BS 279 279 RR1FE43JQ
BS 280 753 RR1AK48JQ
BS 754 851 RR1FE43JQ

RD RR1AK48JQ 753 0 0
GCTAAACTTCTCATTAAATTAACAAAACGGATGGTTTCAATTTTCATCATACAAAAAAAT
CTCAAGCTACCGATGATAAAAATAAAATAAAAATCTCACTACTACAACACAACACCCCTT
CATCGAACGAGACTCCAGGTTAGGTCCAGGACCATTTTAGATCCTACCAAGAACCCTCTC
AGCCGCAGCAATCGTGAACTGTATATCCTCTTGAGTGTGAGCCAAGCTAGTAAACCCAGC
TTCGAACTGAGACGGCGCAAAGTAAACACCTTCTTCCAGCATTCCCCTAAAGAACCTACC
AAACTTCTCCGTATCACTCTTCTTGGCATCCGCAAAGTTGTACACCGGTCCTTCCGTGAA
AAAGAAACCGAACATACCGCTTATGTAACCGCCGCACATTGCATGTCCGGTTTTCTTCCC
GGCTTCTAAGATGCCGTTGGTTAGCTCCTTTGTGATCTTGTCTAGATACTCGTATGTTCC
TGGCTGCTTTAGCCGCTTCAGTGTATGAATACCTGCAGTCATTGCCAGAGGGTTACCACT
TAGTGTCCCGGCTTGGTACATTGGTCCTGCAGGAGCAACCATCTCCATAATATCTCGTCT
TCCACCATAAGCTCCCACTGGAAGACCGCCACCGATGATTTTCCCAAGAGTAGTCAAGTC
AGGAGTGATTCCAAAGTACTCTTGAGCTCCACCATAAGCTAAACGAAAGCCAGTCATGAC
TTCATCAAAGATGAGAAGCGCACCATTGTCTCT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1FE43JQ 848 0 0
AAACTTCTCATTAAATTAACAAAACGGATGGTTTCAATTTTCATCATACAAAAAAATCTC
AAGCTACCGATGATAAAAATAAAATAAAAATCTCACTACTACAACACAACACCCCTTCAT
CGAACGAGACTCCAGGTTAGGTCCAGGACCATTTTAGATCCTACCAAGAACCCTCTCAGC
CGCAGCAATCGTGAACTGTATATCCTCTTGAGTGTGAGCCAAGCTAGTAAACCCAGCTTC
GAACTGAGACGGCGCAAAGTAAACACCTTCTTCCAACATTCCCCTAAAGAACCTACCAAA
CTTCTCCGTATCACTCTTCTTGGCATCCGCAAAGTTGTACACCGGTCCTTCCGTGAAAAA
GAAACCGAACATACCGCTTATGTAACCGCCGCACATTGCATGTCCGGTTTTCTTCCCGGC
TTCTAAGATGCCGTTGGTTAGCTCCTTTGTGATCTTGTCTAGATACTCGTATGTTCCTGG
CTGCTTTAGCCGCTTCAGTGTATGAATACCTGCAGTCATTGCCAGAGGGTTACCACTTAG
TGTCCCGGCTTGGTACATTGGTCCTGCAGGAGCAACCATCTCCATAATATCTCGTCTTCC
ACCATAAGCTCCCACTGGAAGACCGCCACCGATGATTTTCCCAAGAGTAGTCAAGTCAGG
AGTGATTCCAAAGTACTCTTGAGCTCCACCATAAGCTAAACGAAAGCCAGTCATGACTTC
ATCAAAGATGAGAAGCGCACCATTGTCTCTACTCAGCTGACGCAAACCATTGATGAACTC
AGCGTAGAGTGATGAACCCCGAGTTACCAACAACAGCTCGAGGATATCGCAGAGATCTCC
CTTTATGC

QA 1 848 1 848
DS 



CO CL2315Contig2 1024 2 2 U
TTGACTCTTCTCCTCACAACTCCGACCGCTCGAGCAAAGATGTCGGCGACGCTTACAGGA
TCAGGAACCGCATTGGGCTTCTCATGCTCCTCAAAGATCTCTAAGAGAGTCTCTCCTTCG
AATTCTAACCGATGCTCCATCAAAATGTCAGTCTCTGTCGACGAGAAGAAGAGAAGCTTC
ACTCTTCAAAAATCCGAAGAAGCTTTCAACGCTGCCAAGAATCTGATGCCTGGAGGTGTG
AACTCCCCTGTTCGAGCCTTCAAGTCCGTAGTGGACAACCTGTTCTGATTGATTCAGTTA
AAGGCTCAAAGATGTGGGACATTGATGGTAATGAGTACATTGACTATGTCGGATCTTGGG
GTCCTGCTATCATCGGCCATGCTGATGATGAGGTTCTCGCGGCTTTAGCTGAGACGATGA
AGAAAGGAACAAGCTTCGGCGCTCCTTGTCTCTTGGAGAATGTTCTAGCTGAGATGGTTA
TATCAGCTGTTCCCAGCATTGAGATGGTTCGGTTTGTCAACTCCGGAACCGAAGCTTGTA
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GGTGTTACCACGGTCACGCCAACGCCTTCCTTGTTAAAGCTGGTAGTGGTGTAGCCACTC
TGGGGCTACCTGACTCGCCTGGTGTACCTAAAGCAGCTACTTCGGATACTCTCACAGCTC
CTTACAATGATATCGAAGCTGTTGCGAAGCTTTTTGAGGCGCATAAAGGGGAGATCTCTG
CGATTATCCTCGAGCCTGTTGTTGGTAACTCGGGGTTCATCACTCCTACGCCTGAGTTCA
TCAATGGTTTGCGTCAGCTGAGTAGAGACAATGGTGCGCTTCTCATCTTTGATGAAGTCA
TGACTGGCTTTCGTTTAGCTTATGGTGGAGCTCAAGAGTACTTTGGAATCACTCCTGACT
TGACTACTCTTGGGAAAATCATCGGTGGCGGTCTTCCAGTGGGAGCTTATGGTGGAAGAC
GAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1AK48TF U 1
AF RR1FE43TF U 308
BS 1 744 RR1AK48TF
BS 745 1024 RR1FE43TF

RD RR1AK48TF 744 0 0
TTGACTCTTCTCCTCACAACTCCGACCGCTCGAGCAAAGATGTCGGCGACGCTTACAGGA
TCAGGAACCGCATTGGGCTTCTCATGCTCCTCAAAGATCTCTAAGAGAGTCTCTCCTTCG
AATTCTAACCGATGCTCCATCAAAATGTCAGTCTCTGTCGACGAGAAGAAGAGAAGCTTC
ACTCTTCAAAAATCCGAAGAAGCTTTCAACGCTGCCAAGAATCTGATGCCTGGAGGTGTG
AACTCCCCTGTTCGAGCCTTCAAGTCCGTAGTGGACAACCTGTTCTGATTGATTCAGTTA
AAGGCTCAAAGATGTGGGACATTGATGGTAATGAGTACATTGACTATGTCGGATCTTGGG
GTCCTGCTATCATCGGCCATGCTGATGATGAGGTTCTCGCGGCTTTAGCTGAGACGATGA
AGAAAGGAACAAGCTTCGGCGCTCCTTGTCTCTTGGAGAATGTTCTAGCTGAGATGGTTA
TATCAGCTGTTCCCAGCATTGAGATGGTTCGGTTTGTCAACTCCGGAACCGAAGCTTGTA
TGGGAGTTCTCCGTCTCGCACGAGCCTTCACCAACAAAGAGAAGTTCATCAAGTTTGAAG
GGTGTTACCACGGTCACGCCAACGCCTTCCTTGTTAAAGCTGGTAGTGGTGTAGCCACTC
TGGGGCTACCTGACTCGCCTGGTGTACCTAAAGCAGCTACTTCGGATACTCTCACAGCTC
CTTACAATGATATCGAAGCTGTTG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1FE43TF 717 0 0
G
AAGATGTGGGACATTGATGGTAATGAGTACATTGACTATGTCGGATCTTGGGGTCCTGCT
ATCATCGGCCATGCTGATGATGAGGTTCTCGCGGCTTTAGCTGAGACGATGAAGAAAGGA
ACAAGCTTCGGCGCTCCTTGTCTCTTGGAGAATGTTCTAGCTGAGATGGTTATATCAGCT
GTTCCCAGCATTGAGATGGTTCGGTTTGTCAACTCCGGAACCGAAGCTTGTATGGGAGTT
CTCCGTCTCGCACGAGCCTTCACCAACAAAGAGAAGTTCATCAAGTTTGAAGGGTGTTAC
CACGGTCACGCCAACGCCTTCCTTGTTAAAGCTGGTAGTGGTGTAGCCACTCTGGGGCTA
CCTGACTCGCCTGGTGTACCTAAAGCAGCTACTTCGGATACTCTCACAGCTCCTTACAAT
GATATCGAAGCTGTTGCGAAGCTTTTTGAGGCGCATAAAGGGGAGATCTCTGCGATTATC
CTCGAGCCTGTTGTTGGTAACTCGGGGTTCATCACTCCTACGCCTGAGTTCATCAATGGT
TTGCGTCAGCTGAGTAGAGACAATGGTGCGCTTCTCATCTTTGATGAAGTCATGACTGGC
TTTCGTTTAGCTTATGGTGGAGCTCAAGAGTACTTTGGAATCACTCCTGACTTGACTACT
CTTGGGAAAATCATCGGTGGCGGTCTTCCAGTGGGAGCTTATGGTGGAAGACGAGA

QA 2 717 2 717
DS 



AS 1 4

CO CL2316Contig1 631 4 7 U
GGAGATCAGGTTTTACAGTGAGTGCAATCTTAGAGAGAAAAAGAAGATAGAGAATGTCTC
ACAGTCACGGGAACGCTCCGTCGGCGAACGATCCACGTCAGCCACCGGCGGCGAAACCTT
ACACTCCGCGGCCTATTGCGCCGGAGGATCTCCCCGTTGGCTACTCCGGATTCATCGCTG
TTATCCTCGGCGTCTCTGGCGTTATGTTCAGGTACAAGATATGCTCGTGGCTTGCGCTTA
TATTCTGTGCTCAGTCGCTGGCCAATATGAGGAACTTGGAGACTGATTTGAAGCAGATCT
CCATGGCTATGATGTTTGCTATAATGGGATTGGTCACAAACTACTTGGGACCTAATAGAC
CCGCGACAAAGAAATAATTCTCTCAACTGCTCTGCTTTCTTTATATTACATCTTCTTTTA
TCAAATCTTGTTTGGTTCTTGTTTCAGCACTTTTTTAAGTTATAAGTTGCGACATGGTGA
AATTTGAAGCCTAGCGTTTTGTTTTGGTGAAAACTTGTGTTCGATTCTCATTGTTCTTTA
CGTGTTTTGTGTAACGAACTATAGACCAGAGCACATGTTTTAAGGTTCTCATTTCAGACA
TAGAGAGAATTTGAATTCCAACTTTATGTTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB31TF U 17
AF RR1B936TF U 1
AF RR1F956JQ C 1
AF RR1F956TF U 1
BS 1 104 RR1B936TF
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BS 106 159 RR1B936TF
BS 160 160 RR1F956TF
BS 161 601 RR1B936TF
BS 602 602 RR1F956TF
BS 603 631 RR1B936TF

RD RR1GB31TF 565 0 0
GGG
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GTCGGCGAACGATCCACGTCAGCCATCGGCGGCGAAACCTTACACTCCGCGGCCTATTGC
GCCGGAGGATCTCCCCGTTGACTACTCCGGATTCATCGCTGTTATCCTCGGCGTCTCTGG
CGTTATGTTCAGGTACAAGATATGCTCGTGGCTTGCGCTTATATTCTGTGCTCAGTCGCT
GGCCAATATGAGGAACTTGGAGACTGATTTGAAGCAGATCTCCATGGCTATGATGTTTGC
TATAATGGGATTGGTCACAAACTACTTGGGACCTAATAGACCCGCGACAAAGAAATAATT
CTCTCAACTGCTCTGCTTTCTTTATATTACATCTTCTTTTATCAAATCTTGTTTGGTTCT
TGTTTCAGCACTTTTTTAAGTTATAAGTTGCGACATGGTGAAATTTGAAGCCTAGCGTTT
TGTTTTGGTGGAAACTTGTGTTCGATATTCATTGTTCTTTACGTGTTTTGTGTAACGAAC
TATAGACCAGAGCACATGTTTT

QA 4 565 4 565
DS 

RD RR1B936TF 631 0 0
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ACACTCCGCGGCCTATTGCGCCGGAGGATCTCCCCGTTGACTACTCCGGATTCATCGCTG
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CCGCGACAAAGAAATAATTCTCTCAACTGCTCTGCTTTCTTTATATTACATCTTCTTTTA
TCAAATCTTGTTTGGTTCTTGTTTCAGCACTTTTTTAAGTTATAAGTTGCGACATGGTGA
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TGGAGAGAATTTGAATTCCAACTTTATGTTT

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DS 

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TATTCTGTGCTCAGTCGCTGGCCAATATGAGGAACTTGGAGACTGATTTGAAGCAGATCT
CCATGGCTATGATGTTTGCTATAATGGGATTGGTCACAAACTACTTGGGACCTAATAGAC
CCGCGACAAAGAAATAATTCTCTCAACTGCTCTGCTTTCTTTATATTACATCTTCTTTTA
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TAGAGAGAATTTGAATTC

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DS 

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ACACTCCGCGGCCTATTGCGCCGGAGGATCTCCCCGTTGGCTACTCCGGATTCATCGCTG
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TATTCTGTGCTCAGTCGCTGGCCAATATGAGGAACTTGGAGACTGATTTGAAGCAGATCT
CCATGGCTATGATGTTTGCTATAATGGGATTGGTCACAAACTACTTGGGACCTAATAGAC
CCGCGACAAAGAAATAATTCTCTCAACTGCTCTGCTTTCTTTATATTACATCTTCTTTTA
TCAAATCTTGTTTGGTTCTTGTTTCAGCACTTTTTTAAGTTATAAGTTGCGACATGGTGA
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TAGAGAGAATTTGAATTC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 4

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TTGTTTTTAAAGTGATTTAGCTCTAATATTAATTAGTCTATCTAGTTTGTATAAACACGA
GCTTTGTTCCAC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1GB63JQ C 1
AF RR1GT56JQ C 1
AF RR1GB63TF U 1
AF RR1GT56TF U 1
BS 1 432 RR1GB63TF

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GCTTTGTTCCAC

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DS 

RD RR1GT56JQ 432 0 0
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GCTTTGTTCCAC

QA 1 432 1 432
DS 

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GCTTTGTTCCAC

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR1GT56TF 432 0 0
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GCTTTGTTCCAC

QA 1 432 1 432
DS 



AS 1 3

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CCAAAAACTCTCGCTCCTTGTTTAATGTCATCATTCTTGAAAAGTTTTGTGATACTCCAT
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TTTTCCCCGAGCTTTTTTTTCCCAGCCGCGTAAAATATGACGCGAATGCCGTCTCTGGTG
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TTGCTTGGATTTTCTATATAGATCGTACTAACATAGAGAAAACATTGGTCGTACCATATC
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ACGGAAGCAGAATTTTCTGCCGTGGTTAGATTACTTTTTTGTGTGAAACCGACATTCTCA
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AGTGACGAAACACTATGTATCATGAGAAATTGCATGGAAAAAATAGGAAAAGAAAATCGT
TTGGATAAAGAATATGAAAATTTCATTGTTATAGATCTTTTATTTCTTTACAGTAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EA90JQ U 13
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TTGCTTGGATTTTCTATATAGATCGTACTAACATAGAGAAAACATTGGTCGTACCATATC
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TTTTTTTTCCCAGCCGCGTAAAATATGACGCGAATGCCGTCTCTGGTGGTTTTCTCGAGT
TTAAGTGTTAGCTCAGAGAAAAAATCCAATGTTTTCTTGGCAAACAGTTTTGCATCCCCT
CTCACGTTGTTTGGATTGTGCATAGAAAAAATATTCTCGTAATTAGTCTTGCTTGGATTT
TCTATATAGATCGTACTAACATAGAGAAAACATTGGTCGTACCATATCATTCCTCCTTTG
ATACTCGGACATCTCTTACGGAACCCCAAAATTGCGGTGTCAAGGCATGTACGACATTTA
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CTGAAAG
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ATGCCGTCTCTGGTGGTTTTCTCGAGTTTAAGTGTTAGCTCAGAGAAAAAATCCAATGTT
TTCTTGGCAAACAGTTTTGCATCCCCTCTCACGTTGTTTGGATTGTGCATAGAAAAAATA
TTCTCGTAATTAGTCTTGCTTGGATTTTCTATATAGATCGTACTAACATAGAGAAAACAT
TGGTCGTACCATATCATTCCTCCTTTGATACTCGGACATCTCTTACGGAACCCCAAAATT
GCGGTGTCAAGGCATGTACGACATTTAGACCCATAAGATTTAGATCCATAAGAGTCACCA
CGACATTGGAGAACGACGGAAGCAGAATTTTCTGCCGTGGTTAGATTACTTTTTTGTGTG
AAACCGACATTCTCAAAAGGCCTAGTACGAATGTAGTGGAAGATCCAGTTGAGGTTTTTC
TCGTACTCACTTCCAGAGTTATATTTCCCTTGATTAAAGAGGCATTTGTAGTTGAGATAT
TCATTAGTAAGGTTCAGTGACGAAACACTATGTATCATGAGAAATTGCATGGAAAAAATA
GGAAAAGAAAATCGTTTGGATAAAGAATATGAAAATTTCATTGTTATAGATCTTTTATTT
CTTTACAGTAAAT

QA 8 740 8 740
DS 



AS 1 4

CO CL2319Contig1 1195 4 12 U
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TCCAAGATGGACCACGAGGAAATACCATCAATGCCCTCAACGCCGGCGACAACACCGGGG
ACTCCAGGAGCACCGCTCTTTGGAGGTTTCGACGGGAAGAGGAATGGGCATAGTGGTAAA
TACACACCAAAGTCAATTCTAAAAAGCTGCAAATGTTTCAGTGTTGATAATGAGTGGGCT
CTTGAAGAAGGAAGACTCCCTCCAGTCTCTTGCGCTCTACCTCCTCCTAACGTCTCCCTC
TACCGTAAGTTGGGAGCAGAGTTTGTGGGAACATTGATACTGATATTTGCCGGCACAGCT
ACGGCTATTGTGAATCAGAAGACAGATGGAGCGGTGACGCTTATTGGCTGCGCAGCCTCT
GCCGGTCTAGCCGTTATGATCGTTATATTATCTACCGGTCACATCTCTGGGGCACATCTC
AACCCGGCTGTTACCATTGCATTTGCTGCTCTGAAACACTTCCCGTGGAAACACGTGCCG
GTGTATATAGGAGCGCAGGTGATAGCCTCGTTGTGTGCAGCGTTTGCACTGAAAGCAGTG
TTTGAACCGACGATGAGCGGTGGCGTGACGGTGCCAACGGTGGGTCTCAGCCAAGCTTTC
GCTTTGGAGTTCATAATCAGCTTCAACCTTATGTTTGTTGTCACTGCCGTCGCTACCGAC
ACTAGAGCGGTTGGAGAGTTGGCGGGAATAGCGGTTGGAGCAACGGTCATGCTTAACATA
CTCATAGCTGGACCGGCAACTTCAGCTTCGATGAATCCAGTAAGAACACTAGGTCCAGCC
ATTGCAGCTAACAATTACAGAGCCATTTGGGTTTACCTTACTGCACCAATTCTTGGAGCG
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GAGAAGAGGAGCTTCAGGAGATAAATCTTCAAACCCCATCCGCCATGTCTCTCTGTTTGC
GTCACTATGTGTATAATATAATCCCTGAAGTCAGAGATATTATATCATTATAGTATATAA
GTTCTGAAATCCAAAAGTATTGCGAATGCTTTTTCTTTATAGATCAAATATTGCAATATC
GTTTTCTGTCAAGTGTTTGGTTCTTAGTTTCAGACATATAACAAAAGTTGGTCGC


BQ
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AF RR1H557TF U 1
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AF RR1EY59JQ C 351
AF RR1H557JQ C 575
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TCCAAGATGGACCACGAGGAAATACCATCAATGCCCTCA*CGCCGGCGACAACACCGGGG
ACTCCAGGAGCACCGCTCTTTGGAGGTTTCGACGGGAAGAGGAATGGGCATAGTGGTAAA
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CTTGAAGAAGGAAGACTCCCTCCAGTCTCTTGCGCTCTACCTCCTCCTAACGTCTCCCTC
TACCGTAAGTTGGGAGCAGAGTTTGTGGGAACATTGATACTGATATTTGCCGGCACAGCT
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GCCGGTCTAGCCGTTATGATCGTTATATTATCTACCGGTCACATCTCTGGGGCACATCTC
AACCCGGCTGTTACCATTGCATTTGCTGCTCTGAAACACTTCCCATGGAAACACGTGCCG
GTGTATATAGGAGCGCAGGTGATAGCCTCGTTGTGTGCAGCGTTTGCACTGAAAGCAGTG
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GCTTTGGAGTTCATAATCAGCTTCAACCTTATGTTTGTTGTCACTGCCGTCGCTACCGAC
ACTAGAGCGGTTGGAGAGTT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1EY59TF 765 0 0
GG
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GACCACGAGGAAATACCATCAATGCCCTCAACGCCGGCGACAACACCGGGGACTCCAGGA
GCACCGCTCTTTGGAGGTTTCGACGGGAAGAGGAATGGGCATAGTGGTAAATACACACCA
AAGTCAATTCTAAAAAGCTGCAAATGTTTCAGTGTTGATAATGAGTGGGCTCTTGAAGAA
GGAAGACTCCCTCCAGTCTCTTGCGCTCTACCTCCTCCTAACGTCTCCCTCTACCGTAAG
TTGGGAGCAGAGTTTGTGGGAACATTGATACTGATATTTGCCGGCACAGCTACGGCTATT
GTGAATCAGAAGACAGATGGAGCGGTGACGCTTATTGGCTGCGCAGCCTCTGCCGGTCTA
GCCGTTATGATCGTTATATTATCTACCGGTCACATCTCTGGGGCACATCTCAACCCGGCT
GTTACCATTGCATTTGCTGCTCTGAAACACTTCCCGTGGAAACACGTGCCGGTGTATATA
GGAGCGCAGGTGATAGCCTCGTTGTGTGCAGCGTTTGCACTGAAAGCAGTGTTTGAACCG
ACGATGAGCGGTGGCGTGACGGTGCCAACGGTGGGTCTCAGCCAAGCTTTCGCTTTGGAG
TTCATAATCAGCTTCAACTTTATGTTTGTTGTCACTGCCGTCGCTACCGACACTAGAGCG
GTTGGAGAGTTGGCGGGAATAGCGGTTGGAGCAACGGTCATGC

QA 3 765 3 765
DS 

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CGCAGCCTCTGCCGGTCTAGCCGTTATGATCGTTATATTATCTACCGGTCACATCTCTGG
GGCACATCTCAACCCGGCTGTTACCATTGCATTTGCTGCTCTGAAACACTTCCCGTGGAA
ACACGTGCCGGTGTATATAGGAGCGCAGGTGATAGCCTCGTTGTGTGCAGCGTTTGCACT
GAAAGCAGTGTTTGAACCGACGATGAGCGGTGGCGTGACGGTGCCAACGGTGGGTTTCAG
CCAAGCTTTCGCTTTGGAGTTCATAATCAGCTTCAACTTTATGTTTGTTGTCACTGCCGT
CGCTACCGACACTAGAGCGGTTGGAGAGTTGGCGGGAATAGCGGTTGGAGCAACGGTCAT
GCTTAACATACTCATAGCTGGACCGGCAACTTCAGCTTCGATGAATCCAGTAAGAACACT
AGGTCCAGCCATTGCAGCTAACAATTACAGAGCCATTTGGGTTTACCTTACTGCACCAAT
TCTTGGAGCGTTGATCGGAGCAGGAACATACACGATCGTGAAGCTGCCAGAGGAAGACGA
AGCACCCAAAGAGAAGAGGAGCTTCAGGAGATAAATCTTCAAACCCCATCCGCCATGTCT
CTCTGTTTGCGTCACTATGTGTATAATATAATCCCTGAAGTCAGAGATATTATATCATTA
TAGTATATAAGTTCT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1H557JQ 621 0 0
GTGCAGCGTTTGCACTGAAAGCAGTGTTTGAACCGACGATGAGCGGTGGCGTGGCGGTGC
CAACGGTGGGTCTCAGCCAAGCTTTCGCTTTGGAGTTCATAATCAGCTTCAACCTTATGT
TTGTTGTCACTGCCGTCGCTACCGACACTAGAGCGGTTGGAGAGTTGGCGGGAATAGCGG
TTGGAGCAACGGTCATGCTTAACATACTCATAGCTGGACCGGCAACTTCAGCTTCGATGA
ATCCAGTAAGAACACTAGGTCCAGCCATTGCAGCTAACAATTACAGAGCCATTTGGGTTT
ACCTTACTGCACCAATTCTTGGAGCGTTGATCGGAGCAGGAACATACACGATCGTGAAGC
TGCCAGGGGAAGACGAAGCACCCAAAGAGAAGAGGAGCTTCAGGAGATAAATCTTCAAAC
CCCATCCGCCATGTCTCTCTGTTTGCGTCACTATGTGTATAATATAATCCCTGAAGTCAG
AGATATTATATCATTATAGTATATAAGTTCTGAAATCCAAAAGTATTGCGAATGCTTTTT
CTTTATAGATCAAATATTGCAATATCGTTTTCTGTCAAGTGTTTGGTTCTTAGTTTCAGA
CATATAACAAAAGTTGGTCGC

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 4

CO CL2320Contig1 859 4 25 U
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GTTGTTCAGGTTTTACTTAACTGAGAGAACATTATCAAATCTTTATCCGAAGAGTAATCG
TGATGGCGATCTCCAAAGTTAGATTGAAAGTTTGGTTCGAAAAGAAAATCACCGAACCTC
TTGTCCAGATCCTGCGCAGAGGTGCTGAGCCAAAGCAGCTGGCTTTCTCTGCTGCATTGG
GCGTTACCATGGGAGTATTTCCAATCTGTGGTGTTACCGTGTTGCTGTGTGGAGTAGCTA
TTGCGTCGCTTGGATCTCTTTGTCATGCTCCAACTGTCATGTTGTTTAACTTCCTTGCCA
CTCCTATTGAACTAAGTCTTATGGTGCCTTTCTTACGGCTTGGCGAAAAACTAACCGGTG
GACCTCATTTTCCTCTAACGACCGATGCTCTAAAGAAGGTTTTCACAGGCCAAGCTTCCA
GAGAAGTCTTTTTAAGCATTGGTAATGCGCTACTAGGGTGGCTCGTAGCGACCCCATTTG
TGGTCGTTGGACTGTACATCCTGTTTCTACCATGTTTCAAAATCCTTGTCCGTAAATTCA
GCTCTGTTTCTCCGACCGCAAAGTCACCCACGAGTATTCACTCAGACTTCAAGTCAAAGG
AAAGGGTCGCTTAAGTCAACAGAGACCAAGAAAGTTCTTGGTTCCTGCAAAGCTTGAGCT
TGTGTTGTGCTTATGTTTATGTGATGTTGTCTATATGATTCAATTATTAGACTAGAACTG
AAATAGCTTTAATATTGATGATATTTGGTACAAGAACATGGGATGTCTTCCCATATAAAA
TAAACCTTCAAACATCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 0 0 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E740TF U 1
AF RR1FA16TF U 5
AF RR1H145TF U 89
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QA 1 655 1 655
DS 

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GG
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AAAGGA

QA 3 651 3 651
DS 

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GG
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CAACTGTCATGTTGTTTAACTTCATTGCTACTCCTATTGAACTAAGTCTTATGGTGCCTT
TCTTACGGCTTGGCGAAAAACTAACCGGTGGACCTCATTTTCCTCTAACGACCGATGCTC
TAAAGAAGGTTTTCACAGGCCAAGCTTCCAGAGAAGTCTTTTTAAGCATTGGTAATGCGC
TACTAGGGTGGCTCATAGCGACCCCATTTGTGGTCGTTGGACTGTACGTCCTGTTTCTAC
CATGTTTCAAAATCCTTGTCCGTAAATTCAGCTCTGTTTCTCCGACTGCAAAGTCACCCA
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QA 3 694 3 694
DS 

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TTGCGTCGCTTGGATCTCTTTGTCATGCTCCAACTGTCATGTTGTTTAACTTCCTTGCCA
CTCCTATTGAACTAAGTCTTATGGTGCCTTTCTTACGGCTTGGCGAAAAACTAACCGGTG
GACCTCATTTTCCTCTAACGACCGATGCTCTAAAGAAGGTTTTCACAGGCCAAGCTTCCA
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TAAACCTTCAAACATCTTT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 3

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TTTTATTTTTTGAGTTTGATAGAAGAAGAATAGGTGAAGAAGTCAACTGTTTGATCAACC
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GCTTAAATACTCTCTTATGGTTGTTCTTCGGTCTCCCAAGAAGGTATGATCCAGAAAGTT
ATTGTAAGCTTCATCTCCCAAATTCTTAGCTGCCAACACACAGTGTCTTAAATAGAGACG
ACAAGGTAAGATGTCGTCCCGCCATATCTTGTCAATGTTGAATCTTCCATAATGTTGAAA
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AGTTTCAAGATTGGCGATGCCGCGCTCGAAGAAGATGGGAGCGGCGTGGGCGAATACTCG
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TGGAGGAAGAAGACGTGTCAAGTGTGAAGTGGTGAAGGAAAAAA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GW81JQ U 1
AF RR1FB91JQ U 26
AF RR1GW81TF C 661
BS 1 42 RR1GW81JQ
BS 43 43 RR1FB91JQ
BS 44 110 RR1GW81JQ
BS 111 111 RR1FB91JQ
BS 112 651 RR1GW81JQ
BS 652 666 RR1FB91JQ
BS 667 667 RR1GW81TF
BS 668 759 RR1FB91JQ
BS 760 1124 RR1GW81TF

RD RR1GW81JQ 651 0 0
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GTAGTTTTCACGTTTATTTATTATATCAAACCTTAAACATAAATACCTATCGGTTTATAT
TTTTATTTTTTGAGTTTGATAGAAGAAGAATAGGTGAAGAAGTCAACTGTTTGATCAACC
GCCATATCTGGACTTGAGTGTCTCAGGTGGTTCTTCTTCCATAATCCCAGAACCTTTGCT
GCTTAAATACTCTCTTATGGTTGTTCTTCGGTCTCCCAAGAAGGTATGATCCAGAAAGTT
ATTGTAAGCTTCATCTCCCAAATTCTTAGCTGCCAACACACAGTGTCTTAAATAGAGACG
ACAAGGTAAGATGTCGTCCCGCCATATCTTGTCAATGTTGAATCTTCCATAATGTTGAAA
GTATATCTCTTTGTTTCCTTTGCATCTAATCTGGAAAAACTCCTCATCACTGTATCTACC
ACAAAGTACCGCAGAATGGGTGAAAGGTTTGCCTTGCAATGTTTCAGGAACAACAGCAAG
AAAACGGAACTCAAGCTCCCTTTGTATAAAAGCAGGAATCTCAGATTGATTAATCTCAAA
GACACTAACCACAAGGCTCTCTCCTTCACATGGCTCAACACTCAAGCTTGA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1FB91JQ 734 0 0
GGGACAAATTAAGTTTACAATCCAAAAACAATAGTGTAGTTTTCACGTTTATTTATTATA
TCAAACCTTAAACATAAATACCTATAGGTTTATATTTTTATTTTTTGAGTTTGATAGAAG
AAGAATAGGTGAAGAAGTCAACTGTTTGATCAACCGCCATATCTGGACTTGAGTGTCTCA
GGTGGTTCTTCTTCCATAATCCCAGAACCTTTGCTGCTTAAATACTCTCTTATGGTTGTT
CTTCGGTCTCCCAAGAAGGTATGATCCAGAAAGTTATTGTAAGCTTCATCTCCCAAATTC
TTAGCTGCCAACACACAGTGTCTTAGATAGAGACGACAAGGTAAGATGTCGTCCCGCCAT
ATCTTGTCAATGTTGAATCTTCCATAATGTTGAAAGTATATCTCTTTGTTTCCTTTGCAT
CTAATCTGGAAAAACTCCTCATCACTGTATCTACCACAAAGTACCGCAGAATGGGTGAAA
GGTTTGCCTTGCAATGTTTCAGGAACAACAGCAAGAAAACGGAACTCAAGCTCCCTTTGT
ATAAAAGCAGGAATCTCAGATTGATTAATCTCAAAGACACTAACCACAAGGCTCTCTCCT
TCACATGGCTCAACACTCAAGCTTGAGAACTCCTTAGTTTCGAGATTGGCGATGCCGCGC
TCGAAGAAGATGGGAGCGGCGTGGGCGAATACTCGCCGGAAGCCTTGCAGTTTCGCGACT
CTGAAATTCTCCAA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1GW81TF 464 0 0
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CCGGAAGCCTTGCAGTTTCGCGACTCTGAAATTCTCCAAATCCGGGAAAGTGCTCCTCGC
GCTTCTCTCGGAGAGAAGAGAGCCGAAGCCAGTGATGGAGATACGATTCCCCGACGACGA
GAGAAGCTTCTCGAAATCAGATTCGTCTGCCAGTTCCATCACCTGCGGCGAATCGGGACT
GCGGATGTCACGGGACATGGCTTTGATTGATCGCCGGTGATCCTGGTTAAGCTCCGGTCT
TCGGGAAAGAGAGAAAGAGGCGGTAGTGATTAGTGGAGGTGAGGCGCGTGTTTTGGACGC
AGTAGAGGGAAGCGCGTAGAAGAAAGGTGATGATGCGAGTGTGAGTGAGAGAACAGTCAT
TGGAGGAAGAAGACGTGTCAAGTGTGAAGTGGTGAAGGAAAAAA

QA 1 464 1 464
DS 



AS 2 4

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CGGTGATCTACCGGTGCAGTATAATCGGTTATCAAGACACACTCTATGTCCATTCAAACC
GTCAGTTCTTCCGTGAATGCGATATCTACGGTACAGTCGATTTCATCTTCGGTAATGCAG
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CTAGAGTTTTGGCAACACCTGATCTCCAAGCGACCAATGGTACTACCCAGACGTATTTAG
GCCGGCCATGGAAACTATACTCTAGAACGGTTTACATGTTATCGTATATCGGCAATCATG
TACACACCAGAGGTTGGCTCGAGTGGAACACAACATTTGCTTTAGATACTCTATACTACG
GTGAGTATTTGAACACGGGACCAGGGTCGAACATTTCACAACGTGTGAACTGGCCAGGGT
ATCGGGTCATCAATTCAACGGCTGAGGCAAACCGGTTTACGGTGTCGGAATTTATATATG
GTTCATCGTGGTTGCCTTCAACCGGGGGTTTCATTCTTGGCCGGATTAAACCTTTAGCTA
GAGGAAAATAAAGTGATTTTCTTTCCGATGCATTGTTTCATTCTTACGTCCCTTTATACT
AATGGACATATATGAATAATCCTATATATATAAATTAACTTTTTTAATTGTATGATATTT
CCGATATTTGTTATTCAACAAGTGATTCGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AL06TF U 1
AF RR1AL06JQ C 142
BS 1 812 RR1AL06TF

RD RR1AL06TF 812 0 0
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GTCAGTTCTTCCGTGAATGCGATATCTACGGTACAGTCGATTTCATCTTCGGTAATGCAG
CTGTAGTGCTACAAAACTGTAGCATCTATGCACGCAAACCCATGGCTCTTCAGAAAAACA
CAATCACAGCTCAAAACAGAAAAGATCCGAACCAAAACACCGGAATATCGATACATGCCT
CTAGAGTTTTGGCAACACCTGATCTCCAAGCGACCAATGGTACTACCCAGACGTATTTAG
GCCGGCCATGGAAACTATACTCTAGAACGGTTTACATGTTATCGTATATCGGCAATCATG
TACACACCAGAGGTTGGCTCGAGTGGAACACAACATTTGCTTTAGATACTCTATACTACG
GTGAGTATTTGAACACGGGACCAGGGTCGAACATTTCACAACGTGTGAACTGGCCAGGGT
ATCGGGTCATCAATTCAACGGCTGAGGCAAACCGGTTTACGGTGTCGGAATTTATATATG
GTTCATCGTGGTTGCCTTCAACCGGGGGTTTCATTCTTGGCCGGATTAAACCTTTAGCTA
GAGGAAAATAAAGTGATTTTCTTTCCGATGCATTGTTTCATTCTTACGTCCCTTTATACT
AATGGACATATATGAATAATCCTATATATATAAATTAACTTTTTTAATTGTATGATATTT
CCGATATTTGTTATTCAACAAGTGATTCGACG

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1AL06JQ 671 0 0
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GCATCTATGCACGCAAACCCATGGCTCTTCAGAAAAACACAATCACAGCTCAAAACAGAA
AAGATCCGAACCAAAACACCGGAATATCGATACATGCCTCTAGAGTTTTGGCAACACCTG
ATCTCCAAGCGACCAATGGTACTACCCAGACGTATTTAGGCCGGCCATGGAAACTATACT
CTAGAACGGTTTACATGTTATCGTATATCGGCAATCATGTACACACCAGAGGTTGGCTCG
AGTGGAACACAACATTTGCTTTAGATACTCTATACTACGGTGAGTATTTGAACACGGGAC
CAGGGTCGAACATTTCACAACGTGTGAACTGGCCAGGGTATCGGGTCATCAATTCAACGG
CTGAGGCAAACCGGTTTACGGTGTCGGAATTTATATATGGTTCATCGTGGTTGCCTTCAA
CCGGGG*TTTCATTCTTGGCCGGATTAAACCTTTAGCTAGAGGAAAATAAAGTGATTTTC
TTTCCGATGCATTGTTTCATTCTTACGTCCCTT*ATACTAATGGACATATATGAATAATC
CTATATATATAAATTAACTTTTTTAATTGTATGATATTTCCGATATTTGTTATTCAACAA
GTGATTCGACG

QA 1 671 1 671
DS 



CO CL2322Contig2 719 2 2 U
TTCGTATATATAGGATTATTCATATATGCCCATTAGTATAAGGGACGTAAGAATGAAACA
AAGCATCGGAAAGGAAATCACTTTATTTTACTAGCTAAAGGTTTAATCCGGCCAAGAACG
AAACCCCGGTTGAAGGCAACCACGACGAACCATAAATAAATTCTGATACCGTAAACCGGT
TTGCCTCAGCCGTTGAATTGATGACCCGATACCCTGGCCAATTCACACGTTGTGAAATGT
TCGACCCTGGTCCCGTGTTCAAATACTCACCGTAGTATAGAGTATCTAAAGCAAATGTTG
TGTTCCACTCGAGCCAACCTCTGGTGTGTACATGATTGCCAATATACGATAACATGTAAA
CCGTTCTAGAGTATAGTTTCCATGGCCGGCCTAAATACGTCTGGGTAGTACCATTAGTCG
CTTGGAGATCAGGTGTTGCCAAAACTCTAGAGGCGTGTATCGATATTCCGGTGTTTTGGT
TTGGATCTTTTCTGTTTTGAGCCGTGATTGTGTTTTTTTGAAGAGCCATGGGTTTGCGTG
CATAGATGCTACAGTTTTGTAGCACTACAGCTGCATTACCGAAGATGAAATCGACTGTAC
CGTAGATATCGCATTCACGGAAGAACTGACGGTTTGAATGGACATAGAGCGTGTCTTGGT
AACCGATTATGCTGCACCGGTAGATCACCGCATGGTCAGCTCCAACGCGAAGGGCCACC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1ED62TF C 1
AF RR1ED62JQ U 3
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BS 5 719 RR1ED62JQ

RD RR1ED62TF 719 0 0
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AAACCCCGGTTGAAGGCAACCACGACGAACCATAAATAAATTCTGATACCGTAAACCGGT
TTGCCTCAGCCGTTGAATTGATGACCCGATACCCTGGCCAATTCACACGTTGTGAAATGT
TCGACCCTGGTCCCGTGTTCAAATACTCACCGTAGTATAGAGTATCTAAAGCAAATGTTG
TGTTCCACTCGAGCCAACCTCTGGTGTGTACATGATTGCCAATATACGATAACATGTAAA
CCGTTCTAGAGTATAGTTTCCATGGCCGGCCTAAATACGTCTGGGTAGTACCATTAGTCG
CTTGGAGATCAGGTGTTGCCAAAACTCTAGAGGCGTGTATCGATATTCCGGTGTTTTGGT
TTGGATCTTTTCTGTTTTGAGCCGTGATTGTGTTTTTTTGAAGAGCCATGGGTTTGCGTG
CATAGATGCTACAGTTTTGTAGCACTACAGCTGCATTACCGAAGATGAAATCGACTGTAC
CGTAGATATCGCATTCACGGAAGAACTGACGGTTTGAATGGACATAGAGCGTGTCTTGGT
AACCGATTATGCTGCACCGGTAGATCACCGCATGGTCAGCTCCAACGCGAAGGGCCAC
C

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1ED62JQ 717 0 0
CG
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CCCGGTTGAAGGCAACCACGACGAACCATAAATAAATTCTGATACCGTAAACCGGTTTGC
CTCAGCCGTTGAATTGATGACCCGATACCCTGGCCAATTCACACGTTGTGAAATGTTCGA
CCCTGGTCCCGTGTTCAAATACTCACCGTAGTATAGAGTATCTAAAGCAAATGTTGTGTT
CCACTCGAGCCAACCTCTGGTGTGTACATGATTGCCAATATACGATAACATGTAAACCGT
TCTAGAGTATAGTTTCCATGGCCGGCCTAAATACGTCTGGGTAGTACCATTAGTCGCTTG
GAGATCAGGTGTTGCCAAAACTCTAGAGGCGTGTATCGATATTCCGGTGTTTTGGTTTGG
ATCTTTTCTGTTTTGAGCCGTGATTGTGTTTTTTTGAAGAGCCATGGGTTTGCGTGCATA
GATGCTACAGTTTTGTAGCACTACAGCTGCATTACCGAAGATGAAATCGACTGTACCGTA
GATATCGCATTCACGGAAGAACTGACGGTTTGAATGGACATAGAGCGTGTCTTGGTAACC
GATTATGCTGCACCGGTAGATCACCGCATGGTCAGCTCCAACGCGAAGGGCCACC

QA 3 717 3 717
DS 



AS 2 4

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TGGTGGAAGCAGAGACTTTACCCTCTTCCTGAATCATGTACTCTCTCTTCATTTCCTCCA
AAACTTTGTCATTGGTGAATTGATGGAGGCAGGTGTTGAGCTCTTTAGCTTGCTTACGAC
ATGTCCACACCACAGAGAAGGTTCTTCCCGTGGCGCATTCAGCATACTTGGAGACGTACT
GATCACATTCGTTTAATGCCTTTGCCTTCATCTTGCTACGCAGCGCTTCTTCAACCTTCT
TCTTAACGTGATTCTCACGAGCTTGCTCCACATAGCTTCCCCCCATTGATGACAGAGAGA
CCTTCAAAGTTCTTCTGAGCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EH56TF C 1
AF RR1EH56JQ U 24
BS 1 23 RR1EH56TF
BS 24 505 RR1EH56JQ

RD RR1EH56TF 505 0 0
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TCTTAACGTGATTCTCACGAGCTTGCTCCACATAGCTTCCCCCCATTGATGACAGAGAGA
CCTTCAAAGTTCTTCTGAGCTTT
CC

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DS 

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CC

QA 1 482 1 482
DS 



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TCTGTGTCGGCTACGAGATCAGATTCAAAGATTGTTTCTCATAACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1G896JQ C 1
AF RR1G896TF U 1
BS 1 586 RR1G896TF

RD RR1G896JQ 586 0 0
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GCGCCACGGGACGAACCTTTTCTGTCGTATGGACATGTCGTAAGCAAGCTAAAGACCTCA
ACACTTGCCTCCATCAATTCACCAATGACAAAGTGTTGGAGGAAATGAAGAGAGAGTACA
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TCTGTGTCGGCTACGAGATCAGATTCAAAGATTGTTTCTCATAACC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1G896TF 586 0 0
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GCTATGTGGAGCAAGCTCGTGAGAATCACGTCAAGAAGAAGGTTGAAGAAGCGCTGCGTA
GCAAGATGAAGGCAAAGGCATTAAACGAATGTGATCAGTACGTCTCCAAGTATGCTGAAT
GCGCCACGGGACGAACCTTTTCTGTCGTATGGACATGTCGTAAGCAAGCTAAAGACCTCA
ACACTTGCCTCCATCAATTCACCAATGACAAAGTGTTGGAGGAAATGAAGAGAGAGTACA
TGATTCAGGAAGAGGGTAAAGTCTCTGCTTCCACCACATAATTTTTTTCGCTGGACAAAA
AAGACTTGAGTTGGACCAATATAAGGTTGTCGCCTTGTTTCTTGTTGATCATGGACTAAA
TAGATCCTTCTTGTAATGGATGCTTTTCTAAGATCCGAGTCTTGACTATGGCCTTTCTAC
AATAAAAGGGTTTATTCACTACAAGAAAAGTAATAGATTTTGTTTGTAATTCTTTTTTTT
TCTGTGTCGGCTACGAGATCAGATTCAAAGATTGTTTCTCATAACC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 3

CO CL2324Contig1 686 3 8 U
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TCGCAACTTCCTCATCAATGGCGCCCAAGGCAGAGAAGAAGCCCGCGGAGAAGAAACCGG
CGGAGGAGAAATCGAAAGCCGCCGAGAAAGCTCCGGCGGAGAAGAAACCGAAGGCCGGGA
AGAAGCTTCCCAAGGAGGCAGGCGCAGGCGGCGACAAGAAGAGGAAGATGAAGAAGAAGA
GTGTCGAGACGTACAAGATCTATATCTTCAAGGTCCTGAAGCAGGTTCACCCCGACATCG
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TCGCCGGCGAGGCGTCGAAGCTGGCGAGGTACAACAAGAAGCCCACCATCACTTCGAGGG
AGATTCAGACGGCGGTGAGGCTTGTGCTTCCTGGAGAGTTGGCGAAACATGCTGTTTCTG
AGGGTACCAAGGCTGTTACGAAGTTCACCAGCTCCTAAGTCTACGAGTTTTAGGGTTCCT
TTCTTGTTTTTTCAGTATCGGTTTCGTTTGCAATTTAATTTCACGTTTTGTAAGTACTGC
GATTGGTATGTTTCGAACCTATTTTATCTCGTTTGAGATTTGAAAGCTCCCTACTTGTAT
TGAAAGTCTCTCTTATGCAATTGGGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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DS 

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TCGCAACTTCCTCATCAATGGCGCCCAAGGCGGAGAAGAAGCCCGCGGAGAAGAAACCGG
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AGAAGCTTCCCAAGGAGGCAGGCGCAGGCGGCGACAAGAAGAGGAAGATGAAGAAGAAGA
GTGTCGAGACGTACAAGATCTATATCTTCAAGGTCCTGAAGCAGGTTCACCCCGACATCG
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QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR1FF21JQ C 669
AF RR1EM48JQ C 787
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BS 881 1414 RR1FF21JQ
BS 1415 1416 RR1EM48JQ

RD RR1EM48TF 684 0 0
GG
GATGGCGAGCAGAGTGTACGCTCATTACCGCCACGGAGATGCCTGCAGCAAAGCTCGCTG
GAACACCAGAGAGACGTTCCGGTTTATGTATGATAGGCCATGGAAACATGTTGTTGATTT
CTACTCAAATGCAGTCGCAGGGAAGCTTTCAGTCCTCAACTTGTTTGAACCCAAAAAATC
TTTGGTCCATGAAAGTAGCGAAAGAATGCCTCTTGAAACTGAGTTGGAGACTTGTGGTAG
AAAAGATGGGAGGACTGGGAGGTGGGAAAGAGTAAACTTCAAGATACTTCTTTCATACAA
TGGATCTTCCTTTGATGGATGGCAGAAACAGCCTGACTTGCACACTGTTCAGAGTGTAGT
AGAGAAGTCTCTCGGGGAATTTGTGGATGAAAAGAAAGCACAACAGCTGAGGAAAAAATG
TAAACCATTAGAAGGACGTGTACTTGTTGCCGGAAGAACCGACAAAGGAGTGTCTGCTCT
TAATCAAGTTTGTTCTTTCTATACCTGGAGAAAAGACATTGAACCCATCGAAATAGAAGA
TGCTATCAATAAAAATGCTTCTGGGAAACTTAAGGTTGTGTCAGTCTCTAAGGTTTCCCG
AGCATTTCATCCGAATTTTTCTGCAAAATGGAGGCGCTACTTGTATATCTTTCTCTTGGA
TCATGCGTGCGGGAATGTCAAA

QA 3 684 3 684
DS 

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GCTCGCTGGAACACCAGAGAGACGTTCCGGTTTGTGTATGATAGGCCATGGAAACATGTT
GTTGATTTCTACTCAAATGCAGTCGCAGGGAAGCTTTCAGTCCTCAACTTGTTTGAACCC
AAAAAATCTTTGGTACATGAAAGTAGCGAAGGGATGCCTCTTGAAACTGAGATGGAGACT
TGTGGTAGAAAAGATGGGAGGACGGGGAGGTGGGAAAGAGTAAACTTCAAGATACTTCTT
TCATACAATGGAGCTTCCTTTGATGGATGGCAGAAACAGCCTGACTTGCACACTGTTCAG
AGTGTAGTAGAGAAGTCTCTCGGGGAATTTGTGGATGAAAAGAAAGCACAACAGCTGAAG
AAAAAATGTAAACCATTAGAAGGACGTGTACTTGTTGCCGGAAGAACCGACAAAGGAGTG
TCTGCTCTTAATCAAGTTTGTTCTTTCTATACCTGGAGAAAAGACATTGAACCCATCGAA
ATAGAAGATGCTATCAATAAAGATGCTTCTGGGAAACTTAGGGTTGTGTCAGTCTCTAAG
GTTTCTCGAGCATTTCATCCGAATTTTTCTGCGAAATGGAGGCGCTACATGTATATCTTT
CCCTTGGATCATGCGTGCGGGAGTGTCAAAGATCGTGAGAACATTATCTTTGGTGAGAAC
CATGGAAAGCAA*GAAATGGGCTCTTAACTATAGAGAATCTCGATGAGCTTGAA*CTGAT
GAAACA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1FF21JQ 748 0 0
TCATGCGTGCGGGAGTGTCAAAGATCGTGAGAACATTATCTTTGGTGAGAACCATGGAAA
GCAAAGAAATGGGCTCTTAACTATAGAGAATCTCGATGAGCTTGAAACTGATGAAACAGA
AGAGGTGAATGGTGTTGAAGTAGTAGAAAAACCAAGTGACTTTAGTGTAAGCAAGGTTGA
TCAACTTCTACAGCAGCTTCAAGGAAAACTATTATCCTACAAGATGTTTGCACGTGATTT
AAAAGCTGCAAGAAACGAAGGTCCACCTACAGAATGCTTCATGTACCATGCACGGGCAGC
CGAGATTAGATTGTCCTGTCCTGAGTATGTGGAAGGAAGAAGAGTGATGTGCGTTGAGCT
TGTCGCTAACCGATTTCTCCGGAAGATGGTTCGAGTTCTGGTAGCAACATCAATCCGAGA
AGCTGCTGCTGGCGCGGAAAATGATGCATTGTTAAAACTTGTAGAAGCTTCATGCAGACG
AGCCACAGCTCCTCCGGCTCCATCTGAAGGTCTCTGTCTGTTCGATGTTGGTTATGTTGA
CTTTGACCCTCAATCTTGTCTCATTTCTTGAGAATGGATTTATTACATTTTACTATCTAT
CACATATTGGATTTGGATTGATATTCTCATGGTTAATGGTTGCAAATTTAGTTTATTTTC
CCAAAGTCAGGACAATTGAGTGTATGTTTACATGCATGATTAATATGTGAAGAAGTCATG
TAATGATCAATTCATACATTTGTGTA
CC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1EM48JQ 630 0 0
GAAGAGGTGAATGGTGTTGAAGTAGTAGAAAAACCAAGTGACTTTAGTGTAAGCAAGGTT
GATCAACTTCTACAGCAGCTTCAAGGAAAACTACTATCCTACAAGATGTTTGCACGTGAT
TTAAAAGCTGCAAGAAACGAAGGTCCACCTACAGAATGCTTCATGTACCATGCACGGGCA
GCCGAGATTAGATTGTCCTGTCCTGAGTATGTGGAAGGAAGAAGAGTGATGTGCGTTGAG
CTTGTCGCTAACCGATTTCTCCGGAAGATGGTTCGAGTTCTGGTAGCAACATCAATCCGA
GAGGCTGCTGCTGGCGCGGAAAATGATGCATTGTTAAAACTTGTAGAAGCTTCATGCAGA
CGAGCCACAGCTCCTCCGGCTCCATCTGAAGGTCTCTGTCTGTTCGATGTTGGTTATGTT
GACTTTGACCCTCAATCTTGTCTCATTTCTTGAGTATGGATTTATTACATTTTACTATCT
ATCACATATTGGATTTGGATTGATATTCTCATGGTTAATGGTTGCAAATTTAGTTTATTT
TCCCAAAGTCAGGACAATTGAGTGTATGTTTACATGCATGATTAATATGTGAAGAAGTCA
TGTAATGATCAATTCATACATTTGTGTATC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 4

CO CL2326Contig1 954 4 9 U
GGACCATTTGAGTTTCGAAACTTTACGGCTCACCAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACACA
TGCTTTTTGTTTTCTTCTAGATTTTACCGACGAGATAATAAGGAAGAGACAAAGCCACGA
TCTCCTCCATAGCTGTACATAGATAGATCCCCACAAAGAAAAAGAAACCCTAATCAATCA
ATCAATCATGCCTTCCGGTGCTAAGAAAAGGAAAGCCGCCAAGAAAAAGCAGCAACAAGA
AGCCTCTTCTACTCTCAAATCAACCAACCATGGATCTACTGAGGAAGAAGCTGTCAGAAT
CTTAAAGGAAACTGATGAGCGTATAGAGATCACTGATTCAAGCCATGATCATGACAAGAG
CTCTAGCAGCAACAGCAGTAGCGGTAGTGGTAGTGGTGGTAGCAGCAGCTCTGATGATGA
TGAATCCCATGAAGTCAAGGAGGAGACTGAAGTGATCATCACTGTGCCAAGTCAACCTGT
TCCTGTTGCTGGAGACGCTCCTTTTATTGGTTCTACTGCTAATGCGATTGTAGAGAATGT
CGGTTTGATGGATTCAACTACACCTAGTGATCCAGAGACTGAGAACATTGTTGTGACCTC
CTCTGTTGAAGCTTCTCTTGCATCTGATGAGAGTAAGCAGGCGTCTTCAAGCACGACTGG
CTCTGATAAAAAAGAACTAAAAAA*TGTGTTCCTGAAGGGAGCAAAGAGTCTCAAGTTGT
CATTTCTCATGTGGAAGAGGATCCGGTGCGACCAACACATGGAGTTGCGCAAAGAACCTC
ATGGTTAAGTTGTTGTGGCTTGTTTGATGTGATGACAGGATCCAGTAGATAAGCTCAGAA
ACTTGAGTCGCCTATAAAGTCAGAAGCTGCATAATGCTAATGTAATGAATGTCTCTCTCT
CTCTTTCACTTATACCTTTTCTCATATGAATAGACTCAGCTTCTAGTAGTAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FI39TF U 1
AF RR1C831JQ C 572
AF RR1H513TF U 127
AF RR1C831TF U 228
BS 1 636 RR1FI39TF
BS 637 676 RR1H513TF
BS 677 677 RR1C831TF
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BS 865 954 RR1C831TF

RD RR1FI39TF 636 0 0
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TCTCCTCCATAGCTGTACATAGATAGATCCCCACAAAGAAAAAGAAACCCTAATCAATCA
ATCAATCATGCCTTCCGGTGCTAAGAAAAGGAAAGCCGCCAAGAAAAAGCAGCAACAAGA
AGCCTCTTCTACTCTCAAATCAACCAACCATGGATCTACTGAGGAAGAAGCTGTCAGAAT
CTTAAAGGAAACTGATGAGCGTATAGAGATCACTGATTCAAGCCATGATCATGACAAGAG
CTCTAGCAGCAACAGCAGTAGCGGTAGTGGTAGTGGTGGTAGCAGCAGCTCTGATGATGA
TGAATCCCATGAAGTCAAGGAGGAGACTGAAGTGATCATCACTGTGCCAAGTCAACCTGT
TCCTGTTGCTGGAGACGCTCCTTTTATTGGTTCTACTGCTAATGCGATTGTAGAGAATGT
CGGTTTGATGGATTCAACTACACCTAGTGATCCAGAGACTGAGAACATTGTTGTGACCTC
CTCTGTTGAAGCTTCTCTTGCATCTGATGAGAGTAA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1C831JQ 196 0 0
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AGTAAGCAGGCGTCTTCAAGCACGACTGGCTCTGATAAAAAAGAACTAAAAAA*TGTGTT
CCTGAAGGGAGCAAAGAGTCTCAAGTTGTCATTTCTCATGTGGAAGAGGATCCGGTGCGA
CCAACACATGGAGTTG

QA 1 196 1 196
DS 

RD RR1H513TF 738 0 0
GG
ATAGCTGTACATAGATAGATCCCCACAAAGAAAAAGAAACCCTAATCAATCAATCAATCA
TGCCTTCCTGTGCTAAGAAAAGGAAAGCCGCCAAGAAAAAGCAGCAACAAGAGGCCTCTT
CTACTCTCAAATCAACCAACCATGGATCTACTGAGGAAGAAGCTGTCAGAATCTTAAAGG
AAACTGATGAGCGTATAGAGATCACTGATTCAAGCCATGATCATGACAAGAGCTCTAGCA
GCAACAGCAGTAGCGGTAGTGGTAGTGGTGGTAGCAGCAGCTCTGATGATGATGAATCCC
ATGAAGTCAAGGAGGAGACTGAAGTGATCATCACTGTGCCAAGTCAACCTGTTCCTGTTG
CTGGAGACGCTCCTTTTATTGGTTCTACTGCTAATGCGATTGTAGAGAATGTCGGTTTGA
TGGATTCAACTACACCTAGTGATCCAGAGACTGAGAACATTGTTGTGACCTCCTCTGTTG
AAGCTTCTCTTGCATCTGATGAGAGTAAGCAGGCGTCTTCAAGCACGACTGGCTCTGATA
AAAAAGAATTAAAAAAATGTGTTCCTGAAGGGAGCAAAGAGTCTCAAGTTGTCATTTCTC
ATGTGGAAGAGGATCCGGTGCGACCAACACATGGAGTTGCGCAAAGAACCTCATGGTTAA
GTTGTTGTGGCTTGTTTGATGTGATGACAG*ATCCAGTAGATAAGCTCAGAAACTTGAGT
CGCCTATAAAGTCAGA

QA 3 738 3 738
DS 

RD RR1C831TF 727 0 0
G
GCAGCAACAAGAAGCCTCTTCTACTCTCAAATCAACCAACCATGGATCTACTGAGGAATA
AGCTGTCAGAATCTTAAAGGAAACTGATGAGCGTATAGAGATCACTGATTCAAGCCATGA
TCATGACAAGAGCTCTAGCAGCAACAGCAGTAGCGGTAGTGGTAGTGGTGGTAGCAGCAG
CTCTGATGATGATGAATCCCATGAAGTCAAGGAGGAGACTGAAGTGATCATCACTGTGCC
AAGTCAACCTGTTCCTGTTGCTGGAGACGCTCCTTTTATTGGTTCTACTGCTAATGCGAT
TGTAGAGAATGTCGGTTTGATGGATTCAACTACACCTAGTGATCCAGAGACTGAGAACAT
TGTTGTGACCTCCTCTGTTGAAGCTTCTCTTGCATCTGATGAGAGTAAGCAGGCGTCTTC
AAGCACGACTGGCTCTGATAAAAAAGAACTAAAAAA*TGTGTTCCTGAAGGGAGCAAAGA
GTCTCAAGTTGTCATTTCTCATGTGGAAGAGGATCCGGTGCGACCAACACATGGAGTTGC
GCAAAGAACCTCATGGTTAAGTTGTTGTGGCTTGTTTGATGTGATGACAGGATCCAGTAG
ATAAGCTCAGAAACTTGAGTCGCCTATAAAGTCAGAAGCTGCATAATGCTAATGTAATGA
ATGTCTCTCTCTCTCTTTCACTTATACCTTTTCTCATATGAATAGACTCAGCTTCTAGTA
GTAGTC

QA 2 727 2 727
DS 



AS 1 4

CO CL2327Contig1 1254 4 4 U
TTTTTGAATTTTTTTCTATTTGATCTTGTGTGTTTGTGTATTTTAAAAAGTTTTAATCTT
TGGATCAGATGAATAAGAAAGATTCAACTTTGCCGTACCTTAACACTAGCATCTCATGGG
GAGCGGTTCCAACCGAACCACTTAGCTTGAAAGTGGTGGATGCAAGGCCTGAACATACCA
CAAAGCAAATCAGTTTCCAGGACCAGGACTCATCTTCAACTCAGTCCACTTGTCAGTCTT
ACTGATGTTGCTAGCAGTGGGGATGATATTCCTTCCAGACAAATCTCCTTTTTAACAAAA
TCAGGATCTGAAGAAACTCAGCAGAAGGGGTTTACAACTACTCATCCTAAACCAAGCTCC
ATGACCGGACTTCCGAGTATACACTTTACTCCTACGCATGCTAATTTCACTTTTCACTAT
GCTGATCCACATTTTGGTGGTGGTATGTTAGCTGCAACTTATCTACCACAAGCACCAACA
TGCAACCCCCAAATGGTGGGTATGGTTCCTGGTCGAGTTCCTCTACCAGTGGAGATCACT
GAAACTGAGTCAGTCTTTGTCAATGCGAAGCAGTATCACGCAATCATGAGGAGAAGACAG
CAACGTGCCGAGCTTGAGGCTCAAAACAAGTTAATCAAAGCCAGGAAGCCGTATCTTCAT
GAATCTCGACATGTTCATGCTCTTAAAAGACCAAGAGGATCCGGTGGAAGATTCCTAAAC
ACCAAGAAACTTCTTCAAGAATCACAACAGGGTACTGCTAAAGAACAAGAAGAAAGCAAA
AAGGCAAACATGTCTAGATTTGAAGCTCATGTGCTGCAACATAACAAAGACCGTAGCTCA
ACGACATCTGGATCAGACATCACATCTGCTTCCGACGGTGTTGATATCTTTGGACACACC
GGATTCCAGTTTTCAGGTTTCCAAACAACTCAGACTAACCGAGCCATGCTTGTTAATGGT
CATCA*TCCAATGACATGCATGGAGGTGGGGACTTGCACCATTTCTCTGTCCATATCTGA
GACTTTGGTGCTGTTTTCATGTTTCCCACCAAAAGGGGAAGTCATCCTTGGCTACTATTA
CTAGTTCTCTTGCTACTGTTTTCATTTCACTTTATGTGTGTGTTATAAGACATCGCAAGA
ACAACCAAAATCTTCACTTTGGAACACACTTTTCAATCTTCGGTTACCAATATGTATCTC
ATGTGTTAAACTAGTGGTTTGGTTTTATTATAAGCTTTCAATTGCTTTTTATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GM41TF U 1
AF RR1GM41JQ C 411
AF RR1AR23JQ C 669
AF RR1AR23TF U 669
BS 1 687 RR1GM41TF
BS 688 688 RR1AR23TF
BS 689 698 RR1GM41TF
BS 699 1254 RR1AR23TF

RD RR1GM41TF 698 0 0
TTTTTGAATTTTTTTCTATTTGATCTTGTGTGTTTGTGTATTTTAAAAAGTTTTAATCTT
TGGATCAGATGAATAAGAAAGATTCAACTTTGCCGTACCTTAACACTAGCATCTCATGGG
GAGCGGTTCCAACCGAACCACTTAGCTTGAAAGTGGTGGATGCAAGGCCTGAACATACCA
CAAAGCAAATCAGTTTCCAGGACCAGGACTCATCTTCAACTCAGTCCACTTGTCAGTCTT
ACTGATGTTGCTAGCAGTGGGGATGATATTCCTTCCAGACAAATCTCCTTTTTAACAAAA
TCAGGATCTGAAGAAACTCAGCAGAAGGGGTTTACAACTACTCATCCTAAACCAAGCTCC
ATGACCGGACTTCCGAGTATACACTTTACTCCTACGCATGCTAATTTCACTTTTCACTAT
GCTGATCCACATTTTGGTGGTGGTATGTTAGCTGCAACTTATCTACCACAAGCACCAACA
TGCAACCCCCAAATGGTGGGTATGGTTCCTGGTCGAGTTCCTCTACCAGTGGAGATCACT
GAAACTGAGTCAGTCTTTGTCAATGCGAAGCAGTATCACGCAATCATGAGGAGAAGACAG
CAACGTGCCGAGCTTGAGGCTCAAAACAAGTTAATCAAAGCCAGGAAGCCGTATCTTCAT
GAATCTCGACATGTTCATGCTCTTAAA*GACCAAGAGG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1GM41JQ 819 0 0
TTTTCACTATGCTGATCCACATTTTGGTGGTGGTATGTTAGCTGCAACTTATCTACCACA
AGCACCAACATGCAACCCCCAAATGGTGGGTATGGTTCCTGGTCGAGTTCCTCTACCAGT
GGAGATCACTGAAACTGAGTCAGTCTTTGTCAATGCGAAGCAGTATCACGCAATCATGAG
GAGAAGACAGCAACGTGCCGAGCTTGAGGCTCAAAACAAGTTAATCAAAGCCAGGAAGCC
GTATCTTCATGAATCTCGACATGTTCATGCTCTTAAAAGACCAAGAGGATCCGGTGGAAG
ATTCCTAAACACCAAGAAACTTCTTCAAGAATCACAACAGGGTACTGCTAAAGAACAAGA
AGAAAGCAAAAAGGCAAACATGTCTAGATTTGAAGCTCATGTGCTGCAACATAACAAAGA
CCGTAGCTCAACGACATCTGGATCAGACATCACATCTGCTTCCGACGGTGTTGATATCTT
TGGACACACCGGATTCCAGTTTTCAGGTTTCCAAACAACTCAGACTAACCGAGCCATGCT
TGTTAATGGTCATCAATCCAATGACATGCATGGAGGTGGGGACTTGCACCATTTCTCTGT
CCATATCTGAGACTTTGGTGCTGTTTTCATGTTTCCCACCAAAAGGGGAAGTCATCCTTG
GCTACTATTACTAGTTCTCTTGCTACTGTTTTCATTTCACTTTATGTGTGTGTTATAAGA
CATCGCAAGAACAACCAAAATCTTCACTTTGGAACACACTTTTCAATCTTCGGTTACCAA
TATGTATCTCATGTGTTAAACTAGTGGTTTGGTTTTAT
C

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR1AR23JQ 586 0 0
G
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CTTCTTCAAGAATCACAACAGGGTACTGCTAAAGAACAAGAAGAAAGCAAAAAGGCAAAC
ATGTCTAGATTTGAAGCTCATGTGCTGCAACATAACAAAGACCGTAGCTCAACGACATCT
GGATCAGACATCACATCTGCTTCCGACGGTGTTGATATCTTTGGACACACCGGATTCCAG
TTTTCAGGTTTCCAAACAACTCAGACTAACCGAGCCATGCTTGTTAATGGTCATCA*TCC
AATGACATGCATGGAGGTGGGGACTTGCACCATTTCTCTGTCCATATTTGAGACTTTGGT
GCTGTTTTCATGTTTCCCACCAAAAGGGGAAGTCATCCTTGGCTACTATTACTAGTTCTC
TTGCTACTGTTTTCATTTCACTTTATGTGTGTGTTATAAGACATCGCAAGAACAACCAAA
ATCTTCACTTTGGAACACACTTTTCAATCTTCGGTTACCAATATGTATCTCATGTGTTAA
ACTAGTGGTTTGGTTTTATTATAAGCTTTCAATTGCTTTTTATGT

QA 2 586 2 586
DS 

RD RR1AR23TF 586 0 0
G
CATGTTCATGCTCTTAAAAGACCAAGAGGATCCGGTGGAAGATTCCTAAACACCAAGAAA
CTTCTTCAAGAATCACAACAGGGTACTGCTAAAGAACAAGAAGAAAGCAAAAAGGCAAAC
ATGTCTAGATTTGAAGCTCATGTGCTGCAACATAACAAAGACCGTAGCTCAACGACATCT
GGATCAGACATCACATCTGCTTCCGACGGTGTTGATATCTTTGGACACACCGGATTCCAG
TTTTCAGGTTTCCAAACAACTCAGACTAACCGAGCCATGCTTGTTAATGGTCATCA*TCC
AATGACATGCATGGAGGTGGGGACTTGCACCATTTCTCTGTCCATATCTGAGACTTTGGT
GCTGTTTTCATGTTTCCCACCAAAAGGGGAAGTCATCCTTGGCTACTATTACTAGTTCTC
TTGCTACTGTTTTCATTTCACTTTATGTGTGTGTTATAAGACATCGCAAGAACAACCAAA
ATCTTCACTTTGGAACACACTTTTCAATCTTCGGTTACCAATATGTATCTCATGTGTTAA
ACTAGTGGTTTGGTTTTATTATAAGCTTTCAATTGCTTTTTATGT

QA 2 586 2 586
DS 



AS 1 4

CO CL2328Contig1 611 4 9 U
GCCGAACTTTTTTCGCCGGTTAAAGACTTGAGAGAGGAAACAGAACGAGGAGCGAGCGAG
CGAGCGGCGGAGATCTGTTATCAAACCCGGCGGGAGGATTGGTTAAGGATATTTGGGCGT
CGTGCTGGAACGAATCGAGCCGGTATGAGGAGGGACGACTCCATTCTGACTCGGTTCGTT
GACTCAGTGTTTTCTCTATTCCGATTAGCTGAGTTCGAGATCCTGTTTGTGCTATTCTTC
GTCATAGCCTACCTCATCTTCAAGGATCTGACGGCGAGGCCGGAGTACAATCGGATTCTT
GTTGAGAAACCCGGTGGATCTGACATCTGGCCGTTCTAGTTGGATACAGCTCATACATGT
TTGTTTAGTACGTATATGCTTGTACACGTTAATGAACTGCTTAGCGTTCTTCTCTCGTAG
TAAATGTTGTCGTCACTCTGTTCAATTGCTCAATGTAATTCTCCTTCCTTAGTTTTAATT
TAATGCTTTGGTTTCGTTAAGATCGTTTGGATTTTAAGTGACAAGGGTGAGGGATGTGTG
CTCAATATACGCGTAGGAGGTGATATTGATAGATGTATTTGTTTTTAGTTTTAATATAAA
TTCTATCTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GX12JQ C 1
AF RR1GX12TF U 1
AF RR1EA08JQ C 8
AF RR1EA08TF U 8
BS 1 7 RR1GX12JQ
BS 8 433 RR1GX12TF
BS 434 434 RR1EA08TF
BS 435 437 RR1GX12TF
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BS 439 498 RR1GX12TF
BS 499 599 RR1EA08TF
BS 600 600 RR1EA08JQ
BS 601 611 RR1EA08TF

RD RR1GX12JQ 498 0 0
GCCGAACTTTTTTCGCCGGTTAAAGACTTGAGAGAGGAAACAGAACGAGGAGCGAGCGAG
CGAGCGGCGGAGATCTGTTATCAAACCCGGCGGGAGGATTGGTTAAGGATATTTGGGCGT
CGTGCTGGAACGAATCGAGCCGGTATGAGGAGGGACGACTCCATTCTGACTCGGTTCGTT
GACTCAGTGTTTTCTCTATTCCGATTAGCTGAGTTCGAGATCCTGTTTGTGCTATTCTTC
GTCATAGCCTACCTCATCTTCAAGGATCTGACGGCGAGGCCGGAGTACAATCGGATTCTT
GTTGAGAAACCCGGTGGATCTGACATCTGGCCGTTCTAGTTGGATACAGCTCATACATGT
TTGTTTAGTACGTATATGCTTGTACACGTTAATGAACTGCTTAGCGTTCTTCTCTCGTAG
TAAATGTTGTCGTTACTTTGTTCAATTGCTCAATGTAATTCTCCTTCCTTAGTTTTAATT
TAATGCTTTGGTTTCGTT

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1GX12TF 498 0 0
GCCGAAC
TTTTTTCGCCGGTTAAAGACTTGAGAGAGGAAACAGAACGAGGAGCGAGCGAGCGAGCGG
CGGAGATCTGTTATCAAACCCGGCGGGAGGATTGGTTAAGGATATTTGGGCGTCGTGCTG
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CCTACCTCATCTTCAAGGATCTGACGGCGAGGCCGGAGTACAATCGGATTCTTGTTGAGA
AACCCGGTGGATCTGACATCTGGCCGTTCTAGTTGGATACAGCTCATACATGTTTGTTTA
GTACGTATATGCTTGTACACGTTAATGAACTGCTTAGCGTTCTTCTCTCGTAGTAAATGT
TGTCGTTACTTTGTTCAATTGCTCAATGTAATTCTCCTTCCTTAGTTTTAATTTAATGCT
TTGGTTTCGTT

QA 8 498 8 498
DS 

RD RR1EA08JQ 604 0 0
TTTTTTCGCCGGTTAAAGACTTGAGAGAGGAAACAGAACGAGGAGCGAGCGAGCGAGCGG
CGGAGATCTGTTATCAAACCCGGCGGGAGGATTGGTTAAGGATGTTTGGGCGTCGTGCTG
GAACGAATCGAGCCGGTATGAGGAGGGACGACTCCATTCTGACTCGGTTCGTTGACTCAG
TGTTTTCTCTATTCCGATTAGCTGAGTTCGAGATCCTGTTTGTGCTATTCTTCGTCATAG
CCTACCTCATCTTCAAGGATCTGACGGCGAGGCCGGAGTACAATCGGATTCTTGTTGAGA
AACCCGGTGGATCTGACATCTGGCCGTTCTAGTTGGATACAGCTCATACATGTTTGTTTA
GTACGTATATGCTTGTACACGTTAATGAACTGCTTAGCGTTCTTCTCTCGTAGTAAATGT
TGTCGTCACTCTGTTCAATTGCTCAATGTAATTCTCCTTCCTTAGTTTTAATTTAATGCT
TTGGTTTCGTTAAGATCGTTTGGATTTTAAGTGACAAGGGTGAGGGATGTGTGCTCAATA
TACGCGTAGGAGGTGATATTGATAGATGTATTTGTTTTTAGTTTTAATATAAATTCTATC
TTAG

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1EA08TF 604 0 0
TTTTTTCGCCGGTTAAAGACTTGAGAGAGGAAACAGAACGAGGAGCGAGCGAGCGAGCGG
CGGAGATCTGTTATCAAACCCGGCGGGAGGATTGGTTAAGGATGTTTGGGCGTCGTGCTG
GAACGAATCGAGCCGGTATGAGGAGGGACGACTCCATTCTGACTCGGTTCGTTGACTCAG
TGTTTTCTCTATTCCGATTAGCTGAGTTCGAGATCCTGTTTGTGCTATTCTTCGTCATAG
CCTACCTCATCTTCAAGGATCTGACGGCGAGGCCGGAGTACAATCGGATTCTTGTTGAGA
AACCCGGTGGATCTGACATCTGGCCGTTCTAGTTGGATACAGCTCATACATGTTTGTTTA
GTACGTATATGCTTGTACACGTTAATGAACTGCTTAGCGTTCTTCTCTCGTAGTAAATGT
TGTCGTCACTCTGTTCAATTGCTCAATGTAATTCTCCTTCCTTAGTTTTAATTTAATGCT
TTGGTTTCGTTAAGATCGTTTGGATTTTAAGTGACAAGGGTGAGGGATGTGTGCTCAATA
TACGCGTAGGAGGTGATATTGATAGATGTATTTGTTTTTAGTTTTAATATAA*TTCTATC
TTAG

QA 1 604 1 604
DS 



AS 2 4

CO CL2329Contig1 1026 2 2 U
GGACCCCACCAGCCGTTTAAAAAGCCTATCTCATCATCCTTGCATCGGAGACCGATCTCA
TTCAAAGAACACGCTCCTTCATCTTCCTCGGCTGTATCTCTTCTTGTCTCGGTTTTACAG
TTGGATTCACATATCAGCCTTGTCTTTTTTTTTTACTCGATAACTACTAGCAATTATGGA
TGATTGGGAGGATGAGCAGCTTGCACCACTTCCAGTTAAAGTTGAGCTTAAAAGCAACTG
GGATGACGAGGATGTAGATGAGAATGTAGATGAGAATGATATTAAGGACTCTTGGGAGGA
GGATGATGATGATGACGAACCTGCTCCGGTAAAGCCTGCGACGGACAAGGCTCCTCCTAA
GAAAGCAGCAGCCAAAGCTGTTGAAAAGAAGGGTAAAGCAGCCGATGTTCCAAAAGAAGC
ACCAAAGGAAGAAGAACCTTTGGATCCTATCTCTGAGAAACTTCGCATGCAGAGGCTTGT
TGAAGAAGCTGACTACAAGGCAACCGCTGAACTCTTTGGAACGAAGGGTGAAGAGACAAA
ACTTGATGTGTTCATCCCCAAGTCTGAAAGCGATTTTTTGGAATATGCTGAAATGATTTC
TCATAGGCTTAAACCATATGAGAAAAGTTATCATTATATTGCGCTACTCAAAGCAGTGAT
GAGACTTTCCGTGACCAACATGAAAGCAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCGTCCATTAC
AGCAATAGCAAATGAAAAACTTAAGGCGGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGTAGAAAGAAGAC
TGGTGGGAAAAAGAAACAGCTGATTGTAGATAAGGCCAATGACGATCTAGTGGCTGGTCC
TTATGATGCCATGGACGATTTCGACTTCATGTAGATTATAAGAGCTTTTTTGAGAGCATG
TAATTTGGATTTGTCTATTTCATCATTTTATCACTCAGAAGAAAGAACAAAAGTTTATTA
TTCCTGGAAATATACTTGGAAAAAAAAACAAAGCTTGATTTATGAGTATTGGTCAGTTTG
GTCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1D074TF U 1
AF RR1D074JQ C 181
BS 1 738 RR1D074TF
BS 739 1026 RR1D074JQ

RD RR1D074TF 754 0 0
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CTTAAGCGGAGAAAAA

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DS 

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ATGA
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GAAGCTGACTACAAGGCAACCGCTGAACTCTTTGGAACGAAGGGTGAAGAGACAAAACTT
GATGTGTTCATCCCCAAGTCTGAAAGCGATTTTTTGGAATATGCTGAAATGATTTCTCAT
AGGCTTAAACCATATGAGAAAAGTTATCATTATATTGCGCTACTCAAAGCAGTGATGAGA
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ATAGCAAATGAAAAACTTAAGGCGGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGTAGAAAGAAGACTGGT
GGGAAAAAGAAACAGCTGATTGTAGATAAGGCCAATGACGATCTAGTGGCTGGTCCTTAT
GATGCCATGGACGATTTCGACTTCATGTAGATTATAAGAGCTTTTTTGAGAGCATGTAAT
TTGGATTTGTCTATTTCATCATTTTATCACTCAGAAGAAAGAACAAAAGTTTATTATTCC
TGGAAATATACTTGGAAAAAAAAACAAAGCTTGATTTATGAGTATTGGTCAGTTTGGTCT
AG

QA 5 846 5 846
DS 



CO CL2329Contig2 892 2 2 U
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AGCTTTGGATCCTCTCTCTGAGAAACTTCGCATGCAGAGGCTTGTTGAAGAAGCTGACTA
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CAACATTAAGGCAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCGTCCATTACAGCAATAGCAAATGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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AF RR1G175TF U 1
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BS 606 892 RR1G175JQ

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AGTTGGGATTCACATAACAGATTGAAGTTTTACTCGATAACTAGCAGCAATTATGGATGA
TTGGGAGGATGAGCAGCTTGCACCACTTCCAGCTAAAGTCGAGCTTAAAAGTAATTGGGA
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CGAACCTGCTCCGGTAAAGCCTGCTACTGAGTAGGCTCCTCCTAAGAAAGCAGCAGCCAA
ATCTGTTGAAAAGAAGGGCAAAGCAGCCGATGTTCCCAAGGAAGCACCAAAGGAAGAAGA
AGCTTTGGATCCTCTCTCTGAGAAACTTCGCATGCAGAGGCTTGTTGAAGAAGCTGACTA
CAAGGCAACTGCTGAACTCTTTGGAACGAAGGGTGAAGAGACAAAACTTGATGTGTTCAT
CCCCAAGTCAGAAAGCGATTTTTTGGAATATGCTGAAATGATTTCTCATAGGCTTAAACC
ATATGAGAAAAGTTATCATTATATTGCGCTACTCAAAGCAGTGATGAGACTTTCCGTGAC
CAACA

QA 1 605 1 605
DS 

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AATCTGTTGAAAAGAAGGGCAAAGCAGCCGATGTTCCCAAGGAAGCACCAAAGGAAGAAG
AAGCTTTGGATCCTCTTTTTGAGAAACTTCGCATGCAGAGGCTTGTTGAAGAAGCTGACT
ACAAGGCAACTGCTGAACTTTTTGGAACGAAGGGTGAAGAGACAAAACTTGATGTGTTCA
TCCCCAAGTCAGAAAGCGATTTTTTGGAATATGCTGAAATGATTTTTCATAGGCTTAAAC
CATATGAGAAAAGTTATCATTATATTGCGCTACTCAAAGCAGTGATGAGACTTTCCGTGA
CCAACATTAAGGCAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCGTCCATTACAGCAATAGCAAATG
AAAAACTTAAGGCGGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGTAGAAAGAAGACTGGTGGGAAAAAGA
AACAGCTGATTGTAGATAAGGCCAATGACGATCTAGTGGCTGGTCCTTATGATGCCATGG
ACGATTTCGACTTCATGTAGATTATAAGAGCTTTTTTGAGAGCATGTAATTTGGATTTGT
CTATTTCATCATTTTATCACTCAGAAGAAAGAACAAAAGTTTATTATTTCTGG

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 3

CO CL2330Contig1 742 3 9 U
CTAATAAATCATTGAGGGAAAAAAAAAAACAATAACGTCTGCCAAGTAAAACAAACTGAA
TAAGATACAGTAAACCGTAGGTTTTAGAGTACAAAAGGACGTACGTGCAAGGAAAGTTAA
CCGAAACCGGTTTTACAGATAAATGAAACAAAAAAAACACTGACCATGTGAAAATAAATA
CCGAGACTCCTTAAAAGGCTTTACACCTTGCGGACTTGGATGTTATGAGTCGATTGAGAC
CGCCAGATTGATTGTGAACCGCTCTGTACAATCGCTATTTCCTCTCCCTTCTTCACCATT
CCTTGTTTCAGTAGTGTAGACAAAGCTTTAGTGAAAGTGTCCTCTGCATCATCTGAAAAC
TCCATATATATGGGGCACACACCTTGATACAAGGCTAATCTTTGCTGTATTTTTTTCTCA
TTTGTGAAGGCATAGATTGTGCCAGAAGGGCGATAGTGACTCAAAAGTATGGCCATGAAA
CCGGTCCTGGTGAAAACAACAGTTGAAGTTCCAAGTGTGTTCGACATCATGGTTGCATGG
TATGCAAACATCTCACTCATATGGTTCTTGAAGGCTTGACCAAGATTAGGTGGCATTTCA
CTACTAGTAGTAATGGTTGCTTCTGTTCGCAGTGCAACTGTATGCATCACTCCAGCAGCT
TTCAACGGGAACTTTCCGTGAGCAGTTTCTCCTGAAAGCATTACTGCATCAGCACCTTCT
CTAACAGCTATGGCAATGTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A618JQ U 40
AF RR1A618TF C 40
AF RR1EX21JQ U 1
BS 1 250 RR1EX21JQ
BS 251 251 RR1A618JQ
BS 252 434 RR1EX21JQ
BS 435 435 RR1A618JQ
BS 436 444 RR1EX21JQ
BS 445 445 RR1A618JQ
BS 446 583 RR1EX21JQ
BS 584 584 RR1A618JQ
BS 585 742 RR1EX21JQ

RD RR1A618JQ 586 0 0
G
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TGACCATGTGAAAATAAATACCGAGACTCCTTAAAAGGCTTTACACCTTGCGGACTTGGA
TGTTATGAGTCGATTGAGACCGCCAGATTGATTGTGAACCGCTCTGTACAATCGCTATTT
CCTCTCCCTTCTTCACCATTCCTTGTTTCAGTAGTGTAGACAAAGCTTTAGTGAAAGTGT
CCTCTGCATCATCTGAAAACTCCATATATATGGGGCACACACCTTGATACAAGGCTAATC
TTTGCTGTATTTTTTTCTCATTTGTGAAGGCATAGATTGTGCCAGAAGGGCGATAGTGAC
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TCGACATCATGGTTGCATGGTATGCAAACATCTCACTCATATGGTTCTTGAAGGCTTGAC
CAAGATTAGGTGGCATTTCACTACTAGTAGTAATGGTTGCTTCT
C

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR1A618TF 586 0 0
G
GCCAAGTAAAACAAACTGAATAAGATACAGTAAACCGTAGGTTTTAGAGTACAAAAGGAC
GTACGTGCAAGGAAAGTTAACCGAAACCGGTTTTACAGATAAATGAAACAAAAAAAACAC
TGACCATGTGAAAATAAATACCGAGACTCCTTAAAAGGCTTTACACCTTGCGGACTTGGA
TGTTATGAGTCGATTGAGACCGCCAGATTGATTGTGAACCGCTCTGTACAATCGCTATTT
CCTCTCCCTTCTTCACCATTCCTTGTTTCAGTAGTGTAGACAAAGCTTTAGTGAAAGTGT
CCTCTGCATCATCTGAGAACTCCATATATATGGGGCACACACCTTGATACAAGGCTAATC
TTTGCTGTATTTTTTTCTCATTTGTGAAGGCATAGATTGTGCCAGAAGGGCGATAGTGAC
TCAAAAGTATGGCCATGAAACCGGTCCTGGTGAAAACAACAGTTGAAGTTCCAAGTGTGT
TCGACATCATGGTTGCATGGTATGCAAACATCTCACTCATATGGTTCTTGAAGGCTTGAC
CAAGATTAGGTGGCATTTCACTACTAGTAGTAATGGTTGCTTCT
C

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR1EX21JQ 742 0 0
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TAAGATACAGTAAACCGTAGGTTTTAGAGTACAAAAGGACGTACGTGCAAGGAAAGTTAA
CCGAAACCGGTTTTACAGATAAATGAAACAAAAAAAACACTGACCATGTGAAAATAAATA
CCGAGACTCCTTAAAAGGCTTTACACCTTGCGGACTTGGATGTTATGAGTCGATTGAGAC
CGCCAGATTGGTTGTGAACCGCTCTGTACAATCGCTATTTCCTCTCCCTTCTTCACCATT
CCTTGTTTCAGTAGTGTAGACAAAGCTTTAGTGAAAGTGTCCTCTGCATCATCTGAAAAC
TCCATATATATGGGGCACACACCTTGATACAAGGCTAATCTTTGCTGTATTTTTTTCTCA
TTTGTGAAGGCATAAATTGTGCCAAAAGGGCGATAGTGACTCAAAAGTATGGCCATGAAA
CCGGTCCTGGTGAAAACAACAGTTGAAGTTCCAAGTGTGTTCGACATCATGGTTGCATGG
TATGCAAACATCTCACTCATATGGTTCTTGAAGGCTTGACCAAAATTAGGTGGCATTTCA
CTACTAGTAGTAATGGTTGCTTCTGTTCGCAGTGCAACTGTATGCATCACTCCAGCAGCT
TTCAACGGGAACTTTCCGTGAGCAGTTTCTCCTGAAAGCATTACTGCATCAGCACCTTCT
CTAACAGCTATGGCAATGTCAG

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 4

CO CL2331Contig1 763 4 9 U
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AACAGCAGCAAGCGATGCAGAAGAACACGTTGTACGTAGGAGGTCTAGCCGACGAAGTAA
ACGAATCGATCCTCCACGCCGCGTTTATACCATTCGGCGACATCAAGGACGTGAAGACGC
CGCTGGACCAAGCCAATCAGAAGCACAGATCCTTCGGATTCGTCACTTTCCTGGAGAGAG
AAGACGCTTCCGCCGCCATGGATAACATGGACGGCGCCGAGCTTTACGGCCGTGTTCTCA
CCGTCAACTATGCCCTCCCCGAGAAGATCAAGGGTGGAGAACAGGGCTGGGCCGCACATC
CACTTTGGGCGGATGCAGACACGTGGTTTGAACGGCAGCAACAAGAAAAGGAAATTATCA
AGATCCAAGCGGAGAACAAGGCTGCTATGGAGGCTGCTGAGGAACTTCACAGGAAGAAAT
TGGCGCAAGACCGACAAGGCGAGATGGAAGAAGATACGGAGGTCAAAGATGATCCTATGG
CCAGAGCTGAGGCCGATGCTCTAAGCAGCCATGACAACAACAACCCCCAGTGAAAGTAAG
CCTTTTACCGGTTTTCGTCTGAGTTGTCTTGTCTCATATTATCACCTAGTTGAGTTTGAG
ACTAGATTGTTTCATCAAGTATCTGATCATGTTTTTGGTATAATTACTAGTTTGTTGAAA
CTTGCATGAATAGAATATTAGAAAAAAAAAATTCCATGTTTCC


BQ
10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA81JQ C 1
AF RR1AV87TF U 1
AF RR1CA81TF U 1
AF RR1AV87JQ C 3
BS 1 41 RR1AV87TF
BS 42 42 RR1CA81TF
BS 43 97 RR1AV87TF
BS 98 98 RR1CA81TF
BS 99 691 RR1AV87TF
BS 692 695 RR1CA81TF
BS 696 697 RR1AV87JQ
BS 698 729 RR1CA81TF
BS 730 763 RR1AV87JQ

RD RR1CA81JQ 614 0 0
GG
AGTCTCACCGAGAAGATTCACTAAGCGAGCGAAGGAACTCGAACAATGGCGGCGGTTCAA
CAGCAGCAAGCGATGCAGAAGAACACGTTGTACGTAGGAGGTCTAGCCGACGAAGTAAAC
GAATCGATCCTCCACGCCGCGTTTATACCATTCGGCGACATCAAGGACGTGAAGACGCCG
CTGGACCAAGCCAATCAGAAGCACAGATCCTTCGGATTCGTCACTTTCCTGGAGAGAGAA
GACGCTTCCGCCGCCATGGATAACATGGACGGCGCCGAGCTTTACGGCCGTGTTCTCACC
GTCAACTATGCCCTCCCCGAGAAGATCAAGGGTGGAGAACAGGGCTGGGCCGCACATCCA
CTTTGGGCGGATGCAGACACGTGGTTTGAACGGCAGCAACAAGAAAAGGAAATTATCAAG
ATCCAAGCGGAGAACAAGGCTGCTATGGAGGCTGCTGAGGAACTTCACAGGAAGAAATTG
GCGCAAGACCGACAAGGCGAGATGGAAGAAGATACGGAGGTCAAAGATGATCCTATGGCC
AGAGCTGAGGCCGATGCTCTAAGCAGCCATGACAACAACAACCCCCAGTGAAAGTAACCC
TTTTACCGGTTT

QA 3 614 3 614
DS 

RD RR1AV87TF 691 0 0
GGAGTCTCACCGAGAAGATTCACTAAGCGAGCGAAGGAACTGGAACAATGGCGGCGGTTC
AACAGCAGCAAGCGATGCAGAAGAACACGTTGTACGTCGGAGGTCTAGCCGACGAAGTAA
ACGAATCGATCCTCCACGCCGCGTTTATACCATTCGGCGACATCAAGGACGTGAAGACGC
CGCTGGACCAAGCCAATCAGAAGCACAGATCCTTCGGATTCGTCACTTTCCTGGAGAGAG
AAGACGCTTCCGCCGCCATGGATAACATGGACGGCGCCGAGCTTTACGGCCGTGTTCTCA
CCGTCAACTATGCCCTCCCCGAGAAGATCAAGGGTGGAGAACAGGGCTGGGCCGCACATC
CACTTTGGGCGGATGCAGACACGTGGTTTGAACGGCAGCAACAAGAAAAGGAAATTATCA
AGATCCAAGCGGAGAACAAGGCTGCTATGGAGGCTGCTGAGGAACTTCACAGGAAGAAAT
TGGCGCAAGACCGACAAGGCGAGATGGAAGAAGATACGGAGGTCAAAGATGATCCTATGG
CCAGAGCTGAGGCCGATGCTCTAAGCAGCCATGACAACAACAACCCCCAGTGAAAGTAAG
CCTTTTACCGGTTTTCGTCTGAGTTGTCTTGTCTCATATTATCACCTAGTTGAGTTTGAG
ACTAGATTGTTTCATCAAGTATCTGATCATG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1CA81TF 739 0 0
GG
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CAGCAGCAAGCGATGCAGAAGAACACGTTGTACGTAGGAGGTCTAGCCGACGAAGTAAAC
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CTTTGGGCGGATGCAGACACGTGGTTTGAACGGCAGCAACAAGAAAAGGAAATTATCAAG
ATCCAAGCGGAGAACAAGGCTGCTATGGAGGCTGCTGAGGAACTTCACAGGAAGAAATTG
GCGCAAGACCGACAAGGCGAGATGGAAGAAGATACGGAGGTCAAAGATGATCCTATGGCC
AGAGCTGAGGCCGATGCTCTAAGCAGCCATGACAACAACAACCCCCAGTGAAAGTAAGCC
TTTTACCGGTTTTCGTCTGAGTTGTCTTGTCTCATATTATCACCTAGTTGAGTTTGAGAC
TAGATTGTTTCATCAAGTATCTGATCATGTTTT**GTATAATTACTAGTTTGTTGAAACT
TGCATGA
TAGATATTAC

QA 3 729 3 729
DS 

RD RR1AV87JQ 761 0 0
AGTCTCACCGAGAAGATTCACTAAGCGAGCGAAGGAACTGGAACAATGGCGGCGGTTCAA
CAGCAGCAAGCGATGCAGAAGAACACGTTGTACGTCGGAGGTCTAGCCGACGAAGTAAAC
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GACGCTTCCGCCGCCATGGATAACATGGACGGCGCCGAGCTTTACGGCCGTGTTCTCACC
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CTTTGGGCGGATGCAGACACGTGGTTTGAACGGCAGCAACAAGAAAAGGAAATTATCAAG
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TGCATGAATAGAATATTAGAAAAAAAAAATTCCATGTTTCC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 4

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1AL05TF U 114
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AF RR1AL05JQ C 690
AF RR1EZ38JQ C 732
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GCCGTCGGCCCCCCACCCCATGTGTTTCTTCTTTTAATCTTCGCCTCTCATCTTCTTTCT
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QA 1 598 1 598
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RD RR1EZ38TF 777 0 0
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GAACATTTCACAAAAAAAGACTGAAGGAGGAGCAGTCGCTCTCTCCTTTTTTTCTCCCAA
AAACTAAAACTAAACCTTCGAACCCTAGATTCAAAACGGTGGTCGGCGGATCCGCCGTCG
GCCCCCCACCCCATGTGTTTCTTCTTTTAATCTTCGCCTCTCATCTTCTTTCTCTCTCTC
TGGTGATGTGCTCGTATCCCTGCTACTAATTTTCTCCTTACGCCGTTGTTCGTGTTAGGA
GTCCGATGTAGTTAGATTGGTGGTGATTCGGCGAGTCAGAGGTAGAGGTCAAAAGTGTTT
GGCTCGGCTGCGGGAGATCTCCTCTTTCCGGCTCAGATCTGGAGTTTTTTTTT*CTCAGA
TCTGGCTTCGAGCAGGTGGTGACGAGGTACGTGAGGACTGTATCTGTAAGTTGTCCCTGC
GTTTTTGTCCAGTCTGGTGAGTTCTCCCGCGTAGTTTGAGCGGTTTAGTGGGTTCTCGGG
GTGTGTTGGTGCGGTGACTATCGTTAGTTTACCGGTTGTTGGGGCATGACTGAGGAAGTG
GCACTTTGTTCCTTGGTTCAACTTCCGTTCCGGATCTGGACTATGAGTAGTAATTTGAGA
GCGGGCCTTTGGGTTTTACTGTCTTTTTTACTCTCTGCTGACTGTGTACAAAGATGAGAT
CTGCGGTGTTGCAGTGGTGTGTGTGGCTATCTAGGTGCGTGCGGATAGCTAGTGGCG

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TCTGCGCAGAGACAGTACTCACGGGTGTGAAGCTTCTTCTCCTTTGGGCAAGTCCGATGG
TGTGGCAAACCCAACCTTACTCTCCCCTTCCGAATAAGAGCGGTGTCTTGTAGATGTGCT
AGATGTGATCAAATCAAGAAGAAGCGTAACAGTCAATCTGTGTTTAGTGTGAGCAGCAGC
TCTATTTTTTTGCGGTGGTACTCGACAGTTGAGTGAATGTTTCATGCGGTAGCACAGATT
AGCTAACTGTGCGGCAAAGGTTTTGGCTAGATCGGTGGAGCAGAGGCATACAGCTTCACC
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GCCGTCGTACGATATGGTAGTTGTGTGTGCTAATTAGCAGGTTATCAAAGGCGTGTTTGT
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CTTTGTAATTTCTGTCAAAAATTTAAAATGGTATAAAATTTAACATTC

QA 1 828 1 828
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RD RR1EZ38JQ 791 0 0
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GTGTCTTGTAGATGTGCTAGATGTGATCAAATCAAGAAGAAGCGTAACAGTCAATCTGTG
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CATGCGGTAGCACAGATTAGCTAACTGTGCGGCAAAGGTTTTGGCTAGATCGGTGGAGCA
GAGGCATACAGCTTCACCTTTATCCGGATCTCCGGTTTCGACTGGGCCGGAACGTTCACT
CCGAATGCATTTGTTTGAGCCGTCGTACGATATGGTAGTTGTGTGTGCTAATTAGCAGGT
TATCAAAGGCGTGTTTGTGATGAAGCTGTAGGAGCAGAGAGGTTATGAGGGCTGGCCTAT
TCTCTGTTAACTCGCGGCAACTTAGCAACCACAACAATGAGACTCCAGCTGTTGGTTCAT
GGCGATCCTAGACATTGTGCGTTGTTTTGTTATTCACGATTTGTATTAGTTGTGGTATTT
CTACATTTCGCGCTGTGTTTTTCTTTTGTATTTTGGTGTTGTTTAGGTGGTTTTTATTTT
TTTTCTGCTACCAGTTATCTTTGTAATTTCTGTCAAAAATTTAAAATGGTATAAAATTTA
ACATTCATACC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 4

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TCAGAAACTTGAATGGTGCCGATTTGGACGGTAGACAAATAAGAGTCTCTGAAGCTGAGG
CTAGGCCTCCAAGGCGTCAGTTTTGATCACCACCCTTCCTATTCTCATTAAACGCATTTT
CTGGAGGGCGCTTCGAAGAATATAGAGTTATGTGAGAGGATGGCTGTTTTGGACCGTACG
AAGCTCTTCACCTATGTTTGTCATGCAATGGATGCACGAGTGGTCTTTTTATTAGAAACA
TATTAAGTAAAGGTTATGATTGAAAAACATGTTCTCGTCTGTCTGTGTGCTGCCATTGAC
CACTTAGCTTTGGTTTGATTCGGGTTTCTCTCTATTTTGTGGTCTCTTCATAATGAAT


BQ
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0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1DR70JQ C 1
AF RR1DR70TF U 1
AF RR1CM09JQ C 222
AF RR1CM09TF U 222
BS 1 295 RR1DR70TF
BS 296 296 RR1CM09TF
BS 297 360 RR1DR70TF
BS 361 361 RR1CM09TF
BS 362 418 RR1DR70TF

RD RR1DR70JQ 418 0 0
GGTGATCTAAGGGTTTTGGGTTTGTGACCTACAACTCTGCTCAAGAGGTCCAAAATGCCA
TCAGAAACTTGAATGGTGCCGATTTGGACGGTAGACAAATAAGAGTCTCTGAAGCTGAGG
CTAGGCCTCCAAGGCGTCAGTTTTGATCACCACCCTTCCTATTCTCATTAAACGCATTTT
CTGGAGGGCGCTTCGAAGAATATAGAGTTATGTGAGAGGATGGCTGTTTTGGACCGTACG
AAGCTCTTCACCTATGTTTGTCATGCAATGGATGCACGAGTGGTCTTTTTATTAGTAACA
TATTAAGTAAAGGTTATGATTGAAAAACATGTTCTCGTCTGTCTGTGTGCTGCCATTGAC
TACTTAGCTTTGGTTTGATTCGGGTTTCTCTCTATTTTGTGGTCTCTTCATAATGAAT

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR1DR70TF 418 0 0
GGTGATCTAAGGGTTTTGGGTTTGTGACCTACAACTCTGCTCAAGAGGTCCAAAATGCCA
TCAGAAACTTGAATGGTGCCGATTTGGACGGTAGACAAATAAGAGTCTCTGAAGCTGAGG
CTAGGCCTCCAAGGCGTCAGTTTTGATCACCACCCTTCCTATTCTCATTAAACGCATTTT
CTGGAGGGCGCTTCGAAGAATATAGAGTTATGTGAGAGGATGGCTGTTTTGGACCGTACG
AAGCTCTTCACCTATGTTTGTCATGCAATGGATGCACGAGTGGTCTTTTTATTAGTAACA
TATTAAGTAAAGGTTATGATTGAAAAACATGTTCTCGTCTGTCTGTGTGCTGCCATTGAC
TACTTAGCTTTGGTTTGATTCGGGTTTCTCTCTATTTTGTGGTCTCTTCATAATGAAT

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR1CM09JQ 197 0 0
GGCTGTTTTGGACCGTACGAAGCTCTTCACCTATGTTTGTTATGCAATGGATGCACGAGT
GGTCTTTTTATTAGAAACATATTAAGTAAAGGTTATGATTGAAAAACATGTTCTCGTCTG
TCTGTGTGCTGCCATTGACCACTTAGCTTTGGTTTGATTCGGGTTTCTCTCTATTTTGTG
GTCTCTTCATAATGAAT

QA 1 197 1 197
DS 

RD RR1CM09TF 197 0 0
GGCTGTTTTGGACCGTACGAAGCTCTTCACCTATGTTTGTTATGCAATGGATGCACGAGT
GGTCTTTTTATTAGAAACATATTAAGTAAAGGTTATGATTGAAAAACATGTTCTCGTCTG
TCTGTGTGCTGCCATTGACCACTTAGCTTTGGTTTGATTCGGGTTTCTCTCTATTTTGTG
GTCTCTTCATAATGAAT

QA 1 197 1 197
DS 



AS 1 2

CO CL2334Contig1 982 2 2 U
GGGGACCTTTTCTCTCTCTGTTTCTCGTGACTCCCAAATGAACGGAGCAAGGAGGAAGCT
GGTGGCTTCAGTCTCCACCCTTTTAACAAGACGATCATATTCTCCTTCTTCTCCTACTCT
CGGGTGCAATCCACTCTTGAATAATTTACAAACTCACTTGATCCGCCAATCTCTGCAATC
TTCTTCTTCAGCTAATAAACCCCTGTGGCTCCGATTTCCCGGTAGAGGTTTTTGCTCGGA
GGGATCCAGCGGCGTGTGCTGGAACTGTGGCTCCTCGTCGTCGGAGAAAGCTGCGTTTTT
GTTCTGTGAATCGTGCCGCACCATTCAACCCGTCGATGATTCCGTCGACTACTTTCAGAT
ATTCGGCTTGGAGAAGAAGTATGAGTTAGATGTTGGGAGACTTGAAGGCATTTACAAAGA
CTGGCAAAAGAAGCTTCATCCTGATTTAGTTCACAACAAATCTCTGAAAGAAAGAGATTT
CGCAGCTGACCAGTCTGCAAAGGTTACTGAAGCTTACCGGACACTAACCAAGCGACTCTC
GAGAGCAATGTATATTATGAAGCTGAATGGCAAAAATGTCAATGAAGAAGAAACAATAAC
AGATCCAACCTTGTTAATGGAGATTATGGAACTCAGAGAGACCATTGCAGAAGCAAATGA
TTCAAAAGAGTTAGACCAGATCCGATCCCAGGTACAAGAGAAACTGAAGCAATGGTTTGA
CTTTTTTGTCCAAGCCTTTGAAAGCCACAGGTTTGATGAAGCTATAAAATGTATCCAGAG
AATGACTTATTACGAGCGAGCTTGTGAAGAAATTGTCAAGAAGCTATGAATGAGGAAACT
AGTCCTCCCTAAAAGATTAAACCATTTTTTTGTTTGTTTTCTTTAAAACCTTACCCTTTG
AAAGGAATACACGTTATGATAAAAGCATCATGTTTACTTATATAGCCCCCAAGACTTTGT
AATAAAAGAGCTTTCACGGATT


BQ
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AF RR1F071TF U 1
AF RR1CY44JQ C 468
BS 1 647 RR1F071TF
BS 648 982 RR1CY44JQ

RD RR1F071TF 647 0 0
GGGGACCTTTTCTCTCTCTGTTTCTCGTGACTCCCAAATGAACGGAGCAAGGAGGAAGCT
GGTGGCTTCAGTCTCCACCCTTTTAACAAGACGATCATATTCTCCTTCTTCTCCTACTCT
CGGGTGCAATCCACTCTTGAATAATTTACAAACTCACTTGATCCGCCAATCTCTGCAATC
TTCTTCTTCAGCTAATAAACCCCTGTGGCTCCGATTTCCCGGTAGAGGTTTTTGCTCGGA
GGGATCCAGCGGCGTGTGCTGGAACTGTGGCTCCTCGTCGTCGGAGAAAGCTGCGTTTTT
GTTCTGTGAATCGTGCCGCACCATTCAACCCGTCGATGATTCCGTCGACTACTTTCAGAT
ATTCGGCTTGGAGAAGAAGTATGAGTTAGATGTTGGGAGACTTGAAGGCATTTACAAAGA
CTGGCAAAAGAAGCTTCATCCTGATTTAGTTCACAACAAATCTCTGAAAGAAAGAGATTT
CGCAGCTGACCAGTCTGCAAAGGTTACTGAAGCTTACCGGACACTAACCAAGCGACTCTC
GAGAGCAATGTATATTATGAAGCTGAATGGCAAAAATGTCAATGAAGAAGAAACAATAAC
AGATCCAACCTTGTTAATGGAGATTATGGAACTCAGAGAGACCATTG

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1CY44JQ 515 0 0
AAGAAAGAGATTTCGCAGCTGACCAGTCTGCAAAGGTTACTGAAGCTTACCGGACACTAA
CCAAGCGACTCTCGAGAGCAATGTATATTATGAAGCTGAATGGCAAAAATGTCAATGAAG
AAGAAACAATAACAGATCCAACCTTGTTAATGGAGATTATGGAACTCAGAGAGACCATTG
CAGAAGCAAATGATTCAAAAGAGTTAGACCAGATCCGATCCCAGGTACAAGAGAAACTGA
AGCAATGGTTTGACTTTTTTGTCCAAGCCTTTGAAAGCCACAGGTTTGATGAAGCTATAA
AATGTATCCAGAGAATGACTTATTACGAGCGAGCTTGTGAAGAAATTGTCAAGAAGCTAT
GAATGAGGAAACTAGTCCTCCCTAAAAGATTAAACCATTTTTTTGTTTGTTTTCTTTAAA
ACCTTACCCTTTGAAAGGAATACACGTTATGATAAAAGCATCATGTTTACTTATATAGCC
CCCAAGACTTTGTAATAAAAGAGCTTTCACGGATT

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 4

CO CL2335Contig1 587 4 4 U
GGCCCCACACAAAACCAAAACATTCAAGCTTCAGATTTATCCTCCGCTTAGTAACACACG
TACACAACAATGGCGTCACCTCTGCAAACACTGATTGCTACAATGGTTCTGCTAGGCCTG
TTTTTTGGATGTGCAGAGAAAGTGAGTGGAATGCGTTACATTCCCAACTTCTTCACTGCC
GGTGAGACAAAACACTCGGAGTTTCTTGTGAGCATTGCACCCCAACCATCTGGTCTCATC
CCTAGACTAGGAAGATTCTTGCTGCCACCCCAACCTAAGAGGCCATTCCATCCTTACGAC
GATCCAATTGCTGCTGCTCCAGCCTCTTATTGTGGAACCCCTATTAGTTTTGCCCCACAC
CCTGGAAATGAAGCTTCCGGTCCGATCTCTAGAGAAGAAGAAGTTCCACCAGTGCCACAA
CCACTTGAACCAGTCAACAAATAAGCATTTGCTACATGCAAAAGGGTCTACAATCTTAGT
ATCGTCAGATTCCTTCTTCTGGTTTACACAACAAATCTACTATCCAGTCACTCTTATCTT
TGTTATCTATTTCTCAATAAAGAAATAATATAAAAGTGAGTTGCTCG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1CR86JQ C 1
AF RR1CR86TF U 1
AF RR1AC91JQ C 5
AF RR1AC91TF U 5
BS 1 6 RR1CR86JQ
BS 7 482 RR1CR86TF
BS 483 483 RR1AC91TF
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RD RR1CR86JQ 587 0 0
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CCTGGAAATGAAGCTTCCGGTCCGATCTCTAGAGAAGAAGAAGTTCCACCAGTGCCACAA
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QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1CR86TF 587 0 0
GGCCCC
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QA 7 587 7 587
DS 

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GG
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ACAATGGCGTCACCTCTGCAAACACTGATTGCTACAATGGTTTTGCTAGGCCTGTTTTTT
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QA 3 583 3 583
DS 

RD RR1AC91TF 583 0 0
GG
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ACAATGGCGTCACCTCTGCAAACACTGATTGCTACAATGGTTCTGCTAGGCCTGTTTTTT
GGATGTGCAGAGAAAGTGAGTGGAATGCGTTACATTCCCAACTTCTTCACTGCCGGTGAG
ACAAAGCACTCGGAGTTTCTTGTGAGCATTGCGCCCCAACCATCTGGTCTCATCCCTAGA
CTAGGAAGATTCTTGCTGCCACCCCAACCTAAGAGGCCATTCCATCCTTACGACGATCCA
ATTGCTGCTGCTCCAGCCTCTTATTGTGGAACCCCTATTAGTTTTGCCCCACACCCTGGA
AATGAAGCTTCCGGTCCGATCTCTAGAGAAGAAGAAGTTCCACCAGTGCCACAACCACTT
TAACCAGTCAACAAATAAGCATTTGCTACATGCAAAAGGTTCTACAATCTTAGTATCGTC
AGATTCCTTCTTCTGGTTTACACAACAAATCTACTATCCAGTCACTCT*ATCTTTGTTAT
CTATTTCTCAATAAAGAAATAATATAAAAGTGAGTTGCTCG

QA 3 583 3 583
DS 



AS 1 4

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ATGGGATTCGCTTCTAAACTGGCTCAGGAGCTTGTTCTTCAAACAAGAGATGGAGCTCTC
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TAAGGACTCGGTTAACATCGATGCAGTCATTGATTGGCTCATTAAGCACTCGAGAACCGC
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GGTTTCTTGATGTTGTTTATTTGTCGAGAATCAATCAGATGTAAATCACCCAGCTTTTGG
TTTCTTCTTCATCTTTATTATATCTTAAACCTTGTTTTACAATTCTTCAGAGTTCGAACA
CTTTCTTTAATACATTTTGTTAAGCATATC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CB83TF U 1
AF RR1ES91TF U 1
AF RR1CB83JQ C 1
AF RR1ES91JQ C 10
BS 1 711 RR1CB83TF
BS 712 810 RR1CB83JQ

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AGCTTT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1ES91TF 711 0 0
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TTACTGTCGTGGAGTTTCCGCCATTGTTTATGTGATTGATGCTGCAGACCGAGACAGTGT
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TCTTTTGATCCTAGGCAACAAGATTGATAAGTCTGAAGCTCTCTCCAAGCAAGCTTTGGT
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GGTTTCTTGATGTTGTTTATTTGTCGAGAATCAATCAGATGTAAATCACCC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1CB83JQ 810 0 0
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ACTCGTTGGCCTTCAGAATGCTGGAAAGACTTCTCTTGTCAATGCCATCGCTACTGGAGG
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CGTTACCATCAAGATTTGGGATCTTGGAGGCCAACGAAGGTTCCGCACCATGTGGGAGCG
TTACTGTCGTGGAGTTTCCGCCATTGTTTATGTGATTGATGCTGCAGACCGAGACAGTGT
ACCGATATCAAGAAGTGAGTTGCATGATCTGTTAACGAAACCGTCCTTGAACGGTATTCC
TCTTTTGATCCTAGGCAACAAGATTGATAAGTCTGAAGCTCTCTCCAAGCAAGCTTTGGT
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TAAGGACTCGGTTAACATCGATGCAGTCATTGATTGGCTCATTAAGCACTCGAGAACCGC
TAAATAAACAGCAGACGCAGTCATCGGTGCAGTGGAGGAGGAGACAGGCTTTGTGTGTTT
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CTTTCTTTAATACATTTTGTTAAGCATATC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1ES91JQ 801 0 0
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ATGTTGTTTATTTGTCGAGAATCAATCAGATGTAAATCACCCAGCTTTTGGTTTCTTCTT
CATCTTTATTATATCTTAAACCTTGTTTTACAATTCTTCAGAGTTCGAACACTTTCTTTA
ATACATTTTGTTAAGCATATC

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 4

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CCAACCCTTCACGAATCGGAATCATCTGGATCCGAATCAACATCTTCCGATGAGATCACT
GTACCGATCAATTTCATGAATTTCCATCCAATCAATCGTCATTTCCCTAGACGTCCCTTG
ACTTTCAGCCGCCGTCCGTGCCACCATCGTCGACACGGCGAGCTGTTTGGACGAGGCCTC
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TTCAGGACAAAGATCCGCAAGTTTCTAAACCATTTGGTCTGAACAAAGAAGAAGATTCTA
GTTTGTCCTTTAAATCTAGTAAAGAAGATAACAATAAAGTAAAGCCCTCTTATGTATGTA
TGTGCTCTTTCTGGTAAACAAATAGCTTCCATAATGATATGAAGCTGATTTTGTCTATAT
AACATGTGATTCTGTAAGAGTTTAATCCTATTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F663TF U 314
AF RR1GV22TF U 1
AF RR1GV22JQ C 219
AF RR1F663JQ C 314
BS 1 588 RR1GV22TF
BS 589 589 RR1F663TF
BS 590 605 RR1GV22TF
BS 606 606 RR1F663TF
BS 607 673 RR1GV22TF
BS 674 726 RR1GV22JQ
BS 727 813 RR1F663JQ

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AGGAGACAAAACACCATGTCGAAGCGGAGGATGATGGCTCCAGCATGAAGATTACCGTGA
CTTTGATGAAGCGCAAAGAAGAAGGAGAAGGTGAAAGAGAGAGTGTGTTCAGGACAAAGA
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QA 1 340 1 340
DS 

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GTCACCGTTCTCTTATTCACGTTGACTCTCTCCGTCGTTTCCTCCAAGCCCGAAAATGAA
ATCATCGCCGATAGCCATAACACTTTATCTGCGGAGGAATCCGACCCGTTTACTACAAAC
CCAACCCTTCACGAATCGGAATCATCTGGATCCGAATCAACATCTTCCGATGAGATCACT
GTACCGATCAATTTCATGAATTTCCATCCAATCAATCGTCATTTCCCTAGACGTCCCTTG
ACTTTCAGCCGCCGTCCGTGCCACCATCGTCGACACGGCGAGCTGTTTGGACGAGGCCTC
CAGATCCCTTTCGGCAACGACATGATCTTCTCCGGTGAAGAAGAAAAGACGACGACAGGT
CCAGATCCTTCCTTAGACAGCATAGTCGTGGATGTTCCGGCGATCAAGATGTTTGTCGGT
CCCATCACGGTGGAGGAGACAAAACACCATGTCGAAGCGGAGGATGATGGCTCCAGCATG
AAGATTACCGTGACTTTGATGAAGCGCAAAGAAGAAGGAGAAGGTGAA*GAGAGAGTGTG
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GTTTGTCCTTTAA
TCTA

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DS 

RD RR1GV22JQ 508 0 0
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TCATTTCCCTAGACGTCCCTTGACTTTCAGCCGCCGTCCGTGCCACCATCGTCGACACGG
CGAGCTGTTTGGACGAGGCCTCCAGATCCCTTTCGGCAACGACATGATCTTTTCCGGTGA
AGAAGAAAAGACGACGACAGGTCCAGATCCTTCCTTAGACAGCATAGTCGTGGATGTTCC
GGCGATCAAGATGTTTGTCGGTCCCATCACGGTGGAGGAGACAAAACACCATGTCGAAGC
GGAGGATGATGGCTCCAGCATGAAGATTACCGTGACTTTGATGAAGCGCAAAGAAGAAGG
AGAAGGTGAAAGAGAGAGTGTGTTCAGGACAAAGATCCGCAAGTTTTTAAACCATTTGGT
CTGAACAAAGAAGAAGATTCTAGTTTGTCCTTTAAATCTAGTAAAGAAGATAACAATAAA
GTAAAGCCCTCTTATGTATGTATGTGCT

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DS 

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GTCCGTGCCACCATCGTCGACACGGCGAGCTGTTTGGACGAGGCCTCCAGATCCCTTTCG
GCAACGACATGATCTTTTCCGGTGAAGAAGAAAAGACGACGACAGGTCCAGATCCTTCCT
TAGACAGCATAGTCGTGGATGTTCCGGCGATCAAGATGTTTGTCGGTCCCATCACGGTGG
AGGAGACAAAACACCATGTCGAAGCGGAGGATGATGGCTCCAGCATGAAGATTACCGTGA
CTTTGATGAAGCGCAAAGAAGAAGGAGAAGGTGAAAGAGAGAGTGTGTTCAGGACAAAGA
TCCGCAAGTTTTTAAACCATTTTGTCTGAACAAAGAAGAAGATTTTAGTTTGTCCTTTAA
ATCTAGTAAAGAAGATAACAATAAAGTAAAGCCCTCTTATGTATGTATGTGCTCTTTCTG
GTAAACAAATAGCTTCCATAATGATATGAAGCTGATTTTGTCTATATAACATGTGATTCT
GTAAGAGTTTAATCCTATTA

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 4

CO CL2338Contig1 1043 4 8 U
GGGTGTCTCGTGCTTGTCAAAATCTTGGAAAATGTTGGGTAGGCTAGCTGCGAAGCGTCT
TCTGGAGATCCGTCAAGTTTTCCGTCAACCACCGTCTCAGGTGTCTCGTAGCTTTTCAAC
AGCCTTGAACTACCACCTGGATTCTCCTGATAACAAACCGGATCTTCCATGGGAGTTTTC
AGAGGCCAACAAATCTAAGGTTAAGGAGATACTCTCTTACTATCCATCAAACTACAAGCA
GTCTGCAGTCATCCCTCTTCTAGATCTTGCACAACAACAGCACGGCGGCTGGCTCCCTGT
TTCTGCTATGAATGCGGTTGCTAAAGTTATAGAAGTTGCTCCTATCCGTGTTTATGAGGT
TGCTACATTCTACTCAATGTTCAACAGGGCAAAGGTCGGAAAGTACCACCTCCTAGTTTG
TGGCACAACACCTTGCATGATCCGTGGTTCACGGGATATCGAATCTGCTTTGCTAGACCA
TTTGGGAGTGAAACGCGGTGAAGTTACAAAGGATGGTTTGTTCTCTGTTGGAGAGATGGA
ATGCATGGGATGCTGTGTGAATGCGCCCATGATCACTGTGGCAGATTATTCCAACGGATC
AGAAGGATATACATACAACTATTTCGAAGACGTTACACCTGAGAAAGTTGTAGAGATCGT
TGAAAAGCTGAGAAAAGGAGAAAAGCCACCGCATGGAACTCAAAACTCAAAGAGGATCAA
GTGTGGACCTGAAAGGAGGAAACACTACACTGCTAGGGGAGCCAAAGCCACCGCAGTTCC
GTGATCTTGACGCTTGCTAAGCTAAGTTCTTTAAGCCCGGTGGGTTTATGTGGTTCAAAT
AACGCAAAAGGCTTTAGTTATGTTTGAAGCCTATAGCATCAAACTGAGTTTGCATACTTT
TTGTAGTTTTCTTGATTTGAAATTTAGACTTTATTTTAAAACGAATGGCCAAAGCATTTT
TTTTTGTTATCATCTCACGTCCAAGACTTTTGTGAAATTGATGTAATAAAGACTTGTTAC
ATAATGTTAATTTGTTTTGTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 10 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H724TF U 7
AF RR1B414TF U 1
AF RR1AE29TF U 3
AF RR1G340JQ C 469
BS 1 465 RR1B414TF
BS 466 466 RR1AE29TF
BS 467 528 RR1B414TF
BS 529 529 RR1AE29TF
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BS 791 821 RR1B414TF
BS 822 1043 RR1G340JQ

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GGG
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CCGTCAAGTTTTCCGTCAACCACCGTCTCAGGTGTCTCGTAGCTTTTCAACAGCCTTGAA
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CTACTCAATGTTCAACAGGGCAAAGGTCGGAAAGTACCACCTCCTAGTTTGTGGCACAAC
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TACATACAACTATTTCGAAGACGTTACACCTGAGAAAGTTGTAGAGATCGTTGAAAAGCT
GAGAA

QA 4 668 4 668
DS 

RD RR1B414TF 821 0 0
GGGTGTCTCGTGCTTGTCAAAATCTTGGAAAATGTTGGGTAGGCTAGCTGCGAAGCGTCT
TCTGGAGATCCGTCAAGTTTTCCGTCAACCACCGTCTCAGGTGTCTCGTAGCTTTTCAAC
AGCCTTGAACTACCACCTGGATTCTCCTGATAACAAACCGGATCTTCCATGGGAGTTTTC
AGAGGCCAACAAATCTAAGGTTAAGGAGATACTCTCTTACTATCCATCAAACTACAAGCA
GTCTGCAGTCATCCCTCTTCTAGATCTTGCACAACAACAGCACGGCGGCTGGCTCCCTGT
TTCTGCTATGAATGCGGTTGCTAAAGTTATAGAAGTTGCTCCTATCCGTGTTTATGAGGT
TGCTACATTCTACTCAATGTTCAACAGGGCAAAGGTCGGAAAGTACCACCTCCTAGTTTG
TGGCACAACACCTTGCATGATCCGTGGTTCACGGGATATCGAATCCGCTTTGCTAGACCA
TTTGGGAGTGAAACGCGGTGAAGTTACAAAGGATGGTTTGTTCTCTGTCGGAGAGATGGA
ATGCATGGGATGCTGTGTGAATGCGCCCATGATCACTGTGGCAGATTATTCCAACGGATC
AGAAGGATATACATACAACTATTTCGAAGACGTTACACCTGAGAAAGTTGTAGAGATCGT
TGAAAAGCTGAGAAAAGGAGAAAAGCCACCGCATGGAACTCAAAACTCAAAGAGGATCAA
GTGTGGACCTGAAAGGAGGAAACACTACACTGCTAGGGGAGCCAAAGCCACCGCAGTTCC
GTGATCTTGGCGCTTGCTAAGCTAAGTTCTTTAAGCCCGGT

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1AE29TF 819 0 0
GGGTCTC
GTGCTTGTCAAAATCTTGGAAAATGTTGGGTAGGCTAGCTGCGAAGCGTCTTCTGGAGAC
CCGTCAAGTTTTCCGTCAACCACCGTCTCAGGTGTCTCGTAGCTTTTCAACAGCCTTGAA
CTACCACCTGGATTCTCCTGATAACAAACCGGATCTTCCATGGGAGTTTTCAGAGGCCAA
CAAATCTAAGGTTAAGGAGATACTCTCTTACTATCCATCAAACTACAAGCAGTCTGCAGT
CATCCCTCTTCTAGATCTTGCACAACAACAGCACGGCGGCTGGCTCCCTGTTTCTGCTAT
GAATGCGGTTGCTAAAGTTATAGAAGTTGCTCCTATCCGTGTTTATGAGGTTGCTACATT
CTACTCAATGTTCAACAGGGCAAAGGTCGGAAAGTACCACCTCCTAGTTTGTGGCACAAC
ACCTTGCATGATCCGTGGTTCACGGGATATCGAATCTGCTTTGCTAGACCATTTGGGAGT
GAAACGCGGTGAAGTTACAAAGGATGGTTTGTTCTCTGTTGGAGAGATGGAATGCATGGG
ATGCTGTGTGAATGCGCCCATGATCACTGTGGCAGATTATTCCAACGGATCAGAAGGATA
TACATACAACTATTTCGAAGACGTTACACCTGAGAAAGTTGTAGAGATCGTTGAAAAGCT
GAGAAAAGGAGAAAAGCCACCGCATGGAACTCAAAACTCAAAGAGGATCAAGTGTGGACC
TGAAAGGAGGAAACACTACACTGCTAGGGGAGCCAAAGCCACCGCAGTTCCGTGATCTTG
ACGCTTGCTAAGCTAAGTTCTTTAAGCCCGGT

QA 8 819 8 819
DS 

RD RR1G340JQ 575 0 0
TTTGCTAGACCATTTGGGAGTGAAACGCGGTGAAGTTACAAAGGATGGTTTGTTTTTTGT
TGGAGAGATGGAATGCATGGGATGCTGTGTGAATGCGCCCATGATCACTGTGGCAGATTA
TTCCAACGGATCAGAAGGATATACATACAACTATTTTGAAGACGTTACCCCTGAGAAAGT
TGTAGAGATCGTTGAAAAGCTGAGAAAAGGAGAAAAGCCCCCGCATGGAACTCAAAACTC
AAAGAGGATCAAGTGTGGACCTGAA*GGAGGAAACACTACACTGCTAGGGGAGCCAAAGC
CCCCGCAGTTCCGTGATCTTGACGCTTGTTAAGCTAAGTTTTTTAAGCCCGGTGGGTTTA
TGTGGTTCAAATAACGCAAAAGGCTTTAGTTATGTTTGAAGCCTATAGCATCAAACTGAG
TTTGCATACTTTTTGTAGTTTTCTTGATTTGAAATTTAGACTTTATTTTAAAACGAATGG
CCAAAGCATTTTTTTTTGTTATCATCTCACGTCCAAGACTTTTGTGAAATTGATGTAATA
AAGACTTGTTACATAATGTTAATTTGTTTTGTGAC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 4

CO CL2339Contig1 738 4 7 U
TTTTTGATTTGTTCATGCAGTAACACGATTCGTGAACAGTAACTTTATTAAGAAAAAAGA
AATGATCCCAGGAGGAGCATTTGCATTGAATCCGCATGCAGCATCATACGTACCACTCTC
CAAAAGAGTGGATGCTATGGATGGTTTGGCCTTACATAACGTGCAGGGACAAGAGCAGAT
GTTCATGCCCAAGACATCCTCCGAAATGGCATACAAACAGATAAGGGATGATGATGATTT
GTATATGGAGATGGATATAGACATGGATATTGAATACCTTCTTGTGACATTCTCTGGTCT
CTCACAAGAGTCTATAACTGATGTATACCTGGCGAACAGCGGTGATCTTGAAGCCACCAT
TGAGATGCTGAATCAGCTTGAGATATACAGCACTGAAGCTCAAGAAAACCTCCCAGAGAC
CCTGGATCTTGGGTATCTATGTGAATCAGGGCCTTCAACCTCAAGAGCTTCAACACAAAA
GAAGGCAGCTACAGAAGTTGCTGTGTCGTCATCATCGGTTATTCCTAATACTACTGTATC
AGCCTGATCTGATCTATACTTTGTTGTGTACATTGCCATTTTATTTGTTATACGAAATTA
TGTAATCATTGTAACGCTTGCATTTTTGGCAATGGAGAATCCGTATTTTCTTGAAAATAT
GGCAAATAAAAAGAA**AAAATATTTATGTATAGAAACAATATGTAACCACGATAAATAT
GTAAAACTCTTCAAATCC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ06TFB U 1
AF RR1BE90JQ C 6
AF RR1BE90TF U 6
AF RR1GZ06JQ C 331
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BS 66 66 RR1BE90TF
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GTATATGGAGATGGATATAGACATGGATATTGAATACCTTCTTGTGACATTCTCTGGTCT
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DS 

RD RR1BE90JQ 712 0 0
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TCCCAGGAGGAGCATTTGCATTGAATCCGCATGCAGCATCATACGTACCACTCTCCAAAA
GAGTGGATGCTATGGATGGTTTGGCCTTACATAACGTGCAGGGACAAGAGCAGATGTTCA
TGCCCAAGACATCCTCCGAAATGGCATACAAACAGATAAGGGATGATGATGATTTGTATA
TGGAGATGGATATAGACATGGATATTGAATACCTTCTTGTGACATTCTCTGGTCTCTCAC
AAGAGTCTATAACTGATGTATACCTGGCGAACAGCGGTGATCTTGAAGCCACCATTGAGA
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QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1BE90TF 712 0 0
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TCCCAGGAGGAGCATTTGCATTGAATCCGCATGCAGCATCATACGTACCACTCTCCAAAA
GAGTGGATGCTATGGATGGTTTGGCCTTACATAACGTGCAGGGACAAGAGCAGATGTTCA
TGCCCAAGACATCCTCCGAAATGGCATACAAACAGATAAGGGATGATGATGATTTGTATA
TGGAGATGGATATAGACATGGATATTGAATACCTTCTTGTGACATTCTCTGGTCTCTCAC
AAGAGTCTATAACTGATGTATACCTGGCGAACAGCGGTGATCTTGAAGCCACCATTGAGA
TGCTGAATCAGCTTGAGATATACAGCACTGAAGCTCAAGAAAACCTCCCAGAGACCCTGG
ATCTTGGGTATCTATGTGAATCAGGGCCTTCAACCTCAAGAGCTTCAACA**AAAGAAGG
CAGCTACAGAAGTTGCTGTGTCGTCATCATCGGTTATTCCTAATACTACTGTATCAGCCT
GATCTGATCTATACTTTGTTGTGTATATTGCCATTTTATTTGTTATACGAAATTATGTAA
TCATTGTAACGCTTGCATTTTTGGCAATGGAGAATCCGTATTTTCTTGAAAATATGGCAA
ATAAAAAGAA**AAAATATTTATGTATAGAAACAATATGTAACCACGATAAA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1GZ06JQ 408 0 0
GGG
GAACAGCGGTGATCTTGAAGCCACCATTGAGATGCTGAATCAGCTTGAGATATACAGCAC
TGAAGCTCAAGAAAACCTCCCAGAGACCCTGGATCTTGGGTATCTATGTGAATCAGGGCC
TTCAACCTCAAGAGCTTCAACACAAAAGAAGGCAGCTACAGAAGTTGCTGTGTCGTCATC
ATCGGTTATTCCTAATACTACTGTATCAGCCTGATCTGATCTATACTTTGTTGTGTACAT
TGCCATTTTATTTGTTATACGAAATTATGTAATCATTGTAACGCTTGCATTTTTGGCAAT
GGAGAATCCGTATTTTCTTGAAAATATGGCAAATAAAAAGAAGAAAAATATTTATGTATA
GAAACAATATGTAACCACGATAAATATGTAAAACTCTTCAAATCC

QA 4 408 4 408
DS 



AS 1 3

CO CL2340Contig1 1034 3 11 U
GTGCTATGCAGCCTAATATGGGTCAAGGTGGATGCATGGCCATTGAGGATAGTTTTCAAC
TAGGTTTGGAGCTTGAAGCAGCATGGAAACAGAGTGTTGAAACTAATACACCTGTTGATG
TTGTTTCCTCTTTGAGAAGATACGAGGAATCTAGAAGACTAAGAGTTGCTATTATCCATG
GAATGGCGAGAATGGCTGCGATAATGGCTTCCACTTACAAAGCATACTTAGGTGTTGGGC
TTGGTCCTCTCTCATTCTTGACCAAGTTTAGAGTACCGCATCCCGGAAGAGTTGGTGGGA
GATTCTTTATTGACATTGCTATGCCTCTGATGCTTAACTGGGTCCTTGGGGGTAACAGTG
AGAAGCTCGAAGGAAGGCCACCTAGTTGCAGACTCACTGACAAAGCTGATGACCGCCTTC
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TTCCACATGGCAACGAGTGTAGCGTTTCGGAAACATTACGTCTAACCAAAGATGAGGAAC
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CTTCCCCTCAGGTATCGAAGATGCATGCGCGTGTAATCTACAAAGATGTAGCTTTCTTCT
TGATGGATCTTCGAAGCGAACACGGGACCTATCTCACCGATAACGAAGGAGGAAAATACA
GAGTGACACCAAACTTCCCAACCCGGTTTAGATCGTCCGATATCATCGAGTTTGGTTCGG
ATAAGAAGGCGGCATTTAGGGTCAAGGTGATCAGGACAACTCCGAAATTGACGAGAAGGG
ATGAGAAGAGTGACGGTAAATTGCTTCAGGCTGCTTGATACTTAAGTAACCCGACGCTGA
AATCTAAGGAAAAAAGAATCAGTTTGGCAGATAATTTGTGTAGTAATTGTCACAGAAAAA
AGGAAGTTTATATATTCCTTGCATTGCAATGTATATAGTCTGAAACACATGATAATTATA
CAGAACGTTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP17TF U 1
AF RR1GN14TF U 144
AF RR1GN14JQ C 290
BS 1 648 RR1BP17TF
BS 649 649 RR1GN14TF
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BS 777 788 RR1GN14TF
BS 789 1034 RR1GN14JQ

RD RR1BP17TF 784 0 0
GTGCTATGCAGCCTAATATGGGTCAAGGTGGATGCATGGCCATTGAGGATAGTTTTCAAC
TAGGTTTGGAGCTTGAAGCAGCATGGAAACAGAGTGTTGAAACTAATACACCTGTTGATG
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GAATGGCGAGAATGGCTGCGATAATGGCTTCCACTTACAAAGCATACTTAGGTGTTGGGC
TTGGTCCTCTCTCATTCTTGACCAAGTTTAGAGTACCGCATCCCGGAAGAGTTGGTGGGA
GATTCTTTATTGACATTGCTATGCCTCTGATGCTTAACTGGGTCCTTGGGGGTAACAGTG
AGAAGCTCGAAGGAAGGCCACCTAGTTGCAGACTCACTGACAAAGCTGATGACCGCCTTC
GTGAGTGGTTTGAAGACGACGAGGCGCTTGAACGTACTATTAACGGAGAATGGTATCTTA
TTCCACATGGCAACGAGTGTAGCGTTTCGGAAACATTACGTCTAACCAAAGATGAGGAAC
AGCCTTGCATTGTCGGAAGTGAACCAGACCAAGATTTTCCTGGAACGCACATTGTGATCC
CTTCCCCTCAGGTATCGAAGATGCATGCGCGTGTAATCTACAAAGATGGAGCTTTCTTCT
TGATGGATCTTCGAAGCGAACACGGGACCTATCTCACCGATAACGAAGA**GAAAATATA
GAGTGACACCAAACTTCCCA*CCCGGTTTAGATCGTCCGATATCATCGAGTTTGGT
CGGATAGA

QA 1 776 1 776
DS 

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ATGGCTTCCACTTACAAAGCATACTTAGGTGTTGGGCTTGGTCCTCTCTCATTCTTGACC
AAGTTTAGAGTACCGCATCCCGGAAGAGTTGGTGGGAGATTCTTTATTGACATTGCTATG
CCTCTGATGCTTAACTGGGTCCTTGGGGGTAACAGTGAGAAGCTCGAAGGAAGGCCACCT
AGTTGCAGACTCACTGACAAAGCTGATGACCGCCTTCGTGAGTGGTTTGAAGACGACGAG
GCGCTTGAACGTACTATTAACGGAGAATGGTATCTTATTCCACATGGCAACGAGTGTAGC
GTTTCGGAAACATTACGTCTAACCAAAGATGAGGAACAGCCTTGCATTGTCGGAAGTGAA
CCAGACCAAGATTTTCCTGGAACGCACATTGTGATCCCTTCCCCTCAGGTATCGAAGATG
CATGCGCGTGTAATCTACAAAGATGTAGCTTTCTTCTTGATGGATCTTCGAAGCGAACAC
GGGACCTATCTCACCGATAACGAAGGAGGAAAATACAGAGTGACACCAAACTTCCCAACC
CGGTTTAGATCGTCCGATATCATCGAGTTTGGTTCGGATAAGAAG
CGGCAT

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1GN14JQ 745 0 0
AGTTGGTGGGAGATTCTTTATTGACATTGCTATGCCTCTGATGCTTAACTGGGTCCTTGG
GGGTAACAGTGAGAAGCTCGAAGGAAGGCCACCTAGTTGCAGACTCACTGACAAAGCTGA
TGACCGCCTTCGTGAGTGGTTTGAAGACGACGAGGCGCTTGAACGTACTATTAACGGAGA
ATGGTATCTTATTCCACATGGCAACGAGTGTAGCGTTTCGGAAACATTACGTCTAACCAA
AGATGAGGAACAGCCTTGCATTGTCGGAAGTGAACCAGACCAAGATTTTCCTGGAACGCA
CATTGTGATCCCTTCCCCTCAGGTATCGAAGATGCATGCGCGTGTAATCTACAAAGATGT
AGCTTTCTTCTTGATGGATCTTCGAAGCGAACACGGGACCTATCTCACCGATAACGAAGG
AGGAAAATACAGAGTGACACCAAACTTCCCAACCCGGTTTAGATCGTCCGATATCATCGA
GTTTGGTTCGGATAAGAAGGCGGCATTTAGGGTCAAGGTGATCAGGACAACTCCGAAATT
GACGAGAAGGGATGAGAAGAGTGACGGTAAATTGCTTCAGGCTGCTTGATACTTAAGTAA
CCCGACGCTGAAATCTAAGGAAAAAAGAATCAGTTTGGCAGATAATTTGTGTAGTAATTG
TCACAGAAAAAAGGAAGTTTATATATTCCTTGCATTGCAATGTATATAGTCTGAAACACA
TGATAATTATACAGAACGTTTTCTC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 4

CO CL2341Contig1 1166 4 7 U
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TCCGAAACCCAGCGGTGGTCAACAGGATAAAAGAATCCAAACTCTCTCTGATGACGTACG
GGAAGCTCAACAATGTAGCTGAGGCTGTGTATATGCAGCATTTGATGGGAATAGAAGGAG
TCATAGTTGATCATGTGGAAGAGATAACAGAGGCTGTGAGAGAGATGACCAATAGAGATG
CTCATGATACTAAGCCAAAGCCAAACTTTTCTGAGAGAGAGCTCTCCTTTCTTCTCAAGC
TCATTCCTGAGTTGATACAACACTGAACTCTTTAACTCTCTGTTAGTTACATATTATAAT
AGGATATGTTGTTTTCCCAAAAACTGGGTATATGAAAAATCTGACAATGTATGTGGGGAT
GCTGTTATCCTGAGAGCCCAAATGTTATAGATTGATATCAGTACTACCATCACCAAATTA
AACTTTGATTGATTGTGTAAAGATGTTCAAAAGGGAAAAGTGGGGACTTGGGTGAGGAGA
CCGTGCTGCAGGTGATAGTGGAGACGAGGTAAGAGTGATCTGTAAGGATCTTCCTCCCTT
CTCTGATTCACAAACTCAATGCATCTCTCAACCTCCTTCCTCACCTCGGCGTAAACTTTC
TTTGCCTTCTCTCTGTCCCTTAGTTCTTCCTCTCCCGTCTCTATCTCCTTCCCAAAGTAG
TAATAGTATCTCCCAGGACACTTGGGTATCACTCCTGGCATGTGGAAATCTTGGTTACCC
TCTTCTCCTTCTATGCTTCCCCTCACCTCTGGACCTTCCGCTGTTACTCTTTTTAGAACT
TCTCTAACAAGCGGAACCTTTATCTGGTCATTATAGTCCACAACTACTTTTAAGAAATCA
TCTTCTCCAACCCCACAAAAGGGAATTATTTTGGCTCCAAATTTGGCTGCAGCCCTCACA
AACTCTGGTTTCTCTGGCCACATCAGCATGTATTCTTCTCCCTTGCGGTGTAGAGCTTCG
CGGATGCCTCCTGGGAACAACAGAATATGGGATTTTGCAGACAAGAGATTGTGAAGGTGA
GTGGCTGAGATGGGCACCGACCCCAACATTCTGAGAGTGTCGTAAAAAGACACATCAGTA
ATAATCCATCTCTCCTTCTTGTAAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE64JQ C 1
AF RR1EE64TF U 1
AF RR1D211JQ U 407
AF RR1C795JQ U 434
BS 1 462 RR1EE64TF
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BS 723 1166 RR1C795JQ

RD RR1EE64JQ 462 0 0
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GCTGTTATCCTGAGAGCCCAAATGTTATAGATTGATATCAGT

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1EE64TF 462 0 0
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TCCGAAACCCAGCGGTGGTCAACAGGATAAAAGAATCCAAACTCTCTCTGATGACGTACG
GGAAGCTCAACAATGTAGCTGAGGCTGTGTATATGCAGCATTTGATGGGAATAGAAGGAG
TCATAGTTGATCATGTGGAAGAGATAACAGAGGCTGTGAGAGAGATGACCAATAGAGATG
CTCATGATACTAAGCCAAAGCCAAACTTTTCTGAGAGAGAGCTCTCCTTTCTTCTCAAGC
TCATTCCTGAGTTGATACAACACTGAACTCTTTAACTCTCTGTTAGTTACATATTATAAT
AGGATATGTTGTTTTCCCAAAAACTGGGTATATGAAAAATCTGACAATGTATGTGGGGAT
GCTGTTATCCTGAGAGCCCAAATGTTATAGATTGATATCAGT

QA 1 462 1 462
DS 

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CCATCACCAAATTAAACTTTGATTGATTGTGTAAAGATGTTCAAAAGGGAAAAGTGGGGA
CTTGGGTGAGGAGACCGTGCTGCAGGTGATAGTGGAGACGAGGTAAGAGTGATCTGTAAG
GATCTTCCTCCCTTCTCTGCTTCACAAACTCAATGCATCTCTCAACCTCCTTCCTCACCT
CGGCGTAAACTTTCTTTGCCTTCTCTCTGTCCCTTAGTTCTTCCTCTCCCGTCTCTATCT
CCTTCCCAAATTAGTA

QA 1 316 1 316
DS 

RD RR1C795JQ 733 0 0
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ACTCAATGCATCTCTCAACCTCCTTCCTCACCTCGGCGTACACTTTCTTTGCCTTCTCTC
TGTCCCTTAGTTCTTCCTCTCCC**CTCTATCTCCTTCCCAAAGTAGTAATAGTATCTCC
CAGGACACTTGGGTATCACTCCTGGCATGTGGAAATCTTGGTTACCCTCTTCTCCTTCTA
TGCTTCCCCTCACCTCTGGACCTTCCGCTGTTACTCTTTTTAGAACTTCTCTAACAAGCG
GAACCTTTATCTGGTCATTATAGTCCACAACTACTTTTAAGAAATCATCTTCTCCAACCC
CACAAAAGGGAATTATTTTGGCTCCAAATTTGGCTGCAGCCCTCACAAACTCTGGTTTCT
CTGGCCACATCAGCATGTATTCTTCTCCCTTGCGGTGTAGAGCTTCGCGGATGCCTCCTG
GGAACAACAGAATATGGGATTTTGCAGACAAGAGATTGTGAAGGTGAGTGGCTGAGATGG
GCACCGACCCCAACATTCTGAGAGTGTCGTAAAAAGACACATCAGTAATAATCCATCTCT
CCTTCTTGTAAAC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 4

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ATGGCCGCCGTCGCAGAAATCGACGCAGAGATTCAGCAGCAGCTTACCAACGAGGTCAAG
CTCTTCAACCGCTGGACCTACGATGACGTCTCGGTTGCAGACATCAGTCTTGTTGACTAC
ATTGGAGTTCAGGCAGCCAAACACGCCACCTTTGTCCCCCACACTGCGGGAAGATACTCC
GTGAAGAGATTCAGGAAGGCTCAGTGCCCCATTGTTGAGAGGCTCACCAACTCTCTCATG
ATGCACGGAAGAAACAACGGAAAGAAGTTGATGGCTGTGAGGATCATCAAGCACGCCATG
GAGATCATCCACCTCTTGACTGATGCCAACCCTATTCAGATCATCATTGATGCCATTGTT
AACAGTGGTCCTCGTGAAGATGCTACCAGAATTGGATCTGCTGGTGTCGTTAGGAGACAA
GCCGTCGATATCTCCCCCCTGAGACGTGTTAACCAGGCGATCTTCTTGCTCACAACCGGT
GCTCGCGAGGCTGCTTTCAGAAACATTAAGACTATTGCTGAGTGTCTTGCCGATGAGTTG
ATCAACGCAGCCAA*GGGCTCGTCCAACAGCTATGCCATCAAAAAGAAGGATGAGATTGA
GAGAGTTGCCAAGGCCAACCGTTAAGGAGTTTCCTCTTGCCCTGATGGATACAATCTTAT
CAATGAAATTTATGTTTTGTTTTCACTATGTTACAGATGTTTTGTTCTTTTGTCTTATGA
TGTTTATTTCGTCTGAACTACTTTCGAATAGATAAGTATTTGATGCTTCAAGCGATTTCG
CATC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1CC83TF U 1
AF RR1A589TF U 6
AF RR1A589JQ C 7
AF RR1CC83JQ C 73
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BS 798 827 RR1A589TF
BS 828 844 RR1CC83JQ

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DS 

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G
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QA 2 822 2 822
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ATCCACCTCTTGACTGATGCCAACCCTATTCAGATCATCATTGATGCCATTGTTAACAGT
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CC

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DS 

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CGCAG
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CTACTTTCGAGTAGATAAGTATTTGATGCTTCAAGCGATTTCGCATC

QA 6 772 6 772
DS 



AS 1 4

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ATGAAGAGCATAGCTAAGACCTTAATAGCGAAAATGGGTGAAGCCCTGCAGATCAGACCT
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CCTGCTTGTCCAGATCCCCATCAGGTGATCGGTCTAACTCCTCATTCGGATGCGGCCGCA
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1EB48TF U 1
AF RR1BR43TF U 1
AF RR1BR43JQ C 401
AF RR1EB48JQ C 506
BS 1 721 RR1BR43TF
BS 722 722 RR1BR43JQ
BS 723 762 RR1BR43TF
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QA 1 708 1 708
DS 

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ATGAAGAGCATAGCTAAGACCTTAATAGCGAAAATGGGTGAAGCCCTGCAGATCAGACCT
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CTCACCATACTGTTGCAGGTGAATGACGTTGAAGGTCTCCAAATCAAAAAAGATGGTAAA
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G*CTATCTTTTGCGACATTTCACAATCCAGGACTGAATAAAG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1BR43JQ 730 0 0
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AAATCAAAAAAGATGGTAAATGGGTTTTTGTTAAACCGCTCCCAAATGCTTTGTCAATGT
TGGAGACGTTTTAGAGATCATAACGAACGGGATATACAAAAGCATCGAGCATCGCGTAGT
GATGAACTCGGAGAAAGAAAGGCTATCTTTTGCGACATTTCACAATCCAGGACTGAATAA
AGAAATTTCTCCAGCGAAAAGCCTGGTTGAAAAGCAAAAAAGTGTGCAAACTTCAAAAGC
CTGGTAACTAAAGACTACTTAAAGGGCTTGTTCTCCCGTGAACTTTACGGCAAAGCTTAC
CTCGATGCAATGAGAATCTAAGGGGAGAGGATATAAAAGTTGCCCAAGAAACTCTGCCTT
TTCCAGACTAGTCCATGTCTCTGTTTCTCTTTTTCTCTTGTCTTTGGTTTATCTATTAGA
TATTATAAAACCAGTGAATATAGCTTGTAGTTTGGTATCATAAGATCATAGCTTGTAGTT
TTGGTAGCACAAAGCCATAGGCTGGTTGTACTTCTTCGTTATTTACCGTTAGTGTTCCTT
GAAAATACCC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1EB48JQ 625 0 0
TGATCGGTCTAACTCCTCATTCGGATGCGGCCGCACTCACCATACTGTTGCAGGTGAATG
ACGTTGAAGGTCTCCAAATCAAAAAAGATGGTAAATGGGTTTTTGTTAAACCGCTCCCAA
ATGCTTTGTCAATGTTGGAGACGTTTTAGAGATCATAACGAACGGGATATACAAAAGCAT
CGAGCATCGCGTAGTGATGAACTCGGAGAAAGAAAGGCTATCTTTTGCGACATTTCACAA
TCCAGGACTGAATAAAGAAATTTCTCCAGCGAAAAGCCTGGTTGAAAAGCAAAAAAGTGT
GCAAACTTCAAAAGCCTGGTAACTAAAGACTACTTAAAGGGCTTGTTCTCCCGTGAACTT
TACGGCAAAGCTTACCTCGATGCAATGAGAATCTAAGGGGAGAGGATATAAAAGTTGCCC
AAGAAACTCTGCCTTTTCCAGACTAGTCCATGTCTCTGTTTCTCTTTTTCTCTTGTCTTT
GGTTTATCTATTAGATATTATAAAACCAGTGAATATAGCTTGTAGTTTGGTATCATAAGA
TCATAGCTTGTAGTTTTGGTAGCACAAAGCCATAGGCTGGTTGTACTTCTTCGTTATTTA
CCGTTAGTGTTCCTTGAAAATACCC

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 4

CO CL2344Contig1 720 4 8 U
GGAATGGCAGCGACAACTCGTCCATACGTTCTTCTCTCCTCCACAAGAGCGAGCCTTCAT
CTCCTTTTCCGGTCTCCAAAGAGACCCTTCGCTTCGTCTCTATCAACCCTCTCATCTTCC
GCCGCTCCGAGAAGCTCCAGTTCCAGATGTCTAAGCGCCGTTTTGTCTCGCGGAGAGACT
GCTCCTCCGCCGCCGTCGTCGGTTTTCGGCAAAGGAGTTTCTGGGTTTGGTGCCGTGGAT
ATTCGCAGCCGTGGGTTCAGCGCTAGATCCTCTCAGGTCAACGATGCTGGGCCTGTTGAT
CAAACCCTTATGCAATCAATGGAGCTAAAGATCAAAGAACAGTTGAATGCAGAGTCTGTT
TCTGTCAAGGATATGTCTGGTGATGGACGCCATGTTTGCATAAATGTGGTATCATCGGCT
TTTGAAGGACAATCTGCAGTGAACAGACAAAGGATGGTCTACAAAGCCATTTGGGAGGAG
CTTCAGAACCTTGTTCATGCCGTTGATCAAATGACAACAAAGACTCCTTCCGAAGTTTGA
AACTTTTTTCTTCCTGAAGTATTATTTATTTGGACAAGCTATTTGTTTTTATCAAAAAAA
AAAACGAATTTGAAATAAAGTTTCTGGATGTTCTTTGCTGTTGTTAATAATATTATAAGC
ATTTGAGTGATTCTCATGCAACAGTTCGTTTGTTGCTGCGGTGGACAGTAGCTGGAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C990TF U 1
AF RR1B418JQ C 1
AF RR1C990JQ C 114
AF RR1B418TF U 8
BS 1 7 RR1B418JQ
BS 8 48 RR1C990TF
BS 49 49 RR1B418TF
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BS 94 600 RR1C990TF
BS 601 714 RR1B418TF
BS 715 720 RR1B418JQ

RD RR1C990TF 600 0 0
GGAATGG
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TCCGGTCTCCAAAGAGACCCTTCGCCTCGTCTCTATCAACCCTCTCATCTTCCGCCGCTC
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CGCCGCCGTCGTCGGTTTTCGGCAAAGGAGTTTCTGGGTTTGGTGCCGTGGATATTCGCA
GCCGTGGGTTCAGCGCTAGATCCTCTCAGGTCAACGATGCTGGGCCTGTTGATCAAACCC
TTATGCAATCAATGGAGCTAAAGATCAAAGAACAGTTGAATGCAGAGTCTGTTTCTGTCA
AGGATATGTCTGGTGATGGACGCCATGTTTGCATAAATGTGGTATCATCGGCTTTTGAAG
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ACCTTGTTCATGCCGTTGATCAAATGACAACAAAGACTCCTTCCGAAGTTTGAAACTTTT
TTCTTCCTGAAGTATTATTTATTTGGACAAGCTATTTGTTTTTATCAAAAAAA

QA 8 600 8 600
DS 

RD RR1B418JQ 720 0 0
GGAATGGCAGCGACAACTCGTCCATACGTTCTTCTCTCCTCCACAAGAGCGAGCCTTCAT
CTCCTTTTCCGGTCTCCAAAGAGACCCTTCGCTTCGTCTCTATCAACCCTCTCATCTTCC
GCCGCTCCGAGAAGCTCCAGTTCCAGATGTCTAAGCGCCGTTTTGTCTCGCGGAGAGACT
GCTCCTCCGCCGCCGTCGTCGGTTTTCGGCAAAGGAGTTTCTGGGTTTGGTGCCGTGGAT
ATTCGCAGCCGTGGGTTCAGCGCTAGATCCTCTCAGGTCAACGATGCTGGGTCTGTTGAT
CAAACCCTTATGCAATCAATGGAGCTAAAGATCAAAGAACAGTTGAATGCAGAGTCTGTT
TCTGTCAAGGATATGTCTGGTGATGGACGCCATGTTTGCATAAATGTGGTATCATCGGCT
TTTGAAGGACAATCTGCAGTGAACAGACAAAGGATGGTCTACAAAGCCATTTGGGAGGAG
CTTCAGAACCTTGTTCATGCCGTTGATCAAATGACAACAAAGACTCCTTCCGAAGTTTGA
AACTTTTTTCTTCCTGAAGTATTATTTATTTGGACAAGCTATTTGTTTTTATCAAAAAAA
AAAACGAATTTGAAATAAAGTTTCTGGATGTTCTTTGCTGTTGTTAATAATATTATAAGC
ATTTGAGTGATTCTCATGCAACAGTTCGTTTGTTGCTGCGGTGGACAGTAGCTGGAGTTT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1C990JQ 603 0 0
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AGAGACTGCTCCTCCGCCGCCGTCGTCGGTTTTCGGCAAAGGAGTTTCTGGGTTTGGTGC
CGTGGATATTCGCAGCCGTGGGTTCAGCGCTAGATCCTCTCAGGTCAACGATGCTGGGCC
TGTTGATCAAACCCTTATGCAATCAATGGAGCTAAAGATCAAAGAACAGTTGAATGCAGA
GTCTGTTTCTGTCAAGGATATGTCTGGTGATGGACGCCATGTTTGCATAAATGTGGTATC
ATCGGCTTTTGAAGGACAATCTGCAGTGAACAGACAAAGGATGGTCTACAAAGCCATTTG
GGAGGAGCTTCAGAACCTTGTTCATGCCGTTGATCAAATGACAACAAAGACTCCTTCCGA
AGTTTGAAACTTTTTTCTTCCTGAAGTATTATTTATTTGGACAAGCTATTTGTTTTTATC
AAAAAAAAAAACGAATTTGAAATAAAGTTTCTGGATGTTCTTTGCTGTTGTTAATAATAT
TATAAGCATTTGAGTGATTCTCATGCAACAGTTCGTTTGTTGCTGCGGTGGACAGTAGCT
G
AG

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1B418TF 713 0 0
CAGCGACAACTCGTCCATACGTTCTTCTCTCCTCCACAAGAGCGAGCCTTCATCTCCTTT
TCCGGTCTCCAAAGAGACCCTTCGCTTCGTCTCTATCAACCCTCTCATCTTCCGCCGCTC
CGAGAAGCTCCAGTTCCAGATGTCTAAGCGCCGTTTTGTCTCGCGGAGAGACTGCTCCTC
CGCCGCCGTCGTCGGTTTTCGGCAAAGGAGTTTCTGGGTTTGGTGCCGTGGATATTCGCA
GCCGTGGGTTCAGCGCTAGATCCTCTCAGGTCAACGATGCTGGGTCTGTTGATCAAACCC
TTATGCAATCAATGGAGCTAAAGATCAAAGAACAGTTGAATGCAGAGTCTGTTTCTGTCA
AGGATATGTCTGGTGATGGACGCCATGTTTGCATAAATGTGGTATCATCGGCTTTTGAAG
GACAATCTGCAGTGAACAGACAAAGGATGGTCTACAAAGCCATTTGGGAGGAGCTTCAGA
ACCTTGTTCATGCCGTTGATCAAATGACAACAAAGACTCCTTCCGAAGTTTGAAACTTTT
TTCTTCCTGAAGTATTATTTATTTGGACAAGCTATTTGTTTTTATCAAAAAAAAAAACGA
ATTTGAAATAAAGTTTCTGGATGTTCTTTGCTGTTGTTAATAATATTATAAGCATTTGAG
TGATTCTCATGCAACAGTTCGTTTGTTGCTGCGGTGGACAGTAGCTG
GAGTTT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 4

CO CL2345Contig1 1222 4 12 U
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TCATAAACGAGGTGCAACTGATCCGTTCACAGAACTGGTCCAAAGAACCTGAGAATCAAT
AACAGAGAGATGCTGATCATCAAGCCTCTTCCATGTCCTAATCGATTTAACATCTCCCTT
CTTCTTATTCAACTCAGCAACCACAACTCTAGCTCTCCTCTCCCACCCAGCTTTACCATA
CGCATGGTAACCAAACCCACCACCATAGCATAAGTTCAAACCTTTGAGTTTACCGCAAAA
GTCGTTGACATGGTCGTGACCCACAAACACTGACTTCACATCTCCTCTAGTTACCAATGT
CGTGAAGAAACCAGAGTTTGTGGAAGCTGAGTATGTTCCTTCTTGTCTCACTCCTTTTGT
CGCGTTCTTTGAGTCGAAACTCCAAAACTCTGGTAATGGAATGTGGAAGTAAGCTAGTCC
TGGAGCAATGCCTTGCTGAGGATTAGGCTCTGTGTTGTACACCTTCTGGAGACGTTTTGA
AGTTCTCTCAAACCAAAACTGCTGAGAAGTCTTGACCCAATCATAACCTTCCATGTAAGG
AACACTAGAGTAATCTCCACTATCAAGAAAGTAAAGATTGAGAACAGATTTGTTCTGTAG
TCTGGACTCAGCAACTCCACGGATCTGGAGATTGTAGTTACCAAACCCATCAATGTAATG
AGCAGCCTCAGGAGGGTTCACCTGAGACAAAGTGTTGGGAAGCTTCACGATGTGTTTCAT
GAGCTCTTGTCGTGTCAATGTGGATTCTTGATCATGGTTTCCTAAAATAGCAACCCATGG
GATCTTAGAGGCATCGCTGGAGCGAAAGCAGCGTCCATTGACTTCACAGGGTCCTTGACA
TCAAACCCAAAGATATTATCACCGGTGAAGACGATGAGGTCAGGTTTCTCGGCGGCGATG
AGTCGAGACATGAAGAGGGTGGTGTTGAGGTCGGAGCAGTGAGCTTTCTGGGTAGGAAGA
ACATCGAGACAGCGAGTAGTCGCGCCGTTCGCGAAGTGCATATCGGCAACTTGGAGAATC
TTGAACTCGCCGTTCGGACCGAACCTGAGTTTGGGACGGTGTGACGATGTCGGAAGAGGA
GCTAGACAGAGACAGAGCAGGAAGAACACGGAGGAGAACAGGGATGTTCTTCTTCTGGTC
TTGTCCGCCATTATTACAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA07JQ U 28
AF RR1HA07TF C 1
AF RR1FE12JQ U 29
AF RR1FE12TF C 509
BS 1 28 RR1HA07TF
BS 29 104 RR1HA07JQ
BS 105 105 RR1FE12JQ
BS 106 112 RR1HA07JQ
BS 113 113 RR1FE12JQ
BS 114 124 RR1HA07JQ
BS 125 125 RR1FE12JQ
BS 126 126 RR1HA07JQ
BS 127 127 RR1FE12JQ
BS 128 365 RR1HA07JQ
BS 366 727 RR1FE12JQ
BS 728 1222 RR1FE12TF

RD RR1HA07JQ 338 0 0
T
GTAATCAGATGAAACATACAAACCACATATAGTCATAAACGAGGTGCAACTGATCCGTTC
ACAGAACTGGTCCAAAAAACCTGAAAATCAATAACAAAAAGATGCTGATCATCAAGCCTC
TTCCATGTCCTAATCGATTTAACATCTCCCTTCTTCTTATTCAACTCAGCAACCACAACT
CTAGCTCTCCTCTCCCACCCAGCTTTACCATACGCATGGTAACCAAACCCACCACCATAG
CATAAGTTCAAACCTTTGAGTTTACCGCAAAAGTCGTTGACATGGTCGTGACCCACAAAC
ACTGACTTCACATCTCCTCTAGTTACCAATGTCGTGA

QA 2 338 2 338
DS 

RD RR1HA07TF 607 0 0
TTTTTTTTTCAACCAGACTCAAAACATTGTAATCAGATGAAACATACAAACCACATATAG
TCATAAACGAGGTGCAACTGATCCGTTCACAGAACTGGTCCAAAGAACCTGAGAATCAAT
AACAGAGAGATGCTGATCATCAAGCCTCTTCCATGTCCTAATCGATTTAACATCTCCCTT
CTTCTTATTCAACTCAGCAACCACAACTCTAGCTCTCCTCTCCCACCCAGCTTTACCATA
CGCATGGTAACCAAACCCACCACCATAGCATAAGTTCAAACCTTTGAGTTTACCGCAAAA
GTCGTTGACATGGTCGTGACCCACAAACACTGACTTCACATCTCCTCTAGTTACCAATGT
CGTGAAGAAACCAGAGTTTGTGGAAGCTGAGTATGTTCCTTCTTGTCTCACTCCTTTTGT
CGCGTTCTTTGAGTCGAAACTCCAAAACTCTGGTAATGGAATGTGGAAGTAAGCTAGTCC
TGGAGCAATGCCTTGCTGAGGATTAGGCTCTGTGTTGTACACCTTCTGGAGACGTTTTGA
AGTTCTCTCAAACCAAAACTGCTGAGAAGTCTTGACCCAATCATAACCTTCCATGTAAGG
AACACT
C

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1FE12JQ 699 0 0
GTAATCAGATGAAACATACAAACCACATATAGTCATAAACGAGGTGCAACTGATCCGTTC
ACAGAACTGGTCCAAAGAACCTGAGAATCAATAACAGAGAGATGCTGATCATCAAGCCTC
TTCCATGTCCTAATCGATTTAACATCTCCCTTCTTCTTATTCAACTCAGCAACCACGACT
CTAGCTCTCCTCTCCCACCCAGCTTTACCATACGCATGGTAACCAAACCCACCACCATAG
CATAAGTTCAAACCTTTGAGTTTACCGCAAAAGTCGTTGACATGGTCGTGACCCACAAAC
ACTGACTTCACATCTCCTCTAGTTACCAATGTCGTGAAGAAACCAGAGTTTGTGGAAGCT
GAGTATGTTCCTTCTTGTCTCACTCCTTTTGTCGCGTTCTTTGAGTCGAAACTCCAAAAC
TCTGGTAATGGAATGTGGAAGTAAGCTAGTCCTGGAGCAATGCCTTGCTGAGGATTAGGC
TCTGTGTTGTACACCTTCTGGAGACGTTTTGAAGTTCTCTCAAACCAAAACTGCTGAGAA
GTCTTGACCCAATCATAACCTTCCATGTAAGGAACACTAGAGTAATCTCCACTATCAAGA
AAGTAAAGATTGAGAACAGATTTGTTCTGTAGTCTGGACTCAGCAACTCCACGGATCTGG
AGATTGTAGTTACCAAACCCATCAATGTAATGAGCAGCC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1FE12TF 714 0 0
TCTGTGTTGTACAC*TTCTGGAGACGTTTTGAAGTTCTCTCAAACCAAAACTGCTGAGAA
GTCTTGACCCAATCATAACCTTCCATGTAAGGAACACTAGAGTAATCTCCACTATCAAGA
AAGTAAAGATTGAGAACAGATTTGTTCTGTAGTCTGGACTCAGCAACTCCACGGATCTGG
AGATTGTAGTTACCAAACCCATCAATGTAATGAGCAGCCTCAGGAGGGTTCACCTGAGAC
AAAGTGTTGGGAAGCTTCACGATGTGTTTCATGAGCTCTTGTCGTGTCAATGTGGATTCT
TGATCATGGTTTCCTAAAATAGCAACCCATGGGATCTTAGAGGCATCGCTGGAGCGAAAG
CAGCGTCCATTGACTTCACAGGGTCCTTGACATCAAACCCAAAGATATTATCACCGGTGA
AGACGATGAGGTCAGGTTTCTCGGCGGCGATGAGTCGAGACATGAAGAGGGTGGTGTTGA
GGTCGGAGCAGTGAGCTTTCTGGGTAGGAAGAACATCGAGACAGCGAGTAGTCGCGCCGT
TCGCGAAGTGCATATCGGCAACTTGGAGAATCTTGAACTCGCCGTTCGGACCGAACCTGA
GTTTGGGACGGTGTGACGATGTCGGAAGAGGAGCTAGACAGAGACAGAGCAGGAAGAACA
CGGAGGAGAACAGGGATGTTCTTCTTCTGGTCTTGTCCGCCATTATTACAGTCC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 4

CO CL2346Contig1 947 4 3 U
GAGACTTGTTTCTGGCCTGGCAAGTATTCATTAGAGCTAAGTTCAGACGTCTATGGTAAA
CTATGGAGGTTCGACAAGGAAGCTTTACCTGCAGACCTCATCAGCAGGGGGCTGGCTGTG
GAATATGAGAACGCGGAACATGGGGTGCGGCTGACAATACCAGACTACCCATTTGCGAAT
GACGGTCTAATTCTGTGGGATGCACTAAAGGAATGGATCACAGACTATGTGAAGCACTAT
TATCCAGATGCAGGACTGATCGTGTCGGATGAGGAGCTCCAAGGTTGGTGGAGTGAAGTG
AAGAACATAGGGCACGGAGACAAGAAAGACGAACCATGGTGGCCTGAGCTCAAAACACAA
GATGACTTGATTGGCGTGGTGACTACGATTGCGTGGGTGGCTTCAGGTCACCATGCAGCT
GTAAACTTTGGACAGTACGGGTATGGAGGGTACTTTCCCAACCGGCCAACCACTACAAGG
ATAAAAATGCCAGTGGAAGAGCCGACAGAGGAAGAGCTTACAGAGTTCTATGAGGAACCA
GAGAAGGTGTTGCTCAAGACATTCCCGTCGAGGAAGCAGGCGACGCAAGTGATGGTGACT
CTGGATCTACTATCGACCCATTCACCAGACGAAGAGTACTTGGGAGAAGAGCCAGAAGCA
TCTTGGATAGACGAACCTGTCATCTTTGCTGCATATGAACGATTCAAAGGCAGGCTCCAA
TATCTAGAAGGTGTGATAGATGAGAGGAACGTGAATGTTTCTCTAAAGAACAGAGCTGGA
GCAGGTGTTGTCAAGTACGAGCTTTTGAAGCCCATCTCTGAACCTGGTCTTACCGGAATG
GGTGTTCCCTACAGTGTGTCTATATGAACATCAGAACATGTATTTACTTGCTAAGTCATT
TGAGTGTCAACAATAAGAAATAAAACAACCAGATCTTTTGCTTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1G979TF U 1
AF RR1FT40JQ C 586
AF RR1FT40TF U 612
AF RR1G511TF U 602
BS 1 703 RR1G979TF
BS 704 946 RR1FT40TF
BS 947 947 RR1G511TF

RD RR1G979TF 703 0 0
GAGACTTGTTTCTGGCCTGGCAAGTATTCATTAGAGCTAAGTTCAGACGTCTATGGTAAA
CTATGGAGGTTCGACAAGGAAGCTTTACCTGCAGACCTCATCAGCAGGGGGCTGGCTGTG
GAATATGAGAACGCGGAACATGGGGTGCGGCTGACAATACCAGACTACCCATTTGCGAAT
GACGGTCTAATTCTGTGGGATGCACTAAAGGAATGGATCACAGACTATGTGAAGCACTAT
TATCCAGATGCAGGACTGATCGTGTCGGATGAGGAGCTCCAAGGTTGGTGGAGTGAAGTG
AAGAACATAGGGCACGGAGACAAGAAAGACGAACCATGGTGGCCTGAGCTCAAAACACAA
GATGACTTGATTGGCGTGGTGACTACGATTGCGTGGGTGGCTTCAGGTCACCATGCAGCT
GTAAACTTTGGACAGTACGGGTATGGAGGGTACTTTCCCAACCGGCCAACCACTACAAGG
ATAAAAATGCCAGTGGAAGAGCCGACAGAGGAAGAGCTTACAGAGTTCTATGAGGAACCA
GAGAAGGTGTTGCTCAAGACATTCCCGTCGAGGAAGCAGGCGACGCAAGTGATGGTGACT
CTGGATCTACTATCGACCCATTCACCAGACGAAGAGTACTTGGGAGAAGAGCCAGAAGCA
TCTTGGATAGACGAACCTGTCATCTTTGCTGCATATGAACGAT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1FT40JQ 361 0 0
AG
AGTGATGGTGACTCTGGATCTACTATCGACCCATTCACCAGACGAAGAGTACTTGGGAGA
AGAGCCAGAAGCATCTTGGATAGACGAACCTGTCATCTTTGCTGCATATGAACGATTCAA
AGGCAGGCTCCAATATCTAGAAGGTGTGATAGATGAGAGGAACGTGAATGTTTCTCTAAA
GAACAGAGCTGGAGCAGGTGTTGTCAAGTACGAGCTTTTGAAGCCCATCTCTGAACCTGG
TCTTACCGGAATGGGTGTTCCCTACAGTGTGTCTATATGAACATCAGAACATGTATTTAC
TTGCTAAGTCATTTGAGTGTCAACAATAAGAAATAAAACAACCAGATCTTTTGCTTACC

QA 3 361 3 361
DS 

RD RR1FT40TF 335 0 0
ATCGACCCATTCACCAGACGAAGAGTACTTGGGAGAAGAGCCAGAAGCATCTTGGATAGA
CGAACCTGTCATCTTTGCTGCATATGAACGATTCAAAGGCAGGCTCCAATATCTAGAAGG
TGTGATAGATGAGAGGAACGTGAATGTTTCTCTAAAGAACAGAGCTGGAGCAGGTGTTGT
CAAGTACGAGCTTTTGAAGCCCATCTCTGAACCTGGTCTTACCGGAATGGGTGTTCCCTA
CAGTGTGTCTATATGAACATCAGAACATGTATTTACTTGCTAAGTCATTTGAGTGTCAAC
AATAAGAAATAAAACAACCAGATCTTTTGCTTACC

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1G511TF 346 0 0
G
GGATCTACTATCGACCCATTCACCAGACGAAGAGTACTTGGGAGAAGAGCCAGAAGCATC
TTGGATAGACGAACCTGTCATCTTTGCTGCATATGAACGATTCAAAGGCAGGCTCCAATA
TCTAGAAGGTGTGATAGATGAGAGGAACGTGAATGTTTCTCTAAAGAACAGAGCTGGAGC
AGGTGTTGTCAAGTACGAGCTTTTGAAGCCCATCTCTGAACCTGGTCTTACCGGAATGGG
TGTTCCCTACAGTGTGTCTATATGAACATCAGAACATGTATTTACTTGCTAAGTCATTTG
AGTGTCAACAATAAGAAATAAAACAACCAGATCTTTTGCTTACCC

QA 2 346 2 346
DS 



AS 2 4

CO CL2347Contig1 805 2 5 U
GGGAGACCGACCGGTGGCGAAAGCTTGAAGCTAAGAACCTCCTCCTGATTGTTGTTCTGT
GTTAAAACGACGACGGTTTTGAGTTATGGCTGAATCGTCGTCGTCTTCTTCATCACCTAC
AGAAGAGATCGCTCGATTAATCAAACGATTAAGCGGTTACGTAGCTTTCAAGATGTCTGG
CCTCTTCTCTACACCTATTCGCAATCTGGATTCAAGATCGATTGGTGCCATAGCGGGGCT
TGCAATCGCTGTGATTTTCACATGGAGGGCAATAAGAAGACAACCTGAAAGAAGGAGACC
AAAACGCAGGTTGCAATCAGATCATGAAACCTCTACTTCTCCTGCTCCTGCTCCTCATGA
GGATAATGGTGCTGTTGTTGATCAGTTTTTTCAGACTGGAAAACCTACATTGGGGCAGAT
AGTTAGGCAGAGACTTAGTGAAGGAAGGAAGGTAACATGCCGTCTTCTTGGTGTCATTCT
TGAGGAATCAAGTCCTGAAGAACTTCAAAAACAAGCAACAGTGAGGTCATCCGTTGTGGA
AGTTCTCCTAGAGATTACAAAGTGTTGTGATTTGTATCTCATGGAAAGAGTTCTTGACGA
TGAAAGCGAAGCCGAAGTTCTACAGGCACTAGAGACTGCAGCATTTTCACATCTGGTGGT
TTGGTCAAAGACAAGTGCTGTTTTGTAGTACAGAGATCGGAGACATCCTTTGTAGCAACT
AGAACCTGACTGGCATATTGAACAATCAGAAATCAGCACACACTAGCTAGGTCATAAGTT
CAGCTGCACGTTTCTGCAGCGAAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB23TF U 1
AF RR1CJ03TF U 1
BS 1 248 RR1CJ03TF
BS 249 249 RR1HB23TF
BS 250 371 RR1CJ03TF
BS 372 372 RR1HB23TF
BS 373 805 RR1CJ03TF

RD RR1HB23TF 434 0 0
GGGAGACCGACCGGTGGCGAAAGCTTGAAGCTAAGAACCTCCTCCTGATTGTTGTTCTGT
GTTAAAACGACGACGGTTTTGAGTTATGGCTGAATCGTCGTCGTCTTCTTCATCACCTAC
AGAAGAGATCGCTCGATTAATCAAACGATTAAGCGGTTACGTAGCTTTCAAGATGTCTGG
CCTCTTCTCTACACCTATTCGCAATCTGGATTCAAGATCGATTGGTGCCATAGCGGGGCT
TGCAATCGCTGTGATTTTCACATGGAGGGCAATAAGAAGACAACCTGAAAGAAGGAGACC
AAAACGCAGGTTGCAATCAGATCATGAAACCTCTACTTCTCCTGCTCCTGCTCCTCATGA
GGATAATGGTGCTGTTGTTGATCAGTTTTTTCAGACTGGAAAACCTACATTGGGGCAGAT
AGTTAGGCAGAGAC

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR1CJ03TF 805 0 0
GGGAGACCGACCGGTGGCGAAAGCTTGAAGCTAAGAACCTCCTCCTGATTGTTGTTCTGT
GTTAAAACGACGACGGTTTTGAGTTATGGCTGAATCGTCGTCGTCTTCTTCATCACCTAC
AGAAGAGATCGCTCGATTAATCAAACGATTAAGCGGTTACGTAGCTTTCAAGATGTCTGG
CCTCTTCTCTACACCTATTCGCAATCTGGATTCAAGATCGATTGGTGCCATAGCGGGGCT
TGCAATCGTTGTGATTTTCACATGGAGGGCAATAAGAAGACAACCTGAAAGAAGGAGACC
AAAACGCAGGTTGCAATCAGATCATGAAACCTCTACTTCTCCTGCTCCTGCTCCTCATGA
GGATAATGGTGTTGTTGTTGATCAGTTTTTTCAGACTGGAAAACCTACATTGGGGCAGAT
AGTTAGGCAGAGACTTAGTGAAGGAAGGAAGGTAACATGCCGTCTTCTTGGTGTCATTCT
TGAGGAATCAAGTCCTGAAGAACTTCAAAAACAAGCAACAGTGAGGTCATCCGTTGTGGA
AGTTCTCCTAGAGATTACAAAGTGTTGTGATTTGTATCTCATGGAAAGAGTTCTTGACGA
TGAAAGCGAAGCCGAAGTTCTACAGGCACTAGAGACTGCAGCATTTTCACATCTGGTGGT
TTGGTCAAAGACAAGTGCTGTTTTGTAGTACAGAGATCGGAGACATCCTTTGTAGCAACT
AGAACCTGACTGGCATATTGAACAATCAGAAATCAGCACACACTAGCTAGGTCATAAGTT
CAGCTGCACGTTTCTGCAGCGAAAC

QA 1 805 1 805
DS 



CO CL2347Contig2 765 2 6 U
GGCAATGATCTTCTTAAACTTAATCTCTTATGAATGAAGTTCAGTGAAAAAAAAAGGTTT
ACAACCTCACATTACAAGGTCCGTCTGAAGCGACGAAGTCAAGACATCAATGTAGACAAG
ACAAAGGTCCTTCGTTTCTTCCCTGAGAATACTCTGCTAAGTTGCTGATGCATATATTAC
AGTACACACTTGGATACTCCCCATATAGGAACTCACGCACTACTCTCTTACTCCATAAAC
ATCAAACTTTTAAATTCTGAGACAATGCTAAAAGTTGCAAGTTCAGTCAGACATAACCAT
TTACGCATCTGCGCTGCTCTGCTGAATATTATTGAGTTTGTGGGTATAGAGCACATCCAA
AGAACTCTTCTATTGATTGTGAGGTGAACACGTTCGGAGCCGTTCGCTCTGGTTTCGCTG
CAGAAACGTGCAGCTGAAACTTTATGAACCTAGCTAGTTGTGTGCTGATTTCTGGATTTG
TATCAATATGCCAGTCAGGTTCTAGTTGCCTTACAAAGGATGTTCTTCCGATCTCTGTAC
TACAAAACAGCACCTTGTCTTTGACCAAACCACCAGATGTGAAAATGCCTGCAGTCTCTA
GTGCCTGTAGAACTTCGGCTTCGCTTTCATCGTCAAGAACTCTTTCCATGAGATACAAAT
CACAACACTTTGTAATCTCTAGGAGAACTTCCACAACGGATGACCTCACTGTTGCTTGTT
TTTGAAGTTCTTCAGGACTTGATTCCTCAAGAATGACACCAAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1HB23JQ U 1
AF RR1CJ03JQ U 16
BS 1 65 RR1HB23JQ
BS 66 66 RR1CJ03JQ
BS 67 88 RR1HB23JQ
BS 89 89 RR1CJ03JQ
BS 90 557 RR1HB23JQ
BS 558 765 RR1CJ03JQ

RD RR1HB23JQ 557 0 0
GGCAATGATCTTCTTAAACTTAATCTCTTATGAATGAAGTTCAGTGAAAAAAAAAGGTTT
ACAACTTCACATTACAAGGTCCGTCTGATGCGACGAAGTCAAGACATCAATGTAGACAAG
ACAAAGGTCCTTCGTTTCTTCCCTGAGAATACTCTGCTAAGTTGCTGATGCATATATTAC
AGTACACACTTGGATACTCCCCATATAGGAACTCACGCACTACTCTCTTACTCCATAAAC
ATCAAACTTTTAAATTCTGAGACAATGCTAAAAGTTGCAAGTTCAGTCAGACATAACCAT
TTACGCATCTGCGCTGCTCTGCTGAATATTATTGAGTTTGTGGGTATAGAGCACATCCAA
AGAACTCTTCTATTGATTGTGAGGTGAACACGTTCGGAGCCGTTCGCTCTGGTTTCGCTG
CAGAAACGTGCAGCTGAAACTTTATGAACCTAGCTAGTTGTGTGCTGATTTCTGGATTTG
TATCAATATGCCAGTCAGGTTCTAGTTGCCTTACAAAGGATGTTCTTCCGATCTCTGTAC
TACAAAACAGCACCTTG

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1CJ03JQ 750 0 0
AAACTTAATCTCTTATGAATGAAGTTCAGTGAAAAAAAAAGGTTTACAACCTCACATTAC
AAGGTCCGTCTGAAGCGACGAAGTCAAGACATCAATGTAGACAAGACAAAGGTCCTTCGT
TTCTTCCCTGAGAATACTCTGCTAAGTTGCTGATGCATATATTACAGTACACACTTGGAT
ACTCCCCATATAGGAACTCACGCACTACTCTCTTACTCCATAAACATCAAACTTTTAAAT
TCTGAGACAATGCTAAAAGTTGCAAGTTCAGTCAGACATGACCATTTACGCATCTGCGCT
GCTCTGCTGAATATTATTGAGTTTGTGGGTATAGAGCACATCCAAAGAACTCTTCTATTG
ATTGTGAGGTGAACACGTTCGGAGCCGTTCGCTCTGGTTTCGCTGCAGAAACGTGCAGCT
GAAACTTTATGAACCTAGCTAGTTGTGTGCTGATTTCTGGATTTGTATCAATATGCCAGT
CAGGTTCTAGTTGCCTTACAAAGGATGTTCTTCCGATCTCTGTACTACAAAACAGCACCT
TGTCTTTGACCAAACCACCAGATGTGAAAATGCCTGCAGTCTCTAGTGCCTGTAGAACTT
CGGCTTCGCTTTCATCGTCAAGAACTCTTTCCATGAGATACAAATCACAACACTTTGTAA
TCTCTAGGAGAACTTCCACAACGGATGACCTCACTGTTGCTTGTTTTTGAAGTTCTTCAG
GACTTGATTCCTCAAGAATGACACCAAGAA

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL2348Contig1 784 2 8 U
GGGTTATTCTCAGGTCTTGGATCCTCCTCAATCGCGAAACCCTAGTTGTGAGAGATCGTT
AGTCTTGTGTTCGTCGAGAATGAGTCAACCATGTGTAGTTCTGGCAACGGCGAGCTATGA
TCACACGATCCGATTCTGGGAAGCCGAGAGCGGTCGCTGTTACCGTACCATTCAGTATCC
GGACTCGCATGTGAATAGGCTGGAGATAACGCCAGATAAGCGTCATCTAGCTGCAGCTTG
CAATCCTCATATACGTCTCTTTGATGTCAATTCCAACAGCCCTCAACCTGTGATGACGTA
TGATTCACACACCAACAATGTTATGGCAGTGGGGTTCCAGTGTGATGGAAAATGGATGTA
TTCTGGTTCAGAGGATGGTACTGTCAAGATCTGGGACTTGAGGGCTCCAGGTTGCCAAAG
GGAGTATGAGAGTGTCGCCGCTGTTAACACTGTTGTTTTACATCCAAACCAGACTGAATT
GATATCTGGAGACCAAAACGGGAATATCCGTGTATGGGACCTTAGAGCAAATTCGTGTAG
CTGTGAACTGGTACCAGAAGTTGATACACCTGTACGGTCTCTAACGGTCATGTGGGATGG
GACTATGGTTGTTGCTGCTAACAACCGTGGAACATGTTATGTATGGCGCTTGTTGCGCGG
AAAACAGACAATGACAGAGTTTGAGCCACTTCATAAGCTACAAGCTCATAATGGCCACAT
CCTTAAATGCCTACTCTCTCCTGCAACAATATCTAGCGACTGCATCATCTGATAAACTGT
CAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1EQ40TF U 1
AF RR1A554TF U 73
BS 1 82 RR1EQ40TF
BS 83 83 RR1A554TF
BS 84 435 RR1EQ40TF
BS 436 436 RR1A554TF
BS 437 663 RR1EQ40TF
BS 664 664 RR1A554TF
BS 665 708 RR1EQ40TF
BS 709 784 RR1A554TF

RD RR1EQ40TF 708 0 0
GGGTTATTCTCAGGTCTTGGATCCTCCTCAATCGCGAAACCCTAGTTGTGAGAGATCGTT
AGTCTTGTGTTCGTCGAGAATGGGTCAACCATGTGTAGTTCTGGCAACGGCGAGCTATGA
TCACACGATCCGATTCTGGGAAGCCGAGAGCGGTCGCTGTTACCGTACCATTCAGTATCC
GGACTCGCATGTGAATAGGCTGGAGATAACGCCAGATAAGCGTCATCTAGCTGCAGCTTG
CAATCCTCATATACGTCTCTTTGATGTCAATTCCAACAGCCCTCAACCTGTGATGACGTA
TGATTCACACACCAACAATGTTATGGCAGTGGGGTTCCAGTGTGATGGAAAATGGATGTA
TTCTGGTTCAGAGGATGGTACTGTCAAGATCTGGGACTTGAGGGCTCCAGGTTGCCAAAG
GGAGTATGAGAGTGTTGCCGCTGTTAACACTGTTGTTTTACATCCAAACCAGACTGAATT
GATATCTGGAGACCAAAACGGGAATATCCGTGTATGGGACCTTAGAGCAAATTCGTGTAG
CTGTGAACTGGTACCAGAAGTTGATACACCTGTACGGTCTCTAACGGTCATGTGGGATGG
GACTATGGTTGTTGCTGCTAACAACCGTGGAACATGTTATGTATGGCGCTTGTTGCGCGG
AAA*CAGACAATGACAGAGTTTGAGCCACTTCATAAGCTACAAGCTCA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1A554TF 712 0 0
GTCGAGAATGAGTCAGCCATGTGTAGTTCTGGCAACGGCGAGCTATGATCACACGATCCG
ATTCTGGGAAGCCGAGAGCGGTCGCTGTTACCGTACCATTCAGTATCCGGACTCGCATGT
GAATAGGCTGGAGATAACGCCAGATAAGCGTCATCTAGCTGCAGCTTGCAATCCTCATAT
ACGTCTCTTTGATGTCAATTCCAACAGCCCTCAACCTGTGATGACGTATGATTCACACAC
CAACAATGTTATGGCAGTGGGGTTCCAGTGTGATGGAAAATGGATGTATTCTGGTTCAGA
GGATGGTACTGTCAAGATCTGGGACTTGAGGGCTCCAGGTTGCCAAAGGGAGTATGAGAG
TGTCGCCGCTGTTAACACTGTTGTTTTACATCCAAACCAGACTGAATTGATATCTGGAGA
CCAAAACGGGAATATCCGTGTATGGGACCTTAGAGCAAATTCGTGTAGCTGTGAACTGGT
ACCGGAAGTTGATACACCTGTACGGTCTCTAACGGTCATGTGGGATGGGACTATGGTTGT
TGCTGCTAACAACCGTGGAACATGTTATGTATGGCGCTTGTTGCGCGGAAAACAGACAAT
GACAGAGTTTGAGCCACTTCATAAGCTACAAGCTCATAATGGCCACATCCTTAAATGCCT
ACTCTCTCCTGCAACAATATCTAGCGACTGCATCATCTGATAAACTGTCAGA

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 4

CO CL2349Contig1 792 4 11 U
GGGCTTCACACTCTGTCTCTCTGTCTCTCTAAAGCAACAATGGCTACGGCTGCTTCTTCC
CTTACAATTGCGTCCTCATTCTCCAAACAACTGACTCAGATTTATTCCTTGAAGCGCTCG
AACCTCCCTCTTCAGTACTCCGTCCCGTATAATGCCAATTCACGGAGCAGAAGTAGAAGG
CTGCGACTCACCGTAACCTCCGTTTCATCCCCCAGTGTTGAGCTCCGTACTGGACCCGAT
GATCTCATTTCATCCCTCCTCTCCAAGGTTGCAAACAGCGATGGAGGTGTGACTCTCACC
CCTGAGGAACACAAGGAAGTGGCACAAGTAGCTGGGGAGCTTCAGAAGTATTGTGTGAGC
GAGCCTGTTAAATGCCCTCTCATTTTCGGAGATTGGGACGTGGTGTACTGTTCTAGACCG
ACCTCTCCTGGTGGAGGCTACAGAAGTGTGATAGGCCGACTCTTCTTCAGAACTAAAGAG
ATGATCCAAGGTATTGATTCTCCTGATACCGTGAGGAACAGAGTTTCCTTCACTGCTCTT
GGTTTTCTCGATGGAGATGTCTCTTTGACAGGGAAGCTGAACGTGCTGGACAGTGAGTGG
GTTCAGGTGATATTCGAGCCCCCGGAACTAAAGGTGGGATCGTTGGAGTTTAAATACGGT
TTCGAAAGCGAAGTGAAGCTTCGGATCACGTACGTTGATGAGAAACTTAGGTTGGGAATA
GGCTCTAGAGGATCATTGTTCGTCTTTAGGAGGCGTCAATAATTAATACACTATATGAAC
TTCCATTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ18TF U 1
AF RR1E931TF U 6
AF RR1BZ02TF U 29
AF RR1CJ18JQ C 369
BS 1 217 RR1CJ18TF
BS 218 218 RR1E931TF
BS 219 602 RR1CJ18TF
BS 603 620 RR1BZ02TF
BS 621 621 RR1CJ18JQ
BS 622 710 RR1BZ02TF
BS 711 711 RR1CJ18JQ
BS 712 721 RR1BZ02TF
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BS 723 745 RR1BZ02TF
BS 746 792 RR1CJ18JQ

RD RR1CJ18TF 603 0 0
GGGCTTCACACTCTGTCTCTCTGTCTCTCTAAAGCAACAATGGCTACGGCTGCTTCTTCC
CTTACAATTGCGTCCTCATTCTCCAAACAACTGACTCAGATTTATTCCTTGAAGCGCTCG
AACCTCCCTCTTCAGTACTCCGTCCCGTATAATGCCAATTCACGGAGCAGAAGTAGAAGG
CTGCGACTCACCGTAACCTCCGTTTCATCCCCCAGTGCTGAGCTCCGTACTGGACCCGAT
GATCTCATTTCATCCCTCCTCTCCAAGGTTGCAAACAGCGATGGAGGTGTGACTCTCACC
CCTGAGGAACACAAGGAAGTGGCACAAGTAGCTGGGGAGCTTCAGAAGTATTGTGTGAGC
GAGCCTGTTAAATGCCCTCTCATTTTCGGAGATTGGGACGTGGTGTACTGTTCTAGACCG
ACCTCTCCTGGTGGAGGCTACAGAAGTGTGATAGGCCGACTCTTCTTCAGAACTAAAGAG
ATGATCCAAGGTATTGATTCTCCTGATACCGTGAGGAACAGAGTTTCCTTCACTGCTCTT
GGTTTTCTCGATGGAGATGTCTCTTTGACAGGGAAGCTGAACGTGCTGGACAGTGAGTGG
GT
T

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1E931TF 597 0 0
GG
ACACTCTGTCTCTCTGTCTCTCTAAAGCAACAATGGCTACGGCTGCTTCTTCCCTTACAA
TTGCGTCCTCATTCTCCAAACAACTGACTCAGATTTATTCCTTGAAGCGCTCGAACCTCC
CTCTTCAGTACTCCGTCCCGTATAATACTAATTCACGGAGCAGAAGTAGAAGGCTGCGAC
TCACCGTAACCTCCGTTTCATCCCCCAGTGTTGAGCTCCGTACTGGACCCGATGATCTCA
TTTCATCCCTCCTCTCCAAGGTTGCAAACAGCGATGGAGGTGTGACTCTCACCCCTGAGG
AACACAAGGAAGTGGCACAAGTAGCTGGGGAGCTTCAGAAGTATTGTGTGAGCGAGCCTG
TTAAATGCCCTCCCATTTTCGGAGATTGGGACGTGGTGTACTGTTCTAGACCGACCTCTC
CTGGTGGAGGCTACAGAAGTGTGATAGGCCGACTCTTCTTCAGAACTAAAGAGATGATCC
AAGGTATTGATTCTCCTGATACCGTGAGGAACAGAGTTTCCTTCACTGCTCTTGGTTTTC
TCGATGGAGATGTCTCTTTGACAGGGAAGCTGAACGTGCTGGACAGTGAGTGGGT

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR1BZ02TF 717 0 0
GG
AAAGCAACAATGGCTACGGCTGCT*CTTCCCTTACAATTGCGTCCTCATTCTCCAAACAA
CTGACTCAGATTTATTCCTTGAAGCGCTCGAACCTCCCTCTTCAGTACTCCGTCCCGTAT
AATGCCAATTCACGGAGCAGAAGTAGAAGGCTGCGACTCACCGCAACCTCCGTTTCATCC
CCCAGTGTTGATCTCCGTACTGGACCCGATGATCTCATTTCATCCCTCCTCTCCAAGGTT
GCAAACAGCGATGGAGGTGTGACTCTCACCCCTGAGGAACACAAGGAAGTGGCACAAGTA
GCTGGGGAGCTTCAGAAGTATTGTGTGAGCGAGCCTGTTAAATGCCCTCTCATTTTCGGA
GATTGGGACGTGGTGTACTGTTCTAGACCGACCTCTCCTGGTGGAGGCTACAGAAGTGTG
ATAGGCCGACTCTTCTTCAGAACTAAAGAGATGATCCAAGGTATTGATTCTCCTGATACC
GTGAGGAACAGAGTTTTCTTCACTGCTCTTGATTTTCTCGATGGAGATGTCTCTTTGACA
GGGAAGCTGAACGTGCTGGACAGTGAGTGGGTTCAGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACTA
AAGGTGGGATCGTTGGAGTTTAAATACGGTTTCGAAAGCGAAGTGAAGCTTCGGATCACG
TACGTTGATGAGAAACTTAG*TTGGGAATAG*CTCTAGAGGATCATTGTTCGTCT

QA 3 717 3 717
DS 

RD RR1CJ18JQ 424 0 0
TAAATGCCCTCTCATTTTCGGAGATTGGGACGTGGTGTACTGTTCTAGACCGACCTCTCC
TGGTGGAGGCTACAGAAGTGTGATAGGCCGACTCTTCTTCAGAACTAAAGAGATGATCCA
AGGTATTGATTCTCCTGATACCGTGAGGAACAGAGTTTCCTTCACTGCTCTTGGTTTTCT
CGATGGAGATGTCTCTTTGACAGGGAAGCTGAACGTGCTGGACAGTGAGTGGGTTCAGGT
GATATTCGAGCCCCCGGAACTAAAGGTGGGATCGTTGGAGTTTAAATACGGTTTCGAAAG
CGAAGTGAAGCTTCGGATCACGTACGTTGATGAGAAACTTAGGTTGGGAATAGGCTCTAG
AGGATCATTGTTCGTCTTTAGGAGGCGTCAATAATTAATACACTATATGAACTTCCATTT
CTTT

QA 1 424 1 424
DS 



AS 1 4

CO CL2350Contig1 593 4 5 U
GGACGGAAATGGCACTGAGAAATGCACTTCTTCGCCACCTTAGGGTTCCGGTGCAGAACC
TGACAGTGAGAGGATCGAACCAGTCTCCGATCGGTTCGATCCGTGCTTTCTCTTCGCACG
ATGATCATCTCAGCAAGCAAGATGTCGTCGACAGAGTCCTCGATGTTGTCAAAAGCTTCC
CTAAAGTCGATCCCGCTAAGGTGACACCTGATGTTCATTCCCAAAAGGATTTGGGTTTAG
ATAGTTTGGACACTGTGGAGATTGTGATGGCTATTGAAGAGGAGTTCAAGCTTGAGATCC
CTGACAAGGAAGCTGACAAGATCGACTCTTGCTCTCTTGCCATTGAATACGTTTTCAATC
ATCCTATGTCTAGCTAAACACACTCTGCTTTCTCTTTTGTTTTTTTGGTTATAAACAGTT
CTTTCCTGATCATGTGACTTCCAAATAAATTCAGTTCTGGTTTGAGAGGCATGCTTGACT
CTTTGAACAGTTTCAATCACCTTGAGAAACCTTCTGTCTTGATTGTTTTGTAATTCGACA
CTTATTTGGTGTAATTACAATCTACCTTATTCAACCAAAGGGGTTTTTGTTCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1F443JQ C 1
AF RR1GQ25JQ C 32
AF RR1GQ25TF U 1
AF RR1F443TF U 1
BS 1 219 RR1GQ25TF
BS 220 220 RR1F443TF
BS 221 572 RR1GQ25TF
BS 573 579 RR1F443TF
BS 580 593 RR1F443JQ

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TGACAGTGAGAGGATCGAACCAGTCTCCGATCGGTTCGATCCGTGCTTTCTCTTCGCACG
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CTAAAGTCGATCCCGCTAAGGTGACACCTGATGTTCATTCCCAAAAGGATTTGGGTTTAG
ATAGTTTGGACACTGTGGAGATTGTGATGGCTATTGAAGAGGAGTTCAAGCTTGAGATCC
CTGACAAGGAAGCTGACAAGATCGACTCTTGCTCTCTTGCCATTGAATACGTTTTCAATC
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CTTTGAACAGTTTCAATCACCTTGAGAAACCTTCTGTCTTGATTGTTTTGTAATTCGACA
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QA 1 593 1 593
DS 

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CGGTTCGATCCGTGCTTTCTCTTCGCACGATGATCATCTCAGCAAGCAAGATGTCGTCGA
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TGTTCATTTCCAAAAGGATTTGGGTTTAGATAGTTTGGACACTGTGGAGATTGTGATGGC
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CTCTTTTGTTTTTTTGGTTATAAACAGTTCTTTCCTGATCATGTGACTTCCAAATAAATT
CAGTTCTGGTTTGAGAGGCATGCTTGACTCTTTGAACAGTTTCAATCACCTTGAGAAACC
TTCTGTCTTGATTGTTTTGTAATTCGACACTTATTTGGTGTAATTACAATCTACCTTATT
C

QA 1 541 1 541
DS 

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ATGATCATCTCAGCAAGCAAGATGTCGTCGACAGAGTCCTCGATGTTGTCAAAAGCTTCC
CTAAAGTCGATCCCGCTAAGGTGACACCTGATGTTCATTTCCAAAAGGATTTGGGTTTAG
ATAGTTTGGACACTGTGGAGATTGTGATGGCTATTGAAGAGGAGTTCAAGCTTGAGATCC
CTGACAAGGAAGCTGACAAGATCGACTCTTGCTCTCTTGCCATTGAATACGTTTTCAATC
ATCCTATGTCTAGCTAAACACACTCTGCTTTCTCTTTTGTTTTTTTGGTTATAAACAGTT
CTTTCCTGATCATGTGACTTCCAAATAAATTCAGTTCTGGTTTGAGAGGCATGCTTGACT
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CTTATTTGGTGTAATTACAATCTACCTTATTC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1F443TF 584 0 0
GGACGGAAATGGCACTGAGAAATGCACTTCTTCGCCACCTTAGGGTTCCGGTGCAGAACC
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ATAGTTTGGACACTGTGGAGATTGTGATGGCTATTGAAGAGGAGTTCAAGCTTGAGATCC
CTGACAAGGAAGCTGACAAGATCGACTCTTGCTCTCTTGCCATTGAATACGTTTTCAATC
ATCCTATGTCTAGCTAAACACACTCTGCTTTCTCTTTTGTTTTTTTGGTTATAAACAGTT
CTTTCCTGATCATGTGACTTCCAAATAAATTCAGTTCTGGTTTGAGAGGCATGCTTGACT
CTTTGAACAGTTTCAATCACCTTGAGAAACCTTCTGTCTTGATTGTTTTGTAATTCGACA
CTTATTTGGTGTAATTACAATCTACCTTATTCAACCAAA
AGGGG

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 4

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GCTTCCACATACATCCTTTGTTCAAGACGCTCACAAAGCAGGGTTAGAAGTATACGCATC
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AACTGCATCTTCTGCTGTCGACTGCTTCTCCCATCTTGGAAGTAATGCTTCAACACAAGT
GGATTTTCTTGTGATATCCAAAAATGGAGCAAGTGGAGACTACCCTGGCTGCACTGACTT
GGCCTATTCAAAGGCTATCAAAGACGGTGCTGATATCATCGACTGTTCTGTTCAAATGTC
GTTGGATGGGATCCCGTTTTGCTTAAACTCAGTTGATCTTGGAGAGAGCACGAACATCGT
CCAAAGCCCTTTCAGAAACCGTTCAGCAACTGTTACTGAGATCGGTCCTCTTTCTGGATT
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CTACAACAGGGACTTCAACTTGTTTAGGAACCCCAAGCAGTTCTCGATACACTCAAAGAA
AGTGGTTACAGCAACGCGAAGACAACAACCAAAAAGGTTATGATTCAGTCAACCAACAGC
TCAGTCTTGGTTGACTTCAAGAAACAGAGCCGGTACGAGACAGTATACCAAGTGGAAGAA
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CTAGTTGAGAGGCTGCAGAAGTTTCAGCTCCCGGTTTACGTTGAGCTGTTCCGCAACGAG
TTTGTTTCTCAGCCGTGGGATTTCTCGTCTGATGCGACCGTTGAGATAAACTCTCATGTT
ACTGGAGCTGGTATCAATGGGACCATCACTGAGTTCCCTCTCACGGCTGCGAGATACAAA
AGGAACATGTGCTTGACACGGAAAGTCCTACCTCCTTACATGAGCCCGGTCCAGCCAGCT
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TTCACAGATGCTGATGTCACTGAACCACCGCCACCTCCGGTCATAGCCAGAGCCCCAACC
ACAAGTCCTGGACCCTTATCCACCGATCAAAAGGCTCCTAACGGACAAACCCGAGTCGCT
CTATCTCTTTTTCTGTCTGCATTTTCTCTGGTCCTGGCCTCTTTTCTACTTCTGTGATCA
CATTGATCTGATCAGTTGACTTAAATCCTCAGATATTATTCTTCCTTCCACTAGTTATTG
GGATTTTCTGCAGTGATGAGTTTCTGTTGGGGCTTTTGTTTGTTTATATTCTTTCGGTCA
TCTTTTTAAAACATTCATTTGTATCATTGGAACATGCTGTTGTAACATTATTCACTTTTA
TTTTTTTTTAAAACTCTCGTGTGCGTTGGTAGTAGTAGTATTTATGAGATTGATTCTATT
T


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1E005TF U 1
AF RR1EQ02TF U 569
AF RR1EQ02JQ C 1113
AF RR1E005JQ C 1448
BS 1 725 RR1E005TF
BS 726 1312 RR1EQ02TF
BS 1313 1472 RR1EQ02JQ
BS 1473 1473 RR1E005JQ
BS 1474 1685 RR1EQ02JQ
BS 1686 1741 RR1E005JQ

RD RR1E005TF 725 0 0
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TGAGGTGTCAGCTAATCAAACCTATGGATCTCTCATGGGAAACCTAACGTTCATCAAGAC
GTTTGCTTCAGGCGTTCTTGTCCCAAAGTCTTACATATGGCCGCTCCATGACCAGTACTT
GCTTCCACATACATCCTTTGTTCAAGACGCTCACAAAGCAGGGTTAGAAGTATACGCATC
AGGCTTTGCAAATGATTTTGATATGGCCTACAACTACAGTTTTGATCCATTGGCTGAGTA
CTTATCCTTCATGGACAATGGAGACTTCTCTGTGGATGGCTTCTTATCTGATTTTCCATT
AACTGCATCTTCTGCTGTCGACTGCTTCTCCCATCTTGGAAGTAATGCTTCAACACAAGT
GGATTTTCTTGTGATATCCAAAAATGGAGCAAGTGGAGACTACCCTGGCTGCACTGACTT
GGCCTATTCAAAGGCTATCAAAGACGGTGCTGATATCATCGACTGTTCTGTTCAAATGTC
GTTGGATGGGATCCCGTTTTGCTTAAACTCAGTTGATCTTGGAGAGAGCACGAACATCGT
CCAAAGCCCTTTCAGAAACCGTTCAGCAACTGTTACTGAGATCGGTCCTCTTTCTGGATT
ATACAGCTTTAGTCTGACCTGGTCTGAGATTCAGACCTTGAGACCTGCTATTACGAACCC
CTACA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1EQ02TF 744 0 0
G
CAGTTGATCTTGGAGAGAGCACGAACATCGTCCAAAGCCCTTTCAGAAACCGTTCAGCAA
CTGTTACTGAGATCGGTCCTCTTTCTGGATTATACAGCTTTAGTCTGACCTGGTCTGAGA
TTCAGACCTTGAGACCTGCTATTACGAACCCCTACAACAGGGACTTCAACTTGTTTAGGA
ACCCCAAGCAGTTCTCGATACACTCAAAGAAAGTGGTTACAGCAACGCGAAGACAACAAC
CAAAAAGGTTATGATTCAGTCAACCAACAGCTCAGTCTTGGTTGACTTCAAGAAACAGAG
CCGGTACGAGACAGTATACCAAGTGGAAGAAACCATCCGAGACATCCTGGACTCTGCAAT
CCAAGACATAAAGAAGTTCGTCGACGCTGTTGTGGTCAGGAAACAATCAATCTTCCCGGT
CAGCGATAGCTTCACCACCGGACAGACCAATCTAGTTGAGAGGCTGCAGAAGTTTCAGCT
CCCGGTTTACGTTGAGCTGTTCCGCAACGAGTTTGTTTCTCAGCCGTGGGATTTCTCGTC
TGATGCGACCGTTGAGATAAACTCTCATGTTACTGGAGCTGGTATCAATGGGACCATCAC
TGAGTTCCCTCTCACGGCTGCGAGATACAAAAGGAACATGTGCTTGACACGGAAAGTCCT
ACCTCCTTACATGAGCCCGGTCCAGCCAGCTGGTCTCTTATCCATTATGAGTCCTACTTC
ATTACCTCCAGCTGAAGCACCAA

QA 2 744 2 744
DS 

RD RR1EQ02JQ 577 0 0
TGCGACCGTTGAGATAAACTCTCATGTTACTGGAGCTGGTATCAATGGGACCATCACTGA
GTTCCCTCTCACGGCTGCGAGATACAAAAGGAACATGTGCTTGACACGGAAAGTCCTACC
TCCTTACATGAGCCCGGTCCAGCCAGCTGGTCTTTTATCCATTATGAGTCCTACTTCATT
ACCTCCAGCTGAAGCACCAAACCCGGTTTTCACAGATGCTGATGTCACTGAACCACCGCC
ACCTCCGGTCATAGCCAGAGCCCCAACCACAAGTCCTGGACCCTTATCCACCGATCAAAA
GGCTCCTAACGGACAAACCCGAGTCGCTCTATCTCTTTTTCTGTCTGCATTTTCTCTGGT
TCTGGCCTCTTTTCTACTTCTGTGATCACATTGATCTGATCAGTTGACTTAAATCCTCAG
ATATTATTCTTCCTTCCACTAGTTATTGGGATTTTCTGCAGTGATGAGTTTCTGTTGGGG
CTTTTGTTTGTTTATATTCTTTCGGTCATCTTTTTAAAACATTCATTTGTATCATTGGAA
CATGCTGTTGTAACATTATTCACTTTTATTTTT
CTTT

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1E005JQ 294 0 0
TTTTTCTGTCTGTATTTTCTCTGGTCCTGGCCTTTTTTTTACTTCTGTGATCACATTGAT
CTGATCAGTTGACTTAAATCCTCAGATATTATTTTTCCTTCCACTAGTTATTGGGATTTT
TTGCAGTGATGAGTTTTTGTTGGGGCTTTTGTTTGTTTATATTTTTTCGGTCATCTTTTT
AAAGCATTCATTTGTATCATTGGAACATGCTGTTGTAACATTATTCACTTTTATTTTTTT
TTAAAACTCTCGTGTGCGTTGGTAGTAGTAGTATTTATGAGATTGATTCTATTT

QA 1 294 1 294
DS 



AS 1 3

CO CL2352Contig1 947 3 6 U
GGATTCCGATTGTTCTGGTGGTCGGCGTGCGGCAACTCCCATAGCGCTGACATCAGCCTT
CTCCGTAGTGTACTCTTTTGCCACTTCTGTTTTCTTTGGTAGTTTATCGTTTTAGTTTGT
GATTCTCGTTGTGTGTAAGAAGGGTTTGGGGTTTCTTGGTTTAGATCTGCACAAATCGTT
GAGGGATTGTCTTGATTAAGCATCAGATCTGTTGTATTTGGTGCGTGTGTTGTTCTTTTG
CCTGATTTCAAAGATTTGTGTTTGTGTCTTGTAATCTTGGTCCATCAAAAATTTCTTCCT
TTTCAGGGTGTTGTAGTTGGTTCTTTTTTCATTCTCGCTCTACTTGGATCCAATATTTCT
ATACCTGGAGTTCAACACTTGTTTTAGCAGATTATCTTTTAATGGTGGTGGTCGCTTTGT
TTGCTTGCTATTCGGTTCTTCTTCCGTGAGTGGCTCCAGAAAGTTTCGGTTGGCAAGACC
TTGTCTTTGTATTGGTTTGGCTGAGCTTCTGTGAAGGAAAAATGGACGTTTATGATTGTG
TCACATCCTTATCCGAAGGTTGTTTGGATCCTGAAGCGATCCCTCTTATCGGGCTGTGAA
GTCTCTGGTTCTCGGTTTTTAGATGTTATTGTTGAGCGGGCGTAAGCGGCAGCAATAAGT
CGTGGTGTCTTTGGGTTTTAGAGGTGGAGGTTATCATGTAGCGTGCCCGGGGCAGCAATG
GTAAATTCCGATCATTAGCTTCAACTTAGTTCTTAAGTTTGCCAATTTGCTTTGTGTTGT
GCTCAGCGTAGTTGTTAATTGCCCAACTGGTGTTGCGGTTCGTTTAGTTACTATGTTTTG
TTGATGTAAGTTATCCGATGTGGGTTCTAGTTGCTGCCTTCATGTGGCCTTTTGTTGCTG
GAATTAGTCAGTTTTTGTATTAAAACTTGTATTTCAGTTTGGAATGG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D026TF U 4
AF RR1DI90TF U 1
AF RR1DI90JQ C 246
BS 1 204 RR1DI90TF
BS 205 205 RR1D026TF
BS 206 664 RR1DI90TF
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BS 666 676 RR1DI90TF
BS 677 947 RR1DI90JQ

RD RR1D026TF 606 0 0
GG
CCGATTGTTCTGGTGGTCGGCGTGCGGCAACTCCCATAGCGCTGACATCAGCCTTCTCCG
TAGTGTACTCTTT*GTCACTTCTGTTTTCTTTGGTAGTTTATCGTTTTAGTTTGTGATTC
TCGTTGTGTGTAAGAAGGGTTTGGGGTTTCTTGGTTTAGATCTGCACAAATCGTTGAGGG
ATTGTCTTGATTAAGCATCAGATCTTTTGTATTTGGTGCGTGTGTTGTTCTTTTGCCTGA
TTTCAAAGATTTGTGTTTGTGTCTTGTAATCTTGGTCCATCAAAAATTTCTTCCTTTTCA
GGGTGTTGTAGTTGGTTCTTTTTTTATTCTCGCTCTACTTGGATCCAATATTTCTATACC
TGGAGTTCAACACTTGTTTTAGCAGATTATCTTTTAATGGTGGTGGTCGCTTTGTTTGCT
TGCTATTCGGTTCTTCTTCCGTGAGTGGCTCCAGAAAGTTTCGGTTGGCAAGACCTTGTC
TTTGTATTGGTTTGGCTGAGCTTCTATGAAGGAAAAATGGACGTTTATGATTGTGTCACA
TCCTTATCCGAAGGTTGTTTGGATCCTGAAGCGATCCCTCTTATCGGGCTGTGAAGTCTC
TGGT

QA 3 606 3 606
DS 

RD RR1DI90TF 676 0 0
GGATTCCGATTGTTCTGGTGGTCGGCGTGCGGCAACTCCCATAGCGCTGACATCAGCCTT
CTCCGTAGTGTACTCTTTTGCCACTTCTGTTTTCTTTGGTAGTTTATCGTTTTAGTTTGT
GATTCTCGTTGTGTGTAAGAAGGGTTTGGGGTTTCTTGGTTTAGATCTGCACAAATCGTT
GAGGGATTGTCTTGATTAAGCATCGGATCTGTTGTATTTGGTGCGTGTGTTGTTCTTTTG
CCTGATTTCAAAGATTTGTGTTTGTGTCTTGTAATCTTGGTCCATCAAAAATTTCTTCCT
TTTCAGGGTGTTGTAGTTGGTTCTTTTTTCATTCTCGCTCTACTTGGATCCAATATTTCT
ATACCTGGAGTTCAACACTTGTTTTAGCAGATTATCTTTTAATGGTGGTGGTCGCTTTGT
TTGCTTGCTATTCGGTTCTTCTTCCGTGAGTGGCTCCAGAAAGTTTCGGTTGGCAAGACC
TTGTCTTTGTATTGGTTTGGCTGAGCTTCTGTGAAGGAAAAATGGACGTTTATGATTGTG
TCACATCCTTATCCGAAGGTTGTTTGGATCCTGAAGCGATCCCTCTTATCGGGCTGTGAA
GTCTCTGGTTCTCGGTTTTTAGATGTTATTGTTGAGCGGGCGTAAGCGGCAGCAATAAGT
CGTG*TGTCTTTGGGT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1DI90JQ 702 0 0
TTTCAAAGATTTGTGTTTGTGTCTTGTAATCTTGGTCCATCAAAAATTTCTTCCTTTTCA
GGGTGTTGTAGTTGGTTCTTTTTTCATTCTCGCTCTACTTGGATCCAATATTTCTATACC
TGGAGTTCAACACTTGTTTTAGCAGATTATCTTTTAATGGTGGTGGTCGCTTTGTTTGCT
TGCTATTCGGTTCTTCTTCCGTGAGTGGCTCCAGAAAGTTTCGGTTGGCAAGACCTTGTC
TTTGTATTGGTTTGGCTGAGCTTCTGTGAAGGAAAAATGGACGTTTATGATTGTGTCACA
TCCTTATCCGAAGGTTGTTTGGATCCTGAAGCGATCCCTCTTATCGGGCTGTGAAGTCTC
TGGTTCTCGGTTTTTAGATGTTATTGTTGAGCGGGCGTAAGCGGCAGCAATAAGTCGTGG
TGTCTTTGGGTTTTAGAGGTGGAGGTTATCATGTAGCGTGCCCGGGGCAGCAATGGTAAA
TTCCGATCATTAGCTTCAACTTAGTTCTTAAGTTTGCCAATTTGCTTTGTGTTGTGCTCA
GCGTAGTTGTTAATTGCCCAACTGGTGTTGCGGTTCGTTTAGTTACTATGTTTTGTTGAT
GTAAGTTATCCGATGTGGGTTCTAGTTGCTGCCTTCATGTGGCCTTTTGTTGCTGGAATT
AGTCAGTTTTTGTATTAAAACTTGTATTTCAGTTTGGAATGG

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 4

CO CL2353Contig1 746 4 6 U
GGTCAAAAAAAAGTAACTTCAATCATTTTTCTGTTACATTTGAGAGAAATCAAAACTAAG
AATTCAAATAAATAAACAAAGAAATAAATGTTCTTTTTGACATTTTCCTTTTGACATCCA
TTCAAGTGATATTAAACTAAGAACAATATCAGACAACTGAATTGCTTCCGGTAAATAAAA
AAAAAA**TTGGAAGACTAATTTTTTTAGTAAATCAAAAACCGGTCCGTATTCAAGCCTC
CAAAAAACCGGTTAATCTGAGAACCGAATTGCGAACCCGGCTCAGATCTCGGCCTTTAAG
AGTCCTTCCGTAGCCTGTGCAAACGGAAAACGCCATTTGACCTCTTTCTATCCTCCGTCC
AACGATCAGATGCGGCGGAACCATTCTCCATCCTCCGTCTTCCGAATATTCCTCCTCCTC
GGAATACTTCCTTCCCGGAATATTCACCGGAAGCGACGATGAGAAAGCCGCCGGTGAAGA
AGGCAACGGCGTCGTTTTACTCAGCCTCGATGTGTTTCTCATTCTGCCTTCGGAGTTTTC
TCGGAAATTAACCGGACGATTCTCTTTCTCGATCACGTCCTCGCGCCGGCGAATCGGGAA
GAAGCTGTCGGAGAAAATGATCTCAGATTCGTCGAACTCTTCCGACATTTTCAGAAACTC
AGGGACCTTTTAGGTTGTGTAATAAGAAAAAAAAGGTTTTAGGTTTTGTAGGAAATGTGA
AATTAGATTAGATTAGAGAACAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1H347JQ U 1
AF RR1DV59JQ U 74
AF RR1DV59TF C 114
AF RR1H347TF C 230
BS 1 186 RR1H347JQ
BS 187 188 RR1DV59JQ
BS 189 563 RR1H347JQ
BS 564 693 RR1DV59JQ
BS 694 694 RR1H347TF
BS 695 746 RR1DV59TF

RD RR1H347JQ 563 0 0
GGTCAAAAAAAAGTAACTTCAATCATTTTTCTGTTACATTTGAGAGAAATCAAAACTAAG
AATTCAAATAAATAAACAAAGAAATAAATGTTCTTTTTGACATTTTCCTTTTGACATCCA
TTCAAGTGATATTAAACTAAGAACAATATCAGACAACTGAATTGCTTCCGGTAAATAAAA
AAAAAAAATTGGAAGACTAATTTTTTTAGTAAATCAAAAACCGGTCCGTATTCAAGCCTC
CAAAAAACCGGTTAATCTGAGAACCGAATTGCGAACCCGGCTCAGATCTCGGCCTTTAAG
AGTCCTTCCGTAGCCTGTGCAAACGGAAAACGCCATTTGACCTCTTTCTATCCTCCGTCC
AACGATCAGATGCGGCGGAACCATTCTCCATCCTCCGTCTTCCGAATATTCCTCCTCCTC
GGAATACTTCCTTCCCGGAATATTCACCGGAAGCGACGATGAGAAAGCCGCCGGTGAAGA
AGGCAACGGCGTCGTTTTACTCAGCCTCGATGTGTTTCTCATTCTGCCTTCGGAGTTTTC
TCGGAAATTAACCGGACGATTCT

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1DV59JQ 620 0 0
AAACAAAGAAATAAATGTTCTTTTTGACATTTTCCTTTTGACATCCATTCAAGTGATATT
AAACTAAGAACAATATCAGACAACTGAATTGCTTCCGGTAAATAAAAAAAAAA**TTGGA
AGACTAATTTTTTTAGTAAATCAAAAACCGGTCCGTATTCAAGCCTCCAAAAAACCGGTT
AATCTGAGAACCGAATTGCGAACCCGGCTCAGATCTCGGCCTTTAAGAGTCCTTCCGTAG
CCTGTGCAAACGGAAAACGCCATTTGACCTCTTTCTATCCTCCGTCCAACGATCAGATGC
GGCGGAACCATTCTCCATCCTCCGTCTTCCGAATATTCCTCCTCCTCGGAATACTTCCTT
CCCGGAATATTCACCGGAAGCGACGATGAGAAAGCCGCCGGTGAAGAAGGCAACGGCGTC
GTTTTACTCAGCCTCGATGTGTTTCTCATTCTGCCTTCGGAGTTTTCTCGGAAATTAACC
GGACGATTCTCTTTCTCGATCACGTCCTCGCGCCGGCGAATCGGGAAGAAGCTGTCGGAG
AAAATGATCTCAGATTCGTCGAACTCTTCCGACATTTTCAGAAACTCAGGGACCTTTTAG
GTTGTGTAATAAGAAAAAAA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1DV59TF 633 0 0
ACATCCATTCAAGTGATATTAAACTAAGAACAATATCAGACAACTGAATTGCTTCCGGTA
AATAAAAAAAAAA**TTGGAAGACTAATTTTTTTAGTAAATCAAAAACCGGTCCGTATTC
AAGCCTCCAAAAAACCGGTTAATCTGAGAACCGAATTGCGAACCCGGCTCAGATCTCGGC
CTTTAAGAGTCCTTCCGTAGCCTGTGCAAACGGAAAACGCCATTTGACCTCTTTCTATCC
TCCGTCCAACGATCAGATGCGGCGGAACCATTCTCCATCCTCCGTCTTCCGAATATTCCT
CCTCCTCGGAATACTTCCTTCCCGGAATATTCACCGGAAGCGACGATGAGAAAGCCGCCG
GTGAAGAAGGCAACGGCGTCGTTTTACTCAGCCTCGATGTGTTTCTCATTCTGCCTTCGG
AGTTTTCTCGGAAATTAACCGGACGATTCTCTTTCTCGATCACGTCCTCGCGCCGGCGAA
TCGGGAAGAAGCTGTCGGAGAAAATGATCTCAGATTCGTCGAACTCTTCCGACATTTTCA
GAAACTCAGGGACCTTTTAGGTTGTGTAATAAGAAAAAAA*GGTTTTAGGTTTTGTAGGA
AATGTGAAATTAGATTAGATTAGAGAACAGTCC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1H347TF 517 0 0
ATTCAAGCCTCCAAAAAACCGGTTAATCTGAGAACCGAATTGCGAACCCGGCTCAGATCT
CGGCCTTTAAGAGTCCTTCCGTAGCCTGTGCAAACGGAAAACGCCATTTGACCTCTTTCT
ATCCTCCGTCCAACGATCAGATGCGGCGGAACCATTCTCCATCCTCCGTCTTCCGAATAT
TCCTCCTCCTCGGAATACTTCCTTCCCGGAATATTCACCGGAAGCGACGATGAGAAAGCC
GCCGGTGAAGAAGGCAACGGCGTCGTTTTACTCAGCCTCGATGTGTTTCTCATTCTGCCT
TCGGAGTTTTCTCGGAAATTAACCGGACGATTCTCTTTCTCGATCACGTCCTCGCGCCGG
CGAATCGGGAAGAAGCTGTCGGAGAAAATGATCTCAGATTCGTCGAACTCTTCCGACATT
TTCAGAAACTCAGGGACCTTTTAGGTTGTGTAATAAGAAAAAAAAGGTTTTAGGTTTTGT
AGGAAATGTGAAATTAGATTAGATTAGAGAACAGTCC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 3

CO CL2354Contig1 752 3 16 U
GGAGGACAGAACACAGAAGAGGGTGGAGAAAAATAACGATGGCGACGAGGGTGAAAGCGA
TGGGGAGTTTGCCAAAACTGATACAAAGCATGAGGAAAGAAGCTCCAAAGCATTGCAATC
CAGTTTTGCCGTCTCTGAGACGAGCGTTCTCCCTCTACGACCAGATCAATCCCATTGACA
ATGTCCCCGAAGACCAACTCCGCTTCCAAGAGTTTAACGAGACGAGTTTCACGGTCAATG
GAGTCAAATACGAAGGTAGCTTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTTATGTCTTGGACCCCTC
GTCAATTCTCCGACATCACTCCTGATAGCTTGTCTATCTTCCAGACAATTCGACCAATTC
CAGAGCTCTTAATTGTTGGTTGTGGAAGAAACATTCACCCGGTAACTCCCGAGCTCCGTC
AGTTTGTCAAGTCTATTGGGATGAAGCTAGAAACCGTTGATTCTAGAAATGCTGCATCAA
CTTACAACATTCTGAATGAAGAAGGAAGGGTCGTTGCTGCTGCATTGCTTCCCTATGGTG
TTACATCTTAAGAAAAAAAACTAGCAATTCGAGCTCCATCTGTATAACTGTTTATGAATG
TCATGTCCAGACTTCATCTCTTGTGAACATAAACCGAAACCTATCGGCTTTTTATCTTGC
TTCTCGAGCTTATTAATAACAGACGCTGTAGCAAATGTGATACCTTGTCATTACATCTCT
CACCTTTCAATATATTATCCATAATTTTAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV04TF U 12
AF RR1H844TF U 1
AF RR1H844JQ C 366
BS 1 44 RR1H844TF
BS 45 45 RR1DV04TF
BS 46 145 RR1H844TF
BS 146 146 RR1DV04TF
BS 147 196 RR1H844TF
BS 197 197 RR1DV04TF
BS 198 217 RR1H844TF
BS 218 218 RR1DV04TF
BS 219 235 RR1H844TF
BS 236 236 RR1DV04TF
BS 237 355 RR1H844TF
BS 356 356 RR1DV04TF
BS 357 676 RR1H844TF
BS 677 677 RR1H844JQ
BS 678 692 RR1H844TF
BS 693 752 RR1H844JQ

RD RR1DV04TF 545 0 0
GGAGGCAAGAGGGT
GAGAAAAATAACGATGGCGACGAGGGTGAAAGCGATGGGGAGTTTGCCAAAATTGATACA
AAGCATGAGGAAAGAAGCTCCAAAGCATTGCAATCCAGTTTTGCCGTCTCTGAGACGAGC
GTTCTCCCTCTACGACCAGATCAATCTCATTGACAATGTCCCCGAAGACCAACTCCGCTT
CCAAGAGTTTAACGAGACGAGTTTCACGGTCAATGGAGTCAAATACGAAGGTAGCTTGCT
CTGTGTTGGGAACTTGCTTATGTCTTGGACCCCTCGTCAATTCTCCGACATCACTCCTGA
TAGCTTGTCTATCTTCCAGACAATTCGACCAATTCCAGAGCTCTTAATTGTTGATTGTGG
AAGAAACATTCACCCGGTAACTCCCGAGCTCCGTCAGTTTGTCAAGTCTATCGGGATGAA
GCTAGAAACCGTTGATTCTAGAAATGCTGCATCAACTTACAACATTCTGAATGAAGAAGG
AAGGGTCGTTGCTGCTGCATTACTTCCGTATGGTGTTACATCTTAAGAAAA

QA 15 545 15 545
DS 

RD RR1H844TF 692 0 0
GGAGGACAGAACACAGAAGAGGGTGGAGAAAAATAACGATGGCGGCGAGGGTGAAAGCGA
TGGGGAGTTTGCCAAAACTGATACAAAGCATGAGGAAAGAAGCTCCAAAGCATTGCAATC
CAGTTTTGCCGTCTCTGAGACGAGCTTTCTCCCTCTACGACCAGATCAATCCCATTGACA
ATGTCCCCGAAGACCAGCTCCGCTTCCAAGAGTTTAATGAGACGAGTTTCACGGTGAATG
GAGTCAAATACGAAGGTAGCTTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTTATGTCTTGGACCCCTC
GTCAATTCTCCGACATCACTCCTGATAGCTTGTCTATCTTCCAGACAATTCGACCCATTC
CAGAGCTCTTAATTGTTGGTTGTGGAAGAAACATTCACCCGGTAACTCCCGAGCTCCGTC
AGTTTGTCAAGTCTATTGGGATGAAGCTAGAAACCGTTGATTCTAGAAATGCTGCATCAA
CTTACAACATTCTGAATGAAGAAGGAAGGGTCGTTGCTGCTGCATTGCTTCCCTATGGTG
TTACATCTTAAGAAAAAAAACTAGCAATTCGAGCTCCATCTGTATAACTGTTTATGAATG
TCATGTCCAGACTTCATCTCTTGTGAACATAAACCGAAACCTATCGGCTTTTTATCTTGC
TTCTCGAGCTTATTAA*AACAGACGCTGTAGC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1H844JQ 387 0 0
TTT
TTAATTGTTGGTTGTGGAAGAAACATTCACCCGGTAACTCCCGAGCTCCGTCAGTTTGTC
AAGTTTATTGGGATGAAGCTAGAAACCGTTGATTCTAGAAATGCTGCATCAACTTACAAC
ATTCTGAATGAAGAAGGAAGGGTCGTTGCTGCTGCATTGCTTCCCTATGGTGTTACATCT
TAAGAAAAAAAACTAGCAATTCGAGCTCCATCTGTATAACTGTTTATGAATGTCATGTCC
AGACTTCATCTCTTGTGAACATAAACCGAAACCTATCGGCTTTTTATCTTGCTTCTCGAG
CTTATTAATAACAGACGCTGTAGCAAATGTGATACCTTGTCATTACATCTCTCACCTTTC
AATATATTATCCATAATTTTAACT

QA 4 387 4 387
DS 



AS 1 4

CO CL2355Contig1 1645 4 40 U
GGGCCGCTCTCACCACCAAACATCTCTCTAAAACTATTTCTCTCTCTACAGTGAGTCAAA
GGGAGGAGGACGATGATGAAGGCTTCCGTCAAAGGCAAGTACGATGGCGATAAGAGCACT
GGAGTAGGCTCAGTGGCCTTCAACGCCGGCGATATAAAGCTACGCGCCACCATGACCGAT
GCAACCTTCGTCGCTGGTCCTACCTTGAACGGCCTCTCTCTGGCCGTGGAGAAGCCTGGT
TTCTTCATCGTCGAGTATAACGTCCCTAAGAAAGATGTTAGGTTTCAGTTCATGAACACG
GTGAGGGTTGCTGAGAAGCCATTGAATCTGACTTACATTCATAGCAGAGCTGATAACAGA
ACAATCGTGGACGGGAACCTTGTGGTTGATCCTGCGAACAAAGTCTCTGCTAATTACATG
GTGGGAACAAACAACTGTAAGCTTAAGTACACTTATGCGCACGGAAGGGTTGCTACGTTC
GAGCCTTGCTACGACTTTGCCAAGAATGCTTGGGATTTTGCGGTTTCTAGGAGAGTTTAT
GGAGATGATGTTGTCAAGGCCACTTATCAAACGTCTACTAAGTTGCTTGGTGTGGAATGG
TCAAGGAACTCCAAATCCACTGGATCTTTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATTTGGCGGAG
GAAGTGAAAACGCCGAAATTGATAGCAGAAACAACTTGGAACCTTGAAATCTAATGCCCT
TTACGATTATTCAAGTTTCCACCTGAATTGTTCGCTTGTTACCAACGATTTTAATTGCAC
CTTTTAGCCAACCTTTTTTGGTCAACATGACAACGCCCTCATGTGTCTGGTAATTTTGTC
TCTCTCATGAAAAATAATTTGTTGCAAGGGAAAAATGTACCCCTAAACCTCTTTTGAATG
CGTAATAAAAATCTGCAAATGGTTCTTAAAAATCCTCATTCCATGCCCAATCTTTTTTCT
CAATATCAAATTAACCTAAAGGGATGGACATGAATTTGTAAAAAACACTTAAGACATCAA
AATATGAAACGAATGTAAATCGTTTTCAAAACACAGCATAGGGCAAAAGCTTAGGATATG
AGACTCTTCGGCTTTATAATCAAGTCCACCTCACAGCTCGTAATGAATCAGACAGGAACA
GGTAGGCCTTTATTCGCCATCCCATCCAGAATGTCGTTGAAAGCTTGGCATAATCCAGAT
ATCTGATGGTCCCATTGCTGTAGTTCCTCAATGTCATCTTCAAAATGTATCACAGCCTCT
TCCTGATCGATGGAACCTCTCATTCTGTCTTGGCCAATCATATTAGATGCTATCTTCTCC
GCCTTAGTTGGGTCGATTCCCAGTAGAGTTCCCAACTCATCAAACCTTATGTTAGTGTAA
AGTTTGCTTGCACTCAGAAGGTTATGCTCAATCATGGCACGGTCAAGAACAGTGGATTTG
TCAGGCAAAGTTGCTTTCTGATGTGGCCTTAATTCTTCCGCAAAAGCATCAATCTCTGGT
TTCCTTAAAATCCTTTCCAGATAAACCTTCTGCAGGATGGGATAGATCTTAAGCTTGGAG
CAGCGTTCATCTTTATATAAAGTTGCAAGAACACGAGAACGCTGAGGACCAGCTCCAGCT
AATATGGTACATGTCACAGCAGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E188TF U 1
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GGGAGGA***CGATGATGAAGGCTTCCGTCAAAGGCAAGTACGATGGCGATAAGAGCACT
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DS 

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GG
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CGGGAACCTTGTGGTTGATCCTGCGAACAAAGTCTCTGCTAATTACATGGTGGGAACAAA
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CGACTTTGCCAAGAATGCTTGGGATTTTGCGGTTTCTAGGAGAGTTTATGGAGATGATGT
TGTCAAGGCCACTTATCAAACGTCTACTAAGTTGCTTGGTGTGGAATGGTCAAGGAACTC
CAAATCCACTGGATCTTTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATTTGGCGGAGGAAGTGAAA*C
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CAAGTTTC

QA 3 730 3 730
DS 

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AACGGCCTCTCTCTGGCCGTGGAGAAGCCTGGTTTCTTCATCGTCGAGTATAACGTCCCT
AAGAAAGATGTTAGGTTTCAGTTCATGAACACGGTGAGGGTTGCTGAGAAGCCATTGAAT
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TACACTTATGCGCACGGAAGGGTTGCTACGTTCGAGCCTTGCTACGACTTTGCCAAGAAT
GCTTGGGATTTTGCGGTTTCTAGGAGAGTTTATGGAGATGATGTTGTCAAGGCCACTTAT
CAAACGTCTACTAAGTTGCTTGGTGTGGAATGGTCAAGGAACTCCAAATCCACTGGATCT
TTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATTTGGCGGAGGAAGTGAAAACGCCGAAATTGATAGCA
GAAACAACTTGGAACCTTGAAATCTAATGCCCTTTACGATTATTCAAGTTTCCACCTGAA
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TGACAACGCCCTCATGTGTCTGGTAATTTTGTCTCTCTCATGAAAAATAATTTGTTGCAA
GGGAAAAATGTACCCCTAAACCTCTTTTGAATGCGTAATAAAAATCTGCAAATGGTTCTT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1E450JQ 782 0 0
GCAAGGGAAAAATGTACCCCTAAACCTCTTTTGAATGCGTAATAAAAATCTGCAAATGGT
TCTTAAAAATCCTCATTCCATGCCCAATCTTTTTTCTCAATATCAAATTAACCTAAAGGG
ATGGACATGAATTTGTAAAAAACACTTAAGACATCAAAATATGAAACGAATGTAAATCGT
TTTCAAAACACAGCATAGGGCAAAAGCTTAGGATATGAGACTCTTCGGCTTTATAATCAA
GTCCACCTCACAGCTCGTAATGAATCAGACAGGAACAGGTAGGCCTTTATTCGCCATCCC
ATCCAGAATGTCGTTGAAAGCTTGGCATAATCCAGATATCTGATGGTCCCATTGCTGTAG
TTCCTCAATGTCATCTTCAAAATGTATCACAGCCTCTTCCTGATCGATGGAACCTCTCAT
TCTGTCTTGGCCAATCATATTAGATGCTATCTTCTCCGCCTTAGTTGGGTCGATTCCCAG
TAGAGTTCCCAACTCATCAAACCTTATGTTAGTGTAAAGTTTGCTTGCACTCAGAAGGTT
ATGCTCAATCATGGCACGGTCAAGAACAGTGGATTTGTCAGGCAAAGTTGCTTTCTGATG
TGGCCTTAATTCTTCCGCAAAAGCATCAATCTCTGGTTTCCTTAAAATCCTTTCCAGATA
AACCTTCTGCAGGATGGGATAGATCTTAAGCTTGGAGCAGCGTTCATCTTTATATAAAGT
TGCAAGAACACGAGAACGCTGAGGACCAGCTCCAGCTAATATGGTACATGTCACAGCAGC
AG

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 3

CO CL2356Contig1 1264 3 4 U
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AAAACCATTGGGAATCAAACTTCATCTAGAGAAAATATATTTCTTGTGTGATAAAAGACA
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TTTTTTTCTCAAGTGGAGCTTTCAGTCTTCTGTTTCTTGGCCTTCTCAATCAGAGGTTTC
AACTGTTTCTTCTCCGCAAGAAGTTTGAGGAAATTGAACAAAAACGGAATGTAGTTGTGC
TTCCTCCTAATATTCTCCGTCTTCCATTTCATGAACTTCTCCTCCTCCATCACAATCTTA
TCACTCACAGCTTCGATCCCGCTCCTCACTTCACCGATCAACACCTCAAGCTCCCCCGCA
CGGCTCTTCTCCACACCAGCCAACTCCTGCACCATCTGCTCCCTCTGCCTCTGAAGCTCC
TTGAGCTACGCCGTGTAAATATCCTTCCTGTTTTTAATCACAGCCAAAAGATTGAACCTA
ATCTCGCTCTGCGAGTACCTCTCGATCCTCTCTCGGATCACCGGCTGAACCAGCTCCAGC
CACTCGATACCGCTTTGGTCCCCGGGGCACGGACCAAGGCTGATGGGTCCTTCCTTGAGG
CCGTCGAGCTCGTACAAGACTCCATCCACAGGTATGTAGCTAATGAAATGGTAGACGTCG
TCGTCTTTCGTAGCAGCTTTCTGTTCCTCGGGGACAAATGGCTCAG*CCTTGCGAAAGAG
TTGTGAGCTGTCCTTATCGCCTCGCTGTTGTTGATGGCCAAGCCCTTGAGGTCAGATGGG
AAGTTCTTGGTGAACTCTTTCAGTGTCGAGAGCTCAGGACCGATGTCGACGTCGGGAGAG
TTCAAGAGGATAGACAAGATCGCTTGGGTTGCACAAGCATTGTTAATGACCTGGTTTGCA
AAAAAGAGGTTAGAAACTGGATCTTGGATTGTTGGGCGATCATCTTTTACGCCAGCTTGC
CATTTGAAAAGAAAGATCAGACCGTACACGGGTCTGAGGTTATTGAGAGAATCAAGATCA
AGGGAGTACAGCTCTTCAACCTGGACACCTTTGACTTGCATTTGTTGAATAAGCTCAGTA
AACACACCAGGATCCGACTCGATCGTGCACCAAGACATGATGAAACGAGCTAGAGAGAGG
AAAAGCGAACGAACGCAGGTAGAGAGACGGACTTAGGATGCTCGATCGAATCCGATTTGG
GAAT


BQ
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10 10 10 

AF RR1EP28JQ U 1
AF RR1CL21JQ U 16
AF RR1EP28TF C 666
BS 1 573 RR1EP28JQ
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BS 575 816 RR1EP28JQ
BS 817 1264 RR1EP28TF

RD RR1EP28JQ 816 0 0
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CACTCGATACCGCTTTGGTCCCCGGGGCACGGACCAAGGCTGATGGGTCCTTCCTTGAGG
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TTGTGAGCTGTCCTTATCGCCTCGCTGTTGTTGATG

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DS 

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GTATCAAATGCCCTCTTGGAAAGACCGACACAAAACAGGTTCTGTTTTTTTTCTCAAGTG
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TCCGTCTTCCATTTCATGAACTTCTCCTCCTCCATCACAATCTTATCACTCACAGCTTCG
ATCCCGCTCCTCACTTCACCGATCAACACCTCAAGCTCCCCCGCACGGCTCTTCTCCACA
CCAGCCAACTCCTGCACCATCTGCTCCCTCTGCCTCTGAAGCTCCTTGAGCTCCGCCGTG
TAAATATCCTTCCTGTTTTTAATCACAGCCAAAAGATTGAACCTAATCTCGCTCTGCGAG
TACCTCTCGATCCTCTCTCGGATCACCGGCTGAACCAGCTCCAGCCACTCGATACCGCTT
TGGTCCCCGGGGCACGGACCAAGGCTGATGGGTCCTTCCTTGAGGCCGTCGAGCTCGTAC
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ATCGC*TCGCTGTTGTTGATG
GC

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DS 

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QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR1BV23JQ C 1
AF RR1EF55JQ C 1
AF RR1EF55TF U 1
AF RR1BV23TF U 1
BS 1 103 RR1EF55TF
BS 104 106 RR1BV23TF
BS 107 512 RR1EF55TF
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BS 533 582 RR1EF55TF
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CGTTTTGGCTTTGTACCAATAAAGGGGTTAGTTTCCATTCCCTGT*ATGGTAGATAAAAG
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C

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1EF55TF 583 0 0
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GGTTCAGTAGTTGATGTATGTTTGTCATTATTGTTATTGGTTCATGTTTCTTAGTTCTTT
CCCAACTATGAAACATTGCTTTGTGTGATTCTCATGTAATATTTATGTCTTGATGGCATC
AGTACCCTTTATTAAGTGAAGAGAGGATCAGAGAATAATCTTGGATTGGAGTAGAGATAA
AGAGTGTTTTTTGTTGATTGTCATTAATAATAAATGTCACAC
C

QA 1 582 1 582
DS 

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CGTTTTGGCTTTGTACCAATAAAGGGGTTAGTTTCCATTCCCTACGATGGTAGATAAAAG
TCAAGTCATCAGCCTCTGTCGTTCCCTGCTTCGAGCGGGGCGTCAGTACCCTGACTACAA
CATCAGGCAGTACGCTAAGCGAAGGACCTTGGATGGCTTCCGCATGAACAAGAATCTCAC
TGACCATTCTAAGGTGGAGGAGGCTTATAATGAAGGTAAGGCGCAGCTGGAGGTTGTAGA
GAGGGTGGTCAAGGTTTACATGGCGTATCCTCCAAAGACCAAGAACATCATGGAACTCAA
GGTTCAGTAGTTGATGTATGTTTGTCATTATTGTTATTGGTTCATGTTTCTTAGTTCTTT
CCCAACT*TGAAACATTGCTTTGTGTGATTCTCATGTAATATTTATGTCTTGATGGCATC
AGTACCCTTTATTAAGTGAAGAGAGGATCAGAAAATAATCTTGGATTGGAGCAGAGATAA
AGAGTGTTTTTTGTTGATTGTCATTAATAATAAATGTCACAC
TATTTTGC

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 4

CO CL2358Contig1 967 4 11 U
GCAAACTGAACACATAATATATATACTTTATTTAAGGGTTCTCACAACAGAAGAGAAAAA
CGAAAAGCACAAACGTGGAATCAGTAGATATACCGAGACCATTCACACCAGAGCCGGCAA
AGTTAACTAGATAAAGAAACTTATAAGTTTATCTGACGTCGTTGGGGATTACAAATACTT
AACGAGCAGCCATATTACAACAGCAAGACCAACGATTCCAAGCACTGACAAGAGCATTGA
CATGCAAGAACAGCCACTCCTCATATTCTTGTTCATGACAGCAAGG*TTCTTTTGCACTC
TCCGTAAGCGAGAGTCAGTAACATCCACATGGTAGTCTAAGTCATCGATAAGCCTTGTCT
GCAAACCAAGCTCCTCATTGACAGCTAAAGCAATATGTTTAGTACTCATAACTGTTTCAA
CCAACTTCTCAAGTCCTTCATCTTGTTCTCTCATAACCTGTCGTTGAAACCCAACAATCC
C*TTGGTTATCCATGCCAGCAACTCTACTCATAGTATCATCCGCCTTAATCTCTGACGAC
CCAAGCAAGCTGTCTCTATTAGCAAAGTTGGACATGTTCAAAGCATTCGCCATCTGATTC
GCCTGCGACCTCAAGTTCCCAATCATATCCTTGCGTCGGTTCATCTCCTTCTCTGAGATG
GGCTTTCCATGGATTTTGGCAAGAAGAGACTGGAGACTCTCTAAACGGGTTCCGAAAATT
GTGATCTTT*CTTCGTATAGCTGAATCGCGGCGCTGAGCGTCGGGCCCTGTTAAGGAAGA
TTTGTTCCTTTCGGATATCATTCCGTTTATGTCTTCAGCGAGTTTTAAAGCTTCGTTGTA
TTCTCTCATCCATGAATCCGACGAAGACGCCATTTCACCTGAGTACAAAGACCAAATTTG
AAGACAGTTATGAAAAAAGAGATCACCTTTTGGTAGTCGCAGAACCACCGTGAATCGGAG
GAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 

AF RR1GP10JQ U 1
AF RR1G974JQ U 8
AF RR1G974TF C 274
AF RR1GP10TF C 364
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BS 755 967 RR1G974TF

RD RR1GP10JQ 649 0 0
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CGAAAAGCACAAACGTGGAATCAGTAGATATACCGAGACCATTCACACCAGAGCCGGCAA
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GCAAACCAAGCTCCTCATTGACAGCTAAAGCAATATGTTTAGTACTCATGACTGTTTCCT
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C*TTGGTTATCCATGCCAGCAACTCTACTCATAGTATCATCCGCCTTAATCTCTGACGAC
CCAAGCAAGCTGTCTCTATTAGCAAAGTTGGACATGTTCAAAGCATTCGCCATCTGATTC
GCCTGCGACCTCAAGTTCCCAATCATATCCTTGCGTCGGTTCATCTCCT

QA 1 649 1 649
DS 

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GAACAGCCACTCCTCATATTCTTGTTCATGACAGCAAGG*TTCTTTTGCACTCTCCGTAA
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AAGCTCCTCATTGACAGCTAAAGCAATATGTTTAGTACTCATAACTGTTTCAACCAACTT
CTCAAGTCCTTCATCTTGTTCTCTCATAACCTGTCGTTGAAACCCAACAATCCCCTTGGT
TATCCATGCCAGCAACTCTACTCATAGTATCATCCGCCTTAATCTCTGATGACCCAAGCA
AGCTGTCTCTATTAGCAAAGTTGGACATGTTCAAAGCATTCGCCATCTGATTCGCCTGCG
ACCTCAAGTTCCCAATCATATCCTTGCGTCGGTTCATCTCCTTCTCTGAGATGGGCTTTC
CATGGATTTTGGCAAGAAGAGACTGGAGACTCTCTAAACGGGTTCCGAAAATTGTGATCT
TTTCTTCGTATAGCTGAATCGCGGCGC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1G974TF 694 0 0
CATGACAGCAAGGGTTCTTTTGCACTCTCCGTAAGCGAGAGTCAGTAACATCCACATGGT
AGTCTAAGTCATCGATAAGCCTTGTCTGCAAACCAAGCTCCTCATTGACAGCTAAAGCAA
TATGTTTAGTACTCATAACTGTTTCAACCAACTTCTCAAGTCCTTCATCTTGTTCTCTCA
TAACCTGTCGTTGAAACCCAACAATCCC*TTGGTTATCCATGCCAGCAACTCTACTCATA
GTATCATCCGCCTTAATCTCTGATGACCCAAGCAAGCTGTCTCTATTAGCAAAGTTGGAC
ATGTTCAAAGCATTCGCCATCTGATTCGCCTGCGACCTCAAGTTCCCAATCATATCCTTG
CGTCGGTTCATCTCCTTCTCTGAGATGGGCTTTCCATGGATTTTGGCAAGAAGAGACTGG
AGACTCTCTAAACGGGTTCCGAAAATTGTGATCTTT*CTTCGTATAGCTGAATCGCGGCG
CTGAGCGTCGGGCCCTGTTAAGGAAGATTTGTTCCTTTCGGATATCATTCCGTTTATGTC
TTCAGCGAGTTTTAAAGCTTCGTTGTATTCTCTCATCCATGAATCCGACGAAGACGCCAT
TTCACCTGAGTACAAAGACCAAATTTGAAGACAGTTATGAAAAAAGAGATCACCTTTTGG
TAGTCGCAGAACCACCGTGAATCGGAGGAAAAAA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1GP10TF 604 0 0
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ACTTCTCAAGTCCTTCATCTTGTTCTCTCATAACCTGTCGTTGAAACCCAACAATCCC*T
TGGTTATCCATGCCAGCAACTCTACTCATAGTATCATCCGCCTTAATCTCTGACGACCCA
AGCAAGCTGTCTCTATTAGCAAAGTTGGACATGTTCAAAGCATTCGCCATCTGATTCGCC
TGCGACCTCAAGTTCCCAATCATATCCTTGCGTCGGTTCATCTCCTTCTCTGAGATGGGC
TTTCCATGGATTTTGGCAAGAAGAGACTGGAGACTCTCTAAACGGGTTCCGAAAATTGTG
ATCTTT*CTTCGTATAGCTGAAGCGCGGCGCTGAGCGTCGGGCCCTGTTAAGGAAGATTT
GTTCCTTTCGGATATCATTCCGTTTATGTCTTCAGCGAGTTTTAAAGCTTCGTTGTATTC
TCTCATCCATGAATCCGACGAAGACGCCATTTCACCTGAGTACAAAGACCAAATTTGAAG
ACAGTTATGAACAAAGAGATCACCTTTTGGTAGTCGCAGAACCACCGTGAATCGGAGGAA
AAAA

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 4

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CTCTTTTTTTTATCCAAAAAGTCGGCAAATCATTGTTTTGTTTGATTGATTCTCTGGGAA
CTGATTGAGCAGAGGAGGGGAGATTAATGGGTGATCATCATCATCATCATCGCATCATCA
GAGTCTACTACTTAGCCTTTGCTATCTTACTTTTACTTTTAGGGGAGGGAAATGCATTTG
CAGCAGACAATCTTTCTAATCAGAAGCTGACCTCACCAATTCTCCAGGATGAGATTGTGA
AGCAAGTCAATGAGAATCCAAAGGCTGGATGGAAAGCTGCTTTTAATGATCGCTTTGCTA
ACTCCACCGTTGCAGAGTTTAAGCGCCTCCTCGGTGTTAAACCATCACCTAAGAACGCAT
TCTTAGGTGTACCTGTTGTAAGCCATCACATCTCCATCTCTCTCAAGCTTCCTAAACAAT
TTGACGCTAGAACCGCTTGGTCTCAGTGCTCCAGTATTGGAAGGATCCTAGATCAGGGTC
ACTGTGGTTCTTGCTGGGCATTTGGGGCTGTAGAATCATTGTCTGACAGGTTCTGCATCA
AATATAACATGAATATTTCTTTATCAGTCAATGATCTCTTAGCATGTTGTGGATTCCTTT
GCGGTCAAGGCTGTAATGGTGGCTACCCTATTTCCGCCTGGCGATACTTTAAGCACCACG
GTGTAGTCACCGAAGAGTGTGATCCATACTTTGACAATACTGGATGCTCACACCCGGGAT
GCGAACCCGCATACCCTACACCAAAATGTGTGAGGAAATGTGTTAGTGGAAACCAGCTTT
GGCGTGAATCAAAACACTATGGTGTTAGCGCCTACAAAGTCAGGCATGACCCTCAAGACA
TTATGGCTGAAGTTTACACAAACGGACCTGTTGAGGTTGCCTTTACCGTTTACGAGGACT
TTGCGCATTACAAATCTGGAGTGTACAAGCACATAACAGGTGCTAACATTGGAGGTCATG
CTGTCAAGCTTATTGGCTGGGGAACTTCTGATGATGGCGAAGACTAATGGTTGCTTGCAA
ATCAATGGAACCGAAGCTGGGGTGATGATGGTTACTTCAAGATCAAGAGAGGAACGAACG
AATGTGGAATCGAACACGGTGTTGTAGCCGGTTTGCCTTCAGACAGGAACGTCTTTAGAG
GTGTAAATACTTCCGATGATGTTCTAGTTTCCTCATTTTAAAACTACAAAATGAGAAAAC
AAAAGACGTGTCTCGACTCTCTCTCTCTCTCTCTGTAATATAATGTAATTTGCTTCTTGT
TTCCAGTGAAAAGAATCAAAAAGATTCTAATAAACCCAAACAAAAGTATATTAACTACAA
TTAATACCATTTAGCTTTTGTTCATGCTCAGTTTTACATATTAATTTATACTGTTTTCAT
TCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 

AF RR1A815TF U 1
AF RR1AS12TF U 72
AF RR1AS12JQ C 550
AF RR1A815JQ C 624
BS 1 666 RR1A815TF
BS 667 863 RR1AS12TF
BS 864 1066 RR1AS12JQ
BS 1067 1067 RR1A815JQ
BS 1068 1126 RR1AS12JQ
BS 1127 1127 RR1A815JQ
BS 1128 1406 RR1AS12JQ
BS 1407 1445 RR1A815JQ

RD RR1A815TF 666 0 0
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CTCTTTTTTTTATCCAAAAAGTCGGCAAATCATTGTTTTGTTTGATTGATTCTCTGGGAA
CTGATTGAGCAGAGGAGGGGAGATTAATGGGTGATCATCATCATCATCATCGCATCATCA
GAGTCTACTACTTAGCCTTTGCTATCTTACTTTTACTTTTAGGGGAGGGAAATGCATTTG
CAGCAGACAATCTTTCTAATCAGAAGCTGACCTCACCAATTCTCCAGGATGAGATTGTGA
AGCAAGTCAATGAGAATCCAAAGGCTGGATGGAAAGCTGCTTTTAATGATCGCTTTGCTA
ACTCCACCGTTGCAGAGTTTAAGCGCCTCCTCGGTGTTAAACCATCACCTAAGAACGCAT
TCTTAGGTGTACCTGTTGTAAGCCATCACATCTCCATCTCTCTCAAGCTTCCTAAACAAT
TTGACGCTAGAACCGCTTGGTCTCAGTGCTCCAGTATTGGAAGGATCCTAGATCAGGGTC
ACTGTGGTTCTTGCTGGGCATTTGGGGCTGTAGAATCATTGTCTGACAGGTTCTGCATCA
AATATAACATGAATATTTCTTTATCAGTCAATGATCTCTTAGCATGTTGTGGATTCCTTT
GCGGTC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1AS12TF 792 0 0
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GAGGAGGGGAGATTAATGGGTGATCATCATCATCATC***GCATCATCAGAGTCTACTAC
TTAGCCTTTGCTATCTTACTTTTACTTTTAGGGGAGGGAAATGCATTTGCAGCAGACAAT
CTTTCTAATCAGAAGCTGACCTCACCAATTCTCCAGGATGAGATTGTGAAGCAAGTCAAT
GAGAATCCAAAGGCTGGATGGAAAGCTGCTTTTAATGATCGCTTTGCTAACTCCACCGTT
GCAGAGTTTAAGCGCCTCCTCGGTGTTAAACCATCACCTAAGAACGCATTCTTAGGTGTA
CCTGTTGTAAGCCATCACATCTCCATCTCTCTCAAGCTTCCTAAACAATTTGACGCTAGA
ACCGCTTGGTCTCAGTGCTCCAGTATTGGAAGGATCCTAGATCAGGGTCACTGTGGTTCT
TGCTGGGCATTTGGGGCTGTAGAATCATTGTCTGACAGGTTCTGCATCAAATATAACATG
AATATTTCTTTATCAGTCAATGATCTCTTAGCATGTTGTGGATTCCTTTGCGGTCAAGGC
TGTAATGGTGGCTACCCTATTTCCGCCTGGCGATACTTTAAGCACCACGGTGTAGTCACC
GAAGAGTGTGATCCATACTTTGACAATACTGGATGCTCACACCCGGGATGCGAACCCGCA
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AAACACTATGGT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1AS12JQ 857 0 0
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TGAATATTTCTTTATCAGTCAATGATCTCTTAGCATGTTGTGGATTCCTTTGCGGTCAAG
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CCGAAGAGTGTGATCCATACTTTGACAATACTGGATGCTCACACCCGGGATGCGAACCCG
CATACCCTACACCAAAATGTGTGAGGAAATGTGTTAGTGGAAACCAGCTTTGGCGTGAAT
CAAAACACTATGGTGTTAGCGCCTACAAAGTCAGGCATGACCCTCAAGACATTATGGCTG
AAGTTTACACAAACGGACCTGTTGAGGTTGCCTTTACCGTTTACGAGGACTTTGCGCATT
ACAAATCTGGAGTGTACAAGCACATAACAGGTGCTAACATTGGAGGTCATGCTGTCAAGC
TTATTGGCTGGGGAACTTCTGATGATGGCGAAGACTATTGGTTGCTTGCAAATCAATGGA
ACCGAAGCTGGGGTGATGATGGTTACTTCAAGATCAATAGAGGAACGAACGAATGTGGAA
TCGAACACGGTGTTGTAGCCGGTTTGCCTTCAGACAGGAACGTCTTTAGAGGTGTAAATA
CTTCCGATGATGTTCTAGTTTCCTCATTTTAAAACTACAAAATGAGAAAACAAAAGACGT
GTCTCGACTCTCTCTCTCTCTCTCTGTAATATAATGTAATTTGCTTCTTGTTTCCAGTGA
AAAGAATCAAAAAGATTCTAATAAACCCAAACAAAAGTATATTAACTACAATTAATACCA
TTTAGCTTTTGTTCATG

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR1A815JQ 822 0 0
TCAGTCAATGATCTCTTAGCATGTTGTGGATTCCTTTGCGGTCAAGGCTGTAATGGTGGC
TACCCTATTTCCGCCTGGCGATACTTTAAGCACCACGGTGTAGTCACCGAAGAGTGTGAT
CCATACTTTGACAATACTGGATGCTCACACCCGGGATGCGAACCCGCATACCCTACACCA
AAATGTGTGAGGAAATGTGTTAGTGGAAACCAGCTTTGGCGTGAATCAAAACACTATGGT
GTTAGCGCCTACAAAGTCAGGCATGACCCTCAAGACATTATGGCTGAAGTTTACACAAAC
GGACCTGTTGAGGTTGCCTTTACCGTTTACGAGGACTTTGCGCATTACAAATCTGGAGTG
TACAAGCACATAACAGGTGCTAACATTGGAGGTCATGCTGTCAAGCTTATTGGCTGGGGA
ACTTCTGATGATGGCGAAGACTAATGGTTGCTTGCAAATCAATGGAACCGAAGCTGGGGT
GATGATGGTTACTTCAAGATCAAGAGAGGAACGAACGAATGTGGAATCGAACACGGTGTT
GTAGCCGGTTTGCCTTCAGACAGGAACGTCTTTAGAGGTGTAAATACTTCCGATGATGTT
CTAGTTTCCTCATTTTAAAACTACAAA*TGAGAAAACAAAAGACGTGTCTCGACTCTCTC
TCTCTCTCTCTGTAATATAATGTAATTTGCTTCTTGTTTCCAGTGAAAAGAATCAAAAAG
ATTCTAATAAACCCAAACAAAAGTATATTAACTACAATTAATACCATTTAGCTTTTGTTC
ATGCTCAGTTTTACATATTAATTTATACTGTTTTCATTCTGC

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 4

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GCTGCAGAGAACAAACAAAAGAAAGAAACTAAATAAGAAGAAGAATTCAAATGGCAGCAA
GAAGTTCTTCTATCCGCTTTGCCTTCGCCTGCATTGTCTTGGCCGTGTTGGTCATGACAG
CCGAGTCGCACGCCGGACACCACCATGGTCCGGCTATGGCCCCTGGTATGGCTCCGATGC
CACATCACGATGCTCCGGCCCCGGCTCCAAGTGCTGCCACTTTCTCCGCATATCCTCAGC
TTATCGCTACCGCGTTGGTCGGAGCCCTGTCTTTCGTCTTCTAAGATGTGTTTCCATTCT
TACTACTGTTTTCTCTTTTCCTATAAATTTGTGTTGTTCCATGTGCTTCCTTGTTTCTTG
TTTCTTGATGAGAGATCGTGATGTTCTGTTGCTATTATTATAATAATAATAATTCCTACC
GTAAAGTA


BQ
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30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FV36JQ C 1
AF RR1FV36TF U 1
AF RR1AA50JQ C 52
AF RR1AA50TF U 52
BS 1 421 RR1FV36TF
BS 422 428 RR1AA50JQ

RD RR1FV36JQ 422 0 0
GCTGCAGAGAACAAACAAAAGAAAGAAACTAAATAAGAAGAAGAATTCAAATGGCAGCAA
GAAGTTCTTCTATCCGCTTTGCCTTCGCCTGCATTGTCTTGGCCGTGTTGGTCATGACAG
CCGAGTCGCACGCCGGACACCACCATGGTCCGGCTATGGCCCCTGGTATGGCTCCGATGC
CACATCACGATGCTCCGGCCCCGGCTCCAAGTGCTGCCACTTTCTCCGCATATCCTCAGC
TTATCGCTACCGCGTTGGTCGGAGCCCTGTCTTTCGTCTTCTAAGATGTGTTTCCATTCT
TACTACTGTTTTCTCTTTTCCTATAAATTTGTGTTGTTCCATGTGCTTCCTTGTTTCTTG
TTTCTTGATGAGAGATCGTGATGTTCTGTTGCTATTATTATAATAATAATAATTCCTACC
G
C

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1FV36TF 422 0 0
GCTGCAGAGAACAAACAAAAGAAAGAAACTAAATAAGAAGAAGAATTCAAATGGCAGCAA
GAAGTTCTTCTATCCGCTTTGCCTTCGCCTGCATTGTCTTGGCCGTGTTGGTCATGACAG
CCGAGTCGCACGCCGGACACCACCATGGTCCGGCTATGGCCCCTGGTATGGCTCCGATGC
CACATCACGATGCTCCGGCCCCGGCTCCAAGTGCTGCCACTTTCTCCGCATATCCTCAGC
TTATCGCTACCGCGTTGGTCGGAGCCCTGTCTTTCGTCTTCTAAGATGTGTTTCCATTCT
TACTACTGTTTTCTCTTTTCCTATAAATTTGTGTTGTTCCATGTGCTTCCTTGTTTCTTG
TTTCTTGATGAGAGATCGTGATGTTCTGTTGCTATTATTATAATAATAATAATTCCTACC
G
C

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1AA50JQ 377 0 0
G
GGCAGCAAGAAGTTCTTCTATCCGCTTTGCCTTCGCCTGCATTGTCTTGGCCGTGTTGGT
CATGACAGCCGAGTCGCACGCCGGACACCACCATGGTCCGGCTATGGCCCCTGGTATGGC
TCCGATGCCACATCACGATGCTCCGGCCCCGGCTCCAAGTGCTGCCACTTTCTCCGCATA
TCCTCAGCTTATCGCTACCGCGTTGGTCTGAGCCTTGTCTTTCGTCTTTTAAGATGTGTT
TCCATTCTTACTACTGTTTTCTCTTTTCCTATAAATTTGTGTTGTTCCATGTGCTTCCTT
GTTTCTTGTTTCTTGATGAGAGATCGTGATGTTCTGTTGCTATTATTATAATAATAATAA
TTCCTACCGTAAAGTA

QA 2 377 2 377
DS 

RD RR1AA50TF 377 0 0
G
GGCAGCAAGAAGTTCTTCTATCCGCTTTGCCTTCGCCTGCATTGTCTTGGCCGTGTTGGT
CATGACAGCCGAGTCGCACGCCGGACACCACCATGGTCCGGCTATGGCCCCTGGTATGGC
TCCGATGCCACATCACGATGCTCCGGCCCCGGCTCCAAGTGCTGCCACTTTCTCCGCATA
TCCTCAGCTTATCGCTACCGCGTTGGTCTGAGCCTTGTCTTTCGTCTTCTAAGATGTGTT
TCCATTCTTACTACTGTTTTCTCTTTTCCTATAAATTTGTGTTGTTCCATGTGCTTCCTT
GTTTCTTGTTTCTTGATGAGAGATCGTGATGTTCTGTTGCTATTATTATAATAATAATAA
TTCCTACCG
TAAAGTA

QA 2 370 2 370
DS 



AS 2 4

CO CL2361Contig1 581 2 1 U
GGCTAGAACATTCCGTCTCCCATCTTCTTTTGCCTAAGAGGAACAACCCCAGAGAATTCA
CACTCACCTCCGAGAGAAATGATGAAGCGTCTGGTGCCAACGTTCAACCGCATCCTGGTG
AAGAGAGTGATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGTATCCTCCTTCCAGAGAAAGCCTCC
TCTCTGAACTCGGGAAAGGTGATAGCAGTGGGACCTGGTTCAAGGGATAAGGACGGGAAT
TTGATTCCGGTCTCTGTCAAGGAAGGCGACGCCGTTCTTCTTCCAGAGTACGGTGGTACT
CAGGTCAAACTCGGCGATAACGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGGAACC
TTGCACGAGGATTGACAAAGACTAAACTCAACTACGAGCGTCCCTTTCGTCTTGTGGGTG
AAAAAAGAGTCATTTTTCTTTTTATCTTTTTATATGAGGTTGGACTTTGTTGATTATCAT
TGAAATTTAGACATCAATCTTAAACGATGCATCTTCTGATTCCAATCTTTTCTACTTATC
CCGGTGATCTGGTTTGATAAAATAAAAGCTCATTTCAGTAC


BQ
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AF RR1C245JQ C 1
AF RR1C245TF U 1
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DS 

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CACTCACCTCCGAGAGAAATGATGAAGCGTCTGGTGCCAACGTTCAACCGCATCCTGGTG
AAGAGAGTGATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGTATCCTCCTTCCAGAGAAAGCCTCC
TCTCTGAACTCGGGAAAGGTGATAGCAGTGGGACCTGGTTCAAGGGATAAGGACGGGAAT
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AAAAAAGAGTCATTTTTCTTTTTATCTTTTTATATGAGGTTGGACTTTGTTGATTATCAT
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CCGGTGATCTGGTTTGATAAAATAAAAGCTCATTTCAGTAC

QA 1 581 1 581
DS 



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TATATGAGGTTGGACTTTGTTGATTATCATTGAAATTTAGACATCAATCTTAAACGATGC
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CA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1AT46TF U 453
AF RR1DI05TF U 1
BS 1 722 RR1DI05TF

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T
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QA 2 221 2 221
DS 

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TATATGAGGTTGGACTTTGTTGATTATCATTGAAATTTAGACATCAATCTTAAACGATGC
ATCTTCTGATTCCAATCTTTTCTACTTATCCCGGTGATCTGGTTTGATAAAATAAAAGCT
CA

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 4

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GTATTGTTTGTGGGTTCAATAAATTTATTGGGCCAATACAAAAGCCCATTAATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK21JQ C 114
AF RR1A566JQ C 118
AF RR1CK21TF U 1
AF RR1A566TF U 39
BS 1 52 RR1CK21TF
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RD RR1CK21JQ 377 0 0
TTTT
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GAGCAATAACCTGTTGGGTTGGATTTTGTTGGGGGTGTTTGGTTTGATATGGGCTGTTTA
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CCCACTTTCTGTT

QA 5 377 5 377
DS 

RD RR1A566JQ 394 0 0
TATGAAGCCTTCAGTCACAGCTATTTCCACTGAGATTGTGTATGGTTTTCCAAGGATGAT
CAAGAGAAGCAGTGGAGTGAAATGCTCGATGGAGACAAAGCAGCCCAAGCAAGAAAAGAG
CTCAACGGCAGGTTCGTCCGTGTTGGCGCTTATGTTAACAGCTGTGGTGAGTAGTAGCCC
AGCAATGGCATTGGTGGACGAGAGGATGTCCACGGAAGGAACAGGACTGCCTTTTGGTTT
GAGCAATAACCTGTTGGGTTGGATTTTGTTGGGCGTGTTTGGTTTGATATGGGCTGTTTA
CTTTAACTACACGTCTTCCCTCGATGAGGATGATGATTTTGGGCTTTCCCTTTGAAAGTT
CCCACTTTCTGTTTTTCTCTCATTTTTCAGTGAA

QA 1 394 1 394
DS 

RD RR1CK21TF 647 0 0
GGACAACTACAAAACCAAAAAAAAAAAAACAATCTCGTTTGATCAAGGCTTGTGAGTTTG
GAAAAGCTAAAAGACAATGGCAAGCTTCACTTCCTCCGTCACTTGTCCTAATCTTCTTAT
GAAGCCTTCAGTCACAGCTATCTCCACTGGGATTGTGTATGGTCTTCCAAGGATGATCAA
GAGAAGCAGTGGAGTGAAATGCTCGATGGAGACAAAGCAGCCCAAGCAAGAAAAGAGCTC
AACGGCAGGTTCGTCCGTGTTGGCGCTTATGTTAACAGCTGTGGTGAGTAGTAGCCCAGC
AATGGCATTGGTGGACGAGAGGATGTCCACGGAAGGAACAGGACTGCCTTTTGGTCTGAG
CAATAACCTGTTGGGTTGGATTTTGTTGGGCGTGTTTGGTTTGATATGGGCTGTTTACTT
TAACTACACGTCTTCCCTCGATGAGGATGATGATTCTGGGCTTTCCCTCTGAAAGTTCCC
ACTCTCTGTTTCTCTCTCATTTTTCAGTGAACATGAAA***AAAATGCTCTGTACCTTCT
TGTAAAGTAAGTGAAAAAAAAAGAGAGAGACCAGACCTTGTGTAAAATGCAGTAAAATGT
GTATTGTTTGTGGGTTCAATAAATTTATTGGGCCAATACAAAAGCCC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1A566TF 618 0 0
GG
GATCAAGGCTTGCGAGTTTGGAAAAGCTAAAAGACAATGGCAAGCTTCACTTCCTCCGTC
ACTTGTCCTAATCTTCTTATGAAGCCTTCAGTCACAGCTATCTCCACTGAGATTGTGTAT
GGTCTTCCAAGGATGATCAAGAGAAGCAGTGGAGTGAAATGCTCGATGGAGACAAAGCAG
CCCAAGCAAGAAAAGAGCTCAACGGCAGGTTCGTCCGTGTTGGCGCTTATGTTAACAGCT
GTGGTGAGTAGTAGCCCAGCAATGGCATTGGTGGACGAGAGGATGTCCACGGAAGGAACA
GGACTGCCTTTTGGTCTGAGCAATAACCTGTTGGGTTGGATTTTGTTGGGCGTGTTTGGT
TTGATATGGGCTGTTTACTTTAACTACACGTCTTCCCTCGATGAGGATGATGATTCTGGG
CTTTCCCTCTGAAAGTTCCCACTCTCTGTTTCTCTCTCATTCTTCAGTGAACATGAAAGT
GAAAATGCTCTGTACCTTCTTGTAAAGTAAGTGAAAAAAAAAGAGAGAGACCAGACCTTG
TGTAAAATGCAGTAAAATGTGTATTGTTTGTGGGTTCAATAAATTTATTGGGCCAATACA
AAAGCCCATTAATGTT

QA 3 618 3 618
DS 



AS 1 4

CO CL2363Contig1 1403 4 15 U
GGGTCTTGGCCTCCTCGTCTTCTTCAGCAAAGTCTCTCTTACACCTCCAAAAAGCAACCA
TGTCTGCTTTTGTCGGCAAATACGCAGATGAGCTGATCAAGACTGCCAAGTACATTGCAA
CACCGGGAAAGGGGATTTTGGCGGCAAATGAGAGCACTGGAACCATTGGGAAACGTTTCT
CCAGCATCAATGTTGAGAACATTGAGTCCAACCGCCAAGCTCTCCGTGAGCTCCTCTTCA
CTTCCCCAGGCGCTCTCCCTTGCCTCTCCGGCGTTATCCTCTTCGAGGAAACCCTCTACC
AGAAAACTTCCGATGGCAAGCCCTTCGTCGAGTTCCTCCAGGAGAACGGAGTTATCCCCG
GAATCAAAGTGGACAAGGGTGTTGTTGATCTAGCGGGGACCAACGGTGAGACCACTACTC
AGGGTCTTGACTCGCTTGGTGCACGTTGCCAGGAGTATTACAAGGCAGGAGCTCGGTTTG
CCAAATGGCGTGCAGTCCTCAAGATTGGGGCCACCGAGCCGAGCGAGCTCTCGATCCAAG
AGAACGCCAAAGGGCTAGCTCGCTATGCCATCATCTGCCAGGAGAACGGACTAGTCCCAA
TCGTCGAGCCAGAGGTTCTGACTGACGGGAGCCATGACATCAAGAAATGTGCGGCTGTGA
CTGAGACAGTTCTTTCTGCCGTGTACAAGGCCTTGAATGACCACCACGTCCTCCTCGAAG
GCACTCTGCTGAAACCTAACATGGTCACTCCCGGCTCAGACAGTGCCAAGGTTGCACCCG
AAGTGATAGCAGAGTACACAGTGACTGCTCTCCGCCGCACGGTCCCACCAGCGGTTCCTG
GAATCGTGTTCCTATCAGGAAGACAGAGCGAAGAGGAAGCAACGCTAAATCTGAACGCAA
TGAACAAGCTCGATTTGTTGAAGCCATGGACGCTCACTTTCTCCTTTGGCCGAGCCCTCC
AGCAAAGCACTCTCAAGGCTTGGGGCGGTAAGAAAGAGAACGTAGCCAAAGCTCAGGCCA
CGTTCTTGGTCAGGTGCAAGGCTAACTCTGACGCTACACTTGGGAAATACATCCCCGGGG
CTTCTGGTGACTCTGCTGCCTCCGAGAGCTTGTTTGTGAAAGGATACAGTTACTAGGGCG
TCTGCGTTTGATACGGTTTGGGTATATCTTATAATATATATGAATGTTTTGTTGGCGTTG
TAACTGTTTTAAATGTCTGCTCGATTTGGTTTTGCCGTTTGACCAAACCGTGTAGTGTGT
CTTAAGCTATGTCTATTCTCTATTTCTCTCCCTCTTTGTCAAGCTATTGTGATGGATTTT
TTAATGTTATTTTTGGCGCCAACACATAACTGTTTGGTTCAAAAGTTCGGTAATATTTTA
ACAGTGGGTCCCACACTGGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D642TF U 1
AF RR1G781TF U 24
AF RR1G781JQ C 503
AF RR1D642JQ C 759
BS 1 146 RR1D642TF
BS 147 147 RR1G781TF
BS 148 614 RR1D642TF
BS 615 615 RR1G781TF
BS 616 689 RR1D642TF
BS 690 690 RR1G781JQ
BS 691 716 RR1D642TF
BS 717 860 RR1G781JQ
BS 861 861 RR1D642JQ
BS 862 995 RR1G781JQ
BS 996 996 RR1D642JQ
BS 997 1143 RR1G781JQ
BS 1144 1144 RR1D642JQ
BS 1145 1280 RR1G781JQ
BS 1281 1403 RR1D642JQ

RD RR1D642TF 716 0 0
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TGTCTGCTTTTGTCGGCAAATACGCAGATGAGCTGATCAAGACTGCCAAGTACATTGCAA
CACCGGGAAAGGGGATTTTGGCGGCAGATGAGAGCACTGGAACCATTGGGAAACGTTTCT
CCAGCATCAATGTTGAGAACATTGAGTCCAACCGCCAAGCTCTCCGTGAGCTCCTCTTCA
CTTCCCCAGGCGCTCTCCCTTGCCTCTCCGGCGTTATCCTCTTCGAGGAAACCCTCTACC
AGAAAACTTCCGATGGCAAGCCCTTCGTCGAGTTCCTCCAGGAGAACGGAGTTATCCCCG
GAATCAAAGTGGACAAGGGTGTTGTTGATCTAGCGGGGACCAACGGTGAGACCACTACTC
AGGGTCTTGACTCGCTTGGTGCACGTTGCCAGGAGTATTACAAGGCAGGAGCTCGGTTTG
CCAAATGGCGTGCAGTCCTCAAGATTGGGGCCACCGAGCCGAGCGAGCTCTCGATCCAAG
AGAACGCCAAAGGGCTAGCTCGCTATGCCATCATCTGCCAGGAGAACGGACTAGTCCCAA
TCGTCGAGCCAGAG*TTCTGACTGACGGGAGCCATGACATCAAGAAATGTGCGGCTGTGA
CTGAGACAGTTCTTTCTGCCGTGTACAAG*CCTTGAATGACCACCACGTCCTCCTC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1G781TF 660 0 0
GG
AGCAAAGTCTCTCTTACACCTCCAAAAAGCAACCATGTCTGCTTTTGTCGGCAAATACGC
AGATGAGCTGATCAAGACTGCCAAGTACATTGCAACACCGGGAAAGGGGATTTTGGCGGC
AAATGAGAGCACTGGAACCATTGGGAAACGTTTCTCCAGCATCAATGTTGAGAACATTGA
GTCCAACCGCCAAGCTCTCCGTGAGCTCCTCTTCACTTCCCCAGGCGCTCTCCCTTGCCT
CTCCGGCGTTATCCTCTTCGAGGAAACCCTCTACCAGAAAACTTCCGATGGCAAGCCCTT
CGTCGAGTTCCTCCAGGAGAACGGAGTTATCCCCGGAATCAAAGTGGACAAGGGTGTTGT
TGATCTAGCGGGGACCAACGGTGAGACCACTACTCAGGGTCTTGACTCGCTTGGTGCACG
TTGCCAGGAGTATTACAAGGCAGGAGCTCGGTTTGCCAAATGGCGTGCAGTCCTCAAGAT
TGGGGCCACCGAGCCGAGCGAGCTCTCGATCCAAGAGAACGCCAAAGGGCTAGCTCGCTA
TGCCATCATCTGCCAGGAGAACGGACTAGTCCCAATCGTCGAGCCAGAGGTTCTGACTGA
CGGGAGCCATGACATCAAGAAATGTGCGGCTGTGACTGAGACAGTTCTTTCTGCCGTG

QA 3 660 3 660
DS 

RD RR1G781JQ 779 0 0
GATTGGGGCCACCGAGCCGAGCGAGCTCTCGATCCAAGAGAACGCCAAAGGGCTAGCTCG
CTATGCCATCATCTGCCAGGAGAACGGACTAGTCCCAATCGTCGAGCCAGAGGTTCTGAC
TGACGGGAGCCATGACATCAAGAAATGTGCGGCTGTGACTGAGACAGTTCTTTCTGCCGT
GTACAAGGCCTTGAATGACCACCACGTCCTCCTCGAAGGCACTCTGCTGAAACCTAACAT
GGTCACTCCCGGCTCAGACAGTGCCAAGGTTGCACCCGAAGTGATAGCAGAGTACACAGT
GACTGCTCTCCGCCGCACGGTCCCACCAGCGGTTCCTGGAATCGTGTTCCTATCAGGAGG
ACAGAGCGAAGAGGAAGCAACGCTAAATCTGAACGCAATGAACAAGCTCGATTTGTTGAA
GCCATGGACGCTCACTTTCTCCTTTGGCCGAGCCCTCCAGCAAAGCACTCTCAAGGCTTG
GGGCGGTAAGAAATAGAACGTAGCCAAAGCTCAGGCCACGTTCTTGGTCAGGTGCAAGGC
TAACTCTGACGCTACACTTGGGAAATACATCCCCGGGGCTTCTGGTGACTCTGCTGCCTC
CGAGAGCTTGTTTGTGAAAGGATACAGTTACTAGGGCGTCTTCGTTTGATACGGTTTGGG
TATATCTTATAATATATATGAATGTTTTGTTGGCGTTGTAACTGTTTTAAATGTCTGCTC
GATTTGGTTTTGCCGTTTGACCAAACCGTGTAGTGTGTCTTAAGCTATGTCTATTCTC
C

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1D642JQ 645 0 0
GACAGTGCCAAGGTTGCACCCGAAGTGATAGCAGAGTACACAGTGACTGCTCTCCGCCGC
ACGGTCCCACCAGCGGTTCCTGGAATCGTGTTCCTATCAGGAAGACAGAGCGAAGAGGAA
GCAACGCTAAATCTGAACGCAATGAACAAGCTCGATTTGTTGAAGCCATGGACGCTCACT
TTCTCCTTTGGCCGAGCCCTCCAGCAAAGCACTCTCAAGGCTTGGGGCGGTAAGAAAGAG
AACGTAGCCAAAGCTCAGGCCACGTTCTTGGTCAGGTGCAAGGCTAATTCTGACGCTACA
CTTGGGAAATACATCCCCGGGGCTTCTGGTGACTCTGCTGCCTCCGAGAGCTTGTTTGTG
AAAGGATACAGTTACTAGGGCGTCTGCGTTTGATACGGTTTGGGTATATCTTATAATATA
TATGAATGTTTTGTTGGCGTTGTAACTGTTTTAAATGTCTGCTCGATTTGGTTTTGCCGT
TTGACCAAACCGTGTAGTGTGTCTTAAGCTATGTCTATTCTCTATTTCTCTCCCTCTTTG
TCAAGCTATTGTGATGGATTTTTTAATGTTATTTTTGGCGCCAACACATAACTGTTTGGT
TCAAAAGTTCGGTAATATTTTAACAGTGGGTCCCACACTGGAGCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2365Contig1 1025 4 38 U
GGACTGAAGACACAGATAAAGCTTTCGACTTTCGGACAATGGCGACGAAGCTGTTTTCTC
AGCCGTTGTCTTGTCCATGGGTGACTTCAAGAGACGTAGAGATCAAAAGGGTTCTTCCAC
GGCGGAGACGGGAATGTGAGACGAAGCAGAACAGAGTCTCCGCCGTCACCGCCATGGTTG
TGGAGCCTCTCTCCGCCGTATCTTCTTCAGCGATTCAGATTCATCAATGGTGGGAACAGA
ACCCTAGTTCATTACTGTTGATGGCGGAGACTGGTGGTGGCTACTCGTTAGCTAGCTACT
ACACGTCTTTGGGTTTGTTCGTTATCTCAGTTCCAGGACTTTGGTCTCTCATCAAACGCT
CTGTTAAATCAAAGATAGTGAGGAAGACGTTCGTTGTTAGCGAAGGGATCAAGAAGGAAC
CAAAGCAAGTTGCTGGAGAGATTCTTTCTTTCTTCACAAGGAAGAACTTTAATGTTACTG
ACCGTGGAGAGACAATCACGTTTGAAGGAACAATGGTTCCGAGTAGAGGACAAGCTGCTC
TACTCACGTTCTGTACATGTATAAGCTTAGCAAGCGTGGGTCTTGTACTAACCATTACAG
TGCCTGATTTTGGAAATAACTGGTTCTTCATTACCATTCTTAGCCCACTCGCAGGAGCGT
ATTACTGGAAGAAGGCGTCGAGGAAAGAGGAGATCAAGGTGAAGATGATGGTGGGAAGAA
AGGGGAAACTGGATGAGATTGTTGTTCAAGGAGATGATGTGCAAGTTGAAGAGATGAGGA
AGGAACTTCAGCTTAGTGAGAAAGGCATGGTTTATGTTAAAGGTCTCTTTGAGAGATCAT
GAAAACATACACATTCAAATCCCATTTTTGCTTTTCTTTTTTTAAGGGGGGGAAAGAGAA
TGTACTGTTGAATGATGAGATCAAATGACCATTTGACTCATTTCATCATACTAAATGAAT
TGGTTTTCGTTACAAATCAATATAATGTCATGAGGATGGGTTCTTGATAGTTCAATTGCT
TGAGC


BQ
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 

AF RR1C669TF U 1
AF RR1CQ10TF U 6
AF RR1CQ10JQ C 248
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BS 885 973 RR1CQ10JQ
BS 974 1025 RR1C669JQ

RD RR1C669TF 669 0 0
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ATTACTGGA

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DS 

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GG
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ACGGGAATGTGAGACGAAGCAGAACAGAGTCTCCGCCGTCACCGCCATGGTTGTGGAGCC
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TTCATTACTGTTGATGGCGGAGACTGGTGGTGGCTACTCGTTAGCTAGCTACTACACGTC
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ATCAAAGATAGTGAGGAAGACGTTTGTTGTTAGCGAAGGGATCAAGAAGGAACCAAAGCA
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AGAGACAATCACGTTTGAAGGAACAATGGTTCCGAGTAGAGGACAAGCTGCTCTGCTCAC
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ACTGGATGAGATTGTTGTT

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DS 

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AGATAGTGAGGAAGACGTTTGTTGTTAGCGAAGGGATCAAGAAGGAACCAAAGCAAGTTG
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ATTCAAATCCCATTTT*GCTTTTCTTTTTTTTAGGGGGGGAAAGAGAATGTACTGTTGAA
TGATGAGATCAAATGACCATTTGACTCATTTCATCATACTAAATGAATTGGTTTTCGTTA
C

QA 6 726 6 726
DS 

RD RR1C669JQ 773 0 0
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GTTTGTTCGTTATCTCAGTTCCTGGACTTTGGTCTCTCATCAAACGCTCTGTTAAATCAA
AGATAGTGAGGAAGACGTTCGTTGTTAGCGAAGGGATCAAGAAGGAACCAAAGCAAGTTG
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CAATCACGTTTGAAGGAACAATGGTTCCGAGTAGAGGACAAGCTGCTCTACTCACGTTCT
GTACATGTATAAGCTTAGCAAGTGTGGGTCTTGTACTAACCATTACAGTTCCTGATTTTG
GAAATAACTGGTTCTTCATTACCATTCTTAGCCCACTCGCAGGAGCGTATTACTGGAAGA
AGGCGTCGAGGAAAGAGGAGATCAAGGTGAAGATGATGGTGGGAAGAAAGGGGAAACTGG
ATGAGATTGTTGTTCAAGGAGATGATGTGCAAGTTGAAGAGATGAGGAAGGAACTTCAGC
TTAGTGAGAAAGGCATGGTTTATGTTAAAGGTCTCTTTGAGAGATCATGAAAACATACAC
ATTCAAATCCCATTTTTGCTTTTCTTTTTTTA***GGGGGAAAGAGAATGTACTGTTGAA
TGATGAGATCAAATGACCATTTGACTCATTTCATCATACTAAATGAATTGGTTTTCGTTA
CAAATCAATATAATGTCATGAGGATGGGTTCTTGATAGTTCAATTGCTTGAGC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 2 4

CO CL2366Contig1 860 2 6 U
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TCTCGAACAGAGACAAATAAACACAAAAGAGCAGAGCAATAACAATGGCTATGACGAAAG
TACTTGTCCTCTTTGCTTCTGCATTACTCCTATCAATGCTCTTTGCTGGTGTCGATTCCA
CCAGGTCCAATGAAACATGGCATGAACATGCAGTTGAGAATCCAGACGAAGTAGCTGCCA
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GCTACTACGTAGTAAGCGACCCTAACGACGATAACCCGGTTAACCCTAAACCGGGCACAC
TCCGTCACGCCGTGATCCAAGAAGAGCCTCTCTGGATCGTATTCAAACGCGACATGGTCA
TAACACTGAAGCAAGAACTCATCATGAACAGTTTCAAGACGATAGATGGTCGTGGCGTCA
ACGTACACATAGCTAATGGTGCATGCATCACGATACAGTACGTGACGAACATTATCATAC
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CGCATTATGGGTGGAGGACGATGGCTGACGGTGATGGGATCTCGATCTTTGGGTCGAGTC
ATATTTGGATGATCACACTCGCTCTCTACTTGCGCTGATGGGCTTATGATGCTGTTATGG
GTTCCACTGCCATACATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BN23TF U 1
AF RR1E854TF U 85
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BS 93 286 RR1BN23TF
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BS 288 681 RR1BN23TF
BS 682 860 RR1E854TF

RD RR1BN23TF 681 0 0
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TCTCGAACAGAGACAAATAAACACAAAAGAGTAGAGCAATAACAATGGCTATGACGAAAG
TACTTGTCCTCTTTGCTTCTGCATTACTCCTATCAATGCTCTTTGCTGGTGTCGATTCCA
CCAGGTCCAATGAAACATGGCATGAACATGCAGTTGAGAATCCAGACGAAGTAGCTGCCA
TGGTGGACATGAGCATTCGTAACAGTACCGTGCGGAGAAGGTTAGGTTACTTCTCATGCT
CCACCGGTAACCCAATCGACGATTGCTGGCGTTGTGACCGGAAATGGCAATTCCGGCGAA
AACACCTCGCCGTTTGCGCGATCGGTTTCGGACGCAATGCAATAGGCGGCAGAGACGGAC
GCTACTACGTAGTAAGCGACCCTAACGACGATAACCCGGTTAACCCTAAACCGGGCACAC
TCCGTCACGCCGTGATCCAAGAAGAGCCTCTCTGGATCGTATTCAAACGCGACATGGTCA
TAACACTGAAGCAAGAACTCATCATGAACAGTTTCAAGACGATAGATGGTCGTGGCGTCA
ACGTACACATAGCTAATGGTGCATGCATCACGATACAGTACGTGACGAACATTATCATAC
ATGGGATACATATTCATGACT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1E854TF 776 0 0
G
AAAGAGCAGAGCAATAACAATGGCTATGACGAAAGTACTTGTCCTCTTTGCTTCTGCATT
ACTCCTATCAATGCTCTTTGCTGGTGTCGATTCCACCAGGTCCAATGAAACATGGCATGA
ACATGCAGTTGAGAATCCAGACGAAGTAGCTGCCATGGTGGACATGAGCATTCGTAACAG
TACCGTGCGGAGAAGGTTAGGCTACTTCTCATGCTCCACCGGTAACCCAATCGACGATTG
CTGGCGTTGTGACCGGAAATGGCAATTCCGGCGAAAACACCTCGCCGTTTGCGCGATCGG
TTTCGGACGCAATGCAATAGGCGGCAGAGACGGACGCTACTACGTAGTAAGCGACCCTAA
CGACGATAACCCGGTTAACCCTAAACCGGGCACACTCCGTCACGCCGTGATCCAAGAAGA
GCCTCTCTGGATCGTATTCAAACGCGACATGGTCATAACACTTAAGCAAGAACTCATCAT
GAACAGTTTCAAGACGATAGATGGTCGTGGCGTCAACGTACACATAGCTAATGGTGCATG
CATCACGATACAGTACGTGACGAACATTATCATGCATGGGATACATATTCATGACTGCAA
ACCTACTGGTAACGCTATGGTGAGGAGCTCTCCGTCGCATTATGGGTGGAGGACGATGGC
TGACGGTGATGGGATCTCGATCTTTGGGTCGAGTCATATTTGGATGATCACACTCGCTCT
CTACTTGCGCTGATGGGCTTATGATGCTGTTATGGGTTCCACTGCCATACATCTC

QA 2 776 2 776
DS 



CO CL2366Contig2 788 2 4 U
GATAGTAAAGGAGGAGTCCCAACTTTGTTTGCCTTTATAGATACATCAAATATAAGAGAA
TGGTAAAACAAGAATGTAATCATACAACTTTTATACTACAGTTGAGGCAGTTTTTAAATC
AAGCCTCAACACTCCAATAGTGCTATTGCCATGTATAAAATACAAGAACCGAAAAGAAGA
CTAATGAGCAAGTATTAACACCGGCGACCACCTCTGCAATTAAGAGCACCAGCATTAGAG
GTAAGGACGCCAACAAGGGATGACGATTTGGCTGCCAAACTTGAAGCTCTAGCGTAGCTG
GCTCCACGTCCTGATCCAGAACGTGTGAAGAAAGCACCGTTAAGGAAAAGGTCTCCTTCT
GATCCCCAGTTCCAATGCTTCCATTGCCAGTGCCCTGCATAGTCTCTCTTTGTCACCTCT
TTAGCAAACCGGTTTCTCGGGGCAAGATATCTGTTTCCTTGGCTGTTGATGGTGGGACTC
GCACTGCCACCAATTGCATACATCTCCCAGTGTGTGTAGTCATTGTTCACTACATGGAAG
TATCCATGCCTACACCTTGGCATCCTCTGAATAAGACCTCTACCAAAATGGTTATAAGCA
ATCGTAACCTGCATCACCTTATCCCTTGTGTAAGTATCACTATGTCCCAACAACATAACC
TCGTTATGGTGCGTAAAGTAATTGTTAGAGATGGTAATGGCAGTGGAACCCATAACAGCA
TCAATAAGCCCATCAGCGCAAGTAGAGAGCGAGTTGTGATCAATCCAAATATGACTCGAC
CCAAAGAT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E854JQ U 1
AF RR1BN23JQ U 4
BS 1 364 RR1E854JQ
BS 365 365 RR1BN23JQ
BS 366 731 RR1E854JQ
BS 732 788 RR1BN23JQ

RD RR1E854JQ 731 0 0
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TGGTAAAACAAGAATGTAATCATACAACTTTTATACTACAGTTGAGGCAGTTTTTAAATC
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GTAAGGACGCCAACAAGGGATGACGATTTGGCTGCCAAACTTGAAGCTCTAGCGTAGCTG
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GATCTCCAGTTCCAATGCTTCCATTGCCAGTGCCCTGCATAGTCTCTCTTTGTCACCTCT
TTAGCAAACCGGTTTCTCGGGGCAAGATATCTGTTTCCTTGGCTGTTGATGGTGGGACTC
GCACTGCCACCAATTGCATACATCTCCCAGTGTGTGTAGTCATTGTTCACTACATGGAAG
TATCCATGCCTACACCTTGGCATCCTCTGAATAAGACCTCTACCAAAATGGTTATAAGCA
ATCGTAACCTGCATCACCTTATCCCTTGTGTAAGTATCACTATGTCCCAACAACATAACC
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TCAATAAGCCC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1BN23JQ 785 0 0
G
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CTCAACACTCCAATAGTGCTATTGCCATGTATAAAATGCAAGAACCGAAAAGAAGACTAA
TGAGCAAGTATTAACACCGGCGACCACCTCTGCAATTAAGAGCACCAGCATTAGAGGTAA
GGACGCCAACAAGGGATGATGATTTGGCTGCCAAACTTGAAGCTCTAGCGTAGCTGGCTC
CACGTCCTGATCCAGAACGTGTGAAGAAAGCACCGTTAAGGAAAAGGTCTCCTTCTGATC
CCCAGTTCCAATGCTTCCATTGCCAGTGCCCTGCATAGTCTCTCTTTGTCACCTCTTTAG
CAAACCGGTTTCTCGGGGCAAGATATCTGTTTCCTTGGCTGTTGATGGTGGGACTCGCAC
TGCCACCAATTGCATACATCTCCCAGTGTGTGTAGTCATTGTTCACTACATGGAAGTATC
CATGCCTACACCTTGGCATCCTCTGAATAAGACCTCTACCAAAATGGTTATAAGCAATCG
TAACCTGCATCACCTTATCCCTTGTGTAAGTATCACTATGTCCCAACAACATAACCTCGT
TATGGTGCGTAAAGTAATTGTTAGAGATGGTAATGGCAGTGGAACCCATAACAGCATCAA
TAAGCCCATCAGCGCAAGTAGAGAGCGAGTTGTGATCAATCCAAATATGACTCGACCCAA
AGAT

QA 2 785 2 785
DS 



AS 1 3

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AAATTACTCAAGAATAAAAGTGAAGAACAAACAAAATGGGTACAATACCAACGTTCTTAG
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ATACATTCTTTTGAGAACCCTAACATATATATGCTAAGTATTTATACTTTTGTATACACT
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TGGTGGTGAAAGAGATCACCGTCTCAAGGTCTCCATGACGTAATCCGCATACAGATCCAT
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CTTGTTCTCATTTTTCTTATAGTCTTCAAAGAAACGACGAATCTCAGCCAGACGATGAGG
TGGAAGCTCCTTGATGTCATTGTAATGACGGTACTCTGGATCGTCGGCGCAGACAGCAAT
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GTCCTCACAAAGTGTACGCGGAATGAAGCCGTAGTTGTGTGGGTACACAACAGATGAGTA
AAGAATACGATCGACCTTGATGAGCCCAGTAGTTTTGTCAAATTCATACTTCACCTTGCT
CCCTTTTCCTATCTCAACCACACAGTTGAAGATTACCGGAGCTTCAGGTCCTATCTCAAG
ATCATGCCATGGGTGTGCAGCAACTGATCTATGGGTCAAGGACGAAAGTATCCTCTCATT
AAGAGGAGGAACTGAAGCCTGTTTCTCCGCATAGTTCTTGGTAGCAGCAATCTCAATCGG
TGGCGCCATATCTGAGCGTAGTAACGAATCTCCCGAGCAAAGAAGAAAACACAGGCACAG
ATCTCGAGAAGAAGAACTCAAGAAGAACTGAGAAAAAGAGAGTAAAGGAAAGCTAGAGGA
GAATGTAGCTGTAAACTATACGCGTTCCCGCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F936JQ U 49
AF RR1DA16JQ U 1
AF RR1F936TF C 431
BS 1 213 RR1DA16JQ
BS 214 214 RR1F936JQ
BS 215 587 RR1DA16JQ
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BS 828 830 RR1F936TF
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BS 839 839 RR1F936TF
BS 840 862 RR1DA16JQ
BS 863 863 RR1F936TF
BS 864 872 RR1DA16JQ
BS 873 1113 RR1F936TF

RD RR1F936JQ 588 0 0
G
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AACGTTCTTAGTTTCTTTGACAATTTTTTCGGCATCATCATCTACCGGATTCAGCAAAAG
GACATACACAAATACATTCTTTTGAGAACCCTAACATATATATGCTAAGTATTTATACTT
TTGTATACACTTCACATCTGTCAAGAAAACAAATGCGAAAATGCAGTTGGAAACTTTCTT
TATTGCTTGGATGGTGGTGAAAGAGATCACCGTCTCAAGGTCTCCATGACGTAATCCGCA
TACAGATCCATGGAATGCTGAACTGCTTCATAGGCTGCTGTAGCGGGAAGGAAGTCGTTA
ACGGCTACTTCCTTGTTCTCATTTTTCTTATAGTCTTCAAAGAAACGACGAATCTCAGCC
AGACGATGAGGTGGAAGCTCCTTGATGTCATTGTAATGACGGTACTCTGGATCGTCGGCG
CAGACAGCAATGATCTTGTCGTCTTTCTCACCCTGATCAATCATTGGCATAAGACCAATA
GCTTTGGCCCGAAGAAAGCACCCTGGGATCACCGGTTCCTGCATGAT

QA 2 588 2 588
DS 

RD RR1DA16JQ 872 0 0
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AAATTACTCAAGAATAAAAGTGAAGAACAAACAAAATGGGTACAATACCAACGTTCTTAG
TTTCTTTGACAATTTTTTCGGCATCATCATCTACCGGATTCAGCAAAAGGACATACACAA
ATACATTCTTTTGAGAACCCTAACATATATATGTTAAGTATTTATACTTTTGTATACACT
TCACATCTGTCAAGAAAACAAATGCGAAAATGCAGTTGGAAACTTTCTTTATTGCTTGGA
TGGTGGTGAAAGAGATCACCGTCTCAAGGTCTCCATGACGTAATCCGCATACAGATCCAT
GGAATGCTGAACTGCTTCATAGGCTGCTGTAGCGGGAAGGAAGTCGTTAACGGCTACTTC
CTTGTTCTCATTTTTCTTATAGTCTTCAAAGAAACGACGAATCTCAGCCAGACGATGAGG
TGGAAGCTCCTTGATGTCATTGTAATGACGGTACTCTGGATCGTCGGCGCAGACAGCAAT
GATCTTGTCGTCTTTCTCACCCTGATCAATCATTGGCATAAGACCAAAAGCTTTGGCCCG
AAGAAAGCACCCTGGGATCACCGGTTCCTGCATGATGACAAGAACATCAATAGGGTCATT
GTCCTCACAAAGTGTACGCGGAATGAAGCCGTAGTTGTGTGGGTACACAACAGATGAGTA
AAGAATACGATCGACCTTGATGAGCCCAGTAGTTTTGTCAAATTCATACTTCACCTTGCT
CCCTTTTCCTATCTCA*CCACACAGTTGAAGAT*ACCGGAGCTTCAG**TCTATCTCA*G
ATCATGCCATGGGTGTGCAGCA*CTGATCTAT

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DS 

RD RR1F936TF 683 0 0
T
TTTTCTTATAGTCTTCAAAGAAACGACGAATCTCAGCCAGACGATGAGGTGGAAGCTCCT
TGATGTCATTGTAATGACGGTACTCTGGATCGTCGGCGCAGACAGCAATGATCTTGTCGT
CTTTCTCACCCTGATCAATCATTGGCATAAGACCAATAGCTTTGGCCCGAAGAAAGCACC
CTGGGATCACCGGTTCCTGCATGATGACAAGAACATCAATAGGGTCATTGTCCTCACAAA
GTGTACGCGGAATGAAGCCGTAGTTGTGTGGGTACACAACAGATGAGTAAAGAATACGAT
CGACCTTGATGAGCCCAGTAGTTTTGTCAAGTTCATACTTCACCTTGCTCCCTTTTCCTA
TCTCAACCACACAGTTGAAGATTACCGGAGCTTCAGGTCCTATCTCAAGATCATGCCATG
GGTGTGCAGCAACTGATCTATGGGTCAAGGACGAAAGTATCCTCTCATTAAGAGGAGGAA
CTGAAGCCTGTTTCTCCGCATAGTTCTTGGTAGCAGCAATCTCAATCGGTGGCGCCATAT
CTGAGCGTAGTAACGAATCTCCCGAGCAAAGAAGAAAACACAGGCACAGATCTCGAGAAG
AAGAACTCAAGAAGAACTGAGAAAAAGAGAGTAAAGGAAAGCTAGAGGAGAATGTAGCTG
TAAACTATACGCGTTCCCGCCC

QA 2 683 2 683
DS 



AS 1 3

CO CL2368Contig1 1006 3 8 U
GTTTATAAAATTAGGCAAATATGGAACGAACTAAAATACAACATTCCGTACACAGATTGA
CAAACAAAATCTGGATTCTCAACACCTCAATTGACCAATATGAGTTGACAAAAAAAACAA
TGACCAACATGAGTTGACAAAAAAAAACAATGACCAATAAGAACAAAAAGCTGAAAGAAA
CATAAAACGCCAGAGCAAAAGCTCAAACTTGTGAACCAAGAAGCTGCAAAGAAGAAGATG
GTGGCGATCTAACAGATGGAGCAGAGGATCTAAAGGGTCTGACGAAATCAAGGCTTGAAG
GCAGAGAAAGCGACGACTGAGTTATGTCCACCGAAACCAAACGAGTTTGATATGGCAACA
TTCACCTCATGCTGCTTCTTCTCGTTTGCGACCGTATCAAAGTCCACCGCTGGTTCTGGG
TTAAATTGGTTGATAGAGGGATGAAGCCATCCAGTGTTGATAGCCTTCACGGTGGCGATG
GCTTCAAGACCTCCAGCTGCACCGAGGCAGTGACCTATCATAGACTTGGTGGCATTGATT
TTGATCCCTGATGTGCTCTTGAATACCTTTTTAATGGCATTAATCTCAGCAAGATCACCA
GCCAGAGTGGAAGTTGCATGCGCATTGATGTAATTTACCTCCTCAGGTGATACACCAGCA
TCTTCAAGGCAGCTCTCAATGCATGAAGAGACACCAAGGCCATCAGCTCTTGGATCAGTC
ATATGATGAGCATCACAATTTACAGCACCTCCAAGATACTCTGCTACAATTGGAGCACCA
CGCTTCATCGCATGCTCCAAACTTTCCATCACCAGAACACCAGCTCCTTCACCCATGACA
AACCCATCTCTCTGTTTATCCCATGGCCTTGAAGCGGTTTGAGGGTCATCATTTCTCTGT
GACAAAGCCCTACAAGCAACAAAACCTCCCAAGCCAATAGGAATAATAGCAGCCTCAGTT
CCACCAGCAATCATCATATCAGCTTCACCACGTCGAATGTGGTTCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1HB31JQ U 5
AF RR1AA41JQ U 1
AF RR1HB31TF C 486
BS 1 156 RR1AA41JQ
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BS 338 905 RR1AA41JQ
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RD RR1HB31JQ 636 0 0
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CAAAATCTGGATTCTCAACACCTCAATTGACTAATATGAGTTGACAAAAAAA*CAATGAC
CAACATGAGTTGACAAAAAAAAACAATGACCAATAAGAACAAAAAGCTGAAAGAAACATA
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CGATCTAACAGATGGAGCAGAGGATCTAAAGGGTCTGACGAAATCAAGGCTTGAAGGCAG
AGAAAGCGACGACTGAGTTATGTCCACCGAAACCAAACGAGTTTGATATGGCAACATTCA
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ATTGGTTGATAGAGGGATGAAGCCATCCAGTGTTGATAGCCTTCACGGTGGCGATGGCTT
CAAGACCTCCAGCTGCACCGAGGCAGTGACCTATCATAGACTTGGTGGCATTGATTTTGA
TCCCTGATGTGCTCTTGAATACCTTTTTAATGGCATTAATCTCAGCAAGATCACCAGCCA
GAGTGGAAGTTGCATGCGCATTGATGTAATTTACCT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1AA41JQ 905 0 0
GTTTATAAAATTAGGCAAATATGGAACGAACTAAAATACAACATTCCGTACACAGATTGA
CAAACAAAATCTGGATTCTCAACACCTCAATTGACCAATATGAGTTGACAAAAAAAACAA
TGACCAACATGAGTTGACAAAAAAAAACAATGACCAGTAAGAACAAAAAGCTGAAAGAAA
CATAAAACGCCAGAGCAAAAGCTCAAACTTGTGAACCAAGAAGCTGCAAAGAAGAAGATG
GTGGCGATCTAACAGATGGAGCAGAGGATCTAAAGGGTCTGACGAAATCAAGGCTTGAGG
GCAGAGAAAGCGACGACTGAGTTATGTCCACCGAAATCAAACGAGTTTGATATGGCAACA
TTCACCTCATGCTGCTTCTTCTCGTTTGCGACCGTATCAAAGTCCACCGCTGGTTCTGGG
TTAAATTGGTTGATAGAGGGATGAAGCCATCCAGTGTTGATAGCCTTCACGGTGGCGATG
GCTTCAAGACCTCCAGCTGCACCGAGGCAGTGACCTATCATAGACTTGGTGGCATTGATT
TTGATCCCTGATGTGCTCTTGAATACCTTTTTAATGGCATTAATCTCAGCAAGATCACCA
GCCAGAGTGGAAGTTGCATGCGCATTGATGTAATTTACCTCCTCAGGTGATACACCAGCA
TCTTCAAGGCAGCTCTCAATGCATGAAGAGACACCAAGGCCATCAGCTCTTGGATCAGTC
ATATGATGAGCATCACAATTTACAGCACCTCCAAGATACTCTGCTACAATTGGAGCACCA
CGCTTCATCGCATGCTCCAAACTTTCCATCACCAGAACACCAGCTCCTTCACCCATGACA
AACCCATCTCTCTGTTTATCCCATGGCCTTGAAGCGGTTTGAGGGTCATCATTTCTCTGT
GACAA

QA 1 905 1 905
DS 

RD RR1HB31TF 521 0 0
AAGACCTCCAGCTGCACCGAGGCAGTGACCTATCATAGACTTGGTGGCATTGATTTTGAT
CCCTGATGTGCTCTTGAATACCTTTTTAATGGCATTAATCTCAGCAAGATCACCAGCCAG
AGTGGAAGTTGCATGCGCATTGATGTAATTTACCTCCTCAGGTGATACACCAGCATCTTC
AAGGCAGCTCTCAATGCATGAAGAGACACCAAGGCCATCAGCTCTTGGATCAGTCATATG
ATGAGCATCACAATTTACAGCACCTCCAAGATACTCTGCTACAATTGGAGCACCACGCTT
CATCGCATGCTCCAAACTTTCCATCACCAGAACACCAGCTCCTTCACCCATGACAAACCC
ATCTCTCTGTTTATCCCATGGCCTTGAAGCGGTTTGAGGGTCATCATTTCTCTGTGACAA
AGCCCTACAAGCAACAAAACCTCCCAAGCCAATAGGAATAATAGCAGCCTCAGTTCCACC
AGCAATCATCATATCAGCTTCACCACGTCGAATGTGGTTCC

QA 1 521 1 521
DS 



AS 1 4

CO CL2369Contig1 1164 4 5 U
AAACAACGGAGCCAAGAATGAACATTAATGACGTTAAGGGATCTCATGCATCCACATTTC
TCACGTCTCTTATTCAATCTCCTATATAATAGATATAAAACCAATTCACTGAAGATCACT
TATACGACAATTTTATTGTTTATCTTAAACTTAGAGAGGCTTCTGGCAAGTGATGATGCC
AAACTTAATGACACCTTTCTTGTACCCTTCGATCATCAATGGCATTGTAAATGCTCCTTT
TATACTCTTCATACCACTACGAAGCAGAGACACAAGGCCCTTCCATGTTAATGCGGTTCG
TATAACCGCCGGCCAGAAAGGAGCCACATTCTCTGACCAATCTGCACACTTAATATCCTG
GAGCGAGAGGGATTGAAGCAAATCGACATAATCAGAGGTGGAGCACCAGGCCGGGAGATA
AAATGTTTTGCAGATTCTGTCCAAGAGGTTCTGTTCCCATGGCTGCAAAGCTTCTTCCCC
TGGGGATAGATTTCTGTGGCACCATGTCACTATTATTATCCTTCCTCCTGGAGCCGCCAC
ACGTACC*AATTCCTTCACGAACTTGGCCTTGTCAGGCATATGCTCACCGCTTTCCATTG
ACCACACAAGATCGAAAATACCATCTTCAAATGGTTGCTCCAGTGCATCTGCAACCTGGA
AGGAAACCTTCTGAGAGAGTGATTGAGCGGCGGCGAGATCATTGGCTCTCTTGGCTTGAA
CGGGACTGAGTGTGATGCCAACGCATTCGGCACCAAATTTAGAGGCAATATACCTTGAGC
TTCCTCCGATCCCCCAACCAACATCCACTACTCTCTTTATCTTTTTCTCCTCTTCAGTAA
CGCCAGCGAAACGTAGAGACTCTTCAATCATCCGGATCTGAGCTTCCCGGTGACCGGAAT
CTGAAAGTTGCACAGAGGAATCAGGATCGTAGAAGCCGTGATGCATATGATCCCCCCAAA
TCTCCTCCCATAATCCCGACGTCTCGTTGTAGAATTCAGCTATCCCTTCTCGCAGCGCCT
CGACGGAGGAGGTAGCAGCAGCAGTCACAGCTACGCTTCCACGTGATGCCGTCTTCATCG
TCGTCATTAAGGCTGAGGATGGCCGTTGGGACTGAATGAGAAGCGACGGTGAACGGAGAG
AAGAAAATTTGTGCCTGGGGAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BS60JQ U 1
AF RR1BS60TF C 31
AF RR1AT56JQ U 11
AF RR1AT56TF C 315
BS 1 616 RR1BS60JQ
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BS 618 711 RR1BS60JQ
BS 712 868 RR1AT56JQ
BS 869 1164 RR1AT56TF

RD RR1BS60JQ 712 0 0
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TCACGTCTCTTATTCAATCTCCTATATAATAGATATAAAACCAATTCACTGAAGATCACT
TATACGACAATTTTATTGTTTATCTTAAACTTAGAGAGGCTTCTGGCAAGTGATGATGCC
AAACTTAATGACACCTTTCTTGTACCCTTCGATCATCAATGGCATTGTAAATGCTCCTTT
TATACTCTTCATACCACTACGAAGCAGAGACACAAGGCCCTTCCATGTTAATGCGGTTCG
TATAACCGCCGGCCAGAAAGGAGCCACATTCTCTGACCAATCTGCACACTTAATATCCTG
GAGCGAGAGGGATTGAAGCAAATCGACATAATCAGAGGTGGAGCACCAGGCCGGGAGATA
AAATGTTTTGCAGATTCTGTCCAAGAGGTTCTGTTCCCATGGCTGCAAAGCTTCTTCCCC
TGGGGATAGATTTCTGTGGCACCATGTCACTATTATTATCCTTCCTCCTGGAGCCGCCAC
ACGTACC*AATTCCTTCACGAACTTGGCCTTGTCAGGCATATGCTCACCGCTTTCCATTG
ACCACACAAGATCGAACATACCATCTTCAAATGGTTGCTCCAGTGCATCTGCAACCTGGA
AGGAAACCTTCTGAGAGAGTGATTGAGCGGCGGCGAGATCATTGGCTCTCT
C

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1BS60TF 682 0 0
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AGATATAAAACCAATTCACTGAAGATCACTTATACGACAATTTTATTGTTTATCTTAAAC
TTAGAGAGGCTTCTGGCAAGTGATGATGCCAAACTTAATGACACCTTTCTTGTACCCTTC
GATCATCAATGGCATTGTAAATGCTCCTTTTATACTCTTCATACCACTACGAAGCAGAGA
CACAAGGCCCTTCCATGTTAATGCGGTTCGTATAACCGCCGGCCAGAAAGGAGCCACATT
CTCTGACCAATCTGCACACTTAATATCCTGGAGCGAGAGGGATTGAAGCAAATCGACATA
ATCAGAGGTGGAGCACCAGGCCGGGAGATAAAATGTTTTGCAGATTCTGTCCAAGAGGTT
CTGTTCCCATGGCTGCAAAGCTTCTTCCCCTGGGGATAGATTTCTGTGGCACCATGTCAC
TATTATTATCCTTCCTCCTGGAGCCGCCACACGTACC*AATTCCTTCACGAACTTGGCCT
TGTCAGGCATATGCTCACCGCTTTCCATTGACCACACAAGATCGAACATACCATCTTCAA
ATGGTTGCTCCAGTGCATCTGCAACCTGGAAGGAAACCTTCTGAGAGAGTGATTGAGCGG
CGGCGAGATCATTGGCTCTCT
C

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1AT56JQ 858 0 0
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TATTCAATCTCCTATATAATAGATATAAAACCAATTCACTGAAGATCACTTATACGACAA
TTTTATTGTTTATCTTAAACTTAGAGAGGCTTCTGGCAAGTGATGATGCCAAACTTAATG
ACACCTTTCTTGTACCCTTCGATCATCAATGGCATTGTAAATGCTCCTTTTATACTCTTC
ATACCACTACGAAGCAGAGACACAAGGCCCTTCCATGTTAATGCGGTTCGTATAACCGCC
GGCCAGAAAGGAGCTACATTCTCTGACCAATCTGCACACTTAATATCCTGGAGCGAGAGG
GATTGAAGCAAATCGACATAATCAGAGGTGGAGCACCAGGCCGGGAGATAAAATGTTTTG
CAGATTCTGTCCAAGAGGTTCTGTTCCCATGGCTGCAAAGCTTCTTCCCCTGGGGATAGA
TTTCTGTGGCACCATGTCACTATTATTATCCTTCCTCCTGGAGCCGCCACACGTACC*AA
TTCCTTCACGAACTTGGCCTTGTCAGGCATATGCTCACCGCTTTCCATTGACCACACAAG
ATCGAAAATACCATCTTCAAATGGTTGCTCCAGTGCATCTGCAACCTGGAAGGAAACCTT
CTGAGAGAGTGATTGAGCGGCGGCGAGATCATTGGCTCTCTTGGCTTGAACGGGACTGAG
TGTGATGCCAACGCATTCGGCACCAAATTTAGAGGCAATATACCTTGAGCTTCCTCCGAT
CCCCCAACCAACATCCACTACTCTCTTTATCTTTTTCTCCTCTTCAGTAACGCCAGCGAA
ACGTAGAGACTCTTCAAT

QA 1 858 1 858
DS 

RD RR1AT56TF 850 0 0
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GAAGCAAATCGACATAATCAGAGGTGGAGCACCAGGCCGGGAGATAAAATGTTTTGCAGA
TTCTGTCCAAGAGGTTCTGTTCCCATGGCTGCAAAGCTTCTTCCCCTGGGGATAGATTTC
TGTGGCACCATGTCACTATTATTATCCTTCCTCCTGGAGCCGCCACACGTACCCAATTCC
TTCACGAACTTGGCCTTGTCAGGCATATGCTCACCGCTTTCCATTGACCACACAAGATCG
AAAATACCATCTTCAAATGGTTGCTCCAGTGCATCTGCAACCTGGAAGGAAACCTTCTGA
GAGAGTGATTGAGCGGCGGCGAGATCATTGGCTCTCTTGGCTTGAACGGGACTGAGTGTG
ATGCCAACGCATTCGGCACCAAATTTAGAGGCAATATACCTTGAGCTTCCTCCGATCCCC
CAACCAACATCCACTACTCTCTTTATCTTTTTCTCCTCTTCAGTAACGCCAGCGAAACGT
AGAGACTCTTCAATCATCCGGATCTGAGCTTCCCGGTGACCGGAATCTGAAAGTTGCACA
GAGGAATCAGGATCGTAGAAGCCGTGATGCATATGATCCCCCCAAATCTCCTCCCATAAT
CCCGACGTCTCGTTGTAGAATTCAGCTATCCCTTCTCGCAGCGCCTCGACGGAGGAGGTA
GCAGCAGCAGTCACAGCTACGCTTCCACGTGATGCCGTCTTCATCGTCGTCATTAAGGCT
GAGGATGGCCGTTGGGACTGAATGAGAAGCGACGGTGAACGGAGAGAAGAAAATTTGTGC
CTGGGGAGGC

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 4

CO CL2370Contig1 594 4 4 U
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AAGATCAATTTCATCCTCTTCCTCGCCAACAATGAACCCAACACCAACCGCAGCTGGTGT
CCTGATTGCGTTAGGGCTGAGCCTGTGATTTACGAGACTCTAGAGGAATCACCGGAGGAA
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GACAGTGTTAAGGGTCGTCTTGAGGATCACCAGGCTCATGTTCCTAACTTGATTCGCCCA
CTTCTTGCACCATCCACTTAATTCGATAAGTGACTATGGCTGGATTGATGATCAAGTTTA
TGAATCGCTAGTTTTCTGTTGCTTTCCAATAAACCCTTGAAATAAAATGTATCGTTGCAT
ACTCTTGCTTCTCTACTTAATAATAATGCACACTATTTGGGTGTCGCTTACAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR1CB42TF U 1
AF RR1B780TF U 12
AF RR1F259JQ C 12
AF RR1F259TF U 12
BS 1 213 RR1CB42TF
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BS 215 589 RR1CB42TF
BS 590 594 RR1B780TF

RD RR1CB42TF 589 0 0
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AAGATCAATTTCATCCTCTTCCTCGCCAACAATGAACCCAACACCAACCGCAGCTGGTGT
CCTGATTGCGTTAGGGCTGAGCCTGTGATTTACAAGACTCTAGAGGAATCACCGGAGGAA
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GACAGTGTTAAGGGTCGTCTTGAGGATCACCAGGCTCATGTTCCTAACTTGATTCGCCCA
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TGAATCGCTAGTTTTCTGTTGCTTTCCAATAAACCCTTGAAATAAAATGTATCGTTGCAT
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QA 1 589 1 589
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CTTGGAGAAGGTGTTGGAAGAATTGAAATCTGACGAATCAAACCGTAACAAGATCAATTT
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TCCTCGATTCAAGGTCACCGGAGTGCCAACACTTGTTCGCTGGGATGGAGACAGTGTTAA
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ATCCACTTAATTCGATAAGTGACTATGGCTGGATTGATGATCAAGTTTATGAATCGCTAG
TTTTCTGTTGCTTTCCAATAAACCCTTGAAATAAAATGTATCGTTGCATACTCTTGCTTC
TCTACTTAATAATAATGCACACTATTTGGGTGTCGCTTACAAT

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1F259JQ 580 0 0
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CTTGGAGAAGGTGTTGGAAGAATTGAAATCTGACGAATCAAACCGTAACAAGATCAATTT
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TAGGGCTGAGCCTGTGATTTACGAGACTCTAGAGGAATCACCGGAGGAAGTGAATCTTAT
TCGGGCTTACGCCGGAGATAGACCGACGTGGAGGAATCCGATGCATCCGTGGAGAGTCGA
TCCTCGATTCAAGGTCACCGGAGTGCCAACACTTGTTCGCTGGGATGGAGACAGTGTTAA
GGGTCGTCTTGAGGATCACCAGGCTCATGTTCCTAACTTGATTCGCCCACTTCTTGCACC
ATCCACTTAATTCGATAAGTGACTATGGCTGGATTGATGATCAAGTTTATGAATCGCTAG
TTTTCTGTTGCTTTCCAATAAACCCTTGAAATAAAATGTATCGTTGCATACTCTTGCTTC
TCTACTTAATAATAATGCACACTATTTGGGTGTCGCTT
AC

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1F259TF 580 0 0
TTGAGTATTGTAAAGAAAAAAAGAAATGACTCTCAAGAAGCTGGACGCAGATCCCTCAAC
CTTGGAGAAGGTGTTGGAAGAATTGAAATCTGACGAATCAAACCGTAACAAGATCAATTT
CATCCTCTTCCTCGCCAACAATGAACCCAACACCAACCGCAGCTGGTGTCCTGATTGCGT
TAGGGCTGAGCCTGTGATTTACGAGACTCTAGAGGAATCACCGGAGGAAGTGAATCTTAT
TCGGGCTTACGCCGGAGATAGACCGACGTGGAGGAATCCGATGCATCCGTGGAGAGTCGA
TCCTCGATTCAAGGTCACCGGAGTGCCAACACTTGTTCGCTGGGATGGAGACAGTGTTAA
GGGTCGTCTTGAGGATCACCAGGCTCATGTTCCTAACTTGATTCGCCCACTTCTTGCACC
ATCCACTTAATTCGATAAGTGACTATGGCTGGATTGATGATCAAGTTTATGAATCGCTAG
TTTTCTGTTGCTTTCCAATAAACCCTTGAAATAAAATGTATCGTTGCATACTCTTGCTTC
TCTACTTAATAATAATGCACACTATTTGGGTGTCGCTT
AC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 4

CO CL2371Contig1 957 4 11 U
CTCAGATTCAATGAACAGCCGAATCCAAAATGAAAGTTTAACAAGATCATCTAATTACAA
ATTTAATAATACTACTAGAAATGAAAAAATAAAGACCAAAGCTTTTGCTTGTTGTTACTT
CAACATCCTGCAAAGATTTTTAAGAAACCAACCACACAGCTATTTTTCCTCCCCCAAACA
CCATCTGAACTGAACAGAACAAAACTTCACATCAGCTTTTATCCTTTCTTTCAATCACAA
CAGACCAACCACACAGCTATGTTCCTTGTCTTTGTCTGTATCATCTCTTTAGCCATCTAT
GCACATTATCATTGATACTGTTCGTTTGCTGCAGAAACAGAGCAAATAGAGGACAAAAAA
CCTGGCAAAGACTCTGGTTTTCCAAATAAAAGGGCATCATCAAGTTCATGCATAGAAAAG
TTTGAAGCCTCTGATGCTTCAGCTAGAGATTCAAGCATACTCCTAACTTCCACAGTATCG
TCCAAATAATATTTAGCCTTGCTTGGCTTTTGCCCAACAGTGCATGCAAACACAAGAGCA
TCTGCGCAGAGCAAGTTTTTCGACATTGCATTACCAATCGCCTCAAACATATCTTCGTCA
GATCGGTCATCTCCAATACAGAGCACGAATTCAGCTGGCTTCCCATCTTCACCCATTGAT
GAAAATATCTTTTCTGACACAGATCCTTTGCTCACTCCTTGAGGCTTGACTTCTACAATG
TAATGACCGCTCTTGACTGCAACAGGCTCATTAGCTAGAACACTCTCTAGATGCTCTAAC
ATTTCCTTTGCTTGAAAAGAACCAAACCCTGGATCTGCATCCCTGTATTGCCAAACCAGA
GCACTATCTTTTACTTCAATGGAAGACCCATCTGTAGATTCAGTGTACTGTTTCATTACA
GGTTCCACTATCTGCATCCAACCAAAATCAGTTCCTTGGCCACATGTTTCCCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW09JQ U 1
AF RR1GW09TF C 1
AF RR1FU81JQ U 8
AF RR1FU81TF C 324
BS 1 345 RR1GW09JQ
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BS 545 663 RR1FU81JQ
BS 664 957 RR1FU81TF

RD RR1GW09JQ 544 0 0
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CCATCTGAACTGAACAGAACAAAACTTCACATCAGCTTTTATCCTTTCTTTCAATCACAA
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TCCAAATAATATTTAGCCTTGCTTGGCTTTTGCCCAACAGTGCATGCAAACACAAGAGCA
TCTG

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1GW09TF 574 0 0
CTCAGAT
TCAATGAACAGCCGAATCCAAAATGAAAGTTTAACAAGATCATCTAATTACAAATTTAAT
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CTGCAAAGATTTTTAAGAAACCAACCACACAGCTATTTTTCCTCCCCCAAACACCATCTG
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ATCATTGATACTGTTCGTTTGCTGCAGAAACAGAGCAAGTAGAGGACAAAAAACCTGGCA
AAGACTCTGGTTTTCCAAATAAAAGGGCATCATCAAGTTCATGCGTAGAAAAGTTTGAAG
CCTCTGATGCTTCAGCTAGAGATTCAAGCATACTCCTCACTTCCACAGTATCGTCCAAAT
AATATTTAGCCTTGCTTGGCTTTTGCCCAACAGTGCATGCAAACACAAGAGCATCTGCGC
AGAGCAAGTTTTTCGACATTGCATT
CC

QA 8 572 8 572
DS 

RD RR1FU81JQ 656 0 0
TCAATGAACAGCCGAATCCAAAATGAAAGTTTAACAAGATCATCTAATTACAAATTTAAT
AATACTACTAGAAATGAAAAAATAAAGACCAAAGCTTTTGCTTGTTGTTACTTCAACATC
CTGCAAAGATTTTTAAGAAACCAACCACACAGCTATTTT*CCTCCCCCAAACACCATCTG
AACTGAACAGAACAAAACTTCACATCAGCTTTTATCCTTTCTTTCAATCACAACAGACCA
ACCACACAGCTATGTTCCTTGTCTTTGTCTGTATCATCTCTTTAGCCATCTATGCACATT
ATCATTGATACTGTTCGTTTGCTGCAGAAACAGAGCAAATAGAGGACAAAAAACCTGGCA
AAGACTCTGGTTTTCCAAATAAAAGGGCATCATCAAGTTCATGCATAGAAAAGTTTGAAG
CCTCTGATGCTTCAGCTAGAGGTTCAAGCATACTCCTAACTTCCACAGTATCGTCCAAAT
AATATTTAGCCTTGCTTGGCTTTTGCCCAACAGTGCATGCAAACACAAGAGCATCTGCGC
AGAGCAAGTTTTTCGACATTGCATTACCAATCGCCTCAAACATATCTTCGTCAGATCGGT
CATCTCCAATACAGAGCACGAATTCAGCTGGCTTCCCATCTTCACCCATTGATGAA

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1FU81TF 634 0 0
CG
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ATAAAAGGGCATCATCAAGTTCATGCATAGAAAAGTTTGAAGCGTCTGATGCTTCAGCTA
GAGGTTCAAGCATACTCCTAACTTCCACAGTATCGTCCAAATAATATTTAGCCTTGCTTG
GCTTTTGCCCAACAGTGCATGCAAACACAAGAGCATCTGCGCAGAGCAAGTTTTTCGACA
TTGCATTACCAATCGCCTCAAACATATCTTCGTCAGATCGGTCATCTCCAATACAGAGCA
CGAATTCAGCTGGCTTCCCATCTTCACCCATTGATGAAAATATCTTTTCTGACACAGATC
CTTTGCTCACTCCTTGAGGCTTGACTTCTACAATGTAATGACCGCTCTTGACTGCAACAG
GCTCATTAGCTAGAACACTCTCTAGATGCTCTAACATTTCCTTTGCTTGAAAAGAACCAA
ACCCTGGATCTGCATCCCTGTATTGCCAAACCAGAGCACTATCTTTTACTTCAATGGAAG
ACCCATCTGTAGATTCAGTGTACTGTTTCATTACAGGTTCCACTATCTGCATCCAACCAA
AATCAGTTCCTTGGCCACATGTTTCCCATTCC

QA 3 634 3 634
DS 



AS 1 3

CO CL2372Contig1 908 3 9 U
GGAGATTACAGTTCATCAAGAACTGAATTGCTGGAAAGCTAAAACTGATCTTCTTCGTCA
GCAAACGCGTATAGATATAGAGTATCAAGACAACTCCAGTGGCGCCATGGCAAACACTTG
GGGTGACGACAAGATCCTCAGCTACAACGATGTTGTCCTCAGGAGATCAGATCTAGACAT
CCTTAACGGACCCAATTTTCTAAACGACCGTATCATCGAGTTCTACCTAAGCTACTTATC
CACACTCCACACTTCCCCTACCATCTCGCTAATCCCTCCCTCCATCGCCTTCTGTATCTC
AAACTATCCCGACGCTGAATCACTCAAGGACTTCATGAAACCCCTTAGGTTACTCGACAG
CGAGCTCGTGGTATTGCCTGTAAACGACAACCTCAATGTCGAGCTAGCTGAAGGCGGGTT
ACACTGGAGCTTACTCGTGTACTACAAAGAAGCCAACACGTTTTTCCATCACGATAGCTT
TATGGGGTCGAATCGATGGAATGCGAGACAGCTCTACAGGGCGGTTTCTCCATTTGTGTC
TGATGGAGATGCTGCGTATAGAGAATGCAGTGATACACCGCAGCAGAAGAATGGGTACGA
CTGTGGTGTGTACCTTCTCGCAAACGCTCAGGTTATATGCAAATGGTTTAGCTCTGATGG
AGTGAAGAACCGGGATGAGCTTTGGTTAGGTGATGTGAAGGAGACTGTACCGGATGTGGC
TAACCATTTGCGAGAAGAGATATTGGGGTTGATCAAAAGGTTGATGTCTGAGAAGAGTGT
GAGTAAATGAGAGATGCTTGTTGAAGACTTTTTTTGTAACTTTTTACCGGATCTAATACA
TTTGATATTTTCACCTGTTATTGTTGTACTTTTAAGTGTAACTTGAAATCGATAACGAGT
GCTTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B640TF U 1
AF RR1B645TF U 53
AF RR1DZ17JQ C 296
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GTGGCTAACCATTTGCGAGAATAGATATTGGGGTTGATCAAAAGGTTGATGTCTGAGAAG
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TAAATGTTTTTTTATAATCTTTTGTTTCATAAAAGAACTGGTTCTCATAGCTAAAGATCA
AAGGATGTTAAGGGTTTGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FA73JQ C 1
AF RR1FA73TF U 1
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AAGGATGTTAAGGGTTTGC

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TAAATGTTTTTTTATAATCTTTTGTTTCATAAAAGAACTGGTTCTCATAGCTAAAGATCA
AAGGATGTTAAGGGTTTGC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 3

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CATTTTGTGGCTAAAGATTTATCTTTTGCTTTTATGATGGCTTCATAAAGCACTTGGAGA
GT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 

AF RR1A522JQ U 1
AF RR1A522TF C 1
AF RR1BP15JQ U 1
BS 1 383 RR1A522JQ
BS 384 782 RR1BP15JQ

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C

QA 1 383 1 383
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RD RR1A522TF 384 0 0
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C

QA 1 383 1 383
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CGAAGGGGGATATCAATCCTTGAGCTTTCTTCTTTATTTTCCTCTGAAGATCCGTCTGTT
GCTTCGAGTATATTTTGATTACTAGTTTGTGATATCACTGGTGATGTGCTATCATTGCTC
TTGAAACAGTTACAATCAGTTGGTTGACACGTGATCTTGTCGAGTTTAGTGTTCATTTCA
GACATCTTGGCCATGAGTTCTTTGATATCTAGACATTGGTCGACTTGAACATCCACATCT
ACCATCCATCTTAATGAAGCTTCTAACTCTTTGATTCTACTCTTGTACCTATGCTTCTTG
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AGACGCTTGAGATCTTCAATGACTTTCCTCTGAGAATATTCTACTTTTTCGCTGATCTTA
TCGACATGAACCACCAAGGGAGTGATCCTGGAGATTGTAGCCCCGAGGCGGTCCAAGATA
CATTTTGTGGCTAAAGATTTATCTTTTGCTTTTATGATGGCTTCATAAAGCACTTGGAGA
GT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 4

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GGCTCTGCTCTGGTCTAAATCCGGTCTTATCTTCGTCGATCTTTCACGGAATCAGTTTGG
TGGTTCGATACGAGTAATTCCCGGCTCTTCTTGCGTGACTCACGGATCTCGGAGACCCAT
TTGCCCCACGTCCACATCCATACGCCTCGATAACTCGGATCGGGTCTAGCCCGCTTCTTG
CTATTTGTTTGATGGGTCTCTTCGTCTTCCACCGGAGACAGTTGTTTGACGGAGGACAGT
AATCGCCGATCTTCTACTTTTTTCCATGCGATTTCTGGTAAAGACAAGATGATGATGGTG
AAGGAAGAAGATGGTTTAGAGGTTGCTTTGAATCTCGAGTAGTTAGAGGCGATGATGGGT
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GATTTATGGTAAAACTTATAAGATTTAGGATTTATTTCTCGTTTATGTTTGATGGCTCAT
GATGGGATTCCCGAACAAACTTGATTTCTCAATACACATAGATGACTGAGTGTTAAATTT
AAGCTGCCAAGATTGTTTTTCTAAAAAAAAAAATTTGTTATGGTAAATGTGTGAATCAAA
AAGACGATGAACAGTAACTCGTAAAATATTAGCTTTGTGTTGTTGTGGAGTCTTGTGTAA
TTTCACCCATCTTTCTTGCATGATTCTGCAAATAACTTTTTTAATGCATACATACTTAAT
C


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 

AF RR1EU92TF U 1
AF RR1AL76TF U 1
AF RR1AL76JQ C 338
AF RR1EU92JQ C 340
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BS 794 794 RR1AL76JQ
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QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1AL76TF 804 0 0
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QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1AL76JQ 744 0 0
AT
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QA 3 744 3 744
DS 

RD RR1EU92JQ 742 0 0
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TCTTTCACGGAATCAGTTTGGTGGTTCGATACGAGTAATTCCCGGCTCTTCTTGCGTGAC
TCACGGATCTCGGAGACCCATTTGCCCCACGTCCACATCCATACGCCTCGATAACTCGGA
TCGGGTCTAGCCCGCTTCTTGCTATTTGTTTGATGGGTCTCTTCGTCTTCCACCGGAGAC
AGTTGTTTGACGGAGGACAGTAATCGCCGATCTTCTACTTTTTTCCATGCGATTTCTGGT
AAAGACAAGATGATGATGGTGAAGGAAGAAGATGGTTTAGAGGTTGCTTTGAATCTCGAG
TAGTTAGAGGCGATGATGGGTAGTGTTCAATAAGATGGTTTAGCTCATCTCGCGGCAGAT
GCTATTCAATTTTATTAATTTGATTTATGGTAAAACTTATAAGATTTAGGATTTATTTCT
CGTTTATGTTTGATGGCTCATGATGGGATTCCCGAACAAACTTGATTTCTCAATACACAT
AGATGACTGAGTGTTAAATTTAAGCTGCCAAGATTGTTTTTCTAAAAAAAAAAATTTGTT
ATGGTAAATGTGTGAATCAAAAAGACGATGAACAGTAACTCGTAAAATATTAGCTTTGTG
TTGTTGTGGAGTCTTGTGTAATTTCACCCATCTTTCTTGCATGATTCTGCAAATAACTTT
TTTAATGCATACATACTTAATC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 4

CO CL2376Contig1 961 4 6 U
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GTCCCTCTTCGTGGTGAAGCACGGACATGCTCATCTAGTCGACACTATGAATACTGTTCA
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AGCCCTTCTTAATCCAGCAGCTTCTAATATCTGGGGGGCTATGCTGGACAGTATAGTGAC
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GGAGAATGCTGGATACACAGCTGCGTTTGTGAGTCTTCACAATGCTGGGAGAAGGGAAGC
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GCATTCTGTTCTGTCGTTGTCTCCTCTTGAGAAATCTTTACATCTAAAAAAATGATTCTG
C


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1GU42JQ C 328
AF RR1GU42TF U 1
AF RR1A135TF U 1
AF RR1A135JQ C 332
BS 1 52 RR1A135TF
BS 53 53 RR1GU42TF
BS 54 730 RR1A135TF
BS 731 731 RR1A135JQ
BS 732 784 RR1A135TF
BS 785 961 RR1A135JQ

RD RR1GU42JQ 381 0 0
TATC
TGGGGGGCTATGCTGGACAGTATAGTGACGCTTGTTTCAAGGCCTGAGTAGGAAAGAGCC
GTTGAGGAACCTGAAATGCCAGA*GGCTTGGAGAATGCTGGATACACAGCTGCGTTTGTG
AGTCTTCACAATGCTGGGAGAAGGGAAGCGGATCCTCTCCCAGACATTAGAGATCCGAAG
CAGTTTGTGGTTGTTTCTTTGGCCAGGCTTTCTGCTGCTTCTCCTGGTAGATACCCGCAG
ATAATTGGTGAGAATCTCGAAAAAGCTAACCAGGCAGCTTTGCTCCAGTTTTGCAGCGCT
TACAGCAGTGTAATCGTTTGAAAGTAAGTGGAGAGATGGGTGTGAGGAGAAAGGAGGAGG
AAAACACACAGCA
ACAT

QA 5 377 5 377
DS 

RD RR1GU42TF 732 0 0
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GTTCACACGTCTTCAGAACAAGAAGACTCTGAAGTTCCAGAAATCGCTAGTGGTATTCAT
GTCCCTCTTCGTGGTGAAGCACGGACATGCTCATCTAGTCGACACTATGAATACTGTTCA
GCCCAACATCTTCACTGCCATCGTGCAGCAAATCTGGATTCCAAACGTTAAGCTGATCAT
GGGAAGTATCGAGGTAAAGTTAACTGCAGTTGCCGCAACGAGGCTCATATGTGAGACTCC
AGCCCTTCTTAATCCAGCAGCTTCTAATATCTGGGGGGCTATGCTGGACAGTATAGTGAC
GCTTGTTTCAAGGCCTGAGTAGGAAAGAGCCGTTGAGGAACCTGAAATGCCAGA*GGCTT
GGAGAATGCTGGATACACAGCTGCGTTTGTGAGTCTTCACAATGCTGGGAGAAGGGAAGC
GGATCCTCTCCCAGACATTAGAGATCCGAAGCAGTTTGTGGTTGTTTCTTTGGCCAGGCT
TTCTGCTGCTTCTCCTGGTAGATACCCGCAGATAATTGGTGAGAATCTCGAAAAAGCTAA
CCAGGCAGCTTTGCTCCAGCTCTGCAGCGCTTACAGCAGTGTAATCGTTTGAAAGTAAGT
GGAGAGATGGGTGTGAGGAGAAAGGAGGAGGAAA*CACACAGCA*CATTGCATTTGTGTC
TGCGA
GAAAGTG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1A135TF 784 0 0
GATTGAGTATCTCGACTACGGTGCCATTGCTCCATTCATGACGGGTATATGGCGTGCTCT
GTTCACACGTCTTCAGAACAAGAAGACTCTGAAGTTCCAGAAATCGCTAGTGGTATTCAT
GTCCCTCTTCGTGGTGAAGCACGGACATGCTCATCTAGTCGACACTATGAATACTGTTCA
GCCCAACATCTTCACTGCCATCGTGCAGCAAATCTGGATTCCAAACGTTAAGCTGATCAT
GGGAAGTATCGAGGTAAAGTTAACTGCAGTTGCCGCAACGAGGCTCATATGTGAGACTCC
AGCCCTTCTTAATCCAGCAGCTTCTAATATCTGGGGGGCTATGCTGGACAGTATAGTGAC
GCTTGTTTCAAGGCCTGAGCAGGAAAGAGCCGTTGAAGAACCTGAAATGCCAGAAGGCTT
GGAGAATGCTGGATACACAGCTGCGTTTGTGAGTCTTCACAATGCTGGGAGAAGGGAAGC
GGATCCTCTCCCAGACATTAGAGATCCGAAGCAGTTTGTGGTTGCTTCTTTGGCCAGGCT
TTCTGCTGCTTCTCCTGGTAGATACCCGCAGATAATTGGTGAGAATCTCGAAAAAGCTAA
CCAGGCAGCTTTGCTCCAGCTCTGCAGCGCTTACAGCAGTGTAATCGTTTGAAAGTAAGT
GGAGAGATGGGTGTGAGGAGAAAGGAGGAGGAAAACACACAGCAACATTGCATTTGTGTC
TGCGAAGAAA*GTGGTGGTTTTTTTTTTCTTTGGGGTCTTAAACCGGGGAGTTTCATATC
ATTT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1A135JQ 630 0 0
TGGGGGGCTATGCTGGACAGTATAGTGACGCTTGTTTCAAGGCCTGAGCAGGAAAGAGCC
GTTGAAGAACCTGAAATGCCAGAAGGCTTGGAGAATGCTGGATACACAGCTGCGTTTGTG
AGTCTTCACAATGCTGGGAGAAGGGAAGCGGATCCTTTCCCAGACATTAGAGATCCGAAG
CAGTTTGTGGTTGCTTCTTTGGCCAGGCTTTCTGCTGCTTCTCCTGGTAGATACCCGCAG
ATAATTGGTGAGAATCTCGAAAAAGCTAACCAGGCAGCTTTGCTCCAGCTCTGCAGCGCT
TACAGCAGTGTAATCGTTTGAAAGTAAGTGGAGAGATGGGTGTGAGGAGAAAGGAGGAGG
AAAACACACAGCAACATTGCATTTGTGTCTGCGAAGAAAAGTGGTGGTTTTTTTTTTCTT
TGGGGTCTTAAACCGGGGAGTTTCATATCATTTGGAAAGGGAGAAGAACATTATCTTACA
AAACATGAGTTTCTTTGTTTGGGTTTTTGGCAATTTTCATGGGGGTTGTTGTTTATCTAT
TGAATGGTGGTGTTACTATGTGTTTATGTGCATTCTGTTCTGTCGTTGTCTCCTCTTGAG
AAATCTTTACATCTAAAAAAATGATTCTGC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 4

CO CL2377Contig1 882 4 17 U
GGGGTTAAGCAGAATGGAATCAAAAGAATGGAGCTCCGGCGCGTGGACGCACCTCACGGC
CGTCCGGCGGCGATCGCCGCTAGTTCAGTGCATCACCAACCTCGTCTCAATGGATCTCGT
GGCCAACACGCTTTTATCCGCCGGCGCATCACCGGCGATGGTTCATTCAATCGCCGAGGT
TCCTGATTTCACACCTCATATTCACGCGCTCTGCGTCAACGTCGGCACGCTTACTCCTGA
TTGGCTCCCCTCCATGAAAGCCGCCGCCGAACTCGCTTCTCAGCTCGGAAAGCCTTGGGT
TCTCGATCCCGCCGCCGTGAGCTGCTCCGGTTTCCGGTTAAAGGCGTGCTTGGAGCTCGT
TGAGCTTAAACCTAGCGTGATCAAAGGAAACGGTTCTGAGATTATTGCTCTCTCCTCTGC
TTCACAGAGTCACACTAAGGGTGCGGATAGCTCTCATGAATCTACTGAGGCCATAGAAGC
TGCGAAGTCACTAGCTTTGTCAAGCGGTGCTGTTGTTGCGGTTTCAGGAGCTGTTGATAT
TGTTACGGATGGGAAACGGGTTATCGGTGTCCACAACGGGGCAAAGATGATGCAAAAGAT
CACTGCCACTGGATGTTCGCTAGCTGGTCTGGTTGCTGCGTTTCTTGCTGTCGATCCGTT
ACAGCCGCTGGAAGCTACTGTTTCCGCTATGTCTGTCTTCG*CATCGCGGGTGAGTTGGG
TGAAGAGTTGGCGAATGGTCCAGCTTCTTTGAGAATGCATTTGATTGATTCTCTTTACGG
TTTGGATGAAACCACTGTGCTTAACCGTGTGAAAATCGCGAGTTTGGGTTGATGTACAAA
CAAGACTTTGTGATTTGCTTTCAATCAATAAGTGTTACACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1FB35TF U 1
AF RR1EI74TF U 5
AF RR1EI74JQ C 187
AF RR1FB35JQ C 241
BS 1 575 RR1FB35TF
BS 576 749 RR1EI74TF
BS 750 750 RR1EI74JQ
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BS 794 801 RR1EI74TF
BS 802 802 RR1EI74JQ
BS 803 814 RR1EI74TF
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BS 828 828 RR1FB35JQ
BS 829 880 RR1EI74JQ
BS 881 882 RR1FB35JQ

RD RR1FB35TF 575 0 0
GGGGTTAAGCAGAATGGAATCAAAAGAATGGAGCTCCGGCGCGTGGACGCACCTCACGGC
CGTCCGGCGGCGATCGCCGCTAGTTCAGTGCATCACCAACCTCGTCTCAATGGATCTCGT
GGCCAACACGCTTTTATCCGCCGGCGCATCACCGGCGATGGTTCATTCAATCGCCGAGGT
TCCTGATTTCACACCTCATATTCACGCGCTCTGCGTCAACGTCGGCACGCTTACTCCTGA
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TCTCGATCCCGCCGCCGTGAGCTGCTCCGGTTTCCGGTTAAAGGCGTGCTTGGAGCTCGT
TGAGCTTAAACCTAGCGTGATCAAAGGAAACGGTTCTGAGATTATTGCTCTCTCCTCTGC
TTCACAGAGTCACACTAAGGGTGCGGATAGCTCTCATGAATCTACTGAGGCCATAGAAGC
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TGTTACGGATGGGAAACGGGTTATCGGTGTCCACA

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1EI74TF 826 0 0
GG
AAGCAGAATGGAATCAAAAGAATGGAGCTCCGGCGCGTGGACGCACCTCACGGCCGTCCG
GCGGCGATCGCCGCTAGTTCAGTGCATCACCAACCTCGTCTCAATGGATCTCGTGGCCAA
CACGCTTTTATCCGCCGGCGCATCACCGGCGATGGTTCATTCAATCGCCGAGGTTCCTGA
TTTCACACCTCATATTCACGCGCTCTGCGTCAACGTCGGCACGCTTACTCCTGATTGGCT
CCCCTCCATGAAAGCCGCCGCCGAACTCGCTTCTCAGCTCGGAAAGCCTTGGGTTCTCGA
TCCCGCCGCCGTGAGCTGCTCCGGTTTCCGGTTAAAGGCGTGCTTGGAGCTCGTTGAGCT
TAAACCTAGCGTGATCAAAGGAAACGGTTCTGAGATTATTGCTCTCTCCTCTGCTTCACA
GAGTCACACTAAGGGTGCGGATAGCTCTCATGAATCTACTGAGGCCATAGAAGCTGCGAA
GTCACTAGCTTTGTCAAGCGGTGCTGTTGTTGCGGTTTCAGGAGCTGTTGATATTGTTAC
GGATGGGAAACGGGTTATCGGTGTCCACAACGGGGCAAAGATGATGCAAAAGATCACTGC
CACTGGATGTTCGCTAGCTGGTCTGGTTGCTGCGTTTCTTGCTGTCGATCCGTTACAGCC
GCTGGAAGCTACTGTTTCCGCTATGTCTGTCTTCG*CATCGCGGGTGAGTTGGGTGAAGA
GTTGGCGAATGGTCCAGCTTCTT*GAGA*TGCATTTGATTGATTCTCTTTACG*TTTGGA
TGAAAC*ACTGTGCT*AACCGTGTGAAA*TCGCGAGTTTGG
TTG

QA 3 823 3 823
DS 

RD RR1EI74JQ 694 0 0
TTTCACACCTCATATTCACGCGCTCTGCGTCAACGTCGGCACGCTTACTCCTGATTGGCT
CCCCTCCATGAAAGCCGCCGCCGAACTCGCTTCTCAGCTCGGAAAGCCTTGGGTTCTCGA
TCCCGCCGCCGTGAGCTGCTCCGGTTTCCGGTTAAAGGCGTGCTTGGAGCTCGTTGAGCT
TAAACCTAGCGTGATCAAAGGAAACGGTTCTGAGATTATTGCTCTCTCCTCTGCTTCACA
GAGTCACACTAAGGGTGCGGATAGCTCTCATGAATCTACTGAGGCCATAGAAGCTGCGAA
GTCACTAGCTTTGTCAAGCGGTGCTGTTGTTGCGGTTTCAGGAGCTGTTGATATTGTTAC
GGATGGGAAACGGGTTATCGGTGTCCACAACGGGGCAAAGATGATGCAAAAGATCACTGC
CACTGGATGTTCGCTAGCTGGTCTGGTTGCTGCGTTTCTTGCTGTCGATCCGTTACAGCC
GCTGGAAGCTACTGTTTCCGCTATGTCTGTCTTCGGCATCGCGGGTGAGTTGGGTGAAGA
GTTGGCGAATGGTCCAGCTTCTTTGAGAATGCATTTGATTGATTCTCTTTACGGTTTGGA
TGAAACCACTGTGCTTAACCGTGTGAAAATCGCGAGTTTGG*TTGATGTACAAACAAGAC
TTTGTGATTTGCTTTCAATCAATAAGTGTTACAC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1FB35JQ 642 0 0
TTGGCTCCCCTCCATGAAAGCCGCCGCCGAACTCGCTTCTCAGCTCGGAAAGCCTTGGGT
TCTCGATCCCGCCGCCGTGAGCTGCTCCGGTTTCCGGTTAAAGGCGTGCTTGGAGCTCGT
TGAGCTTAAACCTAGCGTGATCAAAGGAAACGGTTCTGAGATTATTGCTCTCTCCTCTGC
TTCACAGAGTCACACTAAGGGTGCGGATAGCTCTCATGAATCTACTGAGGCCATAGAAGC
TGCGAAGTCACTAGCTTTGTCAAGCGGTGCTGTTGTTGCGGTTTCAGGAGCTGTTGATAT
TGTTACGGATGGGAAACGGGTTATCGGTGTCCACAACGGGGCAAAGATGATGCAAAAGAT
CACTGCCACTGGATGTTCGCTAGCTGGTCTGGTTGCTGCGTTTCTTGCTGTCGATCCGTT
ACAGCCGCTGGAAGCTACTGTTTCCGCTATGTCTGTCTTC***ATCGCGGGTGAGTTGGG
TGAAGAGTTGGCGAATGGTCCAGCTTCTTTGAGAATGCATTTGATTGATTCTCTTTACGG
TTTGGATGAAACCACTGTGCTTAACCGTGTGAAAATCGCGAGTTTGGGTTGATGTACAAA
CAAGACTTTGTGATTTGCTTTCAATCAATAAGTGTTACACAC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 4

CO CL2378Contig1 1216 4 17 U
GGAATAAGACACATTCAAATCCAATCTATATCTCCCTATTCCAATTCCGTACATACTCTT
CTTATTCCTTTGCATAATCTTTCTTCTTCGTCGGTTGTGTGCACCGTCAACTTTGAGCTT
CATTCTCTGATCGTGTTTGAACGATTGGTAGCTTTTGATAAGAACAATGAGTTATTCTGC
AGCCGGTAGCTCAGGTAAAAGGAGACTAAGTGATCTTTTAACTCAATCTGATAACCGAGT
CTGCGCTGATTGTAGCGCTCCGGATCCTAAGTGGGCGTCAGCAAACATCGGAGTGTTCAT
ATGCTTGAAATGTTGCGGTGTGCACAGAAGCCTT*GGTACTCATATCTCAAAGGTCTTAT
CTGTGACATTGGATGAATGGTCGGAAGATGAAGTGGATTCAATGATTGAAATTGGAGGAA
ATGCCTCTGCAAATTCAGTTTACGAGGCATTTATACCTGATGGTTGCTCTAAGCCTGGAC
CTGATGCTAGTCCTGACCAACGTATGCAGTTTATCAGGTCAAAATATGAACACCAAGAGT
TTCTAAAACCAAGCTTGAGGATCACATCCGTGAAGGGCTCAAATTCATCATCATCACAAC
AGCCGCATCTTGAAGGCATGGTTGAGTTTATTGGATTGTTGAAGGTGACTCTTAAGAAAG
GAACCAATCTAGCTGTCAGAGATATGAGGACAAGCGATTCTTATGTTGTGTTGACTCTCG
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AACTCATGCTCTCTGTTCCTCACAACTATGGCTCAGTAAAGTTGCAAGTGTTTGATTATG
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TTAAATCGCGCGACAATGCTCTTATAGAGGACAGCATCATCAACATTGCAGATGGGAAAG
TGAAACAAGAGGTTCAAATCAAGCTTCAGAATGTTGAGTCTGGTGAAATAGAACTGGAAC
TTGAGTGGCTCCGTCTTGACCAATAAATGTAACAAACTCTATGTGTTTTGAGTCATTTTT
TTTGTGCACAGACAAAGTGAAATCTTGATCCCAAATGTTTCATTTAAAACCTAAGATAAG
ACGTTTGTAAGAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AD10TF U 1
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GACAACAGACCGC

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DS 

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GG
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TCTTATGTTGTGTTGACTCTCGGACAACAGACCGCAAAATCAACTGTAATGAAGGGCAAC
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AT*GATATCCAACCTCTGAT*ACATCTGCA
TGGC

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DS 

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G
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CGGTGTGCACAGAAGCCTTTGGTACTCATATCTCAAAGGTCTTATCTGTGACATTGGATG
AATGGTCGGAAGATGAAGTGGATTCAATGATTGAAATTGGAGGAAATGCCTCTGCAAATT
CAGTTTACGAGGCATTTATACCTGATGGTTGCTCTAAGCCTGGACCTGATGCTAGTCCTG
ACCAACGTATGCAGTTTATCAGGTCAAAATATGAACACCAAGAGTTTCTAAAACCAAGCT
TGAGGATCACATCCGTGAAGGGCTCAAATTCATCATCATCACAACAGCCGCATCTTGAAG
GCATGGTTGAGTTTATTGGATTGTTGAAGGTGACTCTTAAGAAAGGAACCAATCTAGCTG
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AATTAACTGTAATGAAGGGCAACTTAAACCCGGTTTGGAACGAGGAACTCATGCTCTCTG
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ATGACATAATGGGAGAAGCTGGGATTGATATCCAACCTCTGATTACATCTGCAATGGCCT
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ATGCTCTTATAGAGGACAGCATCATCAACATTGCAGATGGGAAAGTGAAACAAGAGGTTC
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TTGACCAATAAATGTAACAAACTCTATGTGTTTTGAGTCATTTTTTT*GTGCACAGACAA
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C

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CATGGTTGAGTTTATTGGATTGTTGAAGGTGACTCTTAAGAAAGGAACCAATCTAGCTGT
CAGAGATATGAGGACAAGCGATTCTTATGTTGTGTTGACTCTCGGACAACAGACCGCAAA
ATCAACTGTAATGAAGGGCAACTTAAACCCGGTTTGGAACGAGGAACTCATGCTCTCTGT
TCCTCACAACTATGGCTCAGTAAAGTTGCAAGTGTTTGATTATGACGCACTCTCTGCTGA
TGATATAATGGGAGAAGCTGGGATTGATATCCAACCTCTGATTACATCTGCAATGGCCTT
AGGAGACCCTGAAATGTTTGGCGATATGCAGATTGGTAAATGGCTTAAATCGCGCGACAA
TGCTCTTATAGAGGACAGCATCATCAACATTGCAGATGGGAAAGTGAAACAAGAGGTTCA
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TGACCAATAAATGTAACAAACTCTATGTGTTTTGAGTCATTTTTTTTGTGCACAGACAAA
GTGAAATCTTGATCCCAAATGTTTCATTTAAAACCTAAGATAAGACGTTTGTAAGAAGCC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 3

CO CL2379Contig1 933 3 21 U
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CTAGGACACAGATGATCACATAACAAGTTGACATCATGGGAAAACCAGACGTGGCTCAAC
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GAGAAATGTGCATACGGCCGCAACTAGTGAAAGAATGATTGTATCCACCGACTTTTTCCT
CTTTATCGCTGACAGAATAGTGTTCACCGTGGGTAGACGGCTGGTGACATTGCTAAGCTT
AGAGTTGATGCCTCCAAAATTTGAACGCTGAAACACGAGTGTACCAAGTGTTGCCTGAGC
TTGCGAAATGACACCATCCATCTGCGCTGCGTTGCGGTTGATTCCCACATTTTCTTTGAG
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TCTAAAGTCCTCAAGAAGTGAAGCATGCTCTTGTTTTGCTCTAAGACTTGATCGGTGTCG
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CTCCTCCCTTCCTCCTCGTAACCAGACCTTGGACTCCCTGAAAGATGAAATCCAATAAGG
AGAGAGAAAGGAGAAGGGATCTGACGGAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS66JQ U 1
AF RR1FM71JQ U 10
AF RR1FM71TF C 151
BS 1 195 RR1GS66JQ
BS 196 196 RR1FM71JQ
BS 197 227 RR1GS66JQ
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BS 229 276 RR1GS66JQ
BS 277 277 RR1FM71JQ
BS 278 521 RR1GS66JQ
BS 522 522 RR1FM71JQ
BS 523 639 RR1GS66JQ
BS 640 640 RR1FM71JQ
BS 641 688 RR1GS66JQ
BS 689 689 RR1FM71JQ
BS 690 778 RR1GS66JQ
BS 779 779 RR1FM71JQ
BS 780 807 RR1GS66JQ
BS 808 811 RR1FM71JQ
BS 812 812 RR1FM71TF
BS 813 820 RR1FM71JQ
BS 821 821 RR1FM71TF
BS 822 845 RR1FM71JQ
BS 846 933 RR1FM71TF

RD RR1GS66JQ 807 0 0
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CTAGGACACAGATGATCACATAACAAGTTGACATCATGGGAAAACCAGACGTGGCTCAAC
AGAGAGAGATAAATTGAAAAAAAGGACAAATTTTTACTTGGTTAGCCAGTAGATCAATAT
GAGAAATGTGCATACAGCCGCAACTAGTGAAAGAATGATTGTATCCATCGACTTTTTCCT
CTTTATCGCTGACAGAATAGTGTTCACCGTGGGTAGGCGGCTGGTGACATTGCTAAGCTT
AGAGTTGATGCCTCCAAAATTTGAACGCTGAAACACGAGTGTACCAAGTGTTGCCTGAGC
TTGCGAAATGACACCATCCATCTGCGCTGCGTTGCGGTTGATTCCCACATTTTCTTTGAG
CAAGGCTTGTTCGGAAGAGCCATCCCCATCTTCCAAGTCTAACCTAGTCCGATCAAATTC
TCTAAAGTCCTCAAGAAGTGAAGCATGCTCTTGTTTTGCTCCAAGACTTGATCGGTGTCG
GTAAAACTCCTGTGTGAGATCTTGAAGGATCTCCTGATGACGAGTTAAAGTATGGGAGAC
CATCTCTGAACCACCTGAAGAAACCCAAGCTTGCATCTGTGCATTAACTTGTTGCAGTTG
CTTAAGCAGTAAGTCGATCCCAGCTTCA*GGTCACTCTCTGAACCGTCTGACTTTATCAA
AGCCTTGGTCGAAACAAGTCTGCGATATGAATGCATCTGCTCGTCAAGCTGAGCTTCA*T
CTTTCTAGCCTGTTTACGTAAAGCATC

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1FM71JQ 836 0 0
GAAGGTTTGCTGTACACAAAATATTTAAGTTTTTTGCCTTTAGATTCTTTACTAGGACAC
AGATGATCACATAACAAGTTGACATCATGGGAAAACCAGACGTGGCTCAACAGAGAGAGA
TAAATTGAAAAAA*GGACAAATTTTTACTTGGTTAGCCAGTAGATCAATATGAGAAATGT
GCATACGGCCGCAACTAGTGAAAGAATGATTGTATCCACCGACTTTTTCCTCTTTATCGC
TGACAGAATAGTGTTCACCGTGGGTAGACGGCTGGTGACATTGCTAAGCTTAGAGTTGAT
GCCTCCAAAATTTGAACGCTGAAACACGAGTGTACCAAGTGTTGCCTGAGCTTGCGAAAT
GACACCATCCATCTGCGCTGCGTTGCGGTTGATTCCCACATTTTCTTTGAGCAAGGCTTG
TTCGGAAGAGCCATCCCCATCTTCCAAGTCTAACCTAGTCCGATCAAATTCTCTAAAGTC
CTCAAGAAGTGAAGCATGCTCTTGTTTTGCTCTAAGACTTGATCGGTGTCGGTAAAACTC
CTGTGTGAGATCTTGAAGGATCTCCTGATGACGAGTTAAAGTATGGGAGACCATCTCTGA
ACCACCTGAAGAAACCCAAGCTTGCATCTGCGCATTAACTTGTTGCAGTTGCTTAAGCAG
TAAGTCGATCCCAGCTTCAAGGTCACTCTCTGAACCGTCTGACTTTATCAAAGCCTTGGT
CGAAACAAGTCTGCGATATGAATGCATCTGCTCGTCAAGCTGAGCTTCAATCTTTCTAGC
CTGTTTACGTAAAGCATCCCAG*AGCTAGGA*CGTCCATGGTGTTCAGATCCTCCT

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1FM71TF 783 0 0
TTTTTACTTGGTTAGCCAGTAGATCAATATGAGAAATGTGCATACGGCCGCAACTAGTGA
AAGAATGATTGTATCCACAGACTTTTTCCTCTTTATCGCTGACAGAATAGTGTTCACCGT
GGGTAGACGGCTGGTGACATTGCTAAGCTTAGAGTTGATGCCTCCAAAATTTGAACGCTG
AAACACGAGTGTACCAAGTGTTGCCTGAGCTTGCGAAATGACACCATCCATCTGCGCTGC
GTTGCGGTTGATTCCCACATTTTCTTTGAGCAAGGCTTGTTCGGAAGAGCCATCCCCATC
TTCCAAGTCTAACCTAGTCCGATCAAATTCTCTAAAGTCCTCAAGAAGTGAAGCATGCTC
TTGTTTTGCTCTAAGACTTGATCGGTGTCGGTAAAACTCCTGTGTGAGATCTTGAAGGAT
CTCCTGATGACGAGTTAAAGTATGGGAGACCATCTCTGAACCACCTGAAGAAACCCAAGC
TTGCATCTGCGCATTAACTTGTTGCAGTTGCTTAAGCAGTAAGTCGATCCCAGCTTCAAG
GTCACTCTCTGAACCGTCTGACTTTATCAAAGCCTTGGTCGAAACAAGTCTGCGATATGA
ATGCATCTGCTCGTCAAGCTGAGCTTCAATCTTTCTAGCCTGTTTACGTAAAGCATCCCA
GGAGCTAGGAACGTCCATGGTGTTCAGATCCTCCTCCCTTCCTCCTCGTAACCAGACCTT
GGACTCCCTGAAAGATGAAATCCAATAAGGAGAGAGAAAGGAGAAGGGATCTGACGGAGA
GCC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 4

CO CL2380Contig1 367 4 3 U
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GCGCCACAACCATACCCTCCTCAGGCCCCGCAACATCAACAGCCTTATCCATCATGGCAA
CAAGGCTCGTACTATGATCCACAGGGACAGCAGCCTCGGCCTCCTTATACCGCCCCGAAT
CCGTACCTACACCCGCCTCAACCTCAGCCTCCTCACCAAGGCGGTGGATACTACAGGCAG
TGAGTTATAATGTGGAACCAATAAACCGTTGTGTTATTGTTCTTGTTGTTGTGTTTCCTG
TTGAGTACTTGATGAATATCTATCTCTTTTGTTTACATGTTTCTCGAATGAAATCGATGT
ATTTCTT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1FL56JQ C 1
AF RR1FL56TF U 1
AF RR1DR59JQ C 152
AF RR1DR59TF U 152
BS 1 313 RR1FL56TF
BS 314 314 RR1DR59TF
BS 315 367 RR1FL56TF

RD RR1FL56JQ 367 0 0
GCTGGCTACTCCATCCCACCCTATGGTCCACCTCCTCCGTACCATGCACCTCATGGCCAG
GCGCCACAACCATACCCTCCTCAGGCCCCGCAACATCAACAGCCTTATCCATCATGGCAA
CAAGGCTCGTACTATGATCCACAGGGACAGCAGCCTCGGCCTCCTTATACCGCCCCGAAT
CCGTACCTACACCCGCCTCAACCTCAGCCTCCTCACCAAGGCGGTGGATACTACAGGCAG
TGAGTTATAATGTGGAACCAATAAACCGTTGTGTTATTGTTCTTGTTGTTGTGTTTCCTG
TTGAGTACTTGATTAATATCTATCTCTTTTGTTTACATGTTTCTCGAATGAAATCGATGT
ATTTCTT

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR1FL56TF 367 0 0
GCTGGCTACTCCATCCCACCCTATGGTCCACCTCCTCCGTACCATGCACCTCATGGCCAG
GCGCCACAACCATACCCTCCTCAGGCCCCGCAACATCAACAGCCTTATCCATCATGGCAA
CAAGGCTCGTACTATGATCCACAGGGACAGCAGCCTCGGCCTCCTTATACCGCCCCGAAT
CCGTACCTACACCCGCCTCAACCTCAGCCTCCTCACCAAGGCGGTGGATACTACAGGCAG
TGAGTTATAATGTGGAACCAATAAACCGTTGTGTTATTGTTCTTGTTGTTGTGTTTCCTG
TTGAGTACTTGATTAATATCTATCTCTTTTGTTTACATGTTTCTCGAATGAAATCGATGT
ATTTCTT

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR1DR59JQ 216 0 0
G
GCCTCGGCCTCCTTATACCGCCCCGAATCCGTACCTACACCCGCCTCAACCTCAGCCTCC
TCACCAAGGCGGTGGATACTACAGGCAGTGAGTTATAATGTGGAACCAATAAACCGTTGT
GTTATTGTTCTTGTTGTTGTGTTTCCTGTTGAGTACTTGATGAATATCTATCTCTTTTGT
TTACATGTTTCTCGAATGAAATCGATGTATTTCTT

QA 2 216 2 216
DS 

RD RR1DR59TF 216 0 0
G
GCCTCGGCCTCCTTATACCGCCCCGAATCCGTACCTACACCCGCCTCAACCTCAGCCTCC
TCACCAAGGCGGTGGATACTACAGGCAGTGAGTTATAATGTGGAACCAATAAACCGTTGT
GTTATTGTTCTTGTTGTTGTGTTTCCTGTTGAGTACTTGATGAATATCTATCTCTTTTGT
TTACATGTTTCTCGAATGAAATCGATGTATTTCTT

QA 2 216 2 216
DS 



AS 1 4

CO CL2381Contig1 1164 4 6 U
GGAAAAGCTTCGTGAAATTCAATTCAATTCACTTCTTTGGAATTTACGGTAATGGCGGCT
CCTCGGAACTTAACCGGAGACGGCGGCGGAAAGGTAGTCGTGAAGGACGAAGAAAGCGCC
GCCGCGTCTTCCCCGAAACGCACCAAATCGGAGCGGTTTCCTCTTTCACGTTGGGAGTTG
GTCGTGTTTTTCACCGTCTTCCTCGTCTTCACCACCGGACTCGTCTCTATTTACCTCACT
ATGCCCGCCGCTGAATACGCCAAGCTCAAACTTCCTACAACCATCTCCGATCTCCGATTG
CTCAAAGATAATCTTGGGTCATATGCAAGTGTGTACCCAGCAAGATTCATTTTAGGTTAC
TGTTCAACCTACATCTTTATGCAAACCTTCATGATACCTGGAACTATCTTTATGTCACTA
CTCGCCGGAGCTCTTTTCGGTGTGGTTAGAGGTTTTGTTCTTGTCGTCCTCAATGCAACA
GCTGGAGCCTCTTCTTGTTTCTTCTTATCGAAATTGGTCGGAAGGCCTCTTGTTTGCTGG
CTGTGGCCTGACAAGTTGAGGTTTTTCCAAGCCGAGATTGGGAAAAGAAGAGATAAGCTA
CTAAACTACATGCTCTTCTTAAGGATAACACCCACACTTCCTAACCTCTTCATCAATTTG
TCTTCTCCAATCGTTGACATACCTTTTCACGTCTTCTTTTTAGCCACTCTTGTCGGTCTT
ATGCCAGCTTCGTACATCACCGTTAGAGCTGGTCTGGCTCTTGGAGATCTCAAATCAGTG
AAAGATCTGTATGATTTCAAGACTTTGTCTGTGTTATTCCTCATTGGATCCATCTCCATA
TTCCCTGCTCTGCTAAAGAGAAAGAGAGTGTATGAATGAATGAAGACTGAAAATACATTT
ATGAGCAGTACTATACTGTTGCATTCCGGGATTTTTTAAGGTGTGTTTATGAGCTCTCGC
TATAGAAGAAGATCGCTTTTGAGTCATCACAGAGTATTGAACCGCTAACTCTGTCTTTGA
TTGGTTTATCACTTTGTGTGGATTCGAAATTCGTTCTCTTATTCCCTTTGTATTAAGTGC
TTTGTCTAGCTAGTATACTGAATCTTGATTCCCAGATTGGTTCTGTATATTGTATCTTTA
TTCAGAGATCTGATGCTGCACCGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G751TF U 1
AF RR1EN62TF U 187
AF RR1EN62JQ C 562
AF RR1G751JQ C 580
BS 1 553 RR1G751TF
BS 554 889 RR1EN62TF
BS 890 1046 RR1EN62JQ
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BS 1048 1151 RR1EN62JQ
BS 1152 1164 RR1G751JQ

RD RR1G751TF 553 0 0
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CCTCGGAACTTAACCGGAGACGGCGGCGGAAAGGTAGTCGTGAAGGACGAAGAAAGCGCC
GCCGCGTCTTCCCCGAAACGCACCAAATCGGAGCGGTTTCCTCTTTCACGTTGGGAGTTG
GTCGTGTTTTTCACCGTCTTCCTCGTCTTCACCACCGGACTCGTCTCTATTTACCTCACT
ATGCCCGCCGCTGAATACGCCAAGCTCAAACTTCCTACAACCATCTCCGATCTCCGATTG
CTCAAAGATAATCTTGGGTCATATGCAAGTGTGTACCCAGCAAGATTCATTTTAGGTTAC
TGTTCAACCTACATCTTTATGCAAACCTTCATGATACCTGGAACTATCTTTATGTCACTA
CTCGCCGGAGCTCTTTTCGGTGTGGTTAGAGGTTTTGTTCTTGTCGTCCTCAATGCAACA
GCTGGAGCCTCTTCTTGTTTCTTCTTATCGAAATTGGTCGGAAGGCCTCTTGTTTGCTGG
CTGTGGCCTGACA

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1EN62TF 703 0 0
TTTTTCACCGTCTTCCTCGTCTTCACCACCGGACTCGTCTCTATTTACCTCACTATGCCC
GCCGCTGAATACGCCAAGCTCAAACTTCCTACAACCATCTCCGATCTCCGATTGCTCAAA
GATAATCTTGGGTCATATGCAAGTGTGTACCCAGCAAGATTCATTTTAGGTTACTGTTCA
ACCTACATCTTTATGCAAACCTTCATGATACCTGGAACTATCTTTATGTCACTACTCGCC
GGAGCTCTTTTCGGTGTGGTTAGAGGTTTTGTTCTTGTCGTCCTCAATGCAACAGCTGGA
GCCTCTTCTTGTTTCTTCTTATCGAAATTGGTCGGAAGGCCTCTTGTTTGCTGGCTGTGG
CCTGACAAGTTGAGGTTTTTCCAAGCCGAGATTGGGAAAAGAAGAGATAAGCTACTAAAC
TACATGCTCTTCTTAAGGATAACACCCACACTTCCTAACCTCTTCATCAATTTGTCTTCT
CCAATCGTTGACATACCTTTTCACGTCTTCTTTTTAGCCACTCTTGTCGGTCTTATGCCA
GCTTCGTACATCACCGTTAGAGCTGGTCTGGCTCTTGGAGATCTCAAATCAGTGAAAGAT
CTGTATGATTTCAAGACTTTGTCTGTGTTATTCCTCATTGGATCCATCTCCATATTCCCT
GCTCTGCTAAAGAGAAAGAGAGTGTATGAATGAATGAAGACTG

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DS 

RD RR1EN62JQ 590 0 0
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AGGATAACACCCACACTTCCTAACCTCTTCATCAATTTGTCTTCTCCAATCGTTGACATA
CCTTTTCACGTCTTCTTTTTAGCCACTCTTGTCGGTCTTATGCCAGCTTCGTACATCACC
GTTAGAGCTGGTCTGGCTCTTGGAGATCTCAAATCAGTGAAAGATCTGTATGATTTCAAG
ACTTTGTCTGTGTTATTCCTCATTGGATCCATCTCCATATTCCCTGCTCTGCTAAAGAGA
AAGAGAGTGTATGAATGAATGAAGACTGAAAATACATTTATGAGCAGTACTATACTGTTG
CATTCCGGGATTTTTTAAGGTGTGTTTATGAGCTCTCGCTATAGAAGAAGATCGCTTTTG
AGTCATCACAGAGTATTGAACCGCTAACTCTGTCTTTGATTGGTTTATCACTTTGTGTGG
ATTCGGAATTCGTTCTCTTATTCCCTTTGTATTAAGTGCTTTGTCTAGCTAGTATACTGA
ATCTTGATTCCCAGATTGGTTCTGTATATTGTATCTTTATTCAGAGATCT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1G751JQ 585 0 0
GGGAAAAGAAGAGATAAGCTACTAAACTACATGCTCTTCTTAAGGATAACACCCACACTT
CCTAACCTCTTCATCAATTTGTCTTCTCCAATCGTTGACGTACCTTTTCACGTCTTCTTT
TTAGCCACTCTTGTCGGTCTTATGCCAGCTTCGTACATCACCGTTAGAGCTGGTCTGGCT
CTTGGAGATCTCAAATCAGTGAAAGATCTGTATGATTTCAAGACTTTGTCTGTGTTATTC
CTCATTGGATCCATCTCCATATTCCCTGCTCTGCTAAAGAGAAAGAGAGTGTATGAATGA
ATGAAGACTGAAAATACATTTATGAGCAGTACTATACTGTTGCATTCCGGGATTTTTTAA
GGTGTGTTTATGAGCTCTCGCTATAGAAGAAGATCGCTTTTGAGTCATCACAGAGTATTG
AACCGCTAACTCTGTCTTTGATTGGTTTATCACTTTGTGTGGATTCGAAATTCGTTCTCT
TATTCCCTTTGTATTAAGTGCTTTGTCTAGCTAGTATACTGAATCTTGATTCCCAGATTG
GTTCTGTATATTGTATCTTTATTCAGAGATCTGATGCTGCACCGC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 3

CO CL2382Contig1 889 3 14 U
GGATGAGATACCAAATCTTTTATTTAGTCTTTAGTCATATATGATGATGATAGAATTACA
GTATTGACTTTGACAACATGAAGTCATGAACTATGGCCTCTCTTTGTTTTTTTTTTCAAA
AAGAAACAGTTGAATCTCCAGCCAACCTAACGTTGAAATGATGAATGATTTGCTGGTCGC
TGTTAGATCCAATAACAACCTTGTGGTGTCCAGGGATTAGTTTCCTTGTACCGTCAGTAT
CCACCAGACTAAGTCCTTTGCATATATCAAACTCAACAGTAACTTTCTCTGTCATGCTTC
TCCCGACTTCTACTCTCTCAAACGCCACCAGTTGCGTATGTGGCACGCCACCACCCACCA
GAAACTTTGAAGACTCTGGGGGTATCCAGAACACGAGAACCACGTGGCTCCCGGACCTTG
ACCCATTGTTCTTGACTCCGATGACGATCTTGACCTTGAGATCGTGGCAGTTAACCGTGG
AGATATCGACAGATGTTGTCTTGTTTAGTTTCAAGATTGGGTTGGTTTTGATATGTATGG
TTGATGGAGCTGAGAGAAGAAAAGTAGAGAAAGAAGAGTAACTTAGTCCATGTCCAAATT
TGTAAATTGGTTTGCCTGTGTAGAATCTATAAGATCGTCCAGGGAAGCCTGACGTCGAGT
TAGGTCTCATGTTCATGTCAGTCATAGCAACCTTGTCCGCAAACTCTTGTGAGTACCATG
TCTCTGGTAGTCTTCCAGAAGGATTGTGATCACCAAAGATGACTTGAGCTATAGCATCTC
CTCCAGCCTCACCAGGATAACCAACCCATAAAACCGCGCGAATCTTGCTCAGATTCTTGG
CAAATGAGATATCAATAGGTCCAGCAGCCATTATGACCAAAACAACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
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10 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP62JQ U 5
AF RR1BO84JQ U 1
AF RR1BO84TF C 229
BS 1 46 RR1BO84JQ
BS 47 47 RR1BP62JQ
BS 48 115 RR1BO84JQ
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RD RR1BP62JQ 554 0 0
GT
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ACTTTGACAACATGAAGTCATGAACTATGGCCTCTCTTTGTTTTTTTTTTCAAAAAGAAA
CAGTTGAATCTCCAGCCAACCTAACGTTGAAATGATGAATGATTTGCTGGTCGCTGTTAG
ATCCAATAACAAGCTTGTGGTGTCCAGGGATTAGTTTCCTTTTACCGTCAGTATCCACCA
GACTAAGTCCTTTGCATATATCAAACTCAACAGTAACTTTCTCTGTCATGCTTCTCCCAA
CTTCTACTCTCTCAAACGCCACCAGTTGCGTATGTGGCACGCCACCACCCACCAAAAACT
TTGAAGACTCTGGGGGTATCCAGAACACGAGAACCACGTGGCTCCCGGACCTTGACCCAT
TGTTCTTGACTCCGATGACGATCTTGACCTTCAAATCGTGGCAGTTAACCGTGGAGATAT
CGACAGATGTTGTCTTGTTTAGTTTCAAGATTGGGTTGGTTTTGATATGTATGGTTGATG
GAGCTGA
AAAAA

QA 3 549 3 549
DS 

RD RR1BO84JQ 730 0 0
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GTATTGACTTTGACAACATGAAGTCATGAACTATGGCCTCTCTTTGTTTTTTTTT*CAAA
AAGAAACAGTTGAATCTCCAGCCAACCTAACGTTGAGATTATGGATGATTTGTTGGTCGC
TGTTAGATCCAATAACAACCTTGTGGTGTCCAGGGATTAGTTTCCTTGTACCGTCAGTAT
CCACCAGACTAAGTCCTTTGCATATATCAAACTCAACAGTAACTTTCTCTGTCATGCTTC
TCCCGACTTCTACTCTCTCAAACGCCACCAGTTGCGTATGTGGCACGCCACCACCCACCA
GAAACTTTGAAGACTCTGGGGGTATCCAGAACACGAGAACCACGTGGCTCCCGGACCTTG
ACCCATTGTTCTTGACTCCGATGACGATCTTGACCTTGAGATCGTGGCAGTTAACCGTGG
AGATATCGACAGATGTTGTCTTGTTTAGTTTCAAGATTGGGTTGGTTTTGATATGTATGG
TTGATGGAGCTGAGAGAAGAAAAGTAGAGAAAGAAGAGTAACTTAGTCCATGTCCAAATT
TGTAAATTGGTTTGCCTGTGTAGAATCTATAAGATCGTCCAGGGAAGCCTGACGTCGAGT
TAGGTCTCATGTTCATGTCAGTCATAGCAACCTTGTCCGCAAACTCTTGTGAGTACCATG
TCTCTGGTAG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1BO84TF 661 0 0
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CTGTCATGCTTCTCCCGACTTCTACTCTCTCAAACGCCACCAGTTGCGTATGTGGCACGC
CACCACCCACCAGAGACTTTGAAGACTCTGGGGGTATCCAGAACACGAGAACCACGTGGC
TCCCGGACCTTGACCCATTGTTCTTGACTCCGATGACGATCTTGACCTTGAGATCGTGGC
AGTTAACCGTGGAGATATCGACAGATGTTGTCTTGTTTAGTTTCAAGATTGGGTTGGTTT
TGATATGTATGGTTGATGGAGCTGAGAGAAGAAAAGTAGAGAAAGAAGAGTAACTTAGTC
CATGTCCAAATTTGTAAATTGGTTTGCCTGTGTAGAATCTATAAGATCGTCCAGGGAAGC
CTGACGTCGAGTTAGGTCTCATGTTCATGTCAGTCATAGCAACCTTGTCCGCAAACTCTT
GTGAGTACCATGTCTCTGGTAGTCTTCCAGAAGGATTGTGATCACCAAAGATGACTTGAG
CTATAGCATCTCCTCCAGCCTCACCAGGATAACCAACCCATAAAACCGCGCGAATCTTGC
TCAGATTCTTGGCAAATGAGATATCAATAGGTCCAGCAGCCATTATGACCAAAACAACAG
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 3

CO CL2383Contig1 799 3 15 U
GGATCCTGAGAAAGAAAGAAGAGAAACTCCGATCAAAGATGGGGAGTCGATTAGGAAGAC
GAGTGGTTCATTTCGCGAATCTTCCGATCAAGCTTCTGATGCCTACGAAGCTGACGAACA
TCCACGAGTTCGCGCCGAAAACGATACCTTCAGCGACGAAGATCGAGATCAAGCGAGTCC
TCGAGTCACTCTACGGATTCGAGGTGGAAAAGGTGAACACTTTGAACATGGACGGGAAGA
AGAAGAAGCGCGGTGGTCTCTTGATAGCCAAGGCTGACTACAAGAAAGCATACGTCACGC
TCAAAAACCCTTTGTCGATCTCCAAGGATCTGTTCCCGGTGAAGTACATCGAGGAAGATA
GGAAGAGTAAAGTGAAAGGATCTAGCTTTGTGGAGGAGGAAGATGATAAGAAGAGTCACT
GGCTTGATCAGAAGGAGAAGAGGGAGATCGGTGGCTATGGTAATGGTAAAAGTCGTCGCG
GCGGAGGCGGTGACAGGTCGACTTCGACGGCGAGAGCTTCTGCTGCTGCTGCTTCCGGGG
CTAAGTTTCCATGGAGCAGCATGAGATTTGGTGGCAAGTAAGGGTTTTTTTGTTACTAGT
CCTCAGTAGGGTTTATGACCAAACTATTATTTACCTGGGGTTTGTGTTTCTTTTTAGCTG
TCGGATTATTATGGATTTTGTTTCTGCTGCTTGCTTGTTGTTTCCGTCTTAAATGAGACG
AGCTTGATCGTGAATCTGAATTTTATAAGCTCTCAGAGTTTTTGTGTGTTTTTGGCAAAT
AAATTCTTCAATTGCAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 0 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI88TF U 1
AF RR1EX85TF U 1
AF RR1BI88JQ C 15
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BS 282 282 RR1EX85TF
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BS 290 290 RR1BI88JQ
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BS 685 710 RR1EX85TF
BS 711 799 RR1BI88JQ

RD RR1BI88TF 287 0 0
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G

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DS 

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TCCACGAGTTCGCGCTGAAAACGATACCTTCAGCGACGAAGATCGAGATCAAGCGAGTCC
TCGAGTCACTCTACGGATTCGAGGTGGAAAAGGTGAACACTTTGAACATGGACGGGAAGA
AGAAGAAGCGCGGTGGTCTGTTGATAGCCAAGGCTGACTACAAGAAAGCTTACGTCACGC
TCAAAAACCCTTTGTCGATCTCCAAGGATCTGTTCCCGGTGAAGTACATCGAGGAAGATA
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CTAAGTTTCCATGGAGCAGCATGAGATTTGGTGGCAAGTAAGGGTTTTTTTGTTACTAGT
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TAAAAGACGAGCTTTTCG

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DS 

RD RR1BI88JQ 785 0 0
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GGTCTCTTGATAGCCAAGGCTGACTACAAGAAGGCATACGTGACGCTCAAAAACCCTTTG
TCGATCTCCAAGGATCTGTTCCCGGTGAAGTACATCGAGGAAGATAGGAAGAGTAAAGTG
AAAGGATCTAGCTTTGTGGAGGAGGAAGATGATAAGAAGAGTCACTGGCTTGATCAGAAG
GAGAAGAGGGAGATCGGTGGTTATGGTCATGGTAAAAGTCGTCGCGGTGGAGGCGGTGAC
AGGTCGACTTCGCCGGTGAGAGCTTCTGCTGCTGCTGCTTCCGGGGCTAAGTTTCCATGG
AGCAGCATGAGATTTGGTGGCAAGTAAGGGTTTTTTTGTTACTAGTCCTCAGTAGGGTTT
ATGACCAAACTATTATTTACCTGGGGTTTGTGTTTCTTTTTAGCTGTCGGATTGTTATGG
ATTTTGTTTCTGTTTCTTGCTTGTTGTTTCCGTCTTAAATGAGACGAGCTTGATCGTGAA
TCTGAATTTTATAAGCTCTCAGAGTTTTTGTGTGTTTTTGGCAAATAAATTCTTCAATTG
CAACC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 4

CO CL2384Contig1 1078 4 5 U
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AACAAAACCTCCTCAGAGAATCTTTTACAGAGAAATTGAAAGTCATAAAAAATCTGAAAA
CTCTACTTTCCAAGTACTACGCAACGGGCTGGTCAAGCAAAGGACCTTAATTAAGCTCAA
GAAAACTTTATTGGAGAAGCATGAAAATGAAGTTCTTGTGTGTTTGTTTCTTTCTTTCAA
ATCCAACACGAATCAAAAACTTCTCAAGCTGATTTTGGTACATTCTCAGAGAGACTGAGA
TCACTGAGAACTGAGTCGTATTCTGCATCGCGAGCGTTCTTCTTGTAAAGAAGCTTCTTG
AAATCAGTCTCGTCCAAGTTCTTTGTGTTCTCTGCGGCGTGAACTTGAGCTAAGTTGGAG
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CTAGCTGGATTCCCTCCCCAAACCTCGCCGGAGGGAATTCTAGTGTTCTGCCGGACAAGA
GCTCCTGACTCAACCACGGCATGCTTTTCAACATGAGCTCCACCCAAGACGGTAGCACTA
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TGGACGAGGGTGTTATCTTGGATATTGGTCCCAGCGCCGACGCTGATGCTGTTAGCATCT
CCTCTCAAGACGCAGCCATACCAAATGGAAGAACCTCGTCCGACATGGACATTGCCAATG
AGAGAGGCGCTAGGAGCAACGAAAGCCTGGTTATCGACAGCAGGGGATTTGTCAAAAACA
TTCATAAGCGTACGGTGCCTGGATAGTTGTTCACGGAAGTGATTTTTGCCTTGGAGGCGA
CAACCGAGTCGATCAAGTGCTTGACCAGTTTCACGGATCCAGAACCCTACGCTGTAGAAT
GCCTTTCCCATCGTCATCGTTTTCTTCCACAAGGGACGAGAGATCGTTTCTCAACCCT


BQ
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AF RR1DA17JQ U 1
AF RR1DA17TF C 68
AF RR1D471JQ U 174
AF RR1D471TF C 364
BS 1 653 RR1DA17JQ
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RD RR1DA17JQ 693 0 0
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QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1DA17TF 626 0 0
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TTATTGGAGAAGCATGAAAATGAAGTTCTTGTGTGTTTGTTTCTTTCTTTCAAATCCAAC
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GAACTGAGTCGTATTCTGCATCGCGAGCGTTCTTCTTGTAAAGAAGCTTCTTGAAATCAG
TCTCGTCCAAGTTCTTTGTGTTCTCTGCGGCGTGAACTTGAGCTAAGTTGGAGTAGTCAG
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GATTCCCTCCCCAAACCTCGCCGGAGGGAATTCTAGTGTTCTGCCGGACAAGAGCTCCTG
ACTCAACCACGGCATGCTTTTCAACATGAGCTCCACCCAAGACGGTAGCACTAGCACCAA
TATAGGCCTCGTCTTCGACAGTGCAGCCATGTAAAACAGCACTGTTGCCAACAGTGACAT
TGTCTCCAATGAGAGTGGGCAAGACC

QA 1 626 1 626
DS 

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CTTTCAAATCCAACACGAATCAAAAACTTCTCAAGCTGATTTTGGTACATTCTCAGAGAG
ACTGAGATCACTGAGAACTGAGTCGTATTCTGCATCGCGAGCGTTCTTCTTGTAAAGAAG
CTTCTTGAAATCAGTCTCGTCCAAGTTCTTTGTGTTCTCTGCGGCGTGAACTTGAGCTAA
GTTGGAGTAGTCAGCAGCCGAACTAGAGAAGAATACCTTTTCTTCTTCAGTCACCTTCCT
CAGAAATCTAGCTGGATTCCCTCCCCAAACCTCGCCGGAGGGAATTCTAGTGTTCTGCCG
GACAAGAGCTCCTGACTCAACCACGGCATGCTTTTCAACATGAGCTCCATCCAAGACGGT
AGCACTAGCACCAATATAGGCCTCGTCTTCGACAGTGCAGCCATGTAAAACAGCACTGTT
ACCAACAGTGACATTGTCTCCAATGAGAGTGGGCAAGACCTTGCCGCTTAAGTTGGACTT
AGCAACGTGGACGAGGGTGTTATCTTGGATATTGGTCCCAGCGCCGACGCTGATGCTGTT
AGCATCTCCTCTCAAGACGCAGCCATACCAAATGGAAGAACCTCGTCCGACATGGACATT
GCCAATGAGAGAGGCGCTAGGAGCAACGAAAGCCT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1D471TF 715 0 0
TCAGTCTCGTCCAAGTTCTTTGTGTTCTCTGCGGCGTGAACTTGAGCTAAGTTGGAGTAG
TCAGCAGCCGAACTAGAGAAGAATACCTTTTCTTCTTCAGTCACCTTCCTCAGAAATCTA
GCTGGATTCCCTCCCCAAACCTCGCCGGAGGGAATTCTAGTGTTCTGCCGGACAAGAGCT
CCTGACTCAACCACGGCATGCTTTTCAACATGAGCTCCATCCAAGACGGTAGCACTAGCA
CCAATATAGGCCTCGTCTTCGACAGTGCAGCCATGTAAAACAGCACTGTTACCAACAGTG
ACATTGTCTCCAATGAGAGTGGGCAAGACCTTGCCGCTTAAGTTGGACTTAGCAACGTGG
ACGAGGGTGTTATCTTGGATATTGGTCCCAGCGCCGACGCTGATGCTGTTAGCATCTCCT
CTCAAGACGCAGCCATACCAAATGGAAGAACCTCGTCCGACATGGACATTGCCAATGAGA
GAGGCGCTAGGAGCAACGAAAGCCTGGTTATCGACAGCAGGGGATTTGTCAAAAACATTC
ATAAGCGTACGGTGCCTGGATAGTTGTTCACGGAAGTGATTTTTGCCTTGGAGGCGACAA
CCGAGTCGATCAAGTGCTTGACCAGTTTCACGGATCCAGAACCCTACGCTGTAGAATGCC
TTTCCCATCGTCATCGTTTTCTTCCACAAGGGACGAGAGATCGTTTCTCAACCCT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 4

CO CL2385Contig1 947 4 4 U
GGAAGAGTCCAGAATCATCAAGAGAAGTTATATTTTAATTTAGTTTTTAAACATAAATAA
TTTCTTACAAATTCAAAGAGCTTGAAAATGAGTACAGCCACTTTCGTAGAGATCCTTCTG
GCTATCCTCTTGCCTCCTCTCGGCGTCTTTCTCAAATTTGGCTTAAAGGTTGAGTTTTGG
ATATGTTTGATCTTGACGCTGTTTGGTTATCTTCCCGGGATCCTTTACGCTCTTTATATC
ATCACCAAGGACTGATTTTCATCTCATTTGTTTTTCCTCTCGGTCTCCTTGTAAGCTTTC
TACGATCTCTCTCACTCGATATAGATTTAATCTAGTTGTATAAACATTCTGCGTATGTGA
TGGCTATACAACAAGATTTACATTAGATAAATCATCTTTGATTTAGTGAACTTAGTTAGG
TATATGTTTGGTGAACCACGTTTTCTAAGTTATTAAGACTCCCTAACCTTCATTTCAAAA
AAAATAAAAATAAATAAAGACTCCCTTTTTTTTTTGAGCAACAATAAAGACTCCCTAACC
CCTAATAAAGACTCCCTAACCCTTATCTGTCTTTTAATTTTTAACTAGATAAGAAATTAC
TAAGAAATTAGTTAGTAAAAAAGATATAAGAAATTAGTGAGATATCGTTACCATTTTCGC
AAAACCATCAAATAATAGGATCGAGAAAAAAGAAGGAGTTTTCATTTTTTTATTAAATAA
TTTCCATGTTCCATTTGAGTTTTTTATATTAATATAAGGAATTTACTGAACAGAATATAA
TTTTACATTGGTATTGTGTAGGAGGAACAGCTGTTTCGTCGTCGTGATCTCCCATTTGGG
ACTGCTTCGTAATTTGTTTTATATGCTCTGAGTAATTAATATCATTGTTGTATTTGTATT
ATTATTTACTTTATGCTAAATATATATGAAGAAGAATTCGTTGGTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FX53TF U 1
AF RR1G246TF U 1
AF RR1G246JQ C 180
AF RR1FX53JQ C 237
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A

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1G246TF 666 0 0
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ATATGTTTGATCTTGACGCTGTTTGGTTATCTTCCCGGGATCCTTTACGCTCTTTATATC
ATCACCAAGGACTGATTTTCATCTCATTTGTTTTTCCTCTCGGTCTCCTTGTAAGCTTTC
TACGATCTCTCTCACTCGATATAGATTTAATCTAGTTGTATAAACATTCTGCGTATGTGA
TGGCTATACAACAAGATTTACATTAGATAAATCATCTTTGATTTAGTGAACTTAGTTAGG
TATATGTTTGGTGAACCACGTTTTCTAAGTTATTAAGACTCCCTAACCTTCATTTCAAAA
AAAATAAAAATAAATAAAGACTCCCTTTTTTTTTTGAGCAACAATAAAGACTCCCTAACC
CCTAATAAAGACTCCCTAACCCTTATCTGTCTTTTAATTTTTAACTAGATAAGAAATTAC
TAAGAAATTAGTTAGTAAAAA*GATATAAGAAATTAGTGAGATATCGTTACCATTTTCGC
AAA
CCA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1G246JQ 768 0 0
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ATGGCTATACAACAAGATTTACATTAGATAAATCATCTTTGATTTAGTGAACTTAGTTAG
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CAAAACCATCAAATAATAGGATCGAGAAAAAAGAAGGAGTTTTCATTTTTTTATTAAATA
ATTTCCATGTTCCATTTGAGTTTTTTATATTAATATAAGGAATTTACTGAACAGAATATA
ATTTTACATTGGTATTGTGTAGGAGGAACAGCTGTTTCGTCGTCGTGATCTCCCATTTGG
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QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1FX53JQ 711 0 0
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TTTCTACGATCTCTCTCACTCGATATAGATTTAATCTAGTTGTATAAACATTCTGCGTAT
GTGATGGCTATACAACAAGATTTACATTAGATAAATCATCTTTGATTTAGTGAACTTAGT
TAGGTATATGTTTGGTGAACCACGTTTTCTAAGTTATTAAGACTCCCTAACCTTCATTTC
AAAAAAAATAAAAATAAATAAAGACTCCCTTTTTTTTTTGAGCAACAATAAAGACTCCCT
AACCCCTAATAAAGACTCCCTAACCCTTATCTGTCTTTTAATTTTTAACTAGATAAGAAA
TTACTAAGAAATTAGTTAGTAAAAAAGATATAAGAAATTAGTGAGATATCGTTACCATTT
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ATAATTTCCATGTTCCATTTGAGTTTTTTATATTAATATAAGGAATTTACTGAACAGAAT
ATAATTTTACATTGGTATTGTGTAGGAGGAACAGCTGTTTCGTCGTCGTGATCTCCCATT
TGGGACTGCTTCGTAATTTGTTTTATATGCTCTGAGTAATTAATATCATTGTTGTATTTG
TATTATTATTTACTTTATGCTAAATATATATGAAGAAGAATTCGTTGGTTT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 3

CO CL2386Contig1 923 3 12 U
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GAAGGAGATGACTCTGTACTTTTGCACGTAACTCACTCCAACCTCAAGAGCTTCGCTGCC
GATGTTCGTTTCTCTCCACAAATGAATGTGGAAGCTGTGAAAGAAAAGCTATGGAAGAAA
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GCACTTCTCAGTGATGATTCAAGACCACTCGGTTTCTACTCCCCTTTTGATGGGTTTCGG
TTACACATAGTTGATCTTGACCCCTCCTCTGTCACAACTGGAGGATGGCTTGAAGATACT
TCATTGGTTGAGAAGTATACTATTTCAGAAGAGGACTATGCTAAACGAACTGACAGTTTT
AGGAAATTCAAAGAAAAAAGAGTGTCTCAGAATCCTGCTGCTTCTGAGGTTAAGACGAAG
GAGGACTTCATGGAAGATCTATGTGCAGATATCAAGGTGGGAGATAGATGCCAAGTTGAG
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TATTGGGTTGGAATCCAGTATGATGAACCACTTGGCAAACACGATGGCATGGTGAAAGGA
ACAATATTATTTGAATGCCCTCAGCTTCATGGTGGTGTGGTCCGGCCAGACAAAGTAAAG
GTTGGCGATTATCCCGAAAGAGACCCCTTCGAGGAAGATGAAATATAAGAACCAGCGAAA
GGAGTTTTCAAGATTTGCTTTTGTACTATTTGCTTTTGTACCTCTTGTTTCTGGATTTCA
AAAGAGTTGGGGAAACAAACATTCAAATGCAACAACACATTTTGATGAAGATTAAATAAC
TAATAAGATTCTTATATTCTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV52TF U 12
AF RR1AN78TF U 1
AF RR1GV52JQ C 330
BS 1 56 RR1AN78TF
BS 57 57 RR1GV52TF
BS 58 137 RR1AN78TF
BS 138 138 RR1GV52TF
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BS 227 227 RR1GV52TF
BS 228 550 RR1AN78TF
BS 551 551 RR1GV52TF
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BS 615 615 RR1GV52TF
BS 616 696 RR1AN78TF
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RD RR1GV52TF 644 0 0
GG
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CTGTACTTTTGCACGTAACTCACTCCAACCTCAAGAGCTTCGCTGCCGATGTTCGTTTCT
CTCCACAAATGAATGTGGAAGCTGTGAAAGAAAAGCTATGGAAGAAATGTGGGACATCAG
TGAATGCTATGGCTTTAGAGCTTTATGATGAAAGTGGGTCAAAGGTTGCACTTCTCAGTG
ATGATTCAAGACCACTCGGTTTCTACTCCCCTTTTGATGGGTTTCGGTTACACATAGTTG
ATCTTGACCCCTCCTCTGTCACAACTGGAGGATGGCTTGAAGATACTTCATTGGTTGAGA
AGTATACTATTTCAGAAGAGGACTATGCTAAACGAACTGACAGTTTTAGGAAATTCAAAG
AAAAAAGAGTGTCTCAGAATCCTGCTGCTTCTGAGGTTAAGACGAAGGAGGACTTCATGG
AAGATCTATGTGCAGATATCAAGGTGGGAGATAGATGCCAAGTTGAGCCCGGGGAGAAAA
GAGGAGTGGTCAAATACGTTGGACGAGCAGAGTCTTTGGGTCCTGGCTATTGGGTTGGAA
TCCAGTATGATGAACCACTTGGCAAACACGATGGCATGGTGA

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DS 

RD RR1AN78TF 696 0 0
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TGTGGGACATCAGTGAATGCTATGGCTTTAGAGCTTTATGATGAAATTGGGTCAAAGGTT
GCACTTCTCAGTGATGATTCAAGACCACTCGGTTTCTACTCCCCTTTTGATGGGTTTCGG
TTACACATAGTTGATCTTGACCCCTCCTCTGTCACAACTGGAGGATGGCTTGAAGATACT
TCATTGGTTGAGAAGTATACTATTTCAGAAGAGGACTATGCTAAACGAACTGACAGTTTT
AGGAAATTCAAAGAAAAAAGAGTGTCTCAGAATCCTGCTGCTTCTGAGGTTAAGACGAAG
GAGGACTTCATGGAAGATCTATGTGCAGATATCAAGGTGGGAGATAGATGCCAAGTTGAG
CCCGGGGAGAGAAGAGGAGTGGTCAAATACGTTGGACGAGCAGAGTCTTTGGGTCCTGGC
TATTGGGTTGGAATTCAGTATGATGAACCACTTGGCAAACACGATGGCATGGTGAAAGGA
ACAATATTATTTGAATGCCCTCAGCTTCATGGTGGT

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DS 

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AGAGGACTATGCTAAACGAACTGACAGTTTTAGGAAATTCAAAGAAAAAAGAGTGTCTCA
GAATCCTGCTGCTTCTGAGGTTAAGACGAAGGAGGACTTCATGGAAGATCTATGTGCAGA
TATCAAGGTGGGAGATAGATGCCAAGTTGAGCCCGGGGAGAAAAGAGGAGTGGTCAAATA
CGTTGGACGAGCAGAGTCTTTGGGTCCTGGCTATTGGGTTGGAATCCAGTATGATGAACC
ACTTGGCAAACACGATGGCATGGTGAAAGGAACAATATTATTTGAATGCCCTCAGCTTCA
TGGTGGTGTGGTCCGGCCAGACAAAGTAAAGGTTGGCGATTATCCCGAAAGAGACCCCTT
CGAGGAAGATGAAATATAAGAACCAGCGAAAGGAGTTTTCAAGATTTGCTTTTGTACTAT
TTGCTTTTGTACCTCTTGTTTCTGGATTTCAAAAGAGTTGGGGAAACAAACATTCAAATG
CAACAACACATTTTGATGAAGATTAAATAACTAATAAGATTCTTATATTCTCGC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 4

CO CL2387Contig1 1304 4 6 U
GCTGTCTTGTGTCATGCATTTTATTTTAATTTTGCTTTGTAAACCGGTTGGTGAGAAAAA
TAATGAGCAGTAAAGTCGCACTACCGAATAGCAGACACACACATATAAATAAGAAAAGGG
CTTTGCAAATCTGATGCCTGGTTTTAAGAGTTAAAGGCCCATATTGTACAACAACAACGA
CAACACAAAGAGTTTATAACATCAAACAAATTCTCTCCTCTCTTCTCGAATAGCAGCAAT
CTAAGAGGTGGTTCGCCACTCCAGCTCGATTTGGATCTTTCCGTTCTTGGAATCGATAAG
GTGAAACTTTTGGTTCATCCTTTTGTTGTTCACCACGTCCACCACCGGAATGTCCACGTA
CCCCAGTGTTTCCTTGGGATGCAAGAGACCTATCCTTGAAGAGGTGCTGAGTACTTCCAC
GTGCAGCTTCTCGAGCACTGGAGGCTCCTCGAGCACGAAGGTGAACTCCTCCTCCCACCT
GGGGTCTCTGTTCTTCTTCACGTGCTTGGTTTTCCTCTCCTCTCCTTTGAAGTAGATGCG
GACGTAAGGGTTGGTATGGTGCTTACCTTCAACGTCTTCAGCTGAATGCACTATCACCGC
AAGCACTCCTCCACCAGCCGGTGTGCCTTCAGGAGCCTTCTGCACTGATTGCGATTCTCC
GAAGCCCTTTGGCATTTCTTCTTCTGTGAACGGCTTATACAGTAGCTCAACCTCCAGCCT
CCCTCTATCCTTGTCAGGCTGCGCTCCTTCTTCAGCACCCTCCAGAGTCTTCCGCAGTTC
CAAAGTGAAGCTTTTGTGTTCGTTAGGCACCATTTCTTTCAGCGGTAATACATTCATACC
CATCTTGTCGTGCTTCCCAACCTGTTCCCAGTCATAGACACTGAACTCTAGGACCTGAGT
CTGGGGATCTCTGACAGAGAATTTATGTTCCTCGTTCCATTCAGGGTTCAGATTCTTGTG
TTTGACAGTGGTCTTCTTAGAGGGAATCTTGTCTTCAGAGAGCTTGATCTTGACGTAGGG
GTCAGCCCCACCCAACATATCTTTCTTCCTCAGCCCAACAGCCCTCACAACCTTCACATG
GACGATTACAACCGGCCTTCTAAACGCTTTGGCAGGGTCAAGGATTGGAACTACAAGGGT
CTTAGGCCAGAGATACATGTTTGCAACTTGATCCTTGATTTGCTCCTGGACGAATCTGTA
GAGGCCAGGGATAGACATAAGATCAGCACCACCAAGCTTGAGCCCAAAATCAACGTGTGG
CTTGTCCATAAGAGAGACATAAATACTGGCGAAACAAGGGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H052JQ U 1
AF RR1DO26JQ U 107
AF RR1H052TF C 53
AF RR1DO26TF C 642
BS 1 658 RR1H052JQ
BS 659 659 RR1DO26JQ
BS 660 717 RR1H052JQ
BS 718 837 RR1DO26JQ
BS 838 870 RR1H052TF
BS 871 1304 RR1DO26TF

RD RR1H052JQ 717 0 0
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TAATGAGCAGTAAAGTCGCACTACCGAATAGCAGACACACACATATAAATAAGAAAAGGG
CTTTGCAAATCTGATGCCTGGTTTTAAGAGTTAAAGGCCCATATTGTACAACAACAACGA
CAACACAAAGAGTTTATAACATCAAACAAATTCTCTCCTCTCTTCTCGAATAGCAGCAAT
CTAAGAGGTGGTTCGCCACTCCAGCTCGATTTGGATCTTTCCGTTCTTGGAATCGATAAG
GTGAAACTTTTGGTTCATCCTTTTGTTGTTCACCACGTCCACCACCGGAATGTCCACGTA
CCCCAGTGTTTCCTTGGGATGCAAGAGACCTATCCTTGAAGAGGTGCTGAGTACTTCCAC
GTGCAGCTTCTCGAGCACTGGAGGCTCCTCGAGCACGAAGGTGAACTCCTCCTCCCACCT
GGGGTCTCTGTTCTTCTTCACGTGCTTGGTTTTCCTCTCCTCTCCTTTGAAGTAGATGCG
GACGTAAGGGTTGGTATGGTGCTTACCTTCAACGTCTTCAGCTGAATGCACTATCACCGC
AAGCACTCCTCCACCAGCCGGTGTGCCTTCAGGAGCCTTCTGCACTGATTGCGATTCTTC
GAAGCCCTTTGGCATTTCTTCTTCTGTGAACGGCTTATACAGTAGCTCAACCTCCAG

QA 1 717 1 717
DS 

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AAATAAGA
AAAGGGCTTTGCAAATCTGATGCCTGGTTTTAAGAGTTAAAGGCCCATATTGTACAACAA
CAACGACAACACAAAGAGTTTATAACATCAAACAAATTCTCTCCTCTCTTCTCGAATAGC
AGCAATCTAAGAGGTGGTTCGCCACTCCAGCTCGATTTGGATCTTTCCGTTCTTGGAATC
GATAAGGTGAAACTTTTGGTTCATCCTTTTGTTGTTCACCACGTCCACCACCGGAATGTC
CACGTACCCCAGTGTT*CCTTGGGATGCAAGAGACCTATCCTTGAAGAGGTGCTGAGTAC
TTCCACGGGCAGCTTCTCGCGCACTGGAGGCTCCTAGAGCACGAAGGTGAACTCCTCCTC
CCACCTGGGGTCTCTGTTCTTCTTCACGTGCTTGGTTTTCCTCTCCTCTCCTTTGAAGTA
GATGCGGACGTAAGGGTTGGTATGGTGCTTACCTTCAACGTCTTCAGCTGAATGCACTAT
CACCGCAAGCACTCCTCCACCAGCCGGTGTGCCTTCAGGAGCCTTCTGCACTGATTGCGA
TTCTCCGAAGCCCTTTGGCATTTCTTCTTCTGTGAACGGCTTATACAGTAGCTCAACCTC
CAGCCTCCCTCTATCCTTGTCAGGCTGCGCTCCTTCTTCAGCACCCTCCAGAGTCTTCCG
CAGTTCCAAAGTGAAGCTTTTGTGTTCGTTAGGCACCATTTCTTTCAGCGGTAATACATT
CAT

QA 9 731 9 731
DS 

RD RR1H052TF 819 0 0
TGAG
AAAATAATGAGCAGTAA*GTCGCACTACCGAATAGCAGACACACACATATAAT**AGAAA
*GGGCTTTGCAAATCTGATGCCTGGTTT*AAGAGTTAAAGGCCCATATTGTACAACAACA
ACGACAACACAAAGAGTTTATAACATCAAACAAATTCTCTCCTCTCTTCTCGAATAGCAG
CAATCTAAGAGGTGGTTCGCCACTCCAGCTCGATTTGGATCTTTCCGTTCTTGGAATCGA
TAAGGTGAAACTTTTGGTTCATCCTTTTGTTGTTCACCACGTCCACCACCGGAATGTCCA
CGTACCCCAGTGTTTCCTTGGGATGCAAGAGACCTATCCTTGAAGAGGTGCTGAGTACTT
CCACGTGCAGCTTCTCGAGCACTGGAGGCTCCTCGAGCACGAAGGTGAACTCCTCCTCCC
ACCTGGGGTCTCTGTTCTTCTTCACGTGCTTGGTTTTCCTCTCCTCTCCTTTGAAGTAGA
TGCGGACGTAAGGGTTGGTATGGTGCTTACCTTCAACGTCTTCAGCTGAATGCACTATCA
CCGCAAGCACTCCTCCACCAGCCGGTGTGCCTTCAGGAGCCTTCTGCACTGATTGCGATT
CTTCGAAGCCCTTTGGCATTTCTTCTTCTGTGAACGGCTTATACAGTAGCTCAACCTCCA
GCCTCCCTCTATCCTTGTCAGGCTGCGCTCCTTCTTCAGCACCCTCCAGAGTCTTCCGCA
GTTCCAAAGTGAAGCTTTTGTGTTCGTTAGGCACCATTTCTTTCAGCGGTAATACATTCA
TACCCATCTTGTCGTGCTTCCCAACCTGTTCCCA
C

QA 5 818 5 818
DS 

RD RR1DO26TF 663 0 0
GCACTGATTGCGATTCTCCGAAGCCCTTTGGCATTTCTTCTTCTGTGAACGGCTTATACA
GTAGCTCAACCTCCAGCCTCCCTCTATCCTTGTCAGGCTGCGCTCCTTCTTCAGCACCCT
CCAGAGTCTTCCGCAGTTCCAAAGTGAAGCTTTTGTGTTCGTTAGGCACCATTTCTTTCA
GCGGTAATACATTCATACCCATCTTGTCGTGCTTCCCAACCTGTTCCCAGTCATAGACAC
TGAACTCTAGGACCTGAGTCTGGGGATCTCTGACAGAGAATTTATGTTCCTCGTTCCATT
CAGGGTTCAGATTCTTGTGTTTGACAGTGGTCTTCTTAGAGGGAATCTTGTCTTCAGAGA
GCTTGATCTTGACGTAGGGGTCAGCCCCACCCAACATATCTTTCTTCCTCAGCCCAACAG
CCCTCACAACCTTCACATGGACGATTACAACCGGCCTTCTAAACGCTTTGGCAGGGTCAA
GGATTGGAACTACAAGGGTCTTAGGCCAGAGATACATGTTTGCAACTTGATCCTTGATTT
GCTCCTGGACGAATCTGTAGAGGCCAGGGATAGACATAAGATCAGCACCACCAAGCTTGA
GCCCAAAATCAACGTGTGGCTTGTCCATAAGAGAGACATAAATACTGGCGAAACAAGGGA
AGC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 4

CO CL2388Contig1 1169 4 16 U
GGCAAGAAGAGAGTGTCAGGAGAAAGACCGTGCGCTTAATGCTTTGGTACAGAACGATGT
CCGGTACAGGAAGTACACCATAGAAGAGATCGAAGAAGCTACTGACAGATTCGCAAGCAA
CATGAAAGTAGGAGAAGGAGGATACGGACCAGTCTATAAAGGCACGCTAGATCACACTCC
TGTCGCTATTAAAGTCTTGAGACCTGATGCCGCTCAAGGAAAGAAACAGTTTCAACAAGA
GGTCGAGGTTCTGAGTTGCATCAGACATCCTCACATGGTTCTTCTCCTCGGCGCTTGTCC
TGAATACGGGTGCTTGGTGTATGAGTTCATGGAGAATGGGAGCCTAGAGGATAGACTCTT
CCGTAGAGGGAACTCGCCGCCTCTTTCTTGGAGGAAAAGGTTCCAAATAGCGGCGGAGAT
CGCTACTGCACTCTCCTTCCTTCACCAAACAAAGCCAGAGCCTCTTGTTCACCGTGACCT
AAAACCTGCCAATATACTCTTAGATAGAAACTACGTGAGCAAGATAAGTGACGTTGGACT
AGCTCGGCTAGTCCCTGCTTCAGTGGCTAATAACGTCACGCAATACCACATGGCGTCTGC
AGCAGGAACGTTTTGTTACATAGACCCTGAATACCAGCAAACGGGGAAGTTAACTACGAA
GTCAGACATCTATTCCTTAGGGGTAATGCTGCTTCAGATCATCACTGCCAAGAATCCGAT
GGGTCTAGCTCATCATGTGTCGAGGGCTATTGATAAAGGAACTTTCAAGGATATGCTTGA
CCCGGTCGTGCCTGATTGGCCTGTCGAAGAAGCTATAAATTTTGCTAAGTTGTGTCTAAA
ATGTGCAGAGCTAAGTAAGAAAGATAGGCCAGATCTTGGGAAAGATATCGTTCCAGAGCT
T*GTCAGGTTAAGAAACTTGGGCATGGACAATGAATCAGGAGGCCAGAATTAGCAGCTGG
GTCTGGAGATCATACATTTATTAATTATTT*GAAGACTTCTATGAGGAACCAATAGAGAG
ATTGCTTGCTTCTCAAGAAAGAAAGTGGTAAGTGAAGTGCCATCCAGAGATGGTCTAAAT
TAAGATATAAATTTGTCAATATTATAAATGTATCTGTAACATAATACTTCCCACCTTTCT
GGCTCTCGGTTTAAAAGTATATATTGAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1FM41TF U 1
AF RR1FM41JQ C 570
AF RR1AT61JQ C 668
AF RR1AT61TF U 876
BS 1 682 RR1FM41TF
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BS 761 761 RR1FM41JQ
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BS 772 796 RR1FM41TF
BS 797 875 RR1FM41JQ
BS 876 901 RR1AT61TF
BS 902 902 RR1FM41JQ
BS 903 969 RR1AT61TF
BS 970 970 RR1FM41JQ
BS 971 990 RR1AT61TF
BS 991 991 RR1FM41JQ
BS 992 1168 RR1AT61TF
BS 1169 1169 RR1AT61JQ

RD RR1FM41TF 807 0 0
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CCGGTACAGGAAGTACACCATAGAAGAGATCGAAGAAGCTACTGACAGATTCGCAAGCAA
CATGAAAGTAGGAGAAGGAGGATACGGACCAGTCTATAAAGGCACGCTAGATCACACTCC
TGTCGCTATTAAAGTCTTGAGACCTGATGCCGCTCAAGGAAAGAAACAGTTTCAACAAGA
GGTCGAGGTTCTGAGTTGCATCAGACATCCTCACATGGTTCTTCTCCTCGGCGCTTGTCC
TGAATACGGGTGCTTGGTGTATGAGTTCATGGAGAATGGGAGCCTAGAGGATAGACTCTT
CCGTAGAGGGAACTCGCCGCCTCTTTCTTGGAGGAAAAGGTTCCAAATAGCGGCGGAGAT
CGCTACTGCACTCTCCTTCCTTCACCAAACAAAGCCAGAGCCTCTTGTTCACCGTGACCT
AAAACCTGCCAATATACTCTTAGATAGAAACTACGTGAGCAAGATAAGTGACGTTGGACT
AGCTCGGCTAGTCCCTGCTTCAGTGGCTAATAACGTCACGCAATACCACATGGCGTCTGC
AGCAGGAACGTTTTGTTACATAGACCCTGAATACCAGCAAACGGGGAAGTTAACTACGAA
GTCAGACATCTATTCCTTAGGG**TATGCTGCTTCAGATCATCACTGCCAAGAATCCGAT
GGGTCTAGCTCATCATGTGTCGAGGGCTATTGATAAAGGA*CTTTCAAGG*TATGCTTGA
CCCGGTCGTGCCTGAT
GGCTGTCGAAA

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1FM41JQ 495 0 0
ATAACGTCACGCAATACCACATGGCGTCTGCAGCAGGAACGTTTTGTTACATAGACCCTG
AATACCAGCAAACGGGGAAGTTAACTACGAAGTCAGACATCTATTCCTTAGGGGTAATGC
TGCTTCAGATCATCACTGCCAAGAATCCGATGGGTCTAGCTCATCATGTGTCGAGGGCTA
TTGATAAAGGAACTTTCAAGGATATGCTTGACCCGGTCGTGCCTGATTGGCCTGTCGAAG
AAGCTATAAATTTTGCTAAGTTGTGTCTAAAATGTGCAGAGCTAAGTAAGAAAGATAGGC
CAGATCTTGGGAAAGATATCGTTCCAGAGCTT*GTCAGGTTAATAAACTTGGGCATGGAC
AATGAATCAGGAGGCCAGAATTAGCAGCTGGGTCTGGAGATCATACATTTATTAATTATT
T*GAAGACTTCTATGAGGAACCAATAGAGAGATTGCTTGCTTCTCAAGAAAGAAAGTGGT
AAGTGAAGTGCCATC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1AT61JQ 502 0 0
ATCTACTCCTTAGGGATA
ATGCTGCTTCAGATCATCACTGCCAAGAATCCGATGGGTCTAGCTCATCATGTGTCGAGG
GCTATTGATAAAGGAACTTTCAAGGATATGCTTGACCCGGTCGTGCCTGATTGGCCTGTC
GAAGAAGCTATAAATTTTGTTAAGTTGTGTTTAAAATGTGCAGAGCTAAGTAAGAAAGAT
AGGCCAGATCTTGGGAAAGATATCGTTCCAGAGCTT*GTCAGGTTAAGAAACTTGGGCAT
GGACAATGAATCAGGAGGCCAGAATTAGCAGCTGGGTTTGGAGATCATACATTTATTAAT
TATTT*GAAGACTTTTATGAGGAACCAATAGAGAGATTGCTTGCTTTTCAAGAAAGAAAG
TGGTAAGTGAAGTGCCATCCAGAGATGGTTTAAATTAAGATATAAATTTGTCAATATTAT
AAATGTATCTGTAACATAATACTTCC*ACCTTTTTGGCTCTCGGTTTAAAAGTATATATT
GAAC

QA 19 502 19 502
DS 

RD RR1AT61TF 293 0 0
TTGGGAAAGATATCGTTCCAGAGCTTTGTCAGGTTAAGAAACTTGGGCATGGACAATGAA
TCAGGAGGCCAGAATTAGCAGCTGGGTCTGGAGACCATACATTTATTAATTATTTTGAAG
ACTTCTATGAGGAACCAATAGAGAGATTGCTTGCTTCTCAAGAAAGAAAGTGGTAAGTGA
AGTGCCATCCAGAGATGGTCTAAATTAAGATATAAATTTGTCAATATTATAAATGTATCT
GTAACATAATACTTCCCACCTTTCTGGCTCTCGGTTTAAAAGTATATATTGAA

QA 1 293 1 293
DS 



AS 1 4

CO CL2389Contig1 1270 4 11 U
CCGACAAGAATCAGTAGTTGAGTCTGTTTTAGTTCAGAACAACAGAATATTGGGTACTGA
AAGGAATCTGTGTGAATGATAGATAGATACATAAAGATTCAAGACAAATGGTGTCAGAAG
TACATTGTAATAAGTGCCAACTTTTCTTCCGACAAAGATTTCGATGGGTCGTGTGTAGCC
TACACAGTGTAGGTCAGAACAAAATAGATGCTGAGCTTTTTATTACAGTCTTGGAAGGAA
AGGCTTCACTGATTCGATGACGACCCTTCCGTCATATGATAATGATGCAAAAACCCAAGG
CTCACGTGAGCTCCAAGCAAGGCCATAGACGCTGTCTTCATAATCAGTGTATGAGTTTAG
CAACAGGTTTACACGCTGACGTGTTGATTCCACAGGGCTCTCTGGAGCTTTGTCATTAGT
GGATGATGCTGAAGCATACCACAAGTTAACAGCTGAGTCTGTTCCTGCACTCAGAATCAG
CCCATCATACTCGGGGTTACACTTGACAGCCCATGTCCAATGTGTATGACCAGGAAGCTC
TTGGACAGGAGTCCTGGCCTTACGGAGATCCCAGACGTGTATGCCAGATTCATCCTCTGC
TGTTATAAGTATATGCTCTCTCTTGGGATTGTAATCAACACCTCGTACATGAGCACGTTC
GATTGAATTAACCTTCTTCATGGTACGCAGGTCCCAGAACTGAACAGATGATTCACCAGT
CGCTGCAACAGCATTTACATCATGTGGATCCCACGCACCACCAGATAAAGAATGCAACAT
CCCGGCCGAGTCCTTAGATAAGACCTCAGCAGAATTGTTGGAAAAGTCCAAGCTCCACAA
GAAAATGTTTTGTTCATCCATGCTGATTAACTTGTCACATCTTCCAGAAGGCCACCAAAG
AACACAATTAATCTTACCAACATGTGCATCAAGAGACGCAACACGCTCAAGCTGTGGAGA
ATTCAGTTGACCATACAACTCAGGAATCTGCCAAATCGCTGCTCCAAATGATTTACCGGT
GGAAAAGACAGTGGAGAAAATGCGTTGATTGAAAGGGCAAGAAGCAAGGTCCCAAATCTC
ATTAGGATGAGAGAACAAACCCTCGCATATCAGCTCTGATCCACCAGATGACAGACGTAG
CAGATGAACCTCGTTTTCTTCTTTCAAACTTAGGGTTCCAGTGAGGAAGCTGGTGTAATC
CGTATCTGCTTTCACATCCGATATACATCTCGCCTGATACTTCAAGCCGTATCCAATTCC
CGACGATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC39JQ U 264
AF RR1DG33JQ U 1
AF RR1DG33TF C 271
AF RR1BC39TF C 471
BS 1 546 RR1DG33JQ
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BS 548 561 RR1DG33JQ
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BS 563 634 RR1DG33JQ
BS 635 813 RR1DG33TF
BS 814 814 RR1BC39TF
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BS 825 865 RR1DG33TF
BS 866 1270 RR1BC39TF

RD RR1BC39JQ 309 0 0
CCCTTCT
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GCTGTCTTCATAATCAGTGTATGAGTTAAGCAACAGGTTCACACGCTGACGTGTTGATTC
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AGCTGAATCTGTTCCTGCACTCAAAATCAGCCCATCATACTCGGGGTTACACTTGACAGC
CCATGTCCAATGTGTATGACCAGGAAGCTCTTGGACAGGAGTCTTGGCCTTACGGAGATC
CC

QA 8 309 8 309
DS 

RD RR1DG33JQ 634 0 0
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AAGGAATCTGTGTGAATGATAGATAGATACATAAAGATTCAAGACAAATGGTGTCAGAAG
TACATTGTAATAAGTGCCAACTTTTCTTCCGACAAAGATTTCGATGGGTCGTGTGTAGCC
TACACAGTGTAGGTCAGAACAAAATAGATGCTGAGCTTTTTATTACAGTCTTGGAAGGAA
AGGCTTCACTGATTCGATGACGACCCTTCCGTCATATGATAATGATGCAAAAACCCAAGG
CTCACGTGAGCTCCAAGCAAGGCCATAGACGCTGTCTTCATAATCAGTGTATGAGTTTAG
CAACAGGTTTACACGCTGACGTGTTGATTCCACAGGGCTCTCTGGAGCTTTGTCATTAGT
GGATGATGCTGAAGCATACCACAAGTTAACAGCTGAGTCTGTTCCTGCACTCAGAATCAG
CCCATCATACTCGGGGTTACACTTGACAGCCCATGTCCAATGTGTATGACCAGGAAGCTC
TTGGACGGGAGTCCTGGCCTTCCGGAGATCCCAGACGTGTATGCCAGATTCATCCTCTGC
TGTTATAAGTATATGCTCTCTCTTGGGATTGTAA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1DG33TF 596 0 0
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GCTGTCTTCATAATCAGTGTATGAGTTTAGCAACAGGTTTACACGCTGACGTGTTGATTC
CACAGGGCTCTCTGGAGCTTTGTCATTAGTGGATGATGCTGAAGCATACCACAAGTTAAC
AGCTGAGTCTGTTCCTGCACTCAGAATCAGCCCATCATACTCGGGGTTACACTTGACAGC
CCATGTCCAATGTGTATGACCAGGAAGCTCTTGGACGGGAGTCCTGGCCTTCCGGAGATC
CCAGACGTGTATGCCAGATTCATCCTCTGCTGTTATAAGTATATGCTCTCTCTTGGGATT
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CCACGCACCACCAGATAAAGAATGCAACATCCCGGCCGAGTCCTTAGATAAGACCTCAGC
AGACTTGTTGGAAGAGTCCAAGCTCCACAAGAAAATGTTTTGTTCATCCATGCTG
C

QA 1 595 1 595
DS 

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TCAG
AATCAGCCCATCATACTCGGGGTTACACTTGACAGCCCATGTCCAATGTGTATGACCAGG
AAGCTCTTGGACAGGAGTCTTGGCTTTACGGAGATCCCAGACGTGTATACCAGATTCATC
CTCTGCTGTTATAAGTATATGCTCTCTCTTAGGATTGTAATCAACAC*TCGTACATGAGC
ACGTTCGATTGAATTAACTTTCTTCATGGTACGCAGGTCCCAGAACTGAACAGATGATTC
ACCAGTTGCTGCAACAGCATTTACATCATGTGGATCCCACGCACCACCAGATAAAGAATG
CAACATCCCGGCCGAGTCCTTAGATAAGACCTCAGCAGAATTGTTGGAAAAGTCCAAGCT
CCACAAGAAAATGTTTTGTTCATCCATGCTGATTAACTTGTCACATCTTCCAGAAGGCCA
CCAAAGAACACAATTAATCTTACCAACATGTGCATCAAGAGACGCAACACGCTCAAGCTG
TGGAGAATTCAGTTGACCATACAACTCAGGAATCTGCCAAATCGCTGCTCCAAATGATTT
ACCGGTGGAAAAGACAGTGGAGAAAATGCGTTGATTGAAAGGGCAAGAAGCAAGGTCCCA
AATCTCATTAGGATGAGAGAACAAACCCTCGCATATCAGCTCTGATCCACCAGATGACAG
ACGTAGCAGATGAACCTCGTTTTCTTCTTTCAAACTTAGGGTTCCAGTGAGGAAGCTGGT
GTAATCCGTATCTGCTTTCACATCCGATATACATCTCGCCTGATACTTCAAGCCGTATCC
AATTCCCGACGATCCC

QA 5 800 5 800
DS 



AS 1 4

CO CL2390Contig1 729 4 1 U
GGATGAGAAAAAAGTTCGAAACATTTCTCTCTGGGCGTTTCTCCTTCGGGGTTGGATTTG
TTGGAAATGGGAAGACTATTCGTGATCGACCTCCAAGGAGAAACCTATAGCTGCAAGCAT
TGCCACACTCCTTTCGCACTCACCGATGATCTCATCTCCAAGTCATTTCACTGCAAGCAT
GGAAGGGCTTATCTTTTCGAAAACGTTGTCAATGTGACTGTTGGAGAGATGGAGCATCGC
ATCATGATGACTGGTTGGCATACTGTAGCTGACATCTTCTGCGTTTGTTGTGGCTCTCTT
GTTGGCTGGAAATACGAAATTGCATACGAGAAGTCTCAGAAGTACAAGGAAGGAAAATTC
ATCATTGAAAGGTTTAAAGTGCTTGGACCCGATGGAGGCGGATACGACATGAACGAGGAC
GAGCCCATGATTGGAAGTGACGAAGAATAAAACCGGCTTTTCTTTTTACCACCCCCTCTA
TTATTGGAGATATTTTTGGCAAGTGGTCAAAATGCAAAAACTCCACAATTTTTCTCGGGT
AAGCCATAAGTAAGTAAAGAAGAAAACCAGATATTTATAAACTTAATTATAATTGAGTAC
CAAAATCGTCTTTAGAAAACTTGTTTCGAACTAATTAATCTCCAATTCAGACACTAACTT
TAGTATGTGCGTGCTTCTACTTGCATGTTTCTTGTAACAAGATCTATATAAATGAATTTT
CCTTGCGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BB07JQ C 25
AF RR1BB07TF U 25
AF RR1E278TF U 1
AF RR1E278JQ C 28
BS 1 729 RR1E278TF

RD RR1BB07JQ 690 0 0
GGC
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CAAAATGCAAAAACTCCACAATTTTTCTCGGGTAAGCCATAAGTAAGTAAAGAAGAAAAC
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QA 4 690 4 690
DS 

RD RR1BB07TF 693 0 0
GGC
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GACCTCCAAGGAGAAACCTATAGCTGCAAGCATTGCCACACTCCTTTCGCACTCACCGAT
GATCTCATCTCCAAGTCATTTCACTGCAAGCATGGAAGGGCTTATCTTTTCGAAAACGTT
GTCAATGTGACTGTTGGAGAGATGGAGCATCGCATCATGATGACTGGTTGGCATACTGTA
GCTGACATCTTCTGCGTTTGTTGTGGCTCTCTTGTTGGCTGGAAATACGAAATTGCATAC
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CCCGATGGAGGCGGATACGACATGAACGAGGACGAGCCCATGATTGGAAGTGACGAAGAA
TAAAACCGGCTTTTCTTTTTACCACCCCCTCTATTATTGGAGATATTTTTGGCAAGTGGT
CAAAATGCAAAAACTCCACAATTTTTCTCGGGTAAGCCATAAGTAAGTAAAGAAGAAAAC
CAGATATTTATAAACTTAATTATAATTGAGTACCAAAATCGTCTTTAGAAAACTTGTTTC
GAACTAATTAATCTCCAATTCAGACACTAACTTTAGTATGTGCGTGCTTCTACTTGCATG
TTTCTTGTAACAAGATCTATATAAATG
AAT

QA 4 690 4 690
DS 

RD RR1E278TF 729 0 0
GGATGAGAAAAAAGTTCGAAACATTTCTCTCTGGGCGTTTCTCCTTCGGGGTTGGATTTG
TTGGAAATGGGAAGACTATTCGTGATCGACCTCCAAGGAGAAACCTATAGCTGCAAGCAT
TGCCACACTCCTTTCGCACTCACCGATGATCTCATCTCCAAGTCATTTCACTGCAAGCAT
GGAAGGGCTTATCTTTTCGAAAACGTTGTCAATGTGACTGTTGGAGAGATGGAGCATCGC
ATCATGATGACTGGTTGGCATACTGTAGCTGACATCTTCTGCGTTTGTTGTGGCTCTCTT
GTTGGCTGGAAATACGAAATTGCATACGAGAAGTCTCAGAAGTACAAGGAAGGAAAATTC
ATCATTGAAAGGTTTAAAGTGCTTGGACCCGATGGAGGCGGATACGACATGAACGAGGAC
GAGCCCATGATTGGAAGTGACGAAGAATAAAACCGGCTTTTCTTTTTACCACCCCCTCTA
TTATTGGAGATATTTTTGGCAAGTGGTCAAAATGCAAAAACTCCACAATTTTTCTCGGGT
AAGCCATAAGTAAGTAAAGAAGAAAACCAGATATTTATAAACTTAATTATAATTGAGTAC
CAAAATCGTCTTTAGAAAACTTGTTTCGAACTAATTAATCTCCAATTCAGACACTAACTT
TAGTATGTGCGTGCTTCTACTTGCATGTTTCTTGTAACAAGATCTATATAAATGAATTTT
CCTTGCGAG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1E278JQ 702 0 0
TCTCTGGGCGTTTCTCCTTCGGGGTTGGATTTGTTGGAAATGGGAAGACTATTCGTGATC
GACCTCCAAGGAGAAACCTATAGCTGCAAGCATTGCCACACTCCTTTCGCACTCACCGAT
GATCTCATCTCCAAGTCATTTCACTGCAAGCATGGAAGGGCTTATCTTTTCGAAAACGTT
GTCAATGTGACTGTTGGAGAGATGGAGCATCGCATCATGATGACTGGTTGGCATACTGTA
GCTGACATCTTCTGCGTTTGTTGTGGCTCTCTTGTTGGCTGGAAATACGAAATTGCATAC
GAGAAGTCTCAGAAGTACAAGGAAGGAAAATTCATCATTGAAAGGTTTAAAGTGCTTGGA
CCCGATGGAGGCGGATACGACATGAACGAGGACGAGCCCATGATTGGAAGTGACGAAGAA
TAAAACCGGCTTTTCTTTTTACCACCCCCTCTATTATTGGAGATATTTTTGGCAAGTGGT
CAAAATGCAAAAACTCCACAATTTTTTTCGGGTAAGCCATAAGTAAGTAAAGAAGAAAAC
CAGATATTTATAAACTTAATTATAATTGAGTACCAAAATCGTCTTTAGAAAACTTGTTTC
GAACTAATTAATCTCCAATTCAGACACTAACTTTAGTATGTGCGTGCTTCTACTTGCATG
TTTCTTGTAACAAGATCTATATAAATGAATTTTCCTTGCGAG

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 3

CO CL2391Contig1 1276 3 17 U
CTCTCAGGAGGACACGATCCGCATTGGTTTCAGCAAGGAGCTACGCAGCTGGTTCAAAAG
AGATGACAGTCAGAGATGCCCTAAATTCTGCAATTGATGAGGAAATGTCTGCAGATCCTA
AAGTATTTGTCATGGGTGAAGAGGTTGGACAATATCAAGGTGCCTACAAGATAACTAAAG
GACTTTTGGAGAAATATGGTCCTGAGAGAGTTTATGATACCCCTATTACCGAGGCTGGAT
TCACTGGAATTGGAGTTGGTGCCGCCTATGCTGGCTTAAAGCCTGTTGTAGAATTTATGA
CCTTTAACTTTTCAATTCAGGCAATTGATCATATCATTAATTCTGCTGCAAAGTCAAACT
ACATGTCTGCTGGACAGATAAATGTACCCATCGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTG
CTGGGTGTTGGTGCTCAGCATTCTCAGTGCTATGCAGCCTGGTACGCCTCAGTTCCTGGT
TTGAAAGTTCTCGCTCCATATTCAGCTGAAGATGCTCGTGGTCTTCTTAAAGCTGCCATT
AGAGACCCTGACCCTGTTGTCTTCCTTGAAAACGAGTTACTATATGGGTGAATCATTTCC
AATTTCAGAAGAAGCACTTGATTCAAGTTTCTGTCTTCCCATAGGCAAAGCCAAGATTGA
ACGAGAAGGAAAGGATGTAACAATAACAACTTTCTCGAAGATGGTCGGTTTTGCCCTCAA
GGCAGCTGAGAAGCTCGCAGAAGAGGGAATAAGTGCTGAGGTAATAAATCTACGGTCAAT
CCGTCCGCTAGACAGAGCAACCATCAATGCTTCAGTGAGAAAAACAAGTAGATTGGTAAC
AGTTGAAGAAGGTTTCCCTCAGCATGGAGTCTGTGCAGAAATCTGTGCGTCGGTAGTAGA
GGAGAGCTTTTCATACTTGGATGCACCGGTGGAGAGGATAGCAGGAGCTGATGTACCAAT
GCCTTACGCAGCTAACCTAGAGAGATTGGCTCTTCCTCAGGTAGAGGATATCGTTCGAGC
AGCAAAGAGAGCTTGTTACAGATCCAAATAAAGAAAATGATCATCTTCAGAAACCCACCC
CCCAACACAAATAAGAAAAAAGAGAAAATGGCGTCTCTTTTTGCTACAAAACACAGCTGT
TCCTTGTGATTTTATTTGATCTCTTGCTATTGTTAATCCTCTGGCCTGCGGTTTTCATTT
TTTTTCCTTTTTGTCTTGCGAATTGAAAATTATACATCTTTTGGGGTCTAGTGAAAGAGT
TCATAACACCTGCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A028TF U 1
AF RR1F452TF U 391
AF RR1H573JQ C 598
BS 1 509 RR1A028TF
BS 510 510 RR1F452TF
BS 511 622 RR1A028TF
BS 623 623 RR1F452TF
BS 624 640 RR1A028TF
BS 641 685 RR1F452TF
BS 686 687 RR1H573JQ
BS 688 876 RR1F452TF
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BS 878 894 RR1F452TF
BS 895 895 RR1H573JQ
BS 896 897 RR1F452TF
BS 898 898 RR1H573JQ
BS 899 966 RR1F452TF
BS 967 967 RR1H573JQ
BS 968 996 RR1F452TF
BS 997 1276 RR1H573JQ

RD RR1A028TF 640 0 0
CTCTCAGGAGGACACGATCCGCATTGGTTTCAGCAAGGAGCTACGCAGCTGGTTCAAAAG
AGATGACAGTCAGAGATGCCCTAAATTCTGCAATTGATGAGGAAATGTCTGCAGATCCTA
AAGTATTTGTCATGGGTGAAGAGGTTGGACAATATCAAGGTGCCTACAAGATAACTAAAG
GACTTTTGGAGAAATATGGTCCTGAGAGAGTTTATGATACCCCTATTACCGAGGCTGGAT
TCACTGGAATTGGAGTTGGTGCCGCCTATGCTGGCTTAAAGCCTGTTGTAGAATTTATGA
CCTTTAACTTTTCAATTCAGGCAATTGATCATATCATTAATTCTGCTGCAAAGTCAAACT
ACATGTCTGCTGGACAGATAAATGTACCCATCGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTG
CTGGGTGTTGGTGCTCAGCATTCTCAGTGCTATGCAGCCTGGTACGCCTCAGTTCCTGGT
TTGAAAGTTCTCGCTCCATATTCAGCTGA*GATGCTCGTGGTCTTCTTAAAGCTGCCATT
AGAGACCCTGACCCTGTTGTCTTCCTTGAAAACGAGTTACTATATGGGTGAATCATTTCC
AATTTCAGAAGAAGCACTTGATCCAAGTTTCTGTCTTCCC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1F452TF 606 0 0
G
CGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGG*TGTTGGTGCTCAGCATTCTCAGTGCT
ATGCAGC*TGGTACGCCTCAGTTCCTGGTTTGAAAGTTCTCGCTCCATATTCAGCTGAAG
ATGCTCGTGGTCTTCTTAAAGCTGCCATTAGAGACCCTGACCCTGTTGTCTTCCTTGAAA
ACGAGTTACTATATGG*TGAATCATTTCCAATTTCAGAAGAAGCACTTGATTCAAGTTTC
TGTCTTCCCATAGGCAAAGCCAAGATTGAACGAGAAGGAAAGGATGTAACAATAGTAACT
TTCTCGAAGATGGTCGGTTTTGCCCTCAAGGCAGCTGAGAAGCTCGCAGAAGAGGGAATA
AGTGCTGAGGTAATAAATCTACGGTCAATCCGTCCGCTAGACAGAGCAACCATCAATGCT
TCAGTGAGAAAAACAAGTAGATTGGTAACAGTTGAAGAAGGTTTCCCTCAGCATGGAGTC
TGTGCGGAAATCTGTGCGTCGGTTGTGGAGGAGAGCTTTTCATACTTGGATGCACCGGTG
GAGAGGATAGCAGGAGCTGATGTACCAATGCCTTATGCAGCTAACCTAGAGAGATTGGCT
CTTCC

QA 2 606 2 606
DS 

RD RR1H573JQ 679 0 0
TCCAATTTCAGAAGAAGCACTTGATTCAAGTTTCTGTCTTCCCATAGGCAAAGCCAAGAT
TGAACGAGAAGGAAAGGATGTAACCATAACAACTTTCTCGAAGATGGTCGGTTTTGCCCT
CAAGGCAGCTGAGAAGCTGGCAGAAGAGGGAATAAGTGCTGAGGTAATAAATCTGCGGTC
AATCCGTCCGCTAGACAGAGCAACCATCAATGCTTCAGTGAGAAAGACGAGTAGATTGGT
AACAGTTGAAGAAGGTTTCCCTCAGCATGGAGTCTGTGCAGAAATCTGTGCTTCGGTAGT
AGAGGAGAGCTTTTCATACTTGGATGCACCGGTGGAGAGGATAGCAGGAGCTGATGTTCC
AATGCCTTACGCAGCTAACCTAGAGAGATTGGCTCTTCCTCAGGTAGAGGATATCGTTCG
AGCAGCAAAGAGAGCTTGTTACAGATCCAAATAAAGAAAATGATCATCTTCAGAAACCCA
CCCCCCAACACAAATAAGAAAAAAGAGAAAATGGCGTCTCTTTTTGCTACAAAACACAGC
TGTTCCTTGTGATTTTATTTGATCTCTTGCTATTGTTAATCCTCTGGCCTGCGGTTTTCA
TTTTTTTTCCTTTTTGTCTTGCGAATTGAAAATTATACATCTTTTGGGGTCTAGTGAAAG
AGTTCATAACACCTGCCTT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 4

CO CL2392Contig1 1324 4 10 U
GAGAGCAACTATGGGACAGTGGCCAGTGGTTGAACGAAGGTCACAGTCTTTGACAAACAC
CCCATTGAGCGGTTTCAGTTCACGCTCATCCTCTCAAGGGTCTGGACTGAAGAGCCAGAG
CTTCATGGACATGCTAAGATCAGCGAAAGGAACTTCACAGGATGATGATTTTGATGATGA
AGAAGATTTTGTCATGAAGAAAGAAAGCTCTTCCACTAGCCAGATCCATAGAGATTTGAG
GGTAAAAGCAGAGGCGAGAGGCGGTGGTAACGATCAAAAGCTGAACACGCCTAGGTCTAA
ACATTCTGCTACAGAACAAAGGAGGAGGAGCAAGATCAATGATAGATTTCAAATGCTGAG
ACAACTAATACCTAACAGCGACCAAAAGCGGGACAAGGCCTCCTTCTTGCTCGAGGTTAT
CGAGTATATTCAATTCTTACAGGAGAAAACAAGCAAGTACGAGACTCCTTACCAAGGATG
GAATCACGATCCTGCGAAGCTATTGAATTGGCAAAGAAACAACCAACATCTAGTACCTGA
AGGAACCGTTGCTTTTGCTCCAAAATTGGAAGAAGAGAAGAATAACATTCCGATTCCGGT
CCTTGCAACAACACAAGGCGTTGTTATAGACCGTCCGGAAACATTGAACCGAGCAACGCC
AACGACCGGGACAGTTCCTTTGACAGCTCAAAGCAACAGTTTTCTCTCCCCCGTAATTGC
GGGTAACCCCGTAACTCATTTGAACACAAGAGTCGCAGCATCAGAGACGGTGGAGCCAAG
CGAGAGTTCACGGAGTCATACAGCCTTTCAAAGAAGAAGGCGATGACGAGGAAGTTCATG
CGGGCAACATCAGTATATCAAGTGTTTACTCACAAGGATTGGTGAAAACACTAAGAGAAG
CATTGGAGAACTCAGGAGTGGACTTAACAAAAGCAAGCATCTCTGTCGAAATCGAGCTTG
CTAAACAATCCTCTTCCTTCAAGGATCATGAACTCCGTGGACCGGTCTCTCGAACTGGAA
ACGATGACGACGCCAAGCAAAGTCGGAGACCAAAACGGCTCAAGACGAACAACACAAGTT
AAAGAAAAAGCATCACAATCGGGTATAATAACCCCAAAGTTGAATCGTCCGTTTTCATTC
TTCTTTATCTCAAAACAGGGCTTTCTTTTTCAAAAATTTATAGATATATTCAATCTTAAA
TTTTTCTTACTTTGTACATTGGAAACTATAATTTTTATAATGTTTTATCTCGTGGGGCCA
TAATCTTTTGAGGAGGCCTAAGACTAGTGAGACCCGGTTATGCTAACCGCATTTTTATGA
CTCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1ES18TF U 1
AF RR1EN90TF U 1
AF RR1ES18JQ C 628
AF RR1EN90JQ C 582
BS 1 660 RR1EN90TF
BS 661 661 RR1EN90JQ
BS 662 711 RR1EN90TF
BS 712 712 RR1EN90JQ
BS 713 769 RR1EN90TF
BS 770 770 RR1EN90JQ
BS 771 787 RR1EN90TF
BS 788 788 RR1EN90JQ
BS 789 801 RR1EN90TF
BS 802 1324 RR1EN90JQ

RD RR1ES18TF 283 0 0
GAGAGCAACTATGGGACAGTGGCCAGTGGTTGAACGAAGGTCACAGTCTTTGACAAACAC
CCCATTGAGCGGTTTCAGTTCACGCTCATCCTCTCAAGGGTCTGGACTGAAGAGCCAGAG
CTTCATGGACATGCTAAGATCAGCGAAAGGAACTTCACAGGATGATGATTTTGATGATGA
AGAAGATTTTGTCATGAAGAAAGAAAGCTCTTCCACTAGCCAGATCCATAGAGATTTGAG
GGTAAA*GCAGAGG*GAGAGGCG*TGGTAACGATCAAA
GCTGA

QA 1 278 1 278
DS 

RD RR1EN90TF 801 0 0
GAGAGCAACTATGGGACAGTGGCCAGTGGTTGAACGAAGGTCACAGTCTTTGACAAACAC
CCCATTGAGCGGTTTCAGTTCACGCTCATCCTCTCAAGGGTCTGGACTGAAGAGCCAGAG
CTTCATGGACATGCTAAGATCAGCGAAAGGAACTTCACAGGATGATGATTTTGATGATGA
AGAAGATTTTGTCATGAAGAAAGAAAGCTCTTCCACTAGCCAGATCCATAGAGATTTGAG
GGTAAAAGCAGAGGCGAGAGGCGGTGGTAACGATCAAAAGCTGAACACGCCTAGGTCTAA
ACATTCTGCTACAGAACAAAGGAGGAGGAGCAAGATCAATGATAGATTTCAAATGCTGAG
ACAACTAATACCTAACAGCGACCAAAAGCGGGACAAGGCCTCCTTCTTGCTCGAGGTTAT
CGAGTATATTCAATTCTTACAGGAGAAAACAAGCAAGTACGAGACTCCTTACCAAGGATG
GAATCACGATCCTGCGAAGCTATTGAATTGGCAAAGAAACAACCAACATCTAGTACCTGA
AGGAACCGTTGCTTTTGCTCCAAAATTGGAAGAAGAGAAGAATAACATTCCGATTCCGGT
CCTTGCAACAACACAAGGCGTTGTTATAGACCGTCCGGAAACATTGAACCGAGCAACGCC
CACGACCGGGACAGTTCCTTTGACAGCTCAAAGCAACAGTTTTCTCTCCCC*GTAATTGC
GGGTAACCCCGTAACTCATTTGAACACAAGAGTCGCAGCATCAGAGACG*TGGAGCCAAG
CGAGAGT*CACGGAGTCATAC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1ES18JQ 437 0 0
AGACCGTCCGGAAACATTGAACCGAGCAACGCCAACGACCGGGACAGTTCCTTTGACAGC
TCAAAGCAACAGTTTTCTCTCCCCCGTAATTGCGGGTAACCCCGTAACTCATTTGAACAC
AAGAGTCGCAGCATCAGAGACGGTGGAGCCAAGCGAGAGTTCACGGAGTCATACAGCCTT
TCAAAGAAGAAGGCGATGACGAGGAAGTTCATGCGGGCAACATCAGTATATCAAGTGTTT
ACTCACAAGGATTGGTGAAAACACTAAGAGAAGCATTGGAGAACTCAGGAGTGGACTTAA
CAAAAGCAAGCATCTCTGTCGAAATCGAGCTTGCTAAACAATCCTCTTCCTTCAAGGATC
ATGAACTCCGTGGACCGGTCTCTCGAACTGGAAACGATGACGACGCCAAGCAAAGTCGGA
GACCAAAACGGCTCAAG

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR1EN90JQ 743 0 0
ATAACATTCCGATTCCGGTCCTTGCAACAACACAAGGCGTTGTTATAGACCGTCCGGAAA
CATTGAACCGAGCAACGCCAACGACCGGGACAGTTCCTTTGACAGCTCAAAGCAACAGTT
TTCTCTCCCCCGTAATTGCGGGTAACCCCGTAACTCATTTGAACACAAGAGTCGCAGCAT
CAGAGACGGTGGAGCCAAGCGAGAGTTCACGGAGTCATACAGCCTTTCAAAGAAGAAGGC
GATGACGAGGAAGTTCATGCGGGCAACATCAGTATATCAAGTGTTTACTCACAAGGATTG
GTGAAAACACTAAGAGAAGCATTGGAGAACTCAGGAGTGGACTTAACAAAAGCAAGCATC
TCTGTCGAAATCGAGCTTGCTAAACAATCCTCTTCCTTCAAGGATCATGAACTCCGTGGA
CCGGTCTCTCGAACTGGAAACGATGACGACGCCAAGCAAAGTCGGAGACCAAAACGGCTC
AAGACGAACAACACAAGTTAAAGAAAAAGCATCACAATCGGGTATAATAACCCCAAAGTT
GAATCGTCCGTTTTCATTCTTCTTTATCTCAAAACAGGGCTTTCTTTTTCAAAAATTTAT
AGATATATTCAATCTTAAATTTTTCTTACTTTGTACATTGGAAACTATAATTTTTATAAT
GTTTTATCTCGTGGGGCCATAATCTTTTGAGGAGGCCTAAGACTAGTGAGACCCGGTTAT
GCTAACCGCATTTTTATGACTCG

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL2393Contig1 716 2 13 U
GTATTAACTAGAATATTATTGCTCTGCTATATATAAACTTCTCTACATTACATATTTTTC
TTTTTGACCATCTCCACACAAATTACAAACCAAGCAAGACCGTCCTTTTTCCCCATGAAA
ATCCGCGGCATAAAAAAAGAAGGAAAGAAACTGAAAATGGATTTATCGACGGGTTTGATT
TTGTTTTCTTAGGCTTTAGCAGCTTCTGCAGGAACAGTGGCTTTGTTAGCAATGAGCTGC
TCATAAAGATCTCTGATCTTCAATCCAACAATGGTCTGGAATAAACCAGTCCCGTTGTTG
CTGCCAGGGAAGTCAGCATGTTTAAGCATCTGTTGAGTGACTTCACCGTAAAATTTGGTC
GAGAGGTTGCTCAAATGACTCTCCACGTAAATCAGCTCGTCTAGTCTATCGAATTGCCCA
TCCATCTCCAAAACCGAAACCTCATGGTCGAAGTAGGTATCAGGTTCGTAGTTGAACTTG
ATGCCAGGGTACGAGCAGGTGAGTTTGCGACCACAAGGGATCCACGAGATCGTTGAGCCT
TCATCGAAAAGGTAAACCGGGCTGAAGTACTTAACACCTTCCTTCATAATCAATCTCACT
CTCAACACTTTGCCTTCATTGTCATCCGGAATCAGCTGCGTTGGAAGCACTTCTATCACC
GCATCCGCATACTGCTTTTGTGGGTCAATGAATGCATCGAAGTCGGGCTTTCGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CL32JQ U 1
AF RR1G594JQ U 6
BS 1 111 RR1CL32JQ
BS 112 112 RR1G594JQ
BS 113 134 RR1CL32JQ
BS 135 135 RR1G594JQ
BS 136 245 RR1CL32JQ
BS 246 246 RR1G594JQ
BS 247 283 RR1CL32JQ
BS 284 284 RR1G594JQ
BS 285 384 RR1CL32JQ
BS 385 385 RR1G594JQ
BS 386 607 RR1CL32JQ
BS 608 608 RR1G594JQ
BS 609 716 RR1CL32JQ

RD RR1CL32JQ 716 0 0
GTATTAACTAGAATATTATTGCTCTGCTATATATAAACTTCTCTACATTACATATTTTTC
TTTTTGACCATCTCCACACAAATTACAAACCAAGCAAGACCGTCCTTTTTCGCCATGAAA
ATCCGCGGCATAAAGAAAGAAGGAAAGAAACTGAAAATGGATTTATCGACGGGTTTGATT
TTGTTTTCTTAGGCTTTAGCAGCTTCTGCAGGAACAGTGGCTTTGTTAGCAATGAGCTGC
TCATAGAGATCTCTGATCTTCAATCCAACAATGGTCTGGAATAGACCAGTCCCGTTGTTG
CTGCCAGGGAAGTCAGCATGTTTAAGCATCTGTTGAGTGACTTCACCGTAAAATTTGGTC
GAGAGGTTGCTCAAATGACTCTCCGCGTAAATCAGCTCGTCTAGTCTATCGAATTGCCCA
TCCATCTCCAAAACCGAAACCTCATGGTCGAAGTAGGTATCAGGTTCGTAGTTGAACTTG
ATGCCAGGGTACGAGCAGGTGAGTTTGCGACCACAAGGGATCCACGAGATCGTTGAGCCT
TCATCGAAAAGGTAAACCGGGCTGAAGTACTTAACACCTTCCTTCATAATCAATCTCACT
CTCAACATTTTGCCTTCATTGTCATCCGGAATCAGCTGCGTTGGAAGCACTTCTATCACC
GCATCCGCATACTGCTTTTGTGGGTCAATGAATGCATCGAAGTCGGGCTTTCGTGC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1G594JQ 681 0 0
AG
CTAGAATATTATTGCTCTGCTATATATAAACTTCTCTACATTACATATTTTTCTTTTTGA
CCATCTCCACACAAATTACAAACCAAGCAAGACCGTCCTTTTTCCCCATGAAAATCCGCG
GCATAAAAAAAGAAGGAAAGAAACTGAAAATGGATTTATCGACGGGTTTGATTTTGTTTT
CTTAGGCTTTAGCAGCTTCTGCAGGAACAGTGGCTTTGTTAGCAATGAGCTGCTCATAAA
GATCTCTGATCTTCAATCCAACAATGGTCTGGAATAAACCAGTCCCGTTGTTGCTGCCAG
GGAAGTCAGCATGTTTAAGCATCTGTTGAGTGACTTCACCGTAAAATTTGGTCGAGAGGT
TGCTCAAATGACTCTCCACGTAAATCAGCTCGTCTAGTCTATCGAATTGCCCATCCATCT
CCAAAACCGAAACCTCATGGTCGAAGTAGGTATCAGGTTCGTAGTTGAACTTGATGCCAG
GGTACGAGCAGGTGAGTTTGCGACCACAAGGGATCCACGAGATTGTTGAGCCTTCATCGA
AAAGGTAAACCGGGCTGAAGTACTTAACACCTTCCTTCATAATCAATCTCACTCTCAACA
CTTTGCCTTCATTGTCATCCGGAATCAGCTGCGTTGGAAGCACTTCTATCACCGCATCCG
CATACTGCTTTTGTGGGTC

QA 3 681 3 681
DS 



AS 1 4

CO CL2394Contig1 1520 4 11 U
GAGACATAAAATCTGAAAATTGTCATTCAATTCGGTATAAATAAATATAGGTAGGTTCCT
TACATTTCAATCAAAACACTGGCGCAGATTGTTTCTGCAAAAAAGTTACATAAACTAAAA
GGTAACAACAACACACGGTCTTCTTCAATGGGCAAAAAGGATGACACGCTATTATCCCAA
AGTTTATGAACCAAACCGTACACTTAAAATCACTTCTTAAGCCAAGGAAATACGTCTGGT
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TCCCCAATTCCATGACCACAATAGGATCTCACCACTGATAACCCAGACATCGTAGCATGA
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BQ
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D459JQ U 22
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AF RR1EP58TF C 270
AF RR1D459TF C 847
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BS 988 1520 RR1D459TF

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AGTTTATGAACCAAACCGTACACTTAAAATCACTTCTTAAGCCAAGGAAATACGTCTGGT
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TCAAACTGAGCACTGCGTTTTCCATCTGCAGTAACTGCGGTCCATCCATCAGGCCACGTT
CGATCCCGCCACGACCCTGAGTTGATCATTGGCTCGATTGTGAAAGTCTGACCTGCTTTC
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CACCACTGATAACCCAGACATCGTAGCATGACGGTTGACTATCTCTCCTATTTCACGGAA
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C

QA 1 718 1 718
DS 

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ACCCTAGCGGCTGCATCCAATACCTCCCTGGCAATTTTACAGGTCTCGCGCATTCTCTGA
ATTTGCTCTGGCGTTTTAATCTCAACAGTATGCTGTAGCTCGCTATTTGGCTCAATTTTC
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GACGAGAAATCTCC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 4

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CTTCATCTCCGTCCTCCTCTCAGTTCCGGTCATCGGCGCCGGGATCTGGCTCGCCACCGG
AGAAGTAAACTCCTGTGTGAAGCTCCTTCAGTGGCCAGTAATAATCCTCGGAGTCTTGAT
CCTTCTTGTCGGTCTTGCTGGTTTCATAGGAGGGTTCTGGAGAATCACTTGGCTTCTCAT
TGTTTACTTGATGGCCATGCTTGTTCTCATAGTACTTTTAGGTATTCTTGTCGGATTTAT
TTACATGGTCACCATTAAAGGCTCTGGTCATCCGGAACCAAGCAGAGCTTATCTTGAGTA
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TAGGATCCGTACTTGTTTGAGTACTACTAGTATTTGTCCTGAACTGAATCAGACATATAC
TTCGGCTCTAGATTTCTTCAATGCTCATCTTAGTCCCATTCAATCTGGATGCTGCAAGCC
CCCAACAAAATGCGGATTCACATTCGTGAACCCTACTTACTGGATAAGTCCCATAGATAT
GAATGCAGACATGGATTGTCTACAGTGGAGCAATGACCAAAACGCTTTGTGCTACGCTTG
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CTTTCTTCTGTTGGCGTTAATCGGGTCGATAATCGTTTATATAATTGGCTGCTGCGCGTT
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TAGTTTCTTGATGTTTCGACCCTTGTAGTCGTCTCTTTTATTGCACGCATTACCAGAACA
TTTGGTGTAACTGGAAGAATGTTTGGTGTACCTCCTTAGTTTGGGTTTGCAAAACTTTCC
ATTGTTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV40TF U 33
AF RR1AF68TF U 1
AF RR1DV40JQ C 354
AF RR1AF68JQ C 210
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GG
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CTTTTAGGTATTCTTGTCGGATTTATTTACATGGTCACCATTAAAGGCTCTGGTCATCCG
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TGTCCTGAACTGAATCAGACATATACTTCGGCTCTAGATTTCTTCAATGCTCATCTTAGT
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GACCAAAACGCTTTGTGCTACGCTTGTGATTCGTGCAAAGCCG

QA 3 645 3 645
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AGAAGTAAACTCCTGTGTGAAGCTCCTTCAGTGGCCAGTAATAATCCTCGGAGTCTTGAT
CCTTCTTGTCGGTCTTGCTGGTTTCATAGGAGGGTTCTGGAGAATCACTTGGCTTCTCAT
TGTTTACTTGATGGCCATGCTTGTTCTCATAGTACTTTTAGGTATTCTTGTCGGATTTAT
TTACATGGTCACCATTAAAGGCTCTGGTCATCCGGAACCAAGCAGAGCTTATCTTGAGTA
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TTCGGCTCTAGATTTCTTCAATGCTCATCTTAGTCCCATTCAATCTGGATGCTGCAAGCC
CCCAACAAAATGCGGATTCACATTCGTGAACCCTACTTACTGGATAAGTCCCATAGATAT
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CTTTCTTCTGTTGGCGTTAATCGGGTCGATAATCGTTTATATAATTGGCTGCTGCGCGTT
CCGAAACGCGGAA*CCGAGGATATTTTCAGAAAATATAGGCAGGGTTATACATGA

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GCAAGCCCCCAACAAAATGTGGATTCACATTCGTGAACCCTACTTACTGGATAAGTCCCA
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ACGCTTGTGATTCGTGCAAAGCCGGTTTGCTTCAAAATCTTAAGGTTGATTGGTTAAAGG
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GCGCGTTCCGAAACGCGGAAACCGAGGATATTTTCAGAAAATATAGGCAGGGTTATACAT
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CAGAACATTTGGTGTAACTGGAAGAATGTTTGGTGTACCTCCTTAGTTTGGGTTTGC

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TAGTACTTTTAGGTATTCTTGTCGGATTTATTTACATGGTCACCATTAAAGGCTCTGGTC
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GTCGACGTGTTCAAAGATCTTACAAATGGGATAGGATCCGTACTTGTTTGAGTACTACTA
GTATTTGTCCTGAACTGAATCAGACATATACTTCGGCTCTAGATTTCTTCAATGCTCATC
TTAGTCCCATTCAATCTGGATGCTGCAAGCCCCCAACAAAATGCGGATTCACATTCGTGA
ACCCTACTTACTGGATAAGTCCCATAGATATGAATGCAGACATGGATTGTCTACAGTGGA
GCAATGACCAAAACGCTTTGTGCTACGCTTGTGATTCGTGCAAAGCCGGTTTGCTTCAAA
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TAATCGTTTATATAATTGGCTGCTGCGCGTTCCGAAACGCGGAAACCGAGGATATTTTCA
GAAAATATAGGCAGGGTTATACATGATCAGGTTGAGAAGTTTAGAGGCAAAACCGGGGAG
AATGTTTCAAATTATTGGGTTCCTCTATTTTTAGTTTCTTGATGTTTCGACCCTTGTAGT
CGTCTCTTTTATTGCACGCATTACCAGAACATTTGGTGTAACTGGAAGAATGTTTGGTGT
ACCTCCTTAGTTTGGGTTTGCAAAACTTTCCATTGTTAACC

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 4

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GAAGAAACTCGGTTGCTGCTCAAATTGAAGTCTTTTTTAATTTTATTTTTGTAATCCGTT
GAGTGAGAATTATAAGGTCCATTGTTTTGGTTCTCTTCTTGGTTTGTAATAATATTGACA
TCTATATGAGTTCTAGACTATACACTTTATAATGTTTATTTCAAGTATTGTTTAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1E918TF U 1
AF RR1CY12TF U 47
AF RR1E918JQ C 175
AF RR1CY12JQ C 698
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RD RR1E918TF 679 0 0
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GGTGAGGAGGAGGAGAAGCAAGCAGCGGCGGAGATAAATGGCGGGGTACAGAGTGGAAGA
TGACTACGATTACCTCTTCAAAGTCGTCCTGATAGGCGATTCGGGTGTAGGCAAATCGAA
TCTGCTCTCCAGATTCACCAAAAACGAGTTCAATCTCGAGTCTAAATCCACCATTGGTGT
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TACTGCTGGTCAAGAAAGGTACCGTGCCATCACTAGTGCATACTACCGTGGAGCCGTTGG
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GG
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TGCTGAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGAAACATCTGCCCTTGAATCCACCAACGTCGA
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GGCTGGTGAAGATGGGAACGGATCTGTTCCAAAAGGTTAGAAGATCGAGGTTAAAAACGA
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CAAATCTGATCTGCGCCATTTGCTAGCTGTTCCCACGGAAGATGGGAAATCGTATGCTGA
GCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGAAACATCTGCCCTTGAATCCACCAACGTCGAGAACGC
CTTCGCAGAGGTTTTGACGCAGATTTACCGTATAGCAAGCAAGAAGCAAATGGAGGCTGG
TGAAGATGGGAACGGATCTGTTCCAAAAGGTGAGAAGATCGAGGTTAAAAACGATGTCTC
CGCTCTGAAGAAACTCGGTTGCTGCTCAAATTGAAGTCTTTTTTAATTTTATTTTTGTAA
TCTGTTGAGTGAGAATTATAAGGTCCATTGTTTTGGTTCTCTTCTTGGTTTGTAATAATA
TTGACATCTATATGAGTTCTAGACTATAC

QA 1 689 1 689
DS 

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TAATTTTATTTTTGTAATCCGTTGAGTGAGAATTATAAGGTCCATTGTTTTGGTTCTCTT
CTTGGTTTGTAATAATATTGACATCTATATGAGTTCTAGACTATACACTTTATAATGTTT
ATTTCAAGTATTGTTTAGTC

QA 1 200 1 200
DS 



AS 2 4

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AATCAATCTTCATCGTTTAACTCGCTCCGTCTCCCACCACTGTCTCTCTCACCGCGGAAA
AAAAAATGTCGTCCGGTTTAATCGGAAGATTAGTTAGAACCAAACCGTCGCGATTAGCCA
CATCATCGGCGAGGTTAATCCCATCGCGATGCACGTCTTCCGCAACCGAATCAAAACCTT
CGAAACCATCGAAGTTCAAGACGTTCCAGATCTACCGATGGAACCCCGACAACCCTAGCA
AGCCAGAGCTCCAAGACTACAAGATCGATCTCAAGGACTGCGGCCCCATGGTCCTCGACG
CTCTCATCAAGATCAAAAACGAGATGGATCCCTCCCTCACGTTCCGCCGCTCGTGCCGAG
AAGGGATCTGCGGGTCGTGCGCGATGAACATCGACGGGTGCAACGGGCTCGCGTGTCTGA
CGAAGATCGAAGGAGGCGACGGGGCCAAGGAGACGACCATCACTCCCTTGCCTCACATGT
TCGTGATCAAGGATCTGGTGGTGGACATGACTAATTTTTACAATCAGTACAAGAGTATCG
AGCCGTGGCTGAAGAGGAAGAACCCGGCGTCTGAGCCTGGGAAGGAGATTCTTCAGAGTA
AGAAGGATAGGGCTAAGCTCGATGGGATGTATTAGTGTATCTTGTGTGCTTGTTGTAGCA
CTTCTTGTCCTAGTTACTGGTGGAACCCTGAGTCTTACCTTGGCCCTGCCGCTTTGCTAC
ACGCCAACAGGTGGATAAGTGATAGTCGTGATGAGTACACTAAGGAAAGGCTTGAGGCTA
TTGACGATGAGTTCAAGCTTTACCGTTGCCATACGATCTTGAACTGTGCTCGTGCTTGTC
CTAAGGGTTTGAACCCGGGCAAACAGATCGCGCACATCAAGCAGCTTCAGCGTTGATGTG
TATTATTATCGTGGTCTAAACAGTTTATCGTTTTAAAAGCTAATAAGTCTACTTCACAAA
GTCTTTGATTTTGGATTTCATTCTTGTATTGTTGTTGCCAAATATTAGCAACCTTGGCTA
GTCTTGCCAAGTAGATGAGCTTTGTGATTGTATCTTGCTGAAAAAACTCGACTCTTTTTT
TAAGTAATAAAACTGAAGTGAACTTAAATTTCATCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1C782JQ C 368
BS 1 726 RR1C782TF
BS 727 1118 RR1C782JQ

RD RR1C782TF 726 0 0
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AAAAAATGTCGTCCGGTTTAATCGGAAGATTAGTTAGAACCAAACCGTCGCGATTAGCCA
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CGAAACCATCGAAGTTCAAGACGTTCCAGATCTACCGATGGAACCCCGACAACCCTAGCA
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AGCCGTGGCTGAAGAGGAAGAACCCGGCGTCTGAGCCTGGGAAGGAGATTCTTCAGAGTA
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ACGCCA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1C782JQ 751 0 0
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CGAAGGAGGCGACGGGGCCAAGGAGACGACCATCACTCCCTTGCCTCACATGTTCGTGAT
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TGAGTTCAAGCTTTACCGTTGCCATACGATCTTGAACTGTGCTCGTGCTTGTCCTAAGGG
TTTGAACCCGGGCAAACAGATCGCGCACATCAAGCAGCTTCAGCGTTGATGTGTATTATT
ATCGTGGTCTAAACAGTTTATCGTTTTAAAAGCTAATAAGTCTACTTCACAAAGTCTTTG
ATTTTGGATTTCATTCTTGTATTGTTGTTGCCAAATATTAGCAACCTTGGCTAGTCTTGC
CAAGTAGATGAGCTTTGTGATTGTATCTTGCTGAAAAAACTCGACTCTTTTTTTAAGTAA
TAAAACTGAAGTGAACTTAAATTTCATCTAC

QA 1 751 1 751
DS 



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AAAAAAAATGTCGTCCGGTTTAATCGGAAGATTGGTTAGAACCAAACCGTCGCGATTAGC
CACATCATCGGCGAGGCTAATCCCATCGCGATTCTGCACGTCTTCCGCAACCGAACCGGA
ACCATCGAAACCATCGAAGTTCAAGACGTTCCAGATCTACCGATGGAACCCCGACAACCC
TAGCAAGCCCGAGCTCCAAGACTACAAGATCGATCTCAAGGACTGCGGCCCCATGGTGCT
AGACGCTCTCATCAAGATCAAAAACGAGATGGATCCCTCCCTCACGTTCCGCCGCTCGTG
CCGAGAAGGGATCTGCGGGTCGTGCGCGATGAACATCGACGGGTGCAACGGGCTCGCGTG
TCTGACGAAGATCGAAGGAGGCGACGGGGCCAAGGAGACGACCATCACTCCGCTGCCTCA
TATGTTCGTGATCAAGGATCTGGTGGTGGACATGACTAATTTTTATAATCAGTACAAGAG
TATAGAGCCGTGGCTGAAGAGGAAGAACCCGGCGGCTGAGCCTGGGAAGGAGATTCTGCA
GAGTAAGAAGGATAGGGCTAAGCTTGATGGGATGTATGAGTGTATCTTGTGTGCTTGTTG
TAGCACTTCTTGTCCTAGTTACTGGTGGAACCCTGAGTCTTACCTTGGCCCTGCCGCTTT
TCTACACGCCAACAGGTGGATAAGCGATAGTCGTGATGAGTATACTAAGGAAAGGCTTGA
GGCTATTGACGATGAGTTCAAGCTTTACCGTTGCCATACGATCTTGAACTGTGCTCGTGC
TTGTCCTAAGGGTTTGAACCCGGGGAAACAGATCGCGCACATCAAGCAACTTCAGCGTTG
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CTAGAGTCTTGCCAAGTAGATGAGCTTTGTGATTGTATCTTGCTGAAAAAAAACTCGACT
CTTTTTTAAGTAATAAAACTGAAGTGAACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CL50TF U 1
AF RR1CL50JQ C 270
BS 1 718 RR1CL50TF
BS 719 1111 RR1CL50JQ

RD RR1CL50TF 718 0 0
AATCAATCTTCATCGTTTAACTCGCTTCCGTCTCCCACCACTGTCTCTCTCACCGCGGAA
AAAAAAAATGTCGTCCGGTTTAATCGGAAGATTGGTTAGAACCAAACCGTCGCGATTAGC
CACATCATCGGCGAGGCTAATCCCATCGCGATTCTGCACGTCTTCCGCAACCGAACCGGA
ACCATCGAAACCATCGAAGTTCAAGACGTTCCAGATCTACCGATGGAACCCCGACAACCC
TAGCAAGCCCGAGCTCCAAGACTACAAGATCGATCTCAAGGACTGCGGCCCCATGGTGCT
AGACGCTCTCATCAAGATCAAAAACGAGATGGATCCCTCCCTCACGTTCCGCCGCTCGTG
CCGAGAAGGGATCTGCGGGTCGTGCGCGATGAACATCGACGGGTGCAACGGGCTCGCGTG
TCTGACGAAGATCGAAGGAGGCGACGGGGCCAAGGAGACGACCATCACTCCGCTGCCTCA
TATGTTCGTGATCAAGGATCTGGTGGTGGACATGACTAATTTTTATAATCAGTACAAGAG
TATAGAGCCGTGGCTGAAGAGGAAGAACCCGGCGGCTGAGCCTGGGAAGGAGATTCTGCA
GAGTAAGAAGGATAGGGCTAAGCTTGATGGGATGTATGAGTGTATCTTGTGTGCTTGTTG
TAGCACTTCTTGTCCTAGTTACTGGTGGAACCCTGAGTCTTACCTTGGCCCTGCCGCT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1CL50JQ 842 0 0
TCGATCTCAAGGACTGCGGCCCCATGGTGCTAGACGCTCTCATCAAGATCAAAA*CGAGA
TGGATCC*TCCCTCACGT*CCGCCGCTCGTGCCGAGAAGGGATCTGCGGGTCGTGCGCGA
TGAACATCGACGGGTGCAACGGGCTCGCGTGTCTGACGAAGATCGAAGGAGGCGACGGGG
CCAAGGAGACGACCATCACTCCGCTGCCTCATATGTTCGTGATCAAGGATCTGGTGGTGG
ACATGACTAATTTTTATAATCAGTACAAGAGTATAGAGCCGTGGCTGAAGAGGAAGAACC
CGGCGGCTGAGCCTGGGAAGGAGATTCTGCAGAGTAAGAAGGATAGGGCTAAGCTTGATG
GGATGTATGAGTGTATCTTGTGTGCTTGTTGTAGCACTTCTTGTCCTAGTTACTGGTGGA
ACCCTGAGTCTTACCTTGGCCCTGCCGCTTTTCTACACGCCAACAGGTGGATAAGCGATA
GTCGTGATGAGTATACTAAGGAAAGGCTTGAGGCTATTGACGATGAGTTCAAGCTTTACC
GTTGCCATACGATCTTGAACTGTGCTCGTGCTTGTCCTAAGGGTTTGAACCCGGGGAAAC
AGATCGCGCACATCAAGCAACTTCAGCGTTGATGTGTGTTTATCGTGGTCTAAACAGTTA
TCGTTTAAAAGCTAATAAGTCTACTTCACAAAGTCTTTGATTTTGTTGGATTCATTCTTG
TATTGTTGCAACCTGTGGAATACTCTTTTGGCTAGAGTCTTGCCAAGTAGATGAGCTTTG
TGATTGTATCTTGCTGAAAAAAAACTCGACTCTTTTTTAAGTAATAAAACTGAAGTGAAC
TT

QA 1 842 1 842
DS 



AS 2 4

CO CL2398Contig1 364 2 2 U
GAAGCTCTCCAAAATCAAGGTCGTGAGGAAGTCCATTGCTCAGGTACTGACAGTGATCTC
ACAGAAACAGAAGCTTGCACTAAGGGAAGCATACAAGAGCAAAAAGTTCTTGCCTCTCGA
TCTCCGTCCCAAGAAGACTCGTGCTATCCGCAGACGTCTTACCAAGCATCAGGCGTCTCT
GAAGACAGAGCGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAA
AGTCTAGTTGTTTCGTTTCTCCTGCTTTAGCTTAGCTACCAGAAATGATGATTCATCTCT
TTTTGATTATTCGCTTATGTATTGACCATTTTTATTTTTGTTTCTTGCTCAAGTTTTGTT
ATGG


BQ
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20 20 20 20 

AF RR1BE71JQ C 1
AF RR1BE71TF U 1
BS 1 1 RR1BE71JQ
BS 2 364 RR1BE71TF

RD RR1BE71JQ 364 0 0
GAAGCTCTCCAAAATCAAGGTCGTGAGGAAGTCCATTGCTCAGGTACTGACAGTGATCTC
ACAGAAACAGAAGCTTGCACTAAGGGAAGCATACAAGAGCAAAAAGTTCTTGCCTCTCGA
TCTCCGTCCCAAGAAGACTCGTGCTATCCGCAGACGTCTTACCAAGCATCAGGCGTCTCT
GAAGACAGAGCGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAA
AGTCTAGTTGTTTCGTTTCTCCTGCTTTAGCTTAGCTACCAGAAATGATGATTCATCTCT
TTTTGATTATTCGCTTATGTATTGACCATTTTTATTTTTGTTTCTTGCTCAAGTTTTGTT
ATGG

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR1BE71TF 364 0 0
G
AAGCTCTCCAAAATCAAGGTCGTGAGGAAGTCCATTGCTCAGGTACTGACAGTGATCTCA
CAGAAACAGAAGCTTGCACTAAGGGAAGCATACAAGAGCAAAAAGTTCTTGCCTCTCGAT
CTCCGTCCCAAGAAGACTCGTGCTATCCGCAGACGTCTTACCAAGCATCAGGCGTCTCTG
AAGACAGAGCGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAA
GTCTAGTTGTTTCGTTTCTCCTGCTTTAGCTTAGCTACCAGAAATGATGATTCATCTCTT
TTTGATTATTCGCTTATGTATTGACCATTTTTATTTTTGTTTCTTGCTCAAGTTTTGTTA
TGG

QA 2 364 2 364
DS 



CO CL2398Contig2 576 2 2 U
GGGAGCTTAGAAAGGAGGAAGCAGCGGCGCATCAGTTCAACACCACCAGCAAGCTCACGA
TGGCGAGAATTAAGGTTCACGAGCTTAGAGAGAGATCGAAGACCGATCTTCATAACCAGC
TTCAGGAATTCAAGGCCGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTAGCTAAAGTCACCGGAGGCGCCC
CTAACAAGCTCTCCAAAATCAAGGTCGTGAGGAAGTCCATTCCTCAGGTACTGACAGTGA
TCTCACAGAAACAGAAGCTTGCACTAAGGGAAGCATACAAGAGCAAAAAGTTCTTGCCTC
TCGATCTCCGTCCCAAGAAGACTCGTGCTATCCGCAGACGTCTTACCAAGCATCAGGCGT
CTTTGAAGACAGAGCGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTA
TCAAAGTCTAGTAGTTTCGTTTCTACTTGCTTAGTTAGCTACCAGAAATGATGATTCAAC
TCTTTTTGATTATTCGCTTATGTATTAACCATTTTTATTTTTGTTTCTCGCTCAAGTTTT
GTTATGGAATTTTAGCAAAAAGAAAGTTTGTTATGG


BQ
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AF RR1EV48TF U 1
AF RR1EV48JQ C 1
BS 1 281 RR1EV48TF
BS 282 576 RR1EV48JQ

RD RR1EV48TF 281 0 0
GGGAGCTTAGAAAGGAGGAAGCAGCGGCGCATCAGTTCAACACCACCAGCAAGCTCACGA
TGGCGAGAATTAAGGTTCACGAGCTTAGAGAGAGATCGAAGACCGATCTTCATAACCAGC
TTCAGGAATTCAAGGCCGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTAGCTAAAGTCACCGGAGGCGCCC
CTAACAAGCTCTCCAAAATCAAGGTCGTGAGGAAGTCCATTCCTCAGGTACTGACAGTGA
TCTCACAGAAACAGAAGCTTGCACTAAGGGAAGCATACAAG

QA 1 281 1 281
DS 

RD RR1EV48JQ 576 0 0
GGGAGCTTAGAAAGGAGGAAGCAGCGGCGCATCAGTTCAACACCACCAGCAAGCTCACGA
TGGCGAGAATTAAGGTTCACGAGCTTAGAGAGAGATCGAAGACCGATCTTCATAACCAGC
TTCAGGAATTCAAGGCCGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTAGCTAAAGTCACCGGAGGCGCCC
CTAACAAGCTCTCCAAAATCAAGGTCGTGAGGAAGTCCATTCCTCAGGTACTGACAGTGA
TCTCACAGAAACAGAAGCTTGCACTAAGGGAAGCATACAAGAGCAAAAAGTTCTTGCCTC
TCGATCTCCGTCCCAAGAAGACTCGTGCTATCCGCAGACGTCTTACCAAGCATCAGGCGT
CTTTGAAGACAGAGCGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTA
TCAAAGTCTAGTAGTTTCGTTTCTACTTGCTTAGTTAGCTACCAGAAATGATGATTCAAC
TCTTTTTGATTATTCGCTTATGTATTAACCATTTTTATTTTTGTTTCTCGCTCAAGTTTT
GTTATGGAATTTTAGCAAAAAGAAAGTTTGTTATGG

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 4

CO CL2399Contig1 976 4 13 U
GGACACATTCAAAACCAACTCCCAAAAACTGAGAGCAGACGAGAGAGAGCAACAAAATGT
CCATATCCATGGCGCTATTCTCTCCTCCGATCTCTTCCTCATCATTTCAAAACCCTAATC
TCACCCCCAAGATCTCACTCTCACCTTCTCTCCTCTCCACAAAGCGCTTCTCCCTCCTCT
CCGTCACTCGAGCTTCCTCCTCCGACAACGGTGCGTCGACGCCCGATTCCGCTGCAGTCT
CTGCGACAACAGTCGAGATTCCGAAGCCTGTAGAGGAAGCACCGGTCAAATCTCCGGCGG
CGGAAAGCTCCTCCGCGTCTGAAAACGGAGGAGAAGAGACTGATCTACCAACAACCACAA
CGACGGAGATCAAGTTTCAGGATGCGAAGTGGGTTAATGGGACTTGGGATCTGAAACAGT
TCGAGAAAGACGGGAAAACAGATTGGGATTCTGTTATCGTCGCTGAGGCAAAGAGGAGGA
AGTGGCTTGAAGATAACCCAGAAACAACTACTAACGCCGAGCCTGTTCTCTTCGATACCT
CCATCATTCCATGGTGGGCATGGATGAAGCGATACCATCTACCAGAAGCTGAACTCCTCA
ATGGTCGTGCTGCGATGATAGGGTTCTTCATGGCTTACTTTGTTGACAGCCTTACCGGAG
TAGGACTTGTTGATCAAATGGGAAACTTCTTTTGCAAAACGCTCTTGTTTGTGGCTGTAG
CTGGAGTTCTTTTCATTCGCAAGAACGAAGATTTAGATAAGCTCAAGGGTCTATTTGAAG
AGACGACGTTGTATGACAAGCAGTGGCAAGCGGCTTGGAAAGAGCCGGAATCATCATCAT
CATCGACGGTTTCTTCGAAGAAGTGAACAGAAACTTTCTCGCTTTTTGTTTCCTCTTTGT
TATGTGATGTTTGTGATCAGTGATAATTTCTTTATTGTATTACTGATCTTGAGATAGTGA
CATCTATTTGGCTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT50TF U 1
AF RR1FB04TF U 15
AF RR1FB04JQ C 582
AF RR1FT50JQ C 276
BS 1 97 RR1FT50TF
BS 98 98 RR1FB04TF
BS 99 648 RR1FT50TF
BS 649 662 RR1FB04TF
BS 663 663 RR1FT50JQ
BS 664 691 RR1FB04TF
BS 692 692 RR1FT50JQ
BS 693 741 RR1FB04TF
BS 742 742 RR1FT50JQ
BS 743 759 RR1FB04TF
BS 760 760 RR1FT50JQ
BS 761 806 RR1FB04TF
BS 807 976 RR1FT50JQ

RD RR1FT50TF 651 0 0
GGACACATTCAAAACCAACTCCCAAAAACTGAGAGCAGACGAGAGAGAGCAACAAAATGT
CCATATCCATGGCGCTATTCTCTCCTCCGATCTCTTCTTCATCATTTCAAAACCCTAATC
TCACCCCCAAGATCTCACTCTCACCTTCTCTCCTCTCCACAAAGCGCTTCTCCCTCCTCT
CCGTCACTCGAGCTTCCTCCTCCGACAACGGTGCGTCGACGCCCGATTCCGCTGCAGTCT
CTGCGACAACAGTCGAGATTCCGAAGCCTGTAGAGGAAGCACCGGTCAAATCTCCGGCGG
CGGAAAGCTCCTCCGCGTCTGAAAACGGAGGAGAAGAGACTGATCTACCAACAACCACAA
CGACGGAGATCAAGTTTCAGGATGCGAAGTGGGTTAATGGGACTTGGGATCTGAAACAGT
TCGAGAAAGACGGGAAAACAGATTGGGATTCTGTTATCGTCGCTGAGGCAAAGAGGAGGA
AGTGGCTTGAAGATAACCCAGAAACAACTACTAACGCCGAGCCTGTTCTCTTCGATACCT
CCATCATTCCATGGTGGGCATGGATGAAGCGATACCATCTACCAGAAGCTGAACTCCTCA
ATGGTCGTGCTGCGATGATAGGGTTCTTCATGGCTTACTTTGTTGACA
GCC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1FB04TF 792 0 0
GG
AACTCCCAAAAACTGAGAGCAGACGAGAGAGAGCAACAAAATGTCCATATCCATGGCGCT
ATTCTCTCCTCCGATCTCTTCCTCATCATTTCAAAACCCTAATCTCACCCCCAAGATCTC
ACTCTCACTTTCTCTCCTCTCCACAAAGCGCTTCTCCCTCCTCTCCGTCACTCGAGCTTC
CTCCTCCGACAACGGTGCGTCGACGCCCGATTCCGCTGCAGTCTCTGCGACAACAGTCGA
GATTCCGAAGCCTGTAGAGGAAGCACCGGTCAAATCTCCGGCGGCGGAAAGCTCCTCCGC
GTCTGAAAACGGAGGAGAAGAGACTGATCTACCAACAACCACAACGACGGAGATCAAGTT
TCAGGATGCGAAGTGGGTTAATGGGACTTGGGATCTGAAACAGTTCGAGAAAGACGGGAA
AACAGATTGGGATTCTGTTATCGTCGCTGAGGCAAAGAGGAGGAAGTGGCTTGAAGATAA
CCTAGAAACAACTACTAACGCCGAGCCTGTTCTCTTCGATACCTCCATCATTCCATGGTG
GGCATGGATGAAGCGATACCATCTACCAGAAGCTGAACTCCTCAATGGTCGTGCTGCGAT
GATAGGGTTCTTCATGGCTTACTTTGTTGACAGCCTTACCGGAGTATGACTTGTTGATCA
AATGGGAAACTTCTTCTGCAAAACGCTCTTGTTTGTGGCTGTAGCTGGAGTTCTTTTCAT
TCGCA*GAACGAAGATTTAGATA*GCTCAAGGGTCTATTTGAAGAGACGACGTTGTATGA
CAAGCAGTGG

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR1FB04JQ 235 0 0
CCAGAAGCTGAACTCCTCAATGGTCGTGCTGCGATGATAGGGTTTTTCATGGCTTACTTT
GTTGACACCCTTACCGGAGTAGGACTTGTTGATCAAATGGGAAACTTTTTTTGCAAAACG
CTTTTGTTTGTGGCTGTAGCTGGAGTTCTTTTCATTCGCAAGAACGAAGATTTAGATAAG
CTCAAGGGTTTATTTGAAGAGACGACGTTGTATGACAAGCAGTGGCAAGCGGCTT

QA 1 235 1 235
DS 

RD RR1FT50JQ 701 0 0
GAAGCACCGGTCAAATCTCCGGCGGCGGAAAGCTCCTCCGCGTCTGAAAACGGAGGAGAA
GAGACTGATCTACCAACAACCACAACGACGGAGATCAAGTTTCAGGATGCGAAGTGGGTT
AATGGGACTTGGGATCTGAAACAGTTCGAGAAAGACGGGAAAACAGATTGGGATTCTGTT
ATCGTCGCTGAGGCAAAGAGGAGGAAGTGGCTTGAAGATAACCCAGAAACAACTACTAAC
GCCGAGCCTGTTCTTTTCGATACCTCCATCATTCCATGGTGGGCATGGATGAAGCGATAC
CATCTACCAGAAGCTGAACTCCTCAATGGTCGTGCTGCGATGATAGGGTTCTTCATGGCT
TACTTTGTTGACAGCCTTACCGGAGTAGGACTTGTTGATCAAATGGGAAACTTCTTTTGC
AAAACGCTCTTGTTTGTGGCTGTAGCTGGAGTTCTTTTCATTCGCAAGAACGAAGATTTA
GATAAGCTCAAGGGTCTATTTGAAGAGACGACGTTGTATGACAAGCAGTGGCAAGCGGCT
TGGAAAGAGCCGGAATCATCATCATCATCGACGGTTTCTTCGAAGAAGTGAACAGAAACT
TTCTCGCTTTTTGTTTCCTCTTTGTTATGTGATGTTTGTGATCAGTGATAATTTCTTTAT
TGTATTACTGATCTTGAGATAGTGACATCTATTTGGCTTTG

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 4

CO CL2400Contig1 644 4 2 U
GGGAGAGAAGGGGAAAGGAGCTTATCCAGAAACCAAACTTTCACATGAAGAAGCTCTGAA
GGCGAAAGAAATCCTTCAAAATTCGAAGAAGATGGGTCTTCTCTCTTTCAATTCTCTCGC
TCCTCTCTCTTCTTCATCTCCTCCAAGGCTTCAACTTTCGTCTTACGTTTCACCAGTGTT
CAGCCTTAAACCCAACACCGCCGAGTCGAAGAACAGAGTCTTTCTCAGTGCTTACAGCTT
GAGCATTAGCCATGGAAGATCACCAATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGC
TGAGCCCGAGAGCAATGAGGAACTAGTAAAGACTGTTGCTGCTGCTGCTTCTGTCTCAGT
GGATAAACTACCATTGGAATCAAAAGAAGGTAAAGAGAAGCTTCTGCTTGAACAGAGGAC
GAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTACGGAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAA
GTTGAGGAAGAAGGGTCGTTGGCCACCTTCCAAGATGAAGAAGCTCAAGAATGTTTAGAG
CTGATGATCATCATCACTCTTTGCTCTCTTCTGTTATTCAACTCTTTTTTTTTTTGTAAT
GTTGTTTTGTATAAGCTGGATTAAATCTCAAGCTGAGTTCTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1DT85JQ C 1
AF RR1F526JQ C 22
AF RR1F526TF U 22
AF RR1DT85TF U 1
BS 1 23 RR1DT85TF
BS 24 644 RR1F526TF

RD RR1DT85JQ 644 0 0
GGGAGAGAAGGGGAAAGGAGCTTATCCAGAAACCAAACTTTCACATGAAGAAGCTCTGAA
GGCGAAAGAAATCCTTCAAAATTCGAAGAAGATGGGTCTTCTCTCTTTCAATTCTCTCGC
TCCTCTCTCTTCTTCATCTCCTCCAAGGCTTCAACTTTCGTCTTACGTTTCACCAGTGTT
CAGCCTTAAACCCAACACCGCCGAGTCGAAGAACAGAGTCTTTCTCAGTGCTTACAGCTT
GAGCATTAGCCATGGAAGATCACCAATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGC
TGAGCCCGAGAGCAATGAGGAACTAGTAAAGACTGTTGCTGCTGCTGCTTCTGTCTCAGT
GGATAAACTACCATTGGAATCAAAAGAAGGTAAAGAGAAGCTTCTGCTTGAACAGAGGAT
GAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTACGGAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAA
GTTGAGGAAGAAGGGTCGTTGGCCACCTTCCAAGATGAAGAAGCTCAAGAATGTTTAGAG
CTGATGATCATCATCACTCTTTGCTCTCTTCTGTTATTCAACTCTTTTTTTTT**GTAAT
GTTGTTTTGTATAAGCTGGATTAAATCTCAAGCTGAGTTCTTTT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1F526JQ 623 0 0
GG
ATCCAGAAACCAAACTTTCACATGAAGAAGCTCTGAAGGCGAAAGAAATCCTTCAAAATT
CGAAGAAGATGGGTCTTCTCTCTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCATCTCCTC
CAAGGCTTCAACTTTCGTCTTACGTTTCACCAGTGTTCAGCCTTAAACCCAACACCGCCG
AGTCGAAGAACAGAGTCTTTCTCAGTGCTTACAGCTTGAGCATTAGCCATGGAAGATCAC
CAATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGCTGAGCCCGAGAGCAATGAGGAAC
TAGTAAAGACTGTTGCTGCTGCTGCTTCTGTCTCAGTGGATAAACTACCATTGGAATCAA
AAGAAGGTAAAGAGAAGCTTCTGCTTGAACAGAGGACGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGA
TTAGGCTACGGAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGAAGGGTCGTTGGC
CACCTTCCAAGATGAAGAAGCTCAAGAATGTTTAGAGCTGATGATCATCATCACTCTTTG
CTCTCTTCTGTTATTCAACTCTTTTTTTTTTTGTAATGTTGTTTTGTATAAGCTGGATTA
AATCTCAAGCTGAGTTCTTTT

QA 3 623 3 623
DS 

RD RR1F526TF 623 0 0
GG
ATCCAGAAACCAAACTTTCACATGAAGAAGCTCTGAAGGCGAAAGAAATCCTTCAAAATT
CGAAGAAGATGGGTCTTCTCTCTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTCTCTTCTTCATCTCCTC
CAAGGCTTCAACTTTCGTCTTACGTTTCACCAGTGTTCAGCCTTAAACCCAACACCGCCG
AGTCGAAGAACAGAGTCTTTCTCAGTGCTTACAGCTTGAGCATTAGCCATGGAAGATCAC
CAATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGCTGAGCCCGAGAGCAATGAGGAAC
TAGTAAAGACTGTTGCTGCTGCTGCTTCTGTCTCAGTGGATAAACTACCATTGGAATCAA
AAGAAGGTAAAGAGAAGCTTCTGCTTGAACAGAGGACGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGA
TTAGGCTACGGAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGAAGGGTCGTTGGC
CACCTTCCAAGATGAAGAAGCTCAAGAATGTTTAGAGCTGATGATCATCATCACTCTTTG
CTCTCTTCTGTTATTCAACTCTTTTTTTTTTTGTAATGTTGTTTTGTATAAGCTGGATTA
AATCTCAAGCTGAGTTCTTTT

QA 3 623 3 623
DS 

RD RR1DT85TF 644 0 0
GGGAGAGAAGGGGAAAGGAGCTTATCCAGAAACCAAACTTTCACATGAAGAAGCTCTGAA
GGCGAAAGAAATCCTTCAAAATTCGAAGAAGATGGGTCTTCTCTCTTTCAATTCTCTCGC
TCCTCTCTCTTCTTCATCTCCTCCAAGGCTTCAACTTTCGTCTTACGTTTCACCAGTGTT
CAGCCTTAAACCCAACACCGCCGAGTCGAAGAACAGAGTCTTTCTCAGTGCTTACAGCTT
GAGCATTAGCCATGGAAGATCACCAATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGCGTGGACGGAGC
TGAGCCCGAGAGCAATGAGGAACTAGTAAAGACTGTTGCTGCTGCTGCTTCTGTCTCAGT
GGATAAACTACCATTGGAATCAAAAGAAGGTAAAGAGAAGCTTCTGCTTGAACAGAGGAT
GAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTACGGAGGAAACGTCTGGTTCGTAAGCGTAA
GTTGAGGAAGAAGGGTCGTTGGCCACCTTCCAAGATGAAGAAGCTCAAGAATGTTTAGAG
CTGATGATCATCATCACTCTTTGCTCTCTTCTGTTATTCAACTCTTTTTTTTT**GTAAT
GTTGTTTTGTATAAGCTGGATTAAATCTCAAGCTGAGTTCTTTT

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 4

CO CL2401Contig1 1058 4 4 U
GGGGCAGAAAAAAAAACAGAACAATTGAGCATTATATCGAAAGTGTAGATCTAACGACAT
AATCACGTCATATATATAACAAAAAAAATATATATATAGAGAGTGTCAGTCCTTAAACTC
ACTCTCACAATTCTCCGACACAATCTCCACCTTCTTGGCATCTAATAACCCTTTAACCTT
AACATCACAAGTCACCACCACTTCCTTGTTCTTCTTCACTGGACCTGCTTCATAATCCGC
CTTTAGCTCCATCTTAAGCACCAAACCCACCGGTTGTTTCGATCCCCGAGGTGGCATAAC
CGCGTTTTGGGTTGATCCATCCAGCTTCACATTGACCTTGTCGGATCCAGACGCGGCCTG
GGACATCTTTGGGAACTTCCCGCGTCCCAGTCTCTTGTTCTTGTACGTTAACGAAACGAC
ACCGTTTGGTTTCATCATATAGTTTACCCCCATGTTAGACGTGGGATTCTCAGCTCTCAA
CGTGACCTCGAAGTAACTTGGTTTTACAGTTAATCTCTCGACCGCGAAAACGGGAAGAGC
GGGGTTGAAAACGAGATGAAGGATGAGAGTGATGGCACCGAGGATGAACCCAAAGATGAC
CAAGATGATAAAGAACCACATAAGACGTTTAGCACACCCATTCTTTTTGTTTTTCTCCGG
GTTATTACGGAGTTTCTCGACGTACTTTGCGTGTTCCGGAGGAGGAGTCCAATAGATTTG
ATCTCTTGGTACCTGGACAACGTAAGTCTCTAGCCCAGGGATTGAATCCGGAGGAGGAAG
AGACCGTTGAGGTGTGTCCAGGATTGGGGAGAGATTAAGAGAATGATTACGCCAATGCTG
TGGTGGAGGATCTTGAGATGGCAATGCGGAGAGACTCGAGGTTGGACGGTGCCAGGTGGG
AGGAGGATCGTCGGGTTTGTCATCGTCGGATTCATGGAAGGTGGCGGAAGGAGGAAGCCG
TGGCCCCTCCATCGGAGAAAGGCGGGAGTTACAGAGTGTGCGGTGGAGATTGGCTTAGAG
CTAGGGAGGATGAAAGAGAGAGAAATGAGAGAGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F174JQ U 120
AF RR1F612JQ U 1
AF RR1F612TF C 495
AF RR1F174TF C 277
BS 1 566 RR1F612JQ
BS 567 754 RR1F174TF
BS 755 755 RR1F612TF
BS 756 1058 RR1F174TF

RD RR1F174JQ 373 0 0
CACTCTCACAATTCTCCGACACAATCTCCACCTTCTTGGCATCTAATAACCCTTTAACCT
TAACATCACAAGTCACCACCACTTCCTTGTTCTTCTTCACTGGACCTGCTTCATAATCCG
CCTTTAGCTCCATCTTAAGCACCAAACCCACCGGTTGTTTCGATCCCCGAGGTGGCATAA
CCGCGTTTTTGGTTGATCCATCCAGCTTCACATTGACCTTGTCGGATCCAGACGCGGCCT
GGGACATCTTTGGGAACTTCCCGCGTCCCAGTCTCTTGTTCTTGTACGTTAACGAAACGA
CACCGTTTGGTTTCATCATATAGTTTACCCCCATGTTAGACGTGGGATTCTCAGCTCTCA
ACGTGACCTCGAA

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR1F612JQ 566 0 0
GGGGCAGAAAAAAAAACAGAACAATTGAGCATTATATCGAAAGTGTAGATCTAACGACAT
AATCACGTCATATATATAACAAAAAAAATATATATATAGAGAGTGTCAGTCCTTAAACTC
ACTCTCACAATTCTCCGACACAATCTCCACCTTCTTGGCATCTAATAACCCTTTAACCTT
AACATCACAAGTCACCACCACTTCCTTGTTCTTCTTCACTGGACCTGCTTCATAATCCGC
CTTTAGCTCCATCTTAAGCACCAAACCCACCGGTTGTTTCGATCCCCGAGGTGGCATAAC
CGCGTTTTGGGTTGATCCATCCAGCTTCACATTGACCTTGTCGGATCCAGACGCGGCCTG
GGACATCTTTGGGAACTTCCCGCGTCCCAGTCTCTTGTTCTTGTACGTTAACGAAACGAC
ACCGTTTGGTTTCATCATATAGTTTACCCCCATGTTAGACGTGGGATTCTCAGCTCTCAA
CGTGACCTCGAAGTAACTTGGTTTTACAGTTAATCTCTCGACCGCGAAAACGGGAAGAGC
GGGGTTGAAAACGAGATGAAGGATGA

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1F612TF 266 0 0
AACTTGGTTTTACAGTTAATCTCTCGACCGCGAAAACGGGAAGAGCGGGGTTGAAAACGA
GATGAAGGATGAGAGTGATGGCACCGAGGATGAACCCAAAGATGACCAAGATGATAAAGA
ACCACATAAGACGTTTAGCACACCCATTCTTTTTGTTTTTCTCCGGGTTATTACGGAGTT
TCTCGACGTACTTTGCGTGTTCCGGAGGAGGAGTCCAATAGATTTGATTTCTTGGTACCT
GGACAACGTAAGTCTCTAGCCCAGGG

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR1F174TF 782 0 0
GTTTCGAT
CCCGAGGTGGCATAACCGCGTTTTGG**TGATCCATCCAGCTTCACATTGAC*TTGTCGG
ATCCAGACGCGGC*TGGGACATCTTTGGGAACTTCCCGCGTCCCAGTCTCTTGTTCTTGT
ACGTTAACGAAACGACACCGTTTGGTTTCATCATATAGTTTACCCCCATGTTAGACGTGG
GATTCTCAGCTCTCAACGTGACCTCGAAGTAACTTGGTTTTACAGTTAATCTCTCGACCG
CGAAAACGGGAAGAGCGGGGTTGAAAACGAGATGAAGGATGAGAGTGATGGCACCGAGGA
TGAACCCAAAGATGACCAAGATGATAAAGAACCACATAAGACGTTTAGCACACCCATTCT
TTTTGTTTTTCTCCGGGTTATTACGGAGTTTCTCGACGTACTTTGCGTGTTCCGGAGGAG
GAGTCCAATAGATTTGATCTCTTGGTACCTGGACAACGTAAGTCTCTAGCTCAGGGATTG
AATCCGGAGGAGGAAGAGACCGTTGAGGTGTGTCCAGGATTGGGGAGAGATTAAGAGAAT
GATTACGCCAATGCTGTGGTGGAGGATCTTGAGATGGCAATGCGGAGAGACTCGAGGTTG
GACGGTGCCAGGTGGGAGGAGGATCGTCGGGTTTGTCATCGTCGGATTCATGGAAGGTGG
CGGAAGGAGGAAGCCGTGGCCCCTCCATCGGAGAAAGGCGGGAGTTACAGAGTGTGCGGT
GGAGATTGGCTTAGAGCTAGGGAGGATGAAAGAGAGAGAAATGAGAGAGGATCC

QA 9 782 9 782
DS 



AS 1 4

CO CL2402Contig1 779 4 4 U
GGCCTCTAGAAAAAAGTCTCCATGAACATACTCAACAGGTTCGGTTTAGGATCAGGCGGG
CAAAGAAGCATGGATCCTTCTCCGATCGCCCAGGGAAACGACGATGACTCTCCGGCGCCG
GGAAATCACTTTGCGCAATTCGCCGCGGGATGTTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAG
AGGGTTCCAGGGGTGACTCATACAGAGGTTGGATACACACAAGGGATCACCCACAATCCT
TCGTACGAGGATGTCTGCTCTGAAACCACGGGACATGCCGAGGTCGTTAGGGTCCAGTAT
GATCCCAAAGACTGCACCTTTGAGTCTCTCCTTGATTTGTTCTGGTCTAGGCATGATCCC
ACCACCTTGAATCGCCAGGGAAATGATGTGGGAACCCGATACCGATCAGGGATATACTAC
TACACACCCGAGCAGGAGAAACTAGCCCGCGAGACACTTGAGCGTCACCAGGAGAAAATG
GAGAGGAAGATCATGACTGAGATCTTGCCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCCGAGGAGCAA
CAGCAGCAGTATCTGTCCAAGGGTGGAAGGTTCGGCCTCGGGCAGTCCTGTGCCAAAGGC
TGCACCGACCCAATCCGCTGCTACGGCTAAAAACCTGAGCTCCTCCTCTGTTTCTCTTCC
AAAACAGAGTGTGCTAGTGACTTTTGTGTAAAAGCTATGTAACGCATGTTTATCGTTCGT
ACGATTATTTGTTGGTGGTGTTTCTCAAATTATTGAATGAATAAGAGAATCTTGTGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1H110TF U 1
AF RR1DI55TF U 52
AF RR1H110JQ C 140
AF RR1DI55JQ C 263
BS 1 461 RR1H110TF
BS 462 462 RR1DI55TF
BS 463 738 RR1H110TF
BS 739 779 RR1DI55JQ

RD RR1H110TF 739 0 0
GGCCTCTAGAAAAAAGTCTCCATGAACATACTCAACAGGTTCGGTTTAGGATCAGGCGGG
CAAAGAAGCATGGATCCTTCTCCGATCGCCCAGGGAAACGACGATGACTCTCCGGCGCCG
GGAAATCACTTTGCGCAATTCGCCGCGGGATGTTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAG
AGGGTTCCAGGGGTGACTCATACAGAGGTTGGATACACACAAGGGATCACCCACAATCCT
TCGTACGAGGATGTCTGCTCTGAAACCACGGGACATGCCGAGGTCGTTAGGGTCCAGTAT
GATCCCAAAGACTGCACCTTTGAGTCTCTCCTTGATTTGTTCTGGTCTAGGCATGATCCC
ACCACCTTGAATCGCCAGGGAAATGATGTGGGAACCCGATACCGATCAGGGATATACTAC
TACACACCCGAGCAGGAGAAACTAGCCCGCGAGACACTTGATCGTCACCAGGAGAAAATG
GAGAGGAAGATCATGACTGAGATCTTGCCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCCGAGGAGCAA
CAGCAGCAGTATCTGTCCAAGGGTGGAAGGTTCGGCCTCGGGCAGTCCTGTGCCAAAGGC
TGCACCGACCCAATCCGCTGCTACGGCTAAAAACCTGAGCTCCTCCTCTGTTTCTCTTCC
AAAACAGAGTGTGCTAGTGACTTTTGTGTAAAAGCTATGTAACGCATGTTTATCGTTCGT
ACGATTATTTGTTGGTGG
C

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1DI55TF 689 0 0
GG
AGGCGGGCAAAGAAGCATGGATCCTTCTCCGATCGCCCAGGGAAACGACGATGACTCTCC
GGCGCCGGGAAATCACTTTGCGCAATTCGCCG**GGATGTTTCTGGGGCGTGTAGCTGGC
GTTTCAGAGGCTTCCAGGGGTGACTCATACAGAGGTTGGATACACACA*GGGATCACCCA
CAATCCTTCGTACGAGGATGTCTGCTCTGAAACCACGGGACATGCCGAGGTCGTTAGGGT
CCAGTATGATCCCAAAGACTGCACCTTTGAGTCTCTCCTTGATTTGTTCTGGTCTAGGCA
TGATCC*ACCACCTTGAATCGCCAGGGAAATGATGTGGGAACCCGATACCGATCAGGGAT
ATACTACTACACACCCGAGCAGGAGAAACTAGCCCGCGAGACACTTGAGCGTCACCAGGA
GAAAATGGAGAGGAAGATCATGACTGAGATCTTGCCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCCGA
GGAGCAACAGCAGCAGTATCTGTCCAAGGGTGGAAGGTTCGGCCTCGGGCATTCCTGTGC
CAAAGGCTGCACCGACCCAATCCGCTGCTACG*CTAAAAACCTGAGCTCCTCCTCTGTTT
CTCTTCCAAAACAGAGTGTGCTAGTGACTTTTGTGTAAAAGCTATGTAACGCATGTTTAT
CGTTCGTACGATTATTTGTTGGTGG
TG

QA 3 687 3 687
DS 

RD RR1H110JQ 600 0 0
TCGCCG
CGGGATGTTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAGAGGGTTCCAGGGGTGACTCATACAG
AGGTTGGATACACACAAGGGATCACCCACAATCCTTCGTACGAGGATGTCTGCTCTGAAA
CCACGGGACATGCCGAGGTCGTTAGGGTCCAGTATGATCCCAAAGACTGCACCTTTGAGT
CTCTCCTTGATTTGTTCTGGTCTAGGCATGATCCCACCACCTTGAATCGCCAGGGAAATG
ATGTGGGAACCCGATACCGATCAGGGATATACTACTACACACCCGAGCAGGAGAAACTAG
CCCGCGAGACACTTGATCGTCACCAGGAGAAAATGGAGAGGAAGATCATGACTGAGATCT
TGCCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCCGAGGAGCAACAGCAGCAGTATCTGTCCAAGGGTG
GAAGGTTCGGCCTCGGGCAGTCCTGTGCCAAAGGCTGCACCGACCCAATCCGCTGCTACG
GCTAAAAACCTGAGCTCCTCCTCTGTTTCTCTTCCAAAACAGAGTGTGCTAGTGACTTTT
GTGTAAAAGCTATGTAACGCATGTTTATCGTTCGTACGATTATTTGTTGGTGG
C

QA 7 599 7 599
DS 

RD RR1DI55JQ 517 0 0
AAACCACGGGACATGCCGAGGTCGTTAGGGTCCAGTATGATCCCAAAGACTGCACCTTTG
AGTCTCTCCTTGATTTGTTCTGGTCTAGGCATGATCC*ACCACCTTGAATCGCCAGGGAA
ATGATGTGGGAACCCGATACCGATCAGGGATATACTACTACACACCCGAGCAGGAGAAAC
TAGCCCGCGAGACACTTGAGCGTCACCAGGAGAAAATGGAGAGGAAGATCATGACTGAGA
TCTTGCCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCCGAGGAGCAACAGCAGCAGTATCTGTCCAAGG
GTGGAAGGTTCGGCCTCGGGCATTCCTGTGCCAAAGGCTGCACCGACCCAATCCGCTGCT
ACGGCTAAAAACCTGAGCTCCTCCTCTGTTTTTCTTCCAAAACAGAGTGTGCTAGTGACT
TTTGTGTAAAAGCTATGTAACGCATGTTTATCGTTCGTACGATTATTTGTTGGTGGTGTT
TCTCAAATTATTGAATGAATAAGAGAATCTTGTGGAC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 4

CO CL2403Contig1 875 4 2 U
CGCCGCTGTGCCGAATCGACGCTGCGTTGTACCGCCACAATCGGACGTAGATGGCTTACA
GAGGAGGACGAGGAAGAGGAAGAGGTGGGTTTGGTGGGTTTGGCGTTGAGTACGCAAAGG
CCGAACCTTTTGTTATCTTCCCTGACATTACGTTACCTGATCGTAAATCAACCTCAGACG
ATACCCAATTACTTAAGAACTTCAATTATTTTGAGAGGTTCTGGAAAAGTTCGCCTTACC
ACTTAGGCGATGGTGTTTCAAAGAAAGAGAGTGAGAGTTTAGACATTGAGAGGTTCTCAG
ACACGTTGAAGCCGAAGAAGACGAAGTCTAATGCGAGGGGATCTTTCTATGACTTTCTTG
TTCTTAGACCTGATAACTTCCCTAAAGAACTTCTTGGAGATAGTCGAAGAGAACGGCCTG
TGAAGAGAGCTAGATGGACTCAAGACGCAGGTCTGCAGAAGCTGGAGGCCTTGGAGAAAC
TTGAAGCGAAGCTTAAGGCTGATGGCAAGGAAGAGAATGAAGAAGGAGAAGGTGATGATG
AAGTTGAGGAATCCGAGGGAGAAGATTCTGATAACGGAGACTATGATAAGAATAAAGACT
TTGACGATGATGATGACGATTATAACGAGCCGGAGGATAACGATAATGAAGAAGTGTATA
TTTAAGGCTTCTTTTTTTTATGTCTTCCCAAAAAAAGGATCAAGTTTTGAGTGCAAGAGA
TGGTGGAAACTCAATTTTAATTACCTTCAAACCCTCTAGAATAATACAAGCGCAATTTTT
GGCATTTGTTGCTTTCATTCTTTTTTTTTTTTGCTTTAATCTATTGGGAATTAGCTGTAA
TACACATAAAAAGGTCAAAAATAAAGTTTCTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1A169TF U 1
AF RR1FR25TF U 13
AF RR1A169JQ C 178
AF RR1FR25JQ C 332
BS 1 690 RR1A169TF
BS 691 875 RR1A169JQ

RD RR1A169TF 690 0 0
CGCCGCTGTGCCGAATCGACGCTGCGTTGTACCGCCACAATCGGACGTAGATGGCTTACA
GAGGAGGACGAGGAAGAGGAAGAGGTGGGTTTGGTGGGTTTGGCGTTGAGTACGCAAAGG
CCGAACCTTTTGTTATCTTCCCTGACATTACGTTACCTGATCGTAAATCAACCTCAGACG
ATACCCAATTACTTAAGAACTTCAATTATTTTGAGAGGTTCTGGAAAAGTTCGCCTTACC
ACTTAGGCGATGGTGTTTCAAAGAAAGAGAGTGAGAGTTTAGACATTGAGAGGTTCTCAG
ACACGTTGAAGCCGAAGAAGACGAAGTCTAATGCGAGGGGATCTTTCTATGACTTTCTTG
TTCTTAGACCTGATAACTTCCCTAAAGAACTTCTTGGAGATAGTCGAAGAGAACGGCCTG
TGAAGAGAGCTAGATGGACTCAAGACGCAGGTCTGCAGAAGCTGGAGGCCTTGGAGAAAC
TTGAAGCGAAGCTTAAGGCTGATGGCAAGGAAGAGAATGAAGAAGGAGAAGGTGATGATG
AAGTTGAGGAATCCGAGGGAGAAGATTCTGATAACGGAGACTATGATAAGAATAAAGACT
TTGACGATGATGATGACGATTATAACGAGCCGGAGGATAACGATAATGAAGAAGTGTATA
TTTAAGGCTTCTTTTTTTTATGTCTTCCCA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1FR25TF 651 0 0
GAATCGACGCTGCGTTGTACCGCCACAATCGGACGTAGATGGCTTACAGAGGAGGACGAG
GAAGAGGAAGAGGTGGGTTTGGTGGGTTTGGCGTTGAGTACGCAAAGGCCGAACCTTTTG
TTATCTTCCCTGACATTACGTTACCTGATCGTAAATCAACCTCAGACGATACCCAATTAC
TTAAGAACTTCAATTATTTTGAGAGGTTCTGGAAAAGTTCGCCTTACCACTTAGGCGATG
GTGTTTCAAAGAAAGAGAGTGAGAGTTTAGACATTGAGAGGTTCTCAGACACGTTGAAGC
CGAAGAAGACGAAGTCTAATGCGAGGGGATCTTTCTATGACTTTCTTGTTCTTAGACCTG
ATAACTTCCCTAAAGAACTTCTTGGAGATAGTCGAAGAGAACGGCCTGTGAAGAGAGCTA
GATGGACTCAAGACGCAGGTCTGCAGAAGCTGGAGGCCTTGGAGAAACTTGAAGCGAAGC
TTAAGGCTGATGGCAAGGAAGAGAATGAAGAAGGAGAAGGTGATGATGAAGTTGAGGAAT
CCGAGGGAGAAGATTCTGATAACGGAGACTATGATAAGAATAAAGACTTTGACGATGATG
ATGACGATTATAACGAGCCGGAG*ATAACGATAATGAAGAAGTGTATATTT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1A169JQ 698 0 0
ACGATACCCAATTACTTAAGAACTTCAATTATTTTGAGAGGTTCTGGAAAAGTTCGCCTT
ACCACTTAGGCGATGGTGTTTCAAAGAAAGAGAGTGAGAGTTTAGACATTGAGAGGTTTT
CAGACACGTTGAAGCCGAAGAAGACGAAGTCTAATGCGAGGGGATCTTTCTATGACTTTC
TTGTTTTTAGACCTGATAACTTCCCTAAAGAACTTCTTGGAGATAGTCGAAGAGAACGGC
CTGTGAAGAGAGCTAGATGGACTCAAGACGCAGGTCTGCAGAAGCTGGAGGCCTTGGAGA
AACTTGAAGCGAAGCTTAAGGCTGATGGCAAGGAAGAGAATGAAGAAGGAGAAGGTGATG
ATGAAGTTGAGGAATCCGAGGGAGAAGATTCTGATAACGGAGACTATGATAAGAATAAAG
ACTTTGACGATGATGATGACGATTATAACGAGCCGGAGGATAACGATAATGAAGAAGTGT
ATATTTAAGGCTTCTTTTTTTTATGTCTTCCCAAAAAAAGGATCAAGTTTTGAGTGCAAG
AGATGGTGGAAACTCAATTTTAATTACCTTCAAACCCTCTAGAATAATACAAGCGCAATT
TTTGGCATTTGTTGCTTTCATTCTTTTTTTTTTTTGCTTTAATCTATTGGGAATTAGCTG
TAATACACATAAAAAGGTCAAAAATAAAGTTTCTAACC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1FR25JQ 544 0 0
TGCGAGGGGATCTTTCTATGACTTTCTTGTTCTTAGACCTGATAACTTCCCTAAAGAACT
TCTTGGAGATAGTCGAAGAGAACGGCCTGTGAAGAGAGCTAGATGGACTCAAGACGCAGG
TCTGCAGAAGCTGGAGGCCTTGGAGAAACTTGAAGCGAAGCTTAAGGCTGATGGCAAGGA
AGAGAATGAAGAAGGAGAAGGTGATGATGAAGTTGAGGAATCCGAGGGAGAAGATTCTGA
TAACGGAGACTATGATAAGAATAAAGACTTTGACGATGATGATGACGATTATAACGAGCC
GGAGGATAACGATAATGAAGAAGTGTATATTTAAGGCTTCTTTTTTTTATGTCTTCCCAA
AAAAAGGATCAAGTTTTGAGTGCAAGAGATGGTGGAAACTCAATTTTAATTACCTTCAAA
CCCTCTAGAATAATACAAGCGCAATTTTTGGCATTTGTTGCTTTCATTTTTTTTTTTTTT
TGCTTTAATCTATTGGGAATTAGCTGTAATACACATAAAAAGGTCAAAAATAAAGTTTCT
AACC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 4

CO CL2404Contig1 912 4 15 U
GAAACCAAAGGATGGTTCTGCTAAAGATGAATTGTAATCAAGTTCCATGCAATGTATACA
CAAAAAGAGAGAGAAAGTTCATAGATGAAAGTTTTGTGACATTATATTGTGTCTGAATTG
TAAAAGAAAAGGAACTCAATCCTTTAGAATCTGTGAAATCAATCAACTGAAATTAACTTT
ATAGTTGTATGGTAACCCTCTGCAACAAACTCTGATTTAGCATTCACACCCTGTTGATCT
TTGTTGCTGACCTCTAGCAACATCAATAGTGTCAGGCATGTACGGTTCTTCTTCAGGTTC
ATTCTTGAAGGCATTCTTGGTGATGCATTCGAAAGCCGCGTCTACGTTGAATCCTTCTTT
AGCAGATGTCTCAAAGTAAGGAATGTTACCTTTAGATGCACACCATGCCTTTGCTTTCTT
CTCAGAAACCACTCGGCTCTTGCCACCGTCAATATCGGTCTTATTCCCCAACACGACAAA
GGGGAAGTTCTCAGGATCTGATGGACTAGCCTGAATCAAGAACTCTTCTCTCCAGTTATT
AAGATTCTCGAAAGACTTCATAACATTGACATCGTTAACAAGAACACAACAATCAGCTCC
TCTGTAGAAAGCAACTCCCAGACTTTGGAACCTTTCTTGCCCAGCAGTATCCCAAATCTG
TAAAGTGAAGATCCTGTCATCGATTTGAACCTCTTTGGTCAAGAAATCAGCTCCAATCGT
AGCTTTATACTGATTGCTAAACTTGCGATTCACAAACTGATTCATCAACGATGTCTTGCC
AACCCCGCTATCACCGAGGATGATAACCTTCAGAAGAACTCTCCGGCGAGAAGACATTGA
CGGAAAAGATTTTCTTTTTTTTTGAGATGAGATATTTCCGGGAGAAGAAAGTGTCGTCTC
TGTTCTTCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT17JQ U 1
AF RR1GT17TF C 117
AF RR1A103JQ U 87
AF RR1A103TF C 147
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BS 127 146 RR1GT17JQ
BS 147 147 RR1A103JQ
BS 148 211 RR1GT17JQ
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BS 365 365 RR1A103JQ
BS 366 424 RR1GT17JQ
BS 425 425 RR1A103JQ
BS 426 479 RR1GT17JQ
BS 480 480 RR1A103JQ
BS 481 565 RR1GT17JQ
BS 566 797 RR1A103JQ
BS 798 912 RR1A103TF

RD RR1GT17JQ 565 0 0
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CAAAAAGAGAGAGAAAGTTCATAGATGAAAGTTTTGTGACATTATATTGTGTCTGAATTG
TAAAAAAAAAGGAACTCAATCCTTTAAAATCTGTGAAATCAATCAACTGAAATTAACTTT
ATAGTTGTATGGTAACCCTCTGCAACAAACTTTGATTTAGCATTCACACCCTGTTGATCT
TTGTTGCTGACCTCTAGCAACATCAATAGTGTCAGGCATGTACGGTTCTTCTTCAGGTTC
ATTCTTGAAGGCATTCTTGGTGATGCATTCGAAAGCCGCGTCTACGTTGAATCCTTCTTT
AGCAAATGTCTCAAAGTAAGGAATGTTACCTTTAGATGCACACCATGCCTTTGCTTTCTT
CTCAAAAACCACTCGGCTCTTGCCACCGTCAATATCGGTCTTATTCCCCAACACGACAA*
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AAGATTCTCGAAAGACTTCATAACA

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DS 

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CTTTATAGTTGTATGGTAACCCTCTGCAACAAACTTTGATTTAGCATTCACACCCTGTTG
ATCTTTGTTGCTGACCTCTAGCAACATCAATAGTGTCAGGCATGTACGGTTCTTCTTCAG
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CTTTAGCAGATGTCTCAAAGTAAGGAATGTTACCTTTAGATGCACACCATGCCTTTGCTT
TCTTCTCAGAAACCACTCGGCTCTTGCCACCGTCAATATCGGTCTTATTCCCCAACACGA
CAA*GGGGAAGTTCTCAGGATCTGATGGACTAGCCTGAATCAAGAACTCTTCTCTCCAGT
TATTAAGATTCTCGAAAGACTTCATAACATTGACATCGTTAACAAGAACACAACAATCAG
CTCCTCTGTAGAAAGCAACTCCCAGACTTTGGAACCTTTCTTGCCCAGCAGTATCCCAAA
TCTGTAAAGTGAAGATCCTGTCATCGATTTGAACCTC
C

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DS 

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GAG
AGTTTTGTGACATTATATTGTGTCTGAATTGTAAAAGAAA*GGAACTCAATCCTTTAGAA
TCTGTGGA*TCAATGAACTGAAATTAACTTTATAGTTGTATGGTAACCCTCTGCAACAAA
CTC*GATTTAGCATTCACACCCTGTTGATCTTTGTTGCTGACCTCTAGCAACATCAATAG
TGTCAGGCATGTACGGTTCTTCTTCAGGTTCATTCTTGAAGGCATTCTTGGTGATGCATT
CGAAAGCCGCGTCTACGTTGAATCCTTCTTTAGCAGATGTCTCAAAGTAAGGAATGTTAC
CTTTAGATGCACACCATGCCTTTGCTTTCTTCTCAGAAACCACTCGGCTCTTGCCACCGT
CAATATCGGTCTTATTCCCCAACACGACAAAGGGGAAGTTCTCAGGATCTGATGGACTAG
CCTGAATCAAGAACTCTTCTCTCCAGTTATTAAGATTCTCGAAAGACTTCATAACATTGA
CATCGTTAACAAGAACACAACAATCAGCTCCTCTGTAGAAAGCAACTCCCAGACTTTGGA
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TCACAAACTGATTCATCAACGATGTCTTGCCAACCCCGCTATCACCGA

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DS 

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ATCAATGAACTGAAATTAACTTTATAGTTGTATGGTAACCCTCTGCAACAAACTC*GATT
TAGCATTCACACCCTGTTGATCTTTGTTGCTGACCTCTAGCAACATCAATAGTGTCAGGC
ATGTACGGTTCTTCTTCAGGTTCATTCTTGAAGGCATTCTTGGTGATGCATTCGAAAGCG
GCGTCTACGTTGAATCCTTCTTTAGCAGATGTCTCAAAGTAAGGAATGTTACCTTTAGAT
GCACACCATGCCTTTGCTTTCTTCTCAGAAACCACTCGGCTCTTGCCACCGTCAATATCG
GTCTTATTCCCCAACACGACAAAGGGGAAGTTCTCAGGATCTGATGGACTAGCCTGAATC
AAGAACTCTTCTCTCCAGTTATTAAGATTCTCGAAAGACTTCATAACATTGACATCGTTA
ACAAGAACACAACAATCAGCTCCTCTGTAGAAAGCAACTCCCAGACTTTGGAACCTTTCT
TGCCCAGCAGTATCCCAAATCTGTAAAGTGAAGATCCTGTCATCGATTTGAACCTCTTTG
GTCAAGAAATCAGCTCCAATCGTAGCTTTATACTGATTGCTAAACTTGCGATTCACAAAC
TGATTCATCAACGATGTCTTGCCAACCCCGCTATCACCGAGGATGATAACCTTCAGAAGA
ACTCTCCGGCGAGAAGACATTGACGGAAAAGATTTTCTTTTTTTTTGAGATGAGATATTT
CCGGGAGAAGAAAGTGTCGTCTCTGTTCTTCGTCC

QA 12 766 12 766
DS 



AS 1 4

CO CL2405Contig1 1194 4 15 U
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TGGGAACGTTTCTAGGACACTTTGTGCCTGGTCTCTCACTTGCACTTCTTGGTCTTTGGC
ATCTCTTCAACACCATAAGATCTTACTGTCTTAAAGGCCCTGAAACTTTCTCTGCCAAGT
TCTGGTTCCCTTTCCCTAAACTCAAACATCTCGAGCTTGTCTTGATCCTTTTCTTCTCCT
TCTTCGCCATCATTCTCTTAACTATAGACTTCCCTGATTTCAATTTCTCCTCTTTCAAGC
CAGACAACCTAGAACATGCTTCCATGTTCCTACACCTCATTATCTTCGCATGTTTCGCTC
TCTTTTGCGAGCTAACCCTTTGCTCAGATCTCTTCTCCGGTATAATAGGGATCCTCTCTG
CTTCTGTCTTTGCACAAGAACTCTTCCTCCTTCATTTCCACTCCACTGATCACTTAGGTC
TTGAAGGTCACTACCATTTCCTTCTCCAGCTCATCGCTTTTGTCTCCTTCTCCTCGGCTC
TAGCTTCTGCTTCTTTTCCGAAGTCATTTTCTGCAGCACTAGTCCTCTCGGTTTCTGTTA
TGTTTCAAGGATGCTGGTTCTTGAACATGGG*TTTCATGCTTTGGGTCCCAAAGTATGTT
CCCTAGAGGTTGCGTAAGCAACACGACAGCATCTGATAACAGAAGCGTTGTTCATGGTAG
TGCGGTAGCTTGTGAGTCTCCTGGCGCTGAGGTTCGAGCAAAGGCCCTAGCGAATCTTCA
GTTTAGTTGGATTTTGTCAGCTGTATTGATCACTACTTGTGCCTTATGCTTCAAGTTTTC
TGGCAAAGTTGTGTTGCCTAAGAATAGGTCGTCCTCGGAGTACGAGCGTCTTTGTCGACA
AGGAAGTGATCGCTCTCCAGCCTTGAAGGTGGAAGTACCGGCTAGTTCCGATCAACAATA
GATTTTCCTTACTTTGTTATTTTAATATGATAATATGATGTATAATGCATGTAGATACAC
AAACAATAAGACCAAATATTGACATAATTTACAAGAAGCAGAAGAGTGTGACACCATCTC
CAATCTATTTGTAGAGAATTTATATAATATAGATGGAGTTTTCTCTAATGTATTTTCTTA
TAATAGCATATGTTTAAAATATACAGTAAAATAATAGAAACTGCAATTTCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR93TF U 1
AF RR1AW80TF U 7
AF RR1GR93JQ C 762
AF RR1AW80JQ C 549
BS 1 636 RR1GR93TF
BS 637 637 RR1AW80TF
BS 638 662 RR1GR93TF
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BS 1073 1073 RR1GR93JQ
BS 1074 1194 RR1AW80JQ

RD RR1GR93TF 674 0 0
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TCTTCGCCATCATTCTCTTAACTATAGACTTCCCTGATTTCAATTTCTCCTCTTTCAAGC
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TCTTTTGCGAGCTAACCCTTTGCTCAGATCTCTTCTCCGGTATAATAGGGATCCTCTCTG
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TAGCTTCTGCTTCTTTTCCGAAGTCATTTTCTGCAGCACTAGTCCTCTCGGTTTCTGTTA
TGTTTCAAGGATGCTGGTTCTTGAACATGGG*TTTCGTGCTTTGGGTCCCAAAGTATGTT
CC
TAGAGTTGCGTA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1AW80TF 837 0 0
GG
AATCTTAACCAACAAAATTAATAACAACAAGATAAACTAAAAAACATTAGAATGGGAACG
TTTCTAGGACACTTTGTGCCTGGTCTCTCACTTGCACTTCTTGGTCTTTGGCATCTCTTC
AACACCATAAGATCTTACTGTCTTAAAGGCCCTGAAACTTTCTCTGCCAAGTTCTGGTTC
CCTTTCCCTAAACTCAAACATCTCGAGCTTGTCTTGATCCTTTTCTTCTCCTTCTTCGCC
ATCATTCTCTTAACTATAGACTTCCCTGATTTCAATTTCTCCTCTTTCAAGCCAGACAAC
CTAGAACATGCTTCCATGTTCCTACACCTCATTATCTTCGCATGTTTCGCTCTCTTTTGC
GAGCTAACCCTTTGCTCAGATCTCTTCTCCGGTATAATAGGGATCCTCTCTGCTTCTGTC
TTTGTACAAGAACTCTTCCTCCTTCATTTCCACTCCACTGATCACTTAGGTCTTGAAGGT
CACTACCATTTCCTTCTCCAGCTCATCGCTTTTGTCTCCTTCTCCTCGGCTCTAGCTTCT
GCTTCTTTTCCGAAGTCATTTTCTGCAGCACTAGTCCTCTCGGTTTCTGTTATGTTTCAA
GGATGCTGGTTCTTGAACATGGGGTTTCATGCTTTGGGTCCCAAAGTATGTTCCCTAGAG
GTTGCGTAAGCAACACGACAGCATCTGATAACAGAAGCGTTGTTCATGGTAGTGCGGTAG
CTTGTGAGTCTCCTGGCGCTGAG*TTCGAGCAAAG*CCCTAGCGAATCTTCAGTTTAGTT
GGATTT*GTCAGCTGTATTGATCACTACTTGTGCCT*ATGCTTCAAGTTTTCTGG

QA 3 837 3 837
DS 

RD RR1GR93JQ 364 0 0
AG
GCCCTAGCGAATCTTCAGTTTAGTTGGATTTTGTCAGCTGTATTGATCACTACTTGTGCC
TTATGCTTCAAGTTTTCTGGCAAAGTTGTGTTGCCTAAGAATAGGTCGTCCTCGGAGTAC
GAGCGTCTTTGTCGACAAGGAAGTGATCGCTCTCCAGCCTTGAAGGTGGAAGTACCGGCT
AGTTCCGATCAACAATAGATTTTCCTTACTTTGTTATTTTAATATGATAATATGATGTAT
AATGCATGTAGATACACAAACAATAAGACCAAATATTGACATAATTTACAAGAAGCAGAA
GAGTGTGACACCATCTCCAATCTATTTGTAGAGAATTTATATAATATAGATGGAGTTTTC
CC

QA 3 362 3 362
DS 

RD RR1AW80JQ 646 0 0
GCTTCTTTTCCGAAGTCATTTTCTGCAGCACTAGTCCTCTCGGTTTCTGTTATGTTTCAA
GGATGCTGGTTCTTGAACATGGG*TTTCATGCTTTGGGTCCCAAAGTATGTTCC*TAGAG
GTTGCGTAAGCAACACGACAGCATTTGATAACAGAAGCGTTGTTCATGGTAGTGCGGTAG
CTTGTGAGTCTCCTGGCGCTGAGGTTCGAGCAAAGGCCCTAGCGAATCTTCAGTTTAGTT
GGATTTTGTCAGCTGTATTGATCACTACTTGTGCCTTATGCTTCAAGTTTTCTGGCAAAG
TTGTGTTGCCTAAGAATAGGTCGTCCTCGGAGTACGAGCGTCTTTGTCGACAAGGAAGTG
ATCGCTCTCCAGCCTTGAAGGTGGAAGTACCGGCTAGTTCCGATCAACAATAGATTTTCC
TTACTTTGTTATTTTAATATGATAATATGATGTATAATGCATGTAGATACACAAACAATA
AGACCAAATATTGACATAATTTACAAGAAGCAGAAGAGTGTGACCCCATCTCCAATCTAT
TTGTAGAGAATTTATATAATATAGATGGAGTTTTCTCTAATGTATTTTCTTATAATAGCA
TATGTTTAAAATATACAGTAAAATAATAGAAACTGCAATTTCTTCT

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 4

CO CL2406Contig1 1112 4 10 U
GGGACAGACGACCGAGAGAGAACCCAACACATTCAATTTGTCTCCGGCGAGATCTCATTT
CTGATCCTTCACGGTGGCGTCGACGTCAGGGCAACAACAAGAAGGTCTCTCAAGAAGGAA
GCCTCCTCCATCATCATCTCCTCCTTCCTCTGATTCGCCTCTACTACGAACTCCCTCGGC
GAGGAAAGCGAGCCCCGAGTTTCCCTTTTATCAGCAGAACTGGTTCATCGCTCTCCTCTT
CCTGATGGCTATGGGATTCTTCTGCCTCGCTCTCTTCCTTTACCTCGGCCTTGATCCCGA
TTCCGGCTACACCTCTGCCTCCGCCGCAGCGCCTTCCGGTAAAGAAGGCGTCGAGGTAAG
TTATGGGAGTGCGATAAAGCTGATGCACGAGAAGACGAAGTTTCGTCTGCATTCTCACGA
TGTGCCTTATGGATCCGGTAGTGGTCAGCAGTCTGTTACTGGCTTTCCTGGCGTCACTGA
TTCCAACAGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGC
CATCAAGAATGGAGAAACCATTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAG
TCACCTACACGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTC
AAATTCCGATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAATCGAAGGTAGTGGAAAGACATGGAA
ACAAGACCAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACACTAGTGGCTACCTCCATAGCCACGA
CAAGAAGTACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAGAGGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCG
GGCTGATAATGTTTGGTTGGCAGCAGAGGGAGTCTACCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAA
GTAAGGTAAAGAGTTGTGTTAACTTCTCTCGAGGACTTTGAATCTCATCTTTTACTCTCT
AAACTCGAAAACAAGAAAATAGAGAATATATGTATTTTGCTAATCTGCGATTGATGATGA
TACTGTAGTCGCACGAATTTACATATTGTTTTGGTAGGTATTTCGCATTGATCTTTTTCT
TCTCCTTATTTAAGAGTTTAATTATTATGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EJ12TF U 1
AF RR1EJ12JQ C 338
AF RR1C691TF U 395
AF RR1C691JQ C 467
BS 1 525 RR1EJ12TF
BS 526 526 RR1C691TF
BS 527 668 RR1EJ12TF
BS 669 669 RR1C691TF
BS 670 694 RR1EJ12TF
BS 695 695 RR1C691TF
BS 696 708 RR1EJ12TF
BS 709 709 RR1C691TF
BS 710 741 RR1EJ12TF
BS 742 1112 RR1C691TF

RD RR1EJ12TF 741 0 0
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CTGATCCTTCACGGTGGCGTCGACGTCAGGGCAACAACAAGAAGGTCTCTCAAGAAGGAA
GCCTCCTCCATCATCATCTCCTCCTTCCTCTGATTCGCCTCTACTACGAACTCCCTCGGC
GAGGAAAGCGAGCCCCGAGTTTCCCTTTTATCAGCAGAACTGGTTCATCGCTCTCCTCTT
CCTGATGGCTATGGGATTCTTCTGCCTCGCTCTCTTCCTTTACCTCGGCCTTGATCCCGA
TTCCGGCTACACCTCTGCCTCCGCCGCAGCGCCTTCCGGTAAAGAAGGCGTCGAGGTAAG
TTATGGGAGTGCGATAAAGCTGATGCACGAGAAGACGAAGTTTCGTCTGCATTCTCACGA
TGTGCCTTATGGATCCGGTAGTGGTCAGCAGTCTGTTACTGGCTTTCCTGGCGTCACTGA
TTCCAACAGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCGAAGCAAGGTGATGC
CATCAAGAATGGAGAAACCATTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAG
TCACCTACACGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTC
AAATTCCGGTACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAGTCGAAGGTAGTGGTAAGACATGGAA
ACAAGACCAAAGAGTCCGTCT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1EJ12JQ 722 0 0
GGTAAAGAAGGCGTCGAGGTAAGTTATGGGAGTGCGATAAAGCTGATGCACGAGAAGACG
AAGTTTCGTCTGCATTCTCACGATGTGCCTTATGGATCCGGTAGTGGTCAGCAGTCTGTT
ACTGGCTTTCCTGGCGTCACTGATTCCAACAGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGGG
ACAAAAGCGAAGCAAGGTGATGCCATCAAGAATGGAGAAACCATTAGATTGCAGCACATG
AAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTACACGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGAG
GTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCCGGTACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAGTC
GAAGGTAGTGGTAAGACATGGAAACAAGACCAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACACT
AGTGGCTACCTCCATAGCCACGACAAGAAGTACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAGAG
GTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCGGGCTGATAATGTTTGGTTGGCAGCAGAGGGAGTCTAC
CTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAAGTAAGGTAAAGAGTTGTGTTAACTTCTCTCGAGGACT
TTGAATCTCATCTTTTACTCTCTAAACTCGAAAACAAGAAAATAGAAAATATATGTATTT
TGCTAATCTGCGATTGATGATGATACTGTAGTCGCGCGAATTTACATATTGTTTTGCTAG
GT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1C691TF 718 0 0
GG
GAAGTTTCGTCTGCATTCTCACGATGTTCCTTATGGATCCGGCAGTGGTCAGCAGTCTGT
TACCGGCTTCCCTGGCGTCACTGATTCCAACAGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGG
GACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCAAGAATGGAGAAACCATTAGATTGCAGCACAT
GAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTACATGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGA
GGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCCGATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAAT
CGAAGGTAGTGGAAAGATATGGAAACAAGACCAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACAC
TAGTGGCTACCTCCATAGCCACGACAAGAAGTACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAGA
GGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCGGGCTGATAATGTTTGGTTGGCAGCAGAGGGAGTCTA
CCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAAGTAAGGTAAAGAGTTGTGTTAACTTCTCTCGAGGAC
TTTGAATCTCATCTTTTACTCTCTAAACTCGAAAACAAGAAAATAGAGAATATATGTATT
TTGCTAATCTGCGATTGATGATGATACTGTAGTCGCACGAATTTACATATTGTTTTGGTA
GGTATTTCGCATTGATCTTTTTCTTCTCCTTATTTAAGAGTTTAATTATTATGTGC

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR1C691JQ 646 0 0
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AAGCAAGGTGATGCCATCAAGAATGGAGAAACCATTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGA
AAATGGCTCCACAGTCACCTACATGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGC
TTTGGAGATGATTCAAATTCCGATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAATCGAAGGTAGT
GGAAAGATATGGAAACAAGACCAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACACTAGTGGCTAC
CTCCATAGCCACGACAAGAAGTACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAGAGGTCTGTGGA
ATCCGGGAGAAGCGGGCTGATAATGTTTGGTTGGCAGCAGAGGGAGTCTACCTTCCCGTT
AATGAGAGTAGCAAGTAAGGTAAAGAGTTGTGTTAACTTCTCTCGAGGACTTTGAATCTC
ATCTTTTACTCTCTAAACTCGAAAACAAGAAAATAGAGAATATATGTATTTTGCTAATCT
GCGATTGATGATGATACTGTAGTCGCACGAATTTACATATTGTTTTGGTAGGTATTTCGC
ATTGATCTTTTTCTTCTCCTTATTTAAGAGTTTAATTATTATGTGC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 2 4

CO CL2407Contig1 553 2 2 U
AAGATGAAGGTTTCTTCTTTTGTGTTATTATCTGCATCCTTAGGCTTGTTTTAAACTTTG
CTAAGTAGAAACCAGAAATACCAAAAATTAAATTAGTAAGAAAAAGAAACCCATGCACCC
AACGAAAGAAAACCAAAGGTAAAGCAATAATTTAAAGGATTTGAATAACAGCAATGGAGC
ATTATAGAAGCTCAGAGATCCTGTTCGATCAAGTAATCACCCAGCCTCTCGACGACCATG
TTACATTGTCCTGGAGTCACTGGTTCTTCGTACAAACCAAACACCATTGATTGTCCTGTT
TTCTTGATCGTTATTCCTCCAGCTCCCTTCTTGCCACGAATGACTGCACCAGGCTCGCCT
TGGATAACCATATACTTTAGTCCTGCAAGAAACAAGCCAGTGGGAGCTAGGTGACCCGGC
TCATCGAAATCTTTCATGATATCTGTCATCTCTTGAGGCTTGAACTGAGGAAAATTAGCG
CTCTGAGCCCAAACGCTACCGTCATGGCCGATGATGGCGGCAGCGGTGAGGTGGTGACCT
TGGCCGTCACCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1A793TF C 1
AF RR1A793JQ U 233
BS 1 232 RR1A793TF
BS 233 553 RR1A793JQ

RD RR1A793TF 553 0 0
AAGATGAAGGTTTCTTCTTTTGTGTTATTATCTGCATCCTTAGGCTTGTTTTAAACTTTG
CTAAGTAGAAACCAGAAATACCAAAAATTAAATTAGTAAGAAAAAGAAACCCATGCACCC
AACGAAAGAAAACCAAAGGTAAAGCAATAATTTAAAGGATTTGAATAACAGCAATGGAGC
ATTATAGAAGCTCAGAGATCCTGTTCGATCAAGTAATCACCCAGCCTCTCGACGACCATG
TTACATTGTCCTGGAGTCACTGGTTCTTCGTACAAACCAAACACCATTGATTGTCCTGTT
TTCTTGATCGTTATTCCTCCAGCTCCCTTCTTGCCACGAATGACTGCACCAGGCTCGCCT
TGGATAACCATATACTTTAGTCCTGCAAGAAACAAGCCAGTGGGAGCTAGGTGACCCGGC
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TGGCCGTCACCG
C

QA 1 552 1 552
DS 

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GTCCTGTTTTCTTGATCGTTATTCCTCCAGCTCCCTTCTTGCCACGAATGACTGCACCAG
GCTCGCCTTGGATAACCATATACTTTAGTCCTGCAAGAAACAAGCCAGTGGGAGCTAGGT
GACCCGGCTCATCGAAATCTTTCATGATATCTGTCATCTCTTGAGGCTTGAACTGAGGAA
AATTAGCGCTCTGAGCCCAAACGCTACCGTCATGGCCGATGATGGCGGCAGCGGTGAGGT
GGTGACCTTGGCCGTCACCGC

QA 1 321 1 321
DS 



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AGTAGAAAGAAGAACAAGAAAGAGATCGAAACAATGTCGTGGCAAACTTACGTTGATGAG
CACTTAATGTGCGATGTCGGTGACGGCCAAGGTCACCACCTCACCGCTTCCGCCATCATC
GGCCATGACGGTAGCGTTTGGGCTCAGAGCGCTAATTTTCCTCAGTTCAAGCCTCAAGAG
ATGACAGGTATCATGAAAGATTTCGATGAGCCGGGTCACCTTGCTCCCACTGGTATGTTT
CTTGCAGGACTAAAGTATATGGTCATCCAAGGCGAGCCTGGTGCAGTCATCCGTGGCAAG
AAGGGAGCTGGAGGAATAACGATCAAGAAAACAGGACAATCAATGGTGTTTGGTTTGTAC
GAAGAACCGGTGACTCCAGGACAATGTAACATGGTCGTCGAGAGGTTGGGTGATTACTTG
ATCGAACAGGACCTCTGAGCTTTCTAGAATGCTCCATTGCTGTTATTCAAATCCTTTAAA
CTATTGTTTCACCTTTGTTTTTCTTTTGGTTGGGTGCATGGGTTTCTTTTTTTTTACTAA
TTTAATTTTGGTATTTCTGGTTTCTACTTAACAAAGTTTAAAACAAGCCTAAAGTTGCAG
ATAATAACACAAAAGAAGAAACCTTCATCTTTTTCTTGTTTTTTTTTCATTAATTTTTTA
TTTTTATTTAATTTTATTTACATTAAGCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EY77TF U 1
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BS 674 750 RR1EY77JQ

RD RR1EY77TF 673 0 0
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GGCCATGACGGTAGCGTTTGGGCTCAGAGCGCTAATTTTCCTCAGTTCAAGCCTCAAGAG
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CTTGCAGGACTAAAGTATATGGTCATCCAAGGCGAGCCTGGTGCAGTCATCCGTGGCAAG
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GAAGAACCGGTGACTCCAGGACAATGTAACATGGTCGTCGAGAGGTTGGGTGATTACTTG
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CTATTGTTTCACCTTTGTTTTTCTTTTGGTTGGGTGCATGGGTTTCTTTTTTTTTACTAA
TTTAATTTTGGTATTTCTGGTTTCTACTTAACAAAGTTTAAAACAAGCCTAAAGTTGCAG
ATAATAACACAAA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1EY77JQ 735 0 0
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TCTGGTTTCTACTTAACAAAGTTTAAAACAAGCCTAAGGTTGCAGATAATAACACAAAAG
AAGAAACCTTCATCTTTTTCTTGTTTTTTTTTCATTAATTTTTTATTTTTATTTAATTTT
ATTTACATTAAGCGC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 0 0

AS 1 4

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CTCCTCCATTTATCTCATCATCTCTCAACTCCACTTGCACTTCTTTCAGAACCAGTCTCC
CTACTTGTTCATTTTCTCCGAAGCTTCTTCCTCGTCGTCCCCTTGCGAGTTTTTCAGTGA
AAGCTTCCAGAAAGCAAGTCGAGATAGTATTTGATCCTGACGAGAGGCTTAATAAGATTG
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TGTTTCATGTGATTAGCTTAGGAGACACAATTAAATTCTCACTGTCTCCATCAAAGTCCA
AAGACCGTCTTTCCACCAACGCCTCTGGAGTCCCTGTCGATGCCAGAAATCTGATTATAA
AAGCACTTAACCTTTACAGGAAGAAAACTGGTAGTAACAAGTTCTTCTGGATTCATCTAG
ATAAGAAGGTGCCTACTGGAGCAGGACTCGGTGGTGGAAGCAGTAATGCTGCAACTGCAC
TCTGGGCAGCGAATCAACTCAATGGAGGTCTTGTCTCCGAGAAAGA*ACTCCAAGATTGG
TCTAGTGAAATAGGCTCTGACATTCCTTTCTTCTTCTCTCGTGGTGCTGCCTTTTGTACC
GGGAGAGGTGAGATTGTCCAAGACCTTCCTTCTCCTTTTCCTTTTGATCTTCCGATGGTG
CTCATAAAGCCCCGAGAAGCATGCTCCACTGCTGAAGTTTACAAACGTCTCCGTCTGGAT
CAGACAAGCAGCGTTGATCCCTTAAGGTTACTGGAGAATGTCACTAGCAACGGTGTATCT
CAAAGCATTTGCGTAAACGATTTGGAACTGCCAGCTTTTCAAGTTCTCCCATCTCTTAAA
CGCTTGAAGCAACGTGTAATAGCATCTGGGCGCGGGGAATATGATGCTGTCTTTATGTCT
GGGAGTGGAAGCACCATAGTTGGTATTGGTTCGCCAGATCCTCCGCAATTTATATATGAC
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GAATGGTACAAAGAACCTCCATCTGCATCTGCTACTACTTCATCCTCCGAGTCTCGCCTA
GAAATTCCGAATGAAATGTAAAACAAGTTTAAGGCCAAAATAATTTTTTTTTTTGGACCG
GTCTCGTTTTCTTAGAGTCTGAGCTTGTCAAAGTGTATCATCATTTCTCAAAGAGCAAAC
AAGAATGTTGTGATATCATTTGTATTTTAAGAAGATCATTAAAATTGCAGAAATGCAACA
ATAAAAAGGAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO96TF U 7
AF RR1BR47TF U 1
AF RR1FO96JQ C 744
AF RR1BR47JQ C 596
BS 1 672 RR1BR47TF
BS 673 673 RR1FO96TF
BS 674 738 RR1BR47TF
BS 739 1168 RR1BR47JQ
BS 1169 1169 RR1FO96JQ
BS 1170 1214 RR1BR47JQ
BS 1215 1215 RR1FO96JQ
BS 1216 1253 RR1BR47JQ
BS 1254 1254 RR1FO96JQ
BS 1255 1395 RR1BR47JQ

RD RR1FO96TF 704 0 0
G
AAAGGAAGAGAAAAACAGACAAGGGGAGATACAGACAATGGCAACAACGGCTTCTCCTCC
ATTTATCTCATCATCTCTCAACTCCACTTGCACTTCTTTCAGAACCAGTCTCCCTACTTG
TTCATTTTCTCCGAAGCTTCTTCCTCGTCGTCCCCTTGCGAGTTTTTCAGTGAAAGCTTC
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TGTTGACAAAGAAGCTCCCTTGTCAAGGCTTAAGCTCTTCTCACCTTGCAAGATCAATGT
TTTCTTGAGGATAACGGGCAAACGTGAAGATGGGTTTCATGATTTAGCCTCTCTGTTTCA
TGTGATTAGCTTAGGAGACACAATTAAATTCTCACTGTCTCCATCAAAGTCCAAAGACCG
TCTTTCCACCAACGCCTCTGGAGTCCCTGTCGATGCCAGAAATCTGATTATAAAAGCACT
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AGCGAATCAACTCAATGGAGGTCTTGTCTCCGAGAAAGGGACTCCAAGATTGGTCTAGTG
AAATAGGCTCTGACATTCCTTTCTTCTTCTCGCGTGGTGCTGC

QA 2 704 2 704
DS 

RD RR1BR47TF 738 0 0
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CTACTTGTTCATTTTCTCCGAAGCTTCTTCCTCGTCGTCCCCTTGCGAGTTTTTCAGTGA
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TGTTTCATGTGATTAGCTTAGGAGACACAATTAAATTCTCACTGTCTCCATCAAAGTCCA
AAGACCGTCTTTCCACCAACGCCTCTGGAGTCCCTGTCGATGCCAGAAATCTGATTATAA
AAGCACTTAACCTTTACAGGAAGAAAACTGGTAGTAACAAGTTCTTCTGGATTCATCTAG
ATAAGAAGGTGCCTACTGGAGCAGGACTCGGTGGTGGAAGCAGTAATGCTGCAACTGCAC
TCTGGGCAGCGAATCAACTCAATGGAGGTCTTGTCTCCGAGAAAGA*ACTCCAAGATTGG
TCTAGTGAAATACGCTCTGACATTCCTTTCTTCTTCTCTCGTGGTGCTGCCTTTTGTACC
GGGAGAGGTGAGATTGTC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1FO96JQ 627 0 0
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CTCCACTGCTGAAGTTTACAAACGTCTCCGTCTGGATCAGACAAGCAGCGTTGATCCCTT
AAGGTTACTGGAGAATGTCACTAGCAACGGTGTATCTCAAAGCATTTGCGTAAACGATTT
GGAACTGCCAGCTTTTCAAGTTCTCCCATCTCTTAAACGCTTGAAGCAACGTGTAATAGC
ATCTGGGCGCGGGGAATATGATGCTGTCTTTATGTCTGGGAGTGGAAGCACCATAGTTGG
TATTGGTTCGCCAGATCCTCCGCAATTTATATATGACGATGAAGAATACAAGAATGTCTT
CTTGTCTGAAGCAAACTTTATGACTCGAGAGGCTAATGAATGGTACAAAGAACCTCCATC
TGCATCTGCTACTACTTCATCCTCCGAGTCTCGCCTAGAAATTCCGAATGAAATGTAAAA
CAAGTTTAAGGCCAAAATAATTTTTTTTTTTGGACCGGTCTCGTTTTCTTAGAGTCTGAG
CTTGTCAAAGTGTATCATCATTTCTCAAAGAGCAAACAAGAATGTTGTGATATCATTTGT
ATTTTAAGAAGATCATTAAAATTGCAG

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1BR47JQ 800 0 0
TGCACTCTGGGCAGCGAATCAACTCAATGGAGGTCTTGTCTCCGAGAAGGA*ACTCCAAG
ATTG*TCTAGTGAAATAGGCTCTGACATTCCTTTCTTCTTCTCTCGTGGTGCTGCCTTTT
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TGGTGCTCATAAAGCCCCGAGAAGCATGCTCCACTGCTGAAGTTTACAAACGTCTCCGTC
TGGATCAGACAAGCAGCGTTGATCCCTTAAGGTTACTGGAGAATGTCACTAGCAACGGTG
TATCTCAAAGCATTTGCGTAAACGATTTGGAACTGCCAGCTTTTCAAGTTCTCCCATCTC
TTAAACGCTTGAAGCAACGTGTAATAGCATCTGGGCGCGGGGAATATGATGCTGTCTTTA
TGTCTGGGAGTGGAAGCACCATAGTTGGTATTGGTTCGCCAGATCCTCCGCAATTTATAT
ATGACGATGAAGAATACAAGAATGTCTTCTTGTCTGAAGCAAACTTTATGACTCGAGAGG
CTAATGAATGGTACAAAGAACCTCCATCTGCATTTGCTACTACTTCATCCTCCGAGTCTC
GCCTAGAAATTCCGAATGAGATGTAAAACAAGTTTAAGGCCAAAATAATTTTTTTTTT*G
GACCGGTCTCGTTTTCTTAGAGTCTGAGCTTGTCAAAGTGTATCATCATTTCTCAAAGAG
CAAACAAGAATGTTGTGATATCATTTGTATTTTAAGAAGATCATTAAAATTGCAGAAATG
CAACAATAAAAAGGAAAAAA

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 4

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TTTTTTTCATTACATCTTGTTCTTCCGTGGTAGCTCTCAAAGCCGAACCATATGTCTTTT
ATGTATATTTATGTGTTCTTGCTTCTCCTAGTTCCTTCTTCAATCATCCTGTTAACAATG
GTTGTATTTGGATTTGGCTTTGCCTCTCCCTTGAAACCAGACAAG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1A230JQ C 1
AF RR1EK51TF U 1
AF RR1A230TF U 1
AF RR1EK51JQ C 1
BS 1 520 RR1EK51TF
BS 521 521 RR1A230TF
BS 522 645 RR1EK51TF

RD RR1A230JQ 645 0 0
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ATGTATATTTATGTGTTCTTGCTTCTCCTAGTTCCTTCTTCAATCATCCTGTTAACAATG
GTTGTATTTGGATTTGGCTTTGCCTCTCCCTTGAAACCAGACAAG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1EK51TF 645 0 0
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TGGACGAGGCTCAAGCTTTGGTAGGTCTGACACAGTCAGTGAAAGCAGCAGCACCATGTG
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GAGTCTTTTAGCTATAAATGGTAACATCTTTGTGACCGTCTGATTCATTTTTTTAATTCT
GTAAAACATTTTTTTTGTGTGTGTTGGGGTTTCAACATAGAGACCACAGGTGTTTAAACA
TTTTTTTCATTACATCTTGTTCTTCCGTGGTAGCTCTCAA*GCCGAACCATATGTCTTTT
ATGTATATTTATGTGTTCTTGCTTCTCCTAGTTCCTTCTTCAATCATCCTGTTAACAATG
GTTGTATTTGGATTTGGCTTTGCCTCTCCCTTGAAACCAGACAAG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1A230TF 645 0 0
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CCAGCCCAACAACAACAACAACAACAACCAAAACCCAAACGTTACTTCTTCAACCACTCG
CCAAAATCCTCAGCTTATGCATCAGGCTGGTTCTAATCCCTCGGCTCAGTCTCACTCCTT
TGCAGAGGCAATGCATGAAGACCCTCTTGGACGGTTACAGGGGCTTGACATTAGCAGCTG
TGGACGAGGCTCAAGCTTTGGTAGGTCTGACACAGTCAGTGAAAGCAGCAGCACCATGTG
AGGCTTGCCTAATGCAGACTCCAGCTTTGTCGATAAAACCTATTCTTTTGCTCTCCATTG
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GTAAAACATTTTTTTTGTGTGTGTTGGGGTTTCAACATAGAGACCACAGGTGTTTAAACA
TTTTTTTCATTACATCTTGTTCTTCCGTGGTAGCTCTCAAAGCCGAACCATATGTCTTTT
ATGTATATTTATGTGTTCTTGCTTCTCCTAGTTCCTTCTTCAATCATCCTGTTAACAATG
GTTGTATTTGGATTTGGCTTTGCCTCTCCCTTGAAACCAGACAAG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1EK51JQ 645 0 0
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CCAGCCCAACAACAACAACAACAACAACCAAAACCCAAACGTTACTTCTTCAACCACTCG
CCAAAATCCTCAGCTTATGCATCAGGCTGGTTCTAATCCCTCGGCTCAGTCTCACTCCTT
TGCAGAGGCAATGCATGAAGACCCTCTTGGACGGTTACAGGGGCTTGACATTAGCAGCTG
TGGACGAGGCTCAAGCTTTGGTAGGTCTGACACAGTCAGTGAAAGCAGCAGCACCATGTG
AGGCTTGCCTAATGCAGACTCCAGCTTTGTCGATAAAACCTATTCTTTTGCTCTCCATTG
GAGTCTTTTAGCTATAAATGGTAACATCTTTGTGACCGTCTGATTCATTTTTTTAATTCT
GTAAAACATTTTTTTTGTGTGTGTTGGGGTTTCAACATAGAGACCACAGGTGTTTAAACA
TTTTTTTCATTACATCTTGTTCTTCCGTGGTAGCTCTCAAAGCCGAACCATATGTCTTTT
ATGTATATTTATGTGTTCTTGCTTCTCCTAGTTCCTTCTTCAATCATCCTGTTAACAATG
GTTGTATTTGGATTTGGCTTTGCCTCTCCCTTGAAACCAGACAAG

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 4

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AAAATCAAACACTTTCTAAGATAAAAGGGAAAACACAATGTAAAGATAATCTTACAAAAG
GAACAGACTTAGTTACAAAGCTACAGTAACATGCGCAACATTTTTTTTTCTTTTTTTTTT
TTTTTACATTTTTTCTGCTGTCTTTTCAAATAACTGATCAAGACACATGCTTCGAACTTC
TTTTTTTTTTCTTGTAGTAAAAGGTCGCAAACTGAGAAGGCCATCCGAACTAGAGACATT
CCGCAGTATAAAAGAAAGACGACACCAAGCTTGTGAATGGGAACAGCTTCTCAGATTCTC
TAATCGCACACACCGAGAAGAACACTATAAAGCAGAGCGAGCAACCGGAATGGAATGGAT
TAACCAAAGAAACAGAAGAAGGTGAATCAGCCCACGCTGCGAGATCCGTCTGTGTGTATG
TATATAACCAGTTGAGAGCCATCTGCCTAGCATTCTAATGCATAAGTCTGCACCTCGGCC
AAGTTCTCCTCAGGTGAGCTGTTTGGTGCAGTGAGGTTGGAAGCAGCAGCTGTGTTGTAC
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ATCTGAAACTCTGTAAATCTCCAACACTGTGAAAAAATGTGATGTTGTTTCTCCATCACT
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TTTCCCACATGGAGAAAAACGAGCTCCCATTTAACTGCAAAGAACAGCGTGATGTATTGC
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ACCTCCTGCTAAACCAGATCCTGCGAAGCGGGTTCGGTCCCTGGAGTGGCCGCTTGCAGA
AACCCCATATAAGTTAACACCACCAC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH54JQ U 24
AF RR1EH54TF C 1
AF RR1BJ46JQ U 3
AF RR1BJ46TF C 568
BS 1 2 RR1EH54TF
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BS 24 161 RR1EH54JQ
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BS 191 201 RR1BJ46JQ
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BS 659 838 RR1BJ46JQ
BS 839 1346 RR1BJ46TF

RD RR1EH54JQ 138 0 0
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TTTCAAATAACTGATCAA

QA 1 138 1 138
DS 

RD RR1EH54TF 435 0 0
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TTTTTACATTTTTTCTGCTGTCTTTTCAAATAACTGATCAAGACACATGCTTCGAACTTC
TTTTTTTTTTCTTGTAGTAAAAGGTCGCAAACTGAGAAGGCCATCCGAACTAGAGACATT
CCGCAGTATAAAAGAAAGACGACACCAAGCTTGTGAATGGGAACAGCTTCTCAGATTCTC
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TATATAACCAGTTG
C

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DS 

RD RR1BJ46JQ 836 0 0
AATCAAACACTTTCTAAGATAAAAGGGAAAACACAATGTAAAGATAATCTTACAAAAGGA
ACAGACTTAGTTACAAAGCTACAGTAACATGCGCAACATTTTTTTTTCTTTTTTTTTTT*
***ACATTTTTTCTGCTGTCTTTTCAAATAACTGATCAAGACACATGCTTCGAACTTCTT
TTTTTTT*CTTGTAGTAAAGGGTCGCAAACTGAGAAGGCCATCCGAACTAGGGACATTCC
GCAGTATAAAAGAAAGATGACACCAAGCTTGTGAATGGGAACAGCTTCTCAGATTCTCTA
ATCGCACACACCGAGAAGAACACTATAAAGCAGAGCGAGTAACCGGAATGGAATGGATTA
CCCAAAGAAACAGAAGAAGGTGAATCAGCCCACGCTGCGAGATCCGTCTGTGTGTATGTA
TATAACCAGTTGAGAGCCATCTGCCTAGCATTCTAATGCATAAGTCTGCACCTCGGCCAA
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GAAGATCCTAAGCTTCCCCTCCTTTGTACCATAAACAAGACCTCCTCCAGGAGAAGGATG
GAAGCAAGCGACATTAACTTCATCCTCTGCGCTTGGAAGTATTCTCACCAATTCC*ATAT
CTGAAACTCTGTAAATCTCCAACACTGTGAAAAAATGTGATGTTGTTTCTCCATCACTCA
CAATGCTCCTCAAAAGAGAACCATGACGCCGACCATATGCAAGCAATATGTGCTCGGAGT
TTGGAGAGAACTGGATAGAGGTCAAGCAATGTGCAACCCTAATTGCCCGTGACACA

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1BJ46TF 779 0 0
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TGTGAAAAAATGTGATGTTGTTTCTCCATCACTCACAATGCTCCTCAAAAGAGAACCATG
ACGCCGACCATATGCAAGCAATATGTGCTCGGAGTTTGGAGAGAACTGGATAGAGGTCAA
GCAATGTGCAACCCTAATTGCCCGTGACACAAGTACTGAACCAAATGTTTCCTTTTCGAG
AGAATACACACGAAGTTCATACATGACTTGATGTGCTGTGACAGGATGCCGAGTAGGAGA
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AGGAATAACACATGCTACACAGGCCGCTAAATATTTCCCACATGGAGAAAAACGAGCTCC
CATTTAACTGCAAAGAACAGCGTGATGTATTGCTAGTCGGCACTTGTCGGACCTTAGTAT
TGCACATGGGTCTTTGATGTCATGTGACCACACTCTAAGTTTGACAGTACAAGACAACTC
TGCAGCAGCTATGGAAGTAGCCAGTTCAGACGGGAGTCTGTTCACCACAGGTTGAACTTC
AGTTCCTTCCTGTGGGGCGTTACGAGAGGGAAGACCTCCTGCTAAACCAGATCCTGCGAA
GCGGGTTCGGTCCCTGGAGTGGCCGCTTGCAGAAACCCCATATAAGTTAACACCACCAC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 4

CO CL2412Contig1 763 4 4 U
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GTTTCAAAACGGAGAGCCAGAGCTCTTGGATTTGCCAAGCATCATGTCTTTGGCTTCGTT
GATCTTAGACGCAAGGTAATGGCTTCCTCCTGCGTCTGGATGGTTAGCCACCATCACCCT
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AGCTTCTCTCCGAGTCATAGCAGCTTGGAAACCACCTTCGTAGAACTTTCGAAACTTAGG
CCTCGGTGGTCTTGCCTTGAACGCTTGCCACGCCTCGATTCCGTATTTACCAGCATAAGC
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TTAGGGTTTCGGCCACTTCTTTGAGTTACCTGGACTTTGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1GJ31JQ U 1
AF RR1GG28TF C 118
AF RR1GG28JQ U 119
AF RR1GJ31TF C 206
BS 1 232 RR1GJ31JQ
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BS 268 763 RR1GG28JQ

RD RR1GJ31JQ 267 0 0
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AACACTTATTCAATCTGAAAGGATAACTTTTGTCCAAAAAAAAAAGAAAACATAATTAGA
TAATCGACCTAGAGTGACTTTCAATTTGGTTCCTACATTCTATTCTACCTAAAAAACATA
CATCAACGTCTGATCACCCTTCTTCCT

QA 1 267 1 267
DS 

RD RR1GG28TF 646 0 0
G
CTAACACTTATTCAATCTGAAAGGATAACTTTTGTCCAAAAAAAAAAGAAAACATAATTA
GATAATCGACCTAGAGTGACTTTCAATTTGGTTCCTACATTCTATTCTACCTAAGAAACA
TACATCAACGTCTGATCACCCTTCTTCCTGATAGACCAATAACTCAATCTCACCAAAAAA
ACGTTTCAAAACGGAGAGCCAGAGCTCTTGGATTTGCCAAGCATCATGTCTTTGGCTTCG
TTGATCTTAGACGCAAGGTAATGGCTTCCTCCTGCGTCTGGATGGTTAGCCACCATCACC
CTCCTGTGAGCTTCCTTCACCTTCTCTGCCGCTACACTCTCCCTAACACCGAGAATGAGA
GCAGCTTCTCTCCGAGTCATAGCAGCTTGGAAACCACCTTCGTAGAACTTTCGAAACTTA
GGCCTCGGTGGTCTTGCCTTGAACGCTTGCCACGCCTCGATTCCGTATTTACCAGCATAA
GCAGCTGCAGCAACCGCAACACCTGCAAGTATCGGTGCAACCATTTTCGGGGAGAGATTC
AAGAGTTTGATCTGATGAGATAGTAACACAACTCTTCAACAACGTTGGATGATCTCGATC
GATTAGGGTTTCGGCCACTTCTTTGAGTTACCTGGACTTTGTCC
C

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR1GG28JQ 645 0 0
CTAACACTTATTCAATCTGAAAGGATAACTTTTGTCCAAAAAAAAAAGAAAACATAATTA
GATAATCGACCTAGAGTGACTTTCAATTTGGTTCCTACATTCTATTCTACCTAAGAAACA
TACATCAACGTCTGATCACCCTTCTTCCTGATAGACCAATAACTCAATCTCACCAAAAAA
ACGTTTCAAAACGGAGAGCCAGAGCTCTTGGATTTGCCAAGCATCATGTCTTTGGCTTCG
TTGATCTTAGACGCAAGGTAATGGCTTCCTCCTGCGTCTGGATGGTTAGCCACCATCACC
CTCCTGTGAGCTTCCTTCACCTTCTCTGCCGCTACACTCTCCCTAACACCGAGAATGAGA
GCAGCTTCTCTCCGAGTCATAGCAGCTTGGAAACCACCTTCGTAGAACTTTCGAAACTTA
GGCCTCGGTGGTCTTGCCTTGAACGCTTGCCACGCCTCGATTCCGTATTTACCAGCATAA
GCAGCTGCAGCAACCGCAACACCTGCAAGTATCGGTGCAACCATTTTCGGGGAGAGATTC
AAGAGTTTGATCTGATGAGATAGTAACACAACTCTTCAACAACGTTGGATGATCTCGATC
GATTAGGGTTTCGGCCACTTCTTTGAGTTACCTGGACTTTGTCCC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1GJ31TF 557 0 0
TTGGTTCCTACATTCTATTCTACCTAAGAAACATACATCAACGTCTGATCACCCTTCTTC
CTGATAGACCAATAACTCAATCTCACCAAAAAAACGTTTCAAAACGGAGGGCCAGAGCTC
TTGGATTTGCCAAGCATCATGTCTTTGGCTTCGTTGATCTTAGACGCAAGGTAATGGCTT
C*TCCTGCGTCTGGATGGTTAGCCACCATCACCCTCCTGTGAGCTTCCTTCACCTTCTCT
GCCGCTACACTCTCCCTAACACCGAGAATGAGAGCAGCTTCTCTCCGAGTCATAGCAGCT
TGGAAACCACCTTCGTAGAACTTTCGAAACTTAGGCCTCGGTGGTCTTGCCTTGAACGCT
TGCCACGCCTCGATTCCGTATTTACCAGCATAAGCAGCTGCAGCAACCGCAACACCTGCA
AGTATCGGTGCAACCATTTTCGGGGAGAGATTCAAGAGTTTGATCTGATGAGATAGTAAC
ACAACTCTTCAACAACGTTGGATGATCTCGATCGATTAGGGTTTCGGCCACTTCTTTGAG
TTACCTGGACTTTGTCC

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 4

CO CL2413Contig1 965 4 11 U
GGAGAAAAAGCAAACTGAGTTGGCTAAGGAATTAGACATAAATCTAAATAGTCCCATCTT
TTCACACTCTCTCCTCTCCTTAGAGAGAGAAAATTCTCTCTATTGTCCTTGTTAACAAAA
TTACATCTTTCACAAGGAATAGAGAGAAAGAGAGAGATTTTGTTTTGTAATATATTCGAT
CCGATGGATCGATTTTTTTGTTTCGCTTTGGCGATCCTCTAGTTTCGCTTGGCGATTTTA
CTCTTTCGCTTAGGCGATTTTGTGTTGCTTTCAAACTCAAATCGAATCTGTTCTTCAAGT
TCTATCATTACTTTTTTCGATTTTGGTTTGAATTTTAATAAAGTTTAATCTTTTCCTTCG
ACTCTCCTCTAAAACTACAATACCGGCTGTCTCTTTTGATCATCTTCTGTTCTTTTGGTT
ATGCTCAATTTCTATTTCCAGATGAAGTCAATCTTTGCCATTAAAGTTACTCTGGGCAGA
GTATTCAGAAGGAATAGAACATTAGAGTTTTGCATATTAGTTTCTTTGGCTTGAATCAGT
TCAAGAAGAGTCAAAGCTTGATTGTGTTTCAAGTGTTTTGACAACGACTGTTTTCAAATC
TTCTGAAACTATTTGGAGATCATGACATCCAAGGAAGAGATTGAAGATCGATTGAAGATA
GAGGCGCGCAGGAGAGTGAAGTATGGAACTTGGGCTTCGAGGATCCAAGCATGCGGCAGA
GCATACGGCGGAGAAGCTCCCACGGTGACCAGAGAAGTTGTAATTGCATGAGAGACACGT
GGCGAATCATGCTTTGCAAAGCAGCTTGAATTAGGGCACGTGGTGATGATGCAGACAGAC
TTTGCCGACCTAAAACTGGGCTTAATTTCATATTATTTATGTTGTATCTTGTTTTGGGCC
TCGTATTTTCTTAAAGCCTGATCCATGTAACTTTCGCCCATTGGGCAAGTCAATGAAACG
TCGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 

AF RR1E850TF U 1
AF RR1FK36TF U 78
AF RR1FK36JQ C 193
AF RR1E850JQ C 318
BS 1 104 RR1E850TF
BS 105 105 RR1FK36TF
BS 106 302 RR1E850TF
BS 303 303 RR1FK36TF
BS 304 633 RR1E850TF
BS 634 634 RR1FK36TF
BS 635 663 RR1E850TF
BS 664 727 RR1FK36TF
BS 728 728 RR1FK36JQ
BS 729 843 RR1FK36TF
BS 844 965 RR1FK36JQ

RD RR1E850TF 666 0 0
GGAGAAAAAGCAAACTGAGTTGGCTAAGGAATTAGACATAAATCTAAATAGTCCCATCTT
TTCACACTCTCTCCTCTCCTTAGAGAGAGAAAATTCTCTCTATTTTCCTTGTTAACAAAA
TTACATCTTTCACAAGGAATAGAGAGAAAGAGAGAGATTTTGTTTTGTAATATATTCGAT
CCGATGGATCGATTTTTTTGTTTCGCTTTGGCGATCCTCTAGTTTCGCTTGGCGATTTTA
CTCTTTCGCTTAGGCGATTTTGTGTTGCTTTCAAACTCAAATCGAATCTGTTCTTCAAGT
TCCATCATTACTTTTTTCGATTTTGGTTTGAATTTTAATAAAGTTTAATCTTTTCCTTCG
ACTCTCCTCTAAAACTACAATACCGGCTGTCTCTTTTGATCATCTTCTGTTCTTTTGGTT
ATGCTCAATTTCTATTTCCAGATGAAGTCAATCTTTGCCATTAAAGTTACTCTGGGCAGA
GTATTCAGAAGGAATAGAACATTAGAGTTTTGCATATTAGTTTCTTTGGCTTGAATCAGT
TCAAGAAGAGTCAAAGCTTGATTGTGTTTCAAGTGTTTTGACAACGACTGTTTTCAAATC
TTCTGAAACTATTTGGAGATCATGACATCCAAG*AAGAGATTGAAGATCGATTGAAGATA
GAG
CGC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1FK36TF 766 0 0
GGAG
AGAGAGAGAAAATTCTCTCTATTGTCCTTGTTAACAAAATTACATCTTTCACAAGGAATA
GAGAGAAAGAGAGAGATTTTGTTTTGTAATATATTCGATCCGATGGATCGATTTTTTTGT
TTCGCTTTGGCGATCCTCTAGTTTCGCTTGGCGATTTTACTCTTTCGCTTAGGCGATTTT
GTGTTGCTTTCAAACTCAAATCGAATCTGTTCTTCAAGTTCTATCATTACTTTTTTCGAT
TTTGGTTTGAATTTTAATAAAGTTTAATCTTTTCCTTCGACTCTCCTCTAAAACTACAAT
ACCGGCTGTCTCTTTTGATCATCTTCTGTTCTTTTGGTTATGCTCAATTTCTATTTCCAG
ATGAAGTCAATCTTTGCCATTAAAGTTACTCTGGGCAGAGTATTCAGAAGGAATAGAATA
TTAGAGTTTTGCATATTAGTTTCTTTGGTTTGAATCAGTTCAAGAAGAGTCAAAGCTTGA
TTGTGTTTCAAGTGTTTTGACAACGACTGTTTTCAAATCTTCTGAAACTATTTGGAGATC
ATGACATCCAAGGAAGAGATTGAAGAT*GATTGAAGATAGAGGCGCGCAGGAGAGTGAAG
TATGGAACTTGGGCTTCGAGGATCCAAGCATGCGGCAGAGCATACG*CGGAGAAGCTCCC
ACGGTGACCAGAGAAGTTGTAATTGCATGAGAGACACGTGGCGAATCATGCTTTGCAAAG
CAGCTTGAATTAGGGCACGTGGTGATGATGCAGACAGACTTT

QA 5 766 5 766
DS 

RD RR1FK36JQ 773 0 0
TTTTTTTGTTTCGCTTTGGCGATCCTCTAGTTTCGCTTGGCGATTTTACTCTTTCGCTTA
GGCGATTTTGTGTTGCTTTCAAACTCAAATCGAATCTGTTCTTCAAGTTCTATCATTACT
TTTTTCGATTTTGGTTTGAATTTTAATAAAGTTTAATCTTTTCCTTCGACTCTCCTCTAA
AACTACAATACCGGCTGTCTCTTTTGATCATCTTCTGTTCTTTTGGTTATGCTCAATTTC
TATTTCCAGATGAAGTCAATCTTTGCCATTAAAGTTACTCTGGGCAGAGTATTCAGAAGG
AATAGAATATTAGAGTTTTGCATATTAGTTTCTTTGGTTTGAATCAGTTCAAGAAGAGTC
AAAGCTTGATTGTGTTTCAAGTGTTTTGACAACGACTGTTTTCAAATCTTCTGAAACTAT
TTGGAGATCATGACATCCAAGGAAGAGATTGAAGAT*GATTGAAGATAGAGGCGCGCAGG
AGAGTGAAGTATGGAACTTGGGCTTCGAGGATCCAAGCATGCGGCAGAGCATACGGCGGA
GAAGCTCCCACGGTGACCAGAGAAGTTGTAATTGCATGAGAGACACGTGGCGAATCATGC
TTTGCAAAGCAGCTTGAATTAGGGCACGTGGTGATGATGCAGACAGACTTTGCCGACCTA
AAACTGGGCTTAATTTCATATTATTTATGTTGTATCTTGTTTTGGGCCTCGTATTTTCTT
AAAGCCTGATCCATGTAACTTTCGCCCATTGGGCAAGTCAATGAAACGTCGAC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1E850JQ 648 0 0
CGATTTTGGTTTGAATTTTAATAAAGTTTAATCTTTTCCTTCGACTCTCCTCTAAAACTA
CAATACCGGCTGTCTCTTTTGATCATCTTCTGTTCTTTTGGTTATGCTCAATTTCTATTT
CCAGATGAAGTCAATCTTTGCCATTAAAGTTACTCTGGGCAGAGTATTCAGAAGGAATAG
AACATTAGAGTTTTGCATATTAGTTTCTTTGGCTTGAATCAGTTCAAGAAGAGTCAAAGC
TTGATTGTGTTTCAAGTGTTTTGACAACGACTGTTTTCAAATCTTCTGAAACTATTTGGA
GATCATGACATCCAAGGAAGAGATTGAAGATCGATTGAAGATAGAGGCGCGCAGGAGAGT
GAAGTATGGAACTTGGGCTTCGAGGATCCAAGCATGCGGCAGAGCATACGGCGGAGAAGC
TCCCACGGTGACCAGAGA*GTTGTAATTGCATGAGAGACACGTGGCGAATCATGCTTTGC
AAAGCAGCTTGAATTAGGGCACGTGGTGATGATGCAGACAGACTTTGTCGACCTAAAACT
GGGCTTAATTTCATATTATTTATGTTGTATCTTGTTTTGGGCCTCGTATTTTCTTAAAGC
CTGATCCATGTAACTTTCGCCCATTGGGCAAGTCAATGAAACGTCGAC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 4

CO CL2414Contig1 379 4 2 U
GGAGATTTAGGGTTTCTCTCTGTTGTCGGCTCGGTCCCAGAACCAAGATCGCAGTGCTTC
AAGATGCCGTCGCACAAGTCATTCATGATCAAGAAGAAGCTTGCCAAGAAAATGAGGCAG
AACAGGCCAATCCCTCACTGGATTCGTCTTCGCACTGACAATACCATCAGGTACAACGCA
AAGCGTAGACACTGGCGCAGAACCAAGCTTGGATTCTAAGCTGTCTTACCTTCGCCTATT
TGTGAAATCTCTGTTCTTTCTAAGACATTGTTTTCCTTTGTTTGGTTCTTTAGTGTTTTG
TTTTCTCAGTTTTGATTGTGTCAGTTGCATTGTTCACAGTTTTGTAAGACAATCTTTTGA
TCAATTATGTTTCCAGACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR1G542JQ C 1
AF RR1GS82JQ C 189
AF RR1G542TF U 1
AF RR1GS82TF U 189
BS 1 378 RR1G542TF
BS 379 379 RR1G542JQ

RD RR1G542JQ 379 0 0
GGAGATTTAGGGTTTCTCTCTGTTGTCGGCTCGGTCCCAGAACCAAGATCGCAGTGCTTC
AAGATGCCGTCGCACAAGTCATTCATGATCAAGAAGAAGCTTGCCAAGAAAATGAGGCAG
AACAGGCCAATCCCTCACTGGATTCGTCTTCGCACTGACAATACCATCAGGTACAACGCA
AAGCGTAGACACTGGCGCAGAACCAAGCTTGGATTTTAAGCTGTCTTACCTTCGCCTATT
TGTGAAATCTCTGTTCTTTCTAAGACATTGTTTTCCTTTGTTTGGTTCTTTAGTGTTTTG
TTTTCTCAGTTTTGATTGTGTCAGTTGCATTGTTCACAGTTTTGTAAGACAATCTTTTGA
TCAATTATGTTTCCAGACT

QA 1 379 1 379
DS 

RD RR1GS82JQ 191 0 0
G
CACTGGCGCAGAACCAAGCTTGGATTTTAAGCTGTCTTACCTTCGCCTATTTGTGAAATC
TCTGTTCTTTTTAAGACATTGTTTTCCTTTGTTTGGTTCTTTAGTGTTTTGTTTTCTCAG
TTTTGATTGTGTCAGTTGCATTGTTCACAGTTTTGTAAGACAATCTTTTGATCAATTATG
TTTCCAGAC
G

QA 2 190 2 190
DS 

RD RR1G542TF 379 0 0
GGAGATTTAGGGTTTCTCTCTGTTGTCGGCTCGGTCCCAGAACCAAGATCGCAGTGCTTC
AAGATGCCGTCGCACAAGTCATTCATGATCAAGAAGAAGCTTGCCAAGAAAATGAGGCAG
AACAGGCCAATCCCTCACTGGATTCGTCTTCGCACTGACAATACCATCAGGTACAACGCA
AAGCGTAGACACTGGCGCAGAACCAAGCTTGGATTCTAAGCTGTCTTACCTTCGCCTATT
TGTGAAATCTCTGTTCTTTCTAAGACATTGTTTTCCTTTGTTTGGTTCTTTAGTGTTTTG
TTTTCTCAGTTTTGATTGTGTCAGTTGCATTGTTCACAGTTTTGTAAGACAATCTTTTGA
TCAATTATGTTTCCAGAC
T

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR1GS82TF 191 0 0
G
CACTGGCGCAGAACCAAGCTTGGATTCTAAGCTGTCTTACCTTCGCCTATTTGTGAAATC
TCTGTTCTTTCTAAGACATTGTTTTCCTTTGTTTGGTTCTTTAGTGTTTTGTTTTCTCAG
TTTTGATTGTGTCAGTTGCATTGTTCACAGTTTTGTAAGACAATCTTTTGATCAATTATG
TTTCCAGAC
G

QA 2 190 2 190
DS 



AS 1 2

CO CL2415Contig1 653 2 2 U
GCCTCCAGTGTCTCTGGAGATAAGACCAACAATGGAACTGTTGTTTGGCTTCATCTTGGA
TTAAACAGCGGAGCGACAAAGTTCGCCATTGAAAGGCAAGCAGTGAACGAAGCCCATTTC
CGTTGTCCTGACCAATTAGGCTGGCAACCACAGCGGATTCCTATTGTTATTGAAGATGGA
AGCATTACAAAGGCAAAAGAGACTTCGTGTTCGACAGAGTCGATTCTCAAGTTACTGAAG
AACAAAGGTTTCGATGTGGTTGAATCAGACGACGCTGGAAGGTTCGTGTGCAACTATGTG
TATTATCATTCTCTGAGGTTCGCAGAGCAGAAGGGACACAAGTCCCTGTTTGTTCACGTT
CCACTGTTCTCAAAAATCAATGAAGACACTCAGATGCAGTTCGTGGTCTCTCTCTTGGAG
GCAATTGCAACTACTTGCTAAGTTGTTTAATATCTACTACGATGGTATATAAGTATATCA
TGTATATCCGTCTACGGAAGCATTGTCTTCTTTTGTTGGGAAGGGGTTGGGGGTGTTGTA
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BQ
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QA 9 653 9 653
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AS 1 4

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GCATGGCCACAATAGGAAACCAAATTTGTTTGGGTAGAGAATATGAAAATATCATTGTTT
TAGATATTTTTATTCTTTTCAGTAAAGGGAGATTTTAATCC


BQ
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AF RR1A201TF C 316
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C

QA 1 649 1 649
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TACAATCTAATGTTAGTTCTACACACTGCACCATTGCATATAAAGTATTTTTTCCAAGTT
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CATTGAACGCAGTAACATAGAGAAAACATTGTCCGTACCATATTATTCCTCCTTTGTTCT
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C

QA 1 649 1 649
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TTTTCAGTAAAGGGAGATTTTAATCC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 4

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TCTAGGTGGTATGGTATCGCATAACACACACAACGGTATCGGAACTGATCC


BQ
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AAGATCTGATTTAAGTGCCAAGGCGATTGAAACTTCATAAATGGAGAGAACACAAATTAT
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TTCTTGT

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ACAAGATTCAAACTGATCAACAATAAGATCTGATTTAAGTGCCAAGGCGATTGAAACTTC
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GAAGAGTTTAAGGGTGTTTTGTGCATACACAACTCAACAACTACCAAAAATCTCTTCAGG
GGGAACATAAGCATGTTTCTCAGGGAACAACTCCTCGAAGTCTTTCTTCACTTTGTTTCT
CAAAAGCGGATGCGGCAAAAGCCCCTTCAACAGAACCCTAAACGGCAACTCTTCGGGCGG
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CATTTTCTCCCATAACCCCATAGCTTCATCCATTCTTTTACTCTTCGCTAAGGATACTAT
AAGGTCCTTGTACATAAACACATCCGGTTGGTACCATTCCTGCTTCTGGATCACCTCGAA
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AGAAACCCTCTGATAACTTCAGTGTAAGTCTGAGAATCCGGAAAGAGGTTCTCTTTCTTC
ATTTTCTCCCATAACCCCATAGCTTCATCCATTCTTTTACTCTTCGCTAAGGATACTATA
AGGTCCTTGTACATAAACACATCCGGTTGGTACCATTCCTGCTTCTGGATCACCTCGAAC
ATCTTGATAGCAAGCGCAGTCTCTTCTTGTCGTTCGAGCTCGCCGATAACAGCCAACATG
TCAAGCTTCAACAATCTGAAAACATGTGTCTTTATAAACTTCGCGAGCTTCTCGTCGTCT
TCCTTCAGCCGCTTGAGACCCAGGATCACGAAAAGGGCCTCTTTTCCGATCAGCTTCTTG
CCTCTCCAGAGAGGACCCCTTGGCCTGCCGTCGTGGAACCGGGCGACGAACACAGTGGAG
GGTTTCGGGGGAATGAAGCGTAGAGTGTTGTTGGGTTTTAGATTTAGGAAGGAGATCCGA
TGTGTTGAAGGGTTTCTAGTTAGGGTTCGGAAGAAAACCGAAGCGAAAGTTGGGAGTTTT
CGCGAGAAGAAGACGCGAATTGAAGCCATCTGTCACTCCCTGGATGAAATTGTGCAACTT
TTAGGTGGTATGGTATCGCAT
CC

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DS 

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AGTCTGAGAATCCGGAAAGAGGTTCTCTTTCTTCATTTTCTCCCATAACCCCATAGCTTC
ATCCATTCTTTTACTCTTCGCTAAGGATACTATAAGGTCCTTGTACATAAACACATCCGG
TTGGTACCATTCCTGCTTCTGGATCACCTCGAACATCTTGATAGCAAGCGCAGTCTCTTC
TTGTCGTTCGAGCTCGCCGATAACAGCCAACATGTCAAGCTTCAACAATCTGAAAACATG
TGTCTTTATAAACTTCGCGAGCTTCTCGTCGTCTTACTTCAGCCGCTTGAGACCCAGGAT
CACGAAAAGGGCCTCTTTTCCGATCAGCTTCTTGCCTCTCCAGAGAGGACCCCTTGGCCT
GCCGTCGTGGAACCGGGCGACGAACACAGTGGAGGGTTTCGGGGGAATGAAGCGTAGAGT
GTTGTTGGGTTTTAGATTTAGGAAGGAGATCCGATGTGTTGAAGGGTTTCTAGTTAGGGT
TCGGAAGAAAACCGAAGCGAAAGTTGGGAGTTTTCGCGAGAAGAAGACGCGAATTGAAGC
CATCTGTCACTCCCTGGATGAAATTGTGCAACTTCTAGGTGGTATGGTATCGCATAACAC
ACACAACGGTATCGGAACTGATCC

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DS 



AS 1 4

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GGGTCACCATTTCGTTGGAAGAAGAAGAGAGATCGCTCGAAAACCCTGAAGACGTTGCTG
ATCTAAGGTCGTTAATGGAGGTAAAGATCAAATCTAGTAAGCTTACAGAAGTGATAGAGA
TCATCAACCGATTGATAGAGTTAGAACCAGAGGAGAAAGAATGGCCAATCTTGAAAGCTA
ACATCTTAGCTCAAATTGGAGACTTAGAATGTTAAGGACCTTAGAGATTTTAAGCTGCTT
GTGGCGCATATTCGGGTTATTGAAGGGAAGCATGACGAGGCGTTTAAGCTGTACAAGGAG
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GAATCATCCCTATAGAGAGTATTTAAATTTTGTGTAGTATGGTACTTGAGAGCATGAGTT
GATAGCATTGGTTGAATACTCAAATTCGAGACTATAGGAGTTTATATCTTTTGCAGTGTT
TTTTTTTTTTTTTGAGATGTGTATTCGTCACAAGTCGTAATGTTGCACGGGAGTCTAAAT
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GCCGGTTTAGTTATTGATTTTTTTTAAAAAAATGTATTCTCATGATG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1D920TF U 1
AF RR1DP36TF U 1
AF RR1D920JQ C 82
AF RR1DP36JQ C 262
BS 1 502 RR1D920TF
BS 503 732 RR1DP36TF
BS 733 887 RR1D920JQ

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TCATCAACCGATTGATAGAGTTAGAACCAGAGGAGAAAGAATGGCCAATCTTGAAAGCTA
ACATCTTAGCTCAAATTGGAGACTTAGAATGTTAAGGACCTTAGAGATTTTAAGCTGCTT
GTGGCGCATATTCGGGTTATTGAAGGGAAGCATGACGAGGCGTTTAAGCTGTACAAGGAG
CTTGTGAAGGAAGAGCCGAGAGATTTCAGGCCGTATCTTTGTCAGGAAACTTGTCCCGAG
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TTTTTTTTTTTTTGAGATGTGT

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR1DP36TF 732 0 0
GGGTCACCATTTCGTTGGAAGAAGAAGAGAGATCGCTCGAAAACCCTGAAGACGTTGCTG
ATCTAAGGTCGTTAATGGAGGTAAAGATCAAATCTAGTAAGCTTACAGAAGTGATAGAGA
TCATCAACCGATTGATAGAGTTAGAACCAGAGGAGAAAGAATGGCCAATCTTGAAAGCTA
ACATCTTAGCTCAAATTGGAGACTTAGAATGTTAAGGACCTTAGAGATTTTAAGCTGCTT
GTGGCGCATATTCGGGTTATTGAAGGGAAGCATGACGAGGCGTTTAAGCTGTACAAGGAG
CTTGTGAAGGAAGAGCCGAGAGATTTCAGGCCGTATCTTTGTCAGGAAACTTGTCCCGAG
GAATCATCCCTATAGAGAGTATTTAAATTTTGTGTAGTATGGTACTTGAGAGCATGAGTT
GATAGCATTGGTTGAATACTCAAATTCGAGACTATAGGAGTTTATATCTTTTGCAGTGTT
TTTTTTTTTTTTTGAGATGTGTATTCGTCACAAGTCGTAATGTTGCACGGGAGTCTAAAT
GATTTGGTACCTCTTTAAGACTTGTTTAGGTGTAAGAGGAGGAAAGTGGTGAAATGATGG
CAATCTGATCATTACATTGTTTGATTCTTCTCTGAACGTAAACAAGTTTACCTCTTCTCT
TCTTAGTTACAATCTTAATTGCAAGATCTTCATCTTGCTTGGGACAGCAGTAGTAGCATC
TGGTCTGCTGTC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1D920JQ 806 0 0
TAAAGATCAAATCTAGTAAGCTTACAGAAGTGATAGAGATCATCAACCGATTGATAGAGT
TAGAACCAGAGGAGAAAGAATGGCCAATCTTGAAAGCTAACATCTTAGCTCAAATTGGAG
ACTTAGAATGTTAAGGACCTTAGAGATTTTAAGCTGCTTGTGGCGCATATTCGGGTTATT
GAAGGGAAGCATGACGAGGCGTTTAAGCTGTACAAGGAGCTTGTGAAGGAAGAGCCGAGA
GATTTCAGGCCGTATCTTTGTCAGGAAACTTGTCCCGAGGAATCATCCCTATAGAGAGTA
TTTAAATTTTGTGTAGTATGGTACTTGAGAGCATGAGTTGATAGCATTGGTTGAATACTC
AAATTCGAGACTATAGGAGTTTATATCTTTTGCAGTGTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGTG
TATTCGTCACAAGTCGTAATGTTGCACGGGAGTCTAAATGATTTGGTACCTCTTTAAGAC
TTGTTTAGGTGTAAGAGGAGGAAAGTGGTGAAATGATGGCAATCTGATCATTACATTGTT
TGATTCTTCTCTGAACGTAAACAAGTTTACCTCTTCTCTTTTTAGTTACAATCTTAATTG
CAAGATCTTCATCTTGCTTGGGACAGCAGTAGTAGCATCTGGTCTGCTGTCTATTAGTCT
CTAGAGACACAAAAGACATGAAGATTCATAGTGTTGTTAGTCTAATTAGCGGTTTAGAAG
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TTTTAAAAAAATGTATTCTCATGATG

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DS 

RD RR1DP36JQ 626 0 0
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GATTTCAGGCCGTATCTTTGTCAGGAAACTTGTCCCGAGGAATCATCCCTATAGAGAGTA
TTTAAATTTTGTGTAGTATGGTACTTGAGAGCATGAGTTGATAGCATTGGTTGAATACTC
AAATTCGAGACTATAGGAGTTTATATCTTTTGCAGTGTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGTG
TATTCGTCACAAGTCGTAATGTTGCACGGGAGTCTAAATGATTTGGTACCTCTTTAAGAC
TTGTTTAGGTGTAAGAGGAGGAAAGTGGTGAAATGATGGCAATCTGATCATTACATTGTT
TGATTCTTCTCTGAACGTAAACAAGTTTACCTCTTCTCTTCTTAGTTACAATCTTAATTG
CAAGATCTTCATCTTGCTTGGGACAGCAGTAGTAGCATCTGGTCTGCTGTCTATTAGTCT
CTAGAGACACAAAAGACATGAAGATTCATAGTGTTGTTAGTCTAATTAGCGGTTTAGAAG
CAAAAGAAGTGTGTGATAGTGTCACTACCAATTGTACCGGCCGGTTTAGTTATTGATTTT
TTTTAAAAAAATGTATTCTCATGATG

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 3

CO CL2419Contig1 662 3 4 U
GGGAAAGAGATTGAAGAACACGACTTACACGACAAAACGAGACAAGAATCCAAGAGAGAA
CACGACGTTAATTAGAAAAAATGTCCATATTCGTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGCCACTT
CTTTGTACGTCTCCTGCACAAACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAAGTTAC
CACGAGGAATATTACCAGAAGGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGGCTTTT
TCAAAGTCTATTTCAACAACACGTGTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAAGTACC
AACCTATCGTCTCTGGCTTCATAAAAAACGGACGGATCAGTAGGCTGATGGGCGTAAGCG
TCAAATTGCTTTACTTCTGGCTCAGCATCGGGGAGGTGACCAGTGACGGCCAAGAACTCG
AACTCTCAGTTGGTGCTGCTTCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAGCCCAC
AGTGTGGTTGTGGGTTTTATTGTCGTGAGCTCAAATTTTCCTTCTAAAGCTAATGGGCCT
CCAAGTTGTTATGAATAAAATAAATAAATAACCACTTTACCTAATAGATTAGACTAAAAC
TCGAGTGGTTTGTGGTGCTATGGATTGGTGACTGAATAAATTGCAGTACTAAAACTTTAT
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1GP18TF U 1
AF RR1AM54JQ C 16
AF RR1AM54TF U 16
BS 1 87 RR1GP18TF
BS 88 88 RR1AM54TF
BS 89 649 RR1GP18TF
BS 650 662 RR1AM54TF

RD RR1GP18TF 649 0 0
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CTTTGTACGTCTCCTGCACAAACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAAGTTAC
CACGAGGAATATTACCAGAAGGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGGCTTTT
TCAAAGTCTATTTCAACAACACGTGTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAAGTACC
AACCTATCGTCTCTGGCTTCATAAAAAACGGACGGATCAGTAGGCTGATGGGCGTAAGCG
TCAAATTGCTTTACTTCTGGCTCAGCATCGGGGAGGTGACCAGTGACGGCCAAGAACTCG
AACTCTCAGTTGGTGCTGCTTCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAGCCCAC
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CCAAGTTGTTATGAATAAAATAAATAAATAACCACTTTACCTAATAGATTAGACTAAAAC
TCGAGTGGTTTGTGGTGCTATGGATTGGTGACTGAATAAATTGCAGTAC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1AM54JQ 647 0 0
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AAAAAATGTCCATATTCGTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGCCACTTCTTTGTACGTCTCCT
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ACAACACGTGTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAAGTACCAACCTATCGTCTCTG
GCTTCATAAAAAACGGACGGATCAGTAGGCTGATGGGCGTAAGCGTCAAATTGCTTTACT
TCTGGCTCAGCATCGGGGAGGTGACCAGTGACGGCCAAGAACTCGAACTCTCAGTTGGTG
CTGCTTCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAGCCCACAGTGTGGTTGTGGGT
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TAAAATAAATAAATAACCACTTTACCTAATAGATTAGACTAAAACTCGAGTGGTTTGTGG
TGCTATGGATTGGTGACTGAATAAATTGCAGTACTAAAACTTTATTC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1AM54TF 647 0 0
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AAAAAATGTCCATATTCGTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGCCACTTCTTTGTACGTCTCCT
GCACAAACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAAGTTACCACGAGGAATATTAC
CAGAAGGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGGCTTTTTCAAAGTCTATTTCA
ACAACACGTGTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAAGTACCAACCTATCGTCTCTG
GCTTCATAAAAAACGGACGGATCAGTAGGCTGATGGGCGTAAGCGTCAAATTGCTTTACT
TCTGGCTCAGCATCGGGGAGGTGACCAGTGACGGCCAAGAACTCGAACTCTCAGTTGGTG
CTGCTTCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAGCCCACAGTGTGGTTGTGGGT
TTTATTGTCGTGAGCTCAAATTTTCCTTCTAAAGCTAATGGGCCTCCAAGTTGTTATGAA
TAAAATAAATAAATAACCACTTTACCTAATAGATTAGACTAAAACTCGAGTGGTTTGTGG
TGCTATGGATTGGTGACTGAATAAATTGCAGTACTAAAACTTTATTC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 4

CO CL2420Contig1 1341 4 6 U
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ATTGGTTTATCTGCGATGATGATCAAACTCTCACCAGATTCGTTGTCATTCAGGGATCCG
AGTCTCTAGCTTCTTGGCAAGCAAACCTACTCTTCGAACCAATCGAATTCGAGGAGCTAG
GTGCGATCGTTCACAGAGGAATATACGAAGCTGCTAAAGGAATGTACGAGCAAATGCTGC
CTGAAGTCAAGGCCCACATCAAAGCCCACGGAAACAGAGCTAAGTTCCGTTTCACCGGGC
ATTCACTCGGCGGAAGCCTGTCTTTACTACTAAACCTAATGCTACTCGTTCGTGGCGAAG
TACCTGCTTCTTCTCTACTCCCGGTTATAACGTTCGGTGCGCCTTTTGTACTATGCGGAG
GCGACGGTCTTCTTAAAAAGCTAGGCTTGCCTAAAAGCCATGTCCAAGCCATCACAATGC
ACCGTGACATCGTCCCGAGAGCCTTCTCTTGTATCTACCCTTACCATGTGGCAGAGCTTC
TCAAAGCTGTTAACGGCAACTTCCGTAGCCATCCTTGTCTCAACAAGCAGAGCATGTTGT
ATTCTCCCATGGGAGAGCTTCTGATCCTTCAGCCTGATGAGTCATTCTCTCCCGGACACG
ATCTGCTTCCTCCGGGAAACGGTTTGTATCTTCTCGAAGATACGGAGGAGGAGGAGGAGG
AAGAGAGGTTGAGAGCCGCGCAGACGGTTTTCTTGAACACGCCGCATCCTCTCGACATTC
TTGGCGACAGGTCGGCTTACGGGTCGAGCGGGACCATACAGAAGGACCATGACATGAACT
CTTATCTGAAAGCGGTTAGGAGTGTGATAAGAAAAGAAGTGAGTCAGATAAGGAGAGCTA
AGAGGGAGCATCACCGGAGTCTCTGGTGGCCTATTGTGGTGGCTAGAGAGAGCGGGAGCT
CGGGGAGACAAATCAACGGTGGTCAGGATTTCTCGGGGATGATGCAGACAGGGAGAAAGT
CGTTGCAGAGGTTTAGCCGCCTTGTGGCGTCTCAGCATATGCCTTTGATTGTTGTTCTGT
TGTTTCCGGTTAAGTTGATGTTCTTTGGAGCTTTCAACGTCTTTAATTTCCGTTGAAAAT
GTTTTGTTTTGTTTTTGGCGGGTTAAAGTCGTTATCGGCTTATACCGGTTTAGACCGGGT
TCTGGTAATGACCAGGTTTAGATCATTCTTTATTCATGTGTATTTTGTTTGTTTGTTGGG
GGGCCCCATTGGAAAGGCTTTTTCTTGTTAGATTCATTGGCTTATGCATAAAGATTGTGG
AAAAGGGACCAATACATTTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1E273TF U 1
AF RR1EZ47JQ C 691
AF RR1CE02JQ C 578
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TACCTGCTTCTTCTCTACTCCCGGTTATAACGTTCGGTGCGCCTTTTGTACTATGCGGAG
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GTTATCGGCTTATACCGGTTTAGACCGGGTTCTGGTAATGACCAGGTTTAGATCATTCTT
CC

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GTGTATTTTGTTTGTTTGTTGGGGGGCCCCATTGGAAAGGCTTTTTCTTGTTAGATTCAT
TGGCTTATGCATAAAGATTGTGGAAAAGGGACCAATACATTTTC

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DS 



AS 1 3

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TTCATGAATACTCCTACTATCTCCTGTTGAGGGAAATCTCCATCTTCCATTTGCGAATTG
ATGATAAGCTTTGCGGCACGGTGAAGAGGTATTGGATCTCTCTCGGCCTGTCCAGCGTGA
ATGAGAGCCAGCATTGCCCAAGCTGTTTGCACAAGGTTGGTTTGTTTCCCTTCTGATGGT
ATGTATCTCTCTTCAGGACATGACAGATAGCTTTCACCCCAACCTCCATCATCTTTTTGT
GTCCTGAGTAAGAACTCAACACCTTTACGCATAGCAAGACTATTTTCATATGTTTTACCA
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GACCTGCTTATCTCTTTTGTCCTGTGGTCCGGATAGAGTTGCTGGAACAGAACCAAAGCT
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TCTGTGGGGTTGAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU17JQ U 1
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AF RR1CU17TF C 158
BS 1 742 RR1CU17JQ
BS 743 791 RR1F018JQ
BS 792 854 RR1CU17TF

RD RR1CU17JQ 742 0 0
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GACCTGCTTATCTCTTTTGTCC

QA 1 742 1 742
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ATTGGATCTCTCTCGGCCTGTCCAGCGTGAATGAGAGCCAGCATTGCCCAAGCTGTTTGC
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QA 1 761 1 761
DS 

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TG
TTTGTCTTAAATATTATGTGAACATTTATTTAGGAAGCTGTAGATGTGGTTGATGAGTTA
AGAAAGGCAGCTTTACGATACTCAGCAAGCGCCCATAATGGGAAGGTGTTTCTGTAGGTA
GCATAGTGTATCAAGCAATTCTTCATGAATACTCCTACTATCTCCTGTTGAGGGAAATCT
CCATCTTCCATTTGCGAATTGATGATAAGCTTTGCGGCACGGTGAAGAGGTATTGGATCT
CTCTCGGCCTGTCCAGCGTGAATGAGAGCCAGCATTGCCCAAGCTGTTTGCACAAGGTTG
GTTTGTTTCCCTTCTGATGGTATGTATCTCTCTTCAGGACATGACAGATAGCTTTCACCC
CAACCTCCATCATCTTTTTGTGTCCTGAGTAAGAACTCAACACCTTTACGCATAGCAAGA
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ATGAAACAAACACCCCAATTCCCATACCATGAACCATCTGGCTTTTGTTCGTTTTCAAGG
AATTGCACCGCTTTCTCGATGGACCTGCTTATCTCTTTTGTCCTGTGGTCCGGATAGAGT
TGCTGGAACAGAACCAAAGCTTGTATAACAGACGAGGTGCACTCCACATACTCACGCTCG
GCCACGAGATTAGCAAGAAATTCTGTGGGGTTGAC

QA 3 697 3 697
DS 



AS 1 4

CO CL2422Contig1 905 4 11 U
GGAGTGGTAGAAGAAAAAAAAAAAAATCTGAAGTAAGGTGTATATGAGATTGAGAAGATA
AAGGGATCGGATCTAGCTCTCTTCTTCTTCTTCTACCTCGTCGATCGAAGAGGTTACGGC
AAAATTATGGACAAAGGCAAAGCAGTGATGGGTACTGGTCGGAGATGGGCCGTGGATTTC
TCCGACCAATCTACTGTTCCATCTACCCGCGACATCCTCGACCCATCTGGCTTCTCTCGT
GCTTCTCCCGAACAGGATGATTCAGCAACGAGCCGCCAAAAGAAAGACGCTGAAGCTAAT
TGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAAGTAGCGCAGTCTCCGTTTAAGAATCTGATGATGATG
GGGTTCATGATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATCTCTTTAGCATTGGTATTACTTTC
TCTGCTCTTTGGCAGCCTCTTAGCGCCCTCCAGAGTGTTGGCAAGATTTTTGAGCCATTC
AAGGATAACAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGTGTTTCTTGCCCTTAACCTTGGA
GGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAACACTTTGGGGCTTCTTCCAACACATGCATCA
GACTGGGTTTCATCTCTACCCCCTCCTCAGGAGGTTGAACACTCTGGTGGAGGATTTGTT
TTCCACTGATAAGCAAGTCTCTGTCTCTGTCTCGTATTTTAAATAATCCGCCAAAACTGG
GAAGATGATGAAGACATTTTTTGTGAGATAACCGCCAGAGAAACTTAAATGATTTAGTTA
CAAAAAAAAAAAGAAACTTAAATGATTTGTTTAAACCTGTCATGAGGGGAAGATTTATAT
GAACCTCTTCTTGTAGCTTTTTCAAAAACATTCAGAAACCATTTAGCTTTTTTTTTTCAC
TTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1FI16TF U 1
AF RR1ES70TF U 4
AF RR1ES70JQ C 185
AF RR1FI16JQ C 237
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RD RR1FI16TF 710 0 0
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GCTTCTCCCGAACAGGATGATTCAGCAACGAGCCGCCAAAAGAAAGACGCTGAAGCTAAT
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TCTGCTCTTTGGCAGCCTCTTAGCGCCCTCCAGAGTGTTGGCAAGATTTTTGAGCCATTC
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GGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAACACTTTGGGGCTTCTTCCAACACATG***CA
GACTGGGTTTCATCTCTACCCCCTCCTCAGGAGGTTGAACACTCTGGTGGAGGATTTGTT
TTCCACTGATAAGCAAGTCTCTGTCTCTGTCTCGTATTTTAAATAATCCG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1ES70TF 695 0 0
GGAGA
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GGACAAAGGCAAAGCAGTGATGGGTACTGGTCGGAGATGGGCCGTGGATTTCTCCGACCA
ATCTACTGTTCCATCTACCCGCGACATCCTCGACCCATCTGGCTTCTCTCGTGCTTCTCC
CGAACAGGATGATTCAGCAACGAGCCGCCAAAAGAAAGTCGCTGAAGCTAATTGGAAACT
TCAGAAAGCATGGGAAGTAGCGCAGTCTCCGTTTAAGAATCTGATGATGATGGGGTTCAT
GATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATCTCTTTAGCATTGGTATTACTTTCTCTGCTCT
TTGGCAGCCTCTTAGCGCCCTCCAGAGTGTTGGCAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAA
CAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGTGTTTCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGC
TTTGGGTATCTGGAAGCTCAACACTTTGGGGCTTCTTCCAACACATGCATCAGACTGGGT
TTCATCTCTACCCCCTCCTCAGGAGGTTGAACACTCTGGTGGAGGATTTGTTTTCCACTG
ATAAGCAAGTCTCTGTCTCTGTCTCGTATT

QA 6 695 6 695
DS 

RD RR1ES70JQ 696 0 0
ACCAATCTACTGTTCCATCTACCCGCGACATCCTCGACCCATCTGGCTTCTCTCGTGCTT
CTCCCGAACAGGATGATTCAGCAACGAGCCGCCAAAAGAAAGTCGCTGAAGCTAATTGGA
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TCATGATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATCTCTTTAGCATTGGTATTACTTTTTCTG
CTCTTTGGCAGCCTCTTAGCGCCCTCCAGAGTGTTGGCAAGATTTTTGAGCCATTCAAGG
ATAACAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGTGTTTCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCT
TAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAACACTTTGGGGCTTCTTCCAACACATGCATCAGACT
GGGTTTCATCTCTACCCCCTCCTCAGGAGGTTGAACACTCTGGTGGAGGATTTGTTTTCC
ACTGATAAGCAAGTCTCTGTCTCTGTCTCGTATTTTAAATAATCCGCCAAAACTGGGAAG
ATGATGAAGACATTTTTTGTGAGATAACCGCCAGAGAAACTTAAATGATTTAGTTACAAA
AAAAAAAAGAAACTTAAATGATTTGTTTAAACCTGTCATGAGGGGAAGATTTATATGAAC
CTCTTCTTGTAGCTTTTTCAAAAACATTCAGAAACC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1FI16JQ 669 0 0
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TAATTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAAGTAGCGCAGTCTCCGTTTAAGAATCTGATGAT
GATGGGGTTCATGATGTGGATGGCTGGCAACACTGTTCATTTCTTTAGCATTGGTATTAC
TTTTTTTGCTCTTTGGCAGCCTTTTAGCGCCCTCCAGAGTGTTGGCAAGATTTTTGAGCC
ATTCAAGGATAACAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGTGTTTCTTGCCCTTAACCT
TGGAGGCTTAGCTTTGGGTATTTGGAAGCTCAACACTTTGGGGCTTTTTCCAACACATG*
**CAGACTGGGTTTCATCTCTACCCCCTCCTCAGGAGGTTGAACACTTTGGTGGAGGATT
TGTTTTCCACTGATAAGCAAGTTTCTGTTTCTGTCTCGTATTTTAAATAATCCGCCAAAA
CTGGGAAGATGATGAAGACATTTTTTGTGAGATAACCGCCAGAGAAACTTAAATGATTTA
GTTACAAAAAAAAAAAGAAACTTAAATGATTTGTTTAAACCTGTCATGAGGGGAAGATTT
ATATGAACCTCTTCTTGTAGCTTTTTCAAAAACATTCAGAAACCATTTAGCTTTTTTTTT
TCACTTTTT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 4

CO CL2423Contig1 1149 4 6 U
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ACATAGAGCTCGCGAGGTCTTTTCTTCGCCTTGTCCTCTTCTTCTGATATCACGTCGCCC
TCTGTTCATCTCGGCGACAACCCAATTCGCTACGAGTCACGGGAAGACTTATGCTTCTTG
TAATCCTCCGAAAGTTTCTTCCTTTCCTCTCAAATCGATCTCACTGGGAGTGCAAAGGAG
GACGATGTTTATACAAACACAGTCAACACCAAACCCTTCTTCTCTGATGTTTAGTCCTGG
AAAACCAGTCATGGAAGTGGGAAGCGCAGACTTCCCTAATTCTCGTTCAGCTATGACTTC
ACCTTTGGCCAAAGCCATCTTCTCCATTGATGGTGTTGTTAGAGTTTTCTTCGGATCAGA
TTTTGTCACTGTGACAAAGTCAGACTATGTGACGTGGGACTTCCTCAAGCCTGAAGTGTT
TGCAGTGGTAATGGACTTCTACTCCTCTGGCCAGCCTTTGTTTCTAGACTCACAATTTGC
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TGGGTTTGATACGGAAACTGGGATAGTTAAGCTTAGAATGCAAGGAGCTTGTAGCGGTTG
TCCAAGTTCATCTGTTACTTTGAAATCAGGGATTGAGAATATGCTGATGCATTATATATC
CGAGGTCAAAGGTGTTGAGCAAGAGTTTGATGGTGAAGAGGAGGGAACTTCGTCTGGGCC
ACTGGAGTAGAGTAACAGAAGCAACTCTTCAGTATACCACAAGAAGAATAAAACCAGAGG
TGCATTACCTTTGTCTTCTCATGAACTTGTCAGCCTTCTTTATGCTGTTTATTCTTATTC
AAACCTCATGATTTAGTCCCAAATATTTCATTATTATTGGATCATATGGCTCTTATTGAG
AGTGTAAAGATTTGTAGCCAAAGGTTGAGTAGAAGTATTTGCTGATTTAAGTTCATTTTG
GTTTTAACT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G537TF U 129
AF RR1G139TF U 1
AF RR1BF94TF U 1
AF RR1BF94JQ C 403
BS 1 176 RR1BF94TF
BS 177 177 RR1G537TF
BS 178 363 RR1BF94TF
BS 364 364 RR1G139TF
BS 365 754 RR1BF94TF
BS 755 1149 RR1BF94JQ

RD RR1G537TF 192 0 0
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TCTCGGCGACAACCCAATTCGCTACGAGTCACGGGAAGACTTATGCTTCTTGTAATCCTC
CGAAAGTTTCTTCCTTTCCTCTCAAATCGATCTCACTGG*AGTGCAAAGGAGGACGATGT
TTATACAAACAC

QA 1 192 1 192
DS 

RD RR1G139TF 653 0 0
GGGATCACCATTCCCACGACACGAGTAGCTTGTTTCTTCCGCCTATCCGATTTGCGATTC
TCCGACGAAAGCTCAAGCAACGATGAAAGGGATAACGAGGCTTCTAAATTCTCTTTCGAG
ACATAGAGCTCGCGAGGTCTTTTCTTCGCCTTGTCCTCTTCTTCTGATATCACGTCGCCC
TCTGTTCATCTCGGCGACAACCCAATTCGCTACGAGTCACGGGAAGACTTATGCTTCTTG
TAATC*TCCGAAAGTTTCTTCCTTTCCTCTCAAATCGATCTCACTGGGAGTGCAAAGGAG
GACGATGTTTATACAAACACAGTCAACACCAAACCCTTCTTCTCTGATGTTTAGTCCTGG
AAAACCAGTCATGGAAGTGGGAAGCGCAGACTTCCCTAATTCTCGTTCAGCTATGACTTC
ACCTTTGGCCAAAGCCATCTTCTCCATTGATGGTGTTGTTAGAGTTTTCTTCGGATCAGA
TTTTGTCACAGTGACAAAGTCAGACTATGTGACGTGGGACTTCCTCAAGCCTGAAGTGTT
TGCAGTGGTAATGGACTTCTACTCCTCTGGCCAGCCTTTGTTTCTAGACTCACAAGTTGC
AGCTGCCAAGGATACTGCCGTTAACGAGGATGACTCTGAAACTGTAGCAATGA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1BF94TF 754 0 0
GGGATCACCATTCCCACGACACGAGTAGCTTGCTTCTTCCGCCTATCCGATTTGCGATTC
TCCGACGAAAGCTCAAGCAACGATGAAAGGGATAACGAGGCTTCTAAATTCTCTTTCGAG
ACATAGAGCTCGCGAGGTCTTTTCTTCGCCTTGTCCTCTTCTTCTGATATCACGTCACCC
TCTGTTCATCTCGGCGACAACCCAATTCGCTACGAGTCACGGGAAGACTTATGCTTCTTG
TAATCCTCCGAAAGTTTCTTCCTTTCCTCTCAAATCGATCTCACTGGGAGTGCAAAGGAG
GACGATGTTTATACAAACACAGTCAACACCAAACCCTTCTTCTCTGATGTTTAGTCCTGG
AAACCCAGTCATGGAAGTGGGAAGCGCAGACTTCCCTAATTCTCGTTCAGCTATGACTTC
ACCTTTGGCCAAAGCCATCTTCTCCATTGATGGTGTTGTTAGAGTTTTCTTCGGATCAGA
TTTTGTCACTGTGACAAAGTCAGACTATGTGACGTGGGACTTCCTCAAGCCTGAAGTGTT
TGCAGTGGTAATGGACTTCTACTCCTCTGGCCAGCCTTTGTTTCTAGACTCACAATTTGC
AGCTGCCAAGGATACTGCCGTTAACGAGGATGACTCTGAAACTGTAGCAATGATCAAGGA
ACTCTTGGAGACTCGCATCCGACCATCAGTCCAAGATGATGGAGGAGACATCGAGTATTG
TGGGTTTGATACGGAAACTGGGATAGTTAAGCTT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1BF94JQ 747 0 0
TCGTTCAGCTATGACTTCACCTTTGGCCAAAGCCATCTTCTCCATTGATGGTGTTGTTAG
AGTTTTCTTCGGATCAGATTTTGTCACTGTGACAAAGTCAGACTATGTGACGTGGGACTT
CCTCAAGCCTGAAGTGTTTGCAGTGGTAATGGACTTCTACTCCTCTGGCCAGCCTTTGTT
TCTAGACTCACAATTTGCAGCTGCCAAGGATACTGCCGTTAACGAGGATGACTCTGAAAC
TGTAGCAATGATCAAGGAACTCTTGGAGACTCGCATCCGACCATCAGTCCAAGATGATGG
AGGAGACATCGAGTATTGTGGGTTTGATACGGAAACTGGGATAGTTAAGCTTAGAATGCA
AGGAGCTTGTAGCGGTTGTCCAAGTTCATCTGTTACTTTGAAATCAGGGATTGAGAATAT
GCTGATGCATTATATATCCGAGGTCAAAGGTGTTGAGCAAGAGTTTGATGGTGAAGAGGA
GGGAACTTCGTCTGGGCCACTGGAGTAGAGTAACAGAAGCAACTCTTCAGTATACCACAA
GAAGAATAAAACCAGAGGTGCATTACCTTTGTCTTCTCATGAACTTGTCAGCCTTCTTTA
TGCTGTTTATTCTTATTCAAACCTCATGATTTAGTCCCAAATATTTCATTATTATTGGAT
CATATGGCTCTTATTGAGAGTGTAAAGATTTGTAGCCAAAGGTTGAGTAGAAGTATTTGC
TGATTTAAGTTCATTTTGGTTTTAACT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 4

CO CL2424Contig1 913 4 9 U
GGGGCTAATAATATTGAAGAAATGTTACCAAAATGTCTACCGAGGAAGGCATATACTACT
CCAGTTTCACTGGATTTGAGCCGTAATGAAGATATCAAAACCATTCCAGACTGCATCAAA
CATATCTCTCAACTTCATAAGCTTGTTATTGGAGAATGCAGGAAGCTCACGTCACTTCCA
CAGCTTCCAGAATCGCTTTCAGAGCTAAATGCACAAGAGTGTGCGTCGCTTGAGAGAATA
CATGGTTCGTTTCACAATCCAGGCATCTGTCTCAATTTTGCAAACTGCTTGAGACTCAGC
AGCGAAGCGAGAGAGCTCATATGTGCATCACCTAGCAGATACGCAATCTTACCTGTTGAA
GAAGCAGTGGTACAAAAACCCTTTCCTCGATTCTTGAGATATAACTATAAGGCTTGCATT
AGGCTTGTGGCTCGGTCAGCTGTCTATGACGATGACTCTGGTGGTATTGCTCGTGTAGCT
TGTTGCATCAGGCGCAAATGCGATGGCAGTGTTGTGAGAGATGAATCGAGACAGTCACAC
ATACCTGTACTTGTGATAGATCATCCCTTTACATTTGGAGGTTCTTTGATCCTAAACAAA
GGCAATGAACCTGAAGTAGATGCAACATTCAGCGAGCTTATGTTCGATTTCAAGGCCAAC
ATTAAAATGGAGATTATAGGATGTCATTTTACAGTTCTTGGGGGCAAAGGGGACTATGCT
ACATATTCTAGATGGAATGAAGAAGCTTCAAGGCTGCAAGATTAAAAATAAATAAATAAA
TAAATAAATAAAAAGATAAAGCCATGAAACAGAGAACAAAGATAGGATCCTCAATGAAGA
AGATTGTTCTGTTTTTTGAATTTAGTAAGTTGTTGTTACATATTTTTATAAGATCCAAAC
GTTTATTTTATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CC34TF U 1
AF RR1GW61TF U 1
AF RR1CC34JQ C 180
AF RR1GW61JQ C 344
BS 1 565 RR1CC34TF
BS 566 566 RR1GW61TF
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BS 651 654 RR1GW61TF
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BS 656 711 RR1GW61TF
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RD RR1CC34TF 650 0 0
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CATGGTTCGTTTCACAATCCAGGCATCTGTCTCAATTTTGCAAACTGCTTGAGACTCAGC
AGCGAAGCGAGAGAGCTCATATGTGCATCACCTAGCAGATACGCAATCTTACCTGTTGAA
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AGGCTTGTGGCTCGGTCAGCTGTCTATGACGATGACTCTGGTGGTATTGCTCGTGTAGCT
TGTTGCATCAGGCGCAAATGCGATGGCAGTGTTGTGAGAGATGAATCGAGACAGTCACAC
ATACCTGTACTTGTGATAGATCATCTCTTTACATTTGGAGGTTCTTTGATCCTAAACAAA
GGCAATGAACCTGAAGTAGATGCAACATTCAGCGAGCTTATGTTCGATTT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1GW61TF 760 0 0
GGGGCTAATAATATTGAAGAAATGTTACCAAAATGTCTACCGAGGAAGGCATATACTACT
CCAGTTTCACTGGATTTGAGCCGTAATGAAGATATCAAAACCATTCCAGACTGCATCAAA
CATATCTCTCAACTTCATAAGCTTGTTATTGGAGAATGCAGGAAGCTCACGTCACTTCCA
CAGCTTCCAGAATCGCTTTCAGAGCTAAATGCACAAGAGTGTGCGTCGCTTGAGAGAATA
CATGGTTCGTTTCACAATCCAGGCATCTGTCTCAATTTTGCAAACTGCTTGAGACTCAGC
AGCGAAGCGAGAGAGCTCATATGTGCATCACCTAGCAGATACGCAATCTTACCTGTTGAA
GAAGCAGTGGTACAAAAACCCTTTCCTCGATTCTTGAGATATAACTATAAGGCTTGCATT
AGGCTTGTGGCTCGGTCAGCTGTCTATGACGATGACTCTGGTGGTATTGCTCGTGTAGCT
TGTTGCATCAGGCGCAAATGCGATGGCAGTGTTGTGAGAGATGAATCGAGACAGTCACAC
ATACCTGTACTTGTGATAGATCATCCCTTTACATTTGGAGGTTCTTTGATCCTAAACAAA
GGCAATGAACCTGAAGTAGATGCAACATTCAGCGAGCTTATGTTCGATTTCAAG*CCAAC
ATTAAAATGGAGATTATAGGATGTCATTTTACAGTTCTTGGGGGCAAAGGG*ACTATGCT
ACATATTCTAGATGGAATGAAGAAGCTTCAAG
CTGCAGAT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1CC34JQ 734 0 0
CACAGC
TCCAGAATCGCTTTCAGAGCTAAATGCACAAGAGTGTGCGTCGCTTGAGAGAATACATGG
TTCGTTTCACAATCCAGGCATCTGTCTCAATTTTGCAAACTGCTTGAGACTCAGCAGCGA
AGCGAGAGAGCTCATATGTGCATCACCTAGCAGATACGCAATCTTACCTGTTGAAGAAGC
AGTGGTACAAAAACCCTTTCCTCGATTCTTGAGATATAACTATAAGGCTTGCATTAGGCT
TGTGGCTCGGTCAGCTGTCTATGACGATGACTCTGGTGGTATTGCTCGTGTAGCTTGTTG
CATCAGGCGCAAATGCGATGGCAGTGTTGTGAGAGATGAATCGAGACAGTCACACATACC
TGTACTTGTGATAGATCATCTCTTTACATTTGGAGGTTCTTTGATCCTAAACAAAGGCAA
TGAACCTGAAGTAGATGCAACATTCAGCGAGCTTATGTTCGATTTCAAGGCCAACATTAA
AATGGAGATTATAGGATGTCATTTTACAGTTCTTGGGGGCAAAGGGGACTATGCTACATA
TTCTAGATGGAATGAAGAAGCTTCAAGGCTGCAAGATTAAAAATAAATAAATAAATAAAT
AAATAAAAAGATAAAGCCATGAAACAGAGAACAAAGATAGGATCCTCAATGAAGAAGATT
GTTCTGTTTTTTGAATTTAGTAAGTTGTTGTTACATATTTTTATAAGATCCAAACGTTTA
TTTTATCC

QA 7 734 7 734
DS 

RD RR1GW61JQ 570 0 0
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ACTATAAGGCTTGCATTAGGCTTGTGGCTCGGTCAGCTGTCTATGACGATGACTCTGGTG
GTATTGCTCGTGTAGCTTGTTGCATCAGGCGCAAATGCGATGGCAGTGTTGTGAGAGATG
AATCGAGACAGTCACACATACCTGTACTTGTGATAGATCATCCCTTTACATTTGGAGGTT
CTTTGATCCTAAACAAAGGCAATGAACCTGAAGTAGATGCAACATTCAGCGAGCTTATGT
TCGATTTCAAGGCCAACATTAAAATGGAGATTATAGGATGTCATTTTACAGTTCTTGGGG
GCAAAGGGGACTATGCTACATATTCTAGATGGAATGAAGAAGCTTCAAGGCTGCAAGATT
AAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAAAGATAAAGCCATGAAACAGAGAACAAAGAT
AGGATCCTCAATGAAGAAGATTGTTCTGTTTTTTGAATTTAGTAAGTTGTTGTTACATAT
TTTTATAAGATCCAAACGTTTATTTTATCC

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 4

CO CL2425Contig1 829 4 6 U
CTCACACTGAAAATATATATATTAAAACAAGCAATATTACAGACCGGCAATTACAGTAAT
TCCGGCGGTCAAGAGCCGGCGGACTACACCTCAGTCCCCGAAAACATCAGCCCATAGATG
GGAAATAAAGATTAAACATAACCAAACAGACAACCTTTGATACAAGAACCCTTAATGAAC
AAACCGATAATTCTAATAAGACTTAGAAATTATGGAGCTTTGCATGTGGTCATCAAGAGA
ATCTTTGAGAGTAATGATACGATGGATCCAAGTCTTGAAAAGTCCACCGACAAAAGATTC
CTCCTATAGTGAATAGCACAGCCAGATAAGAACCAAAGCTTCATGAACCGGCAAGAGAAC
TGGAAGGTGTGGAAACGGTATTTCACCGTCATGAACCACCACAAGGAAGCTTGACGAAAT
GAACGATCTCGATCAGACCGAATAGTTGATGACAAGGAGCGAATACGCAACTCCAGATTC
CACAGCTCAGAAAGAACCAAGCAAAGCAGAAAATCGAACCAGAGAAGCAACAAAGAGGAC
TCGAGACCAACATGCAGAGCAATCAACCAAAATCTCAAAGTAAAACAGAACACTAATCCA
AAAGAGTTTTGAGAAGAGGGGACAATCGATGAGATCTATCCCAAGAACGCCAAAAGAGAG
AATCAAATGAGAGACCGGCTCCGGTGCTAAGAAAGCCACCGAAGCCGACGAACACCGCCA
GAGATCGAGATCAGAAGAAAACTAGAGAGAATGAGGAGGAAAAAGGAGAAAGAGAAGGTT
ATGTTATATCAAGTGATAGTATGCTAAATTATAACATGTACCATAAAAA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS25JQ U 3
AF RR1FJ11JQ U 1
AF RR1DS25TF C 108
AF RR1FJ11TF C 159
BS 1 71 RR1FJ11JQ
BS 72 72 RR1DS25JQ
BS 73 367 RR1FJ11JQ
BS 368 368 RR1DS25JQ
BS 369 764 RR1FJ11JQ
BS 765 829 RR1DS25TF

RD RR1DS25JQ 662 0 0
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CGGCGGTCAAGAGCCGGCGGACTACACCTCAGTCCCCGAAAACATCAGCCCATAGATGGG
AAATAAAGATTAAACATAACCAAACAGACAACCTTTGATACAAGAACCCTTAATGAACAA
ACCGATAATTCTAATAAGACTTAAAAATTATGGAGCTTTGCATGTGGTCATCAAGAGAAT
CTTTGAGAGTAATGATACGATGGATCCAAGTCTTGAAAAGTCCACCGACAAAAGATTCCT
CCTATAGTGAATAGCACAGCCAGATAAGAACCAAAGCTTCATGAACCGGCAAGAGAACTG
GAAGGTGTGGAAACGGTATTTCACCGTCATGAACCACCACAAGGAAGCTTGACGAAATGA
ACGATCTCGATCAGACCGAATAGTTGATGACAAGGAGCGAATACGCAACTCCAGATTCCA
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GAGACCAACATGCAGAGCAATCAACCAAAATCTCAAAGTAAAACAGAACACTAATCCAAA
AGAGTTTTGAGAAGAGGGGACAATCGATGAGATCTATCCCAAGAACGCCAAAAGAGAGAA
TC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1FJ11JQ 764 0 0
CTCACACTGAAAATATATATATTAAAACAAGCAATATTACAGACCGGCAATTACAGTAAT
TCCGGCGGTCAGGAGCCGGCGGACTACACCTCAGTCCCCGAAAACATCAGCCCATAGATG
GGAAATAAAGATTAAACATAACCAAACAGACAACCTTTGATACAAGAACCCTTAATGAAC
AAACCGATAATTCTAATAAGACTTAGAAATTATGGAGCTTTGCATGTGGTCATCAAGAGA
ATCTTTGAGAGTAATGATACGATGGATCCAAGTCTTGAAAAGTCCACCGACAAAAGATTC
CTCCTATAGTGAATAGCACAGCCAGATAAGAACCAAAGCTTCATGAACCGGCAAGAGAAC
TGGAAGGGGTGGAAACGGTATTTCACCGTCATGAACCACCACAAGGAAGCTTGACGAAAT
GAACGATCTCGATCAGACCGAATAGTTGATGACAAGGAGCGAATACGCAACTCCAGATTC
CACAGCTCAGAAAGAACCAAGCAAAGCAGAAAATCGAACCAGAGAAGCAACAAAGAGGAC
TCGAGACCAACATGCAGAGCAATCAACCAAAATCTCAAAGTAAAACAGAACACTAATCCA
AAAGAGTTTTGAGAAGAGGGGACAATCGATGAGATCTATCCCAAGAACGCCAAAAGAGAG
AATCAAATGAGAGACCGGCTCCGGTGCTAAGAAAGCCACCGAAGCCGACGAACACCGCCA
GAGATCGAGATCAGAAGAAAACTAGAGAGAATGAGGAGGAAAAA

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1DS25TF 722 0 0
CAGCCCATAGATGG*AAATAAAGATTAAACATAACCAAACAGACAACCTTTGATACAAGA
ACCCTTAATGAACAAACCGATAATTCTAATAAGACTTAGAAATTATGGAGCTTTGCATGT
GGTCATCAAGAGAATCTTTGAGAGTAATGATACGATGGATCCAAGTCTTGAAAAGTCCAC
CGACAAAAGATTCCTCCTATAGTGAATAGCACAGCCAGATAAGAACCAAAGCTTCATGAA
CCGGCAAGAGAACTGGAAGGTGTGGAAACGGTATTTCACCGTCATGAACCACCACAAGGA
AGCTTGACGAAATGAACGATCTCGATCAGACCGAATAGTTGATGACAAGGAGCGAATACG
CAACTCCAGATTCCACAGCTCAGAAAGAACCAAGCAAAGCAGAAGATCGAACCAGAGAAG
CAACAAAGAGGACTCGAGACCAACATGCAGAGCAATCAACCAAAATCTCAAAGTAAAACA
GAACACTAATCCAAAAGAGTTTTGAGAAGAGGGGACAATCGATGAGATCTATCCCAAGAA
CGCCAAAAGAGAGAATCAAATGAGAGACCGGCTCCGGTGCTAAGAAAGCCACCGAAGCCG
ACGAACACCGCCAGAGATCAAGATCAGAAGAAAACTAGAGAGAATGAGGAGGAAAAAGGA
GAAAGAGAAGGTTATGTTATATCAAGTGATAGTATGCTAAATTATAACATGTACCATAAA
AA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1FJ11TF 641 0 0
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TTTGCATGTGGTCATCAAGAGAATCTTTGAGAGTAATGATACGATGGATCCAAGTCTTGA
AAAGTCCACCGACAAAAGATTCCTCCTATAGTGAATAGCACAGCCAGATAAGAACCAAAG
CTTCATGAACCGGCAAGAGAACTGGAAGGTGTGGAAACGGTATTTCACCGTCATGAACCA
CCACAAGGAAGCTTGACGAAATGAACGATCTCGATCAGACCGAATAGTTGATGACAAGGA
GCGAATACGCAACTCCAGATTCCACAGCTCAGAAAGAACCAAGCAAAGCAGAAAATCGAA
CCAGAGAAGCAACAAAGAGGACTCGAGACCAACATGCAGAGCAATCAACCAAAATCTCAA
AGTAAAACAGAACACTAATCCAAAAGAGTTTTGAGAAGAGGGGACAATCGATGAGATCTA
TCCCAAGAACGCCAAAAGAGAGAATCAAATGAGAGACCGGCTCCGGTGCTAAGAAAGCCA
CCGAAGCCGACGAACACCGCCAGAGATCGAGATCAGAAGAAAACTAGAGAGAATGAGGAG
GAAAAAGGAGAAAGAGAAGGTTATGTTATATCAAGTGAT
CC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 4

CO CL2426Contig1 681 4 7 U
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TATCAAAGCACACAAAGAGGGATCAAAGACAGTATTATAGTACTATGTAATGATCTCTTT
AGTTTTACGCCTACCTTGATCTGCGCTTCGGTGGCCTTTTCCTCGGATTATTCTTCTTCC
CCGGCGGTTTCTTCCCAAACGCAGTGCAGCAACCGCATGTCGAGAGTCTCGGAAACGGCG
GATCCACCGCAGGAGACACTCTTCCGGTCGTTCGGTGATGCCGCGGAGCTCCTCCGCCGT
TAGATCGACTCCTCTCGAGTCCTCCAGCTGTTGGTGGTGGTACACTTGTTTTGATTGGCC
TGAGCTTGTCTTTCTCGTCTCCGGCGATTGGTTTCTCTTGCTCTGTGCCTTCAGACATAG
GCTTAGGCTGTTCCTCCCGTTGACTTTCGTCTTTCTGCTCCGTGGCTTGTTTGTTAAGCT
CGGCGATGACACGGTCGTCAAAGACTATGCCGGAAGATCCTTGACGGCGGAAGGAGATGG
TTGATCTTTGAAGACCCTCCATGGCTCTTTCTCTCTCTCTCGATCTTGATTTTCTTTGTT
TTTTCGTTTCTTTTGAGCTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FH94TF C 1
AF RR1FH94JQ U 10
AF RR1DQ49JQ U 12
AF RR1DQ49TF C 22
BS 1 11 RR1FH94TF
BS 12 328 RR1FH94JQ
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RD RR1FH94TF 659 0 0
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TATCAAAGCACACAAAGAGGGATCAAAGACAGTATTATAGTACTATGTAATGATCTCTTT
AGTTTTACGCCTACCTTGATCTGCGCTTCGGTGGCCTTTTCCTCGGATTATTCTTCTTCC
CCGGCGGTTTCTTCCCAAACGCAGTGCAGCAACCGCATGTCGAGAGTCTCGGAGACGGCG
GATCCACCGCAGGAGACACTCTTCCGGTTGTTCGGTGATGCCGCGGAGCTCCTCCGCCGT
TAGATCGACTCCTCTCGAGTCCTCCAGCTGTTGGTGGTGGTACACTTGTTTTGATTGGCC
TGAGCTTGTCTTTCTCGTCTCCGGCGATTGGTTTCTCTTGCTCTGTGCCTTCAGACATAG
GCTTAGGCTGTTCCTCCCGTTGACTTTCGTCTTTCTGCTCGGTGGCTTGTTTGTTAAGCT
CGGCGATGACACGGTCGTCAAAGACTATGCCGGAAGATCCTTGACGGCGGAAGGAGATGG
TTGATCTTTGAAGACCCTCCATGGCTCTTTCTCTCTCTCTCGATCTTGATTTTCTTT
CC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1FH94JQ 650 0 0
GT
CTGAAAAAAAAAAAGACAGCTAATTTACAATCAAACATAAAAATTCAAAAGTATTGCGCG
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ACAAAGAGGGATCAAAGACAGTATTATAGTACTATGTAATGATCTCTTTAGTTTTACGCC
TACCTTGATCTGCGCTTCGGTGGCCTTTTCCTCGGATTATTCTTCTTCCCCGGCGGTTTC
TTCCCAAACGCAGTGCAGCAACCGCATGTCGAGAGTCTCGGAAACGGCGGATCCACCGCA
GGAGACACTCTTCCGGTTGTTCGGTGATGCCGCGGAGCTCCTCCGCCGTTAGATCGACTC
CTCTCGAGTCCTCCAGCTGTTGGTGGTGGTACACTTGTTTTGATTGGCCTGAGCTTGTCT
TTCTCGTCTCCGGCGATTGGTTTCTCTTGCTCTGTGCCTTCAGACATAGGCTTAGGCTGT
TCCTCCCGTTGACTTTCGTCTTTCTGCTCGGTGGCTTGTTTGTTAAGCTCGGCGATGACA
CGGTCGTCAAAGACTATGCCGGAAGATCCTTGACGGCGGAAGGAGATGGTTGATCTTTGA
AGACCCTCCATGGCTCTTTCTCTCTCTCTCGATCTTGATTTTCTTT
CC

QA 3 648 3 648
DS 

RD RR1DQ49JQ 599 0 0
CTGAAAAAAAAAAAGACAGCTAATTTACAATCAAACATAAAA*TTCAAAAGTATTGCGCG
ATCTATAAGCTTTAACGGGAGAGATTCGAAAAATGAAAATTAAAGATTGTATCAAAGCAC
ACAAAGAGGGATCAAAGACAGTATTATAGTACTATGTAATGATCTCTTTAGTTTTACGCC
TACCTTGATCTGCGCTTCGGTGGCCTTTTCCTCGGATTATTCTTCTTCCCCGGCGGTTTC
TTCCCAAACGCAGTGCAGCAACCGCATGTCGAGAGTCTCGGAAACGGCGGATCCACCGCA
GGAGACACTCTTCCGGTCGTTCGGTGATGCCGCGGAGCTCCTCCGCCGTTAGATCGACTC
CTCTCGAGTCCTCCGGCTGTTGGTGGTGGTACACTTGTTTTGATTGGCCTGAGCTTGTCT
TTCTCGTCTCCGGCGATTGGTTTCTCTTGCTCTGTGCCTTCAGACATAGGCTTAGGCTGT
TCCTCGCGTTGACTTTCGTCTTTC*GCTCCGTTGCTTGTTTGTTAAGCTCGGCGATGACA
CGGTCGTCAAAGACTATGCCGGAAGATCCTTGACGGCGGAAGGAGATGGTTGATCTTTG

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1DQ49TF 660 0 0
AAAAGACAGCTAATTTACAATCAAACATAAAA*TTCAAAAGTATTGCGCGATCTATAAGC
TTTAACGGGAGAGATTCGAAAAATGAAAATTAAAGATTGTATCAAAGCACACAAAGAGGG
ATCAAAGACAGTATTATAGTACTATGTAATGATCTCTTTAGTTTTACGCCTACCTTGATC
TGCGCTTCGGTGGCCTTTTCCTCGGATTATTCTTCTTCCCCGGCGGTTTCTTCCCAAACG
CAGTGCAGCAACCGCATGTCGAGAGTCTCGGAGACGGCGGATCCACCGCAGGAGACACTC
TTCCGGTCGTTCGGTGATGCCGCGGAGCTCCTCCGCCGTTAGATCGACTCCTCTCGAGTC
CTCCGGCTGTTGGTGGTGGTACACTTGTTTTGATTGGCCTGAGCTTGTCTTTCTCGTCTC
CGGCGATTGGTTTCTCTTGCTCTGTGCCTTCAGACATAGGCTTAGGCTGTTCCTCGCGTT
GACTTTCGTCTTTC*GCTCCGTTGCTTGTTTGTTAAGCTCGGCGATGACACGGTCGTCAA
AGACTATGCCGGAAGATCCTTGACGGCGGAAGGAGATGGTTGATCTTTGAAGACCCTCCA
TGGCTCTTTCTCTCTCTCTCGATCTTGATTTTCTTTGTTTTTTCGTTTCTTTTGAGCTCC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 4

CO CL2427Contig1 988 4 10 U
GGGGAACTTTCCGGTTGGTGGGTTAAGTCCCTTGAGCGAAGCCATATGGAGAGAGAAAAC
ACCTACGGAGTTCGTTGGAGATGTGTCCGCGAGGCTTACTTGGCAAGATCTGACGGTGAT
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ACCGGGTACTCTAACGGCTCTCATGGGTCCTTCCGGATCAGGAAAATCTACTATGCTCGA
CGCTCTGGCTAGCCGCCTCGCCGCTAACGCTTTTCTCTCCGGCACCGTTCTTCTTAACGG
CCATAAAACCAAACTCTCCTTTGGCACAGCTGTTAGTACCATTTTATTACACATCTTTAA
AACTACTCCCTCCGTTTCAATATACTTGATGTTTTAAAGAAGTTTTGTTGTTTCATAATA
GATGATGTTTGCACAAATCTATGTAACTTTAACTTTATCAAAAACTGTGTAACCAATTGA
ATTTTAATTATTTCTATTTATAATTAAATAAATTAGTTTTAAATTGTAATTTAATACTCC
CTCTGTTTTTTAAAGATACATATTTTAGACTTTTCACATATATTAAGAAATCACATTAAA
AATGTATTGATTTTTGTGAATAACAATTTTCCATAATCTTTAACCAATAAAAATCCAATA
AACACAATTAATTTTCTTGAAGCTAACAGATTTTCATTAAATAATACATTGAAAAAGTAA
AAAATGTATCTTTTTAAAACAAATTTTTTTTCCTAGAACATGGATCTTTAAAAAACAGAG
GGAGTAATATTTTAAATAAAAAAAATAGTTTTCCTTAATATTTGTGCATTGATGTAAAAC
ATCAAGTAATATGGAACAGAGGGAGTATAATCTTTTAAGTTCATAGAAAAAAAGAATCAA
CAGTTTGTTAACTTTATAAAAACAACTCCCAGCTTTTCAACTTTGATAGTTTAGCGAAAA
AAAAA*CTTTTCAACTTTATATTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DM25TF U 1
AF RR1DM25JQ C 284
AF RR1EE89JQ C 615
AF RR1EE89TF U 615
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BS 716 716 RR1EE89TF
BS 717 723 RR1DM25TF
BS 724 724 RR1EE89TF
BS 725 734 RR1DM25TF
BS 735 736 RR1EE89TF
BS 737 749 RR1DM25TF
BS 750 751 RR1EE89TF
BS 752 772 RR1DM25TF
BS 773 988 RR1EE89TF

RD RR1DM25TF 772 0 0
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GGTTACCATGGGAGATGGCGAGACTCAGAACGTTCTTGAGGGTCTCACCGGTTACGCCGA
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CGCTCTGGCTAGCCGCCTCGCCGCTAACGCTTTTCTCTCCGGCACCGTTCTTCTTAACGG
CCATAAAACCAAACTCTCCTTTGGCACAGCTGTTAGTACCATTTTATTACACATCTTTAA
AACTACTCCCTCCGTTTCAATATACTTGATGTTTTAAAGAAGTTTTGTTGTTTCATAATA
GATGATGTTTGCACAAATCTATGTAACTTTAACTTTATCAAAAACTGTGTAACCAATTGA
ATTTTAATTATTTCTATTTATAATTAAATAAATTAGTTTTAAATTGTAATTTAATACTCC
CTCTGTTTTTTAAAGATACATATTTTAGACTTTTCACATATATTAAGAAATCACATTAAA
AATGTATTGATTTTTGTGAATAACAATTTTCCATAATCTTTAACCAATAAAAATCCAATA
AACACAATTAATTTTCTTGAAGCTAACAGATTTTCATTAAATAATACATTGAAAA*GTAA
AAA*TGTATCTTTT**AAACAAATTTTTT**CCTAGAACATGGATCTTTAAA

QA 1 772 1 772
DS 

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TTATTACACATCTTTAAAACTACTCCCTCCGTTTCAATATACTTGATGTTTTAAAGAAGT
TTTGTTGTTTCATAATAGATGATGTTTGCACAAATCTATGTAACTTTAACTTTATCAAAA
ACTGTGTAACCAATTGAATTTTAATTATTTCTATTTATAATTAAATAAATTAGTTTTAAA
TTGTAATTTAATACTCCCTCTGTTTTTTAAAGATACATATTTTAGACTTTTCACATATAT
TAAGAAATCACATTAAAAATGTATTGATTTTTGTGAATAACAATTTTCCATAATCTTTAA
CCAATAAAAATCCAATAAACACAATTAATTTTCTTGAAGCTAACAGATTTTCATTAAATA
ATACATTGAAAAAGTAAAAAATGTATCTTTTTAAAACAAATTTTTTT*CCTAGAACATGG
ATCTTTAAAAAACAGAGGGAGTAATATTTTAAATAAAAAAA*TAGTTTTCCTTAATATTT
GTGCATTGATGTAAAACATCAAGTAATATGGAACAGAGGGAGTATAATCTTTTAAGTTCA
TAGAAAAAA*GAATCAACAGTTTGTTAACTTTATAAAAACAACTCCCAGCTTTTCAACTT
TGATAGTTTAGGGAAAAAAAAAACTTTTCAACTTTATATTTTAGC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1EE89JQ 374 0 0
G
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CTTGAAGTTAACAGATTTTCATTAAATAATACATTGAAAAAGTAAAAAATGTATCTTTTT
AAAACAAATTTTTTTTCCTAGAACATGGATCTTTAAAAAACAGAGGGAGTAATATTTTAA
ATAAAAAAAATAGTTTTCCTTAATATTTGTGCATTGATGTAAAACATCAAGTAATATGGA
ACAGAGGGAGTATAATCTTTTAAGTTCATAGAAAAAAAGAATCAACAGTTTGTTAACTTT
ATAAAAACAACTCCCAGCTTTTCAACTTTGATAGTTTAGCGAAAAAAAAA*CTTTTCAAC
TTTATATTTTAGC

QA 2 374 2 374
DS 

RD RR1EE89TF 374 0 0
G
GTGAATAACAATTTTCCATAATCTTTAACCAATAAAAATCCAATAAACACAATTAATTTT
CTTGAAGTTAACAGATTTTCATTAAATAATACATTGAAAAAGTAAAAAATGTATCTTTTT
AAAACAAATTTTTTTTCCTAGAACATGGATCTTTAAAAAACAGAGGGAGTAATATTTTAA
ATAAAAAAAATAGTTTTCCTTAATATTTGTGCATTGATGTAAAACATCAAGTAATATGGA
ACAGAGGGAGTATAATCTTTTAAGTTCATAGAAAAAAAGAATCAACAGTTTGTTAACTTT
ATAAAAACAACTCCCAGCTTTTCAACTTTGATAGTTTAGCGAAAAAAAAA*CTTTTCAAC
TTTATATTTTAGC

QA 2 374 2 374
DS 



AS 1 3

CO CL2428Contig1 1108 3 21 U
GGAAATCAGTAGATTTTGATACTTGAACACTAGTGTGCTATTCAAAAAAATGTTTCGCCG
CAAGACTACTTCGCAAGTTGAGCAAGAGAGTAACGAGGCAGCTCTCAGAGAGGCAAAGAT
CAAAGAGCTCAAGACTCTCATTGGCGAGCTCTCAGGAAGGAGTTCGCTCTACTGTTCAGA
TCCTTGTCTTAAGAGATATCTCGAAGCTAGGAACTGGAATGTAGGCAAAGCCAAGAAGAT
GCTTGAAGAGACACTGAAATGGAGATCCACCTTTAAACCCGAGGAGATCCGATGGGATGA
GGTTTCAGGTGAAGGAGAGACTGGTAAAGTCTACAAAGCTGGATTCCATGACAGGAGTGG
AAGAACGGTTCTTATACTCAGACCAGGCTTGCAGAACACCAAGTCGTTGGAGAACCAGAT
GAAACATTTGGTGTATCTCATTGAGAATGCTATCATGAATCTCCCGGATGATCAAGAACA
GATGTCTCGGCTCATTGATTTTACGGACTGGTCGCTGAGCACCAGCGTGCCTATCAAATC
CGCCAGAGAAACCATCAACATCCTGCAGAATCACTACCCTGAGAGACTCGCTGTCGCTTT
CCTCTATAACCCTCCAAGGCTCTTTGAGGCTTTCTGGAAGATAGTGAAGTACTTCATTGA
TGCAAAGACATTCACCAAGGTGAAGTTTGTTTACCCAAAGAACACTGAGAGCGTGGAGCT
TATGAGCTCGTTTTTCGACGAGGAGAACCTCCCAACGGAATTTGGAGGGAAAGCTTTGTT
GCAGTATAACCATGAAGAGTTCTCCAAGCAAATGAGCCAAGACGATGCTAAGACTGCAGG
CTTTTGGGGACTGGTTAGTCGTAGTAACAACAACAACAATCACCAGCAGCAGCAGTCGAG
CAGCGGATTTTCTGGAGCAGAGATTGCTCCTGAGCCAATCCAAACCAACCCTCAAACTGT
GGCTTTGTAAGGCTATGTATTGTTCTTGTAACCAAGCCCTTTACAAATGGGGACTAATAT
AGCTCTTGATGCTAAGAGAAGAGACTTAGAGAGAGGTTGTAAGATTTAGATATGGCGTTT
GATTAAATAAAACGGATTTGTGTTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB10TF U 1
AF RR1D449TF U 85
AF RR1D449JQ C 415
BS 1 129 RR1FB10TF
BS 130 130 RR1D449TF
BS 131 228 RR1FB10TF
BS 229 229 RR1D449TF
BS 230 252 RR1FB10TF
BS 253 253 RR1D449TF
BS 254 315 RR1FB10TF
BS 316 316 RR1D449TF
BS 317 360 RR1FB10TF
BS 361 361 RR1D449TF
BS 362 411 RR1FB10TF
BS 412 412 RR1D449TF
BS 413 468 RR1FB10TF
BS 469 469 RR1D449TF
BS 470 487 RR1FB10TF
BS 488 488 RR1D449TF
BS 489 495 RR1FB10TF
BS 496 496 RR1D449TF
BS 497 510 RR1FB10TF
BS 511 763 RR1D449TF
BS 764 1108 RR1D449JQ

RD RR1FB10TF 510 0 0
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CAAGACTACTTCGCAAGTTGAGCAAGAGAGTAACGAGGCAGCTCTCAGAGAGGCAAAGAT
CAAAGAGCTTAAGACTCTCATTGGCGAGCTCTCAGGAAGGAGTTCGCTCTACTGTTCAGA
TCCTTGTCTTAAGAGATATCTCGAAGCTAGGAACTGGAATGTAGGCAAGGCCAAGAAGAT
GCTTGAAGAGACGCTGAAATGGAGATCCACCTTTAAACCCGAGGAGATCCGATGGGATGA
GGTTTCAGGTGAAGGTGAGACTGGTAAAGTCTACAAAGCTGGATTCCATGACAGGAGTGG
GAGAACGGTTCTTATACTCAGACCAGGCTTGCAGAACACCAAGTCGTTGGATAACCAGAT
GAAACATTTGGTGTATCTCATTGAGAATGCTATCATGAATCTCCCGGAGGATCAAGAACA
GATGTCTTGGCTCATCGATTTTACGGACTG

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1D449TF 679 0 0
GGAGAACAAT
GAGGCAGCTCTCAGAGAGGCAAAGATCAAAGAGCTCAAGACTCTCATTGGCGAGCTCTCA
GGAAGGAGTTCGCTCTACTGTTCAGATCCTTGTCTTAAGAGATATCTCGAAGCTAGGAAC
TGGAATGTAGGCAAAGCCAAGAAGATGCTTGAAGAGACACTGAAATGGAGATCCACCTTT
AAACCTGAGGAGATCCGATGGGATGAGGTTTCAGGTGAAGGAGAGACTGGTAAAGTCTAC
AAAGCTGGATTCCATGACAGGAGTGGAAGAACGGTTCTTATACTCAGACCCGGCTTGCAG
AACACCAAGTCGTTGGAGAACCAGATGAAACATTTGGTGTATCTCATTGAGAATGCTATC
ATGAATCTCCCGGATGATCAAGAACAGATGTCTCGGCTCATTGATTTTACGGACTGGTCG
CTGAGCACCAGCGTGCCTATCAAATCCGCCAGAGAAACCATCAACATCCTGCAGAATCAC
TACCCTGAGAGACTCGCTGTCGCTTTCCTCTATAACCCTCCAAGGCTCTTTGAGGCTTTC
TGGAAGATAGTGAAGTACTTCATTGATGCAAAGACATTCACCAAGGTGAAGTTTGTTTAC
CCAAAGAACACTGAGAGCGTGGAGCTTATGAGCTCGTTTTTCGACGAGGAGAACCTCCCA
ACGGAATTT

QA 11 679 11 679
DS 

RD RR1D449JQ 694 0 0
CCAGATGAAACATTTGGTGTATCTCATTGAGAATGCTATCATGAATCTCCCGGATGATCA
AGAACAGATGTCTCGGCTCATTGATTTTACGGACTGGTCGCTGAGCACCAGCGTGCCTAT
CAAATCCGCCAGAGAAACCATCAACATCCTGCAGAATCACTACCCTGAGAGACTCGCTGT
CGCTTTCCTCTATAACCCTCCAAGGCTCTTTGAGGCTTTCTGGAAGATAGTGAAGTACTT
CATTGATGCAAAGACATTCACCAAGGTGAAGTTTGTTTACCCAAAGAACACTGAGAGCGT
GGAGCTTATGAGCTCGTTTTTCGACGAGGAGAACCTCCCAACGGAATTTGGAGGGAAAGC
TTTGTTGCAGTATAACCATGAAGAGTTCTCCAAGCAAATGAGCCAAGACGATGCTAAGAC
TGCAGGCTTTTGGGGACTGGTTAGTCGTAGTAACAACAACAACAATCACCAGCAGCAGCA
GTCGAGCAGCGGATTTTCTGGAGCAGAGATTGCTCCTGAGCCAATCCAAACCAACCCTCA
AACTGTGGCTTTGTAAGGCTATGTATTGTTCTTGTAACCAAGCCCTTTACAAATGGGGAC
TAATATAGCTCTTGATGCTAAGAGAAGAGACTTAGAGAGAGGTTGTAAGATTTAGATATG
GCGTTTGATTAAATAAAACGGATTTGTGTTTGCT

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 4

CO CL2429Contig1 649 4 9 U
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AGGAAGCAGCAGAAATGGCGGTACCGTTGCTAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTG
CCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCGTAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGC
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TGGGTTACGGATCAGACAAGAAGACACGTCACTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTTG
TTGTGCACAACACGAGTGACCTCGAGCTGCTGATGATGCACAACAGGACGTACTGCGCGG
AGATTGCACACAACGTATCGACCAAGAAGAGGAAGGCTATTGTGGAGAGAGCTTCTCAGT
TGGATATTGTTGTTACCAACAGGCTTGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGAA
GCAAAGGCGTTTGAAGTATTAAGTTTGTTTCTGTGGTTTGTTTGCATTTCTCTTTTTGTA
AGACGATTTTTGTTTACTGTTTGTGTTTGCAATCTACAAACATGAGTTTTGGTATTAGAC
AAACATTGCTAAGACCGTTCCTAAACGATTTCAGTTTTAGTATTTCAGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1H949TF U 25
AF RR1CF34JQ C 1
AF RR1CD45TF U 57
AF RR1CF34TF U 1
BS 1 26 RR1CF34TF
BS 27 59 RR1H949TF
BS 60 60 RR1CF34TF
BS 61 207 RR1CD45TF
BS 208 208 RR1CF34TF
BS 209 263 RR1CD45TF
BS 264 264 RR1H949TF
BS 265 610 RR1CD45TF
BS 611 649 RR1CF34TF

RD RR1H949TF 575 0 0
GG
GTTTACAGAGAGTCGCATCGAGGTTCTGATCTTGAGGAAGCAGCAGAAATGGCGGTACCG
TTGCTAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGAC
CGTAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATCGATTCAAGGGTTAGG
AGAAAGTTCAAGGGTGTGACATTGATGCCCAATGTGGGTTACGGATCAGACAAGAAGACA
CGTCACTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTTGTTGTGCACAACACGAGTGACCTCGAG
CTGCTGATGATGCACAACAGGACGTACTGCGCGGAGATTGCACACAACGTATCGACCAAG
AAGAGGAAGGCTATTGTGGAGAGAGCTTCTCCGTTGGATATTGTTGTTACCAACAGGCTT
GCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGAAGCAAAGGCGTTTGAAGTATTAAGTTT
GTTTCTGTGGTTTGTTTGCATTTCTCTTTTTGTAAGACGATTTTTGTTTACTGTTTGTGT
TTGCAATCTACAAACATGAGTTTTGGTATTAGA

QA 3 575 3 575
DS 

RD RR1CF34JQ 648 0 0
GGATTATAGGTTTTGCAGCTGCTGCTGTTTACAGAGAGTCGCATCGAGGTTCTGATCTTA
AGGAAGCAGCAGAAATGGCGGTACCGTTGCTAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTG
CCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCGTAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGC
CAAAGGGTATCGATTCAAGGGTTAGGA*AAAGTTCAAGGGTGTGACATTGATGCCCAATG
TGGGTTACGGATCAGACAAGAAGACACGTCACTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTTG
TTGTGCACAACACGAGTGACCTCGAGCTGCTGATGATGCACAACAGGACGTACTGCGCGG
AGATTGCACACAACGTATCGACCAAGAAGAGGAAGGCTATTGTGGAGAGAGCTTCTCAGT
TGGATATTGTTGTTACCAACAGGCTTGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGAA
GCAAAGGCGTTTGAAGTATTAAGTTTGTTTCTGTGGTTTGTTTGCATTTCTCTTTTTGTA
AGACGATTTTTGTTTACTGTTTGTGTTTGCAATCTACAAACATGAGTTTTGGTATTAGAC
AAACATTGCTAAGACCGTTCCTAAACGATTTCAGTTTTAGTATTTCAG

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1CD45TF 554 0 0
CTTA
AGGAAGCAGCAGAAATGGCGGTACCGTTGCTAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTG
CCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCGTAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGC
CAAAGGGTATCGATTCAAGGGTTAGGAGAAAGTTCAAGGGTGTGACATTGATGCCCAATG
TGGGTTACGGATCAGACAAGAAGGCACGTCACTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTTG
TTGTGCACAACACGAGTGACCTCGAGCTGCTGATGATGCACAACAGGACGTACTGCGCGG
AGATTGCACACAACGTATCGACCAAGAAGAGGAAGGCTATTGTGGAGAGAGCTTCTCAGT
TGGATATTGTTGTTACCAACAGGCTTGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGAA
GCAAAGGCGTTTGAAGTATTAAGTTTGTTTCTGTGGTTTGTTTGCATTTCTCTTTTTGTA
AGACGATTTTTGTTTACTGTTTGTGTTTGCAATCTACAAACATGAGTTTTGGTATTAGAC
AAACATTGCT

QA 5 554 5 554
DS 

RD RR1CF34TF 649 0 0
GGATTATAGGTTTTGCAGCTGCTGCTGTTTACAGAGAGTCGCATCGAGGTTCTGATCTTA
AGGAAGCAGCAGAAATGGCGGTACCGTTGCTAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTG
CCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCGTAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGC
CAAAGGGTATCGATTCAAGGGTTAGGA*AAAGTTCAAGGGTGTGACATTGATGCCCAATG
TGGGTTACGGATCAGACAAGAAGACACGTCACTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTTG
TTGTGCACAACACGAGTGACCTCGAGCTGCTGATGATGCACAACAGGACGTACTGCGCGG
AGATTGCACACAACGTATCGACCAAGAAGAGGAAGGCTATTGTGGAGAGAGCTTCTCAGT
TGGATATTGTTGTTACCAACAGGCTTGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGAA
GCAAAGGCGTTTGAAGTATTAAGTTTGTTTCTGTGGTTTGTTTGCATTTCTCTTTTTGTA
AGACGATTTTTGTTTACTGTTTGTGTTTGCAATCTACAAACATGAGTTTTGGTATTAGAC
AAACATTGCTAAGACCGTTCCTAAACGATTTCAGTTTTAGTATTTCAGT

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 4

CO CL2430Contig1 827 4 9 U
GGCCTTATGAACAGAATCTCTTGTATTTTTCCTTTTTCTTTTGCAATTTACATCATTTTT
CCATAACAAACGAGATGTAACAAACTGTAAAAACTTTGGGTTGATCGAGAAGTCACAGCC
ATTCGATCGGGTTCAAAATATGTCAAGAATCTCAATAATCGGACGGTTGCAAAGAGGACA
CGAGCCACGGTTCAGCCAGAGCTCTCTGGAGCAAACTCTGCAAAAAGTGTGTCCACAGGG
GATAAACGCAGCGCCTTTCTTTCTTCCCATACACACGCAGCACACCGAATCATCATTACC
CGCCAACGTCCCTATCGACGCCGTCGATAACTCCGTTTCTCTCCCGTCATCGTCCACTCT
CTCCGCCGTCTCATCGAGCAAACTCATCAACGACACTCTCCTCAGCGTCATATCAACCGC
CGGTTCTCCCCGGTTATATCTCTCCGCCTCTAACGACGTCGCGAGATTCGTACCCGAACC
CGATCCAGTGCCTGACCCGGTAACAAACTGGATTTGGCTTTGAAAATCTTCGGTTTCGTC
TTCTCTAGAGTTTGGACTGTGGAGAGTAGTGTTGTCGATGGTGGTGGGGCCACAGCATGC
GATGCATTTGAGTCTCAACCGCTCCCTAAGAGTCCGCTTCCTCCCGGTGCGACGATCGGC
AACGCTCATCTGCCGGCGGAGAAGATCAAGAAACGTCGTCGTTCGGTGTGTCTCAGTCGT
CATCCTCTGGGTCGTTCCGAGGTCGAAGTCACTCATTATCGACTCAATCAACTCTCTGAT
AGCGAAACAGGATCACTAGGGAAACAGACGGATCGGCTCCGCCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1EK20JQ U 1
AF RR1BQ70JQ U 43
AF RR1EK20TF C 90
AF RR1BQ70TF C 142
BS 1 302 RR1EK20JQ
BS 303 303 RR1BQ70JQ
BS 304 621 RR1EK20JQ
BS 622 622 RR1BQ70JQ
BS 623 624 RR1EK20JQ
BS 625 625 RR1BQ70JQ
BS 626 659 RR1EK20JQ
BS 660 679 RR1BQ70JQ
BS 680 827 RR1EK20TF

RD RR1EK20JQ 659 0 0
GGCCTTATGAACAGAATCTCTTGTATTTTTCCTTTTTCTTTTGCAATTTACATCATTTTT
CCATAACAAACGAGATGTAACAAACTGTAAAAACTTTGGGTTGATCGAGAAGTCACAGCC
ATTCGATCGGGTTCAAAATATGTCAAGAATCTCAATAATCGGACGGTTGCAAAGAGGACA
CGAGCCACGGTTCAGCCAGAGCTCTCTGGAGCAAACTCTGCAAAAAGTGTGTCCACAGGG
GATAAACGCAGCGCCTTTCTTTCTTCCCATACACACGCAGCACACCGAATCATCATTACC
CGTCAACGTCCCTATCGACGCCGTCGATAACTCCGTTTCTCTCCCGTCATCGTCCACTCT
CTCCGCCGTCTCATCGAGCAAACTCATCAACGACACTCTCCTCAGCGTCATATCAACCGC
CGGTTCTCCCCGGTTATATCTCTCCGCCTCTAACGACGTCGCGAGATTCGTACCCGAACC
CGATCCAGTGCCTGACCCGGTAACAAACTGGATTTGGCTTTGAAAATCTTCGGTTTCGTC
TTCTCTAGAGTTTGGACTGTGGAGAGTAGTGTTGTCGATGGTGGTGGGGCCACAGCATGC
GATGCATTTGAGTCTCAACCGTTCTCTAAGAGTCCGCTTCCTCCCGGTGCGACGATCGG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1BQ70JQ 637 0 0
GCAATTTACATCATTTTTCCATAACAAACGAGATGTAACAAACTGTAAAAACTTTGGGTT
GATCGAGAAGTCACAGCCATTCAATCGGTTTCAAAATATGTCAAGAATCTCAATAATCGG
ACGGTTGCAAAGAGGACACGAGCCACGGTTCAGCCAGAGCTCTCTGGAGCAAACTCTGCA
AAAAGTGTGTCCACGGGGGATAAACGCAGCGCCTTTCTTTCTTCCCATACACACGCAGCA
CACCGAATCATCATTACCCGCCAACGTCCCTATCGACGCCGTCGATAACTCCGTTTCTCT
CCCGTCATCGTCCACTCTCTCCGCCGTCTCATCGAGCAAACTCATCAACGACACTCTCCT
CGGCGTCATATCAACCGCCGGTTCTCCCCGGTTATATCTCTCCGCCTCTAACGCCGTCGC
GAGATTCGTACCCGAACCCGATCCAGTGCCTGACCCGGTAACAAACTGGATTTGGCTTTG
AAAATCTTCGGTTTCGTCTTCTCTAGAGTTTGGACTGTGGAGAGTAGTGTTGTCGATGGT
GGTGGGGCCACAGCATGCGATGCATTTGAGTCTCAACCGCTCCCTAAGAGTCCGCTTCCT
CCTGGTGCGATGATCGGCAACGCTCATCTGCCGGCGG

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1EK20TF 738 0 0
AAAACTTTGGGTTGATCGAGAAGTCACAGCCATTCGATCGGGTTCAAAATATGTCAAGAA
TCTCAATAATCGGACGGTTGCAAAGAGGACACGAGCCACGGTTCAGCCAGAGCTCTCTGG
AGCAAACTCTGCAAAAAGTGTGTCCACAGGGGATAAACGCAGCGCCTTTCTTTCTTCCCA
TACACACGCAGCACACCGAATCATCATTACCCGTCAACGTCCCTATCGACGCCGTCGATA
ACTCCGTTTCTCTCCCGTCATCGTCCACTCTCTCCGCCGTCTCATCGAGCAAACTCATCA
ACGACACTCTCCTCAGCGTCATATCAACCGCCGGTTCTCCCCGGTTATATCTCTCCGCCT
CTAACGACGTCGCGAGATTCGTACCCGAACCCGATCCAGTGCCTGACCCGGTAACAAACT
GGATTTGGCTTTGAAAATCTTCGGTTTCGTCTTCTCTAGAGTTTGGACTGTGGAGAGTAG
TGTTGTCGATGGTGGTGGGGCCACAGCATGCGATGCATTTGAGTCTCAACCGTTCTCTAA
GAGTCCGCTTCCTCCCGGTGCGACGATCGGCAACGCTCATCTGCCGGCGGAGAAGATCAA
GAAACGTCGTCGTTCGGTGTGTCTCAGTCGTCATCCTCTGGGTCGTTCCGAGGTCGAAGT
CACTCATTATCGACTCAATCAACTCTCTGATAGCGAAACAGGATCACTAGGGAAACAGAC
GGATCGGCTCCGCCATCC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1BQ70TF 686 0 0
ATGTCAG
ATCTCAATAATCGGACGGTTGCAAAGAGGACACGAGCCACGGTTCAGCCAGAGCTCTCTG
GAGCAAACTCTGCAAAAAGTGTGTCCACGGGGGATAAACGCAGCGCCTTTCTTTCTTCCC
ATACACACGCAGCACACCGAATCATCATTACCCGCCAACGTCCCTATCGACGCCGTCGAT
AACTCCGTTTCTCTCCCGTCATCGTCCACTCTCTCCGCCGTCTCATCGAGCAAACTCATC
AACGACACTCTCCTCGGCGTCATATCAACCGCCGGTTCTCCCCGGTTATATCTCTCCGCC
TCTAACGCCGTCGCGAGATTCGTACCCGAACCCGATCCAGTGCCTGACCCGGTAACAAAC
TGGATTTGGCTTTGAAAATCTTCGGTTTCGTCTTCTCTAGAGTTTGGACTGTGGAGAGTA
GTGTTGTCGATGGTGGTGGGGCCACAGCATGCGATGCATTTGAGTCTCAACCGCTCCCTA
AGAGTCCGCTTCCTCCTGGTGCGATGATCGGCAACGCTCATCTGCCGGCGGAGAAGATCA
AGAAACGTCGTCGTTCGGTGTGTCTCAGTCGTCATCCTCTGGGTCGTTCCGAGGTCGAAG
TCACTCATTATCGACTCAATCAACTCTCTGATAGCGAAACAGGATCACTAGGGAAACAGA
CGGATCGGCTCCGCCATCC

QA 8 686 8 686
DS 



AS 1 4

CO CL2431Contig1 1021 4 4 U
CACATCTAAGGTTTGGGGAGTTCAACTCTCAGAACGTTGCTAATATTGCAGGCGCTTTTG
CTTCCATGAGGCATTCTGCTCGAGAACTCTTTGCTGAGCTGTCAGAGAGAGCAGCTGCTA
TTATCGTCACCTTCAAAGGCCAAGAGATTGCTCAACTGTTGTGGTCATTCGCCTCGCTTT
ATGAGCCAGCTGGTCCTTTGGCTGAGTCTTTGGACAGTGCTTTCAAAGGCAGTGACCAGT
TTAAGTGCTGCTTGACGAAAGAAACATCAAACTATGATGAAGCAGCAGACGCTGATGGAA
GCGATGGTGCTTCAGGATCTCCAGCGCTTAGCTTTAACAGGGACCAGCTTGGAAACATAG
CATGGTCCTATGCTGTTCTTGGGCAACTGGAGCGATCTTTCTTTGCAAATATATGGAATA
TCTTAACCACCTTGGAAGAGCAGAGGCTTTCTGAACAGTATAGGGAAGATGTCATGTTTG
CTTCTCGGGTGTATCTCGTGAATCAGTGCTTGAAGCTCGAGTATCCCCACCTTGAGTTGT
CACTATGTCATGAGCTCGAAGAAAAAATTACCCGTGCAGGAAAAACCAAAAGGTTCAATC
AGAAAATAACCTCATCGTTTCAGAAAGAAGTTGGACGCCTTCTGATAAGTACAGGGCTTG
ATTGGGCTAAAGAACATGATGTGGATGGCTACACTGTGGATGTTGCTCTGGTCGAGATGA
AAGTCGCTTTAGAAATCGACGGGCCAACTCATTTCTCAAGAAACACAGGACTACCATTAG
GGCATACAATGCTGAAGCGGCGATATGTTACTGCTGCTGGATGGAAGGTGGTATCCTTGT
CTCTTCAAGAGTGGGAAGAACATGAAGGAAGTCATGAACAGCTAGATTATCTGAGGGAGA
TTCTCAACGGCTGCTTATAGAGAAGGCATTAATACGTAAGACATTGGTTGTTTATAGAAA
AGGCTAAGCTTATTGTATCTGTTTGATGACTTAAGAAAACATAATTAAAACCATTTAAAC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 

AF RR1AS47TF U 1
AF RR1AW62JQ C 450
AF RR1AW62TF U 450
AF RR1AS47JQ C 137
BS 1 224 RR1AS47TF
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BS 451 1019 RR1AW62TF
BS 1020 1021 RR1AS47JQ

RD RR1AS47TF 224 0 0
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CTTCCATGAGGCATTCTGCTCGAGAACTCTTTGCTGAGCTGTCAGAGAGAGCAGCTGCTA
TTATCGTCACCTTCAAAGGCCAAGAGATTGCTCAACTGTTGTGGTCATTCGCCTCGCTTT
ATGAGCCAGCTGGTCCTTTGGCTGAGTCTTTGGACAGTGCTTTC

QA 1 224 1 224
DS 

RD RR1AW62JQ 572 0 0
G
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TGAAGCTCGAGTATCCCCACCTTGAGTTGTCACTATGTCATGAGCTCGAAGAAAAAATTA
CCCGTGCAGGAAAAACCAAAAGGTTCAATCAGAAAATAACCTCATCGTTTCAGAAAGAAG
TTGGACGCCTTCTGATAAGTACAGGGCTTGATTGGGCTAAAGAACATGATGTGGATGGCT
ACACTGTGGATGTTGCTCTGGTCGAGATGAAAGTCGCTTTAGAAATCGACGGGCCAACTC
ATTTCTCAAGAAACACAGGACTACCATTAGGGCATACAATGCTGAAGCGGCGATATGTTA
CTGCTGCTGGATGGAAGGTGGTATCCTTGTCTCTTCAAGAGTGGGAAGAACATGAAGGAA
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AATACGTAAGACATTGGTTGTTTATAGAAAAGGCTAAGCTTATTGTATCTGTTTGATGAC
TTAAGAAAACATAATTAAAACCATTTAAA
TC

QA 2 570 2 570
DS 

RD RR1AW62TF 572 0 0
G
CTGAACAGTATAGGGAAGATGTCATGTTTGCTTCTCGGGTGTATCTCGTGAATCAGTGCT
TGAAGCTCGAGTATCCCCACCTTGAGTTGTCACTATGTCATGAGCTCGAAGAAAAAATTA
CCCGTGCAGGAAAAACCAAAAGGTTCAATCAGAAAATAACCTCATCGTTTCAGAAAGAAG
TTGGACGCCTTCTGATAAGTACAGGGCTTGATTGGGCTAAAGAACATGATGTGGATGGCT
ACACTGTGGATGTTGCTCTGGTCGAGATGAAAGTCGCTTTAGAAATCGACGGGCCAACTC
ATTTCTCAAGAAACACAGGACTACCATTAGGGCATACAATGCTGAAGCGGCGATATGTTA
CTGCTGCTGGATGGAAGGTGGTATCCTTGTCTCTTCAAGAGTGGGAAGAACATGAAGGAA
GTCATGAACAGCTAGATTATCTGAGGGAGATTCTCAACGGCTGCTTATAGAGAAGGCATT
AATACGTAAGACATTGGTTGTTTATAGAAAAGGCTAAGCTTATTGTATCTGTTTGATGAC
TTAAGAAAACATAATTAAAACCATTTAAA
TC

QA 2 570 2 570
DS 

RD RR1AS47JQ 885 0 0
AGGCCAAGAGATTGCTCAACTGTTGTGGTCATTCGCCTCGCTTTATGAGCCAGCTGGTCC
TTTGGCTGAGTCTTTGGACAGTGCTTTCAAAGGCAGTGACCAGTTTAAGTGCTGCTTGAC
GAAAGAAACATCAAACTATGATGAAGCAGCAGACGCTGATGGAAGCGATGGTGCTTCAGG
ATCTCCAGCGCTTAGCTTTAACAGGGACCAGCTTGGAAACATAGCATGGTCCTATGCTGT
TCTTGGGCAACTGGAGCGATCTTTCTTTGCAAATATATGGAATATCTTAACCACCTTGGA
AGAGCAGAGGCTTTCTGAACAGTATAGGGAAGATGTCATGTTTGCTTCTCAGGTGTATCT
CGTGAATCAGTGCTTGAAGCTCGAGTATCCCCACCTTGAGTTGTCACTATGTCATGAGCT
CGAAGAAAAAATTACCCGTGCAGGAAAA*CCAAAAGGTTCAATCAGAAAATAACCTCATC
GTTTCAGAAAGAAGTTGGACGCCTTCTGATAAGTACAGGGCTTGATTGGGCTAAAGAACA
TGATGTGGATGGCTACACTGTGGATGTTGCTCTGGTCGAGAAGAAAGTCGCTTTAGAAAT
CGACGGGCCAACTCATTTCTCAAGAAACACAGGACTACCATTAGGGCATACAATGCTGAA
GCGGCGATATGTTACTGCTGCTGGATGGAAGGTGATATCCTTGTCTCTTCAAGAGTGGGA
AGAACATGAAGGAAGTCATGAACAGCTAGATTATCTGAGGGAGATTCTCAACGTCTGCTT
ATAGAGAAGGCATTAATACGTAAGACATTGGTTGTTTATAGAAAAGGCTAAGCTTATTGT
ATCTGTTTGATGACTTAAGAAAACATAATTAAAACCATTTAAACC

QA 1 885 1 885
DS 



AS 1 4

CO CL2432Contig1 1024 4 8 U
GGGAAGACTATGAGGTTCTTGGACATAGGGTATGAGAAAGGTCTGAGGAAGGCTGTTGAG
GTGGTCCATGAGTTTGTAGACAAGATGGTCGTTGAACGTATCTGCAAACTCAAGGAGGCT
AAAACGTTAGGGAACAGATCAGACGTCCTCTCGAGAATCATCGAGATAGAAAGTCATAAG
AAGAGTGATGAGAAAGATCCTTCTATAGTCAAGTTTTTCAGACAGTTCTGCACGAGTTTC
ATCTTAGCTGGGAGAGACACGAGCTCAGTTGCACTAACGTGGTTCTTTTGGGTTATAACT
AGACATCCAGAAGTTGAAAACAGAATCATCAGCGAGGTCAGAGAGATCTTGAGACAGAGA
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CTTCATATCCAACTTCACTCAAAATACTTTTGAATAAAACAATTTTTCTGTTTAGAGCAA
AAAA


BQ
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10 10 10 

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TTCTGTTTA
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TCTGTTTA
AGAGC

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G
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CTGTTTAGAGCAAAAAA

QA 2 798 2 798
DS 



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GCCAGCGATGGCTTTCAATGCAGCAGTTGCTTGATTGTTATCAGCGATAGCTTCCTGGTC
TATACCTGGCACTGTGACTTCTGCTTCTACTTCTGCTTCTGAAGCCTTGTCCTCTAGCTT
GGGAGGTGGTACAAAGAATGGTATGCGACCTCTTTGCCAGTCATGGAGTATCATCTTTGC
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TCTTACCACTCCCTTGAGGACGATATCTGTTTCAGAATCATGGCTCTGGTATACAACTCC
AGGACAATCAATCAAGAAAATCCTCTTGGTGAGTGTGC


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI75JQ U 36
AF RR1GF73TF C 1
AF RR1GF73JQ U 10
AF RR1DI75TF C 248
BS 1 9 RR1GF73TF
BS 10 35 RR1GF73JQ
BS 36 598 RR1DI75JQ
BS 599 663 RR1GF73JQ
BS 664 938 RR1DI75TF

RD RR1DI75JQ 563 0 0
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CTAACTACAAATTTGGGTAAGAATCATTGGACATCATCCTGATGATATCTTGGTTCTACA
AATCATAAATAGTCTAATAAAGATTCTCACTTTTCAGTTAAGACAAGCTACAGGTAGTAT
AACAAAAACAAAATTTTGCAATATTCATTACTCAGCAAGAATCTGACTCGTTATCTTCTT
CATTTTCTGACATCACATCCTCATCTGAATCATTCTCACTATCCTCTCCATCTTCTGAGA
CCAAGTCCTCATCTTCTGAAGCATCCGTTCCGTTTTCCTCGTCTGTTTCAGCAGACTCCT
TTGCTTTATCATCACCCTCGAGGTCTTTCTCGTCGAAGAAATCCCTTTGGACAGGAACAT
CCTTCTGTTGTTGTGAAGACATGATGCCAGCGATGGCTTTCAATGCAGCAGTTGCTTGAT
TGTTATCAGCGATAGCTTCCTGGTCTATACCTGGCACTGTGACTTCTGCTTCTACTTCTG
CTTCTGAAGCCTTGTCCTCTAGC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1GF73TF 664 0 0
TTTTTTTTTGAGACAAAGGGACTATGATCTATGATGGACCAAGCTGTTGCATCTTCGTTG
ACATAGATGCAAGTCTTTTAACACTCGTCACGTTTCTAACTACAAATTTGGGTAAGAATC
ATTGGACATCATCCTGATGATATCTTGGTTCTACAAATCATAAATAGTCTAATAAAGATT
CTCACTTTTCAGTTAAGACAAGCTACAGGTAGTATAACAAAAACAAAATTTTGCAATATT
CATTACTCAGCAAGAATCTGACTCGTTATCTTCTTCATTTTCTGACATCACATCCTCATC
TGAATCATTCTCACTATCCTCTCCATCTTCTGAGACCAAGTCCTCATCTTCTGAAGCATC
CGTTCCGTTTTCCTCGTCTGTTTCAGCAGACTCCTTTGCTTTATCATCACCCTCGAGGTC
TTTCTCGTCGAAGAAATCCCTTTGGACAGGAACATCCTTCTGTTGTTGTGAAGACATGAT
GCCAGCGATGGCTTTCAATGCAGCAGTTGCTTGATTGTTATCAGCGATAGCTTCCTGGTC
TATACCTGGCACTGTGACTTCTGCTTCTACTTCTGCTTCTGAAGCCTTGTCCTCTAGCTT
GGGAGGTGGTACAAAGAATGGTATGCGACCTCTTTGCCAGTCATGGAGTATCATCTTTGC
TCC
C

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1GF73JQ 655 0 0
GAGACAAAGGGACTATGATCTATGATGGACCAAGCTGTTGCATCTTCGTTGACATAGATG
CAAGTCTTTTAACACTCGTCACGTTTCTAACTACAAATTTGGGTAAGAATCATTGGACAT
CATCCTGATGATATCTTGGTTCTACAAATCATAAATAGTCTAATAAAGATTCTCACTTTT
CAGTTAAGACAAGCTACAGGTAGTATAACAAAAACAAAATTTTGCAATATTCATTACTCA
GCAAGAATCTGACTCGTTATCTTCTTCATTTTCTGACATCACATCCTCATCTGAATCATT
CTCACTATCCTCTCCATCTTCTGAGACCAAGTCCTCATCTTCTGAAGCATCCGTTCCGTT
TTCCTCGTCTGTTTCAGCAGACTCCTTTGCTTTATCATCACCCTCGAGGTCTTTCTCGTC
GAAGAAATCCCTTTGGACAGGAACATCCTTCTGTTGTTGTGAAGACATGATGCCAGCGAT
GGCTTTCAATGCAGCAGTTGCTTGATTGTTATCAGCGATAGCTTCCTGGTCTATACCTGG
CACTGTGACTTCTGCTTCTACTTCTGCTTCTGAAGCCTTGTCCTCTAGCTTGGGAGGTGG
TACAAAGAATGGTATGCGACCTCTTTGCCAGTCATGGAGTATCATCTTTGCTCC
C

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1DI75TF 691 0 0
CAGCAAGAATCTGACTCGTTATCTTCTTCATTTTCTGACATCACATCCTCATCTGAATCA
TTCTCACTATCCTCTCCATCTTCTGAGACCAAGTCCTCATCTTCTGAAGCATCCGTTCCG
TTTTCCTCGTCTGTTTCAGCAGACTCCTTTGCTTTATCATCACCCTCGAGGTCTTTCTCG
TCGAAGAAATCCCTTTGGACAGGAACATCCTTCTGTTGTTGTGAAGACATGATGCCAGCG
ATGGCTTTCAATGCAGCAGTTGCTTGATTGTTATCAGCGATAGCTTCCTGGTCTATACCT
GGCACTGTGACTTCTGCTTCTACTTCTGCTTCTGAAGCCTTGTCCTCTAGCTTAGGGGGT
GGTACAAAGAATGGTATGCGACCTCTTTGCCAGTCATGGAGTATCATCTTTGCTCCTGTC
ATCAAATCAGGCTCTCCACCCTTTAAGAGTTTGCCAGACGCTTTGCATAGCTGAAGAAGA
AAGTCATGATCATCCTCCCAGTCCTTGATTTTATAGGCTCTCTGCAAGTGCTCCTTCTTG
ACACGTCTCAGGACTTCTCCAATGTGCTCAGATGCATCCTCCAGGTTTGTAACTCTTACC
ACTCCCTTGAGGACGATATCTGTTTCAGAATCATGGCTCTGGTATACAACTCCAGGACAA
TCAATCAAGAAAATCCTCTTGGTGAGTGTGC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 4

CO CL2434Contig1 693 4 14 U
GGGAAATTTCACACAGACTGATAACACAAGTCAGAATCAGTAACAGCCTGTGTTATTATG
AAACTGTAACGAAGAAATTGAGAGTTACAATATCTTGTTTTTATTACATGTTTTTGCTTG
TATCAAAAATCATGCAGAATTAAAACCACAATAGCAAAGCTTTTTTCTTATTGATCTTCT
ATCTTCATCTTTGGTCAAGAAAAAAAGAAAGCTGGTAACTTTTAATACATGATGATAGAT
AGGGCTATGGAGGAGGAGATCAAGCAGTTCTCTTAATGATATGGACTCCACTGTCTGTAC
CCACAATCTCGATTATCTCTCCCACCTTAAGTGCGTACGTTGCCTCCTCAAACGGTTTCT
GCATTTGACCTCTCCCAAACGGACCTAGATCGCCGCCGCGTTTGGCGGAGCTACAGTCGG
AAACGCGAGAGGCAACATCCTCGAAGTTAGCTTTGCCAGAGAGGATGTCTTCGCGGATCG
ATTTGAGCTGTTCGACGGCTGCTTCTCTCGTGGTAGTCATTATGATCTTTCCTTCGGGAT
CCTTCCACGACGCCTTCCTACGGGATCCTTGGTGCTTTATCAGAATGTGCGACGCCTTTA
CTTGCTCTCTCGACGCCATCTTTTTTTTTCCCGGCGCTTGTTGTAGATGTGGTGATGATC
GTCTATCAAGAGAAGAGAGGTTAAAGTGTGCCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FJ36JQ U 1
AF RR1FJ36TF C 5
AF RR1FF14JQ U 35
AF RR1FF14TF C 35
BS 1 62 RR1FJ36JQ
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BS 74 74 RR1FF14JQ
BS 75 299 RR1FJ36JQ
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BS 301 311 RR1FJ36JQ
BS 312 312 RR1FF14JQ
BS 313 409 RR1FJ36JQ
BS 410 410 RR1FF14JQ
BS 411 460 RR1FJ36JQ
BS 461 461 RR1FF14JQ
BS 462 672 RR1FJ36JQ
BS 673 693 RR1FF14JQ

RD RR1FJ36JQ 678 0 0
GGGAAATTTCACACAGACTGATAACACAAGTCAGAATCAGTAACAGCCTGTGTTATTATG
AAGCTGTAACGAAAAAATTGAGAGTTACAATATCTTGTTTTTATTACATGTTTTTGCTTG
TATCAAAAATCATGCAGAATTAAAACCACAATAGCAAAGCTTTTTTCTTATTGATCTTCT
ATCTTCATCTTTGGTCAAGAAAAAAAGAAAGCTGGTAACTTTTAATACATGATGATAGAT
AGGGCTATGGAGGAGGAGATCAAGCAGTTCTCTTAATGATATGGACTCCACTGTCTGTAT
CCACAATCTCGCTTATCTCTCCCACCTTAAGTGCGTACGTTGCCTCCTCAAACGGTTTCT
GCATTTGACCTCTCCCAAACGGACCTAGATCGCCGCCGCGTTTGGCGGAACTACAGTCGG
AAACGCGAGAGGCAACATCCTCGAAGTTAGCTTTGCCAGAAAGGATGTCTTCGCGGATCG
ATTTGAGCTGTTCGACGGCTGCTTCTCTCGTGGTAGTCATTATGATCTTTCCTTCGGGAT
CCTTCCACGACGCCTTCCTACGGGATCCTTGGTGCTTTATCAGAATGTGCGACGCCTTTA
CTTGCTCTCTCGACGCCATCTTTTTTTTTCCCGGCGCTTGTTGTAGATGTGGTGATGATC
GTCTATCAAGAG
AAGAGA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1FJ36TF 668 0 0
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TGTAACGAAGAAATTGAGAGTTACAATATCTTGTTTTTATTACATGTTTTTGCTTGTATC
AAAAATCATGCAGAATTAAAACCACAATAGCAAAGCTTTTTTCTTATTGATCTTCTATCT
TCATCTTTGGTCAAGAAAAAAAGAAAGCTGGTAACTTTTAATACATGATGATAGATAGGG
CTATGGAGGAGGAGATCAAGCAGTTCTCTTAATGATATGGACTCCACTGTCTGTATCCAC
AATCTCGCTTATCTCTCCCACCTTAAGTGCGTACGTTGCCTCCTCAAACGGTTTCTGCAT
TTGACCTCTCCCAAACGGACCTAGATCGCCGCCGCGTTTGGCGGAGCTACAGTCGGAAAC
GCGAGAGGCAACATCCTCGAAGTTAGCTTTGCCAGAGAGGATGTCTTCGCGGATCGATTT
GAGCTGTTCGACGGCTGCTTCTCTCGTGGTAGTCATTATGATCTTTCCTTCGGGATCCTT
CCACGACGCCTTCCTACGGGATCCTTGGTGCTTTATCAGAATGTGCGACGCCTTTACTTG
CTCTCTCGACGCCATCTTTTTTTTTCCCGGCGCTTGTTGTAGATGTGGTGATGATCGTCT
ATCAAGAG

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1FF14JQ 659 0 0
AG
TCAGTAACAGCCTGTGTTATTATGAAACTGTAACGAAGAAATTGAGAGTTACAATATCTT
GTTTTTATTACATGTTTTTGCTTGTATCAAAAATCATGCAGAATTAAAACCACAATAGCA
AAGCTTTTTTCTTATTGATCTTCTATCTTCATCTTTGGTCAAGAAAAAAAGAAAGCTGGT
AACTTTTAATACATGATGATAGATAGGGCTATGGAGGAGGAGATCAAGCAGTTCTCTTAA
TGATATGGACTCCACTGTCTGTACCCACAATCTCGATTATCTCTCCCACCTTAAGTGCGT
ACGTTGCCTCCTCAAACGGTTTCTGCATTTGACCTCTCCCAAACGGACCTAGATCGCCGC
CGCGTTTGGCGGAGCTACAGTCGGAAACGCGAGAGGCAACATCCTCGAAGTTAGCTTTGC
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TCATTATGATCTTTCCTTCGGGATCCTTCCACGACGCCTTCCTACGGGATCCTTGGTGCT
TTATCAGAATGTGCGACGCCTTTACTTGCTCTCTCGACGCCATCTTTTTTTTTCCCGGCG
CTTGTTGTAGATGTGGTGATGATCGTCTATCAAGAGAAGAGAGGTTAAAGTGTGCCC

QA 3 659 3 659
DS 

RD RR1FF14TF 659 0 0
AG
TCAGTAACAGCCTGTGTTATTATGAAACTGTAACGAAGAAATTGAGAGTTACAATATCTT
GTTTTTATTACATGTTTTTGCTTGTATCAAAAATCATGCAGAATTAAAACCACAATAGCA
AAGCTTTTTTCTTATTGATCTTCTATCTTCATCTTTGGTCAAGAAAAAAAGAAAGCTGGT
AACTTTTAATACATGATGATAGATAGGGCTATGGAGGAGGAGATCAAGCAGTTCTCTTAA
TGATATGGACTCCACTGTCTGTACCCACAATCTCGATTATCTCTCCCACCTTAAGTGCGT
ACGTTGCCTCCTCAAACGGTTTCTGCATTTGACCTCTCCCAAACGGACCTAGATCGCCGC
CGCGTTTGGCGGAGCTACAGTCGGAAACGCGAGAGGCAACATCCTCGAAGTTAGCTTTGC
CAGAGAGGATGTCTTCGCGGATCGATTTGAGCTGTTCGACGGCTGCTTCTCTCGTGGTAG
TCATTATGATCTTTCCTTCGGGATCCTTCCACGACGCCTTCCTACGGGATCCTTGGTGCT
TTATCAGAATGTGCGACGCCTTTACTTGCTCTCTCGACGCCATCTTTTTTTTTCCCGGCG
CTTGTTGTAGATGTGGTGATGATCGTCTATCAAGAGAAGAGAGGTTAAAGTGTGCCC

QA 3 659 3 659
DS 



AS 1 3

CO CL2435Contig1 1190 3 9 U
AACCTGGCTCCTATGTGGGTGAAGTGGTCAAAGTGATGGGGAAAAACAAGGTCTTGGTTA
AGGTCCATCCAGAGGGGAAGTATGTTGTTGATATTGACAAAAGCATAGACATAACGAAAC
TTACACCATCAACAAGAGTTGCTCTCCGTAATGATAGCTACGTTCTCCACCTTGTCCTAC
CAAGTAAAGTTGATCCCCTGGTTAACCTTATGAAAGTTGAGAAGGTTCCTGACTCCACTT
ATGACATGATTGGTGGTCTTGACCAGCAAATTAAGGAAATTAAGGAGGTCATTGAGCTAC
CAATCAAGCATCCTGAGTTGTTTGAGTCTCTCGGAATCGCTCAGCCAAAGGGTGTGTTGT
TATATGGTCCACCAGGAACTGGGAAGACGCTCTTGGCTCGGGCTGTGGCACATCACACTG
ACTGTACGTTCATCAGAGTTTCTGGTTCCGAGCTGGTCCAGAAATACATTGGAGAAGGTT
CTAGAATGGTCAGGGAACTTTTTGTGATGGCAAGGGAGCATGCACCATCGATCATATTCA
TGGATGAGATCGATAGTATCGGGTCTGCTCGTATGGAATCTGGAAGTGGAAACGGTGACA
GTGAGGTTCAGCGGACTATGCTTGAGCTTCTCAATCAACTTGACGGTTTCGAAGCGTCAA
ACAAGATCAAGGTTCTGATGGCGACAAATCGTATAGATATTCTGGATCAAGCTCTTCTCA
GGCCAGGAAGGATTGATAGGAAAATTGAATTCCCAAATCCTAACGAAGATTCACGTTTTG
ATATCTTGAAGATCCACTCGAGGAAAATGAATTTGATGCGTGGGATTGATCTGAAGAAGA
TCGCAGAGAAGATGAATGGTGCTTCAGGTGCTGAGCTGAAGGCTGTGTGCACGGAGGCAG
GCATGTTTGCTCTGAGGGAGAGGAGAGTACACGTGACACAGGAAGACTTTGAGATGGCGG
TGGCGAAGGTTATGAAGAAAGACACAGAGAAGAACATGTCTCTGCGTAAGCTCTGGAAGT
AGGAATATCTCTCTGTTTGTTCTTTCAAGAATCTTTTATCTTTGTTTTTTTTTTTTGAGC
AAACATCTTTGTTCTTTAAGCGTTTGAAAACAGAGTTTTTTTTTTCTGCCTAAACACTAG
TGTGTACCTGAAATGTAAGCATACCAGTTCCGAGTTCATCGTGTTCAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1EP26TF U 1
AF RR1AT75TF U 410
AF RR1EP26JQ C 447
BS 1 671 RR1EP26TF
BS 672 672 RR1AT75TF
BS 673 702 RR1EP26TF
BS 703 857 RR1AT75TF
BS 858 858 RR1EP26JQ
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BS 1177 1190 RR1EP26JQ

RD RR1EP26TF 702 0 0
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CTAGAATGGTCAGGGAACTTTTTGTGATGGCAAGGGAGCATGCACCATCGATCATATTCA
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GTGAGGTTCAGCGGACTATGCTTGAGCTTCTCAATCAACTTGACGGTTTCGAAGCGTCAA
ACAAGATCAAG*TTCTGATGGCGACAAATCGTATAGATATTC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1AT75TF 767 0 0
G
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ATCATATTCATGGATGAGATCGATAGTATCGGGTCTGCTCGTATGGAATCTGGAAGTGGA
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GCTCTTCTCAGGCCAGGAAGGATTGATAGGAAAATTGAATTCCCAAATCCTAACGAAGAT
TCACGTTTTGATATCTTGAAGATCCACTCGAGGAAAATGAATTTGATGCGTGGGATTGAT
CTGAAGAAGATCGCAGAGAAGATGAATTGTGCTTCAGGTGCTGAGCTGAAGGCTGTGTGC
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GAGATGGCGGTGGCGAAGGTTATGAAGAAAGACACAGAGAAGAACATGTCTCTGCGTAAG
CTCTGGAAGTAGGAATATCTCTCTGTTTGTTCTTTCAAGAATCTTTTATCTTTGTTTTTT
TTT**TGAGCAAACATCTTTGTTCTTTAAGCGTTTGAAAACAGAGTTTTTTTTTTCTGCC
TAAACACTAGTGTGTACCTGAAATGTAAGCATACCAGTTCCGAGTT

QA 2 767 2 767
DS 

RD RR1EP26JQ 744 0 0
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GCTCGTATGGAATCTGGAAGTGGAAACGGTGACAGTGAGGTTCAGCGGACTATGCTTGAG
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AATCGTATAGATATTCTGGATCAAGCTCTTCTCAGGCCAGGAAGGATTGATAGGAAAATT
GAATTCCCAAATCCTAACGAAGATTCACGTTTTGATATCTTGAAGATCCACTCGAGGAAA
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AAAACAGAGTTTTTTTTT*CTGCCTAAACACTAGTGTGTACCTGAAATGTAAGCATACCA
GTTCCGAGTTCATCGTGTTCAACT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 4

CO CL2436Contig1 826 4 11 U
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CTTCAACTCGGTCTTCTCCTTTCTGCCGACATCTAACCTTTGTCTCAAGATTCGAAGAAA
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CAACCGATTACTAAAGCTGAGCTTATGAAACTGAGGGAAGAGTTTTGGGACACTGCTCCT
CACTATGGCGGTAGGAAAGAGATATGGGACGCACTTCGAGCTGCTGCTGAAGCTGATATA
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GTCTGCTATGGCGAGAGAGGTGCTAAGCATGAGCTACCTAAGTATGTTCTAAGCGAGCCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1BT46TF U 1
AF RR1CQ83TF U 90
AF RR1BT46JQ C 101
AF RR1CQ83JQ C 549
BS 1 567 RR1BT46TF
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BS 786 826 RR1BT46JQ

RD RR1BT46TF 730 0 0
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CACTATGGCGGTAGGAAAGAGATATGGGACGCACTTCGAGCTGCTGCTGAAGCTGATATA
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ACAAACTTGGTGGAAGACAATTGATTTTTAAGAGATCAAGAACATTTCGAAAAGACGAGA
CAAATGTAAATCTTGTGTTGTGTAAGTAGTTCACATTAG*ATTCTCTGCTTTCGTCTATT
TAACGCTTTG

QA 1 730 1 730
DS 

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G
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GGGGTCATTGTTCAGAACAATGATCTCACTGTCTGCTATGACGAGAGAGGTGCTAAGCAT
GAGCTACCTAAGTATGTTCTAAGCGAGCCTACAAACTTGGTGGAAGACAATTGATTTTTA
AGAGATCAAGAACATTTCGAAAAGACGAGACAAATGTAAATCCTGTGTTGTGTAAGTAGT
TCGCATTAG*ATTCTCTGCTTTCGTCTATTTAACGCTTTGAAAAA*TGATTCCCACTTTT
CTCTCTCTCTCTCTGACTTGTTGTACCTAAGAACG

QA 2 696 2 696
DS 

RD RR1BT46JQ 726 0 0
TGTCTCAAGATTCGAAGAAAAATCTATTTGCTTTGTCGGAAGGGGAAGGAAAGTTTGCGG
CTTTGACTGGTTCTGATGAAGCTTCGACAAACCCTGAATTGATTTGATCTCTTTCCTATT
GAGATTTTGAAGGGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGCAAGAACATAAA
TGGGTTGTGCTGGATCAACACAGTCGCAAGGAGAAGGGTCAGTGAAGAAAATTAGGAAGC
CAAAACCGTGGAAACATACTCAACCGATTACTAAAGCTGAGCTTATGAAACTGAGGGAAG
AGTTTTGGGACACTGCTCCTCACTATGGCGGTAGGAAAGAGATATGGGACGCACTTCGAG
CTGCTGCTGAAGCTGATATATCTCTTGCGCAAGCAATCGTGGACAGCGCTGGGGTCATTG
TTCAGAACAATGATCTCACTGTCTGCTATGGCGAGAGAGGTGCTAAGTATGAGCTACCTA
AGTATGTTCTAAGCGAGCCTACAAACTTGGTGGAAGACAATTGATTTTTAAGAGATCAAG
AACATTTCGAAAAGACGAGACAAATGTAAATCTTGTGTTGTGTAAGTAGTTCACATTAGG
ATTCTCTGCTTTCGTCTATTTAACGCTTTGAAAAAATGATTCCCACTTTTCTCTCTCTCT
CTCTGACTTGTTGTACCTAAGAACGCAGATTGTTACCGAAATGCTAAAGACAAGTCTTTT
GGTTTC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1CQ83JQ 278 0 0
TGA
CGAGAGAGGTGCTAAGCATGAGCTACCTAAGTATGTTTTAAGCGAGCCTACAAACTTGGT
GGAAGACAATTGATTTTTAAGAAATCAAGAACATTTCGAAAAGACGAGACAAATGTAAAT
CCTGTGTTGTGTAAGTAGTTCGCATTAGGATTTTCTGCTTTCGTTTATTTAACGCTTTGA
AAAAATGATTCCCACTTTTCTCTCTCTCTTTCTGACTTGTTGTACCTAAGAACGCAGATT
GTTACCGAAATGCTAAAGACAAGTCTTTTGGTTTC

QA 4 278 4 278
DS 



AS 1 4

CO CL2437Contig1 669 4 2 U
TTTTTTTTGCTTTGAAGCATCTTTCATTGACAATCTTTTTGTTGACGAAATCGTGTAAAT
GGGATATGACGTTGCATTTCATGTAATGAAACCAAGCGTTTGCATTTGGGAATCGAGAAC
AAACATAAGCTAAACAAAAAGAAAAGCGTATTGGGATCAAGACCGCAAACGCAGAAACTA
GCTTGTAAAAGTTTTGAGCTTATTTCACTGCGCTTGTGCTTCTCTTCTGACTTCCTCTGG
CTTCGCCTCTGTTTCTCTTTCTTTCACAGTCGCATCGTCGATCACTTTCTGGCCATGAAC
GGCCTCTTCCTTCACAACCTTCAGATCATCAGCAGGAGATTTTGGGCCCGTCACTGGAAT
TTTTGTCTTTTCTGTAACTGGAGACTCTGCCTCAGCCAGAGCTGTTTTCAGAACTTCAGT
AACCGGTATCTTTTCCGGTGTTATCTTCTCGTCCTCTTTCATAGTCTTATCTGCCTTGTC
TTGAAGGAACAGGTTGATAAGAGATTTTGCAGCGTCGATCTTCTGATCTTCAAGAAGTGA
AATCTCAAGCTCCTCTGGCGCCGGAGCTCCAGTTTCCGACAAAACTTTTGGCTTTAGTCC
ACAATTCCCCATATTGCTATCCTTTAGCTAGCCTGGTATTCTAAATTCTTTTTGTTATAT
CTCGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1F054JQ U 14
AF RR1DB92TF C 1
AF RR1DB92JQ U 14
AF RR1F054TF C 14
BS 1 13 RR1DB92TF
BS 14 669 RR1DB92JQ

RD RR1F054JQ 491 0 0
GAAGCATCTTTCATTGACAATCTTTTTGTTGACGAAATCGTGTAAATGGGATATGACGTT
GCATTTCATGTAATGAAACCAAGCGTTTGCATTTGGGAATCGAGAACAAACATAAGCTAA
ACAAAAAGAAAAGCGTATTGGGATCAAGACCGCAAACGCAGAAACTAGCTTGTAAAAGTT
TTGAGCTTATTTCACTGCGCTTGTGCTTCTCTTCTGACTTCCTCTGGCTTCGCCTCTGTT
TCTCTTTCTTTCACAGTCGCATCGTCGATCACTTTCTGGCCATGAACGGCCTCTTCCTTC
ACAACCTTCAGATCATCAGCAGGAGATTTTGGGCCCGTCACTGGAATTTTTGTCTTTTCT
GTAACTGGAGACTCTGCCTCAGCCAGAGCTGTTTTCAGAACTTCAGTAACCGGTATCTTT
TCCGGGGTTATCTTCTCGTCCTCTTTCATAGTCTTATCTGCCTTGTCTTGAAGGAACAGG
TTGATAA
AAAA

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1DB92TF 669 0 0
TTTTTTTTGCTTTGAAGCATCTTTCATTGACAATCTTTTTGTTGACGAAATCGTGTAAAT
GGGATATGACGTTGCATTTCATGTAATGAAACCAAGCGTTTGCATTTGGGAATCGAGAAC
AAACATAAGCTAAACAAAAAGAAAAGCGTATTGGGATCAAGACCGCAAACGCAGAAACTA
GCTTGTAAAAGTTTTGAGCTTATTTCACTGCGCTTGTGCTTCTCTTCTGACTTCCTCTGG
CTTCGCCTCTGTTTCTCTTTCTTTCACAGTCGCATCGTCGATCACTTTCTGGCCATGAAC
GGCCTCTTCCTTCACAACCTTCAGATCATCAGCAGGAGATTTTGGGCCCGTCACTGGAAT
TTTTGTCTTTTCTGTAACTGGAGACTCTGCCTCAGCCAGAGCTGTTTTCAGAACTTCAGT
AACCGGTATCTTTTCCGGTGTTATCTTCTCGTCCTCTTTCATAGTCTTATCTGCCTTGTC
TTGAAGGAACAGGTTGATAAGAGATTTTGCAGCGTCGATCTTCTGATCTTCAAGAAGTGA
AATCTCAAGCTCCTCTGGCGCCGGAGCTCCAGTTTCCGACAAAACTTTTGGCTTTAGTCC
ACAATTCCCCATATTGCTATCCTTTAGCTAGCCTGGTATTCTAAATTCTTTTTGTTATAT
CTCGTTCCC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1DB92JQ 656 0 0
GAAGCATCTTTCATTGACAATCTTTTTGTTGACGAAATCGTGTAAATGGGATATGACGTT
GCATTTCATGTAATGAAACCAAGCGTTTGCATTTGGGAATCGAGAACAAACATAAGCTAA
ACAAAAAGAAAAGCGTATTGGGATCAAGACCGCAAACGCAGAAACTAGCTTGTAAAAGTT
TTGAGCTTATTTCACTGCGCTTGTGCTTCTCTTCTGACTTCCTCTGGCTTCGCCTCTGTT
TCTCTTTCTTTCACAGTCGCATCGTCGATCACTTTCTGGCCATGAACGGCCTCTTCCTTC
ACAACCTTCAGATCATCAGCAGGAGATTTTGGGCCCGTCACTGGAATTTTTGTCTTTTCT
GTAACTGGAGACTCTGCCTCAGCCAGAGCTGTTTTCAGAACTTCAGTAACCGGTATCTTT
TCCGGTGTTATCTTCTCGTCCTCTTTCATAGTCTTATCTGCCTTGTCTTGAAGGAACAGG
TTGATAAGAGATTTTGCAGCGTCGATCTTCTGATCTTCAAGAAGTGAAATCTCAAGCTCC
TCTGGCGCCGGAGCTCCAGTTTCCGACAAAACTTTTGGCTTTAGTCCACAATTCCCCATA
TTGCTATCCTTTAGCTAGCCTGGTATTCTAAATTCTTTTTGTTATATCTCGTTCCC

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1F054TF 656 0 0
GAAGCATCTTTCATTGACAATCTTTTTGTTGACGAAATCGTGTAAATGGGATATGACGTT
GCATTTCATGTAATGAAACCAAGCGTTTGCATTTGGGAATCGAGAACAAACATAAGCTAA
ACAAAAAGAAAAGCGTATTGGGATCAAGACCGCAAACGCAGAAACTAGCTTGTAAAAGTT
TTGAGCTTATTTCACTGCGCTTGTGCTTCTCTTCTGACTTCCTCTGGCTTCGCCTCTGTT
TCTCTTTCTTTCACAGTCGCATCGTCGATCACTTTCTGGCCATGAACGGCCTCTTCCTTC
ACAACCTTCAGATCATCAGCAGGAGATTTTGGGCCCGTCACTGGAATTTTTGTCTTTTCT
GTAACTGGAGACTCTGCCTCAGCCAGAGCTGTTTTCAGAACTTCAGTAACCGGTATCTTT
TCCGGTGTTATCTTCTCGTCCTCTTTCATAGTCTTATCTGCCTTGTCTTGAAGGAACAGG
TTGATAAGAGATTTTGCAGCGTCGATCTTCTGATCTTCAAGAAGTGAAATCTCAAGCTCC
TCTGGCGCCGGAGCTCCAGTTTCCGACAAAACTTTTGGCTTTAGTCCACAATTCCCCATA
TTGCTATCCTTTAGCTAGCCTGGTATTCTAAATTCTTTTTGTTATATCTCGTTCCC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 4

CO CL2438Contig1 753 4 8 U
GGACACACATCCACACAACAAAAAGAAATGACTCTCACCGTGAGCAGCGGTGGCAGAGTC
GCTAGGATCCACTCCATAGACCTCACCGATGCTTCTCGCACTCCCTTCTCCACCTTCAAA
CTCATAAACTTCCCTTACCCGTCAAGAACCCGTCTCCACGTGGTCTCCGCAGCCAAAAAC
AACTCCTCCCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGAACCCTCGTCCCGACAACA
ACCAAGGAACAGACGGAAGAAAGCAACATCGACAACACACCACCGTCTCAGATCGAAATC
GCCGACGACGGAGATGAAGATAGGTTCGCGGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCCGAAA
GACGCGCCCAAGTTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTTGAATCTGATCCGTTCGAAGGT
CCCCAGTGGGATGGTTTAGGGTTCTTCGTTCAGTACTTGTGGGCTTTCGGAATCGTTTTC
GCGTTAATCTCCGGTGCAATTGCGGCGGGGACGTATAACGAAGGTGCGACGGACTTCAAG
GAGACGCCGGTTTATAAGGAGGCGATGGAGTCTCGCGACCTTCTAGATGAGGCGGAGGGT
TCGAACTCGGAAGATGTTTTTGAGTCAAATCCGACAGAAGTGGCGCCTACTTTGGAGTAG
TTCAGTTCAGTGTTATAAAAAGGCATAGATCATGAGATTCTTGTGTTCATAATGTTACAG
AATCAAAGCGAAAAAGCTATTATTAAACAAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G261TF U 7
AF RR1GG57TF U 1
AF RR1G261JQ C 13
AF RR1GG57JQ C 403
BS 1 398 RR1GG57TF
BS 399 399 RR1G261TF
BS 400 479 RR1GG57TF
BS 480 480 RR1G261TF
BS 481 675 RR1GG57TF
BS 676 719 RR1G261JQ
BS 720 720 RR1GG57JQ
BS 721 753 RR1G261JQ

RD RR1G261TF 549 0 0
GGATCC
ACACAACAAAAAGAAATGACTCTCACCGTGAGCAGCGGTGGCAGAGTCGCTAGGATCCAC
TCCATAGACCTCACCGATGCTTCTCGCACTCCCTTCTCCACCTTCAAACTCATAAACTTC
CCTTACCCGTCAAGAACCCGTCTCCACGTGGTCTCCGCAGCCAAAAACAACTCCTCCCAA
ACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGAACCCTCGTCCCGACAACAACCAAGGAACAG
ACGGAAGAAAGCAACATCGACAACACACCACCGTCTCAGATCGAAATCGCCGACGACGGA
GATGAAGATAGGTTCGCGGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCCGAAAGACGCGCCCAAG
TTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTTGAATCTGATCCGTTCGAAGGTCCCCAGTGGGAT
GGTTTAGGGTTCTTCGTTCAGTACTTGTGGGCTTTCGGAATCGTTTTCGCGTTAATCTCC
GGTGCAATTGCGGCGGGGACGTATAACGAAGGTGCGACGGACTTCAAGGAGACGCCGGTT
TAT

QA 7 549 7 549
DS 

RD RR1GG57TF 675 0 0
GGACACACATCCACACAACAAAAAGAAATGACTCTCACCGTGAGCAGCGGTGGCAGAGTC
GCTAGGATCCACTCCATAGACCTCACCGATGCTTCTCGCACTCCCTTCTCCACCTTCAAA
CTCATAAACTTCCCTTACCCGTCAAGAACCCGTCTCCACGTGGTCTCCGCAGCCAAAAAC
AACTCCTCCCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGAACCCTCGTCCCGACAACA
ACCAAGGAACAGACGGAAGAAAGCAACATCGACAACACACCACCGTCTCAGATCGAAATC
GCCGACGACGGAGATGAAGATAGGTTCGCGGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCCGAAA
GACGCGCCCAAGTTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTCGAATCTGATCCGTTCGAAGGT
CCCCAGTGGGATGGTTTAGGGTTCTTCGTTCAGTACTTGTGGGCTTTCGGAATCGTTTTT
GCGTTAATCTCCGGTGCAATTGCGGCGGGGACGTATAACGAAGGTGCGACGGACTTCAAG
GAGACGCCGGTTTATAAGGAGGCGATGGAGTCTCGCGACCTTCTAGATGAGGCGGAGGGT
TCGAACTCGGAAGATGTTTTTGAGTCAAATCCGACAGAAGTGGCGCCTACTTTGGAGTAG
TTCAGTTCAGTGTTA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1G261JQ 741 0 0
ACACAACAAAAAGAAATGACTCTCACCGTGAGCAGCGGTGGCAGAGTCGCTAGGATCCAC
TCCATAGACCTCACCGATGCTTCTCGCACTCCCTTCTCCACCTTCAAACTCATAAACTTC
CCTTACCCGTCAAGAACCCGTCTCCACGTGGTCTCCGCAGCCAAAAACAACTCCTCCCAA
ACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGAACCCTCGTCCCGACAACAACCAAGGAACAG
ACGGAAGAAAGCAACATCGACAACACACCACCGTCTCAGATCGAAATCGCCGACGACGGA
GATGAAGATAGGTTCGCGGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCCGAAAGACGCGCCCAAG
TTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTTGAATCTGATCCGTTCGAAGGTCCCCAGTGGGAT
GGTTTAGGGTTCTTCGTTCAGTACTTGTGGGCTTTCGGAATCGTTTTCGCGTTAATCTCC
GGTGCAATTGCGGCGGGGACGTATAACGAAGGTGCGACGGACTTCAAGGAGACGCCGGTT
TATAAGGAGGCGATGGAGTCTCGCGACCTTCTAGATGAGGCGGAGGGTTCGAACTCGGAA
GATGTTTTTGAGTCAAATCCGACAGAAGTGGCGCCTACTTTGGAGTAGTTCAGTTCAGTG
TTATAAAAAGGCATAGATCATGAGATTCTTGTGTTCATAATGTTACA*AATCAAAGCGAA
AAAGCTATTATTAAACAAGAG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1GG57JQ 342 0 0
TCTGATCCGTTCGAAGGTCCCCAGTGGGATGGTTTAGGGTTCTTCGTTCAGTACTTGTGG
GCTTTCGGAATCGTTTTTGCGTTAATCTCCGGTGCAATTGCGGCGGGGACGTATAACGAA
GGTGCGACGGACTTCAAGGAGACGCCGGTTTATAAGGAGGCGATGGAGTCTCGCGACCTT
CTAGATGAGGCGGAGGGTTCGAACTCGGAAGATGTTTTTGAGTCAAATCCGACAGAAGTG
GCGCCTACTTTGGAGTAGTTCAGTTCAGTGTTATAAAAAGGCATAGATCATGAGATTCTT
GTGTTCATAATGTTACAGAATCAAAGCGAAAAAGCTATTATT

QA 1 342 1 342
DS 



AS 1 3

CO CL2439Contig1 1375 3 7 U
GGAACCTCTCTTTCAAACTCGAATTGATCGAGAAAATGAGCAACGAGAAGGACAGTTTCA
ACGTCGGCGATCTCACCGCTGCTCTTAAAGATGAGGACAGAGCAGGCCTTGTCAACGCTC
TTAAGAACAAGCTGCAGAATCTGGCTGGTCAGCATTCTGATGTGCTCGAGAATCTGACTC
CTAAGATCAGAAGACGTGTTGAGGTCTTGAGAGAGATTCAGGGAAAACATGATGAAATAG
AGGCCAAGTTTCGCGAGGAGAGAGCTGCTCTTGAAGCCAAGTATCAAAAATTATATCAGC
CCTTGTATACCAAGCGTTATGAGATTGTGAATGGAGCTATCGAAGTTGAAGGAGCTCAAG
AGGATGTTAAGATGGACCAAGGAGACGACAAATCTGCACAAGAGAAAGGAGTTCCTAGTT
TCTGGCTGACCGCATTGAAAAACAATGATGTTATATCTGAGGAGATAACCGAGCGTGATG
AAGGAGCCCTCATGTATCTTAAAGATATTAAGTGGTGCAAGATTGAGGAACCAAAGGGAT
TCAAACTTGAGTTTTTCTTCGACCAGAACCCTTACTTCAAAAACACCCTATTAACAAAGG
CCTATCACATGATTGATGAAGATGAGCCTCTGCTTGAGAAGGCTATTGGGACAGAGATTG
ATTGGTATCCTGGAAAATGCTTGACTCAGAAGATTCTTAAGAAGAAGCCTAAGAAAGGTG
CGAAGAATGCCAAGCCAATCACCAAAACTGAAGACTGTGAAAGTTTCTTCAACTTCTTCA
ATCCTCCCCAAGTTCCTGATGATGATGAAGACATCGACGAGGACAGAGCTGAAGAACTTC
AGAATCTGATGGAACAAGATTATGACATTGGTTCTACAATCCGGGAGAAGATTATACCCC
ATGCTGTCTCATGGTTTACTGGCGAGGCTATTGAAGGAGAAGAGTTTGACATAGACAATG
ACGATGAAGATGATGATATTGATGAGGACGAAGATGAGGATGAAGAAGATGATGAGGATG
AGGATGAGGAAGAAGACGATGATGAAGATGAGGAAGAAGAAGAAGTAAGCAAGACCAAAA
AGAAGCCGTCTATCCTACACAAGAAAGGAGGCAGGCCTCAGCTTAACGATGGACAACAAG
GGGAGAGGCCTCCTGAGTGCAAGCAACAGTAAAACAAAATTCAAAAATCGGCCAAAGGAA
TGTTGTGTGAAACTACATGTAAGGCAAAATGTTTGAGGTCTCTGCGCATTGAAGTTTCGA
CGTAGGCGGAATTGCCTTCTCACGAGATATTTGATAAATTATTTTTGGTGTTTCTGCTTT
TTGTTTATTTGGATCACTGAGTTAAAGTCTTGGTTTTATTACTTGTTTAAAAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F319TF U 1
AF RR1DQ69TF U 217
AF RR1DQ69JQ C 703
BS 1 583 RR1F319TF
BS 584 957 RR1DQ69TF
BS 958 958 RR1DQ69JQ
BS 959 967 RR1DQ69TF
BS 968 968 RR1DQ69JQ
BS 969 986 RR1DQ69TF
BS 987 1375 RR1DQ69JQ

RD RR1F319TF 583 0 0
GGAACCTCTCTTTCAAACTCGAATTGATCGAGAAAATGAGCAACGAGAAGGACAGTTTCA
ACGTCGGCGATCTCACCGCTGCTCTTAAAGATGAGGACAGAGCAGGCCTTGTCAACGCTC
TTAAGAACAAGCTGCAGAATCTGGCTGGTCAGCATTCTGATGTGCTCGAGAATCTGACTC
CTAAGATCAGAAGACGTGTTGAGGTCTTGAGAGAGATTCAGGGAAAACATGATGAAATAG
AGGCCAAGTTTCGCGAGGAGAGAGCTGCTCTTGAAGCCAAGTATCAAAAATTATATCAGC
CCTTGTATACCAAGCGTTATGAGATTGTGAATGGAGCTATCGAAGTTGAAGGAGCTCAAG
AGGATGTTAAGATGGACCAAGGAGACGACAAATCTGCACAAGAGAAAGGAGTTCCTAGTT
TCTGGCTGACCGCATTGAAAAACAATGATGTTATATCTGAGGAGATAACCGAGCGTGATG
AAGGAGCCCTCATGTATCTTAAAGATATTAAGTGGTGCAAGATTGAGGAACCAAAGGGAT
TCAAACTTGAGTTTTTCTTCGACCAGAACCCTTACTTCAAAAA

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1DQ69TF 772 0 0
G
TCAGGGAAAACATGATGAAATAGAGGCCAAGTTTCGCGAGGAGAGAGCTGCTCTTGAAGC
CAAGTATCAAAAATTATATCAGCCCTTGTATACCAAGCGTTATGAGATTGTGAATGGAGC
TATCGAAGTTGAAGGAGCTCAAGAGGATGTTAAGATGGACCAAGGAGACGACAAATCTGC
ACAAGAGAAAGGAGTTCCTAGTTTCTGGCTGACCGCATTGAAAAACAATGATGTTATATC
TGAGGAGATAACCGAGCGTGATGAAGGAGCCCTCATGTATCTTAAAGATATTAAGTGGTG
CG*GATTGAGGAACCAAAGGGATTCAAACTTGAGTTTTTCTTCGACCAGAACCCTTACTT
CAAAAACACCCTATTAACAAAGGCCTATCACATGATTGATGAAGATGAGCCTCTGCTTGA
GAAGGCTATTGGGACAGAGATTGATTGGTATCCTGGAAAATGCTTGACTCAGAAGATTCT
TAAGAAGAAGCCTAAGAAAGGTGCGAAGAATGCCAAGCCAATCACCAAAACTGAAGACTG
TGAAAGTTTCTTCAACTTCTTCAATCCTCCCCAAGTTCCTGATGATGATGAAGACATCGA
CGAGGACAGAGCTGAAGAACTTCAGAATCTGATGGAACAAGATTATGACATTGGTTCTAC
AATCCGGGAGAAGATTATACCCCATGCTGTCTCATGGTTTACTGGCGAGGCTATTGAAGG
AGAAGAGTTTGACATAGACA*TGACGATGA*GATGATGATATTGATGAG
AC

QA 2 770 2 770
DS 

RD RR1DQ69JQ 673 0 0
AGAAGCCTAAGAAAGGTGCGAAGAATGCCAAGCCAATCACCAAAACTGAAGACTGTGAAA
GTTTCTTCAACTTCTTCAATCCTCCCCAAGTTCCTGATGATGATGAAGACATCGACGAGG
ACAGAGCTGAAGAACTTCAGAATCTGATGGAACAAGATTATGACATTGGTTCTACAATCC
GGGAGAAGATTATACCCCATGCTGTCTCATGGTTTACTGGCGAGGCTATTGAAGGAGAAG
AGTTTGACATAGACAATGACGATGAAGATGATGATATTGATGAGGACGAAGATGAGGATG
AAGAAGATGATGAGGATGAGGATGAGGAAGAAGACGATGATGAAGATGAGGAAGAAGAAG
AAGTAAGCAAGACCAAAAAGAAGCCGTCTATCCTACACAAGAAAGGAGGCAGGCCTCAGC
TTAACGATGGACAACAAGGGGAGAGGCCTCCTGAGTGCAAGCAACAGTAAAACAAAATTC
AAAAATCGGCCAAAGGAATGTTGTGTGAAACTACATGTAAGGCAAAATGTTTGAGGTCTC
TGCGCATTGAAGTTTCGACGTAGGCGGAATTGCCTTCTCACGAGATATTTGATAAATTAT
TTTTGGTGTTTCTGCTTTTTGTTTATTTGGATCACTGAGTTAAAGTCTTGGTTTTATTAC
TTGTTTAAAAGTT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 4

CO CL2440Contig1 913 4 3 U
GCGAGATGAAAATTTATCAGATCTATACAATCTAATGATGTTGATACATGATACAATCTA
TAGATCTAAATAACATACAAGGCATCTCGTGGATCTGTCTACTTAAGCAACCTTACATTA
TAATATCATTTATGTAAATCCATGGATCACTAGGCATCTCGCGTAGATGAGACACAATGT
TCCAATAGGGTAATCTGTTGATAAAACGGTTTGGGTTTCTTACACAACTGTAAAAGAGCA
CAAGCCAATTCTCTTAAGTCCTAAGCAAGACACTGTAAGAACCAAAAAAAAAAACACTCA
AGACAAAGACAGATAAAATGAAGCTGTTTTGGTTGGTGCCGTCACAGCAAACTAAAGGGA
TAAAGCATATCACTCTGGTAATAGAAGAAACAAAGTTTTGATACACAACCGTTCCTCAAT
TGGCTCGGCTTTTGAAAATGTCGAGATCCATCTCAGTTGGATCGGTTGCTTGAAGCTCTA
CTTGAATCCCGTCTAGCTCTCTCTTGAACCTGTCCTTAGAGCTCGCATAGATCATCTTGC
TTCTCACTCTCGCAGTGTCCGGAGACCATGCGATGAAGAAAATCTTGCTCTTCTGGCAGT
TCTCAGCAGTGACGAAATCAAAATCGAAGATGGCGTATCTGCATTCATCAGCTGGAAGAC
TTGCTGCAAAGTCATCATGGGATTGACCAGGTTCGCCGAGTTTCTCCACGACCACTTGTT
TCTGCAGCTCCTCGATCTTGTAAACGATGAAACGGTAAGTCCTCTTGGCCTTGAGTTCGA
GAAACTTGAGCTTGCAGTCATCGTGGACTGCCATTCCAGACGCTGCGTTAGCCATGGCTG
AATCAGATTAGTTTCAGAGACGATGGAGTCTACGGGTGTGTGCGTCTTTTCTTTTCTCTT
CCTTTTCCTCACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE48JQ U 1
AF RR1EE48TF C 1
AF RR1AR87JQ U 178
AF RR1AR87TF C 192
BS 1 339 RR1EE48JQ
BS 340 860 RR1AR87JQ
BS 861 913 RR1AR87TF

RD RR1EE48JQ 339 0 0
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TAGATCTAAATAACATACAAGGCATCTCGTGGATCTGTCTACTTAAGCAACCTTACATTA
TAATATCATTTATGTAAATCCATGGATCACTAGGCATCTCGCGTAGATGAGACACAATGT
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AGACAAAGACAGATAAAATGAAGCTGTTTTGGTTGGTGC

QA 1 339 1 339
DS 

RD RR1EE48TF 339 0 0
GCGAGATGAAAATTTATCAGATCTATACAATCTAATGATGTTGATACATGATACAATCTA
TAGATCTAAATAACATACAAGGCATCTCGTGGATCTGTCTACTTAAGCAACCTTACATTA
TAATATCATTTATGTAAATCCATGGATCACTAGGCATCTCGCGTAGATGAGACACAATGT
TCCAATAGGGTAATCTGTTGATAAAACGGTTTGGGTTTCTTACACAACTGTAAAAGAGCA
CAAGCCAATTCTCTTAAGTCCTAAGCAAGACACTGTAAGAACCAAAAAAAAAAACACTCA
AGACAAAGACAGATAAAATGAAGCTGTTTTGGTTGGTGC

QA 1 339 1 339
DS 

RD RR1AR87JQ 683 0 0
A
GTTCCAATAGGGTAATCTGTTGATAAAACGGTTTGGGTTTCTTACACAACTGTAAAAGAG
CACAAGCCAATTCTCTTAAGTCCTAAGCAAGACACTGTAAGAACCAAAAAAAAAAACACT
CAAGACAAAGACAGATAAAATGAAGCTGTTTTGGTTGGTGCCGTCACAGCAAACTAAAGG
GATAAAGCATATCACTCTGGTAATAGAAGAAACAAAGTTTTGATACACAACCGTTCCTCA
ATTGGCTCGGCTTTTGAAAATGTCGAGATCCATCTCAGTTGGATCGGTTGCTTGAAGCTC
TACTTGAATCCCGTCTAGCTCTCTCTTGAACCTGTCCTTAGAGCTCGCATAGATCATCTT
GCTTCTCACTCTCGCAGTGTCCGGAGACCATGCGATGAAGAAAATCTTGCTCTTCTGGCA
GTTCTCAGCAGTGACGAAATCAAAATCGAAGATGGCGTATCTGCATTCATCAGCTGGAAG
ACTTGCTGCAAAGTCATCATGGGATTGACCAGGTTCGCCGAGTTTCTCCACGACCACTTG
TTTCTGCAGCTCCTCGATCTTGTAAACGATGAAACGGTAAGTCCTCTTGGCCTTGAGTTC
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TGAATCAGATTAGTTTCAGAGA

QA 2 683 2 683
DS 

RD RR1AR87TF 722 0 0
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TCTTAAGTCCTAAGCAAGACACTGTAAGAACCAAAAAAAAAAACACTCAAGACAAAGACA
GATAAAATGAAGCTGTTTTGGTTGGTGCCGTCACAGCAAACTAAAGGGATAAAGCATATC
ACTCTGGTAATAGAAGAAACAAAGTTTTGATACACAACCGTTCCTCAATTGGCTCGGCTT
TTGAAAATGTCGAGATCCATCTCAGTTGGATCGGTTGCTTGAAGCTCTACTTGAATCCCG
TCTAGCTCTCTCTTGAACCTGTCCTTAGAGCTCGCATAGATCATCTTGCTTCTCACTCTC
GCAGTGTCCGGAGACCATGCGATGAAGAAAATCTTGCTCTTCTGGCAGTTCTCAGCAGTG
ACGAAATCAAAATCGAAGATGGCGTATCTGCATTCATCAGCTGGAAGACTTGCTGCAAAG
TCATCATGGGATTGACCAGGTTCGCCGAGTTTCTCCACGACCACTTGTTTCTGCAGCTCC
TCGATCTTGTAAACGATGAAACGGTAAGTCCTCTTGGCCTTGAGTTCGAGAAACTTGAGC
TTGCAGTCATCGTGGACTGCCATTCCAGACGCTGCGTTAGCCATGGCTGAATCAGATTAG
TTTCAGAGACGATGGAGTCTACGGGTGTGTGCGTCTTTTCTTTTCTCTTCCTTTTCCTCA
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 3

CO CL2441Contig1 983 3 2 U
ATAGAGAAACCATCCCAAAAGAAAAACAAATTTAACTATTTGTGACCCAATGTGATGTAT
AAAATTGCAACAAGATTTTGAGTTTTCTTATACACATTGTTGATTCTGCAAATAAAATCA
GAGACTAATAAAACTTGAAATGGAAGAAGTAGCATATGCTAATCAATAAAAATGGTTTTT
TTGTTTTTGTTTTCTTTATTGCTGCTTGCCCTGTTGTCCAGGGTAAGCTCCAAGTTCTTC
AACATTCCAGCTTTCGTGAGATGCAACATGCTTATGCGAAGGAATGTACTCCTCCATCTT
CTTCATAAGCTCTTTGGCTGTTGGTGCAGAAACCACAATATTACGTGCCCCTGGTTTGAT
AAAACCTTCTTGGACGCCAGTGTCAAACAAAGCAAGCAAATTGTTATAGTACCCATCAAC
ATTCAATAGACCAACCGTCTTCTTATGGATACCAAGTTGTGACCATGTTATCATCTCCAG
CAGCTCCTCCATTGTTCCATAACCTCCAGGGAGAGCAATGAAGGCCTCAGCTTCTTGTGC
CATTGCAGCTTTTCGTTCGTGCATGTCAGCAACAACCCTTACTTCTCCTACAGTCTCACC
AGATATCTCAATTGGCATCAAAGCTTTGGGAATGATCCCGAGTACATGGAAACCACCTTC
ATAGACTCTCCTGGATATAAGACCCATCAACCCAACACTTCCTCCTCCATAAACCAAGTC
TATCTTCCTCTTCACGAGTTCATTGGCGAGTTCGATAGCAGCATCACTGAAAAGTTCTCT
ATTACCAGAGTTGCTTCCGCAAAAGACACAAAATTTACTGAACCTGCTTCTCTTGTTCTC
CTCCGTCATCATCAACGGATAAAATCACTTTTGTGTGACTGAGATTATTATTATATACGA
AGGGGAGGGACGGGATGCAAACAAGATTGAAAATATCGAATGAGAAAAATACAAAACAAA
ACTCTAATCCAATCCAGAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ29JQ U 1
AF RR1CO43JQ U 42
AF RR1CO43TF C 203
BS 1 536 RR1DQ29JQ
BS 537 983 RR1CO43TF

RD RR1DQ29JQ 536 0 0
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AAAATTGCAACAAGATTTTGAGTTTTCTTATACACATTGTTGATTCTGCAAATAAAATCA
GAGACTAATAAAACTTGAAATGGAAGAAGTAGCATATGCTAATCAATAAAAATGGTTTTT
TTGTTTTTGTTTTCTTTATTGCTGCTTGCCCTGTTGTCCAGGGTAAGCTCCAAGTTCTTC
AACATTCCAGCTTTCGTGAGATGCAACATGCTTATGCGAAGGAATGTACTCCTCCATCTT
CTTCATAAGCTCTTTGGCTGTTGGTGCAGAAACCACAATATTACGTGCCCCTGGTTTGAT
AAAACCTTCTTGGACGCCAGTGTCAAACAAAGCAAGCAAATTGTTATAGTACCCATCAAC
ATTCAATAGACCAACCGTCTTCTTATGGATACCAAGTTGTGACCATGTTATCATCTCCAG
CAGCTCCTCCATTGTTCCATAACCTCCAGGGAGAGCAATGAAGGCCTCAGCTTCTT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1CO43JQ 486 0 0
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ATCAATAAGAATGGTTTTTTTGTTTTTGTTTTCTTTATTGCTGCTTGCCCTGTTGTCCAG
GGTAAGCTCCAAGTTCTTCAACATTCCAGCTTTCGTGAGATGCAACATGCTTATGCGAAG
GAATGTACTCCTCCATCTTCTTCATAAGCTCTTTGGCTGTTGGTGCAGAAACCACAATAT
TACGTGCCCCTGGTTTGATAAAACCTTCTTGGACGCCAGTGTCAAACAAAGCAAGCAAAT
TGTTATAGTACCCATCAACATTCAATAAACCAACCGTCTTCTTATGGATACCAAGTTGTG
ACCATGTTATCATCTCCAGCAGCTCCTCCATTGTTCCATAACCTCCAGGGAGAGCAATGA
AGGCCT

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1CO43TF 781 0 0
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TGCGAAGGAATGTACTCCTCCATCTTCTTCATAAGCTCTTTGGCTGTTG*TGCAGAAACC
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AGCAAATTGTTATAGTACCCATCAACATTCAATAGACCAACCGTCTTCTTATGGATACCA
AGTTGTGACCATGTTATCATCTCCAGCAGCTCCTCCATTGTTCCATAACCTCCAGGGAGA
GCAATGAAGGCCTCAGCTTCTTGTGCCATTGCAGCTTTTCGTTCGTGCATGTCAGCAACA
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ATCCCGAGTACATGGAAACCACCTTCATAGACTCTCCTGGATATAAGACCCATCAACCCA
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ATCGAATGAGAAAAATACAAAACAAAACTCTAATCCAATCCAGAGTCCC

QA 13 781 13 781
DS 



AS 2 4

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AGAGATGGCATTGGATTACAAACCTTCAGAAGAGTTCCTCGTCAACAGCTTACAGCCCCT
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TATTCCGGAGATTGAAGGGAAGGAGCTTAAGGTTAATCTAGGTGAAGATGGAGTCTTGGG
ACGTTTCGAAGATTCTTCTGGTAAAGAGGTTGAACTAGTTAGCTTTGCTTCTCAAGAAGG
CGATGCAACTGTGATTATACCTTCCGAAAACGAATCAAAGATCGTTGGGAAGATTTCTCG
GCGAGTTTCGTTGGTTCGGTTCCCTGAACCGGAAGAGCTCCTTCAGACATTTAAAACTCA
GCAGAAGAGTGTAAAAGCTGCTCTGAGTTCCTCTCTTAAAAACTCTAGCCTTGCTATGAG
TAGCAGGCGTAAAAGCGGACAGTCTTCTCTTCGACATAGCAGCAAAGAGAAGAGTTTGTT
CACTGGCTTCACCGAGACCCCTAAGTCTTCGAAAAGGAAGCATTCGGAGCCCTCTTCGAG
CAAACGTGCTTCAGGCTCTTCGGATCAGTCCGGTAAGTCTAAGAAGAAGGTGAAGACTGA
GAAGTAATGAGATGCTTTGTTTTTTTTTCTTTTCTTTATATGGTGGTTTTTGATGTTGAA
TTTTGATTATGTGAGACGATAAGCAAAACTAGTATTGTATCCGAATATATTAGTTTATTT
CGCCATATATGGTCCTATGAAGTTCAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CT46TF U 1
AF RR1CT46JQ C 69
BS 1 612 RR1CT46TF
BS 613 810 RR1CT46JQ

RD RR1CT46TF 617 0 0
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AGAGATGGCATTGGATTACAAACCTTCAGAAGAGTTCCTCGTCAACAGCTTACAGCCCCT
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TATTCCGGAGATTGAAGGGAAGGAGCTTAAGGTTAATCTAGGTGAAGATGGAGTCTTGGG
ACGTTTCGAAGATTCTTCTGGTAAAGAGGTTGAACTAGTTAGCTTTGCTTCTCAAGAAGG
CGATGCAACTGTGATTATACCTTCCGAAAACGAATCAAAGATCGTTGGGAAGATTTCTCG
GCGAGTTTCGTTGGTTCGGTTCCCTGAACCGGAAGAGCTCCTTCAGACATTTAAAACTCA
GCAGAAGAGTGTAAAAGCTGCTCTGAGTTCCTCTCTTAAAAACTCTAGCCTTGCTATGAG
TAGCAGGCGTAAAAGCGGACAGTCTTCTCTTCGACATAGCAGCAAAGAGAAGAGTTTGTT
CACTGGCTTCACCGAGACCCCTAAGTCTTCGAAAAGGAAGCATTCGGAGCCCTCTTCGAG
CAAACGTGCTTC
AGCTC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1CT46JQ 742 0 0
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AAGATTCTTCTGGTAAAGAGGTTGAACTAGTTAGCTTTGCTTCTCAAGAAGGCGATGCAA
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CGTTGGTTCGGTTCCCTGAACCGGAAGAGCTCCTTCAGACATTTAAAACTCAGCAGAAGA
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GTAAAAGCGGACAGTCTTTTTTTCGACATAGCAGCAAAGAGAAGAGTTTGTTCACTGGCT
TCACCGAGACCCCTAAGTCTTCGAAAAGGAAGCATTCGGAGCCCTCTTCGAGCAAACGTG
CTTCAGGCTCTTCGGATCAGTCCGGTAAGTCTAAGAAGAAGGTGAAGACTGAGAAGTAAT
GAGATGCTTTGTTTTTTTTTCTTTTCTTTATATGGTGGTTTTTGATGTTGAATTTTGATT
ATGTGAGACGATAAGCAAAACTAGTATTGTATCCGAATATATTAGTTTATTTCGCCATAT
ATGGTCCTATGAAGTTCAAGCC

QA 1 742 1 742
DS 



CO CL2442Contig2 692 2 2 U
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CTATGAGTAGCAGGCGTAAAAGCGGACAGTCTTCTCTTCGACATAGCAGCAGAGAGAAGA
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GACTGAGAAGTAATGAGATGTTTGTTTTTTCT


BQ
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AF RR1ER95TF U 1
AF RR1FI43TF U 1
BS 1 619 RR1ER95TF
BS 620 692 RR1FI43TF

RD RR1ER95TF 619 0 0
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TGAGCCATATTCCGGAGATTGAAGGGAAGGAGCTTAAGGTTAATCTAGGTGAAGATGGAG
TCTTGGGACGTTTCGAGGATTCTTCTGGTAAAGAGGTCGAACTAGTTAGCTTTGCTTCTC
AAGAAGGCGATGCAACTGTGATTATACCTTCTGAAAACGAATCAAAGATCGTTGGGAAGA
TTTCTCGGCGAGTTTCGTTGGTTCGGTTCCCTGAACCGGAAGAGCTCCTTCAGACATTTA
AAACTCAGCAGAAGATTGTAAAAGCTGCTCTGAGTTCCTCTCTTAAAAACTCTAGCCTTG
CTATGAGTAGCAGGCGTAAAAGCGGACAGTCTTCTCTTCGACATAGCAGCAGAGAGAAGA
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CTGCGAGCAAACGTGCTTC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1FI43TF 692 0 0
CTCTCCGGTGACTACTCTCTCCATTCCGCCGTCAACAGAGCAATCCTTCGTTCTGAGAGA
GCAGAGGAGAGATGACATTGGATTACAAACCTTCAGAAGAGTTCCTCGTCAACAACTTGC
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TGAGCCATATTCCGGAGATTGAAGGGAAGGAGCTTAAGGTTAATCTAGGTGAAGATGGAG
TCTTGGGACGTTTCGAGGATTCTTCTGGTAAAGAGGTCGAACTAGTTAGCTTTGCTTCTC
AAGAAGGCGATGCAACTGTGATTATACCTTCTGAAAACGAATCAAAGATCGTTGGGAAGA
TTTCTCGGCGAGTTTCGTTGGTTCGGTTCCCTGAACCGGAAGAGCTCCTTCAGACATTTA
AAACTCAGCAGAAGATTGTAAAAGCTGCTCTGAGTTCCTCTCTTAAAAACTCTAGCCTTG
CTATGAGTAGCAGGCGTAAAAGCGGACAGTCTTCTCTTCGACATAGCAGCAGAGAGAAGA
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CTGCGAGCAAACGTGCTTCAGGCTCTTCGGATCAGTCGGGTAAGTCTAAGAAGAAGTGAA
GACTGAGAAGTAATGAGATGTTTGTTTTTTCT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 3

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AGGCTTGGCAGGAAGCTTCGACCGCGGCGGCACGATGGGAATTGATTTGATCGCAGGAGG
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GAAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCTCTTTCCAGGCTCGTCGA
ATTCATGACCGGCAAGGAAGACAAGATTGCTGTTTTGGTTGGAACCATAACCGATGATTT
GAGGGTACACGAGATCCCAGCTATCAAGGTTACTGCCTTGAGGTTCACTGAGAGAGCCAG
AGCTCGCATCGAGAAAGCTGGTGGTGAATGCTTAACCTTTGACCAGCTTGCTCTCAGAGC
TCCTTTGGGACAGAACACTGTTCTTCTTAGAGGACCTAAGAACTCACGTGAGGCTGTGAA
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GGGAAGGAAATTCGAGAAGGCCAGAGGAAAGAGGAAGAGCCGTGGATTCAAGGTTTAAGG
ACATTGTCATCGTTCTTGAACTTGCTTCTCGACCTTTGTTATAGAATCGTGGATTTTTTG
TTTGCCTCTTTCAGACAATATTTTAAGATTGTTTGGACTTAATCAACTGTGTTATTATT


BQ
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AF RR1GO56TF U 18
AF RR1EG75TF U 1
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BS 1 677 RR1EG75TF
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BS 679 700 RR1EG75TF
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GG
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CTGGTAAGGAGAACACAGAGCAAGTTCAATGCAGTGATCTTGAAGAGGCTTTTCATGAGC
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GACAAGATTGCTGTTTTGGTTGGAACCATAACCGATGATTTGAGGGTACATGAGATCCCA
GCTATCAAGGTTACCGCCTTGAGGTTCACTGAGAGAGCCAGAGCTCGCATCGAGAAAGCT
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GTTCTTCTTAGAGGACCTAAGAACTCACGTGAGGCTGTGAAGCACTTTGGTCCTGCTCCT
GGTGTGCCACACAGTCACTCCAAGCCGTGTGTTCGGTCCAAGGGAAGGAAGTTCGAGAAA
GCCAGAGGAAA

QA 3 553 3 553
DS 

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GAAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCTCTTTCCAGGCTCGTCGA
ATTCATGACCGGCAAGGAAGACAAGATTGCTGTTTTGGTTGGAACCATAACCGATGATTT
GAGGGTACACGAGATCCCAGCTATCAAGGTTACTGCCTTGAGGTTCACTGAGAGAGCCAG
AGCTCGCATCGAGAAAGCTGGTGGTGAATGCTTAACCTTTGACCAGCTTGCTCTCAGAGC
TCCTTTGGGACAGAACACTGTTCTTCTTAGAGGACCTAAGAACTCACGTGAGGCTGTGAA
GCACTTTGGTCCTGCTCCTGGTGTGCCACACAGTCACTCCAAGCCGCATGTTAGGTCCAA
GGGAAGGAAATTCGAGAAGGCCAGAGGAAAGAGGAAGAGCCGTGGATTCAAGGTTTAAGG
ACATTGTCATCGTTCTTGAACTTGCTTCTCGACCTTTGTTATAGAATCGTGGATTTTTTG
TTTGCCTCTTTCAGACA*TATTTTAAGATTGTTTGGACTT
AATCAACTGTGTTATTA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1EG75JQ 662 0 0
AGGG
AAGAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCCAAGTCCGACGATGTCTACCTCAAGCTTACC
GTCAAGCTTTACAGGTTTCTGGTAAGGAGAACACAGAGCAAGTTCAATGCAGTGATCTTG
AAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCTCTTTCCAGGCTCGTCGAA
TTCATGACCGGCAAGGAAGACAAGATTGCTGTTTTGGTTGGAACCATAACCGATGATTTG
AGGGTACACGAGATCCCAGCTATCAAGGTTACTGCCTTGAGGTTCACTGAGAGAGCCAGA
GCTCGCATCGAGAAAGCTGGTGGTGAATGCTTAACCTTTGACCAGCTTGCTCTCAGAGCT
CCTTTGGGACAGAACACTGTTCTTCTTAGAGGACCTAAGAACTCACGTGAGGCTGTGAAG
CACTTTGGTCCTGCTCCTGGTGTGCCACACAGTCACTCCAAGCCGCATGTTAGGTCCAAG
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CATTGTCATCGTTCTTGAACTTGCTTCTCGACCTTTGTTATAGAATCGTGGATTTTTTGT
TTGCCTCTTTCAGACAATATTTTAAGATTGTTTGGACTTAATCAACTGTGTTATTATT

QA 5 662 5 662
DS 



AS 1 4

CO CL2444Contig1 1070 4 3 U
GGGATCCATCTCGATTCCGACACCGCCGGAGTTCCCGTCTCCGTCTTAGATCTTCTGTTT
CCGCTTTTGGAAGGAGAAGAGAGAGAGAGGAAACATGGAGGAACACCATTGCTGCATTTA
CTCGAAAATACTCTCCAAATGCACCTTCGCTTCATTCCTAATCATCTTCTCAATCTTTCT
AACGGTTCGTGTGCTGTATGTTCTGTACCGATGTGGCAAACCTTTTCCCAAAGGAGCTTC
ACCGCCTTCTCTCAGTACTCTCATTGTTCTTGGTTCTGGGGGACACACGGCAGAGATGTT
GAGTCTCCTCTCCGTGATGCGGATGGATAGATATACACCCAGGTTTTACGTCGCTGCTGC
TTCTGATAACATGAGTCTCCACAAAGCTCGTTCCTTTGAACACTCTCTACCTCACAGGCC
TGGTGTTAAGGAAGCCTCCTTACGGTTCACACAAATTTACCGGAGTAGAGAAGTTGGTCA
GTCTTATGTGACTTCTGTTTGGACTACTATTCTTGCTATTGTTCATGCTCTTTCCCTCAT
GATCCGGATCAGACCCCAACTGATCCTTTGCAATGGTCCTGGGACCTGTATTCCTCTCTG
TGTGATCGCTTTCTTGTTCAAGGTGCTGGGAATCAGATGGTCATCCATCTTTTATGTTGA
GAGTGTAGCAAGAGTTAAGAAGCTCTCTTTAAGTGGATTGCTTCTGTATAAGTTAAGGAT
TGCTGATCAGTTCTTTGTTCAATGGCCACATCTCCAAAACAACTACCCTCGTGCTCACTA
TGTTGGCTGCCTCATGTAAAGCTCATTTCAGAAACCATCCTCACACATGCATTGTCTACA
ATAACTTTGAATATAGCTACAAAGCCTACACTCTCTCTTTATATACAGGACTGAATCACA
TTTGGTAATACTACTGGTCTTTGGCTGCTATGAACTCAAAGTTTTAATTACTGAAGTTTT
GTAAACAGAGTCGTGCACTATTTAAATAAACTCAAACTGTACATAGAGACATGTGTCCCA
CTCGCATGGACCATTACAAAATCACATAATAGATACATTCATAAACGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G059TF U 1
AF RR1G059JQ C 248
AF RR1EL45JQ C 645
AF RR1EL45TF U 645
BS 1 604 RR1G059TF
BS 605 645 RR1G059JQ
BS 646 1070 RR1EL45TF

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GAGTCTCCTCTCCGTGATGCGGATGGATAGATATACACCCAGGTTTTACGTCGCTGCTGC
TTCTGATAACATGAGTCTCCACAAAGCTCGTTCCTTTGAACACTCTCTACCTCACAGGCC
TGGTGTTAAGGAAGCCTCCTTACGGTTCACACAAATTTACCGGAGTAGAGAAGTTGGTCA
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GATCCGGATCAGACCCCAACTGATCCTTTGCAATGGTCCTGGGACCTGTATTCCTCTCTG
TGTG

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DS 

RD RR1G059JQ 714 0 0
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CTCTCCGTGATGCGGATGGATAGATATACACCCAGGTTTTACGTCGCTGCTGCTTCTGAT
AACATGAGTCTCCACAAAGCTCGTTCCTTTGAACACTCTCTACCTCACAGGCCTGGTGTT
AAGGAAGCCTCCTTACGGTTCACACAAATTTACCGGAGTAGAGAAGTTGGTCAGTCTTAT
GTGACTTCTGTTTGGACTACTATTCTTGCTATTGTTCATGCTCTTTCCCTCATGATCCGG
ATCAGACCCCAACTGATCCTTTGCAATGGTCCTGGGACCTGTATTCCTCTCTGTGTGATC
GCTTTCTTGTTCAAGGTGCTGGGAATCAGATGGTCATCCATCTTTTATGTTGAGAGTGTA
GCAAGAGTTAAGAAGCTCTCTTTAAGTGGATTGCTTCTGTATAAGTTAAGGATTGCTGAT
CAGTTCTTTGTTCAATGGCCACATCTCCAAAACAACTACCCTCGTGCTCACTATGTTGGC
TGCCTCATGTAAAGCTCATTTCAGGAACCATCCTCACACATACATTGTCTACAATAACTT
TGAATATAGCTACAAAGCCTACACTCTCTCTTTATATACAGGACTGAATCACATTTGGTA
ATACTACTGGTCTTTGGCTGCTATGAACTCAAAGTTTTAATTACTGAAGTTTTG

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DS 

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G
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CCCTCGTGCTCACTATGTTGGCTGCCTCATGTAAAGCTCATTTCAGAAACCATCCTCACA
CATGCATTGTCTACAATAACTTTGAATATAGCTACAAAGCCTACACTCTCTCTTTATATA
CAGGACTGAATCACATTTGGTAATACTACTGGTCTTTGGCTGCTATGAACTCAAAGTTTT
AATTACTGAAGTTTTGTAAACAGAGTCGTGCACTATTTAAATAAACTCAAACTGTACATA
GAGACATGTGTCCCACTCGCATGGACCATTACAAAATCACATAATAGATACATTCATAAA
CGTGC

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DS 

RD RR1EL45TF 426 0 0
G
CATCTTTTATGTTGAGAGTGTAGCAAGAGTTAAGAAGCTCTCTTTAAGTGGATTGCTTCT
GTATAAGTTAAGGATTGCTGATCAGTTCTTTGTTCAATGGCCACATCTCCAAAACAACTA
CCCTCGTGCTCACTATGTTGGCTGCCTCATGTAAAGCTCATTTCAGAAACCATCCTCACA
CATGCATTGTCTACAATAACTTTGAATATAGCTACAAAGCCTACACTCTCTCTTTATATA
CAGGACTGAATCACATTTGGTAATACTACTGGTCTTTGGCTGCTATGAACTCAAAGTTTT
AATTACTGAAGTTTTGTAAACAGAGTCGTGCACTATTTAAATAAACTCAAACTGTACATA
GAGACATGTGTCCCACTCGCATGGACCATTACAAAATCACATAATAGATACATTCATAAA
CGTGC

QA 2 426 2 426
DS 



AS 1 4

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AAAGGGAATAAATATTTCATTCCACATAAGGGAATATATAATCCAACAACATAAGGGGCA
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TAAAAAAAA***GTGTTAAAAAACAAAAAGAACAAACCGTCAATATATCTCATCAATCAT
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GTTCTCTGCAAACACAGCTCCACCTGCATAGCCTTAAGCTTCTTCAGCTTCTCCTCCATC
TCCCTCTTCTTCGGCCCATCCTCAACCATACCCCAAACCGCACACACCGTCGACTCATCC
AAACCAAAAACACTCACATTCTCCGCCTTGAAGAACATAGCCATCTCTCTACTCGACGAG
AGCTGAGCATCATCCACAACAACAACCCCCTTCTGCTTCTCCATTTTCTTAGGCGTGTGC
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AGAACACCGTTAGCTCCCCAAATATTCCTCGACAAGTCGAAAGCTTTCTGGTCAAGATCC
TTGGAACACGTGACCTTATCCTCGGTCTTGCCTTTCTTGAGCGCGTTCTTGACTATGTTC
ACAAACTTCTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H236JQ U 1
AF RR1H661JQ U 1
AF RR1BD91JQ U 76
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BQ
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AF RR1FF51TF U 1
AF RR1EX51TF U 1
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AF RR1FF51JQ C 447
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G

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TCCGGCGTTTGTTCACCTCCTCTGTGGAGAACGAGCCCACCCAAGAGCCCTCTTCATAAC
AAGCAAGCCAATCACCAGAACCCCTCTCATGTTTCCAAGGCTCAGGTCATCGCTCGTGGT
CAGCGAGAGCTTATGGAGATGGTTAGCAAGATGCCCGAGTCGTGCTACGAGCTCTCCTTG
AAGGATCTCGTCGAGGTGAACACAGAGGCAGAGGAAGAGAAAGATCGGGAAGTGTTGGAT
GAAATGCCTCAGAGAACGAAGAAGATTAAGAGCAAAGTGGTGAGGAAGTCAAAGAGCGAT
AGATGGGTGGATCCGAGGAGTCGAAGCAGGGGAGTGAATAACAGTGGGTTTCTTCTGAAT
TTAGGGTTTCCTGTTAGCTTGGGTGCTAAGAAAAAGACTAAGAAGAAGGATGATGATGAT
TCTTCTGTGACAAGCAAAGGCTCTGCGGTTTCTCCCAGGCCTTCCATCTCAGAGGATAAA
GTTTGGTGGAGGTCAGAATCGAGTAG*AGTCTGAGAG*TGTTTCGAGGATCAACAGTGGG
GGCTCGAAGAGCAGTGCTGGTAGTAGTAGCAGAAGCA*TAGCGATCGAAGCAGACGCAGT
CTAAGG
ATGAAA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1EX51JQ 776 0 0
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AGAAGATTAAGAGCAAAGTGGTGAGGAAGTCAAAGAGCGATAGATGGGTGGATCCGAGGA
GTCGAAGCAGGGGAGTGAATAACAGTGGGTTTCTTCTGAATTTAGGGTTTCCTGTTAGCT
TGGGTGCTAAGAAAAAGACTAAGAAGAAGGATGATGATGATTCTTCTGTGACAAGCAAAG
GCTCTGCGGTTTCTCCCAGGCCTTCCATCTCAGAGGATAAAGTTTGGTGGAGGTCAGAAT
CGAGTAGGAGTCTGAGAGGTGTTTCGAGGATCAACAGTGGGGGCTCGAAGAGCAGTGCTG
GTAGTAGTAGCAGAAGCAATAGCGATCGAAGCAGACGCAGTCTAAGGGATGAAAACAGAG
GATGCTTATCTTGCCTCTGGAATGTATATCTATGATTATGAGACTTCATTGGTTTATACA
CTTCTTGCTTTAACCTGAGCTGGATTTAGTGCGTTCTGTAAATCCATGGACGAAGGAATC
CAGGAATGATGAAGATGTAAGCAGAGGACATGAACATCTTCTTCAATGTACAACCAACTA
TTCTATCCCTTTACTTTTCTTTTAGTTCTATATATTACTGAATTTTCTTAATGTATGCAT
ATAGAGCACATGATGATGATCTTATTATATGTAGATTGGTACTGCTCTAGCTTTTGCTAA
CATAAACCAATAGAAGTGTACCAATGCTCATCGATATATATCAAAACGTTACGGTC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1FF51JQ 709 0 0
TAAGAGCAAAGTGGTGAGGAAGTCAAAGAGCGATAGATGGGTGGATCCGAGGAGTCGAAG
CAGGGGAGTGAATAACAGTGGGTTTCTTCTGAATTTAGGGTTTCCTGTTAGCTTGGGTGC
TAAGAAAAAGACTAAGAAGAAGGATGATGATGATTCTTCTGTGACAAGCAAAGGCTCTGC
GGTTTCTCCCAGGCCTTCCATCTCAGAGGATAAAGTTTGGTGGAGGTCAGAATCGAGTAG
GAGTCTGAGAGGTGTTTCGAGGATCAACAGTGGGGGCTCGAAGAGCAGTGCTGGTAGTAG
TAGCAGAAGCAATAGCGATCGAAGCAGACGCAGTCTAAGGGATGAAAACAGAGGATGCTT
ATCTTGCCTCTGGAATGTATATCTATGATTATGAGACTTCATTGGTTTATACACTTCTTG
CTTTAACCTGAGCTGGATTTAGTGCGTTCTGTAAATCCATGGACGAAGGAATCCAGGAAT
GATGAAGATGTAAGCAGAGGACATGAACATCTTCTTCAATGTACAACCAACTATTCTATC
CCTTTACTTTTCTTTTAGTTCTATATATTACTGAATTTTCTTAATGTATGCATATAGAGC
ACATGATGATGATCTTATTATATGTAGATTGGTACTGCTCTAGCTTTTGCTAACATAAAC
CAATAGAAGTGTACCAATGCTCATCGATATATATCAAAACGTTACGGTC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 2 4

CO CL2447Contig1 774 2 17 U
GGAGACAACTCGAGTTTCTTACACAAAAGCAACTCGACTCAAACAGCAAATCCATATGGC
TCCTTCTGCGCAATCTCTTCCTACAAGTGTTTCTGATGAGAAATACGCGAATGTGAAATG
GGAAGAATTAGGATTCGGGTTTTATCGTACGGACAGTATGTATGTTGCGAAGTGCAAACA
TGGAGAGAGTTTCCAAGAGGGAAAGATCGTTCCTTATGCTGATCTCCAAATCAGCCCTTG
CTCTGCAGTTCTTAACTATGGCCAGGGGTTATATGAAGGGCTGAAGGCTTACAGGACAGA
AGATGGTCGAATTATGCTATTCCGACCAGACCAAAACGCTCCCCGCCTTCAGTCCGGAGC
CCACAGACTTTGTATGCCTTGTCCCTCGGTCGATCAATTCATCTCCGCTGTCAAACAAGT
TGTTCTTGCCAACAAGAAATGGATTCCTCCTCCGGGGAGAGGAACACTGTATATCAGATC
TATCTTGTTTGGGAGCGGTCCTATACTTGGCTCATTTCCTGTGTCCGAGTACACCTTCAC
AATGTTTGCATGTCCCGTTGGTCGTTATCACAGCGATAACGCAGGGTTGAACCTGAAAAT
TGAAGATAAGTTTCGTCGTGCTTTTCCAGGTGGAACCGGTGATGTGAAGAGTATCACAAA
CTATTCTCCTGTTTGGATAACAGTAGCAGAGCGAAGCACAAGTTTCTCTGATGTTTTGTT
TTGGATGCTGCACTGGTAAAACGTTGAAGAGCTTACGCTTCTACGTTTCATAGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C806TF U 1
AF RR1DD42TF U 1
BS 1 26 RR1C806TF
BS 27 27 RR1DD42TF
BS 28 129 RR1C806TF
BS 130 130 RR1DD42TF
BS 131 341 RR1C806TF
BS 342 342 RR1DD42TF
BS 343 522 RR1C806TF
BS 523 523 RR1DD42TF
BS 524 555 RR1C806TF
BS 556 556 RR1DD42TF
BS 557 568 RR1C806TF
BS 569 569 RR1DD42TF
BS 570 637 RR1C806TF
BS 638 638 RR1DD42TF
BS 639 641 RR1C806TF
BS 642 642 RR1DD42TF
BS 643 774 RR1C806TF

RD RR1C806TF 774 0 0
GGAGACAACTCGAGTTTCTTACACAATAGCAACTCGACTCAAACAGCAAATCCATATGGC
TCCTTCTGCGCAATCTCTTCCTACAAGTGTTTCTGATGAGAAATACGCGAATGTGAAATG
GGAAGAATTGGGATTCGGGTTTTATCGTACGGACAGTATGTATGTTGCGAAGTGCAAACA
TGGAGAGAGTTTCCAAGAGGGAAAGATCGTTCCTTATGCTGATCTCCAAATCAGCCCTTG
CTCTGCAGTTCTTAACTATGGCCAGGGGTTATATGAAGGGCTGAAGGCTTACAGGACAGA
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TGTTCTTGCCAACAAGAAATGGATTCCTCCTCCGGGGAGAGGAACACTGTATATCAGATC
TATCTTGTTTGGGAGCGGTCCTATACTTGGCTCATTTCCTGTTTCCGAGTACACCTTCAC
AATGTTTGCATGTCCTGTTGGTCGTTATTACAGCGATAACGCAGGGTTGAACCTGAAAAT
TGAAGATAAGTTTCGTCGTGCTTTTCCAGGTGGAACCTGTGGTGTGAAGAGTATCACAAA
CTATTCTCCTGTTTGGATAACAGTAGCAGAGCGAAGCACAAGTTTCTCTGATGTTTTGTT
TTGGATGCTGCACTGGTAAAACGTTGAAGAGCTTACGCTTCTACGTTTCATAGT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1DD42TF 741 0 0
GGAGACAACTCGAGTTTCTTACACAAAAGCAACTCGACTCAAACAGCAAATCCATATGGC
TCCTTCTGCGCAATCTCTTCCTACAAGTGTTTCTGATGAGAAATACGCGAATGTGAAATG
GGAAGAATTAGGATTCGGGTTTTATCGTACGGACAGTATGTATGTTGCGAAGTGCAAACA
TGGAGAGAGTTTCCAAGAGGGCAAGATCGTTCCTTATGCTGATCTCCAAATCAGCCCTTG
CTCTGCAGTTCTTAACTATGGCCAGGGTTTATATGAAGGGCTGAAGGCTTACAGGACAGA
AGATGGTCGAATTATGCTATTCCGACCAGACCAAAACGCTCCCCGCCTTCAGTCCGGAGC
TCACAGACTTTGTATGCCTTGTCCCTCGGTCGATCAATTTGTCTCCGCTGTCAAACAAGT
TGTTCTTGCCAACAAGAAATGGATTCCTCCTCCGGGGAGAGGAACACTGTATCTCAGATC
TGTCTTGTTTGGGAGCGGTCCTATACTTGGCTCATTTCCTGTGTCCGAGTACACCTTCAC
AATGTTTGCATGTCCCGTTGGTCGTTATCACAGCGATAACGCAGGGTTGAACCTGAAAAT
TGAAGATAAGTTTCGTCGTGCTTTTCCAGGTGGAACCGTTGATGTGAAGAGTATCACAAA
CTATTCTCCTGTTTGGATA*CAGTAGCAGAGCGAAGCACAAGTTTCTCTGATGTTT*GTT
TTG*ATGCTGCACTGG
CAAAC

QA 1 736 1 736
DS 



CO CL2447Contig2 748 2 6 U
GTAAAACTTATGAGAGTTTTATTTATAATATTTCATACCAACTTTTTATATACATCACAG
CATGCATGACATAATATTCCATGATATGATAAACACAAAAGATCGAGAGACATCTTCTGA
TGTTTCTTAATTATAACATGTCACGTTACAGCTTCAAAGTTTCACACTGGTGGCATCGAT
CAATCTCCACCGTCCACCCATTCTTATCCTCAACCCGACCCAACTGGATATCCGTTAACG
TCGCAAAGAGCTTCGCAGCCAATGTCTTATCACCTGTTTTGAAACCGGTCTTTTTGTCCT
TGAAGGTGACGGACGCAATAGTTGTCACAATTGCAGCAGTGCCAGAGCAGAAAACTTCTT
CCGCATCGAGAAGATCCTCAACGGGAACAACACGTTCCTCAACCTTGTATCCGAAATCAC
GAGTTAACTCGATGATACATTTTCGTGTGATTCCAGGCAATATGGTTCCTGAAATTTCTG
GAGTCGACACAACATTTCCCTTGACTATGAAAACGTTAGAAGCGTAAAGCTCTTCAACGT
TTTTACCAGTTGCAGCATCCAAAAACAAAACATCAGAAAAACCTTGTGCTTTCGCCTCTG
CTACTGTTATCCAAACAGGAGAATAGTTTGTGATACTCTTCACACCACAGGTTCCACCTG
GAAAAGCACGACGAAACTTATCTTCAATTTTCAGGTTCAACCCTGCGTTATCGCTGTAAT
AACGACCAACAGGACATGCAAACATTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DD42JQ U 1
AF RR1C806JQ U 379
BS 1 427 RR1DD42JQ
BS 428 428 RR1C806JQ
BS 429 544 RR1DD42JQ
BS 545 545 RR1C806JQ
BS 546 565 RR1DD42JQ
BS 566 748 RR1C806JQ

RD RR1DD42JQ 565 0 0
GTAAAACTTATGAGAGTTTTATTTATAATATTTCATACCAACTTTTTATATACATCACAG
CATGCATGACATAATATTCCATGATATGATAAACACAAAAGATCGAGAGACATCTTCTGA
TGTTTCTTAATTATAACATGTCACGTTACAGCTTCAAAGTTTCACACTGGTGGCATCGAT
CAATCTCCACCGTCCACCCATTCTTATCCTCAACCCGACCCAACTGGATATCCGTTAACG
TCGCAAAGAGCTTCGCAGCCAATGTCTTATCACCTGTTTTGAAACCGGTCTTTTTGTCCT
TGAAGGTGACGGACGCAATAGTTGTCACAATTGCAGCAGTGCCAGAGCAGAAAACTTCTT
CCGCATCGAGAAGATCCTCAACGGGAACAACACGTTCCTCAACCTTGTATCCGAAATCAC
GAGTTAATTCGATGATACATTTTCGTGTGATTCCAGGCAATATGGTTCCTGAAATTTCTG
GAGTCGACACAACATTTCCCTTGACTATGAAAACGTTAGAAGCGTAAAGCTCTTCAACGT
TTTTGCCAGTTGCAGCATCCAAAAA

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1C806JQ 370 0 0
CAACGGGAACAACACGTTCCTCAACCTTGTATCCGAAATCACGAGTTAACTCGATGATAC
ATTTTCGTGTGATTCCAGGCAATATGGTTCCTGAAATTTCTGGAGTCGACACAACATTTC
CCTTGACTATGAAAACGTTAGAAGCGTAAAGCTCTTCAACGTTTTTACCAGTTGCAGCAT
CCAAAAACAAAACATCAGAAAAACCTTGTGCTTTCGCCTCTGCTACTGTTATCCAAACAG
GAGAATAGTTTGTGATACTCTTCACACCACAGGTTCCACCTGGAAAAGCACGACGAAACT
TATCTTCAATTTTCAGGTTCAACCCTGCGTTATCGCTGTAATAACGACCAACAGGACATG
CAAACATTGT

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 4

CO CL2448Contig1 667 4 3 U
TTTTTAACAAATAGGCAAATTAATTAAACATGGTTTACGATAAATTGAATCGTATGAAAC
CAAGAAAAAGAAAGAGGAAAACAATATGCTTTAAATAAACATAACTTTAATAAGCCTCCA
GCTTCTTAGAGAGAATCCAGAAACCAAATCAAATATATTAGTTTGTAGAAAAAAATAATG
TGGAAGTTGGAATCTTCTAGAAGGGTTGATGAGATGGAGGCCTAGAGATCCTGTTCGAGG
AGGTAATCACCCAACCTCTCGACGACCATGTTGCACTGTCCTGGTGTTACGGGCTCTTCA
TAGAGCCCAAACACACATGATTGTCCTGTTTTCTTTATGGTTATGCCTCCTGCTCCCTTC
TTGCCACGGATTACAGCGCCAGGCTCGCCTTGGATGACCATGTACTTGGCTCCAGCTAGA
AATAACCCTGTGGGAGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCTTTCATTATACCAGTGAAC
TCTTGTGCTTTGAACTGAGGGAAGTTAGCGCTCTGTGCCCAAAAGCTACCGTCATGGCCA
ACGATTGCGGCGGCAGTAAGGTGATGGCCCTGGCCGTCTCCGACATCACACATCAAATGC
TCATCAACGTAAGTTTGCCACGACATCTTCTTCGTCTTTCCTTGGTTTTCTGTATGCGTT
ATCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1EK47JQ U 6
AF RR1EK47TF C 1
AF RR1F427TF C 244
AF RR1F427JQ U 6
BS 1 5 RR1EK47TF
BS 6 641 RR1EK47JQ
BS 642 667 RR1F427JQ

RD RR1EK47JQ 636 0 0
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AAAAGAAAGAGGAAAACAATATGCTTTAAATAAACATAACTTTAATAAGCCTCCAGCTTC
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TGCGGCGGCAGTAAGGTGATGGCCCTGGCCGTCTCCGACATCACACATCAAATGCTCATC
AACGTAAGTTTGCCACGACATCTTCTTCGTCTTTCC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1EK47TF 667 0 0
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CAAGAAAAAGAAAGAGGAAAACAATATGCTTTAAATAAACATAACTTTAATAAGCCTCCA
GCTTCTTAGAGAGAATCCAGAAACCAAATCAAATATATTAGTTTGTAGAAGAAAATAATG
TGGAAGTTGGAATCTTCTAGAAGGGTTGATGAGATGGAGGCCTAGAGATCCTGTTCGAGG
AGGTAATCACCCAACCTCTCGACGACCATGTTGCACTGTCCTGGTGTTACGGGCTCTTCA
TAGAGCCCAAACACACATGATTGTCCTGTTTTCTTTATGGTTATGCCTCCTGCTCCCTTC
TTGCCACGGATTACAGCGCCAGGCTCGCCTTGGATGACCATGTACTTGGCTCCAGCTAGA
AATAACCCTGTGGGAGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCTTTCATTATACCAGTGAAC
TCTTGTGCTTTGAACTGAGGGAAGTTAGCGCTCTGTGCCCAAAAGCTACCGTCATGGCCA
ACGATTGCGGCGGCAGTAAGGTGATGGCCCTGGCCGTCTCCGACATCACACATCAAATGC
TCATCAACGTAAGTTTGCCACGACATCTTCTTCGTCTTTCCTTGGTTTTCTGTATGCGTT
ATCTTCC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1F427TF 424 0 0
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CCACGGATTACAGCGCCAGGCTCGCCTTGGATGACCATGTACTTGGCTCCAGCTAGAAAT
AACCCTGTGGGAGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCTTTCATTATACCAGTGAACTCT
TGTGCTTTGAACTGAGGGAAGTTAGCGCTCTGTGCCCAAAAGCTACCGTCATGGCCAACG
ATTGCGGCGGCAGTAAGGTGATGGCCCTGGCCGTCTCCGACATCACACATCAAATGCTCA
TCAACGTAAGTTTGCCACGACATCTTCTTCGTCTTTCCTTGGTTTTCTGTATGCGTTATC
TTCC

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR1F427JQ 662 0 0
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AAAAGAAAGAGGAAAACAATATGCTTTAAATAAACATAACTTTAATAAGCCTCCAGCTTC
TTAGAGAGAATCCAGAAACCAAATCAAATATATTAGTTTGTAGAAAAAAATAATGTGGAA
GTTGGAATCTTCTAGAAGGGTTGATGAGATGGAGGCCTAGAGATCCTGTTCGAGGAGGTA
ATCACCCAACCTCTCGACGACCATGTTGCACTGTCCTGGTGTTACGGGCTCTTCATAGAG
CCCAAACACACATGATTGTCCTGTTTTCTTTATGGTTATGCCTCCTGCTCCCTTCTTGCC
ACGGATTACAGCGCCAGGCTCGCCTTGGATGACCATGTACTTGGCTCCAGCTAGAAATAA
CCCTGTGGGAGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCTTTCATTATACCAGTGAACTCTTG
TGCTTTGAACTGAGGGAAGTTAGCGCTCTGTGCCCAAAAGCTACCGTCATGGCCAACGAT
TGCGGCGGCAGTAAGGTGATGGCCCTGGCCGTCTCCGACATCACACATCAAATGCTCATC
AACGTAAGTTTGCCACGACATCTTCTTCGTCTTTCCTTGGTTTTCTGTATGCGTTATCTT
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 2 4

CO CL2449Contig1 802 2 6 U
GGAAAAGGAAAGAAAAAGAAAAGAGCAGAGACAACAAATACTTGAAAACTATGTAGCGTC
GTATTTTACATTTACATTCTTCATAAACGAGAGCCAAAACCAAAGTGTAAACTCTAATCA
ATGTCACAAGTTTATGATTTTCTATATGTTTCCTGAAGAACAGCAAAGCAACAAATACAA
AGTAATTAAATGTAAATCACTCTTTAATCTCTACTTGATCTTGGGGAATGATGATAAGCT
TCTTGAGAACAATGGTTGAATTCTCAAGATGAATACACTACGAAGGGTAATAGAAGAAAC
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TTTTGGAAGCAACCAAGCTGATTATGATCAGGAAGTCTCTGCATCCACAATATGGACTTA
GTTCCTTTCACTTTAGGAGTGGCTTCGATTTGTGTCACTAGTTTCTCCTCTTCTTGTTCA
TTATCACCAGGAACTATAATCCTCAAGGAACTGAAATCTGGTGAGCTCCATGTCCTTCTT
GTCCCAGCTGTTTTCTCTGCATTTCTTGGTTTTATGCTTTCTTGAATGTCTATGACACAT
TCAGAGCCATTACCGTTACCTGTAACTTCAGCTATACTCGACTTGACGCTGCTCTCACTA
CTAAAGCTATGTGAGGCTAAAGAAGATCCAGAGAGAAACATGGCCAAGTCGTCTCGCTCT
TCTTCACTGAGATTAACCCAACGGAGAGGTTCTTTTCCATTCTCACTGTAAGTTTCTTGG
ACAGAGGTTTCACGCGATGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E104JQ U 1
AF RR1BO52JQ U 22
BS 1 28 RR1E104JQ
BS 29 29 RR1BO52JQ
BS 30 35 RR1E104JQ
BS 36 36 RR1BO52JQ
BS 37 702 RR1E104JQ
BS 703 802 RR1BO52JQ

RD RR1E104JQ 702 0 0
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GTATTTTACATTTACATTCTTCATAAACGAGAGCCAAAACCAAAGTGTAAACTCTAATCA
ATGTCACAAGTTTATGATTTTCTATATGTTTCCTGAAGAACAGCAAAGCAACAAATACAA
AGTAATTAAATGTAAATCACTCTTTAATCTCTACTTGATCTTGGGGAATGATGATAAGCT
TCTTGAGAACAATGGTTGAATTCTCAAGATGAATACACTACGAAGGGTAATAGAAGAAAC
ACTATTAGCATTAAGGAAACAGTGAACTTGATGGGATGATTCAATGATAAGCGTATCGGA
TTTTGGAAGCAACCAAGCTGATTATGATCAGGAAGTCTCTGCATCCACAATATGGACTTA
GTTCCTTTCACTTTAGGAGTGGCTTCGATTTGTGTCACTAGTTTCTCCTCTTCTTGTTCA
TTATCACCAGGAACTATAATCCTCAAGGAACTGAAATCTGGTGAGCTCCATGTCCTTCTT
GTCCCAGCTGTTTTCTCTGCATTTCTTGGTTTTATGCTTTCTTGAATGTCTATGACACAT
TCAGAGCCATTACCGTTACCTGTAACTTCAGCTATACTCGACTTGACGCTGCTCTCACTA
CTAAAGCTATGTGAGGCTAAAGAAGATCCAGAGAGAAACATG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1BO52JQ 781 0 0
C
GAGCAGAGACAACAAATACTTGAAAACTATGTAGCGTCGTATTTTACATTTACATTCTTC
ATAAACGAGAGCCAAAACCAAAGTGTAAACTCTAATCAATGTCACAAGTTTATGATTTTC
TATATGTTTCCTGAAGAACAGCAAAGCAACAAATACAAAGTAATTAAATGTAAATCACTC
TTTAATCTCTACTTGATCTTGGGGAATGATGATAAGCTTCTTGAGAACAATGGTTGAATT
CTCAAGATGAATACACTACGAAGGGTAATAGAAGAAACACTATTAGCATTAAGGAAACAG
TGAGCTTGATGGGATGATTCAATGATAAGCGTATCGGATTTTGGAAGCAACCAAGCTGAT
TATGATCAGGAAGTCTCTGCATCCACAATATGGACTTAGTTCCTTTCACTTTAGGAGTGG
CTTCGATTTGTGTCACTAGTTTCTCCTCTTCTTGTTCATTATCACCAGGAACTATAATCC
TCAAGGAACTGAAATCTGGTGAGCTCCATGTCCTTCTTGTCCCAGCTGTTTTCTCTGCAT
TTCTTGGTTTTATGCTTTCTTGAATGTCTATGACACATTCAGAGCCATTACCGTTACCTG
TAACTTCAGCTATACTCGACTTGACGCTGCTCTCACTACTAAAGCTATGTGAGGCTAAAG
AAGATCCAGAGAGAAACATGGCCAAGTCGTCTCGCTCTTCTTCACTGAGATTAACCCAAC
GGAGAGGTTCTTTTCCATTCTCACTGTAAGTTTCTTGGACAGAGGTTTCACGCGATGAAT

QA 2 781 2 781
DS 



CO CL2449Contig2 812 2 6 U
GGGAAAGAAACTGAAAACTAAAAAGATTTTAGACAGAGGGAAGAAGAGAGGAGATTTCAG
AGAAGAAGAATCTGTCTGGATACACTGCAAATCATATCCGAGAAAAAACTTCTTTTTGAT
TATCTTGCTCGTACCTTCTTCTTTGTGACGACGATGATGGTAGTTAACAGCTTCGATTTA
TGGCAAAAGGATGTTTTCTTCTCTGCAGCTGAAGAAGTACAAAAGTCTGCAGATATAATG
GAATCTGCTTATAGATTGTGGATTAGAGAGAAGAAAGATGACATCTTTAAGGAGCTTCAA
GCAGCTTTGGGTACTGCTAAATGGCAGTTAGAGGAGTTTGAGAAAGCAGTAAGATTGAGC
CATAGACAGTGTGGGGATGATTCTACATCCACCACACGGCACAAACAGTTTGTTGCCGCT
ATAGAAAACCAGATTCATCGCGTTGAAACCTCTGTCCAAGAAACTTACAGTGAGAATGGA
AAAGAACCTCTCCGTTGGGTTAATCTCAGTGAAGAAGAGCGAGACGACTTGGCCATGTTT
CTCTCTGGATCTTCTTTAGCCTCACATAGCTTTAGTAGTGAGAGCAGCGTCAAGTCGAGT
ATAGCTGAAGTTACAGGTAACGGTAATGGCTCTGAATGTGTCATAGACATTCAAGAAAGC
ATAAAACCAAGAAATGCAGAGAAAACAGCTGGGACAAGAAGACATGGAGCTCACCAGATT
TCAGTTCCTTGAGGATTATAGTTCCTGGTGATATGAACAAGAAGAGGAGAACTAGTGACA
CAATCGAAGCCACTCCTAAAGTGAAAGGACTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E104TF U 1
AF RR1BO52TF U 29
BS 1 653 RR1E104TF
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BS 698 812 RR1BO52TF

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AAAGAACCTCTCCGTTGGGTTAATCTCAGTGAAGAAGAGCGAGACGACTTGGCCATGTTT
CTCTCTGGATCTTCTTTAGCCTCACATAGCTTTAGTAGTGAGAGCAGCGTCAAGTCGAGT
ATAGCTGAAGTTACAGGTAACGGTAATGGCTCTGAATGTGTCATAGACATTCA*GAAAGC
ATAAAACCAAGAAATGCAGAGAAA*CAGCTGGGACAA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1BO52TF 784 0 0
GG
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ACGATGATGGTAGTTAACAGCTTCGATTTATGGCAAAAGGATGTTTTCTTCTCTGCAGCT
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AAGAAAGATGACATCTTTAAGGAGCTTCAAGCAGCTTTGGGTACTGCTAAATGGCAGTTA
GAGGAGTTTGAGAAAGCAGTAAGATTGAGCCATAGACAGTGTGGGGATGATTCTACATCC
ACCACACGGCACAAACAGTTTGTTGCCGCTATAGAAAACCAGATTCATCGCGTTGAAACC
TCTGTCCAAGAAACTTACAGTGAGAATGGAAAAGAACCTCTCCGTTGGGTTAATCTCAGT
GAAGAAGAGCGAGACGACTTGGCCATGTTTCTCTCTGGATCTTCTTTAGCCTCACATAGC
TTTAGTAGTGAGAGCAGCGTCAAGTCGAGTATAGCTGAAGTTACAGGTAACGGTAATGGC
TCTGAATGTGTCATAGACATTCAAGAAAGCATAAAACCAAGAAATGCAGAGAAAACAGCT
GGGACAAGAAGACATGGAGCTCACCAGATTTCAGTTCCTTGAGGATTATAGTTCCTGGTG
ATATGAACAAGAAGAGGAGAACTAGTGACACAATCGAAGCCACTCCTAAAGTGAAAGGAC
TA

QA 3 784 3 784
DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR1EL77JQ C 1
AF RR1H012JQ C 1
AF RR1EL77TF U 1
AF RR1H012TF U 1
BS 1 352 RR1EL77TF

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QA 1 352 1 352
DS 

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QA 1 352 1 352
DS 

RD RR1EL77TF 352 0 0
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TGATGTTGAATTTTCAATAAAACTTCTAATAATAACAAGTTTCATTCGGGCT

QA 1 352 1 352
DS 

RD RR1H012TF 352 0 0
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TGATGTTGAATTTTCAATAAAACTTCTAATAATAACAAGTTTCATTCGGGCT

QA 1 352 1 352
DS 



AS 1 4

CO CL2451Contig1 1372 4 18 U
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CTTCATCTTCCTCTTGTCGGAAAATTCTAGTCTCCAGACGAACGTTCCTCTCTCTCTCTC
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ATCCCTTGAGGTTACTCCGTCACCAGCAGATTCAATCAGCAGCTTGACCTTTAGCCCCAG
AGCCGATATCCTTGTGGCCACTTCTTGGGACAATCAGGTGAGGTGTTGGGAGATATCCCG
TAGTGGGAACAATCTAGCAAGTGCTCCTAAAGCATCCATATCCCATGATCAGCCCGTCTT
GTGCTCTGCTTGGAAAGATGATGGGACCGCTGTCTTTAGTGGTGGTTGTGATAAGCAAGC
CAAAATGTGGCCCTTGTTGTCTGGTGGTCAACCTGTTACTGTTGCTATGCACGATGCTCC
TATTGTTGACATGGGCTGGATCCCTGGGATGAATCTCCTCGTTACTGGAAGCTGGGATAA
GACTTTGAGGTATTGGGACACGAGGCAGCAAACACCTGTGCATACCCAACAGCTTCCAGA
TAAATGCTATGCTTTGTCTGTGAAACACCCTCTCATGGTTGTCGCAACTGCTGATAGGAA
TCTCATTGTCTACAACTTGCAAAATCCTCAGACTGAGTTCAAGAGAGTGGTGTCCCCACT
CAAGTACCAGACGAGGTGTGTTACTGCCTTCCCTGATCAGCAAGGATTTTTGGTTGGTTC
AATTGAGGGGCGGGTTGGTGTGCATCATCTGGATGATTCTCAACAGAACAAGAACTTCAC
ATTCAAATGCCACAGAGATGGGAATGAGATCTATTCTGTCAACTCTCTCAACTTCCACCC
GGTACAAGGAACTTTTGCTACTGCTGGCTCAGATGGGGCTTTCAATTTCTGGGACAAGGA
TAGCAAACAAAGACTCAAGGCAATGTCAAGGTGCAGTCAGCCAATTACTTGCAGTTCGTT
TAACCACGATGGGTCGATATTTGCATATGCGTCGTGCTATGACTGGAGCAAAGGTGCAGA
GAATCACAACCCGGCAACTGCTAAAAGCAGCATCTTCTTGCACATGCCTCAGGAAAGTGA
GGTCAAGGCGAAGCCTAGAGTAGCAACCGGCAGAAAATGAGATTAGCCTTTCAGTGAGAG
TGGATAATGCTTTTAGCTGTCTTAATAATGTTTAATAATGTTAAGAGTCTTTCTTTCATA
TCAAGTAAAAGTATCTGTCTTTCTATCTTGGATGTTCTTCTTTTGGCTGGCTCAGTTTGG
AATTGCTTTGTCTCAAGTACTAGTCTCTAAAACATAATGAAAAACTTTTGAG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK76TF U 1
AF RR1CK87TF U 55
AF RR1CK87JQ C 486
AF RR1GK76JQ C 536
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GTGCTCTGCTTGGAAAGATGATGGGACCGCTGTCTTTAGTGGTGGTTGTGATAAGCAAGC
CAAAATGTGGCCCTTGTTGTCTGGTGGTCAACCTGTTACTGTTGCTATGCACGATGCTCC
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G
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CTCTCGGGCTCGTGAATCGTGAAAATGGCTACCTTCGGTGCGACGGCTAATACTAATCCC
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GGTTGGTCATTGAG

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DS 

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AACAAAGACTCAAGG***********TGCAGTCAGCCAATTACTTGCAGTTCGTTTAACC
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AATGCTTTTAGCTGTCTTAATAATGTTTAATAATGTTAAGAGTCTTTCTTTC

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DS 

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CCACTCAAGTACCAGACGAGGTGTGTTACTGCCTTCCCTGATCAGCAAGGATTTTTGGTT
GGTTCAATTGAGGGGCGGGTTGGTGTGCATCATCTGGATGATTCTCAACAGAA***GAAC
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CACCCGGTACAAGGAACTTTTGCTACTGCTGGCTCAGATGGGGCTTTCAATTTTTGGGAC
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GAGAGTGGATAATGCTTTTAGCTGTCTTAATAATGTTTAATAATGTTAAGAGTCTTTCTT
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TTTGGAATTGCTTTGTCTCAAGTACTAGTCTCTAAAACATAATGAAAAACTTTTGAG

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 4

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GCTGAAGCTTATCCATATGTTTGGGGTTCTTACACTGTTGTCTACGGCGGTCTTTTCCTT
TGGACTGCTTATAGATGAAGGAAGCTGAGGAGAACCGAGGATCGGGTTCGTGGCCTTCAG
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TATTCGTGGGGTTAAATCTGTTTTGTTGCTGTGCTTTTTGTTATTTTGCTCGCATAGGCT
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CGGTGTATTTTGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BN74TF U 1
AF RR1BN74JQ C 2
AF RR1CC15JQ C 54
AF RR1CC15TF U 54
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RD RR1BN74TF 718 0 0
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TATTCGTGGGGTTAAATCTGTTTTGTTGCTGTGCTTTTTGTTATTTTGCTCGCATAGGCT
TTTTCTATAAAGTCAAATTCATGTACATGAATGAAGAAGAGAATACGCTGAAATGTTGAA
TTGCGAAAAA*TGATGTTGAACCTTACCTTGATTGGTTACGAGTTT*ATAATCAAGCT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1BN74JQ 732 0 0
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ATCGGCGACTTTGTCAACGCTTCTTCTAACTCCAGATTCTAGTCAGAAGCTGAGTTTTGT
GACTTGAGATGGCGACTACGGAGCAGAGCGGGATAGAAAATCAGGAAGTCCAACCAAACC
AAGTGGCTCCTGGTTTTGTAGGAGCAATCGAAGAAAAGTACAAGAAACTGAGAGATCACG
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CCAAACTTAGGAAACTCGTCCAAGACGAACAAGCTACTGCAGTAACAGCTTCTAAATCTG
CACAATCACTGGACAAGTCTTCTTCTGTTTCTGACAAGACATCACTGCCTTGATTAGTTA
CTAGTTTTATAATTAAACCCCCTCGTCTCTGTTAAGACTTATGATGAGGTTGGTTTCAAT
ATTCGTGGGGTTAAATCTGTTTTGTTGCTGTGCTTTTTGTTATTTTGCTCGCATAGGCTT
TTTCTATAAAGTCAAATTCATGTACATGAATGAAGAAGAGAATACGCTGAAATGTTGAAT
TGCGAAAAAATGATGTTGAACCTTACCTTGATTGGTTACGAGTTTTATAATCAAGCTTCC
GGTGTATTTTGC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1CC15JQ 673 0 0
TCATCATCATCGGCGACTTTGTCAACGCTTCTTCTAACTCCAGATTCTAGTCAGAAGCTG
AGTTTTGTGACTTGAGATGGCGACTACGGAGCAGAGCGGGATAGAAAATCAGGAAGTCCA
ACCAAACCAAGTGGCTCCTGGTTTTGTAGGAGCAATCGAAGAAAAGTACAAGAAACTGAG
AGATCACGCTGAAGCTTATCCATATGTTTGGGGTTCTTACACTGTTGTCTACGGCGGTCT
TTTCCTTTGGACTGCTTATAGATGGAGGAAGCTGAGGAGAACCGAGGATCGGGTTCGTGG
CCTTCAGACCAAACTTAGGAAACTCGTCCAAGACGAACAAGCTACTGCAGTAACAGCTTC
TAAATCTGCTCAATCACTGGACAAGTCTTCTTCTGTTTCTGACAAGACATCACTGCCTTG
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GTGT

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DS 

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ATTAGTTACTAGTTTTATAATTAAACCCCCTCGTCTCTGTTAAGACTTATGATGAGGTTG
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TGTTGAATTGCGAAAAA*TGATGTTGAACCTTACCTTGATTTGTTACGAGTTT*ATAATC
AAGCTTCCG
TGTAAAAAAAA

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

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ATGCGGATGGTGTTTCACGTGAAGATGTTCCTAATATCTTCCTGAAAAGGAAGATTAAAA
AAATCGGGATTAGAAGTGAAGACCTTGAAGACTTTGTAAAGAGGACAATCAGGGGCAGTG
GCATGGCACTCTCTTCCCCACGTCTAGTGATCCCAGCTGCTATCTATGCTCTGTGGATTC
TCTCGCACAAGTACTTCCAGAATGACTTGTTCGATTTTCAGATAGTTCCAGCCATGGTTG
GTTTGTTTGTATACAAAGCTGCAGCTCTGGTTCAAGTGTACAGAGACAACCAAGATCTTC
AGTTCATCTTCCCAGACGACCTTTGACCTTTGTAGTTGGACGTTTGTGAATGGTTTGGTT
CATGATCTCAAAGGGAAACAGAAACTGGACTCATCTGCTAAGACTAAAAGCTCAGCCTGA
GGATGTAGAGTAACCTGTGTGTTCTCGTTATTTTTTTCTTTTTTCTTTGACGTCGTCTCC
TTGTAAATTTTTGAGGGAAAATACAATATATTTCGTATGTCAATGTATCAGAACAGAAAC
TATTGATATATGTATGAGAGGAATAGTTATAACCAAGAAATGTTGTGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AK21TF U 1
AF RR1AK21JQ C 357
BS 1 699 RR1AK21TF
BS 700 1191 RR1AK21JQ

RD RR1AK21TF 708 0 0
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ATGCGGATGGTGTTTCACGTGAAGATGTTCCTAATATCTTCCTGAAAAGGAAGATTAAAA
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QA 1 699 1 699
DS 

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GTTGGTTTGTTTGTATACAAAGCTGCAGCTCTGGTTCAAGTGTACAGAGACAACCAAGAT
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GGTTCATGATCTCAAAGGGAAACAGAAACTGGACTCATCTGCTAAGACTAAAAGCTCAGC
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AAACTATTGATATATGTATGAGAGGAATAGTTATAACCAAGAAATGTTGTGAAGC

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 4

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CAAGACTTGTAATCACTTCAAAGTCTCCAGCTTTAGGAGACCCTT*CTTGACTCGAGACC
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GTCGCAAATGTAGTCCTTACTCCTTCCCCGTGAGTGACTAAGAGCAAGTTCTCTGAAGGG
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TCTTCCCATTTTGGTATCTATTTATAAACAGGATCAATATTATGATCCACCATTCCCTCA
GGAAACATAGCTTCAAGATCTGAAATCTTGAAATCGAATTTTCCATCTTTTGGAGCAATC
TCAGACTTAATAGCCATACTATTCATCATTTCACTCAAACCAAACTCGATAGACACCTTG
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ACGGCGGAGAGAGCGGCGATAACTTCAGAAGCGGTCTGAACGCAACGGATGAAAGGAGAG
ACGAAGACCCTGTGGATAGGAAACTGGATCTGGGATCGGATCCGTTGACCAGTTTGAAAC
GCACGAACCAAACCGTCCTGTACGAGAGGAGGGTCCCAGGGTCTCGAAGCTGTGTCGAGC
CAGAGTGGGTTGATCTTGTCAATGCGATCACCGTGACGCATCATCAAGATGTTTTGGTAT
CCATCGTTGGTATTCGAATTAGCAGACGACTCCATTGTTGCTCTGATCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ83JQ U 1
AF RR1CZ83TF C 59
AF RR1AI29JQ U 3
AF RR1AI29TF C 235
BS 1 38 RR1CZ83JQ
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BS 40 362 RR1CZ83JQ
BS 363 363 RR1AI29JQ
BS 364 499 RR1CZ83JQ
BS 500 500 RR1AI29JQ
BS 501 661 RR1CZ83JQ
BS 662 810 RR1AI29JQ
BS 811 1009 RR1AI29TF

RD RR1CZ83JQ 661 0 0
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TCAGACTTAATAGCCATACTATTCATCATTTCACTCAAACCAAACTCGATAGACACCTTG
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1CZ83TF 696 0 0
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AGGTTGCAAATGTAGTCCTTACTCCTTCCCCGTGAGTGACTAAGAGCAAGTTCTCTGAAG
GGTACTTATCAGCAAGAGTCTTCACCAAACTAAGAAACCGTTCTGTGCATTCTTCCACAG
TCTCTTCCCATTTTGGTATCTCTTTATAAACAGGATCAATATTATGATCCACCATTCCCT
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TCTCAGACTTAATAGCCATACTATTCATCATTTCACTCAAACCAAACTCGATAGACACCT
TGAGCTTAGATTTATCGATGGCAAGCACGTCTTTAGAGGAAGTAGCGTTTGGGTTTAAGT
CAACGGCGGAGAGAGCGACGATAACTTCAGAAGCG
C

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DS 

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CACTTCACACTTGGTACTGGTGTGGTTTTCAAGGAATGGTACTTGATTCCAGCTTGACCA
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TCTTCTCAGTTCAGCG*AAGCACAATACTCTACCTCATACACATCTACGTCTTTAAAGGT
CGCAAATGTAGTCCTTACTCCTTCCCCGTGAGTGACTAAGAGCAAGTTCTCTGAAGGGTA
CTTATCAGCAAGAGTCTTCACCAAACTAAGAAACCGTTCTGTGCATTCTTCCACAGTCTC
TTCCCATTTTGGTATCTATTTATAAACAGGATCAATATTATGATCCACCATTCCCTCAGG
AAACATAGCTTCAAGATCTGAAATCTTGAAATCGAATTTTCCATCTTTTGGAGCAATCTC
AGACTTAATAGCCATACTGTTCATCATTTCACTCAAACCAAACTCGATAGACACCTTGAG
CTTAGATTTATCGATGGCAAGCACGTCTTTAGAGGAAGAAGCGTTTGGGTTTAAGTCAAC
GGCGGAGAGAGCGGCGATAACTTCAGAAGCGGTCTGAACGCAACGGATGAAAGGAGAGAC
GAAGACCCTGTGGATAGGAAACTGGATC

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1AI29TF 775 0 0
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GAGACCTGTCTTCTCAGTTCAGCG*AAGCACAATACTCTACCTCATACACATCTACGTCT
TTAAAGGTCGCAAATGTAGTCCTTACTCCTTCCCCGTGAGTGACTAAGAGCAAGTTCTCT
GAAGGGTACTTATCAGCAAGAGTCTTCACCAAACTAAGAAACCGTTCTGTGCATTCTTCC
ACAGTCTCTTCCCATTTTGGTATCTATTTATAAACAGGATCAATATTATGATCCACCATT
CCCTCAGGAAACATAGCTTCAAGATCTGAAATCTTGAAATCGAATTTTCCATCTTTTGGA
GCAATCTCAGACTTAATAGCCATACTGTTCATCATTTCACTCAAACCAAACTCGATAGAC
ACCTTGAGCTTAGATTTATCGATGGCAAGCACGTCTTTAGAGGAAGAAGCGTTTGGGTTT
AAGTCAACGGCGGAGAGAGCGGCGATAACTTCAGAAGCGGTCTGAACGCAACGGATGAAA
GGAGAGACGAAGACCCTGTGGATAGGAAACTGGATCTGGGATCGGATCCGTTGACCAGTT
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TGGTATCCATCGTTGGTATTCGAATTAGCAGACGACTCCATTGTTGCTCTGATCC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 4

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GGATATTTAAACACACTTATCTTCCCTTCAGTCATACAACCGACACCAAGAGAGGAAAAA
ATAAAACCCACCAAAACTCCCTCATATTCACCAAAAATGGATATTGCTAGTAATAACAAA
GCAATAATGCTTGAAGTTATAGATCAACTCGTTCAAGGCCATGAGTTGGCCACTAAGCTT
CAGCAACTCCTCTCTCAACACGGGTCAGGTCTTGGTCCAGCGGAGGATCTCGTGGCTAAA
ATCTCGGGGTCTTTTAGTGACTCAATCTCTGCTCTTGATTCCATCGAACACATCCCCTCC
TCTCTCTTCACCGCCGTTGAAGGCTCTCAAAATGCTTCCTGCAACAACGACGGCAAGCTT
GAGGACTCCGTTGATAGTCGGAAAAGATTGGGACCCGTCAAGAATAAAAGAGGATGCTAC
AAGAGAAAGAAGAGAGCTGACACGTGGACTGTAGAGTCAACTCTACTTGAAGACGCATTT
TCTTGGAGGAAATATGGAAAAAAGGAGATTCTTAACGCCAAATTCCCAAGAAGTTACTTT
AGGTGCACACACAAATACACTCAAGGGTGTAAGGCGACAAAGCAAGTGCAGAAGCTAGAG
CTCGAATCCAAGATGTTCAGCATCACATACATCGGAAACCACACGTGCAACTCGGACGAA
GTAACACCCAAGTGTCCTAGTTTGACGACCTCGGTGAATGAAGAGGAAAACAACCATCAT
AATGGTTCGTCCACGGAAAGTGACTTGCAATTGGTGTGGCAAGAAATGTTGGTGTTTGAA
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CTACAGAATTGAACATTTATATTTTCATTATATAGCTCTTTTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET24TF U 32
AF RR1AP10TF U 1
AF RR1ET24JQ C 518
AF RR1AP10JQ C 471
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GG
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GGAAACCACACGTGCAACTCGGACGAAGTAACACCCAAGTGTCCTAGTTTGACGACCT

QA 3 660 3 660
DS 

RD RR1AP10TF 825 0 0
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GCAATAATGCTTGAAGTTATAGATCAACTCGTTCAAGGCCATGAGTTGGCCACTAAGCTT
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ATCTCGGGGTCTTTTAGTGACTCAATCTCTGCTCTTGATTCCATCGAACACATCCCCTCC
TCTCTCTTCACCGCCGTTGAAGGCTCTCAAAATGCTTCCTGCAACAACGACGGCAAGCTT
GAGGACTCCGTTGATAGTCGGAAAAGATTGGGACCCGTCAAGAATAAAAGAGGATGCTAC
AAGAGAAAGAAGAGAGCTGACACGTGGACTGTAGAGTCAACTCTACTTGAAGACGCATTT
TCTTGGAGGAAATATGGAAAAAAGGAGATTCTTAACGCCAAATTCCCAAGAAGTTACTTT
AGGTGCACACACAAATACACTCAAGGGTGTAAGGCGACAAAGCAAGTGCAGAAGCTAGAG
CTCGAATCCAAGATGTTCAGCATCACATACATCGGAAACCACACGTGCAACTCGGACGAA
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AATGGTTCGTCCACGGAAAGTGACTTGCAATTGGTGTGGCAAGAAATGTTGGTGTTTGAA
GAGGAACATAATCATCATCATCATGAG*CTATTTATGGTTGTGG
T

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1ET24JQ 442 0 0
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GGCAAGAAATGCTGGTGTTTGAAGAGGAACATAATCATCATCATCATGAGGCTATTTATG
GTTGTGGTGAAAATAGTGCATCTATTAATGGTTTGGATACCACGGATCTTTGGAGTTGGC
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GCTTAATTTTACGTTATTATTG

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR1AP10JQ 535 0 0
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AAGTTACTTTAGGTGCACACACAAATACACTCAAGGGTGTAAGGCGACAAAGCAAGTGCA
GAAGCTAGAGCTTGAATCCAAGATGTTCAGCATCACATACATCGGAAACCACACGTGCAA
CTCGGAGGAAGTAACACCCAAGTGTCCTAGTTTGACGACCTCGGTGAATGAAGAGGAAAA
CAACCATCATAATGGTTCGTCCACGGAAAGTGACTTGCAATTGGTGTGGCAAGAAATGTT
GGTGTTTGAAGAGGAACATAATCATCATCATCATGAGGCTATTTATGGTTGTGGGGAAAA
TAGTGCATCTATTAATGGTTTGGATACCACGGATCTTTGGAGTTGGCAGCAATTATCTGT
TCAACCACAATGAGCAGCTCTCTTACTTAGAACCACGTTCGAATCTAGCTTAATTTTACG
TTATTATTGTCTACAGAATTGAACATTTATATTTTCATTATATAGCTCTTTTCCT

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 2

CO CL2456Contig1 914 2 8 U
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ATGTTTATAAAAATAACAAAAGAAAGAGAAAAAAAAAAGTAAAGAATTCAAACTTCCCTG
CAGATTTTCTCAGTCACCTTCTTCCTCAGACATACAAACAAACAAACAAACAGACAAGGC
TACAAGAACATAAAAGCAACCGTATGATAAAAAAAGGACTGTTTCCAAACTCTTAAAACG
AAGATGAGATTACCTGAAACTAATCATCTGATGGTGACGAACTTGTTAGTCCCATGTCTA
GCCCAATGGCTCTTAAGATCAATGGGGCTCCCAAAGTTAAACCCATCAAAAGAAAGTTTC
TCAAGAACCTTCTTAAACGCTCCTTGGCTCATCTTCCCCCCGGAGATCCTCGCTCCACGG
CGTTTAGTACTCATCGGCAACGGATGCATCGATATGTTCGTGGTGCAACACGCAGACTGC
CAACCGCCGCATCCCCAACGGTAGCATTGCTGAGGAGCTCCGGTGCAAGTGCAGACCGGT
ACAGGTAAACCGGAAATGTCCATGTTCACTCCGTTGATAACCAAGTCAACGCTTTTCTTA
GCCGGTTTTACTCTTGAAACGTTAGTCTTGCTGTCGTTCTCTTCTTCTGGTTTACGAGGC
TTCTTCCCTTTTGTTGTTGTCCCGCTAGCTTTTGAGTTAGTCTTTCTCTTCTTGTTAGGC
TGAACAGTCTCTTATTCTTCTTCGCATCTAACCGGGTTTTCCTCGGTTTGATGATGATGG
TGGTGATGATGGTGCATGGACGGGGCAGATGAAGTTTCGGGAAGGGCATTTCCGTAATTA
GGAGTGGTCGTTACAGGTAACATGTTGAAGAACTTGTCCTTCTGGAGAGAGAGGAGAGAG
ATAGATTTGGAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD43JQ U 1
AF RR1AQ03JQ U 105
BS 1 121 RR1GD43JQ
BS 122 122 RR1AQ03JQ
BS 123 214 RR1GD43JQ
BS 215 215 RR1AQ03JQ
BS 216 733 RR1GD43JQ
BS 734 734 RR1AQ03JQ
BS 735 804 RR1GD43JQ
BS 805 914 RR1AQ03JQ

RD RR1GD43JQ 812 0 0
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ATGTTTATAAAAATAACAAAAGAAAGAGAAAAAAAAAAGTAAAGAATTCAAACTTCCCTG
CGGATTTTCTCAGTCACCTTCTTCCTCAGACATACAAACAAACAAACAAACAGACAAGGC
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AAGATGAGATTACCTGAAACTAATCATCTGATGGTGACGAACTTGTTAGTCCCATGTCTA
GCCCAATGGCTCTTAAGATCAATGGGGCTCCCAAAGTTAAACCCATCAAAAGAAAGTTTC
TCAAGAACCTTCTTAAACGCTCCTTGGCTCATCTTCCCCCCGGAGATCCTCGCTCCACGG
CGTTTAGTACTCATCGGCAACGGATGCATCGATATGTTCGTGGTGCAACACGCAGACTGC
CAACCGCCGCATCCCCAACGGTAGCATTGCTGAGGAGCTCCGGTGCAAGTGCAGACCGGT
ACAGGTAAACCGGAAATGTCCATGTTCACTCCGTTGATAACCAAGTCAACGCTTTTCTTA
GCCGGTTTTACTCTTGAAACGTTAGTCTTGCTGTCGTTCTCTTCTTCTGGTTTACGAGGC
TTCTTCCCTTTTGTTGTTGTCCCGCTAGCTTTTGAGTTAGTCTTTCTCTTCTTGTTAGGC
TGAACAGTCTCTTCTTCTTCTTCGCATCTAACCGGGTTTTCCTCGGTTTGATGATGATGG
TGGTGATGATGGTGCATGGACGGG
CAGATGAG

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1AQ03JQ 810 0 0
G
ATTCAAACTTCCCTGCAGATTTTCTCAGTCACCTTCTTCCTCAGACATGCAAACAAACAA
ACAAACAGACAAGGCTACAAGAACATAAAAGCAACCGTATGATAAAAAAAGGACTGTTTC
CAAACTCTTAAAACGAAGATGAGATTACCTGAAACTAATCATCTGATGGTGACGAACTTG
TTAGTCCCATGTCTAGCCCAATGGCTCTTAAGATCAATGGGGCTCCCAAAGTTAAACCCA
TCAGAAGAAAGTTTCTCAAGAACCTTCTTAAACGCTCCTTGGCTCATCTTCCTCCCGGAG
ATCCTCGCTCCACGGCGTTTAGTACTCATCGGCAACGGATGCATCGATATGTTCGTGGTG
CAACACGCAGACTGCCAACCGCCGCATCCCCAACGGTAGCATTGCTGAGGAGCTCCGGTG
CAAGTGCAGACCGGTACAGGTAAACCGGAAATGTCCATGTTCACTCCGTTGATAACCAAG
TCAACGCTTTTCTTAGCCGGTTTTACTCTTGAAACGTTAGTCTTGCTGTCGTTCTCTTCT
TTTGGTTTACGAGGCTTCTTCCCTTTTGTTGTTGTCCCGCTAGCTTTTGAGTTAGTCTTT
CTCTTCTTGTTAGGCTGAACAGTCTCTTATTCTTCTTCGCATCTAACCGGGTTTTCCTCG
GTTTGATGATGATGGTGGTGATGATGGTGCATGGACGGGGCAGATGAAGTTTCGGGAAGG
GCATTTCCGTAATTAGGAGTGGTCGTTACAGGTAACATGTTGAAGAACTTGTCCTTCTGG
AGAGAGAGGAGAGAGATAGATTTGGAGGG

QA 2 810 2 810
DS 



AS 1 3

CO CL2457Contig1 575 3 4 U
GGGAGAGAGGAACGCTGAGGAAGAGAAGATGGGAATAAGGTTCATATTGATGGTGAACAA
GCAAGGGCAGACTCGCCTTGCTCAGTACTACGAATGGCTCACCCTCGAGGAACGTCGTGC
TCTCGAAGGCGAGATCGTTCGTAAATGCCTCGCTCGCAACGACCAGCAGTGTTCGTTTGT
GGAGCATCGCAACTACAAGATCGTCTACAGGCGTTATGCGTCTCTCTTTTTCATGGTTGG
CGTTGATGACGATGAAAAACGAGCTGGCGATTCTAGAGTTCATACATCTTTTGGTCGAGA
CTATGGACAAGCATTTTGGAAATGTGTGTGAGCTGGACATAATGTTCCATCTGGAGAAAG
CTCATTTCATGCTCGAGGAAATGGTGATGAATGGTTGCATTGTCGAGACTAGCAAAGCCA
ACATACTTTCGCCTATACAGCTCATGGACAAAGCCCATTAATTTCAAAAGACTTGTTCTT
TTCCTTTTCACCACACTGTTGAGACAACTTCTGTAATATTATTACTTCTTCACTCGTTTG
TCCCATTCGAATCTAAAGAACAATTTGTTTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H947TF U 1
AF RR1GT80JQ C 15
AF RR1GJ59TF U 342
BS 1 251 RR1H947TF
BS 252 252 RR1GT80JQ
BS 253 563 RR1H947TF
BS 564 575 RR1GJ59TF

RD RR1H947TF 563 0 0
GGGAGAGAGGAACGCTGAGGAAGAGAAGATGGGAATAAGGTTCATATTGATGGTGAACAA
GCAAGGGCAGACTCGCCTTGCTCAGTACTACGAATGGCTCACCCTCGAGGAACGTCGTGC
TCTCGAAGGCGAGATCGTTCGTAAATGCCTCGCTCGCAACGACCAGCAGTGTTCGTTTGT
GGAGCATCGCAACTACAAGATCGTCTACAGGCGTTATGCGTCTCTCTTTTTCATGGTTGG
CGTTGATGACGGTGAAAAACGAGCTGGCGATTCTAGAGTTCATACATCTTTTGGTCGAGA
CTATGGACAAGCATTTTGGAAATGTGTGTGAGCTGGACATAATGTTCCATCTGGAGAAAG
CTCATTTCATGCTCGAGGAAATGGTGATGAATGGTTGCATTGTCGAGACTAGCAAAGCCA
ACATACTTTCGCCTATACAGCTCATGGACAAAGCCCATTAATTTCAAAAGACTTGTTCTT
TTCCTTTTCACCACACTGTTGAGACAACTTCTGTAATATTATTACTTCTTCACTCGTTTG
TCCCATTCGAATCTAAAGAACAA

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1GT80JQ 561 0 0
GG
GAGGAAGAGAAGATGGGAATAAGGTTCATATTGATGGTGAACAAGCAAGGGCAGACTCGC
CTTGCTCAGTACTACGAATGGCTCACCCTCGAGGAACGTCGTGCTCTCGAAGGCGAGATC
GTTCGTAAATGCCTCGCTCGCAACGACCAGCAGTGTTCGTTTGTGGAGCATCGCAACTAC
AAGATCGTCTACAGGCGTTATGCGTCTCTCTTTTTCATGGTTGGCGTTGATGACGATGAA
AA*CGAGCTGGCGATTCTAGAGTTCATACATCTTTTGGTCGAGACTATGGACAAGCATTT
TGGAAATGTGTGTGAGCTGGACATAATGTTCCATCTGGAGAAAGCTCATTTCATGCTCGA
GGAAATGGTGATGAATGGTTGCATTGTCGAGACTAGCAAAGCCAACATACTTTCGCCTAT
ACAGCTCATGGACAAAGCCCATTAATTTCAAAAGACTTGCTCTTTTCCTTTTCACCACAC
TGTTGAGACAACTTCTGTAATATTATTACTTCTTCACTCGTTTGTCCCATTCGAATCTAA
AGAACAATTTGTTTTCTTC

QA 3 561 3 561
DS 

RD RR1GJ59TF 234 0 0
G
TGTTCCATCTGGAGAAAGCTCATTTCATGCTCGAGGAAATGGTGATGAATGGTTGCATTG
TCGAGACTAGCAAAGCCAACATACTTTCGCCTATACAGCTCATGGACAAAGCCCATTAAT
TTCAAAAGACTTGTTCTTTTCCTTTTCACCACACTGTTGAGACAACTTCTGTAATATTAT
TACTTCTTCACTCGTTTGTCCCATTCGAATCTAAAGAACAATTTGTTTTCTTC

QA 2 234 2 234
DS 



AS 1 4

CO CL2458Contig1 760 4 12 U
GGACTCTCGTCATCTTTGTGGTGAGAGAAAACTAGGCAACAATGGCGGAACCTCCGGTGA
AAGTCAACCTGATCCCGACCGAAGGTACACCTGAAAGCTTCGCGGATTATGGCCAAGTCA
TCGAAGCCACTTCCGACGGTGATCGCTTCGGTCCTAACGATGCTCAGTTAGATCTCTCCA
GAGGAATCCCAAGATTCTATATCATGCGGCTCGAAGGTCGAACCTTGGGCTTCTCCAAGA
TCACTCACCACGCGAACGTGACGCAGTGTCTGGGATCGATAGGTGGTCACGTTTGGTATC
TAGGAGTAGCGAAGCCATCTCTCATCGAAGATGTTGCTGAGAGAGAAAGAGTTGGAGATA
ACAATGTAGAGTCAGGATCCGGTGGTCACTTGTACGCTCCTCCTACGGTTGAAGAAGTGC
GCGTCTTCAGGTTTTCAGGACCCAAGTTTGTTAAACTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTG
GACCGTTGTTCAGTGAGAGTTCCATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATG
AGGTGGATCACACCACACATGATTTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACCTTCCGGTTTGAGG
ATAGCTCACCGTCCTAAGTCAAATCCTATATTGGTGGGTGATCAGTGTGGTTCTGTTTTT
TTTCATGTCTTGTAATCAAAACAGAGTGAGAAACATTTTCTTGTATTCAATGATCCAAAA
CTGTCTGTGTACAAACCTGTAACTCTATATCTCTTCATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1E951TF U 1
AF RR1H554TF U 7
AF RR1H554JQ C 95
AF RR1E951JQ C 138
BS 1 662 RR1E951TF
BS 663 663 RR1H554TF
BS 664 674 RR1E951TF
BS 675 675 RR1H554JQ
BS 676 709 RR1H554TF
BS 710 710 RR1H554JQ
BS 711 734 RR1H554TF
BS 735 735 RR1H554JQ
BS 736 741 RR1H554TF
BS 742 742 RR1H554JQ
BS 743 757 RR1H554TF
BS 758 760 RR1E951JQ

RD RR1E951TF 675 0 0
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AAGTCAACCTGATCCCGACCGAAGGTACACCTGAAAGCTTCGCGGATTATGGCCAAGTCA
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TCACTCACCACGCGAACGTGACGCAGTGTCTGGGATCGATAGGTGGTCACGTTTGGTATC
TAGGAGTAGCGAAGCCATCTCTCATCGAAGATGTTGCTGAGAGAGAAAGAGTTGGAGATA
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GCGTCTTCAGGTTTTCAGGACCCAAGTTTGTTAAACTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTG
GACCGTTGTTCAGTGAGAGTTCCATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATG
AGGTGGATCACACCACACATGATTTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACCTTCCGGTTTGAGG
ATAGCTCACCGTCCTAAGTCAAATCCTATATTGGTGGGTGATCAGTGTGGTTCTGTTTTT
TT*CATGTCTTGTA
A

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DS 

RD RR1H554TF 751 0 0
GG
GTCATCTTTGTGGTGAGAGAAAACTAGGCAACAATGGCGGAACCTCCGGTGAAAGTCAAC
CTGATCCCGACCGAAGGTACACCTGAAAGCTTCGCGGATTATGGCCAAGTCATCGAAGCC
ACTTCCGACGGTGATCGCTTCGGTCCTAACGATGCTCAGTTAGATCTCTCCAGAGGAATC
CCAAGATTCTATATCATGCGGCTCGAAGGTCGAACCTTGGGCTTCTCCAAGATCACTCAC
CACGCGAACGTGACGCAGTGTCTGGGATCGATAGGTGGTCACGTTTGGTATCTAGGAGTA
GCGAAGCCATCTCTCATCGAAGATGTTGCTGAGAGAGAAAGAGTTGGAGATAACAATGTA
GAGTCAGGATCCGGTGGTCACTTGTACGCTCCTCCTACGGTTGAAGAAGTGCGCGTCTTC
AGGTTTTCAGGACCCAAGTTTGTTAAACTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTGGACCGTTG
TTCAGTGAGAGTTCCATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATGAGGTGGAT
CACACCACACATGATTTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACCTTCCGGTTTGAGGATAGCTCA
TCGTCCTAAGTCAAATCCTATATTGGTGGGTGATCAGTGTGGTTCTGTTTTTTTTCATGT
CTTGTA*TCAAAACAGAGTGAGAAACATTTTCTTGTATTCA*TGATCCAAAACTGTCTGT
GTACAA*CCTGTA*CTCTATATCTCTTCA

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR1H554JQ 666 0 0
AAGCTTCGCGGATTATGGCCAAGTCATCGAAGCCACTTCCGACGGTGATCGCTTCGGTCC
TAACGATGCTCAGTTAGATCTCTCCAGAGGAATCCCAAGATTCTATATCATGCGGCTCGA
AGGTCGAACCTTGGGCTTCTCCAAGATCACTCACCACGCGAACGTGACGCAGTGTCTGGG
ATCGATAGGTGGTCACGTTTGGTATCTAGGAGTAGCGAAGCCATCTTTCATCGAAGATGT
TGCTGAGAGAGAAAGAGTTGGAGATAACAATGTAGAGTCAGGATCCGGTGGTCACTTGTA
CGCTCCTCCTACGGTTGAAGAAGTGCGCGTCTTCAGGTTTTCAGGACCCAAGTTTGTTAA
ACTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTGGACCGTTGTTCAGTGAGAGTTCCATGGACTTCTA
CAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATGAGGTGGATCACACCACACATGATTTCAAGAAGAA
GAATGGGGTCACCTTCCGGTTTGAGGATAGCTCATCGTCCTAAGTCAAATCCTATATTGG
TGGGTGATCAGTGTGGTTCTGTTTTTTTTCATGTCTTGTAATCAAAACAGAGTGAGAAAC
ATTTTCTTGTATTCAATGATCCAAAACTGTCTGTGTACAAACCTGTAACTCTATATCTCT
TCA
TCT

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DS 

RD RR1E951JQ 623 0 0
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TATATCATGCGGCTCGAAGGTCGAACCTTGGGCTTCTCCAAGATCACTCACCACGCGAAC
GTGACGCAGTGTCTGGGATCGATAGGTGGTCACGTTTGGTATCTAGGAGTAGCGAAGCCA
TCTCTCATCGAAGATGTTGCTGAGAGAGAAAGAGTTGGAGATAACAATGTAGAGTCAGGA
TCCGGTGGTCACTTGTACGCTCCTCCTACGGTTGAAGAAGTGCGCGTCTTCAGGTTTTCA
GGACCCAAGTTTGTTAAACTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTGGACCGTTGTTCAGTGAG
AGTTCCATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATGAGGTGGATCACACCACA
CATGATTTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACCTTCCGGTTTGAGGATAGCTCACCGTCCTAA
GTCAAATCCTATATTGGTGGGTGATCAGTGTGGTTCTGTTTTTTTTCATGTCTTGTAATC
AAAACAGAGTGAGAAACATTTTCTTGTATTCAATGATCCAAAACTGTCTGTGTACAAACC
TGTAACTCTATATCTCTTCATCT

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 3

CO CL2459Contig1 854 3 16 U
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GTTCTTCACAATGACTGTCTTTACGAACTCGGTAACTATTGCAACCAACTGGCTTTGATG
TTTGGTATAACAATGATCAGCTCCCTCCACAATCTCCAGCTTGTGGTTCGGTATGATCTT
GGCAAACTCCTTGGCATCTTCCACGGGTATTACCTCATCATCCGATCCATGAACCGTCAA
AACCCTGCATTCTTTGTCAATCTTGAGGCAAGCTTCATGCATATCAGTGTTCAACCTCTC
CATTAAGCTCTCCTCAGTAACACGGTACCCTGACTTTCCATCTTCAACATCGATGAACCC
TTGTTGCTTAGTTCTTTCCAAATAATCTTCCCCAAGACGCTCTGCAATGCCTTTCTTCAG
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ACAGAAGTGTTGGACAACAGAACGTAGATCATCAGCTTCATGGTCATAGTTACCATAATA
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ATGGCACAAGATCACAACTTCTCTTGACCCAGTTTCGTGAAGCAGGCCCACGAACTTCTC
GTTGTGTCTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CL39JQ U 1
AF RR1AG05JQ U 6
AF RR1AG05TF C 80
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BS 821 854 RR1AG05TF

RD RR1CL39JQ 829 0 0
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ATGGCACA*GATCGCA*CTTCTCTTGACCCAGTTTCGTGA
GCAGCCACG

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1AG05JQ 816 0 0
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AAGTATGTAACCTGAACATTTTCTCAAAGAAACAAAATAGAAAAAAGGACTAGTTGTTCT
TCACAATGACTGTCTTTACGAACTCGGTAACTATTGCAACCAACTGGCTTTGATGTTTGG
TATAACAATGATCAGCTCCCTCCACAATCTCCAGCTTGTGGTTCGGTATGATCTTGGCAA
ACTCCTTGGCATCTTCCACGGGTATTACCTCATCATCCGATCCATGAACCGTCAAAACCC
TGCATTCTTTGTCAATCTTGAGGCAAGCTTCATGCATATCAGTGTTCAACCTCTCCATTA
AGCTCTCCTCAGTAACACGGTACCCTGACTTTCCATCTTCAACATCGATGAACCCTTGTT
GCTTAGTTCTTTCCAAATAATCTTCCCCAAGACGCTCTGCAATGCCTTTCTTCAGATCAT
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AGTGTTGGACAACAGAACGTAGATCATCAGCTTCATGGTCATAGTTACCATAATAGAAAC
TGCCTTCACTCTCTCCATTCCCAGAGAAATCAAAACGGAAAGCAGTGATGCCTTCTTTCT
CTAGAGTAGCAGCCACATTGTTCATCGTTTGGTTATCCTTGTTGGATTGAAACCCATGGC
ACAAGATCACAACTTCTCTTGACCCAGTTTCGTGA
A

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1AG05TF 775 0 0
AACATTTTCTCAAAGAAACAAAATAGAAAAAAGGACTAGTTGTTCTTCACAATGACTGTC
TTTACGAACTCGGTAACTATTGCAACCAACTGGCTTTGATGTTTGGTATAACAATGATCA
GCTCCCTCCACAATCTCCAGCTTGTGGTTCGGTATGATCTTGGCAAACTCCTTGGCATCT
TCCACGGGTATTACCTCATCATCCGATCCATGAACCGTCAAAACCCTGCATTCTTTGTCA
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ACACGGTACCCTGACTTTCCATCTTCAACATCGATGAACCCTTGTTGCTTAGTTCTTTCC
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TTGATTACATTGCTGATATCGTGATACTTGGAGGCATAGAATAGGACCACATCGCCTCCT
TTACTGTGGCCGAGAACAATAGGAACCACACGATCCATGTTACAGAAGTGTTGGACAACA
GAACGTAGATCATCAGCTTCATGGTCATAGTTACCATAATAGAAACTGCCTTCACTCTCT
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QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 4

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GCCGAAGAAGGTTTTCTTGTTGTTATGCTTAGCAAGAGCAAAACTGCAAGTTCAGGTGGT
CCATCTTCGGCTCAGCCTACACCTACCACATCTTCAGCTATGCCTGCAGCTCCGTTAACA
ACCCAGTCTATACCTGTGCCAGCTTCAAATTCCACTCTTGCCCAAGAACAACCAGCAGCA
CAAAGTGACACCAATGCTCAGGCTGCTTCAACTTTAGGCTCTTTAGCTAGTGGCGGTAAT
ACTGAGCAAATGGTTCAACAAATAATGGAAATGGGTGGAGGCAGCTGGGACAAAGAAACG
GTTACTCGTGCACTTCGTGCAGCTTATAACAACCCTGAGAGAGCAGTTGATTATCTATAC
TCTGGAATTCCTGAAAGAGAAGCTGTTCCGTTAACTAACATATCGGGAGTAGGATCTGGT
GCAGACCTTACCGCTCCTCCTGCCTCTGGAAGACCTAATTCATCTCCTTTGGATTTGTTT
CCCCAGGAAGCAGAAGCTGGTGCTGGAGATCTTGGAACGCTTGAATTCCTCAGAAACAAT
GATCAGTTCCAACAATTACGAACAATGGTCAATTCCAACCCCCAGATTCTGCAGCCTATG
CTTCAAGAGCTTGGAAAGCAGAACCCCCAACTTTTGAGGCTCATTCAAGAGAACCAAGCC
GAATTTCTTCAGCTAATCAACGAGCCTTATGAAGGATCTGACGGGGATATGGATATTTTG
GACCAACCCGAGCAAGAAATGCCTCATGCAGTTAATGTTACCCCTGCAGAGCAAGAAGCG
ATTCAACGTCTGGAGGCAATGGGATTTGATAGAGCATTGGTCATAGAAGCCTTCCTTGCG
TGTGACCGTAACGAGGAATTGGCTGCAAACTATTTGCTAGAGAACTCGGCAGATTTTGAA
GACTGAGTTCCCAACACAAAAACAGCTTTTAACCAAATCAGACCATAATGAAAATTTTGT
GTTAGCCTCTTTCATTTGAACCCTTCATTCTTACTATTCTCAGAAGTATTTTTCAGACGA
GTTTCTTCGTTTATATCTTACAAACATTTTTTTTTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1FH49TF U 1
AF RR1A596TF U 509
AF RR1FH49JQ C 582
AF RR1A596JQ C 767
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GCGGTGAAAAAGAATATTGAAGATTCTCAGAGCAAAGACAACTATCCATGTGGACAGCAG
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GCCGAAGAAGGTTTTCTTGTTGTTATGCTTAGCAAGAGCAAAACTGCAAGTTCAGGTGGT
CCATCTTCGGCTCAGCCTACACCTACCACATCTTCAGCTATGCCTGCAGCTCCGTTAACA
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TCTGGAATTCCTGAAAGAGAAGCTGTTCCGTTAACTAACATATCGGGAGTAGGATCTGGT
GC

QA 1 722 1 722
DS 

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G
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AATGGGTGGAGGCAGCTGGGACAAAGAAACGGTTACTCGTGCACTTCGTGCAGCTTATAA
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GTTAACTAACATATCGGGAGTAGGATCTGGTGCAGACCTTACCGCTCCTCCTGCCTCTGG
AAGACCTAATTCATCTCCTTTGGATTTGTTTCCCCAGGAAGCAGAAGCTGGTGCTGGAGA
TCTTGGAACGCTTGAATTCCTCAGAAACAATGATCAGTTCCAACAATTACGAACAATGGT
CAATTCCAACCCCCAGATTCTGCAGCCTATGCTTCAAGAGCTTGGAAAGCAGAACCCCCA
ACTTCTGAGGCTCATTCAAGAGAACCAAGCCGAATTTCTTCAGCTAATCAACGAGCCTTA
TGAAGGATCTGACGGGGATATGGATATTTTGGACCAACCCGAGCAAGAAATGCCTCATGC
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TAACCAAATCAGACCATAATGAAAAT

QA 2 747 2 747
DS 

RD RR1FH49JQ 778 0 0
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AGCAGTTGATTATCTATACTCTGGAATTCCTGAAAGAGAAGCTGTTCCGTTAACTAACAT
ATCGGGAGTAGGATCTGGTGCAGACCTTACCGCTCCTCCTGCCTCTGGAAGACCTAATTC
ATCTC*TTTGGATTTGTTTCCCCAGGAAGCAGAAGCTGGTGCTGGAGATCTTGGAACGCT
TGAATTCCTCAGAAACAATGATCAGTTCCAACAATTACGAACAATGGTCAATTCCAACCC
CCAGATTCTGCAGCCTATGCTTCAAGAGCTTGGAAAGCAGAACCCCCAACTTTTGAGGCT
CATTCAAGAGAACCAAGCCGAATTTCTTCAGCTAATCAACGAGCCTTATGAAGGATCTGA
CGGGGATATGGATATTTTGGACCAACCCGAGCAAGAAATGCCTCATGCAGTTAATGTTAC
CCCTGCAGAGCAAGAAGCGATTCAACGTCTGGAGGCAATGGGATTTGATAGAGCATTGGT
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GAACTCGGCAGATTTTGAAGACTGAGTTCCCAACACAAAAACAGCTTTTAACCAAATCAG
ACCATAATGAAAATTTTGTGTTAGCCTCTTTCATTTGAACCCTTCATTCTTACTATTCTC
AGAAGTATTTTTCAGACGAGTTTCTTCGTTTATATCTTACAAACATTTTTTTTTAAT
C

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1A596JQ 593 0 0
CTTTGGATTTGTTTCCCCAGGAAGCAGAAGCTGGTGCTGGAGATCTTGGAACGCTTGAAT
TCCTCAGAAACAATGATCAGTTCCAACAATTACGAACAATGGTCAATTCCAACCCCCAGA
TTTTGCAGCCTATGCTTCAAGAGCTTGGAAAGCAGAACCCCCAACTTTTGAGGCTCATTC
AAGAGAACCAAGCCGAATTTTTTCAGCTAATCAACGAGCCTTATGAAGGATTTGACGGGG
ATATGGATATTTTGGACCAACCCGAGCAAGAAATGCCTCATGCAGTTAATGTTACCCCTG
CAGAGCAAGAAGCGATTCAACGTTTGGAGGCAATGGGATTTGATAGAGCATTGGTCATAG
AAGCCTTCCTTGCGTGTGACCGTAACGAGGAATTGGCTGCAAACTATTTGCTAGAGAACT
CGGCAGATTTTGAAGACTGAGTTCCCAACACAAAAACAGCTTTTAACCAAATCAGACCAT
AATGAAAATTTTGTGTTAGCCTCTTTCATTTGAACCCTTCATTTTTACTATTTTCAGAAG
TATTTTTCAGACGAGTTTTTTCGTTTATATTTTACAAACATTTTTTTTTAATT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 3

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TAAATTGTTGTTCTCCAATGGAGATTGCTTATTTTGGGGTGTTTAAAGAAAAAAAACATT
GTTTTTTTGGATATGATGATGAGCCTGCGATGGTGATGAGCATATTTGTCATGATAATAA
CTTGTTCATCTTCAACCTCTAATGCACGAATACTCGCACAGTTCCTCAGAACAGCCCTGA
GACAAGTACAGGTATCACCATCCAAAGGAGTGTCCACTGATGCACATAGTGCTACTACCC
ATATACAGTCACTCCTCTGTAACCCGCTCTCCTTCTCAACCAAAACTATCCTCTTTTTCA
GCCTTGACACTCGCGTCACCGAGTCCATTCCTTGTATTTCTGAAACCACCACACCAAATG
ACTCATCTGTAACTGTGTTGAGACGTGCGCTGAATATCCCCATTAGCGCATATTCCGTAG
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GCATAAAAACGAGTTCAGTTCTTGTCCATTAAGAAAAACACTGATTATAAGCACCCCAAG
AAGCCTCATCCACTCGTTTAATGTCCGTGATCAGACAAAGGTCGCTTGTTGATAGCACAA
GGATAAACCGGAGCTCCGATGATGTTCTTGTTTATGTTACTGAGTGCTCTTCGTGTCTGC
CCATTCGACGGATTCACCTTTCATCCACGTAAACCACCGAACTTTCTTCTTCCCCTTCAA
CGTCTCTCAGGCTCATCCTCTCCCACTGGCCGATACCTTCTTCGTCGTCTTCTTCTCTTT
ATCTGTTGGATCGTGGAGGACAACCAAGGTAGAGTGATGAAGCGTGGAGGAAATCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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DS 



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BQ
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AF RR1AL13TF U 1
AF RR1E056TF U 78
AF RR1AL13JQ C 536
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CGCCAGACTGGCAAACGCAGCATGTGTCAGGGAATGTGTTTTAGCCTTCCTACACCAGAA
GATCCCTTCAATGAGAAGCTGGGTAAAGTGAGCATTGTCAAAGAGAAGAAGAAGAAGAAA
AAGGTCAAGTCTAGAGATGCTCTTTCAGTGAATAAATCTTCTCTTAAGAAACCATCTCGA
GACGGCGATGAGAAGAAGACGGAGAAGATGAGGGTGATTCATGGTCCACGTAAGTTGGTG
ATGCTCTGCCTGACCGAAATCGAGAGCTCCTTTCATCACCTTGAGAAGCCTTTGTTCACT
AGCACTTGGGGGAATGAGTTCTGGAAATCTTTTCATTCTGGTAAAGATGTTGTTGAGACT
AGTGTGACATCTTCCTCCCTTGAACAAATCGCATGGATCGTTTCGACTGCCTCTGATGCT
ATTTCTATGCGAGAGAAATACGAGGAGAGCCTACCACTAAGCAATAGCCCTTTTCTCTTA
TATCTCGTACCATCTC

QA 1 736 1 736
DS 

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GGA
AAACCAAAACGGGGCCGCCTGAAAGAGAGCAATAATGGCGAAAGGCGACGATGCTTTGGC
GAGGAAGAAGAACAAATCCAACCGGAAGAAGATGAATCGCAAGAACGATTCCGCCGCCGT
ATCCTCTCGCATCGCCGCTATCATCGCCGCCAAGAAGCGCCGCCAGACTGGCAAACGCAG
CATGTGTCAGGGAATGTGTTTTAGCCTTCCTACACCAGAAGATCCCTTCAATGAGAAGCT
GGGTAAAGTGAGCATTGTCAAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAAAGGTCAAGTCTAGAGATGC
TCTTTCAGTGAATAAATCTTCTCTTAAGAAACCATCTCGAGACGGCGATGAGAAGAAGAC
GGAGAAGATGAGGGTGATTCATGGTCCACGTAAGTTGGTGATGCTCTGCCTGACCGAAAT
CGAGAGCTCCTTTCATCACCTTGAGAAGCCTTTGTTCACTAGCACTTGGGGGAATGAGTT
CTGGAAATCTTTTCATTCTGGTAAAGATGTTGTTGAGACTAGTGTGACATCTTCCTCCCT
TGAACAAATCGCATGGATCGTTTCGACTGCCACTGATGCTATTTCTATGCGAGAGAAATA
CGAGGAGAGCCTACCACTAAGCAATAGCCCTTTTCTCTTATATCTCGTACCATCTCAGTC
CAAAGCTTCTCAGGTTCGATCGGTTTGCA*GGCGCTGAAACGTCTTGGAGTTCATGCAGT
GAGCTTACACAATGGGAGCCGAAATAGATCAT

QA 4 755 4 755
DS 

RD RR1AL13JQ 770 0 0
TCACTAGCACTTGGGGGAATGAGTTCTGGAAATCTTTTCATTCTGGTAAAGATGTTGTTG
AGACTAGTGTGACATCTTCCTCCCTTGAACAAATCGCATGGATCGTTTCGACTGCCTCTG
ATGCTATTTCTATGCGAGAGAAATACGAGGAGAGCCTACCACTAAGCAATAGCCCTTTTC
TCTTATATCTCGTACCATCTCAGTCCAAAGCTTCTCAGGTTCGATCGGTTTGCAAGGCGC
TGAAACGTCTTGGAGTTCATGCAGTGAGCTTACACAATGG*AGCCGAAATAGATCATCAG
ATTTCTGGATTGAAAAGCTTAGAACCTGAATTTATAGTTTCCACACCTGAGCGACTTTTG
GAGATTGTTGCCCTCAAAGGAGTTGATATATCGGGGGTTTCGTTACTGGTCATTGATGAA
CTAGGTTCACTTTGCGCTAGTGGTTATCTAGATGCGGTGAAATCCATTAAGAAGGCCATC
ACCAGCGAGCACCGATCAGTAGTTTTCAACGACAGTGCTTCCTGTACTCCAGCCGTCCTG
AGTCTTTTGGGGAGATTCTGACAAGTATTGCTAAAGAGAGTGTTTACGGTGTGCTACACA
GCTTTGTAACAGAAAAAGAGGAGGATGTGTTTTGTCTTGCTGGTTCATTGGTGAATGTTC
TAGAGAATTGTGGCCAGGACGTGCCTGGCTGTTGGAGGAATATGTCTGATTGATCAAACT
TGTCGTGTCTCAATACTCTTTTAAGTTGCAATTTTAGTTTTTAGTTACCG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 4

CO CL2463Contig1 1175 4 34 U
GGATAACGAAGCGGTACTGAGAAGATGAAACTGTTCGACGCGCACTGTCACCTTCAAGAC
CCCAGGATCATCAGCAAAGCTCCTCAGCTCATCTTCACCGCTGTAGCTTCCGGCGTCTCT
TCCTTCGCCGTCAATGGAGTCTCCGAGAAAGATTGGAACTTGGTCAAAGAGATGGGAGTG
AAATACCCTTCTGTTGTTCCCTGCTTTGGCATCCATCCATGGTATGTAGCAGAGAGGAGT
CCTCAGTGGTTTGAGACGTTGAAGAGCTTGTTTGAGTCCACTCCTAGTGCTGCTGTTGGA
GAAATTGGTTTGGACAAAGGGTCAAAGGGAAGGGAGATTGATTTCTCAGACCAGGTTGGA
GTGTTTCGTCAACAGCTCGAACTTGCAAAGGAATTGAATAAACCTGCGTCGATCCACTGT
GTCCGTGCATTCGGTGATCTACTCGAGATAACAAAATCTGTGGGGCCTTTTCCTGCTGGA
GTCATCCTTCACTCCTACTTGGGATCTGCTGAGATGGTTCCGGAGTTTGCAAAGCTCGGT
GCATACTTCTCCTTCTCTGGCTTTCTCATGTCCATGAGTGAGAAGAAAGCCAAGAAGATG
TTGAAAGCTGTTCCTTCTGATAGGATCTTATTAGAGACTGATTCACCCGATGCGTTACCA
AAGTCAGAGTCGGGGACTCTTTACTTTGTAGAAGGAGATCCTTTTCTGCCGGAAGAAGGA
AACTCATCACAGGATCTTGAGTTTAATGCTTCCAGTGGTGGTGGCTCCATGAAGTTGCCG
AAGGAAACACTTAATCACCCTGCTAATATTCACGCCGTACTCGAGTATGTAGCAAAGTTG
TTGGACGTGAAGAACGAAGAACTCGCGGAACTAAGCTATGGAAACGCTGTTCGGTTGTTC
TCTTACTCAGGTTCGAAGCTGCTTCTTGAGACAGGTGCTGCTGATGTCTCCCTTCACACT
CAAAACCACTCCACAACACCGTCATGAGTTCTTAAGTCATTGTAGTCATGTTTTTCATTA
CTCTGTTACAAGTCTTTGAAGTTTGAATAGTGTTGTAGACTCACACTTCTCTTCGTATAA
GACCTTTTATAACTATGTGAAAATTGAAATTTGACTTCATGTATGTAAAAAATGTATTTT
GTTACTACACCTGTGTGGATTCGTTTGATGATGTT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H278TF U 1
AF RR1B030TF U 3
AF RR1B030JQ C 397
AF RR1H278JQ C 615
BS 1 503 RR1H278TF
BS 504 504 RR1B030TF
BS 505 521 RR1H278TF
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BS 523 668 RR1H278TF
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BS 958 958 RR1H278JQ
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BS 1098 1175 RR1H278JQ

RD RR1H278TF 668 0 0
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AAATACCCTTCTGTTGTTCCCTGCTTTGGCATCCATCCATGGTATGTAGCAGAGAGGAGT
CCTCAGTGGTTTGAGACGTTGAAGAGCTTGTTTGAGTCCACTCCTAGTGCTGCTGTTGGA
GAAATTGGTTTGGACAAAGGGTCAAAGGGAAGGGAGATTGATTTCTCAGACCAGGTTGGA
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GTCCGTGCATTCGGTGATCTACTCGAGATAACAAAATCTGTGGGGCCTTTTCCTGCTGGA
GTCATCCTTCACTCCTACTTGGGCTCTGCTGAGATGGTTCCTGAGTTTGCAAAGCTCGGT
GCATACTTCTCCTTCTCTGGCTTTCTCATGTCCATGAGTGAGAAGAAAGCCAAGAAGATG
TTGAAAGCTGTTCCTTCTGATAGGATCTTATTAGAGACTGATTCACCCGATGCGTTACCA
AAGTCAGA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1B030TF 880 0 0
GG
AACGAAGCGGTTCTGAGAAGATGAAACTGTTCGACGCGCACTGTCACCTTCAAGACCCCA
GGATCATCAGCAAAGCTCCTCAGCTCATCTTCACCGCTGTAGCTTCCGGCGTCTCTTCCT
TCGCCGTCAATGGAGTCTCCGAGAAAGATTGGAACTTGGTCAAAGAGATGGGAGTGAAAT
ACCCTTCTGTTGTTCCCTGCTTTGGCATCCATCCATGGTATGTAGCAGAGAGGAGTCCTC
AGTGGTTTGAGACGTTGAAGAGCTTGTTTGAGTCCACTCCTAGTGCTGCTGTTGGAGAAA
TTGGTTTGGACAAAGGGTCAAAGGGAAGGGAGATTGATTTCTCAGACCAGGTTGGAGTGT
TTCGTCAACAGCTCGAACTTGCAAAGGAATTGAATAAACCTGCGTCGATCCACTGTGTCC
GTGCATTCGGTGATCTACTCGAGATAACAAAATCTGTGGGGCCTTTTCCTGCTGGAGTCA
TCCTTCACTCCTACTTGGGATCTGCTGAGATGGTTCCGGAGTTTGCAAAGCTCGGTGCAT
ACTTCTCCTTCTCTGGCTTTCTCATGTCCATGAGTGAGAAGAAAGCCAAGAAGATGTTGA
AAGCTGTTCCTTCTGATAGGATCTTATTAGAGACTGATTCACCCGATGCGTTACCAAAGT
CAGAGTCGGGGACTCTCTACTTTGTAGAAAGAGATCCTTCTCTGCCGGAAGAAGGAAACT
CATCACAGGATCTTGAGTCTAATGCTTCCAGTGGTGGTGGCTCCATGAAGTTGCCGAAG*
AAACACTTAATCACCCTGCTA*TATTCACGCCGTACTCGAGTATGTAGCAAAGTTGTTGG
ACGTGAAGAACGAAGAACTCGCGGAACTAAGCTATGGA

QA 3 880 3 880
DS 

RD RR1B030JQ 701 0 0
AATAAACCTGCGTCGATCCACTGTGTCCGTGCATTCGGTGATCTACTCGAGATAACAAAA
TCTGTGGGGCCTTTTCCTGCTGGAGTCATCCTTCACTCCTACTTGGGATCTGCTGAGATG
GTTCCGGAGTTTGCAAAGCTCGGTGCATACTTCTCCTTCTCTGGCTTTCTCATGTCCATG
AGTGAGAAGAAAGCCAAGAAGATGTTGAAAGCTGTTCCTTTTGATAGGATCTTATTAGAG
ACTGATTCACCCGATGCGTTACCAAAGTCAGAGTCGGGGACTCTTTACTTTGTAGAAGGA
GATCCTTTTTTGCCGGAAGAAGGAAACTCATCACAGGATCTTGAGTTTAATGCTTCCAGT
GGTGGTGGCTCCATGAAGTTGCCGAAGGAAACACTTAATCACCCTGCTAATATTCACGCC
GTACTCGAGTATGTAGCAAAGTTGTTGGACGTGAAGAACGAAGAACTCGCGGAACTAAGC
TATGGAAACGCTGTTCGGTTGTTCTCTTACTCAGGTTCGAAGCTGCTTCTTGAGACAGGT
GCTGCTGATGTCTCCCTTCACCCTCAAAACCCCTCCCCAACCCCGTCATGAGTTCTTAAG
TCATTGTAGTCATGTTTTTCATTACTCTGTTACAAGTCTTTGAAGTTTGAATAGTGTTGT
AGACTCCCCCTTTTCTTCGTATAAGACCTTTTATAACTATG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1H278JQ 561 0 0
TTC
TGATAGGATCTTATTAGAGACTGATTCACCCGATGCGTTACCAAAGTCAGAGTCGGGGAC
TCTTTACTTTGTAGAAGGAGATCCTTTTCTGCCGGAAGAAGGAAACTCATCACAGGATCT
TGAGTTTAATGCTTCCAGTGGTGGTGGCTCCATGAAGTTGCCGAAGGAAACACTTAATCA
CCCTGCTAATATTCACGCCGTACTCGAGTATGTAGCAAAGTTGTTGGACGTGAAGAACGA
AGAACTCGCGGAACTAAGCTATGGAAACGCTGTTCGGTTGTTTTTTTACTCAGGTTCGAA
GCTGCTTCTTGAGACAGGTGCTGCTGATGTCTCCCTTCACACTCAAAACCACTCCACAAC
ACCGTCATGAGTTCTTAAGTCATTGTAGTCATGTTTTTCATTACTCTGTTACAAGTCTTT
GAAGTTTGAATAGTGTTGTAGACTCACACTTCTCTTCGTATAAGACCTTTTATAACTATG
TGAAAATTGAAATTTGACTTCATGTATGTAAAAAATGTATTTTGTTACTACACCTGTGTG
GATTCGTTTGATGATGTT

QA 4 561 4 561
DS 



AS 1 4

CO CL2464Contig1 1152 4 21 U
GGATATCAAAATCAAATTCCTATATATATAAAAACAAAAATCTCTAAAGGAAAGGGCTTT
ACCACTTCCCTCTGTATAATCTCTCTCTGTTTTCCCCTGCTTTTGATTAGATTCAGAGAA
GAAGAAGAAGATGGGGAGAGGAAGGATAGAGATAAAGAAGATTGAGAATGTGAACAGTCG
TCAAGTCACTTTCTCCAAGAGACGTAATGGGCTGATGAAGAAGGCCAACGAGCTTTCCAC
CCTCTGCGACGCCGAGGTCGCCGTCATCGTCTTCTCCAGCACCGGCAAGGCTTACGATTT
CTCCAGCGGAAGTATGGAGCACATTCTCTCTAGATATGGATACAGTGCTGTGACGGCTGG
TCATAGACAAAGAGAAGAAGGCCAACAACTTCTACTTTGTTCTTCTTCTTCTCAAGAAAA
TGGCGATGTGTTGCGGACAGATGAATCTTTGAGGAGTGAACTTGAGAGATTACAGCTTGC
AATTGAGAGGCTCAAGGGTAAGGAGCTTGAGGGTATGAGTTTCTCGGATCTTGTTTCTCT
TGAAAACACGCTAAATGATAGCTTGCATAGCGTCAAGGATCGAAAGACACAAATCCTGCT
CAATCAGGTGGAAAGATCCAGGTTACAGGAGAAGAGAGCATTGGAAGAGAACCAGCTTTT
GCGCAAACAGATAGAGTTGTTTGGATCAGGACCCAAACCGCTGAGTGAAATAACTCCATT
CTCTAGCCCGCAAGAAGAGCCTGAGAGCTCTTCATCAGACGACGATGACGAAAATGACAA
TGAGGAGCTGCAGTCCAACACTTCCTTGCAGCTGGGGTTGGCTTCATCAGCGTACTTTGC
AAAGAGAAAGAAGCCAAAGATTGAACCTCTCTGCGACAACTCTGGAAGTCAAGTGGCTTC
TGATTGATCAATTAGTATTTTCCTAGTTATGGTGTTTAGTAGAGGTTTTATTGTGCATTC
TCCTTTTGTTTCATGCCTGGTCTTTTGATGTACATCGTATCAAGTAGAGTTTTATGTTCT
TAGGTAATCAAATGTTAGTTTCTCTTGTTAAAAGTTTCTAACAGAGAAGAAACAGAAGTT
GAGAATGAATCAGGACAAGAAACTTGCATCCAGTTTTTTTATTTCACTTCTAAAAGAAGG
GTAAATTGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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GG
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ACGGCTGGTCATAGACAAAGAGAAGAAGGCCAACAACTTCTACTTTGTTCTTCTTCTTCT
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TCAAGTCACTTTCTCCAAGAGACGTAATGGGCTGATGAAGAAGGCCAACGAGCTTTCCAC
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CTCCAGCGGAAGTATGGAGCACATTCTCTCTAGATATGGATACAGTGCTGTGACGGCTGG
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TGGCGATGTGTTGCGGACAGATGAATCTTTGAGGAGTGAACTTGAGAGATTACAGCTTGC
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DS 

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ATGTGTTGCGGACAGATGAATCTTTGAGGAGTGAACTTGAGAGATTACAGCTTGCAATTG
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AACAGATAGAGTTGTTTGGATCAGGACCCAAACCGCTGAGTGAAATAACTCCATTCTCTA
GCCCGCAAGAAGAGCCTGAGAGCTCTTCATCAGACGACGATGACGAAAATGACAATGAGG
AGCTGCAGTCCAACACTTCCTTGCAGTTGGGGTTGGCTTCATCAGCGTACTTTGCAAAGA
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C

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DS 

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CTAGCCCGCAAGAAGAGCCTGATAGCTCTTCATCAGACGACGATGACGAAAATGACAATG
AGGAGCTGCAGTCCAACACTTCCTTGCAGCTGGGGTTGGCTTCATCAGCGTACTTTGCAA
AGAGAAAGAAGCCAAAGATTGAACCTCTCTGCGACAACTCTGGAAGTCAAGTGGCTTCTG
ATTGATCAATTAGTATTTTCCTAGTTATGGTGTTTAGTAGAGGTTTTATTGTGCATTCTC
CTTTTGTTTCATGCCTGGTCTTTTGATGTACATCGTATCAAGTAGAGTTTTATGTTCTTA
GGTAATCAAATGTTAGTTTCTCTTGTTAAAAGTTTCTAACAGAGAAGAAACAGAAGTTGA
GAATGAATCAGGACAAGAAACTTGCATCCAGTTTTTTTATTTCACTTCTAAAAGAAGGGT
AAATTGTTCT

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 3

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GCTGGTGTGGGAGAGAGAACCCGTGAAGGCAATGACTTGTACAGAGAGATGATTGAGAGT
GGTGTTATCAAGCTAGGCGAGAAGCAGTCTGAGAGTAAATGTGCTCTCGTCTATGGACAA
ATGAACGAGCCCCCGGGTGCCCGTGCTCGTGTTGGACTTACTGGTCTGGCTGTTGCTGAG
TATTTCCGTGATGCCGAAGGACAAGATGTGTTGCTTTTCATTGACAATATTTTCCGTTTC
ACTCAGGCTAACTCTGAAGTGTCTGCTTTGCTTGGTCGTATCCCATCTGCTGTGGGTTAC
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GGTTCTATCACTTCTGTCCAAGCCATCTATGTCCCTGCTGATGATTTGACGGATCCTGCT
CCTGCCACAACCTTTGCTCATTTAGACGCCACAACCGTGCTTTCTAGACAGATTTCCGAG
CTGGGTATCTATCCTGCTGTGGATCCTCTGGACTCAACATCCCGTATGCTCTCCCCTCAC
ATTCTTGGTGAGGAGCACTATGACACTGCTCGTGGTGTGCAGAAAGTGCTACAGAACTAC
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CTGACTGTTGCACGTGCCCGTAAGATTCAGAGATTCTTGAGTCAGCCATTCCATGTTGCT
GAGATCTTCACGGGTGCCCCTGGCAAATACGTTGACCTTAAGGAAAACATCAACAGTTTC
CAGGGTTTGCTCGATGGTAAGTACGATGATCTTCCAGAACAATCCTTTTACATGGTTGGT
GGCATCGACGAGGTCGTTGCAAAAGCAGAGAAGATCTCCAAGGAGGCAGCAGCTTAAGGG
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GAAAAAAAAAAACAAATGTTTTAGGCGGTGCTGCTAACGCATTGCGATTCACACCATTTG
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TCTTTTGCCTCTCCCTTGTTGAAATAAATGTTTCAAGTCTTACG


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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1HA09TF U 1
AF RR1CA80TF U 487
AF RR1HA09JQ C 509
BS 1 677 RR1HA09TF
BS 678 678 RR1CA80TF
BS 679 693 RR1HA09TF
BS 694 694 RR1CA80TF
BS 695 737 RR1HA09TF
BS 738 1073 RR1CA80TF
BS 1074 1074 RR1HA09JQ
BS 1075 1181 RR1CA80TF
BS 1182 1184 RR1HA09JQ

RD RR1HA09TF 738 0 0
GTGCTCATTATGGAACTTATTAACAATGTCGCCAAAGCTCATGGTGGTTTCTCCGTGTTT
GCTGGTGTGGGAGAGAGAACCCGTGAAGGCAATGACTTGTACAGAGAGATGATTGAGAGT
GGTGTTATCAAGCTAGGCGAGAAGCAGTCTGAGAGTAAATGTGCTCTCGTCTATGGACAA
ATGAACGAGCCCCCGGGTGCCCGTGCTCGTGTTGGACTTACTGGTCTGGCTGTTGCTGAG
TATTTCCGTGATGCCGAAGGACAAGATGTGTTGCTTTTCATTGACAATATTTTCCGTTTC
ACTCAGGCTAACTCTGAAGTGTCTGCTTTGCTTGGTCGTATCCCATCTGCTGTGGGTTAC
CAGCCAACTCTTGCTTCCGATCTTGGTGCTCTTCAAGAGCGAATCACAACCACCAAGAAA
GGTTCTATCACTTCTGTCCAAGCCATCTATGTCCCTGCTGATGATTTGACGGATCCTGCT
CCTGCCACAACCTTTGCTCATTTAGACGCCACAACCGTGCTTTCTAGACAGATTTCCGAG
CTGGGTATCTATCCTGCTGTGGATCCTCTGGACTCAACATCCCGTATGCTCTCCCCTCAC
ATTCTTGGTGAGGAGCACTATGACACTGCTCGTGGTGTGCAGAAAGTGCTACAGAACTAC
AAGAACTTGCAAGATAT*ATTGCCATTTTGGGA*TGGATGAGCTAAGTGAAGATGACAAG
CTGACTGTTGCACGTGC
C

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1CA80TF 695 0 0
G
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TCTATCCTGCTGTGGATCCTCTGGACTCAACATCCCGTATGCTCTCCCCTCACATTCTTG
GTGAGGAGCACTATAACACTGCTCGTGGTGTGCAGAAAGTGCTACAGAACTACAAGAACT
TGCAAGATATTATTGCCATTTTGGGAATGGATGAGCTAAGTGAAGATGACAAGCTGACTG
TTGCACGTGCCCGTAAGATTCAGAGATTCTTGAGTCAGCCATTCCATGTTGCTGAGATCT
TCACGGGTGCCCCTGGCAAATACGTTGACCTTAAGGAAAACATCAACAGTTTCCAGGGTT
TGCTCGATGGTAAGTACGATGATCTTCCAGAACAATCCTTTTACATGGTTGGTGGCATCG
ACGAGGTCGTTGCAAAAGCAGAGAAGATCTCCAAGGAGGCAGCAGCTTAAGGGCGTTATA
CCTCCTCTCTTTCGGATGAGTTCCGTTCATTTACTTCTTTTGTTGACAATAACGAAAAAA
AAAAACAAATGTTTTAGGCGGTGCTGCTAACGCATTGCGATTCACATCATTTGTATGAGA
GAGCTGCGAGATGATGCTGAACATATTTATTCACTGTTACTCAAATTTTTGGTTCTTTTG
CCTCTCCCTTGTTGAAATAAATGTTTCAAGTCTT

QA 2 695 2 695
DS 

RD RR1HA09JQ 676 0 0
CCACAACCGTGCTTTCTAGACAGATTTCCGAGCTGGGTATCTATCCTGCTGTGGATCCTC
TGGACTCAACATCCCGTATGCTCTCCCCTCACATTCTTGGTGAGGAGCACTATGACACTG
CTCGTGGTGTGCAGAAAGTGCTACAGAACTACAAGAACTTGCAAGATATTATTGCCATTT
TGGGAATGGATGAGCTAAGTGAAGATGACAAGCTGACTGTTGCACGTGCCCGTAAGATTC
AGAGATTCTTGAGTCAGCCATTCCATGTTGCTGAGATCTTCACGGGTGCCCCTGGCAAAT
ACGTTGACCTTAAGGAAAACATCAACAGTTTCCAGGGTTTGCTCGATGGTAAGTACGATG
ATTTTCCAGAACAATCCTTTTACATGGTTGGTGGCATCGACGAGGTCGTTGCAAAAGCAG
AGAAGATCTCCAAGGAGGCAGCAGCTTAAGGGCGTTATACCTCCTCTCTTTCGGATGAGT
TCCGTTCATTTACTTCTTTTGTTGACAATAACGAAAAAAAAAA*CAAATGTTTTAGTCGG
TGCTGCTAACGCATTGCGATTCACACCATTTGTATGAGAGAGCTGCGAGATGATGCTGAA
CATATTTATTCACTGTTACTCAAATTTTTGGTTCTTTTGCCTCTCCCTTGTTGAAATAAA
TGTTTCAAGTCTTACG

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 4

CO CL2466Contig1 699 4 4 U
GGCTGCTTGCATCCACCGTCGTCAAGCTGCTAAACCATGGCGATGGCGGCGTCTATCCTC
CAAGCTTCTCCTCTTTCGGTGAATATCAACAAAAACGTGCGGATTCGTAGCTCAGGGTTG
GTGGGAGGAGGAATCAAAAGGCCAGATAGAGTCTCCTCGTTAAGTGCGGTGGGGATGGGA
TTGGGATTAGGATTGGATAGTCGAAAGCGATCTCTTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAAC
GCCAAGTGCAGTGAAAGTCAAGGTCAAACACAAACCGTTATTCGGGAGTCTCCGACAATA
ACACAAGCTCCTGTCCACTCCAAGGAGAAATCACCAAGCCTGGATGATGGAGGAGATGGG
TTCCCACCGCGAGATGATGGAGATGGAGGTGGAGGAGGAGGGGGTGGAGGCAACTGGTCT
GGTGGCTTCTTCTTCTTTGGTTTTCTCGCTTTCTTGGGTTTATTGAAGGACAAAGAGGGT
GAGGAGGATTATCGAGGGAGCAGAAGACGATGATCATGTGTATACTTCATTGGATTAGTG
TGTTTCTTTTTTGAGAATCATATTTGCTTATCTTAGACCTGAAACCATACATTGTCTCGT
TTTGTATCTGTTTCGTTGAGCGGATCACTCCATATGATATGTACTGTATGTTTCTTGTAC
CAAAGAGATGGTCGATTTTTAAGCTTTTTTTACTTATAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP18TF U 1
AF RR1CF84TF U 13
AF RR1FP18JQ C 1
AF RR1CF84JQ C 13
BS 1 395 RR1FP18TF
BS 396 613 RR1CF84TF
BS 614 686 RR1FP18JQ
BS 687 699 RR1CF84JQ

RD RR1FP18TF 395 0 0
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CAAGCTTCTCCTCTTTCGGTGAATATCAACAAAAACGTGCGGATTCGTAGCTCAGGGTTG
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TTGGGATTAGGATTGGATAGTCGAAAGCGATCTCTTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAAC
GCCAAGTGCAGTGAAAGTCAAGGTCAAACACAAACCGTTATTCGGGAGTCTCCGACAATA
ACACAAGCTCCTGTCCACTCCAAGGAGAAATCACCAAGCCTGGATGATGGAGGAGATGGG
TTCCCACCGCGAGATGATGGAGATGGAGGTGGAGG

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR1CF84TF 601 0 0
GG
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CAAAAGGCCAGATAGAGTCTCCTCGTTAAGTGCGGTGGGGATGGGATTGGGATTAGGATT
GGATAGTCGAAAGCGATCTCTTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAACGCCAAGTGCGGTGA
AAGTCAAGGTCAAACACAGACCGTTATTCGGGAGTCTCCGACAATAACACAAGCTCCTGT
CCACTCCAAGGAGAAATCACCAAGCCTGGATGATGGAGGAGATGGGTTCCCACCGCGAGA
TGATGGAGATGGAGGTGGAGGAGGAGGGGGTGGAGGCAACTGGTCTGGTGGCTTCTTCTT
CTTTGGTTTTCTCGCTTTCTTGGGTTTATTGAAGGACAAAGAGGGTGAGGAGGATTATCG
AGGGAGCAGAAGACGATGATCATGTGTATACTTCATTGGATTAGTGTGTTTCTTTTTTGA
GAATCATATTTGCTTATCTTAGACCTGAAACCATACATTGTCTCGTTTTGTATCTGTTT

QA 3 601 3 601
DS 

RD RR1FP18JQ 687 0 0
GGCTGCTTGCATCCACCGTCGTCAAGCTGCTAAACCATGGCGATGGCGGCGTCTATCCTC
CAAGCTTCTCCTCTTTCGGTGAATATCAACAAAAACGTGCGGATTCGTAGCTCAGGGTTG
GTGGGAGGAGGAATCAAAAGGCCAGATAGAGTCTCCTCGTTAAGTGCGGTGGGGATGGGA
TTGGGATTAGGATTGGATAGTCGAAAGCGATCTCTTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAAC
GCCAAGTGCAGTGAAAGTCAAGGTCAAACACAAACCGTTATTCGGGAGTCTCCGACAATA
ACACAAGCTCCTGTCCACTCCAAGGAGAAATCACCAAGCCTGGATGATGGAGGAGATGGG
TTCCCACCGCGAGATGATGGAGATGGAGGTGGAGGAGGAGGGGGTGGAGGCAACTGGTCT
GGTGGCTTCTTCTTCTTTGGTTTTCTCGCTTTCTTGGGTTTATTGAAGGACAAAGAGGGT
GAGGAGGATTATCGAGGGAGCAGAAGACGATGATCATGTGTATACTTCATTGGATTAGTG
TGTTTCTTTTTTGAGAATCATATTTGCTTATCTTAGACCTGAAACCATACATTGTCTCGT
TTTGTATCTGTTTCGTTGAGCGGATCACTCCATATGATATGTACTGTATGTTTCTTGTAC
CAAAGAGATGGTCGATTTTTAAGCTT
G

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1CF84JQ 687 0 0
GG
ACCGTCGTCAAGCTGCTAAACCATGGCGATGGCGGCGTCTATCCTCCGAGCTTCTCCTCT
TTCGGTGAATATCAACAAAAACGTGCGGATTCGTAGCTCAGGGTTGGTGGGGGGAGGAAT
CAAAAGGCCAGATAGAGTCTCCTCGTTAAGTGCGGTGGGGATGGGATTGGGATTAGGATT
GGATAGTCGAAAGCGATCTCTTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAACGCCAAGTGCGGTGA
AAGTCAAGGTCAAACACAGACCGTTATTCGGGAGTCTCCGACAATAACACAAGCTCCTGT
CCACTCCAAGGAGAAATCACCAAGCCTGGATGATGGAGGAGATGGGTTCCCACCGCGAGA
TGATGGAGATGGAGGTGGAGGAGGAGGGGGTGGAGGCAACTGGTCTGGTGGCTTCTTCTT
CTTTGGTTTTCTCGCTTTCTTGGGTTTATTGAAGGACAAAGAGGGTGAGGAGGATTATCG
AGGGAGCAGAAGACGATGATCATGTGTATACTTCATTGGATTAGTGTGTTTCTTTTTTGA
GAATCATATTTGCTTATCTTAGACCTGAAACCATACATTGTCTCGTTTTGTATCTGTTTC
GTTGAGCGGATCACTCCATATGATATGTACTGTATGTTTCTTGTACCAAAGAGATGGTTG
ATTTTTAAGCTTTTTTTACTTATAC

QA 3 687 3 687
DS 



AS 1 4

CO CL2467Contig1 881 4 5 U
GGGAGATATGAGAGGAGTGTATAAGAGGGTTGTTCCCAGTGTGGTTGATCACGAGACGTT
TTGGTTTAGGTATTTTTACAAGGTTTATAAGCTCAAGCAAGCTGAAGACTTGAGGGCTAA
TCTTGTGAAGCGAGCAGCTTTGGATGATGAGGAAGAGTTGAGCTGGGATATTGATGATGA
AGAGGAGACCACCGAGAAAGTTAACAAAGATGTTTCAGGGTTGAAACTTGAGGGGAATGA
TAGTGGAGACGTTAGCGAAACTGTGAAGGATTCAGTGACTGAAGTGAGCAATGTTGGTTT
GAACACAGAAACAGATTCTGAGGAGAAGAAGGAAACTGGTAGTGAGAAAGCTCCGGAATC
AATAATAGTAGTTGATGCTTCTCCTCCTCCTCCTGCATCTGATGAGTCTCCAGCTCAAGA
TTCAGGCGAAAAACAGGAAGCTGTTCCAGAATCTGGTGAGAGTGCTCCATCATCACAAGA
AGACTCAGACAAACCAGATGCTACTGCTTCTTCATTAGCTCAAGGCTCAGGTAAGCCAGA
TGGTGCTGCTTCTTCAACAGCTCAAGAAGAGGATTTGGGATGGGATGAGATAGAGGATAT
GAGTAGCATCGATGGTAAGGAAGCGACTAGAACTTCTGGTGGTAGTCCAAACAGAGCTGA
GCTTCGTAAGCGTCTGAGTGCTGCAGAGGAAGATGAGGACTTAAGCTGGGACATTGAAGA
TGACTGACGAAGAATCATCATCAAAAGCTTAATCTAGTATCATAGTGGTGTTGTTTTTTG
TAAGTTTCTGGTAATTTGCTTTCATTCTTCTGTTGTTGTCTCTTTAACGTTCTGTTAAAA
TTTGATATATGCAAACATTTGATTTGAATCCAAAATTCCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM27TF U 1
AF RR1BM27JQ C 67
AF RR1B887JQ C 171
AF RR1B887TF U 171
BS 1 477 RR1BM27TF
BS 478 478 RR1B887TF
BS 479 690 RR1BM27TF
BS 691 866 RR1B887TF
BS 867 881 RR1BM27JQ

RD RR1BM27TF 692 0 0
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TCTTGTGAAGCGAGCAGCTTTGGATGATGAGGAAGAGTTGAGCTGGGATATTGATGATGA
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TGGTGCTGCTTCTTCAACAGCTCAAGAAGAGGATTTGGGATGGGATGAGATAGAGGATAT
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GCTTCGTAAGCGTCTGAGTGCTGCAGAGGA
GA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1BM27JQ 815 0 0
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AGCGAAACTGTGAAGGATTCAGTGACTGAAGTGAGCAATGTTGGTTTGAACACAGAAACA
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GATGCTTCTCCTCCTCCTCCTGCATCTGATGAGTCTCCAGCTCAAGATTCAGGCGAAAAA
CAGGAAGCTGTTCCAGAATCTGGTGAGAGTGCTCCATCATCACAGGAAGACTCAGACAAA
CCAGATGCTACTGCTTCTTCATTAGCTCAAGGCTCAGGTAAGCCAGATGGTGCTGCTTCT
TCAACAGCTCAAGAAGAGGATTTGGGATGGGATGAGATAGAGGATATGAGTAGCATCGAT
GGTAAGGAAGCGACTAGAACTTCTGGTGGTAGTCCAAACAGAGCTGAGCTTCGTAAGCGT
CTGAGTGCTGCAGAGGAAGATGAGGACTTAAGCTGGGACATTGAAGATGACTGACGAAGA
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ATTTGCTTTCATTCTTCTGTTGTTATCTCTTTAACGTTCTGTTAAAATTTGATATATGCA
AACATTTGATTTGAATCCAAAATTCCGC

QA 8 815 8 815
DS 

RD RR1B887JQ 697 0 0
G
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GGGGAATGATAGTGGAGACGTTAGCGAAACTGTGAAGGATTCAGTGACTGAAGTGAGCAA
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G

QA 2 696 2 696
DS 

RD RR1B887TF 697 0 0
G
TGATGATGAAGAGGAGACCACCGAGAAAGTTAACAAAGATGTTTCAGGGTTGAAACTTGA
GGGGAATGATAGTGGAGACGTTAGCGAAACTGTGAAGGATTCAGTGACTGAAGTGAGCAA
TGTTGGTTTGAACACAGAAACAGATTCTGAGGAGAAGAAGGAAACTGGTAGTGAGAAAGC
TCCGGAATCAATAATAGTAGTTGATGCTTCTCTTCCTCCTCCTGCATCTGATGAGTCTCC
AGCTCAAGATTCAGGCGAAAAACAGGAAGCTGTTCCAGAATCTGGTGAGAGTGCTCCATC
ATCACAAGAAGACTCAGACAAACCAGATGCTACTGCTTCTTCATTAGCTCAAGGCTCAGG
TAAGCCAGATGGTGCTGCTTCTTCAACAGCTCAAGAAGAGGATTTGGGATGGGATGAGAT
AGAGGATATGAGTAGCATCGATGGTAAGGAAGCGACTAGAACTTCTGGTGGTAGTCCAAA
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CATTGAAGATGACTGACGAAGAATCATCATCAAAAGCTTAATCTAGTATCATAGTGGTGT
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CTGTTAAAATTTGATATATGCAAACATTTGATTTG
G

QA 2 696 2 696
DS 



AS 1 4

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GGAGAAGGTTGTTGTGGGTGAGAGCAAAGCAGATGCGCTTGTCGTCGCCATATTATCTTC
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BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F670JQ U 3
AF RR1F670TF C 1
AF RR1DB77TF C 28
AF RR1DB77JQ U 30
BS 1 2 RR1F670TF
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RD RR1F670JQ 481 0 0
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TCGCCACGTTCTCTCTCTGGAAGTTGAAGAAGACGAACCGTCCTAAAAAGAGGGAGAGAC
CGGTGCTGAGGCTTATGACCACGGATGGGCTGAGCTCGGCTCTCACAATGGCGGAAGAGG
A

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1F670TF 668 0 0
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GAAAGAGAGAAGCCAATAGACAAACAACAAGAGAGGAGGTAACTTGCCATACAAGTCAAA
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ATAGCCATTGCTAGAAGTGGCTAAGACATAGTAAGCAACGATGTGACCAATGGAACCCCA
AGCAAGAACATCCACAATGTTGAATCCAAATGGATCGTTCGACTTCAGGAGGCTAACGTA
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GCGGAGAGGACGGAGGCCGTGGAATGAGATGGAGTTTGGGTTTTTCTGAGAGATTGCTTT
GGAGAAGGTTGTTGTGGGTGAGAGCAAAGCAGATGCGCTTGTCGTCGCCATATTATCTTC
TTCTTT
CC

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DS 

RD RR1DB77TF 654 0 0
TT
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QA 3 654 3 654
DS 

RD RR1DB77JQ 652 0 0
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AGTAAGCAACGATGTGACCAATGGAACCCCAAGCAAGAACATCCACAATGTTGAATCCAA
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AGTGGGTTTTCCCGTTCTGCTCCGGCACCTGCTTCGCCACGTTCTCTCTCTGGAAGTTGA
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AGCTGAGCTCGGCTCTCACGATGGCGGAGGAGGAAGATCTCCTTCCGGATGTGGTGGATA
GCTTGGGTAAGGCGGAGGAGGAGCCACCGAGGCGGAGAGGACGGAGGCCGTGGAATGAGA
TGGAGTTTGGGTTTTTCTGAGAGATTGCTTTGGAGAAGGTTGTTGTGGGTGAGAGCAAAG
CAGATGCGCTTGTCGTCGCCATATTATCTTCTTCTTTGGAGAGCTTTAGTCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 4

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GGGTCTTTTCTTCTTTTGGCCAGCACGAAACTCAAGCAGAGGACATCTGTAACGGTTGCT
CTGTCCGTTTCCTTCAGAGGAGAAATATAGGAAAGAGAAGAGATGGGTTCTATGTTCAGT
GGAAACCGTTTGAACAAGGAAGAGATGGAGGTGGTGATGAACAAAGCCAAAGAGATCGTC
TCCCAGTACCCTGTCGTTGTCTTCAGCAAGACTTACTGTGGCTATTGCCAGAGGGTGAAA
CAGCTGTTGACACAGCTAGGTGCAAGTTTTAAAGTGCTTGAGCTCGATGAGATGAGTGAT
GGAGGTGAGATACAATCAGCTTTATCTGAGTGGACAGGGCAGAGCACTGTTCCTAATGTT
TTCATCAAAGGCAAACATATCGGTGGATGCGATAGAGTGATGGAGAGTAACAAGCAAGGG
AAGCTTGTACCTCTACTTACTGAAGCCGGTGCTATCGCCAATAACTCTTCCCAGCTTTGA
TGAAACTCTGAGAGCGGTGTCTTGTTGAGACAAAAGGAAGTGAAGAAAGAGTGTTGTGTT
TTTATTGTCAAGTAACCAAATAAAGAAGGATCCTTTGTTGTTAACTTTGGTTTAAACAAA
ATACATCGAAACTGTGTTGTTTATGCTCTATGGTTTGGTTAATGAAAGACTAATTTGAGT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG50TF U 1
AF RR1H475JQ C 1
AF RR1CC52TF U 178
AF RR1H475TF U 1
BS 1 33 RR1GG50TF
BS 34 34 RR1H475TF
BS 35 221 RR1GG50TF
BS 222 222 RR1H475TF
BS 223 358 RR1GG50TF
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BS 360 604 RR1GG50TF
BS 605 605 RR1CC52TF
BS 606 651 RR1GG50TF
BS 652 660 RR1H475JQ

RD RR1GG50TF 658 0 0
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ATACGTCGAAACTGTGTTGTTTATGCTCTATGGTTTGGTTAATGAAAGACT
AATTTGA

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DS 

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CTGTCCGTTTCCTTCAGAGGAGAAATATAGGAAAGAGAAGAGATGGGTTCTATGTTCAGT
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GGAGGTGAGATACAATCAGCTTTATCTGAGTGGACAGGGCAGAGCACTGTTCCTAATGTT
TTCATCAAAGGCAAACATATCGGTGGATGCGATAGAGTGATGGAGAGTAACAAGCAAGGG
AAGCTTGTACCTCTACTTACTGAAGCCGGTGCTATCGCCAATAACTCTTCCCAGCTTTGA
TGAAACTCTGAGAGCGGTGTCTTGTTGAGACAAAAGGAAGTGAAGAAAGAGTGTTGTGTT
TTTATTGTCAAGTAACCAAATAAAGAAGGATCCTTTGTTGTTAACTTTGGTTTAAACAAA
ATACATCGAAACTGTGTTGTTTATGCTCTATGGTTTGGTTAATGAAAGACTAATTTGAGT

QA 1 660 1 660
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AAACAGCTGTTGACACAGCTAGGTGCAAGTTTTAAAGTGCTTGAGCTCGATGAGATGAGT
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GTTTTCATCAAAGGCAAACATATCGGTGGATGCGATAGAGTGATGGAGAGTAACAAGCAA
GGGAAGCTTGTACCTCTACTTACTGAGGCCGGTGCTATCGCCAATAACTCTTCCCAGCTT
TGATGAAACTCTGAGAGCGGTGTCTTGTTGAGACAAAAGGAAGTGAAGAAAGAGTGTTGT
GTTTTTATTGTCAAGTAACCAAATAAAGAAGGATCCTTTGTTGTTAACTTTGGTTTAAAC
AAAATACATCGAAACTGTGTTGTTTATGCTCTATGGTTTGGTTAATGAAAGACT
AATTTGA

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR1H475TF 651 0 0
GGGTCTTTTCTTCTTTTGGCCAGCACGAAACTCAAGCAGAGGACATCTGTAACGGTTGCT
CTGTCCGTTTCCTTCAGAGGAGAAATATAGGAAAGAGAAGAGATGGGTTCTATGTTCAGT
GGAAACCGTTTGAACAAGGAAGAGATGGAGGTGGTGATGAACAAAGCCAAAGAGATCGTC
TCCCAGTACCCTGTCGTTGTCTTCAGCAAGACTTACTGTGGCTATTGCCAGAGGGTGAAA
CAGCTGTTGACACAGCTAGGTGCAAGTTTTAAAGTGCTTGAGCTCGATGAGATGAGTGAT
GGAGGTGAGATACAATCAGCTTTATCTGAGTGGACAGGGCAGAGCACTGTTCCTAATGTT
TTCATCAAAGGCAAACATATCGGTGGATGCGATAGAGTGATGGAGAGTAACAAGCAAGGG
AAGCTTGTACCTCTACTTACTGAAGCCGGTGCTATCGCCAATAACTCTTCCCAGCTTTGA
TGAAACTCTGAGAGCGGTGTCTTGTTGAGACAAAAGGAAGTGAAGAAAGAGTGTTGTGTT
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ATACATCGAAACTGTGTTGTTTATGCTCTATGGTTTGGTTAATGAAAGACT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 4

CO CL2470Contig1 1072 4 6 U
GGTTCTTTGTAACTCCTTCTGATTCAGTTGCCATAATTGCTGCAAATGCCATTGAAGCCA
TACCGTACTTCAGCTCTGGTTTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCGACCTCAGCTGCTC
TAGATGTCGTTGCAAAAAGCTTGAATTTGAAGTTCTTTGAGGTTCCAACGGGCTGGAAGT
TTTTTGGTAATCTGATGGATGCCGGGATGTGTTCCGTCTGTGGGGAAGAAAGTTTTGGAA
CTGGCTCCGATCATATCCGTGAGAAAGATGGGATATGGGCAGTTCTTGCGTGGATGTCCA
TACTAGCTCACAAGAACAAGGATAGCATTGACGGTGACACTAAACTGGTGACGGTTGAAG
ACATTGTCCGCCAGCACTTGGCTACCTATGGCCGTCACTACTACACTCGTTACGACTACG
AGAATGTGGACGCAGGTAAAGCTAAGGAGCTGATGGAGCATTTGGTCAAACTGCAATCTT
CAATTCCTGAAGTCAACAAGATGGTGAAAGGAATTCGCTCGGACGTGGCGAATGTCTCCA
GTGCGGATGAGTTCGAGTACAAAGATCCAGTTGACGGATCTATCTCAAAGCACCAGGGAA
TCCGTTACCTGTTTGAGGATGGATCACGACTTGTTTTCCGTCTGTCTGGAACTGGCTCGG
AAGGAGCAACCATCAGACTCTACATTGAACAGTACGAGAAGGATGCTTCTAAAATAGGAC
GAGAGTCCCAGGAAGCTCTGTCTCCTCTGGTTGACATAGCTCTGAAGCTGTCCAAGATGG
AGGAGTTCACGGGCCGATCAGCCCCCACCGTCATAACTTAAGAAGGCAACGAACCCAAAT
CATACACTTCTGTCTTGCGTCTAATGGGATACACTCTCTGTTCTCTCACTATATGAAATA
ATAATGTCTCTTGATAACTTCATATTTTCTTTTCGGAATCTTGAACAATCCTGCTTGCCG
AGTTCCTGAATTATCGTGAAGAGCTTTATACGTGTATGGATTTTGTCTTTCTCGGTTTTG
TTCTCTCTTGTTTTACATCTATTACTACATGATATAAGATTTTGTTATACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1GX17TF U 1
AF RR1GX17JQ C 378
AF RR1DD16TF U 389
AF RR1DD16JQ C 535
BS 1 617 RR1GX17TF
BS 618 618 RR1DD16TF
BS 619 649 RR1GX17TF
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BS 1049 1070 RR1GX17JQ
BS 1071 1072 RR1DD16JQ

RD RR1GX17TF 649 0 0
GGTTCTTTGTAACTCCTTCTGATTCAGTTGCCATAATTGCTGCAAATGCCATTGAAGCCA
TACCGTACTTCAGCTCTGGTTTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCGACCTCAGCTGCTC
TAGATGTCGTTGCAAAAAGCTTGAATTTGAAGTTCTTTGAGGTTCCAACGGGCTGGAAGT
TTTTTGGTAATCTGATGGATGCCGGGATGTGTTCCGTCTGTGGGGAAGAAAGTTTTGGAA
CTGGCTCCGATCATATCCGTGAGAAAGATGGGATATGGGCAGTTCTTGCGTGGATGTCCA
TACTAGCTCACAAGAACAAGGATAGCATTGACGGTGACACTAAACTGGTGACGGTTGAAG
ACATTGTCCGCCAGCACTTGGCTACCTATGGCCGTCACTACTACACTCGTTACGACTACG
AGAATGTGGACGCAGGTAAAGCTAAGGAGCTGATGGAGCATTTGGTCAAACTGCAATCTT
CAATTCCTGAAGTCAACAAGATGGTGAAAGGAATTCGCTCGGACGTGGCGAATGTCTCCA
GTGCGGATGAGTTCGAGTACAAAGATCCAGTTGACGGATCTATCTCAAAGCACCAGGGAA
TCCGTTACCTGTTTGAG*ATGGATCACGACTTGTTTTCCGTCTGTCTGG

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1GX17JQ 694 0 0
TTGGCTACCTATGGCCGTCACTACTACACTCGTTACGACTACGAGAATGTGGACGCAGGT
AAAGCTAAGGAGCTGATGGAGCATTTGGTCAAACTGCAATCTTCAATTCCTGAAGTCAAC
AAGATGGTGAAAGGAATTCGCTCGGACGTGGCGAATGTCTCCAGTGCGGATGAGTTCGAG
TACAAAGATCCAGTTGACGGATCTATCTCAAAGCACCAGGGAATCCGTTACCTGTTTGAG
GATGGATCACGACTTGTTTTCCGTCTGTCTGGAACTGGCTCGGAAGGAGCAACCATCAGA
CTCTACATTGAACAGTACGAGAAGGATGCTTCTAAAATAGGACGAGAGTCCCAGGAAGCT
CTGTCTCCTCTGGTTGACATAGCTCTGAAGCTGTCCAAGATGGAGGAGTTCACGTGCCGA
TCAGCCCCCACCGTCATAACTTAAGAAGGCAACGAACCCAAATCATACACTTCTGTCTTG
CGCCTAATGGGATACACTCTCTGTTCTCTCACTATATGAAATAATAATGTCTCTTGATAA
CTTCATATTTTCTTTTCGGAATCTTGAACAATCCTGCTTGCCGAGTTCCTGAATTATCGT
GAAGAGCTTTATACGTGTATGGATTTTGTCTTTCTCGGTTTTGTTCTCTCTTGTTTTACA
TCTATTACTACATGATATAAGATTTTGTTATAC
G

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1DD16TF 660 0 0
G
GGCCGTCACTACTACACTCGTTACGACTACGAGAATGTGGACGCAGGTAAAGCTAAGGAG
CTGATGGAGCATTTGGTCAAACTGCAATCTTCAATTCCTGAAGTCAACAAGATGGTGAAA
GGAATTCGCTCGGACGTGGCGAATGTCTCCAGTGCGGATGAGTTCGAGTACAAAGATCCA
GTTGACGGATCTATCTCAAAGCACCAGGGAATCCGTTACCTGTTTGAGGATGGATCACGA
CTTGTTTTCCGTCTGTCTGGAACTGGCTCGGAAGGAGCAACCATCAGACTCTACATTGAA
CAGTACGAGAAGGATGCTTCTAAAATAGGACGAGAGTCCCAGGAAGCTCTGTCTCCTCTG
GTTGACATAGCTCTGAAGCTGTCCAAGATGGAGGAGTTCACGGGCCGATCAGCCCCCACC
GTCATAACTTAAGAAGGCAACGAACCCAAATCATACACTTCTGTCTTGCGTCTAATGGGA
TACACTCTCTGTTCTCTCACTATATGAAATAATAATGTCTCTTGATAACTTCATATTTTC
TTTTCGGAATCTTGAACAATCCTGCTTGCCGAGTTCCTGAATTATCGTGAAGAGCTTTAT
ACGTGTATGGATTTTGTCTTTCTCGGTTTTGTTCTCTCTTGTTTTACATCTATTACTAC

QA 2 660 2 660
DS 

RD RR1DD16JQ 538 0 0
TCTCCAGTGCGGATGAGTTCGAGTACAAAGATCCAGTTGACGGATCTATCTCAAAGCACC
AGGGAATCCGTTACCTGTTTGAGGATGGATCACGACTTGTTTTCCGTCTGTCTGGAACTG
GCTCGGAAGGAGCAACCATCAGACTCTACATTGAACAGTACGAGAAGGATGCTTCTAAAA
TAGGACGAGAGTCCCAGGAAGCTCTGTCTCCTCTGGTTGACATAGCTCTGAAGCTGTCCA
AGATGGAGGAGTTCACGGGCCGATCAGCCCCCACCGTCATAACTTAAGAAGGCAACGAAC
CCAAATCATACACTTCTGTCTTGCGTCTAATGGGATACACTCTCTGTTCTCTCACTATAT
GAAATAATAATGTCTCTTGATAACTTCATATTTTCTTTTCGGAATCTTGAACAATCCTGC
TTGCCGAGTTCCTGAATTATCGTGAAGAGCTTTATACGTGTATGGATTTTGTCTTTCTCG
GTTTTGTTCTCTCTTGTTTTACATCTATTACTACATGATATAAGATTTTGTTATACAC

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 3

CO CL2471Contig1 818 3 1 U
GGAAAAGTAAACGGATAATAATAGTTCAGAGAAAAAGACCAACACCGGTTATAATACTCT
AGAAAATTAAAAAGGCAAAACCAGAAGAAATAGTTTCAACGACAGAAAGCAACAGAAAAG
CCGAGAAAAACGATTAGCTGCAGACATTGCGCACTTTTTAGTCGACCTCCTCCATCTTGC
TACCTTCAGCGTCGGCATCATCCTCAAGTGGAGGCATCTCTGCATCAGCTTCAACGGCAT
CATCCTCGTCAATGCTCAATCCCAGCTTCAACATCCTGTGGATTCTGCTCCCGAAAGTGT
TTGGCTCGTCTAGGCTGAAACCTGAAGTCAGAAGAGCAGTCTCGAACAGGAGGAGGACAA
GATCTTTCACAGACTTGTCATTCTTGTCGGCTTCAGCTCTCTTCCTCAGCTCGTCCATGA
TAGCATTCTCTGGGTTGATCTCCATTGTCTTCTTGGAAGACATGTAACCAGCCATGCTGC
TGTCTCTCAAGGCCTGCGCTTTCATGATCCTCTCCATGTTTGCGGTCCAGCCGTATTCAC
CGGTAACGAGACAGCATGGTGAGTCCACCACACGGTCAGAGACAATGACCTTCTCGACCT
TGTCTCCAAGAACATCCTTGATCACTTTGCAGAGACCTTCGAACTTCTCCTTGAGCTCCT
CCTTTTTCTTCTTCTCGTCCTCTGACTCTCCCAGTTTCAGACCTCCCTTGGTTGCAGACA
CGAGCTTGTTTCCCTCGAATTCCTTGAGCTGGCCAATGGCGTACTCATCGATGGCATCAA
CCATGTAGAGAACTTCATACCCTTTCTTCTTGAGCTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E141TF C 27
AF RR1F106JQ U 1
AF RR1AD31JQ U 1
BS 1 818 RR1AD31JQ

RD RR1E141TF 518 0 0
CAGAGAAAAAGACCAACACCGGTTATAATACTCTAGAAAATTAAAAAGGCAAAACCAGAA
GAAATAGTTTCAACGACAGAAAGCAACAGAAAAGCCGAGAAAAACGATTAGCTGCAGACA
TTGCGCACTTTTTAGTCGACCTCCTCCATCTTGCTACCTTCAGCGTCGGCATCATCCTCA
AGTGGAGGCATCTCTGCATCAGCTTCAACGGCATCATCCTCGTCAATGCTCAATCCCAGC
TTCAACATCCTGTGGATTCTGCTCCCGAAAGTGTTTGGCTCGTCTAGGCTGAAACCTGAA
GTCAGAAGAGCAGTCTCGAACAGGAGGAGGACAAGATCTTTCACAGACTTGTCATTCTTG
TCGGCTTCAGCTCTCTTCCTCAGCTCGTCCATGATAGCATTCTCTGGGTTGATCTCCATT
GTCTTCTTGGAAGACATGTAACCAGCCATGCTGCTGTCTCTCAAGGCCTGCGCTTTCATG
ATCCTCTCCATGTTTGCGGTCCAGCCGTATTCACC
GCA

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR1F106JQ 698 0 0
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AGAAAATTAAAAAGGCAAAACCAGAAGAAATAGTTTCAACGACAGAAAGCAACAGAAAAG
CCGAGAAAAACGATTAGCTGCAGACATTGCGCACTTTTTAGTCGACCTCCTCCATCTTGC
TACCTTCAGCGTCGGCATCATCCTCAAGTGGAGGCATCTCTGCATCAGCTTCAACGGCAT
CATCCTCGTCAATGCTCAATCCCAGCTTCAACATCCTGTGGATTCTGCTCCCGAAAGTGT
TTGGCTCGTCTAGGCTGAAACCTGAAGTCAGAAGAGCAGTCTCGAACAGGAGGAGGACAA
GATCTTTCACAGACTTGTCATTCTTGTCGGCTTCAGCTCTCTTCCTCAGCTCGTCCATGA
TAGCATTCTCTGGGTTGATCTCCATTGTCTTCTTGGAAGACATGTAACCAGCCATGCTGC
TGTCTCTCAAGGCCTGCGCTTTCATGATCCTCTCCATGTTTGCGGTCCAGCCGTATTCAC
CGGTAACGAGACAGCATGGTGAGTCCACCACACGGTCAGAGACAATGACCTTCTCGACCT
TGTCTCCAAGAACATCCTTGATCACTTTGCAGAGACCTTCGAACTTCTCCTTGAGCTCCT
CCTTTTTCTTCTTCTCGTCCTCTGACTCTCCCAGTTTC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1AD31JQ 818 0 0
GGAAAAGTAAACGGATAATAATAGTTCAGAGAAAAAGACCAACACCGGTTATAATACTCT
AGAAAATTAAAAAGGCAAAACCAGAAGAAATAGTTTCAACGACAGAAAGCAACAGAAAAG
CCGAGAAAAACGATTAGCTGCAGACATTGCGCACTTTTTAGTCGACCTCCTCCATCTTGC
TACCTTCAGCGTCGGCATCATCCTCAAGTGGAGGCATCTCTGCATCAGCTTCAACGGCAT
CATCCTCGTCAATGCTCAATCCCAGCTTCAACATCCTGTGGATTCTGCTCCCGAAAGTGT
TTGGCTCGTCTAGGCTGAAACCTGAAGTCAGAAGAGCAGTCTCGAACAGGAGGAGGACAA
GATCTTTCACAGACTTGTCATTCTTGTCGGCTTCAGCTCTCTTCCTCAGCTCGTCCATGA
TAGCATTCTCTGGGTTGATCTCCATTGTCTTCTTGGAAGACATGTAACCAGCCATGCTGC
TGTCTCTCAAGGCCTGCGCTTTCATGATCCTCTCCATGTTTGCGGTCCAGCCGTATTCAC
CGGTAACGAGACAGCATGGTGAGTCCACCACACGGTCAGAGACAATGACCTTCTCGACCT
TGTCTCCAAGAACATCCTTGATCACTTTGCAGAGACCTTCGAACTTCTCCTTGAGCTCCT
CCTTTTTCTTCTTCTCGTCCTCTGACTCTCCCAGTTTCAGACCTCCCTTGGTTGCAGACA
CGAGCTTGTTTCCCTCGAATTCCTTGAGCTGGCCAATGGCGTACTCATCGATGGCATCAA
CCATGTAGAGAACTTCATACCCTTTCTTCTTGAGCTTC

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 4

CO CL2472Contig1 1148 4 6 U
AGAAAGGTTGTTGTAACAAAAAAAATGGATTCAAATGGTAACAACACAAAAGCTGTAAAA
AGAATAGTTGTAGACAACCTCGTGGAAGGCTGCGAATTCACTACTCAGCTTCAGCTTCTC
TTCTCTCATCTTCATTCTAATCAGCACATGGAGACAGGTTCACTTCCCAGTGATTCGGAT
CTCGCTAATGAGCTCATCTCTAAGATTTTGGGATGTCTCCACAAAACCATGTCGGTTCTT
GATTCTTTTGACCCCGTCCCCGACGTCTCTTTCCCTGTGGCCGTAGAGGGTTCACGAAAT
GCTTCATGTGGCGATGACTCGGCGGCTCCGGCGAGTTGCAACGGTGGAGATTCCGGTGAT
AGTAGAAAGAGACTTGGGGTTGGTAAGGGTAAAAGAGGATGCTACATTAGAAAGAAGAGA
TCGCATACTTGGACAGTGCAAGCTAAAAGAATTGATGAAGATATATATGCTTGGAGGAAA
TATGGACAAAAGGAGATTCTTAATACCAAGTTCCCAAGGAGTTACTTTAGATGCACACAC
AAACCAACACAAGGATGCAAAGCAACAAAGCAAGTTCAGAAACTTGAGCAAAACCCTGAG
ATGTTTCAAATCACATACATAGGCCACCACACTTGTAATGTTAGTGACCAAACACAAGTG
AAGACCGAAATAACTATGGATTCGGACAACACATTGGCTGCAACCACTTCTCACCAGGAT
CATGTCAATGTAAATGTACAAGAGCAAGAGAACGATGTCAGTAGTCTGATCGTAGATATG
GTGAAACAGGAGGAGAATATCAATGGTGATCAGATTAAAGACTCTTGTGAAGGTTCTTCA
ACAGATGGCGATTTGTCATTGGTATGGCAAGACGAGATGATGTTTGATGATTATCAACAT
CATCAGGATCATCACTACTATCGCGGTGAAACTAGTACTACTTCTCATCAGTTCTCTTTC
ATTGACAACGATCAACTTTCCTTGTTCGACTCATACTGCCCTTACGAAGAAATGTATGCT
AGGTGAACATCTAAATCTAGATTGATGAATCACAATCAGGCTTGTAATATTTTCTCATCC
CAGTATGCTTAGTGGAATGTAATCTTTTGTTGGATATTTGATAATACACCATATGGCATA
TATACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1DX25TF U 1
AF RR1BO82TF U 74
AF RR1BO82JQ C 336
AF RR1DX25JQ C 477
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TTCTCTCATCTTCATTCTAATCAGCACATGGAGACAGGTTCACTTCCCAGTGATTCGGAT
CTCGCTAATGAGCTCATCTCTAAGATTTTGGGATGTCTCCACAAAACCATGTCGGTTCTT
GATTCTTTTGACCCCGTCCCCGACGT

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DS 

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GG
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GTCCCCGACGTCTCTTTCCCTGTGGCCGTAGAGGGTTCACGAAATGCTTCATGTGGCGAT
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GGGGTTGGTAAGGGTAAAAGAGGATGCTACATTAGAAAGAAGAGATCGCATACTTGGACA
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TACATAGGCCACCACACTTGTAATGTTAGTGACCAAACACAAGTGAAGACCGAAATAACT
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GTACAAGAGCAAGAGAACGATGTCAGTAGTCTGATCGTAGATATGGTGAAACAGGAGGAG
AATATCAATGGTGATCAGATTAAAGACTCTTGTGAAG*TTCTTCAACAGATGGCGATTTG
TCATT

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DS 

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ATTAGAAAGAAGAGATCGCATACTTGGACAGTGCAAGCTAAAAGAATTGATGAAGATATA
TATGCTTGGAGGAAATATGGACAAAAGGAGATTCTTAATACCAAGTTCCCAAGGAGTTAC
TTTAGATGCACACACAAACCAACACAAGGATGCAAAGCAACAAAGCAAGTTCAGAAACTT
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GACCAAACACAAGTGAAGACCGAAATAACTATGGATTCGGACAACACATTGGCTGCAACC
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CTGATCGTAGATATGGTGAAACAGGAGGAGAATATCAATGGTGATCAGATTAAAGACTCT
TGTGAAGGTTCTTCAACAGATGGCGATTTGTCATTGGTATGGCAAGACGAGATGATGTTT
GATGATTATCAACATCATCAGGATCATCACTACTATCGCGGTGAAACTAGTACTACTTCT
CATCAGTTCTCTTTCATTGACAACGATCAACTTTCCTTGTTCGACTCATACTGCCCTTAC
GAAGAAATGTATGCTAGGTGAACATCTAAATCTAGATTGATGAATCACAATCAGGCTTGT
AATATTTTCTCATCCCAGTATGCTTAGTGGAATGTAATCTTTTGTTGGATATTTGATAAT
ACACCATATGGCATATATA

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DS 

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TTCAACAGATGGCGATTTGTCATTGGTATGGCAAGACGAGCTGATGTTTGATGATTATCA
ACATCATCAGGATCATCACTACTATCGCGGTGAAACTAGTACTACTTCTCATCAGTTCTC
TTTCATTGACAACGATCAACTTTCCTTGTTCGACTCATACTGCCCTTACGAAGAAATGTA
TGCTAGGTGAACATCTAAATCTAGATTGATGAATCACAATCAGGCTTGTAATATTTTCTC
ATCCCAGTATGCTTAGTGGAATGTAATCTTTTGTTGGATATTTGATAATACACCATATGG
CATATATACACC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL2473Contig1 1278 3 6 U
GGATATTCTTCTTCAAACAATGTCGACAATACACCAAAATCACTATATCCATTCTTCTAT
TACTTGATACAGAAGCTTCATCTTCCGTTCTCAAAACCCTTAACTCAGCGAGAACACAAT
GCCGTCTTCTTCCAACACCGCCCTTTTCTTCGCCGCAACAAACCTCCACATGTCCTGGCG
AGAAACTCTCCTCGGTTTAAGTCTTTTCTATGTCGTTTACAGATTCCGGTTCAAAGCTTT
TCTTCTTCATCGATTTATTTAATTCGGGTGGGCAGAGTTTTGTGAATTGTAAAAATCATC
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TAAACCGGTACAGACAGTCAGCTACTGCACATGGACGGCGACAGAATCAACACTTGTCCT
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TCTTACGCCGTTTGTTCTCGGCTCGGACCCGAAGACCCACCCCAATCATCCCAGTGACCC
GGCTGGAAATGAACCTATTCCGGTTCTGCTCCGGTCTGAAAGTCCTCGGCTATTTCATGA
TCCTTCTCGTCTTCGCCGTCGTCGCCGTTTCTTACTACGCCGTTGTGGTCAACACATGGT
GGCCGATCTTAACCGAGAGCAGCCACGGAGCTCTCTCAACTCTCGCCTGCCTAATCATCT
CCCTCTTCCACTTCCTGTTGTATACGTTTATGGAGACAATGTTGGATGTTGTAGTGTTGC
TTCCAAGTTTCATAAAGTTCTTCAGCCAAGCTATAAAGCATTCCTCTTCACCGGGTAAAA
TGACCTCCCTCGTTCTGGCTTTCGATTCTATCATCCCCTTGATGCAGTTCTTAACTTAGC
GTTCGTTCTCAGCCTTCTCTGTTTCGTAGTCATGCACATCTCACTCCTCTCAACCAACAC
TACTTCAGTCGAGGTTCATGAGAAAAACGGAGATGTCAGATGGAAATATGACTTGGGAAA
AAAGAAAAACTCCGAGCAGGTTTTTGGGAAGAAGAAAGCATTTTGGCTCCTCCCATTGTA
CTCAAACGATGATATCCAAAACATAACTTCGCTCCAAGGCCTTGAGTTTCCAACTCGTTG
ACATCGATCCTTGAATTTAAACATCAAACATGGTTGTAAAGTTAGTTCTCAGCTTTCCCT
CCAATGTAGATAACTGTCCTCTCAAAATGTAACCTGATCACATTGTTGTGAATTTGAGAT
ATAGAGTATTTTGATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS43TF U 1
AF RR1CS43JQ C 420
AF RR1AM94TF U 483
BS 1 616 RR1CS43TF
BS 617 617 RR1AM94TF
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BS 831 831 RR1CS43JQ
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RD RR1CS43TF 645 0 0
GGATATTCTTCTTCAAACAATGTCGACAATACACCAAAATCACTATATCCATTCTTCTAT
TACTTGATACAGAAGCTTCATCTTCCGTTCTCAAAACCCTTAACTCAGCGAGAACACAAT
GCCGTCTTCTTCCAACACCGCCCTTTTCTTCGCCGCAACAAACCTCCACATGTCCTGGCG
AGAAACTCTCCTCGGTTTAAGTCTTTTCTATGTCGTTTACAGATTCCGGTTCAAAGCTTT
TCTTCTTCATCGATTTATTTAATTCGGGTGGGCAGAGTTTTGTGAATTGTAAAAATCATC
AACGAGTGACCAACGATGATGACACAATCACCAAAGCCTCCACTTCTGTTTGGTTATCCT
TAAACCGGTACAGACAGTCAGCTACTGCACATGGACGGCGACAGAATCAACACTTGTCCT
CCGAACCAAGCAATCTCCTGCCTGATCCCTCATAAACTCTCCCAACCGTGGCTTCGAATA
TCTTACGCCGTTTGTTCTCGGCTCGGACCCGAAGACCCACCCCAATCATCCCAGTGACCC
GGCTGGAAATGAACCTATTCCGGTTCTGCTCCGGTCTGAAAGTCCTCGGCTATTTCATGA
TCCTTCTCGTCTTCGCGGTCGTCGCCGTTTCTTACTACGCCGTTG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1CS43JQ 696 0 0
TCCGAACCAAGCAATCTCCTGCCTGATCCCTCATAAACTCTCCCAACCGTGGCTTCGAAT
ATCTTACGCCGTTTGTTCTCGGCTCGGACCCGAAGACCCACCCCAATCATCCCAGTGACC
CGGCTGGAAATGAACCTATTCCGGTTCTGCTCCGGTCTGAAAGTCCTCGGCTATTTCATG
ATCCTTTTCGTCTTCGCCGTCGTCGCCGTTTCTTACTACGCCGTTGTGGTCAACACATGG
TGGCCGATCTTAACCGAGAGCAGCCACGGAGCTCTCTCAACTCTCGCCTGCCTAATCATC
TCCCTCTTCCACTTCCTGTTGTATACGTTTATGGAGACAATGTTGGATGTTGTAGTGTTG
CTTCCAAGTTTCATAAAGTTCTTCAGCCAAGCTATAAAGCATTCCTCTTCACCGGGTAAA
CTGACCTCCCTCGTTCTGGCTTTCGATTCTATCATCCCCTTGATGCAGTTCTTAACTTAG
CGTTCGTTCTCAGCCTTCTCTGTTTCGTAGTCATGCACATCTCACTCCTCTCAACCAACA
CTACTTCAGTCGAGGTTCATGAGAAAAACGGAGATGTCAGATGGAAATATGACTTGGGAA
AAAAGAAAAACTTCGAGCAGGTTTTTGGGAAGAAGAAAGCATTTTGGCTCCTCCCATTGT
ACTCAAACGATGATATCCAAAACATAACTTCGCTCC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1AM94TF 796 0 0
GG
ACGCCGTTTGTTCTCGGCTCGGACCCGAAGACCCACCCCAATCATCCCAGTGACCCGGCT
GGAAATGAACCTATTCCGGTTCTGCTCCGGTCTGAAAGTCCTCGGCTATTTCATGATCCT
TCTCGTCTTCGCCGTCGTCGCCGTTTCTTACTACGCCGTTGTGGTCAACACATGGTGGCC
GATCTTAACCGAGAGCAGCCACGGAGCTCTCTCAACTCTCGCCTGCCTAATCATCTCCCT
CTTCCACTTCCTGTTGTATACGTTTATGGAGACAATGTTGGATGTTGTAGTGTTGCTTCC
AAGTTTCATAAAGTTCTTCAGCCAAGCTATAAAGCATTCCTCTTCATCGGGTAAAATGAC
CTCCCTCGTTCTGGCTTTCGATTCTATCATCCCCTTGATGCAGTTCTTAACTTAGCGTTC
GTTCTCAGCCTTCTCTGTTTCGTAGTCATGCACATCTCACTCCTCTCAACCAACACTACT
TCAGTCGAGGTTCATGAGAAAAACGGAGATGTCAGATGGAAATATGACTTGGGAAAAAAG
AAAAACTCCGAGCAGGTTTTTGGGAAGAAGAAAGCATTTTGGCTCCTCCCATTGTACTCA
AACGATGATATCCAAAACATAACTTCGCTCCAAGGCCTTGAGTTTCCAACTCGTTGACAT
CGATCCTTGAATTTAAACATCAAACATGGTTGTAAAGTTAGTTCTCAGCTTTCCCTCCAA
TGTAGATAACTGTCCTCTCAAAATGTAACCTGATCACATTGTTGTGAATTTGAGATATAG
AGTATTTTGATTTG

QA 3 796 3 796
DS 



AS 1 4

CO CL2474Contig1 1182 4 10 U
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TTCACACACTCAATTCATAAGTAAAAATTAACATTGCTCTCTCCCTCTTTCTCTAAAACG
TCTAGCAAATGGGTTTGAAGCACTCTTCTTCCTTATTTTTGTCTATCCTTTTTATTTTCT
TCTTCCTTTCTTCTCAAGTCTGCTCACAAGCCTGCCTAAAAACATGCGGCCAAATACCCA
TCAAATACCCGCTTGGAACCGGGTCTGGTTGCGGTGACTCACGTTTCACACGTTACATCA
AGTGCGACCTAGACCAACAGACTTTAACGCTCACAACCCACACAGGCTGCTACCCTATCA
CTTCCGTCGACTACGCCAAGCAAATCATCTACGTCACTGACTCGTCAATGTCCACGTGTG
CATGTACCCGACCCAGCCAAGGATTCGGGTTGGATTGGGACGCTCCGTTTTCTTTCCACG
ACGACACCGTTTTTACGCTCCTTGACTGTTCTGTTGACGAATCCCCTGTTTTCAAGCCGT
TAAGTAACAGTACCGGACGTGTCTCTCTATGTGACCGCCAAAGCTCCTCCATTTGCAACT
TCTTGTACTCTAATTGCAGGGCCATTAGTTTAATAAACCTCCAAGAATCAACGTGTTGCG
TCTACGTACCTCTAGATCTCGGACCATCGTTTGAAATGGACCTACAGAAACTCCGGTGCT
CGTCGTACTCCGGTTTCTACAATCTTGGGCCGGCCCAAGAATCTCACCCGGAAAATTGGA
ACTATGGAATCGCACTCAAGTACAAGTTCAACGTCTTCGATGAGTACCCTGCTGTGTGTG
GTGGCTGCGAGCGTAGTAACGGTGCATGTGGATACAACACTCAGACTAGCTCGTTCGTTT
GTAATTGTCCCGGTGGGATCAATACGACATCAGATTGCTTCTTCCTTTATAACTCGGCTT
CTATTCTTCTTCCTTGGTTCTCAAGAGCATGGATGATGTACCCTTTGTCGTGGGTTGTTA
TTTGGACAGTGATGAGTCTTCCTTGAAGGAGTTTTAATGAACTTCATAAAGTTTAAAGAC
TGGAATCTTTGCTTTCTTTCTATATTCTTTGTAATATCTCATCATGGTATAAGATTCTCT
ATTGGTTCTCTGTGATATCAAGGATGGAATGGTTCGTAATGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CN48TF U 1
AF RR1D371TF U 1
AF RR1D371JQ C 373
AF RR1CN48JQ C 378
BS 1 695 RR1CN48TF
BS 696 697 RR1D371TF
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BS 743 751 RR1CN48TF
BS 752 1182 RR1D371JQ

RD RR1CN48TF 751 0 0
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TCTAGCAAATGGGTTTGAAGCACTCTTCTTCCTTATTTTTGTCTATCCTTTTTATTTTCT
TCTTCCTTTCTTCTCAAGTCTGCTCACAAGCCTGCCTAAAAACATGCGGCCAAATACCCA
TCAAATACCCGCTTGGAACCGGGTCTGGTTGCGGTGACTCACGTTTCACACGTTACATCA
AGTGCGACCTAGACCAACAGACTTTAACGCTCACAACCCACACAGGCTGCTACCCTATCA
CTTCCGTCGACTACGCCAAGCAAATCATCTACGTCACTGACTCGTCAATGTCCACGTGTG
CATGTACCCGACCCAGCCAAGGATTCGGGTTGGATTGGGACGCTCCGTTTTCTTTCCACG
ACGACACCGTTTTTACGCTCCTTGACTGTTCTGTTGACGAATCCCCTGTTTTCAAGCCGT
TAAGTAACAGTACCGGACGTGTCTCTCTATGTGACCGCCAAAGCTCCTCCATTTGCAACT
TCTTGTACTCTAATTGCAGGGCCATTAGTTTAATAAACCTCCAAGAATCAACGTGTTGCG
TCTACGTACCTCTAGATCTCGGACCATCGTTTGAATGG*ACCTACAGAAACTCCG*TGCT
CGTCGTACTCCGGTTTCTACA*TCTTGGGCC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1D371TF 737 0 0
GGGTCTGCAAAACTCTATATATTCCTCATCTTTAGCATGCATCTATACGATTAGGATACA
TTCACACACTCAATTCATAAGTAAAAATTAACATTGCTCTCTCCCTCTTTCTCTAAAACG
TCTAGCAAATGGGTTTGAAGCACTCTTCTTCCTTATTTTTGTCTATCCTTTTTATTTTCT
TCTTCCTTTCTTCTCAAGTCTGCTCACAAGCCTGCCTAAAAACATGCGGCCAAATACCCA
TCAAATACCCGCTTGGAACCGGGTCTGGTTGCGGTGACTCACGTTTCACACGTTACATCA
AGTGCGACCTAGACCAACAGACTTTAACGCTCACAACCCACACAGGCTGCTACCCTATCA
CTTCCGTCGACTACGCCAAGCAAATCATCTACGTCACTGACTCGTCAATGTCCACGTGTG
CATGTACCCGACCCAGCCAAGGATTCGGGTTGGATTGGGACGCTCCGTTTTCTTTCCACG
ACGACACCGTTTTTACGCTCCTTGACTGTTCTGTTGACGAATCCCCTGTTTTCAAGCCGT
TAAGTAACAGTACCGGACGTGTCTCTCTATGTGACCGCCAAAGCTCCTCCATTTGCAACT
TCTTGTACTCTAATTGCAGG*CCATTAGTTTAATAAACCTCCAAGAATCAACGTGTTGCG
TCTACGTACCTCTAGATCTCG*ACCATCGTTTGAAATG*ACCTACAGAAACTCCG*TGCT
CGTCGTACTCCGGTTTC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1D371JQ 810 0 0
ACGCC
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CTCCTTGACTGTTCTGTTGACGAATCCCCTGTTTTCAAGCCGTTAAGTAACAGTACCGGA
CGTGTCTCTCTATGTGACCGCCAAAGCTCCTCCATTTGCAACTTCTTGTACTCTAATTGC
AGGGCCATTAGTTTAATAAACCTCCAAGAATCAACGTGTTGCGTCTACGTACCTCTAGAT
CTCGGACCATCGTTTGAAATGGACCTACAGAAACTCCGGTGCTCGTCGTACTCCGGTTTC
TACAATCTTGGGCCGGCCCAAGAATCTCACCCGGAAAATTGGAACTATGGAATCGCACTC
AAGTACAAGTTCAACGTCTTCGATGAGTACCCTGCTGTGTGTGGTGGCTGCGAGCGTAGT
AACGGTGCATGTGGATACAACACTCAGACTAGCTCGTTCGTTTGTAATTGTCCCGGTGGG
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TTCTCAAGAGCATGGATGATGTACCCTTTGTCGTGGGTTGTTATTTGGACAGTGATGAGT
CTTCCTTGAAGGAGTTTTAATGAACTTCATAAAGTTTAAAGACTGGAATCTTTGCTTTCT
TTCTATATTCTTTGTAATATCTCATCATGGTATAAGATTCTCTATTGGTTCTCTGTGATA
TCAAGGATGGAATGGTTCGTAATGG

QA 6 810 6 810
DS 

RD RR1CN48JQ 805 0 0
AAGCAAATCATCTACGTCACTGACTCGTCAATGTCCACGTGTGCATGTACCCGACCCAGC
CAAGGATTCGGGTTGGATTGGGACGCTCCGTTTTCTTTCCACGACGACACCGTTTTTACG
CTCCTTGACTGTTCTGTTGACGAATCCCCTGTTTTCAAGCCGTTAAGTAACAGTACCGGA
CGTGTCTCTCTATGTGACCGCCAAAGCTCCTCCATTTGCAACTTCTTGTACTCTAATTGC
AGGGCCATTAGTTTAATAAACCTCCAAGAATCAACGTGTTGCGTCTACGTACCTCTAGAT
CTCGGACCATCGTTTGAAATGGACCTACAGAAACTCCGGTGCTCGTCGTACTCCGGTTTC
TACAATCTTGGGCCGGCCCAAGAATCTCACCCGGAAAATTGGAACTATGGAATCGCACTC
AAGTACAAGTTCAACGTCTTCGATGAGTACCCTGCTGTGTGTGGTGGCTGCGAGCGTAGT
AACGGTGCATGTGGATACAACACTCAGACTAGCTCGTTCGTTTGTAATTGTCCCGGTGGG
ATCAATACGACATCAGATTGCTTCTTCCTTTATAACTCGGCTTCTATTCTTCTTCCTTGG
TTCTCAAGAGCATGGATGATGTACCCTTTGTCGTGGGTTGTTATTTGGACAGTGATGAGT
CTTCCTTGAAGGAGTTTTAATGAACTTCATAAAGTTTAAAGACTGGAATCTTTGCTTTCT
TTCTATATTCTTTGTAATATCTCATCATGGTATAAGATTCTCTATTGGTTCTCTGTGATA
TCAAGGATGGAATGGTTCGTAATGG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 3

CO CL2475Contig1 850 3 2 U
GAACACAGGTTATGATGGAGCAGGACTTGCGGAGTTTTATGGGAATGGCGCAGCGTATAG
TGGTCCCACTTGGAGATCATCAGCTCCTGAGACAGAAGGGCCTGGTTCTTTTAGCTATGG
TATTGGAGGAGGAGTAGGTCCTTCTTCGGATGTTTCAGCTAGAAGTTCATCTCCAGGTTA
TGTTGGCAGTTACAGTGTGAACAAGAGGCAACCAAACAGAGGAATTGCTACTTAGTTTTT
GTTTTTACCACGATATTGTAGGCGAGCCATCACTGTGAACGATTAGATGATATCTTCTCT
CCTTGATACAAAAAGCCTATGAGGACGAAACTTGACCAACACCATTAGCTAGAGGCTAGA
GCTAACCAGAAAATCCCATAGATTTTCCTGTCA*TGGTTTGGTTTTCTAAATTTATTGGT
CCTCCTAGGCTTCTTTTCTGTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTCAATGAGGGATAGTGGAAAC
TGTACCAGTCTCCGGGGAGGCTGTAATACATAAGAAGAGTTCAAAACAAAAACAAAAAAA
TGAAGAAGAGGATGATCCTTCTTCCTGAGTTTTCTTTATTGTCATGTAATGGTTCTTCTT
GGTCTTGAGGGTTGTGTCTAAGGTTTGGTGTTTTGAGGCAGATTGTACTAGAGGTTATAT
GTTACTTTTGTTTTGTGGTTTTTAAGTTTTCTTGTTTTGTTTTTTGATAGTGAGAGATTA
TTGGAAAATGGATTTTAGCCATTGTAGGGCTTTGGAGAATAAGTCTGTTTGTATGTCTTA
TGCGAACGCAAGCAAACTCGTTTCTGTTCATGTACTTTTATCTTATAGAAACTATTGTTA
TGTTTCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB68TF U 1
AF RR1CO85TF U 248
AF RR1HB68JQ C 295
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BS 595 850 RR1CO85TF

RD RR1HB68TF 602 0 0
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TGGTCCCACTTGGAGATCATCAGCTCCTGAGACAGAAGGGCCTGGTTCTTTTAGCTATGG
TATTGGAGGAGGAGTAGGTCCTTCTTCGGATGTTTCAGCTAGAAGTTCATCTCCAGGTTA
TGTTGGCAGTTACAGTGTGAACAAGAGGCAACCAAACAGAGGAATTGCTACTTAGTTTTT
GTTTTTACCACGATATTGTAGGCGAGCCATCACTGTGAACGATTAGATGATATCTTCTCT
CCTTGATACAAAAAGCCTATGAGGACGAAACTTGACCAACACCATTAGCTAGAGGCTAGA
GCTAACCAGAAAATCCCATAGATTTTCCTGTCA*TGGTTTGGTTTTCTAAATTTATTGGT
CCTCCTAGGCTTCTTTTCTGTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTCAATGAGGGATAGTGGAAAC
TGTACCAGTCTCCGGGGAGGCTGTAATACATAAGAAGAGTTCAAAACAAAAACAAAAAAA
TGAAGAAGAGGATGATCCTTCTTCCTGAGTTTTCTTTATTGTCATGTAATGGTT
CTTCTTGG

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1CO85TF 603 0 0
G
CACGATATTGTAGGCGAGCCATCACTGTGAACGATTAGATGATATCTTCTCTCCTTGATA
CAAAA*GCCTATGAGGACGAAACTTGACCAACACCATCAGCTAGAGGCTAGAGCTAACCA
GAAAATCCCATAGATTTTCCTGTCAATGGTTTGGTTTTCTAAATTTATTGGTCCTCCTAG
GCTTCTTTTCTGTTTTCTTTTTTT****CTTTCAATGAGGGATAGTGGAAACTGTATCAG
TCTCCGGCGAGGCTGTAATACATAAGAAGAGTTCAAAACAAAAACAAAAAAATGAAGAAG
AGGATGATCCTTCTTCCTGAGTTTTCTTTATTGTCATGTAATGGTTCTTCTTGGTCTTGA
GGGTTGTGTCTAAGGTTTGGTGTTTTGAGGCAGATTGTACTAGAGGTTATATGTTACTTT
TGTTTTGTGGTTTTTAAGTTTTCTTGTTTTGTTTTTTGATAGTGAGAGATTATTGGAAAA
TGGATTTTAGCCATTGTAGGGCTTTGGAGAATAAGTCTGTTTGTATGTCTTATGCGAACG
CAAGCAAACTCGTTTCTGTTCATGTACTTTTATCTTATAGAAACTATTGTTATGTTTCAT
TT

QA 2 603 2 603
DS 

RD RR1HB68JQ 552 0 0
TTCTCTCCTTGATACAAAAAGCCTATGAGGACGAAACTTGACCAACACCATTAGCTAGAG
GCTAGAGCTAACCAGAAAATCCCATAGATTTTCCTGTCA*TGGTTTGGTTTTCTAAATTT
ATTGGTCCTCCTAGGCTTCTTTTCTGTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTCAATGAGGGATAGT
GGAAACTGTACCAGTCTCCGGGGAGGCTGTAATACATAAGAAGAGTTCAAAACAAAAACA
AAAAAATGAAGAAGAGGATGATCCTTCTTCCTGAGTTTTCTTTATTGTCATGTAATGGTT
CTTCTTGGTCTTGAGGGTTGTGTCTAAGGTTTGGTGTTTTGAGGCAGATTGTACTAGAGG
TTATATGTTACTTTTGTTTTGTGGTTTTTAAGTTTTCTTGTTTTGTTTTTTGATAGTGAG
AGATTATTGGAAAATGGATTTTAGCCATTGTAGGGCTTTGGAGAATAAGTCTGTTTGTAT
GTCTTATGCGAACGCAAGCAAACTCGTTTCTGTTCATGTACTTTTATCTTATAGAAACTA
TTGTTATGTT
CC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

CO CL2476Contig1 526 2 3 U
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CTGCTGCAAAAAGAGCCAGAGAGACGACTAGGGAGTGGACCGAGCGGAGCAGAGGAGATT
AAGGGGCACAAATGGTTCAAGGGGATGAACTGGAAGAAGGTGGAGGCTAGAGAAGTGAAG
CCGAGTTTCAAGCCGGAGGTGTCGGGGAGGCAATGCATAGCGAATTTCGACAAGTGTTGG
ACTGATATGTCAGTGTTGGATTCGCCAGCAAGCAGTCCAAGCTCGGATCCTGAGGCCAAT
CCTTTCACCAACTTCACGTACGTCAGGCCTCCTCATTCGTTCCTCAACCAAACCACATCC
ACTTTGTAGAGGAACTATATGTTATTAAATGGGGGTTTATGAAAATACATGATTTGATGT
TGATAAAATATACAAAATCTGATGTTGTGTTATTTCTTCTCATGCTTGTCAAAACCAGTG
TGGTCGTTTCTTTCTCAACATGTACATTCGCTTTTACCTTTTTAAG


BQ
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AF RR1AV78JQ C 1
AF RR1AV78TF U 1
BS 1 2 RR1AV78JQ
BS 3 524 RR1AV78TF
BS 525 526 RR1AV78JQ

RD RR1AV78JQ 526 0 0
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CTGCTGCAAAAAGAGCCAGAGAGACGACTAGGGAGTGGACCGAGCGGAGCAGAGGAGATT
AAGGGGCACAAATGGTTCAAGGGGATGAACTGGAAGAAGGTGGAGGCTAGAGAAGTGAAG
CCGAGTTTCAAGCCGGAGGTGTCGGGGAGGCAATGCATAGCGAATTTCGACAAGTGTTGG
ACTGATATGTCAGTGTTGGATTCGCCAGCAAGCAGTCCAAGCTCGGATCCTGAGGCCAAT
CCTTTCACCAACTTCACGTACGTCAGGCCTCCTCATTCGTTCCTCAACCAAACCACATCC
ACTTTGTAGAGGAACTATATGTTATTAAATGGGGGTTTATGAAAATACATGATTTGATGT
TGATAAAATATACAAAATCTGATGTTGTGTTATTTCTTCTCATGCTTGTCAAAACCAGTG
TGGTCGTTTCTTTCTCAACATGTACATTCGCTTTTACCTTTTTAAG

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1AV78TF 526 0 0
GG
GGACAAGATCAAACTTCCACAGTTTCTGTCAAATGAAGCTCATGCGTTGCTGAAAGGGCT
GCTGCAAAAAGAGCCAGAGAGACGACTAGGGAGTGGACCGAGCGGAGCAGAGGAGATTAA
GGGGCACAAATGGTTCAAGGGGATGAACTGGAAGAAGGTGGAGGCTAGAGAAGTGAAGCC
GAGTTTCAAGCCGGAGGTGTCGGGGAGGCAATGCATAGCGAATTTCGACAAGTGTTGGAC
TGATATGTCAGTGTTGGATTCGCCAGCAAGCAGTCCAAGCTCGGATCCTGAGGCCAATCC
TTTCACCAACTTCACGTACGTCAGGCCTCCTCATTCGTTCCTCAACCAAACCACATCCAC
TTTGTAGAGGAACTATATGTTATTAAATGGGGGTTTATGAAAATACATGATTTGATGTTG
ATAAAATATACAAAATCTGATGTTGTGTTATTTCTTCTCATGCTTGTCAAAACCAGTGTG
GTCGTTTCTTTCTCAACATGTACATTCGCTTTTACCTTTTTA
AG

QA 3 524 3 524
DS 



AS 1 3

CO CL2477Contig1 1437 3 3 U
GGAGATAACCTTTGAAGTTCATCAACCTAATACTCATTCGTCTTCTCAATTCCCACAGTT
TTTTCTTTGATAAGATCAATTCCCATAGTTCCCAGCAACGATACCAGAACTGATGTGAAT
GGAGACCTCTCCAATTCTCACTGATTCACCAGATCCAATCCTATTCATTCCTTTGAAACA
CAGCCTACAACAATGGTCAGCCGGTCATTGTTCTCAGACGGTGGTGCGACCCGTCTCCTG
TGTTTCAGAAATGCCCGAGCAAAAGCTTCTGATTTATAAGCCAAATATCTGAAGGTTTTT
GCTACTTTTGTTTGAGGAAGAACTTTACAAAAATATCATCACTCAGCTTCTGGTTCTAGA
GAATTTCAGGGATGACGAGCAATTGACAAAATATTTCAGCTCGAATTGGCAGTTTGGCAG
CACCATCTATATCAAAATCCGAGGGCTAATCCTGAGTTCAACATGTCAGCAAAAGTTGTA
TAAAGTCTTGAAATTCTTAACGTCAACAGCAGGAGGAAAAAATGTCAATGATAGTGCATG
ATGAAGATGGTCAACTCTAAATACATTGTAAAAGAGCAGATAAGGCTGTTATCAGCACGA
TATATTTTGGAAGAGCAACATCAGAGGGAACTCTCACAATGCCTCCAATAAATTGTTGGT
GGGACTCTCACATTCCAGCTCAAGCTTTCTGAGTTCAACTTCTCTTCCAAACATCAGTCC
TTTACAGTCTCACTTTTTTAAGACGCCCACAAGCTTCAACCACTACCAAATTTTGCACAT
CAGGTATGAAATGTTTGATGACGGTGTGGTAATATACGAAAAACTGTATTCATATAATCT
TAATGGATATGGCTGCTGCACTATTTTTTTGTCTAATCAGCTCCCTTCTGACTGAGTAGC
TGTGTATAATTCTATGTAAGACGTTGATCAATCATGAAGTACTCCATGACTGGTTATTGT
TCTTAAGAATAAAACAGTTGTTGATAGTGTAGACAGTAGGGATTGTTCCAATGCAATGCG
TAGATATATTGAAGCTCAGCATGTGACACTAGTGTTCTCTTGACTGGAGCTCAGCATGTC
ACATAAAAGCTCACTAATGACGTCAAGAATAGTGTTTCAGGCAACAAAACCCGATGCTTT
TTTGGTCAAAATGTAGAAAGTAACACGTTGACTGTATCTCCGCTACATGGCACACAACGA
CTGATAACTCTAAAAACAATTTTTGAGATGATGACCTGCTGCAAATTATAAAGATCCAAC
AGCATTCATCGTTAACTATTCTCTTAGTAATTATGCGGTCCAGTTGATATTATCAGACCT
ACATCTTATTTGGGCTTTGTCTTTCTTTTGGTTTGTTTTTTTTTACCGCACTTTTGGTTT
GTTTTTTACTAAAATTAAGACTTTGGTCTAAACTGTATGCTATATTAGCTTTCATTC


BQ
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AF RR1EI36TF U 1
AF RR1CN58TF U 676
AF RR1AG09TF U 1236
BS 1 742 RR1EI36TF
BS 743 1357 RR1CN58TF
BS 1358 1437 RR1AG09TF

RD RR1EI36TF 742 0 0
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TTTTCTTTGATAAGATCAATTCCCATAGTTCCCAGCAACGATACCAGAACTGATGTGAAT
GGAGACCTCTCCAATTCTCACTGATTCACCAGATCCAATCCTATTCATTCCTTTGAAACA
CAGCCTACAACAATGGTCAGCCGGTCATTGTTCTCAGACGGTGGTGCGACCCGTCTCCTG
TGTTTCAGAAATGCCCGAGCAAAAGCTTCTGATTTATAAGCCAAATATCTGAAGGTTTTT
GCTACTTTTGTTTGAGGAAGAACTTTACAAAAATATCATCACTCAGCTTCTGGTTCTAGA
GAATTTCAGGGATGACGAGCAATTGACAAAATATTTCAGCTCGAATTGGCAGTTTGGCAG
CACCATCTATATCAAAATCCGAGGGCTAATCCTGAGTTCAACATGTCAGCAAAAGTTGTA
TAAAGTCTTGAAATTCTTAACGTCAACAGCAGGAGGAAAAAATGTCAATGATAGTGCATG
ATGAAGATGGTCAACTCTAAATACATTGTAAAAGAGCAGATAAGGCTGTTATCAGCACGA
TATATTTTGGAAGAGCAACATCAGAGGGAACTCTCACAATGCCTCCAATAAATTGTTGGT
GGGACTCTCACATTCCAGCTCAAGCTTTCTGAGTTCAACTTCTCTTCCAAACATCAGTCC
TTTACAGTCTCACTTTTTTAAG

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1CN58TF 682 0 0
G
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TTTAAGACGCCCACAAGCTTCAACCACTACCAAATTTTGCACATCAGGTATGAAATGTTT
GATGACGGTGTGGTAATATACGAAAAACTGTATTCATATAATCTTAATGGATATGGCTGC
TGCACTATTTTTTTGTCTAATCAGCTCCCTTCTGACTGAGTAGCTGTGTATAATTCTATG
TAAGACGTTGATCAATCATGAAGTACTCCATGACTGGTTATTGTTCTTAAGAATAAAACA
GTTGTTGATAGTGTAGACAGTAGGGATTGTTCCAATGCAATGCGTAGATATATTGAAGCT
CAGCATGTGACACTAGTGTTCTCTTGACTGGAGCTCAGCATGTCACATAAAAGCTCACTA
ATGACGTCAAGAATAGTGTTTCAGGCAACAAAACCCGATGCTTTTTTGGTCAAAATGTAG
AAAGTAACACGTTGACTGTATCTCCGCTACATGGCACACAACGACTGATAACTCTAAAAA
CAATTTTTGAGATGATGACCTGCTGCAAATTATAAAGATCCAACAGCATTCATCGTTAAC
TATTCTCTTAGTAATTATGCGGTCCAGTTGATATTATCAGACCTACATCTTATTTGGGCT
TTGTCTTTCTTTTGGTTTGTT

QA 2 682 2 682
DS 

RD RR1AG09TF 202 0 0
G
TGCTGCAAATTATAAAGATTCAACAGCATTCATCGTTAACTATTCTCTTAGTAATTATGC
GGTCCAGTTGATATTATCAGACCTACATCTTATTTGGGCTTTGTCTTTCTTTTGGTTTGT
TTTTTTTTACCGCACTTTTGGTTTGTTTTTTACTAAAATTAAGACTTTGGTCTAAACTGT
ATGCTATATTAGCTTTCATTC

QA 2 202 2 202
DS 



AS 2 4

CO CL2478Contig1 491 2 14 U
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ATATTCTGAATCCAATATTAAAACGAACTTCTGCAAAGATGACCATGTGTGTAGGCATGA
TTCAAAGGTCAAAAACAAATGATTCCAGACAAAACAAACTGATGATTATCAAGGAATGGG
TCTAAGGATAGACAGAGTCCACAGCAAAATTGTGATTAACGAGCTGCTTGCCCCTGTGAG
TGTTCTAAAAGCTGAATCACTAACTTGTAAGTCCGTCCTGACAAGGCTTTGGTGTGGTTA
ATCAACTGCTCATGCACGTTGGGCTGAATAGGCTCCATGATTACGGTTCCTGACTCGGAA
TCAATCTTGGCATCCAGCTTTGAGGTGCGGAAAAGGTTCACAATCCATCTCTCTGCCTCT
TCATAGTTCAAATTCAATTTCTCAGCAAGTACCCCCATGTCAATTCTCTGATGAATTCTG
CAATAGGTTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G057JQ U 1
AF RR1ER92JQ U 193
BS 1 199 RR1G057JQ
BS 200 200 RR1ER92JQ
BS 201 248 RR1G057JQ
BS 249 249 RR1ER92JQ
BS 250 255 RR1G057JQ
BS 256 256 RR1ER92JQ
BS 257 327 RR1G057JQ
BS 328 328 RR1ER92JQ
BS 329 374 RR1G057JQ
BS 375 375 RR1ER92JQ
BS 376 391 RR1G057JQ
BS 392 392 RR1ER92JQ
BS 393 415 RR1G057JQ
BS 416 491 RR1ER92JQ

RD RR1G057JQ 415 0 0
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ATATTCTGAATCCAATATTAAAACGAACTTCTGCAAAGATGACCATGTGTGTAGGCATGA
TTCAAAGGTCAAAAACAAATGATTCCAGACAAAACAAACTGATGATTATCAAGGAATGGG
TCTAAGGATAGACAGAGTCGACAGCAAAATTGTGATTAACGAGCTGCTTGCCCCTGTGAG
TGTTCTAAGAGCTGAGTCACTAACTTGTAAGTCCGTCCTGACAAGGCTTTGGTGTGGTTA
ATCAACTGCTCATGCACGTTGGGCTGAGTAGGCTCCATGATTACGGTTCCTGACTCGGAA
TCAATCTTGGCATCGAGCTTTGAGGTGCGGATAAGGTTCACAATCCATCTCTCTG

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR1ER92JQ 299 0 0
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TGAATCACTAACTTGTAAGTCCGTCCTGACAAGGCTTTGGTGTGGTTAATCAACTGCTCA
TGCCCGTTGGGCTGAATAGGCTCCATGATTACGGTTCCTGACTCGGAATCAATCTTGGCA
TCCAGCTTTGAGGTGCGGAAAAGGTTCACAATCCATCTCTCTGCCTCTTCATAGTTCAAA
TTCAATTTCTCAGCAAGTACCCCCATGTCAATTCTCTGATGAATTCTGCAATAGGTTTC

QA 1 299 1 299
DS 



CO CL2478Contig2 854 2 10 U
GGTATCAGTACGCCAAGTTTCAGTTTGAGTGTGGTAACTATTCTGGTGCTGCTGATTACC
TTTACCAGTACAGGACTCTTTGCTCTAACCTTGAGAGGAGTCTGAGCGCTTTGTGGGGAA
AGCTTGCATCTGAGATATTAATGCAGAACTGGGACATTGCATTTGAAGAGCTTAACCGTG
TTAAAGACATTATCGACTCAAAGAGTTTTGCGTCACCGTTAAACCAAGTGCAGAACAGGA
TTTGGTTGATGCATTGGGGTCTCTATATCTTTTTCAACCATGATAACGGAAGGACTCAAA
TCATTGATCTTTTTAACCAAGACAAGTATCTGAATGCCATACAAACGAGTGCTCCACACT
TGCTACGTTACTTGGCAACTGCTTTCGTTGTCAACAAAAGGAAAAGGCCTCAACTGAAAG
AGTTCATTAAGGTCATTCAACAGGAGCACTACTCCTACAAAGATCCTATTGTGGAGTTCT
TGGCATGTGTGTTTGTCAATTATGACTTCGATGGGGCTCAAAAGAAGATGAAAGAGTGTG
AAGAGGTCATTGTGAATGATCCATTCCTTGGAAAGCGAGTAGAGAATGGAAACTTTTCAA
CTGTTCCACTGAGAGATGAGTTTCTTGAAAATGCCCGCCTCTTTATCTTCGAAACCTATT
GCAGAATTCATCAGAGAATTGACATGGGGGTACTTGCTGAGAAATTGAATCTGAACTATG
AAGAGGCAGAGAGATGGATTGTGAACCTTATCCGCACCTCAAAGCTCGATGCCAGATTGA
TTCCGAGTCAGAACCGTAATCATGGAGCCTACTCAGCCCACGTGCATGAGCAGTTGATTA
CACACAAAGCCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G057TF U 1
AF RR1ER92TF U 130
BS 1 187 RR1G057TF
BS 188 188 RR1ER92TF
BS 189 630 RR1G057TF
BS 631 631 RR1ER92TF
BS 632 653 RR1G057TF
BS 654 654 RR1ER92TF
BS 655 677 RR1G057TF
BS 678 678 RR1ER92TF
BS 679 699 RR1G057TF
BS 700 854 RR1ER92TF

RD RR1G057TF 699 0 0
GGTATCAGTACGCCAAGTTTCAGTTTGAGTGTGGTAACTATTCTGGTGCTGCTGATTACC
TTTACCAGTACAGGACTCTTTGCTCTAACCTTGAGAGGAGTCTGAGCGCTTTGTGGGGAA
AGCTTGCATCTGAGATATTAATGCAGAACTGGGACATTGCATTTGAAGAGCTTAACCGTG
TTAAAGATATTATCGACTCAAAGAGTTTTGCGTCACCGTTAAACCAAGTGCAGAACAGGA
TTTGGTTGATGCATTGGGGTCTCTATATCTTTTTCAACCATGATAACGGAAGGACTCAAA
TCATTGATCTTTTTAACCAAGACAAGTATCTGAATGCCATACAAACGAGTGCTCCACACT
TGCTACGTTACTTGGCAACTGCTTTCGTTGTCAACAAAAGGAAAAGGCCTCAACTGAAAG
AGTTCATTAAGGTCATTCAACAGGAGCACTACTCCTACAAAGATCCTATTGTGGAGTTCT
TGGCATGTGTGTTTGTCAATTATGACTTCGATGGGGCTCAAAAGAAGATGAAAGAGTGTG
AAGAGGTCATTGTGAATGATCCATTCCTTGGAAAGCGAGTAGAGAATGGAAACTTTTCAA
CTGTTCCACTGAGAGATGAGTTTCTTGAAA*TGCCCGCCTCTTTATCTTCGAA*CCTATT
GCAGAATTCATCAGAGA*TTGACATGGGGGTACTTGCTG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1ER92TF 725 0 0
CTGAGATATTAATGCAGAACTGGGACATTGCCTTTGAAGAGCTTAACCGTGTTAAAGACA
TTATCGACTCAAAGAGTTTTGCGTCACCGTTAAACCAAGTGCAGAACAGGATTTGGTTGA
TGCATTGGGGTCTCTATATCTTTTTCAACCATGA*AACGGAAGGACTCAAATCATTGATC
TTTTTAACCAAGACAAGTATCTGAATGCCATACAAACGAGTGCTCCACACTTGCTACGTT
ACTTGGCAACTGCTTTCGTTGTCAACAAAAGGAAAAGGCCTCAACTGAAAGAGTTCATTA
AGGTCATTCAACAGGAGCACTACTCCTACAAAGATCCTATTGTGGAGTTCTTGGCATGTG
TGTTTGTCAATTATGACTTCGATGGGGCTCAAAAGAAGATGAAAGAGTGTGAAGAGGTCA
TTGTGAATGATCCATTCCTTGGAAAGCGAGTAGAGAATGGAAACTTTTCTACTGTTCCAC
TTAGAGATGAGTTTCTTGAAAATGCCCGCCTCTTTATCTTCGAAACCTATTGCAGAATTC
ATCAGAGAATTGACATGGGGGTACTTGCTGAGAAATTGAATCTGAACTATGAAGAGGCAG
AGAGATGGATTGTGAACCTTATCCGCACCTCAAAGCTCGATGCCAGATTGATTCCGAGTC
AGAACCGTAATCATGGAGCCTACTCAGCCCACGTGCATGAGCAGTTGATTACACACAAAG
CCTTG

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 4

CO CL2479Contig1 984 4 2 U
GGATCTTCGAAAAGTCGATCGGGAGGAAACAAAAAAAAATCAACGGCCGATTCTGACGAT
TCATCTCCGCCGAGCAGATCTGTGAATTGATTCTCGTCTATTACTACTCATTCTCGCGAT
GGCTGCTCCTCCTGCTAGAGCCCGTGCTGATTACGATTACCTCATCAAACTTCTCTTGAT
CGGAGACAGCGGTGTGGGTAAAAGTTGCCTCCTTCTACGTTTCTCTGATGGCTCATTCAC
CACCAGTTTCATCACAACTATTGGTATTGATTTCAAGATACGGACTATTGAGCTAGATGG
GAAGAGAATCAAGCTGCAAATCTGGGATACTGCTGGACAGGAGCGGTTCAGGACTATCAC
AACTGCATACTACCGTGGAGCCATGGGCATCTTGCTCGTGTATGATGTCACTGATGAATC
ATCTTTCAACAATATCAGGAATTGGATCCGTAACATTGAGCAGCACGCTTCTGATAATGT
CAACAAGATTCTTGTGGGGAACAAGGCTGATATGGATGAAAGCAAACGAGCTGTGCCAAA
AGCGAAGGGCCAAGCTCTTGCAGATGAATACGGAATGAAGTTTTTCGAGACTAGTGCCAA
GACTAACCTAAACGTTGAGGAAGTTTTCTTTTCAATTGGTAAAGACATTAAGCAAAGACT
TGCAGATACCGATGCAAAGGCTGAGCCACAAACAATCAAAATCAACCAAACCGATCAGGG
TGCAGGGACATCTCAAGCTACTCAGAAATCAGCATGTTGTGGTTAGTAGAAAACTGGTCC
CTTACACCACCATCGAAGAAGAGAATCTGGCTTCTGAGAAAGAAAAAGGAGGAAAATCTT
CTAAATGCGATGGTGTTTTCTACGTATTCTTTTTACAATTCTCTGTTTCCCCTCTAACGG
GTATAGTGTGAAGGACACATGTTTCTGGTATGGACTCCCTCACATCAGACTTGACTTGTG
ATAATATCAGATTTTCTCACTCAC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY07TF U 3
AF RR1EZ22TF U 1
AF RR1EZ22JQ C 242
AF RR1DY07JQ C 272
BS 1 757 RR1EZ22TF
BS 758 984 RR1EZ22JQ

RD RR1DY07TF 289 0 0
GG
CTTCGAAAAGTCGATCGGGAGGAAACAAAAAAAAATCAACGGCCGATTCTGACGATTCAT
CTCCGCCGAGCAGATCTGTGAATTGATTCTCGTCTATTACTACTCATTCTCGCGATGGCT
GCTCCTCCTGCTAGAGCCCGTGCTGATTACGATTACCTCATCAAACTTCTCTTGATCGGA
GACAGCGGTGTGGGTAAAAGTTGTCTCCTTCTACGTTTCTCTGATGGCTCATTCACCACC
AGTTTCATCACAACTATTGGTATTGATTTCAAGATACGGACTATTGA

QA 3 289 3 289
DS 

RD RR1EZ22TF 757 0 0
GGATCTTCGAAAAGTCGATCGGGAGGAAACAAAAAAAAATCAACGGCCGATTCTGACGAT
TCATCTCCGCCGAGCAGATCTGTGAATTGATTCTCGTCTATTACTACTCATTCTCGCGAT
GGCTGCTCCTCCTGCTAGAGCCCGTGCTGATTACGATTACCTCATCAAACTTCTCTTGAT
CGGAGACAGCGGTGTGGGTAAAAGTTGCCTCCTTCTACGTTTCTCTGATGGCTCATTCAC
CACCAGTTTCATCACAACTATTGGTATTGATTTCAAGATACGGACTATTGAGCTAGATGG
GAAGAGAATCAAGCTGCAAATCTGGGATACTGCTGGACAGGAGCGGTTCAGGACTATCAC
AACTGCATACTACCGTGGAGCCATGGGCATCTTGCTCGTGTATGATGTCACTGATGAATC
ATCTTTCAACAATATCAGGAATTGGATCCGTAACATTGAGCAGCACGCTTCTGATAATGT
CAACAAGATTCTTGTGGGGAACAAGGCTGATATGGATGAAAGCAAACGAGCTGTGCCAAA
AGCGAAGGGCCAAGCTCTTGCAGATGAATACGGAATGAAGTTTTTCGAGACTAGTGCCAA
GACTAACCTAAACGTTGAGGAAGTTTTCTTTTCAATTGGTAAAGACATTAAGCAAAGACT
TGCAGATACCGATGCAAAGGCTGAGCCACAAACAATCAAAATCAACCAAACCGATCAGGG
TGCAGGGACATCTCAAGCTACTCAGAAATCAGCATGT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1EZ22JQ 743 0 0
ACCAGTTTCATCACAACTATTGGTATTGATTTCAAGATACGGACTATTGAGCTAGATGGG
AAGAGAATCAAGCTGCAAATCTGGGATACTGCTGGACAGGAGCGGTTCAGGACTATCACA
ACTGCATACTACCGTGGAGCCATGGGCATCTTGCTCGTGTATGATGTCACTGATGAATCA
TCTTTCAACAATATCAGGAATTGGATCCGTAACATTGAGCAGCACGCTTCTGATAATGTC
AACAAGATTCTTGTGGGGAACAAGGCTGATATGGATGAAAGCAAACGAGCTGTGCCAAAA
GCGAAGGGCCAAGCTCTTGCAGATGAATACGGAATGAAGTTTTTCGAGACTAGTGCCAAG
ACTAACCTAAACGTTGAGGAAGTTTTCTTTTCAATTGGTAAAGACATTAAGCAAAGACTT
GCAGATACCGATGCAAAGGCTGAGCCACAAACAATCAAAATCAACCAAACCGATCAGGGT
GCAGGGACATCTCAAGCTACTCAGAAATCAGCATGTTGTGGTTAGTAGAAAACTGGTCCC
TTACACCACCATCGAAGAAGAGAATCTGGCTTCTGAGAAAGAAAAAGGAGGAAAATCTTC
TAAATGCGATGGTGTTTTCTACGTATTCTTTTTACAATTCTCTGTTTCCCCTCTAACGGG
TATAGTGTGAAGGACACATGTTTCTGGTATGGACTCCCTCACATCAGACTTGACTTGTGA
TAATATCAGATTTTCTCACTCAC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1DY07JQ 707 0 0
TTCAAGATACGGACTATTGAGCTAGATGGGAAGAGAATCAAGCTGCAAATCTGGGATACT
GCTGGACAGGAGCGGTTCAGGACTATCACAACTGCATACTACCGTGGAGCCATGGGCATC
TTGCTCGTGTATGATGTCACTGATGAATCATCTTTCAACAATATCAGGAATTGGATCCGT
AACATTGAGCAGCACGCTTCTGATAATGTCAACAAGATTCTTGTGGGGAACAAGGCTGAT
ATGGATGAAAGCAAACGAGCTGTGCCAAAAGCGAAGGACCAAGCTCTTGCAGATGAATAC
GGAATGAAGTTTTTCGAGACTAGTGCCAAGACTAACCTAAACGTTGAGGAAGTTTTCTTT
TCAATTGGTAAAGACATTAAGCAAAGACTTGCAGATACCGATGCAAAGGCTGAGCCACAA
ACAATCAAAATCAACCAAACCGATCAGGGTGCAGGGACATCTCAAGCTACTCAGAAATCA
GCATGTTGTGGTTAGTAGAAAACTGGTCCCTTACACCACCATCGAAGGAGAGAATCTGGC
TTCTGAGAAAGAAAAAGGAGGAAAATCTTCTAAATGCGATGGTGTTTTCTACGTATTCTT
TTTACAATTCTCTGTTTCCCCTCTAACGGGTATAGTGTGAAGGACACATGTTTCTGGTAT
GGACTCCCTCACATCAGACTTGACTTGTGATAATATCAGATTTTC
CC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 4

CO CL2480Contig1 834 4 5 U
TTTTTTCTTAACTCTCTCTCTAGGAAAAAGCTCCCACCTCTCTCTACTTTCCCGAAGTGA
TCGGTCGGATCTTCTGCCGCACCGTTACTCTCCGGTTCGATCTACTCATACCGGCTCTGT
CTCCAGCGGCGCACCCTTCATGTAGTGGTCGTCTGGCTTTTGACTCCGGCGTCCTAGCTT
TCTTCTCCGGCGATGGGCGGTCGGCTTACTTCCGCGTGACACCTCCTTCGGTGAAGACGG
CGGATATATATAGTTATATTCCGACTGTAGTTAATTTTCTCGGGGTTTCTGGTTGGGGAA
CGCCTTGTTTTTTTCTTAGGTATCAAAGGGTAAGTGCTTTGCGGGTGAGATTTCAACGAT
TGTCGTTTGAAACTCCCCGACAGTGGATGATCCCGAAGCATGTGATATTTCTTCTGTATG
GAGATGGATTGAAAAATCTGGATGAGATCTCGAATTGATTTCGATGGATGCTCTCCGGGA
GCAAAAGAAATTAGAAGAGGAAGAGGTTTGTCTTAATCTGGTGGATTCTGAGGTGGTTGT
ACTGTTTCTCGGTCAGGTACCGGTGGTTGCCGTGTCTTTCTTCCGGCGACGATTTCTAAT
CTGGCAAAGACGGTGAACTCTCCAATCAACACGTGGCCTCATGCTGTTATGCGGTTTAAC
GCGTGGGTGAGACGTGTTCCCGTCTGCGTTCCTCGAGTGTGGGG*TCTGTGGGCTAGTAG
TGGGCCTTTGTTTAGTGTTGGTTTTATAGTGGGCTTGTCTGTTTGACCTTATGTCCTTTG
TTGTGGGCTTTTGTAGTTTGTACAATGTTATGTTCAATATATAATATTAGACGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1G210TF U 1
AF RR1BS11TF U 98
AF RR1BS11JQ C 98
AF RR1G210JQ C 116
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BS 706 764 RR1BS11TF
BS 765 834 RR1BS11JQ

RD RR1G210TF 609 0 0
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CTCCAGCGGCGCACCCTTCATGTAGTGGTCGTCTGGCTTTTGACTCCGGCGTCCTAGCTT
TCTTCTCCGGCGATGGGCGGTCGGCTTACTTCCGCGTGACACCTCCTTCGGTGAAGACGG
CGGATATATATAGTTATATTCCGACTGTAGTTAATTTTCTCGGGGTTTCTGGTTGGGGAA
CGCCTTGTTTTTTTCTTAGGTATCAAAGGGTAAGTGCTTTGCGGGTGAGATTTCAACGAT
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CTGGCAAAG

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DS 

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G
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CTCGGGGTTTCTGGTTGGGGAACGCCTTGTTTTTTTCTTAGGTATCAAAGGGTAAGTGCT
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TCTTCCGGCGACGATTTCTAATCTGGCAAAGACGGTGAACTCTCCAATCAACACGTGGCC
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GTGGGGGTCTGTGGGCTAGTAGTGGGCCTTTGTTTAGTGTTGGTTTTATAGTGGGCTTGT
CTGTTT

QA 2 667 2 667
DS 

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G
GATCTACTCATACCGGCTCTGTCTCCAGCGGCGCACCCTTCATGTAGTGGTCGTCTGGCT
TTTGACTCCGGCGTCCTAGCTTTCTTCTCCGGCGATGGGCGGTCGGCTTACTTCCGCGTG
ACACCTCCTTCGGTGAAGACTGCGGATATATATAGTTATATTCCGACTGTAGTTAATTTT
CTCGGGGTTTCTGGTTGGGGAACGCCTTGTTTTTTTCTTAGGTATCAAAGGGTAAGTGCT
TTGCGGGTGAGATTTCAACGATTGTCGTTTGAAACTCCCCGACAGTGGATGATCCTGAAG
CATGTGATATTTCTTCTGTATGGAGATGGATTGAAAAATCTGGATGAGATCTCGAATTGA
TTTCGATGGATGCTCTCCGGGAGCAAAAGAAATTAGAAGAGGAAGAGGTTTGTCTTAATC
TGGTGGATTCTGAGGTGGTTGTACTGTTTCTCGGTCAGGTACCGGTGGTTGCCGTGTCTT
TCTTCCGGCGACGATTTCTAATCTGGCAAAGACGGTGAACTCTCCAATCAACACGTGGCC
TCATGCTGTTATGCGGTTTAACGCGTGGGTGAGACGTGTTCCCGTCTGCGTTCCTCGAGT
GTGGGG*TCTGTGGGCTAGTAGTGGGCCTTTGTTTAGTGTTGGTTTTATAGTGGGCTTGT
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ATATAATATTAGACGG

QA 2 737 2 737
DS 

RD RR1G210JQ 719 0 0
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AGCTTTCTTCTCCGGCGATGGGCGGTCGGCTTACTTCCGCGTGACACCTCCTTCGGTGAA
GACGGCGGATATATATAGTTATATTCCGACTGTAGTTAATTTTCTCGGGGTTTCTGGTTG
GGGAACGCCTTGTTTTTTTCTTAGGTATCAAAGGGTAAGTGCTTTGCGGGTGAGATTTCA
ACGATTGTCGTTTGAAACTCCCCGACAGTGGATGATCCCGAAGCATGTGATATTTCTTCT
GTATGGAGATGGATTGAAAAATCTGGATGAGATCTCGAATTGATTTCGATGGATGCTCTC
CGGGAGCAAAAGAAATTAGAAGAGGAAGAGGTTTGTCTTAATCTGGTGGATTCTGAGGTG
GTTGTACTGTTTCTCGGTCAGGTACCGGTGGTTGCCGTGTCTTTCTTCCGGCGACGATTT
CTAATCTGGCAAAGACGGTGAACTCTCCAATCAACACGTGGCCTCATGCTGTTATGCGGT
TTAACGCGTGGGTGAGACGTGTTCCCGTCTGCGTTCCTCGAGTGTGGGT*TCTGTGGACT
AGTAGTGGGCCTTTGTTTAGTGTTGGTTTTATAGTGGGCTTGTCTGTTTGACCTTATGTC
CTTTGTTGTGGGCTTT*GTAGTTTGTACAATGTTATGTTCAATATATAATATTAGACGG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 2 4

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TGGGTATTGTATTAAACAAAAGAAACGAAAGTAATGAGAAAACGAGAATCAAACTATAAG
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AGTCAATCACAGTCTTGACTTTCCCTTCTTTCACTAAGTTGACCATAAATTCCAAATTCT
CAGCTTTCGGGATCAACAAAAGCGGAATCAATTGCTTCTTAGACATGGTTATTTTCTTAA
CCGCGAAAGTCCACATCGCCTTAGGCCCCGGCGTGATGTCTATCACCTTTCCGTTTTCAG
ACAGATTCGGTTCGAATGTCGAAAATGGTATCCCATTTGCGCAGTGAACCACAGAGTCGT
ATTTCTTACCAGACGGACTCTTGAGAGCAGCTCCCTCTGGAGTCTTGTAGTCAAGAACCT
CGTCCGCTCCCAATGATTTGACGAAGTCTATGTTCCGAGCCCCACATGTGGCCGTTACAT
GAGCGTTACCTAGCTTTGCTAGCTGGACTGCATAGTGGCCGACACCACCAGATGCTGCTG
TGACCAGGATGTTCGCCTGCTTGCCTGTACCATCCAGCTTCAATCCAGCCGGATTAGTTA
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CTTGAGGCTTTTGACTGTAAGTTTCTCGCTCGCAACAGCGTATTCAGCAAATCCGCCTCC
TGTAAGATGGCTGAGACTGATACACTTTGTCACCAGTCTTGAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1E976JQ U 1
AF RR1FO30JQ U 46
BS 1 137 RR1E976JQ
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RD RR1E976JQ 735 0 0
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AGTCAATCACAGTCTTGACTTTCCCTTCTTTCACTAAGTTGACCATAAATTCCAAATTCT
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CCGCGAAAGTCCACATCGCCTTAGGCCCCGGCGTGATGTCTATCACCTTTCCGTTTTCAG
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GAGCGTTACCTAGCTTTGCTAGCTGGACTGCATAGTGGCCGACACCACCGGATGCTGCTG
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GAGCCTGGAGAGCGG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1FO30JQ 840 0 0
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TAAATTCCAAATTCTCAGCTTTCGGGATCAACAAAAGCGGAATCAATTGCTTCTTAGACA
TGGTTATTTTCTTAACCGCGAAAGTCCACATCGCCTTAGGCCCCGGCGTGATGTCTATCA
CCTTTCCGTTTTCAGACAGATTCGGTTCGAATGTCGAAAATGGTATCCCATTTGCGCAGT
GAATCACAGAGTCGTATTTCTTACCAGACGGACTCTTGAGAGCAGCTCCCTCTGGAGTCT
TGTAGTCAAGAACCTCGTCCGCTCCCAATGATTTGACGAAGTCTATGTTCCGAGCCCCAC
ATGTGGCGGTTACATGAGCGTTACCTAGCTTTGCTAGCTGGACTGCATAGTGGCCGACAC
CACCAGATGCTGCTGTGACCAGGATGTTCGCCTGCTTGCCTGTACCATCCAGCTTCAATC
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CAGCTGGTCCTACTTCTTGAGGCTTTTGACTGTAAGTTTCTCGCTCGCAACAGCGTATTC
AGCAAATCCGCCTCCTGTAAGATGGCTGAGACTGATACACTTTGTCACCAGTCTTGAAAT

QA 1 840 1 840
DS 



CO CL2481Contig2 832 2 18 U
GGGTTTGTAAAGGTTCCAGATCCTCCCTTCAACTTTATCTCTAAAACTATATTTGTTCGA
TTCAGAGATCGCCGTCGTTTAACAATGGCTGGAAAACTCATGCACGCTCTTCAATACGAG
TCTTACGGCGGTGGTGTCGCCGCCTTGAAGCATGTTCAAGTTCCGGTTCCATCGCCAAAG
GACAACGAGGTTTTGCTGAAACTAGAAGCAACTAGTATAAACCCTGTTGATTGGAAAATT
CAAAAAGGAATGATTCGGCCATTTCTGCCTCGCAAGTTCCCCTGCATTCCTGCTACTGAT
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GTTGTATCAGTTCTCAGCCATCTTACAGGAGGCGCATTTGCTGAATACGCTGTTGCGAGC
GAGAAACTTACAGTCAAAAGGCCTCAAGAAGTAGGACCAGCTGAAGCAGCCGCTTTACCT
GGGGCGGGCCTAACCGCTCTCCAGGCTCTAACTAATCCGGCTGGATTGAAGCTGGATGGT
ACAGGCAAGCAGGCGAACATCCTGGTCACAGCAGCATCCGGTGGTGTCGGCCACTATGCA
GTCCAGCTAGCAAAGCTAGGTAACGCTCATGTAACCGCCACATGTGGGGCTCGGAACATA
GACTTCGTCAAATCATTAGGAGCGGACGAGGTCTTGACTACAAGACTCCAGAGGGAGCTG
CGCTCAAGAGTCCGTCTGGTAAGAATACGACGCTGTGGTTCACTGCGCAATGGGATACCA
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BQ
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AGACATCAC

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DS 



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BQ
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AAATATTTTTTTT*CTCATTTTGTCTTCTTCTTGCGATTGGTGCAAAACAATTGCACTAA
CTACCCTATGCTATAAATAAACAACTCTCACTCCAAAGACCTACTATAACGCCACAGTAA
ACCTCCGACCAAATTGTTGAGTGAATGAGAAGCCATCGGAACGACAAGACTCGACGACAG
AACCGCTGCGTAACCGTAGACTATACCCACAACCGACGCCCAAACGGCAAAGGAGTACTT
TCTTCCGCTTCCAAGATGAAGTAAACCGAAGATGAGTCCAACTCCCACAATACTGCCCCA
ACTGGTTCCAAACAAAGGCATCAACGCACCTCTAAACAGCATCTCCTCACTGATTCCAGG
TAAAGTAGCAACAACAAGGTAATCAAGAGGTTCCAGCGAAGCAAGGATCTGTTGGTTTGC
TGCTTCACTTGAATCAGCAAAATCTGGCCAAGACTTTAGTAGCAGGAACCTGCTTGATGA
TATCAACACAACCGTTCCAGCGATTAACCCGAGATGCCAAGTTTCGAAACCAAAAGGTAT
ATCTGG*GAGCAGTCTGGGATTGGTAGCCCTTCAGTCGACGCAACATGAGAGGCCTTCCT
GATGAGAAGGCCTAATGCAGCCATTAAACCGGAAGTTAGAGTGCAGGCTTGAAGCACTTT
GTCT

QA 1 724 1 724
DS 

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CTAAACAGCATCTCCTCACTGATTCCAGGTAAAGTAGCAACAACAAGGTAATCAAGAGGT
TCCAGCGAAGCAAGGATCTGTTGGTTTGCTGCTTCACTTGAATCAGCAAAATCTGGCCAA
GACTTTAGTAGCAGGAACCTGCTTGATGATATCAACACAACCGTTCCAGCGATTAACCCG
AGATGCCAAGTTTCGAAACCAAAAGGTATATCTGG*GAGCAGTCTGGGATTGGTAGCCCT
TCAGTCGACGCAACATGAGAGGCCTTCCTGATGAGAAGGCCTAATGCAGCCATTAAACCG
GAAGTTAGAGTGCAGGCTTGAAGCACTTTGTCTCGAGGAGCAGCAGCAGCAACAACAACA
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TCTTCTTGATCTGCTTCTGTAACATTTTTTTTGTGGTTGTGTCTTTACCTTGTAATTGAG
TCTCTCTTCTGAGTTTCTTAAACGATTTACGACTCGAAGACGCTCTCACATCAAACTTGA
CTGCTTTCACTGCTCCAGCATCATATAGCTTTGGGTACGGACCAACTACCTGGGGACGAA
GGAGATTAACACAAGTTGAAGCTCCTCTGCTCCAAGATTGCAGAGCGATGAGAACCATCA
CCTTTATTTTCTTCAAGTGTGTTGCTTACGATTTTCATAGCGAGTCTCTGTTTCCAAAGC
CC

QA 1 782 1 782
DS 

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CTGCTTCACTTGAATCAGCAAAATCTGGCCAAGACTTTAGTAGCAGGAAC*TGCTTGATG
ATATCAACACAACCGTTCCAGCGATTAACCCGAGATGCCAAGTTTCGAAACCAAAAGGTA
TATCTGCAGAGCAGTCTGGGATTGGTAGCCCTTCAGTCGACGCAACATGAGAGGCCTTCC
TGATGAGAAGGCCTAATGCAGCCATTAAACCGGAAGTTAGAGTGCAGGCTTGAAGCACTT
TGTCTCGAGGAGCAGCAGCAGCAACAACAACATTGATAGAGGAGGCCTTTGAAGTCGAAG
TGTCTTCATCAACTCGAGCTATTACTTCTTCTTCTTCTTGATCTGCTTCTGTAACATTTT
TT**GTGGTTGTGTCTTTACCTTGTAATTGAGTCTCTCTTCTGAGTTTCTTAAACGATTT
ACGACTCGAAGACGCTCTCACATCAAACTTGACTGCTTTCACTGCTCCAGCATCATATAG
CTTTGGGTACGGACCAACTACCTGGGGACGAAGGAGATTAACACAAGTTGAAGCTCCTCT
GCTCCAAGATTGCAGAGCGATGAGAACCATCACCTTTATTTTCTTCAAGTGTGTTGCTTA
CGATTTTCATAGCGAGTCTCTGTTTCC
CC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 4

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ATCACAGTATAAGCTTGCGGCATAGTGAAACCGGAATGGTGGATCAGGTGTTATTGACCA
CAAATGCAGATGGCTTAAGGTTCGTGAAAGTGAGGGTTAGATCCGTTCGTATACCTCAGA
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AGGAGGACATGCCTTGGACAATTGAAGGAGTAACTCCTGATATCATCGTGAACCCGCATG
CTATTCCGTCTCGGATGACAATTGGTCAGCTTATCGAGTGCATCATGGGGAAAGTGGCAG
CGCACATGGGAAAAGAAGGAGATGCGACTCCTTTTACAGACGTCACGGTGGATAACATAA
GCAAAGCGCTCCATAAGTGTGGCTACCAAATGCGTGGCTTTGAGAGGATGTACAATGGGC
ACACGGGCAGACCACTCACAGCTATGATATTCCTTGGACCAACATACTACCAGAGGTTGA
AGCATATGGTTGATGACAAGATTCACTCGCGTGGACGAGGTCCTGTGCAGATCTTAACAA
GACAGCCAGCTGAAGGGCGGTCTCGGGATGGTGGTCTGCGATTTGGAGAAATGGAGCGTG
ATTGCATGATTGCACATGGTGCTGCAAATTTCTTGAAGGAGAGACTGTTCGATCAGAGTG
ATGCGTATAGGGTGCATGTGTGTGAAACCTGTGGGCTCATTGCCATTGCAAACCTGAAGA
AGAATTCTTTTGAATGCAGAGGCTGCAAGAACAAAACAGATATTGTTCAGGTTCACATTC
CATATGCTTGCAAGCTGCTTTTTCAAGAGCTTATGTCGATGGCGATTGCTCCAAGGATGC
TTACCAAAGGGCTTAAATCAGCTAAAGGCAGAAAGTGAGAGGAGCTTTGCTCTCTGTTTT
TTTGGTAGAACATTGTGAGCTTTTCGTGCTCTCTTTTGCCAGTATCTTTATAACGAAACA
AAACTACGAATTCGTGTATCGTTTATTTGCACTTCTGAAATTAGAAACTAGAGAGGTATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CR42TF U 1
AF RR1A678TF U 215
AF RR1A678JQ C 273
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RD RR1CR42TF 531 0 0
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QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1A678TF 710 0 0
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GTCACGGTGGATAACATAAGCAAAGCGCTCCATAAGTGTGGCTACCAAATGCGTGGCTTT
GAGAGGATGTGCAATGGGCACACGGGCAGACCACTCACAGCTATGATATTCCTTGGACCA
ACATACTACCAGAGGTTGAAGCATATGGTTGATGACAAGATTCACTCGCGTGGACGAGGT
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AGACTGTTCGATCAGAGTGATGCGTATAGGGTGCATGTGTGTGAAACCTGTGGGCTCATT
GCCATTGCAAACCTGAAGAAGAATTCTTTTGAATGCAGAGGCTGCAAGAACAAAACAGAT
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GCGATTGCTCCAAAGATGCTTACCAAAGGGCTTAAATCAGCTA

QA 8 710 8 710
DS 

RD RR1A678JQ 808 0 0
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TTTACAGACGTCACGGTGGATAACATAAGCAAAGCGCTCCATAAGTGTGGCTACCAAATG
CGTGGCTTTGAGAGGATGTGCAATGGGCACACGGGCAGACCACTCACAGCTATGATATTC
CTTGGACCAACATACTACCAGAGGTTGAAGCATATGGTTGATGACAAGATTCACTCGCGT
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GGTTTGCGATTTGGAGAAATGGAGCGTGATTGCATGATTGCACATGGTGCTGCAAATTTC
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GGGCTCATTGCCATTGCAAACCTGAAGAAGAATTCTTTTGAATGCAGAGGCTGCAAGAAC
AAAACAGATATTGTTCAGGTTCACATTCCATATGCTTGCAAGCTGCTTTTTCAAGAGCTT
ATGTCGATGGCGATTGCTCCAAGGATGCTTACCAAAGGGCTTAAATCAGCTAAAGGCAGA
AAGTGAGAGGAGCTTTGCTCTCTGTTTTTTTGGTAGAACATTGTGAGCTTTTCGTGTTCT
CTTTTGCCAGTATCTTTATAACGAAACCAAACTACGAATTCGTGTATCGTTTATTTGTAC
TTCTGAAATTAGAAACTAGAGAGGTATA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1CR42JQ 727 0 0
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CTTTTACAGACGTCACGGTGGATAACATAAGCAAAGCGCTCCATAAGTGTGGCTACCAAA
TGCGTGGCTTTGAGAGGATGTACAATGGGCACACGGGCAGACCACTCACTGCTATGATAT
TCCTTGGACCAACATACTACCAGAGGTTGAAGCATATGGTTGATGACAAGATTCACTCGC
GTGGACGAGGTCCTGTACAGATCTTAACAAGACAGCCAGCTGAAGGGCGGTCTCGGGATG
GTGGTCTGCGATTTGGAGAAATGGAGCGTGACTGCATGATTGCACATGGTGCTGCAAACT
TCTTGAAGGAGAGGCTGTTTGATCAGAGCGATGCGTATAGGGTGCATGTGTGTGAAACCT
GTGGGCTCATTGCCATTGCAAACCTGAAGAAGAATTCTTTTGAATGCAGAGGCTGCAAGA
ACAAAACAGATATTGTTCAGGTTCACATTCCATATGCTTGCAAGCTGCTTTTTCAAGAGC
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CTCTTTTGCTAGTATCTTTATAACGAAACAAAACTACGAATTCGTGTATCGTTTATTTGC
ACTTCTG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 4

CO CL2484Contig1 1614 4 9 U
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AAGAAAGAACTTCACTTTCCTTATTTTCCCCCTGACTGAAAAAGATGGCTTCTATCTCCA
ATCTCGCAAACCTTACACCCGCCACTTCCACCAACTCCAGATCTTCTTCTTCCTCCTCCG
TGCTACCCATATCTTTCGTCAGCCTCCGCAGTTTGAGCGCTAAGCTTTCCTCTTCTTCTC
ATCTTTTCCTTCGTTACAACCAAACATCCAGATCTTCCCTCTTTGTGAGGTGTTCAGTCT
CTGGTGGAAACGGAAGTGCTGCCAAGAGAACGACTCTTCACGATCTATATGAGAAGGAAG
GCCAGAGTCCTTGGTATGACAATCTCTGCCGTCCCGTCACTGATCTTCTCCCCTTCATTG
CCCGTGGTGTCCGTGGCGTTACTAGCAACCCTGCGATCTTCCAGAAAGCCATCTCCGCTT
CAAATGCTTATAATGATCAGTTCAGGGCACTTGTGGAATCAGGAAAGGACATTGAAAGCG
CCTACTGGGAACTCGTGGTGAAGGATATTCAGGATGCTTGCAAGCTCTTTGAGCCGATCT
ATGACCAGACAGAAGCTGAGGATGGTTATGTCTCTGTTGAAGTCTCACCTAGGCTTGCTG
ATGATACCAACGGCACTGTTGAAGCTCCACAAGGTTGTTAACCGTCGTAACGTCTACATT
AAGATCCCCGCTACTGCTCCTTGCATTCCTTCCATCAGGGATGTCATTGCTTCTGGAATT
AGTGTCAATGTCACTCTTATATTCTCAATAGCCAGATACGAGGCGGTGATCGATGCGTAT
TTGGATGGGCTTGAGGCCTCTGGACTTGATGACCTCTCAAAGGTTACCAGTGTTGCATCC
TTCTTTGTCAGTAGAGTGGATACTCTCATGGACAAGATGCTTGAGAAAATTGGTACCCCA
GAAGCACTAGACCTCCGTGGCAAGGCAGCTGTGGCTCAAGCTGCATTAGCATACAAGCTG
TACCAGAAGAAATTCTCAGGACCAAGATGGGAGGCTCTGGTGAAGAAAGGTGCCAAGAAG
CAGAGGCTTCTCTGGGCATCGACTAGTGTTAAGAACCCAGCTTACTCTGACACCTTATAT
GTTGCTCCTCTCATTGGACCTGACACTGTGTCAACCATGCCTGATCAAGCCCTGGAAGCA
TTCATAGATCATGGAACCGTGAAGAGGACGATAGATGCAAATGTGTCGGAAGCAGAAGGA
ATATACAGTGCACTAGAGAAGCTGGGAATAGACTGGAACAAAGTGGGAGAACAGTTGGAA
GAAGAAGGTGTAGACTCGTTCAAAAAGAGTTTCGAGAATTTGCTTGGTACACTACAAGAC
AAGGCCAACACCCTCAAATTAGCCAGCCATTGAAGAGAGAGAAAAAAGAAGCTTGTCCTC
ACGGTTTGAGTTTGTGTCTTCATTTTGTTTACGGTGGTAATAAAATAAAAAGAACCTTTG
TTGTGCTTTTGTTCTTCGAACACTATGCTTTCTAGAGATGTTGTAATGGCTTTTGTTTCG
TGTTCCACAATATGGATTCTTGTCTTATCTATTCTTGTATGATGTTTAATTTTC


BQ
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AF RR1E748TF U 1
AF RR1AK72TF U 283
AF RR1AK72JQ C 903
AF RR1E748JQ C 1133
BS 1 476 RR1E748TF
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AAGAAAGAACTTCACTTTCCTTATTTTCCCCCTGACTGAAAAAGATGGCTTCTATCTCCA
ATCTCGCAAACCTTACACCCGCCACTTCCACCAACTCCAGATCTTCTTCTTCCTCCTCCG
TGCTACCCATATCTTTCGTCAGCCTCCGCAGTTTGAGCGCTAAGCTTTCCTCTTCTTCTC
ATCTTTTCCTTCGTTACAACCAAACATCCAGATCTTCCCTCTTTGTGAGGTGTTCAGTCT
CTGGTGGAAACGGAAGTGCTGCCAAGAGAACGACTCTTCACGATCTATATGAGAAGGAAG
GCCAGAGTCCTTGGTATGACAATCTCTGCCGTCCCGTCACTGATCTTCTCCCCTTCATTG
CCCGTGGTGTCCGTGGCGTTACTAGCAACCCTGCGATCTTCCAGAAAGCCATCTCC
ACTT

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ATCTATATGAGAAGGAAGGCCAGAGTCCTTGGTATGACAATCTCTGCCGTCCCGTCACTG
ATCTTCTCCCCTTCATTGCCCGTGGTGTCCGTGGCGTTACTAGCAACCCTGCGATCTTCC
AGAAAGCCATCTCCGCTTCAAATGCTTATAATGATCAGTTCAGGGCACTTGTGGAATCAG
GAAAGGACATTGAAAGCGCCTACTGGGAACTCGTGGTGAAGGATATTCAGGATGCTTGCA
AGCTCTTTGAGCCGATCTATGACCAGACAGAAGCTGAGGATGGTTATGTCTCTGTTGAAG
TCTCACCTAGGCTTGCTGATGATACCAACGGCACTGTTGAAGCTCCACAAGGTTGTTAAC
CGTCGTAACGTCTACATTAAGATCCCCGCTACTGCTCCTTGCATTCCTTCCATCAGGGAT
GTCATTGCTTCTGGAATTAGTGTCAATGTCACTCTTATATTCTCAATAGCCAGATACGAG
GCGGTGATCGATGCGTATTTGGATGGGCTTGAGGCCTCTGGACTTGATGACCTCTCAAAG
GTTACCAGTGTTGCATCCTTCTTTGTCAGTAGAGTGGATACTCTCATGGACAAGATGCTT
GAGAAAATTGGTACCCCAGAAGCACTAGACCTCCGTGGCAAGGCAGCTGTGGCTCAAGCT
GCATTAGCATACAAGCTGTACCAGAAGAAATTCTCAG
ACCAAG

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DS 

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AGCACTAGACCTCCGTGGCAAGGCAGCTGTGGCTCAAGCTGCATTAGCATACAAGCTGTA
CCAGAAGAAATTCTCAGGACCAAGATGGGAGGCTCTGGTGAAGAAAGGTGCCAAGAAGCA
GAGGCTTCTCTGGGCATCGACTAGTGTTAAGAACCCAGCTTACTCTGACACCTTATATGT
TGCTCCTCTCATTGGACCTGACACTGTGTCAACCATGCCTGATCAAGCCCTGGAAGCATT
CATAGATCATGGAACCGTGAAGAGGACGATAGATGCAAATGTGTCGGAAGCAGAAGGAAT
ATACAGTGCACTAGAGAAGCTGGGAATAGACTGGAACAAAGTGGGAGAACAGTTGGAAGA
AGAAGGTGTAGACTCGTTCAAAAAGAGTTTCGAGAGTTTGCTTGGTGCATTACAAGACAA
GGCCAACACCCTCAAATTAGCCAGCCATTGAAGAGAGAGAAAAAAGAAGCTTGTCCTCAC
GGTTTGAGTTTGTGTCTTCATTTTGTTTACGGTGGTAATAAAATAAAAAGAACCTTTGTT
GTGCTTTTGTTCTTCGAACACTATGCTTTCTAGAGATGTTGTAATGGCTTTTGTTTCGTG
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DS 

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TGGAAGCATTCATAGATCATGGAACCGTGAAGAGGACGATAGATGCAAATGTGTCGGAAG
CAGAAGGAATATACAGTGCACTAGAGAAGCTGGGAATAGACTGGAACAAAGTGGGAGAAC
AGTTGGAAGAAGAAGGTGTAGACTCGTTCAAAAAGAGTTTCGAGAATTTGCTTGGTACAC
TACAAGACAAGGCCAACACTCTCAAATTAGCCAGCCATTGAAGAGAGAGAAAAAAGAAGC
TTGTCCTCACGGTTTGAGTTTGTGTTTTCATTTTGTTTACGGTGGTAATAAAATAAAAAG
AACCTTTGTTGTGCTTTTGTTTTTCGAACACTATGCTTTCTAGAGATGTTGTAATGGCTT
TTGTTTCGTGTTCCACAATATGGATTCTTGTCTT

QA 1 454 1 454
DS 



AS 1 2

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CCACGGCTTTGTTCCTTTCCCGAGCGTGAATACATTCCCTAACCTCGTGGCAAACTCATG
TCCAGTAAAGTCTTGAATGTGGATGGTCTCGAAGCTTCCCTCGTGTTTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CB82TF C 1
AF RR1CB82JQ U 41
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BS 41 353 RR1CB82JQ

RD RR1CB82TF 353 0 0
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AGCATAGGTTTTCTGAAACAGAGGAAAAAAACAGTTTCAAGCAGCTTGTTGAGCAGAAAG
CCTCTTCCTAGCTTCCTCAATGATGGTAAGTTTAATACCTTTACCCTTTGGAAGAGACAC
CCACGGCTTTGTTCCTTTCCCGAGCGTGAATACATTCCCTAACCTCGTGGCAAACTCATG
TCCAGTAGAGTCTTGAATGTGGATGGTCTCGAAGCTTCCCTCGTGTTTCTCCC

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DS 

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CAAGATACAAACAAAAACAGAGCATAGGTTTTCTGAAACAGAGGAAAAAAACAGTTTCAA
GCAGCTTGTTGAGCAAAAAGCCTCTTCCTAGCTTCCTCAATGATGGTAAGTTTAATACCT
TTACCCTTTGGAAGAGACACCCACGGCTTTGTTCCTTTCCCGAGCGTGAATACATTCCCT
AACCTCGTGGCAAACTCATGTCCAGTAAAGTCTTGAATGTGGATGGTCTCGAAGCTTCCC
TCGTGTTTCTCCC

QA 1 313 1 313
DS 



AS 1 4

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AAGTCTCTGTTTAGAAGAATCAGTTTCATATCATTTGCAGCTTGTTACAACAATGTCACG
ACCAGTATCCCTTGATGAAATGATGGCAGCGTTAAAAGAAAAACACAAAACAAGTCACTT
CTGGAAGATAGAAAATTTCTCATTAGTCAAAAAACACATCAACAGGGTCGAATCCTCTGT
TTTTTTTCTTGGTGGTTACAGATGGAAACTCATGGTGCTCCCATATGGGTTGGAGGGTAA
TGTCTTTCATAATGTTGCCTTGGTTTTAGAGAGGCAATTCCCCTCATTAATTATTCAACT
TACAGTTGAGTTATTTGTCGTTAATCAACTATCGCAAATATGGCATTCGTCACGAAACAT
AGTCTTACCAGTAGACCGGAACTGGGTTTGGGATCCAAATTTGATGTCACATGCCAATTC
TGAGTACCTAGGGCAACTCGTTGGAGATTGTTGTATCTTTGGTGTCAGGCTTTTTGGGGT
TGAAACTGCGGCTTCTGGAACAGCTGAATGTTTTAGCGTGATTGAGAAACCTCTCAATCA
CAAAGTCACTTGGATGATGAACAGGTTCTCGTCTTTCGAGCCTGATAAGGCTCATCATTC
TAATGAATTCGTCGTTGGAAACCGGAAATGGAGAATTCAAGTGCACCCAAGAGGGTTTAA
AGAGGGAAAAGACAAATCATTTTCTGTGTATCTAGTAGGAGGTGAGTTTATCAACAATGT
GCCGCATGTGGCAAACACTTACGCCATGTTTAAGCTGCGTGTATTGGATCAAGTTAGCCG
CAATCATTTTGAGAGCCGTGTTTTTGGTTGGCTTGGTGGAAATTCTGATGTAATCCAAGG
ATATCCAGAATTTATGCCTCTCTCAAAACTAGGTGAACCTTATCTGGTGAACGATAAGTT
ATATGTGGGAGTTGAGTTTGAATTAATCTCTGTGACTAATTATTGTTAGCTTTATAAGAG
GACATCACCACGTGCAAAAAGACCTGACCCGTCAAGTATGTTTGGACTAAAGTCATTTGT
CTTTTCTTTTCTTTGCTGTATGAATAAAAGGGAGCACTGCTCTTCTCTCATACATCACTC
CCTTAGTTGTGTTTTCTTTTTTTGAAAGAACCTTAGTTGTGTTTTCCTATGTCCAAGTTT
GTAGGAACTTATGGTTCCTTAGATTATTATGTAAGATATGTGTGGACAAAGGTGAATTAT
GTAAGATATGTGTGGACAAAGGTGTAGAGAAAACCTTTATTAATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CT87TF U 1
AF RR1CT38TF U 306
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TGAAACTGCGGCTTCTGGAACAGCTGAATGTTTTAGCGTGATTGAGAAACCTCTCAATCA
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AGAG
GGAAAGA

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CTGCGGCTTCTGGAACAGCTGAATGTTTTAGCGTGATTGAGAAACCTCTCAATCACAAAG
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CTCAAAACTAGGTGAACCTTATCTGGTGAACGATAAGTTATATGTGGGAGTTGAGTTTGA
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ACCTGACCCGTCAAGTATGTTTGGACTAAAGTCATTTGTCTTTTCTTTTCTTTGCTGTAT
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GACCCGTCAAGTATGTTTGGACTAAAGTCATTTGTCTTTTCTTTTCTTTGCTGTATGAAT
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AAGAACCTTAGTTGTGTTTTCCTATGTCCAAGTTTGTAGGAACTTATGGTTCCTTAGATT
ATTATGTAAGATATGTGTGGACAAAGGTGAATTATGTAAGATATGTGTGGACAAA

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 3

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GGATCTCATGCGTGAGACGTGGCTCTGACAGAATCTCCACCCATCTCTTAACAAACCGGT
CTTGCCTGTCTGGTGCCCACGATCTGTATCTATCTCCAGGTTGCTTGAAGTTGTTCTCCT
TCTTGATGATGCACTTTGTTCGGATTCCAGTGTAAGACTTGTTAGGGATAGGAACTTTCT
CAGCACAACGGACAGGATCAAACTTTGAGGGGTAGTAGTTGATCTCCTCATCTCTATGCA
TGAAGTTCATAAAACCTTCGTGGTGATTGTTGTGGTGAGCACATTTTGGAGCATTAACCG
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TACACTGGAGAAGCTTATCATCAGAGTAGTAGATCCCAGGAACCACAAGACCAGGGTTGA
AAGCAAGCTGCTCAGTTTCATTGAAGAAATTATCAATGGTCCTGT


BQ
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AF RR1BL02JQ U 1
AF RR1BL02TF C 1
AF RR1D479JQ U 1
BS 1 653 RR1BL02JQ
BS 654 765 RR1D479JQ

RD RR1BL02JQ 654 0 0
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C

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TGAAGTTCATAAAACCTTCGTGGTGATTGTTGTGGTGAGCACATTTTGGAGCATTAACCG
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C

QA 1 653 1 653
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CAGCACAACGGACAGGATCAAACTTTGAGGGGTAGTAGTTGATCTCCTCATCTCTATGCA
TGAAGTTCATAAAACCTTCGTGGTGATTGTTGTGGTGAGCACATTTTGGAGCATTAACCG
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TACACTGGAGAAGCTTATCATCAGAGTAGTAGATCCCAGGAACCACAAGACCAGGGTTGA
AAGCAAGCTGCTCAGTTTCATTGAAGAAATTATCAATGGTCCTGT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 4

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TCTACTGTATCCGACCCGGGTCCGATCTGGGACGCGGGGCCCAAATGGGACAGTGAACCA
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CCATACGTAGAGTGTGTAAAGGTGAAGTCGGTGAAGATAAAGGCGGGAAAGCAGACGCAT
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CGACCGGAACAATGCAGATTGATCGGTAATGCTCCTGAACGACATTAGTAGTTATATTAA
AATCTCATCAAATTATGTGGATGGAAAGAGAAGAGTCCAGGTGGTGTCTGTAGGTTTCTT
TTTTTTGGGGTGTTGTTTTTGATCTGGTCGGCGGCGTCAATAGCTCTGTGAAAAGAGGAA
TAAGTACCATCCTTCCCTTTTGTAATCCATAAGTTCCCTAAACCCCTAAACCTTTTGTGT
ATTCTTTTATCCTTTTCTTCGTGTGTGTTTTGAAATATATATATATAGATATGTACCATA
AAACATGGGTTATCCGACAATGGTTCGTGTGTTTCGCTTGAATTTGTCAACCGGTTTGGT
TATATGTATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TTTC

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DS 

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GGGG
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QA 5 627 5 627
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TTCACGGGTGTGGAAGACCGAGGTTGATTAGGTTTTTTATCCTTCTGCAAACCGGTCGAC
ACCTCTCGCTTCCATACGTAGAGTGTGTAAAGGTGAAGTCGGTGAAGATAAAGGCGGGAA
AGCAGACGCATGATAGTTGTGGTATAGACGGAGAGCTGTTTGCATTGAATGGAGAAGTGA
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AGTTATATTAAAATCTCATCAAATTATGTGGATGGAAAGAGAAGAGTCCAGGTGGTGTCT
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CG

QA 1 769 1 769
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RD RR1CP03JQ 748 0 0
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TCTGTGAAAAGAGGAATAAGTACCATCCTTCCCTTTTGTAATCCATAAGTTCCCTAAACC
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ATAGATATGTACCATAAAACATGGGTTATCCGACAATGGTTCGTGTGTTTCGCTTGAATT
TGTCAACCGGTTTGGTTATATGTATACT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 4

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AGTTGGCCGGAAAACTCTGATTGTCGCTGCAGCAGCTGCTTCTCAGCCCAAGAAGTCGTG
GATCCCCGCCGTTAAAGGTGGCGGCAACTTCCTCGACCCTGAATGGCTCGATGGCTCGCT
ACCCGGAGATTTCGGGTTCGACCCATTGGGTTTGGGAAAAGACCCGGCTTTTCTTAAATG
GTACAGAGAGGCAGAGCTGATCCACGGCCGGTGGGCGATGGCTGCTGTTCTTGGGATCTT
CGTTGGTCAGGCTTGGAGCGGCGTGCCATGGTTCGAAGCCGGAGCTGATCCACGTGCCAT
CGCACCCTTCTCTTTCGGATCGCTTCTCGGGACCCAACTGCTTCTCATGGGTTGGGTGGA
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TGCAATGCTGATCTTTTACTTTGAGGCCGGGCAGGGTAAAACGCCTCTTGGTGCTCTTGG
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AAATATCAGATCATTGCTTTGAAGTGGCAATCAAATCATGAGTTCAGCTTGTGAACAATG
TGAAATTAATAATTATATCATGAAAAGGCTTATATTAGTATATAACTACTCTATTATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN34TF U 1
AF RR1EN34JQ C 286
AF RR1B581JQ C 283
AF RR1BV01TF U 393
BS 1 500 RR1EN34TF
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BS 502 534 RR1EN34TF
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BS 536 634 RR1EN34TF
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BS 748 983 RR1BV01TF
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GTGGTCGAGGACCGCCGAGAACTTCGCTAACTAC

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DS 

RD RR1EN34JQ 673 0 0
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TCTTGGTGCTCTTGGTTTGTGAGAACTATGGTCTTAGAGTCTGTAGATATAATTACTTAT
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AGCTTGTGAACAA

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DS 

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ATG
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GGCTTTTCTTAAATGGTACAGAGAGGCAGAGCTGATCCACGGCCGGTGGGCGATGGCCGC
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TGATCCACGTGCCATCGCACCCTTCTCTTTCGGATCGCTTCTCGGGACCCAACTGCTTCT
CATGGGTTGGGTGGAGAGCAAACGGTGGGTCGACTTCTTCAACCCTGACTCTCAGTCCGT
TGAGTGGGCGACGCCGTGGTCGAGGACCGCCGAGAACTTCGCTAACTACACAGGAGATCA
AGGGTACCCATGAGGGAGATTCTTTGATCCGTTGGGTCTAGCGGGGAAGTCACGGGACGG
TGTTTACGAGCCAGACAGAGAGAAGTTGGAGCGGCTGAAACTTGCGGAGATTAAGCACTC
TAGGCTGGCGATGCTTGCAATGCTGATCTTTTACTTTGAGGCCGGGCAGGGTAAAACGCC
CCTTGGTGCTCTTGGTTTGTGAGAACTATGGTCTTAGAGTCTGTAGATATAATTACTTAT
GATGCTGTTCTTCAAAAATATCAGATCATTGCTTTGAAGTGGCAATCAAATCATGAGTTC
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CTACTCTATTATCAC

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DS 

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CCCAACTGCTTCTCATGGGTTGGGTGGAGAGCAAACGGTGGGTCGACTTCTTCAACCCTG
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ACACAGGAGATCAAGGGTACCCAGGAGGGAGATTCTTTGATCCGTTGGGTCTAGCGGGGA
AGTCACGGGACGGTGTTTACGAGCCAGACAGAGAGAAGTTGGAGCGGCTGAAACCTGCGG
AGATTAAGCACTCTAGGCTGGCGATGCTTGCAATGCTGATCTTTTACTTTGAGGCCGGGC
AGGGTAAAACGCCTCTTGGTGCTCTTGGTTTGTGAGAACTATGGTCTTAGAGTCTGTAGA
TATAATTACTTATGATGCTGTTCTTCAAAAATATCAGATCATTGCTTTGAAGTGGCAATC
AAATCATGAGTTCAGCTTGTGAACAATGTGAAATTAATAATTATATCATGA

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 4

CO CL2490Contig1 1066 4 9 U
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CAAACCAACAAGAAACAAAACAAGAGAAAGCCAATACCAAAACACCCTTCGACCCAAATA
AAAGACAAATGCTCGTAGAGCTTATTGAACACAGAAAAATAACAAATTCTTGAATAAGCT
CCATCTGAGCTAGGAGATACAGATTCAATGGTATCATGATATCTCCAAATTACAAGATGT
TCCAAACTCCAGTACCTTAAACTCCATATAAATTCACTAAAATTACCACAATTATCATGG
AAAGCACAAAAGCCATTATTCCTGCCGAAGTCCGTGGTTTCATTGAACAACAGAAACCAA
AAACTCCACCCAACAATAAATATTTCCAGACACCATTTAAAGTAACAATTATCGTCAGCT
TCCTGATACATCCAATTATGGATTCCAAGAACAAACATGATCGCCCAGAAGCACCCGTCA
GGTTGATCTCCTGTCTTAAAGATCCTATTATAATCCCATCCCCAATCAAGGTCCGATAAT
ACCACCTGGAAACCAAGCTCCTCTGATGCAAATATATCGAACACCCCGTTAGATAGCATA
CAACCCTTGCTCAAGAATTTTCTTACATGTTGTCTTTTCCATCTCCAGAACGGTAAGGAA
CACCTCAGATCTTGTATGTATCCACTCAGACCAAAGAAACACCTCAGAGGGACATCTTCC
AGAAGTCTCCACCAGATAAGAATTAAGCCAACCATGTACCCCGATTAACTCCATTAACTC
TCCGATTCGAGAAACCTTCTCAGATCCACCCAGATTACAACCTTCCTTTTCCATTATTGA
ATCATGGAAACCTACGATCTCCCTTTGACCCATGAGAGAAGCTCGACAAATAATGACGAG
ATCTGTATTATGAGAAACCTCATCGGTCCGGATCACCCCGAACCAATCCACCGGTAACAC
CAATCGGATCCCCCTTGTTATCTGATCATCATGTAAAGGATCGACCCGAATCCTTATGTC
TCAAAGAATCCCCGGATCCCATCCTTGAAACCGCATGAAGTCCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA46JQ U 1
AF RR1AO05JQ U 169
AF RR1AO05TF C 373
AF RR1HA46TF C 427
BS 1 400 RR1HA46JQ
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BS 588 640 RR1HA46JQ
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BS 747 1022 RR1AO05JQ
BS 1023 1066 RR1AO05TF

RD RR1HA46JQ 746 0 0
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AAACTCCACCCAACAATAAATATTTCCAGACACCATTTAATGTAACAATTATCGTCAGCT
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CACCTCAGATCTTGTATGTATCCACTCAGACCAAAGAAACACCTCAGAGGGACATCTTCC
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QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1AO05JQ 857 0 0
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ATTACAAGATGTTCCAAACTCCAGTACCTTAAACTCCATATAAATTCACTAAAATTACCA
CAATTATCATGGAAAGCACAAAAGCCATTATTCCTGCCGAAGTCCGTGGTTTCATTGAAC
AACAGAAACCAAAAACTCCACCCAACAATAAATATTTCCAGACACCATTTAAAGTAACAA
TTATCGTCAGCTTCCTGATACATCCAATTATGGATTCCAAGAACAATCATGATCGCCCAG
AAGCACCCGTCAGGTTGATCTCCTGTCTTAAAGATCCTATTATAATCCCATTCCCAATCA
AGGTCCGATAATACCACCTGGAAACCAAGCTCCTCTGATGCAAATATATCGAACACCCCG
TTAGATAGCATACAACCCTTGCTCAAGAATTTTCTTACATGTTGTCTTTTCCATCTCCAG
AACGGTAAGGAACACCTCAGATCTTGTATGTATCCACTCAGACCAAAGAAACACCTCAGA
GGGACATCTTCCAGAAGTCTCCACCAGATAAGAATTAAGCCAACCATGTACCCCGATTAA
CTCCATTAACTCTCCGATTCGAGAAACCTTCTCAGATCCACCCAGATTACAACCTTCCTT
TTCCATTATTGAATCATGGAAACCTACGATCTCCCTTTGACCCATGAGAGAAGCTCGACA
AATAATGACGAGATCTGTATTATGAGAAACCTCATCGGTCCGGATCACCCCGAACCAATC
CACCGGTAACACCAATCGGATCCCCCTTGTTATCTGATCATCATGTAAAGGATCGACCCG
AATCCTTATGTCTC
AAA

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR1AO05TF 694 0 0
ACAATAAATATTTCCAGACACCATTTAAAGTAACAATTATCGTCAGCTTCCTGATACATC
CAATTATGGATTCCAAGAACAATCATGATCGCCCAGAAGCACCCGTCAGGTTGATCTCCT
GTCTTAAAGATCCTATTATAATCCCATTCCCAATCAAGGTCCGATAATACCACCTGGAAA
CCAAGCTCCTCTGATGCAAATATATCGAACACCCCGTTAGATAGCATACAACCCTTGCTC
AAGAATTTTCTTACATGTTGTCTTTTCCATCTCCAGAACGGTAAGGAACACCTCAGATCT
TGTATGTATCCACTCAGACCAAAGAAACACCTCAGAGGGACATCTTCCAGAAGTCTCCAC
CAGATAAGAATTAAGCCAACCATGTACCCCGATTAACTCCATTAACTCTCCGATTCGAGA
AACCTTCTCAGATCCACCCAGATTACAACCTTCCTTTTCCATTATTGAATCATGGAAACC
TACGATCTCCCTTTGACCCATGAGAGAAGCTCGACAAATAATGACGAGATCTGTATTATG
AGAAACCTCATCGGTCCGGATCACCCCGAACCAATCCACCGGTAACACCAATCGGATCCC
CCTTGTTATCTGATCATCATGTAAAGGATCGACCCGAATCCTTATGTCTCAAAGAATCCC
CGGATCCCATCCTTGAAACCGCATGAAGTCCTAG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1HA46TF 609 0 0
TACATCCAATTATGGATTCCAAGAACAAACATGATCGCCCAGAAGCACCCGTCAGGTTGA
TCTCCTGTCTTAAAGATCCTATTATAATCCCATCCCCAATCAAGGTCCGATAATACCACC
TGGAAACCAAGCTCCTCTGATGCAAATATATCGAACACCC*GTTAGATAGCATACAACCC
TTGCTCAAGAATTTTCTTACATGTTGTCTTTTCCGTCTCCAGAACGGTAAGGAACACCTC
AGATCTTGTATGTATCCACTCAGACCAAAGAAACACCTCAGAGGGACATCTTCCAGAAGT
CTCCACCAGATAAGAATTAAGCCAACCATGTACCCCGATTAACTCCATTAACTCTCCGAT
TCGAGAAACCTTCTCAGATCCACCCAGATTACAACCTTCCTTTTCCATTATTGAATCATG
GAAACCTACGATCTCCCTTTGACCCATGAGAGAAGCTCGACAAATAATGACGAGATCTGT
ATTATGAGAAACCTCATCGGTCCGGATCACCCCGAACCAATCCACCAGTAACACCAATCG
GATCCCCCTTGTTATCTGATCATCATGTAAAGGATCGACCCGAATCCTTATGTCTCCAAG
AATCCCC
CC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 3

CO CL2491Contig1 890 3 2 U
AAAAACTTAAAACACAAATCCATTAAAAGGGTAAAAAGAGTAGAGGTGAGTTTTAGAGGC
TACACAGATAAAGGTCAGAGAAATCAACAGACAGTTGAAACAACATCAGACACAATACTC
GTTTCTTATTTCTCTTCTCCGCAATCACTAATGATCTCTTTCAAGTTGCAAAAAACGTGT
TCCAGCAGCTTCATCATGCCTTGTTAGCGATATTGTTGGAGAGCCAATCAAGGCCTTCAT
AAAGACCTTCCCCAGATGTGGCACATGTGCTTTGAATGTACCAGTGGCGCTGGCGAAGAG
AGTGAAGGCCAAGCTTGTCAGTTATTTCTGCAGCATTCATTGCGTTGGGAAGATCTTGTT
TGTTAGCAAACACTAGAAGGACAGCATCCCTCAGTTCATCCTCGTTCAACATGCGATGTA
ACTCATCCCTAGCCTCCACAACTCGGTCCCTGTCGTTGCTATCAACCACGAATATAAGAC
CTTGAGTGTTCTGGAAGTAGTGCCTCCACAGGGGGCGAATCTTGTCCTGACCTCCCACAT
CCCAAACAGTGAAACTGATGTTCTTGTACTCAACAGTCTCCACATTGAATCCGATGGTGG
GGATGG*TGGTGACAATTTCGCCAAGCTTGAGCTTGTACAAGATGGTGGTCTTACCAGCA
GCATCAAGACCTACCATCAGAATCCTCATTTCTTTCTTGGCGAAAAGCCTGCTGAACAGC
TTCGTGAAGTTAAGCCCCATATTCCTTTACCTATCTATCCTTGCATGAGATCCAGATACA
AAGCAAATTCTTATAGGACTCCACGATTCAAACTTGTATACTCAAATCAAAATCTATCGA
TCAATCTTTCGAAGAAGGATCTACTGTAGAGCAAGCCGCGAGTTTCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS95JQ U 1
AF RR1BA64JQ U 359
AF RR1DS95TF C 239
BS 1 653 RR1DS95JQ
BS 654 890 RR1DS95TF

RD RR1DS95JQ 653 0 0
AAAAACTTAAAACACAAATCCATTAAAAGGGTAAAAAGAGTAGAGGTGAGTTTTAGAGGC
TACACAGATAAAGGTCAGAGAAATCAACAGACAGTTGAAACAACATCAGACACAATACTC
GTTTCTTATTTCTCTTCTCCGCAATCACTAATGATCTCTTTCAAGTTGCAAAAAACGTGT
TCCAGCAGCTTCATCATGCCTTGTTAGCGATATTGTTGGAGAGCCAATCAAGGCCTTCAT
AAAGACCTTCCCCAGATGTGGCACATGTGCTTTGAATGTACCAGTGGCGCTGGCGAAGAG
AGTGAAGGCCAAGCTTGTCAGTTATTTCTGCAGCATTCATTGCGTTGGGAAGATCTTGTT
TGTTAGCAAACACTAGAAGGACAGCATCCCTCAGTTCATCCTCGTTCAACATGCGATGTA
ACTCATCCCTAGCCTCCACAACTCGGTCCCTGTCGTTGCTATCAACCACGAATATAAGAC
CTTGAGTGTTCTGGAAGTAGTGCCTCCACAGGGGGCGAATCTTGTCCTGACCTCCCACAT
CCCAAACAGTGAAACTGATGTTCTTGTACTCAACAGTCTCCACATTGAATCCGATGGTGG
GGATGG*TGGTGACAATTTCGCCAAGCTTGAGCTTGTACAAGATGGTGGTCTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1BA64JQ 261 0 0
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TAACTCATCCCTAGCCTCCACAACTCGGTCCCTGTCGTTGCTATCAACCACGAATATAAG
ACCTTGAGTGTTCTGGAAGTAGTGCCTCCACAGGGGGCGAATCTTGTCCTGACCTCCCAC
ATCCCAAACAGTGAAACTGATGTTCTTGTACTCAACAGTCTCCACATTGAATCCGATGGT
GGGGATGGGTGGTGACAATTT

QA 1 261 1 261
DS 

RD RR1DS95TF 652 0 0
CATAAAGA
CTTCCCCAGATGTGGCACATGTGCTTTGAATGTACCAGTGGCGCTGGCGAAGAGAGTGAA
GGCCAAGCTTGTCAGTTATTTCTGCAGCATTCATTGCGTTGGGAAGATCTTGTTTGTTAG
CAAACACTAGAAGGACAGCATCCCTCAGTTCATCCTCGTTCAACATGCGATGTAACTCAT
CCCTAGCCTCCACAACTCGGTCCCTGTCGTTGCTATCAACCACGAATATAAGACCTTGAG
TGTTCTGGAAGTAGTGCCTCCACAGGGGGCGAATCTTGTCCTGACCTCCCACATCCCAAA
CAGTGAAACTGATGTTCTTGTACTCAACAGTCTCCACATTGAATCCGATGGTGGGGATGG
*TGGTGACAATTTCGCCAAGCTTGAGCTTGTACAAGATGGTGGTCTTACCAGCAGCATCA
AGACCTACCATCAGAATCCTCATTTCTTTCTTGGCGAAAAGCCTGCTGAACAGCTTCGTG
AAGTTAAGCCCCATATTCCTTTACCTATCTATCCTTGCATGAGATCCAGATACAAAGCAA
ATTCTTATAGGACTCCACGATTCAAACTTGTATACTCAAATCAAAATCTATCGATCAATC
TTTCGAAGAAGGATCTACTGTAGAGCAAGCCGCGAGTTTCGTCC

QA 9 652 9 652
DS 



AS 1 4

CO CL2492Contig1 435 4 2 U
GGGGAGATGCTTTGAAGTAGTTCTCCGGCAACTAGACAAATCAAAGTTGAGATTTTTTTT
ACCAAGGCAAAGATGGTGAAGAGTATTATCTCAATGGACCAAGTGAAAGCTTTGTGGCAC
TCTGAGGTTCACAATGAACAGAAGTGGGCTGCTAACATGAAACTTGCGAGAGCACTTGGG
GTGTTTGCAGGAGGAATATTCCTCATGCGTGGCTTTGGTGATCTCATGGCTGTCTGAAGA
TAACAATGGGGGACCATCTATTTATTTCATCAGCGTCTCTTGCTCTCTCTATAGAATTTT
CATTCTGATTCCACCATTGTGATACAGTATCTCAGTTCAAGATTTGTTTCTTGTTTTCAA
TGACTTGGGAGTTTACCAGTATATGCTAAAGAATTTGTTATCCATTTTCATTTAGTTTTA
AATTGCGTTTTCATC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F560JQ C 1
AF RR1F560TF U 1
AF RR1D991JQ C 1
AF RR1D991TF U 1
BS 1 390 RR1F560TF
BS 391 435 RR1D991TF

RD RR1F560JQ 390 0 0
GGGGAGATGCTTTGAAGTAGTTCTCCGGCAACTAGACAAATCAAAGTTGAGATTTTTTTT
ACCAAGGCAAAGATGGTGAAGAGTATTATCTCAATGGACCAAGTGAAAGCTTTGTGGCAC
TCTGAGGTTCACAATGAACAGAAGTGGGCTGCTAACATGAAACTTGCGAGAGCACTTGGG
GTGTTTGCAGGAGGAATATTCCTCATGCGTGGCTTTGGTGATCTCATGGCTGTCTGAAGA
TAACAATGGGGGACCATCTATTTATTTCATCAGCGTCTCTTGCTCTCTCTATAGAATTTT
CATTCTGATTCCACCATTGTGATACAGTATCTCAGTTCAAGATTTGTTTCTTGTTTTCAA
TGACTTGGGAGTTTACCAGTATATGCTAAA

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1F560TF 390 0 0
GGGGAGATGCTTTGAAGTAGTTCTCCGGCAACTAGACAAATCAAAGTTGAGATTTTTTTT
ACCAAGGCAAAGATGGTGAAGAGTATTATCTCAATGGACCAAGTGAAAGCTTTGTGGCAC
TCTGAGGTTCACAATGAACAGAAGTGGGCTGCTAACATGAAACTTGCGAGAGCACTTGGG
GTGTTTGCAGGAGGAATATTCCTCATGCGTGGCTTTGGTGATCTCATGGCTGTCTGAAGA
TAACAATGGGGGACCATCTATTTATTTCATCAGCGTCTCTTGCTCTCTCTATAGAATTTT
CATTCTGATTCCACCATTGTGATACAGTATCTCAGTTCAAGATTTGTTTCTTGTTTTCAA
TGACTTGGGAGTTTACCAGTATATGCTAAA

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1D991JQ 435 0 0
GGGGAGATGCTTTGAAGTAGTTCTCCGGCAACTAGACAAATCAAAGTTGAGATTTTTTT*
ACCAAGGCAAAGATGGTGAAGAGTATTATCTCAATGGACCAAGTGAAAGCTTTGTGGCAC
TCTGAGGTTCACAATGAACAGAAGTGGGCTGCTAACATGAAACTTGCGAGAGCACTTGGG
GTGTTTGCAGGAGGAATATTCCTCATGCGTGGCTTTGGTGATCTCATGGCTGTCTGAAGA
TAACAATGGGGGACCATCTATTTATTTCATCAGCGTCTCTTGCTCTCTCTATAGAATTTT
CATTCTGATTCCACCATTGTGATACAGTATCTCAGTTCAAGATTTGTTTCTTGTTTTCAA
TGACTTGGGAGTTTACCAGTATATGCTAAAGAATTTGTTATCCATTTTCATTTAGTTTTA
AATTGCGTTTTCATC

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR1D991TF 435 0 0
GGGGAGATGCTTTGAAGTAGTTCTCCGGCAACTAGACAAATCAAAGTTGAGATTTTTTT*
ACCAAGGCAAAGATGGTGAAGAGTATTATCTCAATGGACCAAGTGAAAGCTTTGTGGCAC
TCTGAGGTTCACAATGAACAGAAGTGGGCTGCTAACATGAAACTTGCGAGAGCACTTGGG
GTGTTTGCAGGAGGAATATTCCTCATGCGTGGCTTTGGTGATCTCATGGCTGTCTGAAGA
TAACAATGGGGGACCATCTATTTATTTCATCAGCGTCTCTTGCTCTCTCTATAGAATTTT
CATTCTGATTCCACCATTGTGATACAGTATCTCAGTTCAAGATTTGTTTCTTGTTTTCAA
TGACTTGGGAGTTTACCAGTATATGCTAAAGAATTTGTTATCCATTTTCATTTAGTTTTA
AATTGCGTTTTCATC

QA 1 435 1 435
DS 



AS 1 4

CO CL2493Contig1 1149 4 3 U
GTGATCTCTGCTCATGTCTCTCTATCTCCACTGCCGCCTCTATCAATTTTTGAATAATCA
AAGGGTGAAGACCAACCAGAAAAGCGATGCGGTGTGGAGGAGCAGAGAGAAGTGCGGAGG
AAGAGAGAAGAGGTTGTACAGAGGATTACCACCGCTGAGTAGACTAATCTGGGCTTTGTT
TGAGTTTTACTAGATTTTGCTCTTATTTGAAAGTACCATTTTTGCAGGTTTGTGATTTGA
GGATGATGGGTTATATATAGTTTATATAGGCTGGAAAAGACGATGGTTGAGTGATATTTT
TTGTGGTTCATGGCAAGAGACAGAGTGATATACAGAAAAAGGAAAATGGAAAGTGTAGCC
ATACCAGAGCATTCGATCAAACTCCTCCCTGTTGCACAGCCCGGAGTTTTTGATCTGGTG
GGTTATGTCATCTCCGCCGGGGAAGGGAAACCATACCAGAGCGTCTTCTACAACGGAACC
ATTGAGGTAGTTAAGCAAGGCAAATTGTGGAGAGGCATGGACGTCTTGATTTTCAACGGT
TGGCATTGGTGGACCCATATCGATCACATCCAGACATACATGGAAGATGGGACAGATTGT
ACAAAGACATGAACAGACTGGTCGCTTATTACAAAGGGATGACCACTTGGCTCGATGGGT
TAATGCATTTGTCAATCCATCTAAGACCAAGGTTTTTTTCAATGGCGTTTCTCCTGTTCA
CCGATGGAAGGGATTGGGGAGAGCCAATGAAGTCATGTAAGAGTCACACACAACCATTCT
ACGGGAGGAAATATTCAAGAGGGTCACCTGTTGCTTGGGTGATTTTAAACAAAGTGATGA
GGAGATTGAAGAAACTGGTCTATCTCAGCGCCGTAAAGATGCTCATCCTTGTGTGCTTAC
ATTGGAACCATCCTGGTTATGATTGTAGCCACTGGTATCTTCCTGGCCTACCTGATTCCT
GGAATGTACTCTTTTACTCTGCTCTTTTCTCTTGAAGTCTCTTTTGTCCTATCATCACAA
AAGATTTGAGTTCGAACGGGATCTGGAATTTTGTTACGCGCGACTATTGAAGTTATCTCT
ATACTGGAATTGTATAAGTTACTGAATAACAGTCTATATCTGTAGTTACCTTTGAATTGT
TGTCGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GA96TF U 1
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AAGAGAGAAGAGGTTGTACAGAGGATTACCACCGCTGAGTAGACTAATCTGGGCTTTGTT
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ACAAAGACATGAACAGACT

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G
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TTGGGGAGAGCCAATGAAGTCATGTAAGAGTCACACACAACCATTCTACGGGAGGAAATA
TTCAAGAGGGTCACCTGTTGCTTGGGTGATTTTAAACAAAGTGATGAGGAGATTGAAGAA
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TGGTTATGATTGTAGCCACTGGTATCTTCCTGGCCTACCTGATTCCTGGAATGTACTCTT
TTACTCTGCTCTTTTCTCTTGAAGTCTCTTTTGTCCTATCATCACAAAAGATTTGAGTTC
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ATAAGTTACTGAA
AAAAAA

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CGATGGGTTAATGCATTTGTCAATCCATCTAAGACCAAGGTTTTTTTCAATGGCGTTTCT
CCTGTTCACCGATGGAAGGGATTGGGGAGAGCCAATGAAGTCATGTAAGAGTCACACACA
ACCATTTTACGGGAGGAAATATTCAAGAGGGTCACCTGTTGCTTGGGTGATTTTAAACAA
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GTGCTTACATTGGAACCATCCTGGTTATGATTGTAGCCACTGGTATTTTCCTGGCCTACC
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TTATCTCTATACTGGAATTGTATAAGTTACTG

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DS 

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GACAGATTGTACAAAGACATGAACAGACTGGTCGCTTATTACAAAGGGATGACCACTTGG
CTCGATGGGTTAATGCATTTGTCAATCCATCTAAGACCAAGGTTTTTTTCAATGGCGTTT
CTCCTGTTCACCGATGGAAGGGATTGGGGAGAGCCAATGAAGTCATGTAAGAGTCACACA
CAACCATTCTACGGGAGGAAATATTCAAGAGGGTCACCTGTTGCTTGGGTGATTTTAAAC
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AGTTATCTCTATACTGGAATTGTATAAGTTACTGAATAACAGTCTATATCTGTAGTTACC
TTTGAATTGTTGTCGCTTC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 4

CO CL2494Contig1 1125 4 3 U
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AATCGCCAAAATCCAACAAAACCGTAGTTCCTTTCGCCATTAAGGTTCGGTTCAACAAAC
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ATGTGTGTGTGTGTATATAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGTTGGAGCAACG
GAGATGATAATGCTCAGCAAGAAACAACCAAGCGGCACAAAAAGACATTTTATTCATCAT
CACAGGGCTAAAGTATATATCAACCAGATCTTGCCGTATAATGAAGAGAAACAAAACAAA
ACAAAAAATCAAAACCAGTTTTTATTAAATAATAAAATGAAAACCCTCAGAAATTTCAGA
TAAATCTGTCATTAGTGGCGCATCAAAATCCGGTTATCAAATTGTCACATAGCTACCATT
GCAGTAAACCCGTAGTATAGTAGTAGAAGCAGTAACACAAGCAGACAGCGAAGGAGAAGA
AAAAGAAGAAGAAGAAGAAGTTGGAGATGATGATGATGATGATAAAGAGTCGCAATGACA
ACTACGTGATCAAAACACTGAAAAACCAGGGCACCACCCAGAAAGTATCAAGCTTTAACA
TCAACGGGCTAATTAAACAAATAAAATCGTAACTTTATAAATAAAAATAAAAAAGCCCTC
AGATCTCATAGCTATAATCTGATCATTCACGGCTTGCGAGTAAATGGATAAAACTCCAGC
AAAACCCTAAAAGCCCCCAAACACCGCTGATTCGCAACCGACGCACGTGTGTGAATGAAT
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AAAAATTTATCCATCATTGGGCATTCAACAAAACAAACAATAAATCAAAAAGGACGAGTA
AAACGAAAAATCCCTAATCGAAGTAAAGAGTGAACTCAGATATCC


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C

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C

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TATCC

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DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR1DV26JQ U 1
AF RR1DV26TF C 1
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AF RR1C579TF C 673
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TATCCGATCCATTAGGCATCAGCAACACT
CC

QA 1 389 1 389
DS 

RD RR1DV26TF 391 0 0
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AGAGACTCTCTGAAACCCCAAACATACAAATAAAGAAGTACCTCAAAGTTCCAAAAAAAA
TCTTTAAAAGAAAACAAAAGAGACAGACATATCCTTCTCATTCTTGAGCATTGCTGCTTG
TTTCCATTGGCTCAGCCTCCGTCGAGGTCTCCCCTCCTTTCTCTCCAGCCTTCTTGGCTT
TCTTCTTCTTTCCACCACCCTTCTTCTTCTTGATAGCCAAGGCTAACCACTCTTTGATCT
CAGGGTGGTCATCAATGGTCTT*GTAGGTTGAAGCTCCTGAAGTGTATGTGAAGTGATCC
TATCCGATCCATTAGGCATCAGCAACACT
CC

QA 1 389 1 389
DS 

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CCAAAAAAA*TCTTTAAAAGAAAACAAAAGAGACAGACATATCCTTCTCATTCTTGAGCA
TTGCTGCTTGTTTCCATTGGCTCAGCCTCCGTTGAGGTCTCCCCTCCTTTCTCTCCAGCC
TTCTTGGCTTTCTTCTTCTTTCCACCACCCTTCTTCTTCTTGATAGCCAAGGCTAACCAC
TCTTTGATCTCAGGGTGGTCATCAATGGTCTTCGTAGGTTGAAGCTCCTGAAGTGTATGT
GAAGTGATCCTATCCGATCCATTAGGCATCAGCAACACTGTGAATTTGATTTGAGCAACA
AAATCCCCAGGCTTCTCGTAAAGTACAGGATACGGTAGCAAATGGCCATGGTTCACACAC
TCCACAAGTCCAAGACGTGCCCTTTTCTCCTCCAGTGACCTTGCAGTGAATGGCATGTGG
GGAAAGTTTTCTTTAATCTCGCTGAATATGAATCTGGAGGCTGTCATCTTCAACTGATAT
TTAACATCCGCATCCTTCTTGTAAACAGTTGTTTGCTTCTCGTCTAAAAGCTTCGGCTTG
CCATCACCAGTGCTTGCCACAATATCTACGGAATAGACTTCATTCTCTTCAAACTCAGCA
TCATCAACCCTTGTTTCTGGAGTGGATACACTTAGGAAACACTTGCTTCCATCTATCACA
TTCTGTTTCATCTGGTGGGAAATAACCCCTTCCACAATTTTGCAGTCATAAGCTTCAGCC
ACCTTCTGAATAGCTTCAGTGACAGCATG

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1C579TF 763 0 0
TATCTACGGA*TAGACTTCAT*CTCTTCAAACTCAGCATCATCAACCTTTGTTTCTGGAG
TGGATACACTTAGGAAACACTTGCTTCCATCTATCACATTCTGTTTCATCTGGTGGGAAA
TAACCCCTTCCACAATTTTGCAGTCATAAGCTTCAGCCACCTTCTGAATAGCTTCAGTGA
CAGCATGGTTCTTCTTCCCAGGACGAACGAGCCTCAAAGCAACTTCAGCAGCAGTATTGG
CAGCAGCAATAACATCAGCTTTGCGTCCAGTAACCGGCCCTTCTTGAAGAACATGTGTGT
GTGCAACAAGAGCAATGAACCCATCAATATGGCATCCCATATCAATTTTGAGCATATCGC
CCTCTTCCAACACGGTCTCATCACTTGCAAGCGGTGAGAAATGACCAACGGTGTTGTTCA
CAGAAACGCACGTGGGGAAAGCCACACCTCGGTCAATCTTCTTCTTGGCGTTCTTGTACA
TGCTCCCTGTTTGCTCTTTGATAAAGGCGTCTCCTTTCTCGCAGATATCGACAATCTTAG
CTTTTGGCTTGCATTCAGACAAAACAAACTGCAACGCCTTGTTAACGATCTCAGCGGCGC
TCTTGTACTTGGTCACGACTTCGGAAGAGGTGAGATCGAGCTCCTTCTCGTCTCTCTCAT
CGTCAGAACTCATCTCTCGAAGGTCGTTAACTCGCGAGGGGTTTAAGGAAATGGTTAAAG
GGGAGTGGAGGTGGGAGCTATTGAGGGAAGAAAAGAATGGGTC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 3

CO CL2496Contig1 934 3 12 U
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CTAATTTGAGCAATGGAGATTGACAGAGAAGATGGAAGAAGGCCGAATCAGCTGAGACCC
CTTGCTTGTTCCCGTAACATCCTTCATCGTCCTCATGGCTCTGCTAGCTGGTCCCAAGGG
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CCTGAGAAGGCTTGCTTTGAAGTCATATGGAAGCCTAAATCAGGACAGATTGGAAAAGCC
GAAAAGGAGTATGAGATGATACTAAAAAAGACAATACAGAGTATTTGTGTCTTGACGGTG
AATCCAAATACCACCACCTCCGTGATCATTCAGGTTGTACATGATGATGGTTCTCTTCTT
CCATGTGCCATAAACGCAGCATGTGCAGCTCTTGTAGACGCAGGAATACCTATGAAGCAT
CTCGCTGTTGCTATATGTTGTTGCCTGGCTGATAGTGGATATGTCGTACTCGATCCAAAC
AAGCTTGAAGAAAAGAAAATGACGGCTTTCGCTTATTTAGTCTTTCCAAATACAACTCTC
TCTGTTCTTCCGGAAGTGGAAGGCGAGCCGGTAGAGCATGGCATCATTACATCAGTCACG
CATGGAGTCATGTCAGTGGACGATTACTTCCTGTGTGTAGAGAACGGTCGTGCTGCTACG
*CTAGTTTATCTGCATTTTTTAGGAAGAACTTCCAACAAACCCAAGGAGCTGTTTAGAAG
CATGAATCCATGTCCTTTCCGTTAGAATTTGAACGTTACGGGAACTTAATGGTCAATGTG
TTTAATCAAATTTTTTAAAAACAACAAAAAATTCGTATGTTTAGTTATGTTAACAGACGA
CCCTCTTGCCTTTAATACAATTATTATCATGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EJ83TF U 1
AF RR1CL03TF U 37
AF RR1EJ83JQ C 246
BS 1 173 RR1EJ83TF
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BS 202 220 RR1EJ83TF
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BS 622 622 RR1CL03TF
BS 623 738 RR1EJ83TF
BS 739 934 RR1EJ83JQ

RD RR1EJ83TF 743 0 0
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CTCGCTGTTGCTATATGTTGTTGCCTGGCTGATAGTGGATATGTCGTACTCGATCCAAAC
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TCTGTTCTTCCGGAAGTGGAAAGCGAGCCGGTAGAGCATGGCATCATTACATCAGTCACG
CATGGAGTCATGTCAGTGGACGATTACTTCCTGTGTGTAGAGAACGGTCGTGCTGCTACG
*CTAGTTTATCTGCATTT
TTAGA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1CL03TF 702 0 0
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GTCGTGCTGCTACG*CTAGTTTATCTGCATTT

QA 11 702 11 702
DS 

RD RR1EJ83JQ 689 0 0
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AAATACCACCACCTCCGTGATCATTCAGGTTGTACATGATGATGGTTCTCTTCTTCCATG
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TCTTCCGGAAGTGGAAGGCGAGCCGGTAGAGCATGGCATCATTACATCAGTCACGCATGG
AGTCATGTCAGTGGACGATTACTTCCTGTGTGTAGAGAACGGTCGTGCTGCTACGGCTAG
TTTATCTGCATTTTTTAGGAAGAACTTCCAACAAACCCAAGGAGCTGTTTAGAAGCATGA
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TCAAATTTTTTAAAAACAACAAAAAATTCGTATGTTTAGTTATGTTAACAGACGACCCTC
TTGCCTTTAATACAATTATTATCATGCTC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2498Contig1 1494 4 10 U
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CTGAAGATGGAATTCGTCGGTGAAGAAGTAATCAAACCATCGTCACCAACACCTAATCAT
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GTTTTGTTCTACGACAAAGAATCTGAATTTGATCAAAAAATCCAAAAGAAGATATAATAG
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CGCTCGCTGGACGGATCCATGGCGTCACCGTTGATTGTAACGACGAAGGAGTTCTGTTTA
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TTCAGCAACTAATTTCTCCTTCGAAAGTCTCGGATCCAGGCATGTGGCCATTGTTAAGAG
TGAAGATCAGTTGGTTTAGAAACAGCGGATTTGCGGTTGCGATTGGCGTTTCTCACAAAG
TCTGCGACACAACTTCTTTGGGGATGTTTATTAGCGACTGGACTACTGCCGCAAAAGGAA
ACGTTTTGGCCGTAAATCCCGATTTTGAATCGCCCATTTTCTACCCTCCTGGTGATCTTT
CTATCAATCTCCCACCGACTGTGGAACGAACAAGCACCTTGACAAAGAGATTCGTCTTTG
GTCCCGCCAAGATCAAAGAACTCAAAAGCAAAGCCTCAAGCAAACTTGTGACACACGCTA
CCCGTAACGAGGCAACCACGGCCGTACTCTTGACTTGTATAATACGGGCAAGTCGATCGA
AAGCGGACGCTATTATATCACAGACAATGGATTTGCGGGCTAGGGTTCCTTCTAATTTCT
TGTCAGGCAAGTCAGTAGGTAACTTATTCTTTTTACCTACTTTAAAAGAGAACACAGAGA
AGGAGATTGAACTACAGGATATGGTCGTCAAGCTAAGGAACAATAAGAAGGAACTCGATG
AGTTGATCAAAGAAGATTCAGATCAGGTGGGTGAGAGGCTCATGAGCGCGATGTTGAGTA
GGTTATATGAGATGAGTCCTGAGATGGAGACATATGTAGTGACTAGCTGGTGTAGAATGC
CCTTTTACGGGGCGGATTTCGGGTTAGGAACTCCGGTGTGGGTCGCGGCTGATTCCATCG
ACAAGACGCAGGTTGTGTTGGTGGATGCAAATGATGGTGAAGGAATCGAGGCATGGGTTA
CATTACCTGAAGACGACATGTTTGCGTTCGAACATGACAAGGAATTGCTGGATTTTGCAT
CTACCTAAGCTTACAGCAGTTTTGTTTATGCAATAACACGAAAAAAAAAGGAACACGAAA
AATGATTATGTAATAATGCAATAGTATTGCATCTTACGATGGCTTTTATATTATATGAGT
CTTGCCACATTTGATGCAATTTTTACTACAGTGGAAACTTTCATATGTTTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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G
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AAAAAAGGAACACGAAAAATGATTATGTAATAATGCAATAGTATTGCATCTTACGATGGC
TTTTATATTATATGAGTCTTGTCACATTTGATGCAATTTTTACTACAGTGGAAACTT
CC

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DS 



AS 1 4

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CAACACTATAAACTCGCTCCAGTCTCCATCTCTAAACAAACCTGAAAATATGCTAAAGAA
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TATCTTCTCTCTCTCTAGAACAAGAGTTTTTTTTTT*CTTGGTGCCCTTTGTTTTTAGTT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV35TF U 1
AF RR1BI71JQ C 165
AF RR1BI71TF U 165
AF RR1DV35JQ C 299
BS 1 198 RR1DV35TF
BS 199 199 RR1BI71TF
BS 200 276 RR1DV35TF
BS 277 277 RR1BI71TF
BS 278 333 RR1DV35TF
BS 334 334 RR1BI71TF
BS 335 508 RR1DV35TF
BS 509 509 RR1BI71TF
BS 510 642 RR1DV35TF
BS 643 801 RR1BI71TF
BS 802 982 RR1DV35JQ

RD RR1DV35TF 642 0 0
GGGGGTTTCAATACGTTATGTATGCCTTTAGACTCTCTCCTTGTTGCCACAACCAACCAA
CAACACTATAAACTCGCTCCAGTCTCCATCTCTAAACAAACCTGAAAATATGCTAAAGAA
AAGAAAACAATATAAAAGCTGACAGTCTTCCTGATTAATATTCTTTAACCACGTTGGATC
TATCTACATCCATCAATCATGTATTCTCTTTCTTCTTCTTCTTCTTATTCTTCTTCTCAT
TATCTTCTCTCTCTCTAGAACAAGAGTTTTTTTTTTTCTTGGTGCCCTTTGTTTTTAGTT
TGTCGAGTTTTGTAAATTTATAAGTATGTCAAAGATCACAAGCCTGATGCAAGAAGAGGT
AACGTTAGGAGAGGTTCCAGAGACGAGAGAAGACGCATTTTCGGTCAATAATCATGTGTT
GGATATTTGCCGGAAAAGAAAGAGATCAGATGAAGTAGAAGAAGAACTTGTGGAGGAAGA
AAACGACGGGTTCAAAACACCGACCCGTTCGGAAAATAGAATCCCTGAGGTCAGAGTGTG
CCCACCGGCGCCGAGGAAAGGCGAAAAGGAATACTCGGCGATACACAGAGGTAACACAAT
GTGGTGCCGTAGACGGTTGGGTTTCTCGCCGGAAAATGCCGT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1BI71JQ 637 0 0
GG
AACCACGTTGGATCTATCTACATCCATCAATCCTGTATTCTCTTTCTTCTTCTTCTTCTT
ATTCTTCTTCTCATTATCTTCTCTCTCTCTAGAACAAGAGTTTTTTTTTT*CTTGGTGCC
CTTTGTTTTTAGTTTGTCGAGTTTTGTAAATTTATAAGTATGTCAAAAATCACAAGCCTG
ATGCAAGAAGAGGTAACGTTAGGAGAGGTTCCAGAGACGAGAGAAGACGCATTTTCGGTC
AATAATCATGTGTTGGATATTTGTCGGAAAAGAAAGAGATCAGATGAAGTAGAAGAAGAA
CTTGTGGAGGAAGAAAACGACGGGTTCAAAACACCGACCCGTCCGGAAAATAGAATCCCT
GAGGTCAGAGTGTGCCCACCGGCGCCGAGGAAAGGCGAAAAGGAATACTCGGCGATACAC
GGAGGTAACACAATGTGGTGCCGTAGACGGTTGGGTTTCTCGCCGGAAAATGCCGTCGGC
TCGTTTATAACGGACTTGCAGTGGAGGACAACGTCAATGTGGATCAAGAAATAATTAATA
GAGAGAGATGTTAAACTTAGTTTTTATATTTTATTATGACCATTTTTAGGTCACGTTCGG
AAAATATCTGAACGTTTTTTTTCCCGCAGATAGAT

QA 3 637 3 637
DS 

RD RR1BI71TF 637 0 0
GG
AACCACGTTGGATCTATCTACATCCATCAATCCTGTATTCTCTTTCTTCTTCTTCTTCTT
ATTCTTCTTCTCATTATCTTCTCTCTCTCTAGAACAAGAGTTTTTTTTTT*CTTGGTGCC
CTTTGTTTTTAGTTTGTCGAGTTTTGTAAATTTATAAGTATGTCAAAAATCACAAGCCTG
ATGCAAGAAGAGGTAACGTTAGGAGAGGTTCCAGAGACGAGAGAAGACGCATTTTCGGTC
AATAATCATGTGTTGGATATTTGTCGGAAAAGAAAGAGATCAGATGAAGTAGAAGAAGAA
CTTGTGGAGGAAGAAAACGACGGGTTCAAAACACCGACCCGTCCGGAAAATAGAATCCCT
GAGGTCAGAGTGTGCCCACCGGCGCCGAGGAAAGGCGAAAAGGAATACTCGGCGATACAC
GGAGGTAACACAATGTGGTGCCGTAGACGGTTGGGTTTCTCGCCGGAAAATGCCGTCGGC
TCGTTTATAACGGACTTGCAGTGGAGGACAACGTCAATGTGGATCAAGAAATAATTAATA
GAGAGAGATGTTAAACTTAGTTTTTATATTTTATTATGACCATTTTTAGGTCACGTTCGG
AAAATATCTGAACGTTTTTTTTCCCGCAGATAGAT

QA 3 637 3 637
DS 

RD RR1DV35JQ 684 0 0
TTTGTCGAGTTTTGTAAATTTATAAGTATGTCAAAGATCACAAGCCTGATGCAAGAAGAG
GTAACGTTAGGAGAGGTTCCAGAGACGAGAGAAGACGCATTTTCGGTCAATAATCATGTG
TTGGATATTTGCCGGAAAAGAAAGAGATCAGATGAAGTAGAAGAAGAACTTGTGGAGGAA
GAAAACGACGGGTTCAAAACACCGACCCGTTCGGAAAATAGAATCCCTGAGGTCAGAGTG
TGCCCACCGGCGCCGAGGAAAGGCGAAAAGGAATACTCGGCGATACACAGAGGTAACACA
ATGTGGTGCCGTAGACGGTTGGGTTTCTCGCCGGAAAATGCCGTCGGCTCGTTTATAACG
GACTTGCAGTGGAGGACAACGTCAATGTGGATCAAGAAATAATTAATAGAGAGAGATGTT
AAACTTAGTTTTTATATTTTATTATGACCATTTTTAGGTCACGTTCGGAAAATATCTGAA
CGTTTTTTTTCCCGCAGATAGATAACAAAAAAAAAACTTGACTAAACTGGTATCTTGTTT
TAAGAGTTCGTCTCTCTCAAATATAGGTTTCTGTTTCGAGATGATGATTATTTGTGCATT
GTTGGTTTCTGATTTTTTGTTACTTTTGATTAATATGTGTATGTTGTTTTCTTTTTAATA
GTTTACAGTACCATATACTTGCCT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 4

CO CL2500Contig1 777 4 5 U
GATTGATGGGAAAATTCAAAGGCGCATAGAAGGGAAGAATATGAGAGAAATATGGAAGCT
TTGACCGCCATTGATTCTCTACACTAACCTCATCTCTTCTTCATCTCATTTCCCAATTCT
CTCTCTTTCTCTCTCTCTTCTCTCTGATGCGTGTTCTTCTCTTTCCTTTAAGATTCTTTG
GCTCAGATCAGTCACAGAGCCAAATAGAAGAATAAAGAAGGTCCTGCTGGGATTTTCTTA
CATTGACAAACTGCCAAGTCGACACTCAAACTTTTTTGCAACAGAGATGGCAGAAGTTGA
TAATCAACTAGAGATCAAGTTTAGGTTAACTGATGGTTCTGATATCGGCCCAAAAGCATT
TCCTGATGCTACAACTGTTGCTGCATTGAAGGAAACTGTTATTTCTCAATGGCCTAGAGA
AAAGGAAAATGGGCCGAAGACAGTGAAAGAGGTGAAGTTGATAAGCGCAGGGAAAGTTTT
GGACAACAACAAGACTGTTAAAGACTACCGAAGCCCTGTCTCTAATCTCGTTGGCGCTGT
CACCACAATGCACGTTATCATCCAACCTCTGATTACTGAAAAAGAAAAGAAGCCTAAAGG
TGATGATCCGAAGATGAACAAATGTGTCTGCTCAGTCATGTAAGACAAACGCAAAATCTC
AACAGAGGCAGGTTACTACTCTGTTCCCTCATGTGGTTTGGTATAGATTGTTTACTGATG
CATAACCATAAGTGTTGAACCTTTTTTTTTAAAGTATAAATCAAATCTCTATTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1CK96TF U 1
AF RR1D755TF U 22
AF RR1D755JQ C 167
AF RR1CK96JQ C 272
BS 1 654 RR1CK96TF
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BS 656 663 RR1CK96TF
BS 664 776 RR1D755JQ
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RD RR1CK96TF 663 0 0
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TTGACCGCCATTGATTCTCTACACTAACCTCATCTCTTCTTCATCTCATTTCCCAATTCT
CTCTCTTTCTCTCTCTCTTCTCTCTGATGCGTGTTCTTCTCTTTCCTTTAAGATTCTTTG
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CATTGACAAACTGCCAAGTCGACACTCAAACTTTTTTGCAACAGAGATGGCAGAAGTTGA
TAATCAACTAGAGATCAAGTTTAGGTTAACTGATGGTTCTGATATCGGCCCAAAAGCATT
TCCTGATGCTACAACTGTTGCTGCATTGAAGGAAACTGTTATTTCTCAATGGCCTAGAGA
AAAGGAAAATGGGCCGAAGACAGTGAAAGAGGTGAAGTTGATAAGCGCAGGGAAAGTTTT
GGACAACAACAAGACTGTTAAAGACTACCGAAGCCCTGTCTCTAATCTCGTTGGCGCTGT
CACCACAATGCACGTTATCATCCAACCTCTGATTACTGAAAAAGAAAAGAAGCCTAAAGG
TGATGATCCGAAGATGAACAAATGTGTCTGCTCAGTCATGTAAGACAAACGCAAGATCTC
AAC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1D755TF 642 0 0
GG
GCATAGAAGGGAAGAATATGAGAGAAATATGGAAGCTTTGACCGCCATTGATTCTCTACA
CTAACCTCATCTCTTCTTCATCTCATTTCCCAATTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTTCTCT
CTGATGCGTGTTCTTCTCTTTCCTTTAAGATTCTTTGGCTCAGATCAGTCACAGAGCCAA
ATAGAAGAATAAAGAAGGTCCTGCTGGGATTTTCTTACATTGACAAACTGCCAAGTCGAC
ACTCAAACTTTTTTGCAACAGAGATGGCAGAAGTTGATAATCAACTAGAGATCAAGTTTA
GGTTAACTGATGGTTCTGATATCGGCCCAAAAGCATTTCCTGATGCTACAACTGTTGCTG
CATTGAAGGAAACTGTTATTTCTCAATGGCCTAGAGAAAAGGAAAATGGGCCGAAGACAG
TGAAAGAGGTGAAGTTGATAAGCGCAGGGAAAGTTTTGGACAACAACAAGACTGTTAAAG
ACTACCGAAGCCCTGTCTCTAATCTCGTTGGCGCTGTCACCACAATGCACGTTATCATCC
AACCTCTGATTACTGAAAAAGAAAAGAAGCCTAAAGGTGATGATCCGAAGATGAACAAAT
GTGTCTGCTCAGTCATGTAAGACAAACGCAAAATCTCAAC

QA 3 642 3 642
DS 

RD RR1D755JQ 611 0 0
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CTGGGATTTTCTTACATTGACAAACTGCCAAGTCGACACTCAAACTTTTTTGCAACAGAG
ATGGCAGAAGTTGATAATCAACTAGAGATCAAGTTTAGGTTAACTGATGGTTCTGATATC
GGCCCAAAAGCATTTCCTGATGCTACAACTGTTGCTGCATTGAAGGAAACTGTTATTTCT
CAATGGCCTAGAGAAAAGGAAAATGGGCCGAAGACAGTGAAAGAGGTGAAGTTGATAAGC
GCAGGGAAAGTTTTGGACAACAACAAGACTGTTAAAGACTACCGAAGCCCTGTCTCTAAT
CTCGTTGGCGCTGTCACCACAATGCACGTTATCATCCAACCTCTGATTACTGAAAAAGAA
AAGAAGCCTAAAGGTGATGATCCGAAGATGAACAAATGTGTCTGCTCAGTCATGTAAGAC
AAACGCAAAATCTCAACAGAGGCAGGTTACTACTCTGTTCCCTCATGTGGTTTGGTATAG
ATTGTTTACTGATGCATAACCATAAGTGTTGAACCTTTTTTTTTAAAGTATAAATCAAAT
CTCTATTTAC
C

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1CK96JQ 506 0 0
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GAAACTGTTATTTCTCAATGGCCTAGAGAAAAGGAAAATGGGCCGAAGACAGTGAAAGAG
GTGAAGTTGATAAGCGCAGGGAAAGTTTTGGACAACAACAAGACTGTTAAAGACTACCGA
AGCCCTGTCTTTAATCTCGTTGGCGCTGTCACCACAATGCACGTTATCATCCAACCTCTG
ATTACTGAAAAAGAAAAGAAGCCTAAAGGTGATGATCCGAAGATGAACAAATGTGTTTGC
TCAGTCATGTAAGACAAACGCAAGATCTCAACAGAGGCAGGTTACTGCTCTGTTCCCTCA
TGTGGTTTGGTATAGATTGTTTACTGATGCATAACCATAAGTGTTGAACCTTTTTTTTTA
AAGTATAAATCAAATCTCTATTTACT

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 4

CO CL2501Contig1 724 4 4 U
TTTTCAAGAAAAAAAGTTTCATATAATATGTTGAAAAAGAGTTAACAAGAAATTAAAAAT
TGTTGACAGATCGGTGCATATGTAGGTAAAATATATATAATAAAGCTTAAAAGATGACGT
CAGGGACGATTCCGAGCTCCTTGAAAACTAGAGGACAATCAGCGAGAGAAGTCTTCCTCA
TGAACCCAAGTGGGTTAATGGTTCGAACCTCGTTAGAGACAATGCCATCATTCGCCGTAA
GACTGATCCTGGCTGCGTTTCTTAGGAACTCTTGGTTGTTCACCTCGCTGCACTCTGCGT
CCGGTGATTCCTCGAGGATGATCTCGCACACTTCCTCTTCGTGGTCTCCCATAACTACCA
TCTCGTACTTTCCGTCTTTGTCGGTCACAGCTTCTTTCGTCAGTGTCACTGTCTGGTTCT
CACGACCCTTGCACTCAAGCTTTACCTTTGCCCCTTCGAGGACTTTACTGAGGCGGGTCA
TGAACTGGACACGGCAGGTATCGCAGTAGACGGATCCTTTGATGTGGAACCGGTCAAAGT
CGTCGGCATCAGCGGCGGCAAAGTGAAGAAGGGTGGTGAAACATAGGGCAGAGGCAAGGA
AGACGATGAAGAATTTGGCCATTATTAGTCTTAGAGTAATATTCTCCTCTATATATATTT
GTAATATTAGTTGCTGGGGTGAAAACAAAAATTGTTAGTTTTGTTTGAGAGGAGATGCTA
TCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 

AF RR1DT87JQ U 5
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AF RR1DT87TF C 1
AF RR1AM41TF C 8
BS 1 8 RR1DT87TF
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CAAG
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DS 

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AA
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CTGGCTGCGTTTCTTAGGAACTCTTGGTTGTTCACCTCGCTGCACTCTGCGTCCGGTGAT
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TTTCCGTCTTTGTCGGTCACAGCTTCTTTCGTCAGTGTCACTGTCTGGTTCTCACGACCC
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QA 3 595 3 595
DS 

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TGAACTGGACACGGCAGGTATCGCAGTAGACGGATCCTTTGATGTGGAACCGGTCAAAGT
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TCCC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1AM41TF 716 0 0
G
AAAAAAAGTTTCATATAATATGTTGAAAAAGAGTTAACAAGAAATTAAAAATTGTTGACA
GATCGGTGCATATGTAGGTAAAATATATATAATAAAGCTTAGAAGATGACGTCAGGGACG
ATTCCGAGCTCCTTGAAAACTAGAGGACAATCAGCGAGAGAAGTCTTCCTCATGAACCCA
AGTGGGTTAATGGTTCGAACCTCGTTAGAGACAATGCCATCATTCGCCGTAAGACTGATC
CTGGCTGCGTTTCTTAGGAACTCTTGGTTGTTCACCTCGCTGCACTCTGCGTCCGGTGAT
TCCTCGAGGATGATCTCGCACACTTCCTCTTCGTGGTCTCCCATAACTACCATCTCGTAC
TTTCCGTCTTTGTCGGTCACAGCTTCTTTCGTCAGTGTCACTGTCTGGTTCTCACGACCC
TTGCACTCAAGCTTTACCTTTGCCCCTTCGAGGACTTTACTGAGGCGGGTCATGAACTGG
ACACGGCAGGTATCGCAGTAGACGGATCCTTTGATGTGGAACCGGTCCAAGTCGTCGGCA
TCAGCGGCGGCAAAGTGAAGAAGGGTGGTGAAACATAGGGCAGAGGCAAGGAAGACGATG
AAGAATTTGGCCATTATTAGTCTTAGAGTAATATTTTCCTCTATATATATTTGTAATATT
AGTTGCTGGGGTGAAAACAAAAATTGTTAGTTTTGTTTGAGAGGAGATGCTATCC

QA 2 716 2 716
DS 



AS 1 3

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GGAAAAAAGGGGGCCGTTTTTAAAAAAGAAAAAAGAACATAGGAACAAAAATTAGGTAGA
TTTGTGCCATAATGAGGGTCGAACCCACGTTTAATGTAACTCTGGATAAGTCACTCTCCT
ACTAGACTAAAGAAAATCTTTTTGAAATGTGGCCGAAAATAACTAATATATAAAACGGCC
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CTTCAACGCCATTGAAGTTCTCCAAACTCTGGATTTCAACACGTTGGAGAGTGTTCCTTT
CGAGGTTGAAGTAAAAACATAAAACCGTTTATATGTTTTTCCGAAAAAACAATTTCATCT
GTAGCAGTCATTTCGACAATGAGATTATTACAGGACGCAATAGGTGATTTCTTTCCCAAA
ACGTATACATACTTCAACCTGTTAAAACTAATGGGCCTCAATTACTAGTCTTGGCCCAAT
TCTAAATCCTTAAAGGACACGGAGAAGAAAGAAGCGGAAGAGGTCCCGACCATTGATCCC
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CCTAAGGAAGATCAGCCACTGTGAAACTGCTGCTGCGATGTGGTCAGCCCTCAACAAGCT
GTACACAGAGACGTCCTTGCCGAATCGTATTTACCAGGGCAAAAGTTTGATCTCTGTTGT
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CGCACAAGAAGAAGTAATAAGGTTAGAGCAAACAAGTTACTTCTTATCGATAACAAAGAA
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CTTAAACAGCTAAGTACAAAGCTAAAGGGAGACATGAGTTGTTGTCGCAGCGGAGGAGGC
GCACACGGTTTCGCCGGATAAGCGAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AV29JQ U 1
AF RR1CB47JQ U 389
AF RR1CB47TF C 412
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RD RR1AV29JQ 506 0 0
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GTAGCAGTCATTTCGACAATGAGATTATTACAGGACGCAATAGGTGATTTCTTTCCCAAA
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QA 1 506 1 506
DS 

RD RR1CB47JQ 683 0 0
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AAGAAGCGGAAGAGGTCCCGACCATTGATCCCGTTAAGCTCGGGAAATCAGAGAAAGCAA
AAGATCTCATTGTTATAAACGTAGAACCAAGTCCTAAGGAAGATCAGCCACTGTGAAACT
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GCACGGCAGGTAACTTCGTTATCGATTCACCTCGCACAAGAAGAAGTAATAAGGTTAGAG
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GAGACATGAGTTGTTGTCGCAGC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1CB47TF 701 0 0
C
TTCCCAAAACGTATACATA*TTCAAC*TGT*AAAACTAATGGGC*TCAATTACTAGTCTT
GGCCCAATTCTAAATCCT*AAAGGACACGGAGAAGAAAGAAGCGGAAGAGGTCCCGACCA
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AACAAGCTGTACACAGAGACGTCCTTGCCGAATCGTATTTACCAGGGCAAAAGTTTGATC
TCTGTTGTGAACTCCTCAAGATAGCCTAAGAGAACGGCACGGCAGGTAACTTCGTTATCG
ATTCACCTCGCACAAGAAGAAGTAATAAGGTTAGAGCAAACAAGTTACTTCTTATCGATA
ACAAAGAAGCTCAATGGTTACAAGGAAGTTACCTGCTAGGAAGATGCGAGGCAAGGAGTT
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GAGGAGGCGCACACGGTTTCGCCGGATAAGCGAAAAAAAA

QA 2 701 2 701
DS 



AS 1 3

CO CL2503Contig1 699 3 2 U
ATAACAACATTAAATAGAAGTCATTAATTATGAGATTGCTAAGGTTCAGAACATACAGAC
TACTGATGCAAATAGCTGGGAGATAGTAACGACCACAATGTGTTGTTTAACCATAAGATG
AATTGTTTGACAAAGGTACTCAGCACCACATATTCACTAACTTGCTGAAGTAGGCTTGAC
CTTCTCCCGCATGTACTGCAGAAGATGTTCACGTTTCCAGTTGTCGATTCTGATCGTTTC
CTTATGTTCACCATCTTCATCCAACATGATCAACTTGGGAGGTGAGTTGAAAA*TGTACT
GAACGTTAACACTAGGGAACTTTTCTTTCTCTTCTTCAATAAAACCAACAATCTCCGGGT
AGAAAACCAGCTTCCTCATACACACCTCTAATATAGCGCCTGAGTAAGTAACCTTACTCA
TGGAATCCTCAGAATCATCAGCGCAACATTTCAAGCAATCAGATACCAACTCTTGATCCT
TGACGTATTCAGAGAGTGAGTGGCAATCGGAGCAGAGAGCGAGACCAGTGAAACCTAGAT
CCTCGCACTCTTTAGTGCTCAACTGCTCTTTCCCTGAGATCGTCGATGTCAACATCATAA
TCATCACCACCATCTTCGTCCACGCTCGAGCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCGCATCAACAGATCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1GK26TF C 168
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BS 665 699 RR1GK26TF

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AATTGTTTGACAAAGGTACTCAGCACCACATATTCACTAACTTGCTGAAGTAGGCTTGAC
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TCATCACCACCATCTTCGTCCACGCTCGAGCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCT

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DS 

RD RR1CD01JQ 658 0 0
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AAAGGTACTCAGCACCACATATTCACTAACTTGCTGAAGTAGGCTTGACCTTCTCCCGCA
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CATCTTCATCCAACATGATCAACTTGGGAGGTGAGTTGAAAAATGTACTGAACGTTAACA
CTAGGGAACTTTTCTTTCTCTTCTTCAATAAAACCAACAATCTCCGGGTAGAAAACCAGC
TTCCTCATACACACCTCTAATATAGCGCCTGAGTAAGTAACCTTACTCATGGAATCCTCA
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TTAGTGCTCAGCTGCTCTTTCCCTGAGATCGTCGATGTCAACATCATAATCATCACCACC
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CTCTC

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DS 

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TGAAAA*TGTACTGAACGTTAACACTAGGGAACTTTTCTTTCTCTTCTTCAATAAAACCA
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GTAACCTTACTCATGGAATCCTCAGAATCATCAGCGCAACATTTCAAGCAATCAGATACC
AACTCTTGATCCTTGACGTATTCAGAGAGTGAGTGGCAATCGGAGCAGAGAGCGAGACCA
GTGAAACCTAGATCCTCGCACTCTTTAGTGCTCAACTGCTCTTTCCCTGAGATCGTCGAT
GTCAACATCATAATCATCACCACCATCTTCGTCCACGCTCGAGCCATCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCGCATCAACAGATCCCC

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 3

CO CL2504Contig1 1075 3 12 U
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GGCAAGGAAGAAGATGTTAGAGTCGGAGCCAACAAGTTTCCGGAGAGACAACCGATCGGA
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GCTTCTGTCGGAATCCAAGGGATCGCTTGGGCTTTCGGTGGTATGATCTTCGCTCTCGTC
TACTGCACCGCTGGTATCTCCGGTGGACACATCAACCCAGCAGTCACGTTCGGTCTGTTC
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GGCGGAGCCAACACTGTAGCTCCTGGTTACACTAAAGGAAGTGGTCTCGGAGCTGAGATT
ATTGGAACTTTTGTCCTTGTTTACACCGTCTTCTCCGCTACTGACGCCAAGAGGAACGCT
CGTGACTCTCATGTTCCCATTCTTGCACCTCTTCCTATCGGATTCGCTGTGTTCTTGGTC
CACTTAGCAACCATCCCCATCACTGGTACTGGAATCAACCCAGCAAGGAGTCTTGGAGCT
GCAATCATCTTCAACAAGGACAACGCTTGGGACGACCATTGGGTGTTTTGGGTTGGACCA
TTCATCGGTGCTGCACTTGCTGCTCTTTACCACGTGATTGTCATCAGAGCCATCCCATTC
AAGTCCAGAAGCTGATTGAGTTACTCTTAGTTTGCTTTTCTTTTGTGAATGTACTACTAC
TACTTGTGTGAAACATCGTCTGTATGTGTTTGTTCCTCTGCTTTGCCTAATGCAGACTCT
ATTTGTAATACAGAGTCAGAGACATTCCCCTGAAAAAATATTGTGATCTTATCTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FN94TF U 1
AF RR1B487TF U 1
AF RR1B487JQ C 294
BS 1 188 RR1B487TF
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AACTTTTGTCCTTGTTTACACCGTCTTCTCCGCTACTGACGCCAAGAGGAACGCTCGTGA
CTCTCATGTTCCCATTCTTG

QA 6 685 6 685
DS 

RD RR1B487TF 836 0 0
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GGCGAGCTTGCTTCGTGGTCCTTCTGGAGAGCCGGGATCGCTGAGTTCATCGCCACGTTC
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GCTTCTGTCGGAATCCAAGGGATCGCTTGGGCTTTCGGTGGTATGATCTTCGCTCTCGTC
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CGTGACTCTCATGTTCCCATTCTTGCACCTCTTCCTATCGGATTCGCTGTGTTCTTGGTC
CACTTAGCAACCATCCCCATCACTGGTACTGGAATCAACCCAGCAAGGAGTCTTGGAGCT
GCAATCATCTTCAACAAG*ACAACGCTTGG*ACGACCATTGG
TGTTTGGGTGGACC

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1B487JQ 782 0 0
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TCTCGTCTACTGCACCGCTGGTATCTCCGGTGGACACATCAACCCAGCAGTCACGTTCGG
TCTGTTCTTGGCCAGGAAGCTTTCGCTCACACGAGCTGTGTACTACATAGTGATGCAGTG
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TCTTGGAGGCGGAGCCAACACTGTAGCTCCTGGTTACACTAAAGGAAGTGGTCTCGGAGC
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CTTGGTCCACTTAGCAACCATCCCCATCACTGGTACTGGAATCAACCCAGCAAGGAGTCT
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TGGACCATTCATCGGTGCTGCACTTGCTGCTCTTTACCACGTGATTGTCATCAGAGCCAT
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CTACTACTACTTGTGTGAAACATCGTCTGTATGTGTTTGTTCCTCTGCTTTGCCTAATGC
AGACTCTATTTGTAATACAGAGTCAGAGACATTCCCCTGAAAAAATATTGTGATCTTATC
TT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 4

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TTGCTTCGTTTCGCCGTCATTACAGCTTCCAGTTACGTCGTCCTCGAAACCCACCGATTC
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CCGACCAACTTCCCGGGGACTGGGGATTCTTTGTGCCTTACTTAGTCGGGAGCATATCCT
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TTTCGACATTCTTCCCTGATTATCAAGAACGTCTTGCCGCACATGAAGCAGCCCACTTCT
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ACGTTAATCTCATCGACGAGAGGCTTGCTAAACTAATATACAGCGGTCAGCTTGACTCTA
AGGAGCTTGACAGGTTGGCTGCTGTTGCAATGGCTGGACTTGCCGCCGAGGGTCTGAAGT
ATGACAAAGTGATCGGCCAATCTGCGGATCTTTTCTCTCTTCAGAGGTTCATCAACAGGA
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CTGCTTCTCTTCTAAAGAACAACAAGACCATCCATGAAGCTCTAATGGCTGCAATGTCCA
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TCAATCCAATTCCTCCGAGGACACTAAATTAATGTATATTGATGTAAAGAAAACAAATTA
T


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 

AF RR1A221TF U 1
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AF RR1A221JQ C 366
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ACGTTAATCTCATCGACGAGAGGCTTGCTAAACTAATATACAGCGGTCAGCTTGACT

QA 1 717 1 717
DS 

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GG
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AACTTCCCGGGGACTGGGGATTCTTTGTGCCTTACTTAGTCGGGAGCATATCCTTGGTAG
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TTG

QA 3 725 3 725
DS 

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TTCTTGTAACTGTTGTCGGAACAACGAGCGTCTTAGCTGTAATTGCCGGCCAACTTCCCG
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TGGCTGCTGTTGCAATGGCTGGACTTGCCGCCGAGGGTCTGAAGTATGACAAAGTGATCG
GCCAATCTGCGGATCTTTTCTCTCTTCAGAGGTTCATCAACAGGAGCCAACCTAAAATCA
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TTGAATGTATCAAGACCATTGAAACAGCTTCCTAGACTTGGCGCAGCTCTGTATTCTTCA
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CGAGGACACTAAATTAATGTATATTGATGTAAAGAAAACAAATTAT

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR1A221JQ 776 0 0
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ACATTCTTCCCTGATTATCAAGAACGTCTTGCCGCACATGAAGCAGCCCACTTCTTAGTG
GCTTACTTAATTGGACTTCCAATCCTCGGCTACTCGTTAGATATTGGTAAAGAACACGTT
AATCTCATCGACGAGAGGCTTGCTAAACTAATATACAGCGGTCAGCTTGACTCTAAGGAG
CTTGACAGGTTGGCTGCTGTTGCAATGGCTGGACTTGCCGCCGAGGGTTTGAAGTATGAC
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TCTCTTCTAAAGAACAACAAGACCATCCATGAAGCTCTAATGGCTGCAATGTCCAACAAT
GCATCTGTTCTTGAATGTATCAAGACCATTGAAACAGCTTCCTAGACTTGGCGCAGCTCT
GTATTCTTCACATATTCTTCACATACAGTGAACAATCTCTAATTGTTTCTTTTGATCAAT
CCAATTCCTCCGAGGACACTAAATTAATGTATATTGATGTAAAGAAAACAAATTAT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 2 4

CO CL2506Contig1 763 2 2 U
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CATTCCTCTCCGTTCTACTCATTACTAAATCTCAGATCTCTGATTCGGTCAACGGTGTCG
TTTTTCCTGTTACTCGAGACCTATCAACAGGTCAATACCTCGCAGAGATTCGCCTTGGTG
ATTCGCCGGAGCCAGTTAAGCTCGTCGTGGATCTCTCCGGTCCGCTTCTATGGTTCGATT
GCTCCTCGGGGCATCTTTCCACGTCACGAAGTCTGATCTCAGGAAGCTCAAGCGGTTGTC
TGAAGGCCAAGGTAGGGAACGACAGAGCTTCATCGCGTGGAGACCAAAACACTGATTGCG
ATTTACTCGTCCGAAACGGCGCCGTTGGGATTACGGCGAGAGGAGAGCTAGCAACAGACG
TCTTATCACTCGGATCTGTTTCTGCTCAGGGAACCGTTGATCTTCTCTTCGCCTGTGCTC
CTCCGTCGCTGTTACGTGGCCTCGCTAGTGGAGCCCAAGGAGTAATGGGCCTTTCCAAGG
CCCAGATCTCTCTCCCTTCCCAACTCGCCGCGGAAACTAACGGTCCCCGTCGTTTAACGG
TTTATCTCTCGCCGTCGAACGGCGTCGTGTCGACGAGTTCGGTGGAGGATGTTTTCGGAA
CGGAGGCGTCTAGATTGCTGGTCTACACGCCTCTGTCACAAGCTCGACCGGCGGTTACTT
AATCAACGTCAAATCGATCAGAGTCAACGGGAGAGCTCTCGTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EN88TF U 1
AF RR1H334TF U 1
BS 1 637 RR1EN88TF
BS 638 763 RR1H334TF

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CATTCCTCTCCGTTCTACTCATTACTAAATCTCAGATCTCTGATTCGGTCAACGGTGTCG
TTTTTCCTGTTACTCGAGACCTATCAACAGGTCAATACCTCGCAGAGATTCGCCTTGGTG
ATTCGCCGGAGCCAGTTAAGCTCGTCGTGGATCTCTCCGGTCCGCTTCTATGGTTCGATT
GCTCCTCGGGGCATCTTTCCACGTCACGAAGTCTGATCTCAGGAAGCTCAAGCGGTTGTC
TGAAGGCCAAGGTAGGGAACGACAGAGCTTCATCGCGTGGAGACCAAAACACTGATTGCG
ATTTACTCGTCCGAAACGGCGCCGTTGGGATTACGGCGAGAGGAGAGCTAGCAACAGACG
TCTTATCACTCGGATCTGTTTCTGCTCAGGGAACCGTTGATCTTCTCTTCGCCTGTGCTC
CTCCGTCGCTGTTACGTGGCCTCGCTAGTGGAGCCCAAGGAGTAATGGGCCTTTCCAAGG
CCCAGATCTCTCTCCCTTCCCAACTCGCCGCGGAAACTAACGGTCCCCGTCGTTTAACGG
TTTATCTCTCGCCGTCGAACGGCGTCGTGTCGACGAG

QA 1 637 1 637
DS 

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GGACTCAATCAATCACACTTGTAATGGCTTCTTCTTCTTGTCTGAATCTCCTCGTCTTCT
CATTCCTCTCCGTTCTACTCATTACTAAATCTCAGATCTCTGATTCGGTCAACGGTGTCG
TTTTTCCTGTTACTCGAGACCTATCAACAGGTCAATACCTCGCAGAGATTCGCCTTGGTG
ATTCGCCGGAGCCAGTTAAGCTCGTCGTGGATCTCTCCGGTCCGCTTCTATGGTTCGATT
GCTCCTCGGGGCATCTTTCCACGTCACGAAGTCTGATCTCAGGAAGCTCAAGCGGTTGTC
TGAAGGCCAAGGTAGGGAACGACAGAGCTTCATCGCGTGGAGACCAAAACACTGATTGCG
ATTTACTCGTCCGAAACGGCGCCGTTGGGATTACGGCGAGAGGAGAGCTAGCAACAGACG
TCTTATCACTCGGATCTGTTTCTGCTCAGGGAACCGTTGATCTTCTCTTCGCCTGTGCTC
CTCCGTCGCTGTTACGTGGCCTCGCTAGTGGAGCCCAAGGAGTAATGGGCCTTTCCAAGG
CCCAGATCTCTCTCCCTTCCCAACTCGCCGCGGAAACTAACGGTCCCCGTCGTTTAACGG
TTTATCTCTCGCCGTCGAACGGCGTCGTGTCGACGAGTTCGGTGGAGGATGTTTTCGGAA
CGGAGGCGTCTAGATTGCTGGTCTACACGCCTCTGTCACAAGCTCGACCGGCGGTTACTT
AATCAACGTCAAATCGATCAGAGTCAACGGGAGAGCTCTCGTG

QA 1 763 1 763
DS 



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TAACTACAAAGCTTCTGGTCGGAAGGAATCTGAAGTAGAGCGTGTTCTTTCTCCAAACCC
CATCATCGAGTTCCCCAAATCAAAGTCCAATACAAAACCTTCTAACTGTAACCCACCAAC
TGTAATCGGGCTGGCCCGGTTCGACCCGCCGTCTACAATTCCCAAGCATTGGACCCCACC
ACCAACATCCACCAATAGATTCTTCCCTTGAATCCTCCACCTCACCATCTCGCTTTGTAA
CGCCAGATCAACCGCCGGAAACTCCACCTCATCCGAAGACGTACTCGTCAAGCAGAGACT
GAACGGTGCTACGGGAGGCACCGATCTGGCGTTAGTCGCAGCGTTAACGTAAGCTTCCGC
AAACACCGCGTAGATCGAGCTATCAAGCGTCGTGTAAGGAACCAACGTGCTTAGCTCTGC
CGATAACGTACCGTCCACGGAGAGCTTCTTCCCGTTGACTCTGATCGATTTGACGTTGAT
TAAGTAACCGCCGGTCAGCTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1H334JQ U 1
AF RR1EN88JQ U 53
BS 1 408 RR1H334JQ
BS 409 685 RR1EN88JQ

RD RR1H334JQ 408 0 0
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TGAGCAGAGTTGCTTACAGTAACTCATGTAAGAAACGGTACCCTTATGTCACACAACACA
CAACAACCAAAGAGCGTAAAACTGACAAATATCTACCGTGTTAAACAAGATGTTTTGTTT
TAACTACAAAGCTTCTGGTCGGAAGGAATCTGAAGTAGAGCGTGTTCTTTCTCCAAACCC
CATCATCGAGTTCCCCAAATCAAAGTCCAATACAAAACCTTCTAACTGTAACCCACCAAC
TGTAATCGGGCTGGCCCGGTTCGACCCGCCGTCTACAATTCCCAAGCATTGGACCCCACC
ACCAACATCCACCAATAGATTCTTCCCTTGAATCCTCCACCTCACCAT

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR1EN88JQ 633 0 0
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ACAACACACAACAACCAAAGAGCGTAAAACTGACAAATATCTACCGTGTTAAACAAGATG
TTTTGTTTTAACTACAAAGCTTCTGGTCGGAAGGAATCTGAAGTAGAGCGTGTTCTTTCT
CCAAACCCCATCATCGAGTTCCCCAAATCAAAGTCCAATACAAAACCTTCTAACTGTAAC
CCACCAACTGTAATCGGGCTGGTCCGGTTCGACCCGCCGTCTACAATTCCCAAGCATTGG
ACCCCACCACCAACATCCACCAATAGATTCTTCCCTTGAATCCTCCACCTCACCATCTCG
CTTTGTAACGCCAGATCAACCGCCGGAAACTCCACCTCATCCGAAGACGTACTCGTCAAG
CAGAGACTGAACGGTGCTACGGGAGGCACCGATCTGGCGTTAGTCGCAGCGTTAACGTAA
GCTTCCGCAAACACCGCGTAGATCGAGCTATCAAGCGTCGTGTAAGGAACCAACGTGCTT
AGCTCTGCCGATAACGTACCGTCCACGGAGAGCTTCTTCCCGTTGACTCTGATCGATTTG
ACGTTGATTAAGTAACCGCCGGTCAGCTTGTTG

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 4

CO CL2507Contig1 891 4 9 U
TTTTTTTTGTCCTTTTGACAGATGGCTAGATTCCTTCTTCTCTGTTTCCTCTTCGCGGCG
GCGCTGACGTCATCATTGACAGAAGCGGGCGACGACAACAGAGTCTACTCGCCTTGCTCA
GACTCTACCGTCGCGATCGGTGATGGCTTCACTTTCGGCATTGCTTTCGCGGCGAGAGAT
TCTTTCTTCGGCACCAACCGTTCAGTTCAGTACTCTCCCTGCGATCGTCGCCGCCTCTCC
CTCAGCGGAAACTCCGAGCTCGCCGTGTTCAGACCTAAAGTCGATGAGATCACACTCCTT
ACCATCAACACCTCCTCGAACTCCTCTAGTTTCCGACCGAATTCCTCAAAGGGATATATG
GTAGCATTCGCTGGTGCGAAGTACGCAGCAAGATCAGTTCCTATTATGGTTGCAGACAAC
GATCACGTCGTCACAAGCTTCACCCTTGTTCTCGAGTTCCAGAAAGGCAGGCTCAAGAAC
TTGTTCTGGAAGAAAGACGGATGCTCCAAATGTTCCGGAAATACCAAATTCGTGTGCCTC
AACAAAGACCAATGCGCGATTAAAAGGCAAAGCTGCAAGAACCAAGGAGGGCAAGTAGAT
TGCAGCTTGGGGATCCAGTTGGCGTTCTCCGGCACGGATAGACACTACACCGCGATGAAC
TCGTGGTACGAGGTTGCGAATCTGAAGCAGTACTCGCTTTATGGCTTATACTCTAATCTC
AAGAATTCACTAAGCAGCCAATTCGGTAACTTCTTCTAATGAGTTTCTTTCTTCTTATGT
GGGTTGATGCTTTTGTAAGTTTGTATTATTACGTCGTCTCTTGCCCATGATATATATTTA
CTGTATTTTATTACATGGCTTGTAACTTTTCTATGAATGATGATTTACGCG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1FR71TF U 1
AF RR1GW27TF U 2
AF RR1GW27JQ C 319
AF RR1FR71JQ C 51
BS 1 339 RR1FR71TF
BS 340 340 RR1GW27TF
BS 341 474 RR1FR71TF
BS 475 475 RR1GW27TF
BS 476 522 RR1FR71TF
BS 523 523 RR1GW27TF
BS 524 562 RR1FR71TF
BS 563 700 RR1GW27TF
BS 701 891 RR1FR71JQ

RD RR1FR71TF 562 0 0
TTTTTTTTGTCCTTTTGACAGATGGCTAGATTCCTTCTTCTCTGTTTCCTCTTCGCGGCG
GCGCTGACGTCATCATTGACAGAAGCGGGCGACGACAACAGAGTCTACTCGCCTTGCTCA
GACTCTACCGTCGCGATCGGTGATGGCTTCACTTTCGGCATTGCTTTCGCGGCGAGAGAT
TCTTTCTTCGGCACCAACCGTTCAGTTCAGTACTCTCCCTGCGATCGTCGCCGCCTCTCC
CTCAGCGGAAACTCCGAGCTCGCCGTGTTCAGACCTAAAGTCGATGAGATCACACTCCTT
ACCATCAACACCTCCTCGAACTCCTCTAGTTTCCGACCGGATTCCTCAAAGGGATATATG
GTAGCATTCGCTGGTGCGAAGTACGCAGCAAGATCAGTTCCTATTATGGTTGCAGACAAC
GATCACGTCGTCACAAGCTTCACCCTTGTTCTCGAGTTCCAGAAAGGCAGGCTCGAGAAC
TTGTTCTGGAAGAAAGACGGATGCTCCAAATGTTCCGGAAATGCCAAATTCGTGTGCCTC
AACAAAGACCAATGCGCGATTA

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1GW27TF 699 0 0
TTTTTTTGTCCTTTTGACAGATGGCTAGATTCCTTCTTCTCTGTTTCCTCTTCGCGGCGG
CGCTGACGTCATCATTGACAGAAGCGGGCGACGACAACAGAGTCTACTCGCCTTGCTCAG
ACTCTACCGTCGCGATCGGTGATGGCTTCACTTTCGGCATTGCTTTCGCGGCGAGAGATT
CTTTCTTCGGCACCAACCGTTCAGTTCAGTACTCTCCCTGCGATCGTCGCCGCCTCTCCC
TCAGCGGAAACTCCGAGCTCGCCGTGTTCAGACCTAAAGTCGATGAGATCACACTCCTTA
CCATCAACACCTCCTCGAACTCCTCTAGTTTCCGACCGAATTCCTCAAAGGGATATATGG
TAGCATTCGCTGGTGCGAAGTACGCAGCAAGATCAGTTCCTATTATGGTTGCAGACAACG
ATCACGTCGTCACAAGCTTCACCCTTGTTCTCGAGTTCCAGAAAGGCAGGCTCAAGAACT
TGTTCTGGAAGAAAGACGGATGCTCCAAATGTTCCGGAAATACCAAATTCGTGTGCCTCA
ACAAAGACCAATGCGCGATTAAAAGGCAAAGCTGCAAGAACCAAGGAGGGCAAGTAGATT
GCAGCTTGGGGATCCAGTTGGCGTTCTCCGGCACGGATAGACACTACACCGCGATGAACT
CGTGGTACGAGGTTGCGAATCTGAAGCAGTACTCGCTTT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1GW27JQ 363 0 0
AACTCCTCTAGTTTCCGACCGAATTCCTCAAAGGGATATATGGTAGCATTCGCTGGTGCG
AAGTACGCAGCAAGATCAGTTCCTATTATGGTTGCAGACAACGATCACGTCGTCACAAGC
TTCACCCTTGTTCTCGAGTTCCAGAAAGGCAGGCTCAAGAACTTGTTCTGGAAGAAAGAC
GGATGCTCCAAATGTTCCGGAAATACCAAATTCGTGTGCCTCAACAAAGACCAATGCGCG
ATTAAAAGGCAAAGCTGCAAGAACCAAGGAGGGCAAGTAGATTGCAGCTTGGGGATCCAG
TTGGCGTTTTCCGGCACGGATAGACACTACACCGCGATGAACTCGTGGTACGAGGTTGGG
AAT

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR1FR71JQ 841 0 0
CTTCGCGGCGGCGCTGACGTCATCATTGACAGAAGCGGGCGACGACAACAGAGTCTACTC
GCCTTGCTCAGACTCTACCGTCGCGATCGGTGATGGCTTCACTTTCGGCATTGCTTTCGC
GGCGAGAGATTCTTTCTTCGGCACCAACCGTTCAGTTCAGTACTCTCCCTGCGATCGTCG
CCGCCTCTCCCTCAGCGGAAACTCCGAGCTCGCCGTGTTCAGACCTAAAGTCGATGAGAT
CACACTCCTTACCATCAACACCTCCTCGAACTCCTCTAGTTTCCGACCGGATTCCTCAAA
GGGATATATGGTAGCATTCGCTGGTGCGAAGTACGCAGCAAGATCAGTTCCTATTATGGT
TGCAGACAACGATCACGTCGTCACAAGCTTCACCCTTGTTCTCGAGTTCCAGAAAGGCAG
GCTCGAGAACTTGTTCTGGAAGAAAGACGGATGCTCCAAATGTTCCGGAAATGCCAAATT
CGTGTGCCTCAACAAAGACCAATGCGCGATTAAAAGGCAAAGCTGCAAGAACCAAGGAGG
GCAAGTAGATTGCAGCTTGGGGATCCAGTTGGCGTTCTCCGGCACGGATAGACACTACAC
CGCGATGAACTCGTGGTACGAGGTTGCGAATCTGAAGCAGTACTCGCTTTATGGCTTATA
CTCTAATCTCAAGAATTCACTAAGCAGCCAATTCGGTAACTTCTTCTAATGAGTTTCTTT
CTTCTTATGTGGGTTGATGCTTTTGTAAGTTTGTATTATTACGTCGTCTCTTGCCCATGA
TATATATTTACTGTATTTTATTACATGGCTTGTAACTTTTCTATGAATGATGATTTACGC
G

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 4

CO CL2508Contig1 710 4 3 U
AGAAATTTAATAGTGAGATTTGTGAAATCATTATTAAGTTAACAATAAACAAAATATAAT
TTGGTTTTGTCTTCCCACCTCGGAAATTACATAACAGAATACAGATAATTTTGAGAAATA
CATACACAACTCTTCAAAAGTGGGACTTAAATACAAAACCAAAATGAATACACATTTGAT
TAATCATTGTGAAGCAGCAGCTGAAATGTGGTTTGGAGACCTGATGATCAGTAAGGGTTT
CTATGTGGAGTAAAACGAGGATGGTTTAAAAGAGGTTGAAGTGCCTTCACCACAATGCTC
ATGTTTGGTCTAAAGTTTGCCTCATACCGCACGCACAGGGCAGCCACCGCAGCTAGCTTG
GCAACAGCTTTGGAAGGGTACTCTCCGAGTAATCTTGCATCAACACATAGCTTCACCTTG
TCTTCCCTCAGTTTAGGGGTTGCCCATGTCACTAGACTTTGTTGTCCACGAGGTAAGGTA
TGGTCGACTGGTTTACGACCAGTAAGGAGCTCCAACAGAACAACGCCAAAACTGTACACG
TCGCTCTTTGTGCTCAATGTTCCAGTCATTGCATACTCAGGAGCGTGATAGCCAAAGGTT
CCTAGGACACGAGTTGAGTGAAGCCGAGCAGCCATGTCAGGCGCTTGATTAGAGAGATCG
AAATCACCAATCTTGGCAACATCATCATCAAACAGAAGCACGTTGCTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG87JQ U 1
AF RR1A821JQ U 36
AF RR1D686JQ U 61
AF RR1CG87TF C 12
BS 1 624 RR1CG87JQ
BS 625 658 RR1A821JQ
BS 659 710 RR1CG87TF

RD RR1CG87JQ 624 0 0
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TTGGTTTTGTCTTCCCACCTCGGAAATTACATAACAGAATACAGATAATTTTGAGAAATA
CATACACAACTCTTCAAAAGTGGGACTTAAATACAAAACCAAAATGAATACACATTTGAT
TAATCATTGTGAAGCAGCAGCTGAAATGTGGTTTGGAGACCTGATGATCAGTAAGGGTTT
CTATGTGGAGTAAAACGAGGATGGTTTAAAAGAGGTTGAAGTGCCTTCACCACAATGCTC
ATGTTTGGTCTAAAGTTTGCCTCATACCGCACGCACAGGGCAGCCACCGCAGCTAGCTTG
GCAACAGCTTTGGAAGGGTACTCTCCGAGTAATCTTGCATCAACACATAGCTTCACCTTG
TCTTCCCTCAGTTTAGGGGTTGCCCATGTCACTAGACTTTGTTGTCCACGAGGTAAGGTA
TGGTCGACTGGTTTACGACCAGTAAGGAGCTCCAACAGAACAACGCCAAAACTGTACACG
TCGCTCTTTGTGCTCAATGTTCCAGTCATTGCATACTCAGGAGCGTGATAGCCAAAGGTT
CCTAGGACACGAGTTGAGTGAAGC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1A821JQ 623 0 0
AG
GTTAACAATAAACAAAATATAATTTGGTTTTGTCTTCCCACCTCGGAAATTACATAACAG
AATACAGATAATTTTGAGAAATACATACACAACTCTTCAAAAGAGGGACTTAAATACAAA
ACCAAAATGAATACACATTTGATTAATCATTGTGAAGCAGCAGCTGAAATGTGGTTTGGA
GACCTGATGATCAGTAAGGGTTTCTATGTGGAGTAAAACGAGGATGGTTTAAAAAAGGTT
GAAGTGCCTTCACCACAATGCTCATGTTTGGTCTAAAGTTTGCCTCATACTGCACGCACA
GGGCAGCCACCGCAGCTAGCTTGGCAACAGCTTTGGAAGGGTACTCTCCGAGTAATCTTG
CATCAACACATAGCTTCACCTTGTCTTCCCTCAGTTTAGGGGTTGCCCATGTCACTAAAC
TTTGTTGTCCACGAGGTAAGGTATGGTCGACTGGTTTACGACCAGTAAGGAGCTCCAACA
GAACAACGCCAAAACTGTACACGTCGCTCTTTGTGCTCAATGTTCCAGTCATTGCATACT
CAGGAGCGTGATAGCCAAAGGTTCCTAGGACACGAGTTGAGTGAAGCCGAGCAGCCATGT
CAGGCGCTTGATTAGAGAGAT

QA 3 623 3 623
DS 

RD RR1D686JQ 545 0 0
TTGGTTTTA
TCTTCCCACCTCGGAAATTACATAACAAAATACAGATAATTTTGAAAAATACATACACAA
CTCTTCAAAAGTGGGACTTAAATGCAAAACCAAAATGAATACACATTTGATTAATCATTG
TGAAGCAGCAGCTGAAATGTGGTTTGGAAACCTGATGATCAGTAAGGGTTTCTATGTGGA
GTAAAACGAGGATGGTTTAAAAAAGGTTGAAGTGCCTTCACCACAATGCTCATGTTTGGT
CTAAAGTTTGCCTCATACTGCACGCACAGGGCAGCCACCGCAGCTAGCTTGGCAACGGCT
TTGGAAGGGTACTCTCCGAGTAATCTTGCATCAACACATAGCTTCACCTTGTCTTCCCTC
AGTTTAGGGGTTGCCCATGTCACTAAACTTTGTTGTCCACGAGGTAAGGTATGGTCGACT
GGTTTACGACCAGTAAGGAGCTCCAGCAAAACAACGCCAAAACTGTACACGTCGCTCTTT
GTGCTCAACGTTCCCGTCATTGCATACTCAGGAGCGTGATAGCCAAAGGTTCCTAG

QA 10 545 10 545
DS 

RD RR1CG87TF 699 0 0
AGTGAGATTTGTGAAATCATTATTAAGTTAACAATAAACAAAATATAATTTGGTTT*GTC
TTCCCACCTCGGAAATTACATAACAGAATACAGATAATTTTGAGAAATACATACACAACT
CTTCAAAAGTGGGACTTAAATACAAAACCAAAATGAATACACATTTGATTAATCATTGTG
AAGCAGCAGCTGAGATGTGGTTTGGAGACCTGATGATCAGTAAGGGTTTCTATGTGGAGT
AGAACGAGGATGGTTTAGAAGAGGTTGAAGTGCCTTCACCACAATGCTCATGTTTGGTCT
AAAGTTTGCCTCATACCGCACGCACAGGGCAGCCACCGCAGCTAGCTTGGCAACAGCTTT
GGAAGGGTACTCTCCGAGTAATCTTGCATCAACACATAGCTTCACCTTGTCTTCGCTCAG
TTTAGGGGTTGCCCATGTCACTAGACTTTGTTGTCCACGAGGTAAGGTATGGTCGACTGG
TTTACGACCAGTAAGGAGCTCCAACAGAACAACGCCAAAACTGTACACGTCGCTCTTTGT
GCTCAATGTTCCAGTCATTGCATACTCAGGAGCGTGATAGCCAAAGGTTCCTAGGACACG
AGTTGAGTGAAGCCGAGCAGCCATGTCAGGCGCTTGATTAGAGAGATCGAAATCACCAAT
CTTGGCAACATCATCATCAAACAGAAGCACGTTGCTGGC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 4

CO CL2509Contig1 759 4 4 U
GCCGTCTACCACGGAGGAGGCAAGATGAAGCTGATTGATCGGAGACTGAGGCAAACGGAG
CTGCTCCTACGCTGCCCTGTCACTGCTCTTGCTCTCCTCGCGCTTATTCTGATTGTTACA
GACACTCAGGTCAAGCGAATCTTCAGTGTCGAGAAGAGGGCTAAGTACACCAACATGAAG
TCGCTTGTGTTCTTAGTGGTCGCCAATGGGATAGCTGCGTTGTACTCATTATTGCAGTTG
GTTCGTTGCGTGATGGGTTCGATGAAAGGAAGCGTTTTGTTCAACAAGCCTCTAGCTTGG
GCCACTTTCTCCGGCGATCAGGCGATGGCTTACATGAGTGTGGCGGCTATAGCAGCAGCA
TCAGAGTCTGGTATTATTGGAATAAGAGGTGAGGACGAGCTGCAATGGATGAAGGTGTGC
AATATGTTTGGCAAGTTCTGCAACCGAGGAGCTGGTGGAGTAGCCAGCGCCATGCTTGCT
TCCGTTGCTATGGTTTTGGTCTCTTGCATTTCTGCTTTTAGTCTCTTCCGCTTGTATGGT
GCCACCACCCAGAGACCACCAAACTTAGCCGTGGTGAAGTGAAAGGACCCATCCTCTGTC
TTTAATAGTGTTGAAATGTTATTCTTAAGAATCCAAAAAAAAAGAAGAGTGTGAAAGTGT
AGGCCTTTTAAAATGATGATGTTCTTTGTGATAATGAAATACTATATGTAAAACTGGACC
TAGTGCTGTGATCAATAGCAAAACTCTATATCCTAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CA19JQ C 143
AF RR1CA19TF U 1
AF RR1BI25JQ C 315
AF RR1BI25TF U 315
BS 1 406 RR1CA19TF
BS 407 407 RR1BI25TF
BS 408 634 RR1CA19TF
BS 635 759 RR1BI25TF

RD RR1CA19JQ 378 0 0
TCAGTGTCGAGAAGAGGGCTAAGTACACCAACATGAAGTCGCTTGTGTTCTTAGTGGTCG
CCAATGGGATAGCTGCGTTGTACTCATTATTGCAGTTGGTTCGTTGCGTGATGGGTTCGA
TGAAAGGAAGCGTTTTGTTCAACAAGCCTCTAGCTTGGGCCACTTTTTCCGGCGATCAGG
CGATGGCTTACATGAGTGTGGCGGCTATAGCAGCAGCATCAGAGTCTGGTATTATTGGAA
TAAGAGGTGAGGACGAGCTGCAATTGATGAAGGTGTGCAATATGTTTGGCAAGTTCTGCA
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CTTGCATTTCTGCTTTTA

QA 1 378 1 378
DS 

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CTGCTCCTACGCTGCCCTGTCACTGCTCTTGCTCTCCTCGCGCTTATTCTGATTGTTACA
GACACTCAGGTCAAGCGAATCTTCAGTGTCGAGAAGAGGGCTAAGTACACCAACATGAAG
TCGCTTGTGTTCTTAGTGGTCGCCAATGGGATAGCTGCGTTGTACTCATTATTGCAGTTG
GTTCGTTGCGTGATGGGTTCGATGAAAGGAAGCGTTTTGTTCAACAAGCCTCTAGCTTGG
GCCACTTTCTCCGGCGATCAGGCGATGGCTTACATGAGTGTGGCGGCTATAGCAGCAGCA
TCAGAGTCTGGTATTATTGGAATAAGAGGTGAGGACGAGCTGCAATTGATGAAGGTGTGC
AATATGTTTGGCAAGTTCTGCAACCGAGGAGCTGGTGGAGTAGCCAGCGCCATGCTTGCT
TCCGTTGCTATGGTTTTGGTCTCTTGCATTTCTGCTTTTAGTCTCTTCCGCTTGTATGGT
GCCACCACCCAGAGACCACCAAACTTAGCCGTGGTGAAGTGAAAGGACCCATCCTCTGTC
TTTAATAGTGTTGAAATGTTATTCTTAAGAATCC

QA 1 634 1 634
DS 

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TATTGGAATAAGAGGTGAGGACGAGCTGCAATGGATGAAGGTGTGCAATATGTTTGGCAA
GTTCTGCAACCGAGGAGCTGGTGGAGTAGCCAGCGCCATGCTTGCTTCCGTTGCTATGGT
TTTGGTCTCTTGCATTTCTGCTTTTAGTCTCTTCCGCTTGTATGGTGCCACCACCCAGAG
ACCACCAAACTTAGCCGTGGTGAAGTGAAAGGACCCATCCTCTGTCTTTAATAGTGTTGA
AATGTTATTCTTAAGAATCCAAAAAAAAAGAAGAGTGTGAAAGTGTAGGCCTTTTAAAAT
GATGATGTTCTTTGTGATAATGAAATACTATATGTAAAACTGGACCTAGTGCTGTGATCA
ATAGCAAAACTCTATATCCTAATCC

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1BI25TF 445 0 0
CGATCAGGCGATGGCTTACATGAGTGTGGCGGCTATAGCAGCAGCATCAGAGTCTGGTAT
TATTGGAATAAGAGGTGAGGACGAGCTGCAATGGATGAAGGTGTGCAATATGTTTGGCAA
GTTCTGCAACCGAGGAGCTGGTGGAGTAGCCAGCGCCATGCTTGCTTCCGTTGCTATGGT
TTTGGTCTCTTGCATTTCTGCTTTTAGTCTCTTCCGCTTGTATGGTGCCACCACCCAGAG
ACCACCAAACTTAGCCGTGGTGAAGTGAAAGGACCCATCCTCTGTCTTTAATAGTGTTGA
AATGTTATTCTTAAGAATCCAAAAAAAAAGAAGAGTGTGAAAGTGTAGGCCTTTTAAAAT
GATGATGTTCTTTGTGATAATGAAATACTATATGTAAAACTGGACCTAGTGCTGTGATCA
ATAGCAAAACTCTATATCCTAATCC

QA 1 445 1 445
DS 



AS 1 3

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GGGGAAGATGATTAATTCTCAACTGATGAGTACGTAAATTAATCAGTTTTTGTATAACAT
TCAGAAATTTCGATGATATATTAAGACTTGATTCCTAGAATTAAAGATCACATTTGCCTC
TTCAAATAAAATTAAAAAGACATTCACATATGAAACTTTTACATACACATATATATAGAG
AGAGAGAGCTACCGTGACTAGTAGATGATACTTAGACATGCTCATCGTTCTTGTAACTTT
CCAATAGAGGAGCCTTCTGTGAAGCTGATGGAGAATCAAGGTCATCTTCATTGGTGGCAT
CCTCGTTGTTAGCCTTATTGTCACCTTCGACCATAGCCACTTCCTTAGCTTTGCCCCACA
TAACAGTGTAAAACCCTGTCGTTATTACCGTTGCCCCGATCAAGCTGCCAATGTAGAGAG
AATCATGGAGGAAGATCACACCCATTGCAACCGCAATCGCAATCGACAGAGGCTTGAACA
TTGCAACAAATAAAGGCCCCTTGATCCTCAACGCCCACGTATGGATTGTATTGTTTATAC
AAGATCCAAAAACTCCCGAGCAAACGATTGACACCAAAGCTATATTTGGTTTTATCTTCC
ATGCATTCAAGTCATTCCCTTCAGTGAACAATGTGACAAGCCCGGTCCAAAAGCTCACGC
CTAAGCTATAGTAACAAACAACTGTGAACTCTGATGGATACTCTCTCATGATTTGAGTCT
GGACAATGTACCACAAAGGAACCATGAAATACTCGACGGAAAGGAACGCAGCACCAATGA
CCCAGTTATGGTTTGTGGACTGTGATCTCAAAGAAACGGACGGTGGTGACATAGCGATCA
CCACAGGACCATTGTAAAGAGTCACTATGAAAGCTCCTCCAATGGAAACTACGGTCCCTA
ACATTTTAGCCACACTACTTGTTCTTTTGAACGATACACTCTCCATCCTGAAAAGGATGG
CGAGCAAGAAGGTAAACGCAGGAGTGAGGTTGCTGATCGCAGAAGCAAGTGTTGGAGAGC
TATAATTAATTCCTGTGTACCCCATTATGTTTGAGCAGCATCCAATTAACCCTAGAACCA
CGATTTTGTAGAGAATTGAGAAATTCATTGGTGGGAGAGTTCTTGATCTGGAGGAAAAGA
ATATGGAAGGAAGGAGAAGAAGAGCAGCGAGACCGTAAGAGTAAACGATGAAGACATGGA
AGCTCATGCCTTGCAAAGTCGCTGCCTTGAACAGAGTGTTTAAACCAACGTTGGCACATT
CCATTATCACCAGCGCCATTACCGGCAACACCTCTCTCTGAAAGTATTTTCGCGCCATCT
TTACTCTCTCTATCTCCGCTCTCTGTTACTTTTGTAGATGTGGAGATTCGAAGGAGTGAT
TTTTTTTTTCTTAAACGAAGTGAAGATGTAAAGATGAGAAACAGAGTTGTTCTGTTTTTG
GAGGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E503JQ U 1
AF RR1EY38JQ U 75
AF RR1EY38TF C 699
BS 1 186 RR1E503JQ
BS 187 188 RR1EY38JQ
BS 189 289 RR1E503JQ
BS 290 290 RR1EY38JQ
BS 291 734 RR1E503JQ
BS 735 816 RR1EY38JQ
BS 817 1447 RR1EY38TF

RD RR1E503JQ 734 0 0
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TCAGAAATTTCGATGATATATTAAGACTTGATTCCTAGAATTAAAGATCACATTTGCCTC
TTCAAATAAAATTAAAAAGACATTCACATATGAAACTTTTACATACACATATATATAGAG
AGAGAG**CTACCGTGACTAGTAGATGATACTTAGACATGCTCATCGTTCTTGTAACTTT
CCAATAGAGGAGCCTTCTGTGAAGCTGATGGAGAATCAAGGTCATCTTCGTTGGTGGCAT
CCTCGTTGTTAGCCTTATTGTCACCTTCGACCATAGCCACTTCCTTAGCTTTGCCCCACA
TAACAGTGTAAAACCCTGTCGTTATTACCGTTGCCCCGATCAAGCTGCCAATGTAGAGAG
AATCATGGAGGAAGATCACACCCATTGCAACCGCAATCGCAATCGACAGAGGCTTGAACA
TTGCAACAAATAAAGGCCCCTTGATCCTCAACGCCCACGTATGGATTGTATTGTTTATAC
AAGATCCAAAAACTCCCGAGCAAACGATTGACACCAAAGCTATATTTGGTTTTATCTTCC
ATGCATTCAAGTCATTCCCTTCAGTGAACAATGTGACAAGCCCGGTCCAAAAGCTCACGC
CTAAGCTATAGTAACAAACAACTGTGAACTCTGATGGATACTCTCTCATGATTTGAGTCT
GGACAATGTACCAC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1EY38JQ 742 0 0
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AAAAGACATTCACATATGAAACTTTTACATACACATATATATAGAGAGAGAGAGCTACCG
TGACTAGTAGATGATACTTAGACATGCTCATCGTTCTTGTAACTTTCCAATAGAGGAGCC
TTCTGTGAAGCTGATGGAGAATCAAGGTCATCTTCATTGGTGGCATCCTCGTTGTTAGCC
TTATTGTCACCTTCGACCATAGCCACTTCCTTAGCTTTGCCCCACATAACAGTGTAAAAC
CCTGTCGTTATTACCGTTGCCCCGATCAAGCTGCCAATGTAGAGAGAATCATGGAGGAAG
ATCACACCCATTGCAACCGCAATCGCAATCGACAGAGGCTTGAACATTGCAACAAATAAA
GGCCCCTTGATCCTCAACGCCCACGTATGGATTGTATTGTTTATACAAGATCCAAAAACT
CCCGAGCAAACGATTGACACCAAAGCTATATTTGGTTTTATCTTCCATGCATTCAAGTCA
TTCCCTTCAGTGAACATTGTGACAAGCCCGGTCCAAAAGCTCACGCCTAAGCTATAGTAA
CAAACA*CTGTGAACTCTGATGGATACTCTCTCATGATTTGAGTCTGGACAATGTACCAC
AAAGGAACCATGAAATACTCGACGGAAAGGAACGCAGCACCAATGACCCAGTTATGGTTT
GTGGACTGTGATCTCAAAGAAA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1EY38TF 749 0 0
TACTCTCTCATGATTTGAGTCTGGACAATGTACCACAAAGGAACCATGAAATACTCGACG
GAAAGGAACGCAGCACCAATGACCCAGTTATGGTTTGTGGACTGTGATCTCAAAGAAACG
GACGGTGGTGACATAGCGATCACCACAGGACCATTGTAAAGAGTCACTATGAAAGCTCCT
CCAATGGAAACTACGGTCCCTAACATTTTAGCCACACTACTTGTTCTTTTGAACGATACA
CTCTCCATCCTGAAAAGGATGGCGAGCAAGAAGGTAAACGCAGGAGTGAGGTTGCTGATC
GCAGAAGCAAGTGTTGGAGAGCTATAATTAATTCCTGTGTACCCCATTATGTTTGAGCAG
CATCCAATTAACCCTAGAACCACGATTTTGTAGAGAATTGAGAAATTCATTGGTGGGAGA
GTTCTTGATCTGGAGGAAAAGAATATGGAAGGAAGGAGAAGAAGAGCAGCGAGACCGTAA
GAGTAAACGATGAAGACATGGAAGCTCATGCCTTGCAAAGTCGCTGCCTTGAACAGAGTG
TTTAAACCAACGTTGGCACATTCCATTATCACCAGCGCCATTACCGGCAACACCTCTCTC
TGAAAGTATTTTCGCGCCATCTTTACTCTCTCTATCTCCGCTCTCTGTTACTTTTGTAGA
TGTGGAGATTCGAAGGAGTGATTTTTTTTTTCTTAAACGAAGTGAAGATGTAAAGATGAG
AAACAGAGTTGTTCTGTTTTTGGAGGAAA

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 3

CO CL2511Contig1 639 3 1 U
GGGACTAACACAGTACCGCAACGTAACATGTTTTGGTCATTCCCGGAAGATACATGCGAT
CTGTACATAGTTTGTGGTCCTTACGCTTACTGTGACATGCACACGACGCCTACGTGTAAC
TGTATCAAAGGCTTCGTTCCCAAGAATGCGAGGGCATGGGAGTTGAGAGATGCGTCAAGT
GGTCGTGTGAGGAGCAAGAGGCTAAGCTGTGGAGAGGGAGATGGGTTTTTGAGGATGAGT
CAGATGAAGCTACCGGAGACAAGCGAAGCGGTTGTGGACGAGGTGATCGAGTTGAAGGAA
TGCAGGGAGAAGTGTGTTAGAGATTGTAACTGCACCGGGTATGCGAATATGGATAACATG
AATGGGTCGGGATGTGTGATGTGGACCGGAGAGCTCTTGGATATGCGGAAGTACGATGCT
GGAGGTCATGATATTTATGTCAAGGTAGCAGAAGCTAGTCTTGTCCCCTCGTAGATATGA
AGGATCCAATAATATGCTAAAACTTCAGGTGATTCGGATTTCATATGTAGATATCCGGAT
GCGATGTTTTTAGATATAATATCTAAAGTATCTAAAAATAAATGATGTGAAATCCTTATT
ATTTATGTATGTTTTATATCAATGAAACGTTTATTCATC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1CS89JQ C 1
AF RR1CS89TF U 1
AF RR1BZ03TF U 322
BS 1 639 RR1CS89TF

RD RR1CS89JQ 639 0 0
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CTGTACATAGTTTGTGGTCCTTACGCTTACTGTGACATGCACACGACGCCTACGTGTAAC
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GGAGGTCATGATATTTATGTCAAGGTAGCAGAAGCTAGTCTTGTCCCCTCGTAGATATGA
AGGATCCAATAATATGCTAAAACTTCAGGTGATTCGGATTTCATATGTAGATATCCGGAT
GCGATGTTTTTAGATATAATATCTAAAGTATCTAAAAATAAATGATGTGAAATCCTTATT
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QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1CS89TF 639 0 0
GGGACTAACACAGTACCGCAACGTAACATGTTTTGGTCATTCCCGGAAGATACATGCGAT
CTGTACATAGTTTGTGGTCCTTACGCTTACTGTGACATGCACACGACGCCTACGTGTAAC
TGTATCAAAGGCTTCGTTCCCAAGAATGCGAGGGCATGGGAGTTGAGAGATGCGTCAAGT
GGTCGTGTGAGGAGCAAGAGGCTAAGCTGTGGAGAGGGAGATGGGTTTTTGAGGATGAGT
CAGATGAAGCTACCGGAGACAAGCGAAGCGGTTGTGGACGAGGTGATCGAGTTGAAGGAA
TGCAGGGAGAAGTGTGTTAGAGATTGTAACTGCACCGGGTATGCGAATATGGATAACATG
AATGGGTCGGGATGTGTGATGTGGACCGGAGAGCTCTTGGATATGCGGAAGTACGATGCT
GGAGGTCATGATATTTATGTCAAGGTAGCAGAAGCTAGTCTTGTCCCCTCGTAGATATGA
AGGATCCAATAATATGCTAAAACTTCAGGTGATTCGGATTTCATATGTAGATATCCGGAT
GCGATGTTTTTAGATATAATATCTAAAGTATCTAAAAATAAATGATGTGAAATCCTTATT
ATTTATGTATGTTTTATATCAATGAAACGTTTATTCATC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1BZ03TF 318 0 0
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TGGACCGGAGAGCTCTTGGATATGCGGAAGTACGATGCTGGAGGTCATGATATTTATGCC
AAGGTAGCAGAAGCTAGTCTTGTCCCCTCGTAGATATGAAGGATCCGATAATATGCTAAA
ACTTCAGGTGATTCGGATTTCATATGTAGATATCCGGATGCGATGTTTTTAGATATAATA
TCTAAAGTATCTAAAAATAAATGATGTGAAATCCTTATTATTTATGTATGTTTTATATCA
ATGAAACGTTTATTCATC

QA 1 318 1 318
DS 



AS 1 4

CO CL2512Contig1 703 4 4 U
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GATACAATGAGAAACACACAAGTCGATGAGCTCTTTCCTACTTTTTTAACTCTTTATGTA
TCATTACATTGCGCTTTAGTAATTGCTTCGCTAAATTTGAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H535TF U 1
AF RR1BX06TF U 1
AF RR1AP75TF U 47
AF RR1AP75JQ C 185
BS 1 646 RR1BX06TF
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BS 648 691 RR1BX06TF
BS 692 703 RR1AP75TF

RD RR1H535TF 617 0 0
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CTTCGTCGCGTTTGTGTCTTCCTTCTTCCTCCACCGGGAAGATTGGCGTCCCTTCCGCTT
CGCTTTCTCTACGCTCGGGTTCGAGACGGGGAGCTTTTTCTCTCAGCTCTTCAACATCTG
CCTCAGCTTCTTCTCAGCTGCTCCATTGCTCCTTTCTCTCTTCACCTCTTTCCCTCTCTT
CCACATTTTCTGGTTTGTCCATTGCGTTTGATCTCAGCAGTGGAACCAGTGGTCTGAGTA
GCCAGAAACGCAGAGGGCTTGTGGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTGTGTCAAACTAAGA
GGAGCAGGTCAAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTTTGAGGATGAGAACCA
CCAGTGGTAGAGCCACCATCAAGCGCCGACGTGCCAAGGGTCGTTGGAATCTCTGCCCTA
AGTCCAACCCTAGCAGCGGCAAACGGGCTTGAATGTCCTTTCTCTCCTCACCCTATCTGT
AATCTTTTGTTTGATATGCTTCCTTTTTTCTTCTCTTTTTCTTGTGTGTTTCCGGCAGAA
GATACAATGAGAAACAC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1BX06TF 693 0 0
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CTTCGTCGCGTTTGTGTCTTCCTTCTTCCTCCACCGGGAAGATTGGCGTCCCTTCCGCTT
CGCTTTCTCTACGCTCGGGTTCGAGACGGGGAGCTTTTTCTCTCAGCTCTTCAACATCTG
CCTCAGCTTCTTCTCAGCTGCTCCATTGCTCCTTTCTCTCTTCACCTCTTTCCCTCTCTT
CCACATTTTCTGGTTTGTCCATTGCGTTTGATCTCAGCAGTGGAACCAGTGGTCTGAGTA
GCCAGAAACGCAGAGGGCTTGTGGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTGTGTCAAACTAAGA
GGAGCAGGTCAAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTTTGAGGATGAGAACCA
CCAGTGGTAGAGCCACCATCAAGCGCCGACGTGCCAAGGGTCGTTGGAATCTCTGCCCTA
AGTCCAACCCTAGCAGCGGCAAACGGGCTTGAATGTCCTTTCTCTCCTCACCCTATCTGT
AATCTTTTGTTTGATATGCTTCCTTTTTTCTTCTCTTTTTCTTGTGTGTTTCCGGCAGAA
GATACAATGAGAAACACACAAGTCGATGAGCTCTTTCCTACTTTTT*AACTCTTTATGTA
TCATTACATTGCGCTTTAGTAATTGCTTCGC
AT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1AP75TF 657 0 0
G
GTTGTTTCTTCGGCTTCGTCGCGTTTGTGTCTTCCTTCTTCCTCCACCGGGAAGATTGGC
GTCCCTTCCGCTTCGCTTTCTCTACGCTCGGGTTCGAGACGGGGAGCTTTTTCTCTCAGC
TCTTCAACATCTGCCTCAGCTTCTTCTCAGCTGCTCCATTGCTCCTTTCTCTCTTCACCT
CTTTCCCTCTCTTCCACATTTTCTGGTTTGTCCATTGCGTTTGATCTCAGCAGTGGAACC
AGTGGTCTGAGTAGCCAGAAACGCAGAGGGCTTGTGGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTG
TGTCAAACTAAGAGGAGCAGGTCAAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTTTG
AGGATGAGAACCACCAGTGGTAGAGCCACCATCAAGCGCCGACGTGCCAAGGGTCGTTGG
AATCTCTGCCCTAAGTCCAACCCTAGCAGCGGCAAACGGGCTTGAATGTCCTTTCTCTCC
TCACCCTATCTGTAATCTTTTGTTTGATATGCTTCCTTTTTTCTTCTCTTTTTCTTGTGT
GTTTCCGGCAGAAGATACAATGAGAAACACACAAGTCGATGAGCTCTTTCCTACTTTTTT
AACTCTTTATGTATCATTACATTGCGCTTTAGTAATTGCTTCGCTAAATTTGAACC

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR1AP75JQ 519 0 0
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GAAACGCAGAGGGCTTGTGGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTGTGTCAAACTAAGAGGAG
CAGGTCAAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTTTGAGGATGAGAACCACCAG
TGGTAGAGCCACCATCAAGCGCCGACGTGCCAAGGGTCGTTGGAATTTCTGCCCTAAGTC
CAACCCTAGCAGCGGCAAACGGGCTTGAATGTCCTTTCTCTCCTCACCCTATCTGTAATC
TTTTGTTTGATATGCTTCCTTTTTTCTTCTCTTTTTCTTGTGTGTTTCCGGCAGAAGATA
CAATGAGAAACACACAAGTCGATGAGCTCTTTCCTACTTTTTTAACTCTTTATGTATCAT
TACATTGCGCTTTAGTAATTGCTTCGCTAAATTTGAACC

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 4

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GGGAAAAGACTGTTGAGTTCATCCTTTTACTACTCGGACGTCACCGAGAAATTTCTATCT
GTAAATGATCTTTGTTCATCACAGTACCATATTGCATCAACAAGAAGTGGAATAACTGCG
AAAAAGACATCATCATCGTCATCGAACTACAGTCCGAGCTTTCCCTCATCGAGTCGTCAC
ACACAATCTGCTGCCAAGGCTCTCAAGGAGAGCGTGGACGTTGTCGCTTCTTCGGTGCAG
CCATGGCTGCCTCCTGGATCTGATCAGGAACTGGAAGAGGAAAGCTACTACGAGGATGAT
ACCGTTGAGGCACTCCTGTTGCTGCGGAGGTCTTTGTTAGAAAAACAGTGGAATCTTTCC
TTTGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATTCCAGTAACCTGTTCAGGGATTTCTGCCCGGCAA
AGGAGAATCGGTGCTAAGAAGAAAACCAATATTAAAGTGGTTTCAGAGATGAATTCAGAC
TTGTTCCAAAACAACCGTGTCAAGAAAGGGTTATGTGAAGGGTGTCATAAGTGACGATGT
TCTTAGTCACGCTGAAGTCGTGCGCTTGTCCAAGAAAATCAAATCTGGCCTCCGTCTTGA
TGATCACAAATCAAGATTGAAGGATAGATTAGGATGTGAGCCTTCTGACGAACAGCTGGC
AGTATCCTTGAAGATATCTCGTGCTGAGCTGCAGGCATGGTTGATGGAGTGTCATCTAGC
TAGGGAGAAATTAACTATGAGCAACGTTCGTTTGGTTATGTCTATTGCTCAGCGTTACGA
TAATATGGGAGCAGAGATGTCTGACCTTGTTCAGGGTGGTCTTATTGGACTTTTGCGGGG
AATAGAGAAATTTGATTCTTCCAAAGGTTTCAGAATCTCAACTTATGTATACTGGTGGAT
TCGACAGGGTGTCTCAAGAGCATTAGTGGACAACTCACGAACCTTGAGGTTGCCTACTCA
CCTGCATGAAAGGCTAGGCCTAATCCGAAACGCAAAGCTTAGACTTCAAAAGAAAGGAAT
CACACCCTCCATTGATCGGATTGCAGAGTCACTAAACATGTCTCAGAAGAAAGTTAGAAA
TGCAACAGAGGCTGTAAGTAAAATATTTTCCCTAGACAGAGATGCATTTCCTTCTTTGAA
CGGTCTCCCTGGAGAAACCCATCACAGCTACATTGCGGATAATCGTTTGGAGAACAATCC
GTGGCACGGGTACGATGAATGGGCACTCAAGGATGAAGTGAGCAAGCTTATAAGTGCAAC
ACTTGGAGAACGGGAAAGGGAAATTATTAGGTTATACTATGGTCTAGACAAAGAATGTCT
CACATGGGAAGACATTAGCAAACGGATAGGATTATCGAGAGAGAGGGTTAGACAGGTGGG
GCTTGTGGCGCTCGAGAAACTAAAACACGCAGCGAGGAAGAGGAAAATGGAGGCAATGAT
CCTCAAGAATTGATTTTGTTTTTGTACATTTTTATTACATGAGAGCCATAGAGAGAGTGA
CTGTGAATGTTGTATATAGACAGGGAACAAAAGGGGAATACTCTCTTTATTCTATCTTCC
TTGCTTCTTATGTAATCTGAGCTGAGAAACAAAGACAGTGATGTAATATTGGCTTCAGGT
TACTTACTCATCTATCTCTATTTCATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AX26TF U 1
AF RR1H383TF U 614
AF RR1AX26JQ C 939
AF RR1H383JQ C 1307
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GTAAATGATCTTTGTTCATCACAGTACCATATTGCATCAACAAGAAGTGGAATAACTGCG
AAAAAGACATCATCATCGTCATCGAACTACAGTCCGAGCTTTCCCTCATCGAGTCGTCAC
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TTTGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATTCCAGTAACCTGTTCAGGGATTTCTGCCCGGCAA
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TTGTTCCAAAACAACCGTGTCAAGAAAGGGTTATGTGAAGGGTGTCATAAGTGACGATGT
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GAT

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G
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CTATGAGCAACGTTCGTTTGGTTATGTCTATTGCTCAGCGTTACGATAATATGGGAGCAG
AGATGTCTGACCTTGTTCAGGGTGGTCTTATTGGACTTTTGCGGGGAATAGAGAAATTTG
ATTCTTCCAAAGGTTTCAGAATCTCAACTTATGTATACTGGTGGATTCGACAGGGTGTCT
CAAGAGCATT

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TTC
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ATAAGTGCAACACTTGGAGAACGGGAAAGGGAAATTATTAGGTTATACTATGGTCTAGAC
AAAGAATGTCTCACATGGGAAGACATTAGCAAACGGATAGGATTATCGAGAGAGAGGGTT
AGACAGGTGGGGCTTGTGGCGCTCGAGAAACTAAAACACGCAGCGAGGAAGAGGAAAATG
GAGGCAATGATCCTCAAGAATTGATTTTGTTTTTGTACATTTTTATTACATGAGAGCCAT
AGAGAGAGTGACTGTGAATGTTGTATATAGACAGGGAACAAAAGGGGAATACTCTCTTTA
TTCTATCTTCCTTGCTTCTTATGTAATCTGAGCTGAGAAACAAAGACAGTGATGTAATAT
TGGCTTCAGGTTACTTAC
CC

QA 4 501 4 501
DS 



AS 1 4

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CCTATATTGTATAATAATATCAAAAAGAGCCCTGGTCCCCAGAGACGAGGTCGTATATAC
CTCTTTACATAATCACATACTGTTTTATTAGTAAATTTTAGTTTGTTTGTTTTTCTTACA
ATCCAAGCTGGACAGGCACGTTGGCTTCTTGAATCCAGTTAACCGGAGTCAACCATTTAG
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CAGCAGTGTTAGCTCCTGGTCCACGGTTATTGAACTCAATGTATTTAGCTGTTTTGTGGT
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CAATAATAACGGTGGTGGAAAATTTCTTCCACGGGCGTCCTAGGTACGATTTGGTGGTTA
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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C891JQ U 99
AF RR1D191TF C 1
AF RR1CA12JQ U 6
AF RR1CA12TF C 6
BS 1 5 RR1D191TF
BS 6 708 RR1CA12JQ

RD RR1C891JQ 303 0 0
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ATGTATTTAGCTGTTTTGTGGTTAGCTTCTCCTTTCCATTCTGACCATCCTTCTGGCTTA
ATC

QA 1 303 1 303
DS 

RD RR1D191TF 666 0 0
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CAGCAGTGTTAGCTCCTGGTCCACGGTTATTGAACTCAATGTATTTAGCTGTTTTGTGGT
TAGCTTCTCCTTTCCATTCTGACCATCCTTCTGGCTTAATCACATCACTAATCTCAGTTC
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AATCG
C

QA 1 665 1 665
DS 

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DS 

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TACATAATCACATACTGTTTTATTAGTAAATTTTAGTTTGTTTGTTTTTCTTACAATCCA
AGCTGGACAGGCACGTTGGCTTCTTGAATCCAGTTAACCGGAGTCAACCATTTAGCGACG
GTGTACTTTTCAACCTCAGCCGCAGACTTAGCGATCTTAGCCCAAGGAACCCTAGCAGCA
GTGTTAGCTCCTGGTCCACGGTTATTGAACTCAATGTATTTAGCTGTTTTGTGGTTAGCT
TCTCCTTTCCATTCTGACCATCCTTCTGGCTTAATCACATCACTAATCTCAGTTCCAATA
ATAACGGTGGTGGAAAATTTCTTCCACGGGCGTCCTAGGTACGATTTGGTGGTTAGTTTC
TCAGCTTCGAGATCTTTGTCTGCCATGATACGGCAGTTCTGAAGAACGATACCGATCTTG
ACCGCTTCACCTTTCATGTTACCGTCGGCTGTTACGTAGTGGGCCTGTCCCTGGCTACCC
TTTCTGATGAGGATTAGAGAGTTTTGGATCACGGTAGCAGATTTTCCGAAGATGAAATCG
ACTGTACCGGATACAACAATGTTCCTGTAGAACTGACGTCCGC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 4

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AAAAAGTTGGTTGTGACTTTGATGTCCTATGTAAGGTTAAGACAAAGTTTGATTGCTTTA
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FW51TF U 1
AF RR1G186TF U 1
AF RR1FW51JQ C 36
AF RR1G186JQ C 376
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BS 627 685 RR1G186TF
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RD RR1FW51TF 626 0 0
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TCTGACAAATGACCTGTGTAGCTTTA

QA 1 626 1 626
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ACACTCTGTTGCTTAAAAAAGAGAGAGTAAGAGATACACAATTAATCACCACTTTTAAAT
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TATTACATTCATTGAAGAAATATTTTTCGTAACCATATGTTAGGAATTTTAAAAATTTAT
GATTTTCTATTAACTTATAAATATATATAGCTACTTTGCAAAACTTACATTTACGACTTT
AGGTCCTACGAATATAACTCCATGATATTAATCTTCAGCTGTGTTCATCTCATATATGAT
ATGCCTTCACTCGTGGTGGTTTGTAATAAATTTTACATTAGGTCCCTGATTGTTATGCAT
TTAACATAGTACATCATTACAGAAAAAGTGTAAATTATAAATAAGTGAAGATTTAAAGAG
AAAAAGTTGGTTGTGACTTTGATGTCCTATGTAAGGTTAAGACAAAGTTTGATTGCTTTA
AGTGGTGAGGCAAAGATCTTAGCTTTGCGTGTGATCACTACTAAGATTCTCTTGTTACAA
TCTGACAAATGACCTGTGTAGCTTTACACGGTCACATTATCACCATATCTTGTAGATAAT
TATCCTACAAATGGTGACCGACAAG
CTA

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DS 

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GTACATTTTACACATGTATGGTGTATAATATTTTTAAAAATAGCTTTCATTACTTTTATT
TAG

QA 1 723 1 723
DS 

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GACCGACAAGGCTACAAAATGTACATTTTACACATGTATGGTGTATAATATTTTTAAAAA
TAGCTTTCATTACTTTTATTTAG

QA 1 383 1 383
DS 



AS 1 4

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GGGAAAGAATCGCAAGATTACCAGATCCACGTGTCCGAGGAGATGCTGCTCCTGGAAAAT
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CCAGATGGTGTCCTTTGCTTTCCCTGTTTATTGGTATCGTAATAATAAATCGACTGGATA
ATCTTCATGTAACAATCGTATGTGTAAAAGGACAAAAGTTTGTTTATTTGACGGTTGTTA
AATTAAGTACTAATAATTTTAGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1F856TF U 1
AF RR1CA79TF U 24
AF RR1DA45TF U 119
AF RR1CA79JQ C 85
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BS 616 674 RR1F856TF
BS 675 685 RR1CA79TF

RD RR1F856TF 674 0 0
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AGTTTTCTCCGAAACAAACTCCCTCGCTTCTCAGTTGCCGATAGGGACTGGCCCTCGAAC
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CTATTCGAAGGGCGCAGATACGGAGGTACCCTCGTGTTCGATTCAGAGTCTTACATGGTC
AGTGGTACGTGTGTCTCCTACGAAAACGGCGTTTTGTGGATCAAGGTTCCGAAGATTCCG
GGGAAAGAATCGCAAGATTACCAGATCCACGTGTCCGAGGAGATGCTGCTCCTGGAAAAT
AGCACCTCTGATGCAGCTAAAAGATTTCACGGCATCGGCATCGAGTAAGGTCGGTCTTAT
CCAGATGGTGTCCTTTGTTTTCCCTGTTTATTGGTGTCGTAATAATAAATCGACTGGATA
ATCTTCATGTAACAGTCGTATGTGTAAAAGGACAAAAGTTTGTTTATTTGACGGTTGTTA
AATTAAGTACTAAT

QA 1 674 1 674
DS 

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GG
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GCTTCTCAGTTGCCGATAGGGACTGGCCCTCGAACTTCCCACCGATTCCCCAAAATCGTT
TTCAGAAAAGTGGGAACACGGCTGTTTACGAGGTCAAGGAGACTTACACTCAATGCGTGA
TGAAAGTAGACATTCCAGGGTGTTCCAAAGCAGGTCTCAGCTGGTGGGTGAAAGGCAACT
GCATCCTGTTCTTTGCCGACGAACCCCACAAGGGTCTATTCGAAGGGCGCAGATACGGAG
GTACCCTCGTGTTCGATTCAGAGTCTTACATGGTCAGTGGTACGTGTGTCTCCTACGAAA
ACGGCGTTTTGTGGATCAAGGTTCCGAAGATTCCGGGGAAAGAATCGCAAGATTACCAGA
TCCACGTGTCCGAGGAGATGCTGCTCCTGGAAAATAGCACCTCTGATGCAGCTAAAAGAT
TTCACGGCATCGGCATCGAGTAAGGTCGGTCTTATCCAGATGGTGTCCTTTGCTTTCCCT
GTTTATTGGTATCGTAATAATAAATCGACTGGATAATCTTCATGTAACAATCGTATGTGT
AAAAGGACAAAAGTTTGTTTATTTGACGGTTGTTAAATTAAGTACTAATAATTTTAGATG

QA 3 662 3 662
DS 

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G
CTTCCCACCGATTCCCCAAAATCGTTTTCAGAAAAGTGGGAACACGGCTGTTTACGAGGT
CAAGGAGACTTACACTCAATGCGTGATGAAAGTAGACATTCCAGGGTGTTCCAAAGCAGG
TCTCAGCTGGTGGGTGAAAGGCAACTGCATCCTGTTCTTTGCCGACGAACCCCACAAGGG
TCTATTCGAAGGGCGCAGATACGGAGGTACCCTCGTGTTCGATTCAGAGTCTTACATGGT
CAGTGGTACGTGTGTCTCCTACGAAAACGGCGTTTTGTGGATCAAGGTTCCGAAGATTCC
GGGTAAAGAATCGCAAGATTACCAGATCCACGTGTCCGAGGAGATGCTGCTCCTGGAAAA
TAGCACCTCTGATGCAGCTAAAAGATTTCACGGCATCGGCATCGAGTAAGGTCGGTCTTA
TCCAGATGGTGTCCTTTGTTTTCCCTGTTTATTGGTGTCGTAATAATAAATCGACTGGAT
AATCTTCATGTAACAGTCGTATGTGTAAAAGGACAAAAGTTTGTTTATTTGACGGTTGTT
AAATTAAGTACTAATAATTTTAGA
TG

QA 2 565 2 565
DS 

RD RR1CA79JQ 600 0 0
CGCTTCTCAGTTGCCGATAGGGACTGGCCCTCGAACTTCCCACCGATTCCCCAAAATCGT
TTTCAGAAAAGTGGGAACACGGCTGTTTACGAGGTCAAGGAGACTTACACTCAATGCGTG
ATGAAAGTAGACATTCCAGGGTGTTCCAAAGCAGGTTTCAGCTGGTGGGTGAAAGGCAAC
TGCATCCTGTTTTTTGCCGACGAACCCCACAAGGGTTTATTCGAAGGGGGCAGATACGGA
GGTACCCTCGTGTTCGATTCAGAGTCTTACATGGTCAGTGGTACGTGTGTCTCCTACGAA
AACGGCGTTTTGTGGATCAAGGTTCCGAAGATTCCGGGGAAAGAATCGCAAGATTACCAG
ATCCACGTGTCCGAGGAGATGCTGCTCCTGGAAAATAGCACCTTTGATGCAGCTAAAAGA
TTTCACGGCATCGGCATCGAGTAAGGTCGGTTTTATCCAGATGGTGTCCTTTGCTTTCCC
TGTTTATTGGTATCGTAATAATAAATCGACTGGATAATCTTCATGTAACAATCGTATGTG
TAAAAGGACAAAAGTTTGTTTATTTGACGGTTGTTAAATTAAGTACTAATAATTTTAGA
G

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 3

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GCACCCTCTCAATGGGCTGATTACTTCCTTAGCGTTACCATTAGTGACTCGGACCTTGAG
TTCCTTGCCACAGAGATTGAGGTAGTAAAACCTAAAGTGAGAGAGAACTTGCTCATGTTG
TCTTCCGAAGACGAAGACACAGTGAAGAAGAATATAATCTTAATTCATCTTCTGAGCAGT
CTTGGTCTCGCTTATCATTTTGAGAAGGAGATCGAAGAGACCCTCAAACACGCTTTCGAA
AAGATGGAAGATTTGATCAATGGAGAAAATGATTTGTACACGATCTCCATTATGTTCCGG
ACTTTTAGAACATATGGTCACAACATGCCTTCCGATGTTTTCAATAGATTCAAGGGAAAT
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GCAGTTCACTTCGGGACAACGATAGATCATATATTGGATGAAGCATTAAGCTTCTCACTA
GATCACTTAGAACCACTAGCTTCTGGTCGAAGAGCAAGCCCACCACATGTTTTAAAGCAC
GTACAAAATGCTCTTCACATACCTCAGCACCGGAAAACCCAAATTCTTGTTGCAATGGAG
TATATTTCATTCTATGAACAAGAAGAGGACTGCGATGAAACATTGCTCAAGCTAGCAAAG
CTCAATTTCAAGTTCTTGCGGCTTCATTACATCCAGGAGTTAAAAAGAGTCATAATGTGG
TGGAAGGGACTAGGCCATCTAAATAACCTCCCACTTGGCATCAGAGAATTAACATTCGAG
AGCTGGTTCGCAGCATTGATGATGTACTTCGAGCCCAAATTCTCACTAGGAAGAATTATA
TCAGCTAAGTTTACCTTAGTTTCCACCTTTCTAGACGATTTTTGTGATAATGGTTTTGTA
CCAGAAGTTGAAAGCCTGGTTGATTGTCTTGAAAGATGGGATCCTGATTACATGGGAAAT
TGTCAGAGTCTCTTGAAGACGACCTTCAAACTTGTGTTGCACCTTTTTAAAGAGTATGAA
GAAATATTGAAGTTACAAGGAGAATCCTTTGCATTGGAGAATATGATAGAAGAGTTTAAA
ATATTCGCAAGATCAGACCTTGAGCTTCTCAAATGGGGACGAACCGGTCACGTGCCTAAC
TTTGATGAGTACATAGAAACTGGTAGGCTTGCAACTGGTATGTATTCAGCCGTAACATGT
TCTATTATGGGACTGGGAGAGACCAGTAAGAATATCGATTATGAATGGATAATGTCTCGA
CCAAATGTTGTTCGATATACAGCCACGAAAGCACGTCTCATGGATGACATTATAGACTTC
GAGGAGGATATGAATAGGGGATACACTGCAAACGCAGTTAACTATTACATGAAACAACAT
GGAGTCACCAAAGAAGAAGCCATTAGAGAAATCCAGAAGATGATTGGAGATATCAACAAA
AGTATAAACGAAGAATGTTTAAAGCCAACAAACGTCTCACGTTCAGTTATGTTAGTCCTT
AATTACGGACGCCTGTTCGATGTTATGATTACATCTGATGATGTCTTCAATCACCGCAGA
GGAAAACTGAAGGAATACATGATTGCATTGCTTGTTGATCCAATTCATCTTTAGGTCAAT
GAGAGTTTTACACGCATATAAGGTCACAACATGCGGTCCTGTAATGAAAGTTGAACATGT
AAAGAAAGCTTTGCCATTCACTGAATTGCTGCCGTGTTTTTTTCCAAATTTGTGTAATCC
AAAGACAATCTATAAACATTTGATTTTC


BQ
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AF RR1AA23TF U 1
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AF RR1CV81JQ C 1005
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GTACAAAATGCTCTTCACATACCTCAGCACCGGAAAACCCAAATTCTTGTTGCAATGGAG
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TTCTTGCGGCTTCATTACATCCAGGAGTTAAAAAGAGTCATAATGTGGTGGAAGGGACTA
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ACCTTAGTTTCCACCTTTCTAGACGATTTTTGTGATAATGGTTTTGTACCAGAAGTTGAA
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TTGAAGACGACCTTCAAACTTGTGTTGCACCTTTTTAAAGAGTATGAAGAAATATTGAAG
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CGGTCACGTGCCTAACTTTGATGAGTACATAGAAACTGGTAGGCTTGCAACTGGTATGTA
TTCAGCCGTAACATGTTCTATTATGGGACTGGGAGAGACCAGTAAGAATATCGATTATGA
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TGGAGATATCAACAAAAGTATAAACGAAGAATGTTTAAAGCCAACAAACGTCTCACGTTC
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CTTCAATCACCGCAGAGGAAAACTGAAGGAATACATGATTGCATTGCTTGTTGATCCAAT
TCATCTTTAGGTCAATGAGAGTTTTACACGCATATAAGGTCACAACATGCGGTCCTGTAA
TGAAAGTTGAACATGTAAAGAAAGCTTTGCCATTCACTGAATTGCTGCCGTGTTTTTTTC
CAAATTTGTGTAATCCAAAGACAATCTATAAACATTTGATTTTC

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DS 



AS 1 4

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TCAGCTTGTCGCAGATTTGGCTTCTTGGTGGCTCTTTCGGACAAGATCTTAACAGCATCG
AAGCTGGTTGGCAGGTGAGCCCGGATCTGTATGGTGACAATAACACAAGACTCTTCACTT
ACTGGACTTGTGATGCATATCAAGCTACTGGCTGCTACAATCTTCTTTGCTCTGGTTTTA
TCCAAATAAACAGTGACATAGCAATGGGAGCTAGTATCTCTCCGGTCTCTGGCTACCGTA
ACTCCCAGTATGACATCAGCATTCTGATCTGGAAGGATCCAAAAGAGGGACACTGGTGGA
TGCAATTTGGAAACGGCTATGTTTTAGGATACTGGCCATCTTTCCTCTTCTCCTACTTAA
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ACCACACTTCAACGCAAATGGGCAGTGGTAGATTCCCTGAAGAAGGCTTCAGTAAAGCAA
GTTACTTCAGGAACATTCAAGTGGTTGATTCTTCAAACAACCTCAAGGCACCTAAAGGAC
TTGGAACGTTCACAGAGCAGTCCAACTGTTATGATGTTCAACCCGGAAACAATGATGATT
GGGGTCATTTCTTCTACTATGGAGGTCCCGGTAAAAACGAGAACTGTCCATAAAGTAGTA
GAGACACCAAGTGATGTACTGTACTGTACTGACTTACCTGTCTGGTTCTCTTGTTTTTTT
TTGTGAATTCACCTGTGTTTCTATCTACACACAGTCCACCTTCTTGGGTAGTAGTATTTT
AGGGATGGTAAAAGTTTATGTAATGGTTAGTTTGTTTGGTTTCTTCTTATCCATGTAAGT
AGATGGGCAAGAGGAAAGTGTCGGTTAAGGTTTCTTTGAAAACATTGAAACTTTACTGTT
GTCTCCTTTGTATCGTGTGATTTGTTTAATCAAGTGAGTGAATCTCTCTTTCTTATTT


BQ
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AF RR1CY47TF U 1
AF RR1FX12TF U 766
AF RR1CY47JQ C 491
AF RR1FX11TF U 729
BS 1 627 RR1CY47TF
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BS 629 688 RR1CY47TF
BS 689 729 RR1CY47JQ
BS 730 1258 RR1FX11TF

RD RR1CY47TF 688 0 0
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GCGCTGAAGGAACCATTCCCATGAGGAGGACTAAAGAAGACGATGTCTTGAGAGCAAGTT
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TCAGCTTGTCGCAGATTTGGCTTCTTGGTGGCTCTTTCGGACAAGATCTTAACAGCATCG
AAGCTGGTTGGCAGGTGAGCCCGGATCTGTATGGTGACAATAACACAAGACTCTTCACTT
ACTGGACTTGTGATGCATATCAAGCTACTGGCTGCTACAATCTTCTTTGCTCTGGTTTTA
TCCAAATAAACAGTGACATAGCAATGGGAGCTAGTATCTCTCCGGTCTCTGGCTACCGTA
ACTCCCAGTATGACATCAGCATTCTGATCTGGAAGGATCCAAAAGAGGGACACTGGTGGA
TGCAATTTGGAAACGGCTATGTTTTAG*ATACTGGCCATCTTTCCTCTTCTCCTACTTAA
CAGAAAGTGCTTCAATGATTGAATGGGG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1FX12TF 172 0 0
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GAAACAATGATGATTGGGGTCATTTCTTCTACTATGGAGGTCCCGGTAAAAA

QA 1 172 1 172
DS 

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TGACATCAGCATTCTGATCTGGAAGGATCCAAAAGAGGGACACTGGTGGATGCAATTTGG
AAACGGCTATGTTTTAGGATACTGGCCATCTTTCCTCTTCTCCTACTTAACAGAAAGTGC
TTCAATGATTGAATGGGGAGGAGAAGTTGTGAACTCACAAGCAGATGGCCACCACACTTC
AACGCAAATGGGCAGTGGTAGATTCCCTGAAGAAGGCTTCAGCAAAGCAAGTTACTTCAG
GAACATTCAAGTGGTTGATTCTTCAAACAACCTCAAGGCACCTAAAGGACTTGGAACGTT
CACAGAGCAGTCCAACTGTTATGATGTTCAACCCGGAAACAATGATGATTGGGGTCATTT
CTTCTACTATGGAGGTCCCGGTAAAAACGAGAACTGTCCATAAAGTAGTAGAGACACCAA
GTGATTTACTGTACTGTACTGACTTACCTGTCTGGTTCTCTTGTTTTTTTT*GTGAATTC
ACCTGTGTTTCTATCTACACACAGTCCACCTTCTTGGGTAGTAGTATTTTAGGGATGGTA
AAAGTTTATGTAATGGTTAGTTTGTTTGGTTTCTTCTTATCCATGTAAGTAGATGGGCAA
GAGGAAAGTGTCGGTTAAGGTTTCTTTGAAAACATTGAAACTTTACTGTTGTCTCCTTTG
TATCGTGTGATTTGTTTAATCAAGTGAGTGAATCTCTCTTTCTTA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1FX11TF 530 0 0
G
CAACGCAAATGGGCAGTGGTAGATTCCCTGAAGAAGGCTTCAGTAAAGCAAGTTACTTCA
GGAACATTCAAGTGGTTGATTCTTCAAACAACCTCAAGGCACCTAAAGGACTTGGAACGT
TCACAGAGCAGTCCAACTGTTATGATGTTCAACCCGGAAACAATGATGATTGGGGTCATT
TCTTCTACTATGGAGGTCCCGGTAAAAACGAGAACTGTCCATAAAGTAGTAGAGACACCA
AGTGATGTACTGTACTGTACTGACTTACCTGTCTGGTTCTCTTGTTTTTTTTTGTGAATT
CACCTGTGTTTCTATCTACACACAGTCCACCTTCTTGGGTAGTAGTATTTTAGGGATGGT
AAAAGTTTATGTAATGGTTAGTTTGTTTGGTTTCTTCTTATCCATGTAAGTAGATGGGCA
AGAGGAAAGTGTCGGTTAAGGTTTCTTTGAAAACATTGAAACTTTACTGTTGTCTCCTTT
GTATCGTGTGATTTGTTTAATCAAGTGAGTGAATCTCTCTTTCTTATTT

QA 2 530 2 530
DS 



AS 1 4

CO CL2519Contig1 1020 4 4 U
AGAAGCAGAGAGGTTGTTTGACGATATGAAGGAGTCTGGGGGATGTAAACCTGATAGTTT
TAGTTACACGGCGATGCTGAATATATATGGGAGCGGTGGGAAAGCTGAGAAGGCTATGAA
GTTGTTTGAAGAGATGTTGGAAGCTGGGGTTCAGGTTAATGTGATGGGTTGCACTTGTTT
GGTTCAGTGCTTAGGGAAAGCTAAAAGGATCGATGATTTGGTTAGTGTGTTTGAGACATC
GATTCAGAGAGGAGTTAAGCCTGATGATAGGCTTTGCGGGTGTCTTCTTTCGGTTATGGC
CTTGTGTGAGAGTAATGAAGATGCTGAGAAGGTTATGGGTTGTTTGGAGCGAGCTAATCA
GAAGCTGGTTGCATTTGTGAAGCTGATTGTAGACGAGAAAAGTGAATTTGAGACAATAAA
AGAAGAGTTCAAGTTAGTGATCAACGGGACTCAAGTTGAGGCAAGAAGGCCCTTCTGCAA
CTGCTTGATAGACATATGCAGAGGCAAGAAGCAGCAAGAGAGAGCTCATGAGCTTCTTTA
TTTAGGAACACTTTTTGGTCTATACCCGGGACTACACAACAAGACGGTAAAAGAATGGAG
CTTAGACGTGAGGTCATTATCAGTTGGTGCAGCTGAGACCGCTCTAGAAGAGTGGATGAG
AACACTTGCCAACATTGTTAGACGCCAAGAGGATCTTCCCGAGCTGTTCTTGGCGCAAAC
TGGGACAGGAACTCACAGATCCTCACAGGGGTTAGCAAACTCTTTCGCCTCTCATTTGGA
ACAATTAGCTGCACCTTTCAAACCGAGTGATAGGGCAGGTATCTTTGTCGCTACAAAGGA
GGATTTGGTCTCATGGTTGGAATCTAAGTTTCCACCTTTAGTTGCTTCTCAAGCATAATA
CGTTATCCATCTCTTATCCTAAACTAAAAGGCAACGTTATTTTTCCCAGTGACGTTGTTT
ATATACTGTAATAGCATATTGAATCTTCTGATTAAGTTTCAAATATTTTTGTATCATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
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AF RR1FK12TF U 1
AF RR1AQ20TF U 207
AF RR1AQ20JQ C 303
AF RR1FK12JQ C 323
BS 1 719 RR1FK12TF
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BS 927 1000 RR1AQ20JQ
BS 1001 1020 RR1FK12JQ

RD RR1FK12TF 719 0 0
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CTGCTTGATAGACATATGCAGAGGCAAGAAGCAGCAAGAGAGAGCTCATGAGCTTCTTTA
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CTTAGACGTGAGGTCATTATCAGTTGGTGCAGCTGAGACCGCTCTAGAAGAGTGGATGAG
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QA 1 719 1 719
DS 

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GGACTCAAGTTGAGGCAAGAAGGCCCTTCTGCAACTGCTTGATAGACATATGCAGAGGCA
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GTGATAGGGCAGGTATCTTTGTCGCTACAAAGGAGGATTTGGTCTCATGGTTGGAATCTA
AGTTTCCACCTTTAGTTGCTTCTCAAGCATAATACGTTATCCATCTCTTATCCTAAACTA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1AQ20JQ 698 0 0
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AGCTGGTTGCATTTGTGAAGCTGATTGTAGACGAGAAAAGTGAATTTGAGACAATAAAAG
AAGAGTTCAAGTTAGTGATCAACGGGACTCAAGTTGAGGCAAGAAGGCCCTTCTGCAACT
GCTTGATAGACATATGCAGAGGCAAGAAGCAGCAAGAGAGAGCTCATGAGCTTCTTTATT
TAGGAACACTTTTTGGTCTATACCCGGGACTACACAACAAGACGGTAAAAGAATGGAGCT
TAGACGTGAGGTCATTATCAGTTGGTGCAGCTGAGACCGCTCTAGAAGAGTGGATGAGAA
CACTTGCCAACATTGTTAGACGCCAAGAGGATCTTCCCGAGCTGTTCTTGGCGCAAACTG
GGACAGGAACTCACAGATCCTCACAGGGGTTAGCAAACTCTTTCGCCTCTCATTTGGAAC
AATTAGCTGCACCTTTCAAACCGAGTGATAGGGCAGGTATCTTTGTCGCTACAAAGGAGG
ATTTGGTCTCATGGTTGGAATCTAAGTTTCCACCTTTAGTTGCTTCTCAAGCATAATACG
TTATCCATCTCTTATCCTAAACTAAAAGGCAACGTTATTTTTCCCAGTGACGTTGTTTAT
ATACTGTAATAGCATATTGAATCTTCTGATTAAGTTTC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1FK12JQ 698 0 0
GCTGAGAAGGTTATGGGTTGTTTGGAGCGAGCTAATCAGAAGCTGGTTGCATTTGTGAAG
CTGATTGTAGACGAGAAAAGTGAATTTGAGACAATAAAAGAAGAGTTCAAGTTAGTGATC
AACGGGACTCAAGTTGAGGCAAGAAGGCCCTTCTGCAACTGCTTGATAGACATATGCAGA
GGCAAGAAGCAGCAAGAGAGAGCTCATGAGCTTCTTTATTTAGGAACACTTTTTGGTTTA
TACCCGGGACTACACAACAAGACGGTAAAAGAATGGAGCTTAGACGTGAGGTCATTATCA
GTTGGTGCAGCTGAGACCGCTCTAGAAGAGTGGATGAGAACACTTGCCAACATTGTTAGA
CGCCAAGAGGATCTTCCCGAGCTGTTCTTGGCGCAAACTGGGACAGGAACTCACAGATTC
TCACAGGGGTTAGCAAACTCTTTCGCCTTTCATTTGGAACAATTAGCTGCACCTTTCAAA
CCGAGTGATAGGGCAGGTATTTTTGTCGCTACAAAGGCGGATTTGGTTTCATGGTTGGAA
TCAAAGTTTCCACCTTTAGTTGCTTTTCAAGCATAATACGTTATCCATCTTTTATCCTAA
ACTAAAAGGCAACGTTATTTTTCCCAGTGACGTTGTTTATATACTGTAATAGCATATTGA
ATTTTCTGATTAAGTTTCAAATATTTTTGTATCATCAC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 3

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GGATCTTCCCCTCTCTTCTCCGCGACATTAGCAAAGTTTCGAGAAAGAAAAAAAGATGAA
TTTGAACAACGTGAAAGTGCCGAAGGTGCCAGGAGGTGGTGCAGTATCTGCGTTGCTTAA
GATTGGGATTATCGGTGGGCTTGGTCTCTACGGTGCCACACACAGTCTCTACAATGTCGA
CGGAGGTCATCGAGCCATCATGTTCAACCGTTTAGTCGGTGTTAAAGATAAGGTTTACCC
TGAGGGTACACACCTTATGGTTCCTTGGTTCGAAAGGCCTGTCATCTATGACGTTCGTGC
ACGACCTTACCTTGTTGAGAGTACTTCCGGAAGCCGTGATCTCCAGATGGTTAAAATTGG
GCTCAGGGTTCTCACGCGTCCCATGGCAGACCAGTTACCTGAGATCTACAGAACACTTGG
AGAGAACTACAGCGAGAGAGTTCTGCCTTCTATAATCCACGAGACTTTGAAAGCTGTTGT
TGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTTATCACTCAGAGAGAGGCGGTCAGTAGGGAGATCAG
GAAGATTCTGACACAACGTGCAACAAACTTCAACATCGCGCTTGACGATGTGTCCATCAC
TACCTTGACTTTTGGGAAGGAGTTCACAGCTGCCATTGAAGCAAAGCAGGTGGCTGCTCA
AGAGGCTGAGAGGGCTAAGTTCATCGTTGAGAAGGCCGAACAAGACAAAAGGAGTGCAGT
TATCCGCGCTCAGGGAGAAGCCAAGAGTGCTCAGCTCATTGGTCAAGCAATCGCAAACAA
CCAAGCGTTCATAACGCTCAGGAAGATCGAGGCGGCAAGAGAGATTGCTCAGACCATAGC
TCACTCGGCCAACAAGGTGTACCTGAGCTCTGACGATCTTTTGCTTAACCTACAGAAGAT
GAATTTGGATGTGGATCCAAAGTAGAGAGAGCCTTCTTTAAGTAAACACATATGTGGTGG
TTTGTGTCAAGTCTTTTCAATTCCCTTGCAACAAAAAGCTGAGATCTTTGGATTGTTAAA
TACGTTTTAAGTTGTTCTTTTGATCTCATGTTATAAGCCTTCTTCCATCAAAAAAGAAAA
GGAAGAAGAAACTGTCTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS49TF U 1
AF RR1FI49TF U 1
AF RR1DQ25JQ C 550
BS 1 645 RR1DS49TF
BS 646 1098 RR1DQ25JQ

RD RR1DS49TF 651 0 0
GGATCTTCCCCTCTCTTCTCCGCGACATTAGCAAAGTTTCGAGAAAGAAAAAAAGATGAA
TTTGAACAACGTGAAAGTGCCGAAGGTGCCAGGAGGTGGTGCAGTATCTGCGTTGCTTAA
GATTGGGATTATCGGTGGGCTTGGTCTCTACGGTGCCACACACAGTCTCTACAATGTCGA
CGGAGGTCATCGAGCCATCATGTTCAACCGTTTAGTCGGTGTTAAAGATAAGGTTTACCC
TGAGGGTACACACCTTATGGTTCCTTGGTTCGAAAGGCCTGTCATCTATGACGTTCGTGC
ACGACCTTACCTTGTTGAGAGTACTTCCGGAAGCCGTGATCTCCAGATGGTTAAAATTGG
GCTCAGGGTTCTCACGCGTCCCATGGCAGACCAGTTACCTGAGATCTACAGAACACTTGG
AGAGAACTACAGCGAGAGAGTTCTGCCTTCTATAATCCACGAGACTTTGAAAGCTGTTGT
TGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTTATCACTCAGAGAGAGGCGGTCAGTAGGGAGATCAG
GAAGATTCTGACACAACGTGCAACAAACTTCAACATCGCGCTTGACGATGTGTCCATCAC
TACCTTGACTTTTGGGAAGGAGTTCACAGCTGCCATTGAAGCAAA
GCATGT

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1FI49TF 645 0 0
GGATCTTCCCCTCTCTTCTCCGCGACATTAGCAAAGTTTCGAGAAAGAAAAAAAGATGAA
TTTGAACAACGTGAAAGTGCCGAAGGTGCCAGGAGGTGGTGCAGTATCTGCGTTGCTTAA
GATTGGGATTATCGGTGGGCTTGGTCTCTACGGTGCCACACACAGTCTCTACAATGTCGA
CGGAGGTCATCGAGCCATCATGTTCAACCGTTTAGTCGGTGTTAAAGATAAGGTTTACCC
TGAGGGTACACACCTTATGGTTCCTTGGTTCGAAAGGCCTGTCATCTATGACGTTCGTGC
ACGACCTTACCTTGTTGAGAGTACTTCCGGAAGCCGTGGTCTCCAGATGGTTAAAATTGG
GCTCAGGGTTCTCACGCGTCCCATGGCAGACCAGTTACCTGAGATCTACAGAACACTTGG
AGAGAACTACAGCGAGAGAGTTCTGCCTTCTATAATCCACGAGACTTTGAAAGCTGTTGT
TGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTTATCACTCAGAGAGAGGCGGTCAGTAGGGAGATCAG
GAAGATTCTGACACAACGTGTAACAAACTTCAACATCGCGCTTGACGATGTGTCCATCAC
TACCTTGACTTTTGGGAAGGAGTTCACAGCTGCCATTGAAGCAAA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1DQ25JQ 549 0 0
GACACAACGTGCAACAAACTTCAACATCGCGCTTGACGATGTGTCCATCACTACCTTGAC
TTTTGGGAAGGAGTTCACAGCTGCCATTGAAGCAAAGCAGGTGGCTGCTCAAGAGGCTGA
GAGGGCTAAGTTCATCGTTGAGAAGGCCGAACAAGACAAAAGGAGTGCAGTTATCCGCGC
TCAGGGAGAAGCCAAGAGTGCTCAGCTCATTGGTCAAGCAATCGCAAACAACCAAGCGTT
CATAACGCTCAGGAAGATCGAGGCGGCAAGAGAGATTGCTCAGACCATAGCTCACTCGGC
CAACAAGGTGTACCTGAGCTCTGACGATCTTTTGCTTAACCTACAGAAGATGAATTTGGA
TGTGGATCCAAAGTAGAGAGAGCCTTCTTTAAGTAAACACATATGTGGTGGTTTGTGTCA
AGTCTTTTCAATTCCCTTGCAACAAAAAGCTGAGATCTTTGGATTGTTAAATACGTTTTA
AGTTGTTCTTTTGATCTCATGTTATAAGCCTTCTTCCATCAAAAAAGAAAAGGAAGAAGA
AACTGTCTT

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 4

CO CL2521Contig1 810 4 4 U
GGACTTTGTGTTTTGTCATTCCTCCTCCTTCACTTATTTCTCGGTCTCTCTTCTCTCCTT
CACCATTCTTAGATCATCGATCTGTCTTCTTAGACCCCTTTGGCATCTCTCAGTGCAGGC
GGATTTGGGTAGATAGAAATGGCAACAGCATCAAGGTTCCAAGCATTCTTGAATAGCCCC
GTTGGACCTAAAACAACCCATTTCTGGGGTCCGATCGCTAACTGGGGCTTTGTTGCTGCT
GGTTTGGTGGATATGCAAAAGCCTCCTGAGATGATCTCCGGAAACATGACCTCAGCCATG
TGCATTTACTCCGCATTGTTCATGAGGTTTGCCTGGATGGTCCAACCACGCAACTATTTA
CTACTTGCCTGCCATGCTTCCAACGAGACTGTTCAGCTCTATCAGCTCTCCCGCTGGGCT
AGAGCTCAGGGGTATCTATCCTCAACGAAACAAGAGGAGAAACCGGCTCAGTAAACTGTC
ACAAGGAAAGGTTTCTTCAACGCCTCTGCTTGCTTCTGATGATTAACGAAACGGATCATC
TGCATATCTCTTCTTGGGAATTAATAAATTCTGAAACCATCTGTTACTTTTACTTTTGAA
ACATATTTGTGTTGTGTCCCACCCAAGCTATATGCTTTACTTGTTGGATCCTTCATTAAC
ATCTCTCCTTTTTAATAAAATTGGGGATCCAAAATGAAAACAGAGGTGGCCATAGTGGTT
TTAGATCCTTTGTGAATGAGACAGAGAGTGAGTTCATTATATAAATTCTATTTATTAATA
TATGAAATAATAATAAAACTCTTATCAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B024JQ C 116
AF RR1BZ84TF U 1
AF RR1B024TF U 63
AF RR1BZ84JQ C 66
BS 1 311 RR1BZ84TF
BS 312 312 RR1B024TF
BS 313 699 RR1BZ84TF
BS 700 810 RR1BZ84JQ

RD RR1B024JQ 429 0 0
CAGGCGGATTTGGGTAGATAGAAATGGCAACAGCATCAAGGTTCCAAGCATTCTTGAATA
GCCCCGTTGGACCTAAAACAACCCATTTCTGGGGTCCGATCGCTAACTGGGGCTTTGTTG
CTGCTGGTTTGGTGGATATGCAAAAGCCTCCTGAGATGATTTCCGGAAACATGACTTCAG
CCATGTGCATTTACTCCGCATTGTTCATGAGGTTTGCCTGGATGGTCCAACCACGCAACT
ATTTACTACTTGCCTGCCATGCTTCCAACGAGACTGTTCAGCTCTATCAGCTCTCCCGCT
GGGCTAGAGCTCAGGGGTATCTATCCTCAACGAAACAAGAGGAGAAACCGGCTCAGTAAA
CTGTCACAAGGAAAGGTTTTTTCAACGCCTCTGCTTGCTTCTGATGATTAACGAAACGGA
TCATCTGCA

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR1BZ84TF 701 0 0
GGACTTTGTGTTTTGTCATTCCTCCTCCTTCACTTATTTCTCGGTCTCTCTTCTCTCCTT
CACCATTCTTAGATCATCGATCTGTCTTCTTAGACCCCTTTGGCATCTCTCAGTGCAGGC
GGATTTGGGTAGATAGAAATGGCAACAGCATCAAGGTTCCAAGCATTCTTGAATAGCCCC
GTTGGACCTAAAACAACCCATTTCTGGGGTCCGATCGCTAACTGGGGCTTTGTTGCTGCT
GGTTTGGTGGATATGCAAAAGCCTCCTGAGATGATCTCCGGAAACATGACCTCAGCCATG
TGCATTTACTCTGCATTGTTCATGAGGTTTGCCTGGATGGTCCAACCACGCAACTATTTA
CTACTTGCCTGCCATGCTTCCAACGAGACTGTTCAGCTCTATCAGCTCTCCCGCTGGGCT
AGAGCTCAGGGGTATCTATCCTCAACGAAACAAGAGGAGAAACCGGCTCAGTAAACTGTC
ACAAGGAAAGGTTTCTTCAACGCCTCTGCTTGCTTCTGATGATTAACGAAACGGATCATC
TGCATATCTCTTCTTGGGAATTAATAAATTCTGAAACCATCTGTTACTTTTACTTTTGAA
ACATATTTGTGTTGTGTCCCACCCAAGCTATATGCTTTACTTGTTGGATCCTTCATTAAC
ATCTCTCCTTTTTAATAAAATTGGGGATCCAAAATGAAA
AC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1B024TF 638 0 0
GGA
TTCTTAGATCATCGATCCGTCTTCTTAGACCCCTTTGGCATCTCTCAG*****GCGGATT
TGGGTAGATAGAAATGGCAACAGCATCAAGGTTCCAAGCATTCTTGAATAGCCCCGTTGG
ACCTAAAACAACCCATTTCTGGGGTCCGATCGCTAACTGGGGCTTTGTTGCTGCTGGTTT
GGTGGATATGCAAAAGCCTCCTGAGATGATCTCCGGAAACATGACCTCAGCCATGTGCAT
TTACTCCGCATTGTTCATGAGGTTTGCCTGGATGGTCCAACCACGCAACTATTTACTACT
TGCCTGCCATGCTTCCAACGAGACTGTTCAGCTCTATCAGCTCTCCCGCTGGGCTAGAGC
TCAGGGGTATCTATCCTCAACGAAACAAGAGGAGAAACCGGCTCAGTAAACTGTCACAAG
GAAAGGTTTCTTCAACGCCTCTGCTTGCTTCTGATGATTAACGAAACGGATCATCTGCAT
ATCTCTTCTTGGGAATTAATAAATTCTGAAACCATCTGTTGCTTTTACTTTTGAAACATA
TTTGTGTTGCGTCCCACCCAAGCTATATGCTTTACTTGTTGGATCCTTCATTAACATCTC
TCCTTTTTAATAAAATTGGGGATCCAAAATGAAA
C

QA 4 637 4 637
DS 

RD RR1BZ84JQ 745 0 0
TTCTTAGATCATCGATCTGTCTTCTTAGACCCCTTTGGCATCTCTCAGTGCAGGCGGATT
TGGGTAGATAGAAATGGCAACAGCATCAAGGTTCCAAGCATTCTTGAATAGCCCCGTTGG
ACCTAAAACAACCCATTTCTGGGGTCCGATCGCTAACTGGGGCTTTGTTGCTGCTGGTTT
GGTGGATATGCAAAAGCCTCCTGAGATGATCTCCGGAAACATGACCTCAGCCATGTGCAT
TTACTCTGCATTGTTCATGAGGTTTGCCTGGATGGTCCAACCACGCAACTATTTACTACT
TGCCTGCCATGCTTCCAACGAGACTGTTCAGCTCTATCAGCTCTCCCGCTGGGCTAGAGC
TCAGGGGTATCTATCCTCAACGAAACAAGAGGAGAAACCGGCTCAGTAAACTGTCACAAG
GAAAGGTTTCTTCAACGCCTCTGCTTGCTTCTGATGATTAACGAAACGGATCATCTGCAT
ATCTCTTCTTGGGAATTAATAAATTCTGAAACCATCTGTTACTTTTACTTTTGAAACATA
TTTGTGTTGTGTCCCACCCAAGCTATATGCTTTACTTGTTGGATCCTTCATTAACATCTC
TCCTTTTTAATAAAATTGGGGATCCAAAATGAAAACAGAGGTGGCCATAGTGGTTTTAGA
TCCTTTGTGAATGAGACAGAGAGTGAGTTCATTATATAAATTCTATTTATTAATATATGA
AATAATAATAAAACTCTTATCAAGC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 4

CO CL2522Contig1 1812 4 6 U
AACAGTTCTTTTGAAACAAAAACATCATTCTGTAGTTGTTCATAGTGCAATCACACACAG
TTATAAAATTGAAATAGCTTTCAGTCAAAATATCAAATCAAAACACAACGAACTTGAGAG
TCTTTACAAAAGTAAATTTCATGAACTGAACGAAAACATGGTGAACACTTAGTAACTCCT
GCCCCAATAGGTCCATTTCTTGGCAGGCTTTCCAGATGCAAAGCAAAAAGTACCTTCAGG
GAGCTCTGGCTGCTCAAATGGAGAACAGAGGGTTTTCGCTGCTCCAGTTTCACCTTTAGT
ACGTGCCTTGACATCTCTCTCCACTTCCTCCTCATCGCACCAGGGAGCTAAGATGAGTTT
CTTCTTGTCGAGAGCTACGATAAACTCGTCCCAAGTCCTAATTTCTTCAACACAAGCTTC
CCTCTTTGCCTTCGCCACTTCGTACATGTTCTCCTGGATCTTCTCAAGCAGTTCCTTAAC
ATGTTCCACTAAGGAACCTCTTGGGATATCTTCCTTTGCTCCGTTGTCCCTTCTCACAGT
TCTGACCTGATCATTTTCCAGATCTCGGGGTCCAATCTCAATTCTCAAGGGGACACCCTT
CATTTCCCAGTTTGAATACTTCCATCCTGGAGAGTAGTTATCCCTTAAATCTTCTTCTGC
ACGAATACCGGCTTCACTCAAAGCAGATACGGTAGCAGTACAAGCATCAAAAATTCCTTG
TGTATTAGCATCTTTGTAGGGCACAGGGATCACCACAACTTGCACAGATGCGACTTTAGG
AGGAAGTATCAGGCCTTTGTCATCTCCATGAGTCATAATCATTACTCCAATCGTCCTGGT
ACTGTAGGCCCAAGAATTCTGCCACACCACTTCAGTCTCTCCTTTCTCATTCTCAAAGTT
GATCTCAAACATCTTCGCAAAGTTTTGTCCCAAACAATGAGAAGTTGCACCTTGTACACC
ACGACCCGTGTTTGGAATGAAAGCCTCCACACTTGTAGTGTAAAGTCCCCCAGCAAACTT
TTCGTTTTCACTCTTCATACCTTTCACAGCTGGGACTGCGAGATACTCTTCATATATGCG
ACGGTAAAGCTCCAAAATTTCAAGGACCTCTTTATCAGCTTCTTCTTTAGTGGCGAAAGC
AGTGTGCCCTTCCTGCCAAAGGAACTCACGGCTCCGGATAAATGGGGTAGGGTTGCTGAA
CTCCCATCTGACAACATTGCACCACTGGTTAAGCTTCAAAGGCAAGTCACGGTGGCCCCT
AATCCACTTGCTGTAGTAAGGGTACATCACAGTCTCACTGGTAGGACGAATAGCAATCGG
GACTTCCAAGTCAGATTTGCCAGATTTCGTAACCCAAGCAACCTCAGGAGCGAAACCCTC
AATGTGGTCCTTCTCCTTCTCGAGGACACCAGGAGATACAAAGAGAGGGAAGTAGCAATT
CTTCACCTTCATTTTCTTTATTTCAGCATCAAAGAAAGTCTGCATAATCTCCCAAATGGC
CATAGACCATGGCCTAAGGATGTAACATCCAGAGATATCGTAGTACTCGATCATCTCGTG
CTTACAAACCTCAGAGTACCATTCACCGAAATTCTCATCCTTCTTAACGCTGAGGCCGAG
ACCTGTTTCCTTCTTCTTTCCACCGCCACTTGGACCTGCCTTGTCTACCTTCTCTTTCTT
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TTGCAAAACCCC


BQ
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AF RR1A714JQ U 63
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G
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CTTTGCCTTCGCCACTTCGTACATGTTCTCCTGGATCTTCTCAAGCAGTTCCTTAACATG
TTCCACTAAGGAACCTCTTGGGATATCTTCCTTTGCTCCGTTGTCCCTTCTCACAGTTCT
GACCTGATCATTTTCCAGATCTCGGGGTCCAATCTCAATTCTCAAGGGGACACCCTTCAT
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G
C

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DS 



AS 1 4

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CCACGCCCAGGTTTCTGCTTTTAGGAATAGACAGGCGGATTCGTTGCCAGAGCTTGTTCT
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TTGGTGATTTTGAAAATGCTTTTACTTGTCTTCCTTCATAGTTTTCACTAGTTTGGGTTT
CTTCTAATTTACCATTGTGGAGTATTATTATGTAACTAAAAGACGATATCAAGGATGAAT
ATATAAAGATGGTTCCACTGTTC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GC82TF U 1
AF RR1ED84TF U 3
AF RR1ED84JQ C 152
AF RR1GC82JQ C 206
BS 1 287 RR1GC82TF
BS 288 592 RR1ED84TF
BS 593 593 RR1ED84JQ
BS 594 738 RR1ED84TF
BS 739 739 RR1ED84JQ
BS 740 764 RR1ED84TF
BS 765 771 RR1ED84JQ
BS 772 772 RR1GC82JQ
BS 773 920 RR1ED84JQ
BS 921 921 RR1GC82JQ
BS 922 945 RR1ED84JQ
BS 946 946 RR1GC82JQ
BS 947 983 RR1ED84JQ

RD RR1GC82TF 287 0 0
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TTTGGTTCCTCTTCATTCAATCAATTGTAATTGGCATTTGGGGAAGTCGGAGAGTTTGGT
TAATTTCGGGGTTTAGTATTCTCCGATGGACGGTTCGAGTGACATCGATGGTGATTCCGA
GGGAAGAAATGAAGGAGGATCCTCCACGTCGGATTATCGATTGCTGGGGCGGCAAGTTAC
GGTTCATCAGTTCATGGGCGGTGGCAAAGCTGCTGACTTGCTCTTAT

QA 1 287 1 287
DS 

RD RR1ED84TF 762 0 0
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TGGTTCCTCTTCATTCAATCAATTGTAATTGGCATTTGGGGAAGTCGGAGAGTTTGGTTA
ATTTCGGGGTTTAGTATTCTCCGATGGACGGTTCGAGTGACATCGATGGTGATTCCGAGG
GAAGAAATGAAGGAGGATCCTCCACGTCGGATTATCGATTGCTGGGGCGGCAAGTTACGG
TTCATCAGTTCATGGGCGGTGGCAAAGCTGCTGACTTGCTCTTATGGAGGAGAAGAAACC
ATTCCTTAGGGGTTATCGTTTTATCAACCGCAGCTTGGCTTACTTTCGAGCTTTCCGGAT
TGCCTTTCTTATCTGTTTCTTCGGATGTTTTACTTATTGGGATCGTTATATCATTCCTCC
ACGCCCAGGTTTCTGCTTTTAGGAATAGACAGGCGGATTCGTTGCCAGAGCTTGTTCTAT
CCGAGGAAATGGTTCATAGTGCTGCTGCTTCCTTCCGTGTAAAACTCAACCACTTGCTTG
TGATGGCTCATGATGTCACAGTTGGCAACGATTTTCGGCTCTTCTTCAAG*TGGTGATTT
GTCTGTGGCTTCTCTCTGCCATCGGTAGCTATATTTCCTTCTGCACTCTTGTTTATATCG
GGACCATCCTATCTGTAACAGTACCGGCTTTGTACAGCAAATATCAAAGCAAAGTAGACA
AGTGTTGCGGGTTGAT*CACAGGCAATTGTCTCATCAATACA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1ED84JQ 832 0 0
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GATTATCGATTGCTGGGGCGGCAAGTTACGGTTCATCAGTTCATGGGCGGTGGCAAAGCT
GCTGACTTGCTCTTATGGAGGAGAAGAAACCATTCCTTAGGGGTTATCGTTTTATCAACC
GCAGCTTGGCTTACTTTCGAGCTTTCCGGATTGCCTTTCTTATCTGTTTCTTCGGATGTT
TTACTTATTGGGATCGTTATATCATTCCTCCACGCCCAGGTTTCTGCTTTTAGGAATAGA
CAGGCGGATTCGTTGCCAGAGCTTGTTCTATCCGAGGAAATGGTTCATAGTGCTGCTGCT
TCCTTCCGTGTAAAACTCAACCACTTGCTTGTGATGGCTCATGATGTCACAGTTGGCAAC
GATTTTCGGCTCTTCTTCAAGGTGGTGATTTGTCTGTGGCTTCTCTCTGCCATCGGTAGC
TATATTTCCTTCTGCACTCTTGTTTATATCGGGACCATCCTATCTGTAACAGTACCGGCT
TTGTACAGCAAATATCAAAGCAAAGTAGACAAGTGTTGCGGGTTGATTCACAGGCAATTG
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AAGGATAAAGATTCCTGAGCTTTTTAACTTTGGTGATTTTGAAAATGCTTTTACTTGTCT
TCCTTCATAGTTTTCACTAGTTTGGGTTTCTTCTAATTTACCATTGTGGGGTATTATTAT
GTAACTAAAAGACGGTATCAAGGATGAATATATAAAGATGGTTCCACTGTTC

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR1GC82JQ 778 0 0
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AAAGCTGCTGACTTGCTCTTATGGAGGAGAAGAAACCATTCCTTAGGGGTTATCGTTTTA
TCAACCGCAGCTTGGCTTACTTTCGAGCTTTCCGGATTGCCTTTCTTATCTGTTTCTTCG
GATGTTTTACTTATTGGGATCGTTATATCATTCCTCCACGCCCAGGTTTCTGCTTTTAGG
AATAGACAGGCGGATTCGTTGCCAGAGCTTGTTCTATCCGAGGAAATGGTTCATAGTGCT
GCTGCTTCCTTCCGTGTAAAACTCAACCACTTGCTTGTGATGGCTCATGATGTCACAGTT
GGCAACGATTTTCGGCTCTTCTTCAAGGTGGTGATTTGTCTGTGGCTTCTCTCTGCCATC
GGTAGCTATATTTCCTTCTGCACTCTTGTTTATATCGGGACCATCCTATCTGTAACAGTA
CCAGCTTTGTACAGCAAATATCAAAGCAAAGTAGACAAGTGTTGCGGGTTGATTCACAGG
CAATTGTCTCATCAATACAAGTTAGTCGACGAAAATGTTATAAGCAAACTCTCGTGGAGC
TTATCCAAGGATAAAGATTCCTGAGCTTTTTAACTTTGGTGATTTTGAAAATGCTTTTAC
TTGTCTTCCTTCATAGTTTTCACTAGTTTGGGTTTCTTCTAATTTACCATTGTGGAGTAT
TATTATGTAACTAAAAGACGATATCAAGGATGAATATATAAAGATGGTTCCACTGTTC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL2524Contig1 508 2 1 U
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TGCTGATGGCATCTACACCGGTCAATTCACTACCTTGGCTCTCTGCGGGTTTGTTCGTGC
CCAGGGAGATGCTGACAGTGGTGTGGACAGGCTGTGGCAGAAGAAGAAGGTCGAAGCCAA
ACAAAACTAAAAAGCCTAATTAAGCTGTCTTTTTTACTTTGTTCTGAATGTTGGTTATTT
AATTCAAAAAAATCATCGGACATAACGATATTTGCTTGACTCTTGGTTTTAATGCTTCTT
GCATTGGCTTGTTCTAATCTTCCTCTAGTGAGATAATATCTTCACAATTTGTCGAACCTT
TCTTGTTTCAAGTAGTACATTTCCTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AK82JQ C 1
AF RR1AK82TF U 1
BS 1 508 RR1AK82TF

RD RR1AK82JQ 508 0 0
GGGCCGCACTTGCTTTGCTTCTCCTCAGTGTTTGAATTTATAGAGTCGTCTACTCTTCAA
GATGCAGAACGAAGAGGGTCAGGTCACGGAACTATACATTCCTAGGAAATGCTCTGCTAC
TAACCGGATGATCACATCAAAGGATCATGCCTCTGTGCAACTCAACATTGGTCATTTAGA
TGCTGATGGCATCTACACCGGTCAATTCACTACCTTGGCTCTCTGCGGGTTTGTTCGTGC
CCAGGGAGATGCTGACAGTGGTGTGGACAGGCTGTGGCAGAAGAAGAAGGTCGAAGCCAA
ACAAAACTAAAAAGCCTAATTAAGCTGTCTTTTTTACTTTGTTCTGAATGTTGGTTATTT
AATTCAAAAAAATCATCGGACATAACGATATTTGCTTGACTCTTGGTTTTAATGCTTCTT
GCATTGGCTTGTTCTAATCTTCCTCTAGTGAGATAATATCTTCACAATTTGTCGAACCTT
TCTTGTTTCAAGTAGTACATTTCCTCTC

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1AK82TF 508 0 0
GGGCCGCACTTGCTTTGCTTCTCCTCAGTGTTTGAATTTATAGAGTCGTCTACTCTTCAA
GATGCAGAACGAAGAGGGTCAGGTCACGGAACTATACATTCCTAGGAAATGCTCTGCTAC
TAACCGGATGATCACATCAAAGGATCATGCCTCTGTGCAACTCAACATTGGTCATTTAGA
TGCTGATGGCATCTACACCGGTCAATTCACTACCTTGGCTCTCTGCGGGTTTGTTCGTGC
CCAGGGAGATGCTGACAGTGGTGTGGACAGGCTGTGGCAGAAGAAGAAGGTCGAAGCCAA
ACAAAACTAAAAAGCCTAATTAAGCTGTCTTTTTTACTTTGTTCTGAATGTTGGTTATTT
AATTCAAAAAAATCATCGGACATAACGATATTTGCTTGACTCTTGGTTTTAATGCTTCTT
GCATTGGCTTGTTCTAATCTTCCTCTAGTGAGATAATATCTTCACAATTTGTCGAACCTT
TCTTGTTTCAAGTAGTACATTTCCTCTC

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 3

CO CL2525Contig1 1232 3 13 U
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CTCTTCATCACTTGCTCTTCTGCTGAGTTCCTCATTCAACAGGTTACACAAGGCAGAGGA
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GACGAGCGACCATCGAGCAAGATAGTAACTATAGCAGGCTACTCCGTGATCAAGGAGAGA
ACCGAACTCTACGAATCCTCTGTTTTCGAAGCTGCTGGTTACAAATGGAGGTTGGTTATG
TACATGAATGGTAATAAAAACGACGGTGGAAATGGCTATATATCAGCATACGTGAGGATG
GAAGAGACCGAATCGCTTCCATATGGTTGGGAAGTCAACGTTGATCTCAAACTATTTGAC
CACAACCCAAAGCAACACAAGTACTTGGCTGTCACAGATGGAACAGTAAAGCGATTCGAC
GCAGCGAAAAAAGAGTGGGGATTTGGACAGTTGACTGCTCTTTCAACGTTCCAAAACACA
AACCAAGGATACATTGTGCAGGACACATGTTCTTTTGGTGCTGAGATCCTCATCGTTAAA
CCGGCCGAGAAACAAGAGAAAGTCACATTCATTTCAAACCCACCAAACAATGTCTTCACT
TGGAAGATTCTTCGTTTCTCCACCTTGGAAGATAAATTCTACTATTCTGATGATTTTCTC
GTTGGAGACCATTACTGGAGATTAGGATTTAACCCTAAAGGGGATGGAGATGGCAGACCA
CATGCACTTCCATTATACTTATATGCTCAAGGCTTTAGGCCAAACGCAGTTGTTACAAAC
ACTTGGGGAGCGGTTAATCTACGATTAGAGAACCAACGTAGCTCTAACCACAGACAACTA
TATTCTGCAGCTTGGTACCCGATCCGAAGCGACTATGGTGTGGGAGTGAACAATATCATA
TTGCAGAAAGATTTAAAGGATAAATCCAAAGGATATTTGGTGAATGATGCAATTGTCTTT
GAAGCTGAGATGGTTAAGGTCTCTGTGACCAACATCGTCCCCGTCTAGTGATCTCTGCTT
CTTTGTCATGGATCAAACAACCTTATGAATAATAAGATGTGTGATGTGTGTTGTAATAAG
ATGAAGTTGTTGATCCTTGTGATGTAATCGTCATTTCCGTTCTTTGAGTTCGTTTTCTGC
TTTGTTATCAATGAAATAAAACTCTTTGCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP45TF U 1
AF RR1FN36TF U 370
AF RR1FN36JQ C 401
BS 1 418 RR1BP45TF
BS 419 419 RR1FN36TF
BS 420 514 RR1BP45TF
BS 515 515 RR1FN36TF
BS 516 585 RR1BP45TF
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BS 587 730 RR1BP45TF
BS 731 731 RR1FN36TF
BS 732 745 RR1BP45TF
BS 746 746 RR1FN36TF
BS 747 789 RR1BP45TF
BS 790 1034 RR1FN36TF
BS 1035 1232 RR1FN36JQ

RD RR1BP45TF 789 0 0
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CTCTTCATCACTTGCTCTTCTGCTGAGTTCCTCATTCAACAGGTTACACAAGGCAGAGGA
ACAGAGAACAACAGTTCTTACAATTTCCAGGCGAATCTTGGAGTGACAAGAGTGTTGAGA
GACGAGCGACCATCGAGCAAGATAGTAACTATAGCAGGCTACTCCGTGATCAAGGAGAGA
ACCGAACTCTACGAATCCTCTGTTTTCGAAGCTGCTGGTTACAAATGGAGGTTGGTTATG
TACATGAATGGTAATAAAAACGACGGTGGAAATGGCTATATATCAGCATACGTGAGGATG
GAAGAGACCGAATCGCTTCCATATGGTTGGGAAGTCAACGTTGATCTCAAACTATTTGTC
CACAACCCAAAGCAACACAAGTACTTGGCTGTCACAGATGGAACAGTAAAGCGATTCGAC
GCAGCGAAAAAAGAGTGGGGATTTGGACAGTTGATTGCTCTTTCAACGTTCCAAAACACA
AACCAAGGATACATTGTGCAGGACACATGTTCTTTTGGTGCTGAGGTCCTCATCGTTAAA
CCGGCCGAGAAACAAGAGAAAGTCACATTCATTTCAAACCCACCAAACAATGTCTTCACT
TGGAAGATTCTTCGTTTCTCCACCTTGGAAGATAAATTCTACTATTCTGATGATTTTCTC
GTTGGAGACCGTTACTGGAGATTAG*ATTTAACCCTAAAGGGGATGGAGATGGCAGACCA
CATGCACTT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1FN36TF 665 0 0
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AAGCAACACAAGTACTTGGCTGTCACAGATGGAACAGTAAAGCGATTCGACGCAGCGAAA
AAAGAGTGGGGATTTGGACAGTTGACTGCTCTTTCAACGTTCCAAAACACAAACCAAGGA
TACATTGTGCAGGACACATGTTCTTTTGGTGCTGAGATCCTCATCGTTAAACCGGCCGAG
AAACAAGAGAAAGTCACATTCATTTCAAACCCACCAAACAATGTCTTCACTTGGAAGATT
CTTCGTTTCTCCACCTTGGAAGATAAATTCTACTATTCTGATGATTTTCTCGTTGGAGAC
CATTACTGGAGATTAGGATTTAACCCTAAAGGGGATGGAGATGGCAGACCACATGCACTT
CCATTATACTTATATGCTCAAGGCTTTAGGCCAAACGCAGTTGTTACAAACACTTGGGGA
GCGGTTAATCTACGATTAGAGAACCAACGTAGCTCTAACCACAGACAACTATATTCTGCA
GCTTGGTACCCGATCCGAAGCGACTATGGTGTGGGAGTGAACAATATCATATTGCAGAAA
GATTTAAAGGATAAATCCAAAGGATATTTGGTGAATGATGCAATTGTCTTTGAAGCTGAG
ATGGT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1FN36JQ 832 0 0
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GAACAGTAAAGCGATTCGACGCAGCGAAAAAAGAGTGGGGATTTGGACAGTTGACTGCTC
TTTCAACGTTCCAAAACACAAACCAAGGATACATTGTGCAGGACACATGTTCTTTTGGTG
CTGAGATCCTCATCGTTAAACCGGCCGAGAAACAAGAGAAAGTCACATTCATTTCAAACC
CACCAAACAATGTCTTCACTTGGAAGATTCTTCGTTTCTCCACCTTGGAAGATAAATTCT
ACTATTCTGATGATTTTCTCGTTGGAGACCATTACTGGAGATTAGGATTTAACCCTAAAG
GGGATGGAGATGGCAGACCACATGCACTTCCATTATACTTATATGCTCAAGGCTTTAGGC
CAAACGCAGTTGTTACAAACACTTGGGGAGCGGTTAATCTACGATTAGAGAACCAACGTA
GCTCTAACCACAGACAACTATATTCTGCAGCTTGGTACCCGATCCGAAGCGACTATGGTG
TGGGAGTGAACAATATCATATTGCAGAAAGATTTAAAGGATAAATCCAAAGGATATTTGG
TGAATGATGCAATTGTCTTTGAAGCTGAGATGGTTAAGGTCTCTGTGACCAACATCGTCC
CCGTCTAGTGATCTCTGCTTCTTTGTCATGGATCAAACAACCTTATGAATAATAAGATGT
GTGATGTGTGTTGTAATAAGATGAAGTTGTTGATCCTTGTGATGTAATCGTCATTTCCGT
TCTTTGAGTTCGTTTTCTGCTTTGTTATCAATGAAATAAAACTCTTTGCTTT

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 3

CO CL2526Contig1 562 3 4 U
GGTGTTACAAAAAAGTATATTAAATCTTCAAAAATGAGCCCATGGTCCTATCAAATGGGC
CAACATATATCTTGGTAAGCCCATTTAAATTAGAACACATTAATTCAGAAGTGACTTATC
ATTATTATTATTATTTTTGTTTTCTTTAAACTGAAACCAAGAAAACCACAAACAAAAAGA
TCTCTTCTCGTGAATATGTAATGAGTCTAATGACTAAGACACGACGAGAGTTTCCGTCCG
TACGGTTTTCCCGGCGACGGAGTCTTTGGATCTAGACGACGACGACGAAGCCTTTCTCCA
CCTCTTGGCTTTCTTTTCATCAAAATCAATCTGTTCTTGTCTACACTCTTGGCTACAAAA
TGCCATGTCTCCTCTGTACATGAAGATATCGAAGTTAAAAAAAAGGGTTTTGCGGCAAAG
AAAGCAAGACTCTAGAAAGTGTGGCTCGTCGTTTTCCACAAACCTGACGTAATACGAATC
CATTATCAAGAGTTTAAACGAACAAAAAATGTTTAAGTCTCTTATAGAAAAGGAAGCTCA
ATGAAGAGGAAGAAGAAGCTCC


BQ
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AF RR1AB37JQ U 106
AF RR1FL90TF C 1
AF RR1FL90JQ U 288
BS 1 108 RR1FL90TF
BS 109 216 RR1AB37JQ
BS 217 287 RR1FL90TF
BS 288 562 RR1FL90JQ

RD RR1AB37JQ 111 0 0
CTT
AAGTGACTTATCATTATTATTATTATTTTTGTTTTCTTTAAACTGAAACCAAGAAAACCA
CAAACAAAAAGATCTCTTCTCGTGAATATGTAATGAGTCTAATGACTA

QA 4 111 4 111
DS 

RD RR1FL90TF 562 0 0
GGTGTTACAAAAAAGTATATTAAATCTTCAAAAATGAGCCCATGGTCCTATCAAATGGGC
CAACATATATCTTGGTAAGCCCATTTAAATTAGAACACATTAATTCAGAAGTGACTTATC
ATTATTATTATTATTTTTGTTTTCTTTAAACTGAAACCAAGAAAACCACAAACAAAAAGA
TCTCTTCTCGTGAATATGTAATGAGTCTAATGACTAAGACACGACGAGAGTTTCCGTCCG
TACGGTTTTCCCGGCGACGGAGTCTTTGGATCTAGACGACGACGACGAAGCCTTTCTCCA
CCTCTTGGCTTTCTTTTCATCAGAATCAATCTGTTCTTGTCTACACTCTTGGCTACAAAA
TGCCATGTCTCCTCTGTACATGAAGATATCGAAGTTAAGAGAAAGGGTTTTGCGGCAAAG
AGAGCAAGACTCTAGAAAGTGTGGCTCGTCGTTTTCCACAAACCTGACGTAATACGAATC
CATTATCAAGAGTTTAAACGAACAAAAAATGTTTAAGTCTCTTATAGAAAAGGAAGCTCA
ATGAAGAGGAAGAAGAAGCTCC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1FL90JQ 275 0 0
AAGCCTTTCTCCACCTCTTGGCTTTCTTTTCATCAAAATCAATCTGTTCTTGTCTACACT
CTTGGCTACAAAATGCCATGTCTCCTCTGTACATGAAGATATCGAAGTTAAAAAAAAGGG
TTTTGCGGCAAAGAAAGCAAGACTCTAGAAAGTGTGGCTCGTCGTTTTCCACAAACCTGA
CGTAATACGAATCCATTATCAAGAGTTTAAACGAACAAAAAATGTTTAAGTCTCTTATAG
AAAAGGAAGCTCAATGAAGAGGAAGAAGAAGCTCC

QA 1 275 1 275
DS 



AS 1 4

CO CL2527Contig1 883 4 3 U
GGGATTCGAAAGCAAAGCGAAAGGCAGATCACACAATCACAAAAACTCACTTCTTCTTCA
CTCTCTTGCAGATCACTTCCTCTGTCGGCACGAATTCATTAGGGCTGAAGCTCGAATCTG
GGTTTAGTGTAATAAAATCGATTTCAGTAAGAAGAATCTGGTAAGAGAGGAAGCGTGGAG
GGGAGAGATGAGGAGGCGGAGGGTAGCTAGAAGGAGATTGTTGAGTTGGATATGGCTTCT
CCTTGCTTCTTTCTCTGTTGCTGGTTTGGTTCTCTTCATCGTTCATCATCATCATCAACA
ACAACAAGATCCATCTCAGCTAACACTTGAAAGAGACACAAGAACCGAGGAGGACGTATC
TCCTCCTCGTTTAAACTTCACCGAAGAGGTGACAAGTGCTTCCTCGTTCGCTAGACAGCT
AGCCGAGCAAATGACCCTCGCCAAGGCCTATGTTTTCATAGCCAAAGAGCACAACAATCT
TCACTTAGCTTGGGAGCTGAGCTCTAAGATCAGAAGCTGTCAGCTTCTCCTCTCGAAAGC
AGCCATGAGAGGCCAGCCCATCTCGTTAGACGAGGCCAAACCGGTCGTCAGCGGCTTATC
AGCTCTTATCTACAAGGCGCAGGACGCGCATTACGACATAGCCACCACGATGATCAAGCT
AACATCAGACTGGTTAACCGAGCAGCCGTCACGCCGTGAAGCGGCCGCGGATGAGAACAG
AAACTCGCCTAGACTCGTTGACAACAACCTATACCATTTCTGTATCTTCACGGATAACGT
GATAGCTGCTTCTGTTGTTGTGAACTCGTCTGTCTCCAACGCTGATCACCCGAAGCAGCT
TGTCTTCCACATAGTGACGAACCGAGTGAGCTACAAAGCTATG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1A760TF U 1
AF RR1B004TF U 1
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AF RR1B269TF U 1
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T

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1F081TF U 1
AF RR1F921JQ C 128
AF RR1F921TF U 1
AF RR1F081JQ C 147
BS 1 715 RR1F081TF
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CTTT

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DS 

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TTTATGCCTTTGAATGTTTAGCACATGTGCACTGCCTCTGTTTTAGTATTTTGATTACAA
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QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 4

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CAAACTTAGTTAATAC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AC29JQ C 1
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AF RR1AF78TF U 1
AF RR1AF78JQ C 1
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BS 782 796 RR1AC29JQ

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C

QA 1 781 1 781
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C
A

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1AF78JQ 796 0 0
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CAAACTTAGTTAATAC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 3

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G935JQ U 1
AF RR1BC05JQ U 37
AF RR1BC05TF C 228
BS 1 321 RR1G935JQ
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BS 323 390 RR1G935JQ
BS 391 391 RR1BC05JQ
BS 392 749 RR1G935JQ
BS 750 923 RR1BC05JQ

RD RR1G935JQ 749 0 0
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TTTGGCCATTAGGTTGTGTTCTCATATGAATACAACAAAAGTATCTGAAAGAAAGAGGAA
GAACTGAAGAGTGCTCTCTTTGAACACCAATGCAGATTGAAAGAGAAAGAACTGAAGAGT
TTATTGTCTTCTGGAAGACCTTCTGTAAAGGAGCAATTGTCCTTTTTAGATAGCCTCTGG
TTTAAGCAGTGATCTCACATTGATCTTTCAAGAGAAGTGAGGTGCAAGAGAGAAGTTGAG
ATACTTCCTCTGGAGTTGCTGCTCCAAAACCTTGCCATCTTATTCTCCCGGATTTGTCGA
GTAAGAGAATGTACCCGGTGAGAAGGTTCAAAACTTTCATTTGTTTTCGGAAGTGATAAT
GGTCCCCAAATGAGTAAACAATCTGCCTCTGGAGGACACTGTTTTCGCTGTTTTTCGGTT
TTTGCAAGACTCGGAGAAGTAGTTTCCTTATGGGAGCTAACCCCAGAAGCCATTTGTCTA
TAAATGAAACCTCGAACAACTGAAGATCTTTCCTGTCGCCAAACGATTCAATGAATGGTT
TGCTCCACGAGCTGATCATTTCCTGAGAGCTAGCTCGGAAAGACAAACACACCAATGTCA
GCTTAGGAACAGCCAAGCTCTCTTTGTCAACCTCATTGCTGTTGGAAGTAGTAATAGGCA
ACTTCGTGATTTTTCCATTAGAGAAAGTC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1BC05JQ 887 0 0
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AAAAGTATCTGAAAGAAAGAGGAAGAACTGAAGAGTGCTCTCTTTGAACACCAATGCAGA
TTGAAAGAGAAAGAACTGAAGAGTTTATTGTCTTCTGGAAGACCTTCTGTAAAGGAGCAA
TTGTCCTTTTTAGATAGCCTCTGGTTTAAGCAGTGATCTCACATTGATCTTTCAAGAGAA
GTGAGGTGCAAGAGAGAAGTTGAGATACTTCCTCTGGAGTTGCTGTTCCAAAACCTTGCC
ATCTTATTCTCCCGGATTTGTCGAGTAAGAGAATGTACCCGGTGAGAAGGTTCAGAACTT
TCATTTGTTTTCGGAAGTGATAATGGTCCCCAAATGAGTAAACAATCTGCCTCTGGAGGA
CACTGTTTTCGCTGTTTTTCGGTTTTTGCAAGACTCGGAGAAGTAGTTTCCTTATGGGAG
CTAACCCCAGAAGCCATTTGTCTATAAATGAAACCTCGAACAACTGAAGATCTTTCCTGT
CGCCAAACGATTCAATGAATGGTTTGCTCCACGAGCTGATCATTTCCTGAGAGCTAGCTC
GGAAAGACAAACACACCAATGTCAGCTTAGGAACAGCCAAGCTCTCTTTGTCAACCTCAT
TGCTGTTGGAAGTAGTAATAGGCAACTTCGTGATTTTTCCATTAGAGAAAGTCACTGCTA
ACACCGGAAACTTCATGGCCGACACAGCAGGGATTAAAGTCTTACTAGCAGCAGCTATCT
TACCGCCATGTTCCTTGAACTCTTTCATATCAGCAAAGTACCCTCGATTCATCTCATCAT
TACTGCCCTAAATCACAATCATTATTTATCAGCGAACAAGAGTTATC

QA 1 887 1 887
DS 

RD RR1BC05TF 696 0 0
AGATAGCCTCTGGTTTAAGCAGTGATCTCACATTGATCTTTCAAGAGAAGTGAGGTGCAA
GAGAGAAGTTGAGATACTTCCTCTGGAGTTGCTGTTCCAAAACCTTGCCATCTTATTCTC
CCGGATTTGTCGAGTAAGAGAATGTACCCGGTGAGAAGGTTCAGAACTTTCATTTGTTTT
CGGAAGTGATAATGGTCCCCAAATGAGTAAACAATCTGCCTCTGGAGGACACTGTTTTCG
CTGTTTTTCGGTTTTTGCAAGACTCGGAGAAGTAGTTTCCTTATGGGAGCTAACCCCAGA
AGCCATTTGTCTATAAATGAAACCTCGAACAACTGAAGATCTTTCCTGTCGCCAAACGAT
TCAATGAATGGTTTGCTCCACGAGCTGATCATTTCCTGAGAGCTAGCTCGGAAAGACAAA
CACACCAATGTCAGCTTAGGAACAGCCAAGCTCTCTTTGTCAACCTCATTGCTGTTGGAA
GTAGTAATAGGCAACTTCGTGATTTTTCCATTAGAGAAAGTCACTGCTAACACCGGAAAC
TTCATGGCCGACACAGCAGGGATTAAAGTCTTACTAGCAGCAGCTATCTTACCGCCATGT
TCCTTGAACTCTTTCATATCAGCAAAGTACCCTCGATTCATCTCATCATTACTGCCCTAA
ATCACAATCATTATTTATCAGCGAACAAGAGTTATC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 4

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CCTCAAAACTTTCACCAAGAGGTCTGTCTAATCAAATTAACAATAAAAACAACATTAAAC
AACTTAGAGCTCATCGTGAGACTCATCCTCCTCTTCGGCCGCTCCTTCTCCACCAGCACC
ACCTGGCGCACCACCTGACCTCTGATAAACGGCCGTGATGATTGGGTTACAAACTGCCTC
TACTTCCTTCAACTTCTCGTCGTACTCTTCCTTCTCTGAGTTTTGGTTCTCGTCAAGCCA
CTCCAAGGCTTCTTTCGTCGCTGCCTCAATCTTCTCCTTCTCCTCACCCTCAAGTTTGTC
TGCGAGCTTGTCCTTGTCGTTTATTTGGTTCTTCATGTTGTACACGTAAGTCTCGAGGCT
GTTCCTTGCGTCGATTCTCTCCTTCACCTTCTTGTCTTCCTCTGCAAACTCCTCTGCCTC
CTTCACCATCCAGTCAATCTCTTCCTGGCTCAGACGTCCCTTCTCGTTTGTGATTGTGAT
CTTCTCTGATTTACCACTTGCCTTGTCCTCTGCCTTCACGTTCAGGATACCC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EM06JQ U 1
AF RR1EM06TF C 1
AF RR1EG78TF C 2
AF RR1EG78JQ U 29
BS 1 45 RR1EM06JQ
BS 46 46 RR1EG78JQ
BS 47 294 RR1EM06JQ
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BS 296 342 RR1EM06JQ
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BS 344 403 RR1EM06JQ
BS 404 592 RR1EG78JQ

RD RR1EM06JQ 403 0 0
GAGTCTAAAACCAAAATAATACATATAAAAGGAAACAAAAGAGTTCTCTTCATCTTTATC
CCTCAAAACTTTCACCAAGAGGTCTGTCTAATCAAATTAACAATAAAAACAACATTAAAC
AACTTAGAGCTCATCGTGAGACTCATCCTCCTCTTCGGCCGCTCCTTCTCCACCAGCACC
ACCTGGCGCACCACCTGACCTCTGATAAACGGCCGTGATGATTGGGTTACAAACTGCCTC
TACTTCCTTCAACTTCTCGTCGTACTCTTCCTTCTCTGAGTTTTGGTTCTCGTCGAGCCA
CTCCAAGGCTTCTTTCGTCGCTGCCTCAATCTTCTCCTTCTCGTCACCCTCAAGTTTGTC
TGCGAGCTTGTCCTTGTCGTTTATTTGGTTCTTCATGTTGTAC

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR1EM06TF 403 0 0
GA
GTCTAAAACCAAAATAATACATATAAAAGGAAACAAAAGAGTTCTCTTCATCTTTATCCC
TCAAAACTTTCACCAAGAGGTCTGTCTAATCAAATTAACAATAAAAACAACATTAAACAA
CTTAGAGCTCATCGTGAGACTCATCCTCCTCTTCGGCCGCTCCTTCTCCACCAGCACCAC
CTGGCGCACCACCTGACCTCTGATAAACGGCCGTGATGATTGGGTTACAAACTGCCTCTA
CTTCCTTCAACTTCTCGTCGTACTCTTCCTTCTCTGAGTTTTGGTTCTCGTCGAGCCACT
CCAAGGCTTCTTTCGTCGCTGCCTCAATCTTCTCCTTCTCGTCACCCTCAAGTTTGTCTG
CGAGCTTGTCCTTGTCGTTTATTTGGTTCTTCATGTTGTAC

QA 3 403 3 403
DS 

RD RR1EG78TF 591 0 0
G
GTCTAAAACCAAAATAATACATA*AAAAGGAAACAAAAGAGTTATCTTCTTCTTTATCCC
TCAAAACTTTCACCAAGAGGTCTGTCTAATCAAATTAACAATAAAAACAACATTAAACAA
CTTAGAGCTCATCGTGAGACTCATCCTCCTCTTCGGCCGCTCCTTCTCCACCAGCACCAC
CTGGCGCACCACCTGACCTCTGATAAACGGCCGTGATGATTGGGTTACAAACTGCCTCTA
CTTCCTTCAACTTCTCGTCGTACTCTTCCTTCTCTGAGTTTTGGTTCTCGTCAAGCCACT
CCAAGGCTTCTTTCGTCGCTGCCTCAATCTTCTCCTTCTCCTCACCCTCAAGTTTGTCTG
CGAGCTTGTCCTTGTCGTTTATTTGGTTCTTCATGTTGTACACGTAAGTCTCGAGGCTGT
TCCTTGCGTCGATTCTCTCCTTCACCTTCTTGTCTTCCTCTGCAAACTCCTCTGCCTCCT
TCACCATCCAGTCAATCTCTTCCTGGCTCAGACGTCCCTTCTCGTTTGTGATTGTGATCT
TCTCTGATTTACCACTTGCCTTGTCCTCTGCCTTCACGTTCAGGATACCC

QA 2 591 2 591
DS 

RD RR1EG78JQ 564 0 0
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TAATCAAATTAACAATAAAAACAACATTAAACAACTTAGAGCTCATCGTGAGACTCATCC
TCCTCTTCGGCCGCTCCTTCTCCACCAGCACCACCTGGCGCACCACCTGACCTCTGATAA
ACGGCCGTGATGATTGGGTTACAAACTGCCTCTACTTCCTTCAACTTCTCGTCGTACTCT
TCCTTCTCTGAGTTTTGGTTCTCGTCAAGCCACTCCAAGGCTTCTTTCGTCGCTGCCTCA
ATCTTCTCCTTCTCCTCACCCTCAAGTTTGTCTGCGAGCTTGTCCTTGTCGTTTATTTGG
TTCTTCATGTTGTACACGTAAGTCTCGAGGCTGTTCCTTGCGTCGATTCTCTCCTTCACC
TTCTTGTCTTCCTCTGCAAACTCCTCTGCCTCCTTCACCATCCAGTCAATCTCTTCCTGG
CTCAGACGTCCCTTCTCGTTTGTGATTGTGATCTTCTCTGATTTACCACTTGCCTTGTCC
TCTGCCTTCACGTTCAGGATACCC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 4

CO CL2532Contig1 635 4 10 U
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TGTCGTGGCAGACTTATGTTGACGATCACTTGATGTGCGACGTCGAAGGCAGCCGCCTCA
CCTCCGCCGCAATTCTCGGTCAAGACGGTAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCTAATTTCCCTC
AGTTGAAGCCTGAGGAGATCACTGGCATCAACAACGATTTTGCGGAGCCTGGAACGCTTG
CCCCAACGGGATTGTTCATCGGTGGCACAAAGTACATGGTCACCCAAGGAGAGCCTAATG
CTGTCATTCGTGGGAAGAAGGGAGCTGGTGGTGTTACCATCAAGAAGACCACCCAAGCCT
TGGTCTTTGGTATCTATGAAGAACCAATGACTCCTGGACAGTGCAATATGGTTGTTGAGA
GGCTCGGTGACTACCTTATTGAATCAGGCCTCTGAAACCCAACCTGCTGTGCTCATGTTT
TCACAATTTTGAGAGGAAAAATATTTATATATCAAATCAATCACTTTATGTCCAACTGTG
TATTACCCTTTATGATGTGATGGATCTTGGGGATGTTTGATTATAAAACAATATGGTATT
GTCTTCATTTGTGGTTGAGTTAAAAAATTTTAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR67TF U 1
AF RR1BZ01TF U 276
AF RR1BZ01JQ C 17
AF RR1GR67JQ C 172
BS 1 305 RR1GR67TF
BS 306 306 RR1BZ01TF
BS 307 309 RR1GR67TF
BS 310 310 RR1BZ01TF
BS 311 326 RR1GR67TF
BS 327 355 RR1BZ01TF
BS 356 356 RR1BZ01JQ
BS 357 443 RR1BZ01TF
BS 444 596 RR1BZ01JQ
BS 597 635 RR1GR67JQ

RD RR1GR67TF 327 0 0
GGGACGCTATCTCTAGAACATTCCGATTAAGCACTGAAGAAGCAGAGCCGAGGAAGAAGA
TGTCGTGGCAGACTTATGTTGACGATCACTTGATGTGCGACGTCGAAGGCAGCCGCCTCA
CCTCCGCCGCAATTCTCGGTCAAGACGGTAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCTAATTTCCCTC
AGTTGAAGCCTGAGGAGATCACTGGCATCAACAACGATTTTGCGGAGCCTGGAACGCTTG
CCCCAACGGGATTGTTCATCGGTGGCACAAAGTACATGGTCACCCAAGGAGAGCCTAATG
CTGTC*TTC*TGGGAAGAAGGGAGCT
A

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR1BZ01TF 168 0 0
ATGGTCATCCAAAGAGAGCCTAATGCTGTCATTCGTGGGAAGAAGGGAGCTGGTGGTGTT
ACCATCAAGAAGACCACCCATGCCTTGGTCTTTGGTATCTATGAAGAACCAATGACTCCT
GGACAGTGCAATATGGTTGTTGAGAGGCTCGGTGACTACCTTATTGAA

QA 1 168 1 168
DS 

RD RR1BZ01JQ 580 0 0
AACATTCCGATTAAGCACTGAAGAAGCAGAGCCGAGGAAGAAGATGTCGTGGCAGACTTA
TGTTGACGATCACTTGATGTGCGACGTTGACGGCAGCCGCCTCACCTCCGCCGCAATTCT
CGGTCAAGACGGTAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCTAATTTCCCTCAGTTGAAGCCTGAGGA
GATCACGGGCATCAACAACGATTTTGCGGAGCCTGGAACGCTTGCCCCAACGGGATTGTT
CATCGGTGGCACAAAGTACATGGTCATCCAAGGAGAGCCTAATGCTGTCATTCGTGGGAA
GAAGGGAGCTGGTGGTGTTACCATCAAGAAGACCACCCAAGCCTTGGTCTTTGGTATCTA
TGAAGAACCAATGACTCCTGGACAGTGCAATATGGTTGTTGAGAGGCTCGGTGACTACCT
TATTGAATCAGGCCTCTGAAACCCAACCTGCTGTGCTCATGTTTTCACAATTTTGAGAGG
AAAAATATTTATATATCAAATCAATCACTTTATGTCCAACTGTGTATTACCCTTTATGAT
GTGATGGATCTTGGGGATGTTTGATTATAAAACAATATGG

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1GR67JQ 464 0 0
ATTTCCCTCAGTTGAAGCCTGAGGAGATCACTGGCATCAACAACGATTTTGCGGAGCCTG
GAACGCTTGCCCCAACGGGATTGTTCATCGGTGGCACAAAGTACATGGTCACCCAAGGAG
AGCCTAATGCTGTCATTCGTGGGAAGAAGGGAGCTAGTGGTGTTACCATCAAGAAGACCA
CCCAAGCCTTGGTCTTTGGTATTTATGAAGAACCAATGACTCCTGGACAGTGCAATATGG
TTGTTGAGAGGCTCGGTGACTACCTTATTGAATCAGGCCTTTGAAACCCAACCTGCTGTG
CTCATGTTTTCACAATTTTGAGAGGAAAACTATTTATATATCAAATCAATCACTTTATGT
CCAACTGTGTATTACCCTTTATGATGTGATGGATCTTGGGGATGTTTGATTATAAAACAA
TATGGTATTGTCTTCATTTGTGGTTGAGTTAAAAAATTTTAGCG

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 4

CO CL2533Contig1 634 4 9 U
TTCTTCCTACAGACAACAAAAGGCTAATAAAAGTCTACTTGAAAGATAGAAATATGGCTA
TGGACCTTGAGCTTGATGATGATGTCTCCTTTGCAGACATAAGCAAACAAATCAATCTCT
TAATCACAGATGAAGATGAACAGATCCCTATCTCACTCTCCTCTTCTGTCTTCCAGGGTT
TGTTCAGAGAAAACTACCAAACATCATCAACACCACATATGATTTACTATGAGCAGAATT
ACAAACTAATTAGAGAGAGCAAAGGGACAGGAGTGTTCATCCCAAGATGTACTCAGCCAA
GAAGGAAACAACATAATCATCCTCGTGAGAAGAAGCAAGGGAGTGCCGGTTCCCTCATCT
CGAAGCAACAGTTTTCTCATCATGTTTATGACAACAACTACACAACTCTCAACAACAACC
GAGAACGCATCACCCTTCATCATGCACCTTCTACCAACTCAAGAAGAGCCTACAGAGATG
CAGCATCTCTCTTCACTTAGTCTCCATCAAAATTCAAGACATGGATTTGTGTCATTAATT
CATATTATATTTATAATTGGTTATGGATATGTTATAGCTTTTATGTTTGTAAGATCAGCA
AATAATAAGAATGAAGGAGGAACCATCAATCTAC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C114JQ C 1
AF RR1D413JQ C 1
AF RR1D413TF U 1
AF RR1C114TF U 1
BS 1 87 RR1D413TF
BS 88 88 RR1C114TF
BS 89 481 RR1D413TF
BS 482 482 RR1C114TF
BS 483 533 RR1D413TF
BS 534 534 RR1C114TF
BS 535 613 RR1D413TF
BS 614 627 RR1C114TF
BS 628 634 RR1C114JQ

RD RR1C114JQ 634 0 0
TTCTTCCTACAGACAACAAAAGGCTAATAAAAGTCTACTTGAAAGATAGAAATATGGCTA
TGGACCTTGAGCTTGATGATGATGTCTCCTTTGCAGACATAAGCAAACAAATCAATCTCT
TAATCACAGATGAAGATGAACAGATCCCTATCTCACTCTCCTCTTCTGTCTTCCAGGGTT
TGTTCAGAGAAAACTACCAAACATCATCAACACCACATATGATTTACTATGAGCAGAATT
ACAAACTAATTAGAGAGAGCAAAGGGACAGGAGTGTTCATCCCAAGATGTACTCAGCCAA
GAAGGAAACAACATAATCATCCTCGTGAGAAGAAGCAAGGGAGTGCCGGTTCCCTCATCT
CGAAGCAACAGTTTTCTCATCATGTTTATGACAACAACTACACAACTCTCAACAACAACC
GAGAACGCATCACCCTTCATCATGCACCTTCTACCAACTCAAGAAGAGCCTACAGAGATG
CAGCATCTCTCTTCACTTAGTCTCCATCAAAATTCAAGACATGGATTTGTGTCATTAATT
CATATTATATTTATAATTGGTTATGGATATGTTATAGCTTTTATGTTTGTAAGATCAGCA
AATAATAAGAATGAAGGAGGAACCATCAATCTAC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1D413JQ 627 0 0
TTCTTCCTACAGACAACAAAAGGCTAATAAAAGTCTACTTGAAAGATAGAAATATGGCTA
TGGACCTTGAGCTTGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAAATCAATCTCT
TAATCACAGATGAAGATGAACAGATCCCTATCTCACTCTCCTCTTCTGTCTTCCAGGGTT
TGTTCAGAGAAAACTACCAAACATCATCAACACCACATATGATTTACTATGAGCAGAATT
ACAAACTAATTAGAGAGAGCAAAGGGACAGGAGTGTTCATCCCAAGATGTACTCAGCCAA
GAAGGAAACAACATAATCATCCTCGTGAGAAGAAGCAAGGGAGTGCCGGTTCCCTCATCT
CGAAGCAACAGTTTTCTCATCATGTTTATGACAACAACTACACAACTCTCAACAACAACC
GAGAACGCATCACCCTTCATCATGCACCTTCTACCAACTCAAGAAGAGCCTACAGAGATG
CGGCATCTCTCTTCACTTAGTCTCCATCAAAATTCAAGACATGGATTTGTGTCGTTAATT
CATATTATATTTATAATTGGTTATGGATATGTTATAGCTTTTATGTTTGTAAGATCAGCA
AATAATAAGAATGAAGGAGGAACCATC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1D413TF 613 0 0
TTCTTCCTACAGACAACAAAAGGCTAATAAAAGTCTACTTGAAAGATAGAAATATGGCTA
TGGACCTTGAGCTTGATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAAATCAATCTCT
TAATCACAGATGAAGATGAACAGATCCCTATCTCACTCTCCTCTTCTGTCTTCCAGGGTT
TGTTCAGAGAAAACTACCAAACATCATCAACACCACATATGATTTACTATGAGCAGAATT
ACAAACTAATTAGAGAGAGCAAAGGGACAGGAGTGTTCATCCCAAGATGTACTCAGCCAA
GAAGGAAACAACATAATCATCCTCGTGAGAAGAAGCAAGGGAGTGCCGGTTCCCTCATCT
CGAAGCAACAGTTTTCTCATCATGTTTATGACAACAACTACACAACTCTCAACAACAACC
GAGAACGCATCACCCTTCATCATGCACCTTCTACCAACTCAAGAAGAGCCTACAGAGATG
CGGCATCTCTCTTCACTTAGTCTCCATCAAAATTCAAGACATGGATTTGTGTCGTTAATT
CATATTATATTTATAATTGGTTATGGATATGTTATAGCTTTTATGTTTGTAAGATCAGCA
AATAATAAGAATG

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1C114TF 634 0 0
TTCTTCCTACAGACAACAAAAGGCTAATAAAAGTCTACTTGAAAGATAGAAATATGGCTA
TGGACCTTGAGCTTGATGATGATGTCTCCTTTGCAGACATAAGCAAACAAATCAATCTCT
TAATCACAGATGAAGATGAACAGATCCCTATCTCACTCTCCTCTTCTGTCTTCCAGGGTT
TGTTCAGAGAAAACTACCAAACATCATCAACACCACATATGATTTACTATGAGCAGAATT
ACAAACTAATTAGAGAGAGCAAAGGGACAGGAGTGTTCATCCCAAGATGTACTCAGCCAA
GAAGGAAACAACATAATCATCCTCGTGAGAAGAAGCAAGGGAGTGCCGGTTCCCTCATCT
CGAAGCAACAGTTTTCTCATCATGTTTATGACAACAACTACACAACTCTCAACAACAACC
GAGAACGCATCACCCTTCATCATGCACCTTCTACCAACTCAAGAAGAGCCTACAGAGATG
CAGCATCTCTCTTCACTTAGTCTCCATCAAAATTCAAGACATGGATTTGTGTCATTAATT
CATATTATATTTATAATTGGTTATGGATATGTTATAGCTTTTATGTTTGTAAGATCAGCA
AATAATAAGAATGAAGGAGGAACCATC
AATCTAC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 2 4

CO CL2534Contig1 785 2 1 U
GATTCCATCAAATTCTTTCAAAAAAATCCTCAATTCCTTTGAAACCCCTGGATTGGATCC
TCCTCTCATCAATCTCAGAAGGAAAATGCTTAAATGGATGCACCACCGTCTGTTTCGGAG
GAAAGCTTGAAGCTTGAGCTCGAGGATCTGCAGAAACAGCTGAACAAAAAGCTGAGATTC
GAGGCATCCGTTCGTTCTATTCATTCTCTCCTCCGTGATCGCTACTCTTCCTCCTCTCCT
TCTCTCCGTAAACAGTTCTATACAGTTGTATCTCGTGTGGCAACGGTTCTCAAGACGAGA
TACACAGCTACCGGCTTTTGGGTTGCGGGGCTTAGCCTCTTCGAGGAAGCCGAGCGGCTT
GTCTCCGACTCTTCCGAGAAGAAGCACTTGAAATCTTGCATCGAACAAGCCAAGGAGCAG
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GGACATCTGACGGTCGATCGCGAGCCGCCGCAGCCTCAGTGGCTGGTGCAGCAGAATCTC
ATGTCTGCTTTCTCTTCGATAGTTGCCGGTGAATCCTCCTCTAATGCTACTGATGCTATT
GGAAACGCTCTTGGGGAAACGGCTAACTTGATGCAAGAACTCATCAATGGTCTTGACAGT
ATCATCCCAGAGATACTAGAAGAAGTGGACCACCAAGAGTACCACCGGCGAGTAAAGAAG
TAGTGGAGAACTTCCAGTGATTGTGTTAGTGAGAAATGCTTAAAAGTTTGGAGCAGATGC
AGATG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1D829TF U 1
AF RR1C082TF U 1
BS 1 785 RR1C082TF

RD RR1D829TF 613 0 0
GATTCCATCAAATTCTTTCAAAAAAATCCTCAATTCCTTTGAAACCCCTGGATTGGATCC
TCCTCTCATCAATCTCAGAAGGAAAATGCTTAAATGGATGCACCACCGTCTGTTTCGGAG
GAAAGCTTGAAGCTTGAGCTCGAGGATCTGCAGAAACAGCTGAACAAAAAGCTGAGATTC
GAGGCATCCGTTCGTTCTATTCATTCTCTCCTCCGTGATCGCTACTCTTCCTCCTCTCCT
TCTCTCCGTAAACAGTTCTATACAGTTGTATCTCGTGTGGCAACGGTTCTCAAGACGAGA
TACACAGCTACCGGCTTTTGGGTTGCGGGGCTTAGCCTCTTCGAGGAAGCCGAGCGGCTT
GTCTCCGACTCTTCCGAGAAGAAGCACTTGAAATCTTGCATCGAACAAGCCAAGGAGCAG
CTAACCGAGGTAGATACTCAGCCGACGACCGAGATCGCACCACAAGGCTATCTTTTCGAG
GGACATCTGACGGTCGATCGCGAGCCGCCGCAGCCTCAGTGGCTGGTGCAGCAGAATCTC
ATGTCTGCTTTCTCTTCGATAGTTGCCGGTGAATCCTCCTCTAATGCTACTGATGCTATT
GGAAACGCTCTTG

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1C082TF 785 0 0
GATTCCATCAAATTCTTTCAAAAAAATCCTCAATTCCTTTGAAACCCCTGGATTGGATCC
TCCTCTCATCAATCTCAGAAGGAAAATGCTTAAATGGATGCACCACCGTCTGTTTCGGAG
GAAAGCTTGAAGCTTGAGCTCGAGGATCTGCAGAAACAGCTGAACAAAAAGCTGAGATTC
GAGGCATCCGTTCGTTCTATTCATTCTCTCCTCCGTGATCGCTACTCTTCCTCCTCTCCT
TCTCTCCGTAAACAGTTCTATACAGTTGTATCTCGTGTGGCAACGGTTCTCAAGACGAGA
TACACAGCTACCGGCTTTTGGGTTGCGGGGCTTAGCCTCTTCGAGGAAGCCGAGCGGCTT
GTCTCCGACTCTTCCGAGAAGAAGCACTTGAAATCTTGCATCGAACAAGCCAAGGAGCAG
CTAACCGAGGTAGATACTCAGCCGACGACCGAGATCGCACCACAAGGCTATCTTTTCGAG
GGACATCTGACGGTCGATCGCGAGCCGCCGCAGCCTCAGTGGCTGGTGCAGCAGAATCTC
ATGTCTGCTTTCTCTTCGATAGTTGCCGGTGAATCCTCCTCTAATGCTACTGATGCTATT
GGAAACGCTCTTGGGGAAACGGCTAACTTGATGCAAGAACTCATCAATGGTCTTGACAGT
ATCATCCCAGAGATACTAGAAGAAGTGGACCACCAAGAGTACCACCGGCGAGTAAAGAAG
TAGTGGAGAACTTCCAGTGATTGTGTTAGTGAGAAATGCTTAAAAGTTTGGAGCAGATGC
AGATG

QA 1 785 1 785
DS 



CO CL2534Contig2 1168 2 8 U
GGATTCCATCAAATTCTTTCAAAAAAATCCTCAATTCTTTTGAAACCCCTTGATCGGATC
CTCCTCTCATCTCTCTCAGAAGGAAAAAGCTATAATGGATGCACCACCGTCTGTTTCCGA
GGAAAGCTTGAAGCTTGAGCTCGACGATCTACAGAAACAGCTGAACAAAAAGCTGAGATT
CGAGGCATCCGTTCGTTCTATTCATTCTCTCCTCCGTGATCGCTACTCTTCCTCCTCTCC
TTCTCTCCGCAAACAGTTCTATACAGTTGTATCTCGTGTGGCAACGGTTCTCAAGACGAG
ATACACAGCTACTGGCTTTTGGGTTGCGGGGCTGAGCCTCTTCGAGGAAGCTGAGCGGCT
CGTCTCTGATGCTTCCGAGAAGAAGCACTTGAAATCTTGCATCGAACAAGCCAAGGAGCT
GCTAACCTAGGTGGATACTCAGCCGACGACCGAGAGCTCATCGCGAGGCTATCTTTTCGA
GGGGCATCTGACGGTCGATCGCGAGCCGCCTCAGCCTCAGTGGCTGGTGCAGCAGAATCT
CATGTCTGCTTTCTCTTCTATCGTTGCCGGTGAATCCTCCTCTAATGCTGCTGATGCTAT
TGGAAACGCTCTTGGGGAAACGGCTAACTTGATGCAAGAACTCATCAATGGTCTTGACAG
TATCATCCCAGAGATACTAGAAGAAGGTGGACCACCAAGAGTACCACCGGCGAGTAAAGA
AGTAGTGGAGAAGCTTCCAGTGATTGTGTTTAGTGAGGAAATGCTTAAAAAGTTTGGAGC
AGATGCAGAATGTTGTATCTGCAAGGAGAATCTGGTGATCGGCGACAAAATGCAGGAGCT
GCCATGCAAGCACACGTTTCACCCTCCTTGTTTAAAGCCTTGGCTGGACGAGCATAACTC
TTGCCCTATATGCCGCCATGAGTTACCGACAGATGATCAGAAGTACGAGAGCTGGAAAGA
GAGGGAGAAAGAGGCTGAGGAAGAGCGTAAAGGCGCAGAGAATGCTGTCCGTGGAGGCGA
ATATATGTACGTTTAGAAGAATAGTGTGACACACTTCATCTGCGTTCTTACATCTCACAT
GTTATGTATTTTACTCTCTCTTTTTTTCTACTATGTATTGATCTCATTCTTACCGAACTT
CATTCCCATAATGAATACAGAAATTCTC


BQ
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AF RR1FU29TF U 1
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DS 

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GTG
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AATACAGAAATTCTC

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DS 



AS 1 3

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG19TF U 1
AF RR1FU04TF U 16
AF RR1FU04JQ C 420
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BS 800 1157 RR1FU04JQ

RD RR1CG19TF 759 0 0
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GACATATGGGTGGATTCAGAGAGTTCGGTGGTGATGAACATTATTCCTCCTCAAACCTAT
TCCACTCGGTGACCGCCATAGTCATCTGGCTTGGCTCCGTTCACTTGAACGTCGCTATTG
TTCTCTCTTCTCTCATTTTCCTTCCCCCTTCTCTCTCCCTCCTGGTCTTCGGTCTGCTTT
TTCTGTTAATCTTCAGCCCCATCGATGATCGTAGCAAATACGGTCGTATGCTCGCTAGGT
ACATATGTAAGCACGCGTGTAGTTATTTCCCTGTTACTCTCCATGTCGAGGATTACGAAG
CTTTCCAGCCTACTCGTGCCTATGTTTTTGGTTATGAACCACATTCGGTGTGGCCTATTG
GAGCTGTTGCACTTGCTGATCTTACTGGCTTCATGCCTCTTCCTAACATCAAAGTTCTTG
CTAGTTCTGCTGTTTTCTACACACCGTTTCTGAGGCAAATATGGACCTGGTTAGGGCTCG
CTCCTGCTTCTAGGAAGAATTTCTCTTCCTATTTGGAGTCTGGTTATAGTTGTATCCTCG
TACCTGGTGGTGTCCAGGAGACATTTCACATGAAACATGATGTTGAGAACGTCTTCCTTT
CATCGAGAAGAGGATTTGTGCGCATAGCCATGGAACATGGGACACCTCTGGTTCCAGTTT
TCTGCTTTGGTCAGTCA*GAGTGTACA*GTGGTGGAAGC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1FU04TF 784 0 0
G
GGACAAACCGAAGAAAGAAAA*ACATCCGGAGCTGTTGGTGTGTGACATATGGGTGGATT
ATTAGAGTTCGGTGGTGATGAACATTATTCATCCTCAAACCTATTCCACTCGGTGACCGC
CATAGTCATCTGGCTTGGCTCCGTTCACTTTAACGTCGCTATTGTTCTCTCTTCTCTCAT
TTTCCTTCCTCCTTCTCTCTCCATCCTCGTCTTCGGTCTGCTTTTTCTCTTGATCTTCAG
CCCCATCGATGATCGTAGCAAATACGGTCGTATGCTCGCTAGGTACATATGTAAGCACGC
ATGTAGTTATTTCCCCGTTACTCTCCATGTCGAGGATTACGAATCTTTCCAGCCTACTCG
TGCCTATGTTTTTGGTTATGAACCACATTCGGTGTGGCCTATTGGAGCTGTTGCACTTGC
TGATCTTACTGGCTTCATGCCTCTTCCTAACATCAAAGTTCTTGCTAGTTCTGCTGTTTT
CTACACACCGTTTCTGAGGCAAATATGGACGTGGCTAGGGCTCGCTCCTGCGTCTAGGAA
GAATTTCTCTTCCTATTTAGAGTCTGGTTATAGTTGTATCCTCGTACCTGGTGGTGTACA
AGAGACATTTCACATGAAACATGATGTTGAGAACGTCTTCCTTTCATCGAGAAGAGGATT
TGTGCGCATAGCCATGGAACATGGGACACCTCTGGTTCCTGTTTTCTGCTTTGGTCAGTC
AAGAGTGTACAAGTGGTGGAAGCCGGAT*GGAACCTCTACCTTAAACTATCAAGAGCGAT
CAA

QA 2 784 2 784
DS 

RD RR1FU04JQ 738 0 0
GGAGCTGTTGCACTTGCTGATCTTACTGGCTTCATGCCTCTTCCTAACATCAAAGTTCTT
GCTAGTTCTGCTGTTTTCTACACACCGTTTCTGAGGCAAATATGGACGTGGCTAGGGCTC
GCTCCTGCGTCTAGGAAGAATTTCTCTTCCTATTTAGAGTCTGGTTATAGTTGTATCCTC
GTACCTGGTGGTGTACAAGAGACATTTCACATGAAACATGATGTTGAGAACGTCTTCCTT
TCATCGAGAAGAGGATTTGTGCGCATAGCCATGGAACATGGGACACCTCTGGTTCCTGTT
TTCTGCTTTGGTCAGTCAAGAGTGTACAAGTGGTGGAAGCCGGATTGGAACCTCTACCTT
AAACTATCAAGAGCGATCAAGTTCACTCCCATCTGTTTCTGGGGTGTTTTTGGATCCCCA
ATCCCATATCAACACCCTCTGCATGTGGTGGTTGGGAAACCAATAGAAGTTAGAAAAACT
CTGCAGCCTACCGATGAAGGGATTGCTAAGGCGCATGGACAGTTTGTGGAAGCGCTTAGG
GATCTGTTTGAGAGGCACAAGGCCAGAGCAGGCTTCCCTGATCTGCAGTTGAGCATTCTT
TGAAATCAACAAGTTGTCAAAATGGTTTTATAGTTTTATCCTCAAATATTTTGTTAATTT
GGCACTGGCTTTGGATTTACCTTATGTATGTATGTCCTGTCTTATACGTCTCTGTATCAA
CTTTGGATTATAAAGACC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 4

CO CL2536Contig1 726 4 12 U
AAAAAAATATTCATTTTTTTCTTCATCATATTAGTCTTTACTTTTTCATTTCTACCATCC
TCTTGTTCGTTTCTCTGTTTACCCTTAAGGACTTCTACATGAACAGTTCTGACTGCAGTA
ACGTGTAATAGTTAGCAGCTTCATCTTCAAGCTCCCAAAGCCCATTACCAAAGCCATCTA
TTAAACTAAACTCATTAATGTAATCTTGATTAGTTGCATTGTTAATCATCTCATAATTAC
TCCCGCCAAAGTCAGTGTTAGGTATCCCTAGTTCGTCGTCCGAAGCTTCAAGAAGATGCT
TCATCACTTTCTCCTTGTCGCTTTCGTACTCCTCTTCCTTTGAAACACACGAAGACGAGG
AGGATGAACAAGAGGAAGAAGAGAGAGCAGGATTCGCAGAAACGGCAGCGTTTTCCTCTT
CCGTAGAGATCTCTTGCTGAAGTGAGGTGATTAGAGAAACTAAATCATGTTCTGCTTCAT
TTTTTGCTTCCTCATCATATAAGAGACATTGTACTTGGTTGTACAAGGTAGAAGATGAAG
AAGCCTTTTGTCTTTTTGTATCTTCTTGGAGCATGGTTTCTTGTTCATGTTCTTCTCTTT
GGCGTTTTAATGGCGATGATGCTGCTGTTTCTGCCATTGTTTGAGAAGAAGATAGAGATT
ACGATGTAGATAGCTTTCTTTAGCTTTTAAAATTGTAAGAGAGGGAGAGAATATCGTGTG
GGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 

AF RR1AM75JQ U 1
AF RR1AA73TF C 21
AF RR1AA73JQ U 23
AF RR1AM75TF C 23
BS 1 32 RR1AM75JQ
BS 33 33 RR1AA73JQ
BS 34 67 RR1AM75JQ
BS 68 68 RR1AA73JQ
BS 69 294 RR1AM75JQ
BS 295 295 RR1AA73JQ
BS 296 398 RR1AM75JQ
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BS 400 425 RR1AM75JQ
BS 426 426 RR1AA73JQ
BS 427 500 RR1AM75JQ
BS 501 726 RR1AA73JQ

RD RR1AM75JQ 500 0 0
AAAAAAATATTCATTTTTTTCTTCATCATATTGGTCTTTACTTTTTCATTTCTACCATCC
TCTTGTTTGTTTCTCTGTTTACCCTTAAGGACTTCTACATGAACAGTTCTGACTGCAGTA
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TTAAACTAAACTCATTAATGTAATCTTGATTAGTTGCATTGTTAATCATCTCATAATTAC
TCCCGCCAAAGTCAGTGTTAGGTATCCCTAGTTCGTCGTCCGAAGCTTCAAGAAAATGCT
TCATCACTTTCTCCTTGTCGCTTTCGTACTCCTCTTCCTTTGAAACACACGAAGACGAGG
AGGATGAACAAGAGGAAGAAGAGAGAGCAGGATTCGCAAAAACGGCAGCGTTTTCCTCTT
CCGTAAAGATCTCTTGCTGAAGTGAGGTGATTAGAGAAACTAAATCATGTTCTGCTTCAT
TTTTTGCTTCCTCATCATAT

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1AA73TF 706 0 0
CT
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GAGAGCAGGATTCGCAGAAACGGCAGCGTTTTCCTCTTCCGTAGAGATCTCTTGCTGAAG
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GAGACATTGTACTTGGTTGTACAAGGTAGAAGATGAAGAAGCCTTTTGTCTTTTTGTATC
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GCTTTTAAAATTGTAAGAGAGGGAGAGAATATCGTGTGGGATCC

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR1AA73JQ 704 0 0
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CCTTAAGGACTTCTACATGAACAGTTCTGACTGCAGTAACGTGTAATAGTTAGCAGCTTC
ATCTTCAAGCTCCCAAAGCCCATTACCAAAGCCATCTATTAAACTAAACTCATTAATGTA
ATCTTGATTAGTTGCATTGTTAATCATCTCATAATTACTCCGGCCAAAGTCAGTGTTAGG
TATCCCTAGTTCGTCGTCCGAAGCTTCAAGAAGATGCTTCATCACTTTCTCCTTGTCGCT
TTCGTACTCCTCTTCCTTTGAAACACACGAAGACGAGGAGGATGAACAAGAGGAAGAAGA
GAGAGCAGGATTCGCAGAAACGGCAGCGTTTTCCTCTTCCGTAGAGATCTCTTGCTGAAG
TGAGGTGATTAGAGAAACTAAATCATGTTCTGCTTCATTTTTTGCTTCCTCATCATATAA
GAGACATTGTACTTGGTTGTACAAGGTAGAAGATGAAGAAGCCTTTTGTCTTTTTGTATC
TTCTTGGAGCATGGTTTCTTGTTCATGTTCTTCTCTTTGGCGTTTTAATGGCGATGATGC
TGCTGTTTCTGCCATTGTTTGAGAAGAAGATAGAGATTACGATGTAGATAGCTTTCTTTA
GCTTTTAAAATTGTAAGAGAGGGAGAGAATATCGTGTGGGATCC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1AM75TF 704 0 0
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CCTTAAGGACTTCTACATGAACAGTTCTGACTGCAGTAACGTGTAATAGTTAGCAGCTTC
ATCTTCAAGCTCCCAAAGCCCATTACCAAAGCCATCTATTAAACTAAACTCATTAATGTA
ATCTTGATTAGTTGCATTGTTAATCATCTCATAATTACTCCCGCCAAAGTCAGTGTTAGG
TATCCCTAGTTCGTCGTCCGAAGCTTCAAGAAGATGCTTCATCACTTTCTCCTTGTCGCT
TTCGTACTCCTCTTCCTTTGAAACACACGAAGACGAGGAGGATGAACAAGAGGAAGAAGA
GAGAGCAGGATTCGCAGAAACGGCAGCGTTTTCCTCTTCCGTAGAGATCTCTTGCTGAAG
TGAGGTGATTAGAGAAACTAAATCATGTTCTGCTTCATTTTTTGCTTCCTCATCATATAA
GAGACATTGTACTTGGTTGTACAAGGTAGAAGATGAAGAAGCCTTTTGTCTTTTTGTATC
TTCTTGGAGCATGGTTTCTTGTTCATGTTCTTCTCTTTGGCGTTTTAATGGCGATGATGC
TGCTGTTTCTGCCATTGTTTGAGAAGAAGATAGAGATTACGATGTAGATAGCTTTCTTTA
GCTTTTAAAATTGTAAGAGAGGGAGAGAATATCGTGTGGGATCC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 4

CO CL2537Contig1 1264 4 16 U
GGCATCCAAAACATCTTCCTCTTGTCTTGAGCAAGATTCCGATCCGTAATATCAATGGCA
TTACACGAAGTATACTCAGGACAAATTAGTGCTTACAAAGCTGCTTGTGAAGAACACCCA
GAGCTCAAAGCCTTTGATTCTTCGCTTCAAGAAAAGACCAAAAAAGTGTTGAACTCGATC
ATTGCTCAAGCCAAGACTGGATCTTATTCCATAATCACATCATACGCGGAGGTCTACGGG
TATCTACTTGAAGCAATCCCAGATGTGGCAAAGTTCATTATTCGTATTGAAGGCGGTGTG
TGGGAGAACGAAGATCTAAGGTCTTTGGTGAAGGCCTATTTTGAGGATACCTTAAAAACT
TTAGAGTTTTTCAACACTGTAGATAACTTGGTCGACAAAGCATCAATTGGCGACGGTTAC
ATTCAACGCGCAGTGGAACTCTTTGACAAAGAGTCGGAAGATGGCGGAAATAATAAGAAG
AGGTATGAAAAAACATTGGAGGAGCTGAAGAAGTTTGAAGACATGAAAGAAGATTTTGAT
GGCGACAAGTTAAAGGCTCAGTTCGACTTGGTCAAAAAGGAGCAAGAATCCCTTCTGGAG
AAAGTGAGTAAGCTGAAAACAAAGATTGATGAGGCATATGCTGAGTCAATGATGCTTATT
CTAGTTACGAGTGTATTTCTCCCATGTGTGTTTATCGGTGTTGCTCTCATAGAGGTGGCT
ATAAATGCGCACAACGGCGAAGCTCTAGTGATAGGTGCAAGTTTATTGTTACCATTCGTC
ATCCTTGGTTACTTGCCGAAACTGGAAGACATTCTGAAGAAACAGGAAGAAATAGCAAAA
CAGGTGGAGAAAGGTTTGGAAGTCAATAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTC
GAGAACCTATTAGAAAAGATCACGTCGATGTTGGAGATCGCGGATTTTGCTGGGGAGGAT
AGCGAGATAGACACCAAACTTCCCTTGCAACTAATCAATAAGAAAATGAGTGGATTTACT
GACGAAATCAACGAGGTTGGCGAAAATGTGGCTAAGCTTAAAGAATTGGTCACTGGGGCG
ATTATTAAGGTTCTGGAAAAAATCAAAGGGTAGCGGTAAACTATAAAAATGCTTATTGAA
CGTTTTTCATGTTTCTTGTTCAAGAATCAAGATCCATACTCATGTGTAATTGTAACCACT
TATTGAATCTCTTTTCTTTGACAGCATCCAATTCATCATTAGTAATGTGTGAAAACATTT
TCCT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1FK63TF U 1
AF RR1C509TF U 2
AF RR1FK63JQ C 785
AF RR1C509JQ C 412
BS 1 179 RR1FK63TF
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BS 181 714 RR1FK63TF
BS 715 715 RR1C509JQ
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BS 773 773 RR1C509JQ
BS 774 800 RR1C509TF
BS 801 981 RR1C509JQ
BS 982 982 RR1FK63JQ
BS 983 1100 RR1C509JQ
BS 1101 1101 RR1FK63JQ
BS 1102 1264 RR1C509JQ

RD RR1FK63TF 718 0 0
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ATTGCTCAAGCCAAGACTGGATCTTATTCCATAATCACATCATACGCGGAGGTCTACGGG
TATCTACTTGAAGCAATCCCAGATGTGGCAAAGTTCATTATTCGTATTGAAGGCGGTGTG
TGGGAGAACGAAGATCTAAGGTCTTTGGTGAAGGCCTATTTTGAGGATACCTTAAAAACT
TTAGAGTTTTTCAACACTGTAGATAACTTGGTCGACAAAGCATCAATTGGCGACGGTTAC
ATTCAACGCGCAGTGGAACTCTTTGACAAAGAGTCGGAAGATGGCGGAAATAATAAGAAG
AGGTATGAAAAAACATTGGAGGAGCTGAAGAAGTTTGAAGACATGAAAGAAGATTTTGAT
GGCGACAAGTTAAAGGCTCAGTTCGACTTGGTCAAAAAGGAGCAAGAATCCCTTCTGGAG
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CTAGTTACGAGTGTATTTCTCCCATGTGTGTTTATCGGTGTTGCTCTCATAGAG
TGGC

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DS 

RD RR1C509TF 815 0 0
GG
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CACGAAGTATACTCAGGACAAGTTAGTGCTTACAAAGCTGCTTGTGAAGAACACCCAGAG
CTCAAAGCCTTTGATTCTTCGCTTCAAGAAAAGACCAAAAAAGTGTTGAACTCGATCATT
GCTCAAGCCAAGACTGGATCTTATTCCATAATCACATCATACGCGGAGGTCTACGGGTAT
CTACTTGAAGCAATCCTAGATGTGGCAAAGTTCATTATTCGTATTGAAGGCGGTGTGTGG
GAGAACGAAGATCTAAGGTCTTTGGTGAAGGCCTATTTTGAGGATACCTTAAAAACTTTA
GAGTTTTTCAACACTGTAGATAACTTGGTCGACAAAGCATCAATTGGCGACGGTTACATT
CAACGCGCAGTGGAACTCTTTGACAAAGAGTCGGAAGATGGCGGAAATAATAAGAAGAGG
TATGAAAAAACATTGGAGGAGCTGAAGAAGTTTGAAGACATGAAAGAAGATTTTGATGGC
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GTGAGTAAGCTGAAAACAAAGATTGATGAGGCATATGCTGAGTCAATGATGCTTATTCTA
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CTTGGTTACTTGCCGAA
CTGGAGACATTCTGAA

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DS 

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TGGAGAAAGGTTTGGAAGTCAATAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCGAGA
ACCTATTAGAAAAGATCGCGTCGATGTTGGAGATCGCGGATTTTGCTGGGGAGGATAGCG
AGATAGACCCCAAACTTCCCTTGCAACTAATCAATAAGAAAATGAGTGGATTTACTGACG
AAATCAACGAGGTTGGGGAAAATGTGGCTAAGCTTAAAGAATTGGTCACTGGGGGGATTA
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TTTCATGTTTTTTGTTCAAGAATC

QA 1 384 1 384
DS 

RD RR1C509JQ 853 0 0
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CTTCTGGAGAAAGTGAGTAAGCTGAAAACAAAGATTGATGAGGCATATGCTGAGTCAATG
ATGCTTATTCTAGTTACGAGTGTATTTCTCCCATGTGTGTTTATCGGTGTTGCTCTCATA
GAGGTGGCTATAAATGCGCACAACGGCGAAGCTCTAGTGATAGGTGCAAGTTTATTGTTA
CCATTCGTCATCCTTGGTTACTTGCCGAAACTGGAAGACATTCTGAAGAAACAGGAAGAA
ATAGCAAAACAGGTGGAGAAAGGTTTGGAAGTCAATAAAGATGCGATGGCGACCATAATG
AGCTTAGTCGAGAACCTATTAGAAAAGATCACGTCGATGTTGGAGATCGCGGATTTTGCT
GGGGAGGATAGCGAGATAGACACCAAACTTGCCTTGCAACTAATCAATAAGAAAATGAGT
GGATTTACTGACGAAATCAACGAGGTTGGCGAAAATGTGGCTAAGCTTAAAGAATTGGTC
ACTGGGGCGATTATTAAGGTTCTGGAAAAGATCAAAGGGTAGCGGTAAACTATAAAAATG
CTTATTGAACGTTTTTCATGTTTCTTGTTCAAGAATCAAGATCCATACTCATGTGTAATT
GTAACCACTTATTGAATCTCTTTTCTTTGACAGCATCCAATTCATCATTAGTAATGTGTG
AAAACATTTTCCT

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 4

CO CL2538Contig1 583 4 6 U
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GACAATAACTATTGACTACAGCAATTCTTGTAGGGAAAGTGAAAGGAAAAATGACCTTTG
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TCATATGGAAGGAGCCTGACAAAAGTGTTACAGAAGCTGATGTGGTGGTGCGGGACCTTC
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CATGACCTGAACACAAAAGAAGGGACTGAGACAAGAAGAGGACCAAGATGATTGATAGGA
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CTGCCGTGATTATAAAGAAAAAGGCAATAGTTGAAGAAGATACGTTTTGTATAATTTAAT
AGCATTTGGTGTGTGATGATTGAGACACGAAAATGAGAAGATAATGTCATAGTGTCATGT
GGAGCCTATCGCGGTCATAATTCAAAGATTTTTGACTTGCTGG


BQ
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AF RR1G651JQ U 1
AF RR1G651TF C 1
AF RR1CO68JQ C 44
AF RR1CO68TF U 44
BS 1 133 RR1G651JQ
BS 134 135 RR1CO68TF
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BS 147 147 RR1CO68TF
BS 148 394 RR1G651JQ
BS 395 583 RR1CO68TF

RD RR1G651JQ 397 0 0
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TCATATGGAAGGAGCCTGACAAAAGTGTTACAGAAGCTGATGTGGTGGTGCGGGACCTTC
TGTACCCTCCTCCTCCCCTTTTCCTTATGAAAACTCCAAGCTTCCTTGTTTGACCAGCTT
CATGACCTGAACACAAAAGAAGGGACTGAGACAAGAAGAGGACCAAGATGATTGATAGGA
TGACTACGCGTTTGACGTCAGCCATCTCTGCTCT
CCC

QA 1 394 1 394
DS 

RD RR1G651TF 397 0 0
CATGTTCCACACATTTATATAGAACTCAAACTTATATGAGAATACAGAGAGTTTCTTGTT
GACAATAACTATTGACTACAGCAATTCTTGTAGGGAAAGTGAAAGGAAAAATGACCTTTG
ACAATAAAAAAAA**CCTAGAAAAGACGAGAGAGCAGGAAAGAGGAGGCAAAGCAAGCAG
TCATATGGAAGGAGCCTGACAAAAGTGTTACAGAAGCTGATGTGGTGGTGCGGGACCTTC
TGTACCCTCCTCCTCCCCTTTTCCTTATGAAAACTCCAAGCTTCCTTGTTTGACCAGCTT
CATGACCTGAACACAAAAGAAGGGACTGAGACAAGAAGAGGACCAAGATGATTGATAGGA
TGACTACGCGTTTGACGTCAGCCATCTCTGCTCT
CCC

QA 1 394 1 394
DS 

RD RR1CO68JQ 535 0 0
GG
AGAGAGTTTCTTGTTGACAATAACTATTGACTACAGCAATTCTTGTAGGGAAAGTGAAAG
GAAAAATGACCTTTGACAATAAAAAAAAAACCTAGAAAAGAAGAGAGAGCAGGAAAGAGG
AGGCAAAGCAAGCAGTCATATGGAAGGAGCCTGACAAAAGTGTTACAGAAGCTGATGTGG
TGGTGCGGGACCTTCTGTACCCTCCTCCTCCCCTTTTCCTTATGAAAACTCCAAGCTTCC
TTGTTTGACCAGCTTCATGACCTGAACACAAAAGAAGGGACTGAGACAAGAAGAGGACCA
AGATGATTGATAGGATGACTACGCGTTTGACGTCAGCCATCTCTGCTCTAAAGATAAGAG
AAGGTTTTGGCCCATCTGCCGTGATTATAAAGAAAAAGGCAATAGTTGAAGAAGATACGT
TTTGTATAATTTAATAGCATTTGGTGTGTGATGATTGAGACCCGAAAATGAGAAGATAAT
GTCATAGTGTCATGTGGAGCCTATCGCGGTCATAATTCAAAGATTTTTGACTT

QA 3 535 3 535
DS 

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GG
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TCCTTAAGT


BQ
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25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1EQ10TF U 9
AF RR1H819TF U 7
AF RR1E657TF U 1
AF RR1GY34TF U 24
BS 1 132 RR1E657TF
BS 133 133 RR1EQ10TF
BS 134 155 RR1E657TF
BS 156 156 RR1EQ10TF
BS 157 206 RR1E657TF
BS 207 207 RR1EQ10TF
BS 208 292 RR1E657TF
BS 293 293 RR1EQ10TF
BS 294 388 RR1E657TF
BS 389 389 RR1EQ10TF
BS 390 403 RR1E657TF
BS 404 404 RR1EQ10TF
BS 405 565 RR1E657TF
BS 566 566 RR1EQ10TF
BS 567 724 RR1E657TF
BS 725 729 RR1GY34TF

RD RR1EQ10TF 697 0 0
GGG
ACACACAAGGCAACGCGCACACACCCAAAGAGAAGAATGGCTTCCTCTGTAATCTCGTCA
TCTCCTTTCCTTTGCAAATCCTCACAGGCGAAGGATTTAGGGTTCCCAAAACCGTCGCAG
ATATCGGTTCACAGATGTCAGAAGAGATCGATTTCTCGGAAGATCGTCTCCGTCATGGCG
CCCCAGCGATCGTCCAGCTCCACTGGATCGGTGAAAACAGGGATGACGATGACGGAGAAG
ATTCTTGCAAAGGCGGCGGAGAAATCACAAGTGGTCCCTGGCGATAACATCTGGGTTAAC
GTTGATGTTCTCATGACTCATGATGTGTGTGGCCCTGGTGCTTTTGGTATCTTCAAGCGA
GAGTTCGGTGAAAAGGCAAAGGTTTGGGACCCCGAGAAGATTGTTGTGATTCCTGACCAT
TACATTTTCACTACTGATCAGCGTGCCAACCGCAACGTCGACATCATGAGGGAGCATTGC
AGGGAGCAGAACATCAAGTATTTCTATGATATCACCGACCTTGGAGACTTTCGGGCTAAT
CCTGACTACAAAGGGGTCTGCCATGTGGCGCTCGCACAAGAAGGTCATTGCAGGCCAGGA
GAGGTTTTGTTGGGAACAGACTCCCACACATGTACTGCTGGAGCGTTTGGTCAGTTTGCT
ACCGGGATTGGAAACACCGATGCAG
GATTTGTGC

QA 4 688 4 688
DS 

RD RR1H819TF 686 0 0
GGGAC
ACACACAAGGCAACGCGCACACACCCAAAGAGAAGAATGGCTTCCTCTGTAATCTCGTCA
TCTCCTTTCCTTTGCAAATCCTCACAGGCGAAGGATTTAGGGTTCCCAAAACCGTCGCAG
ATATCGGTTCACAGATGTCAGAAGAGATCGATTTCTCGGAAGATCGTCTCCGTCATGGCG
CCCCAGCGATCGTCCAGCTCCACTGGATCGGTGAAAACAGGGATGACGATGACGGAGAAG
ATTCTTGCAAAGGCGGCGGAGAAATCACAAGTGGTCCCTGGCGATAACATCTGGGTTAAC
GTTGATGTTCTCATGACTCATGATGTGTGTGGCCCTGGTGCTTTTGGTATCTTCAAGCGA
GAGTTCGGTGAAAAGGCAAAGGTTTGGGACCCCGAGAAGATTGTTGTGATTCCTGACCAT
TACATTTTCACTACTGATCAGCGTGCCAACCGCAACGTCGACATCATGAGGGAGCATTGC
AGGGAGCAGAACATCAAGTATTTCTATGATATCACCGACCTTGGAGACTTTCGGGCTAAT
CCTGACTACAAAGGGGTCTGCCATGTGGCGCTTGCACAAGAAGGTCATTGCAGGCCAGGA
GAGGTTTTGTTGGGAACAGACTCCCACACATGTACTGCTGGAGCGTTTGGTCAGTTTGCT
ACCGGGAT*GGAAACACCGAT

QA 6 686 6 686
DS 

RD RR1E657TF 724 0 0
GGATTTTCGACACACACAAGGCAACGCGCACACACCCAAAGAGAAGAATGGCTTCCTCTG
TAATCTCGTCATCTCCTTTCCTTTGCAAATCCTCACAGGCGAAGGATTTAGGGTTCCCAA
AACCGTCGCAGACATCGGTTCACAGATGTCAGAAGCGATCGATTTCTCGGAAGATCGTCT
CCGTCATGGCGCCCCAGCGATCGTCCGGCTCCACTGGATCGGTGAAAACAGGGATGACGA
TGACGGAGAAGATTCTCGCAAAGGCGGCGGAGAAATCACAAGTGGTCCCTGGTGATAACA
TCTGGGTTAACGTTGATGTTCTCATGACTCATGATGTGTGTGGCCCTGGTGCTTTTGGTA
TCTTCAAGCGAGAGTTCGGTGAAAAGGCTAAGGTTTGGGACCCGGAGAAGATTGTTGTGA
TTCCAGACCATTACATTTTCACTACTGATCAGCGTGCCAACCGCAACGTCGACATCATGA
GGGAGCATTGCAGGGAGCAGAACATCAAGTATTTCTATGATATCACCGACCTTGGAGACT
TTCGGGCTAATCCTGACTACAAAGGTGTCTGCCATGTGGCGCTTGCACAAGAAGGTCATT
GCAGACCAGGAGAGGTTTTGTTGGGAACAGACTCCCACACATGTACTGCTGGAGCGTTTG
GTCAGTTTGCTACCGGGATTGGAAACACCGATGCAGATTTGTGCTAGCACTGGCAAATCC
TCCT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1GY34TF 706 0 0
GG
GCGCACACACCCAAAGAGAAGAATGGCTTCCTCTGTAATCTCGTCATCTCCTTTCCTTTG
CAAATCCTCACAGGCGAAGGATTTAGGGTTCCCAAAACCGTCGCAGATATCGGTTCACAG
ATGTCAGAAGCGATCGATTTCTCGGAAGATCGTCTCCGTCATGGCGCCCCAGCGATCGTC
CAGCTCCACTGGATCGGTGAAAACAGGGATGATGATGACGGAGAAGATTCTCGCAAAGGC
GGCGGAGAAATCACAAGTGGTCCCTGGTGATAACATCTGGGTTAACGTTGATGTTCTCAT
GACTCATGATGTGTGTGGCCCTGGTGCTTTTGGTATCTTCAAGCGAGAGTTCGGTGAAAA
GGCTAAGGTTTGGGACCCGGAGAAGATTGTTGTGATTCCAGACCATTACATTTTCACTAC
TGATCAGCGTGCCAACCGCAACGTCGACATCATGAGGGAGCACTGCAGGGAGCAGAACAT
CAAGTATTTCTATGATATCACCGACCTTGGAGACTTTCGGGCTAATCCTGACTACAAAGG
TGTCTGCCATGTGGCGCTTGCACAAGAAGGTCATTGCAGACCAGGAGAGGTTTTGTTGGG
AACAGACTCCCACACATGTACTGCTGGAGCGTTTGGTCAGTTTGCTACCGGGATTGGAAA
CACCGATGCAGATTTGTGCTAGCACTGGCAAATCCTCCTTAAGT

QA 3 706 3 706
DS 



AS 1 4

CO CL2541Contig1 637 4 5 U
GCAAGGGACAATACAACACGGTCACAGCCGACGGAAACGAAAAGGGTCTATCCATGAAAA
TCGGTATCGTCATCCAGAACTGCCGCATCGTTCCCGACAAGAAGCTAGCGGCGGAGAGGC
TGACCGTAGAGTCGTACTTGGGAAGGCCATGGAAGCAGTTCTCGACCACCGTGGTGATCA
ACACGGAGATCGGAGATGTGATTAGACCAGAAGGGTGGAGAATGTGGGACGGAGAGAACT
TCCACAAGTCATGTAGGTACGTTGAGTACAACAACCGTGGACCGGGAGCTATCACCAATA
GGAGAGTTAGCTGGGCTAAGGTCGCTAGGTCTGCTGGTGAGATTAATCAGTACACTGTGG
CTAACTGGTTGGCTCCGGTTAACTGGATCCAAGAAGCTAACGTACCTGTCACGCTTGGAT
TATAAAGCGTATAAAAATCATTTGAATAAAAGAAAAAAAAAAGACTAGTACATGTACGTG
TGTCCATGTAAAAAGTGAAAATTACATTTTCGATAGAAAGTTGTAAGATTTGCTTTTTGT
TTGTCTCACGAACTAACAAAAAATTGAAGATTTATGTTTGTTTATTTTTTTATTTGTATA
TTTTCAAAATATGAAATTTTATCTACTGTGTTGTTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B106JQ C 32
AF RR1B106TF U 32
AF RR1H715JQ C 1
AF RR1H715TF U 1
BS 1 32 RR1H715TF
BS 33 461 RR1B106TF
BS 462 462 RR1H715TF
BS 463 573 RR1B106TF
BS 574 637 RR1H715TF

RD RR1B106JQ 542 0 0
G
GGAAACGAAAAGGGTCTATCCATGAAAATCGGTATCGTCATCCAGAACTGCCGCATCGTT
CCCGACAAGAAGCTAGCGGCGGAGAGGCTGACCGTAGAGTCGTACTTGGGAAGGCCATGG
AAGCAGTTCTCGACCCCCGTGGTGATCAACACGGAGATCGGAGATGTGATTAGACCAGAA
GGGTGGAGAATGTGGGACGGAGAGAACTTCCACAAGTCATGTAGGTACGTTGAGTACAAC
AACCGTGGACCGGGAGCTATCACCAATAGGAGAGTTAGCTGGGCTAAGGTCGCTAGGTCT
GCTGGTGAGATTAATCAGTACACTGTGGCTAACTGGTTGGCTCCGGTTAACTGGATCCAA
GAAGCTAACGTACCTGTCACGCTTGGATTATAAAGCGTATAAAAATCATTTGAATAAAAG
AAAAAAAAA*GACTAGTACATGTACGTGTGTCCATGTAAAAAGTGAAAATTACATTTTCG
ATAGAAAGTTGTAAGATTTGCTTTTTGTTTGTCTCACGAACTAACAAAAAATTGAAGATT
T

QA 2 542 2 542
DS 

RD RR1B106TF 542 0 0
G
GGAAACGAAAAGGGTCTATCCATGAAAATCGGTATCGTCATCCAGAACTGCCGCATCGTT
CCCGACAAGAAGCTAGCGGCGGAGAGGCTGACCGTAGAGTCGTACTTGGGAAGGCCATGG
AAGCAGTTCTCGACCACCGTGGTGATCAACACGGAGATCGGAGATGTGATTAGACCAGAA
GGGTGGAGAATGTGGGACGGAGAGAACTTCCACAAGTCATGTAGGTACGTTGAGTACAAC
AACCGTGGACCGGGAGCTATCACCAATAGGAGAGTTAGCTGGGCTAAGGTCGCTAGGTCT
GCTGGTGAGATTAATCAGTACACTGTGGCTAACTGGTTGGCTCCGGTTAACTGGATCCAA
GAAGCTAACGTACCTGTCACGCTTGGATTATAAAGCGTATAAAAATCATTTGAATAAAAG
AAAAAAAAA*GACTAGTACATGTACGTGTGTCCATGTAAAAAGTGAAAATTACATTTTCG
ATAGAAAGTTGTAAGATTTGCTTTTTGTTTGTCTCACGAACTAACAAAAAATTGAAGATT
T

QA 2 542 2 542
DS 

RD RR1H715JQ 637 0 0
GCAAGGGACAATACAACACGGTCACAGCCGACGGAAACGAAAAGGGTCTATCCATGAAAA
TCGGTATCGTCATCCAGAACTGCCGCATCGTTCCCGACAAGAAGCTAGCGGCGGAGAGGC
TGACCGTAGAGTCGTACTTGGGAAGGCCATGGAAGCAGTTCTCGACCACCGTGGTGATCA
ACACGGAGATCGGAGATGTGATTAGACCAGAAGGGTGGAGAATGTGGGACGGAGAGAACT
TCCACAAGTCATGTGGGTACGTTGAGTACAACAACCGTGGACCGGGAGCTATCACCAATA
GGAGAGTTAGCTGGGCTAAGGTCGCTAGGTCTGCTGGTGAGATTAATCAGTACACTGTGG
CTAACTGGTTGGCTCCGGTTAACTGGATCCAAGAAGCTAACGTACCTGTCACGCTTGGAT
TATAAAGCGTATAAAAATCATTTGAATAAAAGAAAAAAAAAAGACTAGTACATGTACGTG
TGTCCATGTAAAA*GTGAAAATTACATTT*CGATAGAAAGTTGTAAGATTTGCTTTTTGT
TTGTCTCACGAACTAACAAAAAATTGAAGATTTATGTTTGTTTATTTTTTTATTTGTATA
TTTTCAAAATATGAAATTTTATCTACTGTGTTGTTAT

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1H715TF 637 0 0
GCAAGGGACAATACAACACGGTCACAGCCGACGGAAACGAAAAGGGTCTATCCATGAAAA
TCGGTATCGTCATCCAGAACTGCCGCATCGTTCCCGACAAGAAGCTAGCGGCGGAGAGGC
TGACCGTAGAGTCGTACTTGGGAAGGCCATGGAAGCAGTTCTCGACCACCGTGGTGATCA
ACACGGAGATCGGAGATGTGATTAGACCAGAAGGGTGGAGAATGTGGGACGGAGAGAACT
TCCACAAGTCATGTGGGTACGTTGAGTACAACAACCGTGGACCGGGAGCTATCACCAATA
GGAGAGTTAGCTGGGCTAAGGTCGCTAGGTCTGCTGGTGAGATTAATCAGTACACTGTGG
CTAACTGGTTGGCTCCGGTTAACTGGATCCAAGAAGCTAACGTACCTGTCACGCTTGGAT
TATAAAGCGTATAAAAATCATTTGAATAAAAGAAAAAAAAAAGACTAGTACATGTACGTG
TGTCCATGTAAAA*GTGAAAATTACATTT*CGATAGAAAGTTGTAAGATTTGCTTTTTGT
TTGTCTCACGAACTAACAAAAAATTGAAGATTTATGTTTGTTTATTTTTTTATTTGTATA
TTTTCAAAATATGAAATTTTATCTACTGTGTTGTTAT

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 4

CO CL2542Contig1 1329 4 12 U
GGGTCTCTTCTCTCCGTTCTTGCTTTCTCTCTTACTCTTTTCTTTTTCGTCTTTTGCTAA
AATCCTCTGTTTCCCTAGAGCTAGACAAGAACCATCAAATGGAATCTACTGAACTACAGG
ACATAGATTTCTATAGCTCTTTTTACGATCACACAAACTCGACTTTCTTCACTCCAACCA
CTAGCTCGCTCCGATCCGACTCCGTATCAGAAGACCCGGTTTCACCAAAGCCACAAAACG
AAGACCAAGATGCGTACGTTGCAGAGTTAACTCGTCAGATGACTAACTACATGCTTCAAG
ACGATGAAAAGCATCAAAAGTCTTGTAGTGGTGGCTCTGGCTCGCCGCAATCGACTCTCT
GGTCACCGTTCCACTCCGGTAACAGCAGCCCAATCGGCCCTTCACGAGAACCAACGCCGC
CGCGAAGTCCGGTGACCGTGGAGACGAAACCTGTTATGGTTCATTCCCAATCAAAACAAG
CTTTAATCGATGACCAGATCCGATCTATTCAAGCTAACTTTCATAAGATCAAAAAGGAGA
AAGATAAGCAACGAAACAATGACGTAGTAGGACACAAAGCAAGGAACTACCAGTACCAAC
AGAGACCAAGGTCGGGCGTGAAGGCGGTGTTCGTTGACGGGTCTGGTTCGAAAACCGGGT
CGGGTGGAACTGGAGTGTTCTTACCACGTTGTCATGGTACTGTTGTAGAGTCGCGCAAGA
AATCAGGATGTTCAACAATAATTATACCAGCAAGAGTAGTTGAAGCCTTAAAAGTTCACT
TTGACAAATTGGGTGTTCCTTCTACATTCTCTTCTGATATCCCTCCTTTTCATGATGCTA
TGTTGGTGTCCATGAAGAACAAAAACATCAAAAGTAACAAAAGCAGTTCATCAACTCGGG
CACAAAGTGGACCACTGTACACATCGGAAACGTCGGTCGAGAGCCATCAAGAACCACCGG
CGGATTTGCCACATGAATGGACATACTGATTAAATATCAGCACATGCTCTTGATTGCTGA
AGTTGTAGGGTTTCAGAGGGTAGTATATCTCATCGGATTGAATAGTGGGGTCAAAATATA
AAATAAATAAAAGCTTTTAAAATCATTATTTTGAGTTGAAAATAAACAGATTTTAAAAGG
GGTGAATTTGTTCTTTTATGACTGATAGTTCCATAAGCTTGTTCAGGTAAAATCAATAAT
TCTTGTGATAGAAGAACAATAAAAATGCATATATATGTTCATATATATGGTAGTGAAACG
TATGGGTTGTTTTAATGTAGGATTCCATGTAATAAAAGGATAGTGTAATAAAAATAAAGA
CTTTATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DQ71TF U 395
AF RR1AE50TF U 804
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CTTTAATCGATGACCAGATCCGATCTATTCAAGCTAACTTTCATAAGATCAAAAAGGAGA
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AGAGACCA*GGTCGGGCGTGAAGGCGGTGTTCGTTGACGGGTCTGGTTCGAAAA

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G
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AACTTTCATAAGATCAAAAAGGAGAAAGATAAGCAACGAAACAATGACGTAGTAGGACAC
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AACAAAAGCAGTTCATCAACTCGGGCACAAAGTGGACCACTGTACACATCGGAAACGTCG
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ATCAGCACATGCTCTTGATTGCTGAAGTTGTAGGGTTTCAGAGGGTAGTATATCTCATCG
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TATAAATAAATAAAGCT

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TATATCTCATCGGATTGAATAGTGGGGTCAAAATATAAAATAAATAAAAGCTTTTAAAAT
CATTATTTTGAGTTGAAAATAAACAGATTTTAAAAGGGGTGAATTTGTTCTTTTATGACT
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TCAGCACATGCTCTTGATTGCTGAAGTTGTAGGGTTTCAGAGGGTAGTATATTTCATCGG
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GTTCATATATATGGTAGTGAAACGTATGGGTTGTTTTAATGTAGGATTCCATGTAATAAA
AGGATAGTGTAATAAAAATAAAGACTTTATTTG

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DS 



AS 1 4

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CTGTTAATCTGAAGGTCATATTCACATGCTGCTCAATCTTGATCTTTCTCATTATCTTCT
TTGCAAGATCAAACATCTCTTCTTCCTCCTCAAGGCCCCTTTCCAAAACAAATCTCTCTC
AAGAAGAAGAAGAAAATCAGACGCATTGTCCATCAACAAAACAATGCACAAAGATGCCAA
TATCTTTATCCGACGCATTGGTTCACTACGTCACCAGTAACGTCACTCCACAACAGACAT
TCGACGAAGTCTCTGTCTCAAAGAGAGTCTTGGACAAGAAGTCTCCATGTAACTTCCTCG
TCTTTGGTTTAGGTCATGACAGCTTGATGTGGGCATCTCTCAACCACGGTGGACGTACCT
TGTTTATTGAGGAAGACAAGGCTTGGATCGAGACTGTGACTAAGAAGTTCCCAAACTTGG
AAGCTTACCACGTCGTTTACGACACCAAAGTGAAAAATTCAGACAAGCTGATGGAGCTAG
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TTGTCATATTAATGAACACAAATAAAAAATTATCAGATACGGTAATTGGTC


BQ
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25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN86TF U 2
AF RR1AP44TF U 1
AF RR1AP44JQ C 372
AF RR1DN86JQ C 422
BS 1 32 RR1AP44TF
BS 33 33 RR1DN86TF
BS 34 170 RR1AP44TF
BS 171 171 RR1DN86TF
BS 172 328 RR1AP44TF
BS 329 329 RR1DN86TF
BS 330 436 RR1AP44TF
BS 437 437 RR1DN86TF
BS 438 816 RR1AP44TF
BS 817 817 RR1AP44JQ
BS 818 841 RR1AP44TF
BS 842 933 RR1AP44JQ
BS 934 934 RR1DN86JQ
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BS 957 960 RR1DN86JQ
BS 961 990 RR1AP44JQ
BS 991 991 RR1DN86JQ
BS 992 1131 RR1AP44JQ

RD RR1DN86TF 459 0 0
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TGTTAATCTGAAGGTCATATTCACATGCTGCTCAATCTTGATCTTTCTCATTATCTTCTT
TGCAAGATCAAACATCTCTTCTTCCTCCTCAAGGCCCCTTTCCAAGACCAATCTCTCTCA
AGAAGAAGAAGAAAATCAGACGCATTGTCCATCAACAAAACAATGCACAAAGATGCCAAT
ATCTTTATCCGACGCATTGGTTCACTACGTCACCAGTAACGTCACTCCACAACAGACATT
CGACGAAGTCTCTGTGTCAAAGAGAGTCTTGGACAAGAAGTCTCCATGTAACTTCCTCGT
CTTTGGTTTAGGTCATGACAGCTTGATGTGGGCATCTCTCAACCACGGTGGACGTACCTT
GTTTATTGAGGAAGACAAGGCTTGGATCGAGACTGTGAC

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1AP44TF 841 0 0
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CTGTTAATCTGAAGGTCATATTCACATGCTGCTCAATCTTGATCTTTCTCATTATCTTCT
TTGCAAGATCAAACATCTCTTCTTCCTCCTCAAGGCCCCTTTCCAAAACACATCTCTCTC
AAGAAGAAGAAGAAAATCAGACGCATTGTCCATCAACAAAACAATGCACAAAGATGCCAA
TATCTTTATCCGACGCATTGGTTCACTACGTCACCAGTAACGTCACTCCACAACAGACAT
TCGACGAAGTCTCTGTCTCAAAGAGAGTGTTGGACAAGAAGTCTCCATGTAACTTCCTCG
TCTTTGGTTTAGGTCATGACAGCTTGATGTGGGCATCTCTCAACCACGGTGGACGTACCT
TGTTTATTGAGGAAGATAAGGCTTGGATCGAGACTGTGACTAAGAAGTTCCCAAACTTGG
AAGCTTACCACGTCGTTTACGACACCAAAGTGAAAAATTCAGACAAGCTGATGGAGCTAG
GAAGATCAGAGGAGTGCAAATCCGTCTCCGACCCAAGAAACTCGAAATGTGATCTAGCGT
TGAAAGATTTTCCGGCAGATTTTTACGAGACGAAATGGGATCTGATCATGGTAGATGCTC
CAACTGGTTACCACGAGGAAGCTCCAGGGAGGATGAGCGCTATCTACACGGCGGGGCTTT
TGGCTCGCAACCGTGAAGATGGAGAAACTGACGTTTTTGTTCACGACGTTAACCGTCCGG
TGGAAGATGAGTTCTCGGCGACTTTCTTGTGTAAGG*ATACATGAGGGAGCAAAATGGGA
G

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR1AP44JQ 760 0 0
GGTCATGACAGCTTGATGTGGGCATCTCTCAACCACGGTGGACGTACCTTGTTTATTGAG
GAAGATAAGGCTTGGATCGAGACTGTGACTAAGAAGTTCCCAAACTTGGAAGCTTACCAC
GTCGTTTACGACACCAAAGTGAAAAATTCAGACAAGCTGATGGAGCTAGGAAGATCAGAG
GAGTGCAAATCCGTCTCCGACCCAAGAAACTCGAAATGTGATCTAGCGTTGAAAGATTTT
CCGGCAGATTTTTACGAGACGAAATGGGATCTGATCATGGTAGATGCTCCAACTGGTTAC
CACGAGGAAGCTCCAGGGAGGATGAGCGCTATTTACACGGCGGGGCTTTTGGCTCGCAAC
CGTGAAGATGGAGAAACTGACGTTTTTGTTCACGACGTTAACCGTCCGGTGGAAGATGAG
TTTTCGGCGACTTTCTTGTGTAAGGGATACATGAGGGAGCAAAATGGGAGGCTAAGGCAT
TTCACCATCCCTAGTCACAGGGCTCGAGCTGGAAGACCGTTTTGTCCTGTGGATGTTGAT
CGCCGCCGCCGTTGATTTACATGGTGGACCTAGAGTCACTTTGCT****TAGCTGGCTTT
CTGTGTGTGTTTTTGCTTT*ATCTTTGATGATTTTGGTTTACTTTTAAGGATTCAGTGCA
TTTACTGAAACGATGTATTAATGTAGTTTTCTTTTCTTCATATAATTATTTGTCATATTA
ATGAACACAAATAAAAAATTATCAGATACGGTAATTGGTC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1DN86JQ 678 0 0
GTTTATTGAGGAAGACAAGGCTTGGATCGAGACTGTGACTAAGAAGTTCCCAAACTTGGA
AGCTTACCACGTCGTTTACGACACCAAAGTGAAAAATTCAGACAAGCTGATGGAGCTAGG
AAGATCAGAGGAGTGCAAATCCGTGTCCGACCCAAGAAACTCGAAATGTGATCTAGCGTT
GAAAGATTTTCCGGCAGATTTTTACGAGACGAAATGGGATCTGATCATGGTAGATGCTCC
AACTGGTTACCACGAGGAAGCTCCAGGGAGGATGAGCGCTATCTACACGGCGGGGCTTTT
GGCTCGCAACCGTGAAGATGGAGAAACTGACGTTTTTGTTCACGACGTTAACCGTCCGGT
GGAAGATGAGTTCTCGGCGACTTTCTTGTGTAAGGGATACATGAGGGAGCAAAATGGGAG
GCTAAGGCATTTCACCATCCCTAGTCACAGGGCTCGAGCTGGAAGACCGTTTTGTCCTGT
GGATGTTGATCGCCGCCGCCGTTGATTTACATAGTGGACCTAGAGTCACTTTGCTTATAT
AGCTGGCTTTCTGTGTGTGTTTTTGCTTTTATCTTTGATGATTTTGGTTTACTTTTAAGG
ATTCAGTGCATTTACTGAAACGATGTATTAATGTAGTTTTCTTTTCTTCATATAATTATT
TGTCATATTAATGAACAC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 4

CO CL2544Contig1 908 4 16 U
GAGACGAGCTTAACTGTCTCTACATCAAAAGCTAATAATGGCTACTAGGGAAGAGAGAGA
TAAGTATAGATCTGTCCTTAACGATGTAGGAGATGTCCAATGGAGGTATGGTCACCCTCC
AGCTTTTGACCTTGTGAACCAGCTCTTCGAAGAAGGCCAGACCAAGGTATGGCCAGAAGG
ATCCTTGGAAGAGACGGTTCAGAACGCGATCAAGTCATGGGAGATGGAGCTCTCACACAA
GATCCGTTTACAAGACTTCAAGACTATAAACCCTGATAAGTTTAAGCTCTTTGTCAATGG
GAGAGAAGGATTATCAGCTGAAGAAACGCTTAGGCTTGGGAGCTACAATGCTTTGCTCAA
GACCTCTCTGCCTGAAGAGTTTCAGTACTATAAACCAGAAGAAGAGAGCTTCGAGTCATC
ACATGATGCCTTTAGATCTGCTTTACCGCGTGGGTTTGCTTTTGAGATACTTTCCGTATA
CTCAGGGCCGCCTAATATAGCCTTCAAGTTTAGACACTGGGGATACTTTGAAGGAAACTT
CAAAGGCCATGCTCCTACTGGAGAAA*TGGTTCAGTTCCTCGGCCTGGGAGTTCTAAAGG
TTGATGAACTGCTTAGAGCAGAGGAGATTGAGATTTACTATGATCCAGGAGAGCTGTTCG
GGGGACTGCTCAAGGGACCACCCATATCAGAGACTAAAACCACAGACAGTGGAGACAAAA
CTGCAGAGAAACAGAGCTGTCCCTTCACACATTAAGAAAACTTAAGGAACTATGACTGTT
GATTTACTGTATCATTGGGCCATACTTGAAAAATAAGGAAAACAGAAGTGTGTAGACTCT
TTATAAAATTATATTGTAATAGTCACTTGGATGCATGGAATAAGTTATATATTATGTTTT
CAAGCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C957JQ C 441
AF RR1C957TF U 20
AF RR1EE78TF U 1
AF RR1EE78JQ C 193
BS 1 536 RR1EE78TF
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BS 786 806 RR1EE78TF
BS 807 908 RR1EE78JQ

RD RR1C957JQ 288 0 0
CTTTACCGCGTGGGTTTGCTTTTGAGATACTTTCCGTATACTCAGGGCCGCCTAATATAG
CCTTCAAGTTTAGACACTGGGGATACTTTGAAGGAAACTTCAAAGGCCATGCTCCTACTG
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GAGGAGATTGAGATTTACTATGTTCCAGGAGAGCTGTTCGGGGGACTGCTCAAGGGACCA
CCCATATCAGAGACTAAAACCACAGACAGTGGAGACAAA
ACTGCAGAG

QA 1 279 1 279
DS 

RD RR1C957TF 650 0 0
GG
ACATCAAAAGCTAATAATGGCTACTAGGGAAGAGAGAGATAAGTATAGATCTGTCCTTAA
CGATGTAGGAGATGTCCAATGGAGGTATGGTCACCCTCCAGCTTTTGACCTTGTGAACCA
GCTCTTCGAAGAAGGCCAGACCAAGGTATGGCCAGAAGGATCCTTGGAAGAGACGGTTCA
AAACGCGATCAAGTCATGGGAGATGGAGCTCTCACACAAGATCCGTTTACAAGACTTCAA
GACTATAAACCCTGATAAGTTTAAGCTCTTTGTCAATGGGAGAGAAGGATTATCAGCTGA
AGAAACGCTTAGGCTTGGGAGCTACAATGCTTTGCTCAAGACCTCTCTGCCTGAAGAGTT
TCAGTACTATAAACCAGAAGAAGAGAGCTTCGAGTCATCACATGATGCCTTTAGATCTGC
TTTACCGCGTGGGTTTGCTTTTGAGATACTTTCCGTATACTCAGGGCCGCCTAATATAGC
CTTCAAGTTTAGACACTGGGGATACTTTGAAGGAAACTTCAAAGGCCATGCTCCTACTGG
AGAAA*TGGTTCAGTTCCTCGGCCTGGGAGTTCTAAAGGTTGATGAACTGCTTAGAGCAG
AGGAGATTGAGATTTACTATGATCCAGGAGAGCTGTTCGGGG
ACTGCT

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR1EE78TF 806 0 0
GAGACGAGCTTAACTGTCTCTACATCAAAAGCTAATAATGGCTACTAGGGAAGAGAGAGA
TAAGTATAGATCTGTCCTTAACGATGTAGGAGATGTCCAATGGAGGTATGGTCACCCTCC
AGCTTTTGACCTTGTGAACCAGCTCTTCGAAGAAGGCCAGACCAAGGTATGGCCAGAAGG
ATCCTTGGAAGAGACGGTTCAGAACGCGATCAAGTCATGGGAGATGGAGCTCTCACACAA
GATCCGTTTACAAGACTTCAAGACTATAAACCCTGATAAGTTTAAGCTCTTTGTCAATGG
GAGAGAAGGATTATCAGCTGAAGAAACGCTTAGGCTTGGGAGCTACAATGCTTTGCTCAA
GACCTCTCTGCCTGAAGAGTTTCAGTACTATAAACCAGAAGAAGAGAGCTTCGAGTCATC
ACATGATGCCTTTAGATCTGCTTTACCGCGTGGGTTTGCTTTTGAGATACTTTCCGTATA
CTCAGGGCCGCCTAATATAGCCTTCAAGTTTAGACACTGGGGATACTTTGAAGGAATCTT
CAAAGGCCATGCTCCTACTGGAGAAA*TGGTTCAGTTCCTCGGCCTGGGAGTTCTAAAGG
TTGATGAACTGCTTAGAGCAGAGGAGATTGAGATTTACTATGATCCAGGAGAGCTGTTCG
GGGGACTGCTCAAGGGACCACCCATATCAGAGACTAAAACCACAGACAGTGGAGACAAA*
CTGCAGAGAAACAGAGCTGTCCCTTCACACAT*AAGAAA*CTTAAG*AACTATGACTGT*
GATT*ACTGTATCATTGGGCCATACT

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1EE78JQ 716 0 0
GACGGTTCAGAACGCGATCAAGTCATGGGAGATGGAGCTCTCACACAAGATCCGTTTACA
AGACTTCAAGACTATAAACCCTGATAAGTTTAAGCTCTTTGTCAATGGGAGAGAAGGATT
ATCAGCTGAAGAAACGCTTAGGCTTGGGAGCTACAATGCTTTGCTCAAGACCTCTCTGCC
TGAAGAGTTTCAGTACTATAAACCAGAAGAAGAGAGCTTCGAGTCATCACATGATGCCTT
TAGATCTGCTTTACCGCGTGGGTTTGCTTTTGAGATACTTTCCGTATACTCAGGGCCGCC
TAATATAGCCTTCAAGTTTAGACACTGGGGATACTTTGAAGGAATCTTCAAAGGCCATGC
TCCTACTGGAGAAA*TGGTTCAGTTCCTCGGCCTGGGAGTTCTAAAGGTTGATGAACTGC
TTAGAGCAGAGGAGATTGAGATTTACTATGATCCAGGAGAGCTGTTCGGGGGACTGCTCA
AGGGACCACCCATATCAGAGACTAAAACCACAGACAGTGGAGACAAAACTGCAGAGAAAC
AGAGCTGTCCCTTCACACATTAAGAAAACTTAAGGAACTATGACTGTTGATTTACTGTAT
CATTGGGCCATACTTGAAAAATAAGGAAAACAGAAGTGTGTAGACTCTTTATAAAATTAT
ATTGTAATAGTCACTTGGATGCATGGAATAAGTTATATATTATGTTTTCAAGCGCC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 3

CO CL2545Contig1 837 3 9 U
GGTCCTCTTGAAGATTTTCTGCTCACTCTCCGCCCTAACTCTCACCCGCGACGCTTAACG
ATCTCAGTTATGGCCGCCGCCGCGGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCAGCTCACCAAC
GAGGTCAAGCTCTTCAACCGCTGGACCTACGACGACGTTTCGGTCACAGATATCAGTCTT
GTTGACTACATTGGAGTTCAGGCAGCTAAGCACGCCACCTTCGTCCCCCACACAGCCGGA
AGATACTCTGTGAAGAGATTCAGGAAGGCTCAGTGCCCCATCGTCGAGAGGCTCACAAAC
TCTCTCATGATGCACGGGAGAAACAACGGAAAGAAGTTGATGGCGGTGAGGATCATCAAG
CACGCCATGGAGATCATCCACCTCTTGACTGATGCCAACCCAATCCAGGTCATCATTGAT
GCCATTGTTAACAGTGGTCCTCGTGAAGATGCTACAAGAATTGGATCCGCTGGTGTTGTT
AGGAGACAAGCCGTTGATATCTCCCCTCTAAGACGTGTGAACCAGGCTATCTTCTTGCTT
ACAACCGGTGCTCGTGAGGCTGCTTTCAGGAACATTAAGACCATTGCTGTGTGCCTTGCT
GATGAATTGATCAACGCAGCCAAGGGCTCCTCCAACAGCTATGCCATCAAAAAGAAGGAT
GAGATTGAGAGAGTTGCCAAGGCTAATCGTTAAGGAGTTTCCTTTTGCCCTGAGGGTTAT
AATTTTTATCAAATCAATTTTATGCTCTTTTTTCAACTAGGTTGGGACGTGTTTCAGATG
TCTTGTTCTTTGAAGTTTATTTTGTCTGGACGACTTTGAATAGATACATTTATATTT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB24TF U 1
AF RR1BS25TF U 3
AF RR1BS25JQ C 93
BS 1 49 RR1FB24TF
BS 50 50 RR1BS25TF
BS 51 298 RR1FB24TF
BS 299 299 RR1BS25TF
BS 300 469 RR1FB24TF
BS 470 470 RR1BS25TF
BS 471 541 RR1FB24TF
BS 542 619 RR1BS25TF
BS 620 837 RR1BS25JQ

RD RR1FB24TF 541 0 0
GGTCCTCTTGAAGATTTTCTGCTCACTCTCCGCCCTAACTCTCACCCGCTACGCTTAACG
ATCTCAGTTATGGCCGCCGCCGCGGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCAGCTCACCAAC
GAGGTCAAGCTCTTCAACCGCTGGACCTACGACGACGTTTCGGTCACAGATATCAGTCTT
GTTGACTACATTGGAGTTCAGGCAGCTAAGCACGCCACCTTCGTCCCCCACACAGCCGGA
AGATACTCTGTGAAGAGATTCAGGAAGGCTCAGTGCCCCATCGTCGAGAGGCTCACAA*C
TCTCTCATGATGCACGGGAGAAACAACGGAAAGAAGTTGATGGCGGTGAGGATCATCAAG
CACGCCATGGAGATCATCCACCTCTTGACTGATGCCAACCCAATCCAGGTCATCATTGAT
GCCATTGTTAACAGTGGTCCTCGTGAAGATGCTACAAGAATTGGATCCGTTGGTGTTGTT
AGGAGACAAGCCGTTGATATCTCCCCTCTAAGACGTGTGAACCAGGCTATCTTCTTGCTT
A

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1BS25TF 617 0 0
GG
CTCTTGAAGATTTTCTGCTCACTCTCCGCCCTAACTCTCACCCGCGACGCTTAACGATCT
CAGTTATGGCCGCCGCCGCGGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCAGCTCACCAACGAGG
TCAAGCTCTTCAACCGCTGGACCTACGACGACGTTTCGGTCACAGATATCAGTCTTGTTG
ACTACATTGGAGTTCAGGCAGCTAAGCACGCCACCTTCGTCCCCCACACAGCCGGAAGAT
ACTCTGTGAAGAGATTCAGGAAGGCTCAGTGCCCCATCGTCGAGAGGCTCACAAACTCTC
TCATGATGCACGGGAGAAACAACGGAAAGAAGTTGATGGCGGTGAGGATCATCAAGCACG
CCATGGAGATCATCCACCTCTTGACTGATGCCAACCCAATCCAGGTCATCATTGATGCCA
TTGTTAACAGTGGTCCTCGTGAAGATGCTACAAGAATTGGATCCGCTGGTGTTGTTAGGA
GACAAGCCGTTGATATCTCCCCTCTAAGACGTGTGAACCAGGCTATCTTCTTGCTTACAA
CCGGTGCTCGTGAGGCTGCTTTCAGGAACATTAAGACCATTGCTGTGTGCCTTGCTGATG
AATTGATCAACGCAG

QA 3 617 3 617
DS 

RD RR1BS25JQ 745 0 0
CGCTGAGATTCAGCAGCAGCTCACCAACGAGGTCAAGCTCTTCAACCGCTGGACCTACGA
CGACGTTTCGGTCACAGATATCAGTCTTGTTGACTACATTGGAGTTCAGGCAGCTAAGCA
CGCCACCTTCGTCCCCCACACAGCCGGAAGATACTCTGTGAAGAGATTCAGGAAGGCTCA
GTGCCCCATCGTCGAGAGGCTCACAAACTCTCTCATGATGCACGGGAGAAACAACGGAAA
GAAGTTGATGGCGGTGAGGATCATCAAGCACGCCATGGAGATCATCCACCTCTTGACTGA
TGCCAACCCAATCCAGGTCATCATTGATGCCATTGTTAACAGTGGTCCTCGTGAAGATGC
TACAAGAATTGGATCCGCTGGTGTTGTTAGGAGACAAGCCGTTGATATCTCCCCTCTAAG
ACGTGTGAACCAGGCTATCTTCTTGCTTACAACCGGTGCTCGTGAGGCTGCTTTCAGGAA
CATTAAGACCATTGCTGTGTGCCTTGCTGATGAATTGATCAACGCAGCCAAGGGCTCCTC
CAACAGCTATGCCATCAAAAAGAAGGATGAGATTGAGAGAGTTGCCAAGGCTAATCGTTA
AGGAGTTTCCTTTTGCCCTGAGGGTTATAATTTTTATCAAATCAATTTTATGCTCTTTTT
TCAACTAGGTTGGGACGTGTTTCAGATGTCTTGTTCTTTGAAGTTTATTTTGTCTGGACG
ACTTTGAATAGATACATTTATATTT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 4

CO CL2546Contig1 797 4 5 U
TTTTTACACACAAGAATTATATGACATTTCGATTTCAAATGTTAAAAACTCAAAAAGAGT
TCTGCGAAACAAAAAAACAAGTAGATAGATATGCTACAAACAATCATTCAATAATAGACT
GAATAACACCAGCGCCAACAGTCTTACCACCTTCTCTAATAGCAAACCTCATCCCCTGCT
CACAAGCAACAGGCACAATAAGCTCAACAACAATCTTAACCCTATCCCCAGGCATAACCA
TCTTCGACTCCTCATCTTTATCGTTCATAATCTTGGTCACTTTCCCCGTAACATCCGTCG
TTCTCATGTAAAACTGAGGCCTATACCCAGCGAAAAACGGAGAATGCCTCCCACCTTCTT
CTTTCTTCAACACATACACAATCGCCTCGAACTTAGTATGCGGAGTAATACTCCCAGGCT
TAGCCAACACCATCCCTCTCTGAATATCAGCCTTCTGAATACCCCTAAGCAACAACCCCA
CGTTATCCCCAGCTAAGGCCTCATCAAGAATCTTCTGAAACATCTCAACACCAGTAACCG
TATAGTTCCTAGTCTCTCTCAACCCAACCAAATCCACAGTCTCCCCAACCTTCACCGTCC
CTCTCTCCACCCTCCCCGTGGCCACAGTCCCACGTCCTGTAATAGAGAACACATCCTCAA
CGGCCAACAAGAAAGGCAGCTAAGTCTGTCTCTGAGGAATCGGTATATAACTATCAACAG
CATCCATAAGCTCGTAGATCTTATCCACCCACTTGTTATCTCTTCTCTTCACGTTAGGAT
TCTCAGTAAGCGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB65JQ U 6
AF RR1FB06JQ U 15
AF RR1HB65TF C 1
AF RR1FB06TF C 172
BS 1 5 RR1HB65TF
BS 6 319 RR1HB65JQ
BS 320 671 RR1FB06JQ
BS 672 727 RR1HB65TF
BS 728 797 RR1FB06TF

RD RR1HB65JQ 314 0 0
ACACACAAGAATTATATGACATTTCGATTTCAAATGTTAAAAACTCAAAAAGAGTTCTGC
GAAACAAAAAAACAAGTAGATAGATATGCTACAAACAATCATTCAATAATAGACTGAATA
ACACCAGCGCCAACAGTCTTACCACCTTCTCTAATAGCAAACCTCATCCCCTGCTCACAA
GCAACAGGCACAATAAGCTCAACAACAATCTTAACCCTATCCCCAGGCATAACCATCTTC
GACTCCTCATCTTTATCGTTCATAATCTTGGTCACTTTCCCCGTAACATCCGTCGTTCTC
ATGTAAAACTGAGG

QA 1 314 1 314
DS 

RD RR1FB06JQ 657 0 0
AG
TTATATGACATTTCGATTTCAAATGTTAAAAACTCAAAAAGAGTTCTGCGAAACAAAAAA
ACAAGTAGATAGATATGCTACAAACAATCATTCAATAATAGACTGAATAACACCAGCGCC
AACAGTCTTACCACCTTCTCTAATAGCAAACCTCATCCCCTGCTCACAAGCAACAGGCAC
AATAAGCTCAACAACAATCTTAACCCTATCCCCAGGCTTAACCATCTTCGACTCCTCATC
TTTATCGTTCATAATCTTGGTCACTTTCCCCGTAACATCCGTCGTTCTCATGTAAAACTG
AGGCCTATACCCAGCGAAAAACGGAGAATGCCTCCCACCTTCTTCTTTCTTCAACACATA
CACAATCGCCTCGAACTTAGTATGCGGAGTAATACTCCCAGGCTTAGCCAACACCATCCC
TCTCTGAATATCAGCCTTCTGAATACCCCTAAGCAACAACCCCACGTTATCCCCAGCTAA
GGCCTCATCAAGAATCTTCTGAAACATCTCAACACCAGTAACCGTATAGTTCCTAGTCTC
TCTCAACCCAACCAAATCCACAGTCTCCCCAACCTTCACCGTCCCTCTCTCCACCCTCCC
CGTGGCCACAGTCCCACGTCCTGTAATAGAGAACACATCCTCAACGGCCAACAAG

QA 3 657 3 657
DS 

RD RR1HB65TF 728 0 0
TTTTTACACACAAGAATTATATGACATTTCGATT*CAAATGTTAAAAACTCAAAAAGAGT
TCTGCGAAACAAAAAA*CAAGTAGATAGATATGCTACAAACAATCATTCAATAATAGACT
GAATAACACCAGCGCCAACAGTCTTACCACCTTCTCTAATAGCAAACCTCATCCCCTGCT
CACAAGCAACAGGCACAATAAGCTCAACAACAATCTTAACCCTATCCCCAGGCATAACCA
TCTTCGACTCCTCATCTTTATCGTTCATAATCTTGGTCACTTTCCCCGTAACATCCGTCG
TTCTCATGTAAAACTGAGGCCTATACCCAGCGAAAAACGGAGAATGCCTCCCACCTTCTT
CTTTCTTCAACACATACACAATCGCCTCGAACTTAGTATGCGGAGTAATACTCCCAGGCT
TAGCCAACACCATCCCTCTCTGAATATCAGCCTTCTGAATACCCCTAAGCAACAACCCCA
CGTTATCCCCAGCTAAGGCCTCATCAAGAATCTTCTGAAACATCTCAGCACCAGTAATCG
TATAGTTCCTAGTCTCTCTCAACCCAACCAAATCCACAGTCTCCCCAACCTTCACCGTCC
CTCTCTCCACCCTCCCCGTGGCCACAGTCCCACGTCCTGTAATAGAGAACACATCCTCAA
CGGCCAACAAGAAAGGCAGCTAAGTCTGTCTCTGAGGAATCGGTATATAACTATCAACAG
CATCCAT
C

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1FB06TF 626 0 0
TCCCCTGCTCACAAGCAACAGGCACAATAAGCTCAACAACAATCTTAACCCTATCCCCAG
GCTTAACCATCTTCGACTCCTCATCTTTATCGTTCATAATCTTGGTCACTTTCCCCGTAA
CATCCGTCGTTCTCATGTAAAACTGAGGCCTATACCCAGCGAAAAACGGAGAATGCCTCC
CACCTTCTTCTTTCTTCAACACATACACAATCGCCTCGAACTTAGTATGCGGAGTAATAC
TCCCAGGCTTAGCCAACACCATCCCTCTCTGAATATCAGCCTTCTGAATACCCCTAAGCA
ACAACCCCACGTTATCCCCAGCTAAGGCCTCATCAAGAATCTTCTGAAACATCTCAACAC
CAGTAACCGTATAGTTCCTAGTCTCTCTCAACCCAACCAAATCCACAGTCTCCCCAACCT
TCACCGTCCCTCTCTCCACCCTCCCCGTGGCCACAGTCCCACGTCCTGTAATAGAGAACA
CATCCTCAACGGCCAACAAGAAAGGCAGCTCAGTCTGTCTCTGAGGAATCGGTATATAAC
TATCAACAGCATCCATAAGCTCGTAGATCTTATCCACCCACTTGTTATCTCTTCTCTTCA
CGTTAGGATTCTCAGTAAGCGTCTCC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 4

CO CL2547Contig1 866 4 10 U
GGGCACAATCGTTTCCACTTGAGCGGCACTCGAAATAAGTAGGAAAACTCTTTGCTTTGC
GTTGATTTGATTGCTATGGCTCCTTCTCTTCCTCAGCCTTGGGAACTCCGTATGGACGCT
AACGGCTACGACATCTATTGGAATCCTGAGACCAAAGTTGCTCAATATGAGCGACCTACT
TACCCTCCACCACCTCGCAACTTTGCTCAAGTTGCTCGTACCATCGAGTTTGACGGTGCT
TCCAGAGGAAACCCAGGAAAAGCTGGTGCGGGAGCCGTTCTCCGTTGTACGCATGATAAC
AAGGTGCTCTTCTATTTGCGTCAGGGTCTTGGCATTGCCACCAACAACGTTGCTGAGTAT
CGAGCTCTCATTCTTGGTCTCGAGTATGCTCTTGACAAAGGCTTTCGAAATGTTCGCATC
AAGGGAGACTCGTTGCTTGTCTGTAATCAGGTTCTAGATGAATGGAGAGTCAACCACCCG
AAATTGGCGGAGCTTAATGAATATGCCAAGGATCTTATGAGCCGGTTTAACTCATGCCGT
ATTCAACACATTGGCAGGGAATTCAACTCTGAGGCTGATGCTCAAGCTAACCGTGCGGTT
AATCTCGCAGATGGTCAAATTCAATGCGAGTCTAGAGGGTGAAACGCAGGAAGAGACTGC
ACGCGGCTTTAGAAGAAGGGAGTAATATGCATGTTTCTGTTTTCTTGTTTTTGGGATCAT
GTCTTTTAGCATGTGCTATGTGTTAACATAAACATGAACACGATGATCCTCTCTCTGTCT
CTCTCTCTCTCCTTTGCTTTGTTCCACTTCCCAATAACATATGTCTCTGTCGTCTACTTG
TTATTCTATTCAGTAGTTTTTCATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC57TF U 6
AF RR1EV31TF U 5
AF RR1BD87TF U 1
AF RR1EC57JQ C 150
BS 1 22 RR1BD87TF
BS 23 23 RR1EV31TF
BS 24 216 RR1BD87TF
BS 217 217 RR1EC57TF
BS 218 301 RR1BD87TF
BS 302 302 RR1EC57TF
BS 303 649 RR1BD87TF
BS 650 650 RR1EC57JQ
BS 651 674 RR1BD87TF
BS 675 866 RR1EC57JQ

RD RR1EC57TF 569 0 0
G
AATCGTTTCCACTTGAGCGGCACTCGAAATAGGTAGGAAAACTCTTTGCTTTGCGTTGAT
TTGATTGCTATGGCTCCTTCTCTTCCTCAGCCTTGGGAACTCCGTATGGACGCTAACGGC
TACGACATCTATTGGAATCCTGAGACCAAAGTTGCTCAATATGAGCGACCTACTTACCCT
CCACCACCTCGCAACTTTGCTCAAGTTGCTCGTACCATCGAGTTTGACGGTGCTTCCAGA
GGAAACCCAGGAAAAGCTGGTGCGGGAGCCGTTCTCCGTTGTACGCATGATAACAAGGTG
CTCTTCTATTTGCGTCAGGGTCTTGGCATTGCCACCAACAACGTTGCTGAGTATCGAGCT
CTCATTCTTGGTCTCGAGTATGCTCTTGACAAAGGCTTTCGAAATGTTCGCATCAAGGGA
GACTCGTTGCTTGTCTGTAATCAGGTTCTAGATGAATGGAGAGTCAACCACCCGAAATTG
GCGGAGCTTAATGAATATGCCAAGGATCTTATGAGCCGGTTTAACTCATGCCGTATTCAA
CACATTGGCAGGGAATTCAACTCTGA
AG

QA 2 567 2 567
DS 

RD RR1EV31TF 641 0 0
GG
AATCGTTTCCACTTGAGCGGCACTCGAAATAAGTAGGAAAACTCTTTGCTTTGCGTTGAT
TTGATTGCTATGGCTCCTTCTCTTCCTCAGCCTTGGGAACTCCGTATGGACGCTAACGGC
TACGACATCTATTGGAATCCTGAGACCAAAGTTGCTCAATATGAGCGACCTACTTACCCT
CCACCACCTCGCAACTTTGCTCAAGTTGCTTGTACCATCGAGTTTGACGGTGCTTCCAGA
GGAAACCCAGGAAAAGCTGGTGCGGGAGCCGTTCTCCGTTGTACGCATGATAACAGGGTG
CTCTTCTATTTGCGTCAGGGTCTTGGCATTGCCACCAACAACGTTGCTGAGTATCGAGCT
CTCATTCTTGGTCTCGAGTATGCTCTTGACAAAGGCTTTCGAAATGTTCGCATCAAGGGA
GACTCGTTGCTTGTCTGTAATCAGGTTCTAGATGAATGGAGAGTCAACCACCCGAAATTG
GCGGAGCTTAATGAATATGCCAAGGATCTTATGAGCCGGTTTAACTCATGCCGTATTCAA
CACATTGGCAGGGAATTCAACTCTGAGGCTGATGCTCAAGCTAACCGTGCGGTTAATCTC
GCAGATGGTCAAATTCAATGCGAGTCTAGAGGGTGAAAC

QA 3 641 3 641
DS 

RD RR1BD87TF 674 0 0
GGGCACAATCGTTTCCACTTGAACGGCACTCGAAATAAGTAGGAAAACTCTTTGCTTTGC
GTTGATTTGATTGCTATGGCTCCTTCTCTTCCTCAGCCTTGGGAACTCCGTATGGACGCT
AACGGCTACGACATCTATTGGAATCCTGAGACCAAAGTTGCTCAATATGAGCGACCTACT
TACCCTCCACCACCTCGCAACTTTGCTCAAGTTGCTTGTACCATCGAGTTTGACGGTGCT
TCCAGAGGAAACCCAGGAAAAGCTGGTGCGGGAGCCGTTCTCCGTTGTACGCATGATAAC
AGGGTGCTCTTCTATTTGCGTCAGGGTCTTGGCATTGCCACCAACAACGTTGCTGAGTAT
CGAGCTCTCATTCTTGGTCTCGAGTATGCTCTTGACAAAGGCTTTCGAAATGTTCGCATC
AAGGGAGACTCGTTGCTTGTCTGTAATCAGGTTCTAGATGAATGGAGAGTCAACCACCCG
AAATTGGCGGAGCTTAATGAATATGCCAAGGATCTTATGAGCCGGTTTAACTCATGCCGT
ATTCAACACATTGGCAGGGAATTCAACTCTGAGGCTGATGCTCAAGCTAACCGTGCGGTT
AATCTCGCAGATGGTCAAATTCAATGCGAGTCTAGAGGGTGAAACGCAGTAAGAGACTGC
ACGCGGCTTTAGAA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1EC57JQ 717 0 0
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AGTTGCTCGTACCATCGAGTTTGACGGTGCTTCCAGAGGAAACCCAGGAAAAGCTGGTGC
GGGAGCCGTTCTCCGTTGTACGCATGATAACAAGGTGCTCTTCTATTTGCGTCAGGGTCT
TGGCATTGCCACCAACAACGTTGCTGAGTATCGAGCTCTCATTCTTGGTCTCGAGTATGC
TCTTGACAAAGGCTTTCGAAATGTTCGCATCAAGGGAGACTCGTTGCTTGTCTGTAATCA
GGTTCTAGATGAATGGAGAGTCAACCACCCGAAATTGGCGGAGCTTAATGAATATGCCAA
GGATCTTATGAGCCGGTTTAACTCATGCCGTATTCAACACATTGGCAGGGAATTCAACTC
TGAGGCTGATGCTCAAGCTAACCGTGCGGTTAATCTCGCAGATGGTCAAATTCAATGCGA
GTCTAGAGGGTGAAACGCAGGAAGAGACTGCAGGCGGCTTTAGAAGAAGGGAGTAATATG
CATGTTTCTGTTTTCTTGTTTTTGGGATCATGTCTTTTAGCATGTGCTATGTGTTAACAT
AAACATGAACACGATGATCCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCCTTTGCTTTGTTCCACTT
CCCAATAACATATGTCTCTGTCGTCTACTTGTTATTCTATTCAGTAGTTTTTCATAT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL2548Contig1 763 2 2 U
GGAATCCTTCATCATCTTTTCTTTCTCTTCGTCGCCTGAGTTCACTCCTTACAGACGGAA
TCGCACAGAGCTCGGATGATAACACAGAGTCGTACGGCTCGGAATTGCTTCGTCGGCCTC
ATCTTCACCCTCTCTGCTCGTTCTCCGTCACCATCCTCAATCTCAGGTCGAGTGGGGTAA
CTAAAGCTCTAAAGGCTGGGAGATGTGGTTGTCATCACTCTCGTAGTGTTTTTCCTTTAA
CAAGAGCTTAAAGTTTAGAAAGAGACCAAGCAAACAAAAGGTTGCTAAGGAACAGAGTTT
CAGCACAGCAAGCAAGAGAGAGGAAGAAAGCTTACTTGGGTGAGTTGAAAAACAGTGTGA
AAGACTTGGAGAACAGAAACTCTGAACTTGAAGATAGACTCTCTACTTTGCAGAACGAGA
ACCAGATGCTTAGACATGTATACGTTTTTATCTATCCTCGCATCTTCAGTGTCAACGACT
GAACATATTTGTTTTAAGAACCATCAATTTGCAAGCCTTAGGAACCACTCATCAAATAGA
AGATAAGCTCGAGATTAGTTCACAAATATATGTTTAGATTTTTCAATGGTTCTTGGAATA
GCTCATTCAACAGCTTGCCTCTTGTTATGTCTGTGGAATGCAAAGTTGGATTCTTTTGTA
TTAGTTTTCTAGTTTGTAATTTTTTTTCGAGTTTGTAATTTTTTCCCAACTTTGTAATAT
TATTTTCCGAAGACCACATTTTGATTAGTTTTCTATTTTAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI20TF U 1
AF RR1DI20JQ C 193
BS 1 637 RR1DI20TF
BS 638 763 RR1DI20JQ

RD RR1DI20TF 650 0 0
GGAATCCTTCATCATCTTTTCTTTCTCTTCGTCGCCTGAGTTCACTCCTTACAGACGGAA
TCGCACAGAGCTCGGATGATAACACAGAGTCGTACGGCTCGGAATTGCTTCGTCGGCCTC
ATCTTCACCCTCTCTGCTCGTTCTCCGTCACCATCCTCAATCTCAGGTCGAGTGGGGTAA
CTAAAGCTCTAAAGGCTGGGAGATGTGGTTGTCATCACTCTCGTAGTGTTTTTCCTTTAA
CAAGAGCTTAAAGTTTAGAAAGAGACCAAGCAAACAAAAGGTTGCTAAGGAACAGAGTTT
CAGCACAGCAAGCAAGAGAGAGGAAGAAAGCTTACTTGGGTGAGTTGAAAAACAGTGTGA
AAGACTTGGAGAACAGAAACTCTGAACTTGAAGATAGACTCTCTACTTTGCAGAACGAGA
ACCAGATGCTTAGACATGTATACGTTTTTATCTATCCTCGCATCTTCAGTGTCAACGACT
GAACATATTTGTTTTAAGAACCATCAATTTGCAAGCCTTAGGAACCACTCATCAAATAGA
AGATAAGCTCGAGATTAGTTCACAAATATATGTTTAGATTTTTCAATGGTTCTTGGAATA
GCTCATTCAACAGCTTGCCTCTTGTTATGTCTGTGGA
ATGCAAAGTTGGA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1DI20JQ 571 0 0
AGGCTGGGAGATGTGGTTGTCATCACTCTCGTAGTGTTTTTCCTTTAACAAGAGCTTAAA
GTTTAGAAAGAGACCAAGCAAACAAAAGGTTGCTAAGGAACAGAGTTTCAGCACAGCAAG
CAAGAGAGAGGAAGAAAGCTTACTTGGGTGAGTTGAAAAACAGTGTGAAAGACTTGGAGA
ACAGAAACTCTGAACTTGAAGATAGACTCTCTACTTTGCAGAACGAGAACCAGATGCTTA
GACATGTATACGTTTTTATCTATCCTCGCATCTTCAGTGTCAACGACTGAACATATTTGT
TTTAAGAACCATCAATTTGCAAGCCTTAGGAACCACTCATCAAATAGAAGATAAGCTCGA
GATTAGTTCACAAATATATGTTTAGATTTTTCAATGGTTCTTGGAATAGCTCATTCAACA
GCTTGCCTCTTGTTATGTCTGTGGAATGCAAAGTTGGATTCTTTTGTATTAGTTTTCTAG
TTTGTAATTTTTTTTCGAGTTTGTAATTTTTTCCCAACTTTGTAATATTATTTTCCGAAG
ACCACATTTTGATTAGTTTTCTATTTTAATG

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 3

CO CL2549Contig1 1031 3 6 U
CGAGGCAAAATATATATATGAATTCAAGTTCCAAGAGAAACCATTACACACAACATGACC
AGATGAACAGCAAAGAGGAAGGAGAGAGAGTTCAAGTCAAAAACACATACAACAACGCAA
AACAATCAATGGTTTGCTGCTAAACAACTTGAGAATCATTTTTTTCTTCTCCCTTTTTTT
TGACTAAGACACTGCAGAGGAGACGCCGACACATCTGGAAGCACAAATACTATCACTCCT
CACTAGACAGGCTGACCGTTTAACCGGAGTTGCTGCTGCTTTGTCTGCTTGTGCTGTCTT
CTTTGATGATAACCCAGTCTCTGTGTTTGGACTCCGTGGCGGTGTAAACACCACTGAAGC
TGAAGACGGTTGGGCGTGGGCGTGAACCGAATCACCACCCTCGTCCTCTGACGAGCACAC
CCGTTCTCTTGGAAGTGAAGTGTACTTCCTCTGGACTGGTGGGGAGTTACGTTCCTCTTC
ATTATCCTCGTGTTCTTCGAGTCTTGCAAACTCTTGTTTGAACTGGTCAACTCCGCTCGG
GTACATAAAATGAGAGTTGATGTTCTCTTCTCCTTGTACATACTCTTGCAACATCTGTGG
ATGGTACTCCAAAATCTCTCTGTACATGAGCTCCCTCACACCATCCCGAGTCAACTTCCT
CCTTTCAAACTCAAACTCGAGCTTCGAGATAGGTTGCCTCGAAGGTTCGTAGTCAACATT
TGCCAATCCTTGAAAATACGGATCAGCCAATGCCTCTTCAGCAGAGGGACGGTCCTTTGG
GTCAAAAGCAACTAAACGCTGAAGCAACTTCAGCGCCACAGGATCGATATTGGGGAACTT
ATGAGTGAAAGGAACAGGATCCTTTCTCCTCATGTTACTCAAATACTTTCTAGCCTTCTC
ATTCCGAATCCTGGAGAGAGTTACAGGCGACGGAGTTCCAAGTAAATCCGTGACGAGTTC
AAGCTGGTGCACCACGTTTTTGCCAGGAAACAAGGGCTTCCCGGTTAGCATCTCTGCAAA
GATGCAGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H316JQ U 360
AF RR1FF19JQ U 1
AF RR1FF19TF C 465
BS 1 393 RR1FF19JQ
BS 394 394 RR1H316JQ
BS 395 411 RR1FF19JQ
BS 412 412 RR1H316JQ
BS 413 745 RR1FF19JQ
BS 746 1031 RR1FF19TF

RD RR1H316JQ 344 0 0
CGGAAA
ACGGTTGGGCGTGGGCGTGAACCGAATCACCACCCTCGTCCTCTGACGAGCACACCCGTT
CTCTTGGAAGTGAAGTGTACTTCCTCTGGACTGGTGGGGAGTTACGTTCCTCTTCATTAT
CCTCGTGTTCTTCGAGTCTTGCAAACTCTTGTTTGAACTGGTCAACTCCGCTCGGGTACA
TAAAATGAGAGTTGATGTTCTCTTCTCCTTGTAGATACTCTTGCAACATCTGTGGATGGT
ACTCCAAAATCTCTCTGTACATGAGCTCCCTCACATCATCCCGAGTCAACTTCCTCCTTT
CAAACTCAAACTCGAGCTTCGAGATAGGTTGCCTCGAA

QA 7 344 7 344
DS 

RD RR1FF19JQ 745 0 0
CGAGGCAAAATATATATATGAATTCAAGTTCCAAGAGAAACCATTACACACAACATGACC
AGATGAACAGCAAAGAGGAAGGAGAGAGAGTTCAAGTCAAAAACACATACAACAACGCAA
AACAATCAATGGTTTGCTGCTAAACAACTTGAGAATCATTTTTTTCTTCTCCCTTTTTTT
TGACTAAGACACTGCAGAGGAGACGCCGACACATCTGGAAGCACAAATACTATCACTCCT
CACTAGACAGGCTGACCGTTTAACCGGAGTTGCTGCTGCTTTGTCTGCTTGTGCTGTCTT
CTTTGATGATAACCCAGTCTCTGTGTTTGGACTCCGTGGCGGTGTAAACACCACTGAAGC
TGAAGACGGTTGGGCGTGGGCGTGAACCGAATCGCCACCCTCGTCCTCTGATGAGCACAC
CCGTTCTCTTGGAAGTGAAGTGTACTTCCTCTGGACTGGTGGGGAGTTACGTTCCTCTTC
ATTATCCTCGTGTTCTTCGAGTCTTGCAAACTCTTGTTTGAACTGGTCAACTCCGCTCGG
GTACATAAAATGAGAGTTGATGTTCTCTTCTCCTTGTACATACTCTTGCAACATCTGTGG
ATGGTACTCCAAAATCTCTCTGTACATGAGCTCCCTCACACCATCCCGAGTCAACTTCCT
CCTTTCAAACTCAAACTCGAGCTTCGAGATAGGTTGCCTCGAAGGTTCGTAGTCAACATT
TGCCAATCCTTGAAAATACGGATCA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1FF19TF 567 0 0
AGTTACGTTCCTCTTCATTATCCTCGTGTTCTTCGAGTCTTGCAAACTCTTGTTTGAACT
GGTCAACTCCGCTCGGGTACATAAAATGAGAGTTGATGTTCTCTTCTCCTTGTACATACT
CTTGCAACATCTGTGGATGGTACTCCAAAATCTCTCTGTACATGAGCTCCCTCACACCAT
CCCGAGTCAACTTCCTCCTTTCAAACTCAAACTCGAGCTTCGAGATAGGTTGCCTCGAAG
GTTCGTAGTCAACATTTGCCAATCCTTGAAAATACGGATCAGCCAATGCCTCTTCAGCAG
AGGGACGGTCCTTTGGGTCAAAAGCAACTAAACGCTGAAGCAACTTCAGCGCCACAGGAT
CGATATTGGGGAACTTATGAGTGAAAGGAACAGGATCCTTTCTCCTCATGTTACTCAAAT
ACTTTCTAGCCTTCTCATTCCGAATCCTGGAGAGAGTTACAGGCGACGGAGTTCCAAGTA
AATCCGTGACGAGTTCAAGCTGGTGCACCACGTTTTTGCCAGGAAACAAGGGCTTCCCGG
TTAGCATCTCTGCAAAGATGCAGCCCC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 4

CO CL2550Contig1 1044 4 10 U
GCGAACCGGAGTCCGGTTTATGGACCGAGCTGCCTCCGGTTCCCGGAAAATCCAACGGTT
TGCCCCTGTTCTGCAGACTAGCTTCTGTCGGGACCGATCTTGCCGTGATCGGTGGGCTCG
ACCCGGCCACGTGGCGAACCTCTGATTCGGTCTTCGTATTCAGCTTCTTGACTTCCACGT
GGCGTAACGGGACGAGCATGCCGGGTGGACCACGTTCCTTCTTCGCCTGCGCTTCCGATT
CCGAACGGAGCGTGTTCGTCGCCGGCGGACACGACGAAGACAAGAACGCGCTGACGTCAG
CTCTCGCGTACGACGTGGCCCAAGACAGATGGGCTTTATTGCCAGATATGGGCCGCGAAA
GAGACGAATGCGCGGCGGTTTTCCACGGTGGCAAATTTCGCGTTATAGGCGGTTACACCA
CGACGGAACAGGGGCAGTTTAGTAAAACAACCGAGTCATTCGACGTGGCCACGCGGCGGT
GGGAACCAGAGACTAGAGATTTTCTCGCTCCCGGGATGACTAGCTGGCCTCCGGTATGCG
CAGCCGGCGGAAACGGAGTGCTTTACGCTTGCTGCCGTCGTGATCTGATGGTAATGATGA
GTGGTGACACGTGGCGGAAAGTTGGGGATCTGCCTGCTGACGTGTGTAATGTATCATACG
TGGCGGTGAGGAAGTCTGGTAAGTTGGTCGTGATCGGTTCGGCTCGGTACGGCGAACCAA
GTGTAGGGTATAATTGGGATATGAGTAATTCTCGATGGGAGAAACTGGAAACATGTGAAA
AACACGAAGGTCACGTTCAAGCTGGTTGTTTCTTGGAGTTATAACAAAGAGGATGCAAGA
TTGGTCGGTTGGTTTCCTCCATGTGTGACGACTGTACAGATATTGTTAAATTTTCAAATT
CAACAAGAAATGACACTTTACAAAACAACATTGATAGTTTCGTCCTTTGAAGCTTTATCT
TTTTACATGGACCAAAGAATAAAGTTGGGCATTTGGGCTTATTTGGGTCACATTATTATT
CGAGTTAATAAATCCACAGTTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F509TF U 1
AF RR1A837TF U 21
AF RR1F509JQ C 261
AF RR1A837JQ C 270
BS 1 64 RR1F509TF
BS 65 65 RR1A837TF
BS 66 422 RR1F509TF
BS 423 423 RR1A837TF
BS 424 592 RR1F509TF
BS 593 593 RR1A837TF
BS 594 680 RR1F509TF
BS 681 777 RR1A837TF
BS 778 921 RR1F509JQ
BS 922 1044 RR1A837JQ

RD RR1F509TF 680 0 0
GCGAACCGGAGTCCGGTTTATGGACCGAGCTGCCTCCGGTTCCCGGAAAATCCAACGGTT
TGCCTCTGTTCTGCAGACTAGCTTCTGTCGGGACCGATCTTGCCGTGATCGGTGGGCTCG
ACCCGGCCACGTGGCGAACCTCTGATTCGGTCTTCGTATTCAGCTTCTTGACTTCCACGT
GGCGTAACGGGACGAGCATGCCGGGTGGACCACGTTCCTTCTTCGCCTGCGCTTCCGATT
CCGAACGGAGCGTGTTCGTCGCCGGCGGACACGACGAAGACAAGAACGCGCTGACGTCAG
CTCTCGCGTACGACGTGGCCCAAGACAGATGGGCTTTATTGCCAGATATGGGCCGCGAAA
GAGACGAATGCGCGGCGGTTTTCCACGGTGGCAAATTTCGCGTTATAGGCGGTTACACCA
CGGCGGAACAGGGGCAGTTTAGTAAAACAACCGAGTCATTCGACGTGGCCACGCGGCGGT
GGGAACCAGAGACTAGAGATTTTCTCGCTCCCGGGATGACTAGCTGGCCTCCGGTATGCG
CAGCCGGCGGAAACGGAGTGCTTTACGCTTGCTGCCGTCGTGATCTGATGGTGATGATGA
GTGGTGACACGTGGCGGAAAGTTGGGGATCTGCCTGCTGACGTGTGTAATGTATCATACG
TGGCGGTGAGGAAGTCTGGT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1A837TF 757 0 0
G
GGACCGATCTGCCTCCGGTTCCCGGAAAATCCAACGGTTTGCCCCTGTTCTGCAGACTAG
CTTCTGTCGGGACCGATCTTGTCGTGATCGGTGGGCTCGACCCGGCCACGTGGCGAACCT
CTGATTCGGTCTTCGTATTCAGCTTCTTGACTTCCACGTGGCGTAACGGGACGAGCATGC
CGGGTGGACCACGTTCCTTCTTCGCCTGCGCTTCCGATTCCGAACGGAGCGTGTTCGTCG
CCGGCGGACACGACGAAGACAAGAACGCGCTGACGTCGGCTCTCGCGTACGACGTGGCCC
AAGACAGATGGGCTTTATTGCCAGATATGGGCCGCGAAAGAGACGAATGCGCGGCGGTTT
TCCACGGTGGCAAATTTCGCGTTATAGGCGGTTACACCACGACGGAACAGGGGCAGTTTA
GTAAAACAACCGAGTCATTCGACGTGGCCACGCGGCGGTGGGAACCAGAGACTAGAGATT
TTCTCGCTCCCGGGATGACTAGCTGGCCTCCGGTATGCGCAGCCGGCGGAAACGGAGTGC
TTTACGCTTGCTGCCGTCGTGATCTGATGGTAATGATGAGTGGTGACACGTGGCGGAAAG
TTGGGGATCTGCCTGCTGACGTGTGTAATGTATCATACGTGGCGGTGAGGAAGTCTGGTA
AGTTGGTCGTGATCGGTTCGGCTCGGTACGGCGAACCAAGTGTAGGGTATAATTGGGATA
TGAGTAATTCTCGATGGGAGAAACTGGAAACATGTG

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR1F509JQ 661 0 0
GCCGGCGGACACGACGAAGACAAGAACGCGCTGACGTCAGCTCTCGCGTACGACGTGGCC
CAAGACAGATGGGCTTTATTGCCAGATATGGGCCGCGAAAGAGACGAATGCGCGGCGGTT
TTCCACGGTGGCAAATTTCGCGTTATAGGCGGTTACACCACGGCGGAACAGGGGCAGTTT
AGTAAAACAACCGAGTCATTCGACGTGGCCACGCGGCGGTGGGAACCAGAGACTAGAGAT
TTTCTCGCTCCCGGGATGACTAGCTGGCCTCCGGTATGCGCAGCCGGCGGAAACGGAGTG
CTTTACGCTTGCTGCCGTCGTGATCTGATGGTGATGATGAGTGGTGACACGTGGCGGAAA
GTTGGGGATCTGCCTGCTGACGTGTGTAATGTATCATACGTGGCGGTGAGGAAGTCTGGT
AAGTTGGTCGTGATCGGTTCGGCTCGGTACGGCGAACCAAGTGTAGGGTATAATTGGGAT
ATGAGTAATTCTCGATGGGAGAAACTGGAAACATGTGAAAAACACGAAGGTCACGTTCAA
GCTGGTTGTTTCTTGGAGTTATAACAAAGAGGATGCAAGATTGGTCGGTTGGTTTCCTCC
ATGTGTGACGACTGTACAGATATTGTTAAATTTTCAAATTCAACAAGAAATGACACTTTA
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1A837JQ 775 0 0
CACGACGAAGACAAGAACGCGCTGACGTCGGCTCTCGCGTACGACGTGGCCCAAGACAGA
TGGGCTTTATTGCCAGATATGGGCCGCGAAAGAGACGAATGCGCGGCGGTTTTCCACGGT
GGCAAATTTCGCGTTATAGGCGGTTACACCACGACGGAACAGGGGCAGTTTAGTAAAACA
ACCGAGTCATTCGACGTGGCCACGCGGCGGTGGGAACCAGAGACTAGAGATTTTCTCGCT
CCCGGGATGACTAGCTGGCCTCCGGTATGCGCAGCCGGCGGAAACGGAGTGCTTTACGCT
TGCTGCCGTCGTGATCTGATGGTAATGATGAGTGGTGACACGTGGCGGAAAGTTGGGGAT
CTGCCTGCTGACGTGTGTAATGTATCATACGTGGCGGTGAGGAAGTCTGGTAAGTTGGTC
GTGATCGGTTCGGCTCGGTACGGCGAACCAAGTGTAGGGTATAATTGGGATATGAGTAAT
TCTCGATGGGAGAAACTGGAAACATGTGAAAAACACGAAGGTCACGTTCAAGCTGGTTGT
TTCTTGGAGTTATAACAAAGAGGATGCTAGATTGGTCGGTTGGTT*CCTCCATGTGTGAC
GACTGTACAGATATTGTTAAATTTTCAAATTCAACAAGAAATGACACTTTACAAAACAAC
ATTGATAGTTTCGTCCTTTGAAGCTTTATCTTTTTACATGGACCAAAGAATAAAGTTGGG
CATTTGGGCTTATTTGGGTCACATTATTATTCGAGTTAATAAATCCACAGTTAAT

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 4

CO CL2551Contig1 1211 4 15 U
GCGAGTAACATTCCGTCACCGGTAAAGTTCCCGGCCCGGTTTACTTTCTTTTTACTTCTG
TTTTCTCATAAAATTTTTAGAATGGTGACGTGGATTCATTACTTCGGGTAACTAATGGGC
TTTATGTTGATGGGCCTGGACCATGTCTTGTTAGGCCGTATTTAAAATATTCTACAACGG
CTCTTAACGGCTAGTAACCTTTTTGGTTTCTTCTATAAATTCACTTTCTCGCTCTGATAC
GGAGTCTCTCTTCTTAAATCATCGATAAAAGCAAAAAGAACAAGATCGAAAAAAGTTAGC
GTTAAACAATCTCCACATCTCTCTCTCTCCCGCAAGAAAACTCATCAAGACACTGCCTCT
TCTGATTTAGATTTCGATTAAACTGTTCATCGCGAGATCTTTCCGGCGAAACCTATGGCG
AACATGAACACTCTTCAACAGATGATCTTTCCTGACGAGAACGCTCCGATTCATCGCAAA
AGGACCGTTACTGGTGCTTCTGTGAAAAGTACCAAAGGAACTGTTCTTGGTCAAAAGAAA
CTTGGAGGAGCTCGTAAGGCTCTGAATGATATTACAAACAAGTCTGGTGTTCAACCCAAA
GCTTCTTCTAAGAACAAGCAGATCGCTTCTACTGCTGCAACTGCTGTGAAGGGAGAAATC
AACATAGCTGGAGAGATGTACTTGCATGACCACAGCAAGTGCATCAAAGAGCAGCAGAAT
CTCTGGGATGATCACTTCTCTGCTGATATTCTACTCCACCATGATTCTTCCAGCATCAAG
GAGAAGCATCTCAAGTATGACACAGAAATGATGGATGCTAAGAACAACCTGACTTGTGAC
GAACTAGAAGAGATTCCATCTCCCAAGCTGACCGATTGGCTCAAGAGCTCGACTCCATGG
CGCTCCCCAGTCCGTCATGGCTCTATGATGATGCCTTCCACTCCTCTGGCTTGGCGATTT
GATTCAGATGAATTCACTCTCAAGGAAGACTATGACGACCTCTTCTGAATATCTGTTTCT
TAATAATGTCTTCGAAAGCTTTTTCATCCTTCAGATGAAGTCCTAGTACTAGCAGTTCTG
TTTCAGCGCAACTATCTTTTGTGTTCAGCTCATCAATGCTTCAGTTCCCTCATGTACTTA
ACAACTCTGTGTCCATCACTCTGTAACTGATTTGGAATCTTTTTCTAGCGTATGAGCATT
TTCATTCTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1D220TF U 1
AF RR1CT24TF U 259
AF RR1CT24JQ C 511
AF RR1D220JQ C 555
BS 1 271 RR1D220TF
BS 272 272 RR1CT24TF
BS 273 380 RR1D220TF
BS 381 382 RR1CT24TF
BS 383 406 RR1D220TF
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BS 408 531 RR1D220TF
BS 532 984 RR1CT24TF
BS 985 985 RR1CT24JQ
BS 986 1043 RR1CT24TF
BS 1044 1044 RR1CT24JQ
BS 1045 1057 RR1CT24TF
BS 1058 1064 RR1CT24JQ
BS 1065 1065 RR1D220JQ
BS 1066 1211 RR1CT24JQ

RD RR1D220TF 531 0 0
GCGAGTAACATTCCGTCACCGGTAAAGTTCCCGGCCCGGTTTACTTTCTTTTTACTTCTG
TTTTCTCATAAAATTTTTAGAATGGTGACGTGGATTCATTACTTCGGGTAACTAATGGGC
TTTATGTTGATGGGCCTGGACCATGTCTTGTTAGGCCGTATTTAAAATATTCTACAACGG
CTCTTAACGGCTAGTAACCTTTTTGGTTTCTTCTATAAATTCACTTTCTCGCTCTGATAC
GGAGTCTCTCTTCTTAAATCATCGATAAAAGTAAAAAGAACAAGATCGAAAAAAGTTAGC
GTTAAACAATCTCCACATCTCTCTCTCTCCCGCAAGAAAACTCATCAAGACACTGCCTCT
TCTGATTTAGATTTCGATTA**CTGTTCATCGCGAGATCTTTCCGGTGAAACCTATGGCG
AACATGAACACTCTTCAACAGATGATCTTTCCTGACGAGAACGCTCCGATTCATCGCAAA
AGGACCGTTACTGGTGCTTCTGTGAAAAGTACCAAAGGAACTGTTCTTGGT

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1CT24TF 799 0 0
GG
ATCGATAAAAGCAAAAAGAACAAGATCGAAAAAAGTTAGCGTTAAACAATCTCCACATCT
CTCTCTC**CCGCAAGAAAACTCATCAAGACACTGCCTCTTCTGATTTAGATTTCGATTA
AACTGTTCATCGCGAGATCTTTCCGGCGAAACCTATGGCGAACATGAACACTCTTCAACA
GATGATCTTTCCTGACGAGAACGCTCCGATTCATCGCAAAAGGACCGTTACTGGTGCTTC
TGTGAAAAGTACCAAAGGAACTGTTCTTGGTCAAAAGAAACTTGGAGGAGCTCGTAAGGC
TCTGAATGATATTACAAACAAGTCTGGTGTTCAACCCAAAGCTTCTTCTAAGAACAAGCA
GATCGCTTCTACTGCTGCAACTGCTGTGAAGGGAGAAATCAACATAGCTGGAGAGATGTA
CTTGCATGACCACAGCAAGTGCATCAAAGAGCAGCAGAATCTCTGGGATGATCACTTCTC
TGCTGATATTCTACTCCACCATGATTCTTCCAGCATCAAGGAGAAGCATCTCAAGTATGA
CACAGAAATGATGGATGCTAAGAACAACCTGACTTGTGACGAACTAGAAGAGATTCCATC
TCCCAAGCTGACCGATTGGCTCAAGAGCTCGACTCCATGGCGCTCCCCAGTCCGTCATGG
CTCTATGATGATGCCTTCCACTCCTCTGGCTTGGCGATTTGATTCAGATGAATTCACTCT
CAAG*AAGACTATGACGACCTCTTCTGAATATCTGTTTCTTAATAATGTCTTCGAAAGCT
TTT*CATCCTTCAGATG

QA 3 799 3 799
DS 

RD RR1CT24JQ 701 0 0
ACCAAAGGAACTGTTCTTGGTCAAAAGAAACTTGGAGGAGCTCGTAAGGCTCTGAATGAT
ATTACAAACAAGTCTGGTGTTCAACCCAAAGCTTCTTCTAAGAACAAGCAGATCGCTTCT
ACTGCTGCAACTGCTGTGAAGGGAGAAATCAACATAGCTGGAGAGATGTACTTGCATGAC
CACAGCAAGTGCATCAAAGAGCAGCAGAATCTCTGGGATGATCACTTCTCTGCTGATATT
CTACTCCACCATGATTCTTCCAGCATCAAGGAGAAGCATCTCAAGTATGACACAGAAATG
ATGGATGCTAAGAACAACCTGACTTGTGACGAACTAGAAGAGATTCCATCTCCCAAGCTG
ACCGATTGGCTCAAGAGCTCGACTCCATGGCGCTCCCCAGTCCGTCATGGCTCTATGATG
ATGCCTTCCACTCCTCTGGCTTGGCGATTTGATTCAGATGAATTCACTCTCAAGGAAGAC
TATGACGACCTCTTCTGAATATCTGTTTCTTAATAATGTCTTCGAAAGCTTTTTCATCCT
TCAGATGAAGTCCTTGTACTAGCAGTTCTGTTTCAGCGCAACTATCTTTTGTGTTCAGCT
CATCAATGCTTCAGTTCCCTCATGTACTTAACAACTCTGTGTCCATCACTCTGTAACTGA
TTTGGAATCTTTTTCTAGCGTATGAGCATTTTCATTCTCGC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1D220JQ 655 0 0
TAAGGCTCTGAATGATATTACAAACAAGTCTGGTGTTCAACCCAAAGCTTCTTCTAAGAA
CAAGCAGATCGCTTCTACTGCTGCAACTGCTGTGAAGGGAGAAATCAACATAGCTGGAGA
GATGTACTTGCATGACCACAGCAAGTGCATCAAAGAGCAGCAGAATCTCTGGGATGATCA
CTTCTCTGCTGATATTCTACTCCACCATGATTCTTCCAGCATCAAGGAGAAGCATCTCAA
GTATGACACAGAAATGATGGATGCTAAGAACAACCTGACTTGTGACGAGCCAGAAGAGAT
TCCATCTCCCAAGCTGACCGATTGGCTCGAGAGCTCGACTCCATGGCGCTCCCCAGTCCG
TCATGGCTCTATGATGATGCCTTCCACTCCTCTGGCTTGGCGATTTGATTCAGATGAATT
CACTCTCAAGGAAGACTATGACGACCTCTTCTGAATATCTGTTTCTTAATAATGTCTTCG
AAAGCTTTTTCATCCTTCAGATGAAGTCCTAGTACTAGCAGTTCTGTTTCAGCGCAACTA
TCTTTTGTGTTCAGCTCATCAATGCTTCAGTTCCCTCATGTACTTAACAACTCTGTGTCC
ATCACTCTGTAACTGATTTGGAATCTTTTTCTAGCGTATGAGCATTTTCATTCTC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 4

CO CL2552Contig1 814 4 7 U
GGCCCCTGTTAAGCCCCCAGTCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGTTTCACCACCGGCCAA
ACCTCCAGTTAAGCCTCCAGTTTACCCGCCGACAAAAGCCCCTGTTAAGCCCCCAACCAA
AGCCCCGGTTAAGCCTCCGGTCTCCCCTCCAGCCAAGCCACCGGTCTCCCCTCCAGCTAA
GCCACCGGTGAGGCCACCGGTTTACCCACCAAAATTCAACAGAAGCCTAGTTGCCGTTCA
GGGTACGGTTTTCTGCAAAAGCTGCCAATACGCTTCTTCCGATTCACTCATTGGCGCCAA
ACCCGTTGAAGGTGCTGTTGTGAGACTACTGTGTAAGAGCAAGAAGAACATAGTCGCAGA
GACCAAAACGGACAAGAACGGATACTTCTTGTTGTTGGGTCCGAAGACGGTGACGAATTA
CGGGTTCAGGGGATGTCGTGTGTATCTTGTGAAATCAAAGGACTACAAATGCAACAAAGT
GTCAAAGCTTTTTGGTGGAGATGTAGGTGCCGTACTCAAGCCGGAGAAAAGGAAGGGCAA
ATCTGCGGTGGTCATCAACCAGCTCATCTACGGTATCTTTAACGTTGGACCGTTTGCGTT
CGACCCGGTCTGCCCCAAATGAAGATGCTGATGCTCTGTTACTTTCTTGATTATGTCATT
CTCGAAAGAGTTCAAGGGAGAGAGTTATGTGTTTATGCGTTCGAATTGTAATGTTAGCTA
TAGTTTTAAGCTAAATGCTTGTGTGTTTTATTTATGAGTGTGTCCTTAAGTGGCCTCGTT
TGGATTTCGTTTGAATAAAAAAGTCGTCAGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1DR74TF U 1
AF RR1BP69TF U 95
AF RR1BP69JQ C 106
AF RR1DR74JQ C 273
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BS 679 722 RR1DR74TF
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TA

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DS 

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ATCTTTAACGTTGGACCGTTTGCGTTCGACCCGGTCTGCCCCAAATGAAGATGCTGATGC
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TAAAAA

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DS 

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TATGAGTGTGTCCTTAAGTGGCCTCGTTTGGATTTCGTTTGAATAAAAAAGTCGTCAGCT
TC

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 3

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TCTTCGGCCACATCTCGATTCTCGCTCTCGCTGTTTTGTTCTTGTGGTCTAGTGCTACTA
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TCCAGCTTGCTTCTGGGCTAAGGATTGAAATCAATCGTGGTTTTACTCTTCTTAGGAACA
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TCTGCTTTGTGGGTTTTATTCGGGGGTTTAACCAAATTTTATACAACCATATTAAATTTG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BB24TF U 41
AF RR1AM58TF U 1
AF RR1BB24JQ C 358
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GAAGGTATCAGGAGGAGTGTTGGGTGCTGCAACTCTCTCCTGGATCTTGTTCGAGTTGCT
TCAGTACAACCTCCTCACTCTCTTCGGCCACATCTCGATTCTCGCTCTCGCTGTTTTGTT
CTTGTGGTCTAGTGCTACTACCTTCATTCACAAGAAACCTCCTCATATCCCTGAAGTTCA
CATCCCCGAGGAAGTTGTTCTCCAGCTTGCTTCTGGGCTAAGGATTGAAATCAATCGTGG
TTTTACTCTTCTTAGGAACATTGCATTAGGGAGAGATCTCAAGAAGTTCCTTATGGTTGT
TGCGGGTTTGTGGGTTTTGTCCAAAGTTGGTAGCTCATGCAACTTCTTGACCTTGATCTA
TATC

QA 1 604 1 604
DS 

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AAGTAACGATGGCGGAAGAGCACAAACACGAGGAATCAATCATGGAGAAGATAGCTGAGA
AGATCCATGGTCACGATTCCTCTTCTTCTTCAGATTCAGATGACGAGAAGAAAGAATCCT
CTATCAAGACGAAGATCTACCGCCTCTTCGGAAGAGAAAAGCCTGTTCACAAGGTCTTCG
GTGGCGGCAAACCTGCCGACATATTCCTATGGAGGAACAAGAAGGTATCAGGAGGAGTGT
TGGGTGCTGCAACTCTCTCCTGGATTTTGTTCGAGTTGCTTCAGTACAACCTCCTCACTC
TCTTCGGCCACATCTCGATTCTCGCTCTCGCTGTTTTGTTCTTGTGGTCTAGTGCTACTA
CCTTCATTCACAAGAAACCTCCTCATATCCCTGAAGTTCACATCCCCGAGGAAGTCGTTC
TCCAGCTTGCTTCTGGACTAAGGATTGAAATCAATCGTGGTTTTACTCTTCTTAGGAACA
TCGCGTTAGGGAGAGATCTCAAGAAGTTCCTCATGGTTGTTGCTGGTTTGTGGGTTTTGT
CCAAAGTTGGTAGCTCATGCAACTTCTTGACCTTGATCTATATCGCAACTGTTCTTCTCT
TCACCGTTCCCGTGCTTTACGAAAAGTATGATGATAAAGTAGATGACTTTGCTGAAAAGG
CAATGAAG*AGATCAAGAAGCAGTACGCAGTGCTTGAT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1BB24JQ 673 0 0
CTCTCTTCGGCCACATCTCGATTCTCGCTCTCGCTGTTTTGTTCTTGTGGTCTAGTGCTA
CTACCTTCATTCACAAGAAACCTCCTCATATCCCTGAAGTTCACATCCCCGAGGAAGTTG
TTCTCCAGCTTGCTTCTGGGCTAAGGATTGAAATCAATCGTGGTTTTACTCTTCTTAGGA
ACATTGCATTAGGGAGAGATCTCAAGAAGTTCCTTATGGTTGTTGCGGGTTTGTGGGTTT
TGTCCAAAGTTGGTAGCTCATGCAACTTCTTGACCTTGATCTATATCGCAACTGTTCTTC
TCTTCACCGTTCCCGTGCTTTACGAAAAGTATGATGATAAAGTAGATGACTTTGCTGAAA
AGGCGATGAAGGAGATCAAGAAGCAGTACGCTGTGCTTGATGAGAAGGTTTTGAGTAAGG
TCATGAGCAAAATCCCCAAAGGAGCCTTCAAGAAGAAGGATTAGAGAGTGTCTACGTTTC
TCTCATCATCATCATCATCATCATCTGAGTCTTCCAGGTTGATATATAAATCTCGAAGCA
TTGTTTTTTCTTACTTGTAATGGAAGCTGTGTTGGTTAATAAACCCTTGTAGTCTCTCAA
ATATCTGCTTTGTGGGTTTTATTCGGGGGTTTAACCAAATTTTATACAACCATATTAAAT
TTGAGCTTATAGC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 4

CO CL2554Contig1 824 4 15 U
GGAACAGTCACATTTGCCTACATAATCTCGGCAACATTTGTGTGTTTAAGTTCACTGATG
CTTGCAATAGTAAAGGAGATGATTTGGAAGATCTCTGAATTTGACTAAACGGGTTGAATG
AAAGAGTGCTCTTATCCCGTAAGTAGTACTAATACACTTCTCAGACGATAATGGTGAAAT
ATTAAATGCAGTTACAGCCTTACAGGTCAAACCTCAAGTTCCATTTCCCCTTCATGTTGG
CGTTAAGAGTCCAATTGTTTTCTCTAATCTGCATATAAGGAACCTTATCAAACATTTCGT
AGCCAACTTTGATCCTCACATCCCGATCTTCCTTAAAATTCATTATGTTCCACGCAAATT
CTGCAGCTCCTATAGGGTTCATCTGATTGAAGTCTTGATCAAAATCACACCGGCCTTTGA
CATTGAAGGTGACACTCTTATCATCTCTCACGGGAAACTCTTTTTTCCCGCGCACATGAC
ACCGAAGCTTTTGGCGCTTATCATAATGGATGCCTACTCCCAGCCCTGTTGAAGCCTCGG
GGAAAAGGTGTCTAATCATCGCACAGAAGTAACTAGGAGCCCCAGTTCCAGTATCTAGCT
CTCCATGAAGCTGCAAATGGGTTTTCGAGTTCACATGGAGCTTATCCTTCGCATGGATTT
TCAAAGACTTTGAATTGCACGTATACCTCAGAGACGTCTCCATCTTCCCCTCCACCAAAG
ATTTTTCTCGAGAAAGTCGCCCAAGCAAAAAAAAACACACCAAACACACAGAAGGAAGCA
GAGAGCGAAAACACCAAACCAAAACCTCACCTAGTTTCGACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ95JQ U 1
AF RR1FJ95TF C 25
AF RR1C767JQ U 81
AF RR1C767TF C 75
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RD RR1FJ95JQ 711 0 0
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TCAAAGACTTTGAATTGCACGTATACCTCAGAGACGTCTCCATCTTCCCCT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1FJ95TF 712 0 0
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TGGAAGATCTCTGAATTTGACTAGACGGGTTGAATGAAAGAGTGCTCTTATCCCGTAAGT
AGTACTAATACACTTCTCAGACGATAATGGTGAAATATTAAATGCAGTTACAGCCTTACA
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TAATCTGCATATAAGGAACCTTATCAAACATTTCGTAGCCAACTTTGATCCTCACATCCC
GATCTTCCTTAAAATTCATTATGTTCCAGGCAAATTCTGCAGCTCCTATAGGGTTCATCT
GATTGAAGTCTTGATCAAAATCACACCGGTCTTTGACATTGAAGGTGACACTCTTATCAT
CTCTCACGGGAAACTCTTTTTTCCCGCGCACATGACACCGAAGCTTTTGGCGCTTATCGT
AATGGATGCCTACTCCCAGCCCTGTTGAAGCCTCGGGGAAAAGGTGTCTAATCATCGCAC
AGAAGTAACTCGGAGCCCCAGTTCCAGTATCTAGCTCTCCATGAAGCTGCAAATGGGTTT
TCGAGTTCACATGGAGCTTATCTTTCGCATGGATTTTCAAAGACTTTGAATTGCACGTAT
ACCTCAGAGACGTCTCCATCTTCCCCTCCACCAAAGATTTTTCTCGA
AAAAA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1C767JQ 674 0 0
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TACAGGTCAAACCTCAAGTTCCATTTCCCCTTCATGTTGGCGTTAAGAGTCCAATTGTTT
TCTCTAATCTGCATATAAGGAACCTTATCAAACATTTCGTAGCCAACTTTGATCCTCACA
TCCTGATCTTCCTTAAAATTCATTATGTTCCACGCAAATTCTGCAGCTCCTATAGGGTTC
CTCTGATTGAGGTCTTGATCAAAATCGCACCGGCCTTTGACATTGAAGGTGACACTCTTA
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GTTTTCGAGTTCACATGGAGCTTCTCCTTCGCATGGATTTTCAACGACTTTGAATTGCAT
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CCAAGCAAAAAAAA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1C767TF 750 0 0
TTTTTT
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AAGTAGTACTAATACACTTCTCAGACGATAATGGTGAAATATTAAATGCAGTTACAGCCT
TACAGGTCAAACCTCAAGTTCCATTTCCCCTTCATGTTGGCGTTAAGAGTCCAATTGTTT
TCTCTAATCTGCATATAAGGAACCTTATCAAACATTTCGTAGCCAACTTTGATCCTCACA
TCCTGATCTTCCTTAAAATTCATTATGTTCCACGCAAATTCTGCAGCTCCTATAGGGTTC
CTCTGATTGAGGTCTTGATCAAAATCGCACCGGCCTTTGACATTGAAGGTGACACTCTTA
TCATCTCTCACGGGAAACTCTTTTTTCCCGCGCACATGACACCGAAGCTTTTGGCGCTTA
TCATAATGGATGCCTACTCCCAGCCCTGTTGAAGCCTCGGGGAAAAGGTGTCTAATCATC
GCACAGAAGTAACTAGGAGCCCCAGTTCCAGTATCTAGCTCTCCATGAAGCTGCAAATGG
GTTTTCGAGTTCACATGGAGCTTCTCCTTCGCATGGATTTTCAACGACTTTGAATTGCAT
GTATACCTCAGAGACGTCTCCATCTTCCCCTCCACCAAAGATTTTTCTCGAGAAAGTCGC
CCAAGCAAAAAAAAACACACCAAACACACAGAAGGAAGCAGAGAGCGAAAACACCAAACC
AAAACCTCACCTAGTTTCGACTCC

QA 7 750 7 750
DS 



AS 1 4

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TCTCAGCACCTGCTTTCCTCTTCTATGGACAAGACAGTTCGCCTACGGGATTTATCTAGC
AAGACATGTTTGAAAGTCTTCTCGCATAGTGACTACGTGACGTGCATCCAGTTTAATCCC
GTAGACGAAAATTATTTCATCAGTGGGTCATTGGATGAAAAAGTCCGAATATGGAGCATT
CCTGATCATCAAGTTGTTGACTGGAAGGATCTTCATGAGATGGTCACAGCTGCCTGCTAT
ACACCGGATGGTCAGGGTGCATTGGTTGGTTCATACAAGGGGACTTGTTGCTTATACAAC
ACAAGTGATAACAGACTGCAGCAGAGAAAGGAAATCAATCTGAAGAACAAGAAAAAGAAA
TCCAATCACAAGAAAATCACTGGTTTTCAGTTTGTGGCGGGAAGTTCATCGGAAGTGCTG
GTCACATCTGCAGATTCACGTGCGCGTGTGGTTGACGGTGTTGACCTTGTTCACAAGTTT
AAAGGATTCCGCAACGCCAACAGTCAAATCTCGGCCTCACTTACATCAAACGGAAAATTC
TTAGTCTCAGCGAGCGAAGACTCCAATGTCTATGTATGGAACTACGAGTCAGAGACTCGA
GCTGGTAGAAGCAAACGTGTAACAGTCACAAACTCATACGAACACTTTTACTGTCGAGAC
GTCTCTGTGGCTGCACCTTGGCCTGGCAAAATCAGTAACAACAACAACAACAACAGCCCC
GACCAATCGCCTTTCACAGCCAATAACCCTCCAACACCTGCCAACGATCCAATCAACAAC
ACAGCCGTCACCAACGGTATCATTTCGAGCGCCACAAACGGCTACTTCTTCGATAGAATG
TCAGCGACTTGGCCCGATGAGAAGCTTTTGCTTGCTGCAAAGAACCGAGCACGAACTAGC
CCTAGTGTGAGCGTGGACTTGTCTAATGGACCGGTTAACACAAAACCGAACGCTTCGGCT
TGGTCTATGGTGATCGTGACCGGCGGTTTACGAGGTGAGATTAGAACTTTTCAGAATTTT
GGATTACCGGTTCGTCTTTGAAGATGATATTTTTTACTTGGGTAAAAAACCATCTCTATT
CAAAAGTGTGTATAGATCGAGAGAAGGTTAGTTCTTCCACTTACCTCTTTTTTTCCTTTT
ACCACGCCTCTTTTATTTATTTTTTTCCTTAATATTTGTTCTCTCTGAAATTCAAATCTT
TAGGAAATACATATATATAATTATTTTTAATGTGAAAAATCAGATAGCTGAAAAAAGAAA
ATTCATGTACTGCAGTGTTTTATGTATTAAAGTTGAACTTTGTGTAGAGTTTGTCTTTGC
AGTATTTTGTATACACATTCTGTATTTTTACATTTGACATTTCTATACATGTAAAAATCA
ATTGAATAGAGGTTTTTGTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DW69TF U 332
AF RR1F037TF U 1
AF RR1F037JQ C 717
AF RR1DW69JQ C 897
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G
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AATCAATCTGAAGAACAAGAAAAAGAAATCCAATCACAAGAAAATCACTGGTTTTCAGTT
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TGACGGTGTTGACCTTGTTCACAAGTTTAAAGGATTCCGCAACGCCAACAGTCAAATCTC
GGCCTCACTTACATCAAACGGAAAATTCTTAGTCTCAGCGAGCGAAGACTCCAATGTCTA
TGTATGGAACTACGAGTCAGAGACTCGAGCTGGTAGAAGCAAACGTGTAACAGTCACAAA
CTCATA

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CCTGATCATCAAGTTGTTGACTGGAAGGATCTTCATGAGATGGTCACAGCTGCCTGCTAT
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ACAAGTGATAACAGACTGCAGCAGAGAAAGGAAATCAATCTGAAGAACAAGAAAAAGAAA
TCCAATCACAAGAAAATCACTGGTTTTCAGTTTGTGGCGGGAAGTTCATCGGAAGTGCTG
GTCACATCTGCAGATTCACGTGCGCGTGTGGTTGACGGTGTTGACCTTGTTCACAAGTTT
AAAGGATTCCGCAACGCCAACAGTCAAATCTCGGCCTCACTTACATCAAACGGAAAATTC
TTAGTCTCAGCGAGCGAAGACTCCAATGTCTATGTATGGAACTACGAGTCAGAGACTCGA
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GACCAATCGCCTTTCACAGCCA
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GAAAATTCATGTACTGCAGTGTTTTATGTATTAAAGTTGAACTTTGTGTAGAGTTTGTCT
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ATCAATTGAATAGAGGTTTT
GTTTATC

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DS 

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TAGCCCTAGTGTGAGCGTGGACTTGTTTAATGGACCGGTTAACACAAAACCGAACGCTTC
GGCTTGGTTTATGGTGGTCGTGACCGGCGGTTTACGAGGTGAGATTAGAACTTTTCAGAA
TTTTGGATTACCGGTTCGTCTTTGAAGATGATATTTTTTACTTGGGTAAAAAACCATCTT
TATTCAAAAGTGTGTATAGATCGAGAGAAGGTTAGTTCTTCCACTTACCTCTTTTTTTCC
TTTTACCACGCCTCTTTTATTTATTTTTTTCCTTAATATTTGTTCTCTCTGAAATTCAAA
TCTTTAGGAAATACATATATATAATTATTTTTAATGTGAAAAATCAGATAGCTGAAAAAA
GAAAATTCATGTACTGCAGTGTTTTATGTATTAAAGTTGAACTTTGTGTAGAGTTTGTCT
TTGCAGTATTTTGTATACACATTCTGTATTTTTACATTTGACATTTCTATACATGTAAAA
ATCAATTGAATAGAGGTTTTTGTTTATC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 4

CO CL2556Contig1 1228 4 12 U
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AATAGGAGAAGACAACAAAAACGTGAAAAGAAACGCAATTTAGGTAAGAAGAGATGGAAG
AGATGTTCGCTCTGATAGTCTCAATGATTCTCATAGCTGCGGTGATTCCCTTATTCTTGT
GGAAACGTCGGGTAGACAGTAGTAGTAGATCACGTGAGGAAGATGCAGCACCTCCGCTGG
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GACCTGCAGCTTCTGCTGCTGCTGGTGCTAGCTCCTCCTCTTCATCTTCCAACGTTCAAG
AAAACATCAGTGGGAGTGAAGATGAAGATGAAGATGAAGCCGGTGGGAATCAGGCCAGAG
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ACGAAGAGCGTGAGGCAGAGGAGCGGAAGTTGGAAGAAGAAGAAAAAGCACGACAAGCCA
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GAACTCAGGAATGCATCAACAGGATCGCCTCGTTGGAGAGCATTGGGCGCCTCTCGGGGG
TTATGGATGATAGAGGAAAATACATATACATATCAATGGAAGAGATGAATGCTGTTGCTG
ATTACATCAAACGTCAAGGAAGAGTTAGTATCTCACACCTAGCAAGCAAGTCGAACCAGT
TCATCGACTTGGAGCCCAAAGTACAACATGAGCTGACTGAAGAAATCAGCAGCGTAGAAG
AGATCTCGGTTTCTTAGTTCCTTGTTCACAGTTTCTCTCGTCCTTTGTCGAAAAACAAGA
GTAAGAAAAAAGTCTTAGGGGACTCGTTGTAACTTGGTGTTTGGTCATACATTGACCACC
TTGTTCTGATTTTACTAGTTTGAGATACATACATCCATCCATATGCAGTAGTACATTAAA
GAAAATAAATTAACACCAGTTTAGACTC


BQ
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B766TF U 150
AF RR1CQ16TF U 1
AF RR1CQ16JQ C 364
AF RR1B766JQ C 343
BS 1 172 RR1CQ16TF
BS 173 173 RR1B766TF
BS 174 337 RR1CQ16TF
BS 338 338 RR1B766TF
BS 339 426 RR1CQ16TF
BS 427 427 RR1B766TF
BS 428 648 RR1CQ16TF
BS 649 649 RR1B766JQ
BS 650 662 RR1CQ16TF
BS 663 1024 RR1B766JQ
BS 1025 1025 RR1CQ16JQ
BS 1026 1228 RR1B766JQ

RD RR1B766TF 395 0 0
CTCATAGCTGCGGTGATTCCCTTATTCTTGTGGAAACGTCGGGTAGACAGTAGTAGTAGA
*CACGTGAGGAAGATGCAGCACCTCCGCTGGTTCAGGCGCGTGAAAACGTTGGACGTGCT
ACTGGTGGTGGTGGGCGTAGAATGCGTCGGAGACCTGCAGCTTCTGCTGCTGCTGGTGCT
AGCTCCTCCTCTTCATCTTCCAACGTTCAAGAAAACATCAGTGGGAGTGAAGATGAAGAT
GAAGATGAAGCCGGTGGGAATCAGGCCAGAGCTTCAAAGAAGAAAGAGAAGAAGCGACAA
GAACGAGAAGAACAAAGACAGGCTGAAGAAGCTGCACGGGAGTCAAGGAGTACAAAACAA
GATTGGTATGCAGAGATGCGGAGGAAGAAGGACGA

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR1CQ16TF 662 0 0
GGAATCGAGAGTTCAGCAACCCTCGAGAGAGCATGGTGGTTTTTTTTAGGTTAAACTACG
AATAGGAGAAGACAACAAAAACGTGAAAAGAAACGCAATTTAGGTAAGAAGAGATGGAAG
AGATGTTCGCTCTGATAGTCTCAATGATTCTCATAGCTGCGGTGATTCCCTTGTTCTTGT
GGAAACGTCGGGTAGACAGTAGTAGTAGATCACGTGAGGAAGATGCAGCACCTCCGCTGG
TTCAGGCGCGTGAAAACGTTGGACGTGCTACTGGTGGTGGTGGGCGTAGAATGCGTCGGA
GACCTGCAGCTTCTGCTGCTGCTGGTGCTAGCTCCTCTTCTTCATCTTCCAACGTTCAAG
AAAACATCAGTGGGAGTGAAGATGAAGATGAAGATGAAGCCGGTGGGAATCAGGCCAGAG
CTTCAA*GAAGAAAGAGAAGAAGCGACAAGAACGAGAAGAACAAAGACAGGCTGAAGAAG
CTGCACGGGAGTCAAGGAGTACAAAACAAGATTGGTATGCAGAGATGCGGAGGAAGAAGG
ACGAAGAGCGTGAGGCAGAGGAGCGGAAGTTGGAAGAAGAAGAAAAAGCACGACAAGCCA
AGGAAGAAGAGGCAGCTGCGTTAGAGTTTGACAAATGGAAAGGAGAGT*CTCAGTCGATG
CT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1CQ16JQ 813 0 0
ACATCAGTGGGAGTGAAGATGAAGATGAAGATGAAGCCGGTGGGAATCAGGCCAGAGCTT
CAA*GAAGAAAGAGAAGAAGCGACAAGAACGAGAAGAACAAAGACAGGCTGAAGAAGCTG
CACGGGAGTCAAGGAGTACAAAACAAGATTGGTATGCAGAGATGCGGAGGAAGAAGGACG
AAGAGCGTGAGGCAGAGGAGCGGAAGTTGGAAGAAGAAGAAAAAGCACGACAAGCCAAGG
AAGAAGAGGCAGCTGCGTTAGAGTTTGACAAATGGAAAGGAGAGTTCTCAGTCGATGCTG
AAGGTACTACGGAGGAAGTGGAAGGTGGAAATCAAGATTTGCTTTCAGAATTTGTTGAAT
ACATTAAGAAACAGAAATGTGTTCCACTTGAAGATCTTGCAGCAGAGTTTCATCTAAGAA
CTCAGGAATGCATCAACAGGATCGCCTCGTTGGAGAGCATTGGGCGCCTCTCGGGGGTTA
TGGATGATAGAGGAAAATACATATACATATCAATGGAAGAGATGAATGCTGTTGCTGATT
ACATCAAACGTCAAGGAAGAGTTAGTATCTCACACCTAGCAAGCAAGTCGAACCAGTTCA
TCGACTTGGAGCCCAAAGTACAACATGAGCTGACTGAAGAAATCAGCAGCGTAGAAGAGA
TCTCGGTTTCTTAGTTCCTTGTTCACAGTTTCTCTCGTCCTTTGTCGAAAAACAAGAGTA
AGAAAAAAGTCTTAGGGGACTCGTTGTAACTTGGTGTTTGGTCATACATTGACCACCTTG
TTCTGATTTTACTAGTTTGAGATACATACATCC

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1B766JQ 886 0 0
ATCTTC
CCAACGTTCAAGAAAACATCAGTGGGAGTGAAGATGAAGATGAAGATGAAGCCGGTGGGA
ATCAGGCCAGAGCTTCAAAGAAGAAAGAGAAGAAGCGACAAGAACGAGAAGAACAAAGAC
AGGCTGAAGAAGCTGCACGGGAGTCAAGGAGTACAAAACAAGATTGGTATGCAGAGATGC
GGAGGAAGAAGGACGAAGAGCGTGAGGCAGAGGAGCGGAAGTTGGAAGAAGAAGAAAAAG
CACGACAAGCCAAGGAAGAAGAGGCAGCTGCGTTAGAGTTTGACAAATGGAAAGGAGAGT
TCTCAGTCGATGCTGAAGGTACTACGGAGGAAGTGGAAGGTGGAAATCAAGATTTGCTTT
CAGAATTTGTTGAATACATTAAGAAACAGAAATGTGTTCCACTTGAAGATCTTGCAGCAG
AGTTTCATCTAAGAACTCAGGAATGCATCAACAGGATCGCCTCGTTGGAGAGCATTGGGC
GCCTCTCGGGGGTTATGGATGATAGAGGAAAATACATATACATATCAATGGAAGAGATGA
ATGCTGTTGCTGATTACATCAAACGTCAAGGAAGAGTTAGTATCTCACACCTAGCAAGCA
AGTCGAACCAGTTCATCGACTTGGAGCCCAAAGTACAACATGAGCTGACTGAAGAAATCA
GCAGCGTAGAAGAGATTTCGGTTTCTTAGTTCCTTGTTCACAGTTTCTCTCGTCCTTTGT
CGAAAAACAAGAGTAAGAAAAAAGTCTTAGGGGACTCGTTGTAACTTGGTGTTTGGTCAT
ACATTGACCACCTTGTTCTGATTTTACTAGTTTGAGATACATACATCCATCCATATGCAG
TAGTACATTAAAGAAAATAAATTAACACCAGTTTAGACTC

QA 7 886 7 886
DS 



AS 1 4

CO CL2557Contig1 681 4 6 U
AAAACACAAAGCGTTGACCTGTTATTGATCAGTTTCAGTCAGTATACAAACAAGGGTATT
AAAAGTTACAAAACAAAGTTGATTTTACATAAGAATAGTTAAAGTTGATGATGCTTCTTG
TTGTTTTTGTTTCTCGGCTTTCTCTGCCTCTAACTTCCTCAGAGTACTCGAACTTATCTT
ATTCCCACTCGATCCATCAGAAACTATTTCCACAACCTCAATCTTGAGTTGAGAAAGACC
TCTCTCTGCTCTTTTTCTGTTAACTGATAAGCCACCTGGTAACGTCTCTTTGCTGACAAC
GATAGCTTCCAATGCTTCATCGACGATAGAAGGACCATATGGATCGGTAATGGGTTCGGT
TTGTACAACCAACTCAGGTTTGCTAGACTTGACAAAGGTCTGTACATTAAGCATCCTTTC
TTCAATGGGTTGTATCATCTCAGCAAATTGCTTGTTCTTCAACATGGGGCCATCACATAC
TCCCACCACTATTCGATCCCTCGCTAGCTCCGCAGCCGCCTTGAGGAAAGTGCGATGACC
ATCGTGTAATCGATCAAACGTACCACCCAGAACGACCGCACCGAACGAATCCGCCCTCCA
AACCTTCGTCTCTTCCGCTGCTGCCATTTTTGCCGTCAAAGTCCTCCTCTTCCACCAAGT
TATTTGTCTTCTCTGCCTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EJ66JQ U 1
AF RR1EJ66TF C 1
AF RR1BK39JQ U 13
AF RR1BK39TF C 14
BS 1 100 RR1EJ66JQ
BS 101 101 RR1BK39JQ
BS 102 243 RR1EJ66JQ
BS 244 244 RR1BK39JQ
BS 245 377 RR1EJ66JQ
BS 378 681 RR1BK39JQ

RD RR1EJ66JQ 378 0 0
AAAACACAAAGCGTTGACCTGTTATTGATCAGTTTCAGTCAGTATACAAACAAGGGTATT
AAAAGTTACAAAACAAAGTTGATTTTACATAAGAATAGTTCAAGTTGATGATGCTTCTTG
TTGTTTTTGTTTCTCGGCTTTCTCTGCCTCTAACTTCCTCAGAGTACTCGAACTTATCTT
ATTCCCACTCGATCCATCAGAAACTATTTCCACAACCTCAATCTTGAGTTGAGAAAGACC
TCTTTCTGCTCTTTTTCTGTTAACTGATAAGCCACCTGGTAACGTCTCTTTGCTGACAAC
GATAGCTTCCAATGCTTCATCGACGATAGAAGGACCATATGGATCGGTAATGGGTTCGGT
TTGTACAACCAACTCAG
C

QA 1 377 1 377
DS 

RD RR1EJ66TF 378 0 0
AAAACACAAAGCGTTGACCTGTTATTGATCAGTTTCAGTCAGTATACAAACAAGGGTATT
AAAAGTTACAAAACAAAGTTGATTTTACATAAGAATAGTTCAAGTTGATGATGCTTCTTG
TTGTTTTTGTTTCTCGGCTTTCTCTGCCTCTAACTTCCTCAGAGTACTCGAACTTATCTT
ATTCCCACTCGATCCATCAGAAACTATTTCCACAACCTCAATCTTGAGTTGAGAAAGACC
TCTTTCTGCTCTTTTTCTGTTAACTGATAAGCCACCTGGTAACGTCTCTTTGCTGACAAC
GATAGCTTCCAATGCTTCATCGACGATAGAAGGACCATATGGATCGGTAATGGGTTCGGT
TTGTACAACCAACTCAG
C

QA 1 377 1 377
DS 

RD RR1BK39JQ 669 0 0
GTTGAC
CTGTTATTGATCAGTTTCAGTCAGTATACAAACAAGGGTATTAAAAGTTACAAAACAAAG
TTGATTTTACATAAGAATAGTTAAAGTTGATGATGCTTCTTGTTGTTTTTGTTTCTCGGC
TTTCTCTGCCTCTAACTTCCTCAGAGTACTCGAACTTATCTTATTCCCACTCGATCCATC
AGACACTATTTCCACAACCTCAATCTTGAGTTGAGAAAGACCTCTCTCTGCTCTTTTTCT
GTTAACTGATAAGCCACCTGGTAACGTCTCTTTGCTGACAACGATAGCTTCTAATGCTTC
ATCGACGATAGAAGGACCATATGGATCGGTAATGGGTTCGGTTTGTACAACCAACTCAGG
TTTGCTAGACTTGACAAAGGTCTGTACATTAAGCATCCTTTCTTCAATGGGTTGTATCAT
CTCAGCAAATTGCTTGTTCTTCAACATGGGGCCATCACATACTCCCACCACTATTCGATC
CCTCGCTAGCTCCGCAGCCGCCTTGAGGAAAGTGCGATGACCATCGTGTAATCGATCAAA
CGTACCACCCAGAACGACCGCACCGAACGAATCCGCCCTCCAAACCTTCGTCTCTTCCGC
TGCTGCCATTTTTGCCGTCAAAGTCCTCCTCTTCCACCAAGTTATTTGTCTTCTCTGCCT
TCC

QA 7 669 7 669
DS 

RD RR1BK39TF 668 0 0
GTTGA
CTGTTATTGATCAGTTTCAGTCAGTATACAAACAAGGGTATTAAAAGTTACAAAACAAAG
TTGATTTTACATAAGAATAGTTAAAGTTGATGATGCTTCTTGTTGTTTTTGTTTCTCGGC
TTTCTCTGCCTCTAACTTCCTCAGAGTACTCGAACTTATCTTATTCCCACTCGATCCATC
AGACACTATTTCCACAACCTCAATCTTGAGTTGAGAAAGACCTCTCTCTGCTCTTTTTCT
GTTAACTGATAAGCCACCTGGTAACGTCTCTTTGCTGACAACGATAGCTTCTAATGCTTC
ATCGACGATAGAAGGACCATATGGATCGGTAATGGGTTCGGTTTGTACAACCAACTCAGG
TTTGCTAGACTTGACAAAGGTCTGTACATTAAGCATCCTTTCTTCAATGGGTTGTATCAT
CTCAGCAAATTGCTTGTTCTTCAACATGGGGCCATCACATACTCCCACCACTATTCGATC
CCTCGCTAGCTCCGCAGCCGCCTTGAGGAAAGTGCGATGACCATCGTGTAATCGATCAAA
CGTACCACCCAGAACGACCGCACCGAACGAATCCGCCCTCCAAACCTTCGTCTCTTCCGC
TGCTGCCATTTTTGCCGTCAAAGTCCTCCTCTTCCACCAAGTTATTTGTCTTCTCTGCCT
TCC

QA 6 668 6 668
DS 



AS 1 4

CO CL2558Contig1 2035 4 3 U
GATGAAGATGGGATATGGTTCTGCTGCGGTTGAGCTACTAACCAGATACTTTGGGGGACA
GCTAGCTTCGATATCAGAAGGCGATGATGAACTCGATGTGGAGGCTTCACCAGTTAAAAT
TACCGAAGCTGCTAAGAAGGCTTCTTTGCTTGAGGAACAAATAAAACCTCGCGCCAATCT
TCCACCGTTGCTGGCCCCTCTTCGTGATCGACGACCTGAGAGACTCCACTACCTAGGTGT
CTCTTTTGGTCTTACTTTGGATCTTTTCCGTTTCTGGAGGAAACACAAGTTTGCTCCATT
CTATATCAGTCAGATACAAAGTTCTGTGACCGGTGAGCACACATGCATGCTTCTGAAACC
ATTGAACAACGATGAGTTTGAAGTTAGTGAGTCTGATGAACTGGGCTTCTTTGCTCCCTT
CTATAAAGATTTCAGGATAAGGTTCTCTAAGCTGTTGAGCGATAAGTTCAAGAAGATGGA
TTATAAACCTGCAATGAGTGTCTTAAACCCTAAGATCAACTTCACAGAAGTCGATTCTTC
AGGAAGTTCAGAAAATGGATATTTGAAGAAACTCGACAGAGTCTTTTCTCCTTATGACAT
GGAGAGACTCAGAGCGTACACTGACAATCTTGTGGACTTCAATCTGGTTTATGACCTCTG
CAAAACTCTAGCACATCACTATTTTCAAGAGAAGCTCCCGGTCACGCTTTCATATGTCCA
AGCATCTGTTCTCCTATACTTGGGCTTGCAGGAGTCTGATTTCTCCACCATCGAGAGACA
AATGCAGTTAGAGAGGGGGCAAATACACTCTCTTCTATTGAAGGTTGGAAAGAAGTTGTA
CAAATATTTGAATGGAATCGCAGCTTCGGAGATCGAAGCCACCTTCCCTCGGTTGAAAGA
AAGAGTGCTTTAACCTCACAATGTATCTGTAGACGAAGATCTCAAGGAAGGAGCAAAACA
AGTCGAGGAACAAATGAGGGGAAAGATAGAATTGGATCCTGAGCTGCTCGAACAATTTGC
TATTGGTGACAAAGAAGCTGAAGCTTTGGAGAAGTCTAAGATCTCTTCAAGTGGTATCAT
CAGTATCGAGACTAGCAAATCTTCTGAATACAAGGCCAAAAAACCAAGTGGGTCTACTGA
TAAATCAGCCAAAAAGAGGGGCAATGATTATAAGCACTCCTCCAAATCCTACAAGAAGAG
AAGAGCCTGATCTGGAGGCTTATGTGTGCGATAGTCACCTGATGAATTTTGATCAACTTG
TGTCTTTTTTTTGGCTTTCTGAATTTGTAACCAGATCTTGAATATTTATAAGCATTTTGT
ATTGAACATCACAGAAGAAAAATGCTTACAGTGTTTTCTGATTCATTTGAGAAATTCTAA
AGCCATAATACACAATGTTTCCTTAGCTATAAGTCTATAAAGTACGTGTGTTTTTACTGC
CACACAATTCTTTCACATCTCGGCAGTAAAAGACTTGCCACATCCAAAGGTTTGTGTAGC
GTTAGGGTTGGAGAAAGAGAAGCCTCCACCGATCAAAGCATCGCTGTAGTCAAGCTGCAT
CCCGAAAAGGAAGAGCATGCTCTTTGGATCACAAACTATAGCGAAGCCTTGGTACTCGAT
GGTGGAATCGTCTGGTCTCGCGTTGGCTCTGTTCTCAAAGTCCATGGTGTAAGACATCCC
CGAACAACCTCCCTGTTTCACACCAATTCTCAAGCACAGATCTTCCCCACGCTCTCTTCT
CATCTTATTCAGATGCTTAAGCGCACTATCCGTCAAGGATATCGCCGGTTTCAATCCCTC
CACTGCAGTTGCCGCTGGAGCAGAGGAGGATCGAAAACAGAGACGGCTTCTCCGATTGAG
ATTCACGTATGAAGAAGAACGAGGAAATGAAATCGAATTGCGTGGAGCCACATGACTTAA
CCTTGTGGTAGAGATCCTTAGCTGAAGAAAAATTGGATTTGAATAAGTCGTGATTCCAGC
GAACGCCATCATCGTCGCCGAGCTGAGAGGAAGAAGAAAGAAGAAGACGAACAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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C

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QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 3

CO CL2559Contig1 948 3 14 U
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AGGTAGTTAACTGCAAGTGACATCTGAGTAGAATCCTATTGTCCTCCTCTCACAGCTCTG
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BQ
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A749JQ U 171
AF RR1AC35JQ U 1
AF RR1A749TF C 197
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BS 183 215 RR1AC35JQ
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BS 277 320 RR1AC35JQ
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BS 322 508 RR1AC35JQ
BS 509 509 RR1A749JQ
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BS 671 743 RR1AC35JQ
BS 744 948 RR1A749TF

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CGAAATCTCGGTATATAAGACCTGAATCAGCCTTTATGTAATTATCTGAAGCTACTACCT
TAACCTCAAAACCTTCTCTAACAAAGTTGGGAAACTCATCAGGAGCATTGTTCTCTCTCT
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TTGCAGA

QA 1 427 1 427
DS 

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GATACTAACCAGCTCCACGTCAAAAACTTCAAACTGCTTCGAGCTGAAGAATGTAGAAGG
TCCCACCGGAGGTCCCAGTTCTGGAGGTATGATGACCCTTCTACGTCCACCAGGCTTCAT
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AGGAGATCCTTGTATGTAAGTACTGTCTATTCTTCTTCCAGACTCATTATATCCAATATA
ATGAAAAGTCACCTGCTGACCATCTTTAGGGCAATCACCTTGACCAACATCGAAATCTCG
GTATATAAGACCTGAATCAGCCTTTATGTAATTATCTGAAGCTACTACCTTAACCTCAAA
ACCTTCTCTAACAAAGTTGGGAAACTCAGCAGGAGCATTGTTCTCTCTCTGTATCCTCTT
GTTCTGTTCTAGTAACCTCCTCTCGTCATAAGGGCTCTTTGATTTAGTCTTTGCAGACGA
AGGTAACGTTGCAAACAAACACGGTGTAGAAACTAAAACGTAAACAAGATTCCTCCTACT
CAAGCTTTGGTACTTTGGTTCTTCACTCAACGAACAACACGTCGGTCTTTTACTCCGACA
TGTCAAGATCCCGAGGCTTTCAC
A

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1A749TF 752 0 0
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TCAAATCCTGGAACAAGT**ATTGGTTCCCATGCGGATCTTAGCAGGAGATCTTTGTATG
TAAGCACTGTCTATTCTTCTTCCAGACTCATTATATCCAATATAATGAAAAGTCACCTGC
TGACCATCTTTAGGGCAATCACCTTGACCAACATCGAAATCTCGGTATATAAGACCTGAA
TCAGCCTTTATGTAATTATCTGAAGCTACTACCTTAACCTCAAAACCTTCTCTAACAAAG
TTGGGAAACTCATCAGGAGCATTGTTCTCTCTCTGTATCCTCTTGTTCTGTTCTAGTAAC
CTCCTCTCGTCATAAGGGCTCTTTGATTTAGTCTTTGCAGACGAAGGTAACGTTGCAAAC
AAACACGGTGTAGAAACTAAAACGTAAACAAGATTCCTCCTACTCAAGCTTTGATACTTT
GGTTCTTCACTCAACGAACAACACGTCGGTCTTTTACTCCGACATGTCAAGATCCCGAGG
CTTTCACCTACAAGAGCTCACAAGCTTAATCTTAATGCAAGAGCTAGCTTACTATGTAGG
AAGACAGAGACCAGAACTCAAAGATAGAGACAAGAACTCACATAGAACTGTAAGCTTCGG
ATAGAGAGGGTTTGATAGAATCGTCAGCATAGCTTTCTGTATCCCCCCGGTGATTCCTGC
AAACTCCAATGTTATCCAAACTTCTTCTCTCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

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ATAATAATAACATGTTTCAGGAGTTAATTCTTTTATACCAAAAAAAAAGAAAACAACAGA
TATACAGAAAGTTAAGCTTAGTGTTTGCTTTGAGCAACCAAAGATGGTTGCAGTAACAAG
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AATGATTCCAATGTAAACCCTTCAGGTCCCTTGGCTGGACCAATGCTGCAACGATCGGTG
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TCGAGCTGGCCA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1DU66JQ U 1
AF RR1DU66TF C 1
AF RR1GQ02JQ U 84
BS 1 381 RR1DU66JQ
BS 382 432 RR1GQ02JQ

RD RR1DU66JQ 381 0 0
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TATACAGAAAGTTAAGCTTAGTGTTTGCTTTGAGCAACCAAAGATGGTTGCAGTAACAAG
TCTACAAGTGTGGCACTTCAACTTGATCCAGCTGGTTTGGCTGCATTCGTCTGCACGGAT
AATGATTCCAATGTAAACCCTTCAGGTCCCTTGGCTGGACCAATGCTGCAACGATCGGTG
TTGTGCAGTCTGATGCCATCT

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR1DU66TF 428 0 0
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GGAGTTTGTAGCAATAAGGACAAGTGGTAAAAAGACACATTTGCAATTTTACCTGTAAGA
ATAATAATAACATGTTTCAGGAGTTAATTCTTTTATACCAAAAAAAAAGAAAACAACAGA
TATACAGAAAGTTAAGCTTAGTGTTTGCTTTGAGCAACCAAAGATGGTTGCAGTAACAAG
TCTACAAGTGTGGCACTTCAACTTGATCCAGCTGGTTTGGCTGCATTCGTCTGCACGGAT
AATGATTCCAATGTAAACCCTTCAGGTCCCTTGGCTGGACCAATGCTGCAACGATCGGTG
TTGTGCAGTCTGATGCCATCTTTTATCTTCTGAAACTTAGCAAGAGAACATGAGAAGGAC
TCGAGCT
C

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1GQ02JQ 349 0 0
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TTTGCTTTGAGCAACCAAAGATGGTTGCAGTAACAAGTCTACAAGTGTGGCACTTCAACT
TGATCCAGCTGGTTTGGCTGCATTCCTCTGCACGGATAATGATTCCAATGTAAACCCTTC
AGGTCCCTTGGCTGGACCAATGCTGCAACGATCGGTGTTGTGCAGTCTGATGCCATCTTT
TATCTTCTGAAACTTAGCAAGAAAACATGAAAAGGACTCGAGCTGGCCA

QA 1 349 1 349
DS 



AS 1 4

CO CL2561Contig1 765 4 4 U
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GGAGGATGGGTGAGTGGGGATGTCAGGCGGATGCTGAGACTTATCTTGTTTTGATAAGGA
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CGGGGTACGGTAAGGCGTTGGATAAGAAAGAGTATTACGGGTTTTTGAAGATACTGTGTG
GGATTGAGAGGCTTGAGCATGCGATGGTTGTGTTTAAGAACATGAAAGCTGATGGATGTA
AGCCTGGGATCAAGACTTATGATTTGTTGATGGGGAAGATGTGCGCGAATAACCAGGTGA
CTAGAGCTAATGGTTTGTACAAAGAAGCGGCGAGGAGAGGTGTTGATGTTAGTCCTAAGG
AGTACAGAGTTGATCCGAGGTTTTTGAAGAAGAAGAGTAAGGAGGTGGATAGCAATGTGA
AGAAGAGGGAGACTTTGCCTGAGAAGACCGCGAGGAAGAGGAGAAGGCTCAAGCAGATTA
ACATGAGTTTTGTTAAGAAGCCGCATAATAAGATGAGGAGGAGAATGTGATCGGTAGCAT
TCTCTTTAATGTTTTATGGTTCAAAACAGTCTTTTTGTTATTTCCTTGTTATTGTTTTGT
GAGAAGGTACTGTGATCTTTGGTCAGTAGCCGAATAATCTTTTGGTTCAGCTTAATGTAA
CGTTTAAACACTTTTAATGGGTTGGCTGGCTCTAGAATCGGAGAT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX37JQ C 1
AF RR1FJ10JQ C 441
AF RR1FJ10TF U 441
AF RR1CX37TF U 9
BS 1 8 RR1CX37JQ
BS 9 440 RR1CX37TF
BS 441 751 RR1FJ10TF
BS 752 765 RR1CX37JQ

RD RR1CX37JQ 765 0 0
GGGTGTTGATTAATAATCTTTGTAAGATCAGGAGAACGGAAGAGGCGATGGAGTTGTTTG
GGAGGATGGGTGAGTGGGGATGTCAGGCGGATGCTGAGACTTATCTTGTTTTGATAAGGA
GTTTGTATCAGGCGGCTAGGATCGGTGAAGGAGATGAAATGATTGATAAGATGAAGTCGG
CGGGGTACGGTAAGGCGTTGGATAAGAAAGAGTATTACGGGTTTTTGAAGATACTGTGTG
GGATTGAGAGGCTTGAGCATGCGATGGTTGTGTTTAAGAACATGAAAGCTGATGGATGTA
AGCCTGGGATCAAGACTTATGATTTGTTGATGGGGAAGATGTGCGCGAATAACCAGGTGA
CTAGAGCTAATGGTTTGTACAAAGAAGCGGCGAGGAGAGGTGTTGATGTTAGTCCTAAGG
AGTACAGAGTTGATCCGAGGTTTTTGAAGAAGAAGAGTAAGGAGGTGGATAGCAATGTGA
AGAAGAGGGAGACTTTGCCTGAGAAGACCGCGAGGAAGAGGAGAAGGCTCAAGCAGATTA
ACATGAGTTTTGTTAAGAAGCCGCATAATAAGATGAGGAGGAGAATGTGATCGGTAGCAT
TC**TTTAATGTTTTATGGTTCAAAACAGTCTTTTTGTTATTTCCTTGTTATTGTTTTGT
GAGAAGGTACTGTGATCTTTGGTCAGTAGCCGAATAATCTTTTGGTTCAGCTTAATGTAA
CGTTTAAACACTTTTAATGGGTTGGCTGGCTCTAGAATCGGAGAT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1FJ10JQ 311 0 0
TTTTTGAAGAAGAAGAGTAAGGAGGTGGATAGCAATGTGAAGAAGAGGGAGACTTTGCCT
GAGAAGACCGCGAGGAAGAGGAGAAGGCTCAAGCAGATTAACATGAGTTTTGTTAAGAAG
CCGCATAATAAGATGAGGAGGAGAATGTGATCGGTAGCATTCTCTTTAATGTTTTATGGT
TCAAAACAGTCTTTTTGTTATTTCCTTGTTATTGTTTTGTGAGAAGGTACTGTGATCTTT
GGTCAGTAGCCGAATAATCTTTTGGTTCAGCTTAATGTAACGTTTAAACACTTTTAATGG
GTTGGCTGGCT

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR1FJ10TF 311 0 0
TTTTTGAAGAAGAAGAGTAAGGAGGTGGATAGCAATGTGAAGAAGAGGGAGACTTTGCCT
GAGAAGACCGCGAGGAAGAGGAGAAGGCTCAAGCAGATTAACATGAGTTTTGTTAAGAAG
CCGCATAATAAGATGAGGAGGAGAATGTGATCGGTAGCATTCTCTTTAATGTTTTATGGT
TCAAAACAGTCTTTTTGTTATTTCCTTGTTATTGTTTTGTGAGAAGGTACTGTGATCTTT
GGTCAGTAGCCGAATAATCTTTTGGTTCAGCTTAATGTAACGTTTAAACACTTTTAATGG
GTTGGCTGGCT

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR1CX37TF 745 0 0
ATTAATAATCTTTGTAAGATCAGGAGAACGGAAGAGGCGATGGAGTTGTTTGGGAGGATG
GGTGAGTGGGGATGTCAGGCGGATGCTGAGACTTATCTTGTTTTGATAAGGAGTTTGTAT
CAGGCGGCTAGGATCGGTGAAGGAGATGAAATGATTGATAAGATGAAGTCGGCGGGGTAC
GGTAAGGCGTTGGATAAGAAAGAGTATTACGGGTTTTTGAAGATACTGTGTGGGATTGAG
AGGCTTGAGCATGCGATGGTTGTGTTTAAGAACATGAAAGCTGATGGATGTAAGCCTGGG
ATCAAGACTTATGATTTGTTGATGGGGAAGATGTGCGCGAATAACCAGGTGACTAGAGCT
AATGGTTTGTACAAAGAAGCGGCGAGGAGAGGTGTTGATGTTAGTCCTAAGGAGTACAGA
GTTGATCCGAGGTTTTTGAAGAAGAAGAGTAAGGAGGTGGATAGCAATGTGAAGAAGAGG
GAGACTTTGCCTGAGAAGACCGCGAGGAAGAGGAGAAGGCTCAAGCAGATTAACATGAGT
TTTGTTAAGAAGCCGCATAATAAGATGAGGAGGAGAATGTGATCGGTAGCATTC**TTTA
ATGTTTTATGGTTCAAAACAGTCTTTTTGTTATTTCCTTGTTATTGTTTTGTGAGAAG*T
ACTGTGATCTTTGGTCAGTAGCCGAATAATCTTTTGGTTCAGCTTAATGTAACGTTTAAA
CACTTTTAATGGGTTGGCTGGCT
CT

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 3

CO CL2562Contig1 891 3 4 U
GGATCAGAAACAGAACAGTAAAGCAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCATTCGATCTT
CTCTCTCTCTCTCACAACTCATCTCATGGCTGCTAGCTACAAAGTCGACGAAGAGTACGA
TTACCTCTTCAAGCTCGTCTTGATCGGCGACTCCGGCGTCGGCAAATCGAATCTACTCTC
GAGATTCACGAAGAACGAGTTCAACCTCGAATCAAAGTCTACTATTGGCGTTGAGTTCGC
TACCAAGACGCTCAGCGTCGATAGCAAAGTCGTCAAAGCTCAGATTTGGGATACTGCTGG
CCAAGAAAGATACCGAGCAATCACAAGTGCTTACTACAGAGGAGCTGTAGGTGCTTTACT
TGTCTACGACGTGACAAGGCACTCCACGTTTGAGAACGCAGCGAGATGGCTAAGGGAGCT
ACGAGGACACACCGACCCAAACATAGTGGTGATGCTTATAGGGAACAAGTGCGATTTGCG
TCACCTGGTAGCGATAAAAACAGAGGAAGCTAAAGACTTTGCTGAGAGAGAGTCTCTCTA
TTTCATGGAGACATCTGCGTTAGATGCAACCAACGTTGAAAACGCCTTCACTGAAGTGTT
GACTCAGATTCATAAGATAGTGAGCAAGAGAAGCGTCGATGGAGCAAACAAAGAAGAAGG
AGGGTCTTCGTCTGGTTTACCAAAGAAAGGAGAGACTATTAACGTCAAAGAAGATGGATC
TGTTCTTAAGAGAATGGGTTGCTGCTCTAACTAGAGTGTGCGATTGTAGATTTGGTTTGG
TCGGATTAAGGTGGCTCGTGCAATAAAAAAAAAGATGAACCATGTTTATGATTTGGTAAC
TTTCGCCTGTAAGGGCTTTTAAAATTGAATGTACATGATCATTATCTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EP85TF U 1
AF RR1C992TF U 18
AF RR1GY04JQ C 193
BS 1 559 RR1EP85TF
BS 560 560 RR1C992TF
BS 561 655 RR1EP85TF
BS 656 891 RR1GY04JQ

RD RR1EP85TF 655 0 0
GGATCAGAAACAGAACAGTAAAGCAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCATTCGATCTT
CTCTCTCTCTCTCACAACTCATCTCATGGCTGCTAGCTACAAAGTCGACGAAGAGTACGA
TTACCTCTTCAAGCTCGTCTTGATCGGCGACTCCGGCGTCGGCAAATCGAATCTACTCTC
GAGATTCACGAAGAACGAGTTCAACCTCGAATCAAAGTCTACTATTGGCGTTGAGTTCGC
TACCAAGACGCTCAGCGTCGATAGCAAAGTCGTCAAAGCTCAGATTTGGGATACTGCTGG
CCAAGAAAGATACCGAGCAATCACAAGTGCTTACTACAGAGGAGCTGTAGGTGCTTTACT
TGTCTACGACGTGACAAGGCACTCCACGTTTGAGAACGCAGCGAGATGGCTAAGGGAGCT
ACGAGGACACACCGACCCAAACATAGTGGTGATGCTTATAGGGAACAAGTGCGATTTGCG
TCACCTGGTAGCGATAAAAACAGAGGAAGCTAAAGACTTTGCTGAGAGAGAGTCTCTCTA
TTTCATGGAGACATCTGCGCTAGATGCAACCAACGTTGAAAACGCCTTCACTGAAGTGTT
GACTCAGATTCATAAGATAGTGAGCAAGAGAAGCGTCGATGGAGCAAACAAAGAA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1C992TF 638 0 0
GCGAGTAAAGCAAAGCC
AAAAAAAAAAAAAATCATTCGATCTTCTCTCTCTCTCTCACAACTCATCTCATGGCTGCT
AGCTACAAAGTCGACGAAGAGTACGATTACCTCTTCAAGCTCGTCTTGATCGGCGACTCC
GGCGTCGGCAAATCGAATCTACTCTCGAGATTCACGAAGAACGAGTTCAACCTCGAATCA
AAGTCTACTATTGGCGTTGAGTTCGCTACCAAGACGCTCAGCGTCGATAGCAAAGTCGTC
AAAGCTCAGATTTGGGATACTGCTGGCCAAGAAAGATACCGAGCAATCACAAGTGCTTAC
TACAGAGGAGCTGTAGGTGCTTTACTTGTCTACGACGTGACAAGGCACTCCACGTTTGAG
AACGCAGCGAGATGGCTAAGGGAGCTACGAGGACACACCGACCCAAACATAGTGGTGATG
CTTATAGGGAACAAGTGCGATTTGCGTCACCTGGTAGCGATAAAAACAGAGGAAGCTAAA
GACTTTGCTGAGAGAG**TCTCTCTATTTCATGGAGACATCTGCGTTAGATGCAACCAAC
GTTGAAAACGCCTTCACTGAAGTGTTGACTCAGATTCATAAGATAGTGAGCAAGAGAAGC
GTCGATGGAGCAAACAAAGAA

QA 18 638 18 638
DS 

RD RR1GY04JQ 699 0 0
GAACGAGTTCAACCTCGAATCAAAGTCTACTATTGGCGTTGGGTTCGCTACCAAGACGCT
CAGCGTCGATAGCAAAGTCGTCAAAGCTCAGATTTGGGATACTGCTGGCCAAGAAAGATA
CCGAGCAATCACAAGTGCTTACTACAGAGGAGCTGTAGGTGCTTTACTTGTTTACGACGT
GACAAGGCACTCCACGTTTGAGAACGCAGCGAGATGGCTAAGGTAGCTACGAGGACACAC
CGACCCAAACATAGTGGTGATGCTTATAGGGAACAAGTGCGATTTGCGTCACCTGGTAGC
GATAAAAACAGAGGAAGCTAAAGACTTTGCTGAGAGAGAGTCTCTCTATTTCATGGAGAC
ATCTGCGTTAGATGCAACCAACGTTGAAAACCCCTTCACTGAAGTGTTGACTCAGATTCA
TAAGATAGTGAGCAAGAGAAGCGTCGATGGAGCAAACAAAGAAGAAGGAGGGTCTTCGTC
TGGTTTACCAAAGAAAGGAGAGACTATTAACGTCAAAGAAGATGGATCTGTTCTTAAGAG
AATGGGTTGCTGCTCTAACTAGAGTGTGCGATTGTAGATTTGGTTTGGTCGGATTAAGGT
GGCTCGTGCAATAAAAAAAAAGATGAACCATGTTTATGATTTGGTAACTTTCGCCTGTAA
GGGCTTTTAAAATTGAATGTACATGATCATTATCTTGCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 3

CO CL2563Contig1 1136 3 5 U
GGACGCCATCGTCACTCTCCCCTGCTCTGCTCCGTATACTGCAACAGCTTTTCCCCCTAA
AGAAACAATCAATCATCATGGTTAAAGGTCCAGGACTCTACACCGAAATCGGCAAAAAGG
CCAGAGATCTTCTGTACAAGGACTACCAAGGAGACCAGAAACTCAGCATCACCACTTACT
CTTCCACCGGTGTTGCAATCACTACCACTGGAACAAACAAGGGAGATTTGTTTGTGGGGG
ATGTATCTACCCAAGTCAAGAACAAGAACTTCACTGCTGATATCAAATTCGCCACTGACT
CTTCTCTGCTGACCACTTTCACCTATGATGAGGCCACCCCTGGTTTGAAGGCAATCGTCA
GCGCCAAGGTGCCTGATCAGAAATCTGGCAAGGTTGAGCTCCAGTATCTGCACGACTATG
CTGGTATCTGCACC*AGTGTTGGTTTGACAGCTAGCCCCATTGTCAATTTCTCCGGTGTG
GTTGGGAACGACGTCTTGGCTCTTGGTACCGATGTTTCCTTCAACACCCAGTCCGGCGAT
TTCAAGCATTTCAATGCTGGTTTCACCAAGGACGATTTGATCGCTTCTCTTACTCTGAAT
GACAAGGGTGACAAACTGAATGCGTCGTACTACCACACCGTGAACCCGTCGAGCAACACA
GTGGTTGGAGCTGAGGTTACACACAGCTTCACTACCCAAAAGAACGCCATAACCGTTGGT
GCTCAGCATGCTCTTGACCCATTGACCACAGTGAAGGCACGTGTGAACAATGATGGTTTA
GCCAACGCTTTGATCCAACACCAGTGGCGTCCAAAGTCGTTCATCACCATTTCTGGAGAG
GTTGACTCTAGGGCCATCGAGAAGAGTGCCAAGGTTGGGTTTGCTCTCGCTCTCAAGCCT
TGAGAAGAATCAAGCATCCAAATGAGGCCCTTGAGGAGGGGGTAGCTTAGTTTTTTTCAT
CTCCTTGGTTTTCTAATCTTTTGGACTAATCTATCTGCCTGATTTTGCTTTAAAAATCTT
TCATTTGTTTTTTTTGGTTTTCCTTGAATCGGTGTTGGGATTTGTATCAAATAAGAACGA
AAAAACTATTAAAAGGGTCGTCTTGAAGATGAACAATGCGAAACTCTTTCCTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH29TF U 1
AF RR1FW48JQ C 386
AF RR1FW48TF U 386
BS 1 489 RR1DH29TF
BS 490 490 RR1FW48TF
BS 491 565 RR1DH29TF
BS 566 1081 RR1FW48TF
BS 1082 1136 RR1FW48JQ

RD RR1DH29TF 572 0 0
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CCAGAGATCTTCTGTACAAGGACTACCAAGGAGACCAGAAACTCAGCATCACCACTTACT
CTTCCACCGGTGTTGCAATCACTACCACTGGAACAAACAAGGGAGATTTGTTTGTGGGGG
ATGTATCTACCCAAGTCAAGAACAAGAACTTCACTGCTGATATCAAATTCGCCACTGACT
CTTCTCTGCTGACCACTTTCACCTATGATGAGGCCACCCCTGGTTTGAAGGCAATCGTCA
GCGCCAAGGTGCCTGATCAGAAATCTGGCAAGGTTGAGCTCCAGTATCTGCACGACTATG
CTGGTATCTGCACC*AGTGTTGGTTTGACAGCTAGCCCCATTGTCAATTTCTCCGGTGTG
GTTGGGAACAACGTCTTGGCTCTTGGTACCGATGTTTCCTTCAACACCCAGTCCGGCGAT
TTCAAGCATTTCAATGCTGGTTTCA
GTTTCAC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1FW48JQ 751 0 0
G
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TACCGATGTTTCCTTCAACACCCAGTCCGGCGATTTCAAGCATTTCAATGCTGGTTTCAC
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GTACTACCACACCGTGAACCCGTCGAGCAACACAGTGGTTGGAGCTGAGGTTACACACAG
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CACAGTGAAGGCACGTGTGAACAATGATGGTTTAGCCAACGCTTTGATCCAACACCAGTG
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TGCCAAGGTTGGGTTTGCTCTCGCTCTCAAGCCTTGAGAAGAATCAAGCATCCAAATGAG
GCCCTTGAGGAGGGGGTAGCTTAGTTTTTTTCATCTCCTTGGTTTTCTAATCTTTTGGAC
TAATCTATCTGCCTGATTTTGCTTTAAAAATCTTTCATTTGTTTTTTT*GGTTTTCCTTG
AATCGGTGTTGGGATTTGTATCAAATAAGAACGAAAAAACTATTAAAAGGGTCGTCTTGA
AGATGAACAATGCGAAACTCTTTCCTAATT

QA 2 751 2 751
DS 

RD RR1FW48TF 696 0 0
G
GGCAAGGTTGAGCTCCAGTATCTGCACGACTATGCTGGTATCTGCACC*AGTGTTGGTTT
GACAGCTAGCCCCATTGTCAATTTCTCCGGTGTGGTTGGGAACGACGTCTTGGCTCTTGG
TACCGATGTTTCCTTCAACACCCAGTCCGGCGATTTCAAGCATTTCAATGCTGGTTTCAC
CAAGGACGATTTGATCGCTTCTCTTACTCTGAATGACAAGGGTGACAAACTGAATGCGTC
GTACTACCACACCGTGAACCCGTCGAGCAACACAGTGGTTGGAGCTGAGGTTACACACAG
CTTCACTACCCAAAAGAACGCCATAACCGTTGGTGCTCAGCATGCTCTTGACCCATTGAC
CACAGTGAAGGCACGTGTGAACAATGATGGTTTAGCCAACGCTTTGATCCAACACCAGTG
GCGTCCAAAGTCGTTCATCACCATTTCTGGAGAGGTTGACTCTAGGGCCATCGAGAAGAG
TGCCAAGGTTGGGTTTGCTCTCGCTCTCAAGCCTTGAGAAGAATCAAGCATCCAAATGAG
GCCCTTGAGGAGGGGGTAGCTTAGTTTTTTTCATCTCCTTGGTTTTCTAATCTTTTGGAC
TAATCTATCTGCCTGATTTTGCTTTAAAAATCTTTCATTTGTTTTTTTTGGTTTTCCTTG
AATCGGTGTTGGGATTTGTATCAAATAAGAACGAA

QA 2 696 2 696
DS 



AS 1 4

CO CL2564Contig1 680 4 8 U
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AATCCATGGCGGACGACGATTACCAAGATGTCGACGATTTGGGGTACGAGGACGAGCCAG
CGGAGCCGGAGATTGAGGAAGGAATAGAGGAGGATGCTGATATGAAGGAAAATGATGACG
TGGATGGTGAGCCTATTGAGGCAGAGGATAAGGCAGAGGAGGAAGCTGTGCCGCGTCCGC
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TCCAGATAAGCATGAATGCACCTGTGATGGTGGAGCTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTG
AGATCGCAATGAAGGAGCTTAGACAGCGTAAGATACCTTTCACGATCAGGCGTTACTTAC
CCGACGGGAGTTTTGAAGAATGGGGAGTGGATGAACTCATTGTGGAAGACTCGTGGAAAC
GTCAAGTCGGTGGTGATTAATCCATAAAATTGCTCTTATTATGTAGACCTTCTATGTTAT
TGTTATATGCAAGTGAATCAACCAAAAGTGGAAACAAATATTTTCTCTAGTGTTTCAAAT
TTTGTAACCTGCTTTAAACAAAGGTCATAAAACCTTTAATGTGATGATGTACGGTCTGTG
ACGTATCCAAATTCTCGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DM73TF U 1
AF RR1DM73JQ C 23
AF RR1BB68JQ C 38
AF RR1BB68TF U 38
BS 1 391 RR1DM73TF
BS 392 392 RR1BB68TF
BS 393 426 RR1DM73TF
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BS 607 607 RR1BB68TF
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BS 620 680 RR1BB68TF

RD RR1DM73TF 619 0 0
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AATCCATGGCGGACGACGATTACCAAGATGTCGACGATTTGGGGTACGAGGACGAGCCAG
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TCCAGATAAGCATGAATGCACCTGTGATGGTGGAGCTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTG
AGATCGCAATGAAGGAGCTTAGACAGCGTAATATACCTTTCACGATCAGGCGTTACTTAC
CCGACGTGAGTTTTGAAGAATGGGGAGTGGATGAACTCATTGTGGAAGACTCGTGGAAAC
GTCAAGTCGGTGGTGATTAATCCATAAAATTGCTCTTATTATGTAGACCTTCTATGTTAT
TGTTATATGCAAGTGAATCAACCAAAAGTGGAAACAAATATTTTCTCTAGTGTTTCAAAT
TTTGTAGCCTGCTTTAAAC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1DM73JQ 642 0 0
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AATAGAGGAGGATGCTGATATGAAGGAAAATGATGACGTGGATGGTGAGCCTATTGAGGC
AGAGGATAAGGCAGAGGAGGAAGCTGTGCCGCGTCCGCGTAAAACGTCCAAGTTCATGAC
CAAGTATGAGCGGGCTAGGATACTAGGCACTCGTGCTCTCCAGATAAGCATGAATGCACC
TGTGATGGTGGAGCTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAGATCGCAATGAAGGAGCTTAG
ACAGCGTAATATACCTTTCACGATCAGGCGTTACTTACCCGACGTGAGTTTTGAAGAATG
GGGAGTGGATGAACTCATTGTGGAAGACTCGTGGAAACGTCAAGTCGGTGGTGATTAATC
CATAAAATTGCTCTTATTATGTAGACCTTCTATGTTATTGTTATATGCAAGTGAATCAAC
CAAAAGTGGAAACAAATATTTTCTCTAGTGTTTCAAATTTTGTAGCCTGCTTTAAACAAA
GGTCATAAAACCTTTAATGTGATGATGTACGGTCTGTGACGT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1BB68JQ 643 0 0
GG
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TGGGGTACGAGGACGAGCCAGCGGAGCCGGAGATTGAGGAAGGAATAGAGGAGGATGCTG
ATATGAAGGAAAATGATGACGTGGATGGTGAGCCTATTGAGGCAGTGGATAAGGCAGAGG
AGGAAGCTGTGCCGCGTCCGCGTAAAACGTCCAAGTTCATGACCAAGTATGAGCGGGCTA
GGATACTAGGCACTCGTGCTCTCCAGATAAGCGTGAATGCACCTGTGATGGTGGAGCTGG
AGGGTGAGACTGATCCACTTGAGATCGCAATGAAGGAGCTTAGACAGCGTAAGATACCTT
TCACGATCAGGCGTTACTTACCCGACGGGAGTTTTGAAGAATGGGGAGTGGATGAACTCA
TTGTGGAAGACTCGTGGAAACGTCAAGTCGGTGGTGATTAATCCATAAAATTGCTCTTAT
TATGTAGACCTTCTATGTTATTGTTATATGCAAGTGAATCAACCAAAAGTGGAAACAAAT
ATTTTCTCTAGTGTTTCAAATTTTGTAACCTGCTTTAAACAAAGGTCATAAAACCTTTAA
TGTGATGATGTACGGTCTGTGACGTATCCAAATTCTCGGAC

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR1BB68TF 643 0 0
GG
ACGAGTGAAAATCTCAAATCAAATCCATGGCGGACGACGATTACCAAGATGTCGACGATT
TGGGGTACGAGGACGAGCCAGCGGAGCCGGAGATTGAGGAAGGAATAGAGGAGGATGCTG
ATATGAAGGAAAATGATGACGTGGATGGTGAGCCTATTGAGGCAGTGGATAAGGCAGAGG
AGGAAGCTGTGCCGCGTCCGCGTAAAACGTCCAAGTTCATGACCAAGTATGAGCGGGCTA
GGATACTAGGCACTCGTGCTCTCCAGATAAGCGTGAATGCACCTGTGATGGTGGAGCTGG
AGGGTGAGACTGATCCACTTGAGATCGCAATGAAGGAGCTTAGACAGCGTAAGATACCTT
TCACGATCAGGCGTTACTTACCCGACGGGAGTTTTGAAGAATGGGGAGTGGATGAACTCA
TTGTGGAAGACTCGTGGAAACGTCAAGTCGGTGGTGATTAATCCATAAAATTGCTCTTAT
TATGTAGACCTTCTATGTTATTGTTATATGCAAGTGAATCAACCAAAAGTGGAAACAAAT
ATTTTCTCTAGTGTTTCAAATTTTGTAACCTGCTTTAAACAAAGGTCATAAAACCTTTAA
TGTGATGATGTACGGTCTGTGACGTATCCAAATTCTCGGAC

QA 3 643 3 643
DS 



AS 1 4

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ATACGCCAAGCAGGAAGATGACAGTGCCCTCCTCCGTTTCCTGCAATGCAAATTTGGGAA
AGGACGAGAGAACGGTCCTGAATTTTTCTACGATCCCAAATACGCGTTGCGCCTGTGTCT
CAAGGAGAAGAGAACTCGTGCTTGTGTCCATATATACAGCATGATGTCTATGCATGAAGA
GGCGGTGGCCCTTGCTCTTCAGATTGACCCAGAACTTGCTATGGCTGAGGCTGATAAGGT
TGAAGATGATGAAGACTTGAGAAAGAAGCTGTGGCTGATGGTTGCTAAGCATGTCGTCAA
ACAGGAAAAGGGAGCGAAAAGGGAAAACATAAGGAAAGCGATTGCCTTTCTCAAGGAAAC
TGATGGACTTCTAAAGATTGAAGATATTTTGCCATTCTTTCCGGACTTTGCCTTAATTGA
TGATTTCAAGGAAGCGATTTGCTCATCTCTGGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAATT
GAAAGAGGAGATGAATGATGCCACACGTGGTGCAGATAATATTAGAAATGACATCAGTGC
CCTAACTCAAAGATATGCTGTAATCGACCGTGAAGAGGAATGCGGGGTTTGTAAACGTAA
AATCTTGACGATGACCGGGGATTTCAGAATGGCTCAGGGATATACTTCATCCGGACCACT
GGCTCCTTTTTATGTTTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCGCAGTGCTTGATTACACA
CGTCACAAGCTGTGCACACGAGGAGCAAGCCGAGCATATACTCGATCTGCAAAAGCAGCT
GACATTGCTTGGTAGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAATCGATCTGATGAACCTGT
AACTAGCACAACTACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATCGCCAGCGA
ATGCCCCTTCTGTGGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATCAAACCTGA
GGAAACACAACACTCTGTTTCATGGGACCTCCGACCACAGACCAACTTAGCAAACCAGAG
GACCATTTCTTTACCTGTTTGATTTGTGTAACACCGTGATAGCTTTGGAGTTGTGAATGT
GATTTTGAGTGCGAATGTAATATAATTATTAAACATGCTTCTTGAGATACATACAATAAG
TTTGATACCTACTTGTAACTCTATATCTAAATGCTCTCTTGACTTATCTCAATCTGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1AK52TF U 1
AF RR1A830TF U 19
AF RR1A830JQ C 465
AF RR1AK52JQ C 491
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BS 1249 1259 RR1A830JQ

RD RR1AK52TF 851 0 0
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GGCGGTGGTCCTTGCTCTTCAGATTGACCCAGAACTTGCTATGGCTGAGGCTGGTAAGGT
TGAAGATGATGAAGACTTGAGAAAGAAGCTGTGGCTGATGGTTGCTAAGCATGTCGTCAA
ACAGGAAAAGGGAGCGAAAAGGGAAAACATAAGGAAAGCGATTGCCTTTCTCAAGGAAAC
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TGATTTCAAGGAAGCGATTTGCTCATCTCTGGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAATT
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CCTAACTCAAAGATATGCTGTAATCGACCGTGAAGAGGAATGCGGGGTTTGTAAACGTAA
AATCTTGACGATGACCGGGGATTTCAGAATGGCTCAGGGATATACTTCATCCGGACCACT
GGCTCCTTTTTATGTTTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCGCAGTGCTTGATTACACA
CGTCACAAGCTGTGCACACGAGGAGCAAGCCGAGCATATACTCGATCTGCAAA*GCAGCT
GACATTGCTTG

QA 1 851 1 851
DS 

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TGACAGTGCCCTCCTCCGTTTCCTGCAATGCAAATTTGGGAAAGGACGAGAGAACGGTCC
TGAATTTTTCTACGATCCCAAATACGCGTTGCGCCTGTGTCTCAAGGAGAAGAGAACTCG
TGCTTGTGTCCATATATACAGCATGATGTCTATGCATGAAGAGGCGGTGGCCCTTGCTCT
TCAGATTGACCCAGAACTTGCTATGGCTGAGGCTGATAAGGTTGAAGATGATGAAGACTT
GAGAAAGAAGCTGTGGCTGATGGTTGCTAAGCATGTCGTCAAACAGGAAAAGGGAGCGAA
AAGGGAAGACATAAGGAAAGCGATTGCCTTTCTCAAGGAAACTGATGGACTTCTAAAGAT
TGAAGATATTTTGCCATTCTTTCCGGACTTTGCCTTAATTGATGATTTCAAGGAAGCGAT
TTGCTCATCTCTGGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAATTGAAAGAGGAGATGAATGA
TGCCACACGTGGTGCAGATAATATTAGAAATGACATCAGTGCCCTAACTCAAAGATATGC
TGTAATCGACCGTGAAGAGGAATGCGGGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGACGATGACCGG
GGATTTCAGAATGGCTCAGGGATATACTTCATCCGGACCACTGGCTCCTTTTTATGTTTT
TCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCGCAGTGCTTGATTACACACGTCACAAGCTGTGCACA
CGAGGAGCAAGCCGAGCATATACTCGATCTGCAAAAGCAGCTGACATTGCTTG
GTAGC

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR1A830JQ 795 0 0
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AGCAAATAGAACAATTGAAAGAGGAGATGAATGATGCCACACGTGGTGCAGATAATATTA
GAAATGACATCAGTGCCCTAACTCAAAGATATGCTGTAATCGACCGTGAAGAGGAATGCG
GGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGACGATGACCGGGGATTTCAGAATGGCTCAGGGATATA
CTTCATCCGGACCACTGGCTCCTTTTTATGTTTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCGC
AGTGCTTGATTACACACGTCACAAGCTGTGCACACGAGGAGCAAGCCGAGCATATACTCG
ATCTGCAAAAGCAGCTGACATTGCTTGGTAGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAATC
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ATGCTATCGCCAGCGAATGCCCCTTCTGTGGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGC
CTTTTATCAAACCTGAGGAAACACAACACTCTGTTTCATGGGACCTCCGACCACAGACCA
ACTTAGCAAACCAGAGGACCATTTCTTTACCTGTTTGATTTGTGTAACACCGTGATAGCT
TTGGAGTTGTGAATGTGATTTTGAGTGCGAATGTAATATAATTATTAAACATGCTTCTTG
AGATACATACAATAAGTTTGATACCTACTTGTAACTCTATATCTAAATGCTCTCTTGACT
TATTTCAATCTGAAA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1AK52JQ 769 0 0
GAAGCGATTTGCTCATCTCTGGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAATTGAAAGAGGAG
ATGAATGGTGCCACACGTGGTGCAGATAATATTAGAAATGACATCAGTGCCCTAACTCAA
AGATATGCTGTAATCGACCGTGAAGAGGAATGCGGGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGACG
ATGACCGGGGATTTCAGAATGGCTCAGGGATATACTTCATCCGGACCACTGGCTCCTTTT
TATGTTTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCGCAGTGCTTGATTACACACGTCACAAGC
TGTGCACACGAGGAGCAAGCCGAGCATATACTCGATCTGCAGAAGCAGCTGACATTGCTT
GGTAGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAATCGATCTGATGAACCTGTAACTAGCACA
ACTACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATCGCCAGCGAATGCCCCTTC
TGTGGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATCAAACCTGAGGAAACACAA
CACTCTGTTTCATGGGACCTCCGACCACAGACCAACTTAGCAAACTAGAGGACCATTTCT
TTACCTGTTTGATTTGTGTAACACCGTGATAGCTTTGGAGTTGTGAATGTGATTTTGAGT
GCGAATGTAATATAATTATTAAACATGCTTCTTGAGATACATACAATAAGTTTGATACCT
ACTTGTAACTCTATATCTAAATGCTCTCTTGACTTATCTCAATCTGAAA

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 4

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GGAGGTAGAAGATGTTGGGAATTTTCAGCGGAGCCATAGTATCGCTACCGGAAGAGCTGG
TTGCGGCCGGCAGTCGAACTCCTTCTCCAAAGACAACCGGGTCGGCTCTAGTTAACAAGT
TCGTCGAGAAAAATCCATCCGCGGTGTCCGTACAAGTCGGCGACTATGTGCAGCTTGCCT
ATACCCACCACAAAGAGAGTCCTCTCC*GGCCAAGGTCATTTGGGGCTAAGGATGAGATA
TTCTGTTTGTTCCAAGGCTCCCTTGACAACCTAGGAAGCTTGAAGCAGCAATATGGGCTT
GCAAAAAATGCAAACGAGGTTCTCTTGGTCATCGAGGCTTACAAGACTCTCCGTGACAGA
GCTCCTTACCCGGCTAACCACGTTGTGTCACACCTAAGTGGCGATTTCGCCTTTGTGGCC
TTTGATAAATCAACCTCCACTCTGTTTGTAGCCTCTGACCAAGTTGGTAAGGTTCCATTG
TATTGGGGGATAACAGCTGATGGATATGTGGCATTTGCTGATGATCTTGATTTGCTAAAA
GGTGCTTGTGGAAAATCTCTTGCTTCTTTCCCTCAAGGATGCTTTTACTCAACTGCGTTA
GGTGGGCTTAGGAGCTTTGAGAACCCTAAGAATAAGATCACAGCCATTCCTGCTAAAGAG
GAAGAAATTTGGGGAGCTACCTTCAAGGTGGAAGGAGCAACAGTTCTTGCAGATTGAGAA
TGAGAACTCTTAACAGAAAAAAAAAATAATGATGTAGAAAAAAAAAGAAGCTGTTCAATG
AGCTTTAAAGCTATCAATGGTTGGTGATGATGTGTGTAGTGATGTATCTCTCCCTTTGTC
TTTTGCTTCTTTGTACAGCCAATGTCTGTCTCTTCTGGTGTTTTTAGTATCTTCGTGCCA
ATAAATTTGCTTTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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C

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DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR1CY71JQ U 213
AF RR1A928JQ U 1
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AC
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GAGACACAGAAGAATATAAGATTAGAAAGAAAAGGATAATGCCAACAGCTCCTTCTGATG
TTTTAAGCTCGTTGTATAAAAAGCATCTGAGTTCTTCCAAAGCTCGTCCTGCTTCTGCAG
CATCACTGTCTTTCCTTTTGAGAAATTTTCTTGCATCTTTTCTAAACAAGGAATCAACCA
GACCCATCATACACACACACACACAAAATTTAT

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1A928TF 884 0 0
GAAATGCGGTTCTG
TCTGATCATAGATGATGAATACAAAAAAGTGAAGCAGAAGCAAAGTAATACACTTCAAGA
CTAAGCAACGAACCAAAAGACTAACCCGAGTGCGAATGCACCAGACGATTGGAGAAGAAA
ACCAAGAAGAGCCGAGACGAGGATTGCAAATCCAGCAAAAACCTTTGTGGAAGAAATGGT
TTTCTTGAAGAGTACAAACTCTGCAAGGACGATGGTTGGTGTCACAACGATCTTAGCCAT
CTGGTAGAAACCAACACTGTTGTGTTTGAGGCTGGTATTGGCGAGACCAGAAGCAAAGGC
CATGACAGCTCCAAGAGAGAAAAGAAAGGAGAAAGGTGTGCTCTTTGATGGAGGAGACAT
AGGAAGAAGTGAGAGAGATTTGAAAAAAGCTAGAAGAATCCAAGCAACGGCATAGTGAAT
CCAACTCTTCCCATCACCTGCAAAAAAACAAAAGTTTTAATAACAGAGAGACACAGAAGA
ATATAAGATTAGAAAGAAAAGGATAATGCCAACAGCTCCTTCTGATGTTTTAAGCTCGTT
GTATAAAAAGCATCTGAGTTCTTCCAAAGCTCGTCCTGCTTCTGCAGCATCACTGTCTTT
CCTTTTGAGAAATTTTCTTGCATCTTTTCTAAACAAGGAATCAACCAGACCCATCATACA
CACACACACACAAAATTTATAAAAAAAAATGAAAATTTTACAATCCTTTGGGGATCGATC
AATCAATCTCTGATTGTTTCAAGGCTTGTTATGAGAAACCCAGATCACATTTCTCATTTC
GATTGAAAATCAAATTTTGTTTTTTTTGTCTGAAGAAGCCGAGAAAGAGAAGAGATGGAT
TTGAGAGAGAGAAGATACATCGACATCTCC

QA 15 884 15 884
DS 



AS 2 4

CO CL2568Contig1 620 2 2 U
GGCTCGGAGAAATCACGGAGGATGAGCTCAAGCAGTACGACGGCTCCGATTCCGAAAAGC
CCCTCCTCATGGCGATCAAACGCCAGATCTACGACGTTTCCCAGAGCAGGGTGTTCTATG
GACCAGGTGGACCATATGCTTTGTTTGCGGGGAAAGATGCGAGCCGAGCTTTGGCGAAGA
TGTCCTTTGAGGAGAATGATTTGACCGGAGACATCTCGGGTCTCGGTCCTTTTGAGCTAG
ATGCGTTGCAAGACTGGGAATACAAGTTCATGAGCAAGTATGTCAAAGTCGGGACCATTC
TGAAGAAGGATGGACAAGGCGAAGAAAGTACAGAAGAACCTTCTACCAACACTACTGGAT
AAGAAGCTTCCATTGGCGGCGAAACTTCTACAAGCGTAGAGGAGCGAACTGCAGAAACCA
TCGAGAAGAAGGATGTCGCAAATGGCGATGCTGCAAAGGAAGATTAGTGAGAGACTTTTA
AGGGGTTTTAAGTTATATATATATATGTAGCTCAATGTGGAAGAAGGAAGCTCAATAGAT
TAAAAAAATGTAGACTGTGTGTACCTTTTGGATCTTATATTTGACATCTAATTCTGGTTA
TAAATTGTTTCTGTTTTTAG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F360JQ C 1
AF RR1F360TF U 1
BS 1 1 RR1F360JQ
BS 2 620 RR1F360TF

RD RR1F360JQ 620 0 0
GGCTCGGAGAAATCACGGAGGATGAGCTCAAGCAGTACGACGGCTCCGATTCCGAAAAGC
CCCTCCTCATGGCGATCAAACGCCAGATCTACGACGTTTCCCAGAGCAGGGTGTTCTATG
GACCAGGTGGACCATATGCTTTGTTTGCGGGGAAAGATGCGAGCCGAGCTTTGGCGAAGA
TGTCCTTTGAGGAGAATGATTTGACCGGAGACATCTCGGGTCTCGGTCCTTTTGAGCTAG
ATGCGTTGCAAGACTGGGAATACAAGTTCATGAGCAAGTATGTCAAAGTCGGGACCATTC
TGAAGAAGGATGGACAAGGCGAAGAAAGTACAGAAGAACCTTCTACCAACACTACTGGAT
AAGAAGCTTCCATTGGCGGCGAAACTTCTACAAGCGTAGAGGAGCGAACTGCAGAAACCA
TCGAGAAGAAGGATGTCGCAAATGGCGATGCTGCAAAGGAAGATTAGTGAGAGACTTTTA
AGGGGTTTTAAGTTATATATATATATGTAGCTCAATGTGGAAGAAGGAAGCTCAATAGAT
TAAAAAAATGTAGACTGTGTGTACCTTTTGGATCTTATATTTGACATCTAATTCTGGTTA
TAAATTGTTTCTGTTTTTAG

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1F360TF 620 0 0
G
GCTCGGAGAAATCACGGAGGATGAGCTCAAGCAGTACGACGGCTCCGATTCCGAAAAGCC
CCTCCTCATGGCGATCAAACGCCAGATCTACGACGTTTCCCAGAGCAGGGTGTTCTATGG
ACCAGGTGGACCATATGCTTTGTTTGCGGGGAAAGATGCGAGCCGAGCTTTGGCGAAGAT
GTCCTTTGAGGAGAATGATTTGACCGGAGACATCTCGGGTCTCGGTCCTTTTGAGCTAGA
TGCGTTGCAAGACTGGGAATACAAGTTCATGAGCAAGTATGTCAAAGTCGGGACCATTCT
GAAGAAGGATGGACAAGGCGAAGAAAGTACAGAAGAACCTTCTACCAACACTACTGGATA
AGAAGCTTCCATTGGCGGCGAAACTTCTACAAGCGTAGAGGAGCGAACTGCAGAAACCAT
CGAGAAGAAGGATGTCGCAAATGGCGATGCTGCAAAGGAAGATTAGTGAGAGACTTTTAA
GGGGTTTTAAGTTATATATATATATGTAGCTCAATGTGGAAGAAGGAAGCTCAATAGATT
AAAAAAATGTAGACTGTGTGTACCTTTTGGATCTTATATTTGACATCTAATTCTGGTTAT
AAATTGTTTCTGTTTTTAG

QA 2 620 2 620
DS 



CO CL2568Contig2 822 2 3 U
GGGGGCTCTCTCACCGATCTCTGCGTGAATGATGGTGGTCCAACTATGGGAGACCCTCAA
GGAAACCATTACAGCTTACACTGGACTTTCTCCCGCCGCGTTTTTCACCGTCTTAGCCCT
CGCTTTCGCCGTCTACCAAGTCGTCTCCGGTTTCTTCGCCTCTCCCGAGGAACACCGCCC
GCGTTCCACGGAGGTACACCCGCCTCCTCCGCCGCCGGTTCAGCTCGGAGAAATCACTGA
GGAGGAGCTTAAGCAGTACGACGGCTCCGATTCCGAAAAGCCCCTCCTCATGGCGATCAA
AGGCCAGATCTACGATGTTTCCCAGAGCAGGGTGTTCTATGGACCAGGTGGACCATACGC
TTTGTTTGCGGGGAAAGATGCGAGCCGAGCTTTGGCGAAGATGTCCTTTGAGGAGAATGA
TTTGACCGGAGACATCTCGGGTCTCGGTCCTTTTGAGCTAGATGCGTTGCAAGACTGGGA
ATACAAGTTCATGAGCAAGTATGTCAAAGTCGGGACCATTCTGAAGAAGGATGGACAAGG
CGGAGAAAGTAAAGAGGAACCTTCTACGAACACTACTGGAGAAGAAGCTTCCGTTGGCGG
CGAAGCTTCGACAAGCGTAGAGGAGGGAACTGCAGAAGCCATCGAGAAGAAGGATGTCGC
AAATGGTGATGCTGCAAAGGAAGATTAGTGAGAGACTTTTAAGGGGTTTTAAGTTATATA
TATATATAGCTCAATGTGGAAGAAGGCAGCTCAATAAATGAAAAAAAGAAATGTAGACTG
TGTGTACTTTTTGGATCTTTTATTTTACATCTAATTCTGGTT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE87TF U 4
AF RR1GE87JQ C 1
BS 1 3 RR1GE87JQ
BS 4 647 RR1GE87TF
BS 648 822 RR1GE87JQ

RD RR1GE87TF 644 0 0
GGCTCTCTCACCGATCTCTGCGTGAATGATGGTGGTCCAACTATGGGAGACCCTCAAGGA
AACCATTACAGCTTACACTGGACTTTCTCCCGCCGCGTTTTTCACCGTCTTAGCCCTCGC
TTTCGCCGTCTACCAAGTCGTCTCCGGTTTCTTCGCCTCTCCCGAGGAACACCGCCCGCG
TTCCACGGAGGTACACCCGCCTCCTCCGCCGCCGGTTCAGCTCGGAGAAATCACTGAGGA
GGAGCTTAAGCAGTACGACGGCTCCGATTCCGAAAAGCCCCTCCTCATGGCGATCAAAGG
CCAGATCTACGATGTTTCCCAGAGCAGGGTGTTCTATGGACCAGGTGGACCATACGCTTT
GTTTGCGGGGAAAGATGCGAGCCGAGCTTTGGCGAAGATGTCCTTTGAGGAGAATGATTT
GACCGGAGACATCTCGGGTCTCGGTCCTTTTGAGCTAGATGCGTTGCAAGACTGGGAATA
CAAGTTCATGAGCAAGTATGTCAAAGTCGGGACCATTCTGAAGAAGGATGGACAAGGCGG
AGAAAGTAAAGAGGAACCTTCTACGAACACTACTGGAGAAGAAGCTTCCGTTGGCGGCGA
AGCTTCGACAAGCGTAGAGGAGGGAACTGCAGAAGCCATCGAGA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1GE87JQ 822 0 0
GGGGGCTCTCTCACCGATCTCTGCGTGAATGATGGTGGTCCAACTATGGGAGACCCTCAA
GGAAACCATTACAGCTTACACTGGACTTTCTCCCGCCGCGTTTTTCACCGTCTTAGCCCT
CGCTTTCGCCGTCTACCAAGTCGTCTCCGGTTTCTTCGCCTCTCCCGAGGAACACCGCCC
GCGTTCCACGGAGGTACACCCGCCTCCTCCGCCGCCGGTTCAGCTCGGAGAAATCACTGA
GGAGGAGCTTAAGCAGTACGACGGCTCCGATTCCGAAAAGCCCCTCCTCATGGCGATCAA
AGGCCAGATCTACGATGTTTCCCAGAGCAGGGTGTTCTATGGACCAGGTGGACCATACGC
TTTGTTTGCGGGGAAAGATGCGAGCCGAGCTTTGGCGAAGATGTCCTTTGAGGAGAATGA
TTTGACCGGAGACATCTCGGGTCTCGGTCCTTTTGAGCTAGATGCGTTGCAAGACTGGGA
ATACAAGTTCATGAGCAAGTATGTCAAAGTCGGGACCATTCTGAAGAAGGATGGACAAGG
CGGAGAAAGTAAAGAGGAACCTTCTACGAACACTACTGGAGAAGAAGCTTCCGTTGGCGG
CGAAGCTTCGACAAGCGTAGAGGAGGGAACTGCAGAAGCCATCGAGAAGAAGGATGTCGC
AAATGGTGATGCTGCAAAGGAAGATTAGTGAGAGACTTTTAAGGGGTTTTAAGTTATATA
TATATATAGCTCAATGTGGAAGAAGGCAGCTCAATAAATGAAAAAAAGAAATGTAGACTG
TGTGTACTTTTTGGATCTTTTATTTTACATCTAATTCTGGTT

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 4

CO CL2569Contig1 644 4 1 U
GGGAAACATCTAATTTAATGGAGTCATCTTCTTCTCTCCTTCACCACTCTTACCTCTCTT
ACTTCAATCCTCCAAAACTTAGAAAGCCTTCACTTTCTTATCCATCAATGCAGAAATTTC
GAAATCGCAAACCAACTCGCATTTGTTCTAACAAGATGTACGTTCCCGGCTTTGGAGAAG
CTTCACCGGAGGCTAAGGCAGCGAAGCATCTGCATGACTTTTTTACTTATGTTGCAGTGA
GGATAGTGTCTGCTCAGCTTGAGAGTTATAACCCTGAGGCGTATATGGAGTTAAGAGAAT
TCTTAGACACAAACTCTGTTAGTGACGGTGATAAGTTCTGTGCTGCTCTCATGCGTCGAT
CTTCACGTCACATGAACTTAGCCCTTCGAATTTTAGAGGTACGGTCTGCTTACTGTAAAA
ACGATTTCGAATGGGACAAGTTACAGCGCCTCGCGTTCAAGAATGTGGATAGATCCAACA
CAAAACTCATGCGTGGATACGTCTTGGAGACTAGCCATGTTGAAACTGATCCAGATAAGT
GAAAGCTCAGAGTATACACACATGAAACCGTTTGTACATACACATAAGTATATATACCAT
TGTTCTTGTTAAACTCAGGGTTTTAATCATAGACTATTTGCTTG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1BR41JQ C 1
AF RR1CG92JQ C 1
AF RR1BR41TF U 1
AF RR1CG92TF U 1
BS 1 644 RR1BR41TF

RD RR1BR41JQ 644 0 0
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TGTTCTTGTTAAACTCAGGGTTTTAATCATAGACTATTTGCTTG

QA 1 644 1 644
DS 

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QA 1 644 1 644
DS 

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TGTTCTTGTTAAACTCAGGGTTTTAATCATAGACTATTTGCTTG

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1CG92TF 644 0 0
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TGTTCTTGTTAAACTCAGGGTTTTAATCATAGACTATTTGCTTG

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 3

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CAGTGGATGGCACCGAAGAAGAAACCAAGGATGAATAATAACCAACCAATGCCTATGCCA
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TAGTTGGAGACACCTTGAAACGGCGGAAGATGAGGAGGCTGCTGGTGTTGATAATCAGTC
GCAACTGATCTGTTTTTCTCGTCTTCTGCGCTGCCGCTAGTCATCTCTCTTTTTAGATCA
ATAAACAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV56JQ U 1
AF RR1D476JQ U 69
AF RR1D476TF C 69
BS 1 145 RR1GV56JQ
BS 146 148 RR1D476JQ
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RD RR1GV56JQ 395 0 0
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ATCTTTATGTAAAACACACATGTACAATCTTCTTTTGCAGCAACAGTATATCAAACGCCC
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AAAAA

QA 1 390 1 390
DS 

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G
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AA

QA 2 663 2 663
DS 

RD RR1D476TF 663 0 0
G
CACACAAAGCATATATATAATT*AACAAAGACATTACTATGGTTTGGAGACGAACATTTT
TGGTAAGTAAACAAATTATGCCATGGTCGACTGTAAACCTTTTTTT**CAAATCTTTATG
TAAAACACACATGTACAATCTTCTTTTGCAGCAACAGTATATCAAACGCCCTAACCGGTC
TCTACCGGATTAAGAGCAGTCACTTCTTCATTTTACTACCAGGCCCCTGATCCTCTTGTG
GCTCCAAGAACGATGATAACCGTAGCAATAACAGATGCAATTGCGCAAGCTATGTATCCA
GGCCTCTCACGCGGGTTTTTAGAGAACAGAAAAAGGAAAAAGCCGATGTACCAGTGGATG
GCACCGAAGAAGAAACCAAGGATGAATAATAACCAACCAATGCCTATGCCACAACAAGGA
AGACGATCGTACTCTGTTACTCCATTAACAGCATAACCGGAGACGTAGGGCTGAGCCGGC
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ACACCTTGAAACGGCGGAGGATGAGGAGGCTGCTGGTGTTGATAATCAGTCGCAACTGAT
CTGTTTTTCTCGTCTTCTGCGCTGCCGCTAGTCATCTCTCTTTTTAGATCAAT
AAACAAAAA

QA 2 654 2 654
DS 



AS 1 4

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ATCTCACAACCTTAAACAAGAACAAAAACGCAGAGTGTCTAGCCGACGAACTAGCCGATC
AATTCAAGAACAAACCATGCACCAACGACACCGGCTCAGCCACAGTGCCTGGAACCGAAC
CACAGTTCTCAGATTACCCCAACATTCTAGCTAAACGCCACTTAAACGTCTCAGACACAA
GAGACGGCTCTATTATGCCCGCGTGTGTTCCTCGTCTAGAGTCAAGCCTCGTCCTCACAA
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ACTTGCTTGCTTTCACGTTGTCCTTCTGTTTCTTCCTCTGTTGATGAGAGTGACACCTAC
CACACATGTTATGAGTTTTTTTTTTGT**CTCAAGAATAATTTTTGCTTATGTTATTTAC
TAAATTTCTTTAAAGTTTTTATACATATTAAAAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A831TF U 1
AF RR1DS59TF U 36
AF RR1CC93TF U 83
AF RR1DS59JQ C 133
BS 1 108 RR1A831TF
BS 109 109 RR1DS59TF
BS 110 335 RR1A831TF
BS 336 336 RR1DS59TF
BS 337 398 RR1A831TF
BS 399 399 RR1DS59TF
BS 400 405 RR1A831TF
BS 406 406 RR1DS59TF
BS 407 462 RR1A831TF
BS 463 463 RR1DS59TF
BS 464 683 RR1A831TF
BS 684 685 RR1DS59TF
BS 686 713 RR1A831TF
BS 714 756 RR1DS59JQ

RD RR1A831TF 714 0 0
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AGCTTCCTCTTCTTCTCCTTCTCTCAGTCATCATTCTCTTCCTCAGTCTCCCTGTGCTCA
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ATTCTCCAGCTACAAAACAGGATTCAAGTGGTTTCATCTTTAGTATTGGCCTCTTTAATT
ACTTGCTTGCTTTCACGTTGTCCTTCTGTTTCTTCCTCTGTTGATGAGAGTGACACCTAC
CACACATGTTATGAGTTTTTTTT**GT**CTCAAGAATAATTTTTGCTTATGT
T

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1DS59TF 678 0 0
GG
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CTTCCTCAGTCGCCCTGTGCTCAGCGACACTGATGAAGAGGACGTCCTTTTCACAGGCAT
CAACAGCTACAGAACATCACAGAATCTCACAACCTTAAACAAGAACAAAAACGCAGAGTG
TCTAGCCGACGAACTAGCCGATCAATTCAAGAACAAACCATGCACCAACGACACCGGCTC
AGCCACAGTGCCTGGAACCGAACCACAGTTCTCAGATTACCCCAACATTCTAGCTAAACG
CCACTTAAACGTCTCAGACACAAGAGACGGCTCTATTATGCCCGCGTGTGTTCCTCGTCT
AGAGTCAAGCCTCGTCCTCACAAACTTCACCAAGTCGCAATACTCCATGAGTTTGAACGA
TACCAAGTATACAGGGATGGGGATTGGTAAGGAAGATGATTGGATCGTTGTGGTTCTCAC
CACCAGCACACCTGAAGGAAACTATTCTCCAGCTACAAAACAGGATTCAAGTGGTTTCAT
CTTTAGTATTGGCCTCTTTAATTACTTGCTTGCTTTCACGTTGTCCTTCTGTTTCTTCCT
CTGTTGATGAGAGTGACACCTACCACACATGTTATGAGTTTTTTTTTTGT**CTCAAGAA
TAATTTTTGCTTATGT

QA 3 678 3 678
DS 

RD RR1CC93TF 623 0 0
GG
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TTTTCATAGGCATCAACAGCTACAGAACATCACAGAATCTCACAACCTTAAACAAGAACA
AAAACGCAGAGTGTCTAGCCGACGAACTAGCCGATCAATTCAAGAACAAACCATGCACAA
ACGACACCGGCTCAGCCACAGTGCCTGGAACCGAACCACAGTTCTCAGATTACCCCAACA
TTCTAGCTAAATGCCACTTAAACGTCTCAGACACAAGAGACGGCTCTATTATGCCCGCGT
GTGTTCCTCGCCTAGAGTCAAGCCTCGTCCTCACAAACTTCACCAAGTCGCAATACTCCA
TGAGTTTGAACGATACCAAGTATACAGGGATGGGGATTGGTAAGGAAGATGATTGGATCG
TTGTGGTTCTCACCACCAGCACACCTGAAGGAAACTATTCTCCAGCTACAAAACAGGATT
CAAGTGGTTTCATCTTTAGTATTGGCCTCTTTAATTACTTGCTTGCTTTCACGTTGTCCT
TCTGTTTCTTCCTCTGTTGATGAGAGTGACACCTACCACACATGTTATGAGTTTTTTTTT
TTTTTCTCAAGAATAATTTTT

QA 3 623 3 623
DS 

RD RR1DS59JQ 624 0 0
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TAAACAAGAACAAAAACGCAGAGTGTCTAGCCGACGAACTAGCCGATCAATTCAAGAACA
AACCATGCACCAACGACACCGGTTCAGCCACAGTGCCTGGAACCGAACCACAGTTCTCAG
ATTACCCCAACATTCTAGCTAAACGCCACTTAAACGTTTCAGACACAAGAGACGGCTTTA
TTATGCCCGCGTGTGTTCCTCGTCTAGAGTCAAGCCTCGTCCTCACAAACTTCACCAAGT
CGCAATACTCCATGAGTTTGAACGATACCAAGTATACAGGGATGGGGATTGGTAAGGAAG
ATGATTGGATCGTTGTGGTTCTCACCACCAGCACACCTGAAGGAAACTATTCTCCAGCTA
CAAAACAGGATTCAAGTGGTTTCATCTTTAGTATTGGCCTCTTTAATTACTTGCTTGCTT
TCACGTTGTCCTTCTGTTTCTTCCTCTGTTGATGAGAGTGACACCTACCACACATGTTAT
GAGTTTTTTTTTTGT**CTCAAGAATAATTTTTGCTTATGTTATTTACTAAATTTCTTTA
AAGTTTTTATACATATTAAAAGGC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 4

CO CL2572Contig1 815 4 5 U
GGACAAGAAACAGAGGACAAGTAACCTATTCCAAGAAACAAAGTAACATGGACTCACGAG
CCTTGCCCTTCTCCGTTCTCGTCATCCTCATCGCAGCCACGACTTTAGCCAGCGGCTACT
CTCCTCCTCCTCCTCATCCTCCAACCACCGTATACCCCGCCGCGAAAACCGTAGAAGCCG
CAGTTGAAGGAATGGTGTACTGTCAATCCTGCGACAAGTTCGGATCATGGTCCTTGGCCG
GAGCAGAAGCCATAGCCGGAGCTAAGATCAGCGTCATCTGCAAGAACCACAGGCAACAAG
TGAGCTTCTACAAAGTCTTCCAAACTGATTCCTACGGCCACTTCTACGGCGAGCTCAAAG
GATTCAAAATGACTCTGCATTTCTTGGACCATCCTCTCCACGCTTGCCGCGCCAAGCTCG
TCTCTTCTCCTCGCGAGGACTGCAATCTCTTCTCCAACATTAACAACGCTCTCGACGGTG
CGACGCTCCGGTACGAAGAGAAGAGGCTCAAGTGGACAAACTACGAGGCTGTGGTTTACG
CCGCTGGTCCGTTGGCTTTCCGTCCTGACCATTGTCCCGAGAGTACTGCTCCACCACCTA
CTTACTGATTCGTGTTTTGGTGTTTGAAAGATCATCATCATATATACTATTTTTACATAA
TGTTATTGAGTTGGTTCTTCCCCTTTTCACGGTTTGTCAATGGTTTGTAAAATGAGTTAC
GGGTTGAGTAATGGGAATCTTGTGACTCGTTTGTATCGAACTTACTCAGTTTAATTTATG
TATAATCATTAGCCATATGTCAAAAACACTATAAC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK66TF U 1
AF RR1EM08TF U 3
AF RR1EM08JQ C 88
AF RR1CK66JQ C 477
BS 1 111 RR1CK66TF
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RD RR1CK66TF 656 0 0
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CCTTGCCCTTCTCCGTTCTCGTCATCCTCATCGCAGCCACGACTTTAGCCAACGGCTACT
CTCCTCCTCCTCCTCATCCTCCAACCACCGTATACCCCGCCGCGAAAACCGTAGAAGCCG
CAGTTGAAGGAATGGTGTACTGTCAATCCTGCGACAAGTTCGGATCATGGTCCTTGGCCG
GAGCAGAAGCCATAGCCGGAGCTAAGATCAGCGTCATCTGCAAGAACCACAGGCAACAAG
TGAGCTTCTACAAAGTCTTCCAAACTGATTCCTACGGCCACTTCTACGGCGAGCTCAAAG
GATTCAAAATGACTCTGCATTTCTTGGACCATCCTCTCCACGCTTGCCGCGCCAAGCTCG
TCTCTTCTCCTCGCGAGGACTGCAATCTCTTCTCCAACATTAACAACGCTCTCGACGGTG
CGACGCTCCGGTACGAAGAGAAGAGGCTCAAGTGGACAAACTACGAGGCTGTGGTTTACG
CCGCTGGTCCGTTGGCTTTCCGTCCTGACCATTGTCCCGAGAGTACTGCTCCACCACCTA
CTTACTGATTCGTGTTTTGGTGTTTGAAAGATCATCATCATATATACTATTTT
ACA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1EM08TF 657 0 0
GG
AAGAAACAGAGGACAAGTAACCTATTCCAAGAAACAAAGTAACATGGACTCACGAGCCTT
GCCCTTCTCCGTTCTCGTCATCCTCATCGCAGCCACGACTTTAGCCAGCGGCTACTCTCC
TCCTCCTCCTCATCCTCCAACCACCGTATACCCCGCCGCGAAAACCGTAGAAGCCGCAGT
TGAAGGAATGGTGTACTGTCAATCCTGCGACAAGTTCGGATCATGGTCCTTGGCCGGAGC
AGAAGCCATAGCCGGAGCTAAGATCAGCGTCATCTGCAAGAACCACAGGCAACAAGTGAG
CTTCTACAAAGTCTTCCAAACTGATTCCTACGGCCACTTCTACGGCGAGCTCAAAGGATT
CAAAATGACTCTGCATTTCTTGGACCATCCTCTCCACGCTTGCCGCGCCAAGCTCGTCTC
TTCTCCTCGCGAGGACTGCAATCTCTTCTCCAACATTAACAACGCTCTCGACGGTGCGAC
GCTCCGGTACGAAGAGAAGAGGCTCAAGTGGACAAACTACGAGGCTGTGGTTTACGCCGC
TGGTCCGTTGGCTTTCCGTCCTGACCATTGTCCCGAGAGTACTGCTCCACCACCTACTTA
CTGATTCGTGTTTTGGTGTTTGAAAGATCATCATCATATATACTATTTT
TACATA

QA 3 651 3 651
DS 

RD RR1EM08JQ 671 0 0
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CCGTATACCCCGCCGCGAAAACCGTAGAAGCCGCAGTTGAAGGAATGGTGTACTGTCAAT
CCTGCGACAAGTTCGGATCATGGTCCTTGGCCGGAGCAGAAGCCATAGCCGGAGCTAAGA
TCAGCGTCATCTGCAAGAACCACAGGCAACAAGTGAGCTTCTACAAAGTCTTCCAAACTG
ATTCCTACGGCCACTTCTACGGCGAGCTCAAAGGATTCAAAATGACTCTGCATTTCTTGG
ACCATCCTCTCCACGCTTGCCGCGCCAAGCTCGTCTCTTCTCCTCGCGAGGACTGCAATC
TCTTCTCCAACATTAACAACGCTCTCGACGGTGCGACGCTCCGGTACGAAGAGAAGAGGC
TCAAGTGGACAAACTACGAGGCTGTGGTTTACGCCGCTGGTCCGTTGGCTTTCCGTCCTG
ACCATTGTCCCGAGAGTACTGCTCCACCACCTACTTACTGATTCGTGTTTTGGTGTTTGA
AAGATCATCATCATATATACTATTTTTACATAATGTTATTGAGTTGGTTCTTCCCCTTTT
CACGGTTTGTCAATGGTTTGTAAAATGAGTTACGGGTTGAGTAATGGGAATCTTGTGACT
CGTTTGTATC
C

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1CK66JQ 339 0 0
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TACGCCGCTGGTCCGTTGGCTTTCCGTCCTGACCATTGTCCCGAGAGTACTGCTCCACCA
CCTACTTACTGATTCGTGTTTTGGTGTTTGAAAGATCATCATCATATATACTATTTTTAC
ATAATGTTATTGAGTTGGTTCTTCCCCTTTTCACGGTTTGTCAATGGTTTGTAAAATGAG
TTACGGGTTGAGTAATGGGAATCTTGTGACTCGTTTGTATCGAACTTACTCAGTTTAATT
TATGTATAATCATTAGCCATATGTCAAAAACACTATAAC

QA 1 339 1 339
DS 



AS 1 3

CO CL2573Contig1 1205 3 13 U
AGTCTCAAGCGTATCTGATATCACAATTCAAAAGAGTGCTTTAAGTAAATAATTTTTACT
TTCCATACAAAAATATGGTTACATTAGGAAGCATCTGCTGCACCATAAATGCATTATTTT
GTTTTAGAATGTATGATTCATTCTGGAGCATGCTCTAGTAAAATGACAAAAGCTTCACCA
AAGAAACCATCTCTTCCCAGTAGAAGGTTTCGCCGACTGATCAGGCGCTTCCTTTTTCCT
ATTTTCCATTCCTTGCCTCAGTGACTCCAGTCTTTTCTTGGTATCCGTCATACGACCGTG
CAAACTCCATCTCCGACGAAATCCTACAATTCCTTCAGCTCCACTTGCTAGAATCAAGTG
CCTTTCTAGTGATGTGGCTTCAGCTTCAAGCTGAGTAATCCTTTCCTTAGCAAGATCAAT
AGGCATTGACGATCCTAACTTGTATTCGCTCTCTTGAAGCCTTACTCTCAATACCTTGTC
CCTGTTTTCAGCACACTGACGATACAAGGCAAGCTCATCTTGGCAAAATGGTTCAATATC
ATTAATTTGCAAGCATAGGAAAAGATTCCTCAAAATACCATCGCAGAGTTCAACACCTTG
GAGGACATGTGAAGCAATTTCAGGAGGGATGACAGGAGATGGAGGACCCATCATTAGGTC
GTCACCGACCAGTATGGTTTCCTCCATCATTGGCTGTGAATCAACATCCATGGCTGCTGC
GTATCAGAACAGACCAAAACCTGTGAACCCGAGAGAATCGCCGGGAGATGTCGAGAGAGA
CGAAGATGGAGAGTCGCCGAGAGAGGAGATGGAGAGTCAAGAGTCACCACCACCACCGAG
AAGAGAGAGTCAAGAGTCACCACCACCACCGAGAAGAGAGAGTCACGAGAGTCACCACCA
CCACCGAGAAGAGAGAGTCGCGAGAGTCAAGAGTCACCACCACCACCGAGAAGAGAGTCG
AAGTCAGAGAGAGGCAGATCGAGACTCTAGGGACTTTATTCTGATTCGCCGTAGTCACTC
AATGGTTTATTCTAAATTGCCCCTCCTAATAAATAATTTAATTTTTCCTTTTTTTTAATT
ACAGAAACGTGAGTAAATACATAACTATCCTTAATGAATCCACAAAACTACCACTAAACC
TAAGCTAAACCCTCTAATCCGACCCAAATGTTTCCTTCTCTTTTTTTTGTTGGGCAACTT
CTTTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 

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AF RR1EH58JQ U 53
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CCTGTTTTCAGCACACT

QA 1 497 1 497
DS 

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TTTTTCCTATTTTCCATTCCTTGCTTCAGTGACTCCAGTCTTTTCTTGGTATCCGTCATA
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ACACCTTGGAGGACATGTGAAGCAATTTCAGGAGGGATGACAGGAGATGGAGGACCCATC
ATTAGGTCG

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1EH58TF 720 0 0
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TTTGCAAGCATAGGAAAAGATTCCTCAAAATACCATCGCAGAGTTCAACAC*TTGGAGGA
CATGTGAAGCAATTTCAGGAGGGATGACAGGAGATGGAGGACCCATCATTAGGTCGTCAC
CGACCAGTATGGTTTCCTCCATCATTGGCTGTGAATCAACATCCATGGCTGCTGCGTATC
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AGAGAGAGGCAGATCGAGACTCTAGGGACTTTATTCTGATTCGCCGTAGTCACTCAATGG
TTTATTCTAAATTGCCCCTCCTAATAAATAATTTAATTTTTCCTTTTTTTTAATTACAGA
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TAAACCCTCTAATCCGACCCAAATGTTTCCTTCTCTTTTTTTTGTTGGGCAACTTCTTTC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 4

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TTACGGTTTCCAGAACCTTCAGAATATTGTCCGGAAACTGAAAACACGCAAGTGCGATTA
TCAGTATGTAGAGATTATGGCATGTCCTGCAGGTTGCCTGAATGGTGGTGGGCAGATTAA
GCCAAAGCCGGGACAGACTCCGAAAGAACTGATCAACTCACTGGAAGCTACTTACATGAA
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TTTTTGAAATTTTGACCGAGTAGGGAGCAAAGACGGTCTGGTTTCTGTTTTTTTTCTTTC
TATGTATTATATAGCAGACGAGTGAGAAGCTCCCTTCTCAAGTAGTCTTATTATGTAAAA
GACAAATCACAACATGACATCAAAAGTAAACAGTTACACACTCCTAAGCCATATCTTGTT
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CTTTTTAAAAAAGCACAACTACTACTGTGCGAGAGAGGCGAGGAGCTTGTCCTTCAACTC
CTCAGCGGTGCAACCACCCTGAGGCCGGAGAGTGAACGTATGAACCACACCCTCCTCTGT
AACAGCCACGTTCGCATCGTGAGGCGTGACTTCGTTCTCCTTAAACACTTGCACCACCTT
CGAAACCGGATGGTTCTCCAACGCGCAGCTGACTCTCACCACCGCATCATCCTCCCTCTG
CTGATAATCAACCTCCGCTGGAGTGATCTGGTTACTCTCCCTCCTCTTCATCACCTGCTT
CTCCGTCTCGTACACCCTAATCTTCTTCTGCATATCGGTGATGTACGTGATCGCGTCAGC
AAGGAGCGAAGCCTTGTCCATCTTGGAGATGTTAGGCACAACAGCTCTCAGCGCGTAGAA
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TCTTCCGTTCGCCGGCTTCCTCCATCTCTTCATCGGCTTCTGCTCGTCGGTTAGATACAA
CGCCGCCTCCTCTTTCCCTCGCTCGTAACCGTACACTTGACTCGCTTGCACAACCTCATA
CGGTTCCAAGGAGAAACATGACTCATCCTCCATCCAGGGTGAGAAGTTGATACTCATCGA
CCGTGGCTTCGACGCGCCGAGACTCAGCTGACGACCAAAGATCTTGGGAGCTTCTTTAGC
CTGAACAAAGTCGGATCCACCGAACACAGACTTCACCATCTCGATCACACTCTTATCCTC
CGGAATCAGTTTTAGCGAGCCAAGCTCCACGACACCACAGTTCACAGGTACAGACAAGAC
AGTCTTGAAACCAGCAGATCTAGCTAAAAACGACCTAACCCTGTAGTAACTCAAGCAGCT
AGGCAGATCCGCAGCCCATAGCGGCTTCCCAGAGACGTAAGTCCCAGCAGGACCGTACTT
GTTCGAATCACACCTAAACGAAAAGTAGAGAGACGCCAAATAAAACATGTCGAAGTCAGT
GAGAGGTCCAGATTTCACCAGACGGTAATGATCTTCTTCTCCTTCGTCTGAACCGATGAA
GGACGAGCGGAGCTTGCCAAGGACACGCCTTTTGGTCTCGTCTTGGTCGTCTCCTGGGGG
ACCTTTCACGAGGCGGCAGTGGCCGTCTCCCCAGATGAGGACGCAGCCCCC


BQ
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AF RR1DV46TF U 1
AF RR1DV46JQ C 70
AF RR1AV22JQ U 493
AF RR1AV22TF C 1168
BS 1 590 RR1DV46TF
BS 591 1171 RR1AV22JQ
BS 1172 1172 RR1AV22TF
BS 1173 1219 RR1AV22JQ
BS 1220 1220 RR1AV22TF
BS 1221 1277 RR1AV22JQ
BS 1278 1851 RR1AV22TF

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TTACGGTTTCCAGAACCTTCAGAATATTGTCCGGAAACTGAAAACACGCAAGTGCGATTA
TCAGTATGTAGAGATTATGGCATGTCCTGCAGGTTGCCTGAATGGTGGTGGGCAGATTAA
GCCAAAGCCGGGACAGACTCCGAAAGAACTGATCAACTCACTGGAAGCTACTTACATGAA
TGATACTGCTTTGAGCACAGATCCGTTCCAGGATCCAATAGCCAAGAGAATGTACGATGA
GTGGCTTCACGAGCCTGGTTCCGACGAGGCAAAGAAGTACTTGCACACTCAGTACCATGC
CGTCGTGAAAAGCGTTACAGCTCAGCTCAACAACTGGTAGACTAAGCCAAGCCATAGATG
TTTTTGAAATTTTGACCGAGTAGGGAGCAAAGACGGTCTGGTTTCTGTTTTTTTTCTTTC
TATGTATTATATAGCAGACGAGTGAGAAGCTCCCTTCTCAAGTAGTCTTATTATGTAAAA
GACAAATCACAACATGACATCAAAAGTAAACAGTTACACACTCCTAAGCC

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DS 

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CCAGAACCTTCAGAATATTGTCCGGAAACTGAAAACACGCAAGTGCGATTATCAGTATGT
AGAGATTATGGCATGTCCTGCAGGTTGCCTGAATGGTGGTGGGCAGATTAAGCCAAAGCC
GGGACAGATTCCGAAAGAACTGATCAACTCACTGGAAGCTACTTACATGAATGATACTGC
TTTGAGCACAGATCCGTTCCAGGATCCAATAGCCAAGAGAATGTACGATGAGTGGCTTCA
CGAGCCTGGTTCCGACGAGGCAAAGAAGTACTTGCACACTCAGTACCATGCCGTCGTGAA
AAGCGTTACAGCTCAGCTCAACAACTGGTAGATTAAGCCAAGCCATAGATGTTTTTGAAA
TTTTGACCGAGTAGGGAGCAAAGACGGTCTGGTTTCTGTTTTTTTTCTTTCTATGTATTA
TATAGCAGACGAGTGAGAAGCTCCCTTCTCAAGTAGTCTTATTATGTAAAAGACAAATCA
CAACATGACATCAAAAGTAAACAGTTACACACTCCTAAGCC

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1AV22JQ 789 0 0
GGG
AGACGAGTGAGAAGCTCCCTTCTCAAGTAGTCTTATTATGTAAAAGACAA*TCACAACAT
GACATCAAAAGTAAACAGTTACACACTCCTAAGCCATATCTTGTTTTTTTGGTTGGCTAG
TAATAGTACATTGATACAACAAACCAATAACTAAACAGTATTACACTTTTTAAAAAAGCA
CAACTACTACTGTGCGAGAGAGGCGAGGAGCTTGTCCTTCAACTCCTCAGCGGTGCAACC
ACCCTGAGGCCGGAGAGTGAACGTATGAACCACACCCTCCTCTGTAACAGCCACGTTCGC
ATCGTGAGGCGTGACTTCGTTCTCCTTAAACACTTGCACCACCTTCGAAACCGGATGGTT
CTCCAACGCGCAGCTGACTCTCACCACCGCATCATCCTCCCTCTGCTGATAATCAACCTC
CGCTGGAGTGATCTGGTTACTCTCCCTCCTCTTCATCACCTGCTTCTCCGTCTCGTACAC
CCTAATCTTCTTCTGCATATCGGTGATGTACGTGATCGCGTCAGCAAGGAGCGAAGCCTT
GTCCATCTTGGAGATGTTAGGCACAACAGCTCTCAGCGCGTAGAACCTCTGGTTCAGCTT
CTCCCTCCTCTGCCTCTCAGCTTCCACGTGGTTCAAGGCCTCTTCTCTTCCGTTCGCCGG
CTTCCTCCATCTCTTCCTCGGCTTCTGCTCGTCGGTTAGATACAACGCCGCCTCCTCTTT
CCCTTGCTCGTAACCGTACACTTGACTCGCTTGCACAACCTCATACGGTTCCAAGGAGAA
AC
CTGA

QA 4 785 4 785
DS 

RD RR1AV22TF 684 0 0
CTTCATCGGCTTCTGCTCGTCGGTTAGATACAACGCCGCCTCCTCTTTCCCTCGCTCGTA
ACCGTACACTTGACTCGCTTGCACAACCTCATACGGTTCCAAGGAGAAACATGACTCATC
CTCCATCCAGGGTGAGAAGTTGATACTCATCGACCGTGGCTTCGACGCGCCGAGACTCAG
CTGACGACCAAAGATCTTGGGAGCTTCTTTAGCCTGAACAAAGTCGGATCCACCGAACAC
AGACTTCACCATCTCGATCACACTCTTATCCTCCGGAATCAGTTTTAGCGAGCCAAGCTC
CACGACACCACAGTTCACAGGTACAGACAAGACAGTCTTGAAACCAGCAGATCTAGCTAA
AAACGACCTAACCCTGTAGTAACTCAAGCAGCTAGGCAGATCCGCAGCCCATAGCGGCTT
CCCAGAGACGTAAGTCCCAGCAGGACCGTACTTGTTCGAATCACACCTAAACGAAAAGTA
GAGAGACGCCAAATAAAACATGTCGAAGTCAGTGAGAGGTCCAGATTTCACCAGACGGTA
ATGATCTTCTTCTCCTTCGTCTGAACCGATGAAGGACGAGCGGAGCTTGCCAAGGACACG
CCTTTTGGTCTCGTCTTGGTCGTCTCCTGGGGGACCTTTCACGAGGCGGCAGTGGCCGTC
TCCCCAGATGAGGACGCAGCCCCC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 4

CO CL2575Contig1 1441 4 2 U
GAACGCCTGTTGGGAGCTCTACTGCCTCGAACATGGCATTCAGCCTGATGGCCAGATGCC
GAGTGACAAGACCGTTGGAGGAGGTGACGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGAAACCGG
TGCAGGCAAGCACGTCCCACGTGCTGTCTTGTTGACCTCGAGCCCACTGTGATCGACGAG
GTCAGAACCGGTACTTACCGTCAGCTTTTCCACCCTGAACAGCTCATCAGCGGTAAAGAA
GACGCTGCCAACAACTTCGCCCGTGGACATTACACCATTGGGAAGGAGATTGTTGATCTG
TGCTTGGACCGTATCAGGAAGCTCGCTGATAACTGTACTGGTCTCCAGGGGTTCCTTGTC
TTCAACGCTGTTGGTGGAGGAACTGGCTCTGGTCTTGGTTCTCTTCTCCTCGAGAGGCTC
TCTGTTGACTATGGGAAAAAGTCCAAGCTTGGTTTCACTGTTTACCCATCTCCTCAGGTC
TCTACCTCTGTTGTTGAGCCTTACAACAGTGTCCTCTCCACTCACTCTCTCCTGGAGCAC
ACTGATGTCTCCATCCTCCTCGACAATGAAGCAATATATGACATCTGTAGACGTTCCCTG
AGCATTGAGAGGCCCACTTACACCAACCTCAACCGTCTTGTCTCTCAGGTGATTTCATCT
TTGACTGCTTCTTTGAGGTTCGATGGTGCTTTGAACGTGGATGTGACTGAGTTCCAAACC
AACTTGGTTCCATACCCAAGAATCCACTTCATGCTTTCCTCCTACGCTCCGGTCATCTCT
GCTGAGAAAGCCTTCCACGAGCAGCTCTCAGTCGCTGGGATCACAAACAGCGCCTTTGAG
CCAGCTTCCATGATGGCGAAGTGTGACCCGCGTCACGGTAAATACATGGCTTGCTGTCTG
ATGTACCGTGGTGATGTCGTCCCTAAAGACGTGAACGCAGCTGTCGGAACCATCAAGACC
AAGCGGACCATCCAGTTCGTTGACTGGTGTCCCACTGGGTTCAAGTGCGGTATCAACTAT
CAGCCACCAACTGTTGTGCCGGGAGGTGATCTGGCTAAAGTGCAGAGAGCTGTTTGTATG
ATCTCCAACTCCACGAGTGTCGCTGAGGTGTTCTCGAGGATTAATCACAAGTTCGATTTT
ATGTACGCTAAACGTGCTTTCGTTCACTGGTATGTGGGTGAGGGTATGGAGGAAGGAGAG
TTCTCGGAGGCTCGTGAGGATCTTGCTGCTTTGGAGAAGGATTATGAAGAGGTTGGTGCT
GAAGGAGGTGACGATGAGGATGACGAGGGTGAAGAGTACTGAGAACATTGTTTCGTTTTG
TTTTCTGTTATCCTTTGGTGTTTGCGTGATTGGGCTCGAAACAACACTCTTATGACGAGT
TTAGTTTGTGTTTTCTCGTATCTGTCTCATGCTGTTTGAAATTCTATTATGGTGTTCTTT
T


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 

AF RR1F916TF U 1
AF RR1AJ85TF U 1
AF RR1AJ85JQ C 709
AF RR1F916JQ C 725
BS 1 842 RR1AJ85TF
BS 843 1441 RR1AJ85JQ

RD RR1F916TF 644 0 0
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TGCAGGCAAGCACGTCCCACGTGCTGTCTTGTTGACCTCGAGCCCACTGTGATCGACGAG
GTCAGAACCGGTACTTACCGTCAGCTTTTCCACCCTGAACAGCTCATCAGCGGTAAAGAA
GACGCTGCCAACAACTTCGCCCGTGGACATTACACCATTGGGAAGGAGATTGTTGATCTG
TGCTTGGACCGTATCAGGAAGCTCGCTGATAACTGTACTGGTCTCCAGGGGTTCCTTGTC
TTCAACGCTGTTGGTGGAGGAACTGGCTCTGGTCTTGGTTCTCTTCTCCTCGAGAGGCTC
TCTGTTGACTATGGGAAAAAGTCCAAGCTTGGTTTCACTGTTTACCCATCTCCTCAGGTC
TCTACCTCTGTTGTTGAGCCTTACAACAGTGTCCTCTCCACTCACTCTCTCCTGGAGCAC
ACTGATGTCTCCATCCTCCTCGACAATGAAGCAATATATGACATCTGTAGACGTTCCCTG
AGCATTGAGAGGCCCACTTACACCAACCTCAACCGTCTTGTCTC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1AJ85TF 842 0 0
GAACGCCTGTTGGGAGCTCTACTGCCTCGAACATGGCATTCAGCCTGATGGCCAGATGCC
GAGTGACAAGACCGTTGGAGGAGGTGACGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGCGAAACCGG
TGCAGGCAAGCACGTCCCACGTGCTGTCTTGTTGACCTCGAGCCCACTGTGATCGACGAG
GTCAGAACCGGTACTTACCGTCAGCTTTTCCACCCTGAACAGCTCATCAGCGGTAAAGAA
GACGCTGCCAACAACTTCGCCCGTGGACATTACACCATTGGGAAGGAGATTGTTGATCTG
TGCTTGGACCGTATCAGGAAGCTCGCTGATAACTGTACTGGTCTCCAGGGGTTCCTTGTC
TTCAACGCTGTTGGTGGAGGAACTGGCTCTGGTCTTGGTTCTCTTCTCCTCGAGAGGCTC
TCTGTTGACTATGGGAAAAAGTCCAAGCTTGGTTTCACTGTTTACCCATCTCCTCAGGTC
TCTACCTCTGTTGTTGAGCCTTACAACAGTGTCCTCTCCACTCACTCTCTCCTGGAGCAC
ACTGATGTCTCCATCCTCCTCGACAATGAAGCAATATATGACATCTGTAGACGTTCCCTG
AGCATTGAGAGGCCCACTTACACCAACCTCAACCGTCTTGTCTCTCAGGTGATTTCATCT
TTGACTGCTTCTTTGAGGTTCGATGGTGCTTTGAACGTGGATGTGACTGAGTTCCAAACC
AACTTGGTTCCATACCCAAGAATCCACTTCATGCTTTCCTCCTACGCTCCGGTCATCTCT
GCTGAGAAAGCCTTCCACGAGCAGCTCTCAGTCGCTGGGATCACAAACAGCGCCTTTGAG
CC

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR1AJ85JQ 733 0 0
GAGTTCCAAACCAACTTGGTTCCATACCCAAGAATCCACTTCATGCTTTCCTCCTACGCT
CCGGTCATCTCTGCTGAGAAAGCCTTCCACGAGCAGCTCTCAGTCGCTGGGATCACAAAC
AGCGCCTTTGAGCCAGCTTCCATGATGGCGAAGTGTGACCCGCGTCACGGTAAATACATG
GCTTGCTGTCTGATGTACCGTGGTGATGTCGTCCCTAAAGACGTGAACGCAGCTGTCGGA
ACCATCAAGACCAAGCGGACCATCCAGTTCGTTGACTGGTGTCCCACTGGGTTCAAGTGC
GGTATCAACTATCAGCCACCAACTGTTGTGCCGGGAGGTGATCTGGCTAAAGTGCAGAGA
GCTGTTTGTATGATCTCCAACTCCACGAGTGTCGCTGAGGTGTTCTCGAGGATTAATCAC
AAGTTCGATTTTATGTACGCTAAACGTGCTTTCGTTCACTGGTATGTGGGTGAGGGTATG
GAGGAAGGAGAGTTCTCGGAGGCTCGTGAGGATCTTGCTGCTTTGGAGAAGGATTATGAA
GAGGTTGGTGCTGAAGGAGGTGACGATGAGGATGACGAGGGTGAAGAGTACTGAGAACAT
TGTTTCGTTTTGTTTTCTGTTATCCTTTGGTGTTTGCGTGATTGGGCTCGAAACAACACT
CTTATGACGAGTTTAGTTTGTGTTTTCTCGTATCTGTCTCATGCTGTTTGAAATTCTATT
ATGGTGTTCTTTT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1F916JQ 717 0 0
TGGTTCCATACCCAAGAATCCACTTCATGCTTTCCTCCTACGCTCCGGTCATCTCTGCTG
AGAAAGCCTTCCACGAGCAGCTCTCAGTCGCTGGGATCACAAACAGCGCCTTTGAGCCAG
CTTCCATGATGGCGAAGTGTGACCCGCGTCACGGTAAATACATGGCTTGCTGTCTGATGT
ACCGTGGTGATGTCGTCCCTAAAGACGTGAACGCAGCTGTCGGAACCATCAAGACCAAGC
GGACCATCCAGTTCGTTGACTGGTGTCCCACTGGGTTCAAGTGCGGTATCAACTATCAGC
CACCAACTGTTGTGCCGGGAGGTGATCTGGCTAAAGTGCAGAGAGCTGTTTGTATGATCT
CCAACTCCACGAGTGTCGCTGAGGTGTTCTCGAGGATTAATCACAAGTTCGATTTTATGT
ACGCTAAACGTGCTTTCGTTCACTGGTATGTGGGTGAGGGTATGGAGGAAGGAGAGTTCT
CGGAGGCTCGTGAGGATCTTGCTGCTTTGGAGAAGGATTATGAAGAGGTTGGTGCTGAAG
GAGGTGACGATGAGGATGACGAGGGTGAAGAGTACTGAGAACATTGTTTCGTTTTGTTTT
CTGTTATCCTTTGGTGTTTGCGTGATTGGGCTCGAAACAACACTCTTATGACGAGTTTAG
TTTGTGTTTTCTCGTATCTGTCTCATGCTGTTTGAAATTCTATTATGGTGTTCTTTT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 4

CO CL2576Contig1 644 4 3 U
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ATCGGTGAAGCAGTATCTGGAAGGAGTAAAGAATGACGAAGAAAAGGAATCGAAAGTGGC
GAATTTGCCACAAAGATTCATCGAGAGATTCGTGACGAAAGGAATTAAAGTAGATCTCAT
CGAACCCGGTCGAATCATCTGCTCCATGAAAGTCCAACCTCACCTCCTGAACGCAGGCAA
TTCCTTACACGGAGGAGCAACGGCGACTCTGGTTGACTTGATAGGATCGGCTGTGATTTA
CACAACCGGACTCTCGAGCTCCGGAGTGTCGGTGGAGATCAATGTTTCTTACCTCGATGC
TGCTTTACTACACGAAGAGATAGAGATTGAGTCAAAGGCTTTGCGTGTGGGTAAAGCTGT
AGCAGTTGTGAGTGTTGAGCTGAGGAAGAAGAAGAATGGTAAGCTTATTGCTCAAGGTCG
CCATACTAAGTACCTTGCTCCTCGTACCAAGCTCTGAATCTTCTTCTTTACTATGTTTTA
TTACAAAAAGCTATGTTGAAGAAGTTAAAAACGATTTTTATTATTGTATATCTCTATACT
TTAAACATAAACTTTTGATATAATTCGAAACTATTATCACCGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EX55JQ C 1
AF RR1BM43JQ C 74
AF RR1BM43TF U 74
AF RR1EX55TF U 1
BS 1 74 RR1EX55TF
BS 75 621 RR1BM43TF
BS 622 644 RR1EX55TF

RD RR1EX55JQ 644 0 0
GGATCAAATTCCCAATTCAAAAAAAAAAAAGAGGCAGAAGGGAAAAAACATGAGCCTCGA
ATCGGTGAAGCAGTATCTGGAAGGAGTGAAGAATGACGAAGAAAAGGAATCGAAAGTGGC
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CGAACCCGGTCGAATCATCTGCTCCATGAAAGTCCAACCTCACCTCCTGAACGCAGGCAA
TTCCTTACACGGAGGAGCAACGGCGACTCTGGTTGACTTGATAGGATCGGCTGTGATTTA
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TGCTTTACTTGACGAAGAGATAGAGATTGAGTCAAAGGCTTTGCGTGTGGGTAAAGCTGT
AGCAGTTGTGAGTGTTGAGCTGATGAAGAAGAAGAATGGTAAGCTTATTGCTCAAGGTCG
CCATACTAAGTACCTTGCTCCTCGTACCAAGCTCTGAATCTTCTTCTTTACTATGTTTTA
TTACAAAAAGCTATGTTGAAGAAGTTAAAAACGATTTTTATTATTGTATATCTCTATACT
TTAAACATAAACTTTTGATATAATTCGAAACTATTATCACCGGC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1BM43JQ 548 0 0
G
ATCTGGAAGGAGTAAAGAATGACGAAGAAAAGGAATCGAAAGTGGCGAATTTGCCACAAA
GATTCATCGAGAGATTCGTGACGAAAGGAATTAAAGTAGATCTCATCGAACCCGGTCGAA
TCATCTGCTCCATGAAAGTCCAACCTCACCTCCTGAACGCAGGCAATTCCTTACACGGAG
GAGCAACGGCGACTCTGGTTGACTTGATAGGATCGGCTGTGATTTACACAACCGGACTCT
CGAGCTCCGGAGTGTCGGTGGAGATCAATGTTTCTTACCTCGATGCTGCTTTACTACACG
AAGAGATAGAGATTGAGTCAAAGGCTTTGCGTGTGGGTAAAGCTGTAGCAGTTGTGAGTG
TTGAGCTGAGGAAGAAGAAGAATGGTAAGCTTATTGCTCAAGGTCGCCATACTAAGTACC
TTGCTCCTCGTACCAAGCTCTGAATCTTCTTCTTTACTATGTTTTATTACAAAAAGCTAT
GTTGAAGAAGTTAAAAACGATTTTTATTATTGTATATCTCTATACTTTAAACATAAACTT
TTGATAT

QA 2 548 2 548
DS 

RD RR1BM43TF 548 0 0
G
ATCTGGAAGGAGTAAAGAATGACGAAGAAAAGGAATCGAAAGTGGCGAATTTGCCACAAA
GATTCATCGAGAGATTCGTGACGAAAGGAATTAAAGTAGATCTCATCGAACCCGGTCGAA
TCATCTGCTCCATGAAAGTCCAACCTCACCTCCTGAACGCAGGCAATTCCTTACACGGAG
GAGCAACGGCGACTCTGGTTGACTTGATAGGATCGGCTGTGATTTACACAACCGGACTCT
CGAGCTCCGGAGTGTCGGTGGAGATCAATGTTTCTTACCTCGATGCTGCTTTACTACACG
AAGAGATAGAGATTGAGTCAAAGGCTTTGCGTGTGGGTAAAGCTGTAGCAGTTGTGAGTG
TTGAGCTGAGGAAGAAGAAGAATGGTAAGCTTATTGCTCAAGGTCGCCATACTAAGTACC
TTGCTCCTCGTACCAAGCTCTGAATCTTCTTCTTTACTATGTTTTATTACAAAAAGCTAT
GTTGAAGAAGTTAAAAACGATTTTTATTATTGTATATCTCTATACTTTAAACATAAACTT
TTGATAT

QA 2 548 2 548
DS 

RD RR1EX55TF 644 0 0
GGATCAAATTCCCAATTCAAAAAAAAAAAAGAGGCAGAAGGGAAAAAACATGAGCCTCGA
ATCGGTGAAGCAGTATCTGGAAGGAGTGAAGAATGACGAAGAAAAGGAATCGAAAGTGGC
GAATTTGCCACAAAGATTCATCGAGAGATTCGTGACGAAAGGAATTAAAGTAGATCTCAT
CGAACCCGGTCGAATCATCTGCTCCATGAAAGTCCAACCTCACCTCCTGAACGCAGGCAA
TTCCTTACACGGAGGAGCAACGGCGACTCTGGTTGACTTGATAGGATCGGCTGTGATTTA
CACAACCGGACTCTCGAGCTCCGGAGTGTCGGTGGAGATCAATGTTTCTTACCTCGATGC
TGCTTTACTTGACGAAGAGATAGAGATTGAGTCAAAGGCTTTGCGTGTGGGTAAAGCTGT
AGCAGTTGTGAGTGTTGAGCTGATGAAGAAGAAGAATGGTAAGCTTATTGCTCAAGGTCG
CCATACTAAGTACCTTGCTCCTCGTACCAAGCTCTGAATCTTCTTCTTTACTATGTTTTA
TTACAAAAAGCTATGTTGAAGAAGTTAAAAACGATTTTTATTATTGTATATCTCTATACT
TTAAACATAAACTTTTGATATAATTCGAAACTATTATCACCGGC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL2577Contig1 755 2 6 U
CAACGACACCGAATCTTGTTCGGTTTAATAACTCATGTAATACCAAAGAAGAACCGGATA
AAAAAGCTTCAATCAACAAAACCAAACCATAAGGTTGAAGGGAATAACCGAAGCAGTGGA
ACTATGCCTTCAAGTACACAAAACAAAAGAAGTTTAGAGGAACACAAGTTTTAAAAGATG
CAGACAACACGAGCATCAGTTTATCTTTGCGTTTGTGAAGTCCATCTCTGGATGCTGAGA
CATGAATTTCTTGAGAATGTCTTGCTTCTGTAGTTCGTCGCTTGTTGGAAGACCCATCTG
CTTTTGTCTTTGATCAAACATCATTTTCTCAACAGTGGAGCGAGTTTCAGGGTCAAGGTC
AGCTAATTTACTGTTCTCTGGTTCAACCTTCTGGGTATCGATTTCAGGTTCACCTTTCAC
ACAGCATTTCCACCATTCCATCTGATCTTGCTTAGTCAACAGAATCGATATCATCCTCTG
ATCCTCGATATTCCAGTAGCAGTCATCAGGTTTCACAGGTCGGTAGAGCTCACCATCGAT
GATTGGATCCTGACCTTTGAGACCAAGCTTAAGACGGTTCTTCTTAATCTCACATACAAC
AGAGCGTGCTTTAGTGCCAGTAGGCACTGGAATGTTGACTGTAACCTCCTGAAGAGTCTG
AACCCATGAGTAGCTCTCAAGATCAGTTCCATTACCTTTGTTAGGAACAATGGGACCAGC
TTCTTTCTGCAAGAAACCTAATGGGTTGGAAGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK74JQ U 1
AF RR1EM79JQ U 54
BS 1 97 RR1CK74JQ
BS 98 98 RR1EM79JQ
BS 99 475 RR1CK74JQ
BS 476 476 RR1EM79JQ
BS 477 726 RR1CK74JQ
BS 727 755 RR1EM79JQ

RD RR1CK74JQ 736 0 0
CAACGACACCGAATCTTGTTCGGTTTAATAACTCATGTAATACCAAAGAAGAACCGGATA
AAAAAGCTTCAATCAACAAAACCAAACCATAAGGTTGGAGGGAATAACCGAAGCAGTGGA
ACTATGCCTTCAAGTACACAAAACAAAAGAAGTTTAGAGGAACACAAGTTTTAAAAGATG
CAGACAACACGAGCATCAGTTTATCTTTGCGTTTGTGAAGTCCATCTCTGGATGCTGAGA
CATGAATTTCTTGAGAATGTCTTGCTTCTGTAGTTCGTCGCTTGTTGGAAGACCCATCTG
CTTTTGTCTTTGATCAAACATCATTTTCTCAACAGTGGAGCGAGTTTCAGGGTCAAGGTC
AGCTAATTTACTGTTCTCTGGTTCAACCTTCTGGGTATCGATTTCAGGTTCACCTTTCAC
ACAGCATTTCCACCATTCCATCTGATCTTGCTTAGTCAACAGAATCGATATCATCTTCTG
ATCCTCGATATTCCAGTAGCAGTCATCAGGTTTCACAGGTCGGTAGAGCTCACCATCGAT
GATTGGATCCTGACCTTTGAGACCAAGCTTAAGACGGTTCTTCTTAATCTCACATACAAC
AGAGCGTGCTTTAGTGCCAGTAGGCACTGGAATGTTGACTGTAACCTCCTGAAGAGTCTG
AACCCATGAGTAGCTCTCAAGATCAGTTCCATTACCTTTGTTAGGAACAATGGGACCAGC
TTCTTT
ATTCTCCTCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1EM79JQ 702 0 0
CCGGATAAAAAAGCTTCAATCAACAAAACCAAACCA**AGGTTGAAGGGAATAACCGAAG
CAGTGGAACTATGCCTTCAAGTACACAAAACAAAAGAAGTTTAGAGGAACACAAGTTTTA
AAAGATGCAGACAACACGAGCATCAGTTTATCTTTGCGTTTGTGAAGTCCATCTCTGGAT
GCTGAGACATGAATTTCTTGAGAATGTCTTGCTTCTGTAGTTCGTCGCTTGTTGGAAGAC
CCATCTGCTTTTGTCTTTGATCAAACATCATTTTCTCAACAGTGGAGCGAGTTTCAGGGT
CAAGGTCAGCTAATTTACTGTTCTCTGGTTCAACTTTCTGGGTATCGATTTCAGGTTCAC
CTTTCACACAGCATTTCCACCATTCCATCTGATCTTGCTTAGTCAACAGAATCGATATCA
TCCTCTGATCCTCGATATTCCAGTAGCAGTCATCAGGTTTCACAGGTCGGTAGAGCTCAC
CATCGATGATTGGATCCTGACCTTTGAGACCAAGCTTAAGACGGTTCTTCTTAATCTCAC
ATACAACAGAGCGTGCTTTAGTGCCAGTAGGCACTGGAATGTTGACTGTAACCTCCTGAA
GAGTCTGAACCCATGAGTAGTTCTCAAGATCAGTTCCATTACCTTTGTTAGGAACAATGG
GACCTGCTTCTTTCTGCAAGAAACCTAATGGGTTGGAAGAAT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 4

CO CL2578Contig1 860 4 6 U
GAGGACCCCGAGGAACTTGTGGGTAAACTCAAGTCGGAAGGTGTCGCTCCTTCAGCTAAT
ATGTTTTGTACTTTGGCTAATGCATATGCTCAACAGGGATTATGCAACCAGACAGTAAAA
GTGCTGAAGATGATGGAGAAGGAGGGGACTGAACCAAATTTGATTATGCTGAATGTTTTG
ATCAATGCGTTTGGAAATGCTGGGAAGCACATGGAAGCTCTATCTATTTATCACCATATT
AAAGAAAGTGGATTCACCCCCGATGTGGTTACCTATAGTACACTTATGAAAGCATTCACT
CGAGCAAAGAAGTATACAAAGGTTCCAGATATATTCAGGGAAATGGAAGCCTCTGGGTGT
AGTGCAGATAGGAAAGCAAGACAACTATTGCAAAATGCTCTTATGGTTCTCGACAAAAGA
CATTAACTATTTGGTGCCTCAGCCTCTGATCCGTTATGGAAAATAAAGGGCTCCTTCAAC
CCTCACCGTGAAAAAAGATGATCACTGCACCAATGTATTTCCAAGTATGAATTGGCTGTC
TGTGTGCATCTACCACCTTTTAGGCTGGGAGGAAAATTCAGTCAGAATCTGTAAGCGCTA
TTGCCAACAATATGGTCAAAACAGCTGCATGGATACCTTCGCATTTGGGAATATTGAAGT
TTCATATCCGGTTTACTCTGGTGATTGTTAGGAACCGGTTAAACAATTGTGTTCAGATGT
ATATAAGCTTTGAACAGATTATGTATGTAATTCTTTTTTTTTTTTTCCTAATGCCCTTGC
ACACTTCAGAGTTGATAACGAAACTGAAACACTTTTAAGCTCGAATGAGTTCTACCTAAT
TTGATTTTATTATTTCGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW10TF U 1
AF RR1FK17TF U 337
AF RR1GW10JQ C 450
AF RR1GB06JQ C 601
BS 1 687 RR1GW10TF
BS 688 691 RR1FK17TF
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BS 693 764 RR1FK17TF
BS 765 820 RR1GW10JQ
BS 821 860 RR1GB06JQ

RD RR1GW10TF 687 0 0
GAGGACCCCGAGGAACTTGTGGGTAAACTCAAGTCGGAAGGTGTCGCTCCTTCAGCTAAT
ATGTTTTGTACTTTGGCTAATGCATATGCTCAACAGGGATTATGCAACCAGACAGTAAAA
GTGCTGAAGATGATGGAGAAGGAGGGGACTGAACCAAATTTGATTATGCTGAATGTTTTG
ATCAATGCGTTTGGAAATGCTGGGAAGCACATGGAAGCTCTATCTATTTATCACCATATT
AAAGAAAGTGGATTCACCCCCGATGTGGTTACCTATAGTACACTTATGAAAGCATTCACT
CGAGCAAAGAAGTATACAAAGGTTCCAGATATATTCAGGGAAATGGAAGCCTCTGGGTGT
AGTGCAGATAGGAAAGCAAGACAACTATTGCAAAATGCTCTTATGGTTCTCGACAAAAGA
CATTAACTATTTGGTGCCTCAGCCTCTGATCCGTTATGGAAAATAAAGGGCTCCTTCAAC
CCTCACCGTGAAAAAAGATGATCACTGCACCAATGTATTTCCAAGTATGAATTGGCTGTC
TGTGTGCATCTACCACCTTTTAGGCTGGGAGGAAAATTCAGTCAGAATCTGTAAGCGCTA
TTGCCAACAATATGGTCAAAACAGCTGCATGGATACCTTCGCATTTGGGAATATTGAAGT
TTCATATCCGGTTTACTCTGGTGATTG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1FK17TF 428 0 0
G
GGGAAATGGAAGCCTCTGGGTGTAGTGCAGATAGGAAAGCAAGACAACTATTGCAAAATG
CTCTTATGGTTCTCGACAAAAGACATTAACTATTTGGTGCCTCAGCCTCTGATCCGTTAT
GGAAAATAAAGGGCTCCTTCAACCCTCACCGTGAAAAAAGATGATCACTTCACCAATGTA
TTTCCAAGTATGAATTGGCTGTCTGTGTGCATCTACCAACTTTTAGGCTGGGAGGAAAAT
TCAGTCAGAATCTGTAAGCGCTATTGCCAACAATATGGTCAAAACAGCTGCATGGATACC
TTCGCATTTGGGAATATTGAAGTTTCATATCCGGTTTACTCTGGTGATTGTTAG*AACCG
GTTAAACAATTGTGTTCAGATGTATATAAGCTTTGAACAGATTATGTATGTAATTCTTTT
TTTTTTT

QA 2 428 2 428
DS 

RD RR1GW10JQ 373 0 0
TCCGTTATGGAAAATAAAGGGCTCCTTCAACCCTCACCGTGAAAAAAGATGATCACTGCA
CCAATGTATTTCCAAGTATGAATTGGCTGTCTGTGTGCATCTACCACCTTTTAGGCTGGG
AGGAAAATTCAGTCAGAATCTGTAAGCGCTATTGCCAACAATATGGTCAAAACAGCTGCA
TGGATACCTTCGCATTTGGGAATATTGAAGTTTCATATCCGGTTTACTTTGGTGATTGTT
AGGAACCGGTTAAACAATTGTGTTCAGATGTATATAAGCTTTGAACAGATTATGTATGTA
ATTTTTTTTTTTTTTTTCCTAATGCCCTTGCACACTTCAGAGTTGATAACGAAACTGAAA
CACTTTTAAGC
CC

QA 1 371 1 371
DS 

RD RR1GB06JQ 260 0 0
TTGCCAACAATATGGTCAAAACAGCTGCATGGATACCTTCGCATTTGGGAATATTGAAGT
TTCATATCCGGTTTACTTTGGTGATTGTTAGGAACCGGTTAAACAATTGTGTTCAGATGT
ATATAAGCTTTGAACAGATTATGTATGTAATT**TTTTTTTTTTTTCCTAATGCCCTTGC
ACACTTCAGAGTTGATAACGAAACTGAAACACTTTTAAGCTCGAATGAGTTCTACCTAAT
TTGATTTTATTATTTCGTTT

QA 1 260 1 260
DS 



AS 1 3

CO CL2579Contig1 821 3 17 U
TTTTTTTTTGTTATCAGTTTCTTCTGTGAGGAAGAAAAAAGGGAGGAGAATAGAATCATG
TTCTTGTTCGATTGGTTCTACGGAATCTTGGCGTCGTTAGGTCTATGGCAGAAAGAAGCG
AAGATCTTGTTTCTCGGACTCGACAATGCAGGAAAAACCACCCTACTTCACATGCTCAAA
GACGAGAGATTGGTTCAGCACCAGCCGACACAACATCCAACGTCCGAGGAACTTAGCATT
GGCAAAATCAAGTTCAAGGCTTTTGATTTGGGTGGCCATCAGATTGCTCGTCGAGTTTGG
AAAGATTACTACGCCAAGGTTGATGCAGTTGTCTACCTCGTGGATGCTTACGACAAGGAG
AGGTTCTCGGAGTCGAAGAAAGAGCTGGACGCTCTTTTGTCGGATGAAGCCCTTGCGACC
GTACCGTTTCTGATTCTCGGAAACAAGATTGATATCCCTTACGCGGCCTCGGAGGACGAG
CTTAGGTATCACTTGGGTCTCACCAACTTCACCACCGGTAAGGGGAAAGTGACGACGGCT
GGTGGAGATTCTGGCGTTCGCCCGCTCGAGGTCTTCATGTGCAGCATCGTCCGGAAAATG
GGCTATGGCGAGGGGTTCAAATGGCTCTCTCAGTACATCAACTGAAGACATCATTTTCAT
CGTCTTTCTGTCTTTTTCTTATAAACCAAACCCATGAACATGTCCGTACAATTTGAATTT
TTTTTGAGCTAAAAGCATTTTATGAATTGAAGATGTCACACTTCCTTTGGTGGCTTGATG
TTCATTGTTTGGGTAAATCTAATATAATGGGACATTTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GG96TF U 1
AF RR1DR80JQ C 172
AF RR1DR80TF U 172
BS 1 386 RR1GG96TF
BS 387 387 RR1DR80TF
BS 388 408 RR1GG96TF
BS 409 409 RR1DR80TF
BS 410 437 RR1GG96TF
BS 438 438 RR1DR80TF
BS 439 464 RR1GG96TF
BS 465 465 RR1DR80TF
BS 466 608 RR1GG96TF
BS 609 609 RR1DR80TF
BS 610 619 RR1GG96TF
BS 620 620 RR1DR80TF
BS 621 684 RR1GG96TF
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BS 686 716 RR1GG96TF
BS 717 815 RR1DR80TF
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RD RR1GG96TF 716 0 0
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GGCTATGGTGAGGGGTTCAGATGGCTCTCTCAGTACATCAACTGAAGACATCATTTTCAT
CGTCTTTCTGTCTTTTTCTTATAA*CCAAACCCATGAACATGTCCGTACAATTTGA

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DS 

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GTG
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ACGGCTGGTGGAGATTCTGGCGTTCGCCCGCTCGAGGTCTTCATGTGCAGCATCGTCCGG
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TTTCATCGTCTTTCTGTCTTTTTCTTATAAACCAAACCCATGAACATGTCCGTACAATTT
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TTGATGTTCATTGTTTGGGTAAATCTAATATAATGGGACATTTTGAC

QA 4 650 4 650
DS 

RD RR1DR80TF 644 0 0
GTG
CTCAAAGACGAGAGATTGGTTCAGCACCAGCCGACACAACATCCAACGTCCGAGGAACTT
AGCATTGGCAAAATCAAGTTCAAGGCTTTTGATTTGGGTGGCCATCAGATTGCTCGTCGA
GTTTGGAAAGATTACTACGCCAAGGTTGATGCAGTTGTCTACCTCGTGGATGCTTACGAC
AAGGAGAGGTTCTCGGAGTCGAAGAAAGAGCTGGACGCTCTTTTGTCGGATGAAGCCCTT
GCGACCGTACCGTTTCTGATTCTCGGAAACAAGATTGATATCCCTTACGCGGCCTCGGAG
GACGAGCTTAGGTATCACTTGGGTCTCACCAACTTCACCACCGGTAAGGGGAAAGTGACG
ACGGCTGGTGGAGATTCTGGCGTTCGCCCGCTCGAGGTCTTCATGTGCAGCATCGTCCGG
AAAATGGGCTATGGCGAGGGGTTCAAATGGCTCTCTCAGTACATCAACTGAAGACATCAT
TTTCATCGTCTTTCTGTCTTTTTCTTATAAACCAAACCCATGAACATGTCCGTACAATTT
GAATTTTTTTTGAGCTAAAAGCATTTTATGAATTGAAGATGTCACACTTCCTTTGGTGGC
TTGATGTTCATTGTTTGGGTAAATCTAATATAATGGGACAT

QA 4 644 4 644
DS 



AS 1 4

CO CL2580Contig1 851 4 13 U
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TCACCATTAACAATCAAGAATCCATGGCTTCACCAACAACTCCATTCCTCTCCATCTTCC
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TTTTTGAGCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP05TF U 1
AF RR1H875TF U 1
AF RR1D695TF U 407
AF RR1H875JQ C 478
BS 1 349 RR1DP05TF
BS 350 350 RR1H875TF
BS 351 529 RR1DP05TF
BS 530 530 RR1H875TF
BS 531 572 RR1DP05TF
BS 573 573 RR1H875TF
BS 574 591 RR1DP05TF
BS 592 592 RR1H875TF
BS 593 639 RR1DP05TF
BS 640 640 RR1H875TF
BS 641 690 RR1DP05TF
BS 691 817 RR1D695TF
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RD RR1DP05TF 690 0 0
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TCACCATTAACAATCAAGAATCCATGGCTTCACCAACAACTCCATTCCTCTCCATCTTCC
TCTTCTTCCTCATTACAACCTCCGCAGATCCCGACATGCTCCAAGACCTCTGCGTCGCTG
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CATCACTAGACTTCTTCTCACAAGGACTAGCGAATCCAGGTCTCACCAACAACACGTTCG
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AGCTTCCTGGAACTCAGTCTCTTGGTGCTACTCTGTTCGCCTCTACTCCTCCCGTTCCTG
ATAACATCTTGGCTCAAGCCTTTCAGACAT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1H875TF 691 0 0
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TCTTCTTCCTCATTACAATCTCCGCAGATCCCGACATGCTCCAAGACCTCTGCGTCGCTG
ATCTCTC***CTCCGGAATCAAAGTCAACGGCTTCCCTTGCAAAGACGCAGCTAACATCA
CATCACTAGACTTCTTCTCACAAGGACTAGCGAATCCAGGTCTCACCAACAACACTTTCG
GGTCCTTAGTCACAGGAGCCAACGTGATGAACCTCCCCGGTCTCAACACACTCGGCGTCT
CCCTCTCACGCATCGACTACGCGCCAGGTGGCTTAAACCCACCTCACACTCACCCACGTG
CCACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAACACTCGACGTTGGGTTTCTCACCACCGCCA
ACAAGCTCATCTCTCGGTCTCTCAAGAGAGGTGACGTATTTGCTTTCCCCAAAGGACTTG
TTCATTTCCAGAAGAACAACGGTGATGTTCCTACTTCTGTCATCGCTGCTTTCAATAGTC
AGCTTCCTGGAACTCAGTCTCTTGGTGCTACTCTGTTCGGCTCTACTCCTCCCGTTCCTG
ATAACATCTTGGCTCAAGCCTTTCAGACAT
C

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1D695TF 411 0 0
G
ACTCACCCACGTGCCACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAACACTCGACGTTGGGTTT
CTCACCACCGCCAACAAGCTCATCTCTCGGTCTCTCAAGAGAGGTGACGTATTTGCTTTC
CCTAAAGGACTTGTTCATTTCCAGAAGAACAACGGTGATGTTCCTGCTTCTGTCATCGCT
GCTTTCAATAGTCAGCTTCCTGGAACTCAGTCTCTTGGTACTACTCTGTTCGCCTCTACT
CCTCCCGTTCCTGATAACATCTTGGCTCAAGCCTTTCAGACATCTCCGGGAACGGTTAAA
CACATTAAAACTAGGTTCCAACCCAAGAAATGATCTTATGCTCCAAACTCATTACATGTT
TTTTTTTCTTCCCGGTTCTGTTTTTCATTTATCTTGTGTAATGAAAACCA

QA 2 411 2 411
DS 

RD RR1H875JQ 374 0 0
CCAACAAGCTCATCTCTCGGTCTCTCAAGAGAGGTGACGTATTTGCTTTCCCCAAAGGAC
TTGTTCATTTCCAGAAGAACAACGGTGATGTTCCTACTTCTGTCATCGCTGCTTTCAATA
GTCAGCTTCCTGGAACTCAGTCTCTTGGTGCTACTCTGTTCGGCTCTACTCCTCCCGTTC
CTGATAACATCTTGGCTCAAGCCTTTCAGACATCTCCGGGAACGGTTAAACACATTAAAA
CTAGGTTCCAACCCAAGAAATGATCTTATGCTCCAAACTCATTACATGTTTTTTTTTCTT
CCCGGTTCTGTTTTTCATTTATCTTGTGTAATGAAAACCAATAAACTGATCTTTGAATGT
GCATTTTTGAGCTC

QA 1 374 1 374
DS 



AS 1 4

CO CL2581Contig1 1183 4 17 U
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AACTAGCTCTCAAAGTATGATCCCTTACCCAACCGTCCGAGACGCGTCCGTAGCTTTAGG
ACGGAACCTGACTTGGTTCGAGACTGTTTGGTTTGATTACTCAGCCACCAAATCTGATTT
CCATGTTTACTGCCACACCATTTTAGTACTCTTCCTCGTCTTCTCTCTCGCTCCTCTTCC
TTTTGTGTTTGTTGAATTGACTGGCTGGTTTGAGCGGTTCAAGATTCAGCCTAAGATGAA
GTATTCATTGTCTGATATGTTTCGGTGTTATAAAGATGTCATGAAGCTGTTCCTTCTTGT
AGTCGGCACGTTGCAATTCGTTACTTATCCTTCCATCCAGCTGGTTGGGATTCGAAGTGG
GTTGCCATTACCATCGTTAATGGAGACTGTAGCACAATTAGTGGTTTACTTCTTGATAGA
AGATTACACTAACTACTGGATCCATAGATGGTTGCATTGCAAATGGGGTTATGAGATGAT
ACATCGAGTTCACCACGAGTACACTTCTCCAATCGGATATGCATCACCTTATGCACATTG
GGCCGAGGTCTTGCTTCTTGGTATTCCGACGTTTCTTGGACCGGCGATTGCACCTGGCCA
CATTATGACCTTTT*GGTTGTGGATAACTTTACGTCAAATGGAGGCTATAGAAACTCACA
GCGGATATGATTTTCCATGGGCTCTGACAAAACTTGTTCCGTTCTACGGTGGAGCTGAGT
ATCATGATTATCATCACTACGTTGGAGGACAAAGCCAGAGTAACTTTGCTTCGGTTTTCA
CTTATTGCGACTATATCTATGGGACCGACAAAGGTTATCGAGTCCATAAGAAGCTTCTTC
AGCAGATTACGGAGGAAGCTGAGCAGAAGGGAGGAACGAAAGACGATTAGTAACAAATCA
GAAGAGGGTCGAAAGTATCAATCCATTGATAAGATTAAATAATTGTATATGATCCTATAT
ATATATGTTAATTAACTAGAAGTGGATTGCTTGTGTTAATAATTTTCCACAATTAAAAAA
TATGTATGTTTTTTATTATTATTTAAAATATGTATGGTGTTAACTATAGTTACGTATGAG
ATTACGTGGGGAATATTATTCGAATAAAAACAATTTATTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1C537TF U 1
AF RR1AK16TF U 75
AF RR1AK16JQ C 404
AF RR1C537JQ C 405
BS 1 398 RR1C537TF
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BS 400 522 RR1C537TF
BS 523 523 RR1AK16TF
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BS 541 541 RR1AK16TF
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BS 770 788 RR1C537TF
BS 789 789 RR1AK16TF
BS 790 807 RR1C537TF
BS 808 914 RR1AK16TF
BS 915 1183 RR1AK16JQ

RD RR1C537TF 807 0 0
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AACTAGCTCTCAAAGTATGATCCCTTACCCAACCGTCCGAGACGCGTCCGTAGCTTTAGG
ACGGAACCTGACTTGGTTCGAGACTGTTTGGTTTGATTACTCAGCCACCAAATCTGATTT
CCATGTTTACTGCCACACCATTTTAGTACTCTTCCTCGTCTTCTCTCTCGCTCCTCTTCC
TTTTGTGTTTGTTGAATTGACTGGCTGGTTTGAGCGGTTCAAGATTCAGCCTAAGATGAA
GTATTCATTGTCTGATATGTTTCGGTGTTATAAAGATGTCATGAAGCTGTTCCTTCTTGT
AGTCGGCACGTTGCAATTCGTTACTTATCCTTCCATCCGGCTGGTTGGGATTCGAAGTGG
GTTGCCATTACCATCGTTAATGGAGACTGTAGCACAATTAGTGGTTTACTTCTTGATAGA
AGATTACACTAACTACTGGATCCATAGATGGTTGCATTGCAA*TGGGGTTATGAGATGAT
GCATCGAGTTCACCACGAGTACACTTCTCCAATCGGATATGCATCACCTTATGCACATTG
GGCCGAGGTCTTGCTTCTTGGTATTCCGACGTTTCTTGGACCGGCGATTGCACCTGGCCA
CATTATGACCTTTT*GGTTGTGGATAACTTTACGTCAAATGGAG*CTATAGAAACTCACA
GCGGATATGATTTTCCATGGGCTCTGACAAAACTTGT*CCGTTCTACG*TGGAGCTGAGT
ATCATGAT*ATCATCACTACGTTGGAG

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1AK16TF 846 0 0
GG
ATGATCCCTTACCCAACCGTCCGAGACGCGTCCGTAGCTTTAGGACGGAACCTGACTTGG
TTCGAGACTGTTTGGTTTGATTACTCAGCCACCAAATCTGATTTCCATGTTTACTGCCAC
ACCATTTTAGTACTCTTCCTCGTCTTCTCTCTCGCTCCTCTTCCTTTTGTGTTTGTTGAA
TTGACTGGCTGGTTTGAGCGGTTCAAGATTCAGCCTAAGATGAAGTATTCATTGTCTGAT
ATGTTTCGGTGTTATAAAGATGTCATGAAGCTGTTCCTTCTTGTAGTCGGCACGTTGCAA
TTCGTTACTTATCCTTCCATCCAGCTGGTTGGGATTCGAAGTGGGTTGCCATTACCATCG
TTAATGGAGACTGTAGCACAATTAGTGGTTTACTTCTTGATAGAAGATTACACTAACTAC
TGGATCCATAGATGGTTGCATTGCAAATGGGGTTATGAGATGATACATCGAGTTCACCAC
GAGTACACTTCTCCAATCGGATATGCATCACCTTATGCACATTGGGCCGAGGTCTTGCTT
CTTGGTATTCCGACGTTTCTTGGACCGGCGGTTGCACCTGGCCACATTATGACCTTTTTG
GTTGTGGATAACTTTACGTCAAATGTAGGCTATAGAAACTCACAGCGGATATGATTTTCC
ATGGGCTCTGACAAAACTTGTTCCGTTCTACGGTGGAGCTGAGTATCATGATTATCATCA
CTACGTTGGAGGACAAAGCCAGAGTAACTTTGCTTCGGTTTTCACTTATTGCGACTATAT
CTATGGGACCGACAAAGGTTATCGAGTCCATAAGAAGCTTCTTCAGCAGATTACGGAG
AGCTGA

QA 3 840 3 840
DS 

RD RR1AK16JQ 780 0 0
G
TTGGGATTCGAAGTGGGTTGCCATTACCATCGTTAATGGAGACTGTAGCACAATTAGTGG
TTTACTTCTTGATAGAAGATTACACTAACTACTGGATCCATAGATGGTTGCATTGCAAAT
GGGGTTATGAGATGATACATCGAGTTCACCACGAGTACACTTCTCCAATCGGATATGCAT
CACCTTATGCACATTGGGCCGAGGTCTTGCTTCTTGGTATTCCGACGTTTCTTGGACCGG
CGGTTGCACCTGGCCACATTATGACCTTTT*GGTTGTGGATAACTTTACGTCAAATGTAG
GCTATAGAAACTCACAGCGGATATGATTTTCCATGGGTTCTGACAAAACTTGTTCCGTTT
TACGGTGGAGCTGAGTATCATGATTATCATCACTACGTTGGAGGACAAAGCCAGAGTAAC
TTTGCTTCGGTTTTCACTTATTGCGACTATATCTATGGGACCGACAAAGGTTATCGAGTC
CATAAGAAGCTTTTTCAGCAGATTACGGAGGAAGCTGAGCAGAAGGGAGGAACGAAAGAC
GATTAGTAACAAATCAGAAGAGGGTCGAAAGTATCAATCCATTGATAAGATTAAATAATT
GTATATGATCCTATATATATATGTTAATTAACTAGAAGTGGATTGCTTGTGTTAATAATT
TTCCACAATTAAAAAATATGTATGTTTTTTATTATTATTTAAAATATGTATGGTGTTAAC
TATAGTTACGTATGAGATTACGTGGGGAATATTATTCGAATAAAAACAATTTATTCTTC

QA 2 780 2 780
DS 

RD RR1C537JQ 777 0 0
TTGGGATTCGAAGTGGGTTGCCATTACCATCGTTAATGGAGACTGTAGCACAATTAGTGG
TTTACTTCTTGATAGAAGATTACACTAACTACTGGATCCATAGATGGTTGCATTGCAA*T
GGGGTTATGAGATGATGCATCGAGTTCACCACGAGTACACTTCTCCAATCGGATATGCAT
CACCTTATGCACATTGGGCCGAGGTCTTGCTTCTTGGTATTCCGACGTTTCTTGGACCGG
CGATTGCACCTGGCCACATTATGACCTTTT*GGTTGTGGATAACTTTACGTCAAATGGAG
GCTATAGAAACTCACAGCGGATATGATTTTCCATGGGCTCTGACAAAACTTGTTCCGTTC
TACGGTGGAGCTGAGTATCATGATTATCATCACTACGTTGGAGGACAAAGCCAGAGTAAC
TTTGCTTCGGTTTTCACTTATTGCGACTATATCTATGGGACCGACAAAGGTTATCGAGTC
CATAAGAAGCTTCTTCAGCAGATTACGGAGGAAGCTGAGCAGAAGGGAGGAACGAAAGAC
GATTAGTAACAAATCAGAAGAGGGTCGAAAGTATCAATCCATTGATAAGATTAAATAATT
GTATATGATCCTATATATATATGTTAATTAACTAGAAGTGGATTGCTTGTGTTAATAATT
TTCCACATTTAAAAAATATGTATGTTTTTTATTATTATTTAAAATATGTATGGTGTTAAC
TATAGTTACGTATGAGATTACGTGGGGAATATTATTCGAATAAAAACAATTTATTCT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 4

CO CL2582Contig1 680 4 8 U
GGGCTGACTACAGGGTGAGAGCCTCGAAGCTATCGAAACTCTGAATCTAAAAATTTAAGG
AGGAGAGAGATGGCTTCAGAGAAGAAGGTTCTAGGATTCGAAGAAGTTTCACAGCACAAC
AAAACCAAAGACTGTTGGCTTATTATCTCCGGCAAGGTGTATGATGTGACCCCATTCATG
GACGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAAT
GACTTTGAAGACGTCGGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATT
GGAGAGATCGATTCGTCTACTGTTCCAGCCACAAGGACATACGTTGCACCTTCTCAACCC
GCTTACAACCAAGACAAGACACCAGAGTTCATCATCAAGATTCTGCAGTTCCTTGTCCCT
ATCTTGATCTTGGGTCTGGCTCTTCTCGTCCGTCAATATACCAAGAAAGAGTAGAAACAG
GGGCTTTGCATTTTTT*GCTTGCCACTGGATAACTCTTTTCTGATTTCTCTCTGTATTTG
CAAAAAAAAAAA**TACAGTTACTGTTGTTTGGTCCTAGACTTTATCTCTGTCTTTAAAA
ATGATTCTTGTTGAAACTACTACGAAACAATAATCAATGTGCTGCTAGTCTCTTTGTGGT
CGTATCGTTTGGTTTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL14TF U 1
AF RR1EJ95TF U 1
AF RR1BE46JQ C 8
AF RR1BE46TF U 8
BS 1 20 RR1AL14TF
BS 21 21 RR1EJ95TF
BS 22 480 RR1AL14TF
BS 481 481 RR1BE46TF
BS 482 496 RR1AL14TF
BS 497 497 RR1BE46TF
BS 498 661 RR1AL14TF
BS 662 680 RR1EJ95TF

RD RR1AL14TF 661 0 0
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AGGAGAGAGATGGCTTCAGAGAAGAAGGTTCTAGGATTCGAAGAAGTTTCACAGCACAAC
AAAACCAAAGACTGTTGGCTTATTATCTCCGGCAAGGTGTATGATGTGACCCCATTCATG
GACGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAAT
GACTTTGAAGACGTCGGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATT
GGAGAGATCGATTCGTCTACTGTTCCAGCCACAAGGACATACGTTGCACCTTCTCAACCC
GCTTACAACCAAGACAAGACACCAGAGTTCATCATCAAGATTCTGCAGTTCCTTGTCCCT
ATCTTGATCTTGGGTCTGGCTCTTCTCGTCCGTCAATATACCAAGAAAGAGTAGAAACAG
AGGCTTTGCATTTTTTTGCTTGCCACTGGATAACTCTTTTCTGATTTCTCTCTGTATTTG
CAAAAAAAAAAA**TACAGTTACTGTTGTTTGGTCCTAGACTTTATCTCTGTCTTTAAAA
ATGATTCTTGTTGAAACTACTACGAAACAATAATCAATGTGCTGCTAGTCTCTTTGTGGT
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1EJ95TF 680 0 0
GGGCTGATT
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ATGGCTTCAGAGAAGAAGGTTCTAGGATTCGAAGAAGTTTCACAGCACAACAAAACCAAA
GACTGTTGGCTTATTATCTCCGGCAAGGTGTATGATGTGACCCCATTCATGGACGATCAT
CCTGGAGGCGATGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAGGATGCTACGAATGACTTTGAA
GACGTCGGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGGAGAGATC
GATTCGTCTACTGTTCCAGCCACAAGGACATACGTTGCACCTTCTCAACCTGCTTACAAC
CAAGACAAGACACCAGAGTTCATCATCAAGATTCTGCAGTTCCTTGTCCCTATCTTGATC
TTGGGTCTGGCTCTTCTCGTCCGTCAATATACCAAGAAAGAGTAGAAACAGAGGCTTTGC
ATTTTTTTGCTTGCCACTGGATAACTCTTTTCTGATTTCTCTCTGTATTTGCAAAAAAAA
AAAAATACAGTTACTGTTGTTTGGTCCTAGACTTTATCTCTGTCTTTAAAAATGATTCTT
GTTGAAACTACTACGAAACAATAATCAATGTGCTGCTAGTCTCTTTGTGGTCGTATCGTT
TGGTTTTTCTT

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DS 

RD RR1BE46JQ 655 0 0
GG
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GACTGTTGGCTTATTATTTCCGGCAAGGTGTATGATGTGACCCCATTCATGGACGATCAT
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GACGTCGGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGGAGAGATC
GATTCGTTTACTGTTCCAGCCACAAGGACATACGTTGCACCTTCTCAACCCGCTTACAAC
CAAGACAAGACACCAGAGTTCATCATCAAGATTCTGCAGTTCCTTGTCCCTATCTTGATC
TTGGGTCTGGCTCTTCTCGTCCGTCAATATACCAAGAAAGAGTAGAAACAGGGGCTTTGC
ATTTTTT*GCTTGCCACTGGATAACTCTTTTTTGATTTCTCTCTGTATTTGCAAAAAAAA
AAA**TACAGTTACTGTTGTTTGGTCCTAGACTTTATCTCTGTCTTTAAAAATGATTCTT
GTTGAAACTACTACGAAACAATAATCAATGTGCTGCTAGTCTCTTTGTGGTC
G

QA 3 654 3 654
DS 

RD RR1BE46TF 655 0 0
GG
ACAGGGTGAGAGCCTCGAAGCTATCGAAACTCTGAATCTAAAAATTTAAGGAGGAGAGAG
ATGGCTTCAGAGAAGAAGGTTCTAGGATTCGAAGAAGTTTCACAGCACAACAAAACCAAA
GACTGTTGGCTTATTATCTCCGGCAAGGTGTATGATGTGACCCCATTCATGGACGATCAT
CCTGGAGGCGATGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAATGACTTTGAA
GACGTCGGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGGAGAGATC
GATTCGTCTACTGTTCCAGCCACAAGGACATACGTTGCACCTTCTCAACCCGCTTACAAC
CAAGACAAGACACCAGAGTTCATCATCAAGATTCTGCAGTTCCTTGTCCCTATCTTGATC
TTGGGTCTGGCTCTTCTCGTCCGTCAATATACCAAGAAAGAGTAGAAACAGGGGCTTTGC
ATTTTTT*GCTTGCCACTGGATAACTCTTTTCTGATTTCTCTCTGTATTTGCAAAAAAAA
AAA**TACAGTTACTGTTGTTTGGTCCTAGACTTTATCTCTGTCTTTAAAAATGATTCTT
GTTGAAACTACTACGAAACAATAATCAATGTGCTGCTAGTCTCTTTGTGGTC
G

QA 3 654 3 654
DS 



AS 1 4

CO CL2583Contig1 1124 4 8 U
CAGAGACAAATACATAAAAAGCAAATCATATTTGCAAGTAGCAGCATAACACATTACAAG
CTCTATTACTAAGAGCTTCTGAATAGATCATAATCAATAGAAACAAAAGAACAAAAGAAT
AATTTTGAGGATAGTCAAATCCGTTCCTTCCTCTACACCATGTTGTGAAGAGTTGATCCT
GTTTGACTCTTCTCCGCTTCAGAGGAATCTTGATTGGAACAACAAGCTTGCAGAGAACTC
TCTGGCGCTTCTTCTAACGCTTGGCTGCTCGAAAACGAGTTCTCTCCGTTCTGTTTGCGA
AGCCAAGCTTCATGAAGCTGCAAAACATACTCCAAATGCCACAAAACTTCTCCCATCATC
GGCCTGTTCTTCCCTTCATCCGCTAAGCACTTCTCAGCTATCTCACCATACTTCTCCAAC
GACTCAGGACTGTGGTTCCCTCTCAGATTCGGGTCGATGATCGACTCGAGAGACCTCTGT
TTCTGCCAGCTTAAAGCCCATTCCGCAAGGTTGATCTGGTCTTTAGGCAAAGTCGGGTTT
ATAACAGCTCGAGCACAAACAGCTTCAAACAACACAACGCCAAAAGAGTACACATCTGAC
TTCTCTGTCAGCTGCTGCCTCCTGAAGTACTCAGGATCAAGATACCCGAAACTCCCTTTC
ACAGCTGTACTCACATGAGTATGGTCCATCGAAGGCCCAGCTTTAGACAACCCAAAATCA
GACATCTTCGCCACAAAGTTCTCGTCGAGTAATATATTCGTCGTCTTGACATCTCTGTGG
ATGATTCCTCTCCCAGACCCCGTGTGGAGATAATGCAACCCCCTAGCAGAGCCTATACAA
GCCTCAAGCCGTTGCTTCCACGACAAAGGAGGTAGGTTGCTTCCAAACAGATGGCTCCTC
AGAGTTCCATTAGCCATATACTCATAAACCAAGATCATCTCGTTGTGCTCATCGCAGAAC
CCGATCAAAGACACCAGATGTCTATGCCTAAGCCTCGACAGCATCACTATCTCCGTCTCG
AATTCAGCGAGCCCTTGCTGAGAATGCGGGGTCGCTCGTTTGATAGCTATCACCGTCATC
TTCAAGCTCTCCTCTGTACACTTTACCGAACCCTCCAACTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT23JQ U 1
AF RR1AY96JQ U 11
AF RR1GT23TF C 254
AF RR1AY96TF C 545
BS 1 445 RR1GT23JQ
BS 446 446 RR1AY96JQ
BS 447 662 RR1GT23JQ
BS 663 704 RR1AY96JQ
BS 705 792 RR1GT23TF
BS 793 793 RR1AY96TF
BS 794 843 RR1GT23TF
BS 844 1124 RR1AY96TF

RD RR1GT23JQ 662 0 0
CAGAGACAAATACATAAAAAGCAAATCATATTTGCAAGTAGCAGCATAACACATTACAAG
CTCTATTACTAAGAGCTTCTGAATAGATCATAATCAATAGAAACAAAAGAACAAAAGAAT
AATTTTGAGGATAGTCAAATCCGTTCCTTCCTCTACACCATGTTGTGAAGAGTTGATCCT
GTTTGACTCTTCTCCGCTTCAGAGGAATCTTGATTGGAACAACAAGCTTGCAGAGAACTC
TCTGGCGCTTCTTCTAACGCTTGGCTGCTCGAAAACGAGTTCTCTCCGTTCTGTTTGCGA
AGCCAAGCTTCATGAAGCTGCAAAACATACTCCAAATGCCACAAAACTTCTCCCATCATC
GGCCTGTTCTTCCCTTCATCCGCTAAGCACTTCTCAGCTATCTCACCATACTTCTCCAAC
GACTCAGGACTGTGGTTCCCTCTCAAATTCGGGTCGATGATCGACTCGAGAGACCTCTGT
TTCTGCCAGCTTAAAGCCCATTCCGCAAGGTTGATCTGGTCTTTAGGCAAAGTCGGGTTT
ATAACAGCTCGAGCACAAACAGCTTCAAACAACACAACGCCAAAAGAGTACACATCTGAC
TTCTCTGTCAGCTGCTGCCTCCTGAAGTACTCAGGATCAAGATACCCGAAACTCCCTTTC
AC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1AY96JQ 694 0 0
ACCT
TAAAAAGCAAATCATATTTGCAAGTAGCAGCATAACACATTACAAGCTCTATTACTAAGA
GCTTCTGAATAGATCATAATCAATAGAAACAAAAGAACAAAAGAATAATTTTGAGGATAG
TCAAATCCGTTCCTTCCTCTACACCATGTTGTGAAGAGTTGATCCTGTTTGACTCTTCTC
CGCTTCAGAGGAATCTTGATTGGAACAACAAGCTTGCAGAGAACTCTCTGGCGCTTCTTC
TAACGCTTGGCTGCTCGAAAACGAGTTCTCTCCGTTCTGTTTGCGAAGCCAAGCTTCATG
AAGCTGCAAGACATACTCCAAATGCCACAAAACTTCTCCCATCATCGGCCTGTTCTTCCC
TTCATCCGCTAAGCACTTCTCAGCTATCTCACCATACTTCTCCAACGACTCAGGACTGTG
GTTCCCTCTCAGATTCGGGTCGATGATCGACTCGAGAGACCTCTGTTTCTGCCAGCTTAA
AGCCCATTCCGCAAGGTTGATCTGGTCTTTAGGCAAAGTCGGGTTTATAACAGCTCGAGC
ACAAACAGCTTCAAACAACACAACGCCAAAAGAGTACACATCTGACTTCTCTGTCAGCTG
CTGCCTCCTGAAGTACTCAGGATCAAGATACCCGAAACTCCCTTTCACAGCTGTACTCAC
ATGAGTATGGTCCATCGAAGGCCCAGCTTT

QA 5 694 5 694
DS 

RD RR1GT23TF 591 0 0
CTAACGCTTGGCTGCTCGAAAACGAGTTCTCTCCGTTCTGTTTGCGAAGCCAAGCTTCAT
GAAGCTGCAAAACATACTCCAAATGCCACAAAACTTCTCCCATCATCGGCCTGTTCTTCC
CTTCATCCGCTAAGCACTTCTCAGCTATCTCACCATACTTCTCCAACGACTCAGGACTGT
GGTTCCCTCTCAGATTCGGGTCGATGATCGACTCGAGAGACCTCTGTTTCTGCCAGCTTA
AAGCCCATTCCGCAAGGTTGATCTGGTCTTTAGGCAAAGTCGGGTTTATAACAGCTCGAG
CACAAACAGCTTCAAACAACACAACGCCAAAAGAGTACACATCTGACTTCTCTGTCAGCT
GCTGCCTCCTGAAGTACTCAGGATCAAGATACCCGAAACTCCCTTTCACAGCTGTACTCA
CATGAGTATGGTCCATCGAAGGCCCAGCTTTAGACAACCCAAAATCAGACATCTTCGCCA
CAAAGTTCTCGTCGAGTAATATATTCGTCGTCTTGACATCTCTGTGGATGATTCCTCTCT
CAGACCCCGTGTGGAGATAATGCAACCCCCTAGCAGAGCCTATACAAGCC
C

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1AY96TF 580 0 0
CAGCTCGAGCACAAACAGCTTCAAACAACACAACGCCACAAGAGTACACATCTGACTTCT
CTGTCAGCTGCTGCCTCCTGAAGTACTCAGGATCAAGATACCCGAAACTCCCTTTCACAG
CTGTACTCACATGAGTATGGTCCATCGAAGGCCCAGCTTTAGACAACCCAAAATCAGACA
TCTTCGCCACAAAGTTCTCGTCGAGTAATATATTCGTCGTCTTGACATCTCTGTGGATGA
TTCCTCTCCCAGACCCCGTGTGGAGATAATGCAACCCCCTAGCAGAGCCTATACAAGCCT
CAAGCCGTTGCTTCCACGACAAAGGAGGTAGGTTGCTTCCAAACAGATGGCTCCTCAGAG
TTCCATTAGCCATATACTCATAAACCAAGATCATCTCGTTGTGCTCATCGCAGAACCCGA
TCAAAGACACCAGATGTCTATGCCTAAGCCTCGACAGCATCACTATCTCCGTCTCGAATT
CAGCGAGCCCTTGCTGAGAATGCGGGGTCGCTCGTTTGATAGCTATCACCGTCATCTTCA
AGCTCTCCTCTGTACACTTTACCGAACCCTCCAACTCACC

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL2584Contig1 804 2 6 U
GGCCCCAAAAAAACTCCAGTTGGTGAATCGAAGTGCCCAAAATGGAGGCAAGTATGTCCC
TCAACGCGTTAACTCGGCTTCCACTGAAGAACACGGGAAGACTCGAAGAGTTCGGTTTAG
CGAGACACTCTCTGTTCACCTCGAGAACACCATGCCTAGAGACGGCGCAGCGGAGGAAGG
TTTTAGTGGTGGAGGCGAAGGGGAAGAAAGGTATGGCGGCGCGTCAGTATCAACGTACTC
CTCCCCCTATGCCTAAGATTGAAGACGACGGAAACCCTAGATTCGTTATCTTCATTCGTA
TGGCCAATGTGTATCTTTGGTATCCTCTCAGTATAATAGCTGGTGGTACAACTGCCAAGA
TCATGGTTGCTGCTAAAGACAACCTCTTGGGGAAGTATATTTACAAAGACACCATTGCAA
GAAATATTGCTGCTGTTATTTATAGAGACGAGAAGGAGATACAAAAGACAGCAATAAAGC
AGCATCGTGTCTTGCGGACTGCCACTGAGTTTCGTTATGGCTACAAACTTGTTGAAAATG
GAAATATGAGAGCTGCACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACCCAGGACCAGC
TTAAAACAGTATTCGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGGGGACGCAAAAGAGTCCTTCGGAA
AGATATCATCACTGAATCCTGGGACAGATGAAGAAACCGAAAGAAGTCCTGATGAGAAAG
CCAAGTCCAAGCTGAACGATTTATACATGATTGGCTGATTCCTAATGTCTCAACCGTCTT
GATATGGAATGCAGAAGTTCACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D205TF U 1
AF RR1A071TF U 21
BS 1 410 RR1D205TF
BS 411 411 RR1A071TF
BS 412 670 RR1D205TF
BS 671 671 RR1A071TF
BS 672 689 RR1D205TF
BS 690 804 RR1A071TF

RD RR1D205TF 689 0 0
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CGAGACACTCTCTGTTCACCTCGAGAACACCATGCCTAGAGACGGCGCAGCGGAGGAAGG
TTTTAGTGGTGGAGGCGAAGGGGAAGAAAGGTATGGCGGCGCGTCAGTATCAACGTACTC
CTCCCCCTATGCCTAAGATTGAAGACGACGGAAACCCTAGATTCGTTATCTTCATTCGTA
TGGCCAATGTGTATCTTTGGTATCCTCTCAGTATAATAGCTGGTGGTACAACTGCCAAGA
TCATGGTTGCTGCTAAAGACAACCTCTTGGGGAAGTATATTTACAAAGACGCCATTGCAA
GAAATATTGCTGCTGTTATTTATAGAGACGAGAAGGAGATACAAAAGACAGCAATAAAGC
AGCATCGTGTCTTGCGGACTGCCACTGAGTTTCGTTATGGCTACAAACTTGTTGAAAATG
GAAATATGAGAGCTGCACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACCCAGGACCAGC
TTAAAACAGTATTCGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGGGGACGCAAAAGAGTCCTTCGGAA
AGATATCATCGCTGAATCCTGGGACAGAT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1A071TF 784 0 0
AGGGGAATC
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AACACGGGAAGACTCGAAGAGTTCGGTTTAGCGAGACACTCTCTGTTCACCTCGAGAACA
CCATGCCTAGAGACGGCGCAGCGGAGGAAGGTTTTAGTGGTGGAGGCGAAGGGGAAGAAA
GGTATGGCGGCGCGTCAGTATCAACGTACTCCTCCCCCTATGCCTAAGATTGAAGACGAC
GGAAACCCTAGATTCGTTATCTTTATTCGTATGGCCAATGTGTATCTTTGGTATCCTCTC
AGTATAATAGCTGGTGGTACAACTGCCAAGATCATGGTTGCTGCTAAAGACAACCTCTTG
GGGAAGTATATTTACAAAGACACCATTGCAAGAAATATTGCTGCTTTTATTTATAGAGAT
GAGAAGGAGATACAAAAGACAGCAATAAAGCAGCATCGTGTCTTGCGGACTGCCACTGAG
TTTCGTTATGGCTACAAACTTGTTGAAAATGGAAATATGAGAGCTGCACTTAGTACCTCG
GATGTCATCGAGCTCCCAACCCAGGACCAGCTTAAAACAGTATTCGACAAAGTGAAAGAC
TTTTTTGGGGATGCAAAAGAGTCCTTCGGAAA*ATATCATCACTGAATCCTGGGACAGAT
GAAGAAACCGAAAGAAGTCCTGATGAGAAAGCCAAGTCCAAGCTGAACGATTTATACATG
ATTGGCTGATTCCTAATGTCTCAACCGTCTTGATATGGAATGCAGAAGTTCACTG

QA 10 784 10 784
DS 



AS 1 4

CO CL2585Contig1 936 4 7 U
GGAGACTGCAATAATTTTCAACTTTACATCAAAGCCCTGAGCTGTTTCTTCTTAAAGAAT
AAGATCAAACCAAGATCACAAAATCCCAGGAGATCAGATCTTGCTGTCTCAGCATCATCA
GGAGCGAATTTCTTAAAGGAATCTAATACTATTAAGACTATCAAAGCCTTTTGATGGACG
ATTGTCGGGAGAAGAGAAGACGTTGTACAAAACTTAGAGTAAGTACTGATAATAACGACA
TGGAGAAGATGATGCATAGAGAAATCGAGAGACAGAGAAGACAAGAAATGGCTTCTCTTT
ATGCTTCTCCTCGTTCTCTTCTCCCTCTTAATTTCATTCAGGGCAAACGTTCGACGTCAG
ATCAAGTCGGTGAAGCGGTTAACTACATAAGGTATTTAGAGAGGAAGATCAAGGAGCTTA
GTTTGAGGAGAGATGAGCTCATGTTACTGTCTAGAGGAACCCTCTTGGATGATTCGAAGA
ATGAGATGGAAGCGATAAATCATGTGGTGGTTCGGCAGTGCTTGGTGGGTGTGGAAATAG
TGTTTAGCAGCCGCTGTTGCCGTGGCCAACCGCAGCTATCAAGTGTTCTTCAAGTTCTTA
GTGAAAATGGTCTTTGCCTTCTTAACACCATCTCCTCTATTGTTGATGATAGACTCATTT
ACACTATACAAGCTGAGGTCAAAGATTCGACCTTGATTGACTTATCAGAACTGGAAGAGA
GATTAACCAGAATGAAGTAAATGGTTTTTCTGTTTGTTAAACGATATCCTAAGTGATGTA
AATGGTTGTTGCATTGGTTTCTCTTATCATGTCAAGCAGCGACTAATATAAGCACGTGGT
TAGGTTATTTGTACTTGTATTGTTATGTTGTGTTCAAATTTGCATCTATTTGTATGTTTA
TCTTCTTTTTTCCTTTTTCGCTGAAGTGTAAATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
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AF RR1CG10TF U 1
AF RR1EP82TF U 59
AF RR1EP82JQ C 323
AF RR1CG10JQ C 188
BS 1 343 RR1CG10TF
BS 344 344 RR1EP82TF
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BS 779 787 RR1EP82TF
BS 788 936 RR1CG10JQ

RD RR1CG10TF 778 0 0
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AAGATCAAACCAAGATCACAAAATCCCAGGAGATCAGATCTTGCTGTCTCAGCATCATCA
GGAGCGAATTTCTTAAAGGAATCTAATACTATTAAGACTATCAAAGCCTTTTGATGGACG
ATTGTCGGGAGAAGAGAAGACGTTGTACAAAACTTAGAGTAAGTACTGATAATAACGACA
TGGAGAAGATGATGCATAGAGAAATCGAGAGACAGAGAAGACAAGAAATGGCTTCTCTTT
ATGCTTCTCCTCGTTCTCTTCTCCCTCTTAATTTCATTCAGGGTAAACGTTCGACGTCAG
ATCAAGTCGGTGAAGCGGTTAACTACATAAGGTATTTAGAGAGGAAGATCAAGGAGCTTA
GTTTGAGGAGAGATGAGCTCATGTTACTGTCTAGAGGAACCCTCTTGGATGATTCGAGGA
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ACACTATACAAGCTGAGGTCAAAGATTCGACCTTGATTGACTTATCAGAACTGGAAGAGA
GATTAACCAGAATGAAGTAAATGGTTTTTCTGTTTGTTAAACGATATCCTAAGTGATG

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1EP82TF 729 0 0
GG
AAGATCAAACCAAGATCACAAAATCCCAGGAGATCAGATCTTGCTGTCTCAGCATCATCA
GGAGCGAATTTCTTAAAGGAATCTAATACTATTAAGACTATCAAAGCCTTTTGATGGACG
ATTGTCGGGAGAAGAGAAGACGTTGTACAAAACTTAGAGTAAGTACTGATAATAACGACA
TGGAGAAGATGATGCATAGAGAAATCGAGAGACAGAGAAGACAAGAGATGGCTTCTCTTT
ATGCTTCTCTTCGTTCTCTTCTCCCTCTTAATTTCATTCAGGGCAAACGTTCGACGTCAG
ATCAAGTCGGTGAAGCGGTTAACTACATAAGGTATTTAGAGAGGAAGATCAAGGAGCTTA
GTTTGAGGAGAGATGAGCTCATGTTACTGTCTAGAGGAACCCTCTTGGATGATTCGAAGA
ATGAGATGGAAGCGATAAATCATGTGGTGGTTCGGCAGTGCTTGGTGGGTGTGGAAATAG
TGTTTAGCAGCCGCTGTTGCCGTGGCCAACCGCAGCTATCAAGTGTTCTTCAAGTTCTTA
GTGAAAATGGTCTTTGCCTTCTTAACACCATCTCCTCTATTGTTGATGATAGACTCATTT
ACACTATACAAGCTGAGGTCAAAGATTCGACCTTGATTGACTTATCAGAACTGGAAGAGA
GATTAACCAGAATGAAGTAAATGGTTTTTCTGTTTGTTAAACGATATCCTAAGTGATGTA
AATGGTT

QA 3 729 3 729
DS 

RD RR1EP82JQ 577 0 0
CCCTCTTAATTTCATTCAGGGCAAACGTTCGACGTCAGATCAAGTCGGTGAAGCGGTTAA
CTACATAAGGTATTTAGAGAGGAAGATCAAGGAGCTTAGTTTGAGGAGAGATGAGCTCAT
GTTACTGTCTAGAGGAACCCTCTTGGATGATTCGAAGAATGAGATGGAAGCGATAAATCA
TGTGGTGGTTCGGCAGTGCTTGGTGGGTGTGGAAATAGTGTTTAGCAGCCGCTGTTGCCG
TGGCCAACCGCAGCTATCAAGTGTTTTTCAAGTTTTTAGTGAAAATGGTCTTTGCCTTCT
TAACCCCATCTCCTCTATTGTTGATGATAGACTCATTTACACTATACAAGCTGAGGTCAA
AGATTCGCCCTTGATTGACTTATCAGAACTGGAAGAGAGATTAACCAGAATGAAGTAAAT
GGTTTTTCTGTTTGTTAAACGATATCCTAAGTGATGTAAATGGTTGTTGCATTGGTTTCT
CTTATCATGTCAAGCAGTGACTAATATAAGCACGTGGTTAGTTTATTTGTACTTGTATTG
TTATGTTGTGTTCAA*TTTGCATCTATTTGTATGTTT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1CG10JQ 749 0 0
GGAGAAGAGAAGACGTTGTACAAAACTTAGAGTAAGTACTGATAATAACGACATGGAGAA
GATGATGCATAGAGAAATCGAGAGACAGAGAAGACAAGAAATGGCTTCTCTTTATGCTTC
TCCTCGTTCTCTTCTCCCTCTTAATTTCATTCAGGGTAAACGTTCGACGTCAGATCAAGT
CGGTGAAGCGGTTAACTACATAAGGTATTTAGAGAGGAAGATCAAGGAGCTTAGTTTGAG
GAGAGATGAGCTCATGTTACTGTCTAGAGGAACCCTCTTGGATGATTCGAGGAATGAGAT
GGAAGCGATAAATCATGTGGTGGTTCGGCAGTGCTTGGTGGGTGTGGAAATAGTGTTTAG
CAGCCGCTGTTGCCGTGGCCAACCGCAGCTATCAAGTGTTCTTCAAGTTCTTAGTGAAAA
TGGTCTTTGCCTTCTTAACACCATCTCCTCTATTGTTGATGATAGACTCATTTACACTAT
ACAAGCTGAGGTCAAAGATTCGACCTTGATTGACTTATCAGAACTGGAAGAGAGATTAAC
CAGAATGAAGTAAATGGTTTTTCTGTTTGTTAAACGATATCCTAAGTGATGTAAATGGTT
GTTGCATTGGTTTCTCTTATCATGTCAAGCAGCGACTAATATAAGCACGTGGTTAGGTTA
TTTGTACTTGTATTGTTATGTTGTGTTCAAATTTGCATCTATTTGTATGTTTATCTTCTT
TTTTCCTTTTTCGCTGAAGTGTAAATATT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 4

CO CL2586Contig1 741 4 4 U
GGAGCTTAGGGTTTGGTTTCAGAGGAAGGAAAGAACGACGAACGAAGATCAAATCAAGAG
GGTTGGATGGATCGTGACAGTAATGATGGACGTATTCCCTTAAGCAGCCTTTCCTGCTAC
AAAGAAATGTGTATCCTTGCTGATAAGGATTGTCACTTTTCCACAGTTCGACGTCCTCCC
CTTTTGTTCGGAGACGTGTACGAGATGGTGAATGATCCTTCAACTGATTCAGTTGTCTCC
TGGGGTGATAGCGGCAAGAGCTTCATCGTCTGGAATGAATCTGAGTTCCTCGGAGATGTT
CTTCCTAGGTGCTTATCCTACGATTACAAAGATATGACATCTTTCACCACCAAGTTTCAT
GCCCTCGGCTATAATAAAGTTGAAGAATCTGTGCATTGGGAATACACAGCCAATTATTTG
GTAAGAGGACAGCCTCCCCCCCCTAAGGATCCATCCCCATGTACTTCTGCTGATCTTTTG
ACGATGGTTACTCCAGAATATGCCAAAATGTACGAGTGGTCCTTTGCTTACATTAAGGAT
CGCAAACAATAAGCTCTGTTGGTTCTGTTCGATGGAGTTGCTTTGCTCTCGTTGTTTTCT
TAATCGTATTTTATCGTCCTGTTTGAAAACATTGGGTTTGGTCTCTCTTCTCCTTTTCTT
TTAACTTATGGTTGTAAGATAAAAAGATGTTTGCATTTTAATAAAAGGTAGATCATTATG
ATCTTTTGGTTCTGTTGACAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI65TF U 1
AF RR1A661TF U 1
AF RR1A661JQ C 119
AF RR1DI65JQ C 279
BS 1 478 RR1A661TF
BS 479 479 RR1DI65TF
BS 480 680 RR1A661TF
BS 681 741 RR1A661JQ

RD RR1DI65TF 646 0 0
GGAGCTTAGGGTTTGGTTTCAGAGGAAGGAAAGAACGACGAACGAAGATCAAATCAAGAG
GGTTGGATGGATCGTGACAGTAATGATGGACGTATTCCCTTAAGCAGCCTTTCCTGCTAC
AAAGAAATGTGTATCCTTGCTGATAAGGATTGTCACTTTTCCACAGTTCGACGTCCTCCC
CTTTTGTTCGGAGACGTGTACGAGATGGTGAATGATCCTTCAACTGATTCAGTTGTCTCC
TGGGGTGATAGCGGCAAGAGCTTCATCGTCTGGAATGAATCTGAGTTCCTCGGAGATGTT
CTTCCTAGGTGCTTATCCTACGATTACAAAGATATGACATCTTTCACCACCAAGTTTCAT
GCCCTCGGCTATAATAAAGTTGAAGAATCTGTGCATTGGGAATACACAGCCAATTATTTG
GTAAGAGGACAGCCTCCCCCCCCTAAGGATCCATCCCCATGTACTTCTGCTGATCTTTTG
ACGATGGTTACTCCAGAATATGCCAAAATGTACGAGTGGTCCTTTGCTTACATTAAGGAT
CGCAAACAATAAGCTCTGTTGGTTCTGTTCGATGGAGTTGCTTTGCTCTCGTTGTTTTCT
TAATCGTATTTTATCGTCCTGTTTGAAAACATTGGGTTTGGTCT
CT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1A661TF 680 0 0
GGAGCTTAGGGTTTGGTTTCAGAGGAAGGAAAGAACGACGAACGAAGATCAAATCAAGAG
GGTTGGATGGATCGTGACAGTAATGATGGACGTATTCCCTTAAGCAGCCTTTCCTGCTAC
AAAGAAATGTGTATCCTTGCTGATAAGGATTGTCACTTTTCCACAGTTCGACGTCCTCCC
CTTTTGTTCGGAGACGTGTACGAGATGGTGAATGATCCTTCAACTGATTCAGTTGTCTCC
TGGGGTGATAGCGGCAAGAGCTTCATCGTCTGGAATGAATCTGAGTTCCTCGGAGATGTT
CTTCCTAGGTGCTTATCCTACGATTACAAAGATATGACATCTTTCACCACCAAGTTTCAT
GCCCTCGGCTATAATAAAGTTGAAGAATCTGTGCATTGGGAATACACAGCCAATTATTTG
GTAAGAGGACAGCCTCCCCCCCCTAAGGATCCATCCCCATGTACTTCTGCTGATCTTT*G
ACGATGGTTACTCCAGAATATGCCAAAATGTACGAGTGGTCCTTTGCTTACATTAAGGAT
CGCAAACAATAAGCTCTGTTGGTTCTGTTCGATGGAGTTGCTTTGCTCTCGTTGTTTTCT
TAATCGTATTTTATCGTCCTGTTTGAAAACATTGGGTTTGGTCTCTCTTCTCCTTTTCTT
TTAACTTATGGTTGTAAGAT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1A661JQ 623 0 0
ACAAAGAAATGTGTATCCTTGCTGATAAGGATTGTCACTTTTCCACAGTTCGACGTCCTC
CCCTTTTGTTCGGAGACGTGTACGAGATGGTGAATGATCCTTCAACTGATTCAGTTGTCT
CCTGGGGTGATAGCGGCAAGAGCTTCATCGTCTGGAATGAATCTGAGTTCCTCGGAGATG
TTCTTCCTAGGTGCTTATCCTACGATTACAAAGATATGACATCTTTCACCACCAAGTTTC
ATGCCCTCGGCTATAATAAAGTTGAAGAATCTGTGCATTGGGAATACACAGCCAATTATT
TGGTAAGAGGACAGCCTCCCCCCCCTAAGGATCCATCCCCATGTACTTCTGCTGATCTTT
*GACGATGGTTACTCCAGAATATGCCAAAATGTACGAGTGGTCCTTTGCTTACATTAAGG
ATCGCAAACAATAAGCTCTGTTGGTTCTGTTCGATGGAGTTGCTTTGCTCTCGTTGTTTT
CTTAATCGTATTTTATCGTCCTGTTTGAAAACATTGGGTTTGGTCTTTCTTCTCCTTTTC
TTTTAACTTATGGTTGTAAGATAAAAAGATGTTTGCATTTTAATAAAAGGTAGATCATTA
TGATCTTTTGGTTCTGTTGACAC

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1DI65JQ 456 0 0
ATCTGAGTTCCTCGGAGATGTTCTTCCTAGGTGCTTATCCTACGATTACAAAGATATGAC
ATCTTTCACCACCAAGTTTCATGCCCTCGGCTATAATAAAGTTGAAGAATCTGTGCATTG
GGAATACACAGCCAATTATTTGGTAAGAGGACAGCCTCCCCCCCCTAAGGATCCATCCCC
ATGTACTTTTGCTGATCTTTTGACGATGGTTACTCCAGAATATGCCAAAATGTACGAGTG
GTCCTTTGCTTACATTAAGGATCGCAAACAATAAGCTCTGTTGGTTCTGTTCGATGGAGT
TGCTTTGCTCTCGTTGTTTTTTTAATCGTATTTTATCGTCCTGTTTGAAAACATTGGGTT
TGGTCTCTTTTCTCCTTTTCTTTTAACTTATGGTTGTAAGATAAAAAGATGTTTGCATTT
TAATAAAAGGTAGATCATTATGATCTTTTGGTT
TTG

QA 1 453 1 453
DS 



AS 1 4

CO CL2587Contig1 620 4 3 U
GGGGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCTCCGCTCTTGCAATTGGGTCGTTGCGATTACGGGT
TGGGTGTCTAATTGTCCAGGCGGTAATGATAGTATCTTGTACCTGAACCGGTGGCTCACT
TTTTCTAAGTAATGGGGAAAAGGACCGAAACATGCCACTGAAAGACTCTACTGAGACAAA
GATGGGCTGTCAAGAACGTAGAGGAGGTAGGATGGTCAGTTGGTCAGATCTAGTATGGAT
CGTACATGGACGGTAGTTGGAGTCGGCGGCTCTCCCAGGGTTCCCTCGTCTGGGATTGAT
CCCTGGGGAAGAGGATCAAGTTGGCCCTTGCGAACAGCTTGATGCACTATCTCCCTTCAA
CCCTTTGAGCGAAATGCGGCAAAAGGAAGGAAAATCCATGGACCGACCCCATCGTCTCCA
CCCCGTAGGAACTACGAGATCACCCCAAGGACGCCTTCGGTATCCAGGGGTCGCGGACCG
ACCATAGAACCCTGTTCAATAAGTGGAATGCATTAGCTGTCCGCTCGCAGGTTGGGCAGT
AAGGGTCGGAGAAGGGCAATCACTCATTCTTAAAACCAGCATTCGAAAGAGTTGGGGCGG
AAAAGGGGGGAAAGCTCTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B348JQ C 67
AF RR1B348TF U 67
AF RR1CP38JQ C 1
AF RR1CP38TF U 1
BS 1 67 RR1CP38TF
BS 68 380 RR1B348TF
BS 381 620 RR1CP38TF

RD RR1B348JQ 314 0 0
G
CTAATTGTCCAGGCGGTAATGATAGTATCTTGTACCTGAACCGGTGGCTCACTTTTTTTA
AGTAATGGGGAAAAGGACCGAAACATGCCACTGAAAGACTTTACTGAGACAAAGATGGGC
TGTCAAGAACGTAGAGGAGGTAGGATGGTCAGTTGGTCAGATTTAGTATGGATCGTACAT
GGACGGTAGTTGGAGTCGGCGGCTCTCCCAGGGTTCCCTCGTCTGGGATTGATCCCTGGG
GAAGAGGATCAAGTTGGCCCTTGCGAACAGCTTGATGCACTATCTCCCTTCAACCCTTTG
AGGGAAATGCGGC

QA 2 314 2 314
DS 

RD RR1B348TF 314 0 0
G
CTAATTGTCCAGGCGGTAATGATAGTATCTTGTACCTGAACCGGTGGCTCACTTTTTCTA
AGTAATGGGGAAAAGGACCGAAACATGCCACTGAAAGACTCTACTGAGACAAAGATGGGC
TGTCAAGAACGTAGAGGAGGTAGGATGGTCAGTTGGTCAGATCTAGTATGGATCGTACAT
GGACGGTAGTTGGAGTCGGCGGCTCTCCCAGGGTTCCCTCGTCTGGGATTGATCCCTGGG
GAAGAGGATCAAGTTGGCCCTTGCGAACAGCTTGATGCACTATCTCCCTTCAACCCTTTG
AGCGAAATGCGGC

QA 2 314 2 314
DS 

RD RR1CP38JQ 620 0 0
GGGGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCTCCGCTCTTGCAATTGGGTCGTTGCGATTACGGGT
TGGGTGTCTAATTGTCCAGGCGGTAATGATAGTATCTTGTACCTGAACCGGTGGCTCACT
TTTTCTAAGTAATGGGGAAAAGGACCGAAACATGCCACTGAAAGACTCTACTGAGACAAA
GATGGGCTGTCAAGAACGTAGAGGAGGTAGGATGGTCAGTTGGTCAGATCTAGTATGGAT
CGTACATGGACGGTAGTTGGAGTCGGCGGCTCTCCTAGGGTTCCCTCGTCTGGGATTGAT
CCCTGGGGAAGAGGATCAAGTTGGCCCTTGCGAACAGCTTGATGCACTATCTCCCTTCAA
CCCTTTGAGCGAAATGCGGCAAAAGGAAGGAAAATCCATGGACCGACCCCATCGTCTCCA
CCCCGTAGGAACTACGAGATCACCCCAAGGACGCCTTCGGTATCCAGGGGTCGCGGACCG
ACCATAGAACCCTGTTCAATAAGTGGAATGCATTAGCTGTCCGCTCGCAGGTTGGGCAGT
AAGGGTCGGAGAAGGGCAATCACTCATTCTTAAAACCAGCATTCGAAAGAGTTGGGGCGG
AAAAGGGGGGAAAGCTCTCC

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1CP38TF 620 0 0
GGGGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCTCCGCTCTTGCAATTGGGTCGTTGCGATTACGGGT
TGGGTGTCTAATTGTCCAGGCGGTAATGATAGTATCTTGTACCTGAACCGGTGGCTCACT
TTTTCTAAGTAATGGGGAAAAGGACCGAAACATGCCACTGAAAGACTCTACTGAGACAAA
GATGGGCTGTCAAGAACGTAGAGGAGGTAGGATGGTCAGTTGGTCAGATCTAGTATGGAT
CGTACATGGACGGTAGTTGGAGTCGGCGGCTCTCCTAGGGTTCCCTCGTCTGGGATTGAT
CCCTGGGGAAGAGGATCAAGTTGGCCCTTGCGAACAGCTTGATGCACTATCTCCCTTCAA
CCCTTTGAGCGAAATGCGGCAAAAGGAAGGAAAATCCATGGACCGACCCCATCGTCTCCA
CCCCGTAGGAACTACGAGATCACCCCAAGGACGCCTTCGGTATCCAGGGGTCGCGGACCG
ACCATAGAACCCTGTTCAATAAGTGGAATGCATTAGCTGTCCGCTCGCAGGTTGGGCAGT
AAGGGTCGGAGAAGGGCAATCACTCATTCTTAAAACCAGCATTCGAAAGAGTTGGGGCGG
AAAAGGGGGGAAAGCTCTCC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 4

CO CL2588Contig1 1034 4 9 U
GGGAAAGGTTTCTTCCTATTGATCATATACTCCTTGATTGAATCTTACATAGGACAAATA
TCGATTTTAAACTTACAAAATGCACAGTTAGTAAACTTCCTTATTGATCCATATAAGAAA
GCATACAGCCAAATAGTAAAGTCCCATTCTTTTGCAAACCCAAAAACTGCTACTTTGGGT
ACCAAAACATGCCTTTGATGCCTTCTGGATCAGCCTCAAACCCCAAATTCTGATAGAAAT
CCACAACTTGACTATCTGCAAAAAGAGATATATTACCAATATCTCTCTGAAGAAGAGCCC
TTACAAGCTTTTCCACAAGAGCTTTACCAAGCCCCTGACCCTGATACTCAGGATCAACAA
GAACATCCCAAATTGTAGCATTAAAGGCATGATCCGACGTCGCACGTGCCATTCCAATTA
GCTTCTTCTCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCATTATCTCCTTCTGATGATGATGACGACT
TCAAGACAGAATGCAATGTAGCAACCATATAACTATTTTTCAAAGCTGCAGCTAGTTTCG
TTAGCGGTCTCCGAGGCCATCCCACCTTGTCACAAAGGGTTTGAAGATCATAGACATCAA
TTTCACCACCAGAAGAAAATATGATCTCTTCAACTAAACCATCTTGAAGAGTTCTCTCAA
CCAAAGTGAATTCAACAGGAAGTACTGGTTCCGTATCTTCTTCTACTGTAGAAGGTGGTT
CCACAAGTTGGGTCGTGTTATTATTCTTTACAAACCCAGATCGGATTGACTCCCAGAAAT
TAGCTCTGAGACGTAAAGTCTTCAACTTTCTGCTTCCAAGTGGAATTGGATAACCGGATT
TGGAGAGGAACAGAGACTGATTCGATGGATATGAATTAGAATTGAAGGAAGCTTGAGGAA
GGCTACAACAAGAGTAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTTGGGATTAGTATCATTT
TTTTTTTTGGTTTTGTGGTTGAGAGTAGAATTCAGACAAGACTGGGAGATGGTTTGGTAA
CGCTTTTAGCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW54JQ U 1
AF RR1EU59JQ U 36
AF RR1FW54TF C 345
AF RR1EU59TF C 345
BS 1 687 RR1FW54JQ
BS 688 713 RR1EU59JQ
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BS 715 796 RR1EU59JQ
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BS 798 860 RR1EU59JQ
BS 861 967 RR1EU59TF
BS 968 968 RR1FW54TF
BS 969 1034 RR1EU59TF

RD RR1FW54JQ 687 0 0
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TCGATTTTAAACTTACAAAATGCACAGTTAGTAAACTTCCTTATTGATCCATATAAGAAA
GCATACAGCCAAATAGTAAAGTCCCATTCTTTTGCAAACCCAAAAACTGCTACTTTGGGT
ACCAAAACATGCCTTTGATGCCTTCTGGATCAGCCTCAAACCCCAAATTCTGATAGAAAT
CCACAACTTGACTATCTGCAAAAAGAGATATATTACCAATATCTCTCTGAAGAAGAGCCC
TTACAAGCTTTTCCACAAGAGCTTTACCAAGCCCCTGACCCTGATACTCAGGATCAACAA
GAACATCCCAAATTGTAGCATTAAAGGCATGATCCGACGTCGCACGTGCCATTCCAATTA
GCTTCTTCTCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCATTATCTCCTTCTGATGATGATGACGACT
TCAAGACAGAATGCAATGTAGCAACCATATAACTATTTTTCAAAGCTGCAGCTAGTTTCG
TTAGCGGTCTCCGAGGCCATCCCACCTTGTCACAAAGGGTTTGAAGATCATAGACATCAA
TTTCACCACCAGAAGAAAATATGATCTCTTCAACTAAACCATCTTGAAGAGTTCTCTCAA
CCAAAGTGAATTCAACAGGAAGTACTG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1EU59JQ 825 0 0
GATTGAATCTTACATAGGACAAATATCGATTTTAAACTTACAAAATGCACAGTTAGTAAA
CTTCCTTATTGATCCATATAAGAAAGCATACAGCCAAATAGTAAAGTCCCATTCTTTTGC
AAACCCAAAAACTGCTACTTTGGGTACCAAAACATGCCTTTGATGCCTTCTGGATCAGCC
TCAAACCCCAAATTCTGATAGAAATCCACAACTTGACTATCTGCAAAAAGAGATATATTA
CCAATATCTCTCTGAAGAAGAGCCCTTACAAGCTTTTCCACGAGAGCTTTACCAAGCCCC
TGACCCTGATACTCAGGATCAACAAGAACATCCCAAATTGTAGCATTAAAGGCATGATCC
GACGTCGCACGTGCCATTCCAATTAGCTTCTTCTCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCATTA
TCTCCTTCTGATGATGATGACGACTTCAAGACAGAATGCAATGTAGCAACCATATAACTA
TTTTTCAAAGCTGCAGCTAGTTTCGTTAGCGGTCTCCGAGGCCATCCCACCTTGTCACAA
AGGGTTTGAAGATCGTAGACATCAATTTCACCACCAGAAGAAAATATGATCTCTTCAACT
AAACCATCTTGAAGAGTTCTCTCAACCAAAGTGAATTCAACAGGAAGTACTGGTTCCGTA
TCTTCTTCTACTGTAGAAAGTGGTTCCACAAGTTGGGTCGTGTTATTATTCTTTACAAAC
CCAGATCGGATTGACTCCCAGAAATTAGCTCTGAGACGTAA*GTCTTCAACTTTCTGCTT
CCAAGTGGAATTGGATAACCGGATTTGGAGAGGAACAGAGACTGA

QA 1 825 1 825
DS 

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TACTCAGGATCAACAAGAACATCCCAAATTGTAGCATTAAAGGCATGATCCGACGTCGCA
CGTGCCATTCCAATTAGCTTCTTCTCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCATTATCTCCTTCT
GATGATGATGACGACTTCAAGACAGAATGCAATGTAGCAACCATATAACTATTTTTCAAA
GCTGCAGCTAGTTTCGTTAGCGGTCTCCGAGGCCATCCCACCTTGTCACAAAGGGTTTGA
AGATCATAGACATCAATTTCACCACCAGAAGAAAATATGATCTCTTCAACTAAACCATCT
TGAAGAGTTCTCTCAACCAAAGTGAATTCAACAGGAAGTACTGGTTCCGTATCTTCTTCT
ACTGTAGAAGGTGGTTCCACAAGTTGGGTCGTGTTATTATTCTTTACAAACCCAGATCGG
AATGACTCCCAGAAATTAGCTCTGAGACGTAAAGTCTTCAACTTTCTGCTTCCAAGTGGA
ATTGGATAACCGGATTTGGAGAGGAACAGAGACTGATTCGATGGATATGAATTAGAATTG
AAGGAAGCTTGAGGAAGGCTACAACAAGAGTAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTT
GGGATTAGTATCATTTTTTTTTTTGGTTTTGTGGTTGAGAGTAGAATTCAGAC
CCCCCT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1EU59TF 690 0 0
TACTCAGGATCAACAAGAACATCCCAAATTGTAGCATTAAAGGCATGATCCGACGTCGCA
CGTGCCATTCCAATTAGCTTCTTCTCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCATTATCTCCTTCT
GATGATGATGACGACTTCAAGACAGAATGCAATGTAGCAACCATATAACTATTTTTCAAA
GCTGCAGCTAGTTTCGTTAGCGGTCTCCGAGGCCATCCCACCTTGTCACAAAGGGTTTGA
AGATCGTAGACATCAATTTCACCACCAGAAGAAAATATGATCTCTTCAACTAAACCATCT
TGAAGAGTTCTCTCAACCAAAGTGAATTCAACAGGAAGTACTGGTTCCGTATCTTCTTCT
ACTGTAGAAGGTGGTTCCACAAGTTGGGTCGTGTTATTATTCTTTACAAACCCAGATCGG
ATTGACTCCCAGAAATTAGCTCTGAGACGTAAAGTCTTCAACTTTCTGCTTCCAAGTGGA
ATTGGATAACCGGATTTGGAGAGGAACAGAGACTGATTCGATGGATATGAATTAGAATTG
AAGGAAGCTTGAGGAAGGCTACAACAAGAGTAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTT
GGGATTAGTATCATTTTTTTTTT*GGTTTTGTGGTTGAGAGTAGAATTCAGACAAGACTG
GGAGATGGTTTGGTAACGCTTTTAGCTTTC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2590Contig1 649 4 4 U
GGACACCGTTCAAACCCTTACAGAGCTCAAGAACTGACTGGACTTGAAAATGGCGAGGAT
GTACAAGAAGTTGGCAATTTGCGGCGGTGAAGGAGGACGTGAATGGGACGACGATGTATT
CGAAGGCGTGAGAAAAGTGTACGTTGGGCAAGATCTCTCACGTATCAGTTACATCAAATT
CGAGTACGTGAAGGTAGACGGTGCAGTAATAACACGTGAATATGGGACAATACATCAACA
ACCTAAAGAGTTTGAACTTTACCCTGATGAACACATCAAAGCGGTGGAGGGAAGCTACAA
GTCAGTGGCTCTGTGTGCCACCGAGGTAATCACGTCCCTAGTCTTCAAGACGTCGAAGGG
TAGAACGTCTCCAACCTTTGGTGCGAACTTGTTCGGTACAAAGTTCATTTTTGAGGAAAC
TCAAGGTAAGAAGATCGTAGGGTTTCATGGACGGTCAGGTAATGCTCTGGACGCTATTGG
AGTTTACTTTGCACTGGACTCTCTGACTACACCGACCCCTGTTTACAAGCTGGAAGCTCA
AGGTGGTACAGAGGGGCGTGTTTGGGATGATGGTTTTTACGATGGTGTTAAAACCATGCG
GATTGGTCAAGATAATAGCCGTATCACTTATTTAGAGTGTGAGTACGTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1BJ88TF U 1
AF RR1FR88JQ C 515
AF RR1D885TF U 1
AF RR1FR88TF U 80
BS 1 285 RR1BJ88TF
BS 286 286 RR1D885TF
BS 287 645 RR1BJ88TF
BS 646 649 RR1D885TF

RD RR1BJ88TF 645 0 0
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TAGAACGTCTCCAACCTTTGGTGCGAACTTGTTCGGTACAAAGTTCATTTTTGAGGAAAC
TCAAGGTAAGAAGATCGTAGGGTTTCATGGACGGTCAGGTAATGCTCTGGACGCTATTGG
AGTTTACTTTGCACTGGACTCTCTGACTACACCGACCCCTGTTTACAAGCTGGAAGCTCA
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GATTGGTCAAGATAATAGCCGTATCACTTATTTAGAGTGTGAGTA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1FR88JQ 102 0 0
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QA 1 102 1 102
DS 

RD RR1D885TF 649 0 0
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GTACAAGAAGTTGGCAATTTGCGGCGGTGAAGGAGGACGTGAATGGGACGACGATGTATT
CGAAGGCGTGAGAAAAGTGTACGTTGGGCAAGATCCCTCACGTATCAGTTACATCAAATT
CGAGTACGTGAAGGTAGACGGTGCAGTAATAACACGTGAATATGGGACAATACATCAACA
ACCTAAAGAGTTTGAACTTTACCCTGATGAACACATCAAAGCGGTGGAGGGAAGCTACAA
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TAGAACGTCTCCAACCTTTGGTGCGAACTTGTTCGGTACAAAGTTCATTTTTGAGGAAAC
TCAAGGTAAGAAGATCGTAGGGTTTCATGGACGGTCAGGTAATGCTCTGGACGCTATTGG
AGTTTACTTTGCACTGGACTCTCTGACTACACCGACCCCTGTTTACAAGCTGGAAGCTCA
AGGTGGTACAGAGGGGCGTGTTTGGGATGATGGTTTTTACGATGGTGTTAAAACCATGCG
GATTGGTCAAGATAATAGCCGTATCACTTATTTAGAGTGTGAGTACGTG

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1FR88TF 570 0 0
G
GCGGCGGTGAAGGAGGACGTGAATGGGACGACGATGTATTCGAAGGCGTGAGAAAAGTGT
ACGTTGGGCAAGATCTCTCACGTATCAGTTACATCAAATTCGAGTACGTGAAGGTAGACG
GTGCAGTAATAACACGTGAATATGGGACAATACATCAACAACCTAAAGAGTTTGAACTTT
ACCCTGATGAACACATCAAAGCGGTGGAGGGAAGCTACAAGTCAGTGGCTCTGTGTGCCA
CCGAGGTAATCACGTCCCTAGTCTTCAAGACGTCGAAGGGTAGAACGTCTCCAACCTTTG
GTGCGAACTTGTTCGGTACAAAGTTCATTTTTGAGGAAACTCAAGGTAAGAAGATCGTAG
GGTTTCATGGACGGTCAGGTAATGCTCTGGACGCTATTTGAGTTTACTTTGCACTGGACT
CTCTGACTACACCGACCCCTGTTTACAAGCTGGAAGCTCAAGGTGGTACAGAGGGGCGTG
TTTGGGATGATGGTTTTTACGATGGTGTTAAAACCATGCGGATTGGTCAAGATAATAGCC
GTATCACTTATTTAGAGCGTGAGTA
CGTG

QA 2 566 2 566
DS 



AS 1 4

CO CL2591Contig1 1197 4 10 U
GATGAGGAAGCTTTTGTCGCATCGTTCGTTCAACGTTTCGAAAATGGCGTCTCAAGGTCT
CATGAACTGTCGAATCTCGTCTTCTTCGTTAGCCGTGCGAACCAGGGTTCCTATAGAACC
AGGAGAAGCCACCGTTGATCCGGAGCCTGGTGAGTCGTGGTTGGATACGACCATGAAGAT
GCCGTTTGGGGAGACTCTGAGGGAGAAGCTTCGAGAAAACGACCGGATTCGACTAGACGG
GCTCTTACCTCCGATGAAATACGCGGCAGCGGCGGAGGAGGAGACGGAGGCGTTGGGGCT
TCTTACTGTGAAAGACGCGAAGAAGCTGCTTAGAGCTGCGCAGATCGAGGTGGTGAAGAC
GAAGCTGATGGAGACCGGGAAGAGCTGGATCTCTTACTCTGAGTTCGTTCGTCTTTGCAA
TGACTCTTGTTTGGATCCTGCTCAAGGGCCTTGGATCGCTAAGATGCTTGATGATTCAGG
AAACGTCATCGTTTTGGGTGATTACGTTTGCTTAAGACCTGATCAGGTAACAAAATCTAT
CGAGGGCCTGCTTCCTTTACCTCAGATTCGTAACCCAAACGACCCAAGAAGAAAGGAGCT
GAAAGAGCTAGAAGCTATAAAGAAAGTCATTGACGAGAAAGCACATTCGTTGGTGAGAAG
AGAGCTTTGGGCTGGTCTCGGTTACTTGATACTCCAAACCGCAGGGTTCATGAGGCTAAC
GTTCTGGGAACTCTCGTGGGACGTCATGGAGCCAATCTGTTTTTACGTCACATCTGTATA
TTTCATGGCGGGTTACGCATTTTTCCTCAGGACAGCGAAAGAGCCGTCCTTTGAAGGGTT
TTACGAGAGTAGGTTTGAGGCGAAACAGAGGAAACTGATGAGATCTCAAAATTTTGATGT
TGGGAGGTATCATGAGCTGAAGAAGATGTTCAATCAAAAGCCTTCTTCAGCTGCTGTTTC
CAAGATTTTTGGAGCTTTTACATAACTAAGAGGCGTCTTGTTCGATTTGATGTGTCGCTG
TCCTAACCTGAGAAAGATAAATTAACAAACAAAAATTGCGTGAAAGAATAGTCACTAAAG
AGAAAATGTATTCGAATAGGTGCGGCTTACATATAACATTTGGAGAGGAATAGAATATTG
AATGTTGTTTTATGTATTAAAAACTAGGAAAAACTATAACTATCATATACTTTTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV27TF U 1
AF RR1BZ80TF U 1
AF RR1BZ80JQ C 461
AF RR1GV27JQ C 768
BS 1 522 RR1BZ80TF
BS 523 861 RR1BZ80JQ
BS 862 862 RR1GV27JQ
BS 863 910 RR1BZ80JQ
BS 911 911 RR1GV27JQ
BS 912 990 RR1BZ80JQ
BS 991 991 RR1GV27JQ
BS 992 1177 RR1BZ80JQ
BS 1178 1178 RR1GV27JQ
BS 1179 1197 RR1BZ80JQ

RD RR1GV27TF 340 0 0
GATGAGGAAGCTTTTGTCGCATCGTTCGTTCAACGTTTCGAAAATGGCGTCTCAAGGTCT
CATGAACTGTCGAATCTCGTCTTCTTCGTTAGCCGTGCGAACCAGGGTTCCTATAGAACC
AGGAGAAGCCACCGTTGATCCGGAGCCTGGTGAGTCGTGGTTGGATACGACCATGAAGAT
GCCGTTTGGGGAGACTCTGAGGGAGAAGCTTCGAGAAAACGACCGGATTCGACTAGACGG
GCTCTTACCTCCGATGAAATACGCGGCAGCGGCGGAGGAGGAGACGGAGGCGTTGGGGCT
TCTTACTGTGAAAGACGCGAAGAAGCTGCTTAGAGCTGCG

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR1BZ80TF 522 0 0
GATGAGGAAGCTTTTGTCGCATCGTTCGTTCAACGTTTCGAAAATGGCGTCTCAAGGTCT
CATGAACTGTCGAATCTCGTCTTCTTCGTTAGCCGTGCGAACCAGGGTTCCTATAGAACC
AGGAGAAGCCACCGTTGATCCGGAGCCTGGTGAGTCGTGGTTGGATACGACCATGAAGAT
GCCGTTTGGGGAGACTCTGAGGGAGAAGCTTCGAGAAAACGACCGGATTCGACTAGACGG
GCTCTTACCTCCGATGAAATACGCGGCAGCGGCGGAGGAGGAGACGGAGGCGTTGGGGCT
TCTTACTGTGAAAGACGCGAAGAAGCTGCTTAGAGCTGCGCAGATCGAGGTGGTGAAGAC
GAAGCTGATGGAGACCGGGAAGAGCTGGATCTCTTACTCTGAGTTCGTTCGTCTTTGCAA
TGACTCTTGTTTGGATCCTGCTCAAGGGCCTTGGATCGCTAAGATGCTTGATGATTCAGG
AAACGTCATCGTTTTGGGTGATTACGTTTGCTTAAGACCTGA

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1BZ80JQ 737 0 0
AAGATGCTTGATGATTCAGGAAACGTCATCGTTTTGGGTGATTACGTTTGCTTAAGACCT
GATCAGGTAACAAAATCTATCGAGGGCCTGCTTCCTTTACCTCAGATTCGTAACCCAAAC
GACCCAAGAAGAAAGGAGCTGAAAGAGCTAGAAGCTATAAAGAAAGTCATTGACGAGAAA
GCACATTCGTTGGTGAGAAGAGAGCTTTGGGCTGGTCTCGGTTACTTGATACTCCAAACC
GCAGGGTTCATGAGGCTAACGTTCTGGGAACTCTCGTGGGACGTCATGGAGCCAATCTGT
TTTTACGTCACATCTGTATATTTCATGGCGGGTTACGCATTTTTCCTCAGGACAGCGAAA
GAGCCGTCCTTTGAAGGGTTTTACGAGAGTAGGTTTGAGGCTAAACAGAGGAAACTGATG
AGATCTCAAAATTTTGATGTTGGGAGGTATGATGAGCTGAAGAAGATGTTCAATCAAAAG
CCTTCTTCAGCTGCTGTTTCCAAGATTTTTGGAGCTTTTACATAACTAAGGGGCGTCTTG
TTCGATTTGATGTGTCGCTGTCCTAACCTGAGAAAGATAAATTAACAAACAAAAATTGCG
TGAAAGAATAGTCACTAAAGAGAAAATGTATTCGAATAGGTGCGGCTTACATATAACATT
TGGAGAGGAATAGAATATTGAATGTTGTTTTATGTATTAAAAACTAGGAAAAACTATTAC
TATCATATACTTTTTCC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1GV27JQ 417 0 0
TCACATCTGTATATTTCATGGCGGGTTACGCATTTTTCCTCAGGACAGCGAAAGAGCCGT
CCTTTGAAGGGTTTTACGAGAGTAGGTTTGAGGCGAAACAGAGGAAACTGATGAGATCTC
AAAGTTTTGATGTTGGGAGGTATCATGAGCTGAAGAAGATTTTTAATCCAAAGCCTTCTT
CAGCTGCTGTTTCCAAGATTTTTGGAGCTTTTACATAACTAAGAGGCGTCTTGTTCGATT
TGATGTGTCGCTGTCCTAACCTGAGAAAGATAAATTAACAAACAAAACTTGCGTGAAAGA
ATAGTCACTAAAGAGAAAATGTATTCGAATAGGT*CGGCTTACATATAACATTTGGAGAG
GAATAGAATATTGAATGTTGTTTTATGTATTAAAAACTAGGAAAAACTATAACTATC

QA 1 417 1 417
DS 



AS 1 4

CO CL2592Contig1 797 4 17 U
AATCGCTTCCAAACATATCTTCTATCAAAGCCATAATTCCAACGTGACATTCCATAAAAA
AAAAAATCCAAAAGCTCCAAACTCCAAAGTACTATATTCAAACAAAAAGCTATACTGCAA
AGATATAATAATATTTCGATATAGTTTCTAAAAAAAACTTCTTCAATATGTTTTTCTTCT
TCTGTATAAAACAAATCCTCATTACCCCCACCACCGTTCTCAGCCTTGGTTTTCCGGTAC
CAGCGGTGCTTCCTCAGGCTTAGCGTTTCGTCTCTGAAACTGATCAAGCTCCTCTTGAGG
GAAAACTTCAGCCTGCAAAGAAGGAGATATCTTCTTGACATGAAGCCAAGTCAGTTGCCA
GAAGCTATCACTTCCGGTATCATCACCTGGTAATAAAACTCCCGTCGTCTTCATCACCAG
CAAAGTGTTCTTCAGCAGCTCCGGTATGAGTTCATGCACTTTCTCGCTGCGTTTCCCTCT
GAACTTGGTCGACATGTAAGTCTCCATACGGTCCAAGACACCAAGCCAGAGTCTGCAGAA
AGATGGTTGCTGCGGGATGTCCTGGAGAGCTTGAAGAAAGGCCTTTGACATGAGCTTTGT
TGCCAGCACAAGCGTCTCTTCAACTGTTTTCTTGAATGTCTTTCTTGAATTCTCGATTGA
CACAGCGAGCAACTCGTCTAGCAACGGGAAGGTTGCAGCGTCGAAGCACTGGAACCATAG
AGGTTGTGGTAACATGATCCCCTCCGCACCAGCTATAGATCTCTGTAGCATTGAGATGGC
GTGGTTTCTCACTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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AAA***TCCAAAAGCTCCAAACTCCAAAGTACTATATTCAAACAAAAAGCTATACTGCAA
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TCTGTATAAAACAAATCCTCATTACCCCCACCACCGTTCTCAGCCTTGGTTTTCCAGTAC
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GAAAACTTCAGCCTGCAAAGAAGGAGATATCTTCTTGACATGAAGCCAAGTCAGTTGCCA
GAAGCTATCACTTCCGATATCATCACCTGGTAATAAAACTCCCGTCGTCTTCATCACCAG
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GAACTTGGTCGACATGTAAGTCTCCATACGGTCCAAGACACCAAGCCAGAGTCTGCAGAA
AGATGGTTGCTGCGAGATGTCCTGGAGAGCTTGAAGAAAGGCCTTTGACATGAGCTTTGT
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CATGAAGCCAAGTCAGTTGCCAGAAGCTATCACTTCCGATATCATCACCTGGTAATAAAA
CTCCCGTCGTCTTCATCACCAGCAACGTGTTCTTCAGCAGCTCCGGTATGAGTTCATGCA
CTTTCTCGCTGCGTTTCCCTCTGAACTTGGTCGACATGTAAGTCTCCATACGGTCCAAGA
CACCAAGCCAGAGTCTGCAGAAAGATGGTTGCTGCGAGATGTCCTGGAGAGCTTGAAGAA
AGGCCTTTGACATGAGCTTTGTTGCCAGCACAAGCGTCTCTTCAACTGTTTTCTTGAATG
TCTTTCTTGAATTCTCGATTGACACAGCGAGCAACTCGTCTAGCAACGGGAAGATTGCAG
CGTCGAAGCACTGGAAC
CAT

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DS 

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CG
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AGTACTATATTCAAACAAAAAGCTATACTGCAAAGATATAATAATATTTCGATATAGTTT
CTAAAAAAAACTTCTTCAATATGTTTTTCTTCTTCTGTATAAAACAAATCCTCATTACCC
CCACCACCGTTCTCAGCCTTGGTTTTCCGGTACCAGCGGTGCTTCCTCAGGCTTAGCGTT
TCGTCTCTGAAACTGATCAAGCTCCTCTTGAGGGAAAACTTCAGCCTGCAAAGAAGGAGA
TATCTTCTTGACATGAAGCCAAGTCAGTTGCCAGAAGCTATCACTTCCGGTATCATCACC
TGGTAATAAAACTCCCGTCGTCTTCATCACCAGCAAAGTGTTCTTCAGCAGCTCCGGTAT
GAGTTCATGCACTTTCTCGCTGCGTTTCCCTCTGAACTTGGTCGACATGTAAGTCTCCAT
ACGGTCCAAGACACCAAGCCAGAGTCTGCAAAAAGATGGTTGCTGCGGGATGTCCTGGAG
AGCTTGAAAAAAGGCCTTTGACATGAGCTTTGTTGCCAGCACAAGCGTCTCTTCAACTGT
TTTCTTGAATGTCTTTCTTGAATTCTCGATTGACACAGCGAGCAACTCGTCTAGCAACGG
GAAGGTTGCAGCGTCGAAGCACTGGAACCATAGAGGTTGTGGTAACATGATCCCCTCCGC
ACCAGCTATAGATCTCTGTAGCATTGAGATGGCGTGGTTTCTCACTTGGC

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR1GF40TF 733 0 0
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ATAATAATATTTCGATATAGTTTCTAAAAAAA*CTTCTTCAATATGTTTTTCTTCTTCTG
TATAAAACAAATCCTCATTACCCCCACCACCGTTCTCAGC*TTGGTTTTCCGGTACCAGC
GGTGCTTCCTCAGGCTTAGCGTTTCGTCTCTGAAACTGATCAAGCTCCTCTTGAGGGAAA
ACTTCAGCCTGCAAAGAAGGAGATATCTTCTTGACATGAAGCCAAGTCAGTTGCCAGAAG
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GTGTTCTTCAGCAGCTCCGGTATGAGTTCATGCACTTTCTCGCTGCGTTTCCCTCTGAAC
TTGGTCGACATGTAAGTCTCCATACGGTCCAAGACACCAAGCCAGAGTCTGCAGAAAGAT
GGTTGCTGCGGGATGTCCTGGAGAGCTTGAAGAAAGGCCTTTGACATGAGCTTTGTTGCC
AGCACAAGCGTCTCTTCAACTGTTTTCTTGAATGTCTTTCTTGAATTCTCGATTGACACA
GCGAGCAACTCGTCTAGCAACGGGAAGGTTGCAGCGTCGAAGCACTGGAACCATAGAGGT
TGTGGTAACATGATCCCCTCCGCACCAGCTATAGATCTCTGTAGCATTGAGATGGCGTGG
TTTCTCACTTGGC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 3

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AGGCTGTGACCAATTTGCCACCAGAATAAGCGTTTAATATTTTGGGTTGTGTAGTACATT
GCCAATGCGTATCTTCTATGTAACACATACATTATGATACGTTGAATGAAATATCACTAA
ACGTTTTATAGTTCTGTTTACTTGCTTCAAAAGGCACAAGAAGGCGAAGCACGTCGAAAA
TCCATGATAAGAAGAGAAGCAACACTATGAGCAAGGGCTCCTAACACTACAAACACATGG
AATATCTGATGGCTATGTCCCGCAATATCGAAAGCACCAGGCTTCCATCTCTCCGGTATA
CGGCTAACGTAAAACCCTGCCCCCGTTGCATACAACACAGCCATCGCTAGCTCGTAACCA
AGAGCGATAAGCACGTTGGGATGATCCCAGTGAAGGTAAAGCACGTGCGAAGCGGGTATG
ACGCCTGAGAATCCCATCGTTAGGAAAAGAGCCGCTCTGAAAGATCTGAAACGCGGAGCT
GAGAGCGCTGGAGAGAGGAGAGCAAAGATGGCGAGGAGACCGAGGATCGAGATCGAGGAG
AGGTAGAAGAGACGCCAGTTAGTGTGGCAAGAGAACGCGTAGTAGATCGGTGCAAAGAAG
GAGCAGACGATCATGAGGGAGATTCCTGCGTAGTCTAGGCGCCAGAAGAAGAGGTTGAAA
CGTCTGGAGTGGCAGGCGAAGAGGTGTGACATGGAGCTGCATATCAAGCAGGTCATTGCT
CCGGTTAAGAAGACTAGCCATGGCCATTTGGGAATTGTTTCGTAGTTAACTTCTCCTTGT
GTGTTCAAGAACGAGCTAGTGTGTGTCACGTTCGAGTCGTGATGATCGCTGGAGAAGAAG
TAAACGGCTTTAGCCATTGACGACCACGGCCAGCGAATTGTTACTCCGGAGAAGGCGCTT
ACAAATCCGGCGAGGCCGAGCTCCGTGGTCTCCATGGAGCTCACCACCATCATCCATCCA
AATATCAGAAACCCACCTAAGTGCGTCCAGATGTTGAGAGTCTCGTTGTGCCATGAGAAA
GCGCTGAGGAAAGTCTCCTTGAGAGACCATTCACATCGGTAATGATTGTGTATGTAATCG
TTGTCTTTGAGATACCTCGGCAACTCCTCGAACTTCATCAATCTCTTCTCAGATCTCTTC
TTCTCGTCGGAATCCAAAGCCTTTTCATTTTTTGACGGTGTTGTCTTGGAAGATTCCCTC
ACCGCTCTCCGTTTCTGCATGATTGTTACTTCCCCTCTCGGACCTCGCCGGGACGAAAAT
GGGAGAAGAAATCGAGAGTTCGAGCTCCGGCGAGATTTCCGGCGAAGCAACCACCGTCGT
TTATCTCTCTTTATGTATTTTTTTTTTCTTGATATTGAGAATTAGTTTTGGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D913JQ U 1
AF RR1H428JQ U 105
AF RR1D913TF C 682
BS 1 603 RR1D913JQ
BS 604 737 RR1H428JQ
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BS 739 794 RR1H428JQ
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RD RR1D913JQ 603 0 0
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GCCAATGCGTATCTTCTATGTAACACATACATTATGATACGTTGAATGAAATATCACTAA
ACGTTTTATAGTTCTGTTTACTTGCTTCAAAAGGCACAAGAAGGCGAAGCACGTCGAAAA
TCCATGATAAGAAGAGAAGCAACACTATGAGCAAGGGCTCCTAACACTACAAACACATGG
AATATCTGATGGCTATGTCCCGCAATATCGAAAGCACCAGGCTTCCATCTCTCCGGTATA
CGGCTAACGTAAAACCCTGCCCCCGTTGCATACAACACAGCCATCGCTAGCTCGTAACCA
AGAGCGATAAGCACGTTGGGATGATCCCAGTGAAGGTAAAGCACGTGCGAAGCGGGTATG
ACGCCTGAGAATCCCATCGTTAGGAAAAGAGCCGCTCTGAAAGATCTGAAACGCGGAGCT
GAGAGCGCTGGAGAGAGGAGAGCAAAGATGGCGAGGAGACCGAGGATCGAGATCGAGGAG
AGGTAGAAGAGACGCCAGTTAGTGTGGCAAGAGAACGCGTAGTAGATCGGTGCAAAGAAG
GAG

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1H428JQ 690 0 0
AATGAAATATCACTAAACGTTTTATAGTTCTGTTTACTTGCTTCAAAAGGCACAAGAAGG
CGAAGCACGTCGAAAATCCATGATAAGAAGAGAAGCAACACTATGAGCAAGGGCTCCTAA
CACTACAAACACATGGAATATCTGATGGCTATGTCCCGCAATATCGAAAGCACCAGGCTT
CCATCTCTCCGGTATACGGCTAACGTAAAACCCTGCCCCCGTTGCATACAACACAGCCAT
CGCTAGCTCGTAACCAAGAGCGATAAGCACGTTGGGATGATCCCAGTGAAGGTAAAGCAC
GTGCGAAGCGGGTATGACGCCTGAGAATCCCATCGTTAGGAAAAGAGCCGCTCTGAAAGA
TCTGAAACGCGGAGCTGAGAGCGCTGGAGAGAGGAGAGCAAAGATGGCGAGGAGACCGAG
GATCGAGATCGAGGAGAGGTAGAAGAGACGCCAGTTAGTGTGGCAAGAGAACGCGTAGTA
GATCGGTGCAAAGAAGGAGCAGACGATCATGAGGGAGATTCCTGCGTAGTCTAGGCGCCA
GAAGAAGAGGTTGAAACGTCTGGAGTGGCAGGCGAAGAGGTGTGACATGGAGCTGCATAT
CAAGCAGGTCATTGCTCCGGTTAAGAAGACTAGTCATGGCCATTTGGGAATTGTTTCGTA
GTTAACTTCTCCTTGTGTGTTCAAGAACGA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1D913TF 695 0 0
AGGTGTGACATGGAGCTGCATATCAAGCAGGTCATTGCTCCGGTTAAGAAGACTAGCCAT
GGCCATTTGGGAATTGTTTCGTAGTTAACTTCTCCTTGTGTGTTCAAGAACGAGCTAGTG
TGTGTCACGTTCGAGTCGTGATGATCGCTGGAGAAGAAGTAAACGGCTTTAGCCATTGAC
GACCACGGCCAGCGAATTGTTACTCCGGAGAAGGCGCTTACAAATCCGGCGAGGCCGAGC
TCCGTGGTCTCCATGGAGCTCACCACCATCATCCATCCAAATATCAGAAACCCACCTAAG
TGCGTCCAGATGTTGAGAGTCTCGTTGTGCCATGAGAAAGCGCTGAGGAAAGTCTCCTTG
AGAGACCATTCACATCGGTAATGATTGTGTATGTAATCGTTGTCTTTGAGATACCTCGGC
AACTCCTCGAACTTCATCAATCTCTTCTCAGATCTCTTCTTCTCGTCGGAATCCAAAGCC
TTTTCATTTTTTGACGGTGTTGTCTTGGAAGATTCCCTCACCGCTCTCCGTTTCTGCATG
ATTGTTACTTCCCCTCTCGGACCTCGCCGGGACGAAAATGGGAGAAGAAATCGAGAGTTC
GAGCTCCGGCGAGATTTCCGGCGAAGCAACCACCGTCGTTTATCTCTCTTTATGTATTTT
TTTTTTCTTGATATTGAGAATTAGTTTTGGTCTCC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 4

CO CL2594Contig1 874 4 8 U
GGACTCTTCAAAGTCTCCACCACACACTTCTTCTCCATTAAAACTCCTTTCTCACATCTC
TCATAAACACCCAAAGAGCAAAAAAGAGAGAGAGAAGAAACTCACAATGGCCACTCCCTT
CTCTACCTTGACACCTTTTCTTTTCATACTCCTTCTCTCCATCCCTATCGTTCTTGGCGC
TTCTCATCACCACACTGCGGCGCCAGCTCCTGCCGTAGACTGTTCGATGCTCATACTCAA
CATGGCTGATTGTTTGTCTTTCGTTTCCGCTGGAGGCACGGAGGCTAAGCCGGCTAGTTC
GTGCTGTAACGGGCTTAAGACGGTGCTCAAGACCGACGCAGAGTGCCTCTGTGAGGCGTT
TAAAAGCAGCGCTTCTCTAGGCGTTACCTTGAACATGACTAAAGCAACTACACTTCCCGC
TGCATGCAAGCTTCACGCTCCTTCTATCGCTGCTTGTGGATTGTCCGTCGCTCCTACTAT
GGCTCCAGGTCTTGCTCCAGGAGGAGCTGTTGCAGCTGCTGGACCCGACTTAGTTAATGT
TCTAGCTCCAAACCCATCTCCAGGGAACGACGGATCTTCCTTGGTTCCGATCTCCTTCAC
CACCGTACTCAGTGCTGCGTTCTTCCTATTGTTCTTGTCTCGTGTCTGAAAAAAGCCTTA
TTCACCAGCTAGATTTGGTTGTATGAAATGGCTTTGGGTTTTCATGACTTTAGTTTTGCG
TGT*TTTTGAGTCTTCTGTGTTCAGACCATGTCGGTTTCTGTTCTTAGTTTTACTCTTAA
TTATGTTTCCATTGGTCCTTTATAAGAGCATCTCTGATTACTCTTATATTGATGGTTATT
AAATTTCTAGTTTTCCTAAGCAATTTCTTTGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX19TF U 1
AF RR1F084TF U 23
AF RR1F084JQ C 141
AF RR1DX19JQ C 302
BS 1 345 RR1DX19TF
BS 346 346 RR1F084TF
BS 347 568 RR1DX19TF
BS 569 757 RR1F084TF
BS 758 758 RR1F084JQ
BS 759 786 RR1F084TF
BS 787 861 RR1F084JQ
BS 862 874 RR1DX19JQ

RD RR1DX19TF 568 0 0
GGACTCTTCAAAGTCTCCACCACACACTTCTTCTCCATTAAAACTCCTTTCTCACATCTC
TCATAAACACCCAAAGAGCAAAAAAGAGAGAGAGAAGAAACTCACAATGGCCACTCCCTT
CTCTACCTTGACACCTTTTCTTTTCATACTCCTTCTCTCCATCCCTATCGTTCTTGGCGC
TTCTCATCACCACACTGCGGCGCCAGCTCCTGCCGTAGACTGTTCGATGCTCATACTCAA
CATGGCTGATTGTTTGTCTTTCGTTTCCGCTGGAGGCACGGAGGCTAAGCCGGCTAGTTC
GTGCTGTAACGGGCTTAAGACGGTGCTCAAGACCGACGCAGAGTGTCTCTGTGAGGCGTT
TAAAAGCAGCGCTTCTCTAGGCGTTACCTTGAACATGACTAAAGCAACTACACTTCCCGC
TGCATGCAAGCTTCACGCTCCTTCTATCGCTGCTTGTGGATTGTCCGTCGCTCCTACTAT
GGCTCCAGGTCTTGCTCCAGGAGGAGCTGTTGCAGCTGCTGGACCCGACTTAGTTAATGT
TCTAGCTCCAAACCCATCTCCAGGGAAC

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1F084TF 764 0 0
G
ACACTTCTTCTCCATTAAAACTCCTTTCTCACATCTCTCATAAACACCCAAAGAGCAAAA
AAGAGAGAGAGAAGAAACTCACAATGGCCACTCCCTTCTCTACCTTGACACCTTTTCTTT
TCATACTCCTTCTCTCCATCCCTATCGTTCTTGGCGCTTCTCATCACCACACTGCGGCGC
CAGCTCCTGCCGTAGACTGTTCGATGCTCATACTCAACATGGCTGATTGTTTGTCTTTCG
TTTCCGCTGGAGGCACGGAGGCTAAGCCGGCTAGTTCGTGCTGTAACGGGCTTAATACGG
TGCTCAAGACCGACGCAGAGTGCCTCTGTGAGGCGTTTAAAAGCAGCGCTTCTCTAGGCG
TTACCTTGAACATGACTAAAGCAACTACACTTCCCGCTGCATGCAAGCTTCACGCTCCTT
CTATCGCTGCTTGTGGATTGTCCGTCGCTCCTACTATGGCTCCAGGTCTTGCTCCAGGAG
GAGCTGTTGCAGCTGCTGGACCCGACTTAGTTAATGTTCTAGCTCCAAACCCATCTCCAG
GGAACGACGGATCTTCCTTGGTTCCGATCTCCTTCACCACCGTACTCAGTGCTGCGTTCT
TCCTATTGTTCTTGTCTCGTGTCTGAAAAAAGCCTTATTCACCAGCTAGATTTGGTTGTA
TGAAATGGCTTTGGGTTTTCATGACTTTAGTTTTGCGTGT*TTTTGAGTCTTCTGTGTTC
AGACCATGTCGGTT*CTGTTCTTAGTTTTACTCTTAATTATGT

QA 2 764 2 764
DS 

RD RR1F084JQ 721 0 0
TTTTCATACTCCTTCTCTCCATCCCTATCGTTCTTGGCGCTTCTCATCACCACACTGCGG
CGCCAGCTCCTGCCGTAGACTGTTCGATGCTCATACTCAACATGGCTGATTGTTTGTCTT
TCGTTTCCGCTGGAGGCACGGAGGCTAAGCCGGCTAGTTCGTGCTGTAACGGGCTTAATA
CGGTGCTCAAGACCGACGCAGAGTGCCTCTGTGAGGCGTTTAAAAGCAGCGCTTCTCTAG
GCGTTACCTTGAACATGACTAAAGCAACTACACTTCCCGCTGCATGCAAGCTTCACGCTC
CTTCTATCGCTGCTTGTGGATTGTCCGTCGCTCCTACTATGGCTCCAGGTCTTGCTCCAG
GAGGAGCTGTTGCAGCTGCTGGACCCGACTTAGTTAATGTTCTAGCTCCAAACCCATCTC
CAGGGAACGACGGATCTTCCTTGGTTCCGATCTCCTTCACCACCGTACTCAGTGCTGCGT
TCTTCCTATTGTTCTTGTCTCGTGTCTGAAAAAAGCCTTATTCACCAGCTAGATTTGGTT
GTATGAAATGGCTTTGGGTTTTCATGACTTTAGTTTTGCGTGT*TTTTGAGTCTTCTGTG
TTCAGACCATGTCGGTTTCTGTTCTTAGTTTTACTCTTAATTATGTTTCCATTGGTCCTT
TATAAGAGCATCTCTGATTACTCTTATATTGATGGTTATTAAATTTCTAGTTTTCCTAAG
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1DX19JQ 573 0 0
TGCTGTAACGGGCTTAAGACGGTGCTCAAGACCGACGCAGAGTGTCTCTGTGAGGCGTTT
AAAAGCAGCGCTTCTCTAGGCGTTACCTTGAACATGACTAAAGCAACTACACTTCCCGCT
GCATGCAAGCTTCACGCTCCTTCTATCGCTGCTTGTGGATTGTCCGTCGCTCCTACTATG
GCTCCAGGTCTTGCTCCAGGAGGAGCTGTTGCAGCTGCTGGACCCGACTTAGTTAATGTT
CTAGCTCCAAACCCATCTCCAGGGAACGACGGATCTTCCTTGGTTCCGATCTCCTTCACC
ACCGTACTCAGTGCTGCGTTCTTCCTATTGTTCTTGTCTCGTGTCTGAAAAAAGCCTTAT
TCACCAGCTAGATTTGGTTGTATGAAATGGCTTTGGGTTTTCATGACTTTAGTTTTGCGT
GTCTTTTGAGTCTTCTGTGTTCAGACCATGTCGGTTTCTGTTCTTAGTTTTACTCTTAAT
TATGTTTCCATTGGTCCTTTATAAGAGCATCTCTGATTACTCTTATATTGGTGGTTATTA
AATTTCTAGTTTTCCTAAGCAATTTCTTTGGGC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 4

CO CL2595Contig1 640 4 3 U
GGACTGGTGGTAGATTCATGGGTTACAATCAAAATCGACACAGGCTGGCTCTATGCATAA
CAGTAGCAATGATGTTTCTTGGTGTGAGATCAGACTTGAATCAGGACATAAAGGGATGTC
AGTATTCCATGTCTGATCTATACTCTTGTCTTCCTTTTGTAACTAGCAAAGCTAAAGCTC
CAGACTCAACATGTTGCACCACACTCAAGGAAAAATTAGACAAAGGGCAGACCAAGAGAT
GTCTCTGTACGCTTGTCAAAGACAGGGATGATCCTGGTTTAGGGTTCAAAGTTGATGCTA
ATCGTGCAATGAGCCTTCCTTCCACATGTCATGTCCCTGCAAATATCTCACAATGCCCAG
AGCTTCTACATTTGCCTCCAGATTCAGTTGCAGCTAAGAATTTTAAACAATTCACTGAAG
CCTTTCAAAATGTTGAACCTAGAGCAGTCCCCACAACTACAAGTTCGAGCGTCAATGGAA
GAGATAAGAAGCAATTTGGTTTAGTGATGGCTGGAGCTTTCTCACTATGGTACCTAGTGT
AGTCCTTTGTTATGAAAGTTAATAAATACAACCAAACTCGCTATACGTTAATTATCTATC
TCTTGTGCATGCATGTTAATAAAACATATGGTCTTCTCCT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR1AO86JQ C 1
AF RR1BZ21TF U 88
AF RR1AO86TF U 1
AF RR1BZ21JQ C 1
BS 1 87 RR1AO86TF
BS 88 639 RR1BZ21TF
BS 640 640 RR1AO86JQ

RD RR1AO86JQ 640 0 0
GGACTGGTGGTAGATTCATGGGTTACAATCAAAATCGACACAGGCTGGCTCTATGCATAA
CAGTAGCAATGATGTTTCTTGGTGTGAGATCAGACTTGAATCAGGACATAAAGGGATGTC
AGTATTCCATGTCTGATCTATACTCTTGTCTTCCTTTTGTAACTAGCAAAGCTAAAGCTC
CAGACTCAACATGTTGCACCACACTCAAGGAAAAATTAGACAAAGGGCAGACCAAGAGAT
GTCTCTGTACGCTTGTCAAAGACAGGGATGATCCTGGTTTAGGGTTCAAAGTTGATGCTA
ATCGTGCAATGAGCCTTCCTTCCACATGTCATGTCCCTGCAAATATCTCACAATGCCCAG
AGCTTCTACATTTGCCTCCAGATTCAGTTGCAGCTAAGAATTTTAAACAATTCACTGAAG
CCTTTCAAAATGTTGAACCTAGAGCAGTCCCCACAACTACAAGTTCGAGCGTCAATGGAA
GAGATAAGAAGCAATTTGGTTTAGTGATGGCTGGAGCTTTCTCACTATGGTACCTAGTGT
AGTCCTTTGTTATGAAAGTTAATAAATACAACCAAACTCGCTATACGTTAATTATCTATC
TCTTGTGCATGCATGTTAATAAAACATATGGTCTTCTCCT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1BZ21TF 553 0 0
GATCAGACTTGAATCAGGACATAAAGGGATGTCAGTATTCCATGTCTGATCTATACTCTT
GTCTTCCTTTTGTAACTAGCAAAGCTAAAGCTCCAGACTCAACATGTTGCACCACACTCA
AGGAAAAATTAGACAAAGGGCAGACCAAGAGATGTCTCTGTACGCTTGTCAAAGACAGGG
ATGATCCTGGTTTAGGGTTCAAAGTTGATGCTAATCGTGCAATGAGCCTTCCTTCCACAT
GTCATGTCCCTGCAAATATCTCACAATGCCCAGAGCTTCTACATTTGCCTCCAGATTCAG
TTGCAGCTAAGAATTTTAAACAATTCACTGAAGCCTTTCAAAATGTTGAACCTAGAGCAG
TCCCCACAACTACAAGTTCGAGCGTCAATGGAAGAGATAAGAAGCAATTTGGTTTAGTGA
TGGCTGGAGCTTTCTCACTATGGTACCTAGTGTAGTCCTTTGTTATGAAAGTTAATAAAT
ACAACCAAACTCGCTATACGTTAATTATCTATCTCTTGTGCATGCATGTTAATAAAACAT
ATGGTCTTCTCC
T

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1AO86TF 640 0 0
GGACTGGTGGTAGATTCATGGGTTACAATCAAAATCGACACAGGCTGGCTCTATGCATAA
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AGTATTCCATGTCTGATCTATACTCTTGTCTTCCTTTTGTAACTAGCAAAGCTAAAGCTC
CAGACTCAACATGTTGCACCACACTCAAGGAAAAATTAGACAAAGGGCAGACCAAGAGAT
GTCTCTGTACGCTTGTCAAAGACAGGGATGATCCTGGTTTAGGGTTCAAAGTTGATGCTA
ATCGTGCAATGAGCCTTCCTTCCACATGTCATGTCCCTGCAAATATCTCACAATGCCCAG
AGCTTCTACATTTGCCTCCAGATTCAGTTGCAGCTAAGAATTTTAAACAATTCACTGAAG
CCTTTCAAAATGTTGAACCTAGAGCAGTCCCCACAACTACAAGTTCGAGCGTCAATGGAA
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AGTCCTTTGTTATGAAAGTTAATAAATACAACCAAACTCGCTATACGTTAATTATCTATC
TCTTGTGCATGCATGTTAATAAAACATATGGTCTTCTCC
T

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1BZ21JQ 639 0 0
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CAGTAGCAATGATGTTTCTTGGTGTGAGATCAGACTTGAATCAGGACATAAAGGGATGTC
AGTATTCCATGTCTGATCTATACTCTTGTCTTCCTTTTGTAACTAGCAAAGCTAAAGCTC
CAGACTCAACATGTTGCACCACACTCAAGGAAAAATTAGACAAAGGGCAGACCAAGAGAT
GTCTCTGTACGCTTGTCAAAGACAGGGATGATCCTGGTTTAGGGTTCAAAGTTGATGCTA
ATCGTGCAATGAGCCTTCCTTCCACATGTCATGTCCCTGCAAATATCTCACAATGCCCAG
AGCTTCTACATTTGCCTCCAGATTCAGTTGCAGCTAAGAATTTTAAACAATTCACTGAAG
CCTTTCAAAATGTTGAACCTAGAGCAGTCCCCACAACTACAAGTTCGAGCGTCAATGGAA
GAGATAAGAAGCAATTTGGTTTAGTGATGGCTGGAGCTTTCTCACTATGGTACCTAGTGT
AGTCCTTTGTTATGAAAGTTAATAAATACAACCAAACTCGCTATACGTTAATTATCTATC
TCTTGTGCATGCATGTTAATAAAACATATGGTCTTCTCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 4

CO CL2596Contig1 807 4 4 U
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AGTTTCGTCTCTTTGCGATCAGATCTCATAGGAGAGCTAATGGCTTCAGGTTTCAGCGGC
GATGAAACTGCTCCTTTCTTCGGATTCCTCGGCGCTGCCGCCGCTCTCGTCTTCTCCTGT
ATGGGAGCAGCGTACGGGACAGCAAAGAGCGGGGTCGGTGTGGCGTCGATGGGTGTGATG
AGACCAGAGCTTGTGATGAAATCGATTGTTCCCGTGGTTATGGCTGGTGTTTTAGGTATC
TATGGTCTGATCATTGCTGTCATCATCAGTACCGGAATCAACCCCAAGGCCAAGTCTTAC
TATCTATTCGATGGCTATGCTCATCTATCTTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTCGCCGGTCTT
TCAGCTGGTATGGCTATTGGTATCGTCGGTGACGCTGGTTTTAGAGCGAATGCACAACAA
CCGAAGCTGTTTGTGGGAATGATTTTGATTCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCGTTGTAC
GGTCTCATTGTTGGTATCATCCTCTCTTCTCGTGCTGGTCAGTCTAGAGCCGAGTGAAAA
AATCAGAAAGCCTTTTGGTTTAAGTCCTCTTTGTAATGTTTATGATATGTTTTCTTTTGT
GGCATTGTGAGTTCTTTTGGTGTTTCTCATGAAAAACAACAAGTAACATGAGTGATAATC
ATTTGACTTTTGGTTCTGAATATTTTTTTTTCTTTTGCACACTATATGGAATACATCAAT
AATTTAATAAAACAATATGATGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM44TF U 1
AF RR1GG39TF U 24
AF RR1GG39JQ C 553
AF RR1BM44JQ C 40
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RD RR1BM44TF 744 0 0
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TATCTATTCGATGGCTATGCTCATCTATCTTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTCGCCGGTCTT
TCAGCTGGTATGGCTATTGGTATCGTCGGTGACGCTGGTTTTAGAGCGAATGCACAACAA
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CTGAATATT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1GG39TF 722 0 0
GG
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AGAGCGGGGTCGGTGTGGCGTCGATGGGTGTGATGAGACCAGAGCTTGTGATGAAATCGA
TTGTTCCCGTGGTTATGGCTGGTGTTTTAGGTATCTATGGTCTGATCATTGCTGTCATCA
TCAGTACCGGAATCAACCCCAAGGCCAAGTCTTACTATCTATTCGATGGCTATGCTCATC
TATCTTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTCGCCGGTCTTTCAGCTGGTATGGCTATTGGTATCG
TCGGTGACGCTGGTGTTAGAGCGAATGCACAACAACCGAAGCTGTTTGTGGGAATGATTT
TGATTCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCGTTGTACGGTCTCATTGTTGGTATCATCCTCT
CTTCTCGTGCTGGTCAGTCTAGAGCCGATTGAAAAAATCAGAAAGCCTTTTGGTTTAAGT
CCTCTTTGTAATGTTTATGATATGTTTTCTTTTGTGGCATTGTGAGTTCTTTTGGTGTTT
CTCATGAAAA*CAACAAGTAACATGAGTGATAATCATTTGACTTTTGGTT
CTGAAAAAAA

QA 3 712 3 712
DS 

RD RR1GG39JQ 186 0 0
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TCTTTTGGTGTTTTTCATGAAAAACAACAAGTAACATGAGTGATAATCATTTGACTTTTG
GTT
TTG

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DS 

RD RR1BM44JQ 768 0 0
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GCTGAAGCACTTGCGTTGTACGGTCTCATTGTTGGTATCATCCTCTCTTCTCGTGCTGGT
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TTATGATATGTTTTCTTTTGTGGCATTGTGAGTTCTTTTGGTGTTTCTCATGAAAAACAA
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CACTATATGGAATACATCAATAATTTAATAAAACAATATGATGATTCC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 4

CO CL2597Contig1 1068 4 6 U
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TGTTCGGAGCAGATTGTTATCGTGTGTGGCAAAAGAGTGGGAGATGGATTGGGATAGCGT
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CTTGGCCGAGTTCTTCTCCAGATTCGCCTTCCCTCGCTCTTTCTCTAAATGGATGAGCCG
CCTCAAATGCAATCTCTACTACTACAGGACCAATTACTTCATCCTCTTGATCTTCGTTCT
CGGTCTTGCACTTATCACCCGACCTATTGCCATCATCGGTGCTGCTCTTACTGCCTTGAG
CCTAGCTTTCCTTAACGACAGCTTTGCAGCTACTTTCAATGAAAAGGCTATCCGGACCAT
AAGGCAATTCTCCCCACATTTAGCTGCAAAGATGAGGCCTCCCCACATGCCCGTCATTCG
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GTTGCTTGGATTAACCGCCAGCTTTGTCTTGTGGTTTACTTCTTGCGGTTTGTTATGGGT
CCTCTACGCACTTGCCACTGCCCTTCTCATGATCATGCTTCATGCAAGCCTTAGAACTCC
AAACCTCAAGGCACGCTTGAACACATTCCGCGAAGAGTTCAGAGCTGTCTGGCGTAACTA
CAGTGAACTTTAAAGTCAAACAAGAAGCTTTCAAGCTTGAAGGCTATAAACCAAAAGCGG
GGATATTAAACGTTTCAAGTAAGGGCATAAGTTGCAACTCACTCCATAATGTGCGTGAAC
AACAACAATCGCAGTTCTTCTCGTCTTTTAGTTAGCTCAGTAATTGTAAAGCCACTTTGG
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GCTAAGGTTCATTGTAATGCTGCTGCTCTCAACACCAAGTCTGTGTATCTAAAGGTTCAA
ACTCTTTTAGTCCTTTACATTTGTGTTAGTGATTCAGCTTTTCGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB69TF U 18
AF RR1F232TF U 1
AF RR1F232JQ C 359
AF RR1EG91TF U 458
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CCAGATTCGCCTTCCCTCGCTCTTTCTCTAAATGGATGAGCCGCCTCAAATGCAATCTCT
ACTACTACAGGACCAATTACTTCATCCTCTTGATCTTCGTTCTCGGTCTTGCACTTATCA
CCCGACCTATTGCCATCATCGGTGCTGCTCTTACTGCCTTGAGCCTAGCTTTCCTTAACG
ACAGCTTTGCAGCTACTTTCAATGAAAAGGCTATCCGGACCATAAGGCAATTCTCCCCAC
ATTTAGCTGCAAAGATGAGGCCTCCCCACATGCCCGTCATTCGTGGGCGATCTGCGTCTA
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CCAGCTTTGTCTTGTGGTTTACTTCTTGCGGTTTGTTATGGGTCCTCTACGCACTTGCCA
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CTTGGCCGAGTTCTTCTCCAGATTCGCCTTCCCTCGCTCTTTCTCTAAATGGATGAGCCG
CCTCAAATGCAATCTCTACTACTACAGGACCAATTACTTCATCCTCTTGATCTTCGTTCT
CGGTCTTGCACTTATCACCCGACCTATTGCCATCATCGGTGCTGCTCTTACTGCCTTGAG
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AAGGCAATTCTCCCCACATTTAGCTGCAAAGATGAGGCCTCCCCACATGCCCGTCATTCG
TGGGCGATCTGCGTCTAGAAAGACGGTCTACGTTTGTGGCCAACCACGTTTGGTGTTCGT
GTTGCTTGGATTAACCGCCAGCTTTGTCTTGTGGTTTACTTCTTGCGGTTTGTTATGGGT
CCTCTACGCACTTGCCACTGCCCTTCTCATGATCATGCTTCATGCAAGCCTTAGAACTCC
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CTATAACCAAAGCGGG

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DS 

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ATAAGGCAATTCTCCCCACATTTAGCTGCAAAGATGAGGCCTCCCCACATGCCCGTCATT
CGTGGGCGATCTGCGTCTAGAAAGACGGTCTACGTTTGTGGCCAACCACGTTTGGTGTTC
GTGTTGCTTGGATTAACCGCCAGCTTTGTCTTGTGGTTTACTTCTTGCGGTTTGTTATGG
GTCCTCTACGCACTTGCCACTGCCCTTCTCATGATCATGCTTCATGCAAGCCTTAGAACT
CCAAACCTCAAGGCACGCTTGAACACATTCCGCGAAGAGTTCAGAGCTGTCTGGCGTAAC
TACAGTGAACTTTAAAGTCAAACAAGAAGCTTTCAAGCTTGAAGGCTATAAACCAAAAGC
GGGGATATTAAACGTTTCAAGTAAGGGCATAAGTTGCAACTCACTCCATAATGTGCGTGA
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GGTTTAGTTGAGTTTGAATCACAGGGTTGGTTGATAAATCTAAGAATATAGTGTTGTGTG
CCGCTAAGGTTCATTGTAATGCTGCTGCTCTCAACACCAAGTCTGTGTATCTAAAGGTTC
AAACTCTTTTAGTC
TTTT

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G
CTCCCCACATGCCCGTCATTCGTGGGCGATCCGCGTCTAGAAAGACGGTCTACGTTTGTG
GCCAACCACGTTTGGTGTTCGTGTTGCTTGGATTAACCGCCAGCTTTGTCTTGTGGTTTA
CTTCTTGCGGTTTGTTATGGGTCCTCTACGCACTTGCCACTGCTCTTCTCATGATCATGC
TTCATGCAAGCCTTAGAACTCCAAACCTCAAGGCACGCTTGAACACATTCCGCGAAGAGT
TCAGAGCTGTCTGGCGTAACTACAGTGAACTTTAAAGTCAAACAAGAAGCTTTCAAGCTT
GAAGGCTATAAACCAAAAGCGGGGATATTAAACGTTTCAAGTAAGGGCATAAGTTGCAAC
TCACTCCATAATGTGCGTGAACAACAACAATCGCATTTCTTCTCGTCTTTTAGTTAGCTC
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TAAGAATATAGTGTTGTGTGCCGTTAAGGTTCATTGTAATGCTGCTGCTCTCAACACCAA
GTCTGTGTATCTAAAGGTTCAAACTCTTTTAGTCCTTTACATTTGTGTTAGTGATTCAGC
TTTTCGATAC

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DS 



AS 1 4

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AAAACGTTAACCTTTCGACTCCCGATTGTTTCTCTATCTCTTTTTAAATAAACTTTTTCA
CCAAATCTTAGCTACGACAACGTGCCAAAAGCAATTTTTCGAGAAAACCTTCAGACCCAG
AAAGTCTCACAGGCGCAATTTTCCGGCGACATCCACCAGGCCTAGCGGAGTCGGAGTTGA
GCTTCCACATGATCTGCCTCCGTCCATTGAGGATACCTCTGATCAGGTTTGTCCTCTCCT
TTTAAATCATTTGGTTTCAATTTTGTGAAGACCTTTTATATTCTTGGATTATTCTTCATA
GATGATTGGGTTTTTCAGATTTCAATATGCATCGACAAAAGCAATAGATGTTTTTCTCTG
TTTTCGCATGAAAGTTTAACAGGTATTGAGATCGAACCATTAAGATCCAAAACGAAATTC
AACTTTATTGCTTTCATAATGTTTCTCAGAAAAATAAAAGAGGCGATCCAGTGGAAGATG
AAGATCTAGAAGCTTGAATTGAGCTCCGCTAATACAAAGAACATATAAAATAAGACTTGG
TCTTAGAAGCTTTCAAAGCCCAATGTATGAGGGTTCTGAAGCAGAAGAAAAGGTAAGAAT
TGTTTTATACAGTCAATTCATTTATTAAATAATCTCATGAAACAACTAATTTTGCTATAT
AAACCACTGAATCATCCTCAGCTTTACTGCTACTCTGTCGGTGGTTGATAAATTGAGATT
TGTAACTGGCTTGGCTTCTAATTTTAGTTTGTGCTTGCGTACAGAGTTGTGGACTTTTCG
TCTCTGAATTTTCAGCATATTTGATTGAGGTACCTTTTTATTGTCAAAGTTGTGGTCTTA
TAGCTCCTTTTCAAGAGCGTGCACTTCAATTTTGCAGGCGTATGTTTTTTTTTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C466TF U 25
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GG
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TGGGATCGAACCATTAAGATCCAAAACGAAATTCAACTTTATTGCTTTCATAATGTTTCT
CAGAAAAATAAAAGAGGCGATCCAGTGGAAGATGAAGATCTAGAAGCTTGAATTGAGCTC
CGCTAATACAAAGAACATATAAAATAAGACTTGGTCTTAGAAGCTTTCAAAGCCCAATGT
ATGAGGGTTCTGAAGCAGAAGAAAAGGTAAGAATTGTTTTATACAGTCA*TTCATTTATT
AAATAATCTCATGAAACAACTAATTTTGCTATATAAACCACTGAATCATCCTCAGCTTTA
CTGCTACTCT

QA 3 732 3 732
DS 

RD RR1DQ46TF 794 0 0
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AAAACGTTAACCTTTCGACTCCCGATTGTTTCTCTATCTCTTTTTAAATAAACTTTTTCA
CCAAATCTTAGCTACGACAACGTTCCAAAAGCAATTTTTCGAGAAAACCTTCAGACCCAG
AAAGTCTCACAGGCGCAATTTTCCGGCGACATCCACCAGGCCTAGCGGAGTCGGAGTTGA
GGTTCCACATGATCTGCCTCCGTCCATTGAGGATACCTCTGATCAGTTTTGTCCTCTCCT
TTTAAATCATTTGGTTTCAATTTTGTGAAGACCTTTTATATTCTTGGATTATTCTTCATA
GATGATTGGGTTTTTCAGATTTCAATATGCATCGACAAAAGCAATAGATGTTTTTCTCTG
TTTTCGCATGAAAGTTTAACAGGTATTGAGATCGAACCATTAAGATCCAAAACGAAATTC
AACTTTATTGCTTTCATAATGTTTCTCAGAAAAATAAAAGAGGCGATCCAGTGGAAGATG
AAGATCTAGAAGCTTGAATTGAGCTCTGCTAATACAAAGAACATATAAAATAAGACTTGG
TCTTAGAAGCTTTCAAAGCCCAATGTATGAGGGTTCTGAAGCAGAAGAAAAG*TAAGAAT
TGTTTTATACAGTCAATTCATTTATTAAATAATCTCATGAAACAACTAATTTTGCTATAT
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TGTA
CTGGCTGGCT

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DS 

RD RR1C466JQ 786 0 0
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TCTTCATAGATGATTGGGTTTTTCAGATTTCAATATGCATCGACAAAAGCAATAGATGTT
TTTCTCTGTTTTCGCATGAAAGTTTAACAGGTATTGGGATCGAACCATTAAGATCCAAAA
CGAAATTCAACTTTATTGCTTTCATAATGTTTCTCAGAAAAATAAAAGAGGCGATCCAGT
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TGCTATATAAACCACTGAATCATCCTCAGCTTTACTGCTACTCTGTCGGTGGTTGATAAA
TTGAGATTTGTAACTGGCTTGGCTTCTAATTTTAGTTTGTGCTTGCGTACAGAGTTGTGG
ACTTTTCGTCTCTGAATTTTCAGCATATTTGATTGAGGTACCTTTTTATTGTCAAAGTTG
TGGTCTTATAGTTCCTTTTCAAGAGCGTGCACTTCAATTTTGCAGGCGTATGTTTTTTTT
TTATAT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1DQ46JQ 718 0 0
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AGGATACCTCTGATCAGTTTTGTCCTCTCCTTTTAAATCATTTGGTTTCAATTTTGTGAA
GACCTTTTATATTCTTGGATTATTCTTCATAGATGATTGGGTTTTTCAGATTTCAATATG
CATCGACAAAAGCAATAGATGTTTTTCTCTGTTTTCGCATGAAAGTTTAACAGGTATTGA
GATCGAACCATTAAGATCCAAAACGAAATTCAACTTTATTGCTTTCATAATGTTTCTCAG
AAAAATAAAAGAGGCGATCCAGTGGAAGATGAAGATCTAGAAGCTTGAATTGAGCTCTGC
TAATACAAAGAACATATAAAATAAGACTTGGTCTTAGAAGCTTTCAAAGCCCAATGTATG
AGGGTTCTGAAGCAGAAGAAAAGGTAAGAATTGTTTTATACAGTCAATTCATTTATTAAA
TAATCTCATGAAACAACTAATTTTGCTATATAAACCACTGAATCATCCTCAGCTTTACTG
CTACTCTGTCGGTGGTTGATAAATTGAGATTTGTAACTGGCTTGGCTTCTAATTTTAGTT
TGTGCTTGCGTGCAGAGTTGTGGACTTTTCGTCTCTGAATTTTCAGCATATTTGA****G
GTACCTTTTTATTGTCAAAGTTGTGGTCTTATAGCTCCTTTTCAAGAGCGTGCACTTC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 3

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GGATCTCATTCTTCCTCCTCCTCTCCTCGCCTTTAGCTATAATGGCTTTCTCTACACCAT
CACTTGCCAAACTCTCTCTTTTGGTCGCCATTTCGGCATCAGCACTCCTCTGCTCTGCTC
TTGCCCGTGATTTCTCCATCATTGGATACACACCTGAGCATCTATCATCCACTGATAACC
TTCTAGAGCTCTTTGAGTCATGGATGTCAGAACACAGCAAGGCTTACCAAAGCGTTGAGG
AGAAGGTGCACAGGTTCGAGGTGTTCAGGGATAACCTGATGCATATAGACCAGAGGAACA
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TCAAAAGGAAGTATCTCGGACTTGCAAAGCCTCCGCAGTTCTCTAGAAAGAGGCAGCCCT
CCTCTGCTAACTTCAGGTACAGAGACGTCACAGACTTGCCTAAATCCGTTGACTGGAGGA
AGAAAGGCGCTGTGACTCCTGTAAAGAACCAAGGTTCATGTGGTAGTTGTTGGGCGTTTT
CGACAGTTGCAGCTGTTGAAGGGATCCACCAGATCACAACAGGGAACCTGAGTTCGCTTT
CAGAGCAAGAACTCATAGACTGTGACACAACCTACAACAACGGTTGCAATGGAGGTCTAA
TGGACTACGCACTCCAGTACATCATATCGACAGGTGGACTCCACAAAGAAGACGATTACC
CCTATCTCATGGAGGAAGGCATTTGCCAAGAGCAGAAGGAGGATGTAGAAGTTGTGACAA
TCAGCGGCTATGAAGATGTCCCAGCAAACAGTGATGTAAGCCTGAAGGCTTTAGCTCATC
AGCCAGTAAGTGTGGCTATCGAGGCTTCAGGAAGAGACTTCCAGTTTTACAAAGGGGGAG
TGTTCAATGGGAAGTGTGGAACAGAGTTAGACCATGGTGTAGCTGCAGTTGGGTATGGTT
CATCAAAGGGATCTGACTATGTGATTGTGAAGAACTCATGGGGACCAAGATGGGGAGAGA
AAGGGTTTATTAGGATGAAGAGAAACACTGGTAAACCAGAGGGAATTTGCGGAATCAACA
AGATGGCTTCATATCCTACCAAGACCAACTAAGACAGACTCACATCTATCTTCTCATTTT
GCTACTGCTTCCTACGTTTTTCTTTTCTTTCCAATGCATTTTTTATTTTACCTGTTTTCA
AGCATATTATATTGTATTTGATGAATTTGAGATTTTAAAATAATATTCTTTTCACTGGGA
GTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 

AF RR1E528TF U 1
AF RR1BU90TF U 256
AF RR1BU90JQ C 722
BS 1 322 RR1E528TF
BS 323 323 RR1BU90TF
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BS 686 866 RR1BU90TF
BS 867 1264 RR1BU90JQ

RD RR1E528TF 689 0 0
GGATCTCATTCTTCCTCCTCCTCTCCTCGCCTTTAGCTATAATGGCTTTCTCTACACCAT
CACTTGCCAAACTCTCTCTTTTGGTCGCCATTTCGGCATCAGCACTCCTCTGCTCTGCTC
TTGCCCGTGATTTCTCCATCATTGGATACACACCTGAGCATCTATCATCCACTGATAACC
TTCTAGAGCTCTTTGAGTCATGGATGTCAGAACACAGCAAGGCTTACCAAAGCGTTGAGG
AGAAGGTGCACAGGTTCGAGGTGTTCAGGGATAACCTGATGCATATAGACCAGAGGAACA
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TCAAAAGGAAGTATCTCGGACTTGCAAAGCCTCCGCAGTTCTCTAGAAAGAGGCAGCCCT
CCTCTGCTAACTTCAGGTACAGAGACGTCACAGACTTGCCTAAATCCGTTGACTGGAGGA
AGAAAGGCGCTGTGACTCCTGTAAAGAACCAGGGTTCATGTGGTAGTTGTTGGGCGTTTT
CGACCGTTGCAGCTGTTGAAGGGATCCACCAGATCACAACAGGGAACCTGAGTTCGCTTT
CGGAGCAAGAACTCATAGACTGTGACACAACCTACAACAACGGTTGCAATGGAG*TCTAA
TGGACTACGCACTCCAGTACATCAT
TTCC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1BU90TF 611 0 0
G
CGAGGTGTTCAGGGATAACCTGATGCATATAGACCAGAGGAACAACGAGATCAGCAGTTA
CTGGCTCGGGTTAAACGAGTTTGCAGATATGACCCATGAAGAGTTCAAGAGGAAGTATCT
CGGACTTGCAAAGCCTCCGCAGTTCTCTAGAAAGAGGCAGCCCTCCTCTGCTAACTTCAG
GTACAGAGACGTCACAGACTTGCCTAAATCCGTTGACTGGAGGAAGAAAGGCGCTGTGAC
TCCTGTCAAGAACCAAGGTTCATGTGGTAGTTGTTGGGCGTTTTCGACAGTTGCAGCTGT
TGAAGGGATCCACCAGATCACAACAGGGAACCTGAGTTCGCTTTCAGAGCAAGAACTCAT
AGACTGTGACACAACTTACAACAACGGTTGCAATGGAGGTCTAATGGACTATGCATTCCA
GTACATCATATCGACAGGTGGACTCCACAAAGAAGACGATTACCCCTATCTCATGGAGGA
AGGCATTTGCCAAGAGCAGAAGGAGGATGTAGAAGTTGTGACAATCAGCGGCTATGAAGA
TGTCCCAGCAAACAGTGATGTAAGCCTGAAGGCTTTAGCTCATCAGCCAGTAAGTGTGGC
TATCGAGGCT

QA 2 611 2 611
DS 

RD RR1BU90JQ 543 0 0
CTATT
TCATGGAGGAAGGCATTTGCCAAGAGCAGAAGGAGGATGTAGAAGTTGTGACAATCAGCG
GCTATGAAGATGTCCCAGCAAACAGTGATGTAAGCCTGAAGGCTTTAGCTCATCAGCCAG
TAAGTGTGGCTATCGAGGCTTCAGGAAGAGACTTCCAGTTTTACAAAGGGGGAGTGTTCA
ATGGGAAGTGTGGAACAGAGTTAGACCATGGTGTAGCTGCAGTTGGGTATGGTTCATCAA
AGGGATCTGACTATGTGATTGTGAAGAACTCATGGGGACCAAGATGGGGAGAGAAAGGGT
TTATTAGGATGAAGAGAAACACTGGTAAACCAGAGGGAATTTGCGGAATCAACAAGATGG
CTTCATATCCTACCAAGACCAACTAAGACAGACTCACATCTATCTTCTCATTTTGCTACT
GCTTCCTACGTTTTTCTTTTCTTTCCAATGCATTTTTTATTTTACCTGTTTTCAAGCATA
TTATATTGTATTTGATGAATTTGAGATTTTAAAATAATATTCTTTTCACTGGGAGTCC

QA 6 543 6 543
DS 



AS 1 4

CO CL2600Contig1 989 4 3 U
GGACATTCATTCTCCCTCTTCCTCACAACAATCTTCTCTGCCTTCTCCCATCGACAAAAC
TAAAAAAAACTGCTTATCCCTTCCTCGGTCTCGATCATATTTTCTCTGTGGAATAGTTTT
GTGAATGGTGGAAACGAATCCGATCGGTGATAAGTTTACTTTCTCCCTTCCCATCCAAAG
AGCGAGACTCCTCCTCTCTGCTTTCTCTTTCGGTTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACTTCCG
CTGCCTCGGCCTCGACCCGTGAATCTCCGTCAACACCTTCACGTAGATTTAGGGTTTTGC
TTTGTTCTGTTTTTCTTGAAATCTTTCGAAGATGTTGCCGTACAACAAGCAGAAGAAGAA
CGCTAAGGGACAAAGAATCCTTGTCAGCATTACGGTTCTCGGTAGCGCCGGTCCGATCCG
GTTCCTTGCGTACCAAGAAGATTTAGTCGCTTCTGTTATCGACACTGCTCTCAAGTGTTA
CGCTCGTGAAGGTCGTCTCCCTCTTCTAGGATCCGATTTTAATGATTTTATTCTCTATTG
TCCCATGGTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAAAGGGATTGGAACGCTTGGTGCGAG
GAACTTTACTCTGTGTAGGAAGCCAGAAGAGAAGAATAATAAGGTGGTTAAGGAAGGTGA
TGGAGCTAGAAAAGGAGGAAGCTTTAAGGCTTGGATCAACAAGTCCTTCAGCCTCAGAGT
CTCCACCCATTAAATTAAAGATTCAACTTCTATGTTTTTGTTTTTTTTGTTCTTTTCTCA
CCATTGACATTGCTGACGCTTAATTCTTCTACATCTCTCATTCGTAGGAAATAAAAGTTT
CAGTTTTTCTTTTTTTTTTTTGAAACTAAGTTTCAGTTTTTCTTGCAAATTAGAATAAAG
GGTTTGGTGGCTTCAAGTAAACATCGTTTGTTTTTTACTTGTCTCCAAACACGTTTTTAA
TCGTGAGGAACAGAGCTGATTACAGTGGT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC16TF U 3
AF RR1F164TF U 1
AF RR1F164JQ C 88
AF RR1CC16JQ C 310
BS 1 684 RR1F164TF
BS 685 917 RR1F164JQ
BS 918 989 RR1CC16JQ

RD RR1CC16TF 647 0 0
GG
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AAAAACTGCTTATCCCTTCCTCGGTCTCGATCATATTTTCTCTGTGGAATAGTTTTGTGA
ATGGTGGAAACGAATCCGATCGGTGATAAGTTTACTTTCTCCCTTCCCATCCAAAGAGCG
AGACTCCTCCTCTCTGCTTTCTCTTTCGGTTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACTTCCGCTGC
CTCGGCCTCGACCCGTGAATCTCCGTCAACACCTTCACGTAGATTTAGGGTTTTGCTTTG
TTCTGTTTTTCTTGAAATCTTTCGAAGATGTTGCTGTACAACAAGCAGAAGAAGAACGCT
AAGGGACAAAGAATCCTTGTCAGCATTACGGTTCTCGGTAGCGCCGGTCCGATCCGGTTC
CTTGCGTACCAAGAAGATTTAGTCGCTTCTGTTATCGACACTGCTCTCAAGTGTTACGCT
CGTGAAGGTCGTCTCCCTCTTCTAGGATCCGATTTTAATGATTTTATTCTCTATTGTCCC
ATGGTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAAAGGGATTGGAACGCTTGGTGCGAGGAAC
TTTACTCTGTGTAGGAAGCCAGAAGAGAAGAATAATAAGGTGGTT

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR1F164TF 684 0 0
GGACATTCATTCTCCCTCTTCCTCACAACAATCTTCTCTGCCTTCTCCCATCGACAAAAC
TAAAAAAAACTGCTTATCCCTTCCTCGGTCTCGATCATATTTTCTCTGTGGAATAGTTTT
GTGAATGGTGGAAACGAATCCGATCGGTGATAAGTTTACTTTCTCCCTTCCCATCCAAAG
AGCGAGACTCCTCCTCTCTGCTTTCTCTTTCGGTTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACTTCCG
CTGCCTCGGCCTCGACCCGTGAATCTCCGTCAACACCTTCACGTAGATTTAGGGTTTTGC
TTTGTTCTGTTTTTCTTGAAATCTTTCGAAGATGTTGCCGTACAACAAGCAGAAGAAGAA
CGCTAAGGGACAAAGAATCCTTGTCAGCATTACGGTTCTCGGTAGCGCCGGTCCGATCCG
GTTCCTTGCGTACCAAGAAGATTTAGTCGCTTCTGTTATCGACACTGCTCTCAAGTGTTA
CGCTCGTGAAGGTCGTCTCCCTCTTCTAGGATCCGATTTTAATGATTTTATTCTCTATTG
TCCCATGGTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAAAGGGATTGGAACGCTTGGTGCGAG
GAACTTTACTCTGTGTAGGAAGCCAGAAGAGAAGAATAATAAGGTGGTTAAGGAAGGTGA
TGGAGCTAGAAAAGGAGGAAGCTT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1F164JQ 831 0 0
GTCTCGATCATATTTTCTCTGTGGAATAGTTT*GTGAATGGTGGAAACGAATCCGATCGG
TGATAAGTTTACTTTCTCCCTTCCCATCCAAAGAGCGAGACTCCTCCTCTCTGCTTTCTC
TTTCGGTTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACTTCCGCTGCCTCGGCCTCGACCCGTGAATCTC
CGTCAACACCTTCACGTAGATTTAGGGTTTTGCTTTGTTCTGTTTTTCTTGAAATCTTTC
GAAGATGTTGCCGTACAACAAGCAGAAGAAGAACGCTAAGGGACAAAGAATCCTTGTCAG
CATTACGGTTCTCGGTAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCCTTGCGTACCAAGAAGATTTAGT
CGCTTCTGTTATCGACACTGCTCTCAAGTGTTACGCTCGTGAAGGTCGTCTCCCTCTTCT
AGGATCCGATTTTAATGATTTTATTCTCTATTGTCCCATGGTTGGACCTGAAGCTTTAAG
CGCGTGGAAAGGGATTGGAACGCTTGGTGCGAGGAACTTTACTCTGTGTAGGAAGCCAGA
AGAGAAGAATAATAAGGTGGTTAAGGAAGGTGATGGAGCTAGAAAAGGAGGAAGCTTTAA
GGCTTGGATCAACAAGTCCTTCAGCCTCAGAGTCTCCACCCATTAAATTAAAGATTCAAC
TTCTATGTTTTTGTTTTTTTTGTTCTTTTCTCACCATTGACATTGCTGACGCTTAATTCT
TCTACATCTCTCATTCGTAGGAAATAAAAGTTTCAGTTTTTCTTTTTTTTTTTTGAAACT
AAGTTTCAGTTTTTCTTGCAAATTAGAATAAAGGGTTTGGTGGCTTCAAG
C

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR1CC16JQ 680 0 0
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ACAAAGAATCCTTGTCAGCATTACGGTTCTCGGTAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCCTTGC
GTACCAAGAAGATTTAGTCGCTTCTGTTATCGACACTGCTCTCAAGTGTTACGCTCGTGA
AGGTCGTCTCCCTCTTCTAGGATCCGATTTTAATGATTTTATTCTCTATTGTCCCATGGT
TGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAAAGGGATTGGAACGCTTGGTGCGAGGAACTTTAC
TCTGTGTAGGAAGCCAGAAGAGAAGAATAATAAGGTGGTTAAGGAAGGTGATGGAGCTAG
AAAAGGAGGAAGCTTTAAGGCTTGGATCAACAAGTCCTTCAGCCTCAGAGTCTCCACCCA
TTAAATTAAAGATTCAACTTCTATGTTTTTGTTTTTTTTGTTCTTTTCTCACCATTGACA
TTGCTGACGCTTAATTCTTCTACATCTCTCATTCGTAGGAAATAAAAGTTTCAGTTTTTC
TTTTTTTTTTTTGAAACTAAGTTTCAGTTTTTCTTGCAAATTAGAATAAAGGGTTTGGTG
GCTTCAAGTAAACATCGTTTGTTTTTTACTTGTCTCCAAACACGTTTTTAATCGTGAGGA
ACAGAGCTGATTACAGTGGT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 4

CO CL2601Contig1 836 4 26 U
GTGGAAGGTTATGTCATAACCCTTTTAAAGTGTTTGTCTCCTTACCTCTCGATCTCCCAG
TCTCAAGACCTCAAACCTAGCAAATCCAGAAGACTCTGCAGCTTGTTAGATCTCTCTCTC
TCT**TTCCCCCTTAAGGGAAAGCTGAGGTCTCTCATTTGGGTTTGAATTATTTCTTCTG
AAATCAATCTGAGAGTTTTGTGTACGTGTTTGGTTGGGAGGAAAGAGAAATCAAATGCCG
GAGGAAGATTTGGTAGAGCTTAAATTCCGGTTATATGACGGTTCAGATGTTGGTCCGTTT
CAGTACTCTCCAACCGCCACCGTAGCAATGCTCAAAGAGACACTCGTCTCTGAATGGCCT
AAAGACAAGAAGATTGTTCCAAAAGGAGCTAGTGACATTAAGTTGATAAATGCTGGTAAA
ATTTTGGAGAATGGTAAAACTGTTGCGCAGTGTAAAGCTCCATTTGATGATCTCCCTAAA
TCCGTCATTACAATGCACGTTGTCGTGCAACCGTCTCCAACAAAAACAAGACCAGAGAAG
AAAATTGAAGAGGAAGAAGAAGCTCAACAAAGAAGCTTTTGCTCATGTACCATAATGTGA
GAGAATAAGTCCCAAACCTCAAATCTGAAAGAGATACCTTTAAAAGCATATTTGAAGTCT
TGCTTCATTGTGGTCATAAATTACCATTTTTCACGCTTCATAGTTTGTATTCATCAGAAG
TTCAAAGAAAGCTTTCATCATTGGCGTCTATTGAAGTATTTTTTCTCTTGCATTGTGATG
AAAACTCTTGTTTGGAGCAACATTAATATAAAGAGTAGAACTTTTTTTTTGCTTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA41TF U 1
AF RR1CM18TF U 2
AF RR1CM18JQ C 80
AF RR1HA41JQ C 353
BS 1 123 RR1HA41TF
BS 124 125 RR1CM18TF
BS 126 168 RR1HA41TF
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BS 187 187 RR1CM18TF
BS 188 203 RR1HA41TF
BS 204 205 RR1CM18TF
BS 206 228 RR1HA41TF
BS 229 230 RR1CM18TF
BS 231 302 RR1HA41TF
BS 303 303 RR1CM18TF
BS 304 320 RR1HA41TF
BS 321 321 RR1CM18TF
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BS 342 644 RR1HA41TF
BS 645 645 RR1CM18TF
BS 646 721 RR1HA41TF
BS 722 722 RR1CM18JQ
BS 723 763 RR1CM18TF
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BS 775 783 RR1CM18TF
BS 784 836 RR1CM18JQ

RD RR1HA41TF 725 0 0
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TCTCAAGACCTCAAACCTAGCAAATCCAGAAGACTCTGCAGCTTGTTAGATCTCTCTCTC
TCTCTTTCCCCCTTAAGGGAAAGCTGAGGTCTCTCATTTGGGTTTGAACTATTTCTTCTG
AAATCA*TCTGAGAGTTTTGTGTGTGTGTTTGGTTGGGAGGAAAGAGA**TCAAATGCCG
GAGGAAGATTTGGTAGAGCTTAAATTCCGGTTATATGACGGTTCAGATGTTGGTCCGTTT
CACTACTCTCCAACCGCCACTGTAGCAATGCTCAAAGAGAGACTCGTCTCTGAATGGCCT
AAAGACAAGAAGATTGTTCCAAAAGGAGCTAGTGACATTAAGTTGATAAATGCTGGTAAA
ATTTTGGAGAATGGTAAAACTGTTGCGCAGTGTAAAGCTCCATTTGATGATCTCCCTAAA
TCCGTCATTACAATGCACGTTGTCGTGCAACCGTCTCCAACAAAAACAAGACCAGAGAAG
AAAATTGAAGAGGAAGAAGAAGCTCAACAAAGAAGCTTTTGCTCATGTACCATAATGTGA
GAGAATAAGTCCCAAACCTCAAATCTGAAAGAGATACCTTTAAA*GCATATTTGAAGTCT
TGCTTCATTGTGGTCATAAATTACCATTTTTCACGCTTCATAGTTTGTATTCATCAGAAG
T
TCAA

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1CM18TF 784 0 0
G
GGAAGGTTATGTCATAACCCTTTTAAAGTGTTTGTCTCCTTACCTCTCGATCTCCCAGTC
TCAAGACCTCAAACCTAGCAAATCCAGAAGACTCTGCAGCTTGTTAGATCTCTCTCTCTC
T**TTCCCCCTTAAGGGAAAGCTGAGGTCTCTCATTTGGGTTTGAATTATTTCTTCTGAA
ATCAATCTGAGAGTTTTGTGTACGTGTTTGGTTGGGAGGAAAGAGAAATCAAATGCCGGA
GGAAGATTTGGTAGAGCTTAAATTCCGGTTATATGACGGTTCAGATGTTGGTCCGTTTCA
GTACTCTCCAACCGCCACCGTAGCAATGCTCAAAGAGACACTCGTCTCTGAATGGCCTAA
AGACAAGAAGATTGTTCCAAAAGGAGCTAGTGACATTAAGTTGATAAATGCTGGTAAGAT
TTTGGAGAATGGTAAAACTGTTGCGCAGTGTAAAGCTCCATTTGATGATCTCCCTAAATC
CGTCATTACAATGCACGTTGTCGTGCAACCGTCTCCAACAAAAACAAGACCAGAGAAGAA
AATTGAAGAGGAAGAAGAAGCTCAACAAAGAAGCTTTTGCTCATGTACCATAATGTGAGA
GAATAAGTCCCAAACCTCAAATCTGAAAGAGATACCTTTAAAAGCATATTTGAAGTCTTG
CTTCATTGTGGTCATAAATTACCATTTTTCACGCTTCATAGTTTGTATTCATCAGAAGT*
CAAAGAAAGCTTTCATCATTGGCGTCTATTGAAGTATTTTT*CTCTTGCAT*GTGATGAA
A
CT

QA 2 782 2 782
DS 

RD RR1CM18JQ 757 0 0
GCAAATCCAGAAGACTCTGCAGCTTGTTAGATCTCTCTCTCTCT**TTCCCCCTTAAGGG
AAAGCTGAGGTCTCTCATTTGGGTTTGAATTATTTCTTCTGAAATCAATCTGAGAGTTTT
GTGTACGTGTTTGGTTGGGAGGAAAGAGAAATCAAATGCCGGAGGAAGATTTGGTAGAGC
TTAAATTCCGGTTATATGACGGTTCAGATGTTGGTCCGTTTCAGTACTCTCCAACCGCCA
CCGTAGCAATGCTCAAAGAGACACTCGTCTCTGAATGGCCTAAAGACAAGAAGATTGTTC
CAAAAGGAGCTAGTGACATTAAGTTGATAAATGCTGGTAAGATTTTGGAGAATGGTAAAA
CTGTTGCGCAGTGTAAAGCTCCATTTGATGATCTCCCTAAATCCGTCATTACAATGCACG
TTGTCGTGCAACCGTCTCCAACAAAAACAAGACCAGAGAAGAAAATTGAAGAGGAAGAAG
AAGCTCAACAAAGAAGCTTTTGCTCATGTACCATAATGTGAGAGAATAAGTCCCAAACCT
CAAATCTGAAAGAGATACCTTTAAAAGCATATTTGAAGTCTTGCTTCATTGTGGTCATAA
ATTACCATTTTTCACGCTTCATAGTTTGTATTCATCAGAAGTTCAAAGAAAGCTTTCATC
ATTGGCGTCTATTGAAGTATTTTTTCTCTTGCATTGTGATGAAAACTCTTGTTTGGAGCA
ACATTAATATAAAGAGTAGAACTTTTTTTTTGCTTCC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1HA41JQ 479 0 0
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CTGGTAAAATTTTGGAGAATGGTAAAACTGTTGCGCAGTGTAAAGCTCCATTTGATGATC
TCCCTAAATCCGTCATTACAATGCACGTTGTCGTGCAACCGTCTCCAACAAAAACAAGAC
CAGAGAAGAAAATTGAAGAGGAAGAAGAAGCTCAACAAAGAAGCTTTTGCTCATGTACCA
TAATGTGAGAGAATAAGTCCCAAACCTCAAATCTGAAAGAGATACCTTTAAAAGCATATT
TGAAGTCTTGCTTCATTGTGGTCATAAATTACCATTTTTCACGCTTCATAGTTTGTATTC
ATCAGAAGTTCAAAGAAAGCTTTCATCATTGGCGTCTATTGAAGTATTTTTTCTCTTGCA
TTGTGATGAAAACTCTTGTTTGGAGCAACATTAATATAAAGAGTAGAACTTTTTTTT
GT

QA 1 477 1 477
DS 



AS 1 4

CO CL2602Contig1 644 4 2 U
AAACTCAATCGGAAGAAGGAAGGAAGAAAAACAATGGCGGAAGAGAAGAAAAACGGGAAG
AAGCAGGTGATGGTGGCGATCGACGAAAGCGATTGCAGCAAACACGCTCTCCGATGGACG
CTCGCGTATCTCAAAGACAGCCTCGCCGATTCCGATATCATCCTCTTCACCGCTCAGCCT
CAGCTCGATCTCAGCTCCGTCTACGCTTCCTCTTACGGCGCCGCTCCGATAGAGCTGATA
AACTCAATGCAGCAGAACTACAAAAACGCAGCGTTGAATCGGATTGATGAAGGGACCAAG
ATTTGCGCTGAGAGCGGGGTTACTACACCAAAGAAGGTGATGGAGTTTGGAAACCCTAAA
GAAGCGATATGTGATGCTGTTGAGAAGCTTGGTGTTGATTTGCTTATCGTTGGGAGCCAT
GGCAAAGGGGCTCTAGAAAGGACTTTCCTTGGGAGTGTTAGCAATTACTGTGTTAACAAG
GCTAAGTGCCCTGTTCTTGTGGTGAGGACTAAGGCTTGAGGACCCTTCTCTCAGACAAGA
GAGTTCAAGAACTGTATGTGTGTTGTGTAAACATATTTGGAATAATGCTTCTGCTTGTAT
ACTACTGTTTGAAGAAACTTAATAAATATATTATTACTTTGATT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1F385JQ C 1
AF RR1F385TF U 1
AF RR1E226TF U 119
AF RR1E226JQ C 313
BS 1 641 RR1F385TF
BS 642 644 RR1E226JQ

RD RR1F385JQ 641 0 0
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AACTCAATGCAGCAGAACTACAAAAACGCAGCGTTGAATCGGATTGATGAAGGGACCAAG
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GGCAAAGGGGCTCTAGAAAGGACTTTCCTTGGGAGTGTTAGCAATTACTGTGTTAACAAG
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ACTACTGTTTGAAGAAACTTAATAAATATATTATTACTTTG

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1F385TF 641 0 0
AAACTCAATCGGAAGAAGGAAGGAAGAAAAACAATGGCGGAAGAGAAGAAAAACGGGAAG
AAGCAGGTGATGGTGGCGATCGACGAAAGCGATTGCAGCAAACACGCTCTCCGATGGACG
CTCGCGTATCTCAAAGACAGCCTCGCCGATTCCGATATCATCCTCTTCACCGCTCAGCCT
CAGCTCGATCTCAGCTCCGTCTACGCTTCCTCTTACGGCGCCGCTCCGATAGAGCTGATA
AACTCAATGCAGCAGAACTACAAAAACGCAGCGTTGAATCGGATTGATGAAGGGACCAAG
ATTTGCGCTGAGAGCGGGGTTACTACACCAAAGAAGGTGATGGAGTTTGGAAACCCTAAA
GAAGCGATATGTGATGCTGTTGAGAAGCTTGGTGTTGATTTGCTTATCGTTGGGAGCCAT
GGCAAAGGGGCTCTAGAAAGGACTTTCCTTGGGAGTGTTAGCAATTACTGTGTTAACAAG
GCTAAGTGCCCTGTTCTTGTGGTGAGGACTAAGGCTTGAGGACCCTTCTCTCAGACAAGA
GAGTTCAAGAACTGTATGTGTGTTGTGTAAACATATTTGGAATAATGCTTCTGCTTGTAT
ACTACTGTTTGAAGAAACTTAATAAATATATTATTACTTTG

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1E226TF 523 0 0
G
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TCAGCTCGATCTCAGCTCCGTCTACGCTTCCTCTTACGGCGCCGCTCCGATAGAGCTGAT
AAACTCAATGCAGCAGAACTACAAAAACGCAGCGTTGAATCGGATTGATGAAGGGACCAA
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AGAAGCGATATGTGATGCTGTTGAGAAGCTTGGTGTTGATTTGCTTATCGTTGGGAGCCA
TGGCAAAGGGGCTCTAGAAAGGACTTTCCTTGGGAGTGTTAGCAATTACTGTGTTAACAA
GGCTAAGTGCCCTGTTCTTGTGGTGAGGACTAAGGCTTGAGGACCCTTCTCTCAGACAAG
AGAGTTCAAGAACTGTATGTGTGTTGTGTAAACATATTTGGAATAATGCTTCTGCTTGTA
TACTACTGTTTGAAGAAACTTAATAAATATATTATTACTTTG

QA 2 523 2 523
DS 

RD RR1E226JQ 332 0 0
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GATGCTGTTGAGAAGCTTGGTGTTGATTTGCTTTTCGTTGGGAGCCATGGCAAAGGGGCT
TTAGAAAGGACTTTCCTTGGGAGTGTTAGCAATTACTGTGTTAACAAGGCTAAGTGCCCT
GTTTTTGTGGGGAGGAATAAGGCTTGGGGACCCTTTTTTCAGACAAGAGAGTTCAAGAAC
TGTATGTGTGTTGTGTAAACATATTTGGAATAATGCTTTTGCTTGTATACTACTGTTTGA
AGAAACTTAATAAATATATTATTACTTTGATT

QA 1 332 1 332
DS 



AS 1 4

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ATCAATCATCTCACATTCTCTCTGGATAACCTTAGTTGGAATCCTTCTCTTCAGTCTCTC
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CATGACTTTGCCTTGGATAATCCAACTTCTTGTAACCTCTTCTGTCATATTACTGCATAA
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TCATCTCGCTAATGTCGTCACTATCTCTTCTTCTTCTTCTCCATCATCTCCTCTCCCGTC
TGGCCATGTTCTGAAGAAAGATGATGCTGGTGAGATCGAGATTAGGATTGTCATTCCAAG
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TTGTGAGTTTCCATTAGTAATGAATCAGTTTGCTATTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1EK60JQ C 1
AF RR1C391JQ C 5
AF RR1C391TF U 5
AF RR1EK60TF U 1
BS 1 6 RR1EK60JQ
BS 7 638 RR1C391TF
BS 639 641 RR1EK60JQ

RD RR1EK60JQ 641 0 0
GGGAGAGAAGAAAGAAAACGAGATAGCAGCAGAGATGGAAAAGAGAGGTGTACCTCTGAG
ATCAATCATCTCACATTCTCTCTGGATAACCTTAGTTGGAATCCTTCTCTTCAGTCTCTC
AACCACGAGAAGACACAACTTTGGTTACACGAAATTCTTTTCGATATGCGGAACGTTACT
CATGACTTTGCCTTGGATAATCCAACTTCTTGTAACCTCTTCTGTCATATTACTGCATAA
GAGTACATGCTACAACCTCATGTGGATTGTCCGGCCGCCAAAATCATCTGAAGAGAATCA
TCATCTCGCTAATGTCGTCACTATCTCTTCTTCTTCTTCTCCATCATCTCCTCTCCCGTC
TGGCCATGTTCTGAAGAAAGATGATGCTGGTGAGATCGAGATTAGGATTGTCATTCCAAG
AAGTCCACAGTCTACTCATCTGGAGATTGAAGGAAGAAACAACTCTAAACTTACACCAAA
TGGATCACCACCTGTTTCTTAAATGTGACTAGTACTCTGTTCTTGTTCTTTCCATTTATG
TTTTCTTTAAAAGACTATGGTCTGAAACTTGTAGTGCTTACAAGTTTTGTGATATTTCCG
TTGTGAGTTTCCATTAGTAATGAATCAGTTTGCTATTTTAT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1C391JQ 634 0 0
GG
GAAGAAAGAAAACGAGATAGCAGCAGAGATGGAAAAGAGAGGTGTACCTCTGAGATCAAT
CATCTCACATTCTCTCTGGATAACCTTAGTTGGAATCCTTCTCTTCAGTCTCTCAACCAC
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TTTGCCTTGGATAATCCAACTTCTTGTAACCTCTTCTGTCATATTACTGCATAAGAGTAC
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TGTTCTGAAGAAAGATGATGCTGGTGAGATCGAGATTAGGATTGTCATTCCAAGAAGTCC
ACAGTCTACTCATCTGGAGATTGAAGGAAGAAACAACTCTAAACTTACACCAAATGGATC
ACCACCTGTTTCTTAAATGTGACTAGTACTCTGTTCTTGTTCTTTCCATTTATGTTTTCT
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GTTTCCATTAGTAATGAATCAGTTTGCTATTT

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR1C391TF 634 0 0
GG
GAAGAAAGAAAACGAGATAGCAGCAGAGATGGAAAAGAGAGGTGTACCTCTGAGATCAAT
CATCTCACATTCTCTCTGGATAACCTTAGTTGGAATCCTTCTCTTCAGTCTCTCAACCAC
GAGAAGACACAACTTTGGTTACACGAAATTCTTTTCGATATGCGGAACGTTACTCATGAC
TTTGCCTTGGATAATCCAACTTCTTGTAACCTCTTCTGTCATATTACTGCATAAGAGTAC
ATGCTACAACCTCATGTGGATTGTCCGGCCGCCAAAATCATCTGAAGAGAATCATCATCT
CGCTAATGTCGTCACTATCTCTTCTTCTTCTTCTCCATCATCTCCTCTCCCGTCTGGCCA
TGTTCTGAAGAAAGATGATGCTGGTGAGATCGAGATTAGGATTGTCATTCCAAGAAGTCC
ACAGTCTACTCATCTGGAGATTGAAGGAAGAAACAACTCTAAACTTACACCAAATGGATC
ACCACCTGTTTCTTAAATGTGACTAGTACTCTGTTCTTGTTCTTTCCATTTATGTTTTCT
TTAAAAGACTATGGTCTGAAACTTGTAGTGCTTACAAGTTTTGTGATATTTCCGTTGTGA
GTTTCCATTAGTAATGAATCAGTTTGCTATTT

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR1EK60TF 641 0 0
GGGAGA
GAAGAAAGAAAACGAGATAGCAGCAGAGATGGAAAAGAGAGGTGTACCTCTGAGATCAAT
CATCTCACATTCTCTCTGGATAACCTTAGTTGGAATCCTTCTCTTCAGTCTCTCAACCAC
GAGAAGACACAACTTTGGTTACACGAAATTCTTTTCGATATGCGGAACGTTACTCATGAC
TTTGCCTTGGATAATCCAACTTCTTGTAACCTCTTCTGTCATATTACTGCATAAGAGTAC
ATGCTACAACCTCATGTGGATTGTCCGGCCGCCAAAATCATCTGAAGAGAATCATCATCT
CGCTAATGTCGTCACTATCTCTTCTTCTTCTTCTCCATCATCTCCTCTCCCGTCTGGCCA
TGTTCTGAAGAAAGATGATGCTGGTGAGATCGAGATTAGGATTGTCATTCCAAGAAGTCC
ACAGTCTACTCATCTGGAGATTGAAGGAAGAAACAACTCTAAACTTACACCAAATGGATC
ACCACCTGTTTCTTAAATGTGACTAGTACTCTGTTCTTGTTCTTTCCATTTATGTTTTCT
TTAAAAGACTATGGTCTGAAACTTGTAGTGCTTACAAGTTTTGTGATATTTCCGTTGTGA
GTTTCCATTAGTAATGAATCAGTTTGCTATTT
TAT

QA 7 638 7 638
DS 



AS 1 4

CO CL2604Contig1 650 4 2 U
TTTTTTTTTAGTAGTGACCACCAATTTTAAAAAGAACGTACAATAAAAGGTTTTCCTAAA
GGAAAGGTAATCAAAGCATTACTGGTGTCCGAAACGTAAAGAGTTAAAACAAGAAAACAC
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GCTTGTGGTGTGAATCCTGACTATGATTTTGTACTTGAGAGGATGAGGCAGTTGGTATCC
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AACCTTTTTGGTGCCTTCTGGGACGACGAATCGTTCGTATCTGTCGGGAGCATTCATGGC
CGATCGTAATTTCTCGCTTAGGTATCACTCTCTCAGAGACTGTCGCAGACGAACAACGAA
CGAATTAACCCCAACGAACAACGCCCACGGCGTCGTTTAGTCTAGTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CL35JQ U 29
AF RR1CL35TF C 29
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C

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GCAACCTCTGCCTCGAATTGGGCCTTGAGAAAGTCAAGCTCCTTGTCAAGGTCATTGATA
GCCTGATTGTATGCTTGCATAGGAGAAGACTGGCTTGTGGTGTGAATCCTGACTATGATT
TTGTACTTGAGAGGATGAGGCAGTTGGTATCCTGCAAACAACACATTCTCGTCCCGGTGA
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GCGTTGATGATCTTCGTGTCCCTCTCGTACGAAACCTTTTTGGTGCCTTCTGGGACGACG
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TCTC
C

QA 1 544 1 544
DS 

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GCTGATTACAAAAGTCTTCTAGTTGGTGCATAGATAAGGAAAACACTGAGCTCCTCCTTA
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CTTGTCAAGGTCATTGATAGCCTGATTGTATGCTTGCATAGGAGAAGACTGGCTTGTGGT
GTGAATCCTGACTATGATTTTGTACTTGAGAGGATGAGGCAGTTGGTATCCTGCAAACAA
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CTCAATCGTGAAGGAAGCAGCGTTGATGATCTTCGTGTCCCTCTCGTACGAAACCTTTTT
GGTGCCTTCTGGGACGACGAATCGTTCGTATCTGTCGGGAGCATTCATGGCCGATCGTAA
TTTCTCGCTTAGGTATCACTCTCTCAGAGACTGTCGCAGACGAACAACGAACGAATTAAC
CCCAACGAACAACGCCCACGGCGTCGTTTAGTCTAGTATCC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 4

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ATCGCCTTCTTCGTCATCATCAGCATCAGTCTTTTTGTTAAAGCTTCGAAAAGCGATGAC
GGGTTTTGTTCAGCGCCTTCGATCACTGAATCAGACGAGGAGAAGCCGAAACCCATTTAC
TGGAAAGTCACGAATCCAACACTCTCTCCTTCCCATCTCCAAGACTTGCCGGGTTATACA
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TTACCTGACTGGACAAACACATTAGGGGCGTATTTGATCACACCTGCAATGGGTTCCCAT
TTTGTCATGTACTTTGCGAAAATGAAAGAAATGTCAAGTTCAGGTTTACCTCCAAAAGAC
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TCAACAAAACTGACGGTTGATACATATGCATACCTACCTCCAAACTTTTATCATTCCCTG
GACTGTGCCGAGTCTGCAACACTTATTGTCTTTGAGCGGAGGTATGAACATCTAGGGAGT
CACACAACAGAGCTTATCGTTGGCTCCACAGACAAGCAACCACTACTTGAGACTCCCGGT
GAGGTTTTTGAGCTGCGGAAACTTCTTCCGGTCTCCCTTGCTTATGACTTCAACATCCAT
ATTATGGATTTTCAGCCTGGAGAGTTTCTCAATGTTAAGGAAGTTCATTATAACCAACAT
GGTTTGTTGCTTCTGGAAGGCCAAGGCATTTATCGCTTGGGTGATAACTGGTATCCAGTT
CAGGCTGGTGATGTCATATGGATGGCTCCTTTTGTTCCTCAGTGGTATGCTGCGCTTGGA
AAGACTAGGTCTCGGTATTTGTTGTACAAAGATGTGAATCGGAATCCCTTGTAATCAAAA
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AGCTTTCAGTCATAAAAAAAAAAAAGCCTCATGTGCCATTTCCATGTATCAGCAGCTACT
TTTGTTTGTACGAAGAAAACTAATTTGAAATGTCAGTTGCCTGC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1EV63TF U 5
AF RR1EG13TF U 1
AF RR1EG13JQ C 406
AF RR1EV63JQ C 440
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RD RR1EV63TF 650 0 0
G
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TTGTTCAGCGCCTTCGATCACTGAATCAGACGAGGAGAAGCCGAAACCCATTTACTGGAA
AGTCACGAATCCAACACTCTCTCCTTCCCATCTCCAAGACTTGCCGGGTTATACAAGAAG
TGTATACAAACGAGATCATGCGTTGATAACACCTGAAAGTCATGTGTACAGCCCTT*ACC
TGACTGGACAAACACATTAGGGGCGTATTTGATCACACCTGCAATGGGTTCCCATTTTGT
CATGTACTTTGCGAAAATGAAAGAAATGTCAAGTTCAGGTTTACCTCCAAAAGACATAGA
GCGTCTTGTATTCGTTGTCGAGGGTGCTGTGACACTGACTAACACTTCCAGTTCCTCAAC
GAAACTGACGGTTGATACATATGCATACCTACCTCCAAACTTTTATCATTCCCTGGACTG
TGCCGAGTCTGCAACACTTATTGTCTTTGAGCGGAGGTATGAACATCTAGGGAGTCACAC
AACAGAGCTTATCGTTGGCTCCACAGACAAGCAACCACTACTTGAGACT

QA 2 650 2 650
DS 

RD RR1EG13TF 685 0 0
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ATCGCCTTCTTCGTCATCATCAGCATCAGTCTTTTTGTTAAAGCTTCGAAAAGCGATGCC
GGGTTTTGTTCAGCGCCTTCGATCACTGAATCAGACGAGGAGAAGCCGAAACCCATTTAC
TGGAAAGTCACGAATCCAACACTCTCTCCTTCCCATCTCCAAGACTTGCCGGGTTATACA
AGAAGTGTATACAAACGAGATCATGCGTTGATAACACCTGAAAGTCATGTGTACAGCCCT
TTACCTGACTGGACAAACACATTAGGTGCGTATTTGATCACACCTGCAATGGGTTCCCAT
TTTGTCATGTACTTTGCGAAAATGAAAGAAATGTCAAGTTCAGGTTTACCTCCAAAAGAC
ATAGAGCGTCTTGTATTCGTTGTCGAGGGTGCTGTGACACTGACTAACACTTCCAGTTCC
TCAACAAAACTGACGGTTGATACATATGCATACCTACCTCCAAACTTTTATCATTCCCTG
GACTGTGCCGAGTCTGCAACACTTATTGTCTTTGAGCGGAGGTATGAACATCTAGGGAGT
CACACAACAGAGCTTATCGTTGGCTCCACAGACAAGCAACCACTACTTGAGACTCCCGGT
GAGGTTTTTGAGCTGCGGAAACTTC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1EG13JQ 719 0 0
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TTTTATCATTCCCTGGACTGTGCCGAGTCTGCAACACTTATTGTCTTTGAGCGGAGGTAT
GAACATCTAGGGAGTCACACAACAGAGCTTATCGTTGGCTCCACAGACAAGCAACCACTA
CTTGAGACTCCCGGTGAGGTTTTTGAGCTGCGGAAACTTCTTCCGGTCTCCCTTGCTTAT
GACTTCAACATCCATATTATGGATTTTCAGCCTGGAGAGTTTCTCAATGTTAAGGAAGTT
CATTATAACCAACATGGTTTGTTGCTTCTGGAAGGCCAAGGCATTTATCGCTTGGGTGAT
AACTGGTATCCAGTTCAGGCTGGTGATGTCATATGGATGGCTCCTTTTGTTCCTCAGTGG
TATGCTGCGCTTGGAAAGACTAGGTCTCGGTATTTGTTGTACAAAGATGTGAATCGGAAT
CCCTTGTAATCAAAAAGATCCAAATGACTTGATGTGAAGAGTTCTTTGTTCTAGAAGCCA
GAATCTTGTTCTTTTAGCTTTCAGTCATAAAAAAAAA***GCCTCATGTGCCATTTCCAT
GTATCAGCAGCTACTTTTGTTTGTACGAAGAAAACTAATTTGAAATGTCAGTTGCCTGC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1EV63JQ 684 0 0
TTGTCGAGGGTGCTGTGACACTGACTAACACTTCCAGTTCCTCAACGAAACTGACGGTTG
ATACATATGCATACCTACCTCCAAACTTTTATCATTCCCTGGACTGTGCCGAGTCTGCAA
CACTTATTGTCTTTGAGCGGAGGTATGAACATCTAGGGAGTCACACAACAGAGCTTATCG
TTGGCTCCACAGACAAGCAACCACTACTTGAGACTCCCGGTGAGGTTTTTGAGCTGCGGA
AACTTCTTCCGGTCTCCCTTGCTTATGACTTCAACATCCATATTATGGATTTTCAGCCTG
GAGAGTTTCTCAATGTTAAGGAAGTTCATTATAACCAACATGGTTTGTTGCTTCTGGAAG
GCCAAGGCATTTATCGCTTGGGTGATAACTGGTATCCAGTTCAGGCTGGTGATGTCATAT
GGATGGCTCCTTTTGTTCCTCAGTGGTATGCTGCGCTTGGAAAGACTAGGTCTCGGTATT
TGTTGTACAAAGATGTGAATCGGAATCCCTTGTAATCAAAAAGATCCAAATGACTTGATG
TGAAGAGTTCTTTGTTCTAGAAGCCAGAATCTTGTTCTTTTAGCTTTCAGTCATAAAAAA
AAAAAAGCCTCATGTGCCATTTCCATGTATCAGCAGCTACTTTTGTTTGTACGAAGAAAA
CTAATTTGAAATGTCAGTTGCCT
C

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 4

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ACTTAAAAGGAGACGAAGACATATTTATGTTAAAACTTAAAACTAACACAAACAACAACC
TTATAAAGAAAAATCATCTAGAAAACGCTGGAAAGGAGATTAGCAGCAGTGGAAATGGCT
GCTCCAGTAAGAGCAGACTGAACCACTTGCTCATGGCTTGTCCTCTCCGAGGTTGTCATA
GACATTGCCGCTCCTGTAAATGCTCCGGCCACTGCACTGTTTCTCCAATCATGAGCTCCT
CCACGAGCCTCCCTCATACCGTAAGTTATACCAGAGTATAATCCAGCTGCTAGCCCCCAT
TGGAGAGATTCTTTTCCTGTATTCTTCACCAATGCCTCCAGAGATTTGCTGTTGTTTTCA
CCTCTGAGATTAGGGAACCTATGTTTCTTGCTGCCGGTGTCCTCAGACGGTGGACCCATG
CTGCTCGAGTCAAAACCTGTCCCATCGACCACTGTAAAGTAAGCTTCCCTCGACACAGCT
TGCAAAGCTCCGACACCGGCGGCTTTGACGAAGGAGTCGGCGATGCGGTTGAGAAGAGGA
TGGCCAAGATCGAACAAGCTTGCCTTCTCAAAGCTTCTTATCTCATCCATCACTTTTCTT
CCTCCACTCTTCTCCATTTTCTTCTTTTTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D527JQ U 1
AF RR1D527TF C 1
AF RR1BS27JQ U 5
AF RR1BS27TF C 5
BS 1 241 RR1D527JQ
BS 242 242 RR1BS27JQ
BS 243 257 RR1D527JQ
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BS 438 438 RR1BS27JQ
BS 439 640 RR1D527JQ
BS 641 695 RR1BS27JQ

RD RR1D527JQ 641 0 0
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GCCATTGCCGCTCCTGTCAATGCTCCGGCCACTGCACTGTTTCTCCAATCATGAGCTCCT
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TGGCCAAGATCGAACAAGCTTGCCTTCTCAAAGCTTCTTA
C

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1D527TF 641 0 0
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C

QA 7 640 7 640
DS 

RD RR1BS27JQ 691 0 0
CG
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AAGGAGACGAAGACATATTTATGTTAAAACTTAAAACTAACACAAACAACAACCTTATAA
AGAAAAATCATCTAAAAAACGCTGGAAAGGAGATTAGCAGCAGTGGAAATGGCTGCTCCA
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GCCGCTCCTGTAAATGCTCCGGCCACTGCACTGTTTCTCCAATCATGAGCTCCTCCACGA
GCCTCCTTCATACCGTAAGTTATACCAGAGTATAATCCAGCTGCTAGCCCCCATTGGAGA
GATTCTTTTCCTGTATTCTTCACCAATGCCTCCAGAGATTTGCTGTTGTTTTCACCTCTG
AGATTAGGGAACCTATGTTTCTTGCTGCCGGTGTCCTCAGACGGTGGACCCATGCTGCTC
GAGTCAAAACC******ATCGACCACTGTAAAGTAAGCTTCCCTCGACACAGCTTGCAAA
GCTCCGACACCGGCGGCTTTGACGAAGGAGTCGGCGATGCGGTTGAGAAGAGGATGGCCA
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CTCTTCTCCATTTTCTTCTTTTTTCTTCC

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DS 

RD RR1BS27TF 658 0 0
CG
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GCCGCTCCTGTAAATGCTCCGGCCACTGCACTGTTTCTCCAATCATGAGCTCCTCCACGA
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GATTCTTTTCCTGTATTCTTCACCAATGCCTCCAGAGATTTGCTGTTGTTTTCACCTCTG
AGATTAGGGAACCTATGTTTCTTGCTGCCGGTGTCCTCAGACGGTGGACCCATGCTGCTC
GAGTCAAAACC******ATCGACCACTGTAAAGTAAGCTTCCCTCGACACAGCTTGCAAA
GCTCCGACACCGGCGGCTTTGACGAAGGAGTCGGCGATGCGGTTGAGAAGAGGATGGCCA
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QA 3 658 3 658
DS 



AS 1 4

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AGTTTTCTTGCATTCTTACAGAAGCTCTTGATTGTTGGTTTTGAGATGCTGCTCGGATCT
CGACCGATTCTCTTCAAAATGTTTTTAACTCGTTTCTCCATGACAAGAACATCAGCCTCG
GCTTTCGCTAGATAGATTTTCTGCAAATTGATATAGTGTTCTGTTGAAGATGTCATATCC
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ATGGCTTCCTTGTAGTTATCCTCATCCATAGATACCATCTTGGACTTGACAAAATCCTTA
AATTCTTTTTTCTCTTCTCTCGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1A358JQ U 16
AF RR1EO48JQ U 1
AF RR1EO48TF C 515
AF RR1A358TF C 520
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CTTTAAAAACTCAGTGAAGAAAAAAAAAAACATAATATAACGCTATTCTCTCTGTTTCAA
GCCACCAATGTCTAAGGAGAGATGTTCTACAGTGTCAACAACTGAAACTTGTGATCAATG
CCATTGAAGATGTAAGTCCCCAACATCGGCACAAACTGTTTTGTGACAAGCTTGATGACT
TCTTGAGATGTGATTCCTCCAACAAAGGCAGCAACCACATGAAGCTCCGAGGCACCAAAG
CGACACATCTCATTGATAAGGTCATCGGGTAGTACTGAACCGTTACACCCCAAGTCGGCA
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DS 

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ATACTTGGCTGATGCGGTTATAGCATGGACCATCAATTACGATCATGCGACCATTGATAT
AAAAGCTAAACCACTCCAGGCATAATTTGTGCCGGCTAAATCATATCCTTGAACAGGTAC
ACCCGCGAAAAGATTCTTTAAAAACTCAGTGAAGAAAAAAAAAAACATAATATAACGCTA
TTCTCTCTGTTTCAAGCCACCAATGTCTAAGGAGAGATGTTCTACAGTGTCAACAACTGA
GACTTGTGATCAATGCCATTGAAGATGTAAGTCCCCAACATCGGCACAAACTGTTTTGTG
ACAAGCTTGATGACTTCTTGAGATGTGATTCCTCCAACAAAGGCAGCAACCACATGAAGC
TCCGAGGCACCAAAGCGACACATCTCATTGATAAGGTCATCGGGTAGTACTGAACCGTTA
CACCCCAAGTCGGCAAGAAGACTCAATGCCGTAGTTTTTAACCGAGAAATGTCCTCATCC
ATTCCTCCGTCAAACTGGCCAGGAAACTTGTTGTAGTTGGCAGTAAATCTGTCCACAGCT
CTAAG

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DS 

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TTTTT
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DS 

RD RR1A358TF 645 0 0
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GCAGTAAATCTGTCCACAGCTCTAAGAAGAACATAAAATCCCATTGCACCACTGTAATCT
TCGTCCGCTAGACACTTTTGAATTTCGGTTACAGAAGGATTGCTGAACTCGTCCTCTACC
ATACGATATCTGCATACTTTAAGTTTTCTTGCATTCTTACAGAAGCTCTTGATTGTTGGT
TTTGAGATGCTGCTCGGTTCTCGACCGATTCTCTTCAAAATGTTTTTAACTCGTTTCTCC
ATGACAAGAACATCAGCCTCGGCTTTCGCTAGATAGATTTTCTGCAAATTGATATAGTGT
TCTGTTGAAGATGTCATATCCGGTATGGAGCCTTCAAGGGGTGCCTCTCCCTCACCTTCG
TTTGAGACAAACTCCTTCAGAGCCGCTACCATCACCCAAAAATCTGAGGAGCTTGAACTC
GGTTCAGCACAACTATCATTGCAAATCTGTTGCATCTCTGAGCTGATTCCACGAGGAGCA
AAAACTTTGAAAGCAGCTTCAATGGCTTCCTTGTAGTTATCCTCATCCATAGATACCATC
TTGGACTTGACAAAATCCTTAAATTCTTTTTTCTCTTCTCTCGTC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 4

CO CL2608Contig1 1457 4 13 U
GGGGATCATTCCCTTCTTCTCGAACCATATACACAAACATATAGACAAAAAACACACATA
TATAAAGATGATATGCGAGGAGACATATCATCAACAACCACAGGGACAGATCAAGGAACA
TATGATGACGATGATGATGATGGATCCACACCAAAGTAGGAAATCACCATTATCATCGCC
ATCATCTCCATCATCATCACCTAGATCATCATCACCAAGATCACCATCATTCAATAACAT
TAACAATGAGGAGGAGAGGTTAGAAGTTGTGAATATGAGTGGGATGGCCTTAGAATCTCT
CCCTAATCCATCAATCAACTTAGCTCAGATTTGCAAGCTTGATCTCTCCAACAATTATCT
TCAGACCATACCAGAATCACTTACAGCAAGACTACTCAACTTAATAGCATTAGATGTTCA
TTCTAATCAGCTCAAAGCTCTTCCAAATTCCATTGGCTGTCTCTCCAAACTCAAGACCCT
CAACGTCTCTGGAAACTTTCTTGTTTCACTCCCCAAATCTATCCAGCATTGCAGGTCACT
GGAAGAACTCAATGCAAACTTCAACAAACTCATTAGATTACCAGACTCCATTGGATACGA
ACTCACCAATCTAAGAAAACTCTCTATCAACTCCAACAAGCTCATTAGCCTCCCAATCTC
CATTACTCACCTTACTTCTCTTCGTGTCCTCGACGCTCGTCTCAATTGCCTCATGATTCT
CCCAGATGATCTAGAGAATCTCATCAACCTCGAGATCCTCAATGTCAGCCAGAACTTCCA
GTACCTTACAGCCCTCCCATCTTCCATTGGCCTCTTAATGAACCTCATAGAGCTTGATGT
TAGCTACAACAAGATCACTGTCTTGCCTGAGTCCATTGGCTGCATGAGACGGCTAAGGAA
ACTGAGTGTTGAGGGAAACCCACTCGTGTCCCCTCCTGCTGAGGTGATGGAGCAGAACTT
GCAAGTGGTGAGAGAGTATCTGACACAGAAGATTAATGGTACCGCACCAAGGAGTCCCAG
CAAGAAGAAGTCATGGGGGTTTGGTAAGCTAGTGAAGTATGGGACCTTCAATGGTGGATC
AAGGAGCTGGAATAGGGAAGAGAGAGAAGGGTTCATCATGCCTGAATACCGTTCTATTGA
CAGTCTTACTTCACCGAGGTACTCTGGAATGTTCTCTCCTCGCCGTCTCTTTTCTCCAAG
AAATTATTTCAGCAGATAAAAATTCAGACAACAACACAGAGGTTCCATGTTGCTACAAGC
TATAGATACATCTGTAGCATCAAAAGCCAAAAAAATCCAAAATTTTCTATCATTTTAAAA
TTTCAGTATTAGTAAAATGTATAAAGAGTAACTCAATATGTTCATCAGATTCTAGATTTC
TTGTTTTTTTCTTAATTACATATTCTTGCTCCTGGTCTCTTTTTTTCCTATGCACATCAA
ATTTTGTTCATGAATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E938TF U 1
AF RR1FY03TF U 28
AF RR1FY03JQ C 503
AF RR1E938JQ C 896
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BS 1007 1202 RR1FY03JQ
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BS 1204 1287 RR1FY03JQ
BS 1288 1457 RR1E938JQ

RD RR1E938TF 766 0 0
GGGGATCATTCCCTTCTTCTCGAACCATATACACAAACATATAGACAAAAAACACACATA
TATAAAGATGATATGCGAGGAGACATATCATCAACAACCACAGGGACAGATCAAGGAACA
TATGATGACGATGATGATGATGGATCCACACCAAAGTAGGAAATCACCATTATCATCGCC
ATCATCTCCATCATCATCACCTAGATCATCATCACCAAGATCACCATCATTCAATAACAT
TAACAATGAGGAGGAGAGGTTAGAAGTTGTGAATATGAGTGGGATGGCCTTAGAATCTCT
CCCTAATCCATCAATCAACTTAGCTCAGATTTGCAAGCTTGATCTCTCCAACAATTATCT
TCAGACCATACCAGAATCACTTACAGCAAGACTACTCAACTTAATAGCATTAGATGTTCA
TTCTAATCAGCTCAAAGCTCTTCCAAATTCCATTGGTTGTCTCTCCAAACTCAAGACCCT
CAACGTCTCTGGAAACTTTCTTGTTTCACTCCCCAAATCTATCCAGCATTGCAGGTCACT
GGAAGAACTCAATGCAAACTTCAACAAACTCATTAGATTACCAGACTCCACTGGATACGA
ACTCACCAATCTAAGAAAACTCTCTATCAACTCCAACAAGCTCATTAGCCTCCCAATCTC
CATTACTCACCTTACTTCTCTTCGTGTCCTCGACGCTCGTCTCAATTGCCTCATGATTCT
CCCAGATGATCTAGAGA*TCTCATCAACCTCGAGATCCTCA
TGTCA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1FY03TF 707 0 0
G
ATACACAAACATATAGACAAAAAACACACATATATAAAGATGGTATGCGAGGAGACATAT
CATCAACAACCACAGGGACAGATCAAGGAACATATGATGACGATGATGATGATGGATCCA
CACCAAAGTAGGAAATCACCATTATCATCGCCATCATCTCCATCATCATCACCTAGATCA
TCATCACCAAGGTCACCATCATTCAATAACATTAACAATGAGGAGGAGAGGTTAGAAGTT
GTGAATATGAGTGGGATGGCCTTAGAATCTCTCCCTAATCCATCAATCAACTTAGCTCAG
ATTTGCAAGCTTGATCTCTCCAACAATTATCTTCAGACCATACCAGAATCACTTACAGCA
AGACTACTCAACTTAATAGCATTAGATGTTCATTCTAATCAGCTCAAAGCTCTTCCAAAT
TCCATTGGCTGTCTCTCCAAACTCAAGACCCTCAACGTCTCTGGAAACTTTCTTGTTTCA
CTCCCCAAATCTATCCAGCATTGCAGGTCACTGGAAGAACTCAATGCAAACTTCAACAAA
CTCATTAGATTACCAGACTCCATTGGATACGAACTCACCAATCTAAGAAAACTCTCTATC
AACTCCAACAAGCTCATTAGCCTCCCAATCTCCATTACTCACCTTACTTCTCTTCGTGTC
CTCGACGCTCGTCTCAATTGCCTCATGATTCTCCCAGATGATCTAG

QA 2 707 2 707
DS 

RD RR1FY03JQ 786 0 0
TTTCACTC
CCCCAAATCTATCCAGCATTGCAGGTCACTGGAAGAACTCAATGCAAACTTCAACAAACT
CATTAGATTACCAGACTCCATTGGATACGAACTCACCAATCTAAGAAAACTCTCTATCAA
CTCCAACAAGCTCATTAGCCTCCCAATCTCCATTACTCACCTTACTTCTCTTCGTGTCCT
CGACGCTCGTCTCAATTGCCTCATGATTCTCCCAGATGATCTAGAGAATCTCATCAACCT
CGAGATCCTCAATGTCAGCCAGAACTTCCAGTACCTTACAGCCCTCCCATCTTCCATTGG
CCTCTTAATGAACCTCATAGAGCTTGATGTTAGCTACAACAAGATCACTGTCTTGCCTGA
GTCCATTGGCTGCATGAGACGGCTAAGGAAACTGAGTGTTGAGGGAAACCCACTCGTGTC
CCCTCCTGCTGAGGTGATGGAGCAGAACTTGCAAGTGGTGAGAGAGTATCTGACACAGAA
GATTAATGGTACCGCGCCAAGGAGTCCCAGCAAGAAGAAGTCATGGGGGTTTGGTAAGCT
AGTGAAGTATGGGACCTTCAATGGTGGATCAAGGAGCTGGAATAGGGAAGAGAGAGAAGG
GTTCATCATGCCTGAATACCGTTCTATTGACAGTCTTACTTCACCGAGGTACTCTGGAAT
GTTCTCTCCTCGCCGTCTCTTTTCTCCAAGAAGTTATTTCAGCAGATAAAAATTCAGACA
ACAACACAGAGGTTCCATGTTGCTACAAGCTATAGATACATCTGTAGCATCAAAAGC
T

QA 9 785 9 785
DS 

RD RR1E938JQ 562 0 0
AGGAAACTGAGTGTTGAGGGAAACCCACTCGTGTCCCCTCCTGCTGAGGTGATGGAGCAG
AACTTGCAAGTGGTGAGAGAGTATCTGACACAGAAGATTAATGGTACCGCACCAAGGAGT
CCCAGCAAGAAGAAGTCATGGGGGTTTGGTAAGCTAGTGAAGTATGGGACCTTCAATGGT
GGATCAAGGAGCTGGAATAGGGAAGAGAGAGAAGGGTTCATCATGCCTGAATACCGTTCT
ATTGACAGTCTTACTTCACCGAGGTACTCTGGAATGTTCTCTCCTCGCCGTCTCTTTTCT
CCAAGAAATTATTTCAGCAGATAAAAATTCAGACAACAACACAGAGGTTCCATGTTGCTA
CAAGCTATAGATACATCTGTAGCATCAAAAGCCAAAAAAATCCAAAATTTTCTATCATTT
TAAAATTTCAGTATTAGTAAAATGTATAAAGAGTAACTCAATATGTTCATCAGATTCTAG
ATTTCTTGTTTTTTTCTTAATTACATATTCTTGCTCCTGGTCTCTTTTTTTCCTATGCAC
ATCAAATTTTGTTCATGAATAA

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 4

CO CL2609Contig1 801 4 11 U
GGAGATAAGCACAAACAAAACAATCTTATCCCGCAAGTGTTCCCTCTAATGGCGAGAGAG
AAAATAAACGAATCTCCAACGGTGAAGAAAACTCCTATGGCATCAAAAGAGAAACCAAAG
AAGCTTAGAAAACCCAAAACCGCCGCTCATCCTCCATACTTTCAGATGATAAAAGAGGCT
GTGATGAATCTGAAAGAGAAGAACGGGTCGAGCCCTTACGCTATAGCAAAGCAGATAGAG
GAGAAATACAAACCTGTACTCCCTGAGAATTTCCGTAAAACACTTTCTCTGCAGCTTAAA
AACTCTGTTGCTAAAGGTAAGCTCGTGAAGATCAGAGCCTCTTACAAGCTCTCAGAGACC
ACCACGAGGACGACGAGGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAGATGGAGACTCGGTCGAAGAAG
ACTGTGAGCAAGCCGCCAGAGATGGTGACGAAGAAGAAGAGGACAGCAAAGAAGCCAAGA
CAGCTTAAGTCGATCAAGTCTCCAGGTTCTAAGAAGGTCTTGAGAGCTTCCGCTTCTTGA
TGGACACGAAAGACGAAGAGGAGGGTGTGTGAATATGGAGAATAAGGGTTTTCTCTGTAA
AATAGTTGACTCTGTTTTTGG*TTTCGGGGTTACTCCTTCTTTAGGGGCTTATAAGGATA
ATGAGTCATGGTATGTATATAACTACGTACTTTTCAATGTAATATATGCAATAATTTTGT
GGCTGTATAGCCCTACGACTGCGGAGAGACCTTACCTACGTTCTTGTGTTACTATGTTTG
CAGTGAATATAAATTTGAGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI73TF U 1
AF RR1E688TF U 1
AF RR1GA81TF U 1
AF RR1E688JQ C 41
BS 1 55 RR1DI73TF
BS 56 56 RR1E688TF
BS 57 144 RR1DI73TF
BS 145 145 RR1E688TF
BS 146 168 RR1DI73TF
BS 169 169 RR1E688TF
BS 170 641 RR1DI73TF
BS 642 643 RR1E688TF
BS 644 644 RR1E688JQ
BS 645 732 RR1GA81TF
BS 733 801 RR1E688JQ

RD RR1DI73TF 641 0 0
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GTGATGAATCTGAAAGAGAAGAACGGGTCGAGCCCTTACGCTATAGCAAAGCAGATAGAG
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AATAGTTGACTCTGTTTTTGG*TTTCGGGGTTACTCCTTCT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1E688TF 650 0 0
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AAAATAAACGAATCTCCAACGGTGAAGAAAACTCCTATGGCATCAAAAGAGAAACCAAAG
AAGCTTAGAAAACCCAAAACCGCCGCTCATCCTCCATACTTTCAGATGATAAAAGAGGCT
GTGATGAATCTGAAAGAGAAGAACGGGTCGAGCCCTTACGCTATAGCAAAGCAGATAGAG
GAGAAATACAAACCTGTACTCCCTGAGAATTTCCGTAAAACACTTTCTCTGCAGCTTAAA
AACTCTGTTGCTAAAGGTAAGCTCGTGAAGATCAGAGCCTCTTACAAGCTCTCAGAGACC
ACCACGAGGACGACGAGGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAGATGGAGACTCGGTCGAAGAAG
ACTGTGAGCAAGCCGCCAGAGATGGTGACGAAGAAGAAGAGGACAGCAAAGAAGCCAAGA
CAGCTTAAGTCGATCAAGTCTCCAGGTTCTAAGAAGGTCTTGAGAGCTTCCGCTTCTTGA
TGGACACGAAAGACGAAGAGGAGGGTGTGTGAATATGGAGAATAAGGGTTTTCTCTGTAA
AATAGTTGACTCTGTTTTTGG*TTTCGGGGTTACTCCTTCTTT
AGGGCTT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1GA81TF 732 0 0
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AAAATAAACGAATCTCCAACGGTGAAGAAAACTCCTATGGCATCAAAAGAGAAACCAAAG
AAGCTTAGAAAACCCAAAACCGCCACTCATCCTCCATACTTTCAGATGATAAAAGAGGCT
GTGATGAATCTGAAAGAGAAGAACGGGTCGAGCCCTTACGCTATAGCAAAGCAGATAGAG
GAGAAATACAAACCTGTACTCCCTGAGAATTTCCGTAAAACACTTTCTCTGCAGCTTAAA
AAC*CTGTTGCTAAAGGTAAGCTCGTGAAGATCAGAGCCTCTTACAAGCTCTCAGAGACC
ACCACGAGGACGACGAGGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAGATGGAGACTCGGTCGAAGAAG
ACTGTGAGCGAGCCGCCAGAGATGGTGACGAAGAAGAAGAGGACAGCAAAGAAGCCAAGA
CAGCTTAAGTCGATCAAGTCTCCAGGTTCTAAGAAGGTCTTGAGAGCTTCCGCTTCTTGA
TGGACACGAAAGACGAAGAGGAGGGTGTGTGAATATGGAGAATAAGGGTTTTCTCTGTAA
AATAGTTGACTCTGTTTTTGGGTTTCGGGGTTACTCCTTCTTTGGGGGCTTATAAGGATA
ATGAGTCATGGTATGTATATAACTACGTACTTTTCAATGTAATATATGCAATAATTTTGT
GGCTGTATAGCC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1E688JQ 761 0 0
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TTCAGATGATAAAAGAGGCTGTGATGAATCTGAAAGAGAAGAACGGGTCGAGCCCTTACG
CTATAGCAAAGCAGATAGAGGAGAAATACAAACCTGTACTCCCTGAGAATTTCCGTAAAA
CACTTTCTCTGCAGCTTAAAAACTCTGTTGCTAAAGGTAAGCTCGTGAAGATCAGAGCCT
CTTACAAGCTCTCAGAGACCACCACGAGGACGACGAGGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAGA
TGGAGACTCGGTCGAAGAAGACTGTGAGCAAGCCGCCAGAGATGGTGACGAAGAAGAAGA
GGACAGCAAAGAAGCCAAGACAGCTTAAGTCGATCAAGTCTCCAGGTTCTAAGAAGGTCT
TGAGAGCTTCCGCTTCTTGATGGACACGAAAGACGAAGAGGAGGGTGTGTGAATATGGAG
AATAAGGGTTTTCTCTGTAAAATAGTTGACTCTGTTTTTGG*TTTCGGGGTTACTCCTTC
TTTAGGG*CTTATAAGGATAATGAGTCATGGTATGTATATAACTACGTACTTTTCAATGT
AATATATGCAATAATTT*GTGGCTGTATAGCCCTACGACTGCGGAGAGACCTTACCTACG
TTCTTGTGTTACTATGTTTGCAGTGAATATAAATTTGAGCC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 4

CO CL2610Contig1 1131 4 5 U
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GAGATTCTGGGCGTTCTACATTCTTGGTGACCAATAGTTTATGGGACTACACAAACATTG
TGATGAATTTTCTCTGTGGAGGAAGAACGATACAAGGTCCACATACTTGCAACTTTGATT
GGCTCCAGTATTTTGATGTTGTCATCACTGGCAGTGCAAAACCTGGCTTCTTCCATGAAG
AGAGTCGTGCCAACCTGTTTGAGGTGGAACCTCAATCTGGAATGCTTATTAATACTGACA
ATGGAACACCTATGCCTCAGGTGGGAGATCCTTCACCCAAAATTTTACTGAAGAGTAAAG
GCAAAGGTTGTCGAGTTTTTCAAGGTGGAAATGTCGGGCATCTTCACAGTTTGCTCTCCA
TTGAGTCAAGTTCACAGGTTCTTTACGTTGGTGATCATATATACGGCGACATATTGCGCA
GCAAAAAAGTACTTGGCTGGAGAACTATGCTTGTTGTTCCAGAACTAGAAAAGGAGGTTG
AGCTTCTATGGGAACTGAGAGATATGCGCAAGGAACTGATTTTGATGAGGAATGAACGTG
ATTCAGTTGAAGACAAAATTCATCACATGAACTGGTCCCTAAAGTTTGAGGATATTAACG
AGAATGTTAAGAAGGAGATGTTATCAGCGCTCAAGGACTTGGAGTTCAAAAGAGATCAAG
TACGTCAAAGTCATCAACAAGCTCAAAGAGAAAATCACCAAAAGTTTCACAAGGTCTGGG
GGCAACTAATGAAAACAGGTTACCAGAGTTCTCGATTTGCTAACCAGGTTGAAAGGTTTG
CATGCCTGTACACAAGCCAAGTCTCTAACCTACGCTTGTACTCACCAGACAAGTATTACA
GACCAAGTGAAGACTTCATGTCCCATGAGTTCCATCTTCTTCCTCTGGATTGATCGTTCA
GTGAGACTTGTTAAAGAAAGACCACACTCTAAAGTTAGAGGGTATATCAAAGTATTGGTT
TGGTGCTTATTCTTACTGTCTATAAGTTTCCTTAGTCTCTTCGTATGCATTGTGTTACTT
GGCACAAACATCTACAAGATTGAGAATTTAATCAAAACGTTTTCTATTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1EE42TF U 1
AF RR1EE42JQ C 382
AF RR1CA60JQ C 489
AF RR1CA60TF U 489
BS 1 617 RR1EE42TF
BS 618 618 RR1CA60TF
BS 619 647 RR1EE42TF
BS 648 1129 RR1CA60TF
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RD RR1EE42TF 647 0 0
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GAGATTCTGGGCGTTCTACATTCTTGGTGACCAATAGTTTATGGGACTACACAAACATTG
TGATGAATTTTCTCTGTGGAGGAAGAACGATACAAGGTCCACATACTTGCAACTTTGATT
GGCTCCAGTATTTTGATGTTGTCATCACTGGCAGTGCAAAACCTGGCTTCTTCCATGAAG
AGAGTCGTGCCAACCTGTTTGAGGTGGAACCTCAATCTGGAATGCTTATTAATACTGACA
ATGGAACACCTATGCCTCAGGTGGGAGATCCTTCACCCAAAATTTTACTGAAGAGTAAAG
GCAAAGGTTGTCGAGTTTTTCAAGGTGGAAATGTCGGGCATCTTCACAGTTTGCTCTCCA
TTGAGTCAAGTTCACAGGTTCTTTACGTTGGTGATCATATATACGGCGACATATTGCGCA
GCAAAAAAGTACTTGGCTGGAGAACTATGCTTGTTGTTCCAGAACTAGAAAAGGAGGTTG
AGCTTCTATGGGAACTGAGAGATATGCGCAAGGAACTGATTTTGATGAGGAATGAACGTG
ATTCAGTTGAAGACAAA*TTCATCACATGAACTGGTCCCTAAAGTTT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1EE42JQ 750 0 0
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TTTACGTTGGTGATCATATATACGGCGACATATTGCGCAGCAAAAAAGTACTTGGCTGGA
GAACTATGCTTGTTGTTCCAGAACTAGAAAAGGAGGTTGAGCTTCTATGGGAACTGAGAG
ATATGCGCAAGGAACTGATTTTGATGAGGAATGAACGTGATTCAGTTGAAGACAAAATTC
ATCACATGAACTGGTCCCTAAAGTTTGAGGATATTAACGAGAATGTTAAGAAGGAGATGT
TATCAGCGCTCAAGGACTTGGAGTTCAAAAGAGATCAAGTACGTCAAAGTCATCAACAAG
CTCAAAGAGAAAATCACCAAAAGTTTCACAAGGTCTGGGGGCAACTAATGAAAACAGGTT
ACCAGAGTTCTCGATTTGCTAACCAGGTTGAAAGGTTTGCATGCCTGTACACAAGCCAAG
TCTCTAACCTACGCTTGTACTCACCAGACAAGTATTACAGACCAAGTGAAGACTTCATGT
CCCATGAGTTCCATCTTCTTCCTCTGGATTGATCGTTCAGTGAGACTTGTTAAAGAAAGA
CCACACTCTAAAGTTAGAGGGTATATCAAAGTATTGGTTTGGTGCTTATTCTTACTGTCT
ATAAGTTTCCTTAGTCTCTTCGTATGCATTGTGTTACTTGGCACAAACATCTACAAGATT
GAGAATTTAATCAAAACGTTTTCTATTG
TC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1CA60JQ 643 0 0
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TGGGAACTGAGAGATATGCGCAAGGAACTGATTTTGATGAGGAATGAACGTGATTCAGTT
GAAGACAAAATTCATCACATGAACTGGTCCCTAAAGTTTGAGGATATTAACGAGAATGTT
AAGAAGGAGATGTTATCAGCGCTCAAGGACTTGGAGTTCAAAAGAGATCAAGTACGTCAA
AGTCATCAACAAGCTCAAAGAGAAAATCACCAAAAGTTTCACAAGGTCTGGGGGCAACTA
ATGAAAACAGGTTACCAGAGTTCTCGATTTGCTAACCAGGTTGAAAGGTTTGCATGCCTG
TACACAAGCCAAGTCTCTAACCTACGCTTGTACTCACCAGACAAGTATTACAGACCAAGT
GAAGACTTCATGTCCCATGAGTTCCATCTTCTTCCTCTGGATTGATCGTTCAGTGAGACT
TGTTAAAGAAAGACCCCACTCTAAAGTTAGAGGGTATATCAAAGTATTGGTTTGGTGCTT
ATTCTTACTGTCTATAAGTTTCCTTAGTCTCTTCGTATGCATTGTGTTACTTGGCACAAA
CATCTACAAGATTGAGAATTTAATCAAAACGTTTTCTATTGCC

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DS 

RD RR1CA60TF 643 0 0
GTACTTGGCTGGAGAACTATGCTTGTTGTTCCAGAACTAGAAAAGGAGGTTGAGCTTCTA
TGGGAACTGAGAGATATGCGCAAGGAACTGATTTTGATGAGGAATGAACGTGATTCAGTT
GAAGACAAAATTCATCACATGAACTGGTCCCTAAAGTTTGAGGATATTAACGAGAATGTT
AAGAAGGAGATGTTATCAGCGCTCAAGGACTTGGAGTTCAAAAGAGATCAAGTACGTCAA
AGTCATCAACAAGCTCAAAGAGAAAATCACCAAAAGTTTCACAAGGTCTGGGGGCAACTA
ATGAAAACAGGTTACCAGAGTTCTCGATTTGCTAACCAGGTTGAAAGGTTTGCATGCCTG
TACACAAGCCAAGTCTCTAACCTACGCTTGTACTCACCAGACAAGTATTACAGACCAAGT
GAAGACTTCATGTCCCATGAGTTCCATCTTCTTCCTCTGGATTGATCGTTCAGTGAGACT
TGTTAAAGAAAGACCACACTCTAAAGTTAGAGGGTATATCAAAGTATTGGTTTGGTGCTT
ATTCTTACTGTCTATAAGTTTCCTTAGTCTCTTCGTATGCATTGTGTTACTTGGCACAAA
CATCTACAAGATTGAGAATTTAATCAAAACGTTTTCTATTG
CC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

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CCAACCACCTCGGCTTCCTCTGTTCAAAGCAGGTAAGCTTTCACAATCAAAGTCACTCTT
CAACAGAGATCATGCGTATTTGGGATTACTTCATAGGCAGTTCTGTGGATCCCGTGAGGC
TAGTGAAGCTGCTGGAGTAACCAAGTCTTCAAACTCCGTTGCTGAACTCTCCAAAGCTCC
TTCCACTCCCCCTGCAACGGCCTCCGAGGAACTGATTGTGAAATACAAGTCCCAGTTGAA
AATAAACCCGAGGCATGACTTCATGATGGTATTTACCTGCAAGGTATGCGAGACGAGGTC
CATGAAGATGGCGAGCCGAGAATCGTACGAGAACGGCGTTGTGGTGGTGCGATGTGAGGG
GTGTGATAATCTGCATCTGATTGCAGACCGTCTTGGCTGGTTTGGAGAACCGTGGAGCGT
GGAGGAGCTTCTAGCTGCTCGTGGGGATGAATTCAAGAAAGGATCCATGGATTCTCTTAG
TCTTACGGTTGATGATTTGGCTGGGAAAAAGATGTCCGATGAATAGAGCAAGAGGCTCTT
CGTTGCTCTACTACTAGGACTTGAACCCTGCGGAAAACATAAAATATTTTCTGTCTTTTA
ATATTAATTTTCGTAACAATATTTGGTATTATAGGTGTAATGTGAATCCACTAAGCTTTG
ATCTTTTAAGCGGATTGTAAAATGAGCACAAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H102TF U 1
AF RR1H102JQ C 203
BS 1 677 RR1H102TF
BS 678 678 RR1H102JQ
BS 679 696 RR1H102TF
BS 697 697 RR1H102JQ
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BS 767 786 RR1H102TF
BS 787 814 RR1H102JQ

RD RR1H102TF 791 0 0
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CCAACCACCTCGGCTTCCTCTGTTCAAAGCAGGTAAGCTTTCACAATCAAAGTCACTCTT
CAACAGAGATCATGCGTATTTGGGATTACTTCATAGGCAGTTCTGTGGATCCCGTGAGGC
TAGTGAAGCTGCTGGAGTAACCAAGTCTTCAAACTCCGTTGCTGAACTCTCCAAAGCTCC
TTCCACTCCCCCTGCAACGGCCTCCGAGGAACTGATTGTGAAATACAAGTCCCAGTTGAA
AATAAACCCGAGGCATGACTTCATGATGGTATTTACCTGCAAGGTATGCGAGACGAGGTC
CATGAAGATGGCGAGCCGAGAATCGTACGAGAACGGCGTTGTGGTGGTGCGATGTGAGGG
GTGTGATAATCTGCATCTGATTGCAGACCGTCTTGGCTGGTTTGGAGAACCGTGGAGCGT
GGAGGAGCTTCTAGCTGCTCGTGGGGATGAATTCAAGAAAGGATCCATGGATTCTCTTAG
TCTTACGGTTGATGATTTGGCTGGGAAAAAGATGTCCGATGAATAGAGCAAGAGGCTCTT
CGTTGCTCTACTACTAG*ACTTGAACCCTGCGGAAA*CATAAAATATTTTCTGTCTTTTA
*TATTAATTTTCGTAACAATATTTGGTATTATAG*TGTA*TGTGA*TCCACTAAGCTTTG
ATCTTT
AAGCG

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1H102JQ 612 0 0
GGATTACTTCATAGGCAGTTCTGTGGATCCCGTGAGGCTAGTGAAGCTGCTGGAGTAACC
AAGTCTTCAAACTCCGTTGCTGAACTCTCCAAAGCTCCTTCCACTCCCCCTGCAACGGCC
TCCGAGGAACTGATTGTGAAATACAAGTCCCAGTTGAAAATAAACCCGAGGCATGACTTC
ATGATGGTATTTACCTGCAAGGTATGCGAGACGAGGTCCATGAAGATGGCGAGCCGAGAA
TCGTACGAGAACGGCGTTGTGGTGGTGCGATGTGAGGGGTGTGATAATCTGCATCTGATT
GCAGACCGTCTTGGCTGGTTTGGAGAACCGTGGAGCGTGGAGGAGCTTCTAGCTGCTCGT
GGGGATGAATTCAAGAAAGGATCCATGGATTCTCTTAGTCTTACGGTTGATGATTTGGCT
GGGAAAAAGATGTCCGATGAATAGAGCAAGAGGCTCTTCGTTGCTCTACTACTAGGACTT
GAACCCTGCGGAAAACATAAAATATTTTCTGTCTTTTAATATTAATTTTCGTAACAATAT
TTGGTATTATAGGTGTAATGTGAATCCACTAAGCTTTGATCTTTTAAGCGGATTGTAAAA
TGAGCACAAGAG

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 4

CO CL2612Contig1 851 4 4 U
TAACAAATAAGAGCAGTTGTCCGAGTTTGTCTCGACCCTCCCTTCACAAGCCAATTAAGC
ATTATCCTCTTCTTTAGTTCTCCTACCAAGTTACATTCCCAGAGGACAATCAATATTCAT
ACAAAACAAGTTCCTCTTCCTCAAGCTTTACCATAAAAACTAAACAAAAGCAATGGCCAA
CGCAGCATCGGGGATGGCAGTGGAGGACAACTGCAAGCTGAAGTTTTTGGAGCTAAAGAA
AAGAACCTATCGGTTCATAATATTCAGGATAGACGGGCAGCAAGTGGTGGTGGAAAAGTT
AGGAAACCCCCAAGAGACTTACGATGATTTCACCGCTTCCCTCCCTGCCGACGAGTGCCG
CTATGCGGTTTTCGATTTCGACTTTACCACCAATGAAAATTGCCAGAAGAGCAAAATCTT
CTTCATCGCCTGGTCACCGGATTCATCTAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTACGCAAGCTC
TAAGGATAGGTTCAAGAGAGAATTGGATGGGATTCAGGTGGAGTTGCAAGCCACTGATCC
TAGCGAGATGAGTTTCGACATTATCAAAAGCCGAGCTCTCTAGATCTTTTCGTTGATTTG
TCATCAAAGCATCTAATATATTCATCTTTCGTATTTCTGATATTCCCAAAAAAAAAAGTT
GAAAGATTTTTCAGTGTTATGTAATTTCCTTGGTTTAAGAACTGATTTGTTCATCGTCGT
TTTCCATTCATATGTTCACTTATCTTTGTAAATAATGTAATTACTCCATGTTGGGAGAAG
TTGAACCCATGTCGTTGAGCATGTTTGTGTAACATCTCAAATAAAATTCCTAATAATGCT
CTATATTCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B092JQ C 98
AF RR1BR64TF U 1
AF RR1CY35TF U 224
AF RR1B092TF U 87
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BS 411 411 RR1B092TF
BS 412 634 RR1BR64TF
BS 635 851 RR1B092TF

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CTGAAGTTTTTGGA

QA 1 134 1 134
DS 

RD RR1BR64TF 634 0 0
TAACAAATAAGAGCAGTTGTCCGAGTTTGTCTCGACCCTCCCTTCACAAGCCAATTAAGC
ATTATCCTCTTCTTTAGTTCTCCTACCAAGTTACATTCCCAGAGGACAATCAATATTCAT
ACAAAACAAGTTCCTCTTCCTCAAGCTTTACCATAAAAACTAAACAAAAGCAATGGCCAA
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AAGAACCTATCGGTTCATAATATTCAGGATAGACGGGCAGCAAGTGGTGGTGGAAAAGTT
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CTATGCGGTTTTCGATTTCGACTTTACCACCAATGAAAATTGCCAGAAGAACAAAATCTT
CTTCATCGCCTGGTCACCGGATTCATCTAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTACGCAAGCTC
TAAGGATAGGTTCAAGAGAGAATTGGATGGGATTCAGGTGGAGTTGCAAGCCACTGATCC
TAGCGAGATGAGTTTCGACATTATCAAAAGCCGAGCTCTCTAGATCTTTTCGTTGATTTG
TCATCAAAGCATCTAATATATTCATCTTTCGTAT

QA 1 634 1 634
DS 

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GTGGTGGTGGAAAAGTTAGGAAACCCCCAAGAGACTTACGATGATTTCACCGCT*CCCTC
CCTGCCGACGAGTGCCGCTATGCGGTTTTCGATTTCGACTTTACCACCAATGAAAATTGC
CAGAAGAGCAAAATCTTCTTCATCGCCTGGTCACCGGATTCATCTAGAGTGAGGATGAAG
ATGGTGTACGCAAGCTCTAAGGATAGGTTCAAGAGAGAATTGGATGGGATTCAGGTGGAG
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ATCTTTTCGTTGATTTGTCATCAAAGCATCTAATATATTCATCTTTCGTATTTCTGATAT
TCCCAAAAAAAAAAGTTGAAAGATTTTTCAGTGTTATGTAATTTCCTTGGTTTAAGAACT
GATTTGTTCATCGTCGTTTTCCATTCATATGTTCACTTATCTTTGTAAATAATGTAATTA
CTCCATGTTGGGAGAAGTTGAACCCATGTCG

QA 1 571 1 571
DS 

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G
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TTACCATAAAAACTAAACAAAAGCAATGGCCAACGCAGCATCGGGGATGGCAGTGGAGGA
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GATAGACGGGCAGCAAGTGGTGGTGGAAAAGTTAGGAAACCCCCAAGAGACTTACGATGA
TTTCACCGCTTCCCTCCCTGCCGACGAGTGCCGCTATGCGGTTTTCGATTTCGACTTTAC
CACCAATGAAAATCGCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCATCGCCTGGTCACCGGATTCATC
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TGGGATTCAGGTGGAGTTGCAAGCCACTGATCCTAGCGAGATGAGTTTCGACATTATCAA
AAGCCGAGCTCTCTAGATCTTTTCGTTGATTTGTCATCAAAGCATCTAATATATTCATCT
TTCGTATTTCTGATATTCCCAAAAAAAAAAGTTGAAAGATTTTTCAGTGTTATGTAATTT
CCTTGGTTTAAGAACTGATTTGTTCATCGTCGTTTTCCATTCATATGTTCACTTATCTTT
GTAAATAATGTAATTACTCCATGTTGGGAGAAGTTGAACCCATGTCGTTGAGCATGTTTG
TGTAACATCTCAAATAAAATTCCTAATAATGCTCTATATTCATT

QA 2 765 2 765
DS 



AS 1 2

CO CL2613Contig1 1295 2 4 U
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CTGTGAAGGAGGAAACAAGCGAAAGCTCCAGAGATTCAGCTCCGAACAGAGGAATGAACT
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AAGATGACAGACATAGAAAGCCTGGAAACTATCATCATCTCCCACACTCTGGTTCCTTCA
TGCCATCATCAGTAGCAGCAGATGTATACGATTCTAACCGGAACACTCCTTACAGTTCTG
TACAGGGAGCCAGGATGTTCCCTAATTGTAATCAACAGCAAGAATCTATCTCAGTTTCCA
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GGATAAACTCACAACCTTATGCAGGAGTCCCTATCATGGCACCTCCAATCTCAGTCCTTC
CTGCTCCAGGGCCCATTGTAGGGCAACTGATATTAGATCTTCTTCCAAGCCAATAGGATC
ACCAGCTCAGTTGACCATCTTTTATGCCGGTTCAGTTAGTGTTTATGATGACATATCTCC
TGACAAGGCCAAGGCGATAATGTTGCTTGCTGGAAACGGTTCCTCTATGCCTCAAGCCTT
CTCACCACCTCAAACGCATCATCAACAAGTCATCCACCATCATGCTCGTGCCTCTGTTGA
TTCTTCTTCAGCTATGCCTCCTAGCTTCATGCCTACAGTCTCTTATCTTAGCCCTGAAGC
TGGAAGTAGCACAACTGTACTCGGAGCCAGAGGCTTTACATCAACATACCACAACAATCA
AACTAATGCTTCTACTGTAAAGCCTCAAACAGTGGCTTTGCCTCAGGCTCGCAAAGCATC
TCTGGCTAGGTTCTTAGAGAAACGCAAAGAAAGGGTCACAAGTGTATCGCCGTATTGCTT
GGACAAGAAGTCATCAACAGATTGTCGTACAGCAATATCTGAATGCATAAGTTCGTCATT
CAGCTCTGCAACCTAAAATCTCATTTTGCAGTAGTACTGCTTCAGACCACTCCAGAACGC
ATATTTGCATCTCAATGGTGATTTTTTTCAGTTTTCCAGTTTTTATCTTCTTTTTTTCTG
TTACAGAATTTTCCTTTTTCTCTGGTTACACTTGA


BQ
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AF RR1BY54TF U 1
AF RR1BY54JQ C 655
BS 1 675 RR1BY54TF
BS 676 676 RR1BY54JQ
BS 677 710 RR1BY54TF
BS 711 1295 RR1BY54JQ

RD RR1BY54TF 710 0 0
GAGAAAATCCTCTCCTCTGTTCCCTTTTCCAGCGACGTTTTAATCGTTTTTTCTTTCAGG
TAGATATTTGGTTGATTCCAGCGTTTTATAAGCGCTAGAGGTTTTGAGATCGAGTTATCG
TGGCTTTATATAACATGGAGAGAGATTTTCTTGGGCTTGGTTCGAAAAATTCTCCGATCA
CTGTGAAGGAGGAAACAAGCGAAAGCTCCAGAGATTCAGCTCCGAACAGAGGAATGAACT
GGTCATTCTCAAAGAAAGGCTCTGCTGCTTCTTCTCAGTTTCTATCTTTCAGGGCATCTC
AAGATGACAGACATAGAAAGCCTGGAAACTATCATCATCTCCCACACTCTGGTTCCTTCA
TGCCATCATCAGTAGCAGCAGATGTATACGATTCTAACCGGAACACTCCTTACAGTTCTG
TACAGGGAGCCAGGATGTTCCCTAATTGTAATCAACAGCAAGAATCTATCTCAGTTTCCA
TGGCCAGACCGGGTCTCCAGTCTCATTATGCACCAGGAGGAAAAAGCTTCATGAGCAATG
GGATAAACTCACAACCTTATGCAGGAGTCCCTATCATGGCACCTCCAATCTCAGTCCTTC
CTGCTCCAGGGCCCATTGTAGGGCAACTGATATTAGATCTTCTTCCAAGCCAATAGGATC
ACCAGCTCAGTTGAC*ATCTTTTATGCCGGTTCAGTTAGTGTTTATGATG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1BY54JQ 641 0 0
AG
GATCACCAGCTCAGTTGACCATCTTTTATGCCGGTTCAGTTAGTGTTTATGATGACATAT
CTCCTGACAAGGCCAAGGCGATAATGTTGCTTGCTGGAAACGGTTCCTCTATGCCTCAAG
CCTTCTCACCACCTCAAACGCATCATCAACAAGTCATCCACCATCATGCTCGTGCCTCTG
TTGATTCTTCTTCAGCTATGCCTCCTAGCTTCATGCCTACAGTCTCTTATCTTAGCCCTG
AAGCTGGAAGTAGCACAACTGTACTCGGAGCCAGAGGCTTTACATCAACATACCACAACA
ATCAAACTAATGCTTCTACTGTAAAGCCTCAAACAGTGGCTTTGCCTCAGGCTCGCAAAG
CATCTCTGGCTAGGTTCTTAGAGAAACGCAAAGAAAGGGTCACAAGTGTATCGCCGTATT
GCTTGGACAAGAAGTCATCAACAGATTGTCGTACAGCAATATCTGAATGCATAAGTTCGT
CATTCAGCTCTGCAACCTAAAATCTCATTTTGCAGTAGTACTGCTTCAGACCACTCCAGA
ACGCATATTTGCATCTCAATGGTGATTTTTTTCAGTTTTCCAGTTTTTATCTTCTTTTTT
TCTGTTACAGAATTTTCCTTTTTCTCTGGTTACACTTGA

QA 3 641 3 641
DS 



AS 1 4

CO CL2614Contig1 449 4 6 U
GGGCAGGCTTCGTCATCTTCAACGAACGAGATCTGTCCTAACACTTGAGCCTCGACTCGA
TTTCGATTCACCCAGAGAGAGAGAGAGAGAAACCATGGGGTTCTGGACACTGTTGGAAGG
ACTGCTGCTATTTGCAAACGCACTTGCTATCCTCAACGAAGACCGTTTTCTAGCTCCAAA
AGGATGGACACTCGCTGAGCTTCACCAAACCGGCAAAAGAAACTCTCTCAAAGGCCAAAT
CGTTGGTCTCATCCACGCTTGCCAGTACATGAGGCTTCCTCTCATGCTCTTTAATTTAAT
TGTCATCGTCTTTAAGCTCTTCTCCGGTTAAAAAAACCAAGTCAGAACTAGCCCTTTGTT
GTTGATGCATCTTTAAACAAAAATTTTAAATCAAAAGCTCGCATTGTATTACATTATTGT
TCTTTTACTACACTGACAGAGTCGAATGG


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1A674JQ C 1
AF RR1FG24JQ C 3
AF RR1FG24TF U 3
AF RR1A674TF U 1
BS 1 4 RR1A674JQ
BS 5 88 RR1FG24TF
BS 89 90 RR1A674TF
BS 91 255 RR1FG24TF
BS 256 256 RR1A674TF
BS 257 449 RR1FG24TF

RD RR1A674JQ 449 0 0
GGGCAGGCTTCGTCATCTTCAACGAACGAGATCTGTCCTAACACTTGAGCCTCGACTCGA
TTTCGATTCACCCAGAGAGAGAGAGAGAGAAACCATGGGGTTCTGGACACTGTTGGAAGG
ACTGCTGCTATTTGCAAACGCACTTGCTATCCTCAACGAAGACCGTTTTCTAGCTCCAAA
AGGATGGACACTCGCTGAGCTTCACCAAACCGGCAAAAGAAACTCTCTCAAAGGCCAAAT
CGTTGGTCTCATCCACGCTTGCCAGTACATGAGGCTTCCTCTCATGCTCTTTAATTTAAT
TGTCATCGTCTTTAAGCTCTTCTCCGGTTAAAAAAACCAAGTCAGAACTAGCCCTTTGTT
GTTGATGCATCTTTAAACAAAAATTTTAAATCAAAAGCTCGCATTGTATTACATTATTGT
TCTTTTACTACACTGACAGAGTCGAATGG

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR1FG24JQ 447 0 0
GG
AGGCTTCGTCATCTTCAACGAACGAGATCTGTCCTAACACTTGAGCCTCGACTCGATTTC
GATTCACCCAGAGAGAGAGAGAGA**AACCATGGGGTTCTGGACACTGTTGGAAGGACTG
CTGCTATTTGCAAACGCACTTGCTATCCTCAACGAAGACCGTTTTCTAGCTCCAAAAGGA
TGGACACTCGCTGAGCTTCACCAAACCGGCAAAAGAAACTCTCTCAAAGGCCAAATCGTT
GGTCTCATCCATGCTTGCCAGTACATGAGGCTTCCTCTCATGCTCTTTAATTTAATTGTC
ATCGTCTTTAAGCTCTTCTCCGGTTAAAAAAACCAAGTCAGAACTAGCCCTTTGTTGTTG
ATGCATCTTTAAACAAAAATTTTAAATCAAAAGCTCGCATTGTATTACATTATTGTTCTT
TTACTACACTGACAGAGTCGAATGG

QA 3 447 3 447
DS 

RD RR1FG24TF 447 0 0
GG
AGGCTTCGTCATCTTCAACGAACGAGATCTGTCCTAACACTTGAGCCTCGACTCGATTTC
GATTCACCCAGAGAGAGAGAGAGA**AACCATGGGGTTCTGGACACTGTTGGAAGGACTG
CTGCTATTTGCAAACGCACTTGCTATCCTCAACGAAGACCGTTTTCTAGCTCCAAAAGGA
TGGACACTCGCTGAGCTTCACCAAACCGGCAAAAGAAACTCTCTCAAAGGCCAAATCGTT
GGTCTCATCCATGCTTGCCAGTACATGAGGCTTCCTCTCATGCTCTTTAATTTAATTGTC
ATCGTCTTTAAGCTCTTCTCCGGTTAAAAAAACCAAGTCAGAACTAGCCCTTTGTTGTTG
ATGCATCTTTAAACAAAAATTTTAAATCAAAAGCTCGCATTGTATTACATTATTGTTCTT
TTACTACACTGACAGAGTCGAATGG

QA 3 447 3 447
DS 

RD RR1A674TF 449 0 0
GGGC
AGGCTTCGTCATCTTCAACGAACGAGATCTGTCCTAACACTTGAGCCTCGACTCGATTTC
GATTCACCCAGAGAGAGAGAGAGAGAAACCATGGGGTTCTGGACACTGTTGGAAGGACTG
CTGCTATTTGCAAACGCACTTGCTATCCTCAACGAAGACCGTTTTCTAGCTCCAAAAGGA
TGGACACTCGCTGAGCTTCACCAAACCGGCAAAAGAAACTCTCTCAAAGGCCAAATCGTT
GGTCTCATCCACGCTTGCCAGTACATGAGGCTTCCTCTCATGCTCTTTAATTTAATTGTC
ATCGTCTTTAAGCTCTTCTCCGGTTAAAAAAACCAAGTCAGAACTAGCCCTTTGTTGTTG
ATGCATCTTTAAACAAAAATTTTAAATCAAAAGCTCGCATTGTATTACATTATTGTTCTT
TTACTACACTGACAGAGTCGAATGG

QA 5 449 5 449
DS 



AS 1 4

CO CL2615Contig1 579 4 3 U
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TTAAGGAAGCCTTCAGCCTATTCGACAAGGACGGAGATGGCTGCATCACGACAAAGGAGC
TGGGGACAGTCATGAGATCGCTTGGTCAGAACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAGGACATGA
TCAACGAGGTTGACGCCGACGGCAACGGAACGATTGATTTCCCCGAGTTCTTGAACCTCA
TGGCCCGCAAGATGAAAGACACTGACTCCGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCCTTCAGGGTCT
TCGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCCGCCGCTGAGCTCCGCCACGTCATGACTAACC
TCGGTGAGAAGCTCACTGACGAGGAAGTTGATGAGATGGTCCGTGAGGCTGACGTCGATG
GTGATGGCCAGATCAACTATGATGAGTTCGTCAAAGTTATGATGGCTAAGTGAGATTCTT
CTTTTTTTTTTAACAGATTTGCTTCCTTTGTGTTTTGTTTTCGTGATTCTGACCTTCGTT
GTGCTTTGCTTTTTATTATTTATTTGGGTGGTTACTCCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D709JQ C 1
AF RR1B271JQ C 172
AF RR1B271TF U 172
AF RR1D709TF U 1
BS 1 172 RR1D709TF
BS 173 571 RR1B271TF
BS 572 579 RR1D709JQ

RD RR1D709JQ 579 0 0
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TTAAGGAAGCCTTCAGCCTATTCGACAAGGACGGAGATGGCTGCATCACGACAAAGGAGC
TGGGGACAGTCATGAGATCGCTTGGTCAGAACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAGGACATGA
TCAACGAGGTTGACGCCGACGGCAACGGAACGATTGATTTCCCCGAGTTCTTGAACCTCA
TGGCCCGCAAGATGAAAGACACTGACTCCGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCCTTCAGGGTTT
TCGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCCGCCGCTGAGCTCCGCCACGTCATGACTAACC
TCGGTGAGAAGCTCACTGACGAGGAAGTTGATGAGATGGTCCGTGAGGCTGACGTCGATG
GTGATGGCCAGATCAACTATGATGAGTTCGTCAAAGTTATGATGGCTAAGTGAGATTTTT
CTTTTTTTTTTAACAGATTTGCTTCCTTTGTGTTTTGTTTTCGTGATTCTGACCTTCGTT
TTGCTTTGCTTTTTATTATTTATTTGGGTGGTTACTCCG

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1B271JQ 402 0 0
G
GGACATGATCAACGAGGTTGACGCCGACGGCAACGGAACGATTGATTTCCCCGAGTTCTT
GAACCTCATGGCCCGCAAGATGAAAGACACTGACTCCGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCCTT
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GACTAACCTCGGTGAGAAGCTCACTGACGAGGAAGTTGATGAGATGGTCCGTGAGGCTGA
CGTCGATGGTGATGGCCAGATCAACTATGATGAGTTCGTCAAAGTTATGATGGCTAAGTG
AGATTCTTCTTTTTTTTTTAACAGATTTGCTTCCTTTGTGTTTTGTTTTCGTGATTTTGA
CCTTCGTTGTGCTTTGCTTTTTATTATTTATTTGGGTGG
TT

QA 2 400 2 400
DS 

RD RR1B271TF 402 0 0
G
GGACATGATCAACGAGGTTGACGCCGACGGCAACGGAACGATTGATTTCCCCGAGTTCTT
GAACCTCATGGCCCGCAAGATGAAAGACACTGACTCCGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCCTT
CAGGGTCTTCGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCCGCCGCTGAGCTCCGCCACGTCAT
GACTAACCTCGGTGAGAAGCTCACTGACGAGGAAGTTGATGAGATGGTCCGTGAGGCTGA
CGTCGATGGTGATGGCCAGATCAACTATGATGAGTTCGTCAAAGTTATGATGGCTAAGTG
AGATTCTTCTTTTTTTTTTAACAGATTTGCTTCCTTTGTGTTTTGTTTTCGTGATTCTGA
CCTTCGTTGTGCTTTGCTTTTTATTATTTATTTGGGTGG
TT

QA 2 400 2 400
DS 

RD RR1D709TF 571 0 0
GGAAACAAACAAAAGAAGAAAAAATGGCAGATCAGCTAACCGATGACCAGATCTCCGAGT
TTAAGGAAGCCTTCAGCCTATTCGACAAGGACGGAGATGGCTGCATCACGACAAAGGAGC
TGGGGACAGTCATGAGATCGCTTGGTCAGAACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAGGACATGA
TCAACGAGGTTGACGCCGACGGCAACGGAACGATTGATTTCCCCGAGTTCTTGAACCTCA
TGGCCCGCAAGATGAAAGACACTGACTCCGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCCTTCAGGGTCT
TCGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCCGCCGCTGAGCTCCGCCACGTCATGACTAACC
TCGGTGAGAAGCTCACTGACGAGGAAGTTGATGAGATGGTCCGTGAGGCTGACGTCGATG
GTGATGGCCAGATCAACTATGATGAGTTCGTCAAAGTTATGATGGCTAAGTGAGATTCTT
CTTTTTTTTTTAACAGATTTGCTTCCTTTGTGTTTTGTTTTCGTGATTCTGACCTTCGTT
TTGCTTTGCTTTTTAGTATTTATTTGGGTGG

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 4

CO CL2616Contig1 504 4 6 U
AGATAAAAAGAAGCGTTTCATTTAATTCAAACCGGTGAAACATTCTAAAACGAAACCCTA
AAAGCAGCTTAATAGAAATCAAACAAACCCTAAAGACCAAACGCGATTTACAAACGCCAA
TCTCATCATCCCCTCAACCGCCGAATCCATACAAAGTCCGTCCCTGCCTCTTCAACGCGT
AGACAACATCCATCGCCGTCACCGTCTTCCTACGAGCGTGCTCAGTGTAAGTAACAGCGT
CGCGAATCACATTCTCGAGAAAGATCTTGAGAACACCGCGAGTCTCCTCGTAAATCAAGC
CGCTGATACGCTTGACGCCGCCTCTTCTCGCTAAACGGCGAATCGCCGGCTTCGTGATGC
CCTGGATGTTGTCACGGAGAACCTTCCTGTGCCTCTTGGCTCCTCCCTTTCCCAAACCCT
TTCCTCCCTTTCCTCGCCCAGACATTTTCCTTTTCTCGGAAAGTTTTTAAAATTGAGATT
CGCTTTGGTGTGTTTTCGATGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H058JQ U 1
AF RR1H058TF C 1
AF RR1BH05JQ U 17
AF RR1BH05TF C 17
BS 1 292 RR1H058JQ
BS 293 293 RR1BH05JQ
BS 294 403 RR1H058JQ
BS 404 404 RR1BH05JQ
BS 405 492 RR1H058JQ
BS 493 504 RR1BH05JQ

RD RR1H058JQ 492 0 0
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TCTCATCATCCCCTCAACCGCCGAATCCATACAAAGTCCGTCCCTGCCTCTTCAACGCGT
AGACAACATCCATCGCCGTCACCGTCTTCCTACGAGCGTGCTCAGTGTAAGTAACAGCGT
CGCGAATCACATTCTCGAGAAAGATCTTGAGAACACCGCGAGTCTCCTCGTAGATCAAGC
CGCTGATACGCTTGACGCCGCCTCTTCTCGCTAAACGGCGAATCGCCGGCTTCGTGATGC
CCTGGATGTTGTCACGGAGAACCTTCCTGTGCCTCTTGGCTCC*CCCTTTCCCAAACCCT
TTCCTCCCTTTCCTCGCCCAGACATTTTCCTTTTCTCGGAAAGTTTTTAAAATTGAGATT
CGCTTTGGTGTG

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1H058TF 492 0 0
AGATAAAAAGAAGCGTTTCATTTAATTCAAACCGGTGAAACATTCTAAAACGAAACCCTA
AAAGCAGCTTAATAGAAATCAAACAAACCCTAAAGACCAAACGCGATTTACAAACGCCAA
TCTCATCATCCCCTCAACCGCCGAATCCATACAAAGTCCGTCCCTGCCTCTTCAACGCGT
AGACAACATCCATCGCCGTCACCGTCTTCCTACGAGCGTGCTCAGTGTAAGTAACAGCGT
CGCGAATCACATTCTCGAGAAAGATCTTGAGAACACCGCGAGTCTCCTCGTAGATCAAGC
CGCTGATACGCTTGACGCCGCCTCTTCTCGCTAAACGGCGAATCGCCGGCTTCGTGATGC
CCTGGATGTTGTCACGGAGAACCTTCCTGTGCCTCTTGGCTCC*CCCTTTCCCAAACCCT
TTCCTCCCTTTCCTCGCCCAGACATTTTCCTTTTCTCGGAAAGTTTTTAAAATTGAGATT
CGCTTTGGTGTG

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1BH05JQ 488 0 0
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AATCAAACAAACCCTAAAGACCAAACGCGATTTACAAACGCCAATCTCATCATCCCCTCA
ACCGCCGAATCCATACAAAGTCCGTCCCTGCCTCTTCAACGCGTAAACAACATCCATCGC
CGTCACCGTCTTCCTACGAGCGTGCTCAGTGTAAGTAACAGCGTCGCGAATCACATTCTC
GAGAAAGATCTTGAAAACACCGCGAGTCTCCTCGTAAATCAAGCCGCTGATACGCTTGAC
GCCGCCTCTTCTCGCTAAACGGCGAATCGCCGGCTTCGTGATGCCCTGGATGTTGTCACG
GAAAACCTTCCTGTGCCTCTTGGCTCCTCCCTTTCCCAAACCCTTTCCTCCCTTTCCTCG
CCCAAACATTTTCCTTTTCTCGGAAAGTTTTTAAAATTGAAATTCCCTTTGGTGTGTTTT
CGATGTCC

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1BH05TF 488 0 0
TTCATTTAATTCAAACCGGTGAAACATTCTAAAACGAAACCCTAAAAGCAGCTTAATAGA
AATCAAACAAACCCTAAAGACCAAACGCGATTTACAAACGCCAATCTCATCATCCCCTCA
ACCGCCGAATCCATACAAAGTCCGTCCCTGCCTCTTCAACGCGTAGACAACATCCATCGC
CGTCACCGTCTTCCTACGAGCGTGCTCAGTGTAAGTAACAGCGTCGCGAATCACATTCTC
GAGAAAGATCTTGAGAACACCGCGAGTCTCCTCGTAAATCAAGCCGCTGATACGCTTGAC
GCCGCCTCTTCTCGCTAAACGGCGAATCGCCGGCTTCGTGATGCCCTGGATGTTGTCACG
GAGAACCTTCCTGTGCCTCTTGGCTCCTCCCTTTCCCAAACCCTTTCCTCCCTTTCCTCG
CCCAGACATTTTCCTTTTCTCGGAAAGTTTTTAAAATTGAGATTCGCTTTGGTGTGTTTT
CGATGTCC

QA 1 488 1 488
DS 



AS 1 4

CO CL2617Contig1 578 4 7 U
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GGACTCCAACCCTGAAATCGCCGGCAAATCCTCCGAGACTCTTCACCTCCTCCGTTTCTA
GATTCCTCCACTCAAGCTCCACTGGTTTCAGCGACAGTAGAATCACGATGAGCAGCGTTG
AGGACAAAACCGGATCGAACTCGGGGGCGATGATGGAGAATCGGGCGAGCAGGATGAGGG
AGAAGCTGGAGAAGGAGCTCAAACCTGTGGAGCTGGTGATCGAGGACGTCTCGTATCAGC
ACGCCGGTCACGCGGGGATGAAAGGCAGAGGAACAGACGAAGAGACGCATTTCAATGTGA
AGATTGTCTCGAAAGGATTCGAAGGGATGAATCTGGTGAAGAGGCACAGGCTCGTTTACG
ATCTGCTCAGGGAGGAGCTTGATAGCGGATTGCACGCACTTTCCATCGTCTCCAAGACTC
CCTCCGAGTCCACTCGCTAGCCAAAAAAAAATTTACTCATGTTTTTATGTTTCTTTCTCT
TATGAGAGTTTGTGTTAAAGACTCTTTTTTTCTTATAT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1DR36TF U 1
AF RR1E864JQ C 3
AF RR1E864TF U 3
AF RR1DR36JQ C 48
BS 1 11 RR1DR36TF
BS 12 12 RR1E864TF
BS 13 98 RR1DR36TF
BS 99 99 RR1E864TF
BS 100 180 RR1DR36TF
BS 181 181 RR1E864TF
BS 182 578 RR1DR36TF

RD RR1DR36TF 578 0 0
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GGACTCCAACCCTGAAATCGCCGGCAAATCCTCCGAGATTCTTCACCTCCTCCGTTTCTA
GATTCCTCCACTCAAGCTCCACTGGTTTCAGCGACAGTAGAATCACGATGAGCAGCGTTG
GGGACAAAACCGGATCGAACTCGGGGGCGATGATGGAGAATCGGGCGAGCAGGATGAGGG
AGAAGCTGGAGAAGGAGCTCAAACCTGTGGAGCTGGTGATCGAGGACGTCTCGTATCAGC
ACGCCGGTCACGCGGGGATGAAAGGCAGAGGAACAGACGAAGAGACGCATTTCAATGTGA
AGATTGTCTCGAAAGGATTCGAAGGGATGAATCTGGTGAAGAGGCACAGGCTCGTTTACG
ATCTGCTCAGGGAGGAGCTTGATAGCGGATTGCACGCACTTTCCATCGTCTCCAAGACTC
CCTCCGAGTCCACTCGCTAGCCAAAAAAAAATTTACTCATGTTTTTATGTTTCTTTCTCT
TATGAGAGTTTGTGTTAAAGACTCTTTTTTTCTTATAT

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1E864JQ 554 0 0
GG
AGTAGCCGTGTTTTCGTCATCTTCAATTAGGTCAATAATCGTATCCGGACTTCACCGGAC
TCCAACCCTGAAATCGCCGGCAAATCCTCCGAGACTCTTCACCTCCTCCGTTTCTAGATT
CCTCCACTCAAGCTCCACTGGTTTCAGCGACAGTAGAATCACGATGAGCAGCGTTGAGGA
CAAAACCGGATCGAACTCGGGGGCGATGATGGAGAATCGGGCGAGCAGGATGAGGGAGAA
GCTGGAGAAGGGGCTCAAACCTGTGGAGCTGGTGATCGAGGACGTCTCGTATCAGCACGC
CGGTCACGCGGGGATGAAAGGCAGAGGAACAGACGAAGAGACGCATTTCAATGTGAAGAT
TGTCTCGAAAGGATTTGAAGGGATGAATCTGGTGAAGAGGCACAGGCTCGTTTACGATCT
GCTCAGGGAGGAGCTTGATAGCGGATTGCACGCACTTTCCATCGTCTCCAAGACTCCCTC
CGAGTCCACTCGCTAGCCAAAAAAAAATTTACTCATGTTTTTATGTTTCTTTCTCTTATG
AGAGTTTGTGTT

QA 3 554 3 554
DS 

RD RR1E864TF 576 0 0
GG
AGTAGCCGTGTTTTCGTCATCTTCAATTAGGTCAATAATCGTATCCGGACTTCACCGGAC
TCCAACCCTGAAATCGCCGGCAAATCCTCCGAGACTCTTCACCTCCTCCGTTTCTAGATT
CCTCCACTCAAGCTCCACTGGTTTCAGCGACAGTAGAATCACGATGAGCAGCGTTGAGGA
CAAAACCGGATCGAACTCGGGGGCGATGATGGAGAATCGGGCGAGCAGGATGAGGGAGAA
GCTGGAGAAGGGGCTCAAACCTGTGGAGCTGGTGATCGAGGACGTCTCGTATCAGCACGC
CGGTCACGCGGGGATGAAAGGCAGAGGAACAGACGAAGAGACGCATTTCAATGTGAAGAT
TGTCTCGAAAGGATTCGAAGGGATGAATCTGGTGAAGAGGCACAGGCTCGTTTACGATCT
GCTCAGGGAGGAGCTTGATAGCGGATTGCACGCACTTTCCATCGTCTCCAAGACTCCCTC
CGAGTCCACTCGCTAGCCAAAAAAAAATTTACTCATGTTTTTATGTTTCTTTCTCTTATG
AGAGTTTGTGTTAAAGACTCTTTTTTTCTTATAT

QA 3 576 3 576
DS 

RD RR1DR36JQ 531 0 0
TCCGGACTTCACCGGACTCCAACCCTGAAATCGCCGGCAAATCCTCCGAGATTCTTCACC
TCCTCCGTTTCTAGATTCCTCCACTCAAGCTCCACTGGTTTCAGCGACAGTAGAATCACG
ATGAGCAGCGTTGGGGACAAAACCGGATCGAACTCGGGGGCGATGATGGAGAATCGGGCG
AGCAGGATGAGGGAGAAGCTGGAGAAGGAGCTCAAACCTGTGGAGCTGGTGATCGAGGAC
GTCTCGTATCAGCACGCCGGTCACGCGGGGATGAAAGGCAGAGGAACAGACGAAGAGACG
CATTTCAATGTGAAGATTGTCTCGAAAGGATTCGAAGGGATGAATCTGGTGAAGAGGCAC
AGGCTCGTTTACGATCTGCTCAGGGAGGAGCTTGATAGCGGATTGCACGCACTTTCCATC
GTCTCCAAGACTCCCTCCGAGTCCACTCGCTAGCCAAAAAAAAATTTACTCATGTTTTTA
TGTTTCTTTCTCTTATGAGAGTTTGTGTTAAAGACTCTTTTTTTCTTATAT

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 2

CO CL2618Contig1 545 2 2 U
CTTGTTGGTTTCACAGAACCATATATATGTTTCGAGCTCGCTGTATTTATTAATCATCAC
TTTTTGTAAATATTTCCTTTTATTCTATTATTCCCCACACAAAATATAGTTTCACTGATC
GGCTTACAACCTCAGCCATTGCATTGTAAACCACATCTTTCACGATGGTTGCATTGAAAA
TCTCTTCGACATATTTGAAATTCGCTCACTTACTCTACACATTCCTTTTTGTCGAAAAAA
ATCTTGAATGTTGTCTAGTGTCCAGTAAAAAAATTATTTTCGTTGTTCCTCTGTGCGCTG
CCTCCAAGCATGAGCCAAAAACCAAACTCTGGCTGGCCTTGTCTGAATCTGGTTGGATCT
CTGACCTAGTATCGACTCAAATTTGGATCTTTGGCTTGTGATCCTAACGCTTGTCTTCCT
TATTGTTATCTCCGCTAGATAACCTAAGCATGGTATTTATTTCTCTCCCTGAGGCAAGAG
TGGATGTATCGGTTCCCTTTAGTGGCGGCATCTAGAGCGGTTTCATGAAGGCGTCCTGCA
ATCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1GV75JQ U 1
AF RR1H390JQ U 52
BS 1 372 RR1GV75JQ
BS 373 545 RR1H390JQ

RD RR1GV75JQ 374 0 0
CTTGTTGGTTTCACAGAACCATATATATGTTTCGAGCTCGCTGTATTTATTAATCATCAC
TTTTTGTAAATATTTCCTTTTATTCTATTATTCCCCACACAAAATATAGTTTCACTGATC
GGCTTACAACCTCAGCCATTGCATTGTAAACCACATCTTTCACGATGGTTGCATTGAAAA
TCTCTTCGACATATTTGAAATTCGCTCACTTACTCTACACATTCCTTTTTGTCGAAAAAA
ATCTTGAATGTTGTCTAGTGTCCAGTAAAAAAATTATTTTCGTTGTTCCTCTGTGCGCTG
CCTCCAAGCATGAGCCAAAAACCAAACTCTGGCTGGCCTTGTCTGAATCTGGTTGGATCT
CTGACCTAGTAT
TC

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR1H390JQ 494 0 0
AATCATCACTTTTTGTAAATATTTCCTTTTATTCTATTATTCCCCACACAAAATATAGTT
TCACTGATCGGCTTACAACCTCAGCCATTGCATTGTAAACCACATCTTTCACGATGGTTG
CATTGAAAATCTCTTCGACATATTTGAGATTCGCTCACTTACTCTACACATTCCTTTTTG
TCGAAAAAAATCTTGAATGTTGTCTAGTGTCCAGTAAAAGAATTATTTTCGTTGTTCCTC
TGTGCGCTGCCTCCAAGCATGAGCCAAAAACCAAACTCTGGCTGGCCTTGTCTGAATCTG
GTTGGATCTCTGACCTAGTATCGACTCAAATTTGGATCTTTGGCTTGTGATCCTAACGCT
TGTCTTCCTTATTGTTATCTCCGCTAGATAACCTAAGCATGGTATTTATTTCTCTCCCTG
AGGCAAGAGTGGATGTATCGGTTCCCTTTAGTGGCGGCATCTAGAGCGGTTTCATGAAGG
CGTCCTGCAATCTT

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 2

CO CL2619Contig1 1360 2 2 U
GGAAACATTAAAGAAAGAAGAAAACAAATCACCTGAAAATACAAAAAAAAAGAAGAAAGG
AAATTTTGCTTGATAAGTGTTGAAGTTAGTTTTTGATATTCCTTCATATTGAGATCATTC
CACTATCCCTCCTCTCTTCTTATACAATCTCTCTGTTTCGTCTTTCGGTGAAACTCAGAA
CCAAAAAAAAAACTCACCTTTCTCTCTTCTTTGTGGGTTAAGGAAGGTTCATTCCTCTAA
AAAAAATTCGATCTTTTTGTCGGGTCAACAATGAGCAATTGGAGAAGACAAAAGCCCAGA
AACAACAACAGTAACAATTATAATCATCATCATCATCATCAACAACAACGAGGGACGACG
ATGACTCAATCACCAAAGCCGCCTCTTGCTAGCTGCAAACAGTCTGTTCCTGCGTGGGAG
AAGGACTTCTGTGCTAAGGTTGGTTCGGTTTCATGGTCCAAAGTCCTAGAAGCGAAGCGG
TTTATGCATCTGTACGAGAGAGTGGTCCAATGGGACGATTCAGCTGGAGAAGACGCGTTC
AACAAGCTAAATCTCATTACTGGGCTGAGATAAACGGAGTCTCCTGTGACTTGCCTTTGC
CTGATCCTGATGTCTACATTGACGATGTTGATTGGGACGCTCAAGTTGACAATGAGCTGG
TTCTTGACCTTGAGCGTGGTCCAGACCCGGGAAGAGAAGAGAGGGGAGAAGAGCATGTGG
TGATTCTTGATGCTTTGTTTTCGTCTGGACAGTATAGCGGACAAGGCTGGGGAACAGGAT
GGGGTGACGCCGAGGAGAATGTGGGTACTACGGGTAAACCGGAGAACACATGGGATGATC
ATCAGCGTTGTGATGGGTGGAATCAGGATTCTTGGGGATGGAAGGAGGAACCAGTAGCTT
GGGATCATGAGGAGAAGAAGAACAATAGGTTCGGAACAGAGTCTTGGGACTATAGGAACA
GAAACAGCTTCAACTACAAGAAGGTTGGGAACTGGAACTGTAATGATCATCGTCATCAAG
GAAGAGAGTGGAGAAAGAGAGGAGCGGCGCCACGTGAAGGAGAGCAGGTGGATGATTGTC
GATGGAGAAATGGGAGAGGGAGAAGCAGAGGTGGGTTTCAGCAACCTTCCAGTGGTTGCG
GTTGGATGGAGTCCTTCTGAATCGATCAGAGTGTCTCTCTTGATAAATATTTTTGCAGAG
GAAATAATCAAATAGTTTTCGGTTATTAACTAATATAGTGAGCGTGTGAGAGTTTAGAAT
CATAGTGTGATGTTTTGTTCTAAACGTTTCTCAATGGTCTTTTGTCACTTTGAATGATGC
AGATTACAAATATATGTAAATATAATACTAAAAGTTTCTG


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BS 678 1360 RR1DX82JQ

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AAATTTTGCTTGATAAGTGTTGAAGTTAGTTTTTGATATTCCTTCATATTGAGATCATTC
CACTATCCCTCCTCTCTTCTTATACAATCTCTCTGTTTCGTCTTTCGGTGAAACTCAGAA
CCAAAAAAAAAACTCACCTTTCTCTCTTCTTTGTGGGTTAAGGAAGGTTCATTCCTCTAA
AAAAAATTCGATCTTTTTGTCGGGTCAACAATGAGCAATTGGAGAAGACAAAAGCCCAGA
AACAACAACAGTAACAATTATAATCATCATCATCATCATCAACAACAACGAGGGACGACG
ATGACTCAATCACCAAAGCCGCCTCTTGCTAGCTGCAAACAGTCTGTTCCTGCGTGGGAG
AAGGACTTCTGTGCTAAGGTTGGTTCGGTTTCATGGTCCAAAGTCCTAGAAGCGAAGCGG
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AACAAGCTAAATCTCATTACTGGGCTGAGATAAACGGAGTCTCCTGTGACTTGCCTTTGC
CTGATCCTGATGTCTACATTGACGATGTTGATTGGGACGCTCAAGTTGACAATGAGCTGG
TTCTTGACCTTGAGCGT

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DS 

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TGGTTCTTGACCTTGAGCGTGGTCCAGACCCGGGAAGAGAAGAGAGGGGAGAAGAGCATG
TGGTGATTCTTGATGCTTTGTTTTCGTCTGGACAGTATAGCGGACAAGGCTGGGGAACAG
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CTTGGGATCATGAGGAGAAGAAGAACAATAGGTTCGGAACAGAGTCTTGGGACTATAGGA
ACAGAAACAGCTTCAACTACAAGAAGGTTGGGAACTGGAACTGTAATGATCATCGTCATC
AAGGAAGAGAGTGGAGAAAGAGAGGAGCGGCGCCACGTGAAGGAGAGCAGGTGGATGATT
GTCGATGGAGAAATGGGAGAGGGAGAAGCAGAGGTGGGTTTCAGCAACCTTCCAGTGGTT
GCGGTTGGATGGAGTCCTTCTGAATCGATCAGAGTGTCTCTCTTGATAAATATTTTTGCA
GAGGAAATAATCAAATAGTTTTCGGTTATTAACTAATATAGTGAGCGTGTGAGAGTTTAG
AATCATAGTGTGATGTTTTGTTCTAAACGTTTCTCAATGGTCTTTTGTCACTTTGAATGA
TGCAGATTACAAATATATGTAAATATAATACTAAAAGTTTCTG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 3

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TAGCAAAACCAATGTACAAGTGATCCCTCATGAGAGAAACTGCTGGCAAAACATATTATT
CTCAAAGAAACAAAAACAAAAACTCTTAGGGACTTGTAGCAAGCTTGTTGAAGGCGGCGT
GAACTCCCTCTTCAGTGAACATTCTGTGGTTCTCATAGAAATCTAATATCTCCATTGCGA
TATTCTTCACAATGTTCATGTCCACAGAGAGCTCTTCAAACCATGTCTTTATGTCTTTCT
CTTTGTACACAGAAGCAACGTAAATGCAAGCGAGGGTGATGAGATAAGGCGGGTGTGTAA
GGATGAGATCCATTCTGTAAGTGTCGTTGACAATACCCCAAGTTAAGTGGGTCATGCTTG
TGTCATGGAGTCCAGAATCCTGCAAGAACTCAGGGAGAGATCGGTATGGGTGGAAGACAA
CAAGATAGAAGTTCAAAGCTTCCAAGATCTTCATCTCCATCTCCAGAATATCTTTAATCT
CATACCTGAACTTCTCATCAGCATACAATTTTCTGATGTAGAAGACAAGAATCTTGGCAT
GGACCACACTCTCCTCTGCTTTGCAAGCCAGATACAAGCAGGTGGGAGCAACAAGCCTAG
GCTCATACTCTGTCAAACTCTTCCTTGTGTAAACACGGCGCATATAGGTTATAGCAGTTG
CAACAACCCTTTGCCTAATCTTAATGTGTTGTGCCAGCTTCGATATATAATTAGACATAT
GAAGCTTAATGAGTCTCAAATCTTCGACAGAGATTCCTCTCTGAGCATCCAGAGGATGAA
CAACATTGATCTCTTCTGGGTCCTTGAGCTCTTTGAAGTGCGTTGATGTCCAGAAATTGG
AAGCCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTCTTTTTCTTCACCCTTCC


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AF RR1G590JQ U 1
AF RR1E515JQ U 41
AF RR1G590TF C 186
BS 1 585 RR1G590JQ
BS 586 753 RR1E515JQ
BS 754 956 RR1G590TF

RD RR1G590JQ 585 0 0
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TAGCAAAACCAATGTACAAGTGATCCCTCATGAGAGAAACTGCTGGCAAAACATATTATT
CTCAAAGAAACAAAAACAAAAACTCTTAGGGACTTGTAGCAAGCTTGTTGAAGGCGGCGT
GAACTCCCTCTTCAGTGAACATTCTGTGGTTCTCATAGAAATCTAATATCTCCATTGCGA
TATTCTTCACAATGTTCATGTCCACAGAGAGCTCTTCAAACCATGTCTTTATGTCTTTCT
CTTTGTACACAGAAGCAACGTAAATGCAAGCGAGGGTGATGAGATAAGGCGGGTGTGTAA
GGATGAGATCCATTCTGTAAGTGTCGTTGACAATACCCCAAGTTAAGTGGGTCATGCTTG
TGTCATGGAGTCCAGAATCCTGCAAGAACTCAGGGAGAGATCGGTATGGGTGGAAGACAA
CAAGATAGAAGTTCAAAGCTTCCAAGATCTTCATCTCCATCTCCAGAATATCTTTAATCT
CATACCTGAACTTCTCATCAGCATACAATTTTCTGATGTAGAAGA

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1E515JQ 713 0 0
GACATGCTTAAAGCCAAGACTAGCAAAACCAATGTACAAGTGATCCCTCATGAGAGAAAC
TGCTGGCAAAACATATTATTCTCAAAGAAACAAAAACAAAAACTCTTAGGGACTTGTAGC
AAGCTTGTTGAAGGCGGCGTGAACTCTCTCTTCAGTGAACATTCTGTGGTTCTCATAGAA
ATCTAATATCTCCATTGCGATATTCTTCACAATGTTCATGTCCACAGAGAGCTCTTCAAA
CCATGTCTTTATGTCTTTCTCTTTGTAAACAGAAGCAACGTAAATGCAAGCGAGGGTGAT
GAGATAAGGCGGGTGTGTAAGGATGAGATCCATTCTGTAAGTGTCGTTGACAATACCCCA
AGTTAAGTGGGTCATACTTGTGTCATTGAGTCCAGAATCCTGCAAGAACTCAGGGAGAGA
TCGGTAAGGGTGGAATACAACAAGATAGAAGTTCAAAGCTTCCAAGATCTTCATCTCCAT
CTCAAGAATATCTTTAATCTCATACCTGAACTTCTCATCAGCATACAATTTTCTGATGTA
GAAGACAAGAATCTTGGCATGGACCACACTCTCCTCTGCTTTGCAAGCCAGATACAAGCA
GGTGGGAGCAACAAGCCTAGGCTCATACTCTGTCAAACTCTTCCTTGTGTAAACACGGCG
CATATAGGTTATAGCAGTTGCAACAACCCTTTGCCTAATCTTAATGTGTTGTG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1G590TF 771 0 0
CCCTCT
TCAGTGA*CAT*CTGTGGT*CTCATAGAAATCTAATATCTCCATTGCGATATC**TCACA
ATGT*CATGTCCACAGAGAGCTCTTCAAACCATGTCTTTATGTCTTTCTCTTTGTACACA
GAAGCAACGTAAATGCAAGCGAGGGTGATGAGATAAGGCGGGTGTGTAAGGATGAGATCC
ATTCTGTAAGTGTCGTTGACAATACCCCAAGTTAAGTGGGTCATGCTTGTGTCATGGAGT
CCAGAATCCTGCAAGAACTCAGGGAGAGATCGGTATGGGTGGAAGACAACAAGATAGAAG
TTCAAAGCTTCCAAGATCTTCATCTCCATCTCCAGAATATCTTTAATCTCATACCTGAAC
TTCTCATCAGCATACAATTTTCTGATGTAGAAGACAAGAATCTTGGCATGGACCACACTC
TCCTTTGCTTTGCAAGCCAGATACAAGCAGGTGGGAGCAACAAGCCTAGGCTCATACTCT
GTCAAACTCTTCCTTGTGTAAACACGGCGCATATAGGTTATAGCAGTTGCAACAACCCTT
TGCCTAATCTTAATGTGTTGTGCCAGCTTCGATATATAATTAGACATATGAAGCTTAATG
AGTCTCAAATCTTCGACAGAGATTCCTCTCTGAGCATCCAGAGGATGAACAACATTGATC
TCTTCTGGGTCCTTGAGCTCTTTGAAGTGCGTTGATGTCCAGAAATTGGAAGCCATTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTCTTTTTCTTCACCCTTCC

QA 7 771 7 771
DS 



AS 1 3

CO CL2621Contig1 986 3 3 U
GGAGGAAAGATGTCAGTGTTGCAGAGCCACCAATGTCTCTTCTCCTTCTCTCCACCTCAC
CCTCTCCGTACGACGCCTCTTACCTCCCTCTATCGTCCACCGGAATCCATCTCTCCATTC
CCTTCTCTCTCCGCTTTTACCCGGACCCGACCCGATAGAATCCGAGTATCCGCCGTCGAA
GAAACCGCCGATGCACCGGAGGAGGAAGAAGACGGTCCTGTCGAGCTTCCTCCGTCGGCC
ACGTCTCCGTTCTCGTCTACCAACTCAATCTTCGCCACTTCAGATGACCCTAGTCCTCTC
CAGTTAGCCACCAGCGTAATGCTCACCGGCGCCATCACCATCTTCCTCTTCCGATCGATT
CGACGGCGAGCTAAACGCTCCAAAGAGATGACGTTCAGATCGTCTGGAGTGACGAAGTCG
TTGAAAGACGAAGCGATGGAGAAACTGAAAGCGATGGGGTCGGCTCCGATTGAGGAAGTT
GGTGGTAAGTCGACGACTCCTTCCGCGGCTCAGGCGTTTCTTGGTGCGGTTTCAGCTGGT
GTCATTTCTGTTATTCTCTATAAGTTCACTACCACCATTGAAGCAGGACTCAATCGCCAG
ACTTTTTCTGATAATTTCTCGGTTAGGCAAATCACGGTAACTGTAAGGACTATCATCAAC
GGTATATGCTATCTAGCAACCTTTGTTTTCGGTATCAATGCTGTCGGACTTCTCCTTTAC
TCTGGCCAGCTAGCCTTCAACGAAGAGTTTGAGGAAGCCATGCAAAAGGCCACAACAGAG
GCTGGAGACTCATCAGGAGGTAACAACAACAACAGTGAAGTAAATAAAAGCAGCGAGGAT
CAAAGTTCGGGTGATTAGTCAAGTCTTCGTACTTGTAATTTGTACTATCAAACATGTAAT
AATAATCAACAAATAAAGTTTTTTTTTTAATTTCAATATCTTGTAACCATATGCGTCTGT
TTGTTGAGATGTGATTAGTTGTTGCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DV82TF U 1
AF RR1H816TF U 1
AF RR1H816JQ C 320
BS 1 239 RR1DV82TF
BS 240 619 RR1H816TF
BS 620 986 RR1H816JQ

RD RR1DV82TF 239 0 0
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CCTTCTCTCTCCGCTTTTACCCGGACCCGACCCGATAGAATCCGAGTATCCGCCGTCGAA
GAAACCGCCGATGCACCGGAGGAGGAAGAAGACGGTCCTGTCGAGCTTCCTCCGTCGGC

QA 1 239 1 239
DS 

RD RR1H816TF 619 0 0
GGAGGAAAGATGTCAGTGTTGCAGAGCCACCAATGTCTCTTCTCCTTCTCTCCACCTCAC
CCTCTCCGTACGACGCCTCTTACCTCCCTCTATCGTCCACCGGAATCCATCTCTCCATTC
CCTTCTCTCTCCGCTTTTACCCGGACCCGACCCGATAGAATCCGAGTATCCGCCGTCGAA
GAAACCGCCGATGCACCGGAGGAGGAAGAAGACGGTCCTGTCGAGCTTCCTCCGTCGGCC
ACGTCTCCGTTCTCGTCTACCAACTCAATCTTCGCCACTTCAGATGACCCTAGTCCTCTC
CAGTTAGCCACCAGCGTAATGCTCACCGGCGCCATCACCATCTTCCTCTTCCGATCGATT
CGACGGCGAGCTAAACGCTCCAAAGAGATGACGTTCAGATCGTCTGGAGTGACGAAGTCG
TTGAAAGACGAAGCGATGGAGAAACTGAAAGCGATGGGGTCGGCTCCGATTGAGGAAGTT
GGTGGTAAGTCGACGACTCCTTCCGCGGCTCAGGCGTTTCTTGGTGCGGTTTCAGCTGGT
GTCATTTCTGTTATTCTCTATAAGTTCACTACCACCATTGAAGCAGGACTCAATCGCCAG
ACTTTTTCTGATAATTTCT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1H816JQ 667 0 0
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AGAAACTGAAAGCGATGGGGTCGGCTCCGATTGAGGAAGTTGGTGGTAAGTCGACGACTC
CTTCCGCGGCTCAGGCGTTTCTTGGTGCGGTTTCAGCTGGTGTCATTTCTGTTATTCTCT
ATAAGTTCACTACCACCATTGAAGCAGGACTCAATCGCCAGACTTTTTTTGATAATTTCT
CGGTTAGGCAAATCACGGTAACTGTAAGGACTATCATCAACGGTATATGCTATCTAGCAA
CCTTTGTTTTCGGTATCAATGCTGTCGGACTTCTCCTTTACTCTGGCCAGCTAGCCTTCA
ACGAAGAGTTTGAGGAAGCCATGCAAAAGGCCACAACAGAGGCTGGAGACTCATCAGGAG
GTAACAACAACAACAGTGAAGTAAATAAAAGCAGCGAGGATCAAAGTTCGGGTGATTAGT
CAAGTCTTCGTACTTGTAATTTGTACTATCAAACATGTAATAATAATCAACAAATAAAGT
TTTTTTTTTAATTTCAATATCTTGTAACCATATGCGTCTGTTTGTTGAGATGTGATTAGT
TGTTGCG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 3

CO CL2622Contig1 1058 3 25 U
ATTATTTTGTTCAAATTACACATCTCGGAAAGAAAAAAAATCAAATCTTTTCTCAATCAT
TTATAATTTTATCTTTTGGGTTTTATTTTGAATGGTGAGAGAATCCATGGAGGTTACTCA
ATATAATCATTTTAATGAAGGTTCAAGTTCTAGGGTTTCCATGAACAAGAACTCACAAGT
AATATCCAAGATCAAGCCCAAGATTCGCATCATCCATATCTTCGCACCTGAGGCCATCAA
GACCGACGTCAAGAACTTCCGTTCACTTGTTCAAAGTCTAACCGGGAAACCCCCAGCCGG
AGAAGCCAAAACCGATAAAAAGAGAGCCAGATCGAGTATTA*GACGCCTCAAGAACCGGT
TTACGGAGATCATCAGCCGGTTAATAGGCTTACGGGTTTCACTGGTTTATTAGCAAACGG
AGGAGACCATCAGGTAAAAGAAGAATGGGGATCTGGTGATAGTTCTTCGAACCCAAACAC
CTACTTTGATCTAGAGGGTTTGATTCAAGATGTAGGAGAAGATTACTTCTCTTCATTTCC
TATGAGATCTTCTTCTTCTCAAGTCGAAGGTTTCATATTCAGCAATAGCCACAACACCAA
CAACAACTTCGATACAAAAGGTCGCAATTCGTCATAATTAACCAGGGTTAACTTTTAGGG
TTTCTCTGACTATGCATTCGCATTGGTTTGATGAGATCTTATCGTTTGAAGCAAGAAAGC
TAACGAAGAAAGTCATGTTTTTGGGAACAAAGGCATAGAAGTTGTATTTTGAATTTGATA
CAGTGAGAAATTGAAACTTTTGGTAGACTGACTTTGCCAAGGTTGAGGGATGTAATTAAA
CGTTTGATTTATTGTGCAGCCCTTCTCGGAGAAGCGACTGTATCCAATTAAGCTGTGGTT
GTCGGTCAGAAAACCCTATTTGTGTGTAACTGCATTTTATATGCTACTAGATGTGTAATA
ATAATTCTTTGGTGCGTGTATGGGATTTTGATTATCCGCTGTTTTTTTTGGAAAGTAATT
TGTATGGTACTTAGAAGATTGACTAAAATAGAGTTTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM65TF U 1
AF RR1C121TF U 116
AF RR1C121JQ C 320
BS 1 233 RR1EM65TF
BS 234 234 RR1C121TF
BS 235 318 RR1EM65TF
BS 319 319 RR1C121TF
BS 320 326 RR1EM65TF
BS 327 327 RR1C121TF
BS 328 340 RR1EM65TF
BS 341 342 RR1C121TF
BS 343 568 RR1EM65TF
BS 569 569 RR1C121TF
BS 570 620 RR1EM65TF
BS 621 621 RR1C121TF
BS 622 646 RR1EM65TF
BS 647 647 RR1C121TF
BS 648 655 RR1EM65TF
BS 656 658 RR1C121TF
BS 659 688 RR1EM65TF
BS 689 689 RR1C121TF
BS 690 699 RR1EM65TF
BS 700 821 RR1C121TF
BS 822 822 RR1C121JQ
BS 823 872 RR1C121TF
BS 873 873 RR1C121JQ
BS 874 886 RR1C121TF
BS 887 1058 RR1C121JQ

RD RR1EM65TF 708 0 0
ATTATTTTGTTCAAATTACACATCTCGGAAAGAAAAAAAATCAAATCTTTTCTCAATCAT
TTATAATTTTATCTTTTGGGTTTTATTTTGAATGGTGAGAGAATCCATGGAGGTTACTCA
ATATAATCATTTTAATGAAGGTTCAAGTTCTAGGGTTTCCATGAACAAGAACTCACAAGT
AATATCCAAGATCAAGCCCAAGATTCGCATCATCCATATCTTCGCACCTGAGGTCATCAA
GACCGACGTCAAGAACTTCCGTTCACTTGTTCAAAGTCTAACCGGGAAACCCCCAGCCGG
AGAAGCCAAAACCGATAAGAAGAGAGACAGATCGAGTATTCCGACGCCTCAAGAACCGGT
TTACGGAGATCATCAGCCGGTTAATAGGCTTACGGGTTTCACTGGTTTATTAGCAAACGG
AGGAGACCATCAGGTAAAAGAAGAATGGGGATCTGGTGATAGTTCTTCGAACCCAAACAC
CTACTTTGATCTAGAGGGTTTGATTCAAGATGTAGGAGAAGATTACTTCTCTTCATTTCC
TATGAGATCTTCTTCTTCTCAAGTCGAAAGTTTCATATTCAGCAATAGCCACAACACCAA
CAACAACTTCGATACAAAAG*TCGCAATTCGTCATAATTAACCAGG*TTAACTTTA**GG
TTTCTCTGACTATGCATTCGCATTGGTT*GATGAGATCT
ATCGTTGAG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1C121TF 772 0 0
G
CTCAATATAGTCATTTTAATGAAGGTTCAAGTTCTAGGGTTTCCATGAACAAGAACTCAC
AAGTAATATCCAAGATCAAGCCCAAGATTCGCATCATCCATATCTTCGCACCTGAGGCCA
TCAAGACCGACGTCAAGAACTTCCGTTCACTTGTTCAAAGTCTAACCGGGAAACCCTCAG
CCGGAGAAGCCAAACCCGATGAAAAGAGAGCCAGATCGAGTATTA*GACGCCTCAAGAAC
CGGTTTACGGAGATCATCAGCCGGTTAATAGGCTTACGGGTTTCACTGGTTTATTAGCAA
ACGGAGGAGACCATCAGGTAAAAGAAGAATGGGGATCTGGTGATAGTTCTTCGAACCCAA
ACACCTACTTTGATCTAGAGGGTTTGATTCAAGATGTAGGAGAAGATTACTTCTCTTCAT
TTCCTATGAGATCTTCTTCTTCTCAAGTCGAAGGTTTCATATTCAGCAATAGCCACAACA
CCAACAACAACTTCGATACAAAAGGTCGCAATTCGTCATAATTAACCAGGGTTAACTTTT
AGGGTTTCTCTGACTATGCATTCGCATTGGTTTGATGAGATCTTATCGTTTGAAGCAAGA
AAGCTAACGAAGAAAGTCATGTTTTTGGGAACAAAGGCATAGAAGTTGTATTTTGAATTT
GATACAGTGAGAAATTGAAACTTTTGGTAGACTGACTTTGCCAAG*TTGAGGGATGTAAT
TAAACGTTTGATTTATTGTGCAGCCCTTCTCGGAGA*GCGACTGTATCCA
T

QA 2 771 2 771
DS 

RD RR1C121JQ 739 0 0
AAGAGAGCCAGATCGAGTATTA*GACGCCTCAAGAACCGGTTTACGGAGATCATCAGCCG
GTTAATAGGCTTACGGGTTTCACTGGTTTATTAGCAAACGGAGGAGACCATCAGGTAAAA
GAAGAATGGGGATCTGGTGATAGTTCTTCGAACCCAAACACCTACTTTGATCTAGAGGGT
TTGATTCAAGATGTAGGAGAAGATTACTTCTCTTCATTTCCTATGAGATCTTCTTCTTCT
CAAGTCGAAGGTTTCATATTCAGCAATAGCCACAACACCAACAACAACTTCGATACAAAA
GGTCGCAATTCGTCATAATTAACCAGGGTTAACTTTTAGGGTTTCTCTGACTATGCATTC
GCATTGGTTTGATGAGATCTTATCGTTTGAAGCAAGAAAGCTAACGAAGAAAGTCATGTT
TTTGGGAACAAAGGCATAGAAGTTGTATTTTGAATTTGATACAGTGAGAAATTGAAACTT
TTGGTAGACTGACTTTGCCAAGGTTGAGGGATGTAATTAAACGTTTGATTTATTGTGCAG
CCCTTCTCGGAGAAGCGACTGTATCCAATTAAGCTGTGGTTGTCGGTCAGAAAACCCTAT
TTGTGTGTAACTGCATTTTATATGCTACTAGATGTGTAATAATAATTCTTTGGTGCGTGT
ATGGGATTTTGATTATCCGCTGTTTTTTTTGGAAAGTAATTTGTATGGTACTTAGAAGAT
TGACTAAAATAGAGTTTAC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 4

CO CL2623Contig1 720 4 5 U
AGGGAACTTCATAGCAAACAAGATTTAGAAGTAAAAGAACATATATAAAAAACGTACCAA
CAAAATTAGAAAGTGATCAAAGGGCTCTTGTTGATTTTGTTCTTTTTAATTACTGTCAAG
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CAAGGGGAAAGTGGGTCGGGTCGTGGGCCTAACTGGGAGTACAACTGGGGTTGGGGTTCT
GCTCCTGGATCCGGATGGGGTTACGGGTCAGGCTCAGGTAGATCTCCCACGGGTTGGGGA
AGAGGATCCGGATATGGGTATGGGTCTGGATCTGGATCAGGTAGCGGATATGGGTACGGT
TCCGGAGGTGGAGGAGCACGTGGTGGTGGGTATGGTTATGGAAGCGGAAATGGTCGGTCT
GGAGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGATAATGGTGAAGTTGCCGCTTTGGGCCACGGT
GGTAAGTCTCATCCGTGATGATAAGCTTGTAATTCTCCCAACTTAAAAGGTTTTGGGAGT
AGTTTAAGTGTTTGAAATATCAAGGTTATTAGGCTTGGTACCCCTTTTACATGTAACTTC
CTTTGTCTTGTATGCTTAAAATATGGTATGGATTATGTGGTCGACATATCTTATGAATGT
CTTTGCATGTGTGATATCCTTTAGTGTATTTGTATGTATCCAGACGGTTGTTTAGATAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A060TF U 169
AF RR1BW76JQ C 1
AF RR1BW76TF U 462
AF RR1A060JQ C 169
BS 1 168 RR1BW76JQ
BS 169 458 RR1A060TF
BS 459 461 RR1BW76JQ
BS 462 700 RR1BW76TF
BS 701 720 RR1BW76JQ

RD RR1A060TF 290 0 0
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GGTTGGGGTTCTGCTCCTGGATCCGGATGGGGTTACGGGTCAGGCTCAGGTAGATCTCCC
ACGGGTTGGGGAAGAGGATCCGGATATGGGTATGGGTCTGGATCTGGATCAGGTAGCGGA
TATGGGTACGGTTCCGGAGGTGGAGGAGCACGTGGTGGTGGGTATGGTTATGGAAGCGGA
AATGGTCGGTCTGGAGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGATAATGGTGA

QA 1 290 1 290
DS 

RD RR1BW76JQ 720 0 0
AGGGAACTTCATAGCAAACAAGATTTAGAAGTAAAAGAACATATATAAAAAACGTACCAA
CAAAATTAGAAAGTGATCAAAGGGCTCTTGTTGATTTTGTTCTTTTTAATTACTGTCAAG
ACTTCCGTTTCTCGTCCATTAGCATGGTCAAAAGGTAACATGTCACCAGGCCAAAACACC
CAAGGGGAAAGTGGGTCGGGTCGTGGGCCTAACTGGGAGTACAACTGGGGTTGGGGTTCT
GCTCCTGGATCCGGATGGGGTTACGGGTCAGGCTCAGGTAGATCTCCCACGGGTTGGGGA
AGAGGATCCGGATATGGGTATGGGTCTGGATCTGGATCAGGTAGCGGATATGGGTACGGT
TCCGGAGGTGGAGGAGCACGTGGTGGTGGGTATGGTTATGGAAGCGGAAATGGTCGGTCT
GGAGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGATAATGGTGAAGTTGCCGCTTTGGGCCACGGT
GGTAAGTCTCATCCGTGATGATAAGCTTGTAATTCTCCCAACTTAAAAGGTTTTGGGAGT
AGTTTAAGTGTTTGAAATATCAAGGTTATTAGGCTTGGTACCCCTTTTACATGTAACTTC
CTTTGTCTTGTATGCTTAAAATATGGTATGGATTATGTGGTCGACATATCTTATGAATGT
CTTTGCATGTGTGATATCCTTTAGTGTATTTGTATGTATCCAGACGGTTGTTTAGATAAT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1BW76TF 239 0 0
TGCCGCTTTGGGCCACGGTGGTAAGTCTCATCCGTGATGATAAGCTTGTAATTCTCCCAA
CTTAAAAGGTTTTGGGAGTAGTTTAAGTGTTTGAAATATCAAGGTTATTAGGCTTGGTAC
CCCTTTTACATGTAACTTCCTTTGTCTTGTATGCTTAAAATATGGTATGGATTATGTGGT
CGACATATCTTATGAATGTCTTTGCATGTGTGATATCCTTTAGTGTATTTGTATGTATC

QA 1 239 1 239
DS 

RD RR1A060JQ 497 0 0
GGCCAAAACACCCAAGGGGAAAGTGGGTCGGGTCGTGGGCCTAACTGGGAGTACAACTGG
GGTTGGGGTTTTGCTCCTGGATCCGGATGGGGTTACGGGTCAGGCTCAGGTAGATCTCCC
ACGGGTTGGGGAAGAGGATCCGGATATGGGTATGGGTCTGGATCTGGATCAGGTAGCGGA
TATGGGTACGGTTCCGGAGGTGGAGGAGCACGTGGTGGTGGGTATGGTTATGGAAGCGGA
AATGGTCGGTCTGGAGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGATAATGGTGAAGTTGCCGCT
TTGGGCCACGGTGGTAAGTCTCATCCGTGATGATAAGCTTGTAATTCTCCCAACTTAAAA
GGTTTTGGGAGTAGTTTAAGTGTTTGAAATATCAAGGTTATTAGGCTTGGTACCCCTTTT
ACATGTAACTTCCTTTGTCTTGTATGCTTAAAATATGGTATGGATTATGTGGTCGACATA
TCTTATGAATGTCTTTG

QA 1 497 1 497
DS 



AS 2 4

CO CL2624Contig1 660 2 3 U
GGGATAAAATTGCTACTGGAGATGATATTCGGACTACATTAATCATCAAAAACATCCCAA
ACAAGTATACTTACAAGATGCTGGTGGCTGAAATTGACAAGAAGCACAAGGGAGACTATG
ACTTTCTCTGCTTACCTATAGACTTTAAGAATAAGTGCAACATGGGTCACGCTTTTGTCA
ACATGGTCTCTCCATTGCACATCGTTCCCTTCCAACAGACCTTCAATGGTAAGATATGGG
AGAAATTCAACAGTGGGAAAGTTGCTTCATTCATATGCAGAGATTCAAGGAAAGTCTGCT
CTTGCTTCATACATGCAGAATCTAAGTACTATGAAAGAAGAAAAGCAATTGTTTCCAGAA
GTCTCCCACCACAATGATGAGAGTCAAGACTCCAAGAATCAGGACCAACTTTTTTCAAGC
ATTTGGAACATAACAGCGCCTGATTCAGATTGGTCTTACACAATGGATGTTATCGAGAAT
CCGAGGAAGAACATTGCAGAAGAGTCTTCTCAAATCCCAAGCCAGTAAGCAGGGAACTCT
AACTCACCATCAAAGGTAAGTGTACAGATCGGGTGCTGAGATGGAAGAAACATATGTACA
GTATCAAGGCTTGTATCTTCCACGCAACAGAGTAGCAGTTTTTTAGGGATTACTTCACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AS49TF U 27
AF RR1AS49JQ C 1
BS 1 29 RR1AS49JQ
BS 30 513 RR1AS49TF
BS 514 660 RR1AS49JQ

RD RR1AS49TF 487 0 0
ATT
CGGACTACATTAATCATCAAAAACATCCCAAACAAGTATACTTACAAGATGCTGGTGGCT
GAAATTGACAAGAAGCACAAGGGAGACTATGACTTTCTCTGCTTACCTATAGACTTTAAG
AATAAGTGCAACATGGGTCACGCTTTTGTCAACATGGTCTCTCCATTGCACATCGTTCCC
TTCCAACAGACCTTCAATGGTAAGATATGGGAGAAATTCAACAGTGGGAAAGTTGCTTCA
TTCATATGCAGAGATTCAAGGAAAGTCTGCTCTTGCTTCATACATGCAGAATCTAAGTAC
TATGAAAGAAGAAAAGCAATTGTTTCCAGAAGTCTCCCACCACAATGATGAGAGTCAAGA
CTCCAAGAATCAGGACCAACTTTTTTCAAGCATTTGGAACATAACAGCGCCTGATTCAGA
TTGGTCTTACACAATGGATGTTATCGAGAATCCGAGGAAGAACATTGCAGAAGAGTCTTC
TCAA

QA 4 487 4 487
DS 

RD RR1AS49JQ 660 0 0
GGGATAAAATTGCTACTGGAGATGATATTCGGACTACATTAATCATCAAAAACATCCCAA
ACAAGTATACTTACAAGATGCTGGTGGCTGAAATTGACAAGAAGCACAAGGGAGACTATG
ACTTTCTCTGCTTACCTATAGACTTTAAGAATAAGTGCAACATGGGTCACGCTTTTGTCA
ACATGGTCTCTCCATTGCACATCGTTCCCTTCCAACAGACCTTCAATGGTAAGATATGGG
AGAAATTCAACAGTGGGAAAGTTGCTTCATTCATATGCAGAGATTCAAGGAAAGTCTGCT
CTTGCTTCATACATGCAGAATCTAAGTACTATGAAAGAAGAAAAGCAATTGTTTCCAGAA
GTCTCCCACCACAATGATGAGAGTCAAGACTCCAAGAATCAGGACCAACTTTTTTCAAGC
ATTTGGAACATAACAGCGCCTGATTCAGATTGGTCTTACACAATGGATGTTATCGAGAAT
CCGAGGAAGAACATTGCAGAAGAGTCTTCTCAAATCCCAAGCCAGTAAGCAGGGAACTCT
AACTCACCATCAAAGGTAAGTGTACAGATCGGGTGCTGAGATGGAAGAAACATATGTACA
GTATCAAGGCTTGTATCTTCCACGCAACAGAGTAGCAGTTTTTTAGGGATTACTTCACAC

QA 1 660 1 660
DS 



CO CL2624Contig2 971 2 2 U
GCAGCATCATGTGGGCTCTGCTCCTTCAAGCACTCATTTTAATAGCTGCACTGGTTCACC
AGAGACATCCTCTCTGATACCCTTTGGGTTTGGCGATATGGGAGTTAACAAAAGCTATGC
CAGTGCTCTTGGAAAAGCGAGCTTTGGTGTTGGTCTTCAGGGAAACCAGAACAAACAGGA
CTTCTCTGGCTTTGGCATGTCAGTTCCTTTCGGTGGGAGTAGAGGAATAGAATCAGTAAA
ACATGAACCCTTTGCTGAGCAAGGTAGGATCCAACACATAGATGGTGGTCAATATCATAC
TGACTTGGATAGAATTGCTACTGGAGATGGTATCCGGACTACATTAATCATCCAAAACAT
CCCAAACAAGTATACTTACAAGATGCTGGTAGCTGAAATTGACGAGAAGCACAAGGGAGA
CTATGACTTTCTGTGCTTACCTATAGACTTCAAGAATAAGTGCAACATGGGTCACGCTTT
TGTCAACATGGTCTCTCCATTCCACATCGTTCCCTTCCAACAGACCTTCAATGGTAAGAT
ATGGGAGAAATTCAGCAGTGGGAAAGTTGCTTCATTGGCATATGCAGAGATTCAAGGAAA
GTCTGCTCTTGCTTCATACATGCAGAATCTAAGTACTATGAAAGAAGAAAAGCAATTGTT
TCAAGAAGTCTCCCACCACAATGATGAGAGTCAAGACTCCAAGGATCAGGACCAACTTTT
TTCAAGCATTTGGAACATAAAAACAGCGCCTGATTCAGATTGGTCTTACACAATGGATGT
TATCGAGAATCCGAGGAAGAACATTGCAGAAGAGTCATCTCAAGTCCCAAGCCAGTAAGC
AGGGAACTCTAACTCACCATCAAAGGTAAGTGTACATATCAGGCGATGATATGGAAGAAA
CATATGTACAGTATCAAGGCTTGTATCTTCCACGCAACAGAGCAGCAGGTTTTTAGGGAT
TACTTCACACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI30TF U 1
AF RR1DI30JQ C 270
BS 1 593 RR1DI30TF
BS 594 971 RR1DI30JQ

RD RR1DI30TF 593 0 0
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AGAGACATCCTCTCTGATACCCTTTGGGTTTGGCGATATGGGAGTTAACAAAAGCTATGC
CAGTGCTCTTGGAAAAGCGAGCTTTGGTGTTGGTCTTCAGGGAAACCAGAACAAACAGGA
CTTCTCTGGCTTTGGCATGTCAGTTCCTTTCGGTGGGAGTAGAGGAATAGAATCAGTAAA
ACATGAACCCTTTGCTGAGCAAGGTAGGATCCAACACATAGATGGTGGTCAATATCATAC
TGACTTGGATAGAATTGCTACTGGAGATGGTATCCGGACTACATTAATCATCCAAAACAT
CCCAAACAAGTATACTTACAAGATGCTGGTAGCTGAAATTGACGAGAAGCACAAGGGAGA
CTATGACTTTCTGTGCTTACCTATAGACTTCAAGAATAAGTGCAACATGGGTCACGCTTT
TGTCAACATGGTCTCTCCATTCCACATCGTTCCCTTCCAACAGACCTTCAATGGTAAGAT
ATGGGAGAAATTCAGCAGTGGGAAAGTTGCTTCATTGGCATATGCAGAGATTC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1DI30JQ 702 0 0
TCCAACACATAGATGGTGGTCAATATCATACTGACTTGGATAGAATTGCTACTGGAGATG
GTATCCGGACTACATTAATCATCCAAAACATCCCAAACAAGTATACTTACAAGATGCTGG
TAGCTGAAATTGACGAGAAGCACAAGGGAGACTATGACTTTCTGTGCTTACCTATAGACT
TCAAGAATAAGTGCAACATGGGTCACGCTTTTGTCAACATGGTCTCTCCATTCCACATCG
TTCCCTTCCAACAGACCTTCAATGGTAAGATATGGGAGAAATTCAGCAGTGGGAAAGTTG
CTTCATTGGCATATGCAGAGATTCAAGGAAAGTCTGCTCTTGCTTCATACATGCAGAATC
TAAGTACTATGAAAGAAGAAAAGCAATTGTTTCAAGAAGTCTCCCACCACAATGATGAGA
GTCAAGACTCCAAGGATCAGGACCAACTTTTTTCAAGCATTTGGAACATAAAAACAGCGC
CTGATTCAGATTGGTCTTACACAATGGATGTTATCGAGAATCCGAGGAAGAACATTGCAG
AAGAGTCATCTCAAGTCCCAAGCCAGTAAGCAGGGAACTCTAACTCACCATCAAAGGTAA
GTGTACATATCAGGCGATGATATGGAAGAAACATATGTACAGTATCAAGGCTTGTATCTT
CCACGCAACAGAGCAGCAGGTTTTTAGGGATTACTTCACACC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 2 4

CO CL2625Contig1 955 2 2 U
GGACTGTTCTTTCGTCTTCTCCGGCGATTGTTTCCCTTTCCTCTCGAATTCGTCTCCGTT
AAGGCTTCCACAAGTTAACATCAGAAAGTTAATGCAACTAAGTATTGGGGGAAAGAGATG
AGCTTTACTCAGGCCAATTGTTTTAGACCATCCTACCACTCTCCTGTGACGACGAGGATA
CCTAAAGCTAACGGTGTCTCCACCAGTGTACCTGTTAGAGCAACTGCTTCGGTGTCTACT
CTGTTTTCGCCTCTGTTAAGTCACAGGCGCAGTGGCAAATGGAAGCAGAGTTCTGCTGTT
TGCTTGTTTGGTGGCGGCAAGGATAAGTCCAATGGTGTGGTGACGAGATATCACCATGGA
AAGCAATAGAGAAAGCTATGGGGAAGAAGTCAGTTGAAGATATGTTGCGGGAGCAGATAC
AAAAGAAAGATTTTTATGATACTGAAAGCGGCGGCGGCAACGTTCCTCCACGTGGAGGAG
GCGGTGGTGGTAACGGTGGAGAGCGTCCTGAAGGATCAGGAGGAGAAGAAGACTCTGGTG
TCGCTGGGATTGCTGAAGAAACTCTGCAAGTGGTTTTAGCCACCTTAGGCTTCATCTTTT
TGTACACGTACATTATCAATGGGGAGGAGTTGATCAAGCTTGCGAGAGATTACTTTAGGT
TTCTTTCGGGGAAACCTAAGACCGTTCGGTTGACACGACCCTTGGATGGTTGGAATAGAT
TCATGGCGACGATGTCGAAGCCGAAAGAGTACGATGAGTACTGGCTAGAGAAGGCGATCA
TCAACACACCGACCTGGTACGACAGTCCCGAGAAGTACAAACAAGTCCTCAAGGCTTATG
TCGACTCAAAGACTGAGGAACAGTTCGATTAAACCCCTTTTCAGTTTCCCTTTTGTTATT
CATACCTGTTTACAATCACAATTGAGGTTTTGTTTGGTTTATCGTAAGGCTTTCC


BQ
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AF RR1D134TF U 1
AF RR1D134JQ C 300
BS 1 658 RR1D134TF
BS 659 955 RR1D134JQ

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TGCTTGTTTGGTGGCGGCAAGGATAAGTCCAATGGTGTGGTGACGAGATATCACCATGGA
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GCGGTGGTGGTAACGGTGGAGAGCGTCCTGAAGGATCAGGAGGAGAAGAAGACTCTGGTG
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TGTACACGTACATTATCAATGGGGAGGAGTTGATCAAGCTTGCGAGAGATTACTTTAG
TTTCTT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1D134JQ 656 0 0
TTGCTTGTTTGGTGGC
GGCAAGGATAAGTCCAATGGTGTGGTGACGAGATATCACCATGGAAAGCAATAGAGAAAG
CTATGGGGAAGAAGTCAGTTGAAGATATGTTGCGGGAGCAGATACAAAAGAAAGATTTTT
ATGATACTGAAAGCGGCGGCGGCAACGTTCCTCCACGTGGAGGAGGCGGTGGTGGTAACG
GTGGAGAGCGTCCTGAAGGATCAGGAGGAGAAGAAGACTCTGGTGTCGCTGGGATTGCTG
AAGAAACTCTGCAAGTGGTTTTAGCCACCTTAGGCTTCATCTTTTTGTACACGTACATTA
TCAATGGGGAGGAGTTGATCAAGCTTGCGAGAGATTACTTTAGGTTTCTTTCGGGGAAAC
CTAAGACCGTTCGGTTGACACGACCCTTGGATGGTTGGAATAGATTCATGGCGACGATGT
CGAAGCCGAAAGAGTACGATGAGTACTGGCTAGAGAAGGCGATCATCAACACACCGACCT
GGTACGACAGTCCCGAGAAGTACAAACAAGTCCTCAAGGCTTATGTCGACTCAAAGACTG
AGGAACAGTTCGATTAAACCCCTTTTCAGTTTCCCTTTTGTTATTCATACCTGTTTACAA
TCACAATTGAGGTTTTGTTTGGTTTATCGTAAGGCTTTCC

QA 17 656 17 656
DS 



CO CL2625Contig2 955 2 6 U
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GTCTCCGTTAAGGCTTTCACAAGTTAACATCAGAAAGTTAATGCACTAAGTATTGGGGGA
AAGAGATGAGCTTTACTCAGGCTAATTGTTTTAGACCATCCTACCACTCTCCTGTGACGA
CGAGGATACCTAAAGCTAATGGTGTCTCCACCAGTGTACCTGTTAGAGCAACTGCTTCAG
TGTCTACTCTGTTTTCGCCTCTGTTAAGTCACCGGCGTAGTGGGAAATGGAAGCAGAGTT
CTGCTGTTCGCTTGTTTGGTGGCAAGGATAAGTCCAATGGTGGTGACGAGATATCACCAT
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TGTACACTTACATTATCAATGGGGAGGAGTTGATCAAGCTCGCAAGAGATTACTTTAGGT
TTCTTTCGGGAAAACCTAAGACCGTTCGGTTGACACGAGCCTTGGATGGTTGGAATAGAT
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BQ
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AF RR1E894TF U 1
AF RR1E894JQ C 224
BS 1 658 RR1E894TF
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CGAGGATACCTAAAGCTAATGGTGTCTCCACCAGTGTACCTGTTAGAGCAACTGCTTCAG
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TCGCTGGGATTGCTGAAGAGACTCTGCAAGTGGTTTTAGCCACCTTAGGCTTCATCTTTT
TGTACACTTACATTATCAATGGGGAGGAGTTGATCAAGCTCGCAAGAGATTACTTTAG*T
TTCTTTCGGGAAAACCTAAGACCGTTCGGTTGACACGAGCCTTGGATGGTTGGAATAGAT
TCATGGCGACGATGTCGAAGCCGAAAGAGTATGATGAGTACTGGCTAGAGAAG*CGATCA
TCAACAC
GC

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DS 

RD RR1E894JQ 732 0 0
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GAAATGGAAGCAGAGTTCTGCTGTTCGCTTGTTTGGTGGCAAGGATAAGTCCAATGGTGG
TGACGAGATATCACCATGGAAAGCAATAGAGAAAGCTATGGGTAAGAAGTCGGTTGAAGA
TATGTTGCGGGAGCAGATTCAAAAGAAAGACTTTTATGATACTGACAGCAGCGGCAACGT
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AGAAGAAGACGGTGGTGTCGCTGGGATTGCTGAAGAGACTCTGCAAGTGGTTTTAGCCAC
CTTAGGCTTCATCTTTTTGTACACTTACATTATCAATGGGGAGGAGTTGATCAAGCTCGC
AAGAGATTACTTTAGGTTTCTTTCGGGAAAACCTAAGACCGTTCGGTTGACACGAGCCTT
GGATGGTTGGAATAGATTCATGGCGACGATGTCGAAGCCGAAAGAGTATGATGAGTACTG
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AGTGCTCAAGGCTTATGTCGACTCAAAGACTGATGGACAGTTCGATTGAACCCTTTGCAG
TTTCACTTTTGTTATTCAGTACCTGTTCACAATCACAATTGAGGTTTTCTTTGGTTTATC
GTAAGGCTTTTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 4

CO CL2626Contig1 696 4 10 U
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CTTCTCCTCTCTCTCGTCCTTCTCCACGCATCTGCAGCCGCGCCTACCGGCCGATGGACT
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TACGACATGGAAAGCAAATCAGAACTTAAGTTCGTGGCGGTTGTTAGCGGCGAGTCTAAG
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GGTGCGAGCAAGAACTATGAGGCGATTGTGTGGGAAAAAGAATGGTTGAAATCAATGAAT
CTCACTTCCTTCAAGCCCGTCGTCTGATAGTCATATCCTGATAGTCATATCCTCTGAATT
GTCCATGTAATCGATCTCATGAAACATCAAAAGAAAGAAGATCAAATAAAACAGAAAGGA
GGTTAATGTCAGTTTTACGTGTTGTCTAGTTTTCAAATTTCATGTTGTTGAGGGTAAAGA
TGAGGCTGATGCAGATGAAGACATAGTAGTATAACTGATTGAACAACTGTTGATACATCC
GCTACCTATGCCGACTAATCTGCTAGACTAGGGGATCACGAGACTGTTGAGAGATGTATC
ACTCTAAATTTAGTTCATTAATAAATAAATCTATTT


BQ
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AF RR1ED92JQ C 1
AF RR1ED92TF U 1
AF RR1AY69JQ C 5
AF RR1AY69TF U 5
BS 1 6 RR1ED92JQ
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TCCTTCAAGCCCGTCGTCTGATAGTCATATCCTGATAGTCATATCCTCTGAATTGTCCAT
GTAATCGATCTCATGAAACATCAAAAGAAAGAAGATCAAATAAAACAGAAAGGAGGTTAA
TGTCAGTTTTACGTGTTGTCTAGTTTTCAAATTTCATGTTGTTGAGGGTAAAGATGAGGC
TGATGCAGATGAAGACATAGTAGTATAACTGATTGAACAACTGTTGATACATCCGCTACC
TATGCCGACTAATCTGCTAGACTAGGGGATCACGAGACTGTTGAGAGATGTATCACTCTA
AATTTAGTTCA

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1H377TF U 1
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DS 

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GGCTGATCGAGCTCAGGAGGATTGAGGCTTCGAGGGAGGTTGCAGCTACACTGGCTAGGT
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GTTGAGCAAGCGAGTGATGGGAAGAGGAGAGCTTAAGTGACAAAGAAAACGATGGAGTTG
TGAATTTATCCTTTCTTTCTGATGAACAATGTGAAAAAAATTAACTTTTAAGTTGCTATA
TTGAGCCTTTTAGGTTATTTCTGTTTTGAATCCGAGGCTAAAGTTTTTTTTTGTTATAAC
ACTGTTTCTTCCCCCCCCT

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 4

CO CL2628Contig1 562 4 1 U
GTACATGTTAAGAGAATGTCTGGTGATGATGATGAACCTTCCTATGGCTCTGGAGACGAA
GTAAACCACCTCACTGATGGACACAACAAGCGCACTATCCCTACTGCAGCAACGACGACG
CCTTCTTCTGCTGCCTCCGGACCAACACGCAAGAGAAGCCGCAAGGCCTGTGGTGACGCC
ATAGTCGAAGCCATGCTTGAAATCGCAGCAGCCTCCAAAAAGAGAGCGGCGGCTTTGGCT
AACAACGGAGACAGATTCTCCATCAGCAAATGCATCAGAGCGCTCGACGACTTGCAAGGC
GTTGATCAGCCCACCTACTTTCTCGCCTTGGACCTGTTCGAGAACCCGAGCTCGCGAGAG
ATTTTCATCTCGTTGAAGTATGAGAAACGGTTGAAGTGGCTACAGGGGAAGTGTAGAGCT
TTGTAGTGATCTAGTTTTGCTGATCTATATGTTCTTGGTACTTATGGTGAAATGATATTT
CATTCATCTTCTTCATTTGCTTATGTGTGAAGATGTATCACTGGTGGAGATCAATTGAAT
AGTTTTCTTTTATAATTAAACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DU54JQ C 1
AF RR1DU54TF U 1
AF RR1AY71JQ C 306
AF RR1AY71TF U 339
BS 1 562 RR1DU54TF

RD RR1DU54JQ 562 0 0
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CCTTCTTCTGCTGCCTCCGGACCAACACGCAAGAGAAGCCGCAAGGCCTGTGGTGACGCC
ATAGTCGAAGCCATGCTTGAAATCGCAGCAGCCTCCAAAAAGAGAGCGGCGGCTTTGGCT
AACAACGGAGACAGATTCTCCATCAGCAAATGCATCAGAGCGCTCGACGACTTGCAAGGC
GTTGATCAGCCCACCTACTTTCTCGCCTTGGACCTGTTCGAGAACCCGAGCTCGCGAGAG
ATTTTCATCTCGTTGAAGTATGAGAAACGGTTGAAGTGGCTACAGGGGAAGTGTAGAGCT
TTGTAGTGATCTAGTTTTGCTGATCTATATGTTCTTGGTACTTATGGTGAAATGATATTT
CATTCATCTTCTTCATTTGCTTATGTGTGAAGATGTATCACTGGTGGAGATCAATTGAAT
AGTTTTCTTTTATAATTAAACT

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1DU54TF 562 0 0
GTACATGTTAAGAGAATGTCTGGTGATGATGATGAACCTTCCTATGGCTCTGGAGACGAA
GTAAACCACCTCACTGATGGACACAACAAGCGCACTATCCCTACTGCAGCAACGACGACG
CCTTCTTCTGCTGCCTCCGGACCAACACGCAAGAGAAGCCGCAAGGCCTGTGGTGACGCC
ATAGTCGAAGCCATGCTTGAAATCGCAGCAGCCTCCAAAAAGAGAGCGGCGGCTTTGGCT
AACAACGGAGACAGATTCTCCATCAGCAAATGCATCAGAGCGCTCGACGACTTGCAAGGC
GTTGATCAGCCCACCTACTTTCTCGCCTTGGACCTGTTCGAGAACCCGAGCTCGCGAGAG
ATTTTCATCTCGTTGAAGTATGAGAAACGGTTGAAGTGGCTACAGGGGAAGTGTAGAGCT
TTGTAGTGATCTAGTTTTGCTGATCTATATGTTCTTGGTACTTATGGTGAAATGATATTT
CATTCATCTTCTTCATTTGCTTATGTGTGAAGATGTATCACTGGTGGAGATCAATTGAAT
AGTTTTCTTTTATAATTAAACT

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1AY71JQ 248 0 0
G
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ATCTCGTTGAAGTATGAGAAACGGTTGAAGTGGCTACAGGGGAAGTGTAGAGCTTTGTAG
TGATCTAGTTTTGCTGATCTATATGTTCTTGGTACTTATGGTGAAATGATATTTCATTCA
TCTTCTTCATTTGCTTATGTGTGAAGATGTATCACTGGTGGAGATCAATTGAATAGTTTT
CTTTTAT

QA 2 248 2 248
DS 

RD RR1AY71TF 215 0 0
CGAGAACCCGAGCTCGCGAGAGATTTTCATCTCGTTGAAGTATGAGAAACGGTTGAAGTG
GCTACAGGGGAAGTGTAGAGCTTTGTAGTGATCTAGTTTTGCTGATCTATATGTTCTTGG
TACTTATGGTGAAATGATATTTCATTCATCTTCTTCATTTGCTTATGTGTGAAGATGTAT
CACTGGTGGAGATCAATTGAATAGTTTTCTTTTAT

QA 1 215 1 215
DS 



AS 1 4

CO CL2629Contig1 1080 4 11 U
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GCCATGAAGGTGTACGAAGAAGCCACCAAAAAGGTTCCGGAAGTCCAGAGGCTGGAGATG
TATGAGATATACATTTCCCGCGCAGCAGAGATATTTGGCGTTCCAAGAACGAGGGAGATA
TATGAGCAAGCGATAGAATCTGGTCTTCCACACAAGGATGTGAAGATCATGTGCATTAAA
TTTGCAGAGCTGGAGAGGAGTTTGGGAGAGATCGATCGCTCTCGCGCGGTCTACAAGTAT
GCCTCTCAGTATGCTGATCCAAGATCGGACCCGGACTTCTGGAACAACTGGCACGAGTTT
GAGGTGTTGCATGGGAATGAAGACACGTATAGAGAGATGCTTAGGATCAAGAGAAGTGTC
TCCGCTAGTTACAGTCAGACTCATTTCATTCTGCCGGAGGACATGATGCTAAAGGACAAG
ATAGATGTGGAAGAGGCGAAAGACGAGCTGAAGAAAGCGGGTTTTGATGAAATGGCGGCT
CTGGAGAGGCAGCTGATGGCTCCAATGTCTACCACGGTTACATCAAAAGATGGTGGAAGG
AGAGTTGGGTTTGTGAGCGCAGGAGTCATCGCACAGTCAGGAGCTAATGAGGGGAAGCCT
GTGACAGGGAATGGGGAAGATATTGAGCTTCCGGATGAGAGTGATGAAGATGAGTCTGAT
GGAGAAGACAATGTAGAGATTGCTCAGAAAGAAGTCCCTGCTGCTGTGTTTGGAGGACTT
GCCAGAAAGAGAGAGGAAGACGGCAAAGAAGCTGAGGAAGACGGTGCAGGCAAGGCTCTG
GGTGCGCTAGAGAGGATAAAGAGACAGAAGCTAGCTCAGTGAATAAAAATCCTGTAAGAC
AAATATGACTCTTGTGCTACAGAATTGGAATTGTAATATCCAGAACAGGATCTTGGGAGT
GTCATGAGAATTTTTTGTACTTTTGCTTGTCTCAGTTCCACCATGTTTTTAGTTTACTGC
AGAGCTCTCTGTACTCTTTTTTTTTCAATTTCCTTGGTCTTAATCAGAGTAACATTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1FU71TF U 1
AF RR1G140TF U 259
AF RR1FU71JQ C 448
AF RR1G140JQ C 872
BS 1 725 RR1FU71TF
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BS 936 1080 RR1FU71JQ

RD RR1FU71TF 790 0 0
GTGAGGACCTTATACCTTCAGTACGCCAAGCTAGAAGAGGATTATGGTCTGGCCAAGCGA
GCCATGAAGGTGTACGAAGAAGCCACCAAAAAGGTTCCGGAAGTCCAGAGGCTGGAGATG
TATGAGATATACATTTCCCGCGCAGCAGAGATATTTGGCGTTCCAAGAACGAGGGAGATA
TATGAGCAAGCGATAGAATCTGGTCTTCCACACAAGGATGTGAAGATCATGTGCATTAAA
TTTGCAGAGCTGGAGAGGAGTTTGGGAGAGATCGATCGCTCTCGCGCGGTCTACAAGTAT
GCCTCTCAGTATGCTGATCCAAGATCGGACCCGGACTTCTGGAACAACTGGCACGAGTTT
GAGGTGTTGCATGGGAATGAAGACACGTATAGAGAGATGCTTAGGATCAAGAGAAGTGTC
TCCGCTAGTTACAGTCAGACTCATTTCATTCTGCCGGAGGACATGATGCTAAAGGACAAG
ATAGATGTGGAAGAGGCGAAAGACGAGCTGAAGAAAGCGGGTTTTGATGAAATGGCGGCT
CTGGAGAGGCAGCTGATGGCTCCAATGTCTACCACGGTTACATCAAAAGATGGTGGAAGG
AGAGTTGGGTTTGTGAGCGCAGGAGTCATCGCACAGTCAGGAGCTAATGAGGGGAAGCCT
GTGACAGGGAATGGGGAAGATATTGAGCTTCCGGATGAGAGTGATGAAGATGAGTCTGAT
GGAGA*GACA*TGTAGAGATTGCTCAGAA*GAAGTCCCTGCTGCTGTGTTTGGAGGACTT
GCCAGAA
GAG

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1G140TF 680 0 0
G
GTTTGGGAGAGATCGATCGCTCTCGCGCGGTCTACAAGTATGCCTCTCAGTATGCTGATC
CAAGATCGGACCCGGACTTCTGGAACAACTGGCACGAGTTTGAGGTGTTGCATGGGAATG
AAGACACGTATAGAGAGATGCTTAGGATCAAGAGAAGTGTCTCCGCTAGTTACAGTCAGG
CTCATTTCATTCTGCCGGAGAACATGATGCTAAAGGACAAGATAGATGTGGAAGAGGCGA
AAGACGAGCTGAAGAAAGCGGGTTTTGATGAAATGGCGGCTCTGGAGAGGCAGCTGATGG
CTCCAATGTCTACCACGGTTACATCAAAAGATGGTGGAAGAAGAGTTGGGTTTGTGAGCG
CAGGAGTCATCGCACAGTCAGGAGCTAATGAGGGGAAGCCTGTGACAGGGAATGGGGAAG
ATATTGAGCTTCCGGATGAGAGTGATGAAGATGAGTCTGATGGAGAAGACAATGTAGAGA
TTGCTCAGAAAGAAGTCCCTGCTGCTGTGTTTGGAGGACTTGCCAGAAAGAGAGAGGAAG
ACGGCAAAGAAGCTGAGGAAGACGGTGCAGGCAAGGCTCTGGGTGCGCTAGAGAGGATAA
AGAGACAGAAGCTAGCTCAGTGAATAAAAATCCTGTAAGACAA*TATGACTCTTGTGCTA
CAGAATTGGAATTGTA
TAT

QA 2 677 2 677
DS 

RD RR1FU71JQ 633 0 0
ATTCTGCCGGAGGACATGATGCTAAAGGACAAGATAGATGTGGAAGAGGCGAAAGACGAG
CTGAAGAAAGCGGGTTTTGATGAAATGGCGGCTCTGGAGAGGCAGCTGATGGCTCCAATG
TCTACCACGGTTACATCAAAAGATGGTGGAAGGAGAGTTGGGTTTGTGAGCGCAGGAGTC
ATCGCACAGTCAGGAGCTAATGAGGGGAAGCCTGTGACAGGGAATGGGGAAGATATTGAG
CTTCCGGATGAGAGTGATGAAGATGAGTCTGATGGAGAAGACAATGTAGAGATTGCTCAG
AAAGAAGTCCCTGCTGCTGTGTTTGGAGGACTTGCCAGAAAGAGAGAGGAAGACGGCAAA
GAAGCTGAGGAAGACGGTGCAGGCAAGGCTCTGGGTGCGCTAGAGAGGATAAAGAGACAG
AAGCTAGCTCAGTGAATAAAAATCCTGTAAGACAAATATGACTCTTGTGCTACAGAATTG
GAATTGTAATATCCAGAACAGGATCTTGGGAGTGTCATGAGAATTTTTTGTACTTTTGCT
TGTCTCAGTTCCACCATGTTTTTAGTTTACTGCAGAGCTCTCTGTACTCTTTTTTTTTCA
ATTTCCTTGGTCTTAATCAGAGTAACATTTTCT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1G140JQ 209 0 0
TAGCTCAGTGAATAAAAATCCTGTAAGACAAATATGACTCTTGTGCTACAGAATTGGAAT
TGTAATATCCAGAACAGGATCTTGGGAGTGTCATGAGAATTTTTTGTACTTTTGCTTGTC
TCAGTTCCCCCATGTTTTTAGTTTACTGCAGAGCTCTCTGTACTCTTTTTTTT*CAATTT
CCTTGGTCTTAATCAGAGTAACATTTTC
C

QA 1 208 1 208
DS 



AS 1 4

CO CL2630Contig1 1185 4 7 U
GGGAGAAGGAAGGTCTCTTTAAACATGGAGACAAAGCAATCCTCCTAAGCGAAGGAGATG
GTGAGTTCACTGGCACTTTATACTCTCAAACAATTATCGAAACCGAGGTGCGTTTTGTAT
CTGCAAACGACGAGGAGACGCAGCGCATGGTCCCAAGCGAGACCTTTGATCTTGCCTTTG
CACATTCTCGTCACATCGACTCTGTTGAGTTTCTAGACCGGACTCTCAAAGTTGGCGGTA
TCCTCACCGTCCAACTCAACCATCATGGTCTCCCTCCAAGTTTCTTGAAACGTTTAAACT
ACGAAATAGTCTACTTGAGGAGCAATGACTACACGGTAATGGCCATGAGGAAAACAGAGG
AAACAGAGCAAAAACAGAGCGTAGCCGCAACCGGTAGAAAGCTCCTCAGTATTAAAGAAA
AAGAGGCGAAGAAGAAAGCTTTGAGTAAGCTAGAGGATGTTCTCCTTGAACCACCAAGAG
CAGCTTCAAGAAAATCAAGAACCTACCTGAAACGTACAAGGTACCTCCCTGACCTTATGG
GGGATAGTTTGGACCTCGAGAGCTACTCGAGGCGGGTGTTCATCGATGTGGGTGATGGAA
AAGGAAGCAGCGGAACAGAATGGTTTGTTAAAAACTACCCAACGAGGAAGCTGAAGTTTG
AGATGTACAAGGTTGAGACAGTAAACGATGAGATGGGCATAGAGTCTGAGAATATGGGGA
TCACGGAGTGGCTGAAGGAGAATGCGAAGGAGGAGGAATACGTGGTAATGAAGGCAGAGG
CCGAAGTGGTGGAGGAGATGATGAGGACCAAGTCGATTAAAATGGTGGATGAGCTTTTCT
TGGAGTGCAAGCCAAAGGGTTTATGGCTAAAGGGAAGGAAGATGCAGAGTAAGAGCGGTA
GGGCTTACTGGGAGTGTTTGGCTCTATATGGCAAACTTAGAGATGAAGGTGTTGCTGTGC
ATCAATGGTGGGGTTGAAGTTAAAGGACAGGGAGATTGACTTGAGATAATATTCATAAAC
AAGTCTCTTATTCTGTTATATTTATGTTTTATTTATTATGATGTCGAATATCTTTTTCTC
TTGTTAAATCTTGTGATCATCAATGTATTGTTGTGATTAAAGTATTTTGTGATGTTGTAT
GTGTTGAGATATAATGAGCTTAATTAAAATTCATTGTATGTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DZ62TF U 119
AF RR1FQ29TF U 1
AF RR1FQ29JQ C 376
AF RR1E325JQ C 511
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RD RR1DZ62TF 435 0 0
G
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GCACATTCTCGTCACATCGACTCTGTTGAGTTTCTAGACCGGACTCTCAAAGTTGGCGGT
ATCCTCACCGTCCAACTCAACCATCATGGTCTCCCTCCAAGTTTCTTGAAGCGTTTAAAC
TACGAAATAGTCTACTTGAGGAGCAATGACTACACGGTAATGGCCATGAGGAAAACAGAG
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AAAGAGGCGAAGAAGAAAGCTTTGAGTAAGCTAGAGGATGTTCTCCTTGAACCACCAAGA
GCAGCTTCAAGAAAATCAAGAACCTACCTGAAACGTACAAGGTACCTCCCTGACCTTATG
GGGGATAGTTTGGA

QA 2 435 2 435
DS 

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CACATTCTCGTCACATCGACTCTGTTGAGTTTCTAGACCGGACTCTCAAAGTTGGCGGTA
TCCTCACCGTCCAACTCAACCATCATGGTCTCCCTCCAAGTTTCTTGAAACGTTTAAACT
ACGAAATAGTCTACTTGAGGAGCAATGACTACACGGTAATGGCCATGAGGAAAACAGAGG
AAACAGAGCAAAAACAGAGCGTAGCCGCAACCGGTAGAAAGCTCCTCAGTATTAAAGAAA
AAGAGGCGAAGAAGAAAGCTTTGAGTAAGCTAGAGGATGTTCTCCTTGAACCACCAAGAG
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GGGATAGTTTGGACCTCGAGAGCTACTCGAGGCGGGTGTTCATCGATGTGGGTGATGGAA
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AGATGTACAAG*TTGAGACAGTAAACGATGAGATGGGCATAGAGTCTGAGA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1FQ29JQ 790 0 0
AGAGCGTAGCCGCAACCGGTAGAAAGCTC*TCAGTATTAAAGAAAAAGAGGCGAAGAAGA
AAGCTTTGAGTAAGCTAGAGGATGTTCTCCTTGAACCACCAAGAGCAGCTTCAAGAAAAT
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TCGAGAGCTACTCGAGGCGGGTGTTCATCGATGTGGGTGATGGAAAAGGAAGCAGCGGAA
CAGAATGGTTTGTTAAAAACTACCCAACGAGGAAGCTGAAGTTTGAGATGTACAAGGTTG
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GTTTGGCTCTATATGGCAAACTTAGAGATGAAGGTGTTGCTGTGCATCAATGGTGGGGTT
GAAGTTAAAGGACAGGGAGATTGACTTGAGATAATATTCATAAACAAGTCTCTTATTCTG
TTATATTTATGTTTTATTTATTATGATGTCGAATATCTTTTTCTCTTGTTAAATCTTGTG
ATCATCAATGTATTGTTGTGATTAAAGTATTTTGTGATGTTGTATGTGTTGAGATATAAT
GAGCTTAATT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1E325JQ 675 0 0
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GGCGGGTGTTCATCGATGTGGGTGATGGAAAAGGAAGCAGCGGAACAGAATGGTTTGTTA
AAAACTACCCAACGAGGAAGCTGAAGTTTGAGATGTACAAGGTTGAGACAGTAAACGATG
AGATGAGCATAGAGTCTGAGAATATGGGGATCACGGAGTGGCTGAAGGAGAATGCGAAGG
AGGAGGAATACGTGGTGATGAAGGCAGAGGCCGAAGTGGTGGAGGAGATGATGAGGACCA
AGTCGATTAAA*TGGTGGATGAGCTTTTCTTGGAGTGCAAGCCAAAGGGTTTATGGCTAA
AGGGAAGGGAGATGCAGAGTAAGAGCGGTAGGGCTTACTGGGAGTGTTTGGCTCTATATG
GCAAACTTAGAGATGAAGGTGTTGCTGTGCATCAATGGTGGGGTTGAAGTTAAAGGACAG
GGAGATTGACTTGAGATAATATTCATAAACAAGTCTCTTATTCTGTTATATTTATGTTTT
ATTTATTATGATGTCGAATATCTTTTTCTTTTGTTAAATCTTGTGATCATCAATGTATTG
TTGTGATTAAAGTATTTTGTGATGTTGTATGTGTTGAGATATAATGAGCTTAATTAAAAT
TCATTGTATGTATCC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 2 4

CO CL2631Contig1 743 2 2 U
AAAGCTTCATGAAAATACTGGACCTTCTTCATGGAACAAAAAGGTATATGATAAAGAACA
TACAAATGAATAGATTTGGAGTTAAAAACAAGCTCGAATTGTTTTGTAGACTATATTATT
ATTATACCCTACACGTATGTGCTCAATAATTGATCTAAGTTTTAAAACCTTCTTATTACA
CTCGCACTCACGCAAAAAAAAAGAAAAAAAGAACACCTGAAATCATCATCATCCCTGAAG
AGAACCGGTCACAGTTCAAATCGGTTTATCATGTCCTGCCTTGGGAGTAGTAGAAGATGC
CTTTGGCGTTTTTGGTCCTCCAGTTCCCTTTTGGCCAAGTAACCTCCGGCCTGAAGGAGC
TCTCGCTAACGATGAAATAGCCACTGCCGCTACAGTCGCCACCCTAATCCTTTTATGTAC
GTCAACATATTCATCAGTTTCGTCCACAATCTCTTCCTGCAAAAGCTCTTCAAACACATC
TTCCAAAGTGATGACACCGATTACTTCTCCATCCTCTATCTCCTCTGAAGTATGCGAGAA
CGCACTGTTACTAATCTTGTCAATATCAACAACGACGTTGTCCTGGTTTCCTTCTCGCTT
CATTAACAGAGGCGTAGTCAACTTGGAGTCATTGCTCTGGTCATTATTAGTGTTTTCTTC
TTCAACCAAAGTTGAAAGAGAACCTTTGCGTTTCACATTGACCTTAACAACTGCAGCCAT
GTGACTGCTCCCTTTTTGAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DQ55JQ U 1
AF RR1F605JQ U 50
BS 1 616 RR1DQ55JQ
BS 617 743 RR1F605JQ

RD RR1DQ55JQ 616 0 0
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TACAAATGAATAGATTTGGAGTTAAAAACAAGCTCGAATTGTTTTGTAGACTATATTATT
ATTATACCCTACACGTATGTGCTCAATAATTGATCTAAGTTTTAAAACCTTCTTATTACA
CTCGCACTCACGCAAAAAAAAAGAAAAAAAGAACACCTGAAATCATCATCATCCCTGAAG
AGAACCGGTCACAGTTCAAATCGGTTTATCATGTCCTGCCTTGGGAGTAGTAGAAGATGC
CTTTGGCGTTTTTGGTCCTCCAGTTCCCTTTTGGCCAAGTAACCTCCGGCCTGAAGGAGC
TCTCGCTAACGATGAAATAGCCACTGCCGCTACAGTCGCCACCCTAATCCTTTTATGTAC
GTCAACATATTCATCAGTTTCGTCCACAATCTCTTCCTGCAAAAGCTCTTCAAACACATC
TTCCAAAGTGATGACACCGATTACTTCTCCATCCTCTATCTCCTCTGAAGTATGCGAGAA
CGCACTGTTACTAATCTTGTCAATATCAACAACGACGTTGTCCTGGTTTCCTTCTCGCTT
CATTAACAGAGGCGTA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1F605JQ 694 0 0
GATAAAGAACATACAAATGAATAGATTTGGAGTTAAAAACAAGCTCGAATTGTTTTGTAG
ACTATATTATTATTATACCCTACACGTATGTGCTCAATAATTGATCTAAGTTTTAAAACC
TTCTTATTACACTCGCACTCACGCAGAAAAAAAGAAAAAAAGAACACCTGAAATCATCAT
CATCCCTGAAGAGAACCGGTCACAGTTCAAATCGGTTTATCATGTCCTGCCTTGGGAGTA
GTAGAAGATGCCTTTGGCGTTTTTGGTCCTCCAGTTCCCTTTTGGCCAAGTAACCTCCGG
CCTGAAGGAGCTCTCGCTAACGATGAAATAGCCACTGCCGCTACAGTCGCCACCCTAATC
CTTTTATGTACGTCAACATATTCATCAGTTTCGTCCACAATCTCTTCCTGCAAAAGCTCT
TCAAACACATCTTCCAAAGTGATGACACCGATTACTTCTCCATCCTCTATCTCCTCTGAA
GTATGCGAGAACGCACTGTTACTAATCTTGTCAATATCAACAACGACGTTGTCCTGGTTT
CCTTCTCGCTTCATTAACAGAGGCGTAGTCAACTTGGAGTCATTGCTCTGGTCATTATTA
GTGTTTTCTTCTTCAACCAAAGTTGAAAGAGAACCTTTGCGTTTCACATTGACCTTAACA
ACTGCAGCCATGTGACTGCTCCCTTTTTGAAACT

QA 1 694 1 694
DS 



CO CL2631Contig2 1065 2 4 U
GGGAAATAAGAAAATTCAAAACCGAGAACGAACGAACAAAATATCTTTGAGAAGAAGAGA
AGAAGATGCATCCGTTCAACGCTATGATGGCGGCGAGGATGTTGACCGCCGTCGGAAAAT
CAAACGGCTTAGAGAGCGAGACGATCCCCTTCGGATCGTTATGGTGGAGTATCTACGCCG
GCGTCTCTTGTTTCCTCGTCCTCTTCGCCGGTATCATGTCCGGTCTCACTCTCGGCCTCA
TGTCTCTCGGCCTCGTCGACCTCGAAATCCTCCAACGCAGTGGCTCCCCCAAGGAGAAGA
AGCAATCAGCTGCGATATTTCCGGTAGTTCAGAAACAGCATCAGCTTCTAGTGACACTTC
TCTTGTTCAATGCTCTTGTTATGGAGGGACTTCCTATATACTTAGACAAGATCTTCAACG
AGTATGTTGCTATCATCCTCTCCGTTACTTTCGTTCTCTTTGTTGGAGAGGTTATTACTC
AAGCTATATGCTCGAGGTACGGACTAGCTGTGAGAGCTAACTTGGTCTGGCTTGTACGAA
TCTTGATGATTCTCTCCTACCCGATATCTTTCCCTGTTGCGAAGATGTTGGATTGTGTGT
TGGGACATGGCGACCCTTTGTTTAGACGGGCTCAGTTGAAGGCTCTTGTTTCCATTCACG
GGGAAGCTGCTGGTAAAGGAGGTGAGCTTACGCATGATGAGACCACTATCATTAGTGGTG
CGCTTGATTTGACTGCCAAGACTGCTAGGGAAGCCATGACGCCGATTGAATCGATCTTTT
CGTTGGATATGAATTCGAAGTTGGATTGGGAAGCTATGGATAAGATTCAAACACGAGGTC
ATAGCCGGATTCCTGTCTACTCCGAGAATCCTAAAAATGTTGTCGGACTTCTTTTGGTGA
AGAGTCTCCTTACTATTCGCCCTGAATCAGATACTCTTGTCAGCACAGTTGGTATACGCC
ACATTCCAAGGGTTCCAGCCGATATGCCATTGTATGATATACTGAACGAGTTTCAAAAAG
GGATCAGTCACATGGCTGCAGTTGTTAAAGTCAATGTGAAACGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F605TF U 1
AF RR1DQ55TF U 433
BS 1 477 RR1F605TF
BS 478 478 RR1DQ55TF
BS 479 624 RR1F605TF
BS 625 1065 RR1DQ55TF

RD RR1F605TF 624 0 0
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AGAAGATGCATCCGTTCAACGCTATGATGGCGGCGAGGATGTTGACCGCCGTCGGAAAAT
CAAACGGCTTAGAGAGCGAGACGATCCCCTTCGGATCGTTATGGTGGAGTATCTACGCCG
GCGTCTCTTGTTTCCTCGTCCTCTTCGCCGGTATCATGTCCGGTCTCACTCTCGGCCTCA
TGTCTCTCGGCCTCGTCGACCTCGAAATCCTCCAACGCAGTGGCTCCCCCAAGGAGAAGA
AGCAATCAGCTGCGATATTTCCGGTAGTTCAGAAACAGCATCAGCTTCTAGTGACACTTC
TCTTGTTCAATGCTCTTGTTATGGAGGGACTTCCTATATACTTAGACAAGATCTTCAACG
AGTATGTTGCTATCATCCTCTCCGTTACTTTCGTTCTCTTTGTTGGAGAGGTTATTATTC
AAGCTATATGCTCGAGGTACGGACTAGCTGTGAGAGCTAACTTGGTCTGGCTTGTACGAA
TCTTGATGATTCTCTCCTACCCGATATCTTTCCCTGTTGCGAAGATGTTGGATTGTGTGT
TGGGACATGGCGACCCTTTGTTTA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1DQ55TF 633 0 0
G
CATCCTCTCCGTTACTTTCGTTCTCTTTGTTGGAGAGGTTATTCCTCAAGCTATATGCTC
GAGGTACGGACTAGCTGTGGGAGCTAACTTGGTCTGGCTTGTACGAATCTTGATGATTCT
CTCCTACCCGATATCTTTCCCTGTTGCGAAGATGTTGGATTGTGTGTTGGGACATGGCGA
CCCTTTGTTTAGACGGGCTCAGTTGAAGGCTCTTGTTTCCATTCACGGGGAAGCTGCTGG
TAAAGGAGGTGAGCTTACGCATGATGAGACCACTATCATTAGTGGTGCGCTTGATTTGAC
TGCCAAGACTGCTAGGGAAGCCATGACGCCGATTGAATCGATCTTTTCGTTGGATATGAA
TTCGAAGTTGGATTGGGAAGCTATGGATAAGATTCAAACACGAGGTCATAGCCGGATTCC
TGTCTACTCCGAGAATCCTAAAAATGTTGTCGGACTTCTTTTGGTGAAGAGTCTCCTTAC
TATTCGCCCTGAATCAGATACTCTTGTCAGCACAGTTGGTATACGCCACATTCCAAGGGT
TCCAGCCGATATGCCATTGTATGATATACTGAACGAGTTTCAAAAAGGGATCAGTCACAT
GGCTGCAGTTGTTAAAGTCAATGTGAAACGCA

QA 2 633 2 633
DS 



AS 2 4

CO CL2632Contig1 690 2 8 U
GGTGAACTAAACCAAAAGTTCTGTTATTATTAAGAGAGATAAAGATTGTAACTTTAAGAA
TTACAAAAGTCAGAGTAGACAACCCCTCCTTAATCATGGGGACATAATCGAGTTCCAGAC
CATTTTATATACCAAGATATATTCTTAAAAGCCCAGAATCACAGAGATGCATTACACACA
GATTCCTTTTTTTCTTTCTTTTAAGTGGTTTTAGCCAAGGTTGCAAATCTTTCAAGTCCA
CCTCTAAGCAAGCTTTCTAAAAAGGGCCGGAGAGCGGATGCCACAGGGGTCAAAAGCGCA
GGGACTTCATATGATACAGTTAGCTCAACGAGGCAAGATGAAGGACCTTTAGGGAAGAAC
CGAACGCTGCCTTTATTAGGAAGACCTTCAAGAAATCTCCAGTGGATTTTCTGATTAGGA
GTAGGCTGAAGATTGCGAGCAAGCCAAGAATACTTAATGTCTTGGCCAAAAGCATTGTAC
TTGAGTGACCAACGTGACAGATCAGGCTTGTCCTTTAACACCTCAACGGATGAAATGAAA
GGCATCCACTTAGGGAAAGATTCACGATCCAAGTAGAAGTTATACGCTACTGACACTGGT
ATATCTACTTCCATCTTCACTGTGCAGTCTTGCCACTCCATGGAAACAGAGAAGCGTTTG
TTGCGAGAGTTGAATCTCGATCTTCGAGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG55JQ U 1
AF RR1GX76JQ U 9
BS 1 248 RR1GG55JQ
BS 249 249 RR1GX76JQ
BS 250 259 RR1GG55JQ
BS 260 260 RR1GX76JQ
BS 261 272 RR1GG55JQ
BS 273 273 RR1GX76JQ
BS 274 393 RR1GG55JQ
BS 394 690 RR1GX76JQ

RD RR1GG55JQ 397 0 0
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TTACAAAAGTCAGAGTAGACAACCCCTCCTTAATCATGGGGACATAATCGAGTTCCAGAC
CATTTTATATACCAAGATATATTCTTAAAAGCCCAGAATCACAGAGATGCATTACACACA
GATTCCTTTTTTTCTTTCTTTTAAGTGGTTTTAGCCAAGGTTGCAAATCTTTCAAGTCCA
CCTCTAAGTAAGCTTTCTAGAAAGGGCCGGAGCGCGGATGCCACAGGGGTCAAAAGCGCA
GGGACTTCATATGATACAGTTAGCTCAACGAGGCAAGATGAAGGACCTTTAGGGAAGAAC
CGAACGCTGCCTTTATTAGGAAGACCTTCAAGA
GATC

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR1GX76JQ 682 0 0
GG
ACCAAAAGTTCTGTTATTATTAAGAGAGATAAAGATTGTAACTTTAAGAATTACAAAAGT
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ACCAAGATATATTCTTAAAAGCCCAGAATCACAGAGATGCATTACACACAGATTCCTTTT
TTTCTTTCTTTTAAGTGGTTTTAGCCAAGGTTGCAAATCTTTCAAGTCCACCTCTAAGCA
AGCTTTCTAAAAAGGGCCGGAGAGCGGATGCCACAGGGGTCAAAAGCGCAGGGACTTCAT
ATGATACAGTTAGTTCAACGAGGCAAGATGAAGGACCTTTAGGGAAGAACCGAACGCTGC
CTTTATTAGGAAGACCTTCAAGAAATCTCCAGTGGATTTTCTGATTAGGAGTAGGCTGAA
GATTGCGAGCAAGCCAAGAATACTTAATGTCTTGGCCAAAAGCATTGTACTTGAGTGACC
AACGTGACAGATCAGGCTTGTCCTTTAACACCTCAACGGATGAAATGAAAGGCATCCACT
TAGGGAAAGATTCACGATCCAAGTAGAAGTTATACGCTACTGACACTGGTATATCTACTT
CCATCTTCACTGTGCAGTCTTGCCACTCCATGGAAACAGAGAAGCGTTTGTTGCGAGAGT
TGAATCTCGATCTTCGAGTG

QA 3 682 3 682
DS 



CO CL2632Contig2 773 2 7 U
GGGGTGGTTGTGAAGAAGCAAAAAAAAAAACAGAGAAAAGATTCAATGTCTGTAACAGCA
GCAACTCACATGAACACGATCAATCATTTGTCGTCGACAACCTGTAAAACCTCCAATCTC
ATCTGCTCCAATCACAGATTGGCTCAACCTTTTCATCGTAAACCCAAATCGTTTCCTCAG
CTGCTTCCCAAAACCACCCTAAATGGCTCCTCCTCCTCTCGCTCTCCTTCGTCTTCCGTC
ACTCGAAGATCGAGATTCAACTCTCGCAACAAACGCTTCTCTGTTTCCATGGAGTGGCAA
GACTGCACAGTGAAGATGGAAGTAGATATACCAGTGTCAGTAGCGTATAACTTCTACTTG
GATCGTGAATCTTTCCCTAAGTGGATGCCTTTCATTTCATCCGTTGAGGTGTTAAAGGAC
AAGCCTGATCTGTCACGTTGGTCACTCAAGTACAATGCTTTTGGCCAAGACATTAAGTAT
TCTTGGCTTGCTCGCAATCTTCAGCCTACTCCTAATCAGAAAATCCACTGGAGATCTCTT
GAAGGTCTTCCTAATAAAGGCAGCGTTCGGTTCTTCCCTAAAGGTCCTTCATCTTGCCTC
GTTGAACTAACTGTATCATATGAAGTCCCTGCGCTTTTGACCCCTGTGGCATCCGCGCTC
CGGCCCTTTCTAGAAAGCTTACTTAGAGTGGACTTGAAAGATTTGCAACCTTGGCTAAAC
CACTTAAAGAAGAAAAAAGAATCTGTGTGTATGCATCTCTGTGATCTGGGCTT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG55TF U 1
AF RR1GX76TF U 2
BS 1 40 RR1GG55TF
BS 41 41 RR1GX76TF
BS 42 67 RR1GG55TF
BS 68 68 RR1GX76TF
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BS 607 773 RR1GG55TF

RD RR1GG55TF 773 0 0
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ATCTGCTCCAATCACAGATTGGCTCAACCTTTTCATCGTAAACCCAAATCGTTTCCTCAG
CTGCTTCCCAAAACCACCCTAAATGGCTCCTCCTCCTCTCGCTCTCCTTCGTCTTCCGTC
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GACTGCACAGTGAAGATGGAAGTAGATATACCAGTGTCAGTAGCGTATAACTTCTACTTG
GATCGTGAATCTTTCCCTAAGTGGATGCCTTTCATTTCATCCGTTGAGGTGTTAAAGGAC
AAGCCTGATCTGTCACGTTGGTCACTCAAGTACAATGCTTTTGGCCAAGACATTAAGTAT
TCTTGGCTTGCTCGCAATCTTCAGCCTACTCCTAATCAGAAAATCCACTGGAGATCTCTT
GAAGGTCTTCCTAATAAAGGCAGCGTTCGGTTCTTCCCTAAAGGTCCTTCATCTTGCCTC
GTTGAGCTAACTGTATCATATGAAGTCCCTGCGCTTTTGACCCCTGTGGCATCCGCGCTC
CGGCCCTTTCTAGAAAGCTTACTTAGAGTGGACTTGAAAGATTTGCAACCTTGGCTAAAC
CACTTAAAGAAGAAAAAAGAATCTGTGTGTATGCATCTCTGTGATCTGGGCTT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1GX76TF 772 0 0
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TCTGCTCCAATCACAGATTGGCTCAACCTTTTCATCGTAAACCCAAATCGTTTCCTCAGC
TGCTTCCCAAAACCACCCTAAATGGCTCCTCCTCCTCTCGCTCTCCTTCGTCTTCCGTCA
CTCGAAGATCGAGATTCAACTCTCGCAACAAACGCTTCTCTGTTTCCATGGAGTGGCAAG
ACTGCACAGTGAAGATGGAAGTAGATATACCAGTGTCAGTAGCGTATAACTTCTACTTGG
ATCGTGAATCTTTCCCTAAGTGGATGCCTTTCATTTCATCCGTTGAGGTGTTAAAGGACA
AGCCTGATCTGTCACGTTGGTCACTCAAGTACAATGCTTTTGGCCAAGACATTAAGTATT
CTTGGCTTGCTCGCAATCTTCAGCCTACTCCTAATCAGAAAATCCACTGGAGATCTCTTG
AAGGTCTTCCTAATAAAGGCAGCGTTCGGTTCTTCCCTAAAGGTCCTTCATCTTGCCTCG
TTGAACTAACTGTATCATATGAAGTCCCTGCGCTTTTGACCCCTGTGGCATCCGCTCTCC
GGCCCTTTTTAGAAAGCTTGCTTAGAGTGGACTTGAAAGATTTGCAACCTTGGCTAAACC
ACTTAAAGAAGAAAAAAGGATCTGTGTGTATGCATCTCTGTGAT
TCTGGGCT

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 4

CO CL2633Contig1 427 4 1 U
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GATGACGATTGGTACCGTTACGTAGACTTGACGGTGATAAACGGGAGTGTCGTAAGGTTA
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TTGGAAGAATTATATCCCTCGAACCTCATCTACTATATTAATTTAGAGTCCTAAAATTTA
TCTACCT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1B096JQ C 1
AF RR1EJ43JQ C 1
AF RR1B096TF U 1
AF RR1EJ43TF U 1
BS 1 427 RR1B096TF

RD RR1B096JQ 427 0 0
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GATGACGATTGGTACCGTTACGTAGACTTGACGGTGATAAACGGGAGTGTCGTAAGGTTA
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TTGGAAGAATTATATCCCTCGAACCTCATCTACTATATTAATTTAGAGTCCTAAAATTTA
TCTACCT

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1EJ43JQ 427 0 0
GGCGCGGTGGAGGAAGCGGCGATGGCTCGAGCAAAGGAAACGGAGGTTTTGGAGCCGTTA
GTGTGCGGTGACGGAGTGACGAAAGGGAAGATGACGATGTACTACGAGGTAGATGACGTT
GACGGAGAGAGGTGTGTTGATAGAGACGGAGAGTTAACGGCCGTTAACTACGGAGGTGGT
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GATGACGATTGGTACCGTTACGTAGACTTGACGGTGATAAACGGGAGTGTCGTAAGGTTA
TGGGATGACAAACGGAATTCGTAAGCGAGCCATGTGTCTAAATTAGAGGATATTCCTAGT
TTGGAAGAATTATATCCCTCGAACCTCATCTACTATATTAATTTAGAGTCCTAAAATTTA
TCTACCT

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1B096TF 427 0 0
GGCGCGGTGGAGGAAGCGGCGATGGCTCGAGCAAAGGAAACGGAGGTTTTGGAGCCGTTA
GTGTGCGGTGACGGAGTGACGAAAGGGAAGATGACGATGTACTACGAGGTAGATGACGTT
GACGGAGAGAGGTGTGTTGATAGAGACGGAGAGTTAACGGCCGTTAACTACGGAGGTGGT
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GATGACGATTGGTACCGTTACGTAGACTTGACGGTGATAAACGGGAGTGTCGTAAGGTTA
TGGGATGACAAACGGAATTCGTAAGCGAGCCATGTGTCTAAATTAGAGGATATTCCTAGT
TTGGAAGAATTATATCCCTCGAACCTCATCTACTATATTAATTTAGAGTCCTAAAATTTA
TCTACCT

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1EJ43TF 427 0 0
GGCGCGGTGGAGGAAGCGGCGATGGCTCGAGCAAAGGAAACGGAGGTTTTGGAGCCGTTA
GTGTGCGGTGACGGAGTGACGAAAGGGAAGATGACGATGTACTACGAGGTAGATGACGTT
GACGGAGAGAGGTGTGTTGATAGAGACGGAGAGTTAACGGCCGTTAACTACGGAGGTGGT
TTGGGTAGTTGCGGAGAGTGGTGGGAGAGATGGGAAAGAGTGTTGAAGATGAGAACTGGT
GATGACGATTGGTACCGTTACGTAGACTTGACGGTGATAAACGGGAGTGTCGTAAGGTTA
TGGGATGACAAACGGAATTCGTAAGCGAGCCATGTGTCTAAATTAGAGGATATTCCTAGT
TTGGAAGAATTATATCCCTCGAACCTCATCTACTATATTAATTTAGAGTCCTAAAATTTA
TCTACCT

QA 1 427 1 427
DS 



AS 1 4

CO CL2634Contig1 1170 4 11 U
ATAAGTTGTATGTTTCACATGGCCTCATGATCAAACATGTGGCTTCACTCCACTATGTAT
CCTCAAAACTAACTCTTACATCAACTAAGTATTTGGGAATTGAGACAGTCTTGTGTTTAT
TTATTGAAAATAAGATAGATCTCAAACAACGCAAGTGTTATAGAATTCAAAGAGCATTTT
GGCCCAGCAACTAGTTTCTTCTTTTTTCTTCACAGTTTATCAGAAAACCAAAGAGCATTT
CACCATTTCTTCACAGTTTCCCCATAACCATATAGTTCTGATCAACGGTTCAAAGAAAAG
AGCATGCTCTGACCACCGGGCAAGTAAGCCACATTAGGAGATCTAGCAAGCGTAGCTGCA
ACCTCCCTCGAAGCCTCAATCCTCCTAAGCTCGATAAGTCCCATACCAGCTTTAGCCGTA
GCGTCAGAGATCAGCTGCGCAGCTTCACTCTCACCTTCAGCTCTTATAACCGCAGCCCTC
CTCTCCTGATCAGCCTTCATCACCACAAACTTAGACCTCTCCGCCTCCTGCTGCGCCACC
TGTTTCTGCTCAACAGCCTTTGAGAACTCGTAACCGTACGACAAGTGCGTGATGGCGACA
TCGTCGAGCACAATGTTGAAGTCTTTGGCACGCTTGATCAGCGATTCGCGGACAAGCGCC
GAGACGTGAGGACGCTCGGTGAGGAGCTGGTCAGCGTTGAACTGTGCGACCACGGCTTTC
AAAACCTCGTTTCCAATAGAAGGAAGAACCTTCTCGTCGTACTCTAGACCCAATGTTTGG
AATATATATGGTAGACGCACAACCTCGGGGCGAGAGAGAACACGGAGGGTGAGATTGACC
ATCTGAAGATCCTTGGTACCGGAGATGGAAGAAAACGTGTGAGGCTTCGTGCGGATGTCG
AAGATGTGGGGCTTCTGTAGAATCGGGATCAGGAAGTGAGTCCCTTCGCCGACGGTTTGA
TCCATGACTCCTCTGAATCGATCGAAGATCACAGCTCTCTCTCCGCCGTCAACGGTGTAC
AGCGACGTGTTCAGCACCGTCGCCGCCGTTCCAAGGCCGAAAGCCGCCTTCGCTAGGTTG
GAGAGGAACGAAACCGCTGCTTGTTGGCTTCCCATTTTTCTCGAGAAGTGAAGAACGAAG
TGAGGAAGAAAATTGAGAAGACGACGAGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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TGTTTCTGCTCAACAGCCT

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DS 

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GCCA
AGCAACTAGTTTCTT**TTTTTCTTCACAGTTTATCAGAAAACCAAAGAGCATTTCACCA
TTTCTTCACAGTTTCCCCATAACCATTTAGTTCTGATCAACGGTTCAGGGAAAAGAGCAT
GCTCTGACCACCGGGCAAGTAAGCCACATTAGGAGATCTAGCAAGCGTAGCTGCAACCTC
CCTCGAAGCCTCAATCCTGCTAAGCTCGATAAGTCCCATCCCAGCTTTAGCCGTAGCGTC
AGAGATCAGCTGCGCAGCTTCGCTCTCACCTTCAGCTCTTATAACCGCAGCCCTCCTCTC
CTGATCAGCCTTCATCACCACAAACTTAGACCTCTCCGCCTCCTGCTGCGCCACCTGTTT
CTGCTCAACAGCCTTTGAGAACTCGTAACCGTACGACAAGTGCGTGATGGCGACATCGTC
GAGCACAATGTTGAAGTCTTTGGCACGCTTGATCAGCGATTCGCGGACAAGCGCCGAGAC
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ATATGGTAGACGCACAACCTCGGGGCGAGAGAGAACACGGAGGGTGAGATTGACCATCTG
AAGATCCTTGGTACCGGAGATG
GAAGAAAACGTGT

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DS 

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CTCTAGACCCAATGTTTGGAATATATATGGTAGACGCACAACCTCGGGGCGAGAGAGAAC
ACGGAGGGTGAGATTGACCATCTGAAGATCCTTGGTACCGGAGATGGAAGAAAACGTGTG
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GCTTTCAAAACTTCGTTTCCAA*AGAAGGAAGAACCTTCTCGTCGTACTCTAGACCCAAT
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GTTTGATCCATGATTCCTCTGAATCGATCGAAGATCACAGCTCTCTCTCCGCCGTCAACG
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ACGAAGTGAGGAAGAAA*TTGAGACGACGAC
CC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 4

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GGAGATCGGAAGCCATGGCGGATTTGGAAGATGTTCAGACCGTGGATCTCATGTCCGAAC
TCCTCCGCCGTCTCAAATGTTCACAGAAACCTGACAAACGCCTCATCTTCATAGGACCTC
CAGGGTCAGGGAAAGGTACACAATCTCCAATAGTGAAGGATGAGTTTTGCTTGTGTCATT
TATCCACTGGAGACATGTTAAGAGCTGCTGTTGCTTCTAAAACCCCTCTTGGTCTCAAAG
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AAGTTCTAAACTTTGCTATCGATGACTCAGTCCTGGAGGAAAGAATAACCGGGAGATGGA
TCCACCCATCGAGTGGCAGGAGCTACCACACCAAATTTGCGCCTCCTAAAACCCCTGGAG
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AGGTCAAGACTTGCAGCTTTCCACACTCAAACTGAA*CCGGTGATCGACTACTACGCAAA
GAAGGCCGTTCTTACAAACATCCACGCCGAGAAGGCTCCACAAGAAGTAACGTCAGAGGT
TCAGAAAGCATTGTCCTGATGATGAAAGAAAGACTGCTCAAAAGCAGTCATCTCCTCTGG
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TGCGGAATGACAGTTTTTTTCTAGTCTTTTACGCTTTTTACCTTTTCGACTAACTTTAAA
CTTCGGGAGAATAATGTATGCTTCCGACCGTAACTGTCTTGATTATTATCTGCTGTTTCC
TGTCTGACAGCATGAGCTGTTTCCTTTTGCTTTGTTCTCTTAACATTCCTCTCTATATAT
CAAATCAATAAACAACTTTGATAGGGAGCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV18TF U 1
AF RR1GB18TF U 1
AF RR1GB18JQ C 256
AF RR1GV18JQ C 569
BS 1 636 RR1GB18TF
BS 637 637 RR1GB18JQ
BS 638 663 RR1GB18TF
BS 664 664 RR1GB18JQ
BS 665 694 RR1GB18TF
BS 695 695 RR1GB18JQ
BS 696 762 RR1GB18TF
BS 763 798 RR1GB18JQ
BS 799 799 RR1GV18JQ
BS 800 1050 RR1GB18JQ

RD RR1GV18TF 289 0 0
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TCCTCCGCCGTCTCAAATGTTCACAGAAACCTGACAAACGCCTCATCTTCATAGGACCTC
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TATCCACTGGAGACATGTTAAGAGCTGCTGTTGCTTCTAAAACCCCTCTTGGTCTCAAAG
CCAAAGAAGCTATGGACACGGGAGCGCTTGTCACTGATGAATTGGT
GTG

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DS 

RD RR1GB18TF 762 0 0
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TCCTCCGCCGTCTCAAATGTTCACAGAAACCTGACAAACGCCTCATCTTCATAGGACCTC
CAGGGTCAGGGAAAGGTACACAATCTCCAATAGTGAAGGATGAGTTTTGCTTGTGTCATT
TATCCACTGGAGACATGTTAAGAGCTGCTGTTGCTTCTAAAACCCCTCTTGGTCTCAAAG
CCAAAGAAGCTATGGACACGGGAGCGCTTGTCACTGATGAATTGGTTGTTGGTATAATTG
ATGAAGCCATGAACAAGCCAAAATGTCAGAAAGGTTTTATCCTTGATGGGTTTCCCAGGA
TTGTTGCTCAGGCTGAGAAGCTAGATGAGATGCTTAAGAAGCGTGGAACTGGAATCGACA
AAGTTCTAAACTTTGCTATCGATGACTCAGTCCTGGAGGAAAGAATAACCGGGAGATGGA
TCCACCCATCGAGTGGCAGGAGCTACCACACCAAATTTGCGCCTCCTAAAACCCCTGGAG
TTTGATGATGTTACCGGAGAGCCTCTGACCCAACGGAAAGATGACAATGCTGAGGTTCTA
AGGTCAAGACTTGCAGCTTTCCACACTCAAACTGAAACCGGTGATCGACTACTACGCAAA
GAAAGCCGTTCTTACAAACATCCACGCCGAGAAG*CTCCACAAGAAGTAACGTCAGAGGT
TCAGAAAGCATTGTCCTGATGATGAAAGAAAGACTGCTCAAA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1GB18JQ 795 0 0
ACACGGGAGCGCTTGTCACTGATGAATTGGTTGTTGGTATAATTGATGAAGCCATGAACA
AGCCAAAATGTCAGAAAGGTTTTATCCTTGATGGGTTTCCCAGGATTGTTGCTCAGGCTG
AGAAGCTAGATGAGATGCTTAAGAAGCGTGGAACTGGAATCGACAAAGTTCTAAACTTTG
CTATCGATGACTCAGTCCTGGAGGAAAGAATAACCGGGAGATGGATCCACCCATCGAGTG
GCAGGAGCTACCACACCAAATTTGCGCCTCCTAAAACCCCTGGAGTT*GATGATGTTACC
GGAGAGCCTCTGACCCAACGGAAAGATGACAATGCTGAGGTTCTAAGGTCAAGACTTGCA
GCTTTCCACACTCAAACTGAA*CCGGTGATCGACTACTACGCAAAGAAGGCCGTTCTTAC
AAACATCCACGCCGAGAAGGCTCCACAAGAAGTAACGTCAGAGGTTCAGAAAGCATTGTC
CTGATGATGAAAGAAAGACTGCTCAAAAGCAGTCATCTCCTCTGGTTAAAATCCTTTTTT
TTT*CCTTCCTACAAGAGACGCACACTTCTATATATCTTCTCATCTGCGGAATGACAGTT
TTTTTCTAGTCTTTTACGCTTTTTACCTTTTCGACTAACTTTAAACTTCGGGAGAATAAT
GTATGCTTCCGACCGTAACTGTCTTGATTATTATCTGCTGTTTCCTGTCTGACAGCATGA
GCTGTTTCCTTTTGCTTTGTTCTCTTAACATTCCTCTCTATATATCAAATCAATAAACAA
CTTTGATAGGGAGCT

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1GV18JQ 461 0 0
T
CCAACGGAAAGATGACAATGCTGAGGTTCTAAGGTCAAGACTTGCAGCTTTCCACACTCA
AACTGAA*CCGGTGATCGACTACTACGCAAAGAAGGCCGTTCTTACAAACATCCACGCCG
AGAAGGCTCCACAAGAAGTAACGTCAGAGGTTCAGAAAGCATTGTCCTGATGATGAAAGA
AAGACTGCTCAAAAGCAGTCATCTCCTCTGGTTAAAATCCTTTTTTTTTTCCTTCCTACA
AGAGACGCACACTTCTATATATCTTTTCATCTGCGGAATGACAGTTTTTTTCTAGTCTTT
TACGCTTTTTACCTTTTCGACTAACTTTAAACTTCGGGAGAATAATGTATGCTTCCGACC
GTAACTGTCTTGATTATTATCTGCTGTTTCCTGTCTGACAGCATGAGCTGTTTCCTTTTG
CTTTGTTCTCTTAACATTCCTCTCTATATATCAAATCAAT

QA 2 461 2 461
DS 



AS 1 4

CO CL2636Contig1 1004 4 8 U
GTCTCATAATATATTTCATAATCAAAGGTTTGGACATAACAAAAGATATAGAGAAGAATA
AGTATGAAATAAGCTTGGTGCTAAAGCAACATGTTTGTTTAAATTTGATAGTCGAAAGCG
TCATAAGGGTTTGCAGTACCAGCCCTGTAGTGACAAGCTTGGCACTCAAACATAGGCTGA
GCAGAATGATCAGCGGTCACAATATCATGCCTTAAACTGCTGTGACTTGAGCAATAGGGT
TTATTGCAGAACCTGCACTTCGGAAGCACAAGCCAGCATTCAAGACACAGACTATCGCCA
CCGCAGGCTGCCTCTTGAATATCGGTGTCTGATCCTAGGCACACCGAACACTCCGTGCAT
CTAGGGACGCAGAACCAGCATCCCCTGCACTTTCGTTCGTGCCTTCTCCCACGGTTGCAT
GACGCTCTTGAGCAAGAGGGAATCATCATGACTTGGTCGCATTTGGGACAGACCTCGACA
TCTACGGCTCCCTCGTGAGGAAGGTGAGTGGAGAGTGCTGAGAGATGGTCTTTAGTGAAG
CGGTGGACGCCGTTGATGTGAAGTGTCTCCATCTTTGTTAAGCTTTCAACGCATCCAATG
ATTCCTTCTGGAGTCAGTTCAGTGCATCCTGGCACAATTATCTTTCTGATGAGAGGATTA
GCGTCCACAACACGTCGAAGCCCTT*GTCGGTGATCCTAAGACAGTGTCGGAGGATCAGA
GTGTTTAATTTTCCGGCGGATTTGGTAGTGATCTCCCATAGAATATCATCGGTTAGACGA
GAGCTTAGTGGTTGTTCAACAACGATCTTTGTCCATAACGCAGTTTCGTCTCTGATCGCG
TCTCTTAAGGACCGTGAAACGCCGGTCATGGAGAGAAGCTCGAAGAGAGAGTGGAGATAA
GGAAGAACAATCAGTAAAACCTCGTGAGCTGATCTTGATGTTGGCCATTCTTCTTCTTCT
TCTTCTTTCTCCTCCGTCCTCATGTTTATCAGCTGTCGTCTGTT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DW84JQ U 3
AF RR1H185JQ U 1
AF RR1H185TF C 358
AF RR1DW84TF C 432
BS 1 133 RR1H185JQ
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RD RR1DW84JQ 517 0 0
CTCATAATATATTTCGTAATCAAAGGTTTGGACATAACAAAAGATATAGAGAAGAATAAG
TATGAAATAAGCTTGGTGCTAAAGCAACATGTTTGTTTAAATTTGGTAGTCGAAAGCGTC
ATAAGGGTTTGCAGTACCAGCCCTGTAGTGACAAGCTTGGCACTCAAACATAGGCTGAGC
AGAATGATCAGCGGTCACAATATCATGCCTTAAACTGCTGTGACTTGAGCAATAGGGTTT
ATTGCAGAACCTGCACTTCGGAAGCACAAGCCAGCATTCAAGACACAGACTATCGCCACC
GCAGGCTGCCTCTTGAATCTCGGTGTCTGATCCTAGGCACACCGAACACTCCGTGCATCT
AGGGACGCAGAACCAGCATCCCCTGCACTTTCGTTCGTGCCTTCTCCCACGGTTGCATGA
CGCTCTTGAGCAAGAGGGAATCATCATGACTTGGTCGCATTTGGGACAGACCTCGACATC
TACGGCTCCCTCGTGAGGAAGGTGAGTGGAGAGTGCT

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR1H185JQ 697 0 0
GTCTCATAATATATTTCATAATCAAAGGTTTGGACATAACAAAAGATATAGAGAAGAATA
AGTATGAAATAAGCTTGGTGCTAAAGCAACATGTTTGTTTAAATTTGATAGTCGAAAGCG
TCATAAGGGTTTGTAGTACCAGCCCTGTAGTGACAAGCTTGGCACTCAAACATAGGCTGA
GCAGAATGATCAGCGGTCACAATATCATGCCTTAGACTGCTGTGACTTGAGCAATAGGGT
TTATTGCAGAACCTGCACTTCGGAAGCACAAGCCAGCATTCAAGACACAGACTATCGCCA
CCGCAGGCTGCCTCTTGAATATCGGTGTCTGATCCTAGGCACACCGAACACTCCGTGCAT
CTAGGGACGCAGAACCAGCATCCCCTGCACTTTCGTTCGTGCCTTCTCCCACGGTTGCAT
GACGCTCTTGAGCAAGAGGGAATCATCATGACTTGGTCGCATTTGGGACAGACCTCGACA
TCTACGGCTCCCTCGTGAGGAAGGTGAGTGGAGAGTGCTGAGAGATGGTCTTTAGTGAAG
CGGTGGACGCCGTTGATGTGAAGTGTCTCCATCTTTGTTAAGCTTTCAACGCATCCAATG
ATTCCTTCTGGAGTCAGTTCAGTGCATCCTGGCACAATTATCTTTCTGATGAGAGGATTA
GCGTCCACAACACGTCGAAGCCCTT*GTCGGTGATCC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1H185TF 647 0 0
CATCTAGGGACGCAGAACCAGCATCCCCTGCACTTTCGTTCGTGC*TTCTCCCACGGTTG
CATGACGCTCTTGAGCAAGAGGGAATCATCATGACTTGGTCGCATTTGGGACAGACCTCG
ACATCTACGGCTCCCTCGTGAGGAAGGTGAGTGGAGAGTGCTGAGAGATGGTCTTTAGTG
AAGCGGTGGACGCCGTTGATGTGAAGTGTCTCCATCTTTGTTAAGCTTTCAACGCATCCA
ATGATTCCTTCTGGAGTCAGTTCAGTGCATCCTGGCACAATTATCTTTCTGATGAGAGGA
TTAGCGTCCACAACACGTCGAAGCCCTT*GTCGGTGATCCTAAGACAGTGTCGGAGGATC
AGAGTGTTTAATTTTCCGGCGGATTTGGTAGTGATCTCCCATAGAATATCATCGGTTAGA
CGAGAGCTTAGTGGTTGTTCAACAACGATCTTTGTCCATAACGCAGTTTCGTCTCTGTTC
GCGTCTCTTAAGGACCGTGAAACGCCGGTCATGGAGAGAAGCTCGAAGAGAGAGTGGAGA
TAAGGAAGAACAATCAGTAAAACCTCGTGAGCTGATCTTGATGTTGGCCATTCTTCTTCT
TCTTCTTCTTTCTCCTCCGTCCTCATGTTTATCAGCTGTCGTCTGTT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1DW84TF 573 0 0
GCAAGAGGGAATCATCATGACTTGGTCGCATTTGGGACAGACCTCGACATCTACGGCTCC
CTCGTGAGGAAGGTGAGTGGAGAGTGCTGAGAGATGGTCTTTAGTGAAGCGGTGGACGCC
GTTGATGTGAAGTGTCTCCATCTTTGTTAAGCTTTCAACGCATCCAATGATTCCTTCTGG
AGTCAGTTCAGTGCATCCTGGCACAATTATCTTTCTGATGAGAGGATTAGCGTCCACAAC
ACGTCGAAGCCCTTTGTCGGTGATCCTAAGACAGTGTCGGAGGATCAGAGTGTTTAATTT
TCCGGCGGATTTGGTAGTGATCTCCCATAGAATATCATCGGTTAGACGAGAGCTTAGTGG
TTGTTCAACAACGATCTTTGTCCATAACGCAGTTTCGTCTCTGATCGCGTCTCTTAAGGA
CCGTGAAACGCCGGTCATGGAGAGAAGCTCGAAGAGAGAGTGGAGATAAGGAAGAACAAT
CAGTAAAACCTCGTGAGCTGATCTTGATGTTGGCCATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTCTC
CTCCGTCCTCATGTTTATCAGCTGTTGTCTGTT

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 3

CO CL2637Contig1 1037 3 12 U
GGAATCTATGTATCCGCAGCATATTCCTCTGCAAATCCCTTCCTGCCTACTTTTTCTTTT
GTTGGCTTCTCTCCGAGAAAATAGGATTACTGAAACCATATGTTTGCTCTAGTTTAATCT
TCAATATTCCTTCCCGCTTCTCCATTTCCCCCCAGATGGCATTCCTTGTCCGTTCGCCAG
AGATACCTAACGTATCGACAAGAATCTTCTCCGGTTCGAGTTCGAGTGCAAGACATGAGT
TTACGAGGAGGAAGGTTACGGTTTCAGCTAGAGACATGTCTGGTGTGAAGAATCAGCAGA
AATCAAGATTGTACGTGAAGTTCTCAGCTCCGGTGGTGAAAGAAGACTGCGAGATTAGTA
CAGAGAACTACTACGTGAACATGGGTCACGCCGTTCGGTGTCTCAGAGAGGAGCTTCCTT
CCTTGTTCTACAAGGAGCCCAACTTTGACATTTACAGGGATGATATCGTGTTCAAAGACC
CTATGAATACTTTCATGGGAATTGATAATTACAAATCTGTATTATGGGCGTTACGTTTCC
ATGGAAGGATATTCTTCAGAGCACTCTGTATCGACATCGTTAGTGTTTGGCAACCAACAG
ACAACACTCTGATGATTCGATGGACTGTTCACGGGATTCCTCGTGGTCCTTGGCAGACTC
GTGGCCGGTTTGATGGCACTTCAGAGTATAAATTCGACAAGAGCGGGAAGATTTATCAAC
ATAAAGTCGATAACATCGCCGTTAACTCGCCTCCAAAGTTTCAAATGCTCAATGTTCAAG
AGCTTGTTGAAGCCATTAGCTGTACTTCCACACCAAAGCCGACATATTTTGTGTACAGAG
ATTCATCATTATGGTTGCCAGAAACATTTTAGTGTGTTGTTTATATAAGCTCTTTTGTGT
GGTTATAGATAGAGTTCAAGTGCGCTGTGCGGGTGGGCTAGTTTGGCGTGTGTAATATAG
ATAAAGAATAATGAAATAAACTCAATAAAGAAAGTGATGTATACATGAATAATGAAATAA
ACTAAGCAATGATAGAC


BQ
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AF RR1DY81TF U 19
AF RR1C907TF U 1
AF RR1DY81JQ C 417
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BS 791 1037 RR1DY81JQ

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GG
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ATAGGATTACTGAAACCATATGTTTGCTCTAGTTTAATCTTCAATATTCCTTCCCGCTTC
TCCATTTCCCCCCAGATGGCATTCCTTGTCCGTTCGCCAGAGATACCTAACGTATCGACA
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ATGGGTCACGCCGTTCGGTGTCTCAGAGAGGAGCTTCCTTCCTTGTTCTAC

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DS 

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GTTGGCTTCTCTCCGAGAAAATAGGATTACTGAAACCATATGTTTGCTCTAGTTTAATCT
TCAATATTCCTTCCCGCTTCTCCATTTCCCCCCAGATGGCATTCCTTGTCCGTTCGCCAG
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DS 

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CT
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CCCTATGAATACTTTCATGGGAATTGATAATTACAAATCTGTATTATGGGCGTTACGTTT
CCATGGAAGGATATTCTTCAGAGCACTCTGTATCGACATCGTTAGTGTTTGGCAACCAAC
AGACAACACTCTGATGATTCGATGGACTGTTCACGGGATTCCTCGTGGTCCTTGGCAGAC
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ACATAAAGTCGATAACATCGCCGTTAACTCGCCTCCAAAGTTTCAAATGCTCAATGTTCA
AGAGCTTGTTGAAGCCATTAGCTGTACTTCCACACCAAAGCCGACATATTTTGTGTACAG
AGATTCATCATTATGGTTGCCAGAAACATTTTAGTGTGTTGTTTATATAAGCTCTTTTGT
GTGGTTATAGATAGAGTTCAAGTGCGCTGTGCGGGTGGGCTAGTTTGGCGTGTGTAATAT
AGATAAAGAATAATGAAATAAACTCAATAAAGAAAGTGATGTATACATGAATAATGAAAT
AAACTAAGCAATGATAGAC

QA 3 621 3 621
DS 



AS 2 4

CO CL2638Contig1 1196 2 4 U
TCATATGCATCCATCTACAGCCGTCAACGACGACGGCTGAGAGAAACTTTTGATGGCCAC
TCGATCTTCCTCCTATAAGAAGAGACACACTAAGCGATCAATAATGCCTCCTCATTCTCC
TCAATTCCCAGTTCCTGCCTCGTCTCGCAGATTCTTCGTCACTCGGAGGAGGATCTCGAT
GATGATGATCCCTCTCGCTCTCTTCTCCGCCGCCCTTTTCCTCTTCTTTATGCCCTTCAA
CGGCTCGGGGAGATCGTCCGATTCGTTTGATCTTTCGCATACGATCCATGAAATCGAAGT
CGTTGCTGAGTTTCCTCATGATCCAAACGCGTTTACTCAGGGTCTTCTTTATGCGGGAGA
TGATACATTGTTCGAATCTACTGGTTTATACGGAGAGTCTTCAGTGAGGAAAGTGGATCT
CCTGACAGGGAAGGTTGAAGTTATCGAAAAAATGGGCGATAAGTTCTTTGGAGAGGGTTT
GACACTCCTTGGAGATAGCCTCTTTCAAGTTGCATGGCTGACGACCACCGGTTTCACATA
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ATTGGCTACCGATGGACAAGTATTGTTTGGAAGTGATGGCACTTCTACACTATACCGGGA
TGGACCCTCTAACAATGAAAGTTACTGATGAGCATGTAATCAAATATAATGGCCGTGAGG
TACGATACCTTAATGAACTCGAGTACATAAACAACGAAGTCTGGGCGAACGTGTGGCAGT
CTGATTGTATTGCTAGAATTTCTCCCAAAGGACGGATCGCTACTTGGATGGATACTTCTT
CCTGAATTAAGACAAGGATTGCTGAAATCTGGACACGGAGGTATTGATGTCTTGAATGGT
ATAGCATGGGACAGCGACAAGAAGCGCCTCTTTGTAACGGGGAAACTGTGGCCGAAGCTG
TACCAAATCAATCTAAAACCAGTAGCAGCAAAGAGCAAGCGACAAATCGCACGACAATGC
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AAAGTTTAAAAACTTAAAGAGGCAAATGTGCACCAGACATTCTTAACATTAGCAGAAAAG
TGTAGCCCGAAGGGGTCCATGACCCAAGTTGCATTTACTAGTTTTGTATCCTTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BG43TF U 1
AF RR1BG43JQ C 375
BS 1 768 RR1BG43TF
BS 769 769 RR1BG43JQ
BS 770 836 RR1BG43TF
BS 837 1196 RR1BG43JQ

RD RR1BG43TF 842 0 0
TCATATGCATCCATCTACAGCCGTCAACGACGACGGCTGAGAGAAACTTTTGATGGCCAC
TCGATCTTCCTCCTATAAGAAGAGACACACTAAGCGATCAATAATGCCTCCTCATTCTCC
TCAATTCCCAGTTCCTGCCTCGTCTCGCAGATTCTTCGTCACTCGGAGGAGGATCTCGAT
GATGATGATCCCTCTCGCTCTCTTCTCCGCCGCCCTTTTCCTCTTCTTTATGCCCTTCAA
CGGCTCGGGGAGATCGTCCGATTCGTTTGATCTTTCGCATACGATCCATGAAATCGAAGT
CGTTGCTGAGTTTCCTCATGATCCAAACGCGTTTACTCAGGGTCTTCTTTATGCGGGAGA
TGATACATTGTTCGAATCTACTGGTTTATACGGAGAGTCTTCAGTGAGGAAAGTGGATCT
CCTGACAGGGAAGGTTGAAGTTATCGAAAAAATGGGCGATAAGTTCTTTGGAGAGGGTTT
GACACTCCTTGGAGATAGCCTCTTTCAAGTTGCATGGCTGACGACCACCGGTTTCACATA
TGATCTTCGCAACTTAACCAAAGTAAAGCCATTTAAACATCATATGAAAGATGGATGGGG
ATTGGCTACCGATGGACAAGTATTGTTTGGAAGTGATGGCACTTCTACACTATACCGGGA
TGGACCCTCTAACAATGAAAGTTACTGATGAGCATGTAATCAAATATAATGGCCGTGAGG
TACGATACCTTAATGAACTCGAGTACATAAACAACGAAGTCTGGGCGA*CGTGTGGCAGT
CTGATTGTATTGCTAGAATTTCTCCCAAAGGACGGATCGCTACTTGGATGGATACT
CTCTGA

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1BG43JQ 822 0 0
AA
TCTACTGGTTTATACGGAGAGTCTTCAGTGAGGAAAGTGGATCTCCTGACAGGGAAGGTT
GAAGTTATCGAAAAAATGGGCGATAAGTTCTTTGGAGAGGGTTTGACACTCCTTGGAGAT
AGCCTCTTTCAAGTTGCATGGCTGACGACCACCGGTTTCACATATGATCTTCGCAACTTA
ACCAAAGTAAAGCCATTTAAACATCATATGAAAGATGGATGGGGATTGGCTACCGATGGA
CAAGTATTGTTTGGAAGTGATGGCACTTCTACACTATACCGG*ATGGACCCTCTAACAAT
GAAAGTTACTGATGAGCATGTAATCAAATATAATGGCCGTGAGGTACGATACCTTAATGA
ACTCGAGTACATAAACAACGAAGTCTGGGCGAACGTGTGGCAGTCTGATTGTATTGCTAG
AATTTCTCCCAA*GGACGGATCGCTACTTGGATGGATACTTCTTCCTGAATTAAGACAAG
GATTGCTGAAATCTGGACACGGAGGTATTGATGTCTTGAATGGTATAGCATGGGACAGCG
ACAAGAAGCGCCTCTTTGTAACGGGGAAACTGTGGCCGAAGCTGTACCAAATCAATCTAA
AACCAGTAGCAGCAAAGAGCAAGCGACAAATCGCACGACAATGCTTGGTATGAAAAAAAA
GAAGAAGATCTGGGTAATTGTTAGAATGTACACTGTTGTAGCGTAAAGTTTAAAAACTTA
AAGAGGCAAATGTGCACCAGACATTCTTAACATTAGCAGAAAAGTGTAGCCCGAAGGGGT
CCATGACCCAAGTTGCATTTACTAGTTTTGTATCCTTCCC

QA 3 822 3 822
DS 



CO CL2638Contig2 1182 2 4 U
TCATATGCATCCATCTACAGCCGTCAACGACGACGGCTGAGACAAACCTTTGATGGCCAC
TCGATCTTCTTCCTATAAGAAGAGACTCACTAAGCGATCAATAATGCCTCCTCATTCTCC
TCAATTCCCATTTCCTTCGTCGTCTCGCAGATTCTTCGTCACTCGGAGGAGGATCTCGAT
GATGATGATCCCTCTCGCTCTCTTCTCCGCCGCCCTCTTCCTCTTCTTTATGCCCTTCAA
CGGCTCGGGGAGATCGTCCGATTCGTTTGATCTTTCGCATACGATCCATGAAATCGAAGT
GGTCGCTGAGTTTCCTCATGATCCAAAGGCGTTTACTCAGGGACTTCTTTATGCGGGAGA
CGATACACTCTTCGAGTCTACTGGTCTATACGGAGAGTCCTCAGTCAGGAAAGTGTCTCT
TCGGACAGGAAAGGTTGAAGTTATCGAAAAAATGGGCGATAAGTTCTTTGGAGAGGGTTT
GACACTCCTTGGAGATAGCCTCTTTCAAGTTGCTTTGCTGACGACCACGGGTTTCACATA
TGATCTTCGCAACTTAACCAAAGTAAAGCTATTTAAACATCATATGAAAGATGGATGGGG
ATTGGCTACCGATGGACAAGTATTGTTTGGAAGTGATGGCACTTCTACACTATACCGGAT
GGACCCTCTAACAATGAAAGTTACTGATGAGCATGTAGTCAAATATAATGGCCGTGAGGT
ACGATACCTTAATGAACTCGAGTACATAAACAATGAAGTTTGGGCAAACGTGTGGCAGTC
TGATTGTATTGCTAGAATTTCTCCCAAGGACGGATCGCTACTTGGATGGATACTTCTTCC
TGAATTAAGACAAGGATTGCTGCGATCTGGACACGGGGGTATTGATGTCTTGAATGGTAT
AGCATGGGACAGCGACAAGAAACGTCTCTTTGTAACGGGGAAACTGTGGCCGAAGCTGTA
CCAAATCAATCTAAAACCACCAGCAGCAAAGAGCGAGAGACAAATCGCACGACAATGCTT
GATATGAAAAAAAGAAGTAGATATGGATAATTGTTAGAATGTACACTGTTGTAGCTTAAA
GTTTAAAAACTTAAGAGACCAGACATTCTTAACAATAGCAGAAAAGTGTAGCCGGAAGGG
GTCCATGACCCAAGTTGCATTTACTAGTTTTGTATCCTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EC44TF U 1
AF RR1EC44JQ C 554
BS 1 670 RR1EC44TF
BS 671 671 RR1EC44JQ
BS 672 681 RR1EC44TF
BS 682 1182 RR1EC44JQ

RD RR1EC44TF 681 0 0
TCATATGCATCCATCTACAGCCGTCAACGACGACGGCTGAGACAAACCTTTGATGGCCAC
TCGATCTTCTTCCTATAAGAAGAGACTCACTAAGCGATCAATAATGCCTCCTCATTCTCC
TCAATTCCCATTTCCTTCGTCGTCTCGCAGATTCTTCGTCACTCGGAGGAGGATCTCGAT
GATGATGATCCCTCTCGCTCTCTTCTCCGCCGCCCTCTTCCTCTTCTTTATGCCCTTCAA
CGGCTCGGGGAGATCGTCCGATTCGTTTGATCTTTCGCATACGATCCATGAAATCGAAGT
GGTCGCTGAGTTTCCTCATGATCCAAAGGCGTTTACTCAGGGACTTCTTTATGCGGGAGA
CGATACACTCTTCGAGTCTACTGGTCTATACGGAGAGTCCTCAGTCAGGAAAGTGTCTCT
TCGGACAGGAAAGGTTGAAGTTATCGAAAAAATGGGCGATAAGTTCTTTGGAGAGGGTTT
GACACTCCTTGGAGATAGCCTCTTTCAAGTTGCTTTGCTGACGACCACGGGTTTCACATA
TGATCTTCGCAACTTAACCAAAGTAAAGCTATTTAAACATCATATGAAAGATGGATGGGG
ATTGGCTACCGATGGACAAGTATTGTTTGGAAGTGATGGCACTTCTACACTATACCGGAT
GGACCCTCTA*CAATGAAAGT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1EC44JQ 629 0 0
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GGACAAGTATTGTTTGGAAGTGATGGCACTTCTACACTATACCGGATGGACCCTCTAACA
ATGAAAGTTACTGATGAGCATGTAGTCAAATATAATGGCCGTGAGGTACGATACCTTAAT
GAACTCGAGTACATAAACAATGAAGTTTGGGCAAACGTGTGGCAGTCTGATTGTATTGCT
AGAATTTCTCCCAAGGACGGATCGCTACTTGGATGGATACTTCTTCCTGAATTAAGACAA
GGATTGCTGCGATCTGGACACGGGGGTATTGATGTCTTGAATGGTATAGCATGGGACAGC
GACAAGAAACGTCTCTTTGTAACGGGGAAACTGTGGCCGAAGCTGTACCAAATCAATCTA
AAACCACCAGCAGCAAAGAGCGAGAGACAAATCGCACGACAATGCTTGATATGAAAAAAA
GAAGTAGATATGGATAATTGTTAGAATGTACACTGTTGTAGCTTAAAGTTTAAAAACTTA
AGAGACCAGACATTCTTAACAATAGCAGAAAAGTGTAGCCGGAAGGGGTCCATGACCCAA
GTTGCATTTACTAGTTTTGTATCCTTCTC

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 3

CO CL2639Contig1 1158 3 33 U
GCAAGGACGCTGGAGTCTCGGTGAAGGAAGTCGACGAGGTTCTCCTCGTCGGTGGAATGA
CGCGTGTTCCCAAAGTGCAGGAGATAGTCGCTGAGATCTTTGGTAAGAGCCCTTGCAAAG
GTGTGAACCCTGACGAAGCGGTTGCCATGGGAGCTGCTATCCAAGGTGGTATCCTCCGTG
GGGATGTCAAGGAGTTGCTTCTTTTGGATGTGACTCCTCTCTCGTTAGGTATCGAGACGC
TTGGTGGGATCTTCACGAGGTTGATCAACAGAAACACCACCATCCCCACAAAGAAGTCTC
AGGTTTTCTCCACAGCTGCAGACAACCAGATGCAAGTGGGAATCAAGGTTCTTCAGGGAG
AGCGTGAGATGGCTGCAGACAACAAGAGTCTAGGAGAGTTTGATCTCGTTGGGATCCCAC
CTGCGCCTAGAGGAATGCCACAGATCGAAGTCACCTTCGACATTGACGCAAACGGTATCG
TTACAGTCTCAGCCAAAGACAAGGCAACAGGTAAAGAGCAACAGATCACGATCAGATCAT
CAGGTGGTCTCTCAGACGACGAGATCAACAGAATGGTGAAAGAAGCTGAGCTCAACTCAC
ACAAGGATCAAGAGAAGAAGCAGCTTATTGACTTAAGGAACACGGCTGATACAACAATCT
ACAGCGTTGAGAAGAGTTTGAGCGAGTACAGAGAGAAGATTCCTGCTGAGATTGCCTCTG
AGATTGAGACTGCTGTGTCTGATCTCAGGACGGCAATGGCTGGTGAAGAGGTAGAGGACA
TCAAGGCTAAGCTTGAAGCTGCCAACAAAGCAGTGTCGAAGATTGGAGAACACATGTCCA
AGGGATCAGGTTCGTTTGGGACCTCTGGTGGTGAAGGTTCAAGCGGGACTGACCAGCAGA
CCCCTGAAGCTGAGTTTGAAGAGGCGAGCGGTTCAAAGAAATGAGTTAGGTAAACCGGTT
TGACTCGGTTTTGTTTCCAAATAAGTTGACATGCATTTATCCTTCACAAAATTGATTAAA
GTTTTCTTTTTGTATGTTAAAACGTCCTTTGTGGGGGTAATTCTTGAGATATTTGATACT
CGGATGTAGTTCTTGGTTTCTTTGTTTGGTCTTTTCTTGGAATCTATGGTTATTATCTTG
ACCGGTTAACCGGATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DG86TF U 1
AF RR1AR90TF U 44
AF RR1AR90JQ C 322
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ACAGCG

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DS 

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G
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AAGAGCCCTTGCAAAGGTGTGAACCCTGATGAAGCGGTTGCCATGGGAGCTGCTATCCAA
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AAGGTTCTTCAGGGAGAGCGTGAGATGGCTGCAGACAACAAGAGTCTAGGAGAGTTTGAT
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A

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DS 

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AGCTTATTGACTTAAGGAACACGGCTGATACAACAATTTACAGCGTTGAGAAGAGTTTGA
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TTGTTTGGTCTTTTCTTGGAATCTATGGTTATTATCTTGACCGGTTAACCGGATTTG

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 4

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TTACTCGATCTAGAGAAGCATTTCGCCTTCTACGGAGCTTATCACAACAACCACGTGAAC
ATAATCATCCACACACTATTCGTATGGCCTAACGTCTTCGCCACCCTACTTTGCCTCTAC
TGTACGCAACCGATTCTTGATCCATCTCAATTAGGGTTCATCGAAGCGTTGACCTTCGAC
AGTGCCCTACGCTTGGACATTGGTTTTATTCTCACTGTGATCTATGCTGTCTTCTACATA
TGTTTGGATAAGAATTCTGGAGTTTTAGCTGCTCTGTTATGTTTCTCTTGCTGGATCGGC
TCCAGCTTTCTCGCAGCTCGTCTAGGACATTCCTCGACCTTGAAGGTTGGAGTAGCTTCT
CAGCTCCTATGCTGGACCGGTCAGTTCCTCGGTCACGGCTTGTTTGAGAAACGAGCTCCT
GCGCTTCTAGACAATCTAGTCCAAGCTTTTCTGATGGGTCCTTTCTTCGTGTTGCTCGAG
GTGATGCAGTCTGGTTTTGGATACGAGCCATGCCCTGGATTTAAAGCACGCGTTGACTGC
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TCATATGAGGCCCAAGCCCATTAAACAATATTGTATCGTAAGTCATCGTGTGACTCGTTT
AAAGATCTCTTTACATGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1CY28TF U 92
AF RR1D873TF U 11
AF RR1CY28JQ C 1
AF RR1D873JQ C 233
BS 1 12 RR1CY28JQ
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BS 503 599 RR1D873TF
BS 600 800 RR1CY28JQ

RD RR1CY28TF 411 0 0
ACGGAGCTTATCACAACAACCACGTGAACATAATCATCCACACACTATTCGTATGGCCTA
ACGTCTTCGCCACCCTACTTTGCCTCTACTGTACGCAACCGATTCTTGATCCATCTCAAT
TAGGGTTCATCGAAGCGTTGACCTTCGACAGTGCCCTACGCTTGGACATTGGTTTTATTC
TCACTGTGATCTATGCTGTCTTCTACATATGTTTGGATAAGAATTCTGGAGTTTTAGCTG
CTCTGTTATGTTTCTCTTGCTGGATCGGCTCCAGCTTTCTCGCAGCTCGTCTAGGACATT
CCTCGACCTTGAAGGTTGGA*TAGCTTCTCAGCTCCTATGCTGGACCGGTCAGTTCCTCG
GTCACGGCTTGTTTGA*AAACGAGCTCCTGCG*TTCTAGACAATCTAGTCC

QA 1 411 1 411
DS 

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GG
ATAGAAAGCTGTCCGAAACCTTAAAAAATCATGAGCAACCGCAACGGTTTACTCGATCTA
GAGAAGCATTTCGCCTTCTACGGAGCTTATCACAACAACCACGTGAACATAATCATCCAC
ACACTATTCGTATGGCCTAACGTCTTCGCCACCCT**TTTGCCTCTACTGTACGCAACCG
ATTCTTGATCCATCTCAATTAGGGTTAATCGAAGCGTTGACCTTCGACAGTGCCCTACGC
TTGGACATTGGTTTTATTCTCACTGTGATCTATGCTGTCTTCTACATATGTTTGGATAAG
AATTCTGGAGTTTTAGCTGCTCTGTTATGTTTCTCTTGCTGGATCGGCTCCAGCTTTCTC
GCAGCTCGTCTAGGACATTCCTCGACCTTGAAGGTTGGAGTAGCTTCTCAGCTCCTATGC
TGGACCGGTCAGTTCCTCGGTCACGGCTTGTTTGAGAAACGAGCTCCTGCGCTTCTAGAC
AATCTAGTCCAAGCTTTTCTGATGGGTCCTTTCTTCGTGTTGCTCGAGGTGATGCAGTCT
GGTTTTGGATACGAGCCATGCCCTGGATTTAAAGCACGCGTTGACTG

QA 3 589 3 589
DS 

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TTACTCGATCTAGAGAAGCATTTCGCCTTCTACGGAGCTTATCACAACAACCACGTGAAC
ATAATCATCCACACACTATTCGTATGGCCTAACGTCTTCGCCACCCTACTTTGCCTCTAC
TGTACGCAACCGATTCTTGATCCATCTCAATTAGGGTTCATCGAAGCGTTGACCTTCGAC
AGTGCCCTACGCTTGGACATTGGTTTTATTCTCACTGTGATCTATGCTGTCTTCTACATA
TGTTTGGATAAGAATTCTGGAGTTTTAGCTGCTCTGTTATGTTTCTCTTGCTGGATCGGC
TCCAGCTTTCTCGCAGCTCGTCTAGGACATTCCTCGACCTTGAAGGTTGGAGTAGCTTTT
CAGCTCCTATGCTGGACCGGTCAGTTCCTCGGTCACGGCTTGTTTGAGAAACGAGCTCCT
GCGCTTCTAGACAATCTAGTCCAAGCTTTTCTGATGGGTCCTTT*TTCGTGTTGCTCGAG
GTGATGCAGTCTGGTTTTGGATACGAGCCATGCCCTGGATTTAAAGCACGCGTTGACTGC
AGGATAGAGAATGATATCAAGGAATGGAGAGAAGAGAAACAGAACAAGAAGAAGCTCTCA
TAGATATACAGAAAAAAGGGTTTCACAGTGGTTGTTAAAGAAAGTAAATGATGTGTAGAC
TCATATGAGGCCCAAGCCCATTAAACAATATTGTATCGTAAGTCATCGTGTGACTCGTTT
AAAGATCTCTTTACATGACT

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DS 

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TCTACATATGTTTGGATAAGAATTCTGGAGTTTTAGCTGCTCTGTTATGTTTCTCTTGCT
GGATCGGCTCCAGCTTTCTCGCAGCTCGTCTAGGACATTCCTCGACCTTGAAGGTTGGAG
TAGCTTTTCAGCTCCTATGCTGGACCGGTCAGTTCCTCGGTCACGGCTTGTTTGAGAAAC
GAGCTCCTGCGCTTCTAGACAATCTAGTCCAAGCTTTTCTGATGGGTCCTTTCTTCGTGT
TGCTCGAGGTGATGCAGTCTGGTTTTGGATACGAGCCATGCCCTGGATTTAAAGCACGCG
TTGACTGCAGGATAGAGAATGATATCAAGGAATGGAGAGAAGAGAAACAGAACAAGAAGA
AGCTCTCATAGATATACAGAAAAAAGGGTTTCACAGTGGTTGTTAAAGAAAGTAAATGAT
GTGTAGACTCATATGAGGCCCAAGCCCATTAAACAATATTGTATCGTAAGTCATCGTGTG
ACTCGTTTAAAGATCTCTTTACATGAC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 4

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TTATCTATGCTTCTTATACTCTCTGTGTGGAATCAATTAGATTTATGATAATGTGATATC
GAATTCACGCTTTGAATCTGTGTTCGCTGGGATCTTCTTATTCAAAGTTTCACGTTTGAC
TTTTC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 10 10 10 10 

AF RR1DQ94JQ C 1
AF RR1B662TF U 1
AF RR1DQ94TF U 1
AF RR1B662JQ C 1
BS 1 540 RR1B662TF
BS 541 545 RR1B662JQ

RD RR1DQ94JQ 540 0 0
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CATCTCTTCCAGCTCCTTAGCCCTGTCTGATCCTCCTACTTCTTCATCATCATCCTCAAA
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TTATCTATGCTTCTTATACTCTCTGTGTGGAATCAATTAGATTTATGATAATGTGATATC
GAATTCACGCTTTGAATCTGTGTTCGCTGGGATCTTCTTATTCAAAGTTTCACGTTTGAC

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1B662TF 545 0 0
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CATCTCTTCCAGCTCCTTAGCCCTGTCTGATCCTCCTACTTCTTCATCATCATCCTCAAA
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TTATCTATGCTTCTTATACTCTCTGTGTGGAATCAATTAGATTTATGATAATGTGATATC
GAATTCACGCTTTGAATCTGTGTTCGCTGGGATCTTCTTATTCAAAGTTTCACGTTTGAC
TTTTC

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1DQ94TF 540 0 0
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TCCAAGATGGAGCTCCTCAAGGAATGGACCAATTGGTCTCTGAAGAAGGCCAAAGTCGCG
ACTCACTACGGATTCATCCCTCTCATCATCGTCATCGGCATGAACTCCGATCCCAAGCCC
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TTATCTATGCTTCTTATACTCTCTGTGTGGAATCAATTAGATTTATGATAATGTGATATC
GAATTCACGCTTTGAATCTGTGTTCGCTGGGATCTTCTTATTCAAAGTTTCACGTTTGAC

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1B662JQ 545 0 0
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TCCAAGATGGAGCTCCTCAAGGAATGGACCAATTGGTCTCTGAAGAAGGCCAAAGTCGCG
ACTCACTACGGATTCATCCCTCTCATCATCGTCATCGGCATGAACTCCGATCCCAAGCCC
CATCTCTTCCAGCTCCTTAGCCCTGTCTGATCCTCCTACTTCTTCATCATCATCCTCAAA
AGCAGATCAATCAATCGTTTCCGATGTTTCTCTGGTTTGGCTTCATATCTTTACGCGTAC
CTCGTCTTTGATTCGCCGGATCTTTTTTTATGTTTTTCATTAGCTATGTTCTAGAATGCT
TTATCTATGCTTCTTATACTCTCTGTGTGGAATCAATTAGATTTATGATAATGTGATATC
GAATTCACGCTTTGAATCTGTGTTCGCTGGGATCTTCTTATTCAAAGTTTCACGTTTGAC
TTTTC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 4

CO CL2642Contig1 1088 4 5 U
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TGAAGAACCAAACAGCAAGCAATGTCGCCTTTATAGGTCCAAGCCAATACACAAGTAAAT
GCTCCTGTGTTATATGCTCACCGCGTGCATAAGCCCATCCCATAACCGCTGCTGGATTCA
TGCATCCGCCGGTTAGATCAGCTCCAAGAACATGGAGACTTAATTTAGCAATGCTACCAA
TCCAAGTCTTCATGAAGAAACTTCCAGGGATCTTTCTTGCTAGTCCCATCGAGAGCATTA
CAATGAAGAATGTTAGTACCCCCTCGGTTAAAGCACCGTGATGGATCGCTACATTTAGCT
TTGGTCCTTTCCCAATCTCAGGGAAAACATGAATGATATGTTTAACCCCAAGG*ATTGAT
CCCATCACCTCAACGGGGATTCGAACCAGGACGGTGAAGATGAAACTACCGAAGCCACCG
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AGGAAAGCAAA*GACGAACATGGAGATGACGG*AGAATAGATACCGGACGATCTCGCCGG
TGGTATCTTTCCGGCTGAATCCGA**ACTCCGTGAACTAAGATGTTGACGAGAACTCCTG
CCCATGTCCACATAAAGGACAATAACAGATCAGAAGCCACTATGCTGATTCGACCCATTT
TCGATTCTAACGATGAGAATTGAGAAACAAGAAGAAGATACACAGAAGAATATAAATTAG
GAAGCTTTTGTTTATGATTCGAGATTAAAGATGAAAGAGAAGAGATCGAGATTATGATTG
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GTTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1GL47JQ U 1
AF RR1A070JQ U 153
AF RR1GL47TF C 566
AF RR1A070TF C 454
BS 1 648 RR1GL47JQ
BS 649 849 RR1A070JQ
BS 850 850 RR1A070TF
BS 851 872 RR1A070JQ
BS 873 1088 RR1A070TF

RD RR1GL47JQ 648 0 0
CACCAAAATACTCTGCAGGTTTTATTGAACTAATTGTTACAGTTGAGTTTGCTACATACA
TAAACGCATTAAGGTAAACTAATGAGAAGAGGATTGAATATGAGAGCTAAAACTCTATTA
CTCAATCAGATTTAGCCTTAGGTTTCTCTTGTTCTTCGGTGAGAGGCTTAAACACGACAT
TGAAGAACCAAACAGCAAGCAATGTCGCCTTTATAGGTCCAAGCCAATACACAAGTAAAT
GCTCCTGTGTTATATGCTCACCGCGTGCATAAGCCCATCCCATAACCGCTGCTGGATTCA
TGCATCCGCCGGTTAGATCAGCTCCAAGAACATGGAGACTTAATTTAGCAATGCTACCAA
TCCAAGTCTTCATGAAGAAACTTCCAGGGATCTTTCTTGCTAGTCCCATCGAGAGCATTA
CAATGAAGAATGTTAGTACCCCCTCGGTTAAAGCACCGTGATGGATCGCTACATTTAGCT
TTGGTCCTTTCCCAATCTCAGGGAAAACATGAATGATATGTTTAACCCCAAGG*ATTGAT
CCCATCACCTCAACGGGGATTCGAACCAGGACGGTGAAGATGAAACTACCGAAGCCACCG
GTGACACCGGCAGCCAAAGCGGTCAAAGGGTTGTAAAGTCCGCCTTTG

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1A070JQ 732 0 0
TCTTCGGTGAGAGGCTTAAACACGACATTGAAGAACCAAACAGCAAGCAATGTCGCCTTT
ATAGGTCCAAGCCAATACACAAGTAAATGCTCCTGTGTTATATGCTCACCGCGTGCATAA
GCCCATCCCATAACCGCTGCTGGATTCATGCATCCGCCGGTTAGATCAGCTCCAAGAACA
TGGAGACTTAATTTAGCAATGCTACCAATCCAAGTCTTCATGAAGAAACTTCCAGGGATC
TTTCTTGCTAGTCCCATCGAGAGCATTACAATGAAGAATGTTAGTACCCCCTCGGTTAAA
GCACCGTGATGGATCGCTACATTTAGCTTTGGTCCTTTCCCAATCTCAGGGAAAACATGA
ATGATATGTTTAACCCCAAGG*ATTGATCCCATCACCTCAACGGGGATTCGAACCAGGAC
GGTGAAGATGAAACTACCGAAGCCACCGGTGACACCGGCAGCCAAAGCGGTCAAAGGGTT
GTAAAGTCCGCCTTTGGTGAGTTTCTGAAGGAAAGCAAA*GACGAACATGGAGATGACGG
*AGAATAGATACCGGACGATCTCGCCGGTGGTATCTTTCCGGCTGAATCCGA**ACTCCG
TGAACTAAGATGTTGACGAGAACTCCTGCCCATGTCCACATAAAGGACAATAACAGATCA
GAAGCCACTATGCTGATTCGACCCATTTTCGATTCTA*CGATGAGAATTGAGAAACAAGA
GAGATACACAGA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1GL47TF 407 0 0
CCAGGACGGTGAAGATGAAACTACCGAAGCCACCGGTGACACCGGCAGCCAAAGCGGTCA
AAGGGTTGTAAAGTCCGCCTTTGGTGAGTTTCTGAAGGAAAGCAAA*GACGAACATGGAG
ATGACGG*AGAATAGATACCGGACGATCTCGCCGGTGGTATCTTTCCGGCTGAATCCGAG
TACTCCGTGAATTAAGATGTTGACGAGAACTCCTGCCCATGTCCACATAAAGGACAATAC
CAGATCAGAAGCCACTATGATGATTCGACCCATTTTCGATTCTAACGATGAGAATTGAGA
AACAAGAAGAAGATACACAGAAGAATATAAATTAGGAAGCTTTTGTTTATGATTCGAGAT
TAAAGATGAAAGAGAAGAGATCGAGATTATGATTGGTTATTAGCGGT

QA 1 407 1 407
DS 

RD RR1A070TF 635 0 0
GCA
CGTGATGGATCGCTACATTTAGCTTTGGTC*TTTCCCAATCTCAGGGAAA*CATGAATGA
TATGTTTAACCCCAAGGGATTGATCCCATCAC*TCAACGGGGATTCGAACCAGGACGGTG
AAGATGAAACTACCGAAGCCACCGGTGACACCGGCAGCCAAAGCGGTCAAAGGGTTGTAA
AGTCCGCCTTTGGTGAGTTTCTGAAGGAAAGCAAAAGACGAACATGGAGATGACGGGAGA
ATAGATACCGGACGATCTCGCCGGTGGTATCTTTCCGGCTGAATCCGA**ACTCCGTGAA
CTAAGATGTTGACGAGAACTCCTGCCCATGTCCACATAAAGGACAATAACAGTTCAGAAG
CCACTATGCTGATTCGACCCATTTTCGATTCTAACGATGAGAATTGAGAAACAAGAAGAA
GATACACAGAAGAATATAAATTAGGAAGCTTTTGTTTATGATTCGAGATTAAAGATGAAA
GAGAAGAGATCGAGATTATGATTGGTTATTAGCGGTTTGTGAATCTAGCATATAATTGCC
GCTAGAGACATTTGTGTATTTATAATAGGGTGGTGAGTCAGCTTCCGACAATAAAGGTTT
TGTTCTGTCTGAATCTTTGGCTTTGTTCTCTT

QA 4 635 4 635
DS 



AS 1 4

CO CL2643Contig1 591 4 5 U
CGCGTTCTCGTCTTCTCCGTCACACATTGATTTTGTTTTCACTGCTTATCTCAACTTCTC
ATCATCATGGGCTTAAAGGAGGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACC
ACGAAACCATCTGACGCTGACTTGCTCATCCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTC
GGGCCAGTGGACACCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGAT
GCTTGGAAGGCCGTTGAAGCAAAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACCAAG
GCGAAGCAACTTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGAT
TCACCAAAAGCTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTT
GTTCTTGTTGCTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACTTTCG
TCTTGATTTTAAAAAAAAAATCCTATGTTTTTTTTTTCTTTTTTGACAAAGAAAATTCTA
TGGTTTCTGAAGATTCCTGATGCATAATTAAAACCATTATCTGTGTGTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ57TF U 20
AF RR1DM35TF U 1
AF RR1DN80JQ C 17
AF RR1DN80TF U 17
BS 1 491 RR1DM35TF
BS 492 492 RR1DN80TF
BS 493 516 RR1DM35TF
BS 517 517 RR1DN80TF
BS 518 591 RR1DM35TF

RD RR1DJ57TF 468 0 0
GG
ACACATTGATTTTGTTTTCACTGCTTATCTCAACTTCTCATCATCATGGGCTTAAAGGAG
GACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAAACCATCTGACGCTGAC
TTGCTCATCCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCCAGTGGACACCAGCCGT
CCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAGGCCGTTGAAGCA
AAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACCAAGGCGAAGCAACTTCTGGAAGCT
GAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACCAAAAGCTCCACTGCAA
TAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCTTGTTGCTTCTTGTGTT
TCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACTTTCGTCTTGAT

QA 3 468 3 468
DS 

RD RR1DM35TF 591 0 0
CGCGTTCTCGTCTTCTCCGTCACACATTGATTTTGTTTTCACTGCTTATCTCAACTTCTC
ATCATCATGGGCTTAAAGGAGGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACC
ACGAAACCATCTGACGCTGACTTGCTCATCCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTC
GGGCCAGTGGACACCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGAT
GCTTGGAAGGCCGTTGAAGCAAAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACCAAG
GCGAAGCAACTTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGAT
TCACCAAAAGCTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTT
GTTCTTGTTGCTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACTTTCG
TCTTGATTTTAGAAAAAAAATCCTATGTTTTTTTTT*CTTTTTTGACAAAGAAAATTCTA
TGGTTTCTGAAGATTCCTGATGCATAATTAAAACCATTATCTGTGTGTGAA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1DN80JQ 553 0 0
GGGTC
ACACATTGATTTTGTTTTCACTGCTTATCTCAACTTCTCATCATCATGGGCTTAAAGGAG
GACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAAACCATCTGACGCTGAC
TTGCTCATCCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCCAGTGGACACCAGCCGT
CCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAGGCCGTTGAAGCA
AAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACCAAGGCGAAGCAACTTCTGGAAGCT
GAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACCAAAAGCTCCACTGCAA
TAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCTTGTTGCTTCTTGTGTT
TCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACTTTCGTCTTGATTTTAAAAAAAAAAT
CCTATGTTTTTTTTTTCTTTTTTGACAAAGAAAATTCTATGGTTTCTGAAGATTCCTGAT
GCATAATT

QA 6 553 6 553
DS 

RD RR1DN80TF 553 0 0
GGGTC
ACACATTGATTTTGTTTTCACTGCTTATCTCAACTTCTCATCATCATGGGCTTAAAGGAG
GACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAAACCATCTGACGCTGAC
TTGCTCATCCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCCAGTGGACACCAGCCGT
CCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAGGCCGTTGAAGCA
AAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACCAAGGCGAAGCAACTTCTGGAAGCT
GAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACCAAAAGCTCCACTGCAA
TAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCTTGTTGCTTCTTGTGTT
TCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACTTTCGTCTTGATTTTAAAAAAAAAAT
CCTATGTTTTTTTTTTCTTTTTTGACAAAGAAAATTCTATGGTTTCTGAAGATTCCTGAT
GCATAATT

QA 6 553 6 553
DS 



AS 1 4

CO CL2644Contig1 662 4 8 U
GGAGAGAAGAAAACACACAACACATACCATATTGAAGCTTTTCACAGAAACTTCAGAAGA
GCTTAAAACAGAATGGGAACAGCTACTTTTATAGATATTCTTCTTGCTATCCTCTTGCCT
CCTCTTGGCGTCTTTCTCAGATATGGTTGCGGGGTTGAGTTTTGGATATGTTTGGTTTTG
ACGCTGCTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTCACCAAATGATCA
TTCACCTCCATCTACCCTCTCTTCTTGTATCTTCATCTCTTTGAACTGCTGGTTCGTCGT
GTTTTCATCTCGTTGTGTGACTGATTCATCTTTTCTTTCATCAGGGGTTTATCGCTGTTG
TGTTTGCATTGTTATATAATTTCTCTTAATCCTTCTTTTGCGTGAAGAGCTTGTTTATTC
GATTCTTTAATTAGTATTTACTAGAAAACTATGTTTGCCTTGGTGGGTCTCATAGGACCA
CCATGAAATATTTGAACCTTACGTTATAAGCCCATCATCACACGCATTACTTCGTGGCAC
CATCTGCGATACCCACGAGGCACACCGAACAGAGCATCCACCCACCGGTTGTTATTATCT
GATAGCACGATTTTGATATATACCAACTCAAATAAACTTAATTAAAATAATCCACTTGAA
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1E433JQ C 17
AF RR1E433TF U 17
AF RR1GR84TF U 1
AF RR1GR84JQ C 300
BS 1 61 RR1GR84TF
BS 62 64 RR1E433TF
BS 65 289 RR1GR84TF
BS 290 290 RR1E433TF
BS 291 457 RR1GR84TF
BS 458 458 RR1E433TF
BS 459 582 RR1GR84TF
BS 583 662 RR1GR84JQ

RD RR1E433JQ 497 0 0
GG
AACACATACCATATTGAAGCTTTTCACAGAAACTTCAGAAGAGCTTAAAACAGAATGGGA
ACAGCTACTTTTATAGATATTCTTCTTGCTATCCTCTTGCCTCCTCTTGGCGTCTTTCTC
AGATATGGTTGCGGGGTTGAGTTTTGGATATGTTTGGTTTTGACGCTGCTTGGGTATCTT
CCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTCACCAAATGATCATTCACCTCCATCTACCCT
CTCTTCTTGTATCTTCATCTCTTTGAACTGCTGGTTCGTCGTGTTT*CATCTCGTTGTGT
GACTGATTCATCTTTTCTTTCATCAGGGGTTTATCGCTGTTGTGTTTGCATTGTTATATA
ATTTCTCTTAATCCTTCTTTTGCGTGAAGAGCTTGTTTATTCGATTCTTTAATTAGTATT
TACTAGAAAACTATGTTTGCCTTGGTGGGTCTCATAGGACCACCATGAAATATTTGAACC
TTACGTTATAAGCCC

QA 3 497 3 497
DS 

RD RR1E433TF 497 0 0
GG
AACACATACCATATTGAAGCTTTTCACAGAAACTTCAGAAGAGCTTAAAACAGAATGGGA
ACAGCTACTTTTATAGATATTCTTCTTGCTATCCTCTTGCCTCCTCTTGGCGTCTTTCTC
AGATATGGTTGCGGGGTTGAGTTTTGGATATGTTTGGTTTTGACGCTGCTTGGGTATCTT
CCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTCACCAAATGATCATTCACCTCCATCTACCCT
CTCTTCTTGTATCTTCATCTCTTTGAACTGCTGGTTCGTCGTGTTT*CATCTCGTTGTGT
GACTGATTCATCTTTTCTTTCATCAGGGGTTTATCGCTGTTGTGTTTGCATTGTTATATA
ATTTCTCTTAATCCTTCTTTTGCGTGAAGAGCTTGTTTATTCGATTCTTTAATTAGTATT
TACTAGAAAACTATGTTTGCCTTGGTGGGTCTCATAGGACCACCATGAAATATTTGAACC
TTACGTTATAAGCCC

QA 3 497 3 497
DS 

RD RR1GR84TF 582 0 0
GGAGAGAAGAAAACACACAACACATACCATATTGAAGCTTTTCACAGAAACTTCAGAAGA
GAAGAAAACAGAATGGGAACAGCTACTTTTATAGATATTCTTCTTGCTATCCTCTTGCCT
CCTCTTGGCGTCTTTCTCAGATATGGTTGCGGGGTTGAGTTTTGGATATGTTTGGTTTTG
ACGCTGCTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTCACCAAATGATCA
TTCACCTCCATCTACCCTCTCTTCTTGTATCTTCATCTCTTTGAACTGCCGGTTCGTCGT
GTTTTCATCTCGTTGTGTGACTGATTCATCTTTTCTTTCATCAGGGGTTTATCGCTGTTG
TGTTTGCATTGTTATATAATTTCTCTTAATCCTTCTTTTGCGTGAAGAGCTTGTTTATTC
GATTCTTTAATTAGTATTTACTAGAAAACTATGTTTGGCTTGGTGGGTCTCATAGGACCA
CCATGAAATATTTGAACCTTACGTTATAAGCCCATCATCACACGCATTACTTCGTGGCAC
CATCTGCGATACCCACGAGGCACACCGAACAGAGCATCCACC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1GR84JQ 363 0 0
TGT
TTTCATCTCGTTGTGTGACTGATTCATCTTTTCTTTCATCAGGGGTTTATCGCTGTTGTG
TTTGCATTGTTATATAATTTCTCTTAATCCTTCTTTTGCGTGAAGAGCTTGTTTATTCGA
TTCTTTAATTAGTATTTACTAGAAAACTATGTTTGGCTTGGTGGGTCTCATAGGACCACC
ATGAAATATTTGAACCTTACGTTATAAGCCCATCATCACACGCATTACTTCGTGGCACCA
TCTGCGATACCCACGAGGCACACCGAACAGAGCATCCACCCACCGGTTGTTATTATCTGA
TAGCACGATTTTGATATATACCAACTCAAATAAACTTAATTAAAATAATCCACTTGAACC

QA 4 363 4 363
DS 



AS 1 3

CO CL2645Contig1 1153 3 6 U
GAGAGGAGATGATATAAGGATCATGGTTTTTTTTCCCAATCTTGCTATAGACACACAAAC
AAAGGTTCTTAAACAAACATTCATATCTTTGTTTGTATTCATTACATAGTAAACATTCTT
GATGCTCACTCTTTTTTTTTATATTGAACAGCAGCAGGCAGCTTCTTCAGAAGCATTATC
TTTGTTTCTACATATTTTGGAAAAATCTCCAGCTTCTCAGATTTGGATTTCACTTGTTCG
CACACAATCAATGCATAATTTCTACCACCATCATGAATAACTCTAAGATTGTTATCCTTG
CTTTGTAGAGCGAACCTTTTGACGCAAATGTTCTATACTTTCATGGAGAGAACACCTGCT
TTCGACATTGATAATTTTACAGAAGCCATTACAATATCCCCTCCCTTTCTAACTGAAGCT
GAAGTGATCTGCACCATAAATGTTGCCTTTTCAAGGTCTACTTCAAAAGAATACAACTTC
TTGTGTGACGTTGAGCGTAGTGCTTGTTATGTTCAGCTTTGTCTCAAAATCTTCCTTGTC
GATTTCTCTATGTCCATGTCAGCCTCTACTTTTCCTTTCTCCTTGTGGTGCCATGTAAAC
AGGTTCCTCAACCATGAGGTTTATTAAGATGTTGCGGACTCCCATTTGATGTTTCCACTG
AAATTCTTCAATAAACAGTTGCTGCTAGTGTAATAGAAATATGAAGAGTAAGGAGTGATA
GGAACTACAAACTTAATAAAGGCATGTTATGAGGAAAAAATGGTCGAAAAAGAATGTATT
AACTTATTCAATAAGCCATGAAACTATTGTTCATACGATCCTTTATAAGCTGGTGAAGTT
TGCACCTCTGTGGCATCGCGAAGAAGAGCTAACATGCCAGCCTGAGAAGCAAGAAGGAGC
ATGTCGACTCCCATAAGCTCTCCACCACGCCGGACGTTACTGGCCTCCCAAAATCGGAGC
AGGCGAACCTGAACGGAGGAGGAAGAACGGCCAGTCTTTTTATAGTAGAGCCTCCACCGC
CTTTCACTCTCCAGGATCGCATTGAATATGGAGATCGTGTATGATTGATTAAGGAGAGCT
TTATGAGGGGGAATCGTTACTGCTTCAGTCACACCGGATGAAGAAGTCGAAAGAGCAATC
GATGGGGAAACCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DO40JQ U 1
AF RR1GA53JQ U 1
AF RR1GA53TF C 552
BS 1 308 RR1DO40JQ
BS 309 309 RR1GA53JQ
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QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1GA53JQ 680 0 0
A
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TTGTTTCTACATATTTTGGAAAAATCTCCAGCTTCTCAGATTTGGATTTCACTTGTTCGC
ACACAATCAATGCATAATTTCTACCACCATCATGAATAACTCTAAGATTGTTATCCTTGC
TTTGTAGAGCGAACCTTTTGACGCAAATGTTCTATACTTTCATGGAGAGAACACCTGCTT
TCGACATTGATAATTTTACAGAAGCCATTACAATATCCCCTCCCTTTCTAACTGAAGCTG
AAGTGATCTGCACCATAAATGTTGCCTTTTCAAGGTCTACTTCAAAAGAATACAACTTCT
TGTGTGACGTTGAGCGTAGTGCTTGTTATGTTCAGCTTTGTCTCAAAATCTTCCTTGTCG
ATTTCTCTATGTCCATGTCAGCCTCTACTTTTCCTTTCTCCTTGTGGTGCCATGTAAACA
GGTTCCTCAACCATGAGGTTTATTAAGATGTTGCGGACTCCCATTTGATGTTTCCACTGA
AATTCTTCAATAAACAGT
T

QA 2 679 2 679
DS 

RD RR1GA53TF 602 0 0
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CTTAATAAAGGCATGTTATGAGGAAAAAATGGTCGAAAAAGAATGTATTAACTTATTCAA
TAAGCCATGAAACTATTGTTCATACGATCCTTTATAAGCTGGTGAAGTTTGCACCTCTGT
GGCATCGCGAAGAAGAGCTAACATGCCAGCCTGAGAAGCAAGAAGGAGCATGTCGACTCC
CATAAGCTCTCCACCACGCCGGACGTTACTGGCCTCCCAAAATCGGAGCAGGCGAACCTG
AACGGAGGAGGAAGAACGGCCAGTCTTTTTATAGTAGAGCCTCCACCGCCTTTCACTCTC
CAGGATCGCATTGAATATGGAGATCGTGTATGATTGATTAAGGAGAGCTTTATGAGGGGG
AATCGTTACTGCTTCAGTCACACCGGATGAAGAAGTCGAAAGAGCAATCGATGGGGAAAC
CC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 4

CO CL2646Contig1 559 4 9 U
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ATTGCATGCTTGTCTCTCTCCTTCTTCTCGTTCTCGTGCTTTCCGATATGGATACAGCCA
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TGGACTTGTTGGGCGCTATACCTCCGCCCCCTCCATCGTCGGATTGCGACAAAAAAGACG
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TGAAAAAA*TATTTTCATAAGTTGTCACCATAAATTTAATTCTGAAAATTTCTTGCAAAA
TAAAAGATATTATGATGATATGTTGTTACAAGTTTTAAGCTATTGTAAGACTGCTTTATT
TAAATTTCCTTATAAATTA


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1F873TF U 1
AF RR1C529JQ C 5
AF RR1C529TF U 5
AF RR1ET80TF U 44
BS 1 325 RR1F873TF
BS 326 326 RR1C529TF
BS 327 428 RR1F873TF
BS 429 429 RR1C529TF
BS 430 437 RR1F873TF
BS 438 438 RR1C529TF
BS 439 518 RR1F873TF
BS 519 558 RR1C529TF
BS 559 559 RR1ET80TF

RD RR1F873TF 518 0 0
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ATTGCATGCTTGTCTCTCTCCTTCTTCTCGTTCTCGTGCTTTCCGATATGGATACAGCCA
TGGGTGAACCAAATCAGCTCCGCAACCGCAAACTTATTTCGTTCTCTCTCTCGAGATTCG
AGGAACAATTCCCGAAGCTGAAGGGATTGATTGAAAAGCGCGAATGGGTGAAAAAGCCCC
TGGACTTGTTGGGCGCTATACCTCCGCCCCCTCCATCGTCGGATTGCGACAAAAAAGACG
ACGCATGTAAAAGGTTATTGGAATT*GGAAAAGGCCAATGACTTGTTGAAGGCAAAATCC
CCTCCATCGCCTTAAAGGTTTTCCAAAGGCAAAAAACATATGATTCCACAAATTTCTTGA
TGAAAAAAATATTTTCACAAGTTGTCACCATAAATTTAATTCTGAAAATTTCTTGCAAAA
TAAAAGATATTATGATGATATGTTGTTACAAGTTTTAA

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1C529JQ 554 0 0
GG
ACTCATCAGTAAATTAAGAAAGAGAAAATTTTAAGATGGCATCTTCTAAAGTATATTGCA
TGCTTGTCTCTCTCCTTCTTCTCGTTCTCGTGCTTTCCGATATGGATACAGCCATGGGTG
AACCAAATCAGCTCCGCAACCGCAAACTTATTTCGTTCTCTCTCTCGAGATTCGAGGAAC
AATTCCCGAAGCTGAAGGGATTGATTGAAAAGCGCGAATGGGTGAAAAAGCCCCTGGACT
TGTTGGGCGCTATACCTCCGCCCCCTCCATCGTCGGATTGCGACAAAAAAGACGACGCAT
GTAAAAGGTTATTGGAATTTGGAAAAGGCCAATGACTTGTTGAAGGCAAAATCCCCTCCA
TCGCCTTAAAGGTTTTCCAAAGGCAAAAAACATATGATTCCACAAATTTCTTGATGAAAA
AA*TATTTTCATAAGTTGTCACCATAAATTTAATTCTGAAAATTTCTTGCAAAATAAAAG
ATATTATGATGATATGTTGTTACAAGTTTTAAGCTATTGTAAGACTGCTTTATTTAAATT
TCCTTATAAATT

QA 3 554 3 554
DS 

RD RR1C529TF 554 0 0
GG
ACTCATCAGTAAATTAAGAAAGAGAAAATTTTAAGATGGCATCTTCTAAAGTATATTGCA
TGCTTGTCTCTCTCCTTCTTCTCGTTCTCGTGCTTTCCGATATGGATACAGCCATGGGTG
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AATTCCCGAAGCTGAAGGGATTGATTGAAAAGCGCGAATGGGTGAAAAAGCCCCTGGACT
TGTTGGGCGCTATACCTCCGCCCCCTCCATCGTCGGATTGCGACAAAAAAGACGACGCAT
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ATATTATGATGATATGTTGTTACAAGTTTTAAGCTATTGTAAGACTGCTTTATTTAAATT
TCCTTATAAATT

QA 3 554 3 554
DS 

RD RR1ET80TF 516 0 0
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CGATATGGATACAGCCATGGGTGAACCAAATCAGCTCCGCAACCGCAAACTTATTTCGTT
CTCTCTCTCGAGATTCGAGGAACAATTCCCGAAGCTGAAGGGATTGATTGAAAAGCGCGA
ATGGGTGAAAAAGCCCCTGGACTTGTTGGGCGCTATACCTCCGCCCCCTCCATCGTCGGA
TTGCGACAAAAAAGACGACGCATGTAAAAGGTTATTGGAATTTGGAAAAGGCCAATGACT
TGTTGAAGGCAAAATCCCCTCCATCGCCTTAAAGGTTTTCCAAAGGCAAAAAACATATGA
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GAAAATTTCTTGCAAAATAAAAGATATTATGATGATATGTTGTTACAAGTTTTAAGCTAT
TGTAAGACTGCTTTATTTAAATTTCCTTATAAATTA

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 4

CO CL2647Contig1 1492 4 21 U
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CTCGGCGGCGGCGTTTCAGCCGGATACGCAGCTAAGGAGTTTGCTAGTCAAGGGGTTAAA
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AGCAAGGGATATTTGTTTCCTGAAGGGGCGGCTAGACTTCCAGGTTTCCATTGCTGTGTT
GGTAGTGGTGGAGAAAAACTGCTTCCTGAATCATACAAACAGAAAGGGATTGAGTTGATA
CTAAGCACAGAAATAGTGAAAGCAGATCTTGCTGCCAAGAGTCTTGTCAGCGCAGCTGGA
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GACTTTGGCGTGAAGGGTGCTGACTCAAAGAACATCCTCTATCTGAGGGAGATTGATGAT
GCTGACAAAGTGGTTGAAGCAATCAAAGCAAAGAAAGGTGGAAAGGCTGTAGTTGTTGGC
GGAGGTTACATTGGTCTTGAGCTTAGTGCAGCTTTGAGGATCAACAATTTTTGATGTCAC
TATGGTTTTCCCTGAACCTTGGTGCATGCCTAGGCTTTTCACCGCCGACATTGCTGCTTT
CTATGAGACTTACTATACAAACAA*GGGAGTGAAGATCATTAAAGGAACAGTGGCATCTG
GGTTCACTGCACATCC*AAATGGAGAGGTGAATGAAGTGCAACTCAAGGATGGAAGGTCA
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GGACAGGTCGAAGAAGACAAAGGTGGAATTAAGACCGATGCATTCTTCAAAACAAGTGTT
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AGAAGGGTCGAGCATGTTGACCATTCTCGCAAATCCGCAGAGCAAGCTGTTAAGGCGATC
AAAGCGGCTGAAGGAGGCGGTGCCGTGGAGGAATATGACTATCTCCCATTCTTCTACTCG
CGCTCGTTTGATCTCTCATGGCAGTTCTATGGAGACAACGTAGGAGACTCTGTCTTGTTT
GGAGACAGCAATCCATCAAACCCAAAACCAAGATTTGGAGCGTATTGGGTTAAAGATGGT
AAAGTGGTTGGAGCATTCATGGAAGGAGGGAGTGGTGATGAGAACAAAGCTTTGGCTAAA
GTGGCTAAAGCTAGACCTGCTGCAGAGAGCCTCGACGATCTTACCAAACAAGGCATCTCC
TTCGCCGCTAAGATTTGAGGAGAAAAAATGGAGAGTTTAACCACCCTTTTTTTTTATATT
CTGTTACAATAAAAGCAATGTGTTTAGCACGGACGTATGCTGAAATAAGTTGTGTGTTTG
AATGAGACCTGATTGGGTATTGGGAAACACTATCATTAAATAGCTTTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AU51TF U 1
AF RR1FM77TF U 252
AF RR1AU51JQ C 647
AF RR1FM77JQ C 756
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RD RR1AU51TF 828 0 0
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CTCGGCGGCGGCGTTTCAGCCGGATACGCAGCTAAGGAGTTTGCTAGTCAAGGGGTTAAA
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AGCAAGGGATATTTGTTTCCTGAAGGGGCGGCTAGACTTCCAGGTTTCCATTGCTGTGTT
GGTAGTGGTGGAGAAAAACTGCTTCCTGAATCATACAAACAGAAAGGGATTGAGTTGATA
CTAAGCACAGAAATAGTGAAAGCAGATCTTGCTGCCAAGAGTCTTGTCAGCGCAGCTGGA
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GCTGACAAAGTGGTTGAAGCAATCAAAGCAAAGAAAGGTGGAAAGGCTGTAGTTGTTGGC
GGAGGTTACATTGGTCTTGAGCTTAGTGCAGCTTTGAGGATCAACAATTTTTGATGTCAC
TATGGTTTTCCCTGAACCTTGGTGCATGCCTAGGCTTTTCACCGCCGACATTGCTGCTTT
CTATGAGACTTACTATACAAACAAAGGGAGTGAAGATCATTAAAGGAACAGTGGCATCTG
GGTTCACTGCACATCC*AAATGGAGAGGTGAATGAAGTGCAACTCAAGGATGGAAG*TCA
CTAGAAGCCGACATTGTGATAGTTGGAGTTGGTGCGAA*CCATTGACA

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1FM77TF 760 0 0
G
GAAAAACTGCTTCCTGAATCATACAAACAGAAAGGGATTGAGTTGATACTAAGCACAGAA
ATAGTGAAAGCAGATCTTGCTGCCAAGAGTCTTGTCAGCGCAGCTGGAGATGTCTTCAAA
TATGAAACTCTCATAATTGCAACTGGTTCTACTGTTCTCAGATTGACTGACTTTGGCGTG
AAGGGTGCTGACTCAAAGAACATCCTCTATCTGAGGGAGATTGATGATGCTGACAAAGTG
GTTGAAGCAATCAAAGCAAAGAAAGGTGGAAAGGCTGTAGTTGTTGGCGGAGGTTACATT
GGTCTTGAGCTTAGTGCAGCTTTGAGGATCAACAATTTT*GATGTCACTATGGTTTTCCC
TGAACCTTGGTGCATGCCTAGGCTTTTCACCGCCGACATTGCTGCTTTCTATGAGACTTA
CTATACAAACAA*GGGAGTGAAGATCATTAAAGGAACAGTGGCATCTGGGTTCACTGCAC
ATCC*AAATGGAGAGGTGAATGAAGTGCAACTCAAGGATGGAAGGTCACTAGAAGCCGAC
ATTGTGATAGTTGGAGTTGGTGCGAAACCATTGACAGCCTTATTCAAGGGACAGGTCGAA
GAAGACAAAGGTGGAATTAAGACCGATGCATTCTTCAAAACAAGTGTTCCTGATGTTTAC
GCTGTTGGTGACGTTGCCACTTTCCCCTTGAAA*TGTATGGAGACATGAGAAGG*TCGAG
CATGTTGAC*ATTCTCGCAAATCCGCAGAGCA
GCTGTTA

QA 2 753 2 753
DS 

RD RR1AU51JQ 846 0 0
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AACAGTGGCATCTGGGTTCACTGCACATCCCAAATGGAGAGGTGAATGAAGTGCAACTCA
AGGATGGAAGGTCACTAGAAGCCGACATTGTGATAGTTGGAGTTGGTGCGAAACCATTGA
CAGCCTTATTCAAGGGACAGGTCGAAGAAGACAAAGGTGGAATTAAGACCGATGCATTCT
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TGTATGGAGACATGAGAAGGGTCGAGCATGTTGACCATTCTCGCAAATCCGCAGAGCAAG
CTGTTAAGGCGATCAAAGCGGCTGAAGGAGGCGGTGCCGTGGAGGAATATGACTATCTCC
CATTTTTCTACTCGCGCTCGTTTGATCTCTCATGGCAGTTCTATGGAGACAACGTAGGAG
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GGGTTAAAGATGGTAAAGTGGTTGGAGCATTCATGGAAGGAGGGAGTGGTGATGAGAACA
AAGCTTTGGCTAAAGTGGCTAAAGCTAGACCTGCTGCAGAGAGCCTCGACGATCTTACCA
ACCAAGGCATCTCCTTCGCCGCTAAGATTTGAGGAGAAAAAATGGAGAGTTTAACCACCC
TTTTTTTTTATATTCTGTTACAATAAAAGCAATGTGTTTAGCACGGACGTATGCTGAAAT
AAGTTGTGTGTTTGAATGAGACCTGATTGGGTATTGGGAAACACTATCATTAAATAGCTT
TTTATC

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR1FM77JQ 737 0 0
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CGATGCATTCTTCAAAACAAGTGTTCCTGATGTTTACGCTGTTGGTGACGTTGCCACTTT
CCCCTTGAAAATGTATGGAGACATGAGAAGGGTCGAGCATGTTGACCATTCTCGCAAATC
CGCAGAGCAAGCTGTTAAGGCGATCAAAGCGGCTGAAGGAGGCGGTGCCGTGGAGGAATA
TGACTATCTCCCATTCTTCTACTCGCGCTCGTTTGATCTCTCATGGCAGTTCTATGGAGA
CAACGTAGGGGACTCTGTCTTGTTTGGAGACAGCAATCCATCAAACCCAAAACCAAGATT
TGGAGCGTATTGGGTTAAAGATGGTAAAGTGGTTGGAGCATTCATGGAAGGAGGGAGTGG
TGATGAGAACAAAGCTTTGGCTAAAGTGGCTAAAGCTAGACCTGCTGCAGAGAGCCTCGA
CGATCTTACCAAACAAGGCATCTCCTTCGCCGCTAAGATTTGAGGAGAAAAAATGGAGAG
TTTAACCCCCCTTTTTTTTTATATTCTGTTACAATAAAAGCAATGTGTTTAGCACGGACG
TATGCTGAAATAAGTTGTGTGTTTGAGTGAGACCTGATTGGGTATTGGGAAACACTATCA
TTAAATAGCTTTTTATC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 4

CO CL2648Contig1 1080 4 4 U
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AAGGAAACGATGAGCGTCGTTGGAAGCAAGAGCTGTATTTTCTCCCTGAAGAGTCACTTC
CGAGAAAATGCTAAATCTTCCCGGCTCAATTCGATTAACAAACCATCGATCGATCCAAGA
AGATTCCCCAGAAACCTGGGAGTTTCCTGCAAAATCTCAGGTAACGGAGCCGAGGAGAAG
AATCCAGGGAACAATGGGGTTTCTCTCAGATCCAAGAACAAGATGGAAGATTACAATACA
GCTATGAAGAGACTGATGAGGAGCCCATATGAGTATCATCATGATCTCGGAATGAATTAT
ACATTGATAAGAGAGGAACTGATCGTTGGGTCGCAGCCACAGAAGCCTGAGGACATAGAT
CACTTGAGACAAGAAGAGAATGTTGCTTACATACTTAACTTGCAACAAGACAAGGACGTT
GAGTACTGGGGAATCGATCTTGACTCCATTGTCAAAAGATGTAAAGAGCTCGGAATCCGT
CACATGAGAAGACCCGCTAAAGACTTTGATCCGCTGTCGTTAAGAAGCCAGCTTCCGAAA
GCTGTGTCTTCTCTGGAATGGGCGGTGTCAGAAGGTAAAGGGAGAGTTTACGTGCATTGC
ACAGCCGGATTGGGAAGAGCTCCTGCGGTTTCTATTGCTTATATGTATTGGTTCTGTGAC
ATGAACCTGAACACGTCTTATGACGCATTGGTGTCAAAGCGTCCATGTGGGCCTAACAAA
GGAGCTATACGTGGGGCTACATATGATCTGGCCAAGAACGATCCGTGGAAAGAGCCCTTT
GAGAATCTCCCTGAGAACGCATTCGAGGATGTTGCGGACTGGGAAAGGAAGTTGGTTCAA
GAACGTGTTCGGGCCCTCCGTGGTACCTGAAGATCTGTAGAGCTTGTATGTAATGGTTTC
GGGATAAGAAAATATACTTTTTTGTATATTGTAAAGCTCTACTTATGACTATACTTGCTA
GTTAAAATACCTTGTTGTCATGAACCCCTGTGTTACGATTACTATCAAGCCTTCGCACTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1E759TF U 1
AF RR1EV94TF U 1
AF RR1DT29TF U 163
AF RR1DT29JQ C 623
BS 1 285 RR1E759TF
BS 286 720 RR1EV94TF
BS 721 856 RR1DT29TF
BS 857 1080 RR1DT29JQ

RD RR1E759TF 285 0 0
GGAATGTCGCATCACAGTCACAGAGAAGAAGAACAACAAGTGATAGAGAGTGAGTGAGAG
AAGGAAACGATGAGCGTCGTTGGAAGCAAGAGCTGTATTTTCTCCCTGAAGAGTCACTTC
CGAGAAAATGCTAAATCTTCCCGGCTCAATTCGATTAACAAACCATCGATCGATCCAAGA
AGATTCCCCAGAAACCTGGGAGTTTCCTGCAAAATCTCAGGTAACGGAGCCGAGGAGAAG
AATCCAGGGAACAATGGGGTTTCTCTCAGATCCAAGAACAAGATG

QA 1 285 1 285
DS 

RD RR1EV94TF 720 0 0
GGAATGTCGCATCACAGTCACAGAGAAGAAGAACAACAAGTGATAGATAGTGAGTGAGAG
AAGGAAACGATGAGCGTCGTTGGAAGCAAGAGCTGTATTTTCTCCCTGAAGAGTCACTTC
CGAGAAAATGCTAAATCTTCCCGGCTCAATTCGATTAACAAACCATCGATCGATCCAAGA
AGATTCCCCAGAAACCTGGTAGTTTCCTGCAAAATCTCAGGTAACGGAGCCGAGGAGAAG
AATCCAGGGAACAATGGGGTTTCTCTCAGATCCAAGAACAAGATGGAAGATTACAATACA
GCTATGAAGAGACTGATGAGGAGCCCATATGAGTATCATCATGATCTCGGAATGAATTAT
ACATTGATAAGAGAGGAACTGATCGTTGGGTCGCAGCCACAGAAGCCTGAGGACATAGAT
CACTTGAGACAAGAAGAGAATGTTGCTTACATACTTAACTTGCAACAAGACAAGGACGTT
GAGTACTGGGGAATCGATCTTGACTCCATTGTCAAAAGATGTAAAGAGCTCGGAATCCGT
CACATGAGAAGACCCGCTAAAGACTTTGATCCGCTGTCGTTAAGAAGCCAGCTTCCGAAA
GCTGTGTCTTCTCTGGAATGGGCGGTGTCAGAAGGTAAAGGGAGAGTTTACGTGCATTGC
ACAGCCGGATTGGGAAGAGCTCCTGCGGTTTCTATTGCTTATATGTATTGGTTCTGTGAC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1DT29TF 698 0 0
G
CATCGATCGATCCAAGAAGATTCCCCAGAAACCTGGGAGTTTCCTGCAAAATCTCAGGTA
ACGGAGCCGAGGAGAAGAATCCAGGGAACAATGGGGTTTCTCTCAGATCCAAGAACAAGA
TGGAAGATTACAATACAGCTATGAAGAGACTGATGAGGAGCCCATATGAGTATCATCATG
ATCTCGGAATGAATTATACATTGATAAGAGAGGAACTGATCGTTGGGTCGCAGCCACAGA
AGCCTGAGGACATAGATCACTTGAGACAAGAAGAGAATGTTGCTTACATACTTAACTTGC
AACAAGACAAGGACGTTGAGTACTGGGGAATCGATCTTGACTCCATTGTCAAAAGATGTA
AAGAGCTCGGAATCCGTCACATGAGAAGACCCGCTAAAGACTTTGATCCGCTGTCGTTAA
GAAGCCAGCTTCCGAAAGCTGTGTCTTCTCTGGAATGGGCGGTGTCAGAAGGTAAAGGGA
GAGTTTACGTGCATTGCACAGCCGGATTGGGAAGAGCTCCTGCGGTTTCTATTGCTTATA
TGTATTGGTTCTGTGACATGAACCTGAACACGTCTTATGACGCATTGGTGTCAAAGCGTC
CATGTGGGCCTAACAAAGGAGCTATACGTGGGGCTACATATGATCTGGCCAAGAACGATC
CGTGGAAAGAGCCCTTTGAGAATCTCCCTGAGA
CGCA

QA 2 694 2 694
DS 

RD RR1DT29JQ 458 0 0
CGGTGTCAGAAGGTAAAGGGAGAGTTTACGTGCATTGCACAGCCGGATTGGGAAGAGCTC
CTGCGGTTTTTATTGCTTATATGTATTGGTTCTGTGACATGAACCTGAACACGTCTTATG
ACGCATTGGTGTCAAAGCGTCCATGTGGGCCTAACAAAGGAGCTATACGTGGGGCTACAT
ATGATCTGGCCAAGAACGATCCGTGGAAAGAGCCCTTTGAGAATCTCCCTGAGAACGCAT
TCGAGGATGTTGCGGACTGGGAAAGGAAGTTGGTTCAAGAACGTGTTCGGGCCCTCCGTG
GTACCTGAAGATCTGTAGAGCTTGTATGTAATGGTTTCGGGATAAGAAAATATACTTTTT
TGTATATTGTAAAGCTCTACTTATGACTATACTTGCTAGTTAAAATACCTTGTTGTCATG
AACCCCTGTGTTACGATTACTATCAAGCCTTCGCACTG

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 3

CO CL2649Contig1 1012 3 9 U
GCTACGCCAAGAATGTCTACCTTTTCTATAGTCAAACATACAAAACGTCTAATTCTCTTA
TACATCCGAGAAACAGAGTATCTGAAGAAAACAGAGATGCTTGCTTTGAGACATATCCTT
GAAACATAGAATCAAAGAAAGAAGATAACTTATAAGAACTCAGGAGTAGAGATACGGACA
CAATGACACATGTTTCACATACATAGAAATTCTTCTTCCATTAAAGAACTCAAATGGTAG
AAAAATGTTAAGGAAGGAAAGAAAAGTTAGTGCTATTCGCGCTCCACCCTTTTGATATGA
AAGTTTTGTGAGTAGGGAAACCCTAGTTTCATCTCCCTACCTTGGCTTCTTCTAAGGGTT
TTAAAGGTGGAGCGTGATTAGCACTACTCTCATAAACAACAGCTACATTCGCAAGAAAAT
AAAATAAATAAAAATGACAAGGATTTTTAGAAGGCTTTACTGGTCTGTCAGTTCCTCCTA
GTCTTGCGACCAGAGGAACCAGCGCCTGGAGTGCGTGCGTTAGCGTTCGAGGCGTTTTCA
TGGTTGAAATCAAGAAGAACGGTGCTTTGGCATTTAGGGCATTTAGGGTCGTCTTCTGAG
AGCATAACGTACATGAGACAACGAGGACACCCGACAAGAACCATCGAGGTTGTCTCTGGA
CTTGATGAGTATCTCACAGACGATTCGTCCTGGTTCATCTCCGAAGAGACGCATGAACTT
GGCGGCGAGGTTGGTGAAGTCGTCGCAGAGCGGCTCGGTGATCGAACCATCCTCCTTCGG
CTTGACGTAGGAGGCGAGAGGTTCAACTTAAGGTCAAGCTTTGGACTTCCACGGCTCATC
TTCTGTTTTAAATTGGATAAGCAACTGGTTCAGACAAGAAGATATCAAGTTAAAGTGAGT
TTGGTCGGAGAAAATAATACCTTGAAATCTGCGGACTGAGAAGGAGAGTTTCCTGTGATC
TCAAAGACTTTTCGTACTTACAATCACAAAGAGTCTCTCTTCTAACTGGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BK34JQ U 1
AF RR1E260JQ U 212
AF RR1E260TF C 348
BS 1 223 RR1BK34JQ
BS 224 224 RR1E260JQ
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BS 232 367 RR1BK34JQ
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BS 369 652 RR1BK34JQ
BS 653 672 RR1E260JQ
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RD RR1BK34JQ 652 0 0
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TACATCCGAGAAACAGAGTATCTGAAGAAAACAGAGATGCTTGCTTTGAGACATATCCTT
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CAATGACACATGTTTCACATACATAGAAATTCTTCTTCCATTAGAGAACTTAAATGGTAG
AAAAATGTTAAGGAAGGAAAGAAAAGTTAGTGCTATTCGCGCTCCACCCTTTTGATATGA
AAGTTTTGTGAGTAGGGAAACCCTAGTTTCATCTCCCTACCTTGGCTTCTTCTAAGGGTT
TTAAAGGGGGAGCGTGATTAGCACTACTCTCATAAACAACAGCTACATTCGCAAGAAAAT
AAAATAAATAAAAATGACAAGGATTTTTAGAAGGCTTTACTGGTCTGTCAGTTCCTCCTA
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TGGTTGAAATCAAGAAGAACGGTGCTTTGGCATTTAGGGCATTTAGGGTCGTCTTCTGAG
AGCATAACGTACATGAGACAACGAGGACACCCGACAAGAACCATCGAGGTTG

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1E260JQ 464 0 0
CT
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TATTCGCGCTCCACCCTTTTGATATGAAAGTTTTGTGAGTAGGGAAACCCTAGTTTCATC
TCCCTACCTTGGCTTCTTCTAAGGGTTTTAAAGGTGGAGCGTGATTAGCACTACTCTCAT
AAACAACAGCTACATTCGCAAGAAAATAAAATAAATAAAAATGACAAGGATTTTTAGAAG
GCTTTACTGGTCTGTCAGTTCCTCCTAGTCTTGCGACCAGAGGAACCAGCGCCTGGAGTG
CGTGCGTTAGCGTTCGAGGCGTTTTCATGGTTGAAATCAAGAAGAACGGTGCTTTGGCAT
TTAGGGCATTTAGGGTCGTCTTCTGAGAGCATAACGTACATGAGACAACGAGGACACCCG
ACAAGAACCATCGAGGTTGTCTCTGGACTTGATGAGTAT
CTC

QA 3 461 3 461
DS 

RD RR1E260TF 665 0 0
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TCAGTTCCTCCTAGTCTTGCGACCAGAGGAACCAGCGCCTGGAGTGCGTGCGTTAGCGTT
CGAGGCGTTTTCATGGTTGAAATCAAGAAGAACGGTGCTTTGGCATTTAGGGCATTTAGG
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AGTTAAAGTGAGTTTGGTCGGAGAAAATAATACCTTGAAATCTGCGGACTGAGAAGGAGA
GTTTCCTGTGATCTCAAAGACTTTTCGTACTTACAATCACAAAGAGTCTCTCTTCTAACT
GGTCC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 4

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ATAAGTATGGTTGTATGTGATTCATGTAATAATGTCCGAAGACGTATGAGTATTATCCCC
CCTAATAAAATGCATACATGTCTATGCTAATTTATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1DI92JQ C 1
AF RR1F789JQ C 101
AF RR1F789TF U 101
AF RR1DI92TF U 1
BS 1 101 RR1DI92TF
BS 102 517 RR1F789TF

RD RR1DI92JQ 517 0 0
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TCTTCTTCCTCGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCGGAGAAGATAGGAGCCGACGAGAAGTTCA
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CCACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCTAAAGGCGGTAAATGCGTGA
AGAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTACTGCAAAGACGATTAGATAT
ATATTACAAGCTAGAAATCATACACCGCTTATTATTACTGTTTAAAACGCTAAACGCAAC
CGCCCAACCCGCTATCGCAAACAAAAAAAAACTTTTTCCTATAGCGTTTTATACTTTGAT
ATAAGTATGGTTGTATGTGATTCATGTAATAATGTCCGAAGACGTATGAGTATTATCCCC
CCTAATAAAATGCATACATGTCTATGCTAATTTATCC

QA 1 517 1 517
DS 

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G
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TGCAAAGACGATTAGATATATATTACAAGCTAGAAATCATACACCGCTTATTATTACTGT
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ACGTATGAGTATTATCCCCCCTAATAAAATGCATACATGTCTATGCTAATTTATCC

QA 2 417 2 417
DS 

RD RR1F789TF 417 0 0
G
GGAGCCGACGAGAAGTTCAAATGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTAGGTCCCACGTTC
TGTAACCCTAAGTTCTTCCCCACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCT
AAAGGCGGTAAATGCGTGAAGAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTAC
TGCAAAGACGATTAGATATATATTACAAGCTAGAAATCATACACCGCTTATTATTACTGT
TTAAAACGCTAAACGCAACCGCCCAACCCGCTATCGCAAACAAAAAAAAACTTTTTCCTA
TAGCGTTTTATACTTTGATATAAGTATGGTTGTATGTGATTCATGTAATAATGTCCGAAG
ACGTATGAGTATTATCCCCCCTAATAAAATGCATACATGTCTATGCTAATTTATCC

QA 2 417 2 417
DS 

RD RR1DI92TF 517 0 0
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TCTTCTTCCTCGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCGGAGAAGATAGGAGCCGACGAGAAGTTCA
AATGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTAGGTCCCACGTTCTGTAACCCTAAGTTCTTCC
CCACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCTAAAGGCGGTAAATGCGTGA
AGAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTACTGCAAAGACGATTAGATAT
ATATTACAAGCTAGAAATCATACACCGCTTATTATTACTGTTTAAAACGCTAAACGCAAC
CGCCCAACCCGCTATCGCAAACAAAAAAAAACTTTTTCCTATAGCGTTTTATACTTTGAT
ATAAGTATGGTTGTATGTGATTCATGTAATAATGTCCGAAGACGTATGAGTATTATCCCC
CCTAATAAAATGCATACATGTCTATGCTAATTTATCC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 4

CO CL2651Contig1 930 4 10 U
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CGCTTGGTCCAAGAGAGAAGGGTCCAAACATACTATTTGCTCCAGATGGTAAAAGAATCT
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CAATGTGGGGATTAGCTTTCACCATTGAGTCTCATCTCGCAGAAAATTCCGAAACAGAGA
AACAACCTGAAAACTTTGGAATATTCACAGGACAAGTCATGACAGCTGTCAAAGACGCAT
GTAGAGCCGCCGTGCTTCAGACAAATCCACGGATCGTGGAAGCAATGTACTTCTGCGAAC
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CCGTTTCAGAAAGTTTTGGTTTTGCAGACGAGCTGAGAAAAGGAACGTCAGGTGGTGCGA
GTGCTCTGATGGTTTTGAGCCACTGGGAAATGCTCGAGGAAGATCCCTTCTTTGTTCCCA
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TCCGTTTGAAATGGTTTCGGTCCGTTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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AF RR1FQ76TF U 250
AF RR1AZ53TF U 1
AF RR1FQ76JQ C 250
AF RR1AZ53JQ C 334
BS 1 336 RR1AZ53TF
BS 337 337 RR1FQ76TF
BS 338 418 RR1AZ53TF
BS 419 419 RR1FQ76TF
BS 420 674 RR1AZ53TF
BS 675 675 RR1FQ76JQ
BS 676 717 RR1AZ53TF
BS 718 718 RR1FQ76JQ
BS 719 774 RR1AZ53TF
BS 775 930 RR1FQ76JQ

RD RR1FQ76TF 252 0 0
G
AGTCTCTGGTTTTCAGCTAGCTACAGCATCAGGACCTCTATGCGACGAACCAATGTGGGG
ATTAGCTTTCACCATTGAGTCTCATCTCGCAGAAAATTCCGAAACAGAGAAACAACCTGA
AAACTTTGGAATATTCACAGGACAAGTCATGACAGCTGTCAAAGACGCATGTAGAGCCGC
CGTGCTTCAGACAAATCCACGGATCGTGGAAGCAATGTACTTCTGCGAACTAAACACCGC
ACCGGAGTAT
C

QA 2 251 2 251
DS 

RD RR1AZ53TF 774 0 0
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CGCTTGGTCCAAGAGAGAAGGGTCCAAACATACTATTTGCTCCAGATGGTAAAAGAATCT
GCGAGGATGGGTCCATTCTTGTAAGAGGCTCTCCTCATGTCTCTCAAAGACTTGGCTTCA
CAGAAGATTCTACTGAGACACCATCTGACTCAGCATTGTACAGTGAAGCACTGACTCTCG
AGAGCAGCATAGTCTCTGGTTTTCAGCTAGCTACAGCATCAGGACCTCTATGCGACGAAC
CAATGTGGGGATTAGCTTTCACCATTGAGTCTCATC*CGCAGAAAATTCCGAAACAGAGA
AACAACCTGAAAACTTTGGAATATTCACAGGACAAGTCATGACAGCTGTCAAAGACGCCT
GTAGAGCCGCCGTGCTTCAGACAAATCCACGGATCGTGGAAGCAATGTACTTCTGCGAAC
TAAACACCGCACCGGAGTATCTTGGTGCCATGTACGCGGTTCTGAGCAGAAGACGAGCTA
GAGTTCTCAAGGAAGAAATGCAAGAAGGGTCGTCTCTGTTTACAGTCCATGCCTACGTGC
CCGTTTCAGAAAGTTTTGGTTTTGCAGACGAGCTGAGAAAAGGAACGTCAGGTGGTGCGA
GTGCTCTGATGGTTCTGAGCCACTGGGAAATGCTCGAGGAAGATCCCTTCTTTGTTCTCA
AAACGGAAGAAGAGATCGAAGAGTTTGGTGATGGAGCAAGCGTGCTTCCCAACA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1FQ76JQ 681 0 0
G
AGTCTCTGGTTTTCAGCTAGCTACAGCATCAGGACCTCTATGCGACGAACCAATGTGGGG
ATTAGCTTTCACCATTGAGTCTCATCTCGCAGAAAATTCCGAAACAGAGAAACAACCTGA
AAACTTTGGAATATTCACAGGACAAGTCATGACAGCTGTCAAAGACGCATGTAGAGCCGC
CGTGCTTCAGACAAATCCACGGATCGTGGAAGCAATGTACTTCTGCGAACTAAACACCGC
ACCGGAGTATCTTGGTGCCATGTACGCGGTTCTGAGCAGAAGACGAGCTAGAGTTCTCAA
GGAAGAAATGCAAGAAGGGTCGTCTCTGTTTACAGTCCATGCCTACGTGCCCGTTTCAGA
AAGTTTTGGTTTTGCAGACGAGCTGAGAAAAGGAACGTCAGGTGGTGCGAGTGCTCTGAT
GGTTTTGAGCCA*TGGGAAATGCTCGAGGAAGATCCCTTCTTTGTTCCCAAAACGGAAGA
AGAGATCGAAGAGTTTGGTGATGGAGCAAGCGTGCTTCCCAACACGGCGAGGAAGCTCAT
CAACGCCGTGAGACGCAGGAAAGGGTTACACGTTGAGGAGAAAGTGGTTCAACACGCCAC
TAAACAGAGAACCTTGGCTCGTAAAGTCTGAGTTTTGTACTGTTTTTTTGTCCGTTTGAA
ATGGTTTCGGTCCGTTGTTC

QA 2 681 2 681
DS 

RD RR1AZ53JQ 597 0 0
CATC
CGCAGAAAATTCCGAAACAGAGAAACAACCTGAAAACTTTGGAATATTCACAGGACAAGT
CATGACAGCTGTCAAAGACGCCTGTAGAGCCGCCGTGCTTCAGACAAATCCACGGATCGT
GGAAGCAATGTACTTTTGCGAACTAAACACCGCACCGGAGTATTTTGGTGCCATGTACGC
GGTTTTGAGCAGAAGACGAGCTAGAGTTTTCAAGGAAGAAATGCAAGAAGGGTCGTTTCT
GTTTACAGTCCATGCCTACGTGCCCGTTTCAGAAAGTTTTGGTTTTGCAGACGAGCTGAG
AAAAGGAACGTCAGGTGGTGGGAGTGCTTTGATGGTTTTGAGCCACTGGGAAATGCTCGA
GGAAGATCCCTTTTTTGTTCCCAAAACGGAAGAAGAGATCGAAGAGTTTGGTGATGGAGC
AAGCGTGCTTCCCAACACGGCGAGGAAGCTCATCAACGCCGTGAGACGCAGGAAAGGGTT
ACACGTTGAGGAGAAAGTGGTTCAACACGCCACTAAACAGAGAACCTTGGCTCGTAAAGT
TTGAGTTTTGTACTGTTTTTTTGTCCGTTTGAAATGGTTTCGGTCCGTTGTTC

QA 5 597 5 597
DS 



AS 1 3

CO CL2652Contig1 679 3 2 U
CGCAAAAGAAACTGGGTTTTAAACTTTATTATTGTCCCATTCAAAACACACATAAGATAA
AAACAAGTATGAAAACAATAATTAAAACATTGATTATTATTAGTATCTATCATTGTGACC
TCCAATACTTTGCCATTTCGAAGCCATTTTTACCATAGTGATAATCTTCAATGGTCATAT
CAATCTCAGCTTGAGTATTCATCACGAACGGACCGTACTGAACCACCGGCTCACCTATTG
GTTCTCCAGCAATTAGCACAAACCGCAATTTCTTGGAAGCTGACTTGTTCCACACGCTAA
CACCGTCATTTCCTTGTCCGAACACTAAAACATTGTGTGGTGAAACAGGGGACGCGTTTG
GTGAGCCGAAAACAGCTCCGCCTTCACCGCTTTCAAGAACGTAAGCAAACGCATTCCAAG
ATTCAGGAACGTTCTGGTGGAACTGAGCTCCTGGATCGAGAGTGAAATCGAGGAACATTG
TTGGTGTTCTTGTGTAAACAGGGGATTGAACTCCCATCGATTCTCCTGCTATTACTTTGA
CTTGAACACCGTTTTCTTCTGCTTTTGGTATGTCTGAAATCGACAGTTCTTGGTAGTTTG
GCTCTATCATTTTCTCGTTAGATGACAGATTGATCCAAAGTTGTAAACCTTTGTTAACTT
CTTCTTCAGGCATTTCAGA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BB91JQ U 1
AF RR1BB91TF C 1
AF RR1AP86JQ U 14
BS 1 319 RR1BB91JQ
BS 320 679 RR1AP86JQ

RD RR1BB91JQ 320 0 0
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TCCAATACTTTGCCATTTCGAAGCCATTTTTACCATAGTGATAATCTTCAATGGTCATAT
CAATCTCAGCTTGAGTATTCATCACGAACGGACCGTACTGAACCACCGGCTCACCTATTG
GTTCTCCAGCAATTAGCACAAACCGCAATTTCTTGGAAGCTGACTTGTTCCACACGCTAA
CACCGTCATTTCCTTGTCC
C

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR1BB91TF 320 0 0
CGCAAAAGAAACTGGGTTTTAAACTTTATTATTGTCCCATTCAAAACACACATAAGATAA
AAACAAGTATGAAAACAATAATTAAAACATTGATTATTATTAGTATCTATCATTGTGACC
TCCAATACTTTGCCATTTCGAAGCCATTTTTACCATAGTGATAATCTTCAATGGTCATAT
CAATCTCAGCTTGAGTATTCATCACGAACGGACCGTACTGAACCACCGGCTCACCTATTG
GTTCTCCAGCAATTAGCACAAACCGCAATTTCTTGGAAGCTGACTTGTTCCACACGCTAA
CACCGTCATTTCCTTGTCC
C

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR1AP86JQ 666 0 0
GGGTTTTAAACTTTATTATTGTCCCATTCAAAACACACATAAGATAAAAACAAGTATGAA
AACAATAATTAAAACATTGATTATTATTAGTATCTATCATTGTGACCTCCAATACTTTGC
CATTTCGAAGCCATTTTTACCATAGTGATAATCTTCAATGGTCATATCAATCTCAGCTTG
AGTATTCATCACGAACGGACCGTACTGAACCACCGGCTCACCTATTGGTTCTCCAGCAAT
TAACACAAACCGCAATTTCTTGGAAGCTGACTTGTTCCACACGCTAACACCGTCATTTCC
TTGTCCGAACACTAAAACATTGTGTGGTGAAACAGGGGACGCGTTTGGTGAGCCGAAAAC
AGCTCCGCCTTCACCGCTTTCAAGAACGTAAGCAAACGCATTCCAAGATTCAGGAACGTT
CTGGTGGAACTGAGCTCCTGGATCGAGAGTGAAATCGAGGAACATTGTTGGTGTTCTTGT
GTAAACAGGGGATTGAACTCCCATCGATTCTCCTGCTATTACTTTGACTTGAACACCGTT
TTCTTCTGCTTTTGGTATGTCTGAAATCGACAGTTCTTGGTAGTTTGGCTCTATCATTTT
CTCGTTAGATGACAGATTGATCCAAAGTTGTAAACCTTTGTTAACTTCTTCTTCAGGCAT
TTCAGA

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 3

CO CL2653Contig1 1025 3 2 U
GGATTCAAACAAAAGTGATACGGATCATACTATTACTAACATGTACAAAGGGTTTAAAAC
ACGCACGCACACCACAGTTTCATAATTATATATGTATTTTATCTAATATATTACACAAAC
TAATCCTCAGTTTCCTTGTCCTTCTCTTTAAACCTCTCTCTATGTACGAAACTGGAAAGG
CTCACAGGGAACACTCACGATTTTGCTTCCTTATGTTTCTCAATTCTTCTGGAAGTTCCA
GCTTCTCTTGCTAATGCTGTTCAGCAACCAGCCAAAATCGAGTAGATTTTGCCCGTATTG
TATCTTCACGAGGTAGCTTCTGTAAGGTATCAGTATGTTCTTGAGACCCGTAATGCACAT
TGTCTTATAAAAGTGAGCAACTTGAGCATCACCCCTGGTAACAAGGCGCTTGTTCGATTC
CAAACACTCAAGAAACGCCATGTCGGCTTTCAGCAACTCAGCCTGGTCATGAGTATCATA
ACCAATATCATGGCAATAACAGCAATGGTCTAACCAATCAATAGGTCTCTGATCCCAAAT
CGGTGAACCCCCATCTTTCCCACTTGACCAGTTGGGTCCACAGTAATGCCCGTATCTCGG
GAAAAGCTGCGAAAGAAACGCCCTCGGTCCCGTGTGCCACGGAACCTTTGACACATAGGG
TCTAAACCGATAAACACTAGTAGTCACAGTATTCACTCTCGATGACCTGCGAGACACGGC
ATGCCTTTTTAACCCTCTGTTTATAGTAGTGGGTTTCTGCTGCTTCCCATCACCGCCCCA
AGGAAAAACAGAACCTAGGGAGAAAGTCCATATCTTTATACCAAACAAGCTTTGCCCTTG
GTCTTGGTCTTGGTCTTGCTGTTCAAGGAGAGAAGAAGTCGTGGATGTCACGGTTTCTAC
CATGGCTACATCTTTCTTGGAGCTGTTGCTGTTAAACCAGGAGATACTCGGTAACCCAAA
GTTCATCTGAGCAGGAAAATTTACAGAGACGCTACGAGGAAGGGAAGGCACCAGCTGTTT
CGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1GZ77JQ U 24
AF RR1CR83JQ U 1
AF RR1CR83TF C 353
BS 1 763 RR1CR83JQ
BS 764 1025 RR1CR83TF

RD RR1GZ77JQ 639 0 0
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AATTATATATGTATTTTATCTAATATATTACACAAGCTAATCCTCAGTTTCCTTGTCCTT
CTCTTTAAACCTCTCTCTATGTACGAAACTGGAAAGGCTCACAGGGAACACTCACGATTT
TGCTTCCTTATGTTTCTCAATTCTTCTGGAAGTTCCAGCTTCTCTTGCTAATGCTGTTCA
GCAACCAGCCAAAATCGAGTAGATTTTGCCCGTATTGTATCTTCACGAGGTAGCTTCTGT
AAGGTATCAGTATGTTCTTGAGACCCGTAATGCACATTGTCTTATAAAAGTGAGCAACTT
GAGCATCACCCCTGGTAACAAGGCGCTTGTTCGATTCCAAACACTCAAGAAACGCCATGT
CGGCTTTCAGCAACTCAGCCTGGTCATGAGTATCATAACCAATATCATGGCAATAACAGC
AATGGTCTAACCAATCAATAGGTCTCTGATCCCAAATCGGTGAACCCCCATCTTTCCCAC
TTGACCAGTTGGGTCCACAGTAATGCCCGTATCTCGGGAAAAGCTGCGAAAGAAACGCCC
TCGGTCCCGTGTGCCACGGAACCTTTGACACATAGGGTC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1CR83JQ 763 0 0
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ACGCACGCACACCACAGTTTCATAATTATATATGTATTTTATCTAATATATTACACAAAC
TAATCCTCAGTTTCCTTGTCCTTCTCTTTAAACCTCTCTCTATGTACGAAACTGGAAAGG
CTCACAGGGAACACTCACGATTTTGCTTCCTTATGTTTCTCAATTCTTCTGGAAGTTCCA
GCTTCTCTTGCTAATGCTGTTCAGCAACCAGCCAAAATCGAGTAGATTTTGCCCGTATTG
TATCTTCACGAGGTAGCTTCTGTAAGGTATCAGTATGTTCTTGAGACCCGTAATGCACAT
TGTCTTATAAAAGTGAGCAACTTGAGCATCACCCCTGGTAACAAGGCGCTTGTTCGATTC
CAAACACTCAAGAAACGCCATGTCGGCTTTCAGCAACTCAGCCTGGTCATGAGTATCATA
ACCAATATCATGGCAATAACAGCAATGGTCTAACCAATCAATAGGTCTCTGATCCCAAAT
CGGTGAACCCCCATCTTTCCCACTTGACCAGTTGGGTCCACAGTAATGCCCGTATCTCGG
GAAAAGCTGCGAAAGAAACGCCCTCGGTCCCGTGTGCCACGGAACCTTTGACACATAGGG
TCTAAACCGATAAACACTAGTAGTCACAGTATTCACTCTCGATGACCTGCGAGACACGGC
ATGCCTTTTTAACCCTCTGTTTATAGTAGTGGGTTTCTGCTGC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1CR83TF 673 0 0
ATGCACATTGTCTTATAAAAGTGAGCAACTTGAGCATCACCCCTGGTAACAAGGCGCTTG
TTCGATTCCAAACACTCAAGAAACGCCATGTCGGCTTTCAGCAACTCAGCCTGGTCATGA
GTATCATAACCAATATCATGGCAATAACAGCAATGGTCTAACCAATCAATAGGTCTCTGA
TCCCAAATCGGTGAACCCCCATCTTTCCCACTTGACCAGTTGGGTCCACAGTAATGCCCG
TATCTCGGGAAAAGCTGCGAAAGAAACGCCCTCGGTCCCGTGTGCCACGGAACCTTTGAC
ACATAGGGTCTAAACCGATAAACACTAGTAGTCACAGTATTCACTCTCGATGACCTGCGA
GACACGGCATGCCTTTTTAACCCTCTGTTTATAGTAGTGGGTTTCTGCTGCTTCCCATCA
CCGCCCCAAGGAAAAACAGAACCTAGGGAGAAAGTCCATATCTTTATACCAAACAAGCTT
TGCCCTTGGTCTTGGTCTTGGTCTTGCTGTTCAAGGAGAGAAGAAGTCGTGGATGTCACG
GTTTCTACCATGGCTACATCTTTCTTGGAGCTGTTGCTGTTAAACCAGGAGATACTCGGT
AACCCAAAGTTCATCTGAGCAGGAAAATTTACAGAGACGCTACGAGGAAGGGAAGGCACC
AGCTGTTTCGTCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 4

CO CL2654Contig1 552 4 1 U
GGGCAACTGAATAACCTAAGAGAGAGAGGAAGATAGATTCACAGAATCACAGTTGAGAGA
AGCAGGGAGATTGGTGGATCGATCGAAGATGAACACTGACATCACAGCCTTGGAGAAGCC
CCAGTACCCTGTCGTAGATCGGAACCCTCCGTTCACGAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGT
ACTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTACCTATC
AGGGATAAAACCAGGGATCAAGGGACCGTCGATGGTGACGGGAGGATTGATCGGAGTCAT
GGGTGGTTTCATGTACGCTTACCAGAACTCCGCGGGTCGGCTCATGGGATTTTTCCCTAA
CGAAGGAGAGGTCGCTGCTCACCAGAAGCAGAAGCGTGGTGCTGCTGGTTCCTTCAATTG
AATCTTCTAGGGGGGTTTTTCCTGGTTCCTTTCGAAAAAAAAAAACTATCTTTTTCCTGT
AATTGGAATGATTTTTCTTTGCTGTTTGAGGATACATTTGCCTCTGTCTGTCTGTTATGA
TGACTTACGGTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FH56JQ C 1
AF RR1F301TF U 1
AF RR1BH68TF U 45
AF RR1FH56TF U 1
BS 1 552 RR1F301TF

RD RR1FH56JQ 204 0 0
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CCAGTACCCTGTCGTAGATCGGAACCCTCCGTTCACGAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGT
ACTCGATTACCTCCGTTTCTCC
CC

QA 1 202 1 202
DS 

RD RR1F301TF 552 0 0
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AGCAGGGAGATTGGTGGATCGATCGAAGATGAACACTGACATCACAGCCTTGGAGAAGCC
CCAGTACCCTGTCGTAGATCGGAACCCTCCGTTCACGAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGT
ACTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTACCTATC
AGGGATAAAACCAGGGATCAAGGGACCGTCGATGGTGACGGGAGGATTGATCGGAGTCAT
GGGTGGTTTCATGTACGCTTACCAGAACTCCGCGGGTCGGCTCATGGGATTTTTCCCTAA
CGAAGGAGAGGTCGCTGCTCACCAGAAGCAGAAGCGTGGTGCTGCTGGTTCCTTCAATTG
AATCTTCTAGGGGGGTTTTTCCTGGTTCCTTTCGAAAAAAAAAAACTATCTTTTTCCTGT
AATTGGAATGATTTTTCTTTGCTGTTTGAGGATACATTTGCCTCTGTCTGTCTGTTATGA
TGACTTACGGTT

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1BH68TF 497 0 0
GGGG
ACAGTTGAGAGAAGCAGAGAGATTGGTAGATCGATCGAAGATGAACACTGACATCACAGC
CTTGGAGAAGCCCCAGTACCCTGTCGTAGATCGGAACCCTCCGTTCACGAAAGTCGTCGG
AAACTTCAGCGTACTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGT
CGGCTACCTATCAGGGATAAAACCAGGGATCAAGGGACCGTCGATGGTGACGGGAGGATT
GATCGGAGTCATGGGTGGTTTCATGTACGCTTACCAGAACTCCGCGGGTCGGCTCATGGG
ATTTTTCCCTAACGAAGGAGAGGTCGCTGCTCACCAGAAGCAGAAGCGTGGTGCTGCTGG
TTCCTTCAATTGAATCTTCTAGGGGGGTTTTTCCTGGTTCCTTTCGAAAAAAAAA**CTA
TCTTTTTCCTGTAATTGGAATGATTTTTCTTTGCTGTTTGAGGATACATTTGCCTCTGTC
TGTCTGTTATGAT

QA 5 497 5 497
DS 

RD RR1FH56TF 552 0 0
GGGCAACTGAATAACCTAAGAGAGAGAGGAAGATAGATTCACAGAATCACAGTTGAGAGA
AGCAGGGAGATTGGTGGATCGATCGAAGATGAACACTGACATCACAGCCTTGGAGAAGCC
CCAGTACCCTGTCGTAGATCGGAACCCTCCGTTCACGAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGT
ACTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTACCTATC
AGGGATAAAACCAGGGATCAAGGGACCGTCGATGGTGACGGGAGGATTGATCGGAGTCAT
GGGTGGTTTCATGTACGCTTACCAGAACTCCGCGGGTCGGCTCATGGGATTTTTCCCTAA
CGAAGGAGAGGTCGCTGCTCACCAGAAGCAGAAGCGTGGTGCTGCTGGTTCCTTCAATTG
AATCTTCTAGGGGGGTTTTTCCTGGTTCCTTTCGAAAAAAAAAAACTATCTTTTTCCTGT
AATTGGAATGATTTTTCTTTGCTGTTTGAGGATACATTTGCCTCTGTCTGTCTGTTATGA
TGACTTACGGTT

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 4

CO CL2655Contig1 1380 4 12 U
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ATTTTTTTCTGCAAAATAGGAAGATTGAAGAACATTTGTGTTCATCTTCTTCGATAAAAA
CAAGACCTTGGTGTGGGTGGGGTTTCTTATTCATTCCTGGCCTTGCGATTCCGATAAAAC
TAAAACCATCCCAAATCCAAATCCACTTGTTCTTCGCATAATAAATATATAGATTGATAG
ATAGAAAGAGAGAGAAAGAGTTACCTACCTATTACCATCTATCTCTTTCTCTCTCTCTCT
ATCGAGCTTTGTCTCCTCCTCCTGTTCTCATGGAAGCCTCACCCAATGATCGCCTTCATT
TCGGCATAATGGGTTTCGGGTGCGACCATTACAATAGGAGATGTCAAATCAGAGCTCCAT
GCTGCAACGAAGTCTTCCCTTGTCGCCATTGTCACAACGAGAGCACTAGCACATTGCGTA
ATATCTATGACCGTCACGAGCTTGTTCGTCAAGATGTTAAACAAGTGATTTGCTCTGTTT
GCGATACAGAGCAGCCGGTGACTAAAGTTTGCACCAACTGTGGTGTCAACATGGGAGAAT
ACTTCTGCGATATCTGCAAGTTCTATGATGATAATACTGAAAAAGAACAGTTCCATTGTG
ATGACTGTGGAATTTGCAGGGTTGATGGGCGTGAGAACTTCTTTCATTGCAAGAAGTGTG
GTCCTTGTTATGCGATTGGGCTGCGCAACAACCATCGCTGCGTTGAGGATACAATGCGGC
ATCACTGTCCCATTTGTTACGAGTATCTCTTTGACTCTCTTAAAGACACAACAGTGATGA
AATGCGGACACACAATGCACTGTGAATGCTATCAGGAGATGCTCAAGCGTGACAAATTTT
GCTGTCCTATTTGCTCGAGGTCAGTGATTGATATGTCAAAAACATGGCAGAGAATGGATG
AAGAGATTGAAGCTACTTCTATGCCTTCAGATTACCGCGATAAGAAGGTTTGGATACTGT
GCAACGACTGTAACGACACAACAGAGGTATACTTCCATATAATCGGTCAGAAATGTGGAC
ACTGTAGATCTTACAACACCAGAGCCGTCGCACCTCCTGTCCTTCCTCAATGAAAACACC
AAACATCTTTCATGTATTGCCACCAGAAAGCAACCAAAGAAAAAAAAACTCTGATCAATG
ATTCAATATGATCATTGGTCACAAAAGCAAGACTCACATTTGTCTTCTTCATGATTCTAT
TTGTTGTTGTTCTTATATGATTATGTTTATTACCATTTATATTTATGTGTGAGAAAGCCA
GGATAATGTATAATATATATATTCTTGATCCAGGAAAAAATTACCTGTGATTATATGTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI17TF U 1
AF RR1DG76TF U 248
AF RR1DG76JQ C 690
AF RR1DI17JQ C 718
BS 1 643 RR1DI17TF
BS 644 644 RR1DG76TF
BS 645 684 RR1DI17TF
BS 685 685 RR1DG76TF
BS 686 722 RR1DI17TF
BS 723 723 RR1DG76TF
BS 724 747 RR1DI17TF
BS 748 748 RR1DG76TF
BS 749 767 RR1DI17TF
BS 768 871 RR1DG76TF
BS 872 1354 RR1DG76JQ
BS 1355 1380 RR1DI17JQ

RD RR1DI17TF 767 0 0
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ATTTTTTTCTGCAAAATAGGAAGATTGAAGAACATTTGTGTTCATCTTCTTCGATAAAAA
CAAGACCTTGGTGTGGGTGGGGTTTCTTATTCATTCCTGGCCTTGCGATTCCGATAAAAC
TAAAACCATCCCAAATCCAAATCCACTTGTTCTTCGCATAATAAATATATAGATTGATAG
ATAGAAAGAGAGAGAAAGAGTTACCTACCTATTACCATCTATCTCTTTCTCTCTCTCTCT
ATCGAGCTTTGTCTCCTCCTCCTGTTCTCATGGAAGCCTCACCCAATGATCGCCTTCATT
TCGGCATAATGGGTTTCGGGTGCGACCATTACAATAGGAGATGTCAAATCAGAGCTCCAT
GCTGCAACGAAGTCTTCCCTTGTCGCCATTGTCACAACGAGAGCACTAGCACATTGCGTA
ATATCTATGACCGTCACGAGCTTGTTCGTCAAGATGTTAAACAAGTGATTTGCTCTGTTT
GCGATACAGAGCAGCCGGTGACTAAAGTTTGCACCAACTGTGGTGTCAACATGGGAGAAT
ACTTCTGCGATATCTGCAAGTTCTATGATGATAATACTGAAAA*GAACAGTTCCATTGTG
ATGACTGTGGAATTTGCAGGGTTGGTGGGCGTGAGAACTTCTTTCATTGCAAGAAGTGTG
GTTCTTGTTATGCGATTGGGCTGCGCA*CAACCATCGCTGCGTTGAG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1DG76TF 624 0 0
GG
GAGAGAAAGAGTTACCTACCTATTACCATCTATCTCTTTCTCTCTCTCTCTATCGAGCTT
TGTCTCCTCCTCCTGTTCTCATGGAAGCCTCACCCAATGATCGCCTTCATTTCGGCATAA
TGGGTTTCGGGTGCGACCATTACAATAGGAGATGTCAAATCAGAGCTCCATGCTGCAACG
AAGTCTTCCCTTGTCGCCATTGTCACAACGAGAGCACTAGCACATTGCGTAATATCTATG
ACCGTCACGAGCTTGTTCGTCAAGATGTTAAACAAGTGATTTGCTCTGTTTGCGATACAG
AGCAGCCGGTGACTAAAGTTTGCACCAGCTGTGGTGTCAACATGGGAGAATACTTCTGCG
ATATCTGCAAGTTCTATGATGATAATACTGAAAAAGAACAGTTCCATTGTGATGACTGTG
GAATTTGCAGGGTTGATGGGCGTGAGAACTTCTTTCATTGCAAGAAGTGTGGTCCTTGTT
ATGCGATTGGGCTGCGCAACAACCATCGCTGCGTTGAGGATACAATGCGGCATCACTGTC
CCATTTGTTACGAGTATCTCTTTGACTCTCTTAAAGACACAACAGTGATGAAATGCGGAC
ACACAATGCACTGTGAATGCTA

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR1DG76JQ 665 0 0
CGTGAGAACTTCTTTCATTGCAAGAAGTGTGGTCCTTGTTATGCGATTGGGCTGCGCAAC
AACCATCGCTGCGTTGAGGATACAATGCGGCATCACTGTCCCATTTGTTACGAGTATCTC
TTTGACTCTCTTAAAGACACAACAGTGATGAAATGCGGACACACAATGCACTGTGAATGC
TATCAGGAGATGCTCAAGCGTGACAAATTTTGCTGTCCTATTTGCTCGAGGTCAGTGATT
GATATGTCAAAAACATGGCAGAGAATGGATGAAGAGATTGAAGCTACTTCTATGCCTTCA
GATTACCGCGATAAGAAGGTTTGGATACTGTGCAACGACTGTAACGACACAACAGAGGTA
TACTTCCATATAATCGGTCAGAAATGTGGACACTGTAGATCTTACAACACCAGAGCCGTC
GCACCTCCTGTCCTTCCTCAATGAAAACACCAAACATCTTTCATGTATTGCCACCAGAAA
GCAACCAAAGAAAAAAAAACTCTGATCAATGATTCAATATGATCATTGGTCACAAAAGCA
AGACTCACATTTGTCTTCTTCATGATTCTATTTGTTGTTGTTCTTATATGATTATGTTTA
TTACCATTTATATTTATGTGTGAGAAAGCCAGGATAATGTATAATATATATATTCTTGAT
CCAGG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1DI17JQ 663 0 0
GTGGTTCTTGTTATGCGATTGGGCTGCGCAACAACCATCGCTGCGTTGAGGATTCAATGC
GGCATCACTGTCCCATTTGTTACGAGTATCTCTTTGACTCTCTTAAAGACACAACAGTGA
TGAAATGCGGACACACAATGCACTGTGAATGCTATCAGGAGATGCTCAAGCGTGACAAAT
TTTGCTGTCCTATTTGCTCGAGGTCAGTGATTGATATGTCAAAAACATGGCAGAGAATGG
ATGAAGAGATTGAAGCTACTTCTATGCCTTCAGATTACCGCGATAAGAAGGTTTGGATAC
TGTGCAACGACTGTAACGACACAACAGAGGTATACTTCCATATAATCGGTCAGAAATGTG
GACACTGTAGATCTTACAACACCAGAGCCGTCGCACCTCCTGTCCTTCCTCAATGAAAAC
ACCAAACATCTTTCATGTATTGCCACCAGAAAGCAACCAAAGAAAAAAA**CTCTGATCA
ATGATTCAATATGATCATTGGTCACAAAAGCAAGACTCACATTTGTCTTCTTCATGATTC
TATTTGTTGTTGTTCTTATATGATTATGTTTATTACCATTTATATTTATGTGTGAGAAAG
CCAGGATAATGTATAATATATATATTCTTGATCCAGGAAAAAATTACCTGTGATTATATG
TTT

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 3

CO CL2656Contig1 819 3 5 U
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CGGTCGGGGTTTCATCGACTTCGCGTGTTGTTCTGTCGTGGTTCCACATCTGGTTGGGAT
TTTATCTGATTGATTTTTGACGGGTCAAAGATGCAGAAACTGGGTGATTTCAAGCTTCCT
CAATTCTTCAATTATCCTCCATACTTCACTTTGCAGCCAGTGAGGGACACTCGTGAGAAG
CAAATACAGCTGTGGAAAGAGCTTATCTTGGACTACTGCAAATCCCAAAAGGTTTTCTTG
ATCGGCGTCGAAGATGACTTCCCTCTCTTCTCCAACTCTGCTATTGACAGAACTCTAAGC
CATGAAGCAAGGGAAACCTTCCTCTCAGCCATTGTCGGTGAAGGGCGTGCGGAATGGCTA
GATAAAGGACATAGGAAATGTCTGATCCTGTGGCACCGGATTCAAGATTGGGCAGACATC
ATTCTTAAGTTTGTGAGAGAGAATGGATTAGAGGACAGTGTTATGACTGTTGAAGAAATA
CGTTCAGGGACTGAATCCCTTGGAACAGAACTTGAA*GGGATTGATCGGACGATTCTAAT
GAGGGCCTTGAAGCTGTTAGAGAACAAGGGCAAGCTTGCATTGTTCAAAGGAACTTCAGC
CGATGATGAAGGCGTCAAGTTCTCTGTCTGATGTCTTTTTCCTTTCCTTTTTTTTGTCAA
CAAGGGGGAAACAGGAAAAATGGATAAACAACTAAAACAAACTTTCATTCTGTTATCACA
ACTTTTGAGTTCTGTAGAATAAATCGCACTTTTTATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DX72TF U 1
AF RR1FH12TF U 26
AF RR1DX72JQ C 57
BS 1 576 RR1DX72TF
BS 577 577 RR1FH12TF
BS 578 613 RR1DX72TF
BS 614 644 RR1FH12TF
BS 645 819 RR1DX72JQ

RD RR1DX72TF 613 0 0
GGAGTTGCAAACGGCACAGTGTCGGGAAAAAAAAAAAACCAGAGTTGGGAACCAAAAAAA
CGGTCGGGGTTTCATCGACTTCGCGTGTTGTTCTGTCGTGGTTCCACATCTGGTTGGGAT
TTTATCTGATTGATTTTTGACGGGTCAAAGATGCAGAAACTGGGTGATTTCAAGCTTCCT
CAATTCTTCAATTATCCTCCATACTTCACTTTGCAGCCAGTGAGGGACACTCGTGAGAAG
CAAATACAGCTGTGGAAAGAGCTTATCTTGGACTACTGCAAATCCCAAAAGGTTTTCTTG
ATCGGCGTCGAAGATGACTTCCCTCTCTTCTCCAACTCTGCTATTGACAGAACTCTAAGC
CATGAAGCAAGGGAAACCTTCCTCTCAGCCATTGTCGGTGAAGGGCGTGCGGAATGGCTA
GATAAAGGACATAGGAAATGTCTGATCCTGTGGCACCGGATTCAAGATTGGGCAGACATC
ATTCTTAAGTTTGTGAGAGAGAATGGATTAGAGGACAGTGTTATGACTGTTGAAGAAATA
CGTTCAGGGACTGAATCCCTTGGAACAGAACTTGAAAGGGATTGATCGGACGATTCTAAT
GAGGGCCTTGAAG

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1FH12TF 619 0 0
GGG
AAAAAAAAAACCAGAGTTGGGAACCAAAAAA*CGGTCGGGGTT*CATCGATTTCGCGTGT
TGTTCTGTCG*GGTTCCACATCTGGTTGGGATTTTATCTGATTGATTTTTGACGGGTCAA
AGATGCAGAAACTGGGTGATTTCAAGCTTCCTCAATTCTTCAATTATCCTCCATACTTCA
CTTTGCAGCCAGTGAGGGACACTCGGGAGAAGCAAATACAGCTGTGGAAAGAGCTTATCT
TGGACTACTGCAAATCCCAAAAGGTTTTCTTGATCGGCGTTGAAGATGACTTCCCTCTCT
TCTCCAACTCTTCTATTGATAGAACTCTAAGCCATGAAGCAAGGGAAACCTTCCTCTCAG
CCATTGTCGGTGAAGGGCGTGCGGAATGGCTAGATAAAGGACATAGGAAATGTCTGATCC
TGTGACACCGGATTCAAGATTGGGCAGACATCATTCTTAAGTTTGTGAGAGAGAATGGAT
TAGAGGACAGTGTTATGACTGTTGAAGAAATACGTTCAGGGTCTGAATCCCTTGGAACAG
AACTTGAA*GGGATTGATCGGACGATTCTAATGAGGGCCTTGAAGCTGTTAGAGAACAAG
GGCAAGCTTGCATTGT

QA 4 619 4 619
DS 

RD RR1DX72JQ 763 0 0
AAAACGGTCGGGGTTTCATCGACTTCGCGTGTTGTTCTGTCGTGGTTCCACATCTGGTTG
GGATTTTATCTGATTGATTTTTGACGGGTCAAAGATGCAGAAACTGGGTGATTTCAAGCT
TCCTCAATTCTTCAATTATCCTCCATACTTCACTTTGCAGCCAGTGAGGGACACTCGTGA
GAAGCAAATACAGCTGTGGAAAGAGCTTATCTTGGACTACTGCAAATCCCAAAAGGTTTT
CTTGATCGGCGTCGAAGATGACTTCCCTCTCTTCTCCAACTCTGCTATTGACAGAACTCT
AAGCCATGAAGCAAGGGAAACCTTCCTCTCAGCCATTGTCGGTGAAGGGCGTGCGGAATG
GCTAGATAAAGGACATAGGAAATGTCTGATCCTGTGGCACCGGATTCAAGATTGGGCAGA
CATCATTCTTAAGTTTGTGAGAGAGAATGGATTAGAGGACAGTGTTATGACTGTTGAAGA
AATACGTTCAGGGACTGAATCCCTTGGAACAGAACTTGAA*GGGATTGATCGGACGATTC
TAATGAGGGCCTTGAAGCTGTTAGAGAACAAGGGCAAGCTTGCATTGTTCAAAGGAACTT
CAGCCGATGATGAAGGCGTCAAGTTCTCTGTCTGATGTCTTTTTCCTTTCCTTTTTTTTG
TCAACAAGGGGGAAACAGGAAAAATGGATAAACAACTAAAACAAACTTTCATTCTGTTAT
CACAACTTTTGAGTTCTGTAGAATAAATCGCACTTTTTATAGC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL2657Contig1 669 2 7 U
AGAAAAGGATGAGGCAATGAAGAGTGGTCAAAACTGTGAAAAATACGAGCAAAATAAACA
TCTGAAGTTTAAACTATTGTATTCGTATCAATGTTAAACTGTTTCACTCTTCCTCTGATC
CAAACTCCTCAAAACTCGACTCTTTCTTCTTAACTGTCCCATTGGCCTTCTTCGACCCTT
TCTTCTCAACCACATCTTTCTTGTCATCCTCATCTTCCCTGTACTCACTCTCATAATCAT
CATCGTAATCCTCCTCTTCAATCTCATCTTCCTCCTCCATACCCTCTTCAGCAATCGCAC
CCTCATCTGAAACCATTCCCCTTGCCCCAGCCCTGGTTCTTTTCAAGACTTTGACCTTCA
GTGATGTCTTTTTGTCACACCCTATCCACGAATCGCACATGCAGTAACAAGTCAAGTTGT
ACGTACCCTCTGAGGGGGCCTGGAGTTTACCCATTACTAGTCTTGACCCACCTTTAACCT
TCTCAACAGCTTCTCTCACTGCATCGCTTGTTTCTTTCACCCCTGCTCCCGAACCTTCCA
TCGTGTCACTGATGGTTTTTGATGCAGCCGTTATGGCTCCACCTTCGTCCAAGAAGCTAA
CCTTCTGCGAGAACCACACGTTGTTCGACACTGAATCCGCTAGGAGAACCCAATAGTTTT
CCTCCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN80JQ U 51
AF RR1EG44TF C 1
BS 1 50 RR1EG44TF
BS 51 83 RR1GN80JQ
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DS 

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TCTTCTCAACCACATCTTTCTTGTCATCCTCATCTTCGCTGTACTCACTCTCATAATCAT
CATCGTAATCCTCCTCTTCAATCTCATCTTCCTCCTCCATACCCTCTTCAGCAATCGCAC
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CCTTCTGCGAGAACCACACGTTGTTCGACACTGAATCCGCTAGGAGAACCCAATAGTTTT
CCTCCTTGC

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DS 



AS 1 4

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TACGTGGCGGCGACGGAGACAGGCCGGCTGACGTGAGCCACGAGGAGTATGTGGTTGGGT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EA25TF U 1
AF RR1G615TF U 486
AF RR1G615JQ C 486
AF RR1EA25JQ C 780
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RD RR1EA25TF 735 0 0
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TACGTGGCGGCGACGGAGACAGGCCGGCTGACGTGAGCCACGAGGATTATGTGGTTGGGT
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DS 

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DS 

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GTCGCTGCTTCTTGCTTCTGTATTGTTGGGATGCTTGTAGAAGGCGACTTCAAGGTTATA
CCAAGAGAAGCAAGAGAGTTCAAGATAGGAGGATCTGCGTTTTACTACACGTTGGTTGTG
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GTCGTGTGTTTTCACGAGAAGTTTCAAGCGGAGAAAGGTGTTGCTCTCCTTCTCTCTCTG
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AAATATTTGATATGTAAAATAAATCAATACATAAAGCTTCTTTTC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1EA25JQ 414 0 0
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TGTGCGTCCTCTCTAGCTTCTGGTGTTCTCATCAGTGCTCTTCTTCCGGTCACGGAAGTT
TTGGCCGTTGTGTGTTTTCACGAGAAGTTTCAAGCGGAGAAAGGTGTTGCTCTCCTTCTC
TCTCTGTGGGGGTTTGTTTTTTACTTTTACGGGGAGTTTAAATCTGGCAAGAGAATTATC
GATAAGGCTCAGTTGCAGGAGACAGAACTGCATCCACTTCCAGTTAGTGTTTCCGTTATT
GCTTGAAGGTCGTGTACGTTTTTTTTATGTAAGATTAAAAGAATAGTTTTACTGTGTAAA
TGTAAAAAATATTTGATATGTAAAATAAATCAATACAAAAAGCTTCTTTTCATT

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 4

CO CL2659Contig1 1032 4 18 U
GACAAGTTTGTCCTCCAGCAGAAAATCAACAGAGCTATGAGGCTGGTTGAGTGGAAGGAG
GCCTTTGACCCTAACAACCCAGCAAACTATGGAGTCATCGAGCGTGACAATGTCCAAGGT
GGAGGAGAAGATAAAGAAGAGCGTCTTGTATCAGAGGGCTCTAAGGACGATAAGGATGAT
GATAATGAAGAGGAGTTTGATGACATGAAAGAAAGGGATGATATTCTGCTGGAGAAGCTG
AATGCCATCGACAAGAAGCTTGAAAGCAAGCTCTCTGAGCTTGATCATACTTTCGGCAAG
AAGGGGAAGCGGTTGGAAGAGGAGATTAGAGATCTCGCTGAGGAGAGAAATGCTTTGACT
GAGAAGAAAAGGCAACCTTTATACAGAAAAGGATACGATGTGCATGTAATTGATGTTAAA
AAAGTTGCCAAGGTCACAAAGGGTGGCAGGGTCGAAAGGTACACTGCGTTGATGGTATGC
GGGAACTACGAAGGTGTCATTGGGTATGCAAAAGCAAAAGCTGAAACCGGCCAGGCTGCA
ATGCAGAAGGCGTATGAGAAATGCTTTCAGAATCTGCATTACATAGAACGTCATGAGGAG
CACACCATTGCACACGCAATACAGACTTCTTACAAGAAAACTAAGTTGTATTTATGGCCT
GCACCAACAACAACGGGAATGAAAGCTGGGAGAGTTGTGAAAACAATGTTGCTCCTAGCG
GGGTTCAAGAACATCAAGTCAAAGGTGATTGGTTCAAGGAATTCATACAACACAGTCAAA
GCAGTATTGAAGGCGTTGAATGCGGTGGAAACGCCAAAGGATGTACAAGAGAAGTTTGGC
CGGACAGTTGTGGAGAAATATCTACTGTGAGATCTACTGCATTCAATCCTTTGATTTTCA
TTGTTGAATTTTGGTTCAAGCGATATGTTTGGTTTTCGATTAGGGGATGGAATTTTATTA
CTCTACAATAGAAATTATCCTTCTATTGTTTTGGTTAAAAATAAATGTAGTAAAAGTACA
CGATCTTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA57TF U 1
AF RR1EJ63TF U 56
AF RR1EJ63JQ C 152
AF RR1DA57JQ C 295
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BS 124 186 RR1DA57TF
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BS 188 697 RR1DA57TF
BS 698 760 RR1EJ63TF
BS 761 761 RR1EJ63JQ
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BS 794 819 RR1EJ63TF
BS 820 820 RR1EJ63JQ
BS 821 882 RR1EJ63TF
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BS 912 1023 RR1EJ63JQ
BS 1024 1032 RR1DA57JQ

RD RR1DA57TF 697 0 0
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GATAATTAAGAGGAGTTTGATGACATGAAAGAAAGGGATGATATTCTGCTGGAGAAGCTG
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AAAGTTGCCAAGGTCACAAAGGGTGGCAGGGTCGAAAGGTACACTGCGTTGATGGTATGC
GGGAACTACGAAGGTGTCATTGGGTATGCAAAAGCAAAAGCTGAAACCGGCCAGGCTGCA
ATGCAGAAGGCGTATGAGAAATGCTTTCAGAATCTGCATTACATAGAACGTCATGAGGAG
CACACCATTGCACACGCAATACAGACTTCTTACAAGAAAACTAAGTTGTATTTATGGCCT
GCACCAACAACAACGGGAATGAAAGCTGGGAGAGTTG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1EJ63TF 859 0 0
G
GGAGGCCTTTGACCCTAACAACCCAGCAAACTATGGAGTCATCGAGCGTGACAATGTCCA
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TGATGATAATGAAGAGGAGTTTGATGACATGAAAGAAAGGGATGATATTCTGCTGGAGAA
GCTGAATGCCATCGACAAGAAGCTTGAAAGCAAGCTCTCTGAGCTTGATCATACTTTCGG
CAAGAAGGGGAAGCGGTTGGAAGAGGAGATTAGAGATCTCGCTGAGGAGAGAAATGCTTT
GACTGAGAAGAAAAGGCAACCTTTATACAGAAAAGGATACGATGTGCATGTAATTGATGT
TAAAAAAGTTGCCAAGGTCACAAAGGGTGGCAGGGTCGAAAGGTACACTGCGTTGATGGT
ATGCGGGAACTACGAAGGTGTCATTGGGTATGCAAAAGCAAAAGCTGAAACCGGCCAGGC
TGCAATGCAGAAGGCGTATGAGAAATGCTTTCAGAATCTGCATTACATAGAACGTCATGA
GGAGCACACCATTGCACACGCAATACAGACTTCTTACAAGAAAACTAAGTTGTATTTATG
GCCTGCACCAACAACAACGGGAATGAAAGCTGGGAGAGTTGTGAAAACAATGTTGCTCCT
AGCGGGGTTCAAGAACATCAAGTCAAAGGTGATTGGTTCAAGGA*TTCATACAACACAGT
CAAAGCAGTATTGAAG*CGTTGAATGCGGTGGAAACGCCAAAG*ATGTACAAGAGAAGTT
TGGCCGGACAGTTGTGGAGAAATATCTACTGTGAGATCTACTGCAT*CAATCCTTTGATT
T*CATTGTTGAATTT
GGT

QA 2 856 2 856
DS 

RD RR1EJ63JQ 874 0 0
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AAAGGGATGATATTCTGCTGGAGAAGCTGAATGCCATCGACAAGAAGCTTGAAAGCAAGC
TCTCTGAGCTTGATCATACTTTCGGCAAGAAGGGGAAGCGGTTGGAAGAGGAGATTAGAG
ATCTCGCTGAGGAGAGAAATGCTTTGACTGAGAAGAAAAGGCAACCTTTATACAGAAAAG
GATACGATGTGCATGTAATTGATGTTAAAAAAGTTGCCAAGGTCACAAAGGGTGGCAGGG
TCGAAAGGTACACTGCGTTGATGGTATGCGGGAACTACGAAGGTGTCATTGGGTATGCAA
AAGCAAAAGCTGAAACCGGCCAGGCTGCAATGCAGAAGGCGTATGAGAAATGCTTTCAGA
ATCTGCATTACATAGAACGTCATGAGGAGCACACCATTGCACACGCAATACAGACTTCTT
ACAAGAAAACTAAGTTGTATTTATGGCCTGCACCAACAACAACGGGAATGAAAGCTGGGA
GAGTTGTGAAAACAATGTTGCTCCTAGCGGGGTTCAAGAACATCAAGTCAAAGGTGATTG
GTTCAAGGAATTCATACAACACAGTCAAAGCAGTATTGAAGGCGTTGAATGCGGTGGAAA
CGCCAAAGGATGTACAAGAGAAGTTTGGCCGGACAGTTGTGGAGAAATATCTACTGTGAG
ATCTACTGCATTCAATCCTTTGATTTTCATTGTTGAATTTTGGTTCAAGCGATATGTTTG
GTTTTCGATTAGGGGATGGAATTTTATTACTCTACAATAGAAATTATCCTTCTATTGTTT
TGGTTAAAAATAAATGTAGTAAAAGTACACGA
CC

QA 1 872 1 872
DS 

RD RR1DA57JQ 738 0 0
GGCAAGAAGGGGAAGCGGTTGGAAGAGGAGATTAGAGATCTCGCTGAGGAGAGAAATGCT
TTGACTGAGAAGAAAAGGCAACCTTTATACAGAAAAGGATACGATGTGCATGTAATTGAT
GTTAAAAAAGTTGCCAAGGTCACAAAGGGTGGCAGGGTCGAAAGGTACACTGCGTTGATG
GTATGCGGGAACTACGAAGGTGTCATTGGGTATGCAAAAGCAAAAGCTGAAACCGGCCAG
GCTGCAATGCAGAAGGCGTATGAGAAATGCTTTCAGAATCTGCATTACATAGAACGTCAT
GAGGAGCACACCATTGCACACGCAATACAGACTTCTTACAAGAAAACTAAGTTGTATTTA
TGGCCTGCACCAACAACAACGGGAATGAAAGCTGGGAGAGTTGTGAAAACAATGTTGCTC
CTAGCGGGGTTCAAGAACATCAAGTCAAAGGTGATTGGTTCAAGGAATTCATACAACACA
GTCAAAGCAGTATTGAAGGCGTTGAATGCGGTGGAAACGCCAAAGGATGTACAAGAGAAG
TTTGGCCGGACAGTTGTGGAGAAATATCTACTGTGAGATCTACTGCATTCAATCCTTTGA
TTTTCATTGTTGAATTTTGGTTCAAGCGATATGTTTGGTTTTCGATTAGGGGATGGAATT
TTATTACTCTACAATAGAAATTATCCTTCTATTGTTTTGGTTAAAAATAAATGTAGTAAA
AGTACACGATCTTTCACC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 4

CO CL2660Contig1 786 4 7 U
AAGATACCAACAAATGATTCTTATTAGTAAGATAAATAGGTAACAAAGCACACCTACCTC
AATGTTTAGAGTGTATACTCACATAAAGGCCTCCAAACCAAATCAAATAAATAAATTTAA
CAAGAAAAGGGAAAAATGGGACAGTCTAATCCCAAACAAGAGTAATTGAAGCAAAGCGTG
TGTTTGTTCTTCGGCTTTCAAATCCAAAGCCCCCACTTAGAAGAAGAATCCATCCTAGAA
ATTCACAATCTAACATCATCTCCTCTACTTTAGCTATCTACATTCATCACCTGACTTCTT
CTTTCATGAAACCCCACCAAGAACTCTCTTCAGCTCGGACTTCTGTTCCGCTGAAAGCTT
CGACGGATACCTCACGTTAAGCTTCAATCTCAAGTTACCTTTTCTGCCAGGCTCTTTAGA
GATAGGCATTCCTTCGTTCGGAAAAACAACCTCGTGATCGGGGTTGACGATATCCGTTAG
CGGGATCATGAGAGTCCTTCCATCAAGCGTCGTCAGGTCGATGGTCTTACCGGTCAGCGC
TTCGAGTAGAGTGATCTCCTGGTTGACCAAAAGGTCGTTGCCGTCTCGCTTGTAAACAGG
ATGTGGCTTCTCTTCAACCACGAAAATGATATCTGCTGGTATGATGCCAGGCTCTTCGTT
GCCTTTCTTCAGGTCATCATCCGTCGCGTTGTGATTCACTTTCAGTATGTTGTAGTAATC
CACACCCATCTTGAATAATTTCACGGAGAGGAAGGGGGAAAGTAGGAAGAGAATCGAGAG
GGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS20JQ U 1
AF RR1GS20TF C 61
AF RR1AL80JQ U 236
AF RR1AL80TF C 129
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TGTTTGTTCTTCGGCTTTCAAATCCAAAGCCCCCACTTAGAAGAAGAATCCATCCTAGAA
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C

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CAAGAAAAGGGAAAAATGGGACAGTCTAATCCCAAACAAGAGTAATTGAAGCAAAGCGTG
TGTTTGTTCTTCGGCTTTCAAATCCAAAGCCCCCACTTAGAAGAAGAATCCATCCTAGAA
ATTCACAATCTAACATCATCTCCTCTACTTTCGCTATCTACATTCATCACCTGACTTCTT
CTTTCATGAAACCCCACCAAGAACTCTCTTCAGCTCGGACTTCTGTTCCGCTGAAAGCTT
CGACGGATACCTCACGTTAAGCTTCAATCTCAAGTTACCTTTTCTGCCAGGCTCTTTAGA
GATAGGCATTCCTTCGTTCGGAACAACAACCTCGTGATCGGGGTTGACGATATCCGTTAG
CGGGATCATGAGAGTCCTTCCATCAAGCGTCGTCAGGTCGATGGTCTTACCGGTCAGCGC
TTCGAGTAGAGTGATCTCCTGGTTGACCAAAAGGTCGTTGCCGTCTCGCTTGTAAACAGG
ATGTGGCTTCTCT
C

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TTAAAGATAGGCATTCCTTCGTTCGGAAAAACAACCTCGTGATCGGGGTTGACGATATCC
GTTAGCGGGATCATGAAAGTCCTTCCATCAAGCGTCGTCAGGTCGATGGTCTTACCGGTC
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RD RR1AL80TF 658 0 0
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TGAGAGTCCTTCCATCAAGCGTCGTCAGGTCGATGGTCTTACCGGTCAGCGCTTCGAGTA
GAGTGATCTCCTGGTTGACCAAAAGGTCGTTGCCGTCTCGCTTGTAAACAGGATGTGGCT
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TCAGGTCATCATCCGTCGCGTTGTGATTCACTTTCAGTATGTTGTAGTAATCCACACCCA
TCTTGAATAATTTCACGGAGAGGAAGGGGGAAAGTAGGAAGAGAATCGAGAGGGGCCC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 4

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TTCATTGGACTTCCAGAAGAAGATCACTCTGTCTAAACATGAGAAGCAAGATGCTAGTTC
AACAACTTCTGTGCTCCAAAACGGGGAAACTTACAAGCGTCTCTTTGAAATGGAGAAAGA
AGACGAGCTCGTGAGTCAGCTCTTACGATCTAGAAGCATGGAGGTGGAGAGGTTGAAATC
TGGGCGACAGAGTTTGATCCTTGTGGCTTCATTGGTTGATCGTATTCCTAATCTTGCTGG
ATTAGCCCGGACATGCGAGATATTTAAAGCGTCAGGTCTTGTCGTTGGAGATGCAAGCAT
AATACACGACAAACAGTTCCAACTAATCAGCGTGACTGCTGAGAAATGGGTTCCAATCGT
TGAAGTCCCAGTGAACAGTTTAAAACTATTCTTGGAGAAAAAGAAAAGAGAAGGGTTCTC
AATCTTGGGACTGGAGCAGACAGCTAACAGTGTTTCTCTGGACAAATATCAGTTCCCAAA
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ATTAGACGCTTGTGTGGAGATACCACAACTAGGAGTTGTTAGGTCCCTCAACGTCCATGT
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ATCTGCCCCTCCCATAGTTTTGCCTAAACACTCGTAGCAATTAAACGAAACGTTTTTTAA
AATGAAATAGAGAGATGTTTATGGCATTTCAATCTGGTTAAACTATTTCAAAATCACTAT
TTCAAAATTTTCGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G866TF U 445
AF RR1E191TF U 1
AF RR1G866JQ C 651
AF RR1E191JQ C 813
BS 1 544 RR1E191TF
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BS 1382 1393 RR1G866JQ
BS 1394 1454 RR1E191JQ

RD RR1G866TF 139 0 0
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QA 1 139 1 139
DS 

RD RR1E191TF 735 0 0
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CATTGCAGCCAATGTCATCCTTCATGCCGAAAAGATGGCTCAACAGACAAATTTGAGAGA
ACTTCTTCCACCAATAGTTCCGTTATTAACTTCTCATCATCACAGCTTACGAGGTTTCAC
TCAGTTATTAGTGCATCGGGTACTCTTTAGACTGTTCCCGTCCGTGGAGTCCACTGCCTC
TCAGACGATATCGTTGGAGAAACTCTCTTTTGAGAATTTGAAGTCTTACCTGGACAAGAA
TCCTGATTGTTCGAGATTGCGATCATCAATGGAAGGATATCTTGATGCCTATGATCCCAC
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TGTTCCAACATGCCTCATGGATAACGTGATTTCTTTTCTGAATGATGTTAGGGAAGATCT
CCGTTCTTCCATGGCAAAGGACATTGTTACCATTAAGAATGAAGGCTTCAAGATTGAAGA
AGAAACCAACCGTCGGGTGATCACTTCCACATCAGATGAAGAAAGGCTTCCTGAACCATC
TTCATTGGACTTCCAGA*GAAGATCACTCTGTCTAAACATGAGAAGCAAGATGCTAGTTC
AACAACTTCTGTGCT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1G866JQ 754 0 0
CTGAACCATCTTCATTGGACTTCCAGAAGAAGATCACTCTGTCTAAACATGAGAAGCAAG
ATGCTAGTTCAACAACTTCTGTGCTCCAAAACGGGGAAACTTACAAGCGTCTCTTTGAAA
TGGAGAAAGAAGACGAGCTCGTGAGTCAGCTCTTACGATCTAGAAGCATGGAGGTGGAGA
GGTTGAAATCTGGGCGACAGAGTTTGATCCTTGTGGCTTCATTGGTTGATCGTATTCCTA
ATCTTGCTGGATTAGCCCGGACATGCGAGATATTTAAAGCGTCAGGTCTTGTCGTTGGAG
ATGCAAGCATAATACACGACAAACAGTTCCAACTAATCAGCGTGACTGCTGAGAAATGGG
TTCCAATCGTTGAAGTCCCAGTGAACAGTTTAAAACTATTCTTGGAGAAAAAGAAAAGAG
AAGGGTTCTCAATCTTGGGACTGGAGCAGACAGCTAACAGTGTTTCTCTGGACAAATATC
AGTTCCCAAAGAAGACGGTTTTGGTGCTGGGTCGAGAAAAGGAAGGCATACCTGTGGATA
TAATCCATATATTAGACGCTTGTGTGGAGATACCACAACTAGGAGTTGTTAGGTCCCTCA
ACGTCCATGTCAGCGGCGCCATTGCTCTCTGGGAATACACTCGCCAGCAACGCATTCAAT
AGTTTTTTTGATCTGCCCCTCCCATAGTTTTGCCTAAACACTCGTAGCAATTAAACGAAA
CGTTTTTTTACATGAAATAGAGA
CGTTTATGGCT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1E191JQ 642 0 0
GAAGCATGGAGGTGGAGAGGTTGAAATCTGGGCGACAGAGTTTGATCCTTGTGGCTTCAT
TGGTTGATCGTATTCCTAATCTTGCTGGATTAGCCCGGACATGCGAGATATTTAAAGCGT
CAGGTCTTGTCGTTGGAGATGCAAGCATAATACACGACAAACAGTTCCAACTAATCAGCG
TGACTGCTGAGAAATGGGTTCCAATCGTTGAAGTCCCAGTGAACAGTTTAAAACTATTCT
TGGAGAAAAAGAAAAGAGAAGGGTTCTCAATCTTGGGACTGGAGCAGACAGCTAACAGTG
TTTCTCTGGACAAATATCAGTTCCCAAAGAAGACGGTTTTGGTGCTGGGTCGAGAAAAGG
AAGGCATACCTGTGGATATGATCCATATATTAGACGCTTGTGTGGAGATACCACAACTAG
GAGTTGTTAGGTCCCTCAACGTCCATGTCAGCGGCGCCATTGCTCTCTGGGAATACACTC
GCCAGCAACGCATTCAATAGTAGTTTTGATCTGCCCCTCCCATAGTTTTGCCTAAACACT
CGTAGCAATTAAACGAA*CGTTTTTTACAATGAAATAGAGAGATGTTTATGGCATTTCAA
TCTGGTTAAACTATTTCAAAATCACTATTTCAAAATTTTCGT

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 4

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CGTCTACTCCGTTGGTTGTTGCGCCTTCAGGAACAACCGGAAACGCAGCTATTATTAGAG
ATCCAAGACCAAAAAAGATATCTTTACACTTGAGTGATCGGTAAAAATGCAACTTGTCTT
GTGAGCGAGGTTGCATTTTTAATGTATTTTTTCTCTTTTAAAATATGCAACATAATGATT
AAATGAGTTATTATTACAAG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1AC52JQ C 1
AF RR1AC52TF U 1
AF RR1E467JQ C 1
AF RR1E467TF U 1
BS 1 7 RR1AC52TF
BS 8 8 RR1E467TF
BS 9 257 RR1AC52TF
BS 258 260 RR1AC52JQ

RD RR1AC52JQ 260 0 0
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CGTCTACTCCGTTGGTTGTTGCGCCTTCAGGAACAACCGGAAACGCAGCTATTATTAGAG
ATCCAAGACCAAAAAAGATATCTTTACACTTGAGTGATCGGTAAAAATGCAACTTGTCTT
GTGAGCGAGGTTGCATTTTTAATGTATTTTTTTTTTTTTAAAATATGCAACATAATGATT
AAATGAGTTATTATTACAAG

QA 1 260 1 260
DS 

RD RR1AC52TF 260 0 0
GAAGAACTCGTGGAAAAAAGTGGCTAAGGTGAACATTGTCTTCCTCGTATTCCTCATCAT
CGTCTACTCCGTTGGTTGTTGCGCCTTCAGGAACAACCGGAAACGCAGCTATTATTAGAG
ATCCAAGACCAAAAAAGATATCTTTACACTTGAGTGATCGGTAAAAATGCAACTTGTCTT
GTGAGCGAGGTTGCATTTTTAATGTATTTTTTCTCTTTTAAAATATGCAACATAATGATT
AAATGAGTTATTATTAC
AAG

QA 1 257 1 257
DS 

RD RR1E467JQ 257 0 0
GAAGAACCCGTGGAAAAAAGTGGCTAAGGTGAACATTGTCTTCCTCGTATTCCTCATCAT
CGTCTACTCCGTTGGTTGTTGCGCCTTCAGGAACAACCGGAAACGCAGCTATTATTAGAG
ATCCAAGACCAAAAAAGATATCTTTACACTTGAGTGATCGGTAAAAATGCAACTTGTCTT
GTGAGCGAGGTTGCATTTTTAATGTATTTTTTTTCTTTTAAAATATGCAACATAATGATT
AAATGAGTTATTATTAC

QA 1 257 1 257
DS 

RD RR1E467TF 257 0 0
GAAGAACCCGTGGAAAAAAGTGGCTAAGGTGAACATTGTCTTCCTCGTATTCCTCATCAT
CGTCTACTCCGTTGGTTGTTGCGCCTTCAGGAACAACCGGAAACGCAGCTATTATTAGAG
ATCCAAGACCAAAAAAGATATCTTTACACTTGAGTGATCGGTAAAAATGCAACTTGTCTT
GTGAGCGAGGTTGCATTTTTAATGTATTTTTTCTCTTTTAAAATATGCAACATAATGATT
AAATGAGTTATTATTAC

QA 1 257 1 257
DS 



AS 1 3

CO CL2663Contig1 729 3 4 U
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AAACGAAGAGGACCGAAGGAAAGAAAGAGAGAAAGAAAGAAAGCGAAAGAGGGATCTAGA
AGAAGAAGAAGAAGATGGCATTGCAATGGCTGATTCTCACGTACGTGGTAGCAGCGGAGG
TCGCGATCGCCGTCATACTGACTCTCCCTTACCCTATGCTTCTGAAGAAACGCGTCGTGT
CACTCGTCTCCCTCATACTCCAACCCGCTGCCTCCATCGTCGCCTTCGCCGGGTTTCAAC
TCCTCGATATTTATTGGAAGAATGAGTATAGACTAGAGTGCTCATCTGAGGTTTGCACTG
CTACAGAGCGAGATCGCTACGAGAAATCCATCTACAAGGCTCAGAGGAACGTGGTTCTGT
GTGCGGCTGGGATCCTTCTCTACTGGTGTATTCATCGCATCTGCAAGTACAACAAAGACC
TTGAGCATTTGGAGGAACTAGAGAAGAGATGCAAGGCAGAGTAGTAGTCTCCTTCTTCTG
TTATTATATTACCTCGGCTTGTTAGTAGACCACGATTTACCTCAGATGAATCTTTGCGCA
GACCTTATTTGTGTTTCATCTTGCAACTTTGATTTACTTTTCGAGAAACAGCATGTTTTA
TTTCTATTTTCGTGTCCGGAAAATTGACGTTTACATATTAGTTGCAATTATATGTGCATT
TGCTTTGGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D036TF U 1
AF RR1D036JQ C 1
AF RR1GM92TF U 88
BS 1 403 RR1D036TF
BS 404 404 RR1GM92TF
BS 405 431 RR1D036TF
BS 432 729 RR1GM92TF

RD RR1D036TF 431 0 0
GGAAGCCGGCACTCGCTTACTGCGTAAATACGTGTCGGTAGCGCGCAGAATCCAAATCAT
AAACGAAGAGGACCGAAGGAAAGAAAGAGAGAAAGAAAGAAAGCGAAAGAGGGATCTAGA
AGAAGAAGAAGAAGATGGCATTGCAATGGCTGATTCTCACGTACGTGGTAGCAGCGGAGG
TCGCGATCGCCGTCATACTGACTCTCCCTTACCCTATGCTTCTGAAGAAACGCGTCGTGT
CACTCGTCTCCCTCATACTCCAACCCGCTGCCTCCATCGTCGCCTTCGCCGGGTTTCAAC
TCCTCGATATTTATTGGAAGAATGAGTATAGACTAGAGTGCTCATCTGAGGTTTGCACTG
CTACAGAGCGAGATCGCTACGAGAAATCCATCTACAAGGCTCAAAGGAACGTGGTTCTGT
GTGCGGCTGGG

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR1D036JQ 665 0 0
GGAAGCCGGCACTCGCTTACTGCGTAAATACGTGTCGGTAGCGCGCAGAATCCAAATCAT
AAACGAAGAGGACCGAAGGAAAGAAAGAGAGAAAGAAAGAAAGCGAAAGAGGGATCTAGA
AGAAGAAGAAGAAGATGGCATTGCAATGGCTGATTCTCACGTACGTGGTAGCAGCGGAGG
TCGCGATCGCCGTCATACTGACTCTCCCTTACCCTATGCTTCTGAAGAAACGCGTCGTGT
CACTCGTCTCCCTCATACTCCAACCCGCTGCCTCCATCGTCGCCTTCGCCGGGTTTCAAC
TCCTCGATATTTATTGGAAGAATGAGTATAGACTAGAGTGCTCATTTGAGGTTTGCACTG
CTACAGAGCGAGATCGCTACGAGAAATCCATCTACAAGGCTCAGAGGAACGTGGTTCTGT
GTGCGGCTGGGATCCTTCTCTACTGGTGTATTCATCGCATCTGCGAGTACAACAAAGACC
TTGAGCATTTGGAGGAACTAGAGAAGAGATGCAAGGCAGAGTAGTAGTCTCCTTCTTCTG
TTATTATATTACCTCGGCTTGTTAGTAGACCACGATTTACCTCAGATGAATCTTTGCGCA
GACCTTATTTGTGTTTCATCTTGCAACTTTGATTTACTTTTCGAGAAACAGCATGTTTTA
TTT
CG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1GM92TF 642 0 0
G
GAGAAAGAAAGAAAGCGAAAGAGAGATCTAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGCATTGCAATG
GCTGATTCTCACGTACGTGGTAGCAGCGGAGGTCGCGATCGCCGTCATACTGACTCTCCC
TTACCCTATGCTTCTGAAGAAACGCGTCGTGTCACTCGTCTCCCTCATACTCCAACCCGC
CGCCTCCATCGTCGCCTTCGCCGGGTTTCAACTCCTCGATATTTATTGGAAGAATGAGCA
TAGACTAGAGTGCTCATCTGAGGTTTGCACTGCTACAGAGCGAGATCGCTACGAGAAATC
CATCTACAAGGCTCAGAGGAACGTGGTTCTGTGTGCGGCTGGGATCCTTCTCTACTGGTG
TATTCATCGCATCTGCAAGTACAACAAAGACCTTGAGCATTTGGAGGAACTAGAGAAGAG
ATGCAAGGCAGAGTAGTAGTCTCCTTCTTCTGTTATTATATTACCTCGGCTTGTTAGTAG
ACCACGATTTACCTCAGATGAATCTTTGCGCAGACCTTATTTGTGTTTCATCTTGCAACT
TTGATTTACTTTTCGAGAAACAGCATGTTTTATTTCTATTTTCGTGTCCGGAAAATTGAC
GTTTACATATTAGTTGCAATTATATGTGCATTTGCTTTGGG

QA 2 642 2 642
DS 



AS 1 4

CO CL2664Contig1 1010 4 7 U
GGGAAAATGGAATTGATTTCCTTAACACAACTTTATACGTTACCATTTGAAATCATACAG
GTACAAGGAAGCCACATATTGATAATGGAAGCGAGAATACAGTATGTCGTTAAACTCCAG
ATAGCATAACACAAGATTTGATTAATAACACAACCCAGAAATACATAATACAGAGTTTTC
GGAACGCCACAGTGACTGCACCATTGCTGAGGAAGGCCGAGTCGAGCCGCGCGACCAGGC
TTTGACTCCAAACCGGTTCCGTCTGCTACGGGCTTTGGCTGGAAGAGGCAACTTGAAATA
GAACTCTTCAGAGGCTGGTGTCACTGGCTGTTACCGGATAACCACGCATGTTTTTCAACA
GGTGTCCCGGTTGGACTTGGAGCCGAATATTCCGTGAAGGAATCGAAGAAATGAGACAGC
CACTTAAAGTCCGCGGTACGGGGAGTTGGTTTGAAGGGAGAGAACCAAACTCGTTGCTTC
GGCCAAGTACTTCTTCGACGTCGTTTGGTTGCTCGGAGGAGACACGGAGCACAACCTCTT
TTGTTGAGCCTTCTTGGGTTCTTCAGCCTTTTCTTCCTCCACCAGAAACGGCGGCGGTGG
TGTCCTGAAAGAAACTGAAACCGTGGTGGTCTGCAAGAAACTTCGACGGCGGTGGTCCTG
AAAGAAACTGCGACGACGGTGGTTCTGAGTGAAACTACGACGGCGGCGATGGTCGAGAAT
AAGCAGTGATGTTAATGAAAGTGGAGGATTGTTAGCAAAGATGGTCGTATAAAAGAGGTG
TGTTTTGCAGAGAAAAAAAATAGATCTGAAAGAGATAGATCTAAATAGAGAGACAGTGTG
AACGAGGGAAAAATAAACGAGAAAGAAAATCAGAGAAGCTTAAAAATTAATTGAGGAGAA
AATAAAATTAAGAAAGAAGATCGCTGGATACGAAAAGTAAAGAAAGAAGATAAGAAAGGT
TTTGTCGGAAAAAAAAAGAAAAGAAAGGTAAAGATAAACAATGAGAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E878JQ U 1
AF RR1E878TF C 18
AF RR1BQ55JQ U 24
AF RR1BQ55TF C 371
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BS 644 799 RR1BQ55JQ
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RD RR1E878JQ 643 0 0
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TTTCTT
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CC

QA 7 771 7 771
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AATAACACAACCCAGAAATACATAATACAGAGTTTTCGGAACGCCACAGTGACTGCACCA
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CTGGCTGTTACCGGATAACCACGCATGTTTTTCAACAGGTGTCCCGGTTGGACTTGGAGC
CGAATATTCCGTGAAGGAATCGAAAAAATGAGACAGCCACTTAAAGTCCGCGGTACGGGG
AGTTGGTTTGAAGGGAGAGAACCAAACTCGTTGCTTCGGCCAAGTACTTCTTCGACGTCG
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CAGCCTTTTCTTCCTCCACCAGAAACGGCGGCGGTGGTGTCCTGAAAGAAACTGAAACCG
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GAGGATTGTTAGCAAAGATGGTCGTATAAAAGAGGTGTGTTTTGCAGAGAAAAAAA

QA 1 776 1 776
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AAATAAACGAGAAAGAAAATCAGAGAAGCTTAAAAATTAATTGAGGAGAAAATAAAATTA
AGAAAGAAGATCGCTGGATACGAAAAGTAAAGAAAGAAGATAAGAAAGGTTTTGTCGGAA
AAAAAAAGAAAAGAAAGGTAAAGATAAACAATGAGAGATC

QA 1 640 1 640
DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ30JQ U 4
AF RR1CJ30TF C 1
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AA
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GTTGTTGGTCCTAAATATCATCACAGGCAAATCTTGAACGTTGAGGATCTGTTCTGTTGA
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GTTAGCAGGAAAAAAGCTGATAATCTGTAAATGAAAGTTGTTGAGGATGGCGCATTGTTC
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GATACGTTGATACTTTTCGATCTTTTGTTTGATCTCTAGCACTGTGTCCCAGTAACCTAG
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DS 

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TGAACCTTAACCAGCTCCTTCCTCAGCTCTCCCACGTTATCACTCGCGTTCACCTCCACC
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CCTAGTTCAATGCAGAACGTTGGGCCTCTTTGTACCTCGAAGAACACATCCATATTGTGA
TATCAACTGGGTGTTTCAAGATCAATGGCAACTGATGATCC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 4

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TATCAACCCAAAGCAGTGAACTTGAGTCAACTCGCATTTGGGATTATGAAGTAACAAAAT
AAGCATTCTCAAGAAGCTGAATGAAGAAGACGTTATGGTCTCTAATTAATGGTTTCTGTG
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TC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1CL41TF U 1
AF RR1B914TF U 1
AF RR1CC19TF U 2
AF RR1CL41JQ C 252
BS 1 753 RR1B914TF
BS 754 774 RR1CC19TF
BS 775 775 RR1CL41JQ
BS 776 790 RR1CC19TF
BS 791 842 RR1CL41JQ

RD RR1CL41TF 708 0 0
G
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GAGATCAATGTGCCGCATAAAGCATGTGCTGACAGAGAGAGCGATTGAAGAACCGGATCC
CAGAAGATCTGCCGAGATGAAGAGAATGGTCAATGCTATGTGATCTCTTGTGCTTCTCTT
ATCAACCCAAAGCAGTGAACTTGAGTCAACTCGCATTTGGGATTATGAAGTAACAAAATA
AGCATTCTCAAGAAGCTGAATGAAGAAGACGTTATGGTCTCTAATTAATGGTTTCTGTGT
CTCTTATTAGAAAA*TGTTGGTCAGTAGCTATATGCACTGTT
CTGTA

QA 2 703 2 703
DS 

RD RR1B914TF 753 0 0
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CTAGGATTGCCAAGAACCCTCTTGAAGAGTTCTTTGAGTTCGATAGAAGCCAGGACGAAG
ACAAACCTGTTGTCTACGGCCGAGGATGGAAAGCTTCGGAACTGAGGCTCAAGTCATGGG
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GTCAGATGCTTCAAGCTCAGAACATGATGTTTCCTAACCCTGAACGCATTCCTAAGGTGA
GGAGATCAATGTGCCGCATAAAGCATGTGCTGACAGAGAGAGCGATTGAAGAACCGGATC
CCAGAAGATCTGCCGAGATGAAGAGAATGGTCAATGCTATGTGATCTCTTGTGCTTCTCT
TATCAACCCAAAGCAGTGAACTTGAGTCAACTCGCATTTGGGATTATGAAGTAACAAAAT
AAGCATTCTCAAGAAGCTGAATGAAGAAGACGTTATGGTCTCTAATTAATGGTTTCTGTG
TCTCTTATTAGAAAAATGTTGGTCAGTAGCTATATGCACTGTTTCTGTAAAACCATGTTG
GTGTTGTGTCGGTTAATTCAGAGCTTTGGTCTT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1CC19TF 789 0 0
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GAGGAGGCTGTTTGTTGTTACTATGTTTCTCACGCGATTTTTCGGGAGGAGATTCTTGGC
TGTGGCTGCATCGACGAGATCGGAGTCAACTACTGCAGCAGCAGCAGCTGCCTCGACTGC
TAGGATTGCCAAGAACCCTCTTGAAGAGTTCTTTGAGTTCGATAGAAGCCAGGACGAAGA
CAAACCTGTTGTCTACGGCCGAGGATGGAAAGCTTCGGAACTGAGGCTCAAGTCATGGGA
TGATCTACAGAAGCTGTGGTACGTTCTCCTCAAAGAGAAGAACATGCTGCTGACTCAGCG
TCAGATGCTTCAAGCTCAGAACATGATGTTTCCTAACCCTGAACGCATTCCTAAGGTGAG
GAGATCAATGTGCCGCATAAAGCATGTGCTGACAGAGAGAGCGATTGAAGAACCGGATCC
CAGAAGATCTGCCGAGATGAAGAGAATGGTCAATGCTATGTGATCTCTTGTGCTTCTCTT
ATCAACCCAAAGCAGTGAACTTGAGTCAACTCGCATTTGGGATTATGAAGTAACAAAATA
AGCATTCTCAAGAAGCTGAATGAAGAAGACGTTATGGTCTCTAATTAATGGTTTCTGTGT
CTCTTATTAGAAAA*TGTTGGTCAGTAGCTATATGCACTGTTTCTGTAAA*CCATGTTGG
TGTTGTGTCGGT*AATTCAGAGCTTTGGTCTTCGAACACAATCTAGAGAGCAA*TACAAT
TTTATTTGG

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1CL41JQ 591 0 0
GTCTACGGCCGAGGATGGAAAGCTTCGGAACTGAGGCTCAAGTCATGGGATGATCTACAG
AAGCTGTGGTACGTTCTCCTCAAAGAGAAGAACATGCTGCTGACTCAGCGTCAGATGCTT
CAAGCTCAGAACATGATGTTTCCTAACCCTGAACGCATTCCTAAGGTGAGGAGATCAATG
TGCCGCATAAAGCATGTGCTGACAGAGAGAGCGATTGAAGAACCGGATCCCAGAAGATCT
GCCGAGATGAAGAGAATGGTCAATGCTATGTGATCTCTTGTGCTTCTCTTATCAACCCAA
AGCAGTGAACTTGAGTCAACTCGCATTTGGGATTATGAAGTAACAAAATAAGCATTCTCA
AGAAGCTGAATGAAGAAGACGTTATGGTCTCTAATTAATGGTTTCTGTGTCTCTTATTAG
AAAAATGTTGGTCAGTAGCTATATGCACTGTTTCTGTAAAACCATGTTGGTGTTGTGTCG
GTTAATTCAGAGCTTTGGTCTTCGAACACAATCTAGAGAGCAAATACAATTTTATTTGGC
CGTATTAAGCAGATGAATATTCTGTGTAAAAGTTCTTAATTATATTCATTC

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 2

CO CL2667Contig1 944 2 10 U
GGGTAACTTTCCCCTTCTCGTTTCGACCTTCCTTCGTCTATCAAGTTTCTCTTTTTCCCC
TTTTAAATCAGAGATTCCTAATCCAATATCCATTTCTCAGTCTTTCTCTTCCACCATTCT
CTTTGATTACTGTAGTTCGTTGGATGAGGAACAGAGAGAGTGAAAGTTGCTGTCTTTAAT
GGGCAATTCATGCCGTCGATCTTCCAAAGACAAAATCTACCAAGCCAATAAGCCTGAAGA
TCACTCCAAATCCTCCTCTACCACCAACGTTGTTTCCTCAGATCGCTCTGTTCCCACTTC
ACAAGAATCCTCCAAAGAAGCAGCTCACAACAACAACAACAACAAGGACAAGAATCCAGC
TCTCGTTATCCCTTCGAGAGAACCAATCAGGAGACGCAACATGGACAACCAAGCTTACTA
CGTCCTCGGTCACAAGACTCCCAACATCCGCGACCTCTACGCGCTGAGCCGCAAGCTAGG
ACAAGGCCAGTTCGGGACGACTTACCTCTGCACGGAGCTCGCCACGGGGGTTGACTACGC
TTGCAAGTCGATATCCAAGAGGAAGCTGATCTCCAAGGAAGACGTCGAGGACGTAAGGAG
GGAGATTCAGATCATGCACCACTTAGCTGGTCACGGTAACATCGTGACGATCAAAGGAGC
TTATGAGGACTCTCTGTACGTCCACATTGTGATGGAGCTTTGCGCTGGAGGTGAGCTGTT
TGACAGGATTATTCAGAGAGGGCGTTACAGCGAGAGGAAGAGCATCTCGTGGCTGCGTTT
CAATACTTTGACAAAGACGGAAGCGGTTACATAACGATAGATGAGCTGCAACAAGCGTGT
GTGGAACATAGTATGACTGATGTTTTCCTTGAAGACATCATCAAAGAAGTTGATAAAAAC
AATGATGGGCAGATTGATTATGGTGAGTTTGTGGAGATGATGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H728TF U 1
AF RR1AZ55TF U 200
BS 1 305 RR1H728TF
BS 306 306 RR1AZ55TF
BS 307 389 RR1H728TF
BS 390 390 RR1AZ55TF
BS 391 499 RR1H728TF
BS 500 500 RR1AZ55TF
BS 501 591 RR1H728TF
BS 592 592 RR1AZ55TF
BS 593 710 RR1H728TF
BS 711 944 RR1AZ55TF

RD RR1H728TF 715 0 0
GGGTAACTTTCCCCTTCTCGTTTCGACCTTCCTTCGTCTATCAAGTTTCTCTTTTTCCCC
TTTTAAATCAGAGATTCCTAATCCAATATCCATTTCTCAGTCTTTCTCTTCCACCATTCT
CTTTGATTACTGTAGTTCGTTGGATGAGGAACAGAGAGAGTGAAAGTTGCTGTCTTTAAT
GGGCAATTCATGCCGTCGATCTTCCAAAGACAAAATCTACCAAGCCAATAAGCCTGAAGA
TCACTCCAAATCCTCCTCTACCACCAACGTTGTTTCCTCAGATCGCTCTGTTCCCACTTC
ACAAGTATCCTCCAAAGAAGCAGCTCACAACAACAACAACAACAAGGACAAGAATCCAGC
TCTCGTTATCCCTTCGAGAGAACCAATCATGAGACGCAACATGGACAACCAAGCTTACTA
CGTCCTCGGTCACAAGACTCCCAACATCCGCGACCTCTACGCGCTGAGCCGCAAGCTAGG
ACAAGGCCAGTTCGGGACGGCTTACCTCTGCACGGAGCTCGCCACGGGGGTTGACTACGC
TTGCAAGTCGATATCCAAGAGGAAGCTGATCTCCAAGGAAGACGTCGAGGATGTAAGGAG
GGAGATTCAGATCATGCACCACTTAGCTGGTCACGGTAACATCGTGACGATCAAAGGAGC
TTATGAGGACTCTCTGTACGTCCACATTGTGATGGAGCTTTGCGCTGGAG
TGAGC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1AZ55TF 745 0 0
G
CTTCCAAAGACAAAATCTACCAAGCCAATAAGCCTGAAGATCACTCCAAATCCTCCTCTA
CCACCAACGTTGTTTCCTCAGATCGCTCTGTTCCCACTTCACAAGAATCCTCCAAAGAAG
CAGCTCACAACAACAACAACAACAAGGACAAGAATCCAGCTCTCGTTATCCCTTCGAGAG
AACCAATCAGGAGACGCAACATGGACAACCAAGCTTACTACGTCCTCGGTCACAAGACTC
CCAACATCCGCGACCTCTACGCGCTGAGCCGCAAGCTAGGACAAGGCCAGTTCGGGACGA
CTTACCTCTGCACGGAGCTCGCCACGGGGGTTGACTACGCTTGCAAGTCGATATCCAAGA
GGAAGCTGATCTCCAAGGAAGACGTCGAGGACGTAAGGAGGGAGATTCAGATCATGCACC
ACTTAGCTGGTCACGGTAACATCGTGACGATCAAAGGAGCTTATGAGGACTCTCTGTACG
TCCACATTGTGATGGAGCTTTGCGCTGGAGGTGAGCTGTTTGACAGGATTATTCAGAGAG
GGCGTTACAGCGAGAGGAAGAGCATCTCGTGGCTGCGTTTCAATACTTTGACAAAGACGG
AAGCGGTTACATAACGATAGATGAGCTGCAACAAGCGTGTGTGGAACATAGTATGACTGA
TGTTTTCCTTGAAGACATCATCAAAGAAGTTGATAAAAACAATGATGGGCAGATTGATTA
TGGTGAGTTTGTGGAGATGATGCA

QA 2 745 2 745
DS 



AS 1 2

CO CL2668Contig1 733 2 6 U
ATAATAGTTTTATAAGCAAGTTTTCACAATGACTTGATTTTTACAAAGCAAAAACTTAAT
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AAAAAAAAGAAAAGGAAAATCGTTCGCTGGACACACGATATCGTCAAGGTAAAATGGCAC
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BQ
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BQ
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G
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AGTGCACAACAAATTGTGGAAAGCCTACACAGACCAGGTACCATGTACCACGTTCTTGGT
TGAAGCCTGACAGTAATCTACTAGTGCTCTTTGAAGAAACCGGGGGAAACCCGTTTAAAA
TCTCGGTTAAGACGGTTACTGCTGGTGTTCTGTGCGGCCAAGTCTCGGAGTCGCATTATC
CACCTCTGAGGAAATGGTCCACACCAGGTTTCATTAATGGAACAATGTCGATAAACAGTG
TGGCACCAGAGATGCATCTGCGTCGTGAAGAAGGCCATGTAATATCCTCCATCGAGTTTG
CTAGCTATGGAACTCCAAGAGGTAGCTGCGAGAGGTTCTCTACGGGGAAATGCCACGCAT
CCAAATCGTTGTCAATCGTCTCTGAGGCTTGTAAAGGACGCAACAGCTGCTTCATTGAAG
TGTCGAATACTGCATTTCAGAGTGATCCGTGTAGAGGAACTTTAAAGACATTAGCGGTTA
TGGCACGGTGTTCGCCTTCTCAGAGCACGAGTTACCTCGGTTTTTCAGCAGCGTAA*GCT
GCTTCAGATTGATTACATGACTATAATATCC

QA 2 752 2 752
DS 

RD RR1AF91JQ 808 0 0
TGGAAAGCCTACACAGACCAGGTACCATGTACCACGTTCTTGGTTGAAGCCTGACAGTAA
TCTACTAGTGCTCTTTGAAGAAACCGGGGGAAACCCGTTTAAAATCTCGGTTAAGACGGT
TACTGCTGGTGTTCTGTGCGGCCAAGTCTCGGAGTCGCATTATCCACCTCTGAGGAAATG
GTCCACACCAGGTTTCATTAATGGAACAATGTCGATAAACAGTGTGGCACCAGAGATGCG
TCTGCGTTGTGAAGAAGGCCATGTAATATCCTCCATCGAGTTTGCTAGCTATGGAACTCC
AAGAGGTAGCTGCGAGAGGTTCTCTACGGGGAAATGCCACGCATCCAAATCGTTGTCAAT
CGCCTTTGAGGCTTGTAAAGGACGCAACAGCTGCTTCATTGAAGTGTCGAATACTGCATT
TCAGAGTGATCCGTGTAGAGGAACTTTAAAGACATTAGCGGTTATGGCACGGTGTTCGCC
TTCTCAGAGCACGAGTTACCTCGGTTTTTCGGCAGCGTAAAGCTGCCTCAGATTGATTAC
ATGACTATAATATCCTGAAGAAGACCGCAGTTGATCAACTAGTAAGAAGAACATGCCTCA
TCACAAGCTTCTTGCTTTGATCTTTTGTCTTTCAGAGAGTGAACAGTTGGGCTTGATCTA
GTTTCGTCGGTGTGTCCATTCTCCACTTGAAACCAATAAACCCTTGAATGTTTATGCATG
TACAGTTTGTTGTTAATGTTCGGCAACACTCGGCTGTTTGTAATGTTTCAGACTCGATTG
TCATAAATGCATATATTTATGTTTGTGT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1D301JQ 563 0 0
CGTC
GTGAAGAAGGCCATGTAATATCCTCCATCGAGTTTGCTAGCTATGGAACTCCAAGAGGTA
GCTGCGAGAGGTTCTCTACGGGGAAATGCCACGCATCCAAATCGTTGTCAATCGTCTTTG
AGGCTTGTAAAGGACGCAACAGCTGCTTCATTGAAGTGTCGAATACTGCATTTCAGAGTG
ATCCGTGTAGAGGAACTTTAAAGACATTAGCGGTTATGGCACGGTGTTCGCCTTCTCAGA
GCACGAGTTACCTCGGTTTTTCGGCAGCGTAAAGCTGCTTCAGATTGATTACATGACTAT
AATATCCTGAAGAAGACCGCAGTTGATCAACTAGTAAGAAGAACATGCCTCATCACAAGC
TTTTTGCTTTGATCTTTTGTCTTTCAGAGAGTGAACAGTTGGGCTTGATCTAGTTTCGTC
GGTGTGTCCATTCTCCACTTGAAACCAATAAACCCTTGAATGTTTATGCATGTACAGTTT
GTTGTTAATGTTCGGCAACACTCGGCTGTTTGTAATGTTTCAGACTCGATTGTCATAAAT
GCATATATTTATGTTTG
CG

QA 5 561 5 561
DS 



AS 1 4

CO CL2670Contig1 910 4 4 U
TCTCCTCACTTGCCTTGAAACTAGAGCTTCAATCCCAAAAAAAAAATGGCCGCTTCAGCT
GCTGTAACCGCAAACTACGTCCTCAAGCCACCTCCATACCCTCTGGATGCTTTGGAGCCG
CATATGAGCAAGCAAACTCTAGAGTTTCACTGGGGAAAACACCACAGGGCTTACGTGGAC
AACCTCAAGAAACAGGTTCTTGGATCCGAGCTTGAAGGCAAGCCCTTAGAGCATATCATC
CAAAACACTTACAACAATGGCGACCTCCTCCC*TCCTTTCAACAACGCTGCTCAGGCGTG
GAACCACGAGTTTTTCTGGGAATCAATGAAACCAGGTGGTGGAGGAAAGCCATCAGGAGA
GCTTCTTGCTCTGCTTGAAAGAGATTTCACTTCTTATGAGAAGTTTTATGATGAGTTCAA
TGCTGCTGCTGCCACTCAGTTTGGAGCTGGCTGGGCCTGGCTTGCTTACGCAGATAACAA
ACTCAAAGTTGTGAAAACTCCAAATGCTGTAAACCCCCTTGTGCTCGGCTCTTTCCCATT
GCTTACCATTGATGTCTGGGAGCATGCATACTATCTCGACTTCCAGAACCGGAGACCCGA
TTACATAAAGACATTCATGAACAATCTTGTGTCTTGGGAGGCTGTTAGTTCCAGACTTGA
GGCTGCCAAGGCTGCTTCTGCTTAAGCAGAGTCATCAGACACACTCGGACCAAAACTCTG
ACTTCAGTTATGTGTGTTATGCATTACTGAAGTTTCTTAATAAAATATTGGTCGTGGTTA
TAAGGACACTGCTCTCTTGTTGTAAGGTCTCATCGAGTCTTTCATCTTATTTCTTGTTTA
CTGAGATTTGAATCATCGTGTAATAATGAACTACCATGTTTTCTTCTTTGTGTGATTTGT
TTTTTTATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT20TF U 78
AF RR1CY79TF U 1
AF RR1GT20JQ C 176
AF RR1CY79JQ C 123
BS 1 381 RR1CY79TF
BS 382 383 RR1GT20TF
BS 384 675 RR1CY79TF
BS 676 910 RR1CY79JQ

RD RR1GT20TF 573 0 0
G
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CTAGAGTTTCACTGGGGAAAACACCACAGGGCTTACGTGGACAACCTCAAGAAACAGGTT
CTTGGATCCGAGCTTGAAGGCAAGCCCTTAGAGCATATCATCCAAAACACTTACAACAAT
GGCGACCTCCTCCC*TCCTTTCAACAACGCTGCTCAGGCGTGGAACCACGAGTTTTTCTG
GGAATCAATGAAACCAGGTGGTGGAGGAAAGCCATCAGGAGAGCTTCTTGCTCTGCTTGA
AAGAGATTTCACTTCTTATGAGAAGTTTTATGATGAGTTCAATGCTGCTGCTGCCACTCA
GTTTGGAGCTGGCTGGGCCTGGCTTGCTTACGCAGATAACAAACTCAAAGTTGTGAAAAC
TCCAAATGCTGTAAACCCCCTTGTGCTCGGCTCTTTCCTATTGCTTACCATTGATGTCTG
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GAACAATCTTGTGTCTTGGGAGGCTGTTAGTT

QA 2 573 2 573
DS 

RD RR1CY79TF 675 0 0
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CATATGAGCAAGCAAACTCTAGAGTTTCACTGGGGAAAACACCACAGGGCTTACGTGGAC
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CAAAACACTTACAACAATGGCGACCTCCTCCC*TCCTTTCAACAACGCTGCTCAGGCGTG
GAACCACGAGTTTTTCTGGGAATCAATGAAACCAGGTGGTGGAGGAAAGCCATCAGGAGA
GCTTCTTGCTCTGCTTGAAAG**ATTTCACTTCTTATGAGAAGTTTTATGATGAGTTCAA
TGCTGCTGCTGCCACTCAGTTTGGAGCTGGCTGGGCCTGGCTTGCTTACGCAGATAACAA
ACTCAAAGTTGTGAAAACTCCAAATGCTGTAAACCCCCTTGTGCTCGGCTCTTTCCCATT
GCTTACCATTGATGTCTGGGAGCATGCATACTATCTCGACTTCCAGAACCGGAGACCCGA
TTACATAAAGACATTCATGAACAATCTTGTGTCTTGGGAGGCTGTTAGTTCCAGACTTGA
GGCTGCCAAGGCTGC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1GT20JQ 711 0 0
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TCATCCAAAACACTTACAACAATGGCGACCTCCTCCC*TCCTTTCAACAACGCTGCTCAG
GCGTGGAACCACGAGTTTTTCTGGGAATCAATGAAACCAGGTGGTGGAGGAAAGCCATCA
GGAGAGCTTCTTGCTCTGCTTGAAAGAGATTTCACTTCTTATGAGAAGTTTTATGATGAG
TTCAATGCTGCTGCTGCCACTCAGTTTGGAGCTGGCTGGGCCTGGCTTGCTTACGCAGAT
AACAAACTCAAAGTTGTGAAAACTCCAAATGCTGTAAACCCCCTTGTGCTCGGCTCTTTC
CTATTGCTTACCATTGATGTCTGGGAGCATGCATACTATCTCGACTTCCAGAACCGGAGA
CCCGATTACATAAAGACATTCATGAACAATCTTGTGTCTTGGGAGGCTGTTAGTTCCAGA
CTTGAGGCTGCCAAGGCTGCTTCTGCTTAAGCAGAGTCATCAGACACACTCGGACCAAAA
CTCTGACTTCAGTTATGTGTGTTATGCATTACTGAAGTTTCTTAATAAAATATTGGTCGT
GGTTATAAGGACACTGCTCTCTTGTTGTAAGGTCTCATCGAGTCTTTCATCTTATTTCTT
GTTTACTGAGATT*GAATCATCGTGTAATAATGAACTACCATGTTTTCTTC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1CY79JQ 788 0 0
TATGAGCAAGCAAACTCTAGAGTTTCACTGGGGAAAACACCACAGGGCTTACGTGGACAA
CCTCAAGAAACAGGTTCTTGGATCCGAGCTTGAAGGCAAGCCCTTAGAGCATATCATCCA
AAACACTTACAACAATGGCGACCTCCTCCCCTCCTTTCAACAACGCTGCTCAGGCGTGGA
ACCACGAGTTTTTCTGGGAATCAATGAAACCAGGTGGTGGAGGAAAGCCATCAGGAGAGC
TTCTTGCTCTGCTTGAAAG**ATTTCACTTCTTATGAGAAGTTTTATGATGAGTTCAATG
CTGCTGCTGCCACTCAGTTTGGAGCTGGCTGGGCCTGGCTTGCTTACGCAGATAACAAAC
TCAAAGTTGTGAAAACTCCAAATGCTGTAAACCCCCTTGTGCTCGGCTCTTTCCCATTGC
TTACCATTGATGTCTGGGAGCATGCATACTATCTCGACTTCCAGAACCGGAGACCCGATT
ACATAAAGACATTCATGAACAATCTTGTGTCTTGGGAGGCTGTTAGTTCCAGACTTGAGG
CTGCCAAGGCTGCTTCTGCTTAAGCAGAGTCATCAGACACACTCGGACCAAAACTCTGAC
TTCAGTTATGTGTGTTATGCATTACTGAAGTTTCTTAATAAAATATTGGTCGTGGTTATA
AGGACACTGCTCTCTTGTTGTAAGGTCTCATCGAGTCTTTCATCTTATTTCTTGTTTACT
GAGATTTGAATCATCGTGTAATAATGAACTACCATGTTTTCTTCTTTGTGTGATTTGTTT
TTTTATCG

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 4

CO CL2671Contig1 1098 4 7 U
GTAATGAAGAAAATCAATTTATTAAAAAAAAGAGAGCAACAACAAAGAGAATTTGCACTA
AACAACAAGATAGATAGGAATAATTGTTTGTTAGACTCTAGACTCTAGACCTCCTACACT
CCGGTGGGAATCCTTGAGGAAACCTTTTAACATCAGAGCAATAATCATAAATCATGAAAT
ACTTTTGAACCCATCTCAATCTTCTTCTCCCATAAGCATTAAGCTCGTTAGCCACTTGTG
ATTCACCATTAGCGAACGTGCTCCTGAACTTAGGATCACAGTAAGAGGACCCTGACGAAA
CGGTACAAGCCGCAGCGTTGAAGCCTCTGTAGTAAGCAGTGAAAGGAGCTTTAGACCAAT
CTGTCTTGACCAAACCACCTCTCGTGGCCCAGTCATCAGCATTCCATAGGCTCGAGTAGA
TCCTCATTGGTTGCTTCTTGGGAAACGGAACACCAAGTTGCTCTGCGTTGTTGAATACTC
TGATTGGTACATTATCTACAATAAATATGATGTGTTGAGGTCTCCAGACAAGGGAGTAAG
TGTGGAAGTTCTTGGTTGGGTCGAACCAGAGGTAAAACTGTTGCTCTCTGTTTCCTTTGC
CTTGTGCAAAGACATTAGTGTGAAGAACATAAGGCTTCCCTGTCTCGTTACCAAGAAACT
CAAAGTCTATCTCGTCGTGTGTTGGTCCTTCCGACGATAAGTAATAGGCAGTGACGGTTC
CGGCGGAGTTTCCGGCGACGAGCTTGAGCCGCATGTCGATTCTTCCGAATAAGTACTCTT
TCTTGGATTTGAAACCTGACCCGGAAACCCGGTCTAGTGACAGTGAGAGCATTTTCCCTC
CGCTGAAGATTTTGCCTCTGTGTTCACCCCATGTCAAGTCGAACTCTTCGTTGAAGCTTC
CAGAGTAAGCAGTTCCAACCATTGTTAGAACAAGAACGGTCGCCAACACGGCGAGGTTCA
AGAACTGACCCATTTAGAGTAGGAGAGGGGGGGGGGGGGGCTAGATGATAGAATTGAAAG
TTAAGGGGTCTATTTCAAAAATAGTAGAAGAAGGGAGTTTTTATATGTGTTGTTTGTTTG
AGGGATAGTGTGATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1FP49JQ U 1
AF RR1EC05JQ U 6
AF RR1EC05TF C 510
AF RR1FP49TF C 894
BS 1 565 RR1FP49JQ
BS 566 713 RR1EC05JQ
BS 714 999 RR1EC05TF
BS 1000 1000 RR1FP49TF
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BS 1030 1030 RR1FP49TF
BS 1031 1098 RR1EC05TF

RD RR1FP49JQ 565 0 0
GTAATGAAGAAAATCAATTTATTAAAAAAAAGAGAGCAACAACAAAGAGAATTTGCACTA
AACAACAAGATAGATAGGAATAATTGTTTGTTAGACTCTAGACTCTAGACCTCCTACACT
CCGGTGGGAATCCTTGAGGAAACCTTTTAACATCAGAGCAATAATCATAAATCATGAAAT
ACTTTTGAACCCATCTCAATCTTCTTCTCCCATAAGCATTAAGCTCGTTAGCCACTTGTG
ATTCACCATTAGCGAACGTGCTCCTGAACTTAGGATCACAGTAAGAGGACCCTGACGAAA
CGGTACAAGCCGCAGCGTTGAAGCCTCTGTAGTAAGCAGTGAAAGGAGCTTTAGACCAAT
CTGTCTTGACCAAACCACCTCTCGTGGCCCAGTCATCAGCATTCCATAGGCTCGAGTAGA
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TGATTGGTACATTATCTACAATAAATATGATGTGTTGAGGTCTCCAGACAAGGGAGTAAG
TGTGGAAGTTCTTGGTTGGGTCGAA

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1EC05JQ 708 0 0
GG
AGAAAATCAATTTATTAAAAAAAAGAGAGCAACAACAAAGAGAATTTGCACTAAACAACA
AGATAGATAGGAATAATTGTTTGTTAGACTCTAGACTCTAGACCTCCTACACTCCGGTGG
GAATCCTTGAGGAAACCTTTTAACATCAGAGCAATAATCATAAATCATGAAATACTTTTG
AACCCATCTCAATCTTCTTCTCCCATAAGCATTAAGCTCGTTAGCCACTTGTGATTCACC
ATTAGCGAATGTGCTCCTGAACTTAGGATCACAGTAAGAGGACCCTGACGAAACGGTACA
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GACCAAACCACCTCTCGTGGCCCAGTCATCAGCATTCCATAGGCTCGAGTAGATCCTCAT
TGGTTGCTTCTTGGGAAACGGAACACCAAGTTGCTCTGCGTTGTTGAATACTCTGATTGG
TACATTATCTACAATAAATATGATGTGTTGAGGTCTCCAGACAAGGGAGTAAGTGTGGAA
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AAAGACATTAGTGTGAAGAACATAAGGCTTCCCTGTCTCGTTACCAAGAAACTCAAAGTC
TATCTCGTCGTGTGTTGGTCCTTCCGACGATAAGTAATAGGCAGTG

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DS 

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CGCATGTCGATTCTTCCGAATAAGTACTCTTTCTTGGATTTGAAACCTGACCCGGAAACC
CGGTCTAGTGACAGTGAGAGCATTTTCCCTCCGCTGAAGATTTTGCCTCTGTGTTCACCC
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GGGGGGGGGG*CTAGATGATAGAATTGAAAGTTAAGGGGTTTATTTCAAAAATAGTAGAA
GAAGGGAGTTTTTATATGTGTTGTTTGTTTGAGGGATAGTGTGATGTCC

QA 1 589 1 589
DS 

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AAGG
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TCAAGAACTGACCCATTTAGAGTAGGAGAGGGGGGGGGGGGGGCTAGATGATAGAATTGA
AAGTTAAGGGGTCTATTTCAAAAATAGTAGAAGAAGGGAGTTTTTATATGTGTTGTTTGT
TTGAGGGATAGTGTGAT
CC

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DS 



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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B502JQ C 1
AF RR1CU47JQ C 1
AF RR1CU47TF U 1
AF RR1B502TF U 1
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BS 496 503 RR1B502TF

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AGTGTTAACGATTTGAGCATAAAATAGTCAAACCATGAATGATCGTCAAACCAAACTTGA
GATAATAAGGTGTAGTAATTATCTGGGTATTTTAATTTCTTTTAATCATTTTATTTAAGT
TCTTGTTTAATAAGAAGATAAAA

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DS 

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AGTGTTAACGATTTGAGCATAAAATAGTCAAACCATGAATGATCGTCAAACCAAACTTGA
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TCTTGTTTAATAAGA

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1CU47TF 495 0 0
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TCTTGTTTAATAAGA

QA 1 495 1 495
DS 

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QA 1 503 1 503
DS 



AS 2 4

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AGCTCCATTGGTAGTTACTCGTTCTAGACGGATTCCGACGACCTTAAAGTGCTTCGCTTC
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AGTTCGCATTGTATCTCCAAAGCCTGAGTCTACTCAAGAGAACGACACAGCCGACTTGGA
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AACTGGCAGCATCTTCAGAGAAGTGTATTCTTATGAATCTTTCCTGGAAAAATTAGACCA
GAGACTTGGCAGAATCGAGGCTGAACTAGTCACTGTTGTGAACGTTGCGTCCTTGGTGCT
TAGTCATGAAGATAAACCCAATAATCTAAAGGTTCAGCAAACATCAGAAATTCTTGAAGA
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GTGCCTCAAGCTCCTTCTTGGGTATGAACAGTCTAAGCATTTATATACTCATTCAGGTCC
ATGGCTCTTCTTTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGAATATTAAATTTCTTGTTAAT
GTTGGGTACATTAAATTTTGATGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BL37TF U 1
AF RR1BL37JQ C 252
BS 1 651 RR1BL37TF
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RD RR1BL37TF 652 0 0
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AGCTCCATTGGTAGTTACTCGTTCTAGACGGATTCCGACGACCTTAAAGTGCTTCGCTTC
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CACTCGTGCTAAAGCAAATAGTAATAGGTTGAGACTTTTGAGATTATCCGAAGCTGCAGA
GAATCTAAGGAGACAAGCATCTGTAAGCGTTCAGACAGGGAAAGAGAACGATGCAAGAGA
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GTTGCTCGATGCCCTTTCTTCCAAACTTAACGAGGCAATATCTGCCAAGGAAACACAGCT
GATTGGGAACATATCTTTAGATCTCCAAGTAGATACTGACAATAATAATACTTCAGATGG
AGTTCGCATTGTATCTCCAAAGCCTGAGTCTACTCAAGAGAACGACACAGCCGACTTGGA
TTCTCAGGAAAGTCAACTTACTGAAAACAACTTTGAGGAACAACACCAAGAAGAGGCTTT
AACTGGCAGCATCTTCAGAGAAGTGTATTCTTATGAATCTTTCCTGGAAAA
A

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1BL37JQ 734 0 0
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AGAAGAAGAAAGTCATGCAAGCTTTGGACAAGGCCAAATCCCGTATCGAGTTGCTCGATG
CCCTTTCTTCCAAACTTAACGAGGCAATATCTGCCAAGGAAACACAGCTGATTGGGAACA
TATCTTTAGATCTCCAAGTAGATACTGACAATAATAATACTTCAGATGGAGTTCGCATTG
TATCTCCAAAGCCTGAGTCTACTCAAGAGAACGACACAGCCGACTTGGATTTTCAGGAAA
GTCAACTTACTGAAAACAACTTTGAGGAACAACACCAAGAAGAGGCTTTAACTGGCAGCA
TTTTCAGAGAAGTGTATTTTTATGAATCTTTCCTGGAAAAATTAGACCAGAGACTTGGCA
GAATCGAGGCTGAACTAGTCACTGTTGTGAACGTTGCGTCCTTGGTGCTTAGTCATGAAG
ATAAACCCAATAATCTAAAGGTTCAGCAAACATCAGAAATTCTTGAAGAGATTCGTTCTG
TCAGGGAAAGGATTGCAAATATCATTTCCAAAGAAGCAAACATCAGTTAGTGCCTCAAGC
TCCTTCTTGGGTATGAACAGTCTAAGCATTTATATACTCATTCAGGTCCATGGCTCTTCT
TTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGAATATTAAATTTCTTGTTAATGTTGGGTACAT
TAAATTTTGATGAG

QA 1 734 1 734
DS 



CO CL2673Contig2 948 2 2 U
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TAGACGGATTCCAAAGACCCTAAAGTGCTTCGCTTCCACCGCGAATTCTGAGCTTCTCCG
TTCCCAGCTCGATCGGCTTCACGCGGAGGCAGAGTCCACTCGTGCCAAAGCAAATAGTAA
CAGGTTGAGACTTTTGAGATTATCCGAAGCTGCAGAGAATCTAAGGAGACAAGCATCTGT
AAGCGTTCAGACAGGGAAAGAGAACGATGCAAGAGAGCTGCTTCTCCAGAAGAAGAAAGT
CATGCAAGCTTTGGACAAGGCCAAACCTCGTATCGAGTTGCTCGATACCCTTTCTTCAAA
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CCAAGTAGATAGTGACAATAATAATACTTCAGATGGAGTTCACATTGTATCTCCAAAGCC
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ACTCGTCACTGTTGTGAATGTTGCGTCGTTGGTGCTTAGTCATGAAGATAAACCCAATAA
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TGAACAGTTTAAGCATTTATATACTCATTCAGGTCCATGGCTTTTCTTGATGTGATGTGA
TGTTGATATGATGTGAATATTAAATTTCTTGTTAATGTTGGGTACATT


BQ
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AF RR1E133TF U 1
AF RR1E133JQ C 270
BS 1 647 RR1E133TF
BS 648 948 RR1E133JQ

RD RR1E133TF 647 0 0
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TAGACGGATTCCAAAGACCCTAAAGTGCTTCGCTTCCACCGCGAATTCTGAGCTTCTCCG
TTCCCAGCTCGATCGGCTTCACGCGGAGGCAGAGTCCACTCGTGCCAAAGCAAATAGTAA
CAGGTTGAGACTTTTGAGATTATCCGAAGCTGCAGAGAATCTAAGGAGACAAGCATCTGT
AAGCGTTCAGACAGGGAAAGAGAACGATGCAAGAGAGCTGCTTCTCCAGAAGAAGAAAGT
CATGCAAGCTTTGGACAAGGCCAAACCTCGTATCGAGTTGCTCGATACCCTTTCTTCAAA
ACTCAACGAGGCAATATCTGTCAAGGAAACACAGCTGATTGGGAACATATCTTTAGATCT
CCAAGTAGATAGTGACAATAATAATACTTCAGATGGAGTTCACATTGTATCTCCAAAGCC
TGAGTCTACTCAAGAGAATGACACAACTGACTTGGATTCTCAGGAAAGTCAACTTACTGA
AAACAACTTTGAGGAACAACACCAAGAAGAGGCTTTAACTGGCACCATCTTCAGAGAAGT
GTCTTCTTATGAATTTTTCCTGGAAAATCTAGACCAGAAACTTGGCA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1E133JQ 679 0 0
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GTATCGAGTTGCTCGATACCCTTTCTTCAAAACTCAACGAGGCAATATCTGTCAAGGAAA
CACAGCTGATTGGGAACATATCTTTAGATCTCCAAGTAGATAGTGACAATAATAATACTT
CAGATGGAGTTCACATTGTATCTCCAAAGCCTGAGTCTACTCAAGAGAATGACACAACTG
ACTTGGATTCTCAGGAAAGTCAACTTACTGAAAACAACTTTGAGGAACAACACCAAGAAG
AGGCTTTAACTGGCACCATCTTCAGAGAAGTGTTTTTTTATGAATTTTTCCTGGAAAATT
TAGACCAGAAACTTGGCAGAATCGAGGATGAACTCGTCACTGTTGTGAATGTTGCGTCGT
TGGTGCTTAGTCATGAAGATAAACCCAATAATCTAAAGGTTCAGCAAACATCAGAAATTT
TTCAAGAGATTCGTTCTGTGAGGGAAAGGATTGCAAATATCATTTCCAAAGAAGCAAACA
TCAGTTAGTGCCTCAAGCTCCTTTTTGGGTATGAACAGTTTAAGCATTTATATACTCATT
CAGGTCCATGGCTTTTCTTGATGTGATGTGATGTTGATATGATGTGAATATTAAATTTCT
TGTTAATGTTGGGTACATT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 4

CO CL2674Contig1 737 4 8 U
GGGATCCATCAACATTCTTTCGAACAGCGACCGCCTCTCTCTCTCTCTCTCT**ATTCAT
CCTTGTTCATTGGAACATTCGAGACGACTTCTTCATCTTCAAGGTATCAGAAAGCTATAT
TTTGAGCCATGAGCACAGTGACCAGGCCTTCTTCTTCAGCGACAACCTCTGTCATCTTAG
AAACCCCTGTTTCTCAGTCACAGCCTACAGAAAGATTAGTGCTTCGTTTGAACAGGAAGA
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CCAAGAAATGTTGCATCTTTCACAAACAGAAGCCCTTTGATGAGGATGACAGCGAAGAAG
ATGATGATGATAACCACCACCACCATGATCATGATCATAACCACGAACACTGCGAATCTG
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ACATCATAATATAGAGATATTGGAAGCTTTATAATATGTCATGGAAGACCACTTATTCGT
CTGAGGTTTTGGGTTCTAATGATCTTCTCTTCTTCTACTTGACACAGCAACACTGGTTGG
GCTTTATTAGTATATGTACATGTAATTTGCATATTGCACTGTAATGATATTATTCATTGC
AATGCTGATTTAAACTACTTAAATCTGTAAAGACAATTATGTGAGAGCATCTTTTCAGTT
ATGATCGTTTAATACTT


BQ
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A

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CG

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CGTTTAATACTT

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DS 



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BQ
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AF RR1G601JQ U 25
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TTCCAGTTTGTAGACAGCACCGTCCCATTCGACTCTGCAAATGATTTGTTCATGGCTCGC
CTCATGTCCTCATCAGCACTCTGGTATATATCGCTGAAAAACTTGTTCATAGCTGCATCT
CCATCTAGCTTTTCATCCTTCTCCTGTTTCTTCACTTCAGCTTCCAGCTTGTCCCAGTCT
TTTCCAGGCTTAGAAGATGGGTACACGGGCCTTTGTGACACCGCTGATGGAACATTGGGT
TTAGGCAGAAGAGTTTGTCCTTTGCCATATTCAAGGGAGGCCCAAGTGATTATCTCTGCT
TTTGCGAGACGGACCTCAACTTTTGTTGACA

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1GA23JQ 785 0 0
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CGGAAGAAACTATTAAGTTTAAAGATCTGTCAGAATTTTAGACAAGACCAGAAAAAGAGG
ATTTAAAAAGATGATCAATACTCCCACTTCTTGAGCTCCATGCCATCTGGTGGAGTGCTT
TCCACTTTCTTTGTCCCAACCTCTTTCCAGTTTGTAGACAGCACCGTCCCATTCGACTCT
GCAAATGATTTGTTCATGGCTCGCCTCATGTCCTCATCAGCACTCTGGTATATATCGCTG
AAAAACTTGTTCATAGCTGCATCTCCATCTAGCTTTTCATCCTTCTCCTGTTTCTTCACT
TCAGCTTCCAGCTTGTCCCAGTCTTTTCCAGGCTTAAAAGATGGGTACACGGGCCTTTGT
GACACCGCTGATGGAACATTGGGTTTAGGCAGAAGAGTTTGTCCTTTGCCATATTCAAGG
GAGGCCCAAGTGATTATCTCTGCTTTTGCGAGACGGACCTCAACTTTTGTTGACAATACT
TCATATCTACACTTCTCTGGTATTATCTTCCCAAACAATCTTGGCTGGAAGTGATACGCT
TCTCCTCCAGAAACATCAATCACAACACTCAGAATCTGGTCACCAAACTCAACATTCACG
TTCTGCTTTGGTATTCCTTTAGCGAAAACTGTCACCACAATTTCTTCTGGCTTCTGGTAG
AACTCGTGTCTGAACATAGGTTTGGCAGGTGGTGCAG*ACTTGGAACAGGAGGAGTATCA
GCTAC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1GA23TF 584 0 0
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CGTTGCGAGTGGTGTTGTAGAGCTTGAAGGCAAAGTCGGTGGCACTTGCTGAACCAAATC
TTTCTCTTCTTCTGCAATGAGAAGGTTGCACTCATCTATCATCTTCTCAAACTTGGACTC
GTTAGGTGCAACGGAAGCTCCCTTCTCTAGAGCTGCTTTAGCAGTAGTATACTCTTCTAG
CTTCATACAAGCAGTGCCCTTTCTGAGATAAGCTTTTGCCAACGTAGGCTCCAACTCGAT
GGCTTTGTTGGCATCTGCAACAGCTTCGGTGAAGTTGTGGAGTTTGATGTTGGCCTGAGC
ACGATCGGCGAAGAAGGCGGCGCAATTAGGGTCCAAGTCAATGGCTTTGGAGTATAAGTC
AACAGCCACATCGAAGTCGTCATCTAAGAAAGCCTCTTTAGCTTTTTCCGCTAGTTCCTT
CGCCATTGAATCAAACTCTTTTTGGAGGAGGATTTGAATAAGACAAGATTAGATTAGATT
AGACAGAAAGAGCCCTCTCGATTCTCAGACTTTGTTGTTTCTCA

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1G601TF 569 0 0
TTTGGCAGGTGGTGCAGGACTTGGAACAGGAGGAGTATCAGCTACCGTTGCGAGTGGTGT
TGTAGAGCTTGAAGGCAAAGTCGGTGGCACTTGCTGAACCAAATCTTTCTCTTCTTCTGC
AATGAGAAGGTTGCACTCATCTATCATCTTCTCAAACTTGGACTCGTTAGGTGCAACGGA
AGCTCCCTTCTCTAGAGCTGCTTTAGCAGTAGTATACTCTTCTAGCTTCATACAAGCAGT
GCCCTTTCTGAGATAAGCTTTTGCCAACGTAGGCTCCAACTCGATGGCTTTGTTGGCATC
TGCAACAGCTTCGGTGAAGTTGTGGAGTTTGATGTTGGCCTGAGCACGATCGGCGAAGAA
GGCGGCGCAATTAGGGTCCAAGTCAATGGCTTTGGAGTATAAGTCAACAGCCACATCGAA
GTCGTCATCTAAGAAAGCCTCTTTAGCTTTTTCCGCTAGTTCCTTCGCCATTGAATCAAA
CTCTTTTTGGAGGAGGATTTGAATAAGACAAGATTAGATTAGATTAGACAGAAAGAGCCC
TCTCGATTCTCAGACTTTGTTGTTTCTCA

QA 1 569 1 569
DS 



AS 2 4

CO CL2676Contig1 788 2 23 U
GTCAGCTGCCCATCTTATCTAGATCAAGTGGTAGTCCGACGAGCCAACTCTCCGTGGAGT
CTCTCCATCTGACCGGATCTGATCTATATGGAAAAAAATGTATCCTCTCTTTCTCGCTTC
TTTAGCTAGAGCATCGGCCCGTCCATTCATGTTTCGAGGAATATGAGATAGTCTCACATC
CTCAAAATCTTCATGGAGGCCCTGGAAAATCCCGATCTCTGTCGCGAATGCTGGCCACTC
CCCCGGATTCGTAATCATGTCCACCAGATCTGTGCAGTCCGTCTCGAAACTTATCGTGGT
GATCCTCATGTTCCTCATACATGAACCTGCCCAGAGTAAACCTTCCATCTCAGCGTGAAA
TGCTGAGAGGCTCCTACTACAAGCCCTCTGTCCAAAGGATACAGAGCCCACTTGGTCCTT
GAAAATCCACCCTAAGCCACTAACACTGCCATTATCAATCCATGAAGCATCAATTCGGCA
GGTAGGGATTCGGGGTATCCAAGGAGGGCACTGTCTCCACTTCTGAAGAATGGGTACCGT
CATGTTCCCCCTCTTCATCCTCCTTTTCGTTAGCCGTCCTCCAACATTCGGCCTCGAGTG
TCGCATGTTGAAGAGTATCCATCGGGGATACGACTTTCCCATTGAAGAGTTTGTCGTTCC
TCGCCTTCCAGATGTACCAACAGATCCATGGGAAGGTATCAAGTTGTGGTCTCAAGGGAG
CCACCTCTTTTGTCTTCCAAAACAGAAAGTTCATGTTTTGGTATATAGATATACTCGGGA
AGTAACCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK13JQ U 1
AF RR1B521JQ U 1
BS 1 45 RR1B521JQ
BS 46 46 RR1CK13JQ
BS 47 47 RR1B521JQ
BS 48 48 RR1CK13JQ
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BS 77 77 RR1CK13JQ
BS 78 91 RR1B521JQ
BS 92 92 RR1CK13JQ
BS 93 325 RR1B521JQ
BS 326 326 RR1CK13JQ
BS 327 359 RR1B521JQ
BS 360 360 RR1CK13JQ
BS 361 375 RR1B521JQ
BS 376 376 RR1CK13JQ
BS 377 410 RR1B521JQ
BS 411 411 RR1CK13JQ
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BS 425 425 RR1CK13JQ
BS 426 504 RR1B521JQ
BS 505 505 RR1CK13JQ
BS 506 700 RR1B521JQ
BS 701 701 RR1CK13JQ
BS 702 788 RR1B521JQ

RD RR1CK13JQ 731 0 0
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CTCAAAATCTTCATGGAGGCCCTGGAAAATCCCGATCTCTGTCGCGAATGCTGGCCACTC
CCCCGGATTCGTAATCATGTCCACCAGATCTGTGCAGTCCGTCTCGAAGCTTATCGTGGT
GATCCTCATGTTCCTCATACATGAACCTGCCCAGAGTAAACCTTCCATCTCAGCGTGAAA
TGCTGAGAGGCTCCTACTACATGCCCTTTGTCCAAAGGATACATAGCCCACTTGGTCCTT
GAAAATCCACCCTAAGCCACTAACGCTGCCATTATCAATCCATGAAGCATCAATTCGGCA
GGTAGGGATTCGGGGTATCCAAGGAGGGCACTGTCTCCACTTCTGAAGAATGGGTACCGT
CATGTTCTCCCTCTTCGTCCTCCTTTTCGTTAGCCGTCCTCCAACATTCGGCCTCGAGTG
TCGCATGTTGAAGAGTATCCATCGGGGATACGACTTTCCCATTGAAGAGTTTGTCGTTCC
TCGCCTTCCAGATGTAGCAACAGATCCATGGGAAGGTATCAAGTTGTGGTCTCAAGGGAG
CCACCTCTTTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1B521JQ 788 0 0
GTCAGCTGCCCATCTTATCTAGATCAAGTGGTAGTCCGACGAGCCGAGTCTCCGTGGAGT
CTCTCCATCTGACCGGGTCTGATCTATATGGGAAAAAATGTATCCTCTCTTTCTCGCTTC
TTTAGCTAGAGCATCGGCCCGTCCATTCATGTTTCGAGGAATATGAGATAGTCTCACATC
CTCAAAATCTTCATGGAGGCCCTGGAAAATCCCGATCTCTGTCGCGAATGCTGGCCACTC
CCCCGGATTCGTAATCATGTCCACCAGATCTGTGCAGTCCGTCTCGAAACTTATCGTGGT
GATCCTCATGTTCCTCATACATGAAGCTGCCCAGAGTAAACCTTCCATCTCAGCGTGAAG
TGCTGAGAGGCTCCTGCTACAAGCCCTCTGTCCAAAGGATACAGAGCCCATTTGGTCCTT
GAAATTCCACCCTAAGCCACTAACACTGCCATTATCAATCCATGAAGCATCAATTCGGCA
GGTAGGGATTCGGGGTATCCAAGG*GGGCACTGTCTCCACTTCTGAAGAATGGGTACCGT
CATGTTCCCCCTCTTCATCCTCCTTTTCGTTAGCCGTCCTCCAACATTCGGCCTCGAGTG
TCGCATGTTGAAGAGTATCCATCGGGGATACGACTTTCCCATTGAAGAGTTTGTCGTTCC
TCGCCTTCCAGATGTACCAACAGATCCATGGGAAGGTATCGAGTTGTGGTCTCAAGGGAG
CCACCTCTTTTGTCTTCCAAAACAGAAAGTTCATGTTTTGGTATATAGATATACTCGGGA
AGTAACCC

QA 1 788 1 788
DS 



CO CL2676Contig2 962 2 22 U
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ATACTTGGGGTAAAACCCTCTCGATCCCTATTACCAGATGGTTATGCTTGGAACCATACT
AAGTCAGGAGTATATTCAGTTAAGACCGGTTATGATCTACTTCAATCAATGAAACAGAGT
CTTACACAGGATGTGGTTAGTGAACCGAGCTTCACGTGTCTTCTAAGCCATGTTTGGAAG
ATAAAAGCTCCAAGCAAGATGAAGCATTTCCTGCGGCAAGCTCTCTCGGACTGTGTGGCA
ACAGCAGAGAGGCTCACTTATAGACACCTAGGTACCGATAGGAGTTGTCCTAGATGTGCT
GCCCCAGTGGAGTCGATTAATCATCTTCTTTTTGAGTGCCCCCCAGCCCTGCAGGTTTGG
GCTTTATCGGACTATCCGTCCCTTCCGGGTTACTTCCCGAGTATATCTATATACCAAAAC
ATGAACTTTCTGTTTTGGAAGACAAAAGAGGTGGCTCCCTTGAGACCACAACTCGATACC
TTCCCATGGATCTGTTGCTACATCTGGAAGGCGAGGAACGACAAACTCTTCAATGGGAAA
GTCGTATCCCCGATGGATACTCTTCAACATGCGACACTCGAGGCCGAATGTTGGAGGACG
GCTAACGAAAAGGAGGACGAAGAGGGAGAACATGACGGTACCCATTCTTCAGAAGTGGAG
ACAGTGCCCTCCTTGGATACCCCGAATCCCTACCTGCCGAATTGATGCTTCATGGATTGA
TAATGGCAGCGTTAGTGGCTTAGGGTGGATTTTCAAGGACCAAGTGGGCTATGTATCCTT
TGGACAAAGGGCATGTAGTAGGAGCCTCTCAGCATTTCACGCTGAGATGGAAGGTTTACT
CTGGGCAGTTCATGTATGAGAACATGAGATCACCACGATAAGCTTCGAGACGGACTGCAC
AG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1B521TF U 1
AF RR1CK13TF U 261
BS 1 273 RR1B521TF
BS 274 274 RR1CK13TF
BS 275 289 RR1B521TF
BS 290 290 RR1CK13TF
BS 291 329 RR1B521TF
BS 330 330 RR1CK13TF
BS 331 406 RR1B521TF
BS 407 407 RR1CK13TF
BS 408 431 RR1B521TF
BS 432 432 RR1CK13TF
BS 433 557 RR1B521TF
BS 558 558 RR1CK13TF
BS 559 677 RR1B521TF
BS 678 678 RR1CK13TF
BS 679 686 RR1B521TF
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BS 688 729 RR1B521TF
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BS 731 777 RR1B521TF
BS 778 778 RR1CK13TF
BS 779 789 RR1B521TF
BS 790 962 RR1CK13TF

RD RR1B521TF 798 0 0
ACCAAGGAGTGGGATATACCACTTTTGAGAGAATTCTTTCATCCTGATGATATACCTTTG
ATACTTGGGGTAAAACCCTCTCGATCCCTATTACCAGATGGTTATGCTTGGAACCATACT
AAGTCAGGAGTATATTCAGTTAAGACCGGTTATGATCTACTTCAATCAATGAAACAGAGT
CTTACACAGGATGTGGTTAGTGAACCGAGCTTCACGTGTCTTCTAAGCCATGTTTGGAAG
ATAAAAGCTCCAAGCAAGATGAAGCATTTCCTGTGGCAAGCTCTCTCGGGCTGTGTGGCA
ACAGCAGAGAGGCTCACTTATAGACACCTGGGTACCGATAGGAGTTGTCCTAGATGTGCT
GCCCCAGTGGAGTCGATTAATCATCTTCTTTTTGAGTGCCCCCCAGTCCTGCAGGTTTGG
GCTTTATCGGATTATCCGTCCCTTCCGGGTTACTTCCCGAGTATATCTATATACCAAAAC
ATGAACTTTCTGTTTTGGAAGACAAAAGAGGTGGCTCCCTTGAGACCACAACTCGATACC
TTCCCATGGATCTGTTGGTACATCTGGAAGGCGAGGAACGACAAACTCTTCAATGGGAAA
GTCGTATCCCCGATGGATACTCTTCAACATGCGACACTCGAGGCCGAATGTTGGAGGACG
GCTAACGAAAAGGAGGATGAAGAGGGGGAACATGACGGTACCCATTCTTCAGAAGTGGAG
ACAGTGCCC*CCTTGGATACCCCGAATCCCTACCTGCCGAATTGATGCTTCATGGAT*GA
TAATGGCAG
TGTAGTGGC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1CK13TF 702 0 0
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TAGACACCTAGGTACCGATAGGAGTTGTCCTAGATGTGCTGCCCCAGTGGAGTCGATTAA
TCATCTTCTTTTTGAGTGCCCTCCAGCCCTGCAGGTTTGGGCTTTATCGGACTATCCGTC
CCTTCCGGGTTACTTCCCGAGTATATCTATATACCAAAACATGAACTTTCTGTTTTGGAA
GACAAAAGAGGTGGCTCCCTTGAGACCACAACTTGATACCTTCCCATGGATCTGTTGCTA
CATCTGGAAGGCGAGGAACGACAAACTCTTCAATGGGAAAGTCGTATCCCCGATGGATAC
TCTTCAACATGCGACACTCGAGGCCGAATGTTGGAGGACGGCTAACGAAAAGGAGGACGA
AGAGGGAGAACATGACGGTACCCATTCTTCAGAAGTGGAGACAGTGCCCTCCTTGGATAC
CCCGAATCCCTACCTGCCGAATTGATGCTTCATGGATTGATAATGGCAGCGTTAGTGGCT
TAGGGTGGATTTTCAAGGACCAAGTGGGCTATGTATCCTTTGGACAAAGGGCATGTAGTA
GGAGCCTCTCAGCATTTCACGCTGAGATGGAAGGTTTACTCTGGGCAGTTCATGTATGAG
AACATGAGATCACCACGATAAGCTTCGAGACGGACTGCACAG

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 4

CO CL2677Contig1 551 4 7 U
TTCACTGGACAAAGTGAAAATGCTCTTCTAATCATAAAAATACAGCTCAAACAAACACTA
AACATGAAAGCCCGAACGAATAATGATATATCAAACACAACGTAATGCCCATAGATTATG
ATTTTTGTTTTGTTCACACAGCATAAAACGAACTTAAACACAAGCAGCATCAAACACAAT
ATTAATTGTTACCACGGATCCAACCAAGGACATCACGGAAGCTCGTCTCTGGTTTC****
*ATATCTTTCAGCCAAATCTATCTCGACCGTTCGACGGTGTTCAAACATCTGGATAATTG
CCCAACTCATGACAGCACAATATCCATAGGTCATAGATTTGCGAAACAAATGAATCTTTT
CCTTAATCTGCCTGGTCACACGTCTTCGACTGCCTCCCTTCATCTCACTGTTTCCAAGGT
ATGAAGCGAAATTACGGCGAGACCCAACATCTCTCCCTCCCCGACTCACCCGAGCGAGCA
CGGATCTAAGATTCGCCTGCATGATCGAAAATTAGGGTTTAGACTTTCCTTTCCTCGCCT
CTGATTTGTCC


BQ
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0 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1GX74JQ U 3
AF RR1GX74TF C 1
AF RR1DO06JQ U 66
AF RR1DO06TF C 66
BS 1 4 RR1GX74TF
BS 5 95 RR1GX74JQ
BS 96 96 RR1DO06JQ
BS 97 113 RR1GX74JQ
BS 114 114 RR1DO06JQ
BS 115 132 RR1GX74JQ
BS 133 551 RR1DO06JQ

RD RR1GX74JQ 130 0 0
CC
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TGAAAGCCCGAACGAATAATGATATATCAAATACAACGTAATGCCCATAAATTATGATTT
TTGTTTTG

QA 3 130 3 130
DS 

RD RR1GX74TF 541 0 0
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GACATGAAAGCCCGAACGAATAATGATATATCAAATACAACGTAATGCCCATAGATTATG
ATTTTTGTTTTGTTCACACAGCATAAAACGAACTTAAACACAAGCAGCATCAAACACAAT
ATTAATTGTTACCACGGATCCAACCAAGGACATCACGGAAGCTCGTCTCTGGTTTCGAAC
CATATCTTTCAGCCAAATCTATCTCGACCGTTCGACGGTGTTCAAACATCTGGATAATTG
CCCAACTCATGACAGCACAATATCCATAGGTCATAGATTTGCGAAACAAATGAATCTTTT
CCTTAATCTGCCTGGTCACACGTCTTCGACTGCCTCCCTTCATCTCACTGTTTCCAAGGT
ATGAAGCGAAATTACGGCGAGACCCAACATCTCTCCCTCCCCGACTCACCTGAGCGAGCA
CGGATCTAAGATTCGCCTGCATGATCGAAAATTAGGGTTTAGACTTTCCTTTCCTCGCCT
C

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1DO06JQ 486 0 0
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TGTTTTGTTCACACAGCATAAAACGAACTTAAACACAAGCAGCATCAAACACAATATTAA
TTGTTACCACGGATCCAACCAAGGACATCACGGAAGCTCGTCTCTGGTTTC*****ATAT
CTTTCAGCCAAATCTATCTCGACCGTTCGACGGTGTTCAAACATCTGGATAATTGCCCAA
CTCATGACAGCACAATATCCATAGGTCATAGATTTGCGAAACAAATGAATCTTTTCCTTA
ATCTGCCTGGTCACACGTCTTCGACTGCCTCCCTTCATCTCACTGTTTCCAAGGTATGAA
GCGAAATTACGGCGAGACCCAACATCTCTCCCTCCCCGACTCACCCGAGCGAGCACGGAT
CTAAGATTCGCCTGCATGATCGAAAATTAGGGTTTAGACTTTCCTTTCCTCGCCTCTGAT
TTGTCC

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1DO06TF 486 0 0
GAAAGCCCGAACGAATAATGATATATCAAACACAACGTAATGCCCATAGATTATGATTTT
TGTTTTGTTCACACAGCATAAAACGAACTTAAACACAAGCAGCATCAAACACAATATTAA
TTGTTACCACGGATCCAACCAAGGACATCACGGAAGCTCGTCTCTGGTTTC*****ATAT
CTTTCAGCCAAATCTATCTCGACCGTTCGACGGTGTTCAAACATCTGGATAATTGCCCAA
CTCATGACAGCACAATATCCATAGGTCATAGATTTGCGAAACAAATGAATCTTTTCCTTA
ATCTGCCTGGTCACACGTCTTCGACTGCCTCCCTTCATCTCACTGTTTCCAAGGTATGAA
GCGAAATTACGGCGAGACCCAACATCTCTCCCTCCCCGACTCACCCGAGCGAGCACGGAT
CTAAGATTCGCCTGCATGATCGAAAATTAGGGTTTAGACTTTCCTTTCCTCGCCTCTGAT
TTGTCC

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 3

CO CL2678Contig1 942 3 8 U
GGATCACAACTAAAACAATAACATACCAAAAACAATAATGAAGATCCTCTCACTTTCACT
TATCTTGCTCTTGGCCGCTACGGTCTCCCAAGGCCGACCTTCGCTACCTTTGCCTAGGCT
CATTGAACTCCTCACATCAGCCAACGAAGCCGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCAT
CAGCTACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCTTGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTT
CCAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTA
CCGTGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTT
GAAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTAATGT
TCCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAA
GTGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACAT
CCAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGT
CACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATCTTATTTAAGCC
AACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAGTCAAAGGAGAGGAAGAAGCTGGTGAG
GAGTGGTCACACTATCATTGGGAATATTGGAGACCAATGGGCTGATTTGGCTAAAGACAG
CCCTGGGAGAAGGACATTCAAGCTCCCTAATCCACTTTACTACAAGAACTAATCAAGCAT
CTTTTTCATGTATTTGTTGTTCATGCATCCACCTAAATATGAGTCAATGTATTCTATCGC
AACTAAATAAATAACTCATAAATAAATGAGTACTTCGTACGT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV74TF U 4
AF RR1GW63TF U 1
AF RR1GV74JQ C 416
BS 1 700 RR1GW63TF
BS 701 701 RR1GV74JQ
BS 702 743 RR1GW63TF
BS 744 744 RR1GV74JQ
BS 745 754 RR1GW63TF
BS 755 755 RR1GV74JQ
BS 756 774 RR1GW63TF
BS 775 942 RR1GV74JQ

RD RR1GV74TF 576 0 0
GG
ACAACTAAAACAATAACATACCAAAAACAATAATGAAGATCCTCTCACTTTCACTTATCT
TGCTCTTGGCCGCTACGGTCTCCCAAGGCCGACCTTCGCTACCTTTGCCTAGGCTCATTG
AACTCCTCACATCAGCCAACGAAGCCGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCATCAGCT
ACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCTTGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTTCCAGA
CAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTACCGTG
CTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTTGAAGA
ATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTTATGTTCCCT
TTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAAGTGGC
TGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACATCCAAG
AACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCG

QA 3 576 3 576
DS 

RD RR1GW63TF 783 0 0
GGATCACAACTAAAACAATAACATACCAAAAACAATAATGAAGATCCTCTCACTTTCACT
TATCTTGCTCTTGGCCGCTACGGTCTCCCAAGGCCGACCTTCGCTACCTTTGCCTAGGCT
CATTGAACTCCTCACATCAGCCAACGAAGCCGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCAT
CAGCTACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCTTGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTT
CCAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTA
CCGTGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTT
GAAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTAATGT
TCCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAA
GTGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACAT
CCAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGT
CACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATCTTATTTAAGCC
AACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAGTCAAAG*AGAGGAAGAAGCTGGTGAG
GAGTGGTCACACTATCATTGGGA*TATTGGAGAC*AATGGGCTGATTTGGCTAA
GACAGCCTG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1GV74JQ 527 0 0
T
ATGTTCCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCA
ATAAGTGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAA
ACATCCAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGG
AAGTCACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATTTTATTTA
AGCCAACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAGTCAAAGGAGAGGAAGAAGCTGG
TGAGGAGTGGTCACACTATCATTGGGAATATTGGAGACCAATGGGCTGATTTGGCTAAAG
ACAGCCCTGGGAGAAGGACATTCAAGCTCCCTAATCCACTTTACTACAAGAACTAATCAA
GCATCTTTTTCATGTATTTGTTGTTCATGCATCCACCTAAATATGAGTCAATGTATTCTA
TCGCAACTAAATAAATAACTCATAAATAAATGAGTACTTCGTACGT

QA 2 527 2 527
DS 



AS 1 4

CO CL2679Contig1 847 4 4 U
GGGTTCCTCAAGTCAGCTTTGATCTTTATATCTCTGGTGACCGGAGGAATAAAACAACCG
GATCGAAATTGGGATAAAAAAGATCTAAGTAACTGAAGAAATCTTGGCGAGCAGATCTGA
AGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAATGGATTCGCAATCGTGGCGGCGGATACAT
CGGCAGTTCACAGCATGCTTGTCCACAAGAACAACGAGGACAAGATCATGGTCCTTGACT
CACACAAGCTCATCGCCGCAAGCGGAGAGCCTGGTGACCGGGTTCAGTTTACGGAGTATG
TACAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCGAAACGGGATCCCTTTGACTACAGCCGCTG
CTGCCAACTTCACTCGTGGAGAGCTCGCCACTGCTTTGAGAAAGAACCCGTACTCAGTAA
ACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAAGAAGCAGGCGCATCTCTATACTATATCGACTACA
TTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCATTCGGTTACGGCTCGTACTTCTCTCTCT
CCACAATGGACAGGCATTACCGCAGCGACATGTCAGTTGAAGAAGCCATTGAACTGGCCG
ACAAATGCATACTCGAGATCAGGTCAAGGCTGGTCATTGCACCACCCAACTTTGTGATCA
AGATCGTCGACAAGGATGGAGCTCGTGTGCACGCTTGGCGTCAGTCTGTGCAAGATGTCA
CCACTGCTTCTGTTTAACTCTGTTATGTTACTAAGCTGAAATTTGCTTCTTTTTTTTTTT
TTATGTTGAAACTTTAAAAGCTTCATGGAAAATTAGTTCCCAGATATGATATTATATGAC
ATTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 
0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN70TF U 8
AF RR1E619TF U 1
AF RR1DN70JQ C 479
AF RR1E619JQ C 126
BS 1 672 RR1E619TF
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BS 674 700 RR1E619TF
BS 701 847 RR1E619JQ

RD RR1DN70TF 511 0 0
GG
AAGTCAGCTTTGATCTTTATATCTCTGGTGACCGGAGGAATAAAACAACCGGATCGAAAT
TGGGATAAAAAAGATCTAAGTAACTGAAGAAATCTTGGCGAGCAGATCTGAAGATGGAGT
GCGTGTTCGGTCTCGTTGTTAATGGATTCGCAATCGTGGCGGCGGATACATCGGCAGTTC
ACAGCATACTTGTCCACAAGAACAACGAGGACAAGATCATGGTCCTTGACTCACACAAGC
TCATCGTCGCAAGCGGAGAGCCTGGTGACCGGGTTCAGTTTACGGAGTATGTACAGAAGA
ATGTGTCACTGTATCAGTTCCGAAACGGGATCCCTTTGACTACAGCCGCTGCTGCCAACT
TCACTCGTGGAGAGCTCGCCACTGCTTTGAGAAAGAACCCGTACTCAGTAAACATCCTGA
TGGCTGGCTACGACAAAGAAGCAGGCGCATCTCTATACTATATCGACTACATTGCAACTC
TTCACAAGGTTGACAAGGGAGCATTCGGT

QA 3 511 3 511
DS 

RD RR1E619TF 700 0 0
GGGTTCCTCAAGTCAGCTTTGATCTTTATATCTCTGGTGACCGGAGGAATAAAACAACCG
GATCGAAATTGGGATAAAAAAGATCTAAGTAACTGAAGAAATCTTGGCGAGCAGATCTGA
AGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAATGGATTCGCAATCGTGGCGGCGGATACAT
CGGCAGTTCACAGCATGCTTGTCCACAAGAACAACGAGGACAAGATCATGGTCCTTGACT
CACACAAGCTCATCGCCGCAAGCGGAGAGCCTGGTGACCGGGTTCAGTTTACGGAGTATG
TACAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCGAAACGGGATCCCTTTGACTACAGCCGCTG
CTGCCAACTTCACTCGTGGAGAGCTCGCCACTGCTTTGAGAAAGAACCCGTACTCAGTAA
ACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAAGAAGCAGGCGCATCTCTATACTATATCGACTACA
TTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCATTCGGTTACGGCTCGTACTTCTCTCTCT
CCACAATGGACAGGCATTACCGCAGCGACATGTCAGTTGAAGAAGCCATTGAACTGGCCG
ACAAATGCATACTCGAGATCAGGTCAAGGCTGGTCATTGCACCACCCAACTTTGTGATCA
AGATCGTCGACA*GGATGGAGCTCGTGTGCACGCTTGGCG

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1DN70JQ 343 0 0
CATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCATTCGGTTACGGCTCGTACTTCTCTCT
CTCCACAATGGACAGGCATTACCGCAGCGACATGTCAGTTGAAGAAGCCATTGAACTGGT
CGACAAATGCATACTCGAGATCAGGTCAAGGCTGGTCATTGCACCACCCAACTTTGTGAT
CAAGATCGTCGACAAGGATGGAGCTCGTGTGCACGCTTGGCGTCAGTCTGTGCAAGATGT
CACCACTGCTTCTGTTTAACTCTGTTATGTTACTAAGCTGAAATTTGCTTCTTTTTTTTT
****ATGTTGAAACTTTAAAAGCTTCATGGAAAATTAGTTCCC

QA 1 343 1 343
DS 

RD RR1E619JQ 722 0 0
GAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAATGGATTCGCAATCGTGGCGGCGGATACATCGGCA
GTTCACAGCATGCTTGTCCACAAGAACAACGAGGACAAGATCATGGTCCTTGACTCACAC
AAGCTCATCGCCGCAAGCGGAGAGCCTGGTGACCGGGTTCAGTTTACGGAGTATGTACAG
AAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCGAAACGGGATCCCTTTGACTACAGCCGCTGCTGCC
AACTTCACTCGTGGAGAGCTCGCCACTGCTTTGAGAAAGAACCCGTACTCAGTAAACATC
CTGATGGCTGGCTACGACAAAGAAGCAGGCGCATCTCTATACTATATCGACTACATTGCA
ACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCATTCGGTTACGGCTCGTACTTCTCTCTCTCCACA
ATGGACAGGCATTACCGCAGCGACATGTCAGTTGAAGAAGCCATTGAACTGGCCGACAAA
TGCATACTCGAGATCAGGTCAAGGCTGGTCATTGCACCACCCAACTTTGTGATCAAGATC
GTCGACAAGGATGGAGCTCGTGTGCACGCTTGGCGTCAGTCTGTGCAAGATGTCACCACT
GCTTCTGTTTAACTCTGTTATGTTACTAAGCTGAAATTTGCTTCTTTTTTTTTTTTTATG
TTGAAACTTTAAAAGCTTCATGGAAAATTAGTTCCCAGATATGATATTATATGACATTGT
TG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 2 4

CO CL2680Contig1 727 2 2 U
GGACCACTCAAAAGCTAATCAAAGAATCCATATCTTCTCAACACAAAGCATCAATACCTT
TTTTTATTTACAAATTAAGAAGAAGATGATGAAAATGTCGACATCTCCTCTGATGATCAT
TTTGTTGTGCATTCAATGTGCCGTTATGGTAGCGTCGGGGGGTGGTGCTAGAGTTTTCAA
AGTTGGAGACGAGTTCGAGTGGAGAGTTCCACTCCAGAATGATACATCGGTTTACAGCCG
CTGGGCGAGCACCAACCGCTTCCACATCGGCGATTCTCTCTCGTTTGTGTACGACAAGGA
CTCGGTGATGGAAGTGGAGAAAGATGGTTTCTACCACTGCAACGCCAGCGATCCCATCAC
AGCGTTTGACAATGGAAACAGCACGTTTATCCTTGATCGTCCTGGTCTCTTCTACTTCAT
CAGCGGCTCCGACGCCCACTGCACCAGCGGACAGCGTCTCATCGTCGAAGTGATGCATAT
CCACCACCACCACAGCAACCACCACGCTTCCTTGCCTCCATCCACCATGTCGCCTCTCTC
ACCTGCCAGCTCTCCCTCTTCATCTGCATTTGACTCTCATGATGATCCTGCTTCTTCTTC
TGCTGCCTCCTCTCTGCTCGCTTCCTTCTTCCCTCCCTTTGCTGCACTTCTTGTTGCTCT
TTTCTGCTTCCGACCATAGCGCTTTTGTTTCATTTTCTTGATTAGTCTTCTTTCATTGCT
ATTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA29TF U 1
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AGTTGGAGACGAGTTCGAGTGGAGAGTTCCACTCCAGAATGATACATCGGTTTACAGCCG
CTGGGCGAGCACCAACCGCTTCCACATCGGCGATTCTCTCTCGTTTGTGTACGACAAGGA
CTCGGTGATGGAAGTGGAGAAAGATGGTTTCTACCACTGCAACGCCAGCGATCCCATCAC
AGCGTTTGACAATGGAAACAGCACGTTTATCCTTGATCGTCCTGGTCTCTTCTACTTCAT
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DS 

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CCACTGCACCAGCGGACAGCGTCTCATCGTCGAAGTGATGCATATCCACCACCACCACAG
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GCTCGCTTCCTTCTTCCCTCCCTTTGCTGCACTTCTTGTTGCTCTTTTCTGCTTCCGACC
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QA 1 532 1 532
DS 



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AAGTAGAGAAAGAGGGTTTCTACCACTGCAACGCCAGCGATCCCATCACAGCGTTTGACA
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CCCTGCTCGCTTCCTTCTTCCCTCCCTTTGCTGCACTTCTTGTCGCTCTTTTCTGCTTCC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DF74TF U 1
AF RR1DF74JQ C 112
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BS 676 780 RR1DF74JQ

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DS 

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ACCACCACCACAGCAACCACCACGCTTCCTTGCCTCCATCCATGTCGCCTCTCTCACCTG
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GTTTTCTTC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 4

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CZ62TF U 1
AF RR1CZ86TF U 1
AF RR1CZ86JQ C 123
AF RR1CZ62JQ C 309
BS 1 678 RR1CZ62TF
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RD RR1CZ62TF 730 0 0
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TCTCTCTCTCTCACTCACCATCTCTCGATCACTGAAGCAAGTTTTCTACTTTGGCATCTC
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GGGAGATTACTTGTGAAACTTTACTGCAAAGTTGCAGCCATGAACAGGCTCTGATTAGAC
GTTACATGAACATGCTCTGATTGTGAACAAGGATAAAGCAGTCTCTCACTGAAGATCATC
CTGCAGAAAAAGAAGGTGCATAAGTTTCCACACCTGCAAAGCAGAGATTCGTAGGCAGAG
CAAGAGCCAATGTTGTCGGACTTCTTCCTTAGATAGAAAGACACGCCTTGGGAACCGTTG
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GATCTACTAAGTAGTT

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DS 

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TCAGGAAGCCTCGTGAGTTCAAGACGATGGTGGTCTCCGATGCTGAAGGTCCTCTTCTTG
GGGAGATTACTTGTGAAACTTTACTGCAAAGTTGCAGCCATGAACAGGCTCTGATTAGAC
GTTACATGAACATGCTCTGATTGTGAACAAGGATAAAGCAGTCTCTCACTGAAGATCATC
CTGCAGAAAAAGAAGGTGCATAAGTTTCCACACCTGCAAAGCAGAGATTCGTAGGCAGAG
CAAGAGCCAATGTTGTCGGACTTCTTCCTTAGATAGAAAGACACGCCTTGGGAACCGTTG
TGTATCCTCCTGAGGAAGAGTATGTTGATGAAACCAATGCTAAGCTGGAGATGACAAAGG
TGTTTGCGAGGATAACTGATGATAAGGAGAAGAGAGTGTGGAAGTTTCTTGAAGAGAATC
CAGAGGATTCAATGAGATTGAATGCTACGAAGTGGAGCATCTGTGTTTACTCAAAGTGAA
ACAGAGCTTGATGCAAAA*GTACAGTTACCGTTCTCATTCTGTTTCTTGCTTTT*GATTC
TACTAAGTAGTT
A

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1CZ86JQ 708 0 0
TCTCTCTCTCACTCACCATCTCTCGATCACTGAAGCAAGTTTTCTACTTTGGCATCTCTC
AGGAAGCCTCGTGAGTTCAAGACGATGGTGGTCTCCGATGCTGAAGGTCCTCTTCTTGGG
GAGATTACTTGTGAAACTTTACTGCAAAGTTGCAGCCATGAACAGGCTCTGATTAGACGT
TACATGAACATGCTCTGATTGTGAACAAGGATAAAGCAGTCTCTCACTGAAGATCATCCT
GCAGAAAAAGAAGGTGCATAAGTTTCCACACCTGCAAAGCAGAGATTCGTAGGCAGAGCA
AGAGCCAATGTTGTCGGACTTCTTCCTTAGATAGAAAGACACGCCTTGGGAACCGTTGTG
TATCCTCCTGAGGAAGAGTATGTTGATGAAACCAATGCTAAGCTGGAGATGACAAAGGTG
TTTGCGAGGATAACTGATGATAAGGAGAAGAGAGTGTGGAAGTTTCTTGAAGAGAATCCA
GAGGATTCAATGAGATTGAATGCTACGAAGTGGAGCATCTGTGTTTACTCAAAGTGAAAC
AGAGCTTGATGCAAAAAGTACAGTTACCGTTCTCATTCTGTTTCTTGCTTTTTGATTCTA
CTAAGTAGTTAAAAGGTGTTGTGTTGAATTAGACTAAGTTATAATGATAAAACAGGTTAT
GATTTTGTATACGAATTTCGATATATAAAAAAAGTTTTGTTGATTTGC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1CZ62JQ 522 0 0
AC
CATGCTCTGATTGTGAACAAGGATAAAGCAGTCTCTCACTGAAGATCATCCTGCAGAAAA
AGAAGGTGCATAAGTTTCCACACCTGCAAAGCAGAGATTCGTAGGCAGAGCAAGAGCCAA
TGTTGTCGGACTTCTTCCTTAGATAGAAAGACACGCCTTGGGAACCGTTGTGTATCCTCC
TGAGGAAGAGTATGTTGATGAAACCAATGCTAAGCTGGAGATGACAAAGGTGTTTGCGAG
GATAACTGATGATAAGGAGAAGAGAGTGTGGAAGTTTCTTGAAGAGAATCCAGAGGATTC
AATGAGATTGAATGCTACGAAGTGGAGCATCTGTGTTTACTCAAAGTGAAACAGAGCTTG
ATGCAAAAAGTACAGTTACCGTTCTCATTCTGTTTCTTGCTTTTTGATTCTACTAAGTAG
TTAAAAGGTGTTGTGTTGAATTAGACTAAGTTATAATGATAAAACAGGTTATGATTTTGT
ATACGAATTTCGATATATAAAAAAAGTTTTGTTGATTTGC

QA 3 522 3 522
DS 



AS 1 4

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AAAGGGAAGTAAAAGGAGGTGGAAACAAGTCTTTGTGTTTTTCTATAAACTATTTGCCAA
AGATAGATTTGAGCCACCAAATGCCCTTGGTGTCATCAGGAGCAGCGTTGGACTCAGGTG
GTGCGTCACTCTGAGGAGTCTTGTGAAGTTTGCTGACGTCATACCCTTGCTCCACCGCCT
TCTCCACCAGCTCCTTGTATGTCTCTTCCTCCACATGCGCCGTCCTGCTCAGGATCCAGA
GATAACTCCTGGAAGGCTGCCCAATGACCGCATGCTGGTACTCAGGATCTATGTACAGCA
CCCAGTAATCACCGGTAACGGGAATGATAGGGAGGAAAGGAGGGAGGTAGAACCTGACTT
TAAACTTTGCCTCATCGCTCTTAGGATCAGTTTTGAAAGCTGACCCTTGGATGAAACCTC
TCTTGCCTCCGTTCCACGTCTCGTTCAAGACTTTAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGCTGT
AAGTGGCGCGAGTGTCTACACCGTCCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGGAAAGAAGCAATCT
CGTACCAACGGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTTCCATCTCTTTCT
TCTCCGTCGCCATCTTTTCTTTCCTTCTCTCTTCTCCTTCTTCTCTAAGATTTTCAAGAT
ATTTATTTCCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1GY57JQ U 5
AF RR1GY57TF C 1
AF RR1B678JQ U 6
AF RR1B678TF C 6
BS 1 9 RR1GY57TF
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BS 590 735 RR1B678JQ

RD RR1GY57JQ 585 0 0
AGCAA
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GAGTGTCTACAC*GTCCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGGAA

QA 6 585 6 585
DS 

RD RR1GY57TF 735 0 0
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AGATAGATTTGAGCCACCAGATGCCCTTGGTGTCATCAGGAGCAGCGTTGGACTCAGGTG
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TCTCCACCAGCTCCTTGTATGTCTCTTCCTCCACATGCGCCGTCCTGCTCAGGATCCAGA
GATAACTCCTGGAAGGCTGCCCAATGACCGCATGCTGGTACTCAGGATCTATGTACAGCA
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TCTTGCCTCCGTTCCACGTCTCGTTCAAGACTTTAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGCTGT
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CGTACCAACGGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTTCCATCTCTTTCT
TCTCCGTCGCCATCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTC*CCTTCTTCTCTAAGATT**CAAGAT
ATTTATTTCCTCTCC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1B678JQ 730 0 0
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TCTGAGGAGTCTTGTGAAGTTTGCTGACGTCATACCCTTGCTCCACCGCCTTCTCCACCA
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CACCGGTAACGGGAATGATAGGGAGGAAAGGAGGGAGGTAGAACCTGACTTTAAACTTTG
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CCATCTTTTCTTTCCTTCTCTCTTCTCCTTCTTCTCTAAGATTTTCAAGATATTTATTTC
CTCTCC

QA 5 730 5 730
DS 

RD RR1B678TF 730 0 0
GCAG
AAACGATGATGTTCACTGGAGTAAACAAAAGGGGTAGTATGTTACACAGACAAAGGGAAG
TAAAAGGAGGTGGACACAAGTCTT*GTGTTTTTCTATAAACTATTTGCCAAAGATAGATT
TGAGCCACCAAATGCCCTTGGTGTCATCAGGAGCAGCGTTGGACTCGGGTGGTGCGTCAC
TCTGAGGAGTCTTGTGAAGTTTGCTGACGTCATACCCTGGCTCCACCGCCTTCTCCACCA
GCTCCTTGTATGTCTCTTCCTCCACATGCGCCGTCCTGCTCAGGATCCAGAGATAACTCC
TGGAAGGCTGCCCAATGACCGCATGCTGGTACTCAGGATCTATGTACAGCACCCAGTAAT
CACCGGTAACGGGAATGATAGGGAGGAAAGGAGGGAGGTAGAACCTGACTTTAAACTTTG
CCTCATCGCTCTTAGGATCAGTTTTGAAAGCTGAGCCTTGGATGAAACCTCTCTTGCCTC
CGTTCCACGTCTCGTTCAAGACTTTAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGCTGTAAGTGGCGC
GAGTGTCTACACCGTCCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGGAAAGAAGCAATCTCGTACCAAC
GGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTTCCATCTCTTTCTTCTCCGTCG
CCATCTTTTCTTTCCTTCTCTCTTCTCCTTCTTCTCTAAGATTTTCAAGATATTTATTTC
CTCTCC

QA 5 730 5 730
DS 



AS 1 4

CO CL2683Contig1 1525 4 8 U
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AAAACCCCATCTCCTCCTCACCTCTTCCCATTGAGAAAACTGCCAAATCTCAACAAAAAA
AGGTCAGCCTTCCTCTTCTTCTTCGACTTTCGATTCGATCACACTCCTCAAATCTCGCTT
TAATTCGATTTCGTTGCTTAACGATTATCTCACCAATTCGCTTCCTCTCTGTTTACTCGG
ATCCGCTTCTAGTTTTCCCTTTAGGGTTCTGGATTCGATTTTTGATCAAGGAAATGACTT
AAAAGAAGGGTCTTGATCTCAATAGCAAAAAAAAATAAAAAATAAAGTTTGGAACTTTAT
GGAACTTGTCTACGAAAACAACCTTCAAGCAAAGACCTTTTGCAGCCTGACGACGACGAC
GATCATCAACTGGGATGATTTAGTTTGCCCTATTTGCTTAGACTCCCCTCACAACGGCGT
TCTCCTCCAGTGCTCTTCTTACCAAAACGGTTGCCGTGCCTTCCTCTGCAACACTGATCA
TCTCCACTCCAACTGCCTAGATCGTTTCATCACCGCCTGTAAAACAACAGACTCACCTCC
TCCTCCTCTAGCTCCAGCCCCTGATGATGAAACACTGTCTAAGGTTTTAGAGGAAAACTG
CAAACCACTGTGTCCACTCTGCAGAGGAGAGGTCACCGGATGGGTGGTTGTGGAAGAAGC
TCGTCTTCTTCTCGACGAGAAGAAACGTTCTTGCGAGGAACAACGCTGCAGGTTCGCCGG
TACTTACGCCGAGCTTCGGGAACACGCTAAGTCAGAGCATCCGGACTCTCGCCCTTCCAA
GATTGATCCGGCGAGGAAGCTCGACTGGGAGAATTTCCAGCAGTCGTCTGAGATTATCGA
CGTGCTGAGCACGATTCACTCTGAGGTTCCGAGAGGTGTGGTGTTGGGAGACTATGTGAT
CGAGTACGGAGATGATGATGATGATGATGATGGCGCTGGAGGTGAGTTCGAGGATGCTCC
TGGCAATGCAGGGAGCAGCTGGTGGACTTCTTGTATTTTGTATAAAGTGTTTGATAATAT
AAGGAATGCCAGGAGGAATCGAAGAAGGTCGAGGATGATGATTAATGAGAGTAGGAGAGG
GAGTCGCCGCTCTAGCTATGATAACTCCAACTCTGATGATAGCAGCAGCTCAGTAGCGTC
GATAGAGTTCCCTGTGTATAGAGTAGATGAGATCGATGATGAGTTCATCACCACCACCAC
AGGTGGAATTAACACAAGTAGCGCTATGCATCAAAGGTTCTCTCTGGTTTACAATTCAAG
AAGGCGTCGTTCTCGCTTCTATGCAAATTAGGGTATCAATGCAGTCTCTACCTGTTCTAT
CTTCTTGGAAGCAAATGAAGCAGACCAGCCTATTCGTAGCCCAGTGTTGTTCTTGGTTTT
GAACCTCTCTTTTGTTTTCTTGTCCTTCAATACAAATTTTATTTTAGGTTTGTTTGTCTT
GTGACATGTACTCGCAGCCTTGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1H953TF U 1
AF RR1CO06TF U 378
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AF RR1H953JQ C 1301
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DS 

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G
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AGATCGTTTCATCACCGCCTGTAAAACAACAGACTCACCTCCTCCTCCTCTAGCTCCAGC
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CTCTGAGGTTCCGAGAGGTGTGGTGTTGGGAGACTATGTGATCGAGTACGGAGATGATGA
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AAT

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DS 

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TTTT
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TCTCTACCTGTTCTATCTTCTTGGAAGCAAATGAAGCAGACCAGCCTATTCGTAGCCCAG
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TAGGTTTGTTTGTCTTGTGACATGTACTCGCAGCCTTGTAC

QA 5 225 5 225
DS 



AS 1 4

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CCTTTTCTTTAGAAACAAAAAAAACTTTCTGGCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW16TF U 1
AF RR1AE79TF U 66
AF RR1AE79JQ C 256
AF RR1AW16JQ C 184
BS 1 299 RR1AW16TF
BS 300 300 RR1AE79TF
BS 301 799 RR1AW16TF
BS 800 1054 RR1AW16JQ

RD RR1AW16TF 799 0 0
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GTCCCCACCCCGTCCTCGTCATCGGCTGCGGAAACTCAGCGTTCAGCGAAGGAATGGTTT
ACGACGGGTACGAAGACGTGGTCAGCATCGATATCTCCTCTGTGGTGATCGATGCTATGG
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GTATTAAGGATGAGTCGTT

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1AE79TF 734 0 0
G
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CATACAGCGAGCAATGGTACTGGGACGAACGCTACACGAACGAATCCGATCCCTTCGATT
GGTACCAAAGCTACACTTCATTGGCTCCTCTCGTCAATCTCTACGTCCCTAACCGTCCCC
ACCCCGTCCTCGTCATCGGCTGCGGAAACTCAGCGTTCAGCGAAGGAATGGTTGACGACG
GGTACGAAGACGTGGTCAGCATCGATATCTCCTCTGTGGTGATCGATGCTATGGTTAAGA
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QA 2 734 2 734
DS 

RD RR1AE79JQ 727 0 0
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GTTCTTTTGATGCTGTCATTGATAAAGGAACCTTAGACTCTATTTTGTGTGGGAGCAATT
CTAGGCAACACTCAACGCAGATGCTTGAGGAAGTTTGGAGGGTCCTCAAGGATAAAGGAG
TCTACATCCTGATTACATATGGAGCTCCGGATTACCGACTTAGGCTGTTTAAAGACTCAC
GCTCTTGGACGACGAAACTCCATGTGATAGACAAAAGTTTAACAGATCATCAACCATTAG
AAAAGTCGAAATGGGAACTGACGAAACCCATTCCTCTAGATGCTGAGGGAAGTTCAGTGG
AATCAGCAATTGGCAGAAGCCCTGATGTTTATTACATCTACGTCTGTATTAAGGATGAGT
CGTTGAAGAAGGAAGCAGACACAGCTTGAAGTCATGAGAATCTTTGTTGCTTAGAACATT
TAGGTTCTACAAGGACTTGTTTTTTTTTGTATTTATGAGCAACAGTAAAGACGATCATAT
CTTGGATTCATGTTATACTTTCTAATTACAGGAGGAACAACAGTTATATTTTTAGCATTC
TTGGC
AC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1AW16JQ 871 0 0
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CCCACCCCGTCCTCGTCATCGGCTGCGGAAACTCAGCGTTCAGCGAAGGAATGGTTTACG
ACGGGTACGAAGACGTGGTCAGCATCGATATCTCCTCTGTGGTGATCGATGCTATGGTTA
AGAAATACTCCGACCGTCCTCGTCTCAAATATTTGAAGATGGACGTGCGTGATATGAAGG
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GTGGGAGCAATTCTAGGCAACACTCAACGCAGATGCTTGAGGAAGTTTGGAGGGTCCTCA
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TTAAAGACTCACGCTCTTGGACGACGAAACTCCATGTGATAGACAAAAGTTTAACAGATC
ATCAACCATTAGAAAAGTCGAAATGGGAACTGACGAAACCCATTCCTCTAGATGCTGAGG
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TTAAGGATGAGTCGTTGAAGAAGGAAGCAGACACAGCTTGAAGTCATGAGAATCTTTGTT
GCTTAGAACATTTAGGTTCTACAAGGACCTGTTTTTTTTTGTATTTATGAGCAACAGTAA
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TTTTTAGCATTCTTGGCTCAACGTTGGTTGCGTTCATACTATCACTGTATTAGCATGCCT
TTTCTTTAGAAACAAAAAAAACTTTCTGGCC

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DS 



AS 1 4

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BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DK56JQ C 1
AF RR1DK56TF U 1
AF RR1CO11JQ C 1
AF RR1CO11TF U 1
BS 1 371 RR1DK56TF
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QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1DK56TF 569 0 0
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QA 1 569 1 569
DS 

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QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1CO11TF 653 0 0
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GCTCAGCCGTGGGATTAGCCATAACCACGCCGCTTTTTGTCTTTTTCAGCCCGATTCTCG
TGCCAGCAACTATAGCCACCGCTTTGCTAGCTACGGGTTTCACGGCCTCCGGCTCCATCG
GTGCCATGGCTGTCACCATCTTCATGTGGCTCTTCAAGAAAATAACCCGCCAAAAATTCC
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AAAAGAAAAAAAGGATAAGTAGGCCTTTCGTACTACAGAGGAACTTCATGATACTTTTAA
ATAAAAGTATAAAACCAAAGTTTAACCATCGTCTCTTCAATTAAATACCTGATTATATGC
GGATGTTTCAGATAGTGTTCACTTGATGTATATCGTGTTAGGAAATTACAATAAATATAC
TCGATTGTGGTGTATATTTTAAGAGAATGAAGTGATATCATTGAGATTACCATATAAAGA
TGATTGTTTTCAAGTTGTATTATTGAGTTATTCGAATAAACCAATTAAGACGC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 4

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 0 0 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1BK48JQ U 1
AF RR1AE11JQ U 135
AF RR1BK48TF C 46
AF RR1AE11TF C 172
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BS 183 559 RR1BK48JQ
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BS 561 593 RR1BK48JQ
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BS 595 755 RR1BK48JQ
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BS 763 777 RR1BK48TF
BS 778 778 RR1AE11TF
BS 779 820 RR1BK48TF
BS 821 821 RR1AE11TF
BS 822 828 RR1BK48TF
BS 829 833 RR1AE11TF

RD RR1BK48JQ 770 0 0
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ACTTTACTTGTGTTTAGAAATTTGGATGATGGGTAGGTTTCATATTTGAAAACACTCTTA
TTAAGATATTATATATCTGAAAACACTTTTATTAAGATATTATACAAGTAGATTCACGAT
TGCACAGGGAAAGACCAGGGAAACAAACACATGCACACCATTTATTTCACACCGTCACAC
TTATTTATTTACGACTTTCCATCTCTTTTAACCGGAGATGTCGATAGACTTGACCTCAGG
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CCTCTCCACGCGGTGCCACTTGTCACTCTTCTCTTCATTCTCGCTGCTCCGCTCTCCACT
TATCTGAAGTATGTTACCATCTTCAACCTCCACCTTCACTTCTTCTTTCTTCAGCCCCGG
CAAGTCTGCCTTGAACACGTGCGCCTCAGGTGTCTCTCTCCAGTCCACTTTCGCGTTTGT
GAACGCGGCCACGTCCTTGGAGGCTGCGTTTGTCATCCCTGAAGGCGTTAGGAATCCTTC
AAACGGATCATACAGGTCTAACGAGAATGGGTCGAACACGTTTGTTCTTCGGCCACCGAA
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AGATAAGATGCTCTT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1AE11JQ 620 0 0
ATT
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GGGAAACAAACACATGCACACCATTTATTTCACACCGTCACACTTATTTATTTACGACTT
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TGGGCACCATGACCGACAACACACCATTCTCCATACTCGCTTTCACTTCATCTACCTTCG
CGTTCTCTGGCAACTTAAACCTCCTCATGAACTTCCCACTTGACCTCTCCACGCGGTGCC
ACTTGTCACTCTTCTCTTCATTCTCGCTGCTCCGCTCTCCACTTATCTGAAGTATGTTAC
CATCTTCAACCTCCACCTTCACTTCTTCTTTCTTCAGCCCCGGCAAGTCTGCCTTGAACA
CGGGCGCCTCAGGTGTCTCTCTCCAGTCCACTTTCGAGTTTGTGAACGCGGCCACGTCCT
TGGAGGCTGCGTTTGTCATCCCTGAAGGCGTTAGGAATCCTTCAAACGGATCATACAGGT
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ACATCGTTTCCCTTCCT

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DS 

RD RR1BK48TF 785 0 0
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TTGAAAACACTCTTATTAAGATATTATATATCTGAAAACACTTTTATTAAGATATTATAC
AAGTAGATTCACGATTGCACAGGGAAAGACCAGGGAAACAAACACATGCACACCATTTAT
TTCACACCGTCACACTTATTTATTTACGACTTTCCATCTCTTTTAACCGGAGATGTCGAT
AGACTTGACCTCAGGCTTCCTCTCAGGCACCTTGGGCACCATGACCGACAACACACCATT
CTCCATACTCGCTTTCACTTCATCTACCTTCGCGTTCTCTGGCAACTTAAACCTCCTCAT
GAACTTCCCACTTGACCTCTCCACGCGGTGCCACTTGTCACTCTTCTCTTCATTCTCGCT
GCTCCGCTCTCCACTTATCTGAAGTATGTTACCATCTTCAACCTCCACCTTCACTTCTTC
TTTCTTCAGCCCCGGCAAGTCTGCCTTGAACACGTGCGCCTCAGGTGTCTCTCTCCAGTC
CACTTTCGCGTTTGTGAACGCGGCCACGTCCTTGGAGGCTGCGTTTGTCATCCCTGAAGG
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GATGCTCTTTCACAAGTTTGTTCTCTTTCACAATTTTGCTTTGCTTTCTTTTGTTCCTTT
GAT
CC

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DS 

RD RR1AE11TF 662 0 0
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CCGTCACACTTATTTATTTACGACTTTCCATCTCTTTTAACCGGAGATGTCGATAGACTT
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ACTCGCTTTCACTTCATCTACCTTCGCGTTCTCTGGCAACTTAAACCTCCTCATGAACTT
CCCACTTGACCTCTCCACGCGGTGCCACTTGTCACTCTTCTCTTCATTCTCGCTGCTCCG
CTCTCCACTTATCTGAAGTATGTTACCATCTTCAACCTCCACCTTCACTTCTTCTTTCTT
CAGCCCCGGCAAGTCTGCCTTGAACACGGGCGCCTCAGGTGTCTCTCTCCAGTCCACTTT
CGAGTTTGTGAACGCGGCCACGTCCTTGGAGGCTGCGTTTGTCATCCCTGAAGGCGTTAG
GAATCCTTCAAACGGATCATACAGGTCTAACGAGAATGGGTCGAACACGTTTGTTCTTCG
GCCACCGAAAAAGCTCGGAATTAGAGACATCGTTTCCCTTCCTAGAAGACTTAAGATGCT
CTTTCAAAAGTTTGTTCTCTTTCACAATTTTGCTTTGCTTTCTTTTGTTACTTTGATGGC
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 3

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GCTACGCTTTTGAAGGTGAAGTTTATAATATAAAAAAGCAATCCCTTCTGTCATGTATCC
ACGATTAGTGCAGCCTTAGATGCTTCAATTATGAATTCGAGTATTGAGCAAAAGGTTTTT
ACCTACGGTTCCCGTATTACAGATCAATCCTACTAGACTAATACAACATACGAATAGGAG
GCACAGGGGAAGAAGCACTACGCCGAGAAATCAACAACACGAAAACTTTCTTCAAAACGA
TTCCTTTTCTTTCTTCTTCTTTGGGATTGGGACTAATTAAAATGGTTGGAACAATAAACA
TCCATCTCGTCCGTACTTTGGATACCCGTATAACCATTGAAGACTGTTGAAGTGACTAAT
TCCTGGAAATTTAGGGGCGTTGAGAACAAAGAAATTTTTAGAGTTTCCTTTTTTATTTTT
ATCTAGTATGAATCCACTTGGTAGTAAGAAAAGATCTTTTACAAGAAGGTTGGTTAGGGA
TTTCTTGTAAAAACATTAGCCCCGCTTAGTTCATAATGACATCAAATTTTTCCATATCCA
TATATTTATTATTTTCATTATGCACCTAAAGGAGGAGCCGTATGAGATGAAAATCTCACA
TACGGTTCTGAAACGGAGAATTCGTTAAAGCGAATGACGACCGTAACGGATGTCGGCTCA
ATCTGAAAGAAATTATGCGGAAGCATTACAGAATTATTATGAAGCTATGCGACTAGAAAT
TGACCCCTATGATCGAAGTTATATACTCTATAATATAGGCCTTATCCACACAAGTAATGG
GGAACATACCAAAGCTTTAGAATATTATTTTCGGGCATTAGAACGAAACCCCTTTTTACC
ACAAGCTTTTAATAATATGGCTGTGATCTGTCATTACCGTGGAGAACAGGCCATTCAACA
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TATAACGCTTACTCCTGGTAATTATATTGAAGCACAAATTGGTTGACGATCACGAGGCGC
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TTTGTTTTTACAATTAATTGTTTTTTAGTTTCTTGGCCCTCTCGGTCAAATAAAACAGAT
TCTTTTTTCTATCAGAAGAACCAATCACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP85TF U 11
AF RR1D329TF U 1
AF RR1D329JQ C 449
BS 1 166 RR1D329TF
BS 167 167 RR1FP85TF
BS 168 391 RR1D329TF
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BS 768 783 RR1D329TF
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RD RR1FP85TF 590 0 0
G
GAAGGTGAAGTTTATAATATAAAAAAGCAATCCCTTCTGTCATGTATCCACGATTAGTGC
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CCGTATTACAGATCAATCCTACTAGACTAATACAACATACGAATAGGAGGCACAGGGGAA
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TCTTCTTCTTTGGGATTGGGACTAATTAAAATGGTTGGAACAATAAACATCCATCTCGTC
CGTACTTTGGATACCCGTATAACCATTGAAGACTGTTGAAGTGACTAATTCCTGGAAATT
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ATCCACTTGGTAGTAAGAAAAGATCTTTTACAAGAAGGTTGGCTAGGGATTTCTTGTAAA
CACATTAGCCCCGCTTAGTTCATAATGACATCAAATTTGTCCATATCCATATATTTATTA
TTTTCATTATGCACCTAAAGGAGGAGCCGTATGAGATGAAAATCTCACA

QA 2 590 2 590
DS 

RD RR1D329TF 795 0 0
GCTACGCTTTTGAAGGTGAAGTTTATAATATAAAAAAGCAATCCCTTCTGTCATGTATCC
ACGATTAGTGCAGCCTTAGATGCTTCAATTATGAATTCGAGTATTGAGCAAAAGGTTTTT
ACCTACGGTTCCCGTATTACAGATCAATCCTACTAGACTAATACAATATACGAATAGGAG
GCACAGGGGAAGAAGCACTACGCCGAGAAATCAACAACACGAAAACTTTCTTCAAAACGA
TTCCTTTTCTTTCTTCTTCTTTGGGATTGGGACTAATTAAAATGGTTGGAACAATAAACA
TCCATCTCGTCCGTACTTTGGATACCCGTATAACCATTGAAGACTGTTGAAGTGACTAAT
TCCTGGAAATTTAGGGGCGTTGAGAACAAAGGAATTTTTAGAGTTTCCTTTTTTATTTTT
ATCTAGTATGAATCCACTTGGTAGTAAGAAAAGATCTTTTACAAGAAGGTTGGTTAGGGA
TTTCTTGTAAAAACATTAGCCCCGCTTAGTTCATAATGACATCAAATTTTTCCATATCCA
TATATTTATTATTTTCATTATGCACCTAAAGGAGGAGCCGTATGAGATGAAAATCTCACA
TACGGTTCTGAAACGGAGAATTCGTTAAAGCGAATGACGACCGTAACGGATGTCGGCTCA
ATCTGAAAGAAATTATGCGGAAGCATTACAGAATTATTATGAAGCTATGCGACTAGAAAT
TGACCCCTATGATCGAAGT*ATATACTCTATAATATAG*CCTTATC*ACACAAGTAATGG
GGA
CATACAAAGCTT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1D329JQ 722 0 0
AAAAGATCTTTTACAAGAAGGTTGGTTAGGGATTTCTTGTAAAAACATTAGCCCCGCTTA
GTTCATAATGACATCAAATTTTTCCATATCCATATATTTATTATTTTCATTATGCACCTA
AAGGAGGAGCCGTATGAGATGAAAATCTCACATACGGTTCTGAAACGGAGAATTCGTTAA
AGCGAATGACGACCGTAACGGATGTCGGCTCAATCTGAAGGAAATTATGCGGAAGCATTA
CAGAATTATTATGAAGCTATGCGACTAGAAATTGACCCCTATGATCGAAGTTATATACTC
TATAATATAGGCCTTATCCACACAAGTAATGGGGAACATACCAAAGCTTTAGAATATTAT
TTTCGGGCATTAGAACGAAACCCCTTTTTACCACAAGCTTTTAATAATATGGCTGTGATC
TGTCATTACCGTGGAGAACAGGCCATTCAACAAGGAGATTCTGAAATGGCGGAGGCTTGG
TTTGCTCAAGCCGCCGAGTATTGGAAACAGGCTATAACGCTTACTCCTGGTAATTATATT
GAAGCACAAATTGGTTGACGATCACGAGGCGCTTCGAATAAGAAATTTTTCTTTGTTTCT
TTTTTTTTTTTTTATTCTATAATATATCTTTATTTGTTTTTACAATTAATTGTTTTTTAG
TTTCTTGGCCCTCTCGGTCAAATAAAACAGATTCTTTTTTCTATCAGAAGAACCAATCAC
AG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 4

CO CL2688Contig1 569 4 6 U
GGGCATACGTACGCCCATCAAAAAGAAAGGATCTACCTATCATGGCGTTAAGAGAGATGG
TGATAGGTGATTGTGATGATATAGAGAGCTACAGTGAGCCATCCCTTTGTCTGGATAAAG
CCAAGGAGCTTCTTGCACTCTTCAATTTACCTACAGGACTGTTGCCATTGAAGGACATGA
TAGAAGTTGGACACAACAAAACAAAAGGGTTTGTGTGGATGAGGATGATAAACAAGATTG
AGCATACATTCGCTGCTATAGGTCGTAAAGTGATATACGACACGGAGATAACTGCTTTTG
TTGAAGACCGTAAGTTGAAGAGGCTCACCGGAGTTAAAAGCAAGGAACTCATGATGTGGG
TTCCTGTGCATGATATCTTCATCAAAGAGAAAGATCCTGAGAAGATCACATTTGCTAATA
ACACCGGCCTGTCACGAACATTTAAAGTTTCAGCATTTCAGATCGAGGGTTGATATAAAT
CAGAAAAAGAGGAGTAACTAAAGTTACTTGATGTAAGCAAGCAATAAAGAACATTAAAAT
GTTCCATATCAATAGAACACAGTTTCATT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1FD96TF U 53
AF RR1BO04JQ C 1
AF RR1FD96JQ C 3
AF RR1BO04TF U 1
BS 1 4 RR1BO04JQ
BS 5 56 RR1BO04TF
BS 57 180 RR1FD96TF
BS 181 181 RR1BO04TF
BS 182 191 RR1FD96TF
BS 192 569 RR1BO04TF

RD RR1FD96TF 139 0 0
AGAA
ATGGTGATAGGTGATTGTGATGATATAGAGAGCTACAGTGAGCCATCCCTTTGTCTGGAT
AAAGCCAAGGAGCTTCTTGCACTCTTCAATTTACCTACAGGACTGTTGCCATTGAAGGAC
ATGAGAGAAGTTGGA

QA 5 139 5 139
DS 

RD RR1BO04JQ 569 0 0
GGGCATACGTACGCCCATCAAAAAGAAAGGATCTACCTATCATGGCGTTAAGAGAGATGG
TGATAGGTGATTGTGATGATATAGAGAGCTACAGTGAGCCATCCCTTTGTCTGGATAAAG
CCAAGGAGCTTCTTGCACTCTTCAATTTACCTACAGGACTGTTGCCATTGAAGGACATGA
TAGAAGTTGGACACAACAAAACAAAAGGGTTTGTGTGGATGAGGATGATAAACAAGATTG
AGCATACATTCGCTGCTATAGGTCGTAAAGTGATATACGACACGGAGATAACTGCTTTTG
TTGAAGACCGTAAGTTGAAGAGGCTCACCGGAGTTAAAAGCAAGGAACTCATGATGTGGG
TTCCTGTGCATGATATCTTCATCAAAGAGAAAGATCCTGAGAAGATCACATTTGCTAATA
ACACCGGCCTGTCACGAACATTTAAAGTTTCAGCATTTCAGATCGAGGGTTGATATAAAT
CAGAAAAAGAGGAGTAACTAAAGTTACTTGATGTAAGCAAGCAATAAAGAACATTAAAAT
GTTCCATATCAATAGAACACAGTTTCATT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1FD96JQ 567 0 0
GG
ATACGTACGACCATCAAAAAGAAAGGATCTACCTATCATGGCGTTAAGAGAGATGGTGAT
AGGTGATTGTGATGATATAGAGAGCTACAGTGAGCCATCCCTTTGTCTGGATAAAGCCAA
GGAGCTTCTTGCACTCTTCAATTTACCTACAGGACTGTTGCCATTGAAGGACATGATAGA
AGTTGGACACAACAAAACAAAAGGGTTTGTGTGGATGAGGATGATAAACAAGATTGAGCA
TACATTCGCTGCTATAGGTCGTAAAGTGATATATGACACGGAGATAACTGCTTTTGTTGA
AGACCGTAAGTTGAAGAGGCTCACCGGAGTTAAAAGCAAGGAACTCATGATGTGGGTTCC
TGTGCATGATATCTTCATCAAAGAGAAAGATCCTGAGAAGATCACATTTGCTAATAACAC
CGGCCTGTCACGAACATT*AAAGTTTCAGCATTTCAGATCGAGGGTTGATATAAATCAGA
AAAAGAGGAGTAACTAAAGTTACTTGATGTAAGCAAGCAATAAAGAACATTAAAATGTTC
CATATCAATAGAACACAGTTTCATT

QA 3 567 3 567
DS 

RD RR1BO04TF 569 0 0
GGGC
ATACGTACGCCCATCAAAAAGAAAGGATCTACCTATCATGGCGTTAAGAGAGATGGTGAT
AGGTGATTGTGATGATATAGAGAGCTACAGTGAGCCATCCCTTTGTCTGGATAAAGCCAA
GGAGCTTCTTGCACTCTTCAATTTACCTACAGGACTGTTGCCATTGAAGGACATGATAGA
AGTTGGACACAACAAAACAAAAGGGTTTGTGTGGATGAGGATGATAAACAAGATTGAGCA
TACATTCGCTGCTATAGGTCGTAAAGTGATATACGACACGGAGATAACTGCTTTTGTTGA
AGACCGTAAGTTGAAGAGGCTCACCGGAGTTAAAAGCAAGGAACTCATGATGTGGGTTCC
TGTGCATGATATCTTCATCAAAGAGAAAGATCCTGAGAAGATCACATTTGCTAATAACAC
CGGCCTGTCACGAACATTTAAAGTTTCAGCATTTCAGATCGAGGGTTGATATAAATCAGA
AAAAGAGGAGTAACTAAAGTTACTTGATGTAAGCAAGCAATAAAGAACATTAAAATGTTC
CATATCAATAGAACACAGTTTCATT

QA 5 569 5 569
DS 



AS 1 4

CO CL2689Contig1 578 4 3 U
TTTTTTTTATAACTTGAAAACAATAGTCTTTGTATTATCTAAATGGTTACACAAGTGAAT
CGTACCATACAGTTACAATCGATCTATTTTCAGACGACAAATTCAAAGATAACAATGTTG
TAAGAGAAAATAATTGAACAATAAATTCAAAGATAACAATGTTTGAAATATTTATAAGAT
TTACTATATGAAGATAATATTAAGTCTTACCCGATTGAAAAGAAAATATAACAAAAAGGG
TTAATTACGAGGATGAGTATTCTCAGGAGTACCAGCAACACCTGATATAACTTTAGCGAC
GTCACCTGCTGAAGCTTCTGGCTTCTTTTTACTGTACAAGACCATGTAGCCAAGTCCACC
AATTATCACAAATCCAACCGCCGCTGCTCTTACAGGACATATCCCTAACGATCGCCGTTG
GCACAACACTTCACTTGACTGCTTCGCTGCTTGGTCAGGTCCGGCCATTTCCCTCTTTTA
TTATCTCTTATATAGCGTCTTTCTTTTCTGAGAAAGAGTTTATATAATGCCTTTCTTTAT
AAGTGACTTTTATCTCTCAAAGAAGTTTCTTCTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1H435JQ U 9
AF RR1GI20JQ U 9
AF RR1H435TF C 1
AF RR1GI20TF C 9
BS 1 8 RR1H435TF
BS 9 501 RR1GI20JQ
BS 502 578 RR1H435TF

RD RR1H435JQ 362 0 0
ATAACTTGAAAACAATAGTCTTTGTATTATCTAAATGGTTACACAAGTGAATCGTACCAT
ACAGTTACAATCGATCTATTTTCAGACGACAAATTCAAAGATAACAATGTTGTAAGAGAA
AATAATTGAACAATAAATTCAAAGATAACAATGTTTGAAATATTTATAAGATTTACTATA
TGAAGATAATATTAAGTCTTACCCGATTGAAAAGAAAATATAACAAAAAGGGTTAATTAC
GAGGATGAGTATTCTCAGGAGTACCAGCAACACCTGATATAACTTTAGCGACGTCACCTG
CTGAAGCTTCTGGCTTCTTTTTACTGTACAAGACCATGTAGCCAAGTCCACCAATTATCA
CA

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1GI20JQ 493 0 0
ATAACTTGAAAACAATAGTCTTTGTATTATCTAAATGGTTACACAAGTGAATCGTACCAT
ACAGTTACAATCGATCTATTTTCAGACGACAAATTCAAAGATAACAATGTTGTAAGAGAA
AATAATTGAACAATAAATTCAAAGATAACAATGTTTGAAATATTTATAAGATTTACTATA
TGAAGATAATATTAAGTCTTACCCGATTGAAAAGAAAATATAACAAAAAGGGTTAATTAC
GAGGATGAGTATTCTCAGGAGTACCAGCAACACCTGATATAACTTTAGCGACGTCACCTG
CTGAAGCTTCTGGCTTCTTTTTACTGTACAAGACCATGTAGCCAAGTCCACCAATTATCA
CAAATCCAACCGCCGCTGCTCTTACAGGACATATCCCTAACGATCGCCGTTGGCACAACA
CTTCACTTGACTGCTTCGCTGCTTGGTCAGGTCCGGCCATTTCCCTCTTTTATTATCTCT
TATATAGCGTCTT

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR1H435TF 578 0 0
TTTTTTTTATAACTTGAAAACAATAGTCTTTGTATTATCTAAATGGTTACACAAGTGAAT
CGTACCATACAGTTACAATCGATCTATTTTCAGACGACAAATTCAAAGATAACAATGTTG
TAAGAGAAAATAATTGAACAATAAATTCAAAGATAACAATGTTTGAAATATTTATAAGAT
TTACTATATGAAGATAATATTAAGTCTTACCCGATTGAAAAGAAAATATAACAAAAAGGG
TTAATTACGAGGATGAGTATTCTCAGGAGTACCAGCAACACCTGATATAACTTTAGCGAC
GTCACCTGCTGAAGCTTCTGGCTTCTTTTTACTGTACAAGACCATGTAGCCAAGTCCACC
AATTATCACAAATCCAACCGCCGCTGCTCTTACAGGACATATCCCTAACGATCGCCGTTG
GCACAACACTTCACTTGACTGCTTCGCTGCTTGGTCAGGTCCGGCCATTTCCCTCTTTTA
TTATCTCTTATATAGCGTCTTTCTTTTCTGAGAAAGAGTTTATATAATGCCTTTCTTTAT
AAGTGACTTTTATCTCTCAAAGAAGTTTCTTCTAAAAA

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1GI20TF 570 0 0
ATAACTTGAAAACAATAGTCTTTGTATTATCTAAATGGTTACACAAGTGAATCGTACCAT
ACAGTTACAATCGATCTATTTTCAGACGACAAATTCAAAGATAACAATGTTGTAAGAGAA
AATAATTGAACAATAAATTCAAAGATAACAATGTTTGAAATATTTATAAGATTTACTATA
TGAAGATAATATTAAGTCTTACCCGATTGAAAAGAAAATATAACAAAAAGGGTTAATTAC
GAGGATGAGTATTCTCAGGAGTACCAGCAACACCTGATATAACTTTAGCGACGTCACCTG
CTGAAGCTTCTGGCTTCTTTTTACTGTACAAGACCATGTAGCCAAGTCCACCAATTATCA
CAAATCCAACCGCCGCTGCTCTTACAGGACATATCCCTAACGATCGCCGTTGGCACAACA
CTTCACTTGACTGCTTCGCTGCTTGGTCAGGTCCGGCCATTTCCCTCTTTTATTATCTCT
TATATAGCGTCTTTCTTTTCTGAGAAAGAGTTTATATAATGCCTTTCTTTATAAGTGACT
TTTATCTCTCAAAGAAGTTTCTTCTAAAAA

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 4

CO CL2690Contig1 1175 4 8 U
GGATAGTTGTTTGGTTTTCTTCGTAACCATCGAAATCAAGATTCCTTTACCCGAAAAATA
ACCATCAACCTTTTTCTTATTTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
TAGCTTCCTCGGTTTCATCGTCAACTGCATTTCATCTGTCTCAACAATGGCGTCATTTTC
TGTATCTTACACCAAGATCTGTGCTCCGAACCAGCGGTTCGGATCTTTTCCTGGAACCCG
ACGGCAGCCGCAACTCAATGGCGTATCCTTTCCCTCCGATGTATCTCAGAATCAATCTAC
AATCTGGAAGTTGCGTGCGACAACCAATGAGGTTGTCTCTAACTCAACCCCAATGACAAA
CGGTAACGGGAAAGTGAAGAGCAATGTTCCTGAACCTGCCGAACTCTCTGACTTTATGGC
CAAAGTCTCTGGTCTTCTTAAGCTTGTGGATTCAAGAGATATAGTGGAACTTGAACTGAA
GCAGCTCGACTGTGAGATTGTTATTCGCAAGAAGGAAGCTTTACAGCAGCAGCAACCTGC
ACCACCACCAGCTCCAGTTTACCACTCCATGCCTCCTCCAGTGACAGGATATCCAATGCC
TCCATCTCAACCAGCTGCTCCTCCTGCTTCTCCTACTCCCTCCTCAGCCCCTGAAACAGC
AAAACCAGCAACCCCACCTGCCTCTTCTCATCCTCCACTCAAGAGTCCTATGGCTGGTAC
TTTCTACAGATCTCCTGGACCTGGTGAACCCCCTTTTGTCAAGGTTGGTGATAAGGTGCA
GAAGGGTCAAGTTGTTTGTATTATCGAAGCTATGAAACTAATGAATGAGATTGAGGCTGA
GAAATCAGGAACCATCACTGAACTACTAGCTGAAGATGGAAAACCGGTTAGCGTTGACAC
GCCTCTGTTTACCATCGTGCCTTGAACGTCATTTTAGCTGGTTCAGAACATCTTCGGAGT
CTTGGTTTAGCTAATACCGACGTGCTGAAAATCTTCAAGTGGTTATTCCGGTCTGATTGT
TTTTTGTTTCTCCTAAACTGTTATCTTTTGTGAGAATCACGTAACGTATTAATATTCATG
TCTTTTAGAATAATTTCGACAAAACTATTCAGTTTATAATGTGTTGCACTATCTCCCCTT
GTTTTAGTAATTTAATAAATTAACATTGTTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FY32TF U 97
AF RR1FJ39TF U 1
AF RR1FY32JQ C 422
AF RR1FJ39JQ C 592
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GG
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CCGAACTCTCTGACTTTATGGCCAAAGTCTCTGGTCTTCTTAAGCTTGTGGATTCAAGAG
ATATAGTGGAACTTGAACTGAAGCAGCTCGACTGTGAGATTGTTATTCGCAAGAAGGAAG
CTTTACAGCAGCAGCAACCTGCACCACCACCAGCTCCAGTTTACCACTCCATGCCTCCTC
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CCTCCTCAGCCCCTGAAACAGCAAAACCAGCAACCCCACCTGCCTCTTCTCATCCTCCAC
TCAAGAGTCCTAT

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DS 

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TAGCTTCCTCGGTTTCATCGTCAACTGCATTTCATCTGTCTCAACAATGGCGTCATTTTC
TGTATCTTACACCAAGATCTGTGCTCCGAACCAGCGGTTCGGATCTTTTCCTGGAACCCG
ACGGCAGCCGCAACTCAATGGCGTATCCTTTCCCTCCGATGTATCTCAGAATCAATCTAC
AATCTGGAAGTTGCGTGCGACAACCAATGAGGTTGTCTCTAACTCAACCCCAATGACAGA
CGGTAACGGGAAAGTGAAGAGCAATGTTCCTGAACCTGCCGAACTCTCTGACTTTATGGC
CAAAGTCTCTGGTCTTCTTAAGCTTGTGGATTCAAGAGATATAGTGGAACTTGAACTGAA
GCAGCTCGACTGTGAGATTGTTATTCGCAAGAAGGAAGCTTTACAGCAGCAGCAACCTGC
ACCACCACCAGCTCCAGTTTACCACTCCATGCCTCCTCCAGTGACAGGATATCCAATGCC
TCCATCTCAACCAGCTGCTCCTCCTGCTTCTCCTACTCCCTCCTCAGCCCCTGAAACAGC
AAAACCAGCAACCCCACCTGCCTCTTCTCATCCTCCACTCA*GAGTCCTATGGCTGGTAC
TTTCTACAGATCTCCTGGAC*TGGTGAACCCC
TTTTGTCGAGGTGGTG

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CAGCTCGACTGTGAGATTGTTATTCGCAAGAAGGAAGCTTTACAGCAGCAGCAACCTGCA
CCACCACCAGCTCCAGTTTACCACTCCATGCCTCCTCCAGTGACAGGATATCCAATGCCT
CCATCTCAACCAGCTGCTCCTCCTGCTTCTCCTACTCCCTCCTCAGCCCCTGAAACAGCA
AAACCAGCAACCCCACCTGCCTCTTCTCATCCTCCACTCAAGAGTCCTATGGCTGGTACT
TTCTACAGATCTCCTGGACCTGGTGAACCCCCTTTTGTCAAGGTTGGTGATAAGGTGCAG
AAGGGTCAAGTTGTTTGTATTATCGAAGCTATGAAACTAATGAATGAGATTGAGGCTGAG
AAATCAGGAACCATCACTGAACTACTAGCTGAAGATGGAAAACCGGTTAGCGTTGACACG
CCTCTGTTTACCATCGTGCCTTGAACGTCATTTTAGCTGGTTCAGAACATCTTCGGAGTC
TTGGTTTAGCTAATACCGACGTGCTGAAAATCTTCAAGTGGTTATTCCGGTCTGATTGTT
TTTTGTTTCTCCTAAACTGTTATCTTTTGTGAGAATCACGTAACGTATTAATATTCATGT
CTTTTAGAATAATTTCGACAAAACTATTCAGTTTATAATGTGTTGCACTATCTCCCCTTG
TTTTAGTAATTTAATAAATTAACATTGTTTTCTC

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DS 

RD RR1FJ39JQ 584 0 0
TCCAATGCCTCCATCTCAACCAGCTGCTCCTCCTGCTTTTCCTACTCCCTCCTCAGCCCC
TGAAACAGCAAAACCAGCAACCCCACCTGCCTCTTTTCATCCTCCACTCAAGAGTCCTAT
GGCTGGTACTTTCTACAGATCTCCTGGACCTGGTGAACCCCCTTTTGTCGAGGTTGGTGA
TAAGGTGCAGAAGGGTCAAGTTGTTTGTATTATCGAAGCTATGAAACTAATGAATGAGAT
TGAGGCTGAGAAATCAGGAACCATCACTGAACTACTAGCTGAAGATGGAAAACCGGTTAG
CGTTGACACGCCTCTGTTTACCATCGTGCCTTGAACGTCATTTTAGCTGGTTCAGAACAT
CTTCGGAGTCTTGGTTTAGCTAATACCGACGTGCTGAAAATCTTCAAGTGGTTATTCCGG
TCTGATTGTTTTTTGTTTCTCCTAAACTGTTATCTTTTGTGAGAATCACGTAACGTATTA
ATATTCATGTCTTTTAGAATAATTTCGACAAAACTATTCAGTTTATAATGTGTTGCACTA
TCTCCCCTTGTTTTAGTAATTTAATAAATTAACATTGTTTTCTC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 4

CO CL2691Contig1 1243 4 7 U
CGAGATAAAATAATCTGATTTTACATTTGTTCTGGATAGAATTTTCGAAGGAGTTTGCCG
GCCATTTAAAGTGAGAGTCGAACAAGTGCTGCAGTCACAACCAAGTCTTATTATTTCTTA
TAAACTCACCAACACCTTGGAGTTCTACAGCTACACTATCTCAGATTTACTCGGGCGAGA
CACTGCTCTGTGTAATACAATTGGGATGGTTAAGGATGCTGCACAGAAAACCTTCTTCGA
CATTCTTAAAACCCGAGGGGAGAAGCTTCTGCGGTACCCTCCACCTGTAGCTATTGATCT
ATCTCCACCTCCAGCTGTCCGAGAAGGAGTTTCTCTAACTCTTGAGATAATCGAGAACTA
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ACTGCTCGACCCTATCATTAAGATGTGCGAGCAAGCGGCAGAGGCGCACAAATCGAAAAT
GAGCGGACAATTAACCAGACGAAGCAGAACAAGTTCCGACTCAAGCCAGTTAACATCAGT
CGATGCTCTACTCTCTAGCAGCTCGGCCCCACCACAGAACAATGAAACACCTTCGAAGAT
ATTCCTCATCAACTGTTTATGCGCGATCCAACAACCTTAGCTAAGACACGATGTGGCGTC
GCAGTACGTGACCAACATCGGATCAATGATCGAGAACCACATAAACCTCCTTGTCCAGAA
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CTCCACCACAACTGAACTTCCTTTGTCTGAACGACAGGAGACGTCACCCGCAATGCTGTC
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CGAGCAGATACAAGTCCCTAAACTCAGGTCCGAAGCTTGCGTGCGTGTGGCTAAAACGTT
AGCTGAAGATTATGAAGTTATATACCGAGCAGTGACGGATCAGCAAAACGGATATCCAGA
TCCGAAATCCCTCGCTCGACATCCACCGGATCAGATCCGAACCATTCTCGGTATATGAAT
GCAAGCTTCTTCTACCCGAATTTTTTTCCTGGTTTTTTCTTGTCATCTTATGAAATCAAT
ACTTGTAAACCAGACTTTAAATGTTGTATTTTCATATAAAGTTCACACTTTCTTTATCTA
TTGTTTGTTATATATAAAGGTAGGCTTGAGCTTGATTTCACTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX61TF U 1
AF RR1H759TF U 221
AF RR1H759JQ C 810
AF RR1CX61JQ C 476
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GCCATTTAAAGTGAGAGTCGAACAAGTGCTGCAGTCACAACCAAGTCTTATTATTTCTTA
TAAACTCACCAACACCTTGGAGTTCTACAGCTACACTATCTCAGATTTACTCGGGCGAGA
CACTGCTCTGTGTAATACAATTGGGATGGTTAAGGATGCTGCACAGAAAACCTTCTTCGA
CATTCTTAAAACCCGAGGGGAGAAGCTTCTGCGGTACCCTCCACCTGTAGCTATTGATCT
ATCTCCACCTCCAGCTGTCCGAGAAGGAGTTTCTCTAACTCTTGAGATAATCGAGAACTA
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CTTGAGATAATCGAGAACTACAACAGCATGATGGTATCCGCTTCAGGGGAGAAACCGGCT
TTTGATCCCGTCCTCTCTGCACTGCTCGACCCTATCATTAAGATGTGCGAGCAAGCGGCA
GAGGCGCACAAATCGAAAATGAGCGGACAATTAACCAGACGAAGCAGAACAAGTTCCGAC
TCAAGCCAGTTAACATCAGTCGATGCTCTACTCTCTAGCAGCTCGGCCCCACCACAGAAC
AATGAAACACCTTCGAAGATATTCCTCATCAACTGTTTATGCGCGATCCAACAACCTTTG
CTAAGACACGATGTGGCGTCGCAGTACGTGACCAACATCGGATCAATGATCGAGAACCAC
ATAAACCTCCTTGTCCAGAAAGAAGTCGACACGCTCCTCCAAAGATGCGGTCTTTCAGAC
AAAATGCAAATCTTCCGCTCCTCCACCACAACTGAACTTCCTTTGTCTGAACGACAGGAG
ACGTCACCCGCA

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TTTTGGGAAGCGGAGGCTCTCTTCCTGAGTTCGAGCAGATACAAGTCCCTAAACTCAGGT
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T*GTGACGGATCAGCAAAACGGATATCCAGATCCGAAATCCCTCGCTCGACATCCACCGG
ATCAGATCCGAACCATTCTCGGTATATGAATGCAAGCTTCTTCTACCCGAATTTTTTTCC
TGGTTTTTTCTTGTCATCTTATGAAATCGATACTTGTAAACCAGACTTTAAATGTTGTAT
TTTCATATAAAGTTCACACTTTCTT
C

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DS 

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AAGATATTCCTCATCAACTGTTTATGCGCGATCCAACAACCTTAGCTAAGACACGATGTG
GCGTCGCAGTACGTGACCAACATCGGATCAATGATCGAGAACCACATAAACCTCCTTGTC
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CGCTCCTCCACCACAACTGAACTTCCTTTGTCTGAACGACAGGAGACGTCACCCGCAATG
CTGTCGGAATGCCTCAAGGCCTTCTTCGGCCTCGTTTTGGGAAGCGAAGGCTCTCTTCCT
GAGTTCGAGCAGATACAAGTCCCTAAACTCAGGTCCGAAGCTTGCGTGCGTGTGGCTAAA
ACGTTAGCTGAAGATTATGAAGTTATATACCGAGCAGTGACGGATCAGCAAAACGGATAT
CCAGATCCGAAATCCCTCGCTCGACATCCACCGGATCAGATCCGAACCATTCTCGGTATA
TGAATGCAAGCTTCTTCTACCCGAATTTTTTTCCTGGTTTTT*CTTGTCATCTTATGAAA
TCAATACTTGTAAACCAGACTTTAAATGTTGTATTTTCATATAAAGTTCACACTTTCTTT
ATCTATTGTTTGTTATATATAAAGGTAGGCTTGAGCTTGATTTCACTC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 4

CO CL2692Contig1 1051 4 11 U
CTAGCCTTTGGTAGTGGGTATTATATAGATCGGTTAATATATTTTCCCAACAAAATCTTT
GCTTTCCGCAAGTAACCCAGCTGCTTAATTATATAAACTCTTATAATTGTTTACCCAGTC
AAAAAAAGTTCCAAGGCAAACATGTTACAACGTGAAGAAATTAAACAGAGTCTTGTGCTT
GTGCTTCTGAAGTATCCACAGGTACTTCTCCGAAAAGGTCATCATATGAAACAGGTACTC
TGATCCTCTCACGAACAGACTTTCTTTCTTTCTGCGGGTTGGATTCAGTCTGCTCAGCTA
CAGGCATAGCACACATCTCAGTGACCAGAGCTTCATCAGAAGATGCATTTGCAGAGGCAA
GTCCTTCGGAGAAGCTACCCTCATCTCTTTTCGGCCCTAACTTCAGTCTTGTGTTTGGGT
ACCTAAATTGCTTCTCAAACTCCTTGGTCTTTTTCATTATCTCTCTGTAAGATGCGGGCT
GTCTCGCTTTGATGATGTTCCACAACACACCACCTCCTGACCGTTTCCTACTGCCATCAG
CAGTCACCTGGCCTCCACATGTCTCGATTGCTTCCACCTCATTGACAAGATCACTCAAGG
CAGGAATTCCAAGACATCCAACAGCTGTGTATACCATGTAAGACTTCTTCTCCTTGAGGC
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TTTCTTCGTTTCTTCTTCTTATTCTTCTTCCTCTTGTTCTTGTTTGGCAGATTCTGCCCA
TCCTTCTTACCCAAGATCCCTTCTTTATCCTTGTCGTCGTCACCATTTTGTCTCTCTCCA
GAATGTAAATCATGCACCCCAACAATCTCTCCTTCTTCCACATCAACCATGTCAACATCT
TCCATGGTATCAAACCCATCATCTTCTTCATATATAGCATCCAACACACTTTCTTCTCCC
TCCATGACCAAAACCTCGAAACACCTCCGATCTTGTGAACTATAATCGAGATATCATCAG
AGAACACACCTCAACCTCATCAACGATACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1GP73JQ U 1
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AF RR1GE14TF C 284
AF RR1GP73TF C 450
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RD RR1GP73JQ 711 0 0
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AAAAAAAGTTCCAAGGCAAACATGTTACAACGTGAAGAAATTAAACAGAGTCTTGTGCTT
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CAGGAATTCCAAGACATCCAACAGCTGTGTATACCATGTAAGGCTTCTTCTCCTTGAGGC
GTCTACAAGTGTCCCTAACAAACCTGTCTAAATCCATGGG*TTTGCCCATA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1GE14JQ 719 0 0
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AATTGCTTCTCAAACTCCTTGGTCTTTTTCATTATCTCTCTGTAAGATGCGGGCTGTCTC
GCTTTGATGATGTTCCACAACACACCACCTCCTGACCGTTTCCTACTGCCATCAGCAGTC
ACCTGGCCTCCACATGTCTCGATTGCTTCCACCTCATTGACAAGATCACTCAAGGCAGGA
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QA 1 719 1 719
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TGCCCATAACAGGACCGTTTCTTCGTTTCTTCTTCTTATTCTTCTTCCTCTTGTTCTTGT
TTGGCAGATTCTGCCCATCCTTCTTACCCAAGATCCCTTCTTTATCCTTGTCGTCGTCAC
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CAACCATGTCAACATCTTCCATGGTATCAAACCCATCATCTTCTTCATATATAGCATCCA
ACACACTTTCTTCTCCCTCCATGACCAAAACCTCGAAACACCTCCGATCTTGTGAACTAT
AATCGAGATATCATCAGAGAACACACCTCAACCTCATCAACGATACCC

QA 1 768 1 768
DS 

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CCACCTCCTGACCGTTTCCTACTGCCATCAGCAGTCACCTGGCCTCCACATGTCTCGATT
GCTTCCACCTCATTGACAAGATCACTCAAGGCAGGAATTCCAAGACATCCAACAGCTGTG
TATACCATGTAAGGCTTCTTCTCCTTGAGGCGTCTACAAGTGTCCCTAACAAACCTGTCT
AAATCCATGGG*TTTGCCCATAACAGGACCGTTTCTTCGTTTCTTCTTCTTATTCTTCTT
CCTCTTGTTCTTGTTTGGCAGATTCTGCCCATCCTT***ACCCAAGATCCCTTCTTTATC
CTTGTCGTCGTCACCATTTTGTCTCTCTCCAGAATGTAAATCATGCACCCCAACAATCTC
TCCTTCTTCCACATCAACCATGTCAACATCTTCCATGGTATCAAACCCATCATCTTCTTC
ATATATAGCATCCAACACACTTTCTTCTCCCTCCATGACCAAAACCTCGAAGCACCTCCG
ATCTTGTGAACTATAATCGAGATATCATCAGAGAACACACCTCAACCTCATCAACGAT
CC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 4

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TCCCCAAGAAGTGTGGTCTTCGAGATAACTAAAACAACTTTCACATGCAACATTGTCAAT
AAAAACTAAAGAGGAAAAAACAGAACTCAACTCTAGGGCCTACAATATTATATATAATGA
ACTCATATACCTCGAGTTCTCTGATGAGATTTGAAGATGTAAAAAAGAAGAAAACTCCTC
TCAATGCTCAACACAATGAGGTTCCAGATAATCCCCAGAACCAATCAAAGTGACCCAACT
CCCACCTTTGGGTCAAGGCGGTCATTTTGTTTCCGAACTGTGATTCTGCAGAGGAGTTCC
TGATGTATTTCTAGTCTTCTTATACCAAAAGAACATGGACCAAAGTGCTCTAAACAACAC
TCCATTCGCAAAATGAGGAACAAACAAGCGCCCCCAATATGGATAGTACGGTCCAGGAAG
CTTGATCAGAGTGAATAGCATCATCATAGCTATCAAATGCCACGGTACTTCCGCTTCCTT
AAGACGAGGAGAGATGTTCAAAGCGGTTCCTTGTAGAATGCCTCCAACAACAACACCGAT
GAGTAACGGGAACGGGACTAAAGCAAGCTTCCTCTCATGTGCACAGTAAGACATCTCGCT
GACGGAGGAAACCGCCAACACGGGAACAAACAGAAGCTTAACGACTGATATGGCGAGATC
GAGAACGAGCTGCACGAAGTTCTCGAACGATCTGTTCCAAGGGAAGTCCTTGACCGGCTG
TGGAGAATCGTTCCAAACATCTTTTGCTTTCCTCAAAAGGGTGTCGAAAGTAAGCCTCTT
TGAGTCCCCTGAATGATCAGATTCCATATGAATTGAGCGGCAGAGGAATAATCTCTTTGA
TGCTTTAGCTTCATTTGCACCCTTGAGACTTTTACTCTTGTTAGAGTACAACTGGGTCGG
TGAGTGGAGTCGCGGAGCCAATGAAGGTCGAGGCGAAGAAAGGAAGAGATGAGACATGGC
CATTTTTATATTTAAAAGGCTGTTGCTTTGGTTTGCGTCTTTTTCTCACAGAGAGACCAT
TGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGTA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D976JQ U 1
AF RR1D976TF C 219
AF RR1CG29JQ U 3
AF RR1CG29TF C 398
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BS 545 752 RR1CG29JQ
BS 753 1103 RR1CG29TF

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AAAAACTAAAGAGGAAAAAACAGAACTCAACTCTAGGGCCTACAATATTATATATAATGA
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CCCACCTTTGGGTCAAGGCGGTCATTTTGTTTCCGAACTGTGATTCTGCAAAGGAGTTCC
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AAGA

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DS 

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C

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DS 

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AAACTAAAGAGGAGAAAACAGAACTCAACTCTAGGGCCTACAATATTATATATAATGAAC
TCATATACCTCGAGTTCTCTGATGAGATTTGAAGATGTAAAAAAGAAGAAAACTCCTCTC
TATGCTCAACACAATGAGGTTCCAGATAATCCCCAGAACCAATCAAAGTGACCCAACTCC
CACCTTTGGGTCAAGGCGGTCATTTTGTTTCCGAACTGTGATTCTGCAGAGGAGTTCCTG
ATGTATTTCTAGTCTTCTTATACCAAAAGAACATGGACCAAAGTGCTCTAAACAACACTC
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QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1CG29TF 706 0 0
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TTAACGACTGATATGGCGAGATCGAGAACGAGCTGCACGAAGTTCTCGAACGATCTGTTC
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CGGCAGAGGAATAATCTCTTTGATGCTTTAGCTTCATTTGCACCCTTGAGACTTTTACTC
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TCTTTTTCTCACAGAGAGACCATTGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGTA

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 4

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GCTAAAGGTCAAGCTGTGAAGAACCAGAAGGCTCTTTGGGATAAAACTTTGGAGTTCAGA
TTCTTGCTTCAGAAAGCATTTAGTAGTTCAAACCGATTGCCACAGGAGACTGTCAAATCG
TCTTTTTGTTCGGAAGATGACAAGGTTTCAACAGCATATTCAGAGCTAATTACTTCTTCC
AAGAAGACATTAGATTCTCTCTTGGAATTGCAAGAGGCTTTGTTTGAGAAGAATCCCTCG
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TGGCACCGAGTAGCTGACATGCAAAAAAGGATGTGTGTGTTCCGAAACAAGGCTGTGGAC
AAATGGCAGAGAAGAACACAAGTCACAACTGGTGCAGCTGCTATTAAAGGAAAGCTCCAT
GCCTTTAACCAGAATGTTAGTGAGCAGGCTGCTTCTTACATGAGGGATCCAAGTAGAATG
ATAAAACAAATGCAACAATCAAGGTCAACTGTTGCTGTTTTTGGAACTGTCCCTGAGGAA
ACCATGGAACCCAAGAAAGAGGAAAAACAAGTTGAATACCCTGAACTTGTGGAGGATGCA
GAATTCTATCAGCAGTTGCCAAAGGAGTTCTTTGAGACCATCGATCCAGCTTCCTCAGAG
GCGGCTTTTTACGCGATGAAGAAGTTTCAAACAAAGAAGAGGAAAGTTGTGGATCGGCGT
GCCTCTAAGAGCAGAAAGATCAGGTATAATGTGCATGAGAAGATCGTCAACTTCATGGCC
CCACGACCTGCGAAGATTCCCCCAAACTCTGCAGATTTGCTCAAGAATCTGTTCGGTCTC
AAGACCAGAAACGGTGGTCTGTCTGAAGCATAATGTGTTTTTAAAAACCGCAATTTTGAA
AACGCAGGGATTACTTGTTGTGTGGTGCGTTGTTGTAATACAATCTTTGACAGCAAAAAA
AAACTCATTTTATATATCAAACACTTTTTAGTTTTCT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1ED88TF U 1
AF RR1B691TF U 1
AF RR1ED88JQ C 423
AF RR1B691JQ C 462
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TCTTTT*GTTCGGAAGATGACAAGGTTTCAACAGCATATTCAGAGCTAATTACTTCTTCC
AAGAAGACATTAGATTCTCTCTTGGAATTGCAAGAGGCTTTGTTTGAGAAGAATCCCTCG
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AAATGGCAGAGAAGAACACAAGTCACAACTGGTGCAGCTGCTATTAAAGGAAAGCTCCAT
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ATAAA*CAAATGCAACAATCAA*GTCAACTGTTGCTGTTTT
GGACTGTCCCTG

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DS 

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AAGGAAGATGTGGATGGAGAAAGCGATGAACTTGATGATGGGGATGAGGATGAAAGCGAT
GAAGGGAATGATGACAATAAAGATGCTGCCATGGAAGAGCTTGAGGAAGAGTACCAGGAG
CTTCGTTCACAGGAACAGGATATATTGAAAAACCTGAAGCGTGATAAGGGTGAGGATGCT
GCTAAAGGTCAAGCTGTGAAGAACCAGAAGGCTCTTTGGGATAAAACTTTGGAGTTCAGA
TTCTTGCTTCAGAAAGCATTTAGTAGTTCAAACCGATTGCCACAGGAGACTGTCAAATCG
TCTTTTTGTTCGGAAGATGACAAGGTTTCAACAGCATATTCAGAGCTAATTACTTCTTCC
AAGAAGACATTAGATTCTCTCTTGGAATTGCAAGAGGCTTTGTTTGAGAAGAATCCCTCG
GTTGACCAACAAGCAAATGGTACCGAATCCAATAAATCAGAAGCAGAAGATAGCGATGAA
TGGCGCCGAGTAGCTGACATGCAAAAAAGGATGTGTGTGTTCCGAAACAAGGCTGTGGAC
AAATGGCAGAGAAGAACACAAGTCACAACTGGTGCAGCTGCTATTAAAGGAAAGCTCCAT
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ATAAAACAAATGCAACAATCAAAGTCAACTGTTGCTGTTTTTGGAACTGTCCCTGAGGAA
ACCATGGAACC

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DS 

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TGACCAACAAGCAAGTGGTACCGAATCCAATAAATCAGAAGCAGAAGATAGCGATGAATG
GCACCGAGTAGCTGACATGCAAAAAAGGATGTGTGTGTTCCGAAACAAGGCTGTGGACAA
ATGGCAGAGAAGAACACAAGTCACAACTGGTGCAGCTGCTATTAAAGGAAAGCTCCATGC
CTTTAACCAGAATGTTAGTGAGCAGGTTGCTTCTTACGTGAGGGATCCAAGTAGAATGAT
AAAACAAATGCAACAATCAAGGTCAACTGTTGCTGTTTTTGGAACTGTCCCTGAGGAAAC
CATGGAACCCAAGAAAGAGGAAAAACAAGTTGAATACCCTGAACTTGTGGAGGATGCAGA
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GGCTTTTTACGCGATGAAGAAGTTTCAAACAAAGAAGAGGAAAGTTGTGGATCGGCGTGC
CTCTAAGAGCAGAAAGATCAGGTATAATGTGCATGAGAAGATCGTCAACTTCATGGCCCC
ACGACCTGCGAAGATTCCTCCAAACTCTGCAGATTTGCTCAAGAATCTGTTCGGTCTCAA
GACCAGAAACGGTGGTCTGTTTGAAGCATAATGTGTTTTTAAAAACCGCAATTTTGAAAA
CGCAGGGATTACTTGTTGTGTGGTGCGTTGTTGTAATACAATCTTTGACAGCAAAAAAAA
*CTCATTTTATATATCAAACACTTTTTAGTTTTC
G

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DS 

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GTTTGAGAAGAATCCCTCGGTTGACCAACAAGCAAATGGTACCGAATCCAATAAATCAGA
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CCGAAACAAGGCTGTGGACAAATGGCAGAGAAGAACACAAGTCACAACTGGTGCAGCTGC
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GAGGGATCCAAGTAGAATGATAAAACAAATGCAACAATCAAGGTCAACTGTTGCTGTTTT
TGGAACTGTCCCTGAGGAAACCATGGAACCCAAGAAAGAGGAAAAACAAGTTGAATACCC
TGAACTTGTGGAGGATGCAGAATTCTATCAGCAGTTGCCAAAGGAGTTCTTTGAGACCAT
CGATCCAGCTTCCTCAGAGGCGGCTTTTTACGCGATGAAGAAGTTTCAAACAAAGAAGAG
GCAAGTTGTGGATCGGCGTGCCTCTAAGAGCAGAAAGATCAGGTATAATGTGCATGAGAA
GATTGTCAACTTCATGGCCCCACGACCTGCGAAGATTCCCCCAAACTCTGCAGATTTGCT
CAAGAATCTGTTCGGTCTCAAGACCAGAAACGGTGGTCTGTCTGAAGCATAATGTGTTTT
TAAAAACCGCAATTTTGAAAACGCAGGGATTACTTGTTGTGTGGTGCGTTGTTGTAATAC
AATCTTTGACAGCAAAAAAAAACTCATTTTATATATCAAACACTTTTTAGTTTTCT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 4

CO CL2695Contig1 978 4 5 U
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ACACAATAGTGTCTGTGTAATGAGAGATGAGAGGCAATGTTTCATTTGCTTTGCGTCCAT
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ACCGAAAAATCGACAAAACTAGTTTTAATGAAGATCCCAGTGACCACGGTTATATTGATG
GTTTTGAAGATTTTTGACGATTTTAATGATTATGATGGTTACGAAGATGCTAATGATACC
AAAGATAATGGTAAAACCAAAAGAATTCAAGAATTTGATAATTGAAAATTAATACTCCAA
TCAAACCCGACATAAGGGAGAGAGTATTAGAGATGATCAATCAACGAAATCATAATAATA
TTCAATGTAGTGATAAGATTCATAAGTATCTTAAAATTATTTATAAATCATAACAGTTGC
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TCGGTGATGGCGGCTAATGTCCCTCGTGGGTTCACGAGCGACTGTGAACCCCCACTCCTC
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AGTAATTTCTCCACAAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FI62JQ U 366
AF RR1D876JQ C 1
AF RR1AT23JQ U 406
AF RR1AT23TF C 406
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RD RR1FI62JQ 179 0 0
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QA 1 179 1 179
DS 

RD RR1D876JQ 668 0 0
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GTTTTGAAGATTTTTGACGATTTTAATGATTATGATGGTTACGAAGATGCTAATGATACC
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TCAAACCCGACATAAGGGAGAGAGTATTAGAGATGATCAATCAACGAAATCATAATAATA
TTCAATGTAGTGATAAGATTCATAAGTATTTTAAAATTATTTATAAATCATAACAGTTGC
GACAATCATATGTATTTAACCGATAACAAGGAGGTCATTTCAGTCCCGGGAATAGCGTGT
TCGGTGATGGCGGCTAATGTCCCTCGTGGGTTCACGAGCGACTGTGAACCCCCACTCCTC
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ACAC
CTGG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1AT23JQ 573 0 0
GAAATCATAATAATATTCAATGTAGTGATAAGATTCATAAGTATCTTAAAATTATTTATA
AATCATAACAGTTGCGACAATTATATGTATTTAACCGATAACAAGGAGGTCATTTCAGTC
CCGGGAATAGCGTGTTCGGTGATGGCGGCTAATGTCCCTCGTGGGTTCACGAGCGACTGT
GAACCCCCACTCCTCGCACGGAGGGAGCTCCAGCACCTTCTCTTCGACGCCCTCTCCACG
AATGTAGGCGGAAGCACACATAACGCCAAAGCGAACATCCGCGATCTCTCCGCACGAAGA
GAGATGAGCTCGAAGCTTGCTCTCGAGAAGAGGCTCGGAAAGACTAGTGTCATATCCAAA
CACTCTGATCTTGAGGCCACGTTCAGGATGGAAGTAGGGATTCCGAATAGGAACGGCCTG
GACATGGGCTTTCCATCCGCCGACATCAGTGTCGTGGAGGGCAAACGCCTTCTCTTTCGC
GCCTTCTCCGCACATATAGACCAGTGCATTACTGCTGAGAGTTCCGCTTCGAGCCTTTCT
GTAAATATAAATGTCAGTAATTTCTCCACAAGC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1AT23TF 573 0 0
GAAATCATAATAATATTCAATGTAGTGATAAGATTCATAAGTATCTTAAAATTATTTATA
AATCATAACAGTTGCGACAATTATATGTATTTAACCGATAACAAGGAGGTCATTTCAGTC
CCGGGAATAGCGTGTTCGGTGATGGCGGCTAATGTCCCTCGTGGGTTCACGAGCGACTGT
GAACCCCCACTCCTCGCACGGAGGGAGCTCCAGCACCTTCTCTTCGACGCCCTCTCCACG
AATGTAGGCGGAAGCACACATAACGCCAAAGCGAACATCCGCGATCTCTCCGCACGAAGA
GAGATGAGCTCGAAGCTTGCTCTCGAGAAGAGGCTCGGAAAGACTAGTGTCATATCCAAA
CACTCTGATCTTGAGGCCACGTTCAGGATGGAAGTAGGGATTCCGAATAGGAACGGCCTG
GACATGGGCTTTCCATCCGCCGACATCAGTGTCGTGGAGGGCAAACGCCTTCTCTTTCGC
GCCTTCTCCGCACATATAGACCAGTGCATTACTGCTGAGAGTTCCGCTTCGAGCCTTTCT
GTAAATATAAATGTCAGTAATTTCTCCACAAGC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 4

CO CL2696Contig1 603 4 8 U
AATAAAAATTGAGTTTGTCATTTAAAAATGGAGAAACGATAATAGCTTGAACCATAAGGA
GTTTAGAAACCAAATTATCATTAACCATTAAGGAGTTTAGAAACCAAAAACAACCTAACA
ATCTTTGAAGAAGACATAAGAGTTTTCATAAAGCAGAGAGAGATAGGATAACAAAAACAT
AACAGCTCGATCAAAATCAACAATCACTGGTCTCCGGGAAGCGACTTGATGATGTCGGAA
TCACCTGGATCAACAATGCTGAGACAGGAAACACGGAAGTACTTCCCGCAAGCAGTTCCC
AAATCGACATTGTTGCCATTGTAATGATGAACACCGACTTTAGCAAGCATAGCGTAGTAT
TCAATCTCTGATCTCCTCAACGGAGGGCAGTTGCTAGAGATCAGAATCAACTTACCTTTG
GAGCTGCGAAGGGACTTCAGAACAGATTTGTAGCCGAGAGTGTACTTTCCACTCTTCATG
ACCAAAGCTAATCTGCTGTTGATTCCCTCATGGGACTTCTTCGTCTTCTTCGCTGCTACC
ATTTTCTCAACGCCGGGAGTAGTCCGCTGATCGCCGAGTTAACAAGAAGAGAGGCCTTTT
CGG


BQ
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 

AF RR1G780JQ U 1
AF RR1G780TF C 1
AF RR1FP08JQ U 65
AF RR1FP08TF C 65
BS 1 99 RR1G780JQ
BS 100 100 RR1FP08JQ
BS 101 132 RR1G780JQ
BS 133 133 RR1FP08JQ
BS 134 262 RR1G780JQ
BS 263 263 RR1FP08JQ
BS 264 588 RR1G780JQ
BS 589 603 RR1FP08JQ

RD RR1G780JQ 588 0 0
AATAAAAATTGAGTTTGTCATTTAAAAATGGAGAAACGATAATAGCTTGAACCATAAGGA
GTTTAGAAACCAAATTATCATTAACCATTAAGGAGTTTAAAAACCAAAAACAACCTAACA
ATCTTTGAAGAAAACATAAGAGTTTTCATAAAGCAGAGAGAGATAGGATAACAAAAACAT
AACAGCTCGATCAAAATCAACAATCACTGGTCTCCGGGAAGCGACTTGATGATGTCGGAA
TCACCTGGATCAACAATGCTGAAACAGGAAACACGGAAGTACTTCCCGCAAGCAGTTCCC
AAATCGACATTGTTGCCATTGTAATGATGAACACCGACTTTAGCAAGCATAGCGTAGTAT
TCAATCTCTGATCTCCTCAACGGAGGGCAGTTGCTAGAGATCAGAATCAACTTACCTTTG
GAGCTGCGAAGGGACTTCAGAACAGATTTGTAGCCGAGAGTGTACTTTCCACTCTTCATG
ACCAAAGCTAATCTGCTGTTGATTCCCTCATGGGACTTCTTCGTCTTCTTCGCTGCTACC
ATTTTCTCAACGCCGGGAGTAGTCCGCTGATCGCCGAGTTAACAAGAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1G780TF 603 0 0
AATAGAAATTGAGTTTGTCATTTAAAAATGGAGAAACGATAATAGCTTGAACCATAAGGA
GTTTAGAAACCAAATTATCATTAACCATTAAGGAGTTTAGAAACCAAAAACAACCTAACA
ATCTTTGAAGAAGACATAAGAGTTTTCATAAAGCAGAGAGAGATAGGATAACAAAAACAT
AACAGCTCGATCAAAATCAACAATCACTGGTCTCCGGGAAGCGACTTGATGATGTCGGAA
TCACCTGGATCAACAATGCTGAGACAGGAAACACGGAAGTACTTCCCGCAAGCAGTTCCC
AAATCGACATTGTTGCCATTGTAATGATGAACACCGACTTTAGCAAGCATAGCGTAGTAT
TCAATCTCTGATCTCCTCAACGGAGGGCAGTTGCTAGAGATCAGAATCAACTTACCTTTG
GAGCTGCGAAGGGACTTCAGAACAGATTTGTAGCCGAGAGTGTACTTTCCACTCTTCATG
ACCAAAGCTAATCTGCTGTTGATTCCCTCATGGGACTTCTTCGTCTTCTTCGCTGCTACC
ATTTTCTCAACGCCGGGAGTAGTCCGCTGATCGCCGAGTTAACAAGAAGAGAGGCCTTTT
CGG

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1FP08JQ 539 0 0
AGAAACCAAATTATCATTAACCATTAAGGAGTTTAGAAACCAAAAACAACCTAACAATCT
TTGAAGAAGACATAAGAGTTTTCATAAAGCAGAGAGAGATAGGATAACAAAAACATAACA
GCTCGATCAAAATCAACAATCACTGGTCTCCGGGAAGCGACTTGATGATGTCGGAATCAC
CTGGATCAACAATGCTGAGACAGGAAACACGGAAGTACTTCCCGCAAGCAGTTCCCAAAT
CGACATTGTTGCCATTGTAATGATGAACACCGACTTTAGCAAGCATAGCGTAGTATTCAA
TCTCTGATCTCCTCAACGGAGGGCAGTTGCTAGAGATCAGAATCAACTTACCTTTGGAGC
TGCGAAGGGACTTCAGAACAGATTTGTAGCCGAGAGTGTACTTTCCACTCTTCATGACCA
AAGCTAATCTGCTGTTGATTCCCTCATGGGACTTCTTCGTCTTCTTCGCTGCTACCATTT
TCTCAACGCCGGGAGTAGTCCGCTGATCGCCGAGTTAACAAGAAGAGAGGCCTTTTCGG

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR1FP08TF 539 0 0
AGAAACCAAATTATCATTAACCATTAAGGAGTTTAGAAACCAAAAACAACCTAACAATCT
TTGAAGAAGACATAAGAGTTTTCATAAAGCAGAGAGAGATAGGATAACAAAAACATAACA
GCTCGATCAAAATCAACAATCACTGGTCTCCGGGAAGCGACTTGATGATGTCGGAATCAC
CTGGATCAACAATGCTGAGACAGGAAACACGGAAGTACTTCCCGCAAGCAGTTCCCAAAT
CGACATTGTTGCCATTGTAATGATGAACACCGACTTTAGCAAGCATAGCGTAGTATTCAA
TCTCTGATCTCCTCAACGGAGGGCAGTTGCTAGAGATCAGAATCAACTTACCTTTGGAGC
TGCGAAGGGACTTCAGAACAGATTTGTAGCCGAGAGTGTACTTTCCACTCTTCATGACCA
AAGCTAATCTGCTGTTGATTCCCTCATGGGACTTCTTCGTCTTCTTCGCTGCTACCATTT
TCTCAACGCCGGGAGTAGTCCGCTGATCGCCGAGTTAACAAGAAGAGAGGCCTTTTCGG

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 4

CO CL2697Contig1 936 4 7 U
GTGTGATCATCGTAAGGTATGTTCGTCGCGTTGATGCTTTTGCTCAAGTTCACAGGAAGA
CACTTGGGGCGACAGCTTCCTCGCATCAGAATCTGGTTCCCTTTGGCGTTTGTCTCCGAG
TGATGGTGCAAGTCACTGTCGAAAGACGCTTTAAAAGAGAGCGTCCCCGGTTTGCTCGCG
GAGATCTTGACCACGATCACTTGATCCGGATGAGAAGAAAAAAACTCTCGAGAGAACTCC
ACGGAACCGACGGAGTAGGTTACTTTAGCTAGTGCTGTTTCCAAGTCGAGTTCACGGCGG
TAAGAGTCTTGAGTGTACTTGCGGTGCGAACTGTCGAACTGTAGATTCAAATCTCCCACT
ATCTGATAAACCTGTGTAGAGAGAAGAAACCAATAACAGAGGATTAGTCTTTAAACAAAA
ACTCAAAGGAAAAGAAAACATTAGAGACAGTTACATCAGAAGGATGGCCTGATAGTTTGA
CAGCTTCTGAAGTAGCTTCAGCGTATTTTCTTTCGTCGACAAGCTTCCTAACTTGCGCTA
ATGCTTGTGGAGCATTCGGGTTCGTGTAATCTGCTGGTACTCCAGTCCAGACTGTGTCCT
CTGCCAAAATAAAGTTAAACACTTCAGATCCACAGCTAATTAAAGAACACAACAGAGCAG
CAAAAAACAAGAATCAAGAACGTTTTTTTAGGCATTTTATTACACAGAGACAAATAAGAG
ATCCAGTTTCATTAAAAGTTGGTTATGATCTAAGACTATGTCCCAAAAGCATAATCCCGT
GTTCTGTCATGTCAATAAATGTATCCGAGAAACACGAGTTATGAACAACAATCTGACATA
GCAGAGACTGTAGAGCTTCATTTATTACCAACCTCCCCAGAATATATTTTCTTTTTAAAC
TGCAAAAGAAGACTACACAACACAAACAATGGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1F609TF U 1
AF RR1BP23JQ C 160
AF RR1F609JQ C 213
AF RR1BP23TF U 160
BS 1 218 RR1F609TF
BS 219 219 RR1BP23TF
BS 220 651 RR1F609TF
BS 652 652 RR1BP23TF
BS 653 667 RR1F609TF
BS 668 902 RR1BP23TF
BS 903 936 RR1BP23JQ

RD RR1F609TF 667 0 0
GTGTGATCATCGTAAGGTATGTTCGTCGCGTTGATGCTTTTGCTCAAGTTCACAGGAAGA
CACTTGGGGCGACAGCTTCCTCGCATCAGAATCTGGTTCCCTTTGGCGTTTGTCTCCGAG
TGATGGTGCAAGTCACTGTCGAAAGACGCTTTAAAAGAGAGCGTCCCCGGTTTGCTCGCG
GAGATCTTGACCACGATCACTTGATCCGGATGAGAAGAGAAAAACTCTCGAGAGAACTCC
ACGGAACCGACGGAGTAGGTTACTTTAGCTAGTGCTGTTTCCAAGTCGAGTTCACGGCGG
TAAGAGTCTTGAGTGTACTTGCGGTGCGAACTGTCGAACTGTAGATTCAAATCTCCCACT
ATCTGATAAACCTGTGTAGAGAGAAGAAACCAATAACAGAGGATTAGTCTTTAAACAAAA
ACTCAAAGGAAAAGAAAACATTAGAGACAGTTACATCAGAAGGATGGCCTGATAGTTTGA
CAGCTTCTGAAGTAGCTTCAGCGTATTTTCTTTCGTCGACAAGCTTCCTAACTTGCGCTA
ATGCTTGTGGAGCATTCGGGTTCGTGTAATCTGCTGGTACTCCAGTCCAGACTGTGTCCT
CTGCCAAAATAAAGTTAAACACTTCAGATCCACAGCTAATTAAAGAACACAGCAGAGCAG
CAAAAAA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1BP23JQ 777 0 0
G
GCGTCCCCGGTTTGCTCGCGGAGATCT*GACCACGATCACTTGATCCGGATGAGAAGA*A
AAAACTCTCGAGAGAACTCCACGGAACCGACGGAGTAGGTTACTTTAGCTAGTGCTGTTT
CCAAGTCGAGTTCACGGCGGTAAGAGTCTTGAGTGTACTTGCGGTGCGAACTGTCGAACT
GTAGATTCAAATCTCCCACTATCTGATAAACCTGTGTAGAGAGAAGAAACCAATAACAGA
GGATTAGTCTTTAAACAAGAACTCAAAGGAAAAGAAAACATTAGAGACAGTTACATCAGA
AGGATGGCCTGATAGTTTGACAGCTTCTGAAGTAGCTTCAGCGTATTTTCTTTCGTCGAC
AAGCTTCCTAACTTGCGCTAATGCTTGTGGAGCATTCGGGTTCGTGTAATCTGCTGGTAC
TCCAGTCCAGATTGTGTCCTCTGCCAAAATAAAGTTAAACACTTCAGATCCACAGCTAAT
TAAAGAACACAACAGAGCAGCAAAAAACAAGAATCAAGAACGTTTTTTTAGGCATTTTAT
TACACAGAGACAAATAAGAGATCCAGTTTCATTAAAAGTTGGTTATGATCTAAGACTATG
TCCCAAAAGCATAATCCCGTGTTCTGTCATGTCAATAAATGTATCCGAGAAACACGAGTT
ATGAACAACAATCTGACATAGCAGAGACTGTAGAGCTTCATTTATTACCAACCTCCCCAG
AATATATTTTCTTTTTAAACTGCAAAAGAAGACTACACAACACAAACAATGGAACC

QA 2 777 2 777
DS 

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AGAAGAG
AAAAACTCTCGAGAGAACTCCACGGAACCGACGGAGTAGGTTACTTTAGCTAGTGCTGTT
TCCAAGTCGAGTTCACGGCGGTAAGAGTCTTGAGTGTACTTGCGGTGCGAACTGTCGAAC
TGTAGATTCAAATCTCCCACTATCTGATAAACCTGTGTAGAGAGAAGAAACCAATAACAG
AGGATTAGTCTTTAAACAAAAACTCAAAGGAAAAGAAAACATTAGAGACAGTTACATCAG
AAGGATGGCCTGATAGTTTGACAGCTTCTGAAGTAGCTTCAGCGTATTTTCTTTCGTCGA
CAAGCTTCCTAACTTGCGCTAATGCTTGTGGAGCATTCGGGTTCGTGTAATCTGCTGGTA
CTCCAGTCCAGACTGTGTCCTCTGCCAAAATAAAGTTAAACACTTCAGATCCACAGCTAA
TTAAAGAACACAGCAGAGCAGCAAAAAACAAGAATCAAGAACGTTTTTTTAGGCATTTTA
TTACACAGAGACAAATAAGAGATCCAGTTTCATTAAAAGTTGGTTATGATCTAAGACTAT
GTCCCAAAAGCATAATCCCGTGTTCTGTCATGTCAATAAATGTATCCGAGAAACACGAGT
TATGAACAACAATCTGACATAGCAGAGACTGTAGAGCTTCATTTATTACCAACCTCCCCA
GAATATATTTTCTTTTTAAACTGCAAAAGAAGACTACACAACACAAACAATGGAACC

QA 8 724 8 724
DS 

RD RR1BP23TF 743 0 0
G
GCGTCCCCGGTTTGCTCGCGGAGATCTTGACCACGATCACTTGATCCGGATGAGAAGAAA
AAAACTCTCGAGAGAACTCCACGGAACCGACGGAGTAGGTTACTTTAGCTAGTGCTGTTT
CCAAGTCGAGTTCACGGCGGTAAGAGTCTTGAGTGTACTTGCGGTGCGAACTGTCGAACT
GTAGATTCAAATCTCCCACTATCTGATAAACCTGTGTAGAGAGAAGAAACCAATAACAGA
GGATTAGTCTTTAAACAAGAACTCAAAGGAAAAGAAAACATTAGAGACAGTTACATCAGA
AGGATGGCCTGATAGTTTGACAGCTTCTGAAGTAGCTTCAGCGTATTTTCTTTCGTCGAC
AAGCTTCCTAACTTGCGCTAATGCTTGTGGAGCATTCGGGTTCGTGTAATCTGCTGGTAC
TCCAGTCCAGATTGTGTCCTCTGCCAAAATAAAGTTAAACACTTCAGATCCACAGCTAAT
TAAAGAACACAACAGAGCAGCAAAAAACAAGAATCAAGAACGTTTTTTTAGGCATTTTAT
TACACAGAGACAAATAAGAGATCCAGTTTCATTAAAAGTTGGTTATGATCTAAGACTATG
TCCCAAAAGCATAATCCCGTGTTCTGTCATGTCAATAAATGTATCCGAGAAACACGAGTT
ATGAACAACAATCTGACATAGCAGAGACTGTAGAGCTTCATTTATTACCAACCTCCCCAG
AATATATTTTCTTTTTAAACTG

QA 2 743 2 743
DS 



AS 1 4

CO CL2698Contig1 947 4 4 U
GGACAGTGCAATAATATAAGAAAACAAAAGCCTTTATTCCCTCAAACCCAAATTTATTCT
CTTTAGTTTACAAATGGGTCGACCAGATCAAACTCCGAGTCCGAGAATGCACAACAACTT
CAATCCGGTGTTTCATCCCCAACCTGCACCTGAAGAAAAGCGAATGGTCGAAGCCGAGCA
GAAATATCCTAACAATGGTGGAATGGTTAACCAACCAACCGGAGTACCGAATATGGCCAG
ACCAGCTCAACCTACGTATATCAATCCCGCTGTAATGGGTAACCAACCTTATAGAGTACA
AATGGCCCGACCGGTTATCCAACCATCAAACTGGACTTCAGGGCTTTTTGATTGCATGAA
CGATGGTGAAAATGCAATCATCACATGTTTATTTCCATTCGTCACATTTGGACAGATCGC
AGAAGTTACCGATGAAGGCGCAACAAGTTGTGGAACGGGTGGAATGTTGTACGGCTTGAT
ATGTTGTCTGTTTGGGATACCATGTGTTTACTCATGCACATTCCGGGCCAAGATCCGAAG
CAAATTCGGGTTACCCGATGCTCCAGCTCCAGATTGGATCACCCATTGCTTCTGTGAATA
TTGTGCACTTTGCCAAGAATATCGTGAGCTCAAGAACCGTGGCCTTGATCCTGCCATTGG
ATGGAGTGGGAATGTGCAAAGGCAGAGAATGGGACAGCAACAAGAGATGATGGCTCCTCC
CATGGGTCAACGGATGATGGGTTGACTTATTGTAAATTTTATTACACAACATCCATTTGT
AATATTATTTGTGTTTGTTTCGTTTTACATAATTTATTGTGCCACCAAGAAATAAATGTC
AACTAGGCTTGTCGATGACGACTTTCGTGGTATGCATGAACTGATCTCTGTTGTTATGAG
AAAATCTTCGCTACAATTTCTCTATATTATCATATCACTGTTACATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1C715TF U 1
AF RR1GX49TF U 1
AF RR1C715JQ C 147
AF RR1GX49JQ C 224
BS 1 729 RR1C715TF
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BS 731 757 RR1C715TF
BS 758 947 RR1C715JQ

RD RR1C715TF 757 0 0
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CTTTAGTTTACAAATGGGTCGACCAGATCAAACTCCGAGTCCGAGAATGCACAACAACTT
CAATCCGGTGTTTCATCCCCAACCTGCACCTGAAGAAAAGCGAATGGTCGAAGCCGAGCA
GAAATATCCTAACAATGGTGGAATGGTTAACCAACCAACCGGAGTACCGAATATGGCCAG
ACCAGCTCAACCTACGTATATCAATCCCGCTGTAATGGGTAACCAACCTTATAGAGTACA
AATGGCCCGACCGGTTATCCAACCATCAAACTGGACTTCAGGGCTTTTTGATTGCATGAA
CGATGGTGAAAATGCAATCATCACATGTTTATTTCCATTCGTCACATTTGGACAGATCGC
AGAAGTTACCGATGAAGGCGCAACAAGTTGTGGAACGGGTGGAATGTTGTACGGCTTGAT
ATGTTGTCTGTTTGGGATACCATGTGTTTACTCATGCACATTCCGGGCCAAGATCCGAAG
CAAATTCGGGTTACCCGATGCTCCAGCTCCAGATTGGATCACCCATTGCTTCTGTGAATA
TTGTGCACTTTGCCAAGAATATCGTGAGCTCAAGAACCGTGGCCTTGATCCTGCCATTGG
ATGGAGTGGGAATGTGCAAAGGCAGAGAATGGGACAGCAACAAGAGATGATGGCTCCTCC
CATGGGTCA*CGGATGATGGGTTGACTTATTGTAAAT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1GX49TF 728 0 0
GGACAGTGCAATAATATAAGAAAACAAAAGCCTTTATTCCCTCAAACCCAAATTTATTCT
CTTTAGTTTACAAATGGGTCGACCAGATCAAACTCCGAGTCCGAGAATGCACAACAACTT
CAATCCGGTGTTTCATCCCCAACCTGCACCTGAAGAAAAGCGAATGGTCGAAGCCGAGCA
GAAATATCCTAACAATGGTGGAATGGTTAACCAACCAACCGGAGTACCGAATATGGCCAG
ACCAGCTCAACCTACGTATATCAATCCCGCTGTAATGGGTAACCAACCTTATAGAGTACA
AATGGCCCGACCGGTTATCCAACCATCAAACTGGACTTCAGGGCTTTTTGATTGCATGAA
CGATGGTGAAAATGCAATCATCACATGTTTATTTCCATTCGTCACATTTGGACAGATCGC
AGAAGTTACCGATGAAGGCGCAACAAGTTGTGGAACGGGTGGAATGTTGTACGGCTTGAT
ATGTTGTCTGTTTGGGATACCATGTGTTTACTCATGCACATTCCGGGCCAAGATCCGAAG
CAAATTCGGGTTACCGGATGCTCCAGCTCCAGATTGGATCACCCATTGCTTCTGTGAATA
TTGTGCACTTTGCCAAGAATATCGTGAGCTCAAGAACCGTGGCCTTGATCCTGCCATTGG
ATGGAGTGGGAATGTGCAAAGGCAGAGAATGGGACAGCAACAAGAGATGATGGCTCCTCC
CATGGGTC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1C715JQ 801 0 0
GCA
CTGAAGAAAAGCGAATGGTCGAAGCCGAGCAGAAATATCCTAACAATGGTGGAATGGTTA
ACCAACCAACCGGAGTACCGAATATGGCCAGACCAGCTCAACCTACGTATATCAATCCCG
CTGTAATGGGTAACCAACCTTATAGAGTACAAATGGCCCGACCGGTTATCCAACCATCAA
ACTGGACTTCAGGGCTTTTTGATTGCATGAACGATGGTGAAAATGCAATCATCACATGTT
TATTTCCATTCGTCACATTTGGACAGATCGCAGAAGTTACCGATGAAGGCGCAACAAGTT
GTGGAACGGGTGGAATGTTGTACGGCTTGATATGTTGTCTGTTTGGGATACCATGTGTTT
ACTCATGCACATTCCGGGCCAAGATCCGAAGCAAATTCGGGTTACCCGATGCTCCAGCTC
CAGATTGGATCACCCATTGCTTCTGTGAATATTGTGCACTTTGCCAAGAATATCGTGAGC
TCAAGAACCGTGGCCTTGATCCTGCCATTGGATGGAGTGGGAATGTGCAAAGGCAGAGAA
TGGGACAGCAACAAGAGATGATGGCTCCTCCCATGGGTCAACGGATGATGGGTTGACTTA
TTGTAAATTTTATTACACAACATCCATTTGTAATATTATTTGTGTTTGTTTCGTTTTACA
TAATTTATTGTGCCACCAAGAAATAAATGTCAACTAGGCTTGTCGATGACGACTTTCGTG
GTATGCATGAACTGATCTCTGTTGTTATGAGAAAATCTTCGCTACAATTTCTCTATATTA
TCATATCACTGTTACATC

QA 4 801 4 801
DS 

RD RR1GX49JQ 724 0 0
AGTA
CGAATATGGCCAGACCAGCTCAACCTACGTATATCAATCCCGCTGTAATGGGTAACCAAC
CTTATAGAGTACAAATGGCCCGACCGGTTATCCAACCATCAAACTGGACTTCAGGGCTTT
TTGATTGCATGAACGATGGTGAAAATGCAATCATCACATGTTTATTTCCATTCGTCACAT
TTGGACAGATCGCAGAAGTTACCGATGAAGGCGCAACAAGTTGTGGAACGGGTGGAATGT
TGTACGGCTTGATATGTTGTCTGTTTGGGATACCATGTGTTTACTCATGCACATTCCGGG
CCAAGATCCGAAGCAAATTCGGGTTACCGGATGCTCCAGCTCCAGATTGGATCACCCATT
GCTTCTGTGAATATTGTGCACTTTGCCAAGAATATCGTGAGCTCAAGAACCGTGGCCTTG
ATCCTGCCATTGGATGGAGTGGGAATGTGCAAAGGCAGAGAATGGGACAGCAACAAGAGA
TGATGGCTCCTCCCATGGGTCAACGGATGATGGGTTGACTTATTGTAAATTTTATTACAC
AACATCCATTTGTAATATTATTTGTGTTTGTTTCGTTTTACATAATTTATTGTGCCACCA
AGAAATAAATGTCAACTAGGCTTGTCGATGACGACTTTCGTGGTATGCATGAACTGATCT
CTGTTGTTATGAGAAAATCTTTGCTACAATTTCTCTATATTATCATATCACTGTTACAT
T

QA 5 723 5 723
DS 



AS 2 4

CO CL2699Contig1 622 2 4 U
GGATTCACCGAACTCACACAACAAACATTCGATTCTCTCTCAATCTCTCAAAAAAAGTCA
ATTGATAATGGCTCCCAAGGCGGCAGAGAAGAAACCGGCGGAGAAGAAGCCAGCAGAGAA
GGCCCCGGCGGAGAAACGACCAAAGGCGGAGAAGAAGATCTCGAAGGAAGGAGGAAGCGA
CAAGAAGAAGAAGTCGAAGAAGAGCGTGGAGACGTACAAGATCTACATCTTCAAGGTCCT
GAAGCAGGTCCATCCCGACATCGGAATCTCCGGGAAAGCCATGGGGATCATGAACAGTTT
CATCAACGACATCTTCGAGAAACTCGCCCAGGAATCTTCGAAGCTCGCGAGGTACAACAA
GAAGCCGACGATCACGTCGCGGGAGATCCAGACGGCGGTTAGGCTCGTTTTGCCGGGAGA
GCTCGCGAAGCACGCCGTTTCGGAAGGGACTAAGGCGGTTACCAAATTCACAAGCACTTA
GGGTTTCGTTTTTTTTTTTAATTTGCGTTTCGATCTGGGTTTGCATGTTTAGATATATAT
AATGGATTCTCTGTCTTGGATCTTTGGTTTCTGGATTGTATTCAGTTAGTGAGATGGTTG
AATGAACAGGTTTTTCTATGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1AO67TF U 1
AF RR1AO67JQ C 41
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CAAGAAGAAGAAGTCGAAGAAGAGCGTGGAGACGTACAAGATCTACATCTTCAAGGTCCT
GAAGCAGGTCCATCCCGACATCGGAATCTCCGGGAAAGCCATGGGGATCATGAACAGTTT
CATCAACGACATCTTCGAGAAACTCGCCCAGGAATCTTCGAAGCTCGCGAGGTACAACAA
GAAGCCGACGATCACGTCGCGGGAGATCCAGACGGCGGTTAGGCTCGTTTTGCCGGGAGA
GCTCGCGAAGCACGCCGTTTCGGAAGGGACTAAGGCGGTTACCAAATTCACAAGCACTTA
GGGTTTCGTTTTTTTTTTTAATTTGCGTTTCTATCTGGGTTTGCATGTTTAGATATATAT
AATGGATTCTCTGTCTTGGATCTTTGGTTTCTGGATTGTATTCAGTTAGTGAGATGGTTG
AATGAACAGGTTTTTCTATGT
C

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DS 

RD RR1AO67JQ 582 0 0
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GAGAAGAAGCCAGCAGAGAAGGCCCCGGCGGAGAAACGACCAAAGGCGGAGAAGAAGATC
TCGAAGGAAGGAGGAAGCGACAAGAAGAAGAAGTCGAAGAAGAGCGTGGAGACGTACAAG
ATCTACATCTTCAAGGTCCTGAAGCAGGTCCATCCCGACATCGGAATCTCCGGGAAAGCC
ATGGGGATCATGAACAGTTTCATCAACGACATTTTCGAGAAACTCGCCCAGGAATTTTCG
AAGCTCGCGAGGTACAACAAGAAGCCGACGATCACGTCGCGGGAGATCCAGACGGCGGTT
AGGCTCGTTTTGCCGGGAGAGCTCGCGAAGCACGCCGTTTCGGAAGGGACTAAGGCGGTT
ACCAAATTCACAAGCACTTAGGGTTTCGTTTTTTTTTTTAATTTGCGTTTCGATCTGGGT
TTGCATGTTTAGATATATATAATGGATTCTCTGTCTTGGATCTTTGGTTTCTGGATTGTA
TTCAGTTAGTGAGATGGTTGAATGAACAGGTTTTTCTATGTC

QA 1 582 1 582
DS 



CO CL2699Contig2 631 2 2 U
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ATTGATAATGGCTCCCAAGGCGGCAGAGAAGAAACCGGCGGAGAAGAAGCCAGCAGAGAA
GGCCCCGGCGGAGAAACGACCAAAGGCGGAGAAGAAGATCTCGAAGGAAGGAGGAAGCGA
CAAGAAGAAGAAGAAGTCGAAGAAGAGCGTGGAGACGTACAAGATCTACATCTTCAAGGT
CCTGAAGCAGGTCCATCCCGACATCGGAATCTCCGGGAAAGCCATGGGGATCATGAACAG
TTTCATCAACGACATATTCGAGAAACTCGCCCAGGAATCGTCGAAGCTCGCGAGGTACAA
CAAGAAGCCGACGATCACGTCAAGGGAGATCCAGACGGCGGTTAGGCTCGTTTTGCCGGG
AGAGCTCGCGAAGCACGCCGTTTCGGAAGGGACTAAGGCGGTTACCAAATTCACAAGCAC
TTAGGGGTTCGTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTGCGTTTCGATCTGGGTTTGCATGTTTAA
GATATATATAATGGATTCTCTGTCTTGGATCTTTGGTTTCTGGATTGTATTCAGTTAGTG
AGATGGTTGAATGAACGGGTTTTTCTATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN46TF U 1
AF RR1DN46JQ C 38
BS 1 527 RR1DN46TF
BS 528 631 RR1DN46JQ

RD RR1DN46TF 527 0 0
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CCTGAAGCAGGTCCATCCCGACATCGGAATCTCCGGGAAAGCCATGGGGATCATGAACAG
TTTCATCAACGACATATTCGAGAAACTCGCCCAGGAATCGTCGAAGCTCGCGAGGTACAA
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AGAGCTCGCGAAGCACGCCGTTTCGGAAGGGACTAAGGCGGTTACCAAATTCACAAGCAC
TTAGGGGTTCGTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTGCGTTTCGATCTGGG

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1DN46JQ 594 0 0
TCT
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GAGAAGAAGCCAGCAGAGAAGGCCCCGGCGGAGAAACGACCAAAGGCGGAGAAGAAGATC
TCGAAGGAAGGAGGAAGCGACAAGAAGAAGAAGAAGTCGAAGAAGAGCGTGGAGACGTAC
AAGATCTACATCTTCAAGGTCCTGAAGCAGGTCCATCCCGACATCGGAATCTCCGGGAAA
GCCATGGGGATCATGAACAGTTTCATCAACGACATATTCGAGAAACTCGCCCAGGAATCG
TCGAAGCTCGCGAGGTACAACAAGAAGCCGACGATCACGTCAAGGGAGATCCAGACGGCG
GTTAGGCTCGTTTTGCCGGGAGAGCTCGCGAAGCACGCCGTTTCGGAAGGGACTAAGGCG
GTTACCAAATTCACAAGCACTTAGGGTTTCGTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTGCGTTTCG
ATCTGGGTTTGCATGTTTAAGATATATATAATGGATTCTCTGTCTTGGATCTTTGGTTTC
TGGATTGTATTCAGTTAGTGAGATGGTTGAATGAACGGGTTTTTCTATGTT

QA 4 594 4 594
DS 



AS 1 3

CO CL2700Contig1 1076 3 35 U
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TCTGGTGGATGAGAAACTCCTCTTCTTTGCTCAACAAGCTCAGAGACGTAAGGGTAAAGC
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TGCGGAAGTGCTATTGCCCCCATCTAGATCAATTGCAATGGCAAGAAATCGTCTTGAGAG
ACTTCCTTGTGGTGGTGGTTCTCCTCTTGCCCATGGTCTAACAACGGCGGTAAGAGTGGG
ACTTAACGCAGAGAAGAGTGGTGACGTGGGGCGTATAATGATTGTTGCAATAACCGATGG
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TAGACCCTCCTCACAAGAATTGAAGGATGAGATTCTGGAAGTTGCAGGGAAGATATACAA
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AGTCATCTCGGTTACAACTAAAGATGCTTTATCAGCTTTGAAGAACTCTTAGACCTCACT
TATCCCTGCAATATTTGGTTTATGATTCCGGTTTACGTTTTTGTACATTCTAATTTCCTT
TTTTGACCCAACTAAACCAACATTTCATTCATCAAATATGGAAACGATATAGAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F985TF U 1
AF RR1FO29TF U 153
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BS 754 834 RR1FO29TF
BS 835 1076 RR1FO29JQ

RD RR1F985TF 753 0 0
GGAAAATGAGCAGCAACAGGATCAAATACCTGATGAGTTTATATTTGACGCTGAGGGCGG
TCTGGTGGATGAGAAACTCCTCTTCTTTGCTCAACAAGCTCAGAGACGTAAGGGTAAAGC
TGGAAGAGCAAAGAATGTCATATTCTCAGAAGATAGAGGACGCTATATAAAGCCAATGCT
CCCAAAGGGTCCAGTAAAAAGATTAGCAGTGGATGCAACCCTTAGAGCAGCTGCGCCTTA
CCAGAAATTGCGCAGAGAGAAAGATATTTCAGGAACTAGGAAAGTCTTTGTGGAGAAAAC
AGATATGAGGGCCAAGAGAATGGCAAGGAAAGCTGGAGCCCTGGTTATATTCGTGGTTGA
CGCAAGTGGCAGCATGGCGTTGAATCGTATGCAAAACGCTAAAGGTGCTGCGCTTAAATT
ACTGGCAGAGAGCTATACTAGCAGGGATCAGGTTGCGATTATTCCATTCAGAGGAGATGC
TGCGGAAGTGCTATTGCCCCCATCTAGATCAATTGCAATGGCAAGAAATCGTCTTGAGAG
ACTTCCTTGTGGTG***GTTCTCCTCTTGCCCATGGTCTAACAACGGCGGTAAGAGTGGG
ACTTAACGCAGAGAAGAGTGGTGATGTGGGGCGTATAATGATTGTTGCAATAACCGATGG
TCGAGCCAACATAACACTGAAAAGATCAACTGATCCAGAGGGTATTGCCCCAGATGCTCC
TAGACCCTCATCCCAAGAACTGAAGGATGAGAT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1FO29TF 682 0 0
G
TAGAGGACGCTATATAAAGCCAATGCTTCCAAAGGGTCCAGTAAAAAGATTAGCAGTGGA
TGCAACACTTAGAGCAGCTGCGCCTTACCAGAAATTGCGCAGAGAGAAAGATATATCAGG
AACTAGGAAAGTCTT*GTCGAGAAAACAGATATGAGGGCCAAAAGAATGGCAAGGAAAGC
TGGAGCCCTGGTTATATTCGTGGTTGACGCAAGTGGCAGCATGGCGTTGAATCGTATGCA
AAACGCCAAAGGTGCTGCACTCAAATTACTGGCAGAGAGCTATACTAGTAGGGATCAGGT
TGCGATTATTCCATTCAGAGGAGATGCTGCGGAAGTGCTATTGCCCCCATCTAGATCAAT
TGCAATGGCAAGAAATCGTCTTGAGAGACTTCCTTGTGGTGGTGGTTCTCCTCTTGCCCA
TGGTCTAACAACGGCGGTAAGAGTGGGACTTAACGCAGAGAAGAGTGGTGACGTGGGGCG
TATAATGATTGTTGCAATAACCGATGGTCGAGCCAACATTACGCTGAAAAGATCAACTGA
TCCAGAGGGTATTGCCCCCGATGCTCCTAGACCCTCCTCACAAGAATTGAAGGATGAGAT
TCTGGAAGTTGCAGGGAAGATATACAAGGCTGGGATGTCTCTACTAGTGATAGATACAGA
GAACAAGTTTGTCTCAACTGG

QA 2 682 2 682
DS 

RD RR1FO29JQ 739 0 0
GCCCTGGTTATATTCGTGGTTGACGCAAGTGGCAGCATGGCGTTGAATCGTATGCAAAAC
GCCAAAGGTGCTGCACTCAAATTACTGGCAGAGAGCTATACTAGTAGGGATCAGGTTGCG
ATTATTCCATTCAGAGGAGATGCTGCGGAAGTGCTATTGCCCCCATCTAGATCAATTGCA
ATGGCAAGAAATCGTCTTGAGAGACTTCCTTGTGGTGGTGGTTCTCCTCTTGCCCATGGT
CTAACAACGGCGGTAAGAGTGGGACTTAACGCAGAGAAGAGTGGTGACGTGGGGCGTATA
ATGATTGTTGCAATAACCGATGGTCGAGCCAACATTACGCTGAAAAGATCAACTGATCCA
GAGGGTATTGCCCCCGATGCTCCTAGACCCTCCTCACAAGAATTGAAGGATGAGATTCTG
GAAGTTGCAGGGAAGATATACAAGGCTGGGATGTCTCTACTAGTGATAGATACAGAGAAC
AAGTTTGTCTCAACTGGTTTTTCCAAGGAGATTGCAAGAGTTGCTCAAGGAGAATATTAT
TACTTGCCAAATGCTTCGGATGCAGTCATCTCGGTTACAACTAAAGATGCTTTATCAGCT
TTGAAGAACTCTTAGACCTCACTTATCCCTGCAATATTTGGTTTATGATTCCGGTTTACG
TTTTTGTACATTCTAATTTCCTTTTTTGACCCAACTAAACCAACATTTCATTCATCAAAT
ATGGAAACGATATAGAGTG

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 4

CO CL2701Contig1 588 4 2 U
GAGAGGTTCTAGGGTTTTAGTTGTTTCTCTTCTCTTCTCGGCAAAAAAAAAAGAAAAGAA
GAAGACATGTCGGCAGTTTCTAGGGTTTTCGGAGGATGCAGGACACTAATGGCAAAGGCG
GCAAATAATGCGGCGGCGGCGGCAGCAAGCGCTGGAGCTGGTAAAGAAGGAAAAGGGATA
CTCAAGACAGTTCCAGTCTCACAGACGCTGGCTAGCTTCGCCGGAGAAAGCGAGCTCTCT
CGTGCCACCGCCGTGAAGAAAGTGTGGGAGCATATCAAGGGAAACAACCTCCAGAATCCA
GAAAATAGGAAGCAGATCATATGCGACGATAAGTTGAAGACAATCTTCGGTGACAAAGAC
ACGGTTGGATTCACAGAGATCGCAAAGCTCTTGTCCCCACATTTTCCCAAGTCTGTCTAA
TTTGGTGATGTAGTCTCATTATCATATTAGTTTGCTATCTTTTGGTTCGTTTTTGATGTA
TATGAAAAAGAAGCAAAACTATGCTTGATCCATCAGTAAGTGGAATATTTATGTATTCTG
ACAATTGTTTTTTTATCATGATCTTGTTTGGTTTGGGATCTTTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1EW16TF U 1
AF RR1AQ15TF U 9
AF RR1EW16JQ C 30
AF RR1AQ15JQ C 36
BS 1 586 RR1EW16TF
BS 587 588 RR1AQ15JQ

RD RR1EW16TF 586 0 0
GAGAGGTTCTAGGGTTTTAGTTGTTTCTCTTCTCTTCTCGGCAAAAAAAAAAGAAAAGAA
GAAGACATGTCGGCAGTTTCTAGGGTTTTCGGAGGATGCAGGACACTAATGGCAAAGGCG
GCAAATAATGCGGCGGCGGCGGCAGCAAGCGCTGGAGCTGGTAAAGAAGGAAAAGGGATA
CTCAAGACAGTTCCAGTCTCACAGACGCTGGCTAGCTTCGCCGGAGAAAGCGAGCTCTCT
CGTGCCACCGCCGTGAAGAAAGTGTGGGAGCATATCAAGGGAAACAACCTCCAGAATCCA
GAAAATAGGAAGCAGATCATATGCGACGATAAGTTGAAGACAATCTTCGGTGACAAAGAC
ACGGTTGGATTCACAGAGATCGCAAAGCTCTTGTCCCCACATTTTCCCAAGTCTGTCTAA
TTTGGTGATGTAGTCTCATTATCATATTAGTTTGCTATCTTTTGGTTCGTTTTTGATGTA
TATGAAAAAGAAGCAAAACTATGCTTGATCCATCAGTAAGTGGAATATTTATGTATTCTG
ACAATTGTTTTTTTATCATGATCTTGTTTGGTTTGGGATCTTTTTG

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1AQ15TF 580 0 0
GG
AGGGTTTTAGTTGTTTCTCTTCTCTTCTCGGCAAAAAAAAA*GAAAAGAAGAAGACATGT
CGGCAGTTTCTAGGGTTTTCGGAGGATGCAGGACACTAATGGCAAAGGCGGCAAATAATG
CGGCGGCGGCGGCAGCAAGCGCTGGAGCTGGTAAAGAAGGAAAAGGGATACTCAAGACAG
TTCCAGTCTCACAGACGCTGGCTAGCTTCGCCGGAGAAAGCGAGCTCTCTCGTGCCACCG
CCGTGAAGAAAGTGTGGGAGCATATCAAGGGAAACAACCTCCAGAATCCAGAAAATAGGA
AGCAGATCATATGCGACGATAAGTTGAAGACAATCTTCGGTGACAAAGACACGGTTGGAT
TCACAGAGATCGCAAAGCTCTTGTCCCCACATTTTCCCAAGTCTGTCTAATTTGGTGATG
TAGTCTCATTATCATATTAGTTTGCTATCTTTTGGTTCGTTTTTGATGTATATGAAAAAG
AAGCAAAACTATGCTTGATCCATCAGTAAGTGGAATATTTATGTATTCTGACAATTGTTT
TTTTATCATGATCTTGTTTGGTTTGGGATCTTTTTG
AT

QA 3 578 3 578
DS 

RD RR1EW16JQ 557 0 0
TTCTCTTCTCGGCA
AAAAAAAAAGAAAAGAAGAAGACATGTCGGCAGTTTTTAGGGTTTTCGGAGGATGCAGGA
CACTAATGGCAAAGGCGGCAAATAATGCGGCGGCGGCGGCAGCAAGCGCTGGAGCTGGTA
AAGAAGGAAAAGGGATACTCAAGACAGTTCCAGTCTCACAGACGCTGGCTAGCTTCGCCG
GAGAAAGCGAGCTCTCTCGTGCCACCGCCGTGAAGAAAGTGTGGGAGCATATCAAGGGAA
ACAACCTCCAGAATCCAGAAAATAGGAAGCAGATCATATGCGACGATAAGTTGAAGACAA
TCTTCGGTGACAAAGACACGGTTGGATTCACAGAGATCGCAAAGCTCTTGTCCCCACATT
TTCCCAAGTCTGTCTAATTTGGTGATGTAGTCTCATTATCATATTAGTTTGCTATCTTTT
GGTTCGTTTTTGATGTATATGAAAAAGAAGCAAAACTATGCTTGATCCATCAGTAAGTGG
AATATTTATGTATTCTGACAATTGTTTTTTTATCATGATCTTGTTTGGTTTGGGATCTTT
TTG

QA 15 557 15 557
DS 

RD RR1AQ15JQ 553 0 0
TTCTCGGC
AAAAAAAAAGAAAAGAAGAAGACATGTCGGCAGTTTTTAGGGTTTTCGGAGGATGCAGGA
CACTAATGGCAAAGGCGGCAAATAATGCGGCGGCGGCGGCAGCAAGCGCTGGAGCTGGTA
AAGAAGGAAAAGGGATACTCAAGACAGTTCCAGTTTCACAGACGCTGGCTAGCTTCGCCG
GAGAAAGCGAGCTCTCTCGTGCCACCGCCGTGAAGAAAGTGTGGGAGCATATCAAGGGAA
ACAACCTCCAGAATCCAGAAAATAGGAAGCAGATCATATGGGACGATAAGTTGAAGACAA
TTTTCGGTGACAAAGACACGGTTGGATTCACAGAGATCGCAAAGCTCTTGTCCCCACATT
TTCCCAAGTCTGTTTAATTTGGTGATGTAGTCTCATTATCATATTAGTTTGCTATCTTTT
GGTTCGTTTTTGATGTATATGAAAAAGAAGCAAAACTATGCTTGATCCATCAGTAAGTGG
AATATTTATGTATTTTGACAATTGTTTTTTTATCATGATCTTGTTTGGTTTGGGATCTTT
TTGAT

QA 9 553 9 553
DS 



AS 1 4

CO CL2702Contig1 612 4 7 U
CTAGAGAGGACTCACGCAAATGAAAAGGTCTAATTATTTTTTAAGGAAGAAGACTTCTTC
TTCCTAAGGTTCGAAAATACAATACTGGAAAGAGACTTGGTAGCATGACAAAAAAACAAG
TAAGAGGAAAACAATCACCAGTTCTCAAAAGTAGTTGCTGGTATAGAAATTCTTGAGAAA
ATCAGACTTTCCTTGATCCTTGCTTCCGGTGTTCTGCACGAGTCCTTCACCCACCACGTA
CTGACCGATGATGTGGTGACGCTGCTTTGCGTGATCGACTATGTCAGTCAGCTCTTCCAT
TCCCTTGAATAGAAGAAGATCAATCACCTTAGGGTCGGTGACGTGAGCGTTGTTCCGAAT
CTGAGCAGAGATTGCGAATCGGAGCTGAGAAGGCGCGACGACGTCCTGGAGATTGTAAAT
GTCCATCACGGTGGGGATCGATCTACACGCAGCTCTGAAGAAATCGAACACACGTCGGCG
AGCTTCCGTCAGGTTCGCTGAGTTCGGCGGAACTCCGATCTTCCTCAATGTGAACGGTGC
CGCCATTCTCTGATCGCCAAATCGGATAAATAATCTTAGAGCCAAGAACAAATGAGAGAG
TAGTTACTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DM56JQ U 8
AF RR1DM56TF C 8
AF RR1FV54TF C 1
AF RR1FV54JQ U 53
BS 1 7 RR1FV54TF
BS 8 115 RR1DM56JQ
BS 116 116 RR1FV54JQ
BS 117 557 RR1DM56JQ
BS 558 558 RR1FV54JQ
BS 559 577 RR1DM56JQ
BS 578 612 RR1FV54JQ

RD RR1DM56JQ 572 0 0
GGACTCACGCAAATGAAAAGGTCTAATTATTTTTTAAGGAAGAAGACTTCTTCTTCCTAA
GGTTCGAAAATACAATACTGGAAAGAGACTTGGTAGCATGACAAAAAA*CAAGTAAGAGG
AAAACAATCACCAGTTCTCAAAAGTAGTTGCTGGTATAGAAATTCTTGAGAAAATCAGAC
TTTCCTTGATCCTTGCTTCCGGTGTTCTGCACGAGTCCTTCACCCACCACGTACTGACCG
ATGATGTGGTGACGCTGCTTTGCGTGATCGACTATGTCAGTCAGCTCTTCCATTCCCTTG
AATAGAAGAAGATCAATCACCTTAGGGTCGGTGACGTGAGCGTTGTTCCGAATCTGAGCA
GAGATTGCGAATCGGAGCTGAGAAGGCGCGACGACGTCCTGGAGATTGTAAATGTCCATC
ACGGTGGGGATCGATCTACACGCAGCTCTGAAGAAATCGAACACACGTCGGCGAGCTTCC
GTCAGGTTCGCTGAGTTCGGCGGAACTCCGATCTTCCTCAATGTGAACGGTGCCGCCATT
CTCTGATCGCTAAATCGGATAAATAATCTT
CC

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1DM56TF 572 0 0
GGACTCACGCAAATGAAAAGGTCTAATTATTTTTTAAGGAAGAAGACTTCTTCTTCCTAA
GGTTCGAAAATACAATACTGGAAAGAGACTTGGTAGCATGACAAAAAA*CAAGTAAGAGG
AAAACAATCACCAGTTCTCAAAAGTAGTTGCTGGTATAGAAATTCTTGAGAAAATCAGAC
TTTCCTTGATCCTTGCTTCCGGTGTTCTGCACGAGTCCTTCACCCACCACGTACTGACCG
ATGATGTGGTGACGCTGCTTTGCGTGATCGACTATGTCAGTCAGCTCTTCCATTCCCTTG
AATAGAAGAAGATCAATCACCTTAGGGTCGGTGACGTGAGCGTTGTTCCGAATCTGAGCA
GAGATTGCGAATCGGAGCTGAGAAGGCGCGACGACGTCCTGGAGATTGTAAATGTCCATC
ACGGTGGGGATCGATCTACACGCAGCTCTGAAGAAATCGAACACACGTCGGCGAGCTTCC
GTCAGGTTCGCTGAGTTCGGCGGAACTCCGATCTTCCTCAATGTGAACGGTGCCGCCATT
CTCTGATCGCTAAATCGGATAAATAATCTT
CC

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1FV54TF 612 0 0
CTAGAGAGGACTCACGCAAATGAAAAGGTCTAATTATTTTTTAAGGAAGAAGACTTCTTC
TTCCTAAGGTTCGAAAATACAATACTGGAAAGAGACTTGGTAGCATGACAAAAAAACAAG
TAAGAGGAAAACAATCACCAGTTCTCAAAAGTAGTTGCTGGTATAGAAATTCTTGAGAAA
ATCAGACTTTCCTTGATCCTTGCTTCCGGTGTTCTGCACGAGTCCTTCACCCACCACGTA
CTGACCGATGATGTGGTGACGCTGCTTTGCGTGATCGACTATGTCAGTCAGCTCTTCCAT
TCCCTTGAATAGAAGAAGATCAATCACCTTAGGGTCGGTGACGTGAGCGTTGTTCCGAAT
CTGAGCAGAGATTGCGAATCGGAGCTGAGAAGGCGCGACGACGTCCTGGAGATTGTAAAT
GTCCATCACGGTGGGGATCGATCTACACGCAGCTCTGAAGAAATCGAACACACGTCGGCG
AGCTTCCGTCAGGTTCGCTGAGTTCGGCGGAACTCCGATCTTCCTCAATGTGAACGGTGC
CGCCATTCTCTGATCGCCAAATCGGATAAATAATCTTAGAGCCAAGAACAAATGAGAGAG
TAGTTACTTCCC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1FV54JQ 560 0 0
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AAAACAAGTAAGAGGAAAACAATCACCAGTTCTCAAAAGTAGTTGCTGGTATAGAAATTC
TTGAGAAAATCAGACTTTCCTTGATCCTTGCTTCCGGTGTTCTGCACGAGTCCTTCACCC
ACCACGTACTGACCGATGATGTGGTGACGCTGCTTTGCGTGATCGACTATGTCAGTCAGC
TCTTCCATTCCCTTGAATAGAAGAAGATCAATCACCTTAGGGTCGGTGACGTGAGCGTTG
TTCCGAATCTGAGCAGAGATTGCGAATCGGAGCTGAGAAGGCGCGACGACGTCCTGGAGA
TTGTAAATGTCCATCACGGTGGGGATCGATCTACACGCAGCTCTGAAGAAATCGAACACA
CGTCGGCGAGCTTCCGTCAGGTTCGCTGAGTTCGGCGGAACTCCGATCTTCCTCAATGTG
AACGGTGCCGCCATTCTCTGATCGCCAAATCGGATAAATAATCTTAGAGCCAAGAACAAA
TGAGAGAGTAGTTACTTCCC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 3

CO CL2703Contig1 1061 3 4 U
GTATATGAATTGCAAGTATCTTGTGTGTTTCGTAACTTTGTGTTATAGTATTATGTATGT
ATGGGTGTGTATGAGAGAGATAGAGGCGTAACCTTTGTTGGACTTGACTCGTACCCAAAC
TGTCTTAACAACGTTATATCTCCCAATCTTAAGAATCCACCTTCCTGAGGCTGAAACTAT
TGATGATGAAGTAGTGAGGAAACGTGTCAATGAATCCTGAATAGTAAGTCTTTAGCTTTG
ACTAATAGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACTGGCTGTCCGCGAATAT
TGACCGTCGGTGGCTTGGCACCTCCAGCTGGTTGGCTAGCCATTATGAAAGCTTCCTCAA
CATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGTTTCCAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAG
CCTGAGCTGTCTCAGTGGATACAACCTTCTGTGAAGTGAGATCGTTTTTGTTCCAACCAG
TAGCTTGTTCACATTCTCACTGGGGTAACGGTCGATTTCATTCAGCCATTGTTTGACGTT
GTTGAAGCTCTCTTGGTCTGTGACGTCATAGGTGACTCTGTAGAAGCTACTGGTGATAGT
CCTGAAACGCTCTTGGCCTGCTGTGTCCCAAATCTGGAGTTTGATCGTTTTTCCGTCCTG
TTCAAGAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCATGTAAGAATCATCAGCAAAC
CTTAGAAGCCAGCAAGATTTGCCAGCACCAGAATCACCAATAAGCAAAAGCTTGAGAGAT
AGTCATATTCAGGATTCATGGTTAAAGTCTCGTTTCTATCTTCCTGAGGCTGATTTTTCA
GCCTAATCGGAATTGTTCCTGTTACTCCGGAGGCGCTACCGTGTAGAGCGACGGCTCAGA
TCTAAATTCACGGGCTGATCCACCACCGGATTGATCCTGACCGTAGAAATTGAAATCGGA
GAATTTGAGGAAAGACGAAAGCGATTAGAAGAACAAATTTAAGAGAGGAGGAGATTCGAG
AGAACGAGAGAGGTCTACCCTTGTATGTGCTTCAGCCTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN60JQ U 1
AF RR1C638JQ U 1
AF RR1GN60TF C 426
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BS 356 356 RR1GN60JQ
BS 357 741 RR1C638JQ
BS 742 1061 RR1GN60TF

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DS 

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ATCGGAATTGTTCCTGTTACTCCGGAGGCGCTACCGTGTAGAGCGACGGCTCAGATCTAA
ATTCACGGGCTGATCCACCACCGGATTGATCCTGACCGTAGAAATTGAAATCGGAGAATT
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GAGAGAGGTCTACCCTTGTATGTGCTTCAGCCTTCC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 4

CO CL2704Contig1 883 4 3 U
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AAGATGCCTAAGGCAGACATCTGCATTTGCTTCACCAGGTGCTTCTAAGCAGCCAAATCC
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AAGCGAGAGGGTGTCTGCCTTGATGTATAGTGACACTTATTAGACTTGGTAAAAGGCTTT
ATGGTTGCTTCTGGAGTGTAAAACTCTTTCGGCTATGACATCATTATTTAATTTCTCAAA
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TAGAGTGCAAGATGTAGTAGAATATCCATGATCAAACTTTATGTATTTGTTTTCTCAAAA
ACAGAAAAAAAAACTTTATGTATTCGTTGACTTTTGATTCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DK36TF U 1
AF RR1C277JQ C 250
AF RR1C277TF U 250
AF RR1DK36JQ C 426
BS 1 551 RR1DK36TF
BS 552 836 RR1C277TF
BS 837 883 RR1DK36JQ

RD RR1DK36TF 551 0 0
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AGAGCCTGAGGATGTGTTACCGTCAGATGATACTTTTTTCACGCAGGGTCATTCGGTAGA
TGTGTACGACCGAGTCCAAAGTCTCCGGCCAAGAAAACGCAGAATGTCTGAAAGAGATGC
GGCTTTTGGTTTAAATACTTCTGTGGGTTTGGGTGCATATCTTGGGATCATGGGCTCTCG
TAGGGATGTTGTCACCGCGACGTGGAAAACTGGCCTTGAAGGAGTTTGGTACAAGTGCAT
AAGATGCCTAAGGCAGACATCTGCATTTGCTTCACCAGGTGCTTCTAAGCAGCCAAATCC
GAATGAACGTGAGGCGTGGTGGACCAGCCGTTGGGTTTATTGCTGCCCCATGTGTGGTGG
AACGTGGGTCCGTGTTGTATAGAAAGAAAGATCTACTATGCCTGGTTTGTCAAATTACCA
GTTAATTTGAAGATAGTGCAAAAACCAAACCAATGGGCTAAAGAGGTTATAAGGTTAGCT
TACAAAGTCAA

QA 1 551 1 551
DS 

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G
GTCACCGCGACGTGGAAAACTGGCCTTGAAGGAGTTTGGTACAAGTGCATAAGATGCCTA
AGGCAGACATCTGCATTTGCTTCACCAGGTGCTTCTAAGCAGCCAAATCCGAATGAACGT
GAGGCGTGGTGGACCAGCCGTTGGGTTTATTGCTGCCCCATGTGTGGTGGAACGTGGGTC
CGTGTTGTATAGAAAGAAAGATTTACTATGCCTGGTTTGTCAAATTACCAGTTAATTTGA
AGATAGTGCAAAAACCAAACCAATGGGCTAAAGAGGTTATAAGGTTAGCTTACAAAGTCA
AAAGCTATTCACCATCCTTGCGATAGTTTAAGTTTTTTGAGTGGTGTCAAAAGCGAGAGG
GTGTCTGCCTTGATGTATAGTGACACTTATTAGACTTGGTAAAAGGCTTTATGGTTGCTT
TTGGAGTGTAAAACTCTTTCGGCTATGACATCATTATTTAATTTCTCAAAAGGGATGTAG
CAGAGTCTGTAGAGAGCAGCAATGCAGCATGGTGATGATGGTGTAATAGATAGAGTGCAA
GATGTAGTAGAATATCCATGATCAAACTTTATGTATTTGTTTTCTC

QA 2 587 2 587
DS 

RD RR1C277TF 587 0 0
G
GTCACCGCGACGTGGAAAACTGGCCTTGAAGGAGTTTGGTACAAGTGCATAAGATGCCTA
AGGCAGACATCTGCATTTGCTTCACCAGGTGCTTCTAAGCAGCCAAATCCGAATGAACGT
GAGGCGTGGTGGACCAGCCGTTGGGTTTATTGCTGCCCCATGTGTGGTGGAACGTGGGTC
CGTGTTGTATAGAAAGAAAGATCTACTATGCCTGGTTTGTCAAATTACCAGTTAATTTGA
AGATAGTGCAAAAACCAAACCAATGGGCTAAAGAGGTTATAAGGTTAGCTTACAAAGTCA
AAAGCTATTCACCATCCTTGCGATAGTTTAAGTCTTCTGAGTGGTGTCAAAAGCGAGAGG
GTGTCTGCCTTGATGTATAGTGACACTTATTAGACTTGGTAAAAGGCTTTATGGTTGCTT
CTGGAGTGTAAAACTCTTTCGGCTATGACATCATTATTTAATTTCTCAAAAGGGATGTAG
CAGAGTCTGTAGAGAGCAGCAATGCAGCATGGTGATGATGGTGTAATAGATAGAGTGCAA
GATGTAGTAGAATATCCATGATCAAACTTTATGTATTTGTTTTCTC

QA 2 587 2 587
DS 

RD RR1DK36JQ 458 0 0
GGGTCCGTGTTGTATAGAAAGAAAGATCTACTATGCCTGGTTTGTCAAATTACCAGTTAA
TTTGAAGATAGTGCAAAAACCAAACCAATGGGCTAAAGAGGTTATAAGGTTAGCTTACAA
AGTCAAAAGCTATTCACCATCCTTGCGATAGTTTAAGTCTTCTGAGTGGTGTCAAAAGCG
AGAGGGTGTCTGCCTTGATGTATAGTGACACTTATTAGACTTGGTAAATGGCTTTATGGT
TGCTTCTGGAGTGTAAAACTCTTTCGGCTATGACATCATTATTTAATTTCTCAAAAGGGA
TGTAGCAGAGTCTGTAGAGAGCAGCAATGCAGCATGGTGATGATGGTGTAATAGATAGAG
TGCAAGATGTAGTAGAATATCCATGATCAAACTTTATGTATTTGTTTTCTCAAAAACAGA
AAAAAAAACTTTATGTATTCGTTGACTTTTGATTCCAC

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 4

CO CL2705Contig1 900 4 21 U
GGCCGTTCCTTCTGATTCCCAGATGTTCGATTCAATTTGAGCATCCAGAAGAAGAAGAAG
CTTAACAGAAGGATCTCAGATTCAAGGCTTTTCCTTAGGCTGAATCTTTGTGTTTTTTTT
TTTTGTTCAATAATCTTTCCCAAAAAAA*GAGGGAGAAAATGAGCGCATCGAGATTTGTA
AAATGTGTGACGGTTGGTGATGGAGCTGTCGGAAAAACATGTTTGTTGATCTCTTACACA
AGCAACACTTTCCCTACGGACTATGTGCCCACCGTTTTCGATAATTTCAGTGCAAATGTG
GTGGTCAATGGAGCCACCGTTAATCTTGGATTGTGGGATACCGCAGGGCAAGAGGATTAC
AATAGATTAAGACCACTGAGTTACCGTGGAGCAGATGTTTTCATATTGGCCTTCTCTCTT
ATCAGTAAAGCCAGTTATGAAAATGTCTCCAAAAAGTGGATCCCTGAGCTGAAACATTAC
GCGCCTGGTGTCCCCATCATTCTCGTTGGATCAAAGCTTGATCTTCGAGATGATAAGCAG
TTTTTCGTCGACCATCCTGGTGCTGTCCCGATTACTACTGCTCAGGGAGAGGAGCTGAGG
AAGCTAATAGATGCACCTACTTACGTCGAATGCAGTTCCAAATCTCAAGAGAATGTGAAA
GCGGTGTTTGACGCAGCCATACGAGTGGTCTTGCAACCTCCGAAGCAAAAGAAGAAGAAG
AGCAAAGCGCAGAAGGCATGCTCCATCCTATGACGATGATATGATTGGAAAAGCTCTGTT
TTTTATTTATTTGTGGTTTTGGTAACATTTCATCAATGAGTTAATGGACAGACCACCAAG
TTTGGTTTTGGTCTTTTCTTTTGATTCTTAATATTATTAAATCGAGTTTATTCGAATCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY41TF U 128
AF RR1FL75TF U 1
AF RR1FL75JQ C 118
AF RR1BT41JQ C 124
BS 1 414 RR1FL75TF
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BS 836 894 RR1FL75JQ
BS 895 900 RR1BT41JQ

RD RR1CY41TF 328 0 0
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TGACGGTTGGTGATGGAGCTGTCGGAAAAACATGTTTGTTGATCTCTTACACAAGCAACA
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TAAGACCACTTAGTTACCGTGGAGCAGATGTTTTCATATTGGCCTTCTCTCTTATCAGTA
AAGCCAGTTATGAAAATGTCTCCAAAAA

QA 1 328 1 328
DS 

RD RR1FL75TF 777 0 0
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CTTAACAGAAGGATCTCAGATTCAAGGCTTTTCCTTAGGCTGAATCTTTGTGTTTTTTTT
TTTTGTTCAATAATCTTTCCCAAAAAAA*GAGGGAGAAAATGAGCGCATCGAGATTTGTA
AAATGTGTGACGGTTGGTGATGGAGCTGTCGGAAAAACATGTTTGTTGATCTCTTACACA
AGCAACACTTTCCCTACGGACTATGTGCCCACCGTTTTCGATAATTTCAGTGCAAATGTG
GTGGTCAATGGAGCCACCGTTAATCTTGGATTGTGGGATACCGCAGGGCAAGAGGATTAC
AATAGATTAAGACCACTGAGTTACCGTGGAGCAGATGTTTTCATATTGGCCTTC*CTCTT
ATCAGTAAAGCCAGTTATGAAAATGTCTCCAAAAAGTGGATCCCTGAGCTGAAACATTAC
GCGCCTGGTGTCCCCATCATTCTCGTTGGATCAAAGCTTGATCTTCGAGATGATAAGCAG
TTCTTCGTCGACCATCCTGGTGCTGTCCCGATTACTACTGCTCAGG*AGAGGAGCTGAGG
AAGCTAATAGATGCACCTACTTACGTCGAATGCAGTTCCAAATCTCAAGAGA*TGTGAAA
GCGGTGTTTGACGCAGCCATACGAGTGGTCTTGCAACCTCCGAAGCAAA*GAAGAAGA*G
AGCAAAGCGCAGAAG*CATGCTC*ATCCTATGACGATGATATGATTGGAAA
GCTCTG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1FL75JQ 777 0 0
TTTTTT
TGTTCAATAATCTTTCCCAAAAAAA*GAGGGAGAAAATGAGCGCATCGAGATTTGTAAAA
TGTGTGACGGTTGGTGATGGAGCTGTCGGAAAAACATGTTTGTTGATCTCTTACACAAGC
AACACTTTCCCTACGGACTATGTGCCCACCGTTTTCGATAATTTCAGTGCAAATGTGGTG
GTCAATGGAGCCACCGTTAATCTTGGATTGTGGGATACCGCAGGGCAAGAGGATTACAAT
AGATTAAGACCACTGAGTTACCGTGGAGCAGATGTTTTCATATTGGCCTTC*CTCTTATC
AGTAAAGCCAGTTATGAAAATGTCTCCAAAAAGTGGATCCCTGAGCTGAAACATTACGCG
CCTGGTGTCCCCATCATTCTCGTTGGATCAAAGCTTGATCTTCGAGATGATAAGCAGTTT
TTCGTCGACCATCCTGGTGCTGTCCCGATTACTACTGCTCAGGGAGAGGAGCTGAGGAAG
CTAATAGATGCACCTACTTACGTCGAATGCAGTTCCAAATCTCAAGAGAATGTGAAAGCG
GTGTTTGACGCAGCCATACGAGTGGTCTTGCAACCTCCGAAGCAAAAGAAGAAGAAGAGC
AAAGCGCAGAAGGCATGCTCCATCCTATGACGATGATATGATTGGAAAAGCTCTGTTTTT
TATTTATTTGTGGTTTTGGTAACATTTCATCAATGAGTTAATGGACAGACCCCCAAGTTT
GGTTTTGGTCTTTTCTTTTGATTCTTAATATTATTAAATCGAGTTTATTCG

QA 7 777 7 777
DS 

RD RR1BT41JQ 777 0 0
TGTT
CAATAATCTTTCCCAAAAAAAAGAGGGAGAAAATGAGCGCATCGAGATTTGTAAAATGTG
TGACGGTTGGTGATGGAGCTGTCGGAAAAACATGTTTGTTGATCTCTTACACAAGCAACA
CTTTCCCTACGGACTATGTGCCCACCGTTTTCGATAATTTCAGTGCAAATGTGGTGGTCA
ATGGAGCCACCGTTAATCTTGGATTGTGGGATACCGCAGGGCAAGAGGATTACAATAGAT
TAAGACCACTGAGTTACCGTGGAGCAGATGTTTTCATATTGGCCTTCTCTCTTATCAGTA
AAGCCAGTTATGAAAATGTCTCCAAAAAGTGGATCCCTGAGCTGAAACATTACGCGCCTG
GTGTCCCCATCATTCTCGTTGGATCAAAGCTTGATCTTCGAGATGATAAGCAGTTTTTCG
TCGACCATCCTGGTGCTGTCCCGATTACTACTGCTCAGGGAGAGGAGCTGAGGAAGCTAA
TAGATGCACCTACTTACGTCGAATGCAGTTCCAAATCTCAAGAGAATGTGAAAGCGGTGT
TTGACGCAGCCATACGAGTGGTCTTGCAACCTCCGAAGCAAAAGAAGAAGAAGAGCAAAG
CGCAGAAGGCATGCTCCATCCTATGATGATGATATGATTGGAAAAGCTCTGTTTTTTATT
TATTTGTGGTTTTGGTAACATTTCATCAATGAGTTAATGGACAGACCACCAAGTTTGGTT
TTGGTCTTTTCTTTTGATTCTTAATATTATTAAATCGAGTTTATTCGAATCAG

QA 5 777 5 777
DS 



AS 1 4

CO CL2706Contig1 692 4 31 U
GGAAGCTCTCACGCCTTTACGCAGTTGCAGTCAGTCTCTCTTCTCACTCTCTCTCGCCGT
CGCAAACATGGGTAATACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAAAGGCTTAGGAT
TAACCAGAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAGGGAAACGAGTGGAAGAA
GCCTTTTGCTGGTTCTTCCCACGCCAAAGGAATCGTCCTTGAGAAGATTGGTATTGAGGC
TAAGCAGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCCAGAGTTCAGTTGATCAAGAACGGCAA
AAAGATTGCTGCTTTCGTTCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAATGACGA
GGTGCTGATTGCTGGATTCGGACGTAAAGGACATGCCGTCGGAGATATTCCCGGAGTCAG
GTTCAAGGTGGTGAAGGTGTCTGGTGTCTCACTCTTGGCCCTTTTCAAGGAGAAGAAGGA
GAAGCCTAGGTCTTAGACTCTCTACTGTTTTTTTT**AAGCTTGTTTTGTTAATGGATTT
TTGATTACTTGAAGGCTTTGAAGCCATTTACCTCTGTTCTGCTTCAAGATTCTCGAACAT
GTGTACCTGTGGTT*GAGTTTTAAACTTTGTTTTGTTTCATCTGTTTTGGATTCACTTTC
CTAAAGCTGTCATATTTAGATCTCAGTGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F683JQ C 73
AF RR1F683TF U 73
AF RR1EG14TF U 1
AF RR1CR47TF U 382
BS 1 105 RR1EG14TF
BS 106 106 RR1F683TF
BS 107 108 RR1EG14TF
BS 109 109 RR1F683TF
BS 110 162 RR1EG14TF
BS 163 163 RR1F683TF
BS 164 173 RR1EG14TF
BS 174 174 RR1F683TF
BS 175 245 RR1EG14TF
BS 246 246 RR1F683TF
BS 247 354 RR1EG14TF
BS 355 355 RR1F683TF
BS 356 357 RR1EG14TF
BS 358 358 RR1F683TF
BS 359 364 RR1EG14TF
BS 365 365 RR1F683TF
BS 366 432 RR1EG14TF
BS 433 433 RR1CR47TF
BS 434 471 RR1EG14TF
BS 472 472 RR1F683TF
BS 473 515 RR1EG14TF
BS 516 516 RR1F683TF
BS 517 545 RR1EG14TF
BS 546 546 RR1F683TF
BS 547 556 RR1EG14TF
BS 557 557 RR1F683TF
BS 558 558 RR1EG14TF
BS 559 559 RR1F683TF
BS 560 614 RR1EG14TF
BS 615 615 RR1F683TF
BS 616 692 RR1EG14TF

RD RR1F683JQ 572 0 0
GAAG
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GACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAGGGAAACGAGTGGAAGAAGCCTTTTGCTGGTTCT
TCCCACGCCAAAGGAATCGTCCTTGAGAAGATTGGTATTGAGGCTAAGCAGCCTAACTCT
GCCATTCGTAAATGTGCCAGAGTTCAGTTGATCAAGAACGGCAAAAAGATTGCTGCTTTC
GTTCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAATGACGAGGTGCTGATTGCTGGA
TTCGGACGTAAAGGACATGCCGTCGGAGATATTCCCGGAGTCAGGTTCAAGGTGGTGAAG
GTGTCTGGTGTCTCACTCTTGGCCCTTTTCAAGGAGAAGAAGGAGAAGCCTAGGTCTTAG
ACTCTCTACTGTTTTTTTT**AAGCTTGTTTTGTTAATGGATTTTTGATTACTTGAAGGC
TTTGAAGCCATTTACCTCTGTTTTGCTTCAAGATTCTCGAACATGTGTACCTGTGGTT*G
AGTTTTAAACTTTGTTTTGTTTCATCTG

QA 5 572 5 572
DS 

RD RR1F683TF 572 0 0
GAAG
ACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAAAGGCTTAGGATTAACCAGAGGTGGGCT
GACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAGGGAAACGAGTGGAAGAAGCCTTTTGCTGGTTCT
TCCCACGCCAAAGGAATCGTCCTTGAGAAGATTGGTATTGAGGCTAAGCAGCCTAACTCT
GCCATTCGTAAATGTGCCAGAGTTCAGTTGATCAAGAACGGCAAAAAGATTGCTGCTTTC
GTTCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAATGACGAGGTGCTGATTGCTGGA
TTCGGACGTAAAGGACATGCCGTCGGAGATATTCCCGGAGTCAGGTTCAAGGTGGTGAAG
GTGTCTGGTGTCTCACTCTTGGCCCTTTTCAAGGAGAAGAAGGAGAAGCCTAGGTCTTAG
ACTCTCTACTGTTTTTTTT**AAGCTTGTTTTGTTAATGGATTTTTGATTACTTGAAGGC
TTTGAAGCCATTTACCTCTGTTCTGCTTCAAGATTCTCGAACATGTGTACCTGTGGTT*G
AGTTTTAAACTTTGTTTTGTTTCATCTG

QA 5 572 5 572
DS 

RD RR1EG14TF 692 0 0
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CGCAAACATGGGTAATACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTAAAGAGGCTTAGGAT
TAACCAGAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAAGGAAACGAGTCGAAGAA
GCCTTTTGCTGGTTCTTCCCACGCCAAAGGAATCGTCCTTGAGAAGATTGGTATTGAGGC
TAAGCTGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCCAGAGTTCAGTTGATCAAGAACGGCAA
AAAGATTGCTGCTTTCGTTCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAACGATGA
GGTGTTGATTGCTGGATTCGGACGTAAAGGACATGCCGTCGGAGATATTCCCGGAGTCAG
GTTCAAGGTGGTAAAGGTGTCTGGTGTCTCACTCTTGGCCCTTTTCAAGGAAAAGAAGGA
GAAGCCTAGGTCTTAGACTCTCTACTGTTTTTTTTT*AAGCTTGTTTTGTTAATGGATTT
TTGAT*ACTTGAAGGCGTCGAAGCCATTTACCTCTGTTCTGCTTCAAGATTCTCGAACAT
GTGTACCTGTGGTTTGAGTTTTAAACTTTGTTTTGTTTCATCTGTTTTGGATTCACTTTC
CTAAAGCTGTCATATTTAGATCTCAGTGAATT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1CR47TF 290 0 0
G
CGTAAAGGACATGCCGTCGGAGATATTCCCGGAGTCAGGTTCAAGGTGGTGAAGGTGTCT
GGTGTCTCACTCTTGGCCCTTTTCAAGGAAAAGAAGGAGAAGCCTAGGTCTTAGACTCTC
TACTGTTTTTTTTTTAAGCTTGTTTTGTTAATGGATTTTTGAT*ACTTGAAGGCGTCGAA
GCCATTTACCTCTGTTCTGCTTCAAGATTCTCGAACATGTGTACCTGTGGTTTGAGTTTT
AAACTTTGTTTTGTTTCATCTGTTTTGGATTCACTTTCCTAAAGCTGTC

QA 2 290 2 290
DS 



AS 1 4

CO CL2707Contig1 1331 4 9 U
GACTGCGTCACCCACAAGTAACAACACTAACCAGCCGCAGCAGACGCCAGATACAAAGTC
AAACAGCGGGAACAAATCAAATAAGAAAGGAAAGAAGAATATCAAATCAGCATCAACGGC
CATGATCATAGGCCTAATCCTGGGCCTTGTGCAAGCTATAGTCTTGATTTTCAGCTCGAA
AGTGCTTCTAGGTGTCATGGGAGTGAAACCGAATTCGGCAGTGTTATCACCAGCTCACAA
GTACTTGACCATACGGTCACTAGGTGCTCCTGCATTGCTTCTATCGCTTTCCATGCAAGG
CATCTTTCGTGGCTTCAAGGACACTAAAACTCCTCTCTATGCTACCATCGTAACAGATGT
CATCAATATCATTCTCGACCCGATTTTCATCTTTGTGCTTCACCTTGGAGTCAGCGGTGC
AGCCATTGCCCATGTCATTTCTCAGTACTTCATGACTCTAATACTATTCATCCGCCTCGC
GAGTAAAGTTAATTTGATGCCACCGAACTTTGGAGCTTTGCAGTTCGGCAAGTTCCTTAA
AAATGGGGGACTATTGCTCGCAAGGACCATAGCTGTGACGTTTTGTCAGACACTAGCAGC
AGCAATGGCGGCTCGGCTAGGAACAACACCAATGGCTGCTTTTCAGATCTGTTTACAAGT
CTGGTTAACTACTTCTCTCCTTGCCGATGGTCTTGCTGTAGCCGGTCAGGCGATTCTGGC
TTGTTCTTTTGCCGAGAAGGACTATAACAAAGTGTCTTCTGCTGCATCCCGTGTTCTACA
GATGGGTTTTGTGCTAGGACTTGGGTTGTCCGTCTTCGTTGGACTAGGACTATACTTTGG
TGCTGGAATATTTACTAAGGACCCTGCCGTTATTCACCTCATAGCCATTGGAATACCGTT
TGTAGCAGCAACACAGCCAATAAACTCACTTGCTTTTGTGTTGGACGGAGTCAATTTTGG
AGCATCTGATTTTGCTTACACTGCATACTCCATGGTGGGAGTTGCGGGGATAAGCATAAC
AGCAATAATATACATGGCAAAGTTCAATGGCTTTCTTGGAATATGGATAGCTCTTACCAT
CTATATGGGTCTCCGAGCTATTACTGGAATCGCCAGGATAGCAACAGGAACTGGACCGTG
GATTTTCTTGCGTGGTCGATCTCCTTCATCTTCCCCCTAGGACTTAGCCTATAATGAGAT
GCATCTTTTTCTGTCTTTCTTCGCTTTTTGTTGTGTATTTCTTGTGTTCTTTTCACATTT
TGCACGAAAGAGCTCTCTATGCTTAAACAATTCCAGATAAATAATTTGATTAGGCGAATA
TCACTTTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1BS01TF U 1
AF RR1EY95TF U 67
AF RR1BS01JQ C 543
AF RR1EY95JQ C 766
BS 1 542 RR1BS01TF
BS 543 543 RR1EY95TF
BS 544 594 RR1BS01TF
BS 595 700 RR1EY95TF
BS 701 1111 RR1BS01JQ
BS 1112 1112 RR1EY95JQ
BS 1113 1188 RR1BS01JQ
BS 1189 1189 RR1EY95JQ
BS 1190 1331 RR1BS01JQ

RD RR1BS01TF 594 0 0
GACTGCGTCACCCACAAGTAACAACACTAACCAGCCGCAGCAGACGCCAGATACAAAGTC
AAACAGCGGGAACAAATCAAATAAGAAAGGAAAGAAGAATATCAAATCAGCATCAACGGC
CATGATCATAGGCCTAATCCTGGGCCTTGTGCAAGCTATAGTCTTGATTTTCAGCTCGAA
AGTGCTTCTAGGTGTCATGGGAGTGAAACCGAATTCGGCAGTGTTATCACCAGCTCACAA
GTACTTGACCATACGGTCACTAGGTGCTCCTGCATTGCTTCTATCGCTTTCCATGCAAGG
CATCTTTCGTGGCTTCAAGGACACTAAAACTCCTCTCTATGCTACCATCGTAACAGATGT
CATCAATATCATTCTCGACCCGATTTTCATCTTTGTGCTTCACCTTGGAGTCAGCGGTGC
AGCCATTGCCCATGTCATTTCTCAGTACTTCATGACTCTAATACTATTCATCCGCCTCGC
GAGTAAAGTTAATTTGATGCCACCGAACTTTGGAGCTTTGCAGTTCGGCAAGTTCCTTAA
AA*TGGGGGACTATTGCTCGCAAGGACCATAGCTGTGACGTTTTGTCAGACACT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1EY95TF 634 0 0
G
GGGAACAAATCAAATATGAAAGGAAAGAAGAATATCAAATCAGCATCAACGGCCATGATC
ATAGGCCTAATCCTGGGCCTTGTGCAAGCTATAGTCTTGATTTTCAGCTCGAAAGTGCTT
CTAGGTGTCATGGGAGTGAAACCGAATTCGGCAGTGTTATCACCAGCTCACAAGTACTTG
ACCATACGGTCACTAGGTGCTCCTGCATTGCTTCTATCGCTTTCCATGCAAGGCATCTTT
CGTGGCTTCAAGGACACTAAAACTCCTCTCTATGCTACCATCGTAGCAGATGTCATCAAT
ATCATTCTCGACCCGATTTTCATCTTTGTGCTTCACCTTGGAGTCAGCGGTGCAGCCATT
GCCCATGTCATTTCTCAGTACTTCATGACTCTAATACTATTCATCCGCCTCGCGAGTAAA
GTTAATTTGATGCCACCGAACTTTGGAGCTTTGCAGTTCGGCAAGTTCCTTAAAAATGGG
GGACTATTGCTCGCAAGTACCATAGCTGTGACGTTTTGTCAGACACTAGCAGCAGCAATG
GCGGCTCGGCTAGGAACAACACCAATGGCTGCTTTTCAGATCTGTTTACAAGTCTGGTTA
ACTACTTCTCTCCTTGCCGATGGTCTTGCTGTA

QA 2 634 2 634
DS 

RD RR1BS01JQ 789 0 0
ATGGGGGACTATTGCTCGCAAGGACCATAGCTGTGACGTTTTGTCAGACACTAGCAGCAG
CAATGGCGGCTCGGCTAGGAACAACACCAATGGCTGCTTTTCAGATCTGTTTACAAGTCT
GGTTAACTACTTCTCTCCTTGCCGATGGTCTTGCTGTAGCCGGTCAGGCGATTCTGGCTT
GTTCTTTTGCCGAGAAGGACTATAACAAAGTGTCTTCTGCTGCATCCCGTGTTCTACAGA
TGGGTTTTGTGCTAGGACTTGGGTTGTCCGTCTTCGTTGGACTAGGACTATACTTTGGTG
CTGGAATATTTACTAAGGACCCTGCCGTTATTCACCTCATAGCCATTGGAATACCGTTTG
TAGCAGCAACACAGCCAATAAACTCACTTGCTTTTGTGTTGGACGGAGTCAATTTTGGAG
CATCTGATTTTGCTTACACTGCATACTCCATGGTGGGAGTTGCGGGGATAAGCATAACAG
CAATAATATACATGGCAAAGTTCAATGGCTTTCTTGGAATATGGATAGCTCTTACCATCT
ATATGGGTCTCCGAGCTATTACTGGAATC*CCAGGATAGCAACAGGAACTGGACCGTGGA
TTTTCTTGCGTGGTCGATCTCCTTCATCTTCCCCCTAGGACTTAGCTTATAATGAGATGC
ATCTTTTTCTGTCTTTCTTCGCTTTTTGTTGTGTATTTCTTGTGTTCTTTTCACATTTTG
CACGAAAGAGCTCTCTATGCTTAAACAATTCCAGATAAATAATTTGATTAGGCGAATATC
ACTTTCTAC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1EY95JQ 566 0 0
ATCCCGTGTTCTACAGATGGGTTTTGTGCTAGGACTTGGGTTGTCCGTTTTCGTTGGACT
AGGACTATACTTTGGTGCTGGAATATTTACTAAGGACCCTGCCGTTATTCACCTCATAGC
CATTGGAATACCGTTTGTAGCAGCAACACAGCCAATAAACTCACTTGCTTTTGTGTTGGA
CGGAGTCAATTTTGGAGCATCTGATTTTGCTTACACTGCATACTCCATGGTGGGAGTTGC
GGGGATAAGCATAACAGCAATAATATACATGGCAAAGTTCAATGGCTTTCTTGGAATATG
GATAGCTCTTACCATCTATATGGGTCTCCGAGCTATTACTGGAATCGCCAGGATAGCAAC
AGGAACTGGACCGTGGATTTTCTTGCGTGGTCGATCTCCTTCATCTTCCCCCTAGGACTT
AGCCTATAATGAGATGCATCTTTTTCTGTCTTTCTTCGCTTTTTGTTGTGTATTTCTTGT
GTTCTTTTCACATTTTGCACGAAAGAGCTCTCTATGCTTAAACAATTCCAGATAAATAAT
TTGATTAGGCGAATATCACTTTCT
GC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 4

CO CL2708Contig1 566 4 3 U
GGGATTTAGGAAACAATTCATCACAGCCGCTCTCTCTCTCCATACTCTCCCGAAGGCGAT
TCTCTCGAAGTCGCGAGCGTCGTCCCTCTCTGTCGCATCCCTCTCCGCCGCGTCCCTCTC
CGTCTCCGACCGTCTCCCTCTCTCCGTTGTCTCCCTTTCCGTCTCGTCTGTCTCCGACCG
ATTTCATTTGATGGATCTGCTTCTGATCTATATTTTTTTTATGGGTTTCGCTTAAATTCA
TCAGATTTCGTCCTATGGCTTTTGATTGCTATGATCTCATTAGGCATCCAGTTGCTTCTG
ATGGGTTCTTGAAGGAGGAAACAACCGTTGGGCCTTTAGAAGCTTCCAACAGTGATCTTT
TAATGGAAACAGTTTGCTAGCGTCTTGGAGGAAGATGGAGGAGAAGATACGTTATGAAAT
TTGAACTTATGTTATGAGTTATGTTTTAAACTTATGAAATTATGGTAAAACTTATGAAAT
TATTGTAAAACTTATGCTATTTATGTGGTCTTTTGAACTTATATATTATTGTACTTGTGG
ATTTATGAATGAATTTTAATATTAGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CJ21TF U 414
AF RR1G524JQ C 296
AF RR1AA04JQ C 1
AF RR1AA04TF U 1
BS 1 413 RR1AA04TF
BS 414 518 RR1CJ21TF
BS 519 566 RR1AA04TF

RD RR1CJ21TF 105 0 0
ATGAAATTTGAACTTATGTTATGAGTTATGTTTTAAACTTATGAAATTATGGTAAAACTT
ATGAAATTATTGTAAAACTTATGCTATTTATGTGGTCTTTTGAAC

QA 1 105 1 105
DS 

RD RR1G524JQ 234 0 0
TTT
TGATGGGTTCTTGAAGGAGGAAACAACCGTTGAGCCTTTAGAAGCTTCCAACAGTGATCT
TTTAATGGAAACAGTTTGCTAGCGTCTTGGAGGAAGATGGAGGAGAAGATACGTTATGAA
ATTTGAACTTATGTTATGAGTTATGTTTTAAACTTATGAAATTATGGTAAAACTTATGAA
ATTATTGTAAAACTTATGCTATTTATGTGGTCTTTTGAACTTATATATTAT

QA 4 234 4 234
DS 

RD RR1AA04JQ 566 0 0
GGGATTTAGGAAACAATTCATCACAGCCGCTCTCTCTCTCCATACTCTCCCGAAGGCGAT
TCTCTCGAAGTCGCGAGCGTCGTCCCTCTCTGTCGCATCCCTCTCCGCCGCGTCCCTCTC
CGTCTCCGACCGTCTCCCTCTCTCCGTTGTCTCCCTTTCCGTCTCGTCTGTCTCCGACCG
ATTTCATTTGATGGATCTGCTTCTGATCTATATTTTTTTTATGGGTTTCGCTTAAATTCA
TCAGATTTCGTCCTATGGCTTTTGATTGCTATGATCTCATTAGGCATCCAGTTGCTTCTG
ATGGGTTCTTGAAGGAGGAAACAACCGTTGGGCCTTTAGAAGCTTCCAACAGTGATCTTT
TAATGGAAACAGTTTGCTAGCGTCTTGGAGGAAGATGGAGGAGAAGATACGTTATGAAAT
TTGAACTTATGTTATGAGTTATGTTTTAAACTTATGAAATTATGGTAAAACTTATGAAAT
TATTGTAAAACTTATGCTATTTATGTGGTCTTTTGAACTTATATATTATTGTACTTGTGG
ATTTATGAATGAATTTTAATATTAGT

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1AA04TF 566 0 0
GGGATTTAGGAAACAATTCATCACAGCCGCTCTCTCTCTCCATACTCTCCCGAAGGCGAT
TCTCTCGAAGTCGCGAGCGTCGTCCCTCTCTGTCGCATCCCTCTCCGCCGCGTCCCTCTC
CGTCTCCGACCGTCTCCCTCTCTCCGTTGTCTCCCTTTCCGTCTCGTCTGTCTCCGACCG
ATTTCATTTGATGGATCTGCTTCTGATCTATATTTTTTTTATGGGTTTCGCTTAAATTCA
TCAGATTTCGTCCTATGGCTTTTGATTGCTATGATCTCATTAGGCATCCAGTTGCTTCTG
ATGGGTTCTTGAAGGAGGAAACAACCGTTGGGCCTTTAGAAGCTTCCAACAGTGATCTTT
TAATGGAAACAGTTTGCTAGCGTCTTGGAGGAAGATGGAGGAGAAGATACGTTATGAAAT
TTGAACTTATGTTATGAGTTATGTTTTAAACTTATGAAATTATGGTAAAACTTATGAAAT
TATTGTAAAACTTATGCTATTTATGTGGTCTTTTGAACTTATATATTATTGTACTTGTGG
ATTTATGAATGAATTTTAATATTAGT

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 3

CO CL2709Contig1 1000 3 17 U
GACTTTCTCTCCGAAACTAAAGTTCATCTCACCTCTCACAAAAATCTCATCTCTTACGAA
AGGATAATCGAAATAGCTTTCTCATGTTTCTTCCCATCAAGGATCTATGAAGATGAGGTT
GCATGTCTAGCTGATGATAAATCTGTTAACATATATATTTGAATATGTTGATTTGATTCC
AAAAGAAGACGGATCGGATAAAAGAAAAACTATATCGGAATAAAAAAACTCAATCACCTC
AGATCCAGATTTTCTTTATAATCAGAACAAATTAAACAGAGTATGATCATAATGATACAT
GAGGAAGAAGTAAACTTTGCGTATACACAGAGAAAGATACTTAATACATATTAGATTGGA
AAGATTTGGAAGAGTTCGAAGACGATCTGTAGCAATGAAAACTTTATTGTTTAAATGATA
TATTCTTGGAGAACAACTTAACAAAGTGCGGGTCAAGTACAACGACTTCATTCTTCTAAG
AAGAAAAACATGAATTGAATATATAAGATAAGTTTTTCAGAGACTTTCTATTTCTTTTTT
AATTAGTTAAAATGTTTCTGACATTTTCATATGAAAATATACACTATAGATCTAATGTTG
TTTCCGAATTTTACAGAACAATGCTGAATGTTGAATAACGATGAAGGACATGGGACAGAG
ACGTGGCTGCAAAACGATAGGAAACCAAATAAGGAGAACTCACAGGCTTAAATAGTACCA
ATCTATTCTGTAAGATTTCAGCTGGGAGAGTTGTTATATATAGGCTGGACCAGTAAGATT
GCGATTGATAGTTCAAAATATATAGGTTTTTGGATGCATTGATGGTGGGTGTTGCGGAAT
ATAGCTTTTTCAGGTTGTCTTCTTTGTGTGTGTATGACTTACCGACTGAGGATATGAAAG
AAACAACATATATCAATACTATTAATATCAAAGGTTCGATACAGTAAAACATATGTATGT
AATAGTTTAATGTATCAAATGAATATGAGGTCGCCATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 0 20 0 20 20 0 0 0 20 0 0 0 20 0 0 20 20 20 0 20 20 20 0 20 0 20 0 0 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC61TF U 1
AF RR1B686TF U 54
AF RR1BC61JQ C 213
BS 1 93 RR1BC61TF
BS 94 94 RR1B686TF
BS 95 572 RR1BC61TF
BS 573 688 RR1B686TF
BS 689 689 RR1BC61JQ
BS 690 690 RR1B686TF
BS 691 691 RR1BC61JQ
BS 692 693 RR1B686TF
BS 694 694 RR1BC61JQ
BS 695 696 RR1B686TF
BS 697 699 RR1BC61JQ
BS 700 702 RR1B686TF
BS 703 703 RR1BC61JQ
BS 704 717 RR1B686TF
BS 718 719 RR1BC61JQ
BS 720 721 RR1B686TF
BS 722 1000 RR1BC61JQ

RD RR1BC61TF 572 0 0
GACTTTCTCTCCGAAACTAAAGTTCATCTCACCTCTCACAAAAATCTCATCTCTTACGAA
AGGATAATCGAAATAGCTTTCTCATGTTTCTTCTCATCAAGGATCTATGAAGATGAGGTT
GCATGTCTAGCTGATGATAAATCTGTTAACATATATATTTGAATATGTTGATTTGATTCC
AAAAGAAGACGGATCGGATAAAAGAAAAACTATATCGGAATAAAAAAACTCAATCACCTC
AGATCCAGATTTTCTTTATAATCAGAACAAATTAAACAGAGTATGATCATAATGATACAT
GAGGAAGAAGTAAACTTTGCGTATACACAGAGAAAGATACTTAATACATATTAGATTGGA
AAGATTTGGAAGAGTTCGAAGACGATCTGTAGCAATGAAAACTTTATTGTTTAAATGATA
TATTCTTGGAGAACAACTTAACAAAGTGCGGGTCAAGTACAACGACTTCATTCTTCTAAG
AAGAAAAACATGAATTGAATATATAAGATAAGTTTTTCAGAGACTTTCTATTTCTTTTTT
AATTAGTTAAAATGTTTCTGACATTTTCATAT

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1B686TF 668 0 0
GG
ACGAAAGGATAATCGAAATAGCTTTCTCATGTTTCTTCCCATCAAGGATCTATGAAGATG
AGGTTGCATGTCTAGCTGATGATAAATCTGTTAACATATATATTTGAATATGTTGATTTG
ATTCCAAAAGAAGACGGATCGGATAAAAGAAAAACTATATCGGAATAAAAAAACTCAATC
ACCTCAGATCCAGATTTTCTTTATAATCAGAACAAATTAAACAGAGTATGATCATAATGA
TACATGAGGAAGAAGTAAACTTTGCGTATACACAGAGAAAGATACTTAATACATATTAGA
TTGGAAAGATTTGGAAGAGTTCGAAGACGATCTGTAGCAATGAAAACTTTATTGTTTAAA
TGATATATTCTTGGAGAACAACTTAACAAAGTGCGGGTCAAGTACAACGACTTCATTCTT
CTAAGAAGAAAAACATGAATTGAATATATAAGATAAGTTTTTCAGAGACTTTCTATTTCT
TTTTTAATTAGTTAAAATGTTTCTGACATTTTCATATGAAAATATACACTATAGATCTAA
TGTTGTTTCCGAATTTTACAGAACAATGCTGAATGTTGAATAACGATGAAGGACATGGGA
CAGAGACGTGGCTGCAAAACGATAGGAAACCAAGTGAGTAGGTTTCATAGGCTTAAATAG
TAGTAA

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR1BC61JQ 788 0 0
TATCGGAATAAAAAAACTCAATCACCTCAGATCCAGATTTTCTTTATAATCAGAACAAAT
TAAACAGAGTATGATCATAATGATACATGAGGAAGAAGTAAACTTTGCGTATACACAGAG
AAAGATACTTAATACATATTAGATTGGAAAGATTTGGAAGAGTTCGAAGACGATCTGTAG
CAATGAAAACTTTATTGTTTAAATGATATATTCTTGGAGAACAACTTAACAAAGTGCGGG
TCAAGTACAACGACTTCATTCTTCTAAGAAGAAAAACATGAATTGAATATATAAGATAAG
TTTTTCAGAGACTTTCTATTTCTTTTTTAATTAGTTAAAATGTTTCTGACATTTTCATAT
GAAAATATACACTATAGATCTAATGTTGTTTCCGAATTTTACAGAACAATGCTGAATGTT
GAATAACGATGAAGGACATGGGACAGAGACGTGGCTGCAAAACGATAGGAAACCAAATAT
GGAGAACTTTCA**CTTGAATGG*ACCAATCTATTCTGTAAGATTTCAGCTGGGAGAGTT
GTTATATATAGGCTGGACCAGTAAGATTGCGATTGATAGTTCAAAATATATAGGTTTTTG
GATGCATTGATGGTGGGTGTTGCGGAATATAGCTTTTTCAGGTTGTCTTCTTTGTGTGTG
TATGACTTACCGACTGAGGATATGAAAGAAACAACATATATCAATACTATTAATATCAAA
GGTTCGATACAGTAAAACATATGTATGTAATAGTTTAATGTATCAAATGAATATGAGGTC
GCCATACT

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 4

CO CL2710Contig1 1088 4 11 U
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TGGAGTCACTGATCAAGTCCCAGCACGCTCAGAAACAGGCTGGCTACAGTGGTAAAACTC
CGGGGACGGAGATTATACCGGCGACGACTGGACTAACGATGTCATCGGATGAGAGCATGA
TGCTGAAGCTGATCCAACAAACACACTCCCCTGATGCTCGCGAAGTCCAAGTGCGTGGCC
TTCTCTCCCTCGTTGAAGATATTCTTGATCGTGCCACTCTTGACTCCGACGACTCCAACG
CCTCCATGCTCCCATTGCCTACGGATGATAAACTGATGCAATCAAGCATGATGAGCGTTC
TTGATAGCGTCTCATATGCAATAGATCGCGTCGCCTGCGAGATAGCGTACAAGTCTCTGA
CAGGATCAGACGCACATGAAATAACAATGTCAGTGTTCGAACACCTCTCGAGCTTCCACT
GGGACGGAAAGCTAGTCCTGACTCTAGCCGCGTTCGCCTTGAACTACGGAGAATTTTGGC
TTCTGGTCCAGTTCTACTCAAAGAATCAGCTGGCTAAATCCTTAGCTATGCTAAAGCTCG
TCCCTGTTCAGAACAGAGTGACCCTCGAGTCTGTATCCCAAGGGCTTAACGATCTCATCC
GTGAGATGAAGAGTGTCACCGCATGTGTAGTGGAACTCAGTGAGTTGCCTGGTCGCTACA
TTACACATGACGATCCTCAGCTGTCGAGAATCATCTCTACAATTCCAATCGCTGTCTATT
GGACCATTAGAAGCATCGTGGCTTGCATTTCTCAGATCAACATGATCACTGCCATGGGAC
ACGAGATGATGAACACTCAAATGGATTCATGGGAAACATCCATGTTAGCTAACAAGCTCA
AGAACATTCATGACCATCTTGCTGAGACCTTGAGGCTTTGCTACCGTCACATAGAGAAGC
AGAGGAGCTCAGAATCCTTAAAGATGTTACATTCTCTGTTCGACACCACACACATTGATA
ACATGAAGATTCTCACGGCCTTGATTCATCCGAAAAACCACACCACGCCATTGCAAGATG
GTTTAACC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC58TF U 1
AF RR1AC14TF U 4
AF RR1BC58JQ C 419
AF RR1AC14JQ C 323
BS 1 155 RR1BC58TF
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BS 157 247 RR1BC58TF
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BS 249 401 RR1BC58TF
BS 402 402 RR1AC14TF
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BS 854 863 RR1BC58TF
BS 864 901 RR1AC14TF
BS 902 1088 RR1AC14JQ

RD RR1BC58TF 863 0 0
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CAGGATCAGACGCACATGAAATAACAATGTCAGTGTTCGAACACCTCTCGAGCTTCCACT
GGGACGGAAAGCTAGTCCTGACTCTAGCCGCGTTCGCCTTGAACTACGGAGAATTTTGGC
TTCTGGTCCAGTTCTACTCAAAGAATCAGCTGGCTAAATCCTTAGCTATGCTAAAGCTCG
TCCCTGTTCAGAACAGAGTGACCCTCGAGTCTGTATCCCAAGGGCTTAACGATCTCATCC
GTGAGATGAAGAGTGTCACCGCATGTGTAGTGGAACTCAGTGAGTTGCCTGGTCGCTACA
TTACACATGACGATCCTCAGCTGTCGAGAATCATCTCTACAATTCCAATCGCTGTCTATT
GGACCATTAGAAGCATCGTGGCTTGCATTTCTCAGATCAACATGATCACTGCCATGGGAC
ACGAGATGATGA*CACTCAAATG

QA 1 863 1 863
DS 

RD RR1AC14TF 898 0 0
GG
ACACCAATTCAAAACTCCCTAGCTAGCTCTTCTTCACAAGCAACCAAACCAAGAATGGAG
TCACTGATCAAGTCCCAGCACGCTCAGAAACAGGCTGGCTACAGTGGTAAAACTCCGGGG
ACGGAGATTATACCGGCGACGACTGGACTAACGATGTCATCGGATGAGAGCATGATGCTG
AAGCTGATCCAACAAACACACTCCCCTGATGCTCGCGAAGTCCAAGTGCGTGGCCTTCTC
TCCCTCGTTGAAGATATTCTTGATCGTGCCACTCTTGACTCCGACGACTCCAACGCCTCC
ATGCTCCCATTGCCTACGGATGATAAACTGATGCAATCAAGCATGATGAGCGTTCTTGAT
AGCGTCTCATATGCAATAGATCGCGTCGCCTGCGAGATAGCGTACAAGTCTCTGACAGGA
TCAGACGCACATGAAATAACAATGTCAGTGTTCGAACACCTCTCGAGCTTCCACTTGGAC
GGAAAGCTAGTCCTGACTCTAGCCGCGTTCGCCTTGAACTACGGAGAATTTTGGCTTCTG
GTCCAGTTCTACTCAAAGAATCAGCTGGCTAAATCCTTAGCTATGCTAAAGCTCGTCCCT
GTTCAGAACAGAGTGACCCTCGAGTCTGTATCCCAAGGGCTTAACGATCTCATCCGTGAG
ATGAAGAGTGTCACCGCATGTGTAGTGGAACTCAGTGAGTTGCCTGGTCGCTACATTACA
CATGACGATCCTCAGCTGTCGAGAATCATCTCTACAATTCCAATCGCTGTCTATTGGACC
ATTAGAAGCATCGTGGCTTGCATTTCTCAGATCA*CATGATCACTGCCATGGGACACGAG
ATGATGAACACTCAAATGGATTCATGGGAAACATCCATGTTAGCTAACAAGCTCAA

QA 3 898 3 898
DS 

RD RR1BC58JQ 634 0 0
GACAGGATCAGACGCACATGAAATAACAATGTCAGTGTTCGAACACCTCTCGAGCTTCCA
CTGGGACGGAAAGCTAGTCCTGACTCTAGCCGCGTTCGCCTTGAACTACGGAGAATTTTG
GCTTCTGGTCCAGTTCTACTCAAAGAATCAGCTGGCTAAATCCTTAGCTATGCTAAAGCT
CGTCCCTGTTCAGAACAGAGTGACCCTCGAGTCTGTATCCCAAGGGCTTAACGATTTCAT
CCGTGAGATGAAGAGTGTCACCGCATGTGTAGTGGAACTCAGTGAGTTGCCTGGTCGCTA
CATTACACATGACGATCCTCAGCTGTCGAGAATCATCTCTACAATTCCAATCGCTGTCTA
TTGGACCATTAGAAGCATCGTGGCTTGCATTTCTCAGATCAACATGATCACTGCCATGGG
ACACGAGATGATGAACACTCAAATGGATTCATGGGAAACATCCATGTTAGCTAACAAGCT
CAAGAACATTCATGACCATCTTGCTGAGACCTTGAGGCTTTGCTACCGTCACATAGAGAA
GCAGAGGAGCTCAGAATCCTTAAAGATGTTACATTCTCTGTTCGACACCACACACATTGA
TAACATGAAGATTCTCACGGCCTTGATTCATCC
C

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1AC14JQ 766 0 0
GGATGATAAACTGATGCAATCAAGCATGATGAGCGTTCTTGATAGCGTCTCATATGCAAT
AGATCGCGTCGCCTGCGAGATAGCGTACAAGTCTCTGACAGGATCAGACGCACATGAAAT
AACAATGTCAGTGTTCGAACACCTCTCGAGCTTCCACTTGGACGGAAAGCTAGTCCTGAC
TCTAGCCGCGTTCGCCTTGAACTACGGAGAATTTTGGCTTCTGGTCCAGTTCTACTCAAA
GAATCAGCTGGCTAAATCCTTAGCTATGCTAAAGCTCGTCCCTGTTCAGAACAGAGTGAC
CCTCGAGTCTGTATCCCAAGGGCTTAACGATCTCATCCGTGAGATGAAGAGTGTCACCGC
ATGTGTAGTGGAACTCAGTGAGTTGCCTGGTCGCTACATTACACATGACGATCCTCAGCT
GTCGAGAATCATCTCTACAATTCCAATCGCTGTCTATTGGACCATTAGAAGCATCGTGGC
TTGCATTTCTCAGATCAACATGATCACTGCCATGGGACACGAGATGATGAACACTCAAAT
GGATTCATGGGAAACATCCATGTTAGCTAACAAGCTCAAGAACATTCATGACCATCTTGC
TGAGACCTTGAGGCTTTGCTACCGTCACATAGAGAAGCAGAGGAGCTCAGAATCCTTAAA
GATGTTACATTCTCTGTTCGACACCACACACATTGATAACATGAAGATTCTCACGGCCTT
GATTCATCCGAAAAACCACACCACGCCATTGCAAGATGGTTTAACC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 4

CO CL2711Contig1 563 4 5 U
GGAGCTTTCCTCCGAAACAAATTCGCCGTAGTCTTATTCTTACCGTTTCTCGATTGATTT
CTGATCATGGCGATGAACACAGGAATCCGACACATCTCAAAGATAATAGCTTCATCCGAA
TCATCAGTCTCCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAAGATGAGC
GGAGGAGGAGGGCATGGTCATGACGAGCCATACTACCTCCACGCAAAGCACACGTACAAT
TTGGACCGCATGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTCGGTGTCTTTACTGCTTTCAGC
ATTGGCGTTGGAGTTCCCATCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACTGCCTCTGGT
TGACTTCACTCTCTCTCTCTCTCT*TTCTTCTCTGCTTCAATAATTTTGTTTTTAATTCG
TAGCCACAAGTCTGATCGTTATGGTAAAAGTACATTATTCATCCTCCTTTTACTGGCTGT
TCGACGCTGGAATAATGTAACTTTGATTGGAATCCCAAGTTAATTGTTTGAATATTTTTC
ATTTTGAGCAAGCAATTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 15 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DF27TF U 23
AF RR1DF27JQ C 23
AF RR1C293TF U 1
AF RR1C293JQ C 37
BS 1 232 RR1C293TF
BS 233 233 RR1DF27TF
BS 234 384 RR1C293TF
BS 385 385 RR1DF27TF
BS 386 563 RR1C293TF

RD RR1DF27TF 454 0 0
GG
GCCGTAGTCTTATTCTTACCGTTTCTCGATTGATTTCTGATCATGGCGATGAACACAGGA
ATCCGATACATCTCAAAGATAATAGCTTCATCCGAATCATCAGTCTCCAGATCTGTGAGC
AGAAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAAGATGAGCGGAGGAGGAGGGCATGGTCATGAC
GAGCCATACTACCTCCACGCAAAGCACACGTACAATTTGGACCGCATGAAGTACCAAGGT
CTCAAGATGTCTCTCGGTGTCTTTACTGCTTTCAGCATTGGCGTTGGAGTTCCCATCTTT
GCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACTGCCTCTGGTTGACTTCACTCTCTCTCTCTCTCT
**TCTTCTCTGCTTCAATAATTTTGTTTT*AATTCGTAGCCACAAGTCTGATCGTTATGG
*AAAAGTACATTATTCATCCTCCTTTTACTGG

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DS 

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GG
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ATCCGATACATCTCAAAGATAATAGCTTCATCCGAATCATCAGTCTCCAGATCTGTGAGC
AGAAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAAGATGAGCGGAGGAGGAGGGCATGGTCATGAC
GAGCCATACTACCTCCACGCAAAGCACACGTACAATTTGGACCGCATGAAGTACCAAGGT
CTCAAGATGTCTCTCGGTGTCTTTACTGCTTTCAGCATTGGCGTTGGAGTTCCCATCTTT
GCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACTGCCTCTGGTTGACTTCACTCTCTCTCTCTCTCT
**TCTTTTCTGCTTCAATAATTTTGTTTTTAATTCGTAGCCACAAGTCTGATCGTTATGG
TAAAAGTACATTATTCATCCTCCTTTTACTGGCTGTTCGACGCTGGAATAATGTAACTTT
GATTGGAATCCCAAGTTAATTGTTTG

QA 3 508 3 508
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TCATCAGTCTCCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAAGATGAGC
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TTGGACCGCATGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTCGGTGTCTTTACTGCTTTCAGC
ATTGGCGTTGGAGTTCCCATCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACTGCCTCTGGT
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TAGCCACAAGTCTGATCGTTATGGTAAAAGTACATTATTCATCCTCCTTTTACTGGCTGT
TCGACGCTGGAATAATGTAACTTTGATTGGAATCCCAAGTTAATTGTTTGAATATTTTTC
ATTTTGAGCAAGCAATTTGTTTT

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TCAAAGATAATAGCTTCATCCGAATCATCAGTTTCCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCAC
TCAACTGGAGCTAAGAAGATGAGCGGAGGAGGAGGGCATGGTCATGACGAGCCATACTAC
CTCCACGCAAAGCACATGTACAATTTGGACCGCATGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGTCT
CTCGGTGTTTTTACTGCTTTCAGCATTGGGGTTGGAGTTCCCATTTTTGCTGTTGTTTTC
CAGCAGAGGAAGACTGCCTCTGGTTGACTTCACTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTGC
TTCAATAATTTTGTTTTTAATTTGTAGCCACAAGTCTGATCGTTATGGTAAAAGTACATT
ATTCATCCTCCTTTTACTGGCTGTTCGACGCTGGAATAATGTAACTTTGATTGGAATCCC
AAGTTAATTGTTTGAATATTTTTCATTTTGAGCAAGCAATTTGTTTT

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 3

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CTCTTCCTGCCTAATGCGGGTCGACCCGATCATAACACCGGGATCACGTACATGAACATG
TTCGATGCTCAGGTAGATGCGGTTCACTCGACTTTGAAATCAATGGGATTCGAAAAGGTG
GAGATCGTGGTGGCGGAAACAGGTTGGGCTTCACGAGGGGACCCCAACGAAGTTGGACCG
AGCGTGGATAATGCCAAAGCTTACAACGGAAACCTAATAGCTCATCTAAGGTCAATGGTT
GGCACACCTCTAATGCCTGGAAAGTCCGTCGACACTTACATTTTCGCACTCTACGATGAG
AACCTGAAGACTGGACCATCTTCTGAACGGGCCTTTGGGCTTTTCAAAACCGATCATTCC
ATGGCCTATGATGTAGGCCTTGCCAAGAGTAGTACTGGTAGTAGTAGCAGCAACAGTAGT
AGCCAGACGCCATCGGGAAAAGTGACGTCAACGGGG*TGGTGTGTACCAAAGAAAGGTGC
CACGGATGAGCAGTTGCAATCGAGCATTGATTGGGCGTGCGGACAAGGAATAGATTGTGG
GCCGATACAACCAGGAGGAGCTTGTTTTGAGCCAAACAATGTGGCGTCACATGCAGCCTT
TGCAATGAATATGTATTTTCAAAAGTCTCCTAAAAGGACTACAGATTGTGATTTCTCTCA
AACCGCAACAATCACCTCCCAAAACCCTGGTTATAACAGTTGCGTCTATCCTGGAGGTGG
AGGAGGAGGAGCAGGAAGTGCAGGAGTAATGAACAAATATGTGAACTCAGACAAATTAGA
GAGCAAAAAGAATGGAGCAGTAGAACCAAAAGTTTATTCTTCTCTATCTTTTCTAATCAT
CATTATGTCCCTAATCCTCCATGTATATGTAATGGGGCGATAAGCTTCATGGGGTAGTTT
AATTATCTACTACTCTTTACTTCTTGTGTTCCACACTCCTTTGTATTTGCGTAATCAAGT
TGTGTTATTAGTCTTGTAATAGTTATCACACATTTTCTATAAATAATATTTTATTGTAGT
TGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1BT16TF U 1
AF RR1FO72TF U 114
AF RR1FO72JQ C 368
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BS 735 773 RR1FO72TF
BS 774 1083 RR1FO72JQ

RD RR1BT16TF 734 0 0
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AGTCAGACGCCATCGGGAAAAGTGACGTCAACGGGGGTGGTGTGTACCAAAGAAAGGTGC
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GCCGATACAACCAGGAGGAGCTTGTTTTGAGCCAAACAATGTGGCGTCACATGCAGCCTT
TGCCATGAACATGTATTTTCAAAAGTCTCCTAAAAG*ACTACAGATTGTGATTTCTCTCA
AACCGCAACAATCA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1FO72TF 660 0 0
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AAAGGTGGAGATCGTGGTGGCGGAAACAGGTTGGGCTTCACGAGGGGACCCCAACGAAGT
TGGACCTAGCGTGGATAATGCCAAAGCTTACAACGGAAACCTAATAGCTCATCTAAGGTC
AATGGTTGGCACACCTCTAATGCCTGGAAAGTCCGTCGACACTTACATTTTCGCACTCTA
TGATGAGAACCTGAAGACTGGACCATCTTCTGAACGGGCCTTTGGGCTTTTCAAAACCGA
TCATTCCATGGCCTATGATGTAGGCCTTGCCAAGAGTAGTACTGGTAGTAGTAGCAGCAA
CAGTAGTAGCCAGACGCCATCGGGAAAAGTGACGTCAACGGGG*TGGTGTGTACCAAAGA
AAGGTGCCACGGATGAGCAGTTGCAATCGAGCATTGATTGGGCGTGCGGACAAGGAATAG
ATTGTGGGCCGATACAACCAGGAGGAGCTTGTTTTGAGCCAAACAATGTGGCGTCACATG
CAGCCTTTGCAATGAATATGTATTTTCAAAAGTCTCCTAAAAGGACTACAGATTGTGATT
TCTCTCAAACCGCAACAATCACCTCCCAAAACCCTGGTTATAACAGTTGCGTCTATCCTG

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1FO72JQ 716 0 0
AGACTGGACCATCTTCTGAACGGGCCTTTGGGCTTTTCAAAACCGATCATTCCATGGCCT
ATGATGTAGGCCTTGCCAAGAGTAGTACTGGTAGTAGTAGCAGCAACAGTAGTAGCCAGA
CGCCATCGGGAAAAGTGACGTCAACGGGG*TGGTGTGTACCAAAGAAAGGTGCCACGGAT
GAGCAGTTGCAATCGAGCATTGATTGGGCGTGCGGACAAGGAATAGATTGTGGGCCGATA
CAACCAGGAGGAGCTTGTTTTGAGCCAAACAATGTGGCGTCACATGCAGCCTTTGCAATG
AATATGTATTTTCAAAAGTCTCCTAAAAGGACTACAGATTGTGATTTCTCTCAAACCGCA
ACAATCACCTCCCAAAACCCTGGTTATAACAGTTGCGTCTATCCTGGAGGTGGAGGAGGA
GGAGCAGGAAGTGCAGGAGTAATGAACAAATATGTGAACTCAGACAAATTAGAGAGCAAA
AAGAATGGAGCAGTAGAACCAAAAGTTTATTCTTCTCTATCTTTTCTAATCATCATTATG
TCCCTAATCCTCCATGTATATGTAATGGGGCGATAAGCTTCATGGGGTAGTTTAATTATC
TACTACTCTTTACTTCTTGTGTTCCACACTCCTTTGTATTTGCGTAATCAAGTTGTGTTA
TTAGTCTTGTAATAGTTATCACACATTTTCTATAAATAATATTTTATTGTAGTTGG

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 4

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GGATTTACTTTTGTAAGAAGAGAGAGGAAAGAAGATGTCTCAGACTGTGGTTCTAAAGGT
GGCTATGCCGTGTGGGGATGCGTGGGAGCTGTGAAAAGAGTCCTAGGCAAAATGCAAGGT
GTGGAGTCATTTGATGTGGATCTGAAAGAGCAGAAGGTAACGGTGAAAGGCAACGTGGAG
CCAGAAGCTGTTCTGCAGACAGTCTCAAAGACAGGAAAGAAAACCAGTTTCTGGGGAGCC
GACGAGGCTGAAACTGCCAAGGCCTAAAACTGGAAGAATCAACAAAGCATCTCTGTTTTT
AGCAGAGATTCCTACCCCAAAATAATATAATATCATATGTAATGGAAACTTTCAAATAAA
TATATAATCTCTGAAGGTCCCTTCTGTTTTTCAAGGAAGAAACGTTGGGTCTTGTAATCA
TCTTCTGTTGTCTTTACTTTCGTGTGTTTTTTTGTCTTAAGTGTTTCTTGTTACATTTGT
CTACCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1A993JQ C 162
AF RR1A993TF U 162
AF RR1BR30JQ C 1
AF RR1BR30TF U 1
BS 1 161 RR1BR30TF
BS 162 383 RR1A993TF
BS 384 384 RR1BR30TF
BS 385 477 RR1A993TF
BS 478 486 RR1BR30TF

RD RR1A993JQ 316 0 0
GGTGAAAGGCAACGTGGAGCCAGAAGCTGTTCTGCAGACAGTCTCAAAGACAGGAAAGAA
AACCAGTTTCTGGGGAGCCGACGAGGCTGAAACTGCCAAGGCCTAAAACTGGAAGAATCA
ACAAAGCATCTCTGTTTTTAGCAGAGATTCCTACCCCAAAATAATATAATATCATATGTA
ATGGAAACTTTCAAATAAATATATAATCTCTGAAGGTCCCTTTTGTTTTTCAAGGAAGAA
ACGTTGGGTCTTGTAATCATCTTCTGTTGTCTTTACTTTCGTGTGTTTTTTTGTCTTAAG
TGTTTCTTGTTACATT

QA 1 316 1 316
DS 

RD RR1A993TF 316 0 0
GGTGAAAGGCAACGTGGAGCCAGAAGCTGTTCTGCAGACAGTCTCAAAGACAGGAAAGAA
AACCAGTTTCTGGGGAGCCGACGAGGCTGAAACTGCCAAGGCCTAAAACTGGAAGAATCA
ACAAAGCATCTCTGTTTTTAGCAGAGATTCCTACCCCAAAATAATATAATATCATATGTA
ATGGAAACTTTCAAATAAATATATAATCTCTGAAGGTCCCTTTTGTTTTTCAAGGAAGAA
ACGTTGGGTCTTGTAATCATCTTCTGTTGTCTTTACTTTCGTGTGTTTTTTTGTCTTAAG
TGTTTCTTGTTACATT

QA 1 316 1 316
DS 

RD RR1BR30JQ 486 0 0
GGATTTACTTTTGTAAGAAGAGAGAGGAAAGAAGATGTCTCAGACTGTGGTTCTAAAGGT
GGCTATGCCGTGTGGGGATGCGTGGGAGCTGTGAAAAGAGTCCTAGGCAAAATGCAAGGT
GTGGAGTCATTTGATGTGGATCTGAAAGAGCAGAAGGTAACGGTGAAAGGCAACGTGGAG
CCAGAAGCTGTTCTGCAGACAGTCTCAAAGACAGGAAAGAAAACCAGTTTCTGGGGAGCC
GACGAGGCTGAAACTGCCGAGGCCTAAAACTGGAAGAATCAACAAAGCATCTCTGTTTTT
AGCAGAGATTCCTACCCCAAAGTAATATAATATCATATGTAATGGAAACTTTCAAATAAA
TATATAATCTCTGAAGGTCCCTTCTGTTTTTCAAGGAAGAAACGTTGGGTCTTGTAATCA
TCTTCTGTTGTCTTTACTTTCGTGTGTTTTTTTGTCTTAAGTGTTTCTTGTTACATTTGT
CTACCC

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1BR30TF 486 0 0
GGATTTACTTTTGTAAGAAGAGAGAGGAAAGAAGATGTCTCAGACTGTGGTTCTAAAGGT
GGCTATGCCGTGTGGGGATGCGTGGGAGCTGTGAAAAGAGTCCTAGGCAAAATGCAAGGT
GTGGAGTCATTTGATGTGGATCTGAAAGAGCAGAAGGTAACGGTGAAAGGCAACGTGGAG
CCAGAAGCTGTTCTGCAGACAGTCTCAAAGACAGGAAAGAAAACCAGTTTCTGGGGAGCC
GACGAGGCTGAAACTGCCGAGGCCTAAAACTGGAAGAATCAACAAAGCATCTCTGTTTTT
AGCAGAGATTCCTACCCCAAAGTAATATAATATCATATGTAATGGAAACTTTCAAATAAA
TATATAATCTCTGAAGGTCCCTTCTGTTTTTCAAGGAAGAAACGTTGGGTCTTGTAATCA
TCTTCTGTTGTCTTTACTTTCGTGTGTTTTTTTGTCTTAAGTGTTTCTTGTTACATTTGT
CTACCC

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 4

CO CL2714Contig1 706 4 8 U
GGGAGAAAGAGAAGAAGGTTCTAGGGTTTATTTCTATTAGCAAGAAATGGCGTCGAGAAA
TGCTCTACTTCGATACCTTAGAATCAGTGTCACGCCTCCTACTCTCCGAAGCTCCAGCAT
CGCTTCTCATCGAGGCGTAGCTCCCTTGTACTTTATTCTTGGTCGTCGTTTCTCCGAGGA
AGTCAGAGGATCGTTCCTCGACAAATCCGAAGTCACAGATCGTGTTGTCTCTGTTGTCAA
AAATTTTCAGAAAGTAGAGCCTTCTAAGGTGACACCAAAGGCACACTTCCAGAATGATCT
AGGGTTGGATAGTTTGGACACAGTGGAGGTGGTTATGGCACTCGAAGAAGAGTTTGGATT
CGAGATACCTGATAACGAAGCAGATAAGATACAGTCCGTCGATCTCGCTGTTGAGTTTAT
TGCTTCCCACCCCCAGGCAAAATGAGCAGCCTAGGAAAATCAAACATGTTTCTTTGCTAG
AGTGAGACATTTTCAGTTTGTTTTTCTCATGTTTGTTAATGCATCTAGAAACTTTATTCC
TTATGCATCAAACTTGGAGTCTACCGTAGTAGATCACAATATTGCATATGGAGACTTGTC
TTCCTTATTACCATCAAACAATACTCCATCCATTTCAATGTATAAGGTGTTTCTGAATTT
TCTTCATTTTATTTGTTTCTATGCAAAAAATTTATATGATTGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1CT42TF U 36
AF RR1F067TF U 1
AF RR1CT42JQ C 98
AF RR1F067JQ C 140
BS 1 91 RR1F067TF
BS 92 92 RR1CT42TF
BS 93 241 RR1F067TF
BS 242 242 RR1CT42TF
BS 243 645 RR1F067TF
BS 646 646 RR1CT42JQ
BS 647 689 RR1F067TF
BS 690 706 RR1CT42JQ

RD RR1CT42TF 364 0 0
ATTAGCAAGAAATGGCGTCGAGAAATGCTCTACTTCGATACCTTAGAATCAGTGTCACGC
CTCTTACTCTCCGAAGCTCCAGCATCGCTTCTCATCGAGGCGTAGCTCCCTTGTACTTTA
TTCTTGGTCGTCGTTTCTCCGAGGAAGTCAGAGGATCGTTCCTCGACAAATCCGAAGTCA
CAGATCGTGTTGTCTCTGTTGTCAAAAATTTTCAGAAAGTAGAGCCTTCTAAGGTGACAC
CAAAGGCACACTTCCAGAATGACCTAGGGTTGGATAGTTTGGACACAGTGGAGGTGGTTA
TGGCACTCGAAGAAGAGTTTGGATTCGAGATACCTGATAACGAAGCAGATAAGATACAGT
CCGT

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR1F067TF 689 0 0
GGGAGAAAGAGAAGAAGGTTCTAGGGTTTATTTCTATTAGCAAGAAATGGCGTCGAGAAA
TGCTCTACTTCGATACCTTAGAATCAGTGTCGCGCCTCCTACTCTCCGAAGCTCCAGCAT
CGCTTCTCATCGAGGCGTAGCTCCCTTGTACTTTATTCTTGGTCGTCGTTTCTCCGAGGA
AGTCAGAGGATCGTTCCTCGACAAATCCGAAGTCACAGATCGTGTTGTCTCTGTTGTCAA
AGATTTTCAGAAAGTAGAGCCTTCTAAGGTGACACCAAAGGCACACTTCCAGAATGATCT
AGGGTTGGATAGTTTGGACACAGTGGAGGTGGTTATGGCACTCGAAGAAGAGTTTGGATT
CGAGATACCTGATAACGAAGCAGATAAGATACAGTCCGTCGATCTCGCTGTTGAGTTTAT
TGCTTCCCACCCCCAGGCAAAATGAGCAGCCTAGGAAAATCAAACATGTTTCTTTGCTAG
AGTGAGACATTTTCAGTTTGTTTTTCTCATGTTTGTTAATGCATCTAGAAACTTTATTCC
TTATGCATCAAACTTGGAGTCTACCGTAGTAGATCACAATATTGCATATGGAGACTTGTC
TTCCTTATTACCATCAAACAATACTCCATCCATTTCAATGTATAAAGTGTTTCTGAATTT
TCTTCATTTTATTTGTTTCTATGCAAAAA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1CT42JQ 609 0 0
CT
TACTCTCCGAAGCTCCAGCATCGCTTCTCATCGAGGGGTAGCTCCCTTGTACTTTATTCT
TGGTCGTCGTTTCTCCGAGGAAGTCAGAGGATCGTTCCTCGACAAATCCGAAGTCACAGA
TCGTGTTGTTTCTGTTGTCAAAAATTTTCAGAAAGTAGAGCCTTTTAAGGTGACACCAAA
GGCACACTTCCAGAATGATCTAGGGTTGGATAGTTTGGACACAGTGGAGGTGGTTATGGC
ACTCGAAGAAGAGTTTGGATTCGAGATACCTGATAACGAAGCAGATAAGATACAGTCCGT
CGATCTCGCTGTTGAGTTTATTGCCTCCCACCCCCAGGCAAAATGAGCAGCCTAGGAAAA
TCAAACATGTTTCTTTGCTAGAGTGAGACATTTTCAGTTTGTTTTTCTCATGTTTGTTAA
TGCATCTAGAAACTTTATTCCTTATGCATCAAACTTGGAGTCTACCGTAGTAGATCACAA
TATTGCATATGGAGACTTGTCTTCCTTATTACCATCAAACAATACTCCATCCATTTCAAT
GTATAAGGTGTTTCTGAATTTTCTTCATTTTATTCGCTTCTATGCAAAAAATTTATATGA
TTGATAC

QA 3 609 3 609
DS 

RD RR1F067JQ 565 0 0
GCTCCCTTGTACTTTATTCTTGGTCGTCGTTTCTCCGAGGAAGTCAGAGGATCGTTCCTC
GACAAATCCGAAGTCACAGATCGTGTTGTTTCTGTTGTCAAAGATTTTCAGAAAGTAGAG
CCTTTTAAGGTGACACCAAAGGCACACTTCCAGAATGATCTAGGGTTGGATAGTTTGGAC
ACAGTGGAGGTGGTTATGGCACTCGAAGAAGAGTTTGGATTCGAGATACCTGATAACGAA
GCAGATAAGATACAGTCCGTCGATCTCGCTGTTGAGTTTATTGCTTCCCACCCCCAGGCA
AAATGAGCAGCCTAGGAAAATCAAACATGTTTCTTTGCTAGAGTGAGACATTTTCAGTTT
GTTTTTTTCATGTTTGTTAATGCATCTAGAAACTTTATTCCTTATGCATCAAACTTGGAG
TCTACCGTAGTAGATCACAATATTGCATATGGAGACTTGTCTTCCTTATTACCATCAAAC
AATACTCCATCCATTTCAATGTATAAGGTGTTTTTGAATTTTCTTCATTTTATTTGTTTC
TATGCAAAAAATTTATATGATTGA
G

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 4

CO CL2715Contig1 525 4 6 U
GGGACATTCTTTACACATAACAAAAACAATCTTTTTTTATCAATTTCTTAAATCATGAAG
TATGTTATTTCAGTTGTTGTTCTGTGCGTTCTCATGTCTCACGTTTCGAATATAGCCCAA
GTGAATGGCCTAGACCCTTTGTGTAAATGGTACAGTCGACGTCCTGGAAAATGCAGCCCT
GATGGAAACATGAAGTGCCATGCCGAAGTACAGGTAGAACGCACAAATCAAAAATTTGAG
CGTTGCGAGTGTACAAACCATATTATTAAAAAGAAAGACCATCATGACTGCAATTGTTCT
GTTAAGCCTCCTTGTCGTCAACCGTAAAGACAAGAAGACTTCTTTTGTTATACAAAACCT
CTCAGTCCATAATACACCATTACAAATCAAATAGATTTACCAATAGATAAGAGAGGAGAG
TTTTTATGCTAATATATATGGTTTAAAATATATTGCCAGTCTATATGATTCTAAATGTAA
TTGTTTTTACTATAGGAACTAATAAATTTATGAAGTAATTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1C666TF U 1
AF RR1AM65TF U 39
AF RR1BB56JQ C 39
AF RR1BB56TF U 39
BS 1 198 RR1C666TF
BS 199 199 RR1AM65TF
BS 200 298 RR1C666TF
BS 299 299 RR1BB56TF
BS 300 523 RR1C666TF
BS 524 525 RR1AM65TF

RD RR1C666TF 525 0 0
GGGACATTCTTTACACATAACAAAAACAATCTTTTTTTATCAATTTCTTAAATCATGAAG
TATGTTATTTCAGTTGTTGTTCTGTGCGTTCTCATGTCTCACGTTTCGAATATAGCCCAA
GTGAATGGCCTAGACCCTTTGTGTAAATGGTACAGTCGACGTCCTGGAAAATGCAGCCCT
GATGGAAACATGAAGTGCTATGCCGAAGTACAGGTAGAACGCACAAATCAAAAATTTGAG
CGTTGCGAGTGTACAAACCATATTATTAAAAAGAAAGACCATCATGACTGCAATTGTTTT
GTTAAGCCTCCTTGTCGTCAACCGTAAAGACAAGAAGACTTCTTTTGTTATACAAAACCT
CTCAGTCCATAATACACCATTACAAATCAAATAGATTTACCAATAGATAAGAGAGGAGAG
TTTTTATGCTAATATATATGGTTTAAAATATATTGCCAGTCTATATGATTCTAAATGTAA
TTGTTTTTACTATAGGAACTAATAAATTTATGAAGTAATTATT
TC

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR1AM65TF 487 0 0
ATCAATTTCTTAAATCATGAAGTATGTTATTTCAGTTGTTGTTCTGTGCGTTCTCATGTC
TCACGTTTCGAATATAGCCCAAGTGAATGGCCTAGACCCTTTGTGTAAATGGTACAGTCG
ACGTCCTGGAAAATGCAGCCCTGATGGAAACATGAAGTGCCATGCCGAAGTACAGGTAGA
ACGCACAAATCAAAAATTTGAGCGTTGCGAGTGTACAAACCATATTATTAAAAAGAAAGA
CCATCATGACTGCAATTGTTTTGTTAAGCCTCCTTGTCGTCAACCGTAAAGACAAGAAGA
CTTCTTTTGTTGTACAAAACCTCTCAGTCCATAATACACCATTACAAATCAAATAGATTT
ACCAATAGATAAGAGAGGAGAGTTTTTATGCTAATATATATGGTTTAAAATATATTGCCA
GTCTATATGATTCTAAATGTAATTGTTTTTACTATAGGAACTAATAAATTTATGAAGTAA
TTATTCC

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1BB56JQ 487 0 0
ATCAATTTCTTAAATCATGAAGTATGTTATTTCAGTTGTTGTTCTGTGCGTTCTCATGTC
TCACGTTTCGAATATAGCCCAAGTGAATGGCCTAGACCCTTTGTGTAAATGGTACAGTCG
ACGTCCTGGAAAATGCAGCCCTGATGGAAACATGAAGTGCCATGCCGAAGTACAGGTAGA
ACGCACAAATCAAAAATTTGAGCGTTGCGAGTGTACAAACCATATTATTAAAAAGAAAGA
CCATCATGACTGCAATTGTTCTGTTAAGCCTCCTTGTCGTCAACCGTAAAGACAAGAAGA
CTTCTTTTGTTATACAAAACCTCTCAGTCCATAATACACCATTACAAATCAAATAGATTT
ACCAATAGATAAGAGAGGAGAGTTTTTATGCTAATATATATGGTTTAAAATATATTGCCA
GTCTATATGATTCTAAATGTAATTGTTTTTACTATAGGAACTAATAAATTTATGAAGTAA
TTATT
TC

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR1BB56TF 487 0 0
ATCAATTTCTTAAATCATGAAGTATGTTATTTCAGTTGTTGTTCTGTGCGTTCTCATGTC
TCACGTTTCGAATATAGCCCAAGTGAATGGCCTAGACCCTTTGTGTAAATGGTACAGTCG
ACGTCCTGGAAAATGCAGCCCTGATGGAAACATGAAGTGCCATGCCGAAGTACAGGTAGA
ACGCACAAATCAAAAATTTGAGCGTTGCGAGTGTACAAACCATATTATTAAAAAGAAAGA
CCATCATGACTGCAATTGTTCTGTTAAGCCTCCTTGTCGTCAACCGTAAAGACAAGAAGA
CTTCTTTTGTTATACAAAACCTCTCAGTCCATAATACACCATTACAAATCAAATAGATTT
ACCAATAGATAAGAGAGGAGAGTTTTTATGCTAATATATATGGTTTAAAATATATTGCCA
GTCTATATGATTCTAAATGTAATTGTTTTTACTATAGGAACTAATAAATTTATGAAGTAA
TTATT
TC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 3

CO CL2716Contig1 657 3 2 U
GGTACGATCATTATCATTGCAAGATATCAAAATTCAAAAGGACATATATCCTGTTAGTAT
GTACATGAACAAACTGATTTTGACTCCAAACAACAAAAAGAGGAAGAGGAAAGGTTTCAC
CATGAAAGCTAGAAGAATGGGAACAACAGATACTCTGCGTAGAAAAGATTCCATATAAAC
CGGTAATATCCTGCAATAGCTTCCTTTGTGTAGTTTGCTTTTTCTAGTATCCATGTCTGG
AAAATCAAGCATGAAGCCAAGATCATATGTGCAGGAATCATCAAGCTACCTCTGAAAACC
TGAGGCATGTAGAAAGCTAGAGATATGGCAGAAACATAGTTCACTAGCAGAAGTCCAGAA
CCGAGGAACGCAATGTTCCTCACTCCAAGCTTTGTTGCTAGCGTTGATATTTGAAACTTG
CGATCTCCTTCAACATCAGGGAGATCTTTTGTAATAGCAATGACCAGTGCAAACAGTGTC
ACAAAAGACGTGATGAAAGCCACAGGTGCACTCCACTGAAACGAAAGTCCAAGGGCAGCT
CTTGTAGCATGGTACACACCAAAATTAAGAAGGAAACCTCTTACCGTGGCGATAATAAGA
AAAGCTGCAACTGGAAATCTTTTCATTCTAAGTGGTGGAACAGAATAGATGGTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F448JQ U 1
AF RR1F448TF C 1
AF RR1GT05JQ U 1
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BS 301 657 RR1GT05JQ

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C

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DS 

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GGTACGATC
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C

QA 10 300 10 300
DS 

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GGTACGATC
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CAAACTGATTTTGACTCCAAACAACAAAAAGAGGAAGAGGAAAGGTTTCACCATGAAAGC
TAGAAGAATGGGAATAACAGATACTCTGCGTAGAAAAGATTCCATATAAACCGGTAATAT
CCTGCAATAGCTTACTTTGTGTAGTTTGCTTTTTCTAGTATCCATGTCTGGAAAATCAAG
CATGAAGCCAAGATCATATGTGCAGGAATCATCAAGCTACCTCTGAAAACCTGAGGCATG
TAGAAAGCTAGAGATATGGCAGAAACATAGTTCACTAGCAGAAGTCCAGAACCGAGGAAC
GCAATGTTCCTCACTCCAAGCTTTGTTGCTAGCGTTGATATTTGAAACTTGCGATCTCCT
TCAACATCAGGGAGATCTTTTGTAATAGCAATGACCAGTGCAAACAGTGTCACAAAAGAC
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TGGTACACACCAAAATTAAGAAGGAAACCTCTTACCGTGGCGATAATAAGAAAAGCTGCA
ACTGGAAATCTTTTCATTCTAAGTGGTGGAACAGAATAGATGGTCCCC

QA 10 657 10 657
DS 



AS 1 4

CO CL2717Contig1 1167 4 4 U
CAATCAAACAATACTACTTATTCAGTTGAGAGTTGAGTAAGGATAATATTCAAATGTAAT
AATATACATGTATGTGTATGTTATAAAAGGCTAGAGAGGTCAAAGACAAAAGGAACGAAG
AGATTATATGTTACAAGAACGCATATAAGAAGCTTTGAGATGATGATGATGGTGATGATT
GATTAACATGTCCATTTAGAAGTAGGGAAACAGCTGAGGCGATGACACCATTTGCAATGT
TTGTTCCCATTCTCTCCTTTGAAAAGCATCACTAATCCAACAGTTAAACCAACCACTAGT
AGAACCGCTGCAACTACGAACAGAGCGTACTGGTACATGCTATGCTTGCGTTTGGTAACA
GAAGTGTTGGTGCGAGAAGCTTCCCAACCGTACTGTGGTCGGACAAGGAGGACAAACCCG
AGGCACAACCCTGTTAAGAAGCCTCCAATGTGCGCGAAATTGTCAACCCGAGGTAGCAAG
CCTAGTCCTAAGTTGATTGCTATGATGAATAAGAGTGTGACAAGAGCAGCCGCCTTGTTG
GCATAGATAGTCCAATTGGTGAGAAGTTCAGATAACATAGCACCAAGAAGTCCAAAGAGA
GCACCCGAAGCACCAACAGAGATACTTTCTTGAAGGAAAAGAGACGATAGTATGCTTCCA
CCGAGACCAGATACTAAGTAGATAAGCCCCACTCTTATGAAGCCAAACTGCTGCTCAAGG
CGGATACCGATGAAGATCAAACTCAACATATTGGTAAGGAGATGAATGATACCAGCGTGT
AGCCACATACAAGTGACAAGTCTCCATCCTTGATGCTCATGCACTACTTTCCTCCACTCC
AATGCTCCCATTCTCTCCAATGTTGAAGAAGATGGGCCGAAGAGAGGATTCTCTCTAAGT
GGCTGAAACGAGAATCTACCGAGGAACCTTGCGACGCAAGCTTTGTTTGGTCCGGTGATT
TTCTTAGGACAGTCGTTAACGAACATAACGGCGATAAAGACGACGAGATTCGCCACAACG
ATCGCCGGAACCAGCCATGACGTCCAGTGAGTATCGCGGGAGCTTTCGTCGTAGAAATAG
TTATTGTTGTTGTTATGAACTCCTCTGTTCTTAGCTCTCTCCACATCTCTGTTCGCCATT
ACTCTGTTTCTCTCTCTCTACACACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT68JQ U 1
AF RR1EK94JQ U 5
AF RR1FT68TF C 739
AF RR1EK94TF C 442
BS 1 754 RR1FT68JQ
BS 755 865 RR1EK94TF
BS 866 866 RR1FT68TF
BS 867 1167 RR1EK94TF

RD RR1FT68JQ 754 0 0
CAATCAAACAATACTACTTATTCAGTTGAGAGTTGAGTAAGGATAATATTCAAATGTAAT
AATATACATGTATGTGTATGTTATAAAAGGCTAGAGAGGTCAAAGACAAAAGGAACGAAG
AGATTATATGTTACAAGAACGCATATAAGAAGCTTTGAGATGATGATGATGGTGATGATT
GATTAACATGTCCATTTAGAAGTAGGGAAACAGCTGAGGCGATGACACCATTTGCAATGT
TTGTTCCCATTCTCTCCTTTGAAAAGCATCACTAATCCAACAGTTAAACCAACCACTAGT
AGAACCGCTGCAACTACGAACAGAGCGTACTGGTACATGCTATGCTTGCGTTTGGTAACA
GAAGTGTTGGTGCGAGAAGCTTCCCAACCGTACTGTGGTCGGACAAGGAGGACAAACCCG
AGGCACAACCCTGTTAAGAAGCCTCCAATGTGCGCGAAATTGTCAACCCGAGGTAGCAAG
CCTAGTCCTAAGTTGATTGCTATGATGAATAAGAGTGTGACAAGAGCAGCCGCCTTGTTG
GCATAGATAGTCCAATTGGTGAGAAGTTCAGATAACATAGCACCAAGAAGTCCAAAGAGA
GCACCCGAAGCACCAACAGAGATACTTTCTTGAAGGAAAAGAGACGATAGTATGCTTCCA
CCGAGACCAGATACTAAGTAGATAAGCCCCACTCTTATGAAGCCAAACTGCTGCTCAAGG
CGGATACCGATGAAGATCAAACTCAACATATTGG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1EK94JQ 750 0 0
GG
AACAATACTATTTATTCAGTTGAGAGTTGAGTAAGGATAATATTCAAATGTAATAATATA
CATGTATGTGTATGTTATAAAAGGCTAGAGAGGTCAAAGACAAAAGGAACGAAGAGATTA
TATGTTACAAGAACGCATATAAGAAGCTTTGAGATGATGATGATGGTGATGATTGATTAA
CATGTCCATTTAGAAGTAGGGAAA**GCTGAGGCGATGACACCATTTGCAATGTTTGTTC
CCATTCTCTCCTTTGAAAAGCATCACTAATCCAACAGTTAAACCAACCACTAGTAGAACC
GCTGCAACTACGAACAGAGCGTACTGGTACATGCTATGCTTGCGTTTGGTAACAGAAGTG
TTGGTGCGAGAAGCTTCCCAACCGTACTGTGGTCGGACAAGGAGGACAAACCCGAGGCAC
AACCCTGTTAAGAAGCCTCCAATGTGCGCGAAATTGTCAACCCGAGGTAGCAAGCCTAGT
CCTAAGTTGATTGCTATGATGAATAAGAGTGTGACAAGAGCAGCCGCCTTGTTGGCATAG
ATAGTCCAATTGGTGAGAAGTTCAGATAACATAGCACCAAGAAGTCCAAAGAGAGCACCC
GAAGCACCAACAGAGATACTTTCTTGAAGGAAAAGAGACGATAGTATGCTTCCACCGAGA
CCAGATACTAAGTAGATAAGCCCCACTCTTATGAAGCCAAACTGCTGCTCAAGGCGGATA
CCGATGAAGATCAAACTCAACATATTGG

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR1FT68TF 296 0 0
AAACTCAACATATTGGTAAGGAGATGAATGATACCAGCGTGTAGCCACATACAAGTGACA
AGTCTCCATCCTTGATGCTCATGCACTACTTTCCTCCACTCCAATGCTCCCATTCTCTCC
AATGTTGAAGAAGATGGGCCGAAGAGAGGATTCTCTCTAAGTGGCTGAAACGAGAATCTA
CCGAGGAACCTTGCGACGCAAGCTTTGTTTGGTCCGGTGATTTTCTTAGGACAGTCGTTA
ACGAACATAACGGCGATAAAGACGGCGAGATTCGCCACAACGATCGCCGGAACCAG

QA 1 296 1 296
DS 

RD RR1EK94TF 726 0 0
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ATGATGAATAAGAGTGTGACAAGAGCAGCCGCCTTGTTGGCATAGATAGTCCAATTGGTG
AGAAGTTCAGATAACATAGCACCAAGAAGTCCAAAGAGAGCACCCGAAGCACCAACAGAG
ATACTTTCTTGAAGGAAAAGAGACGATAGTATGCTTCCACCGAGACCAGATACTAAGTAG
ATAAGCCCCACTCTTATGAAGCCAAACTGCTGCTCAAGGCGGATACCGATGAAGATCAAA
CTCAACATATTGGTAAGGAGATGAATGATACCAGCGTGTAGCCACATACAAGTGACAAGT
CTCCATCCTTGATGCTCATGCACTACTTTCCTCCACTCCAATGCTCCCATTCTCTCCAAT
GTTGGAGAAGATGGGCCGAAGAGAGGATTCTCTCTAAGTGGCTGAAACGAGAATCTACCG
AGGAACCTTGCGACGCAAGCTTTGTTTGGTCCGGTGATTTTCTTAGGACAGTCGTTAACG
AACATAACGGCGATAAAGACGACGAGATTCGCCACAACGATCGCCGGAACCAGCCATGAC
GTCCAGTGAGTATCGCGGGAGCTTTCGTCGTAGAAATAGTTATTGTTGTTGTTATGAACT
CCTCTGTTCTTAGCTCTCTCCACATCTCTGTTCGCCATTACTCTGTTTCTCTCTCTCTAC
ACACCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 4

CO CL2718Contig1 1191 4 7 U
GGGAGGCGAGGAGGGAGCTCGCAACGGTCCCTCCCTGATGCCGGGAGGATCGTTCCAGGC
GTACGATAACATTAGAGACATATTGGAGAAAGTCGCGGCCCAGGTTGAAGATGGGCCTTG
CGTTACTTACATCGGAGAAGGCGGATCTGGGAACTTCGTCAAGATGGTGCACAACGGGAT
CGAGTACGGAGACATGCAGCTCATCTCCGAGGCGTACGACGTGTTGAAGAACGTTGGAGG
GTTGAGCAACGAGGAGCTCGCGGAGATTTTCGCGGAGTGGAACCGAGGCGAGCTGGAGAG
TTTCTTGGTTGAGATTACTTCGGATATCTTTAGGGTGAAGGATGAGTTTGGTGGTGGAGA
GCTGGTGGATAAGATTTTGGATAAGACTGGGATGAAAGGTACTGGGAAATGGACTGTTCA
GCAGGCGGCGGAGCTCTCTGTTGCGGCTCCGACGATTGCCGCTTCGTTGGATTGTCGGTA
CTTGAGCGGGTTGAAAGATGAGAGGGAGAATGCTGCTAGAGTGTTGAGAGAAGCTGGGTT
GGAGGAAGAGATTGGTACTGCTGGTTCAGGTGGGATTGATAAGAAGAGGTTGGTTGATGA
TGTTAGACAAGCTCTGTACGCGTCGAAGATATGTAGTTACGCGCAAGGGATGAATCTGCT
TAGAGCCAAGAGCTTGGAGAAGAGCTGGGACTTGAATTTCGGTGAGTTGGCTAGGATTTG
GAAAGGTGGGTGTATCATAAGAGCGGTGTTCTTGGATAGGATCAAGAAAGCTTACCAGAG
GAATCCGGATTTGGCGAGCCTTGTGGTTGATCCTGAGTTTGCTAAAGAGATGGTTCGGAG
ACAAGCTGCTTGGAGGAGAGTCGTGGGTCTGGCTGTCTCTGCTGGGATTAGCACCCCTGG
AATGTGTGCGAGTCTTGCGTATTTCGATACGTATAGGCGTGCGAGATTGCCGGCGAATCT
GGTGCAGGCGCAGAGAGATCTGTTTGGAGCTCATACTTACGAGAGGATTGATCGTTCTGG
TGCGTACCACACGGAGTGGACTAAGCTTGCTAGGAAGAGCAATTGAGGTTTTTGTATTCG
TGGAAACCGTTGTCTTTCTTGCTTATGGGTTTTTTTTTAAAACCCAAATTGTTTCAAGAG
CATTTTGTTAAGATTTCAAAAATAAGAAATGCACGACATTGATCTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1FE56TF U 1
AF RR1FE56JQ C 387
AF RR1F949TF U 859
AF RR1F949JQ C 876
BS 1 701 RR1FE56TF
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BS 703 722 RR1FE56TF
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BS 870 1191 RR1F949TF

RD RR1FE56TF 722 0 0
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CGTTACTTACATCGGAGAAGGCGGATCTGGGAACTTCGTCAAGATGGTGCACAACGGGAT
CGAGTACGGAGACATGCAGCTCATCTCCGAGGCGTACGACGTGTTGAAGAACGTTGGAGG
GTTGAGCAACGAGGAGCTCGCGGAGATTTTCGCGGAGTGGAACCGAGGCGAGCTGGAGAG
TTTCTTGGTTGAGATTACTTCGGATATCTTTAGGGTGAAGGATGAGTTTGGTGGTGGAGA
GCTGGTGGATAAGATTTTGGATAAGACTGGGATGAAAGGTACTGGGAAATGGACTGTTCA
GCAGGCGGCGGAGCTCTCTGTTGCGGCTCCGACGATTGCCGCTTCGTTGGATTGTCGGTA
CTTGAGCGGGTTGAAAGATGAGAGGGAGAATGCTGCTAGAGTGTTGAGAGAAGCTGGGTT
GGAGGAAGAGATTGGTACTGCTGGTTCAGGTGGGATTGATAAGAAGAGGTTGGTTGATGA
TGTTAGACAAGCTCTGTACGCGTCGAAGATATGTAGTTACGCGCAAGGGATGAATCTGCT
TAGAGCCAAGAGCTTGGAGAAGAGCTGGGACTTGAATTTCG*TGAGTTGGCTAGGATTTG
GA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1FE56JQ 805 0 0
ACT
GGATGAAAGGTACTGGGAAATGGACTGTTCAGCAGGCGGCGGAGCTCTCTGTTGCGGCTC
CGACGATTGCCGCTTCGTTGGATTGTCGGTACTTGAGCGGGTTGAAAGATGAGAGGGAGA
ATGCTGCTAGAGTGTTGAGAGAAGCTGGGTTGGAGGAAGAGATTGGTACTGCTGGTTCAG
GTGGGATTGATAAGAAGAGGTTGGTTGATGATGTTAGACAAGCTCTGTACGCGTCGAAGA
TATGTAGTTACGCGCAAGGGATGAATCTGCTTAGAGCCAAGAGCTTGGAGAAGAGCTGGG
ACTTGAATTTCGGTGAGTTGGCTAGGATTTGGAAAGGTGGGTGTATCATAAGAGCGGTGT
TCTTGGATAGGATCAAGAAAGCTTACCAGAGGAATCCGGATTTGGCGAGCCTTGTGGTTG
ATCCTGAGTTTGCTAAAGAGATGGTTCGGAGACAAGCTGCTTGGAGGAGAGTCGTGGGTC
TGGCTGTCTCTGCTGGGATTAGCACCCCTGGAATGTGTGCGAGTCTTGCGTATTTCGATA
CGTATAGGCGTGCGAGATTGCCGGCGAATCTGGTGCAGGCGCAGAGAGATCTGTTTGGAG
CTCATACTTACGAGAGGATTGATCGTTCTGGTGCGTACCACACGGAGTGGACTAAGCTTG
CTAGGAAGAGCAATTGAGTTTTTTGTATTCGTGGAAACCGTTGTCTTTCTTGCTTATGGG
TTTTTTTTTAAAACCCAAATTGTTTCAAGAGCATTTTGTTAAGATTTCAAAAATAAGAAA
TGCACGACATTGATCTTTGTTT

QA 4 805 4 805
DS 

RD RR1F949TF 333 0 0
G
GTCGTGGGTTTGGCTGTCTCTGCTGGGATTAGCACCCCTGGAATGTGTGCGAGTCTTGCG
TATTTCGATACGTATAGGCGTGCGAGATTGCCGGCGAATCTGGTGCAGGCGCAGAGAGAT
CTGTTTGGAGCTCATACTTACGAGAGGATTGATCGTTCTGGTGCGTACCACACGGAGTGG
ACTAAGCTTGCTAGGAAGAGCAATTGAGGTTTTTGTATTCGTGGAAACCGTTGTCTTTCT
TGCTTATGGGTTTTTTTTTAAAACCCAAATTGTTTCAAGAGCATTTTGTTAAGATTTCAA
AAATAAGAAATGCACGACATTGATCTTTGTTT

QA 2 333 2 333
DS 

RD RR1F949JQ 316 0 0
TTTT
TGCTGGGATTAGCACCCCTGGAATGTGTGCGAGTCTTGCGTATTTCGATACGTATAGGCG
TGCGAGATTGCCGGCGAATTTGGTGCAGGCGCAGAGAGATCTGTTTGGAGCTCATACTTA
CGAGAGGATTGATCGTTTTGGTGCGTACCACACGGAGTGGACTAAGCTTGCTAGGAAGAG
CAATTGAGGTTTTTGTATTCGTGGAAACCGTTGTCTTTCTTGCTTATGGGTTTTTTTTTA
AAACCCAAATTGTTTCAAGAGCATTTTGTTAAGATTTCAAAAATAAGAAATGCACGACAT
TGATCTTTGTTT

QA 5 316 5 316
DS 



AS 1 4

CO CL2719Contig1 597 4 5 U
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TTGTTTGGTTTCGACGGTAATGAATTGGGTGATATCCATTGCTTTGATCTGGCTAGTGGT
CGGTGGACCGCCGTGGAGACGACCGGGGATGTGCCTCCGGCGAGAAGCGTGTTTCCGGCG
GTTTCTTCAGGGAAGTATATTGTGATATATGGTGGGGAGGAGGAGCCGCATGTGCTGATG
CATATGGGAGCTGGGAAGTTGTCTGGAGATGTTTATAGGTTTGATACGGAGACGTTGGTG
TGGGAGAAGGTTTTGGATGGTAGTACTGATGAGGGAGACAAGAAGCCGAGCCCGCGCGGG
TGGTGTGCGTTTGCTGTTGCGGTGGTGAATGGTGAGAGAGGTTTGTTGGTTCACGGTGGG
AATAGTCCGACCAACGAGAGGCTTGATGATATGGTGTTTTGGGGTTTCTAGTTTTGTCTT
AATTGTCAGTTTATCATCAGTGAGTTGCTTTTGTGGCTTTGTCGTATGTAAACTGATTAG
TGTTTGTTGTTTTAAGGAGTTTGGTGTTTTAATAATAAAGATCTTGTTGTTAGATGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1D133TF U 1
AF RR1D133JQ C 1
AF RR1DM53JQ C 148
AF RR1DM53TF U 148
BS 1 241 RR1D133TF
BS 242 242 RR1DM53TF
BS 243 284 RR1D133TF
BS 285 594 RR1DM53TF
BS 595 597 RR1D133JQ

RD RR1D133TF 284 0 0
GAGGCTTGCAAGGGGAGGGGCGCGCCGGGGCTTGTGGTTGTGGACCGGAAAGTTTGGGTT
TTGTTTGGTTTCGACGGTAATGAATTGGGTGATATCCATTGCTTTGATCTGGCTAGTGGT
CGGTGGACCGCCGTGGAGACGACCGGGGATGTGCCTCCGGCGAGAAGCGTGTTTCCGGCG
GTTTCTTCAGGGAAGTATATTGTGATATATGGTGGGGAGGAGGAGCCGCATGTGCTGATG
CGTATGGGAGCTGGGAAGTTGTCTGGAGATGTTTATAGGTTTGA

QA 1 284 1 284
DS 

RD RR1D133JQ 597 0 0
GAGGCTTGCAAGGGGAGGGGCGCGCCGGGGCTTGTGGTTGTGGACCGGAAAGTTTGGGTT
TTGTTTGGTTTCGACGGTAATGAATTGGGTGATATCCATTGCTTTGATCTGGCTAGTGGT
CGGTGGACCGCCGTGGAGACGACCGGGGATGTGCCTCCGGCGAGAAGCGTGTTTCCGGCG
GTTTCTTCAGGGAAGTATATTGTGATATATGGTGGGGAGGAGGAGCCGCATGTGCTGATG
CATATGGGAGCTGGGAAGTTGTCTGGAGATGTTTATAGGTTTGATACGGAGACGTTGGTG
TGGGAGAAGGTTTTGGATGGTAGTACTGATGAGGGAGACAAGAAGCCGAGCCCGCGCGGG
TGGTGTGCGTTTGCTGTTGCGGTGGTGAATGGTGAGAGAGGTTTGTTGGTTCACGGTGGG
AATAGTCCGACCAACGAGAGGCTTGATGATATGGTGTTTTGGGGTTTCTAGTTTTGTCTT
AATTGTCAGTTTATCATCAGTGAGTTGCTTTTGTGGCTTTGTCGTATGTAAACTGATTAG
TGTTTGTTGTTTTAAGGAGTTTGGTGTTTTAATAATAAAGATCTTGTTGTTAGATGG

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1DM53JQ 448 0 0
GATGTGCCTCCGGCGAGAAGCGTGTTTCCGGCGGTTTCTTCAGGGAAGTATATTGTGATA
TATGGTGGGGAGGAGGAGCCGCATGTGCTGATGCATATGGGAGCTGGGAAGTTGTCTGGA
GATGTTTATAGGTTTGATACGGAGACGTTGGTGTGGGAGAAGGTTTTGGATGGTAGTACT
GATGAGGGAGACAAGAAGCCGAGCCCGCGCGGGTGGTGTGCGTTTGCTGTTGCGGTGGTG
AATGGTGAGAGAGGTTTGTTGGTTCACGGTGGGAATAGTCCGACCAACGAGAGGCTTGAT
GATATGGTGTTTTGGGGTTTCTAGTTTTGTCTTAATTGTCAGTTTATCATCAGTGAGTTG
CTTTTGTGGCTTTGTCGTATGTAAACTGATTAGTGTTTGTTGTTTTAAGGAGTTTGGTGT
TTTAATAATAAAGATCTTGTTGTTAGA
C

QA 1 447 1 447
DS 

RD RR1DM53TF 448 0 0
GATGTGCCTCCGGCGAGAAGCGTGTTTCCGGCGGTTTCTTCAGGGAAGTATATTGTGATA
TATGGTGGGGAGGAGGAGCCGCATGTGCTGATGCATATGGGAGCTGGGAAGTTGTCTGGA
GATGTTTATAGGTTTGATACGGAGACGTTGGTGTGGGAGAAGGTTTTGGATGGTAGTACT
GATGAGGGAGACAAGAAGCCGAGCCCGCGCGGGTGGTGTGCGTTTGCTGTTGCGGTGGTG
AATGGTGAGAGAGGTTTGTTGGTTCACGGTGGGAATAGTCCGACCAACGAGAGGCTTGAT
GATATGGTGTTTTGGGGTTTCTAGTTTTGTCTTAATTGTCAGTTTATCATCAGTGAGTTG
CTTTTGTGGCTTTGTCGTATGTAAACTGATTAGTGTTTGTTGTTTTAAGGAGTTTGGTGT
TTTAATAATAAAGATCTTGTTGTTAGA
C

QA 1 447 1 447
DS 



AS 1 4

CO CL2720Contig1 678 4 4 U
GGAGAGTGACCATTACGGCCGGGGGAGAAGAAGAAGAAGAAAAGAATTAGAAGAGGAGCA
GCAGTAATGGCGACATCTATCGCGACCCCTCTATCTTCTCGGCCACCAGCTTCTCTACCT
CTCTCGTCATCTCGCTCTTCCTTATTCTCCAACTGTTTCATAGCGACCACCCAACGAAGA
CCAAAGACCCGTTCTTTGGTGGCGATTCGGCCGGAGCAGAGGAGAAAGGCGCTAACTTGT
AATGCCCTGTTTGGTCTCGGTGTCCCTGAGCTTGCGGTGATCGCTGGCGTCGCCGCGTTG
CTTTTCGGACCTAAGAAGCTTCCTGAGATTGGCAAGAGTATCGGCAAGACCGTCAAAAGC
TTTCAACAGGCTGCAAAAGAGTTTGAGTCTGAGCTTAAGACGGAACCTGAAGATTCTGTA
GCTGGCTCGTCGTCTCCAGTAGCAATGAGCAACAAGGAAGAGGAAAAAACTGAGGTTTCG
TCAAGCTCAAAGGACAATGCATGAATGAAGAATGATAAGCTTTGTTTTCTCTGTAGCTAG
AACAGTTTATGAAATGAGTTTAGATCAAATACTCTCTTTGTTGATGGAAGCAGACTTGTC
TTCCTTTGAAATATGGTCGCTTGGTGTTTGAATCTCTCTCTATAGCTGTCCTTCTTAAGA
AGAAAGAAAGCCTTTCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 5 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK86JQ C 117
AF RR1CK86TF U 1
AF RR1GY09TF U 31
AF RR1AC59TF U 14
BS 1 63 RR1CK86TF
BS 64 64 RR1AC59TF
BS 65 608 RR1CK86TF
BS 609 678 RR1AC59TF

RD RR1CK86JQ 309 0 0
ACCTCTCTCGTCATCTCGCTTTTCCTTATTCTCCAACTGTTTCATAGCGACCACCCAACG
AAGACCAAAGACCCGTTTTTTGGTGGCGATTCGGCCGGAGCAGAGGAGAAAGGCGCTAAC
TTGTAATGCCCTGTTTGGTCTCGGTGTCCCTGAGCTTGCGGTGATCGCTGGGGTCGCCGC
GTTGCTTTTTGGACCTAAGAAGCTTCCTGAGATTGGCAAGAGTATCGGCAAGACCGTCAA
AAGCTTTCAACAGGCTGCAAAAGAGTTTGAGTTTGAGCTTAAGACGGAACCTGAAGATTC
TGTAGCTGG

QA 1 309 1 309
DS 

RD RR1CK86TF 608 0 0
GGAGAGTGACCATTACGGCCGGGGGAGAAGAAGAAGAAGAAAAGAATTAGAAGAGGAGCA
GCATTAATGGCGACATCTATCGCGACCCCTCTATCTTCTCGGCCACCAGCTTCTCTACCT
CTCTCGTCATCTCGCTCTTCCTTATTCTCCAACTGTTTCATAGCGACCACCCAACGAAGA
CCAAAGACCCGTTCTTTGGTGGCGATTCGGCCGGAGCAGAGGAGAAAGGCGCTAACTTGT
AATGCCCTGTTTGGTCTCGGTGTCCCTGAGCTTGCGGTGATCGCTGGCGTCGCCGCGTTG
CTTTTCGGACCTAAGAAGCTTCCTGAGATTGGCAAGAGTATCGGCAAGACCGTCAAAAGC
TTTCAACAGGCTGCAAAAGAGTTTGAGTCTGAGCTTAAGACGGAACCTGAAGATTCTGTA
GCTGGCTCGTCGTCTCCAGTAGCAATGAGCAACAAGGAAGAGGAAAAAACTGAGGTTTCG
TCAAGCTCAAAGGACAATGCATGAATGAAGAATGATAAGCTTTGTTTTCTCTGTAGCTAG
AACAGTTTATGAAATGAGTTTAGATCAAATACTCTCTTTGTTGATGGAAGCAGACTTGTC
TTCCTTTG

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1GY09TF 589 0 0
GG
GAAGAAGAAAAGAATTAGAAGAGGAGCAACAGTAATGGCGACATCTATCGCGACCCCTCT
ATCTTCTCGGCCACCAGCTTCTCTACCTCTCTCGTCATCTCGCTCTTCCTTATTCTCCAA
CTGTTTCATAGCGACCACCCAACGAAGACCAAGGACCCGTTCTTTGGTGGCGATTCGGCC
GGAGCAGAGGAGAAAGGCGCTAACTTGTAATGCCCTGTTTGGTCTCGGTGTCCCTGAGCT
TGCGGTGATCGCTGGCGTCGCCGCGTTGCTTTTCGGACCTAAGAAGCTTCCTGAGATTGG
CAAGAGTATCGGCAAGACCGTCAAAAGCTTTCAACAGGCTGCAAAAGAGTTTGA*TCTGA
GCTTAAGACGGAACCTGAAGATTCTGTAGCTGGCTCGTCGTCTCCAGTAGCAATGAGCAA
CAAGGAAGAGGAAAAAACTGAGGTTTCGTCAAGCTCAAAGGACAATGCATGAATGAAGAA
TGATAAGCTTTGTTTTCTCTGTAGCTA*AACAGTTTATGAAATGAGTTTAGATCAAATAC
TCTCTTTGTTGATGGAAGCAGACTTGTCTTCCTTTGAAATATGGTCG

QA 3 589 3 589
DS 

RD RR1AC59TF 665 0 0
GGGAGGACCAGA
AGAAGAAGAAGAAGAAAAGAATTAGAAGAGGAGCAGCAGTAA**GCGACATCTATCGCGA
CCCCTCTATCTTCTCGGCCACCAGCTTCTCTACCTCTCTCGTCATCTCGCTCTTCCTTAT
TCTCCAACTGTTTCATAGCGACCACCCAACGAAGACCAAAGACCCGTTCTTTGGTGGCGA
TTCGGCCGGAGCAGAGGAGAAAGGCGCTAACTTGTAATGCCCTGTTTGGTCTCGGTGTCC
CTGAGCTTGCGGTGATCGCTGGCGTCGCCGCGTTGCTTTTCGGACCTAAGAAGCTTCCTG
AGATTGGCAAGAGTATCGGCAAGACCGTCAAAAGCTTTCAACAGGCTGCAAAAGAGTTTG
AGTCTGAGCTTAAGACGGAACCTGAAGATTCTGTAGCTGGCTCGTCGTCTCCAGTAGCAA
TGAGCAACAAGGAAGAGGAAAAAACTGAGATTTCGTCAAGCTCAAAGGACAATGCATGAA
TGAAGAATGATAAGCTTTGTTTTCTCTGTAGCTAGAACAGTTTATGAAATGAGTTTAGAT
CAAATACTCTCTTTGTTGATGGAAGCAGACTTGTCTTCCTTTGAAATATGGTCGCTTGGT
GTTTGAATCTCTCTCTATAGCTGTCCTTCTTAAGAAGAAAGAAAGCCTTTCAA

QA 13 665 13 665
DS 



AS 1 2

CO CL2721Contig1 735 2 15 U
TAAACGGTCTCTTTATTTCTTACAAAAGCTATAAGCTTTATCTTAACAACACACCAACAT
GACATTACTACAAAGAGTGATGAACTCAATGAAACATAAGTTTTAAGACCTTGGAACCAA
GTAAACTCTGGATTTGATGATAGACCCTTTCCCTTGATGGCTAAGCTTGAATCCCGGACA
CACAGGAAACCCCACGACCTGACCCGCAGGAACACGGCCATCCGAGAACCTCACCACACT
CTCCATGTACTGAGAGTGAAACTCGGCTCCTCTGTTTGCCTCAAAGTGACTCGGCGATGG
ATCGAGCGAAAAGGCCAAGAGGTGAAGCAGCCACACCGCTTTAGCCAACCCCAGAAACTC
TCCATAGAACTGACTTCTCGGATGGTTACCACCTAAAACCATCTCCCTCTGCTCCGAGTC
TCCGAACAAGGACTCTTCCATCTTGTGGTGAACGATGGAAAGGTACTTCTTCGAGCAGAA
CTTACCAAAATGGCAAGCCGGCAAGATCCCAAGCAGCTCCATGGGATCCATCGCCTTCAT
GTCTTTGAACTGAGCAAAGCGGTCACGACGGTACTGGTCCGGGTTGATAAGAGAAGATAA
GCTCCCGTCCATGTAAAGCGTCTCGTGATCGAACCCTTGGAAGATTTTTCGACAGATGTA
AGACTCGAGAGCGAACTTCGCGTGTCCGTTGGGAACAACAGAGGAAGCTGTAGACACGAT
GATGCTGTCCGATGC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H049JQ U 2
AF RR1CH96JQ U 1
BS 1 107 RR1CH96JQ
BS 108 108 RR1H049JQ
BS 109 141 RR1CH96JQ
BS 142 142 RR1H049JQ
BS 143 201 RR1CH96JQ
BS 202 202 RR1H049JQ
BS 203 284 RR1CH96JQ
BS 285 285 RR1H049JQ
BS 286 391 RR1CH96JQ
BS 392 392 RR1H049JQ
BS 393 452 RR1CH96JQ
BS 453 453 RR1H049JQ
BS 454 497 RR1CH96JQ
BS 498 498 RR1H049JQ
BS 499 735 RR1CH96JQ

RD RR1H049JQ 509 0 0
AAACGGTCTCTTTATTTCTTACAAAAGCTATAAGCTTTATCTTAACAACACACCAACATG
ACATTACTACAAAGAGTGATGAACTCAATGAAACATAAGTTTTACGACCTTGGAACCAAG
TAAACTCTGGATTTGATGATAGACCCTTTCCCTTGATGGCTGAGCTTGAATCCCGGACAC
ACAGGAAACCCTACGACCTGACCCGCAGGAACACGGCCATCCGAGAACCTCACCACACTC
TCCATGTACTGAGAGTGAAACTCGGCTCCTCTGTTTGCTTCAAAGTGACTCGGCGATGGA
TCGAGCGAAAAGGCCAAGAGGTGAAGCAGCCACACCTCTTTGGCCAACCCCAGAAACTCT
CCATAGAACTGACTTCTCGGGTGGTTACCACCTAAAACCATCTCCCTCTGCTCCGAGTCT
CCGAACAAGGACTCTTCCATCTTGTGGTGAACGATGGAAAGGTACTTCTTCGAGCAGAAC
TTACCAAAATGGCAAGCCGGCAAGATCCC

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1CH96JQ 735 0 0
TAAACGGTCTCTTTATTTCTTACAAAAGCTATAAGCTTTATCTTAACAACACACCAACAT
GACATTACTACAAAGAGTGATGAACTCAATGAAACATAAGTTTTAAGCCCTTGGAACCAA
GTAAACTCTGGATTTGATGATGGACCCTTTCCCTTGATGGCTAAGCTTGAATCCCGGACA
CACAGGAAACCCCACGACCTGGCCCGCAGGAACACGGCCATCCGAGAACCTCACCACACT
CTCCATGTACTGAGAGTGAAACTCGGCTCCTCTGTTTGCCTCAAGGTGACTCGGCGATGG
ATCGAGCGAAAAGGCCAAGAGGTGAAGCAGCCACACCGCTTTAGCCAACCCCAGAAACTC
TCCATAGAACTGACTTCTCGGATGGTTACCAGCTAAAACCATCTCCCTCTGCTCCGAGTC
TCCGAACAAGGACTCTTCCATCTTGTGGTGAATGATGGAAAGGTACTTCTTCGAGCAGAA
CTTACCAAAATGGCAAGTCGGCAAGATCCCAAGCAGCTCCATGGGATCCATCGCCTTCAT
GTCTTTGAACTGAGCAAAGCGGTCACGACGGTACTGGTCCGGGTTGATAAGAGAAGATAA
GCTCCCGTCCATGTAAAGCGTCTCGTGATCGAACCCTTGGAAGATTTTTCGACAGATGTA
AGACTCGAGAGCGAACTTCGCGTGTCCGTTGGGAACAACAGAGGAAGCTGTAGACACGAT
GATGCTGTCCGATGC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 4

CO CL2722Contig1 1246 4 5 U
GGACACATACACAACAAACAAAGCTCAAATACTTTCTTATACATTACTAAACAAAATACA
AAATGGGTCGTGGTTATAACTTACTATTCATTCTAGTAACTTTTTTAGTATTGGTCGCAG
CTGTAACTGCACAAGGAAATCGTGGTTCGAGCCGTGGAGGTGGTGGTCGAAGACCACGTG
TTGGGTATTATGGCAATAGATGCCGAAACGTAGAGTCCATTGTGGCATCGGTGGTTCGAG
CACATGTCCGGTCCAACCCGGCTAATGCACCCGGGATTTTGCGTATGCATTTTCACGATT
GCTTTGTTCGTGGCTGCGATGGGTCAGTTCTCATCGCTGGTAATAGCACTGAGAGAACAG
CCGGTCCAAACCGTTCACTGAGAGGGTTTGAAGCTATTGAAGAAGCTAAGACTAGGCTTG
AGGCTGCTTGTCCTAGAACTGTTTCTTGTGCGGATATTCTCACCCTTGCTGCACGCGAAG
CCGTTGTTTTGACCGGTGGACAAGGGTGGCGAGTGCCATTGGGACGTCTGGATGGCCGAA
TCTCGCAAGCCTCGGACGTGATCTTACCCGGACCATTCGACCCCGTCGACAAGCAGAAGC
GAGACTTTGCTGCTAAAACTCTCAACACATTAGACCTCGTAACTCTTGTTGGCGGACACA
CGATAGGAACAGCGGGTTGCGGTTTGGTGAGAGGCAGGTTCTTTAATTTCAACGGCACAG
GACAACCAGACCCATCAATCGATCCGAGGTTCGTACCATTGGTTCAGGCTCGATGCCCTC
AAACCGGAGACGCATCAGCCCGAGTCGACTTAGACGCTGGTAGTGTTGGCAGGTTTGACA
CATCGTTCCTAAGGAACGTGAGGTCAAGCCGTGTGGTACTCCAATCCGACCTAGTCTTGT
GGAGGGACCCCGAGACACGAGCCATCATAGAACGGTTATTAGGCTTACGCCGACCATCAT
TGAGGTTTGGAACAGAGTTCGGGAAGTCGATGGTCAAGATGAGTCTTATAGACGTTAAGA
CAGGATCAGATGGGGAGATTCGTAGGGTTTGCTCTAGGATCAACTGATTAAGAATATGAA
AGAACATCAGTGTGTGGTTTGGTTTTAATCTGTGATGGTTAATCAATAATCATTTGTTTT
ATACAATAAGTTTGCTATTTCTTCTTGTGGTTTTGATTGCTACGTTATGAATATTCAAGT
GTAAGATCGTAATTGTAACATGAATGTATTATACTATATGATTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM93TF U 1
AF RR1E758TF U 494
AF RR1E758JQ C 745
AF RR1DM93JQ C 572
BS 1 502 RR1DM93TF
BS 503 503 RR1E758TF
BS 504 690 RR1DM93TF
BS 691 1055 RR1E758TF
BS 1056 1246 RR1DM93JQ

RD RR1DM93TF 690 0 0
GGACACATACACAACAAACAAAGCTCAAATACTTTCTTATACATTACTAAACAAAATACA
AAATGGGTCGTGGTTATAACTTACTATTCATTCTAGTAACTTTTTTAGTATTGGTCGCAG
CTGTAACTGCACAAGGAAATCGTGGTTCGAGCCGTGGAGGTGGTGGTCGAAGACCACGTG
TTGGGTATTATGGCAATAGATGCCGAAACGTAGAGTCCATTGTGGCATCGGTGGTTCGAG
CACATGTCCGGTCCAACCCGGCTAATGCACCCGGGATTTTGCGTATGCATTTTCACGATT
GCTTTGTTCGTGGCTGCGATGGGTCAGTTCTCATCGCTGGTAATAGCACTGAGAGAACAG
CCGGTCCAAACCGTTCACTGAGAGGGTTTGAAGCTATTGAAGAAGCTAAGACTAGGCTTG
AGGCTGCTTGTCCTAGAACTGTTTCTTGTGCGGATATTCTCACCCTTGCTGCACGCGAAG
CCGTTGTTTTGACCGGTGGACAGGGGTGGCGAGTGCCATTGGGACGTCTGGATGGCCGAA
TCTCGCAAGCCTCGGACGTGATCTTACCCGGACCATTCGACCCCGTCGACAAGCAGAAGC
GAGACTTTGCTGCTAAAACTCTCAACACATTAGACCTCGTAACTCTTGTTGGCGGACACA
CGATAGGAACAGCGGGTTGCGGTTTGGTGA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1E758TF 562 0 0
G
GGTGGACAAGGGTGGCGAGTGCCATTGGGACGTCTGGATGGCCGAATCTCGCAAGCCTCG
GACGTGATCTTACCCGGACCATTCGACCCCGTCGACAAGCAGAAGCGAGACTTTGCTGCT
AAAACTCTCAACACATTAGACCTCGTAACTCTTGTTGGCGGACACACGATAGGAACAGCG
GGTTGCGGTTTGGTGAGAGGCAGGTTCTTTAATTTCAACGGCACAGGACAACCAGACCCA
TCAATCGATCCGAGGTTCGTACCATTGGTTCAGGCTCGATGCCCTCAAACCGGAGACGCA
TCAGCCCGAGTCGACTTAGACGCTGGTAGTGTTGGCAGGTTTGACACATCGTTCCTAAGG
AACGTGAGGTCAAGCCGTGTGGTACTCCAATCCGACCTAGTCTTGTGGAGGGACCCCGAG
ACACGAGCCATCATAGAACGGTTATTAGGCTTACGCCGACCATCATTGAGGTTTGGAACA
GAGTTCGGGAAGTCGATGGTCAAGATGAGTCTTATAGACGTTAAGACAGGATCAGATGGG
GAGATTCGTAGGGTTTGCTCT

QA 2 562 2 562
DS 

RD RR1E758JQ 295 0 0
CGAGGTTTGTACCATTGGTTCAGGCTCGATGCCCTCAAACCGGAGACGCATCAGCCCGAG
TCGACTTAGACGCTGGTAGTGTTGGCAGGTTTGACACATCGTTCCTAAGGAACGTGAGGT
CAAGCCGTGTGGTACTCCAATCCGACCTAGTTTTGTGGAGGGACCCCGAGACACGAGCCA
TCATAGAACGGTTATTAGGCTTACGCCGACCATCATTGAGGTTTGGAACAGAGTTCGGGA
AGTCGATGGTCAAGATGAGTTTTATAGACGTTAAGACAGGATCAGATGGGG
GGAT

QA 1 291 1 291
DS 

RD RR1DM93JQ 675 0 0
ACCATTCGACCCCGTCGACAAGCAGAAGCGAGACTTTGCTGCTAAAACTCTCAACACATT
AGACCTCGTAACTCTTGTTGGCGGACACACGATAGGAACAGCGGGTTGCGGTTTGGTGAG
AGGCAGGTTCTTTAATTTCAACGGCACAGGACAACCAGACCCATCAATCGATCCGAGGTT
CGTACCATTGGTTCAGGCTCGATGCCCTCAAACCGGAGACGCATCAGCCCGAGTCGACTT
AGACGCTGGTAGTGTTGGCAGGTTTGACACATCGTTCCTAAGGAACGTGAGGTCAAGCCG
TGTGGTACTCCAATCCGACCTAGTCTTGTGGAGGGACCCCGAGACACGAGCCATCATAGA
ACGGTTATTAGGCTTACGCCGACCATCATTGAGGTTTGGAACAGAGTTCGGGAAGTCGAT
GGTCAAGATGAGTCTTATAGACGTTAAGACAGGATCAGATGGGGAGATTCGTAGGGTTTG
CTCTAGGATCAACTGATTAAGAATATGAAAGAACATCAGTGTGTGGTTTGGTTTTAATCT
GTGATGGTTAATCAATAATCATTTGTTTTATACAATAAGTTTGCTATTTCTTCTTGTGGT
TTTGATTGCTACGTTATGAATATTCAAGTGTAAGATCGTAATTGTAACATGAATGTATTA
TACTATATGATTGGC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 3

CO CL2723Contig1 1056 3 23 U
CAATGTTTTTAAATTTGAATCACAAAAGATCATCATATGATTACAAAAGATTTTTTTTTT
AGAGTTTGCTTTCCTTGTTCTGTTTCTCTTAGCCATTGCTGACTTTGGGGGCTCAACAAA
ACATGAAAAGCCTGAAACTTTTATTTTCACGAGAAACAGAGTGAAAAGTTTTTAAGACTC
TTTTGCTTTCTTCTCTCACTTAAAATAACTACTCGCTCTTCCCAATACCGATTTGCTTCA
CTATAAACTCCCTAAACCCGACACGGCGGCTGTTTACACTTTGCGGCATACACGAACCAC
CACCACCACCACTTCCTCCGCTGGAACCACCACCAGCAACGTTCCCTCGCTGTAAATCCG
CCATGTAACTCCTCACCTCCGTCCTAATCATCTCCTGCACCACCGTCATGAACTCACCAC
CGAATCCTGATATCCCTTTCTCTTCTTCCACCTCTTCCTTTCTAACCGGGAACAGCTCCG
CCGTGTAACCACCGTCCATAACCGTGTTCTCGTTTACTTGAGTTGGCTCGTTGACTCTAA
CCGTCTCCGTCTCGCAACGGTTATTCCAAGGGAGAGACAAACTTAGATAAGTAGGCGGAT
CTTCACCGGACGTCGACGCCGTCACCTCCGTTACAGCACCAGATCTAGCCGTCGGTTTGA
ACACGTGTGGAGCACCACTAGATTGCTCGCTGACGTCAGATCCAGAAGGACTTCCGGGGC
TCATATATAACCCGGTAGACACACCACCACCACTCGCCGTACGTTTCAACGGTTGCTCCT
CACCTAAGTTACCGTCATACCCTCCGTTACCACCGAAGTCACAGCTCTGTCCATCAGATG
TAAAAGCGCTGCATTTACGCTTGAGCGTCGAGTTCCAATGGTTCTTGATAGCGTTGTCGG
TTCTTCCATTGAGGAGACGAGAGATGGTCGCCCACTTGTTACCGAACCGAGCGTGTGCCC
GAATAATCGTCTCGTCTTCCTCCGCCGTAAAGGCACGGTGCTCGACCTCCGGAGATAGCT
GGTTACACCAGCGGAGACGGCAGGATTTACCTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GL22JQ U 1
AF RR1BB26JQ U 11
AF RR1GL22TF C 430
BS 1 23 RR1GL22JQ
BS 24 24 RR1BB26JQ
BS 25 59 RR1GL22JQ
BS 60 60 RR1BB26JQ
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BS 110 206 RR1GL22JQ
BS 207 207 RR1BB26JQ
BS 208 331 RR1GL22JQ
BS 332 332 RR1BB26JQ
BS 333 415 RR1GL22JQ
BS 416 416 RR1BB26JQ
BS 417 565 RR1GL22JQ
BS 566 613 RR1BB26JQ
BS 614 614 RR1GL22TF
BS 615 679 RR1BB26JQ
BS 680 680 RR1GL22TF
BS 681 706 RR1BB26JQ
BS 707 707 RR1GL22TF
BS 708 781 RR1BB26JQ
BS 782 782 RR1GL22TF
BS 783 869 RR1BB26JQ
BS 870 1056 RR1GL22TF

RD RR1GL22JQ 565 0 0
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ACATGAAAAGCCTGAAACTTTTATTTTCACGAGAAACAGAGTGAAAAGTTTTTAAGACTC
TTTTGCTTTCTTCTCTCACTTAAAATCACTACTCGCTCTTCCCAATACCGATTTGCTTCA
CTATAAACTCCCTAAACCCGACACGGCGGCTGTTTACACTTTGCGGCATACACGAACCAC
CACCACCACCACTTCCTCCGCTGGAACCACCCCCAGCAACGTTCCCTCGCTGTAAATCCG
CCATGTAACTCCTCACCTCCGTCCTAATCATCTCCTGCACCACCGTCATGAACTCCCCAC
CGAATCCTGATATCCCTTTCTCTTCTTCCACCTCTTCCTTTCTAACCGGGAACAGCTCCG
CCGTGTAACCACCGTCCATAACCGTGTTCTCGTTTACTTGAGTTGGCTCGTTGACTCTAA
CCGTCTCCGTCTCGCAACGGTTATT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1BB26JQ 859 0 0
AAATTTGAATCACAAAAGATCATCATATGATTACAAAAGATTTTTTTTTTAGAGTTTGCT
TTCCTTGTTCTGTTTCTCTTAGCCATTGCTGACTTTGGGGGCTCAACAAAACATGAAAAG
CCTGAAACTTTTATTTTCACGAGAAACAGAGTGAAAAGTTTTTAAGACTCTTTTGCTTTC
TTCTCTCACTTAAAATAACTACTCGCTCTTCCCAATACCGATTTGCTTCACTATAAACTC
CCTAAACCCGACACGGCGGCTGTTTACACTTTGCGGCATACACGAACCACCACCACCAC*
**TTCCTCCGCTGGAACCACCACCAGCAACGTTCCCTCGCTGTAAATCCGCCATGTAACT
CCTCACCTCCGTCCTAATCATCTCCTGCACCACCGTCATGAACTCACCACCGAATCCTGA
TATCCCTTTCTCTTCTTCCACCTCTTCCTTTCGAACCGGGAACAGCTCCGCCGTGTAACC
AACGTCAATAACCGTGTTCTCGTTTACTTGAGTTGGCTCGTTGACTCTAACCGTCTCCGT
CTCACAACGGTTATTCCAAGGGAGAGACAAACTTAGATAAGTAGGCGGATCTTCACCGGA
CGTTGACGCCGTCACCTCCGTTACAGCACCAGATCTAGCCGTCGGTTTGAACACGTGTGG
AGCACCACTGGATTGCTCGCTGACGTCAGATCCAGATGGACTTCCGGGGCTCATATATAA
CCCGGTAGACACACCACCACCACTCGCCGTACGTTTCAACGGTTGCTCCTCTCCTAAGTT
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GCATTTACGCTTGAGCGTC

QA 1 859 1 859
DS 

RD RR1GL22TF 627 0 0
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CACCGTCCATAACCGTGTTCTCGTTTACTTGAGTTGGCTCGTTGACTCTAACCGTCTCCG
TCTCGCAACGGTTATTCCAAGGGAGCGACAAACTTAGATAAGTCGGCGGATCTTCACCGG
ACGTCGACGCCGTCACCTCCGTTACAGCACCAGATCTAGCCGTCGGTTTGAACACGTGTG
GAGCACCACTAGATTGCTCGCTGACGTCAGATCCAGAAGGACTTCCGGGGCTCATATATA
ACCCGGTAGACACGCCACCACCACTCGCCGTACGTTTCAACGGTTGCTCCTCACCTAAGT
TGCCGTCATACCCTCCGTTACCACCGAAGTCACAGCTCTGTCCATCAGATGTAAAAGCGC
TGCATTTACGCTTGAGCGTCGAGTTCCAATGGTTCTTGATAGCGTTGTCGGTTCTTCCAT
TGAGGAGACGAGAGATGGTCGCCCACTTGTTACCGAACCGAGCGTGTGCCCGAATAATCG
TCTCGTCTTCCTCCGCCGTAAAGGCACGGTGCTCGACCTCCGGAGATAGCTGGTTACACC
AGCGGAGACGGCAGGATTTACCTGAGC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 4

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ATAAAGAGGAAACAAATTACAACATAATCATCACAATCATCCATACATATAAATAGTCTC
CATTAAAGATAAAGATCTTCTCACGATAGTAACACACCTCAGAGAAACAAGAAAGATCCA
GCGATGGATGTAACACCAACAACGACCGCAGAGACACCAAGAGCCGCCGTGCCACTGTCA
GCAGCAGGGCCTGAAGGTGCAATGCTACCATATGAGGAGTCACTTCCTAGAGGACCAGCG
ACAGCCACGTCACCGTCACCAGGAGAAGCAGCTGCATCGTCGTCGGTGGTTCCAATAGTA
TCCTCGGACACTGGAGCTTCGACATCAGTTGTGGGAGTAGACGGAGCTTTGGAGGGTGAC
GATGAAGGAGATGGAGAAGATGCAGCTGCTGCGAGGCCAAGGACGGCCAAGAACACAAGG
CCAAAAACTACGAAAACGTTTTGGCGACCCATTCTCTCTATTCTCTCCTTCAACGTAGAT
TCCTTTTAATTTATTTTAGGTTTGAGATTGTGATTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1A863JQ U 1
AF RR1A863TF C 1
AF RR1A776JQ U 12
AF RR1A776TF C 12
BS 1 210 RR1A863JQ
BS 211 211 RR1A776JQ
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BS 472 574 RR1A863JQ
BS 575 576 RR1A776JQ

RD RR1A863JQ 576 0 0
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GCAGCAGGGCCTGAAGGTGCAATGCTACCATATGAGGAGTCACTTCCTAGAGGACCAGCG
ACAGCCACGTCACCGTCACCAGGAGAAGCAGCTGCATCGTCGTCGGTGGTTCCAATAGTA
TCCTCGGACACTGGAGCTTCGACATCAGTTGTGGGAGTAGACGGAGCTTTGGAGGGTGAC
GATGAAGGAGATGGAGAAGATGCAGCTGCTGCGAGGCCAAGGACGGCCAAAAACACAAGG
CCAAAAACTACGAAAACGTTTTGGCGACCCATTCTCTCTATTCTCTCCTTCAACGTAGAT
TCCTTTTAATTTATTTTAGGTTTGAGATTGTGAT
CC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1A863TF 576 0 0
CACTGCTAATGGGAAGTTTCGTCATTTTCATTTTTATTACAAAGACAATCGTTTCTCGTA
ATAAAGAGGAAACAAATTACAACATAATCATCACAATCATCCATACATATAAATAGTCTC
CATTAAAGATAAAGATCTTCTCACGATAGTAACACACCTCAGAGAAACAAGAAAGATCCA
GCGATGGATGTAACACCAACAACGACCGCAGAGACACCAAGAGCCGCCGTGCCACTGTCA
GCAGCAGGGCCTGAAGGTGCAATGCTACCATATGAGGAGTCACTTCCTAGAGGACCAGCG
ACAGCCACGTCACCGTCACCAGGAGAAGCAGCTGCATCGTCGTCGGTGGTTCCAATAGTA
TCCTCGGACACTGGAGCTTCGACATCAGTTGTGGGAGTAGACGGAGCTTTGGAGGGTGAC
GATGAAGGAGATGGAGAAGATGCAGCTGCTGCGAGGCCAAGGACGGCCAAGAACACAAGG
CCAAAAACTACGAAAACGTTTTGGCGACCCATTCTCTCTATTCTCTCCTTCAACGTAGAT
TCCTTTTAATTTATTTTAGGTTTGAGATTGTGAT
CC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1A776JQ 565 0 0
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AAGATCTTCTCACGATAGTAACACACCTCAGAGAAACAAGAAAGATCCAGCGATGGATGT
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TGAAGGTGCAATGCTACCATATGAGGAGTCACTTCCTAGAGGACCAGCGACAGCCACGTC
ACCGTCACCAGGAGAAGCAGCTGCATCGTCGTCGGTGGTTCCAATAGTATCCTCGGACAC
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TGGAGAAGATGCAGCTGCTGCGAGGCCAAGGACGGCCAAGAACACAAGGCCAAAAACTAC
GAAAACGTTTTGGCGACCCATTCTCTCTATTCTCTCCTTCAACGTAGATTCCTTTTAATT
TATTTTAGGTTTGAGATTGTGATTC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1A776TF 565 0 0
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ACAAATTACAACATAATCATCACAATCATCCATACATATAAATAGTCTCCATTAAAGATA
AAGATCTTCTCACGATAGTAACACACCTCAGAGAAACAAGAAAGATCCAGCGATGGATGT
AACACCAACAACGACCGCAGAGACACCAAGAGCCGCCGTGCCACTGTCAGCAGCAGGGCC
TGAAGGTGCAATGCTACCATATGAGGAGTCACTTCCTAGAGGACCAGCGACAGCCACGTC
ACCGTCACCAGGAGAAGCAGCTGCATCGTCGTCGGTGGTTCCAATAGTATCCTCGGACAC
TGGAGCTTCGACATCAGTTGTGGGAGTAGACGGAGCTTTGGAGGGTGGCGATGAAGGAGA
TGGAGAAGATGCAGCTGCTGCGAGGCCAAGGACGGCCAAGAACACAAGGCCAAAAACTAC
GAAAACGTTTTGGCGACCCATTCTCTCTATTCTCTCCTTCAACGTAGATTCCTTTTAATT
TATTTTAGGTTTGAGATTGTGAT
CC

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 3

CO CL2725Contig1 1299 3 13 U
GGGAGATGATCCAAACGGGGATTTCTACCATTGATGTCATGAACTCTATCGCTCGTGGAC
AGAAGATTCCTCTTTTCTCTGCTGCTGGTCTACCTCGCAACGAAATTGCTGCTCAGATTT
GTCGCCAGGCTGGTCTTGTTAAGCGGCTGGAGAAGACTGAGAACCTAATTGAGGATCATG
GAGAGGACAATTTTGCTATTGTGTTTGCAGCTATGGGTGTAAACATGGAAACAGCTCAGT
TCTTCAAGCGTGATTTTGAAGAAAATGGATCAATGGAAAGAGTTACCCTTTTCCTGAACC
TGGCAAATGACCCGACCATTGAGAGAATCATCACTCCTCGAATTGCCCTCACAACTGCTG
AATACTTGGCTTATGAATGTGGGAAGCATGTGCTTGTTATATTGACAGACATGAGTTCTT
ATGCAGATGCTCTTCGTGAGGTCTCTGCTGCTCGAGAAGAAGTACCTGGAAGACGTGGAT
ATCCGGGTTATATGTATACAGATCTTACAACTATTTATGAGCGTGCAGGGCGTATTGAAG
GAAGAAAGGGTTCCATTACCCAAATCCCTATCCTGACTATGCCCAATGATGACATCACTC
ACCCTACTCCGGATCTTACTGGTTACATTACTGAGGGTCAGATATACATTGACAGGCAGC
TTCACAACAGACAGATATATCCACCCATCAACGTGCTTCCATCACTTTCTCGATTAATGA
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TGATGCAAGGAGCATACGATACAAGAAACATCTTCCAGCCACTTGATTTGGCATGGACAC
TGCTCCGTATCTTCCCACGTGAGCTTCTTCACCGTATCCCTGCCAAAACACTTGATCAGT
TCTACAGCCGCGACTCCACTAGCTAAGCCTTTTAAAGGAACCTCCTTGCTGCTCCCTTCT
CATCTTATTTGGAACTTAAATCATGTCGAGAGAAGAAAAAACTCAGAGATTCGTGAATTT
GGGATTTATTCTTTTGCTTCTTTTTTTCACTTGTATTTACAATAAAGGCTTGTGTAGGGA
GACTTCGTACCAAACCGCTATTTATAAGCCTGTTTATGTTTGTGTTTTTGTCTTCCAAAC
TGGGTGAATCATGTCTTTTTTGCTGCTGTGTAATAAGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1CI93TF U 1
AF RR1DF04TF U 490
AF RR1CI93JQ C 607
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BS 828 1097 RR1DF04TF
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GAAGAAAGGGTTCCATTACCCAAATCCCTATCCTGACTATGCCCAATGATGACATCACTC
ACCCTACTCCGGATCTTACTGGTTACATTACTGAGGGTCAGATATACATTGACAGGCAGC
TTCACAACAGACAGATATATCCACCCATCAACGTGCTTCCATCACTTTCTCGATTAATGA
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ACGCAA
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G
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GGATCTTACTGGTTACATTACTGAGGGTCAGATATACATTGACAGGCAGCTTCACAACAG
ACAGATATATCCACCCATCAACGTGCTTCCATCACTTTCTCGATTAATGAAGAGTGCTAT
TGGTGAGGGAATGACTCGCCGTGACCATTCTGATGTGTCCAACCAGTTGTACGCAAACTA
TGCCATCGGTAAGGATGTTCAAGCCATGAAAGCTGTTGTTGGAGAAGAAGCTCTGTCTTC
AGAAGATCTGCTGTATTTAGAGTTTCTGGACAAATTTGAGAGGAAGTTTGTGATGCAAGG
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CTTCCCACGTGAGCTTCTTCACCGTATCCCTGCCAAAACACTTGATCAGTTCTACAGCCG
CGACTCCACTAGCTAAGCCTTTTAAAGGAACCTCCTTGCTGCTCCCTTCTCATCTTATTT
GGAACTT

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CTATTGGTGAGGGAATGACTCGCCGTGACCATTCTGATGTGTCCAACCAGTTGTACGCAA
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CTTCAGAAGATCTGCTGTATTTAGAGTTTCTGGACAAATTTGAGAGGAAGTTTGTGATGC
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GTATCTTCCCACGTGAGCTTCTTCACCGTATCCCTGCCAAAACACTTGATCAGTTCTACA
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ATTTGGAACTTAAATCATGTCGAGAGAAGAAAAAACTCAGAGATTCGTGAATTTGGGATT
TATTCTTTTGCTTCTTTTTTTCACTTGTATTTACAATAAAGGCTTGTGTAGGGAGACTTC
GTACCAAACCGCTATTTATAAGCCTGTTTATGTTTGTGTTTTTGTCTTCCAAACTGGGTG
AATCATGTCTTTTTTGCTGCTGTGTAATAAGGA

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 4

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ATAACCAGTTTCAAGCAGATAATTTATTTCGTTCTTTATGATAACTCGAGAATTCTCAGT
CCGGTACCGAAAATAATCTCTCTAGAAATGATCTCAGAGAGAAACATGATCATAAGAAGC
ATCACTAAGATTTCAAGAAAACACATTACATGAACAATAATCAAGAACGGAGAAAACAAA
CCAGAAGCCATGCTTTGATGAGAATAACTCATTGTTGCTGAAAGGTAATCCGAACACTCT
ACAGGTTGTGTAGATTTTCTTGTGAGAGCCTTCAAGTTTCAAAGACAAACAACGACTAAT
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TGTGAAATAAAAGAAAATATGTGAATCTGAATCATTCACTATGGGATGCTCAATGTGCAC
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ATTGAAAAGGTTGGTATAAAAAGAGAATCAAATATATAAAAAAATAACTTAAGCTTTTTT
CTTAATACAACAAGAAATATATATTTTGAGAAGCACCGGAATTATTAAGAAAAAACGAGG
AGAGAGCTACTGGTTTTAACACAGGCGATATAGGCAGAGAATCAATGCCTTGTGTGCAGT
GGTGGAGGAAAAAATAAAGGAGAAAGAAAAACAAACAAACTTTTCTTCCTATAAGAATAT
TAATTCTATATATACCAAAATGTATATTTACTCGAAACATTAAGGCATAATCCGAAAATG
AAAAAGAAGACAAATCTCATTCTTCAATCATTTATTTTATGAAAAATGATGTGATCGATG
GATACCCATTAACTAGAAAGCTTGCCAGAAAGTTCAGC


BQ
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AF RR1G234TF U 1
AF RR1H346TF U 1
AF RR1H346JQ C 449
AF RR1G234JQ C 452
BS 1 654 RR1G234TF
BS 655 934 RR1H346JQ
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CCGGTACCGAAAATAATCTCTCTAGAAATGATCTCAGAGAGAAACATGATCATAAGAAGC
ATCACTAAGATTTCAAGAAAACACATTACATGAACAATAATCAAGAACGGAGAAAACAAA
CCAGAAGCCATGCTTTGATGAGAATAACTCATTGTTGCTGAAAGGTAATCCGAACACTCT
ACAGGTTGTGTAGATTTTCTTGTGAGAGCCTTCAAGTTTCAAAGACAAACAACGACTAAT
GATAAATATATGAGAAGGTGATGTGTTTATATAACCAAATTAAAGGGATGATGTCGAAAA
TGTGAAATAAAAGAAAATATGTGAATCTGAATCATTCACTATGGGATGCTCAATGTGCAC
AACAGCTAACCAAAACTACTAGAAAGGGAATGGAAGGACATAGCTATAGAAGATGCGTCT
ATTGAAAAGGTTGGTATAAAAAGAGAATCAAATATATAAAAAAATAACTTAAGCTTTTTT
CTTAATACAACAAGAAATATATATTTTGAGAAGCACCGGAATTATTAAGAAAAA

QA 1 654 1 654
DS 

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ATAACCAGTTTCAAGCAGATAATTTATTTCGTTCTTTATGATAACTCGAGAATTCTCAGT
CCGGTACCGAAAATAATCTCTCTAGAAATGATCTCAGAGAGAAACATGATCATAAGAAGC
ATCACTAAGATTTCAAGAAAACACATTACATGAACAATAATCAAGAACGGAGAAAACAAA
CCAGAAGCCATGCTTTGATGAGAATAACTCATTGTTGCTGAAAGGTAATCCGAACACTCT
ACAGGTTGTGTAGATTTTCTTGTGAGAGCCTTCAAGTTTCAAAGACAAACAACGACTAAT
GATAAATATATGAGAAGGTGATGTGTTTATATAACCAAATTAAAGGGATGATGTCGAAAA
TGTGAAATAAAAGAAAATATGTGAATCTGAATCATTCACTATGGGATGCTCAATGTGCAC
AACAGCTAACCAAAACTACTAGAAAGGGAATGGAAGGACATAGCTATAGAAGATGCGTCT
ATTGAAAAGGTTGGTATAAAAAGAGAATCAAATATATAAAAAAATAACTTAAGCTTTTTT
CTTAATACAACAAGAAATATATATTTTGAGAAGCACCGGAAT

QA 1 642 1 642
DS 

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GAA
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ATATATAAAAAAATAACTTAAGCTTTTTTCTTAATACAACAAGAAATATATATTTTGAGA
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AGGCAGAGAATCAATGCCTTGTGTGCAGTGGTGGAGGAAAAAATAAAGGAGAAAGAAAAA
CAAACAAACTTTTCTTCCTATAAGAATATTAATTCTATATATACCAAAATGTATATTTAC
TCGAAACATTAAGGCATAATCCGAAAATGAAAAAGAAGACAAATCTCATTCTTCAATCAT
TTATTTTATGAAAAATGATGTGATCGATGGATACCCATTAACTAGAAAGCTTGCCAGAAA
GTT

QA 4 486 4 486
DS 

RD RR1G234JQ 487 0 0
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GGAAGGACATAGCTATAGAAGATGCGTCTATTGAAAAGGTTGGTATAAAAAGAGAATCAA
ATATATAAAAAAATAACTTAAGCTTTTTTCTTAATACAACAAGAAATATATATTTTGAGA
AGCACCGGAATTATTAAGAAAAAACGAGGAGAGAGCTACTGGTTTTAACACAGGCGATAT
AGGCAGAGAATCAATGCCTTGTGTGCAGTGGTGGAGGAAAAAATAAAGGAGAAAGAAAAA
CAAACAAACTTTTCTTCCTATAAGAATATTAATTCTATATATACCAAAATGTATATTTAC
TCGAAACATTAAGGCATAATCCGAAAATGAAAAAGAAGACAAATCTCATTCTTCAATCAT
TTATTTTATGAAAAATGATGTGATCGATGGATACCCATTAACTAGAAAGCTTGCCAGAAA
GTTCAGC

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 4

CO CL2727Contig1 1167 4 4 U
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CAGCACCATCTCGTTCAACGCCATCGTCGCCGGAACCACCAAAACGGTGTCGCATCACCC
ATTTTCTGTTAAGTCTAACCTCTTCGGTTTTCGACTCTATCTGCCTGAACTATCATCAGT
TATCACTCTCTCCCCTTACCATCCCCGTTTCCCCGCCGCCATCACCTGCCGTTACGGTGG
CGGTGGCGGAGGAGGCTCTCGTTTCCCAGGAGATAGGCGTGGTAGGCAAAAAGAATCCGA
GGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATTAGGTCAGCTACTGTCAGGCCCATTGATGG
GCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAAGCTGTTAGAAGAGCTGAAGAAGC
TGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCTGATGCAGATCCTCCGGTTGTCGGAATGATGGA
TTACAGTAAGTATAGATACGAACAGCAAAAGCGGAAAAAGGAACAGCAGAAGAAAACAAC
TCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAACATCGACCAGCATGACTATTCTGT
ACGCATGAGAGCAGCCCGGAAGTTTTTGCAAGATGGTGACAAGGTTAAAGTGATTGTGAA
CATGAAAGGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCTATTGAACTCCTCAGACGTTTTCA
GACTGAAATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAAAGTAAAAACTTTCGGGACAGAAACTTGTT
TATTGTCTTGGTGCCAAACAAGGAAGTTGTTCGGAAAGCACAAGAACCATCCCCTAAAAA
GAAGAAAAAGCCAGCTGATGATCAAGTTTCAGCTGCAGGTATAACTGCAACTTAAAGTAT
CTGAATATATGATGCACAATTGTCCCAAGGTATAATGTCACAGAGAGTTTGATAAGCGTC
TTGTATAGTTCCCTTTCTACTATGCTTCTTGCACTCCCATGTATCTGTAACCATAGAAAA
GTATCTGAACGAAGATTTTTCGTATGCCATAAGTTTTCAGCTTTTTAAGCTTATTAGTCG
TATAGATTGTAACAAAGGAATCAGTACTTAAAAAGAATTATCAGTTGTGATGTAATGTTA
CATAAATTTATAGGATTTGTTGGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT41TF U 35
AF RR1BB08TF U 1
AF RR1CT41JQ C 349
AF RR1BB08JQ C 233
BS 1 665 RR1BB08TF
BS 666 956 RR1BB08JQ
BS 957 957 RR1CT41JQ
BS 958 1167 RR1BB08JQ

RD RR1CT41TF 576 0 0
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ACCACCAAAACGGTGTCGCATCACCCATTTTCTGTTAAGTCTAACCTCTTCGGTTTTCGA
CTCTATCTGCCTGAACTATCATCAGTTATCACTCTCTCCCCTTACCATCCCCGTTTCCCC
GCCGCCATCACCTGCCGTTACGGTGGCGGTGGCGGAGGAGGCTCTCGTTTCCCAGGAGAT
AGGCGTGGTAGGCAAAAAGAATCCGAGGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATTAGG
TCAGCTACTGTCAGGCTCATTGATGGGCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAG
GAAGCTGTTAGAAGAGCTGAAGAAGCTGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCTGATGCA
GATCCTCCGGTTGTCGGAATGATGGATTACAGTAAGTATAGATACGAACAGCAAAAGCGG
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AACATCGACCAGCATGACTATTCTGTACGCATGAGA

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1BB08TF 665 0 0
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CAGCACCATCTCGTTCAACGCCATCGTCGCCGGAACCACCAAAACGGTGTCGCATCACCC
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TATCACTCTCTCCCCTTACCATCCCCGTTTCCCCGCCGCCATCACCTGCCGTTACGGTGG
CGGTGGCGGAGGAGGCTCTCGTTTCCCAGGAGATAGGCGTGGTAGGCAAAAAGAATCCGA
GGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATTAGGTCAGCTACTGTCAGGCCCATTGATGG
GCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAAGCTGTTAGAAGAGCTGAAGAAGC
TGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCTGATGCAGATCCTCCGGTTGTCGGAATGATGGA
TTACAGTAAGTATAGATACGAACAGCAAAAGCGGAAAAAGGAACAGCAGAAGAAAACAAC
TCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAACATCGACCAGCATGACTATTCTGT
ACGCATGAGAGCAGCCCGGAAGTTTTTGCAAGATGGTGACAAGGTTAAAGTGATTGTGAA
CATGA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1CT41JQ 697 0 0
GCT
CATTGATGGGCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAAGCTGTTAGAAGAGC
TGAAGAAGCTGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCTGATGCAGATCCTCCGGTTGTCGG
AATGATGGATTACAGTAAGTATAGATACGAACAGCAAAAGCGGAAAAGGGAACAGCAGAA
GAAAACAACTCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAACATCGACCAGCATGA
CTATTCTGTACGCATGAGAGCAGCCCGGAAGTTTTTGCAAGATGGTGACAAGGTTAAAGT
GATTGTGAACATGAAAGGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCTATTGAACTCCTCAG
ACGTTTTCAGACTGAAATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAAAGTAAAAACTTTCGGGACAG
AAACTTGTTTATTGTCTTGGTGCCAAACAAGGAAGTTGTTCGGAAAGCACAAGAACCATC
CCCTAAAAAGAAGAAAAAGCCAGCTGATGATCAAGTTTCAGCTGCAGGTATAACTGCAAC
TTAAAGTATCTGAATATATGATGCACAATTGTCCCAAGGTATAATGTCACAGAGAGTTTG
ATAAGCGTCTTGTATAGTTCCCTTTCTACTATGCTTCTTGCACTCCCATGTATCTGTAAC
CATAGAAAAGTATCTGAACGAAGATTTTTCGTA
G

QA 4 696 4 696
DS 

RD RR1BB08JQ 935 0 0
TACGGTGGCGGTGGCGGAGGAGGCTCTCGTTTCCCAGGAGATAGGCGTGGTAGGCAAAAA
GAATCCGAGGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATTAGGTCAGCTACTGTCAGGCCC
ATTGATGGGCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAAGCTGTTAGAAGAGCT
GAAGAAGCTGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCTGATGCAGATCCTCCGGTTGTCGGA
ATGATGGATTACAGTAAGTATAGATACGAACAGCAAAAGCGGAAAAAGGAACAGCAGAAG
AAAACAACTCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAACATCGACCAGCATGAC
TATTCTGTACGCATGAGAGCAGCCCGGAAGTTTTTGCAAGATGGTGACAAGGTTAAAGTG
ATTGTGAACATGAAAGGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCTATTGAACTCCTCAGA
CGTTTTCAGACTGAAATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAAAGTAAAAACTTTCGGGACAGA
AACTTGTTTATTGTCTTGGTGCCAAACAAGGAAGTTGTTCGGAAAGCACAAGAACCATCC
CCTAAAAAGAAGAAAAAGCCAGCTGATGATCAAGTTTCAGCTGCAGGTATAACTGCAACT
TAAAGTATCTGAATATATGATGCACAATTGTCCCAAGGTATAATGTCACAGAGAGTTTGA
TAAGTGTCTTGTATAGTTCCCTTTCTACTATGCTTCTTGCACTCCCATGTATCTGTAACC
ATAGAAAAGTATCTGAACGAAGATTTTTCGTATGCCATAAGTTTTCAGCTTTTTAAGCTT
ATTAGTCGTATAGATTGTAACAAAGGAATCAGTACTTAAAAAGAATTATCAGTTGTGATG
TAATGTTACATAAATTTATAGGATTTGTTGGTTGC

QA 1 935 1 935
DS 



AS 1 4

CO CL2728Contig1 1031 4 11 U
GATCATTGGGCTTCTCGTCGGTGCCATGCTTCCTTACTGGTTCTCGGCCATGACGATGAA
GAGTGTGGGGAGTGCAGCTCTTAAGATGGTTGAAGAAGTTCGCAGGCAGTTCAACACCAT
CCCTGGACTCATGGAAGGTACCGCGAAACCAGACTACGCCACGTGCGTCAAGATCTCAAC
AGACGCTTCCATCAAGGAGATGATTCCTCCTGGTTGCCTTGTCATGCTCACGCCTCTCAT
TGTTGGTTTCTTCTTTGGTGTTGAGACTCTCTCTGGTGTTTTGGCTGGCTCTCTTGTTTC
CGGTGTTCAGATTGCTATTTCTGCTTCCAACACTGGTGGTGCCTGGGACAACGCCAAGAA
ATACGTCGAGGCGGGTGTATCGGAGCATGCAAAGAGTCTAGGACCAAAGGGCTCAGAGCC
ACACAAGGCAGCTGTGATTGGAGACACTATCGGAGACCCATTGAAGGATACATCAGGACC
TTCGTTGAACATCTTGATCAAGCTCATGGCTGTTGAGTCTCTCGTCTTTGCTCCCTTCTT
TGCCACTCACGGTGGTATCCTTTTCAAGTACCTCTAAACTCAAACCCTGAGTGAAGAAGA
AAGATGATGATGAAGAAGAAGATATTGGCTATCGATTCAAAACCCTCTTCTTTCTTTTTT
TACCATTCTTGTTTTCGTTTTGCGTAGGTGGTTAAAAGTTAAAACATGTTTTT*GTTGAT
GGGAGCTCATTTAAAGAACCAACCAAATGATGACTCTCTTTCTCTTTATATCTTTTTGTG
CTGTCTAGAATTTAGAAAACCACCAAGTATTTGAGACTTGTTCTTAGCCGTTACTTCTCC
CTGCTTTGTTTTTCTTATGTTTGTTTTGGTCTTGAACTATGTTTGTTTCTTATCTTTTTG
TGCTGTCTAGAATTTAGAAAACCACCAAGTATTTGAGACTTGTTCTTAGCCGTTACTTCT
CCCTGCTTTGTTTTTCTTATGTTTGTTTTGGTCTTCTTCGAGACGAATGGGACTGTCGGC
TTTAATTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AA65TF U 1
AF RR1EQ14TF U 193
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GGTCTT

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G
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CTTATGTTTGTTTTGGTCTTGAACTATGTTTGTTTCTTATCTTTTTGTGCTGTCTAGAAT
T

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CGGCTTTAATTGAGT

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DS 



AS 1 3

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1AX53TF U 1
AF RR1BL31JQ C 230
AF RR1BL31TF U 230
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C

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DS 

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GG
ATCCCACATCATCATCGTCCACTAAGGAAAAGGAGGAGGAAGCAATGGATTGTATCGTCT
CCCGCTCGACGGTCCTTATCCGATCACATCTAGCTCCAATTCGCTCAGCTTCCATCAAAC
CTCTGAGCTCAGCACAGGTCGCATCCTCCGCGTCTAACCGCCACATACTCTCGTTCAGTT
CCGGTGGTAAAAGAACCAGAACACTCTCCACTAACGCTTCTACGATAAGATGCGGAGGAG
GAATCAAGGAGATAGGAGAGAGTGAGTTCAGCAGCACGGTTCTCGAATCGGACCGGCCGG
TTCTGGTTAATTTCGTGGCCACTTGGTGCGGTCCCTGCAAGCTGGTCTATCCAGCTACGG
AAGCTTTATCTCAGGAGTATGATGACAGGTTGACGATTGTGAAGATCGATCACGACGCGA
ATCCTAAGTTAATAGCAGAGTACAAGGTTTATGGTTTACCGCATTTTATACTGTTCAAGG
ATGGTAAGGAAGTGCCAGGTAGCAGAAGGGAAGGTGCTATTACAAAGGCCAAGCTTAAGG
AGTACATTGATGGTCTCTTGACCTCTATTTCTGTTGCTTAATGGTCTCTCTCTCTCTGTT
TCTCTCTCCACTGGTATTTTCTCATTCCTCAACCACACTGTTTGTCTTGTAAACACACTC
TCTTGAGTAAATGTGTAAATCTAGCAACAGATTTTTACTAATACAAGACTTTGAGCTTTG
TGC

QA 3 725 3 725
DS 

RD RR1BL31TF 728 0 0
GG
ATCCCACATCATCATCGTCCACTAAGGAAAAGGAGGAGGAAGCAATGGATTGTATCGTCT
CCCGCTCGACGGTCCTTATCCGATCACATCTAGCTCCAATTCGCTCAGCTTCCATCAAAC
CTCTGAGCTCAGCACAGGTCGCATCCTCCGCGTCTAACCGCCACATACTCTCGTTCAGTT
CCGGTGGTAAAAGAACCAGAACACTCTCCACTAACGCTTCTACGATAAGATGCGGAGGAG
GAATCAAGGAGATAGGAGAGAGTGAGTTCAGCAGCACGGTTCTCGAATCGGACCGGCCGG
TTCTGGTTAATTTCGTGGCCACTTGGTGCGGTCCCTGCAAGCTGGTCTATCCAGCTACGG
AAGCTTTATCTCAGGAGTATGATGACAGGTTGACGATTGTGAAGATCGATCACGACGCGA
ATCCTAAGTTAATAGCAGAGTACAAGGTTTATGGTTTACCGCATTTTATACTGTTCAAGG
ATGGTAAGGAAGTGCCAGGTAGCAGAAGGGAAGGTGCTATTACAAAGGCCAAGCTTAAGG
AGTACATTGATGGTCTCTTGACCTCTATTTCTGTTGCTTAATGGTCTCTCTCTCTCTGTT
TCTCTCTCCACTGGTATTTTCTCATTCCTCAACCACACTGTTTGTCTTGTAAACACACTC
TCTTGAGTAAATGTGTAAATCTAGCAACAGATTTTTACTAATACAAGACTTTGAGCTTTG
TGCAAA

QA 3 728 3 728
DS 



AS 2 4

CO CL2730Contig1 768 2 1 U
ATAGACCTTACTGAAACAAATTTTATTCGTCAAGATAACGTACGTATGAGATGTGTATAT
TATCTGTTTTCCACTCGAAAATGCAGAGGAAGACATGTGTACAATATGATAGAACACCAC
ACTATGCATATTTCACTTACACAAACGGTCGTGAAAGGTGTTCTCTAATCAAATCAGTGT
AGTTCAAGTTTGACGTTTGAACCATCTTGAAACCTCCCCCATGAATTTGCAATCCACAAC
TGATCTTTCCATGCCCGTCGTCACCTCCTGAAACCCAACCAACAGAACAAAACATCCTGA
GTTCTTGCACTTTCCTCCCATACAAACTTCTACTATCTTCAACGGCAATCTAATATCTGG
AACAGCTTCTACCATCTCCAGCGTCTGGCCATTATTAATTATTCAGGAAAAGTTAGTAAA
CGGCAGCTGATTGCAGCAGATCAAGATCCATTGCTTCGCCGGTGTTCTTGCAAGAATGTG
CATCTTCTTCGAAATTTTTAGGAATTAGTATCTTTTAGATTCTAGGAGGGACTTCTACTC
CATATTTTCGCAGTAACAGCTAAAAATCAGTTCTGATTCGGCTGAGATGAATTTAAAATA
CAGGACGATGGGAGACTTCGAGGTTCCGATGGGGATGGGAGACTTCGAGGTTCCGATGGG
GATGGGAGACTCCGTTGGATTTCATTGTCATAGTTTCAACTTCCTCAATGGAGGCTTCGA
TTTGTTTGGATTAAACTATAGAGTAAGAAAGTGAAAAGAATCCATAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA25JQ U 1
AF RR1FY17JQ U 1
BS 1 768 RR1FY17JQ

RD RR1GA25JQ 709 0 0
ATAGACCTTACTGAAACAAATTTTATTCGTCAAGATAACGTACGTATGAGATGTGTATAT
TATCTGTTTTCCACTCGAAAATGCAGAGGAAGACATGTGTACAATATGATAGAACACCAC
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AGTTCAAGTTTGACGTTTGAACCATCTTGAAACCTCCCCCATGAATTTGCAATCCACAAC
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GTTCTTGCACTTTCCTCCCATACAAACTTCTACTATCTTCAACGGCAATCTAATATCTGG
AACAGCTTCTACCATCTCCAGCGTCTGGCCATTATTAATTATTCAGGAAAAGTTAGTAAA
CGGCAGCTGATTGCAGCAGATCAAGATCCATTGCTTCGCCGGTGTTCTTGCAAGAATGTG
CATCTTCTTCGAAATTTTTAGGAATTAGTATCTTTTAGATTCTAGGAGGGACTTCTACTC
CATATTTTCGCAGTAACAGCTAAAAATCAGTTCTGATTCGGCTGAGATGAATTTAAAATA
CAGGACGATGGGAGACTTCGAGGTTCCGATGGGGATGGGAGACTTCGAGGTTCCGATGGG
GATGGGAGACTCCGTTGGATTTCATTGTCATAGTTTCAACTTCCTCAAT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1FY17JQ 768 0 0
ATAGACCTTACTGAAACAAATTTTATTCGTCAAGATAACGTACGTATGAGATGTGTATAT
TATCTGTTTTCCACTCGAAAATGCAGAGGAAGACATGTGTACAATATGATAGAACACCAC
ACTATGCATATTTCACTTACACAAACGGTCGTGAAAGGTGTTCTCTAATCAAATCAGTGT
AGTTCAAGTTTGACGTTTGAACCATCTTGAAACCTCCCCCATGAATTTGCAATCCACAAC
TGATCTTTCCATGCCCGTCGTCACCTCCTGAAACCCAACCAACAGAACAAAACATCCTGA
GTTCTTGCACTTTCCTCCCATACAAACTTCTACTATCTTCAACGGCAATCTAATATCTGG
AACAGCTTCTACCATCTCCAGCGTCTGGCCATTATTAATTATTCAGGAAAAGTTAGTAAA
CGGCAGCTGATTGCAGCAGATCAAGATCCATTGCTTCGCCGGTGTTCTTGCAAGAATGTG
CATCTTCTTCGAAATTTTTAGGAATTAGTATCTTTTAGATTCTAGGAGGGACTTCTACTC
CATATTTTCGCAGTAACAGCTAAAAATCAGTTCTGATTCGGCTGAGATGAATTTAAAATA
CAGGACGATGGGAGACTTCGAGGTTCCGATGGGGATGGGAGACTTCGAGGTTCCGATGGG
GATGGGAGACTCCGTTGGATTTCATTGTCATAGTTTCAACTTCCTCAATGGAGGCTTCGA
TTTGTTTGGATTAAACTATAGAGTAAGAAAGTGAAAAGAATCCATAAA

QA 1 768 1 768
DS 



CO CL2730Contig2 740 2 2 U
GGAACACTAACGACGGCAATGAAGTAAACGTTTCCGATCTGTAAACAGCACGATTCCAAC
TTCGAATCGTGAGTTTCCACAACGATTCCAAACTCTATTTTTCAGAATCGCGTTTCTGGC
CGATTCCAGGCGATTCCGAACGCTTCTGTTTCCGCTTCCGCTTCCGGAGCGAGAATCGTG
GCTCCATCGGCGATTCCATGCAATTGCCTTCTTGGCGTGGACTCATCCTATTTCGTTTGG
CCCAAATCGACCCACTTCCCAAACACTAATATCCTATTGAAGCTTCGTTCAATTCTGACT
CACACTCTTCGTCTTCTCCTTTTTCGCGTTTATGATCTCTGTTACCGTGATCTATATCCG
ATCAGTCAATATGCTCTTCACTCCCTTCTTTATGGATTCTTTTCACTTTCTTACTCTATA
GTTTAATCCAAACAAATCGAAGCCTCCATTGAGGAAGTTGAAACTATGACAATGAAATCC
AACGGAGTCTCCCATCCCCATCGGAACCTCGAAGTCTCCCATCCCCATCGGAACCTCGAA
GTCTCCCATCGTCCTGTATTTTAAATTCATCTCAGCCGAATCAGAACTGATTTTTAGCTG
TTACTGCGAAAATATGGAGTAGAAGTCCCTCCTAGAATCTAAAAGATACTAATTCCTAAA
AATTTCGAAGAGATGCACATTCTTGCAGACACCGGCGAAGCAATGGATCTTGATCTGCTG
CATCAGCTGCCGTTTACTAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY17TF U 1
AF RR1GA25TF U 1
BS 1 566 RR1FY17TF
BS 567 740 RR1GA25TF

RD RR1FY17TF 566 0 0
GGAACACTAACGACGGCAATGAAGTAAACGTTTCCGATCTGTAAACAGCACGATTCCAAC
TTCGAATCGTGAGTTTCCACAACGATTCCAAACTCTATTTTTCAGAATCGCGTTTCTGGC
CGATTCCAGGCGATTCCGAACGCTTCTGTTTCCGCTTCCGCTTCCGGAGCGAGAATCGTG
GCTCCATCGGCGATTCCATGCAATTGCCTTCTTGGCGTGGACTCATCCTATTTCGTTTGG
CCCAAATCGACCCACTTCCCAAACACTAATATCCTATTGAAGCTTCGTTCAATTCTGACT
CACACTCTTCGTCTTCTCCTTTTTCGCGTTTATGATCTCTGTTACCGTGATCTATATCCG
ATCAGTCAATATGCTCTTCACTCCCTTCTTTATGGATTCTTTTCACTTTCTTACTCTATA
GTTTAATCCAAACAAATCGAAGCCTCCATTGAGGAAGTTGAAACTATGACAATGAAATCC
AACGGAGTCTCCCATCCCCATCGGAACCTCGAAGTCTCCCATCCCCATCGGAACCTCGAA
GTCTCCCATCGTCCTGTATTTTAAAT

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1GA25TF 740 0 0
GGAACACTAACGACGGCAATGAAGTAAACGTTTCCGATCTGTAAACAGCACGATTCCAAC
TTCGAATCGTGAGTTTCCACAACGATTCCAAACTCTATTTTTCAGAATCGCGTTTCTGGC
CGATTCCAGGCGATTCCGAACGCTTCTGTTTCCGCTTCCGCTTCCGGAGCGAGAATCGTG
GCTCCATCGGCGATTCCATGCAATTGCCTTCTTGGCGTGGACTCATCCTATTTCGTTTGG
CCCAAATCGACCCACTTCCCAAACACTAATATCCTATTGAAGCTTCGTTCAATTCTGACT
CACACTCTTCGTCTTCTCCTTTTTCGCGTTTATGATCTCTGTTACCGTGATCTATATCCG
ATCAGTCAATATGCTCTTCACTCCCTTCTTTATGGATTCTTTTCACTTTCTTACTCTATA
GTTTAATCCAAACAAATCGAAGCCTCCATTGAGGAAGTTGAAACTATGACAATGAAATCC
AACGGAGTCTCCCATCCCCATCGGAACCTCGAAGTCTCCCATCCCCATCGGAACCTCGAA
GTCTCCCATCGTCCTGTATTTTAAATTCATCTCAGCCGAATCAGAACTGATTTTTAGCTG
TTACTGCGAAAATATGGAGTAGAAGTCCCTCCTAGAATCTAAAAGATACTAATTCCTAAA
AATTTCGAAGAGATGCACATTCTTGCAGACACCGGCGAAGCAATGGATCTTGATCTGCTG
CATCAGCTGCCGTTTACTAA

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 3

CO CL2731Contig1 940 3 2 U
AAAAATTGTCGGAGCTGTGAATTTATTTTTCAATTGGTGCTGTTTTTAAGCTCTAACTTT
CAAAAGTTTTGTTTTGGAGGAAACAACAAACTCACCTTAGATAGGTCTTTGGTCAGTTAT
TGACCTTTATTGTCTCAAGGACACAATAACGCAAAAAAAAACATATAAATTTGTTTTATG
CCCTTTGCTCCACGTAAGACCCCGAGAGTCCTGAGGTTCCAAGAACGGTAACCTTTCCCC
ATTCTGAACCAAGCCCGCTGCATCTCATCTTCAAGTGGATCATCTTTGTTCCCAACTCCA
TCTCAACCTTCTTCTTCAAGTAAACTTCTTCAGGTCCAAAAGCATCTAGGTAGGTAGTAT
ACCTTTGATAAGCAAGACGCAGCGCTTTGGTTATATCTTCTGGTAAGGTCTTCACATTCT
CCCCACTCATTCCAATGCTATCATCGATCTCCATCTTTAAGGAAGTAAGAATCCCACCAA
ATTCCTCAACAGCCTCAGCTGCTCTGAACACATTCATCAAGGCCTCTTGCCCTTCCTTGT
CATCTGTGTTTTTCGAGACTGCGTTTTTGGCGTCTTTAACAACAGCAGAAGGTAGCGCTG
CCCAATCTGCCGCCATCAAATCTCTGAAAGATTTCAGAACATCACTGTCTTTGATTTCAG
GCATGTGAGACACATCTTCGCTAAAGCTGCGCACTTGTCCAATATCCATTGCTCGAGGAT
ACCGAGAATCGTGAGGAGTTCGATTAGAAGGAAACGAAGAAACAGCGAAGAATCCTCGCG
TTGAGAGGAAACGATGGCGCAACAGCTGACTGGGAGCGGCGGATCTGGATGATCGGAGCG
TAGCGACGGAGGCCGCCGCAGCGGTACGGCAGAGGGATCTCAGAAATGCCATCTTAGATT
TTTCGCTCTTCTCAAATCTGCTGTAATGCGAAAGCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1CZ82JQ U 109
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CTTTGATTTCAGGCATGTGAGACACATCTT

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CCCCACTCATTCCAATGCTATCATCGATCTCCATCTTTAAGGAAGTAAGAATCCCACCAA
ATTCCTCAACAGCCTCAGCTGCTCTGAACACATTCATCAAGGCCTCTTGCCCTTCCTTGT
CATCTGTGTTTTTCGAGACTGCGTTTTTGGCGTCTTTAACAACAGCAGAAGGTAGCGCTG
CCCAATCTGCCGCCATCAAATCTCTGAAAGATTTCAGAACATCACTGTCTTTGATTTCAG
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ACCGAGAATCGTGAGGAGT

QA 1 739 1 739
DS 

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TCAAC*TTCTTCTTCAAGTAAACTTCTTCAGGTCCAAAAGCATCTAGGTAGGTAGTATAC
CTTTGATAAGCAAGACGCAGCGCTTTGGTTATATCTTCTGGTAAGGTCTTCACATTCTCC
CCACTCATTCCAATGCTATCATCGATCTCCATCTTTAAGGAAGTAAGAATCCCACCAAAT
TCCTCAACAGCCTCAGCTGCTCTGAACACATTCATCAAGGCCTCTTGCCCTTCCTTGTCA
TCTGTGTTTTTCGAGACTGCGTTTTTGGCGTCTTTAACAACAGCAGAAGGTAGCGCTGCC
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GCGACGGAGGCCGCCGCAGCGGTACGGCAGAGGGATCTCAGAAATGCCATCTTAGATTTT
TCGCTCTTCTCAAATCTGCTGTAATGCGAAAGCTCTCC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 3

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TTTTAGGGGTTTTAAGCATTTGCAATGATGGACCTAACGAAGCTGAAGCCTCCACAGACC
ACGTTCGACTGCTCTGCGCTCTCCGTCTTCATCACAGTTCTGTTGACGTTACAGCTTGTA
TCTCAGCATCTATCTCACTGGAAGAACCCCAAGGAGCAAAAGGCCATACTCATCATTGTT
CTTATGGCTCCTATCTACGCCGTTGTCTCCTTTGTTGGGTTGTTAGATGTCAAAGGAAGT
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AAGTTCTTGGCGTTGATGTATAGTTACTTGAACATATCTATCAGCAAAAACATTGTCCCT
GATGGAATCAAAGGAAGAGAGATTCACCATTCTTTCCCTATGACTTCCTTCCAGCCTCAT
GTAGTTCGTCTGGATCATCGAACTCTGATACTTTTGAAATACTGGACATGGCAATTTGTG
GTCATCAGACCCGTGTGCTCCATCTTGATGATTGCTTTACAAATCATCGGGTTCTATCCT
TCTTGGTTGAGCTGGACGTTCACTATCGTTCTCAGCCTCTCTGTCTCTCTGGCGCTTTAT
TCACTTGTGGTATTCTACCACGTGTTTGCTAAGGAGCTTGCTCCTCACAATCCACTCGCA
AAGTTCCTCTGCATCAAAGGGATTGTCTTCTTCTGCTTCTGGCAGGGGATAGCACTAGAC
ATTCTGGTGGCAATGGGAGTGATCAAGTCTCACCATTTCTGGTTGGAGGTGGAACAGATC
CAGGAGGCTATTCAGAATGTGTTGGTGTGTTTAGAGATGGTTGTCTTCGCTGCGGTTCAG
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GAAACTTTTCCTTGTCACGATTGGGATAAGGGACGATAAATAATGTTTCGAGATATCATC
AGACAATAATGTTAAAACCACCCCACTATTTTCTCAAGTTTTGTTTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG69TF U 1
AF RR1AQ85TF U 20
AF RR1CG69JQ C 422
BS 1 64 RR1CG69TF
BS 65 65 RR1AQ85TF
BS 66 118 RR1CG69TF
BS 119 119 RR1AQ85TF
BS 120 122 RR1CG69TF
BS 123 123 RR1AQ85TF
BS 124 607 RR1CG69TF
BS 608 608 RR1AQ85TF
BS 609 654 RR1CG69TF
BS 655 719 RR1AQ85TF
BS 720 720 RR1CG69JQ
BS 721 824 RR1AQ85TF
BS 825 1128 RR1CG69JQ

RD RR1CG69TF 654 0 0
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TTTTGGGGGTTTTAAGCATTTGCAATGATGGACCTAACGAAGCTGAAGCCTCCACAGATC
ACTTTCGACTGCTCTGCGCTCTCCGTCTTCATCACAGTTCTGTTGACGTTACAGCTTGTA
TCTCAGCATCTATCTCACTGGAAGAACCCCAAGGAGCAAAAGGCCATACTCATCATTGTT
CTTATGGCTCCTATCTACGCCGTTGTCTCCTTTGTTGGGTTGTTAGATGTCAAAGGAAGT
GAAATCCTCTTCCTCTTCCTTGAATCCATCAAAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATTGCT
AAGTTCTTGGCGTTGATGTATAGTTACTTGAACATATCTATCAGCAAAAACATTGTCCCT
GATGGAATCAAAGGAAGAGAGATTCACCATTCTTTCCCTATGACTTCCTTCCAGCCTCAT
GTAGTTCGTCTGGATCATCGAACTCTGATACTTTTGAAATACTGGACATGGCAATTTGTG
GTCATCAGACCCGTGTGCTCCATCTTGATGATTGCTTTACAAATCATCGGGTTCTATCCT
TCTTGGT*GAGCTGGACGTTCACTATCGTTCTCAGCCTCTCTGTCTCTCTGGCG

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1AQ85TF 805 0 0
GG
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GCAATGATGGACCTAACGAAGCTGAAGCCTCCACAGACCACGTTCTACTGCTCTGCGCTC
TCCGTCTTCATCACGGTTCTGTTGACGTTACAGCTTGTATCTCAGCATCTATCTCACTGG
AAGAACCCCAAGGAGCAAAAGGCCATACTCATCATTGTTCTTATGGCTCCTATCTACGCC
GTTGTCTCCTTTGTTGGGTTGTTAGATGTCAAAGGAAGTGAAATCTTCTTCCTCTTCCTT
GAATCCATCAAAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATTGCTAAGTTCTTGGCGTTGATGTAT
AGTTACTTGAACATATCTATCAGCAAAAACATTGTCCCTGATGGAATCAAAGGAAGAGAG
ATTCACCATTCTTTCCCTATGACTTTCTTCCAGCCTCATGTAGTTCGTCTGGATCATCGA
ACTCTGAGACTTTTGAAATACTGGACATGGCAATTTGTGGTCATCAGACCCGTGTGCTCC
ATCTTGATGATAGCTTTACAAATCATCGGGTTCTATCCTTCTTGGTTGAGCTGGACGTTC
ACCATCGTTCTCAACCTCTCGGTTTCTCTGGCGCTTTATTCACTTGTGGTATTCTACCAC
GTGTTTGCTAAGGAGCTTGCTCCTCACAATCCACTCGCGAAGTTCCTCTGCATCAAAGGG
ATTGTCTTCTTCTGCTTCTGGCAGGGGATAGCACTAGACATTCTGGTGGCAATGGGAGTG
ATCAAGTCTCACCATTTCTGGTT

QA 3 805 3 805
DS 

RD RR1CG69JQ 707 0 0
A
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AGTTCGTCTGGATCATCGAACTCTGATACTTTTGAAATACTGGACATGGCAATTTGTGGT
CATCAGACCCGTGTGCTCCATCTTGATGATTGCTTTACAAATCATCGGGTTCTATCCTTC
TTGGTTGAGCTGGACGTTCACTATCGTTTTCAGCCTCTCTGTCTTTCTGGCGCTTTATTC
ACTTGTGGTATTCTACCACGTGTTTGCTAAGGAGCTTGCTCCTCACAATCCACTCGCAAA
GTTCCTCTGCATCAAAGGGATTGTCTTCTTCTGCTTCTGGCAGGGGATAGCACTAGACAT
TCTGGTGGCGATGGGAGTGATCAAGTCTCACCATTTCTGGTTGGAGGTGGAACAGATCCA
GGAGGCTATTCAGAATGTGTTGGTGTGTTTAGAGATGGTTGTCTTCGCTGCGGTTCAGAA
GCATGCTTATCATGTTGGTCCTTATAGCGGAGAGACCAAGAAGAAGCTCGATAAAAAGAC
AGAGTGATCTTGTCCCAACGGAAAATCGACTGGTTTTTGTTTAGGTGTTTGGAGACTTGA
AACTTTTCCTTGTCACGATTGGGATAAGGGACGATAAATAATGTTTCGAGATATCATCAG
ACAATAATGTTAAAACCACCCCACTATTTTCTCAAGTTTTGTTTGG

QA 2 707 2 707
DS 



AS 1 4

CO CL2733Contig1 1125 4 11 U
GGATGGATAACAAAGCCACCAATCAAATGGCATCCCTGGACCACATTCTTCGTCTTCTTC
CTCTGCTCTTCATCATCATCATCTCTTCCTTACAAGTTTTGCCAGCTTCAGCCAAATCTT
CAGACAAACTAAAAACCGCCACTACCATCCGTAAAGTAAACCGCAAAGGACCTTACGTAG
GTCTCGTGACGGTCATTGAGACAGAAGAAAATGCTTTCCTAGCTAGTGTCAAATTCAGAC
CCGATCCTACTCACCCGTTCATTGATCTCTCTGGTAGACGTTTTCGGATAGGAAAAATTC
AGGGAAAGAAGGTTATGTATGTCAGATGTGGGAGAGGAATGGTGAACGCCGCAGCAGCAA
CGCAACAAATGATAGACGTGTTCGATGCGAAGGGGATTGTGCACTTTAGGATTGCAGGAA
ATATAAACAACTCAATGTCCATAGGAGACGCGACCATTCCTAATCAAATCACTAATGCTG
GCTTGTGGGATTGGCTGAATCCAGACAAAGTAGAGGGAGGTGACGATGAAGCGTACTTAG
ATATTGGGAACTACAATGTTCCACAAAGAGAAGGCAACAACAATATGTTAGGGAGTTTTA
GATACGGTAACGAGCAACTGTATTCAGTCACTGGTCACATCAATTCACCTCAGAACGTGT
TTTGGATAAATACAACTAAAGAGTGGCTTCATCTTGCAGCTGATCTAGAGAAGATAGAGT
TGTTGCAGTGCGTGAATTCAACTTTGTGTCTTCCAGAGAAACCAAAACTGGTAGTTGGAT
TAAAGGCAGCCACTGCTAACATATTCGTGGATAACGCAGTCTACAGAGACTTCTTATACG
ATACATTTGAGGTTTCCTCCTCAGACATGGAGAGTTCTGCAGTGGCTATGACGTGCGTGT
CGAACGGGTACCCAGTAATTGTAATAAGGGGGTTATCAGATTTAGCTGGAGCACAAAGAG
GAACCAATGCTATTCGAAAGTTCGGATCTTTGGCTGCTGCTAACACTGCAAAAGCTGTTC
TAGAGTTCATCAAGAAGCTACCACCAAACTACAACTTTGAATCCTATCATGAGTGATTTA
ATCTGTAATCTTCTTTTATCAAATATAATTAGAGCTCATATAACT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1CI20TF U 1
AF RR1AS94TF U 2
AF RR1AS94JQ C 273
AF RR1CI20JQ C 386
BS 1 218 RR1CI20TF
BS 219 219 RR1AS94TF
BS 220 316 RR1CI20TF
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BS 388 388 RR1AS94TF
BS 389 736 RR1CI20TF
BS 737 748 RR1AS94TF
BS 749 814 RR1AS94JQ
BS 815 815 RR1CI20JQ
BS 816 1125 RR1AS94JQ

RD RR1CI20TF 736 0 0
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CTCTGCTCTTCATCATCATCATCTCTTCCTTACAAGTTTTGCCAGCTTCAGCCAAATCTT
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GTCTCGTGACGGTCATTGAGACAGAAGAAAATGCTTTC*TAGCTAGTGTCAAATTCAGAC
CCGATCCTACTCACCCGTTCATTGATCTCTCTGGTAGACGTTTTCGGATAGGAAAAATTC
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CGCAACAAATGATAGACGTGTTCGATGTGAAGGGGATTGTGCACTTTAGGATTGCAGGAA
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GCTTGTGGGATTGGCTGAATCCAGACAAAGTAGAGGGAGGTGACGATGAAGCGTACTTAG
ATATTGGGAACTACAATGTTCCACAAAGAGAAGGCAACAACAATATGTTAGGGAGTTTTA
GATACGGTAACGAGCAACTGTATTCAGTCACTGGTCACATCAATTCACCTCAGAACGTGT
TTTGGATAAATACAACTAAAGAGTGGCTTCATCTTGCAGCTGATCTAGAGAAGATAGAGT
TGTTGCAGTGCGTGAA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1AS94TF 747 0 0
GATGGATAACAAAGCCACCAATCAAATGGTATCCCTGGACCACATTCTTCGTCTTCTTCC
TCTGCTCTTCATCATCATCATCTCTTCCTTACAAGTTTTGCCAGCTTCAGCCAAATCTTC
AGACAAACTAAAAACCGCCACTACCATCCGTAAAGTAAACCGCAAAGGACCTTACGTAGG
TCTCGTGACGGTCATTGAGACAGAAGAAAATGCTTTCCTAGCTAGTGTCAAATTCAGACC
CGATCCTACTCACCCGTTCATTGATCTCTCTGGTAGACGTTTTCGGATAGGAAAAATTCA
GGGAAAGAAGGTTATGTATGTCAGATGTGGGAGAGGAATGGTGAACGCCGCAGCAGCAAC
GCAACAAATGATAGACGTGTTCGATGCGAAGGGGATTGTGCATTTTGGGATTGCAGGAAA
TATAAACAACTCAATGTCCATAGGAGACGTGACCATTCCTAATCAAATCACTAATGCTGG
CTTGTGGGATTGGCTGAATCCAGACAAAGTAGAGGGAGGTGACGATGAAGCGTACTTAGA
TATTGGGAACTACAATGTTCCACAAAGAGAAGGCAACAACAATATGTTAGGGAGTTTTAG
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TTGGATAAATACAACTAAAGAGTGGCTTCATCTTGCAGCTGATCTAGAGAAGATAGAGTT
GTTGCAGTGCGTGAATTCAACTTTGTG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1AS94JQ 853 0 0
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AGAGGAATGGTGAACGCCGCAGCAGCAACGCAACAAATGATAGACGTGTTCGATGCGAAG
GGGATTGTGCATTTTGGGATTGCAGGAAATATAAACAACTCAATGTCCATAGGAGACGTG
ACCATTCCTAATCAAATCACTAATGCTGGCTTGTGGGATTGGCTGAATCCAGACAAAGTA
GAGGGAGGTGACGATGAAGCGTACTTAGATATTGGGAACTACAATGTTCCACAAAGAGAA
GGCAACAACAATATGTTAGGGAGTTTTAGATATGGTAACGAGCAACTGTATTCAGTCACT
GGTCACATCAATTCACCTCAGAACGTGTTTTGGATAAATACAACTAAAGAGTGGCTTCAT
CTTGCAGCTGATCTAGAGAAGATAGAGTTGTTGCAGTGCGTGAATTCAACTTTGTGTCTT
CCAGAGAAACCAAAACTGGTAGTTGGATTAAAGGCAGCCACTGCTAACATATTCGTGGAT
AATGCAGTCTACAGAGACTTCTTATACGATACATTTGAGGTTTCCTCCTCAGACATGGAG
AGTTCTGCAGTGGCTATGACGTGCGTGTCGAACGGGTACCCAGTAATTGTAATAAGGGGG
TTATCAGATTTAGCTGGAGCACAAAGAGGAACCAATGCTATTCGAAAGTTCGGATCTTTG
GCTGCTGCTAACACTGCAAAAGCTGTTCTAGAGTTCATCAAGAAGCTACCACCAAACTAC
AACTTTGAATCCTATCATGAGTGATTTAATCTGTAATCTTCTTTTATCAAATATAATTAG
AGCTCATATAACT

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR1CI20JQ 737 0 0
TGT
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CGCGACCATTCCTAATCAAATCACTAATGCTGGCTTGTGGGATTGGCTGAATCCAGACAA
AGTAGAGGGAGGTGACGATGAAGCGTACTTAGATATTGGGAACTACAATGTTCCACAAAG
AGAAGGCAACAACAATATGTTAGGGAGTTTTAGATACGGTAACGAGCAACTGTATTCAGT
CACTGGTCACATCAATTCACCTCAGAACGTGTTTTGGATAAATACAACTAAAGAGTGGCT
TCATCTTGCAGCTGATCTAGAGAAGATAGAGTTGTTGCAGTGCGTGAATTCAACTTTGTG
TCTTCCAGAGAAACCAAAACTGGTAGTTGGATTAAAGGCAGCCACTGCTAACATATTCGT
GGATAACGCAGTCTACAGAGACTTCTTATACGATACATTTGAGGTTTCCTCCTCAGACAT
GGAGAGTTCTGCAGTGGCTATGACGTGCGTGTCGAACGGGTACCCAGTAATTGTAATAAG
GGGGTTATCAGATTTAGCTGGAGCACAAAGAGGAACCAATGCTATTCGAAAGTTCGGATC
TTTGGCTGCTGCTAACACTGCAAAAGCTGTTCTAGAGTTCATCAAGAAGCTACCCCCAAA
CTACAACTTTGAATCCTATCATGAGTGATTTAATCTGTAATCTTCTTTTATCAAATATAA
TTAGAGCTCATATA

QA 4 737 4 737
DS 



AS 1 3

CO CL2734Contig1 957 3 5 U
ACAAAATAAAATATTTTAAAATTTAATATATCAAAATTGTTTACAAAATAACCAAAACCT
ATAAAACATAACTAAATCTAAAGCCAACAATGGACAGAAGTCTTGAGCTCACTTGACCTA
AACTAAGTTGATTTGTTACATGTTACCCAAAGATTGCACTCACATCCTCCAATACTCAGA
CTTCCACGATTGAAGTGTAAAAGAGTAAGGTTGTTCATACACAGTCTTCATCGTCCTTGG
ACTTAGCGTTGAGACCATCAAATCCAGCTTGGTTAAAACCAGTGATATAAGATCGATATC
ACTTGTTGGAAGATAAAGCACCGTTTTGTATGAGCCAAGAACTTCTAACTGATTCAACAA
TATCTTGAAGTGTAAACATCCGTTTATATAATTCCTCCTTTAACTATGAACTCAACACAA
GGAAGAAGAAACAGAGAGAAACCACAGAGAAGAGGAGAGTAACAAGCCAGTGTTTTGATC
AGTTCGAAATTCCTTCAAAAGGTGAGAACTTTCCTGAAACCTGTATCACCATCCACAAAA
AGAAAATCTTTAGAGGCCGTAGAATGTGGAACGATGTTAGGGGGTAGAGGTGGAGGTGGG
GGGTAAACCCTGAGAAAGAGAACGCTATGACGTAATTTGCTATGACGTAATTTGCTTCTA
TCATCTTTGTTTCTCTCATCCTTGTTTCTACAAAAAACAAAATCATAAACCAGGAAGGTT
CAAGCTTAGGGGAGAGGTCGACGACGGTCAGAGATTTCAGTGGGAGAGATAAACATAGAG
GATAGCCGTGAGAGAAGAAGGCACACAGAGAGATAAGGTCGATGGTGAAGAGACTAGCAA
GAGTTCAGAGAGAAGGAGAAATAGATCTGAAACAAGAGAGAAAAAGACATTCGAAGTCGC
CTAGCTTTCCTGAGACCAAACCAGACTAGGGTTTTTTTTTTTCTTTTTCGGGGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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TTTCTTTTTCGGGGAGCC

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DS 



AS 1 4

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CTAGACAAAGCCATGACTGCTTATGGTTATGAGATTCTTCAAACCCTGATCATCGACATT
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GTGGCTGCGAACGAGAAAGCCGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGAGAGCGGAGGGT
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GACGGTCTGAGAGACAGTGTTCTCGGTTTCGCAGGAAACGTGCCTGGGACGTCAGCGAAG
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AGCTCCAAATCTTCGGCGGTGTTTATCCCTCACGGTCCAGGCGCCGTCGCTGACGTGGCG
GCACAGATTCGAAATGGATTACTGCAGGCCCACCAGACCAATGCTTAAAGGGCTCAGTCA
AGAGTCCACTGTCCGAAAAGTCGTCTCCACCCTGTTGTTTTACTGATATTTTTTTATTGA
AAATAGATATCCTTAAAAAATATAAAATGCTATGCTGATTGTGGTTTGATATTTTTCCTT
TTCCATGTGATAATGTTTTTTTTTTTGGGTCTTTCCTTGTTGTTTTGTATTTATTTTGAG
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GCTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1CF48TF U 1
AF RR1BJ11TF U 693
AF RR1CJ19TF U 693
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CTCCAGTTTGTGCCCTGGGTCATAGGTGATTATGTCGCCGGTCACCTCACCCTCCGTCTC
CAGCAACTTGATGTTCAATGCGAAACCAAAACAAAGGACAATGTGTTTGTGACAGTGGTT
GCATCCATACAATACAGAGTCTTGGTTGACAAGGCAAGTGATGCCTTCTACAGACTTAGC
AACCCTACTTCCCAAATCAAAGCCTATGTCTTCGACGTGATCAGAGCATGTGTACCAAGG
CTGAACTTGGACGATGTGTTCGAGCAGAAGAATGAAATAGCCAAATCCGTGGAAGAAGAG
CTAGACAAAGCCATGACTGCTTATGGTTATGAGATTCTTCAAACCCTGATCATCGACATT
GAGCCTGATCAACGGGTTAAACGTGCCATGAACGAAATCAACGCCGCGGCGAGGATGAGG
GTGGCTGCGAACGAGAAAGCCGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGAGAGCGGAGGGT
GAAGCTGAGTCCAAGTACCTTTCTAGACTCGGTATCGCTCGTCAGAGACAAGCTATCGTG
GACGG*CTGAGAGACAGTGTT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1BJ11TF 487 0 0
G
ATCGCTCGTCAGAGACAAGCTATCGTGGACGGTCTGAGAGACAGTGTTCTCGGTTTCGCA
GGAAACGTGCCTGGGACGTCAGCGAAGGATGTGTTGGACATGGTGATGATAACTCAGTAC
TTTGACACGATGAGAGATATCGGAGCTAGCTCCAAATCTTCGGCGGTGTTTATCCCTCAC
GGTCCAGGCGCCGTCGCTGACGTGGCGGCACAGATTCGAAATGGATTACTGCAGGCCCAC
CAGACCAATGCTTAAAGGGCTCAGTCAAGAGTCCACTGTCCGAAAAGTCGTCTCCACCCT
GTTGTTTTACTGATATTTTTTTATTGAAAATAGATATCCTTAAAAAATATAAAATGCTAT
GCTGATTGTGGTTTGATATTTTTCCTTTTCCATGTGATAATGTTTTTTTTTTTGGGTCTT
TCCTTGTTGTTTTGTATTTATTTTGAGAATTCAGTTTGTATGTGAAAATTTATAACTATC
TCT
AAG

QA 2 484 2 484
DS 

RD RR1CJ19TF 484 0 0
G
ATCGCTCGTCAGAGACAAGCTATCGTGGACGGTCTGAGAGACAGTGTTCTCGGTTTCGCA
GGAAACGTGCCTGGGACGTCAGCGAAGGATGTGTTGGACATGGTGATGATAACTCAGTAC
TTTGACACGATGAGAGATATCGGAGCTAGCTCCAAATCTTCGGCGGTGTTTATCCCTCAC
GGTCCAGGCGCCGTCGCTGACGTGGCGGCACAGATTCGAAATGGATTACTGCAGGCCCAC
CAGACCAATGCTTAAAGGGCTCAGTCAAGAGTCCACTGTCCGAAAAGTCGTCTCCACCCT
GTTGTTTTACTGATATTTTTTTATTGAAAATAGATATCCTTAAAAAATATAAAATGCTAT
GCTGATTGTGGTTTGATATTTTTCCTTTTCCATGTGATAATGTTTTTTTTTTTGGGTCTT
TCCTTGTTGTTTTGTATTTATTTTGAGAATTCAGTTTGTATGTGAAAATTTATAACTATC
TCT

QA 2 484 2 484
DS 

RD RR1CF48JQ 670 0 0
CATTGAGCCTGATCAACGGGTTAAACGTGCCATGAACGAAATCAACGCCGCGGCGAGGAT
GAGGGTGGCTGCGAACGAGAAAGCCGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGAGAGCGGA
GGGTGAAGCTGAGTCCAAGTACCTTTCTAGACTCGGTATCGCTCGTCAGAGACAAGCTAT
CGTGGACGGTCTGAGAGACAGTGTTCTCGGTTTCGCAGGAAACGTGCCTGGGACGTCAGC
GAAGGATGTGTTGGACATGGTGATGATAACTCAGTACTTTGACACGATGAGAGATATCGG
AGCTAGCTCCAAATCTTCGGCGGTGTTTATCCCTCACGGTCCAGGCGCCGTCGCTGACGT
GGCGGCACAGATTCGAAATGGATTACTGCAGGCCCACCAGACCAATGCTTAAAGGGCTCA
GTCAAGAGTCCACTGTCCGAAAAGTCGTCTCCACCCTGTTGTTTTACTGATATTTTTTTA
TTGAAAATAGATATCCTTAAAAAATATAAAATTCTATGCTGATTGTGGTTTGATATTTTT
CCTTTTCCATGTGATAATGTTTTTTTTTT*GGGTCTTTCCTTGTTGTTTTGTATTTATTT
TGAGAATTCAGTTTGTATGTGAAAATTTATAACTATCTCTAATTATATGTTTTCAAAGTT
TTAAGCTGTC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 4

CO CL2736Contig1 471 4 13 U
GGATCTCACAAAGTAACCAAAAAATTATTTGCAAAGAACAAATACAATGTCAACATCTAG
ATTTACTTTATTTTGTATTGTCCTAGTTTTACTTGGTAGTTTTCATGAAGATGCTAACTT
AAAAGTTGATGCGCGGGGACCATATTGCTATAGAGAAAATGATTCTAGATGGTGCTGTAC
CGCAAAACCAAAACAGTGCCGAAGCATCAAAGTGGATTGTGACGCGATTTGTAAACCCAA
ACGCCGTCTTTAAAATTTCCAGAAGAAAAATTCTCTAATTATATATTTCAAATAATTCTG
TACTTCTATTATTCTAATTAAGTAATAAATAGCAAATCCTGCTATACAGGAACAACTAGT
TTTGTCTGCTAAAAGACTTTTATATATTTCTTTGAATTGCTCAATTTTTTTTCTTTGGTT
TCTGTCTTACTTTCTGAAAGTGTATTTAATAAATCTATATATGTTTTAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F329TF U 6
AF RR1CC47TF U 4
AF RR1CR89JQ C 1
AF RR1CR89TF U 1
BS 1 7 RR1CR89JQ
BS 8 17 RR1F329TF
BS 18 18 RR1CC47TF
BS 19 84 RR1F329TF
BS 85 85 RR1CC47TF
BS 86 104 RR1F329TF
BS 105 105 RR1CC47TF
BS 106 360 RR1F329TF
BS 361 361 RR1CC47TF
BS 362 389 RR1F329TF
BS 390 390 RR1CC47TF
BS 391 401 RR1F329TF
BS 402 471 RR1CR89TF

RD RR1F329TF 397 0 0
GG
ACAAAGTAACAAAAAAATTATTTGCAAAGAACAAATACAATGTCAACATCTAGATTTACT
TTATTTTGTATTGTCCTGGTTTTACTTGGTAGTTTTCCTGAAGATGCTAACTTAAAAGTT
GATGCGCGGGGACCATATTGCTATAGAGAAAATGATTCTAGATGGTGCTGTACCGCAAAA
CCAAAACAGTGCCGAAGCATCAAAGTGGATTGTGACGCGATTTGTAAACCCAAACGCCGT
CTTTAAAATTTCCAGAAGAAAAATTCTCTAATTATATATTTCAAATAATTCTGTACTTCT
ATTATTCTAATTAAGTAATAAATAGCAAATCCTGCTATACAGGAACAACTAGTGTTGTCT
GCTAAAAGACTTTTATATATTTATTTGAATTGCT
C

QA 3 396 3 396
DS 

RD RR1CC47TF 398 0 0
GCTC
ACAAAGTAACCAAAAAATTATTTGCAAAGAACAAATACAATGTCAACATCTAGATTTACT
TTATTTTGTATTGTCCTAGTTTTACTTGGTAGTTTTCATGAAGATGCTAACTTAAAAGTT
GATGCGCGGGGACCATATTGCTATAGAGAAAATGATTCTAGATGGTGCTGTACCGCAAAA
CCAAAACAGTGCCGAAGCATCAAAGTGGATTGTGACGCGATTTGTAAACCCAAACGCCGT
CTTTAAAATTTCCAGAAGAAAAATTCTCTAATTATATATTTCAAATAATTCTGTACTTCT
ATTATTCTAATTAAGTAATAAATAGCAAATCCTGCTACACAGGAACAACTAGTTTTGTCT
GCTAAAAGACTTTTATATATTTCTTTGAATTGCT

QA 5 398 5 398
DS 

RD RR1CR89JQ 471 0 0
GGATCTCACAAAGTAACCAAAAAATTATTTGCAAAGAACAAATACAATGTCAACATCTAG
ATTTACTTTATTTTGTATTGTCCTAGTTTTACTTGGTAGTTTTCATGAAGATGCTAACTT
AAAAGTTGATGCGCGGGGACCATATTGCTATAGAGAAAATGATTCTAGATGGTGCTGTAC
CGCAAAACCAAAACAGTGCCGAAGCATCAAAGTGGATTGTGACGCGATTTGTAAACCCAA
ACGCCGTCTTTAAAATTTCCAGAAGAAAAATTCTCTAATTATATATTTCAAATAATTCTG
TACTTCTATTATTCTAATTAAGTAATAAATAGCAAATCCTGCTATACAGGAACAACTAGT
TTTGTCTGCTAAAAGACTTTTATATATTTCTTTGAATTGCTCAATTTTTTTTCTTTGGTT
TCTGTCTTACTTTCTGAAAGTGTATTTAATAAATCTATATATGTTTTAGAT

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1CR89TF 471 0 0
GGATCTC
ACAAAGTAACCAAAAAATTATTTGCAAAGAACAAATACAATGTCAACATCTAGATTTACT
TTATTTTGTATTGTCCTAGTTTTACTTGGTAGTTTTCATGAAGATGCTAACTTAAAAGTT
GATGCGCGGGGACCATATTGCTATAGAGAAAATGATTCTAGATGGTGCTGTACCGCAAAA
CCAAAACAGTGCCGAAGCATCAAAGTGGATTGTGACGCGATTTGTAAACCCAAACGCCGT
CTTTAAAATTTCCAGAAGAAAAATTCTCTAATTATATATTTCAAATAATTCTGTACTTCT
ATTATTCTAATTAAGTAATAAATAGCAAATCCTGCTATACAGGAACAACTAGTTTTGTCT
GCTAAAAGACTTTTATATATTTCTTTGAATTGCTCAATTTTTTTTCTTTGGTTTCTGTCT
TACTTTCTGAAAGTGTATTTAATAAATCTATATATGTTTTAGAT

QA 8 471 8 471
DS 



AS 1 4

CO CL2737Contig1 560 4 3 U
GGAGATCTAATATAAAACAATCTACTCTCTCACAATAATATACTTCATAATAGATAAAAA
ATAAAGAACAAGAAGATGGCAGGATCGTCTAGCTCTTCCAAGTCTTCTTTGGCCATGCTC
ATGAAGGTGGCCATGCTGGTGGCGCTGGTCTTGGTGGCGACGGTGGCGGATGGACAGAGC
TGCAATAGACACTTGAGCGGACTGAACGTGTGTGGTGAGTTTGTCGTTCCTGGAGCGGAC
AAGACGAACCCGAGTGCCGAGTGTTGCAACGCTCTTGAAGCAGTGCCGAGCGAATGCCTT
TGCAACACGCTTCGCATTGCCTCTAGGCTTCCCACTCGCTGCAGCATCCCTACGCTTTCA
TGCAGCTAATGTTATGGACGTGGTTATATTTATGAGAGGCATGGGGAGAGATCATGGAGA
TAAGATATTTAAGAATAAAACTCTGAGTTTGAACTGTAGTTTTTCCTTTTTTCTTTTCTG
AAAGTCGCTGTAAAACCAATGGGTTTGGAATAAAAGATGAATAATATTAAATCATAAATT
ATTCGAATGGTTGATAAACG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AP59TF U 1
AF RR1GW86TF U 1
AF RR1GW86JQ C 293
AF RR1H921TF U 276
BS 1 529 RR1AP59TF
BS 530 540 RR1GW86TF
BS 541 560 RR1H921TF

RD RR1AP59TF 529 0 0
GGAGATCTAATATAAAACAATCTACTCTCTCACAATAATATACTTCATAATAGATAAAAA
ATAAAGAACAAGAAGATGGCAGGATCGTCTAGCTCTTCCAAGTCTTCTTTGGCCATGCTC
ATGAAGGTGGCCATGCTGGTGGCGCTGGTCTTGGTGGCGACGGTGGCGGATGGACAGAGC
TGCAATAGACACTTGAGCGGACTGAACGTGTGTGGTGAGTTTGTCGTTCCTGGAGCGGAC
AAGACGAACCCGAGTGCCGAGTGTTGCAACGCTCTTGAAGCAGTGCCGAGCGAATGCCTT
TGCAACACGCTTCGCATTGCCTCTAGGCTTCCCACTCGCTGCAGCATCCCTACGCTTTCA
TGCAGCTAATGTTATGGACGTGGTTATATTTATGAGAGGCATGGGGAGAGATCATGGAGA
TAAGATATTTAAGAATAAAACTCTGAGTTTGAACTGTAGTTTTTCCTTTTTTCTTTTCTG
AAAGTCGCTGTAAAACCAATGGGTTTGGAATAAAAGATGAATAATATTA

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1GW86TF 540 0 0
GGAGATCTAATATAAAACAATCTACTCTCTCACAATAATATACTTCATAATAGATAAAAA
ATAAAGAACAAGAAGATGGCAGGATCGTCTAGCTCTTCCAAGTCTTCTTTGGCCATGCTC
ATGAAGGTGGCCATGCTGGTGGCGCTGGTCTTGGTGGCGACGGTGGCGGATGGACAGAGC
TGCAATAGACACTTGAGCGGACTGAACGTGTGTGGTGAGTTTGTCGTTCCTGGAGCGGAC
AAGACGAACCCGAGTGCCGAGTGTTGCAACGCTCTTGAAGCAGTGCCGAGCGAATGCCTT
TGCAACACGCTTCGCATTGCCTCTAGGCTTCCCACTCGCTGCAGCATCCCTACGCTTTCA
TGCAGCTAATGTTATGGACGTGGTTATATTTATGAGAGGCATGGGGAGAGATCATGGAGA
TAAGATATTTAAGAATAAAACTCTGAGTTTGAACTGTAGTTTTTCCTTTTTTCTTTTCTG
AAAGTCGCTGTAAAACCAATGGGTTTGGAATAAAAGATGAATAATATTAAATCATAAATT

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1GW86JQ 248 0 0
AATGCCTTTGCAACACGCTTCGCATTGCCTTTAGGCTTCCCACTCGCTGCAGCATCCCTA
CGCTTTCATGCAGCTAATGTTATGGACGTGGTTATATTTATGAGAGGCATGGGGAGAGAT
CATGGAGATAAGATATTTAAGAATAAAACTTTGAGTTTGAACTGTAGTTTTTCCTTTTTT
TTTTTTTGAAAGTCGCTGTAAAACCAATGGGTTTGGAATAAAAGATGAATAATATTAAAT
CATAAATT

QA 1 248 1 248
DS 

RD RR1H921TF 285 0 0
G
GAAGCAGTGCCGAGCGAATGCCTTTGCAACACGCTTCGCATTGCCTCTAGGCTTCCCACT
CGCTGCAGCATCCCTACGCTTTCATGCAGCCAATGTTATGGACGTGGTTATATTTATGAG
AGGCATGGGGAGAGATCATGGAGATAAGATATTTAAGAATAAAACTCTGAGTTTGAACTG
TAGTTTTTCCTTTTTTCTTTTCTGAAAGTCGCTGTAAAACCAATGGGTTTGGAATAAAAG
ATGAATAATATTAAATCATAAATTATTCGAATGGTTGATAAACG

QA 2 285 2 285
DS 



AS 1 4

CO CL2738Contig1 528 4 3 U
GGGCTCTTTCTCTCCCACCTTCTTCTTACTCCGATCTATCTATCACCCTTTAAAGATGAG
CTTGAAGGCTACGATCGTAATATTAGGGCTCGCCTGGAGCTTCCAGGCAGCGTTAGGGAT
TAGATTCGTGATAGACAGAGAAGAATGCTTCTCCCACAAGGCTATTGACGTTTGATTCTT
GCTTTTGGTCTGAAGTTGAGGAAGCTTTGATCGCAATCAATGAGTTGAAGAAGACACAAG
GAGGTGAGAGAGCAGTTTCATGAAGTGGTGGAAAGAGTACAAAGATGTCGTCAAAGTGTT
TGGTTCTTCTTCACCTTCTGAGTTGACCAAGTTTATGAACGATAGGAAGTACGAGAGTTA
TGGTCAAGCCTGCTGAAGAATAGTGATTTACATTTTTTACTCTTTAAACCGTATCATTAA
ATGTGAGTTGATGATTTGATGACCTTAGTAAGGAACCATTGATTTGATGACCTTGTAAAC
ATCTCTTCCAGTAATCACGGTTTTACTACAGAAAAATGTTTTAGTTGC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G659TF U 1
AF RR1FY47JQ C 1
AF RR1FY47TF U 1
AF RR1G659JQ C 1
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GCTTTTGGTCTGAAGTTGAGGAAGCTTTGATCGCAATCAATGAGTTGAAGAAGACACAAG
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QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 4

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AAGGAGAAGGGATGCCACTTCACTACAGCACAAAGAAAGGCAACCTCTTTGTCACTTTTG
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CTTAGTACTCTCTCTTTAGAATTTTGTTGTTTAAATAGAACTTGTAATGATCCTTAATAT
TTGTAACACTACTAGGTTTGTTTTAATATAGAATGATTGATCTAATTGTCTTTTTATGTA
TCAAATTCTTTCATGATTTCACTAAAATATGATTTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR1F571TF U 1
AF RR1A730TF U 25
AF RR1A730JQ C 84
AF RR1F571JQ C 327
BS 1 381 RR1F571TF
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BS 817 819 RR1A730JQ

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TCAAATTCTTTCATGATTTCACTAAAATATGATTTA

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DS 

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G
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GTTGTTTAAATAGAACTTGTAATGATCCTTAATATTTGTAACACTACTAGTTT*GTTTTA
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AATATGATTTA
C

QA 2 792 2 792
DS 

RD RR1A730JQ 736 0 0
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DS 

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GTTGGTTTTGAGAAGTCATTCAAACACTTGGATGATCACGATGTTGACATCGGTTCCAAG
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AGCACAAAGAAAGGCAACCTTTTTGTCACTTTTGAGGTTTTGTTTCCTTCTTCACTCACT
GAGGATCAGAAGAAGAATATCAAACAAGTCTTGGCTTAGTACTCTCTCTTTAGAATTTTG
TTGTTTAAATAGAACTTGTAATGATCCTTAATATTTGTAACACTACTAGGTTTGTTTTAA
TATAGAATGATTGATCTAATTGTCTTTTTATGTATCAAATTCTTTCATGATTTCACTAAA
ATATGATTTA
C

QA 1 490 1 490
DS 



AS 2 4

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ATCCACTGATCTGTTGAGAGAGACACACATCCAGCAACAGATTCCATCACCATCTCTATC
CCTTTATTTCTCTTATTTTTATTTCTGTTTGCATCTTTTGTTTGAATCATTTTATAAATC
TAAAATCCATAAAAATCATCTCTGTTTCTGTTCTTGTTTTATTTTCATAGTTTGCTTCTG
TTCTTATTTTTATAAATCCATAAAACTCATAAAAAGTTTCTTTTGTTTCAGGTACAGTTT
TGGACAGTTTTGATCCAAGCATCAAGTCCTTTCAAAACCAGTACCAAAATCGACCAGAAT
CTCATTCTCCAAGCCATTAGTTTGCAGTCTGGTTCCCAGCCTGTAACATTTGGTATCAGA
GCTAAAGGCTCCAAAAGATTTGGTTATTTCTATCCTTTAGTTCATCCTTGTTTCAGTTTC
TGCATTCTTGCATCTTTTAAAAAAAAATTGTTCTTTGTTGTTCTTGCTGTTCTTGGTTGT
TCTTGCTGTTCATAGCATTGTTCATCCTAGGATTGCTAGATCATTTCGTGCATCCCATCA
TCTGATCAATCTGTTTGTGCACTTTGGTCGATTTTGCTTTCCATATTCAGCATTATTTGA
TCATTCTTGCATTTATTTGATTGCATTTGCATTCCATATTTAGTAGATTGATTAGTTTGC
ATTTAATCCTGATAGAATCTCATTTAGTTTGCATTTATTCTTGTCAATCATAATTTAAAA
AAAAAAAGATTTCAATCATCATTAATTTTGATTTGCATTTAAAGTTTGATTTTCTTTCTC
TTTTTAAATTTTTTCGACTTTAATTCTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F572TF U 1
AF RR1F572JQ C 257
BS 1 686 RR1F572TF
BS 687 1052 RR1F572JQ

RD RR1F572TF 686 0 0
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GCCTTTGCAAAGAAAACCCTAAGTCTTTCTAGTGTGAGAAGCAAGGGAGAGCAGCCTGAA
TCTTATCAAGCTCCAACCATCAAGCTTGTGGCGATTCTTCATCCCATCAATCCCCCCAAC
GATTTGCCTTGAGAGTGATACACATCCAGCAAGGCCAATCCCATCTTCTACTCATCATCC
ATCCACTGATCTGTTGAGAGAGACACACATCCAGCAACAGATTCCATCACCATCTCTATC
CCTTTATTTCTCTTATTTTTATTTCTGTTTGCATCTTTTGTTTGAATCATTTTATAAATC
TAAAATCCATAAAAATCATCTCTGTTTCTGTTCTTGTTTTATTTTCATAGTTTGCTTCTG
TTCTTATTTTTATAAATCCATAAAACTCATAAAAAGTTTCTTTTGTTTCAGGTACAGTTT
TGGACAGTTTTGATCCAAGCATCAAGTCCTTTCAAAACCAGTACCAAAATCGACCAGAAT
CTCATTCTCCAAGCCATTAGTTTGCAGTCTGGTTCCCAGCCTGTAACATTTGGTATCAGA
GCTAAAGGCTCCAAAAGATTTGGTTATTTCTATCCTTTAGTTCATCCTTGTTTCAGTTTC
TGCATTCTTGCATCTTTTAAAAAAAA

QA 1 686 1 686
DS 

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AGAGAGAC
ACACATCCAGCAACAGATTCCATCACCATCTCTATCCCTTTATTTCTCTTATTTTTATTT
CTGTTTGCATCTTTTGTTTGAATCATTTTATAAATCTAAAATCCATAAAAATCATCTCTG
TTTCTGTTCTTGTTTTATTTTCATAGTTTGCTTCTGTTCTTATTTTTATAAATCCATAAA
ACTCATAAAAAGTTTCTTTTGTTTCAGGTACAGTTTTGGACAGTTTTGATCCAAGCATCA
AGTCCTTTCAAAACCAGTACCAAAATCGACCAGAATCTCATTCTCCAAGCCATTAGTTTG
CAGTCTGGTTCCCAGCCTGTAACATTTGGTATCAGAGCTAAAGGCTCCAAAAGATTTGGT
TATTTCTATCCTTTAGTTCATCCTTGTTTCAGTTTCTGCATTCTTGCATCTTTTAAAAAA
AAATTGTTCTTTGTTGTTCTTGCTGTTCTTGGTTGTTCTTGCTGTTCATAGCATTGTTCA
TCCTAGGATTGCTAGATCATTTCGTGCATCCCATCATCTGATCAATCTGTTTGTGCACTT
TGGTCGATTTTGCTTTCCATATTCAGCATTATTTGATCATTCTTGCATTTATTTGATTGC
ATTTGCATTCCATATTTAGTAGATTGATTAGTTTGCATTTAATCCTGATAGAATCTCATT
TAGTTTGCATTTATTCTTGTCAATCATAATTTAAAAAAAAAAAGATTTCAATCATCATTA
ATTTTGATTTGCATTTAAAGTTTGATTTTCTTTCTCTTTTTAAATTTTTTCGACTTTAAT
TCTTTCCC

QA 9 796 9 796
DS 



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TTCTTCATCCCATCCACCATCCAACGATTTGCCTTGAGAGTGATACACATCCAGCAAGGC
CAATCCCATCTTCTACTCATCATCCATCCACTGATCTGTTGGGAGTGATACACATCCAAC
AACAGATTCCATCACCATCTCTATCCCTTTTTATTTCTCTTATTTTTATTTCTGTTTGCA
TCTTTTGGTTTGATTCATTTTATAAATCTAAAACCCATAAAAATCATCTTTGTTTCTGTT
CTTGTTTTATTTTCATAGCTTTGCTTCTGTTCTTCATTTTTATAAATCCATAAAACTTAT
AAAAAGTTTCTTTTGTTTCAGGGTACAGTTTTGGACTGTTTTGATCCAAGCATCAAGTCC
TTTCAAAACCAGTACCAAAATCGACCAGAATCTTATTCTCCAAGCCATTAGTTTGCAGCC
TGGTTCCCAGCCTGTAACATTTGGTATCAGAGCTAAAGGCTCCAAAAGATTTGGTTATTT
CTATCCTTTAGTTCATCTTTGTTTCAGTTTCTGCATTCTTGCATCTTT


BQ
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AF RR1GA04JQ C 1
AF RR1GA04TF U 120
BS 1 119 RR1GA04JQ
BS 120 648 RR1GA04TF

RD RR1GA04JQ 648 0 0
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TTCTTCATCCCATCCACCATCCAACGATTTGCCTTGAGAGTGATACACATCCAGCAAGGC
CAATCCCATCTTCTACTCATCATCCATCCACTGATCTGTTGGGAGTGATACACATCCAAC
AACAGATTCCATCACCATCTCTATCCCTTTTTATTTCTCTTATTTTTATTTCTGTTTGCA
TCTTTTGGTTTGATTCATTTTATAAATCTAAAACCCATAAAAATCATCTTTGTTTCTGTT
CTTGTTTTATTTTCATAGCTTTGCTTCTGTTCTTCATTTTTATAAATCCATAAAACTTAT
AAAAAGTTTCTTTTGTTTCAGG*TACAGTTTTGGACTGTTTTGATCCAAGCATCAAGTCC
TTTCAAAACCAGTACCAAAATCGACCAGAATCTTATTCTCCAAGCCATTAGTTTGCAGCC
TGGTTCCCAGCCTGTAACATTTGGTATCAGAGCTAAAGGCTCCAAAAGATTTGGTTATTT
CTATCCTTTAGTTCATCTTTGTTTCAGTTTCTGCATTCTTGCATCTTT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1GA04TF 529 0 0
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CCAATCCCATCTTCTACTCATCATCCATCCACTGATCTGTTGGGAGTGATACACATCCAA
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ATCTTTTGGTTTGATTCATTTTATAAATCTAAAACCCATAAAAATCATCTTTGTTTCTGT
TCTTGTTTTATTTTCATAGCTTTGCTTCTGTTCTTCATTTTTATAAATCCATAAAACTTA
TAAAAAGTTTCTTTTGTTTCAGGGTACAGTTTTGGACTGTTTTGATCCAAGCATCAAGTC
CTTTCAAAACCAGTACCAAAATCGACCAGAATCTTATTCTCCAAGCCATTAGTTTGCAGC
CTGGTTCCCAGCCTGTAACATTTGGTATCAGAGCTAAAGGCTCCAAAAGATTTGGTTATT
TCTATCCTTTAGTTCATCTTTGTTTCAGTTTCTGCATTCTTGCATCTTT

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 4

CO CL2741Contig1 1239 4 7 U
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AAAAAATCACTTATATTTTCATTTAATGTGTTAACTATCCTCGTCATTCTTGTACTAGTG
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AGTGGTTTGTTACTGCTTTATTCTTCTCTGGGAGATGCTGAAGGCGTGTCAAAACTTGCA
ACACTTGCTAGAGAACAAGGGAAGAACAACGTCGCCTTTCTTTGCCTGTTCATGCTGGGT
AAATTGGAAGATTGTTTGGACTTATTAGTGGAGAGTAACCGGATACCAGAAGCTGCTCTG
ATGGCAAGATCATATCTTCCAAGCAAAGTCTCTGAGATCGTAGCTCTGTGGAGGAAAGAT
TTGAGCAAGATTAATTCAAAAGCAGCGGAATCTTTGGCTGATCCTGAGGAGTACTCAAAT
CTTTTTGATGATTGGCAAGTTGCTCTTTCCGTCGAAGCGAAAGCTGCAGAGACGAGGGGA
GTTTATTCAGCTGCCGAAAACTATCCTAGCCATGCTGATAGATCATCCATGACCCTAGTG
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GGCCAATATCTGAATATTTTGTCTCCAGTGAGCAATGGCCAAAGTTGAAGCAACAATGGT
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ACCCCACATTCATTGAAGAGTGTTTGATACCCATTGTAATAAGAAGTTTTTGAGGATTTA
GATGAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTGCTCAAAGGAAAAATGGTA
GTAGTGTTCCTTTTGTTCGTCTCTTTTGCACTGAGAGAGATTCTTTAGTATTATTATTAC
ACATGGTTTTGTTTTTTTTCTTACAAACTACTTTTAATTTTATTGTCTTGCCTGTAAAAT
GATTTGTTTTATTTTTGTCCAAAATTTATTGTTTTTTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C224TF U 1
AF RR1HB91TF U 393
AF RR1H354TF U 393
AF RR1C224JQ C 514
BS 1 506 RR1C224TF
BS 507 507 RR1H354TF
BS 508 663 RR1C224TF
BS 664 944 RR1H354TF
BS 945 945 RR1C224JQ
BS 946 1051 RR1H354TF
BS 1052 1239 RR1C224JQ

RD RR1C224TF 663 0 0
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AAAAAATCACTTATATTTTCATTTAATGTGTTAACTATCCTCGTCATTCTTGTACTAGTG
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ACACTTGCTAGAGAACAAGGGAAGAACAACGTCGCCTTTCTTTGCCTGTTCATGCTGGGT
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CTTTTTGATGATTGGCAAGTTGCTCTCTCCGTCGAAGCGAAAGCTGCAGAGACGAGGGGA
GTTTATTCAGCTGCCGAAAACTATCCTAGCCATGCTGATAGATCATCCATGACCCTAGTG
GAAGCCTTTAGAAACTTGCAAGTTGAGGAAGAGGAATCATTTGAAAATGGAGACATGGAT
CAT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1HB91TF 366 0 0
G
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TTGGCTGATCCTGAGGAGTACTCAAATCTTTTTGATGATTGGCAAGTTGCTCTTTCCGTC
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GCTGATAGATCATCCATGACCCTAGTGGAAGCCTTTAGAAACTTGCAAGTTGAGGAAGAG
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GATGAAGAAAAGCATGAAGAAGAAGGAGTGGTTGTTGATGGTGACTCAACCGATGGAGCA
GTGCT

QA 2 366 2 366
DS 

RD RR1H354TF 665 0 0
G
GAGATCGTAGCTCTGTGGAGGAAAGATTTGAGCAAGATTAATTCAAAAGCAGCGGAATCT
TTGGCTGATCCTGAGGAGTACTCAAATCTTTTTGATGATTGGCAAGTTGCTCTTTCCGTC
GAAGCAAAAGCTGCAGAGACGAGGGGAGTTTATTCAGCTGCCGAAAACTATCCTAGCCAT
GCTGATAGATCATCCATGACCCTAGTGGAAGCCTTTAGAAACTTGCAAGTTGAGGAAGAG
GAATCATTTGAAAATGGAGACATGGATCATGAGGAGGTAGTAGCAGAAGAAGAAAATGGA
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TTGTAATAAGAAGTTTTTGAGGATTTAGATGAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
TTGCTC

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DS 

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GATGAAGAAAAGCATGAAGAAGAAGGAGTGGTTGTTGATGGTGACTCAACCGATGGAGCA
GTGCTTGTAAACGGAAGTGAGGCTGAAGAAGAGTGGGATACGAATAATGAAGGAAACCCA
TCAGCTTAATAGCAAAAGTAGTTGCAAGGCCAATATCTGAATATTTTGTCTCCAGTGAGC
AATGGCCAAAGTTGAAGCAACAATGGTGGTGAGGTGAGACTAAGTTTCTTTCTGAACAAC
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AGAGAGATTCTTTAGTATTATTATTACACATGGTTTTGTTTTTTTTCTTACAAACTACTT
TTAATTTTATTGTCTTGCCTGTAAAATGATTTGTTTTATTTTTGTCCAAAATTTATTGTT
TTTTTC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 4

CO CL2742Contig1 548 4 2 U
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CCCTGTTATCTACTGAAAATTTTCGACCAAAGCAGTGCAAGTAAATCTTTATAGTGAAAC
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TTGTAGTACTCTGTTAGTTACTCTCTTTCAACTTCTATATGCACCAAATTGGAACTCTTT
TTATTCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EA35JQ C 1
AF RR1EA35TF U 1
AF RR1CJ14JQ C 47
AF RR1CJ14TF U 47
BS 1 535 RR1EA35TF
BS 536 548 RR1CJ14TF

RD RR1EA35JQ 537 0 0
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CCCTGTTATTTACTGAAAATTTTCGACCAAAGCAGTGCAAGTAAATCTTTATAGTGAAAC
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AC

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR1EA35TF 537 0 0
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CCCTGTTATCTACTGAAAATTTTCGACCAAAGCAGTGCAAGTAAATCTTTATAGTGAAAC
CCACATTGCAGAACAGCATCAAAGATATCGGATCTAGCAGCCTTCTTTGTTGGGATTAGA
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AC

QA 1 535 1 535
DS 

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G
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ATTGGAACTCTTTTTATTCTT

QA 2 502 2 502
DS 

RD RR1CJ14TF 502 0 0
G
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CATGGTATGCCTACACCCGGTGGTTGGTGCATCGGAAGCCATGAAAATGGGACTGACCCT
TGTGCTGTTATTGGTGATACCGATGTTATCAGGCCTGGTCTAGGCGCTAGACGGCTGGAG
ACTCTTGTTACTTCCCTGTTATCTACTGAAAATTTTCGACCAAAGCAGTGCAAGTAAATC
TTTATAGTGAAACCCACATTGCAGAACAGCATCAAAGATATCGGATCTAGCAGCCTTCTT
TGTTGGGATTAGATGTGATTCAGGATCTGATTGTATCTCACTAATAGTCAAGAGTATAAG
TGACGAAACTGAACAGTTTAGGCTTTGGCTCTTGGAAGCATACATGCCATCACAGCCACA
GGTTAATGTATTGTTGTAGTACTCTGTTAGTTACTCTCTTTCAACTTCTATATGCACCAA
ATTGGAACTCTTTTTATTCTT

QA 2 502 2 502
DS 



AS 1 4

CO CL2743Contig1 1474 4 22 U
AAACACGAAACGACAGATCATATTGTTTAGTATAGAAAAAGTGTTGATGTGTTAGTCTCA
CGGTCCCCTTAGTTTACAAAATAGGTGTTCGTTGTATACAATTCTATCAATGCTCAGAAG
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ACGTCCTAGCGACGCGTGGTGCGAGTCCATGGTAAGTTTCCGGGAACGTCTGCACCGGAT
GATTTACTCTCGCCTCTCCTCGCCTCTCCTTTCC


BQ
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TGTCTGCTGGAGTTGAGCTGAGAGTTGGAGAACTTGCGCAGATAACGATTCCGCTCTGCT
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TTCTATTTCAGATGATTGGTTGTCAATCTCCATGAGAAGCTTTTGTCTACTACTCTCCAG
TCTTTCAAGTGCAACAGCCATATCATGCAACTGCTTCTCAAGTATCTCTTTATCTTCCAC
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TTTCTGTTCCAGTTCCTGCTTTTCAGACATTAACGAGGCAACTCGTGTTTGCTCTTCAGC
TGCACGCTTTTGCTCTTGCTGCCTCAACATTGATTCTTTCTGTAAT

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TCTTTCTGTAATTCTAATTTTAGTTTAGCCATCTCCTTCTCTAATACTTGGTCCGGGGAA
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TTTTGACGAATCTCCTCCAAAGTCCGACGTCCTAGCGACGCGTGGTGCGAGTCCATGGTA
AGTTTCCGGGAACGTCTGCACCGGATGATTTACTCTCGCCTCTCCTCGCCTCTCCTTTCC

QA 1 720 1 720
DS 

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TCAGAGTCCTAACTTGAGCTGAGAGATCCTCTCGTGAAACAACAGCAGCATCTTTCTCCA
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ACCGAGTCTCAAGTGATTCATTCTCAGCTTCCTTTGTCTGAAGCTTGGAGTACAACATTT
TGTTACGCTCCTCCATGTCTGCGTTCTTCTTCTGCAGCTCTTTGAGCTGAGAATATAAAG
CACCAACATCTGTCTCAGAAAGCCGATTCTCGCTCTCGGATTTTCTGATCCCGGCGGCAG
GAATCGGAATCTCGCTAAGATCTGGACCTGAAGAAGTTTTGCTGAGCCTTTGCGCCGCTC
TCTTTTGACGAATCTCCTCCAAAGTCCGACGTTCTAGCGACGCGTGGTGCGAGTCCATGG
TAAGTTTCCGGGAACGTCTGCACCGGATGATTTACTCTCGCCTC
CC

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 3

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CCCGGACCAGCAGAGATTGATCTTTGCCGGAAAGCAGTTGGAAGATGGCAGGACTCTCGC
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GACCCTTCACTTGGTGTTGCGTCTCCGTGGTGGTTTTTAAGTCTCTCGTCCTTTGTCTTA
TCAAAAATCAACAATGTCTGCGTTTTTAGTCTCTCTCTTTAAAATTCATCATGGTTTGTG
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CTTGCAAGACTTTTCTATCTATATCCTCGTTATTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK96TF U 519
AF RR1GL29JQ C 1
AF RR1CB70TF U 249
BS 1 249 RR1GL29JQ
BS 250 520 RR1CB70TF
BS 521 678 RR1GK96TF
BS 679 680 RR1CB70TF
BS 681 779 RR1GK96TF
BS 780 816 RR1CB70TF

RD RR1GK96TF 261 0 0
TG
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TACAACATCCAGAAGGAGTCGACCCTTCACTTGGTGTTGCGTCTCCGTGGTGGTTTTTAA
GTCTCTCGTCCTTTGTCTTATCAAAAATCAACAATGTCC*CGTTTTTAGTCTCTCTCTTT
AAAATTCATCATGGTTTGTGTGTTTTGAGGCATTATAAGCCTCTCTTGAATAATCGTGGA
ACTCTGTTTTTTCTCTTTT

QA 3 261 3 261
DS 

RD RR1GL29JQ 802 0 0
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CCCGGACCAGCAGAGATTGATCTTTGCCGGAAAGCAGTTGGAAGATGGCAGGACTCTCGC
TGACTACAACATCCAGAAGGAGTCGACTCTACATCTTGTCCTCAGGCTTCGTGGTGGTAT
GCAGATCTTCGTCAAAACCTTAACCGGAAAGACGATCACTTTGGAGGTTGAGAGCTCCGA
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GACCCTTCACTTGGTGTTGCGTCTCCGTGGTGGTTTTTAAGTCTCTCGTCCTTTGTCTTA
TCAAAAATCAACAATGTCTGCGTTTTTAGTCTCTCTCTTTAAAATTCATCATGGTTTGTG
TGTTTTGAGGCATTATAAGCCTCTCTTGAATAATCGTGGAACTCTGTTTTTTCTCTTTTC
CTTGCAAGACTTTTCTATCT
GT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1CB70TF 568 0 0
G
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CTTTGCCGGCAAGCAGTTGGAAGATGGTCGCACCTTGGCTGACTACAACATCCAGAAGGA
GTCTACGCTCCACTTGGTCTTGCGTCTACGTGGAGGTATGCAGATCTTCGTTAAGACCTT
GACTGGTAAGACCATCACACTGGAGGTGGAGAGCTCGGACACGATTGATAACGTGAAAGC
CAAGATCCAAGACAAGGAAGGGATCCCTCCAGACCAGCAGCGTCTCATCTTCGCTGGGAA
GCAGCTTGGGGATGGTCGCACCCTTGCCGACTACAACATCCAGAAGGAGTCGACCCTTCA
CTTGGTGTTGCGTCTCCGTTGTGGTTTTTAAGTCTCTCGTCCTTTGTCTTATCAAAAATC
AACAATGTCTGCGTTTTTAGTCTCTCTCTTTAAAATTCATCATGGTTTGTGTGTTTTGAG
GCATTATAAGCCTCTCTTGAATAATCGTGGAACTCTGTTTTTTCTCTTTTCCTTGCAAGA
CTTTTCTATCTATATCCTCGTTATTCT

QA 2 568 2 568
DS 



AS 1 4

CO CL2745Contig1 533 4 8 U
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TGACCCAATACAAGAAAGGTAAAGACATTCTCGCTGCTCAGGGAAAGCGTCGTTATGACC
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CAAAGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAACACTTTTCTCAGCACTCGA
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ACTTTTTCAGATGTTCTTTGCTCAATGATGTCATTATTTAAACATTTTGCTGC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1FJ88JQ C 1
AF RR1G345TF U 5
AF RR1GS58TF U 5
AF RR1FJ88TF U 1
BS 1 5 RR1FJ88JQ
BS 6 147 RR1G345TF
BS 148 148 RR1FJ88TF
BS 149 344 RR1G345TF
BS 345 347 RR1FJ88TF
BS 348 408 RR1G345TF
BS 409 409 RR1FJ88TF
BS 410 533 RR1G345TF

RD RR1FJ88JQ 533 0 0
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TGACCCAATACAAGAAAGGTAAAGACATTCTCGCTGCTCAGGGAAAGCGTCGTTATGACC
GTAAGCAATCTGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCTAAGACCA
CAAAGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAACACTTTTTTCAGCACTCGA
TCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGGAAGGGAACATCTCTTT
TTTAAGCTTGTCCTTAACTTTTTGCAAGTTTTGTTACTTGTGTCGGATTATGATTCCTTC
TGTTTTAAAATCTTCCATTGCCCAAATTAAAATTTCAAATTATGCATGTAAAAGTGAGAG
ACTTTTTCAGATGTTCTTTGCTCAATGATGTCATTATTTAAACATTTTGCTGC

QA 1 533 1 533
DS 

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G
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TAAAATCTTCCATTGCCCAAATTAAAATTTCAAATTATGCATGTAAAAGTGAGAGACTTT
TTCAGATGTTCTTTGCTCAATGATGTCATTATTTAAACATTTTGCTGC

QA 2 529 2 529
DS 

RD RR1GS58TF 529 0 0
G
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CAATCTGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCTAAGACCACAAAG
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TAAAATCTTCCATTGCCCAAATTAAAATTTCAAATTATGCATGTAAAAGTGAGAGACTTT
TTCAGATGTTCTTTGCTCAATGATGTCATTATTTAAACATTTTGCTGC

QA 2 529 2 529
DS 

RD RR1FJ88TF 533 0 0
GGGAC
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AAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAACACTTTTCTCAGCACTCGATCAAG
AGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGGAAGGGAACATCTCTTTTCTAA
GCTTGTCCTTAACTTTTTGCAAGTTTTGTTACTTGTGTCGGATTATGATTCCTTCTGTTT
TAAAATCTTCCATTGCCCAAATTAAAATTTCAAATTATGCATGTAAAAGTGAGAGACTTT
TTCAGATGTTCTTTGCTCAATGATGTCATTATTTAAACATTTTGCTGC

QA 6 533 6 533
DS 



AS 1 4

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ATATTTGAAATAATGTATGCTCTTTTTTGGGTTTATAATCAATCAATGGTTCTATT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1B317TF U 1
AF RR1B329TF U 1
AF RR1B328TF U 1
AF RR1B341TF U 1
BS 1 296 RR1B317TF

RD RR1B317TF 296 0 0
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QA 1 296 1 296
DS 

RD RR1B329TF 296 0 0
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QA 1 296 1 296
DS 

RD RR1B328TF 296 0 0
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QA 1 296 1 296
DS 

RD RR1B341TF 296 0 0
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TCAGAAAGAGCTCTGTTTACTCTTTTGCGTATTCTACTTTCTTTCAATGCCTGTTTGTTT
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ATATTTGAAATAATGTATGCTCTTTTTTGGGTTTATAATCAATCAATGGTTCTATT

QA 1 296 1 296
DS 



AS 1 4

CO CL2747Contig1 780 4 3 U
GGACCACACGAACACAGCAACCTCTCGAATCTCCTCTCTCTCTCTATATATATGTCGCCG
ACACTTAAAACGGCGGTAGTTAACACCAACGGCGGCGACGAAAGAATCAAAGAAACCCGT
TATAGAGGAGTAAGAAAGAGGCCGTGGGGACGTTACGCCGCCGAGATCAGAGATCCGTAC
AAGAAGACACGTGTCTGGCTCGGAACCTTCGATACTCCAGAAGCAGCCGCTCGTGCCTAC
GACAGAGCCGCTCTTCGCTTTCGCGGCGCTAAAGCCAAAACCAATTTCCCTTATACTTAC
GTAGTCGACAACAACGAGAGCCCGACGCAAAGCAGCACCGTCGAATCATCGTCGATTCCG
GATCTCAATCTCGGATCCGTTGGTTCTAGATTCCCTCTCCCGGAGATTCAGGTCAAGCAT
GGGATGATTTTGTTCGGTGAAGAGTCGACGAGGAGTGAATCGGACTCGTCGTCTGTGGTG
ATGGATCTGAGTCCGGAGAGACGGTCACGTGTGTTCTTGGATTTGGATCTTAATCTCCCT
CCAAAGCCTGAGGACTAAGATGAATTATCAAATGGTCTGATTCGAGAGTGACTACTATAG
ATGAAGCTTGTCTTGTTTATTATTAAGTTGGTGCCAATTTTTTAAAAAGTATTTTTGAGT
CAGCAGGAAACTAAAAATAATGTTAGTGTCGGAGAATGTTTTGTTCTCATCTGCTGTTGT
TTATCGATTAATTGTAACGTTTTTGTTTAATTTTCTGATCAACAAAACTTTTAGTAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1DI60TF U 174
AF RR1EV11TF U 1
AF RR1EV11JQ C 196
AF RR1DI60JQ C 214
BS 1 677 RR1EV11TF
BS 678 741 RR1EV11JQ
BS 742 780 RR1DI60JQ

RD RR1DI60TF 234 0 0
TCCGTACAAGAAGACACGTGTCTGGCTCGGAACCTTCGATACTCCAGAAGCAGCCGCTCG
TGCCTACGACAGAGCCGCTCTTCGCTTTCGCGGCGCTAAAGCCAAAACCAATTTCCCTTA
TACTTACGTAGTCGACAACAACGAGAGCCCGACGCAAAGCAGCACCGTCGAATCATCGTC
GATTCCGGATCTCAATCTCGGATCCGTTGGTTCTAGATTCCCTCTCCCGGAGAT

QA 1 234 1 234
DS 

RD RR1EV11TF 677 0 0
GGACCACACGAACACAGCAACCTCTCGAATCTCCTCTCTCTCTCTATATATATGTCGCCG
ACACTTAAAACGGCGGTAGTTAACACCAACGGCGGCGACGAAAGAATCAAAGAAACCCGT
TATAGAGGAGTAAGAAAGAGGCCGTGGGGACGTTACGCCGCCGAGATCAGAGATCCGTAC
AAGAAGACACGTGTCTGGCTCGGAACCTTCGATACTCCAGAAGCAGCCGCTCGTGCCTAC
GACAGAGCCGCTCTTCGCTTTCGCGGCGCTAAAGCCAAAACCAATTTCCCTTATACTTAC
GTAGTCGACAACAACGAGAGCCCGACGCAAAGCAGCACCGTCGAATCATCGTCGATTCCG
GATCTCAATCTCGGATCCGTTGGTTCTAGATTCCCTCTCCCGGAGATTCAGGTCAAGCAT
GGGATGATTTTGTTCGGTGAAGAGTCGACGAGGAGTGAATCGGACTCGTCGTCTGTGGTG
ATGGATCTGAGTCCGGAGAGACGGTCACGTGTGTTCTTGGATTTGGATCTTAATCTCCCT
CCAAAGCCTGAGGACTAAGATGAATTATCAAATGGTCTGATTCGAGAGTGACTACTATAG
ATGAAGCTTGTCTTGTTTATTATTAAGTTGGTGCCAATTTTTTAAAAAGTATTTTTGAGT
CAGCAGGAAACTAAAAA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1EV11JQ 546 0 0
TGGCTCGGAACCTTCGATACTCCAGAAGCAGCCGCTCGTGCCTACGACAGAGCCGCTCTT
CGCTTTCGCGGCGCTAAAGCCAAAACCAATTTCCCTTATACTTACGTAGTCGACAACAAC
GAGAGCCCGACGCAAAGCAGCACCGTCGAATCATCGTCGATTCCGGATCTCAATCTCGGA
TCCGTTGGTTCTAGATTCCCTCTCCCGGAGATTCAGGTCAAGCATGGGATGATTTTGTTC
GGTGAAGAGTCGACGAGGAGTGAATCGGACTCGTCGTCTGTGGTGATGGATCTGAGTCCG
GAGAGACGGTCACGTGTGTTCTTGGATTTGGATCTTAATCTCCCTCCAAAGCCTGAGGAC
TAAGATGAATTATCAAATGGTCTGATTCGAGAGTGACTACTATAGATGAAGCTTGTCTTG
TTTATTATTAAGTTGGTGCCAATTTTTTAAAAAGTATTTTTGAGTCAGCAGGAAACTAAA
AATAATGTTAGTGTCGGAGAATGTTTTGTTCTCATCTGCTGTTGTTTATCGATTAATTGT
AACGTT

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1DI60JQ 567 0 0
ACTCCAGAAGCAGCCGCTCGTGCCTACGACAGAGCCGCTCTTCGCTTTCGCGGCGCTAAA
GCCAAAACCAATTTCCCTTATACTTACGTAGTCGACAACAACGAGAGCCCGACGCAAAGC
AGCACCGTCGAATCATCGTCGATTCCGGATCTCAATCTCGGATCCGTTGGTTCTAGATTC
CCTCTCCCGGAGATTCAGGTCAAGCATGGGATGATTTTGTTCGGTGAAGAGTCGACGAGG
AGTGAATCGGACTCGTCGTCTGTGGTGATGGATCTGAGTCCGGAGAGACGGTCACGTGTG
TTCTTGGATTTGGATCTTAATCTCCCTCCAAAGCCTGAGGACTAAGATGAATTATCAAAT
GGTCTGATTCGAGAGTGACTACTATAGATGAAGCTTGTCTTGTTTATTATTAAGTTGGTG
CCAATTTTTTAAAAAGTATTTTTGAGTCAGCAGGAAACTAAAAATAATGTTAGTGTCGGA
GAATGTTTTGTTCTCATCTGCTGTTGTTTATCGATTAATTGTAACGTTTTTGTTTAATTT
TCTGATCAACAAAACTTTTAGTAAATC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL2748Contig1 1411 2 2 U
AGCCAGAATTATCAACTTTATATATATAGATTGTCTTATAGCTAGTGGAAATATTTTTTT
AGCCTTTACAACTCTTACTCAAGTCCGAGCTATCCCATTCAAACTATCCAGCACCTGTTG
CATGGATGGTCGATTCTTCGGGTCTTCCTCAAGGCATTGTTTAATAATCTCGCACATACG
CATCCCCTCTTGAAGAGGATAGCTATTCTCTAGATCTGGATCGATCATCTCAGCAATGCT
TTCTCTGTCATTTCGTATTTTTAGAATTATGTGCCGCATTTTTAAACCAGTTAACATCTG
GAGCAGTATAGCACCAAAGCTGTACACATCGCCGGACATGTCCAACTTCCCTGATAATAT
GTATTCGGGAGGTGCGTAATCTAACGAGGGGACGTGTGTCCCTTCTTCAATATAAGGTAG
GTTTTTGAGTCCGTAATAGGAAACTCTTGCGTTGAACTCCAAATCGAGCAGGACTTTAGA
AGCGGTGAGATATCTGCGAGAAAGACTGGTTTTCTTCCAAGAGTGCAAGAAAGCAAGACA
CTGAGCCACTCCTATGGATATGTTAAGTCGCGTCTCCCAGGGCAATGACTTTGGACGAGT
CTCTCTATAGATGTGATTTTTTAAGCTTCCGATTGGAAAGTATTCAGCGACAATGAACAA
CGTACGACGATCCGAACCATAGCCAATGAGCTTCACCAAGCTTGGATGAGAGTTACGTCG
TAGAAACTCTAGTCAATAAGCCAATCTTGCAAATCTTGATCAAGATCCTTGAACATGTAA
AATCTCTTAACCGCTACGGCCATGCCAACCCCTTCCTTGGCTGGATATAACGTCTCGGGG
TTGATGTATCCCCTCACATGGCTGCCAAAGCGCTCTCCTTTTACGATCGCCTTACTAAAA
TCCTTAGTTGTTTTTTTCAGCTCCGCCACCGTGAAGACTTTCACACGCTCTTCCGCTATA
CATATATAGTAGTATCAAGAAATGGAAATAATATCCTCTGTATATACTTGTCAAATACAC
TGAGATTTTTATAATACTTACTTGAAACAGGATCAGGTTGTCCGGTGAAAAGTGTGTGAC
AGTTACCCATCCCGATTCTGACTCTCTGATGAAGAAGAAGATCTTTTTATGTACATATGT
TTTTTTAGATCTTCGATAGAGTAAAGACAACCAATAAGCTGGTCTGTGTCTTGACAAGTC
AACGTAAACGCGTTGAAAGGTACCGAGTGCCATCCGCGTTTCTGACAAAGTCAACTATTT
TATGGTGAGAAATACGACGCCGCTTTGTCAATTGCTTCGGGAGAGAGCTATTTTATATTT
TCATTCTGTTGTCTAAGAGGGGATTTGTTGTAGATAATTTCTTTTGTTTGAAGATGATTG
CACTTGAAGAGAGTCGCGTAACATTTGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC43JQ U 1
AF RR1D607JQ C 721
BS 1 794 RR1GC43JQ
BS 795 1411 RR1D607JQ

RD RR1GC43JQ 794 0 0
AGCCAGAATTATCAACTTTATATATATAGATTGTCTTATAGCTAGTGGAAATATTTTTTT
AGCCTTTACAACTCTTACTCAAGTCCGAGCTATCCCATTCAAACTATCCAGCACCTGTTG
CATGGATGGTCGATTCTTCGGGTCTTCCTCAAGGCATTGTTTAATAATCTCGCACATACG
CATCCCCTCTTGAAGAGGATAGCTATTCTCTAGATCTGGATCGATCATCTCAGCAATGCT
TTCTCTGTCATTTCGTATTTTTAGAATTATGTGCCGCATTTTTAAACCAGTTAACATCTG
GAGCAGTATAGCACCAAAGCTGTACACATCGCCGGACATGTCCAACTTCCCTGATAATAT
GTATTCGGGAGGTGCGTAATCTAACGAGGGGACGTGTGTCCCTTCTTCAATATAAGGTAG
GTTTTTGAGTCCGTAATAGGAAACTCTTGCGTTGAACTCCAAATCGAGCAGGACTTTAGA
AGCGGTGAGATATCTGCGAGAAAGACTGGTTTTCTTCCAAGAGTGCAAGAAAGCAAGACA
CTGAGCCACTCCTATGGATATGTTAAGTCGCGTCTCCCAGGGCAATGACTTTGGACGAGT
CTCTCTATAGATGTGATTTTTTAAGCTTCCGATTGGAAAGTATTCAGCGACAATGAACAA
CGTACGACGATCCGAACCATAGCCAATGAGCTTCACCAAGCTTGGATGAGAGTTACGTCG
TAGAAACTCTAGTCAATAAGCCAATCTTGCAAATCTTGATCAAGATCCTTGAACATGTAA
AATCTCTTAACCGC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1D607JQ 691 0 0
TCATAATTATTACTTAC
AAGCCAATCTTGCAAATCTTGATCAAGATCCTTGAACATGTAAAATCTCTTAACCGCTAC
GGCCATGCCAACCCCTTCCTTGGCTGGATATAACGTCTCGGGGTTGATGTATCCCCTCAC
ATGGCTGCCAAAGCGCTCTCCTTTTACGATCGCCTTACTAAAATCCTTAGTTGTTTTTTT
CAGCTCCGCCACCGTGAAGACTTTCACACGCTCTTCCGCTATACATATATAGTAGTATCA
AGAAATGGAAATAATATCCTCTGTATATACTTGTCAAATACACTGAGATTTTTATAATAC
TTACTTGAAACAGGATCAGGTTGTCCGGTGAAAAGTGTGTGACAGTTACCCATCCCGATT
CTGACTCTCTGATGAAGAAGAAGATCTTTTTATGTACATATGTTTTTTTAGATCTTCGAT
AGAGTAAAGACAACCAATAAGCTGGTCTGTGTCTTGACAAGTCAACGTAAACGCGTTGAA
AGGTACCGAGTGCCATCCGCGTTTCTGACAAAGTCAACTATTTTATGGTGAGAAATACGA
CGCCGCTTTGTCAATTGCTTCGGGAGAGAGCTATTTTATATTTTCATTCTGTTGTCTAAG
AGGGGATTTGTTGTAGATAATTTCTTTTGTTTGAAGATGATTGCACTTGAAGAGAGTCGC
GTAACATTTGAACC

QA 18 691 18 691
DS 



AS 2 4

CO CL2749Contig1 533 2 3 U
GGGAACCCTAAAACCCTAAATCGTTTTGGCGGATCGATGGAGGGAGTAGAGAAGTTTCTC
AGCAAGATGGTGACAGATGCGAAATCGGCAGCTTCTTCTTCCTCCTCTTCTCTTTCTGAT
TTCGCTGATAATCTAATCCAGGAGAAACGAGCCGGCGGCGGCGGAAACTCGACTTCATAC
GAAAGTTCTGGAATTTTGGTCACAAGACCTCCCAGTGGAGTATCGGGATGGACGTGTTCA
AAGCTGTGCGCGGTTTTCTTCGTAGCTGGAGTGTTTGTGGGTTATACGCTTAAGAGGCGT
GTCCGAAGCTGGGCTTCTAAACTTCTCAGAAGAATCAGGGATGATTGATTAAACTACATA
CCCTCTCTCTCGTTTGCTTCTTGAATGCGTTTTAGTACCCGATTTACTGTTGTGCTCAAG
GAACTCTTTCTTTCTTGTTTAATATTCTCATCCTCTTGTCACAGTTTGTGGACCGTAATG
GATATACTGATTGGGATATCACCTCGTAAAAAACTAACAAAAAGTTTCACCTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1BS34TF U 1
AF RR1EX47TF U 1
BS 1 512 RR1BS34TF
BS 513 513 RR1EX47TF
BS 514 533 RR1BS34TF

RD RR1BS34TF 533 0 0
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TTCGCTGATAATCTAATCCAGGAGAAACGAGCCGGCGGCGGCGGAAACTCGACTTCATAC
GAAAGTTCTGGAATTTTGGTCACAAGACCTCCCAGTGGAGTATCGGGATGGACGTGTTCA
AAGCTGTGCGCGGTTTTCTTCGTAGCTGGAGTGTTTGTGGGTTATACGCTTAAGAGGCGT
GTCCGAAGCTGGGCTTCTAAACTTCTCAGAAGAATCAGGGATGATTGATTAAACTACATA
CCCTCTCTCTCGTTTGCTTCTTGAATGCGTTTTAGTACCCGATTTACTGTTGTGCTCAAG
GAACTCTTTCTTTCTTGTTTAATATTCTCATCCTCTTGTCACAGTTTGTGGACCGTAATG
GATATACTGATTGGGATATCACCTCGTAAAAA*CTAACAAAAAGTTTCACCTG

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1EX47TF 533 0 0
GGGAACCCTAAAACCCTAAATCGTTTTGGCGGATCGATGGAGGGAGTAGAGAAGTTTCTC
AGCAAGATGGTGACAGATGCGAAATCGGCAGCTTCTTCTTCCTCCTCTTCTCTTTCTGAT
TTCGCTGATAATCTAATCCAGGAGAAACGAGCCGGCGGCGGCGGAAACTCGACTTCATAC
GAAAGTTCTGGAATTTTGGTCACAAGACCTCCCAGTGGAGTATCGGGATGGACGTGTTCA
AAGCTGTGCGCGGTTTTCTTCGTAGCTGGAGTGTTTGTGGGTTATACGCTTAAGAGGCGT
GTCCGAAGCTGGGCTTCTAAACTTCTCAGAAGAATCAGGGATGATTGATTAAACTACATA
CCCTCTCTCTCGTTTGCTTCTTGAATGCGTTTTAGTACCCGATTTACTGTTGTGCTCAAG
GAACTCTTTCTTTCTTGTTTAATATTCTCATCCTCTTGTCACAGTTTGTGGACCGTAATG
GATATACTGATTGGGATATCACCTCGTAAAAAACTAACAAAAAGTTTC
ACCTG

QA 1 528 1 528
DS 



CO CL2749Contig2 533 2 8 U
CAGGGGAAACTTTTTGTTAGTTTTTTACGAGGGGATATCCCAATCAGTATATCCATTACG
GTCCACAAACTGTGACAAGAGGATGAAAATATTAAACAAGAAAGAAAGAGTTCCTTGAGC
ACAACAGTAAATCGGGTACTAAAACGCATTCAAAAAGCAAACGAGAGAGAGGGTATGTAG
TTTAATCAATCATCCCTGATTCTTCTGAAAAGTTTAAAAGCCCAGCTTCGGACACCCCTC
TTAAGCGTATAACCCACAAACACTCCAGCTACAAAAAAAACCGCGCACAGCTTTGAACAC
GTCCATCCCGATACTCCACTGGGAGGTCTTGGGACCAAAATTCCAAAACTTTCGTATGAA
GTCGAGTTTCCCCCCCCCCCGGCTCGTTTCCCCTGGATTAAATTATCAGCGAAATCAAAA
AGAAAAAAGGAGGAAAAAAAAGCTGCCGATTTCCCATCTGTCACCATCTTGCTGAAAAAC
TTCTCTACTCCCTCCATCGATCCGCCAAAACAATTTAGGGTTTTAGGGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EX47JQ U 1
AF RR1BS34JQ U 1
BS 1 32 RR1EX47JQ
BS 33 33 RR1BS34JQ
BS 34 153 RR1EX47JQ
BS 154 154 RR1BS34JQ
BS 155 331 RR1EX47JQ
BS 332 332 RR1BS34JQ
BS 333 475 RR1EX47JQ
BS 476 533 RR1BS34JQ

RD RR1EX47JQ 479 0 0
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GTCCACAAACTGTGACAAGAGGATGAAAATATTAAACAAGAAAGAAAGAGTTCCTTGAGC
ACAACAGTAAATCGGGTACTAAAACGCATTCAAGAAGCAAACGAGAGAGAGGGTATGTAG
TTTAATCAATCATCCCTGATTCTTCTGAAAAGTTTAAAAGCCCAGCTTCGGACACCCCTC
TTAAGCGTATAACCCACAAACACTCCAGCTACAAAAAAAACCGCGCACAGCTTTGAACAC
GTCCATCCCGATACTCCACTGGGAGGTCTTGTGACCAAAATTCCAAAACTTTCGTATGAA
GTCGAGTTTCCCCCCCCCCCGGCTCGTTTCCCCTGGATTAAATTATCAGCGAAATCAAAA
AGAAAAAAGGAGGAAAAAAAAGCTGCCGATTTCCCATCTGTCACCATCTTGCTGA
AAAA

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR1BS34JQ 533 0 0
CGGGG
GAAACTTTTTGTTATTTTTTTACGAGGGGATATCCCAATCAGTATATCCATTACGGTCCA
CAAACTGTGACAAGAGGATGAGAATATTAAACAAGAAAGAAAGAGTTCCTTGAGCACAAC
AGTAAATCGGGTACTAAAACGCATTCAAAAAGCAAACGAGAGAGAGGGTATGTAGTTTAA
TCAATCATCCCTGATTCTTCTGAAAAGTTTAAAAGCCCAGCTTCGGACACCCCTCTTAAG
CGTATAACCCACAAACACTCCAGCTACAAAAAAAACCGCGCACAGCTTTGAACACGTCCA
TCCCGATACTCCACTGGGAGGTCTTGGGACCAAAATTCCAAAACTTTCGTATGAAGTCGA
GTTTCCGCCGCCGCCGGCTCGTTTCTCCTGGATTAAATTATCAGCGAAATCAAAAAGAAA
AAAGGAGGAAAAAAAAGCTGCCGATTTCCCATCTGTCACCATCTTGCTGAAAAACTTCTC
TACTCCCTCCATCGATCCGCCAAAACAATTTAGGGTTTTAGGGTTCCC

QA 6 533 6 533
DS 



AS 1 3

CO CL2750Contig1 1150 3 6 U
AATCTTAAGACAAGGGGTAAGAGGTTCTGGAGAGTTCCATTCTCTCTAAAACGTGTATGT
TTGAGAGATACAGAGGAGAGAAGAGGAGACACCAAAAAAAAAAAAACATTTTTCTCCCCT
CTCGTCTCCAAACTTCTTCTTTGATCGTCTACGATCTCTTATCAATCCCTACTCATCCAG
AAGATCATTGCCTCGAGTCCGTTGAATCGACTCACTATAGTACCAAAGTTCTTATAGATA
TTGAACTGTGGCTCTGTTTTTTTGGTAGTTGAATTCATCGAAAGAATATTTTTTTTTATC
TTCTTGTAAGGTATGGCATCGAAAGGGAACGATGATTTGTATGGTGTTCTGGGTTTGAAG
AAGGAATGCACCACCACCGAGCTCCGTTCTGCTTACAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCAT
CCAGATCGTTGTTCATCAATGGGGGATTCGGAGTTTGTAGATGAATCAAAGAAGAAGTTT
CAGGCTATCCAAGAGGCCTATTCTGTTTTGTCTGACTCCAACAAGAGGTTCCTCTATGAC
GTTGGAGCTTACAATAGTGATGATGATGATCATGACCAAAACGGAATGGGAGATTTTTTG
AACGAGATGGCTACCATGATGAACCAGTCAAAGCCTAGTGAGAATAACTCAGGAGACAGT
TTTGAACAGTTACAAGATCTGTTCAATGAGATGTTTCAAGGAGACGCTTCAGCATTCTCC
TCATCTTCATCTTCTTCAACTTTCACTTCCTCTTGTAGCTTTGCTTTCGACACTAATGTT
CAGCAGTCACCGTTTGAGACAAACTCGAGGGGGATGAATGATCCTTTCGCGTTTGATCCC
AGAGCTCATCACACCTTCTCTTTAGGGGTGGAACATCAGCAGGATTTCAAGAAGGGGAAG
AACAATGGCGTGAGAAGAAACAGGAGGAAGAGCAATGCTCAGTCAGGTGCTCACGAGACG
TCTTCTTCAAACAACTACGGAGTCCCCACTTCATAGTCTTTTCGAAGACCATCTTTTTTT
TTGCTAACTCATCTCCACATTTGTCGACTAGTCACACAGAAGAGGACTTGTTCTGGTCTT
CTCAACTCAAAGCGTTGTCGTTTGTAAACTACCCTTCTCGTTGGTTCTCTCGGAGTTTTT
ATTTCTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH46TF U 1
AF RR1FV42TF U 78
AF RR1GH46JQ C 537
BS 1 105 RR1GH46TF
BS 106 106 RR1FV42TF
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BS 277 277 RR1FV42TF
BS 278 648 RR1GH46TF
BS 649 1150 RR1GH46JQ

RD RR1GH46TF 648 0 0
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AAGATCATTGCCTCGAGTCCGTTGAATCGACTCACTATAGTACCAAAGTTCTTATAGATA
TTGAACTGTGGCTCTGTTTTTTTGGTAGTTGAATTCGTCGAAAGAATATTTTTTTTTATC
TTCTTGTAAGGTATGGCATCGAAAGGGAACGATGATTTGTATGGTGTTCTGGGTTTGAAG
AAGGAATGCACCACCACCGAGCTCCGTTCTGCTTACAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCAT
CCAGATCGTTGTTCATCAATGGGGGATTCGGAGTTTGTAGATGAATCAAAGAAGAAGTTT
CAGGCTATCCAAGAGGCCTATTCTGTTTTGTCTGACTCCAACAAGAGGTTCCTCTATGAC
GTTGGAGCTTACAATAGTGATGATGATGATCATGACCAAAACGGAATGGGAGATTTTTTG
AACGAGATGGCTACCATGATGAACCAGTCAAAGCCTAGTGAGAATAAC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1FV42TF 552 0 0
GG
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TTTGATCGTCTACGATCTCTTATCAATCCCTACTCATCCAGAAGATCATTGCCTCGAGTC
CGTTGAATCGACTCACTATAGTACCAAAGTTCTTATAGATATTGAACTGTGGCTCTGTTT
TTTTGGTAGTTGAATTCATCGAAAGAATATTTTTTTT*ATCTTCTTGTAAGGTATGGCAT
CGAAAGGGAACGATGATTTGTATGGTGTTCTGGGTTTGAAGAAGGAATGCACCACCACCG
AGCTCCGTTCTGCTTACAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCATCCAGATCGTTGTTCATCAA
TGGGGGATTCGGAGTTTGTAGATGAATCAAAGAAGAAGTTTCAGGCTATCCAAGAGGCCT
ATTCTGTTTTGTCTGACTCCAACAAGAT*TTCCTCTATGACGTTGGAGCTTACAATAGTG
ATGATGATGATCATGACCAAAACGGAATGGGAGATTTTTTGAACGAGATGGCTACCATGA
TGAACCAGTC

QA 3 552 3 552
DS 

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T
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TTGAACGAGATGGCTACCATGATGAACCAGTCAAAGCCTAGTGAGAATAACTCAGGAGAC
AGTTTTGAACAGTTACAAGATCTGTTCAATGAGATGTTTCAAGGAGACGCTTCAGCATTC
TCCTCATCTTCATCTTCTTCAACTTTCACTTCCTCTTGTAGCTTTGCTTTCGACACTAAT
GTTCAGCAGTCACCGTTTGAGACAAACTCGAGGGGGATGAATGATCCTTTCGCGTTTGAT
CCCAGAGCTCATCACACCTTCTCTTTAGGGGTGGAACATCAGCAGGATTTCAAGAAGGGG
AAGAACAATGGCGTGAGAAGAAACAGGAGGAAGAGCAATGCTCAGTCAGGTGCTCACGAG
ACGTCTTCTTCAAACAACTACGGAGTCCCCACTTCATAGTCTTTTCGAAGACCATCTTTT
TTTTTGCTAACTCATCTCCACATTTGTCGACTAGTCACACAGAAGAGGACTTGTTCTGGT
CTTCTCAACTCAAAGCGTTGTCGTTTGTAAACTACCCTTCTCGTTGGTTCTCTCGGAGTT
TTTATTTCTCTCT

QA 2 614 2 614
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2752Contig1 741 4 11 U
GGACCTACCAACCTAAGAGAAACATCGCTGCAGTTGCTTGCTGTAAACTTCGGCTTCTCT
TCCAGTAAACAGAGTTTGCGAAATCCAATGGGCAATCATTTGCTCACTCTGTCTCTCCTC
CTCGTGATAGTCTGCGTTTGCGTTTCCATCATCACCACCAAGCTAAACCCTAAAGAAGCA
ATCGTATCTCCCTCCGATTCAAATCCCATCGAGATTCACGGAGTCAAGATCCTCCGACAA
CCTTCCGATTCCAAACTTGCTCAACTAGGCGTCGCCTCTTGGCCCAAGTGGGAAGGTGGT
CCAAGCAAGTTTCCATGGACGTTTAAGAAGACAGAGACAATGTATTTCGTGGAAGGCAAG
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GAAGTGGTTGTTTTCCCTAAAGACATGAAAGTTGTTTGGGAGATAACTGAAGCTGTCAAG
AAACACTACAACTTAGAGGATTAGTGTAACCTCATCATTCTGTGGAAGATAACTTGTGTC
CTTGTCGTTTAAGTTTGTTGTATGTCTGGTTTTTAGTTTGGAACTAGCTTT*TATC*TAA
TGGTGTTGCAAGGTTTGTTCTTTTATATTTATTACCAATCTGAACCGGAAAGCAAACCGG
GAAATCGTTTAGGACGTGTTTGTATTGATGATTGATAAGTTGTTTCCAGTTTCAATTAAA
AACATCAGAGCATTTTATTTT


BQ
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25 25 10 10 25 25 10 25 25 10 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DX93TF U 1
AF RR1EN89JQ C 76
AF RR1EN89TF U 76
AF RR1DX93JQ C 58
BS 1 108 RR1DX93TF
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BS 110 338 RR1DX93TF
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BS 585 614 RR1EN89TF
BS 615 741 RR1DX93JQ

RD RR1DX93TF 586 0 0
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TCCAGTAAACAGAGTTTGCGAAATCCAATGGGCAATCATTTGCTCACTTTGTCTCTCCTC
CTCGTGATAGTCTGCGTTTGCGTTTCCATCATCACCACCAAGCTAAACCCTAAAGAAGCA
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CCAAGCAAGTTTCCATGGACGTTTAAGAAGACAGAGACGATGTATTTCGTGGAAGGCAAG
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AAACACTACAACTTAGAGGATTAGTGTAACCTCATCATTCTGTGGAAGATAACTTGTGTC
CTTGTCGTTTAAGTTTGTTGTATGTCTGGTTTTTAGTTTGGAAC
AA

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1EN89JQ 539 0 0
GGGCTC
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QA 7 539 7 539
DS 

RD RR1EN89TF 539 0 0
GGGCTC
AATCCAATGGGCAATCATTTGCTCACTCTGTCTCTCCTCCTCGTGATTGTCTGCGTTTGC
GTTTCCATCATCACCACCAAGCTAAACCCTAAAGAAGCAATCGTATCTCCCTCCGATTCA
AATCTCATCGAGATTCACGGAGTCAAGATCCTCCGACAACCTTCCGTTTCCAAACTTGCT
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TTTAAGAAGACAGAGACAATGTATTTCGTGGAAGGCAAGATCAAAGTGAACGTTGACGGA
TACGACAGAGAAGAAGATGTCTTTGAGATAGGGAAAGGAGAAGTGGTTGTTTTCCCTAAA
GACATGAAAGTTGTTTGGGAGATAACTGAAGCTGTCAAGAAACACTACAACTTAGAGGAT
TAGTGTAACCTCAT***TCTGTGGAAGATAACTTGTGTCCTTGTCGTTTAAGTTTGTTGT
ATGTCTGGTTTTTAGTTTGGAACTAGCTTT*TATC*TAATGGTGTTGCAAGGT

QA 7 539 7 539
DS 

RD RR1DX93JQ 684 0 0
TCTTCCAGTAAACAGAGTTTGCGAAATCCAATGGGCAATCATTTGCTCACTTTGTCTCTC
CTCCTCGTGATAGTCTGCGTTTGCGTTTCCATCATCACCACCAAGCTAAACCCTAAAGAA
GCAATCGTATCTCCCTCCGATTCAAATCCCATCGAGATTCACGGAGTCAAGATCCTCCGA
CAACCTTCCGATTCCAAACTTGCTCAACTAGGCGTCGCCTCTTGGCCCAAGTGGGAAGGT
GGTCCAAGCAAGTTTCCATGGACGTTTAAGAAGACAGAGACGATGTATTTCGTGGAAGGC
AAGATCAAAGTGAACGTTGACGGGTACGACAGAGAAGAAGATGTCTTTGAGATAGGGAAA
GGAGAAGTGGTTGTTTTCCCTAAAGATATGAAAGTTGTTTGGGAGATAACTGAAGCTGTC
AAGAAACACTACAACTTAGAGGATTAGTGTAACCTCATCATTCTGTGGAAGATAACTTGT
GTCCTTGTCGTTTAAGTTTGTTGTATGTCTGGTTTTTAGTTTGGAACAAGCTTTATCTCC
TTCTGGTTCTGAAAAGCTTGTTCTTTTATATTTATTACCAATCTGAACCGGAAAGCAAAC
CGGGAAATCGTTTAGGACGTGTTTGTATTGATGATTGATAAGTTGTTTCCAGTTTCAATT
AAAAACATCAGAGCATTTTATTTT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 4

CO CL2753Contig1 574 4 6 U
GTGCTAAAGTGGGAATGACTAAGTTCATCTCTGATCTCTTCTAGGTTGGAATGTTTTACC
ATCTCTACAACCAGTTGGCTACTAATACATTGGAGAGGGTAGCACCATTGACTCACGCTG
TTGGAAACGTTCTGAAACGTGTCTTTGTGATTGGGTTCTCCATCGTTATCTTCGGAAACA
AGATATCGACGCAGACAGGCATCGGAACTGGAATAGCCATTGCTGGAGTTGCACTCTACT
CTGTCATTAAGGCCAAGATCGAAGAAGAGAC*CGGCAAGGTAAAACGGCATAGAGAGCGG
AGGCTGACGGCGGTGGACAGTTGCATAAACAATTCCTCCTATGAATATCTATATAATAAA
TAACCAAAAATATGCACTAGTATCTTGTATCGTACAATCAAACATTGTTTTTGAGTTTCG
CTTCTCGTTTATATATATTTTTTTATATTCTGTGTCTTTTCCTTCCCGTGGAGAACATTG
TTGCCATTTCTTCTGCATTGCACTTATCTTAGCAGATGAAAAGCATAATAATGTATTTAT
TCTTTTCTCTTTCTCTTGGAGCATTTTACCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BQ32JQ C 256
AF RR1BQ32TF U 256
AF RR1DG87TF U 1
AF RR1FI14TF U 231
BS 1 270 RR1DG87TF
BS 271 272 RR1BQ32TF
BS 273 283 RR1DG87TF
BS 284 284 RR1BQ32TF
BS 285 548 RR1DG87TF
BS 549 574 RR1FI14TF

RD RR1BQ32JQ 170 0 0
G
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CTAGTATCTTGTATCGTACAATCAAACATTGTTTTTGAGTTTCGCTTCT

QA 2 170 2 170
DS 

RD RR1BQ32TF 170 0 0
G
GATCGAAGAAGAGAC*CGGCAAGGTAAAACGGCATAGAGAGCGGAGGCTGACGGCGGTGG
ACAGTTGCATAAACAATTCCTCCTATGAATATCTATATAATAAATAACCAAAAATATGCA
CTAGTATCTTGTATCGTACAATCAAACATTGTTTTTGAGTTTCGCTTCT

QA 2 170 2 170
DS 

RD RR1DG87TF 548 0 0
GTGCTAAAGTGGGAATGACTAAGTTCATCTCTGATCTCTTCTAGGTTGGAATGTTTTACC
ATCTCTACAACCAGTTGGCTACTAATACATTGGAGAGGGTAGCACCATTGACTCACGCTG
TTGGAAACGTTCTGAAACGTGTCTTTGTGATTGGGTTCTCCATCGTTATCTTCGGAAACA
AGATATCGACGCAGACAGGCATCGGAACTGGAATAGCCATTGCTGGAGTTGCACTCTACT
CTGTCATTAAGGCCAAGATCGAAGAAGAGAAACGGCAAGGTAAGACGGCATAGAGAGCGG
AGGCTGACGGCGGTGGACAGTTGCATAAACAATTCCTCCTATGAATATCTATATAATAAA
TAACCAAAAATATGCACTAGTATCTTGTATCGTACAATCAAACATTGTTTTTGAGTTTCG
CTTCTCGTTTATATATATTTTTTTATATTCTGTGTCTTTTCCTTCCCGTGGAGAACATTG
TTGCCATTTCTTCTGCATTGCACTTATCTTAGCAGATGAAAAGCATAATAATGTATTTAT
TCTTTTCT

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1FI14TF 344 0 0
GCACTCTACTCTGTCATTAAGGCCAAGATCGAAGAAGAGAAACGGCAAGGTAAGACGGCA
TAGAGAGCGGAGGCTGACGGCGGTGGACAGTTGCATAAACAATTCCTCCTATGAATATCT
ATATAATAAATAACCAAAAATATGCACTAGTATCTTGTATCGTACAATCAAACATTGTTT
TTGAGTTTCGCTTCTCGTTTATATATATTTTTTTATATTCTGTGTCTTTTCCTTCCCGTG
GAGAACATTGTTGCCATTTCTTCTGCATTGCACTTATCTTAGCAGATGAAAAGCATAATA
ATGTATTTATTCTTTTCTCTTTCTCTTGGAGCATTTTACCCATC

QA 1 344 1 344
DS 



AS 1 4

CO CL2754Contig1 1661 4 20 U
GATACCTGCAAGCCTTGGGAAGAAGATGAACGCTTTGACGTTTCTTTCGTTTGCGAATAA
TAACCTGACGGGGCAAATCCCTGAGAGTTTTGGTCAGTCGCATTCCCTGCAAGTTCTTGA
TCTCTCTTCAAACTATCTATCCGGCGGTATTCCTCATGATTTCGTCAACTTGAAGAATCT
CACTGTGCTGCTTCTCAACAACAACAACCTCTCTGGTCAAATCCCTTCGATTTTCTCTAC
TTTTGCGGTTTTCAATGTCTCCTCCAACAATCTGTCAGGTCCTGTTCCTCCAACCAACGG
ATTGACCAAATGCAGCAGTGTGGTCGGAAACATGTATCTTCAGCCTTGCCGTGTGTTCTC
TCTGACAACACCATCTTCGGATCCCAGAGGCCCCATCGCTGATTCTAGCACTCAGGATTA
CGCATCTTCGCCTATCGAAAACGCTCCATCTCAGAACTCAGGAAGAGAAGGGTTCAACTC
GCTAGAGATTGCTTCCATTGCATCTGCGTCAGCCATCGTCTCAGTTCTGATCGCTCTTGT
GATCCTCTTCTTCTACACGAGGAAATGGCATCCGAAGTCGAAGGTCATGGCAACTACAAA
ACGAGAAGTCACTATGTTCATGGACATGGGAGTTGCAATAACCTTCGACAACGTTGTTAG
AGCCACGGGGAACTTCAACGCGAGCAATCTGATCGGTAACGGCGGGTTTGGAGCAACGTA
CAAAGCTGAAATCTCTCACGAAGTTATCGTCGCTATCAAACGCCTCTCGATTGGACGGCT
TCAAGGCGTCCAACAGTTCCATGCAGAGATAAAAACTCTCGGTAGGCTTCGACACCCGAA
CCTCGTCACTCTTATTGGTTACCACGCGAGCGAAACGGAGATGTTCTTGGTTTACAACTA
TCTCCCGGGAGGCAACCTCGAGAAGTTTATCCAAGAGCGTTCCACGAGAGCTGTAGATTG
GAGAAATCTTCACAAGATCGCTCTGGACATAGCACGAGCTCTCGCTTACCTCCACGACCA
ATGCGTCCCACGGGTTCTTCACCGTGATGTCAAACCAAGCAACATCCTCTTAGACAATGA
TCACAACGCTTATTTATCGGATTTTGGATTAGCGAGGTTGCTCGGGACATCAGAAACGCA
CGCAACAACGGGCGTAGCGGGTACGTTCGGATACGTAGCGCCCGAGTACGCGATGACTTG
CCGGGTTTCAGATAAAGCGGATGTGTACAGCTACGGAGTGGTGCTTTTGGAGCTGCTTTC
AGACAAGAAAGCGCTTGATCCGTCGTTTGTTTCATACGGTAATGGGTTCAACATTGTGCA
GTGGGGTTGTATGTTGTTGAAACAAGGACGGGCCAAGGAGTTTTTCACGGCAGGTTTATG
GGATGCTGGTCCGCACGATGATCTCGTTGAGGTTCTGCATTTAGCCGTTATATGTACTGT
GGATTCTCTATCGACAAGGCCGACGATGAAGCAAGTTGTACGGCGGTTGAAACAGCTGCA
GCCTCCGTCGTGTTAGCTCTTCCCCCAGTAATTTGTATTAGATTATTATTTTTTAATTGT
ACAGTTGTAAACATACTTGTGTAGTTAACATGCTGCGTAGTAGTTAGAAGAAGAGATGTA
ATATATTATGAGAAAGGTATAGAAAGTTTAATCTCTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 
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TCTCTCTTCAAACTATCTATCCGGCGGTATTCCTCATGATTTCGTCAACTTGAAGAATCT
CACTGTGCTGCTTCTCAACAACAACAACCTCTCTGGTCAAATCCCTTCGATTTTCTCTAC
TTTTGCGGTTTTCAATGTCTCCTCCAACAATCTGTCAGGTCCTGTTCCTCCAACCAACGG
ATTGACCAAATGCAGCAGTGTGGTCGGAAACATGTATCTTCAGCCTTGCCGTGTGTTCTC
TCTGACAACACCATCTTCGGATCCCAGAGGCCCCATCGCTGATTCTAGCACTCAGGATTA
CGCATCTTCGCCTATCGAAAACGCTCCATCTCAGAACTCAGGAAGAGAAGGGTTCGACTC
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GATTCTCTTCTTCTACACGAGGAAATGGCATCCGAAG

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DS 

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G
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CAATAACCTTCGACAACGTTGTTAGAGCCACGGGGAACTTCAACGCGAGCAATCTGATCG
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TCAAACGCCTCTCGATTGGACGGCTTCAAGGCGTCCAACAGTTCCATGCAGAGATAAAAA
CTCTCGGTAGGCTTCGACACCCGAACCTCGTCACTCTTATTGGTTACCACGCGAGCGAAA
CGGAGATGTTCTTGGTTTACAACTATCTCCCGGGAGGCAACCTCGAGAAGTTTATCCAAG
AGCGTTCCACGAGAGCTGTAGATTGGAGAAATCTTCACAAGATCGCTCTGGACATAGCAC
GAGCTCTCGCTTACCTCCACGACCAATGCGTCC

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DS 

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TGTAGATTGGAGAAATCTTCACAAGATCGCTCTGGACATAGCACGAGCTCTCGCTTACCT
CCACGACCAATGCGTCCCACGGGTTCTTCACCGTGATGTCAAACCAAGCAACATCCTCTT
AGACAATGATCACAACGCTTATTTATCGGATTTTGGATTAGCGAGGTTGCTCGGGACATC
AGAAACGCACGCAACAACGGGCGTAGCGGGTACGTTCGGATACGTAGCGCCCGAGTACGC
GATGACTTGCCGGGTTTCAGATAAAGCGGATGTGTACAGCTACGGAGTGGTGCTTTTGGA
GCTGCTTTCAGACAAGAAAGCGCTTGATCCGTCGTTTGTTTCGTACGGTAATGGGTTCAA
CATTGTGCAGTGGGGTTGTATGTTGTTGAAACAAGGACGGGCCAAGGAGTTTTTCACGGC
AGGTTTATGGGATGCTGGTCCGCACGATGATCTCGTTGAGGTTCTGCATTTAGCCGTTAT
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DS 

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TGGACATAGCACGAGCTCTCGCTTACCTCCACGACCAATGCGTCCCACGGGTTCTTCACC
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CGTTTGTTTCATACGGTAATGGGTTCAACATTGTGCAGTGGGGTTGTATGTTGTTGAAAC
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AAGTTTAATCTCTCTCCC

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DS 



AS 1 4

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CGGCTACTCTCTCGCCAAAGGGATGGGGATAGGCAAGTACGTGGCTTCGGATACGTTCAT
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CGGACCTTATACTCTTAAGTACCGAGGAAGTATGTGGGGATACAAGCGGTTTTTCAAGAG
GACTCTTCTGGAGTCATCAGATTATCTCAAGGACAATTGCCTCTTGGTGCGGTGCTGTGT
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TTTCAGGACACAGCTTTTTGGCCCGTTGAAAAACCAAAACACCAAAAGCATAATCATAGA
AGACATGGAAGCTCCCATTTTCAAGATGTTCCTCCATTTTATCTACTGGGACGAGTTGCC
TGATATGGAAGACATAATGGGCACAGACTTGACCCTTGTGGCTCAGCATCTGCTTGCAGC
TGCAGACCGTTATGCTCTGGAGCGGCTTAGAACCATCTGCGAGTCAAAACTCTGTGAAGG
AATCAGCATAAACACAGTAGCGACCACCTTGGCTTTGGCAGAGCAGCATCATTGTTTCCA
GCTAAAAGCTGCGTGTCTTAAATTCATAGCATTGCCACAAAACCTGAAAGCTGTGATGGA
AACGGATGGGTTTGATTATCTGAAGGAAAGCTGCCCATGCTTACTAAGTGAGCTGCTGGA
GTATGTGGCTAGGCTGAGTGAGCACTCTTTAACATCATCGGGGAATAGGAAGGAGTTATA
TGCTGGTGGTGGTGACGTGAATGGGAGACGAGTGAAGCAGCGGTTGCACTAAGTAACTCA
CTTTCAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGACTGATCACGTTGGAGGAGGCATCTTTGGGTAAAC
AGAATTGTAGAAGAGTCGAGATTTGTTGTGCATTTGTCATTTGTAAAAGGATTAGTGATT
GTTCCGTGTTGTCTAGCCAAGTAGAGTGACATGTTTTTTTTTGTATTTTTGTGCTTTTTT
GATTGTATTGACTAAAGCCGCTTCTCTCAAGGAAAAGTTTCATGAAACTT


BQ
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AF RR1C437TF U 1
AF RR1C254TF U 383
AF RR1C437JQ C 580
AF RR1C254JQ C 916
BS 1 632 RR1C437TF
BS 633 633 RR1C254TF
BS 634 754 RR1C437TF
BS 755 755 RR1C254TF
BS 756 779 RR1C437TF
BS 780 961 RR1C254TF
BS 962 962 RR1C437JQ
BS 963 1076 RR1C254TF
BS 1077 1077 RR1C437JQ
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BS 1140 1140 RR1C254JQ
BS 1141 1370 RR1C437JQ

RD RR1C437TF 779 0 0
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CGGCTACTCTCTCGCCAAAGGGATGGGGATAGGCAAGTACGTGGCTTCGGATACGTTCAT
GGTCGGTGGGTACTCGTGGGCGATCTACTTCTACCCGGATAACTCTGTCTACGTGTCTCT
CTTCATAGCGCTCGCGAGCGAAGGAGCTGATGTTAGGGCTTTGTTTGAGCTGACACTTGT
TGATCAGAGTGGTCATGAGAGGCATAAGGTTCATAGCCATTTCGGTAGGACTCTTGAGAG
CGGACCTTATACTCTTAAGTACCGAGGAAGTATGTGGGGATACAAGCGGTTTTTCAAGAG
GACTCTTCTGGAGTCATCAGATTATCTCAAGGACAATTGCCTCTTGGTGCGGTGCTGTGT
GGGCGTGGTGAAGTCACAAACAGAGGGACCGAGGAGTTACAATATCCCTGTGCCGGTTTC
TGACTTGGGGCATCAGTTTGGAAAGCTTTTGGAGAGTGGGAAGGGAGTTGATGTTACATT
CCGAGTTGATGGAGAGACGTTTCCTGCTCACACGTTGGTTCTTGCAGCTCGTTCTCCAGT
TTTCAGGACACAGCTTTTTGGCCCGTTGAAAA*CCAAAACACCAAAAGCATAATCATAGA
AGACATGGAAGCTCCCATTTTCAAGATGTTCCTCCATTTTATCTACTGGGACGAGTTGCC
TGATATGGAAGACATAATGGGCACAGACTTGACC*TTGTGGCTCAGCATCTGCTTGCAG

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1C254TF 760 0 0
G
ATCTCAAGGACAATTGCCTCTTGGTGCGGTGCTGTGTGGGCGTGGTGAAGTCACAAACAG
AGGGACCGAGGAGTTACAATATCCCTGTGCCGGTTTCTGACTTGGGGCATCAGTTTGGAA
AGCTTTTGGAGAGTGGGAAGGGAGTTGATGTTACATTCCGAGTTGATGGAGAGACGTTTC
CTGCTCACACGTTGGTTCTTGCAGCTCGTTCTCCAGTTTTCAGGGCACAGCTTTTTGGCC
CGTTGAAAAACCAAAACACCAAAAGCATAATCATAGAAGACATGGAAGCTCCCATTTTCA
AGATGTTCCTCCATTTTATCTACTGGGACGAGTTGCCTGATATGGAAGACATAATGGGCA
CAGGCTTGACCCTTGTGGCTCAGCATCTGCTTGCAGCTGCAGACCGTTATGCTCTGGAGC
GGCTTAGAACCATCTGCGAGTCAAAACTCTGTGAAGGAATCAGCATAAACACAGTAGCGA
CCACCTTGGCTTTGGCAGAGCAGCATCATTGTTTCCAGCTAAAAGCTGCGTGTCTTAAAT
TCATAGCATTGCCACAAAACCTGAAAGCTGTGATGGAA*CGGATGGGTTTGATTATCTGA
AGGAAAGCTGCCCATGCTTACTAAGTGAGCTGCTGGAGTATGTGGCTAGGCTGAGTGAGC
ACTCTTTAACATCATCGGGGAATAGGAAGGAGT*ATATGCTGGTGGTGGTGACGTGAATG
GGAGACGAGTGAAGCAGCGGTTGCACTAAGTA
CTCACTT

QA 2 753 2 753
DS 

RD RR1C437JQ 791 0 0
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CACCAAAAGCATAATCATAGAAGACATGGAAGCTCCCATTTTCAAGATGTTCCTCCATTT
TATCTACTGGGACGAGTTGCCTGATATGGAAGACATAATGGGCACAGACTTGACCCTTGT
GGCTCAGCATCTGCTTGCAGCTGCAGACCGTTATGCTCTGGAGCGGCTTAGAACCATCTG
CGAGTCAAAACTCTGTGAAGGAATCAGCATAAACACAGTAGCGACCACCTTGGCTTTGGC
AGAGCAGCATCATTGTTTCCAGCTAAAAGCTGCGTGTCTTAAATTCATAGCATTGCCACA
AAACCTGAAAGCTGTGATGGAAACGGATGGGTTTGATTATCTGAAGGAAAGCTGCCCATG
CTTACTAAGTGAGCTGCTGGAGTATGTGGCTAGGCTGAGTGAGCACTCTTTAACATCATC
GGGGAATAGGAAGGAGTTATATGCTGATGGTGGTGACGTGAATGGGAGACGAGTGAAGCA
GCGGTTGCACTAAGTAACTCGCTTTCAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGACTGATCACGTTGG
AGGAGGCATCTTTGGGTAAACAGAATTGTAGAAGAGTCGAGATTTGTTGTGCATTTGTCA
TTTGTAAAAGGATTAGTGATTGTTCCGTGTTGTCTAGCCAAGTAGAGTGACATGTTTTTT
TTTGTATTTTTGTGCTTTTTTGATTGTATTGACTAAAGCCGCTTCTCTCAAGGAAAAGTT
TCATGAAACTT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1C254JQ 449 0 0
TCTTAAATTCATAGCATTGCCACAAAACCTGAAAGCTGTGATGGAAACGGATGGGTTTGA
TTATTTGAAGGAAAGCTGCCCATGCTTACTAAGTGAGCTGCTGGAGTATGTGGCTAGGCT
GAGTGAGCACTCTTTAACATCATCGGGGAATAGGAAGGAGTTATATGCTGGTGGTGGTGA
CGTGAATGGGAGACGAGTGAAGCAGCGGTTGCACTAAGTAACTCACTTTCAGGGAGAGAG
AGAGAGAGAGACTGATCACGTTGGAGGAGGCATCTTTGGGTAAACAGAATTGTAGAAGAG
TCGAGATTTGTTGTGCATTTGTCATTTGTAAAAGGATTAGTGATTGTTCCGTGTTGTCTA
GCCAAGTAGAGTGACATGTTTTTTT**GTATTTTTGTGCTTTTTTGATTGTATTGACTAG
AGCCGCTTCTCTCAAGGAAAAGTTTCATG

QA 1 449 1 449
DS 



AS 1 4

CO CL2756Contig1 1391 4 14 U
GGATCCAGCGCCGCCGCCAAAACCTCTCTCCGTCTCTCTCACTTCTTCTCCTTCCTTCTC
TTCGCGACGGCGACAATGGCGACACTCACTCATCAAACCCCACAGACCCATTTCCTCTCC
AAACTCCCTCTCAGACCTAAACCCAGAGCCATCTCCGCGAGAGTCAAAATGTCTCTCCAG
GAATCCGCCCCCTCCCTCGCCGTCGTCGGCGTCACCGGCGCCGTCGGTCAAGAGTTCCTT
TCCGTCCTATCCGACCGAGACTTCCCTTACAGCTCCGTCAAGATGCTCGCCTCCAAACCT
CCGCCGGGAAACGCGTCGCCTTCGACGGCCGCGAGTACACGGTGGAGGATCTCACGGCGG
AGAGCTTCGACGGCGTCGACATCGCGCTGTCAGCGCCGGGGGATCGATAAGCAAGGAGTT
CGGGCCAATGGCGGCGGAGAGAGGAACGATCGTCGTCGACAACAGCTCCGCGTTTCGGAT
GGTCCAAGGCGTTCTGCTCGTGATACCTGAAGTGAACCCTGAGGCGATGAAAGGGATTAA
GGTCGGGAACGGTAGAGGGGCGTTGATTGCGAACCCTAATTGCTCCACTATTATATGTTT
GATGGCTGTTACGCCTCTTCATCGTCACGCAAAGGTGAAGAGGATGGTGGTTAGTACGTA
TCAAGCAGCTAGTGGTGCAGGTGCTGCAGCTATGGAGGAGCTTGTGCAGCAGACCCGCGA
GGTTTTAGCGGGCAGACCGCCGACTTGTAACATCTTCGGGCAGCAGTATGCATTTAATCG
GTTTTCACATAACGCTCCGATTACTGAGAATGGTTACAACGAGGAGGAGGTAAAACTAGT
TAAAGAAACAAGGAAGATCTGGAATGACACAGAAGTAAAAGTAACAGCGACGTGTATACG
TGTTCCGGTTATGCGTGCTCATGCAGAGAGTGTGAATCTACAGTTTGAGAATCCCCTCGA
TGAGAACACAGCAAGGGAGTTGTTGAAGAAAGCACCTGGAGTTTATATCATAGACGACCG
CTCATCTAACACCTTCCCTACTCCACTTGATGTCTCTAACAAAGACGATGTCGCCGTTGG
TAGGATCAGGCGAGACGTGTCTCAAGATGGCAATTACGGACTGGACATATTCGTATGTGG
AGATCAAATACGCAAAGGAGCTGCTCTCAATGCTGTTCAGATCGCTGAGATGCTTCTCTG
ATTTCGTTTTCGCCTTACTTGGCATGACATCTCTGTATCAGACTGTCTCTTTTTTTTTGT
GTCCCTGTTTGGACCAGTTTTTGTTACTTTTTCATACACGAATTGTCCCTGGAAATCATC
CCTACGCTTTGAACATTACCAGTTTCCGGTTCGAACCAGTACCGTTTGATCAATGGAAGA
TTCAATTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1ED80TF U 1
AF RR1BV45TF U 623
AF RR1ED80JQ C 602
AF RR1BV45JQ C 626
BS 1 634 RR1ED80TF
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BS 777 1339 RR1BV45TF
BS 1340 1388 RR1ED80JQ
BS 1389 1391 RR1BV45JQ

RD RR1ED80TF 779 0 0
GGATCCAGCGCCGCCGCCAAAACCTCTCTCCGTCTCTCTCACTTCTTCTCCTTCCTTCTC
TTCGCGACGGCGACAATGGCGACACTCACTCATCAAACCCCACAGACCCATTTCCTCTCC
AAACTCCCTCTCAGACCTAAACCCAGAGCCATCTCCGCGAGAGTCAAAATGTCTCTCCAG
GAATCCGCCCCCTCCCTCGCCGTCGTCGGCGTCACCGGCGCCGTCGGTCAAGAGTTCCTT
TCCGTCCTATCCGACCGAGACTTCCCTTACAGCTCCGTCAAGATGCTCGCCTCCAAACCT
CCGCCGGGAAACGCGTCGCCTTCGACGGCCGCGAGTACACGGTGGAGGATCTCACGGCGG
AGAGCTTCGACGGCGTCGACATCGCGCTGTCAGCGCCGGGGGATCGATAAGCAAGGAGTT
CGGGCCAATGGCGGCGGAGAGAGGAACGATCGTCGTCGACAACAGCTCCGCGTTTCGGAT
GGTCCAAGGCGTTCTGCTCGTGATACCTGAAGTGAACCCTGAGGCGATGAAAGGGATTAA
GGTCGGGAACGGTAGAGGGGCGTTGATTGCGAACCCTAATTGCTCCACTATTATATGTTT
GATGGCTGTTACGCCTCTTCATCGTCACGCAAAG*TGAAGAGGATGGTGGTTAGTACGTA
TCAAGCAGCTAGTGGTGCAG*TGCTGCAGCTATGGAGGAGCTTGTGCAGCAGACCCGCGA
GGTTT*AGCGGGCAGACCGCCGACTTGTA*CATCTTCG**CAGCAGTATGCATTTA
TCT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1BV45TF 717 0 0
GGT
CACGCAAAGGTGAAGAGGATGGTGGTTAGTACGTATCAAGCAGCTAGTGGTGCAGGTGCT
GCAGCTATGGAGGAGCTTGTGCAGCAGACCCGCGAGGTTTTAGCGGGCAGACCGCCGACT
TGTAACATCTTCGGGCAGCAGTATGCATTTAATCGGTTTTCACATAACGCTCCGATTACT
GAGAATGGTTACAACGAGGAGGAGGTAAAACTAGTTAAAGAAACAAGGAAGATCTGGAAT
GACACAGAAGTAAAAGTAACAGCGACGTGTATACGTGTTCCGGTTATGCGTGCTCATGCA
GAGAGTGTGAATCTACAGTTTGAGAATCCCCTCGATGAGAACACAGCAAGGGAGTTGTTG
AAGAAAGCACCTGGAGTTTATATCATAGACGACCGCTCATCTAACACCTTCCCTACTCCA
CTTGATGTCTCTAACAAAGACGATGTCGCCGTTGGTAGGATCAGGCGAGACGTGTCTCAA
GATGGCAATTACGGACTGGACATATTCGTATGTGGAGATCAAATACGCAAAGGAGCTGCT
CTCAATGCTGTTCAGATCGCTGAGATGCTTCTCTGATTTCGTTTTCGCCTTACTTGGCAT
GACATCTCTGTATCAGACTGTCTCTTTTTTTTTGTGTCCCTGTTTGGACCAGTTTTTGTT
ACTTTTTCATACACGAATTGTCCCTGGAAATCATCCCTACGCTTTGAACATTAC

QA 4 717 4 717
DS 

RD RR1ED80JQ 787 0 0
ATGGCTGTTACGCCTCTTCATCGTCACGCAAAGGTGAAGAGGATGGTGGTTAGTACGTAT
CAAGCAGCTAGTGGTGCAGGTGCTGCAGCTATGGAGGAGCTTGTGCAGCAGACCCGCGAG
GTTTTAGCGGGCAGACCGCCGACTTGTAACATCTTCGGGCAGCAGTATGCATTTAATCTG
TTTTCACATAACGCTCCGATTACTGAGAATGGTTACAACGAGGAGGAGGTAAAACTAGTT
AAAGAAACAAGGAAGATCTGGAATGACACAGAAGTAAAAGTAACAGCGACGTGTATACGT
GTTCCGGTTATGCGTGCTCATGCAGAGAGTGTGAATCTACAGTTTGAGAATCCCCTCGAT
GAGAACACAGCAAGGGAGTTGTTGAAGAAAGCACCTGGAGTTTATATCATAGACGACCGC
TCATCTAACACCTTCCCTACTCCACTTGATGTCTCTAACAAAGACGATGTCGCCGTTGGT
AGGATCAGGCGAGACGTGTCTCAAGATGGCAATTACGGACTGGACATATTCGTATGTGGA
GATCAAATACGCAAAGGAGCTGCTCTCAATGCTGTTCAGATCGCTGAGATGCTTCTCTGA
TTTCGTTTTCGCCTTACTTGGCATGACATCTCTGTATCAGACTGTCTCTTTTTTTTTGTG
TCCCTGTTTGGACCAGTTTTTGTTACTTTTTCATACACGAATTGTCCCTGGAAATCATCC
CTACGCTTTGAACATTACCAGTTTCCGGTTCGAACCAGTACCGTTTGATCAATGGAAGAT
TCAATTT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1BV45JQ 766 0 0
CACGCAAAG
GTGAAGAGGATGGTGGTTAGTACGTATCAAGCAGCTAGTGGTGCAGGTGCTGCAGCTATG
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TTCGGGCAGCAGTATGCATTTAATCGGTTTTCACATAACGCTCCGATTACTGAGAATGGT
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AATCTACAGTTTGAGAATCCCCTCGATGAGAACACAGCAAGGGAGTTGTTGAAGAAAGCA
CCTGGAGTTTATATCATAGACGACCGCTCATCTAACACCTTCCCTACTCCACTTGATGTC
TCTAACAAAGACGATGTCGCCGTTGGTAGGATCAGGCGAGACGTGTCTCAAGATGGCAAT
TACGGACTGGACATATTCGTATGTGGAGATCAAATACGCAAAGGAGCTGCTCTCAATGCT
GTTCAGATCGCTGAGATGCTTCTCTGATTTCGTTTTCGCCTTACTTGGCATGACATCTCT
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TACACGAATTGTCCCTGGAAATCATCCCTACGCTTTGAACATTACCAGTTTCCGGTTCGA
ACCAGTACCGTTTGATCAATGGAAGATTCAATTTATC

QA 10 766 10 766
DS 



AS 1 3

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GTCTTTAACCAAAGATGAGAGCGAATTCGAGACGGTGCTTGAATGCGTCGAGGTAGCCTT
CACGATAAAATCAGATAGCTGGAGAATAGTCACATAATGTGACGTTGAGGTCTATACCTC
ATCTACGAGAAAAACCGAAGTAATCCCGGTTGTATCTTCAGGTCCCGTAGAGACCGCTAC
GCAAAATAACAAACCGATGAGGAATCTGAAGCAAACGCTCGGTAACGAGACCGAGGAAGC
TAATGGTGGTAACAGTTTCTCCTCAAAAGAGGAAGATGATCGAAAGAGGACCGAGCCCGG
TAGAACCTCCGGATCTGTACCCGTGAAACTTCTAGATCTGACGCCGGTTTGAAGAATAGG
AGCAACCCGCGGTGGTTTGTGGGACTCAAGTCTCGCCGGAGACGAGAGGCTTGAGCTCGT
CAGTTGACATCGATGCTCCGAAAACGATTGAACTGCTTGGACATAGTGCACATCGTGACT
TGTCCGACGGCGAACAGAGGAAAATACGTCGGAGTTTGAACCCAATGACCGACGTATAGC
GACGGCGAGAGAATCCTCTCGACTCATCACTAGTTGGCAAGAGAGGATCACCAGAAGAAG
TGCAACGAAGAGTCCTCGTCTCCGTCTTAACATCTGTCGGGTTTGCTTTCTTCCCACCAT
CCAACTAACACTTACTGAAAACCAATAGATAGAACAGTGAAACAGAACCACGAGAGTGAG
TGAGAATGGCAACATCGTCAGAGGACCCAGCGCCGGCGAGATGAGCCGATGCCGGCGCCG
AGGAGAACTAGATCTGGTTTGTGCCTCGAGCACCGTGTCTGGGAGAGTCTTAGGGCTTCT
TCCTCTTTTGTCTCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H128JQ U 1
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AF RR1H128TF C 260
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GG
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AAATAACAAACCGATGAGGAATCTGAAGCAAACGCTCGGTAACGAGACCGAGGAAGCTAA
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QA 3 889 3 889
DS 

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DS 



AS 1 4

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GCTATGGAACACTATGTACTGAAAGGAAAGGTCCCTTTCACGTTGAAGCACGGGAAAGCA
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GATCAGCCATCTCATTTGCGATTGAAGGATCCAAAGATTCCAGAAAAGGTAAACTTACCA
GAGTATGCTGCACCAGAGTCACGTTACTGCCCAGCCCGTGTATACGAGTATGTGGAAGAT
GAAGAGGGTAAGCCGAAACTGCAGATCAACGCTCAGAACTGTTTGCACTGCAAGGCATGT
GACATTAAAGATCCGAAGCAAAACATAGAGTGGACAGTACCTGAAGGTGGTGGAGGCCCT
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TAAGCATCATTAGTGTTTCGCTTGTTGTAAACTTTCATTTGGACATTAATGGGAACTCAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DB96TF U 1
AF RR1DB96JQ C 262
AF RR1CM53JQ C 558
AF RR1CM53TF U 558
BS 1 476 RR1DB96TF
BS 477 558 RR1DB96JQ
BS 559 877 RR1CM53TF

RD RR1DB96TF 476 0 0
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ACCGCAATGAAATCAGGAATGTTAGCAGCAGAAGCTGCATTTGGTGCACTTCATGAAGGT
TCAAACATGAACACATACTGGGACAACTTGAGGGATTCATGGGTGTGGAAGGAGCTCTAC
GCGGCTCGAAACTACCGACCTGCATTTGAGTATGGTCTAATCCCTGGCTTGGCCGTGAGT
GCTATGGAACACTATGTACTGAAAGGAAAGGTCCCTTTCACGTTGAAGCACGGGAAAGCA
GACCACGAAGCAACAGATCTTGCTCGGAAATGCAAGCCAATTGAGTATCCAAAGCCAGAT
GGTGTTTTGTCCTTTGACGTGCCAACTTCTTTATACAGGAGTAACACCAATCATGATCAT
GATCAGCCATCTCATTTGCGATTGAAGGATCCAAAGATTCCAGAAAAGGTAAACTT

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR1DB96JQ 604 0 0
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GCTCGGAAATGCAAGCCAATTGAGTATCCAAAGCCAGATGGTGTTTTGTCCTTTGACGTG
CCAACTTCTTTATACAGGAGTAACACCAATCATGATCATGATCAGCCATCTCATTTGCGA
TTGAAGGATCCAAAGATTCCAGAAAAGGTAAACTTACCAGAGTATGCTGCACCAGAGTCA
CGTTACTGCCCAGCCCGTGTATACGAGTATGTGGAAGATGAAGAGGGTAAGCCGAAACTG
CAGATCAACGCTCAGAACTGTTTGCACTGCAAGGCATGTGACATTAAAGATCCGAAGCAA
AACATAGAGTGGACAGTACCTGAAGGTGGTGGAGGCCCTGCTTATTCCCTAATGTAGTAA
TCCTCAACACTTGCTTTTACCACATCCCCATAAAATAAATGAGACTCGAAAGGCAAAACC
ATATTATGTTTT*AACTTTCAGTGATAGAAAGATGTATGTAAGCATCATTAGTGTTTCGC
TTGTTGTAAACTTTCATTTGGACATTAATGGGAACTCATCAGAATAAGTGAAGAAAAGAA
A
TTC

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1CM53JQ 320 0 0
G
CTGCAGATCAACGCTCAGAACTGTTTGCACTGCAAGGCATGTGACATTAAAGATCCGAAG
CAAAACATAGAGTGGACAGTACCTGAAGGTGGTGGAGGCCCTGCTTATTCCCTAATGTAG
TAGTCCTCAACACTTGCTTTTACCACATCCCCATAAAATAAATGAGACTC*AAAGGCAAA
ACCATATTATGTTTTCAGCTTTCAGTGATAGAAAAATGTATGTAAGCATCATTAGTGTTT
CGCTTGTTGTAAACTTTCATTTGGACATTAATGGGAACTCATCAGAATAAGTGAAGAAAA
GAAACTCAAAATCATACTC

QA 2 320 2 320
DS 

RD RR1CM53TF 320 0 0
G
CTGCAGATCAACGCTCAGAACTGTTTGCACTGCAAGGCATGTGACATTAAAGATCCGAAG
CAAAACATAGAGTGGACAGTACCTGAAGGTGGTGGAGGCCCTGCTTATTCCCTAATGTAG
TAGTCCTCAACACTTGCTTTTACCACATCCCCATAAAATAAATGAGACTC*AAAGGCAAA
ACCATATTATGTTTTCAGCTTTCAGTGATAGAAAAATGTATGTAAGCATCATTAGTGTTT
CGCTTGTTGTAAACTTTCATTTGGACATTAATGGGAACTCATCAGAATAAGTGAAGAAAA
GAAACTCAAAATCATACTC

QA 2 320 2 320
DS 



AS 1 4

CO CL2759Contig1 1130 4 6 U
GGAGAGACAGAGAAAGAGATGTCAGAGTATCTGGTCACTGGAGGAACTGGTTTCATCGCT
TCTTACATCATCAAATCACTCCTCGAACTCAGACACACCGTTCGAACCACTGTCCGAAAC
CCTCAGGATGAAGAGAAAGTAGGTTTCCTATGGGAACTGAGAGGAGCGAAAGAGAGGCTG
AAGATGTTCAAAGCTGATCTAACGGTTGATGGAAGCTTTGACGAAGCAGCAAACGGCGTA
GATGGAGTCTTCCACACGGCCTCTCCTGTTATTGTTCCACAGGATCACAACATTCAAGAA
ACATTGGTCGATCCTATCATAAAGGGTACAACCAACGTGATGAACTCTTGTGCCAAATCC
AAAACCACTCTCAAAAGGATCGTTCTTACATCTTCTTGCTCCTCCATATGGTACCGTTTC
GACGCCACCAAAGCCTCTCCGCTCAACGAGTCGCATTGGAGCGACATTGAATACTGCAAA
CGCTTCAACCTTTGGTACGCGTATGCAAAGACTCTAGGTGAGAAAGAGGCTTGGAGGATA
GTTGAAGAGAAGGGGTTGAACTTAGTGGTAGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTCCATTG
CTTGGACCTAAACCAACAAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCGTTGTCAAAGGTCTTGCT
GGAGAGTACCGGAATTTTACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGATGCACAT
GTGTTAGCCATGGAAGAGCCTAAAGCATCAGGGAGAATCATATGCTCAAGTTCGGTTGCT
CACTGGTCTGAGATCATTGAGTTGCTACGAAACAAGTATCCTAATTACCCACTTGAGAAC
AAGTGCAGTGACAAAGAAGGGGACAACAATCCACATAGTATGGATACAAGGAAGATACAT
GAGTTAGGATTTGCATCTTTCAAGTCATTGCCTGAGATGTTTGATGATTGTATCCGCAGT
TTTCAGGAGAAGGGTCTGCTCTGATGATATTTCCAAATCCATGTCGTTTCTGGATGGTGT
TTTGTTACTGGTTGAAGCACCTCTTTAGTTTATGGTTCCAGTATAATAATAATAAAACTT
AATAAGCTGGATTTGATTAATCGCTTGCTCTAATCTTGTATTAAGCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EX36TF U 8
AF RR1C909TF U 1
AF RR1C909JQ C 364
AF RR1EX36JQ C 559
BS 1 752 RR1C909TF
BS 753 753 RR1C909JQ
BS 754 766 RR1C909TF
BS 767 799 RR1C909JQ
BS 800 800 RR1EX36JQ
BS 801 1130 RR1C909JQ

RD RR1EX36TF 171 0 0
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TCATCAAATCACTCCTCGAACTCGGACACACCGTTCGAACCACTGTCCGAAACCCTCAGG
ATGAAGAGAAAGTAGGTTTCCTATGGGAACTGAGAGGAGCGAAAGAGAGGC

QA 1 171 1 171
DS 

RD RR1C909TF 766 0 0
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TCTTACATCATCAAATCACTCCTCGAACTCAGACACACCGTTCGAACCACTGTCCGAAAC
CCTCAGGATGAAGAGAAAGTAGGTTTCCTATGGGAACTGAGAGGAGCGAAAGAGAGGCTG
AAGATGTTCAAAGCTGATCTAACGGTTGATGGAAGCTTTGACGAAGCAGCAAACGGCGTA
GATGGAGTCTTCCACACGGCCTCTCCTGTTATTGTTCCACAGGATCACAACATTCAAGAA
ACATTGGTCGATCCTATCATAAAGGGTACAACCAACGTGATGAACTCTTGTGCCAAATCC
AAAACCACTCTCAAAAGGATCGTTCTTACATCTTCTTGCTCCTCCATATGGTACCGTTTC
GACGCCACCAAAGCCTCTCCGCTCAACGAGTCGCATTGGAGCGACATTGAATACTGCAAA
CGCTTCAACCTTTGGTACGCGTATGCAAAGACTCTAGGTGAGAAAGAGGCTTGGAGGATA
GTTGAAGAGAAGGGGTTGAACTTAGTGGTAGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTCCATTG
CTTGGACCTAAACCAACAAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCGTTGTCAAAGGTCTTGCT
GGAGAGTACCGGAATTTTACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGATGCACAT
GTGTTAGCCATGGAAGAGCCTAAAGCATCAGG*AGAATCATATGCT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1C909JQ 767 0 0
ACCACTCTCAAAAGGATCGTTCTTACATCTTCTTGCTCCTCCATATGGTACCGTTTCGAC
GCCACCAAAGCCTCTCCGCTCAACGAGTCGCATTGGAGCGACATTGAATACTGCAAACGC
TTCAACCTTTGGTACGCGTATGCAAAGACTCTAGGTGAGAAAGAGGCTTGGAGGATAGTT
GAAGAGAAGGGGTTGAACTTAGTGGTAGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTCCATTGCTT
GGACCTAAACCAACAAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCGTTGTCAAAGGTCTTGCTGGA
GAGTACCGGAATTTTACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGATGCACATGTG
TTAGCCATGGAAGAGCCTAAAGCATCAGGGAGAATCATATGCTCAAGTTCGGTTGCTCAC
TGGTCTGAGATCATTGGGTTGCTACGAAACAAGTATCCTAATTACCCACTTGAGAACAAG
TGCAGTGACAAAGAAGGGGACAACAATCCACATAGTATGGATACAAGGAAGATACATGAG
TTAGGATTTGCATCTTTCAAGTCATTGCCTGAGATGTTTGATGATTGTATCCGCAGTTTT
CAGGAGAAGGGTCTGCTCTGATGATATTTCCAAATCCATGTCGTTTCTGGATGGTGTTTT
GTTACTGGTTGAAGCACCTCTTTAGTTTATGGTTCCAGTATAATAATAATAAAACTTAAT
AAGCTGGATTTGATTAATCGCTTGCTCTAATCTTGTATTAAGCGTCC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1EX36JQ 540 0 0
AACTTAGTGGTAGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTCCATTGCTTGGACCTAAACCAACA
AGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCGTTGTCAAAGGTCTTGCTGGAGAGTACCGGAATTTT
ACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGATGCACATGTGTTAGCCATGGAAGAG
CCTAAAGCATCAGGGAGAATCATATGCTCAAGTTCGGTTGCTCACTGGTCTGAGATCATT
GAGTTGCTACGAAACAAGTATCCTAATTACCCACTTGAGAACAAGTGCAGTGACAAAGAA
GGGGACAACAATCCACATAGTATGGATACAAGGAAGATACATGAGTTAGGATTTGCATCT
TTCAGGTCATTGCCTGAGATGTTTGATGATTGTATCCGCAGTTTTCAGGAGAAGGGTCTG
CTCTGATGATATTTCCAAATCCATGTCGTTTCTGGATGGTGTTTTGTTACTGGTTGAAGC
ACCTCTTTAGTTTATGGTTCCAGTATAATAATAATAAAACTTAATAAGCTGGATTTGATT

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 4

CO CL2760Contig1 936 4 3 U
GGGTCTCTTCACGTTGAGTCGTTTACGTCTCCTCCCACTGATTTTCCCGAGAAAATTGAA
AGAAAGTTGATTCGAGTCGATTCGATTCAATTCAATTCAATGGAGTCTCTAGCATCTATT
TCTACTTCCATGATACTACCTCCAACAACCACGACTACGATCTCCGTTTCAACTTCACGA
TCAGATAAACAGGGGGGCGATGAAGAGGAAAGCGAGGAAGTGGAGAAGGCGCTTAACTTG
GACGGTACGATCCCTGGGACTTCCGACGAGTTTGTGAGGCAAGTCTCGTCACGTGCTTAC
GACATGCGTCGGAAACTAGAGCAGACGTTTGATTCCACCAGCTACGACGTGCTGGAGTCT
AACCCTTGGAGAGGAGACTCAAAGCCGGTTTATGTACTAACACAGAGAGAAAACCAGATC
TGCACCATGAAAACTAGAACAACCCACAGTGAAGTAGAGAAAGAGCTTGGACTGTTGTTC
TCTAAAAGGATCAGCAACCAGAAAAAACAATCTAGACCCGAAACTAAATTCGATATGCTC
GTTGAAGACATTCGAGATGGAGTACTGGTTTTTGAAGATGTGAATGAGGCTGTTCGATAC
TGTGATTTACTACAAGGTGGAGGAAAAGGGTGTGAAGGCGTGGCTGAGATTGAAGCCTCA
TCTGTTTTTGATCTTTGCCGGAAAACGAGGTCTCTGGCGGTTCTATTCCGCCGTGGAAGA
ACACCACCCACACTACAGACGCTGGAGCGTAATTTGGGATCCCGTAAGCGTTCTCTTGAG
GACTTGAGGGACAATAAATAACTTGTACATCATCTTAATAGTACCTACAATTATCTGGAA
AAAAAAATTTGTATAAACAAGTGTAATTAATCGTGTATATATATAGATGTATGTTACTTG
TAGTGCTTTCTTATTATTCGCTTGAAGTTGCTCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GZ89TFB U 1
AF RR1GZ89JQ C 346
AF RR1CR04JQ C 612
AF RR1CR04TF U 612
BS 1 551 RR1GZ89TFB
BS 552 612 RR1GZ89JQ
BS 613 936 RR1CR04TF

RD RR1GZ89TFB 551 0 0
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AGAAAGTTGATTCGAGTCGATTCGATTCAATTCAATTCAATGGAGTCTCTAGCATCTATT
TCTACTTCCATGATACTACCTCCAACAACCACGACTACGATCTCCGTTTCAACTTCACGA
TCAGATAAACAGGGGGGCGATGAAGAGGAAAGCGAGGAAGTGGAGAAGGCGCTTAACTTG
GACGGTACGATCCCTGGGACTTCCGACGAGTTTGTGAGGCAAGTCTCGTCACGTGCTTAC
GACATGCGTCGGAAACTAGAGCAGACGTTTGATTCCACCAGCTACGACGTGCTGGAGTCT
AACCCTTGGAGAGGAGACTCAAAGCCGGTTTATGTACTAACACAGAGAGAAAACCAGATC
TGCACCATGAAAACTAGAACAACCCACAGTGAAGTAGAGAAAGAGCTTGGACTGTTGTTC
TCTAAAAGGATCAGCAACCAGAAAAAACAATCTAGACCCGAAACTAAATTCGATATGCTC
GTTGAAGACAT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1GZ89JQ 501 0 0
GACGTGCTGGAGTCTAACCCTTGGAGAGGAGACTCAAAGCCGGTTTATGTACTAACACAG
AGAGAAAACCAGATCTGCACCATGAAAACTAGAACAACCCACAGTGAAGTAGAGAAAGAG
CTTGGACTGTTGTTCTCTAAAAGGATCAGCAACCAGAAAAAACAATCTAGACCCGAAACT
AAATTCGATATGCTCGTTGAAGACATTCGAGATGGAGTACTGGTTTTTGAAGATGTGAAT
GAGGCTGTTCGATACTGTGATTTACTACAAGGTGGAGGAAAAGGGTGTGAAGGCGTGGCT
GAGATTGAAGCCTCATCTGTTTTTGATCTTTGCCGGAAAACGAGGTTTCTGGCGGTTCTA
TTCCGCCGTGGAAGAACACCACCCACGCCACAGACGCTGGAGCGTAATTTGGGATCCCGT
AAGCGTTCTCTTGAGGACTTGAGGGACAATAAATAACTTGTACATCATCTTAATAGTACC
TACAATTATCTGGAAAAAAAA

QA 1 501 1 501
DS 

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G
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CTTTGCCGGAAAACGAGGTCTCTGGCGGTTCTATTCCGCCGTGGAAGAACACCACCCACA
CTACAGACGCTGGAGCGTAATTTGGGATCCCGTAAGCGTTCTCTTGAGGACTTGAGGGAC
AATAAATAACTTGTACATCATCTTAATAGTACCTACAATTATCTGGAAAAAAAAATTTGT
ATAAACAAGTGTAATTAATCGTGTATATATATAGATGTATGTTACTTGTAGTGCTTTCTT
ATTATTCGCTTGAAGTTGCTCAGT

QA 2 325 2 325
DS 

RD RR1CR04TF 325 0 0
G
CAAGGTGGAGGAAAAGGGTGTGAAGGCGTGGCTGAGATTGAAGCCTCATCTGTTTTTGAT
CTTTGCCGGAAAACGAGGTCTCTGGCGGTTCTATTCCGCCGTGGAAGAACACCACCCACA
CTACAGACGCTGGAGCGTAATTTGGGATCCCGTAAGCGTTCTCTTGAGGACTTGAGGGAC
AATAAATAACTTGTACATCATCTTAATAGTACCTACAATTATCTGGAAAAAAAAATTTGT
ATAAACAAGTGTAATTAATCGTGTATATATATAGATGTATGTTACTTGTAGTGCTTTCTT
ATTATTCGCTTGAAGTTGCTCAGT

QA 2 325 2 325
DS 



AS 1 4

CO CL2761Contig1 1161 4 6 U
GAGGCGAATCCAAGGATGACTCTCTTCGCGGGTAGCTCTAGAGTAGCTGAAAAGTTGGCA
CTTGACCTCAAAGGTCGGATCAGACTAGAAGATGCTGGATTTGATTGGAAAGTCTTGGGA
CCAGATGTTCAGGAGGTTGATTATGTTGCATGGGTATGTGATCAAGATGCATACGCGTGC
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ATTCCAGGCTCAAAGCTACTCTTTGGTGGGAAACCATTGAAGAACCACTCTATTCCTCCT
ATCTACGGAGCTTTGGAGCCCACTGCAGTTTATGTTCCCATTGAAGAAATCTTGAAGGAC
AGTAAAACCTACGAACTCGTCACCAAAGAAATCTTTGGACCGTTTCAGATTGTAACGGAA
TACAAAAAGGATCAACTTCCTCTTGTGTTGGAAGCTTTGGAGAGGATGCACGCTCATCTA
ACTGCTGCTGTTGTTTCAAACGACCCCATCTTTATCCAGGAAGTGATAGGGAACACGGTG
AATGGGACTACTTATGCTGGACTCAGAGGAAGAACAACTGGAGCTCCTCAGAATCACTGG
TTTGGACCTGCTGGGGATCCAAGAGGAGCAGGGATAGGAACACCAGAGGCAATAAAGCTG
GTGTGGTCATGCCACAGAGAGGTCATCTATGACTATGGTCCGATTCCACATGGTTGGGAA
CTTCCTGCATCTACTTAAAATGAGCGAAAGAGAGTGAGAGGGCACTTTGTTTGCTCTATT
ACCCAATAAAAGTGAGAGTTTTTGTAGTTTACCTACCTCTCTACTGGTTTGTAGTTTCAG
AGTATTGAGTGTGGGGGAGGCATAACAAACAACTTTTGAATCATGAAATAAAAGCGTTGA
CTTAGTTAGTCAAAGGCTGAGAGGCTGATTATTATTATTGTAAAACTCTACTGAATCTTA
ATGGTGTTTTTTTTTTCTTTCTCATTTTAGATCTTTTTTTCAATTGTTTTTGTTGTTCAC
AGTAAAGTAAAAAGCTATACC


BQ
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AF RR1A138TF U 295
AF RR1BQ24TF U 1
AF RR1A138JQ C 553
AF RR1BQ24JQ C 443
BS 1 417 RR1BQ24TF
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BS 419 730 RR1BQ24TF
BS 731 799 RR1BQ24JQ
BS 800 801 RR1A138JQ
BS 802 1161 RR1BQ24JQ

RD RR1A138TF 148 0 0
ACCATCGGTCCTGTCCTAACATTTACAACAGAGGCAATGTTGGAGCACGTGGAGAATCTG
CTTCAGATTCCAGGCTCAAAGCTACTCTTTGGTGGGAAACCATTGAAGAACCACTCTATT
CCTCCTATCTACGGAGCTTT
TGGAGCCC

QA 1 140 1 140
DS 

RD RR1BQ24TF 730 0 0
GAGGCGAATCCAAGGATGACTCTCTTCGCGGGTAGCTCTAGAGTAGCTGAAAAGTTGGCA
CTTGACCTCAAAGGTCGGATCAGACTAGAAGATGCTGGATTTGATTGGAAAGTCTTGGGA
CCAGATGTTCAGGAGGTTGATTATGTTGCATGGGTATGTGATCAAGATGCATACGCGTGC
AGTGGACAGAAGTGTTCTGCACAGTCTATACTTTTTGTGCACGAGAACTGGTCAAAAACT
CCTCTTCTTTCCAAGTTAAAAGATCTTGCAGGAAGACGCAAGCTGGAAGACTTGACCATC
GGTCCTGTCCTAACATTTACAACAGAGGCAATGTTGGAGCACGTGGAGAATCTGCTTCAG
ATTCCAGGCTCAAAGCTACTCTTTGGTGGGAAACCATTGAAGAACCACTCTATTCCTTCT
ATCTACGGAGCTTTGGAGCCCACTGCAGTTTATGTTCCCATTGAAGAAATCTTGAAGGAC
AGTAAAACCTACGAACTCGTCACCAAAGAAATCTTTGGACCGTTTCAGATTGTAACGGAA
TACAAAAAGGATCAACTTCCTCTTGTGTTGGAAGCTTTGGAGAGGATGCACGCTCATCTA
ACTGCTGCTGTTGTTTCAAACGACCCCATCTTTATCCAGGAAGTGATAGGGAACACGGTG
AATGGGACTACTTATGCTGGACTCAGAGGAAGAACAACTGGAGCTCCTCAGAATCACTGG
TTTGGACCTG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1A138JQ 550 0 0
CAACTTCCTCTTGTGTTGGAAGCTTTGGAGAGGATGCACGCTCATCTAACTGCTGCTGTT
GTTTCAAACGACCCCATCTTTATCCAGGAAGTGATAGGGAACACGGTGAATGGGACTACT
TATGCTGGACTCAGAGGAAGAACAACTGGAGCTCCTCAGAATCACTGGTTTGGACCTGCT
GGGGATCCAAGAGGAGCAGGGATAGGAACACCAGAGGCAATAAAGCTGGTGTGGTCATGC
CACAGAGAGGTCATCTATGACTATGGTCCGATTCCACATGGTTGGGAACTTCCTGCATCT
ACTTAAAATGAGCGAAAGAGAGTGAGAGGGCACTTTGTTTGCTCTATTACCCAATAAAAG
TGAGAGTTTTTGTAGTTTACCTACCTCTCTACTGGTTTGTAGTTTCAGAGTATTGAGTGT
GGGGGAGGCATAACAAACAACTTTTGAATCATGAAATAAAAGCGTTGACTTAGTTAGTCA
AAGGGTGAGAGGCTGATTATTATTATTGTAAAACTCTACTGAATCTTAATGGTGTTTTTT
TTT
CTTTCCC

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1BQ24JQ 719 0 0
CTGCAGTTTATGTTCCCATTGAAGAAATCTTGAAGGACAGTAAAACCTACGAACTCGTCA
CCAAAGAAATCTTTGGACCGTTTCAGATTGTAACGGAATACAAAAAGGATCAACTTCCTC
TTGTGTTGGAAGCTTTGGAGAGGATGCACGCTCATCTAACTGCTGCTGTTGTTTCAAACG
ACCCCATCTTTATCCAGGAAGTGATAGGGAACACGGTGAATGGGACTACTTATGCTGGAC
TCAGAGGAAGAACAACTGGAGCTCCTCAGAATCACTGGTTTGGACCTGCTGGGGATCCAA
GAGGAGCAGGGATAGGAACACCAGAGGCAATAAAGCTGGTGTGGTCATGCCACAGAG**G
TCATCTATGACTATGGTCCGATTCCACATGGTTGGGAACTTCCTGCATCTACTTAAAATG
AGCGAAAGAGAGTGAGAGGGCACTTTGTTTGCTCTATTACCCAATAAAAGTGAGAGTTTT
TGTAGTTTACCTACCTCTCTACTGGTTTGTAGTTTCAGAGTATTGAGTGTGGGGGAGGCA
TAACAAACAACTTTTGAATCATGAAATAAAAGCGTTGACTTAGTTAGTCAAAGGCTGAGA
GGCTGATTATTATTATTGTAAAACTCTACTGAATCTTAATGGTGTTTTTTTTTTCTTTCT
CATTTTAGATCTTTTTTTCAATTGTTTTTGTTGTTCACAGTAAAGTAAAAAGCTATACC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 4

CO CL2762Contig1 679 4 2 U
GGAACACACAAAGAGAGAGATATGTGTAAGAGACTAATTTGGCGTTGCCCACCAACCTAA
CTTCCCTACTACTTCATCAACAACTCATGTCCCACTTTGTTAAAGATTGTTATTACTATA
AACACGCCTCCCGCGTGAAAGTTAAACCCCAAACATCATAAGAAACATACAAACAGAAAT
CTTCTGGCTTCACTACCGTTTTGTGATGGAGAACAAGAAAAAGGCCAATCATGAAGATGA
AGGTCGTGATTGTGTTCTTCCTGTACATAGCCAAGTAGTGAAGATCAAGAAAGAGTGCGA
GAAGATTCATCAGCCGGAGATGCTGAGGGTGCTTCTCCATATCACGGGTCCACGGCGTTC
CCGTTCTCCCCTTGGGTTAGGGCAGAGAGACAATAGACCCATCACCGTTGGGAATTGATA
ACAAAGAAAGAGAGAGAGAGATGGAGATAAGTTATTCTCTGTGTATTTTAGGCTTCTCTC
TTTTGTCTTTGAACGTAAATATCTTTAGTTAATATAAACAAATCTTTTGCTTCTCTTCTA
ATCTTTTGAGGGGATAAACCACAACTAGCTCATAGAGAAGGGCTCATATAGTTAGTTATA
TGTATTCAAAAGTGGACAAGCTTAAACAGACCCATCATGGAAATTAGAGGTTTTGAAACA
AGCAAAAGATTTGATAACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CD86JQ C 1
AF RR1CD86TF U 1
AF RR1BH75JQ C 149
AF RR1BH75TF U 149
BS 1 530 RR1CD86TF
BS 531 679 RR1BH75TF

RD RR1CD86JQ 531 0 0
GGAACACACAAAGAGAGAGATATGTGTAAGAGACTAATTTGGCGTTGCCCACCAACCTAA
CTTCCCTACTACTTCATCAACAACTCATGTCCCACTTTGTTAAAGATTGTTATTACTATA
AACACGCCTCCCGCGTGAAAGTTAAACCCCAAACATCATAAGAAACATACAAACAGAAAT
CTTCTGGCTTCACTACCGTTTTGTGATGGAGAACAAGAAAAAGGCCAATCATGAAGATGA
AGGTCGTGATTGTGTTCTTCCTGTACATAGCCAAGTAGTGAAGATCAAGAAAGAGTGCGA
GAAGATTCATCAGCCGGAGATGCTGAGGGTGCTTCTCCATATCACGGGTCCACGGCGTTC
CCGTTCTCCCCTTGGGTTAGGGCAGAGAGACAATAGACCCATCACCGTTGGGAATTGATA
ACAAAGAAAGAGAGAGAGAGATGGAGATAAGTTATTCTCTGTGTATTTTAGGCTTCTCTC
TTTTGTCTTTGAACGTAAATATCTTTAGTTAATATAAACAAATCTTTTGC
C

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR1CD86TF 531 0 0
GGAACACACAAAGAGAGAGATATGTGTAAGAGACTAATTTGGCGTTGCCCACCAACCTAA
CTTCCCTACTACTTCATCAACAACTCATGTCCCACTTTGTTAAAGATTGTTATTACTATA
AACACGCCTCCCGCGTGAAAGTTAAACCCCAAACATCATAAGAAACATACAAACAGAAAT
CTTCTGGCTTCACTACCGTTTTGTGATGGAGAACAAGAAAAAGGCCAATCATGAAGATGA
AGGTCGTGATTGTGTTCTTCCTGTACATAGCCAAGTAGTGAAGATCAAGAAAGAGTGCGA
GAAGATTCATCAGCCGGAGATGCTGAGGGTGCTTCTCCATATCACGGGTCCACGGCGTTC
CCGTTCTCCCCTTGGGTTAGGGCAGAGAGACAATAGACCCATCACCGTTGGGAATTGATA
ACAAAGAAAGAGAGAGAGAGATGGAGATAAGTTATTCTCTGTGTATTTTAGGCTTCTCTC
TTTTGTCTTTGAACGTAAATATCTTTAGTTAATATAAACAAATCTTTTGC
C

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR1BH75JQ 531 0 0
GG
AAACATCATAAGAAACATACAAACAGAAATCTTCTGGCTTCACTACCGTTTTGTGATGGA
GAACAAGAAAAAGGCCAATCATGAAGATGAAGGTCGTGATTGTGTTCTTCCTGTACATAG
CCAAGTAGTGAAGATCAAGAAAGAGTGCGAGAAGATTCATCAGCCGGAGATGCTGAGGGT
GCTTCTCCATATCACGGGTCCACGGCGTTCCCGTTCTCCCCTTGGGTTAGGGCAGAGAGA
CAATAGACCCATCACCGTTGGGAATTGATAACAAAGAAAGAGAGAGAGAGATGGAGATAA
GTTATTCTCTGTGTATTTTAGGCTTCTCTTTTTTGTCTTTGAACGTAAATATCTTTAGTT
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CATAGAGAAGGGCTCATATAGTTAGTTATATGTATTCAAAAGTGGACAAGCTTAAACAGA
CCCATCATGGAAATTAGAGGTTTTGAAACAAGCAAAAGATTTGATAACT

QA 3 531 3 531
DS 

RD RR1BH75TF 531 0 0
GG
AAACATCATAAGAAACATACAAACAGAAATCTTCTGGCTTCACTACCGTTTTGTGATGGA
GAACAAGAAAAAGGCCAATCATGAAGATGAAGGTCGTGATTGTGTTCTTCCTGTACATAG
CCAAGTAGTGAAGATCAAGAAAGAGTGCGAGAAGATTCATCAGCCGGAGATGCTGAGGGT
GCTTCTCCATATCACGGGTCCACGGCGTTCCCGTTCTCCCCTTGGGTTAGGGCAGAGAGA
CAATAGACCCATCACCGTTGGGAATTGATAACAAAGAAAGAGAGAGAGAGATGGAGATAA
GTTATTCTCTGTGTATTTTAGGCTTCTCTTTTTTGTCTTTGAACGTAAATATCTTTAGTT
AATATAAACAAATCTTTTGCTTCTCTTCTAATCTTTTGAGGGGATAAACCACAACTAGCT
CATAGAGAAGGGCTCATATAGTTAGTTATATGTATTCAAAAGTGGACAAGCTTAAACAGA
CCCATCATGGAAATTAGAGGTTTTGAAACAAGCAAAAGATTTGATAACT

QA 3 531 3 531
DS 



AS 1 3

CO CL2763Contig1 986 3 14 U
GAAGATAAATTTGACAGAGATTTTGCGGAAGTGAGAATAGGTTTTCAGGAGCTTTGAAGC
TCTGATACCATGTGAAAATTAAAGAAATATGAGGTGGATAAGTGAGATTAAGTGTCTGGT
TTAGAATGGACCAGAGAGAGTGAGAGTTTGTATGAGTATCAAAGAGAGTAAACAAGACTG
CTGAGAGGATATGTAACTGAGAATGAGAGTTTAGAGAGTATGGAGAGTATGAGCTCGTGA
GTAACCAGAGAGTATAGAGAGAATGAGAGAATGAGAGAGTTTGGTAACCAAAGTATGTGA
AGAAAGAGTATTACTCTCCTTAGTTCAGTTTGTGATACATGAAGGCTTAATATAGCCAAT
ACAGCAACTTGCAACAACATTAAACTATGAATAAACAAGAGAATCATAAACTATAATATT
CTGGGGGAAAAGAGGATCAGAGCAGGCTGGTGTAGAGCAGACTGGAGTGCTCAGAACTGC
AGATAGTGACCTTTCCTAACAGTCCTCTCTCTTAAGTCCAACATGTGACTTTTAAACTAA
TTTAATCCCCACTTGCCTCAGCTCTCTCCAACAGTCTGATGCTTCATTTAAACTTCAAAT
CTGCTTCAAGATATCAAGCTGGACGAGCTCCCCACATCCATTGCCTTCCAAGTCACTCTA
GATTGAGTTTGGTTGCTTGGAAGCCAAGACTGTACGGACTGCCTTGTGTAGCAAGGTTGT
AAAGCCCAAAATATCTTCAAGTATATCTTTTTCTCTTTGTCTTCTTTATTTCTCTAATGC
AATGCATCACACACTCAGCCATGCTTCTTCCTTCTCCACTCTAGCAATAACTTGGTTCAC
AAGTCTGTATAAACTAGTCTCCACTTGAAGTATCCAGATCACTTCTTCATCTTCTGGACA
TTCCCTTATTTATTTCAACACATCCTGGTTTGATAAGAATCATGAAGATATTGCCATATG
TCCGAACAGGCTAATCTGGAATCATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D281JQ U 1
AF RR1F514JQ U 1
AF RR1F514TF C 128
BS 1 66 RR1D281JQ
BS 67 67 RR1F514JQ
BS 68 321 RR1D281JQ
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BS 700 701 RR1F514JQ
BS 702 800 RR1D281JQ
BS 801 986 RR1F514TF

RD RR1D281JQ 800 0 0
GAAGATAAATTTGACAGAGATTTTGCGGAAGTGAGAATAGGTTTTCAGGAGCTTTGAAGC
TCTGATGCCATGTGAAAATTAAAGAAATATGAGGTGGATAAGTGAGATTAAGTGTCTGGT
TTAGAATGGACCAGAGAGAGTGAGAGTTTGTATGAGTATCAAAGAGAGTAAACAAGACTG
CTGAGAGGATATGTAACTGAGAATGAGAGTTTAGAGAGTATGGAGAGTATGAGCTCGTGA
GTAACCAGAGAGTATAGAGAGAATGAGAGAATGAGAGAGTTTGGTAACCAAAGTATGTGA
AGAAAGAGTATTACTCTCCTTGGTTCAGTTTGTAATACATGAAGGCTTAATATAGCCAAT
ACAGCAACTTGCAACAACATTAAACTATGAATAAACAAGAGAATCATAAACTATAATATT
CTGGGGGAAAAGAGGATCAGAGCAGGCTGGTGTAGAGCAGACTGGAGTGCTCAGAACTGC
AGATAGTGACCTTTCCTAACAGTCCTCTCTCTTAAGTCCAACATGTGACTTTTAAACTAA
TTTAATCCCCACTTGCCTCAGCTCTCTCCAACAGTCTGATGCTTCATTTAAACTTCAAAT
CTGCTTCAAAATGTCAAGCTGGACGAGCTCCCCACATCCATTGCCTTCCAAGTCACTCTA
GATTGAGTTTGGTTGCTTGGAAGCCAAGACTGTACGGACAACCTTGTGTAGCAAGGTTGT
AAAGCCCAAAATATCTTCAAGTATATCTTTTTCTCTTTGTCTTCTTTATTTCTCTAATGC
AATGCATCACACACTCAGCC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1F514JQ 803 0 0
GAAGATAAATTTGACAGAGATTTTGCGGAAGTGAGAATAGGTTTTCAGGAGCTTTGAAGC
TCTGATACCATGTGAGAATTAAAGAAATATGAGGTGGATAAGTGAGATTAAGTGTCTGGT
TTAGAATGGACCAGAGAGAGTGAGAGTTTGTATGAGTATCAAAGAGAGTAAACAAGACTG
CTGAGAGGATATGTAACTGAGAATGAGAGTTTAGAGAGTATGGAGAGTATGAGCTCGTGA
GTAACCAGAGAGTATAGAGAGAATGAGAGAATGAGAGAGTTTGGTAACCAAAGTATGTGA
AGAAAGAGTATTACTCTCCTTAGTTCAGTTTGTGATACATGAAGGCTTAATATAGCCAAT
ACAGCAACTTGCAACAACATTAAACTATGAATAAACAAGAGAATCATAAACTATAATATT
CTGGGGGAAAAGAGGATCAGAGCAGGCTGGTGTAGAGCAGACTGGAGTGCTCAGAACTGC
AGATAGTGACCTTTCCTAACAGTCCTCTCTCTTAAGTCCAACATGTGACTTTTAAACTAA
TTTAATCCCCACTTGCCTCAGCTCTCTCCAACAGTCTGATGCTTCATTTAAACTTCAAAT
CTGCTTCAAGATATCAAGCTGGACGAGCTCCCCACATCCATTGCCTTCCAAGTCACTCTA
GATTGAGTTTGGTTGCTTGGAAGCCAAGACTGTACGGACTGCCTTGTGTAGCAAGGTTGT
AAAGCCCAAAATATCTTCAAGTATATCTTTTTCTCTTTGTCTTCTTTATTTCTCTAATGC
AATGCATCACACACTCAGCC
ATG

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1F514TF 859 0 0
T
GACCAGAGAGAGTGAGAGTT*GTATGAGTATCAA*GAGAGTAA*CAAGACTGCTGAGAGG
ATATGTAACTGAGA*TGAGAGTT*AGAGAGTATG*AGAGTATGAGCTCGTGAGTAACCAG
AGAGTATAGAGAGAATGAGAGAATGAGAGAGTTTG*TAACCAAAGTATGTGAAGAAAGAG
TATTACTCTC*TTAGTTCAGTTTGTGATACATGAAGGCTTAATATAGCCAATACAGCAAC
TTGCAACAACATTAAACTATGAATAAACAAGAGAATCATAAACTATAATATTCTGGGGGA
AAAGAGGATCAGAGCAGGCTGGTGTAGAGCAGACTGGAGTGCTCAGAACTGCAGATAGTG
ACCTTTCCTAACAGTCCTCTCTCTTAAGTCCAACATGTGACTTTTAAACTAATTTAATCC
CCACTTGCCTCAGCTCTCTCCAACAGTCTGATGCTTCATTTAAACTTCAAATCTGCTTCA
AGATATCAAGCTGGACGAGCTCCCCACATCCATTGCCTTCCAAGTCACTCTAGATTGAGT
TTGGTTGCTTGGAAGCCAAGACTGTACGGACTGCCTTGTGTAGCAAGGTTGTAAAGCCCA
AAATATCTTCAAGTATATCTTTTTCTCTTTGTCTTCTTTATTTCTCTAATGCAATGCATC
ACACACTCAGCCATGCTTCTTCCTTCTCCACTCTAGCAATAACTTGGTTCACAAGTCTGT
ATAAACTAGTCTCCACTTGAAGTATCCAGATCACTTCTTCATCTTCTGGACATTCCCTTA
TTTATTTCAACACATCCTGGTTTGATAAGAATCATGAAGATATTGCCATATGTCCGAACA
GGCTAATCTGGAATCATC

QA 2 859 2 859
DS 



AS 1 2

CO CL2764Contig1 770 2 16 U
GTTAGAGGAAAGAATTTGTATACCATAGTCAAGTTTGTAGATGTTAATGTACAATATTTG
GGGGGGGACAAAAGCTAGTACTGGGGGGATACCATGACTCTTGCAGCCTTTACCCGAACA
TCAAAGTTTCTTAAAATGGATACGATGAGTGAGAATCCGAAAACAGCTATTACATATGAG
TAGTCCAACCTCTTTGTGATGTCATAAAAACCATGGAGACGGATCACCAGAAGATTGTGG
ATGATAAAAGCAATGTGTAGATGATTACCGAGTATGGAAAACTGCACTCCAAAACCAAGA
GTTCATGGACAGGACACCGTACAAACCGTGGTATTCATAGCAACCCGTCTTATCTTCTTT
GAGAGGCAACTTATAGTATAGTGTAATGAAGGAGAGCCAGCCATGGAAATGCATCGCCTA
GGCTTAACACAGCGAAAGCAATAAAAGCAGGCTCCTGACAGTGGCCACCGGCTCTTTTCA
TCATGGCTACCATGTCCGTTGCCAAGGTATTCTCCATTGAGCCAGACATGCGACGCGTGG
CCAAGGCTAGCAATTCTAACAGTAGGCTTGCCTTCGTCATTCTTAAGGTCACTATCATCA
ATCATGAAGTTTGTTGTGTACCATCTGTAATCAGACTCTTCTTTGACCAAGCCGTAGAGC
TCAACGGAGAAAAAGTCTCACCTTAAGCTCATTTGGAACAGTCTCGGTGAACACCTTGAA
ATCAAACTTCTTATTTGCCTTCTTTGACTTCATATAATTCCTTGCAGTGT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO07JQ U 1
AF RR1EI24JQ U 4
BS 1 111 RR1AO07JQ
BS 112 112 RR1EI24JQ
BS 113 134 RR1AO07JQ
BS 135 135 RR1EI24JQ
BS 136 160 RR1AO07JQ
BS 161 161 RR1EI24JQ
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BS 172 172 RR1EI24JQ
BS 173 250 RR1AO07JQ
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BS 252 426 RR1AO07JQ
BS 427 427 RR1EI24JQ
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BS 497 497 RR1EI24JQ
BS 498 588 RR1AO07JQ
BS 589 770 RR1EI24JQ

RD RR1AO07JQ 588 0 0
GTTAGAGGAAAGAATTTGTATACCATAGTCAAGTTTGTAGATGTTAATGTACAATATTTG
GGGGGGGACAAAAGCTAGTACTGGGGGGATACCATGACTCTTGCAGCCTTTTCCCGAACA
TCAAAGTTTCTTAAGATGGATACGATGAGTGAGAATCCGAGAACAGCTATTGCATATGAG
TAGTCCAACCTCTTTGTGATGTCATAAAAACCATGGAGACGGATCACCAGAAGATTGTGG
ATGATAAAAGTAATGTGTAGATGATTACCGAGTATGGAAAACTGCACTCCAAAACCAAGA
GTTCATGGACAGGACACCGTACAAACCGTGGTATTCATAGCAACCCGTCTTATCTTCTTT
GAGAGGCAACTTATAGTATAGTGTAATGAAGGAGAGCCAGCCATGGAAATGCATCGCCTA
GGCTTAGCACAGCGAAAGCAATAAAAGCAGGCTCCTGACAGTGGCCACCGGCTCTTTTCA
TCATGGCTACCATGTCTGTTGCCAAGGTATTCTCCATTGAGCCAGACATGCGACGCGTGG
CCAAGGCTAGCAATTCTAACAGTAGGCTTGCCTTCGTCATTCTTAAGG

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1EI24JQ 767 0 0
G
GAGGAAAGAATTTGTATACCATAGTCAAGTTTGTAGATGTTAATGTACAATATTTGGGTG
GTGACAAAAGCTAGTACTGGGGGGATACCATGACTCTTGCAGCCTTTACCCGAACATCAA
AGTTTCTTAAAATGGATACGATGAGTGAGAATCCGAAAACAGCTATTACATATGAGTAGT
CCAACCTCTTTGTGATGTCATAGAAACCATGGAGACGGATCACCAGAAGATTGTGGATGA
TAAAAGCAATGTGTAGATGATTACCGAGTATGGAAAACTGCACTCCAGAACCAAGAGTTC
ATGGACAGGACACCGTACAAACCGTGGTATTCATAGCAACCCGTCTTATCTTCTTTGAGA
GGCAACTTATAGTATAGTGTAATGAAGGAGAGCCAGCCATGGAAATGCATCGCCTAGGCT
TAACACAGCGAAAGCAATAGAAGCAGGCTCCTGACAGTGGCCACCGGCTCTTTTCATCAT
GGCTACCATGTCCGTTGCCAAGGTATTCTCCATTGAGCCAGACATGCGACGCGTGGCCAA
GGCTAGCAATTCTAAGAGTAGGCTTGCCTTCGTCATTCTTAAGGTCACTATCATCAATCA
TGAAGTTTGTTGTGTACCATCTGTAATCAGACTCTTCTTTGACCAAGCCGTAGAGCTCAA
CGGAGAAAAAGTCTCACCTTAAGCTCATTTGGAACAGTCTCGGTGAACACCTTGAAATCA
AACTTCTTATTTGCCTTCTTTGACTTCATATAATTCCTTGCAGTGT

QA 2 767 2 767
DS 



AS 1 4

CO CL2765Contig1 980 4 4 U
GGATATACATTACACCCTTAAACGCTCTCTCTTATCTCTCGATTAGGTTTCCTTCTACAC
TTCTTCTTCACCAAACTCGCTCTCTCTC**GTTTCGATTTTAACAATGGTTGACGCTAAA
CAAGTCCGCTTCATCGTCGGAGTTATCGGGAACGTGATCTCTTTCGGTCTATTCTTCTCG
CCAGCGCCAACGTTTTGGAGGATCTACAAGAACAAGTCTGTAGAGGAGTTTCAACCGTGG
CCTTACGTGGCAACCATGATGAACTGTATGCTTTGGGTTTTCTACGGACTCCCTGTCGTT
CACAAGGATAGTCTCCTTGTCACCACCATTAATGCGGTCGGCATGGGTTTCGAAGCCATC
TACATTACCATCTTCTTAATCTACTGTGGCGGCACGAAAAACATCAGGAGGAAGATTGGG
CTGTACCTTGTGGCTGAGGTTATTGCCGTTGCAGGGATTGTTTTGATTACCCTTTTCGCT
ATTCAAAATGCCTTTGCCAAACAGACCTTCGTTGGTGTCATCTGCGATATCTTCAACATT
GCTATGTATGGGGCTCCTTCACTTGTCATCAAAAAAGTGATAAGGACAAGGAGTGTAGAG
TACATGCCCTTTCTCTTATCTTTCGTTAGTTTCGTTAACGCTGGGATTTGGACTGCCTAC
TCTTTGATCTACAAACTCGATCTCTACGTTCTCATAAGCAATGGTCTTGGAACGACCTTG
TGTGCATCTCAGCTAATTGTTTACTTGATGTACCGCAACGCTACTCCCAAGGATGAGAGT
AAAACGAAGCCGGAGATTGAAATTCCTGGGACGGCCTGAGTTTCAAATTCTTGATGTTTG
GATCTCCTCTTCTATACATTTTCATACACATTTGTGTATGTATTTTAGGAGTTTATCTTT
GCAGCTTTTGTGTTTTGTTTTGGTTTTAATAACATTACTTCTTTCTTCTGGATGGTTTTT
TAATCAAATATTGATTTGCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AR02TF U 22
AF RR1AL90TF U 1
AF RR1E169TF U 3
AF RR1AL90JQ C 122
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GTCTGTAGAGGAGTTTCAGCCGTGGCCTTACGTGGCAACCATGATGAACTGTATGCTTTG
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GGTCGGCATGGGTTTCGAAGCCATCTACATTACCATCTTCTTAATCTACTGTGGCGGCAC
TAAAAACATCAGGAGGAAGATTGGGCTGTACCTTGTGGCTGAGGTTATTGCCGTTGCAGG
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TAACGCTGGGATTTGGACTGCCTACTCTTTGATCTACAAACTCGATCTCTACGTTCTCAT
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CAACGCTA

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CCTTACGTGGCAACCATGATGAACTGTATGCTTTGGGTTTTCTACGGACTCCCTGTCGTT
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TACATTACCATCTTCTTAATCTACTGTGGCGGCACGAAAAACATCAGGAGGAAGATTGGG
CTGTACCTTGTGGCTGAGGTTATTGCCGTTGCAGGGATTGTTTTGATTACCCTTTTCGCT
ATTCAAAATGCCTTTGCCAAACAGACCTTCGTTGGTGTCATCTGCGATATCTTCAACATT
GCTATGTATGGGGCTCCTTCACTTGTCATCAAAAAAGTGATAAGGACAAGGAGTGTAGAG
TACATGCCCTTTCTCTTATCTTTCGTTAGTTTCGTTAACGCTGGGATTTGGACTGCCTAC
TCTTTGATCTACAAACTCGATCTCTACGTTCTCATAAGCAATGGTCTTGGAACGACCTTG
TGTGCATCTCAGCTAATTGTTTACTTGATGTACCGCAACGCTACTCCAAAGGATGAGAGT
AAAACG
AA

QA 1 786 1 786
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GG
ATACATTACACCCTTAAACGCTCTCTCTTATCTCTCGATTAGGTTTCCTTCTACACTTCT
TCTTCACCAAACTCGCTCTCTCTC**GTTTCGATTTTAACAATGGTTGACGCTAAACAAG
TCCGCTTCATCGTCGGAGTTATCGGGAGCGTGATTTCTTTCGGTCTATTCTTCTCGCCAG
CGCCAACGTTTTGGAGGATCTACAAGAACAAGTCTGTAGAGGAGTTTCAACCGTGGCCTT
ACGTGGCAACCATGATGAACTGTATGCTTTGGGTTTTCTACGGACTCCCTGTCGTTCACA
AGGATAGTCTCCTTGTCACCACCATTAATGCGGTCGGCATGGGTTTCGAAGCCATCTACA
TTACCATCTTCTTAATCTACTGTGGCGGCACGAAAAACATCAGGAGGAAGATTGGGCTGT
ACCTTGTGGCTGAGGTTATTGCCGTTGCAGGGATTGTTTTGATTACCCTTTTCGCTATTC
AAAATGCCTTTGCCAAACAGACCTTCGTTGGTGTCATCTGCGATATCTTCAACATTGCTA
TGTATGGGGCTCCTTCACTTGTCATCAAAAAAGTGATAAGGACAAGGAGTGTAGAGTACA
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TGATCTACAAACTCGATCTCTACGTTCTCATAAGCAATGGTCTTGGAACGACCTTGTGTG
CATCTCAGCTAATTGTTTACTTGATGTACCGCAACGCTACTCCCAAGGATGAGAGTAAAA
CG

QA 3 784 3 784
DS 

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CTTACGTGGCAACCATGATGAACTGTATGCTTTGGGTTTTCTACGGACTCCCTGTCGTTC
ACAAGGATAGTCTCCTTGTCACCACCATTAATGCGGTCGGCATGGGTTTCGAAGCCATCT
ACATTACCATCTTCTTAATCTACTGTGGCGGCACGAAAAACATCAGGAGGAAGATTGGGC
TGTACCTTGTGGCTGAGGTTATTGCCGTTGCAGGGATTGTTTTGATTACCCTTTTCGCTA
TTCAAAATGCCTTTGCCAAACAGACCTTCGTTGGTGTCATCTGCGATATCTTCAACATTG
CTATGTATGGGGCTCCTTCACTTGTCATCAAAAAAGTGATAAGGACAAGGAGTGTAGAGT
ACATGCCCTTTCTCTTATCTTTCGTTAGTTTCGTTAACGCTGGGATTTGGACTGCCTACT
CTTTGATCTACAAACTCGATCTCTACGTTCTCATAAGCAATGGTCTTGGAACGACCTTGT
GTGCATCTCAGCTAATTGTTTACTTGATGTACCGCAACGCTACTCCCAAGGATGAGAGTA
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AATCAAATATTGATTTGCC

QA 1 859 1 859
DS 



AS 2 4

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CGTTCTAAGTTGTTCTAACCGTTGTTGATTGATCAGTCCCTTTGCTTTTATCATGTGACG
CGCGGCGGAATATATAAATGTTCCTCTGTTGTGTACTTGGCGTACATATACGACGTCGTT
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AAACATTTTCTATACC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D535TF U 1
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BS 1 711 RR1D535TF
BS 712 736 RR1D535JQ

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CGCGGCGGAATATATAAATGTTCCTCTGTTGTGTACTTGGCGTACATATACGACGTCGTT
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QA 1 711 1 711
DS 

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ATACGACGTCGTTAATATAATTGTAAATGCTCTTTCGCATATAGATTCATGATGTGTGCA
AAAAATAATAAAGAAACATTTTCTATACC

QA 1 569 1 569
DS 



CO CL2766Contig2 634 2 2 U
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AATTGTAAATGCTCTTTCGCATATAGATTGATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G509TF U 1
AF RR1G509JQ C 94
BS 1 624 RR1G509TF
BS 625 634 RR1G509JQ

RD RR1G509TF 624 0 0
GATTCAAAGAATCTCTCAAAGATTCAACGAGATGTACAACAAATGCAGCTCTCCTTCTTC
CGCAGATCGATAAGAAGTCACAGAATGAGATCTCCGATCTGCTGTTTAGGAGCCAACGCG
GTGGTCGAGCCTGAAGCCATGATCGGATCATCAAAGACTCCCAAATCTCCTTACGAGTGG
CTCAAATCAACCGCGCAGGAGCTCGAGATCAGAGATCGCTGCCGCCGCGTCAAGACCCGC
ATCAAGGTCACGTGCCGCAACAGCAACTGCGTTCATTCACATCACCATCATCATCATCAT
CACCACCACCAGAGCGGCCCGAGCTATCCTTCCGTGGATTTCAGCTACGATCCTTTGAGC
TACGCGCTCAATTTCGAGGACGACGTGCGAGCGTACGAGGATGCTTCTTTCCCGAATTTC
ACGGCGAGGTTGCCTGCGTCTCCGGTGGCGAAAAGATCGGCGACGGTTGATCTTATCTCG
TTCTAAGTTGTTCTAACCGTTGTTGATCAGTCCCCTTTGCTTTTATCATGTGACGCGCGG
CGGAATATATAAATGTTCCTCTGTTGTGTGCTTGGCGTACATATACGACGTCGTTAATAT
AATTGTAAATGCTCTTTCGCATAT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1G509JQ 541 0 0
CCGATCTGCTGTTTAGGAGCCAACGCGGTGGTCGAGCCTGAAGCCATGATCGGATCATCA
AAGACTCCCAAATCTCCTTACGAGTGGCTCAAATCAACCGCGCAGGAGCTCGAGATCAGA
GATCGCTGCCGCCGCGTCAAGACCCGCATCAAGGTCACGTGCCGCAACAGCAACTGCGTT
CATTCACATCACCATCATCATCATCATCACCACCACCAGAGCGGCCCGAGCTATCCTTCC
GTGGATTTCAGCTACGATCCTTTGAGCTACGCGCTCAATTTCGAGGACGACGTGCGAGCG
TACGAGGATGCTTCTTTCCCGAATTTCACGGCGAGGTTGCCTGCGTCTCCGGTGGCGAAA
AGATCGGCGACGGTTGATCTTATCTCGTTCTAAGTTGTTCTAACCGTTGTTGATCAGTCC
CCTTTGCTTTTATCATGTGACGCGCGGCGGAATATATAAATGTTCCTCTGTTGTGTGCTT
GGCGTACATATACGACGTCGTTAATATAATTGTAAATGCTCTTTCGCATATAGATTGATG
A

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 3

CO CL2767Contig1 858 3 3 U
AGAGCAATTGTTGGTTCCATTATGTTAAAAACTGGATCAGTCTGAAAGTTGGAACATCAT
TAAATATGAAGAATCCAACAAGAAACACAAAGTATCAATAAAGAATAATCAACATGTAAG
CTCAATGACACAAGTGTATCTTGTTTATTCTTTTACCCTTGCAAATTGTAGGAGTTGTGC
TCATCTGTCGTCGATGCCATGTTGATAAATTCACGAATGTTTTGTTTACATGCAAGTAAT
CACACCAGCGACTTACCAATGGCCACTCTCTTTCTGCAAAGAGAAACTGCCACATTCCAA
TCGCTGTATAAAGCAAGAGACCTCTGCCCCTGCAACATTTTAACTGTTGTCTTTTTTATC
ACTAGCACACATATAGAACACCTCCGCAAACACACCAAGAGCCAGGAAGAATAAGAAAGG
AAACTACCCAGGGCGATGAAGAGCACACCAGATAACATTCAACCACCACAAAATACGATA
CAGATAAAGAGCTTCTCTTCCTTGAAACCAAACCGGAGAACTAAACTGGAATCATGAGAT
AAAACAA*CCCAACATAATCTATTCCGTTGCTAAGAAGCTCAAGGAAGAGCATAAACTTC
AAACCACGACATGGTTACCCGAGAAGCAACCGGAGAGGGCACAAGCAGAACGGAACCATG
ACCAACATCGGGTAAGGAGAGACTCAACGACAAAAGCCCTTGGAGACGAGGCACAGACAA
GGCGGAGAAGCCACTCAACCCTGAGACCAAGCGGTGGAACCATCCACCACCAACGCACTT
CCGTCGAGCCTCCCAATCTAGAACTAGATTACTTTCAAGGAATCAACTAGTCTAGACAAA
GATACAAAACCGACACTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT81TF C 160
AF RR1AB54JQ U 39
AF RR1AT81JQ U 1
BS 1 76 RR1AT81JQ
BS 77 77 RR1AB54JQ
BS 78 858 RR1AT81JQ

RD RR1AT81TF 401 0 0
TGCAAATTGTAGGAGTTGTGCTCATCTGTCGTCGATGCCATGTTGATAAATTCACGAATG
TTTTGTTTACATGCAAGTAATCACACCAGCGACTTACCAATGGCCACTCTCTTTCTGCAA
AGAGAAACTGCCACATTCCAATCGCTGTATAAAGCAAGAGACCTCTGCCCCTGCAACATT
TTAACTGTTGTCTTTTTTATCACTAGCACACATATAGAACACCTCCGCAAACACACCAAG
AGCCAGGAAGAATAAGAAAGGAAACTACCCAGGGCGATGAAGAGCACACCAGATAACATT
CAACCACCACAAAATACGATACAGATAAAGAGCTTCTCTTCCTTGAAACCAAACCGGAGA
ACTAAACTGGAATCATGAGATAAAACAAACCCAACATAATC

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1AB54JQ 806 0 0
G
GTCTGAAAGTTGGAACATCATTAAATATGAAGAATCCAACAAGAAACACAAAGTATCAAT
AAAGAATAATCAACATGTAAGCTCAATGACACAAGTGTATCTTGTTTCTTCTTTTACCCT
TGCAAATTGTAGGAGTTGTGCTCATCTGTCGTCGATGCCATGTTGATAAATTCACGAATG
TTTTGTTTACATGCAAGTAATCACACCAGTGACTTACCAATGGCCACTCTCTTTCTGCAA
AGAGAAACTGCCACATTCCAATCGCTGTATAAAGCAAGAGACCTCTGCCCCTGCAACATT
TTAACTGTTGTCTTTTTTATCACTAGCACACATATAGAACACCTCCGTAAACACGCCAAG
AGCCAGGAAGAATAAGAAAGGAAACTACCCAGGGCGATGAAGAGCACACCAGATAACATT
CAACCACCACAAAATACGATACAGATAAAGAGCTTCTCTTCCTTGAAACCAAACCGGAGA
ACTAAACTGGAACCATGAGATAAAACAA*CCCAACATAATCTATTCCGTTGCTAAGAAGC
TCAAGGAAGAGCATAAACTTCAAACCACGACATGGTTACCCGAGAAGCAACCGGAGAGGG
CACAAGCAGAACGGAACCATGACCAACATCGGGTAAGGAGAGACTCACCGACAAAAGCCC
TTGGAGACGAGGCACATACAAGGCGGAGAAGCCACTCAACCCTGAGACCAAGCGGTGGAA
CCATCCACCACCAACGCACTTCCGTCGAGCCTCCCAATCTAGAACTAGATTACTTTCAAG
GAATCAACTAGTCTAGACAAA
GATA

QA 2 802 2 802
DS 

RD RR1AT81JQ 858 0 0
AGAGCAATTGTTGGTTCCATTATGTTAAAAACTGGATCAGTCTGAAAGTTGGAACATCAT
TAAATATGAAGAATCCGACAAGAAACACAAAGTATCAATAAAGAATAATCAACATGTAAG
CTCAATGACACAAGTGTATCTTGTTTATTCTTTTACCCTTGCAAATTGTAGGAGTTGTGC
TCATCTGTCGTCGATGCCATGTTGATAAATTCACGAATGTTTTGTTTACATGCAAGTAAT
CACACCAGCGACTTACCAATGGCCACTCTCTTTCTGCAAAGAGAAACTGCCACATTCCAA
TCGCTGTATAAAGCAAGAGACCTCTGCCCCTGCAACATTTTAACTGTTGTCTTTTTTATC
ACTAGCACACATATAGAACACCTCCGCAAACACACCAAGAGCCAGGAAGAATAAGAAAGG
AAACTACCCAGGGCGATGAAGAGCACACCAGATAACATTCAACCACCACAAAATACGATA
CAGATAAAGAGCTTCTCTTCCTTGAAACCAAACCGGAGAACTAAACTGGAATCATGAGAT
AAAACAA*CCCAACATAATCTATTCCGTTGCTAAGAAGCTCAAGGAAGAGCATAAACTTC
AAACCACGACATGGTTACCCGAGAAGCAACCGGAGAGGGCACAAGCAGAACGGAACCATG
ACCAACATCGGGTAAGGAGAGACTCAACGACAAAAGCCCTTGGAGACGAGGCACAGACAA
GGCGGAGAAGCCACTCAACCCTGAGACCAAGCGGTGGAACCATCCACCACCAACGCACTT
CCGTCGAGCCTCCCAATCTAGAACTAGATTACTTTCAAGGAATCAACTAGTCTAGACAAA
GATACAAAACCGACACTA

QA 1 858 1 858
DS 



AS 1 4

CO CL2768Contig1 1036 4 5 U
GTAATAAAAATTTGTTCAAAATCCATTAATACATTGTTGTTTTGGTACATTGCTTGCTTC
ATTCAATATCTGTTCCATCAGAAAACTACAAGACAATACTATAAATCAAAATCCATAAAA
TACATTCTTTCGTGTAATATAAAAATAACTTAGGGTGTGTGCCTCTAAGAAGCCTGGACA
CTGCTTTTGGATTTAACAGATGACTTGGTGGCTCCTTCTTTCCACCCTTTTTGACGAGCT
CTGAGTTCCCACATAGAAGTCAGCTTCTTCTGCTCCACAAGTGCCTTCTCCGACTTCTCT
CTTGCTTCTTCACAAGTCTCCATACCGGAGTTGCACTTATCCGCCTCCTTCTGGAAAGAG
GATGTGATCTTCTTGGCCTCTAACAGACCTGTGTCTACTCGTTTGTGTTTCTCCATGGAT
ACTGCTTCTCGTTGCTTCAGTTCCTCTGTTAATAGCTCAGCGTAGTTCTTCTCTGTGTCT
TCGTTCACCTCTGAGTCATGCTTTGCACAATCTCCAAAAGATCCATTGCTGAGTCCTTTG
GGGATGGTGAGAAGAGGCACGGAGGAGCAGTCGCAGACGCAAGGGGAGCAAGAAGAGGCG
GAAGCGACAAGTGCCTCGGTGAGGTGCCAGTAGAGAGGCGGGCCGAGTATGTAACCGATC
ATGCTCAGAGCAAGCAAAGTCAGTCCAACTTTCAAAGCCGCCGTGTGCTTCGCCATAACC
GGGTAGATCTTGCGAAAAGATTTTGTGTTTCGAG***GATTCAGCTCTTTCAGTGGAGAC
AGAACTGGATTCGAGACTCTGATTGTCTATCCCCCGGCCGTAAGCAGTGGTATCAACGCA
GAGTGGGGGGAATCTTCTATCTTCGACGAAATGTCGGAAGATGAAGGAGGCTTCAACCTC
TTCGGTGACGAAGATGGAGAAGTTGACAGATCCAGCGAGGAGAACCCCGCTGAATCGGTA
TCGTCTGAAGGGGAAGAAATTGCCCCAGTCAACGAAAATATCGGGAACTTCGGCGACGCC
GAAGTTAACGACGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY51JQ U 1
AF RR1ES34JQ U 11
AF RR1EY51TF C 23
AF RR1ES34TF C 317
BS 1 464 RR1EY51JQ
BS 465 465 RR1ES34JQ
BS 466 563 RR1EY51JQ
BS 564 811 RR1ES34JQ
BS 812 1036 RR1ES34TF

RD RR1EY51JQ 563 0 0
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ATTCAATATCTGTTCCATCAGAAAACTACAAGACAATACTATAAATCAAAATCCATAAAA
TACATTCTTTCGTGTAATATAAAAATAACTTAGGGTGTGTGCCTCTAAGAAGCCTGGACA
CTGCTTTTGGATTTAACAGATGACTTGGTGGCTCCTTCTTTCCACCCTTTTTGACGAGCT
CTGAGTTCCCACATAGAAGTCAGCTTCTTCTGCTCCACAAGTGCCTTCTCCGACTTCTCT
CTTGCTTCTTCACAAGTCTCCATACCGGAGTTGCACTTATCCGCCTCCTTCTGGAAAGAG
GATGTGATCTTCTTGGCCTCTAACAGACCTGTGTCTACTCGTTTGTGTTTCTCCATGGAT
ACTGCTTCTCGTTGCTTCAGTTCCTCTGTTAATAGCTCAGCGTAATTCTTCTCTGTGTCT
TCGTTCACCTCTGAGTCATGCTTTGCACAATCTCCAAAAGATCCATTGCTGAGTCCTTTG
GGGATGGTGAGAAGAGGCACGGA

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1ES34JQ 801 0 0
TTTGTTCAAAATCCATTAATACATTGTTGTTTTGGTACATTGCTTGCTTCATTCAATATC
TGTTCCATCAGAAAACTACAAGACAATACTATAAATCAAAATCCATAAAATACATTCTTT
CGTGTAATATAAAAATAACTTAGGGTGTGTGCCTCTAAGAAGCCTGGACACTGCTTTTGG
ATTTAACAGATGACTTGGTGGCTCCTTCTTTCCACCCTTTTTGACGAGCTCTGAGTTCCC
ACATAGAAGTCAGCTTCTTCTGCTCCACAAGTGCCTTCTCCGACTTCTCTCTTGCTTCTT
CACAAGTCTCCATACCGGAGTTGCACTTATCCGCCTCCTTCTGGAAAGAGGATGTGATCT
TCTTGGCCTCTAACAGACCTGTGTCTACTCGTTTGTGTTTCTCCATGGATACTGCTTCTC
GTTGCTTCAGTTCCTCTGTTAATAGCTCAGCGTAGTTCTTCTCTGTGTCTTCGTTCACCT
CTGAGTCATGCTTTGCACAATCTCCAAAAGATCCATTGCTGAGTCCTTTGGGGATGGTGA
GAAGAGGCACGGAGGAGCAGTCGCAGACGCAAGGGGAGCAAGAAGAGGCGGAAGCGACAA
GTGCCTCGGTGAGGTGCCAGTAGAGAGGCGGGCCGAGTATGTAACCGATCATGCTCAGAG
CAAGCAAAGTCAGTCCAACTTTCAAAGCCGCCGTGTGCTTCGCCATAACCGGGTAGATCT
TGCGAAAAGATTTTGTGTTTCGAG***GATTCAGCTCTTTCAGTGGAGACAGAACTGGAT
TCGAGACTCTGATTGTCTATC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1EY51TF 790 0 0
CCATTAATACAT*GTTGTTTTG*TACATTGCTTGCTTCATTCAATATCTGTTCCATCAGA
AAACTACAAGACAATACTATAAATCAAAATCCATAAAATACATTCTTTCGTGTAATATAA
AAATAACTTAGGGTGTGTGCCTCTAAGAAGCCTGGACACTGCTTTTGGATTTAACAGATG
ACTTGGTGGCTCCTTCTTTCCACCCTTTTTGACGAGCTCTGAGTTCCCACATAGAAGTCA
GCTTCTTCTGCTCCACAAGTGCCTTCTCCGACTTCTCTCTTGCTTCTTCACAAGTCTCCA
TACCGGAGTTGCACTTATCCGCCTCCTTCTGGAAAGAGGATGTGATCTTCTTGGCCTCTA
ACAGACCTGTGTCTACTCGTTTGTGTTTCTCCATGGATACTGCTTCTCGTTGCTTCAGTT
CCTCTGTTAATAGCTCAGCGTAGTTCTTCTCTGTGTCTTCGTTCACCTCTGAGTCATGCT
TTGCACAATCTCCAAAAGATCCATTGCTGAGTCCTTTGGGGATGGTGAGAAGAGGCACGG
AGGAGCAGTCGCAGACGCAAGGGGAGCAAGAAGAGGCGGAAGCGACAAGTGCCTCGGTGA
GGTGCCAGTAGAGAGGCGGGCCGAGTATGTAACCGATCATGCTCAGAGCAAGCAAAGTCA
GTCCAACTTTCAAAGCCGCCGTGTGCTTCGCCATAACCGGGTAGATCTTGCGAAAAGATT
TTGTGTTTCGAGACGGATTCAGCTCTTTCAGTGGAGACAGAACTGGATTCGAGACTCTGA
TTGTCTATC
C

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1ES34TF 720 0 0
TCTCCATACCGGAGTTGCACTTATCCGCCTC*TTCTGGAAAGAGGATGTGATCTTCTTGG
CCTCTAACAGACCTGTGTCTACTCGTTTGTGTTTCTCCATGGATACTGCTTCTCGTTGCT
TCAGTTCCTCTGTTAATAGCTCAGCGTAGTTCTTCTCTGTGTCTTCGTTCACCTCTGAGT
CATGCTTTGCACAATCTCCAAAAGATCCATTGCTGAGTCCTTTGGGGATGGTGAGAAGAG
GCACGGAGGAGCAGTCGCAGACGCAAGGGGAGCAAGAAGAGGCGGAAGCGACAAGTGCCT
CGGTGAGGTGCCAGTAGAGAGGCGGGCCGAGTATGTAACCGATCATGCTCAGAGCAAGCA
AAGTCAGTCCAACTTTCAAAGCCGCCGTGTGCTTCGCCATAACCGGGTAGATCTTGCGAA
AAGATTTTGTGTTTCGAG***GATTCAGCTCTTTCAGTGGAGACAGAACTGGATTCGAGA
CTCTGATTGTCTATCCCCCGGCCGTAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTGGGGGGAATCTT
CTATCTTCGACGAAATGTCGGAAGATGAAGGAGGCTTCAACCTCTTCGGTGACGAAGATG
GAGAAGTTGACAGATCCAGCGAGGAGAACCCCGCTGAATCGGTATCGTCTGAAGGGGAAG
AAATTGCCCCAGTCAACGAAAATATCGGGAACTTCGGCGACGCCGAAGTTAACGACGTGC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 4

CO CL2769Contig1 580 4 5 U
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ATGTTTAAAAGATGGGAAATTTCCATGAGCCAATCCAAACAAGAGTCTCGTTTGCTATGT
AAGTAAAGCAGAACAAAACCTACCAATCTTCGATTCGTTTTCATCATGGCGCACAAGCTC
ATCTTCCTCTTCACTAGTCTCTGTTCTAACCGGAGGTCCCCCAAAGCTCATGTGGTTGTA
TTCCAACAAAGAAGCCTTGTCAAACTCATATCCAGGCTCTGTACAAACCAATCATCACAG
GATGGAGTCATGTCACAAGCATTTCATTATCAACAAGAACCAAACAATTGATCCAAATAA
TGACGCTCTCAAGATGTAGTTGTTGCAGGTACCTCCATCTTCTCCAGAAGTTCTTTGGCA
GATGGTGCAGAAACAACGATGATGTTACGAGCACCTGCAGAAAATGGCAATGAAATACAA
TATTCCATTGAAGCTTCTTGTGCCACTGCATTTTACAGTCTCGCCATATATTCAGTTCAT
TGCCAAGTTCAATAGCAGTTTCTGTCATTGATTCCGTTCC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AO78JQ U 4
AF RR1AO78TF C 4
AF RR1FL46TF C 1
AF RR1FL46JQ U 52
BS 1 4 RR1FL46TF
BS 5 205 RR1AO78JQ
BS 206 206 RR1FL46JQ
BS 207 448 RR1AO78JQ
BS 449 580 RR1FL46JQ

RD RR1AO78JQ 445 0 0
G
TCTTAGCAAATTATTTTGAGCCAATCCAAACAAGAGTCTCGTTTGTCGTCAATTACATGT
TTAAAAGATGGGAAATTTCCATGAGCCAATCCAAACAAGAGTCTCGTTTGCTATGTAAGT
AAAGCAGAACAAAACCTACCAATCTTCGATTCGTTTTCATCATGGCGCACAAGCTCATCT
TCCTCTTCACTAGTCTCTGTTTTAACCGGAGGTCCCCCAAAGCTCATGTGGTTGTATTCC
AACAAAGAAGCCTTGTCAAACTCATATCCAGGCTCTGTACAAACCAATCATCACAGGATG
GAGTCATGTCACAAGCATTTCATTATCAACAAGAACCAAACAATTGATCCAAATAATGAC
GCTCTCAAGATGTAGTTGTTGCAGGTACCTCCATCTTCTCCAGAAGTTCTTTGGCAGATG
GTGCAGAAACAACGATGATGTTAC

QA 2 445 2 445
DS 

RD RR1AO78TF 445 0 0
G
TCTTAGCAAATTATTTTGAGCCAATCCAAACAAGAGTCTCGTTTGTCGTCAATTACATGT
TTAAAAGATGGGAAATTTCCATGAGCCAATCCAAACAAGAGTCTCGTTTGCTATGTAAGT
AAAGCAGAACAAAACCTACCAATCTTCGATTCGTTTTCATCATGGCGCACAAGCTCATCT
TCCTCTTCACTAGTCTCTGTTTTAACCGGAGGTCCCCCAAAGCTCATGTGGTTGTATTCC
AACAAAGAAGCCTTGTCAAACTCATATCCAGGCTCTGTACAAACCAATCATCACAGGATG
GAGTCATGTCACAAGCATTTCATTATCAACAAGAACCAAACAATTGATCCAAATAATGAC
GCTCTCAAGATGTAGTTGTTGCAGGTACCTCCATCTTCTCCAGAAGTTCTTTGGCAGATG
GTGCAGAAACAACGATGATGTTAC

QA 2 445 2 445
DS 

RD RR1FL46TF 580 0 0
GGTATCTTAGCAAATTATTTTGAGCCAATCCAAACAAGAGTCTCGTTTGTCGTCAATTAC
ATGTTTAAAAGATGGGAAATTTCCATGAGCCAATCCAAACAAGAGTCTCGTTTGCTATGT
AAGTAAAGCAGAACAAAACCTACCAATCTTCGATTCGTTTTCATCATGGCGCACAAGCTC
ATCTTCCTCTTCACTGGTCTCTGTTCTAACCGGAGGTCCCCCAAAGCTCATGTGGTTGTA
TTCCAACAAAGAAGCCTTGTCAAACTCATATCCAGGCTCTGTACAAACCAATCATCACAG
GCTGGAGTCATGTCACAAGCATTTCATTATCAACAAGAACCAAACAATTGATCCAAATAA
TGACGCTCTCAAGATGTAGTTGTTGCAGGTACCTCCATCTTCTCCAGAAGTTCTTTGGCA
GATGGTGCAGAAACAACGATGATGTTACGAGCACCTGCAGAAAATGGCAATGAAATACAA
TATTCCATTGAAGCTTCTTGTGCCACTGCATTTTACAGTCTCGCCATATATTCAGTTCAT
TGCCAAGTTCAATAGCAGTTTCTGTCATTGATTCCGTTCC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1FL46JQ 529 0 0
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TTGCTATGTAAGTAAAGCAAAACAAAACCTACCAATCTTCGATTCGTTTTCATCATGGCG
CACAAGCTCATCTTCCTCTTCACTGGTCTCTGTTCTAACCGGAGGTCCCCCAAAGCTCAT
GTGGTTGTATTCCAACAAAGAAGCCTTGTCAAACTCATATCCAGGCTCTGTACAAACCAA
TCATCACAGGCTGGAGTCATGTCACAAGCATTTCATTATCAACAAGAACCAAACAATTGA
TCCAAATAATGACGCTCTCAAGATGTAGTTGTTGCAGGTACCTCCATCTTCTCCAGAAGT
TCTTTGGCAGATGGTGCAAAAACAACGATGATGTTACGAGCACCTGCAGAAAATGGCAAT
GAAATACAATATTCCATTGAAGCTTCTTGTGCCACTGCATTTTACAGTCTCGCCATATAT
TCAGTTCATTGCCAAGTTCAATAGCAGTTTCTGTCATTGATTCCGTTCC

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 3

CO CL2770Contig1 1345 3 4 U
GCAACTTGCAACCATTCTCATCTAAAGCCATCATCCAAAAGAATTCACCACGAACGAACC
ATCATGTACAATAAATAACCCTTTCTTCCTAAAAGAAACGAGAGGCATACCGAAGAAATA
GAAAAGTACAAGCGTACGAACATATCCCAACGGTTTTGCTATACACAAAACACATCAATC
CTAAACCGCATCATACTGATTACCGACCATCCATATTATATGACTGACTAGTCAACCTGA
AAATCCTGGTTCCAACGCCTGCAAGATAGCTGACATGTTGAACTTGAAGCTTCTGTATGT
GTTTCCGGGTATTGTGTCCTGTTCTTCGGGCTTCTTATTGTAGCTTTCCGTTGTTGTTCC
GTTTCCTCCACCACTACTAGTCTTTGCATTCCACACGGAGCGTGCTCTAAGGGGTTTATC
AGGTCTCCGAGCTACAGGAGCCGGATGCTTTGATATCCAAGACTTCAACGACGCAAGAAA
AGGTGCCACCATATACAACTTGAGACCAGCAACTCCATGAGTTATCACCTCATTGCTTGC
TGGCTGAAGATGATCAAGCCGATGCCATGCAATTTCACTGATTTCCTTCTTTGTTTGCGG
TGCAAAAGCTGTATCATCTGTGACTCCAGCAACTATGTAAAGCCGCACTCTTTGCTGTCT
GAATGTAAACTCAATATATTCCTCTTTCTTTAGTAGCTTAGAGACATCAAATCCAGTTTC
CTCTAAGACCTCACGTATGACACAAGCATAGTCTTCTTCATCCTTACTTTTCTTCCCGCG
AGGAAAGCTCCAGCTAGAACCTTTCCATCCCTTCACCAACAAACACTGAACAATCCCAAA
AAGAAAGTGATAAAAAAAAAGTGTAAGCACGAACTAAAAAAAAAACTAAACTTTAAGTGA
GCTAACAGAAAGAGGTGAATATATATAATTATTCTAAACCCGTTGATAAGTCTCATCGAG
GATAATAGCACCAGTGACAGGAACTCGGTACTTGTAAGAGGTAAAGTCTTTGAAAATGTC
ATCAACTTTAGAGACGTAAGGTCTCAACACATCACAGCTGTTGAATAAGAGCAAAGTGAA
CTCCTTCAAAGAGAGAGACTTTAGTGTCGGATCATTCTCCACAGCGTTGTCTTCATAGTA
CCAGTAAGCGTACTCCACCAGAAACAGAATCCTCTCGAATGATTGTTGATCTTCTTCTGG
TACGTTCAACACAAATCGGCTGCAGAGATCGTCGAGAAGCTCCTTAGAGGGGAGGCAGTT
TCCGACGTTCTTCGATGAGCTTGACGATCGGTGCAGATTCGACATTTGATTTTAGTGTGT
CGCCGGTGAAATCTAATCGCCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H450JQ U 68
AF RR1D468JQ U 1
AF RR1D468TF C 595
BS 1 203 RR1D468JQ
BS 204 204 RR1H450JQ
BS 205 804 RR1D468JQ
BS 805 1345 RR1D468TF

RD RR1H450JQ 374 0 0
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ACAAGCGTACGAACATATCCCAACGGTTTTGCTATACACAAAACACATCAATCCTAAACC
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GGTTCCAACGCCTGCAAGATAGCTGACATGTTGAACTTGAAGCTTCTGTATGTGTTTCCG
GGTATTGTGTCCTGTTCTTCGGGCTTCTTATTGTAGCTTTCCGTTGTTGTTCCGTTTCCT
CCACCACTACTAGTCTTTGCATTCCACACGGAGCGTGCTCTAAGGGGTTTATCAGGTCTC
CGAGCTACAGGAGC

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR1D468JQ 804 0 0
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ATCATGTACAATAAATAACCCTTTCTTCCTAAAAGAAACGAGAGGCATACCGAAGAAATA
GAAAAGTACAAGCGTACGAACATATCCCAACGGTTTTGCTATACACAAAACACATCAATC
CTAAACCGCATCATACTGATTACTGACCATCCATATTATATGACTGACTAGTCAACCTGA
AAATCCTGGTTCCAACGCCTGCAAGATAGCTGACATGTTGAACTTGAAGCTTCTGTATGT
GTTTCCGGGTATTGTGTCCTGTTCTTCGGGCTTCTTATTGTAGCTTTCCGTTGTTGTTCC
GTTTCCTCCACCACTACTAGTCTTTGCATTCCACACGGAGCGTGCTCTAAGGGGTTTATC
AGGTCTCCGAGCTACAGGAGCCGGATGCTTTGATATCCAAGACTTCAACGACGCAAGAAA
AGGTGCCACCATATACAACTTGAGACCAGCAACTCCATGAGTTATCACCTCATTGCTTGC
TGGCTGAAGATGATCAAGCCGATGCCATGCAATTTCACTGATTTCCTTCTTTGTTTGCGG
TGCAAAAGCTGTATCATCTGTGACTCCAGCAACTATGTAAAGCCGCACTCTTTGCTGTCT
GAATGTAAACTCAATATATTCCTCTTTCTTTAGTAGCTTAGAGACATCAAATCCAGTTTC
CTCTAAGACCTCACGTATGACACAAGCATAGTCTTCTTCATCCTTACTTTTCTTCCCGCG
AGGAAAGCTCCAGCTAGAACCTTT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1D468TF 751 0 0
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CTGTCTGAATGTAAACTCAATATATTCCTCTTTCTTTAGTAGCTTAGAGACATCAAATCC
AGTTTCCTCTAAGACCTCACGTATGACACAAGCATAGTCTTCTTCATCCTTACTTTTCTT
CCCGCGAGGAAAGCTCCAGCTAGAACCTTTCCATCCCTTCACCAACAAACACTGAACAAT
CCCAAAAAGAAAGTGATAAAAAAAAAGTGTAAGCACGAACTAAAAAAAAAACTAAACTTT
AAGTGAGCTAACAGAAAGAGGTGAATATATATAATTATTCTAAACCCGTTGATAAGTCTC
ATCGAGGATAATAGCACCAGTGACAGGAACTCGGTACTTGTAAGAGGTAAAGTCTTTGAA
AATGTCATCAACTTTAGAGACGTAAGGTCTCAACACATCACAGCTGTTGAATAAGAGCAA
AGTGAACTCCTTCAAAGAGAGAGACTTTAGTGTCGGATCATTCTCCACAGCGTTGTCTTC
ATAGTACCAGTAAGCGTACTCCACCAGAAACAGAATCCTCTCGAATGATTGTTGATCTTC
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GCAGTTTCCGACGTTCTTCGATGAGCTTGACGATCGGTGCAGATTCGACATTTGATTTTA
GTGTGTCGCCGGTGAAATCTAATCGCCCCCC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 4

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AACTTGTCTAAACCACAGACTAGTAAGTCCCTTCTCAATCCTCCTCATCGATGACCTTTG
TGCCGAGTCCACTTAGTCCTTCGGCAGGGATTTCAGCAACGGTGACAAGCGAGAAAAACT
CTTCCTTAGCGTCTTCATCGTCGTTTCTCTTACGTGCAACGCGGACCCTGATCCTCCTTG
GAGGACCTCTGATACCTTTGCTCCATATCTGCTTGTTCAACTTCACGTCTACCCTAACGT
CCTTGGTTCCCATTGCTTTCTCTGCAAACTTCCTTATCTCCTTAATGGCCTTTGGTGCCT
TCTTCTTAAAGGTGCAGCTGTGGAGACGTCTGTGGAGGTTGATGGTGTACTCTCTGGTCA
CCACTTCCTCTTTCCTTCCCTTTTTCTCAGACATCTTCTCTTTTGTTCTGTGATGCACTT
CTTCAAACTCTTAACCTTTGCGGCTCCAAGAACGTCAACAGACCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH43JQ U 47
AF RR1EH43TF C 1
AF RR1CH18JQ U 27
AF RR1CH18TF C 4
BS 1 26 RR1EH43TF
BS 27 48 RR1CH18JQ
BS 49 71 RR1EH43JQ
BS 72 72 RR1CH18JQ
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BS 308 443 RR1EH43JQ
BS 444 536 RR1CH18JQ
BS 537 585 RR1CH18TF

RD RR1EH43JQ 397 0 0
TT
TTTCCAATAATAAACTGCAACTGGGACTTCTTTGAATGAAAACCAACAAGAAATTTCAGA
AAAAAACACCAAAACTTGTCTAAACCACAGACTAGTAAGTCCCTTCTCAATCCTCCTCAT
CGATGACCTTTGTGCCGAGTCCACTTAGTCCTTCGGCAGGGATTTCAGCAACGGTGACAA
GCGAGAAAAACTCTTCCTTAGCGTCTTCATCGTCGTTTCTCTTACGTGCAACGCGGACCC
TGATCCTCCTTGGAGGACTTCTGATACCTTTGCTCCATATCTGCTTGTTCAACTTCACGT
CTACCCTAACGTCCTTGGTTCCCATTGCTTTCTCTGCAAACTTCCTTATCTCCTTAATGG
CCTTTGGTGCCTTCTTCTTAAAGGTGCAGCTGTGG

QA 3 397 3 397
DS 

RD RR1EH43TF 537 0 0
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AACTGCAACTGTGACTTCTTTGAATGAAAACCAACAAGAAATTTCAGAGAAAAACACCAA
AACTTGTCTAAACCACAGACTAGTAAGTCCCTTCTCAATCCTCCTCATCGATGACCTTTG
TGCCGAGTCCACTTAGTCCTTCGGCAGGGATTTCAGCAACGGTGACAAGCGAGAAAAACT
CTTCCTTAGCGTCTTCATCGTCGTTTCTCTTACGTGCAACGCGGACCCTGATCCTCCTTG
GAGGACTTCTGATACCTTTGCTCCATATCTGCTTGTTCAACTTCACGTCTACCCTAACGT
CCTTGGTTCCCATTGCTTTCTCTGCAAACTTCCTTATCTCCTTAATGGCCTTTGGTGCCT
TCTTCTTAAAGGTGCAGCTGTGGAGACGTCTGTGGAGGTTGATGGTGTACTCTCTGGTCA
CCACTTCCTCTTTCCTTCCCTTTTTCTCAGACATCTTCTCTTTTGTTCTGTGATGC
C

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1CH18JQ 517 0 0
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AAAACCAACAAGAAATTTCAGAAAAAAACACCAAAACTTGTCTAAACCA*AGACTAGTAA
GTCCCTTCTCAATCCTCCTCATCGATGACCTTTGTGCCGAGTCCACTTAGTCCTTCGGCA
GGGATTTCAGCAACGGTGACAAGCGAGAAAAACTCTTCCTTAGCGTCTTCATCGTCGTTT
CTCTTACGTGCAACGCGGACCCTGATCCTCCTTGGAGGACCTCTGATACCTTTGCTCCAT
ATCTGCTTGTTCAACTTCACGTCTACCCTAACGTCCTTGGTTCCCATTGCTTTCTCTGCA
AACTTCCTTATCTCCTTAATGGCCTTTGGTGCCTTCTTCTTAAAGGTGCAGCTGTGGAGA
CGTCTGTGGAGGTTGATGGTGTACTCTCTGGTCACCACTTCCTCTTTCCTTCCCTTTTTC
TCAGACATCTTCTCTTTTGTTCTGTGATGC
ACTTCTT

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1CH18TF 582 0 0
GG
AGATAAAAAAGATTCATTGCAAGGTCTATATAGTAAATGAGTCTTTCCAATAATAAACTG
CAACTGTGACTTCTTTGAATGAAAACCAACAAGAAATTTCAGAGAAAAACACCAAAACTT
GTCTAAACCA*AGACTAGTAAGTCCCTTCTCAATCCTCCTCATCGATGACCTTTGTGCCG
AGTCCACTTAGTCCTTCGGCAGGGATTTCAGCAACGGTGACAAGCGAGAAAAACTCTTCC
TTAGCGTCTTCATCGTCGTTTCTCTTACGTGCAACGCGGACCCTGATCCTCCTTGGAGGA
CCTCTGATACCTTTGCTCCATATCTGCTTGTTCAACTTCACGTCTACCCTAACGTCCTTG
GTTCCCATTGCTTTCTCTGCAAACTTCCTTATCTCCTTAATGGCCTTTGGTGCCTTCTTC
TTAAAGGTGCAGCTGTGGAGACGTCTGTGGAGGTTGATGGTGTACTCTCTGGTCACCACT
TCCTCTTTCCTTCCCTTTTTCTCAGACATCTTCTCTTTTGTTCTGTGATGCACTTCTTCA
AACTCTTAACCTTTGCGGCTCCAAGAACGTCAACAGACCC

QA 3 582 3 582
DS 



AS 1 4

CO CL2772Contig1 781 4 1 U
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CTTATCTCAACCAAGCAGTTAGTTGATCTCTTCTTAGTGTTACCATGCCGAAGAACAAGG
GAAAGGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAATGAAGCGGATGACGAGAAGCGAGAGC
TTATATTCAAGGAAGATGGACAAGAATACGCTCAAGTCCTTCGTATGCTTGGTAATGGAA
GATGTGAATGTATGTGCAT*GATGGCACTAAACGCCTCTGCCATATCCGTGGTAAAATGC
ACAAGAAGGTTTGGATTGCAGCAGGTGACATCATACTTGTTGGTCTGAGAGACTACCAAG
ATGACAAAGCGGATGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAGGCCAGGCTTCTCAAGGCGT
ATGGTGAGCTTCCAGAGAATACTCGTCTTAACGAAGGAATTGTTGGTGATCTTGAAGAAG
ATGAGGAAAATCTGGCCGAAGACTATGTTGAGTTTGAGGATGAGGATATCGATAGGATCT
AAAGTGTTGTTTGGCATTTCTTTACCGTTTCCGTTTGTATTTTCAATTTGACACGCATGA
ATTCTGAGTTTAAGAAGAAACTGGTGGTAAAACATTATATGTGTTTTGTTCTTGTTGCAT
TATTTTCTTGTCACATTCTGTTGTAGTGATGCTGGTTATAATTGGAAACTGAACAGAAAA
AGATGTAAGATCACATCGAAAGGTTGATTAAGCCATTTGTTTGCTTGCTTGCAGCAAGTA
C


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BC80TF U 1
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C

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1E577TF U 1
AF RR1AH05TF U 1
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AF RR1AH05JQ C 1
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TCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAG
GCGCTTAAGGCTGCTGATGGGGATATTGTTTCTGCCATCATGGGACTTACCACCTAAACC
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TCAGTTTGATTTGGTTT
CG

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DS 

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CACTGGTGTCAGCCGTGTCACTGTCAAAAAGAGCAATAACATCATGTTCGTCATATCAAA
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CGAGGACTTGAGCTCTCAGCTCCAGTCCCAGGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATAT
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TGATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGACTCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCA
AGCAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAGGCGCTTAAGGCTGCTGATGGGGATATTGT
CTCTGCCATCATGGAACTTACCACCTAAACCAAAATCTTTTCAACTTTAATGTGCGTGTG
TCAGAGTGATTCAGAAATTTTTGTTTTTCATGTTTCCTTGGAAGTGATTTTCAATGTTGT
ATCAGTAAAAAACCTCATAGATTATTGAATTTCAGTTTGATTTGGTTTTGAATATTGGTA
AGTGTTTGCGGTTACAGTTAAGGACTTTATGAT

QA 1 873 1 873
DS 



AS 1 3

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AACAAGGAACATTCTGCGTTGCCAAACTTTATTACAGGGAGATACACTAATCGTACACAT
CAGATTTGTCTGAATTGAGGAAAGCCCCTAAGTCAACACAACTTCTCAGCCTCCTTTTTC
TCTACAAGTTTGATGAAATTGCGAACAATTGTCTTGCCTTCAGTTGTTATAATACTCTCC
GGATGAAACTGAACTCCCTGTATATGCTTGTACTTCCTGTGTCGGGCCGCCATAACCAAA
CCATCTTCTGTCCATGCTGTAACCTCGAGTTCATCACTGGGAAATGTATCCTTTTCGATC
ACGAGGCTGTGATATCTACCTACAAGGAAAGGGTTAGATAATCCAGAGAACAAGCCATCT
TCTCCTTTCTCATCATAGTGAACCATGGAGCTTTTCCCATGCATTACACCATATGGTGAC
CTTACAATCTTCCCTCCAAATGCTTCTCCTATACACTGCAAACCCATACATACTCCAAAC
AAAGGAACACGTGGTCCGAGTTCCACAACAGTTTGTAAGGAGATCCCAGAGTCTTGTGGG
GTACCAGGACCAGGAGAAATCAGCACCCCTCTTGGATTTTTACTTTTGAGTTCCTCCACA
GTAAGTTCATCATTGCGGTAAACTTCAAAATGGCATCCTAGCTCTCCCATATACTGGCAG
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TTGAAGACAGAAGAAGGGTTTAGGCGAGTGGTGGAGCTGGACTTTGGTTGGAGAAGGCAA
GAGGAGTTGGACAATGTAGTAGCCGCCATTGATTTGTGGGAAAACTAAAAGATCGTTCCT
TTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX24JQ U 1
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AF RR1FF90TF C 344
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DS 

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G
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GAAACGAAACTCTG

QA 2 837 2 837
DS 

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CCATACATACTCCAAACAAAGGAACACGTGGTCCGAGTTCCACAACAGTTTGTAAGGAGA
TCCCAGAGTCTTGTGGGGTACCAGGACCAGGAGAAATCAGCACCCCTCTTGGATTTTTAC
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GACCCTTTTGCTTATTCGAGGAGTTGACAACAGCGGAAGGCGTCGAGTTCGAATGCGCCA
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TCGGATTCGGACAGGGCTTGAAGACAGAAGAAGGGTTTAGGCGAGTGGTGGAGCTGGACT
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ACTAAAAGATCGTTCCTTTCTTTCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 3

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CTCGGAGCTTCTCGATCAGACTCTCCCCGATTGGTATCTGCATGATCTCCGGCCAAATCA
TGGCGGTGTTGTGAAGAAACCTCCGGG*AATCTCTAGGTTGTCGATCTCC*AGCTATAAA
AAGGCTTGCTTTCCTCCCGTGAACATCATTATCATCCTCGCCTTTAGGAAGCTTGAGTTT
AAATGATTTTGGTTTCGTTTATTGATATTGTTTTT*GTTTTTTTATTCTTTCTGATGTAT
AGTGATTTGGGTATCATTTATTGATTAAGAAACCTTGAGTTTAGATGATATTGATTTCGT
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GCTTGAGTTTAAATGCTTTTGATTTCGTTTATTGATTGTGTTTTTGTTTGTTACTGTAAC
ATTTTTTTTGGTTTCATTTATTGCTTCTTGAGCAGATACCGTGTGCAGATAAGTGTTATT
GCTTCTTCTGTGTAAATAATCAGGTTCTGCACCCCCAAGGATCGGATAAAGAGGTGATGA
GAGCTTCAGAGACATATAAACGGTAATTAATATGCACATGAAGTGGTGATGAGAGCTTCA
GAGACTCTAGAAAATATGCAGCTTGGTAGGAAAACTTGGAACCTAACATCATCTTGGAGG
AATGTGTGGGATAGAACAAGCGAAGAAGATGGAAAGATTGATACATTGGGGGTGATATTG
TCTTCTGATGCTATTGAGACTTGATAAATACTCAATGATACCGATAACTGGAATTCTCAA
TGCTATCATAGTAATGGAAGCTACAATCTCATGTGTTATTAACAACGTAGAATCACCCAC
TCAGATAGGAAAACATTTTAAAATGCAAACTTTCTAATTACAAACGAATGGGCTCGAAAA
TTAGTGATAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 0 20 0 20 20 0 0 20 0 0 20 20 0 0 0 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B345TF U 76
AF RR1B421TF U 1
AF RR1B345JQ C 114
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GG
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TTTATTGATATTGTTTTT*GTTTTTTTATTCTTTCTGATGTATAGTGATTTGGGTATCAT
TTATTGATTAAGAAACCTTGAGTTTAGATGATATTGATTTCGTTTTATGATTTTTTCTGT
TTGTCGATGAAAGATGATTTGGTTTCGTTTATTGATTTACAAAGCTTGAGTTTAAATGCT
TTTGATTTCGTTTATTGATTGTGTTTTTGTTTGTTACTGTAACATTTTTTTTGGTTTCAT
TTATTGCTTCTTGAGCAGATACCGTGTGCAGATAAGTGTTATTGCTTCTTCTGTGTAAAT
AATCAGGTTCTGCACCCCCAAGGATCGGATAAAGAGGTGATGAGAGCTTCAGAGACATAT
AAACGGTAATTAATATGCACATGAAGTGGTGATGAGAGCTTCAGAGACT

QA 3 591 3 591
DS 

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TGGCGGTGTTGTGAAGAAACCTCCGGG*AATCTCTAGGTTGTCGATCTCC*AGCTATAAA
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AAATGATTTTGGTTTCGTTTATTGATATTGTTTTT*GTTTTTTTATTCTTTCTGATGTAT
AGTGATTTGGGTATCATTTATTGATTAAGAAACCTTGAGTTTAGATGATATTGATTTCGT
TTTATGATTTTTTCTGTTTGTCGATGAAAGATGATTTGGTTTCGTTTATTGATTTACAAA
GCTTGAGTTTAAATGCTTTTGATTTCGTTTATTGATTGTGTTTTTGTTTGTTACTGTAAC
ATTTTTTTTGGTTTCGTTTATTGCTTCTTGAGCAGATACCGTGCGCAGATAAGTGTTATT
GCTTCTTCTGTGTAAATAATCAGGTTCTGCACCCCCAAGGATCGGATAAAGAGGTGATGA
GAGCTTCAGAGACATATAAACGGTAATTAATATGCACATGAAGTGGTGATGAGAGCTTCA
GAGACTCTAGAAAATATGCAGCTTGGTAGGAAAACTTGGAACCTAACATCATCTTGGAGG
AATGTGTGGGATAGAACAAGCGAAGAAGATGGAAAGATTGATACATTGGGGGTGATATTG
TCTTCTGATGCTATTGAGACTTGGTATATTCTCAATGCTATCGATACTTGGTATTCTCAA
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QA 1 860 1 860
DS 

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CTATAAAAAGGCTTGCTTTCCTCCCGTGAACATCATTATCATCCTCGCCTTTAGGAAGCT
TGAGTTTAAATGATTTTGGTTTCGTTTATTGATATTGTTTTTTGTTTTTTTATTCTTTCT
GATGTATAGTGATTTGGGTATCATTTATTGATTAAGAAACCTTGAGTTTAGATGATATTG
ATTTCGTTTTATGATTTTTTCTGTTTGTCGATGAAAGATGATTTGGTTTCGTTTATTGAT
TTACAAAGCTTGAGTTTAAATGCTTTTGATTTCGTTTATTGATTGTGTTTTTGTTTGTTA
CTGTAACATTTTTTTTGGTTTCATTTATTGCTTCTTGAGCAGATACCGTGTGCAGATAAG
TGTTATTGCTTCTTCTGTGTAAATAATCAGGTTCTGCACCCCCAAGGATCGGATAAAGAG
GTGATGAGAGCTTCAGAGACATATAAACGGTAATTAATATGCACATGAAGTGGTGATGAG
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TTGGAGGAATGTGTGGGATAGAACAAGCGAAGAAGATGGAAAGATTGATACATTGGGGGT
GATATTGTCTTCTGATGCTATTGAGACTTGATAAATA*TCAGTGATACTGATGAC**GAA
TT*TC**TGCTCT*ATGGTTCTGGAAGCTACAATCTCATGTGTTATTAACAACGTAGAAT
CACCCACTCAGATAGGAAAACATTTTAAAATGCAAACTTTCTAATTACAAACGAATGGGC
TCGAAAATTAGTGATAAA

QA 1 858 1 858
DS 



AS 1 3

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CTCCCTTTGAAGTGCATTTATCAGATCAGCTCCCAGAGTAACTAGAAGAAAGAGGGTGAA
AGGCCCAACTTCTTCATTCATGGCCTTTTTTGTTTCTTTGATTGATCTCCCTTTCGTATT
CATTCGACCTGAGGCGTTCCTCTCAGTCATACAAAAAAGAAAGGTTATTTCATGCAATGC
ATAACGGGTGGGCCTCCTATGGATTCCTCTAACTCAATGAATGAAGGGAGGAGTATGAGG
AAGGCCGGCTTTCTAGATGAAAATGAAAACAAAAAGGAAAAGGGTCAAACCATATCTTAC
TTAATAATCTGACTGAATGACGAAGAGCTCTTTATGTGGTCTCACTTTACCACCATCTGA
AATGCGCGAAACTTCGATTGGTGGAAGCCAGTCCATGAAGATTCTCCCTTTTCCTACGTG
CACTTCCCCTCTTTTGGTAAGCATCCAATATCTCAGCAAATAAACATTTCTCTAAGCTTA
TCCTATAGCTTATACGTCGTTTGAAAGCTGCTTCAAGGATCCAACGAATAGCTAAGGTTT
GTTGACGATCCCTGGCTACAATCCCAGGGACATCATAAATAGTACCCGCTACTCCTACTT
TTGCTACTTCGCATATGGGCTTTATATTCTCTACGGCGTCAACCATAAGTTTGATTACAT
CGCGTTCAGTTCGAGCTGGGCGATGAAAAGTTTGATAAACAATAGCACGAACTCTCGTTC
TTTTACCTTCTTTCATGCGAAAATTGACCAACTTCTTGATCAATAGTTTTTGCTCACCAT
CCAAGCCCCCTATATAGCTGAAAATTTCCGAGCAATTGGAAGCCGCTTTCGATGACGAGG
CCGAACAATTTATATTACGCAATCGTTACTGTCCATCTTTATCAGCCAACTCCCCAGTTT
CCATCTTTCCTTTTAGAGTTTACCACTCTTCATAGCTTCTTGAACTTTCTTTAGAGTCTT
GCTCCCTGAGTTCCAGAGTCTACACTCTCGCGTCATATGGCTCCGCCCCGGAATCATGCT
TACGCCCTCTCCTTTTAGAAATACTCTCGTTCCTCTCTAGACAAGTGCTCGAGTAAGAAA
TACCTCTCCTTTTCAGTCGAGTTGCTAAAGCACCTGGGATGAGCGTCCTCTGATCTAAAT
AAGAGCTCCTGTTTGCTTTCTGGCAATGAGCTAGCTTAACCCTGATTGCGACAGGCTTAA
TACAGTCATGTTGGATCTCCTATTCGTTCTGCTAC


BQ
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AF RR1H675JQ U 160
AF RR1AV21JQ U 1
AF RR1AV21TF C 570
BS 1 408 RR1AV21JQ
BS 409 409 RR1H675JQ
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BS 509 800 RR1AV21JQ
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RD RR1H675JQ 615 0 0
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AAAGGTTATTTCATGCAATGCATAACGGGTGGGCCTCCTATGGATTCCTCTAACTCAATG
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AAGGGTCAAACCATATCTTACTTAATAATCTGACTGAGTGACGAAGAGCTCTTTATGTGG
TCTCACTTTACCACCATCTGAAATGCGCGAAACTTCGATTGGTGGAAGCCAGTCCATGAA
GATTCTCCCTTTTCCTACGTGCACTTCCCCTCTTTTGGTAAGCATCCAATATCTCAGCAA
ATAAACATTTCTCTAAGCTTATCCTATAGCTTATACGTCGTTTGAAAGCTGCTTCAAGGA
TCCAACGAATAGCTAAGGTTTGTTGACGATCCCTGGCTACAATCCCAGGGACATCATAAA
TAGTACCCGCTACTCCTACTTTTGCTACTTCGCATATGGGCTTTATATTCTCTACGGCGT
CAACCATAAGTTTGATTACATCGCGTTCAGTTCGAGCTGGGCGATGAAAAGTTTGATAAA
CAATAGCACGAACTC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1AV21JQ 800 0 0
GACTTCATTTTAAAATATTTTATGCTCGGCCATACCAACATGGGAAAGACCTAGCCTTTC
CTCCCTTTGAAGTGCATTTATCAGATCAGCTCCCAGAGTAACTAGAAGAAAGAGGGTGAA
AGGCCCAACTTCTTCATTCATGGCCTTTTTTGTTTCTTTGATTGATCTCCCTTTCGTATT
CATTCGACCTGAGGCGTTCCTCTCAGTCATACAAAAAAGAAAGGTTATTTCATGCAATGC
ATAACGGGTGGGCCTCCTATGGATTCCTCTAACTCAATGAATGAAGGGAGGAGTATGAGG
AAGGCCGGCTTTCTAGATGAAAATGAAAACAAAAAGGAAAAGGGTCAAACCATATCTTAC
TTAATAATCTGACTGAATGACGAAGAGCTCTTTATGTGGTCTCACTTTGCCACCATCTGA
AATGCGCGAAACTTCGATTGGTGGAAGCCAGTCCATGAAGATTCTCCCTTTTCCTACGTG
CACTTCCCCTCTTTTGGTAAGCATCCAGTATCTCAGCAAATAAACATTTCTCTAAGCTTA
TCCTATAGCTTATACGTCGTTTGAAAGCTGCTTCAAGGATCCAACGAATAGCTAAGGTTT
GTTGACGATCCCTGGCTACAATCCCAGGGACATCATAAATAGTACCCGCTACTCCTACTT
TTGCTACTTCGCATATGGGCTTTATATTCTCTACGGCGTCAACCATAAGTTTGATTACAT
CGCGTTCAGTTCGAGCTGGGCGATGAAAAGTTTGATAAACAATAGCACGAACTCTCGTTC
TTTTACCTTCTTTCATGCGA

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1AV21TF 726 0 0
CTTCCAC
GGATCCACCGAATAGCTAAGGTTTGTTGACGATCCCTGGCTACAATCCCAGGGACATCAT
AAATAGTACCCGCTACTCCTACTTTTGCTACTTCGCATATGGGCTTTATATTCTCTACGG
CGTCAACCATAAGTTTGATTACATCGCGTTCAGTTCGAGCTGGGCGATGAAAAGTTTGAT
AAACAATAGCACGAACTCTCGTTCTTTTACCTTCTTTCATGCGAAAATTGACCAACTTCT
TGATCAATAGTTTTTGCTCACCATCCAAGCCCCCTATATAGCTGAAAATTTCCGAGCAAT
TGGAAGCCGCTTTCGATGACGAGGCCGAACAATTTATATTACGCAATCGTTACTGTCCAT
CTTTATCAGCCAACTCCCCAGTTTCCATCTTTCCTTTTAGAGTTTACCACTCTTCATAGC
TTCTTGAACTTTCTTTAGAGTCTTGCTCCCTGAGTTCCAGAGTCTACACTCTCGCGTCAT
ATGGCTCCGCCCCGGAATCATGCTTACGCCCTCTCCTTTTAGAAATACTCTCGTTCCTCT
CTAGACAAGTGCTCGAGTAAGAAATACCTCTCCTTTTCAGTCGAGTTGCTAAAGCACCTG
GGATGAGCGTCCTCTGATCTAAATAAGAGCTCCTGTTTGCTTTCTGGCAATGAGCTAGCT
TAACCCTGATTGCGACAGGCTTAATACAGTCATGTTGGATCTCCTATTCGTTCTGCTAC

QA 8 726 8 726
DS 



AS 1 4

CO CL2777Contig1 522 4 1 U
ATAGAGCTGTCTCTATGAACCAACATTCCCACTGTTGGCTTATAAATACCTTTTCAAAAC
CAGAAGGCCACCACAAACTCAACACCGCACCACAAGCAAAACCACACAAAATAATATTTT
GACTAAATTTCTTCCAAGTGCAAAAGAGGAGAGATGGAGTCAATGAATATGAAGCTTATG
GTGGTGTTGACGGTGGCTATTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGAAAGGTGGCGGCTCAGACA
ACAGAGTCTCCAGCTCCAAGTCCTACTTCCGATGCTGCTGCTATGTTCGTCCCAGCATTG
TTTGCATCTGTTGCTGCTTTGGCATCTGGGTTTCTCTTCTAAACCAATCTCTACGTACCA
TATAGAGTTATTGTTTGCTACTTCTTTTCTCTTTCCTTCTGTTTATTTTGTTATCGCATG
AGCTTTTTAATTGTTATTGTTTCTAATATTTGGACTACTATATATTATATAATTTAATTT
AAACTTTGGGTATTAATTAAATTGCATGAGACTGTTTGTGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CA28TF U 74
AF RR1A805JQ C 1
AF RR1A805TF U 1
AF RR1C952TF U 73
BS 1 522 RR1A805TF

RD RR1CA28TF 407 0 0
G
AAACTCAACACCTCACCACAAGCAAAACCACACAAAATAATATTTTGACTAAATTTCTTC
CAAGTGCAAAAGAGGAGAGATGGAGTCAATGAAGATGAAGCTTATGGTGGTGTTGACGGT
GGCTATTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGAAAGGTGGCGGCTCAGACAACAGAGTCTCCAGC
TCCAAGTCCTACTTCCGATGCTGCTGCTATGTTCGTCCCAGCATTGTTTGCATCTGTTGC
TGCTTTGGCATCTGGGTTTCTCTTCTAAACCAATCTCTACGTACCATATAGAGTTATTGT
TTGCTACTTCTTTTCTCTTTTCTTCTGTTTATTTTGTTATCGCATGAGCTTTTTAATTGT
TATTGTTTCTAATATTTGGACTACTATATATTATATAATTTAATTT

QA 2 407 2 407
DS 

RD RR1A805JQ 522 0 0
ATAGAGCTGTCTCTATGAACCAACATTCCCACTGTTGGCTTATAAATACCTTTTCAAAAC
CAGAAGGCCACCACAAACTCAACACCGCACCACAAGCAAAACCACACAAAATAATATTTT
GACTAAATTTCTTCCAAGTGCAAAAGAGGAGAGATGGAGTCAATGAATATGAAGCTTATG
GTGGTGTTGACGGTGGCTATTGTGGCTTTTTCAGCCGTAGGAAAGGTGGCGGCTCAGACA
ACAGAGTCTCCAGCTCCAAGTCCTACTTCCGATGCTGCTGCTATGTTCGTCCCAGCATTG
TTTGCATCTGTTGCTGCTTTGGCATCTGGGTTTCTCTTCTAAACCAATCTCTACGTACCA
TATAGAGTTATTGTTTGCTACTTCTTTTCTCTTTCCTTCTGTTTATTTTGTTATCGCATG
AGCTTTTTAATTGTTATTGTTTCTAATATTTGGACTACTATATATTATATAATTTAATTT
AAACTTTGGGTATTAATTAAATTGCATGAGACTGTTTGTGTT

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1A805TF 522 0 0
ATAGAGCTGTCTCTATGAACCAACATTCCCACTGTTGGCTTATAAATACCTTTTCAAAAC
CAGAAGGCCACCACAAACTCAACACCGCACCACAAGCAAAACCACACAAAATAATATTTT
GACTAAATTTCTTCCAAGTGCAAAAGAGGAGAGATGGAGTCAATGAATATGAAGCTTATG
GTGGTGTTGACGGTGGCTATTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGAAAGGTGGCGGCTCAGACA
ACAGAGTCTCCAGCTCCAAGTCCTACTTCCGATGCTGCTGCTATGTTCGTCCCAGCATTG
TTTGCATCTGTTGCTGCTTTGGCATCTGGGTTTCTCTTCTAAACCAATCTCTACGTACCA
TATAGAGTTATTGTTTGCTACTTCTTTTCTCTTTCCTTCTGTTTATTTTGTTATCGCATG
AGCTTTTTAATTGTTATTGTTTCTAATATTTGGACTACTATATATTATATAATTTAATTT
AAACTTTGGGTATTAATTAAATTGCATGAGACTGTTTGTGTT

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1C952TF 426 0 0
GA
AAACTCAACACCGCACTACAAGCAAAACCACACAAAATAATATTTTGACTAAATTTCTTC
CAAGTGCAAAAGAGGAGAGATGGAGTCAATGAAGATGAAGCTTATGGTGGTGTTGACGGT
GGCTATTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGAAAGGTGGCGGCTCAGACAACAGAGTCTCCAGC
TCCAAGTCCTACTTCCGATGCTGCTGCTATGTTCGTCCCAGCATTGTTTGCATCTGTTGC
TGCTTTGGCATCTGGGTTTCTCTTCTAAACCAATCTCTACGTACCATATAGAGTTATTGT
TTGCTACTTCTTTTCTCTTTTCTTCTGTTTATTTTGTTATCGCATGAGCTTTTTAATTGT
TATTGTTTCTAATATTTGGACTACTATATATTATATAATTTAATTTAAACTTTGGGTATT
AATT

QA 3 426 3 426
DS 



AS 1 2

CO CL2778Contig1 1201 2 2 U
GGGGCACGTGCTAGGCACGTGAAGAACGGACACTCGAGGCTTTGGTTTTTGGGGCAGTAC
GTGCCGGAGCTCGCGCCGACGGAGTTTTTTTTGCAGAGGTATCCGAGGGAGTCTCCGGGG
CCTATGAGGGAGAGGGTGTTTGCTTTGATTGGGAAGAGGTTTCTTCCCAGGTGGATCAAA
GCCGCTAACTTGCACAATCTCGTCTTCCCTTATGATGATATCGATAAGTTGCTTAGGAAA
GATCGTGAGCCACCCGTTAAATCTGTGTTCTGGGCTTTGTTTGGTGCTATCTATCTGTGC
TACGGGATGCCGGAAGTCTACCGTGTACTTTTCGAGGTGTTTGGGATGGATCCAGATGCA
GATGATTGCCAGCCTCGAGCTAGGAGACAGCTTGAGGATGTAGATTATGTCTCTGTTGAA
TTCGAAGGCAAGAAGCTTGGCTGGCAAGACATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCT
TTATTCGCACACCCGAGGCTGTTCAGAGCTTGTGTTCCACCTGGAATGCACCGTTTCAGA
GGGAACATTTGGGATTTCGACAGCAAACCTAAAGTCATGCAGGCTTTAGGCTACCCTTTA
CCGATGAACGATAGAATCCAAGAGATAACAGAAGCGAGAAACATCGAGCTTGGACTCGGT
TTACAGCTCTGCTTCTTGCATCCTTCAAAGCACAAGTTCGAACACCCTCGGTTCTGTTTC
GAGCGGTTAGAATACGTAGGCCAAAAGATACAGGACATAGCAATGGCGGAGCGTTTGTTG
ATGAAGCACCTTGACGCACCAGGCAAATGGCTGCAAGAGAAACATAGGCGTCTGTTGATG
AACAGGTTCTGCGGTAGGTATCTGAGGGAGAAACGTCTTCACAACTTTATCATCTACTCG
GAGGAGGTTCATGATCGGTATGAACACAACAGGAGACTTAGGAATCCCGCGACGACAGCT
GTTCAACAAGCTATTCACGGACTAGCGTACACCATCTATGGAAAGCCTGATCTTAGGAGG
CTCATGTTTGAGGTTTTCGACTTCGAGCAGATCCAACCTAAAGCTATCGTCTGAAAAAGC
CTTTCTCACTGTGTTGTCTTTTACTGTGTTTTTGTATTCATTATTGTTAGTTTGCTTCTG
GATTTGATTTCTTTTAGTTTAATTCTTCAAACGTCAGATGATACCAAAGTTTTCAGACTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1CH49TF U 1
AF RR1CH49JQ C 442
BS 1 627 RR1CH49TF
BS 628 1201 RR1CH49JQ

RD RR1CH49TF 627 0 0
GGGGCACGTGCTAGGCACGTGAAGAACGGACACTCGAGGCTTTGGTTTTTGGGGCAGTAC
GTGCCGGAGCTCGCGCCGACGGAGTTTTTTTTGCAGAGGTATCCGAGGGAGTCTCCGGGG
CCTATGAGGGAGAGGGTGTTTGCTTTGATTGGGAAGAGGTTTCTTCCCAGGTGGATCAAA
GCCGCTAACTTGCACAATCTCGTCTTCCCTTATGATGATATCGATAAGTTGCTTAGGAAA
GATCGTGAGCCACCCGTTAAATCTGTGTTCTGGGCTTTGTTTGGTGCTATCTATCTGTGC
TACGGGATGCCGGAAGTCTACCGTGTACTTTTCGAGGTGTTTGGGATGGATCCAGATGCA
GATGATTGCCAGCCTCGAGCTAGGAGACAGCTTGAGGATGTAGATTATGTCTCTGTTGAA
TTCGAAGGCAAGAAGCTTGGCTGGCAAGACATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCT
TTATTCGCACACCCGAGGCTGTTCAGAGCTTGTGTTCCACCTGGAATGCACCGTTTCAGA
GGGAACATTTGGGATTTCGACAGCAAACCTAAAGTCATGCAGGCTTTAGGCTACCCTTTA
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DS 

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AGCAAACCTAAAGTCATGCAGGCTTTAGGCTACCCTTTACCGATGAACGATAGAATCCAA
GAGATAACAGAAGCGAGAAACATCGAGCTTGGACTCGGTTTACAGCTCTGCTTCTTGCAT
CCTTCAAAGCACAAGTTCGAACACCCTCGGTTCTGTTTCGAGCGGTTAGAATACGTAGGC
CAAAAGATACAGGACATAGCAATGGCGGAGCGTTTGTTGATGAAGCACCTTGACGCACCA
GGCAAATGGCTGCAAGAGAAACATAGGCGTCTGTTGATGAACAGGTTCTGCGGTAGGTAT
CTGAGGGAGAAACGTCTTCACAACTTTATCATCTACTCGGAGGAGGTTCATGATCGGTAT
GAACACAACAGGAGACTTAGGAATCCCGCGACGACAGCTGTTCAACAAGCTATTCACGGA
CTAGCGTACACCATCTATGGAAAGCCTGATCTTAGGAGGCTCATGTTTGAGGTTTTCGAC
TTCGAGCAGATCCAACCTAAAGCTATCGTCTGAAAAAGCCTTTCTCACTGTGTTGTCTTT
TACTGTGTTTTTGTATTCATTATTGTTAGTTTGCTTCTGGATTTGATTTCTTTTAGTTTA
ATTCTTCAAACGTCAGATGATACCAAAGTTTTCAGACTCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 2 4

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GGTGACTGATTTGACATTGGCAAGGGAAAACCAAAACAGCTTTGAGGAGTATCTAGGCAA
TAACCCCGCTGCAAACCCAGGGATTGATTTGACCGTCACTGTTCTTACCACTGGTTTTTG
GCCGAGTTACAAATCATTTGACATAAATCTGCCCGCTGAAATGGTCAAGTGTGTTGAAGT
CTTCAAAGGTTTTTATGAAACGAAAACGAAGCATAGGAAACTTACCTGGATCTATTCGCT
AGGAACTTGTCACCTCAACGGAAAGTTCGACATTAAGCCCATTGAATTAGTTGCGTCTAC
GTACCAGGCTGCTGTGCTTCTGCTGTTCAACACAACAGACAAATTGAGCTACACTGATAT
CCTAACCCAGCTGAACCTAAGCCATGAAGATTTAGTGAGGTTGCTTCATTCATTGTCATG
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TTTTGAATTCAACTCTAAATTTACCGATAGAATGCGGAGAATAGAGATCCCTCTCCCACC
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TGCTGCCATAGTCAGGATCATGAAGAGCAGGAAAGTGTTGGGCCATCAACAGCTTGTTTC
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CATGGAGGATTTGATAACGAGGGATTATTTGGAGAGGGACAAGGAGAACCCTAACATGTT
TAGGTACTTGGCTTAGAAGCGGGAAGGAAAAAACAACGATGTGAGGTGGCTGGGCTTAAT
GAATGGAAGAATCTGCTATTATGTTATGGTTTCTGCTTGTTATTATGAGAATCACATTTG
CTACCCTGAAAAACTATTTATGGCTTTGTTTTGAATTTTTTTTTTTTTTTAACTTGTGTC
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GAATTGATATCTGCTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CU48TF U 1
AF RR1CU48JQ C 355
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TGCTGCCATAGTCAG
A

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1CU48JQ 744 0 0
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QA 1 744 1 744
DS 



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BQ
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AF RR1E644JQ C 1
AF RR1E644TF U 1
BS 1 509 RR1E644TF

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TTAACTTATGTCGTGCCTTTTTTCCTTGGGATGCAAATTACCTTTTGGATATGGATTGGA
GATGGCATAATGAATTGATCTCTGCTTTT

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1E644TF 509 0 0
GATCCCTCTCCCACCTGTTGATGAAAGGAAGAAAGTTGTGGAAGACGTGGACAAAGACAG
ACGCTATGCGATTGATGCTGCCATAGTCAGGATCATGAAGAGCAGGAAAGTATTGGGACA
TCAACAGCTGGTTTCCGAGTGCGTCGAGCAACTTAGCCGAATGTTCAAGCCTGATATCAA
AGCGATCAAGAAGCGCATGGAGGATTTGATAACGAGGGATTATTTGGAGAGGGACAAGGA
GAACCCTAACATGTTTAGGTACTTGGCTTAGAAGCGTGAAGAAAAAAACAAGGATGTGAG
GTGGCTGGGCTTTAATGAATGGAAGAATCTGCTATTATGGTTTCTGCTTGTTATTATGAG
AATCACATTTGCTACCCTGCAAAACTATTTATGGCTTTGTTTTGAATTTTCTTTTTTCTT
TTAACTTATGTCGTGCCTTTTTTCCTTGGGATGCAAATTACCTTTTGGATATGGATTGGA
GATGGCATAATGAATTGATCTCTGCTTTT

QA 1 509 1 509
DS 



AS 1 4

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CTAGAAACCCGATGAAGAAAACCTCCGCTCAGGTGCTACTCCTCGGCGCCGGAAGCATCT
CCCCCTTTCCTTAACTTATATTTTCTTTGCTTTCTCCTCCTCTACTTCTTTCCTAGGCCG
ATATTCTCGAATCTCTGTGCTGTCGTGGTTAATCTCCGGATCTTCTTTCAAGGTCGTGGA
GGTAGACCCTGGCTTCTTATGGAGAGACGGCAAGGTCGAAGGGAGATGGAGACGGTGAAA
TTCGGCTTTTAAGACTGAAGATTTCGGCTGGATCCAATTTTCAATCTTTCTGAGATCTAT
GTCGGAATCTTCTTGATGGTGGCGCGTGAACGGAGTAGACGACTTCTCCACACTGGATCT
ATCTACCCTAGCGGCGGTGTACTGGTTGGAGGACGAGGGGAACTGCCGGTGAAGTGAGGC
TCAGTCTCTGGTTCCGGAGACGACGCGGGCTCGAACCTTCAACATCTGACTTATCATCCG
AAGGTGGGGGTAACCGCACCTCGTGTAGCTGAGACTTATTGTTCCTGACCCGTAGCTGCT
ATCAAGGTCCGCTTTTTCACTCCGAACGGTGTGCTCGGTTTCAGTACGGAGCGCTTCCGT
GTTTTCGGCTTAGGAGCGGAGCATTTGGGCCTGCGATGACGGTTCTGGTTAAGAGATGCA
TCGAAAGATGTAGAGGTGTTGGTCTGGTGTTTCATTCAGATCAGTACGAGACTAATACCA
TGTGCCTTATCTTGATATCTTGGTCTGTGATTATCATAAATTTTCTATAATGCTTTCGTC
TCAAGTGGTCCAATTTGTAGGCAATAAGAGAGTGGCATGGGACCTGTTGGAGCTAAAGCT
AGTCACGATAATCCGTCATCCGGTGTTGATGTTTTTGTCTTTGAACTGATCGCCTATTCT
TAGAGACAAAGGCTGGAGATTTTTGAGCAGAAGTAGGGATTAGCTTAAGTACTTTAAGTC
TCCTATTTTGCTCATTGTGGTCAAGTAGTTGGTTTAAGAGACAACTCTTTCTGAGTCTGA
GAAAGAGTTTGTTCTCATGGGTGAAATTACATCAAAGTTTTTATTTCGGGTAGCTTATAA
TCCCATCTAGGGATGTTAAGTGATACTAGAATACTTTGTCTGTAAGTGTGGTTAAATCTT
TAGTGGTGTTATCATGTACTTCCAATTTGGTTAATATGAAGTTGATGTGAGTT


BQ
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AF RR1BD86TF U 1
AF RR1D585TF U 313
AF RR1D585JQ C 957
AF RR1BD86JQ C 402
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CCCCCTTTCCTTAACTTATATTTTCTTTGCTTTCTCCTCCTCTACTTCTTTCCTAGGCCG
ATATTCTCGAATCTCTGTGCTGTCGTGGTTAATCTCCGGATCTTCTTTCAAGGTCGTGGA
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TTCGGCTTTTAAGACTGAAGATTTCGGCTGGATCCAATTTTCAATTTTTCTGAGATCTAT
GTCGGAATCTTCTTGATGGTGGCGCGTGAACGGAGTAGACGACTTCTCCACACTGGATCT
ATCTACCCTAGCGGCGGTGTACTGGTTGGAGGACGAGGGGAACTGCCGGTGAAGTGAGGC
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AAGGTGGGGGTAACCGCACCTCGTGTAGCTGAGACTTATTGTTCCTGACCCGTAGCTGCT
A

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DS 

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TTGATGGTGGCGCGTGAACGGAGTAGACGACTTCTCCACACTGGATCTATCTACCCTAGC
GGCGGTGTACTGGTTGGAGGACGAGGGGAACTGCCGGTGAAGTGAGGCTCAGTCTCTGGT
TCCGGAGACGACGCGGGCTCGAACCTTCAACATCTGACTTATCATCCGAAGGTGGGGGTA
ACCGCACCTCGTGTAGCCGAGACTTAGTGTTCCTGACCCGTAGCTGCTATCAAGGTCCGC
TTTTTCACTCCGAACGGTGTGCTCGGTTTCAGTACGGAGCGCTTCCGTGTTTTCGGCTTA
GGAGCGGAGCATTTGGGCCTGCGATGACGGTTCTGGTTAAGAGATGCATCGAAAGATGTA
GAGGTGTTGGTCTGGTGTTTCATTCAGATCAGTACGAGACTAATACCATGTGCCTTATCT
TGATATCTTGGTCTGTGATTATCATAAATTTTCTATAATGCTTTCGTCTCAAGTGGTCCA
ATTTGTAGGCAATAAGAGAGTGGCATGGGACCTGTTGGAGCTAAAGCTAGTCACGATAAT
CCGTCATCCGGTG

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AGAAAGAGTTTGTTTTCATGGGTGAAATTACATCAAAGTTTTTATTTCGGGTAGCTTATA
ATCCCCTCTAGGGATGTTAAGTGATACTAGAATACTT

QA 4 220 4 220
DS 

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ACTGCCGGTGAAGTGAGGCTCAGTCTCTGGTTCCGGAGACGACGCGGGCTCGAACCTTCA
ACATCTGACTTATCATCCGAAGGTGGGGGTAACCGCACCTCGTGTAGCTGAGACTTATTG
TTCCTGACCCGTAGCTGCTATCAAGGTCCGCTTTTTCACTCCGAACGGTGTGCTCGGTTT
CAGTACGGAGCGCTTCCGTGTTTTCGGCTTAGGAGCGGAGCATTTGGGCCTGCGATGACG
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CAGTACGAGACTAATACCATGTGCCTTATCTTGATATCTTGGTCTGTGATTATCATAAAT
TTTCTATAATGCTTTCGTCTCAAGTGGTCCAATTTGTAGGCAATAAGAGAGTGGCATGGG
ACCTGTTGGAGCTAAAGCTAGTCACGATAATCCGTCATCCGGTGTTGATGTTTTTGTCTT
TGAACTGATCGCCTATTCTTAGAGACAAAGGCTGGAGATTTTTGAGCAGAAGTAGTGATT
AGCTTAAGTACTTTAAGTCTCCTATTTTGCTCATTGTGGTCAAGTAGTTGGTTTAAGATA
CAACTCTTTCTGAGTCTGAGAAAGAGTTTGTTCTCATGGGTGAAATTACATCAAAGTTTT
TATTTCGGGTAGCTTATAATCCCATCTAGTGATGTTAAGTGATACTAGAATACTTTGTCT
GTAAGTGTGGTTAAATCTTTAGTGGTGTTATCATGTACTTCCAATTTGGTTAATATGAAG
TTGATGTGAGTT

QA 1 852 1 852
DS 



AS 1 4

CO CL2781Contig1 1131 4 6 U
GATAAAGGTGAACGAACATCTTATAATAACCACTGAACATATTACAGAGACTTAGAGAGA
CTCTCTGGATGGATCCTACATCATCAACTATACATTACATCACACTCCTTTAATAAAGCT
TGCGAACTTTTTCACGAGTTCATGAGCTTTCTCAGTATCAGGATTCCTCAAGTGAAAAAA
ATGGCTTTCTCCTTCAGTCTCCATCACCTCCACTTCTCCCATCCAACCGCTCCTCTCAAG
CTTCGCCGCGTAACACCAATCTTGCCTCACTAGCACATCTAACTCCGCCACCATTACCAA
AACCTTTCCACATCCCAACCCGGAGATATCCACCGACTCTGACTGAACCACGTTGATCCA
CGGGTCATCCACTCCGTCTTTGCTGTTAGGACTCGCTATCTCCCATAGAACCTCCGATCT
CGACCTCTTAGTCGCATCCCTCGTCTCCTTGTCGTCGACTGGTGTTTTCGACCAGAAGTA
AGGATTCACCAAGATGATCCCCGAGATTCCTGAACCGCTCAGCTCGGGACTTAGCTTCTG
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GTGGGTGAATACCCATTTGAGAGACGTCCATGAATTCTCGTAAGGGATAGGAATGGGATG
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ACGGACGGAGAGAATGTCGCCGGGAGAATACACGACGTCCTTAGAAACGACGCCATTGTG
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GTAGATTATGAACACTGGAGAGAAGTCGAAGGCGATCTCTGAATCCATGGTTTCCGTTGA
CTGGAACGATAAGATTGAAAGACTTCGATAGTTGTTTGGTTTTTTCAATCC


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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D872JQ U 6
AF RR1EK19TF C 379
AF RR1D872TF C 453
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ATGGCTTTCTCCTTCAGTCTCCATCACCTCCACTTCTCCCATCCAACCGCTCCTCTCAAG
CTTCGCCGCGTAACACCAATCTTGCCTCACTAGCACATCTAACTCCGCCACCATTACCAA
AACCTTTCCGCATCCCAACCCGGAGATATCCACCGACTCTGACTGAACCACGTTGATCCA
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CGACCTCTTAGTCGCATCCCTCGTCTCCTTGTCGTCGACTGGTGTTTTCGACCAGAAGTA
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TGGATGGATCCTACATCATCAACTATACATTACATCACACTCCTTTAATAAAGCTTGCGA
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TTTCTCCTTCAGTCTCCATCACCTCCACTTCTCCCATCCAACCGCTCCTCTCAAGCTTCG
CCGCGTAACACCAATCTTGCCTCACTAGCACATCTAACTCCGCCACCATTACCAAAACCT
TTCCACATCCCAACCCGGAGATATCCACCGACTCTGACTGAACCACGTTGATCCACGGGT
CATCCACTCCGTCTTTGCTGTTAGGACTCGCTATCTCCCATAGAACCTCCGATCTCGACC
TCTTAGTCGCATCCCTCGTCTCCTTGTCGTCGACTGGTGTTTTCGACCAGAAGTAAGGAT
TCACCAAGATGATCCCCGAGATTCCTGAACCGCTCAGCTCGGGACTTAGCTTCTGCTTCG
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CTTTGCTGAAGTCGGCGTGTTTGTTAAGCCAACTCTCCGGTCCACGTCCGGCGATGTGGG
TGAATACCCATTTGAGAGACGTCCATGAATTCTCGT

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CCTCGTCTCCTTGTCGTCGACTGGTGTTTTCGACCAGAAGTAAGGATTCACCAAGATGAT
CCCCGAGATTCCTGAACCGCTCAGCTCGGGACTTAGCTTCTGCTTCGCAGCTCTCATCGT
CATGTGATGAGCGATGTTCCCGCCGGCGCTGTCTCCGGCGAGGAACACTTTGCTGAAGTC
GCCGTGTTTGTTAAGCCAACTCTCCGATCCACGTCCGGCGATGTGGGTGAATACCCATTT
GAGAGACGTCCATGAATTCTCGTAAGGGATAGGAATGGGATGCTCCGGTGGACGGAGGTA
ATCAACCGACACTGCTATGCAGTTGGAAGCAGAGACAGCCGTCGTGAGGAAAGTGTGGTA
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GAGTTTCTCATCGGTCATCGCGGCTTTCTCCGGGAGGAAAACACGGACGGAGAGAATGTC
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GACGATGGCTTCACC

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AACCGCTCAGCTCGGGACTTAGCTTCTGCTTCGCAGCTCTCATCGTCATGTGATGAGCGA
TGTTCCCGCCGGCGCTGTCTCCGGCGAGGAACACTTTGCTGAAGTCGGCGTGTTTGTTAA
GCCAACTCTCCGGTCCACGTCCGGCGATGTGGGTGAATACCCATTTGAGAGACGTCCATG
AATTCTCGTAAGGGATCGGAATGGGATGCTTCGGTGGACGGAGGTAATCAACCGACACTG
CTATGCAGTTGGAAGCAGAGACAGCCGTCGTGAGGAAAGTGTGGTAAGTCGGTGAGAAAG
CGGTTTCGATGATGAATCCTCCGCCGTGGAAGTAGATGAGGAGAGGGAGTTTCTCATCGG
TCATCGCGGCTTTCTCCGGGAGGAAAACACGGACGGAGAGATTGTCGCCGGGAGAATACA
CGACGTCCTTAGAAACGACGCCATTGTGGGGAGTTAAAGAAGGTGGGACGATGGTTTCAC
CGGTGAGGCGCTCGATGCGGCCACTCTTGTAGATTATGAACACTGGAGAGAAGTCGAAGG
CGATCTCTGAATCCATGGTTTCCGTTGACTGGAACGATAAGATTGAAAGACTTCGATAGT
TGTTTGGTTTTTTCAATCC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 4

CO CL2782Contig1 1135 4 17 U
GGGTTTTGTAGATGCTTCCGGGAGGGATAGGGAAAGTGGTTTTCTGATTTGTTTTCATCG
GCGGGATTTCGAGAAGCATGATGAATGCGTCCGGGTTAACTCTAGCTCCCCCGAAACTTC
ACATTCGATGGTGTTCACATCGTTTCGGTACATCTCAGAGAAGCTCTCAAGCTTTAGCTG
TCCGTCGAGATGATGCAGCAGCTTGTCCTCGTCTTCAAAGGGCTTGTTTAGCACTTTCTA
CACAAAGAAGCAATGCTTTGATCGTCCGTGCCATGAGTGCTTCCTTTGGTGACATCTCAG
ACGATTCTTCTGCTTCAGCTGTTTTCCCTCGGATCAATGTCAAAGACCCATACAAACGTC
TCGGGATAAGCCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGGCGCCAGGAACTTTCTCATCC
AGCAGTACGCTGGTCACAAACCCAGTGTCGACGCCATCGAGTCAGCTCACGACAAGATCA
TCATGCAGAAGTTCCACGAGAGGAAGAACCCGAAAATCGATATAAGCAAGAAGGTTCGCC
AGGTGAGACAGTCTAAAGCTGTGAGCTTTGTTTTCGACAGATTCCAAACTCCTCCCACCG
CTTTCCTTGTCAAAACGGCAGCCACGTTTGCGGTTCTCGGCGCTCTTACGGTTCTGTTCC
CGACGGAAGAAGGACCCACTCTGCAGGTTTTGTTATCTGTGATTGCGACGTTTTACTTCA
TCCACCAGAGGCTGAAGAAGAAGCTCTGGACTTTCCTTTACGGGACTGGTTCTTTCATCT
TCTCGTGGCTGATTGGGACTTTCTTGATGGTGTCTGTGATCCCGCCCTTCATCAAGGGAC
CAAGAGGTTTCGAGGTCATGTCTTCGCTCTTGAGCTACGTTTTGCTTTGGGTGGCTTCGA
GCTACCTTAGGTAGAGTAGCATTCTAGCTCTTCTCTTCACCCCCTTTTTGGTTCGCAATA
GTATTATTGTCTCGGGTATGTATGTGAAGAACACAAAAATGAGAAACTGAGTCATCTTCA
TGTGGCATAGAGAAAGATGTTTTTTTTCGTTCTTGAAGAGTTGTTATTTCCATGAGACCT
TACCTCTCTTAGACGGTTTGATATCTTAAGTCATGTCTTCCTTTGCCGGCTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D942TF U 11
AF RR1DO33TF U 1
AF RR1D942JQ C 454
AF RR1DO33JQ C 647
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TGCTTCAGCTGTTTTCCCTCGGATCAATGTCAAAGACCCATACAAACGTCTCGGTATAAG
CCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGGCGCCAGGAACTTTCTCATCCAGCAGTACGC
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GTCTAAAGCTGTGAGCTTTGTT

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1DO33TF 646 0 0
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GCGGGATTTCGAGAAGCATGATGAATGCGTCCGGGTTAACTCTAGCTCCCCCGAAATTTC
ACATTCGATGGTGTTCACATCGTTTCGGTACATCTCAGAGAAGCTCTCAAGCTTTAGCTG
TCCGTCGAGATGATGCAGCAGCTTGTCCTCGTCTTCAAAGGGCTTGTTTAGCACTTTCTA
CACAAAGAAGCAATGCTTTGATCGTCCGTGCCATGAGTGCTTCCTTTGGTGACATCTCAG
ACGATTCTTCT******GCTGTTTTCCCTCGGATCAATGTCAAAGACCCATACAAACGTC
TCGGGATAAGCCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGGCGCCAGGAACTTTCTCATCC
AGCAGTACGCTGGTCACAAACCCAGTGTCGACGCCATCGAGTCAGCTCACGACAAGATCA
TCATGCAGAAGTTCCACGAGAGGAAGAACCCGAAAATCGATATAAGCAAGAAGGTTCGCC
AGGTGAGACAGTCTAAAGCTGTGAGCTTTGTTTTCGACAGATTCCAAACTCCTCCCACCG
CTTTCCTTGTCAAAACGGCAGCCACGTTTGCGGTTCTCGGCGCTCT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1D942JQ 598 0 0
CCATCGAGTCAGCTCACGACAAGATCATCATGCAGAAGTTCCACGAGAGGAAGAACCCGA
AAATCGATATAAGCAAGAAGGTTCGCCAGGTGAGACAGTCTAAAGCTGTGAGCTTTGTTT
TCGGCAGATTCCAAACTCCTCCCACCGCTTTCCTTGTCAAAACGGCAGCCACGTTTGCGG
TTCTCGGCGCTCTTACGGTTCTGTTCCCGACGGAAGAAGGACCCACTTTGCAGGTTTTGT
TATCTGTGATTGCTACGTTTTACTTCATCCACCAGAGGCTGAAGAAGAAGCTCTGGACTT
TCCTTTACGGGACTGGTTCTTTCATCTTTTCGTGGCTGATTGGGACTTTCTTGATGGTGT
CTGTGATCCCGCCCTTCATCAAGGGACCAAGAGGTTTCGAGGTCATGTTTTCGCTCTTGA
GCTACGTTTTGCTTTGGGTGGCTTCGAGCTACCTTAGGTAGAGTAGCATTCTAGCTCTTC
TCTTCACCCCCTTTTTGGTTCGCAATAGTATTATTGTCTCGGGTATGTATGTGAAGAACA
CAAAAATGAGAAACTGAGTCATCTTCATGTGGCATAGAGAGAGATGTTTTTTTTCGTT

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1DO33JQ 489 0 0
TACGGTTCTGTTCCCGACGGAAGAAGGACCCACTCTGCAGGTTTTGTTATCTGTGATTGC
GACGTTTTACTTCATCCACCAGAGGCTGAAGAAGAAGCTCTGGACTTTCCTTTACGGGAC
TGGTTCTTTCATCTTCTCGTGGCTGATTGGGACTTTCTTGATGGTGTCTGTGATCCCGCC
CTTCATCAAGGGACCAAGAGGTTTCGAGGTCATGTCTTCGCTCTTGAGCTACGTTTTGCT
TTGGGTGGCTTCGAGCTACCTTAGGTAGAGTAGCATTCTAGCTCTTCTCTTCACCCCCTT
TTTGGTTCGCAATAGTATTATTGTCTCGGGTATGTATGTGAAGAACACAAAAATGAGAAA
CTGAGTCATCTTCATGTGGCATAGAGAAAGATGTTTTTTTTCGTTCTTGAAGAGTTGTTA
TTTCCATGAGACCTTACCTCTCTTAGACGGTTTGATATCTTAAGTCATGTCTTCCTTTGC
CGGCTACCC

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 4

CO CL2783Contig1 969 4 3 U
GGAGGAGACGAAAATAAGCAAGAAAGGGAGCTTCACTGAACCCTAGAAGAAGGAAGACGA
AGGAGAGGATTAGATTCAGCACCGATCAATCGAAGAAGAAGAAGAAGATGAACATTTTCA
GATTAGCAGGTGATATGACTCACCTGGCCAGTGTCCTCGTCTTGCTCCTCAAGATCCACA
CCATCAAATCCTGCGCTGGTGTGTCATTGAAGACTCAAGAGCTCTACGCCATTGTATTCG
CGACGCGTTATTTGGATATATTCACGAGCTTTGTCTCCGTCTACAACACCTTCATGAAGT
TGGTCTTCTTAGGAAGCTCCTTCTCCATTGTTTGGTACATGAGGTATCATAAGGCTGTCC
AAAGGACTTACGACAGAGAGCAAGATACCTTTCGCCATTGGTTCCTTGTGCTTCCCTGCC
TTCTCTTAGCTCTTCTCATTCACGAGAAGTTCACCTTTCTTGAGGTACTGTGGACGTTTT
CGTTGTACTTGGAGGCTGTTGCTATATTACCTCAGCTTGTCTTGCTTCAAAGGACTAGAA
ATATCGACAACTTGACCGGGCAATACATATTCCTCCTTGGGGGGTACAGGGGATTGTACA
TCCTAAACTGGATCTACCGTTACTTCACTGAGCCTCACTTTGTTCACTGGATAACATGGA
TCGCGGGGTTTGTTCAGACATTGCTCTATGCCGACTTCTTCTATTATTATTTCCTAAGCT
GGAAGAACAACAAAAAGCTCCAGTTGCCAGCTTAATTTCTGGATTTTCGATGCTCAGAAA
CCCTACCGATTCAGTCTGGTGCCTGGATACAATATCTGCTGGAAAGTTTACCAGTTTACT
CTGTTGTTAGTTAATGGAGGAGACGAGCATAGATTTTATGTAAACTCCAGAGATCTAACT
TGTTACACATTTTTGAACTTTTTCGTGTCTCCGCTTTTGTTAAGTGTTACTAAAATATTT
CGACAGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E512TF U 38
AF RR1BC43TF U 1
AF RR1E512JQ C 224
AF RR1BC43JQ C 421
BS 1 732 RR1BC43TF
BS 733 953 RR1E512JQ
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RD RR1E512TF 636 0 0
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GAAGAAGA***TGAACATTTTCAGATTAGCAGGTGATATGACTCACCTGGCCAGTGTCCT
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AGAGCTCTACGCCATTGTATTCGCGACGCGTTATTTGGATATATTCACGAGCTTTGTCTC
CGTCTACAACACCTTCATGAAGTTGGTCTTCTTAGGAAGCTCCTTCTCCATTGTTTGGTA
CATGAGGTATCATAAGGCTGTCCAAAGGACTTACGACAGAGAGCAAGATACCTTTCGCCA
TTGGTTCCTTGTGCTTCCCTGCCTTCTCTTAGCTCTTCTCATTCACGAGAAGTTCACCTT
TCTTGAGGTACTGTGGACGTTTTCGTTGTACTTGGAGGCTGTTGCTATATTACCTCAGCT
TGTCTTGCTTCAAAGGACTAGAAATATCGACAACTTGACCGGGCAATACATATTCCTCCT
TGGGGGGTACAGGGGATTGTACATCCTAAACTGGATCTACCGTTACTTCACTGAGCCTCA
CTTTGTTCACTGGATAACATGGATCGCGGGGTTTGT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1BC43TF 732 0 0
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AGGAGAGGATTAGATTCAGCACCGATCAATCGAAGAAGAAGAAGAAGATGAACATTTTCA
GATTAGCAGGTGATATGACTCACCTGGCCAGTGTCCTCGTCTTGCTCCTCAAGATCCACA
CCATCAAATCCTGCGCTGGTGTGTCATTGAAGACTCAAGAGCTCTACGCCATTGTATTCG
CGACGCGTTATTTGGATATATTCACGAGCTTTGTCTCCGTCTACAACACCTTCATGAAGT
TGGTCTTCTTAGGAAGCTCCTTCTCCATTGTTTGGTACATGAGGTATCATAAGGCTGTCC
AAAGGACTTACGACAGAGAGCAAGATACCTTTCGCCATTGGTTCCTTGTGCTTCCCTGCC
TTCTCTTAGCTCTTCTCATTCACGAGAAGTTCACCTTTCTTGAGGTACTGTGGACGTTTT
CGTTGTACTTGGAGGCTGTTGCTATATTACCTCAGCTTGTCTTGCTTCAAAGGACTAGAA
ATATCGACAACTTGACCGGGCAATACATATTCCTCCTTGGGGGGTACAGGGGATTGTACA
TCCTAAACTGGATCTACCGTTACTTCACTGAGCCTCACTTTGTTCACTGGATAACATGGA
TCGCGGGGTTTGTTCAGACATTGCTCTATGCCGACTTCTTCTATTATTATTTCCTAAGCT
GGAAGAACAACA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1E512JQ 730 0 0
CTACGCCATTGTATTCGCGACGCGTTATTTGGATATATTCACGAGCTTTGTCTCCGTCTA
CAACACCTTCATGAAGTTGGTCTTCTTAGGAAGCTCCTTCTCCATTGTTTGGTACATGAG
GTATCATAAGGCTGTCCAAAGGACTTACGACAGAGAGCAAGATACCTTTCGCCATTGGTT
CCTTGTGCTTCCCTGCCTTCTCTTAGCTCTTCTCATTCACGAGAAGTTCACCTTTCTTGA
GGTACTGTGGACGTTTTCGTTGTACTTGGAGGCTGTTGCTATATTACCTCAGCTTGTCTT
GCTTCAAAGGACTAGAAATATCGACAACTTGACCGGGCAATACATATTCCTCCTTGGGGG
GTACAGGGGATTGTACATCCTAAACTGGATCTACCGTTACTTCACTGAGCCTCACTTTGT
TCACTGGATAACATGGATCGCGGGGTTTGTTCAGACATTGCTCTATGCCGACTTCTTCTA
TTATTATTTCCTAAGCTGGAAGAACAACAAAAAGCTCCAGTTGCCAGCTTAATTTCTGGA
TTTTCGATGCTCAGAAACCCTACCGATTCAGTCTGGTGCCTGGATACAATATCTGCTGGA
AAGTTTACCAGTTTACTCTGTTGTTAGTTAATGGAGGAGACGAGCATAGATTTTATGTAA
ACTCCAGAGATCTAACTTGTTACACATTTTTGAACTTTTTCGTGTCTCCGCTTTTGTTAA
GTGTTACTAA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1BC43JQ 549 0 0
TTCTCTTAGCTCTTCTCATTCACGAGAAGTTCACCTTTCTTGAGGTACTGTGGACGTTTT
CGTTGTACTTGGAGGCTGTTGCTATATTACCTCAGCTTGTCTTGCTTCAAAGGACTAGAA
ATATCGACAACTTGACCGGGCAATACATATTCCTCCTTGGGGGGTACAGGGGATTGTACA
TCCTAAACTGGATCTACCGTTACTTCACTGAGCCTCACTTTGTTCACTGGATAACATGGA
TCGCGGGGTTTGTTCAGACATTGCTTTATGCCGACTTCTTCTATTATTATTTCCTAAGCT
GGAAGAACAACAAAAAGCTCCAGTTGCCAGCTTAATTTCTGGATTTTCGATGCTCAGAAA
CCCTACCGATTCAGTTTGGTGCCTGGATACAATATCTGCTGGAAAGTTTACCAGTTTACT
CTGTTGTTAGTTAATGGAGGAGACGAGCATAGATTTTATGTAAACTCCAGAGATCTAACT
TGTTACACATTTTTGAACTTTTTCGTGTCTCCGCTTTTGTTAAGTGTTACTAAAATATTT
CGACAGGGC

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 3

CO CL2784Contig1 1008 3 27 U
GCATGTCTTGGCCACCAAGCTTGGTGCTAAGCTTACTGAAGTGAGGAAGAACAAGACTTG
TCCCTGGTTGAGACCTGATGGTAAGACACAAGTCACGGTCGAGTACAAGAACGATGGTGG
AGCTATGATTCCCATTAGAGTCCACACGGTTTTAATCTCAACTCAACATGATGAAACCGT
CACCAACGATGAGATTGCTGCTGACTTGAAGGAGCATGTGATCAAGCCGGTTATTCCTGC
CAAGTACCTTGATGAGAACACCATCTTTCACCTTAACCCATCTGGTCGTTTTGTCATCGG
AGGGCCTCACGGTGATGCTGGACTCACGGGGAGGAAGATCATCATCGACACTTATGGTGG
TTGGGGTGCTCATGGTGGAGGTGCTTTCTCAGGGAAAGACCCTACCAAGGTTGATAGAAG
CGGTGCCTACATCGTTAGGCAAGCTGCAAAGAGTGTGGTTGCAGCTGGACTCGCACGCCG
CTGTATAGTCCAGGTGTCATACGCCATCGGTGTCCCTGAGCCTCTCTCGGTGTTTGTTGA
TACTTACAAGACCGGAACTATCCCAGACAAGGACATACTTGTGTTGATCAAGGAGGCCTT
TGACTTCAGGCCGGGCATGATGGCTATTAACCTTGACTTGAAGAGAGGAGGTAACTTCAG
GTTCCAGAAAACAGCTGCTTATGGCCATTTTGGACGTGAAGACCCTGATTTCACTTGGGA
AGTCATCAAGCCACTTAAGCCAAAGGGTTAAACAAAACAAAAAAACAAAAGGTACCATTA
TTATTGCAAAAGATTTGAATAATCCCTTTACACTCACATATGTTTTTGCTGCCATTTGAA
CTTGGAACACAAGGGGAATGAACAGAAGATTTGAATTTCATGTTTTGAATTTTTGCCTCT
CTTTTTTTATTTTTCTTTCTTTTTTAATATATCTTGTATTGTAATTTTGATTGGGTAATC
AAGAAACCCATCGTTGTACGTAGTAGTAAACATTATGGTTATGTATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH89TF U 1
AF RR1BT92TF U 74
AF RR1BT92JQ C 392
BS 1 153 RR1DH89TF
BS 154 154 RR1BT92TF
BS 155 309 RR1DH89TF
BS 310 310 RR1BT92TF
BS 311 402 RR1DH89TF
BS 403 403 RR1BT92TF
BS 404 462 RR1DH89TF
BS 463 463 RR1BT92TF
BS 464 471 RR1DH89TF
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BS 473 507 RR1DH89TF
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BS 509 543 RR1DH89TF
BS 544 544 RR1BT92TF
BS 545 555 RR1DH89TF
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BS 560 561 RR1DH89TF
BS 562 562 RR1BT92TF
BS 563 609 RR1DH89TF
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BS 660 660 RR1BT92JQ
BS 661 739 RR1BT92TF
BS 740 1008 RR1BT92JQ

RD RR1DH89TF 655 0 0
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AGCTATGATTCCCATTAGAGTCCACACGGTTTTGATCTCAACTCAACATGATGAAACCGT
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CGGTGCCTACATCGTTAGGCAAGCTGCAAAGAGTGTGGTTGCTGCTGGACTTGCACGCCG
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TACCTACAAGACCGGGACCATACCAGACAAGGACATACTTGTGTTGATCAAGGAGGCCTT
TGACTTCAG*CCGGGCATGATGGCTATTAACCTTGACTTGAAGAGAGGAG
TAACT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1BT92TF 666 0 0
G
CTGATGGTAAGACACAAGTCACGGTCGAGTACAAGAACGATGGTGGAGCTATGATTCCCA
TTAGAGTCCACACGGTTTTAATCTCAACTCAACATGATGAAACTGTCACCAACGATGAGA
TTGCTGCTGACTTGAAGGAGCATGTGATCAAGCCGGTTATTCCTGCTAAGTACCTTGATG
AGAACACCATCTTTCACCTTAACCCATCTGGTCGTTTTGTCATCGGAGGGCCTCACGGTG
ATGCTGGACTCACGGGGAGGAAGATCATCATCGACACTTATGGTGGTTGGGGTGCTCATG
GTGGAGGTGCTTTCTCAGGGAAAGACCCTACCAAGGTTGATAGAAGCGGTGCCTACATCG
TTAGGCAAGCTGCAAAGAGTGTGGTTGCAGCTGGACTCGCACGCCGCTGTATAGTCCAGG
TGTCATACGCCATCGGTGTCCCTGAGCCTCTCTCGGTGTTTGTTGATACTTACAAGACCG
GAACTATCCCAGACAAGGACATACTTGTGTTGATCAAGGAGGCCTTTGACTTCAGGCCGG
GCATGATGGCTATTAACCTTGACTTGAAGAGAGGAGGTAACTTCATGTTCCAGAAAACAG
CTGCTTATGGCCATTTTGGACGTGAAGACCCTGATTTCACTTGGGAAGTCATCAAGCCAC
TTAAG

QA 2 666 2 666
DS 

RD RR1BT92JQ 617 0 0
GGGAAAGACCCTACCAAGGTTGATAGAAGCGGTGCCTACATCGTTAGGCAAGCTGCAAAG
AGTGTGGTTGCAGCTGGACTCGCACGCCGCTGTATAGTCCAGGTGTCATACGCCATCGGT
GTCCCTGAGCCTCTCTCGGTGTTTGTTGATACTTACAAGACCGGAACTATCCCAGACAAG
GACATACTTGTGTTGATCAAGGAGGCCTTTGACTTCAGGCCGGGCATGATGGCTATTAAC
CTTGACTTGAAGAGAGGAGGTAACTTCAGGTTCCAGAAAACAGCTGCTTATGGCCATTTT
GGACGTGAAGACCCTGATTTCACTTGGGAAGTCATCAAGCCACTTAAGCCAAAGGGTTAA
ACAAAACAAAAAAACAAAAGGTACCATTATTATTGCAAAAGATTTGAATAATCCCTTTAC
ACTCACATATGTTTTTGCTGCCATTTGAACTTGGAACACAAGGGGAATGAACAGAAGATT
TGAATTTCATGTTTTGAATTTTTGCCTCTCTTTTTTTATTTTTCTTTCTTTTTTAATATA
TCTTGTATTGTAATTTTGATTGGGTAATCAAGAAACCCATCGTTGTACGTAGTAGTAAAC
ATTATGGTTATGTATTG

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 3

CO CL2785Contig1 1061 3 5 U
GGGATGGGCTGCAGCGCTGGCCTGATCTCAGTCGATCTGGCCCGTGATCTCCTTCAGGTC
CATCCCAATTCTAATGCAGTCATTGTCAGCACCGAGATCATAACTCCTAATTACTACAAA
GGGAATGAGAGAGCCATGTTGCTACCGAACTGTCTCTTCCGCATGGGATCCGCAGCAATT
CTTATGTCAAACCGTCGGTCTGACCGGTGGCGAGCCAAGTACAAGCTTTGCCACCTTGTC
CGGACTCACCGTGGCGCTGACGACAAGTCTTACTACTGTGTGTATGAACAGGAAGATAAA
GAAGGAAAGATTGGCATCAACTTGTCCAAAGATCTTATGGCCATCGCCGGCGAGGCCCTC
AAGGCTAACATCACCACAATTGGTCCTCTCGTCCTACCGGCATCGGAGCAACTCCTCTTC
CTCTTGTCTTTAATCGGACGTAAAATCTTCAACCTGAAATGGAAACCATACATACCAGAT
TTTAAGCTAGCCTTCGAACACTTCTGCATCCATGCAGGGGGTAGAGCCGTAATCGATGAG
CTCCAAAAGAATCTACAGCTATCAGGAGAACACGTGGAAGCCTCGAGAATGACACTACAT
CGTTTTGGTAACACATCGTCGTCGTCGCTATGGTACGAGCTTTGCTACATCGAGTCTAAA
GGGAGGATGAGGAGAGGAGATCGAGTTTGGCAGATTGCGTTTGGGAGTGGTTTCAAGTGT
AACTCTGCTGTCTGGAAATGTAACCGTACGATTAAGACACCTAAGGATGGACCATGGTCC
GATTGTATCGACCGTTACCCTGTCTTTATCCCCGAAGTTGTCAAAATTTGAACCAAAACG
TCTTCAAGTACGGTTTTGGTAATGGTATGGATTTTTGTGTACGGTTTAGGTGTTGGGATT
CGGTTTTTAAGGGGATTGGGAAATGGAAGTTAGAAATAAGAAAAAGCAAATCATAAATGT
TTGTATTTATTTGCTCTGCATATACTTAAATCTCTATTTTCATTTGGGGTATTTTTAAGA
TTCTCGTGCTGTAATTATAAAAGTTCTATCAAATAAGAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AM86TF U 1
AF RR1H760TF U 255
AF RR1AM86JQ C 292
BS 1 761 RR1AM86TF
BS 762 788 RR1H760TF
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BS 790 848 RR1H760TF
BS 849 1061 RR1AM86JQ

RD RR1AM86TF 761 0 0
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CATCCCAATTCTAATGCAGTCATTGTCAGCACCGAGATCATAACTCCTAATTACTACAAA
GGGAATGAGAGAGCCATGTTGCTACCGAACTGTCTCTTCCGCATGGGATCCGCAGCAATT
CTTATGTCAAACCGTCGGTCTGACCGGTGGCGAGCCAAGTACAAGCTTTGCCACCTTGTC
CGGACTCACCGTGGCGCTGACGACAAGTCTTACTACTGTGTGTATGAACAGGAAGATAAA
GAAGGAAAGATTGGCATCAACTTGTCCAAAGATCTTATGGCCATCGCCGGCGAGGCCCTC
AAGGCTAACATCACCACAATTGGTCCTCTCGTCCTACCGGCATCGGAGCAACTCCTCTTC
CTCTTGTCTTTAATCGGACGTAAAATCTTCAACCTGAAATGGAAACCATACATACCAGAT
TTTAAGCTAGCCTTCGAACACTTCTGCATCCATGCAGGGGGTAGAGCCGTAATCGATGAG
CTCCAAAAGAATCTACAGCTATCAGGAGAACACGTGGAAGCCTCGAGAATGACACTACAT
CGTTTTGGTAACACATCGTCGTCGTCGCTATGGTACGAGCTTTGCTACATCGAGTCTAAA
GGGAGGATGAGGAGAGGAGATCGAGTTTGGCAGATTGCGTTTGGGAGTGGTTTCAAGTGT
AACTCTGCTGTCTGGAAATGTAACCGTACGATTAAGACACC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1H760TF 594 0 0
G
GCTGACGACAAGTCTTACTACTGTGTGTATGAACAGGAAGATAAAGAAGGAAAGATTGGC
ATCAACTTGTCCAAAGATCTTATGGCCATCGCCGGCGAGGCCCTCAAGGCTAACATCACC
ACAATGGGTCCTCTGGTCCTACCGGCATCGGAGCAACTCCTCTTCCTCTTGTCTTTAATC
GGACGTAAAATCTTCAACCTCAAATGGAAACCATACATACCAGATTTTAAGCTAGCCTTC
GAACACTTCTGCATCCATGCAGGGGGTAGAGCCGTAATCGATGAGCTCCAAAAGAATCTA
CAGCTATCAGGAGAACACGTGGAAGCCTCGAGAATGACACTACATCGTTTTGGTAACACA
TCGTCGTCGTCGCTATGGTACGAGCTTTGCTACATCGAGTCTAAAGGGAGAATGAGGAGA
GGAGATCGAGTTTGGCAGATTGCGTTTGGGAGTGGTTTCAAGTGTAACTCTGCCGTCTGG
AAATGTAACCGTACGATTAAGACACCTAAGGATGGACCATGGTCCGATTGTATTGACCGT
TACCCTGTCTTTATCCCCGAAGTTGTCAAAATTTGAACCAAAACGTCTTCAAG

QA 2 594 2 594
DS 

RD RR1AM86JQ 770 0 0
GAAGATAAAGAAGGAAAGATTGGCATCAACTTGTCCAAAGATCTTATGGCCATCGCCGGC
GAGGCCCTCAAGGCTAACATCACCACAATTGGTCCTCTCGTCCTACCGGCATCGGAGCAA
CTCCTCTTCCTCTTGTCTTTAATCGGACGTAAAATCTTCAACCTGAAATGGAAACCATAC
ATACCAGATTTTAAGCTAGCCTTCGAACACTTCTGCATCCATGCAGGGGGTAGAGCCGTA
ATCGATGAGCTCCAAAAGAATCTACAGCTATCAGGAGAACACGTGGAAGCCTCGAGAATG
ACACTACATCGTTTTGGTAACACATCGTCGTCGTCGCTATGGTACGAGCTTTGCTACATC
GAGTCTAAAGGGAGGATGAGGAGAGGAGATCGAGTTTGGCAGATTGCGTTTGGGAGTGGT
TTCAAGTGTAACTCTGCTGTCTGGAAATGTAACCGTACGATTAAGACACCTAAGGATGGA
CCATGGTCTGATTGTATCGACCGTTACCCTGTCTTTATCCCCGAAGTTGTCAAACTTTGA
ACCAAAACGTCTTCAAGTACGGTTTTGGTAATGGTATGGATTTTTGTGTACGGTTTAGGT
GTTGGGATTCGGTTTTTAAGGGGATTGGGAAATGGAAGTTAGAAATAAGAAAAAGCAAAT
CATAAATGTTTGTATTTATTTGCTCTGCATATACTTAAATCTCTATTTTCATTTGGGGTA
TTTTTAAGATTCTCGTGCTGTAATTATAAAAGTTCTATCAAATAAGAATA

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 4

CO CL2786Contig1 889 4 22 U
GGAACTTTCGTCTCTAAGAAACAAAAATAAAAATAAAAATGGCTTCGATGGGTGTTGGCT
TACGTGTCACATCTCCCGCCGTTCTCGAAGGAAGCGTGAAGATCAACGGCTCTAGCCGTC
TGAACGTAACCGGAAAAGTAACAGTGGCTCAAAGGTCTGGACTTCTCGTCAGAGCTCAGC
AGAGCGAGGCGGCACCAGAGACTACTCGAAGGTCTGTGATTGGGCTCGTGGCTGCTGGTT
TAGCCGGTGGCTCGTTTGTTCAGGCCGTACTCGCCGATGCTGTCCCGATCAAAATTGGCC
CTCCTCCACCTCCCTCCGGCGGTCTTCCTGGGACAGATAACTCAGACCAAGCGAGAGATC
TGAAACTGGCGTTGAAGGAAAGGTTTTATTTACAGCCATTGCCACCGACGGAAGCTGTGG
CTAGAGCCAAAGAATCTGCCAAGGAGATCGTGAATGTGAAGTCATTGATCGACAAGAAAG
CTTGGCCATATGTTCAGAACGATCTCCGTCTCAGGGCGTCTTACCTCCGTTATGACCTTA
ACACAATCATCTCTTCCAAATCCAAGGATGAGAAGAAGTCTCTCAAGGAGCTCACTGGAA
AGCTCTTTGATACCATCAACAACCTGGACTATGCGGCGAAGAAGAAGAGTACTCCGGATG
CCGAGAAGTACTATTCAGAGACTGTCTCTACTTTGAACGATGTTCTCGCCAAGCTTGGTT
AACCATTTCGAGTCTGCATTTTTCTTTGTAAATTTATTGGGTCTTGATTTTTGTTTCCTG
AGTACTTAATACTCAAATCCCTGAATCTGAATGTGTTTCAAGTTTTTACCCCCAAAACAA
TGGTAATTTCTTGGGTATGCATTGGCCTTGCCTCAACCAAATAAATATT


BQ
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AF RR1AH72TF U 2
AF RR1AW08TF U 1
AF RR1AH72JQ C 92
AF RR1AW08JQ C 45
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GG
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TGTGTTTCAAGTTTTTA
CCCCG

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DS 

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TTTACCCCCAAAACAATGGTAATTTCTTGGGTATGCATTGGCCTTGCCTCAACCAAATAA
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DS 



AS 1 3

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AAGCCTCCCTGACTTGTACCTCACGCCACACGCGTTACACAGCGTCTTCGGTCCCGATGG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW50JQ U 52
AF RR1AV92JQ U 1
AF RR1AW50TF C 222
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BS 78 78 RR1AW50JQ
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BS 148 768 RR1AV92JQ
BS 769 1050 RR1AW50TF

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ACCACAATCATTCCGACCACCACCATCCCCGGGGATAACATGCTTCCTCATCTCCACAAT
CTTCCGGGGAAAGTTGGAATGAAACTCGGGGGAAAAAGGGGGGCTATTAGCAGGGGGATA
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TTCGTTCCCTGACCACAAAATTCTCAAATCGTCCCTCCTCCTACGCTTGCTTCTTGTCTT
AACGGGCGCATTGAACTTA

QA 1 499 1 499
DS 

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TTCACAAATTAAAAAGGTAAAAAAAATAAAAATAAAAATAAAAACTAAATTCCAACTGCA
AAACCCTAGAACAAACTCAAGAACAAGAAAATTATCTCTAACAAGTTTCTAACCACAATC
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AGAGTTGGAATGAAACTCGGGGGAGAAAGTGGGGCTATTAGCAGGGCGATACTCGGGAAC
AAGCCTCCCTGACTTGTACCTCACGCCACACGCGTTACACAGCGTCTTCGGTCCCGATGG
TCCCGCCCTCCACTGCGGCGTCTTATCCGCTCCACAGTGCTGACACTTCCTTCCCATACC
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TGACCACAAAATTCTCAAATCGTCCCTCCTCCTACGCTTGCTTCTTGTCTTAACGGGCGC
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GTTGGAGGTGGTGGTCGTCGTCGTCGTAGTTGTAGTCGTCGTCGTAGTTACAGTAGATAT
GTTCTGACTACTCGTCTCAAGTACTGAGACCGGACTCAACTGTTTTCCTTCAGTCAGTTC
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QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1AW50TF 829 0 0
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CTCCTTGCTCTTCGTTCCCTGACCACAAAATTCTCAAATCGTCCCTCCTCCTACGCTTGC
TTCTTGTCTTAACGGGCGCATTGAACTTAACGCAGCAACTAATCATCGTCGGGGCGCTTC
TGTTACTTGCGCTACTGTTGTTGGAGGTGGTGGTCGTCGTCGTCGTAGTTGTAGTCGTCG
TTGTAGTTACAGTAGATATGTTCTGACTACTCGTCTCAAGTACTGAGACCGGACTCAACT
GTTTTCCTTCAGTCAGTTCTCGCTCCGGCGACGAGACAATGAAATGTTCAGACGGTAATA
CCCCGACGAATGTTTCGATGACAGGGAAAGCATCTTTGTTCGATATCCATTCCAAATCTT
CTTCCTCAACCTCTCCAAGGTCGTCGTCGGGATTTAATAAACCAAAGGACTCCGTTGGTC
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CTGGTGCAGAGAAGTTCAAAAGTTCATCCATGAATGATTCCATTTAAAAATTTTCGCAGT
TTTTTTTTGGTTTAGGAGAGAGAAAATATATTGAGAAGGAGAAACATCC

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 4

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GTCTTCTGCAGTCACTGATGATGAAGGAAAGGAGTCCAACTCGATTAAGCATGGAACTGA
GAGGATAATTCGGACAGTATATGCCCAAAATAAGGTAACACCAAAGAAAAGAGAATCTCT
GGGGAACTCTGATTATGGTACCCAGCGAAAGTCCCATGATGATCACCATGCTATCTCCAC
ATTTAAGAAAGGTTATGCAACTAAATTGCAAGAGTCTGAGGAGCGCAAGCGAGATTTGTT
GGCTGAGATAATGTTGGAGGAGCAGCGTGGTAGGGAGCTTTCTATGAACTTAAAAGAGTT
GCTCACTGAAAATAGCTCTGAAGCTGATGAAAAGCCGTCAAGGATGCGGAAGAGGAGCAA
GGACCGGAGCAGGAGGTTGTCCATGGGTTTGACAGATGAAGCAGAGCAATTCATCGACGA
ATTCATTTCGAACATAGAGGACACGGACTTTTCGTCATTTGAAGATGAGAAGAGCGAAAG
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CACTTGTGCTGCACTGACATGCCTTAACAAGTCACCCCACACGCCAAATGCAAAACCTTT
TGTCTGGGAATCTGATCCAACTCAGGATGCATCGAGTGGGCAAGGGACGAGCAATGGTAC
CATAAGTAGCAGAGGGAGCTGGAGCCCATATGAGTCAGCCACAAAGACTGTGAGTCCCAT
AAGAAGACTAAAGATAGATGTGTCCGAATATCTGAAGCGACCTAACAGTGCGGATATTCT
AAATGAAACGTGGAAGCTAAGGCACAGAATCAGTTCGGGAAGTCTTGTGCTCTCTAGCCG
CTCATTGATCTAAAGATTCGTGACAGCAAGCAATTGTAGGTCTTTTTTACGTTTTTTTTT
ATCGTGCTTTAACCCACAAAGAGACAACATGTCCATGTATAGTATTTTATGGTCTTTGTT
CAGGACTTAGTTGTCCGACTAATTAAGCGTTTTAAAGACGGATAAGGTTTTAATATTTTG
CCTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1FE52TF U 1
AF RR1H212TF U 158
AF RR1H212JQ C 483
AF RR1FE52JQ C 726
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RD RR1FE52TF 698 0 0
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GGCTGAGATAATGTTGGAGGAGCAGCGTGGTAGGGAGCTTTCTATGAACTTAAAAGAGTT
GCTCACTGAAAATAGCTCTGAAGCTGATGAAAAGCCGTCAAGGATGCGGAAGAGGAGCAA
GGACCGGAGCAGGAGGTTGTCCATGGGTTTGACAGATGAAGCAGAGCAATTCATCGACGA
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TAGTTCAAGTTTCGGGTTGATCAAATCACAAAGCTCTCAAAGCACCACTGTTCCAAAGAG
TGTTCCTGTTGAAATGGACG*TGTGATGCTTCCTTGGTTGCAATGGGAAATGCCAGACGA
CACTTGTGCTGCACTGACATGCCTTA
CAGTCACCCACA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1H212TF 584 0 0
G
CACCAAAGAAAAGAGAATCTCTGGGGAACTCTGATTATGGTACCCAGCGAAAGTCCCATG
ATGATCACCATGCTATCTCCACATTTAAGAAAGGTTATGCAACTAAATTGCAAGAGTCTG
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TTTCTATGAACTTAAAAGAGTTGCTCACTGAAAATGGCTCTGAAGCTGATGAAAAGCCGT
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AAGCAGAGCAATTCATCGACGAATTCATTTCGAACATAGAGGACACGGACTTTTCGTCAT
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AAAGCACCACTGTTTCAAAGAGTGTTCCTGTTGAAATGGACGGTGTGATGCTTCCTTGGT
TGCAATGGGAAATGCCAGACGACACTTGTGCTGCACTGACATGCCTTAACAAGTCACCCC
ACACGCCAAATGCAAAACCTTTTGTCTGGGAATCTGATCCAAC

QA 2 584 2 584
DS 

RD RR1H212JQ 618 0 0
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GTTCAAGTTTCGGGTTGATCAAATCACAAAGCTCTCAAAGCACCACTGTTTCAAAGAGTG
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CTTGTGCTGCACTGACATGCCTTAACAAGTCACCCCACACGCCAAATGCAAAACCTTTTG
TCTGGGAATCTGATCCAACTCAGGATGCATCGAGTGGGCAAGGGACGAGCAATGGTACCA
TAAGTAGCAGAGGGAGTTGGAGCCCATATGAGTCAGCCACAAAGACTGTGAGTCCCATAA
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ATGAGACGTGGAAGCTAAGGCACAGAATCAGTTCGGGAAGTCTTGTGCTCTCTAGCCGCT
CATTGATCTAAAGATTCGTGACAGCAAGCAATTGTAGGTCTTTTTTACGTTTTTTTTTAT
CGTGCTTTAACCCACAAAGAGACAACATGTCCATGTATAGTATTTTATGGTCTTTGTTCA
GGACTTAGTTGTCCGAC
C

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1FE52JQ 421 0 0
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GTAGCAGAGGGAGCTGGAGCCCATATGAGTCAGCCACAAAGACTGTGAGTCCCATAAGAA
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TGATTTAAAGATTCGTGACAGCAAGCAATTGTAGGTTTTTTTTACGTTTTTTTTTATCGT
GCTTTAACCCACAAAGAGACAACATGTCCATGTATAGTATTTTATGGTCTTTGTTCAGGA
CTTAGTTGTCCGACTAATTAAGCGTTTTAAAGACGGATAAGGTTTTAATATTTTGCCTGA
C

QA 1 421 1 421
DS 



AS 1 4

CO CL2789Contig1 1230 4 28 U
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GAGATTTGTCATAAAATGATAAACTAAGCATATGCATACATCAAACTAGACCATGTAGTT
TTTATATAGGTTTTTATTGCAATGATAAAAGGAAAAACCAAACTCCTCGGACGTCAAGAG
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TCTAAAACTCAAATCCACCAAACACAAGTTTCTTGATTCCTACATAGTCTGAGCTGATTT
GTGTCAATGCGTTTATCAAAACATCAAAAATCAACGGCTCCGAGGTCCCAATATCTAGCC
ATATGCGAGCAACATTGTCTTGAACCTCAAGATCCCCAATGTTATAAAATGGGGTCGGCT
CGATATTAGCTCCAAGGATAGCATCATAGTTTGGCCTCTTATCCACCGG*CGCTTGCGAT
AATTGCATATTCATGGAGTTGTATCCACCAAGTCGTCCAAGGATATGCCACGAACGGATT
GTATCAGTGATCAAGGCAATATCTTTATCCAGAGGAGCATTGTGAAACTCTAACCACATG
TATGAATTCGAATACTCAAACTTGTTGAATGTGACCTGCATAGAAGTAGCAGAACCAGTC
TTGGTATGAAGAATTTTATTCCTCTTCTTCCTCAACCTCTCTTCCATCTTCTTTTGAGCT
TTCTCAGGGTTATCCAAACAATCTCCGAGAATATCAGCGAACTCAGGATCTTTATCGTAA
TTGATATCCTCCTCCTCCTTCTTCCCTCCGTAACTTATTTCTTTCTCCCTCGACCTGAAC
TCATCTCCTTCTTCAAACTCTTCCACATCTCCTTCTTCTTCTTCCATTCCTTGATCCAGA
CCATTTACTCGCGCTTTTACACTCCTCCTGGACCAATCCGCACGTACCCTTTGGATCTTT
GGTACTTGAATCGTGCGGGTGACACGAAACGGCGCTAAATTGTGGAAGCAAAGACTCGAG
AGGCTGTTGTTATTCCCCGAAGAAGAAGAAGAAGGCTGAAGAATGTGAAGGGAGCATTGA
AACCTTAGCATCCTACTTCCTCTTCACTTGGCTTGTCAGAGCCTTCAAGTAGATTGGGGT
TTTGGTTGGGTTTTTGGAAGAGATGGAGTTTATCAGAGCTGCTTGCTTATTACAGTGTTA
CACAAAGCTGACGTCACCTGTCGTGGATCC


BQ
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AF RR1GF62JQ U 1
AF RR1AF16JQ U 73
AF RR1GF62TF C 611
AF RR1AF16TF C 458
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GAGATTTGTCATAAAATGATAAACTAAGCATATGCATACATCAAACTAGACCATGTAGTT
TTTATATAGGTTTTTATTGCAATGATAAAAGGAGAAACCAGACTCCTCGGACGTCAAGAG
CATACTAAATCTTGTGGACACTGAAACCAGACTCCTCGGACGTCAAATTCTCCTTCCAGT
TCTCAAACTCAGATCCACCAAACACAAGTTTCTTGATTCCTACATAGTCTGAGCTGATTT
GTGTCAATGCGTTTATCAAAACATCAAGAATCAACGGCTCCGAGGTCCCAATATCTAGCC
ATATGCGAGCAACATTGTCTTGAACCTCAAGATCCCCAATGTTATAGAATGTGGTCGGCT
CGATATTAGCTCCAAGGATAGCATCATAGTTTGGCCTCTTATCCACCGG*CGCTTGCGAT
AATTGCATATTCATGGAGTTGTATCCACCAAGTCGTCCAAGGATATGCCACGAACGGATT
GTATCAGTGATCAAGGCAATATCTTTATCCAGAGGAGCATTGTGAAACTCTAACCACATG
TATGAATTCGAATACTCAAACTTGTTGAATGTGACCTGCATAGAAGTAGCA

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AAAATGATAAACTAAGCATATGCATACATCAAACTAGACCATGTAGTTTTTATATAGGTT
TTTATTGCAATGATAAAAGGAAAAACCAAACTCCTCGGACGTCAAGAGCATGCTAAATCT
TGGGGACACTGAAACCAAACTCCTCGGACGTCAAATTCTCCTTCCAGTTCTAAAACTCAA
ATCCACCAAACACAAGTTTCTTGATTCCTACATAGTCTGAGCTGATTTGTGTCAATGCGT
TTATCAAAACATCAAAAATCAACGGCTCCGAGGTCCCAATATCTAGCCATATGCGAGCAA
CATTGTCTTGAACCTCAAGATCCCCAATGTTATAAAATGGGGTCGGCTCGATATTAGCTC
CAAGGATAGCATCATAGTTTGGCCTCTTATCCACCGG*CGCTTGCGATAATTGCATATTC
ATGGAGTTGTATCCACCAAGTCGTCCAAGGATATGCCACGAACGGATTGTATCAGTGATC
AAGGCAATATCTTTATCCAGAGGAGCATTGTGAAACTCTAACCACATGTATGAATTCGAA
TACTCAAACTTGTTGAATGTGACCTGC

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1GF62TF 498 0 0
AATACTCAAACTTGTTGAATGTGACCTGCATAGAAGTAGCAGAACCAGTCTTGGTATGAA
GAATTTTATTCCTCTTCTTCCTCAACCTCTCTTCCATCTTCTTTTGAGCTTTCTCAGGGT
TATCCAAACAATCTCCGAGAATATCAGCGAACTCAGGATCTTTATCGTAATTGATATCCT
CCTCCT***TCTTCCCTCCGTAACTTATTTCTTTCTCCCTCGACCTGAACTCATCTTCTT
CTTCAAACTCTTCCACATCTCCTTCTTCTTCTTCCATTCCTTGATCCAGACCATTTACTC
GCGCTTTTACACTCCTCCTGGACCAATCCGCACGTACCCTTTGGATCTTTGGTACTTGAA
TCGTGCGGGTGACACGAAACGGCGCTAAATTGTGGAAGCAAAGACTCGAGAGGCTGTTGT
TATTCCCCGAAGAAGAAGAAGAAGGCTGAAGAATGTGAAGGGAGCATTGAAACCTTAGCA
TCCTACTTCCTCTTC
CCC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1AF16TF 773 0 0
CTTATCCACCGGGCGCTTGCGATAATTGCATATTCATGGAGTTGTATCCACCAAGTCGTC
CAAGGATATGCCACGAACGGATTGTATCAGTGATCAAGGCAATATCTTTATCCAGAGGAG
CATTGTGAAACTCTAACCACATGTATGAATTCGAATACTCAAACTTGTTGAATGTGACCT
GCATAGAAGTAGCAGAACCAGTCTTGGTATGAAGAATTTTATTCCTCTTCTTCCTCAACC
TCTCTTCCATCTTCTTTTGAGCTTTCTCAGGGTTATCTAAACAATCTCCGAGAATATCAG
CGAACTCAGGATCTTTATCGTAATTGATATCCTCCTCCTCCTTCTTCCCTCCGTAACTTA
TTTCTTTCTCCCTCGACCTGAACTCATCTCCTTCTTCAAACTCTTCCACATCTCCTTCTT
CTTCTTCCATTCCTTGATCCAGACCATTTACTCGCGCTTTTACACTCCTCCTGGACCAAT
CCGCACGTACCCTTTGGATCTTTGGTACTTGAATCGTGCGGGTGACGCGAAACGGCGCTA
AATTGTGGAAGCAAAGATTCGAGAGGCTGTTGTTATTCCCCGAAGAAGAAGAAGAAGGCT
GAAGAATGTGAAGGGAGCATTGAAACCTTAGCATCCTTCTTCCTCTTCACTTGGCTTGTC
AGAGCCTTCAAGTAGATTGGGGTTTTGGTTGGGTTTTTGGAAGAGATGGAGTTTATCAGA
GCTGCTTGCTTATTACAGTGTTACACAAAGCTGACGTCACCTGTCGTGGATCC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 2 4

CO CL2790Contig1 1224 2 4 U
GGATCCACAATTTTCGAGCTGATAATTCTCTATTGGAAAGGCGTGGTGCCCTTATAATCC
GGAGACTGTGTGTACTTTTGGATGCCGAAAGAGTCTATCGAGAGCTCTCAACTATATTAG
AGGGAGAAGATAATCTTGACTTTGCTTCAACCATGGTTCAGGCATTGAATTTGATTTTGC
TTACATCCTCGGAGTTATCAAGACTAAGAAATCTTCTGAGAGGTTCGCTCGTCAATCGTG
AAGGGAAAGAACTTTTTGTTGCCTTGTACGCTTCATGGTGCCACTCACCTATTGCAATTA
TAAGCCTCTGCTTATTATCTCAGGCTTACCAACACGCGATCGTCGTGATTCAATCATTGG
TAGAAGAAGACATGAACGTCAAATTTTTCGTACAGCTTGACAAATTGATCCGTCTTCTCG
AAACTCCAATCTTTACTTACCTTAGATTGCAGCTTCTGGAACCAGGAAGGTACCCATGGT
TGCTGAAAACACTTTATGGTCTTCTAATGTTACTTCCTCAGCAAAGTGCGGCGTTTAGGA
TACTTGAGACGAGGCTCAAAACAGTCCCAACGTACTCTATCAGTGGCGGTGGAGACCAAA
TACGCAGAGCATTTTCAGGAGTTTCTTTCTCTCAGTATATGCATCATCAACAGGACGGTG
ATGCAGAAGACTATAATATTAACAGTTCTCATCAGGGAATCAACTTTGCTGCACGGTTAC
AACAATTTGAGAACGTGCAGAATCAGCATCATGACCAGGCAAGGAATGAAGTGAACTACT
CGTATAGCACTTCCTCTTTTTTTACGTCAGAGGAGGTGAGGACATCTAAAGAACAACAGA
AACCATCACCTTCCTTGGCATCATCATCAGTTCCAGAAAACGATCGACCTCCAGCAAGAT
CCTCAAGAAAAGGTTCTGGTCAATTACAGCTATAAACCTCCTGGTATAGACTCCACGGAT
CCATTGTCTCCTGTAAAGTTTTATATCTCTATCTCTCTCTCTCTCTGTCGGGTGTTTTAT
TTTACGACAGATTCGTCAGGCTACCCATTATTATGGTATTGAATTTGCTTCATTGTTGTT
TTTTCTTAAAAAGGGGAGATTATTTGTTACCCTTTGTGGATGGAAAAAACAAGTCATCAT
GTGGTTTTGTGTTGTTTTTTTTAAAGAAAGTGGAAAACCATATGAAAAGATTATTAATGT
TAGAATGATATGCTCCATTTGATC


BQ
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AF RR1CD61TF U 1
AF RR1CD61JQ C 483
BS 1 696 RR1CD61TF
BS 697 697 RR1CD61JQ
BS 698 719 RR1CD61TF
BS 720 1224 RR1CD61JQ

RD RR1CD61TF 719 0 0
GGATCCACAATTTTCGAGCTGATAATTCTCTATTGGAAAGGCGTGGTGCCCTTATAATCC
GGAGACTGTGTGTACTTTTGGATGCCGAAAGAGTCTATCGAGAGCTCTCAACTATATTAG
AGGGAGAAGATAATCTTGACTTTGCTTCAACCATGGTTCAGGCATTGAATTTGATTTTGC
TTACATCCTCGGAGTTATCAAGACTAAGAAATCTTCTGAGAGGTTCGCTCGTCAATCGTG
AAGGGAAAGAACTTTTTGTTGCCTTGTACGCTTCATGGTGCCACTCACCTATTGCAATTA
TAAGCCTCTGCTTATTATCTCAGGCTTACCAACACGCGATCGTCGTGATTCAATCATTGG
TAGAAGAAGACATGAACGTCAAATTTTTCGTACAGCTTGACAAATTGATCCGTCTTCTCG
AAACTCCAATCTTTACTTACCTTAGATTGCAGCTTCTGGAACCAGGAAGGTACCCATGGT
TGCTGAAAACACTTTATGGTCTTCTAATGTTACTTCCTCAGCAAAGTGCGGCGTTTAGGA
TACTTGAGACGAGGCTCAAAACAGTCCCAACGTACTCTATCAGTGGCGGTGGAGACCAAA
TACGCAGAGCATTTTCAGGAGTTTCTTTCTCTCAGTATATGCATCATCAACAGGACGGTG
ATGCAGAAGACTATAATATTAACAGTTCTCATCAGG*AATCAACTTTGCTGCACGGTTA

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1CD61JQ 742 0 0
CTGA
AAACACTTTATGGTCTTCTAATGTTACTTCCTCAGCAAAGTGCGGCGTTTAGGATACTTG
AGACGAGGCTCAAAACAGTCCCAACGTACTCTATCAGTGGCGGTGGAGACCAAATACGCA
GAGCATTTTCAGGAGTTTCTTTCTCTCAGTATATGCATCATCAACAGGACGGTGATGCAG
AAGACTATAATATTAACAGTTCTCATCAGGGAATCAACTTTGCTGCACGGTTACAACAAT
TTGAGAACGTGCAGAATCAGCATCATGACCAGGCAAGGAATGAAGTGAACTACTCGTATA
GCACTTCCTCTTTTTTTACGTCAGAGGAGGTGAGGACATCTAAAGAACAACAGAAACCAT
CACCTTCCTTGGCATCATCATCAGTTCCAGAAAACGATCGACCTCCAGCAAGATCCTCAA
GAAAAGGTTCTGGTCAATTACAGCTATAAACCTCCTGGTATAGACTCCACGGATCCATTG
TCTCCTGTAAAGTTTTATATCTCTATCTCTCTCTCTCTCTGTCGGGTGTTTTATTTTACG
ACAGATTCGTCAGGCTACCCATTATTATGGTATTGAATTTGCTTCATTGTTGTTTTTTCT
TAAAAAGGGGAGATTATTTGTTACCCTTTGTGGATGGAAAAAACAAGTCATCATGTGGTT
TTGTGTTGTTTTTTTTAAAGAAAGTGGAAAACCATATGAAAAGATTATTAATGTTAGAAT
GATATGCTCCATTTGATC

QA 5 742 5 742
DS 



CO CL2790Contig2 874 2 8 U
TCAGGGTGGTTGCTCGTGAAACTAACGAAGAACTTCGTTCAATCCATGTGGAACCCTCAG
ATGGTTTTGATGTAGGTGCAATTCTCTCTGTAGCAAGGAGGCAGCTATCAAGCGATAATG
AGGCTACTCGAATTGAAGCCTTGAATTGGATATCAACACTTTTGAACAAGCATCGTACTG
AGGTCCTGTGCTTCCTGAATGACATATTTGACACACTGCTAAAAGCACTATCTGATTCTT
CTGATGACGTAGTGCTCTTGGTTCTGGAAGTTCATGCTGGTGTAGCAAAAGATCCGCAGT
ACTTTCGCCATCTCATCGTCTTCTTAGTCCACAATTTTCGAGCTGACAATTCTCTATTAG
AAAGGCGTGGTGCCATTATTGTCCGGAGATTGTGTGTACTTTTGGATGCCGAAAGAGTCT
ATAGAGAGCTCTCAACTATACTCGAGGGAGAAGATAATCTTGACTTTGCTTCAACCATGG
TTCAGGCATTGAATTTGATTTTGCTTACAGCTCCAGAGTTATCAAAACTAAGAGGTCTTC
TAAAAGGTTCACTCGTCAATCGCGAAGGGAAAGACCTTTTCGTTGCCTTGTACGCATCAT
GGTGCCATTCGCCTATGGCCATTATAAGCCTCTGCTTATTAGCTCACGCGTACCAGCACG
CGAGTGTCGTGATTCAATCATTGGTGGAAGAAGACATAAACGTCAAATTTCTAGTACAAC
TTGATAAATTGATCCGGCTTCTCGAAACTCCAATCTTTACTTACCTTAGATTGCAGCTTT
TGGAACCAGGAAGATACACATGGTTGCTGAAACACTTTATGGTCTTCTAATGTTACTTCC
TCAGCAAAGTGCGGCGTTTAGATACTTCGGACAG


BQ
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AF RR1EA72TF U 1
AF RR1GR40TF U 164
BS 1 250 RR1EA72TF
BS 251 251 RR1GR40TF
BS 252 259 RR1EA72TF
BS 260 260 RR1GR40TF
BS 261 358 RR1EA72TF
BS 359 359 RR1GR40TF
BS 360 703 RR1EA72TF
BS 704 874 RR1GR40TF

RD RR1EA72TF 703 0 0
TCAGGGTGGTTGCTCGTGAAACTAACGAAGAACTTCGTTCAATCCATGTGGAACCCTCAG
ATGGTTTTGATGTAGGTGCAATTCTCTCTGTAGCAAGGAGGCAGCTATCAAGCGATAATG
AGGCTACTCGAATTGAAGCCTTGAATTGGATATCAACACTTTTGAACAAGCATCGTACTG
AGGTCCTGTGCTTCCTGAATGACATATTTGACACACTGCTAAAAGCACTATCTGATTCTT
CTGATGACGTGGTGCTCTTTGTTCTGGAAGTTCATGCTGGTGTAGCAAAAGATCCGCAGT
ACTTTCGCCATCTCATCGTCTTCTTAGTCCACAATTTTCGAGCTGACAATTCTCTATTGG
AAAGGCGTGGTGCCATTATTGTCCGGAGATTGTGTGTACTTTTGGATGCCGAAAGAGTCT
ATAGAGAGCTCTCAACTATACTCGAGGGAGAAGATAATCTTGACTTTGCTTCAACCATGG
TTCAGGCATTGAATTTGATTTTGCTTACAGCTCCAGAGTTATCAAAACTAAGAGGTCTTC
TAAAAGGTTCACTCGTCAATCGCGAAGGGAAAGACCTTTTCGTTGCCTTGTACGCATCAT
GGTGCCATTCGCCTATGGCCATTATAAGCCTCTGCTTATTAGCTCACGCGTACCAGCACG
CGAGTGTCGTGATTCAATCATTGGTGGAAGAAGACATAAACGT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1GR40TF 711 0 0
GAACAAGCATCGTACTGAGGTCCTGTGCTTCCTGAATGACATATTTGACACACTGCTAAA
AGCACTATCTGATTCTTCTGATGACGTAGTGCTCTTGGTTCTGGAAGTTCATGCTGGTGT
AGCAAAAGATCCGCAGTACTTTCGCCATCTCATCGTCTTCTTAGTCCACAATTTTCGAGC
TGGCAATTCTCTATTAGAAAGGCGTGGTGCCATTATTGTCCGGAGATTGTGTGTACTTTT
GGATGCCGAAAGAGTCTATAGAGAGCTCTCAACTATACTCGAGGGAGAAGATAATCTTGA
CTTTGCTTCAACCATGGTTCAGGCATTGAATTTGATTTTGCTTACAGCTCCAGAGTTATC
AAAACTAAGAGGTCTTCTAAAAGGTTCACTCGTCAATCGCGAAGGGAAAGACCTTTTCGT
TGCCTTGTACGCATCATGGTGCCATTCGCCTATGGCCATTATAAGCCTCTGCTTATTAGC
TCAGGCGTACCAGCACGCGAGTGTCGTGATTCAATCATTGGTGGAAGAAGACATAAACGT
CAAATTTCTAGTACAACTTGATAAATTGATCCGGCTTCTCGAAACTCCAATCTTTACTTA
CCTTAGATTGCAGCTTTTGGAACCAGGAAGATACACATGGTTGCTGAAACACTTTATGGT
CTTCTAATGTTACTTCCTCAGCAAAGTGCGGCGTTTAGATACTTCGGACAG

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 3

CO CL2791Contig1 981 3 15 U
GGGAAACTCCGCTTGATTCGAACTCAACAGAGGTTAGTGTCGGTTTCTTCTTCATCAGAA
ATGACAGAGTCAAAGGTTGTAGTTCCGGAGTCTGTCCTGAAGAAGAGAAAGAGAGAGGAG
GAGTGGGCTCTGGCGAAGAAGCAGAGCGCTGAAGCAGCCAAGAAGACCAACGCCGCCAAC
AGGAAGCTTATCTACAAAAGGGCCGAGCAGTACGCCAAGGAGTACGCCGAGAAGGAGAAG
GAGTTGATCTCGTTGAAACGTGAGGCTAAGCTCAAAGGAGGTTTCTATGTTGATCCTGAA
GCTAAGCTCTTGTTCATCATCAGTATCCGTGGTATTAACGCCATTGACCCAAAGACTAAG
AAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGATATTTAACGGTGTCTTTCTCAAAGTCAAC
AAGGCTACAATGAACATGCTTCGTCGTGTTGAGCCCTATGTGACCTACGGGTTCCCTAAC
TTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGATACGGAAAGCTCAACTCCCAGAGG
GTTGCTTTGACTGACAACTCTATCGTAGAGCACGCTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGC
ACTGAGGATTTGATCCACGAGATTCTAACAGTTGGACCTCATTTCAAGGAAGCAAACAAC
TTCCTGTGGCCGTTCCAGCTCAAGGCACCACTCGGTGGCCTGAAGAAGAAGAGGAATCAC
TACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGTAACCGTGAGAACTTCATCAATGAGCTTATCAGGAGG
ATGAATTAGATGTCATCTTTGGCAGTCTCAAATCTTATGATCTGTTTGTCTTCACTACTC
CTGGATTTTGATATTTTTGTTGAGTTGAGACATTTTGAGCTTTCTCTTTTATTGTCTTTG
GATCGTATTCGTTCGCTTTCTGTTTTAAGAAATAGTTCTACTTTAAATCTCTTATATATG
ATCAATCTCTCAATCCATACC


BQ
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AF RR1CB39TF U 1
AF RR1G214TF U 142
AF RR1G214JQ C 623
BS 1 342 RR1CB39TF
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RD RR1CB39TF 697 0 0
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AAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGATATTTAACGGTGTCTTTCTCAAAGTCAAC
AAGGCTACAATGAACATGCTTCGTCGTGTTGAGCCCTATGTGACCTACGGGTTCCCTAAC
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GTTGCTTTGACTGACAACTCTATCGTAGAGCACGCTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGC
ACTGAGGATTTGATCCACGAGATTCTAACAGTTGGACCTCATTTCAAG*AATCAAACAAC
TTCCTGTGGCCGTTCCAGCTCAAG*CACCACTCG
TGG

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DS 

RD RR1G214TF 745 0 0
GAGAG
CGCTGAAGCAGCCAAGAAGACCAACGCCGCCAACAGGAAGCTTATCTACAAAAGGGCCGA
GCAGTACGCCAAGGAGTACGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCGTTGAAACGTGAGGC
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ACAGATATTTAACGGTGTCTTTCTCAAAGTCAACAAGGCTACAATGAACATGCTTCGTCG
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CAAGAGAGGATACGGAAAGCTCAACTCCCAGAGGGTTGCTTTGACTGACAACTCTATCGT
AGAGCAGGCTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATCCACGAGATTCT
AACAGTTGGACCTCATTTCAAGGAAGCAAACAACTTCCTGTGGCCGTTCCAGCTCAAGGC
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CCGTGAGAACTTCATCAATGAGCTTATCAG*AGGATGAATTAGATGTCATCTTTGGCAGT
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DS 

RD RR1G214JQ 359 0 0
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AGGCACCACTCGGTGGCCTGAAGAAGAAGAGGAATCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTG
GTAACCGTGAGAACTTCATCAATGAGCTTATCAGGAGGATGAATTAGATGTCATCTTTGG
CAGTCTCAAATCTTATGATCTGTTTGTCTTCACTACTCCTGGATTTTGATATTTTTGTTG
AGTTGAGACATTTTGAGCTTTCTCTTTTATTGTCTTTGGATCGTATTCGTTCGCTTTCTG
TTTTAAGAAATAGTTCTACTTTAAATCTCTTATATATGATCAATCTCTCAATCCATACC

QA 1 359 1 359
DS 



AS 1 4

CO CL2792Contig1 1062 4 7 U
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TCCCCATACATTAGTCTCAAAGCAAGCACACACTCAGTCCTCCTCACAGATTAAGGAGAA
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AATTGCAGGTCTGAAGGTGTCTTCCATAACTCAAAACAGGTGCAGGCTCTCTACCGTGTG
GAATAACAGGTTTCACGGTTTCAAATGCCTCCAC*AAGCAATGCAACTTTCTTCTTCCTC
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CATGGCTTTTGTTTACGGTTATATGGAACCTTTGTGGTTTCTTCAGTTTGGTCTTGAAGC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GD23JQ U 1
AF RR1GD23TF C 74
AF RR1FQ08JQ U 23
AF RR1FQ08TF C 319
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RD RR1GD23JQ 672 0 0
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TCTGATGAAAGTTTGTTAACAGCACGCTGCAGAGCATAATCAAACATCCAGTCCTCTGAG
TTTCTCCTCTCATCTATGTCCTGATGCTTGAGGTCAACCTTTTCAGCATCCGCATCTGGC
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ACAGGCTTCTTGCCTTTGGTGATGGTCCAAGAAATGGCGGCGTCTGACTCTTCTTGGTTG
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TCCTCTTTGTGA

QA 1 672 1 672
DS 

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ATTACAACCAAACATAAAAACCATGAAAGTTTTT*CATAACCATAACTTTGCAACACATC
AGATTTATTAGCTGAGTTTGTAAGAGATTCAGTTGATTACCTTTGTTAATTGCAGGTCTG
AAGGTGTCTTCCATAACTCAAAACAGGTGCAGGCTCTCTACCGTGTGGAATAACAGGTTT
CACGGTTTCAAATGCCTCCAC*AAGCAATGCAACTTTCTTCTTCCTCTCTGATGAAAGTT
TGTTAACAGCACGCTGCAGAGCATAATCAAACATCCAGTCCTCTGAGTTTCTCCTCTCAT
CTATGTCCTGATGCTTGAGGTCAACCTTTTCAGCATCCGCATCTGGCACAAGGGGAAGGT
AATTGGGTTCTCTTGGGTTGAAATCCTTCAACTCCTCTGTCTCTGCCACAGGCTTCTTGC
CTTTGGTGATGGTCCAAGAAATGGCGGCGTCTGACTCTTCTTGGTTGCATGGCTTTTGTT
TACGGTTATATGGAACCTTTGTGGTTTCTTCAGTTTGGTCTTGAAGCTCCTCTTTGTGAT
CTTCATTTAGTGTCTCTTCACCAGCATCAATAACTTCCGAGTTCTCTTGAATCTCTTTCA
CTGATTCATCAAATAGAGTCTCCTCCAAGTCATGATCACCTTCTAAAACCCTCACCATCT
CTTCACTATCAGATTCATCATTGACCTCACTAAAAGTCTCTTTCACCGAGTCATTAACTA
GACTC
C

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1FQ08JQ 893 0 0
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CAAGCACACACTCAGTCCTCCTCACAGATTAAGGAGAATCTTATCATTCATATTACAACC
AAACATAAAAACCATGAAAGTTTTTTCATAACCATAACTTTGCAACACATCAGATTTATT
AGCTGAGTTTGTAAGAGATTCAGTTGATTACCTTTGTTAATTGCAGGTCTGAAGGTGTCT
TCCATAACTCAAAACAGGTGCAGGCTCTCTACCGTGTGGAATAACAGGTTTCACGGTTTC
AAATGCCTCCAC*AAGCAATGCAACTTTCTTCTTCCTCTCTGATGAAAGTTTGTTAACAG
CACGCTGCAGAGCATAATCAAACATCCAGTCCTCTGAGTTTCTCCTCTCATCTATGTCCT
GATGCTTGAGGTCAACCTTTTCAGCATCCGCATCTGGCACAAGGGGAAGGTAATTGGGTT
CTCTTGGGTTGAAGTCCTTCAACTCCTCTGTCTCTGCCACAGGCTTCTTGCCTTTGGTGA
TGGTCCAAGAAATGGCGGCGTCTGACTCTTCTTGGTTGCATGGCTTTTGTTTACGGTTAT
ATGGAACCTTTGTGGTTTCTTCAGTTTGGTCTTGAAGCTCCTCTTTGTGATCTTCATTCA
GTGTCTCTTCACCAGCATCAATAACTTCCGAGTTCTCTTGAATCTCTTTCACTGATTCAT
CAAATAGAGTCTCCTCCAAGTCATGATCACCTTCTAAAACCCTCACCATCTCTTCACTAT
CAGATTCATCATTGACCTCACTAAAAGTCTCTTTCACCGAGTCATTAACTAGACTCTCCT
CCAAATCAGACTGTCCTGAT*CAGCTTCTGAAGTCTTCACCATCTCTGCCTTT

QA 1 893 1 893
DS 

RD RR1FQ08TF 744 0 0
TTTCAAATGCCTCCCCCAAGCAATGCAACTTTCTTCTTCCTCTCTGATGAAAGTTTGTTA
ACAGCACGCTGCAGAGCATAATCAAACATCCAGTCCTCTGAGTTTCTCCTCTCATCTATG
TCCTGATGCTTGAGGTCAACCTTTTCAGCATCCGCATCTGGCACAAGGGGAAGGTAATTG
GGTTCTCTTGGGTTGAAGTCCTTCAACTCCTCTGTCTCTGCCACAGGCTTCTTGCCTTTG
GTGATGGTCCAAGAAATGGCGGCGTCTGACTCTTCTTGGTTGCATGGCTTTTGTTTACGG
TTATATGGAACCTTTGTGGTTTCTTCAGTTTGGTCTTGAAGCTCCTCTTTGTGATCTTCA
TTCAGTGTCTCTTCACCAGCATCAATAACTTCCGAGTTCTCTTGAATCTCTTTCACTGAT
TCATCAAATAGAGTCTCCTCCAAGTCATGATCACCTTCTAAAACCCTCACCATCTCTTCA
CTATCAGATTCATCATTGACCTCACTAAAAGTCTCTTTCACCGAGTCATTAACTAGACTC
TCCTCCAAATCAGACTGTCCTGATTCAGCTTCTGAAGTCTTCACCATCTCTGCCTTTTCA
GAGTAGTAATCATCAGCCTCATAAGTCTCTTGCATCTCTTTCACAGAGTCAGCTACAAAA
GTCTCCTCCATATCAGATTCTGACAGCTTCACCATCTCTGTAGTGTCAGAGTAATCATCA
GAATCGGTTTCAGAACGAGGTGCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 3

CO CL2793Contig1 851 3 9 U
AGGGGTATTTGTTCTTCTATCTCTTCACAGCCTCTCCTCCTCCTCCAAAATTTGGCTGAT
CTCTCTCACAAAATCGCGGATCAACCATGAGCAAAGGTCCAGGAATGTTCTCGGACATCG
GCAAAAAATCCAAAGATCTGTTGACGAGAGACTACACCTCCGATCACAAATTCAGTATCT
CCACTTACAGTGCCTCCGGCGTGGCACTTACGTCTACTGCTCTCAAGAAAGGAGGCGTGC
ATGCTGCTGATGTTTCCACTCAATACAAATACAAGAATGCTGTCTTCGATGTCAAAGTCG
ACACTGATTCCACTATTTTGACAACTGTCACTTTCACTGAGATCCTCCCATCCACCAAAG
CCATCGCCTCCTTCAAAGTCCCTGACAACAGTTCTGGCAAGCTCGAGGTCCAGTACTTCC
ACGACCACGCCACTCTTACCGCTGCTGCAGCTCTGAAGCAGAACCCGTTGATCGACATAA
CAGCCACTCTAGGCACACCAGTCATCTCATTTGGTGCCGAAGCTGGATACGACACCTCCT
CCAAAACATTCACCAAGTACAACGCTGGAATCAGTGTGACCAAACCAGATGCTTCCGCTT
CCATTATATTGGGAGACAAAGGAGACTCAATCAAAGCATCTTACCTTCATCACCTCGACG
AATCCAAGAGAAGTGCTGCAGTTGGTGAGGTTTACAGGAAATTCTCGACTAATGAGAACA
CGATAACTGTTGGTGGGTCATACGCGATTGATCCCTCGACTTCGGTGAAAGCTAAATTCA
ACAGCCGTGGCACCCTCGGTGCTCTTCTGCAGCACGAGGTCTTGCCCAAATCGCTAGTGA
CTGTTTCCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G455TF U 1
AF RR1C834TF U 38
AF RR1C834JQ C 449
BS 1 189 RR1G455TF
BS 190 190 RR1C834TF
BS 191 238 RR1G455TF
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RD RR1G455TF 578 0 0
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CCAAAACATTCACCAAGTACAACGCTGGAATCAGTGTG

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1C834TF 624 0 0
GG
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CCGATCACAAATTCAGTATCTCCACTTACAGTGCCTCCGGCGTGGCACTTACGTCTACTG
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CTGTCTTCGATGTCAAAGTCGACACTGATTCCACTATTTTGACAACTGTCACTTTCACTG
AGATCCTCCCATCCACCAAAGCCATCGTCTCCTTCAAAGTCCCTGACAACAGTTCTGGCA
AGCTCGAGGTCCAGTACTTCCACGACCACGCCACTCTTACCGCTGCTGCAGCTCTGAAGC
AGAACCCGTTGATCGACATAACAGCCACTCTAGGCACACCAGTCATCTCATTTGGTGCCG
AAGCTGGATACGACACCTCCTCCAAAACATTCACCAAGTACAACGCTGGAATCAGTGTGA
CCAAACCAGATGCTTCCGCTTCCATTATATTGGGAGACAAAGGAGACTCAATCAAAGCAT
CTTACCTTCATCACCTCGACGA

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR1C834JQ 403 0 0
AGCTCTGAAGCAGAACCCGTTGATCGACATAACAGCCACTCTAGGCACACCAGTCATCTC
ATTTGGTGCCGAAGCTGGATACGACACCTCCTCCAAAACATTCACCAAGTACAACGCTGG
AATCAGTGTGACCAAACCAGATGCTTCCGCTTCCATTATATTGGGAGACAAAGGAGACTC
AATCAAAGCATCTTACCTTCATCACCTCGACGAATCCAAGAGAAGTGCTGCAGTTGGTGA
GGTTTACAGGAAATTCTCGACTAATGAGAACACGATAACTGTTGGTGGGTCATACGCGAT
TGATCCCTCGACTTCGGTGAAAGCTAAATTCAACAGCCGTGGCACCCTCGGTGCTCTTCT
GCAGCACGAGGTCTTGCCCAAATCGCTAGTGACTGTTTCCAGT

QA 1 403 1 403
DS 



AS 1 4

CO CL2794Contig1 785 4 6 U
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ATATAAAAGGAGAATATAAAAAATGAAATTTCTGCTTTACCTAGTTACGTGCTTTCTCCT
CTTACACGTTTTCGCAACAGCAAAATCTCTCATTCAAGATTCTTGCAAGAAAGCTGCAGC
GAAAAACCGAAAAGTACTCAAACTCGATTTCTGCCTCAAGTCTCTCGAAGGGTGTCGGCA
GTGCCAAACCGCAAAAAATCTCAGCGAACTAGTCTTCGCGTCGATGAAGAACGCTAAGAC
GAAAACGAAGAGAGTGCACGCACAGATGAAGAAGGATTTTGACGCGAAGAAGTATCCCAA
GGACAATGACATGCTGGTAATGGAGTGTCTCAGCGATTATTCAAGCACTGTCCAGATATT
GGGCTTGGCTATGGAGACCTTTAAAGATCGTGATTACAATGACCTTATCAGTCGTATGAC
TCTTGGAATGGAGAGCATGGATGCTTGCGATGAAGGATACAAAGAAAGATCAACGCCTCA
GATATCTCCGTTTATAAAAAGCAACGAGTTTTTAACTAATTTGATTCAGATTCCTGTAGC
TTTTACAAAGATGTTGAAAAGAGAATAATTTATTAAGACATGGATTAAAGATTATCCTAT
GTGGTATGGTAAGTTAAGAGTAACTGGGTTGCTCAATAATGTACGTAGCCTCTAGGCCTT
CTTTAACTGGATCTTTTATGGAAATTAAATACCAATGCTGATTATGTAACATCCCGAGTT
GTGAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 

AF RR1DM86TF U 1
AF RR1DM86JQ C 1
AF RR1BM87JQ C 174
AF RR1BM87TF U 174
BS 1 267 RR1DM86TF
BS 268 268 RR1BM87TF
BS 269 527 RR1DM86TF
BS 528 746 RR1BM87TF
BS 747 747 RR1BM87JQ
BS 748 785 RR1BM87TF

RD RR1DM86TF 527 0 0
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GGGCTTGGCTATGGAGACCTTTAAAGATCGTGATTACAATGACCTTATCAGTCGTATGAC
TCTTGGAATGGAGAGCATGGATGCTTGCGATGAAGGATACAAAGAAA

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1DM86JQ 646 0 0
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CTTACACGTTTTCGCAACAGCAAAATCTCTCATTCAAGATTCTTGCAAGAAAGCTGCAGC
GAAAAACCGAAAAGTACTCAAACTCGATTTCTGCCTCAAGTCTCTCGAAGGGTGTCGGCA
GTGCCAAACCGCAAAAAATCTCAGCGAGCTAGTCTTCGCGTCGATGAAGAACGCTAAGAC
GAAAACGAAGAGAGTGCACGCACAGATGAAGAAGGATTTTGACGCGAAGAAGTATCCCAA
GGACAATGACATGCTGGTAATGGAGTGTTTCAGCGATTATTCAAGCACTGTCCAGATATT
GGGCTTGGCTATGGAGACCTTTAAAGATCGTGATTACAATGACCTTATCAGTCGTATGAC
TCTTGGAATGGAGAGCATGGATGCTTGCGATGAAGGATACAAAGAAAGATCAACTCCTCA
GATATCTCCGTTTATAAAAAGCAACGAGTTTTTAACTAATTTGATTCAGATTCCTGTAGC
TTTTACAAAGATGTTGAAAAGAGAATAATTAATTAAGACATGGATT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1BM87JQ 610 0 0
GG
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GAGTTGTG

QA 3 610 3 610
DS 

RD RR1BM87TF 612 0 0
GG
GCAGCGAAAAACCGAAAAGTACTCAAACTCGATTTCTGCCTCAAGTCTCTCGAAGGGTGT
CGGCAGTGCCAAACCGCAAAAAATCTCAGCGAACTAGTCTTCGCGTCGATGAAGAACGCT
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CCCAAGGACAATGACATGCTGGTAATGGAGTGTCTCAGCGATTATTCAAGCACTGTTCAG
ATATTGGGCTTGGCTATGGAGACCTTTAAAGATCGTGATTACAATGACCTTATCAGTCGT
ATGACTCTTGGGATGGAGAGCATGGATGCTTGCGATGAAGGATACAAAGAAAGATCAACG
CCTCAGATATCTCCGTTTATAAAAAGCAACGAGTTTTTAACTAATTTGATTCAGATTCCT
GTAGCTTTTACAAAGATGTTGAAAAGAGAATAATTTATTAAGACATGGATTAAAGATTAT
CCTATGTGGTATGGTAAGTTAAGAGTAACTGGGTTGCTCAATAATGTACGTAGCCTCTAG
GCCTTCTTTAACTGGATCTTTTATGGAAATTGAATACCAATGCTGATTATGTAACATCCC
GAGTTGTGAT

QA 3 612 3 612
DS 



AS 1 4

CO CL2795Contig1 868 4 16 U
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AGTCTCCGGCATTTTATTCGATACATATATGTTTGTTACAATAGGCCAAAGCTTATTGAG
GAAACATAGGTATGTGAAAAGGCTAAGGAGTGAAGTTGGAAGCAGATAATATCTTCACTC
AACTTGTGAGAAACCTCCACCAGTCTCAGCTTTTGTCTTGTGATCTGAAGGATTCGGTCT
TATCTCATATACAATCGTTGCAACAACATCCCTTTTCAACTGGGTTGCTTCACCTTTAAA
ACCGATGTAGCGTATTTGGGATGTGTCACCACCAAAACTCTCAGGGAAATGCAATGTGAT
GTTCCCAACACTCTGGAATTTCGAATACCTGGTCTGGTATTCTAACACACCTTGCAAATT
TTCAGCTAACTCCCATTCCTGAACGGCTTGCATGCCCTCAGCGTCAGAGAAGTCAATCCC
TTCACGATTGATGAACACTCTCAACTTAGAAGGACTTGTTACATCAGGACCACCAACAAT
TGATATGCTCTTGATCTTGACGTCTGATGTAAATGGTACAAAGACAAGCAATTCAGGGTC
TCCTTCGTTGCTCTCCAAATGCTCCCCAGAAGAGTGTAAACGCTGTTCCCATGCTTTGAA
GACCGATTTAGCACTTCCAGAGACAGACTCGTTTAGAGCAGACACCTTGGGGAGATCGAT
GTGCTTGTAGAGTGACCAATCGGAGGAACACTCGTGATCCTCGCAATTGTGATCATGCGT
ACACGACATTTTTTCTTTTTTGTTTTTTCCAAATCAGAAATTGGGGGCCAAGAAGAACAC
CAGAGCAGAGCTGGGAGTGCGTGCGATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 10 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BH31JQ U 1
AF RR1BH31TF C 1
AF RR1B302JQ U 58
AF RR1B302TF C 96
BS 1 330 RR1BH31JQ
BS 331 331 RR1B302JQ
BS 332 408 RR1BH31JQ
BS 409 409 RR1B302JQ
BS 410 468 RR1BH31JQ
BS 469 469 RR1B302JQ
BS 470 507 RR1BH31JQ
BS 508 508 RR1B302JQ
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BS 514 514 RR1B302JQ
BS 515 594 RR1BH31JQ
BS 595 595 RR1B302JQ
BS 596 744 RR1BH31JQ
BS 745 745 RR1B302JQ
BS 746 788 RR1BH31JQ
BS 789 868 RR1B302JQ

RD RR1BH31JQ 788 0 0
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TATCTCATATACAATCGTTGCAACAACATCCCTTTTCAACTGGGTTGCTTCACCTTTAAA
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GTGCTTGTAGAGTGACCAATCGGATGAACACTCGTGATCCTCGCAATTGTGATCATGCGT
ACACGACA

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1BH31TF 840 0 0
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AACTTGTGAGAAACCTCCACCAGTCTCAGCTTTTGTCTTGTGATCTGAAGGATTCGGTCT
TATCTCATATACAATCGTTGCAACAACATCCCTTTTCAACTGGGTTGCTTCACCTTTAAA
ACCGATGTAGCGTATTTGGGATGTGTCACCTCCAAAACTCTCAGGGAAATGCAATGTGAT
GTTCCCAACACTCTGGAATTTCGAATACCTGGTCTGGTATTCTAACACTCCTTGCAAATT
TTCAGCTAACTCCCATTCCTGAACGGCTTGCATGCCCTCAGCGTCAGAGAAGTCAATCCC
TTCACGATTGATGAACACTCTCAACTTGGAAGGGCTTGTTACATCAGGACCACCAACAAT
TGATATGCTCTTGATCTTGACGTCTGATGTAAATGGTACAAAGACAAGCAATTCGGGGTC
TCCTTCGTTGCTCTCCAAATGCTCCCCAGAAGAGTGTAAACGCTGTTCCCATGCTTTGAA
GACCGATTTAGCACTTCCAGAGACAGACTCGTTTAGAGCAGACACCTTGGGGAGATCGAT
GTGCTTGTAGAGTGACCAATCGGATGAACACTCGTGATCCTCGCAATTGTGATCATGCGT
ACACGACATTTTTT**TCTTTTTTTTTTCCAAATCAGAAATCGGGGGCCAAGAAGA
GCCC

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1B302JQ 811 0 0
G
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AGGAAACATAGGTATGTGAAGAGGCTAAGGAGTGAAGTTGGAAGCAGATAATATCTTCAC
TCAACTTGTGAGAAACCTCCACCAGTCTCAGCTTTTGTCTTGTGATCTGAAGGATTCGGT
CTTATCTCATATACAATCGTTGCAACAACATCCCTTTTCAACTGGGTTGCTTCACCTTTA
AAACCGATGTAGCGTATTTGGGTTGTGTCACCACCAAAACTCTCAGGGAAATGCAATGTG
ATGTTGCCAACACTTTGGAATTTCGAATACCTGGTCTGGTATTCTAATTCACCTTGCAAA
TTTTCAGCTAACTCCCATTCCTGAACGGCTTGCATGCCCTCAGCGTCAGAGAAGTCAATC
CCTTCACGATTGATGAACACTCTCAACTTAGAAGGACTTGTTCCATCAGGACCACCAACA
ATTGATATGCTCTTGATCTTGACGTCTGATGTGAATGGTACAAAGACAAGCAATTCAGGG
TCTCCTTCGTTGCTCTCCAAATGCTCCCCAGAAGAGTGTAAACGCTGTTCCCATGCTTTG
AAGACCGATTTAGCACTTCCAGAGACAGACTCGTTTAGAGCAGACACCTTGGGGAGATCG
ATGTGCTTGTAGAGTGACCAATCGGAGGAACACTCGTGATCCTCGCAGTTGTGATCATGC
GTACACGACATTTTTTCTTTTTTGTTTTTTCCAAATCAGAAATTGGGGGCCAAGAAGAAC
ACCAGAGCAGAGCTGGGAGTGCGTGCGATG

QA 2 811 2 811
DS 

RD RR1B302TF 773 0 0
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TTGGAAGCAGATAATATCTTCACTCAACTTGTGAGAAACCTCCACCAGTCTCAGCTTTTG
TCTTGTGATCTGAAGGATTCGGTCTTATCTCATATACAATCGTTGCAACAACATCCCTTT
TCAACTGGGTTGCTTCACCTTTAAAACCGATGTAGCGTATTTGGGTTGTGTCACCACCAA
AACTCTCAGGGAAATGCAATGTGATGTTGCCAACACTTTGGAATTTCGAATACCTGGTCT
GGTATTCTAATTCACCTTGCAAATTTTCAGCTAACTCCCATTCCTGAACGGCTTGCATGC
CCTCAGCGTCAGAGAAGTCAATCCCTTCACGATTGATGAACACTCTCAACTTAGAAGGAC
TTGTTCCATCAGGACCACCAACAATTGATATGCTCTTGATCTTGACGTCTGATGTGAATG
GTACAAAGACAAGCAATTCAGGGTCTCCTTCGTTGCTCTCCAAATGCTCCCCAGAAGAGT
GTAAACGCTGTTCCCATGCTTTGAAGACCGATTTAGCACTTCCAGAGACAGACTCGTTTA
GAGCAGACACCTTGGGGAGATCGATGTGCTTGTAGAGTGACCAATCGGAGGAACACTCGT
GATCCTCGCAGTTGTGATCATGCGTACACGACATTTTTTCTTTTTTGTTTTT*CCAAATC
AGAAATTGGGGGCCAAGAAGAACACCAGAGCAGAGCTGGGAGTGCGTGCGATG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL2796Contig1 658 2 4 U
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TGCATGGACTTTAGTCGAAGGACGGTCAGTGATGAAGTTTCCGGTGTTCTGTCCTTCAGC
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AGGATCCACGCTGGTAGTAGCGGTGGTGAGTGCGGTGGCAGTCACAGGTGCAGGTGCTTG
TGCAGGTGCAGGTGCAGGTGCAGGTGCAGCAGTAGCGTTGTTAGGGTCAGTAGAAGGGGC
TGGAGCGGGCTTAGGAGGAGGTGCATCACCACCACCACCAAAGAGATAATTGAGTGAGCT
CTGACCTCCACCACAGCTGTTTCCACGACCCATAATAGATACACACTTCTGAAACCCAAA
ATCCAGTCACTGAACACATAAGAGATTGATAAATCAGGCAGAATCTCACAAAACTGTGAA
TGTGATAGTGAATTCAATAGATTCAATGCATGATGGTTTGTTAATATTCACAATCAGAGA
CTAGACCATACTATGATTCCTCCTCTCCTAGACGGTATAATCCAAAATCAGAGATGCTAA
ATTTCAAAATCCAGGAGGCAAAAAACAATTCATGATTCACGAAAATCTTGACGAGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C866TF C 1
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A

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DS 

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ATACTATGATTCCTCCTCTCCTAGACGGTATAATCCAAAATCAGAGATGCTAAATTTCAA
AATCCAGGAGGCAAAAA*CAATTCATGATTCACGAAAATCTTGACGAGAAT

QA 1 471 1 471
DS 



AS 1 4

CO CL2797Contig1 1301 4 17 U
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TGGGAGGTTCTTGATGAAAGATTCGGAAGTTGGAGGGAAACGGAGATTGGTGATCCCAGC
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GCCAACGATGTGCAGCTCTCTGTTTTCCACATCGAAGTTGATCTCTAGAGTGTGAGAGTT
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GATGTTAGCTTCTGCGAAACCGCTTCGTATCTCCCTTTCACCACCACCACCACCATCAAC
TTCTTCCCAATCAAATTCATCAGCACGATCTTCTACTTGGAGTGAATGTATAGTCACACT
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ATCCTCAGGATCATCATCAGAACCCGATTCGACCGAAATTAACCGGATCTCACTGATATC
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ATCTATATTCTCAACAAAACAGCTTCCAGATTCCGATTCTAATTCCATAACAACCACACC
ACGCGATTCAGTAACCTCGTTATCGTGAGGAGGAGTTACCTGAGGCTGCTCAACACGCTG
GTGCGACGGATCCATAACGAAGGTTACGTCTGTAGAGAAACTATGGATAAATCGGAGATC
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BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G222JQ U 1
AF RR1A449JQ U 2
AF RR1A449TF C 536
AF RR1G222TF C 770
BS 1 654 RR1G222JQ
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BS 1285 1301 RR1A449TF

RD RR1G222JQ 853 0 0
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ATTTACCATACAGCATCACTATCTCCTTATATGTCTCTTCCTTCGCTCATAGTCTACATC
ATCTGTAGGCAACTCATAACGACAAACAGGACACGTGTTCCTCGTTTCGAGCCACGGTAC
AATGCATTCTCCATGGTACTTATGGTTACAAGGCAACAGAAGAACAGCTTTGCTCCCGAT
GCTCATCTCATCTTTACAAACCGCACAGTCACCATTCTCAACATCCAGCTGAACAACCAC
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GCCAACGATGTGCAGCTCTCTGTTTTCCACATCGAAGTTGATCTCTAGAGTGTGGGAGTT
CATCAAAACTTGCCACTCAAGATTCCCAGAGTCATCATCTCTAGCTAAATTTTCTAGAGA
GATGTTAGCTTCTGCGAAACCGCTTCGTATCTCCCTTTCACCACCACCACCACCATCAAC
TTCTTCCCAATCAA*TTCATCAGCACGATCTTCTACTTGGAGTGAATGTATAGTCACACT
AACATCATCATCG

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR1A449JQ 961 0 0
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TATGTTCCTCTACATAAAGCTAGCCTCCTCAAGCCTACACCATCACATGGATCACACAAC
GAGGCTAATACAAAGATAAATTAAGAAACAGCTTGACTCAATCCAAAAATACGAATATAC
ACACATGCTTCAATATTCAAAAGACAAAAACCATATACATAGAGGATGTTAACCAACCCA
TTTACCATACAGCATCACTATCTCCTTATATGTCTCTTCCTTCGCTCATAGTCTACATCA
TCTGTAGGCAACTCATAACGACAAACAGGACACGTGTTCCTCGTTTCGAGCCACGGTACA
ATGCATTCTCCATGGTACTTATGGTTACAAGGCAACAGAAGAACAGCTTTGCTCCCGATG
CTCATCTCATCTTTACAAACCGCACAGTCACCATTCTCAACATCCAGCTGAACAACCACT
GGGAGGTTCTTGATGAAAGATTCGGAAGTTGGAGGGAAACGGAGATTGGTGATCCCAGCT
TGAGCAAACTGTTCAAACAAGAGATCATACTCAGCCGTGTGAATGTAATCTTCATGATCG
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ATCAAAATTTGCCACTCAAGATTCCCAGAGTCATCATCTCTAGCTAAATTTTCTAGAGAG
ATGTTAGCTTCTGCGAAACCGCTTCGTATCTCCCTTTCACCACCACCACCACCATCAACT
TCTTCCCAATCAAATTCATCAGCACGATCTTCTACTTGGAGTGAATGTATAGTCACACTA
ACATCATCATCGTCATATACATGGTCTTCATTCAAATCGATTCCCCATATCTCCCTCTCA
TCCTCAG*ATCATCATCAGA*CCCGATTCGACCGAAATTAACCGGATCTCACTGATATCG
C

QA 1 961 1 961
DS 

RD RR1A449TF 766 0 0
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TGATCGCCAACGATGTGCAGCTCTCTGTTTTCCACATCGAAGTTGATCTCTAGAGTGTGA
GAGTTCATCAAAATTTGCCACTCAAGATTCCCAGAGTCATCATCTCTAGCTAAATTTTCT
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TCAACTTCTTCCCAATCAAATTCATCAGCACGATCTTCTACTTGGAGTGAATGTATAGTC
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CTCTCATCCTCAGGATCATCATCAGAACCCGATTCGACCGAAATTAACCGGATCTCACTG
ATATCGCGAAATCGAATCCCTGAATCGTCCTCGTCATCATCGAGTTCATCAAAATCACTA
TCATGATCTATATTCTCAACAAAACAGCTTCCAGATTCCGATTCTAATTCCATAACAACC
ACACCACGCGATTCAGTAGCCTCGTTATCGTGAGGAGGAGTTACCTGAGGCTGCTCAACA
CGCTGGTGCGACGGATCCATAACGAAGGTTACGTCTGTAGAGAAACTATGGATAAATCGG
AGATCAAGTTCGTCGGCGTGAAACAACGGCGGAGAGAGAGAAAGAGTGATCGGTGAAGGA
GAAGTTACGAGGAATCTATTTTTTTTTT*CTTCTTGTCACGAACCC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1G222TF 532 0 0
CCACCATCAACTTCTTCCCAATCAAATTCATCAGCACGATCTTCTACTTGGAGTGAATGT
ATAGTCACACTAACATCATCATCGTCATATACATGGTCTTCATTCAAATCGATTCCCCAT
ATCTCCCTCTCATCCTCAGGATCATCATCAGAACCCGATTCGACCGAAATTAACCGGATC
TCACTGATATCGCGAAATCGAATCCCTGAATCGTCCTCGTCATCATCGAGTTCATCAAAA
TCACTATCATGATCTATATTCTCAACAAAACAGCTTCCAGATTCCGATTCTAATTCCATA
ACAACCACACCACGCGATTCAGTAACCTCGTTATCGTGAGGAGGAGTTACCTGAGGCTGC
TCAACACGCTGGTGCGACGGATCCATAACGAAGGTTACGTCTGTAGAGAAACTATGGATA
AATCGGAGATCAAGTTCGTCGGCGTGAAACAACGGCGGAGAGAGAGAAAGAGTGATCGGT
GAAGGAGAAGTTACGAGGAATCTATTTTTTTTTTTCTTCTTGTCACGAACCC

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 4

CO CL2798Contig1 689 4 8 U
GCGACAAGCTAAAGCCTTTCTATAAGTCAGACCCCATCCCTGAAAAGAATGATGGAGATG
TGAAAATCGTGGTTGGAGATAACTTTGATGAAATTGTCCTTGACGAGTCTAAGGATGTTC
TTCTCGAGATATATGCACCATGGTGTGGGCATTGCCAAAGCGCTTGAGCCAAATGTATAA
CAAAGCTTGCCAAACATTTAAGAAGCATTGATTCTATTGTCATAGCCAAGATGGATGGAA
CAACCAATGAACACCCCATGGCAAAGGCGGAAGGATTCCCTACAATTGTTCTTCCCTGCA
GGAAACAAGACCTCTGAACCGATAACGGTAGATACAGACCGCACTGTGGTTGCATTCTAC
AAGTTTATGAGGAAACACGCAACGATTCCATTCAAACTGGAGAAACCTGCATCAACTGAA
TCTCCTAAAGCTGCCGAGTCCACACCAAAAGTAGAAACTACTGAGACCACCACAAAGATT
ACAGCGAGTGATTCCAAGGACGAATTGTGATCCTAAAGCCAAAGCAAAAGGGTATGAGTT
ATAGAAATGCATCTCCTTAAGTTATATTGTATGATCAAGTTATATTTAGTTCGAGTTAAA
GACAATTTCAACACTTGAATCTGGTTTCAAAGGCCAGCTTGTAGAACTGTCACACACTGA
AGTATGGTAATAGAACCAACTTAATAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB78JQ C 125
AF RR1CB78TF U 1
AF RR1DD31JQ C 317
AF RR1B744TF U 514
BS 1 158 RR1CB78TF
BS 159 159 RR1CB78JQ
BS 160 172 RR1CB78TF
BS 173 173 RR1CB78JQ
BS 174 183 RR1CB78TF
BS 184 184 RR1CB78JQ
BS 185 628 RR1CB78TF
BS 629 689 RR1B744TF

RD RR1CB78JQ 117 0 0
CGAGATATATGCACCATGGTGTGGGCATTGCCAAAGCGCTTGAGCCAAATGTATAACAAA
GCTTGCCAAACATTTAAGAAGCATTGATTTTATTGTCATAGCCAAGATGGATGGAA
A

QA 1 116 1 116
DS 

RD RR1CB78TF 628 0 0
GCGACAAGCTAAAGCCTTTCTATAAGTCAGACCCCATCCCTGAAAAGAATGATGGAGATG
TGAAAATCGTGGTTGGAGATAACTTTGATGAAATTGTCCTTGACGAGTCTAAGGATGTTC
TTCTCGAGATATATGCACCATGGTGTGGGCATTGCCAA*GCGCTTGAGCCAA*TGTATAA
CAA*GCTTGCCAAACATTTAAGAAGCATTGATTCTATTGTCATAGCCAAGATGGATGGAA
CAACCAATGAACACCCCATGGCAAAGGCGGAAGGATTCCCTACAATTGTTCTTCCCTGCA
GGAAACAAGACCTCTGAACCGATAACGGTAGATACAGACCGCACTGTGGTTGCATTCTAC
AAGTTTATGAGGAAACACGCAACGATTCCATTCAAACTGGAGAAACCTGCATCAACTGAA
TCTCCTAAAGCTGCCGAGTCCACACCAAAAGTAGAAACTACTGAGACCACCACAAAGATT
ACAGCGAGTGATTCCAAGGACGAATTGTGATCCTAAAGCCAAAGCAAAAGGGTATGAGTT
ATAGAAATGCATCTCCTTAAGTTATATTGTATGATCAAGTTATATTTAGTTCGAGTTAAA
GACAATTTCAACACTTGAATCTGGTTTC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1DD31JQ 366 0 0
AACCGATAACGGTAGATACAGACCGCACTGTGGTTGCATTCTACAAGTTTATGAGGAAAC
ACGCAACGATTCCATTCAAACTGGAGAAACCTGCATCAACTGAATTTCCTAAAGCTGCTG
AGTCCATACCAAAAGTAGAAACTACTGAGACCACCACAAAGATTACAGCGAGTGATTCCA
AGGACGAATTGTGATCCTAAAGCCAAAGCAAAAGGGTATGAGTTATAGAAATGCATCTCC
TTAAGTTATATTGTATGATCAAGTTATATTTAGTTCGAGTTAAAGACAATTTCAACACTT
GAATCTGGTTTCAAAGGCCAGCTTGTAGAACTGTCACACACTGAAGTATGGTAATAGAAC
CAACTT

QA 1 366 1 366
DS 

RD RR1B744TF 176 0 0
TAAAGCCAAAGCAAAAGGGTATGAGTTATAGAAATGCATCTCCTTAAGTTATATTGTATG
ATCAAGTTATATTTAGTTCGAGTTAAAGACAATTTCAACACTTGAACCTGGTTTCAAAGG
CCAGCTTGTAGAACTGTCACACACTGAAGTATGGTAATAGAACCAACTTAATAAAC

QA 1 176 1 176
DS 



AS 1 3

CO CL2799Contig1 711 3 13 U
AACATGTTTATTCAAACGCAGATTCAGAGAATAATAGTTTGTTTGCAAACATGGTGGGAT
TCTTAAGGAAAAAAAAACAAATATTCAGATAACACGGTTCTTAAAACTTTTGATGATGAT
TCAAGAAGAAGCCTGTCCCAACAGAGTTTGAATGTCTTTCTCGAATTGAAGAGGAGAGGT
TCTGGGAGAGTATCTCTGGGAGACTTTGCCGTCAGGAGAAACCAAGAACTTTGTGAAGTT
CCATTTGATTGCATCAATAAGCAAACCTCCTTTCTCTGCTTTCAAGTACTTGTATAACGG
CGCCGTGTTCTTCCCGTTCACATCCACCTTGTCAAAGATAGGGAACTCAGCTTTGAACCT
TGTGCAGACAGTTTGCTGAATCTCTTCATTGTTTCCCGGTTCTTGTCCCAAGAACTGATT
GCATGGGAACGCTAATATCTCCAACCCTTGTTCCTTGTATTTATCATACAGAACATTGAG
TTCCTTGTAGTTCGCATCCGTCAAGCCACATTTGGAGGCAACATTTACAATCAAAAGAGT
TTTGCCCTTGAATTGGCTCAAACTCACATCCTTACCTTCAATATCCTTGACGGTGAAGTC
GTAGATAGACTTTGGAGATTCTTCCGCCATTTTTCGTCTCTCTTTGTGTTTTAGTTTTGA
AGAATGAGAAGAAATATAAATATTATCAACATATGGAGATATGTGCAAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA71JQ U 23
AF RR1G357JQ U 8
AF RR1DA71TF C 1
BS 1 13 RR1DA71TF
BS 14 22 RR1G357JQ
BS 23 461 RR1DA71JQ
BS 462 465 RR1G357JQ
BS 466 466 RR1DA71TF
BS 467 522 RR1G357JQ
BS 523 523 RR1DA71TF
BS 524 546 RR1G357JQ
BS 547 547 RR1DA71TF
BS 548 634 RR1G357JQ
BS 635 635 RR1DA71TF
BS 636 640 RR1G357JQ
BS 641 711 RR1DA71TF

RD RR1DA71JQ 439 0 0
TTCAGAGAATAATAGTTTGTTTGCAAACATGGTGGGATTCTTAAGGAAAAAAAAACAAAT
ATTCAGATAACACGGTTCTTAAAACTTTTGATGATGATTCAAGAAGAAGCCTGTCCCAAC
AGAGTTTGAATGTCTTTCTCGAATTGAAGAGGAGAGGTTCTGGGAGAGTATCTCTGGGAG
ACTTTGCCGTCAGGAGAAACCAAGAACTTTGTGAAGTTCCATTTGATTGCATCAATAAGC
AAACCTCCTTTCTCTGCTTTCAAGTACTTGTATAACGGCGCCGTGTTCTTCCCGTTCACA
TCCACCTTGTCAAAGATAGGGAACTCAGCTTTGAACCTTGTGCAGACAGTTTGCTGAATC
TCTTCATTGTTTCCCGGTTCTTGTCCCAAGAACTGATTGCATGGGAACGCTAATATCTCC
AACCCTTGTTCCTTGTATT

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR1G357JQ 634 0 0
CATTCA
AAACGCAGATTCAGAGAATAATAGTTTGTTTGCAAACATTGTGGGATTCTTAAGGAAAAA
AA**CAAATATTCAGATAAAACGGTTCTTAAAACTTTTGATGATGATTCAAGAAGAAGCC
TGTCCCAACAGAGTTTGAATGTCTTTCTCGAATTGAAGAGGAGAGGTTCTGGGAGAGTAT
CTCTGGGAGACTTGGCCGTCAGGAGAAACCAAGAACTTTGTGAAGTTCCATTTGATTGCA
TCAATAAGCAAGCCTCCTTTCTCTGCTTTCAAGTATTTGTATAACGGCGCCGTGTTCTTC
CCGTTCACATCCACCTTGTCAAAGATAGGGAACTCAGCTTTGAACCTTGTGCAGATAGTT
TGCTGAATCTCTTCATTGTTTCCCGGTTCTTGTCCCAGGAACTGATTGCATGGGAACGCT
AATATCTCCAACCCTTGTTCCTTGTATTTATCGTACAGAACATTGAGTTCCTTGTAGTTC
GCATCCGTCAAGCCACATTTGGAGGCAACGTTTACAATCAAAAGAGTTTTGCCTTTGAAT
TGGCTCAAACTCACATCCTTACCTTCAATATCCTTGACGGTGAAGTCGTAGATAGACTTT
GGAGATTCTTCCGCCATTTTTGGTCTC
C

QA 7 633 7 633
DS 

RD RR1DA71TF 711 0 0
AACATGTTTATTCAAACGCAGATTCAGAGAATAATAGTTTGTT*GCAAACATGGTGGGAT
**CTAAGGAAAAAAAAACAAATATTCAGATAACACGGT*CTTAAAACTTTTGATGATGAT
TCAAGAAGAAGCCTGTCCCAACAGAGTTTGAATGTCTTTCTCGAATTGAAGAGGAGAGGT
TCTGGGAGAGTATCTCTGGGAGACTTTGCCGTCAGGAGAAACCAAGAACTTTGTGAAGTT
CCATTTGATTGCATCAATAAGCAAACCTCCTTTCTCTGCTTTCAAGTACTTGTATAACGG
CGCCGTGTTCTTCCCGTTCACATCCACCTTGTCAAAGATAGGGAACTCAGCTTTGAACCT
TGTGCAGACAGTTTGCTGAATCTCTTCATTGTTTCCCGGTTCTTGTCCCAAGAACTGATT
GCATGGGAACGCTAATATCTCCAACCCTTGTTCCTTGTATTTATCATACAGAACATTGAG
TTCCTTGTAGTTCGCATCCGTCGAGCCACATTTGGAGGCAACATTTACAATCAGAAGAGT
TTTGCCCTTGAATTGGCTCAAACTCACATCCTTACCTTCAATATCCTTGACGGTGAAGTC
GTAGATAGACTTTGGAGATTCTTCCGCCATTTTTCGTCTCTCTTTGTGTTTTAGTTTTGA
AGAATGAGAAGAAATATAAATATTATCAACATATGGAGATATGTGCAAGAA

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 4

CO CL2800Contig1 1226 4 7 U
GGAAGCTCCGGCGGAGAGTCTCCGAGAGAGAGAGCGCGAGCTTCTGGCCGATCGTTAATT
TCGAGGTGGAGACCATGTTGTGCGGAGGCTCACGTGCCTTGCAGCATTTATCCGATTACC
ATCATCACCATTCATCGATCGGATTAGGATTAGGATTAGGTTTTTGCGGTGCTAAGATCG
TTCAGCTCTCTTCGTTCTTCCTCAGGCCTTCTCAAGCCATAGCGAGAGGTCATCTCAGCC
ATAGATTGCGTCACCGGATGATTTATTCATCTCGGTTTCACTACAAGACTTCCACCGAAA
CGCCTATCCTTCACAACTGTTTCAGCCAGCGAGAAGATGATCCTGAGCTTCCAGCTGATG
GGTCAACTCCTGTTTCAGGAGGTATTGTTGCTCTAGGGAAGTTTGATGCCCTGCATGTTG
GCCATAGAGAGCTTGCCATTCAAGCTTCCAGAGTCGGAACTCCGTATCTATTATCTTTCG
TTGGAATGGCTGAGGTATTCGGTTGGGAGCCTAGGGCTCCAATAGTGGCCAAATGTGATC
GCAAACGTGTGCTTACCTCTTGGGACTCATACTGTGGAAACAAAGCACCAGTAGAGTACG
AGATTGAATTTGCCAGCGTGCGGCATCTTACCCCACGAGAATTTGTGGAGAAGCTATCAA
AAGAGCTCAGAGTTTGCGGAGTTGTGGCAGGCGAAAATTATAGATTTGGATATAAAGCTT
CGGGTGATGCCTTTGAGCTAGTGAGATTGTGCGAGGAGTATGGCATCGGTGCTTACATCA
TAAGCTCTGTGATGGACAAGAAGCAAGACTCGGAGAAGAGAAACAACTCAGGAGGGGGGG
ACTCAAAAGACAGAGGGCAAGTTTTTTTTACACGTGTACGCCAAGCTCTCGCAGCGGGAG
ATATGAGCTATGTAACAGAGCTTTTCGGCAGAGCCCACCGGCTTATCTTGCAAGTCAACA
GCACCGGAGATATGCAGAACGAAAGAAGGATCTCGGTGCCGAGATCATCAGTGCTTAATC
TTCCTCCTGGAAATGGGGTTTACAAGGCATGTTTGGTTCTTGCTGGTGGTGATGAGCCTT
CAGTTCCGTGTAGCGTAGTTGTTGATGCATCATGTATTCACGTAGAAACAGAGGAGCTAC
GACTCTGTAATTCAGATTGGTCTCAAGAGTTGAAACTCTTGAGTGTTGAGTTTGGTTGAT
TCAATCTTTTTGATTAGTTCGTAATC


BQ
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AF RR1G070TF U 1
AF RR1GW28TF U 1
AF RR1G070JQ C 647
AF RR1GW28JQ C 652
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TTGGAATGGCTGA

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DS 

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ATCATCACCATTCATCGATCGGATTAGGATTAGGATTAGGTTTTTGCGGTGCTAAGATCG
TTCAGCTCTCTTCGTTCTTCCTCAGGCCTTCTCAAGCCATAGCGAGAGGTCATCTCAGCC
ATAGATTGCGTCACCGGATGATTTATTCATCTCGGTTTCACTACAAGACTTCCACCGAAA
CGCCTATCCTTCACAACTGTTTCAGCCAGCGAGAAGATGATCCTGAGCTTCCAGCTGATG
GGTCAACTCCTGTTTCAGGAGGTATTGTTGCTCTAGGGAAGTTTGATGCCCTGCATGTTG
GCCATAGAGAGCTTGCCATTCAAGCTTCCAGAGTCGGAACTCCGTATCTATTATCTTTCG
TTGGAATGGCTGAGGTATTCGGTTGGGAGCCTAGGGCTCCAATAGTGGCCAAATGTGATC
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AAGTCAACAGCCCCGGAGATATGCAGAACGAAAGAAGGATTTCGGTGCCGAGATCATCAG
TGCTTAATTTTCCTCCTGGAAATGGGGTTTACAAGGCATGTTTGGTTCTTGCTGGTGGTG
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TTGGTTGATTCAATCTTTTTGATTAGTTCGTAATC

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DS 



AS 1 3

CO CL2801Contig1 1149 3 6 U
ATACAACATTAAAGTCTCGTCACATTCTACTTATATCAAATATTAAAGCTGATTTTCAAT
CATCTTCATATCATGTCTCTCTTAAAAAATCAATTAGCTAAATCACTTTTTAACCAACCT
TCTGCGTGCGTCTCTTTCCCCTGCAATGCATTCGGGTTTATTCACCCCTTCTCCAAAAAA
ATGAGATGTCGCTTAACCACCTCTCTAAATCTTTTTCTTTTGCGTGTAAATATGCTTCTA
AAGCATTGGCCCACCGTAGTTTCTTTTACCTTCTCATCAGGGATTCACGTTACAGTCACT
CAAGAACCGATCTTCCCGGTTCAAATGCTTTCTCCAATAATTTTTGTACTGTGGGATCCC
TAGCTCTAGCCACGGCTTCATGTTCCCATTGTAGTGCAATGTGGCTGCGTTTCTTATCCT
TTGCGTGTTGATGTAGTAGTCATAACCAAGCCCTGATACAGCCCATTTGTCGTCAAGACC
ATAAACTTTGTCTTGAAACGTAAGCAAAGTTGCTTGCAATGCAATTGCTTCTCGCGACGC
ACCTCCATCACTAATCTGTTTGATAAATTTCAGGTAGGTTTCTGAAACTCCCAATTGCCT
CCATCTTGCAAGATCAATGACATTCAATCCAGACATCCAGATACAAGCATTAGTATCAAA
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AAACCATTGTTTCATCGCAAAGTAATTCTGCTCGTCTGTCACTACATGGAAAACAAAGTT
TTTACTTTCCCTTGCGTGTAAAGCCGTTGAGTTGATCACAACGGAAGATGCAAGTATATT
GTCGGATAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT05JQ U 1
AF RR1GQ39JQ U 214
AF RR1FT05TF C 541
BS 1 323 RR1FT05JQ
BS 324 324 RR1GQ39JQ
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BS 497 497 RR1GQ39JQ
BS 498 758 RR1FT05JQ
BS 759 1149 RR1FT05TF

RD RR1FT05JQ 758 0 0
ATACAACATTAAAGTCTCGTCACATTCTACTTATATCAAATATTAAAGCTGATTTTCAAT
CATCTTCATATCATGTCTCTCTTAAAAAATCAATTAGCTAAATCACTTTTTAACCAACCT
TCTGCGTGCGTCTCTTTCCCCTGCAATGCATTCGGGTTTATTCACCCCTTCTCCAAAAAA
ATGAGATGTCGCTTAACCACCTCTCTAAATCTTTTTCTTTTGCGTGTAAATATGCTTCTA
AAGCATTGGCCCACCGTAGTTTCTTTTACCTTCTCATCAGGGATTCACGTTACAGTCACT
CAAGAACCGATCTTCCCGGTTCAGATGCTTTCTCCAATAATTTTTGTACTGTGGGATCCC
TAGCTCTAGCCACGGCTTCATGTTCCCATTGTAGTGCAATGTGGCTGCGTTTCTTATCCT
TTGCGTGTTGATGTAGTAGTCATAACCAAGCCCTGATACAGCCCATTTGTCGTCAAGACC
ATAAACTTTGTCTTGAGACGTAAGCAAAGTTGCTTGCAATGCAATTGCTTCTCGCGACGC
ACCTCCATCACTAATCTGTTTGATAAATTTCAGGTAGGTTTCTGAAACTCCCAATTGCCT
CCATCTTGCAAGATCAATGACATTCAATCCAGACATCCAGATACAAGCATTAGTATCAAA
ACTTCCTCCCTTGAGACTCTTCAGCTGACTCAATCTCACAGAGCACGACTTCAATGCGCC
GTTCGCTTTTCCTTCCATATCAAGCTCCCAGAGAGGAG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1GQ39JQ 536 0 0
GCGTGTAAATAAC
TAAATATGCTTCTAAAGCATTGGCCCACCGTAGTTTCTTTTACCTTCTCATCAGGGATTC
ACGTTACAGTCACTCAAGAACCGATCTTCCCGGTTCAAATGCTTTCTCCAATAATTTTTG
TACTGTGGGATCCCTAGCTCTAGCCACGGCTTCATGTTCCCATTGTAGTGCAATGTGGCT
GCGTTTCTTATCCTTTGCGTGTTGATGTAGTAGTCATAACCAAGCCCTGATACAGCCCAT
TTGTCGTCAAGACCATAAACTTTGTCTTGAAACGTAAGCAAAGTTGCTTGCAATGCAATT
GCTTCTCGCGACGCACCTCCACCACTAATCTGTTTGATAAATTTCAGGTAGGTTTCTGAA
ACTCCCAATTGCCTCCATCTTGCAAGATCAATGACATTCAATCCAGACATCCAGATACAA
GCATTAGTATCAAAACTTCCTCCCTTGAGACTCTTCAGCTGACCCAATCTCACAGAGCAC
GACTTCACTGCGCCGTTCACTTTTCCTTCCATATCAAGCTCCC

QA 14 536 14 536
DS 

RD RR1FT05TF 609 0 0
ACCTCCATCACTAATCTGTTTGATAAATTTCAGGTAGGTTTCTGAAACTCCCAATTGCCT
CCATCTTGCAAGATCAATGACATTCAATCCAGACATCCAGATACAAGCATTAGTATCAAA
ACTTCCTCCCTTGAGACTCTTCAGCTGACTCAATCTCACAGAGCACGACTTCAATGCGCC
GTTCGCTTTTCCTTCCATATCAAGCTCCCAGAGAGGAGATAAGTCTCGCTGGACTACAAC
GTCATGATCAAGGACCACAACTTTTTTCAACTTGTGAAATATCTTTGGAATAAGATAGTG
AGATTGAGAGAAAAGGGATAAGTAGTATGTTCTATTCCCTTGTGACCCCAAACTGTCACC
ACTGGTGAAGGAGACACGGAACTCCGCAGGCAAAGACAGCTTCTTCATATCAGAATTGCC
CAGCTCGAGTTTTTCGATGTTCAATACTTGAATAGCTGCTTGTTTGCAGGGATTCCTGAT
AAACCATTGTTTCATCGCAAAGTAATTCTGCTCGTCTGTCACTACATGGAAAACAAAGTT
TTTACTTTCCCTTGCGTGTAAAGCCGTTGAGTTGATCACAACGGAAGATGCAAGTATATT
GTCGGATAC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 3

CO CL2802Contig1 961 3 9 U
CATTCGAATGTAATCTGAATGCTTAACACATCATTAGTTTACAGATACAGATTCTGTCTG
AATATTTTTTTTTTTAGAATATTAAACACTTGACCACAACAACCTATTAAGTTTCTTTTC
AACTATGTATATTACAGAATGTTGGTAAACTTCACATCAAATCAAATATCCACACATACA
TCTTTATATCATATATCCATTCATCTATATCAAAAACAAAACGTAAAAAATAAGAAAAGG
AGAAATCATAAACCAAAACCCAAAAAACGAAAAAGAATCATCTGAATGGCTCAACAGGCA
TTGTTCCCTCTAATGCCACGGCGGCCTGAAAACACTCAACAGCTTCTTGCTTTGACGAGA
CAGATCCTTCAGCTTTGAACATCTTCCCAAGATTGTACCAAGCCGACTGGTTCAGCCTAT
CAATCCTAAGAGCCTCCATTAAAAAGCTTCTCACAACTGCTATGCTTGATCGGTTCCCAA
GCTCCAAAAGAACCTCAGCCTTTGATATTAGGCTCGGGACGTGCATTGGATCCATGTCTG
GAGCAGTTGTGAATGCCTCCATCGCTTCTTCTAACTGTCCCTGTCTCTTGCACAGTACAC
CTTCAGTGTGGTATCGAACAGGAGAGTAAGGAGCGATGAGTCTTGATCTCGAGAGACACG
TCTCTGCGTCACGCCATTGCGAGAGGTCTATATAGATATGAGCCAGATCATGCCACGTCC
CTAGCTCAAGACTCCTCAACCCCTCTACATATCCCTTTGGCAGCTGCTTCTTTGAAGAAC
TGAAGCTTTTGCTCTGAACCTGAAGGAGAGCGAGAAGTTCCGTGTAGCTCTTAATCGCGT
CCTTCACTTCCCCTTTAGCTAAACGAAGCTTTGCCTTCAAACGCAACAGCTTCCCCTGTT
CCCATTTCCCCGTCTCGTTAAGCGCTGAATCCACGATGGTCTCAGCGTCTGAAAACCTCT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1BK37JQ U 1
AF RR1BO94JQ U 77
AF RR1BO94TF C 329
BS 1 305 RR1BK37JQ
BS 306 306 RR1BO94JQ
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BS 585 876 RR1BO94JQ
BS 877 961 RR1BO94TF

RD RR1BK37JQ 584 0 0
CATTCGAATGTAATCTGAATGCTTAACACATCATTAGTTTACAGATACAGATTCTGTCTG
AATATTTTTTTTTTTAGAATATTAAACACTTGACCACAACAACCTATTAAGTTTCTTTTC
AACTATGTATATTACAGAATGTTGGTAAACTTCACATCAAATCAAATATCCACACATACA
TCTTTATATCATATATCCATTCATCTATATCAAAAACAAAACGTAAAAAATAAGAAAAGG
AGAAATCATAAACCAAAACCCAAAAAACGAAAAAGAATCATCTGAATGGCTCAACAGGCA
TTGTTTCCTCTAATGCCACGGCGGCCTGAAAACACTCAACAGCTTCTTGCTTTGACGAGA
CAGATCCTTCAGCTTTGAACATCTTCCCAAGATTGTACCAAGCCGACTGGTTCAGCCTAT
CAATCCTAAGAGCCTCCATTAAAAAGCTTCTCACAACTGCTATGCTTGATCGGTTCCCAA
GCTCCAAAAGAACCTCACCCTTTGATATTAGGCTCGGGACGTGCATTGGATCCATGTCTA
GAGCAGTTGTGAATGCCTCCATCGCTTCTTCTAACTGTCCCTGT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1BO94JQ 800 0 0
GAATATTAAACACTTGACCACAACAACCTATTAAGTTTCTTTTCAACTATGTATATTACA
GAATGTTGGTAAACTTCACATCAAATCAGATATCCACACATACATCTTTATATCATATAT
CCATTCATCTATATCAAAAACAAAACGTAAAAAATAAGAAAAGGAGAAATCATAAACCAA
AACCCAAAAAACGAAAAAGAATCATCTGAATGGCTCAACAGGCATTGTTCCCTCTAATGC
CACGGCGGCCTGAAAACACTCAACAGCTTCTTGCTTTGACGAGACAGATCCTTCAGCTTT
GAACATCTTCCCAAGATTGTACCAAGCCGACTGGTTCAGCCTATCAATCCTAAGAGCCTC
CATTAAAAAGCTTCTCACAACTGCTATGCTTGATCGGTTCCCAAGCTCCAAAAGAACCTC
AGCCTTTGATATTAGGCTCGGGACGTGCATTGGATCCATGTCTGGAGCAGTTGTGAATGC
CTCCATCGCTTCTTCTAACTGTCCCTGTCTCTTGCACAGTACACCTTCAGTGTGGTATCG
AACAGGAGAGTAAGGAGCGATGAGTCTTGATCTCGAGAGACACGTCTCTGCGTCACGCCA
TTGCGAGAGGTCTATATAGATATGAGCCAGATCATGCCACGTCCCTAGCTCAAGACTCCT
CAACCCCTCTACATATCCCTTTGGCAGCTGCTTCTTTGAAGAACTGAAGCTTTTGCTCTG
AACCTGAAGGAGAGCGAGAAGTTCCGTGTAGCTCTTAATCGCGTCCTTCACTTCCCCTTT
AGCTAAACGAAGCTTTGCCT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1BO94TF 633 0 0
A
AAACACTCAACAGCTTCTTGCTTTGACGAGACAGATCCTTCAGCTTTGAACATCTTCCCA
AGATTGTACCAAGCCGACTGGTTCAGCCTATCAATCCTAAGAGCCTCCATTAAAAAGCTT
CTCACAACTGCTATGCTTGATCGGTTCCCAAGCTCCAAAAGAACCTCAGCCTTTGATATT
AGGCTCGGGACGTGCATTGGATCCATGTCTGGAGCAGTTGTGAATGCCTCCATCGCTTCT
TCTAACTGTCCCTGTCTCTTGCACAGTACACCTTCAGTGTGGTATCGAACAGGAGAGTAA
GGAGCGATGAGTCTTGATCTCGAGAGACACGTCTCTGCGTCACGCCATTGCGAGAGGTCT
ATATAGATATGAGCCAGATCATGCCACGTCCCTAGCTCAAGACTCCTCAACCCCTCTACA
TATCCCTTTGGCAGCTGCTTCTTTGAAGAACTGAAGCTTTTGCTCTGAACCTGAAGGAGA
GCGAGAAGTTCCGTGTAGCTCTTAATCGCGTCCTTCACTTCCCCTTTAGCTAAACGAAGC
TTTGCCTTCAAACGCAACAGCTTCCCCTGTTCCCATTTCCCCGTCTCGTTAAGCGCTGAA
TCCACGATGGTCTCAGCGTCTGAAAACCTCTC

QA 2 633 2 633
DS 



AS 1 4

CO CL2803Contig1 836 4 2 U
GTCCAAAAGGGAATACCGCCGTGGGTTCCTCTAAAGGGAAGAGAGCCAAAAACATACAAG
CAGATGCAGAAAGAAGCTATTGAGAGCAAGAAACGCGACATGGCAGTTATGGAAGCAAAC
GATGGTGTTTGGCCTGGACTCAGAACTCCCAGCCATGCTCTCTTTCTATGGGCCAGTGGC
TCTGAACTAACTACTGTCCTCGAGTCTGATCACATGCCCAACAAGTTCATCCCTAAACAG
TTAAGGCAAGAGTTGGCGAAAGTAATACCAGGGTTGAGGCCATGGGAAGTGATAAGCGTA
GAGCAAGCAATGGATCAGATAAGCTATGGGGGAGAGTGGTACCGTAAGCCACTTGGTACC
TACACAACGGGTCCTCCTTACATCAGAGAATGGAACAGGAATGTCAGGAGACTATTCAGG
ATATACTACTACCTGAGTTTAAAAGTGGCAGAGAAGCTGGAGAGTACATTACCAGGATTC
AACACAATAATGGAAAAAGTACAGAAAGATAATGAGAGTAGGGTTGCTAGGAGGATGAAG
CGGAGGGAGGCGGAGTTGAGAGAAAGGGAGTTGAAGAAGAATCTGGGCCTTCGCGATGAG
GACGAAGAGGAGGATGAAGAGGAGGAGAATGAGGATGATAAATGATTGAATCAGTGGTGA
GGAGGACAAGAAAACATCATGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTTCTTTGCTTTGGATTTGCTG
AGGCACTACAGAGACCTTGAAGTTGTAGGCGTCTTTTGTAAAAGATGGTGCTTGTTCTGT
TTGAAATTGGGAGAGTTTATATCTGCAAAAAGAAGGAATCAACACCAGTTCAATTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1GH85JQ C 446
AF RR1GK12TF U 1
AF RR1GH85TF U 101
AF RR1GK12JQ C 210
BS 1 700 RR1GK12TF
BS 701 836 RR1GK12JQ

RD RR1GH85JQ 134 0 0
TGGCAGAGAAGCTGGAGAGTACATTACCAGGATTCAACACAATAATGGAAAAAGTACAGA
AAGATAATGAGAGTAGGGTTGCTAGGAGGATGAAGCGGAGGGAGGCGGAGTTGAGAGAAA
GGGAGTTGAAGAAG

QA 1 134 1 134
DS 

RD RR1GK12TF 700 0 0
GTCCAAAAGGGAATACCGCCGTGGGTTCCTCTAAAGGGAAGAGAGCCAAAAACATACAAG
CAGATGCAGAAAGAAGCTATTGAGAGCAAGAAACGCGACATGGCAGTTATGGAAGCAAAC
GATGGTGTTTGGCCTGGACTCAGAACTCCCAGCCATGCTCTCTTTCTATGGGCCAGTGGC
TCTGAACTAACTACTGTCCTCGAGTCTGATCACATGCCCAACAAGTTCATCCCTAAACAG
TTAAGGCAAGAGTTGGCGAAAGTAATACCAGGGTTGAGGCCATGGGAAGTGATAAGCGTA
GAGCAAGCAATGGATCAGATAAGCTATGGGGGAGAGTGGTACCGTAAGCCACTTGGTACC
TACACAACGGGTCCTCCTTACATCAGAGAATGGAACAGGAATGTCAGGAGACTATTCAGG
ATATACTACTACCTGAGTTTAAAAGTGGCAGAGAAGCTGGAGAGTACATTACCAGGATTC
AACACAATAATGGAAAAAGTACAGAAAGATAATGAGAGTAGGGTTGCTAGGAGGATGAAG
CGGAGGGAGGCGGAGTTGAGAGAAAGGGAGTTGAAGAAGAATCTGGGCCTTCGCGATGAG
GACGAAGAGGAGGATGAAGAGGAGGAGAATGAGGATGATAAATGATTGAATCAGTGGTGA
GGAGGACAAGAAAACATCATGTTGTTGTTGTTGTTTTTTT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1GH85TF 567 0 0
G
GGCAGTTATGGAAGCAAACGATGGTGTTTGGCCTGGACTCAGAACTCCCAGCCATGCTCT
CTTTCTATGGGCCAGTGGCTCTGAACTAACTACTGTCCTCGAGTCTGATCACATGCCCAA
CAAGTTCATCCCTAAACAGCTAAGGCAAGAGTTGGCGAAAGTAATACCAGGGTTGAGGCC
ATGGGAAGTGATAAGCGTAGAGCAAGCAATGGATCAGATAAGCTATGGGGGAGAGTGGTA
CCGTAAGCCACTTGGTACCTACACAACGGGTCCTCCTTACATCAGAGAATGGAACAGGAA
TGTCAGGAGACTATTCAGGATATACTACTACCTGAGTTTAAAAGTGGCAGAGAAGCTGGA
GAGTACATTACCAGGATTCAACACAATAATGGAAAAAGTACAGAAAGATAATGAGAGTAG
GGTTGCTAGGAGGATGAAGCGGAGGGAGGCGGAGTTGAGAGAAAGGGAGTTGAAGAAGAA
TCTGGGCCTTCGCGATGAGGACGAAGAGGAGGATGAAGAGGAGGAG***GAGGATGATAA
ATGATTGAATCAGTGGTGAGGAGGAC

QA 2 567 2 567
DS 

RD RR1GK12JQ 627 0 0
TCACATGCCCAACAAGTTCATCCCTAAACAGTTAAGGCAAGAGTTGGCGAAAGTAATACC
AGGGTTGAGGCCATGGGAAGTGATAAGCGTAGAGCAAGCAATGGATCAGATAAGCTATGG
GGGAGAGTGGTACCGTAAGCCACTTGGTACCTACACAACGGGTCCTCCTTACATCAGAGA
ATGGAACAGGAATGTCAGGAGACTATTCAGGATATACTACTACCTGAGTTTAAAAGTGGC
AGAGAAGCTGGAGAGTACATTACCAGGATTCAACACAATAATGGAAAAAGTACAGAAAGA
TAATGAGAGTAGGGTTGCTAGGAGGATGAAGCGGAGGGAGGCGGAGTTGAGAGAAAGGGA
GTTGAAGAAGAATCTGGGCCTTCGCGATGAGGACGAAGAGGAGGATGAAGAGGAGGAGAA
TGAGGATGATAAATGATTGAATCAGTGGTGAGGAGGACAAGAAAACATCATGTTGTTGTT
GTTGTTTTTTTTCTTTGCTTTGGATTTGCTGAGGCACTACAGAGACCTTGAAGTTGTAGG
CGTCTTTTGTAAAAGATGGTGCTTGTTCTGTTTGAAATTGGGAGAGTTTATATCTGCAAA
AAGAAGGAATCAACACCAGTTCAATTC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 2 4

CO CL2804Contig1 920 2 4 U
GGAAGCGAACCTTTGTTTCTGGGTCGGGAAGAAAGAAAGAAATGTCGGGTCATCAGTGTA
CGGAGAACCCTCCTAAGCTGGATCCATACAGCGGGTCGGGTCATGTCGAGAAAGTAGGCG
GCCTCGACAGTTACGTCACTGGCTCACCTCAATCAAAGCTCGGCGTTGTTCTTGTCTCTC
ATGTTTTCGGATATGAAACTCCCACAACTGAGGAAACTTGCTGACAAAGTTGCAGAAGCT
GGATTCTATGCGGTGGTTCCAGACTTCTTCCATGGAGATCCCTACAATCCTGCGAATGAG
GATCGTCCACTTCCTATCTGGATTAAAGATCACACACAAGATAAGGCTTTTGAGGAGTCG
AAGCCAGTTGTTGATGCCTTGAAGAACAAAGGCATGGCTACAGTTGGAGCAGTAGGGTTT
TGTTGGGGAGCAAAAGTTGCAGTGGAACTGGCGAAGCAAGAGCTTGTTAAAGCGGTTGTT
TTGTTACATCCTTCTCGTGTCACGGTGGATGACATCAAGGGTGTCAAGGTTCCAATTTCT
GTTTTAGGAGCTGAATACGATCAAGTGACTCCTCCAGAACTCGTCAAGCAGTTCCAAGAC
GTTTTAGCTACAAAACCTGAGGTGAAAAGTTTTGTGAAGATATTCCCAAGAGTTAAACAT
GGTTGGACTGTTAGGTACGACCCGAATGATCCATCAGAAGTTGAAGCTGCTGAGGAAGCT
CACAAGGACATGCTTGTTTGGCTCATCAACCATGTGAAGTGAGAAGCTTTGGTTTACACA
GAATAATAAAGTAATGAGAGACTTGAGAAGCTGTAAGAAAAATGTTTTAAATAAATGATG
TAATATATTCAAGCTTCCTTGAGTGTATTCTTATAAACAAGTGTACTTGCAAAGAAATAA
TTGAATCATCAAATGTTTGC


BQ
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AF RR1D803TF U 1
AF RR1D803JQ C 186
BS 1 202 RR1D803TF
BS 203 203 RR1D803JQ
BS 204 572 RR1D803TF
BS 573 920 RR1D803JQ

RD RR1D803TF 572 0 0
GGAAGCGAACCTTTGTTTCTGGGTCGGGAAGAAAGAAAGAAATGTCGGGTCATCAGTGTA
CGGAGAACCCTCCTAAGCTGGATCCATACAGCGGGTCGGGTCATGTCGAGAAAGTAGGCG
GCCTCGACAGTTACGTCACTGGCTCACCTCAATCAAAGCTCGGCGTTGTTCTTGTCTCTC
ATGTTTTCGGATATGAAACTCC*ACAACTGAGGAAACTTGCTGACAAAGTTGCAGAAGCT
GGATTCTATGCGGTGGTTCCAGACTTCTTCCATGGAGATCCCTACAATCCTGCGAATGAG
GATCGTCCACTTCCTATCTGGATTAAAGATCACACACAAGATAAGGCTTTTGAGGAGTCG
AAGCCAGTTGTTGATGCCTTGAAGAACAAAGGCATGGCTACAGTTGGAGCAGTAGGGTTT
TGTTGGGGAGCAAAAGTTGCAGTGGAACTGGCGAAGCAAGAGCTTGTTAAAGCGGTTGTT
TTGTTACATCCTTCTCGTGTCACGGTGGATGACATCAAGGGTGTCAAGGTTCCAATTTCT
GTTTTAGGAGCTGAATACGATCAAGTGACTCC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1D803JQ 735 0 0
TTCGGATATGAAACTCCCACAACTGAGGAAACTTGCTGACAAAGTTGCAGAAGCTGGATT
CTATGCGGTGGTTCCAGACTTCTTCCATGGAGATCCCTACAATCCTGCGAATGAGGATCG
TCCACTTCCTATCTGGATTAAAGATCACACACAAGATAAGGCTTTTGAGGAGTCGAAGCC
AGTTGTTGATGCCTTGAAGAACAAAGGCATGGCTACAGTTGGAGCAGTAGGGTTTTGTTG
GGGAGCAAAAGTTGCAGTGGAACTGGCGAAGCAAGAGCTTGTTAAAGCGGTTGTTTTGTT
ACATCCTTCTCGTGTCACGGTGGATGACATCAAGGGTGTCAAGGTTCCAATTTCTGTTTT
AGGAGCTGAATACGATCAAGTGACTCCTCCAGAACTCGTCAAGCAGTTCCAAGACGTTTT
AGCTACAAAACCTGAGGTGAAAAGTTTTGTGAAGATATTCCCAAGAGTTAAACATGGTTG
GACTGTTAGGTACGACCCGAATGATCCATCAGAAGTTGAAGCTGCTGAGGAAGCTCACAA
GGACATGCTTGTTTGGCTCATCAACCATGTGAAGTGAGAAGCTTTGGTTTACACAGAATA
ATAAAGTAATGAGAGACTTGAGAAGCTGTAAGAAAAATGTTTTAAATAAATGATGTAATA
TATTCAAGCTTCCTTGAGTGTATTCTTATAAACAAGTGTACTTGCAAAGAAATAATTGAA
TCATCAAATGTTTGC

QA 1 735 1 735
DS 



CO CL2804Contig2 548 2 3 U
GAAGATAAGGCTTATGAGGAGTCGAAGCCAGTGGTTGATGCCTTGAAGAACAAAGGCATA
GCTACAGTTGGAGCAGTAGGGTTTTGTTGGGGAGCAAAAGTTGCAGTGGAACTGGCGAAG
CAAGAGCTTGTTAAAGCGGTTGTTTTGTTACATCCTTCTCGTGTCACGGTGGATGACATT
AAGGGTGTCAAGGTTCCAATTTCTGTTTTAGGAGCTGAATACGATCAAGTGACTCCTCCA
GAACTCGTCAAGCAGTTCCAAGACGTTTTAGCTACAAAACCTGAGGTGAAAAGTTTTGTG
AAGATATTCCCAAGAGTTAAACATGGTTGGACTGTTAGGTACGACCCGAATGATCCATCA
GAAGTTGAAGCTGCAGAGGAAGCTCACAAGGACATGCTCGTTTGGCTCATCAACTATGTC
AAGTGAGAAGCTTTGGTTTGGTTTTACACACAATAATAAAGTATGAGAGACTTGAGAAGC
TGTAAGAAAATTGTTTTAAATAAATGATGTAATATATTCAAGCTTCCTTGAGTGTATTCT
TATAAACG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1EW70JQ C 1
AF RR1EW70TF U 1
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TATAAACG

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1EW70TF 548 0 0
G
AAGATAAGGCTTATGAGGAGTCGAAGCCAGTGGTTGATGCCTTGAAGAACAAAGGCATAG
CTACAGTTGGAGCAGTAGGGTTTTGTTGGGGAGCAAAAGTTGCAGTGGAACTGGCGAAGC
AAGAGCTTGTTAAAGCGGTTGTTTTGTTACATCCTTCTCGTGTCACGGTGGATGACATTA
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AACTCGTCAAGCAGTTCCAAGACGTTTTAGCTACAAAACCTGAGGTGAAAAGTTTTGTGA
AGATATTCCCAAGAGTTAAACATGGTTGGACTGTTAGGTACGACCCGAATGATCCATCAG
AAGTTGAAGCTGCAGAGGAAGCTCACAAGGACATGCTCGTTTGGCTCATCAACTATGTCA
AGTGAGAAGCTTTGGTTTGGTTTTACACACAATAATAAAGTATGAGAGACTTGAGAAGCT
GTAAGAAAATTGTTTTAAATAAATGATGTAATATATTCAAGCTTCCTTGAGTGTATTCTT
ATAAAC
G

QA 2 547 2 547
DS 



AS 1 4

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TGCTGAACTCTGAGAAAATGTCGAAGTCAACTGGGAATTTCAGAACATTGAAGCAGGCTA
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CTCGAGATGAGTATAGACTCTCTTGTGGATCTGGCGGCATGAACCATGACTTGGTACTGA
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ATGAGCCAGATTTGGTTCTCAAGGGTGCTAACAAATATCTGCAGGATTCCATCGTCTTAA
TGAGAAAGCTTCTGCAAAAACAGCTTTTAGGATCCAAGAAAGCTGCTAAGAAAGACGCTC
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ATGGATGGAGAGCCCACTGCCTCCAGATTCTGCAAAGCAAATTTGACCAGCAAACCCGTT
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AAGCGGAAAACTTCAAACAAATTCAGAAGATTTGCATGCCTTTCCTTAAATTCAAAAAGG
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TCTATTCTGCGAGTGACCCTAATGTCGTTGCTAGAGCTGGTCCACATGCTTCGCTCCTGA
AGCAGAATCCTCCACCTCCTGGCAGTCCAACCGCAATCTTTGTCAACAGGGTTTGAAAAA
GCGTGGGATATGCAACAACGACAAGTCAAGAGGTCGAAAGGCTTGGCGTATGCAAGGTGT
TTTGGTGTTTTTTACGAGTCGGATTTTATATGCAACTGTTTTTGACTTCTTTGCTGTGTT
TTTACCCTTTTTGGTATTGTTTACTGTTTAGTAAGACTTTCTATTATTTCTTATCAATGA
CCCTTGTTTCATTTCG


BQ
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10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CM73TF U 1
AF RR1F236TF U 1
AF RR1F236JQ C 603
AF RR1CM73JQ C 1027
BS 1 508 RR1CM73TF
BS 509 509 RR1F236TF
BS 510 553 RR1CM73TF
BS 554 690 RR1F236TF
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BS 692 748 RR1F236TF
BS 749 1396 RR1F236JQ

RD RR1CM73TF 553 0 0
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TAACATGGATGGAAGAGATTCTGGCTGATGAGTCCTCTTTGAGATCGGGCCCTGCGTCTA
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TTTGGAGGAAATT

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1F236TF 748 0 0
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TGCTGAACTCTGAGAAAATGTCGAAGTCAACTGGGAATTTCAGAACATTGAAGCAGGCTA
TTGAAGAATTCTCTGCCACTGCTACAAGGTTTTCTTTGGCTGATGCGGGTGATGGCGTTG
ACGATGCAAATTTTGTATTTGAAACTGCAAATGCTGCAATTCTGCGCCTGACAAAGGAGC
TAACATGGATGGAAGAGATTCTGGCTGATGAGTCCTCTTTGAGATCGGGCCCTGCGTCTA
CATATGCTGATAAAGTGTTTGAGAATGACATGAACATTGCTATCAGGTTGACTGAAAAAG
CCTACAAAGATTGTTTGTTCAGGGAGGCACTTAAGAATGGGTTTTACGACTTGCAAGCTG
CTCGAGATGAGTATAGACTCTCTTGTGGATCTGGCGGCATGAACCATGACTTGGTACTGA
CCTTTATGGATGTGCAGACACGCCTCATTGAGCCAATCTGTCCTCATTATGCAGAATATG
TTTGGAGGAAATTTCTGAAGAAGGAAGGCTGTGTGATAACAGCAGGCTGGCCAGCATCAA
ATGAGCCAGATTTGGTTCTCAAGGGTGCTAACAAATATCTGCAGGATTCCATCGTCTTAA
TGAGAAAGCTTCTGCAAAAACAGCTTTTAG*ATCCAAGAAAGCTGCTAAGAAAGACGCTC
AAGTAACGGCAGTGGCAGAAGAGAAGTT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1F236JQ 794 0 0
GAGCCAGATTTGGTTCTCAAGGGTGCTAACAAATATCTGCAGGATTCCATCGTCTTAATG
AGAAAGCTTCTGCAAAAACAGCTTTTAGGATCCAAGAAGGCTGCTAAGAAAGACGCTCAA
GTAACGGCAGTGGCAGAAGAGAAGTTGAAGGGCCTTGTGTATGTGAATGAGGAATTTGAT
GGATGGAGAGCCCACTGCCTCCAGATTCTGCAAAGCAAATTTGACCAGCAAACCCGTTGC
TTTGCCCCTGATGCTGAGATACTTGCAGAACTGAGGGAGACATTGCAGAAAGAGGGCCAA
GCGGAAAACTTCAAACAAATTCAGAAGATTTGCATGCCTTTCCTTAAATTCAAAAAGGAC
GAGGCTATAGCTATTTGTGGCCAGGCTCTGAATTTGAAGCTACCTTTTGGAGAGATGGAA
GTTCTTCAGAGTAACATGGACTTGATCAAGCGGCAGCTTGGTCTTGAAGAGGTTGAGATC
TATTCTGCGAGTGACCCTAATGTCGTTGCTAGAGCTGGTCCACATGCTTCGCTCCTGAAG
CAGAATCCTCCACCTCCTGGCAGTCCAACCGCAATCTTTGTCAACAGGGTTTGAAAAAGC
GTGGGATATGCAACAACGACAAGTCAAGAGGTCGAAAGGCTTGGCGTATGCAAGGTGTTT
TGGTGTTTTTTACGAGTCGGATTTTATATGCAACTGTTTTTGACTTCTTTGCTGTGTTTT
TACCCTTTTTGGTATTGTTTACTGTTTAGTAAGACTTTCTATTATTTCTTATCAATGACC
CTTGTTTCATTTCG

QA 1 794 1 794
DS 

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CTGCGAGTGACCCTAATGTCGTTGCTAGAGCTGGTCCACATGCTTCGCTCCTGAAGCAGA
ATCCTCCACCTCCTGGCAGTCCAACCGCAATCTTTGTCAACAGGGTTTGAAAAAGCGTGG
GATATGCAACAACGACAAGTCAAGAGGTCGAAAGGCTTGGCGTATGCAAGGTGTTTTGGT
GTTTTTTACGAGTCGGATTTTATATGCAACTGTTTTTGACTTCTTTGCTGTGTTTTTACC
CTTTTTGGTATTGTTTACTGTTTAGTAAGACTTTCTATTATTTCTTATCAATGACCCTTG
TTTCATTTCG

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 4

CO CL2806Contig1 1008 4 12 U
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CAACTCCTTCATGGTCGGTAATCGCTTCAGTTGAAGGACGTGCATCTCTAGCTAGCGAGG
GATTAAGTTTAGTAGTGAGTTCATACAATGGTGAAGATGTACTAGTAGCTTTTGGTGGAT
ACAATGGACGTTACAACAACGAGATTAATCTGCTTAAACCAAGCCACAAATCAACACTGC
AACAAAAGACTCTAGAAGCTCCTTTGACAGGTAGTCTTTCTGCTGTTAACAACGCCACAA
CTAGAGACATAGAGTCAGAGGTTGAGGTGAGCCAAGAAGGCAGAGTACGGGAAATTGCTG
TGGACAATGTCAACCCTGGATCAAAGGTTGAAGGAA*CAACGAACACATTATTGCGACTC
TTAAATCCGACAAGGAAGAACTGGAGGCATCACTGAACAAGGAGAAGATGCAGACTCAAC
AACTAAGGCAAGAGTTATCAGAAGGAGAATCACGAAATACAGATTTGCACAAGGAACTTC
AGTCTGTTCGTGGCCAGCTTCAAGCGGAACAATCAAGATGTTTCAAACTTGAGGTTGATG
TTGCAGAGCTAAGGCAAAAGCTTCAAACGTTGGAAACACTGCAAAAGGAACTGGAACTCC
TGCAGCGACAAAAGGCTGCCTCTGAACAAGCCGCAATGAAGAACTCTAAACGACAGAGCT
CTGGTGGTGTCTGGGGCTGGCTCGCTGGAAGCCCTCAGGATACGGATGATGATGATTCGC
TATAACTTTCTTTTGTCAGAGTCATGGTTTCTTCTTCCAATAAGATCTTTTATTACCCTT
CCTTTTTGAGCTTTATATTAGCTTTTTTTCTATATTACTTAGATTCATGTTATATCTCTG
TTATACAAACAACTTATCACTAGAATAGTGTATTTGTAAGAAAATATTTTGTATACAACT
TTCCTATTTTTCAAACAAACGTAGCCAAGCTTTCGGTTTTGCTGCGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DO85TF U 1
AF RR1DT09TF U 73
AF RR1DT09JQ C 266
AF RR1DO85JQ C 423
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TTGCAGA

QA 1 607 1 607
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T*GTCAGAGTCATGGTTTCTTCTTCCA
TAGATCTTTATTAC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1DT09JQ 707 0 0
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AGAATCACGAAATACAGATTTGCACAAGGAACTTCAGTCTGTTCGTGGCCAGCTTCAAGC
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AACGTTGGAAACACTGCAAAAGGAACTGGAACTCCTGCAGCGACAAAAGGCTGCCTCTGA
ACAAGCCGCAATGAAGAACTCTAAACGACAGAGCTCTGGTGGTGTCTGGGGCTGGCTCGC
TGGAAGCCCTCAGGATACGGATGATGATGATTCGCTATAACTTTCTTTTGTCAGAGTCAT
GGTTTCTTCTTCCAATAAGATCTTTTATTACCCTTCCTTTTTGAGCTTTATATTAGCTTT
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QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1DO85JQ 586 0 0
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TCTGTTCGTGGCCAGCTTCAAGCGGAACAATCAAGATGTTTCAAACTTGAGGTTGATGTT
GCAGAGCTAAGGCAAAAGCTTCAAACGTTGGAAACACTGCAAAAGGAACTGGAACTCCTG
CAGCGACAAAAGGCTGCCTTTGAACAAGCCGCAATGAAGAACTCTAAACGACAGAGCTCT
GGTGGTGTCTGGGGCTGGCTCGCTGGAAGCCCTCAGGAGTCGGATGATGATGATTCGCTA
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TTTTTGAGCTTTATATTAGCTTTTTTTCTATATTACTTAGATTCATGTTATATCTCTGTT
ATACAAACAACTTATCACTAGAATAGTGTATTTGTAAGAAAATATTTTGTATACAACTTT
CCTATTTTTCAAACAAACGTAGCCAAGCTTTCGGTTTTGCTGCGCT

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 4

CO CL2807Contig1 617 4 18 U
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ACAATAAGTAATTCGAAACTGATGAAGTATTACATTTATAGATACATGGTTTACCAAGAG
AGTGAAACAAAATGTGTGTATGACTAATACTCTGTATATGTCTATGACCAAACACAAGCG
AATACATTGTTCATATGCCGTAAGTATACATGCCTTAGCACTAACTTTTTCATAGACCAC
CAATATACCAAACGCTTTACCCACAAGTAACAAAGTTGAAGAACATATCCAACATAACTT
CTGGGTTCATTGTGGCTTCTTATGTCTCTGTTTTGAATCTACACTGCCATGAGGAACTGG
CCCAGGATACGGAAAACCGCCTCCATAAACCGGGCTAGGGTTCCAAAACCCGTAATCTCC
ATACAACTTTGGTCGAAGGCTCTTGAATTTCACCTTATAGGAAGAATCTAAATCTTGAGA
TGATGAAGATTTGGAAGTTAAGAAAGAGGGTCTTGCCATTACGGTCGAGATGATGATAAT
AGCAAGGATAGTTATGAGAAACATAGACATGCTAGAAACATGAGGAAACATCATCAACAC
TCTTAGGATGTGCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1EM42JQ U 41
AF RR1GG04TF C 1
AF RR1C770JQ U 70
AF RR1C770TF C 70
BS 1 42 RR1GG04TF
BS 43 79 RR1EM42JQ
BS 80 80 RR1C770JQ
BS 81 124 RR1EM42JQ
BS 125 125 RR1C770JQ
BS 126 217 RR1EM42JQ
BS 218 218 RR1C770JQ
BS 219 234 RR1EM42JQ
BS 235 235 RR1C770JQ
BS 236 280 RR1EM42JQ
BS 281 281 RR1C770JQ
BS 282 487 RR1EM42JQ
BS 488 488 RR1C770JQ
BS 489 501 RR1EM42JQ
BS 502 502 RR1C770JQ
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RD RR1EM42JQ 548 0 0
GA
CAAAAAGTTCAGTTTAAAACAATAAGTAATTCGAAACGGATGAAGTATTACATTTATAGA
TACATGGTTTACCAAGAGAGTGGAACAAAATGTGTGTATGACTAATACTCTGTATATGTC
TATGACCAAACACAAGCGAATACATTGTTCATATGCCGTAAGTATACATGCCTTAACACT
AACTTTTTCATAAACCACCAATATACCAAACGCTTTACCCACAAGTAACAAAGTTGAAAA
ACATATCCAACATAACTTCTGGGTTCATTGTGGCTTCTTATGTCTCTGTTTTGAATCTAC
ACTGCCATGAGGAACTGGCCCAGGATACGGAAAACCGCCTCCATAAACCGGGCTAGGGTT
CCAAAACCCGTAATCTCCATACAACTTTGGTCGAAGGCTCTTGAATTTCACCTTATAGGA
AGAATCTAAATCTTGAGATGATGAAAATTTGGAAGTTAAAAAAGAGGGTCTTGCCATTAC
GGTCGAGATGATGATAATAGCAAGGATAGTTATGAGAAACATAGACATGCTAGAAACATG
AGGAAA

QA 3 548 3 548
DS 

RD RR1GG04TF 617 0 0
CTTGTATAAATCATATTGGAAAGCGAAAACGATACTTATTGGCAAAAAGTTCAGTTTAGA
ACAATAAGTAATTCGAAACTGATGAAGTATTACATTTATAGATACATGGTTTACCAAGAG
AGTGAAACAAAATGTGTGTATGACTAATACTCTGTATATGTCTATGACCAGACACAAGCG
AATACATTGTTCATATGCCGTAAGTATACATGCCTTAGCACTAACTTTTTCATAGACCAC
CAATATACCAAACGCTTTACCCACAAGTAACAAAGTTGAAGAACATATCCAACATAACTT
CTGGGTTCATTGTGGCTTCTTATGTCTCTGTTTTGAATCTACACTGCCATGAGGAACTGG
CCCAGGATACGGAAAACCGCCTCCATAAACCGGGCTAGGGTTCCAAAACCCGTAATCTCC
ATACAACTTTGGTCGAAGGCTCTTGAATTTCACCTTATAGGAAGAATCTAAATCTTGAGA
TGATGAAGATTTGGAAGTTAAGAAAGAGGGTCTTGCCATTACGGTCGAGATGATGATAAT
AGCAAGGATAGTTATGAGAAACATAGACATGCTAGAAACATGAGGAAACATCATCAACAC
TCTTAGGATGTGCATCC

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DS 

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AGC
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TGTGTGTATGACTAATACTCTGTATATGTCTATGACCAAACACAAGCGAATACATTGTTC
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TGGCTTCTTATGTCTCTGTTTTGAATCTACACTGCCATGAGGAACTGGCCCAGGATACGG
AAAACCGCCTCCATAAACCGGGCTAGGGTTCCAAAACCCGTAATCTCCATACAACTTTGG
TCGAAGGCTCTTGAATTTCACCTTATAGGAAGAATCTAAATCTTGAGATGATGAAGATTT
GGAAGTTAAGAAAGAGGGTCTTGCCATTACGGTCGAGATGATGATAATAGCAAGGATAGT
TATGAGAAACATAGACATGCTAGAAACATGAGGAAACATCATCAACACTCTTAGGATGTG
C
CC

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DS 

RD RR1C770TF 546 0 0
AGC
TCGAAACTGATGAAGTATTACATTTATAGATACATGGTTTACCAAGAGAGTGAAACAAAA
TGTGTGTATGACTAATACTCTGTATATGTCTATGACCAAACACAAGCGAATACATTGTTC
ATATGCCGTAAGTATACATGCCTTAGCACTAACTTTTTCATAGACCACCAATATACCAAA
CGCTTTACCCACAAGTAACAAAGTTGAAGAACATATCCAACATAACTTCTGGGTTCATTG
TGGCTTCTTATGTCTCTGTTTTGAATCTACACTGCCATGAGGAACTGGCCCAGGATACGG
AAAACCGCCTCCATAAACCGGGCTAGGGTTCCAAAACCCGTAATCTCCATACAACTTTGG
TCGAAGGCTCTTGAATTTCACCTTATAGGAAGAATCTAAATCTTGAGATGATGAAGATTT
GGAAGTTAAGAAAGAGGGTCTTGCCATTACGGTCGAGATGATGATAATAGCAAGGATAGT
TATGAGAAACATAGACATGCTAGAAACATGAGGAAACATCATCAACACTCTTAGGATGTG
C
CC

QA 4 544 4 544
DS 



AS 1 4

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GCCACCAAACGATATAGGGATCGTTACGGTTCTGCGATTCGCCGATAGTTGAAGGCTTTT
TCAAGAGACTTCAATGGTGAGCCAAGGAATGGTGTCTCTCACCAAGTCTCTATGCATCAA
AACTCCAAGAATCCGCCTCAAGAATCCCAAGATGATGCAGAACCTAAAGTCCCGGTCTTC
TCATCATCTCCGTGTCTTATGCACAAAGATGTCTCAGTGGGAACCATCACCTTTCATCCG
TTCTTCTTCTGCACAAGAAGCTGGTAATATAGTATTAGAAAAAACCGCAAATGTGTTCGA
GTCTATCGTATCCGAAACTGCAGAGGGGGAGGAGGAGAAAGTAGATTCGTCTCAAACTAC
TAACTCTCACCAAGTTGAGGTTTTCAAATGGCCCATATGGCTTTTAGGTCCGTCTGTTCT
ACTCACAAGCGGCATGGCACCTACACTATGGCTACCATTATCATCGGTTTTCGTTGGTTC
GAATGTGGTTAGTGTGTTTTCCTTGATCGGTTTGGATTGTATATTCAACCTCGGGGCTAC
CCTTTTCTTGTTGATGGCTGATTCTTGCGCACGTCCTAAAGATCCATCAGTATCCTGCAA
GAGCGAACCACCGTTTAGCTACAAGTTCTGGAATGTTTTCGCACTCTTAACCGGGTTTCT
CGTCCCAACGCTGCTTCTCTTCGGATCCCAAACCGGTTTACTCGGTTCACTCCAGCCTGA
GCTTCCTTTCATCTCCTCAGCTGTTCTCCTCTTCCCCTACTTCATCCTCCTCGCGGTTCA
GACGTTGACGGAGATCCTCACGTGGAGCTGGCAGTCACCGGTGTGGCTAGTGACGCCGGT
CGTCTACGAGGCTTACCGTGTTCTGCAGCTGATGAGAGGGTTGAAGCTAAGCGCAGAGGT
GAATGCGCCGGTTTGGGTGGTTCATATGATCCGTGGGCTTGTGTCTTGGTGGGTGTTGAT
ATTGGGGATGCAACTCATGAGAGTTGCTTGGTTTGCTGGTTATGCATCTAGAACAACAAG
AGCAAATCAGCAACCAGAATTGTCTGTTGCTTCTAAGTAAAAGATAGATATGTATAACCC
TCTTTTACTATATATTCCCTCCGTTTCATATTACTTGTCGTTCTAAGCTTATGCACACAG
ATTAAGAAAACATTTAATTTTATATATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D050TF U 84
AF RR1G647TF U 1
AF RR1D050JQ C 505
AF RR1G647JQ C 740
BS 1 143 RR1G647TF
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BS 145 392 RR1G647TF
BS 393 395 RR1D050TF
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BS 416 416 RR1D050TF
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BS 666 683 RR1G647TF
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BS 767 767 RR1D050JQ
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BS 1131 1194 RR1D050JQ
BS 1195 1195 RR1G647JQ
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BS 1211 1231 RR1D050JQ

RD RR1D050TF 593 0 0
GGACT
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ATGGTGTCTCTCACCAAGTCTCTATGCATCAAAACTCCAAGAATCCGCCTCAAGAATCCC
AAGATGATGCAGAACCTAAAGTCCCTGTCTTCTCATCATCTCCGTGTCTTATGCACAAAG
ATGTCTCAGTGGGAACCATCACCTTTCATCCGTTCTTCTTCTGCACAAGAAGCTGGTAAT
ATAGTATTAGAAAAAACCGCAAATGTGTTCGAGTCTATCGTATCCGAAACTGCAGAGGGG
GAGGAGGAGAAAGTAGATTCGTCTCAAACTACTAACTCTCACCAAGTTGAGGTTTTCAAA
TGGCCCATATGGCTTTTAGGTCCGTCTGTTCTACTTACAAGCGGCATGGCACCTACACTA
TGGCTACCATTATCATCGGTTTTCGTTGGTTCGAATGTGGTTAGTGTGTTTTCCTTGATC
GGTTTGGATTGTATATTCAACCTCGGGGCTACCCTTTTCTTGTTGATGGCTGATTCTTGC
GCACGTCCTAAAGATCCATCAGTATCCTGCAAGAGCGAACCACCGTTT

QA 6 593 6 593
DS 

RD RR1G647TF 811 0 0
GAGACACTTCTGTTACTGTCTGTTTCCAGAAATTCTCCACGGAGACGTAAGCGAGATAGA
GCCACCAAACGATATAGGGATCGTTACGGTTCTGCGATTCGCCGATAGTTGAAGGCTTTT
TCAAGAGACTTCAATGGTGAGCCGAGGAATGGTGTCTCTCACCAAGTCTCTATGCATCAA
AACTCCAAGAATCCGCCTCAAGAATCCCAAGATGATGCAGAACCTAAAGTCCCGGTCTTC
TCATCATCTCCGTGTCTTATGCACAAAGATGTCTCAGTGGGAACCATCACCTTTCATCCG
TTCTTCTTCTGCACAAGAAGCTGGTAATATAGTATTAGAAAAAACCGCAAATGTGTTCGA
GTCTATCGTATCCGAAACTGCAGAGGGGGAGG***AGAAAGTAGATTCGTCTCAAGCTAC
TAACTCTCACCAAGTTGAGGTTTTCAAATGGCCCATATGGCTTTTAGGTCCGTCTGTTCT
ACTCACAAGCGGCATGGCACCTACACTATGGCTACCATTATCATCGGTTTTCGTTGGTTC
GAATGTGGTTAGTGTGCTTTCCTTGATCGGTTTGGATTGTATATTCAACCTCGGAGCTAC
CCTTTTCTTGTTGATGGCTGATTCTTGCGCACGTCCTAAAGATCCATCAGTATCCTGCAA
GAGCAAACCACCGTTTAGCTACA*GTTCTGGAATGTTTTCGCACTCTTAACCGGGTTTCT
CGTCC*AACGCTGCTTCTCTTCGGATCCCAAACCGGTTTACTCGGT*CACTCCAGCCTGA
GCTTCCTTTCATCTCCTCAGCTGTTCTC
TCT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1D050JQ 727 0 0
ACTATGGCTACCATTATCATCGGTTTTCGTTGGTTCGAATGTGGTTAGTGTGTTTTCCTT
GATCGGTTTGGATTGTATATTCAACCTCGGGGCTACCCTTTTCTTGTTGATGGCTGATTC
TTGCGCACGTCCTAAAGATCCATCAGTATCCTGCAAGAGCGAACCACCGTTTAGCTACAA
GTTCTGGAATGTTTTCGCACTCTTAACCGGGTTTCTCGTCCCAACGCTGCTTCTCTTCGG
ATCCCAAACCGGTTTACTCGGTTCACTCCAGCCTGAGCTTCCTTTCATCTCCTCAGCTGT
TCTCCTCTTCCCCTACTTCATCCTCCTCGCGGTTCAGACGTTGACGGAGATCCTCACGTG
GAGCTGGCAGTCACCGGTGTGGCTAGTGACGCCGGTCGTCTACGAGGCTTACCGTGTTCT
GCAGCTGATGAGAGGGTTGAGGCTAAGCGCAGAGGTGAATGCGCCGGTTTGGGTGGTTCA
TATGATCCGTGGGCTTGTGTCTTGGTGGGTGTTGATATTGGGGATGCAACTCATGAGAGT
TGCTTGGTTTGCTGGTTATGCATCTAGAACAACAAGAGCAAATCAGCAACCAGAATTGTC
TGTTGCTTCTAAGTAAAAGATAGATGTGTATAACCCTCTTTTACTATATATTCCCTCCGT
TTCATATTACTTGTCGTTCTAAGCTTATGCCCACAGATTAAGAAAGCATTTAATTTTATA
TATTTTC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1G647JQ 482 0 0
TTCGGATCCCAAACCGGTTTACTCGGTTCACTCCAGCCTGAGCTTCCTTTCATCTCCTCA
GCTGTTCTCCTCTTCCCCTACTTCATCCTCCTCGCGGTTCAGACGTTGACGGAGATCCTC
ACGTGGAGCTGGCAGTCACCGGTGTGGCTAGTGACGCCGGTCGTTTACGAGGCTTACCGT
GTTTTGCAGCTGATGAGAGGGTTGAAGCTAAGCGCAGAGGTGAATGCGCCGGTTTGGGTG
GTTCATATGATCCGTGGGCTTGTGTCTTGGTGGGTGTTGATATTGGGGATGCAACTCATG
AGAGTTGCTTGGTTTGCTGGTTATGCATCTAGAACAACAAGAGCAAATCAGCAACCAGAA
TTGTCTGTTGCTTTTAAGTAAAAGATAGATATGTATAACTCTCTTTTACTATATATTCCC
TCCGTTTCATATTACTTGTCGTTTTAAGCTTATGCACACAGATTAAGAAAACATTTAATT
TT

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 3

CO CL2809Contig1 1318 3 9 U
GCTGACGCCAGTGCTTTAAACGTTGGTGTTCTTCATCTTGTGCCCACACTAGAGGTGTTC
CCATTACTAGCCGATCCCAAAATGTACGAGCCTAACACGATTGACTTATCAGACCAAGGC
GAAAGAGAGTACTGGCTCAAAGTTTTGTCTGAGCATTTGCCAGACCTCGTTGACACGGCT
GTTGCAAGTGAAGGAGGAACTGAGGATGCGAAAAGGCGTGGTGATGCTTTTGCTCGTGCC
TTCTCTGCTCATTTGGCAAGATTAATGGAAGAGCCAGCTGCATATGGAAAGCTGGGGCTA
GCAAATCTCTTGGAACTTAGGGAAGAATGCTTAAGAGAATTCCAGTTTGTTGATGCCTAT
AGAAGCATCAAGCTAAGGGAGAACGAGGCATCACTTGCTGTATTACCTGATTTACTGGAG
GAGCTTGACTCAATGAGCGAGGAGGCGAGGTTGCTTACACTTATAGAAGGTGTTTTAGCT
GCAAACATATTTGACTGGGGATCTCGAGCATGTGTTGATCTATATCACAAAGGAACCATT
ATTGAAATATACAGAATGAGCCGCAACAAGGTGCAGAGACCGTGGAGGG*TAGATGATTT
TGATGCTTTTAAAGAAAGGATGCTTGGCTCTGGAGATAAGCAGCCTCATCGACATAAAAG
AGCGTTACTCTTTGTTGATAACTCAGGAGCAGACGTCATTCTTGGGATGCTTCCTCTTGC
CAGAGAGTTTCTCCGTCGTGGGACTGAAGTTGTTCTGGTGGCAAACTCTCTTCCTGCTCT
CAACGATGTGACGGCTATGGAACTCCCTGATATAGTCGCTGGTGCTGCCAAGCACTGTGA
TATCTTGAGGAGAGCAGCAGAAATGGGAGGCTTACTTGTGGATGCGATGGTGAATCCAGG
GGATGATGGGTCAAAGAATGATTCAACCTCAGCACCATTAGTGGTTGTTGAAAATGGATG
TGGAAGTCCTTGCATTGACCTCAGACAAGTCAGCTCAGAGCTTGCAGCTGCTGCCAAAGA
TGCTGATCTTGTTGTCTTGGAAGGTATGGGAAGAGCTCTTCACACCAACTTCAACGCTCA
ATTCAAATGCGGGGCTCTCAAGTTAGCAATGGTTAAGAATCAGAGATTGGCTGAGAAGTT
GATAAATGGAAACATATATGACAGTGTTTGCAGATATGAGCCTCCCTCTCTATCTCAAAT
GTGATGTATCATAGGCCTTATAAGAGTGTGCTTGCCTCCATAGTTTGTTGGCTCACTGTT
GTATACTACTTATTAGGTATTCTTCAGTTGGACTATCAATATGTATACACTTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BT94TF U 1
AF RR1BV25TF U 310
AF RR1BV25JQ C 560
BS 1 570 RR1BT94TF
BS 571 571 RR1BV25TF
BS 572 589 RR1BT94TF
BS 590 590 RR1BV25TF
BS 591 690 RR1BT94TF
BS 691 691 RR1BV25TF
BS 692 727 RR1BT94TF
BS 728 1057 RR1BV25TF
BS 1058 1318 RR1BV25JQ

RD RR1BT94TF 727 0 0
GCTGACGCCAGTGCTTTAAACGTTGGTGTTCTTCATCTTGTGCCCACACTAGAGGTGTTC
CCATTACTAGCCGATCCCAAAATGTACGAGCCTAACACGATTGACTTATCAGACCAAGGC
GAAAGAGAGTACTGGCTCAAAGTTTTGTCTGAGCATTTGCCAGACCTCGTTGACACGGCT
GTTGCAAGTGAAGGAGGAACTGAGGATGCGAAAAGGCGTGGTGATGCTTTTGCTCGTGCC
TTCTCTGCTCATTTGGCAAGATTAATGGAAGAGCCAGCTGCATATGGAAAGCTGGGGCTA
GCAAATCTCTTGGAACTTAGGGAAGAATGCTTAAGAGAATTCCAGTTTGTTGATGCCTAT
AGAAGCATCAAGCTAAGGGAGAACGAGGCATCACTTGCTGTATTACCTGATTTACTGGAG
GAGCTTGACTCAATGAGCGAGGAGGCGAGGTTGCTTACACTTATAGAAGGTGTTTTAGCT
GCAAACATATTTGACTGGGGATCTCGAGCATGTGTTGATCTATATCACAAAGGAACCATT
ATTGAAATATACAGAATGAGCCGCAACAAGATGCAGAGACCGTGGAGGGGTAGATGATTT
TGATGCTTTTAAAGAAAGGATGCTTGGCTCTGGAGATAAGCAGCCTCATCGACATAAAAG
AGCGTTACTCTTTGTTGATAACTCAGGAGCGGACGTCATTCTTGGGATGCTTCCTCTTGC
CAGAGAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1BV25TF 752 0 0
GG
GGAACTTAGGGAAGAATGCTTAAGAGAATTCCAGTTTGTTGATGCCTATAGAAGCATCAA
GCTAAGGGAGAACGAGGCATCACTTGCTGTATTACCTGATTTACTGGAGGAGCTTGACTC
AATGAGCGAGGAGGCGAGGTTGCTTACACTTATAGAAGGTGTTTTAGCTGCAAACATATT
TGACTGGGGATCTCGAGCATGTGTTGATCTATATCACAAAGGAACCATTATTGAAATATA
CAGAATGAGCCGCAACAAGGTGCAGAGACCGTGGAGGG*TAGATGATTTTGATGCTTTTA
AAGAAAGGATGCTTGGCTCTGGAGATAAGCAGCCTCATCGACATAAAAGAGCGTTACTCT
TTGTTGATAACTCAGGAGCAGACGTCATTCTTGGGATGCTTCCTCTTGCCAGAGAGTTTC
TCCGTCGTGGGACTGAAGTTGTTCTGGTGGCAAACTCTCTTCCTGCTCTCAACGATGTGA
CGGCTATGGAACTCCCTGATATAGTCGCTGGTGCTGCCAAGCACTGTGATATCTTGAGGA
GAGCAGCAGAAATGGGAGGCTTACTTGTGGATGCGATGGTGAATCCAGGGGATGATGGGT
CAAAGAATGATTCAACCTCAGCACCATTAGTGGTTGTTGAAAATGGATGTGGAAGTCCTT
GCATTGACCTCAGACAAGTCAGCTCAGAGCTTGCAGCTGCTGCCAAAGATGCTGATCTTG
TTGTCTTGGAAGGTATGGGAAGAGCT
CTTC

QA 3 748 3 748
DS 

RD RR1BV25JQ 759 0 0
GCCGCAACAAGGTGCAGAGACCGTGGAGGG*TAGATGATTTTGATGCTTTTAAAGAAAGG
ATGCTTGGCTCTGGAGATAAGCAGCCTCATCGACATAAAAGAGCGTTACTCTTTGTTGAT
AACTCAGGAGCAGACGTCATTCTTGGGATGCTTCCTCTTGCCAGAGAGTTTCTCCGTCGT
GGGACTGAAGTTGTTCTGGTGGCAAACTCTCTTCCTGCTCTCAACGATGTGACGGCTATG
GAACTCCCTGATATAGTCGCTGGTGCTGCCAAGCACTGTGATATCTTGAGGAGAGCAGCA
GAAATGGGAGGCTTACTTGTGGATGCGATGGTGAATCCAGGGGATGATGGGTCAAAGAAT
GATTCAACCTCAGCACCATTAGTGGTTGTTGAAAATGGATGTGGAAGTCCTTGCATTGAC
CTCAGACAAGTCAGCTCAGAGCTTGCAGCTGCTGCCAAAGATGCTGATCTTGTTGTCTTG
GAAGGTATGGGAAGAGCTCTTCACACCAACTTCAACGCTCAATTCAAATGCGGGGCTCTC
AAGTTAGCAATGGTTAAGAATCAGAGATTGGCTGAGAAGTTGATAAATGGAAACATATAT
GACAGTGTTTGCAGATATGAGCCTCCCTCTCTATCTCAAATGTGATGTATCATAGGCCTT
ATAAGAGTGTGCTTGCCTCCATAGTTTGTTGGCTCACTGTTGTATACTACTTATTAGGTA
TTCTTCAGTTGGACTATCAATATGTATACACTTTTTACC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL2810Contig1 569 2 10 U
GGAAAAATGGGAATACATTTATATTAAATCATAGTTTAATACTAGCCTTGAAGGCAGATA
ATCACTATTCAGTACAAATATACAACTTAAAGAAACTAATTTATACTTGTGATGGGTATG
CATCAAATCAATTCATCTCTCTGTGTCGAGTATGTTCCTCCTTTTATCCAAACATGAAAG
AAAGATCATCCATAGGAACCTCATCAAGCCCTGCTGTATCAATATCCTGAAGACCCTCGA
ACCAGTTTCCTATATCTGCCTGCTCATCCATTTCCTCTAAATCATGGAACGCTAGTTTTG
AGAAATCTATTGGAGCTTCCTCATCTACTGCTGCACCATCTCCTGAGATACCTCCTCTGC
ATCTGCTTGCTGGACCTGTTGGGTGGGTTGTTGTTGTTGTCGATCTTGATTGGTTTTCGT
TCTTGCTGTTGTTGTTCTTTTCTTGGGGTTTCGGTTTGTTCTTGTTCCTGAAACCTCCTC
CACTAAGCACCGCGCTATCTATACTCGTTGTCACTTTGGAAGAAGCGCATCCAATAATGT
CGTCTACCAATGCTTCTCTCCTCTTCGTA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1F438JQ U 1
AF RR1H630JQ U 2
BS 1 26 RR1F438JQ
BS 27 27 RR1H630JQ
BS 28 125 RR1F438JQ
BS 126 126 RR1H630JQ
BS 127 181 RR1F438JQ
BS 182 182 RR1H630JQ
BS 183 279 RR1F438JQ
BS 280 280 RR1H630JQ
BS 281 565 RR1F438JQ
BS 566 569 RR1H630JQ

RD RR1F438JQ 567 0 0
GGAAAAATGGGAATACATTTATATTAGATCATAGTTTAATACTAGCCTTGAAGGCAGATA
ATCACTATTCAGTACAAATATACAACTTAAAGAAACTAATTTATACTTGTGATGGGTATG
CATCAGATCAATTCATCTCTCTGTGTCGAGTATGTTCCTCCTTTTATCCAAACATGAAAG
AGAGATCATCCATAGGAACCTCATCAAGCCCTGCTGTATCAATATCCTGAAGACCCTCGA
ACCAGTTTCCTATATCTGCCTGCTCATCCATTTCCTCTAGATCATGGAACGCTAGTTTTG
AGAAATCTATTGGAGCTTCCTCATCTACTGCTGCACCATCTCCTGAGATACCTCCTCTGC
ATCTGCTTGCTGGACCTGTTGGGTGGGTTGTTGTTGTTGTCGATCTTGATTGGTTTTCGT
TCTTGCTGTTGTTGTTCTTTTCTTGGGGTTTCGGTTTGTTCTTGTTCCTGAAACCTCCTC
CACTAAGCACCGCGCTATCTATACTCGTTGTCACTTTGGAAGAAGCGCATCCAATAATGT
CGTCTACCAATGCTTCTCTCCTCTT
TG

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1H630JQ 568 0 0
GG
AAAATGGGAATACATTTATATTAAATCATAGTTTAATACTAGCCTTGAAGGCAGATAATC
ACTATTCAGTACAAATATACAACTTAAAGAAACTAATTTATACTTGTGATGGGTATGCAT
CAAATCAATTCATCTCTCTGTGTCGAGTATGTTCCTCCTTTTATCCAAACATGAAAGAAA
GATCATCCATAGGAACCTCATCAAGCCCTGCTGTATCAATATCCTGAAGACCCTCGAACC
AGTTTCCTATATCTGCCTGCTCATCCATTTCCTCTAAATCATGGAACGCTAGTTTTGAGA
AATCTATTGGAGCTTCCTCATCTACTGCTGCACCATCTCCTGAGATACCTCCTCTGCATC
TGCTTGCTGGACCTGTTGGGTGGGTTGTTGTTGTTGTCGATCTTGATTGGTTTTCGTTCT
TGCTGTTGTTGTTCTTTTCTTGGGGTTTCGGTTTGTTCTTGTTCCTGAAACCTCCTCCAC
TAAGCACCGCGCTATCTATACTCGTTGTCACTTTGGAAGAAGCGCATCCAATAATGTCGT
CTACCAATGCTTCTCTCCTCTTCGTA

QA 3 568 3 568
DS 



AS 1 4

CO CL2811Contig1 1420 4 25 U
GGATTAAATAAAAAGACAAGAAAGGAAGAAAATCAGACAGGCAGAACAATTAAGTCTACT
TGGTCGTCGTCTTCCACTAATTATCTGGTTTTTATCGAAGACTTTTAGAGAAGTACATTT
GCAGTCTGTCAATAACCCTTTCGTCACGGAATTACTCCAAGCCGCGTAGTGGTCGACTCC
AAAATCATCCTCTCTTTATGGCTCTCCGATTTTGAGTTTTCAGGGTCTCGAAATCTTGGA
GAAGGTGTATGCGGAGTCAATTAAAATCAAACATCTGCTTCTCATGGCGAGCTTCTGTTG
CTTCGGTTCTTCAGACTACGATCTCGTGACTGGGAGGGCGTCATCTAGTTCTGGGAAAGG
AAAAAACAGCGATGGTGAGATTAAATTTGGCTACAGCTTGGTGAAAGGGAAAGCTAATCA
TCCGATGGAAGATTACTATGTCTCCAAATTCACGAAAATTGACGGCAAGGAGCTCGGTTT
GTTTGCCATCTACGATGGTCATTTGGGCGAACGTGTTCCTGCTTATCTTCAGAAGCATTT
GTTCTCCAACATTCTCAAAGAGGAGCATTTTTGGTATGATACTCAGAGAGCACTAATTGC
TGCCTATGAGAAGACAGACCAAACCATTCTGTCACATTCTGACCTAGGCCGTGGTGGCTC
AACCGCCGTAACCGCTATTCTGCTGGATGGACGACGTTTGTGGGTGGCAAATGTGGGTGA
TTCCCGGGCTGTTTTGTCACGAGGTGGTCAGGCAATACAGATGACTGTTGATCACGAGCC
CCACACTGAAAGGTTAAGCATTGAGGATAAAGGAGGCTTCGTATCAAACATGCCAGGAGA
TGTGCCTCGTGTTAACGGGCAGCTAGCAGTTTCCCGTGCTTTTGGGGACAAAAGCCTCAA
AACACATCTGCGGTCAGATCCAGACGTTAAAGATTCATCGATAGATGCTCACACAGATGT
TCTAGTTCTTGCTAGTGACGGTCTATGGAAGGTGATGGCTAACCAAGAGGCGATTGATAT
CGCCAGAAGAATCAAAGATCCAGTGAAAGCAGCAAAAGAACTAACGACCGAAGCACTAAG
AAGGGACAGCAAAGATGATATATCTTGCATCGTCGTCAGATTGAGGTGATGGAATTTTAT
TCTACAAAACCCACCAGAAAAAAAAAGGATGAAACTTATTAGAAATGGAAGAAACCAAAT
AAATAAAGTTTGATTATCAAGAATAGAAGACGATGTAAAATGTATTTTTAATACACTTTT
GTTTCCTCCGGTGTAAAATGGTTGATCGGTTTTCCGGATGTTTGGTAATTTGATTGGTTT
GATTTGTGTAAGTGAGTGAGAATCATATTATTTGGTGTATAAACACAACTTTTCTTCTGC
TTTGATCTGAGAAGATTACTACAAGGCATGTGTGTTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF32TF U 1
AF RR1BX35TF U 486
AF RR1GF32JQ C 677
AF RR1BX35JQ C 677
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BS 774 1056 RR1BX35TF
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BS 1107 1151 RR1BX35JQ
BS 1152 1152 RR1GF32JQ
BS 1153 1161 RR1BX35JQ
BS 1162 1162 RR1GF32JQ
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BS 1254 1254 RR1GF32JQ
BS 1255 1420 RR1BX35JQ

RD RR1GF32TF 773 0 0
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TGGTCGTCGTCTTCCACTAATTATCTGGTTTTTATCGAAGACTTTTAGAGAAGTACATTT
GCAGTCTGTCAATAACCCTTTCGTCACGGAATTACTCCAAGCCGCGTAGTGGTCGACTCC
AAAATCATCCTCTCTTTATGGCTCTCCGATTTTGAGTTTTCAGGGTCTCGAAATCTTGGA
GAAGGTGTATGCGGAGTCAATTAAAATCAAACATCTGCTTCTCATGGCGAGCTTCTGTTG
CTTCGGTTCTTCAGACTACGATCTCGTGACTGGGAGGGCGTCATCTAGTTCTGGGAAAGG
AAAAAACAGCGATGGTGAGATTAAATTTGGCTACAGCTTGGTGAAAGGGAAAGCTAATCA
TCCGATGGAAGATTACTATGTCTCCAAATTCACGAAAATTGACGGCAAGGAGCTCGGTTT
GTTTGCCATCTACGATGGTCATTTGGGCGAACGTGTTCCTGCTTATCTTCAGAAGCATTT
GTTCTCCAACATTCTCAAAGAGGAGCATTTTTGGTATGATACTCAGAGAGCACTAATTGC
TGCCTATGAGAAGACAGACCAAACCATTCTGTCACATTCTGACCTAGGCCGTGGTGGCTC
A*CCGCCGTA*CCGCTATTCTGCTGGATGGACGACGTTTGTGGGTGGCAA*TGTGGGTGA
TTCCCGGGCTGTTTTGTCACGAG*TGGTCAG*CTATACAGATGACTGTTGATC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1BX35TF 621 0 0
CT
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AACATTCTCAAAGAGGAGCATTTTTGGTATGATACTCAGAGAGCACTAATTGCTGCCTAT
GAGAAGACAGACCAAACCATTCTGTCACATTCTGACCTAGGCCGTGGTGGCTCAACCGCT
GTAACCGCTATTCTGCTGGATGGACGACGTTTGTGGGTGGCAAATGTGGGTGATTCCCGG
GCTGTTTTGTCACGAGGTGGTCAGGCAATACAGATGACTGTTGATCACGAGCCCCACACT
GAAAGGTTAAGCATTGAGGATAAAGGAGGCTTCGTATCAAACATGCCAGGAGATGTGCCT
CGTGTTAACGGGCAGCTAGCAGTTTCCCGTGCTTTTGGGGACAAAAGCCTCAAAACACAT
CTGCGGTCAGATCCAGACGTTAAAGATTCATCGATAGATGCTCACACAGATGTTCTAGTT
CTTGCTAGTGACGGTCTATGGAAGGTGATGGCTAACCAAGAGGCGATTGATATCGCCAGA
AGAATCAAAGATCCAGTGAAAGCAGCAAA*GAACTAACGACCGAAGCACTAAGAAGGG*C
AGCAAAGATGATATATCTT

QA 3 621 3 621
DS 

RD RR1GF32JQ 592 0 0
ATTCTGCTGGATGGACGACGTTTGTGGGTGGCAAATGTGGGTGATTCCCGGGCTGTTTTG
TCACGAGGTGGTCAGGCTATACAGATGACTGTTGATCACGAGCCCCACACTGAAAGGTTA
AGCATTGAGGATAAAGGAGGCTTCGTATCAAACATGCCAGGAGATGTGCCTCGTGTTAAC
GGGCAGCTAGCAGTTTCCCGTGCTTTTGGGGACAAAAGCCTCAAAACACATCTGCGGTCA
GATCCAGACGTTAAAGATTCATCGATAGATGCTCACACAGATGTTCTAGTTCTTGCTAGC
GACGGTCTATGGAAGGTGATGGCTAACCAAGAGGCGATTGATATCGCCAGAAGAATCAAA
GATCCAGTGAAAGCAGCAAAAGAACTAACGACGGAAGCACTGAGAAGAGACAGCAAAGAT
GATATATCTTGCATCGTCGTCAGATTGAGGTGATGGAATTT*ATTCTACAAAACCCACCA
GAAGAAAAAAGGATGAAACTTATTAGAAATGGAAGAAACCAAATAAATAAAGTTTGATTA
TCAAGAATAGAAGACGATGTAAAATGTATTTTTAATACATTTTTGTTTCCTC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1BX35JQ 744 0 0
ATTCTGCTGGATGGACGACGTTTGTGGGTGGCAAATGTGGGTGATTCCCGGGCTGTTTTG
TCACGAGGTGGTCAGGCAATACAGATGACTGTTGATCACGAGCCCCACACTGAAAGGTTA
AGCATTGAGGATAAAGGAGGCTTCGTATCAAACATGCCAGGAGATGTGCCTCGTGTTAAC
GGGCAGCTAGCAGTTTCCCGTGCTTTTGGGGACAAAAGCCTCAAAACACATCTGCGGTCA
GATCCAGACGTTAAAGATTCATCGATAGATGCTCACACAGATGTTCTAGTTCTTGCTAGT
GACGGTCTATGGAAGGTGATGGCTAACCAAGAGGCGATTGATATCGCCAGAAGAATCAAA
GATCCAGTGAAAGCAGCAAAAGAACTAACGACCGAAGCACTAAGAAGGGACAGCAAAGAT
GATATATCTTGCATCGTCGTCAGATTGAGGTGATGGAATTTTATTCTACAAAACC*ACCA
GAAAACAAAAGGATGAAACTTATTAGAAATGGAAGAAACCAAATAAATAAAGTTTGATTA
TCAAGAATAGAAGACGATGTAAAATGTATTTTTAATATACTTTTGTTTCCTCCGGTGTAA
AATGGTTGATCGGTTTTCCGGATGTTTGGTAATTTGATTGGTTTGATTTGTGTAAGTGAG
TGAGAATCATATTATTTGGTGTATAAACACAACTTTTCTTCTGCTTTGATCTGAGAAGAT
TACTACAAGGCATGTGTGTTGTGC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 3

CO CL2812Contig1 742 3 16 U
GGAGGTCGCACAACAAATAAGAGAGAAGGGTGGAGACGACGACGAGGAACAATCAAAATC
AAAATCAATCAATTCCATGGAAATCGAGGTCTCTAGCTCGACTCCTGATTCAGTCGAGTT
AGATAGCATCCGTGTCAAGCGGAAGACGTTGCAGAATCTGCTCGAGGATTGCCAGAGAGC
TCTCGAGCTGCTCAATCTCACCGATACTGCTCCCGATGGCTCCCAAGAGGATAATAACAT
CGACTCACCTGAGAGGGAAGAAGAAGAGTTTTCTTCTTCTTCCGATCCTGAAGCCGATAA
ATTGTATGATCTCATCAGATCTAGAGTCGAAGGTCATGACTTTCGGGAAAAGATTGAGTT
AGCTCAAGTCTCTCTTCTCCATGATCTTCCTGAAGATGGTAGCTCTTGGGACGTAGTTAG
TGAAGATGATGTATGGGGTGGTGAGGCTCAAACGGAAGATGATTATGTTCTTGTTAGGGA
AGAAGATATTGCTGACGGTATCGCTTGTTTCATGCCTACTTATTTATCTTCCCTTAACCA
GACTAAGGATATATCACCTGATCAGCTTCAGAAAGCACTTAGCACGATGTTTTCAGTGAA
GAAGCGAAAAGGGAAGCTTCGTAAAGCATGGGAAAGGAAGTAAAGTTATTTACAACGTTG
CATCCTGGAGTGCTACTGCCATTGGGATATATCAAAACCCGATGATCCTGAGTATTGCAT
CCAAAGCCTTCTGGGTGTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F756TF U 55
AF RR1D994TF U 1
AF RR1BW54TF U 77
BS 1 82 RR1D994TF
BS 83 83 RR1F756TF
BS 84 126 RR1D994TF
BS 127 127 RR1F756TF
BS 128 129 RR1D994TF
BS 130 130 RR1F756TF
BS 131 258 RR1D994TF
BS 259 259 RR1F756TF
BS 260 514 RR1D994TF
BS 515 515 RR1BW54TF
BS 516 525 RR1D994TF
BS 526 526 RR1BW54TF
BS 527 609 RR1D994TF
BS 610 610 RR1BW54TF
BS 611 664 RR1D994TF
BS 665 742 RR1BW54TF

RD RR1F756TF 423 0 0
GG
AATCAAAATCAATCAATTCCATGGAAATCGAGGTCTCTAGCTCGACTCCTGATTCAGTCG
AGTTAGATAGCATCCGTGTCAAGCGTAAGACGTTGCAGAATCTGCTCGAGGATTGCCAGA
GAGCTCTCGAGCTGCTCAATCTCACCGATACTGCTCCCGATGGCTCCCAAGAGGATAATA
ACATCGACTCACCTGAGAGGGAAGAAGAAGAGTTTTCTTCTTCTTCCGATCCTGAAGCCG
ATAAATTGTATGATCTCATCAGATCTAGAGTCGAAGGTCATGACTTTCGGGAAAAGATTG
AGTTAGCTCAAGTCTCTCTTCTCCATGATCTTCCTGAAGATGGTAGCTCTTGGGACGTAG
TTAGTGAAGATGATGTATGGGGTGGTGAGGCTCAAACGGAAGATGATTATGTTCTTGT
AGG

QA 3 420 3 420
DS 

RD RR1D994TF 664 0 0
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AAAATCAATCAATTCCATGGAAGTCGAGGTCTCTAGCTCGACTCCTGATTCAGTCGAGTT
AGATAGTATTCGTGTCAAGCGGAAGACGTTGCAGAATCTGCTCGAGGATTGCCAGAGAGC
TCTCGAGCTGCTCAATCTCACCGATACTGCTCCCGATGGCTCCCAAGAGGATAATAACAT
CGACTCACCTGAGAGGGAGGAAGAAGAGTTTTCTTCTTCTTCCGATCCTGAAGCCGATAA
ATTGTATGATCTCATCAGATCTAGAGTCGAAGGTCATGACTTTCGGGAAAAGATTGAGTT
AGCTCAAGTCTCTCTTCTCCATGATCTTCCTGAAGATGGTAGCTCTTGGGACGTAGTTAG
TGAAGATGATGTATGGGGTGGTGAGGCTCAAACGGAAGATGATTATGTTCTTGTTAGGGA
AGAAGATATTGCTGACGGTATCGCTTGTTTCATGGCTACTTATTTGTCTTCCCTTAACCA
GACTAAGGATATATCACCTGATCAGCTTCAGAAAGCACTTAGCACGATGTTTTCAGTGAA
GAAGCGAAAGGGGAAGCTTCGTAAAGCATGGGAAAGGAAGTAAAGTTATTTACAACGTTG
CATC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1BW54TF 666 0 0
ATGGAAATCGAGGTCTCTAGCTCGACTCCTGATTCAGTCGAGTTAGATAGCATCCGTGTC
AAGCGGAAGACTTTGCAGAATCTGCTCGAGGATTGCCAGAGAGCTCTCGAGCTGCTCAAT
CTCACCGATACTGCTCCCGATAGCTCCCAAGAGGATAATAACATCGACTCACCTGAGAGG
GAAGAAGAAGAGTTTTCTTCTTCTTCCGATCCTGAAGCCGATAAATTGTATGATCTCATC
AGATCTAGAGTCGAAGGTCATGACTTTCGGGAAAAGATTGAGTTAGCTCAAGTCTCTCTT
CTCCATGATCTTCCTGAAGATGGTAGCTCTTGGGACGTAGTTAGTGAAGATGATGTATGG
GGTGGTGAGGCTCAAACGGAAGATGATTATGTTCTTGTTAGGGAAGAAGATATTGCTGAC
GGTATCGCTTGTTTCATGCCTACTTATTTATCTTCCCTTAACCAGACTAAGGATATATCA
CCTGATCAGCTTCAGAAAGCACTTAGCACGATGTTTTCAGTGAAGAAGCGAAAAGGGAAG
CTTCGTAAAGCATGGGAA*GGAAGTAAAGTTATTTACAACGTTGCATCCTGGAGTGCTAC
TGCCATTGGGATATATCAAAACCCGATGATCCTGAGTATTGCATCCAAAGCCTTCTGGGT
GTCTTG

QA 1 666 1 666
DS 



AS 2 4

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TTTGCCTTATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATAT
ACTCATTGGTGCATTGGGTTTACTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAAACATACAAA
TAAGCATGTCTGTGGTCAGGGGAGTGGCTTCTGCAACTGCAACCCTTATTAGTCATGTCA
ACGTATCAGATTTTATAATTGAACTACGGATTCTTACAAGCCAGATTTTATAATTTATAC
AATTTTTTGCCTTAAGTCAGCAACGTTTTCGTGACAGTTTCTTT


BQ
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AF RR1EL47JQ C 1
AF RR1EL47TF U 1
BS 1 1 RR1EL47JQ
BS 2 344 RR1EL47TF

RD RR1EL47JQ 344 0 0
GTATGCTGATGGACAGTTTTGGCTTCACAGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGGGTT
TTTGCCTTATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATAT
ACTCATTGGTGCATTGGGTTTACTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAAACATACAAA
TAAGCATGTCTGTGGTCAGGGGAGTGGCTTCTGCAACTGCAACCCTTATTAGTCATGTCA
ACGTATCAGATTTTATAATTGAACTACGGATTCTTACAAGCCAGATTTTATAATTTATAC
AATTTTTTGCCTTAAGTCAGCAACGTTTTCGTGACAGTTTCTTT

QA 1 344 1 344
DS 

RD RR1EL47TF 344 0 0
G
TATGCTGATGGACAGTTTTGGCTTCACAGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGGGTTT
TTGCCTTATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATATA
CTCATTGGTGCATTGGGTTTACTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAAACATACAAAT
AAGCATGTCTGTGGTCAGGGGAGTGGCTTCTGCAACTGCAACCCTTATTAGTCATGTCAA
CGTATCAGATTTTATAATTGAACTACGGATTCTTACAAGCCAGATTTTATAATTTATACA
ATTTTTTGCCTTAAGTCAGCAACGTTTTCGTGACAGTTTCTTT

QA 2 344 2 344
DS 



CO CL2813Contig2 929 2 2 U
GGGAAATCTGTCTTCTTCGTCTCAACTGAAACGCGTGAGGACAAGTTTCCGCGGATCTGA
ATCATCATTTTGTCTGGAAATCGAAAGAAGGAACAACCATGGGTTTGGTCGGAGAAACAG
TAGACTCAATCAAATCAATCAAGATCCGTCAGCTTCTCACGCAGGCCGTCACGCTCGGTA
TGATCGTGACGTCAGCGTTGATAATATGGAAGGCGTTGATGTGTGTGACTGGCACTGAGT
CTCCAGTAGTTGTTGTTCTCTCGGGAAGCGTGGAACCTGGCTTCAAGAGAGGGGATATAT
TGTTTTTGCACATGACCAAAGAGCCTATCCGAGCAGGCGAGATTGTTGTTTTCAATGTTG
ATGGTCGTGACATTCCCATTGTCCATCGTGCCATCAAAGTTCATGAGAGGGGAAACACTG
GACATGTTGATGTTCTAACAAAAGGTGACAACAATGACGTGGATGACATTGGTCTCTATG
CAGATGGACAGTTTTGGCTTCACAGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGGGTTTTTGC
CTTATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATATACTCA
TTGGTGCATTGGGTTTGCTCGTTATAACATCCAAGGACTGAGAGAAACATACGAATACGC
ATGTCTGTGGTCAGGGAAGTGGCTTCTGTAACTGCAACCCCTCATTAGTCATGTCCTTAA
GAACGTATCAGATTTTATAGTTGAATTACAGATTCTTACAAGCCAGATTTTATACTTTTA
TACAATTTTTTGCCTCAAGTCATCAATATTTCGTGACAATTTCTTTAACAGCATTGTCTG
TGACTTCCTTCCAGTCAAGCGGACAGCTTGATTTCTGGAGGGATGCACTAGTTTTATTCA
ATTCCAAAACAGCAGGGCGATTAGATTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H732TF U 1
AF RR1H732JQ C 171
BS 1 670 RR1H732TF
BS 671 929 RR1H732JQ

RD RR1H732TF 670 0 0
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ATCATCATTTTGTCTGGAAATCGAAAGAAGGAACAACCATGGGTTTGGTCGGAGAAACAG
TAGACTCAATCAAATCAATCAAGATCCGTCAGCTTCTCACGCAGGCCGTCACGCTCGGTA
TGATCGTGACGTCAGCGTTGATAATATGGAAGGCGTTGATGTGTGTGACTGGCACTGAGT
CTCCAGTAGTTGTTGTTCTCTCGGGAAGCGTGGAACCTGGCTTCAAGAGAGGGGATATAT
TGTTTTTGCACATGACCAAAGAGCCTATCCGAGCAGGCGAGATTGTTGTTTTCAATGTTG
ATGGTCGTGACATTCCCATTGTCCATCGTGCCATCAAAGTTCATGAGAGGGGAAACACTG
GACATGTTGATGTTCTAACAAAAGGTGACAACAATGACGTGGATGACATTGGTCTCTATG
CAGATGGACAGTTTTGGCTTCACAGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGGGTTTTTGC
CTTATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATATACTCA
TTGGTGCATTGGGTTTGCTCGTTATAACATCCAAGGACTGAGAGAAACATACGAATACGC
ATGTCTGTGG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1H732JQ 759 0 0
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GGCACTGAGTCTCCAGTAGTTGTTGTTCTCTCGGGAAGCGTGGAACCTGGCTTCAAGAGA
GGGGATATATTGTTTTTGCACATGACCAAAGAGCCTATCCGAGCAGGCGAGATTGTTGTT
TTCAATGTTGATGGTCGTGACATTCCCATTGTCCATCGTGCCATCAAAGTTCATGAGAGG
GGAAACACTGGACATGTTGATGTTCTAACAAAAGGTGACAACAATGACGTGGATGACATT
GGTCTCTATGCAGATGGACAGTTTTGGCTTCACAGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTT
GGGTTTTTGCCTTATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAG
TATATACTCATTGGTGCATTGGGTTTGCTCGTTATAACATCCAAGGACTGAGAGAAACAT
ACGAATACGCATGTCTGTGGTCAGGGAAGTGGCTTCTGTAACTGCAACCCCTCATTAGTC
ATGTCCTTAAGAACGTATCAGATTTTATAGTTGAATTACAGATTCTTACAAGCCAGATTT
TATACTTTTATACAATTTTTTGCCTCAAGTCATCAATATTTCGTGACAATTTCTTTAACA
GCATTGTCTGTGACTTCCTTCCAGTCAAGCGGACAGCTTGATTTCTGGAGGGATGCACTA
GTTTTATTCAATTCCAAAACAGCAGGGCGATTAGATTGT

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 4

CO CL2814Contig1 583 4 6 U
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AGGAACTTCCTTCTACGGAGGTTGGGGAAGTTCAATCTCCGGCGAGGATTACCACACCAT
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AACTGCATTTTCTCATTTATGAATGTTATTATGTGCATCATCACTCTGATAACAATACTA
CTCTTTTGAAACAAGATGAATCTTTTATATATATGTATATGAC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AP09JQ C 1
AF RR1C622TF U 1
AF RR1C622JQ C 1
AF RR1AP09TF U 1
BS 1 229 RR1C622TF
BS 230 230 RR1AP09TF
BS 231 343 RR1C622TF
BS 344 344 RR1AP09TF
BS 345 548 RR1C622TF
BS 549 583 RR1AP09TF

RD RR1AP09JQ 583 0 0
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CTCTTTTGAAACAAGATGAATCTTTTATATATATGTATATGAC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1C622TF 552 0 0
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AGGAACTTCCTTCTACGGAGGTTGGGGAAGTTCAATCTCCGGCGAGGATTACCACACCAT
GCTCGCCAAAACAACTGCGCCACGGCAACACTTTGCCAAGCTGTCACGGAAGCCAATCAG
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TGTCACTAGGGACATAGTAGGCAAGAAGAGGTTTAATCAGCTTAGAGGCAAAGCCATTGC
TTTACACTCTCAGGTGATTACAGAGTTCTGCAAATCGATAGGAGCTGATGCAAAACAGAG
ACAAGGACTGATTAGGCTTGCTAAGAAGAATGGAGAGAAGCTTGGCTTCCTTGCTTGACA
TCCATTCCTCTCTGTATACTACAAACCCTCTTCTTCTTCTTGTTTCCTCTTTAAAATAGA
AACTGCATTTTCTCATTTATGAATGTTATTATGTGCATCATCACTCTGATAACAATACTA
CTCTTTTG
AAAC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1C622JQ 548 0 0
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AACTGCATTTTCTCATTTATGAATGTTATTATGTGCATCATCACTCTGATAACAATACTA
CTCTTTTG

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1AP09TF 583 0 0
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AACTGCATTTTCTCATTTATGAATGTTATTATGTGCATCATCACTCTGATAACAATACTA
CTCTTTTGAAACAAGATGAATCTTTTATATATATGTATATGAC

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 4

CO CL2815Contig1 1071 4 7 U
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AATAATTCCATAACATTAAACAGTTCTTATGAATCTCTAGTTTCACGTACTTCATTGTTT
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GGCCTCTCCAACATACTCCAATTCACTTACCTCAGCCGAAATTAACTTTAAAACAACAAG
GCAGATATGACTGAATGCAGAAACAGCCAATGAAGTATCTCTTATCGTTTTAACTTTCCT
CTGGAAGGTGTTTATGCCAGAAATAACCGGAGAGAGAGGCCTTTGTCTATTAATTGTCTG
TCTTATCGTCATCCTTCAACACTGTACTAGGACCATCATCAAAACCGGACACAGGAGCAA
GTTCGTTTAGGTCAAGGTAATGCCTTTTGCCTAATACACCCTCACCTTCTTCTTGGTCTG
TGCCATTTGACTTGTTCAGTTGATTATTATTCTCTGTACCATTTGCTGTCCCGGCATTAT
CATTGACCTCTCTGGGCTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTACTTCTTCAGCAGAATTTGTTT
CTGGCCCATCTGCATTTTCTTCAGAGTCCTCACTTCCCATCGTGAAATCCCCATTCCCTG
ATTCATCAGTCTCTTCATCTGGATCTGGCTCTACCAATCGCTTACGTTTTGCCGCGCCTG
CTGCTGCTTCATTGTCTGATTCCGAGAGCTCATATTGTTGGTAATCGATTCTTGTGGCTC
TTTTACTACGCCTCAGGCCTGGCCGGGAACCATTCGACCTTGATCTTAACTTGGTTCCTC
TCCGGGGCATTTTCCTAACCCTTCGGGGCTCATCACTATCTTCTTCGCTAGCACTTGGAA
AACCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCTTCTTCCTCGTACTCGGCATTGTCTTCATCCCATT
TGTACTCTTCATCTCCTTTCTCTTCCTCTCCCTCGGAACCACTAGAAAACTTCTTCTGTT
TACGCTTCCTCAGATACTCGTCATCATAAACTGCTTCCCCAACAATGCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV86JQ U 1
AF RR1C353JQ U 38
AF RR1DV86TF C 378
AF RR1C353TF C 330
BS 1 108 RR1DV86JQ
BS 109 109 RR1C353JQ
BS 110 142 RR1DV86JQ
BS 143 143 RR1C353JQ
BS 144 625 RR1DV86JQ
BS 626 754 RR1C353JQ
BS 755 1071 RR1C353TF

RD RR1DV86JQ 625 0 0
GCCTTGAACGTGTTCTCATGGTTTAACACAAAAATTAGACAAAATTAATTGTACATTAAT
AATAATTCCATAACATTAAACAGTTCTTATGAATCTCTAGTTTCACGTTCTTCATTGTTT
CTCTTTCAGGGTAACCAAAAATTAATGACTAACCTAATCTAGTACACACATCTCTTCTTA
GGCCTCTCCAACATACTCCAATTCACTTACCTCAGCCGAAATTAACTTTAAAACAACAAG
GCAGATATGACTGAATGCAGAAACAGCCAATGAAGTATCTCTTATCGTTTTAACTTTCCT
CTGGAAGGTGTTTATGCCAGAAATAACCGGAGAGAGAGGCCTTTGTCTATTAATTGTCTG
TCTTATCGTCATCCTTCAACACTGTACTAGGACCATCATCAAAACCGGACACAGGAGCAA
GTTCGTTTAGGTCAAGGTAATGCCTTTTGCCTAATACACCCTCACCTTCTTCTTGGTCTG
TGCCATTTGACTTGTTCAGTTGATTATTATTCTCTGTACCATTTGCTGTCCCGGCATTAT
CATTGACCTCTCTGGGCTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTACTTCTTCAGCAGAATTTGTTT
CTGGCCCATCTGCATTTTCTTCAGA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1C353JQ 717 0 0
GACAAAATTAATTGTACATTAATAATAATTCCATAACATTAAACAGTTCTTATGAATCTC
TAGTTTCACGTACTTCATTGTTTCTCTTTCAGGGTAACCAAAAATAAATGACTAACCTAA
TCTAGTACACACATCTCTTCTTAGGCCTCTCCAACATACTCCAATTCACTTACCTCAGCC
GAAATTAACTTTAAAACAACAAGGCAGATATGACTGAATGCGGAAATAGCCAATGAAGTA
TCTCTTATCGTTTTAACTTTCCTCTGGAAGGTGTTTATGCCAGAAATAACCGGAGAGAGA
GGCCTTTGTCTATTAATTGTCTGTCTTATCGTCATCCTTCAACACTGTACTAGGACCATC
ATCAAAACCGGACACAGGAGCAAGTTCGTTTAGGTCAAGGTAATGCCTTTTGCCTAATAC
CCCCTCACCTTCTTCTTGGTCTGTGCCATTTGACTTGTTCAGTTGATTATTATTCTCTGT
ACCATTTGCTGTCCCGGCATTATCATTGACCTCTCTGGGCTCTTCTTCTTCTTCTTCCTC
TACTTCTTCAGCAGAATTTGTTTCTGGCCCATCTGCATTTTCTTCAGAGTCCTCACTTCC
CATCGTGAAATCCCCATTCCCTGATTCATCAGTCTCTTCATCTGGATCTGGCTCTACCAA
TCGCTTACGTTTTGCCGCGCCTGCTGCTGCTTCATTGTCTGATTCCGAGAGCTCATA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1DV86TF 567 0 0
AACACTGTACTAGGACCATCATCAAAACCGGACACAGGAGCAAGTTCGTTTAGGTCAAGG
TAATGCCTTTTGCCTAATACACCCTCACCTTCTTCTTGGTCTGTGCCATTTGACTTGTTC
AGTTGATTATTATTCTCTGTACCATTTGCTGTCCCGGCATTATCATTGACCTCTCTGGGC
TCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTACTTCTTCAGCAGAATTTGTTTCTGGCCCATCTGCATTT
TCTTCAGAGTCCTCACTTCCCATCGTGAAATCCCCATTCCCTGATTCATCAGTCTCTTCA
TCTGGATCTGGCTCTACCAATCGCTTACGTTTTGCCGCTCCTGCTGCTGCTTCATTGTCT
GATTCCGAGAGCTCATATTGTTGGTAATCGATTCTTGTGGCTCTTTTACTACGCCTCAGG
CCTGGCCGGGAACCATTCGACCTTGATCTTAACTTGGTTCCTCTCCGGGGCATTTTCCTA
ACCCTTCGGGGCTCATCACTATCTTCTTCGCTAGCACTTGGAGAATCTTCCTCTTCCTCT
TCCTCTTCTTCTTCCTCGTACTCGGC
C

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1C353TF 742 0 0
GAGAGAGAGGC*TTTGTCTATTAAT*GTCTGTCT*ATCGTCATC*TTCAACACTGTACTA
GGACCATCATCAAAACCGGACACAGGAGCAAGTTCGTTTAGGTCAAGGTAATGCCTTTTG
CCTAATACCCCCTCACCTTCTTCTTGGTCTGTGCCATTTGACTTGTTCAGTTGATTATTA
TTCTCTGTACCATTTGCTGTCCCGGCATTATCATTGACCTCTCTGGGCTCTTCTTCTTCT
TCTTCCTCTACTTCTTCAGCAGAATTTGTTTCTGGCCCATCTGCATTTTCTTCAGAGTCC
TCACTTCCCATCGTGAAATCCCCATTCCCTGATTCATCAGTCTCTTCATCTGGATCTGGC
TCTACCAATCGCTTACGTTTTGCCGCGCCTGCTGCTGCTTCATTGTCTGATTCCGAGAGC
TCATATTGTTGGTAATCGATTCTTGTGGCTCTTTTACTACGCCTCAGGCCTGGCCGGGAA
CCATTCGACCTTGATCTTAACTTGGTTCCTCTCCGGGGCATTTTCCTAACCCTTCGGGGC
TCATCACTATCTTCTTCGCTAGCACTTGGAAAACCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCTTCT
TCCTCGTACTCGGCATTGTCTTCATCCCATTTGTACTCTTCATCTCCTTTCTCTTCCTCT
CCCTCGGAACCACTAGAAAACTTCTTCTGTTTACGCTTCCTCAGATACTCGTCATCATAA
ACTGCTTCCCCAACAATGCCCT

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 3

CO CL2816Contig1 933 3 7 U
GGGATATCACAATAATGCATCTTTGGAGTTTTGATACTAGGTTCGTCTCTTCCAACACAT
AAGCATCAATCTACCTCAATATGCAGAAGATATTTTATGACTAAACCGGACTTGAAATTG
TTATTAAATTACACCGGTTTAAGATCAGCACCAAGGGTCAGGACATAACTGACACAGATG
AGTTATTATAGGTAGAGAAACCATTCTCATATTTACTTCCTTCTTCCTCCTCTTCCTCTT
CTCCTTCTTCTTCAGTATCCCATAGAAATCGAGCATATGAGGCAAGAACATGACAGTCAT
CAGGAGAAGATTGAACAGCTTGATCAAAGTAAGACTGAGCACGAACACCATCTCCGTGAT
TCTTCCATATCAAACCTCCATACATAGACAACATCTCACCATCTCTCCCATCCTCAGACA
ACATCGCTCTCTCACAGTACTCCTCTGCTTTTCTCTCATCACCCTTCACCTCTTTGAGGA
AACGAGCGTTGTTAGCGAGTAGAAGAGCGTCTCCAGGATAACGTTGTATCATCTCCTCGT
AGTAACCATCAACGCTCCCACCTCCACCTCCGGTACCGTCACCTCCGGCACCACCGTCTC
CACCTCTACCGCCAAATCCACCGTTAGAATCTCCTCCCTGATGGAGCCTTGATCTCTCCA
AGACCCTAGAAGACGCCGCGTCGTCGTGGTAGACGCTGGACGTTTTGGTTCTACCCTGAA
TCGCTCTCATCTCGTGGAGGTTTCCATCTGAAGAAGCTCTGGGCATCGACTTACAGCCTC
GGAGAGAAGCGGAGACGGGACGAGGCGTCGTTGCCACGCGAGCTCCGTTCGTGCAACGCG
GAGCTGAGGATATCTGGGCGGCGCGTATGTTAAGGTCCAGAGACGACGCGCTTCTCAGGA
TCATTTTTAGTAATCTTCTTCTTTTTTTAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL06JQ U 1
AF RR1EU86JQ U 97
AF RR1EU86TF C 240
BS 1 282 RR1EL06JQ
BS 283 283 RR1EU86JQ
BS 284 489 RR1EL06JQ
BS 490 490 RR1EU86JQ
BS 491 506 RR1EL06JQ
BS 507 793 RR1EU86JQ
BS 794 933 RR1EU86TF

RD RR1EL06JQ 506 0 0
GGGATATCACAATAATGCATCTTTGGAGTTTTGATACTAGGTTCGTCTCTTCCAACACAT
AAGCATCAATCTACCTCAATATGCAGAAGATATTTTATGACTAAACCGGACTTGAAATTG
TTATTAAATTACACCGGTTTAAGATCAGCACCAAGGGTCAGGACATAACTGACACAGATG
AGTTATTATAGGTAGAGAAACCATTCTCATATTTACTTCCTTCTTCCTCCTCTTCCTCTT
CTCCTTCTTCTTCAGTATCCCATAGAAATCGAGCATATGAGGGAAGAACATGACAGTCAT
CAGGAGAAGATTGAACAGCTTGATCAAAGTAAGACTGAGCACGAACACCATCTCCGTGAT
TCTTCCATATCAAACCTCCATACATAGACAACATCTCACCATCTCTCCCATCCTCAGACA
ACATCGCTCTCTCACAGTACTCCTCTGCTTTTCTCTCATCACCCTTCACCTCTTTGAGGA
AACGAGCGTAGTTAGCGAGTAGAAGA

QA 1 506 1 506
DS 

RD RR1EU86JQ 697 0 0
ATGACTAAACCGGACTTGAAATTGTTATTAAATTACACCGGTTTAAGATCAGCACCAAGG
GTCAGGACATAACTGACACAGATGAGTTATTATAGGTAGAGAAACCATTCTCATATTTAC
TTCCTTCTTCCTCCTCTTCCTCTTCTCCTTCTTCTTCAGTATCCCATAGAAATCGAGCAT
ATGAGGCAAGAACATGACAGTCATCAGGAGAAGATTGAACAGCTTGATCAAAGTAAGACT
GAGCACGAACACCATCTCCGTGATTCTTCCATATCAAACCTCCATACATAGACAACATCT
CACCATCTCTCCCATCCTCAGACAACATCGCTCTCTCACAGTACTCCTCTGCTTTTCTCT
CATCACCCTTCACCTCTTTGAGGAAACGAGCGTTGTTAGCGAGTAGAAGAGCGTCTCCAG
GATAACGTTGTATCATCTCCTCGTAGTAACCATCAACGCTCCCACCTCCACCTCCGGTAC
CGTCACCTCCGGCACCACCGTCTCCACCTCTACCGCCAAATCCACCGTTAGAATCTCCTC
CCTGATGGAGCCTTGATCTCTCCAAGACCCTAGAAGACGCCGCGTCGTCGTGGTAGACGC
TGGACGTTTTGGTTCTACCCTGAATCGCTCTCATCTCGTGGAGGTTTCCATCTGAAGAAG
CTCTGGGCATCGACTTACAGCCTCGGAGAGAAGCGGA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1EU86TF 694 0 0
TTCT
CTTCTTCTTCAGTATCCCATAGAAATCGAGCATATGAGGCAAGAACATGACAGTCATCAG
GAGAAGATTGAACAGCTTGATCAAAGTAAGACTGAGCACGAACACCATCTCCGTGATTCT
TCCATATCAAACCTCCATACATAGACAACATCTCACCATCTCTCCCATCCTCAGACAACA
TCGCTCTCTCACAGTACTCCTCTGCTTTTCTCTCATCACCCTTCACCTCTTTGAGGAAAC
GAGCGTTGTTAGCGAGTAGAAGAGCGTCTCCAGGATAACGTTGTATCATCTCCTCGTAGT
AACCATCAACGCTCCCACCTCCACCTCCGGTACCGTCACCTCCGGCACCACCGTCTCCAC
CTCTACCGCCAAATCCACCGTTAGAATCTCCTCCCTGATGGAGCCTTGATCTCTCCAAGA
CCCTAGAAGACGCCGCGTCGTCGTGGTAGACGCTGGACGTTTTGGTTCTACCCTGAATCG
CTCTCATCTCGTGGAGGTTTCCATCTGAAGAAGCTCTGGGCATCGACTTACAGCCTCGGA
GAGAAGCGGAGACGGGACGAGGCGTCGTTGCCACGCGAGCTCCGTTCGTGCAACGCGGAG
CTGAGGATATCTGGGCGGCGCGTATGTTAAGGTCCAGAGACGACGCGCTTCTCAGGATCA
TTTTTAGTAATCTTCTTCTTTTTTTAGTCC

QA 5 694 5 694
DS 



AS 1 3

CO CL2817Contig1 1106 3 6 U
GGAAATAAGCTGTCCTCTCATATAATGATGATTAAATTATATTTATGCATATAATGTTAA
CTGAAATGATAATAGCTAAGCAAAAAAAAGAAGAACAAGAGTACAGATCAAAATAATTCA
GAATTCATCAAACAAGCTTTTCATATGGCCATCAAAGAACCCTCCAAAGTGAAACAATCA
CACTGACCGTAAACCACCACCGGCTTGCAAAGCTTCTTGCAGAGATGTCACAGCGCCTTC
GTAGTTTAAGAAACCCATGAACCAGAACTCATGATTGTCTACCGATATTACCTGTATGTA
CTTTTCTGCAGGGTTCACTATGCTTGTCGATGGATTCACTGCTTTGAGTTGATGTAATGG
TATCACTACCTTGTAGTAGCTCCATTCAGTTTGACCACCATTCTTGTAAGAAAGGGGGTT
GTCACTACAGTAAGCAAGCTTGGCAGAGGATATATATAGAACTCCCATAACTGGCCCAGC
TGAGGTCGACAAGTAACATGCAAAAGAATTTAGAAGCTGCTCTTCTGTAACGGTCTCAAA
GGTTTGTCGGAAGATCTTCTCATATCCTCCTTCTGCAAGGACCTTAGTGCTCTGCGCAAT
TCTTCCCATAGCGGCATCCGCAAAACTCGGAGCAGTTCTCAGGTGCTGCCAGGTGTTGCC
GGCAAGGCTCTCAGTCTTCTTAGCAGCTTCAGCAACCCTCCTTCCCCATCTCCCAAGCGC
TCCTTTCACAGACTCCATCGTATCTTTCAACGAAGCATCCGTCGTCTCAGCCGGGGGACG
AGCGATATACGGGTTAGATCCGGCCGGGTACGACGAAGCGGAGGACTTCTGATCCGGTTC
CTGAGACCCGGAAACCAGCTCGGGGCTCCAATGCACCGATTTCTTCGATCCAGACGACGT
TCTCGCCGGCGGCTGCGCTTCCCCTTGCGCCGCTGCTGGATCGATCTTTTTAGTCTCGAT
TTCGACCTCGGACAAGGCGATCTCGGTGTTCGCGTCCTCGCTGCCTCCCTTCTTCGTCGT
CGGTCCTTGATCCGCAGCTTTCGGATCGACGCTCGAGGAGGAGGGGTTCGGATTCTGATC
CTTGACAGTCTTCGCATCGGAATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT68JQ U 24
AF RR1B372JQ U 1
AF RR1B372TF C 405
BS 1 159 RR1B372JQ
BS 160 160 RR1AT68JQ
BS 161 167 RR1B372JQ
BS 168 168 RR1AT68JQ
BS 169 902 RR1B372JQ
BS 903 1106 RR1B372TF

RD RR1AT68JQ 290 0 0
GATGT
TGATTAAATTATATTTATGCATATAATGTTAACTGAAATGATAATAGCTAAGCAAAAAAA
AGAAGAACAAGAGTACAGATCAAAATAATTCAGAGTTCATCAAACAAGCTTTTCATATGG
TCATCAAAGAACTCTCCAAAGTGAAACAATCACACTGACCGTAAACCACCACCGGCTTGC
AAAGCTTCTTGCAGAGATGTCACAGCGCCTTCGTAGTTTAAGAAACCCATGAACCAGAAC
TCATGATTGTCTACCGATATTACCTGTATGTACTTTTCTGCAGGG

QA 6 290 6 290
DS 

RD RR1B372JQ 902 0 0
GGAAATAAGCTGTCCTCTCATATAATGATGATTAAATTATATTTATGCATATAATGTTAA
CTGAAATGATAATAGCTAAGCAAAAAAAAGAAGAACAAGAGTACAGATCAAAATAATTCA
GAATTCATCAAACAAGCTTTTCATATGGCCATCAAAGAATCCTCCAACGTGAAACAATCA
CACTGACCGTAAACCACCACCGGCTTGCAAAGCTTCTTGCAGAGATGTCACAGCGCCTTC
GTAGTTTAAGAAACCCATGAACCAGAACTCATGATTGTCTACCGATATTACCTGTATGTA
CTTTTCTGCAGGGTTCACTATGCTTGTCGATGGATTCACTGCTTTGAGTTGATGTAATGG
TATCACTACCTTGTAGTAGCTCCATTCAGTTTGACCACCATTCTTGTAAGAAAGGGGGTT
GTCACTACAGTAAGCAAGCTTGGCAGAGGATATATATAGAACTCCCATAACTGGCCCAGC
TGAGGTCGACAAGTAACATGCAAAAGAATTTAGAAGCTGCTCTTCTGTAACGGTCTCAAA
GGTTTGTCGGAAGATCTTCTCATATCCTCCTTCTGCAAGGACCTTAGTGCTCTGCGCAAT
TCTTCCCATAGCGGCATCCGCAAAACTCGGAGCAGTTCTCAGGTGCTGCCAGGTGTTGCC
GGCAAGGCTCTCAGTCTTCTTAGCAGCTTCAGCAACCCTCCTTCCCCATCTCCCAAGCGC
TCCTTTCACAGACTCCATCGTATCTTTCAACGAAGCATCCGTCGTCTCAGCCGGGGGACG
AGCGATATACGGGTTAGATCCGGCCGGGTACGACGAAGCGGAGGACTTCTGATCCGGTTC
CTGAGACCCGGAAACCAGCTCGGGGCTCCAATGCACCGATTTCTTCGATCCAGACGACGT
TC

QA 1 902 1 902
DS 

RD RR1B372TF 702 0 0
TGTAAGAAAGGGGGTTGTCACTACAGTAAGCAAGCTTGGCAGAGGATATATATAGAACTC
CCATAACTGGCCCAGCTGAGGTCGACAAGTAACATGCAAAAGAATTTAGAAGCTGCTCTT
CTGTAACGGTCTCAAAGGTTTGTCGGAAGATCTTCTCATATCCTCCTTCTGCAAGGACCT
TAGTGCTCTGCGCAATTCTTCCCATAGCGGCATCCGCAAAACTCGGAGCAGTTCTCAGGT
GCTGCCAGGTGTTGCCGGCAAGGCTCTCAGTCTTCTTAGCAGCTTCAGCAACCCTCCTTC
CCCATCTCCCAAGCGCTCCTTTCACAGACTCCATCGTATCTTTCAACGAAGCATCCGTCG
TCTCAGCCGGGGGACGAGCGATATACGGGTTAGATCCGGCCGGGTACGACGAAGCGGAGG
ACTTCTGATCCGGTTCCTGAGACCCGGAAACCAGCTCGGGGCTCCAATGCACCGATTTCT
TCGATCCAGACGACGTTCTCGCCGGCGGCTGCGCTTCCCCTTGCGCCGCTGCTGGATCGA
TCTTTTTAGTCTCGATTTCGACCTCGGACAAGGCGATCTCGGTGTTCGCGTCCTCGCTGC
CTCCCTTCTTCGTCGTCGGTCCTTGATCCGCAGCTTTCGGATCGACGCTCGAGGAGGAGG
GGTTCGGATTCTGATCCTTGACAGTCTTCGCATCGGAATCCC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 3

CO CL2818Contig1 629 3 21 U
AAAACAGTAAATCATCATTTTTAATGCATATAACTGACGTCCGACTAAAGCACCGTCAAA
ACATAATGTTCTGTCAAAAGGCTGAAACAGTTCCAAAAGAAGAAAAAAAAGCACTTGAGA
GTAATCTCCTACTACACTTTACTACCGATGAAACAATACAAGTTTTCAAAACCTAAGAAA
GGTCAGCGAGGGCCTTATCGATCCCCTCTGCGTGGTTCCGAAGAGTGTTCCACTGATCCA
CGCTTAGAGAGATACCTTTCTTGCCAGGCAAAGTTTTACCGTCCTTGACATAAAACTCAC
GTATGTCAATCCAAATTTTACCGTTCCAATTCCTCACAGAGACTCTCCTGTTCTTCGATA
TATTGCAGACGACGATGTCGTCCGATTCGTCGGAGGATTCGGCTGGCTTTGCGAGTTTCT
TAGCCGGAGCGTGGGTTTCAGAATCGTCATCTGATGCTCGGACATCCTCGTCTTTTCTTT
TTCCTCTCCACGACATTTTTTTTATTCTCGAGCAAGTAACCTAGTCGTGACGCTGCAGCG
GTAGAAAGCCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTACGGACAGGAAAGTGAAACGTCGCGT
ATCTACGAGGTTGCGCTCACCGAACACCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1DL89JQ U 1
AF RR1DY61JQ U 1
AF RR1DY61TF C 52
BS 1 81 RR1DL89JQ
BS 82 82 RR1DY61JQ
BS 83 98 RR1DL89JQ
BS 99 99 RR1DY61JQ
BS 100 101 RR1DL89JQ
BS 102 102 RR1DY61JQ
BS 103 118 RR1DL89JQ
BS 119 119 RR1DY61JQ
BS 120 127 RR1DL89JQ
BS 128 128 RR1DY61JQ
BS 129 176 RR1DL89JQ
BS 177 177 RR1DY61JQ
BS 178 182 RR1DL89JQ
BS 183 183 RR1DY61JQ
BS 184 222 RR1DL89JQ
BS 223 223 RR1DY61JQ
BS 224 246 RR1DL89JQ
BS 247 247 RR1DY61JQ
BS 248 263 RR1DL89JQ
BS 264 601 RR1DY61JQ
BS 602 629 RR1DY61TF

RD RR1DL89JQ 263 0 0
AAAACAGTAAATCATCATTTTTAATGCATATAACTGACGTCCGACTAAAGCACCGTCAAA
ACATAATGTTCTGTCAAAAGGGTGAAACAGTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAGCACTTGAAA
GTAATCTTCTACTACACTTTACTACCGATGAAACAATACAAGTTTTCAAAACCTAAAAAA
GGGCAGCGAGGGCCTTATCGATCCCCTCTGCGTGGTTCCGAAAAGTGTTCCACTGATCCA
CGCTTAAAGAGATACCTTTCTTG

QA 1 263 1 263
DS 

RD RR1DY61JQ 601 0 0
AAG
ACAGTAAATCATCATTTTTAATGCATATAACTGACGTCCGACTAAAGCACCGTCAAAACA
TAATGTTCTGTCAAAAGGCTGAAACAGTTCCAAAAGAAGAAAAAAAAGCACTTGAGAGTA
ATCTCCTACTACACTTTACTACCGATGAAACAATACAAGTTTTCAAAACCTAAGAAAGGT
CAGCGAGGGCCTTATCGATCCCCTCTGCGTGGTTCCGAAGAGTGTTCCACTGATCCACGC
TTAGAGAGATACCTTTCTTGCCAGGCAAAGTTTTACCGTCCTTGACATAAAACTCACGTA
TGTCAATCCAAATTTTACCGTTCCAATTCCTCACAGAGACTCTCCTGTTCTTCGATATAT
TGCAGACGACGATGTCGTCCGATTCGTCGGAGGATTCGGCTGGCTTTGCGAGTTTCTTAG
CCGGAGCGTGGGTTTCAGAATCGTCATCTGATGCTCGGACATCCTCGTCTTTTCTTTTTC
CTCTCCACGACATTTTTTTTATTCTCGAGCAAGTAACCTAGTCGTGACGCTGCAGCGGTA
GAAAGCCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTACGGACAGGAAAGTGAAACGTCGCGTA

QA 4 601 4 601
DS 

RD RR1DY61TF 578 0 0
ACCGTCAAAACATAATGTTCTGTCAAAAGGCTGAAACAGTTCCAAAAGAAGAAAAAAAAG
CACTTGAGAGTAATCTCCTACTACACTTTACTACCGATGAAACAATACAAGTTTTCAAAA
CCTAAGAAAGGTCAGCGAGGGCCTTATCGATCCCCTCTGCGTGGTTCCGAAGAGTGTTCC
ACTGATCCACGCTTAGAGAGATACCTTTCTTGCCAGGCAAAGTTTTACCGTCCTTGACAT
AAAACTCACGTATGTCAATCCAAATTTTACCGTTCCAATTCCTCACAGAGACTCTCCTGT
TCTTCGATATATTGCAGACGACGATGTCGTCCGATTCGTCGGAGGATTCGGCTGGCTTTG
CGAGTTTCTTAGCCGGAGCGTGGGTTTCAGAATCGTCATCTGATGCTCGGACATCCTCGT
CTTTTCTTTTTCCTCTCCACGACATTTTTTTTATTCTCGAGCAAGTAACCTAGTCGTGAC
GCTGCAGCGGTAGAAAGCCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTACGGACAGGAAAGTGAA
ACGTCGCGTATCTACGAGGTTGCGCTCACCGAACACCC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 4

CO CL2819Contig1 1039 4 16 U
GGGCCGCGCACTTGAACAAACTCTTGTCTCTGTGCTCTCTCTCTCTACTCTTTACTTCTT
CCGGCAGTCGATCACTCCGCTTTGATTCTGGTTAAGCTCGGAAGCTTTCGGAGTTTAAAG
CTGATTACCTATCCAAGTTATATATATAAAGACGATAGCCATGAGCTCGGTTTTGCAGGG
TTTTACCAAGTCACTGGCCATGACTTTTGTCTCGGAGATTGGCGACAAGACATTTTTCGC
CGCAGCTATATTGGCGAGGCGTTATCCAAGGAGACTTGTGTTGGCTGGTTGTGTATCTGC
TCTTATTGTCATGACTATCCTCTCTGCTACTGTTGGATGGGCTGCTCCTAATCTCATTTC
TCGCAAGTGGACTCATCACATAACCACATTGTTGTTCTTTGGTTTCGGTCTTTGGTCTTT
GTTGGACGGTTTCAAAGGAGATGGAGGGGAATCAGAAGAATTGGCTGAAGTCGAAGCAGA
ACTGGATTCTGATTTGAAGGCTAATGGTAAAGCTACCAAAGATAACAACAGTAAGACTGA
TGATGAAAACAAAAAAGAGAAAAGGCCATTCCTCGCACAATTCTTCTCTCCAATCTTTCT
CAAGGCATTTTCGATTAATTTCTTTGGTGAATTTGGTGACAAGAGTCAGCTTGCTACTAT
TGGTTTAGCCGCCGATGAAAATCCGTTTGGTGTGGTCCTTGGCGGAATTGTCGCACAGCT
ATTGTGCACAACTGCTGCTGTGATCGGAGGAAAGAGCCTAGCTTCTCAAATATCCGAACG
AATAGTTGCTCTTTCTGGTGGAATGCTTTTCATTATTTTTGGCATCCAATCGTTTCTCAC
TTCTGTTGAGTGAGGTGGCTTTGTAGTAGTGCAGATGATGACGATAAAGGAATGTCACTA
CCGATAGTTTCTTAGATGATTTAATACTTGATGTTAGATGTTTTACACAAGTGATTTAGA
AAAAAACAAATCTCATCTACAGTAAAACAAAATACATTCAAACAGCCATATTTACTTCAA
TAAAGTTGGAATTCCCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN45TF U 1
AF RR1FO88TF U 24
AF RR1CA40TF U 263
AF RR1EN45JQ C 366
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AAAA

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1FO88TF 664 0 0
GG
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GGTGAATTTGGTGACAAGAGTCAGCTTGCTACTATTGGTTTAGCCGCCGATGAAA
TCCGTTT

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G
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CCACATTGTTGTTCTTTGCTTTCGGTCTTTGGTCTTTGTTTGACGGATTCAAAGGAGATG
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AATACTTG

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TAGCCGCCGATGAAAATCCGTTTGGTGTGGTCCTTGGCGGAATTGTCGCACAGCTATTGT
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AGTTTCTTAGATGATTTAATACTTGATGTTAGATGTTTTACACAAGTGATTTAGAAAAAA
ACAAATCTCATCTACAGTAAAACAAAATACATTCAAACAGCCATATTTACTTCAATAAAG
TTGGAATTCCCTGT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 2 4

CO CL2820Contig1 747 2 2 U
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G124TF U 1
AF RR1G124JQ C 11
BS 1 490 RR1G124TF
BS 491 747 RR1G124JQ

RD RR1G124TF 490 0 0
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CACCACCGGACCACAATACTACATCTGCACCTTCGGTGACCATTGCCGCTTTGGTCAAGA
ACTTTCCATC

QA 1 490 1 490
DS 

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ATGGCCGGAGTTTTCAAAACGGTGACATGTATGTTTTTGGTTTTAGCTGCGGTTGTTTTC
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TATGATACATGGGCTGCCGGTAAAACGTTGCGTGTAGGCGACGAGCTTGAATTTGATTTC
ACCGCTGGGAGACATGATGTAGCTGTTGTAACAAAAGATGCATATGAGAACTGCGTGAAA
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CCACAATACTACATCTGCACCTTCGGTGACCATTGCCGCTTTGGTCAAGAACTTTCCATC
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CCAGGAGCCGGGACCACTACTACCACTACACCTACGGCTGGAAGTGCCGCTTCTACGTTA
GGTGGTGCCTCTTTTTTGGTCGCCTTTGTTTCTGCTGTTGTAGCTCTCTTGAGTTAGATT
CGATCGATCGGAATACTGAGTATATGTTTGTTTCAGCTTGGTATACATACGTAGTTTAAC
AATCATGCATTTTCTTT

QA 1 737 1 737
DS 



CO CL2820Contig2 882 2 12 U
GGAGAACCATAACAATCACAAAAATCAAAAGCGTCGTAAATACTCTTTAAGACAAACGTA
TATCAAGTTATCGACCAAGAGAAAAAAAAAAAGAAAAAGGGGGTGACCTGAGTTTTTTCA
ACACAACACATAGAATGGCCGGAGTTTTCAAAACGGTGACATGTATGTTTTTGGTTTTAG
CTGCGGTTGTTTTCGCAGAGGACTATGATGTTGGTGATGATACCGAATGGGCGAGACCTA
GCGATCCCAAGTTCTATGATACATGGGCTGCCGGTAAAACGTTCCGTGTAGGCGACGAGC
TTGAATTTGATTTCACCGCTGGGAGACATGATGTGGCTGTTGTAACAAAAGATGCATATG
AGAACTGTGTGAAAGAGAAACCCCTCAGCGCCATGATGACTCCTCCTGTAAAAATTGTGC
TAAACACCACCGGACCACAATACTACATCTGCACCTTCGGTGACCATTGCCGCTTTGGTC
AAAAACTTTCCATCAACGTAGTTGGTGCTGGTGGTGCTACCACCCCATCAGCTGCTGGAG
GAACCACTCCCACCACCCCGGGAGCCGGGACCACTACTACACCTACGGTTAGAAGTGCCG
CTTCTACATTAGGTGGTGCCTCTTTTTTGGTCGCCTTTGTTTCTGCTGTTGTTGCTCTCT
TTTGAGTTAGATTCGATCGATCGGAATACTGAGTATATGTTTGTTTCAGCTTGGTATACA
TACGTAGTTTAACAATCATGCATTTTCTTTATGGGAATAAAACTCCTTTCATTCAGGTCA
TTGTAAAGAGATTAGACATATGATAACTAGGTTATAAATTCAAGATTGATTTTCCACATC
ATCGATATGTATATACTATATACGATACATCATATTTCGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1H304TF U 1
AF RR1H304JQ C 253
BS 1 612 RR1H304TF
BS 613 613 RR1H304JQ
BS 614 627 RR1H304TF
BS 628 628 RR1H304JQ
BS 629 662 RR1H304TF
BS 663 663 RR1H304JQ
BS 664 667 RR1H304TF
BS 668 668 RR1H304JQ
BS 669 685 RR1H304TF
BS 686 686 RR1H304JQ
BS 687 705 RR1H304TF
BS 706 882 RR1H304JQ

RD RR1H304TF 708 0 0
GGAGAACCATAACAATCACAAAAATCAAAAGCGTCGTAAATACTCTTTAAGACAAACGTA
TATCAAGTTATCGACCAAGAGAAAAAAAAAAAGAAAAAGGGGGTGACCTGAGTTTTTTCA
ACACAACACATAGAATGGCCGGAGTTTTCAAAACGGTGACATGTATGTTTTTGGTTTTAG
CTGCGGTTGTTTTCGCAGAGGACTATGATGTTGGTGATGATACCGAATGGGCGAGACCTA
GCGATCCCAAGTTCTATGATACATGGGCTGCCGGTAAAACGTTCCGTGTAGGCGACGAGC
TTGAATTTGATTTCACCGCTGGGAGACATGATGTGGCTGTTGTAACAAAAGATGCATATG
AGAACTGTGTGAAAGAGAAACCCCTCAGCGCCATGATGACTCCTCCTGTAAAAATTGTGC
TAAACACCACCGGACCACAATACTACATCTGCACCTTCGGTGACCATTGCCGCTTTGGTC
AAAAACTTTCCATCAACGTAGTTGGTGCTGGTGGTGCTACCACCCCATCAGCTGCTGGAG
GAACCACTCCCACCACCCCGGGAGCCGGGACCACTACTACACCTACGGTTAGAAGTGCCG
CTTCTACATTAG*TGGTGCCTCTTTTT*GGTCGCCTTTGTTTCTGCTGTTGTTGCTCTCT
TT*GAGT*AGATTCGATCGATCGGA*TACTGAGTATATGTTTGTT
CAG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1H304JQ 630 0 0
TCTATGATACATGGGCTGCCGGTAAAACGTTCCGTGTAGGCGACGAGCTTGAATTTGATT
TCACCGCTGGGAGACATGATGTGGCTGTTGTAACAAAAGATGCATATGAGAACTGTGTGA
AAGAGAAACCCCTCAGCGCCATGATGACTCCTCCTGTAAAAATTGTGCTAAACACCACCG
GACCACAATACTACATCTGCACCTTCGGTGACCATTGCCGCTTTGGTCAAAAACTTTCCA
TCAACGTAGTTGGTGCTGGTGGTGCTACCACCCCATCAGCTGCTGGAGGAACCACTCCCA
CCACCCCGGGAGCCGGGACCACTACTACACCTACGGTTAGAAGTGCCGCTTCTACATTAG
GTGGTGCCTCTTTTTTGGTCGCCTTTGTTTCTGCTGTTGTTGCTCTCTTTTGAGTTAGAT
TCGATCGATCGGAATACTGAGTATATGTTTGTTTCAGCTTGGTATACATACGTAGTTTAA
CAATCATGCATTTTCTTTATGGGAATAAAACTCCTTTCATTCAGGTCATTGTAAAGAGAT
TAGACATATGATAACTAGGTTATAAATTCAAGATTGATTTTCCACATCATCGATATGTAT
ATACTATATACGATACATCATATTTCGTGG

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 4

CO CL2821Contig1 1216 4 11 U
GGGGTCCTCCTCTTCGTCTTCCCTCTGCAGTAGGGATTACCTTTGAGGAAAAGATCGAAA
CTTTATTAGATTTCCTGAAAGATGGGTAACGCTCTTGGATATCTCTACGGACAATGCTGC
AAACCCACCACGGACGACGACTCTCTCGGCCATCACGGCGTCTCCGTCGGTCTTTCAGCT
CTCGCTCACGACCTCTTCAACTTCGAGATCACTTCCCAAGTTCCTGAAGGACTTGGGAGG
TACGTTGTGTCATCAAGAAAAGCTCAAGCAAACTGGTATAGAAAAATACTTGAGGCATGG
AAGCAAGCAAAACCCCCACCACAGACAGCAGAGGATGCTTCTAGGCTTGTTATTGAGATC
TTGAAAAGGCATCAGAAAGCAGATGTTGAGGGGCTTTTGTCTTTCTATGGACTCCCTTTG
CCTCACACTCTCGTTGAGCTCTCTACTGAAGCTCCTCCTCCTGTATCTTTACCCGAAGGA
GTTCTTTTCGAGTTTCAAACACTCCCGGTGGATCCAAAAGCTGTGGCAGATGGAGACACC
GTCACAGTTTACGTCAGTAGCTCAGACCCGGTTGTGTCATCTTCTGTTCCTAGGGAAGTG
AATGTTGCAGCGGTTAAAAGAGCAAAGGCAAGAGAGAGGAAAGATTACACAAAAGCAGAT
GCGCTTCACCAGAAGATCATTGATTCTGGTTACAGAGTGCTAAACATTCAGAATGAAGAA
GTGCTTGCTCGCAAGTTCAGAATCAGACTAAGGGGAATAGATGCACCAGAAAGCCAGATG
CCGTTTGGGAAAGAGGCACAAGAAGAGCTGCTTAAGATTGTTCAATGGAAAAGCTTGAAG
GTGTTAGTTTATGGAGAAGATCGGTATGGGAGGTGTGTTGGAGATTTATACTGCAGTGGA
GTTTTTGTTCAGGAGGCAATGCTAAAGAAAGGTCTTGCTTGGCATTATATAGCTTATGAC
AAGCGCATGGTTCTTGCAAAGTGGGAAAAGGAAGCAAGGCAGAAGCGTATTGGCTTGTGG
GCTTCTTCGAATCCAGAAAAGCCATGGGACTGGAGAAAGAATAGGCGTGAACAAAACAAC
TGATTAAACTGAAATCCGAGTTTAAGACGGTTGAGATTTTATGATTATTGAAGTTTTTTT
TTTT*GATTTGGACTTATCTGATTCTATTGTAAGATGTTTAAAAATGGTAAACTTATGTA
TAAATGGTGCTTACAT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 10 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1CP90TF U 1
AF RR1CP90JQ C 549
AF RR1CO25JQ C 466
AF RR1CO25TF U 466
BS 1 540 RR1CP90TF
BS 541 541 RR1CO25TF
BS 542 735 RR1CP90TF
BS 736 1141 RR1CO25TF
BS 1142 1142 RR1CO25JQ
BS 1143 1143 RR1CO25TF
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BS 1145 1184 RR1CO25TF
BS 1185 1185 RR1CO25JQ
BS 1186 1214 RR1CO25TF
BS 1215 1216 RR1CO25JQ

RD RR1CP90TF 735 0 0
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CTTTATTAGATTTCCTGAAAGATGGGTAACGCTCTTGGATATCTCTACGGACAATGCTGC
AAACCCACCACGGACGACGACTCTCTCGGCCATCACGGCGTCTCCGTCGGTCTTTCAGCT
CTCGCTCACGACCTCTTCAACTTCGAGATCACTTCCCAAGTTCCTGAAGGACTTGGGAGG
TACGTTGTGTCATCAAGAAAAGCTCAAGCAAACTGGTATAGAAAAATACTTGAGGCATGG
AAGCAAGCAAAACCCCCACCACAGACAGCAGAGGATGCTTCTAGGCTTGTTATTGAGATC
TTGAAAAGGCATCAGAAAGCAGATGTTGAGGGGCTTTTGTCTTTCTATGGACTCCCTTTG
CCTCACACTCTCGTTGAGCTCTCTACTGAAGCTCCTCCTCCTGTATCTTTACCCGAAGGA
GTTCTTTTCGAGTTTCAAACACTCCCGGTGGATCCAAAAGCTGTGGCAGATGGAGACACC
ATCACAGTTTACGTCAGTAGCTCAGACCCGGTTGTGTCATCTTCTGTTCCTAGGGAAGTG
AATGTTGCAGCGGTTAAAAGAGCAAAGGCAAGAGAGAGGAAAGATTACACAAAAGCAGAT
GCGCTTCACCAGAAGATCATTGATTCTGGTTACAGAGTGCTAAACATTCAGAATGAAGAA
GTGCTTGCTCGCAAG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1CP90JQ 651 0 0
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CCAGAAGATCATTGATTCTGGTTACAGAGTGCTAAACATTCAGAATGAAGAAGTGCTTGC
TCGCAAGTTCAGAATCAGACTAAGGGGAATAGATGCACCAGAAAGCCAGATGCCGTTTGG
GAAAGAGGCACAAGAAGAGCTGCTTAAGATTGTTCAATGGAAAAGCTTGAAGGTGTTAGT
TTATGGAGAAGATCGGTATGGGAGGTGTGTTGGAGATTTATACTGCAATGGAGTTTTTGT
TCAGGAGGCAATGCTAAAGAAAGGTCTTGCTTGGCATTATATAGCTTATGACAAGCGCAT
GGTTCTTGCAAAGTGGGAAAAGGAAGCAAGGCAGAAGCGTATTGGCTTGTGGGCTTTTTC
GAATCCAGAAAAGCCATGGGACTGGAGAAAGAATAGGCGTGAACAAAACAACTGATTAAA
CTGAAATCCGGGTTTAAGACGGTTGAGATTTTATGATTATTGAAGTTTTTTTTTTTTGAT
TTGGACTTATCTGATCCTATTGTGAGATGTTTAAAAATGGTAAACTTATGT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1CO25JQ 751 0 0
G
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TTCCTAGGGAAGTGAATGTTGCAGCGGTTAAAAGAGCAAAGGCAAGAGAGAGGAAAGATT
ACACAAAAGCAGATGCGCTTCACCAGAAGATCATTGATTCTGGTTACAGAGTGCTAAACA
TTCAGAATGAAGAAGTGCTTGCTCGCAAGTTCAGAATCAGACTAAGGGGAATAGATGCAC
CAGAAAGCCAGATGCCGTTTGGGAAAGAGGCACAAGAAGAGCTGCTTAAGATTGTTCAAT
GGAAAAGCTTGAAGGTGTTAGTTTATGGAGAAGATCGGTATGGGAGGTGTGTTGGAGATT
TATACTGCAGTGGAGTTTTTGTTCAGGAGGCAATGCTAAAGAAAGGTCTTGCTTGGCATT
ATATAGCTTATGACAAGCGCATGGTTCTTGCAAAGTGGGAAAAGGAAGCAAGGCAGAAGC
GTATTGGCTTGTGGGCTTCTTCGAATCCAGAAAAGCCATGGGACTGGAGAAAGAATAGGC
GTGAACAAAACAACTGATTAAACTGAAATCCGAGTTTAAGACGGTTGAGATTTTATGATT
ATTGAAGTTTTTTTTTCT*GATTTGGACTTATCTGATTCTATTGTAAGATGTTTAAAAAT
GGTAAACTTATGTATAAATGGTGCTTACAT

QA 2 751 2 751
DS 

RD RR1CO25TF 749 0 0
G
CTTTACCCGAAGGAGTTCTTTTCGAGTTTCAAACACTCCCGGTGGATCCAAAAGCTGTGG
CAGATGGAGACACCGTCACAGTTTACGTCAGTAGCTCAGACCCGGTTGTGTCATCTTCTG
TTCCTAGGGAAGTGAATGTTGCAGCGGTTAAAAGAGCAAAGGCAAGAGAGAGGAAAGATT
ACACAAAAGCAGATGCGCTTCACCAGAAGATCATTGATTCTGGTTACAGAGTGCTAAACA
TTCAGAATGAAGAAGTGCTTGCTCGCAAGTTCAGAATCAGACTAAGGGGAATAGATGCAC
CAGAAAGCCAGATGCCGTTTGGGAAAGAGGCACAAGAAGAGCTGCTTAAGATTGTTCAAT
GGAAAAGCTTGAAGGTGTTAGTTTATGGAGAAGATCGGTATGGGAGGTGTGTTGGAGATT
TATACTGCAGTGGAGTTTTTGTTCAGGAGGCAATGCTAAAGAAAGGTCTTGCTTGGCATT
ATATAGCTTATGACAAGCGCATGGTTCTTGCAAAGTGGGAAAAGGAAGCAAGGCAGAAGC
GTATTGGCTTGTGGGCTTCTTCGAATCCAGAAAAGCCATGGGACTGGAGAAAGAATAGGC
GTGAACAAAACAACTGATTAAACTGAAATCCGAGTTTAAGACGGTTGAGATTTTATGATT
ATTGAAGTTTTTTTTCT**GATTTGGACTTATCTGATTCTATTGTAAGATGTTTAAAA*T
GGTAAACTTATGTATAAATGGTGCTTAC

QA 2 749 2 749
DS 



AS 1 3

CO CL2822Contig1 791 3 8 U
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TATTACCGCCCCTAGGATACGGCTAAGTGATGGACGCCATCTAGCCTACGAAGAACATGG
AGTTAGTAGACAAAATGCCACCTTCAAGATCATCTTTATCCATGCTTTCGCTACATTCAG
ACGTGATGCCGTAATCGCCAACCGTGTCCGCCCTGGGTTTCTTGAGAAGAACGGCATCTA
CGTGGTATCATATGATCGACCAGGTTATGGAGAGAGCGATCCTCACTCTAGACGCAGTGA
AAAGACTTTAGCTAATGACGTTGAACAACTCGCTGACCAATTACAACTTGGTTCCAAATT
TTACGTGGTTGGATACTCAATGGGAGGCCAAGCCGTTTGGGGTGTTCTCAAGTACATCCC
TCACAGGCTCGCTGGAGCAGCACTGCTTTGTCCTGTAACCAACTCGTGGTGGTCTAGTTT
CCCTGATAGTTTAACTTGGGAGCTATGGAACAAGCAAACTAAAACCGAGAGGTTTGCCAT
GCTCATTACTCATTACACACCGTGGCTACTCTACTGGTGGAACCATCAAAAGCTGTTTCA
AACATCAGCTGTGATGCAGTCAAGCCCTACATATTCTCTCCCAAGATATGGCTTTACAGC
CAAGCTGGCCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW76TF U 1
AF RR1AN16TF U 54
AF RR1G762TF U 1
BS 1 270 RR1AW76TF
BS 271 271 RR1AN16TF
BS 272 570 RR1AW76TF
BS 571 571 RR1AN16TF
BS 572 761 RR1AW76TF
BS 762 763 RR1G762TF
BS 764 777 RR1AW76TF
BS 778 791 RR1G762TF

RD RR1AW76TF 786 0 0
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CATGAAGAAATGCTTAGTAGGAGGAGCCTTTATAATAGTGTTGATTGCATTAGGGGTATG
GGCTATTATTTCCTGTATACCTCCACCTTCTAAGATATGCGGTACCCCCGGTGGACCGCC
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AAAGACTTTAGCTAATGACGTTGAACAACTCGCTGACCAATTACAACTTGGTTCCAAATT
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TCACAGGCTCGCTGGAGCAGCACTGCTTTGCCCTGTAACCAACTCGTGGTGGTCTAGTTT
CCCTGATAGTTTAACTTGGGAGCTATGGAACAAGCAAACTAAAACCGAGAGGTTTGCCAT
GCTCATTACTCATTACACACCGTGGCTACTCTACTGGTGGAACCATCAAAAGCTGTTTCA
AACATCAGCTGTGATGCAGTCAAGCCCTACATATTCTCTCCTCAGATATGGCTTTAC
TGCCCAAGC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1AN16TF 686 0 0
GG
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GTATGGGCTATTATTTCCTGTATACCTCCACCTTCTAAGATATGCGGTACCCCCGGTGGA
CCGCCTATTACCGCCCCTAGGATACGGCTAAGTGATGGACGCCATCTAGCCTACGAAGAA
CATGGAGTTAGTAGACAAAATGCCACCTTCAAGATCATCTTTATCCATGCTTTCGCCACA
TTCAGACGTGATGCCGTAATCGCCAACCGTGTCCGCCCTGGGTTTCTTGAGAAGAACAGC
ATCTACGTGGTATCATATGATCGACCAGGTTATGGAGAGAGCGATCCTCACTCTAGACGC
AGTGAAAAGACTTTAGCTAATGACGTTGAACAACTCGCTGACCAATTACAACTTGGTTCC
AAATTTTACGTGGTTGGATACTCAATGGGAGGCCAAGCCGTTTGGGGTGTTCTCAAGTAC
ATCCCTCACAGGCTCGCTGGAGCCGCATTACTTTGTCCTGTAACCAACTCGTGGTGGTCT
AGTTTCCCTGATAGTTTAACTTGGGAGCTATGGAACAAGCAAACTAAAACCGAGAAGTTT
GCCATGCTCATTACTCATTACACACCGTGGCTACTCTACTGGTGGAACCATCAAAAGCTG
TTTCAAACATCAGCTGTGATGCAG

QA 3 686 3 686
DS 

RD RR1G762TF 791 0 0
GGATACTTGCCAATTTATTTGATTATAAGTTGGTATATTGCGTTTGATAAGGTTTATCAG
CATGAAGAAATGCTTAGTAGGAGGAGCCTTTATAATAGTGTTGATTGCATTAGGGGTATG
GGCTATTATTTCCTGTATACCTCCACCTTCTAAGATATGCGGTACCCCCGGTGGACCGCC
TATTACCGCCCCTAGGATACGGCTAAGTGATGGACGCCATCTAGCCTACGAAGAACATGG
AGTTAGTAGACAAAATGCCACCTTCAAGATCACCTTTATCCATGCTTTCGCTACATTCAG
ACGTGATGCCGTAATCGCCAACCGTGTCCGCCCTGGGTTTCTTGAGAAGAACGGCATCTA
CGTGGTATCATATGATCGACCAGGTTATGGAGAGAGCGATCCTCACTCTAGACGCAGTGA
AAAGACTTTAGCTAATGACGTTGAACAACTCGCTGACCAATTACAACTTGGTTCCAAATT
TTACGTGGTTGGATACTCAATGGGAGGCCAAGCCGTTTGGGGTGTTCTCAAGTACATCCC
TCACAGGCTCGCTGGAGCAGCACTGCTTTGTCCTGTAACCAACTCGTGGTGGTCTAGTTT
CCCTGATAGTTTAACTTGGGAGCTATGGAACAAGCAAACTAAAACCGAGAGGTCTGCCAT
GCTCATTACTCATTACACACCGTGGCTACTCTACTGGTGGAACCATCAAAAGCTGTTTCA
A*CATCAGCTGTGATGCAGTCA*GCCCTACATAT*CTCTCTCAAGATATGGCTTTACAGC
CAAGCTGGCCG

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 4

CO CL2823Contig1 804 4 9 U
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TGCACGTTTGCTACTACCGCAACTATGGGAAAACCTTCAAGGGCCCGCGACGTCCTTTCG
AGAAGGAGTGTCTCGACTCGGAGCTGAAGCTCGTCGGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGC
GTGAGCTCTGGAGAGTCCAGTACTCGCTGAGCCGGATCCGTAACGCCGCCAGAGATCTCC
TGACCCTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTTGAAGGCGAGGCGCTTCTGAGGAAGA
TGAACCGCTACGGTCTTCTCGACGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCGCTGA
CCGTGGAGAACTTTCTCGAGCGTCGTCTTCAGACCATTGTGTTCAAGTCTGGCATGGCTA
AGTCGATCCATCACTCCCGTGTCCTTATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGAAAGCAAT
TGGTGAACATTCCATCATTCATGGTGAGACTTGACTCGCAGAAACACATCGACTTTGCTC
TAACCAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCAGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTG
CCTCCAAGAAAGCCTCAGGTGGCGATGCTGACGGTGATGATGAAGAGTAAATCTTTCTCT
CACCGGTTTTAGCTATGCGGTTTTAGCTATTTTGTACTTCGTTTGTTGAGGATTGTCTAA
TGCCTTCTTTTTATTTTTCTTAAAGAGTTTGTGAACCTTTTGCTTATTTACTACATTTGC
CTAAATCCAAACTTTTTTCGGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DO57TF U 1
AF RR1CU33TF U 5
AF RR1AG50TF U 5
AF RR1DO57JQ C 110
BS 1 13 RR1DO57TF
BS 14 14 RR1AG50TF
BS 15 69 RR1DO57TF
BS 70 70 RR1AG50TF
BS 71 596 RR1DO57TF
BS 597 610 RR1AG50TF
BS 611 611 RR1CU33TF
BS 612 794 RR1AG50TF
BS 795 804 RR1DO57JQ

RD RR1DO57TF 596 0 0
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TGCACGTTTACTACTACCGCAACTATGGGAAAACCTTCAAGGGCCCGCGACGTCCTTTCG
AGAAGGAGTGTCTCGACTCGGAGCTGAAGCTCGTCGGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGC
GTGAGCTCTGGAGAGTCCAGTACTCGCTGAGCCGGATCCGTAACGCCGCCAGAGATCTCC
TGACCCTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTTGAAGGCGAGGCGCTTCTGAGGAAGA
TGAACCGCTACGGTCTTCTCGACGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCGCTGA
CCGTGGAGAACTTTCTCGAGCGTCGTCTTCAGACCATTGTGTTCAAGTCTGGCATGGCTA
AGTCGATCCATCACTCCCGTGTCCTTATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGAAAGCAAT
TGGTGAACATTCCATCATTCATGGTGAGACTTGACTCGCAGAAACACATCGACTTTGCTC
TAACCAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCAGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAG

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1CU33TF 774 0 0
GG
GCGTGACCTAGTTTTCCATTACCGCCGTTTCTCACTAAGAAGACGTAGCTATGGTGCACG
TTTGCTACTACCGCAACTATGGGAAAACCTTCAAGGGCCCGCGACGTCCTTTCGAGAATG
AGCGTCTCGACTCGGAGCTGAAGCTCGTCGGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGCGTGAGC
TCTGGAGAGTCCAGTACTCGCTGAGCCGGATCCGTAACGCCGCCAGAGATCTCCTGACCC
TCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGAGCTTTGAAGGCGAGGCGCTTCTGAGGAAGATGAACC
GCTACGGTCTTCTCGACGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCGCTGACCGTGG
AGAACTTTCTCGAGCGTCGTCTTCAGACCATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCGA
TCCATCACTCCCGTGTCCTTATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGAAAGCAATTGGTGA
ACATTCCATCATTCATGGTGAGACTTGACTCGCAGAAACACATCGACTTTGCTCTAACCA
GTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCAGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCCTCCA
AGAAAGTCTCAGGTGGCGATGCTGA*GGTGATGATGAAGAGTAAATCTTTCTCTCACCGG
TTTTAGCTATGCGGTTTTAGCTATTTTGTACTTCGTTTGTTGAGGATTGTCTAATGCCTT
CTTTT*ATTTTTCTTAAAGAGTTTGTGAACCTTTTGCTTATTTACTACATTT

QA 3 774 3 774
DS 

RD RR1AG50TF 790 0 0
GG
GCGTGACCTAGTTTTCCATTACCGCCGTTTCTCACTAAGAAGACGTAGCTATGGTGCACG
TTTGCTACTACCGCAACTATGGGAAAACCTTCAAGGGCCCGCGACGCCCTTTCGAGAAGG
AGCGTCTCGACTCGGAGCTGAAGCTCGTCGGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGCGTGAGC
TCTGGAGAGTCCAGTACTCGCTGAGCCGGATCCGTAACGCCGCCAGAGATCTCCTGACCT
TCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTTGAAGGCGAGGCGCTTCTGAGGAAGATGAACC
GCTACGGTCTTCTCGACGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCGCTGACCGTGG
AGAACTTTCTCGAGCGTCGTCTTCAGACCATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCGA
TCCATCACTCCCGTGTCCTTATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGAAAGCAATTGGTGA
ACATTCCATCATTCATGGTGAGACTTGACTCGCAGAAACACATCGACTTTGCTCTAACCA
GTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCAGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCCTCCA
AGAA*GCCTCAGGTGGCGATGCTGACGGTGATGATGAAGAGTAAATCTTTCTCTCACCGG
TTTTAGCTATGCGGTTTTAGCTATTTTGTACTTCGTTTGTTGAGGATTGTCTAATGCCTT
CTTTTTATTTTTCTTAAAGAGTTTGTGAACCTTTTGCTTATTTACTACATTTGCCTAAAT
CCAAACTT

QA 3 790 3 790
DS 

RD RR1DO57JQ 695 0 0
ACGT
CCTTTCGAGAAGGAGTGTCTCGACTCGGAGCTGAAGCTCGTCGGCGAGTACGGTCTCCGC
AACAAGCGTGAGCTCTGGAGAGTCCAGTACTCGCTGAGCCGGATCCGTAACGCCGCCAGA
GATCTCCTGACCCTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTTGAAGGCGAGGCGCTTCTG
AGGAAGATGAACCGCTACGGTCTTCTCGACGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTG
GCGCTGACCGTGGAGAACTTTCTCGAGCGTCGTCTTCAGACCATTGTGTTCAAGTCTGGC
ATGGCTAAGTCGATCCATCACTCCCGTGTCCTTATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGA
AAGCAATTGGTGAACATTCCATCATTCATGGTGAGACTTGACTCGCAGAAACACATCGAC
TTTGCTCTAACCAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCAGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAG
AAGTCTGCCTCCAAGAAAGCCTCAGGTGGCGATGCTGACGGTGATGATGAAGAGTAAATC
TTTCTCTCACCGGTTTTAGCTATGCGGTTTTAGCTATTTTGTACTTCGTTTGTTGAGGAT
TGTCTAATGCCTTCTTTTTATTTTTCTTAAAGAGTTTGTGAACCTTTTGCTTATTTACTA
CATTTGCCTAAATCCAAACTTTTTTCGGCTC

QA 5 695 5 695
DS 



AS 2 4

CO CL2824Contig1 381 2 3 U
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GATGCATCTGAGTCTGTTCCTCCGCTCTCAGCCCAAGTAGATGATTCGATCGATGATGAC
GTTTTCCCGGCGCCGTCTTCAGACTACGGCGGTTACTCTAACGGAGACGACGGTCCTATA
TTGCCTCCTCCAAAGAATGTTCCTCAAACCAAGCCCGCCGAGGCTGTTGCTGCTTCTTAA
GAAGCCATCTTCGCTTTTGTTATTCGTTTCTTATGTGTTTGTTATATATACAGCTGAGAT
ATTGTAAGGGGCACATGTGTGTTATTATTAACTGTTATGTTATGTTCGATGATACTCCCT
CCGTTTTGAATTATATGTCGT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A293TF U 1
AF RR1A293JQ C 1
BS 1 1 RR1A293JQ
BS 2 138 RR1A293TF
BS 139 381 RR1A293JQ

RD RR1A293TF 138 0 0
G
CTTCCTGTTCCCTGGAGATGTCTGTCTTTGATGATGATTCGTTCGTTATACTCGGAGATG
ATGCATCTGAGTCTGTTCCTCCGCTCTCAGCCCAAGTAGATGATTCGATCGATGATGACG
TTTTCCCGGCGCCGTCT

QA 2 138 2 138
DS 

RD RR1A293JQ 381 0 0
GCTTCCTGTTCCCTGGAGATGTCTGTCTTTGATGATGATTCGTTCGTTATACTCGGAGAT
GATGCATCTGAGTCTGTTCCTCCGCTTTCAGCCCAAGTAGATGATTCGATCGATGATGAC
GTTTTCGCGGCGCCGTCTTCAGACTACGGCGGTTACTCTAACGGAGACGACGGTCCTATA
TTGCCTCCTCCAAAGAATGTTCCTCAAACCAAGCCCGCCGAGGCTGTTGCTGCTTCTTAA
GAAGCCATCTTCGCTTTTGTTATTCGTTTCTTATGTGTTTGTTATATATACAGCTGAGAT
ATTGTAAGGGGCACATGTGTGTTATTATTAACTGTTATGTTATGTTCGATGATACTCCCT
CCGTTTTGAATTATATGTCGT

QA 1 381 1 381
DS 



CO CL2824Contig2 953 2 4 U
TGAAACTTGAAGAAAAACAGATTCGTCATTTCTTACTGTTCGGTCTGAAAGTTACCTACC
TTCCTGTTCCATGGAGATGTCTGTCTTTGATGATGATTCGTTCGTTATACTCGGAGATGA
TGCATCTGAGTCTGTTCCTCCGCTCTCAGCCCAAGTAGATGATTCGATCGATGATGACGT
TTTCGCGGCGCCGTCTTCAGACTACGGCGGTTACTCTAACGGAGACGACGGTCCTATATT
GCCTCCTCCTTCGGAGATGGAGTCTGATGAGGGAGCTGCTCTCAGAGAATGGAGAAGACA
GAATGCGATTCAACTTGAGGAGAAGGAGAAGAGAGAAAAGGAGTTGAGGAACCAAATAAT
CCAGGAAGCTGATCAGTTCAAAGAGGAGTTCCATAAGAAGAAGGAGTTAGCTTGTGAAAA
CAACAAAGCAGCTAACAGAGAGAAAGAAAAGCTGTATGTGGAGACCCAAGAGAAGTTCTA
CGCAGAAGCAAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATAGCAGAGCTATTGCCTAAAGAGGTTCC
AACTATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAATAAAGAGGAAGATCCCAAGAAGCCAACAACAAT
CTCCGTGATTCAAGGACCAAAGCCTGGTAAGCCAACCGATCTCTCGAGAATGAGACAGAT
ATTGCTGAAGCTCAAACAGAACCCGCCTGCTCACCTCAAACTCACTCCTCAACCTCCTCC
TCCATCTGAGGCTCCTCCTCCAAAAAATGTTCCTCAAACCAAGCCCGCCGAGGCTGTTGC
TGCTTCTTAGGAAGCCATCTTCGCTTTTGTTATTCGTTTCTTATGTGTTTGTTATATATA
CAGCTGAGATATTGTAAGGGGCACATGTGTGTTATTATTAACTGTTATGTTATGTTCGAT
GATACTCCCTCCGTTTTGAATTATATGTCGTTTTAAAGCAAAATTTTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F892TF U 1
AF RR1F892JQ C 237
BS 1 711 RR1F892TF
BS 712 712 RR1F892JQ
BS 713 739 RR1F892TF
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RD RR1F892TF 739 0 0
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TTCCTGTTCCATGGAGATGTCTGTCTTTGATGATGATTCGTTCGTTATACTCGGAGATGA
TGCATCTGAGTCTGTTCCTCCGCTCTCAGCCCAAGTAGATGATTCGATCGATGATGACGT
TTTCGCGGCGCCGTCTTCAGACTACGGCGGTTACTCTAACGGAGACGACGGTCCTATATT
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GAATGCGATTCAACTTGAGGAGAAGGAGAAGAGAGAAAAGGAGTTGAGGAACCAAATAAT
CCAGGAAGCTGATCAGTTCAAAGAGGAGTTCCATAAGAAGAAGGAGTTAGCTTGTGAAAA
CAACAAAGCAGCTAACAGAGAGAAAGAAAAGCTGTATGTGGAGACCCAAGAGAAGTTCTA
CGCAGAAGCAAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATAGCAGAGCTATTGCCTAAAGAGGTTCC
AACTATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAATAAAGAGGAAGATCCCAAGAAGCCAACAACAAT
CTCCGTGATTCAAGGACCAAAGCCTGGTAAGCCAACCGATCTCTCGAGAATGAGACAGAT
ATTGCTGAAGCTCAAACAGAACCCGCCTGCTCACCTCAAACTCACTCCTCA*CCTCCTCC
TCCATCTGAGGCTCCTCCT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1F892JQ 717 0 0
TATTGCCTCCTCCTTCGGAGATGGAGTCTGATGAGGGAGCTGCTCTCAGAGAATGGAGAA
GACAGAATGCGATTCAACTTGAGGAGAAGGAGAAGAGAGAAAAGGAGTTGAGGAACCAAA
TAATCCAGGAAGCTGATCAGTTCAAAGAGGAGTTCCATAAGAAGAAGGAGTTAGCTTGTG
AAAACAACAAAGCAGCTAACAGAGAGAAAGAAAAGCTGTATGTGGAGACCCAAGAGAAGT
TCTACGCAGAAGCAAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATAGCAGAGCTATTGCCTAAAGAGG
TTCCAACTATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAATAAAGAGGAAGATCCCAAGAAGCCAACAA
CAATCTCCGTGATTCAAGGACCAAAGCCTGGTAAGCCAACCGATCTCTCGAGAATGAGAC
AGATATTGCTGAAGCTCAAACAGAACCCGCCTGCTCACCTCAAACTCACTCCTCAACCTC
CTCCTCCATCTGAGGCTCCTCCTCCAAAAAATGTTCCTCAAACCAAGCCCGCCGAGGCTG
TTGCTGCTTCTTAGGAAGCCATCTTCGCTTTTGTTATTCGTTTCTTATGTGTTTGTTATA
TATACAGCTGAGATATTGTAAGGGGCACATGTGTGTTATTATTAACTGTTATGTTATGTT
CGATGATACTCCCTCCGTTTTGAATTATATGTCGTTTTAAAGCAAAATTTTTGTTTC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 4

CO CL2825Contig1 551 4 4 U
ACTGCGGAGCAACGAATACTTGGTATTAGTATAGTCTTGCTCATATGTTCGTTCATATTT
TACAACGTTTACAAACTATTTTATAAAATCGCAATCACACAATAAAATGAAAAATACACA
TGAAAATAAAACAAAATGAAGAAAGAAAGGAAGAAAGAAAAATAAAAGGAAAACAAGAGA
ACACGTTTCTTCTTCTTTATCACTCAATCGTCGTGGGATCCGAAACTTTTGCCGAGCTTT
TCTTTGGCTTCCCAACAAACCACCGTCCGAATCCTCTAGTCCCATTCTGTTTCACGGGCG
TTTTCGTGACCTCCCGGAGCGCACTTCCGATGATCTTTTCATCTCCCTCGCCGGAAACCG
TAGTCTTGGCCGGTTTCTTCATACTCTCTCTGTGAAACTTCCTCACCGTGTAAACCTCTG
CGATAGCTAGCGACATCTTTTATCGGTTTAGAAAAAAAAAAAACAGAAAAAATTATGTTA
TCTCAAGAAGTGAAAGTAAAAACAAAAGTTGTTGTATACTTGTAGTTTGGTAAATATGAG
TAGTGTTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR1G128JQ U 1
AF RR1G128TF C 1
AF RR1AA59JQ U 4
AF RR1AA59TF C 4
BS 1 364 RR1G128JQ
BS 365 365 RR1AA59JQ
BS 366 547 RR1G128JQ
BS 548 551 RR1AA59JQ

RD RR1G128JQ 549 0 0
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TACAACGTTTACAAACTATTTTATAAAATCGCAATCACACAATAAAATGAAAAATACACA
TGAAAATAAAACAAAATGAAGAAAGAAAGGAAGAAAGAAAAATAAAAGGAAAACAAGAGA
ACACGTTTCTTCTTCTTTATCACTCAATCGTCGTGGGATCCGAAACTTTTGCCGAGCTTT
TCTTTGGCTTCCCAACAAACCACCGTCCGAATCCTCTAGTCCCATTCTGTTTCACGGGCG
TTTTCGTGACCTCCCGGAGCGCACTTCCGATGATCTTTTCATCTCCCTCGCCGGAAACCG
TAGTTTTGGCCGGTTTCTTCATACTCTCTCTGTGAAACTTCCTCACCGTGTAAACCTCTG
CGATAGCTAGCGACATCTTTTATCGGTTTAGAAAAAAAAAAAACAGAAAAAATTATGTTA
TCTCAAGAAGTGAAAGTAAAAACAAAAGTTGTTGTATACTTGTAGTTTGGTAAATATGAG
TAGTGTT
CC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1G128TF 549 0 0
ACTGC
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CGTTTACAAACTATTTTATAAAATCGCAATCACACAATAAAATGAAAAATACACATGAAA
ATAAAACAAAATGAAGAAAGAAAGGAAGAAAGAAAAATAAAAGGAAAACAAGAGAACACG
TTTCTTCTTCTTTATCACTCAATCGTCGTGGGATCCGAAACTTTTGCCGAGCTTTTCTTT
GGCTTCCCAACAAACCACCGTCCGAATCCTCTAGTCCCATTCTGTTTCACGGGCGTTTTC
GTGACCTCCCGGAGCGCACTTCCGATGATCTTTTCATCTCCCTCGCCGGAAACCGTAGTT
TTGGCCGGTTTCTTCATACTCTCTCTGTGAAACTTCCTCACCGTGTAAACCTCTGCGATA
GCTAGCGACATCTTTTATCGGTTTAGAAAAAAAAAAAACAGAAAAAATTATGTTATCTCA
AGAAGTGAAAGTAAAAACAAAAGTTGTTGTATACTTGTAGTTTGGTAAATATGAGTAGTG
TT
CC

QA 6 547 6 547
DS 

RD RR1AA59JQ 548 0 0
GT
GGAGCAACGAATACTTGGTATTAGTATAGTCTTGCTCATATGTTCGTTCATATTTTACAA
CGTTTACAAACTATTTTATAAAATCGCAATCACACAATAAAATGAAAAATACACATGAAA
ATAAAACAAAATGAAGAAAGAAAGGAAGAAAGAAAAATAAAAGGAAAACAAGAGAACACG
TTTCTTCTTCTTTATCACTCAATCGTCGTGGGATCCGAAACTTTTGCCGAGCTTTTCTTT
GGCTTCCCAACAAACCACCGTCCGAATCCTCTAGTCCCATTCTGTTTCACGGGCGTTTTC
GTGACCTCCCGGAGCGCACTTCCGATGATCTTTTCATCTCCCTCGCCGGAAACCGTAGTC
TTGGCCGGTTTCTTCATACTCTCTCTGTGAAACTTCCTCACTGTGTAGACCTCTGCGATA
GCTAGCGACATCTTTTATCGGTTTAGAAAAAAAAAA**CAGAAAAAATTATGTTATCTCA
AGAAGTGAAAGTAAAAACAAAAGTTGTTGTATACTTGTAGTTTGGTAAATATGAGTAGTG
TTGCCC

QA 3 548 3 548
DS 

RD RR1AA59TF 548 0 0
GT
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CGTTTACAAACTATTTTATAAAATCGCAATCACACAATAAAATGAAAAATACACATGAAA
ATAAAACAAAATGAAGAAAGAAAGGAAGAAAGAAAAATAAAAGGAAAACAAGAGAACACG
TTTCTTCTTCTTTATCACTCAATCGTCGTGGGATCCGAAACTTTTGCCGAGCTTTTCTTT
GGCTTCCCAACAAACCACCGTCCGAATCCTCTAGTCCCATTCTGTTTCACGGGCGTTTTC
GTGACCTCCCGGAGCGCACTTCCGATGATCTTTTCATCTCCCTCGCCGGAAACCGTAGTC
TTGGCCGGTTTCTTCATACTCTCTCTGTGAAACTTCCTCACTGTGTAGACCTCTGCGATA
GCTAGCGACATCTTTTATCGGTTTAGAAAAAAAAAA**CAGAAAAAATTATGTTATCTCA
AGAAGTGAAAGTAAAAACAAAAGTTGTTGTATACTTGTAGTTTGGTAAATATGAGTAGTG
TT
GCCC

QA 3 544 3 544
DS 



AS 1 4

CO CL2826Contig1 1219 4 9 U
GGACCAATGAACACTTCCACACTGCTCTAGGGAACAGCAACCCATCTGCACTTCGTGAAA
CCGTTGTTGAGGTTCCCAATGTTTCTTGGGATGACATTGGAGGTCTTGAGAATGTCAAGA
GAGAGCTCCAGGAGACTGTTCAATACCCTGTCGAGCACCCAGAGAAGTTTGAGAAATTCG
GTATGTCTCCGTCTAAGGGAGTCCTTTTCTACGGTCCTCCTGGATGTGGTAAAACTCTTT
TGGCCAAAGCTATAGCCAACGAGTGCCAAGCAAACTTCATCAGTGTCAAAGGTCCTGAGC
TTCTCACTATGTGGTTTGGTGAGAGTGAAGCGAATGTCCGTGAAATCTTTGACAAGGCTC
GTCAGTCTGCTCCATGTGTTCTCTTCTTTGACGAGCTCGACTCCATTGCGACTCAGAGAG
GAGGTGGAAGCGGAGGTGATGGTGGCGGTGCAGCTGATAGAGTCCTGAACCAGCTTTTGA
CTGAGATGGATGGAATGAACGCCAAGAAAACCGTCTTCATCATCGGAGCAACCAACAGAC
CCGACATCATTGACTCTGCTCTTCTCCGACCAGGAAGGCTCGACCAGCTCATTTACATTC
CGCTGCCGGACGAGGATTCACGTCTCAATATCTTCAAGGCCGCCTTGAGGAAGTCTCCTA
TTGCTAAAGATGTAGACATCAACGCTCTCGCTAAGTACACACAGGGATTCAGTGGTGCTG
ATATAACTGAGATTTGCCAGAGGGCTTGCAAATACGCCATCAGAGAAAACATCGAGAAGG
ACATTGAGAAGGAGAAGAGGAGGAGCGAGAACCCTGAAGCCATGGAGGAAGATGGAGTTG
ATGAAGTGTCAGAGATAAAAGCTGCACACTTTGAGGAGTCGATGAAGTACGCACGCAGGA
GTGTGAGCGATGCAGACATCAGGAAGTACCAAGCTTTTGCTCAGACGCTTCAGCAGTCTA
GAGGGTTTGGTTCCGAGTTCAGGTTCGAGACTAATGCTGGTTCAGGTGTAACCACTGGAG
TCGCTGATCCTTTTGCCACGTCTGCAGCTGCTACTGCGGACGATGATGATCTCTACAATT
AGTGATCCAGTTTATCATACTTTGTTATTTAAGTTTTCAGTTGGATTCTCTCTTGCTTCT
GGATACCTTGTGTTTCTTTAAGTTATCAGAATTATGTTGGTGCTTTTAATCAATGTTCTC
AATTGGACGACTCTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX83TF U 1
AF RR1D790TF U 280
AF RR1GX83JQ C 729
AF RR1D790JQ C 567
BS 1 612 RR1GX83TF
BS 613 613 RR1D790TF
BS 614 778 RR1GX83TF
BS 779 779 RR1D790TF
BS 780 786 RR1GX83TF
BS 787 897 RR1D790TF
BS 898 898 RR1D790JQ
BS 899 918 RR1D790TF
BS 919 1219 RR1D790JQ

RD RR1GX83TF 786 0 0
GGACCAATGAACACTTCCACACTGCTCTAGGGAACAGCAACCCATCTGCACTTCGTGAAA
CCGTTGTTGAGGTTCCCAATGTTTCTTGGGATGACATTGGAGGTCTTGAGAATGTCAAGA
GAGAGCTCCAGGAGACTGTTCAATACCCTGTCGAGCACCCAGAGAAGTTTGAGAAATTCG
GTATGTCTCCGTCTAAGGGAGTCCTTTTCTACGGTCCTCCTGGATGTGGTAAAACTCTTT
TGGCCAAAGCTATAGCCAACGAGTGCCAAGCAAACTTCATCAGTGTCAAAGGTCCTGAGC
TTCTCACTATGTGGTTTGGTGAGAGTGAAGCGAATGTCCGTGAAATCTTTGACAAGGCTC
GTCAGTCTGCTCCATGTGTTCTCTTCTTTGACGAGCTCGACTCCATTGCGACTCAGAGAG
GAGGTGGAAGCGGAGGTGATGGTGGCGGTGCAGCTGATAGAGTCCTGAACCAGCTTTTGA
CTGAGATGGATGGAATGAACGCCAAGAAAACCGTCTTCATCATCGGAGCAACCAACAGAC
CCGACATCATTGACTCTGCTCTTCTCCGACCAGGAAGGCTCGACCAGCTCATTTACATTC
CGCTGCCGGACGGGGATTCACGTCTCAATATCTTCAAGGCCGCCTTGAGGAAGTCTCCTA
TTGCTAAAGATGTAGACATCAACGCTCTCGCTAAGTACACACAGGGATTCAGTGGTGCTG
ATATAACTGAGATTTGCCAGAGGGCTTGCAAATACGCCATCAGAGAAAACATCGAGAAAG
ACATTG

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1D790TF 639 0 0
G
CAGTGTCAAAGGTCCTGAGCTTCTCACTATGTGGTTTGGTGAGAGTGAAGCGAATGTCCG
TGAAATCTTTGACAAGGCTCGTCAGTCTGCTCCATGTGTTCTCTTCTTTGACGAGCTCGA
CTCCATTGCGACTCAGAGAGGAGGTGGAAGCGGAGGTGATGGTGGCGGTGCAGCTGATAG
AGTCCTGAACCAGCTTTTGACTGAGATGGATGGAATGAACGCCAAGAAAACCGTCTTCAT
CATCGGAGCAACCAACAGACCCGACATCATTGACTCTGCTCTTCTCCGACCAGGAAGGCT
CGACCAGCTCATTTACATTCCGCTGCCGGACGAGGATTCACGTCTCAATATCTTCAAGGC
CGCCTTGAGGAAGTCTCCTATTGCTAAAGATGTAGACATCAACGCTCTCGCTAAGTACAC
ACAGGGATTCAGTGGTGCTGATATAACTGAGATTTGCCAGAGGGCTTGCAAATACGCCAT
CAGAGAAAACATCGAGAAGGACATTGAGAAGGAGAAGAGGAGGAGCGAGAACCCTGAAGC
CATGGAGGAAGATGGAGTTGATGAAGTGTCAGAGATAAAAGCTGCACACTTTGAGGAGTC
GATGAAGTACGCACGCACGAGTGTGAGCGATGCAGACA

QA 2 639 2 639
DS 

RD RR1GX83JQ 459 0 0
GAGATTTGCCAGAGGGCTTGCAAATACGCCATCAGAGAAAACATCGAGAAGGACATTGAG
AAGGAGAAGAGGAGGAGCGAGAACCCTGAAGCCATGGAGGAAGATGGAGTTGATGAAGTG
TCAGAGATAAAAGCTGCACACTTTGAGGAGTCGATGAAGTACACACGCAGGAGTGTGAGC
GATGCAGACATCAGGAAGTACCAAGCTTTTGCTCAGACGCTTCAGCAGTCTAGAGGGTTT
GGTTCCGAGTTCAGGTTCGAGACTAATGCTGGTTCAGGTGTAACCACTGGAGTCGCTGAT
CCTTTTGCTACGTCTGCAGCTGCTACTGCGGACGATGATGATCTCTACAATTAGTGATCC
AGTTTATCATACTTTGTTATTTAAGTTTTCAGTTGGATTCTCTCTTGCTTCTGGATACCT
TGTGTTTCTTTAAGTTATCAGAATTATGTTGGTGCTTTT

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1D790JQ 653 0 0
CGACCAGGAAGGCTCGACCAGCTCATTTACATTCCGCTGCCGGACGAGGATTCACGTCTC
AATATCTTCAAGGCCGCCTTGAGGAAGTCTCCTATTGCTAAAGATGTAGACATCAACGCT
CTCGCTAAGTACACACAGGGATTCAGTGGTGCTGATATAACTGAGATTTGCCAGAGGGCT
TGCAAATACGCCATCAGAGAAAACATCGAGAAGGACATTGAGAAGGAGAAGAGGAGGAGC
GAGAACCCTGAAGCCATGGAGGAAGATGGAGTTGATGAAGTGTCAGAGATAAAAGCTGCA
CACTTTGAGGAGTCGATGAAGTACGCACGCAGGAGTGTGAGCGATGCAGACATCAGGAAG
TACCAAGCTTTTGCTCAGACGCTTCAGCAGTCTAGAGGGTTTGGTTCCGAGTTCAGGTTC
GAGACTAATGCTGGTTCAGGTGTAACCACTGGAGTCGCTGATCCTTTTGCCACGTCTGCA
GCTGCTACTGCGGACGATGATGATCTCTACAATTAGTGATCCAGTTTATCATACTTTGTT
ATTTAAGTTTTCAGTTGGATTCTCTCTTGCTTCTGGATACCTTGTGTTTCTTTAAGTTAT
CAGAATTATGTTGGTGCTTTTAATCAATGTTCTCAATTGGACGACTCTTGTCC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 3

CO CL2827Contig1 682 3 1 U
GTAGTCTGTTTCACCGCCCTTCTGATAGCCGTTGGAGTTTCCTTTATGATCGTGCCGAGG
CAAATCATGCCATGGACTGGCTTGATCTTAGTTTATGAATGGACTTTTACAATCTTCTTT
CTTTTGTTTGGTTGCTTCTTGCTTGTGGTGCATCAACATGGAAAGAAAATGGCACTTCAT
ACAGAATCGTCTTCCTTGGATGATTCCGGAAAAGGTCATCAGCGAGGAGGTGTGTCTTGT
GACGTTACTACATTGTATTATGGATTAGGGATGGTGTTTCTGGCTATTGCTGCAGTTTCT
TTGCCTTATATATTAGGGATCACCGCTTTATTCCTGAGGTTGGGTCTAATGG*TGGGTGT
AGCCATAGTTTTGGCTGCCTTCATGACTTATGCTTCAGAGCACCTCGCCATCAGATGGTT
CTTGAAAGGTTTAGAAGACCGTCGTGAAACATCGAGATCAAAGTCCATATGTTTCCTCTG
CTGACACCACACAAAAAAAAAAAAAAGCAGGCACCATTGTAACTTTCAGACACAACAGAG
TATATGATTTGAGTTTTTGTATTTGTCTTAAGATTGTTATATAGTTTTGTAGCTTTGTTC
TTTCTTTATCATTATGTCCCACTGTCTCCTCTCTTTGCTCACATTTGTACAGATCACTAA
TACCATAGTTTCTTGATAAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A140TF U 321
AF RR1A932TF U 1
AF RR1A932JQ C 116
BS 1 682 RR1A932TF

RD RR1A140TF 106 0 0
GTTTACATATTTGAGC
AGGTTGGGTCTAATGGGTGGGTGTAGCCATAGTTTTGGCTGCCTTCATGACTTATGCTTC
AGAGCACCTCGCCATCAGATGGTTCTTGAA

QA 17 106 17 106
DS 

RD RR1A932TF 682 0 0
GTAGTCTGTTTCACCGCCCTTCTGATAGCCGTTGGAGTTTCCTTTATGATCGTGCCGAGG
CAAATCATGCCATGGACTGGCTTGATCTTAGTTTATGAATGGACTTTTACAATCTTCTTT
CTTTTGTTTGGTTGCTTCTTGCTTGTGGTGCATCAACATGGAAAGAAAATGGCACTTCAT
ACAGAATCGTCTTCCTTGGATGATTCCGGAAAAGGTCATCAGCGAGGAGGTGTGTCTTGT
GACGTTACTACATTGTATTATGGATTAGGGATGGTGTTTCTGGCTATTGCTGCAGTTTCT
TTGCCTTATATATTAGGGATCACCGCTTTATTCCTGAGGTTGGGTCTAATGG*TGGGTGT
AGCCATAGTTTTGGCTGCCTTCATGACTTATGCTTCAGAGCACCTCGCCATCAGATGGTT
CTTGAAAGGTTTAGAAGACCGTCGTGAAACATCGAGATCAAAGTCCATATGTTTCCTCTG
CTGACACCACACAAAAAAAAAAAAAAGCAGGCACCATTGTAACTTTCAGACACAACAGAG
TATATGATTTGAGTTTTTGTATTTGTCTTAAGATTGTTATATAGTTTTGTAGCTTTGTTC
TTTCTTTATCATTATGTCCCACTGTCTCCTCTCTTTGCTCACATTTGTACAGATCACTAA
TACCATAGTTTCTTGATAAGTG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1A932JQ 567 0 0
TCTTTCTTTTGTTTGGTTGCTTCTTGCTTGTGGTGCATCAACATGGAAAGAAAATGGCAC
TTCATACAGAATCGTCTTCCTTGGATGATTCCGGAAAAGGTCATCAGCGAGGAGGTGTGT
CTTGTGACGTTACTACATTGTATTATGGATTAGGGATGGTGTTTTTGGCTATTGCTGCAG
TTTTTTTGCCTTATATATTAGGGATCACCGCTTTATTCCTGAGGTTGGGTTTAATGG*TG
GGTGTAGCCATAGTTTTGGCTGCCTTCATGACTTATGCTTCAGAGCACCTCGCCATCAGA
TGGTTCTTGAAAGGTTTAGAAGACCGTCGTGAAACATCGAGATCAAAGTCCATATGTTTC
CTTTGCTGACACCACACAAAAAAAAAAAAAAGCAGGCACCATTGTAACTTTCAGACACAA
CAGAGTATATGATTTGAGTTTTTGTATTTGTCTTAAGATTGTTATATAGTTTTGTAGCTT
TGTTCTTTCTTTATCATTATGTCCCACTGTCTCCTCTCTTTGCTCACATTTGTACAGATC
ACTAATACCATAGTTTCTTGATAAGTG

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 4

CO CL2828Contig1 548 4 16 U
AAAAGTCTAGTGCTTAACTTGGAATCTTCATCGTACTTTGAAAAAAAGGATACAAATTAT
CTTTATTTTAAATAACATAACAAGAACGCAGCGTCCATTCAAATCTCAACTAACACGACG
AGCTTTGTCTTCCTGTCCCAACCCAAGAGACTTCTGTGCATTTGCAATGCCTTCAGGATC
AAAGAACTGAGTGAAAATGCGGGTGAAGAAGCTCAAGTTGCGAGAGACATTGTAAGCCAT
GGTAGGAGGAAGAGGCTTCACCAAAGTGTCTACAGTGAACACTCTTTGCAGGAACTGATA
GTTTTGATTGAAGCTGTATCGAAGCTGAGGATCGATTTCGAGGGAATCATCGTCATCGGC
GAGACTACCTTTATTGGTTCCACGGCTAGGGACGTGCATCTTCGACATACCGTCAGATTC
CTTGGTGACCTTGAGCTTTGCGCCGCTGAATTTATCGGAGTCATCGTCGTCGCCTCTCCA
GGGGGCTTTGGATAAGAGCTCTTTCTTCTTCGCCATTGCAGTCTGTCTTCGGCCAAATCC
TGAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H705JQ U 9
AF RR1GR22JQ U 12
AF RR1GR22TF C 40
AF RR1H705TF C 1
BS 1 11 RR1H705TF
BS 12 64 RR1H705JQ
BS 65 65 RR1GR22JQ
BS 66 87 RR1H705JQ
BS 88 88 RR1GR22JQ
BS 89 119 RR1H705JQ
BS 120 120 RR1GR22JQ
BS 121 146 RR1H705JQ
BS 147 147 RR1GR22JQ
BS 148 148 RR1H705JQ
BS 149 149 RR1GR22JQ
BS 150 183 RR1H705JQ
BS 184 184 RR1GR22JQ
BS 185 207 RR1H705JQ
BS 208 528 RR1GR22JQ
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AGT
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ATAACATAACAAGAACCCAGCGTCCATTCAAATCTCAACTAACACGACAAGCTTTGTCTT
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TGAAAATGCGGGTGAA
AAA

QA 4 199 4 199
DS 

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CC

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A
AAAAAAAGGATACAAATTATCTTTATTTTAAATAACATAACAAGAACGCAGCGTCCATTC
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ACTCTTTGCAGGAACTGATAGTTTTGATTGAAGCTGTATCGAAGCTGAGGATCGATTTCG
AGGGAATCATCGTCATCGGCGAGACTACCTTTATTGGTTCCACGGCTAGGGACGTGCATC
TTCGACATACCGTCAGATTCCTTGGTGACCTTGAGCTTTGCGCCGCTGAATTTATCGGAG
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GTCTGTCT
CC

QA 2 489 2 489
DS 

RD RR1H705TF 548 0 0
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CTTTATTTTAAATAACATAACAAGAACGCAGCGTCCATTCAAATCTCAACTAACACGACG
AGCTTTGTCTTCCTGTCCCAACCCAAGAGACTTCTGTGCATTTGCAATGCCTTCAGGATC
AAAGAACTGAGTGAAAATGCGGGTGAAGAAGCTCAAGTTGCGAGAGACATTGTAAGCCAT
GGTAGGAGGAAGAGGCTTCACCAAAGTGTCTACAGTGAACACTCTTTGCAGGAACTGATA
GTTTCGATTGAAGCTGTATCGAAGCTGAGGATCGATTTCGAGGGAATCATCGTCATCGGC
GAGACTACCTTTATTGGTTCCACGGCTAGGGACGTGCATCTTCGACATACCGTCAGATTC
CTTGGTGACCTTGAGCTTTGCGCCGCTGAATTTATCGGAGTCATCGTCGTCGCCTCTCCA
GGGGGCTTTGGATAAGAGCTCTTTCTTCTTCGCCATTGCAGTCTGTCTTCGGCCAAATCC
TGAGTTCC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 4

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TGGAAACTGCACAGGGTTTGCAGTTAACAGGATGTTCTTCCCATACACACAGGCAGCTAT
GTTCCTTGTTGAGCATGGAGCAGATCCATATCTCATCGACAAAGCAGTCAGCAAGTTTGG
AATGCCAATGGGACCCTTCAGATTGTGCGACCTGGTTGGATTCGGTGTGGCGATTGCAAC
CGCAACACAATTCATCGAGAACTTCACAGAACGGACATACAAATCAATGATTATCCCACT
CATGCAAGAGGACAAGAGAGCTGGTGAAGCCACTCGTAAAGGATTCTATCTTTATGATGA
TAAGCGCAAGGCTAAACCTGACCCTGAATTAAAGAAATATATCGAGAAGGCGAGGAGCGT
ATCAGGAGCAAAGCTTGATCCGAAGTTGGAGAAACTGTCGGAGAAGGAAATTATTGAAAT
GACGTTTTCCCCAGTAGTGAACGAGGCGTGTAGAGTTTTTGCGGAAGGTATTGCTGTCAA
GGCAGCAGACCTTGACATTGCTGGCATATTTGGAATGGGTTTCCCACCTTACAGAGGAGG
GATCATGTTCTGGGCTGATTCCATTGGGTCGAAATACATTTACTCAAAGCTAGATGAGTG
GTCCAACACTTATGGTGATTTCTTCAAGCCTTGTGCTTTCTTGGCTGAAAGGGGATCCAA
AGGAGCTCCTCTGAGCGCTCCCTTGGAACAAGGCAGGTCGCGGTTGTAAGGTCAGAGTTT
CAACGAGGAACTTTTCTTTGTTGCTGCATCTACTGTTTTTCTTTATGTCCACATTTACTT
GCCAGGAAGTTGGGATCTTTGGCCTCAGTTACTTTTTAAAATAAAGTCTCATCTCAAGAC
AGATGAATAAAGTAGAAAGTAAGTTCGAATAGCAATAAGATTTGTGTTTTTGTGATGTTA
CTCATATATAATGCTTTGTCATACAAAGGCTGTCAGATACATTTGTTATAAAGCTTTATG
GAGTAATAAGTTCTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AH85TF U 1
AF RR1HB69TF U 189
AF RR1HB69JQ C 352
AF RR1AH85JQ C 257
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BS 508 748 RR1AH85TF
BS 749 783 RR1HB69TF
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RD RR1AH85TF 748 0 0
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GTCCAACACTTATGGTGATTTCTTCAAGCCTTGTGCTTTCTTGGCTGAAAGGGGATCCAA
AGGAGCTCCTCTGAGCGCTCCCTTGGAA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1HB69TF 595 0 0
G
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GGCTAAACCTGACCCTGAATTAAAGAAATATATCGAGAAGGCGAGGAGCGTATCAGGAGC
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CCCAGTAGTGAACGAGGCGTGTAGAGTTTTTGCGGAAGGTATTGCTGTCAAGGCAGCAGA
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CTGGGCTGATTCCATTGGGTCGAAATACATTTACTCAAAGCTAGATGAGTGGTCCAACAC
TTATGGTGATTTCTTCAAGCCTTGTGCTTTCTTGGCTGAAAGGGGATCCAAAGGAGCTCC
TCTGAGCGCTCCCTTGGAACAAGGCAGGTCGCGGTTGTAAGGTCAGAGTTTCAA

QA 2 595 2 595
DS 

RD RR1HB69JQ 582 0 0
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GAGGAGCGTATCAGGAGCAAAGCTTGATCCGAAGTTGGAGAAACTGTCGGAGAAGGAAAT
TATTGAAATGACGTTTTTCCCAGTAGTGAACGAGGCGTGTAGAGTTTTTGCGGAAGGTAT
TGCTGTCAAGGCAGCAGACCTTGACATTGCTGGCATATTTGGAATGGGTTTCCCACCTTA
CAGAGGAGGGATCATGTTCTGGGCTGATTCCATTGGGTCGAAATACATTTACTCAAAGCT
AGATGAGTGGTCCAACACTTATGGTGATTTCTTCAAGCCTTGTGCTTTCTTGGCTGAAAG
GGGATCCAAAGGAGCTCCTCTGAGCGCTCCCTTGGAACAAGGCAGGTCGCGGTTGTAAGG
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CATTTACTTGCCAGGAAGTTGGGATCTTTGGCCTCAGTTACTTTTTAAAATAAAGTCTCA
TCTCAAGACAGATGAATAAAGTAGAAAGTAAGTTCGAATAGC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1AH85JQ 781 0 0
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AGAGCTGGTGAAGCCACTCGTAAAGGATTCTATCTTTATGATGATAAGCGCAAGGCTAAA
CCTGACCCTGAATTAAAGAAATATATCGAGAAGGCGAGGAGCGTATCAGGAGCAAAGCTT
GATCCGAAGTTGGAGAAACTGTCGGAGAAGGAAATTATTGAAATGACGTTTTCCCCAGTA
GTGAACGAGG*GTGTAGAGTTTTTGCGGAAGGTATTGCTGTCAAGGCAGCAGACCTTGAC
ATTGCTGGCATATTTGGAATGGGTTTCCCACCTTACAGAGGAGGGATCATGTTTTGGGCT
GATTCCATTGGGTCGAAATACATTTACTCAAAGCTAGATGAGTGGTCCAACACTTATGGT
GATTTCTTCAAGCCTTGTGCTTTCTTGGCTGAAAGGGGATCCAAAGGAGCTCCTTTGAGC
GCTCCCTTGGAACAAGGCAGGTCGCGGTTGTAAGGTCAGAGTTTCAACGAGGAACTTTTC
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CTTTGGCCTCAGTTACTTTTTAAAATAAAGTCTCATCTCAAGACAGATGAATAAAGTAGA
AAGTAAGTTCGAATAGCAATAAGATTTGTGTTTTTGTGATGTTACTCATATATAATGCTT
TGTCATACAAAGGCTGTCAGATACATTTGTTATAAAGCTTTATGGAGTAATAAGTTCTGT
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL2830Contig1 783 2 3 U
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CCAAATTGCAAATATATAAAAGATGAGGACATCTCCGAACTCTACTGAGGATTTGGAGGA
CGACTGTTAGCAGCAGAGACTCTAAATCCCCACTCCAAAAGCTCCTTGCTTGGGTCATCT
TTATGCACAATCACTTCAATGAAACAAAAGCTCTCCTTTTCCTCATTCGTCGCCGGGCTA
ATGGCCTCCACAAGCTCCTCCTCGCACCTCACTTTCGCAGTCCAGCATTTACCTTCTCCA
TTGTGAATAGCCTCAACAAAAGCCGTGTAGTTCCAGTTCTTTATCACATTGTAAGGACCA
TCATGAATCTCCACTTCAATCGTGTACCCTCCATTGTTGATGAGAAAGACTATGGTCTTC
TGCCCACACCGTATCATCGTCGACACATCCTGCGCGGTAACCTGGAAACTCCCGTCTCCA
ATACAAGCGATGACACGTTTGTTCGGTATGGCCTGAGCATAGCCTAGAGTAGCACCAACA
GACCAACCAATCGACCCGTACTGCATCTGGAACTCGTAACCACATCCTTCAGGGAGCTTC
AGCTTCTGACAATTGAACCAAGAATCCCCCGTCTCGGCGAGCACAGCCGTCTCAGCAGAA
AGCAGATTCTGAATGTGTTGAAACAGCACATTAACCCTCAAAGGCTCCTTGGGATTCTCC
CTCAGAGGCTTCCCTTCAGGGACAAAGATCCTATGGTAATTCTCGTACGCAGTGTTGTTA
TGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1BL13JQ U 134
AF RR1BL13TF C 1
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BS 257 783 RR1BL13TF

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CAAAA
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DS 

RD RR1BL13TF 783 0 0
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CCAAATTGCAAATATATAAAAGATGAGGACATCTCCGAACTCTACTGAGGATTTGGAGGA
CGACTGTTAGCAGCAGAGACTCTAGATCCCCACTCCAAAAGCTCCTTGCTTGTGTCATCT
TTATGCACAATCACTTCAATGAAACAAAAGCTCTCCTTTTCCTCATTCGTCGCCGTGCTA
ATGGCCTCCACAAGCTCCTCCTCGCACCTCACTTTCGCAGTCCAGCATTTACCTTCTCCA
TTGTGAATAGCCTCAACAAAAGCCGTGTAGTTCCAGTTCTTTATCACATTGTAAGGACCA
TCATGAATCTCCACTTCAATCGTGTACCCTCCATTGTTGATGAGAAAGACTATGGTCTTC
TGCCCACACCGTATCATCGTCGACACATCCTGCGCGGTAACCTGGAAACTCCCGTCTCCA
ATACAAGCGATGACACGTTTGTTCGGTATGGCCTGAGCATAGCCTAGAGTAGCACCAACA
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AGCAGATTCTGAATGTGTTGAAACAGCACATTAACCCTCAAAGGCTCCTTGGGATTCTCC
CTCAGAGGCTTCCCTTCAGGGACAAAGATCCTATGGTAATTCTCGTACGCAGTGTTGTTA
TGC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 3

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GAATCTCATGGCGGGAATCAGATTAGCACCGGAAGAACCTGAGACAACTCCTCAGCAACA
GGCCAGGGCGACGGCGACGGATAGCTTGGCTTCCGACGACGACCGATCTATTGCGGCGGA
TTCGTGTTCGATCAAGAGCGAGTACGGAAGCACTCTCGACGACGATCAGCGCCACGCCGA
CGCCGCCGAGGCTCTCTCCTCCGCCAACTTCCGCGTCTCTTCAGATTACAGTTCGGATAA
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AGCTTACTCTGATGAACTCTCTAATTTCAGGGAGCATGGCCATACCGGCGAAGTTTGGTT
TGGAGATGATGTCATGGAAATTGTTACCTCTTGGACGAAAGACTTGTGCGTTGAGATATC
TCAAAAGGAGATGTCTGTTTCTGACAACGGTGAGGTGAATGATCAGGCTGACAAGTATTT
GTCTACCTGGAATGTGCTTGACCTTGGTACCGGAAATGGCTTGCTTCTTCATCAGCTTGC
TAAGGAGGGGTTCTCTGATTTAACCGGGACTGATTATAGTGAAGGAGCGGTTGAACTCGC
TCAACATCTCTCCCAACGTGATGGTTTCCCAAATATACGTTTCATGGTTGATGATATCCT
TGATACAAAATTGGAAAGGCAGTTCAAGCTGGTGATGGACAAAGGAACTCTGGATGCCAT
TGGTTTGCATCCTGATCGCCCTGTCAAAAGAGTCATGTATTGGGATTCAGTGTCCAAGCT
GGTTGCTCCTGGTGGTATACTGGTTATCACGTCGTGTAACAACACAAAGGGCGAACTCTT
GGAAGAAGTGGAGAACTTCAACATGAGAAAATCAAATTTAACTGGAGATGTGTCTTCCGA
AGCTGCAAGTGGAACCGATCATCCTCCGTTTGAGTATCTGAGCCACGTTAGGACGTACCC
AACGTTCATGTTTGGTGGGTCTGTGGGATCGCGTGTGGCAACTGTTGCTTTTCTAAGGAA
GTGATAACAACAGCTTTTCTTTTTCTTTTGGGGGAGAATTGCATAACATAATATGATGCC
CATGCTTTTTCTTTTCTAAACCTTTTTTTTTCTTGTGGCAATGTTCATGTGCTTTTGGGA
GCACTTGATAACCTCTAAATTTGTTTTCAGAAACTTCTGATAACTTATGGGTTTGGTTAT
TTATTAGTGTACTCGTTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BR08TF U 1
AF RR1EI30TF U 205
AF RR1EI30JQ C 619
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BS 931 931 RR1EI30JQ
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BS 1005 1018 RR1EI30TF
BS 1019 1019 RR1EI30JQ
BS 1020 1021 RR1EI30TF
BS 1022 1022 RR1EI30JQ
BS 1023 1060 RR1EI30TF
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BS 1062 1071 RR1EI30TF
BS 1072 1281 RR1EI30JQ

RD RR1BR08TF 775 0 0
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GAATCTCATGGCGGGAATCAGATTAGCACCGGAAGAACCTGAGACAACTCCTCAGCAACA
GGCCAGGGCGACGGCGACGGATAGCTTGGCTTCCGACGACGACCGATCTATTGCGGCGGA
TTCGTGTTCGATCAAGAGCGAGTACGGAAGCACTCTCGACGACGATCAGCGCCACGCCGA
CGCCGCCGAGGCTCTCTCCTCCGCCAACTTTCGCGTCTCTTCAGATTACAGTTCGGATAA
GGAAGAGCCAGATGCAGATGGAGGACAGTCAATGCTTGGTCTCCAAAGCTATTGGGATGC
AGCTTACTCTGATGAGCTCTCTAATTTCAGGGAGCATGGCCATACTGGCGAAGTTTGGTT
TGGAGATGATGTCATGGAAATTGTTACCTCTTGGACGAAAGACTTGTGCGTTGAGATTTC
TCAAAAGGAGATGTCTGTTTCTGACAACGGTGAGGTGAATGATCAGGCTGACAAGTATTT
GTCTACCTGGAATGTGCTTGACCTTGGTACCGGAAATGGCTTGCTTCTTCATCAGCTTGC
TAAGGAGGGGTTCTCTGATTTAACCGGGACTGATTATAGTGAAGGAGCGGTTGAACTCAC
TCAACATCTCTCCCAACGTGATGGGTTCCCAAATATACGTTTCATGGTTGATGATATCCT
TGATACAAAATTGGAAAGGCAGTTCAAGCTGGTGATGGACAAAGGA
CTTTGGATG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1EI30TF 867 0 0
G
GGAAGCACTCTCGACGACGATCAGCGCCACGCCGACGCCGCCGAGGCTCTCTCCTCCGCC
AACTTCCGCGTCTCTTCAGATTACAGTTCTGATGAGGAAGAGCCAGATGCAGATGGAGGA
CAGTCAATGCTTGGTCTCCAAAGCTATTGGGACGCTGCTTACTCTGATGAACTCTCTAAT
TTCAGGGAGCATGGCCATACCGGCGAAGTTTGGTTTGGAGATGATGTGATGGAAATTGTT
ACCTCTTGGACGAAAGACTTGTGCGTTGAGATATCTCAGAAGGAGATGTCTGTTTCTGAC
AACGGTGAGGTGAATGATCAGGCTGACAAGTATTTGTCTAGCTGGAATGTGCTTGACCTT
GGTACCGGAAATGGCTTGCTTCTTCATCAGCTTGCTAAGGAGGGGTTTTCTGATTTAACC
GGGACTGATTATAGTGAAGGAGCGGTTGAACTCGCTCAACATCTCTCCCAACGTGATGGT
TTCCCAAATATACGTTTCATGGTTGATGATATCCTTGATACAAAATTGGAAAGGCAGTTC
AAGCTGGTGATGGACAAAGGAACTCTGGATGCCATTGGTTTGCATCCTGATCGCCCTGTC
AAAAGAGTCATGTATTGGGATTCAGTGTCCAAGCTGGTTGCTCCTGGTGGTATACTGGTT
ATCACGTCGTGTAACAACACAAAGGGCGAACTCTTGGAAGAAGTGGAGAACTTCAACATG
AGAAA*TCAA*TTTAACTGGAGATGTGTCTTCCGAAGCTGCA*GTGGAACCGATCATCCT
CCGTTTGAGTATCTGAGC*ACGTTAGGACGTACTCA*CGTTCATGTTTGGTGGGTCTGTG
GGATCGCGTGTGGCA*CTGTTGCTTT

QA 2 867 2 867
DS 

RD RR1EI30JQ 663 0 0
TTTAACCGGGACTGATTATAGTGAAGGAGCGGTTGAACTCGCTCAACATCTCTCCCAACG
TGATGGTTTCCCAAATATACGTTTCATGGTTGATGATATCCTTGATACAAAATTGGAAAG
GCAGTTCAAGCTGGTGATGGACAAAGGAACTCTGGATGCCATTGGTTTGCATCCTGATCG
CCCTGTCAAAAGAGTCATGTATTGGGATTCAGTGTCCAAGCTGGTTGCTCCTGGTGGTAT
ACTGGTTATCACGTCGTGTAACAACACAAAGGGCGAACTCTTGGAAGAAGTGGAGAACTT
CAACATGAGAAAATCAAATTTAACTGGAGATGTGTCTTCCGAAGCTGCAAGTGGAACCGA
TCATCCTCCGTTTGAGTATCTGAGCCACGTTAGGACGTACCCAACGTTCATGTTTGGTGG
GTCTGTGGGATCGCGTGTGGCAACTGTTGCTTTTCTAAGGAAGTGATAACAACAGCTTTT
CTTTTTCTTTTGGGGGAGAATTGCATAACATAATATGATGCCCATGCTTTTTCTTTTCTA
AACCTTTTTTTTTCTTGTGGCAATGTTCATGTGCTTTTGGGAGCACTTGATAACCTCTAA
ATTTGTTTTCAGAAACTTCTGATAACTTATGGGTTTGGTTATTTATTAGTGTACTCGTTT
CAT

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 4

CO CL2832Contig1 606 4 5 U
GCCATGCTAAGGTGCAGACATCGGCTGGAGAAAAGTCAGTCCGTGAGCTCGTGAAGAACG
ATGAATACTTGAATGGAGAATTCATCGCCACCGTTCAACAGCGTGGAGCTGCAATCATCA
AGGCGAGGAAGTTGTCAAGTGCACTTTCTGCTGCTAGCTCTGCTTGTGATCACATCCGTG
ACTGGGTCCTTGGAACTCCAGAGGGTACATTTGTTTCAATGGGAGTATACTCCGACGGTT
CTTACAACGTTCCAGCTGGACTTATCTACTCCTTCCCTGTCACTTGTCGCAATGGAGAGT
GGAGTATTGTCCAAGGGCTTCCGATCGATGAAATGTCAAGGAAGAAGATGGATTTGACAG
CAGAGGAGCTGAAGGAAGAGAAGGACTTGGCGTACTCATGCCTCTCTTAAACAACCAATG
CTCTTCAGGTGTGAGATCAATCATAGCTTTTACGGCTGTGTCTGAATAAGATCTCCAAAC
ACTGTTTTATAACCTCTTTGTTGGTTTGTCTTCCTATTGAACATTGTCCCTGGTCTGTTT
CTAAACCAGGATATCGTTTACTCTGTTTCATGTGTCTTGTTTGGTTTTATCCATAATAAA
ATTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC88JQ C 275
AF RR1EC88TF U 275
AF RR1AB39TF U 1
AF RR1AB39JQ C 1
BS 1 275 RR1AB39TF
BS 276 344 RR1EC88TF
BS 345 345 RR1AB39TF
BS 346 599 RR1EC88TF
BS 600 606 RR1AB39JQ

RD RR1EC88JQ 325 0 0
G
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TCAAGGAAGGAGATGGATTTGACAGCAGAGGAGCTGAAGGAAGAGAAGGACTTGGCGTAC
TCATGCCTCTTTTAAACAACCAATGCTCTTCAGGTGTGAGATCAATCATAGCTTTTACGG
CTGTGTTTGAATAAGATCTCCAAACACTGTTTTATAACCTCTTTGTTGGTTTGTCTTCCT
ATTGAACATTGTCCCTGGTCTGTTTTTAAACCAGGATATCGTTTACTCTGTTTCATGTGT
CTTGTTTGGTTTTATCCATAATAA

QA 2 325 2 325
DS 

RD RR1EC88TF 325 0 0
G
CCTGTCACTTGTCGCAATGGAGAGTGGAGTATTGTCCAAGGGCTTCCGATCGATGAAATG
TCAAGGAAGGAGATGGATTTGACAGCAGAGGAGCTGAAGGAAGAGAAGGACTTGGCGTAC
TCATGCCTCTCTTAAACAACCAATGCTCTTCAGGTGTGAGATCAATCATAGCTTTTACGG
CTGTGTCTGAATAAGATCTCCAAACACTGTTTTATAACCTCTTTGTTGGTTTGTCTTCCT
ATTGAACATTGTCCCTGGTCTGTTTCTAAACCAGGATATCGTTTACTCTGTTTCATGTGT
CTTGTTTGGTTTTATCCATAATAA

QA 2 325 2 325
DS 

RD RR1AB39TF 606 0 0
GCCATGCTAAGGTGCAGACATCGGCTGGAGAAAAGTCAGTCCGTGAGCTCGTGAAGAACG
ATGAATACTTGAATGGAGAATTCATCGCCACCGTTCAACAGCGTGGAGCTGCAATCATCA
AGGCGAGGAAGTTGTCAAGTGCACTTTCTGCTGCTAGCTCTGCTTGTGATCACATCCGTG
ACTGGGTCCTTGGAACTCCAGAGGGTACATTTGTTTCAATGGGAGTATACTCCGACGGTT
CTTACAACGTTCCAGCTGGACTTATCTACTCCTTCCCTGTCACTTGTCGCAATGGAGAGT
GGAGTATTGTCCAAGGGCTTCCGATCGATGAAATGTCAAGGAAGAAGATGGATTTGACAG
CAGAGGAGCTGAAGGAAGA**AGGACTTGGCGTACTCATGCCTCTCTTAAACAACCAATG
CTCTTCAGGTGTGAGATCAATCATAGCTTTTACGGCTGTGTCTGAATAAGATCTCCAAAC
ACTGTTTTATAACCTCTTTGTTGGTTTGTCTTCCTATTGAGCATTGTCCCTGGTCTGTTT
CTAAACCAGGATATCGTTTACTCTGTTTCATGTGTCTTGTTTGGTTTTATCCATAATAA
AATTTTT

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1AB39JQ 606 0 0
GCCATGCTAAGGTGCAGACATCGGCTGGAGAAAAGTCAGTCCGTGAGCTCGTGAAGAACG
ATGAATACTTGAATGGAGAATTCATCGCCACCGTTCAACAGCGTGGAGCTGCAATCATCA
AGGCGAGGAAGTTGTCAAGTGCACTTTCTGCTGCTAGCTCTGCTTGTGATCACATCCGTG
ACTGGGTCCTTGGAACTCCAGAGGGTACATTTGTTTCAATGGGAGTATATTCCGACGGTT
CTTACAACGTTCCAGCTGGACTTATTTACTCCTTCCCTGTCACTTGTCGCAATGGAGAGT
GGAGTATTGTCCAAGGGCTTCCGATCGATGAAATGTCAAGGAAGAAGATGGATTTGACAG
CAGAGGAGCTGAAGGAAGA**AGGACTTGGCGTACTCATGCCTTTCTTAAACAACCAATG
CTCTTCAGGTGTGAGATCAATCATAGCTTTTACGGCTGTGTCTGAATAAGATCTCCAAAC
ACTGTTTTATAACCTCTTTGTTGGTTTGTCTTCCTATTGAGCATTGTCCCTGGTCTGTTT
TTAAACCAGGATATCGTTTACTCTGTTTCATGTGTCTTGTTTGGTTTTATCCATAATAAA
ATTTTT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 4

CO CL2833Contig1 872 4 21 U
CAAACTGAATTTTTGCACTTTACTAACTAAAAAGGGGAAAATGTTTTGAATGTTACATAC
ATTTTTATTCAAATATTGTGTGTACAAATACACGTTTAGTCTACCAGTGAAAAAAATCAC
AAACCATCCGGATTTGAAGCTTCAAATCATATCACACTTCACAAGGGGGAGCGAAACGTT
GGAAATTTCTTCTTCCATCTTCCAATCTTCTCTACTCCCTTGCGTGGTCTTACAGCAAGT
TCGTTATCCACAATGGATATAGCCTCAAACCCCAACGGAATCAGAACCTTCTCGTAATCA
GACACAGATACTTTGTAAGGAGGACCTCCAGAACGCTCATCTAAAGGAAACATCAATGTT
ATTAGCTCTCCACTTGGTTTCAGAAGCTTTTCTATTCGCTATGCCCATAGTGGTCTCACG
CTAGCTTCAAATGCACAAAAGAAAGTATAGTCGAAAATTAGATCGAATTTTTCAGCTGGC
TCCCAAGTGAAGAAGTCTTCAATCAAGAAAGAGCAGTAGTTTGCATTAGGCAGAGAGGCA
AATCTCTTTGATGATTGCTCAATCACAGTTTTAGATATATCCAATCCAATTACATAACGA
TCAGGACATGCCATTGCCACCACATCATAACCGGTTCCACAACCAGGAACCAGAGCTCTG
CCTTTAGGCAATGAGCCAGTCTCCGCCAGATGCTTAACGATCGGAGTTGGTTTACCTAAG
TCCCATGGGGTTGCTCCTGCTTTCCAGGTCTTCTCCCAACCACCAGAAGAATCCTCTCTC
ACCAACCGTTGGAAGATATCACTCGGCGATTCCACCGCCGGAGCTTTACCGGAGTTTCTT
CCCATCAGGTTTAACGACACGCAGACCAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H426JQ U 1
AF RR1CO81JQ U 18
AF RR1CO81TF C 232
AF RR1H426TF C 291
BS 1 55 RR1H426JQ
BS 56 56 RR1CO81JQ
BS 57 162 RR1H426JQ
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BS 285 300 RR1H426JQ
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BS 383 383 RR1CO81JQ
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RD RR1H426JQ 510 0 0
CAAACTGAATTTTTGCACTTTACTAACTAAAAAGGGGAAAATGTTTTGAATGTTATATAC
ATTTTTATTCAAATATTGTGTGTACAAATACACGTTTAGTCTACCAGTGAAAAAAATCAC
AAACCATCCGGATTTGAAGCTTCAAATCATATCACACTTCACGAGGTGGAGCGAAACGTT
GGAAATTTCTTCTTCCATCTTCCAATCTTCTCTACTCCCTTGCGTGGTCTTACAGCAAGT
TCGTTATCCACAATGGATATAGCCTCAAACCCCAACGGAATCAAAACCTTCTCGTAATCA
AACACAAATACTTTGTAAGGAGGACCTCCAAAACGCTCATCTAAAGGAAACATCAATGTT
ATTAGCTCTCCACTTGGTTTCAAAAGCTTTTCTATTCGCTGTGCCCATAGTGGTCTCACG
CTAGCTTCAAATGCACAAAAGAAAGTATAGTCGAAAATTAGATCGAATTTTTCAGCTGGC
TCCCAAGTGAAGAAGTCTTCAATCAAGAAA

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1CO81JQ 724 0 0
T
TTTACTAACTAAAAAGGGGAAAATGTTTTGAATGTTACATACATTTTTATTCAAATATTG
TGTGTACAAATACACGTTTAGTCTACCAGTGAAAAAAATCACAAACCATCCGGATTTGAA
GCTTCAAATCATATCACACTTCACAAGGGGGAGCGAAACGTTGGAGATTTCTTCTTCCAT
CTTCCAATCTTCTCTACTCCCTTGCGTGGTCTTACAGCAAGTTCGTTATCCACAATGGAT
ATAGCCTCAAACCCCAACGGAATCAGAACCTTCTCGTAATCAGACACAGATACTTTGTAA
GGAGGACCTCCAGAACGCTCATCTAAAGGAAACATCAATGTTATTAGCTCTCCACTTGGT
TTCAGAAGCTTTTCTATTCGCTATGCCCATAGTGGTCTCACGCTAGCTTCAAATGCACAA
AAGAAAGTATAGTCGAAAATTAGATCGAATTTTTCAGCTGGCTCCCAAGTGAAGAAGTCT
TCAATCAAGAAAGAGCAGTAGTTTGCATTAGGCAGAGAGGCAAATCTCTTTGATGATTGC
TCAATCACAGTTTTAGATATATCCAATCCAATTACATAACGATCAGGACATGCCATTGCC
ACCACATCATAACCGGTTCCACAACCAGGAACCAGAGCTCTGCCTTTAGGCAATGAGCCA
GTCTCCGCCAGATGCTTAACGATCGGAGTTGGTTTACCTAAGTCCCATGGGGTTGCTCCT
GCT

QA 2 724 2 724
DS 

RD RR1CO81TF 641 0 0
ACAGCAAGTTCGTTATCCACAATGGATATAGCCTCAAACCCCAACGGAATCAGAACCTTC
TCGTAATCAGACACAGATACTTTGTAAGGAGGACCTCCAGAACGCTCATCTAAAGGAAAC
ATCAATGTTATTAGCTCTCCACTTGGTTTCAGAAGCTTTTCTATTCGCTATGCCCATAGT
GGTCTCACGCTAGCTTCAAATGCACAAAAGAAAGTATAGTCGAAAATTAGATCGAATTTT
TCAGCTGGCTCCCAAGTGAAGAAGTCTTCAATCAAGAAAGAGCAGTAGTTTGCATTAGGC
AGAGAGGCAAATCTCTTTGATGATTGCTCAATCACAGTTTTAGATATATCCAATCCAATT
ACATAACGATCAGGACATGCCATTGCCACCACATCATAACCGGTTCCACAACCAGGAACC
AGAGCTCTGCCTTTAGGCAATGAGCCAGTCTCCGCCAGATGCTTAACGATCGGAGTTGGT
TTACCTAAGTCCCATGGGGTTGCTCCTGCTTTCCAGGTCTTCTCCCAACCACCAGAAGAA
TCCTCTCTCACCAACCGTTGGAAGATATCACTCGGCGATTCCACCGCCGGAGCTTTACCG
GAGTTTCTTCCCATCAGGTTTAACGACACGCAGACCAAGCC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1H426TF 558 0 0
CTCGTAATCAGACACAGATACTTTGTAAGGAGGACCTCCAGAACGCTCATCTAAAGGAAA
CATCAATGTTATTAGCTCTCCACTTGGTTTCAGAAGCTTTTCTATTCGCTGTGCCCATAG
TGGTCTCACGCTAGCTTCAAATGCACAAAAGAAAGTATAGTCGAAAATTAGATCGAATTT
TTCAGCTGGCTCCCAAGTGAAGAAGTCTTCAATCAAGAAAGAGAAGTAGTTTGCATTAGG
CAGAGAGGCAAATCTCTTTGATGATTGCTCAATCACAGTTTTAGATATATCCAATCCAAT
TACATAGCGATCAGGACATGCCATTGCCACTACATCATAACCGGTTCCACAACCAGGAAC
CAGAGCTCTGCCTTTAGGCAATGAGCCAGTCTCCGCCAGATGCTTAACGATCGGAGTTGG
TTTACCTAAGTCCCATGGGGTTGCTCCTGCTTTCCAGGTCTTCTCCCAACCACCAGAAGA
ATCCTCTCTCACCAACCGTTGGAAGATATCACTCGGCGATTCCACCGCCGGAGCTTTACC
GGAGTTTCTTCCCATC
CC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 4

CO CL2834Contig1 846 4 2 U
CCAACCATCACCATGAAAGAAGCAAATTATACGCATCTGTATAGAGAGAGATGGTATGTA
AATAAAAACCCATTTACTTGCGATACATTGCAGTATATAAATTCCCAATCTTTTCATTTG
TCAAACAATTTCACCGGCAGGGAAATAAAATATACAGACACGGAAAATTACATCTATGTA
TGCCCTAAGTTCACGATGATGCCTCTCAAGATCAGTCTTCATCTTTCCTAACCGTTTCCT
CTTTCAGTTCAAGCTCAACCCGTGTCTTTATTACTTCGGAGGATAGTGTCTCGAGCAATG
TTTGACATCTTTCCTCTTCAACTTCTCAGCAACTTCGACTAACCAATCAACCAAAACACC
TCTCATGGTTGGCGTTACATCTTTCTGTACCTTTTCCATGTAATCAGGTAAAGGTCTTTG
CTTTGGCTTCACCTCCATTTGACGGAGATACTCGTAGATGTCGGTGACATAAGGACCACA
CATCTTGGGATCATCAGATCGAGCATCAATGTCAGATCCAAATTCTACAGCAGCCGAAGC
CACCGGAGCCGTCTTTCTCAGCTTCGATAGAGCTCCGAGACTCTTGGCGGGTTTGGAGAT
CTGATTGAAAGTGGACAAGACGGAGATGTTGGAGAGATTGGGAAGCTCGCCGAGAACCAC
TCTCTTCTTGGTGAACCGTTCATCCTCCGTGGCGGCGGCAATAGACTTTCTCTTCACCGC
GGCTCTCGTCATCCTCACACAGATCTCCTTCTCAGTCATGATTTAGGGGAAAAGGTTGAA
GAGATACCGAGAGAAAGGGAAAGTAAGAGAGAGAGAGGAGAGAGAGAGATTGAGATTTGG
TGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 

AF RR1H806JQ U 1
AF RR1FY81JQ U 24
AF RR1H806TF C 237
AF RR1FY81TF C 606
BS 1 564 RR1H806JQ
BS 565 846 RR1H806TF

RD RR1H806JQ 564 0 0
CCAACCATCACCATGAAAGAAGCAAATTATACGCATCTGTATAGAGAGAGATGGTATGTA
AATAAAAACCCATTTACTTGCGATACATTGCAGTATATAAATTCCCAATCTTTTCATTTG
TCAAACAATTTCACCGGCAGGGAAATAAAATATACAGACACGGAAAATTACATCTATGTA
TGCCCTAAGTTCACGATGATGCCTCTCAAGATCAGTCTTCATCTTTCCTAACCGTTTCCT
CTTTCAGTTCAAGCTCAACCCGTGTCTTTATTACTTCGGAGGATAGTGTCTCGAGCAATG
TTTGACATCTTTCCTCTTCAACTTCTCAGCAACTTCGACTAACCAATCAACCAAAACACC
TCTCATGGTTGGCGTTACATCTTTCTGTACCTTTTCCATGTAATCAGGTAAAGGTCTTTG
CTTTGGCTTCACCTCCATTTGACGGAGATACTCGTAGATGTCGGTGACATAAGGACCACA
CATCTTGGGATCATCAGATCGAGCATCAATGTCAGATCCAAATTCTACAGCAGCCGAAGC
CACCGGAGCCGTCTTTCTCAGCTT

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1FY81JQ 541 0 0
AAATTATACGCATCTGTATAGAGAGAGATGGTATGTAAATAAAAACCCATTTACTTGCGA
TACATTGCAGTATATAAATTCCCAATCTTTTCATTTGTCAAACAATTTCACCGGCAGGGA
AATAAAATATACAGACACGGAAAATTACATCTATGTATGCCCTAAGTTCACGATGATGCC
TCTCAAGATCAGTCTTCATCTTTCCTAACCGTTTCCTCTTTCAGTTCAAGCTCAACCCGT
GTCTTTATTACTTCGGAGGATAGTGTCTCGAGCAATGTTTGACATCTTTCCTCTTCAACT
TCTCAGCAACTTCGACTAACCAATCAACCAAAACACCTCTCATGGTTGGCGTTACATCTT
TCTGTACCTTTTCCATGTAATCAGGTAAAGGTCTTTGCTTTGGCTTCACCTCCATTTGAC
GGAGATACTCGTAGATGTCGGTGACATAAGGACCACACATCTTGGGATCATCAGATCGAG
CATCAATGTCAGATCCAAATTCTACAGCAGCCGAAGCCACCGGAGCCGTCTTTCTCAGCT
T

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1H806TF 610 0 0
TCCTCTTTCAGTTCAAGCTCAACCCGTGTCTTTATTACTTCGGAGGATAGTGTCTCGAGC
AATGTTTGACATCTTTCCTCTTCAACTTCTCAGCAACTTCGACTAACCAATCAACCAAAA
CACCTCTCATGGTTGGCGTTACATCTTTCTGTACCTTTTCCATGTAATCAGGTAAAGGTC
TTTGCTTTGGCTTCACCTCCATTTGACGGAGATACTCGTAGATGTCGGTGACATAAGGAC
CACACATCTTGGGATCATCAGATCGAGCATCAATGTCAGATCCAAATTCTACAGCAGCCG
AAGCCACCGGAGCCGTCTTTCTCAGCTTCGATAGAGCTCCGAGACTCTTGGCGGGTTTGG
AGATCTGATTGAAAGTGGACAAGACGGAGATGTTGGAGAGATTGGGAAGCTCGCCGAGAA
CCACTCTCTTCTTGGTGAACCGTTCATCCTCCGTGGCGGCGGCAATAGACTTTCTCTTCA
CCGCGGCTCTCGTCATCCTCACACAGATCTCCTTCTCAGTCATGATTTAGGGGAAAAGGT
TGAAGAGATACCGAGAGAAAGGGAAAGTAAGAGAGAGAGAGGAGAGAGAGAGATTGAGAT
TTGGTGGTCC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1FY81TF 241 0 0
TGAAAGTGGACAAGACGGAGATGTTGGAGAGATTGGGAAGCTCGCCGAGAACCACTCTCT
TCTTGGTGAACCGTTCATCCTCCGTGGCGGCGGCAATAGACTTTCTCTTCACCGCGGCTC
TCGTCATCCTCACACAGATCTCCTTCTCAGTCATGATTTAGGGGAAAAGGTTGAAGAGAT
ACCGAGAGAAAGGGAAAGTAAGAGAGAGAGAGGAGAGAGAGAGATTGAGATTTGGTGGTC
C

QA 1 241 1 241
DS 



AS 1 4

CO CL2835Contig1 536 4 29 U
GGCTCATATAATACACATACATCCCTTAATTAAAATAAAGAAGAAGTAAAAAGTAAAATA
TAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCCTCCTCTTCATTGTTCTTATTATCTTTTC
TGCTTTTGAA***CCAACTATGGTGGAAGGGCAGAAGACATGCAAGAGGCAACCTAAGGC
AGGGAGAGCATATTGTAAAACTGATCGTATATGCCATAAGAATTGCGTCGAAACAGAGAA
AGCAATACGTGGTACTTGCGATTTTAAATTCCCATGGACCCAGTGTTTCTGCCACTTCCT
ATGTTAATATATCAAAATTTATTGGGTTTGTGTTAATGTATTTATTTATATTTTTGGTTT
TTATTTACATTCAATTATTCATTCACCCTTTGAGCGACCCTTATGGCATGTGCCACGTAT
GTTTATATTAATTTTTATGTACGATATAAAACTATTTTATCATGACAATGGGACGAGCAT
TACACATGGCACTCATCAAATATTACGAGGTGCATCATGCTTATTTTTTTCATGTC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AH91TF U 4
AF RR1FG47TF U 4
AF RR1E916JQ C 1
AF RR1E916TF U 1
BS 1 5 RR1E916JQ
BS 6 42 RR1AH91TF
BS 43 43 RR1FG47TF
BS 44 44 RR1AH91TF
BS 45 45 RR1FG47TF
BS 46 94 RR1AH91TF
BS 95 95 RR1FG47TF
BS 96 130 RR1AH91TF
BS 131 133 RR1E916TF
BS 134 157 RR1AH91TF
BS 158 158 RR1FG47TF
BS 159 191 RR1AH91TF
BS 192 192 RR1FG47TF
BS 193 200 RR1AH91TF
BS 201 201 RR1FG47TF
BS 202 299 RR1AH91TF
BS 300 300 RR1E916TF
BS 301 330 RR1AH91TF
BS 331 331 RR1FG47TF
BS 332 381 RR1AH91TF
BS 382 382 RR1FG47TF
BS 383 411 RR1AH91TF
BS 412 412 RR1FG47TF
BS 413 415 RR1AH91TF
BS 416 416 RR1E916TF
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BS 442 442 RR1FG47TF
BS 443 465 RR1AH91TF
BS 466 536 RR1E916TF

RD RR1AH91TF 463 0 0
GG
ATATAATACACATACATCCCTTAATTAAAATAAAGAATACGTAAAAAGTAAAATATAGCA
TGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCCTCTTCTTCATTGTTCTTATTATCTTTTCTGCTT
TTGAAGAACCAACTATGGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGGCAACCTAAGGCAGGGA
GAGCATTTTGTAAAAATGATCGTATATGCCATAAGAATTGCGTCGAAACAGAGAAAGCAA
TACGTGGTACTTGCGATTTTAAATTCCCATGGACCCAGTGTTTCTGCCACTTCCCATGTT
AATATATCAAAATTTATTGGGTTTGCGTTAATGTATTTATTTATATTTTTGGTTTTTATT
TACATTCAATTATTCAGTCACCCTTTGAGCGACCCTTATGGCATGTACCATGTATGTTTA
TATTAATTTTTATGTATGATATAAAACTATTTTATCATGA
C

QA 3 462 3 462
DS 

RD RR1FG47TF 463 0 0
GG
ATATAATACACCTACATCCCTTAATTAAAATAAAGAAGAAGTTAAAAGTAAAATATAGCA
TGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCCTCCTCTTCATTGTTCTTATTATCTTTTCTGCTT
TTGAAGAACCAACTATGGTGGAAGGGCAGAAGACATGCAAGAGGCAACCTAAGGCAGGGA
GAGCATATTGTAAAACTGATCGTATATGCCATAAGAATTGCGTCGAAACAGAGAAAGCAA
TACGTGGTACTTGCGATTTTAAATTCCCATGGACCCAGTGTTTCTGCCACTTCCCATGTT
AATATATCAAAATTTATCGGGTTTGTGTTAATGTATTTATTTATATTTTTGGTTTTTATT
TACATTCAATTATTCATTCACCCTTTGAGCGACCCTTATGGCATGTGCCATGTATGTTTA
TATTAATTTTTATGTACGATATAAAACTATTTTATCATGA
A

QA 3 462 3 462
DS 

RD RR1E916JQ 536 0 0
GGCTCATATAATACACATACATCCCTTAATTAAAATAAAGAAGAAGTAAAAAGTAAAATA
TAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCCTCCTCTTCATTGTTCTTATTATCTTTTC
TGCTTTTGAA***CCAACTATGGTGGAAGGGCAGAAGACATGCAAGAGGCAACCTAAGGC
AGGGAGAGCATATTGTAAAACTGATCGTATATGCCATAAGAATTGCGTCGAAACAGAGAA
AGCAATACGTGGTACTTGCGATTTTAAATTCCCATGGACCCAGTGTTTCTGCCACTTCCT
ATGTTAATATATCAAAATTTATTGGGTTTGTGTTAATGTATTTATTTATATTTTTGGTTT
TTATTTACATTCAATTATTCATTCACCCTTTGAGCGACCCTTATGGCATGTGCCACGTAT
GTTTATATTAATTTTTATGTACGATATAAAACTATTTTATCATGACAATGGGACGAGCAT
TACACATGGCACTCATCAAATATTACGAGGTGCATCATGCTTATTTTTTTCATGTC

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1E916TF 536 0 0
GGCTC
ATATAATACACATACATCCCTTAATTAAAATAAAGAAGAAGTAAAAAGTAAAATATAGCA
TGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCCTCCTCTTCATTGTTCTTATTATCTTTTCTGCTT
TTGAA***CCAACTATGGTGGAAGGGCAGAAGACATGCAAGAGGCAACCTAAGGCAGGGA
GAGCATATTGTAAAACTGATCGTATATGCCATAAGAATTGCGTCGAAACAGAGAAAGCAA
TACGTGGTACTTGCGATTTTAAATTCCCATGGACCCAGTGTTTCTGCCACTTCCTATGTT
AATATATCAAAATTTATTGGGTTTGTGTTAATGTATTTATTTATATTTTTGGTTTTTATT
TACATTCAATTATTCATTCACCCTTTGAGCGACCCTTATGGCATGTGCCACGTATGTTTA
TATTAATTTTTATGTACGATATAAAACTATTTTATCATGACAATGGGACGAGCATTACAC
ATGGCACTCATCAAATATTACGAGGTGCATCATGCTTATTTTTTTCATGTC

QA 6 536 6 536
DS 



AS 1 4

CO CL2836Contig1 905 4 6 U
GGTCAGAGGCCAGCCTTACCTAATGAAGAACATCCACAGGAGAAAACCTGTCCACAGCCA
CTCGTTACAGAACCTACAAGCGCAGAGTCCTTTGTCCGATTCAGAAAGACAGAGCACGGA
GGATCAGATCGAGAGGCTGAAGAGGGAGAAAGAAGTCCTTCTCGCGGATCTACAGAGCCA
AGAGCTCGAGCGTAAAGGGTTCGAGCTGCAAGTAACAGCGCTGAAAGATCGGTTGCAGCA
TATGGAGCAGCGTCAGAGATCTATAGTGACGTTCGTTTCGCAGGTTTTGGAGAAACCGGG
GCTTTCTCTAAACCTCGAAACCCACGAGAGAAGGAAAAGAAAGCTGCAAGAGACGACTTC
TTCTCTGCTTCCGAGCAGGTCGCATGCTGAGCAGGTGGAGAAGTTAGAGTCTTCTTTAAC
GTTCTTGGAGAATCTTGCCATGGAATCGTGTGATAAGAGTATGGATATCGATGTGAACGA
GTCAACTAGCTTTGCGGAGAGTCTAAGTAATGGAAATGATAACCGAGCCAAGTCAACAAA
GATTGATATGAACGTAGAGCCTGTTACTACCATTGCTGCTGCTGCTGCTCCAAAGACAGG
GGTTAACGATGTGTTTTGGGAGCAGTGTTTGACAGAGAATCCGGGATCGATTGAACAGCA
GGAAGTTCAGTCAGAGAGAAGAGATGTTGATGCAAATAAGATTGGAGATGGAAGGACGTT
TTGGTGGAATGCTAAGAATGTAAATGATATTGCAGAGAGAGTTTGACTTTGATATTTGAA
GCTCTTTGTAAAATAGATTTTTTTTTTCGATACTTCTGGAGACAACCATTGACTTGTGGT
TCATTGTTTACTCTGTTTATTGTTTTGAGACGAGAGCAATATAAATAGATGCATATTGGC
TCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 

AF RR1GY90TF U 1
AF RR1FR86TF U 281
AF RR1DN54JQ C 361
AF RR1GY90JQ C 435
BS 1 334 RR1GY90TF
BS 335 335 RR1FR86TF
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BS 452 657 RR1GY90TF
BS 658 905 RR1FR86TF

RD RR1GY90TF 657 0 0
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CTCGTTACAGAACCTACAAGCGCAGAGTCCTTTGTCCGATTCAGAAAGACAGAGCACGGA
GGATCAGATCGAGAGGCTGAAGAGGGAGAAAGAAGTCCTTCTCGCGGATCTACAGAGCCA
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TATGGAGCAGCGTCAGAGATCTATAGTGACGTTCGTTTCGCAGGTTTTGGAGAAACCGGG
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TTCTCTGCTTCCGAGCAGGTCGCATGCTGAGCAGGTGGAGAAGTTAGAGTCTTCTTTAAC
GTTCTTGGAGAATCTTGCCATGGAATCGTG*GATAAGAGTATGGATATCGATGTGAACGA
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GGTTAACGATGTGTTTTGGGAGCAGTGTTTGACAGAGAATCCGGGATCGATTGAACA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1FR86TF 625 0 0
G
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AGCTGCAAGAGACGACTTCTTCTCTGCTTCCGAGCAGGTCGCATGCTGAGCAGGTGGAGA
AGTTAGAGTCTTCTTTAACGTTCTTGGAGAATCTTGCCATGGAATCGTGTGATAAGAGTA
TGGATATCGATGTGAACGAGTCAACTAGCTTTGCGGAGAGTCTAAGTAATGGAAATGATA
ACCGAGCCAAGTCAACAAAGATTGATATGAACGTAGAGCCTGTTACTACCATTGCTGCTG
CTGCTGCTCCAAAGACAGGGGTTAACGATGTGTTTTGGGAGCAGTGTTTGACAGAGAATC
CGGGATCGATTGAACAGCAGGAAGTTCAGTCAGAGAGAAGAGATGTTGATGCAAATAAGA
TTGGAGATGGAAGGACGTTTTGGTGGAATGCTAAGAATGTAAATGATATTGCAGAGAGAG
TTTGACTTTGATATTTGAAGCTCTTTGTAAAATAGATTTTTTTTTTCGATACTTCTGGAG
ACAACCATTGACTTGTGGTTCATTGTTTACTCTGTTTATTGTTTTGAGACGAGAGCAATA
TAAATAGATGCATATTGGCTCTGG

QA 2 625 2 625
DS 

RD RR1DN54JQ 545 0 0
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GTTCTTGGAGAATCTTGCCATGGAATCGTGTGATAAGAGTATGGATATCGATGTGAACGA
GTCAACTAGCTTTGCGGAGAGTCTAAGTAATGGAAATGATAACCGAGCCAAGTCAACAAA
GATTGATATGAACGTAGAGCCTGTTACTACCATTGCTGCTGCTGCTGCTCCAAAGACAGG
GGTTAACGATGTGTTTTGGGAGCAGTGTTTGACAGAGAATCCGGGATCGATTGAACAGCA
GGAAGTTCAGTCAGAGAGAAGAGATGTTGATGCAAATAAGATTGGAGATGGAAGGACGTT
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GCTCTTTGTAAAATAGATTTTTTTTTTCGATACTTCTGGAGACAACCATTGACTTGTGGT
TCATTGTTTACTCTGTTTATTGTTTTGAGACGAGAGCAATATAAATAGATGCATATTGGC
TCTGG

QA 1 545 1 545
DS 

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TTTGGGAGCAGTGTTTGACAGAGAATCCGGGATCGATTGAACAGCAGGAAGTTCAGTCAG
AGAGAAGAGATGTTGATGCAAATAAGATTGGAGATGGAAGGACGTTTTGGTGGAATGCTA
AGAATGTAAATGATATTGCAGAGAGAGTTTGACTTTGATATTTGAAGCTCTTTGTAAAAT
AGATTTTTTTTTTCGATACTTCTGGAGACAACCATTGACTTGTGGTTCATTGTTTACTCT
GTTTATTGTTTTGAGACGAGAGCAATATAAATAGATGCATATTGGCTCTGG

QA 1 471 1 471
DS 



AS 1 4

CO CL2837Contig1 790 4 4 U
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AAAAAACATTTCAATGCAATAATCCATACAAATCAATCTACAAAACTCATAGTTTTACCC
TAAGCTTCATATCATTTTGCTGTCACACAATAAAAAGATAACACCCCAAAAGTATGACAA
TAGTATATATCACATAGCATATAAGAAATAAAAAACAATATTTTGTGGAATAGAAGTCCT
CTAGTAAGGCATGGGGGAGGCCTGAGCAGCAGAGGAGTAAAAGAAATAATAAAATTGAGA
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CTGACAGTCTGGAGGATTGTCCATGAACATAGTCCTATACTTTGTGTGGTATGCATTCTC
TACTGATCCAGCTAATAGGCATGTCTCCGCTATCAAGAAGAACATCCAGCTGACAATGAA
GAGAACAAGGGCAAGACCGCGTGAACCACCAGGCTTGAGAGGCTTCCCACAACAGAAGCA
ACGGCTAACGAGCATGATAAGGAGTTGACTAGCAACTGAGAAGAAAAAGGCTCCAATTCC
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CACAACCGTTGCAGTGCTTCTTCTTTGTTCAGCAGCAACGGCTAGACCAAAGGCGACAAG
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CTCTCTTTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1FD46JQ U 1
AF RR1FD46TF C 3
AF RR1C341JQ U 41
AF RR1C341TF C 41
BS 1 214 RR1FD46JQ
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BS 216 716 RR1FD46JQ
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RD RR1FD46JQ 716 0 0
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AAAAAACATTTCAATGCAATAATCCATACAAATCAATCTACAAAACTCATAGTTTTACCC
TAAGCTTCATATCATTTTGCTGTCACACAATAAAAAGATAACACCCCAAAAGTATGACAA
TAGTATATATCACATAGCATATAAGAAATAAAAA*CAATATTTTGTGGAATAGAAGTCCT
CTAGTAAGGCATGGGGGAGGCCTGAGCAGCAGAGGAGTAAAAGAAATAATAAAATTGAGA
GACAATAGCGTTGAAGAAGACGAAAGAAGCACCCGCAGCGAATACTCCCTTACGAAGAGT
CTGACAGTCTGGAGGATTGTCCATGAACATAGTCCTATACTTTGTGTGGTATGCATTCTC
TACTGATCCAGCTAATAGGCATGTCTCCGCTATCAAGAAGAACATCCAGCTGACAATGAA
GAGAACAAGGGCAAGACCGCGTGAACCACCAGGCTTGAGAGGCTTCCCACAACAGAAGCA
ACGGCTAACGAGCATGATAAGGAGTTGACTAGCAACTGAGAAGAAAAAGGCTCCAATTCC
ATACCCTGTGGCTCTGTCAGAATCATACACACAATAGTTGTATTGCACCTCAGTGTCCTG
CACAACCGTTGCAGTGCTTCTTCTTTGTTCAGCAGCAACGGCTAGACCAAAGGCGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1FD46TF 788 0 0
TTGTTATGGTTCACGTTTATCTTT*GAACCAGATGAATAAACGATTTGGTAATTAAAAAA
AAA*CATT*CAATGCAATAATCCATACAAATCAATCTACAAAACTCATAGTTTTACCCTA
AGCTTCATATCATTTTGCTGTCACACAATAAAAAGATAACACCCCAAAAGTATGACAATA
GTATATATCACATAGCATATAAGAAATAAAAA*CAATATTTTGTGGAATAGAAGTCCTCT
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CAATAGCGTTGAAGAAGACGAAAGAAGCACCCGCAGCGAATACTCCCTTACGAAGAGTCT
GACAGTCTGGAGGATTGTCCATGAACATAGTCCTATACTTTGTGTGGTATGCATTCTCTA
CTGATCCAGCTAATAGGCATGTCTCCGCTATCAAGAAGAACATCCAGCTGACAATGAAGA
GAACAAGGGCAAGACCGCGTGAACCACCAGGCTTGAGAGGCTTCCCACAACAGAAGCAAC
GGCTAACGAGCATGATAAGGAGTTGACTAGCAACTGAGAAGAAAAAGGCTCCAATTCCAT
ACCCTGTGGCTCTGTCAGAATCATACACACAATAGTTGTATTGCACCTCAGTGTCCTGCA
CAACCGTTGCAGTGCTTCTTCTTTGTTCAGCAGCAACGGCTAGACCAAAGGCGACAAGGT
TGAATACAAAGACTATGGCTGAGACAATCTTCGACGCCATGGGTTCACCTTACTCTCGCT
CTCTTTCC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1C341JQ 750 0 0
AG
ACGATTTGGTAATTAAAAAAAAAACATTTCAATGCAATAATCCATACAAATCAATCTACA
AAACTCATAGTTTTACCCTCAGCTTCATATCATTTTGCTGTCACACAATAAAAAGATAAC
ACCCCAAAAGTATGACAATAGTATATATCACATAGCATATAAGAAATAAAAAACAATATT
TTGTGGAATAGAAGTCCTCTAGTAAGGCATGGGGGAGGCCTGAGCAGCAGAGGAGTAAAA
GAAATAATAAAATTGAGAGACAATAGCGTTGAAGAAGACGAAAGAAGCACCCGCAGCGAA
TACTCCCTTACGAAGAGTCTGACAGTCTGGAGGATTGTCCATGAACATAGTCCTATACTT
TGTGTGGTATGCATTCTCTACTGATCCAGCTAATAGGCATGTCTCCGCTATCAAGAAGAA
CATCCAGCTGACAATGAAGAGAACAAGGGCAAGACCGCGTGAACCACCAGGCTTGAGAGG
CTTCCCACAACAGAAGCAACGGCTAACGAGCATGATAAGGAGTTGACTAGCAACTGAGAA
GAAAAAGGCTCCAATTCCATACCCTGTGGCTCTGTCAGAATCATACACACAATAGTTGTA
TTGCACCTCAGTGTCCTGCACAACCGTTGCAGTGCTTCTTCTTTGTTCAGCAGCAACGGC
TAGACCAAAGGCGACAAGGTTGAATACAAAGACTATGGCTGAGACAATCTTCGACGCCAT
GGGTTCACCTTACTCTCGCTCTCTTTCC

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR1C341TF 750 0 0
AG
ACGATTTGGTAATTAAAAAAAAA*CATTTCAATGCAATA*TCCATACAAATCAATCTACA
AAACTCATAGTTTTACCCTCAGCTTCATATCATTTTGCTGTCACACAATAAAAAGATAAC
ACCCCAAAAGTATGACAATAGTATATATCACATAGCATATAAGAAATAAAAAACAATATT
TTGTGGAATAGAAGTCCTCTAGTAAGGCATGGGGGAGGCCTGAGCAGCAGAGGAGTAAAA
GAAATAATAAAATTGAGAGACAATAGCGTTGAAGAAGACGAAAGAAGCACCCGCAGCGAA
TACTCCCTTACGAAGAGTCTGACAGTCTGGAGGATTGTCCATGAACATAGTCCTATACTT
TGTGTGGTATGCATTCTCTACTGATCCAGCTAATAGGCATGTCTCCGCTATCAAGAAGAA
CATCCAGCTGACAATGAAGAGAACAAGGGCAAGACCGCGTGAACCACCAGGCTTGAGAGG
CTTCCCACAACAGAAGCAACGGCTAACGAGCATGATAAGGAGTTGACTAGCAACTGAGAA
GAAAAAGGCTCCAATTCCATACCCTGTGGCTCTGTCAGAATCATACACACAATAGTTGTA
TTGCACCTCAGTGTCCTGCACAACCGTTGCAGTGCTTCTTCTTTGTTCAGCAGCAACGGC
TAGACCAAAGGCGACAAGGTTGAATACAAAGACTATGGCTGAGACAATCTTCGACGCCAT
GGGTTCACCTTACTCTCGCTCTCTTTCC

QA 3 750 3 750
DS 



AS 1 3

CO CL2838Contig1 1175 3 30 U
GGAGGGTAAAAAGTCACCACCGTGCCGTGCCCCCGCCTCCTTCTCCGCTCGTCTCGCAGA
CTATTCCCGCCTCTATGTCTCAGGTAGACAGCAGAAACTCGTCAGCTGCTAAGCGTGCTA
GAACTGACGGGGGACGGAGAGAAGATGATTGGACCTGTCCCAGCTGCGGCAATGTCAATT
TCTCATTCAGGACTACTTGCAATATGCGTAATTGCACTCAGTCCAGACCTGCTGATCACA
ATGCTAAGTCTGCCCCCAAACCTATGCAACCGCAACACAGTTTCTCATCACCAGGGAGAT
ATTTAGGATCTGGGGGTCCCTCTCCAGTACTTATGGGCGGCGGCTCGCCATACGGATCCT
CTCTCTTTAACGGCTCCTCTATACCTCCTTATGACGTCCCCTTCTCTGGGGGCTCACCTT
ATCATTTTAACTATAACAGCCGGTTTCCTGCTGGGCCTCATTACAGACCTTTCCATATGT
CTGGACCACCTTCACCGTACCATGGTCGGTCTATGATGGGTAGTGGTATGTATGGAATGC
CTCCACCACCCATGGACAGGTATGGCTTTGGGATGGCCATGAGTCCTGCTGCTGCCGCCG
CTATGATGCCAAGACCAGGAGGGTACTTTGCGGATGAAAAATCACAAAAGAGAGATTCAT
CTCGTGAGAATGATTGGGCATGTCCGAATTGTGGTAATGTAAACTTCTCGTTTAGAACTA
TGTGTAACATGAGAAAGTGCAACACTCCAAAGCCTGGGCCACAGTTGCAGCAGGGTGGAA
GCTCAGACAAAACCTCTAATCAAAAGGCACCGGAAGGGAGCTGGAAGTGTGACAGCTGTG
GAAACATAAACTATCCGTTCAGGAGCAAATGCAACAGGCAAAACTGTGGAGCTGATAGAC
CAGAGAATCAGTCGAACGAATCTCCTTCCAATGCAGCAGAAGATAACGATCAGTGAGTCG
TGTAGACAATGTTTGGGGGGTTGAGAAGGGTGTCTGATCCAGGAGGTGTCGGTCATGTCT
GTCAAATGTTGCAGTGGTCGTCAGGTTACTTCTATGCATTTGTCTCTTGTGCCTCTCTTT
TGGGTCAGCTGTGTTGTACTATTAATGCATAACTTTTTTGTTTTTCATTTACTTTGTTGT
CGTTATGGATCTTTGCTATAGAATCCTAACCTCTC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AJ50TF U 3
AF RR1C645TF U 1
AF RR1C645JQ C 452
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BS 162 162 RR1AJ50TF
BS 163 181 RR1C645TF
BS 182 182 RR1AJ50TF
BS 183 223 RR1C645TF
BS 224 224 RR1AJ50TF
BS 225 292 RR1C645TF
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BS 341 343 RR1AJ50TF
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BS 356 356 RR1AJ50TF
BS 357 382 RR1C645TF
BS 383 383 RR1AJ50TF
BS 384 393 RR1C645TF
BS 394 394 RR1AJ50TF
BS 395 412 RR1C645TF
BS 413 413 RR1AJ50TF
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BS 736 736 RR1C645JQ
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BS 742 742 RR1C645JQ
BS 743 757 RR1C645TF
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BS 759 769 RR1C645TF
BS 770 1175 RR1C645JQ

RD RR1AJ50TF 634 0 0
AGGGTAAAAAGTCGCCACCGTGCCGTGCCCC*GCCTCCTTCTCCGCTCGTCTCGCAGACT
ATTCCCGCCTCTATGTCTCAGGTAGACAGCAGAAACTCGTCAGCTGCTAAGCGTGCTAGA
ACTGACGGGGGACGGAGAGAAGATGATTGGACCTGTCCCAGCTGCGGCAATGTCAATTTC
TCATTCAGGACTACTTGCAATATGCGTAATTGCACTCAGTCCAGACCTGCTGATCACAAT
GCTAAGTCTGCCCCCAAACCTATGCAACCGCAACACAGTTTCTCATCACCAGGGAGATAT
TTAGGATCTGGGGGTCCCTCTCCAGTCCTTATGGGCGGCGGCTCGCCATATGGATCCTCT
CTCTTTAACGGCTCGTCTATACCTCCTTATGACGTCCCCTTCTCTGGGGGCTCGCCTTAT
CATTTTAACTATAACAGCCGGTTTCCTGCTGGGCCTCATTACAGACCATTCCATATGTCT
GGACCACCTTCACCGTACCATGGTCGGTCTATGATGGGAAGTGGAATGTATGGAATGCCT
CCACCACCCATGGACAGGTATG*CTTTGGGATGGCCATGAGTCCTGCTGCTGCCGCCGCT
ATGATGCCAAGACCAGGAGGGTACTTTGCGGATG

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1C645TF 769 0 0
GGAGGGTAAAAAGTCACCACCGTGCCGTGCCCCCGCCTCCTTCTCCGCTTGTCTCGCAGA
CTATTCCCGCCTCTATGTCTCAGGTAGACAGCAGAAACTCGTCAGCTGCTAAGCGTGCTA
GAACTGACGGGGGACGGAGAGAAGATGATTGGACCTGTCCC*GCTGCGGCAATGTCAATT
TTTCATTCAGGACTACTTGCAATATGCGTAATTGCACTCAGTCTAGACCTGCTGATCACA
ATGCTAAGTCTGCCCCCAAACCTATGCAACCGCAACACAGTTTCTCATCACCGGGGCGAT
ATTTAGGATCTGGGGGTCCCTCTCCAGTACTTATGGGCGG***CTCGCCATACGGCTCCT
CTCTCTTTAACGGCTCCTCTATGCCTCCTTATGCCGTCCCCTTCTCTGGGGGGTCACCTT
ATCATTTTAACTATAACAGCCGGTTTCCTGCTGGGCCTCATTACAGACCTTTCCATATGT
CTGGACCACCTTCACCGTACCATGGTCGGTCTATGATGGGTAGTGGTATGTATGGAATGC
CTCCACCACCCATGGACAGGTATGGCTTTGGGATGGCCATGAGTCCTGCTGCTGCCGCCG
CTATGATGCCAAGACCAGGAGGGTACTTTGCGGATGAAAAATCACAAAAGAGAGATTCAT
CTCGTGAGAATGATTGGGCATGTCCGAATTGTGGTAATGTAAACTTCTCGTTTAGAACTA
TGTGTAACATGAGAA*GTGCA*CACTCCAAAGCCTGG*CCACAGTTGCA

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1C645JQ 724 0 0
TGGGCCTCATTACAGACCTTTCCATATGTCTGGACCACCTTCACCGTACCATGGTCGGTC
TATGATGGGTAGTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCACCCATGGACAGGTATGGCTTTGG
GATGGCCATGAGTCCTGCTGCTGCCGCCGCTATGATGCCAAGACCAGGAGGGTACTTTGC
GGATGAAAAATCACAAAAGAGAGATTCATCTCGTGAGAATGATTGGGCATGTCCGAATTG
TGGTAATGTAAACTTCTCGTTTAGAACTATGTGTAACATGAGAAAGTGCAACACTCCAAA
GCCTGGGCCACAGTTGCAGCAGGGTGGAAGCTCAGACAAAACCTCTAATCAAAAGGCACC
GGAAGGGAGCTGGAAGTGTGACAGCTGTGGAAACATAAACTATCCGTTCAGGAGCAAATG
CAACAGGCAAAACTGTGGAGCTGATAGACCAGAGAATCAGTCGAACGAATCTCCTTCCAA
TGCAGCAGAAGATAACGATCAGTGAGTCGTGTAGACAATGTTTGGGGGGTTGAGAAGGGT
GTCTGATCCAGGAGGTGTCGGTCATGTCTGTCAAATGTTGCAGTGGTCGTCAGGTTACTT
CTATGCATTTGTCTCTTGTGCCTCTCTTTTGGGTCAGCTGTGTTGTACTATTAATGCATA
ACTTTTTTGTTTTTCATTTACTTTGTTGTCGTTATGGATCTTTGCTATAGAATCCTAACC
TCTC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 4

CO CL2839Contig1 861 4 7 U
GCTCTCTAGTTTCAAGAAAGTCATTCAATTGATGATTGGAGAAGGCGAGAGGGATGCGTC
CTCTTGTAGGCAGTGGAGCGAGTGGCAATTACTGGATTCCATTTTACCAACAGGAGGCTT
CGCTCATTCCTTGGGTCTCGAAGCATCTGTTCAGACACGGCTAGTTTCGTCTCCAACAGA
TCTGGAAACCCACATCATCCATCTCTTGGACAACACAGCTAGCTTGCTCCTCCCTTTCGT
CTACTCTTCCCACAAATCTCCGGACACAGAGACATGGGGAAGACTCGATCTATTACTCGA
CGCGACCTTAACAAACCAAGTCTCCTCAAAGGCATCCATCTCCCAAGGATCAGCCTTGCT
CCGCGTAGCTGCTTCTGTCTTCACCGAGATCCCATCCCTGAAGACGATCAGAGACACTGC
TTTGGGGGAGTCGCGTTTGCGTTTCCACCACGCTCCGGTCTTCGGGCTTGTGTGTGGCTT
GCTCGGGATGGATTCGGAGACTTGTCAGAGGGCGTACCTGTTTGTTACGCTGAGAGATGT
TGTCTCGGCTGCGACGAGGTTGAACTTGGTGGGACCCATGGGTGCTTCCGTGATGCAGCA
TCGTATCGCTGCGGTTGCGGGTGAAACCGTTTTGGAGAAGTGGAAGGATCGTGATGCTGG
TGAGGCGTGTCAGACGTCTCCCTTGCTGGATGTTGTGCAAGGTTGTCACGGTTACTTGTT
TTCTAGATTGTTCTGCTCTTGATCACAAGGATCTATTATTTAGTATGTGTTTTTAAAAAC
ATTTGTTATCTCTACATCTCTGAGAGAAGTGGAGGTTGTGTGTAGAATTGTTGTCTCAAG
TATAAACGCGTTTTGCTTTAG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1D944TF U 1
AF RR1AV54TF U 1
AF RR1AV54JQ C 1
AF RR1D944JQ C 194
BS 1 643 RR1D944TF
BS 644 645 RR1AV54TF
BS 646 646 RR1AV54JQ
BS 647 700 RR1AV54TF
BS 701 701 RR1AV54JQ
BS 702 774 RR1AV54TF
BS 775 861 RR1AV54JQ

RD RR1D944TF 643 0 0
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CTCTTGTAGGCAGTGGAGCGAGTGGCAATTACTGGATTCCATTTTACCAACAGGAGGCTT
CGCTCATTCCTTGGGTCTCGAAGCATCTGTTCAGACACGGCTAGTTTCGTCTCCAACAGA
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CTACTCTTCCCACAAATCTCCGGACACAGAGACATGGGGAAGACTCGATCTATTACTCGA
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TGTCTCGGCTGCGACGAGGTTGAACTTGGTGGGACCCATGGGTGCTTCCGTGATGCAGCA
TCGTATCGCTGCGGTTGCGGGTGAAACCGTTTTGGAGAAGTGG

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DS 

RD RR1AV54TF 774 0 0
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CTCTTGTAGGCAGTGGAGCGAGTGGCAATTACTGGATTCCATTTTACCAACAGGAGGCTT
CGCTCATTCCTTGGGTCTCGAAGCATCTGTTCAGACACGGCTAGTTTCGTCTCCAACAGA
TCTGGAAACCCACATCATCCATCTCTTGGACAACACAGCTAGCTTGCTCCTCCCTTTCGT
CTACTCTTCCCACAAATCTCCGGACACAGAGACATGGGGAAGACTCGATCTATTACTCGA
CGCGACCTTAACAAACCAAGTCTCCTCAAAGGCATCCATCTCCCAAGGATCAGCCTTGCT
CCGCGTAGCTGCTTCTGTCTTCACCGAGATCCCATCCCTGAAGACGATCAGAGACACTGC
TTTGGGGGAGTCGCGTTTGCGTTTCCACCACGCTCCGGTCTTCGGGCTTGTGTGTGGCTT
GCTCGGGATGGATTCGGAGACTTGTCAGAGGGCGTACCTGTTTGTTACGCTGAGAGATGT
TGTCTCGGCTGCGACGAGGTTGAACTTGGTGGGACCCATGGGTGCTTCCGTGATGCAGCA
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TTCTAGATTGTTCTGCTCTTGATCACAAGGATCTATTATTTAGTATGTGTTTTT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1AV54JQ 861 0 0
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CTCTTGTAGGCAGTGGAGCGAGTGGCAATTACTGGATTCCATTTTACCAACAGGAGGCTT
CGCTCATTCCTTGGGTCTCGAAGCATCTGTTCAGACACGGCTAGTTTCGTCTCCAACAGA
TCTGGAAACCCACATCATCCATCTCTTGGACAACACAGCTAGCTTGCTCCTCCCTTTCGT
CTACTCTTCCCACAAATCTCCGGACACAGAGACATGGGGAAGACTCGATCTATTACTCGA
CGCGACCTTAACAAACCAAGTCTCCTCAAAGGCATCCATCTCCCAAGGATCAGCCTTGCT
CCGCGTAGCTGCTTCTGTCTTCACCGAGATCCCATCCCTGAAGACGATCAGAGACACTGC
TTTGGGGGAGTCGCGTTTGCGTTTCCACCACGCTCCGGTCTTCGGGCTTGTGTGTGGCTT
GCTCGGGATGGATTCGGAGACTTGTCAGAGGGCGTACCTGTTTGTTACGCTGAGAGATGT
TGTCTCGGCTGCGACGAGGTTGAACTTGGTGGGACCCATGGGTGCTTCCGTGATGCAGCA
TCGTATCGCTGCGGTTGCGGGTGAAACCGTTTTGGAGAAGTGGAAGGATCGTGATGCTGG
TGAGGCGTGTCAGACGTCTCCCTTGCTGGATGTTGTGCAAGGTTGTCACGGTTACTTGTT
TTCTAGATTGTTCTGCTCTTGATCACAAGGATCTATTATTTAGTATGTGTTTTTAAAAAC
ATTTGTTATCTCTACATCTCTGAGAGAAGTGGAGGTTGTGTGTAGAATTGTTGTCTCAAG
TATAAACGCGTTTTGCTTTAG

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DS 

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AAATCTCCGGACACAGAGACATGGGGAAGACTCGATCTATTACTCGACGCGACCTTAACA
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TCTGTCTTCACCGAGATCCCATCCCTGAAGACGATCAGAGACACTGCTTTGGGGGAGTCG
CGTTTGCGTTTCCACCACGCTCCGGTCTTCGGGCTTGTGTGTGGCTTGCTCGGGATGGAT
TCGGAGACTTGTCAGAGGGCGTACCTGTTTGTTACGCTGAGAGATGTTGTCTCGGCTGCG
ACGAGGTTGAACTTGGTGGGACCCATGGGTGCTTCCGTGATGCAGCATCGTATCGCTGCG
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ACGTCTCCCTTGCTGGATGTTGTGCAAGGTTGTCACGGTTACTTGTTTTCTAGATTGTTC
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ACATCTCTGAGAGAAGTGGAGGTTGTGTGTAGAATTGTTGTCTCAAGTATAAACGCGTTT
TGCTTTAG

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 4

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TGTTGCAAAGATTCAGAATTTATATTTATCTTTAACATTTTTTCTAGAGGGACTTCGCAT
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AT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1DN57JQ C 92
AF RR1DN57TF U 2
AF RR1D435JQ C 1
AF RR1D435TF U 1
BS 1 1 RR1D435JQ
BS 2 507 RR1D435TF
BS 508 508 RR1DN57TF
BS 509 542 RR1D435TF

RD RR1DN57JQ 424 0 0
C
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CGTCGTCAGAGTAGCTAGTGGCATGAGAGCTCACGGAAGAATTTCGGAAGTGAGCAAGGC
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ATTCCTACTTTTATGTGCAAACTGGTTTTGTTGCAAAGATTCAGAATTTATATTTATCTT
TAACATTTTTTCTAGAGGGACTTCGCATGTTTAATAAAAGATATGGAATGTTATCCCTTT
CTC

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DS 

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TCAGACCTACAGGAAAGAAGAACAGAGCCATGTCCTCCATGACCAAATCTGCTTCATTCG
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CCTCAAGTAGAAACAGATAAAGGGAGTTCATATTCCTACTTTTATGTGCAAACTGGTTTT
GTTGCAAAGATTCAGAATTTATATTTATCTTTAACATTTTTTCTAGAGGGACTTCGCATG
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DS 

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TTACTCATCATCAGCATCATCTTCTTTTTCGTCGCCTTTGCTTTAGCTGAAGAAGACAAA
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GCTCACGGAAGAATTTCGGAAGTGAGCAAGGCAAGAGGCGTTTATGGAGGTGGATCACTT
GTCAGACCTACAGGAAAGAAGAACAGAGCCATGTCCTCCATGACCAAATCTGCTTCACTC
GCTGTGCTTCACGTATCAGTTGCAGTTCTGGTCCATCTTTTCTTGCACTGAGAATGCAAA
TCCTCAAGTAGAAACAGACAAAGGGAGTTCATATTCCTACTTTTATGTGCAAACTGGTTT
TGTTGCAAAGATTCAGAATTTATATTTATCTTTAACATTTTTTCTAGAGGGACTTCGCAT
GTTTAATAAAAGATATGGAATGTTATCTCTTTCTCAAAAGAATCTAATTATGTATGTATC
AT

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1D435TF 542 0 0
G
GACAGCTCAATCTTAATCTTTCATGACCGTCTGCAATGAAGAAATACTATCGAGTTTTGT
TACTCATCATCAGCATCATCTTCTTCTTCGTCGCCTTTGCTTTAGCTGAAGAAGACAAAA
CAGTCGACCTGGTTCACAAAGAGAGACTAGACGTCGTCAGAGTAGCTAGTGGCATGAGAG
CTCACGGAAGAATTTCGGAAGTGAGCAAGGCAAGAGGCGTTTATGGAGGTGGATCACTTG
TCAGACCTACAGGAAAGAAGAACAGAGCCATGTCCTCCATGACCAAATCTGCTTCACTCG
CTGTGCTTCACGTATCAGTTGCAGTTCTGGTCCATCTTTTCTTGCACTGAGAATGCAAAT
CCTCAAGTAGAAACAGACAAAGGGAGTTCATATTCCTACTTTTATGTGCAAACTGGTTTT
GTTGCAAAGATTCAGAATTTATATTTATCTTTAACATTTTTTCTAGAGGGACTTCGCATG
TTTAATAAAAGATATGGAATGTTATCTCTTTCTCAAAAGAATCTAATTATGTATGTATCA
T

QA 2 542 2 542
DS 



AS 1 4

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GATCGATCAATCAATAGAGGAGGAGGAGGAGCAGCAGATCTGTGGCCGTCCGCCGTGCAG
TAATTATGGGCGTTATTAAATTTGGAGTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTGGGGCTGACCA
CCTGTGATGCTTCTCTTCCCCAACCATCTGCTGATGATAACCAAGTTTGTGAGTTGTGTG
ATAAGTATCTCACCCTCGCCATTGATTACCTCCAAAATGACGACAACCAGAATGCACTCG
TTGAGGCCCTCCACATGACCTGCTCCCAGATTCCTCCTTTGCAAAAACAGTGTCTTTCCA
TGGTAGATCATTATACCCAACTTTTCTTCACTCGAGTCTCTCTTCTCAACCCCCACAGCA
TCTGCAAAACCCTTAACCTCTGTCAACCACTCCTTGCTTCCCAAGGAAACTGTGAGGCTT
GCCACGATACTGTCTCCCAGCTTGTCACCAAACTCAAGGATCCTCAAACTAAGCTCAAGA
TAATTCGCTTGCTACTCAAGGAATGCAAGTCCCTCAACAATTACCAGGACAAGTGCAAGA
AGATGGTGTTCGAGTACGGCCCACTGATGCTTGCCGATTTCGAAAATTTTCTGGAAAAGA
AAGACGTCTGTTCTATCCTTGGCGTCTGTCCACCTCCACCCATCCACAGTTTCTACATCC
TTCCTGCAGCGCGGGCAGATTCTTAAATTTGACCACCCTTTCTTTTTCTTTTTACCTTCA
TTCCCTTGGTAACAATAACATTCTCACAGAAAGGTTTTCATGTTTTGGATAACCGTTGGG
TGTTTACTATACATTGATGGGCTTCTCTGGCCCAGTTTCTTAATGGGCTTTGCTTGGTGT
TCATTCTCGCATTGTTTGATATGTAATGTTTGCCTCTGAAGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C302TF U 1
AF RR1FR42JQ C 496
AF RR1FR42TF U 36
AF RR1C302JQ C 186
BS 1 283 RR1C302TF
BS 284 732 RR1FR42TF
BS 733 733 RR1C302JQ
BS 734 740 RR1FR42TF
BS 741 945 RR1C302JQ

RD RR1C302TF 283 0 0
GGATAAATAAATAATAAAAAAAGAGAGGAGAGGGAATAAGGAGGAGTCGAATCGAAGGTC
GATCGATCAATCAATAGAGGAGGAGGAGGAGCAGCAGATCTGTGGCCGTCCGCCGTGCAG
TAATTATGGGCGTTATTAAATTTGGAGTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTGGGGCTGACCA
CCTGTGATGCTTCTCTTCCCCAACCATCTGCTGATGATAACCAAGTTTGTGAGTTGTGTG
ATAAGTATCTCACCCTCGCCATTGATTACCTCCAAAATGACGA

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR1FR42JQ 139 0 0
CCCAGCTTGTCACCAAACTCAAGGATCCTCAAATTAAGCTCAAGATAATTCGCTTGCTAC
TCAAGGAATGCAAGTCCCTCAACAATTACCAGGACAAGTGCAAGAAGATGGTGTTGGAGT
ACGGCCCACTGATGCTTGC

QA 1 139 1 139
DS 

RD RR1FR42TF 709 0 0
GG
AAGGAGGAGTCGAATCGAAGGTCGATCGATCAATCAATAGAGGAGGAGGAGGAGCAGCAG
ATCTGTGGCCGTCCGCCGTGCAGTAATTATGGGCGTTATTAAATTTGGAGTCTTCCTCTT
CCTCTTCCTCTTGGGGCTGACCACCTGTGATGCTTCTCTTCCCCAACCATCTGCTGATGA
TAACCAAGTTTGTGAGTTGTGTGATAAGTATCTCACCCTCGCCATTGATTACCTCCAAAA
TGACGACAACCAGAATGCACTCGTTGAGGCCCTCCACATGACCTGCTCCCAGATTCCTCC
TTTGCAAAAACAGTGTCTTTCCATGGTAGATCATTATACCCAACTTTTCTTCACTCGAGT
CTCTCTTCTCAACCCCCACAGCATCTGCAAAACCCTTAACCTCTGTCAACCACTCCTTGC
TTCCCAAGGAAACTGTGAGGCTTGCCACGATACTGTCTCCCAGCTTGTCACCAAACTCAA
GGATCCTCAAACTAAGCTCAAGATAATTCGCTTGCTACTCAAGGAATGCAAGTCCCTCAA
CAATTACCAGGACAAGTGCAAGAAGATGGTGTTCGAGTACGGCCCACTGATGCTTGCCGA
TTTCGAAAATTTTCTGGAAAAGAAAGACGTCTGTTCTATCCTTGGCGTCTGTCCACCTCC
ACCCATCCACAGTTTCTACATCCTTCCTGCAGCGCTGGCAGAT
ACTT

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR1C302JQ 760 0 0
GATGCTTCTCTTCCCCAACCATCTGCTGATGATAACCAAGTTTGTGAGTTGTGTGATAAG
TATCTCACCCTCGCCATTGATTACCTCCAAAATGACGACAACCAGAATGCACTCGTTGAG
GCCCTCCACATGACCTGCTCCCAGATTCCTCCTTTGCAAAAACAGTGTCTTTCCATGGTA
GATCATTATACCCAACTTTTCTTCACTCGAGTCTCTCTTCTCAACCCCCACGGCATCTGC
AAAACCCTTAACCTCTGTCAACCACTCCTTGCTTCCCAAGGAAACTGTGAGGCTTGCCAC
GATACTGTCTCCCAGCTTGTCACCAAACTCAAGGATCCTCAAACTAAGCTCAAGATAATT
CGCTTGCTTCTCAAGGAATGCAAGTCCCTCAACAATTACCAGGACAAGTGCAAGAAGATG
GTGTCCGAGTACGGCCCACTGATGCTTGCCGATTTCGAAAATTTTCTGGAAAAGAAAGAC
GTCTGTTCTATCCTTGGCGTCTGTCCACCTCCACCCATCCACAGTTTCTACATCCTTCCT
GCAGCGCGGGCAGATTCTTAAATTTGACCACCCTTTCTTTTTCTTTTTACCTTCATTCCC
TTGGTAACAATAACATTCTCACAGAAAGGTTTTCATGTTTTGGATAACCGTTGGGTGTTT
ACTATACATTGATGGGCTTCTCTGGCCCAGTTTCTTAATGGGCTTTGCTTGGTGTTCATT
CTCGCATTGTTTGATATGTAATGTTTGCCTCTGAAGCTCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 4

CO CL2842Contig1 1015 4 9 U
GGGTGACTCTTCCTCTCTCTGCATTATTAGCTTTCTCTCCGTGTGTATATTACGTCACTT
TCTCCGATTTTTCATCACCTCCCCCGTGTGTAATACGTTTCAAGATCATATGGTAGTTTC
ACCTTCTCTGCAAAATGGGGCATTTCTCTTCCATGTTCAACAGCTTAGCTAGATCCTTCT
CGAACAAGAAAGCCAACAACAAAAATGGTAAAAGCTACGCGAAGGAAGCCGCAGATGAAA
TGGCGAGAGAGGCGAAGAAGAAGGCGATGATTCTTAAGTCATCTGGTTGTGTTAATGCAG
ATGTTGATCAAGAGCTCCAGCATCACCGAAAGATAGACACTTACAATAGCGGCACAACCG
CTCTAACCGTTGTGAGACAGGGTGAAGTTATTTATGTAGCAAATGTTGGAGATTCACGTG
CCGTACTGGGCACGGTATCAGAAGAAGGAAGTTTAACCGCGGTTCAGCTCACAGTCGATT
TCAAACCAAACATACCTCAGGAGGAGGAACGTATAATCGGATGCAACGGTCGTGTATTCT
GCCTAGAAGACGAGCCAGGGGTCCACCGAGTGTGGCAACCAGAAGGAGAGTCTCCAGGAC
TAGCAATGTCGAGAGCGTTCGGAGACTATTGTATCAAAGAGTACGGTTTGGTCTCCGTTC
CTGAAGTGACTCAAAGACATATCTCCACTAGAGACCAGTTTGTAATCTTGGCCACTGATG
GGGTATGGGATGTGATATCAAATGAAGAGGCCATAGACATTGTCTCCTCAACCGCAGAGC
GTCCAAAGGCGGCCAAGCGGCTGGTGGAGCAAGCGGTTAAGGCGTGGAATAGGAAGAGAC
GTGGAATCGCAATGGATGATATCTCAGCCGTTTATCTCTTCTTCCATTCATAGTCATTGT
CATCTTTTACCAAGCAATATGTTCACCCTGCCATGACCTATAAGTAGGTAAATGGTTTTG
GGACCTAGACAATGTTGCTATGTAAATAGACTCTTGAATAATATAAGAACAAGTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AH13TF U 1
AF RR1BO71TF U 1
AF RR1BO71JQ C 130
AF RR1AH13JQ C 194
BS 1 233 RR1AH13TF
BS 234 234 RR1BO71TF
BS 235 299 RR1AH13TF
BS 300 300 RR1BO71TF
BS 301 496 RR1AH13TF
BS 497 644 RR1BO71TF
BS 645 645 RR1BO71JQ
BS 646 747 RR1BO71TF
BS 748 1015 RR1BO71JQ

RD RR1AH13TF 496 0 0
GGGTGACTCTTCCTCTCTCTGCATTATTAGCTTTCTCTCCGTGTGTATATTACGTCACTT
TCTCCGATTTTTCATCACCTCCCCCGTGTGTAATACGTTTCAAGATCATATGGTAGTTTC
ACCTTCTCTGCAAAATGGGGCATTTCTCTTCCATGTTCAACAGCTTAGCTAGATCCTTCT
CGAACAAGAAAGCCAACAACAAAAATGGTAAAAGCTACGCGAAGGAAGCCGCATATGAAA
TGGCGAGAGAGGCGAAGAAGAAGGCGATGATTCTTAAGTCATCTGGTTGTGTTAATGCAA
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CTCTAACCGTTGTGAGACAGGGTGAAGTTATTTATGTAGCAAATGTTGGAGATTCACGTG
CCGTACTGGGCACGGTATCAGAAGAAGGAAGTTTAACCGCGGTTCAGCTCACAGTCGATT
TCAAACCAAACATACC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1BO71TF 747 0 0
GGGTGACTCTTCCTCTCTCTGCATTATTAGCTTTCTCTCCGTGTGTATATTACGTCACTT
TCTCCGATTTTTCATCACCTCCCCCGTGTGTAATACGTTTCAAGATCATATGGTAGTTTC
ACCTTCTCTGCAAAATGGGGCATTTCTCTTCCATGTTCAACAGCTTAGCTAGATCCTTCT
CGAACAAGAAAGCCAACAACAAAAATGGTAAAAGCTACGCGAAGGAAGCCGCAGATGAAA
TGGCGAGAGAGGCGAAGAAGAAGGCGATGATTCTTAAGTCATCTGGTTGTGTTAATGCAG
ATGTTGATCAAGAGCTCCAGCATCACCGAAAGATAGACACTTACAATAGCGGCACAACCG
CTCTAACCGTTGTGAGACAGGGTGAAGTTATTTATGTAGCAAATGTTGGAGATTCACGTG
CCGTACTGGGCACGGTATCAGAAGAAGGAAGTTTAACCGCGGTTCAGCTCACAGTCGATT
TCAAACCAAACATACCTCAGGAGGAGGAACGTATAATCGGATGCAACGGTCGTGTATTCT
GCCTAGAAGACGAGCCAGGGGTCCACCGAGTGTGGCAACCAGAAGGAGAGTCTCCAGGAC
TAGCAATGTCGAGAGCGTTCGGAGACTATTGTATCAAAGAGTACAGTTTGGTCTCCGTTC
CTGAAGTGACTCAAAGACATATCTCCACTAGAGACCAGTTTGTAATCTTGGCCACTGATG
GGGTATGGGATGTGATATCAAATGAAG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1BO71JQ 886 0 0
GCAAAATGGGGCATT*CT*TTCCATGTTCAACAGCTTAGCTAGA*CCTTCTCGAACAAGA
AAGCCAACAACAAAAATGGTAAAAGCTACGCGAAGGAAGCCGCAGATGAAATGGCGAGAG
AGGCGAAGAAGAAGGCGATGATTCTTAAGTCATCTGGTTGTGTTAATGCAGATGTTGATC
AAGAGCTCCAGCATCACCGAAAGATAGACACTTACAATAGCGGCACAACCGCTCTAACCG
TTGTGAGACAGGGTGAAGTTATTTATGTAGCAAATGTTGGAGATTCACGTGCCGTACTGG
GCACGGTATCAGAAGAAGGAAGTTTAACCGCGGTTCAGCTCACAGTCGATTTCAAACCAA
ACATACCTCAGGAGGAGGAACGTATAATCGGATGCAACGGTCGTGTATTCTGCCTAGAAG
ACGAGCCAGGGGTCCACCGAGTGTGGCAACCAGAAGGAGAGTCTCCAGGACTAGCAATGT
CGAGAGCGTTCGGAGACTATTGTATCAAAGAGTACGGTTTGGTCTCCGTTCCTGAAGTGA
CTCAAAGACATATCTCCACTAGAGACCAGTTTGTAATCTTGGCCACTGATGGGGTATGGG
ATGTGATATCAAATGAAGAGGCCATAGACATTGTCTCCTCAACCGCAGAGCGTCCAAAGG
CGGCCAAGCGGCTGGTGGAGCAAGCGGTTAAGGCGTGGAATAGGAAGAGACGTGGAATCG
CAATGGATGATATCTCAGCCGTTTATCTCTTCTTCCATTCATAGTCATTGTCATCTTTTA
CCAAGCAATATGTTCACCCTGCCATGACCTATAAGTAGGTAAATGGTTTTGGGACCTAGA
CAATGTTGCTATGTAAATAGACTCTTGAATAATATAAGAACAAGTT

QA 1 886 1 886
DS 

RD RR1AH13JQ 822 0 0
CAACAACAAAAATGGTAAAAGCTACGCGAAGGAAGCCGCAGATGAAATGGCGAGAGAGGC
GAAGAAGAAGGCGATGATTCTTAAGTCATCTGGTTGTGTTAATGCAGATGTTGATCAAGA
GCTCCAGCATCACCGAAAGATAGACACTTACAATAGCGGCACAACCGCTCTAACCGTTGT
GAGACAGGGTGAAGTTATTTATGTAGCAAATGTTGGAGATTCACGTGCCGTACTGGGCAC
GGTATCAGAAGAAGGAAGTTTAACCGCGGTTCAGCTCACAGTCGATTTCAAACCAAACAT
ACCTCAGGAGGAGGAACGTATAATCGGATGCAACGGTCGTGTATTCTGCCTAGAAGACGA
GCCAGGGGTCCACCGAGTGTGGCAACCAGAAGGAGAGTCTCCAGGACTAGCAATGTCGAG
AGCGTTCGGAGACTATTGTATCAAAGAGTACGGTTTGGTCTCCGTTCCTGAAGTGACTCA
AAGACATATCTCCACTAGAGACCAGTTTGTAATCTTGGCCACTGATGGGGTATGGGATGT
GATATCAAATGAAGAGGCCATAGACATTGTCTCCTCAACCGCAGAGCGTCCAAAGGCGGC
CAAGCGGCTGGTGGAGCAAGCGGTTAAGGCGTGGAATAGGAAGAGACGTGGAATCGCAAT
GGATGATATCTCAGCCGTTTATCTCTTCTTCCATTCATAGTCATTGTCATCTTTTACCAA
GCAATATGTTCACCCTGCCATGACCTATAAGTAGGTAAATGGTTTTGGGACCTAGACAAT
GTTGCTATGTAAATAGACTCTTGAATAATATAAGAACAAGTT

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 3

CO CL2843Contig1 1539 3 15 U
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CAGTTGAATGCTTCTCCCACGTGGCCAGAAACGCAACAAAACAAGTGGATTTTCTTGTGA
TATCAAAAAATGGTGCGAGTGGAGACTATCCAGGATGTACAAACTTGGCATACGAGAAGG
CAATCAATGATGGTGCTGATGTCATCGACTGCTCGGTCCAAATGTCCAGCGACGGTAAAC
CTTTTTGTTTAAGTTCTATCGATCTCGGGAACACCACGACGGTCGCTCAATCTCCTCTCA
GAAACCGTTCTACAAGTGTTCCTGAGTTTAGCTCAGTTAATGGGATATATACTTTTAGTC
TCACATGGCCTGAGATCCAGACCTTGACTCCTGCTATTTCAAACCCCTACAGCAGTCTAT
ACCAGATATTTAGGAATCCAAACGAGAGAAACTCTGGCAAGTTTCTTTCGCTTTCTGAGT
TCCTAAACTTGGCAAAGAACTCCACCACTCTCTCCGGTGTTTTGATCAGTGTTGAGAATG
CAGCATACCTGAGAGAGAAGCAAGGGCTCGACGTGGTCAAAGCGGTTCTTGATGCACTCA
CAGAGACTGGTTACAGCAACAGAACAACCACAAAGGTCATGATTCAGTCAACAAACAGCT
CGGTTCTAGTTGACTTCAAGAAGCAGAGCAAGTACGAGACTGTGTACAAAGTTGAAGAAA
CCATCCGTGATATTCTCGACTCTGCTATCGAAGACATTAAGAAGTTCGCTAATGCTGTTG
TCCTTGTGAAAAAATCAGTCTTTCCGGTCGTTGGTGGGTTCGTCACTGGGCAAACAAATG
TGGTGGAGAGGCTACAGAAGTCTCGGCTCCCAGTATACGTGGAGCTGTTCCAGAACGAGT
TTATATCTCAACCATATGACTTCTTCTCTGACGCAACTGTTGAGATAAACTCGTATGTCA
CTGGACCCGGTATAAATGGAACCATCACCGAGTTCCCATTCACAGCTGCAAGATACAGAA
GGAATCGATGTTTGGCCAGCAAAGAAACTCCATCTTACATGGCCCCTGTCGAACCCGGTG
GCCTCTTAAAAGTTGTGAATCCTGCGGCCTTGCCTCCAGCTCAAGCTCCAAACCCTGTTT
TCACAGATGCCGATGTCACTGAGCCACCACTACCTCCGGTTACAGCAAAATCCCCAACCG
CAAGTCCTGGAACACCATCAACCACTGCACCGCCACCTAGTGGACAAACCAGCCTCGCTC
TATCTCTTCTCCTTTCTGTTTTTGCAATGGTTTTTGCCTCTCTTCTACTTATGTGATCAC
ATCTTCTCGCTGTTGATAATGTCTTTTCCTGGGCGTGCCTCAGTCAAAATCTTAACAGCC
GGAACCGTAAATTCTTTTTCCTGTTTATATTCTTAGTTCTGTCCAAAAGAACAGGAGATT
CTTGGAGTGTTGTAACTTTTCCGCATATTCATTTGTTGTTGTAACATAATACTCTTGCAT
TGTGTATTGTACTATTTATGAGATAAAGACGTAGTAACT


BQ
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AF RR1GV44TF U 1
AF RR1GN91TF U 574
AF RR1GV44JQ C 847
BS 1 619 RR1GV44TF
BS 620 620 RR1GN91TF
BS 621 685 RR1GV44TF
BS 686 874 RR1GN91TF
BS 875 875 RR1GV44JQ
BS 876 895 RR1GN91TF
BS 896 896 RR1GV44JQ
BS 897 913 RR1GN91TF
BS 914 914 RR1GV44JQ
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BS 1118 1163 RR1GN91TF
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BS 1165 1184 RR1GN91TF
BS 1185 1539 RR1GV44JQ

RD RR1GV44TF 685 0 0
ACAATGGCAACTTCTCTGTCGATGGTGTGCTCTCTGACTTTCCCATAACTGCATCTGCAT
CAGTTGAATGCTTCTCCCACGTGGCCAGAAACGCAACAAAACAAGTGGATTTTCTTGTGA
TATCAAAAAATGGTGCGAGTGGAGACTATCCAGGATGTACAAACTTGGCATACGAGAAGG
CAATCAATGATGGTGCTGATGTCATCGACTGCTCGGTCCAAATGTCCAGCGACGGTAAAC
CTTTTTGTTTAAGTTCTATCGATCTCGGGAACACCACGACGGTCGCTCAATCTCCTCTCA
GAAACCGTTCTACAAGTGTTCCTGAGTTTAGCTCAGTTAATGGGATATATACTTTTAGTC
TCACATGGCCTGAGATCCAGACCTTGACTCCTGCTATTTCAAACCCCTACAGCAGTCTAT
ACCAGATATTTAGGAATCCAAACGAGAGAAACTCTGGCAAGTTTCTTTCGCTTTCTGAGT
TCCTAAACTTGGCAAAGAACTCCACCACTCTCTCCGGTGTTTTGATCAGTGTTGAGAATG
CAGCATACCTGAGAGAGAAGCAAGGGCTCGACGTGGTCAAAGCGGTTCTTGATGCACTCA
CAGAGACTGGTTACAGCAATAGAACAACCACAAAGGTCATGATTCAGTCAACAAACAGCT
CGGTTCTAGTTGACTTCAAGAAGCA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1GN91TF 611 0 0
G
GGTCAAAGCGGTTCTTGATGCACTCACAGAGACTGGTTACAGCAACAGAACAACCACAAA
GGTCATGATTCAGTCAACAAACAGCTCGGTTCTAGTTGACTTCAAGAAGCAGAGCAAGTA
CGAGACTGTGTACAAAGTTGAAGAAACCATCCGTGATATTCTCGACTCTGCTATCGAAGA
CATTAAGAAGTTCGCTAATGCTGTTGTCCTTGTGAAAAAATCAGTCTTTCCGGTCGTTGG
TGGGTTCGTCACTGGGCAAACAAATGTGGTGGAGAGGCTACAGAAGTCTCGGCTCCCAGT
TTACGTGGAGCTGTTCCAGAATGAGTTTATATCTCAACCGTATGACTTCTTCTCTGACGC
AACTGTTGAGATAAACTCGTATGTCACTGGACCCGGTATAAATGGAACCATCACCGAGTT
CCCATTCACAGCTGCAAGATACAGAAGGAATCGATGTTTGGCCAGCAAAGAAACTCCATC
TTACATGGCCCCTGTCGAACCCGGTGGCCTCTTAAAAGTTGTGAATCCTGCGGCCTTGCC
TC*AGCTCAAGCTCCAAACCCTGTTTTCACAGATGCCGATGTCACTGAGTCACCACTACC
TCCGGTTACA

QA 2 611 2 611
DS 

RD RR1GV44JQ 693 0 0
AGAGGCTGCAGAAGTCTCGGCTCCCAGTATACGTGGAGCTGTTCCAGAACGAGTTTATAT
CTCAACCATATGACTTCTTCTCTGACGCAACTGTTGAGATAAACTCGTATGTCACTGGAC
CCGGTATAAATGGAACCATCACCGAGTTCCCATTCACAGCTGCAAGATACAGAAGGAATC
GATGTTTGGCCAGCAAAGAAACTCCATCTTACATGGCCCCTGTCGAACCCGGTGGCCTCT
TAAAAGTTGTGAATCCTGCGGCCTTGCCTCCAGCTCAAGCTCCAAACCCTGTTTTCACAG
ATGCCGATGTCACTGAGCCACCACTACCTCCGGTTACAGCAAAATCCCCAACCGCAAGTC
CTGGAACACCATCAACCACTGCACCGCCACCTAGTGGACAAACCAGCCTCGCTCTATCTC
TTCTCCTTTCTGTTTTTGCAATGGTTTTTGCCTCTCTTCTACTTATGTGATCACATCTTC
TCGCTGTTGATAATGTCTTTTCCTGGGCGTGCCTCAGTCAAAATCTTAACAGCCGGAACC
GTAAATTCTTTTTCCTGTTTATATTCTTAGTTCTGTCCAAAAGAACAGGAGATTCTTGGA
GTGTTGTAACTTTTCCGCATATTCATTTGTTGTTGTAACATAATACTCTTGCATTGTGTA
TTGTACTATTTATGAGATAAAGACGTAGTAACT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 4

CO CL2844Contig1 571 4 8 U
CAGAGTAGAAACGTGAAATTGTTAAACGCAGCATTTAAAAGAGAAACCATACCAAAACAT
TTGAGAACTGTCGACAAAGTCAAGACAAACGAATACAAAAAGCTTAAGAATTTGGAAGAC
GAGAGAGTACACAAATGTTATATAGGATCTAGTTCTTGGGAGCACCCTTTTCCTTAGCCT
TTTGGAGCTTCAACACCTTCTTCACTATCTTTTGCTCCTCGACAAGGAAAGCACGAACGA
TTCTTTCTCTAACAGCCAAAGCAGACAAAACACCACCATAAGCACGGTTAACGGTCCTCC
TGTTCCTTGACAACCTAGATCTCTTGTACTCAGCAGGCCTCAAGTGAGGGATACCCTGAA
TACGCTTGCCGGTAACGGGGCATTTTGGTCCACTAGCACGCTTCTTAGTGGTCTGGAATG
TCAATTTACCACCAGGGGTTTTGAGGATCCTGTGCTGGTTAGATTTGGTGACGTAGCTGT
GACGCGAACGGTATACAAGACGCTGCACCATTTTTTTGGCTACTCACACTCTTCTTCCTC
TTAGGGTTTTTGGCTTGACGGAGCGAGAGCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1BW72TF C 1
AF RR1BW72JQ U 7
AF RR1CS55JQ U 24
AF RR1CS55TF C 24
BS 1 6 RR1BW72TF
BS 7 39 RR1BW72JQ
BS 40 40 RR1CS55JQ
BS 41 470 RR1BW72JQ
BS 471 471 RR1CS55JQ
BS 472 499 RR1BW72JQ
BS 500 500 RR1CS55JQ
BS 501 571 RR1BW72JQ

RD RR1BW72TF 571 0 0
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TTCTTTCTCTAACAGCCAAAGCAGACAAAACACCACCATAAGCACGGTTAACGGTCCTCC
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TCAATTTACCACCAGGGGTTTTGAGGATCCTGTGCTGGTTAGATTTGGTGGCGTAGCTGT
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TTAGGGTTTTTGGCTTGACGGAGCGAGAGCC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1BW72JQ 565 0 0
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GCTTCAACACCTTCTTCACTATCTTTTGCTCCTCGACAAGGAAAGCACGAACGATTCTTT
CTCTAACAGCCAAAGCAGACAAAACACCACCATAAGCACGGTTAACGGTCCTCCTGTTCC
TTGACAACCTAGATCTCTTGTACTCAGCAGGCCTCAAGTGAGGGATACCCTGAATACGCT
TGCCGGTAACGGGGCATTTTGGTCCACTAGCACGCTTCTTAGTGGTCTGGAATGTCAATT
TACCACCAGGGGTTTTGAGGATCCTGTGCTGGTTAGATTTGGTGGCGTAGCTGTGACGCG
AACGGTATACAAGGCGCTGCACCATTTTTTTGGCTACTCACACTCTTCTTCCTCTTAGGG
TTTTTGGCTTGACGGAGCGAGAGCC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1CS55JQ 548 0 0
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QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1CS55TF 548 0 0
AAACGCAGCATTTAAAAGAGAAACCATACCAAAACATTTGAGAACTGTCGACAAAGTCAA
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AGGATCTAGTTCTTGGGAGCACCCTTTTCCTTAGCCTTTTGGAGCTTCAACACCTTCTTC
ACTATCTTTTGCTCCTCGACAAGGAAAGCACGAACGATTCTTTCTCTAACAGCCAAAGCA
GACAAAACACCACCATAAGCACGGTTAACGGTCCTCCTGTTCCTTGACAACCTAGATCTC
TTGTACTCAGCAGGCCTCAAGTGAGGGATACCCTGAATACGCTTGCCGGTAACGGGGCAT
TTTGGTCCACTAGCACGCTTCTTAGTGGTCTGGAATGTCAATTTACCACCAGGGGTTTTG
AGGATCCTGTGCTGGTTAGATTTGGTGACGTAGCTGTGACGCGAACGGTATACAAGACGC
TGCACCATTTTTTTGGCTGCTCACACTCTTCTTCCTCTTAGGGTTTTTGGCTTGACGGAG
CGAGAGCC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 4

CO CL2845Contig1 1054 4 13 U
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TTGGGAAACTGCTTGGACGTATTCTCAGATCCGTCAAGTGTAGTTTGATCGATCTCGAGG
AATCAATGGCTCCAGTATCGGCACTCGCAAAGTATAAGCTGGTGTTTCTGGGAGATCAAT
CGGTGGGGAAGACGAGTATCATCACTCGATTCATGTACGACAAATTCGACAACACTTACC
AGGCCACAATTGGTATTGATTTTCTATCCAAGACTATGTACCTTGAAGATCGAACTGTCA
GACTTCAGTTGTGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGATTCAGGAGTCTTATTCCTAGCTATA
TCAGGGACTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATGATGTTGCAAGCAGGCAATCGTTTCTAA
ACACTGCTAAGTGGATCGATGAGGTTAGGACAGAGCGTGGTAGTGATGTCATAGTTGTGC
TCGTGGGGAATAAGACCGACCTTGTAGACAAAAGGCAAGTGTCAATAGAGGAAGCAGAAG
CCAAGGCTCGTGAGCTTAATGTAATGTTCATCGAAACCAGTGCCAAAGCGGGCTTCAACA
TAAAGGCTCTTTTCCGCAAGATAGCAGCAGCTTTGCCCGGAATGGAAACACTGTCTTCAA
CAAAGCAAGAGGATATGGTTGATGTTAATCTCAAGTCGTCCAACGCCAATGCATCTTCGG
GTCAGCAGCAATCAGGAGGATGCTCTTGTTAAAAACAAAATAGGCAACAAAACGTTATAG
AGAACAAAAGAACATACTCAGAAAAAGCCGCCCTCGCATCATCTGATCCGCTATTATCTT
CTTCCGTGTGTAAAATTTTTGCCTTCTCCTTCATCAGATTGTTTTTTTAAAAAAGAGAGT
CTACTTGCAAAGTTTATGGTTTGTCCCTAACTCTTAAAACTGTTTTCGTCTTTTGGAGTT
TTAAATACTGTGATTTTGTGTGTCGCCAAAATTGAATTATATAACATTGAGCTATTATAT
AAAGTAAAGAGTAGACGGATACTCTTCTTGTTAG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G465TF U 3
AF RR1GF60TF U 1
AF RR1FK27JQ C 175
AF RR1GF60JQ C 437
BS 1 270 RR1GF60TF
BS 271 271 RR1G465TF
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BS 934 970 RR1FK27JQ
BS 971 1054 RR1GF60JQ

RD RR1G465TF 517 0 0
GG
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GAAACTGCTTGGACGTATTCTCAGATCCGTCAAGTGTAGTTTGATCGATCTCGAGGAATC
AATGGCTCCAGTATCGGCACTCGCAAAGTATAAGCTGGTGTTTCTGGGAGATCAATCGGT
GGGGAAGACGAGTATCATCACTCGATTCATGTACGACAAATTCGACAACACTTACCAGGC
CACAATTGGTATTGATTTTCTATCCAAGACTATGTACCTTGAAGATCGAACTGTCAGACT
TCAGTTGTGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGATTCAGGAGTCTTATTCCTAGCTATATCAG
GGACTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATGATGTTGCAAGCAGGCAATCGTTTCTAAACAC
TGCTAAGTGGATCGATGAGGTTAGGACAGAGCGTGGTAGTGATGTCATAGTTGTGCTCGT
GGGGAATAAGACCGACCTTGTAGACAAAAGGCAAG

QA 3 517 3 517
DS 

RD RR1GF60TF 593 0 0
GGTCGAATAAACAACATTTCAGCGACGAGATCTCTCTTTCTTTCTCTCTCCGGCTTTATA
TTGGGAAACTGCTTGGACGTATTCTCAGATCCGTCAAGTGTAGTTTGATCGATCTCGAGG
AATCAATGGCTCCAGTATCGGCACTCGCAAAGTATAAGCTGGTGTTTCTGGGAGATCAAT
CGGTGGGGAAGACGAGTATCATCACTCGATTCATGTACGACAAATTCGACAACACTTACC
AGGCCACAATTGGTATTGATTTTCTATCCAGGACTATGTACCTTGAAGATCGAACTGTCA
GACTTCAGTTGTGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGATTCAGGAGTCTTATTCCTAGCTATA
TCAGGGACTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATGATGTTGCAAGCAGGCAATCGTTTCTAA
ACACTGCTAAGTGGATCGATGAGGTTAGGACAGAGCTTGGTAGTGATGTCATAGTTGTGC
TCGTGGGGAATAAGACCGACCTTTTAGACAAAAGGCAAGTGTCAATAGAGGAAGCAGAAG
CCAAGGCTCGTGAGCTTAATGTAATGTTCATCGAAACCAGTGCCAAAGCGGGC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1FK27JQ 797 0 0
ATCAATCGGTGGGGAAGACGAGTATCATCACTCGATTCATGTACGACAAATTCGACAACA
CTTACCAGGCCACAATTGGTATTGATTTTCTATCCAAGACTATGTACCTTGAAGATCGAA
CTGTCAGACTTCAGTTGCGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGATTCAGGAGTCTTATTCCTA
GCTATATCAGGGACTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATGATGTTGCAAGCAGGCAATCGT
TTCTAAACACTGCTAAGTGGATCGATGAGGTTAGGACAGAGCGTGGTAGTGATGTCATAG
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CAGAAGCCAAGGCTCGTGAGCTTAATGTAATGTTCATCGAAACCAGTGCCAAAGCGGGCT
TCAACATAAAGGCTCTTTTCCGCAAGATAGCAGCAGCTTTGCCCGGAATGGAAACACTGT
CTTCAACAAAGCAAGAGGATATGGTTGATGTTAATCTCAAGTCGTCCAACGCCAATGCAT
CTTCGGGTCAGCAGCAATTAGGAGGATGCTCTTGTTAAAAACAAAATAGGCAACAAAACG
TTATAGAGAACAAAAGAACATACTCAGAAAAAGCCGCCCTCGCATCATCTGATCCGCTAT
TATCTTCTTCCGTGTGTAAAATTTTTGCCTTCTCCTTCATCAGATTGTTTTTTTAAAAAA
GAGAGTCTACTTGCAAAGTTTATGGTTTGTCCCTAACTTTTAAAACTGTTTTCGTCTTTT
GGAGTTTTAAATACTG
G

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1GF60JQ 618 0 0
CGATGAGGTTAGGACAGAGCTTGGTAGTGATGTCATAGTTGTGCTCGTGGGGAATAAGAC
CGACCTTTTAGACAAAAGGCAAGTGTCAATAGAGGAAGCAGAAGCCAAGGCTCGTGAGCT
TAATGTAATGTTCATCGAAACCAGTGCCAAAGCGGGCTTCAACATAAAGGCTCTTTTCCG
CAAGATAGCAGCAGCTTTGCCCGGAATGGAAACACTGTCTTCAACAAAGCAAGAGGATAT
GGTTGATGTTAATCTCAAGTCGTCCAACGCCAATGCATCTTCGGGTCAGCAGCAATCAGG
AGGATGCTCTTGTTAAAAACAAAATAGGCAACAAAACGTTATAGAGAACAAAAGAACATA
CTCAGAAAAAGCCGCCCTCGCATCATCTGATCCGCTATTATCTTTTTCTGTGTGTAAAAT
TTTTGCCTTCTCCTTCATCAGATTGTTTTTTTAAAAAAGAGAGTCTACTTGTAAAGTTTA
TGGTTTGTCCCTAACTCTTAAAACTGTTTTCGTCTTTTGGAGTTTTAAATACTGTGATTT
TGTGTGTCGCCAAAATTGAATTATATAACATTGAGCTATTATATAAAGTAAAGAGTAGAC
GGATACTCTTCTTGTTAG

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 4

CO CL2846Contig1 1105 4 8 U
GGAACATATTCAAAAATAGTACTATTCCTCCTCTGTTTCTCTGTTATATCATTAAAAACT
GAGAATTTGATGATCGGAAATTGATGACTCCCGTTCTCTGCGAAATCTTGCTCTCGGGGC
TCACGGTTAAATCTGCTCTCTGCCGTAGAACCCATCTCGTTCAATCTTTCTCCGTCGTCT
TCCTTTACTGGTTTTACAACGTTTCATGAATTGCTGAAAACTCCCCAAAATAATCTTTAA
ATTAATTATTACATCATATATTCACTATTTTCAGACAAATCTAAAACCAACCAAACAAAA
AAAATCTGTCCCTTTTTCTTGTTCTTTGTAATTTTATTGTAATAAAATGGCGTCATCAAG
CAGCACATACCGGAGCTCGAGCTCTTCCGACGGCGGGAATCCCTCTGACTCCGCCGTCAC
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CGAGATCGTCGATCTCGTCACCACGACCAACGGTGGTGTCGATCAGATCGACGGCTGTGG
GTTCGATGATCGAACGGCTGGGATTAATTGCGACGGATATTACGATGATATGATGATGAG
TGGCGTTAATCATTGGGGTGGTTCGGTTTACTCTAACCAACCAATCATGGCTAATGATAT
CAATATGTTTTGAATTAAAATTAATTATAAAAACTAGTATTATTGCCCCTTTTTATTTTA
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TTGTAATGTATTGGTGTGTGCTTTTGGTTTATTTTATAAATTATGAATTTGAATGTTATT
ATTGATATGATTTTAGTTATCAATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG70TF U 1
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G
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CC

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RD RR1E145TF 540 0 0
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QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 3

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AATAAAAAACCCGACAGAGAGATAAGAGAGGACACGGACACGACCGTAGTAGCTTTTTTT
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CAGTAGACAAAATGGATCGGTGGTGTCCAAACGAAGAATACTGATGATGCATGGGATGGA
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GACCAGGGCCTTTCCTTGATGATCTTGATGGAGGTCGACTGTTGTCTGCAACTGATGATG
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CTTGGTGAGAACTGGTGATATTAATCTCTTCTGCATCATCGTCCTCGTGATGATTCATAT
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EA72JQ U 129
AF RR1AK55JQ U 1
AF RR1AK55TF C 55
BS 1 365 RR1AK55JQ
BS 366 366 RR1EA72JQ
BS 367 805 RR1AK55JQ

RD RR1EA72JQ 622 0 0
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GAACTGGTGATATTAATCTCTT

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DS 

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CTTGGTGAGAACTGGTGATATTAATCTCTTCTGCATCATCGTCCTCGTGATGATTCATAT
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DS 

RD RR1AK55TF 751 0 0
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GATGGATATTTATTATTATGTGATGATGATGTATCATTACCATACCAGGATGTTAAAGCT
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TCTTCACCTCCTTTGATGTAGAGGAAGAGGAAGTGGTATATGAGTACTTGACGTTATTCC
TTGCCTGGACACGATGCTGACTCTATACATTCTCAAACTGTTGCAGCCGTGCAGCAAAAT
TGATTCCTTGGTGAGAACTGGTGATATTAATCTCTTCTGCATCATCGTCCTCGTGATGAT
TCATATACTGAGAGAAAGGAACTCCTGAAGC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 4

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ACCCAATGCTTTCAGTGCCAGGCTCATTTGACTTGCCTAATGAACGTTACAGGAATCTCT
CTCAGAGAAGAAGCGAGTTTAGCTCTAGTAATGCTGAAAAGAAACTGTTTGAGCTTGATG
TTGATCGCATATTACGCGGGGAGGACAACAGAACCACATTAATGATCAAAAACATTCCTA
ACAAGTATACTTCTAAGATGCTTATAGCTGCCATTGATGAGTACTGTAAAGGAACATATG
ACTTCCTTTATTTGCCTATTGATTTCAAGAACAAATGCAATGTGGGGTATGCCTTCATCA
ACCTCACCGAACCTGAGAACATTGTCCCGTTTTACAAGGCATTCAACGGTAAGAAGTGGG
AAAAATTCAACAGCGAGAAGGTGGCATATCTTGCATACGGTCGGATCCAAGGAAAATCAG
CTCTTATTGCTCATTTCCAGAACTCAAGTTTGATGAACGAAGACAAACGTTGCAGACCTA
TTCTCTTTCACACCGCCGGTCCAAATGCTGGTGATCAGGAACCATTTCCAATGGGTACGA
ACATCATGTCAAGACCAGGGAAGCATCGAACAAGTAGCATTGAGAACTACAACAATAACT
TTAGCAGCAGCTCAGAAAACCGAGAAGAGCCTCCAGATGGGACGGACTCGTTCTAACCGA
TGAGGCAGAGACAGTTTTCATGTCATAAGCCAAACTAACCCTTTAGACGTCTTCTTCTAT
CAGAGAAAACCCCCAAAGGTGAAAAAACACCCCATAGCTCTGTAAATCCTTGGGTGTGGT
AAATTTACCTTGAGAAAAAAAAACTCATTTTGAAGTGGAGAAAACCAATGGTTGCTTGTG
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TTTTGAACTTTTTTTGGTTTAATTTTGTTTGGGTTGTGTTTACAAGGACCTTTTTTTGTA
CTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1FA64TF U 1
AF RR1BP95TF U 124
AF RR1FA64JQ C 244
AF RR1BP95JQ C 546
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BS 1000 1025 RR1BP95JQ

RD RR1FA64TF 603 0 0
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ACA

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1BP95TF 679 0 0
G
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CACCGAACCTGAGAACATTGTCCCGTTTTACAAGGCATTCAACGGTAAGAAGTGGGAAAA
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CTTTCACACCGCCGTTCCAAATGCTGGTGATCAGGAACCATTTCCAATGGGTACGAACAT
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GAAAACCCCCAAAG
TGAA

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR1FA64JQ 758 0 0
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TCACCGAACCTGAGAACATTGTCCCGTTTTACAAGGCATTCAACGGTAAGAAGTGGGAAA
AATTCAACAGCGAGAAGGTGGCATATCTTGCATACGGTCGGATCCAAGGAAAATCAGCTC
TTATTGCTCATTTCCAGAACTCAAGTTTGATGAACGAAGACAAACGTTGCAGACCTATTC
TCTTTCACACCGCCGGTCCAAATGCTGGTGATCAGGAACCATTTCCAATGGGTACGAACA
TCAGGTCAAGACCAGGGAAGCATCGAACAAGTAGCATTGAGAACTACAACAATAACTTTA
GCAGCAGCTCAGAAAACCGAGAAGAGCCTCTAGATGGGACGGACTCGTTCTAACCGATGA
GGCAGAGACAGTTTTCATGTCATAAGCCAAACTAACCCTTTAGACGTCTTCTTCTATCAG
AGAAAACCCCCAAAGGTGAAAAAACACCCCATAGCTCTGTAAATCCTTGGGTGTGGTAAA
TTTACCTTGAGAAAAAAAA*CTCATTTTGAAGTGGAGAAAACCAATGGTTGCTTGTGACA
AGTTTTTGTTGTATCATTAAACCGTCCAGAGAAATCTTGCTGGCTTTTTCTTTTTGTTTT
TGAACTTTTTTTGGTTTAATTTTGTTTGGGTTGTGT
CT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1BP95JQ 480 0 0
TTTCACACCGCCGTTCCAAATGCTGGTGATCAGGAACCATTTCCAATGGGTACGAACATC
ATGTCAAGACCAGGGAAGCATCGAACAAGTAGCATTGAGAACTACAACAATAACTTTAGC
AGCAGTTCAGAAAACCGAGAAGAGCCTCCAGATGGGACGGACTCGTTTTAACCGATGAGG
CAGAGACAGTTTTCATGTCATAAGCCAAACTAACCCTTTAGACGTTTTTTTTTATCAGAG
AAAACCCCCAAAGGTGAAAAAACACCCCATAGCTCTGTAAATCCTTGGGTGTGGTAAATT
TACCTTGAGAAAAAAAAACTCATTTTGAAGTGGAGAAAACCAATGGTTGCTTGTGACAAG
TTTTTGTTGTATCATTAAACCGTCCAGAGAAATCTTGCTGGCTTTTTTTTTTTGTTTTTG
AACTTTTTTTGGTTTAATTTTGTTTGGGTTGTGTTTACAAGGACCTTTTTTTGTACTTTT

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 4

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AATAAATACAGAGCTCTGATTTATGAGTTCATGACAAACGGTGAAACGGAAGTTTGGACA
TTATTTATATATTGCTGCAGCCAGGAGAAGATGAGATTCATAGTCCCTCAAGTACCTACC
TTGACCCTCTTTGGAAGGCTCAACAATTCAGCGCATCCAGGGTCATGTCTGTGAATTAGT
TGTTCTTCACAGTGACCGTCTTTATGAACTCCACAACTGTTGAAACCAACTGACTTTGAT
GTTTTGTATAACAATGATCAGCTCCTTCCACAATCTCCAGCTTGTGGTTGGGTATGATCT
TAGCAAACTCCCTGGCATCTTCCACAGGTATAATCTCATCCTCTGATCCGTGAACCGTCA
AGACTCTGCAATCTTTGTCAATCTTGAGGCAAGCTTCATGCATATCAGTGTTCAGCCTCT
CCATTATGCTCTCCTCAGTAACACAGTAGCTGGATTTTCCATCGTTAACATGGAAGAAAC
CTTGTTGCTTAAACTTTTCCAAAAAGTCTTCCCCAATACGCTCTCCTATCCCTTTTTTGA
GATCACAACGTCCCGAGAGATTGATTACATTACTGATATCATGATACTTGGAGGCATAGA
GGAGGACCACATCACCTCCTTTACTGTGTCCGAGGATAACAGGAACCACACGGTTCGTGT
TAGAGAAGTGTTGGATGACAGAATGTAGATCATCAGCCTCATGGTTGTAGTTACCAAAAT
AGAAACTGCCTTCACTTTCTCCATTTCCAGATAAATCAAAACGGAAAGCGCTGATCCCTT
CTTTCTCTATAGCAGCAGACACATTCTTCATGATTGTGTCATTCTTGTTTGATCGAAATC
CGTGGCATAAGACCACAACTTCTCTCGAACCAGTTTCGTGAAGCAGACCAACCAGTTTCT
CGTTGTGGCTGTTCGGAATCTCGATCCTCTGTTGTTGTGCACAAGCTGAAGTTCCCTGAG
AGGAATCCATTTCTCAAATTGTTTGGCTTTCGTCGTGGTAAGTGGTAAACTGTGAGTGAA
TCTCAACGTTGACACCAAGCTTACTCTTATTAGTGGGTCTGAAACTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E855JQ U 1
AF RR1D450JQ U 58
AF RR1E855TF C 303
AF RR1D450TF C 552
BS 1 660 RR1E855JQ
BS 661 1077 RR1E855TF
BS 1078 1130 RR1D450TF

RD RR1E855JQ 660 0 0
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AATAAATACAGAGCTCTGATTTATGAGTTCATGACAAACGGTGAAACGGAAGTTTGGACA
TTATTTATATATTGCTGCAGCCAGGAGAAGATGAGATTCATAGTCCCTCAAGTACCTACC
TTGACCCTCTTTGGAAGGCTCAACAATTCAGCGCATCCAGGGTCATGTCTGTGAATTAGT
TGTTCTTCACAGTGACCGTCTTTATGAACTCCACAACTGTTGAAACCAACTGACTTTGAT
GTTTTGTATAACAATGATCAGCTCCTTCCACAATCTCCAGCTTGTGGTTGGGTATGATCT
TAGCAAACTCCCTGGCATCTTCCACAGGTATAATCTCATCCTCTGATCCGTGAACCGTCA
AGACTCTGCAATCTTTGTCAATCTTGAGGCAAGCTTCATGCATATCAGTGTTCAGCCTCT
CCATTATGCTCTCCTCAGTAACACAGTAGCTGGATTTTCCATCGTTAACATGGAAGAAAC
CTTGTTGCTTAAACTTTTCCAAAAAGTCTTCCCCAATACGCTCTCCTATCCCTTTTTTGA
GATCACAACGTCCCGAGAGATTGATTACATTACTGATATCATGATACTTGGAGGCATAGA

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1D450JQ 603 0 0
GGTAATAAATACAGAGCTCTGATTTATGAGTTCATGACAAACGGTGAAACGGAAGTTTGG
ACATTATTTATATATTGCTGCAGCCAGGAGAAGATGAGATTCATAGTCCCTCAAGTACCT
ACCTTGACCCTCTTTGGAAGGCTCAACAATTCAGCGCATCCAGGGTCATGTCTGTGAATT
AGTTGTTCTTCACAGTGACCGTCTTTATGAACTCCACAACTGTTGAAACCAACTGACTTT
GATGTTTTGTATAACAATGATCAGCTCCTTCCACAATCTCCAGCTTGTGGTTGGGTATGA
TCTTAGCAAACTCCCTGGCATCTTCCACAGGTATAATCTCATCCTCTGATCCGTGAACCG
TCAAGACTCTGCAATCTTTGTCAATCTTGAGGCAAGCTTCATGCATATCAGTGTTCAGCC
TCTCCATTATGCTCTCCTCAGTAACACAGTAGCTGGATTTTCCATCGTTAACATGGAAGA
AACCTTGTTGCTTAAACTTTTCCAAAAAGTCTTCCCCAATACGCTCTCCTATCCCTTTTT
TGAGATCACAACGTCCCGAGAGATTGATTACATTACTGATATCATGATACTTGGAGGCAT
AGA

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1E855TF 777 0 0
TTTGTATAACAATGATCAGCTCCTTCCACAATCTCCAGCTTGTGGTTGGGTATGATCTTA
GCAAACTCCCTGGCATCT*CCACAGGTATAATCTCATCCTCTGATCCGTGAACCGTCAAG
ACTCTGCAATCTTTGTCAATCTTGAGGCAAGCTTCATGCATATCAGTGTTCAGCCTCTCC
ATTATGCTCTCCTCAGTAACACAGTAGCTGGATTTTCCATCGTTAACATGGAAGAAACCT
TGTTGCTTAAACTTTTCCAAAAAGTCTTCCCCAATACGCTCTCCTATCCCTTTTTTGAGA
TCACAACGTCCCGAGAGATTGATTACATTACTGATATCATGATACTTGGAGGCATAGAGG
AGGACCACATCACCTCCTTTACTGTGTCCGAGGATAACAGGAACCACACGGTTCGTGTTA
GAGAAGTGTTGGATGACAGAATGTAGATCATCAGCCTCATGGTTGTAGTTACCAAAATAG
AAACTGCCTTCACTTTCTCCATTTCCAGATAAATCAAAACGGAAAGCGCTGATCCCTTCT
TTCTCTATAGCAGCAGACACATTCTTCATGATTGTGTCATTCTTGTTTGATCGAAATCCG
TGGCATAAGACCACAACTTCTCTCGAACCAGTTTCGTGAAGCAGACCAACCAGTTTCTCG
TTGTGGCTGTTCGGAATCTCGATCCTCTGTTGTTGTGCACAAGCTGAAGTTCCCTGAGAG
GAATCCATTTCTCAAATTGTTTGGCTTTCGTCGTGGTAAGTGGTAAACTGTGAGT
CC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1D450TF 579 0 0
AACTTTTCCAAAAAGTCTTCCCCAATACGCTCTCCTATCCCTTTTTTGAGATCACAACGT
CCCGAGAGATTGATTACATTACTGATATCATGATACTTGGAGGCATAGAGGAGGACCACA
TCACCTCCTTTACTGTGTCCGAGGATAACAGGAACCACACGGTTCGTGTTAGAGAAGTGT
TGGATGACAGAATGTAGATCATCAGCCTCATGGTTGTAGTTACCAAAATAGAAACTGCCT
TCACTTTCTCCATTTCCAGATAAATCAAAACGGAAAGCGCTGATCCCTTCTTTCTCTATA
GCAGCAGACACATTCTTCATGATTGTGTCATTCTTGTTTGATCGAAATCCGTGGCATAAG
ACCACAACTTCTCTCGAACCAGTTTCGTGAAGCAGACCAACCAGTTTCTCGTTGTGGCTG
TTCGGAATCTCGATCCTCTGTTGTTGTGCACAAGCTGAAGTTCCCTGAGAGGAATCCATT
TCTCAAATTGTTTGGCTTTCGTCGTGGTAAGTGGTAAACTGTGAGTGAATCTCAACGTTG
ACACCAAGCTTACTCTTATTAGTGGGTCTGAAACTCTCC

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 3

CO CL2850Contig1 797 3 11 U
GGGGGCTAAACAAAAACCTTACTTCTCTTCTCCGCACGACATTTACAGAGGTTTGAGCCA
TGGCCGCGGTCGCAGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCAGCCTACCAACGAAGTCAAGC
TCTTCAACCGTTGGAGCTTCGATGACGTCTCGGTCACAGACATTAGTCTTGCTGACTACA
TTGGTGTCCAGCCTGCGAAACACGCAACCTTTGTTCCCCACACTGCTGGAAGATACTCTG
TAAAGAGGTTCAGGAAGGCTCAGTGCCCTATTGTTGAGAGGCTCACAAACTCTCTCATGA
TGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAACTGATGGCTGTGAGGATCATCAAGCACGCCATGG
AGATTATCCACCTCTTGACTGATGCCAACCCCATTCAAGTCATCATTGACGCCATTGTTA
ACAGTGGTCCGCGTGAAGATGCTACCAGGATTGGATCTGCTGGTGTGGTTAGGAGGCAGG
CTGTTGATATCTCTCCTCTTAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTCTTGCTCACCACTGGTG
CGCGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGTCTTGCTGATGAGCTCA
TCAATGCTGCCAAGGGATCTTCCAACAGCTATGCTATCAAGAAGAAAGATGAGATTGAGA
GAGTTGCCAAGGCCAACCGTTAAGGGATCTTCTTTTGTCCTGAGTTTGCATTGTACCTCA
AAGACCTTTTGTTGTGCTGCTTTCCTTAGCTTTTGGATATGTTTCAGACGATACTCGTCT
TATCTTTAATGAAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU17TF U 1
AF RR1GT24TF U 43
AF RR1GT24JQ C 237
BS 1 58 RR1GU17TF
BS 59 59 RR1GT24TF
BS 60 102 RR1GU17TF
BS 103 103 RR1GT24TF
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BS 173 382 RR1GU17TF
BS 383 383 RR1GT24TF
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BS 562 667 RR1GT24TF
BS 668 797 RR1GT24JQ

RD RR1GU17TF 561 0 0
GGGGGCTAAACAAAAACCTTACTTCTCTTCTCCGCACGACATTTACAGAGGTTTGAGCTA
TGGCCGCGGTCGCAGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCAGCTTACCAACGAAGTCAAGC
TCTTCAACCGTTGGAGCTTCGATGACGTCTCGGTCACAGACATTAGTCTTGTTGACTACA
TTGGTGTCCAGCCTGCGAAACACGCAACCTTTGTTCCCCACACTGCTGGAAGATACTCTG
TAAAGAGGTTCAGGAAGGCTCAGTGCCCTATTGTTGAGAGGCTCACAAACTCTCTCATGA
TGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAACTGATGGCTGTGAGGATCATCAAGCACGCCATGG
AGATTATCCACCTCTTGACTGACGCCAACCCCATTCAAGTCATCATTGACGCCATTGTTA
ACAGTGGTCCGCGTGAAGATGCTACCAGGATTGGATCTGCTGGTGTGGTTAGGAGGCAGG
CTGTTGATATCTCTCCTCTTAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTCTTGCTCACCACTGGTG
CGCGTGAAGCTGCCTTCAGAA

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1GT24TF 625 0 0
GG
ACAGAGGTTTGAGCCATGGCCGCGGTCGCAGAAATCGACGCTGAGATTCAGCAGCAGCCT
ACCAACGAAGTCAAGCTCTTCAACCGTTGGAGCTTCGATGACGTCTCGGTCACAGACATT
AGTCTTGCTGACTACATTGGTGTCCAGCCTGCGAAACACGCAACCTTTGTTCCCCACACT
GCTGGAAGATACTCTGTAAAGAGGTTCAGGAAGGCTCAGTGCCCTATTGTTGAGAGGCTC
ACAAACTCTCTCATGATGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAACTGATGGCTGTGAGGATC
ATCAAGCACGCCATGGAGATTATCCACCTCTTGACTGATGCCAACCCCATTCAAGTCATC
ATTGACGCCATTGTTAACAGTGGTCCGCGTGAAGATGCTACCAGGATTGGATCTGCTGGT
GTGGTTAGGAGGCAGGCTGTTGATATCTCTCCTCTTAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTC
TTGCTCACCACTGGTGCGCGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGT
CTTGCTGATGAGCTCATCAATGCTGCCAAGGGATCTTCCAACAGCTATGCTATCAAGAAG
AAAGATGAGATTGAGAGAGTTGC

QA 3 625 3 625
DS 

RD RR1GT24JQ 561 0 0
TCTGTAAAGAGGTTCAGGAAGGCTCAGTGCCCTATTGTTGAGAGGCTCACAAACTCTCTC
ATGATGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAACTGATGGCTGTGAGGATCATCAAGCACGCC
ATGGAGATTATCCACCTCTTGACTGATGCCAACCCCATTCAAGTCATCATTGACGCCATT
GTTAACAGTGGTCCGCGTGAAGATGCTACCAGGATTGGATCTGCTGGTGTGGTTAGGAGG
CAGGCTGTTGATATCTCTCCTCTTAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTCTTGCTCACCACT
GGTGCGCGTGAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGTCTTGCTGATGAG
CTCATCAATGCTGCCAAGGGATCTTCCAACAGCTATGCTATCAAGAAGAAAGATGAGATT
GAGAGAGTTGCCAAGGCCAACCGTTAAGGGATCTTCTTTTGTCCTGAGTTTGCATTGTAC
CTCAAAGACCTTTTGTTGTGCTGCTTTCCTTAGCTTTTGGATATGTTTCAGACGATACTC
GTCTTATCTTTAATGAAGTTT

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 4

CO CL2851Contig1 1063 4 17 U
GGGCACCAGCTCCAAGTAGATTCGCTTCGTTGTCAGTTACAGTGTCGGCTCCAAGAAAGT
AGAAACCATTTAGATATCTAATCGTAGATCCACCAGAATCGTAGTATCAATGTCGACTCC
CGCGACCGCCGGCAGAGGATCGATCACCCACGTGATCTTCGACATGGACGGTCTTCTTCT
CGACACGGAGAAGTTTTACACGGAGGTACAGGAGATCATACTTGCTAGATTCAACAAGAC
TTTTGACTGGTCTCTCAAGGCTAAGATGATGGGAAGAAAAGCCATAGAAGCTGCCAGGAT
CTTTGTTGACGAGAGCGGGATCAGCGACTCTCTTTCAGCTGAGGACTTCCTTGTCGAGAG
AGAGGCCATGCTTCAAGAACTCTTCCCTACTAGCGAGCTCATGCCAGGGGCTAGCAGGCT
CATCAAGCATCTCCATGCTAACAACATTCCAATTTGTATTGCTACCGGAACTCACACACG
TCACTTTGATTTAAAAACTCAAAGACACAAAGAGTTGTTCTCACTGATGCATCACGTAGT
TCGTGGTGATGATCCTGAGGTGAAGCAAGGAAAGCCTGCCCCTGACGGCTTTCTCGCTGC
ATCCAGGAGATTTAAGGATGGTCCTGTTGACCCACAAAAGGTTTTGGTATTTGAAGATGC
TCCATCCGGAGTTCTTGCTGCCAAAAACGCTGGAATGAACGTGGTGATGGTGCCAGATCC
TAGACTAGATATCTCTCACCAAGACGTTGCAGATCAAATCATGACTTCTCTACTCGATTT
CAAACCAGAGGAGTGGGGTTTGCCTCCATTTGAGGATTCAAACTAATCTTCTTGGAGGTA
TGATGAGAAGTCAGAATCATGAATCGTTGGGAGAGCGTGATTGTTTGTCTTTTTGTTATA
TTTGTTTTTTTTGGCACTTACATGACAAGGCCATGAGGTTTTATGTCGTCAAGGGTATTA
TGATGTTTTGGCTATTAAAGCCAAGAAAACCAGAAACTAAGTTTGTGACGTGACAAGAGA
CCAAACAAACATCTGCCTTGGCGTTTAAACAAAGAGATTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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CTACTCGA

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DS 

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CATCAAGCATCTCCATGCTAACAACATTCCAATTTGTATTGCTACCGGAACTCACACACG
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QA 1 798 1 798
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CATCTGCCTTGGCGTTTAAACAAAGAGATTGT
AC

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1C385JQ 765 0 0
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AGAGAGGCCATGCTTCAAGAACTCTTCCCTACTAGCGAGCTCATGCCAGGGGCTAGCAGG
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GTTCGTGGTGATGATCCTGAGGTGAAGCAAGGAAAGCCTGCCCCTGACGGCTTTCTCGCT
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GCTCCTTCCGGAGTTCTTGCTGCCAAAAACGCTGGAATGAACGTGGTGATGGTGCCAGAT
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TATGATGTTTTGGCTATTAAAGCCAAGAAAACCAGAAACTAAGTTTG**ACGTGACAAGA
GACCAAACAAACATCTGCCTTGGCGTTTAAACAAAGAGATTGTGC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 4

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AAATCCCCAATTGAGGAAGGAACACAGGGATCTCGATTCACAGATGTCGTCGTCGTCGTC
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AGCCAGCCTGGAGGTTCTTGTGGCTGATTTGCAGTTCTTGAGGGATCAAGTCACAGTTAC
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TACTACTCGTTTAAGGATGTGGTCAATATATCATAGTGTTTGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT40TF U 71
AF RR1CQ87TF U 1
AF RR1A846TF U 37
AF RR1GT40JQ C 422
BS 1 641 RR1CQ87TF
BS 642 851 RR1A846TF
BS 852 945 RR1GT40JQ

RD RR1GT40TF 269 0 0
GG
GAGGAAGGAACACAGGGATCTCGATTCACAGATGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCTTCTCC
GAGTGGCGATTTGAGCGAGAGAAGAGGCATTCCCGCCGCTAAATTCATCCAAGATGTCGA
GACTTACCTCTCTCAGTCCAGCCTCGATTCCAACTCTGCTCTCGCCTTCCATCAAGAAAG
GCTTCAGCAGTATAAAGTTGTTGAAATGAAGCTTCTTGCCCAGCAGAGGGATCTTCAGGC
TAAAATCCCAGATATTGAGAA
TGTTAG

QA 3 263 3 263
DS 

RD RR1CQ87TF 641 0 0
GGACCGATCCTTGCTCCGTGACTCACTGGTTTCACTCCGAAGGCACTCAGAGAAAACCCT
AAATCCCCAATTGAGGAAGGAACACAGGGATCTCGATTCACAGATGTCGTCGTCGTCGTC
GTCGTCTTCTCCGAGTGGCGATTTGAGCGAGAGAAGAGGCATTCCCGCCGCTAAATTCAT
CCAAGATGTCGAGACTTACCTCTCTCAGTCCAGCCTCGATTCCAACTCTGCTCTCGCCTT
CCATCAAGAAAGGCTTCAGCAGTATAAAGTTGTTGAAATGAAGCTTCTTGCCCAGCAGAG
GGATCTTCAGGCTAAAATCCCAGATATTGAGAAGTGCTTAGAGGTTGTTGCCACTTTGGA
AGCAAGGAAGGGTACTGGTGAGGCCCTTCTGGCGGATTTTGAAGTGTCTGAAGGAATATA
TTCACGGGCCTGTATTGAAGACACCGACTCAGTGTGTTTGTGGTTGGGAGCAAATGTCAT
GCTGGAATATTCCTGTGAAGAGGCTACAGCCCTTTTGAAAAACAATCTGGAAAATGCTAA
AGCCAGCCTGGAGGTTCTTGTGGCTGATTTGCAGTTCTTGAGGGATCAAGTCACAGTTAC
TCAGGTGACTATTGCGCGTATCTATAACTATGATGTTCAGC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1A846TF 815 0 0
GG
GAAGGCACTCAGAGAAAACCCTAAATCCCCAATTGAGGAAGGAACACAGGGATCTCGATT
CACAGATGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCTTCTCCGAGTGGCGATTTGAGCGAGAGAAGAG
GCATTCCCGCCGCTAAATTCATCCAAGATGTCGAGACTTACCTCTCTCAGTCCAGCCTCG
ATTCCAACTCTGCTCTCGCCTTCCATCAAGAAAGGCTTCAGCAGTATAAAGTTGTTGAAA
TGAAGCTTCTTGCCCAGCAGAGGGATCTTCAGGCTAAAATCCCAGATATTGAGAAGTGCT
TAGAGGTTGTTGCCACTTTGGAAGCAAGGAAGGGTACTGGTGAGGCCCTTCTGGCGGATT
TTGAAGTGTCTGAAGGAATATATTCACGGGCCTGTATTGAAGACACCGACTCAGTGTGTT
TGTGGTTGGGAGCAAATGTCATGCTGGAATATTCCTGTGAAGAGGCTACAGCCCTTTTGA
AAAACAATCTGGAAAATGCTAAAGCCAGCCTGGAGGTTCTTGTGGCTGATTTGCAGTTCT
TGAGGGATCAAGTCACAGTTACTCAGGTGACTATTGCGCGTATCTATAACTATGATGTTC
AGCAAAGGAGGGTTAAACAAGTTACCCCTACTGCTATTGCTGCCGCCGACTCATGAATCA
CAAAGTTCAAATCATGCTCGTGTGTCTTATAAAGAGGTAATATGATTTCTGCAACACCGT
TTGGTTTGTAACTCTTGTTTTTTTTTTTGCTCTCTTGATCAAGCTGTGTTTCCGAGAGAG
ACCTATCAATAGAAACATTTAGCATTTTATTGC

QA 3 815 3 815
DS 

RD RR1GT40JQ 524 0 0
TCACGGGTCTGTATTGAAGACACCGACTCAGTGTGTTTGTGGTTGGGAGCAAATGTCATG
CTGGAGTATTCCTGTGAAGAGGCTACAGCCCTTTTGAAAAACAATTTGGAAAATGCTAAA
GCCAGCCTGGAGGTTCTTGTGGCTGATTTGCAGTTCTTGAGGGATCAAGTCACAGTTACT
CAGGTGACTATTGCGCGTATCTATAACTATGATGTTCAGCAAAGGAGGGTTAAACAAGTT
ACCCCTACTGCTATTGCTGCTGCCGACTCATGAATCACAAAGTTCAAATCATGCTCGTGT
GTTTTATAAGGAGGTAATATGATTTTTGCAACCCCGTTTGGTTTGTAACTCTTGTTTTTT
TTT**GCTCTCTTGATCAAGCTGTGTTTCCGAGAGAGACCTATCAATAGAAACATTTAGC
ATTTTATTGCTATTTTTCGGAGTTTAGAGACCATCTTGTGTTTTTTTCGATTGAAGTACT
ACTACTCGTTTAAGGATGTGGTCAATATATCATAGTGTTTGCAG

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 2

CO CL2853Contig1 1122 2 6 U
GATGCAATATCTTTGTGACGTTGAGAAGTACGACGTGGGAGAGTTGAAAGACTCGGACAC
TGAGTTGGAAGTCCCGTTCCTGACCCGTTCTTTACCAGCGAAGTGCGTCCCATCCGTGAT
AGTAAACGATGAGTTACCTGTTGTTTTGAGCCACGCCAGAAGATTCCAAGAAACGAAGGG
TATCTTGATAGATACGTTTTCTGAGCTGGAGCCTCAAGCTGTGAAGTTCATCTCCGGTGG
AGATAGTCATCTTCCTACGGTGTATGCAGTGGGACCGGTTGGTCTTGACTCGGTGGACTA
TAAACAAACGGAGGTCCTACGGTGGCTTGATGATCAGCCGTACCGATCAGTTGTGTTCCT
CTGCTTTGGAAGCATGAGAGGTTTCAATGAGGAACAAGCTAAAGAGATTGCCATCGCGCT
TGAACGAACTGGCTACCGTTTCATCTGGTGTCTTCGCCGTGCTGCACCAACCGGACCTCC
CAGAGAGTTTACGAATCTTGAAGAGATTCTTCCAGAGGGGTTCCTAGAAAGGACAGTGGA
GATAGGTAAAGTTATAAGTTGGGCTCCACAGAGGGCTGTGCTGTCGAGTCCAGCCATTGG
AGGGTTTGTGTCTCACTGCGGTTGGAACTCGATACTGGAAAGTGTATGGTTCGGGGTTCC
GGTTGCCACGTTGCCGCTTTATGCTGAGCAACAGCTGAACGCATTCGAGATGGTGGAGGA
GATGGGGCTAGCGGTGGAGATAAGGAATCATTTTCAAGGAGAATATATGGCGGCGGCGGA
GACAGTAACGGAGTTGATAACAGCGGAGGAGATAGAGAGGGGAATACGGTGCTTGATGAA
GCAGGATAGCGACGTGAGAGATGGAGTGAAGAAGATGAGTGAGATGAGTCACATGGCAGT
AATGGACGGTGGATCTTCCCACGCTGCTCTTGTAAAGTTTATTCAAGACGTCACTGACAA
TATCTTTTGAATCTTGTGGTTAACGTTCCAAAAGAGAATACGTCGTATAATTAATCTCCA
GCAAGGCAATATCCATGGATGTTGAACTTTCTATGTTGTTGATAATAAGTTTTTATAAGA
GCTATAACTTTGACCATAATAACACTTTGTGGTATACATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C022TF U 1
AF RR1C022JQ C 388
BS 1 742 RR1C022TF
BS 743 744 RR1C022JQ
BS 745 762 RR1C022TF
BS 763 763 RR1C022JQ
BS 764 784 RR1C022TF
BS 785 1122 RR1C022JQ

RD RR1C022TF 788 0 0
GATGCAATATCTTTGTGACGTTGAGAAGTACGACGTGGGAGAGTTGAAAGACTCGGACAC
TGAGTTGGAAGTCCCGTTCCTGACCCGTTCTTTACCAGCGAAGTGCGTCCCATCCGTGAT
AGTAAACGATGAGTTACCTGTTGTTTTGAGCCACGCCAGAAGATTCCAAGAAACGAAGGG
TATCTTGATAGATACGTTTTCTGAGCTGGAGCCTCAAGCTGTGAAGTTCATCTCCGGTGG
AGATAGTCATCTTCCTACGGTGTATGCAGTGGGACCGGTTGGTCTTGACTCGGTGGACTA
TAAACAAACGGAGGTCCTACGGTGGCTTGATGATCAGCCGTACCGATCAGTTGTGTTCCT
CTGCTTTGGAAGCATGAGAGGTTTCAATGAGGAACAAGCTAAAGAGATTGCCATCGCGCT
TGAACGAACTGGCTACCGTTTCATCTGGTGTCTTCGCCGTGCTGCACCAACCGGACCTCC
CAGAGAGTTTACGAATCTTGAAGAGATTCTTCCAGAGGGGTTCCTAGAAAGGACAGTGGA
GATAGGTAAAGTTATAAGTTGGGCTCCACAGAGGGCTGTGCTGTCGAGTCCAGCCATTGG
AGGGTTTGTGTCTCACTGCGGTTGGAACTCGATACTGGAAAGTGTATGGTTCGGGGTTCC
GGTTGCCACGTTGCCGCTTTATGCTGAGCAACAGCTGAACGCATTCGAGATGGTGGAGGA
GATGGGGCTAGCGGTGGAGATA**GAATCATTTTCAAGGAGA*TATATGGCGGCGGCGGA
GACA
GTAC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1C022JQ 735 0 0
TGAGGAACAAGCTAAAGAGATTGCCATCGCGCTTGAACGAACTGGCTACCGTTTCATCTG
GTGTCTTCGCCGTGCTGCACCAACCGGACCTCCCAGAGAGTTTACGAATCTTGAAGAGAT
TCTTCCAGAGGGGTTCCTAGAAAGGACAGTGGAGATAGGTAAAGTTATAAGTTGGGCTCC
ACAGAGGGCTGTGCTGTCGAGTCCAGCCATTGGAGGGTTTGTGTCTCACTGCGGTTGGAA
CTCGATACTGGAAAGTGTATGGTTCGGGGTTCCGGTTGCCACGTTGCCGCTTTATGCTGA
GCAACAGCTGAACGCATTCGAGATGGTGGAGGAGATGGGGCTAGCGGTGGAGATTAGGAA
TCATTTTCAAGGAGAATATATGGCGGCGGCGGAGACAGTAACGGAGTTGATAACAGCGGA
GGAGATAGAGAGGGGAATACGGTGCTTGATGAAGCAGGATAGCGACGTGAGAGATGGAGT
GAAGAAGATGAGTGAGATGAGTCACATGGCAGTAATGGACGGTGGATCTTCCCACGCTGC
TCTTGTAAAGTTTATTCAAGACGTCACTGACAATATCTTTTGAATCTTGTGGTTAACGTT
CCAAAAGAGAATACGTCGTATAATTAATCTCCAGCAAGGCAATATCCATGGATGTTGAAC
TTTCTATGTTGTTGATAATAAGTTTTTATAAGAGCTATAACTTTGACCATAATAACACTT
TGTGGTATACATGAC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 2 4

CO CL2854Contig1 260 2 2 U
GTGAAAAGGTTGTGGGGTTCTCACGTCTTTTATTTTGTTTCCCACTTTATAATTCACTTT
TTTCCATACACCAAGTCAATTAAAAAATTGAGTTCATATAACTAATTACAATTTTTATAT
CCCAAAAATCAAACTGCCCAAAAAAACATTTTTTTTTTATATATAGAAACCCAAGTTCCT
CTTTCATATTCCATCGAAAAATGGTTTGAGCATTGATGTTCCACTCTTTTTTGCCTCTTC
CAAATCTTCATTTTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO33TF C 1
AF RR1BO33JQ U 14
BS 1 18 RR1BO33TF
BS 19 260 RR1BO33JQ

RD RR1BO33TF 260 0 0
GTGAAAAGGTTGTGGGGTTCTCACGTCTTTTATTTTGTTTCCCACTTTATAATTCACTTT
TTTCCATACACCAAGTCAATTAAAAAATTGAGTTCATATAACTAATTACAATTTTTATAT
CCCAAAAATCAAACTGCCCAAAAAAACATTTTTTTTTTATATATAGAAACCCAAGTTCCT
CTTTCATATTCCATCGAAGAATGGTTTGAGCATTGATGTTCCACTCTTTTTTGCCTCTTC
CAAATCTTCATTT
TTTTTCC

QA 1 253 1 253
DS 

RD RR1BO33JQ 247 0 0
GGGGT
TCTCACGTCTTTTATTTTGTTTCCCACTTTATAATTCACTTTTTTCCATACACCAAGTCA
ATTAAAAAATTGAGTTCATATAACTAATTACAATTTTTATATCCCAAAAATCAAACTGCC
CAAAAAAACATTTTTTTTTTATATATAGAAACCCAAGTTCCTCTTTCATATTCCATCGAA
AAATGGTTTGAGCATTGATGTTCCACTCTTTTTTGCCTCTTCCAAATCTTCATTTTTTTT
CC

QA 6 247 6 247
DS 



CO CL2854Contig2 777 2 2 U
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AGCAGATCATGTATTACCACATTATACCGGAGTATCAGACGGAGGAGAGTATGTATAACT
CGGTTAGGAGATTCGGGAAGGTGAAGTATGAAACGCTGCGTTTTCCTCATAAAGTTGCGG
CGAAGGAAGCTGATGGTTCGGTTAAGTTCGGTTCTGGTGACCGGTCTGCTTACTTGTTCG
ATCCGGATATTTACACGGACGGTCGGATTTCGGTTCAGGGGATTGATGGTGTCTTGTTCC
CTGAGGTGGAAGAAGAGACGGTTAAGAAACCGAGTGGTTCGGTTAAGAAAGTTGTTCAGA
CAAGAATAGGGAAGTTGCTGGAAGTAGCATGTAGAATGCTTGGAGCAATTGGCAAAGACT
CATATATAAGCAAATGCTGAATGAATTCACGAACCCTAAGAGATTATTGAAGCCAAATCT
CTAAACTGTTATCCGTAAACACGTACAAAAGGTTGTTAGGAGAAACAAATGAAGATTTGG
AAGAGACAAAAAAGAGTGGAACATCAATGCTCAAACCATTCTTCAAAGGAATATGAAAGA
GGAACTTGGGTTTCTATATATAAAAAAATGTTTTTGGGCAGTTTGATTTTTGGGATATAA
AAATTGTAATTAGTTATATGAACTCAATCTTTTAATTGACTTGGTGTATGGAAAAAAAGT
GAATTATAAAGTGGGAAACAAAATAAAAAGACGTGAGATTGTGGGTTCTCCACTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL24TF U 1
AF RR1EL24JQ C 197
BS 1 703 RR1EL24TF
BS 704 777 RR1EL24JQ

RD RR1EL24TF 703 0 0
GCAACGACGAGGCTATGGCGAAACTGACGACGGATCAGCTGAGCGAGCCCGGAGCTCCCG
AGCAGATCATGTATTACCACATTATACCGGAGTATCAGACGGAGGAGAGTATGTATAACT
CGGTTAGGAGATTCGGGAAGGTGAAGTATGAAACGCTGCGTTTTCCTCATAAAGTTGCGG
CGAAGGAAGCTGATGGTTCGGTTAAGTTCGGTTCTGGTGACCGGTCTGCTTACTTGTTCG
ATCCGGATATTTACACGGACGGTCGGATTTCGGTTCAGGGGATTGATGGTGTCTTGTTCC
CTGAGGTGGAAGAAGAGACGGTTAAGAAACCGAGTGGTTCGGTTAAGAAAGTTGTTCAGA
CAAGAATAGGGAAGTTGCTGGAAGTAGCATGTAGAATGCTTGGAGCAATTGGCAAAGACT
CATATATAAGCAAATGCTGAATGAATTCACGAACCCTAAGAGATTATTGAAGCCAAATCT
CTAAACTGTTATCCGTAAACACGTACAAAAGGTTGTTAGGAGAAACAAATGAAGATTTGG
AAGAGACAAAAAAGAGTGGAACATCAATGCTCAAACCATTCTTCAAAGGAATATGAAAGA
GGAACTTGGGTTTCTATATATAAAAAAATGTTTTTGGGCAGTTTGATTTTTGGGATATAA
AAATTGTAATTAGTTATATGAACTCAATCTTTTAATTGACTTG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1EL24JQ 581 0 0
TTCGGTTAAGTTCGGTTCTGGTGACCGGTCTGCTTACTTGTTCGATCCGGATATTTACAC
GGACGGTCGGATTTCGGTTCAGGGGATTGATGGTGTCTTGTTCCCTGAGGTGGAAGAAGA
GACGGTTAAGAAACCGAGTGGTTCGGTTAAGAAAGTTGTTCAGACAAGAATAGGGAAGTT
GCTGGAAGTAGCATGTAGAATGCTTGGAGCAATTGGCAAAGACTCATATATAAGCAAATG
CTGAATGAATTCACGAACCCTAAGAGATTATTGAAGCCAAATCTTTAAACTGTTATCCGT
AAACACGTACAAAAGGTTGTTAGGAGAAACAAATGAAGATTTGGAAGAGACAAAAAAGAG
TGGAACATCAATGCTCAAACCATTCTTCAAAGGAATATGAAAGAGGAACTTGGGTTTCTA
TATATAAAAAAATGTTTTTGGGCAGTTTGATTTTTGGGATATAAAAATTGTAATTAGTTA
TATGAACTCAATCTTTTAATTGACTTGGTGTATGGAAAAAAAGTGAATTATAAAGTGGGA
AACAAAATAAAAAGACGTGAGATTGTGGGTTCTCCACTCGC

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 3

CO CL2855Contig1 918 3 11 U
GTATTAGACAAAACTAGTATATTAACTATACGTAGAAAGACCAACGACTTTTCTGTCTTC
AAAAGTAATAAACAAAATCAAGTACAAAGTAGTGAATAGCATGGGAGCACGTTCGTTCGT
TAACAAATCAACAAACAAAAATGGAGAGCACATCATCTCCATCTCTTAAAGTCACCGCCT
TCACTTTTATTTACATTTTACGTTTCCTTCTCCACGTCTCTGCTTAAAAAAAAAAAAAAC
TCGAACCAAAGCAGAGACAAGGCTTTCACAATATGGCCAACTCCAACTCGAAAAGATTGT
TTGGTGTCGTAAGGAGGAAACTTCTCCGGCGATCTCCCAGCAGTATCACCACCATTCGCT
CATTTATCCCACAAACCACTAAAGAACACATTGCCGCCATTAAAATCCAAGCTTATTTCA
AAGGTCACCTGGTACAAAAAACCATACACGTTTTCTCTTGTCATTACAAAACCTTGTTTC
TTTTGATTCCTAGAAAGTTAAACCATTGTAAGTATTGTAGGGAAGGAGAGCATTTAGAGC
GTTGAGGAGTCTTGTGAAGCTTCAAGCGGTGGCTAGAGGAGTGCTTGTGAGGAGACAAGC
TCGAATAGCATTACATTGTATGCATGCTCTTGCTCGCTTGCAGGTTAGGGTTCGTGCTCG
TCAGATTCTCTCCCATTAAAATCCCATGATGATCCACTTCAATATATGCCATTGTTTCTT
CTACCTCTATTGTGATTGTGACATCTTGGATGACAAGAAAGGGTTAGGCTTCCATTGAGA
CACACCATTAGTGTCTGGTGAATGACTTGTTTAAAAAAAACTCTAGACATCCTAAGCAAG
ATCAGTTACCTAAAAGAGTTTTGACATCAACAAAGAATCTACCAGCCTCCATTTTCAACA
CATACATAAGCATAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP70JQ U 1
AF RR1BX78JQ U 6
AF RR1BX78TF C 233
BS 1 30 RR1FP70JQ
BS 31 31 RR1BX78JQ
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RD RR1FP70JQ 564 0 0
GTATTAGACAAAACTAGTATATTAACTATATGTAGAAAGACCAACGACTTTTCTGTCTTC
AAAAGTAATAAACAAAATCAAGTACAAAGTAGTGAATAGCATGGGAGCACGTTCGTTCGT
TAACAAATCAACAAACAAAAATGGAGAGCACATCATCTCCATCTCTTAAAGTCACCGCCT
TCACTTTTATTTACATTTTACGTTTCCTTCTCCACGTCTCTGCTTAAAAAAAAAAAAA*C
TCGAACCAAAGCAGAAACAAGGCTTTCACAATATGGCCAACTCCAACTCGAAAAGATTGT
TTGGTGTCGTAAGGAGGAAACTTCTCCGGCGATCTCCCAGCAGTATCACCACCATTCGCT
CATTTATCCCACAAACCACTAAAGAACACATTGCCGCCATTAAAATCCAAGCTTATTTCA
AAGGTCACCTGGTACAAAAAACCATACACGTTTTCTCTTGTCATTACAAAACCTTGTTTC
TTTTGATTCCTAAAAAGTTAAACCATTGTAAGTATTGTAGGGAAGGAGAGCATTTAGAGC
GTTGAGGAGTCTTGTGAAGCTTCA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1BX78JQ 757 0 0
AGACAAAACTAGTATATTAACTATACGTAGAAAGACCAACGACTTTTCTGTCTTCAAAAG
TAATAAACAAAATCAAGTACAAAGTAGTGAATAGCATGGGAGCACGTTCGTTCGTTAACA
AATCAACAAACAAAAATGGAGAGCACATCATCTCCATCTCTTAAAGTCACCGCCTTCACT
TTTATTTACATTTTACGTTTCCTTCTCCACGTCTCTGCTTAAAAAAAAAAAAAACTCGAA
CCAAAGCAGAGACAAGGCTTTCACAATATGGCCAACTCCAACTCGAAAAGATTGTTTGGT
GTCGTAAGGAGGAAACTTCTCCGGCGATCTCCCAGCAGTATCACCACCATTCGCTCATTT
ATCCCACAAACCACTAAAGAACACATTGCCGCCATTAAAATCCAAGCTTATTTCAAAGGT
CACCTGGTACAAAAAACCATACACGTTTTCTCTTGTCATTACAAAACCTTGTTTCTTTTG
ATTCCTAGAAAGTTAAACCATTGTAAGTATTGTAGGGAAGGAGAGCATTTAGAGCGTTGA
GGAGTCTTGTGAAGCTTCAAGCGGTGGCTAGAGGAGTGCTTGTGAGGAGACAAGCTCGAA
TAGCATTACATTGTATGCATGCTCTTGCTCGCTTGCAGGTTAGGGTTCGTGCTCGTCAGA
TTCTCTCCCATTAAAATCCCATGATGATCCACTTCAATATATGCCATTGTTTCTTCTACC
TCTATTGTGATTGTGACATCT
TGGATGACAAGAAAGG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1BX78TF 686 0 0
AAAAAAACTCGAACCAAAGCAGAGACAAGGCTTTCACAATATGGCCAACTCCAACTCGAA
AAGATTGTTTGGTGTCGTAAGGAGGAAACTTCTCCGGCGATCTCCCAGCAGTATCACCAC
CATTCGCTCATTTATCCCACAAACCACTAAAGAACACATTGCCGCCATTAAAATCCAAGC
TTATTTCAGAGGTCACCTGGTACAAAAAACCATACACGTTTTCTCTTGTCATTACAAAAC
CTTGTTTCTTTTGATTCCTAGAAAGTTAAACCATTGTAAGTATTGTAGGGAAGGAGAGCA
TTTAGAGCGTTGAGGAGTCTTGTGAAGCTTCAAGCGGTGGCTAGAGGAGTGCTTGTGAGG
AGACAAGCTCGAATAGCATTACATTGTATGCATGCTCTTGCTCGCTTGCAGGTTAGGGTT
CGTGCTCGTCAGATTCTCTCCCATTAAAATCCCATGATGATCCACTTCAATATATGCCAT
TGTTTCTTCTACCTCTATTGTGATTGTGACATCTTGGATGACAAGAAAGGGTTAGGCTTC
CATTGAGACACACCATTAGTGTCTGGTGAATGACTTGTTTAAAAAAAACTCTAGACATCC
TAAGCAAGATCAGTTACCTAAAAGAGTTTTGACATCAACAAAGAATCTACCAGCCTCCAT
TTTCAACACATACATAAGCATAAAAA

QA 1 686 1 686
DS 



AS 2 4

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GAAAATTGCATGGTTTTTGTGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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GGATGCCATCGATTCAGTCGTAGATCCTCTAAGAGACTTTGCCAAGGACAGCATTCGTCT
CGTTAAGCGTTGTCACAAACCAGATCGCAAAGAATTCACGAAAGTGGCGTCCGTACAGCT
ATCGGTTTTGTAGTGATGGGATTTGTCGGTTTCTTTGTGAAGCTCATCTTTATTCCCATC
AACAACATCATCGTCGGTGCTACTTAAAAGATAACCAGGGACGATGAAGAAGGGTAGTAG
TTACAGCTTTTGTTGTTTCAAGACACTTTTTTTTATGCTCGAGAGAGTAAAACTTTTGTT
ACAAATTGCAGAATTCGTCTATTTAATATATGTCACTCTTTTTATTTTCGCTTTGCGGTT
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QA 1 442 1 442
DS 



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BQ
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GTAGTAGTTACAGCTTTTGTTGTTTCAAGACACTTTTTTTTTATGCTCGAGAGAGTAAAA
CTTTTGTTACAAATTGCAGAATTC
TA

QA 1 384 1 384
DS 



AS 1 4

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E978TF U 1
AF RR1EH15TF U 3
AF RR1EH15JQ C 465
AF RR1E978JQ C 383
BS 1 80 RR1E978TF
BS 81 81 RR1EH15TF
BS 82 154 RR1E978TF
BS 155 155 RR1EH15TF
BS 156 623 RR1E978TF
BS 624 624 RR1EH15TF
BS 625 714 RR1E978TF
BS 715 715 RR1E978JQ
BS 716 764 RR1E978TF
BS 765 765 RR1EH15TF
BS 766 772 RR1E978TF
BS 773 773 RR1EH15TF
BS 774 779 RR1E978TF
BS 780 780 RR1EH15TF
BS 781 785 RR1E978TF
BS 786 786 RR1E978JQ
BS 787 809 RR1E978TF
BS 810 986 RR1E978JQ
BS 987 987 RR1EH15JQ
BS 988 1188 RR1E978JQ

RD RR1E978TF 817 0 0
AGGGGAGAGAGAGAGATAAGCCATCTATCCATCTGATTCCCTTCGATCTACTAAGAGATT
TCGCTGGGTGAAAAGAAGGAGGGAAGGAGATAGATCTTCTTTGTCTGCCTCATCATCATC
ATCATCATCATCGCCAGGAGAAAGTTAAAAAAAA*CGTGTCTAAAGGGAGGAGTGGAGTA
AGATTCATACTGAGAGGAAGGTAGCAAAATGGCAGATGGGATGTCGAGTTTTTGGGGTCC
TGTGACCTCTACTATAGAGTCTTGTGAGAAGAACTACGCCTACTCCTCTTACATCGCTGA
GTTCTACAACACCATCTCCGGTCTCCCTGGAATCCTTCTCGCTCTCATTGGTCTTGTCAA
TGCCATTAGGCAACGCTTTGAGAAGAGGTTTAGCATCCTTCACATCTCCAACATGATCCT
TGCTATCGGCAGCATGCTCTACCATGCCACCCTGCAGCACGTGCAACAACAGAGTGATGA
GACACCAATGGTGTGGGAGATACTTCTCTACATGTACATCCTCTACTCCCCGGACTGGCA
TTACAGAAGCACCATGCCCACTTTTCTCTTCCTCTACGGTGCTGCCTTCGCCGCAGTCCA
CGCTTACCTCAGGTTCGGCATCGTTTTCAAGATCCACTACGTGATCCTCTGCCTCCTCTG
CATCCCTCGGATGTACAAGTACTACATTCACACCGAGGACACAGCGGCCAAGAG*ATTGC
CAAGTGGTACGTTGCTACGATCCTAGTGGGAAGCGTGTGCTGGT*CTGTGAC*GTGTGT*
CTGCA*GACGATATCTCAGTGGCCTGTGA
TCCTCAGG

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1EH15TF 819 0 0
GGGAGAGAGAGAGATAAGCCATCTATCCATCTGATTCCCTTCGATCTACTAAGAGATTTC
GCTGGGTGAAAAGAAGGAAGGAAGGAGATAGATCTTCTTTGTCTGCCTCATCATCATCAT
CATCATCATCGCCAGGAGAAAGTTAAAAAAAAACGTGTCTAAAGGGAGGAGTGGAGTAAG
ATTCATACTGAGAGGAAGGTAGCAAAATGGCAGATGGGATGTCGAGTTTTTGGGGTCCTG
TGACCTCTACTATTGAGTCTTGTGAGAAGAACTACGCCTACTCCTCTTACATCGCTGAGT
TCTACAACACCATCTCCGGTCTCCCTGGAATCCTTCTCGCTCTCATTGGTCTTGTCAATG
CCATTAGGCAACGCTTTGAGAAGAGGTTTAGCATCCTTCACTTCTCCAACATGATCCTTG
CTATCGGCAGCATGCTCTACCATGCCACCCTGCAGCACGTGCAACAACAGAGTGATGAGA
CACCAATGGTGTGGGAGATACTTCTCTACATGTACATCCTCTACTCCCCGGACTGGCATT
ACAGAAGCACCATGCCCACTTTTCTCTTCCTCTACGGTGCTGCCTTCGCCGCAGTCCACG
CTTACCTCAGGTTCGGCATCGGTTTCAAGATCCACTACGTGATCCTCTGCCTCCTCTGCA
TCCCTCGGATGTACAAGTACTACATTCACACCGAGGACACAGCGGCCAAGAG*ATTGCCA
AGTGGTACGTTGCTACGATCCTAGTGGGAAGCGTGTGCTGGTTCTGTGACCGTGTGTTCT
GCA*GACTATATCTCAGTGGCCTGTGA
TCCTCAGGACAT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1EH15JQ 666 0 0
AACAACAGAGTGATGAGACACCAATGGTGTGGGAGATACTTCTCTACATGTACATCCTCT
ACTCCCCGGACTGGCATTACAGAAGCACCATGCCCACTTTTCTCTTCCTCTACGGTGCTG
CCTTCGCCGCAGTCCACGCTTACCTCAGGTTCGGCATCGGTTTCAAGATCCACTACGTGA
TCCTCTGCCTCCTCTGCATCCCTCGGATGTACAAGTACTACATTCACACCGAGGACACAG
CGGCCAAGAGGATTGCCAAGTGGTACGTTGCTACGATCCTAGTGGGAAGCGTGTGCTGGT
TCTGTGACCGTGTGTTCTGCAAGACTATATCTCAGTGGCCTGTGAATCCTCAGGGACATG
CTCTGTGGCATGTGTTTATGAGTTTCAACTCTTACTGCGCGAACACGTTCTTGATGTTCT
GTCGAGCTCAGCAACGTGGATGGAATCCGAAGGTGAAGTACTTTCTGGGAGTTCTTCCTT
ATGTCAAGATCGAGAAGCCGAAGGAACAGTGAGAAAGATCGAAAGGGAAAAAGAGCCCAG
AAGAAGACCTTTATTATATTTTTTTTTGGAAGTAAAACTCTCTAGATACATAAGTCTAGA
TTCTTTTTT*CTTGTATTATTTTTTATTGTGGATGATGATGATCTTAAGAAGAATTGATT
TTTAGC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1E978JQ 806 0 0
AAGAGGTTTAGCATC*TTCACATCTCCAACATGATCCTTGCTATCGGCAGCATGCTCTAC
CATGCCACCGTGCAGCACGTGCAACAACAGAGTGATGAGACACCAATGGTGTGGGAGATA
CTTCTCTACATGTACATCCTCTACTCCCCGGACTGGCATTACAGAAGCACCATGCCCACT
TTTCTCTTCCTCTACGGTGCTGCCTTCGCCGCAGTCCACGCTTACCTCAGGTTCGGCATC
GTTTTCAAGATCCACTACGTGATCCTCTGCCTCCTCTGCATCCCTCGGATGTACAAGTAC
TACATTCACACCGAGGACACAGCGGCCAAGAGGATTGCCAAGTGGTACGTTGCTACGATC
CTAGTGGGAAGCGTGTGCTGGTTCTGTGACCGTGTGTTCTGCAAGACGATATCTCAGTGG
CCTGTGAATCCTCAGGGACATGCTCTCTGGCATGTGTTTATGAGTTTCAACTCTTACTGC
GCGAACACGTTCTTGATGTTCTGTCGAGCTCAGCAACGTGGATGGAATCCGAAGGTGAAG
TACTTTCTGGGAGTTCTTCCTTATGTCAAGATCGAGAAGCCGAAGGAACAGTGAGAAAGA
TCGAGAGGGAAAAAGAGCCCAGAAGAAGACCTTTATTATATTTTTTTTTGGAAGTAAAAC
TCTCTAGATACATAAGTCTAGATTCTTTTTTTCTTGTATTATTTTTTATTGGGGATGATG
ATGATCTTAAGAAGAATTGATTTTTAGCTTTGCTGGGACGCCCTTGTGTTCAATATTTCT
TGTGTCATGATTACATTCTTCTTACT

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 3

CO CL2858Contig1 944 3 5 U
GGGATCCTTAACCAAAACACACACTCGAAAGGTAGAAAAGATCCGTGAGAGTTCCGGCGA
TGGCAGAAGACTTTTCGGTGGTAGTCTTAGCTTCCGATCTAGGCGTCGACGCTCGACCGT
TCTTAACGAGAAGCGATGAGATCGATGAGCAAGAGAACTGGCACGACTGTCCTCAATACC
TCGGCGACGACGAAGACTTCTCCGATCTCGATCTCCTCCACTTCTTCACTCTCCAAGGCT
CCGATAAGTCCGGTAACCGGATCTTCCGCGTCGTCGGAAAGTATTTTCCCGCTCGTGTGG
TGAGTGCAGAGAGGCTGAAGAAGTATATATTCCAGAAGATTAGCAACGAGTGTCCCGAGG
GACCTTTCTGCTTGGTTTACATGCATAGCACGGTTCAAAAGGACGAGAACTCGCCGGGGA
TTACCATCTTGAGATGGATCTACGAGGATCTTCCTTCCGAGATCAAAGACAGGCTCCAAG
TTGTTTACTTTATACACCCTGGTCTTCGTTCAAGACTTGTCATCGCCACTCTCGGTCGCC
TTCTTCTAACCGGAGGACTGTACTGGAAGATTAAGTATGTGAGCAGGTTGCAGTATCTTT
GGGAGGAGATAAAGAAAGGGGAGGTGGAAGTTCCTGACTTTGTGAACAACCATGATAATG
TGCTTGAGCATAGACCGTTAACTGACTATGGAATCGAACCGGATCCTTTTCATTTAACCG
AGGTTCAGTCTTCTTCGTTCTCACTCAACAGAGAACTCAACCAGTACGAGAATAGATGGG
TCTCATAGTGTATTTTCTCCTTTTGTAATGCCAGAACCTCTATGTTTTATGTTTCTTGTA
TAGAGTATAATCTGAGTGTCCTTAAAAAAACTCTTCAGTGTCGTCAATGTGGTTTTGATT
GAGTTTGGACAGAACCAGTAACTAATGATTGTCGTTGGTAAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX29TF U 1
AF RR1A460TF U 133
AF RR1A460JQ C 365
BS 1 154 RR1DX29TF
BS 155 155 RR1A460TF
BS 156 283 RR1DX29TF
BS 284 848 RR1A460TF
BS 849 944 RR1A460JQ

RD RR1DX29TF 291 0 0
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TGGCAGAAGACTTTTCGGTGGTAGTCTTAGCTTCCGATCTAGGCGTCGACGCTCGACCGT
TCTTAACGAGAAGCGATGAGATCGATGAGCAAGATAACTGGCACGACTGTCCTCAATACC
TCGGCGACGACGAAGACTTCTCCGATCTCGATCTCCTCCACTTCTTCACTCTCCAAGGCT
CCGATAAGTCCGGTAACCGGATCTTCCGCGTCGTCGGAAAGTA
CTTTTCCG

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR1A460TF 735 0 0
GCGATGAGATCGATGAGCAAGAGAACTGGCACGACTGTCCTCAATACCTCGGCGACGACG
AAGACTTCTCCGATCTCGATCTCCTCCACTTCTTCACTCTCCAAGGCTCCGATAAGTCCG
GTAACCGGATCTTCCGCGTCGTCGGAAAGTATTTTCCCGCTCGTGTGGTGAGTGCAGAGA
GGCTGAAGAAGTATATATTCCAGAAGATTAGCAACGAGTGTCCCGAGGGACCTTTCTGCT
TGGTTTACATGCATAGCACGGTTCAAAAGGACGAGAACTCGCCGGGGATTACCATCTTGA
GATGGATCTACGAGGATCTTCCTTCCGAGATCAAAGACAGGCTCCAAGTTGTTTACTTTA
TACACCCTGGTCTTCGTTCAAGACTTGTCATCGCCACTCTCGGTCGCCTTCTTCTAACCG
GAGGACTGTACTGGAAGATTAAGTATGTGAGCAGGTTGCAGTATCTTTGGGAGGAGATAA
AGAAAGGGGAGGTGGAAGTTCCTGACTTTGTGAACAACCATGATAATGTGCTTGAGCATA
GACCGTTAACTGACTATGGAATCGAACCGGATCCTTTTCATTTAACCGAGGTTCAGTCTT
CTTCGTTCTCACTCAACAGAGAACTCAACCAGTACGAGAATAGATGGGTCTCATAGTGTA
TTTTCTCCTTTTGTAATGCCAGAACCTCTATGTTTTATGTTTCTTGTATAGAGTAT
AATCTGAGTGTCCTTAAAA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1A460JQ 580 0 0
TTTCTGCTTGGTTTACATGCATAGCACGGTTCAAAAGGACGAGAACTCGCCGGGGATTAC
CATCTTGAGATGGATCTACGAGGATCTTCCTTCCGAGATCAAAGACAGGCTCCAAGTTGT
TTACTTTATACACCCTGGTCTTCGTTCAAGACTTGTCATCGCCACTCTCGGTCGCCTTCT
TCTAACCGGAGGACTGTACTGGAAGATTAAGTATGTGAGCAGGTTGCAGTATCTTTGGGA
GGAGATAAAGAAAGGGGAGGTGGAAGTTCCTGACTTTGTGAACAACCATGATAATGTGCT
TGAGCATAGACCGTTAACTGACTATGGAATCGAACCGGATCCTTTTCATTTAACCGAGGT
TCAGTCTTCTTCGTTCTCACTCAACAGAGAACTCAACCAGTACGAGAATAGATGGGTCTC
ATAGTGTATTTTCTCCTTTTGTAATGCCAGAACCTCTATGTTTTATGTTTCTTGTATAGA
GTATAATCTGAGTGTCCTTAAAAAAACTCTTCAGTGTCGTCAATGTGGTTTTGATTGAGT
TTGGACAGAACCAGTAACTAATGATTGTCGTTGGTAAGTC

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 3

CO CL2859Contig1 1010 3 7 U
GATATTAGATGCTTTCTACTCTGAGCCGAAGAGGTATGCTTATACTTTCCAGAACTATGT
GTTTGTCACGAGGCTGATGCAGGAGAAAGAGTCTGCTTCTGGGGTTAAGCCTCTTAGGTT
GATGGAAAGGAGTGTCTTCAGTGATAGAATGGTGTTTGTGAGAGCTGTTCATGAAGCGAA
ATGGATGAACGAGATGGAGATAAGCATATACGACTCTTGGTTTGATCCAGTGGTCTCTTC
TTTACCTGGACTTGTTCCTGATGGGTTTATATACCTGAGGGCGAGTCCAGACACTTGCCA
CAAGCGAATGATGCTAAGGAAACGAGCAGAAGAAGGTGGAGTCTCGCTCAAGTACCTCCA
GGATCTTCACGAGAAGCATGAGAGCTGGCTCCTCCCATTTGAGAGTGGGAAACATGGGGT
ACTGTCTGTTAGCAAACCGTCTTTACAGATGGATAACACTCTGCGCCCCGACATAAAAGA
CCGTGTCTTTTACTTGGAAGGAAACCATATGCATTCTAGCATCCAGAAGGTCCCTGCTTT
GGTTTTGGACTGTGAACCAAATATTGACTTCAGCAGAGATATTGAAGCAAAGAGACAGTA
TGCACGCCAGGTTGCTGAGTTCTTTGAGTTTGTGAAGAAGAAGCAAGAAACATCACAAGA
GCACGGCAGCAGTCAGTCTCCGTTGCTGATACCTCCTCAACATGGAGGTCTCTGGATGGG
ACCAGAAGGCAAGCATGTCCCGGGATTAGAACTCCAGTCTCTTGATTTCAGAAAGGCGAT
GTCCCTCATAACTAGACCGTCTGCGTAGACTGTCCATGGACTCTGTGTGTTTTTTTTGTT
TGCTCTTAGGAGCATCGTCCGGTTATGTATGTCAATAGGTGTGGTCAGATTTTACTTTGT
TCGTCTCCCTCTTAGATGTAGAAACAAGGTTTGTTTTGTTAGTTATATCTTGTAACTCTT
TGTGTAGAGAAGGTTGATGTTTGGATACTTCTATTAGATGTTGTTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO12TF U 1
AF RR1B057TF U 186
AF RR1EO12JQ C 396
BS 1 368 RR1EO12TF
BS 369 369 RR1B057TF
BS 370 677 RR1EO12TF
BS 678 849 RR1B057TF
BS 850 850 RR1EO12JQ
BS 851 874 RR1B057TF
BS 875 1010 RR1EO12JQ

RD RR1EO12TF 681 0 0
GATATTAGATGCTTTCTACTCTGAGCCGAAGAGGTATGCTTATACTTTCCAGAACTATGT
GTTTGTCACGAGGCTGATGCAGGAGAAAGAGTCTGCTTCTGGGGTTAAGCCTCTTAGGTT
GATGGAAAGGAGTGTCTTCAGTGATAGAATGGTGTTTGTGAGAGCTGTTCATGAAGCGAA
ATGGATGAACGAGATGGAGATAAGCATATACGACTCTTGGTTTGATCCAGTGGTCTCTTC
TTTACCTGGACTTGTTCCTGATGGGTTTATATACCTGAGGGCGAGTCCAGACACTTGCCA
CAAGCGAATGATGCTAAGGAAACGAGCAGAAGAAGGTGGAGTCTCGCTCAAGTACCTCCA
GGATCTTCGCGAGAAGCATGAGAGCTGGCTCCTCCCATTTGAGAGTGGGAAACATGGGGT
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GGTTTTGGACTGTGAACCAAATATTGACTTCAGCAGAGATATTGAAGCAAAGAGACAGTA
TGCACGCCAGGTTGCTGAGTTCTTTGAGTTTGTGAAGAAGAAGCAAGAAACATCACAAGA
GCACGGCAGCAGTCAGT
CTCC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1B057TF 689 0 0
G
GAACGAGATGGAGATAAGCATATACGACTCTTGGTTTGATCCAGTGGTCTCTTCTTTACC
TGGACTTGTTCCTGATGGGTTTATATACCTGAGGGCGAGTCCAGACACTTGCCACAAGCG
AATGATGCTAAGGAAACGAGCAGAAGAAGGTGGAGTCTCGCTCAAGTACCTCCAGGATCT
TCACGAGAAGCATGAGAGCTGGCTCCTCCCATTTGAGAGTGGGAAACATGGGGTACTGTC
TGTTAGCAAACCGTCTTTACAGATGGATAACACTCTGCACCCCGACATAAAAGACCGTGT
CTTTTACTTGGAAGGAAACCATATGCATTCTAGCATCCAGAAGGTCTCTGCTTTGGTTTT
GGACTGTGAACCAAATATTGACTTCAGCAGAGATATTGAAGCAAAGAGACAGTATGCACG
CCAGGTTGCTGAGTTCTTTGAGTTTGTGAAGAAGAAGCAAGAAACATCACAAGAGCACGG
CAGCAGTCAGTCTCCGTTGCTGATACCTCCTCAACATGGAGGTCTCTGGATGGGACCAGA
AGGCAAGCATGTCCCGGGATTAGAACTCCAGTCTCTTGATTTCAGAAAGGCGATGTCCCT
CATAACTAGACCGTCTGCGTAGACTGTCCATGGACTCTGTGTGTTTTTTTTGTTTGCTCT
TAG*AGCATCGTCCGGTTATGTATGTCA

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR1EO12JQ 615 0 0
CATTTGAGAGTGGGAAACATGGGGTACTGTCTGTTAGCAAACCGTCTTTACAGATGGATA
ACACTTTGCGCCCCGACATAAAAGACCGTGTCTTTTACTTGGAAGGAAACCATATGCATT
CTAGCATCCAGAAGGTCCCTGCTTTGGTTTTGGACTGTGAACCAAATATTGACTTCAGCA
GAGATATTGAAGCAAAGAGACAGTATGCACGCCAGGTTGGTGAGTTCTTTGAGTTTGTGA
AGAAGAAGCAAGAAACATCACAAGAGCACGGCAGCAGTCAGTCTCCGTTGCTGATACCTC
CTCAACATGGAGGTCTCTGGATGGGACCAGAAGGCAAGCATGTCCCGGGATTAGAACTCC
AGTCTCTTGATTTCAGAAAGGCGATGTCCCTCATAACTAGACCGTCTGCGTAGACTGTCC
ATGGACTCTGTGTGTTTTTTTTGTTTGCTCTTAGGAGCATCGTCCGGTTATGTATGTCAA
TAGGTGTGGTCAGATTTTACTTTGTTCGTCTCCCTCTTAGATGTAGAAACAAGGTTTGTT
TTGTTAGTTATATCTTGTAACTCTTTGTGTAGAGAAGGTTGATGTTTGGATACTTCTATT
AGATGTTGTTTGTTG

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 4

CO CL2860Contig1 1029 4 11 U
GGGGTGAAAAAAATCTCCGTTGACCTGAGGGAAACAAGAAAAAAAAAAAAAGAGAGGCGA
AGAAGAAGATGAAGATGAACGTTAGGGTTTTGTTTCTGGCTCTCCTTCTCCTCGCATCTC
CTCTGCTCCAAGTTGCTAGATGTCAAGTGGAAGATGATCATTCCAGCATTGTTGACGATG
TTGTGGGAGAACACAGTGATTCTGGTGCTGAGGAAGATGACCAGGACTTGGATCTCAACT
TGACCTCAGCTCCAGGAGTTGAGACTGTCTCTGTTTTCCCCCAAAACATTGGCAGATTGG
TTATAG***GAGAAGATACTGAACTCATTGTTGCTCTCAGGAATGATGGGAAATCTAGAG
TTGGTGTGATGGGAATTAGGGCCAGCGTCCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTC
AGAATCTTACCGTCCTGAGAATCAACAATGCATCCACCCCATATTCTGTTCAAGCTACAT
TCTCCTACGTCTTTGCTGTCAGCCAGTACTTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTT
ATGTTATCTACGACGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCCACAATGGAACCATTG
AGGTGGTTGAATCTGGAGGTCTTCTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTTATAACACTTGGGA
TTGCTCTCCTCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTAAGA
AAACCAAAAAGGTGTCAAAGGTGGAAGTAGGAACAAGGTCTGTCGACGCATCACTGGACG
AGTGGCTCGAGGGAACTCATTTGGCCAAGACATTGTCTGGGAAATCAAAGAGCAAGAAGA
ACTAAAAGAGAGCCTTTTTGGCTCCTTTACAGCTTATAGACTTCAGCTTTTGGCGTTTTT
AAAGAGTTTTAAGTTTCTCTTTGAGGAAGTTTTAGGGTTACGTTACCTCTTTTTTGTTCA
TGCATTGTACCATCTTAGACAATCTTTCTTTCTCTTCATACTATTCTCCTCAACTGACCA
GACCATTGC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 

AF RR1F585TF U 1
AF RR1E704TF U 2
AF RR1E704JQ C 249
AF RR1F585JQ C 317
BS 1 288 RR1F585TF
BS 289 289 RR1E704TF
BS 290 306 RR1F585TF
BS 307 309 RR1E704TF
BS 310 590 RR1F585TF
BS 591 618 RR1E704TF
BS 619 619 RR1E704JQ
BS 620 696 RR1E704TF
BS 697 754 RR1E704JQ
BS 755 755 RR1F585JQ
BS 756 1029 RR1E704JQ

RD RR1F585TF 590 0 0
GGGGTGAAAAAAATCTCCGTTGACCTGAGGGAAACAAGAAAAAAAAAAAAAGAGAGGCGA
AGAAGAAGATGAAGATGAACGTTAGGGTTTTGTTTCTGGCTCTCCTTCTCCTCGCATCTC
CTCTGCTCCAAGTTGCTAGATGTCAAGTGGAAGATGATCATTCCAGCATTGTTGACGATG
TTGTGGGAGAACACAGTGATTCTGGTGCTGAGGAAGATGACCAGGACTTGGATCTCAACT
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TTATAGCTGGAGAAGATACTGAACTCATTGTTGCTCTCAGGAATGATGGGAAATCTAGAG
TTGGTGTGATGGGAATTAGGGCCAGCGTCCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTC
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TCTCCTACGTCTTTGCTGTCAGCCAGTACTTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTT
ATGTTATCTACGACGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCCACAAT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1E704TF 695 0 0
GGGTGAAAAAAATCTCCGTTGACCTGAGGGAAACAAGAAAAAAAAAAA**GAGAGGCGAA
GAAGAAGATGAAGATGAACGTTAGGGTTTTGTTTCTGGCTCTCCTTCTCCTCGCATCTCC
TCTGCTCCAAGTTGCTAGATGTCAAGTGGAGGATGATCATTCCAGCCTTGTTGACGATGT
TGTTGGAGAACACAGTGATTCTGGTGCTGAGGAAGATGACCAGGACTTGGATCTCAACTT
GACCTCAGCTCCAGGAGTTGAGACTGTCTCTGTTTTCCCCCAAAACATTGGCAGATTGGT
TATAG***GAGAAGATACTGAGCTCATTGTTGCTCTCAGGAATGATGGGAAATCTAGAGT
TGGTGTGATGGGAATTAGGGCCAGCGTCCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTCA
GAATCTTACCGTCCTGAGAATCAACAATGCATCCATCCCATATTCTGTTCAAGCTACATT
CTCCTACGTCTTTGCTGTCAGCCAGTACTTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTA
TGTTATCTACGACGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCCACAATGGAACCATTGA
GGTGGTTGAATCTGGAG*TCTTCTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTTATAACACTTGGGAT
TGCTCTCCTCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1E704JQ 781 0 0
GCTCCAGGAGTTGAGACTGTCTCTGTTTTCCCCCAAAACATTGGCAGATTGGTTATAG**
*GAGAAGATACTGAGCTCATTGTTGCTCTCAGGAATGATGGGAAATCTAGAGTTGGTGTG
ATGGGAATTAGGGCCAGCGTCCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTCAGAATCTT
ACCGTCCTGAGAATCAACAATGCATCCATCCCATATTCTGTTCAAGCTACATTCTCCTAC
GTCTTTGCTGTCAGCCAGTACTTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATGTTATC
TACGACGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCCACAATGGAACCATTGAGGTGGTT
GAATCTGGAGGTCTTCTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTTATAACACTTGGGATTGCTCTC
CTCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTAAGAAAACCAAA
AAGGTGTCAAAGGTGGAAGTAGGAACGAGGTCTGTCGACGCATCACTGGACGAGTGGCTC
GAGGGAACTCATTTGGCCAAGACATTGTCTGGGAAATCAAAGAGCAAGAAGAACTAAAAG
AGAGCCTTTTTGGCTCCTTTACAGCTTATAGACTTCAGCTTTTGGCGTTTTTAAAGAGTT
TTAAGTTTCTCTTTGAGGAAGTTTTAGGGTTACGTTACCTCTTTTTTGTTCATGCATTGT
ACCATCTTAGACAATCTTTCTTTCTCTTCATACTATTCTCCTCAACTGACCAGACCATTG
C

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1F585JQ 713 0 0
TACTGAACTCATTGTTGCTCTCAGGAATGATGGGAAATCTAGAGTTGGTGTGATGGGAAT
TAGGGCCAGCGTCCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTCAGAATCTTACCGTCCT
GAGAATCAACAATGCATCCACCCCATATTCTGTTCAAGCTACATTCTCCTACGTCTTTGC
TGTCAGCCAGTACTTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATGTTATCTACGACGT
GGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCCACAATGGAACCATTGAGGTGGTTGAATCTGG
AGGTCTTTTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTTATAACACTTGGGATTGCTCTCCTCCTCCT
CCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTAAGAAAACCAAAAAGGTGTC
AAAGGTGGAAGTAGGAACAAGGTCTGTCGACGCATCACTGGACGAGTGGCTCGAGGGAAC
TCATTTGGCCAAGACATTGTCTGGGAAATCAAAGAGCAAGAAGAACTAAAAGAGAGCCTT
TTTGGCTCCTTTACAGCTTATAGACTTCAGCTTTTGGCGTTTTTAAAGAGTTTTAAGTTT
CTCTTTGAGGAAGTTTTAGGGTTACGTTACCTCTTTTTTGTTCATGCATTGTACCATCTT
AGACAATCTTTCTTTCTCTTCATACTATTCTCCTCAACTGACCAGACCATTGC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 4

CO CL2861Contig1 896 4 4 U
CCTAGAGAAGTCCACAGAGCTTGTCCCATTCATAGAAAAATAACCAAAATCCAAGTAGAT
ATCACATGTAATGATCCGATATTGAACAAATTATTAGTAAATTGATTCAAACCCACTAGA
ACAGCACAATAAAGCATCAAAACCCCAAATTGCGTTCACTCGGACTCAACCAAAGACATA
GAAAGGGATACTCTAGAGCAAATAAAGAGCTGCGATAAGAGAAAGAGTTTACAGACAAGA
ACCACCCCTAAGAGCAAGGACCAGATGAAGAACAGAGCCTCCCTCAATGTTGTAGTCCTT
TGCCGTTTTGTCATCAGCTAGCTGTTTCCCAGCGTAAATGAGCCTTTGTTGAACAGGAGG
GATGCCTTCTTTCTCCTCAACACGCTCCTTGATGCGATCAATAGTATCGGTTGGTTCGAT
ATCAATCTCGATTTCTTTGCCAGTGAGTGTCTTGACCTTGATCATGGTCCCACCCCTAAG
CCTCAGAACCAAGTGAAGAGTGGACTCTTTCTGAATGTTGTAGTCAGAAAGCGTTCGACC
ATCCTCAAGCTGTTTCCCAGCAAAGATTAGTCTCTGTTGATCTGGTGGTATCCCCTCTTT
GTCCTGAATTTTGGACTTGACATTGTCGATGGTGTCGCTGCTTTCAACCTCTAGGGTTAT
GGTTTTTCCGGTCAAGGTTTCCACGAAGATCTGCATCTTTTCTTTTCTTTTTCTGTTTCT
TTTCTTTTCTTTTCAATCAAAGACTTTTTTTTTTATATATTTCAGTCTGCTTTAACCTTT
AGCGTTGTGTCAATATATACATATACATATATGCGCAAATAAGAAAATGGAATAGTTTGA
AAAGGATTTCGAATAAATCTTCTTTTTTTGAACAAGATTTAGCTACTTTTAAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM28JQ U 1
AF RR1E135JQ U 63
AF RR1EM28TF C 515
AF RR1E135TF C 253
BS 1 447 RR1EM28JQ
BS 448 448 RR1E135JQ
BS 449 672 RR1EM28JQ
BS 673 896 RR1E135TF

RD RR1EM28JQ 672 0 0
CCTAGAGAAGTCCACAGAGCTTGTCCCATTCATAGAAAAATAACCAAAATCCAAGTAGAT
ATCACATGTAATGATCCGATATTGAACAAATTATTAGTAAATTGATTCAAACCCACTAGA
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GAAAGGGATACTCTAGAGCAAATAAAGAGCTGCGATAAGAGAAAGAGTTTACAGACAAGA
ACCACCCCTAAGAGCAAGGACCAGATGAAGAACAGAGCCTCCCTCAATGTTGTAGTCCTT
TGCCGTTTTGTCATCAGCTAGCTGTTTCCCAGCGTAAATGAGCCTTTGTTGAACAGGAGG
GATGCCTTCTTTCTCCTCAACACGCTCCTTGATGCGATCAATAGTATCGGTTGGTTCGAT
ATCAATCTCGATTTCTTTGCCAGTGAGAGTCTTGACCTTGATCATGGTCCCACCCCTAAG
CCTCAGAACCAAGTGAAGAGTGGACTCTTTCTGAATGTTGTAGTCAGAAAGCGTTCGACC
ATCCTCAAGCTGTTTCCCAGCAAAGATTAGTCTCTGTTGATCTGGTGGTATCCCCTCTTT
GTCCTGAATTTTGGACTTGACATTGTCGATGGTGTCGCTGCTTTCAACCTCTAGGGTTAT
GGTTTTTCCGGT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1E135JQ 616 0 0
CG
CATGTAATGATCCGATATTGAACAAATTATTAGTAAATTGATTCAAACCCACTAGAACAG
CACAATAAAGCATCAAAACCCCAAATTGCGTTCACTCGGACTCAACCAAAGACATAGAAA
GGGATACTCTAGAGCAAATAAAGAGCTGCGATAAGAGAAAGAGTTTACAGACAAGAACCA
CCCCTAAGAGCAAGGACCAGATGAAGAACAGAGCCTCCCTCAATGTTGTAGTCCTTTGCC
GTTTTGTCATCAGCTAGCTGTTTCCCAGCGTAAATGAGCCTTTGTTGAACAGGAGGGATG
CCTTCTTTCTCCTCAACACGCTCCTTGATGCGATCAATAGTATCGGTTGGTTCGATATCA
ATCTCGATTTCTTTGCCAGTGAGTGTCTTGACCTTGATCATGGTCCCACCCCTAAGCCTC
AAAACCAAGTGAAGAGTGGACTCTTTCTGAATGTTGTAGTCAGAAAGCGTTCGACCATCC
TCAAGCTGTTTCCCAGCAAAGATTAGTCTCTGTTGATCTGGTGGTATCCCCTCTTTGTCC
TGAATTTTGGACTTGACATTGTCGATGGTGTCGCTGCTTTCAACCTCTAGGGTTATGGTT
TTTCCGGT
CAAGGT

QA 3 610 3 610
DS 

RD RR1EM28TF 236 0 0
ATGTTGTAGTCAGAAAGCGTTCGACCATCCTCAAGCTGTTTCCCAGCAAAGATTAGTCTC
TGTTGATCTGGTGGTATCCCCTCTTTGTCCTGAATTTTGGACTTGACATTGTCGATGGTG
TCGCTGCTTTCAACCTCTAGGGTTATGGTTTTTCCGGTCAAGGTTTTCACGAAGATCTGC
ATCTTTTCTT**CTTTTTCTGTTTCTTTTCTTTTCTTTTCAATCAAAGACTTTTT
C

QA 1 235 1 235
DS 

RD RR1E135TF 644 0 0
AGCAAGGACCAGATGAAGAACAGAGCCTCCCTCAATGTTGTAGTCCTTTGCCGTTTTGTC
ATCAGCTAGCTGTTTCCCAGCGTAGATGAGCCTTTGTTGAACAGGAGGGATGCCTTCTTT
CTCCTCAACACGCTCCTTGATGCGATCAATAGTATCGGTTGGTTCGATATCAATCTCGAT
TTCTTTGCCAGTGAGTGTCTTGACCTTGATCATGGTCCCACCCCTAAGCCTCAGAACCAA
GTGAAGAGTGGACTCTTTCTGAATGTTGTAGTCAGAAAGCGTTCGACCATCCTCAAGCTG
TTTCCCAGCAAAGATTAGTCTCTGTTGATCTGGTGGTATCCCCTCTTTGTCCTGAATTTT
GGACTTGACATTGTCGATGGTGTCGCTGCTTTCAACCTCTAGGGTTATGGTTTTTCCGGT
CAAGGTTTCCACGAAGATCTGCATCTTTTCTTTTCTTTTTCTGTTTCTTTTCTTTTCTTT
TCAATCAAAGACTTTTTTTTTTATATATTTCAGTCTGCTTTAACCTTTAGCGTTGTGTCA
ATATATACATATACATATATGCGCAAATAAGAAAATGGAATAGTTTGAAAAGGATTTCGA
ATAAATCTTCTTTTTTTGAACAAGATTTAGCTACTTTTAAAGCG

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 4

CO CL2862Contig1 896 4 35 U
GGGTTTAAAATTGTTCAAAAGCTCCCTTTACGGGTAAAGGCTTACTAGTTGAAGCAGAGG
ATCTTAAAGAGGATTGAAGATGGCGAGTGGAGGAGGAGGATACGGAGACCCGTCGCAGAA
GATAGACTACGTGTTCAAGGTTGTTCTGATCGGCGATTCGGCGGTTGGGAAGTCGCAGAT
ACTTGCTCGTCACGCGAGGGACGAGTTCAGTTTGGATTCCAAGGCAACCATCGGGGTGGA
GTTCCAGACTCGGACGCTTGCGATCGATCACAAGAGTGTTAAGGCTCAGATCTGGGATAC
CGCCGGCCAAGAACGATACAGAGCGGTAACAAGTGCATACTACCGAGGAGCGGTTGGGGC
GATGTTGGTTTACGACATAACCAGACGCCAAACATTTGATCACATCCCAAGATGGCTAGA
AGAACTGCGTGCTCATGCGGACAAGAACATTGTGATCATCCTTATAGGGAACAAGTCAGA
TCTTGAAGACCAAAGGGCTATCCCAACCGAAGACGCTAAAGAGTCTGCAGAGAAAGAAGG
TTTATTCTTCTTGGAAACGTCTGCGTTTAACGCAACCAATGTTGAGAGCGCTTTCTCAAC
GGTTCTGAACGAGATTTTCAACATTGTGAACAAGAAGAGTCTTGCTGTGAGTGAAGAAGA
GCAACATGGATCGCTTGCTGGTAAGAAGATCGATATTGTTCCTGGTCCTGGTCAGGTGAT
ACCAGCAAAGAGTAACATGTGTTGTAGCTCGTAGATTTTTACAAATTCAAGTTCTTAAAC
ACATAGTTTTATGATTTATTCTGGTTAATATGTTTCAACTATACAGTCATTATAATTTTG
TTGACTGCTTCATTAGCAGGTTTTGTGAGGGTTCTTTTTGGGGATGGAATCCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 0 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 0 0 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1FN06TF U 1
AF RR1FV66TF U 49
AF RR1FN06JQ C 115
AF RR1FV66JQ C 173
BS 1 190 RR1FN06TF
BS 191 191 RR1FV66TF
BS 192 260 RR1FN06TF
BS 261 261 RR1FV66TF
BS 262 524 RR1FN06TF
BS 525 525 RR1FV66TF
BS 526 635 RR1FN06TF
BS 636 636 RR1FV66TF
BS 637 715 RR1FN06TF
BS 716 716 RR1FN06JQ
BS 717 759 RR1FN06TF
BS 760 760 RR1FN06JQ
BS 761 764 RR1FN06TF
BS 765 765 RR1FN06JQ
BS 766 778 RR1FN06TF
BS 779 779 RR1FV66TF
BS 780 796 RR1FN06TF
BS 797 798 RR1FV66TF
BS 799 799 RR1FN06TF
BS 800 800 RR1FN06JQ
BS 801 805 RR1FN06TF
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BS 808 817 RR1FN06TF
BS 818 818 RR1FN06JQ
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BS 832 832 RR1FV66TF
BS 833 834 RR1FN06TF
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BS 843 851 RR1FN06TF
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BS 855 872 RR1FV66TF
BS 873 896 RR1FN06JQ

RD RR1FN06TF 851 0 0
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GTTCCAGACTCGGACGCTTGTGATCGATCACAAGAGTGTTAAGGCTCAGATCTGGGATAC
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GATGTTGGTTTACGACATAACCAGACGCCAAACATTTGATCACATCCCAAGATGGCTAGA
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TCTTGAAGACCAAAGGGCTATCCCAACCGAAGACGCTAAAGAGTTTGCAGAGAAAGAAGG
TTTATTCTTCTTGGAAACGTCTGCGTTTAACGCAACCAATGTTGAGAGCGCTTTCTCAAC
GGTTCTGAACGAGATTTTCAACATTGTGAACAAGAGGAGTCTTGCTGTGAGTGAAGAAGA
GCAACATGGATCGCTTGCTGGTAAGAAGATCGATATTGTTCCTGGTCCTGGTCAG*TGAT
ACCAGCAAAGAGTAACATGTGTTGTAGCTCGTAGATTTT*ACAA*TTCAAGTTCTTAA*C
ACATAGTTTTATGATTATT*CTGGT**ATATGTTTCA*CTATACAGTCATTTTA**TTTG
T*GACTGCTTC

QA 1 851 1 851
DS 

RD RR1FV66TF 824 0 0
GG
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CGTCGCAGAAGATAGACTACGTGTTCAAGGTTGTTCTGATCGGCGATTCGGCGGTTGGGA
AGTCGCAGATACTTGCTCGTCACGCGAGGGACGAGTTCAGTTTGGATTCCAAGGCAACCA
TCGGGGTGGAGTTCCAGACTCGGACGCTTGCGATCGATCACAAGAGTGTTAAGGCTCAGA
TCTGGGATACCGCCGGCCAAGAACGATACAGAGCGGTAACAAGTGCATACTACCGATGAG
CGGTTGGGGCGATGTTGGTTTACGACATAACCAGACGCCAAACATTTGATCACATCCCAA
GATGGCTAGAAGAACTGCGTGCTCATGCGGACAAGAACATTGTGATCATCCTTATAGGGA
ACAAGTCAGATCTTGAAGACCAAAGGGCTATCCCAACCGAAGACGCTAAAGAGTCTGCAG
AGAAAGAAGGTTTATTCTTCTTGGAAACGTCTGCGTTTAACGCAACCAATGTTGAGAGCG
CTTTCTCAACGGTTCTGAACGAGATTTTCAACATTGTGAACAAGAAGAGTCTTGCTGTGA
GTGAAGAAGAGCAACATGGATCGCTTGCTGGTAAGAAGATCGATATTGTTCCTGGTCCTG
GTCAG*TGATACCAGCAAAGAGTAACATGTGTTGTAGCTCGTAGATTTT*ACAA*TTCA*
GTTCTTAAACACATAGTTTTATGATTTAT*CTGGT**ATATGTTTCA*CTATACAGTCAT
TATA**TTTGTTGACTGCTTCAT*AGCAGGTTTTGTGAGGGT

QA 3 824 3 824
DS 

RD RR1FN06JQ 782 0 0
GCAGAAGATAGACTACGTGTTCAAGGTTGTTCTGATCGGCGATTCGGCGGTTGGGAAGTC
GCAGATACTTGCTCGTTACGCGAGGGACGAGTTCAGTTTGGATTCCAAGGCAACCATCGG
GGTGGAGTTCCAGACTCGGACGCTTGTGATCGATCACAAGAGTGTTAAGGCTCAGATCTG
GGATACCGCCGGCCAAGAACGATACAGAGCGGTAACAAGTGCATACTACCGAGGAGCGGT
TGGGGCGATGTTGGTTTACGACATAACCAGACGCCAAACATTTGATCACATCCCAAGATG
GCTAGAAGAACTGCGTGCTCATGCGGACAAGAACATTGTGATCATCCTTATAGGGAACAA
GTCAGATCTTGAAGACCAAAGGGCTATCCCAACCGAAGACGCTAAAGAGTTTGCAGAGAA
AGAAGGTTTATTCTTCTTGGAAACGTCTGCGTTTAACGCAACCAATGTTGAGAGCGCTTT
CTCAACGGTTCTGAACGAGATTTTCAACATTGTGAACAAGAGGAGTCTTGCTGTGAGTGA
AGAAGAGCAACATGGATCGCTTGCTGGTAAGAAGATCGATATTGTTCCTGGTCCTGGTCA
GGTGATACCAGCAAAGAGTAACATGTGTTGTAGCTCGTAGATTTTTACAAATTCAAGTTC
TTAAACACATAGTTTTATGATTTATTCTGGTTATTATGTTTCAACTATACAGTCATTATT
ATTTTGTTGACTGCTTCATTAGCAGGTTTTGTGAGGGTTCTTTTTGGGGATGGAATCCAA
CC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1FV66JQ 724 0 0
TCGCAGATACTTGCTCGTCACGCGAGGGACGAGTTCAGTTTGGATTCCAAGGCAACCATC
GGGGTGGAGTTCCAGACTCGGACGCTTGCGATCGATCACAAGAGTGTTAAGGCTCAGATC
TGGGATACCGCCGGCCAAGAACGATACAGAGCGGTAACAAGTGCATACTACCGATGAGCG
GTTGGGGCGATGTTGGTTTACGACATAACCAGACGCCAAACATTTGATCACATCCCAAGA
TGGCTAGAAGAACTGCGTGCTCATGCGGACAAGAACATTGTGATCATCCTTATAGGGAAC
AAGTCAGATCTTGAAGACCAAAGGGCTATCCCAACCGAAGACGCTAAAGAGTCTGCAGAG
AAAGAAGGTTTATTCTTCTTGGAAACGTCTGCGTTTAACGCAACCAATGTTGAGAGCGCT
TTCTCAACGGTTCTGAACGAGATTTTCAACATTGTGAACAAGAAGAGTCTTGCTGTGAGT
GAAGAAGAGCAACATGGATCGCTTGCTGGTAAGAAGATCGATATTGTTCCTGGTCCTGGT
CAGGTGATACCAGCAAAGAGTAACATGTGTTGTAGCTCGTAGATTTTTACAAATTCAAGT
TCTTAAACACATAGTTTTATGATTTATTCTGGTTATTATGTTTCAACTATACAGTCATTA
TTATTTTGTTGACTGCTTCATTAGCAGGTTTTGTGAGGGTTCTTTTTGGGGATGGAATCC
AAC
T

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL2863Contig1 850 2 8 U
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TTCTTGATAATAACTATGGCCGAAGACACCAAGAACGTAGTTCATGAGCAAGATGTGCCA
AAGGTAACGACCGAGGAATCATCAGCCGAGGTTACCGATCGTGGACTGTTTGATTTCTTG
GGGAAGAAGAAGGAGGAAACAAAACAAGAGGAGACCATTGACACTGAGTTTGAACATAAG
GTTCATATCTCAGAACCGGTGGTGGTGCCTGAGGTTAAACACGAGGAGGAAGAGAAAAAG
CATATTTTCCTCGAGAAGCTTCACCGAAGCGACAGCTCTTCTAGCTCCTCAAGCGAGGAA
GAAGGTGAGGATGGTGTGAGGAGGAAGAAGAAGAAGGACAAGAAGAAGACTACTACTACA
ACAACTGTTGAAGGAGAGGTGAAAACTGACGAGGAGAAGAAAGGGTTTATGGACAAGCTG
AAGGAGAAGCTTCCAGGTCATGGAAAGAAGCCTGAAGATGTCTCACCCGCCGCCCCTGCC
GCACCGGTTGTTGCTCCTCCGGTGGAGGAAGCGCATCCGGCTGAGAAGAAGGGGATCTTG
GAGAAGATCAAGGAGAAGCTCCCAGGGTACCATCCCAAGACCGTAGATGAGGTGAAGAAA
GAAAAGGAATCTGATTAATGATGATGGTGTGTTTTTGTGATGAGTGGTGATCATCCTTTT
GCTTTTGTGTTGTTTTAAGTTTGTTGGCTTTTATGTTGTTCCTTTTTTTCAGTTTCCCTA
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TTTTTTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C559TF U 1
AF RR1C559JQ C 53
BS 1 768 RR1C559TF
BS 769 769 RR1C559JQ
BS 770 795 RR1C559TF
BS 796 796 RR1C559JQ
BS 797 802 RR1C559TF
BS 803 803 RR1C559JQ
BS 804 824 RR1C559TF
BS 825 850 RR1C559JQ

RD RR1C559TF 831 0 0
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ACAACTGTTGAAGGAGAGGTGAAAACTGACGAGGAGAAGAAAGGGTTTATGGACAAGCTG
AAGGAGAAGCTTCCAGGTCATGGAAAGAAGCCTGAAGATGTCTCACCCGCCGCCCCTGCC
GCACCGGTTGTTGCTCCTCCGGTGGAGGAAGCGCATCCGGCTGAGAAGAAGGGGATCTTG
GAGAAGATCAAGGAGAAGCTCCCAGGGTACCATCCCAAGACCGTAGATGAGGTGAAGAAA
GAAAAGGAATCTGATTAATGATGATGGTGTGTTTTTGTGATGAGTGGTGATCATCCTTTT
GCTTTTGTGTTGTTTTAAGTTTGTTGGCTTTTATGTTGTTCCTTTTTT*CAGTTTCCCTA
TTATTCTGTCTTTGT*ATGTTT*GTATATGATATCAAGATGTTT
AATGTTA

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1C559JQ 798 0 0
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ATGTGCCAAAGGTAACGACCGAGGAATCATCAGCCGAGGTTACCGATCGTGGACTGTTTG
ATTTCTTGGGGAAGAAGAAGGAGGAAACAAAACAAGAGGAGACCATTGACACTGAGTTTG
AACATAAGGTTCATATCTCAGAACCGGTGGTGGTGCCTGAGGTTAAACACGAGGAGGAAG
AGAAAAAGCATATTTTCCTCGAGAAGCTTCACCGAAGCGACAGCTTTTCTAGCTCCTCAA
GCGAGGAAGAAGGTGAGGATGGTGTGAGGAGGAAGAAGAAGAAGGACAAGAAGAAGACTA
CTACTACAACAACTGTTGAAGGAGAGGTGAAAACTGACGAGGAGAAGAAAGGGTTTATGG
ACAAGCTGAAGGAGAAGCTTCCAGGTCATGGAAAGAAGCCTGAAGATGTCTCACCCGCCG
CCCCTGCCGCACCGGTTGTTGCTCCTCCGGTGGAGGAAGCGCATCCGGCTGAGAAGAAGG
GGATCTTGGAGAAGATCAAGGAGAAGCTCCCAGGGTACCATCCCAAGACCGTAGATGAGG
TGAAGAAGGAAAAGGAATCTGATTAATGATGATGGTGTGTTTTTGTGATGAGTGGTGATC
ATCCTTTTGCTTTTGTGTTGTTTTAAGTTTGTTGGCTTTTATGTTGTTCCTTTTTTTCAG
TTTCCCTATTATTCTGTCTTTGTTATGTTTTGTATATGATATCAAGATGTTTTAATGTTA
TAAATGTTTTTTTTTTTG

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 3

CO CL2864Contig1 1066 3 18 U
GGATTCTGCTTCGCATTAAAAGTTAACCTTTCTTCTCACTTTACCGAGAAAATCTGAGAA
AAAAAAGCGAAAAGTCGAAGAATTTGAGCATGAAGGCCGTGAAAAGTCCGATCCACACGG
TGTGGTCATGGGTGAGAAGGCAACCACCGAAGGTGAAGGCTTTTCTCGCGGTTGTCACCG
GCATGGCGGCTTTGGTCCTGCTCAGATTCATTGTTCACGATCACGACAATCTCTTCGTCG
CCGCCGAAGCTGTTCACTCCATCGGGATCTGCGTTCTCATCTACAAACTCATGAAAGAAA
AAACCTGCGCTGGATTGTCACTGAAATCTCAGGAGCTCACGGCGATATTTCTAGCTGTTA
GGCTGTATTGCAGCTTTGTGATGGAATATGATATACACACCGTTCTGGATCTGGCTACTC
TGGGAACAACTCTCTGGGTTATATTTATGATCCAGTTTAAGTTGAAGGCTAGTTACATGG
AGGACAAAGACGACTTCGCTCTCTATTATGTGCTTGTGCCGTGTGTTGTGCTGGCTGCGT
TGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATATTAAACAGGATTTCTTGGGCATTATGTGTAT
ACCTTGAAGCTGTTTCAGTACTGCCGCAGCTGCGAGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTG
AACCGTTCACGGCGCATTATGTATTTGCACTTGGAGTAGCAAGGTTCCTAAGCTGTGCCC
ACTGGGTTTTACAGGTTGTCGACACCAGGGGAAGATTGCTTGTAGCATTAGGTTATGGAT
TGTGGCCATCAATGGTTCTCATCTCAGAAATTGTTCAAACTTTCATCCTGGCAGACTTCT
GTTACTACTACGTCAAAAGCGTTTTTGGAGGGCAGCTTGTTCTAAGGCTTCCGTCTGGAG
TAGTATAAGTTACTATCAGTGATGTAATACGGAAAGAGACGGATCATTTTTTTTCTTTAC
ATTTAATCTCAACGTTTGTGTCTGAGATGACTTGGTAACGAATTAGTTTCGCTGTGTTGT
ATATTTTGTTGACTATTGACTGGTGTTTCCATGTCTTTCCGGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV13TF U 1
AF RR1FM87TF U 53
AF RR1FM87JQ C 308
BS 1 358 RR1BV13TF
BS 359 359 RR1FM87TF
BS 360 453 RR1BV13TF
BS 454 455 RR1FM87TF
BS 456 491 RR1BV13TF
BS 492 492 RR1FM87TF
BS 493 496 RR1BV13TF
BS 497 497 RR1FM87TF
BS 498 537 RR1BV13TF
BS 538 538 RR1FM87TF
BS 539 583 RR1BV13TF
BS 584 584 RR1FM87TF
BS 585 592 RR1BV13TF
BS 593 593 RR1FM87TF
BS 594 625 RR1BV13TF
BS 626 626 RR1FM87TF
BS 627 699 RR1BV13TF
BS 700 1066 RR1FM87JQ

RD RR1BV13TF 699 0 0
GGATTCTGCTTCGCATTAAAAGTTAACCTTTCTTCTCACTTTACCGAGAAAATCTGAGAA
AAAAAAGCGAAAAGTCGAAGAATTTGAGCATGAAGGCCGTGAAAAGTCCGATCCACACGG
TGTGGTCATGGGTGAGAAGGCAACCACCGAAGGTGAAGGCTTTTCTCGCGGTTGTCACCG
GCATGGCGGCTTTGGTCCTGCTCAGATTCATTGTTCACGATCACGACAATCTCTTCGTCG
CCGCCGAAGCTGTTCACTCCATCGGGATCTGCGTTCTCATCTACAAACTCATGAAAGAAA
AAACCTGCGCTGGATTGTCACTGAAATCTCAGGAGCTCACGGCGATATTTCTAGCTGTGA
GGCTGTATTGCAGCTTTGTGATGGAATATGATATACACACCGTTCTGGATCTGGCTACTC
TGGGAACAACTCTCTGGGTTATATTTATGATCCGTTTTAAGTTGAAGGCTAGTTACATGG
AGGACAAAGACAACTTTGCTCTCTATTATGTGCTTGTGCCGTGTGTTGTGCTGGCTGTGT
TGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATATTAAACAGGATTTCGTGGGCATTGTGTGTAT
ACCTTGAAGCTGTTTCAGTACTGCCTCAGCTGCGAGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTG
AACCGTTCACGGCGCATTATGTATTTGCACTTGGAGTAG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1FM87TF 647 0 0
GGGAGA
AAAAAAAAGCGAAAAGTCGAAGAATTTGAGCATGAAG*CCGTGAAAAGTCCGATCCACAC
GGTGTGGTCATGGGTGAGAAGGCAACCACCGAAGGTGAAGGCTTTTCTCGCGGTTGTCAC
CGGCATGGCGGCTTTGGTCCTGCTCAGATTCATTGTTCACGATCACGACAATCTCTTCGT
CGCCGCCGAAGCTGTTCACTCCATCGGGATCTGCGTTCTCATCTACAAACTCATGAAAGA
AAAAACCTGCGCTGGATTGTCACTGAAATCTCAGGAGCTCACGGCGATATTTCTAGCTGT
TAGGCTGTATTGCAGCTTTGTGATGGAATATGATATACACACCGTTCTGGATCTGGCTAC
TCTGGGAACAACTCTCTGGGTTATATTTATGATCCAGTTTAAGTTGAAGGCTAGTTACAT
GGAGGACAAAGACGACTTCGCTCTCTATTATGTGCTTGTGCCGTGTGTTGTGCTGGCTGC
GTTGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATATTAAACAGGATTTCTTGGGCATTATGTGT
ATACCTTGAAGCTGTTTCAGTACTGCCGCAGCTGCGAGTGATGCAGAACACCAAGATTGT
TGAACCGTTCACGGCGCATTATGTATTTGCACTTGGAGTAG

QA 7 647 7 647
DS 

RD RR1FM87JQ 759 0 0
CGCTGGATTGTCACTGAAATCTCAGGAGCTCACGGCGATATTTCTAGCTGTTAGGCTGTA
TTGCAGCTTTGTGATGGAATATGATATACACACCGTTCTGGATCTGGCTACTCTGGGAAC
AACTCTCTGGGTTATATTTATGATCCAGTTTAAGTTGAAGGCTAGTTACATGGAGGACAA
AGACGACTTCGCTCTCTATTATGTGCTTGTGCCGTGTGTTGTGCTGGCTGCGTTGATCCA
TCCATCGACCTCTCACAACATATTAAACAGGATTTCTTGGGCATTATGTGTATACCTTGA
AGCTGTTTCAGTACTGCCGCAGCTGCGAGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTGAACCGTT
CACGGCGCATTATGTATTTGCACTTGGAGTAGCAAGGTTCCTAAGCTGTGCCCACTGGGT
TTTACAGGTTGTCGACACCAGGGGAAGATTGCTTGTAGCATTAGGTTATGGATTGTGGCC
ATCAATGGTTCTCATCTCAGAAATTGTTCAAACTTTCATCCTGGCAGACTTCTGTTACTA
CTACGTCAAAAGCGTTTTTGGAGGGCAGCTTGTTCTAAGGCTTCCGTCTGGAGTAGTATA
AGTTACTATCAGTGATGTAATACGGAAAGAGACGGATCATTTTTTTTCTTTACATTTAAT
CTCAACGTTTGTGTCTGAGATGACTTGGTAACGAATTAGTTTCGCTGTGTTGTATATTTT
GTTGACTATTGACTGGTGTTTCCATGTCTTTCCGGTTGC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 3

CO CL2865Contig1 890 3 3 U
GGAACGACTAATCTGCCATTTTCAATTATTGAAAGCATTATCCATAAACCATACACAGCA
TTGTATAAATTACTAGCATACATTCAATACAACACTTCGACCTTTCACTTATTTTCGCAC
TTACATTACACACGTCCATTTGCTTTTCAACGATGATCTCAAGTTCTTGAAACCGCTGAT
TGAGCTCTAACCTCAAGCCCTCCTAGAAACTCAGCCACTTTATCGATCTCCGGTACCACA
TTCTTCACAGTATCATCAGACAAGAACCTGTCCGCCCATTTACAAAGAGAAGGAACTTTT
GTTTCGTCTAAAAGCTTTTCTCCCTTAAGCTTCTCTCTAGCCTTCAAGATGCCCACAAAG
CTTCCGAGGCAAATGTCCATAAACCCGATCGCTTCACCTCCGAAAAACGGTTTCCCTTTG
CTTATAGAAACGAAGGCTTCCTCGAGTTGCAATAACCCTTCTTCCACTTCTTTCATGCCT
TTTTCTTTTGCCTCTTCGGATTTGGTGATTGCGGCCGCTTTCAAAGCCGGAAACCACTTG
TCATCAACGAAGGCAGACCAGAAGCGAGCTTGAGCGCAATCATAGGGATGTGAAGGAAGT
ATGGACGGTCCAGATGCGTGCCATGTCTCATCAATGTACTCAACGATGTTGAGAGACTCT
AGAATCGGTTTGTTGTTGTGGATGAGAACGGGGACTTTCTTGTGAACCGGATTTGATTTG
AGAAGAAGCTCACTCTTGGAACCGAACAGATCTTCTTCAAAGTAATCATAATCGACTGAC
TTGAGACGAAGAGCGATCTTTGGTCTTATGGCATACGGACTGAACCATACTCCCAACAGT
TTCACTTCCTCTGTCTCTCCCATTTTTTTATTTGGTCTCTAATTAATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1H380JQ U 1
AF RR1AP77JQ U 15
AF RR1AP77TF C 16
BS 1 553 RR1H380JQ
BS 554 888 RR1AP77JQ
BS 889 890 RR1AP77TF

RD RR1H380JQ 553 0 0
GGAACGACTAATCTGCCATTTTCAATTATTGAAAGCATTATCCATAAACCATACACAGCA
TTGTATAAATTACTAGCATACATTCAATACAACACTTCGACCTTTCACTTATTTTCGCAC
TTACATTACACACGTCCATTTGCTTTTCAACGATGATCTCAAGTTCTTGAAACCGCTGAT
TGAGCTCTAACCTCAAGCCCTCCTAGAAACTCAGCCACTTTATCGATCTCCGGTACCACA
TTCTTCACAGTATCATCAGACAAGAACCTGTCCGCCCATTTACAAAGAGAAGGAACTTTT
GTTTCGTCTAAAAGCTTTTCTCCCTTAAGCTTCTCTCTAGCCTTCAAGATGCCCACAAAG
CTTCCGAGGCAAATGTCCATAAACCCGATCGCTTCACCTCCGAAAAACGGTTTCCCTTTG
CTTATAGAAACGAAGGCTTCCTCGAGTTGCAATAACCCTTCTTCCACTTCTTTCATGCCT
TTTTCTTTTGCCTCTTCGGATTTGGTGATTGCGGCCGCTTTCAAAGCCGGAAACCACTTG
TCATCAACGAAGG

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1AP77JQ 875 0 0
GG
CATTTTCAATTATTGAAAGCATTATCCATAAACCATACACAGCATTGTATAAATTACTAG
CATACATTCAATACAACACTTCGACCTTTCACTTATTTTCGCACTTACATTACACACGTC
CATTTGCTTTTCAACGATGATCTCAAGTTCTTGAAACCGCTGATTGAGCTCTAACCTCAA
GCCCTCCTAGAAACTCAGCCACTTTATCGATCTCCGGTACCACATTCTTCACAGTATCAT
CAGACAAGAACCTGTCCGCCCATTTACAAAGAGAAGGAACTTTTGTTTCGTCTAAAAGCT
TTTCTCCCTTAAGCTTCTCTCTAGCCTTCAAGATGCCCACAAAGCTTCCGAGGCAAATGT
CCATAAACCCGATCGCTTCACCTCCGAAAAACGGTTTCCCTTTGCTTATAGAAACGAAGG
CTTCCTCGAGTTGCAATAACCCTTCTTCCACTTCTTTCATGCCTTTTTCTTTTGCCTCTT
CGGATTTGGTGATTGCGGCCGCTTTCAAAGCCGGAAACCACTTGTCATCAACGAAGGCAG
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CGTGCCATGTCTCATCAATGTACTCAACGATGTTGAGAGACTCTAGAATCGGTTTGTTGT
TGTGGATGAGAACGGGGACTTTCTTGTGAACCGGATTTGATTTGAGAAGAAGCTCACTCT
TGGAACCGAACAGATCTTCTTCAAAGTAATCATAATCGACTGACTTGAGACGAAGAGCGA
TCTTTGGTCTTATGGCATACGGACTGAACCATACTCCCAACAGTTTCACTTCCTCTGTCT
CTCCCATTTTTTTATTTGGTCTCTAATTAATC
C

QA 3 874 3 874
DS 

RD RR1AP77TF 875 0 0
G
CATTTTCAATTATTGAAAGCATTATCCATAAACCATACACAGCATTGTATAAATTACTAG
CATACATTCAATACAACACTTCGACCTTTCACTTATTTTCGCACTTACATTACACACGTC
CATTTGCTTTTCAACGATGATCTCAAGTTCTTGAAACCGCTGATTGAGCTCTAACCTCAA
GCCCTCCTAGAAACTCAGCCACTTTATCGATCTCCGGTACCACATTCTTCACAGTATCAT
CAGACAAGAACCTGTCCGCCCATTTACAAAGAGAAGGAACTTTTGTTTCGTCTAAAAGCT
TTTCTCCCTTAAGCTTCTCTCTAGCCTTCAAGATGCCCACAAAGCTTCCGAGGCAAATGT
CCATAAACCCGATCGCTTCACCTCCGAAAAACGGTTTCCCTTTGCTTATAGAAACGAAGG
CTTCCTCGAGTTGCAATAACCCTTCTTCCACTTCTTTCATGCCTTTTTCTTTTGCCTCTT
CGGATTTGGTGATTGCGGCCGCTTTCAAAGCCGGAAACCACTTGTCATCAACGAAGGCAG
ACCAGAAGCGAGCTTGAGCGCAATCATAGGGATGTGAAGGAAGTATGGACGGTCCAGATG
CGTGCCATGTCTCATCAATGTACTCAACGATGTTGAGAGACTCTAGAATCGGTTTGTTGT
TGTGGATGAGAACGGGGACTTTCTTGTGAACCGGATTTGATTTGAGAAGAAGCTCACTCT
TGGAACCGAACAGATCTTCTTCAAAGTAATCATAATCGACTGACTTGAGACGAAGAGCGA
TCTTTGGTCTTATGGCATACGGACTGAACCATACTCCCAACAGTTTCACTTCCTCTGTCT
CTCCCATTTTTTTATTTGGTCTCTAATTAATCCC

QA 2 875 2 875
DS 



AS 1 2

CO CL2866Contig1 805 2 6 U
CGGAACTAACTGTATTTCAGTTTCTTTTGCAAATAAAAATCATAAAGTTTCATTGTTTTT
TTTTTGTTTTATATTAACCAATCTAATACATGGAAGGAGAAGGTCAAAGCTGAAGACAAT
GCATTCAAAGAAGAACAATGTACGCCTTTGGCTATATCTCAAGAAACCTCAAATCGAACA
ACAATGCAAGTGATATTGTCGCAGCTACCCCGTGCGTATGCTTCTTGAACTAGCTTTCGT
GAAGCTGTTTCCGCATCTGAAATGTCTCGTGCTATTGCCACGGCATCCTCGTTTGACAAC
ACATTCCACAATCCATCGCTGGCGATAACAATAAAGTCCAACGTGCTTATATCCTCCTCC
TGAATCTCTGGCTCCGCAATTACATATGGCTTAAGTTGCTTGTCTCCAAATGCCCGGGAC
ACAGCAAGAATTCCACCAACTCGCCATGTTCCAGCCCAGATGATGAAGCCACCAGCATCT
TCAATCCTCTGTCGCTCATCTGATCTATCAGGTTTGTGATCATTAAAAAGTGGAACAGCT
GAGGCATTTCTAGAGGCTACAACTCTAGAATCACCAACGTTAGCAACGATCAACTTATCT
CCAACAAGGAAAGCAGTTGATGCGGTTGAGCCAGCGTTCTTAGGCTGTCCACTCTCTTCA
ACGAGATACTCCTCATCCGTCTGCTTAAACACTTGCACAATGGCTTTCTTGGTGTCTGAG
ATAAAGTCATGATGAGTAACTAAGTTGTTGAAAAGATTGTTTTTAAGATATTCTGCAGTT
CTTGCACCACCGTGACCATCGAAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F842JQ U 1
AF RR1GN30JQ U 71
BS 1 525 RR1F842JQ
BS 526 526 RR1GN30JQ
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BS 592 592 RR1GN30JQ
BS 593 686 RR1F842JQ
BS 687 805 RR1GN30JQ

RD RR1F842JQ 686 0 0
CGGAACTAACTGTATTTCAGTTTCTTTTGCAAATAAAAATCATAAAGTTTCATTGTTTTT
TTTTTGTTTTATATTAACCAATCTAATACATGGAAGGAGAAGGTCAAAGCTGAAGACAAT
GCATTCAAAGAAGAACAATGTACGCCTTTGGCTATATCTCAAGAAACCTCAAATCGAACA
ACAATGCAAGTGATATTGTCGCAGCTACCCCGTGCGTATGCTTCTTGAACTAGCTTTCGT
GAAGCTGTTTCCGCATCTGAAATGTCTCGTGCTATTGCCACGGCATCCTCGTTTGACAAC
ACATTCCACAATCCATCGCTGGCGATAACAATAAAGTCCAACGTGCTTATATCCTCCTCC
TGAATCTCTGGCTCCGCAATTACATATGGCTTAAGTTGCTTGTCTCCAAATGCCCGGGAC
ACAGCAAGAATTCCACCAACTCGCCATGTTCCAGCCCAGATGATGAAGCCACCAGCATCT
TCAATCCTCTGTCGCTCATCTGATCTATCAGGTTTGTGATCATTAGAAAGTGGAACAGCT
GAGGCATTTCTAGAGGCTACAACTCTAGAATCACCAACGTTAGCAACGATCGACTTATCT
CCAACAAGGAAAGCAGTTGATGCGGTTGAGCCAGCGTTCTTAGGCTGTCCACTCTCTTCA
ACGAGATACTCCTCATCCGTCTGCTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1GN30JQ 735 0 0
ATATTAACCAATCTAATACATGGAAGGAGAAGGTCAAAGCTGAAGACAATGCATTCAAAG
AAGAACAATGTACGCCTTTGGCTATATCTCAAGAAACCTCAAATCGAACAACAATGCAAG
TGATATTGTCGCAGCTACCCCGTGCGTATGCTTCTTGAACTAGCTTTCGTGAAGCTGTTT
CCGCATCTGAAATGTCTCGTGCTATTGCCACGGCATCCTCGTTTGACAACACATTCCACG
ATCCATCGCTGGCGATAACAATAAAGTCCAACGTGCTTATATCCTCCTCCTGAATCTCTG
GCTCCGCAATTACATATGGCTTAAGTTGCTTGTCTCCAAATGCCCGGGACACAGCAAGAA
TTCCACCAACTCGCCATGTTCCAGCCCAGATGATGAAGCCACCAGCATCTTCAATCCTCT
GTCGCTCATCTGATCTATCAGGTTTGTGATCATTAAAAAGTGGGACAGCTGAGGCATTTC
TAGAGGCTACAACTCTAGAATCACCAACGTTAGCAACGATCAACTTATCTCCAACAAGGA
AAGCAGTTGATGCGGTTGAGCCAGCGTTCTTAGGCTGTCCACTCTCTTCAACGAGATACT
CCTCATCCGTCTGCTTAAACACTTGCACAATGGCTTTCTTGGTGTCTGAGATAAAGTCAT
GATGAGTAACTAAGTTGTTGAAAAGATTGTTTTTAAGATATTCTGCAGTTCTTGCACCAC
CGTGACCATCGAAGA

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 4

CO CL2867Contig1 855 4 11 U
GGATATTCCATTCATTTCCTCTCTCTCTCCCTTTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTTCTCTTT
TTATTCGACCCGTAAGCTTGCCGGAGGAGGTGAAACCTTGTATAGATGGCGCAGAGAGCG
GAGAAGGAAGAGACGGAGTTCAAGGTCCTCGAAACCTTGACGACCACCACCACGACGCTC
TGCTCCAATAACTGCGGCGTTACGGCGAATCCAGCGACCAACAACATGTGTCAGAAATGT
TCAACGCCTCCATCGCCGCCGCCGGTGTAGATTCCCCTTCGACCTTGAAGAGAACGTCGA
GATCCGTCAATCTTAGGCCCACCACGCCAGCCAGAGTCGTGATCCGTCCCAGGGAGATCG
ATCCGGTTAAAAGAGAACAGCAGACGGTAAACCGGTGTTCTGGTTGTCGGAAGAAGGTGG
GGTTGACCGGATTCAGGTGCCGGTGCGGAGACCTTTTCTGCTCCGACCACCGTTACTCGG
ATCGGCACGACTGCAGCTACGACTATAAAACCGCCGGTCGCGAGGCGATCGCTAGAGAAA
ACCCGGTCGTCAAGGCGGCGAAGATGGTTAAAGTTTAAAAAAGTTAAAAAAAATTCAAAT
TTGGAAAAACAAAAAAAAACAATCTTCAATCGTGGTTCAAGCTTCCGATCTGTAAAATTC
GGACAGGGAAGATGCTCGCAGACATTGATTTGATGCTGTCTGTTTTGTAATGAAAATATC
AGAGAGATTCTCTTCTCGATTTGAATTTGGAACTAAATTTAATTATTTTTTACCTCTTGA
AGTATATTAGTGAATGATGATTGTAATTACTGTTGTAGCTTTTATGGATTCATGAATTTT
ATCTGCTTCAGATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG34TF U 1
AF RR1AM50JQ C 426
AF RR1AM50TF U 426
AF RR1EG34JQ C 169
BS 1 540 RR1EG34TF
BS 541 541 RR1AM50TF
BS 542 715 RR1EG34TF
BS 716 716 RR1AM50TF
BS 717 728 RR1EG34TF
BS 729 729 RR1AM50TF
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BS 772 782 RR1EG34TF
BS 783 804 RR1AM50TF
BS 805 855 RR1EG34JQ

RD RR1EG34TF 782 0 0
GGATATTCCATTCATTTCCTCTCTCTCTCCCTTTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTTCTCTTT
TTATTCGACCCGTAAGCTTGCCGGAGGAGGTGAAACCTTGTATAGATGGCGCAGAGAGCG
GAGAAGGAAGAGACGGAGTTCAAGGTCCTCGAAACCTTGACGACCACCACCACGACGCTC
TGCTCCAATAACTGCGGCGTTACGGCGAATCCAGCGACCAACAACATGTGTCAGAAATGT
TCAACGCCTCCATCGCCGCCGCCGGTGTAGATTCCCCTTCGACCTTGAAGAGAACGTCGA
GATCCGTCAATCTTAGGCCCACCACGCCAGCCAGAGTCGTGATCCGTCCCAGGGAGATCG
ATCCGGTTAAAAGAGAACAGCAGACGGTAAACCGGTGTTCTGGTTGTCGGAAGAAGGTGG
GGTTGACCGGATTCAGGTGCCGGTGCGGAGACCTTTTCTGCTCCGACCACCGTTACTCGG
ATCGGCACGACTGCAGCTACGACTATAAAACCGCCGGTCGCGAGGCGATCGCTAGAGAAA
GCCCGGTCGTCAAGGCGGCGAAGATGGTTAAAGTTTAAAAAAGTTAAAAAAAATTCAAAT
TTGGAAAAACAAAAAAAAACAATCTTCAATCGTGGTTCAAGCTTCCGATCTGTAAAATTC
GGACAGGGAAGATGCTCGCAGACATTGATTTGATGCTGTCTGTTTTGTAATGAAA*TATC
AGAGAGAT*CTCTTCTCGATTTGAATTTGGAACTAAATTTAATTATTTTT*ACCTCTTGA
AG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1AM50JQ 379 0 0
G
CCGGATTCAGGTGCCGGTGCGGAGACCTTTTCTGCTCCGACCACCGTTACTCGGATCGGC
ACGACTGCAGCTACGACTATAAAACCGCCGGTCGCGAGGCGATCGCTAGAGAAAACCCGG
TCGTCAAGGCGGCGAAGATGGTTAAAGTTTAAAAAAGTTAAAAAAAATTCAAATTTGGAA
AAACAAAAAAAA*CAATCTTCAATCGTGGTTCAAGCTTCCGATCTGTAAAATTCGGACAG
GGAAGATGCTCGCAGACATTGATTTGATGCTGTCTGTTTTGTAATGAAAATATCAGAGAG
ATTCTCTTCTCGATTTGAATTTGGAACTAAATTTAATTATTTTTTACCTCTTGAAGTATA
TTAGTGAATGATGATTGT

QA 2 379 2 379
DS 

RD RR1AM50TF 379 0 0
G
CCGGATTCAGGTGCCGGTGCGGAGACCTTTTCTGCTCCGACCACCGTTACTCGGATCGGC
ACGACTGCAGCTACGACTATAAAACCGCCGGTCGCGAGGCGATCGCTAGAGAAAACCCGG
TCGTCAAGGCGGCGAAGATGGTTAAAGTTTAAAAAAGTTAAAAAAAATTCAAATTTGGAA
AAACAAAAAAAA*CAATCTTCAATCGTGGTTCAAGCTTCCGATCTGTAAAATTCGGACAG
GGAAGATGCTCGCAGACATTGATTTGATGCTGTCTGTTTTGTAATGAAAATATCAGAGAG
ATTCTCTTCTCGATTTGAATTTGGAACTAAATTTAATTATTTTTTACCTCTTGAAGTATA
TTAGTGAATGATGATTGT

QA 2 379 2 379
DS 

RD RR1EG34JQ 687 0 0
ACCACGACGCTCTGCTCCAATAACTGCGGCGTTACGGCGAATCCAGCGACCAACAACATG
TGTCAGAAATGTTCAACGCCTCCATCGCCGCCGCCGGTGTAGATTCCCCTTCGACCTTGA
AGAGAACGTCGAGATCCGTCAATCTTAGGCCCACCACGCCAGCCAGAGTCGTGATCCGTC
CCAGGGAGATCGATCCGGTTAAAAGAGAACAGCAGACGGTAAACCGGTGTTCTGGTTGTC
GGAAGAAGGTGGGGTTGACCGGATTCAGGTGCCGGTGCGGAGACCTTTTCTGCTCCGACC
ACCGTTACTCGGATCGGCACGACTGCAGCTACGACTATAAAACCGCCGGTCGCGAGGCGA
TCGCTAGAGAAAGCCCGGTCGTCAAGGCGGCGAAGATGGTTAAAGTTTAAAAAAGTTAAA
AAAAATTCAAATTTGGAAAAACAAAAAAAAACAATCTTCAATCGTGGTTCAAGCTTCCGA
TCTGTAAAATTCGGACAGGGAAGATGCTCGCAGACATTGATTTGATGCTGTCTGTTTTGT
AATGAAAATATCAGAGAGATTCTCTTCTCGATTTGAATTTGGAACTAAATTTAATTATTT
TTTACCTCTTGAAGTATATTAGTGAATGATGATTGTAATTACTGTTGTAGCTTTTATGGA
TTCATGAATTTTATCTGCTTCAGATGC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 4

CO CL2868Contig1 627 4 7 U
GAATAAACATCAATCTAGATAAGAAATCCAGAACAAAACATGTTCATCATCGAATCCATT
ACAAAAAAAAAAAAGAAAAGACAAGTTTATGATATTACCAAAGCGAAATTAAAGATAGAG
AAAGTGACATCGAGACAGAGATAGAGAGATCATGCCTCAGCTCCCTCTTTCTGGTAAACG
TAAGTAAGACCACATTTACCACAGTAATGACGATCGAAATGACTAGCCATGAACGTCCCA
GCACCGCACGTCGCGTTAGGACACTCTTTCCTCAGCCTCTGCACCTTACCAGATCCGTCG
ACCTTGTAGAACTGGAGAACGGCGAGCTTCACCTTCTTGTGCTTGTGCTTGATCTTCTTC
GGCTTGGTGTACGTCTTCTTCTTCCTCTTCTTGGCGCCACCGCGGAGACGGAGGACGAGA
TGAAGCGTCGACTCCTTCTGGATGTTGTAGTCGGCGAGGGTGCGGCCGTCTTCCAGCTGT
TTCCCGGCGAAGATCAGTCGCTGCTGGTCCGGTGGGATTCCCTCCTTGTCCTGGATCTTG
GCCTTGACATTGTCGATGGTGTCGGATGATTCGACCTCGAGGGTGATTGTCTTCCCCGTT
AGGGTTTTCACGAAGATCTGCATCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DE57JQ U 28
AF RR1DE57TF C 28
AF RR1EG64TF C 1
AF RR1EG64JQ U 29
BS 1 28 RR1EG64TF
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BS 74 74 RR1EG64JQ
BS 75 224 RR1DE57JQ
BS 225 225 RR1EG64JQ
BS 226 280 RR1DE57JQ
BS 281 627 RR1EG64JQ

RD RR1DE57JQ 264 0 0
C
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TCCTCAGCCTCT
CCTCGTTTGAC

QA 2 253 2 253
DS 

RD RR1DE57TF 264 0 0
C
CAGAACAAAACATGTTCATCATCGAATCCATTACAAAAAAAAAAA*GAAAAGACAAGTTT
ATGATATTACCAAAGCGAAATTAAAGATAGAGAAAGTGACATCGAGACAGAGATAGAGAG
ATCATGCCTCAGCTCCCTCTTTCTGGTAAACGTAAGTAAGACCACATTTACCACAGTAAT
GACGATCGAAATGACTCGCCATGAACGTCCCAGCACCGCACGTCGCGTTAGGACACTCTT
TCCTCAGCCTCT
CCTCGTTTGAC

QA 2 253 2 253
DS 

RD RR1EG64TF 627 0 0
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ACCTTGTAGAACTGGAGAACGGCGAGCTTCACCTTCTTGTGCTTGTGCTTGATCTTCTTC
GGCTTGGTGTACGTCTTCTTCTTCCTCTTCTTGGCGCCACCGCGGAGACGGAGGACGAGA
TGAAGCGTCGACTCCTTCTGGATGTTGTAGTCGGCGAGGGTGCGGCCGTCTTCCAGCTGT
TTCCCGGCGAAGATCAGTCGCTGCTGGTCCGGTGGGATTCCCTCCTTGTCCTGGATCTTG
GCCTTGACATTGTCGATGGTGTCGGATGATTCGACCTCGAGGGTGATTGTCTTCCCCGTT
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DS 

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CAGAACAAAACATGTTCATCATCGAATCCATTACAAAAAAAAAAAAGAAAAGACAAGTTT
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TCCTCAGCCTCTGCACCTTACCAGATCCGTCGACCTTGTAGAACTGGAGAACGGCGAGCT
TCACCTTCTTGTGCTTGTGCTTGATCTTCTTCGGCTTGGTGTACGTCTTCTTCTTCCTCT
TCTTGGCGCCACCGCGGAGACGGAGGACGAGATGAAGCGTCGACTCCTTCTGGATGTTGT
AGTCGGCGAGGGTGCGGCCGTCTTCCAGCTGTTTCCCGGCGAAGATCAGTCGCTGCTGGT
CCGGTGGGATTCCCTCCTTGTCCTGGATCTTGGCCTTGACATTGTCGATGGTGTCGGATG
ATTCGACCTCGAGGGTGATTGTCTTCCCCGTTAGGGTTTTCACGAAGATCTGCATCTTT

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 4

CO CL2869Contig1 799 4 5 U
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GATTGCGTTTCTTGGTTCATGTCTGGTCTAATTCAATGGCTTCTGTAACATGTCCCTTCA
GCCTTTCTATTCATCCCAGATCGTCTTCCAAGCTTGATGGAAGCGTAGAAAGACGGAGAG
AATGCAACGGTCAAGTTCCCAAGTCTCTTACTTGCAACAAGCGCTTAGAGATATCGCGTA
TGGCTCCACTACAAGCAACAATGAATAGCCCGAGAGGCTTTGGACCTCCTCCTCCTAAGA
AAACCAAGAAAGCTAAAAAGTCAAAACCCGGAAACCAGAGTGATGAAGAAGAAGACGACC
AAGAGGAAGACGATGATGAAGATGAACGTGAGAGAGGTGTGATTCCAGAGATAGTCACCA
ACAGAATGATAAGCAGAATGGGATTCACCGTTGGCTTACCGCTCTTCGTTGGTCTTTGTT
TCTTCCCACTCTTTTACTATCTCAAAGTGGGATTGAAGATCGATGTCCCGACATGGGTTC
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TGTCATCGAGTTGGGATCCGTCGAGAGAAGGTTCATTGTTGGGCTGGAACGAAGCCAAAA
AGAACTGGCCTGTCTTTTGGCAGTCCTTTTGGAATTCATCAAGCAAGAGACAGAAAAACA
AAACAGCAGTTTGATCATTTCTTACAAGAAGATACTTCAAGAGTACCTCTGATAATTTTC
TATATAATTTTCTTTATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1EC29TF U 1
AF RR1EC29JQ C 126
AF RR1GJ88JQ C 346
AF RR1GJ88TF U 346
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RD RR1EC29TF 643 0 0
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GATTGCGTTTCTTGGTTCATGTCTGGTCTAATTCAATGGCTTCTGTAACATGTCCCTTCA
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AATGCAACGGTCAAGTTCCCAAGTCTCTTACTTGCAACAAGCGCTTAGAGATATCGCGTA
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ACAGAATGATAAGCAGAATGGGATTCACCGTTGGCTTACCGCTCTTCGTTGGTCTTTGTT
TCTTCCCACTCTTTTACTATCTCAAAGTGGGATTGAAGATCGATGTCCCGACATGGGTTC
CGTTTATTGTTTCGTTCGTCTTCTTTGGTACGGCTTTAGCTGGTGTGAGCTACGGGATCG
TGTCATCGAGTTGGGATCCGTCGAGAGAAAGTTCATTGTTGGG

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1EC29JQ 674 0 0
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AACGGTCAAGTTCCCAAGTCTCTTACTTGCAACAAGCGCTTAGAGATATCGCGTATGGCT
CCACTACAAGCAACAATGAATAGCCCGAGAGGCTTTGGACCTCCTCCTCCTAAGAAAACC
AAGAAAGCTAAAAAGTCAAAACCCGGAAACCAGAGTGATGAAGAAGAAGACGACCAAGAG
GAAGACGATGATGAAGATGAACGTGAGAGAGGTGTGATTCCAGAGATAGTCACCAACAGA
ATGATAAGCAGAATGGGATTCACCGTTGGCTTACCGCTCTTCGTTGGTCTTTGTTTCTTC
CCACTCTTTTACTATCTCAAAGTGGGATTGAAGATCGATGTCCCGACATGGGTTCCGTTT
ATTGTTTCGTTCGTCTTCTTTGGTACGGCTTTAGCTGGTGTGAGCTACGGGATCGTGTCA
TCGAGTTGGGATCCGTCGAGAGAAGGTTCATTGTTGGGCTGGAACGAAGCCAAAAAGAAC
TGGCCTGTCTTTTGGCAGTCCTTTTGGAATTCATCAAGCAAGAGATAGAAAAACAAAACA
GCAGTTTGATCATTTCTTACAAGAAGATACTTCAAGAGTACCTCTGATAATTTTCTATAT
AATTTTCTTTATGT

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DS 

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GG
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GTTGGTCTTTGTTTCTTCCCACTCTTTTACTATCTCAAAGTGGGATTGAAGATCGATGTC
CCGACATGGGTTCCGTTTATTGTTTCGTTCGTCTTCTTTGGTACGGCTTTAGCTGGTGTG
AGCTACGGGATCGTGTCATCGAGTTGGGATCCGTCGAGAGAAGGTTCATTGTTGGGCTGG
AACGAAGCCAAAAAGAACTGGCCTGTCTTTTGGCAGTCCTTTTGGAATTCATCAAGCAAG
AGACAGAAAAACAAAACAGCAGTTTGATCATTTCTTACAAGAAGATACTTCAAGAGTACC
TCTGATAATTTTCTATATAATTTTCTTTATG
C

QA 3 453 3 453
DS 

RD RR1GJ88TF 454 0 0
GG
GAAGAAGACGACCAAGAGGAAGACGATGATGAAGATGAACGTGAGAGAGGTGTGATTCCA
GAGATAGTCACCCACAGAATGATAAGCAGAATGGGATTCACCGTTGGCTTACCGCTCTTC
GTTGGTCTTTGTTTCTTCCCACTCTTTTACTATCTCAAAGTGGGATTGAAGATCGATGTC
CCGACATGGGTTCCGTTTATTGTTTCGTTCGTCTTCTTTGGTACGGCTTTAGCTGGTGTG
AGCTACGGGATCGTGTCATCGAGTTGGGATCCGTCGAGAGAAGGTTCATTGTTGGGCTGG
AACGAAGCCAAAAAGAACTGGCCTGTCTTTTGGCAGTCCTTTTGGAATTCATCAAGCAAG
AGACAGAAAAACAAAACAGCAGTTTGATCATTTCTTACAAGAAGATACTTCAAGAGTACC
TCTGATAATTTTCTATATAATTTTCTTTATG
C

QA 3 453 3 453
DS 



AS 1 4

CO CL2870Contig1 598 4 2 U
GGGAACATGAACAAATACACTGGAGTTCTTGGTGTGTACAACTGCCAAGGAGCAGCTTGG
AGTAGCACGGAAAGGAAAAACATCTTCCACCAGACACAAACTGAATGCATCACCGGCTCC
ATCCGTGGTCGTGATGTTCATTTGATATCCGAGGCCTCCACTGATCCAAAGACCTGGAAC
GGAGACTGTGCTGTTTACTCCCAAAGCAGAGGAGAACTCAACGTTATGCCATACAATGTG
TCTCTACTGATCTCACTGAAGATCCGTGGGCATGAGATCTTCACTGTGAGTCCCATTACT
CACCTAGCTAGTGATGGTGTCTCATTTGCTCCGCTCGGTCTTGTAAACATGTACAATTCG
GGAGGAGCTATCGAAGGACTTAGATATGACGTTGAGGAGATGAAAGTGGTAATGGAAGCC
AAAGGGTGTGGTAAATTTGGAGCTTACTCATCTGTGAAGCCTAAGAGATGTGTTGTTGAG
TCAAACGAAGTTGCATTTGACTATGATGCCTCCTCTGGTTTGGTCACTTTTGAGTTGGAA
AAGATGCCTTCAGAGACCAAACGATTACATGCAATGGAAATTGAGTTATGATTTGATG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G954JQ U 1
AF RR1F960JQ U 31
AF RR1G954TF C 63
AF RR1F960TF C 205
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DS 

RD RR1F960TF 718 0 0
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AGACGAGAGCCACGGTTGCGAACACGGCCAAGACGGCAGTGAAGATGCCAAAGATCTTAG
CTTTCTCCTTCTTTGGTGCGTAGATAAGGAAGATCAACACGTAGATTGTCTCGATCACTG
CTCCTGTTCCGTTGATCGTGCTCACGAGCGTGTTGTCTTTGGACACAAAGGGAAGTCCGT
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AAAGAGTTTCTCTTCTTTTCTGTTTCTTTGTACTATGTGAAGAAGAGGGAAAAA

QA 5 718 5 718
DS 



AS 1 4

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AAGAAAAGAACGTCCCACCTACTTATGCTTCTTCACGTGCTTTATCATCATCTTCCTCAT
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CGGACAAAGAGCTCTCATGTACAGTCTTATGATTATCTTTCCGCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CC91JQ C 526
AF RR1FY02JQ C 526
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AC

QA 1 662 1 662
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QA 1 720 1 720
DS 

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TGGCACTTTTACTGCTACGTGATGCCCTAAACCTCACAGCTAACCCAGATGACGAGGACG
ACCCAACAGCCTTCTTCTCGCTTTTTTTTTTTCGTGCTTCCGGATTTCTCCTGCCATGCT
ACATCATGGCATGGGCCATCGGTATACTCCGACGCCGGAGGCAAAGACAGGAAGCAGCTG
TAGCTGCGGCGGAAGTTGCTTTTATGATACACGGTGGTGTGCCTCCCCAACGCAGGGGAC
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GATCTTTCAAGGCAATTTGATTCTCCGGTAAGACTATTTATTACTAAAGAAAGAAACTGT
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TCCTAAATGTTGTCACGGACAAAGAGCTCTCATGTACAGTCTTATGATTATCTTTCCGC
G

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 4

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D432TF U 1
AF RR1C190TF U 7
AF RR1C190JQ C 342
AF RR1GX72TF U 446
BS 1 303 RR1D432TF
BS 304 304 RR1C190TF
BS 305 412 RR1D432TF
BS 413 413 RR1C190TF
BS 414 545 RR1D432TF
BS 546 546 RR1C190TF
BS 547 624 RR1D432TF
BS 625 682 RR1C190TF
BS 683 1054 RR1GX72TF
BS 1055 1055 RR1C190JQ
BS 1056 1107 RR1GX72TF

RD RR1D432TF 624 0 0
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GAACAAACAATGAAAGCTGCTGTCTTTCCCTCTAAAATCGCAAATCTAGGCCTCCTCCCT
TCTGCCCGTTGCTGCACACTGTTCTTCCGGTCACCGGCATTGTCTTCCTCGTTATCTAAT
ACAACTCCTTGTCGGAAGCTGACAAGAGGGAGACGAGGTAGTAGTCAAGGATTGATGTCT
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CATAACGTTGGGTTTGAGATGGTGGACGCTTTGGCTGAGGCAGAAGGGATATCAATGAAC
ACCGTTAACTTCAAGGCCTTGTTTGGCAAAGGCGTTATTGGAAACATGCCGATTATGCTG
GCGAA*CCTCAAACTTTCATGAACGCCAGTGGTGAGTCTGTTGGACAAATTGTTTCGTTT
TACAAGATCCCGCTAAAGCAAGTA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1C190TF 680 0 0
GG
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AATGAAAGCTGCTGTCTTTCCCTCTAAAATCGCAAATCTAGGCCTCCTCCCTTCTGCCCG
TTGCTGCACACTGTTCTTCCGGTCACCGGCATTGTCTTCCTCGTTATCTAATACAACTCC
TTGTCGGAAGTTGACAAGAGGGAGACGAGGTAGTAGTCAAGGATTGATGTCTCAGTCTCC
GTCGTCATCTTCTCAATTGTTTTCGTCTCTATCGAATTCATTCTCCTCTCAGTCGGAATC
GGAGTTACCTCAGGTTCAGTTACCTTCTCCGAAGCCAAAGTCTCCGCCGCCGCAGCTCCC
GTGGCTCATTGTCGGTTTGGGGAATCCCGGAAAGAAGTACCAGGACACTCGCCATAACGT
TGGGTTTGAGATGGTGGACGCTTTGGCTGAGGCAGAAGGGATATCAATGAACACCGTTAA
CTTCAAGGCCTTGTTTGGCAAAGGCGTTATTGGAAACATGCCGATTATGCTGGCGAAACC
TCAAACTTTCATGAACGCCAGTGGTGAGTCTGTTGGACAAATTGTTTCGTTTTACAAGAT
CCCGCTAAAGCAAGTACTTGTGATTTACGATGATTTAGACTTGTCCTTTGGTAAACTGCG
TTTATTGCCAAAAG
TGGC

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DS 

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GAAGTACCAGGACACTCGCCATAACGTTGGGTTTGAGATGGTGGACGCTTTGGCTGAGGC
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AAACATGCCGATTATGCTGGCGAAACCTCAAACTTTCATGAACGCCAGTGGTGAGTCTGT
TGGACAAATTGTTTCGTTTTACAAGATCCCGCTAAAGCAAGTACTTGTGATTTACGATGA
TTTAGACTTGTCCTTTGGTAAACTGCGTTTATTGCCAAAAGGTGGCCACGGAGGGCACAA
TGGGATGAGAAGCATTATAGACCGGCTAAAAGGGAGCCGTGATTTTCCACGTCTAAGAAT
AGGGATTGGACGGCCTCCAGGGAAGATGGATACAGCCAATTATGTTCTTCGCCAGTTTAA
CAAACAAGAACAGGAAGAGTTGGATTATACATTTCAAACAGGATTAGAGGCAATGAGGAT
CATGTTGCTTGAAGGGTTCAACAAAAGTGCAACCTTTGTCAACACTCAGAAATCTATGCA
ACAACTCAGTTGAAAAAACAGAGAGATTGTCCCCATCACATATGAAGAACTGCAGATTTT
TCAGGCCGATTCATTATTAAAAAAAAATCAATTCATATTTCCTTTGAGCAAATCGTATAT
CACAAGAAAAACCAAAAACTCATTAGCCTTGC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1GX72TF 662 0 0
G
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CAAAGGCGTTATTGGAAACATGCCGATTATGCTGGCGAAACCTCAAACTTTCATGAACGC
CAGTGGTGAGTCTGTTGGACAAATTGTTTCGTTTTACAAGATCCCGCTAAAGCAAGTACT
TGTGATTTACGATGATTTAGACTTGTCCTTTGGTAAACTGCGTTTATTGCCAAAAGGTGG
CCACGGAGGGCACAATGGGATGAGAAGCATTATAGACCGGCTAAAAGGGAGCCGTGATTT
TCCACGTCTAAGAATAGGGATTGGACGGCCTCCAGGGAAGATGGATACAGCCAATTATGT
TCTTCGCCAGTTTAACAAACAAGAACAGGAAGAGTTGGATTATACATTTCAAACAGGATT
AGAGGCAATAAGGATCATGTTGCTTGAAGGGTTCAACAAAAGTGCAACCTTTGTCAACAC
TCAGAAATCTATGCAACAACTCAGTTGAAAAAACAGAGAGATTGTCCCCATCACATATGA
AGAACTGCAGATTTTTCAGGCCGATTCATTATTAAAAAAAAATCAATTCATATTTCCTTT
GAGCAAATTGTATATCACAAGAAAAACCAAAAACTCATTAGCCTTGCATAATTTGCTCTT
G

QA 2 662 2 662
DS 



AS 1 4

CO CL2874Contig1 898 4 20 U
GGAAGACCTCTTCACCATTATATCGAGTCTCATCAGCTTCTCGAGTTGAAAGATACTTTT
GATCCGTGTTTCGATTTTCTTAACTTTCATAAACCGACCAAAACTTGTCTAAACAATTAT
GGCGGAGGAAACCAAGAACGTTCATGAGCACGAAGTGCCAAAGGTAGCAACGGAGGAATC
ATCTGCGGCGACTGGGGAGGTAACAGATCGTGGTATGTTCGACTTCTTGAAAAAGAAGAA
GGAGGAAACAAAACCAGAAGAGACGACCCACTCGGAGTTCGAGCAGAAGGTTCAGGTTTC
TGAGCCGGTCCCTGAGGTTAAACACGAAGAAGAGGAGAAGAAACCAAGTCTCCTTGAGAA
GCTTCACCGAAGCGACAGCTCTTCTAGCTCCTCAAGCGAGGAAGAAGGTGAAGATGGTGA
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GGAGGAGAAGAAAGGGTTTATGGATAAGCTGAAAGAGAAGCTTCCAGGACATGGAAAGAA
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GCATCCGGCGGAGAAGAAGGGAATTTTGGAGAAGATTAAAGAGAAGCTTCCGGGATACCA
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GTTGAA*GTTTTTTGGCTTCGTTGTGTCTTATTTTTCAGTTTCTATGTTCTTCTTTTTGT
TGTGTTTTAAGGTATTGTTTCGTGGTATTTTAAAGGTATGAAAAATTTAATTCCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1EM40TF U 1
AF RR1AZ29TF U 12
AF RR1A118JQ C 192
AF RR1A118TF U 263
BS 1 230 RR1EM40TF
BS 231 441 RR1AZ29TF
BS 442 442 RR1A118TF
BS 443 487 RR1AZ29TF
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BS 489 547 RR1AZ29TF
BS 548 548 RR1A118TF
BS 549 584 RR1AZ29TF
BS 585 585 RR1A118TF
BS 586 713 RR1AZ29TF
BS 714 714 RR1A118TF
BS 715 770 RR1AZ29TF
BS 771 771 RR1A118TF
BS 772 791 RR1AZ29TF
BS 792 792 RR1A118TF
BS 793 824 RR1AZ29TF
BS 825 884 RR1A118TF
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GGCGGAGGAAACCAAGAACGTTCATGAGCACGAAGTGCCAAAGGTAGCAACGGAGGAATC
ATCTGCGGCGACTGGGGAGGTAACAGATCGTGGTATGTTCGACTTCTTGA

QA 1 230 1 230
DS 

RD RR1AZ29TF 816 0 0
GG
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GAGGAGGAGAAGAAAGATGATCACTGATGAAAACATGAATATTAATGATGATAAGAGACA
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TGGCTTCGTTGTGTCTTATTTTTCAGTTTCT
CTG

QA 3 813 3 813
DS 

RD RR1A118JQ 707 0 0
CTGGGGAGGTAACAGATCGTGGTATGTTCGACTTCTTGAAAAAGAAGAAGGAGGAAACAA
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CTGAGGTTAAACACGAAGAAGAGGAGAAGAAACCAAGTCTCCTTGAGAAGCTTCACCGAA
GCGACAGCTTTTCTAGCTCCTCAAGCGAGGAAGAAGGTGAAGATGGTGAGAAGAGAAAGA
AGAAGAAGGACAAGAAGAAGATTGCTACTGAAGGAGAGGGGCAAACAGAGGAGGAGAAGA
AAGGGTTTATGGATAAGCTGAAAGAGAAGCTTCCAGGACACGGAAAGAAGCCTGAAGACG
ACTCAGCTGCAGCGGCTGCCCCGGCTGTTGCTCTTCCGGTGGAGGAAGCGCATCCGGCGG
AGAAGAAGGGAATTTTGGAGAAGATTAAAGAGAAGCTTCCGGGATACCACTCAAAGACCG
TTGAGGAGGAGAAGAAAGATGATCACTGATGAAAACATGAAT*TTAATGATGATAAGAGA
CATGTTGTGTTGTTTGTGATGGATGATGGTCATCTTTTTTTTTTGTGCTGTTGAA*GTTT
TTTGGCTTCGTTGTGTCTTATTTTTCAGTTTCTATGTTTTTCTTTTTGTTGTGTTTTAGG
GTATTGTTTCGTGGTATTTTAAAGGTATGAAAAATTTAATTCCTTTT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1A118TF 633 0 0
ACGACCCACTCGGAGTTCGAGCAGAAGGTTCAGGTTTCTGAGCCGGTCCCTGAGGTTAAA
CACGAAGAAGAGGAGAAGAAACCAAGTCTCCTTGAGAAGCTTCACCGAAGCGACAGCTCT
TCTAGCTCCTCAAGCGAGGAAGAAGGTGAAGATGGTGAGAAGAGAAAGAAGAAGAAGGAC
AAGAAGAAGATTGCTACTGAAGGAGAGGGGCAAACAGAGGAGGAGAAGAAAGGGTTTATG
GATAAGCTGAAAGAGAAGCTTCCAGGACATGGAAAGAAGCCTGAAGACGACTCAGCTGCA
GCGGCTGCACCGGCTGTTGCTCTTCCGGTGGAGGAAGCGCATCCGGCGGAGAAGAAGGGA
ATTTTGGAGAAGATTAAAGAGAAGCTTCCGGGATACCACTCAAAGACCGTTGAGGAGGAG
AAGAAAGATGATCACTGATGAAAACATGAAT*TTAATGATGATAAGAGACATGTTGTGTT
GTTTGTGATGGATGATGGTCATCTTTTTTTTTTGTGCTGTTGAAAGTTTTTTGGCTTCGT
TGTGTCTTATTTTTCAGTTTCTATGTTCTTCTTTTTGTTGTGTTTTAAGGTATTGTTTCG
TGGTATTTTAAAGGTATGAAAA*TTTAATTCCT

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 4

CO CL2875Contig1 715 4 4 U
GGAGAGCTCAGAAGAGAGAGAGATGGGAGAGATTGTGTTTACGGAGAAGCAAGAAGCTTT
GGTGAAGGAGTCTTGGGAGATACTCAAGCAAGACATCCCCAAATACAGTCTTCACTTCTT
CTCACAGATACTGGAGATTGCACCAGCAGCAAAGGACATGTTCTCTTTCCTAAGAGACAC
AGATGAAGTCCCTCATAACAATCCTAAACTCAAAGCTCATGCTGTTAAAGTCTTCAAGAT
GACATGTGAAACGGCAATACAGCTGAGGAAGAAAGGGAAGGTAGTGGTGGCTGACACAAC
CCTCCAATACTTGGGCTCTGTTCATCTCAAGAGCGGTGTTCTTGATCCTCACTTTGAGGT
GGTGAAAGAGGCTTTGGTGAGGACACTGAAAGAAGGGCTGGGAGAGAAATACAATGAAGA
AGTTGAAGGAGCTTGGTCTCAAGCTTATGATCACTTGGCTTTAGCTATTAAAGCCGAGAT
GAAACAAGAAGACTCACAGAAACCCTAAATATCACTGGAGTATATGCTCATACATATTTG
TGTATGTGTGCACCAATACTACATGCTTTGACTTCCTACAGTTCATTGTCTTTAAATAAG
GATTTTGAGATATTGTGATGGAGATAAATTGGTACCGTTGTTTCTCTCGAAAAGCTTTCA
TGAGAAACAAGATACGGTTTGAAATTAAACCGACAAATCAAAGTGGTTTTTAATC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B259TF U 1
AF RR1DF64TF U 2
AF RR1CH85TF U 522
AF RR1DF64JQ C 389
BS 1 332 RR1B259TF
BS 333 333 RR1DF64TF
BS 334 647 RR1B259TF
BS 648 715 RR1DF64JQ

RD RR1B259TF 647 0 0
GGAGAGCTCAGAAGAGAGAGAGATGGGAGAGATTGTGTTTACGGAGAAGCAAGAAGCTTT
GGTGAAGGAGTCTTGGGAGATACTCAAGCAAGACATCCCCAAATACAGTCTTCACTTCTT
CTCACAGATACTGGAGATTGCACCAGCAGCAAAGGACATGTTCTCTTTCCTAAGAGACAC
AGATGAAGTCCCTCATAACAATCCTAAACTCAAAGCTCATGCTGTTAAAGTCTTCAAGAT
GACATGTGAAACGGCAATACAGCTGAGGAAGAAAGGGAAGGTAGTGGTGGCTGACACAAC
CCTCCAATACTTGGGCTCTGTTCATCTCAAGATCGGTGTTCTTGATCCTCACTTTGAGGT
GGTGAAAGAGGCTTTGGTGAGGACACTGAAAGAAGGGCTGGGAGAGAAATACAATGAAGA
AGTTGAAGGAGCTTGGTCTCAAGCTTATGATCACTTGGCTTTAGCTATTAAAGCCGAGAT
GAAACAAGAAGACTCACAGAAACCCTAAATATCACTGGAGTATATGCTCATACATATTTG
TGTATGTGTGCACCAATACTACATGCTTTGACTTCCTACAGTTCATTGTCTTTAAATAAG
GATTTTGAGATATTGTGATGGAGATAAATTGGTACCGTTGTTTCTCT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1DF64TF 610 0 0
GG
GAGCTCAGAAGAGAGAGAGATGGGAGAGATTGTGTTTACGGAGAAGCAAGAAGCTTTGGT
GAAGGAGTCTTGGGAGATACTCAAGCAAGACATCCCCAAATACAGTCTTCACTTCTTCTC
ACAGATACTGGAGATTGCACCAGCAGCAAAGGACATGTTCTCTTTCCTAAGAGACACAGA
TGAAGTCCCTCATAACAATCCTAAACTCAAAGCTCATGCTGTTAAAGTCTTCAAGATGAC
ATGTGAAACGGCAATACAGCTGAGGAAGAAAGGGAAGGTAGTGGTGGCTGACACAACCCT
CCAATACTTGGGCTCTGTTCATCTCAAGAGCGGTGTTCTTGATCCTCACTTTGAGGTGGT
GAAAGAGGCTTTGGTGAGGACACTGAAAGAAGGGCTGGGAGAGAAATACAATGAAGAAGT
TGAAGGAGCTTGGTCTCAAGCTTATGATCACTTGGCTTTAGCTATTAAAGCCGAGATGAA
ACAAGAAGACTCACAGAAACCCTAAATATCACTGGAGTATATGCTCATACATATTTGTGT
ATGTGTGCACCAATACTACATGCTTTGACTTCCTACAGTTCATTGTCTTTAAATAAG*AT
TTTGAGAT

QA 3 610 3 610
DS 

RD RR1CH85TF 128 0 0
G
TATGCTCATACATATTTGTGTATGTGTGCATCAATACTACATGCTTTGACTTCCTACAGT
TCATTGTCTTTAAATAAGGATTTTGAGATATTGTGATGGAGATAAATTGGTACCGTTGTT
TCTCT
TG

QA 2 126 2 126
DS 

RD RR1DF64JQ 327 0 0
AAAGAAGGGCTGGGAGAGAAATACAATGAAGAAGTTGAAGGAGCTTGGTCTCAAGCTTAT
GATCACTTGGCTTTAGCTATTAAAGCCGAGATGAAACAAGAAGACTCACAGAAACCCTAA
ATATCACTGGAGTATATGTTCATACATATTTGTGTATGTGTGCACCAATACTACATGCTT
TGACTTCCTACAGTTCATTGTCTTTAAATAAGGATTTTGAGATATTGTGATGGAGATAAA
TTGGTACCGTTGTTTCTCTCGAAAAGCTTTCATGAGAAACAAGATACGGTTTGAAATTAA
ACCGACAAATCAAAGTGGTTTTTAATC

QA 1 327 1 327
DS 



AS 1 4

CO CL2876Contig1 919 4 12 U
GGAATGCGATAAAAAAAAGAAAAAGAAGAGTCAAAAGACACAGAGATCCGACCATCGGAG
CAAAGACGAAGAACATATGATGTCGGAGGGAGGAGCACCGTCGAAGTACGTGAAGTTGAC
GAAGGAGCAAGCTCCGGTCGATGAGGTTAATCCCGGCGAACTCAATCAACCCATTCAGGT
TCCCCATCTAGCTGTTCAGAAATGCAACGAGTGTGGCCAAGCTCTACTTGAGAATTTTGA
AGCTCCTGCAGATGAGCCATGGACTACTGGAATATTCGGGTGCACTGGGGGCATGAGTAG
CTTTTGGCAGGGACTCTTTTGCCCAAGTGTTCTCTTCGGACGTGTCTATGAAACTCTGAG
TGACGAAGAAACCTCGTGGACCAAGGCATGTATTTGCCACTCGATTGTAGTTGAAGGCGG
TCTAACAGTCGCATCCATTGCTGCTTGTGCTCCCGGTATCGATCCGCATACAACATTTCT
TATGTGGGAAGGCTTGTTGTTTGTTTGGTGGATGTGTGGGATTTACACCGGTAACGTCAG
GCAAACTCTACAGAGGAAATATCATCTCCAGAACTCTCCATGTGACCCATGTATGGTGCA
TTGTTGTCTCCATTTCTGTGCGGTTTGTCAAGAGCACCGTGAGATGAAGAACCGTCTTTC
AGACAACTTTGTGATGCCCATGACTGTGGTTAACCCGCCACCGGTTCAAGAGATGACTGC
CTCTAATGACCCCGTCCCTGTTTCACGTCATGGCTCTGGGCTCGAGATGCGGCCATTGTA
GAGACTCAATGTTTCAACCAGATTTCAAGGTCCTGTTTTGTTCTGTTTTGTAATGGACCT
GTTGTTTTTATGAGGAATGGATTATATGTAAACCGACTTGGTTTGTTTAATATTCATACA
ATCATATGATCCTTATCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B060TF U 1
AF RR1B583TF U 37
AF RR1B583JQ C 94
AF RR1CE46TF U 376
BS 1 227 RR1B060TF
BS 228 228 RR1B583TF
BS 229 287 RR1B060TF
BS 288 288 RR1B583TF
BS 289 290 RR1B060TF
BS 291 291 RR1B583TF
BS 292 429 RR1B060TF
BS 430 430 RR1B583TF
BS 431 730 RR1B060TF
BS 731 731 RR1B583TF
BS 732 805 RR1B060TF
BS 806 919 RR1CE46TF

RD RR1B060TF 805 0 0
GGAATGCGATAAAAAAAAGAAAAAGAAGAGTCAAAAGACACAGAGATCCGACCATCGGAG
CAAAGACGAAGAACATATGATGTCGGAGGGAGGAGCACCGTCGAAGTACGTGAAGTTGAC
GAAGGAGCAAGCTCCGGTCGATGAGGTTAATCCCGGCGAACTCAATCAACCCATTCAGGT
TCCCCATCTAGCTGTTCAGAAATGCAACGAGTGTGGCCAAGCTCTACCTGAGAATTTTGA
AGCTCCTGCAGATGAGCCATGGACTACTGGAATATTCGGGTGCACTGAGGACATGAGTAG
CTTTTGGCAGGGACTCTTTTGCCCAAGTGTTCTCTTCGGACGTGTCTATGAAACTCTGAG
TGACGAAGAAACCTCGTGGACCAAGGCATGTATTTGCCACTCGATTGTAGTTGAAGGCGG
TCTAACAGTTGCATCCATTGCTGCTTGTGCTCCCGGTATCGATCCGCATACAACATTTCT
TATGTGGGAAGGCTTGTTGTTTGTTTGGTGGATGTGTGGGATTTACACCGGTAACGTCAG
GCAAACTCTACAGAGGAAATATCATCTCCAGAACTCTCCATGTGACCCATGTATGGTGCA
TTGTTGTCTCCATTTCTGTGCGGTTTGTCAAGAGCACCGTGAGATGAAGAACCGTCTTTC
AGACAACTTTGTGATGCCCATGACTGTGGTTAACCCGCCACCGGTTCAAGAGATGACTGC
CTCTAATGACTCCGTCCCTGTTTCACGTCATGGCTCTGGGCTCGAGATGCGGCCATTGTA
GAGACTCAATGTTTCAACCAGATTT

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1B583TF 769 0 0
GGG
ACAGAGATCCGACCATCGGAGCAAAGACGAAGAACATATGATGTCGGAGGGAGGAGCACC
GTCGAAGTACGTGAAGTTGACGAAGGAGCAAGCTCCGGTCGATGAGGTTAATCCCGGCGA
ACTCAATCAACCCATTCAGGTTCCCCATCTAGCTGTTCAGAAATGCAACGAGTGTGGCCA
AGCTCTACTTGAGAATTTTGAAGCTCCTGCAGATGAGCCATGGACTACTGGAATATTCGG
GTGCACTGGGGGCATGAGTAGCTTTTGGCAGGGACTCTTTTGCCCAAGTGTTCTCTTCGG
ACGTGTCTATGAAACTCTGAGTGACGAAGAAACCTCGTGGACCAAGGCATGTATTTGCCA
CTCGATTGTAGTTGAAGGCGGTCTAACAGTCGCATCCATTGCTGCTTGTGCTCCCGGTAT
CGATCCGCATACAACATTTCTTATGTGGGAAGGCTTGTTGTTTGTTTGGTGGATGTGTGG
GATTTACACCGGTAACGTCAGGCAAACTCTACAGAGGAAATATCATCTCCAGAACTCTCC
ATGTGACCCATGTATGGTGCATTGTTGTCTCCATTTCTGTGCGGTTTGTCAAGAGCACCG
TGAGATGAAGAACCGTCTTTCAGACAACTTTGTGATGCCCATGACTGTGGTTAACCCGCC
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GCTCGAGATGCGGCCATTGTAGAGACTCAATGTTTCAACCAGATTT

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DS 

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ATTCGGGTGCACTGGGGGCATGAGTAGCTTTTGGCAGGGACTCTTTTGCCCAAGTGTTCT
CTTCGGACGTGTCTATGAAACTTTGAGTGACGAAGAAACCTCGTGGACCAAGGCATGTAT
TTGCCACTCGATTGTAGTTGAAGGCGGTCTAACAGTCGCATCCATTGCTGCTTGTGCTCC
CGGTATCGATCCGCATACAACATTTTTTATGTGGGAAGGCTTGTTGTTTGTTTGGTGGAT
GTGTGGGATTTACACCGGTAACGTCAGGCAAACTCTACAGAGGAAATATCATCTCCAGAA
CTCTCCATGTGACCCATGTATGGTGCATTGTTGTCTCCATTTCTGTGCGGTTTGTCAAGA
GCACCGTGAGATGAAGAACCGTCTTTCAGACAACTTTGTGATGCCCATGACTGTGGTTAA
CCCGCCACCGGTTCAAGAGATGACTGCCTCTAATGACCCCGTCCCTGTTTCACGTCATGG
CTCTGGGCTCGAGATGCGGCCATTGTAGAGACTCAATGTTTCAACCAGATTTCAAGGTCC
TGTTTTGTTCTGTTTTGTAATGGACCTGTTGTTTTTATGAGGAATGGATTATATGTAAAC
CGACTTGGTTTGTTTAA
G

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DS 

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AG
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TTGCTACTTGTGCTCCCGGTATCGATCCGCATACAACATTTCTTATGTGGGAAGGCTTGT
TGTTTGTTTGGTGGATGTGTGGGATTTACACCGGTAACGTCAGGCAAACTCTACAGAGGA
AATATCATCTCCAGAACTCTCCATGTGACCCATGTATGGTGCATTGTTGTCTCCATTTCT
GTGCGGTTTGTCAAGAGCACCGTGAGATGAAGAACCGTCTTTCAGACAACTTTGTGATGC
CCATGACTGTGGTTAACCCGCCACCGGTTCAAGAGATGACTGCCTCTAATGACTCCGTCC
CTGTTTCACGTCATGGCTCTGGGCTCGAGATGCGGCCATTGTAGAGACTCAATGTTTCAA
CCAGATTTCAAGGTCCTGTTTTGTTCTGTTTTGTAATGGACCTGTTGTTTTTATGAGGAA
TGGATTATATGTAAACCGACTTGGTTTGTTTAATATTCATACAATCATATGATCCTTATC
GC

QA 3 544 3 544
DS 



AS 1 4

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GGACCAACCTGAGAGACTGCGAATTCAAGATCCTTAACCCTAACAGCATCCTCGGAGATG
ATAAAATCTCCGGAAGGGAATCGCGCCAGAGGCTTACGCCCCAAATCCAAAACTACCTCT
ATGAGCTCGCTGATTTCAGGATGCTCCTCCAGCGTCCGTCGTATCTCCTCCGGTACGAGC
GCCAGCAGACGGCGTAATTCGTCATCGAAGCTGTCCTCCTCGTCTTCTGATTCCGGAACT
GCGATCGGAGACGAAGAGGCGGCGGGGATTGCAACGACTCGAGGTGAAGAAGAGGAAGAG
GAAGGTACGAAATTATTGCTGAAGAGTTGGTGAAACAGTAGAGACGATCGGCGTAGGATG
CCCCGTTGGTGGCTTAAGAGCGTTAATGGAGGAGGAACATGATTGCTCAGTGATAAGCTC
AGCATCTTCCTCCTTTCCCTGAATATCGTTTTTTAGTTCGAGCATTTAAATATGAACGTT
TACCAACCACGTGCACGAATCATCAGAAGACACGTCACCAAAGGTTCACAAGTGATTTTT
TTGGGCGTATTTTTTTATTGTATGTTTAGTTCTTGTGAATAAATTCACCAGTTGATAAAA
GAAAGAGAGTTTAATTAATAGAAGTCCAACGCAGAGATTGTCTTCATACAAAGTTCTATT
TATGATATCATACACAACAAGAGAATGCAAGAGTCTTATGTAAAAGTTTCTACTGTGTAT
CGAGTGCAAGATCGTGCCAAACTTCTCTATCTGGCTGCTGAGTTTCTTGATTAGTTTCTT
CAGTATCATCAGTCCTAACAGCAAGCACTGGAGGCAATGGGAGATCATCATCAGGGAGAG
TGTCCCTCATCCACTCTTCATCCACAATGTCTATAAGCATACCAAGACTTATTTCTGCCA
TTGGACTATTCAAAGCCAGATGATAAGTCTTAGGGTTCTATTGAGGAAATACGTCGAGCA
GGTGGTGAGCAATCGATCAAGGGAATAGAACCAGGTATCGAATTCGAACCGAGAATTCAA
CGCTGACCCTCGAAGAAAGACTCGATTCTCAGTGCGAAAAAAACGTAAGTTCGATTGAAT
CAGTCAAAAAATTGCAAGAGAGTCACCTGGTAGAGACGGCGATGGAACCAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GZ49TFB U 1
AF RR1GZ49JQ C 169
AF RR1CG91TF C 597
AF RR1CG91JQ U 642
BS 1 618 RR1GZ49TFB
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BS 642 1135 RR1CG91JQ

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GAAAGAGAGTTTAATTAA

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DS 

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CGGCGTAGGATGCCCCGTTGGTGGCTTAAGAGCGTTAATGGAGGAGGAACATGATTGCTC
AGTGATAAGCTCAGCATCTTCCTCCTTTCCCTGAATATCGTTTTTTAGTTCGAGCATTTA
AATATGAACGTTTACCAACCACGTGCACGAATCATCAGAAGACACGTCACCAAAGGTTCA
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CAAAGTTCTATTTATGATATCATACACAACAAGAGAATGCAAGAGTCTTATG
G

QA 1 532 1 532
DS 

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TCTTCAGTATCATCAGTCCTAACAGCAAGCACTGGAGGCAATGGGAGATCATCATCAGGG
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GCCATTGGACTATTCAAAGCCAGATGATAAGTCTTAGGGTTCTATTGAGGAAATACGTCG
AGCAGGTGGTGAGCAATCGATCAAGGGAATAGAACCAGGTATCGAATTCGAACCGAGAAT
TCAACGCTGACCCTCGAAGAAAGACTCGATTCTCAGTGCGAAAAAAACGTAAGTTCGATT
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DS 

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AAAAGTTTCTACTGTGTATCGAGTGCAAGATCGTGCCAAACTTCTCTATCTGGCTGCTGA
GTTTCTTGATTAGTTTCTTCAGTATCATCAGTCCTAACAGCAAGCACTGGAGGCAATGGG
AGATCATCATCAGGGAGAGTGTCCCTCATCCACTCTTCATCCACAATGTCTATAAGCATA
CCAAGACTTATTTCTGCCATTGGACTATTCAAAGCCAGATGATAAGTCTTAGGGTTCTAT
TGAGGAAATACGTCGAGCAGGTGGTGAGCAATCGATCAAGGGAATAGAACCAGGTATCGA
ATTCGAACCGAGAATTCAACGCTGACCCTCGAAGAAAGACTCGATTCTCAGTGCGAAAAA
AACGTAAGTTCGATTGAATCAGTCAAAAAATTGCAAGAGAGTCACCTGGTAGAGACGGCG
ATGGAACCAAAAAA

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 4

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TATAAACAGTCGTGAAATTGTAATGGACTCTGTATTTCACATAAAAGAATTCAAAAGACA
ATGAAAAGAAAAATGTCAAATGACTCAATCCAAGAGGGATGTATCAGGCAATAACAACAT
CAGAGGTCACTCGGCATATACCAACAATGTGAATGTGTTTTAAAGGAAAAAAAAATAAAA
GTCTCCCGAGTCGGAAGAAAAACCACGCAAAGAGGAATTACTTTGGGTAAGCCTGAGGAG
GATAAGCTGGACCTGGAGGGTACTGAGGATAAGCTGGAGGGTTCTGAGGATAGCCAGAAG
GTGGATAACCTTGTGGAGGGTGTTGAGGATAGCCAGAAGGTGGATAACCATGTGGTGGGT
GTTGAGGATAACCAGAAGGTGGGTAGCCTTGTGGAGGATAACCGATTGCGGGTGGAGTTG
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TACCATCTCTCTTGTCCATTTCTACCTTGTGTTGTGTCTGCATACACGCGCAAACCGTGC
AGTAAACCATGTCAGCTAAACAAGAGAGCAACTGAGAAGCTTCAGAAAGCTCATCAATGC
CGACGATACATGCAACTATGGAGAATATGCAAGCCACTTGGCTGAGGCAAACCATAAATC
CAATGATGCAGTTGTCACATTGGGTTGTCTGAATCTGGAACTCATCTTGCAGAAGAAAAC
GAGTGGATGCGACAGAGGTTCCAAAGCAGCAAAAGACCTCAGTGGCAAGACAGAGTTGAG
GACATTTGGTTTCTCCACACCTGCCACTACAAGGCATGTACC*GGCGCAGCAAGTGTACC
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AGACGTTGCGGAAGTTCTGGCGTTCCTGCATCTTCTCCGTATCGAATTTCGGCGCCATGT
TTTCGAATGACCAATCTAGAGAGGAAGAAGGCAAGGCGATAAGGGATCAGAGACTCGAAA
GAGAATCTGATCAAAATCACATCTACAGCTTCTCCCTCTCTTTTTCTTTTCCACACAAAC
GCGTTTCTGACTTGAGCTCTCTCAACCGTCGCCAACTTGTAAAGAAAAAAAAACACAACT
GGCGTTGACTAGAGGAAGTTACGAGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1GZ27JQ U 1
AF RR1C924JQ U 98
AF RR1GZ27TFB C 601
AF RR1C924TF C 577
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CC

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DS 



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BQ
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AF RR1EW29JQ U 1
AF RR1DG28JQ U 41
AF RR1EW29TF C 7
AF RR1DG28TF C 41
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TTGTGAGGAGGCTGCTG

QA 1 737 1 737
DS 

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AAAACACAGAACTTTGTAGAGTTGCAAGGAAAAACGGCTCAAACAATGCAAGAAAATAGC
CATATTGCATCTTCATCAGTCTTAACACACTTGCGTCTTCTCTTCAGACACTAAATCGAC
TTCTTCTTGAATCATCATGGTTAGTGAAAAATATCTTGTCGGTGACATCAAGTATCTCCT
TCCACTTCTTCCCAATACCCATCAGAACAGCTTCATTAGATTTAGTCCTAGTCCACAAGG
AGAGCTTGTCTTGCTTTTGGCGGACACTAGCAACCACACCACAAATCTCATCTGACTCAT
CAAACTGCTCTCCAACTAAAGCCATCAAAGTTTCAAGCCAAGCCTTGTCTAAAGCTTGCT
TCCTGTTGTTGGTAACAACATAAGTCCACTTGCCGCCGTTAGCACACTCAGGATCTTCCC
ACTTTGGCTCAACACCAGCTTTGAACATGTGAATGTCAGCATTGGGTGTCAATCTGCTGG
GAACGAATATAGTCTCGTGCAAACCCCAGAAATCTTCGACGGTATCGAAGGTACATGCTT
TACGGAGGGAAGCTCCCCACGCGTCGCCTTGCTTTGGTTTGGACTGGTCATCGAACCAGA
AACTCCACTTTCTTTCGAGCTTGTGAGGAGGCTGCTGCTTCTCCGTCGATTCAATCGCCG
TTGCCTCCGCCG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1EW29TF 814 0 0
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CTGGACTTAATAT*AAGAAAAAATATCTTT*AGTAAAACACAGAACTTTGTAGAGT*GCA
AGGAAAAACGGCTCAAACAATGCAAGAAAATAGCCATATTGCATCTTCATCAGTCTTAAC
ACACTTGCGTCTTCTCTTCAGACACTAAATCGACTTCTTCTTGAATCATCATGGTTAGTG
AAAGATATCTTGTCGGTGACATCAAGTATCTCCTTCCACTTCTTCCCAATACCCATCAGA
ACAGCTTCATTAGATTTAGTCCTAGTCCACAAGGAGAGCTTGTCTTGCTTTTGGCGGACA
CTAGCAACCACACCACAAATCTCATCTGACTCATCAAACTGCTCTCCAACTAAAGCCATC
AAAGTTTCAAGCCAAGCCTTGTCTAAAGCTTGCTTCCTGTTGTTGGTAACAACATAAGTC
CACTTGCCGCCGTTAGCACACTCAGGATCTTCCCACTTTGGCTCAACACCAGCTTTGAAC
ATGTGAATGTCGGCATTGGGTGTCAATCTGCTGGGAACGAATATAGTCTCGTGCAAACCC
CAGAAATCTTCGACGGTATCGAAGGTACATGCTTTACGGAGGGAAGCTCCCCACGCGTCG
CCTTGCTTTGGTTTGGACTGGTCATCGAACCAGAAACTCCACTTTCTTTCGAGCTTGTGA
GGAGGCTGCTGCTTCTCCGTCGATTCAATCGCCGTTGCCTCCGCCGCCGCAAGGGCTTCG
TTCACATCTTCTGTCGCCATATTCTTCTTCGCCC

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1DG28TF 780 0 0
GATGAATTCAAAGTAATTTTATATGACTGAACTTAATATTAAGAAAAA*TATCTTTTAGT
AAAACACAGAACTTTGTAGAGTTGCAAGGAAAAACGGCTCAAACAATGCAAGAAAATAGC
CATATTGCATCTTCATCAGTCTTAACACACTTGCGTCTTCTCTTCAGACACTAAATCGAC
TTCTTCTTGAATCATCATGGTTAGTGAAAAATATCTTGTCGGTGACATCAAGTATCTCCT
TCCACTTCTTCCCAATACCCATCAGAACAGCTTCATTAGATTTAGTCCTAGTCCACAAGG
AGAGCTTGTCTTGCTTTTGGCGGACACTAGCAACCACACCACAAATCTCATCTGACTCAT
CAAACTGCTCTCCAACTAAAGCCATCAAAGTTTCAAGCCAAGCCTTGTCTAAAGCTTGCT
TCCTGTTGTTGGTAACAACATAAGTCCACTTGCCGCCGTTAGCACACTCAGGATCTTCCC
ACTTTGGCTCAACACCAGCTTTGAACATGTGAATGTCAGCATTGGGTGTCAATCTGCTGG
GAACGAATATAGTCTCGTGCAAACCCCAGAAATCTTCGACGGTATCGAAGGTACATGCTT
TACGGAGGGAAGCTCCCCACGCGTCGCCTTGCTTTGGTTTGGACTGGTCATCGAACCAGA
AACTCCACTTTCTTTCGAGCTTGTGAGGAGGCTGCTGCTTCTCCGTCGATTCAATCGCCG
TTGCCTCCGCCGCCGCAAGGGCTTCGTTCACATCTTCTGTCGCCATATTCTTCTTCGCCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 4

CO CL2880Contig1 907 4 8 U
TGTAAATTTGAGATTAACTACTGGAAAGAACAAGTACAAAATGAACTCTAAAGTTACAAC
ACTAGGGAAACACAGAAAACAGATAATGTCTAAATTCTGACGACATAAAGCATCATATTC
GCTTGTAAACAAGTTTAAGAGGGGATAGTTTCCTCTCGATCTCTCTCCTTTTTAAAAGGT
TACAAAAAGGATAACAAAAGCGGATAAGATAGCAGGTAGCATAAAGGGAAGGGATCATTG
CAAACACTTGTAATCTGAAGTCGTTTTAGGACGGCATGTAAGTGGACGTATCAATCTGCT
CAGGAAGTTCCTTGATATCAACCTCAAACCTATCTTGTACCTGGTTGAGAACTTCAGAAT
CAGAAGCTGATGCCACGAATGTTATTGCAAGACCCTTTGTTCCGAACCTTCCAGCTCTAC
CAACCCTGTGAAGATATGTATCAGCAGAATCTGGCATGTCGTAGTTGATGACAATGTTGA
CACGCTCAATGTCAATTCCTCTCCCTACCAAGTCTGTCGCCACCAGAATTCTCTTGTGCC
CTTCCTTGAAACTTTTGTAGTGGGTCAGCCTCTCTTCCTGAGACATGCCAGAGTGAATGC
ATATCGAAGGGAAATTGCATTCAATAAGCAACTTGTTCAGCTCCCCAGCTCTACTAACGC
TCTTCACAAAGATAACAACTTGATTGAAGTCCAATGCATCGAGAAGGTCATTCAACTTGC
GGTTTTTCTCCATCTCGCTCAGTTTGATGTAGTGCTGGACAAGACCATGAAGAGTCAATT
TGGCTTCATCATCAACATATATCTCCATTGGCTGAAAGGAATAGATATCAGAGTAAAGTG
TTATTAGCAAGCCTTCCTCAGAAAAATCAATACAGAATCGAGGACGGATGAAAGACCCCC
AAACTGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FU78TF C 1
AF RR1FU78JQ U 2
AF RR1AY57JQ U 88
AF RR1AY57TF C 119
BS 1 1 RR1FU78TF
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BS 221 745 RR1FU78JQ
BS 746 827 RR1AY57JQ
BS 828 907 RR1AY57TF

RD RR1FU78TF 746 0 0
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TCTTCACAAAGATAACAACTTGATTGAAGTCCAATGCATCGAGAAGGTCATTCAACTTGC
GGTTTTTCTCCATCTCGCTCAGTTT
C

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1FU78JQ 745 0 0
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CTAGGGAAACACAGAAAACAGATAATGTCTAAATTCTGACGACATAAAGCATCATATTCG
CTTGTACACAAGTTTAAGAGGGGATAGTTTCCTCTCGATCTCTCTCCTTTTTAAAAGGTT
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AAACACTTGTAATCTGAAGTCGTTTTAGGACGGCATGTAAGTGGACGTATCAATCTGCTC
AGGAAGTTCCTTGATATCAACCTCAAACCTATCTTGTACCTGGTTGAGAACTTCAGAATC
AGAAGCTGATGCCACGAATGTTATTGCAAGACCCTTTGTTCCGAACCTTCCAGCTCTACC
AACCCTGTGAAGATATGTATCAGCAGAATCTGGCATGTCGTAGTTGATGACAATGTTGAC
ACGCTCAATGTCAATTCCTCTCCCTACCAAGTCTGTCGCCACCAGAATTCTCTTGTGCCC
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TATCGAAGGGAAATTGCATTCAATAAGCAACTTGTTCAGCTCCCCAGCTCTACTAACGCT
CTTCACAAAGATAACAACTTGATTGAAGTCCAATGCATCGAGAAGGTCATTCAACTTGCG
GTTTTTCTCCATCTCGCTCAGTTT
C

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1AY57JQ 740 0 0
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GTTTCCTCTCGATCTCTCTCCTTTTTAAAAGGTTACAAAAAGGATAACAAAAGCGGATAA
AATAGCAGGTAGCATAAAGGGAAGGGATCATTGCAAACACTTGTAATCTGAAGTCGTTTT
AGGACGGCATGTAAGTGGACGTATCAATCTGCTCAGGAAGTTCCTTGATATCAACCTCAA
ACCTATCTTGTACCTGGTTGAAAACTTCAGAATCAGAAGCTGATGCCACGAATGTTATTG
CAAGACCCTTTGTTCCGAACCTTCCAGCTCTACCAACCCTGTGAAGATATGTATCAGCAG
AATCTGGCATGTCGTAATTGATGACAATGTTGACACGCTCAATGTCAATTCCTCTCCCTA
CCAAGTCTGTCGCCACCAGAATTCTCTTGTGCCCTTCCTTGAAACTTTTGTAGTGGGTCA
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AGTCCAATGCATCGAGAAGGTCATTCAACTTGCGGTTTTTCTCCATCTCGCTCAGTTTGA
TGTAGTGCTGGACAAGACCATGAAGAGTCAATTTGGCTTCATCATCAACATATATCTCCA
TTGGCTGAAAGGAATAGATA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1AY57TF 789 0 0
TTCGC
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AAAAAGGATAACAAAAGCGGATAAGATAGCAGGTAGCATAAAGGGAAGGGATCATTGCAA
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CCCTGTGAAGATATGTATCAGCAGAATCTGGCATGTCGTAGTTGATGACAATGTTGACAC
GCTCAATGTCAATTCCTCTCCCTACCAAGTCTGTCGCCACCAGAATTCTCTTGTGCCCTT
CCTTGAAACTTTTGTAGTGGGTCAGCCTCTCTTCCTGAGACATGCCAGAGTGAATGCATA
TCGAAGGGAAATTGCATTCAATAAGCAACTTGTTCAGCTCCCCAGTTCTACTAACGCTCT
TCACAAAGATAACAACTTGATTGAAGTCCAATGCATCGAGAAGGTCATTCAACTTGCGGT
TTTTCTCCATCTCGCTCAGTTTGATGTAGTGCTGGACAAGACCATGAAGAGTCAATTTGG
CTTCATCATCAACATATATCTCCATTGGCTGAAAGGAATAGATATCAGAGTAAAGTGTTA
TTAGCAAGCCTTCCTCAGAAAAATCAATACAGAATCGAGGACGGATGAAAGACCCCCAAA
CTGC

QA 6 789 6 789
DS 



AS 1 3

CO CL2881Contig1 1282 3 18 U
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AGAAACGTTTTCAAGCATTCCAGGGAAGTAAAAAAAAAAACGAGTTTAAGAGCTGCTCTC
TTTTTCGATCTTCTCAATCTCTTCACGGTGCTTTCTTTCAGCTTCTTCAAGCTCTCTCTC
AGCGTCTTCTTCCTCTTCGATTCTGTCAAGATTATCGAACTCCTTAGTTGCTGCCATGGC
CTTCACAACAGGGTCTCTCAACTCGGAGATAAAACCACCACCGACTTTGTACCCTTCTTC
ATCGCCAATCAAAAACAACCGTTGGTCAGGACCAGACGCCATTGGTATATCCACCGCCAA
AAGCTTCATGTCATACTGGCCTTTCTTCTTCTTAACTTCGACGCTAACAAGCCCCTTTCT
CTCAGAACCTTGAACAGGGAAGAGGAGAAAGCAACGCTTGCTCCTAATCGTTGGCTTGAA
CTTCTTGAACGTTATCCCACCACCTGACATCACATAGGCTCTCAAATCTGATCCAGCCAG
AGGCGCACCCATAACTTCAAGAATATCAGCTGCTGTGTTGATCTTCCTCATCGTCATCCT
GTATACTTTATCCGGATTTATCGTGAACCTCGACCGCAGGTACAGTCCAGAGAAGGCAAC
GATGGCAGAGGAGAGAGCTAGGAACCCATACTTAGCCATACCCTCTGATAACCCAACAAA
GGTACTCGCAATACCAAACATAATCCTCCAAAGGAAGATACACACAAACACACCACCAGC
TCCATACAAGACAAGACTATTCTTCTTCCAGACGCATCGACATGCAACCCCATAGCCTCA
CGGTACCTAGCGAAGCTGGAGCTAACAGCCTTAACAGGCTTGTCAACGACCTTCCTCGCG
AAGCTCCCATCGACTTTACGAAACCCGGAGGTCTTAGTGGAAAGCAACCTGAACGCACTT
GTAAATGTAAAGTTTGGGTTTTTCACGCGAGAGAGACCTAAAGGTTGGAGCTTTTGGTTG
AGATTGGTGGGAGAGGAGAGGATCTGAGATAAGCCCACGTTGGGTTTGGGTGGTGGTGAG
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ACCTTGGTGTAATGTGACCGGATAAACGTGTGTACTGCTCTGAAGTCCGATGGTTTCACC
ATCTTTGTAGATCGGATTCGAGTGAGTGTAAACGGTCGGAATCAAGCCCTTGAAGAAAAG
CTATCGCCTTTGCTGAGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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GTTCCC

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DS 



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GTTACAACAGAACAGACAATGAATATACATCAATCCAAAATCCTTCCAAAGTTTTTGCTT
TACGTTCTCAAAAACGTAGGGACAACTTTCTGTCCTCACAAACAATAATACAAATTTTTT
ATAAAAAAAAAGAAAATCATACAAAAATGCATAACTTCAATCACCTTCTTTCTACAAAAA
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1BQ84JQ U 64
AF RR1DL75TF C 444
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TACGTTCTCAAAAACGTAGGGACAACTTTCTGTCCTCACAAACAATAATACAAATTTTTT
ATAAAAAAAAAGAAAATCATACAAAAATGCATAACTTCAATCACCTTCTTTCTACAAAAA
AGCTTCTTCTTGTTTTGTTGTTCTCCTTTTTTCAAGCTCTACTGAGATCAGGAGGGTCTC
TCTCAGTTGGAGAGCCAGGGACGAAAGGGACAAAGACACGGCCTCCAAAGACAGGTCTCA
TGAAGGAGTCATCAAACTTTCTCCAGTAATAATGCACTGTTCTAGTGGGCCGTGTCAAGA
AGCCACGTATACTATCAGGCCTAGGCACATTGTGGTTATTCCCTGTAAACTCAATGAACG
AGTCTTGGTCCACCAGCAAAGGGATCGTGATGGATTTTGGGGTGTTGTTGTTGTCATCAG
AAAGCATGCTCGTTGTGGCTTTCTGGTGTGGCAATAGATATCTTATGAGCGGTTTCGTCA
GCATACCGAACACCACTGTGCTGAAAAGACAGACGGTTATAGTACTGGTGATCATGATCG
CATTCCCACGCAGATCCGTGTGTCCAGCCCTTGTAAACTTGTTGTATGCAAGAGCCATTG
ACACAGCACCTCTCATGAGACCAGACCACCAAATCACAACCTGCATCTTGAAGTTGATCT
TC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1BQ84JQ 768 0 0
C
CAACAGAACAGACAATGAATATACATCAATCCAAAATCCTTCCAAAGTTTTTGCTTTACG
TTCTCAAAAACGTAGGGACAACTTTCTGTCCTCACAAACAATAATACAAATTTTTTATAA
AAAAAAAGAAAATCATACAAAAATGCATAACTTCAATCACCTT*TTTCTACAAAAAAGCT
TCTTCTTGTTTTGTTGTTCTCCTTTTTTCAAGCTCTACTGAGATCAGGAGGGTCTCTCTC
AGTTGGAGAGCCAGGGACGAAAGGGACAAAGCCACGGCCTCCAAAGACAGGTCTCATGAA
GGAGTCATCAAACTTTCTCCAGTAATAATGCACTGCTCTAGTGGGCCGTGTCAAGAAGCC
ACGTATACTATCAGGCCTAGGCACATTGTGGTTATTCCCTGTAAACTCAATGAACGAGTC
TTGGTCCACCAGCAAAGGGATCGTGATGGATTTTGGGGTGTTGTTGTTGTCATCAGATAG
CATGCTCGTTGTGGCTTTCTGGTGTGGCAATAGGTATCTTATGAGCGGTTTCGTCAGCAT
ACCGAACACCACTGTGCTGAAAAGACAGACGGTTATAGTACTGGTGATCATGATTGCATT
CCCACGCAGATCCGTGTGTCCAGCCCTTGTAAACTTGTTGTATGCAAGAGCCATTGACAC
AGCACCTCTCATGAGACCAGACCACCAAATCACAACCTGCATCTTGAAGTTGATCTTCTC
GCTTTCGTTCTTCTTGACAAAGTTCGACAGGAACGACAATGGAAAAA

QA 2 768 2 768
DS 

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ATCGTGATGGATTTTGGGGTGTTGTTGTTGTCATCAGAAAGCATGCTCGTTGTGGCTTTC
TGGTGTGGCAATAGATATCTTATGAGCGGTTTCGTCAGCATACCGAACACCACTGTGCTG
AAAAGACAGACGGTTATAGTACTGGTGATCATGATCGCATTCCCACGCAGATCCGTGTGT
CCAGCCCTTGTAAACTTGTTGTATGCAAGAGCCATTGACACAGCACCTCTCATGAGACCA
GACCACCAAATCACAACCTGCATCTTGAAGTTGATCTTCTCGCTTTCGCTCTTCTTGACT
AAGTTCGACAGGAACGACAATGGAAAAACGAATGCTGCTCTTCCAAGCATGACCAAACCT
ATTAGGATTGAGCTCACTGCGACCGATGTTCCCGGGCTGTCACTTACCGATCTCCACTTG
TCAATGTCCAGTGCATCCATTCCCACATACAAGAATATAAACGTCTCCGCGAGAAACGAC
AATGTTGCAAAGGTATGCTTGGTAGTGATTCTTGAGCTCTCGGTGACGTTGTGCCAGGTG
TAATGGGACATGACAATCCCACAGAAGAACACAGTGAGGATACCACTCAAGTCGA
C

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DS 

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AAACTCAATGAACGAGTCTTGGTCCACCAGCAAAGGGATCGTGATGGATTTTGGGGTGTT
GTTGTTGTCATCAGATAGCATGCTCGTTGTGGCTTTCTGGTGTGGCAATAGGTATCTTAT
GAGCGGTTTCGTCAGCATACCGAACACCACTGTGCTGAAAAGACAGACGGTTATAGTACT
GGTGATCATGATTGCATTCCCACGCAGATCCGTGTGTCCAGCCCTTGTAAACTTGTTGTA
TGCAAGAGCCATTGACACAGCACCTCTCATGAGACCAGACCACCAAATCACAACCTGCAT
CTTGAAGTTGATCTTCTCGCTTTCGTTCTTCTTGACAAAGTTCGACAGGAACGACAATGG
AAAAACGAATGCTGCTCTTCCAAGTATGACCAAACCTATTAGGATTGAGCTCACTGCGAC
CGATGTTCCCGGGCTGTCACTTACCGATCTCCACTTGTCAATGTCCAGTGCATCCATTCC
CACATACAAGAATATAAACGTCTCCGCGAGAAACGACAATGTTGCAAAGGTATGCTTGGT
AGTGATTCTTGAGCTCTCGGTGACGTTGTGCCAGGTG*AATGGGACATGACAATCCCACA
GAAGAACACAGTGAGGATACCACTCAAGTCGAAAAGCTCAGCAAGCATATAAGAAAGATA
CGCCATCAGCATCATGAGGGCAACCTCTCGGTCAGTTGAGTGTCTTCCAAAGTATAGCTT
TTTGATGACC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 4

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ACAGTCTGAAAACACAAGCATGGAGTGACGAGGACTTGTTGGATGCACTGAACCAACTAG
AGGAAGGGCTAAAAGACAAGATCAGGAAGCTGAGTTCCTTTGACAAATATAAGCAAGAGG
TTCTTCT*GGCCATCTTGACTGGAACCCCATGCACAAAGAGGCCAATTTCTGGCGTGAGA
ATGTCACTTGCTTTGAGGAGAATTACTTCCAGATACTCAGGGTTCTCCTCACAATCCTGG
ACACGTCAAGTGATCCAAGATCGTTGGCGGTGGCATGCTATGATCTCTCACAGTTCATAC
AGTACCATGCAGCGGGGAGAGTGATTGTCACAGACCTCAAGGCGAAAGAACGAGTGATGA
AATT*GATGAGCCATGAGAACGCTGAGGTTACCAAGAACGCTCTCTTGTGCATTCAGAGG
CTTCTCCTCGGGGCTAAGTACGCCAGCTTCTT*GCAAGCTTGATGGGACTTCAATGTTTC
TTT*CTATATATGGAAAGCAACCAAACAGACACAGACTGCATTT*CCTTTTTTTCCCTGT
GGTATTT*GTTGTTCACTCCAAACAAAA*CCTACCCC*AACTCC*TGCCTCTGCTTCTTG
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GTGTGTATGCTCTCTGCGGTGTTTTTTTCCTTCTGTATTTATTTATTTAATAAAGCCTTG
AGGAATGCTATTGTTACAGACAGCAGTTTTGGGCCAGCTTGTCGTTATGACTCGTGAGCA
TTTCAGTGTAATACAGATGATATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1C340JQ C 174
AF RR1C340TF U 1
AF RR1B671JQ C 84
AF RR1B671TF U 317
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BS 358 615 RR1C340TF
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CTTCTTGTCTTT*CAGTTTTACATTCCAAGACCATCTCTTT*ATTATTTGTCCAGGAAAA
A

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1C340TF 741 0 0
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TTCTTCT*GGCCATCTTGACTGGAACCCCATGCACAAAGAGGCCAATTTCTGGCGTGAGA
ATGTCACTTGCTTTGAGGAGAATTACTTCCAGATACTCAGGGTTCTCCTCACAATCCTGG
ACACGTCAAGTGATCCAAGATCGTTGGCGGTGGCATGCTATGATCTCTCACAGTTCGTAC
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AATT*GATGAGCCATGAGAACGCTGAGGTTACCAAGAACGCTCTCTTGTGCATTCAGAGG
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TTT*CTATATATGGAAAGCAACCAAACAGACACAGACTGCATTT*CCTTTTTTTCCCTGT
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TCTTT*CAGTTTTACATTCCAAGACCATCTCTTT*ATTATTTGTCCAGGAAAA*TCTGCC
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QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1B671JQ 782 0 0
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AGGAAGCTGAGTTCCTTTGACAAATATAAGCAAGAGGTTCTTCTTGGCCATCTTGACTGG
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GACTTCCAGATACTCAGGGTTCTCCTCACAATCCTGGACACGTCAAGTGATCCAAGATCG
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CAAAA*CCTACCCC*AACTCC*TGCCTCTGCTTCTTGTCTTT*CAGTTTTACATTCCAAG
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TTTTTCCTTCTGTATTTATTTATTTAATAAGGCCTTGAGGAATGCTATTGTTACAGACAG
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AC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1B671TF 548 0 0
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GAGAGTGATTGTCACAGACCTCAAGGCGAAAGAACGAGTGATGAAATTTGATGAGCCATG
AGAACGCTGAGGTTACCAAGAACGCTCTCTTGTGCATTCAGAGGCTTCTCCTCGGGGCTA
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AGCAACCAAACAGACACAGACTGCATTTTCCTTTTTTTCCCTGTGGTATTTTGTTGTTCA
CTCCAAACAAAAACCTACCCCCAACTCCCTGCCTCTGCTTCTTGTCTTTTCAGTTTTACA
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CGGTGTTTTTTTCCTTCTGTATTTATTTATTTAATAAAGCCTTGAGGAATGCTATTGTTA
CAGACAGCAGTTTTGGGCCAGCTTGTCGTTATGACTCGTGAGCATTTCAGTGTAATACAG
ATGATATA

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 3

CO CL2884Contig1 1387 3 18 U
GGGTAGAATCTCAGTAACTTTTGAATAAAAACATTTAATGAAATTGACAATGAGCTATGC
AATTGTTTTGATTGGCTCTATGATCATCACAAATCCTATAATGCTCTAACATTAACCACA
ATAAAGAAAAAGACAATACAATATTTGGTTACAAGCTGATGAATGGTTCTAACAAGGTTT
GTCAATTTGGCAACTAAAAACACCTACTGATGGATGTGTGGTCTTGAAAAGTGAAGCTGG
TCGAGCTACCATACTAAACATTTTGGTATAGCTAGGAAAATCTTCGTTCCCTGATGGTGT
AAAAAAAGCACCGTTTAGCATTTCATCTCCTTCTGATTTCCAATTCCATTCCTTCCATTC
ATCGTCTCCATCTATACTCTCTCGCTTTGTCACCTCCTTTGTGAACTGATTATCCGAAGC
TATAAACACATTCCCTTGACTAAAAATGGTCGGATTAACACTTCCACCAATTGCATACAT
CTCCCACTCTCTATAAATATTATTCACAATGTGAAAATATCCATGCCTGCACCTGGGCAT
TCGCTGGACAAGTCCTTCACCAAAATAATTAAACGCGATCGAAACCCTCATGTCTCGATC
ACCGTCAAACTCATCACTATGACCCAAAAGCATGACTTCATTATGATTCAACATGTAGTT
ATTCGAAATCGTTATATCCGTCGACCCACTCACCGCATCGATAAGACCATCGTGACACTT
CTCTAACGTACAATGATCAATCCAAACATCCCGCGAATCGAATATCGAGATCCCATCTCC
ATCAGAATACCCTCCCAACGACCGTTTCGCCGGAACGCAATGGTGGATATAAATATTGTG
TATGATTACGTTACTTACTTGATACAAAGCTAAACACGGTCCATAAGCTATCTGCACGTT
ATTTCCTCTGCCGTCTATGGTTTTGTATGAGGTCACTTGAATGTCTTCTTTTAGTGTTAT
TACCATGTCTCTATCGAATATGATCCATAGAGGTTGGTCTTGTGTTGCGGCGTAACGTAA
TGTACCTGGAGATGGGTTTAGAGGATCCTCGTCTCCTGAATCTGTTACGGTGTAGAACTC
CCCGGCTCTACCGCCTATTGAGTCGCGGCCGAATCCAACCGCGCAGTCCGCGAGGCTTTT
GCGGTTGGAGTTCCACTTCTGGTCGCATCTCCAGCAGTCGTCGATTGGATTTCCAGTGGC
TGAGCAAGAAGCTGTTGAGTTTGATGTCTCTGATGTTGACCATTGCCTTGGGGGTGACGG
TTTAGGAAACGCAGACGCAAACGCGGAAGAAGCGGTTAAGAGAAACAAGAAAATGGTACA
TACAATAGACATTATTATTTTCTTGTCTTAACAAAAGGCTTAAGTAAACTAGATCATTTC
ACTATCC


BQ
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ATCGTCTCCATCTATACTCTCTCGCTTTGTCACCTCCTTTGTGAACTGATTATCCGAAGC
TATAAACACATTCCCTTGACTAAAAATGGTCGGATTAGCACTTCCACCAATTGCATACAT
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CTCTAACGTACAATGATCAATCCAAACATCCCGC

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TTATTCGAAATCGTTATATCCGTCGACCCACTCACCGCATCGATAAGACCATCGTGACAC
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CATACAATAGACATTATTATTTTCTTGTCTTAACAAAAGGCTTAAGTAAACTAGATCATT
TCACTATCC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 4

CO CL2885Contig1 700 4 6 U
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BQ
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AF RR1AF17TF U 1
AF RR1DM62TF U 1
AF RR1H220TF U 100
AF RR1DM62JQ C 203
BS 1 335 RR1AF17TF
BS 336 336 RR1DM62TF
BS 337 621 RR1AF17TF
BS 622 622 RR1H220TF
BS 623 657 RR1AF17TF
BS 658 700 RR1H220TF

RD RR1AF17TF 657 0 0
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TTAACCTTTTCTAGAGAGAGTTTCAATCTTCTTCTAGCTGTAGAGATGGCGGGTCGGGGG
AAACAACTCGGATCTGGCGCGGCGAAGAAGGCCACTTCTCGTAGTAGCAAGGCGGGGCTC
CAATTCCCTGTGGGTCGTATCGCCCGATTCCTCAAGGCTGGAAAGTACGCTGAGCGTGTT
GGAGCTGGAGCTCCGGTTTACCTCGCCGCCGTTCTTGAATACCTCGCCGCTGAGGTGCTT
GAGCTTGCTGGGAACGCAGCGAGAGATAACAAGAAGACTCGGATTGTGCCTCGACACATT
CAGCTTGCTGTGAGGAACGACGAGGAGCTGAGCAAGCTACTTGGAGATGTGACGATTGCT
AATGGAGGAGTGATGCCTAACATCCACAATCTCCTTCTCCCCAACAAGAAGGCTGGCTCA
TCTAAGCCTGCCGATGAAGATTAGGAGATCCCAAGTGACAAAGCTGATAATGGTGTGATG
TCAGAGTGGACACGTAGTAGAGGACGCTTACACAACAGCTGTGTGGTATTAGTAGTAGTT
GCATATGATATTTTGTTTCTGCGTGTGAATATATGAAGAACACTACACTCTTCTGCT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1DM62TF 607 0 0
GG
AACCAACTCATAATTGTTATCGTCTCAAATACGCTTTGCTTTGTTCGTATACTACTTTTT
AACCTTTTCTAGAGAGAGTTTCAATCTTCTTCTAGCTGTAGAGATGGCGGGTCGGGGGAA
ACAACTCGGATCTGGCGCGGCGAAGAAGGCCACTTCTCGTAGTAGCAAGGCGGGGCTCCA
ATTCCCTGTGGGTCGTATCGCCCGATTCCTCAAGGCTGGAAAGTACGCTGAGCGTGTTGG
AGCTGGAGCTCCGGTTTACCTCGCCGCCGTTCTTGAATACCTCGCCGCTGAGGTGCTTGA
GCTTGCTGGGAACGCAGCGAGAGATAACAAGAATACTCGGATTGTGCCTCGACACATTCA
GCTTGCTGTGAGGAACGACGAGGAGCTGAGCAAGCTACTTGGAGATGTGACGATTGCTAA
TGGAGGAGTGATGCCTAACATCCACAATCTCCTTCTCCCCAACAAGAAGGCTGGCTCATC
TAAGCCTGCCGATGAAGATTAGGAGATCCCAAGTGACAAAGCTGATAATGGTGTGATGTC
AGAGTGGACACGTAGTAGAGGACGCTTACACAACAGCTGTGTGGTATTAGTAGTAGTTGC
ATATG

QA 3 607 3 607
DS 

RD RR1H220TF 601 0 0
GG
AGAGATGGCGGGTCGGGGGAAACAACTCGGATCTGGCGCGGCGAAGAAGGCCACTTCTCG
TAGTAGCAAGGCGGGGCTCCAATTCCCTGTGGGTCGTATCGCCCGATTCCTCAAGGCTGG
AAAGTACGCTGAGCGTGTTGGAGCTGGAGCTCCGGTTTACCTCGCCGCCGTTCTTGAATA
CCTCGCCGCTGAGGTGCTTGAGCTTGCTGGGAACGTAGCGAGAGATAACAAGAAGACTCG
GATTGTGCCTCGACACATTCAGCTTGCTGTGAGGAACGACGAGGAGCTGAGCAAGCTACT
TGGAG***TGACGATTGCTAATGGAGGAGTGATGCCTAACATCCACAATCTCCTTCTCCC
CAACAAGAAGGCTGGCTCATCTAAGCCTGCCGATGAAGATTAGGAGATCCCAAGTGACAA
AGCTGATAATGGTGTGATGTCAGAGTGGACACGTAGTAGAGGACGCTTACACAACAGCTG
TGTGGTATTAGTAGTAGTTGCATATGATATTTTGTTTCTGTGTGTGAATATATGAAGAAC
ACTACACTCTTCTGCTTTAGGTGTTACTGTAATATTCCACTTTGTTGACTTGTTGCAAT

QA 3 601 3 601
DS 

RD RR1DM62JQ 489 0 0
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TCGCCGCCGTTCTTGAATACCTCGCCGCTGAGGTGCTTGAGCTTGCTGGGAACGCAGCGA
GAGATAACAAGAATACTCGGATTGTGCCTCGACACATTCAGCTTGCTGTGAGGAACGACG
AGGAGCTGAGCAAGCTACTTGGAGATGTGACGATTGCTAATGGAGGAGTGATGCCTAACA
TCCACAATCTCCTTCTCCCCAACAAGAAGGCTGGCTCATTTAAGCCTGCCGATGAAGATT
AGGAGATCCCAAGTGACAAAGCTGATAATGGTGTGATGTCAGAGTGGACACGTAGTAGAG
GACGCTTACACAACAGCTGTGTGGTATTAGTAGTAGTTGCATATGATATTTTGTTTCTGT
GCGTGAATATATGAAGAACACTACACTCTTCTGCTTTAGGTGTTACTGTAATATTCCACT
TTGTTGACT

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 2

CO CL2886Contig1 923 2 4 U
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AGTCTTCCATGGCAAGGACTAAAAGCTGGAAACAAAAAACAGAAGTATGAGAGGATTAGC
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TCCTACTTCCACTACTGCCGGTCGCTTCGTTTTGATGATAAACCGGACTACGCTTATCTC
AAAAGGATATTCAGAGACCTCTTTATCCGTGAAGGATTTCAATTCGATTACGTGTTTGAC
TGGACCATCTTGAAGTATCAACAATCACAACTAACAGCTCCTCCTTCTCGTAATCTCAAC
CCTGCGGTTGGTACTAGCGCTGCATTGCCACCTGGCGTTTCAAACATTGATAGATACACA
GGCGAGGAGGAAGGGAGACCGGTTGGTTTCTCGCATATGGAATCATCTCGACGGAGAGCT
TCAGGCACTCTTGACCACTCAGGGAATCTTTCCAACCATCAGACATCATCATTTAACAGA
GACTCCATGATGCCGAGCTCCTCGATGTTTGCACAATCAGCAGGATCGTCGAGGAGAGTA
GCTGCAGTGAGTAGCAGCCGAGACAATCTTCTGAGCGGGGAAGAGTTTCAGAGAAACCGT
ACAGGTGACGTAAGCCGAGGAGGAGGAGGAGTGATCTCTAGGAACTCCCCAGTGGAGGCT
GGGAAGAGGTCTTCTTCCTCAAGAAGACAGTACGAATCAGCCATTAAAGGCATTGATAAT
CTTCAAGTCTCCTCCGACAACAAGTTTCACCACCACCACTAATAATAATATAACAACATT
AATTGTACTTTCACCGTATTGGTCAAACGACCACAGAAGTTTCATATTTTTATTTCGTAA
TTACACTACGGAAGTTTGAATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA68TF U 1
AF RR1EA68JQ C 200
BS 1 701 RR1EA68TF
BS 702 702 RR1EA68JQ
BS 703 717 RR1EA68TF
BS 718 923 RR1EA68JQ

RD RR1EA68TF 720 0 0
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GAAAAGAAAGTTTCCACATCCATTGAGGTCTTATGCCGTGGTTACCCATCAGAATTTGCA
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GGCGAGGAGGAAGGGAGACCGGTTGGTTTCTCGCATATGGAATCATCTCGACGGAGAGCT
TCAGGCACTCTTGACCACTCAGGGAATCTTTCCAACCATCAGACATCATCATTTAACAGA
GACTCCATGATGCCGAGCTCCTCGATGTTTGCACAATCAGCAGGATCGTCGAGGAGAGTA
GCTGCAGTGAGTAGCAGCCGAGACAATCTTCTGAGCGGGGAAGAGTTTCAGAGAAACCGT
ACAGGTGACGTAAGCCGAGGAGGAGGAGGAGTGATCTCTAG*AACTCCCCAGTGGAG
CTG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1EA68JQ 724 0 0
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TCTTTATCCGTGAAGGATTTCAATTCGATTACGTGTTTGACTGGACCATCTTGAAGTATC
AACAATCACAACTAACAGCTCCTCCTTCTCGTAATCTCAACCCTGCGGTTGGTACTAGCG
CTGCATTGCCACCTGGCGTTTCAAACATTGATAGATACACAGGCGAGGAGGAAGGGAGAC
CGGTTGGTTTCTCGCATATGGAATCATCTCGACGGAGAGCTTCAGGCACTCTTGACCACT
CAGGGAATCTTTCCAACCATCAGACATCATCATTTAACAGAGACTCCATGATGCCGAGCT
CCTCGATGTTTGCACAATCAGCAGGATCGTCGAGGAGAGTAGCTGCAGTGAGTAGCAGCC
GAGACAATCTTCTGAGCGGGGAAGAGTTTCAGAGAAACCGTACAGGTGACGTAAGCCGAG
GAGGAGGAGGAGTGATCTCTAGGAACTCCCCAGTGGAGGCTGGGAAGAGGTCTTCTTCCT
CAAGAAGACAGTACGAATCAGCCATTAAAGGCATTGATAATCTTCAAGTCTCCTCCGACA
ACAAGTTTCACCACCACCACTAATAATAATATAACAACATTAATTGTACTTTCACCGTAT
TGGTCAAACGACCACAGAAGTTTCATATTTTTATTTCGTAATTACACTACGGAAGTTTGA
ATAC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL2887Contig1 915 2 2 U
GGGGTTAGCAGAAGGAGAAAGAGAGAATCTGTGCAGGTTGTTAGATTGCCAGAAGCTCTC
TTTAGAAGCTTGCACACACGCGGCGCAGAACGAGAGGTTGCCACTAAGAGTAATCGTACA
AGTGCTCTTCTTTGAGCAGCTTCAGCTTAGGACCTCTGTAGCGGGATGCTTCCTGGTTTC
AGACAACTTAGATGGCGGGTCAAGGCAGTTAAGAAGCGGCGGGTTTGCTGGAGGAGGAGG
ATCATCAACAGAAGGAGGAGGAGGAGGATGGGCGACGGCAGTGAGAGAGAATCAAGTGTT
GAAAGTTGGGATGGACAGTATGAGGATGAGGGTTTGCGAGCTGGAGAAAGAGTGTTCGAA
TATGAGACAGGAGATTGAGAAACTCGGTGGTGGTAAGACGACGAGTAAGGTTGGTGGTGG
TGGCAAGACGTGGGAGAATGTTTCTAAGAGACTCGGGTTTGGTATTAAGCTGAAGTCGCA
TCAGATGTGCAGTGCGCAAGAAGGGTCGGTGTCCAAGTCTAATAGTGAGAATGTGAAGAT
AGAGAAGCTTAAGGATGTGAAAGAACGTCGTGGGAAGCATAAGAAAGCTTCCAGCATTAT
TAGTTCTGAAAGGTGATGAACAATGGTTAAAATAAATTTTAAGAAGGAAAAACAGAGCTT
CTATTGTTAACAAGGTGTGCATTGTAGTCAGAGTGGTGCTCGTTCTCAAGTGTTGTTTTC
AATTTGTCTATGTATTGTTTTCTTTAACGACCAAACTATTTTCTTGTCATTATTAATTTT
TAGTTGGAACTTATTAAGGAGGTTAACAAAAAAAAAAAAACAAATATGCTGAGAAATCTA
GAGTGTGGATGTCAATAATTTTGATACTTATAAGATTTAACCAAAAAATACTTGTCCCTT
TCGTATATATTGACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ49TF U 1
AF RR1FJ49JQ C 233
BS 1 563 RR1FJ49TF
BS 564 915 RR1FJ49JQ

RD RR1FJ49TF 563 0 0
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TTTAGAAGCTTGCACACACGCGGCGCAGAACGAGAGGTTGCCACTAAGAGTAATCGTACA
AGTGCTCTTCTTTGAGCAGCTTCAGCTTAGGACCTCTGTAGCGGGATGCTTCCTGGTTTC
AGACAACTTAGATGGCGGGTCAAGGCAGTTAAGAAGCGGCGGGTTTGCTGGAGGAGGAGG
ATCATCAACAGAAGGAGGAGGAGGAGGATGGGCGACGGCAGTGAGAGAGAATCAAGTGTT
GAAAGTTGGGATGGACAGTATGAGGATGAGGGTTTGCGAGCTGGAGAAAGAGTGTTCGAA
TATGAGACAGGAGATTGAGAAACTCGGTGGTGGTAAGACGACGAGTAAGGTTGGTGGTGG
TGGCAAGACGTGGGAGAATGTTTCTAAGAGACTCGGGTTTGGTATTAAGCTGAAGTCGCA
TCAGATGTGCAGTGCGCAAGAAGGGTCGGTGTCCAAGTCTAATAGTGAGAATGTGAAGAT
AGAGAAGCTTAAGGATGTGAAAG

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1FJ49JQ 683 0 0
GGAGGAGGATCATCAACAGAAGGAGGAGGAGGAGGATGGGCGACGGCAGTGAGAGAGAAT
CAAGTGTTGAAAGTTGGGATGGACAGTATGAGGATGAGGGTTTGCGAGCTGGAGAAAGAG
TGTTCGAATATGAGACAGGAGATTGAGAAACTCGGTGGTGGTAAGACGACGAGTAAGGTT
GGTGGTGGTGGCAAGACGTGGGAGAATGTTTCTAAGAGACTCGGGTTTGGTATTAAGCTG
AAGTCGCATCAGATGTGCAGTGCGCAAGAAGGGTCGGTGTCCAAGTCTAATAGTGAGAAT
GTGAAGATAGAGAAGCTTAAGGATGTGAAAGAACGTCGTGGGAAGCATAAGAAAGCTTCC
AGCATTATTAGTTCTGAAAGGTGATGAACAATGGTTAAAATAAATTTTAAGAAGGAAAAA
CAGAGCTTCTATTGTTAACAAGGTGTGCATTGTAGTCAGAGTGGTGCTCGTTCTCAAGTG
TTGTTTTCAATTTGTCTATGTATTGTTTTCTTTAACGACCAAACTATTTTCTTGTCATTA
TTAATTTTTAGTTGGAACTTATTAAGGAGGTTAACAAAAAAAAAAAAACAAATATGCTGA
GAAATCTAGAGTGTGGATGTCAATAATTTTGATACTTATAAGATTTAACCAAAAAATACT
TGTCCCTTTCGTATATATTGACA

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 3

CO CL2888Contig1 965 3 8 U
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AAGAAAATACAAAAAAAAACACAAACATGTAAATAAGAGTACTTTTCTTCTTCAACAAGC
AACTTAAACAAAACACAATAACTTCAACTCTTACTGTTACTAACTTCATCATTTTGATTC
CTTGTGACACACTCTTTTCAATTCCCATCATCTGATGATTTCAAGTAAAGGGTTTCTCCA
CCATCTCCTGAGCTTCCTCCTCTGCCTTCACCACTTCCCATTTCCAACTTCCCACGACCA
AACTCATGAAACCCACCAGCCTCTCCCTGAAGGATATGTATACCGCTGCTTCCTCCTCCG
CTAGTTGAGCTCATCCCTAGCTGGCTATGGTGCAATTGCTGATGCTGAAGTGTTGCATAA
GGCTGTTGCTGCTGCTGCTGAGCATACATCATTGAAGAAGTACGAGCCGCCATTAGAGAC
TGTTGAGTCATCTGCTGCTGATGTTGAGTTGCCTGTTGCTGCTGCAAATAGTGTGACCCT
CCCTCTCCCTGAACCAACCCACCACCACCAGATCCATACTG***GCTATGCATGCTTGGA
GGTTGAGGCTGAGAATCTGCAATTGCAGCTAAGTACATTAAGTTGCGTTGAAGCCTTGCC
TGGTTCTCGGCACACTCGCTGAGCTTTCCCGAGTTTTGAGATTCAACTATCTTCAGAATC
AACGATTTGTTCTCGTCCAAGTACTGCTGAATATGATCAGAGGTGACATTGCTGGGGTAG
TAACCAGCCATCATGGGCTGCATCTGCATCAGGTGCTGTTGCACTTCTTTTGCTTTTGTA
ACTGATGTCTTTCTCTCACACACACACACTTCTTCTGTATATAGAAAACTCCTAACTATT
GAAGATGTATATCTCTGTGTGTGTTATATCGCTTTCTCTCCTCCACAAAAGTTGTTCTGC
GTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1F568JQ U 1
AF RR1DN93JQ U 11
AF RR1DN93TF C 335
BS 1 38 RR1F568JQ
BS 39 39 RR1DN93JQ
BS 40 542 RR1F568JQ
BS 543 543 RR1DN93JQ
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BS 585 756 RR1F568JQ
BS 757 965 RR1DN93TF

RD RR1F568JQ 757 0 0
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CTTGTGACACACTCTTTTCAATTCCCATCATCTGATGATTTCAAGTAAAGGGTTTCTCCA
CCATCTCCTGAGCTTCCTCCTCTGCCTTCACCACTTCCCATTTCCAACTTCCCACGACCA
AACTCATGAAACCCACCAGCCTCTCCCTGAAGGATATGTATACCGCTGCTTCCTCCTCCG
CTAGTTGAGCTCATCCCTAGCTGGCTATGGTGCAATTGCTGATGCTGAAGTGTTGCATAA
GGCTGTTGCTGCTGCTGCTGAGCATACATCATTGAAGAAGTACGAGCCGCCATTAGAGAC
TGTTGAGTCATCTGCTGCTGATGTTGAGTTGCCTGTTGCTGCTGCAAATAGTGTGACCCT
CCTTCTCCCTGAACCAACCCACCACCACCAGATCCATACTGCTGGCTATGCATGCTTGGA
GGTTGAGGCTGAGAATCTGCAATTGCAGCTAAGTACATTAAGTTGCGTTGAAGCCTTGCC
TGGTTCTCGGCACACTCGCTGAGCTTTCCCGAGTTTTGAGATTCAACTATCTTCAGAATC
AACGATTTGTTCTCGTCCAAGTACTGCTGAATATGA
T

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1DN93JQ 746 0 0
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AAAAAAAAACATAAACATGTAAATAAGAGTACTTTTCTTCTTCAACAAGCAACTTAAACA
AAACACAATAACTTCAACTCTTACTGTTACTAACTTCATCATTTTGATTCCTTGTGACAC
ACTCTTTTCAATTCCCATCATCTGATGATTTCAAGTAAAGGGTTTCTCCACCATCTCCTG
AGCTTCCTCCTCTGCCTTCACCACTTCCCATTTCCAACTTCCCACGACCAAACTCATGAA
ACCCACCAGCCTCTCCCTGAAGGATATGTATACCGCTGCTTCCTCCTCCGCTAGTTGAGC
TCATCCCTAGCTGGCTATGGTGCAATTGCTGATGCTGAAGTGTTGCATAAGGCTGTTGCT
GCTGCTGCTGAGCATACATCATTGAAGAAGTACGAGCCGCCATTAGAGACTGTTGAGTCA
TCTGCTGCTGATGTTGAGTTGCCTGTTGCTGCTGCAAATAGTGTGACCCTCCCTCTCCCT
GAACCAACCCACCACCACCAGATCCATACTG***GCTATGCATGCTTGGAGGTTGAGGCT
GAGAATCTGCAATTGCAGCTAAGTACATTAAGTTGCGTTGAAGCCTTGCCTGGTTCTCGG
CACACTCGCTGAGCTTTCCCGAGTTTTGAGATTCAACTATCTTCAGAATCAACGATTTGT
TCTCGTCCAAGTACTGCTGAATATGA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1DN93TF 631 0 0
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ATTGCTGATGCTGAAGTGTTGCATAAGGCTGTTGCTGCTGCTGCTGAGCATACATCATTG
AAGAAGTACGAGCCGCCATTAGAGACTGTTGAGTCATCTGCTGCTGATGTTGAGTTGCCT
GTTGCTGCTGCAAATAGTGTGACCCTCCCTCTCCCTGAACCAACCCACCACCACCAGATC
CATACTG***GCTATGCATGCTTGGAGGTTGAGGCTGAGAATCTGCAATTGCAGCTAAGT
ACATTAAGTTGCGTTGAAGCCTTGCCTGGTTCTCGGCACACTCGCTGAGCTTTCCCGAGT
TTTGAGATTCAACTATCTTCAGAATCAACGATTTGTTCTCGTCCAAGTACTGCTGAATAT
GATCAGAGGTGACATTGCTGGGGTAGTAACCAGCCATCATGGGCTGCATCTGCATCAGGT
GCTGTTGCACTTCTTTTGCTTTTGTAACTGATGTCTTTCTCTCACACACACACACTTCTT
CTGTATATAGAAAACTCCTAACTATTGAAGATGTATATCTCTGTGTGTGTTATATCGCTT
TCTCTCCTCCACAAAAGTTGTTCTGCGTTCC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 4

CO CL2889Contig1 539 4 7 U
GGAGTCGCGAAAATCTCGTCGTCTTTCATCACACTCGGGCCATTGTTTGTAGATCTGCTC
GCCTTTTTTCAACCCTAATCCCAGAACCGAACCGATTCATACGAGATCAGATATCTTACC
TGAAACAAACAAAAAGGGTTGATTTGATTAATCATCATGGCACTTCTCGAGGGATTTTAC
AGAGTCGTCATGCGCCGTAACTCCGTCTACGTCTCTTTCATCATCGCCGGCGCTTTCTTC
GGCGAACGGGCTGTGGATTACGGTGTTCATAAGCTCTGGGAAAGCAAAAATGTTGGGAAA
CGGTATGAAGACATCTCTGTGTTGGGTCAAAGGCCTATTGAAGAATGAGATTTCTCCTCT
GTTGTTGTTGTTTTGCACTTGCAAAGTGACTCTTTCTTTGTTGAATAAATCATTTGGATG
ATGATTTTCATTTACTTTCACCTAAAGCTGCTATTTGATTCTGGTTAATTTAATGTTTTT
TTGCATTGTGCAATAATTAAACCTTTAAAGACGTCTTTATTTCAAAAGTGTCTCGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H233TF U 1
AF RR1BX32JQ C 64
AF RR1BX32TF U 64
AF RR1H233JQ C 234
BS 1 215 RR1H233TF
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BS 217 228 RR1H233TF
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BS 230 376 RR1H233TF
BS 377 377 RR1BX32TF
BS 378 539 RR1H233TF

RD RR1H233TF 539 0 0
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GCCTTTTTTCAACCCTAATCCCAGAACCGAACCGATTCATACGAGATCAGATATCTTACC
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AGAGTCGTCATGCGCCGTAACTCCGTCTACGTCTCCTTCATCATCGCCAGCGCTTTCTTC
GGCGAACGGGCTGTGGATTACGGTGTTCATAAGCTCTGGGAAAGCAAAAATGTTGGGAAA
CGGTATGAAGACATCTCTGTGTTGGGTCAAAGGCCTATTGAAGAATGAGATTTCTCCTCT
GTTGTTGTTGTTTTGCGCTTGCAAAGTGACTCTTTCTTTGTTGAATAAATCATTTGGATG
ATGATTTTCATTTACTTTCACCTAAAGCTGCTATTTGATTCTGGTTAATTTAATGTTTTT
TTGCATTGTGCAATAATTAAACCTTTAAAGACGTCTTTATTTCAAAAGTGTCTCGCTCC

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DS 

RD RR1BX32JQ 455 0 0
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AACAAACAAAAAGGGTTGATTTGATTAATCATCATGGCACTTCTCGAGGGATTTTACAGA
GTCGTCATGCGCCGTAACTCCGTCTACGTCTCTTTCATCATCGCCGGCGCTTTCTTCGGC
GAACGGGCTGTGGATTACGGTGTTCATAAGCTCTGGGAAAGCAAAAATGTTGGGAAACGG
TATGAAGACATCTCTGTGTTGGGTCAAAGGCCTATTGAAGAATGAGATTTCTCCTCTGTT
GTTGTTGTTTTGCACTTGCAAAGTGACTCTTTCTTTGTTGAATAAATCATTTGGATGATG
ATTTTCATTTACTTTCACCTAAAGCTGCTATTTGATTCTGGTTAATTTAATGTTTTTTTG
CATTGTGCAATAATTAACCCTTTAAAGACGTCTT
C

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR1BX32TF 455 0 0
TTTTTTCAACCCTAATCCCAGAACCGAACCGATTCATACGAGATCAGATATCTTACCTGA
AACAAACAAAAAGGGTTGATTTGATTAATCATCATGGCACTTCTCGAGGGATTTTACAGA
GTCGTCATGCGCCGTAACTCCGTCTACGTCTCTTTCATCATCGCCGGCGCTTTCTTCGGC
GAACGGGCTGTGGATTACGGTGTTCATAAGCTCTGGGAAAGCAAAAATGTTGGGAAACGG
TATGAAGACATCTCTGTGTTGGGTCAAAGGCCTATTGAAGAATGAGATTTCTCCTCTGTT
GTTGTTGTTTTGCACTTGCAAAGTGACTCTTTCTTTGTTGAATAAATCATTTGGATGATG
ATTTTCATTTACTTTCACCTAAAGCTGCTATTTGATTCTGGTTAATTTAATGTTTTTTTG
CATTGTGCAATAATTAAACCTTTAAAGACGTCTT
C

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR1H233JQ 306 0 0
TTTT
TTCGGCGAACGGGCTGTGGATTACGGTGTTCATAAGCTCTGGGAAAGCAAAAATGTTGGG
AAACGGTATGAAGACATCTCTGTGTTGGGTCAAAGGCCTATTGAAGAATGAGATTTCTCC
TCTGTTGTTGTTGTTTTGCGCTTGCAAAGTGACTCTTTCTTTGTTGAATAAATCATTTGG
ATGATGATTTTCATTTACTTTCACCTAAAGCTGCTATTTGATTCTGGTTAATTTAATGTT
TTTTTGCATTGTGCAATAATTAAACCTTTAAAGACGTCTTTATTTCAAAAGTGTCTCGCT
CC

QA 5 306 5 306
DS 



AS 1 4

CO CL2890Contig1 1119 4 9 U
GGAGTAATAAAAAGAGCAGAGTTGAATAAAGACTAAAATGGAAGAGTACCTGGTAACTGG
AGGGACAAGCTTCATAGCCTCTCACGTTGTAAAGGCACTTCTCGACTTGGGCCATTCCGT
AAGAACAACTGTAAGAGACATCTCAGATGAAGAGAAGGTTAGGTTTTTGTGGGAGTTGAA
AGGAGCAAAAGAAAGGCTGAAGATTTTCGAAGCCGATCTAACGGTGGATGGAAGCTTTGA
CGAAGCAGTCAAAGGTGTTGATGGAGTCTTCCACATCGCCTCTCGTGTTACTGTTTCTCT
GAACAACAATGATCTGGAAAAGTTGGTGGACCGAGATATAAATGGGACAAGGAACTTGAT
GAACTCTTGCGAAAAATCAAGAAACACGGTGAAAAGGATTGTTCTCACATCTTCTTCGAC
AGCTGTGCGGTACCGTTATGATGCCAGAGAAGCCTCTCCACTTAACGAATCGCATTATAG
TGATCTTGACTACTGCAGAAGCTTCAAAATATGGTATGGTTATGCAAAGACTATGGGAGA
GAAAGAAGCTTGGAGTATAGCAGCGGAAAAGAATCTAGACCTAGTGGTCGTAATCCCTTC
GTATTGTATCGGTCCTATACTTAGTCCAAAACCCACAAGCACCCCTTCAATTCTTCTCTC
CATAGTCAAAGGTGTTTGTGGAGATTACCCGAACGTCACAGGAGGGTTTGTGCACGTAGA
GGATGTAGCTGCTGCACAGGTCTTAGCAATGAAAGAGCCTAAAGCATCAGGACGATTCAT
TTGTTCGAGTTCAGTGGCTCATTGGTCAGAGATCATTGAGATGCTTAGACCCAAATACCC
ACAATATCCATTTGAGACCAAGTGCAGTAGTGAAGAAGGGAAAGATATGGCTCATAGCTT
GGACACAACAAAGATACGTGAACTTGGCTTACCGCCCTTCAAGTCATTGTCTGAGATGTT
TGATGACTGCATCAAGTGTTTCCAAGACAAGGGTCTACTCTGAAACTCCCACTGTTATTA
GAAAATCAAAGTGATCCAGCTAGCTTTTGTCGAAACTGTTGAAGTTTATTCAAACACTAA
TAATCTACCTTCCTATCTTTCCACACTGTGGTTCCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E711TF U 1
AF RR1DU81TF U 38
AF RR1E711JQ C 426
AF RR1DU81JQ C 484
BS 1 214 RR1E711TF
BS 215 215 RR1DU81TF
BS 216 286 RR1E711TF
BS 287 739 RR1DU81TF
BS 740 740 RR1E711JQ
BS 741 770 RR1DU81TF
BS 771 771 RR1E711JQ
BS 772 822 RR1DU81TF
BS 823 1119 RR1E711JQ

RD RR1E711TF 286 0 0
GGAGTAATAAAAAGAGCAGAGTTGAATAAAGACTAAAATGGAAGAGTACCTGGTAACTGG
AGGGACAAGCTTCATAGCCTCTCACGTTGTAAAGGCACTTCTCGACTTGGGCCATTCCGT
AAGAACAACTGTAAGAGACATCTCAGATGAAGAGAAGGTTAGGTTTTTGTGGGAGTTGAA
AGGAGCAAAAGAAAGGCTGAAGATTTTCGAAGCCTATCTAACGGTGGATGGAAGCTTTGA
CGAAGCAGTCAAAGGTGTTGATGGAGTCTTCCACATCGCCTCTCGT

QA 1 286 1 286
DS 

RD RR1DU81TF 785 0 0
GG
GGAAGAGTACCTGGTAACTGGAGGGACAAGCTTCATAGCCTCTCACGTTGTAAAGGCACT
TCTCGACTTGGGCCATTCCGTAAGAACAACTGTAAGAGACATCTCAGATGAAGAGAAGGT
TAGGTTTTTGTGGGAGTTGAAAGGAGCAAAAGAAAGGCTGAAGATTTTCGAAGCCGATCT
AACGGTGGATGGAAGCTTTGACGAAGCAGTCAAAGGTGTTGATGGAGTCTTCCGCATCGC
CTCTCGTGTTACTGTTTCTCTGAACAACAATGATCTGGAAAAGTTGGTGGACCGAGATAT
AAATGGGACAAGGAACTTGATGAACTCTTGCGAAAAATCAAGAAACACGGTGAAAAGGAT
TGTTCTCACATCTTCTTCGACAGCTGTGCGGTACCGTTATGATGCCAGAGAAGCCTCTCC
ACTTAACGAATCGCATTATAGTGATCTTGACTACTGCAGAAGCTTCAAAATATGGTATGG
TTATGCAAAGACTATGGGAGAGAAAGAAGCTTGGAGTATAGCAGCGGAAAAGAATCTAGA
CCTAGTGGTCGTAATCCCTTCGTATTGTATCGGTCCTATACTTAGTCCAAAACCCACAAG
CACCCCTTCAATTCTTCTCTCCATAGTCAAAGGTGTTTGTGGAGATTACCCGAACGTCAC
AGGAGGGTTTGTGCACGTAGAGGATGTAGCTGCTGCACAG*TCTTAGCAATGAAAGAGCC
TAAAGCATCAG*ACGATTCATTTGTTCGAGTTCAGTGGCTCATTGGTCAGAGATCATTGA
GAT

QA 3 785 3 785
DS 

RD RR1E711JQ 694 0 0
TGCGGTACCGTTATGATGCCAGAGAAGCCTCTCCACTTAACGAATCGCATTATAGTGATC
TTGACTACTGCAGAAGCTTCAAAATATGGTATGGTTATGCAAAGACTATGGGAGAGAAAG
AAGCTTGGAGTATAGCAGCGGAAAAGAATCTAGACCTAGTGGTCGTAATCCCTTCGTATT
GTATCGGTCCTATACTTAGTCCAAAACCCACAAGCACCCCTTCAATTCTTCTCTCCATAG
TCAAAGGTGTTTGTGGAGATTACCCGAACGTCACAGGAGGGTTTGTGCACGTAGAGGATG
TAGCTGCTGCACAGGTCTTAGCAATGAAAGAGCCTAAAGCATCAGGACGATTCATTTGTT
CGAGTTCAGTGGCTCATTGGTCAGAGATCATTGAGATGCTTAGACCCAAATACCCACAAT
ATCCATTTGAGACCAAGTGCAGTAGTGAAGAAGGGAAAGATATGGCTCATAGCTTGGACA
CAACAAAGATACGTGAACTTGGCTTACCGCCCTTCAAGTCATTGTCTGAGATGTTTGATG
ACTGCATCAAGTGTTTCCAAGACAAGGGTCTACTCTGAAACTCCCACTGTTATTAGAAAA
TCAAAGTGATCCAGCTAGCTTTTGTCGAAACTGTTGAAGTTTATTCAAACACTAATAATC
TACCTTCCTATCTTTCCACACTGTGGTTCCCATC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1DU81JQ 614 0 0
TCTTGACTACTGCAGAAGCTTCAAAATATGGTATGGTTATGCAAAGACTATGGGAGAGAA
AGAAGCTTGGAGTATAGCAGCGGAAAAGAATCTAGACCTAGTGGTCGTAATCCCTTCGTA
TTGTATCGGTCCTATACTTAGTCCAAAACCCACAAGCACCCCTTCAATTCTTCTCTCCAT
AGTCAAAGGTGTTTGTGGAGATTACCCGAACGTCACAGGAGGGTTTGTGCACGTAGAGGA
TGTAGCTGCTGCACAGGTCTTAGCAATGAAAGAGCCTAAAGCATCAGGACGATTCATTTG
TTCGAGTTCAGTGGCTCATTGGTCAGAGATCATTGAGATGCTTAGACCCAAATACCCACA
GTATCCATTTGAGACCAAGTGCAGTAGTGAAGAAGGGAAAGATATGGCTCATAGCTTGGA
CACAACAAAGATACGTGAACTTGGCTTACCGCCCTTCAAGTCATTGTTTGAGATGTTTGA
TGACTGCATCAAGTGTTTCCAAGACAAGGGTCTACTCTGAAACTCCCACTGTTATTAGAA
AATCAAAGTGATCCAGCTAGCTTTTGTTGAAACTGTTGAAGTTTATTCAAACACTAATAA
TCTACCTTCCTATC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 3

CO CL2891Contig1 875 3 7 U
GGGTGCTTCTACCAATAAAAAAATATTTGACTTGAAGAAATATTTTTCTCTGAGAAGCCT
CTTCTGAGCCTGTTCACCGGCCGACGTTCGTTGACTCTCCTAGTCACGGCGTCGGTTCGG
ATTGTTTGTGTATAACTTGTCTTTCTTTAGTTAACCTCTTTTGTTCAAATATCTCTCCCT
GTTATCTGTGTATTTTTAAGATCCAAATCTAGATCTAGAAATAAGATTTTGATCTGAAAG
CTTGGTTGTACCTTTTTGTCTCTTCCGCTGGTGTCTGGGTATGGTCTCTCTCTCCTGTAG
GGTCTGGCCTCCTGTTCACCGTTTGTGGGATGGTCGAGGTGCTTTTTGCCTGGCTTTTGC
TGTTTAAGATCTGATTAGTGTGTTCTTGTTGCTGCTCCAAGTGGTGGAGAAGCTGTTGTC
AAGTGGAGTGCTATCTCTTGGCGTGGTGCAACGGCTCGGTTAGAGTGTTGACCGTCGCTA
ATCTCTGATTCTCTGCAGAGATTCTCCGGCTCCAGTTCAAGGTTGGAGCTTTGTCTCGTT
TTTCCTCAAGCTGTCGGAAGTCGCAAGGTAAATCTGGTTCTGTCCTCGTCTTCCTCGTCT
GTGGTTCCAGTGTTTGGGTTCTGTGGCTCTTCAGTTTCTGTGGAGCATATAAAGAGTCCA
TGTTCGTGGTTCAGACGTCAATAAGTTCGGCTGTGGTTGGTCTATTCCTATACTCCTGCT
TGTCTCATTTTCCTTCCTCTTGTCTGTGGTTATTTTTGTTATTTAGTTGGGTCTTGATGT
GTTTCAGTTTGTGGGATTGAGGTTTTGTTTTATGGTTGTGTTATGTCTCCCTGTAATTTA
GGGCTTTGTCTCCCTGTAACTTAGGGCTTTTCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1AN01TF U 1
AF RR1CB02TF U 24
AF RR1CA65TF C 255
BS 1 376 RR1AN01TF
BS 377 377 RR1CB02TF
BS 378 476 RR1AN01TF
BS 477 477 RR1CB02TF
BS 478 604 RR1AN01TF
BS 605 680 RR1CB02TF
BS 681 875 RR1CA65TF

RD RR1AN01TF 604 0 0
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CTTCTGAGCCTGTTCACCGGCCGACGTTCGTTGACTCTCCTAGTCACGGCGTCGGTTCGG
ATTGTTTGTGTATAACTTGTCTTTCTTTAGTTAACCTCTTTTGTTCAAATATCTCTCCCT
GTTATCTGTGTATTTTTAAGATCCAAATCTAGATCTAGAAATAAGATTTTGATCTGAAAG
CTTGGTTGTACCTTTTTGTCTCTTCCGCTGGTGTCTGGGTATGGTCTCTCTCTCCTGTAG
GGTCTGGCCTCCTGTTCACCGTTTGTGGGATGGTCGAGGTGCTTTTTGCCTGGCTTTTGC
TGTTTAAGATCTGATTGGTGTGTTCTTGTTGCTGCTCCAAGTGGTGGAGAAGCTGTTGTC
AAGTGGAGTGCTATCTCTTGGCGTGGTGCAACGGCTCGGTTAGAGTGTTGACCGTCTCTA
ATCTCTGATTCTCTGCAGAGATTCTCCGGCTCCAGTTCAAGGTTGGAGCTTTGTCTCGTT
TTTCCTCAAGCTGTCGGAAGTCGCAAGGTAAATCTGGTTCTGTCCTCGTCTTCCTCGTCT
GTGG

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DS 

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TT
TTTGACTTGAAGAAATATTTTTCTCTGAGAAGCCTCTTCTGAGCCTGTTCACCGGCCGAC
GTTCGTTGACTCTCCTAGTCACGGCGTCGGTTCGGATTGTTTGTGTATAACTTGTCTTTC
TTTAGTTAACCTCTTTTGTTCAAATATCTCTCCCTGTTATCTGTGTATTTTTAAGATCCA
AATCTAGATCTAGAAATAAGATTTTGATCTGAAAGCTTGGTTGTACCTTTTTGTCTCTTC
CGCTGGTGTCTGGGTATGGTCTCTCTCTCCTGTAGGGTCTGGCCTCCTGTTCACCGTTTG
TGGGATGGTCGAGGTGCTTTTTGCCTGGCTTTTGCTGTTTAAGATCTGATTAGTGTGTTC
TTGTTGCTGCTCCAAGTGGTGGAGAAGCTGTTGTCAAGTGGAGTGCTATCTCTTGGCGTG
GTGCAACGGCTCGGTTAGAGTGTTGACCGTCGCTAATCTCTGATTCTCTGCAGAGATTCT
CCGGCTCCAGTTCAAGGTTGGAGCTTTGTCTCGTTTTTCCTCAAGCTGTCGGAAGTCGCA
AGGTAAATCTGGTTCTGTCCTCGTCTTCCTCGTCTGTGGTTCCAGTGTTTGGGTTCTGTG
GCTCTTCAGTTTCTGTGGAGCATATAAAGAGTCCATGTTCGTGGTTCAGACGTCA
TAAG

QA 3 657 3 657
DS 

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TTTGTCTCTTTCGCTGGTGTCTGGGTATGGTCTCTCTCTCCTGTAGGGTCTGGCCTCCTG
TTCACCGTTTGTGGGATGGTCGAGGTGCTTTTTGCCTGGCTTTTGCTGTTTAAGATCTGA
TTAGTGTGTTCTTGTTGCTGCTCCAAGTGGTGGAGAAGCTGTTGTCAAGTGGAGTGCTAT
CTCTTGGCGTGGTGCAACGGCTCGGTTAGAGTGTTGACCGTCGCTAATCTCTGATTCTCT
GCAGAGATTCTCCGGCTCCAGTTCAAGGTTGGAGCTTTGTCTCGTTTTTCCTCAAGCTGT
CGGAAGTCGCAAGGTAAATCTGGTTCTGTCCTCGTCTTCCTCGTCTGTGGTTCCAGTGTT
TGGGTTCTGTGGCTCTTCAGTTTCTGTGGAGCATATAAAGAGTCCATGTTCGTGGTTCAG
ACGTCAATAAGTTCGGCTGTGGTTGGTCTATTCCTATACTCCTGCTTGTCTCATTTTCCT
TCCTCTTGTCTGTGGTTATTTTTGTTATTTAGTTGGGTCTTGATGTGTTTCAGTTTGTGG
GATTGAGGTTTTGTTTTATGGTTGTGTTATGTCTCCCTGTAATTTAGGGCTTTGTCTCCC
TGTAACTTAGGGCTTTTCCCT

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 4

CO CL2892Contig1 1421 4 9 U
ACAGAATAGGATTGCTCAAGAAACTATCATGTACAAGGATGAGCAACTGAGAGAAGCGCA
AGGCTGGATTGCGCGTGCCCAAGAGATGGATGCGTTACAATCATCTACAAATCACTCCTT
GCAGGCTGAATTGCGAGAACGTACTGAACAGTATAACCAGCTCTGGCTTGGTTGCCAAAG
ACAGTTTGCGGAGATGGAGAGATTGCATTTGCATACAGTGCAACAGCTTCAGCATGAGCT
TGCCAATGTAAAAGAAGGAGGTGGCTCTAAAACAAACCCCAATGGTGCCTCCCAGATTAT
CCAGAACAGTGGGAACCAAATCAAGAACATTCAAGCGGGTCAGAGTGACCCCTCTGCATT
CGTTTGCCATGCATCAACAAGAGCTTCTTCAACCTCGGGGACCTTCACCTCATGTTCCAG
AATCAGTGTTACTGCAGCAAAAGGCTGTACCAGCTAGTTCAGAGATGCCTAGGCAGAATT
ATGTGCATCCATCTCAAGTTGTACATGGCTTGGTAAGTTCTGATGAGAAGAGTGAACACC
ACCAAGTGCCTACCAATGGACAGTCCCTTGATCAAGGGTATCTCGATGTTCAAACTAGCC
ATGGAGCACAATTCGGATCAACTACACCATCGTCCTCTGTGAACGAACAGGTGGTGGAAT
CTGGGCAATGGGTCCAATACGTCAGAGAATAATTTTCAAGACATTTCTTCACAGTTCCGT
GATGCGCTAAGGCTAGATTCCGTTGCCATAAATCAGAAACCTGAGGAGATTAATGGCCAG
GTTTCTCCCGGTGAACCAAATGGTGTTGGATCCATTGCGCGTGAAAGTCTAATCTCATCT
GGTAAAACTGAGAGGAACTTTGAGAGTGCTGCTCTTCTTGATGAAAGGTCGCTGTTGGCT
TGCATCGTTCGCACTATACCAGCTGGTGGAAGAATCAGAATCAGCTCAACGCTTCCAAAT
CGTTTGGGCAAAATGCTAGCTCCTCTGCACTGGCATGATTACAAGAAGAAGTACGGGAAG
CTGGAAGATTTTGTTGCTAGCCATCTCGAGTTATTTATGATAGAGGACGACTACATTCAA
GTGAGGGAAGGTGCACAGAAAATGGTAGCAGCGTCAGCTTCAGCAGCAGCAAGCAAAGTG
GCAGTTTCATCATCTCCAAGCTCCATGTACGTGGCTATGACTCCTATGGCTCAATCTCAG
GGGTCAAAGAAGAATGTCCAAAGAGGAAGACTGAGCTCTGATTACATGGCGCCGCCACAA
CAAAGGAAGCTCTGAAGTGAATTGCATGTTAAGAGCCAAGGCGTGACATTCTCCTTATCT
TATTTTTATCTATTTTGTTTTAATTGGTGTATGAAGTCACCATTCCTGGATGTCTAAGTA
TACAATTTGATTTTGGATTTTAATAGTATCGGTATCTGCCC


BQ
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25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1G815TF U 1
AF RR1FL02TF U 526
AF RR1FL02JQ C 639
AF RR1G815JQ C 659
BS 1 731 RR1G815TF
BS 732 1202 RR1FL02TF
BS 1203 1203 RR1FL02JQ
BS 1204 1213 RR1FL02TF
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BS 1215 1236 RR1FL02TF
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BS 1253 1253 RR1G815JQ
BS 1254 1421 RR1FL02JQ

RD RR1G815TF 735 0 0
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AGGCTGGATTGCGCGTGCCCAAGAGATGGATGCGTTACAATCATCTACAAATCACTCCTT
GCAGGCTGAATTGCGAGAACGTACTGAACAGTATAACCAGCTCTGGCTTGGTTGCCAAAG
ACAGTTTGCGGAGATGGAGAGATTGCATTTGCATACAGTGCAACAGCTTCAGCATGAGCT
TGCCAATGTAAAAGAAGGAGGTGGCTCTAAAACAAACCCCAATGGTGCCTCCCAGATTAT
CCAGAACAGTGGGAACCAAATCAAGAACATTCAAGCGGGTCAGAGTGACCCCTCTGCATT
CGTTTGCCATGCATCAACAAGAGCTTCTTCAACCTCGGGGACCTTCACCTCATGTTCCAG
AATCAGTGTTACTGCAGCAAAAGGCTGTACCAGCTAGTTCAGAGATGCCTAGGCAGAATT
ATGTGCATCCATCTCAAGTTGTACATGGCTTGGTAAGTTCTGATGAGAAGAGTGAACACC
ACCAAGTGCCTACCAATGGACAGTCCCTTGATCAAGGGTATCTCGATGTTCAAACTAGCC
ATGGAGCACAATTCGGATCAACTACACCATCGTCCTCTGTGAACGAACAGGTGGTGGAAT
CTGGGCAATGGGTCCAATACGTCAGAGAATAATTTTCAAGACATTTCTTCACAGTTCCGT
GATGCGCTAAG
CTAG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1FL02TF 711 0 0
G
GAAGAGTGAACACCACCAAGTGCCTACCAATGGACAGTCCCTTGATCAAGGGTATCTCGA
TGTTCAAACTAGCCATGGAGCACAATTCGGATCAACTACACCATCGTCCTCTGTGAACGA
ACAGGTGGTGGAATCTGG*CAATGGGTCCAATACGTCAGAGAATAATTTTCAAGACATTT
CTTCACAGTTCCGTGATGCGCTAAGGCTAGATTCCGTTGCCATAAATCAGAAACCTGAGG
AGATTAATGGCCAGGTTTCTCCCGGTGAACCAAATGGTGTTGGATCCATTGCGCGTGAAA
GTCTAATCTCATCTGGTAAAACTGAGAGGAACTTTGAGAGTGCTGCTCTTCTTGATGAAA
GGTCGCTGTTGGCTTGCATCGTTCGCACTATACCAGCTGGTGGAAGAATCAGAATCAGCT
CAACGCTTCCAAATCGTTTGGGCAAAATGCTAGCTCCTCTGCACTGGCATGATTACAAGA
AGAAGTACGGGAAGCTGGAAGATTTTGTTGCTAGCCATCTCGAGTTATTTATGATAGAGG
ACGACTACATTCAAGTGAGGGAAGGTGCACAGAAAATGGTAGCAGCGTCAGCTTCAGCAG
CAGCAAGCAAAGTGGCAGTTTCATCATCTCCAAGCTCCATGTACGTGGCTATGACTCCTA
TGGCTCAATCTCAGGG*TCAAAGAAGA*TGTCCAAAGAGGAAGACTGAGC

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR1FL02JQ 783 0 0
GTGAACGAACAGGTGGTGGAATCTGG*CAATGGGTCCAATACGTCAGAGAATAATTTTCA
AGACATTTCTTCACAGTTCCGTGATGCGCTAAGGCTAGATTCCGTTGCCATAAATCAGAA
ACCTGAGGAGATTAATGGCCAGGTTTCTCCCGGTGAACCAAATGGTGTTGGATCCATTGC
GCGTGAAAGTCTAATCTCATCTGGTAAAACTGAGAGGAACTTTGAGAGTGCTGCTCTTCT
TGATGAAAGGTCGCTGTTGGCTTGCATCGTTCGCACTATACCAGCTGGTGGAAGAATCAG
AATCAGCTCAACGCTTCCAAATCGTTTGGGCAAAATGCTAGCTCCTCTGCACTGGCATGA
TTACAAGAAGAAGTACGGGAAGCTGGAAGATTTTGTTGCTAGCCATCTCGAGTTATTTAT
GATAGAGGACGACTACATTCAAGTGAGGGAAGGTGCACAGAAAATGGTAGCAGCGTCAGC
TTCAGCAGCAGCAAGCAAAGTGGCAGTTTCATCATCTCCAAGCTCCATGTACGTGGCTAT
GACTCCTATGGCTCAATCTCAGGGGTCAAAGAAGAATGTCCAAAGAGGAAGACTGAGCTC
TGATTACATGGCGCTGCCACAACAAAGGAAGCTCTGAAGTGAATTGCATGTTAAGAGCCA
AGGCGTGACATTCTCCTTATCTTATTTTTATCTATTTTGTTTTAATTGGTGTATGAAGTC
ACCATTCCTGGATGTCTAAGTATACAATTTGATTTTGGATTTTAATAGTATCGGTATCTG
CCC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1G815JQ 763 0 0
AATCT
GGCAATGGGTCCAATACGTCAGAGAATAATTTTCAAGACATTTCTTCACAGTTCCGTGAT
GCGCTAAGGCTAGATTCCGTTGCCATAAATCAGAAACCTGAGGAGATTAATGGCCAGGTT
TCTCCCGGTGAACCAAATGGTGTTGGATCCATTGCGCGTGAAAGTCTAATCTCATCTGGT
AAAACTGAGAGGAACTTTGAGAGTGCTGCTCTTCTTGATGAAAGGTCGCTGTTGGCTTGC
ATCGTTCGCACTATACCAGCTGGTGAAAGAATCAGAATCAGCTCAACGCTTCCAAATCGT
TTGGGCAAAATGCTAGCTCCTCTGCACTGGCATGATTACAAGAAGAAGTACGGGAAGCTG
GAAGATTTTGTTGCTAGCCATCTCGAGTTATTTATGATAGAGGACGACTACATTCAAGTG
AGGGAAGGTGCACAGAAAATGGTAGCAGCGTCAGCTTCAGCAGCAGCAAGCAAAGTGGCA
GTTTCATCATCTCCAAGCTCCATGTACGTGGCTATGACTCCTATGGCTCAATCTCAGGGG
TCAA*GAAGAATGTCCAAAGAGGAAGACTGAGCTCTGATTACATGGCGCCGCCACAACAA
AGGAAGCTCTGAAGTGAATTGCATGTTAAGAGCCAAGGCGTGACATTCTCCTTATCTTAT
TTTTATCTATTTTGTTTTAATTGGTGTATGAAGTCACCATTCCTGGATGTCTAAGTATAC
AATTTGATTTTGGATTTTAATAGTATCGGTATCTGC
TC

QA 6 761 6 761
DS 



AS 1 4

CO CL2893Contig1 913 4 4 U
GGAGTCAAAACAGGCTCTCCATCGTGTCCGATTCTGAAAGAACTCGTTCCTTTCTCTCCA
CACCGTCTTCTTCTCCGATCAATCTCTCATCGACCAGATCGTATTTCCACCCGTTTATCT
ATTATCACTCCTCCTCCTCGTCTGATTTTGCAAGATGAGCATGAAGGCTACAATCCTAAT
ATTAGGGCTCGTATGGAGCTTCCAGGCAGCGTTGGGGATTAGATTCGTCATAGACAGAGA
AGAATGTTTCTCCCACAAGGCTGACTACGAAGGCGATACCCTTCATGTCTCTTTCGTCGT
CATCAAGTCTGATTCTCAATGGCATTTTAACGAGGATGGTGTAGATCTTGTGATACACGG
CCCAACAGGGGAACAGATTCATGACTTCAGGGAGCAGATAAGTGCCAAGCACGACTTTGT
TGTCCAAAAGAAAGGGGTTTACCGTTTCTGTTTCACTAACAAGTCTCCTTATCATGAAAC
CATTGACTTCGATGTACAGCTTGGTCACTTTGCATACTACGACCAGCACGCAAAGGACGA
GCATTTCACTCCC*TTGATGGAGCAAATATCAAAGTTAGAGGAAGCTCTTTACAACATCC
AGTTCGAGCAACACTGGTTAGAGGCTCAGACCGATCGTCAAGCTATCGTGAACGAGAACA
TGAGCAAAAGAGCAGTACACAAAGCTTTGTTCGAGTCGTTTGCATTGATCGGTGCAAGTG
TCCTCCAAGTTTACCTTCTGCGTCGCTTGTTTGAACGCAAACTCGGCATGTCCCGTGTCT
AAATAGTATTTTGCCTCCTAAGTTACCATATAATATTTACTTAGCTCTTTTTTTTACAGA
CACAACTGTAGTTCACCGCACGCTTTTGCGTTTTTTCATGTTCAAGAAATTATCCACTCA
TGGTTTATGACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C440TF U 394
AF RR1CI26TF U 1
AF RR1CI26JQ C 146
AF RR1C440JQ C 313
BS 1 722 RR1CI26TF
BS 723 725 RR1CI26JQ
BS 726 751 RR1CI26TF
BS 752 913 RR1CI26JQ

RD RR1C440TF 303 0 0
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CACTAACAAGTCTCCTTATCATGAAACCATTGACTTCGATGTACAGCTTGGTCACTTTGC
ATACTACGACCAGCACGCAAAGGACGAGCATTTCACTCCCCTTGATGGAGCAAATATCAA
AGTTAGAGGAAGCTCTTTACAACATCCAGTTCGAGCAACACTGGTTAGAGGCTCAGACCG
ATCGTCAAGCTATCGTGAACGAGAACATGAGCAAAAGAGCAGTACACAAAGCTTTGTTCG
AGT

QA 1 303 1 303
DS 

RD RR1CI26TF 759 0 0
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CACCGTCTTCTTCTCCGATCAATCTCTCATCGACCAGATCGTATTTCCACCCGTTTATCT
ATTATCACTCCTCCTCCTCGTCTGATTTTGCAAGATGAGCATGAAGGCTACAATCCTAAT
ATTAGGGCTCGTATGGAGCTTCCAGGCAGCGTTGGGGATTAGATTCGTCATAGACAGAGA
AGAATGTTTCTCCCACAAGGCTGACTACGAAGGCGATACCCTTCATGTCTCTTTCGTCGT
CATCAAGTCTGATTCTCAATGGCATTTTAACGAGGATGGTGTAGATCTTGTGATACACGG
CCCAACAGGGGAACAGATTCATGACTTCAGGGAGCAGATAAGTGCCAAGCACGACTTTGT
TGTCCAAAAGAAAGGGGTTTACCGTTTCTGTTTCACTAACAAGTCTCCTTATCATGAAAC
CATTGACTTCGATGTACAGCTTGGTCACTTTGCATACTACGACCAGCACGCAAAGGACGA
GCATTTCACTCCC*TTGATGGAGCAAATATCAAAGTTAGAGGAAGCTCTTTACAACATCC
AGTTCGAGCAACACTGGTTAGAGGCTCAGACCGATCGTCAAGCTATCGTGAACGAGAACA
TGAGCAAAAGAGCAGTACACAAAGCTTTGTTCGAGTCGTTTGCATTGATCGGTGCAAGTG
TC**TCAAGTTTACCTTCTGCGTCGCTTGTT
GACGCAAC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1CI26JQ 768 0 0
A
TTTGCAAGATGAGCATGAAGGCTACAATCCTAATATTAGGGCTCGTATGGAGCTTCCAGG
CAGCGTTGGGGATTAGATTCGTCATAGACAGAGAAGAATGTTTCTCCCACAAGGCTGACT
ACGAAGGCGATACCCTTCATGTCTCTTTCGTCGTCATCAAGTCTGATTCTCAATGGCATT
TTAACGAGGATGGTGTAGATCTTGTGATACACGGCCCAACAGGGGAACAGATTCATGACT
TCAGGGAGCAGATAAGTGCCAAGCACGACTTTGTTGTCCAAAAGAAAGGGGTTTACCGTT
TCTGTTTCACTAACAAGTCTCCTTATCATGAAACCATTGACTTCGATGTACAGCTTGGTC
ACTTTGCATACTACGACCAGCACGCAAAGGACGAGCATTTCACTCCC*TTGATGGAGCAA
ATATCAAAGTTAGAGGAAGCTCTTTACAACATCCAGTTCGAGCAACACTGGTTAGAGGCT
CAGACCGATCGTCAAGCTATCGTGAACGAGAACATGAGCAAAAGAGCAGTACACAAAGCT
TTGTTCGAGTCGTTTGCATTGATCGGTGCAAGTGTCCTCCAAGTTTACCTTCTGCGTCGC
TTGTTTGAACGCAAACTCGGCATGTCCCGTGTCTAAATAGTATTTTGCCTCCTAAGTTAC
CATATAATATTTACTTAGCTCTTTTTTTTACAGACACAACTGTAGTTCACCGCACGCTTT
TGCGTTTTTTCATGTTCAAGAAATTATCCACTCATGGTTTATGACTC

QA 2 768 2 768
DS 

RD RR1C440JQ 594 0 0
TTCTCAATGGCATTTTAACGAGGATGGTGTATATCTTGTGATACACGGCCCAACAGGGGA
ACAGATTCATGACTTCAGGGAGCAGATAAGTGCCAAGCACGACTTTGTTGTCCAAAAGAA
AGGGGTTTACCGTTTTTGTTTCACTAACAAGTCTCCTTATCATGAAACCATTGACTTCGA
TGTACAGCTTGGTCACTTTGCATACTACGACCAGCACGCAAAGGACGAGCATTTCACTCC
C*TTGATGGAGCAAATATCAAAGTTAGAGGAAGCTCTTTACAACATCCAGTTCGAGCAAC
ACTGGTTAGAGGCTCAGACCGATCGTCAAGCTATCGTGAACGAGAACATGAGCAAAAGAG
CAGTACACAAAGCTTTGTTCGAGTCGTTTGCATTGATCGGTGCAAGTGTCCTCCAAGTTT
ACCTTTTGCGTCGCTTGTTTGAACGCAAACTCGGCATGTCCCGTGTCTAAATAGTATTTT
GCCTCCTAAGTTACCATATAATATTTACTTAGCTCTTTTTTTTACAGACACAACTGTAGT
TCACCGCATGCTTTTGCGTTTTTTCATGTTCAAGAAATTATCCACTCATGGTTT

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 4

CO CL2894Contig1 595 4 5 U
GGCATTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGAAACACACATATATTTACATAAAGAT
TTGAGTCAACAGAAAAGGTGTGTTGTGTGATGGAGATAAAAACGAAGAGGTACTGGCGGA
GGTGGAGAGGATACGAGAAGCTTGATGGGTCATCAACGCCGGGCCGAAGGATTGAAAAAG
GAGTCAAAACGGATCCGACCCGGAAGAAACGTTTTTGGAGGATCAAGATCATGCCAAAAC
TGAGGATCCTCAGAAGGGCTTCGCCCAAGAAGCTTCTGGTTTGGTTACGTGATTCTTATG
TTAATATGATGATGCGGTTGGCGAACTCGCGGACCGTCGGAGCTTCTGGATACGGTGGAT
CCGGTTTCGGGCAGCGTCAGATGAAGGAGTATGATGAGAAAGTGCTTGTGGAGATTTACA
AGTCCATATTGATGGCGCAGGCACATGGGAATCTCGTGCAACGAGGCACAGCTAATAAGC
TTCCTTTTGAACCAGCGGTTGTCCCGGTCTCTTCTGTCGTTTCGTAATTAAAATTAAAGA
ACGGAAACAACTATATATCCGTTTTCCTTATAATAAAAGAGAATCAAAATTCTTG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1BF87TF U 1
AF RR1BF05JQ C 1
AF RR1BF05TF U 1
AF RR1BF87JQ C 1
BS 1 459 RR1BF87TF
BS 460 486 RR1BF05TF
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BS 488 593 RR1BF05TF
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TG

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 4

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D260JQ C 141
AF RR1D260TF U 141
AF RR1AD60JQ C 1
AF RR1AD60TF U 1
BS 1 143 RR1AD60TF
BS 144 692 RR1D260TF
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ACT

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TCTGCCTGTCTTGTAAAGACTTTCAGATATTATATTCTTGTTCAGTCAAGTGGTTTCTGT
TTATGTCTG

QA 4 552 4 552
DS 

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RD RR1AD60TF 758 0 0
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AGATTTGAATTTTTGTTTTGATCGGAGGAGAATGGGCGGAGACGGCAAAGTTTACACCTT
GGCGGAGGTTTCACAGCACACTACCGCCAAGGATTGCTGGATCGTCATCGATGGCAAGGT
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TACAGGGAAAGACGCGACGGATGATTTTGAGGATGTCGGACACAGTTCCACTGCTAAAGC
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TATCCGTTCTTACACCAAGACTCCTACTTCTTCTTGAAGACTCTATTGGGGTGGGTCTTT
GAGTGTTTTGCCCATTTATCTTATCTGCCTGTCTTGTAAAGACTTTCAGATATTATATTC
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CATTTTTTGTCTTATATCATATTATCATTTGCACAAGC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 4

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TCTTGTTCTCCTTTGGATCATCCATATGATCAAAGCTGTAGTGAGAAGAGAGCGCTACAG
TTGTATCTTGTTTTCTTGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DC78JQ U 1
AF RR1DC78TF C 81
AF RR1BW57JQ U 300
AF RR1BW57TF C 300
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BS 504 676 RR1DC78JQ
BS 677 803 RR1BW57JQ

RD RR1DC78JQ 676 0 0
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CCACTTCACCCGGGAGGGTTATACCTGGGCTGAGGACAAGGCCCAACACCCAGTACCGTA
TTTGGTGACATGGAAGAGGTAGTTCCCCTCCAGGTGGTTCGAACCCAGGAACATGACCAT
TGGACCCCAAGGTCCTTACCACTTGTGCTACCTCATCCCGTCAATTTAAAATGAATGTTA
AGATGGGAAGTGTACTCAATCTAAACTTATAAGTTTTGAGCTTTTAAGAATAAGCACATG
ATCAACTAACTATAATGTACATCAATGGGGGCATAGCTAATACAGAACAGACAATCATTT
ATTCAACTAAGACAAACCCAACATCGAATAAAATGAATCTTTAAGATAACAACCAAAAAA
CAGGAAACAAGTAAACTCTTACAGATGGAGAAAGTGGCTGGTGGTGAGAGAATTCAGTGT
TGGTTCTGTTGTTGTCGCTGTGGACAGTCGTGAGTTTAGGCTTAGTATTACCAACTGAAG
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GAATGGTTCCTCCTTT

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DS 

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AGTTCCCCTCCAGGTGGTTCGAACCCAGGAACATGACCATTGGACCCCAAGGTCCTTACC
ACTTGTGCTACCTCATCCCGTCAATTTAAAATGAATGTTAAGATGGGAAGTGTACTCAAT
CTAAACTTATAAGTTTTGAGCTTTTAAGAATAAGCACATGATCAACTAACTATAATGTAC
ATCAATGGGGGCATAGCTAATACAGAACAGACAATCATTTATTCAACTAAGACAAACCCA
ACATCGAATAAAATGAATCTTTAAGATAACAACCAAAAAACAGGAAACAAGTAAACTCTT
ACAGATGGAGAAAGTGGCTGGTGGTGAGAGAATTCAGTGTTGGTTCTGTTGTTGTCGCTG
TGGACAGTCGTGAGTTTAGGCTTAGTATTACCAACTGAAGTAGGTTGGTTATGAAAAGGG
TTAATGAGGTCTTCTTCGTTGCCAAGACTGGCTCGAGAAGGATCTCTCTTGTTCTGTTTC
CTCATCTCTCTGATCTTTGTGAAATCCATTGAGTAGTCAGGAATGGTTCCTCCTTTCTGA
TCCCAGTCTCCAAACTGTGGTACTGATAGCCATGGCGAGTTCTTGTTCT
GCCAACAAAAGAAAAA

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GG
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TTCAACTAAGACAAACCCAACATCGAATAAAATGAATCTTTAAGATAACAACCAAAAAAC
AGGAAACAAGTAAACTCTTACAGATGGAGAAAGTGGCTGGTGGTGAGAGAATTCAGTGTT
GGTTCTGTTGTTGTCGCTGTGAACAGTCGTGAGTTTAGGCTTAGTATTACCAACTGAAGT
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CTTGTTCTCCTTTGGATCATCCATATGATCAAAGCTGTAGTGAGAAGAGAGCGCTACAGT
TGTATCTTGTTTTCTTGAAAAA

QA 3 504 3 504
DS 

RD RR1BW57TF 504 0 0
GG
TCAACTAACTATAATGTACATCAACGGGGGCATAGCTAATACAGAACAGACAATCATTTA
TTCAACTAAGACAAACCCAACATCGAATAAAATGAATCTTTAAGATAACAACCAAAAAAC
AGGAAACAAGTAAACTCTTACAGATGGAGAAAGTGGCTGGTGGTGAGAGAATTCAGTGTT
GGTTCTGTTGTTGTCGCTGTGAACAGTCGTGAGTTTAGGCTTAGTATTACCAACTGAAGT
AGGTTGGTTATGAAAAGGGTTAATGAGGTCTTCTTCGTTGCCAAGACTGGCTCGAGAAGG
ATCTCTCTTGTTCTGTTTCCTCATCTCTCTGATCTTTGTGAAATCCATTGAGTAGTCAGG
AATGGTTCCTCCTTTCTGATCCCAGTCTCCAAACTGTGGTACTGATAGCCATGGCGAGTT
CTTGTTCTCCTTTGGATCATCCATATGATCAAAGCTGTAGTGAGAAGAGAGCGCTACAGT
TGTATCTTGTTTTCTTGAAAAA

QA 3 504 3 504
DS 



AS 1 3

CO CL2897Contig1 1356 3 6 U
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GCAGAGAGAGAGAGAGTAGAGGGAGTTTAAACTAAAACTTACAAAGCCTAACAGTTTTTA
ATATAATAAACTGTTTGGCTTGGTGCAGTAAAAAAAATGAAGGTTGTGGGAATACAATCA
GCTCTGAACTTCATTGTATTTGATGACGCAGTCATAAAGCCGTCCTCCCAGAAACTGTGC
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TGATAAGATCTCTGCAAGCTCGGTATAAGTGACATCATTGATAGATGGAAGCTCATTAGC
AGCCAGCACCACCTGCATTCCTTGACGTAACATTTCTCTAGCAAACGGCAAGATACCCAA
AATTATGTCTGCACCAGAGTTGTCAACAAATATCACAGCCTTCTTCCAAGGCTTCTTGAG
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GCAGCTAGCCAAGAATGACATTCCATCCTTTGAGAATACCTCCGCAAGCTGTGCAGAACC
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ATCTTCAATAGCATCACTCAGACGGACGACTTCAGGAAATAGTGATATAGCCTTTGCATT
CTCCTCATCCTTAACTTTCTTGAAAATGTCTCTGAATCCCAATTCTCTGAGTATTAGCTC
ACGAATTCTACAAAGAAGAATGCAATCTGGTGGTCCACCATGGCTCTCCGGATCTTTCTT
CAAGTCCTCAAGAATCTCCGCATACCTTTGAGCAAACTTTTCAGCTCGAACAGGAGCATC
TGGAACAGATGTATCGCTCTCTGCACGCTCCTTGAAAGAAGGGATGGAGTTGAGGAAGAG
ATCGATCCAAGAGATCTCAGTGGGGGTAGCCTTCTTGGGGTTATCAGAAGGGAATCGATA
AGGAATGGTGCACGCTCTGTAGTTTGATTCTATCGGTATCGGTAACAGAGGCAACGCTAC
CATCACTGAGTCGCTCTCCATTTTTTGATGATCCTTCTTCTTCACTCCAAAGCAGTAACA
AAAATTGCAACCTAGGCGTGTGGGAGAGAGAGAGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GM04JQ U 1
AF RR1A116JQ U 32
AF RR1A116TF C 644
BS 1 569 RR1GM04JQ
BS 570 570 RR1A116JQ
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BS 721 721 RR1A116JQ
BS 722 789 RR1GM04JQ
BS 790 1356 RR1A116TF

RD RR1GM04JQ 795 0 0
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ATATAATAAACTGTTTGGCTTGGTGCAGTAAAAAAAATGAAGGTTGTGGGAATACAATCA
GCTCTGAACTTCATTGTATTTGATGACGCAGTCATAAAGCCGTCCTCCCAGAAACTGTGC
TACCTCTGGATGCTTCACCATTCCAATCTTGAGGGAATCACACTTGAACTGAGCATAAAG
GTTTGTCTCTATTCCACGTCCCATGCCTTCTAAGATGACCAAGTCTGCATCGGTTGCAAG
GTATGCAACCTCCTGTGATACTCTTGCCAGATCAATAACCGGTAAGTCATTCCCAGAGTT
TGCAATCAGAAGATTCGAGATATCAACGCCCATCAGTTGTCCATTTTCATCCTTAAGCTT
TGATAAGATCTCTGCAAGCTCGGTATAAGTGACATCATTGATAGATGGAAGCTCATTAGC
AGCCAGCACCACCTGCATTCCTTGACGTAGCATTTCTCTAGCAAACGGCAAGATACCCAA
AATTATGTCTGCACCAGAGTTGTCAACAAATATCACAGCCTTCTTCCAAGGCTTCTTGAG
CCATCTAGCTTGAAAGTTTTCCAAGTCATCAATGACCCATGGCCGTGGAACCAAGTTTTG
ACAGCTAGCCAAGAATGACATTCCATCCTTTGAGAATACCTCCGCAAGCTGTGCAGAACC
GAGATCAAA
TGTTTC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1A116JQ 759 0 0
AAAGAGTTTTCCAAT
TCTTATATCTGAGTGCAGAGAGAGAGAGAGTAGAGGGAGTTTAAACTAAAACTTACAAAG
CCTAACAGTTTTTAATATAATAAACTGTTTGGCTTGGTGCAGTAAAAAAAATGAAGGTTG
TGGGAATACAATCAGCTCTGAACTTCATTGTATTTGATGACGCAGTCATAAAGCCGTCCT
CCCAGAAACTGTGCTACCTCTGGATGCTTCACCATTCCAATCTTGAGGGAATCACACTTG
AATTGAGCATAAAGGTTTGTCTCTATTCCACGTCCCATGCCTTCTAAGATGACCAAGTCT
GCATCGGTTGCAAGGTATGCAACCTCCTGTGATACTCTTGCCAGATCAATAACCGGTAAG
TCATTCCCAGAGTTTGCAATCAGAAGATTCGAGATATCAACGCCCATCAGTTGTCCATTT
TCATCCTTAAGCTTTGATAAGATCTCTGCAAGCTCGGTATAAGTGACATCATTGATAGAT
GGAAGCTCATTAGCAGCCAGCACCACCTGCATTCCTTGACGTAACATTTCTCTAGCAAAC
GGCAAGATACCCAAAATTATGTCTGCACCAGAGTTGTCAACAAATATCACAGCCTTCTTC
CAAGGCTTCTTGAGCCATCTAGCTTGAAAGTTTTCCAAGTCATCAATGACCCATGGCCGT
GGAACCAAGTTTTGGCAGCTAGCCAAGAATGACATTCCATCCTTTGAGAATACCTCCGCA
AGCTGTGCAGAACCGAGATCAAA
G

QA 16 758 16 758
DS 

RD RR1A116TF 713 0 0
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CGTGGAACCAAGTTTTGGCAGCTAGCCAAGAATGACATTCCATCCTTTGAGAATACCTCC
GCAAGCTGTGCAGAACCGAGATCAAAGATGTTTCCAGCGAAGATGCCTCTTACAAGATTC
TCAATGCGCTTTCCTTCATCTTCAATAGCATCACTCAGACGGACGACTTCAGGAAATAGT
GATATAGCCTTTGCATTCTCCTCATCCTTAACTTTCTTGAAAATGTCTCTGAATCCCAAT
TCTCTGAGTATTAGCTCACGAATTCTACAAAGAAGAATGCAATCTGGTGGTCCACCATGG
CTCTCCGGATCTTTCTTCAAGTCCTCAAGAATCTCCGCATACCTTTGAGCAAACTTTTCA
GCTCGAACAGGAGCATCTGGAACAGATGTATCGCTCTCTGCACGCTCCTTGAAAGAAGGG
ATGGAGTTGAGGAAGAGATCGATCCAAGAGATCTCAGTGGGGGTAGCCTTCTTGGGGTTA
TCAGAAGGGAATCGATAAGGAATGGTGCACGCTCTGTAGTTTGATTCTATCGGTATCGGT
AACAGAGGCAACGCTACCATCACTGAGTCGCTCTCCATTTTTTGATGATCCTTCTTCTTC
ACTCCAAAGCAGTAACAAAAATTGCAACCTAGGCGTGTGGGAGAGAGAGAGAG

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 4

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TACAGATAGTTGAATGCAGACGAGTTCTTAAATGGACATATGCTTATGGTTTTTACATAC
CTGACCATGAGCATGGAAAGAGAGAGTTTTTCGAGTACTTACAAGGCGAAGCTGAGTCAG
GCCTTGAACGACTTCATCAGTGTGCTGAAAAAGAACTGAAGTTGTACTTTGAAGCCAAAG
GTCCATCGGAAGATTTTAATGAGTTCCGCACAAAACTCGCAGGTTTAACAAGTGTGACCA
AAAACTATTTCGAGAACTTGGTTCGAGCGCTGGAGAATGGGTTACCGGATGTGAACTCGC
ATGGTGCATATGGTAGAGCGTCAAGTTCAAAGAATAAGGGATCCACTTCTCGAACCAGCA
GCACGGATACAGGCCAATGGGCTTGTGAACGTTGCACTCTTGTAAATCCAAAGTCGGTCA
CCATTTGCCAAATTTGTGAACATGGCCGGTGAAGAAAAGGATGCCAGCAGGAAATCTTCT
TGCTTGCACAAAAAACATTTGTATTATTAGTCTTTTTT*GTCTCGCGACTATGGTCAAGT
GGAAGTGTCTTCGAAACTTTTATGCATGTTTTTTGTTACTGGAATATCAAAGCTGAATGT
CTTTAACAAGATAATTAATAAATTGGCTAAATGCGAATTTATGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1FQ78TF U 1
AF RR1C301TF U 28
AF RR1DD65JQ C 176
AF RR1FQ78JQ C 30
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BS 335 428 RR1FQ78TF
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BS 551 703 RR1FQ78TF
BS 704 705 RR1C301TF

RD RR1FQ78TF 703 0 0
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TGCTTGCACTAAAAACATTTGTATTATTAGTCTTTTTT*GTCTCGCGACTATGGTCAAGT
GGAAGTGTCTTCGAAACTTTTATGCATGTTTTTTGTTACTGGAATATCAAAGCTGAATGT
CTTTAACAAGATAATTAATAAATTGGCTAAATGCGAATTTATG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1C301TF 678 0 0
GA
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CGTTGCACTCTTGTAAATCCAAAGTCGGTCACCATTTGCCAAATTTGTGAACATGGCCGG
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AATGCGAATTTATGCG

QA 3 678 3 678
DS 

RD RR1DD65JQ 513 0 0
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CAGCAGCACGGATACAGGCCAATGGGCTTGTGAACGTTGCACTCTTGTAAATCCAAAGTC
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CAAGTGGAAGTGTTTTCGAAACTTTTATGCATGTTTTTTGTTACTGGAATATCAAAGCTG
AATGTCTTTAACAAGATAATTAATAAATTGGCT

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1FQ78JQ 675 0 0
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AAATGGACATATGCTTATGGTTTTTACATACCTGACCATGAGCATGGAAAGAGAGAGTTT
TTCGAGTACTTACAAGGCGAAGCTGAGTCAGGCCTTGAACGACTTCATCAGTGTGCTGAA
AAAGAACTGAAGTTGTACTTTGAAGCCAAAGGTCCATCGGAAGATTTTAATGAGTTCCGC
ACAAAACTCGCAGGTTTAACAAGTGTGACCAAAAACTATTTCGAGAACTTGGTTCGAGCG
CTGGGGAATGGGTTACCGGATGTGAACTCGCATGGTGCATATGGTAGAGCGTCAAGTTCA
AAGAATAAGGGATCCACTTCTCGAACCAGCAGCACGGATTCAGGCCAATGGGCTTGTGAA
CGTTGCACTCTTGTAAATCCAAAGTCGGTCACCATTTGCCAAATTTGTGAACATGGCCGG
TGAA*****GGATGCCAGCAGGAAATCTTCTTGCTTGCACTAAAAACATTTGTATTATTA
GTCTTTTTT*GTCTCGCGACTATGGTCAAGTGGAAGTGTCTTCGAAACTTTTATGCATGT
TTTTTGTTACTGGAATATCAAAGCTGAATGTCTTTAACAAGATAATTAATAAATTGGCTA
AATGCGAATTTATG
C

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 3

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AAACAAAATCTCAACTAATAACCCCAAGAAATTAGGATATATTCATATATAGCTATCTAT
ATTTCAACGGCCGACAAAGAGAGAAAAATTAAGCAAGACAATTATTTGTTAACGAAAATT
TGATCATTGTTGTAGTGTTTGTTTTCTCCATGAACGGTTCATATTCTCCGGCTTAACCAA
CTTAATATCTCCTCCGGTTTTGAGAAACACCAACTTAATCCTTTTATCTCCAGTATAAGA
AACTGTACAGCCTTTTGTATTTTCATCACGTGGAAGAGTTGCTGCTGTGTTCATTATCTG
AGCTTGTATCTTCCTGTCTTGATTTATACCTATGAAGAACCGGTAAGGAAGCTGTTGCTG
AAATTCTGAACGATCTAGCTGAAGCCGAACCCATCGCTGACGACATTTCCTGCATTGTCT
TAACTTCTTTACAAACGTTATCAAGAACTCCCAGAAAATCTCTCACGACCATGAAGATTC
TTAAAGGATGTGCTTCTTCTTTTGCAGCGTCTCCGTGGAAATACTCTGTTACTTCTTTAA
CCATCGACAGAGCTTTTCTTTCCCCTCCTTTGATCTTTCGAATCTCTTCTTCTGCCTCTC
TGAGAAACGTTTTCATCGAATCAAAGAACTTCCCTGGAGTTGATGTGGTTGTTGTCTCTG
TCTTGATGAAAGCTCGGAGTTTCTCAAGACCCGTCTCGAGCTTTGTCACGTACCCGCTCA
GTACATCGGAATCTATCCCGGCTGATTTTTTTACGTTTGCCAGATCTCTACTCAGTCCAG
CCACGACTTGTAATCCTTGCTTTCTGAAACCGTCTTTGTTTTCATGGAGGATGGTTTCAT
CTATTGTTTTTGTGGTCGCCTCGGATTTTGTGATTTCTTGAACGACAAAGTGAAGCAATG
TGGTTTTGCCTTCAACTCCTTTTACGTCTACGAGTTTTAAGAGAGTATCGAGTTTGAAGG
CTTTGGCTTCTCCACGATTAGTGCCAACATTCATTCTGTTTCCTGTCATTAGAACAGCTT
CGAGGAGCTTAAGGAATAGCCTGCTTGCTTTTAATTCTAAGCTTGCTTCCTCTAGCGTTT
GGAAAGAGTTCCTTAGATACTTGACTTCTGCATCAAAGTTGGCTCTATACAACATTGCTT
CC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1BA84JQ U 1
AF RR1BA65JQ U 1
AF RR1BA84TF C 389
BS 1 827 RR1BA65JQ
BS 828 828 RR1BA84TF
BS 829 906 RR1BA65JQ
BS 907 1142 RR1BA84TF

RD RR1BA84JQ 773 0 0
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TCTTGATGAAAGCTCGGAGTTTCTCAAGACCCGTCTCGAGCTTTGTCACGTACCCGCTCA
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QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1BA65JQ 906 0 0
AAACAAAATCTCAACTAATAACCCCAAGAAATTAGGATATATTCATATATAGCTATCTAT
ATTTCAACGGCCGACAAAGAGAGAAAAATTAAGCAAGACAATTATTTGTTAACGAAAATT
TGATCATTGTTGTAGTGTTTGTTTTCTCCATGAACGGTTCATATTCTCCGGCTTAACCAA
CTTAATATCTCCTCCGGTTTTGAGAAACACCAACTTAATCCTTTTATCTCCAGTATAAGA
AACTGTACAGCCTTTTGTATTTTCATCACGTGGAAGAGTTGCTGCTGTGTTCATTATCTG
AGCTTGTATCTTCCTGTCTTGATTTATACCTATGAAGAACCGGTAAGGAAGCTGTTGCTG
AAATTCTGAACGATCTAGCTGAAGCCGAACCCATCGCTGACGACATTTCCTGCATTGTCT
TAACTTCTTTACAAACGTTATCAAGAACTCCCAGAAAATCTCTCACGACCATGAAGATTC
TTAAAGGATGTGCTTCTTCTTTTGCAGCGTCTCCGTGGAAATACTCTGTTACTTCTTTAA
CCATCGACAGAGCTTTTCTTTCCCCTCCTTTGATCTTTCGAATCTCTTCTTCTGCCTCTC
TGAGAAACGTTTTCATCGAATCAAAGAACTTCCCTGGAGTTGATGTGGTTGTTGTCTCTG
TCTTGATGAAAGCTCGGAGTTTCTCAAGACCCGTCTCGAGCTTTGTCACGTACCCGCTCA
GTACATCGGAATCTATCCCGGCTGATTTTTTTACGTTTGCCAGATCTCTACTCAGTCCAG
CCACGACTTGTAATCCTTGCTTTCTGAAACCGTCTTTGTTTTCATGGGGGATGGTTTCAT
CTATTGTTTTTGTGGTCGCCTCGGATTTTGTGATTTCTTGAACGACAAAGTGAAGCAATG
TGGTTT

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DS 

RD RR1BA84TF 754 0 0
ACCCATCGCTGACGACATTTC*TGCATTGTCTTAACTTCTTTACAAACGTTATCAAGAAC
TCCCAGAAAATCTCTCACGACCATGAAGATTCTTAAAGGATGTGCTTCTTCTTTTGCAGC
GTCTCCGTGGAAATACTCTGTTACTTCTTTAACCATCGACAGAGCTTTTCTTTCCCCTCC
TTTGATCTTTCGAATCTCTTCTTCTGCCTCTCTGAGAAACGTTTTCATCGAATCAAAGAA
CTTCCCTGGAGTTGATGTGGTTGTTGTCTCTGTCTTGATGAAAGCTCGGAGTTTCTCAAG
ACCCGTCTCGAGCTTTGTCACGTACCCGCTCAGTACATCGGAATCTATCCCGGCTGATTT
TTTTACGTTTGCCAGATCTCTACTCAGTCCAGCCACGACTTGTAATCCTTGCTTTCTGAA
ACCGTCTTTGTTTTCATGGAGGATGGTTTCATCTATTGTTTTTGTGGTCGCCTCGGATTT
TGTGATTTCTTGAACGACAAAGTGAAGCAATGTGGTTTTGCCTTCAACTCCTTTTACGTC
TACGAGTTTTAAGAGAGTATCGAGTTTGAAGGCTTTGGCTTCTCCACGATTAGTGCCAAC
ATTCATTCTGTTTCCTGTCATTAGAACAGCTTCGAGGAGCTTAAGGAATAGCCTGCTTGC
TTTTAATTCTAAGCTTGCTTCCTCTAGCGTTTGGAAAGAGTTCCTTAGATACTTGACTTC
TGCATCAAAGTTGGCTCTATACAACATTGCTTCC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 4

CO CL2900Contig1 918 4 5 U
GGTAACCTCATTAGATGCCAAAAACTTCCACTTCAACGTTATCAGCGGCAAGAACATGAC
ATTTGATAACATCAAGATCATTGCCCCAGCTGAAAGCCCCAACACTGACGGTATTCATTT
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CTCCGTGGGAGATGGGATGAAGAATCTCCTCATTGAGAAAGTTGTGTGCGGTCCAGGACA
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GGTTACGAACTGCACCCTCCAGGGAACCGATAACGGTCTGAGGATCAAGACATGGCCCTC
TGCGGCTTGCGCCACAACCGCTGCCGGTATTCATTTTGAGGATATCATCCTTAACAACGT
TAGCAACCCAATCCTCATTGACCAGGAGTACTGCCCTTGGAACCAATGCAACAAGAACAA
ACCATCAACAATTAAGCTGGTGGACATTGCCTTCAGGAAGATCAGAGGAACATCAGGGAA
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AGACATTAACATTGAGTACAAAGGACCTGATGGTCCACCCACTTTCGAGTGCACAAACGT
CACACCTAAGCTTGTGGGAACCCAGAACCCAAAGGCTTGCGTTGGACCTGTCGTCAAGGC
ACCTGGGCAAGCGTAAAGTGTTGAAGCTCAGATCAACACACTAGGGCTTTCACATCCAAT
TTTGTTTTTCCCTTTCTCTAACCCTTTTCCAAGTCGCATATGGGTGAGTTTTAGAAAATT
GTAACAAAAAAATGTATATTCGATGCCAACACATATGTGTGGGTGCATAATGATGCAATT
AATAAAACTAAATTATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EF49TF U 1
AF RR1B449TF U 99
AF RR1EF49JQ C 149
AF RR1B449JQ C 405
BS 1 444 RR1EF49TF
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BS 513 913 RR1B449TF
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RD RR1EF49TF 512 0 0
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ATTTGATAACATCAAGATCATTGCCCCAGCTGAAAGCCCCAACACTGACGGTATTCATTT
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CTCCGTGGGAGATGGGATGAAGAATCTCCTCATTGAGAAAGTTGTGTGCGGTCCAGGACA
TGGAATCAGTGTTGGAAGCCTTGGAAGGTACGGATGGGAGCAAGATGTAAATGACATTAA
GGTTACGAACTGCACCCTCCAGGGAACCGATAACGGTCTGAGGATCAAGACATGGCCCTC
TGCGGCTTGCGCCACAACCGCTGCCGGTATTCATTTTGAGGATATCATCCTTAACAACGT
TAGCAACCCAATCCTCATTGACCACGAGTACTGCCCTTGGAACCAATGCAACAAGAACAA
ACCATCAACAATTAAGCTGGTGGACATTGCCT

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1B449TF 815 0 0
G
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GCAAGATGTAAATGACATTAAGGTTATGAACTGCACCCTCCAGGGAACCGATAACGGTCT
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GGATATCATCCTTAACAACGTTAGCAACCCAATCCTCATTGACCAGGAGTACTGCCCTTG
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ATGTGAGAATGTTGAGATTGGAGACATTAACATTGAGTACAAAGGACCTGATGGTCCACC
CACTTTCGAGTGCACAAACGTCACACCTAAGCTTGTGGGAACCCAGAACCCAAAGGCTTG
CGTTGGACCTGTCGTCAAGGCACCTGGGCAAGCGTAAAGTGTTGAAGCTCAGATCAACAC
ACTAGGGCTTTCACATCCAATTTTGTTTTTCCCTTTCTCTAACCCTTTTCCAAGTCGCAT
ATGGGTGAGTTTTAGAAAATTGTAACAAAAAAATGTATATTCGATGCCAACACATATGTG
TGGGTGCATAATGATGCAATTAATAAAACTAAAT

QA 2 815 2 815
DS 

RD RR1EF49JQ 770 0 0
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CTCATTGAGAAAGTTGTGTGCGGTCCAGGACATGGAATCAGTGTTGGAAGCCTTGGAAGG
TACGGATGGGAGCAAGATGTAAATGACATTAAGGTTACGAACTGCACCCTCCAGGGAACC
GATAACGGTCTGAGGATCAAGACATGGCCCTCTGCGGCTTGCGCCACAACCGCTGCCGGT
ATTCATTTTGAGGATATCATCCTTAACAACGTTAGCAACCCAATCCTCATTGACCAGGAG
TACTGCCCTTGGAACCAATGCAACAAGAACAAACCATCAACAATTAAGCTGGTGGACATT
GCCTTCAGGAAGATCAGAGGAACATCAGGGAACAAGGACGCAGTGAAACTATTGTGCAGC
AAGGGACATCCATGTGAGAATGTTGAGATTGGAGACATTAACATTGAGTACAAAGGACCT
GATGGTCCACCCACTTTCGAGTGCACAAACGTCACACCTAAGCTTGTGGGAACCCAGAAC
CCAAAGGCTTGCGTTGGACCTGTCGTCAAGGCACCTGGGCAAGCGTAAAGTGTTGAAGCT
CAGATCAACACACTAGGGCTTTCACATCCAATTTTGTTTTTCCTTTTCTCTAACCCTTTT
TCAAGTCTCATATGGGTGAGTTTTAGAAAATTGTAACAAAAAAATGTATATTCGATGCCA
ACACATATGTGTGGGTGCATAATGATGCAATTAATAAAACTAAAT
TATAT

QA 1 765 1 765
DS 

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AGAATGTTGAGATTGGAGACATTAACATTGAGTACAAAGGACCTGATGGTCCACCCACTT
TGGAGTGCACAAACGTCACACCTAAGCTTGTGGGAACCCAGAACCCAAAGGCTTGCGTTG
GACCTGTCGTCAAGGCACCTGGGCAAGCGTAAAGTGTTGAAGCTCAGATCAACACACTAG
GGCTTTCACATCCAATTTTGTTTTTCCCTTTCTTTAACCCTTTTCCAAGTCGCATATGGG
TGAGTTTTAGAAAATTGTAACAAAAAAATGTATATTCGATGCCAACACATATGTGTGGGT
GCATAATGATGCAATTAATAAAACTAAATTATAC

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 4

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TGCAAACAAGCAAAATAAAAAGAGGAAAAAACCTCCAAACCGGGACAAAGTAGCGAGTCT
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CGTTGCCAACGTCGAACTTGATGAACTCCACAACCTTGTTCTCCTCGAGGTCTAGCTTGA
TGGTGTCGTTCGGCTTGATGAGCGGGTCGGGGTAACGGATGGTGCGGCCATCGTATGTGC
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TAGCTTCCTCGTCCCTGATGGAGTGGAGACGGAAACGTCCCTTGGTGTCGTACAGAAGAC
GGAAGTTCTCGTTCGTCTTGGGGATGGATACAACATCCATGAAGCCAGCAGGGTATGTCT
TGTCAGTCCTGACTTTACCATCAACTTGGATATGCCTTTGCATGAGGATGGAGATGACTT
CACGGTATGTCAAAGCGTACTTCAACCTGTTCCTGATGATCAGGACGAGAGGAAGACACT
CCCTCGACTTGTGTGGTCCAGAAGACGGCTTGGGGGCGAAGGCGCCACCAAGTTTGTCAA
GCATCCAATGCTTGGGAGCATTGAGCCTCTTCAGATGCTTCTTCAATCCTCTTGCCATGT
TTGCAGGTGTTGGGAGCCGGAGGACTTGTGATTCTTCTGCGGCGGCACTTCCTCTACGTT
TTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DY15JQ U 1
AF RR1AX54JQ U 27
AF RR1DY15TF C 373
AF RR1AX54TF C 299
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RD RR1DY15JQ 658 0 0
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QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1AX54JQ 802 0 0
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GGATGTGGATCGTCTCAAAGCTTCCCTT*GTGCTTCTCACGGTTCTTGATCACACCCACA
CGCCCTCTGTTTCTACCCCCAGTCACCATCACAACGTTGCCAACGTCGAACTTGATGAAC
TCCACAACCTTGTTCTCCTCGAGGTCTAGCTTGATGGTGTCGTTCGGCTTGATGAGCGGG
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AAACTGATAGTCCTAACCTTGCAAAGCTTGAACTTAGCTTCCTCGTCCCTGATGGAGTGG
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QA 1 802 1 802
DS 

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GGA

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1AX54TF 728 0 0
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CTTCTCACGGTTCTTGATCACACCCACACGCCCTCTGTTTCTACCCCCAGTCACCATCAC
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GATGGTGTCGTTCGGCTTGATGAGCGGGTCGGGGTAACGGATGGTGCGGCCATCGTATGT
GCTGAGGTAAGGGATTCCCTTCTTCCCCAAACTGATAGTCCTAACCTTGCAAAGCTTGAA
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TTCACGGTATGTCAAAGCGTACTTCAACCTGTTCCTGATGATCAGGACGAGAGGAAGACA
CTCCCTCGACTTGTGTGGTCCAGAAGACGGCTTGGGGGCGAAGGCGCCACCAAGTTTGTC
AAGCATCCAATGCTTGGGAGCATTGAGCCTCTTCAGATGCTTCTTCAATCCTCTTGCCAT
GTTTGCAGGTGTTGGGAGCCGGAGGACTTGTGATTCTTCTGCGGCGGCACTTCCTCTACG
TTTTATCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 4

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AAGGGATCTTTCTCCGGAAAAGATTATCAAGATCCACCACCTGAGCCTCTGTTCGATGCT
ACTGAGCTTGGGAAGTGGTCTTTTTACAGAGCTCTCATCGCTGAGTTCATAGCCACTCTC
CTCTTCCTCTATGTCACCGTTATGACTGTCATTGGTTACAAGAACCAGACCGATCCAACC
CTAAACCCTGACCAGTGTGCAGGTGTTGGTGTACTCGGCATCGCTTGGGCCTTCGGTGGC
ATGATCTTCATCCTTGTCTACTGCACTGCCGGAATCTCTGGTGGACATATAAACCCGGCC
GTGACGTTTGGGCTGTTCTTGGCTCGGAAAGTGACGTTGGTGAGAGCGGTTATGTACATG
GTGGCTCAGTGCCTTGGTGCAATTTGCGGTGTGGCTTTGGTTAAGTCCTTCC*AGTCTTC
TTACTACACCCGCTACGGTGGTGGCGCAAACGGTCTCTCACACGGTTATAGCATCGGCAC
CGGTGTTGCCGCCGAGATCATCGGTACTTTCGTCCTAGTCTACACCGTCTTCTCCGCCAC
TGACCCCAAGAGGAGTGCGCGTGACTCCCACGTCCCTGTATTGGCTCCATTACCAATTGG
ATTTGCGGTATTCATTGTTCACTTGGCTACAATCCCAATCACGGGCACTGGCATTAACCC
TGCAAGAAGTCTTGGAGCTGCAATCATCTACAACAAGGACCAAGCTTGGGACCATCATTG
GATATTTTGGGTTGGTCCGTTTGCGGGTGCAGCCCTTGCGGCTTTCTACCATCAGTTTGT
GTCGAGGGCTGGTGCGGTAAAGGCGCTCGGGTCCTTCAGGAGCCAGTCTCACGTTTAACT
TTGGTGTTCCTCAATTAGCAGAGAGAAGAAAATAAAGGCTGCGTTGGAACCTAGTGACAT
GTAGTATCTAATTTCTTGCTTGGTGAAGTGAGGGTTAAATGTGACTTGTGGGCCAACTAT
GAAATGCTACTTTCGCTTACATCTATGTTTACTTCTCAACTTTATATTTGCTCTATTGCG
CTAGCTTGCTGAATTCCGTATGATCGACTTTCCACGTGAGAGTATAAAGGTCCCCTAAAC
CTACACGTGGAAGATTATGCTTACTTTAAGAAAATACCATATTTTATGAAGTAGTCCTTT
TACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 

AF RR1AS82TF U 1
AF RR1BE20TF U 15
AF RR1BE20JQ C 402
AF RR1AS82JQ C 499
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TTACTACACCCGCTACGGTGGTGGCGCAAACGGTCTCTCACACGGTTATAGCATCGGCAC
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ATTTGCGGTATTCATTGTTCACTTGGCTACAATCCCAATCACGGGCACTGGCATTAACCC
TGCAAGAAGTCTTGGAGCTGCA
TC

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GT
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GGTCTTTTTACAGAGCTCTCATCGCTGAGTTCATAGCCACTCTCCTCTTCCTCTATGTCA
CCGTTATGACTGTCATTGGTTACAAGAACCATACCGATCCAACCCTAAACCCTGACCAGT
GTGCAGGTGTTGGTGTACTCGGCATCGCTTGGGCCTTCGGTGGCATGATCTTCATCCTTG
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TCTTGGCTCGGAAAGTGACGTTGGTGAGAGCGGTTATGTACATGGTGGCTCAGTGCCTTG
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DS 

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TGACTTGTGGGCCAACTATGAAATGCTACTTTCGCTTACATCTATGTTTACTTCTCAACT
TTAT

QA 1 724 1 724
DS 

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TGGTGGCGCAAACGGTCTCTCACACGGTTATAGCATCGGCACCGGTGTTGCCGCCGAGAT
CATCGGTACTTTCGTCCTAGTCTACACCGTCTTCTCCGCCACTGACCCCAAGAGGAGTGC
GCGTGACTCCCACGTCCCTGTATTGGCTCCATTACCAATTGGATTTGCGGTATTCATTGT
TCACTTGGCTACAATCCCAATCACGGGCACTGGCATTAACCCTGCAAGAAGTCTTGGAGC
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ACATCTATGTTTACTTCTCAACTTTATATTTGCTCTATTGCGCTAGCTTGCTGAATTCCG
TATGATCGACTTTCCACGTGAGAGTATAAAGGTCCCCTAAACCTACACGTGGAAGATTAT
GCTTACTTTAAGAAAATACCATATTTTATGAAGTAGTCCTTTTACC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 4

CO CL2903Contig1 1456 4 7 U
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CCAATGGTTAGTCACTAATCATGTCTCTCCAAAATTTAGTAAAAAAAAATGAAGAACAAA
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TCTGTCAGTAAACGGTCCAGTGGCCAATATTTCAACCTCCGGATCCTCTTTAGGTCACCA
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CCTAAGAGTTCCATCATAAGAGCAAGGTGGTCCTCGTCTTCTCCATAACCATTTCCATCT
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ATATCAACAGAGAAAGAGTAGCCTGACTGAAGTATTACTTCAGGAGCTCTGTACTGTCTT
GTCTGTATCTCTTCCGCAAACTTGTTATCAGCCCAACAAGCGTTCCCAAAGTCCACAACT
TTGCATTTCATATCAAACCCATCTAAACTTCTCACGGTCTTTGTCGGCGTTTCACTTAAA
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CCACCAGAAAACTGCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AV58JQ U 1
AF RR1A196JQ U 33
AF RR1AV58TF C 633
AF RR1A196TF C 704
BS 1 45 RR1AV58JQ
BS 46 46 RR1A196JQ
BS 47 806 RR1AV58JQ
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BS 808 822 RR1AV58JQ
BS 823 873 RR1A196JQ
BS 874 1456 RR1AV58TF

RD RR1AV58JQ 823 0 0
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AGTTATATATCATTTGTAAGCCAAAAAGGTCATAATTGAAAAGTTAAAATTCTTCAACCT
TTGATCTGCAAGTTACTCATCTGACCTTCAATATGATCTTCATTGTTCTGTGCCCTGAGA
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AGAATCGGACAAAGAAAATCTGCAAATTCTTGTGCTTCTGCTTCTTGAAGCTTGTACTTA
TCTGTCAGTAAACGGTCCAGTGGCCAATATTTCAACCTCCGGATCCTCTTTAGGTCACCA
TGTCTGTCAAAGTAATCCTTTGATTTCGCACCTCCAATGGCAATCTTCCGAGGTATTTTT
CCTAAGAGTTCCATCATAAGAGCAAGGTGGTCCTCGTCTTCTCCATAACCATTTCCATCT
TTTGGAGCAAAAAGCATGTCTCCTGTGGCAAGCTCGAAAGCGGTACAAGCGAAAGACCAC
ATATCAACAGAGAAAGAGTAGCCTGACTGAAGTATTACTTCAGGAGCTCTGTACTGTCTT
GTCTGTATCTCTTCCGCAAACTTGTTATCAGCCCAACAAGCGTTCCCAAAGTCCACAACT
TTGCATTTCATATCAAACCCATCTAA*CTTCTCACGGTCTTT
T

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1A196JQ 841 0 0
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AATTTAGTAAAAAAAAATGAAGAACAAACAAATAAAGAATCAAAATTATTCAAACAGAAA
CGAACCAAATAATGAAAAGGAGAAGAGAAGTTATATATCATTTGTAAGCCAAAAAGGTCA
TAATTGAAAAGTTAAAATTCTTCAACCTTTGATCTGCAAGTTACTCATCTGACCTTCAAT
ATGATCTTCATTGTTCTGTGCCCTGAGATTCAGCCAAGGATGCTGCAGGCATTGTTGAGC
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TGCTTCTGCTTCTTGAAGCTTGTACTTATCTGTCAGTAAACGGTCCAGTGGCCAATATTT
CAACCTCCGGATCCTCTTTAGGTCACCATGTCTGTCAAAGTAATCCTTTGATTTCGCACC
TCCAATGGCAATCTTCCGAGGTATTTTTCCTAAGAGTTCCATCATAAGAGCAAGGTGGTC
CTCGTCTTCTCCATAACCATTTCCATCTTTTGGAGCAAAAAGCATGTCTCCTGTGGCAAG
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CACGGTCTTTGTCGGCGTTTCACTTAAACCCACTATGGAAACTCTTCTTCCTGATATTTT
A

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR1AV58TF 824 0 0
CTCGAAAGCGGTACAAGCGAAAGACCACATATCAACAGAGAAAGAGTAGC*TGACTGAAG
TATTACTTCAGGAGCTCTGTACTGTCTTGTCTGTATCTCTTCCGCAAACTTGTTATCAGC
CCAACAAGCGTTCCCAAAGTCCACAACTTTGCATTTCATATCAAACCCATCTAAACTTCT
CACGGTCTTTGTCGGCGTTTCACTTAAACCCACTATGGAAACTCTTCTTCTTGATATTTT
AGCAACCGCTCTTCTTGCCCTCCTCTTCAACTTCTTCTCAATCAGATTCATGGTTGTTGC
ACCGTTTTGGTTTCCCTCTGGTTTTTCTAGTATCGGTGTTAGTCCGGATCTGATGGGATC
CTTTGCAGCGTCAATGGTGGAACAGAGAAGAATGTTTTCGGGTTTTAAGTCGGAGTGGAT
CATACCGAGTTCACGATGCAAATAGTCTAGACCGGTCAGTATACATTTGCATATCTCCCG
CACTTTATTCAACTCCATGGCTTTATAACGGTTGTATTTAATCAAACGGAGCAAGCTATC
GCCAAGAAACTCAAGCACCATGCATAAATGCTGCCCGTTGGGACCTGCGTGCTTGAAGTC
ATCGATAAGACGAACAACGCATTTGGTATTTGCGGGATCCCCATCAGCAGCAGCTTGAAG
AAGTTCGATCTCGTGAAGGGCAGCTTGAGAAAAATGTTGGGCGCTCTTCTGAATCTTCAA
AGCAACGTAGTTAGAGGTGTGAGTATTATAGGCAAGCCAAACGGTTGAGAATTGGCCCCA
ACCAAGTTTTCTCTGAGCAATGTAACGGCCACCAGAAAACTGCC

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1A196TF 753 0 0
GAGCTCTGTACTGTCTTGTCTGTATCTCTTCCGCAAACTTGTTATCAGCCCAACAAGCGT
TCCCAAAGTCCACAACTTTGCATTTCATATCAAACCCATCTAAACTTCTCACGGTCTTTG
TCGGCGTTTCACTTAAACCCACTATGGAAACTCTTCTTCCTGATATTTTAGCAACCGCTC
TTCTTGCCCTCCTCTTCAACTTCTTCTCAATCAGATTCATGGTTGTTGCACCGTTTTGGT
TTCCCTCTGGTTTTTCTAGTATCGGTGTTAGTCCGGATCTGATGGGATCCTTTGCAGCGT
CAATGGTGGAACAGAGAAGAATGTTTTCGGGTTTTAAGTCGGAGTGGATCATACCGAGTT
CACGATGCAAATAGTCTAGACCGGTCAGTATACATTTGCATATCTCCCGCACTTTATTCA
ACTCCATGGCTTTATAACGGTTGTATTTAATCAAACGGAGCAAGCTATCGCCAAGAAACT
CAAGCACCATGCATAAATGCTGCCCGTTGGGACCTGCGTGCTTGAAGTCATCGATAAGAC
GAACAACGCATTTGGTATTTGCGGGATCCCCATCAGCAGCAGCTTGAAGAAGTTCGATCT
CGTGAAGGGCAGCTTGAGAAAAATGTTGGGCGCTCTTCTGAATCTTCAAAGCAACGTAGT
TAGAGGTGTGAGTATTATAGGCAAGCCAAACGGTTGAGAATTGGCCCCAACCAAGTTTTC
TCTGAGCAATGTAACGGCCACCAGAAAACTGCC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 4

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TCGTCTCGGTGGCCGGTGACTTTAGTCGCCGGTTACCATCTCTTTTTGTTTTTTGTTGTA
TGATATCTTCGATCATTAGATCGAATTAGTTTTCCGGTTAGCGGATTTTCTTTTTCCGGT
AGCGGATATAATATTTCCGTATGGCGGATCTTTTGTTCGCTTTGGCGATTGTATTATAGT
TTTGTTTTTCTGCTTCTCTTCTCTTTGTGAATCTCTATTCCGATCAATCATAGAAGTTTT
GATTCCATTTACTGGCTATGCCCTGTTTTATTTTGAAATAGGAATCAATCTTTGCTCTGT
GTCACAAGCAAAGTCTCCTTGTTGGTAAAGAACAGAGATGATAGTTGAAGCAGTGGGAAG
AATCAGCACAGATTCAGATGAGGCGGAGTCTATAAAAGACGTTCCGACAAGGATTTGTTA
CTATCTCCTTGAAGCTTCTCTCAAAGTTCAACTCTAGTAAATTGAAGAAGAACTTCCAGG
GATTGATGGCTGGTAAGAGTTGTAGAAGCAATCAAGCGGAACAAACTATCCGGAGGGAGA
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GTTTCCAGAAAATTCGAAGCTTCTGCATATGCTACACGTGTTTTGCACTAAGTTAACCTT
ATCTTTTAAACTTGGGCTTCGTATTGGGCTTAATAAAACTTTGTAATTGGAATGGGTTTG
TCTCTTGTAATGGGTTTTCGTTTAATAAAACGAAATGGTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CQ79TF U 1
AF RR1FU48TF U 18
AF RR1CQ79JQ C 115
AF RR1FU48JQ C 132
BS 1 624 RR1CQ79TF
BS 625 824 RR1CQ79JQ

RD RR1CQ79TF 624 0 0
GACCATTTTCTCTCTCCTTTTTCTCCAACTTCTCTCATCAGTCTCGTTTAATCAAGATCG
TCGTCTCGGTGGCCGGTGACTTTAGTCGCCGGTTACCATCTCTTTTTGTTTTTTGTTGTA
TGATATCTTCGATCATTAGATCGAATTAGTTTTCCGGTTAGCGGATTTTCTTTTTCCGGT
AGCGGATATAATATTTCCGTATGGCGGATCTTTTGTTCGCTTTGGCGATTGTATTATAGT
TTTGTTTTTCTGCTTCTCTTCTCTTTGTGAATCTCTATTCCGATCAATCATAGAAGTTTT
GATTCCATTTACTGGCTATGCCCTGTTTTATTTTGAAATAGGAATCAATCTTTGCTCTGT
GTCACAAGCAAAGTCTCCTTGTTGGTAAAGAACAGAGATGATAGTTGAAGCAGTGGGAAG
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CTATCTCCTTGAAGCTTCTCTCAAAGTTCAACTCTAGTAAATTGAAGAAGAACTTCCAGG
GATTGATGGCTGGTAAGAGTTGTAGAAGCAATCAAGCGGAACAAACTATCCGGAGGGAGA
GACCGGTGGTTCCGAACCGACATG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1FU48TF 608 0 0
TTTTTCTCCAACTTCTCTCATCAGTCTCGTTTAATCAAGATCGTCGTCTCGGTGGCCGGT
GACTTTAGTCGCCGGTTACCATCTCTTTTTGTTTTTTGTTGTATGATATCTTCGATCATT
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CGTATGGCGGATCTTTTGTTCGCTTTGGCGATTGTATTATAGTTTTGTTTTTCTGCTTCT
CTTCTCTTTGTGAATCTCTATTCCGATCAATCATAGAAGTTTTGATTCCATTTACTGGTT
ATGCTCTGTTTTATTTTGATATAGGAATCAATCTTTGCTCTGTGTCACAAGCAAAGTCTC
CTTGTTGGTAAAGAACAGAGATGATAGTTGAAGCAGTGGGAAGAATCAGCACAGATTCAG
ATGAGGCGGAGTCTATAAAAGACGTTCCGACAAGGATTTGTTACTATCTCCTTGAAGCTT
CTCTCAAAGTTCAACTCTAGTAAATTGAAGAAGAACTTCCAGGGATTGATGGCTGGTAAG
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CGACATG
T

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1CQ79JQ 710 0 0
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TCCGGTAGCGGATATAATATTTCCGTATGGCGGATCTTTTGTTCGCTTTGGCGATTGTAT
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AGTTTTGATTCCATTTACTGGCTATGCCCTGTTTTATTTTGAAATAGGAATCAATCTTTG
CTCTGTGTCACAAGCAAAGTCTCCTTGTTGGTAAAGAACAGAGATGATAGTTGAAGCAGT
GGGAAGAATCAGCACAGATTCAGATGAGGCGGAGTCTATAAAAGACGTTCCGACAAGGAT
TTGTTACTATCTCCTTGAAGCTTCTCTCAAAGTTCAACTCTAGTAAATTGAAGAAGAACT
TCCAGGGATTGATGGCTGGTAAGAGTTGTAGAAGCAATCAAGCGGAACAAACTATCCGGA
GGGAGAGACCGGTGGTTCCGAACCGACATGTAGCCGGCGAACCATCAACCATGGATCAAT
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AACCTTATCTTTTAAACTTGGGCTTCGTATTGGGCTTAATAAAACTTTGTAATTGGAATG
GGTTTGTCTCTTGTAATGGGTTTTCGTTTAATAAAACGAAATGGTTGACC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1FU48JQ 693 0 0
ATCATTAGATCGAATTAGTTTTCCGGTTAGCGGATTTTCTTTTTCCGGTAGCGGATATAA
TATTTCCGTATGGCGGATCTTTTGTTCGCTTTGGCGATTGTATTATAGTTTTGTTTTTCT
GCTTCTCTTCTCTTTGTGAATCTCTATTCCGATCAATCATAGAAGTTTTGATTCCATTTA
CTGGTTATGCTCTGTTTTATTTTGATATAGGAATCAATCTTTGCTCTGTGTCACAAGCAA
AGTCTCCTTGTTGGTAAAGAACAGAGATGATAGTTGAAGCAGTGGGAAGAATCAGCACAG
ATTCAGATGAGGCGGAGTCTATAAAAGACGTTCCGACAAGGATTTGTTACTATCTCCTTG
AAGCTTCTCTCAAAGTTCAACTCTAGTAAATTGAAGAAGAACTTCCAGGGATTGATGGCT
GGTAAGAGTTGTAGAAGCAATCAAGCGGAACAAACTATCCGGAGGGAGAGACCGGTGGTT
CCGAACCGACATGTAGCCGGCGAACCATCAACCATGGATCAATCTCACCGTTTCCAGAAA
ATTCGAAGCTTCTGCATATGCTACACGTGTTTTGCACTAAGTTAACCTTATCTTTTAAAC
TTGGGCTTCGTATTGGGCTTAATAAAACTTTGTAATTGGAATGGGTTTGTCTCTTGTAAT
GGGTTTTCGTTTAATAAAACGAAATGGTTGACC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 4

CO CL2905Contig1 814 4 9 U
GGGGTGCTGTGTGTGCGGCTCTGCGAAACTTCGAAAATGGGTGCGTACAAGTATGTATCT
GAGCTATGGAGGAAGAAGCAGTCCGATGTCATGAGGTTCGTGCAGAGGGTGAGGTGCTGG
GAGTACAGACAGCAACCTTCCATTGTCCGTCTCGTCAGGCCTACTCGTCCCGACAAGGCT
CGTCGTTTGGGTTACAAGGCCAAACAGGGCTTTGTGGTGTACCGTGTGCGTGTGAGACGT
GGTGGACGCAAGAGGCCAGTGCCGAAGGGTATTGTCTACGGTAAGCCCACAAACCAGGGA
GTAACCCAGCTCAAGTTCCAGAGGAGCAAGCGTTCTGTTGCCGAGGAGCGTGCTGGAAGG
AAACTGGGAGGCCTCAGAGTCGTCAACTCCTACTGGCTCAACGAGGATTCGACTTACAAG
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AACTGGATCTGCAACCCGGTGCACAAACACCGTGAGCTCAGAGGACTTACTTCCGAGGGA
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AGAGCTACATGGAAGAAGAACAATTCTCTCTCCCTTCGCCGTTACCGTTAATTGCATTTT
TGCTGTTTTCGTTACTACTGCTACCATCAACTTCTAGTTTCTATGTTGTTGCTTTTTTAT
CTTTCGCATGATGACTCTTGTTTTTGCAAATTTTTGGAGGCTATGCAATTGCGTTCGATT
TATGGTTTAAAAAAGATATATTTGCTTTATTGCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1AJ35TF U 4
AF RR1AJ35JQ C 39
AF RR1EC30JQ C 180
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GG
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GAACAGAGGACTCCGCGGAAAGGGTCACAACAACCACAAGAACCGTCCGTCTCGCAGAGC
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TTTTCGTTACTACTGCTACCATCAACTTCTAGTTTCTATGTTGTTGCTTTTTTATCTTTC
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TTT

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GCCTACTCGTCCCGACAAGGCTCGTCGTTTGGGTTACAAGGCCAAACAGGGCTTTGTGGT
GTACCGTGTGCGTGTGAGACGTGGTGGACGCAAGAGGCCAGTGCCGAAGGGTATTGTCTA
CGGTAAGCCCACAAACCAGGGAGTAACCCAGCTCAAGTTCCAGAGGAGCAAGCGTTCTGT
TGCCGAGGAGCGTGCTGGAAGGAAACTGGGAGGCCTCAGAGTCGTCAACTCCTACTGGCT
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TGTGCGTAACGACCCGAGAATCAACTGGATCTGCAACCCGGTGCACAAACACCGTGAGCT
CAGAGGACTTACTTCCGAGGGAAAGAAGAACAGAGGACTCCGCGGAAAGGGTCACAACAA
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QA 1 776 1 776
DS 

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AAAGAAGAACAGAGGACTCCGCGGAAAGGGTCACAACAACCACAAGAACCGTCCGTCTCG
CAGAGCTACATGGAAGAAGAACAATTCTCTCTCCCCTCGCCGTTACCGTTAATTGCATTT
TTGCTGTTTTCGTTACTACTGCTACCATCAACTTCTAGTTTCTATGTTGTTGCTTTTTTA
TCTTTCGCATGATGACTCTTGTTTTTGCAAATTTTTGGAGGCTATGCAATTGCGTTCGAT
TTATGGTTT
AC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 3

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GGATTCTCCTCATCTCCTCCTCTGTATCACCGTCGTGCTCTCCCTCACGGCGGTAAGCTT
ACGTGATCCCTCAACTTCTAGGAGATGATGAGCATTGTTTCAAGTCATCACCATCATTGT
CAACCATCGTTTACACACGAACAACGATGTGGTATAGGAACACTTTCTAATAAGGTTACT
TACTCCGGTCCTTGTTTCTCCGGAAGATTGGCTTTCTCGCATAGCCTCTGCTTGAAGAGT
TCTTGTAAGGAGCAAACT***GGTAGGAGAAGGTTTTCAAGAATTTGCAGTGTTGTGGAT
GACGGCATGAATCCAGATAGTTCGGATGACGAGGAAAAGGAATCACTCGATGATAAATCT
AAAAGGGAAGCGAACGATATGAACCGGGCAAATCTTGAAAGAATGGTTGGGTCGGATGAT
TCTGCGTTTAACGGCTTAGATCTTGCAACACTCATCAGGCAGAAGTATGGAAGATCTTAT
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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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BS 423 423 RR1B713TF
BS 424 425 RR1DB71TF
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BS 593 593 RR1DB71TF
BS 594 594 RR1B713TF
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TCTTGTAAGGAGCAAACCTCAGGTAGGAGAAGGTTTTCAAGAATTTTCAGTGTTGTGGAT
GACGGCATGAATCCAGATAGTTCGGATGACGAGGAAAAGGAATCACTCGATGATAAATCT
AAAAGGGAAGCCAATGATATGAATCGGGCAAATCTTGAAAGAATGGTTGGGTCAGATGAT
TCAGCTTTTAACGGCTTAGATCTTGCAACCCTCATCAGGCAGAAGTATGGAAGATCTTAT
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TGGAAGTACAGAGAACAGAGGTCTTTTCCTCTAACCGAAGAAGAATACATACTTAGACTT
GACGATGTAGCCAACATGTTGAAATGCTGGGGAGCGGTCTCACATATCCGTAACAGCCTA
GCAAAGTCCAAAGGGCGACCCAGGATAGGGAAG*CTGTTAGCATTTTCATAGACATGGAT
TC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1B713TF 702 0 0
GGGC
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TGATGAGCATTGTTTCAAGTCATCACCATCATTGTCAACCATCGTTTACACACGAACAAC
GATGTGGTATAGGAACACTTTCTAATAAGGTTACTTACTCCGGTCCTTGTTTCTCCGGAA
GATTGGCTTTCTCGCATAGCCTCTGCTTGAAGAGTTCTTGTAAGGAGCAAACT***GGTA
GGAGAAGGTTTTCAAGAATTTGCAGTGTTGTGGATGACGGCATGAATCCAGATAGTTCGG
ATGACGAGGAAAAGGAATCACTCGATGATAAATCTAAAAGGGAAGCGAACGATATGAACC
GGGCAAATCTTGAAAGAATGGTTGGGTCGGATGATTCTGCGTTTAACGGCTTAGATCTTG
CAACACTCATCAGGCAGAAGTATGGAAGATCTTATGATGTTCAGCTCATCAAGAAGGAGT
TCATGGGGAGGAATCTTCTTGCAATGAATGTCATGTGGAAGTACAGAGAACAGAGGTCTT
TTCCTCTAACCGAAGAAGAATACATATTAAGACTTGACGATGTAGCAAACATGTTGAAAT
GCTGGGGAGCGGTCTCGCATATCCGTAACAGCCTAGCAAAGTCCAAAGAGCGACCCAGGA
TAGGGAAGGCTGTTAGCATTTTCATAGACATGGATTC
A

QA 5 701 5 701
DS 

RD RR1B713JQ 806 0 0
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TCCTTGTTTCTCCGGAAGATTGGCTTTCTCGCATAGCCTCTGCTTGAAGAGTTCTTGTAA
GGAGCAAACT***GGTAGGAGAAGGTTTTCAAGAATTTGCAGTGTTGTGGATGACGGCAT
GAATCCAGATAGTTCGGATGACGAGGAAAAGGAATCACTCGATGATAAATCTAAAAGGGA
AGCGAACGATATGAACCGGGCAAATCTTGAAAGAATGGTTGGGTCGGATGATTTTGCGTT
TAACGGCTTAGATCTTGCAACACTCATCAGGCAGAAGTATGGAAGATCTTATGATGTTCA
GCTCATCAAGAAGGAGTTCATGGGGAGGAATCTTCTTGCAATGAATGTCATGTGGAAGTA
CAGAGAACAGAGGTCTTTTCCTCTAACCGAAGAAGAATACATATTAAGACTTGACGATGT
AGCAAACATGTTGAAATGCTGGGGAGCGGTCTCGCATATCCGTAACAGCCTAGCAAAGTC
CAAAGAGCGACCCAGGATAGGGAAGGCTGTTAGCATTTTCATAGACATGGATTCAACAGG
TGGACGAGCAAACGAATGGATTTACAAGTAACAAAAGCGACCGGTTTACAAATCCTAAAC
CAAAGAAAGCAAAAAAAAAAAAACCTTTTGTATCTAAAAATATAGTCATCAGATTCACTT
TCAAAAGCTCTTCTGTGATAGTTATTTGCAGTTTGTGCTACATTTGATGTCTCAAATCAT
GTATTACATGTGTGTATAGTTTAAGT

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 4

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TTAAATTCCTCAATTCGAAATCCGCATCTCCTAATATTCAAGCCTTGGCAAAAACCACAC
TTGATGCCACACAAGCAAGAGCAACACAAACATTCAAAAGACTTCAATCTATTATCGATG
GAGGAGTTGACCCACGATCCAAATTAGCTTACAGATCATGCATGGATGAATACGAGAACA
CCATGGAAAACCTCGATGAAGCTTTTGAGAATTTGGCTTCCGGGGATGGCTTCGGGATGA
ACATCAAAGTTTCAGCTGCATTGGATGGAGCTGATACATGTCTAGATAATGTGAAGAGAT
TGAGATCTGTAGATACTTCTGTTGTGAATAACAGTAAGGGAATCAAGAAGCTTTGTGGTA
TTGCTCTTGTTATCTCTAACATGTTACCACGTAGATCTTAATTCTGAACAATCATCATGT
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TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 

AF RR1G163TF U 1
AF RR1AR93TF U 10
AF RR1AR93JQ C 10
AF RR1G163JQ C 58
BS 1 349 RR1G163TF
BS 350 350 RR1AR93TF
BS 351 612 RR1G163TF
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BS 658 662 RR1G163JQ

RD RR1G163TF 661 0 0
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TTAAATTCCTCAATTCGAAATCCGCATCTCCTAATATTCAAGCCTTGGCAAAAACCACAC
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CCATGGAAAACCTCGATGAAGCTTTTGAGAATTTGGCTTCCGGGGATGGCTTCGGGATGA
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TGAGATCTGTAGATACTTCTGTTGTGAATAACAGTAAGGGAATCAAGAAGCTTTGTGGTA
TTGCTCTTGTTATCTCTAACATGTTACCACGTAGATCTTAATTCTGAACAATCATCATGT
GTTTGCACTGAT*AAATTATAGTGTTGGTAAGATGACACTTAAATTATTATAATAAA
TATT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1AR93TF 604 0 0
GG
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TCAGCTGCATTGGATGGAGCTGATACATGTCTAGATAATGTGAAGAGATTGAGATCTGTA
TATACTTCTGTTGTGAATAACAGTAAGGGAATCAAGAAGCTTTGTGGTATTGCTCTTGTT
ATCTCTAACATGTTACCACGTAGATCTTAATTCTGAACAATCATCATGTGTTTGCACTG
AAT

QA 3 601 3 601
DS 

RD RR1AR93JQ 601 0 0
GG
AAACTAGGAAAAAAAATAGAAAGTAGAGAAACAAGAATGGCTGCGAATCTCAGGAACAAT
GCTTTCTTGTCTTCTCTCATGTTGCTTCTCTTGATTGGTTCCTCATACGCAATCACAAGC
TCAGAGATGAGCACAATCTGTGAAAAAACTTTGGACCGAGCTTTCTGTCTTAAATTCCTC
AATTCGAAATCCGCATCTCCTAATATTCAAGCCTTGGCAAAAACCACACTTGATGCCACA
CAAGCAAGAGCGACACAAACATTCAAAAGACTTCAATCTATTATCGATGGAGGAGTTGAC
CCACGATCCAAATTAGCTTACAGATCATGCATGGATGAATACGAGAACACCATGGAAAAC
CTCGATGAAGCTTTTGAGAATTTGGCTTCCGGGGATGGCTTCGGGATGAACATCAAAGTT
TCAGCTGCATTGGATGGAGCTGATACATGTCTAGATAATGTGAAGAGATTGAGATCTGTA
TATACTTCTGTTGTGAATAACAGTAAGGGAATCAAGAAGCTTTGTGGTATTGCTCTTGTT
ATCTCTAACATGTTACCACGTAGATCTTAATTTTGAACAATCATCATGTGTTTGCACTG

QA 3 601 3 601
DS 

RD RR1G163JQ 605 0 0
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ACGCAATCACAAGCTCAGAGATGAGCACAATCTGTGAAAAAACTTTGGACCGAGCTTTCT
GTCTTAAATTCCTCAATTCGAAATCCGCATCTCCTAATATTCAAGCCTTGGCAAAAACCA
CACTTGATGCCACACAAGCAAGAGCAACACAAACATTCAAAAGACTTCAATCTATTATCG
ATGGAGGAGTTGACCCACGATCCAAATTAGCTTACAGATCATGCATGGATGAGTACGAGA
ACACCATGGAAAACCTCGATGAAGCTTTTGAGAATTTGGCTTCCGGGGATGGCTTCGGGA
TGAACATCAAAGTTTCAGCTGCATTGGATGGAGCTGATACATGTCTAGATAATGTGAAGA
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GTATTGCTCTTGTTATCTCTAACATGTTACCACGTAGATCTTAATTCTGAACAATCATCA
TGTGTTTGCACTGATTAAATTATAGTGTTGGTAAGATGACACTTAAATTATTATAATAAA
ATATT

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 4

CO CL2908Contig1 750 4 17 U
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TAAGAGGCTTTTCATGAGCAAGGTCAACAAAGCTCCTCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTGGA
GTTTATGAAGGGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACTATTACCGATGATTT
GAGAGTGCATGAGATCCCCGCCATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACAGAGAGAGCCAG
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TCCTTTGGGACAGAACACGGTTCTTCTTAGGGGACCAAAGAACTCGCGTGAAGCAGTGAA
GCACTTTGGTCCAACTCCTGGTGTGCCGCACAGTCACTCCAAGCCTTATGTTAGGTCTAA
GGGAAGGAAGTTTGAGAAAGCCAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGCTTCAAGGTCTAAGA
TTGGTTTCGTTATGGTTGGTTTCGTTATCGAGATTTTGTTGCACAACTCTTGTTCCTCTT
CGCCTTTTGCAGACATTGTTTTGAGCTCTCTATCTTTATGTTCTACTCGACAATTAAATG
TTTTCTAATATCCCTTTTAAGAGTTTAGTT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F923TF U 3
AF RR1CW75TF U 1
AF RR1G826TF U 2
AF RR1F923JQ C 137
BS 1 167 RR1CW75TF
BS 168 168 RR1F923TF
BS 169 309 RR1CW75TF
BS 310 310 RR1G826TF
BS 311 318 RR1CW75TF
BS 319 319 RR1G826TF
BS 320 354 RR1CW75TF
BS 355 355 RR1G826TF
BS 356 357 RR1CW75TF
BS 358 358 RR1G826TF
BS 359 372 RR1CW75TF
BS 373 373 RR1F923TF
BS 374 493 RR1CW75TF
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RD RR1F923TF 515 0 0
GG
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AGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTC
AAGCTATACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGGTGCTGTGATTCTTAAG
AGGCTTTTCATGAGCAAGGTCAACAAAGCTCCTCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTGGAGTTT
ATGAAGGGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACTATTACCGATGATTTGAGA
GTGCATGAGATCCCCGCCATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACAGAGAGAGCCAGGGCT
AGGATTGAAAAAGCTGGTGGAGAGTGCTTGACCTTTGATCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCT
TTGGGACAGAACACGGTTCTTCTTAGGGGACCAAAGAACTCGCGTGAAGCAGTGAAGCAC
TTTGGTCCAACTCCTGGTGTGCCGCACAGTCAC

QA 3 515 3 515
DS 

RD RR1CW75TF 623 0 0
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TAAGAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCT
CGTCAAGCTATACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATTCT
TAAGAGGCTTTTCATGAGCAAGGTCAACAAAGCTCCTCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTGGA
GTTTATGAAGGGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACTATTACCGATGATTT
GAGAGTGCACGAGATCCCTGCCATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACAGAGAGGGCTAG
GGCTAGGATTGAGAAAGCTGGTGGAGAGTGCTTGACCTTTGATCAGCTTGCTCTCGTTGC
TCCTTTGGGACAGAACACGGTTCTTCTTAGGGGACCAAAGAACTCGCGTGAAGCAGTGAA
GCACTTTGGTCCAGCTCCTGGTGTGCCGCACAGTCACTCCAAGCCTTATGTTAGGTCTAA
GGGAAGGAAGTTTGAGAAAGCCAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGCTTCAAGGTCTAAGA
TTGGTTTCGTTATGGTTGGTTTC

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1G826TF 708 0 0
GGT
AGAAGAAGACACTCGACAGCTCCTCAAGCCATGGGTATCGATCTTATCGCTGGAGGTAAG
AGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTC
AAGCTATACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATTCTTAAG
AGGCTTTTCATGAGCATGGTCAACAAAGCTCCTCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTGGAGTTT
ATGAAGGGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTAGGACTATTACCGATGATTTGAGA
GTGCATGAGATCCCCGCCATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACAGAGAGAGCCAGGGCT
AGGATTGAGAAAGCTGGTGGAGAGTGCTTGACCTTTGATCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCT
TTGGGACAGAACACGGTTCTTCTTAGGGGACCAAAGAACTCGCGTGAAGCAGTGAAGCAC
TTTGGTCCAGCTCCTGGTGTGCCGCACAGTCACTCCAAGCCTTATGTTAGGTCTAAGGGA
AGGAAGTTTGAGAAAGCCAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGCTTCAAGGTCTAAGATTGG
TTTCGTTATGGTTGGTTTCGTTATCGAGATTTTGTTGCACAACTCTTGTTCCTCTTCGCC
TTTTGCAGACATTGTTTTGAGCTCTCTATCTTTATGTTCTACTCG

QA 4 708 4 708
DS 

RD RR1F923JQ 614 0 0
TTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGGTGCTGTGATTCTTAAGAGGCTTTTCATG
AGCAAGGTCAACAAAGCTCCTCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTGGAGTTTATGAAGGGCAAG
GATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACTATTACCGATGATTTGAGAGTGCATGAGATC
CCCGCCATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACAGAGAGAGCCAGGGCTAGGATTGAAAAA
GCTGGTGGAGAGTGCTTGACCTTTGATCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCTTTGGGACAGAAC
ACGGTTCTTCTTAGGGGACCAAAGAACTCGCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCAACT
CCTGGTGTGCCGCACAGTCACTCCAAGCCTTATGTTAGGTCTAAGGGAAGGAAGTTTGAG
AAAGCCAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGCTTCAAGGTCTAAGATTGGTTTCGTTATGGT
TGGTTTCGTTATCGAGATTTTGTTGCACAACTCTTGTTCCTCTTCGCCTTTTGCAGACAT
TGTTTTGAGCTCTCTATCTTTATGTTCTACTCGACAATTAAATGTTTTCTAATATCCCTT
TTAAGAGTTTAGTT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 4

CO CL2909Contig1 1420 4 4 U
CTAATCAAAGTTTCTCTTCATTATTAAAAAAGGCTCCAAACTAAAGAAACACTCGATAAA
AGAGCCGCAGTCAGAAACCAGATTGACTGGTTACATGTATAATAAACACAAGAAGATAGA
TGAAACTTGAAAGATTCTCAAGCGTCGTCTAGGGCGAGGACTCCTGGAAGTGGCTTTCCT
TCTAGAAGCTCCAAACTTGCACCTCCTCCCGTAGAGATGTGACTCATCTTGTCAGCCAAA
CCAACCTTCTCAACGGCAGCCACCGAGTCACCTCCTCCTATGATTGTGGTCACTCCCTTT
CCACTCAGCTCCGCAAGCTGCTTTGCTACGGCCTCAGTTCCAGCTGCAAACTTTTCAAAT
TCAAAAACACCCATGGGACCATTCCAGATGATGGTCTTGGTTGTGTCCAGAGCTTCGCTG
AATGTCTTAATTGAGTCTGGACCAATATCTAGTCCCATCCAGCCATCTGGGATTGCCGTA
GCTGCCACTATCTTGCTGTTAGCATCAGGAGCGAACTTGTCAGCAATAACCACATCGGTT
GGGAGCAAAAGAGAGACACCTTTGGCTTTAGCCTTCTCCATGAGCGACCTGGCCAAGTCA
AGCTTGTCCTCTTCCAAAAGAGAAGATCCAACCGCGTGACCTTGCGCCTTGTAGAAAGTA
TAAATCATACCACCACCGAGCAGGAGGATGTCAACGGTGTTCAAGAGTGACTCGATGACA
CCGATCTTCGTGGAGACCTTTGAACCTCCAACGATGGCAGCAAAAGGCTTCTTGGGGTTT
GCTACAGCTCCGACAAGGTAATCAAGTTCCTTCTGCATGAGGAAACCAGCGACCGAAGGC
TTCAAGTATTTGGCAACTCCCTCGGTGGAAGCATGAGCTCTGTGAGCAGTTCCGAAAGCA
TCGTTGACATAGACATCAGCAAGAGCAGCAAGCTTCTTTGCAAAATCAGGGTCGTTCTTC
TCTTCTTCCTTGTAGAACCTCACATTCTCCAAGAGAAGAACACCACCTTCAGGTAGTCCT
GCAACTAGTTTCTGGACTTCCTCACCAATAGAGTCGTTTGGCATCACAACCTCGACACCG
AGAAGCTCAGACAACCTCGGCACAAGAGGCTTCAAGCTGAATTTAGGGGTAACACCTTTA
GGGCGACCCAAGTGACTGCAGAGAACAACCCTAGATCCGTTACCCATCAAGTACTTGATG
GTGGGAACAGCGGCACGAATCCTGGTGTCATCAGTGATGTTAGAGTTATCATCCAAAGGA
ACATTGAGATCAACCCTCACGAACACGCTCTTTCCCTTAAGATCCGCTTCCTTCAATGTT
CCTACACTTCTCTTCGTCGCCATAGTAGATAGAAAAACACTGCAAATTGAGTGATGATCG
AAGCAGATGTAGTGGCTGGAGATAAGAAGGAGTTGGTGGC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H931JQ U 1
AF RR1AF42JQ U 3
AF RR1H931TF C 280
AF RR1AF42TF C 657
BS 1 616 RR1H931JQ
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RD RR1H931JQ 616 0 0
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AGAGCCGCAGTCAGAAACCAGATTGACTGGTTACATGTATAATAAACACAAGAAGATAGA
TGAAACTTGAAAGATTCTCAAGCGTCGTCTAGGGCGAGGACTCCTGGAAGTGGCTTTCCT
TCTAGAAGCTCCAAACTTGCACCTCCTCCCGTAGAGATGTGACTCATCTTGTCAGCCAAA
CCAACCTTCTCAACGGCAGCCACCGAGTCACCTCCTCCTATGATTGTGGTCACTCCCTTT
CCACTCAGCTCCGCAAGCTGCTTTGCTACGGCCTCAGTTCCAGCTGCAAACTTTTCAAAT
TCAAAAACACCCATGGGACCATTCCAGATGATGGTCTTGGTTGTGTCCAGAGCTTCGCTG
AATGTCTTAATTGAGTCTGGACCAATATCTAGTCCCATCCAGCCATCTGGGATTGCCGTA
GCTGCCACTATCTTGCTGTTAGCATCAGGAGCGAACTTGTCAGCAATAACCACATCGGTT
GGGAGCAAAAGAGAGACACCTTTGGCTTTAGCCTTCTCCATGAGCGACCTGGCCAAGTCA
AGCTTGTCCTCTTCCA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1AF42JQ 819 0 0
AATCAAAGTTTCTCTTCATTATTAAAAAAGGCTCCAAACTAAAGAAACACTCGATAAAAG
AGCCGCAGTCAGAAACCAGATTGACTGGTTACATGTATAATAAACACAAGAAGATAGATG
AAACTTGAAAGATTCTCAAGCGTCGTCTAGGGCGAGGACTCCTGGAAGTGGCTTTCCTTC
TAGAAGCTCCAAACTTGCACCTCCTCCCGTAGAGATGTGACTCATCTTGTCAGCCAAACC
AACCTTCTCAACGGCAGCCACCGAGTCACCTCCTCCTATGATTGTGGTCACTCCCTTTCC
ACTCAGCTCCGCAAGCTGCTTTGCTACGGCCTAAGTTCCAGCCGCAAACTTTTCAAATTC
AAAAACACACATGGGACCATTCCAGATGATGGTCTTGGTTGTGTCCAGAGCTTCGCTGAA
TGTCTTAATTGAGTCTGGACCAATATCTAGTCCCATCCAGCCATCTGGGATTGCCGTGGC
TGCCACTATCTTGCTGTTAGCATCAGGAGCGAACTTGTCAGCAATAACCACATCGGTTGG
GAGCAAAAGAGAGACACCTTTGGCTTTAGCCTTCTCCATGAGCGACCTGGCCAAGTCAAG
CTTGTCCTCTTCCAAAAGAGAAGATCCAACCGCGTGACCTTGCGCCTTGTAGAAAGTATA
AATCATACCACCACCGAGCAGGAGGATGTCAACGGTGTTCAAGAGTGACTCGATGACACC
GATCTTCGTGGAGACCTTTGAACCTCCAACGATGGCAGCAAAAGGCTTCTTGGGGTTTGC
TACAGCTCCGACAAGGTAATCAAGTTCCTTCTGCATGAG

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR1H931TF 663 0 0
ATGATTGTGGTCACTCCCTTTCCACTCAGCTCCGCAAGCTGCTTTGCTACGGCCTCAGTT
CCAGCTGCAAACTTTTCAAATTCAAAAACACCCATGGGACCATTCCAGATGATGGTCTTG
GTTGTGTCCAGAGCTTCGCTGAATGTCTTAATTGAGTCTGGACCAATATCTAGTCCCATC
CAGCCATCTGGGATTGCCGTAGCTGCCACTATCTTGCTGTTAGCATCAGGAGCGAACTTG
TCAGCAATAACCACATCGGTTGGGAGCAAAAGAGAGACACCTTTGGCTTTAGCCTTCTCC
ATGAGCGACCTGGCCAAGTCAAGCTTGTCCTCTTCCAAAAGAGAAGATCCAACCGCGTGA
CCTTGCGCCTTGTAGAAAGTATAAATCATACCACCACCGAGCAGGAGGATGTCAACGGTG
TTCAAGAGTGACTCGATGACACCAATCTTCGTGGAGACCTTTGAACCTCCAACGATGGCA
GCAAAAGGCTTCTTGGGGTT*GCTACAGCTCCGACAAGGTAATCAAGTTCCTTCTGCATG
AGGAAACCAGCGACCGAAGGCTTCAAGTATTTGGCAACTCCCTCGGTGGAAGCATGAGCT
CTGTGAGCAGTTCCGAAAGCATCGTTGACATAGACATCAGCAAGAGCAGCAAGCTTCTTT
GC
C

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1AF42TF 764 0 0
AGTATAAATCATACCACCACCGAGCAGGAGGATGTCAACGGTGTTCAAGAGTGACTCGAT
GACACCGATCTTCGTGGAGACCTTTGAACCTCCAACGATGGCAGCAAAAGGCTTCTTGGG
GTTTGCTACAGCTCCGACAAGGTAATCAAGTTCCTTCTGCATGAGGAAACCAGCGACCGA
AGGCTTCAAGTATTTGGCAACTCCCTCGGTGGAAGCATGAGCTCTGTGAGCAGTTCCGAA
AGCATCGTTGACATAGACATCAGCAAGAGCAGCAAGCTTCTTTGCAAAATCAGGGTCGTT
CTTCTCTTCTTCCTTGTAGAACCTCACATTCTCCAAGAGAAGAACACCACCTTCAGGTAG
TCCTGCAACTAGTTTCTGGACTTCCTCACCAATAGAGTCGTTTGGCATCACAACCTCGAC
ACCGAGAAGCTCAGACAACCTCGGCACAAGAGGCTTCAAGCTGAATTTAGGGGTAACACC
TTTAGGGCGACCCAAGTGACTGCAGAGAACAACCCTAGATCCGTTACCCATCAAGTACTT
GATGGTGGGAACAGCGGCACGAATCCTGGTGTCATCAGTGATGTTAGAGTTATCATCCAA
AGGAACATTGAGATCAACCCTCACGAACACGCTCTTTCCCTTAAGATCCGCTTCCTTCAA
TGTTCCTACACTTCTCTTCGTCGCCATAGTAGATAGAAAAACACTGCAAATTGAGTGATG
ATCGAAGCAGATGTAGTGGCTGGAGATAAGAAGGAGTTGGTGGC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 4

CO CL2910Contig1 1070 4 5 U
GCTCGATTCGTAATGGGTATCATGGTAACGCTGCTGGAACTATGGGTGCTACTGGTCAAA
GCATGTGGAAGTTCAACGTGGTTCAGACCGGAACTCACCACACTTTGAACGCTGATCCAT
ATAGAGGTGTGTTTGGTTCTGATGGAGAAAAGTATGCAAGAGAGTTGCACGATCTTATCC
AATATGGGACGACCGGAAACATTGCTGGTTTTGTTTTCGAAGCTATACAGGGAGTTGGAG
GGATCGTTGAGCTAGCTCCAGGCTACTTGTCAGCAGCTTACGACATTGTAAAGAAAGCTG
GAGGGTTGTTCATTGCAGATGAAGTACAGTCTGGTTTCGCCCGTACCGGTGATTTCTGGG
GTTTTGAAGCTCACAATGTTGTCCCTGACATAGTAACCATGGCAAAGGGGATAGGGAATG
GGTTTCCTTTGGGAGCAGTTGTGACAACTCCAGAGATTGCAAGAGTGTTGACACGTCGAT
GCTACTTCAACACGTTTGGTGGGAATGCTGTGGCTACTACAGCTGGTCTCGCTGTTCTGA
ATGTGATTGAGAAAGACAAGCTTCAGCAAAATGCGTCCTTGGTTGGAACTTATCTCAAAG
GAAAACTTAACCAGCTGAAAGAGAAACACGAAATTATCGGGGATGTACGGGGAAGAGGAC
TGATGCTTGGAGTAGAACTGGTGAGTGATCGCAAGCTTAAGACTCCTGCAACTGCTGAGA
TTCTACACATCATGGATCAAATGAAAGAGTTGGGTGTCTTGGTTGGAAAAGGAGGCTACT
ATGGAAACGTCTTTAGAATAACACCACCTCTCTGCTTCACTAAGGACGACGCAGATTATC
TCGTTGAAGCCATGGACTACTCAATGTCCAAGATGTGGAGAAGAGAAACAGACACACAAT
ATTAGCTTACTTGTAATTTTGCTTTGAACTACCAAAATGATTGATGAACCAACATCTCGT
TGATTCTCAATCAATATATTTTTCTTAATGTAAAACCTTTTCTATCTTACGCTGCAAAAA
TGAAGACATTGATACAAACATATCAGGTCGTTGTCGGACCTGCTCATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FS96TF U 1
AF RR1D121TF U 424
AF RR1FS96JQ C 389
AF RR1D121JQ C 424
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BS 655 1014 RR1D121TF
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DS 

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G
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TGAAGCCATGGACTACTCAATGTCCAAGATGTGGAGAAGAGAAACAGACACACAATATTA
GCTTACTTGTAATTTTGCTTTGAACTACCAAAATGATTGATGAACCAACATCTCGTTGAT
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QA 2 591 2 591
DS 

RD RR1FS96JQ 682 0 0
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TCCAGAGATTGCAAGAGTGTTGACACGTCGATGCTACTTCAACACGTTTGGTGGGAATGC
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CGAAATTATTGGGGATGTACGGGGAAGAGGACTGATGCTTGGAGTAGAACTGGTGAGTGA
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GTTGGGTGTCTTGGTTGGAAAAGGAGGCTACTATGGAAACGTCTTTAGAATAACACCACC
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CGTTGTCGGACCTGCTCATACC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1D121JQ 612 0 0
G
TCCTTTGGGAGCAGTTGTGACAACTCCAGAGATTGCAAGAGTGTTGACACGTCGATGCTA
CTTCAGCACGTTTGGTGGGAATGCTGTGGCTACTACAGCTGGTCTCGCTGTTCTGAATGT
GATTGAGAAAGACAAGCTTCAGCAAAATGCGTCCTTGGTTGGAACTTATCTCAAAGGAAA
ACTTAACCAGCTGAAAGAGAAACACGAAATTATCGGGGATGTACGGGGAAGAGGACTGAT
GCTTGGAGTAGAACTGGTGAGTGATCGCAAGCTTAAGACTCCTGCAACTGCTGAGATTCT
ACACATCATGGATCAAATGAAAGAGTTGGGTGTCTTGGTTGGAAAAGGAGGCTACTATGG
AAACGTCTTTAGAATAACACCACCTCTCTGCTTCACTAAGGACGACGCAGATTATCTCGT
TGAAGCCATGGACTACTCAATGTCCAAGATGTGGAGAAGAGAAACAGACACACAATATTA
GCTTACTTGTAATTTTGCTTTGAACTACCAAAATGATTGATGAACCAACATCTCGTTGAT
TCTCAATCAATATATTTTTCTTAATGTAAAACCTTTTCTATCTTACGCTGCAAAAATGAA
GACATTGAT
GC

QA 2 610 2 610
DS 



AS 1 4

CO CL2911Contig1 1322 4 31 U
GGAAGGAAAAAAATTATCATATATGGGCACTCATACGAGAAAGCCCAAGGCCTAGTTTAC
GGATACATATCATTAAACAACAAAGGAAACTTGAGAGGCAAGAAAACAACACAGTCCATA
AATAAATAAAAAGCCCTAAGAATGAGTCGTCAAACGAATTAAAGAAGTGAAATCTTTCAA
TCTTTTCTTCCCTGAGGAGAACTCATCTTCGTTTCAAATCTCTAGAGATAGCTCTGATGG
TAGAAGGTGTAGTCCTGCAGCATCCTCCTATAAGTTTAGCTCCAAGGTCACGCCATTTCG
GTGCAAACATCTCAAACTCAGCATCACCAAAGCATTGCGATGGCAGCCATTTTTTGGCTT
TCCCGTCCCAAACCTCTCCACTATTTGGGTACACAACGATGGCCTTCTTGGTCAGCTTGG
AGAATTTGCGAATGAGATCGTCCATGAACTGAGGAGGTGCGCAGCTAATGCCAACAGCGC
AAATGTTGTTGCTTTTGTTAAGGGTTTCAAGGCATTCCTCAAAGCTCTCACCTGAAGGAG
CATTCTCACCATCTACAGAAGTGAAGCAGATCCACGCTGGGATTTGCACATTCTCTTCCT
CCAGCACCTCAACGCACGCCTGAGCCTCGAGTTTATTAGGTATGGTTTCGAAAGCGAGAA
GATCTGGACTAGCTTCCACTAGGACTTGGATTCTCCTCCTGTGGAAGTCTTTTAGTTTAT
CCAAGCTTACATCCTCACCATAGCTTCCACTGTACTCAGAGCCATCAGCGAGATAAGCTC
CATAGCTACCAATAGAAGCAGCTACAAGAGCTCGGTTATAGCTGTGTCCTGAGGTTTTGC
TAACTTTGTCCCAGAATCTATCACGGGCTTCAACAACTAGTTTCACGCTCTTTTGTAGCA
AAGACTCGCTCTCTTCCATCGACAGTCCTCTTGAGAGAAAGCCAGGGATTGTAGCCTGAT
AAGATGAAGTAACCACAATGTCTGAACCAGCCTCCAAATATTCCATATGAACCCGCTTGA
TAAGTTCAGGATCTTTGATGAGAGATAGGGCACTCCACAGAGGGTCGTTAATGGCGGCGC
CGTGAATCTCGAGCTAGGTTGAGAAACCGCCGTCGACCACCGCACAGCCGCCGCATTTCT
CTATCAAATCTTCCAACAATGCAGATTTCTTCTCTAAACCCATGACTCAACAAAAAAAAC
CAAAATGTATCCCGCAAACCCTAACAACGAGAAACTTTGAGATTTTTCTTGCCTCGTGAA
ATCGGAGAATCAACGCCGCTTTTGTTGGTGAAGATTGTGTTTTTCTTCCTTACAATGGAT
CC


BQ
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G
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DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB87TF U 5
AF RR1DT91TF U 3
AF RR1FR14TF U 1
AF RR1FB87JQ C 556
BS 1 679 RR1FR14TF
BS 680 1289 RR1FB87JQ

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GG
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TCTCAGGCAAGGAAGCAAATGGCGGCCGCGACAAGTGAGAAACAGAACGGATCAAAGGCT
CCTCCTTTGCCTTCTCCTCTCCGCAACTCCAAGTTTCTCCAGTCGAATATGAGGATCTTG
ATATCGGGAGGAGCAGGGTTCATCGGTTCACATTTGGTTGATAAGCTAATGGAAAATGAG
AAGAATGAGGTTGTGGTTGCTGATAATTATTTCACTGGCTCTAAAGATAACCTCAAGAAG
TGGATCGGTCACCCCAGGTTTGAGCTTATTCGTCACGATGTTACGGAGCCTCTATTGCTT
GAAGTTGATAGGATTTACCATCTTGCTTGTCCTGCCTCTCCTATCTTCTACAAGTACAAC
CCCGTCA

QA 3 429 3 429
DS 

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GATC
ACATCAGATCAGAGAGGAATCAAAGTTTAGGTATCTCATTTAAAACTCGTTTGCGATCTC
TCTCAGGCAAGGAAGCAAATGGCGGCCGCGACAAGTGAGAAACAGAACGGATCAAAGGCT
CCTCCTTTGCCTTCTCCTCTCCGCAACTCCAAGTTTCTCCAGTCGAATATGAGGATCTTG
ATATCGGGAGGAGCAGGGTTCATCGGTTCACATTTGGTTGATAAGCTAATGGAAAATGAG
AAGAATGAGGTTGTGGTTGCTGATAATTATTTCACTGGCTCTAAAGATAACCTCAAGAAG
TGGATCGGTCACCCCAGGTTTGAGCTTATTCGTCACGATGTTACGGAGCCTCTATTGCTT
GAAGTTGATAGGATTTACCATCTTGCTTGTCCTGCCTCTCCTATCTTCTACAAGTACAAC
CCCGTCAAGACAATCAAGACCAATGTGATGGGTACAATGAACATGCTCGGTCTTGCCAAG
CGTGTTGGAGCAAGGATTCTGCTTACCTCAACCTCGGAAGTGTATGGAGACCCTCTCATT
CACCCTCAACCAGAGAGCTACTGGGGAAATGTCAACCCCATTGGGGTTCGGAGTT

QA 5 599 5 599
DS 

RD RR1FR14TF 679 0 0
GGCATCACATCAGATCAGAGAGGAATCAAAGTTTAGGTATCTCATTTAAAACTCGTTTGC
GATCTCTCTCAGGCAAGGAAGCAAATGGCGGCCGCGACAAGTGAGAAACAGAACGGATCA
AAGGCTCCTCCTTTGCCTTCTCCTCTCCGCAACTCCAAGTTTCTCCAGTCGAATATGAGG
ATCTTGATATCGGGAGGAGCAGGGTTCATCGGTTCACATTTGGTTGATAAGCTAATGGAA
AATGAGAAGAATGAGGTTGTGGTTGCTGATAATTATTTCACTGGCTCTAAAGATAACCTC
AAGAAGTGGATCGGTCACCCCAGGTTTGAGCTTATTCGTCACGATGTTACGGAGCCTCTA
TTGCTTGAAGTTGATAGGATTTACCATCTTGCTTGTCCTGCCTCTCCTATCTTCTACAAG
TACAACCCCGTCAAGACAATCAAGACCAATGTGATGGGTACAATGAACATGCTCGGTCTT
GCCAAGCGTGTTGGAGCAAGGATTCTGCTTACCTCAACCTCGGAAGTGTATGGAGACCCT
CTCATTCACCCTCAACCAGAGAGCTACTGGGGAAATGTCAACCCCATTGGGGTTCGGAGT
TGCTATGACGAAGGCAAGCGAGTAGCTGAGACTTTGATGTTTGACTACCACAGGCAACAC
GGCATTGAAATCCGCATTG

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DS 

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AAGCGTGTAGCTGAGACTTTGATGTTTGACTACCACAGGCAACACGGCATTGAAATCCGC
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AGCAACTTCATTGCTCAAGCACTCCGAGGTGAGGCATTGACAGTTCAGAAACCGGGGACA
CAGACCCGCAGTTTCTGCTATGTCTCTGACATGGTGGATGGACTTATCCGTCTCATGGAA
GGCGATGATACTGGCCCTATCAACATCGGTAACCCAGGTGAATTCACCATGGTGGAACTG
GCTGAAACGGTTAAGGAGCTTATCAATCCGAGCATAGAGATAAAGATGGTGGAGAACACA
CCGGACGATCCAAGACAGAGGAAGCCAGACATAAGCAAGGCTAAACAAGTGTTGGGTTGG
GAGCCAAAGGTGAAGCTCAGAGAAGGACTTCCTCTCATGGAAGAAGATTTCCGTCTAAGG
CTTAACGTTCCCAAAAACTGAAAACGCAAACGCAGGACGCGTTCTTTGATTTGAGAGGAG
TTTGTCAGTTTTTTTTTGGAGTGATATGATGCTTACAATATTCTACAAAGTGGTGGTTGG
TGGTCCGGTTTGGTTTTGTTTCATGTCTGTTTTCATTGATCTTTGCTTCTGTTCGTAGAG
AAATAAGTTGGGAT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 4

CO CL2913Contig1 1203 4 27 U
CCCGAGAAATGCATTTCTTTTAATTTATTTACAGGTTTTATAACTGGAACAAGAGACAAA
TACTAAAGAGCTCAGATTGTTTTAATAATAATAAAAACCCTCTAGACAGCAGCAGCGACG
GTGGAAACCATACTGTCAATGCCGCAAACGTTACGGCCTTTACATAACTTATAGAAACCA
TTCTCGCCCCAGGTTTCTCCCCATGAGTTTTTGATGATCCAATACGGCTTTTCCTTGAAC
CTTGCCTGAAAAAAACCGGCCGAGCCATAACCCACCAACAACACACCATGGTTGAGCCGC
TTCGAGCATATGTAAGGGCACGAGACTCCTCCAGTGTAGGTTTGCATGTAAGCTGCATTT
AAAGCCACAGCAAGAGGACCGTTTTTGACAAGATTTGCAGCGATTTGATCTTCGTTAATA
GAGACAACACTGAAGTTGGAGACAGAGGCAACAATCTTAGACTTGTCCAACTTACAGGTC
CCACCATCAGTACCTGTGTATGGATAGTCTTCCTCTCGCATAAGCCCTCCGGTTTTGAGG
GTGTACTCAAAGGCGCTGTTCATTAGGCCGCCGTTGCAACCAGAGTCACATGAACCTTCC
TGTTCAGGATCACACTAGTGATCACAATCAACGAGCTGTTGTTCACTGAGGCTAACAAGT
TGGCCAGTTGAGAGGAAGTGAGCACCTTCAAGCGCGCCCGTAGTGCTGAAACTCCAGCAC
GATCCACATGATCCCTGATTCTTGACGGGAGTAACAGCTCCACGATCTCTCCAATCAAAA
TCCTCAGGAAGATCCTCCGTAGGAAGAATCGGCGCCTGATTAGCATCCTTCGGAAGCTTA
AACCCACCTCTAACCCCTAAATGCATTCTCCTGAACTCAGAAGGAGTCAGATCGGAGAAC
TGCGTGACGCCGTGGCGAGCAGAAGGATCCATCTTCTGATGGCGCATCGCTCTCTGGAGA
TTAGATCTGAAAACAGAGAATCTGTGGTGGTGCTCCTCGAGAGAGCCGTAAACCTTTCCG
AATCTCTTCTTGAACAGAGAAAAGTGATCCTCCGATGATAGTACTTTCGGCTCCGATCCG
TTAACCACTTGCCGGATCAAGATATCATCGCCGTGGTTCTCGGAGAACGAAAGGGAGACG
AAGAATGAGAAGAGAAGAGAAACTGAGAATAAAACCCTAATATGATCCATCGTGTGTATT
ATC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1DH11JQ U 1
AF RR1CU56JQ U 1
AF RR1AJ05JQ U 62
AF RR1AJ05TF C 385
BS 1 74 RR1CU56JQ
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BS 792 1203 RR1AJ05TF

RD RR1DH11JQ 579 0 0
GT
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CTAAAGAGCTCAGATTGTTTTAATAATAATAAAAACCCTCTAGACAGCAGCAGCGACGGT
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CTCGCCCCAGGTTTCTCCCCATGAGTTTTTGATGATCCAATACGGCTTTTCCTTGAACCT
TGCCTGAGAAAAACCGGCCGAGCCATAACCCACCAACAACACACCATGGTTGAGCCGCTT
CGAGCATATGTAAGGGCACGAGACTCCTCCAGTGTAGGTTTGCATGTAAGCTGCATTTAA
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GACAGCACTGAAGTTGGAAACAGAGGCAACAATCTTAGACTTGTCCAACTTACAGGTCCC
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GTACTCAAAGGCGCTGTTCATTAGGCCGCCGTTGCAA

QA 3 579 3 579
DS 

RD RR1CU56JQ 737 0 0
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TACTAAAGAGCTCAAATTGTTTTAATAATAATAAAAACCCTCTAGACAGCAGCAGCGACG
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CTTGCCTGAAAAAAACCGGCCGAGCCATAACCCACCAACAACACACCATGGTTGAGCCGC
TTCGAGCATATGTAAGGGCACGAGACTCCTCCAGTGTAGGTTTGCATGTAAGCTGCATTT
AAAGCCACAGCAAGAGGACCGTTTTTGACAAGATTTGCGGCGATTTGATCTTCGTTAATA
GAGACAACACTGAAGTTGGAAACAGAGGCAACAATCTTAAACTTGTCCAACTTACAGGTC
CCACCATCAGTGCCTGTGTAGGGATAGTCTTCCTCTCGCATAAGCCCTCCGGTTTTGAGG
GTGTACTCAAAGGCGCTGTTCATTAGGCCGCCGTTGCAACCAGAGTCACATGAACCTTCC
TGTTCAGGATCACACTCGTGATCACAATCTACGAGCTGTTGTTCACTGAGACTAACAAGT
TGGCCAGTTGCGAGGAAGTGAGCACCTTCAAGCGCGCCTGTAGTGCTGAAACTCCAGCAC
GATCCACATGATCCCTG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1AJ05JQ 730 0 0
G
CTAAAGAGCTCAGATTGCTT*AATAATAATAAAAACCCTCTAGACAGCGGCAGCGACGGG
GGAAACCATACTGTCAATGCCGCAAACGTTACGGCCTTTACATAACTTATAGAAACCATT
CTCGCCCCAGGTTTCTCCCCAAGAGTTTTTGATGATCCAATACGGCTTTTCCTTGAACCT
TGCCTGAAAAAAACCGGCCGAGCCATAACCCACCAACAACACGCCATGGTTGAGCCGCTT
CGAGCATATGTAAGGGCACGAGACTCCTCCAATGTAGGTTTGCATGTAAGCTGCATTTAA
AGCCACAGCAAGAGGACCGTTTTTGACAAGATTTGCAGCGATTTGATCTTCGTTAATAGA
GACAACACTGAAGTTGGAGACAGAGGCAACAATCTTAGACTTGTCCAACTTACAGGTCCC
ACCATCAGTACCTGTGTATGGATAGTCTTCCTCTCGCATAAGCCCTCCGGTTTTGAGGGT
GTACTCAAAGGCGCTGTTCATTAGGCCGCCGTTGCAACCAGAGTCACATGAACCTTCCTG
TTCAGGATCACACTAGTGATCACAATCAACGAGCTGTTGTTCACTGAGGCTAACAAGTTG
GCCAGTTGAGAGGAAGTGAGCACCTTCAAGCGCGCCCGTAGTGCTGAAACTCCAGCACGA
TCCACATGATCCCTGATTCTTGACGGGAGTAACAGCTCCACGATCTCTCCAATCAAAATC
CTCAGGAAG

QA 2 730 2 730
DS 

RD RR1AJ05TF 819 0 0
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GAGGCAACAATCTTAGACTTGTCCAACTTACAGGTCCCACCATCAGTACCTGTGTATGGA
TAGTCTTCCTCTCGCATAAGCCCTCCGGTTTTGAGGGTGTACTCAAAGGCGCTGTTCATT
AGGCCGCCGTTGCAACCAGAGTCACATGAACCTTCCTGTTCAGGATCACACTAGTGATCA
CAATCAACGAGCTGTTGTTCACTGAGGCTAACAAGTTGGCCAGTTGAGAGGAAGTGAGCA
CCTTCAAGCGCGCCCGTAGTGCTGAAACTCCAGCACGATCCACATGATCCCTGATTCTTG
ACGGGAGTAACAGCTCCACGATCTCTCCAATCAAAATCCTCAGGAAGATCCTCCGTAGGA
AGAATCGGCGCCTGATTAGCATCCTTCGGAAGCTTAAACCCACCTCTAACCCCTAAATGC
ATTCTCCTGAACTCAGAAGGAGTCAGATCGGAGAACTGCGTGACGCCGTGGCGAGCAGAA
GGATCCATCTTCTGATGGCGCATCGCTCTCTGGAGATTAGATCTGAAAACAGAGAATCTG
TGGTGGTGCTCCTCGAGAGAGCCGTAAACCTTTCCGAATCTCTTCTTGAACAGAGAAAAG
TGATCCTCCGATGATAGTACTTTCGGCTCCGATCCGTTAACCACTTGCCGGATCAAGATA
TCATCGCCGTGGTTCTCGGAGAACGAAAGGGAGACGAAGAATGAGAAGAGAAGAGAAACT
GAGAATAAAACCCTAATATGATCCATCGTGTGTATTATC

QA 1 819 1 819
DS 



AS 1 4

CO CL2914Contig1 943 4 5 U
GTAGAAATCAACAACATTGCATTGCTCTGTGTAGAGAAAAACATGATTTGAACTCATTTC
ATTACATGCCAAGGGATATCACAAATACGAGAATGATCAAGAAGTTCAAGTATACGCCAA
TAAATGGCACTCACAATGCCGCCAAAATTAAAAAAAAAAAACAAAGGACCAAGCCACTCG
CACTCAGTAGCAAGAAAAAAGTATTGGATCTGTCTTCTTCTCGAGGATCACTCCCTCAGC
CATGTAGCTAGAGCTGAATCCCACTCGCATAGCTCACCTTCTTTGAACCACAAAGCAATC
TCACGCTTTCCGTTTTCAGGGCTATCACTACCATGCACAATGTTCCTTCCGGTTTGTACA
GCAAGATCTCCTCTTATGGTACCAGGTTCAGCTTGAAGGGGGTCTGTTTTCCCAATCAGC
TTCCTGGCAGAAGCAACCACACCAACACCTTCCCAAGCCATACACACAACAGGGCCAGAA
GTGATGTACTCAATCAGGCTAGGAAAGAATGACTTAGCACTAAGATCCTTATAATGTTCC
TCGGCCAAATCTTTAAGACACTGGAACATCTTAAGTCCAATCAGTTTAAAACCCTTCTTC
TCAAAACGAGAGATGATTTCTCCAACAAGGCCTCGTTGGATGCCGTCTGGTTTGACCATA
ATGTAAGTCTCCTCAACTTGCTCCATAGAAGCGACGAGGTGAGGGAGGAAGATTCCCGAA
TCGGCGGAGCTCGAAGCAGCGTAGAGACGGCGGCGGGAAGGAGAAACGCGTGAGAATAGA
CGGAACTGAGGACGAAACGCGGCCAGCTCGGTCCGCGAGCTAACGGTGGTTGGAGAGAGG
TTTGAAATGCAAGTTGCCGAATTTACTCTCGGCGACGGCGAGGCGACACAGAGAGGAGTC
CATTGACCAACCGCAGCCATACCAACAACCATTGTGTGTGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK77JQ U 1
AF RR1EK77TF C 1
AF RR1BO66JQ U 45
AF RR1BO66TF C 165
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BS 277 354 RR1EK77JQ
BS 355 820 RR1BO66JQ
BS 821 943 RR1BO66TF

RD RR1EK77JQ 355 0 0
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C

QA 1 354 1 354
DS 

RD RR1EK77TF 355 0 0
GTAGAAATCAACAACATTGCATTGCTCTGTGTAGAGAAAAACATGATTTGAACTCATTTC
ATTACATGCCAAGGGATATCACAAATACGAGAATGATCAAGAAGTTCAAGTATACGCCAA
TAAATGGCACTCACAATGCCGCCAAAATTAAAAAAAAAAAACAAAGGACCAAGCCACTCG
CACTCAGTAGCAAGAAAAAAGTATTGGATCTGTCTTCTTCTCGAGGATCACTCCCTCAGC
CATGTAGCTAGAGCTGAATCCCACTCGCATAGCTCGCCTTCTTTGAACCACAAAGCAATC
TCACGCTTTCCGTTTTCAGGGCTATCACTACCATGCACAATGTTCCTTCCGGTT
C

QA 1 354 1 354
DS 

RD RR1BO66JQ 776 0 0
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CCTTCCGGTTTGTACAGCAAGATCTCCTCTTATGGTACCAGGTTCAGCTTGAAGGGGGTC
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CACAACAGGGCCAGAAGTGATGTACTCAATCAGGCTAGGAAAGAATGACTTAGCACTAAG
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AACGCGTGAGAATAGACGGAACTGAGGACGAAACGCGGCCAGCTCGGTCCGCGAGC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1BO66TF 779 0 0
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GGATCACTCCCTCAGCCATGTAGCTAGAGCTGAATCCCACTCGCATAGCTCAC*TTCTTT
GAACCACAAAGCAATCTCACGCTTTCCGTTTTCAGGGCTATCACTACCATGCACAATGTT
CCTTCCGGTTTGTACAGCAAGATCTCCTCTTATGGTACCAGGTTCAGCTTGAAGGGGGTC
TGTTTTCCCAATCAGCTTCCTGGCAGAAGCAACCACACCAACACCTTCCCAAGCCATACA
CACAACAGGGCCAGAAGTGATGTACTCAATCAGGCTAGGAAAGAATGACTTAGCACTAAG
ATCCTTATAATGTTCCTCGGCCAAATCTTTAAGACACTGGAACATCTTAAGTCCAATCAG
TTTAAAACCCTTCTTCTCAAAACGAGAGATGATTTCTCCAACAAGGCCTCGTTGGATGCC
GTCTGGTTTGACCATAATGTAAGTCTCCTCAACTTGCTCCATAGAAGCGACGAGGTGAGG
GAGGAAGATTCCCGAATCGGCGGAGCTCGAAGCAGCGTAGAGACGGCGGCGGGAAGGAGA
AACGCGTGAGAATAGACGGAACTGAGGACGAAACGCGGCCAGCTCGGTCCGCGAGCTAAC
GGTGGTTGGAGAGAGGTTTGAAATGCAAGTTGCCGAATTTACTCTCGGCGACGGCGAGGC
GACACAGAGAGGAGTCCATTGACCAACCGCAGCCATACCAACAACCATTGTGTGTGTCC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 4

CO CL2915Contig1 877 4 3 U
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ACTCCATTGGTCTCGGAGAAGATGGACCAACCCATCAGCCCATTGAGCACATCGCTAGCT
TCCGTGCCATGCCCAACACTCTCATGTTCCGTCCCTCCGATGGAAACGAGACGGCCGGCG
CCTACAAGATCGCTGTCATCAAGCGTAAGACGCCGTCTATCTTGGCTTTGTCTAGACAAA
AGCTTCCTCAGCTTCCAGGGACGTCCATCGAGGGAGTTGAGAAGGGCGGATACACAATCT
CTGACAACTCCTCGGGGAACAAACCTGATGTGATCTTGATTGGAACCGGTTCAGAGCTGG
AGATTGCTGCACAGGCTGGAGAGGTGCTTAGGAAAGAAGGCAAGACGGTTAGAGTTGTGT
CGTTTGTTTGCTGGGAGCTGTTTGACGAGCAGACGGATGAGTACAAGGAGAGTGTTTTGC
CTTCTGATGTGTCGGCTAGAGTTAGTATCGAAGCGGCTTCGACTTTTGGTTGGGGGAAGA
TTGTTGGAGGGAAAGGGAAGTCTATTGGTATTAACTCGTTTGGAGCAAGTGCACCAGCTC
CCTTGCTCTACAAGGAGTTTGGCATCACTGTTGAAGCTGTTGTTGATGCGGCTAAGTCAC
TCTTCTAAGAGACTTAGAGATGAGACCATTCTCTCTATAAAGCTATTCACAACATTATCT
CATTATCTCAAAATAAAATGCAACAAGACGCGCAGACTTTCTTTATTTTCTTTTGTAATT
CGGGTCGACATAGGTTTTGAGTTTTGGAAGAGAAGATAGTACAAGACAATGTAAAACTTT
CATGATCAATCGTGTTTTGTTGTTATAACGCTTGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW34TF U 1
AF RR1BW34JQ C 234
AF RR1CK80JQ C 723
AF RR1CK80TF U 247
BS 1 732 RR1BW34TF
BS 733 855 RR1CK80TF
BS 856 877 RR1BW34JQ

RD RR1BW34TF 733 0 0
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TCCGTGCCATGCCCAACACTCTCATGTTCCGTCCCTCCGATGGAAACGAGACGGCCGGCG
CCTACAAGATCGCTGTCATCAAGCGTAAGACGCCGTCTATCTTGGCTTTGTCTAGACAAA
AGCTTCCTCAGCTTCCAGGGACGTCCATCGAGGGAGTTGAGAAGGGCGGATACACAATCT
CTGACAACTCCTCGGGGAACAAACCTGATGTGATCTTGATTGGAACCGGTTCAGAGCTGG
AGATTGCTGCACAGGCTGGAGAGGTGCTTAGGAAAGAAGGCAAGACGGTTAGAGTTGTGT
CGTTTGTTTGCTGGGAGCTGTTTGACGAGCAGACGGATGAGTACAAGGAGAGTGTTTTGC
CTTCTGATGTGTCGGCTAGAGTTAGTATCGAAGCGGCTTCGACTTTTGGTTGGGGGAAGA
TTGTTGGAGGGAAAGGGAAGTCTATTGGTATTAACTCGTTTGGAGCAAGTGCACCAGCTC
CCTTGCTCTACAAGGAGTTTGGCATCACTGTTGAAGCTGTTGTTGATGCGGCTAAGTCAC
TCTTCTAAGAGACTTAGAGATGAGACCATTCTCTCTATAAAGCTATTCACAACATTATCT
CATTATCTCAAA
T

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1BW34JQ 644 0 0
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ACAATCTCTGACAACTCCTCGGGGAACAAACCTGATGTGATCTTGATTGGAACCGGTTCA
GAGCTGGAGATTGCTGCACAGGCTGGAGAGGTGCTTAGGAAAGAAGGCAAGACGGTTAGA
GTTGTGTCGTTTGTTTGCTGGGAGCTGTTTGACGAGCAGACGGATGAGTACAAGGAGAGT
GTTTTGCCTTCTGATGTGTCGGCTAGAGTTAGTATCGAAGCGGCTTCGACTTTTGGTTGG
GGGAAGATTGTTGGAGGGAAAGGGAAGTCTATTGGTATTAACTCGTTTGGAGCAAGTGCA
CCAGCTCCCTTGCTCTACAAGGAGTTTGGCATCACTGTTGAAGCTGTTGTTGATGCGGCT
AAGTCACTCTTCTAAGAGACTTAGAGATGAGACCATTCTCTCTATAAAGCTATTCACAAC
ATTATCTCATTATCTCAAAATAAAATGCAACAAGACGCGCAGACTTTCTTTATTTTCTTT
TGTAATTCGGGTCGACATAGGTTTTGAGTTTTGGAAGAGAAGATAGTACAAGACAATGTA
AAACTTTCATGATCAATCGTGTTTTGTTGTTATAACGCTTGAAT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1CK80JQ 142 0 0
TTTTT
TCAAAATAAAATGCAACAAGACGCGCAGACTTTTTTTATTTTTTTTTGTAATTCGGGTCG
ACATAGGTTTTGAGTTTTGGAAGAGAAGATAGTACAAGACAAAGTAAAACTTTCATGATC
AATCGTGTTTTGTTGTT

QA 6 142 6 142
DS 

RD RR1CK80TF 609 0 0
CTCAGCTTCCAGGGACGTCCATCGAGGGAGTTGAGAAGGGCGGATACACAATCTCTGACA
ACTCCTCGGGGAACAAACCTGATGTGATCTTGATTGGAACCGGTTCAGAGCTGGAGATTG
CTGCACAGGCTGGAGAGGTGCTTAGGAAAGAAGGCACGACGGTTAGAGTTGTGTCGTTTG
TTTGCTGGGATCTGTTTGACGAGCGGACGGATGAGTACAAGGAGAGTGTTTTGCCTTCTG
ATGTGTCGGCTAGAGTTAGTATCGAAGCGGCTTCGACTTTTGGTTGGGGGAAGATTGTTG
GAGGGAAAGGGAAGTCTATTGGTATTAACTCGTTTGGAGCAAGTGCACCAGCTCCCTTGC
TCTACAAGGAGTTTGGCATCACTGTTGAAGCTGTTGTTGATGCGGCTAAGTCACTCTTCT
AAGAGACTTAGAGATGAGACCATTCTCTCTATAAAGCTATTCACAACATTATCTCATTAT
CTCAAAATAAAATGCAACAAGACGCGCAGACTTTCTTTATTTTCTTTTGTAATTCGGGTC
GACATAGGTTTTGAGTTTTGGAAGAGAAGATAGTACAAGACAATGTAAAACTTTCATGAT
CAATCGTGT

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 3

CO CL2916Contig1 818 3 16 U
AAAAAAAATTGTATTCAAATATATAAAATATCAAATGTTTCAAAATTTTCAGTAACATAC
AATGTCTTCTTCTTTTTTGTCAACGGTAACATACAATGTCTGAATGTCTGATCACACAAA
ATTAATTTAAATAAAACAACAAGCGTTTCTTTCATCCCAAGTGACTCCAAAACTCTCCCA
GAAACGTCTTCGCCGCGTCAAGACTAGGGAAATACGTCGGCTCCATGAATATCTGACTCA
GTGAGTCACACGACTCTTGACTCGTCTCCGCGCTCCCCATCACCACCGCCACCAACTGCT
TATACGCAAAGAAAAACCTCTTCGCTGCCGCCTCAACCGCCTGCATCCCTTGAAGCAAAT
GAATCTTATCGCACTCTCCCTTCGTCGCGTACAGCCTCATAACCGCCTCCTGCAACCTCG
GACCTCCCGTGGGGTCCACCTCAACACCAACCACCGCGGGAACCTTCTCCCTCAAATCCT
TCGTCATCCTCATCATCTCCACTAATCCTCTCGACCTAAAGCAAAACGCGTCGTTTCGAC
CGTTGGATTTGATCTGTAACTGCTTCTTCAGCTTCAGAAAATCCTCGGGATCCATCAGGA
TATGAAGATCCTCGATCTCCGCCATCAGCTTCCAGATCCTCTCCACCAAGAACACGTCCC
CCGACGCGTCTCCGAATCTCCCTTCGTCGATCCTCGCGTCGACGCGTGTCAAGAGGTTTC
CGGAAACGTGGATCCACGACTCGAGGATCTGGCGGATGACGTAGAGAGTCTGATTCTCCT
CGTTATCTATATGATCCGCGTACGGATTATCCTTGAGG


BQ
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH88JQ U 1
AF RR1DH88TF C 1
AF RR1D268JQ U 19
BS 1 180 RR1DH88JQ
BS 181 181 RR1D268JQ
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BS 431 500 RR1DH88JQ
BS 501 818 RR1D268JQ

RD RR1DH88JQ 501 0 0
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AATGTCTTCTTCTTTTTTGTCAACGGTAACATACAATGTCTGAATGTCTGATCACACAAA
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AAAACGTCTTCCCCCCGTCAAGACTAGGGAAATACGTCGGCTCCATGAATATCTGACTCA
GTGAGTCACACGACTCTTGACTCGTCTCCGCGCTCCCCATCACCACCGCCACCAACTGCT
TATACCCAAAAAAAAACCTCTTCCCTGCCGCCTCAACCGCCTGCATCCCTTGAAGCAAAT
GAATCTTATCGCACTCTCCCTTCGTCGCGTACAGCCTCATAACCGCCTCCTGCAACCTCG
GACCTCCCGGGGGGTCCACCTCAACACCAACCACCGCGGGAACCTTCTCCCTCAAATCCT
TCGTCATCCTCATCATCTCC
C

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1DH88TF 501 0 0
AAAATAAATTGTATTCAAATATATAAAATATCAAATGTTTCAAAATTTTCAGTAACATAC
AATGTCTTCTTCTTTTTTGTCAACGGTAACATACAATGTCTGAATGTCTGATCACACAAA
ATTAATTTAAATAAAACAACAAGCGTTTCTTTCATCCCAAGTGACTCCAAAACTCTCCCA
GAAACGTCTTCGCCGCGTCAAGACTAGGGAAATACGTCGGCTCCATGAATATCTGACTCA
GTGAGTCACACGACTCTTGACTCGTCTCCGCGCTCCCCATCACCACCGCCACCAACTGCT
TATACGCAAAGAAGAACCTCTTCGCTGCCGCCTCAACCGCCTGCATCCCTTGAAGCAGAT
GAATCTTATCGCACTCTCCCTTCGTCGCGTACAGCCTCATAACCGCCTCCTGCAACCTCG
GACCTCCCGTGGGGTCCACCTCAACACCAACCACCGCGGGAACCTTCTCCCTCAGATCCT
TCGTCATCCTCATCATCTCC
C

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1D268JQ 800 0 0
AA
ATATAAACTATCAAATGTTTCAAAATTTTCAGTAACATAATATGTCTTCT*CTTTTTTGT
CAACGGTAACATACAATGTCTGAATGTCTGATCACACAAAATTAATTTAAATAAAACAAC
AACCGTTTCTTTCATCCCAAGTGACTCCAAAACTCTCCCAGAAACGTCTTCGCCGCGTCA
AGACTAGGGAAATACGTCGGCTCCATGAATATCTGACTCAGCGAGTCACACGACTCTTGA
CTCGTCTCCGCGCTCCCCATCACCACCGCCACCAACTGCCTATACGCAAAGAAAAACCTC
TTAGCAGCCGCCTCCACTGCCTGCATCCCTTGAAGCAAATGAATCTTATCGCACTCTCCC
TTCGTCGCGTACAGCCTCATAACCGCCTCCTGCAACCTCGGACCTCCCGTGGGGTCCACC
TCAACACCAACCACCGCGGGAACCTTCTCCCTCAAATCCTTCGTCATCCTCATCATCTCC
ACTAATCCTCTCGACCTAAAGCAAAACGCGTCGTTTCGACCGTTGGATTTGATCTGTAAC
TGCTTCTTCAGCTTCAGAAAATCCTCGGGATCCATCAGGATATGAAGATCCTCGATCTCC
GCCATCAGCTTCCAGATCCTCTCCACCAAGAACACGTCCCCCGACGCGTCTCCGAATCTC
CCTTCGTCGATCCTCGCGTCGACGCGTGTCAAGAGGTTTCCGGAAACGTGGATCCACGAC
TCGAGGATCTGGCGGATGACGTAGAGAGTCTGATTCTCCTCGTTATCTATATGATCCGCG
TACGGATTATCCTTGAGG

QA 3 800 3 800
DS 



AS 1 4

CO CL2917Contig1 755 4 5 U
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AGAATGGGAGTTTCTGTATTAAGAGAGGTTTGAACAAAATACGTCTAGACAGGAACAAGA
AGAAGATTCTGAATCAAGCGAGGAAGCCAAGCCTCTCTCCATTCTTCTTAGCAAGCCTAA
TCAATCCTTGTCTCTGTTTCGCATCAGCTCCTATCGATTTACAGAACTCTGTAATCACCT
GAGAGTGTAAAGCAATGGCTTTGCCTCTAAGCTGATTAAACCTCTTCTTGCCTACTATGT
TCCTAGTGACAACGACAAGTGGTGCGAATAAGCCTTTGCCTTCGTTGACATTCTTCATCA
TCGGTTGTACTCTGATGGGTTTTCGTGAGACTCTAGCTCGTTTAGGTGGCGCAGTTGTTT
TGATCTGGTAATCATCGCCTGAGATTGAGTTTCCCCAACCACCATAGAAGGATGTTCCAA
GTAAACCTTGATTCGCAGAAAGTGAAGCAGTAGCAGCCATAGGAATCGGGTCGGGATTCT
CCCTCTGATGGATGCCAATGGTTGGAGAGAAATCGAGTGTTTGTGGTTTGATTTTGGAGC
TGAATGGTTATGGTGTGGACGAGGTTTGGCTGGTGTTGTGATTTGGATGGAGAAACGAGA
GCCACAATTTTGATTCTTTAACTTGCTGTATCAATTTTTTCTACCCCATTCCACCGTCCG
ATCATTTAGTTCTTTTTAATCAGATTAGTCAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EG71JQ U 67
AF RR1EG71TF C 37
AF RR1B247TF C 1
AF RR1B247JQ U 168
BS 1 66 RR1B247TF
BS 67 398 RR1EG71JQ
BS 399 399 RR1B247JQ
BS 400 469 RR1EG71JQ
BS 470 755 RR1B247JQ

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TTCTGAATCAAGCGAGGAAGCCAAGCCTCTCTCCATTCTTCTTAGCAAGCCTAATCAATC
CTTGTCTCTGTTTCGCATCAGCTCCTATCGATTTACAGAACTCTGTAATCACCTGAGAGT
GTAAAGCAATGGCTTTGCCTCTAAGCTGATTAAACCTCTTCTTGCCTACTATGTTCCTAG
TGACAACGACAAGTGGTGCGAATAAGCCTTTGCCTTCGTTGACATTCTTCATCATCGGTT
GTACTCTGATGGGTTTTCGTGAGACTCTAGCTTGTTTAGGTGGCGCAGTTGTTTTGATCT
GGTAATCATCGCCTGAGATTGAGTTTCCCCAACCACCATAGAA

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DS 

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AAATACGTCTAGACAGGAACAAGAAGAAGATTCTGAATCAAGCGAGGAAGCCAAGCCTCT
CTCCATTCTTCTTAGCAAGCCTAATCAATCCTTGTCTCTGTTTCGCATCAGCTCCTATCG
ATTTACAGAACTCTGTAATCACCTGAGAGTGTAAAGCAATGGCTTTGCCTCTAAGCTGAT
TAAACCTCTTCTTGCCTACTATGTTCCTAGTGACAACGACAAGTGGTGCGAATAAGCCTT
TGCCTTCGTTGACATTCTTCATCATCGGTTGTACTCTGATGGGTTTTCGTGAGACTCTAG
CTTGTTTAGGTGGCGCAGTTGTTTTGATCTGGTAATCATCGCCTGAGATTGAGTTTCCCC
AACCACCATAGAAGGATGTTCCAAGTAAACCTTGATTCGCAGAAAGTGAAGCAGTAGCAG
CCATAGGAATCGGGTCGGGATTCTCCCTCTGATGGATGCCAATGGTTGGAGAGAAATCGA
GTGTTTGTGGTTTGATTTTGGAGCTGAATGGTTAT
CC

QA 1 575 1 575
DS 

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AGAATGGGAGTTTCTGTATTAAGAGAGGTTTGAACAAAATACGTCTAGACAGGAACAAGA
AGAAGATTCTGAATCAAGCGAGGAAGCCAAGCCTCTCTCCATTCTTCTTAGCAAGCCTAA
TCAATCCTTGTCTCTGTTTCGCATCAGCTCCTATCGATTTACAGAACTCTGTAATCACCT
GAGAGTGTAAAGCAATGGCTTTGCCTCTAAGCTGATTAAACCTCTTCTTGCCTACTATGT
TCCTAGTGACAACGACAAGTGGTGCGAATAAGCCTTTGCCTTCGTTGACATTCTTCATCA
TCGGTTGTACTCTGATGGGTTTTCGTGAGACTCTAGCTCGTTTAGGTGGCGCAGTTGTTT
TGATCTGGTAATCATCGCCTGAGATTGAGTTTCCCCAACCACCATAGAAGGATGTTCCAA
GTAAACCTTGATTCGCAGAAAGTGAAGCAGTAGCAGCCATAGGAATCGGGTCGGGATTCT
CCCTCTGATGGATGCCAATGGTTGGAGAGAAATCGAGTGTTTGTGGTTTGATTTTGGAGC
TGAATGGTTATGGTGTGGACGAGGTTTGGCTGGTGTTGTGATTTGGATGGAGAAACGAGA
GCCACAATTTTGATTCTTTAACTTGCTGTATCAATTTTTTCTACCCCATTCCACCGTCCG
ATCATTTAGTTCTTTTTAATCAGATTAGTCAATCC

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DS 

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TCTGTAATCACCTGAGAGTGTAAAGCAATGGCTTTGCCTCTAAGCTGATTAAACCTCTTC
TTGCCTACTATGTTCCTAGTGACAACGACAAGTGGTGCGAATAAGCCTTTGCCTTCGTTG
ACATTCTTCATCATCGGTTGTACTCTGATGGGTTTTCGTGAGACTCTAGCTCGTTTAGGT
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AAGGATGTTCCAAGTAAACCTTGATTCGCAGAAAGTGAAGCAGTAGCAGCCATAGGAATC
GGGTCGGGATTCTCCCTCTGATGGATGCCAATGGTTGGAGAGAAATCGAGTGTTTGTGGT
TTGATTTTGGAGCTGAATGGTTATGGTGTGGACGAGGTTTGGCTGGTGTTGTGATTTGGA
TGGAGAAACGAGAGCCACAATTTTGATTCTTTAACTTGCTGTATCAATTTTTTCTACCCC
ATTCCACCGTCCGATCATTTAGTTCTTTTTAATCAGATTAGTCAATCC

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 4

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TTGCAAAGAGGTTAAGTTGGAGAGGAAGGATGTTGAGAAGGCTTCGAACCCCGCGCCTGT
GAAAGTCCAGAAGCTTCAGAGGGGTGATTCAGCTAAGAGTATCAAGGTAGAGAGGAAGGA
GCCAGATAACAAGGTTAAGGTAGAGAGAAAGGAACAAGAGAAGAAGGTTGTTACCAGTGT
GAAGGTAGAGAGAAAGGAACTGGTCAATACCGGAGGCAAGATGGATCATCATCGTCAAAC
TACTGTCAAGGATGAAAAGGTCTCAAAAGAAACGCTATCAAGTGTGAAGGCTGCTGACAA
GGCACCTAATGGTGCTCCAAAGCTGACTTCAATGGTCAAATGCAATGATCCTGTGCGTGA
CAAAATCCGTGAGCTGCTTGTGGACGCTATGTCCAAGGTTCATGGAGAGTCTGATGAGTA
CGATAGAGCGAGAGTAGTTGGATGTGATCCAATCCGCGTTGCTGTTTCAGTGGAATCTCA
TATGTTTGAGAAACTGGGCCGGTCCACGGGAGCTCAGAAGGTCAAGTACAGATCAATAAT
GTTCAACCTGAGGGACAGTAACAACCCAGACCTGAGAAGGAGAGTTCTCACAGGGGAGGT
GTCACCAGAGAAACTCATCACACTGTCCGGTGAAGAGATGGCAAGCGACAAGAGTAAACA
AGAGACCAATCAGATCAAAGAGAAGTTCCTGTTCGATTGTGAGCGTGGTCAGGCACCAAA
AGCAAGTACTGACCAGTTCAAGTGCGGACGGTGTGGCCAGCGCAAATGCACCTACTATCA
GATGCAGACAAGGAGTGCTGATGAGCCGATGACAACTTATGTTACATGTGTTAACTGCGA
CAACCACTGGAAGTTCTGTTGAGGTTAGATATGTGTGTTCTTTTTATTTCAGGAGTCCGT
GTCAAGACACAGAGGCCCTGATTGATTTATCAGGAGCTTTCATGTCTATTTGCCACCATT
CTGTGAATGTTCTGGCTCTGATGTTTGTTTAAGGATATCAGTTTTCAGTGTCTTAGAGAT
TAGTAAGTAGGAGAGTTTACTAATTTAGCTGGTTGTTAGCTCTTATCTCTTCTGCTTCTT
TGATTCCAAATTGTCAGACTCATTATCTTTCTTTGCAAATTTTATCAAAGTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1GP59TF U 1
AF RR1B852TF U 267
AF RR1B852JQ C 286
AF RR1GP59JQ C 377
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RD RR1GP59TF 649 0 0
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GGCACCTAATGGTGCTCCAAAGCTGACTTCAATGGTCAAATGCAATGATCCTGTGCGTGA
CAAAATCCGTGAGCTGCTTGTGGACGCTATGTCCAAGGTTCATGGAGAGTCTGATGAGTA
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TATGTTTGAGAAACTGGGCCGGTCCACGGGAGCTCAGAAAGTCAAGTACAGATCAATAAT
GTTCAACCTGAGGGACAGTAACAACCCAGACCTGAGAAAGAGAGTTCTC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1B852TF 897 0 0
G
TACCGGAGGCAAGATGGATCATCATCGTCAAACTACTGTCAAGGATGAAAAGGTCTCAAA
AGAAACGCTATCAAGTGTGAAGGCTGCTGACAAGGCACCTAATGGTGCTCCAAAGCTGAC
TTCAATGGTCAAATGCAATGATCCTGTGCGTGACAAAATCCGTGAGCTGCTTGTGGACGC
TATGTCCAAGGTTCATGGAGAGTCTGATGAGTACGATAGAGCGAGAGTAGTTGGATGTGA
TCCAATCCGCGTTGCTGTTTCAGTGGAATCTCATATGTTTGAGAAACTGGGCCGGTCCAC
GGGAGCTCAGAAGGTCAAGTACAGATCAATAATGTTCAACCTGAGGGACAGTAACAACCC
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CGGTGAAGAGATGGCAAGCGACAAGAGTAAACAAGAGACCAATCAGATCAAAGAGAAGTT
CCTGTTCGATTGTGAGCGTGGTCAGGCACCAAAAGCAAGTACTGACCAGTTCAAGTGCGG
ACGGTGTGGCCAGCGCAAATGCACCTACTATCAGATGCAGACAAGGAGTGCTGATGAGCC
GATGACAACTTATGTTACATGTGTTAACTGCGACAACCACTGGAAGTTCTGTTGAGGTTA
GATATGTGTGTTCTTTTTATTTCAG*AGTCCGTGTCAAGACACAGAGGCCCTGATTGATT
TATCAG*AGCTTTCATGTCTATTTGCCACCATTCTGTGAATGTTCTGGCTCTGATGTTTG
TTTAAG*ATATCAGTTTTCAGTGTCTTAGAGATTAGTAAGTAG*AGAGTTTACTAATTTA
GCTGGTTGTTAGCTCTTATCTCTTCTGCTTCTTTGATTCCAAAT*GTCAGACTCAT

QA 2 897 2 897
DS 

RD RR1B852JQ 909 0 0
TCATCATCGTCAAACTACTGTCAAGGATGAAAAGGTCTCAAAAGAAACGCTATCAAGTGT
GAAGGCTGCTGACAAGGCACCTAATGGTGCTCCAAAGCTGACTTCAATGGTCAAATGCAA
TGATCCTGTGCGTGACAAAATCCGTGAGCTGCTTGTGGACGCTATGTCCAAGGTTCATGG
AGAGTCTGATGAGTACGATAGAGCGAGAGTAGTTGGATGTGATCCAATCCGCGTTGCTGT
TTCAGTGGAATCTCATATGTTTGAGAAACTGGGCCGGTCCACGGGAGCTCAGAAGGTCAA
GTACAGATCAATAATGTTCAACCTGAGGGACAGTAACAACCCAGACCTGAGAAGGAGAGT
TCTCACAGGGGAGGTGTCACCAGAGAAACTCATCACACTGTCCGGTGAAGAGATGGCAAG
CGACAAGAGTAAACAAGAGACCAATCAGATCAAAGAGAAGTTCCTGTTCGATTGTGAGCG
TGGTCAGGCACCAAAAGCAAGTACTGACCAGTTCAAGTGCGGACGGTGTGGCCAGCGCAA
ATGCACCTACTATCAGATGCAGACAAGGAGTGCTGATGAGCCGATGACAACTTATGTTAC
ATGTGTTAACTGCGACAACCACTGGAAGTTCTGTTGAGGTTAGATATGTGTGTTCTTTTT
ATTTCAGGAGTCCGTGTCAAGACACAGAGGCCCTGATTGATTTATCAGGAGCTTTCATGT
CTATTTGCCACCATTCTGTGAATGTTCTGGCTCTGATGTTTGTTTAAGGATATCAGTTTT
CAGTGTCTTAGAGATTAGTAAGTAGGAGAGTTTACTAATTTAGCTGGTTGTTAGCTCTTA
TCTCTTCTGCTTCTTTGATTCCAAATTGTCAGACTCATTATCTTTCTTTGCAAATTTTAT
CAAAGTTT
T

QA 1 908 1 908
DS 

RD RR1GP59JQ 819 0 0
CCAAAGCTGACTTCAATGGTCAAATGCAATGATCCTGTGCGTGACAAAATCCGTGAGCTG
CTTGTGGACGCTATGTCCAAGGTTCATGGAGAGTCTGATGAGTACGATAGAGCGAGAGTA
GTTGGATGTGATCCAATCCGCGTTGCTGTTTCAGTGGAATCTCATATGTTTGAGAAACTG
GGCCGGTCCACGGGAGCTCAGAAGGTCAAGTACAGATCAATAATGTTCAACCTGAGGGAC
AGTAACAACCCAGACCTGAGAAGGAGAGTTCTCACAGGGGAGGTGTCACCAGAGAAACTC
ATCACACTGTCCGGTGAAGAGATGGCAAGCGACAAGAGGAAACAAGAGACCAATCAGATC
AAAGAGAAGTTCCTGTTCGATTGTGAGCGTGGTCAGGCACCAAAAGCAAGTACTGACCAG
TTCAAGTGCGGACGGTGTGGCCAGCGCAAATGCACCTACTATCAGATGCAGACAAAGAGT
GCCGATGAGCCGATGACAACTTATGTTACATGTGTTAACTGCGACAACCACTGGAAGTTC
TGTTGAGGTTAGATATGTGTGTTCTTTTTATTTCAGGAGTCCGTGTCAAGACACAGAGGC
CCTGATTGATTTATCAGGAGCTTTCATGTCTATTTGCCACCATTCTGTGAATGTTCTGGC
TCTGATGTTTGTTTAAGGATATCAGTTTTCAGCGTCTTAGAGATTAGTAAGTATGAGAGT
TTACTAATTTAGCTGGTTGTTAGCTCTTATCTCTTCTGCTTCTTTGATTCCAAATTGTCA
GACTCATTATCTTTCTTTGCAAATTTTATCAAAGTTTCG

QA 1 819 1 819
DS 



AS 1 4

CO CL2919Contig1 994 4 20 U
GGAGAGAGAGAGGGATCAAAGATGGATCACGAAACAAATATCCAGGGTGAAGAGCAAAAG
AAACTCGATGTGCTCTCTAATGATGTCTTTGTCAAAGCTTTGGTTAGCAGTGGCAGAACT
TCTGTTCTTGTCTCAGAAGAAGATGAGGAAGCTACGTTCGTGGAGTCATCCAAGCGTGGA
AAGTACTGTGTTGTTCTTGATCCACTTGATGGATCCTCAAACATCGACTGTGGTGTTTCC
ATTGGAACCATCTTTGGGATTTACACAATGAGCCACAATGATGAGCCAACTACCGAAGAT
GTCTTGAAACCTGGGAATGAAATGGTTGCTGCGGGTTACTGTATGTACGGAAGCTCCTGC
ATGCTTGTGTTGAGCACTGGAACTGGTGTCAATGGATTTACCCTGGACCCATCTCTGGGA
GAGTTCATATTAACTCACCCGGACATTAAGATTCCGAAAAAGGGGAACATATATTCAGTG
AATGAAGGCAATGCTCAGAACTGGGATGGTCCAACCACAAAGTATGTAGAGAAATGCAAG
TTTCCTAAAGATGGTTCTCCCGCTAAGTCTCTGAGATATGTGGGAAGTATGGTAGCTGAT
GTTCATCACACACTGCTTTATGGAGGAATCTTCTTGTACCCGGCTGACAAGAAAAGCCCC
AATGGGAAACTGCGTGTTCTGTATGAAGTCTTCCCGATGTCGTTCTTGATGGAGCAAGCC
GGAGGTCAGGCCTTCACTGGCAAGAAAAGGGCGCTAGACCTTGTGCCCGAGAAGATCCAT
GAGCGTTCTCCAATATTTCTAGGTAGCTACGAAGATGTAGAGGAGATTAAGGCTCTGTAT
GCTGCAGAGAACTAAGATTCTCATTCTTCTTATTTTATTACTTGTCTCTCTCTCTCTCTC
T**TATTTCTATATCTTCTTCTATTGAGACAAACAAACGACTCATTTATACAAGGGAGAC
TTTTTCTCATCTTTTTTCAACGCACCTAAGATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BN51TF U 1
AF RR1BN51JQ C 196
AF RR1BK90JQ C 243
AF RR1BK90TF U 243
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BS 422 566 RR1BN51TF
BS 567 567 RR1BK90TF
BS 568 724 RR1BN51TF
BS 725 725 RR1BK90TF
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BS 730 730 RR1BK90TF
BS 731 742 RR1BN51TF
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BS 744 750 RR1BN51TF
BS 751 751 RR1BK90TF
BS 752 772 RR1BN51TF
BS 773 773 RR1BK90TF
BS 774 786 RR1BN51TF
BS 787 979 RR1BK90TF
BS 980 980 RR1BK90JQ
BS 981 994 RR1BK90TF

RD RR1BN51TF 786 0 0
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AATGGGAAACTGCGTGTTCTGTATGAAGTCTTCCCGATGTCGTTCTTGATGGAGCAAGCC
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GAGCGT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1BN51JQ 778 0 0
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QA 1 778 1 778
DS 

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G
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TTCTCATCTTTTTTCAACGCACCTAAGATAT

QA 2 752 2 752
DS 

RD RR1BK90TF 752 0 0
G
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TTCATATTAACTCACCCGGACATTAAGATTCCGAAAAAGGGGAACATATATTCAGTGAAT
GAAGGCAATGCTCAGAACTGGGATGGTCCAACCACAAAGTATGTAGAGAAATGCAAGTTT
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CATCGCACACTGCTTTATGGAGGAATCTTCTTGTACCCGGCTGACAAGAAAAGCCCCAAT
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GCAGAGAACTAAGATTCTCATTCTTCTTATTTTATTACTTGTCTCTCTCTCTCTCTCT**
TATTTCTATATCTTCTTCTATTGAGACAAACAAACGACTCATTTATACAAGGGAGACTTT
TTCTCATCTTTTTTCA*CGCACCTAAGATAT

QA 2 752 2 752
DS 



AS 1 4

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1FJ45JQ U 1
AF RR1FJ45TF C 1
AF RR1CO16JQ U 4
AF RR1CO16TF C 4
BS 1 81 RR1FJ45JQ
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GCTCCCATCTTCTTCCTACTTTGGATACCTTC
C

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DS 

RD RR1FJ45TF 393 0 0
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C

QA 4 392 4 392
DS 

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CCCATCTTCTTCCTACTTTGGATACCTTCTTTCTCTCTCTCTCTTTCTCC

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DS 

RD RR1CO16TF 410 0 0
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CCCATCTTCTTCCTACTTTGGATACCTTCTTTCTCTCTCTCTCTTTCTCC

QA 1 410 1 410
DS 



AS 2 4

CO CL2921Contig1 460 2 1 U
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TTTTTTTTTCTGGAATAAAAAGTGGACAATGTTTGGCTGC


BQ
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AF RR1CN33JQ C 1
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QA 1 460 1 460
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BQ
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AF RR1CV59JQ C 1
AF RR1CV59TF U 1
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T

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 4

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BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BV86TF U 1
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AF RR1FE75JQ C 165
AF RR1BV86JQ C 425
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CTTCTTAA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1FE75JQ 556 0 0
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GAAGAACAAAGATGATCCTGATCTTTATGGAGAATGGGACTTTGAGGAATGGAAACGAGG
TGACAGGGAAGCTTTCGTAACCGCCACAAAGAAATTTGTGGAAGAGAGAAAATTACCAGA
AGCAAAGACTAGGATCGACACATTTAAAACGTTCTTTAAGCAGGATGATATTGAGGATGG
GAGACCTCTGGATTCGTGATGCCTTTTGGTTCTTATAGTGAGGCCATTGCTTCACCGTAC
ATTTTAAATAAGACTTGTGGAAACATGAATGTGATAAAACTCAAGTGAAACTACTAAGAG
AGATTGGCTTGCATGATCATGTGATCAGAAGTAACCTCTTATGATTTGTAATTTCATCGA
AGAGTGACTT
CTTCTT

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1BV86JQ 451 0 0
CCGCCACAAAGAAATTTGTGGAAGAGAGAAAATTACCAGAAGCAAAGACTAGGATCGACA
CATTTAAAACGTTCTTTAAGCAGGATGATATTGAGGATGGGAGACCTCTGGATTCGTGAT
GCCTTTTGGTTTTTATAGTGAGGCCATTGCTTCCCCGTACATTTTAAATAAGACTTGTGG
AAACATGAATGTGATAAAACTCAAGTGAAACTATTAAGAGAGATTGGCTTGCATGATCAT
GTGATCAGAAGTAACCTTTTATGATTTGTAATTTCATCGAAGAGTGACTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTACTAAAAGGGATTCTTTTTTTGTTTGGTTTGGTTCTGTGTATGTACTGATG
CATGTGTTCCTGTGAAATGTGTTTTGATTGGTCTATGTACTGATGTGGGTGTTCATGGGT
AGCTGTGTTTTGCTCAAACGGGTATCAGCGC

QA 1 451 1 451
DS 



AS 2 4

CO CL2923Contig1 786 2 11 U
GGACTCTTCAGTGGTGGGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCACATGACCTCACTA
TCATTGGGGCCTCAGCCTCCGGTTACTGCTCCCCCGCCGCCGCAGCAGCTTCGCGACGGA
GATGCTTCTAGACGTCGCTCCGATATGGACACAGACAAGGATATGTCTGCTGCTGTTATA
GAGGGAAATGATGCTGTTACAGGCCACATCATTTCTACTACAATTGGAGGCAAAAACGGT
GAACCTAAACAGACCATTAGTTACATGGCAGAACGGGTTGTTGGACAGGGATCATTCGGA
ATTGTATTCCAGGCCAAGTGCTTGGAAACTGGGGAATCTGTAGCCATTAAGAAGGTTTTG
CAAGACCGGCGCTACAAGAATCGTGAGCTACAACTAATGCGATTAATGGACCACCCAAAT
GTGGTTTCCTTGAAGCATTGTTTCTTCTCTACAACGAGTAGAGATGAGCTCTTCCTCAAT
CTCGTAATGGAGTATGTACCCGAGACTTTGTACCGGGTTTTGAAGCACTATACTAGTTCA
AGCCAAAGAATGCCAATTTTCTATGTCAAACTCTACACATACCAAATCTTCAGAGGCTTG
GCTTATATCCATACTGTTCCTGGTGTCTGTCACAGAGATGTGAAACCACAAAATCTTCTG
GTTGATCCCCTCACTCATCAGTGTAAGCTGTGTGATTTTGGAAGTGCAAAAGTATTGGTG
AAAGTGACGCAAACATATCATACATCTGCTCTCGGTATTACCGAGCTCCAGAGCTGATCT
TTGGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN03TF U 32
AF RR1EL58TF U 1
BS 1 105 RR1EL58TF
BS 106 108 RR1GN03TF
BS 109 149 RR1EL58TF
BS 150 150 RR1GN03TF
BS 151 185 RR1EL58TF
BS 186 186 RR1GN03TF
BS 187 269 RR1EL58TF
BS 270 270 RR1GN03TF
BS 271 451 RR1EL58TF
BS 452 452 RR1GN03TF
BS 453 786 RR1EL58TF

RD RR1GN03TF 662 0 0
G
GAGAGAGAGAGAGCACATGACCTCACTATCATTGGGGCCTCAGCCTCCGGTTACTGCTCC
GCCGCCGCCGCAGCAGCTTCGCGACGGAGATGCTTCTAGACGTCGTTCCGATATGGACAC
AGACAAGGATATGTCTGCTGCTGTTATAGAGGGAAATGATGCTGTTACAGGCCACATCAT
TTCTACTACAATTGGAGGCAAAAACGGTGAACCTAAGCAGACCATTAGTTACATGGCAGA
ACGGGTTGTTGGACAGGGATCGTTCGGAATTGTATTCCAGGCCAAGTGCTTGGAAACTGG
GGAATCTGTAGCCATTAAGAAGGTTTTGCAAGACCGGCGCTACAAGAATCGTGAGCTGCA
ACTAATGCGATTAATGGACCACCCAAATGTGGTTTCCTTGAAGCATTGTTTCTTCTCTAC
AACGAGTAGAGATGAGCTCTTCCTCAATCTCGTAATGGAGTATGTACCCTAGACTTTGTA
CCGGGTTTTGAAGCACTATACTAGTTCAAGCCAAAGAATGCCAATTTTCTATGTCAAACT
GTACACATACCAAATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATACTGTTCCTGGTGTCTGTCA
CAGAGATGTGAAACCACAAAATCTTCTGGTTGATCCCCTCACTCATCAGTGTAAGCTGTG
T

QA 2 662 2 662
DS 

RD RR1EL58TF 786 0 0
GGACTCTTCAGTGGTGGGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCACATGACCTCACTA
TCATTGGGGCCTCAGCCTCCGGTTACTGCTCCCCCGCCGCCGCAG***CTTCGCGACGGA
GATGCTTCTAGACGTCGCTCCGATATGGATACAGACAAGGATATGTCTGCTGCTGTTATA
GAGGGGAATGATGCTGTTACAGGCCACATCATTTCTACTACAATTGGAGGCAAAAACGGT
GAACCTAAACAGACCATTAGTTACATGGCTGAACGGGTTGTTGGACAGGGATCATTCGGA
ATTGTATTCCAGGCCAAGTGCTTGGAAACTGGGGAATCTGTAGCCATTAAGAAGGTTTTG
CAAGACCGGCGCTACAAGAATCGTGAGCTACAACTAATGCGATTAATGGACCACCCAAAT
GTGGTTTCCTTGAAGCATTGTTTCTTCTCTATAACGAGTAGAGATGAGCTCTTCCTCAAT
CTCGTAATGGAGTATGTACCCGAGACTTTGTACCGGGTTTTGAAGCACTATACTAGTTCA
AGCCAAAGAATGCCAATTTTCTATGTCAAACTCTACACATACCAAATCTTCAGAGGCTTG
GCTTATATCCATACTGTTCCTGGTGTCTGTCACAGAGATGTGAAACCACAAAATCTTCTG
GTTGATCCCCTCACTCATCAGTGTAAGCTGTGTGATTTTGGAAGTGCAAAAGTATTGGTG
AAAGTGACGCAAACATATCATACATCTGCTCTCGGTATTACCGAGCTCCAGAGCTGATCT
TTGGGG

QA 1 786 1 786
DS 



CO CL2923Contig2 915 2 2 U
AAGTTTTAAACATCATTCATTCATTCATGCCATTCTTCCATCATCGCGTTTGCCGTCTTA
CTGTCAAAAACATATACAAATAATACAACGAGAAAAGGTATCTCTCTACAAGTCAAAAGC
GAATTATAACATAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAATATATATTAGACACAATCATCATCAC
CTCCTGATTTCTCAAAAAGCTTAACTGGCCAATCATCTCTCTACTCACAAGCTGATATTT
TAGTTAAAACCCTCTGAAAATCAGAGAAGTAAAACCCTCTCTCCTCGTTTCCATCAGGCT
CTGCAAAAGCATCTCAGTTACCTTTTCTAATGGCCAGCTTGTACTGGAAAGCCTCCACTC
ATCTGTCGCCTTATGTGCTCAGGTATGAGCCTGTTTATAAGCTCTGGTGAAGCCCCAGCT
AACTCTTGTTTGAAGTTGAACAACGGTGGTAGAGGTCGGCCGTTTGGGAGACGAGCATTC
GGCTCACGGAGTTCATTGAAAAAAGGATGTGCACATGCTTCAAGCGCAGTGTAACGCAGG
CTCGGTGAGTATTGAAGAAGCCGAGATGCGAGGTCAATGGCTTCTGGAGGCATCCTCTTA
TGGAAAACCTTATGCCACGGGTGAGCTTTGATTTGGGGGAATCTGAAGTCTGTGTAGTTT
GGATTCATGCATCGGATTTCTTCTCGAGTTGGAGTACCAAGAACCTTGATTATCTCCACC
AGCTGGTCCACTGAATTTTCTCCGGGGAACAAGGGCTGGCCAAGAAGGAGCTCTGCCAAA
ACACAACCAGCAGACCATATGTCTATGGAGGATGTATACTCTGTGGCCCCAAAGATCAGC
TCTGGAGCTCGGTAATACCGAGAGCAGATGTATGATATGTTTGCTTCACCTTTCACCAAT
ACTTTTGCACTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN03JQ U 1
AF RR1BA01TF C 201
BS 1 265 RR1GN03JQ
BS 266 915 RR1BA01TF

RD RR1GN03JQ 270 0 0
AAGTTTTAAACATCATTCATTCATTCATGCCATTCTTCCATCATCGCGTTTGCCGTCTTA
CTGTCAAAAACATATACAAATAATACAACGAGAAAAGGTATCTCTCTACAAGTCAAAAGC
GAATTATAACATAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAATATATATTAGACACAATCATCATCAC
CTCCTGATTTCTCAAAAAGCTTAACTGGCCAATCATCTCTCTACTCACAAGCTGATATTT
TAGTTAAAACCCTCTGAAAATCAGA
AATAA

QA 1 265 1 265
DS 

RD RR1BA01TF 715 0 0
TTAATTGGCCAATCATCTCTCTACTCATAAGCTGATATTTTAGTTAAAACCCTCTGAAAA
TCAGAGAAGTAAAACCCTCTCTCCTCGTTTCCATCAGGCTCTGCAAAAGCATCTCAGTTA
CCTTTTCTAATGGCCAGCTTGTACTGGAAAGCCTCCACTCATCTGTCGCCTTATGTGCTC
AGGTATGAGCCTGTTTATAAGCTCTGGTGAAGCCCCAGCTAACTCTTGTTTGAAGTTGAA
CAACGGTGGTAGAGGTCGGCCGTTTGGGAGACGAGCATTCGGCTCACGGAGTTCATTGAA
AAAAGGATGTGCACATGCTTCAAGCGCAGTGTAACGCAGGCTCGGTGAGTATTGAAGAAG
CCGAGATGCGAGGTCAATGGCTTCTGGAGGCATCCTCTTATGGAAAACCTTATGCCACGG
GTGAGCTTTGATTTGGGGGAATCTGAAGTCTGTGTAGTTTGGATTCATGCATCGGATTTC
TTCTCGAGTTGGAGTACCAAGAACCTTGATTATCTCCACCAGCTGGTCCACTGAATTTTC
TCCGGGGAACAAGGGCTGGCCAAGAAGGAGCTCTGCCAAAACACAACCAGCAGACCATAT
GTCTATGGAGGATGTATACTCTGTGGCCCCAAAGATCAGCTCTGGAGCTCGGTAATACCG
AGAGCAGATGTATGATATGTTTGCTTCACCTTTCACCAATACTTTTGCACTTCCC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 4

CO CL2924Contig1 903 4 12 U
TTTTTTCTTTTTAAGACGGTAATAACATCATGGTTTAGAGAGTATCCAAGCTTGGTTTTT
AATATTATTTTCCCATGTGAGACGAGATTATTGATAAGATTTTATCATTGCTTTTGATAG
TAACCTCTCTAAATTCATCAATACCTTTGTGCGGTTTTCTCAGAAAGGGACTAAGAAGAC
ACCAAGATCCAACAAGAGCCAGAGGCGGAGCAGTTCGAGTCCTAGCAAACCCAAATGTAT
GATCTTTCTGACCATTTTACTGTGATATATTAGCTTTTCCATATGCAAAACTAGAACATT
TCATTTCATGGTATAACTAGGATCCAAATCTCTGTTACATAGTAACCCTTTGTTAGGATT
GTGAATGGTTGTTGTTGAGTCTTCAGTAGTTGTAGTTTATAAGTTTCTGCCACCATTGCC
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TTACATTTTATACTCCTCGGCTATGTCTATGTGCAGATCCTAAGAAGAGTACATGAATTA
TATACGTAAATGAAGTGAAACAATGTTGCAGATATCTTTTGGTCTATCTTATCTGTGAAG
TAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 

AF RR1GM36TF U 1
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AF RR1GM36JQ C 296
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AATATTATTTTCCCATGTGAGACGAGATTATTGATAAGATTTTATCATTGCTTTTGATAG
TAACCTCTCTAAATTCATCAATACCTTTGTGCGGTTTTCTCAGAAAGGGACTAAGAAGAC
ACCAAGATCCAACAAGAGCCAGAGGCGGAGCAGTTCGAGTCCTAGCAAACCCAAATGTAT
GATCTTTCTGACCATTTTACTGTGATATATTAGCTTTTCCATATGCAAAACTAGAACATT
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GTGAATGGTTGTTGTTGAGTCTTCAGTAGTTGTAGTTTATAAGTTTCTGCCACCATTGCC
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TCAGTTGGTTGGTTATTGGTCTGCGCTTCTGCATCTATTCACTCCATCAACATGGCATCT
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TGAAGTAT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 4

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GACCAGAGATTTGATATCTCTGGCCATTTCATCATCATCTTCTCCATCCATCCACCACCC
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CTTCTCTGGATACTCTTGACAATATCCGAAGCTTGGATCGGATACAGGAGGTTCCACACG
AAGGACCAATGTGTGATTTACTATGGTCTGATCCCGATGATCGATGTGGGTGGGGAATAT
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AACTTCCAG


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1FP54TF U 1
AF RR1B821TF U 357
AF RR1B821JQ C 357
AF RR1FP54JQ C 371
BS 1 373 RR1FP54TF
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BS 375 630 RR1FP54TF
BS 631 631 RR1B821TF
BS 632 687 RR1FP54TF
BS 688 1185 RR1B821TF
BS 1186 1205 RR1B821JQ
BS 1206 1209 RR1FP54JQ

RD RR1FP54TF 687 0 0
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GACCAGAGATTTGATATCTCTGGCCATTTCATCATCATCTTCTCCATCCATCCACCACCC
GCCGTAATAAGTTAAAAGATCGGCGGTCTTTTCGATGCCGCCGAATGGAGATCTAGACCG
TCAGATCTCCCAGCTGATGGAGTGTAAACCGTTATCAGAGGCATATGTGAAGACGCTCTG
CGATCAAGCTCGAGCCATCCTCGTCGAGGAGTGGAACGTTCAGCCCGTGAAGTGTCCTGT
CACCGTCTGCGGAGATATTCACGGACAGTTCTATGACCTAATCGAGCTCTTTCGAATCGG
TGGGAATCCTCCC*GATACCAATTACCTCTTCATGGGTGACTATGTAGACCGTGGCTACT
ATTCAGTGGAAACAGTTTCTCTACTGGTGGCACTGAAAGTGCGGTACAGGGATAGGATTA
CAATCTTGCGAGGGAATCACGAGAGTCGGCAGATTACTCAAGTCTATGGTTTTTATGACG
AATGCTTGAGGAAGTACGGAAACGCAAATGTCTGGAAGCATTTCACTGACCTTTTCGATT
ATCTTCCTCTTACTGCCCTCATTGAGAGCCTGGTTTTCTGTTTGCACGGAGGGCTTTCAC
CTTCTCTGGATACTCTTGACAATATCC

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1B821TF 829 0 0
G
CGGTGGGAATCCTCCC*GATACCAATTACCTCTTCATGGGTGA*TATGTAGACCGTGGCT
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ACGAATGCTTGAGGAAGTACGGAAATGCAAATGTCTGGAAGCATTTCACTGACCTTTTCG
ATTATCTTCCTCTTACTGCCCTCATTGAGAGCCAGGTTTTCTGTTTGCACGGAGGGCTTT
CACCTTCTCTGGATACTCTTGACAATATCCGAAGCTTGGATCGGATACAGGAGGTTCCAC
ACGAAGGACCAATGTGTGATTTACTATGGTCTGATCCCGATGATCGATGTGGGTGGGGAA
TATCTCCACGAGGTGCTGGCTATACATTTGGACAAGATATCGCTACTCAGTTTAATCACA
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GTCAGGACAAAAATGTAGTGACGGTGTTCAGTGCACCAAACTATTGCTACCGGTGTGGAA
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TTATTTGTATTTTTTTTATTTTTGCTTGTTTCCAACCATTTATAATTTTCCAAAATTCCT
GTTTATCGTGCATCACTGTAGTATCTCTTCGTTTACTTTAGTACATAG

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DS 

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G
CGGTGGGAATCCTCCCCGATACCAATTACCTCTTCATGGGTGA*TATGTAGACCGTGGCT
ACTATTCAGTGGAAACAGTTTCTCTACTGGTGGCACTGAAAGTGCGGTACAGGGATAGGA
TTACAATCTTGCGAGGGAATCACGAGAGTCGGCAGATTACTCAAGTCTATGGTTTTTATG
ACGAATGCTTGAGGAAGTACGGAAATGCAAATGTCTGGAAGCATTTCACTGACCTTTTCG
ATTATCTTCCTCTTACTGCCCTCATTGAGAGCCAGGTTTTCTGTTTGCACGGAGGGCTTT
CACCTTCTCTGGATACTCTTGACAATATCCGAAGCTTGGATCGGATACAGGAGGTTCCAC
ACGAAGGACCAATGTGTGATTTACTATGGTCTGATCCCGATGATCGATGTGGGTGGGGAA
TATCTCCACGAGGTGCTGGCTATACATTTGGACAAGATATCGCTACTCAGTTTAATCACA
ACAATGGGCTCAGTCTCATATCAAGAGCGCATCAGCTTGTCATGGAAGGTTTTAACTGGT
GTCAGGACAAAAATGTAGTGACGGTGTTCAGTGCACCAAACTATTGCTACCGGTGTGGAA
ACATGGCAGCTATTCTAGAGATAGGAGAGAACATGGACCAGAACTTCCTCCAGTTTGATC
CAGCTCCTCGTCAAGTCGAACCAGATACTACCCGCAAGACCCCTGATTATTTTTTGTGAT
TTATTTGTATTTTTTTTATTTTTGCTTGTTTCCAACCATTTATAATTTTCCAAAATTCCT
GTTTATCGTGCATCACTGTAGTATCTCTTCGTTTACTTTAGTACATAGTGGAATGAGTTC
ATCAACTT
TC

QA 2 849 2 849
DS 

RD RR1FP54JQ 839 0 0
T
CCCGATACCAAT*ACCTCTTCATGG*TGACTATGTAGACCGTGGCTACTATTCAGTGGAA
ACAGTTTCTCTACTGGTGGCACTGAAAGTGCGGTACAGGGATAGGATTACAATCTTGCGA
GGGAATCACGAGAGTCGGCAGATTACTCAAGTCTATGGTTTTTATGACGAATGCTTGAGG
AAGTACGGAAACGCAAATGTCTGGAAGCATTTCACTGACCTTTTCGATTATCTTCCTCTT
ACTGCCCTCATTGAGAGCCTGGTTTTCTGTTTGCACGGAGGGCTTTCACCTTCTCTGGAT
ACTCTTGACAATATCCGAAGCTTGGATCGGATACAGGAGGTTCCACACGAAGGACCAATG
TGTGATTTACTATGGTCTGATCCCGATGATCGATGTGGGTGGGGAATATCTCCACGAGGT
GCTGGCTATACATTTGGACAAGATATCGCTACTCAGTTTAATCACGACAATGGGCTCAGT
CTCATATCAAGAGCGCATCAGCTTGTCATGGAAGGTTTTAACTGGTGTCAGGACAAAAAT
GTAGTGACGGTGTTCAGTGCACCAAACTATTGCTACCGGTGTGGAAACATGGCAGCTATT
CTAGAGATAGGAGAGAACATGGACCAGAACTTCCTCCAGTTTGATCCAGCTCCTCGTCAA
GTCGAACCAGATACTACCCGCAAGACCCCTGATTATTTTTTGTGATTTATTTGTATTTTT
TTTATTTTTGCTTGTTTCCAACCATTTATAATTTTTCAAAATTCCTGTTTATCGTGCATC
ACTGTAGTATCTCTTCGTTTACTTTAGTACATAGTGGAATGAGTTCATCAACTTCCAG

QA 2 839 2 839
DS 



AS 2 4

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GATTATGTTCGTTTTTTCAAGATATGGTCTACAACCTCAAGCTATTTATTAGTCGAACAG
AGAAGCCGATGAGACACGTACGACATGTTTGGTTTGTTCTTTTTCAAGTGATAGGACACT
GTTGTGTTTCTTTTACAGTCTAGATGCGTACTCTTTTTCTCTTCGGAAATTTATCTATTA
CCCCCCCGTATTGGTGGGCGTGAACTTTTTTAAGTTTTTTTTTTTTTAACTTGAACTGTT
TAAGTTTCTTTTGTATCCATTAATACCTTTATGATAAATGATATTGTATCGTCGAATGAC
TATATGGAATAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AH86TF U 1
AF RR1AH86JQ C 60
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BS 485 485 RR1AH86JQ
BS 486 496 RR1AH86TF
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BS 498 607 RR1AH86TF
BS 608 614 RR1AH86JQ

RD RR1AH86TF 614 0 0
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GTTGTGTTTCTTTTACAGTCTAGATGCGTACTCTTTTTCTCTTCGGAAATTTATCTATTA
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TATATGG
AATAAAA

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DS 

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TAATGCCGGATCAGGAGAACGGTGTGTCTTTCTAGTTGGATTAGTTTTATCAGTTCTATT
TGATTATGTTCGTTTTTTCAAGATATGGTCTACAACCTCAAGCTATTTATTAGTCGAACA
GAGAAGCCGATGAGACACGTACGACATGTTTGGTTTGTTTTTTTTCAAGTGATAGGACAC
TGTTGTGTTTCTTTTACAGTCTAGATGCGTACTCTTTTTCTCTTCGGAAATTTATCTATT
ACCCCCCCGTATTGGTGGGCGTGAACTTTTTTAAGTTTTTTTTTTTTTAACTTGAACTGT
TTAAGTTTCTTTTGTATCCATTAATACCTTTATGATAAATGATATTGTATCGTCGAATGA
CTATATGGAATAAAA

QA 1 555 1 555
DS 



CO CL2926Contig2 634 2 2 U
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AAAAAGTTCACGCACACCAGTACGGCGGGGTAATAGATAAATTTCCGAAGAGAAAAAGAG
TACACATCTAGACTGTAAAAGAAACACAACAGTGTCCTATCACTTGAAAAAGAACAAACC
AAACATGTCGTACGTGTCTCATCGGCTTCTCTGTTCGACTAATAAATAGCTTGAGGTTGT
AGACCATATCTTGAAAAAACGAACATAATCAAATAGAACTGATAAAACTAATCCAACTAG
AAAGACACACCGTTCTCCTGATCCGGCACTAGACTGTCAACCTTCCAATCTGACAACTAC
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TCTTGAGGAAGAGGTGAAAAAAGCTTGAGGAAGGAAGAGGAAGTTTGGAAATCGAAATCG
GCTTCGACGGGAAGCTTGAGAGCAACGGTGAAGAAGGTGAGAATCGAGCTCTCCTGAATT
TGACGGCCAAAACAAAATGTCTGATTTTCCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GC20TF C 1
AF RR1GC20JQ U 27
BS 1 26 RR1GC20TF
BS 27 634 RR1GC20JQ

RD RR1GC20TF 634 0 0
TTCTGACACTGAAAAATAATTTTATTCCATATAGTCATTCGACGATACAATATCATTTAT
CATAAAGGTATTAATGGATACAAAAGAAACTTAAACAGTTCAAGTTAAAAAAAAAACTTA
AAAAAGTTCACGCACACCAGTACGGCGGGGTAATAGATAAATTTCCGAAGAGAAAAAGAG
TACACATCTAGACTGTAAAAGAAACACAACAGTGTCCTATCACTTGAAAAAGAACAAACC
AAACATGTCGTACGTGTCTCATCGGCTTCTCTGTTCGACTAATAAATAGCTTGAGGTTGT
AGACCATATCTTGAAAAAACGAACATAATCAAATAGAACTGATAAAACTAATCCAACTAG
AAAGACACACCGTTCTCCTGATCCGGCACTAGACTGTCAACCTTCCAATCTGACAACTAC
GAAACTCCAAAAGCCAAATCCTCTTACAGAACACTTATCACGACAGAGCAAGACCTCAGT
TCTTGAGGAAGAGGTGAAAAAAGCTTGAGGAAGGAAGAGGAAGTTTGGAAATCGAAATCG
GCTTCGACGGGAAGCTTGAGAGCAACGGTGAAGAAGGTGAGAATCGAGCTCTCCTGAATT
TGACGGCCAAAACAAAATGTCTGATTTTCCCCCC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1GC20JQ 608 0 0
CCATATAGTCATTCGACGATACAATATCATTTATCATAAAGGTATTAATGGATACAAAAG
AAACTTAAACAGTTCAAGTTAAAAAAAAAACTTAAAAAAGTTCACGCACACCAGTACGGC
GGGGTAATAGATAAATTTCCGAAGAGAAAAAGAGTACACATCTAGACTGTAAAAGAAACA
CAACAGTGTCCTATCACTTGAAAAAGAACAAACCAAACATGTCGTACGTGTCTCATCGGC
TTCTCTGTTCGACTAATAAATAGCTTGAGGTTGTAGACCATATCTTGAAAAAACGAACAT
AATCAAATAGAACTGATAAAACTAATCCAACTAGAAAGACACACCGTTCTCCTGATCCGG
CACTAGACTGTCAACCTTCCAATCTGACAACTACGAAACTCCAAAAGCCAAATCCTCTTA
CAGAACACTTATCACGACAGAGCAAGACCTCAGTTCTTGAGGAAGAGGTGAAAAAAGCTT
GAGGAAGGAAGAGGAAGTTTGGAAATCGAAATCGGCTTCGACGGGAAGCTTGAGAGCAAC
GGTGAAGAAGGTGAGAATCGAGCTCTCCTGAATTTGACGGCCAAAACAAAATGTCTGATT
TTCCCCCC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 3

CO CL2927Contig1 704 3 2 U
TTTATGTCAAAATAAAATGTAACAAAAATCAAATAAAGATTACTAATGCAGAAACAGAGT
ATCGATGACCATAACATGTAAGAAACAGAGTATTTAATGAAAGAGAGAACGAACAAACAA
ACTCTTTCTCAGTATCCATAATCATAAGCGAACTCGTTGACACCAACCATGGCCGAGACG
ACTTGGGAGACGATGTAGAAGCTTCCACCTAAGATGATCACGATGAAAACGGCGGAAATC
GGGCTCTTGAGGAGTTCAAAGATGGGCTCGAACACGGCGGAAAGAGCTCCCGTGCTGACG
GTGAGTGCGTAAAGACCGTACCTTCTCACGTTGTCCCAGAACTCTTCCATCAAAGGACCT
TCCGGTCCTAAAGCCATCGCCTTTTCTCCATCTATTCCTAATGCCAAAGCCATCATCAAA
CCTACGGAGACACCGGTCACCAGAGCTTGTCTCAGTTGCTTCTTCTCCAGCCCTAAAGGT
TGTGTCTTTTCAAGATTGGTTCTGGTGGATCTTTCCGCAGTTGATCTTCTTCTTCTTCTG
GATGCTTCGCACTGAACACGGAAAGATGTTTTGGTGCTTATGGTTGAGCTCGGAGACGCC
TTAACTGATGCTGCTAGTAATCTGCTACTGCTGAAATGGAGATGAGGTTGGAGAGAAGAT
AGTTTCATTTTGGGGAGAGACATCATCATAGTCATCATCCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM40JQ U 27
AF RR1AW33JQ U 1
AF RR1AW33TF C 19
BS 1 590 RR1AW33JQ
BS 591 704 RR1AW33TF

RD RR1DM40JQ 442 0 0
AATCAAATAAAGATTACTAATGCAGAAACAGAGTATCGATGACCATAACATGTAAGAAAC
AGAGTATTTAATGAAAGAGAGAACGAACAAACAAACTCTTTATCAGTATCCATAATCATA
AGCGAACTCGTTGACACCAACCATGGCCGAAACGACTTGGGAGACGATGTAAAAGCTTCC
ACCTAAGATGATCACGATGAAAACGGCGGAAATCGGGTTCTTGAGGAGTTCAAAGATGGG
CTCGAACACGGCGGAAAGAGCTCCCGTGCTGACGGTGAGTGCGTAAAGACCGTACCTTCT
CACGTTGTCCCAAAACTCTTCCATCAAAGGACCTTCCGGTCCTAAAGCCATCGCCTTTTC
TCCATCTATTCCTAATGCCAAAGCCATCATCAAACCTACGGAGACACCGGTCACCAGAGC
TTGTCTCAGTTGCTTCTTC
CCC

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR1AW33JQ 590 0 0
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ATCGATGACCATAACATGTAAGAAACAGAGTATTTAATGAAAGAGAGAACGAACAAACAA
ACTCTTTCTCAGTATCCATAATCATAAGCGAACTCGTTGACACCAACCATGGCCGAGACG
ACTTGGGAGACGATGTAGAAGCTTCCACCTAAGATGATCACGATGAAAACGGCGGAAATC
GGGCTCTTGAGGAGTTCAAAGATGGGCTCGAACACGGCGGAAAGAGCTCCCGTGCTGACG
GTGAGTGCGTAAAGACCGTACCTTCTCACGTTGTCCCAGAACTCTTCCATCAAAGGACCT
TCCGGTCCTAAAGCCATCGCCTTTTCTCCATCTATTCCTAATGCCAAAGCCATCATCAAA
CCTACGGAGACACCGGTCACCAGAGCTTGTCTCAGTTGCTTCTTCTCCAGCCCTAAAGGT
TGTGTCTTTTCAAGATTGGTTCTGGTGGATCTTTCCGCAGTTGATCTTCTTCTTCTTCTG
GATGCTTCGCACTGAACACGGAAAGATGTTTTGGTGCTTATGGTTGAGCT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1AW33TF 686 0 0
GTAACAAAAATCAAATAAAGATTACTAATGCAGAAACAGAGTATCGATGACCATAACATG
TAAGAAACAGAGTATTTAATGAAAGAGAGAACGAACAAACAAACTCTTTCTCAGTATCCA
TAATCATAAGCGAACTCGTTGACACCAACCATGGCCGAGACGACTTGGGAGACGATGTAG
AAGCTTCCACCTAAGATGATCACGATGAGAACGGCGGAGATCGGGCTCTTGAGGAGTTCA
AAGATGGGCTCGAACACGGCGGAGAGAGCTCCCGTGCTGACGGTGAGTGCGTAAAGACCG
TACCTTCTCACGTTGTCCCAGAACTCTTCCATCAAAGGACCTTCCGGTCCTAAAGCCATC
GCCTTTTCTCCATCTATTCCTAATGCCAAAGCCATCATCAAACCTACGGAGACACCGGTC
ACCAGAGCTTGTCTCAGTTGCTTCTTCTCCAGCCCTAAAGGTTGTGTCTTTTCAAGATTG
GTTCTGGTGGATCTTTCCGCAGTTGATCTTCTTCTTCTTCTGGATGCTTCGCACTGAACA
CGGAAAGATGTTTTGGTGCTTATGGTTGAGCTCGGAGACGCCTTAACTGATGCTGCTAGT
AATCTGCTACTGCTGAAATGGAGATGAGGTTGGAGAGAAGATAGTTTCATTTTGGGGAGA
GACATCATCATAGTCATCATCCTCCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 2 4

CO CL2928Contig1 792 2 14 U
GCGTAACAGAAAAAAATCAATAATATCTTTTATTTTATTCTGTTAGTTATTCAATTCATT
TGGATGATTTTGAGTAACAATGAAACAAAAAAAAAAACAGGGAAAAACAAAGGAAAAAAA
CAAAGCATATGGGGGGAAATTTTCAATAAAACTAAGCTTCCCAACCACGCAACTGGGTGG
CTCGAGCGACACGGCTAACTCCGAGGGTGAAAGCTCCCATACGGAGGTTGCAGGAATGAG
TATGGCACATTGTCTTGATGTCGTGAAAGGCTCGAGTCATGTACTTTTGCAGCTCCAGGT
TCACTTTCTCCTCTTCCCACATGAAACCTTGAATGTTCTGCACCCACTCAAAGTAACTCA
CCGTCACTCCTCCAGCGTTTGCGTATATATCCGGAAGTATTATCACTCCTTTCTTCGACA
GAATCTCGTCAGCATCTGGATCGGTTGGATGGTTAGCTGCATCTACTATGAACTTTGCCT
TCACATCTCCCGCATTTTCCCTGTTGAGGACACCACCAAGAGCACAAGGAATGAGAACAT
CACACTCATGGAGCAACAGTTCCTCCGAGTTCATAGCGTCCCCACCGCTGAACTCATTGA
GACTTCCAGTTGCCTCTTTGTGTCTCAGCAGAGCGTTGATGTCAATACCTTCAGGGTTTC
TGACTGCACCTGTAATGTCACTTACAGCAACCACTTTACCTCCTTTCTCATGGATCAGCT
TTGCTGCCCATGTTCCAACATTCCCAAAACCCTGAACAACAAAGGTCAATCCCTGAATGG
ATTTGCCATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F914JQ U 1
AF RR1D650JQ U 39
BS 1 109 RR1F914JQ
BS 110 110 RR1D650JQ
BS 111 122 RR1F914JQ
BS 123 123 RR1D650JQ
BS 124 149 RR1F914JQ
BS 150 150 RR1D650JQ
BS 151 388 RR1F914JQ
BS 389 390 RR1D650JQ
BS 391 460 RR1F914JQ
BS 461 461 RR1D650JQ
BS 462 500 RR1F914JQ
BS 501 501 RR1D650JQ
BS 502 626 RR1F914JQ
BS 627 792 RR1D650JQ

RD RR1F914JQ 626 0 0
GCGTAACAGAAAAAAATCAATAATATCTTTTATTTTATTCTGTTAGTTATTCAATTCATT
TGGATGATTTTGAGTAACAATGAAACAAAAAAAAAAACAGGGAAAAACAGAGGAAAAAAA
CAGAGCATATGGGGGGAAATTTTCAATAAGACTAAGCTTCCCAACCACGCAACTGGGTGG
CTCGAGCGACACGGCTAACTCCGAGGGTGAAAGCTCCCATACGGAGGTTGCAGGAATGAG
TATGGCACATTGTCTTGATGTCGTGAAAGGCTCGAGTCATGTACTTTTGCAGCTCCAGGT
TCACTTTCTCCTCTTCCCACATGAAACCTTGAATGTTCTGCACCCACTCAAAGTAACTCA
CCGTCACTCCTCCAGCGTTTGCGTATAT**CCGGAAGTATTATCACTCCTTTCTTCGACA
GAATCTCGTCAGCATCTGGATCGGTTGGATGGTTAGCTGCCTCTACTATGAACTTTGCCT
TCACATCTCCCGCATTTTCCTTGTTGAGGACACCACCAAGAGCACAAGGAATGAGAACAT
CACACTCATGGAGCAACAGTTCCTCCGAGTTCATAGCGTCCCCACCGCTGAACTCATTGA
GACTTCCAGTTGCCTCTTTGTGTCTC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1D650JQ 754 0 0
TCTGTTAGTTATTCAATTCATTTGGATGATTTTGAGTAACAATGAAACAAAAAAAAAAAC
AGGGAAAAACAAAGGAAAAAAACAAAGCATATGGGGGGAAATTTTCAATAAAACTAAGCT
TCCCAACCACGCAACTGGGTGGCTCGAGCGACACGGCTAACTCCGAGGGTGAAAGCTCCC
ATACGGAGGTTGCAGGAATGAGTATGGCACATTGTCTTGATGTTGTGAAAGGCTCGAGTC
ATGTACTTTTGCAGCTCCAGGTTCACTTTCTCCTCTTCCCACATGAAACCTTGAATGTTC
TGCACCCACTCAAAGTAACTCACCGTCACTCCTCCAGCGTTTGCGTATATATCCGGAAGT
ATTATCACTCCTTTCTTCGACAGAATCTCGTCAGCATCTGGATCGGTTGGATGGTTAGCT
GCATCTACTATGAACTTTGCCTTCACATCTCCCGCATTTTCCCTGTTGAGGACACCACCA
AGAGCACAAGGAATGAGAACATCACACTCATGGAGCAACAGTTCCTCCGAGTTCATAGCG
TCCCCACCGCTGAACTCATTGAGACTTCCAGTTGCCTCTTTGTGTCTCAGCAGAGCGTTG
ATGTCAATACCTTCAGGGTTTCTGACTGCACCTGTAATGTCACTTACAGCAACCACTTTA
CCTCCTTTCTCATGGATCAGCTTTGCTGCCCATGTTCCAACATTCCCAAAACCCTGAACA
ACAAAGGTCAATCCCTGAATGGATTTGCCATACT

QA 1 754 1 754
DS 



CO CL2928Contig2 803 2 7 U
GGCATCAACATCCTCCCTTCAAAAACTCATTCCAAAAACTTCTTCCTTTTTTAACATTTT
TTACATTTCGCGATGAATGCATTAGCCGCAACAAACCGAAACTTCCGTCACGCGTCGCGA
ATCCTCGGCCTGGACTCGAAGATCGAGAAGAGCCTCATGATCCCATTCAGAGAAATCAAG
GTCGAGTGCACGATCCCCAAAGACGACGGGACTCTCGTCTCCTACATCGGATTCAGGGTT
CAACACGACAATTCTCGCGGACCCATGAAAGGTGGAATCAGATATCACCCCGAGGTTGAT
CCTGATGAAGTGAACGCGTTAGCTCAGTTGATGACGTGGAAGACAGCTGTCGCGGACATT
CCGTACGGTGGGGCTAAAGGTGGGATCGGGTGCAGCCCTCGCGACTTGAGTTTGAGCGAG
CTCGAGCGTCTGACACGTGTCTTCACGCAGAAGATTCACGATCTCATCGGTATTCACACC
GATGTCCCTGCTCCTGACATGGGGACTAATGCTCAGACCATGGCTTGGATTCTTGATGAG
TACTCCAAGTTTCATGGTTATTCCCCTGCTGTCGTCACCGGCAAGCCCATTGATCTTGGT
AGTTCACTTGGTAGAGAAGCTGCCACAGGACGTGGTGTTGTCTATGCTATGGAAGCTCTT
CTTGCTGAGTATGGCAAATCCATTCAGGATTGGCCTTTGTTGTTCAGGTTTTGGGAATGT
TGGAACATGGGCAGCAAAGCTGATCCATGAGAAAGGAGGTAAAGTGGTTGCTGTAGTGAC
ATTACAGTGCAGTCAGAAACCCT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D650TF U 2
AF RR1F914TF U 1
BS 1 146 RR1F914TF
BS 147 147 RR1D650TF
BS 148 572 RR1F914TF
BS 573 573 RR1D650TF
BS 574 600 RR1F914TF
BS 601 601 RR1D650TF
BS 602 803 RR1F914TF

RD RR1D650TF 624 0 0
GG
ATCAACATCCTCCCTTCAAAAACTCATTCCAAAAACTTCTTCCTTTTTTAACATTTTTTA
CATTTCGCGATGAATGCATTAGCCGCAACAAACCGAAACTTCCGTCACGCGTCGCGAATC
CTCGGCCTGGACTCGAAGATCGAGAAGAGCCTCATGATCCCATTCAGAGAAATCAAGGTC
GAGTGCACGATCCCCAAAGACGACGGGACTCTCGTCTCCTACATCGGATTCAGGGTTCAA
CACGACAATTCTCGCGGACCCATGAAAGGTGGAATCAGATATCACCCCGAGGTTGATCCT
GATGAAGTGAACGCGTTAGCTCAGTTGATGACGTGGAAGACAGCTGTCGCGGACATTCCG
TACGGTGGGGCTAAAGGTGGGATCGGGTGCAGCCCTCGCGACTTGAGTTTGAGCGAGCTC
GAGCGTCTGACACGTGTCTTCACGCAGAAGATTCACGATCTCATCGGTATTCACACCGAT
GTCCCTGCTCCTGACATGGGGACTAATGCTCAGACCATGGCTTGGATTCTTGATGAGTAC
TCCAAGTTTCATGGTTATTCCCCTGCTGTCGTCACCGGCAAGCCCATTGATCTTGGTAGT
TCACTTGGTAGAGAAGCTGCCA

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR1F914TF 803 0 0
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TTACATTTCGCGATGAATGCATTAGCCGCAACAAACCGAAACTTCCGTCACGCGTCGCGA
ATCCTCGGCCTGGACTCGAAGATCGA*AAGAGCCTCATGATCCCATTCAGAGAAATCAAG
GTCGAGTGCACGATCCCCAAAGACGACGGGACTCTCGTCTCCTACATCGGATTCAGGGTT
CAACACGACAATTCTCGCGGACCCATGAAAGGTGGAATCAGATATCACCCCGAGGTTGAT
CCTGATGAAGTGAACGCGTTAGCTCAGTTGATGACGTGGAAGACAGCTGTCGCGGACATT
CCGTACGGTGGGGCTAAAGGTGGGATCGGGTGCAGCCCTCGCGACTTGAGTTTGAGCGAG
CTCGAGCGTCTGACACGTGTCTTCACGCAGAAGATTCACGATCTCATCGGTATTCACACC
GATGTCCCTGCTCCTGACATGGGGACTAATGCTCAGACCATGGCTTGGATTCTTGATGAG
TACTCCAAGTTTCATGGTTATTCCCCTGCTGTTGTCACCGGCAAGCCCATTGATCTTGGT
GGTTCACTTGGTAGAGAAGCTGCCACAGGACGTGGTGTTGTCTATGCTATGGAAGCTCTT
CTTGCTGAGTATGGCAAATCCATTCAGGATTGGCCTTTGTTGTTCAGGTTTTGGGAATGT
TGGAACATGGGCAGCAAAGCTGATCCATGAGAAAGGAGGTAAAGTGGTTGCTGTAGTGAC
ATTACAGTGCAGTCAGAAACCCT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 4

CO CL2929Contig1 609 4 4 U
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GAGGTGATCAAGTTTCTTCTGCTAAGATCAAGTTTCTCACCTCACAATGGCTCGCTCTCT
CTCTACCGCTAAGACCCTCTCCGTCATCGTCACCGGAGAGTTCTCCAACGCCATCTTCAG
ACGAGGGTTCGCCGTCGCAGCTGACACGGCGTTGCATGGGAGCGTTACGAGCGGTGGAAC
AACCGCTTCTGCCTCGGTGATGAAGAAGAATGTTGGGGAAGAGTCAAGCGAGAAGGCTCC
ATGGATCCCTGACCCTAAAACCGGTTACTACAGACCCGCTACCGTTTCTCAGGAGATTGA
TCCGGCGGAGCTACGAGCTGTTCTCTTGAACAACAAGCAATAATTACTTTCCGAAAAATA
AGATAATTATGTTGATGTTGTTTTAGTAACATGTTTTATGGGGCCATGGGGGAGATAATC
AGAAAAACGGGTCATTATCCTTTGCGGTGAACCCACCATCTTATTCTGTTGAGACTTTTG
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TTACTATGC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EH65JQ C 1
AF RR1EH65TF U 1
AF RR1B989JQ C 1
AF RR1B989TF U 1
BS 1 167 RR1EH65TF
BS 168 168 RR1B989TF
BS 169 583 RR1EH65TF
BS 584 609 RR1B989TF

RD RR1EH65JQ 557 0 0
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CTCTACCGCTAAGACCCTCTCCGTCATCGTCACCGGAGAGTTCTCCAGCGCCATCTTCAG
ACGAGGGTTCGCCGTCGCAGCTGACACGGCGTTGCATGGGAGCGTTACGAGCGGTGGAAC
AACCGCTTCTGCCTCGGTGATGAAGAAGAATGTTGGGGAAGAGTCAAGCGAGAAGGCTCC
ATGGATCCCTGACCCTAAAACCGGTTACTACAGACCCGCTACCGTTTCTCAGGAGATTGA
TCCGGCGGAGCTACGAGCTGTTCTCTTGAACAACAAGCAATAATTACTTTCCGAAAAATA
AGATAATTATGTTGATGTTGTTTTAGTAACATGTTTTATGGGGCCATGGGGGAGATAATC
AGAAAAACGGGTCATTATCCTTTGCGGTGAACCCCCCATCTTATTCTGTTGAGACTTTTG
TAGTGATCGTTTA
AATC

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1EH65TF 583 0 0
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CTCTACCGCTAAGACCCTCTCCGTCATCGTCACCGGAGAGTTCTCCAGCGCCATCTTCAG
ACGAGGGTTCGCCGTCGCAGCTGACACGGCGTTGCATGGGAGCGTTACGAGCGGTGGAAC
AACCGCTTCTGCCTCGGTGATGAAGAAGAATGTTGGGGAAGAGTCAAGCGAGAAGGCTCC
ATGGATCCCTGACCCTAAAACCGGTTACTACAGACCCGCTACCGTTTCTCAGGAGATTGA
TCCGGCGGAGCTACGAGCTGTTCTCTTGAACAACAAGCAATAATTACTTTCCGAAAAATA
AGATAATTATGTTGATGTTGTTTTAGTAACATGTTTTATGGGGCCATGGGGGAGATAATC
AGAAAAACGGGTCATTATCCTTTGCGGTGAACCCACCATCTTATTCTGTTGAGACTTTTG
TAGTGATCGTTTAGATCCATCCTAATAAGTTATAAAGCGTTCC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1B989JQ 609 0 0
GGATCCCACAAAGCAATTTGCAACTCAACCAAAGAGAAAGAGAGAGAGAAGAGAAAGAGA
GAGGTGATCAAGTTTCTTCTGCTAAGATCAAGTTTCTCACCTCACAATGGCTCGCTCTCT
CTCTACCGCTAAGACCCTCTCCGTCATCGTCACCGGAGAGTTCTCCAACGCCATCTTCAG
ACGAGGGTTCGCCGTCGCAGCTGACACGGCGTTGCATGGGAGCGTTACGAGCGGTGGAAC
AACCGCTTCTGCCTCGGTGATGAAGAAGAATGTTGGGGAAGAGTCAAGCGAGAAGGCTCC
ATGGATCCCTGACCCTAAAACCGGTTACTACAGACCCGCTACCGTTTCTCAGGAGATTGA
TCCGGCGGAGCTACGAGCTGTTCTCTTGAACAACAAGCAATAATTACTTTCCGAAAAATA
AGATAATTATGTTTATGTTGTTTTAGTAACATGTTTTATGGGGCCATGGGGGAGATAATC
AGAAAAACGGGTCATTATCCTTTGCGGTGAACCCACCATCTTATTCTGTTGAGACTTTTG
TAGTGATCGTTTAGATCCATCCTAATAAGTTATAAAGCGTTCCATATATGAAGTTGTTTT
TTACTATGC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1B989TF 609 0 0
GGATCCCACAAAGCAATTTGCAACTCAACCAAAGAGAAAGAGAGAGAGAAGAGAAAGAGA
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CTCTACCGCTAAGACCCTCTCCGTCATCGTCACCGGAGAGTTCTCCAACGCCATCTTCAG
ACGAGGGTTCGCCGTCGCAGCTGACACGGCGTTGCATGGGAGCGTTACGAGCGGTGGAAC
AACCGCTTCTGCCTCGGTGATGAAGAAGAATGTTGGGGAAGAGTCAAGCGAGAAGGCTCC
ATGGATCCCTGACCCTAAAACCGGTTACTACAGACCCGCTACCGTTTCTCAGGAGATTGA
TCCGGCGGAGCTACGAGCTGTTCTCTTGAACAACAAGCAATAATTACTTTCCGAAAAATA
AGATAATTATGTTTATGTTGTTTTAGTAACATGTTTTATGGGGCCATGGGGGAGATAATC
AGAAAAACGGGTCATTATCCTTTGCGGTGAACCCACCATCTTATTCTGTTGAGACTTTTG
TAGTGATCGTTTAGATCCATCCTAATAAGTTATAAAGCGTTCCATATATGAAGTTGTTTT
TTACTATGC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 3

CO CL2930Contig1 827 3 2 U
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ATTATCAGGAAAATGCAAAGACTGATTTGACAATTACCAGTCGGGTATGGGAGTCATTAG
CACTAATACAAGTTGATTAGTTATAAATGATAAAAAGGAAGAATTTTATATGATACTTGT
TATTTACTCTTCCGTTTCCACTGAATCTCCAGCTGAGGTGTCATCTTTAGGATGATTCTC
AATGCAGTTAAGTAAGTACTTGAAAGTCTCGACCTCGCAGGGTATGGTTAAGGCGCCGCT
ATGATCAAATCCGTATTCTTCCTCAGCTTTCTCGAGCAAAACCTTGAACAGGGAGTGGCT
TAAAAAGTTTGTAGGAATTATAAATCTCCGGAGCTCGGGTCCTACATAAACCGCCAAATA
CCCTTGGGGGACATCAAACGGTGGCTCAGGACTTTGGCTAGTTTCCTCATCCGAATCACA
TGTCTTCATATCCAATAGCCTCTGGTTGATAACCGGTGAAATGATGGCTGTGTGCTTTCT
TGCTCCCAACTCGGTATCATCTGACTTTGAACCTATTGTGACAGATTGCCATTTCTGCAG
AATCTCCTTTAGCCTGACAATCTGCTTGATCCCGGTTAACCTTCCTGCGTTGTTTTCATC
CATTTTTCTCCTTGTTAAGGATATATAAGATCTTCCCAGGAAAGCAGAAGAGGAAATGGA
AATGAAGCACTCTTAGACACAAAGAGGAAACGCCATACAAACGGATTTAGCAGCTCTGGA
AGATTTTATTCTTTTTCGATGACTTTTTGTTTTGTTTTAGATGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ92JQ U 308
AF RR1GL31JQ U 1
AF RR1GL31TF C 39
BS 1 785 RR1GL31JQ
BS 786 827 RR1GL31TF

RD RR1DJ92JQ 123 0 0
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TTTGTAGGAATTATAAATCTCCGGAACTCGGGTCCTACATAAACCGCCAAATACCCTTGG
GGG

QA 1 123 1 123
DS 

RD RR1GL31JQ 785 0 0
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TATTTACTCTTCCGTTTCCACTGAATCTCCAGCTGAGGTGTCATCTTTAGGATGATTCTC
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ATGATCAAATCCGTATTCTTCCTCAGCTTTCTCGAGCAAAACCTTGAACAGGGAGTGGCT
TAAAAAGTTTGTAGGAATTATAAATCTCCGGAGCTCGGGTCCTACATAAACCGCCAAATA
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TGCTCCCAACTCGGTATCATCTGACTTTGAACCTATTGTGACAGATTGCCATTTCTGCAG
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CATTTTTCTCCTTGTTAAGGATATATAAGATCTTCCCAGGAAAGCAGAAGAGGAAATGGA
AATGAAGCACTCTTAGACACAAAGAGGAAACGCCATACAAACGGATTTAGCAGCTCTGGA
AGATT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1GL31TF 789 0 0
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AGTCGGGTATGGGAGTCATTAGCACTAATACAAGTTGATTAGTTATAAATGATAAAAAGG
AAGAATTTTATATGATACTTGTTATTTACTCTTCCGTTTCCACTGAATCTCCAGCTGAGG
TGTCATCTTTAGGATGATTCTCAATGCAGTTAAGTAAGTACTTGAAAGTCTCGACCTCGC
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TAGTTTCCTCATCCGAATCACATGTCTTCATATCCAATAGCCTCTGGTTGATAACCGGTG
AAATGATGGCTGTGTGCTTTCTTGCTCCCAACTCGGTATCATCTGACTTTGAACCTATTG
TGACAGATTGCCATTTCTGCAGAATCTCCTTTAGCCTGACAATCTGCTTGATCCCGGTTA
ACCTTCCTGCGTTGTTTTCATCCATTTTTCTCCTTGTTAAGGATATATAAGATCTTCCCA
GGAAAGCAGAAGAGGAAATGGAAATGAAGCACTCTTAGACACAAAGAGGAAACGCCATAC
AAACGGATTTAGCAGCTCTGGAAGATTTTATTCTTTTTCGATGACTTTTTGTTTTGTTTT
AGATGATCC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 4

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AAGATATTTTTTTTTATTAGATCTTAAAATTTATTTCCACAACCTTACATCCGATCCATC
TAAAAGATTATGATGAATCAAAAAAAAAAAACACGAAACATAGTTCAACCAGAAAGCTAT
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ATCTAGCACTCAACTTCCACAAACAACCTTTTAGGTGAATCCCCACAGTCCAAAGCAGAT
CCAAACTTGTGGGAAGACACATTCATAGTGCAGTTTAGCTTTCCAACACACTCTTTAGCC
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AACTTCACCATTGAGGGGTCACCACCCATCTCTTCGAATAGTGTGATAGTGTTGTGTCCC
TTATCATTCAAGAAGGCTCGTGGAACATGGTACCATCTTTGAGTTGGTTTGCCGCACATA
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TCACTAGAGTTAAAGCTTGGCCAGTAACGTCCGATGCTCCGACCGTTGATCCAAACCTCT
CCTTTTCCGAGGCTATTCAAGTCAACAATCACTGGATCTTTACCAAGAGGAGCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BA24JQ U 174
AF RR1GC62TF C 7
AF RR1H951JQ U 1
AF RR1BA24TF C 108
BS 1 135 RR1H951JQ
BS 136 136 RR1GC62TF
BS 137 170 RR1H951JQ
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BS 172 247 RR1H951JQ
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BS 279 279 RR1BA24JQ
BS 280 730 RR1H951JQ
BS 731 776 RR1BA24TF

RD RR1BA24JQ 334 0 0
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AGCAAATCCAAACTTGGGGGAAGACACATTCATAGTGCAGTTTAGCTTTCCAACACACTC
TTTAGCCACGATCTTCACAGCATCATTGGCTCCTTCCCATGTACCAGCCGCGAATGACCC
ACAAAGGCCAAACGGATTTCCGAAACTTGCGAATTTGACGGCTGAAATTGGCCGGTTATT
GCAAGACAACTCCACTTTGTTGTGCTCATGAACCTTGGCACAAACTCTTCCGGTAACAAC
CGTCTTGAACTTCACCATTGAGGGGTCACCACCC

QA 1 334 1 334
DS 

RD RR1GC62TF 588 0 0
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ATTATGATGAATCAAAAAAAAAAAAC**GAAACATAGTTCAACCAGAAAGCTATCTAAAT
TATTTAAGAGAATTATTGCAATCACTAGCTAGATAGCCTAGAGACACAGATCTAATCTAG
CACTCAACTTCCACAAACAACCTTTTAGGTGAATCCCCACAGTCCAAAGCAGATCCAAAC
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TTCACAGCATCATTGGCTCCTTCGCATGTACCAGCAGCGAATGACCCACAAAGGCCAGAC
GGATTTCCGAAACTTGCGAATTTGACGGCTGAAATTGGCCGGTTATTGCAAGACAACTCC
ACTTTGTTGTGCTCATGAACCTTGGCACAAACTCTTCCGGTAACAACCGTCTTGAACTTC
ACCATTGAGGGGTCACCACCCATCTCTTCGAATAGTGTGATAGTGTTGTGTCCCTTATCA
TTCAAGAAGGCTCGTGGAACATGGTACCATCTTTGAGTTGGTTTGCC
C

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1H951JQ 730 0 0
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TAAAAGATTATGATGAATCAAAAAAAAAAAACACGAAACATAGTTCAACCAGAAAGCTAT
CTAAATTATTTAAGAAAATTATTGCAATCACTAGCTAGATAGCCTAGAGAAACAGATCTA
ATCTAGCACTCAACTTCCACAAACAACCTTTTAGGTGAATCCCCACAGTCCAAAGCAGAT
CCAAACTCGTGGGAAGACACATTCATAGTGCAGTTTAGTTTTCCAACACACTCTTTAGCC
ACGATCTTCACAGCATCATTGGCTCCTTCGCATGTACCAGCAGCGAATGACCCACAAAGG
CCAGACGGATTTCCGAAACTTGCGAATTTGACGGCTGAAATTGGCCGGTTATTGCAAGAC
AACTCCACTTTGTTGTGCTCATGAACCTTGGCACAAACTCTTCCGGTAACAACCGTCTTG
AACTTCACCATTGAGGGGTCACCACCCATCTCTTCGAATAGTGTGATAGTGTTGTGTCCC
TTATCATTCAAGAAGGCTCGTGGAACATGGTACCATCTTTGAGTTGGTTTGCCGCACATA
AAAACACATTTGTCACTACCATACTCCCCACGGTAGTCACATTCGTTGGTGCAACCATCA
TCACTAGAGTTAAAGCTTGGCCAGTAACGTCCGATGCTCCGACCGTTGATCCAAACCTCT
CCTTTTCCGA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1BA24TF 669 0 0
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ACACTCTTTAGCCACGATCTTCACAGCATCATTGGCTCCTTCGCATGTACCAGCCGCGAA
TGACCCACAAAGGCCAGACGGATTTCCGAAACTTGCGAATTTGACGGCTGAAATTGGCCG
GTTATTGCAAGACAACTCCACTTTGTTGTGCTCATGAACCTTGGCACAAACTCTTCCGGT
AACAACCGTCTTGAACTTCACCATTGAGGGGTCACCACCCATCTCTTCGAATAGTGTGAT
AGTGTTGTGTCCCTTATTATTCAAGAAGGCTCGTGGAACATGGTACCATCTTTGAGTTGG
TTTGCCGCACATAAAAACACATTTGTCACTACCATACTCCCCACGGTAGTCACATTCGTT
GGTGCAACCATCATCACTAGAGTTAAAGCTTGGCCAGTAACGTCCGATGCTCCGACCGTT
GATCCAAACCTCTCCTTTTCCGAGGCTATTCAAGTCAACAATCACTGGATCTTTACCAAG
AGGAGCCTC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 4

CO CL2932Contig1 845 4 12 U
ATAGTAAAGAGAGATCTAGATTTCATACAAAATATTAGCATTACAGATGCAGGTATCATT
GATCTTTATTTAATAGATTGTTCAAACAGTTCTACGGAAAATATAGTTAACAACTCCAGA
CCAAAAACTATGATAATTAATCTCTTATGCCGATTTGATACGCACTGCAACTTTCTTCAT
ATGCTCAATTTGTTTCTCTCTATGAGGAATGCATTCAGTCACGATCTCAAAGTCTTGAAG
ATTCTTGATCCATCTGTTAAGTTCAGGAAATTTTTCCTCTGGAATCATATCAATTCCCAT
ACCTTCCCAACCCCGAGCCAAACAAAA*CGGAATCATGCTTCCAGCGACCATGTCCAAAA
ATCCAATTGTCTTGCCACCGAATAAATATTTTCCGGTGACTTCCTTCTCAAGAAACGTAA
GGAGTTCTCGAGCCTCCTCAA*TTGCAACCTCTACTCCCTTCTCTGCTTTCACCAGAGTG
CTGAACCTTATTGTGACCTGTTCATCAACAACC*TTGGCCCAGAATAAAGCCATAGCTTT
TTCGTAAGGATCTCGAGGAAGAATTGGATTGTTTGTCCAAGTTTGGTCGATGTATTCGAG
GATCAGCTGTGACTCGAGCAATATTTTACCTTTGTGGACAAGAACCGGAACCTTCTTGTA
AACCGGATTTAGCTCAAGAAGCAAAGGGCTCTTGTTCATCAAGTCTTGCTCCAAGTACTC
ATAAGGCACGCCTTTAAGTTTGAGAGCCATTTCGACTCTGCGACTGAAAGGGCTCGCCCA
AAAGCCTAGAAGCTTCACATCCTCTTCTCTCTCCGCCATTGGATCTCACTTGCTTCCTTA
TTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 

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DS 



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TT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1CD33TF U 1
AF RR1EO71TF U 18
AF RR1CD33JQ C 604
BS 1 88 RR1CD33TF
BS 89 89 RR1EO71TF
BS 90 153 RR1CD33TF
BS 154 154 RR1EO71TF
BS 155 505 RR1CD33TF
BS 506 506 RR1EO71TF
BS 507 672 RR1CD33TF
BS 673 735 RR1EO71TF
BS 736 736 RR1CD33JQ
BS 737 773 RR1EO71TF
BS 774 1322 RR1CD33JQ

RD RR1CD33TF 675 0 0
CTGAAATCTAAAAAACAAAAAGAAATCGACGACCGATCACGAGGATCTTCCCCTCTCCCT
CTTCATCTTCTCCGCTTCAACCCCTAGATACTGAGCTCTGATCGATCCACTTCTACACAA
ACGAAACTCCTCTTTTATTTCATCAATAAATTTTGTCTTTATGTTTTCGTTTCATCTCCC
TATATTCCTTTCCTTTATACACTGATCCTCTTATCTTTGTACAAACACAAATCCTAGAAA
TTGCTCAAATCTCAACCATGGCGACGAAACCGAATGGGAAGTCCCCTGTCTCATCCGCCT
CTTATGAAAAAGTGATGTTCTTCAGAGATATCTCTCTGGGTTCCCACCAAATTAGCTAAT
GCTCAAAATTTATTATCTTATTTCTCTTCTTGGACTCCATCTTTGAGCTTGCTTGATTGA
TCATGATAAACTATTGTTTCGTTAATTTGTTTTTGCATTGTATCTGAGGGGCAGAGAGTA
TGTGAGAGCAATAGATAGTGAGAGA*GGAGAGAATGAATGGTGGTGATGAGATCAGAGCT
TTGTCGTTTTAGATCGGAGATTCTCTCAGGTTTGAAGGCAGTTCAGGCGAAGAAGTTCAA
GAAGGCATCTTCTCATCGATTCACTTTCCTGTATTTT*CTCTCCACCTCTGTTTGCTTCC
TTTTCAATTTTT
ATT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1EO71TF 756 0 0
G
AAAGAAATCGACGACCGATCACGAGGATCTTCCCCTCTCCCTCTTCATCTTCTCCGCTTC
AACCCCTAGAGACTGAGCTCTGATCGATCCACTTCTACACAAACGAAACTCCTCTTTTAT
TTCATCAATAAATTTCGTCTTTATGTTTTCGTTTCATCTCCCTATATTCCTTTCCTTTAT
ATACTGATCCTCTTATCTTTGTACAAACACAAATCCTAGAACTTGCTCAAATCTCAACCA
TGGCGACGAAGCCGAATGGGAAGTCCCCTGTCTCATCCGCCTCTTATGAAAAAGTGATGT
TCTTCAGAGATATCTCTCTGGGTTCCCACCAAATTAGCTAATGCTCAAATTTTATTATCT
TATTTCTCTTCTTGGACTCCATCTTTGAGCTTGCTTGATTGATCATGATAAACTATTGTT
TCGTTAATTTGTTTTTGCATTGTATCTGAGGGGCAGAG**TATGTGAGAGCAATAGATAG
TGAGAGAAGGAGAGAATGAATGGTGGTGATGAGATCAGAGCTTTGTCGTTTTAGATCGGA
GATTCTCTCAGGTTTGAAGGCAGTTCAGGCGAAGAAGTTCAAGAAGGCATCTTCTCATCG
ATTCACTTTCCTGTATTTTTCTCTCCATCTCTGTTTGCTTCCTTTTCAATTTTTTTATTT
ATTTTATTTTAGTGGTTTTTGTTTGCAAATATATGCTCTGTGATTACAATTTAAAAA*TT
TGCTCAGACATATGTGTGTGTTTATTGTAATTATC

QA 2 756 2 756
DS 

RD RR1CD33JQ 719 0 0
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TCAATTTTTT*ATTTATTTTATTTTAGTGGTTTTTGTTTGCAAATATATGCTCTGTGATT
ACAATTTAAAAAATTTGCTCAGACATATGTGTGTGTTTATTGTAATTATCAACATGCTGT
ACTGCTTACAATCAAGGGACTGGACGAGGAACGTCTGTGTTAGAATTGGTTGCTGCTTTT
AAAAAAGCTTCTGGCAAGGTAAACATAGCGCTGAGTGAAATTAAAATATCTCTTGAATGT
TTCTGTGGTATAAAGTTGGTTGAAACAAATAACATATTTTGCAGAAAATACCTATCAAGC
TTTGTCCGAGAAGGCCAGGAGATGCAACTGCAGTTTATGCTTCAACATAGAGAACTGAGA
AAGAACTTGGCTGGAAGTAAGTTAAACTCTTTCACTATTGACACAGGTTGTGTTCATCAG
TTCACATATAGATTTTAATTTTGTTCATGATACAGGTTGTGTTCTCAATGAACGTATACA
GATGAAAAAATGTAGATCAGTAACTATTTTAAAATCTCAGAAGAGTTTGGAGCATCCTAG
GATGAGAAGAGAAGCAACACCAAGATACAGATAGAAATTTGATCGTTGTGCTAAAAGATG
CTTACATTTCTTTGTTTCCTTTTGCTTCGTTTGTTTTCCATGTTATCTTCATTCTATTT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 4

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CTGTTTGGCTTTCTTAGGAAAAGAAAAGAAAAAAAAGAAGCACAACACACCATTTCGATC
TATAGTTGTCAACACACAAAATACAAAATATACTTACTTCTGCCTTCTGAACCTGTAGTT
ATCCTCGAGATCCAAACTCTGATCTCTATCTCCAGTTTAGTCTTCTTCCTCGTCCTCGTC
ATCTTCATCATCGTCATCTTCATCATCATCATCTTCGTCATCCTCACCTGCCTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
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AF RR1FT33JQ U 1
AF RR1FT33TF C 20
AF RR1BJ20JQ U 22
AF RR1BJ20TF C 22
BS 1 57 RR1FT33JQ
BS 58 58 RR1BJ20JQ
BS 59 87 RR1FT33JQ
BS 88 88 RR1BJ20JQ
BS 89 96 RR1FT33JQ
BS 97 97 RR1BJ20JQ
BS 98 226 RR1FT33JQ
BS 227 298 RR1BJ20JQ

RD RR1FT33JQ 226 0 0
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CTGTTTGGCTTTCTTAGGAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAGCACAACACACCATTTCGATC
TATAGTTGTCAACACACAAAATACAAAATATACTTACTTCTGCCTTCTGAACCTGTAGTT
ATCCTCGAGATCCAAACTCTGATCTCTATCTCCAGTTTAGTCTTCT

QA 1 226 1 226
DS 

RD RR1FT33TF 207 0 0
TG
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AGAAAAGAAAAAAAAGAAGCACAACACACCATTTCGATCTATAGTTGTCAACACACAAAA
TACAAAATATACTTACTTCTGCCTTCTGAACCTGTAGTTATCCTCGAGATCCAAACTCTG
ATCTCTATCTCCAGTTTAGTCTTCT

QA 3 207 3 207
DS 

RD RR1BJ20JQ 277 0 0
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AGAAAAGAAAAAAAAGAAGCACAACACACCATTTCGATCTATAGTTGTCAACACACAAAA
TACAAAATATACTTACTTCTGCCTTCTGAACCTGTAGTTATCCTCGAGATCCAAACTCTG
ATCTCTATCTCCAGTTTAGTCTTCTTCCTCGTCCTCGTCATCTTCATCATCGTCATCTTC
ATCATCATCATCTTCGTCATCCTCACCTGCCTTTCCC

QA 1 277 1 277
DS 

RD RR1BJ20TF 277 0 0
GATAGAAAGCTGAAATAAACTTACATGAACCGCTAAGAACTGTTTGGCTTTCTTAGGAAA
AGAAAAGAAAAAAAAGAAGCACAACACACCATTTCGATCTATAGTTGTCAACACACAAAA
TACAAAATATACTTACTTCTGCCTTCTGAACCTGTAGTTATCCTCGAGATCCAAACTCTG
ATCTCTATCTCCAGTTTAGTCTTCTTCCTCGTCCTCGTCATCTTCATCATCGTCATCTTC
ATCATCATCATCTTCGTCATCCTCACCTGCCTTTCCC

QA 1 277 1 277
DS 



AS 1 4

CO CL2935Contig1 1132 4 14 U
GGAAGGAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGGGTTTTTCTTCGTTCTTCTTCTTCTTATTTC
TTTTTGGGGGTTAAGAAGCAAAATGGCGACGAACATCGGAATCATGGACAGTGCTTACTT
TGTCGGAAGAAACGAGATTCTGACTTGGATCAACGACCGCCTTCATCTCAGTCTCTCTCG
CGTGGAAGAGGCTGCATCTGGTGCTGTTCAGTGTCAGATGCTTGATGTGACCTTTCCTGG
AGTTGTGCCAATGCACAAGGTTAATTTTGATGCAAAGAACGAATATGATATGGTACAAAA
CTACAAGGTCCTGCAAGATGTGTTCAATAAGCTGAAAATTACAAAGCCATTGGAAATTAA
CAGGCTAGTCAAAGGCCGACCCCTGGATAACTTGGAGTTTCTACAGTGGCTGAAACGTTT
CTGTGATTCCATTAATGGTGGCATTATGAATGAGAACTATAATCCAGTGGAAAGAAGATC
AAAAGGTGGTAAAGAGAGGAGTGTAAAGGGATCTAATAAGATGCCCAACAATAATCATCA
TCCTCCACCCAATCCAGGGCAGCCCAAGCTAGCAAAATCAGCTCAAGTGCAGGTTTTGTC
GAAGGAGCTT*GCAGATCTCAAGATCTCTTTT*GACCTCTT*GGAAAGAGAAAGAGACTT
TTACTTCACCAAGCTCCGGG*ATGTAGAGTTACTTTGCCAAACTCCTGAAGTAGAGGATC
TTCCGATAGTGGTAGCAGTGAAGAAGATACTGTATGCAACAGATGCAAATGAATCTGCAC
TAGAAGACGCTCAGGAGTACTTAGACCAATCCTTAGGTGTGGAAGCTGAAGATGAAGGTA
ACGGAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAAAGACACAATCCTAAGCTCTGACTATTTATAGTC
CTAAGTTAGAAGACATTTCCGGATCAGTTTTTTTTTTCTTCTATAGTGTTGAACAATGGC
TGGACATGGCCTTCTCTTCAAAATTTTCCTTTGTTAAAGGGACTTGGTGAAACTTGAAGA
TGAATGAGCATTTCTATTAGAGAGCTTTAGCTTGATAAACAACTGAAACTTAGTTTTTGT
TACGGTTGCAAAACCAAAACTCTAGAACTACCAGGTCCAGTGCTCATTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AR55TF U 1
AF RR1AR55JQ C 170
AF RR1AL87JQ C 553
AF RR1AL87TF U 553
BS 1 610 RR1AR55TF
BS 611 611 RR1AL87TF
BS 612 632 RR1AR55TF
BS 633 633 RR1AL87TF
BS 634 641 RR1AR55TF
BS 642 642 RR1AL87TF
BS 643 680 RR1AR55TF
BS 681 681 RR1AL87TF
BS 682 784 RR1AR55TF
BS 785 785 RR1AL87TF
BS 786 794 RR1AR55TF
BS 795 795 RR1AL87TF
BS 796 804 RR1AR55TF
BS 805 1132 RR1AL87TF

RD RR1AR55TF 804 0 0
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TTTTTGGGGGTTAAGAAGCAAAATGGCGACGAACATCGGAATCATGGACAGTGCTTACTT
TGTCGGAAGAAACGAGATTCTGACTTGGATCAACGACCGCCTTCATCTCAGTCTCTCTCG
CGTGGAAGAGGCTGCATCTGGTGCTGTTCAGTGTCAGATGCTTGATGTGACCTTTCCTGG
AGTTGTGCCAATGCACAAGGTTAATTTTGATGCAAAGAACGAATATGATATGGTACAAAA
CTACAAGGTCCTGCAAGATGTGTTCAATAAGCTGAAAATTACAAAGCCATTGGAAATTAA
CAGGCTAGTCAAAGGCCGACCCCTGGATAACTTGGAGTTTCTACAGTGGCTGAAACGTTT
CTGTGATTCCATTAATGGTGGCATTATGAATGAGAACTATAATCCAGTGGAAAGAAGATC
AAAAGGTGGTAAAGAGAGGAGTGTAAAGGGATCTAATAAGATGCCCAACAATAATCATCA
TCCTCCACCCAATCCAGGGCAGCCCAAGCTAGCAAAATCAGCTCAAGTGCAGGTTTTGTC
GAAGGAGCTTTGCAGATCTCAAGATCTCTTTTTGACCTCTTTGGAAAGAGAAAGAGACTT
TTACTTCACCAAGCTCCGGGGATGTAGAGTTACTTTGCCAAACTCCTGAAGTAGAGGATC
TTCCGATAGTGGTAGCAGTGAAGAAGATACTGTATGCAACAGATGCAAATGAATCTGCAC
TAGA*GACGCTCAG*AGTACTTAG

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1AR55JQ 908 0 0
AGTCTCTCTCGCGTGGAAGAGGCTGCATCTGGTGCTGTTCAGTGTCAGATGCTTGATGTG
ACCTTTCCTGGAGTTGTGCCAATGCACAAGGTTAATTTTGATGCAAAGAACGAATATGAT
ATGGTACAAAACTACAAGGTCCTGCAAGATGTGTTCAATAAGCTGAAAATTACAAAGCCA
TTGGAAATTAACAGGCTAGTCAAAGGCCGACCCCTGGATAACTTGGAGTTTCTACAGTGG
CTGAAACGTTTCTGTGATTCCATTAATGGTGGCATTATGAATGAGAACTATAATCCAGTG
GAAAGAAGATCAAAAGGTGGTAAAGAGAGGAGTGTAAAGGGATCTAATAAGATGCCCAAC
AATAATCATCATCCTCCACCCAATCCAGGGCAGCCCAAGCTAGCAAAATCAGCTCAAGTG
CAGGTTTTGTCGAAGGAGCTT*GCAGATCTCAAGATCTCTTTT*GACCTCTT*GGAAAGA
GAAAGAGACTTTTACTTCACCAAGCTCCGGG*ATGTAGAGTTACTTTGCCAAACTCCTGA
AGTAGAGGATCTTCCGATAGTGGTAGCAGTGAAGAAGATACTGTATGCAACAGATGCAAA
TGAATCTGCACTAGAAGACGCTCAGGAGTACTTAGACCAATCCTTAGGTGTGGAAGCTGA
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TATTTATAGTCCTAAGTTAGAAGACATTTCCGGATCAGTTTTTTTTTTCTTCTATAGTGT
TGAACAATGGCTGGACATGGCCTTCTCTTCAAAATTTTCCTTTGTTAAAGGGACTTGGTG
AAACTTGAAGATGAATGAGCTTTTCTATTAGAGAGCTTTAGCTTGATAAACAACTGAAAC
TTAGTTTT

QA 1 908 1 908
DS 

RD RR1AL87JQ 580 0 0
GG
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QA 3 580 3 580
DS 

RD RR1AL87TF 580 0 0
GG
CAGGGCAGCCCAAGCTAGCAAAATCAGCTCAAGTGCAGGTTTTGTCGAAGGAGCTT*GCA
GATCTCAAGATCTCTTTT*GACCTCTT*GGAAAGAGAAAGAGACTTTTACTTCACCAAGC
TCCGGG*ATGTAGAGTTACTTTGCCAAACTCCTGAAGTAGAGGATCTTCCGATAGTGGTA
GCAGTGAAGAAGATACTGTATGCAACAGATGCAAATGAATCTGCACTAGAAGACGCTCAG
GAGTACTTAGACCAATCCTTAGGTGTGGAAGCTGAAGATGAAGGTAACGGAGAACAAGAA
GAAGAAGAAGAAAAGACACAATCCTAAGCTCTGACTATTTATAGTCCTAAGTTAGAAGAC
ATTTCCGGATCAGTTTTTTTTTTCTTCTATAGTGTTGAACAATGGCTGGACATGGCCTTC
TCTTCAAAATTTTCCTTTGTTAAAGGGACTTGGTGAAACTTGAAGATGAATGAGCATTTC
TATTAGAGAGCTTTAGCTTGATAAACAACTGAAACTTAGTTTTTGTTACGGTTGCAAAAC
CAAAACTCTAGAACTACCAGGTCCAGTGCTCATTTACC

QA 3 580 3 580
DS 



AS 1 4

CO CL2936Contig1 751 4 4 U
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GGTTGATGGCGAGAGAGTTCGGTTCCAAGGAGCTTTTGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTTG
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TGGTGACTGAGCTTTTCAGGGTTTTGAAGTTGATGGAGATGGATTTGGCTATGGTTAAAG
CCTCGGTTAAGGAAGAGACTCTTAGTGAGAGGATTGAACAAGCTAGAGCTAGATGCAGAC
AAGCTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAGACCTACCCAATCTGTAAAAGATCTTAACTT
GTTTGGTTTTGTAATAATCACAAAGATTCATACTCTTTCTTGTTCTGTCTGAATTGTTTA
TAGTTTCTTCATCGGTAAAAGATCTTTAACT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GH53TF U 1
AF RR1GH53JQ C 212
AF RR1AN53JQ C 1
AF RR1AN53TF U 1
BS 1 541 RR1GH53TF
BS 542 542 RR1AN53TF
BS 543 659 RR1GH53TF
BS 660 751 RR1AN53TF

RD RR1GH53TF 659 0 0
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GGTTGATGGCGAGAGAGTTCGGTTCCAAGGAGCTTTTGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTTG
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AAGCTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAGACCTACCCAATCTGTAAAAGATCTTAACT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1GH53JQ 493 0 0
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CTTCGAGATCGGGTGGAAGAGAACGAAAGAGATAAACTTGGAGAAACCAAAGGGGTACGT
GATAATGGACTTCTTGGAGAAGTTCGAAGGGTTGATGGCGAGAGAGTTCGGTTCCAAGGA
GCTTTTGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTTGCGGAGAGAGCGAGGGAAGAGGCTGAGGTTCT
GAGAGACGAAGGTGAGGTTGAAGAGAGGATGGTGACTGAGCTTTTCAGGGTTTTGAAGTT
GATGGAGATGGATTTGGCTATGGTTAAAGCTTCGGTTAAGGAAGAGACTCTTAGTGAGAG
GATTGAACAAGCTAGAGCTAGATGCAGACAAGCTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAGA
CCTACCCAATCTGTAAAAGATCTTAACTTGTTTGGTTTTGTAATAATCACAAAGATTCAT
ACTCTTTCTTG
AC

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1AN53JQ 751 0 0
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AAAGAGGGATCGAGAAGCCGGAGCCACCGAACTTCGAGATCGGGTGGAAGAGAACGAAAG
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TGGTGACTGAGCTTTTCAGGGTTTTGAAGTTGATGGAGATGGATTTGGCTATGGTTAAAG
CCTCGGTTAAGGAAGAGACTCTTAGTGAGAGGATTGAACAAGCTGGAGCTAGATGTAGAC
AAGCTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAGACCTACCCAATCTGTAAAAGATCTTAACTT
GTTTGGTTTTGTAATAATCACAAAGATTCATACTCTTTCTTGTTCTGTCTGAATTGTTTA
TAGTTTCTTCATCGGTAAAAGATCTTTAACT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1AN53TF 751 0 0
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CGTATCTCAAAAGAACCTATACCTTCAACACTCGTCGAACAGTGAAGTGCTCTTCAAACC
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GCGCCGAGAAGTTCCCCATCGAGAAACGTCGAAGATCCGAGATCATACGCGACAGGAAAC
AAAGAGGGATCGAGAAGCCGGAGCCACCGAACTTCGAGATCGGGTGGAAGAGAACGAAAG
AGATAAACTTGGAGAAACCAAAAGGGTACGTGATAATGGACTTCTTGGAGAAGTTCGAAG
GGTTGATGGCGAGAGAGTTCGGTTCCAAGGAGCTTTTGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTTG
CGGAGAGAGCGAGGGAAGAGGCTGAGGTTCTGAGAGACGAAGGTGAGGTTGAAGAGAGGA
TGGTGACTGAGCTTTTCAGGGTTTTGAAGTTGATGGAGATGGATTTGGCTATGGTTAAAG
CCTCGGTTAAGGAAGAGACTCTTAGTGAGAGGATTGAACAAGCTGGAGCTAGATGTAGAC
AAGCTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAGACCTACCCAATCTGTAAAAGATCTTAACTT
GTTTGGTTTTGTAATAATCACAAAGATTCATACTCTTTCTTGTTCTGTCTGAATTGTTTA
TAGTTTCTTCATCGGTAAAAGATCTTTAACT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL2937Contig1 1294 2 2 U
GGATTGCGCTTACCTTTGTTATTATTCTCCGAGAGATCTGAACTAACAACTATGGCGACT
TCCTTCTTCCGCCGACTCGCTAGGTCAGCAGCTCCGATCGCACTCCCCGCCGCGTTCGGA
TCCCAGAGCAAATCTGGTCTCGGCACTTTCCGATTCTCCGCCGGCGCGATCGCTGCACTT
TCCGGTGGACTCTCCTGTTACTACTTCACTTCCGCCAACAATCTGGCTTATCTGGATCAA
GCTAAGGAAGAGACGGGACCTAAAACAGCTCTAAACCCTGACAAATGGCTCGAGTTCAAG
CTTCAAGACACTGCTACTGTTAGCCACAACACCAAGTTGTTCAGGTTCTCATTTGACCCC
TCAACCAACTTGGGTCTTTATGTCGCTTCTTGTCTCCTGACAAGGGCTCCTTTAGGCTAT
AATGCTGAAGGGAAAACAAAATATGTCGTTAGGCCTTACACTCCTATCTCGACCCAGAGG
CTAAGGGCTATTTTGATTTACTGATTAAGGTATATCCAGATGGAAAAATGAGTCAGCATT
TTGCCAGCTTAAAGCCGGGGGATGTGTTGGAAGTGAAAGGACCCATTGAAAAGTTCAAAT
ATTCGCCTAATATGAAGAAACATATTGGCATGATTGCTGGTGGAAGTGGGATTACTCCAA
TGCTTCAGGTGATTGATACCATCGTGAAGAATCCTGAGGACAACACGAAGATAACATTAC
TTTATGCCAATGTTTCTCCGGATGATATACTTCTCAAGCAAAAGCTGGATGCTCTTCAGG
CAAACCACCCAAATCTGAAGGTATTCTATACTGTTGACAATCCTACTAAGAATTGGAAAG
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TGTCTCTGAAGGGTTTTAGCTAGCGGGGGGACCTTTGCTATACTTGATTTTGATGATAAA
TTTCTATGCGATTGAGACTGCAAGATATTGAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B137TF U 1
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AATGCTGAAGGGAAAACAAAATATGTCGTTAGGCCTTACACTCCTATCTCGACCCAGAGG
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ATTCGCCTAATATGAA

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CCTGCTGACGATACACTTATCCTCGTATGTGGTCCTCCTGGGATGATGGAACATGTATCC
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CTGCTCTTGGCGAGGTTTCATTTCATGCAATAAAGTGGCCCTAAGGCCCATTAATTGATG
CAGGATGAGCTTGAACACAGGACCTATCAAGCTTTGAAAATAAACAAAGCAAAAAGTTCA
GTTAGTCTTTTGTCTCTGAAGGGTTTTAGCTAGCGGGGGGACCTTTGCTATACTTGATTT
TGATGATAAATTTCTATGCGATTGAGACTGCAAGATATTGAATA

QA 6 829 6 829
DS 



AS 1 4

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CTTATCCGCCAAACAGATGAAGGACTCTTAAGCCGTGCAATCATTTTTTTCCTGGCAGAA
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TATGACATCTCGCGTAGTGAGATTGATTTCAAGAGTGCAATTCGTCAACATTTCTCTTCA
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TCCCGCAAGATGATCTAAGGTGCTATGGAGGAGCCTTTCTATCTATGCTGTTTTCTTAAC
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AAGACTTGTAACTTAGATGCACATATTCAGGAAGAAACGGCTTAATATTTAACAATATAT
AAAGTTACAGAACCTTCG


BQ
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CCCAAGAGGATGAGAATCAGTGGGCTGGAATGGGACGACCCTCGTACTCTTGTATACAAA
TTCAAAACCCGTGAGGTTGGGAGGGTTTTCGTAACGGGGTATGACACCAAGCTTCCACAT
GATGATGTCGTTGGAGCGTTGAGAAATCACTTCTCATCATGTGGAAGGATCACTGATATT
CTTATCCGCCAAACAGATGAAGGACTCTTAAGCCGTGCAATCATTTTTTTCCTGGCAGAA
GGCGCAGTAGACAAGGCGTTGCAACTTAGTGGAAGTGACGTTGGAGGATGGACGGCCATT
GTTGAACCCTTTCCTTTTCTGAAATATGAAGGCCGTTCCATTACCGTAAATGTTACTGGG
TATGACATCTCGCGTAGTGAGATTGATTTCAAGAGTGCAATTCGTCAACATTTCTCTTCA
TGTGGAGAGATAAGCCACTTCAAAATTTCCAAGAAGGTTGCTTCAGCTAAATTTGATGTT
GATGGAGAAGATGCGCAAGACAAGGTGATGGAACTTGATGAAAGCATCATGTGTGGAAGC
AAAATACATGTTGATGTTATTTGTGGGGCAATAACCACTGTTCACACCAG*CGTCATCTT
TCCCGCA*GATGATCTAA*GTGCTATGGAG*AGC*TTTCTATCTATGCTGTTT
CTACAG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1A826TF 848 0 0
GG
GATAAAAAATGTCGCCGCTTAAGGATATCCTAGCAAGGGAAGCCAAGAGGGAAGCCGAGA
GGGAAGCCGAGAGGGAAGCCGATCTTCTCAGTTCGCCTCCGGCGGACAGTCCCAAGAGGA
TGAGAATCAGTGGGCTGGAATGGGACGACCCTCGTACTCTTGTATACAAATTCAAAACCC
GTGACGTTGGGAGGGTTTTCGTAACGGGGTATGACACCAATCTTCCACATGATGATGTCG
ATGGAGCGTTGAGAAATCACTTCTCATCATGTGGAAGGATCACTGATATTCTTATCCGCC
AAACAGATGAAGGACTCTTAAGCCGTGCAATCATTTTTTTCCTGGCAGAAGGCGCAGTAG
ACAAGGCGTTGCAACTTAGTGGAAGTGACGTTGGAGGATGGACGGCCATTGTTGAGCCCT
TTCCTTTTCTGAAATATGAAGGCCGTTCCATTACCGTAAATGTTACTGGGTATGACATCT
CGCGTAGTGAGATTGATTTCAAGAGTGCAATTCGTCAACATTTCTCTTCATGTGGAGAGA
TAAGCCACTTCAAAATTTCCAAGAAGGTTGCTTCAGCTAAATTTGATGTTGATGGAGAAG
ATGCGCAAGACAAGGTGATGGAACTTGATGAAAGCATCATGTGTGGAAGCAAAATACATG
TTGATGTTATTTGTGGGGCAATAACCACTGTTCACACCAGGCGTCATCTTTCCCGCAAGA
TGATCTAAAGTGCTATGGAGGAGCCTTTCTATCTATGCTGTTTTCTTAACAAGTTTAGGA
GCCTTCGACACTTTTTAACTAATGCACACGAAACATGGAAGATATGATTCCAGATAA
GTATCTTCA

QA 3 839 3 839
DS 

RD RR1H616JQ 625 0 0
GT
TGGAGCGTTGAGAAATCACTTCTCATCATGTGGAAGGATCACTGATATTCTTATCCGCCA
AACAGATGAAGGACTCTTAAGCCGTGCAATCATTTTTTTCCTGGCAGAAGGCGCAGTAGA
CAAGGCGTTGCAACTTAGTGGAAGTGACGTTGGAGGATGGACGGCCATTGTTGAACCCTT
TCCTTTTCTGAAATATGAAGGCCGTTCCATTACCGTAAATGTTACTGGGTATGACATCTC
GCGTAGTGAGATTGATTTCAAGAGTGCAATTCGTCAACATTTCTCTTCATGTGGAGAGAT
AAGCCACTTCAAAATTTCCAAGAAGGTTGCTTCAGCTAAATTTGATGTTGATGGAGAAGA
TGCGCAAGACAAGGTGATGGAACTTGATGAAAGCATCATGTGTGGAAGCAAAATACATGT
TGATGTTATTTGTGGGGCAATAACCACTGTTCACACCAGGCGTCATCTTTCCCGCAAGAT
GATTTAAGGTGCTATGGAGGAGCCTTTCTATTTATGCTGTTTTCTTAACAAGCTTAGGAG
CCTTCGACACTTTTTAACTAATGCACACGAAACATGGAAGATATGATTCCAGATAAATAT
GTTCAAAACAAGAAGACCCAAG
C

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR1A826JQ 865 0 0
GGACAGTCCCAAGAGGATGAGAATCAGTGGGCTGGAATGGGACGACCCTCGTACTCTTGT
ATACAAATTCAAAACCCGTGACGTTGGGAGGGTTTTCGTAACGGGGTATGACACCAATCT
TCCACATGATGATGTCGATGGAGCGTTGAGAAATCACTTCTCATCATGTGGAAGGATCAC
TGATATTCTTATCCGCCAAACAGATGAAGGACTCTTAAGCCGTGCAATCATTTTTTTCCT
GGCAGAAGGCGCAGTAGACAAGGCGTTGCAACTTAGTGGAAGTGACGTTGGAGGATGGAC
GGCCATTGTTGAGCCCTTTCCTTTTCTGAAATATGAAGGCCGTTCCATTACCGTAAATGT
TACTGGGTATGACATCTCGCGTAGTGAGATTGATTTCAAGAGTGCAATTCGTCAACATTT
CTCTTCATGTGGAGAGATAAGCCACTTCAAAATTTCCAAGAAGGTTGCTTCAGCTAAATT
TGATGTTGATGGAGAAGATGCGCAAGACAAGGTGATGGAACTTGATGAAAGCATCATGTG
TGGAAGCAAAATACATGTTGATGTTATTTGTGGGGCAATAACCACTGTTCACACCAGGCG
TCATCTTTCCCGCAAGATGATTTAAGGTGCTATGGAGGAGCCTTTCTATCTATGCTGTTT
TCTTAACAAGTTTAGGAGCCTTCGACACTTTTTAACTAATGCACACGAAACATGGAAGAT
ATGATTCCAGATAAGTATCTTCAAAACAAGAAGACCCAAGTAAATGAGTTTTTCTTTTCT
AACGCTCAAGACTTGTAACTTAGATGCACATATTCAGGAAGAAACGGCTTAATATTTAAC
AATATATAAAGTTACAGAACCTTCG

QA 1 865 1 865
DS 



AS 1 4

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TTGATTGAATTATCAAAAATTTGTAACGCGAAGCGCAAAAAATAAATTAGAATTAAATGC
AGGGAGTATTTAGATTGATATTAGATTATCAAAAATTTTTTATGGTTTACGTGATCGGAC
TAATAAAATTAAGTATCCAGGCTCCGTTTAGCAAAAATCCAATTGATAATTAATATATAA
TATTTTTATAATTACTACTTAATATGGTATGAATATGATATCAAAATTATGATAAAAATT
CTATTAAAAAATATAAAAAATACAAAAAATTGAAACAGGGTGATCTAAAACTGTTGATCA
AATCAAATAATATAATTAAAAATTTGTTGACTATTTGACAGAAGACATGTGAAAGAAATT
AATTGAAAAAAAAGAAGGAGTAGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D206JQ C 1
AF RR1D206TF U 1
AF RR1CX23JQ C 118
AF RR1CX23TF U 177
BS 1 444 RR1D206TF

RD RR1D206JQ 444 0 0
GATATGGGATTTCCCCATTTTCTCCCTCGATCGAGATATCCTCTGTTTCGCTCAAAAAGA
TTGATTGAATTATCAAAAATTTGTAACGCGAAGCGCAAAAAATAAATTAGAATTAAATGC
AGGGAGTATTTAGATTGATATTAGATTATCAAAAATTTTTTATGGTTTACGTGATCGGAC
TAATAAAATTAAGTATCCAGGCTCCGTTTAGCAAAAATCCAATTGATAATTAATATATAA
TATTTTTATAATTACTACTTAATATGGTATGAATATGATATCAAAATTATGATAAAAATT
CTATTAAAAAATATAAAAAATACAAAAAATTGAAACAGGGTGATCTAAAACTGTTGATCA
AATCAAATAATATAATTAAAAATTTGTTGACTATTTGACAGAAGACATGTGAAAGAAATT
AATTGAAAAAAAAGAAGGAGTAGT

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR1D206TF 444 0 0
GATATGGGATTTCCCCATTTTCTCCCTCGATCGAGATATCCTCTGTTTCGCTCAAAAAGA
TTGATTGAATTATCAAAAATTTGTAACGCGAAGCGCAAAAAATAAATTAGAATTAAATGC
AGGGAGTATTTAGATTGATATTAGATTATCAAAAATTTTTTATGGTTTACGTGATCGGAC
TAATAAAATTAAGTATCCAGGCTCCGTTTAGCAAAAATCCAATTGATAATTAATATATAA
TATTTTTATAATTACTACTTAATATGGTATGAATATGATATCAAAATTATGATAAAAATT
CTATTAAAAAATATAAAAAATACAAAAAATTGAAACAGGGTGATCTAAAACTGTTGATCA
AATCAAATAATATAATTAAAAATTTGTTGACTATTTGACAGAAGACATGTGAAAGAAATT
AATTGAAAAAAAAGAAGGAGTAGT

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR1CX23JQ 308 0 0
G
GCAGGGAGTATTTAGATTGATATTAGATTATCAAAAATTTTTTATGGTTTACGTGATCGG
ACTAATAAAATTAAGTATCCAGGCTCCGTTTAGCAAAAATCCAATTGATAATTAATATAT
AATATTTTTATAATTACTACTTAATATGGTATGAATATGATATCAAAATTATGATAAAAA
TTCTATTAAAAAATATAAAAAATACAAAAAATTGAAACAGGGTGATCTAAAACTGTTGAT
CAAATCAAATAATATAATTAAAAATTTGTTGACTATTTGACAGAAGACATGTGAAAGAAA
TTAATTG

QA 2 308 2 308
DS 

RD RR1CX23TF 249 0 0
GGACTAATAAAATTAAGTATCCAGGCTCCGTTTAGCAAAAATCCAATTGATAATTAATAT
ATAATATTTTTATAATTACTACTTAATATGGTATGAATATGATATCAAAATTATGATAAA
AATTCTATTAAAAAATATAAAAAATACAAAAAATTGAAACAGGGTGATCTAAAACTGTTG
ATCAAATCAAATAATATAATTAAAAATTTGTTGACTATTTGACAGAAGACATGTGAAAGA
AATTAATTG

QA 1 249 1 249
DS 



AS 1 4

CO CL2940Contig1 924 4 8 U
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ATTAGCGGTCTTGTCGCCACTAAGGAATGTTCTAATCCATTTGATCACTGCGACATAGTT
ACCTCCACTACCCACAAAGGTCTACGTGTCCCAGAGGAGGTATCATCTTCTACAGGAGAG
GACCAAAGATAAGAAAGCAAGGCCATCACGCTAGTCATTGCGACAGTTCCACGCACTATG
ATTTAGAGGAGAAGATCAACTTTGCTGTTTTTCCCTCGCTACAAGGAGGTCCTCACAAAC
CATATCGCAGCTCTCGCCATTGCCTTGAAACAAGTGGCTACTCCAGAGTACAAAGCTTAC
GTACAACAGATGAAGAAAAACGCTCAAGCTTTAGCATCAGCTCTGCTTCGAAGAAAATGC
AGACTGGTTACAGGTGGCACAGACAACCATTTGTTGCTCTGGGATCTCACTCCTTTGGGC
TTAACTGGCAAAGTCTACGAAAAGGTCTGTGAGATGTGCCATATAACCTTGAACAAGACT
GCTATATTTGGTGACAATGGTACAATATCTCCTGGCGGTGTAAGGATAGGGACACCGGCG
ATGACAACCCGAGGCTGTATAGAGTCTGATTTCGAGACAATAGCGGATTTTCTGATGAAA
GCGGCTCAGATAACGAGTGCGTTGCAGGGAGAACATGGCAAGTCACACAAAGGAGTTTGT
GAAGAGTCTATGCTCTAACAAAGACATATGTGATCTGAGAAACCGAGTTGAAGCATTTGC
TTTGCAGTATGAGATGCCTGCTGCTTCTCAGATGTGAATTGAAATGAAGGAAAATTCTAC
CAAACTGCTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTCTCCTCTGGGCATTTTTTTTGAGTTA
TATCCTGTAAATTAGAGTAATTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1B633TF U 1
AF RR1B527TF U 50
AF RR1B527JQ C 97
AF RR1B633JQ C 178
BS 1 829 RR1B633TF
BS 830 830 RR1B527JQ
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BS 869 924 RR1B527JQ

RD RR1B633TF 881 0 0
GCAAGGGTTAGACAGATTGCTGACAAGTGTGGTGCGGTTTTGATGTGTGATATGGCTCAT
ATTAGCGGTCTTGTCGCCACTAAGGAATGTTCTAATCCATTTGATCACTGCGACATAGTT
ACCTCCACTACCCACAAAGGTCTACGTGTCCCAGAGGAGGTATCATCTTCTACAGGAGAG
GACCAAAGATAAGAAAGCAAGGCCATCACGCTAGTCATTGCGACAGTTCCACGCACTATG
ATTTAGAGGAGAAGATCAACTTTGCTGTTTTTCCCTCGCTACAAGGAGGTCCTCACAAAC
CATATCGCAGCTCTCGCCATTGCCTTGAAACAAGTGGCTACTCCAGAGTACAAAGCTTAC
GTACAACAGATGAAGAAAAACGCTCAAGCTTTAGCATCAGCTCTGCTTCGAAGAAAATGC
AGACTGGTTACAGGTGGCACAGACAACCATTTGTTGCTCTGGGATCTCACTCCTTTGGGC
TTAACTGGCAAAGTCTACGAAAAGGTCTGTGAGATGTGCCATATAACCTTGAACAAGACT
GCTATATTTGGTGACAATGGTACAATATCTCCTGGCGGTGTAAGGATAGGGACACCGGCG
ATGACAACCCGAGGCTGTATAGAGTCTGATTTCGAGACAATAGCGGATTTTCTGATGAAA
GCGGCTCAGATAACGAGTGCGTTGCAGGGAGAACATGGCAAGTCACACAAAGGAGTTTGT
GAAGAGTCTATGCTCTAACAAAGACATATGTGATCTGAGAAACCGAGTTGAAGCATTTGC
TTTGCAGTATGAGATGCCTGCTGCTTCTCAGATGTGAATTGAAATGAAG*AAAATTCTAC
CAA*CTGCTTTGTTTT*GTTTTTGTTTT
GTTTCTCTCTGGG

QA 1 868 1 868
DS 

RD RR1B527TF 828 0 0
ATATGGCTCATATTAGCGGTCTTGTCGCCACTAAGGAATGTTCTAATCCATTTGATCACT
GCGACATAGTTACCTCCACTACCCACAAAGGTCTACGTGTCCCAGAGGAGGTATCATCTT
CTACAGGAGAGGACCAAAGATAAGAAAGCAAGGCCATCACGCTAGTCATTGCGACAGTTC
CACGCACTATGATTTAGAGGAGAAGATCAACTTTGCTGTTTTTCCCTCGCTACAAGGAGG
TCCTCACAAACCATATCGCAGCTCTCGCCATTGCCTTGAAACAAGTGGCTACTCCAGAGT
ACAAAGCTTACGTACAACAGATGAAGAAAAACGCTCAAGCTTTAGCATCAGCTCTGCTTC
GAAGAAAATGCAGACTGGTTACAGGTGGCACAGACAACCATTTGTTGCTCTGGGATCTCA
CTCCTTTGGGCTTAACTGGCAAAGTCTACGAAAAGGTCTGTGAGATGTGCCATATAACCT
TGAACAAGACTGCTATATTTGGTGACAATGGTACAATATCTCCTGGCGGTGTAAGGATAG
GGACACCGGCGATGACAACCCGAGGCTGTATAGAGTCTGATTTCGAGACAATAGCGGATT
TTCTGATGAAAGCGGCTCAGATAACGAGTGCGTTGCAGGGTGAACATGGCAAGTCACACA
AAGGAGTTTGTGAAGAGTCTATGCTCTAACAAAGACATATGTGATCTGAGAAACCGAGTT
GAAGCATTTGCTTTGCAGTATGAGATGCCTGCTGCTTCTCAGATGTGAATTGAAATGAAG
*AAAATTCTACCAA*CTGCTTTGTTTTTGTTTTTGTTTT
GTTTCTCTC

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR1B527JQ 828 0 0
CCATTTGATCACTGCGACATAGTTACCTCCACTACCCACAAAGGTCTACGTGTCCCAGAG
GAGGTATCATCTTCTACAGGAGAGGACCAAAGATAAGAAAGCAAGGCCATCACGCTAGTC
ATTGCGACAGTTCCACGCACTATGATTTAGAGGAGAAGATCAACTTTGCTGTTTTTCCCT
CGCTACAAGGAGGTCCTCACAAACCATATCGCAGCTCTCGCCATTGCCTTGAAACAAGTG
GCTACTCCAGAGTACAAAGCTTACGTACAACAGATGAAGAAAAACGCTCAAGCTTTAGCA
TCAGCTCTGCTTCGAAGAAAATGCAGACTGGTTACAGGTGGCACAGACAACCATTTGTTG
CTCTGGGATCTCACTCCTTTGGGCTTAACTGGCAAAGTTTACGAAAAGGTCTGTGAGATG
TGCCATATAACCTTGAACAAGACTGCTATATTTGGTGACAATGGTACAATATCTCCTGGC
GGTGTAAGGATAGGGACACCGGCGATGACAACCCGAGGCTGTATAGAGTCTGATTTCGAG
ACAATAGCGGATTTTCTGATGAAAGCGGCTCAGATAACGAGTGCGTTGCAGGGTGAACAT
GGCAAGTCACACAA*GGAGTTTGTGAAGAGTCTATGCTCTAACAAAGACATATGTGATCT
GAGAAACCGAGTTGAAGCATTTGCTTTGCAGTATGAGATGCCTGCTGCTTCTCAGATGTG
AATTGAAATGAAGGAAAATTCTACCAAACTGCTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTCT
CCTCTGGGCATTTTTTTTGAGTTATATCCTGTAAATTAGAGTAATTAT

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1B633JQ 747 0 0
GAGGACCAAAGATAAGAAAGCAAGGCCATCACGCTAGTCATTGCGACAGTTCCACGCACT
ATGATTTAGAGGAGAAGATCAACTTTGCTGTTTTTCCCTCGCTACAAGGAGGTCCTCACA
AACCATATCGCAGCTCTCGCCATTGCCTTGAAACAAGTGGCTACTCCAGAGTACAAAGCT
TACGTACAACAGATGAAGAAAAACGCTCAAGCTTTAGCATCAGCTCTGCTTCGAAGAAAA
TGCAGACTGGTTACAGGTGGCACAGACAACCATTTGTTGCTCTGGGATCTCACTCCTTTG
GGCTTAACTGGCAAAGTCTACGAAAAGGTCTGTGAGATGTGCCATATAACCTTGAACAAG
ACTGCTATATTTGGTGACAATGGTACAATATCTCCTGGCGGTGTAAGGATAGGGACACCG
GCGATGACAACCCGAGGCTGTATAGAGTCTGATTTCGAGACAATAGCGGATTTTCTGATG
AAAGCGGCTCAGATAACGAGTGCGTTGCAGGGAGAACATGGCAAGTCACACAA*GGAGTT
TGTGAAGAGTCTATGCTCTAACAAAGACATATGTGATCTGAGAAACCGAGTTGAAGCATT
TGCTTTGCAGTATGAGATGCCTGCTGCTTTTCAGATGTGAATTGAAATGAAGGAAAATTC
TACCAAACTGCTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTCTCCTCTGGGCATTTTTTTTGAG
TTATATCCTGTAAATTAGAGTAATTAT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 4

CO CL2941Contig1 714 4 9 U
GGCTAACCGATTTGAGTGTTAAAGAGTGTAAAAACGGCGAGAGCTTCGCATCTTCTCTCT
CAGGCAGCTCTCTCTACTCTACCGATCGAACAATGTCGCTGGTAGCAAACGAGGAGTTCC
AGCACATTCTGCGTGTGCTTAACACTAACGTTGATGGCAAACAAAAGATTATGTTTGCTC
TTACCTCCATCAAGGGTATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAGAAAGCCGATG
TCGACATGAACAAGAGGGCCGGTGAGCTGTCTGCAGCTGAGATCGATAACCTCATGACCA
TCGTTGCAAACCCAAAGCAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACT
ACATGGATGGAAAGTACTCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAGCTGAGGGATG
ATCTTGAACGTCTCAAGAAGATCAGGAACCACCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCC
GTGTCCGTGGACAACACACCAAGACAACTGGTCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTA
AGAAGCGTTAAGACAATGATGCTAGCAGCAGCTGGATTGGATCTCTGACAGTCCCGTTTT
CATGTTTTTGTTATTTCGTACAATTTTGCAAGTCTCAAAGACTCGATTTTAGGTGTTATG
TAAGACATCCTTCACTTGTTTTGTTATATTTCGAGATAATATTGTTGTCACGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1G471TF U 1
AF RR1E520TF U 7
AF RR1A369JQ C 14
AF RR1A369TF U 14
BS 1 233 RR1G471TF
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BS 235 363 RR1G471TF
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BS 557 712 RR1E520TF
BS 713 714 RR1A369JQ

RD RR1G471TF 556 0 0
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CAGGCAGCTCTCTCTACTCTACCGATCGAACAATGTCGCTGGTAGCAAACGAGGAGTTCC
AGCACATTCTGCGTGTGCTTAACACTAACGTTGATGGCAAACAAAAGATTATGTTTGCTC
TTACCTCCATCAAGGGTATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAGAAATCCGATG
TCGACATGAACAAGAGGGCCGGTGAGCTGTCTGCAGCTGAGATCGATAACCTCATGACCA
TCGTTGCAAACCCAAAGCAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACT
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ATCTTGAACGTCTCAAGAAGATCAGGAACCACCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCC
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AGAAGCGTTAAGACAA

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1E520TF 706 0 0
GGGATTTGAGT
GTTAAAGAGTGTAAAAACGGCGAGAGCTTCGCATCTTCTCTCTCAGGCAGCTCTCTCTAC
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TCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAGCTGAGGGATGATCTTGAACGTCTCAAG
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QA 12 706 12 706
DS 

RD RR1A369JQ 701 0 0
GGTG
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TCTACCGATCGAACAATGTCGCTGGTAGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTG
CTTAACACTAACGTTGATGGCAAACAAAAGATTATGTTTGCTCTTACCTCCATCAAGGGT
ATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGG
GCCGGTGAGCTGTCTGCAGCTGAGATCGATAACCTCATGACCATCGTTGCAAACCCAAAG
CAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACATGGATGGAAAGTAC
TCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAGCTGAGGGATGATCTTGAACGTCTCAAG
AAGATCAGGAACCACCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTCCGTGGACAACAC
ACCAAGACAACTGGTCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGACAAT
GATGCTAGCAGCAGCTGGATTGGATCTCTGACAGTCCCGTTTTCATGTTTTTGTTATTTC
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GTTTTGTTATATTTCGAGATAATATTGTTGTCACGGT

QA 5 701 5 701
DS 

RD RR1A369TF 701 0 0
GGTG
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TCTACCGATCGAACAATGTCGCTGGTAGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTG
CTTAACACTAACGTTGATGGCAAACAAAAGATTATGTTTGCTCTTACCTCCATCAAGGGT
ATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGG
GCCGGTGAGCTGTCTGCAGCTGAGATCGATAACCTCATGACCATCGTTGCAAACCCAAAG
CAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACATGGATGGAAAGTAC
TCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAGCTGAGGGATGATCTTGAACGTCTCAAG
AAGATCAGGAACCACCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTCCGTGGACAACAC
ACCAAGACAACTGGTCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGACAAT
GATGCTAGCAGCAGCTGGATTGGATCTCTGACAGTCCCGTTTTCATGTTTTTGTTATTTC
GTACAATTTTGCAAGTCTCAAAGACTCGATTTTAGGTGTTATGTAAGACATCCTTCACTT
GTTTTGTTATATTTCGAGATAATATTGTTGTCACG
GT

QA 5 699 5 699
DS 



AS 1 4

CO CL2942Contig1 888 4 13 U
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CCTTTGCGTCTCTTCTTTGTACACCACTCATCATCTACAAGCTTTACCCTCCTGAGCTGA
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CTAAAAACGAATGGATCATGCTCGGTGCAATGGCTTTCACCGTCTCTCTTTGGGTTTTCG
GAGAAGCAATAGGAGTATCAAGTGTTGTGTCTGCGATGATTGGTCTATCAACACTGCTGC
TACTGGGAGTTATAAACTGGAACGACTGTCTAAGTGACAAGTCAGCTTGGGACTCGCTAA
CTTGGTTTGCGGTATTGATCGGTATGGCTGGACAGCTAACAAACCTCGGGGTGGTTGCTT
GGATGTCGGGTTGTGTGGCTAAACTGCTACAGACGCTCTCCTTGACTTGGCCTGCTTCGT
TTGGTATCCTTCAGGCTTCTTACCTCCTGCTTCATTACGTGTTCGCAAGCCAAACGGCTC
ACGCAGGTGCTCTCTATCCAGCTTTCTTGGCCATGCAAATAGCTGCTGGTGTCCCTGGGG
*TTTTAGCTGCTATTTGTTTGGCGTTCAATAACAATCTCTCTGGTGCTTTGGCTCATTAC
AGTAGTGGACCAGCTGCTTTATACTATGGAGCTGGCTACGTAGATCTGAAAGATATGTTT
AGACTCGGGTTCGTGATGGCTCTATTACAAGCAGTCATTTGGGGATGTGTTGGGTCTTTA
TGGTGGAAGTTCTTGGGTCTCTACTAGAAGAAGCCAGACAACACCGGTTTTACATTGTAC
CGGCTTATTTTGGTGTTAATCCAAACTTAACCGAAGTTTAGGAACTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B076JQ C 126
AF RR1B076TF U 1
AF RR1AE32JQ C 199
AF RR1AE32TF U 199
BS 1 319 RR1B076TF
BS 320 320 RR1AE32TF
BS 321 427 RR1B076TF
BS 428 428 RR1AE32TF
BS 429 600 RR1B076TF
BS 601 601 RR1AE32TF
BS 602 788 RR1B076TF
BS 789 789 RR1AE32TF
BS 790 796 RR1B076TF
BS 797 797 RR1AE32TF
BS 798 806 RR1B076TF
BS 807 877 RR1AE32TF
BS 878 888 RR1AE32JQ

RD RR1B076JQ 622 0 0
CAC
CCGGAAGCTCCCGCTGCAGCTGCAAAGAAGCTGGAACTGTTAGGTCCCATCACTAAAAAC
GAATGGATCATGCTCGGTGCAATGGCTTTCACCGTCTCTCTTTGGGTTTTCGGAGAAGCA
ATAGGAGTATCAAGTGTTGTGTCTGCGATGATTGGTCTATCAACACTGCTGCTACTGGGA
GTTATAAACTGTAACGACTGTCTAAGTGACAAGTCAGCTTGGGACTCGCTAACTTGGTTT
GCGGTATTGATCGGTATGGCTGGACAGCTAACAAACCTCGGGGTGGTTGCTTGGATGTCT
GGTTGTGTGGCTAAACTGCTACAGACGCTCTCCTTGACTTGGCCTGCTTCGTTTGGTATC
CTTCAGGCTTCTTACCTCCTGCTTCATTACGTGTTCGCAAGCCAAACGGCTCACGCAGGT
GCTCTCTATCCAGCTTTCTTGGCCATGCAAATAGCTGCTGGTGTCCCTGGGG*TTTTAGC
TGCTATTTGTTTGGCGTTCAATAACAATCTCTCTGGTGCTTTGGCTCATTACAGTAGTGG
ACCAGCTGCTTTATACTATGGAGCTGGCTACGTAGTTCTGAAAGATATGTTTAGACTCGG
GTTCGTGATGGCTCTATTA

QA 4 622 4 622
DS 

RD RR1B076TF 806 0 0
GAGTTGGTGTGGTGCTCTCAAATCCATGGGTCTCTTGGTTTAAAGCCGCGAGTGTCCCAG
CCTTTGCGTCTCTTCTTTGTACACCACTCATCATCTACAAGCTTTACCCTCCTGAGCTGA
AACACACACCGGAAGCTCCCGCTGCAGCTGCAAAGAAGCTGGAACTGTTAGGTCCCATCA
CTAAAAACGAATGGATCATGCTCGGTGCAATGGCTTTCACCGTCTCTCTTTGGGTTTTCG
GAGAAGCAATAGGAGTATCAAGTGTTGTGTCTGCGATGATTGGTCTATCAACACTGCTGC
TACTGGGAGTTATAAACTGTAACGACTGTCTAAGTGACAAGTCAGCTTGGGACTCGCTAA
CTTGGTTTGCGGTATTGATCGGTATGGCTGGACAGCTAACAAACCTCGGGGTGGTTGCTT
GGATGTCTGGTTGTGTGGCTAAACTGCTACAGACGCTCTCCTTGACTTGGCCTGCTTCGT
TTGGTATCCTTCAGGCTTCTTACCTCCTGCTTCATTACGTGTTCGCAAGCCAAACGGCTC
ACGCAGGTGCTCTCTATCCAGCTTTCTTGGCCATGCAAATAGCTGCTGGTGTCCCTGGGG
GTTTTAGCTGCTATTTGTTTGGCGTTCAATAACAATCTCTCTGGTGCTTTGGCTCATTAC
AGTAGTGGACCAGCTGCTTTATACTATGGAGCTGGCTACGTAGATCTGAAAGATATGTTT
AGACTCGGGTTCGTGATGGCTCTATTACAAGCAGTCATTTGGGGATGTGTTGGGTCTTTA
TGGTGGAATTTCTTGG*TCTCTACTA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1AE32JQ 690 0 0
G
GCTCGGTGCAATGGCTTTCACCGTCTCTCTTTGGGTTTTCGGAGAAGCAATAGGAGTATC
AAGTGTTGTGTCTGCGATGATTGGTCTATCAACACTGCTGCTACTGGGAGTTATAAACTG
GAACGACTGTCTAAGTGACAAGTCAGCTTGGGACTCGCTAACTTGGTTTGCGGTATTGAT
CGGTATGGCTGGACAGCTAACAAACCTCGGGGTGGTTGCTTGGATGTCGGGTTGTGTGGC
TAAACTGCTACAGACGCTCTCCTTGACTTGGCCTGCTTCGTTTGGTATCCTTCAGGCTTC
TTACCTCCTGCTTCATTACGTGTTCGCAAGCCAAACGGCTCACGCAGGTGCTCTCTATCC
AGCTTTCTTGGCCATGCAAATAGCTGCTGGTGTCCCTGGGG*TTTTAGCTGCTCTTTGTT
TGGCGTTCAATAACAATCTCTCTGGTGCTTTGGCTCATTACAGTAGTGGACCAGCTGCTT
TATACTATGGAGCTGGCTACGTAGATCTGAAAGATATGTTTAGACTCGGGTTCGTGATGG
CTCTATTACAAGCAGTCATTTGGGGATGTGTTGGGTCTTTATGGTGGAAGTTCTTGGGTC
TCTACTAGAAGAAGCCAGACAACACCGGTTTTACATTGTACCGGCTTATTTTGGTGTTAA
TCCAAACTTAACCGAAGTTTAGGAACTAT

QA 2 690 2 690
DS 

RD RR1AE32TF 679 0 0
G
GCTCGGTGCAATGGCTTTCACCGTCTCTCTTTGGGTTTTCGGAGAAGCAATAGGAGTATC
AAGTGTTGTGTCTGCGATGATTGGTCTATCAACACTGCTGCTACTGGGAGTTATAAACTG
GAACGACTGTCTAAGTGACAAGTCAGCTTGGGACTCGCTAACTTGGTTTGCGGTATTGAT
CGGTATGGCTGGACAGCTAACAAACCTCGGGGTGGTTGCTTGGATGTCGGGTTGTGTGGC
TAAACTGCTACAGACGCTCTCCTTGACTTGGCCTGCTTCGTTTGGTATCCTTCAGGCTTC
TTACCTCCTGCTTCATTACGTGTTCGCAAGCCAAACGGCTCACGCAGGTGCTCTCTATCC
AGCTTTCTTGGCCATGCAAATAGCTGCTGGTGTCCCTGGGG*TTTTAGCTGCTCTTTGTT
TGGCGTTCAATAACAATCTCTCTGGTGCTTTGGCTCATTACAGTAGTGGACCAGCTGCTT
TATACTATGGAGCTGGCTACGTAGATCTGAAAGATATGTTTAGACTCGGGTTCGTGATGG
CTCTATTACAAGCAGTCATTTGGGGATGTGTTGGGTCTTTATGGTGGAAGTTCTTGGGTC
TCTACTAGAAGAAGCCAGACAACACCGGTTTTACATTGTACCGGCTTATTTTGGTGTTAA
TCCAAACTTAACCGAAGT

QA 2 679 2 679
DS 



AS 1 4

CO CL2943Contig1 555 4 6 U
GGGAGGGATTGAGAGAAGGAAGGAAGGAAGAAGATGGGGTACGTGTTGAGGGTGAGAATG
GCATCTTTCTTCGCCGGAGCAGCGACTGCGTCTTTCATCGGCCTCTCTGTTCTCTACAAG
GATTACAAAGTCGCTCACGAATCCATTTCTCACCAGGCAAAGGCTTTTCATGACTCTCTC
GATACAAGGATCTCTGCTCTTGAAAGCTTGAGACAAACTGAAGCTCCTCAGCTTCCTGAG
ACGACAACTACTGATTAATACCTGTCTCCTGCATTTGTACTCTCTGCTTGCTGATGACGT
TGTTGTTGGGTTGAGATGAGATGCCTTTTTTGCGTTTATGAATAACTTGGGACTTGGGAG
GTGTTCTTGTATGACTACTGTTTTTAAAAAAAAAAAAACAATGAAGTTAAGGTAGTCTTA
CAAGGATTGAAACTTGCTGTGACACTTTGCCATGAAAATTTATGTTTCGATCTGTTGTTT
TGGATGTTAAGTCAGCAGAATAGAATCCTGCTCTTCAGGCAGATCAAGTTTATGTATTCA
TGTGTTTTCCTTACT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI23JQ C 3
AF RR1CI23TF U 85
AF RR1D782TF U 1
AF RR1D782JQ C 193
BS 1 396 RR1D782TF
BS 397 398 RR1CI23TF
BS 399 467 RR1D782TF
BS 468 468 RR1CI23TF
BS 469 549 RR1D782TF
BS 550 555 RR1D782JQ

RD RR1CI23JQ 470 0 0
GG
GGGATTGAGAGAAGGAAGGAAGGAAGAAGATGGGGTACGTGTTGAGGGTGAGAATGGCAT
CTTTTTTCGCCGGAGCAGCGACTGCGTCTTTCATCGGCCTCTCTGTTCTCTACAAGGATT
ACAAAGTCGCTCACGAATCCATTTCTCACCAGGCAAAGGCTTTTCATGACTCTCTCGATA
CAAGGATCTCTGCTCTTGAAAGCTTGAGACAAACTGAAGCTCCTCAGCTTCCTGAGACGA
CAACTACTGATTAATACCTGTCTCCTGCATTTGTACTCTCTGCTTGCTGATGACGTTGTT
GTTGGGTTGAGATGAGATGCCTTTT**GCGTTTATGAATAACTTGGGACTTGGGAGGTGT
TCTTGTATGACTACTGTTTTTAAAAAAAAAAAAACAATGAAGTTAAGGTAGTCTTACAAG
GATTGAAACTTGCTGTGACACTTTGCCATGAAAATTTATGTTTCGATC

QA 3 470 3 470
DS 

RD RR1CI23TF 388 0 0
ACTGCGTCTTTCATCGGCCTCTCTGTTCTCTACAAGGATTACAAAGTCGCTCACGAATCC
ATTTCTCACCAGGCAAAGGCTTTTCATGACTCTCTCGATACAAGGATCTCTGCTCTTGAA
AGCTTGAGACAAACTGAAGCTCCTCATCTTCCTGAGACGACAACTACTGATTAATACCTG
TCTCCTGCATTTGTACTCTCTGCTTGCTGATGACGTTGTTGTTGGGTTGAGATGAGATGC
CTTTT**GCGTTTATGAATAACTTGGGACTTGGGAGGTGTTCTTGTATGACTACTGTTTT
TAAAAAAAAAAAAACAATGAAGTTAAGGTAGTCTTACAAGGATTGAAACTTGCTGTGACA
CTTTGCCATGAAAATTTATGTTTCGATC

QA 1 388 1 388
DS 

RD RR1D782TF 549 0 0
GGGAGGGATTGAGAGAAGGAAGGAAGGAAGAAGATGGGGTACGTGTTGAGGGTGAGAATG
GCATCTTTCTTCGCCGGAGCAGCGACTGCGTCTTTCATCGGCCTCTCTGTTCTCTACAAG
GATTACAAAGTCGCTCACGAATCCATTTCTCACCAGGCAAAGGCTTTTCATGACTCTCTC
GATACAAGGATCTCTGCTCTTGAAAGCTTGAGACAAACTGAAGCTCCTCAGCTTCCTGAG
ACGACAACTACTGATTAATACCTGTCTCCTGCATTTGTACTCTCTGCTTGCTGATGACGT
TGTTGTTGGGTTGAGATGAGATGCCTTTTTTGCGTTTATGAATAACTTGGGACTTGGGAG
GTGTTCTTGTATGACTACTGTTTTTAAAAAAAAAAA**CAATGAAGTTAAGGTAGTCTTA
CAAGGATTGAAACTTGCTGTGACACTTTGCCATGAAAATTTATGTTTTGATCTGTTGTTT
TGGATGTTAAGTCAGCAGAATAGAATCCTGCTCTTCAGGCAGATCAAGTTTATGTATTCA
TGTGTTTTC

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1D782JQ 363 0 0
TCTGCTCTTGAAAGCTTGAGACAAACTGAAGCTCCTCAGCTTCCTGAGACGACAACTACT
GATTAATACCTGTCTCCTGCATTTGTACTCTCTGCTTGCTGATGACGTTGTTGTTGGGTT
GAGATGAGATGCCTTTTTTGCGTTTATGAATAACTTGGGACTTGGGAGGTGTTCTTGTAT
GACTACTGTTTTTAAAAAAAAAAA**CAATGAAGTTAAGGTAGTCTTACAAGGATTGAAA
CTTGCTGTGACACTTTGCCATGAAAATTTATGTTTTGATCTGTTGTTTTGGATGTTAAGT
CAGCAGAATAGAATCCTGCTCTTCAGGCAGATCAAGTTTATGTATTCATGTGTTTTCCTT
ACT

QA 1 363 1 363
DS 



AS 1 4

CO CL2944Contig1 1039 4 3 U
GGGGAAGAACAAGACGCCTCATGTGTCTGTTTGTGGTGATGTGAAGCTTGCTTTGCAAGG
CATGAACAAGATTCTTGAGAACCGAGCAGAGGAGCTCAAGCTTGACTTCGGGGTTTGGAG
GAGTGAATTGAGCGAGCAGAAGCAAAAGTTCCCGTTGAGTTTCAAGACGTTTGGAGAAGC
CATACCTCCGCGTTACGCGATTCAGGTCCTCGACGAGCTGACCGATGGGAAGGCTATCAT
CAGTACTGGTGTTGGACAGCATCAGATGTGGGCAGCACAGTTTTACAAGTACAGGAAGCC
GAGGCAGTGGTTGTCATCATCAGGTCTTGGAGCTATGGGTTTTGGACTCCCTGCTGCTAT
TGGAGTGTCTGTGGCCAACCCTGATGCGATTGTCGTGGACATTGACGGTGATGGAAGCTT
CATAATGAACGTCCAAGAGCTGGCCACAATCCGTGTGGAGAATCTTCCTGTGAAGATACT
CTTGTTAAACAACCAGCATCTTGGGATGGTCATGCAATGGGAAGATCGGTTCTACAAAGC
TAACAGAGCGCACACTTATCTTGGGGACCCAGCTAGGGAGAGCGAGATCTTCCCTAACAT
GCTGCAGTTTGCAGGAGCTTGCGGGATTCCAGCTGCGAGAGTGACGAAGAAAGAAGAGCT
CCGAGAAGCTATTCAGACAATGCTGGATACACCAGGACCATACCTGTTGGATGTGATATG
TCCGCACCAAGAGCATGTGTTACCAATGATCCCAAGTGGTGGCACGTTCAAAGATGTAAT
AACAGAAGGGGATGGTCGCACTTAGTACTGAGAGATGAAGAAGCTGGTGATCGGTCATAT
GGTAAAAGACACTTAGTTTCAGTTTCCAGTTTCTGTTTGTGTGGTAATTTGGGTTTGTTA
GTTGTTGTACTACTTTTGGTTGTTCCACAGACTTACTTGCTGCTGTTGTTTTGTTTCCTT
TTCGTTTATATATAAATAAACTGCTTGGGTTTCATATTCTTGGGACACAATGTAAGGAAT
GCTACTAGACTGCGATATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EL60TF U 1
AF RR1EL60JQ C 460
AF RR1E403JQ C 608
AF RR1E403TF U 608
BS 1 534 RR1EL60TF
BS 535 608 RR1EL60JQ
BS 609 1039 RR1E403TF

RD RR1EL60TF 534 0 0
GGGGAAGAACAAGACGCCTCATGTGTCTGTTTGTGGTGATGTGAAGCTTGCTTTGCAAGG
CATGAACAAGATTCTTGAGAACCGAGCAGAGGAGCTCAAGCTTGACTTCGGGGTTTGGAG
GAGTGAATTGAGCGAGCAGAAGCAAAAGTTCCCGTTGAGTTTCAAGACGTTTGGAGAAGC
CATACCTCCGCGTTACGCGATTCAGGTCCTCGACGAGCTGACCGATGGGAAGGCTATCAT
CAGTACTGGTGTTGGACAGCATCAGATGTGGGCAGCACAGTTTTACAAGTACAGGAAGCC
GAGGCAGTGGTTGTCATCATCAGGTCTTGGAGCTATGGGTTTTGGACTCCCTGCTGCTAT
TGGAGTGTCTGTGGCCAACCCTGATGCGATTGTCGTGGACATTGACGGTGATGGAAGCTT
CATAATGAACGTCCAAGAGCTGGCCACAATCCGTGTGGAGAATCTTCCTGTGAAGATACT
CTTGTTAAACAACCAGCATCTTGGGATGGTCATGCAATGGGAAGATCGGTTCTA

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1EL60JQ 534 0 0
GAATCTTCCTGTGAAGATACTCTTGTTAAACAACCAGCATCTTGGGATGGTCATGCAATG
GGAAGATCGGTTCTACAAAGCTAACAGAGCGCACACTTATCTTGGGGACCCAGCTAGGGA
GAGCGAGATCTTCCCTAACATGCTGCAGTTTGCAGGAGCTTGCGGGATTCCAGCTGCGAG
AGTGACGAAGAAAGAAGAGCTCCGAGAAGCTATTCAGACAATGCTGGATACACCAGGACC
ATACCTGTTGGATGTGATATGTCCGCACCAAGAGCATGTGTTACCAATGATCCCAAGTGG
TGGCACGTTCAAAGATGTAATAACAGAAGGGGATGGTCGCACTAAGTACTGAGAGATGAA
GAAGCTGGTGATCGGTCATATGGTAAAAGACACTTAGTTGCAGTTTCCAGTTTCTGTTTG
TGTGGTAATTTGGGTTTGTTAGTTGTTGTACTACTTTTGGTTGTTCCACAGACTTACTTG
CTGCTGTTGTTTTGTTTCCTTTTCGTTTATATATAAATAAACTGCTTGGGTTTC

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1E403JQ 432 0 0
G
TTGCAGGAGCTTGCGGGATTCCAGCTGCGAGAGTGACGAAGAAAGAAGAGCTCCGAGAAG
CTATTCAGACAATGCTGGATACACCAGGACCATACCTGTTGGATGTGATATGTCCGCACC
AAGAGCATGTGTTACCAATGATCCCAAGTGGTGGCACGTTCAAAGATGTAATAACAGAAG
GGGATGGTCGCACTTAGTACTGAGAGATGAAGAAGCTGGTGATCGGTCATATGGTAAAAG
ACACTTAGTTTCAGTTTCCAGTTTCTGTTTGTGTGGTAATTTGGGTTTGTTAGTTGTTGT
ACTACTTTTGGTTGTTCCACAGACTTACTTGCTGCTGTTGTTTTGTTTCCTTTTCGTTTA
TATATAAATAAACTGCTTGGGTTTCATATTCTTGGGACACAATGTAAGGAATGCTACTAG
ACTGCGATATC

QA 2 432 2 432
DS 

RD RR1E403TF 432 0 0
G
TTGCAGGAGCTTGCGGGATTCCAGCTGCGAGAGTGACGAAGAAAGAAGAGCTCCGAGAAG
CTATTCAGACAATGCTGGATACACCAGGACCATACCTGTTGGATGTGATATGTCCGCACC
AAGAGCATGTGTTACCAATGATCCCAAGTGGTGGCACGTTCAAAGATGTAATAACAGAAG
GGGATGGTCGCACTTAGTACTGAGAGATGAAGAAGCTGGTGATCGGTCATATGGTAAAAG
ACACTTAGTTTCAGTTTCCAGTTTCTGTTTGTGTGGTAATTTGGGTTTGTTAGTTGTTGT
ACTACTTTTGGTTGTTCCACAGACTTACTTGCTGCTGTTGTTTTGTTTCCTTTTCGTTTA
TATATAAATAAACTGCTTGGGTTTCATATTCTTGGGACACAATGTAAGGAATGCTACTAG
ACTGCGATATC

QA 2 432 2 432
DS 



AS 1 2

CO CL2945Contig1 683 2 19 U
GGATATAATTTTCCGAGAAAATTTTCATTTGGGAGAATTCGATTTTTATATGAATTCTAG
TTTCTGGGCTCGGCGATTGAAGTGATGAGCAACCTTAGAGCTATCTGTAGACCACACACG
GTGCTTGCTTCGATCGTGTGTTGCAGTAGAAACCAATCTCGATCAATCGTCAAGGTTTCG
ATTCAAAAACTCAGATTTAGAACTCGGGTCTCGAATTCGTTTCCGTCTTCGTCACGGGCC
GCGTCGAAAGATTCGAACTTTTGGTTTGGTGTGAGTCAGAGGAAGACTCTCGTCAGGGCG
GCTTCGAATTGGAGCGAAGAGAAGTCTCCTTACGATACTCTCGAGCTGGAACGAGATGCA
GAGGAAGAGCAGATTAAGGTGGCATACAGACGATTAGCCAAGTATTATCATCCTGATGTT
TATGATGGGAAAGGGACGCTTGAAGAAGGAGAGACAGCAGAAGGTAGATTCATCAAGATT
CAGGCGGCATACGAGCTGCTCATGGACACGGAGAAGAGAAGAGAGTATGATATGGATAAC
CGAGTGAATCCAATGAAGGCATCACAAGCTTGGATGGAATGGCTGATGAAAAAGCGTAAA
GCATTTGATCAGAGAGGCGACATGGCTATTGCAGCTTGGGCTGAGCAACAACAGCTTGAG
ATTAACCTGCGTGCTCGTCGTCT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FH24TF U 1
AF RR1EP63TF U 6
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BS 69 69 RR1EP63TF
BS 70 143 RR1FH24TF
BS 144 144 RR1EP63TF
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BS 186 186 RR1EP63TF
BS 187 245 RR1FH24TF
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BS 357 383 RR1FH24TF
BS 384 384 RR1EP63TF
BS 385 488 RR1FH24TF
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BS 490 602 RR1FH24TF
BS 603 603 RR1EP63TF
BS 604 683 RR1FH24TF

RD RR1FH24TF 683 0 0
GGATATAATTTTCCGAGAAAATTTTCATTTGGGAGAATTCGATTTTTATATGAATTCTAG
TTTCTGGGTTCGGCGATTGAAGTGATGAGCAACCTTAGAGCTATCTGTAGACCACACACG
GTGCTTGCTTCGATCGTGTGTTGTAGTAGAAACCAATCTCGATCAATCGTCAAGGTTTCG
ATTCAGAAACTCAGATTTAGAACTCGGGTCTCGAATTCGTTTCCGTCTTCGTCACGGGCC
GCGTCTAAAGATTCGAACTTTTGGTTTGGTGTGAGTCAGAGGAAGACTCTCGTCAGGGCG
GCTTCGAGTTGGAGCGAAGAGAAGTCTCCTTACGATACTCTCGAGCTGGAACGAGGTGCA
GAGGAAGAGCAGATTAAGGTGGCGTACAGACGATTAGCCAAGTATTATCATCCTGATGTT
TATGATGGGAAAGGGACGCTTGAAGAAGGAGAGACAGCAGAAGGTAGATTCATCAAGATT
CAGGCGGCGTACGAGCTGCTCATGGACACGGAGAAGAGAAGAGAGTATGATATGGATAAC
CGAGTGAATCCAATGAAGGCATCACAAGCTTGGATGGAATGGCTGATGAAAAAGCGTAAA
GCGTTTGATCAGAGAGGCGACATGGCTATTGCAGCTTGGGCTGAGCAACAACAGCTTGAG
ATTAACCTGCGTGCTCGTCGTCT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1EP63TF 667 0 0
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GGGCTCGGCGATTGAAGTGATGAGCAACCTTAGAGCTATCTGTAGACCACACACGGTGTT
TGCTTCGATCGTGTGTTGCAGTAGAAACCAATCTCGATCAATCGTCAAGGTTTCGATTCA
AAAACTCAGATTTAGAACTCGGGTCTCGAGTTCGTTTCCGTCTTCGTCACGGGTCGCGTC
GAAAGATTCGAACTTTTGGTTTGGTGTGAGTCAGAGGAAGACTCTCGTCAGGGCGGCTTC
GAATTGGAGCGAAGAGAAGTCTCCTTACGATACTCTCGAGCTGGAACGAGATGCAGAGGA
AGAGCAGATTAAGGTGGCATACAGACGATTAGCCAAGTATTATCATCCTGATGTTTATGA
TGGGAAAGGGACGCTTGAAGAAGGAGAGACAGCAGAAGGTAGATTCATCAAGATTCAGGC
GGCATACGAGCTGCTCATGGACACGGAGAAGAGAAGAGAGTATGATATGGATAACCGAGT
GAATCCAATGAAGGCATCACAAGCTTGGATGGAATGGCTGATGAAAAAGCGTAAAGCATT
TGATCAGAGAGGCGACATGGCTATTGCAGCTTGGGCTGAGCAACAACATCTTGAGATTAA
CTTGCGT

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 4

CO CL2946Contig1 931 4 18 U
GGATCTCTCAACCTTATCAACAATGGCTTCCACCTACCACGTTCGATCTAGTAGCTTACC
AGCTCGGTTACACTCAAATGGTTGTCTCAACCATATACAGCAACTCCTCAACAAACTTCC
TACAGATAATAATAATAGCCTCTCGTTTCTCTCAGAGCTCTATGACTCTGTTTCTCATCT
ATTCAACGACTCACCAGCTTCATTACTGCTCCCTCATCACTCCTTTTTCACACATCTTCT
TGATCTTTCCCTTGTACACCTTGACTTGTGCTCCAAGCTAAGAGACATCACTTGCCGCAT
CAAGGACTGCCTCCGAGACCTCCGCTCTGCTTTCAGACGGAGGACACACGGTGGAGATTC
CACTATCCAGTGCCACGTCAAAGCCTTTATCCGCTCTCGGAGATTGATTCACAAGGATCT
TGCTAAGCTACTCTCGTTGCTCAAACAAACCGAACATTCCTCCTCAGAGTCAACTCATCC
*TTTGATCACACTGCTCCGACAAGTTTGTTCACAAACATGTCACTCCTTTAGGACCGTCC
TGTTGTCCTTATCCTCACCTGTACCCAAGCCCATGCCTTCCAAATGGGCTTTAGTCACCA
AACTGATGATCAACAACGTCACTAATAAAAATGCTCAAGTGCAGACAAACGAGTTCCAGA
TGATGGACGAGGAGCTACAAAGACTCTCCTTGCCCAAAGAGATAAACAAGGAACGAATCA
AGTCTTTGATCACAACCTTGGACAACGTAGATGTTGCAGTTGAAGAACTAGAGGAGTCGC
TTGAAAGCTTATACAGGCGTATGATCCAAGCAAGAGTCTCGATTTTGAACACACTCTCTA
CACATATATGATTTAATTAGAACTCCATTCACTAGATCTCATTGTGTATGTATACAAGTT
CACATATATTTTTTTAACATGTTTCATAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GGG
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AG*AGCTACAAAGACTCTCCTTGGCGAAAG*GATAAAGAAG
ACG

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TACAGATAATAATAATAGCCTCTCGTTTCTCTCAGAGCTCTATGACTCTGTTTCTCATCT
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TGATCTTTCCCTTGTACACCTTGACTTGTGCTCCAAGCTAAGAGACATCACTTGCTGCAT
CAAGGACTGCCTCCGAGATCTCCGTTCTGCTTTCAGACGGAGGACACACGGTGGAGATTC
CACTATCCAGTGCCACGTCAAAGCCTTTATCCGCTCTCGGAGATTGATTCACAAGGATCT
TGCTAAGCTACTCTCGTTGCTCAAACAAACCGAACATTCCTCCTCAGAGTCAACTCATCC
*TTTGATCACACTGCTCCGACAAGTTTGTTCACAAACATGTCACTCCTTTAGGACCGTCC
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TGATGGACGAGGAGCTACAAAGACTCTCCTTGCCCAAAGAGATAAACAAGGAACGAATCA
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DS 

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CGT
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CATTCACTAGATCTCATTGTGTATGTATACAAGTTCACATATATTTTTTTAACATGTTTC
ATAGAT

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DS 

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CTT
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CTCACCTGTACCCAAGCCCATGCCTTCCAAATGGGCTTTAGTCACCAAACTGATGATCAA
CAACGTCACTAATAAAAATGCTCAAGTTCAGACAAACGAGTTCCAGATGATGGACGAGGA
GCTACAAAGACTCTCCTTGGCGAAAGGGATAAAGAAGGAACGAATCAAATCTTTGATTTC
AACCTTGGACAACGTAGATGTTGCAGTTGAAGAACTAGAGGAGTCGCTTGAAAGCTTATA
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TAATTAGAACTCCATTCACTAGATCTCATTGTGTATGTATACAAGTTCACATATATTTTT
TT

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DS 



AS 1 3

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CTGAATCGTCTGTTCGTTCCAAAACATTTTAAACTGCTTCACCATCTCAGACCGTTCTCC
CATTATCCTCTCCTTCCAATACTCTCTGCATCGTATCTTTAACAGAAGGTGGAGCTCGAT
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TTGTCATATTTCTTTAGGATTTTACGGATGGCAATAGCATTCATTGTTATGTATTGGATC
AAGATTTGACCCTCATGGATTAAAGCTTGTTTTTCATCCGTGAAGCATCTGCGTAAACGC
GTTATGTATCTTTGCATCCCAGTGGCTACATGAAGATGGAGAAGATGCCTAACTCTTGAC
TTGAAGAATCCTGCTATGTCAGAAGCCTCCTTCATCAGCTCCTTGAAGAACATCTCATCG
CAACAAGGGCAAGATTGGCATTGGCATGAATCAGACAAAGTAGCTGATGAGATGATGTGT
TGTTCATCATCCGATCTTGTGGAGTTACATGTAGTCTTGCATTTCTTTAGCACTTTCTTG
AGTTTCTTATATTCAACATGACGACATTTTTCTAGGAACCACTCCTCTTCTCCCTGTAGA
TATTCGGTGAACGTCTCTCCAAACTTCATCTTCTCATATAGTACACAAATCTCAATCTAA
GATTTTATATGTATGCCACTATGAGATACTTTCAAATCAAGCAAAGATATTATTTATTGT
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AAAATATTTATAGCAAATTACCTATTGAAAGTAGGAGATCTGGAGGGATCAAGATGATAC
CTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1AN29JQ U 1
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GTCAAGCCCAGAGTTAA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1D548JQ 814 0 0
AACTAGTGCTGTATTTATTTATAATGTATGGGAAATGGCAGAATTACAAATAGTTTGTTT
TTGAGAAACAAATAGTTGTTTTTACCAAAAAAAAGTTGTTTTTTTCTCATCACTTTTGTT
TTAATTTAAATAAGTTATGATGATTGAAGAAGTAAATGACTAGTAACCGATCATCTGAAT
CGTCTGTTCGTTCCAAAACATTTTAGACTGCTTCACCATCTCAGACCGTTCTCCCATTAT
CCTCTCCTTCCAATACTCTCTGCATCGTATCTTTAACAGAAGGTGGAGCTCGATCATGTG
AACTGCTTCCGCATAAACTCCAACCTCTCTACATATGGGACATTTAGAACATTGCGGTGC
TGCTTTAACGCCTTGGAAAATCATTACAGAAGCAGCCGAGCATGCACACGCTTTACAAAA
TATGTGACCACATTTTAAAGCGTAGGGATTGAATACCGTTTCCAGGCAGATTGCGCAAGT
TAGATCAAACTCGAGCTCTGTTGTGTTAGGCAGCATGAGTTTCATCACTGGTTGATCTTC
GTTGAGATTTTCACATGAGACGCGGCCAAAAGAGTTCTTAAAGTTTCCAACTTTGTCAAG
CCCAGAGTTAAGATAAAGGCTCCAAGTTCTATGAGCCAAGGTGAGTGCAAGAGCTCTATA
CGCTCTGCTTGCATTTTCAACTTGAAATTCTTACCATTGTCTGAGCCATGCACCTTGTCA
TATTTCTTTAGGATTTTACGGATGGCAATAGCATTCATTGTTATGTATTGGATCAAGATT
TGACCCTCATGGATTAAAGCTTGTTTTTCATCCG

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1D548TF 736 0 0
GAGTGCAAGAGCTCTATACGCTCTGCTTGCATTTTCAACTTGAAATTCTTACCATTGTCT
GAGCCATGCACCTTGTCATATTTCTTTAGGATTTTACGGATGGCAATAGCATTCATTGTT
ATGTATTGGATCAAGATTTGACCCTCATGGATTAAAGCTTGTTTTTCATCCGTGAAGCAT
CTGCGTAAACGCGTTATGTATCTTTGCATCCCAGTGGCTACATGAAGATGGAGAAGATGC
CTAACTCTTGACTTGAAGAATCCTGCTATGTCAGAAGCCTCCTTCATCAGCTCCTTGAAG
AACATCTCATCGCAACAAGGGCAAGATTGGCATTGGCATGAATCAGACAAAGTAGCTGAT
GAGATGATGTGTTGTTCATCATCCGATCTTGTGGAGTTACATGTAGTCTTGCATTTCTTT
AGCACTTTCTTGAGTTTCTTATATTCAACATGACGACATTTTTCTAGGAACCACTCCTCT
TCTCCCTGTAGATATTCGGTGAACGTCTCTCCAAACTTCATCTTCTCATATAGTACACAA
ATCTCAATCTAAGATTTTATATGTATGCCACTATGAGATACTTTCAAATCAAGCAAAGAT
ATTATTTATTGTTCTCAAAACGAATTGACTATTGCTTAAATAGAGAAATATCGCCAAGAC
AAAGATGATCGGAAAATATTTATAGCAAATTACCTATTGAAAGTAGGAGATCTGGAGGGA
TCAAGATGATACCTCC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 3

CO CL2948Contig1 985 3 7 U
GGAACGAAAACGCTACCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTCTTCCCTTTTTCTTTTTCGGAA
GAAAGATCTTCGTCGTGTTTCCTGGAAATCAATCAATCGTCTTCGTTTAATTGTCTCTGT
TATTAATAGAAAGTACAATAGAGGAGGGATCAGGGAGATTTTGGGGGCGTTGACATGGGC
CAAACTTTTCGCAAGCTTTTCGATACTTTCTTCGGCAATCAGGAAATGAGGGTCGTTATG
CTGGGTCTGGATGCGGCCGGCAAAACAACTATACTCTACAAGCTCCACATAGGAGAAGTT
CTGTCCTCTGTTCCCACAATCGGTTTCAATGTGGAGAAAGTCCAGTACAAGAATGTGATG
TTCACAGTTTGGGATGTTGGTGGCCAAGAAAAGCTCAGGCCCTTGTGGAGGCATTACTTC
AATAATACCGATGGACTTATATACGTGGTAGATTCCTTGGACCGCGAGAGAATTGGTAAA
GCTAAGCAAGAGTTTCAGGAGATCATAAAAGACCCATTCATGCTTAATAGCGTCATTCTA
GTGTTTGCAAACAAACAAGACATGAGAGGAGCCATGTCTCCCCGAGAAGTATGTGAAGGG
CTTGGCTTATTAGATCTCAAGAACAGGAAATGGCATATACAAGGCACATGTGCTCTTCAA
GGAGATGGCCTCTATGAAGGCTTAGACTGGTTATCCTCTACGCTCAAAGAGGTTAGAGCA
GCTGGTTTCTCATCCGCTGGCCCCTTGTTCTAACCTACTTTTGTCCGCATATGACCAAAT
CAAGCTCATGGTGTCTCTCAAGTCTCTCCACCATTATATACTTTTGTTCCATAACCAAAG
TCTTCTTCTTGGCCTCTGAAGACTTTTTGTGAAAGCCAATGTTATTATCAAACTATACTC
ACTGTTTGCATGATATGACGCTTGGGCTTCATTGTATACACTGATGAAAAAAATGTTTAA
TATGCAAAATTATCGTTAATTGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CM95TF U 1
AF RR1E826TF U 13
AF RR1CM95JQ C 251
BS 1 148 RR1CM95TF
BS 149 149 RR1E826TF
BS 150 179 RR1CM95TF
BS 180 180 RR1E826TF
BS 181 637 RR1CM95TF
BS 638 643 RR1E826TF
BS 644 985 RR1CM95JQ

RD RR1CM95TF 637 0 0
GGAACGAAAACGCTACCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTCTTCCCTTTTTCTTTTTCGGAA
GAAAGATCTTCGTCGTGTTTCCTGGAAATCAATCAATCGTCTTCGTTTAATTGTCTCTGT
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CAAACTTTTCGCAAGCTTTTCGATACTTTCTTCGGCAATCAGGAAATGAGGGTCGTTATG
CTGGGTCTGGATGCGGCCGGCAAAACAACTATACTCTACAAGCTCCACATAGGAGAAGTT
CTGTCCTCTGTTCCCACAATCGGTTTCAATGTGGAGAAAGTCCAGTACAAGAATGTGATG
TTCACAGTTTGGGATGTTGGTGGCCAAGAAAAGCTCAGGCCCTTGTGGAGGCATTACTTC
AATAATACCGATGGACTTATATACGTGGTAGATTCCTTGGACCGCGAGAGAATTGGTAAA
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GTGTTTGCAAACAAACAAGACATGAGAGGAGCCATGTCTCCCCGAGAAGTATGTGAAGGG
CTTGGCTTATTAGATCTCAAGAACAGGAAATGGCATA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1E826TF 644 0 0
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TCGTGTTTCCTGGAAATCAATCAATCGTCTTCGTTTAATTGTCTCTGTTATTAATAGAAA
GTACAATAGAGGAGGGATCAGGGAGATTTTGGGGGCGTTGACATGGGCCAAACTTTTCGC
AAGCTTTTCGATACTTTCTTCGGCAATCAGGAAATGAGGGTCGTTATGCTGGGTCTGGAT
GCGGCCGGCAAAACAACTATACTCCACAAGCTCCACATAGGAGAAGTTCTGTCCACTGTT
CCCACAATCGGTTTCAATGTGGAGAAAGTCCAGTACAAGAATGTGATGTTCACAGTTTGG
GATGTTGGTGGCCAAGAAAAGCTCAGGCCCTTGTGGAGGCATTACTTCAATAATACCGAT
GGACTTATATACGTGGTAGATTCCTTGGACCGCGAGAGAATTGGTAAAGCTAAGCAAGAG
TTTCAGGAGATCATAAAAGACCCATTCATGCTTAATAGCGTCATTCTAGTGTTTGCAAAC
AAACAAGACATGAGAGGAGCCATGTCTCCCCGAGAAGTATGTGAAGGGCTTGGCTTATTA
GATCTCAAGAACAGGAAATGGCATATACAAG
CACATGTGCTCTT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1CM95JQ 735 0 0
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TTCCCACAATCGGTTTCAATGTGGAGAAAGTCCAGTACAAGAATGTGATGTTCACAGTTT
GGGATGTTGGTGGCCAAGAAAAGCTCAGGCCCTTGTGGAGGCATTACTTCAATAATACCG
ATGGACTTATATACGTGGTAGATTCCTTGGACCGCGAGAGAATTGGTAAAGCTAAGCAAG
AGTTTCAGGAGATCATAAAAGACCCATTCATGCTTAATAGCGTCATTCTAGTGTTTGCAA
ACAAACAAGACATGAGAGGAGCCATGTCTCCCCGAGAAGTATGTGAAGGGCTTGGCTTAT
TAGATCTCAAGAACAGGAAATGGCATATACAAGGCACATGTGCTCTTCAAGGAGATGGCC
TCTATGAAGGCTTAGACTGGTTATCCTCTACGCTCAAAGAGGTTAGAGCAGCTGGTTTCT
CATCCGCTGGCCCCTTGTTCTAACCTACTTTTGTCCGCATATGACCAAATCAAGCTCATG
GTGTCTCTCAAGTCTCTCCACCATTATATACTTTTGTTCCATAACCAAAGTCTTCTTCTT
GGCCTCTGAAGACTTTTTGTGAAAGCCAATGTTATTATCAAACTATACTCACTGTTTGCA
TGATATGACGCTTGGGCTTCATTGTATACACTGATGAAAAAAATGTTTAATATGCAAAAT
TATCGTTAATTGTCG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 4

CO CL2949Contig1 818 4 2 U
GGGAGAATATCTACAAAGGTTTAACTGAGAAAGAAGAAGAGCTCGCAGACCTAGACAAGT
TTAACCAAACTCTTATACTCAGAGAGCGCAGAACCAACGATGAGCTTCAAGAAGCTCGTA
AAGAGTTGGTAAACATTATGAAAGAGTGGAAACAAAATATCGGTGTGAAGAGAATGGGAG
AGCTGGTGACGAAACCGTTCATGGATGCACTTCAGCAGAAGTATTGTCAGCAAGATGTGG
AGGACAGAGCTATTGACGTTCTCTAGCTCTGGGAAGACTATCTCAAAGATCCAGATTGGC
ATCCATTCAAGCGGATCAAGTTTGAAAATCAAGAAAGAGAAGTGGAAGTGATAGATGAGA
GGGACGAGAAGCTGAGGGAGCTCAAGGAAGATCTAGGAGATGGTCCTTATAATGCGGTAA
CGAGAGCTTTGTTGGAGATAAACGAGTATAACCCAAGTGGAAGGTACATTACAACGGAGC
TATGGAACATAAAAGAAGACAGGAAGGCTACACTTGAAGAAGGTGTCACTTGTTTACTTG
ATGAATGGGAGAAGTCTAAACGCAAGCGTGGAATGGTTTAAGCAGGTCCAAGGACAAGAT
GGGAAACTAGCCTGAATGAAATGCCGTCTAATCGGTATTATGTAGTTGCAGAGGAATTGA
TGAACCTTTGCCGTCTGTTTATTTTTTTTTCTCTCTTTATCAGAACTCATTAGTGGATTA
ATGGGAACACACATCTCTGATGTCTTAACTTTGAACATATTTCGACAACTAGTATTAATA
ATGTCTCATCTTTGTAATATAGTTCACATGAAACCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT91TF U 1
AF RR1BZ85JQ C 284
AF RR1FT91JQ C 16
AF RR1BZ85TF U 202
BS 1 567 RR1FT91TF
BS 568 818 RR1BZ85TF

RD RR1FT91TF 567 0 0
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TTAACCAAACTCTTATACTCAGAGAGCGCAGAACCAACGATGAGCTTCAAGAAGCTCGTA
AAGAGTTGGTAAACATTATGAAAGAGTGGAAACAAAATATCGGTGTGAAGAGAATGGGAG
AGCTGGTGACGAAACCGTTCATGGATGCACTTCAGCAGAAGTATTGTCAGCAAGATGTGG
AGGACAGAGCTATTGACGTTCTCTAGCTCTGGGAAGACTATCTCAAAGATCCAGATTGGC
ATCCATTCAAGCGGATCAAGTTTGAAAATCAAGAAAGAGAAGTGGAAGTGATAGATGAGA
GGGACGAGAAGCTGAGGGAGCTCAAGGAAGATCTAGGAGATGGTCCTTATAATGCGGTAA
CGAGAGCTTTGTTGGAGATAAACGAGTATAACCCAAGTGGAAGGTACATTACAACGGAGC
TATGGAACATAAAAGAAGACAGGAAGGCTACACTTGAAGAAGGTGTCACTTGTTTACTTG
ATGAATGGGAGAAGTCTAAACGCAAGC

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1BZ85JQ 406 0 0
CAAAGATCC*GATTGGCATCCATTCAAGCGGATCAAGTTTGAAAATCAAGAAAGAGAAGT
GGAAGTGATAGATGAGAGGGACGAGAAGCTGAGGGAGCTCAAGGAAGATTTAGGAGATGG
TCCTTATAATGCGGTAACGAGAGCTTTGTTGGAGATAAACGAGTATAACCCAAGTGGAAG
GTACATTACAACGGAGCTATGGAACATAAAAGAAGACAGGAAGGCTACACTTGAAGAAGG
TGTCACTTGTTTACTTGATGAATGGGAGAAGTTTAAACGCAAGCGTGGAATGGTTTAAGC
AGGTCCAAGGACAAGATGGGAAACTAGCCTGAATGAAATGCCGTTTAATCGGTATTATGT
AGTTGCAGAGGAATTGATGAACCTTTGCCGTTTGTTTATTTTTTTT

QA 1 406 1 406
DS 

RD RR1FT91JQ 761 0 0
AAGGTTTAACTGAGAAAGAAGAAGAGCTCGCAGACCTAGACAAGTTTAACCAAACTCTTA
TACTCAGAGAGCGCAGAACCAACGATGAGCTTCAAGAAGCTCGTAAAGAGTTGGTAAACA
TTATGAAAGAGTGGAAACAAAATATCGGTGTGAAGAGAATGGGAGAGCTGGTGACGAAAC
CGTTCATGGATGCACTTCAGCAGAAGTATTGTCAGCAAGATGTGGAGGACAGAGCTATTG
ACGTTCTCTAGCTCTGGGAAGACTATCTCAAAGATCCAGATTGGCATCCATTCAAGCGGA
TCAAGTTTGAAAATCAAGAAAGAGAAGTGGAAGTGATAGATGAGAGGGACGAGAAGCTGA
GGGAGCTCAAGGAAGATCTAGGAGATGGTCCTTATAATGCGGTAACGAGAGCTTTGTTGG
AGATAAACGAGTATAACCCAAGTGGAAGGTACATTACAACGGAGCTATGGAACATAAAAG
AAGACAGGAAGGCTACACTTGAAGAAGGTGTCACTTGTTTACTTGATGAATGGGAGAAGT
CTAAACGCAAGCGTGGAATGGTTTAAGCAGGTCCAAGGACAAGATGGGAAACTAGCCTGA
ATAAAATGCCGTCTAATCGGTATTATGTAGTTGCAGAGGAATTGATGAACCTTTGCCGTC
TGTTTATTTTTTTT*CTCTCTTTATCAGAACTCATTAGTGGATTAATGGGAACACACATC
TCTGATGTCTTAACTTTGAACATATTTCGACAACTAGTATT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1BZ85TF 617 0 0
G
GGATGCACTTCAGCAGAAGTATTGTCAGCAAGATGTGGAGGACAGAGCTATTGACGTTCT
CCAGCTCTGGGAAGACTATCTCAAAGATCC*GATTGGCATCCATTCAAGCGGATCAAGTT
TGAAAATCAAGAAAGAGAAGTGGAAGTGATAGATGAGAGGGACGAGAAGCTGAGGGAGCT
CAAGGAAGATCTAGGAGATGGTCCTTATAATGCGGTAACGAGAGCTTTGTTGGAGATAAA
CGAGTATAACCCAAGTGGAAGGTACATTACAACGGAGCTATGGAACATAAAAGAAGACAG
GAAGGCTACACTTGAAGAAGGTGTCACTTGTTTACTTGATGAATGGGAGAAGTCTAAACG
CAAGCGTGGAATGGTTTAAGCAGGTCCAAGGACAAGATGGGAAACTAGCCTGAATGAAAT
GCCGTCTAATCGGTATTATGTAGTTGCAGAGGAATTGATGAACCTTTGCCGTCTGTTTAT
TTTTTTTTCTCTCTTTATCAGAACTCATTAGTGGATTAATGGGAACACACATCTCTGATG
TCTTAACTTTGAACATATTTCGACAACTAGTATTAATAATGTCTCATCTTTGTAATATAG
TTCACATGAAACCACT

QA 2 617 2 617
DS 



AS 1 3

CO CL2950Contig1 863 3 7 U
GGGAGGGAAATGTAAAGAGTGAGGAAACCTCGAGGGACTTGATTATAAAATTGTTTTATT
TCAAGGGTTAAAGAGGCGACGAGCACTTAACCAAAAATTGGGGTTCGGAGAGAGCGCATG
ACCAAAGATTAGGGTTTCAAGAGGAGCGATGGTGCGTATGGAAGGAGCGTTGATGGGTGA
AGAATGTGATGCTTGGTGTTGGTATCTGGAAGATGTATTTTTGCTGCATACACCTGATGA
GCCTGACTGGGTGAGACCGAATCATGTCATTGAGAACGAGAAAAACAAGGCGCTTCAGCT
CACACCCAAACAAGAATGTGACTTGATTAATGAACAGATAAAAGCCAGCGAGGGCTTCGA
TGTTGATTGGACCAAGGCCCGCTGCCTTTACAATTACCATCCTGTTGTTTTCGATGATGA
TGTATTTGTCGAGGAGCCCGAAACCAATCTTGATCTACTCAACAGGCTCTGTGAAAAATC
CATTGGTCACTACAATCAGGAAAACAAGACAGCATATGAATTTGTCAAGCCTCTTTATGC
CAATTGTCACGGGTGTACTGGGATCATGTTTCTCATAACTTTCCAAGTCAAGGATCCTGT
TGAAAACCTCACAAAAGACTTCCAAGCTAGGACTCATTACTCTTATTGTAGCAAGAGCCA
GTTCATCATGTGCAGACCAAAACACCACCAAGCAGATAGCCTTGGAGTTGCCGAGAATGA
CCCCAAGAAGCCAAGACTGGAGTAGGATGCTCCCTTTACTCGTGACAGAACTTACTATCG
ACTTTTGGTTATGTTTTTATTACTTTTTGTAGACTGTTGTTGTTGTCTTCCTGTAAGCAA
AGATACCTGTAGCGAACCTTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BR48TF U 1
AF RR1H464TF U 97
AF RR1H464JQ C 473
BS 1 301 RR1BR48TF
BS 302 302 RR1H464TF
BS 303 632 RR1BR48TF
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BS 634 720 RR1BR48TF
BS 721 742 RR1H464TF
BS 743 863 RR1H464JQ

RD RR1BR48TF 720 0 0
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TCAAGGGTTAAAGAGGCGACGAGCACTTAACCAAAAATTGGGGTTCGGAGAGAGCGCATG
ACCAAAGATTAGGGTTTCAAGAGGAGCGATGGTGCGTATGGAAGGAGCGTTGATGGGTGA
AGAATGTGATGCTTGGTGTTGGTATCTGGAAGATGTATTTTTGCTGCATACACCTGATGA
GCCTGACTGGGTGAGACCGAATCATGTCATTGAGAACGAGAAAAACAAGGCGCTTCAGCT
CGCACCCAAACAAGAATGTGACTTGATTAATGAACAGATAAAAGCCAGCGAGGGCTTCGA
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CATTGGTCACTACAATCAGGAAAACAAGACAGCATATGAATTTGTCAAGCCTCTTTATGC
CAATTGTCACGGGTGTACTGGGATCATGTTTCTCATAACTTTCCAAGTCAAGGATCCTGT
TGAAAACCTCACAAAAGACTTCCAAGCTAGGATTCATTACTCTTATTGTAGCAAGAGCCA
GTTCATCATGTGCAGACCAAAACACCACCAAGCAGATAGCCTTGGAGTTGCCGAGAATGA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1H464TF 646 0 0
GGG
GGGGTTCGGAGAGAGCGCATGACCAAAGATTAGGGTTTCAAGAGGAGCGATGGTGCGTAT
GGAAGGAGCGTTGATGGGTGAAGAATGTGATGCTTGGTGTTGGTATCTGGAAGATGTATT
TTTGCTGCATACACCTGATGAGCCTGACTGGGTGAGACCGAATCGTGTCATTGAGAACGA
GAAAAACAAGGCGCTTCAGCTCACACCCAAACAAGAATGTGACTTGATTAATGAACAGAT
AAAAGCCAGCGAGGGCTTCGATGTTGATTGGACCAAGGCCCGCTGCCTTTACAATTACCA
TCCTGTTGTTTTCGATGATGATGTATTTGTCGAGGAGCCCGAAACCAATCTTGATCTACT
CAACAGGCTCTGTGAAAAATCCATTGGTCACTACAATCAGGAAAACAAGACAGCATATGA
ATTTGTCAAGCCTCTTTATGCCAATTGTCACGGGTGTACTGGGATCATGTTTCTCATAAC
TTTCCAAGTCAAGGATCCTGTTGAAAACCTCACAAAAGACTTCCAAGCTAGGACTCATTA
CTCTTATTGTAGCAAGAGCCAGTTCATCATGTGCAGACCAAAACACCACCAAGCAGATAG
CCTTGGAGTTGCCGAGAATGACCCCAAGAAGCCAAGACTGGAG

QA 4 646 4 646
DS 

RD RR1H464JQ 391 0 0
GAAAAATCCATTGGTCACTACAATCAGGAAAACAAGACAGCATATGAATTTGTCAAGCCT
CTTTATGCCAATTGTCACGGGTGTACTGGGATCATGTTTTTCATAACTTTCCAAGTCAAG
GATCCTGTTGAAAACCTCACAAAAGACTTCCAAGCTAGGACTCATTACTTTTATTGTAGC
AAGAGCCAGTTCATCATGTGCAGACCAAAACACCACCAAGCAGATAGCCTTGGAGTTGCC
GAGAATGACCCCAAGAAGCCAAGACTGGAGTAGGATGCTCCCTTTACTCGTGACAGAACT
TACTATCGACTTTTGGTTATGTTTTTATTACTTTTTGTAGACTGTTGTTGTTGTCTTCCT
GTAAGCAAAGATACCTGTAGCGAACCTTTTA

QA 1 391 1 391
DS 



AS 1 4

CO CL2951Contig1 1170 4 7 U
GGTTTTGGGAAAGTTTACAGAGGTTGGATCGATGCCAAGAGTCTTGCTCCTTCTAAAGCA
GGCTCCGGTATGATCGTGGCCGTTAAAAGATTGAACTCCGAGAGTGTCCAAGGATATTCA
GAGTGGCGATCTGAGATTAACTTCTTGGGGACGCTTTCACATCCAAATCTGGTGAAGTTA
TTAGGATACTGCCGGGAAGACAAGGAGCTTCTCCTTGTCTACGAGTTCATGCCTAAAGGA
AGCCTTGAGAACCACCTTTTCAGACGAGGCGAGCCTTTTCCTTGGGACCTAAGGATCAAG
ATTGTGATCGGTGCAGCTCGTGGTATTGCGTTTCTACATGGCTTACCAAGAGAAGTCATA
TATAGAGACTTCAAAACCTCCAATATACTTCTCGATTACAATTATGAAGCAAAGCTTTCA
GATTTCGGTTTAGCAAAGTTAGGACCAGCACAAGAGAAGTCACACGTTACGACTAGGATC
ATGGGCACGTATGGTTACGCTGCTCCTGAATATATGGCAACAGGACATTTATACGTCAAA
AGTGACGTCTATGCCTTCGGTGTAGTACTATTAGAAATAATGACCGGACTAAGAGCACAC
AACACAAAACGGCCCAACGGACAAGAGAGTCTAGTCGACTGGTTAAGACCAGATCTCTTA
AACAAACATGGAGTGAAACAGATAATGGACAAAGGAATCAAAGGTCAATACTCATCCAAA
GCCGCAGCAGAAATGGCACGCATCACACTCTCTTGCACCGAGCTAGACCCAAAAAACCGA
CCAGACATGAAGGAAGTAGTCGACGTACTCGAAAACATCCAACGCATCAACGTTGTTCCA
GACCGTTCTTCCACCAAACCTGCTGTTGCTAGTTCTTCTCGTTCCTCGCCACTTCACTAT
CAGTATGGATATCGAGCTGGCGCGGCGGGGGCTGAACGGAGGAGGCCGTCAAGACCGTCG
CCTGGAAGGGTTGGAGCACAGAAAGAAATGGTTGCTTGATGTTATTTATTTATCGGCCAT
ACTGATACGATATTGTTTCAAAGTCCTTTTGATTCTATTCTATTCTATTTTTTTTAACTC
TATTTATCTTTAAATCAGAGTAACTAAAATTTATTTTGATACCATATTATTGGTGTGATT
TGTATAAAATACCGTTTTCTTGTGCTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D958TF U 1
AF RR1AS33TF U 192
AF RR1D958JQ C 314
AF RR1AS33JQ C 306
BS 1 544 RR1D958TF
BS 545 545 RR1AS33TF
BS 546 691 RR1D958TF
BS 692 944 RR1AS33TF
BS 945 945 RR1AS33JQ
BS 946 962 RR1AS33TF
BS 963 1170 RR1AS33JQ

RD RR1D958TF 691 0 0
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GGCTCCGGTATGATCGTGGCCGTTAAAAGATTGAACTCCGAGAGTGTCCAAGGATATTCA
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TTAGGATACTGCCGGGAAGACAAGGAGCTTCTCCTTGTCTACGAGTTCATGCCTAAAGGA
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ATTGTGATCGGTGCAGCTCGTGGTATTGCGTTTCTACATGGCTTACCAAGAGAAGTCATA
TATAGAGACTTCAAAACCTCCAATATACTTCTCGATTACAATTATGAAGCAAAGCTTTCA
GATTTCGGTTTAGCAAAGTTAGGACCAGCACAAGAGAAGTCACACGTTACGACTAGGATC
ATGGGCACGTATGGTTACGCTGCTCCTGAATATATGGCAACAGGACATTTATACGTCAAA
AGTGGCGTCTATGCCTTCGGTGTAGTACTATTAGAAATAATGACCGGACTAAGAGCACAC
AACACAAAACGGCCCAACGGACAAGAGAGTCTAGTCGACTGGTTAAGACCAGATCTCTTA
AACAAACATGGAGTGAAACAGATAATGGACA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1AS33TF 771 0 0
G
CGGGAAGACAAGGAGCTTCTCCTTGTCTACGAGTTCATGCCTAAAGGAAGCCTTGAGAAC
CACCTTTTCAGACGAGGCGAGCCTTTTCCTTGGGACCTAAGGATCAAGATTGTGATCGGT
GCAGCTCGTGGTCTTGCGTTTCTACATGGCTTACCAAGAGAAGTCATATATAGAGACTTC
AAAACCTCCAATATACTTCTCGATTACAATTATGAAGCAAAGCTTTCAGATTTCGGTTTA
GCAAAGTTAGGACCAGCACAAGAGAAGTCACACGTTACGACTAGGATCATGGGCACGTAT
GGTTACGCTGCTCCTGAATATATGGCAACAGTACATTTATACGTCAAAAGTGACGTCTAT
GCCTTCGGTGTAGTACTATTAGAAATAATGACCGGACTAAGAGCACACAACACAAAACGG
CCCAACGGACAAGAGAGTCTAGTCGACTGGTTAAGACCAGATCTCTTAAACAAACATGGA
GTGAAACAGATAATGGACAAAGGAATCAAAGGTCAATACTCATCCAAAGCCGCAGCAGAA
ATGGCACGCATCACACTCTCTTGCACCGAGCTAGACCCAAAAAACCGACCAGACATGAAG
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CGAGCTGGCGCGGCGGGGGCTGAACGGAGGAG*CCGTCAAGACCGTCGCC

QA 2 771 2 771
DS 

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AAACCTCCAATATACTTCTCGATTACAATTATGAAGCAAAGCTTTCAGATTTCGGTTTAG
CAAAGTTAGGACCAGCACAAGAGAAGTCACACGTTACGACTAGGATCATGGGCACGTATG
GTTACGCTGCTCCTGAATATATGGCAACAGGACATTTATACGTCAAAAGTGGCGTCTATG
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CCAACGGACAAGAGAGTCTAGTCGACTGGTTAAGACCAGATTTTTTAAACAAACATGGAG
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TGGCACGCATCACACTTTCTTGCACCGAGCTAGACCCAAAAAACCTACCAGACATGAAGG
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CCAAACCTGCTGTTGCTAGTTCTTCTCGTTCCTCGCCACTTCACTATCAGTATGGATATC
GAGCTGGCGCGGCGGGGGCTGAACGGAGGAGGCCGTCAAGACCGTCGCCTGGAAGGGTTG
GAGCACAGAAAGAAATGGTTGCTTGATGTTATTTATTTATCGGCCATACTGATACGATAT
TGTTTCAAAGTCCTTTTGATTCTATTCTATTCTATTTTTTT
AACTC

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DS 

RD RR1AS33JQ 865 0 0
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CGGTTTAGCAAAGTTAGGACCAGCACAAGAGAAGTCACACGTTACGACTAGGATCATGGG
CACGTATGGTTACGCTGCTCCTGAATATATGGCAACAGTACATTTATACGTCAAAAGTGA
CGTCTATGCCTTCGGTGTAGTACTATTAGAAATAATGACCGGACTAAGAGCACACAACAC
AAAACGGCCCAACGGACAAGAGAGTCTAGTCGACTGGTTAAGACCAGATCTCTTAAACAA
ACATGGAGTGAAACAGATAATGGACAAAGGAATCAAAGGTCAATACTCATCCAAAGCCGC
AGCAGAAATGGCACGCATCACACTCTCTTGCACCGAGCTAGACCCAAAAAACCGACCAGA
CATGAAGGAAGTAGTCGACGTACTCGAAAACATCCAACGCATCAACGTTGTTCCAGACCG
TTCTTCCACCAAACCTGCTGTTGCTAGTTCTTCTCGTTCCTCGCCACTTCACTATCAGTA
TGGATATCGAGCTGGCGCGGCGGGGGCTGAACGGAGGAGGCCGTCAAGACCGTCGCCTGG
AAGGGTTGGAGCACAGAAAGAAATGGTTGCTTGATGTTATTTATTTATCGGCCATACTGA
TACGATATTGTTTCAAAGTCCTTTTGATTCTATTCTATTCTATTTTTTTTAACTCTATTT
ATCTTTAAATCAGAGTAACTAAAATTTATTTTGATACCATATTATTGGTGTGATTTGTAT
AAAATACCGTTTTCTTGTGCTGTTG

QA 1 865 1 865
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2953Contig1 944 4 6 U
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AGACTCAAGATCAACGATTGTATCGATACCTCCAGCACCGATGTTTCTTCTCCCAGAGAA
GGAAAGAAAGATGAGATCACTGGACTTCAAGAAAAGGATTTTGACTCATTCAGCTCTGAC
GATGTGGATGATGAAGAAGAATCTGGTGAACAGCTTTTGTGTATACGCGATGCTCTCGAA
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CAAGTAGCTCTCTCTGAGATTGATTACAGCAGGAAGATGTTGCTTGAGAAGCTCAAGGAG
TACAAAGGGAAAGAACTTGAAGTGCTAAGCGAGGCTTCAACTTTTGCTGGCGAAAGAGTT
GACTATGAGAACGATCTTCTCCTTCCTCCTTACCCTGTTCACCCTCCTCTTCCTCTCTCC
CTCGGTTTGGATAATAACAATGCCTACTTACCTCATTTACCGTCAAAGCAGAAGAAATCT
GCAGATGCAAATGGGTTTGGCTCAGCAGAGGTCAAGGGTCCTAATGGAGTTGTTCGCTTC
TTAGGCTCTGTTGCAAAGATCATGCTACCAATCATCGGCGTCATTTCAGTCTTGTCTGCT
TCCGGTTATGGTCCAGAGATCAAGAAAAGAGGAGTGTCATTCAAACTTCTGGGGCTTCTC
CCTCAACGAGTAGTCAGAGCACCTAATCAATGCCCGCCTGGGAAAGTTCTAGTGATTGAA
GACGGTAAAGCAAGGTGTCTTGTGAAGGAAAGAGTCGAAATACCTTTTGACTCGGTGGTT
GCAAAACGAGATGTAACATACGGATACGGTTGAACTGAATGAAAAAAACTCCTTTCTCTG
TAATCTTTACTGCCTCCACTGTGTAACGTTTCAACCTTTTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV15TF U 109
AF RR1F774TF U 1
AF RR1GV15JQ C 248
AF RR1F774JQ C 155
BS 1 284 RR1F774TF
BS 285 285 RR1GV15TF
BS 286 424 RR1F774TF
BS 425 427 RR1GV15TF
BS 428 689 RR1F774TF
BS 690 944 RR1F774JQ

RD RR1GV15TF 552 0 0
G
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AATCTCTCGAATCTCTCGAGTCTCAGCTTGCTGCTTTACAGAATCTACGGCAAAGACAAC
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AGCTCAAGGAGTACAAAGGGAAAGAACTTGAAGTGCTAAGCGAGGCTTCAACTTTTGCTG
GCGAAAGAGTTGACTATGAGAACGATCTTCTCCTTCCTCCTTACCCTGTTCACCCTCCTC
TTCTTCTCTCCCTCGGTTTGGATAATAATAATGGCTACTTACCTCATTTACCGTCAAAGC
AGAAGAAATCTTCAGATGCAAATGGGTTTGGCTCAGCAGAGGTCAAGGGTCCTAATGGAG
TTGTTCGCTTCTTAGGCTCTGTTGCAAAGATCATGCTACCAATCATCGGCGTCATTTCAG
TCTTGTCTGCT

QA 2 552 2 552
DS 

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AGACTCAAGATCAACGATTGTATCGATACCTCCAGCACCGATGTTTCTTCTCCCAGAGAA
GGAAAGAAAGATGAGATCACTGGACTTCAAGAAAAGGATTTTGACTCATTCAGCTCTGAC
GATGTGGATGATGAAGAAGAATCTGGTGAACAGCTTTTGTGTATACGCGATGCTCTCGAA
TCTCTTGAGTCTCAGCTTGCTGCTTTACAGAATCTACGGCAAAGGCAACAGTATGAGAAA
CAAGTAGCTCTCTCTGAGATTGATTACAGCAGGAAGATGTTGCTTGAGAAGCTCAAGGAG
TACAAAGGGAAAGAACTTGAAGTGCTAAGCGAGGCTTCAACTTTTGCTGGCGAAAGAGTT
GACT**TAGAACGATCTTCTCCTTCCTCCTTACCCTGTTCACCCTCCTCTTCCTCTCTCC
CTCGGTTTGGATAATAACAATGCCTACTTACCTCATTTACCGTCAAAGCAGAAGAAATCT
GCAGATGCAAATGGGTTTGGCTCAGCAGAGGTCAAGGGTCCTAATGGAGTTGTTCGCTTC
TTAGGCTCTGTTGCAAAGATCATGCTACCAATCATCGGCGTCATTTCAGTCTTGTCTGCT
TCCGGTTATGGTCCAGAGATCAAGAAAAG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1GV15JQ 566 0 0
AGTCTCAGCTTGCTGCTTTACAGAATCTACGGCAAAGACAACAGTATGAGAAGCAAGTAG
CTCTCTCTGAGATTGATTACAGCAGGAAGATGTTGCTTGAGAAGCTCAAGGAGTACAAAG
GGAAAGAACTTGAAGTGCTAAGCGAGGCTTCAACTTTTGCTGGCGAAAGAGTTGACTATG
AGAACGATCTTCTCCTTCCTCCTTACCCTGTTCACCCTCCTCTTCTTCTCTCCCTCGGTT
TGGATAATAATAATGGCTACTTACCTCATTTACCGTCAAAGCAGAAGAAATCTTCAGATG
CAAATGGGTTTGGCTCAGCAGAGGTCAAGGGTCCTAATGGAGTTGTTCGCTTCTTAGGCT
CTGTTGCAAAGATCATGCTACCAATCATCGGCGTCATTTCAGTCTTGTCTGCTTCCGGTT
ATGGTCCAGAGATCAAGAAAAGAGGAGTGTCATTCGAACTTCTGGGGCTTCTCCCTCAAC
GAGTAGTCAGAGCACCTAATCAATGCCCGCCTGGGAAAGTTCTAGTGATTGAAGACGGTG
AAGCAAGGTGTCTTGTGAAGGAAA
AA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1F774JQ 790 0 0
AGGATTTTGACTCATTCAGCTCTGACGATGTGGATGATGAAGAAGAATCTGGTGAACAGC
TTTTGTGTATACGCGATGCTCTCGAATCTCTTGAGTCTCAGCTTGCTGCTTTACAGAATC
TACGGCAAAGGCAACAGTATGAGAAACAAGTAGCTCTCTCTGAGATTGATTACAGCAGGA
AGATGTTGCTTGAGAAGCTCAAGGAGTACAAAGGGAAAGAACTTGAAGTGCTAAGCGAGG
CTTCAACTTTTGCTGGCGAAAGAGTTGACT**TAGAACGATCTTCTCCTTCCTCCTTACC
CTGTTCACCCTCCTCTTCCTCTCTCCCTCGGTTTGGATAATAACAATGCCTACTTACCTC
ATTTACCGTCAAAGCAGAAGAAATCTGCAGATGCAAATGGGTTTGGCTCAGCAGAGGTCA
AGGGTCCTAATGGAGTTGTTCGCTTCTTAGGCTCTGTTGCAAAGATCATGCTACCAATCA
TCGGCGTCATTTCAGTCTTGTCTGCTTCCGGTTATGGTCCAGAGATCAAGAAAAGAGGAG
TGTCATTCAAACTTCTGGGGCTTCTCCCTCAACGAGTAGTCAGAGCACCTAATCAATGCC
CGCCTGGGAAAGTTCTAGTGATTGAAGACGGTAAAGCAAGGTGTCTTGTGAAGGAAAGAG
TCGAAATACCTTTTGACTCGGTGGTTGCAAAACGAGATGTAACATACGGATACGGTTGAA
CTGAATGAAAAAAACTCCTTTCTCTGTAATCTTTACTGCCTCCACTGTGTAACGTTTCAA
CCTTTTATCT

QA 1 790 1 790
DS 



AS 2 4

CO CL2954Contig1 755 2 5 U
GGGCTTGGGATTGAAACAAACAGTTCAGAAAAGAAAAAAAAAGAAGGGATTGAAACAAAC
CCTAGAACACTCACTCAAGATGACCGCCAATCGAGAAGAAGGGGAGAAGGGAAAGAATAA
GAGGAAGAAGCTAGGAGAGGGGGATGGATCTGCTTCGACTCCTCAGAAGAAGATAAAGAA
GAGAAGGAAGAGGAACCCGGAGGCTAGGAAGGAACAGCGAAAGAGGGGAAAAACGGTACG
AAAGTGGAAGCTGCAGGCGCCTCTAGTCCTGACCGAGGAAGAAGAAGCATTGCTTGAACA
CCTCAAACGTAGCGGTAACACAATCGCCACCATGGATTACGAAAACATAAAATTTCCCAA
CAATGGAATCTTCGATATGATTCTGAGGATGCTTCGCCTAAGAGGCTACAGAGGCTTAAT
CCACCTCCATGTGTTTCTTGGTTACAAAGGCGATACAGGGCCAAAGATTGAAAAACCAAA
ACCAAAGACTCAGGGAACCTTCCAGATCCATTACCGGCACAACTACCCTAGACCTCCTGG
TACCGCAGGTGATCAAGCTGCTGATCTCTGTCTTAAAAATTTCCTCGATAACTTGCCTCC
AGACAGGCCTCCACACAACATGCTGATCATCAGCAATGATAATGGGTTCAGGCGTTGGCT
AGATATCTTGAGAGCTCGAGATGATATTGTCTACGTAGCTAGGACACAAGAATCTAAAAT
TCTTGTAGTGGAGCACACAAAGAGTGGGGCTGGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE78TF U 25
AF RR1AC86TF U 1
BS 1 346 RR1AC86TF
BS 347 347 RR1DE78TF
BS 348 522 RR1AC86TF
BS 523 523 RR1DE78TF
BS 524 755 RR1AC86TF

RD RR1DE78TF 623 0 0
GG
AGAAAAGAAAAAAAAAGAAGGGATTGAAACAAACCCTAGAACACTCACTCAAGATGACCG
CCAATCGAGAAGAAGGGGAGAAGGGAAAGAATAAGAGGAAGAAGCTAGGAGAGGGGGATG
GATCTGCTTCGACTCCTCAGAAGAAGATAAAGAAGAGAAGGAAGAGGAACCCGGAGGCTA
GGAAGGAACAGCGAAAGAGGGGAAAAACGGTACGAAAGTGGAAGCTGCAGGCGCCTCTAG
TCCTGACCGAGGAAGAAGAAGCATTGCTTGAACACCTCAAACGTAGCGGTAACACAATCG
CCACCATGGATTACGAAAACATAAAATTTCCCAACAATGGAATCTTCGATATGATTCTGA
GGATGCTTCGCCTAAGAGGCTACAGAGGCTTAATCCACCTCCATGTGTTTCTTGGTTACA
AAGGCGATACAGGGCCAAAGATTGAAAAACCAAAACCAAAGACTCAGGGAACCTTCCAGA
TCCATTACCGGCACAACTACCCTAGACCTCCTGGTACCGCAGGTGATCAAGCTGCTGATC
TCTGTCTTAAAAATTTCCTTGATAACTTGCCTCCAGACAGGCCTCCACACAACATGCTGA
TCATCAGCAATGATAATGGGT

QA 3 623 3 623
DS 

RD RR1AC86TF 755 0 0
GGGCTTGGGATTGAAACAAACAGTTCAGAAAAGAAAAAAAAAGAAGGGATTGAAACAAAC
CCTAGAACACTCACTCAAGATGACCGCCAATCGAGAAGAAGGGGAGAAGGGAAAGAATAA
GAGGAAGAAGCTAGGAGAGGGGGATGGATCTGCTTCGACTCCTCAGAAGAAGATAAAGAA
GAGAAGGAAGAGGAACCCGGAGGCTAGGAAGGAACAGCGAAAGAGGGGAAAAACGGTACG
AAAGTGGAAGCTGCAGGCGCCTCTAGTCCTGACCGAGGAAGAAGAAGCATTGCTTGAACA
CCTCAAACGTAGCGGTAACACAATCGCCACCATGGATTACGAAAACGTAAAATTTCCCAA
CAATGGAATCTTCGATATGATTCTGAGGATGCTTCGCCTAAGAGGCTACAGAGGCTTAAT
CCACCTCCATGTGTTTCTTGGTTACAAAGGCGATACAGGGCCAAAGATTGAAAAACCAAA
ACCAAAGACTCAGGGAACCTTCCAGATCCATTACCGGCACAATTACCCTAGACCTCCTGG
TACCGCAGGTGATCAAGCTGCTGATCTCTGTCTTAAAAATTTCCTCGATAACTTGCCTCC
AGACAGGCCTCCACACAACATGCTGATCATCAGCAATGATAATGGGTTCAGGCGTTGGCT
AGATATCTTGAGAGCTCGAGATGATATTGTCTACGTAGCTAGGACACAAGAATCTAAAAT
TCTTGTAGTGGAGCACACAAAGAGTGGGGCTGGAA

QA 1 755 1 755
DS 



CO CL2954Contig2 622 2 6 U
GGCAAAAAAACCATTCTCATGTGAAAACTTTCAGTGTGTCAACTAAATCCATTTAGACAG
AGATTCTCAAGTACAGAGATCAAAGATGTTCCTAAAAGACAACGTTCCAAATAACAGAGA
TACAACTCATCTACTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTATTCTTATTCTTCATCC
TGGTCCTCATCGTCATCCTCATCGTCATCCTCATCCTCATCCTCATCCTCATCCTCATCC
TCATCCTCATCCTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTACTCATCCTGGTCC
TGGTTCTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTACTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTCCTGGTTC
TCATCCTGGTCCTGGTCCTCATCCTGTTCTTCATCCTCATCATTTTGCTTCTGCTGATAA
ACACTATGATGAAAAGGACAAAACTCCTCCTTCCAGCCCCACTCCTTGTGTGCTCCACCT
ACAAGAATTTTAGATTCTTGTGTCCTAGCTACGTAGACAATATCACCTCGAGCTCTCAAG
ATATCTAGCCAACGCCTGAACCCATTATCATTGCTGATGATCAGCATGTTGTGTGGAGGC
CTGTCTGGAGGCAAGTTATCGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1DE78JQ U 1
AF RR1AC86JQ U 55
BS 1 160 RR1DE78JQ
BS 161 163 RR1AC86JQ
BS 164 551 RR1DE78JQ
BS 552 552 RR1AC86JQ
BS 553 620 RR1DE78JQ
BS 621 622 RR1AC86JQ

RD RR1DE78JQ 622 0 0
GGCAAAAAAACCATTCTCATGTGAAAACTTTCAGTGTGTCAACTAAATCCATTTAGACAG
AGATTCTCAAGTACAGAGATCAAAGATGTTCCTAAAAGACAACGTTCCAAATAACAGAGA
TACAACTCATCTACTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT***ATTCTTATTCTTCATCC
TGGTCCTCATCGTCATCCTCATCGTCATCCTCATCCTCATCCTCATCCTCATCCTCATCC
TCATCCTCATCCTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTACTCATCCTGGTCC
TGGTTCTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTACTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTCCTGGTTC
TCATCCTGGTCCTGGTCCTCATCCTGTTCTTCATCCTCATCATTTTGCTTCTGCTGATAA
ACACTATGATGAAAAGGACAAAACTCCTCCTTCCAGCCCCACTCCTTGTGTGCTCCACCT
ACAAGAATTTTAGATTCTTGTGTCCTAGCTACGTAGACAATATCACCTCGAGCTCTCAAG
ATATCTAGCCA*CGCCTGAACCCATTATCATTGCTGATGATCAGCATGTTGTGTGGAGGC
CTGTCTGGAGGCAAGTTATC
AA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1AC86JQ 568 0 0
AGACAGAGATTCTCAAGTACAGAGATCAAAGATGTTCCTAAAAGACAACGTTCCAAATAA
CAGAGATACAACTCATCTACTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTATTCTTATTCT
TCATCCTGGTCCTCATCGTCATCCTCATCGTCATCCTCATCCTCATCCTCATCCTCATCC
TCATCCTCATCCTCATCCTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTACTCATCC
TGGTCCTGGTTCTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTACTCATCCTGGTCCTCATCCTGGTCC
TGGTTCTCATCCTGGTCCTGGTCCTCATCCTGTTCTTCATCCTCATCATTTTGCTTCTGC
TGATAAACACTATGATGAAAAGGACAAAACTCCTCCTTCCAGCCCCACTCCTTGTGTGCT
CCACCTACAAGAATTTTAGATTCTTGTGTCCTAGCTACGTAGACAATATCATCTCGAGCT
CTCAAGATATCTAGCCAACGCCTGAACCCATTATCATTGCTGATGATCAGCATGTTGTGT
GGAGGCCTGTCTGGAG*CAAGTTATCGA

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 4

CO CL2955Contig1 861 4 10 U
GATTAAGTAGAGGCTAATAACTCTCTTACATGATTCAATCTATATATGTATAATGTGTTT
CTCATTTATCATACAAACTCAAAAGTGGAATTCCAGAACATAAAGACAGAGAGTTTAGGT
TCATCATACCATCATCAATGCCGAGTCACTATCCTCCCACACAGAACGTTTGATAAACAC
CCGTGGTGGTGGTTCGACTGTTGCTTCTTCTTCTTCTTGGTCTTGTCCTTTTGTTTAACC
ACCGGTTTGATCACTTCCTTGATTGCGGAATCAAAAACTGCTTTCACATTCTGTTGAGTT
TTTGAGCTACATTCAATGTAATATGTTGCGCCTATTAGCTTACGCAACTCCTCTCCCTGT
GCAGTAGTTACAGGGGATAGTCCAGGATGGTCAGCCAGATAATGCTTATCCTCACGGAAA
TCTAATTTGGTACCGACAAGAACTAATGGAACTCCTGGAGCAAAGTGTTGGAGCTCAGGG
ATCCACTTTTTAAAAACATTTTCATAGCTAGCTCTGCTGACCAATGAGAAAGACAAGACG
AAAACATCTGCTCCTCTGTAACTTAAAGGCCTTAGTCTGTTGTAATCTTCTTGCCCAGCA
GTGTCCCATAGCCCTAAGTTCACAGTGGTGCCTTCAACTACAACGTTTGCACTGAAGTTG
TCAAAAACCGTTGGTACATAGTCAGTAGGGAATTTGTTGCTGGTGTAGCAGATGAGCATA
CAGGCTTTACCAACGGCGCCATCACCAACAGTTACACATTTGATGAACTTTGAAGCACTT
GAAGCCATTCTTCTTCTCTACAACACAATCACAAGACGAAGAAAAAAAACAGAGAGAAAT
AAAATGAAGTGATTACTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1EI62JQ U 1
AF RR1AS03JQ U 20
AF RR1EI62TF C 32
AF RR1AS03TF C 20
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CC

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CAAAAGTGGAATTCCAGAACATAAAGACAGAGAGTTTAGGTTCATCATACCATCATCAAT
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GTTGCTTCTTCTTCTTCTTGGTCTTGTCCTTTTGTTTAACCACCGGTTTGATCACTTCCT
TGATTGCGGAATCAAAAACTGCTTTCACATTCTGTTGAGTTTTTGAGCTACATTCAATGT
AATATGTTGCGCCTATTAGCTTACGCAACTCCTCTCCCTGTGCAGTAGTTACAGGGGATA
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ACAACACAATCACAAGACGAAGAAAAAAAACAGAGAGAAATAAAATGAAGTGATTACTTT
CC

QA 1 842 1 842
DS 



AS 1 4

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ATTGCCAGAGCACCAAAAACCATAATCCCAGGAGAAGAAGCGTGTATAATGTCAGGCTTA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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TCCCCTTGTAGCATTCCAGTGAAAACCGCTGGCATTCCGGCGAACAGCTTCTCAAGATCC
TCTCTGTA

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G
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GCTTTCCATAAGCACATAAGCAATCCAAGTATACAAAAGATAAAACACCATTAACCAAAA
GTAACATTTCAACCAAATTTCACTTTGATTGCTTCTTCTAAGCGTTAACTTCCGGCGGCA
CAGGAAAGAGTCGTTTAAACAACCAATTTATTGGTCCCAAAACCTCAGCTTTCTTCTTCC
TCCAGAACCATATCGCTGCTCCGTACTGTTCATTGCGTATCTTCGTCGTTGCTGCTCTCC
AATCATACTTCTCCGTCTCTTCTCTTGCCGCCTTTCCAATGATTTCTCTTGTTTCACTGT
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A*CCCTGTCTTTCCCTCCTGTTCTTCAGGGATGATATCAGGGATTCCACCAGCTCGAGCA
GCAACAACAGGAAGTCCTGAAGCCATTGCCTCAAGAACCACAAGACCAAGCGTCTCTGAC
TCTGATGGCATCACAAACACATCACCGCTTGCGTAAGCTTGCGAGAGTTCCTCCCCTTGT
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AGCTCCAAACTCTTTTCTACGCCAA

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TCTTTTCCAATGGCAGCGGAAGGAACTAATGTAAGATCAGCCGCTCGGTGAAGAAATCTG
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ACGTGTGTGTGGTAAGACATTACTATTGGTACAGATAGCATTTTTGCTATTGCCAGAGCA
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CTGTTTTTGTATCC

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GAGAGATTTATAGAGAGAGAAGAAGAAAGGTTCATTTTTCTTATTCCTCTCTCTACAGGA
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AAGGATATCCTCTCTGTGAGGCCGAGACAGATACGGCATC

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DS 



AS 1 4

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CTCTCTCTCTCT**ATCCCCTTACGTAAATATAACAGTTATCAAACAAGGATCCAGAAGT
AGAACAGTCTTCAAAACAAAGAGTTTCATCTTCTTCTCTGTTTTTCTTTTTTT**ATTTT
TGATGAAATTCTCACCTGAAATAGATAGAGACGAGAGGAATATCGACGTCATTGTCATCT
TGATCCTCACAAGCCACCACTACATCAAGATGGTGACGGTAAGGCGGCAACTCCACTTTA
GCAATATCCCTAGCGAGATCCACCACCTTCTTGTCCATCCTCTCCTTGTGCCTCGGGAAC
ATACTGTTGAACAGGAGGCAGCTTCCGCAAGAGATGCTGTAAGCGTTAAGCCCTTTGTCC
TCCAGCCACTGCAACACCTCACGCAGCGTAGGGTTTCCTTTCAGAACCCATCTGTCCCAA
ACGGTCCAAGCCATGTCGCGGTGCTTCACCACCTTAGGCGGAACCGGTTCAGCCATTGAG
AAGAGCGGAAGTGCCAGGTTGGCGAAAGTGTTTCTGTAGGCTTCCACTTTGTGTCCTCCG
TCAAGGACCTTGTAAAGCTCGAGGCAGACCAGACCAGTGGCCATGGCTGTTGAGGTCGCA
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TCATCATCCTTTTCGAACTGAACTGGTTTCATCCTGAAATCTGGAGACAAGTTATGCCTA
CAACGCTCAAGCTTAGCAATGAGGTCGTTGATGACTGTAGCGTCATCCACCGAAGCAGTG
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GGGACTATCACACTGTCTACAGCTTCAGCTGCTTCCTTTGGGTTCTTGGTCCAGTCAGGC
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CTTGGGTCAGAAGAGGAGTACTGGAGCGGACC


BQ
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30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A726JQ U 1
AF RR1BV18JQ U 17
AF RR1AV01JQ U 39
AF RR1AV01TF C 293
BS 1 501 RR1A726JQ
BS 502 502 RR1BV18JQ
BS 503 631 RR1A726JQ
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BS 697 889 RR1A726JQ
BS 890 969 RR1AV01JQ
BS 970 1112 RR1AV01TF

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CTCTCTCTCTCT**ATCCCCTTACGTAAATATAACAGTTATCAAACAAGGATCCAGAAGT
AGAACAGTCTTCAAAACAAAGAGTTTCATCTTCTTCTCTGTTTTTCTTTTTTT**ATTTT
TGATGAAATTCTCACCTGAAATAGATAGAGACGAGAGGAATATCGACGTCATTGTCATCT
TGATCCTCACAAGCCACCACTACATCAAGATGGTGACGGTAAGGCGGCAACTCCACTTTA
GCAATATCCCTAGCGAGATCCACCACCTTCTTGTCCATCCTCTCCTTGTGCCTCGGGAAC
ATACTGTTGAACAGGAGGCAGCTTCCGCAAGAGATGCTGTAAGCGTTAAGCCCTTTGTCC
TCCAGCCACTGCAACACCTCACGCAGCGTAGGGTTTCCTTTCAGAACCCATCTGTCCCAA
ACGGTCCAAGCCATGTCGCGGGGCTTCACCACCTTAGGCGGAACCGGTTCAGCCATTGAG
AAGAGCGGAAGTGCCAGGTTGGCGAAAGTGTTTCTGTAGGCTTCCACTTTGTGTCCTCCG
TCAAGGACCTTGTAAAGCTCGAGGCAGACCAAACCAGTGGCCATGGCTGTTGAGGTCACA
ATGGCCGGTATGATTCTCCCTGCGATGAACTTTGCTTTCAGCTTGTCGACTTCGGGTATG
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DS 

RD RR1BV18JQ 834 0 0
G
TAGAACGAGAAGATGGATGATAAAATCGAATGGGTCTCTGCGTCTCTCTCTCT****ATC
CCCTTACGTAAATATAACAGTTATCAAACAAGGATCCAGAAGTAGAACAGTCTTCAAAAC
AAAGAGTTTCATCTTCTTCTCTGTTTTTCTTTTTTTTTATTTTTGATGAAATTCTCAACT
GAAATAGATAGAGACGAGAGGAATATCGACGTCATTGTCATCTTGATCCTCACAAGCCAC
CACTACATCAAGATGGTGACGGTAAGGCGGCAACTCCACTTTAGCAATATCCCTAGCGAG
ATCCACCACTTTCTTGTCCATCCTCTCCTTGTGCCTCGGGAACATACTGTTGAACAGAAG
ACAGCTTCCGCAAGAGATGCTGTACGCGTTAAGCCCTTTGTCCTCCAGCCACTGCAACAC
CTCACGCAGCGTAGGGTTTCCTTTCAGAACCCATCTGTCCCAAACGGTCCAAGCCATGTC
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GTTGGCGAAAGTGTTTCTGTAGGCTTCCACTTTGTGTCCTCCGTCAAGGACCTTGTAAAG
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CATGTTGGCAAGACCCGATATCACGTCCATGTGATAGTTTGTATCATCATCCTTTTCGA*
CTGAACTGGTTTCATCCTGAAATCTGGAGACAAGTTATGCCTACACCGCTC
GA

QA 2 832 2 832
DS 

RD RR1AV01JQ 931 0 0
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TATCAAACAAGGATCCAGAAGTAGAACAGTCTTCAAAACACAGAGTTTCATCTTCTTCTC
TGTTTTTCTTTTTTT**ATTTTTGATGAAATTCTCACCTGAAATAGATAGAGACGAGAGG
AATATCGACGTCATTGTCATCTTGATCCTCGCAAGCCACCACTACATCAAGATGGTGACG
GTAAGGCGGCAACTCCACTTTAGCAATATCCCTAGCGAGATCCACCACCTTCTTGTCCAT
CCTCTCCTTGTGCCTCGGGAACATACTGTTGAACAGGAGGCAGCTTCCGCAAGAGATGCT
GTAAGCGTTAAGCCCTTTGTCCTCCAGCCACTGCAACACCTCACGCAGCGTAGGGTTTCC
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GGCTTCCACTTTGTGTCCTCCGTCAAGGACCTTGTAAAGCTCGAGGCAGACCAGACCAGT
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CAGCTTGTCGACTTCGGGTATGCTGTAGTTCCTAGCCCTCATGTTGGCAAGACCCGATAT
CACGTCCATGTGATAGTTTGTATCATCATCCTTTTCGAACTGAACTGGTTTCATCCTGAA
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ATCTTCCCTTGGCTCAAAGTCTGGGACTATC

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DS 

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CTTTGTCCTCCAGCCACTGCAACACCTCACGCAGCGTAGGGTTTCCTTTCAGAACCCATC
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CCATTGAGAAGAGCGGAAGTGCCAGGTTGGCGAAAGTGTTTCTGTAGGCTTCCACTTTGT
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AGTTTGTATCATCATCCTTTTCGAACTGAACTGGTTTCATCCTGAAATCTGGAGACAAGT
TATGCCTACAACGCTCAAGCTTAGCAATGAGGTCGTTGATGACTGTAGCGTCATCCACCG
AAGCAGTGGTTAAACTGGTGGCTTTCTCATCTGTCACAATCTTTGCATCTTCCCTTGGCT
CAAAGTCTGGGACTATCACACTGTCTACAGCTTCAGCTGCTTCCTTTGGGTTCTTGGTCC
AGTCAGGCACAGGGATCCCGAATGTCTCTGCTCTCAATATAGCAGTCGCCGTGATGAAGT
TAAGGAGGCTTGGGTCAGAAGAGGAGTACTGGAGCGGACC

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DS 



AS 1 4

CO CL2958Contig1 1181 4 8 U
GGATACGCTTCCATCTGCACACTTAACTTGACTCCCTTGTTACGACTTCGCCACAGATTC
CTCCAAATCCACTTCAATGGCGGATCCATCTTCTCAAGGCCCTACCCTTTCCACTTCACC
TCCTCCTCCTCCTTCTCCTGCCCTTCAATCACAAACCTCTGAACCACCACCTTGCTCAGT
CTTTCCTTTTCTCAAGAGTGTGAACAGACCGAAACTCCGCGTCACATCTGAATTCGACAG
CGATAGTCTCCTCTTCTTCAACAAAGTGTCTTGTAAGATCTTTGATAACCTCGCCAAGCT
CAAGCTATCGTTTCAGAACAACGCTCAGCGGGAGGTTTCTCAGCCTCAGGTCTCTTTCAC
TTCCAAATACGTCTCTGTTCTCTACGATGTCGAGGAGAAGAACACTTTCGTTAAAAGCAG
TGTTGATGTTTCTCCGCGTCTTCAGCTGAGAGCTCTTCATAATGTCAAGGCGCAACAAGG
AGAGGTTGCTATGGAGGCAAATCTAGCTGAACCAGGCTACTCCCTGGAGCTTTCATCACC
TGTTCCTATTGGCTATCCAAGAGCAACGCTTAAATTCCCACTTGGAGAAGTTTCAGTACA
AGAGAAAGAAGTGGAGGAGGAGGAGAAGAGCAAGCGAATAATATCTGTTAACGGGATCCT
CAAACGTCGAGCTATGGATGGTGTTTGTTCTGCTCTCTACACTGATGAAGAGTTGAGGCT
GAGATATGCTTATAAGGATGAAGCATTGTCTTTCATTCCAACCATCTCCCTTCCTTCAAA
TGCTGTTTCATTTGCGTTCAAGCGCCGGTTTAGCCCTTCTGATAAGTTGAGCTACTGGTA
CAAGTTTGATTCAAACATGTGGAGTGCAGTGTACAAACGCACATATGGTAAAGACTACAA
GTTCAAAGCTGGCTATGATTCTGATGTACGCCTTGGCTGGGCATCTCTCTGGGTAGGGGA
AGAAGATGGAAAAGTAAAAGCGACGCCAATGAAGATGAGAGTGCAGTTCATGCTCCAAGT
TCCACAAGATGACATCAAAACCTCAGTCTTGATGTTCCGAGTTAAGAAAAGATGGGACCT
TTGATTGTAAAAATCTTTTCAAAATCACATACATGTTTGTTTCTTCTCTCTGTAAGAAAA
CGGATCCATAAGTTGACTTGTCTGATAATAGTATCTTTTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DD39TF U 1
AF RR1BZ11TF U 1
AF RR1BZ11JQ C 317
AF RR1DD39JQ C 694
BS 1 717 RR1BZ11TF
BS 718 718 RR1BZ11JQ
BS 719 736 RR1BZ11TF
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BS 738 784 RR1BZ11TF
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BS 1147 1147 RR1DD39JQ
BS 1148 1181 RR1BZ11JQ

RD RR1DD39TF 613 0 0
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CGATAGTCTCCTCTTCTTCAACAAAGTGTCTTGTAAGATCTTTGATAACCTCGCCAAGCT
CAAGCTATCGTTTCAGAACAACGCTCAGCGGGAGGTTTCTCAGCCTCAGGTCTCTTTCAC
TTCCAAATACGTCTCTGTTCTCTACGATGTCGAGGAGAAGAACACTTTTGTTAAGAGCAG
TGTTGATGTTTCTCCGCGTCTTCAGCTGAGAGCTCTTCATAATGTCAAGGCGCAACAAGG
AGAGGTTGCTATGGAGGCAAATCTAGCTGAACCAGGCTACTCCCTGGAGCTTTCATCACC
TGTTCCTATTGGCTATCCAAGAGCAACGCTTAAATTCCCACTTGGAGAAGTTTCAGTACA
AGAGAAAGAAGTG

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1BZ11TF 784 0 0
GGATACGCTTCCATCTGCACACTTAACTTGACTCCCTTGTTACGACTTCGCCACAGATTC
CTCCAAATCCACTTCAATGGCGGATCCATCTTCTCAAGGCCCTACCCTTTCCACTTCACC
TCCTCCTCCTCCTTCTCCTGCCCTTCAATCACAAACCTCTGAACCACCACCTTGCTCAGT
CTTTCCTTTTCTCAAGAGTGTGAACAGACCGAAACTCCGCGTCACATCTGAATTCGACAG
CGATAGTCTCCTCTTCTTCAACAAAGTGTCTTGTAAGATCTTTGATAACCTCGCCAAGCT
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TGTTGATGTTTCTCCGCGTCTTCAGCTGAGAGCTCTTCATAATGTCAAGGCGCAACAAGG
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CAAACGTCGAGCTATGGATGGTGTTTGTTCTGCTCTCTACACTGATGAAGAGTTGAG*CT
GAGATATGCTTATAAG*ATGAAGCATTGTCTTTCATTCCAACCATCTCCCTTCCTTCAAA
TGCT

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GAGGAGGAGAAGAGCAAGCGAATAATATCTGTTAACGGGATCCTCAAACGTCGAGCTATG
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TTCAAGCGCCGGTTTAGCCCTTCTGATAAGTTGAGCTACTGGTACAAGTTTGATTCAAAC
ATGTGGAGTGCAGTGTACAAACGCACATATGGTAAAGACTACAAGTTCAAAGCTGGCTAT
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AAAGCGACGCCAATGAAGATGAGAGTGCAGTTCATGCTCCAAGTTCCACAAGATGACATC
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TTTCAAAATCACATACATGTTTGTTTCTTCTCTCTGTAAGAAAACGGATCTATAAGTTGA
CTTGTCTGATAATAGTATCTTTTGC

QA 1 865 1 865
DS 

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CATTCCAACCATCTCCCTTCCTTCAAATGCTGTTTCATTTGCGTTCAAGCGCCGGTTTAG
CCCTTCTGATAAGTTGAGCTACTGGTACAAGTTTGATTCAAACATGTGGAGTGCAGTGTA
CAAACGCACATATGGTAAAGACTACAAGTTCAAAGCTGGCTATGATTCTGATGTACGCCT
TGGCTGGGCATCTCTCTGGGTAGGGGAAGAAGATGGAAAAGTAAAAGCGACGCCAATGAA
GATGAGAGTGCAGTTCATGCTCCAAGTTCCACAAGATGACATCAAAACCTCAGTCTTGAT
GTTCCGAGTTAAGAAAAGATGGGACCTTTGATTGTAAAAATCTTTTCAAAATCACATACG
TGTTTGTTTCTTCTCTCTGTAAGAAAACGGATCCATAAGTTGACTTGTCTGATAATAGTA
TCTTTTGC

QA 1 488 1 488
DS 



AS 1 4

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TGGAGCTAAGACGGCGAGGGCCCGCGACAGCTGCAACGTGGCATCAAGGGTTCACCCGTA
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TGCCGGAGATTAGTGCAGAGGATCAGACCGACAGCTATGAGATTGAAGAGCAGCTGATCT
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CAAAGATCGAGTTTCCTTTGATGAGAATAGATGACCAGGAGGACGAAGACAACGCTGAAA
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TGTCTAATACAGAGATGTTCAAAATCGAAAAAGACGAGATAGAAGAAGATGAAGGAGAAG
AAACAAAAGCCATGAACATGGGAATAGGCTGCGGTGAGGATCGGGACGATGGGGATGGAA
CTGTGGCGTTTGAGCTGAGGTTTGATCACGAGTCACACAACACATACGAAGAAGAGGCAA
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GCTTAAACTATGACTCGGTGATATCCACATGGGGAGGCCAAGTTCCACCGTGGACATCGG
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ATGGAGGAGAAAGTCATCATAAGCATTACGTTGGTGGATGTTTACCATCAACTGGGCTTG
GGGATGGAGGAAGAGAAGCTAGGGTTTCCAGGTACAGAGAGAAGAGGAGGACGAGATTGT
TCTCGAAGAAGATAAGGTACGAGGTACGTAAACTGAATGCAGAGAAACGACCTCGAATGA
AAGGGAGATTCGTTAAGAGAGCTTCACTTGCTCTATCTGCTGCAAATTCACCATTAGGTG
TGAATTACTGAATATCCTAGCTATCTGCCAGGCTATATCTCACTTTACCTTTTAAATTGA
ACGTTTTTGTTGAACTTCTTTCTTCTGAACGCCAGAAGTTCTTTTTTGCACTTAATTGTG
CTTTGTGGGCTTGGTATGTGCATAGAAAAGCCAATAATGTGACTTGTATGGATTAAGCTG
ATGTATATATTATCTGGTAATAAGAATGTGACAAGGCACTTTGATTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1CM90TF U 1
AF RR1DW37TF U 361
AF RR1BN84TF U 767
AF RR1DW37JQ C 802
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RD RR1CM90TF 772 0 0
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TGGAGCTAAGACGGCGAGGGCCCGCGACAGCTGCAACGTGGCATCAAGGGTTCACCCGTA
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AGACT*TACTCGGCCACGGATTAGACGTCACAGAGTCTTATGCGATGGAGGGGCTAGGGT
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AAACAAA*GCCATGAACATGGGA*TAG*CTGCGGTGAGGATCGGGACGATGGGGATGGAA
CTGTGGCGTTTGAGCTGAG*TTTGATCACGAGTCACACA*CACATACGA
GAG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1DW37TF 602 0 0
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CAAAGATCGAGTTTCCTTTGATGAGAATAGATGACCAGGAGGACGAAGACAACGCTGAAA
GTTGTCTGAATGGTTTTTTCCCGACCGACATGGAGCTTGAGGAGTTTGCTGCTGACGTGG
AGACTCTACTCGGCCACGGATTAGACGTCACAGAGTCTTATGCGATGGAGGGGCTAGGGT
TGTCTAATACAGAGATGTTCAAAATCGAAAAAGACGAGATAGAAGAAGATGAAGGAGAAG
AAACAAAAGCCATGAACATGGGAATAGGCTGCGGTGAGGATCGGGACGATGGGGATGGAA
CTGTGGCGTTTGAGCTGAGGTTTGATCACGAGTCACACAACACATACGAAGAAGAGGCAA
TAAAGAATGTTGAATGTATTAAAGTGAAGGAGGAAGAGCAAAAGAATGTTCTAATGCTGA
GCTTAAACTATGACTCGGTGATATCCACATGGGGAGGCCAAGTTCCACCGTGGACATCGG
GAGAGCCACCAGAACGAGACATAGACATCAGTGACAAGCCAGTTGTTTCCATGGAAATAA
AT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1BN84TF 661 0 0
G
GAAGAAGAGGCAATAAAGAATGTTGAATGTATTAAAGTGAAGGAGGAAGAGCAAAAGAAT
GTTCTAATGCTGAGCTTAAACTATGACTCGGTGATATCCACTTGGGGAGGCCAAGGTCCA
CCGTGGACATCGGGAGAGCCACCAGAACGAGACATAGACATCAGTGACAAGCCAGTTGTT
TCCATGGAAATAAATGGAGGAGAAAGTCATCATAAGCATTACGTTGGTGGATGTTTACCA
TCAACTGGGCTTGGGGATGGAGGAAGAGAAGCTAGGGTTTCCAGGTACAGAGAGAAGAGG
AGGACGAGATTGTTCTCGAAGAAGATAAGGTACGAGGTACGTAAACTGAATGCAGAGAAA
CGACCTCGAATGAAAGGGAGATTCGTTAAGAGAGCTTCACTTGCTCTATCTGCTGCAAAT
TCACCATTAGGTGTGAATTACTGAATATCCTAGCTATCTGTCAGGCTATATCTCACTTTA
CCTTTTAAATTGAACGTTTTTGTTGAACTTTTTTCTTCTGAACGCCAGAAGTTCTTTTT*
GCACTTAATTGTGTTTTGTGGGCTTGGTATGTGCATAGAAAAGCCAATAATGTGACTTGT
ATGGATTAAGCTGATGTATATATTATCTGGTAATAAGAATGTGACAAGGCACTTTGATTG

QA 2 661 2 661
DS 

RD RR1DW37JQ 628 0 0
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TATCCACATGGGGAGGCCAAGTTCCACCGTGGACATCGGGAGAGCCACCAGAACGAGACA
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GGGTTTCCAGGTACAGAGAGAAGAGGAGGACGAGATTGTTCTCGAAGAAGATAAGGTACG
AGGTACGTAAACTGAATGCAGAGAAACGACCTCGAATGAAAGGGAGATTCGTTAAGAGAG
CTTCACTTGCTCTATCTGCTGCAAATTCACCATTAGGTGTGAATTACTGAATATCCTAGC
TATCTGCC*GGCTATATCTCACTTTACCTTTTAAATTGAACGTTTTTGTTGAACTTCTTT
TTTCTGAACGCCAGGAGTTTTTTTTTGCACTTAATTGTGCTTTGTGGGCTTGGTATGTGC
ATAGAAAAGCCAATAATGTGACTTGTATGGATTAAGCTGATGTATATATTATCTGGTAAT
AAGAATGTGACAAGGCACTTTGATTGCC

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 4

CO CL2960Contig1 637 4 10 U
GGAAAATAAATCATACAAAACACACATACAAAACATATAGACGAAGAAAATCTTCGGTAG
ATAAAAACTATTTAAATGAAGAGGAACGGTGAAACCAAGCGGCGGAGGAACGTGGCGGAA
GAGGCGGAGCAAGGAGGAGGAGATCCGGCGATGTGGGAGGATCTTGATCGTAATTTCAGA
CAAGTGCAATCGGTTTTGGACAGAAACAGATCACTTATCCAGCAAGTCAACGACAATCAC
CAGTCAAGAATGGCTGATAACATGTCCAAGAACGTTGCTTTGATCCAAGAACTCAACGGA
AACATCTCAAAGGTTGTTTCAATGTATTCTGACCTCAACACCAATTTCTCATCGGCGTTT
CACGGTGGGAAGAACGGACGCGACGGTGGTGGAACTACCGGAACCAGAGCTAATTAATCA
ACCCGGATCAAATTGATCTTTCTTAGTTGGACCGGCCGGTTTGAACATTTCGAATAAGTC
TGTTTAACATATGATCTAAACCTGTTATATAAGTTATGTTATGTTATTGCAATGATTGTC
GTTAGAATAATCCGTGGGAGAAAACCCATTATACGGGTTATTTTAATTATGGTTCGAGTC
TTCTTCAATGTGTCTCTACTGCAATTTCTCTAATAAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1AK73JQ C 1
AF RR1CP14TF U 11
AF RR1CP14JQ C 11
AF RR1AK73TF U 1
BS 1 12 RR1AK73TF
BS 13 58 RR1CP14TF
BS 59 59 RR1AK73TF
BS 60 296 RR1CP14TF
BS 297 297 RR1AK73TF
BS 298 573 RR1CP14TF
BS 574 574 RR1AK73TF
BS 575 602 RR1CP14TF
BS 603 603 RR1AK73TF
BS 604 637 RR1CP14TF

RD RR1AK73JQ 637 0 0
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ATAAAAACTATTTAAATGAAGAGGAACGGTGAAACCAAGCGGCGGAGGAACGTGGCGGAA
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CAGTCAAGAATGGCTGATAACATGTCCAAGAACGTTGCTTTGATCCAAGAACTCAACGGA
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CACGGTGGGAAGAACGGACGCGACGGTGGTGGAACTACCGGAACCAGAGCTAATTAATCA
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GTTAGAATAATCCGTGGGAGAAAACCCATTATACGGGTTATTTTAATTATGGTTCGAGTC
TTCTTCAATGTGTCTCTACTGCAATTTCTCTAATAAT

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1CP14TF 627 0 0
GG
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GCTGATAACATGTCCAAGAACGTTGCTTTGATCCAAGAACTCAATGGAAACATCTCAAAG
GTTGTTTCAATGTATTCTGACCTCAACACCAATTTCTCATCGGCGTTTCACGGTGGGAAG
AACGGACGCGACGGTGGTGGAACTACCGGAACCAGAGCTAATTAATCAACCCGGATCAAA
TTGATCTTTCTTAGTTGGACCGGCCGGTTTGAACATTTCGAATAAGTCTGTTTAACATAT
GATCTAAACCTGTTATATAAGTTATGTTATGTTATTGCAATGATTGTCGTTAGAATAATC
CGTGGGAGAAAACCCATTATATGGGTTATTTTAATTATGGTTCGAGTCTTTTTCAATGTG
TCTCTACTGCAATTTCTCTAATAAT

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR1CP14JQ 609 0 0
GG
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TAAATGAAGAGGAACGGTGAAACCAAGCGGCGGAGGAACGTGGCGGAAGAGGCGGAGCAA
GGAGGAGGAGATCCGGCGATGTGGGAGGATCTTGATCGTAATTTCAGACAAGTGCAATCG
GTTTTGGACAGAAACAGATCACTTATCCAGCAAGTCAACGACAATCACCAGTCAAGAATG
GCTGATAACATGTCCAAGAACGTTGCTTTGATCCAAGAACTCAATGGAAACATCTCAAAG
GTTGTTTCAATGTATTCTGACCTCAACACCAATTTTTCATCGGCGTTTCACGGTGGGAAG
AACGGACGCGACGGTGGTGGAACTACCGGAACCAGAGCTAATTAATCAACCCGGATCAAA
TTGATCTTTCTTAGTTGGACCGGCCGGTTTGAACATTTCGAATAAGTCTGTTTAACATAT
GATCTAAACCTGTTATATAAGTTATGTTATGTTATTGCAATGATTGTCGTTAGAATAATC
CGTGGGAGAAAACCCATTATATGGGTTATTTTAATTATGGTTCGAGTCTTTTTCAATGTG
TCTCTAC

QA 3 609 3 609
DS 

RD RR1AK73TF 637 0 0
GGAAAATAAATCATACAAAACACACATACAAAACATATAGACG***AAAATCTTCGGTAG
ATAAAAACTATTTAAATGAAGAGGAACGGTGAAACCAAGCGGCGGAGGAACGTGGCGGAA
GAGGCGGAGCAAGGAGGAGGAGATCCGGCGATGTGGGAGGATCTTGATCGTAATTTCAGA
CAAGTGCAATCGGTTTTGGACAGAAACATATCACTTATCCAGCAAGTCAACGACAATCAC
CAGTCAAGAATGGCTGATAACATGTCCAAGAACGTTGCTTTGATCCAAGAACTCAACGGA
AACATCTCAAAGGTTGTTTCAATGTATTCTGACCTCAACACCAATTTCTCATCGGCGTTT
CACGGTGGGAAGAACGGACGCGACGGTGGTGGAACTACCGGAACCAGAGCTAATTAATCA
ACCCGGATCAAATTGATCTTTCTTAGTTGGACCGGCCGGTTTGAACATTTCGAATAAGTC
TGTTTAACATATGATCTAAACCTGTTATATAAGTTATGTTATGTTATTGCAATGATTGTC
GTTAGAATAATCCGTGGGAGAAAACCCATTATACGGGTTATTTTAATTATGGTTCGAGTC
TTCTTCAATGTGTCTCTACTGCAATTTCTCTAATAAT

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL2961Contig1 849 2 2 U
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TTTTATTACATAAACACGCATCAATCTGGTTATAAACTCAGGAGGATCTCTAATCCAAAA
GTAGATGATAAAAAAAAAGACAAAGGATTAGAGATATGGCTCGTTTTATTTAAGGAGTTT
CCATAGAGATCATTCTCAAGCTCCCCAGCCTCTGAGAACCGTAGCACGAGCCACACGGTT
AACACCGAGCGTGAAAGCTCCCATCCTGAGATCACATGAGTGAGTTTTGCACATCTCTTT
CATATCTTTGAATCCACGATTCATGTATGTCTTCAGCTCATTGTTCACCTTCTCTTCTTC
CCACATAAACCCTTGTATGTTCTGGACCCATTCGAAGTAGCTGACAGTAACTCCTCCAGA
GTTTGCATATATGTCTGGGAGAATCACCACACCTTTCTTACTCAAGATCTCATCAGCATC
AGGATCAGTTGGATGGTTAGCAGCTTCAATGATGAACTTTGCTTTAATCTCATTAGCATT
CTCCCTGTTGATGACACCACCAAGTGCTGCAGGGATGAGGATATCACAATCCTCGACCAG
TATCGAGTTTGCATCAATCGGATGCGCACCGTCAAACCCTTTAACACCTCTGTGTTCTTT
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GTAACTCACCGCAACTATCTTCCCACCTTGCTCACTTATCAGCTTCGCCGCCCATGAGCC
TACATTCCCAAACCCCTGGATGACAAAACGTTGACCTGAGATGCTCTTTCCGTGTTCGTT
AAGCAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CE03JQ U 1
AF RR1F231JQ U 38
BS 1 786 RR1CE03JQ
BS 787 849 RR1F231JQ

RD RR1CE03JQ 786 0 0
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TTTTATTACATAAACACGCATCAATCTGGTTATAAACTCAGGAGGATCTCTAATCCAAAA
GTAGATGATAAAAAAAAAGACAAAGGATTAGAGATATGGCTCGTTTTATTTAAGGAGTTT
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CATATCTTTGAATCCACGATTCATGTATGTCTTCAGCTCATTGTTCACCTTCTCTTCTTC
CCACATAAACCCTTGTATGTTCTGGACCCATTCGAAGTAGCTGACAGTAACTCCTCCAGA
GTTTGCATATATGTCTGGGAGAATCACCACACCTTTCTTACTCAAGATCTCATCAGCATC
AGGATCAGTTGGATGGTTAGCAGCTTCAATGATGAACTTTGCTTTAATCTCATTAGCATT
CTCCCTGTTGATGACACCACCAAGTGCTGCAGGGATGAGGATATCACAATCCTCGACCAG
TATCGAGTTTGCATCAATCGGATGCGCACCGTCAAACCCTTTAACACCTCTGTGTTCTTT
AGTATAGTTAAGCAAGCTCTCGATATCAATACCATCCTTGTTCTTGATAGCTCCGGTGAT
GTAACTCACCGCAACTATCTTCCCACCTTGCTCACTTATCAGCTTCGCCGCCCATGAGCC
TACATT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1F231JQ 812 0 0
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TCCAAAAGTAGATGATAAAAAAAA*GACAAAGGATTAGAGATATGGCTCGTTTTATTTAA
GGAGTTTCCATAGAGATCATTCTCAAGCTCCCCAGCCTCTGAGAACCGTAGCACGAGCCA
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TCTCTTTCATATCTTTGAATCCACGATTCATGTATGTCTTCAGCTCATTGTTCACCTTCT
CTTCTTCCCACATAAACCCTTGTATGTTCTGGACCCATTCGAAGTAGCTGACAGTAACTC
CTCCAGAGTTTGCATATATGTCTGGGAGAATCACCACACCTTTCTTACTCAAGATCTCAT
CAGCATCAGGATCAGTTGGATGGTTAGCAGCTTCAATGATGAACTTTGCTTTAATCTCAT
TAGCATTCTCCCTGTTGATGACACCACCAAGTGCTGCAGGGATGAGGATATCACAATCCT
CGACCAGTATCGAGTTTGCATCAATCGGATGCGCACCGTCAAACCCTTTAACACCTCTGT
GTTCTTTAGTATAGTTAAGCAAGCTCTCGATATCAATACCATCCTTGTTCTTGATAGCTC
CGGTGATGTCACTCACCGCAACTATCTTCCCACCTTGCTCACTTATCAGCTTCGCCGCCC
ATGAGCCTACATTCCCAAACCCCTGGATGACAAAACGTTGACCTGAGATGCTCTTTCCGT
GTTCGTTAAGCAAAGC

QA 17 812 17 812
DS 



AS 1 4

CO CL2962Contig1 1186 4 3 U
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TTCTCTCTATCAAAAAACTCTCAACAAGAATATGCCAAGGTGGAGATGGGACCATTGTTT
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AGCAGCGGCGCTGGAAACGTGGCAGACTATTTCCCGATCCTTCGTTGGATAACGAGTTAC
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GAGAAACGTGAGGAGAAAGTAAAGGGTAACACTATGATCGATCACTTGCTTTCTCTCCAA
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ATTGCCGGGACTGATACATCAGGAGGAACGTTAGAATGGGCGATGGCCAACTTGTTGAAC
CATCCAGAAGTGTTAAAAAGGGCAAGAACCGAGATCGACGAGCAGATCGGTTCAGACAGG
TTGATAGAGGAACAAGATATTGCGAAGCTTCCTTATCTACAGAACATTATGTCAGAGACA
TTACGGCTATATCCTGTGGTACCAATGCTTCTCCCTCACATGGCGTCAGAAGACTGCAAG
GTGGCAGGGTACGATGTCCCTCGTGGCACTATGGTATTGGTGAACGCGTGGGCCATTCAT
AGAGACCCAAAGATGTGGGAAGAGGCGGAGAAGTTCAAGCCGGAGAGGTTTGAGAAGGAA
GGTGAGGACAAAAAGATGTTGTCTTTTGGGATGGGACGGCGAGCTTGTCCTGGGTCAGGG
CTAGCTCAGCGGCTTGTGACATTGGCTCTGGGTTCGTTGGTACAATGTTTCGATTGGGAG
AGAGATGGAGAAAAATATGTGGACATGACAGAAGCTGAGAAGGGAACTATCATGCGCAAA
GCTACACCGTTGAAAGCTATATGTAGAGCTCGTCCCATAGTCCATAAGATTTTAGATGCT
TCTTGTTCATAAGCGTATCTTCCAAACATTATTATATTTTATAACATCATGCAACCGATT
TGTAGCTTCTTATAGTTCATATAGACTTGTATATTTTTGTCATGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FO06TF U 1
AF RR1FO06JQ C 437
AF RR1DV69JQ C 595
AF RR1DV69TF U 595
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ATCTTCCAAACATTATTATATTTTATAACATCATGCAACCGATTTGTAGCTTCTTATAGT
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T

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DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR1GW48JQ U 1
AF RR1ED71JQ U 4
AF RR1GW48TF C 45
AF RR1ED71TF C 50
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GAGTTTTATTATTAGTCGTAGGTTAAAACTCTTATCTTCTTAAATTTATCTAGTCTTTAA
TTTCTCTCAAATGATAGACATAGTCTTGGGATAAGTCTCCGTCTCATCAGCTTTCATGAA
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TATACCGACGTTGATGCAATCGTTACCGTTAGGACAAGACACGATCTGGTAACCGCCAGG
AAAACCTTTAGTTTTCTCGATCTTGAA
AAAA

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DS 

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TTTTATTATTAGTCGTAGGTTAAAACTCTTATCTTCTTAAATTTATCTAGTCTTTAATTT
CTCTCAAATGATAGACATAGTCTTGGGATAAGTCTCCGTCTCATCAGCTTTCATGAACAC
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ACCGACGTTGATGCAATCGTTACCGTTAGGACAAGACACGATCTGGTAACCGCCAGGAAA
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AGGACCAGCCGTTATGAACAATGTCCTAAAGTGACTTGGGGCCGCAGTGACCCACCAATA
GGTTGACTGAACGCATATCGTGACTTTGACGTCCATCTCGATGTTAAGGTTAGTTGATTC
GGGAACGAACGGAACTTTAATCCTCCAGTTTGAGAATTTTACGGGGATCCCCCTGTTGAC
CTCTGAGATTTCCTGTCCGACAAAGAGGGGACATTGGTTGTTACCACGGGAGGCGAGATT
CAGGCCGCCACCAGCAGCACTGAAGATGGCGGGGAGAACGTAGTAACTGCCACCGAATAT
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TAAGGCAACAAGGAAGTAAAACATAGGCTTCATCCTTTTTTTCTTGAGTGTATGTAGTTG
ATTAGGTTTGA
TGTTACTGGATCC

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DS 

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AACGCAGATAGAGTTTTATTATTAGTCGTAGGTTAAAACTCTTATCTTCTTAAATTTATC
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CTTTCATGAACACAAACGAGAATGGTGTAGAGGTTAAAGCCAAACGTCGCACGCCATATT
CGTCGTTAATTATACCGACGTTGATGCAATCGTTACCGTTAGGACAAGACACGATCTGGT
AACCGCCAGGAAAACCTTTAGTTTTCTCGATCTTGAAGAAACTCCTCGACGAATCTTCTC
CAGCTTCCGGGTTAGGACCAGCCGTTATGAACAATGTCCTAAAGTGACTTGGGGCCGCAG
TGACCCACCAATAGGTTGACTGAACGCATATCGTGGCTTTGACGTCCATCTCGATGTTAA
GGTTAGTTGATTCGGGAACGAACGGAACTTTAATCCTCCAGTTTGAGAATTTTACGGGGA
TCCCCCTGTTGACCTCTGAGATTTCCTGTCCGACAAAGAGGGGACATTGGTTGTTACCAC
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TGCCACCGAATATGACATCACCATCAGTGTCGAGAACTGGTTGGGCGTTTATGGTCACGG
CCAAAACAGCGGTTAAGGCAACAAGGAAGTAAAACATAGGCTTCATCCTTTTTTTCTTGA
GTGTATGTAGTTGATTAGGTTTGA
ATGTTCC

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DS 

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G
AACGCAGATAGAGTTT*ATTATTAGTCGTAGGTTAAAACTCTTATCTTCTTAAATTTATC
TAGTCTTTAATTTCTCTCAGATGATAGACATAGTCTTGGGATAAGTCTCCGTCTCATCAG
CTTTCATGAACACAAACGAGAATGGTGTAGAGGTTAAAGCCAAACGTCGCACGCCATATT
CGTCGTTAATTATACCGACGTTGATGCAATCGTTACCGTTAGGACAAGACACGATCTGGT
AACCGCCAGGAAAACCTTTAGTTTTCTCGATCTTGAAGAAACTCCTCGACGAATCTTCTC
CAGCTTCCGGGTTAGGACCAGCCGTTATGAACAATGTCCTAAAGTGACTTGGGGCCGCAG
TGACCCACCAATAGGTTGACTGAACGCATATCGTGACTTTGACGTCCATCTCGATGTTAA
GGTTAGTTGATTCGGGAACGAACGGAACTTTAATCCTCCAGTTTGAGAATTTTACGGGGA
TCCCCCTGTTGACCTCTGAGATTTCCTGTCCGACAAAGAGGGGACATTGGTTGTTACCAC
GGGAGGCGAGATTCAGGCCGCCACCAGCAGCACTGAAGATGGCGGGGAGAACGTAGTAAC
TGCCACCGAATATGACATCACCATCAGTGTCGAGAACTGGTTGGGCGTTTATGGTCACGG
CCAAAACAGCGGTTAAGGCAACAAGGAAGTAAAACATAGGCTTCATCCTTTTTTTCTTGA
GTGTATGTAGTTGATTAGGTTTGAATGTTACTGGATCC

QA 2 759 2 759
DS 



AS 1 4

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ATTTTTGATTTCATCTTCCTAAAATCAAATATCAAAAACCCCTTTTGTTGTTTATATGTT
GGTGGGAGCTGATTTCTCAGGCCAACTGCTAGTAGATTCTCCAAGAGAACCGTTCCCACC
ATCTTCCTCTTGAGACACAACAGGGATCTTCACAGATGAAGCTCTCTCCATTTCCTTCTC
CAGCTCTTCTTCAGACCTCAACGCGTTGAACTGTCCCTCCAGCGACTTAGCTGCAGCTAA
CCACGCAGTGACAATGACCAACAGTATCATTCCTAGATACGGTGTTGAATTTGCTAGTGA
TCCAAATGATAAGATCATGAACTGTTGGATTAGAGCACCCCCTGATTTCCCCAACGGGTT
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AGCCATTTCTTTACAAGGATCAAACAAGCTGTACTTGGCACTCTTGCTGAAGATATTCTG
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AGTTGGGGTGATCTTTGCAGCTACTCCCCAGCCATACTTATCGAATACGTATTGACTAAG
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GTTGATACTAATACCATACGCCACCACTAAAGTAGCAAGATCCCTAATGTATGGTGATGA
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ACGAGTTGGAAGAGGAACGTATCTATTAACCCACCAATAGAGGAAACAGATGGCAAGTCC
CATTCCCACCACAATGCTCATCATGGCTTTCAATGAAACCGCCCAGCCATCAACCCCAGG
ACCAAGATTCTTTCTCAAGTTTGAAAAGTACTTCACCGTTCTTCCAGAGAAGATCAGCGC
AACATTTGCTCCAAGTCCAAACAAGGGATAAAACTTCTTGGCTTCATCCACAGTTGTAAT
CTGATTAGCAAAGCCCCAGAAGAGAACCGAAATAACAACACTACCCCAGCTCAGCCATGA
CATAAAACAAACAGAAACTCCAAATCCTCAAGATAGCAAGAGGGCCCATGAACCTTGGAC
CAAGAGCAGCAAGGAGCTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF94JQ U 1
AF RR1EF94TF C 1
AF RR1BQ37JQ U 71
AF RR1BQ37TF C 674
BS 1 745 RR1EF94JQ
BS 746 767 RR1BQ37JQ
BS 768 1460 RR1BQ37TF

RD RR1EF94JQ 746 0 0
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GAGGGCACCAACATAGACAGCTGCGAGTAACGGAGTCATACCAAGCTTGGCAACAAGCGG
TGCGAATGGGCCGCCAAACAGTATC
C

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1EF94TF 746 0 0
GGATTGTAATCAATCATCTACTTGAATAATTAAAACAATACACACGAGAAGAAACTTGGA
ACTTTAAGATCAAACTGAAATGAAAATGAATTGTTCAAAAAGCTAAAGACTAAAAAAGAG
TGGAGTGGTGGTGCAAAAGAGCCAATGTTTGAGAGTCTTTT*ATCACTCACAAACTCTTT
ATTTTTGATTTCATCTTCCTAAAATCAAATATCAAAAACCCCTTTTGTTGTTTATATGTT
GGTGGGAGCTGATTTCTCAGGCCAACTGCTAGTAGATTCTCCAAGAGAACCGTTCCCACC
ATCTTCCTCTTGAGACACAACAGGGATCTTCACAGATGAAGCTCTCTCCATTTCCTTCTC
CAGCTCTTCTTCAGACCTCAACGCGTTGAACTGTCCCTCCAGCGACTTAGCTGCAGCTAA
CCACGCAGTGACAATGACCAACAGTATCATTCCTAGATACGGTGTTGAATTTGCTAGTGA
TCCAAATGATAAGATCATGAACTGTTGGATTAGAGCACCCCCTGATTTCCCCAACGGGTT
GCAAACCACATCAATTGCTGCTTTCCCTTTAACCTTGGTATCCTCATCCAGGGGGATGTA
AGCCATTTCTTTACAAGGATCAAACAAGCTGTACTTGGCACTCTTGCTGAAGATATTCTG
GAGGGCACCAACATAGACAGCTGCGAGTAACGGAGTCATACCAAGCTTGGCAACAAGCGG
TGCGAATGGGCCGCCAAACAGTATC
C

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1BQ37JQ 697 0 0
CG
AACTGAAATGAAAATGAATTGTTCAAAAAGCTAAAGACTAAAAAAGAGTGGAGTGGTGGT
GCAAAAGAGCCAATGTTTGAGAGTCTTTTTATCACTCTCAAACTCTTTATTTTTGATTTC
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TTTCTCAGGCCAACTGCTAGTAGATTCTCCAAGAGAACCGTTCCCACCATCTTCCTCTTG
AGACACAACAGGGATCTTCACAGATGAAGCTCTCTCCATTTCCTTCTCCAGCTCTTCTTC
AGACCTCAACGCGTTGAACTGTCCCTCCAGCGACTTAGCTGCAGCTAACCACGCAGTGAC
AATGACCAACAGTATCATTCCTAGATACGGTGTTGAATTTGCTAGTGATCCAAATGATAA
GATCATGAACTGTTGGATTAGAGCACCCCCTGATTTCCCCAACGGGTTGCAAACCACATC
AATTGCTGCTTTCCCTTTAACCTTGGTATCCTCATCCAAGGGGATGTAAGCCATTTCTTT
ACAAGGATCAAACAAGCTGTACTTGGCACTCTTGCTGAAGATATTCTGGAGGGCACCAAC
ATAGACAGCTGCGAGTAACGGAGTCATACCAAGCTTGGCAACAAGCGGTGCGAATGGGCC
GCCAAACAGTATCAGAGAGAAGAAGGCAACGCCAG

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR1BQ37TF 787 0 0
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CCAAACAGTATCAGAGAGAAGAAGGCAACGCCAGTCAATAACAGAACAGTTGGGGTGATC
TTTGCAGCTACTCCCCAGCCATACTTATCGAATACGTATTGACTAAGAAGCATCATTGTG
AATGTTGCGATACCAGTGCATGTTGAGAAGTCACCCATAAACGCTGAGTACTCGTTTGGG
CTAGGGAACTGAGCTTTAAGCTTTGATTTCCATGTGACTTCCACAAGGTTGATACTAATA
CCATACGCCACCACTAAAGTAGCAAGATCCCTAATGTATGGTGATGACACCAAGAACTTC
AAGCTCTCCATCGTTCCCATCTTAGGTTTGTTCTTCTTCTTCAGGCTACGAGTTGGAAGA
GGAACGTATCTATTAACCCACCAATAGAGGAAACAGATGGCAAGTCCCATTCCCACCACA
ATGCTCATCATGGCTTTCAATGAAACCGCCCAGCCATCAACCCCAGGACCAAGATTCTTT
CTCAAGTTTGAAAAGTACTTCACCGTTCTTCCAGAGAAGATCAGCGCAACATTTGCTCCA
AGTCCAAACAAGGGATAAAACTTCTTGGCTTCATCCACAGTTGTAATCTGATTAGCAAAG
CCCCAGAAGAGAACCGAAATAACAACACTACCCCAGCTCAGCCATGACATAAAACAAACA
GAAACTCCAAATCCTCAAGATAGCAAGAGGGCCCATGAACCTTGGACCAAGAGCAGCAAG
GAGCTTC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 2 4

CO CL2965Contig1 881 2 4 U
GGGAATCAGCGACAATAGGTTTACTCGAAGAGCCCCACGGTAACTCTCCCGAGGATTCGA
GCTCCTGCTTTGGGCTAAGGAAGAAGAATAGCACCAAGGAGAAACCGAAGATGACTCAGA
CCAACGCCGGAGCTTCAACCGGAGCCGCCGCGACGACGACGGAGCTTCCTCCTCCTCCTC
AGCCGCAGAGAAACGAGATGGTGTTGCACACGGGAAGCTTGAGCTTCAGCAGCCACATGT
CGAGAGAAGACGAGGAGATGACTCGTTCTGCTCTCTCTGCTTTTAGGGCTAAAGAGGATG
AGATTGAGAAGAGGAGGATGGAGGTTCGTGAACGGATCCAGGCTCAGTTGGGTCGGGTCG
AGGAAAACCCGACGACTCTCCACCCTTCGCGAGGAGCTTGAGTCTATGCCAGATCCTATG
AGGAAGGAAGTGTCTGTGGTTCGTAAGAAGATTGATAGTGTTAACAAAGAACTCAAACCT
TTAGGTTCCACTGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAAGAAGCGCTTGATACATTCAAC
GAGAAGAACAGAGAGAAAGTGCAGCTGATCACCAAACTCATGGAGATGGAACAGTTGGTC
GGAGAAAGCGAGAAGTTGAGGATGAAGAAGTTGGAGGAGCTGAGCAAGAGCATTGAAGAA
ACCGTGTGAATGTGGTTCAATGATACTAATTGGGTGTAGGATCGGCTTGGTTCTTTGTGT
GATGTACCTAGCTTATACATTTTTTTCCTTCATTTTGTAACATGTGTGGTTGTGGGTGAT
TTTTATTTTGTTAGTTTTGAAAAATTTTTGGGGGTTGGTTTGTAAAATTTGTGGGTTGTT
TTATTTTTTGATTAACCAAGTTAGGGAGTGTGAAATGGGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU74TF U 1
AF RR1CU74JQ C 280
BS 1 679 RR1CU74TF
BS 680 680 RR1CU74JQ
BS 681 720 RR1CU74TF
BS 721 881 RR1CU74JQ

RD RR1CU74TF 720 0 0
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AGGAAAACCCGACGACTCTCCACCCTTCGCGAGGAGCTTGAGTCTATGCCAGATCCTATG
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TTAGGTTCCACTGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAAGAAGCGCTTGATACATTCAAC
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ACCGTGTGAATGTGGTTCA*TGATACTAATTGGGTGTAGGATCGGCTTGGTTCTTTGTGT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1CU74JQ 602 0 0
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AGGCTCAGTTGGGTCGGGTCGAGGAAAACCCGACGACTTTCCACCCTTCGGGAGGAGCTT
GAGTTTATGCCAGATCCTATGAGGAAGGAAGTGTTTGTGGTTTGTAAGAAGATTGATAGT
GTTAACAAAGAACTCAAACCTTTAGGTTCCACTGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAA
GAAGCGCTTGATACATTCAACGAGAAGAACAGAGAGAAAGTGCAGCTGATCACCAAACTC
ATGGAGATGGAACAGTTGGTCGGAGAAAGCGAGAAGTTGAGGATGAAGAAGTTGGAGGAG
CTGAGCAAGAGCATTGAAGAAACCGTGTGAATGTGGTTCAATGATACTAATTGGGTGTAG
GATCGGCTTGGTTCTTTGTGTGATGTACCTAGCTTATACATTTTTTTCCTTCATTTTGTA
ACATGTGTGGTTGTGGGTGATTTTTATTTTGTTAGTTTTGAAAAATTTTTGGGGGTTGGT
TTGTAAAATTTGTGGGTTGTTTTATTTTTTGATTAACCAAGTTAGGGAGTGTGAAATGGG
GG

QA 1 602 1 602
DS 



CO CL2965Contig2 795 2 5 U
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GCTCCTGCTTTGGGCTAAGGAAGAAGAATAGCACCAAGGAGAAACCGAAGATGACACAGA
CCAACGCCGGAGCTTCAACGGAAGCCGCCGCGACGACGGAGCTTCCTCCTCAGCCGCAGA
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ACGAGGAGATGACTCGTTCTGCTCTCTCTGCTTTTAGGGCTAAAGAGGATGAGATTGAGA
AGAGGAGGATGGAGGTTCGTGAACGGATCCAGGCTCAGTTGGGTCGGGTCGAGGAAGAAA
CCCGACGACTCTCCACCCTTCGCGAGGAGCTTGAGTCTATGCCAGATCCTATGAGGAAGG
AAGTGTCTGTGGTTCGTAAGAAGATTGATAGTGTTAACAAAGAACTCAAACCTTTAGGTT
CCACTGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAAGAAGCGCTTGATACATTCAACGAGAAGA
ACAGAGAGAAAGTGCAGCTGATCACCAAACTCATGGAGTTGGTAGGAGAAAGCGAGAAGT
TGAGGATGAAGAAGTTGGAGGAGCTGAGCAAGAGCATTGAAGAAACCGTGTGAATGCGGT
TTATGATACTAATTGGGTTTAGGATCGGCTTGGTTCTTTGTGTGGTGTACCTACCTAGCT
TTTACATTTTTTTCTCTTCATTTTGTAACATGTGTGATTGTGGGTGATTTTTATTTTGTT
AGTTTTGAAAATCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB49TF U 241
AF RR1E193TF U 1
BS 1 608 RR1E193TF
BS 609 609 RR1DB49TF
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RD RR1DB49TF 524 0 0
G
CGAGGAGATGACTCGTTCTGCTCTCTCTGCTTTTAGGGCTAAAGAGGATGAGATTGAGAA
GAGGAGGATGGAGGTTCGTGAACGGATCCAGGCTCAGTTGGGTCGGGTCGAGGAAGAAAC
CCGACGACTCTCCACCCTTCGCGAGGAGCTTGAGTCTATGCCAGATCCTATGAGGAAGGA
AGTGTCTGTGGTTCGTAAGAAGATTGATAGTGTTAACAAAGAACTCAAACCTTTAGGTTC
CACTGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAAGAAGCGCTTGATACATTCAACGAGAAGAA
CAGAGAGAAAGTGCAGCTGATCACCAAACTCATGGAGTTGGTAGGAGAAAGCGAGAAGTT
GAGGGTGAAGAAGTTGGAGGAGCTGAGCAAGAGCATTGAAGAAACCGTGTGAATGCGGTT
TATGATACTAATTGGGTTTAGGATCGGCTTGGTTCTTTGTGTGGTGTACCTACCTAGCTT
TTACATTTTTTTCTCTTCATTTTGTAACATGTGTGATTGTGGG

QA 2 524 2 524
DS 

RD RR1E193TF 795 0 0
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CCAACGCCGGAGCTTCAACGGAAGCCGCCGCGACGACGGAGCTTCCTCCTCAGCCGCAGA
GAAACGAGATGGTGTTGCACACGGGAAGCTTGAGCTTCAGCAGCCACATGTCGAGAGAAG
ACGAGGAGATGACTCGTTCTGCTCTCTCTGCTTTTAGGGCTAAAGAGGATGAGATTGAGA
AGAGGAGGATGGAGGTTCGTGAACGGATCCAGGCTCAGTTGGGTCGGGTCGAGGAAGAAA
CCCGACGACTCTCCACCCTTCGCGAGGAGCTTGAGTCTATGCCAGATCCTATGAGGAAGG
AAGTGTCTGTGGTTCGTAAGAAGATTGATAGTGTTAACAAAGAACTCAAACCTTTAGGTT
CCACTGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAAGAAGCGCTTGATACATTCAACGAGAAGA
ACAGAGAGAAAGTGCAGCTGATCACCAAACTCATGGAGTTGGTAGGAGAAAGCGAGAAGT
TGAGGATGGAGAAGTTGGAGGAGCTGAGCAAGAGCATTGAAGAAACCGTGTGAATGTGGT
TTATGATACTAATTGGGTTTAGGATCGGCTTGGTTCTTTGTGTGGTGTACCTACCTAGCT
TTTACATTTTTTTCTCTTCATTTTGTAACATGTGTGATTGTGGGTGATTTTTATTTTGTT
AGTTTTGAAAATCTT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 4

CO CL2966Contig1 998 4 3 U
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AAAGCTAAGTTTTCATTTTCCATTTTTTTACAAGAGGCAAATGAAGATAACAAGCAAGCA
GAGCATATAGTTCATCTGTTGTGCTGCTTTTATTTAAGCAACACTGAAAGAAGTGGCTGC
TTTCTCGACGAATTTATTGGCTCCCTTGAACCACCTCTTGTCTCCAGCTTGTGCTTCGCA
GATATAAAGCTTGCCTCCATTCACGGTGGCTGTGATCAGCTGATGCTTACCACCTTCGTC
TCCATCGGCTGTTCTCGTCAACACAGACAAGTAATAGTATGGTTTCCCACCAACGTCCTG
AATATTCGTCTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCACTGCATTGTTGTCAAACCCTCCCTCAGA
GGCAGTCTCACCGAAGTAAGCTTGTTTCCCTAGAAGGTAATTGACCTGAGAGAGGAACTC
TTCAGGAGAACCGTAATCAGTGATGGACTTCTTGTCGGTAGGAGTGACCATGACATTGAG
ATTGCTAGTAGCGTCGAAGTTGTCTTCATACCTAAGGACTTGTCCTGGATACTCAACCTC
TCTGCTTGGGTTCCACTTAGCTGGCACCTGCACTTGGAATCCGTCTCCACTGTACGCCGT
GAAGTCTGTGTTTTGCTTTGGCTTCCCAAACACATTTGCAGCTTCACCGTAGGCAGCATC
GGCTGGAGACACTTTGGAACCAACCGCAGCGGCGCCGACGAGGAGTGTGAGAGCGAGACG
GCGAGAGACGGCGGAGGTATCGTTTTCGAGTCTGTTGTGCTTTACACACTAGTTTAGAGA
GTGACACGTAGCGCTGGGATGATGAGGAAGGTGATGATGATCTCGCGGCGGAGGAGGCTA
GTGCGCTTTGATGTAGGAAACACGCGCTGCTGTACGCCATCTTCTCTGTCTCTTAAGCTC
TGTGTTTGGTTGAAGTTATTATGATGAGAGTGTGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AX03JQ U 1
AF RR1AX03TF C 90
AF RR1AP50JQ U 57
AF RR1AP50TF C 115
BS 1 708 RR1AX03JQ
BS 709 868 RR1AP50JQ
BS 869 998 RR1AP50TF

RD RR1AX03JQ 708 0 0
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AAAGCTAAGTTTTCATTTTCCATTTTTTTACAAGAGGCAAATGAAGATAACAAGCAAGCA
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TTTCTCGACGAATTTATTGGCTCCCTTGAACCACCTCTTGTCTCCAGCTTGTGCTTCGCA
GATATAAAGCTTGCCTCCATTCACGGTGGCTGTGATCAGCTGATGCTTACCACCTTCGTC
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TCTGCTTGGGTTCCACTTAGCTGGCACCTGCACTTGGAATCCGTCTCCACTGTACGCCGT
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QA 1 708 1 708
DS 

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ACCACCTCTTGTCTCCAGCTTGTGCTTCGCAGATATAAAGCTTGCCTCCATTCACGGTGG
CTGTGATCAGCTGATGCTTACCACCTTCGTCTCCATCGGCTGTTCTCGTCAACACAGACA
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CCACTGCATTGTTGTCAAACCCTCCCTCAGAGGCAGTCTCACCGAAGTAAGCTTGTTTCC
CTAGAAGGTAATTGACCTGAGAGAGGAACTCTTCAGGAGAACCGTAATCAGTGATGGACT
TCTTGTCGGTAGGAGTGACCATGACATTGAGATTGCTAGTAGCGTCGAAGTTGTCTTCAT
ACCTAAGGACTTGTCCTGGATACTCAACCTCTCTGCTTGGGTTCCACTTAGCTGGCACCT
GCACTTGGAATCCGTCTCCACTGTACGCCGTGAAGTCTGTGTTTTGCTTTGGCTTCCCAA
ACACATTTGCAGCTTCACCGTAGGCAGCATCGGCTGGAGACACTTTGGAACCAACCGCAG
CGGCGCCGAAGAGGAGTGTGAGAGCGAGACGGCGAGAGACGGCGGAGGTATCGTTTTCG
TGAGTCTC

QA 1 719 1 719
DS 

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AGCAGAGCATATAGTTCATCTGTTGTGCTGCTTTTATTTAAGCAACACTGAAAGAAGTGG
CTGCTTTCTCGACGAATTTATTGGCTCCCTTGAACCACCTCTTGTCTCCAGCTTGTGCTT
TGCAGATATAAAGCTTGCCTCCATTCACGGTGGCTGTGATCAGCTGATGCTTACCACCTT
CGTCTCCATCGGCTGTTCTCGTCAACACAGACAAGTAATAGTATGGTTTCCCACCAACGT
CCTGAATATTCGTCTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCACTGCATTGTTGTCAAACCCTCCCT
CAGAGGCAGTCTCACCGAAGTAAGCTTGTTTCCCTAGAAGGTAATTGACCTGAGAGAGGA
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GAGAGTGACACGTAGCGCTGGGATGATGAGGA

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DS 

RD RR1AP50TF 884 0 0
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TTTGCAGATATAAAGCTTGCCTCCATTCACGGTGGCTGTGATCAGCTGATGCTTACCACC
TTCGTCTCCATCGGCTGTTCTCGTCAACACAGACAAGTAATAGTATGGTTTCCCACCAAC
GTCCTGAATATTCGTCTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCACTGCATTGTTGTCAAACCCTCC
CTCAGAGGCAGTCTCACCGAAGTAAGCTTGTTTCCCTAGAAGGTAATTGACCTGAGAGAG
GAACTCTTCAGGAGAACCGTAATCAGTGATGGACTTCTTGTCGGTAGGAGTGACCATGAC
ATTGAGATTGCTAGTAGCGTCGAAGTTGTCTTCATACCTAAGGACTTGTCCTGGATACTC
AACCTCTCTGCTTGGGTTCCACTTAGCTGGCACCTGCACTTGGAATCCGTCTCCACTGTA
CGCCGTGAAGTCTGTGTTTTGCTTTGGCTTCCCAAACACATTTGCAGCTTCACCGTAGGC
AGCATCGGCTGGAGACACTTTGGAACCAACCGCAGCGGCGCCGACGAGGAGTGTGAGAGC
GAGACGGCGAGAGACGGCGGAGGTATCGTTTTCGAGTCTGTTGTGCTTTACACACTAGTT
TAGAGAGTGACACGTAGCGCTGGGATGATGAGGAAGGTGATGATGATCTCGCGGCGGAGG
AGGCTAGTGCGCTTTGATGTAGGAAACACGCGCTGCTGTACGCCATCTTCTCTGTCTCTT
AAGCTCTGTGTTTGGTTGAAGTTATTATGATGAGAGTGTGGGCC

QA 1 884 1 884
DS 



AS 1 4

CO CL2967Contig1 792 4 3 U
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CTCATCTCTATCTTTTTCCCAACTTCGTGAAATCAATCTGTTTCTTCTACCTCACCGTCG
ACCGTCGTCTTCGAGATGATCCATATCCACTCGAGGCGATTTCTCTTCCCACCGTGATGT
CGAAAGCTTGTTAAAATAACTTTCTGTAATTGGTCGTCTTCTCCTCGTTCTTGTCATTCG
TGAATCTCAATAGGAGAAGCCGTCTCTATGTTCGATCCAGTTCAGCTCCAGGCAGAACTC
GCTTCTCTCCTCTGGACTTTGGAAGATATGGCTAACTTGCGTGTTGATAAAGTCATCTCT
GAGTCTTCATCGATTCATATAAAGTATGCTTTCTCCTTGTACTCTCTTCCTGGTACTAGT
CCCATGGTTGATCTGATCACTCAACGCTTCCATGGCCTTGCGGAGTGGTGCACGGAACTG
GTGGTAGAGGAGAGTAACAAAGTGGCTTCTTTAATCGCTGGAAGTGTGACGAGAGATCAA
CGGCTTCGGTCTTATGTTGCCTCCGGTGGCCCCTCTTGGCTTCAGACTTTGATTTTGTAG
GAGCCAAGGAACCACCACAACACTACTATAGCCAAAAGGGGATTTTCCTTTCGCTTTCAA
AACGTTTTGTTCTCCTTCGGTACCAAACAAGCTTTCTCTTCTTCAATGCATTAATAAATG
GTGTGGTAACATAACTTCCTTTGGATGAATCTGATCATATGTGCACCAAATTTATGTTAA
TGGTGTGGTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F881TF U 1
AF RR1EF14TF U 26
AF RR1EF14JQ C 26
AF RR1F881JQ C 120
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CTCATCTCTATCTTTTTCCCAACTTCGTGAAATCAATCTGTTTCTTCTACCTCACCGTCG
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TGAATCTCAATAGGAGAAGCCGTCTCTATGTTCGATCCAGTTCAGCTCCAGGCAGAACTC
GCTTCTCTCCTCTGGACTTTGGAAGATATGGCTAACTTGCGTGTTGATAAAGTCATCTCT
GAGTCTTCATCGATTCATATAAAGTATGCTTTCTCCTTGTACTCTCTTCCTGGTACTAGT
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GAGCCAAGGAACCACCACAACACTACTATAG

QA 1 631 1 631
DS 

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GG
ACGCGTCATAAGTGGAAGTCTCCTCCTCTCTCTCTCATCTCTATCTTTTTCCCAACTTCG
TGAAATCAATCTGTTTCTTCTACCTCACCGTCGACCGTCGTCTTCGAGATGATCCATATC
CACTCGAGGCGATTTCTCTTCCCACCGTGATGTCGAAAGCTTGTTAAAATAACTTTCTGT
AATTGGTCGTCTTCTCCTCGTTCTTGTCATTCGTGAATCTCAATAGGAGAAGCCGTCTCT
ATGTTCGATCCAGTTCTGCTCCAGGCAGAACTCGCTTCTCTCCTCTGGACTTTGGAAGAT
ATGGCTAACTTGCGTGTTGATAAAGTCATCTCTGAGTCTTCATCGATTCATATAAAGTAT
GCTTTCTCCTTGTACTCTCTTCCTGGTACTAGTCCCATGGTTGATCTGATCACTCAACGC
TTCCATGGCTTTGCGGAGTGGTGCACGGAACTGGTGGTAGAGGAGAGTAACAAAGTGGCT
TCTTTAATCGCTGGAAGTGTGACGAGAGATCAACGGCTTCGGTCTTATGTTGCCTCCGGT
GGCCCCTCTTGGCTTCAGACTTTGATTTTGTAGGAGCCAAGGAACCACCACAACACTACT
ATAG
CCA

QA 3 606 3 606
DS 

RD RR1EF14JQ 707 0 0
GG
ACGCGTCATAAGTGGAAGTCTC*TCCTCTCTCTCTCATCTCTATCTTTTTCCCAACTTCG
TGAAATCAATCTGTTTCTTCTACCTCACCGTCGACCGTCGTCTTCGAGATGATCCATATC
CACTCGAGGCGATTTCTCTTCCCACCGTGATGTCGAAAGCTTGTTAAAATAACTTTCTGT
AATTGGTCGTCTTCTCCTCGTTCTTGTCATTCGTGAATCTCAATAGGAGAAGCCGTCTCT
ATGTTCGATCCAGTTCTGCTCCAGGCAGAACTCGCTTCTCTCCTCTGGACTTTGGAAGAT
ATGGCTAACTTGCGTGTTGATAAAGTCATCTCTGAGTCTTCATCGATTCATATAAAGTAT
GCTTTCTCCTTGTACTCTCTTCCTGGTACTAGTCCCATGGTTGATCTGATCACTCAACGC
TTCCATGGCTTTGCGGAGTGGTGCACGGAACTGGTGGTAGAGGAGAGTAACAAAGTGGCT
TCTTTAATCGCTGGAAGTGTGACGAGAGATCAACGGCTTCGGTCTTATGTTGCCTCCGGT
GGCCCCTCTTGGCTTCAGACTTTGATTTTGTAGGAGCCAAGGAACCACCACAACACTACT
ATAGCCAAAAGGGGATTTTCCTTTCGCTTTCAAAACGTTTTGTTCTCCTTCGGTACCAAA
CAAGCTTTCTCTTCTTCAATGCATTAATAAATGGTGTGGTAACAT

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR1F881JQ 673 0 0
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TCGAAAGCTTGTTAAAATAACTTTCTGTAATTGGTCGTCTTCTCCTCGTTCTTGTCATTC
GTGAATCTCAATAGGAGAAGCCGTCTCTATGTTCGATCCAGTTCAGCTCCAGGCAGAACT
CGCTTCTCTCCTCTGGACTTTGGAAGATATGGCTAACTTGCGTGTTGATAAAGTCATCTC
TGAGTCTTCATCGATTCATATAAAGTATGCTTTCTCCTTGTACTCTCTTCCTGGTACTAG
TCCCATGGTTGATCTGATCACTCAACGCTTCCATGGCCTTGCGGAGTGGTGCACGGAACT
GGTGGTAGAGGAGAGTAACAAAGTGGCTTCTTTAATCGCTGGAAGTGTGACGAGAGATCA
ACGGCTTCGGTCTTATGTTGCCTCCGGTGGCCCCTCTTGGCTTCAGACTTTGATTTTGTA
GGAGCCAAGGAACCACCACAACACTACTATAGCCAAAAGGGGGTTTTCCTTTCGCTTTCA
AAACGTTTTGTTCTCCTTCGGTACCAAACAAGCTTTCTCTTCTTCAATGCATTAATAAAT
GGTGTGGTAACATAACTTCCTTTGGATGAATCTGATCATATGTGCACCAAATTTATGTTA
ATGGTGTGGTAGC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 2 4

CO CL2968Contig1 1234 2 6 U
GGAATTACTTTCTACACTAAACACTTTATCTCTTCTCTCTTCCCAGTGTTCCTTTACAAT
GGGAGGCGTCACCGTCGTGTCTCTCGTCCTTCTTCTCATTGCCACAGCCAATTCCGCCGT
TGTCCCCTTCCGTGATGGGATATTACCGAACGGCGACTTCGAGCTCGGACCAAAGCCATC
CGACTTGAAAGGAACCGAAATAATAAACAAGATGGCCATCCCGAACTGGGAAGTCACGGG
GTTCGTCGAGTACATAAGCTCAGGACACAAACAAGGAGACATGCTCCTCGTCGTCCCGGC
CGGAAAATTCGCGGTGAGGCTCGGAAACGAAGCGTCGATCAAACAAAGAATCAAAGTGGT
GAAAGGAATGTATTACTCGCTCACTTTCAGCGCCGCGAGGACGTGCGCTCAAGACGAAAG
GCTCAACATCTCGGTGGCGCCTGACTCTGGCGTCATTCCTGTGCAGACGGTGTACAGTAG
CAGTGGGTGGGATCTATACGCTTGGGCGTTTCAGGCGGAGAGTGAGGTCGCTGAGATAGT
GATTCATAATCCAGGTGAAGAAGAGGATCCAGCTTGTGGTCCTCTCATTGATGGTGTTGC
CATGAGAGCTCTTTTACCCTCCACGACCAACAAACAAGAACATTTTGAAGAACGGAGGAT
TTGAAGAAGGTCCACTAGTACTACCAGGCCCAACCACAGGAGTTTTAATCCCACCGTTCA
TAGAAGACGACCACACTCCTTTACCCGGATGGATGGGGGGAGTCACTCAAAGCCGTCAAG
TACGTAGACACGGAACACTTCTCAGTCCCACAAGGTCGCCGAGCCATCGAGCTGGTGGCG
GGCAAATAGAGCGCCATCGCTCAAGTGGCTAGGACCATCATCGGGAAGACTTACGTCCTT
TCGTTTGCGGTCGGAGACGCCAACAACGCCTGCAAAGGATCGATGGTGGTCGAGGCTTTC
GCGGGGAGAGATACGCTCAAGGTTCCTTACGAGTCGCGTGGCACTGGAGGGTTTAAACGG
GCTTCGATACGGTTCGTGGCGGTTTCGACGAGAACTAGAGTTATGTTTTACAGCACTTTT
TATGCCATGAGGAGCGATGATTTCTCGTCCTTGTGTGGGCCTGTGATCGATGATGTTAAG
CTTTTAAGCGTTCGTAAGCGGTAGATGGATGAATTATTATTATTATTATTATTACAAGAA
ATGAAGTGTGTGTGGGGTTTTATTTTCAAAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B565TF U 1
AF RR1B565JQ C 464
BS 1 814 RR1B565TF
BS 815 815 RR1B565JQ
BS 816 854 RR1B565TF
BS 855 855 RR1B565JQ
BS 856 875 RR1B565TF
BS 876 1234 RR1B565JQ

RD RR1B565TF 880 0 0
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TGTCCCCTTCCGTGATGGGATATTACCGAACGGCGACTTCGAGCTCGGACCAAAGCCATC
CGACTTGAAAGGAACCGAAATAATAAACAAGATGGCCATCCCGAACTGGGAAGTCACGGG
GTTCGTCGAGTACATAAGCTCAGGACACAAACAAGGAGACATGCTCCTCGTCGTCCCGGC
CGGAAAATTCGCGGTGAGGCTCGGAAACGAAGCGTCGATCAAACAAAGAATCAAAGTGGT
GAAAGGAATGTATTACTCGCTCACTTTCAGCGCCGCGAGGACGTGCGCTCAAGACGAAAG
GCTCAACATCTCGGTGGCGCCTGACTCTGGCGTCATTCCTGTGCAGACGGTGTACAGTAG
CAGTGGGTGGGATCTATACGCTTGGGCGTTTCAGGCGGAGAGTGAGGTCGCTGAGATAGT
GATTCATAATCCAGGTGAAGAAGAGGATCCAGCTTGTGGTCCTCTCATTGATGGTGTTGC
CATGAGAGCTCTTTTACCCTCCACGACCAACAAACAAGAACATTTTGAAGAACGGAGGAT
TTGAAGAAGGTCCACTAGTACTACCAGGCCCAACCACAGGAGTTTTAATCCCACCGTTCA
TAGAAGACGACCACACTCCTTTACCCGGATGGATGGGGGGAGTCACTCAAAGCCGTCAAG
TACGTAGACACGGAACACTTCTCAGTCCCACAAG*TCGCCGAGCCATCGAGCTGGTGGCG
GGCAAATAGAGCGC*ATCGCTCAAGTGGCTAGGAC
ATCAT

QA 1 875 1 875
DS 

RD RR1B565JQ 771 0 0
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GAGGTCGCTGAGATAGTGATTCATAATCCAGGTGAAGAAGAGGATCCAGCTTGTGGTCCT
CTCATTGATGGTGTTGCCATGAGAGCTCTTT*ACCCTCCACGACCAACAAACAAGAACAT
TTTGAAGAACGGAGGATTTGAAGAAGGTCCACTAGTACTACCAGGCCCAACCACAGGAGT
TTTAATCCCACCGTTCATAGAAGACGACCACACTCCTTTACCCGGATGGATGGTGG*AGT
CACTCAAAGCCGTCAAGTACGTAGACACGGAACACTTCTCAGTCCCACAAGGTCGCCGAG
CCATCGAGCTGGTGGCGGGCAAATAGAGCGCCATCGCTCAAGTGGCTAGGACCATCATCG
GGAAGACTTACGTCCTTTCGTTTGCGGTCGGAGACGCCAACAACGCCTGCAAAGGATCGA
TGGTGGTCGAGGCTTTCGCGGGGAGAGATACGCTCAAGGTTCCTTACGAGTCGCGTGGCA
CTGGAGGGTTTAAACGGGCTTCGATACGGTTCGTGGCGGTTTCGACGAGAACTAGAGTTA
TGTTTTACAGCACTTTTTATGCCATGAGGAGCGATGATTTCTCGTCCTTGTGTGGGCCTG
TGATCGATGATGTTAAGCTTTTAAGCGTTCGTAAGCGGTAGATGGATGAATTATTATTAT
TATTATTATTACAAGAAATGAAGTGTGTGTGGGGTTTTATTTTCAAAACCC

QA 1 771 1 771
DS 



CO CL2968Contig2 354 2 2 U
GACTGTAGGGTTTAAACGAGCTTCGATACGGTTCGTGGCGGTTTCGACGAGAACTAGAGT
TATGTTTTACAGCACTTTCTATGCCATGAGGAGCGATGATTTCTCGTCCTTGTGTGGGCC
TGTGATCGATGATGTTAAGCTTTTAAGCGTTCGTAAGCGGTAGATGGATGAATTATTATT
ATTATTATTACAAGAAATGAAGTGTGTGTGGGGTTTTATTTTCAAAAACTAAAAAAAATA
CTGTCTTTTGGTGTGTTTTGATTTTTATTCAAAAGATATGTATAAGGTGACGGTTTATTT
AGGGTTATAATGTATTTTCTTGTATGAGAAGGCAAATGAAAGGTTGCCATTTAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BQ12JQ C 1
AF RR1BQ12TF U 1
BS 1 1 RR1BQ12JQ
BS 2 354 RR1BQ12TF

RD RR1BQ12JQ 354 0 0
GACTGTAGGGTTTAAACGAGCTTCGATACGGTTCGTGGCGGTTTCGACGAGAACTAGAGT
TATGTTTTACAGCACTTTCTATGCCATGAGGAGCGATGATTTCTCGTCCTTGTGTGGGCC
TGTGATCGATGATGTTAAGCTTTTAAGCGTTCGTAAGCGGTAGATGGATGAATTATTATT
ATTATTATTACAAGAAATGAAGTGTGTGTGGGGTTTTATTTTCAAAAACTAAAAAAAATA
CTGTCTTTTGGTGTGTTTTGATTTTTATTCAAAAGATATGTATAAGGTGACGGTTTATTT
AGGGTTATAATGTATTTTCTTGTATGAGAAGGCAAATGAAAGGTTGCCATTTAC

QA 1 354 1 354
DS 

RD RR1BQ12TF 354 0 0
G
ACTGTAGGGTTTAAACGAGCTTCGATACGGTTCGTGGCGGTTTCGACGAGAACTAGAGTT
ATGTTTTACAGCACTTTCTATGCCATGAGGAGCGATGATTTCTCGTCCTTGTGTGGGCCT
GTGATCGATGATGTTAAGCTTTTAAGCGTTCGTAAGCGGTAGATGGATGAATTATTATTA
TTATTATTACAAGAAATGAAGTGTGTGTGGGGTTTTATTTTCAAAAACTAAAAAAAATAC
TGTCTTTTGGTGTGTTTTGATTTTTATTCAAAAGATATGTATAAGGTGACGGTTTATTTA
GGGTTATAATGTATTTTCTTGTATGAGAAGGCAAATGAAAGGTTGCCATTTAC

QA 2 354 2 354
DS 



AS 1 4

CO CL2969Contig1 801 4 13 U
TTTTTTCTGTTTTGCAAATCAGTTTCGACATTATTGTCTCGCGATTCGTCTCGGGTTTTG
TTTTGTTGATTGAGAGAAAACATGGGAGGTGACGAAGAGAAAGACAAAGGTTTTTTTTGG
GTACCCACCCGCTGGATACCCGTCGGGTCATGGAGCTTATCCACCAGCTGGATACCCACC
ACATCAAGCTTACCCTCCTCCACCACCACCACATGGTGCCTACCCACCTGCACCTGGTTA
TCCTCCGGGTGCTTACCCACCTCCACCTGGTGCCTACCCTCCTGCTCCTGGCTACGGTGG
GTATCCTCCTGCGCCTGGTCATGCTGGTTATCCTCCTGCTGGCTATCCTGCTCATCACTC
AGGACACGCAGCTGGAATAGGGGGTATGATTGCAGGTGCTGCAGCTGCCTATGGAGCTCA
CCACATAGCTCATAGCTCTCACGGCCCTTACGGACACGCTGCATATGGTCACGGATTTGG
ACATGGTCATGGTCCTGGCTATGGTTATGGTTATGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAA
GTTCAAGCATCATGGAGGCAAACATGGGAGGCATGGGATGTTTGGAGGAGGTAAGTTCAA
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GTGTACTATGAAGCTATCTCTATGGTTATATGATGACAAACTCTGTTTTAATATAATTGA
CATTGCTTAAGCTGTTCTAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E981TF U 1
AF RR1C425TF U 7
AF RR1E981JQ C 145
AF RR1E123TF U 214
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BS 119 566 RR1E981TF
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BS 676 689 RR1C425TF
BS 690 690 RR1E123TF
BS 691 731 RR1C425TF
BS 732 732 RR1E123TF
BS 733 746 RR1C425TF
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BS 748 770 RR1C425TF
BS 771 801 RR1E123TF

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TTTTGTTGATTGAGAGAAAACATGGGAGGTGACGAAGAGAAAGACAAAGGTTTTTTT*GG
GTACCCACCCGCTGGATACCCGTCGGGTCATGGAGCTTATCCACCAGCTGGATACCCACC
ACATCAAGCTTACCCTCCTCCACCACCACCACATGGTGCCTACCCACCTGCACCTGGTTA
TCCTCCGGGTGCTTACCCACCTCCACCTGGTGCCTACCCTCCTGCTCCTGGCTACGGTGG
GTATCCTCCTGCGCCTGGTCATGCTGGTTATCCTCCTGCTGGCTATCCTGCTCATCACTC
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ACATGGTCATGGTCCTGGCTATGGTTATGGTTATGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAA
GTTCAAGCATCATGGAGGCAAACATG

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DS 

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TGATTGAGAGAAAACATGGGAGGTGACGAAGAGAAAGACAAAGGTTTTTTTTGGGTACCC
ACCCGCTGGATACCCGTCGGGTCATGGAGCTTATCCACCAGCTGGATACCCACCACATCA
AGCTTACCCTCCTCCACCACCACCACATGGTGCCTACCCACCTGCACCTGGTTATCCTCC
GGGTGCTTACCCACCTCCACCTGGTGCCTACCCTCCTGCTCCTGGCTACGGTGGGTATCC
TCCTGCGCCTGGTCATGCTGGTTATCCTCCTGCTGGCTATCCTGCTCATCACTCAGGACA
CGCAGCTGGAATAGGGGGTATGATTGCAGGTGCTGCAGCTGCCTACGGAGCTCACCACAT
AGCTCATAGCTCTCACGGCCCTTACGGACACGCTGCATATGGTCACGGATTTGGACATGG
TCATGGTCCTGGCTATGGTTATGGTTATGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGTTCAA
GCATCATGGAGGCAAACATGGGAGGCATGGGATGTTTGGAGGAGGTAAGTTCAAGAAGTG
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CCCAAAAG*TTAACTTTCGTCGG*AGACTTTAATAATGAGTATGATATTACATGGTGTAC
TATGA*GCTATCTCTATGGT*ATATGATGACAAACTCTGTTTTA

QA 1 764 1 764
DS 

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ACCACCACATGGTGCCTACCCACCTGCACCTGGTTATCCTCCGGGTGCTTACCCACCTCC
ACCTGGTGCCTACCCTCCTGCTCCTGGCTACGGTGGGTATCCTCCTGCGCCTGGTCATGC
TGGTTATCCTCCTGCTGGCTATCCTGCTCATCACTCAGGACACGCAGCTGGAATAGGGGG
TATGATTGCAGGTGCTGCAGCTGCCTATGGAGCTCACCACATAGCTCATAGCTCTCACGG
CCCTTACGGACACGCTGCATATGGTCACGGATTTGGACATGGTCATGGTCCTGGCTATGG
TTATGGTTATGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGTTCAAGCATCATGGAGGCAAACA
TGGGAGGCATGGGATGTTTGGAGGAGGTAAGTTCAAGAAGTGGAAGTGATCTAAAACCCC
CTTTTGATCTACCTCTCGTCTGACGAAATGTTTCAAATAAACCCCAAAAGGTTAACTTTC
GTCGGGAGACTTTAATAATGAGTATGATATTACATGGTGTACTATGAAGCTATCTCTATG
GTTATATGATGACAAACTCTGTTTTAATATAATTGACATTGC
C

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1E123TF 588 0 0
G
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TACCCTCCTGCTCCTGGCTACGGTGGGTATCCTCCTGCGCCTGGTCATGCTGGTTATCCT
CCTGCTGGCTATCCTGCTCATCACTCAGGACACGCAGCTGGAATAGGGGGTATGATTGCA
GGTGCTGCAGCTGCCTATGGAGCTCACCACATAGCTCATAGCTCTCACGGCCCTTACGGA
CACGCTGCATATGGTCACGGATTTGGACATGGTCATGGTCCTGGCTATGGTTATGGTTAT
GGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGTTCAAGCATCATGGAGGCAAACATGGGAGGCAT
GGGATGTTTGGAGGAGGTAAGTTCAAGAAGTGGAAGTGATCTAAAACCCCCTTTTGATCT
ACCTCTCGTCTGACGAAATGTTTCAAATAAACCCCAAAAGGTTAACTTTCGTCGGGAGAC
TTTAATAATGAGTATGATATTACATGGTGTACTATGAAGCTATCTCTATGGTTATATGAT
GACAAACTCTGTTTTAATATAATTGACATTGCTTAAGCTGTTCTAGA

QA 2 588 2 588
DS 



AS 1 4

CO CL2970Contig1 2070 4 8 U
GATACGTATTTTGAATTTTGTAAAAGACACATTACAGGTGGGATGTGTTGCGATGGCTAC
GAGTAAGGAGGAGAAGAAAACAAAGTGAGGAACTTTCGTTGCTCTTTTGTTCGAAAAAAC
AAAAAAAAAACAAGACTTTTTCTCACAACGCCGTCCCGTCCATTATCAAAGAAAAGAGAT
GGGAATATACCTAAGTTCACCCAAAACAGATAAGTTGTCAGAAGATGGAGAGAATGATAA
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TGCAATTCTTGATCTGGATGATAACACTTCCTTCTTGGGTGTCTATGATGGCCATGGAGG
TAAAGTTGTTTCAAAGTTCTGTGCCAAGTATCTACACCAGCAGGTTCTCAGTGATGAGAC
ATATGCTGCTGGAGATGTAGGGACTTCTCTTCAAAAGGCATTTTTCAGAATGGATGAGAT
GATGCAAGGGCAGAGAGGATGGCGAGAACTGGCGATACTAGGTGACAAGATCAATAAGTT
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TGATGCTTGGGCTTTTGAGGATGGGCCTCATTCTGATTTTACTGGACCTAATTCTGGGAG
CACAGCATGTGTTGCTGTTATTAGACACAAGCAGCTATTTGTTGCAAATGCTGGTGACTC
TCGTTGTGTCATATCCAGAAAGGGTCAGGCATACAATCTTTCTAGAGATCACAAACCAGA
TCTTGAAGCTGAGAGAGAAAGGATATTGAAAGCTGGTGGGTTCATTCACGCTGGTCGTGT
CAATGGAAGCTTGAACCTAGCAAGAGCTATCGGTGACATGGAATTCAAGCAGAATAAGTT
TTTGCCAACTGAAAAGCAAATCGTTACCGCCAGTCCTGATGTAAACACTGTTGAACTTTG
CGATGATGATGATTTCCTTGTTCTTGCCTGCGATGGAATTTGGGACTGCATGACAAGCCA
ACAACTCGTTGATTTTATACATGAACAGATGAATACGGAAACCAAACTTTCAGTGGTATG
TGAAAAAGTTCTAGATAGATGCTTGGCTCCAAACACAGCAGGTGGTGAAGGCTGTGATAA
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CCCAAACCACAATGAGCCTAGCTCATCAAACTAGCCCCATCCTTTGAGCCAATGGAAGAT
GATGACATATAGTAGTTTGATCCCACATTGTAAATTCTTTTGAAAGACATTAATTAGCAC
AATCTGACTTTTCTGGAGGTTTCAGTTCCTCTGCCTCTAGACTTTTGCCCCACGAGTTCC
AATAATACAAGAAGGAATGATTGACTTGTTATGTTGTTTAGCCTTGAATAAAAAACAATA
TGACATTTACACAACGTTATGTTTTGTACACTTTACATGACACAAGACTCTTCTGCAGTT
GCTTCACTTTAGCGTAAAGCTCTGCTGTGTAAATTGTCAAGCTCTATTCGGAAGCTGTTC
ATATGTTCCTGTGTTGGGACTGAAACCTCCAGTCACCATCGTCTGGTACACAGCGTAAGC
GTGCTCAGGTTTTCCAGACAAGCTGTATCCACGGATCATAGCGTTAAACGTAAAAACGTT
TGGCTCAAGACCAACTCTTTGTATCTCATTGTATATCTTCCCAGCTTCTTCCACCATTCC
CGCCATACCAAAATTCAGAATCAAGGAGTTATAAGTGTACAGATCAGGGGTGATTCCTCT
GCTGCTGTTCTTCATCTCATTGTAAAGCTCAAGAGCTTCTTGAAGTCTCTGAGATTTCCC
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CTCCCTGAAGTAATGCAAGCCTTCCTCCACTCTTCCGACCATGCAAAGGAAATCCACTAG
AACCGAGTAAGTCTTGAGATCCGGTCTGACTCCTTCTTTAACCATCCTTTTGAACAACTT
GCACGCTGCATCAGCCTCGCCCGCTTTTCC


BQ
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AF RR1DL33JQ C 716
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AF RR1BH94TF C 1316
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G
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AATATGACATTTACACAACGTTATGTTTTGTACACTTTACATGACACAAGACTCTTCTGC
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CTCTGCTGCTGTTCTTCATCTCATTGTAAAGCTCAAGAGCTTCTTGAAGTCTCTGAGATT
TCCCTAGTCCGTTAATTATGAGATTGTAACAAACCACATCAGGATCAAGGCCAGATTCCT
TCAGCTCCCTGAAGTAATGCAAGCCTTCCTCCACTCTTCCGACCATGCAAAGGAAATCCA
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ACTTGCACGCTGCATCAGCCTCGCCCGCTTTTCC

QA 2 755 2 755
DS 



AS 1 4

CO CL2971Contig1 1079 4 12 U
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GACTGATTTTGTGGGAAGAAGTGAAAAGTTCAAGGAACTGGTTGATGATCTTGCAATGCA
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TTGTTTTGTAGACAAAAAATCTTCACTATTCAACCCCTTTTGATTAGAGTTTTTAATCG


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F631TF U 1
AF RR1BU25TF U 75
AF RR1BP53TF U 253
AF RR1BU25JQ C 264
BS 1 280 RR1F631TF
BS 281 281 RR1BU25TF
BS 282 377 RR1F631TF
BS 378 378 RR1BU25TF
BS 379 561 RR1F631TF
BS 562 562 RR1BU25TF
BS 563 630 RR1F631TF
BS 631 799 RR1BU25TF
BS 800 800 RR1BP53TF
BS 801 819 RR1BU25TF
BS 820 891 RR1BP53TF
BS 892 1079 RR1BU25JQ

RD RR1F631TF 630 0 0
GAAGGAAAAAGAGATAGAGATGCAAAAGGAAGATCTTCTGTCGAAACCGGAGCAGATAAG
GGAGAAGATAGTGGAAGGTCGGATAAAGAAGAGGGTAGACGCACTTGCATTGCTGGAGCA
ACCATACATTAAAGACGATAAGGTGATAGTGAAGGACCTTGTAAAGCAGAGGATTGCAAC
CATTGGAGAAAACATCAAGGTGAAGAGATTCATTAGGTACACTCTCGGAGAAGGCCTTGA
GAAGAAAAGTCAGGACTTTGCTGCTGAGGTTGCTGCTCAAGCCGCAGCTAAACCAAAAGC
CGAACCAGAGAAAGAAGAGCCAAAAGCTGAAGAGCCCAAGGAAGCTGTTCCAAGTCCACC
AACAGCAGTGGTTTCAGCTGGACTTGTGAAGCAGCTGCGTGAAGAAACAGGAGCAGGAAT
GATGGATTGCAAGAAGGCATTGGCGGAAACAGGAGGAGATCTAGAGAAAGCACAAGAGTA
CCTGAGAAAGAAAGGTCTATCAACAGCTGATAAGAAATCAAGCAGGCTTGCAGCTGAAGG
GAGAATCGGGTCATACATCCACGATGCTCGCATTGGAGTCCTCATAGAAGTGAACTGCGA
GACTGATTTTGTGGGAAGAAGTGAAAAGTT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1BU25TF 745 0 0
G
AGGTCGGATAAAGAAGAGGGTAGACGCACTTGCATTGCTGGAGCAACCATACATTAAAGA
CGATAAGGTGATAGTGAAGGACCTTGTAAAGCAGAGGATTGCAACCATTGGAGAAAACAT
CAAGGTGAAGAGATTCATTAGGTACACTCTCGGAGAAGGCCTTGAGAAGAAAAGTCAGGA
CTTTGCTGCTGAGGTTGCTGCTCAAACCGCAGCTAAACCAAAAGCCGAACCAGAGAAAGA
AGAGCCAAAAGCTGAAGAGCCCAAGGAAGCTGTTCCAAGTCCACCAACAGCAGTGGTTTC
AGATGGACTTGTGAAGCAGCTGCGTGAAGAAACAGGAGCAGGAATGATGGATTGCAAGAA
GGCATTGGCGGAAACAGGAGGAGATCTAGAGAAAGCACAAGAGTACCTGAGAAAGAAAGG
TCTATCAACAGCTGATAAGAAATCAAGCAGGCTTGCAGCTGAAGGGAGAATCGGGTCATA
CATCCATGATGCTCGCATTGGAGTCCTCATAGAAGTGAACTGCGAGACTGATTTTGTGGG
AAGAAGTGAAAAGTTCAAGGAACTGGTTGATGATCTTGCAATGCAAGCAGTGGCTAATCC
ACAGGTGCAATATGTATCCATCGAGGACATTCCAGAGGAGATAAAGCAGAAAGAAAAGGA
GATGGAGATGCAGAGAGAGGATCTTGAGTCGAAACCAGAGAACATAAAGGAGAAAATTGT
TGAAAGAAGGATCTCAAAGAGGCT

QA 2 745 2 745
DS 

RD RR1BP53TF 639 0 0
GGACTTTGCTGCTGAGGTTGCTGCTCAAACCGCAGCTAAACCAAAAGCCGAACCAGAGAA
AGAAGAGCCAAAAGCTGAAGAGCCCAAGGAAGCTGTTCCAAGTCCACCAACAGCAGTGGT
TTCAGCTGGACTTGTGAAGCAGCTGCGTGAAGAAACAGGAGCAGGAATGATGGATTGCAA
GAAGGCATTGGCGGAAACAGGAGGAGATCTAGAGAAAGCACAAGAGTACCTGAGAAAGAA
AGGTCTATCAACAGCTGATAAGAAATCAAGCAGGCT*GCAGCTGAAGGGAGAATCGGGTC
ATACATCCACGATGCTCGCATTGGAGTCCTCATAGAAGTGAACTGCGAGACTGATTTTGT
GGGAAGAAGTGAAAAGTTCAAGGAACTGGTTGATGATCTTGCAATGCAAGCAGTGGCTAA
TCCACAGGTGCAATATGTATCCATCGAGGACATTCCAGAGGAGATAAAGCAGAAAGAAAA
GGAGATGGAGATGCAGAGAGAGGATCTTGAGTCGAAACCAGAGAACATAAAGGAGAAAAT
TGTTGAAGGAAGGATCTCAAAGAGGCTTGGAGAAATGGCATTGCTTGAGCAGCCTTTCAT
TAAAGATGATAGCGTTCTGGTCAAGGATCTAGTGAAGCA

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1BU25JQ 816 0 0
GCTGAGG
TGCTGCTCAAACCGCAGCTAAACCAAA*GCCGAACCAGAGAAAGAAGAGCCAAAAGCTGA
AGAGCCCAAGGAAGCTGTTCCAAGTCCACCAACAGCAGTGGTTTCAGATGGACTTGTGAA
GCAGCTGCGTGAAGAAACAGGAGCAGGAATGATGGATTGCAAGAAGGCATTGGCGGAAAC
AGGAGGAGATCTAGAGAAAGCACAAGAGTACCTGAGAAAGAAAGGTCTATCAACAGCTGA
TAAGAAATCAAGCAGGCTTGCAGCTGAAGGGAGAATCGGGTCATACATCCATGATGCTCG
CATTGGAGTCCTCATAGAAGTGAACTGCGAGACTGATTTTGTGGGAAGAAGTGAAAAGTT
CAAGGAACTGGTTGATGATCTTGCAATGCAAGCAGTGGCTAATCCACAGGTGCAATATGT
ATCCATCGAGGACATTCCAGAGGAGATAAAGCAGAAAGAAAAGGAGATGGAGATGCAGAG
AGAGGATCTTGAGTCGAAACCAGAGAACATAAAGGAGAAAATTGTTGAAGGAAGGATCTC
AAAGAGGCTTGGAGAAATGGCATTGCTTGAGCAGCCTTTCATTAAAGATGATAGCGTTCT
GGTCAAGGATCTAGTGAAGCAGACGGTGGCTACTCTTGGTGAAAACATCAAAGTCAGGAG
GTTTGTCAAGTTTACTCTTGGAGAAGACAACAACTGAGGATGGAAAAACATATAAGGGAG
TTCGTGAGTTTAAAGCAAAGTCTTACTCTTTTGTTTTGTAGACAAAAAATCTTCACTATT
CAACCCCTTTTGATTAGAGTTTTTAATCG

QA 8 816 8 816
DS 



AS 1 4

CO CL2972Contig1 963 4 9 U
GGACCCAAAAAAAAATGCATTGCTTTCCCTGGAAGAGTGTGATAACGAGCCCATGCGTGT
CACATGTTCTTTCTCTGAGACATTTTACCAAACACTTTCAAGGCGCAAAATCGCGCACAT
TTCTTCGCACTAGATTTCACTCCGACACCCGCGTCGATGTCGCCGCCGTAAGCACGACAA
CATCGTGCTTTAAAAGCCTCAATCCCACCCAACAGAACCAAATTCATCTCTACGTCGATA
CCCTTCTCCAATGGAACCAGAAAATGAATCTTACGGCAACGAAAGAAGCTGATGAAGTCA
TGGAGAGGCATATTGAAGATTCTCTTGCGATATTGCCTCCTATAAAGACTTGCTACAACT
TGCAGTCCAGTGACCAAATCAGTTTGATTGATGTTGGAAGTGGTGCTGGTCTTCCTGGGT
TGGTTCTAGCAATTGCTTGTCCAGATTGGAGAGTTACTCTACTGGAGTCTCTAAATAAGC
GTTGTGTTTTCTTGGAGCACGTCGTTACTGTCACTGGGCTAACAAATGTTAAAATCGTTA
GGGGCAGAGCAGAGAGTTGTGGGCACGATGTTATGTACAGAGAGAAGTTTGATGTGGCTA
TTGCAAGAGCTGTCGCGGAGATGAGAGTCTTAGCTGAATATTGTCTTCCTCTGGTTCGGA
TTGGTGGATTGTTTGTAGCTGCTAAGGGTCATGACCCTAAGGAGGAAGTTAAAAATGCAG
AAAATGCGGTTCGCATGTTGGGTGGTTCCATATTACAAATTAGTCCAGTGGATTCACATA
GCCCATATGGACAACGAACAACTGTTGTATGTCGTAAAGATCATTCCACCCCACAAAAGT
ATCCCCGTGAAGCAGGTACTCCTTCTAAATTACCCTTGTAAAAGATGTCTCATCACTTTC
TTTTAACCTTGATTTGTAAACAATCTGAAAAGCAATATTTATAAAACTTCCTTTTAGAGT
TTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1D843TF U 1
AF RR1GC45TF U 1
AF RR1GC45JQ C 473
AF RR1D843JQ C 317
BS 1 187 RR1D843TF
BS 188 188 RR1GC45TF
BS 189 614 RR1D843TF
BS 615 700 RR1GC45TF
BS 701 701 RR1D843JQ
BS 702 714 RR1GC45TF
BS 715 715 RR1D843JQ
BS 716 730 RR1GC45TF
BS 731 963 RR1D843JQ

RD RR1D843TF 614 0 0
GGACCCAAAAAAAAATGCATTGCTTTCCCTGGAAGAGTGTGATAACGAGCCCATGCGTGT
CACATGTTCTTTCTCTGAGACATTTTACCAAACACTTTCAAGGCGCAAAATCGCGCACAT
TTCTTCGCACTAGATTTCACTCCGACACCCGCGTCGATGTCGCCGCCGTAAGCACGACAA
CATCGTGTTTTAAAAGCCTCAATCCCACCCAACAGAACCAAATTCATCTCTACGTCGATA
CCCTTCTCCAATGGAACCAGAAAATGAATCTTACGGCAACGAAAGAAGCTGATGAAGTCA
TGGAGAGGCATATTGAAGATTCTCTTGCGATATTGCCTCCTATAAAGACTTGCTACAACT
TGCAGTCCAGTGACCAAATCAGTTTGATTGATGTTGGAAGTGGTGCTGGTCTTCCTGGGT
TGGTTCTAGCAATTGCTTGTCCAGATTGGAGAGTTACTCTACTGGAGTCTCTAAATAAGC
GTTGTGTTTTCTTGGAGCACGTCGTTACTGTCACTGGGCTAACAAATGTTAAAATCGTTA
GGGGCAGAGCAGAGAGTTGTGGGCACGATGTTATGTACAGAGAGAAGTTTGATGTGGCTA
TTGCAAGAGCTGTC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1GC45TF 735 0 0
GGACCCAAAAAAAAATGCATTGCTTTCCCTGGAAGAGTGTGATAACGAGCCCATGCGTGT
CACATGTTCTTTCTCTGAGACATTTTACCAAACACTTTCAAGGCGCAAAATCGCGCACAT
TTCTTCGCACTAGATTTCACTCCGACACCCGCGTCGATGTCGCCGCCGTAAGCACGACAA
CATCGTGCTTTAAAAGCCTCAATCCCACCCAACAGAACCAAATTCATCTCTACGTCGATA
CCCTTCTCCAATGGAACCAGAAAATGAATCTTACGGCAACGAAAGAAGCTGATGAAGTCA
TGGAGAGGCATATTGAAGATTCTCTTGCGATATTGCCTCCTATAAAGACTTGTTACAACT
TGCAGTCCAGTGACCAAATCAGTTTGATTGATGTTGGAAGTGGTGCTGGTCTTCCTGGGT
TGGTTCTAGCAATTGCTTGTCCAGATTGGAGAGTTACTCTACTGGAGTCTCTAAATAAGC
GTTGTGTTTTCTTGGAGCACGTCGTTACTGTCACTGGGCTAACAAATGTTAAAATCGTTA
GGGGCAGAGCAGAGAGTTGTGGGCACGATGTTATGTACAGAGAGAAGTTTGATGTGGCTA
TTGCAAGAGCTGTCGCGGAGATGAGAGTCTTAGCTGAATATTGTCTTCCTCTGGTTCGGA
TTGGTGGATTGTTTGTAGCTGCTAAGGGTCATGACCCTAAAGAGGAAGTTAAAA*TGCAG
AAAATGCGGT
CGCAT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1GC45JQ 345 0 0
AAATAAGCGTTGTGTTTTCTTGGAGCACGTCGTTACTGTCACTGGGCTAACAAATGTTAA
AATCGTTAGGGGCAGAGCAGAGAGTTGTGGGCACGATGTTATGTACAGAGAGAAGTTTGA
TGTGGCTATTGCAAGAGCTGTCGCGGAGATGAGAGTTTTAGCTGAATATTGTTTTCCTTT
GGTTCGGATTGGTGGATTGTTTGTAGCTGCTAAGGGTCATGACCCTAAGGAGGAAGTTAA
AAATGCAGAAAATGCGGTTCGCATGTTGGGTGGTTCCATATTACAAATTAGTCCAGTGGA
TTCACATAGCCCATATGGACAACGAACAACTGTTGTATGTCGTAA

QA 1 345 1 345
DS 

RD RR1D843JQ 647 0 0
AGATTCTCTTGCGATATTGCCTCCTATAAAGACTTGCTACAACTTGCAGTCCAGTGACCA
AATCAGTTTGATTGATGTTGGAAGTGGTGCTGGTCTTCCTGGGTTGGTTCTAGCAATTGC
TTGTCCAGATTGGAGAGTTACTCTACTGGAGTCTCTAAATAAGCGTTGTGTTTTCTTGGA
GCACGTCGTTACTGTCACTGGGCTAACAAATGTTAAAATCGTTAGGGGCAGAGCAGAGAG
TTGTGGGCACGATGTTATGTACAGAGAGAAGTTTGATGTGGCTATTGCAAGAGCTGTCGC
GGAGATGAGAGCCTTAGCTGAATATTGTCTTCCTCTGGTTCGGATTGGTGGATTGTTTGT
AGCTGCTAAGGGTCATGACTCTAAGGAGGAAGTTAAAAATGCAGAAAATGCGGTTCGCAT
GTTGGGTGGTTCCATATTACAAATTAGTCCAGTGGATTCACATAGCCCATATGGACAACG
AACAACTGTTGTATGTCGTAAAGATCATTCCACCCCACAAAAGTATCCCCGTGAAGCAGG
TACTCCTTCTAAATTACCCTTGTAAAAGATGTCTCATCACTTTCTTTTAACCTTGATTTG
TAAACAATCTGAAAAGCAATATTTATAAAACTTCCTTTTAGAGTTTC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

CO CL2973Contig1 1080 2 2 U
GGAGACATAAGCTACTTGCAGAAGTTCTTTTTGATGTATGTCGGTGGAAGGCAGCCTCTC
CATTTCCAAGAAGATTTCTGCGGCACTGCTCTCTTAAGTGCGGAGTGGCTGAAGGCTGAC
ACGAGGCGGACTGCTGTAGGGCTAGACTTCGACCTCGAGGCGCTGGAATGGTGCATGGAT
AACAACATCAGCAAGCTCGGTGCTGACGTGTACTCGAGGATGTCTCTTCTCCACGGGAAT
GTTTTGACCCCTCTTGACGCTAAGCATGTGACTTCCAAATCCCACGAGCTGATACAAAAC
ATCAGCTTGGATGATGAGGGTGATGATGATAAAGAAGATTCAGCTGATGATCCTGGAGTC
GAATTACTGGAGAAAGATTCGTTACCGAGGAGGGATATCGTGTGTGCTTTCAATTTCAGT
TGCTGTTGCTTACACAAACGCTCGGAGTTGGTTACTTACTTCAAGAATGCGCGTGAGGCC
TTGTCCAAGAAAGGTGGTATCTTTGTTATGGACTTGTATGGAGGAGCTTCTGCTGAGGGA
CAGTTGAAGCTTCAACGGAAGTTCCCAACTTTCACGTATACATGGGAGCAGGCCGAGTTT
GATATTGTTAGTCGCAAGACAAGGATCAGTCTTCACTATCACCTTCAGAAGCAGAACAGA
AAGATTCGCCATGCTTTTTCTTATAGCTGGAGACTGTGGTCATTACCGGAGATAAAGGAC
TGTATGGAAGAAGCCGGGTTTAGATCAGTCCATTTCTGGCTCAGGGAAATGCCAGACGCT
TTTGAAATGCGTAGAACAGATGGGTTTGGTGCAGGACGTGATATCAAGTACGAAGAAGTC
AAGAACTTTCAACAGTGCGATGCTTGGAATGCTTACATTGTTGCCGTCAGCGTTTAGTTT
TTTGGGTACTACCAAACCTTTGTAGTAGCGGAGTCTTTATTTTTATATACTAGTTTGACT
TTTATGCCAAGAAGGGAAAATTAGTGTCGGCGCCTGCTCGGTGTTTAAGCTTTTGATTGA
CTTTTAAGGTTGCGCATATTCCACGATTTAAAGCATTAAGTTAAATTTTACAAAGAGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EV79TF U 1
AF RR1EV79JQ C 248
BS 1 693 RR1EV79TF
BS 694 1080 RR1EV79JQ

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GTTTTGACCCCTCTTGACGCTAAGCATGTGACTTCCAAATCCCACGAGCTGATACAAAAC
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TTGTCCAAGAAAGGTGGTATCTTTGTTATGGACTTGTATGGAGGAGCTTCTGCTGAGGGA
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GATATTGTTAGTCGCAAGACAAGGATCAGTCTTCACTATCACCTTCAGAAGCAGAACAGA
AAGATTCGCCATGCTTTTTCTTATAGCTGGAGA

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DS 

RD RR1EV79JQ 833 0 0
ACCCCTC
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TGAGGGTGATGATGATAAAGAAGAT*CAGCTGATGATCCTGGAGTCGAATTACTGGAGAA
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ACGGAAGTTCCCAACTTTCACGTATACATGGGAGCAGGCCGAGTTTGATATTGTTAGTCG
CAAGACAAGGATCAGTCTTCACTATCACCTTCAGAAGCAGAACAGAAAGATTCGCCATGC
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CGGGTTTAGATCAGTCCATTTCTGGCTCAGGGAAATGCCAGACGCTTTTGAAATGCGTAG
AACAGATGGGTTTGGTGCAGGACGTGATATCAAGTACGAAGAAGTCAAGAACTTTCAACA
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AACCTTTGTAGTAGCGGAGTCTTTATTTTTATATACTAGTTTGACTTTTATGCCAAGAAG
GGAAAATTAGTGTCGGCGCCTGCTCGGTGTTTAAGCTTTTGATTGACTTTTAAGGTTGCG
CATATTCCACGATTTAAAGCATTAAGTTAAATTTTACAAAGAGCAC

QA 8 833 8 833
DS 



AS 1 4

CO CL2974Contig1 1541 4 18 U
CGTTTATGCAAAAAGTATTTGGCACTAGCAGTTCAAATACGCTGTACATGTCTACTACAT
CTCTGCGTTTAGCCAAAAGTATTTACTTCAATTTTGTCTAATATATTAGAGAAAAAAAAC
AGAGATCAAACACCTTAAAAATTGAATTTGGAGCTATACTCTTCAAAGATTTAAAGACAA
AATCAACCAAGGAATAATGTTCAGTTGCAATAAAAATGATAACAGTATCCTCCATCACAT
CTTCCCCTATTTATGGCTGCTGCTGCTTGTACTCTTCTTCTTCAGTAAATTTCCAAACTT
CCGGAGCAAAGGTTTCTTCTTCTTCTGCTCTAGTTCCTTTGAGTTCAAGCTTCCAAAATA
TTCTATGTGCTCTGCTGAAAACAAGCCATTGCTCAACTGATCAAAATTTTCACTGCCTTC
TGCTTTTGATTCCTCTTCCTCTTCAGCAAACTCGTGATCTGACTCCCTCTCTGAATAAGC
TTCTCTCTTTTCTTCCCCTTCCATGGAGTCTTTCTCCTTGTCTCCTTCATCTTTGTGAGG
TAACAAATTGACTGATGTATCACCATTCAAATGGCTATCAATGGCTTCCACTGGACTTTC
TTGTACCTTTTGTTCTCCGCTTCTAGGCTTGCCGTTTTCATGTGGTTTCTCTTGTGTGGA
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GGCCTTCAGCTCGACGTTATCATGAATTACAGCCTGCAACTCGGCTTCTTTGTCAAGCAG
TATTGACAACTCCTCCATCTTCTTTGCCGCTGAAGCTTCCTGCGCCCTAAGCTCTTCATT
TTCTTGATGAAGTCTTTGAAATTCGTTTTCCTTCTCAAGCCAACTCTGCTCAAGATGCAA
CAACTCGTCAATCTTCTTCAAAGATGTTTCCTCTTTGGCCTTAAGCTCCTCGTTCTCATG
GAAGACACCCTGCAGCTCGTTCTCTTTATCAAGTAAACTCTGTTTCAGGTTTGTCAACTC
TTCAATCTTCTGAACCAATGTGGTAGCATTGGCCTTGAGCTCTTCATTCTCGACAAATTG
CAGTCTTCAGCTCGTTTTCTTTATCAAATAAACTTTGTCTAAGATCAGACAACTCCTCTA
TTGCCTTAACCGATGAAGCCTCTTTGGATTTGAGCTCCTCGTTTTCGGAAACAACGTCGT
GCAACTCGCCCTCTTTCACGAGAAGGCTTTTGTTTAGATTTGATAACTCTTCAATCTTCT
TTTGGGATAGAGAGTCTTTGGCTTTAAGGTCCTCAATCTCACGAACCATACCATCAAGCT
CAGTTTCTTTATCAAGAAGATGTTCTTGCAGCTTCGCTAACTCTTCAATCTTCTTGAGAT
ATGCAGCCTCCCTTTCTCTAAGCTCTTCATTTTCTTGAGTAGAAATGTGGAGTTTGATTT
CTCTAGCAGCAACGTTTTCAGATACTTTTGACAACTCTTCCATCTTCATATGGTATGAAG
ACTCCCTTTCTCTTAACTCTTCATTCTCCTTAACAGCTGCC


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GC66JQ U 1
AF RR1FC78JQ U 126
AF RR1GC66TF C 729
AF RR1FC78TF C 1031
BS 1 212 RR1GC66JQ
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BS 214 355 RR1GC66JQ
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BS 381 578 RR1GC66JQ
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BS 580 745 RR1GC66JQ
BS 746 878 RR1FC78JQ
BS 879 1076 RR1GC66TF
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BS 1078 1107 RR1GC66TF
BS 1108 1108 RR1FC78TF
BS 1109 1172 RR1GC66TF
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BS 1174 1386 RR1GC66TF
BS 1387 1541 RR1FC78TF

RD RR1GC66JQ 745 0 0
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TGCTTTTGATTCCTCTTCCTCTTCAGCAAACTCGTGATCTGACTCCCTCTCTGAATAAGC
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TTGTACCTTTTGTTCTCCGCTTCTAGGCTTGCCGTTTTCATGTGGTTTCTCTTGTGTGGA
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GGCCTTCAGCTCGACGTTATCATGA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1FC78JQ 753 0 0
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TGTGCTCTGCTGAAAACAAGCCATTGCTCAACTGATCAAAATTTTCACTGCCTTCTGCTT
TTGATTCCTCTTCCTCTTCAGCAAACTCGTGATCTGACTCCCTCTCTGAATAAGCTTCTC
TCTTTTCTTCCCCTTCCATGGAGTCTTTCTCCTTGTCTCCTTCATCTTTGTGAGGTAACA
AATTGACTGATGTATCACCATTCAAATGGCTATCAATGGCTTCCACTGGACTTTCTTGTA
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CTTTTTCTAGCGACTTTGATAACTCTTCGATCTTCTCAAGCGCGGAAGCCTCCCTGGCCT
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QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1GC66TF 658 0 0
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TCTGAACCAATGTGGTAGCATTGGCCTTGAGCTCTTCATTCTCGACAA*TTGCAGTCTTC
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QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1FC78TF 511 0 0
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AGAGTCTTTGGCTTTAAGGTCCTCAATCTCACGAACCATACCATCAAGCTCAGTTTCTTT
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CCTTTCTCTAAGCTCTTCATTTTCTTGAGTAGAAATGTGGAGTTTGATTTCTCTAGCAGC
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TCTTAACTCTTCATTCTCCTTAACAGCTGCC

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 4

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1FN68JQ C 1
AF RR1AF02TF U 1
AF RR1AF02JQ C 1
AF RR1FN68TF U 1
BS 1 703 RR1AF02TF
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BS 745 749 RR1AF02JQ

RD RR1FN68JQ 572 0 0
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QA 1 572 1 572
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QA 1 703 1 703
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QA 1 749 1 749
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CAGTCAATGTTGATGGTTCTGTGCTTGATCGAATTGCTAAAATCATGACATACCTTCGCC
TTGGATCCACGGGGAAAGTACTCA
GAG

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 3

CO CL2976Contig1 1074 3 9 U
GGAGAGAAAGGAAAAAAGGGGAAAATTTCGAAATCTTGTTGTCCATATCTCTCTCAATTT
GGATTGGCTTTCTTCTTCGGATATCGGCTCTTAGCGTTCGCGGGGTTTTGCAATCGAGAT
CCCTCTTCCATCTCCAATCGAAGCTTTTGGCTTTGAATTGGATTTTTGGGTTTCGGTTTC
AAATCCAGCTCCTTTGTGAGAAACCAGGAGAGATGCAGGACCAGCTGGTATGTCATGGCT
GTAGAAATACATTGGTCTATCCTAGAGGAGCTACCAACGTTCGTTGTGCCTTATGTAACA
CTATCAACATGGTCCCTCTTCATCCTCATCCTCCTCCTCCTCCTCATCATCATCATGCTC
ATGTAGGGATGGACATGGCTCACATTGTATGTGGTGGTTGTCGTACAATGCTTATGTATA
CTCGTGGGGCAAATAGTGTAAGATGCTCTTGCTGTCAGACTGTAAACCTTGTCCCAGCAA
CCCCACCCGCACACGCCAATCAGCCTGCGCATATCAGCTGTGGGAACTGTCGAACAACCC
TCATGTATCCTTACGGTGCACCATCTGTTAGATGCGCTGTTTGCCAGTTCGTTACTAACG
TTAATATGGGCAATGGAAGGGTGCCTTTCCCAACTAACCTGCCAAATGGAACAACAGCCG
CTCCTGGTTCAATGCCCCCCTCTACATCCACTCAGTCAACACCACCGTCTCAGACCCAAA
CCGTCGTCGTAGAAAACCCCATGTCTGTTAACGAAAGTGGAAAGTTGGTGAGCAATGTTG
TGGTTGGAGTGACAACAGAAAAGAAATAACCCACAAGATATTTCAGTCTCTATCCCTGCG
TTTGGTTTGTGCATATTACATACGCGGAAAAGTGACTGTTTTATGTTATATCCTTGACTC
CTTTTTTTTTTAACCCCCAAGAAAAAAAAAGGCTTTCAGAATCTCTTGTTTTGTTTTTTT
CTTCTTTCAAAGTTGATGAACACAAAGGTTTTTGGTCCAACAATCTGCCATTCCTATTTG
TAGACTATGTAAACTTTATTGGCCCTTTGTGCCATTGTTAATCTATGTATTCAT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F754TF U 1
AF RR1A722TF U 3
AF RR1F754JQ C 320
BS 1 101 RR1F754TF
BS 102 102 RR1A722TF
BS 103 178 RR1F754TF
BS 179 179 RR1A722TF
BS 180 208 RR1F754TF
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RD RR1F754TF 208 0 0
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GGATTGGCTTTCTTCTTCGGATATCGGCTCTTAGCGTTCGCTGGGTTTTGCAATCGAGAT
CCCTCTTCCATCTCCAATCGAAGCTTTTGGCTTTGAATTGGATTTTTGGGTTTCGGTT*C
AAATCCAGCTCCTTTGTGAGAAACCAGG

QA 1 208 1 208
DS 

RD RR1A722TF 774 0 0
AGG
GAAAGGAAAAAAGGGGAAAATTTCGAAATCTTGTTGTCCATATCTCTCTCAATTTGGATT
GGCTTTCTTCTTCGGATATCGGCTCTTAGCGTTCGCGGGGTTTTGCAATCGAGATCCCTC
TTCCATCTCCAATCGAAGCTTTTGGCTTTGAATTGGATTTTTGGGTTTCGGTTTCAAATC
CAGCTCCTTTGTGAGAAACCAGGAGAGATGCAGGACCAGCTGGTATGTCATGGCTGTAGA
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AACATGGTCCCTCTTCATCCTCATCCTCCTCCTCCTCCTCATCATCATCATGCTCATGTA
GGGATGGACATGGCTCACATTGTATGTGGTGGTTGTCGTACAATGCTTATGTATACTCGT
GGGGCGAATAGTGTAAGATGCTCTTGCTGTCAGACTGTAAACCTTGTCCCAGCAACCCCA
CCCGCACACGCCAATCAGCCTGCGCATATCAGCTGTGGGAACTGTCGAACAACCCTCATG
TATCCTTACGGTGCACCATCTGTTAGATGCGCTGTTTGCCAGTTCGTTACTAACGTTAAT
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GGTTCAATGCCCCCCTCTACATCCACTCAGTCAACACCACCGTCTCAGACCCAAACCGTC
GTCGTAGAAAACCCCATGTCTGTTAACGAAAGTGGAAAGTTGGTGAGCAAT

QA 4 774 4 774
DS 

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TCT
TCCTCATCCTCCTCCTCCTCCTCATCATCATCATGCTCATGTAGGGATGGACATGGCTCA
CATTGTATGTGGTGGTTGTCGTACAATGCTTATGTATACTCGTGGGGCAAATAGTGTAAG
ATGCTCTTGCTGTCAGACTGTAAACCTTGTCCCAGCAACCCCACCCGCACACGCCAATCA
GCCTGCGCATATCAGCTGTGGGAACTGTCGAACAACCCTCATGTATCCTTACGGTGCACC
ATCTGTTAGATGCGCTGTTTGCCAGTTCGTTACTAACGTTAATATGGGCAATGGAAGGGT
GCCTTTCCCAACTAACCTGCCAAATGGAACAACAGCCGCTCCTGGTTCAATGCCCCCCTC
TACATCCACTCAGTCAACACCACCGTTTCAGACCCAAACCGTCGTCGTAGAAAACCCCAT
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GAAATAACCCACAAGATATTTCAGTCTCTATCCCTGCGTTTGGTTTGTGCATATTACATA
CGCGGAAAAGTGACTGTTTTATGTTATATCCTTGACTCCTTTTTTTTTTAACCCCCAAGA
AAAAAAAAGGCTTTCAGAATCTCTTGTTTTGTTTTTTTCTTCTTTCAAAGTTGATGAACA
CAAAGGTTTTTGGTCCAACAATCTGCCATTCCTATTTGTAGACTATGTAAACTTTATTGG
CCCTTTGTGCCATTGTTAATCTATGTATTCAT

QA 4 755 4 755
DS 



AS 1 4

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CAAAAAAAGAAAACAATGGCTGAGGCAACACCAGCTTTGAGGAAGCCTGTGTTCACCAAG
GTTAATGAGCTGAGACCAGGAACCAATGGTCACTCTCTGAACGTGAAAGTTGTCAGCACG
AAGATGGTGATGCAGAGAGGTGGTGGAGGTCGTCCCACTGGTCCTCCGGCTCGTCAGATG
CGGATTGCTGAGTGTCTTGTTGGTGATGAGACTGGAATCATTATCTTTACTGCTAGAAAC
GATCAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAGGTTGTGACCCTGCGCAACGCCAAGATCGAC
ACGTACAAGGGATCTATGAGGCTTGCAGTTGATAGATGGGGACGCGTTGAAGTCGCTGAG
GAGGATGCCACAGACATCACCGTCAAGGAAGATAACAATCTTTCCCTCATCGAGTATGAG
CTTGTGAACGTTGAAGCTTGATTTAGTTTCAGCCAACTGAAAGAAAGCAGAGTGACTCCC
AAGACTTATATTCTCTAGTTGTAGAAGCAATAGCATCTCTCTCGCTCTCTCTACTCTGCT
TTGACTTTTTGCTTATCAGAATTTGCAGGTGGGGAGTCTTTTATGTATTATCTGGCTTGC
CTCTGATTTACCCTTTCTCGTTTTAAATATCAGGTTGCTGGATCATTCTCTTGTTCTAGT
TTTCGTTTCTCTTTGTGTTAGTCTTTGGATGCTATAGAAAAATAAACTTATAAAGACAAT
CCATGTAACGACGAGAACAATAAGTTTTATCTTATTCCTACCAATGAAAGTGCCTCGAGA
C


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1FA91TF U 1
AF RR1CE90TF U 1
AF RR1FA91JQ C 111
AF RR1CE90JQ C 111
BS 1 620 RR1CE90TF
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BS 622 683 RR1CE90TF
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BS 723 841 RR1CE90JQ

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AAGATGGTGATGCAGAGAGGTGGTGG*GGTCGTCCCACTGGTCCTCCGGCTCGTCAGATG
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GATCAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAGGTTGTGACCCTGCGCAACGCCAAGATCGAC
ATGTACAAGGGATCTATGAGGCTTGCAGTTGATAGATGGGGACGCGTTGAAGTCGCTGAG
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CTTGTGAACGTTGAAGCTTGATTTAGTTTCAGCCAACTGAAAGAAAGCAGAGTGACTCCC
AAGACTTATATTCTCTAGTTGTAGAAGCAATAGCATCTCTCTCGCTCTCTCTACTCTGCT
TTGACTTTTTGCTTATCAGA
ATTT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1CE90TF 722 0 0
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CAAAAAAAGAAAACAATGGCTGAGGCAACACCAGCTTTGAGGAAGCCTGTGTTCACCAAG
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AAGATGGTGATGCAGAGAGGTGGTGGAGGTCGTCCCACTGGTCCTCCGGCTCGTCAGATG
CGGATTGCTGAGTGTCTTGTTGGTGATGAGACTGGAATCATTATCTTTACTGCTAGAAAC
GATCAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAGGTTGTGACCCTGCGCAACGCCAAGATCGAC
ACGTACAAGGGATCTATGAGGCTTGCAGTTGATAGATGGGGACGCGTTGAAGTCGCTGAG
GAGGATGCCACAGACATCACCGTCAAGGAAGATAACAATCTTTCCCTCATCGAGTATGAG
CTTGTGAACGTTGAAGCTTGATTTAGTTTCAGCCAACTGAAAGAAAGCAGAGTGACTCCC
AAGACTTATATTCTCTAGTTGTAGAAGCAATAGCATCTCTCTCGCTCTCTCTACTCTGCT
TTGACTTTTTGCTTATCAGA*TTTGCAGGTGGGGAGTCTTTTATGTATTATCTGGCTTGC
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TT

QA 1 722 1 722
DS 

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AGTCGCTGAGGAGGATGCCACAGACATCACCGTCAAGGAAGATAACAATCTTTCCCTCAT
CGAGTATGAGCTTGTGAACGTTGAAGCTTGATTTAGTTTCAGCCAACTGAAAGAAAGCAG
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CTACTCTGCTTTGACTTTTTGCTTATCAGAATTTGCAGGTGGGGAGTCTTTTATGTATTA
TCTGGCTTGCCTCTGATTTACCCTTTCTCGTTTTAAATATCAGGTTGCTGGATCATTCTC
TTGTTCTAGTTTTCGTTTCTCTTTGTGTTAGTCTTTGGATGCTATAGAAAAATAAACTTA
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T

QA 1 711 1 711
DS 

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TGTCAGCACGAAGATGGTGATGCAGAGAGGTGGTGGAGGTCGTCCCACTGGTCCTCCGGC
TCGTCAGATGCGGATTGCTGAGTGTCTTGTTGGTGATGAGACTGGAATCATTATCTTTAC
TGCTAGAAACGATCAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAGGTTGTGACCCTGCGCAACGC
CAAGATCGACACGTACAAGGGATCTATGAGGCTTGCAGTTGATAGATGGGGACGCGTTGA
AGTCGCTGAGGAGGATGCCACAGACATCACCGTCAAGGAAGATAACAATCTTTCCCTCAT
CGAGTATGAGCTTGTGAACGTTGAAGCTTGATTTAGTTTCAGCCAACTGAAAGAAAGCAG
AGTGACTCCCAAGACTTATATTCTCTAGTTGTAGAAGCAATAGCATCTCTCTCGCTCTCT
CTACTCTGCTTTGACTTTTTGCTTATCAGAATTTGCAGGTGGGGAGTCTTTTATGTATTA
TCTGGCTTGCCTCTGATTTACCCTTTCTCGTTTTAAATATCAGGTTGCTGGATCATTCTC
TTGTTCTAGTTTTCGTTTCTCTTTGTGTTAGTCTTTGGATGCTATAGAAAAATAAACTTA
TAAAGACAATCCATGTAACGACGAGAACAATAAGTTTTATCTTATTCCTACCAATGAAAG
TGCCTCGAGAC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL2978Contig1 896 4 4 U
GGACACACACAAAAGAAGCAAGAAAACTATTTTGATATAGAGAGAGAGGGAAGAGAGATG
GAGAAGATGAAGTGTGAGCTATGCGACGGTGTGGCGTGGATGTTCTGTGAATCAGACCAG
GCGAGTTTATGCTGGGACTGCGACGGTTGCGTTCACGGAGCTAACTTTCTGGTGGCTAAA
CACGCGCGCTGCCTTCTTTGTAGTGTTTGCCAGTCTCCTACGCCTTGGAAAGCTTCGGGT
CTTCGACTATGCCCAACAGTTTCCAACTGCGAGCCTTGCCTTGCTCGTAAGAATAGTAAC
CGAGAAGACGACGGCGCAGAATCTTATGATGAGGATGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAAGT
GATGATGAGGAAGAGGAAGGGGAGAATCAGGTGGTACCGTGGGATGAGGCTGCGGCGGTG
CAAGAACCTCCGGTGATGAGTTCGTGGTGTTCCGTTAGCACCGGAGGAGAGGAACGTTTC
AGTTTGGTAGAGAAAAGGACGCGACAAGATTCAGATCTTAACTCCTCTCATGATGAATCA
AACGAGTCACGACCGTTGAAACGGCTAGCGAGAGATGAAACCTAGCCAAGATCAACGGCT
ATGATGAAATCAACCTTAAAAATCAAACGACTGTGATACACACCACCAACATAAAATAGA
AATGTCAGCCGTTGATTTTTCTGCTTATTCAGATTAGATTAATCATCACTGTTCATTGCA
AACAATTCATCTTTAGTTAATTGAGTTTAGCTCCCTTTATGGCTTAGTCGGCTTACTGTG
TTTTCTGAAACCAAATGTATTGGTTGAACCCTTTTTGCTTAGCTGCTTACGATTTCGTAT
TTTTTGGTTGTATTATTCACCTATCTATAATTATGTTGATTTTATTTGTTTAAGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GP29TF U 1
AF RR1GP25TF U 1
AF RR1GP29JQ C 155
AF RR1GP25JQ C 291
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RD RR1GP29TF 271 0 0
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CACGCGCGCTGCCTTCTTTGTAGTGTTTGCCAGTCTCCTACGCCTTGGAAAGCTTCGGGT
CTTCGACTATGCCCAACAGTTTCCAACTGCG

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR1GP25TF 688 0 0
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GAGAAGATGAAGTGTGAGCTATGCGACGGTGTGGCGTGGATGTTCTGTGAATCAGACCAG
GCGAGTTTATGCTGGGACTGCGACGGTTGCGTTCACGGAGCTAACTTTCTGGTGGCTAAA
CACGCGCGCTGCCTTCTTTGTAGTGTTTGCCAGTCTCCTACGCCTTGGAAAGCTTCGGGT
CTTCGACTATGCCCAACAGTTTCCAACTGCGAGCCTTGCCTTGCTCGTAAGAATAGTAAC
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AATGTCAGCCGTTGATTTCTCTGCTTAT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1GP29JQ 742 0 0
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CTCCTACGCCTTGGAAAGCTTCGGGTCTTCGACTATGCCCAACAGTTTCCAACTGCGAGC
CTTGCCTTGCTCGTAAGAATAGTAACCGAGAAGACGACGGCGCAGAATCTTATGATGAGG
ATGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAAGTGATGATGAGGAAGAGGAAGGGGAGAATCAGGTGG
TACCGTGGGATGAGGCTGCGGCGGTGCAAGAACCTCCGGTGATGAGTTCGTGGTGTTCCG
TTAGCACCGGAGGAGAGGAACGTTTCAGTTTGGTAGAGAAAAGGACGCGACAAGATTCAG
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ATGAAACCTAGCCAAGATCAACGGCTATGATGAAATCAACCTTAAAAATCAAACGACTGT
GATACACACCACCAACATAAAATAGAAATGTCAGCCGTTGATTTTTCTGCTTATTCAGAT
TAGATTAATCATCACTGTTCATTGCAAACAATTCATCTTTAGTTAATTGAGTTTAGCTCC
CTTTATGGCTTAGTCGGCTTACTGTGTTTTCTGAAACCAAATGTATTGGTTGAACCCTTT
TTGCTTAGCTGCTTACGATTTCGTATTTTTTGGTTGTATTATTCACCTATCTATAATTAT
GTTGATTTTATTTGTTTAAGCC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1GP25JQ 606 0 0
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TGCGGCGGTGCAAGAACCTCCGGTGATGAGTTCGTGGTGTTCCGTTAGCACCGGAGGAGA
GGAACGTTTCAGTTTGGTAGAGAAAAGGACGCGACAAGATTCAGATCTTAACTCCTCTCA
TGATGAATCAAACGAGTCACGACCGTTGAAACGGCTAGCGAGAGATGAAACCTAGCCAAG
ATCAACGGCTATGATGAAATCAACCTTAAAAATCAAACGACTGTGATACACACCACCAAC
ATAAAATAGAAATGTCAGCCGTTGATTTTTCTGCTTATTCAGATTAGATTAATCATCACT
GTTCATTGCAAACAATTCATCTTTAGTTAATTGAGTTTAGCTCCCTTTATGGCTTAGTCG
GCTTACTGTGTTTTCTGAAACCAAATGTATTGGTTGAACCCTTTTTGCTTAGCTGCTTAC
GATTTCGTATTTTTTGGTTGTATTATTCACCTATCTATAATTATGTTGATTTTATTTGTT
TAAGCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 4

CO CL2979Contig1 1140 4 15 U
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GAAAAATTTAATATGTTTTTTGCAAACAAAGCAGAAAGCCGTGAAGACAGAATCTAAAAA
CGAAAGAAACAGGGAAAATTACATACATCAAACCAAGTGTTACAGTGAGCTCTCTC**AC
ACGGCGGCTCTCAGGGCTCCTCTGGCCGCTTCTCGTCTCAACTCATCTTGTTTCCCGCTG
CCTCGAAAGTACATATACACTTGCTGAATAACCCAAATGCTGACCACTGATTCAAGGCAG
AAAAACCCAAACCCAATGGGGTAAAATATCCCAACCAATGTGTTACCGCTTATGACATCT
ATTGCAGGTAAGATCCCAGCAAGAGATTTTCCTTTGAAGACAACAGGTGGAGCAACAGCA
GCAAATACGGTGAAAAGAATGTGGAGCATGTAGAACAAGAAAAACCATCCGAAGCTCAAA
GCACTATCAGTTCTGAAGGCACGGTAGAGAGGGCGATACCATAACACATAGCCTCCTGGG
ACACCCGCTATGAAGTAAATAACGGCAAGAAGCCATATCGTCACTCCTTCTCCTTTGATC
CAAGCTGTAGTAACGGCAATAATATTCCAGAACAGACAAAGAACCAACCCCAAATAGGTT
GCAAAGGTAACATACTGTAGCCTTTGGAGATGAACGGGGATTTCGTTGGCAATGTCATGG
TGGATCAGTGGGAAGAAAGGCGGCCAGTTTTTCACTTCAATAGTAATTCCAGCTCGTGCA
GCAGCATCTTCTCTCCTTTTAACGTCCTGCTCCCGTCGTCTTAGCTCAGCTTCTTTGGCT
TGAAGTTCCTTTTCTTTCTTCTTCAAATTCTGTGTACCGGATCTGTCATTATTGTCAAGA
GGAATGTCTACGGTTCGACCATAACCGAAACCAACAGGCTCTGGAGGCAAAGGCGAGAGT
CTTGAATTCGATGCTGGAGGGATACTCCCTGGGTTAGCGAAGGGATTGACTTCTTCTTCC
TCAGCGAAAGGATTCGGATCATAGCGATTAGCCATGGCTTAAAGAAGATTCAGAGGAAGA
AGAAAGACTTGAAGTCGATTTTTAAGATCTTAGCACGGACCGAGAATTAGGCAAACGTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CR94JQ U 4
AF RR1CR94TF C 1
AF RR1BK02JQ U 25
AF RR1BK02TF C 329
BS 1 3 RR1CR94TF
BS 4 93 RR1CR94JQ
BS 94 94 RR1BK02JQ
BS 95 244 RR1CR94JQ
BS 245 245 RR1BK02JQ
BS 246 297 RR1CR94JQ
BS 298 298 RR1BK02JQ
BS 299 354 RR1CR94JQ
BS 355 355 RR1BK02JQ
BS 356 371 RR1CR94JQ
BS 372 651 RR1BK02JQ
BS 652 652 RR1CR94TF
BS 653 682 RR1BK02JQ
BS 683 707 RR1CR94TF
BS 708 1140 RR1BK02TF

RD RR1CR94JQ 368 0 0
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AAATTTAATATGTTTTTTGCAAACAAAGCAAAAAGCCGTGAAGACAGAATCTAAAAACGA
AAGAAACAGGGAAAATTACATACATCAAACCAAGTGTTACAGTGAGCTCTCTC**ACACG
GCGGCTCTCAGGGCTCCTCTGGCCGCTTCTCGTCTCAACTCATCTTGTTTCCCGCTGCCT
CCAAAGTACATATACACTTGCTGAATAACCCAAATGCTGACCACTGATTCAAGGGAGAAA
AACCCAAACCCAATGGGGTAAAATATCCCAACCAATGTGTTACCGCTTATGGCATCTATT
GCAGGTAA

QA 1 368 1 368
DS 

RD RR1CR94TF 708 0 0
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GAAAAATTTAATATGTTTTT*GCAAACAAAGCAGAGAGCCGTGAAGACAGAATCTAAAAA
CGAAAGAAACAGGGAAAATTACATACATCAAACCAAGTGTTACAGTGAGCTCTCTC**AC
ACGGCGGCTCTCAGGGCTCCTCTGGCCGCTTCTCGTCTCAACTCATCTTGTTTCCCGCTG
CCTCGAAAGTACATATACACTTGCTGAATAACCCAAATGCTGACCACTGATTCAAGGCAG
AAAAACCCAAACCCAATGGGGTAAAATATCCCAACCAATGTGTTACCGCTTATGGCATCT
ATTGCAGGTAAGATCCCAGCAAGAGATTTTCCTTTGAAGACAACAGGTGGAGCAACAGCA
GCAAATACAGTGAAAAGAATGTGGAGCATGTAGAACAAGAAAAACCATCCGAAGCTCAAA
GCACTATCAGTTCTGAAGGCGCGGTAGAGAGGGCGATACCATAACACATAGCCTCCTGGG
ACACCCGCTATGAAGTAAATAACGGCAAGAAGCCATATCGTCACTCCTTCTCCTTTGATC
CAAGCTGTAGTAACGGCAATAATATTCCAGAACAGACAAAGAACCAACCCCAAATAGGTT
GCAAAGGTAACATACTGTAGCCTTTGGAGATGAACGGGGATTTCGTT
C

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1BK02JQ 658 0 0
GG
ACAAACAAATTTACATCACATAAAAGGTATTAAAGAAAAATTTAATATGTTTTTTGCAAA
CAAGGCAGAAAGCCGTGAAGACAGAATCTAAAA*CGAAAGAAACAGGGAAAATTACATAC
ATCAAACCAAGTGTTACAGTGAGCTCTCTCTCACACGGCGGCTCTCAGGGCTCCTCTGGC
CGCTTCTCGTCTCAACTCATCTTGTTTCCCGCTGCCTCGAAAGTACATATACACTTGCTG
AATAACCCAAATGCTGACCACTGATTCAAGGCAGAAAAACCCAAACCCAATGAAGTAAAA
TATCCCAACCAATGTGTTACCGCTTATGACATCTATTGCAGGTAAGATCCCAGCAAGAGA
TTTTCCTTTGAAGACAACAGGTGGAGCAACAGCAGCAAATACGGTGAAAAGAATGTGGAG
CATGTAGAACAAGAAAAACCATCCGAAGCTCAAAGCACTATCAGTTCTGAAGGCACGGTA
GAGAGGGCGATACCATAACACATAGCCTCCTGGGACACCCGCTATGAAGTAAATAACGGC
AAGAAGCCATATCGTCACTCCTTCTCCTTTGATCCAAGCTGTAGTAACGGCAATAATATT
CCAGAACAGACAAAGAACCAACCCCCAATAGGTTGCAAAGGTAACATACTGTAGCC

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR1BK02TF 812 0 0
TCCCAACCAATGTGTTACCGCTTATGACATCTATTGCAGGTAAGATCCCAGCAAGAGATT
T*CCTTTGAAGACAACAGGTGGAGCAACAGCAGCAAATACGGTGAAAAGAATGTGGAGCA
TGTAGAACAAGAAAAACCATCCGAAGCTCAAAGCACTATCAGTTCTGAAGGCACGGTAGA
GAGGGCGATACCATAACACATAGCCTCCTGGGACACCCGCTATGAAGTAAATAACGGCAA
GAAGCCATATCGTCACTCCTTCTCCTTTGATCCAAGCTGTAGTAACGGCAATAATATTCC
AGAACAGACAAAGAACCAACCCCAAATAGGTTGCAAAGGTAACATACTGTAGCCTTTGGA
GATGAACGGGGATTTCGTTGGCAATGTCATGGTGGATCAGTGGGAAGAAAGGCGGCCAGT
TTTTCACTTCAATAGTAATTCCAGCTCGTGCAGCAGCATCTTCTCTCCTTTTAACGTCCT
GCTCCCGTCGTCTTAGCTCAGCTTCTTTGGCTTGAAGTTCCTTTTCTTTCTTCTTCAAAT
TCTGTGTACCGGATCTGTCATTATTGTCAAGAGGAATGTCTACGGTTCGACCATAACCGA
AACCAACAGGCTCTGGAGGCAAAGGCGAGAGTCTTGAATTCGATGCTGGAGGGATACTCC
CTGGGTTAGCGAAGGGATTGACTTCTTCTTCCTCAGCGAAAGGATTCGGATCATAGCGAT
TAGCCATGGCTTAAAGAAGATTCAGAGGAAGAAGAAAGACTTGAAGTCGATTTTTAAGAT
CTTAGCACGGACCGAGAATTAGGCAAACGTCC

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 4

CO CL2980Contig1 818 4 3 U
GGAAATCAAATCATAAAAAAAAAAAAAAGGAATTATTGTCTCGATATATCGATATATAAA
TTATATGCAAATATTGATCAAAAAAAAAAAAAAAAATTATATGCAAATATTCCGACGACC
TTACGAGACAAAAGCTTGGCAGAACCGAATCTGTCCAGCGGAGACTATGGTGAAGATTCA
TCCCGACCGAACAACCCTTGCTGCCGGAGAAGAAACAAGTTCGCCGTACCTAACGACGGA
GAAAGAGAGTTTCACGATTTGGATGAAGTCGTTGGTGTTCAATACAAATGGCTGCACCGT
CTTCGATTCAAAAGGAAATATAATTTATCGTGTCGATAATTATAACTCTAAGAGCTGCCG
TGAAGTTTACCTGATGGATTTACACGGTCATGTCTTGTTGACCTTGCGTAGACAGAAGTT
TGGATTATTCAAGACATGGGAAGGATACAGAACACCATCGGGGACAGCTGAATCAACAAC
AAACTTCGAATATTTTAGAGTGAAAAACAATATGTTTAAAATTCCGAGTAAAGATTCATC
TTCTTCGTATAGAGTGATAAAGGGAACGTGTAAGAACGATGAACAATATTGTTATAAGAT
GGTAAGTCGGGGATCAAGTTTAGGAATCGAGGAGAGCTGTGGAAGACTTGTGGCAGAAGT
GAAGAGAAAACAATCGAGGAATGGTTTGGAGTTAGGAGATGATGTTTTGACGATGATGGT
TGAGTCAGAAGTTGATCACTCTTTCATCATCGGACTTGTTTTAACTCATAGTCTTATCAA
CTGTAAACTGTAATAAAAAGTGAAAAAGATTACTAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GV53TF U 1
AF RR1GZ54TFB U 1
AF RR1GV53JQ C 303
AF RR1GZ54JQ C 409
BS 1 447 RR1GV53TF
BS 448 561 RR1GZ54TFB
BS 562 818 RR1GV53JQ

RD RR1GV53TF 447 0 0
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TTATATGCAAATATTGATCAAAAAAAAAAAAAAAAATTATATGCAAATATTCCGACGACC
TTACGAGACAAAAGCTTGGCAGAACCGAATCTGTCCAGCGGAGACTATGGTGAAGATTCA
TCCCGACCGAACAACCCTTGCTGCCGGAGAAGAAACAAGTTCGCCGTACCTAACGACGGA
GAAAGAGAGTTTCACGATTTGGATGAAGTCGTTGGTGTTCAATACAAATGGCTGCACCGT
CTTCGATTCAAAAGGAAATATAATTTATCGTGTCGATAATTATAACTCTAAGAGCTGCCG
TGAAGTTTACCTGATGGATTTACACGGTCATGTCTTGTTGACCTTGCGTAGACAGAAGTT
TGGATTATTCAAGACATGGGAAGGATA

QA 1 447 1 447
DS 

RD RR1GZ54TFB 561 0 0
GGAAATCAAATCATAAAAAAAAAAAAAAGGAATTATTGTCTCGATATATCGATATATAAA
TTATATGCAAATATTGATCAAAAAAAAAAAAAAAAATTATATGCAAATATTCCGACGACC
TTACGAGACAAAAGCTTGGCAGAACCGAATCTGTCCAGCGGAGACTATGGTGAAGATTCA
TCCCGACCGAACAACCCTTGCTGCCGGAGAAGAAACAAGTTCGCCGTACCTAACGACGGA
GAAAGAGAGTTTCACGATTTGGATGAAGTCGTTGGTGTTCAATACAAATGGCTGCACCGT
CTTCGATTCAAAAGGAAATATAATTTATCGTGTCGATAATTATAACTCTAAGAGCTGCCG
TGAAGTTTACCTGATGGATTTACACGGTCATGTCTTGTTGACCTTGCGTAGACAGAAGTT
TGGATTATTCAAGACATGGGAAGGATACAGAACACCATCGGGGACAGCTGAATCAACAAC
AAACTTCGAATATTTTAGAGTGAAAAACAATATGTTTAAAATTCCGAGTAAAGATTCATC
TTCTTCGTATAGAGTGATAAA

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1GV53JQ 516 0 0
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AAGTTTACCTGATGGATTTACACGGTCATGTCTTGTTGACCTTGCGTAGACAGAAGTTTG
GATTATTCAAGACATGGGAAGGATACAGAACACCATCGGGGACAGCTGAATCAACAACAA
ACTTCGAATATTTTAGAGTGAAAAACAATATGTTTAAAATTCCGAGTAAAGATTCATCTT
CTTCGTATAGAGTGATAAAGGGAACGTGTAAGAACGATGAACAATATTGTTATAAGATGG
TAAGTCGGGGATCAAGTTTAGGAATCGAGGAGAGCTGTGGAAGACTTGTGGCAGAAGTGA
AGAGAAAACAATCGAGGAATGGTTTGGAGTTAGGAGATGATGTTTTGACGATGATGGTTG
AGTCAGAAGTTGATCACTCTTTCATCATCGGACTTGTTTTAACTCATAGTCTTATCAACT
GTAAACTGTAATAAAAAGTGAAAAAGATTACTAACC

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1GZ54JQ 410 0 0
TAGACAGAAGTTTGGATTATTCAAGACATGGGAAGGATACAGAACCCCATCGGGGACAGC
TGAATCAACAACAAACTTGGAATATTTTAGAGTGAAAAACAATATGTTTAAAATTCCGAG
TAAAGATTCTTCTTCTTCGTATAGAGTGATAAAGGGAACGTGTAAGAACGATGAACAATA
TTGTTATAAGATGGTAAGTCGGGGATCAAGTTTAGGAATCGAGGAGAGCTGTGGAAGACT
TGTGGCAGAAGTGAAGAGAAAACAATCGAGGAATGGTTTGGAGTTAGGAGATGATGTTTT
GACGATGATGGTTGAGTCAGAAGTTGATCACTCTTTCATCATCGGACTTGTTTTAACTCA
TAGTCTTATCAACTGTAAACTGTAATAAAAAGTGAAAAAGATTACTAACC

QA 1 410 1 410
DS 



AS 1 4

CO CL2981Contig1 963 4 19 U
GGGGTACTGTAACTTTCTCTTCTGCATAAGAGAGAGAGAAGAAAACAAAAATTTACGTAA
CGGAATCTCTCCTTCCGTTTGCCGATTGAATCTTGAAACTGCATCTTGAGCATTTCGACA
TGGCTGATAACAAGGATGAAGTAAGCCCCAAGAGCGTTGCTGCTTCCCCTCTGAGGAACC
CTAATGTTACTCTTAACGAGAGGAATTTCGCAGCCTTCACAAACAGATCAGCTGCTGCTC
ATCCTTGGCATGACTTGGAGATTGGCCCGGAAGCTCCTGCTGTTTTCAACTGTGTTGTTG
AAATTAGCAAAGGTGGCAAGGTGAAGTACGAGCTAGACAAGAACAGTGGCCTTATCAAGG
TTGATCGTGTTCTCTACTCATCCATTGTGTACCCACACAACTACTGCTTCATTCCTCGAA
CCATTTGTGAAGACAGTGACCCTATTGATGTCCTTGTACTCATGCAGGAGCCTGTGCTGA
CTGGGTCGTTCCTTCGTGCCCGCGCTATTGGTTTAATGCCAATGATTGACCAGGGTGAAA
AAGACGACAAGATCATTGCAGTATGCGCTGATGATCCCGAGTTCCGCCATTACAGAGACA
TCAAAGAGCTTCCTCCTCACCGTCTAGCTGAGATCCGCCGCTTCTTCGAAGACTACAAGA
AGAACGAGAACAAGAAAGTCGCTGTTGAAGGTT*CCTCCCTGCTCAAGCTGCCATCGACG
CAATTAAG*ACTCCATGGATCTTTACGCAGCTTACATCAAAGCTGGCCTGCAGCGTTA*T
GAACAGACCTCGGTCGAGCCCATTACTCCCGGGTTTCTTTGACTTCACTATCACTGAAGC
CTTCTTATACTCTGCATTCATGGTAAACTTGGTGCATTTTTGCAATGTACATTGAAATAC
TTTGTCGAACTGGAAGTTTCTGATGATGACGATTGAGAATTCCAATTTCAATCACTATAT
TTG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D531TF U 28
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AF RR1EI83TF U 4
AF RR1D531JQ C 281
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GGA
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AGCTAGACAAGAACAGTGGCCTTATCAAGGTTGATCGTGTTCTCTACTCATCCATTGTGT
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DS 

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GAACAGACCTCGGTCG

QA 1 796 1 796
DS 

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GG
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TCTCTCCTTCCGTTTGCCGATTGAATCTTGAAACTGCATCTTGAGCATTTCGACATGGCT
GATAACAAGGATGAAGTAAGCCCCAAGAGCGTTGCTGCTTCCCCTCTGAGGAACCCTAAT
GTTACTCTTAACGAGAGGAATTTCGCAGCCTTCACAAACAGATCAGCTGCTGCTCATCCT
TGGCATGACTTGGAGATTGGCCCGGAAGCTCCTGCTGTTTTCAACTGTGTTGTTGAAATT
AGCAAAGGTGGCAAGGTGAAGTACGAGCTAGACAAGAACAGTGGCCTTATCAAGGTTGAT
CGTGTTCTCTACTCATCCATTGTGTACCCACACAACTACGGCTTCATTCCTCGAACCGTT
TGTGAAGACAGTGACCCTATTGATGTCCTTGTACTCATGCAGGAGCCTGTGCTGACTGGG
TCGTTCCTTCGTGCCCGCGCTATTGGTTTAATGCCAATGATTGACCAGGGTGAAAAAGAC
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GAGCTTCCTCCTCACCGTCTAGCTGAGATCCGCCGCTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAAC
GAGAACAAGAAAGTCGCTGTTGAAGGTT*CCTCCCTGCTCAAGCTGCCATCGACGCAATT
AAG*ACTCCATGGATCTTTACGCAGCTTACATCAA*GCTGGCCTGCAGCGT*A*TGAACA
GACCTCGGTCGAGCCCATTACTCCCGGGTT
CTTG

QA 3 812 3 812
DS 

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GAACAGTGGCCTTATCAAGGTTGATCGTGTTCTCTACTCATCCATTGTGTACCCACACAA
CTACTGCTTCATTCCTCGAACCATTTGTGAAGACAGTGACCCTATTGATGTCCTTGTACT
CATGCAGGAGCCTGTGCTGACTGGGTCGTTCCTTCGTGCCCGCGCTATTGGTTTAATGCC
AATGATTGACCAGGGTGAAAAAGACGACAAGATCATTGCAGTATGCGCTGATGATCCCGA
GTTCCGCCATTACAGAGACATCAAAGAGCTTCCTCCTCACCGTCTAGCTGAGATCCGCCG
CTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAACGAGAACAAGAAGGTCGCTGTTGAAGGTTTCCTCCC
TGCTCAAGCTGCCATCGACGCAATTAAGGACTCCATGGATCTTTACGCAGCTTACATCAA
AGCTGGCCTGCAGCGTTAATGAACAGACCTCGGTCGAGCCCATTACTCCCGGGTTTCTTT
GACTTCACTATCACTGAAGCCTTCTTATACTCTGCATTCATGGTAAACTTGGTGCATTTT
TGCAATGTACATTGAAATACTTTGTCGAACTGGAAGTTTCTGATGATGACGATTGAGAAT
TCCAATTTCAATCACTATATTTG

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 4

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AAATCTTATAACTCAAAGAGAGGAATTACAACATTAAGCATACACACAATCATATTGGAT
GGTTTCCCTTAAAATCTTGACCTCCTGCACTCAGGAGGGAATCCTCTAGGGAACCTTTTG
AGATCCGAGCAATAATTGTAGATCATGAAGTATTTCTGCACCCATCTGAGCCTCCTCCTG
CCATATGCATTGAGCTCATTTGCCGTTTGCAGCTCACTATCACTTAAAGAAGTCTTGAAT
TTGGGATCACAGCCTGAAGAGACAGTGCAAGCCGCAGCATTGAATCCTCTGTAGTAAGCT
GTGAAAGGAGCCTTGGACCAGTCAGTCCTTACAAGGCCACCTCTCGTGGCCCAGTCATCT
GCATTCCACAGGCTCGAGTAGATCCTCATTGGTTGGTTCTTTGGGAAAGGAACACCAAGC
TTCTCTGCATTGTTGAACACTCTTATAGGCAAATTGTCCACCAAGAATATGATGTGTTGT
GGTCTCCAGACAATAGAGTAAGTGTGGAAGTTCTTGGTTGGATCGAACCAGAGATAAAAC
TGTTGTTCTCTGTTGCCTTTCCCTTGAGCAAAGACGTTGGTGTGGAGAACATAAGGCTTA
CCTGTCTCGTTCCCTAGAAACTCGAAATCTATCTCATCATGTGTTGCTCCTTGCGACGAC
AAGTAGTAAGCAGTGACGGTGCCGGCTGAGTTTCCGGCTACGAGTTTAAGCTGCATATCG
ATCCGTCCGAATAGATACTCTTTCTTGGATTTGAACCCCGATCCGGAAACCCGGTCTAGA
GACAGGGACAGCATGTTTCCTCCGTTGAAGATTTTACCCCTGTGGTCACCCCACGTGAGG
TCGAACTCGTCGAAGAAGTTGCCTGAGTAGGCTGAACCGAACATCATTACCAGCAGAACA
GCTGCCACGATGGTGATGGTGAGGCTCGAGCTTCGTCCCATTTGGGTTTAGATGGTGGAG
TTGAGGGGTGTGTTTAGTAAGATTTGAAAGTAAATTAAGAAGATGATGAGATATTTATGT
TTTGGTGTGAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FN08JQ U 1
AF RR1DE81JQ U 46
AF RR1DE81TF C 405
AF RR1FN08TF C 453
BS 1 151 RR1FN08JQ
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BS 153 711 RR1FN08JQ
BS 712 1048 RR1DE81TF
BS 1049 1049 RR1FN08TF
BS 1050 1095 RR1DE81TF

RD RR1FN08JQ 711 0 0
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AAATCTTATAACTCAAAGAGAGGAATTACAACATTAAGCATACACACAATCATATTGGAT
GGTTTCCCTTAAAATCTTGACCTCCTGCACT*AGGAGGGAATCCTCTAGGGAACCTTTTG
AGATCCGAGCAATAATTGTAGATCATGAAGTATTTCTGCACCCATCTGAGCCTCCTCCTG
CCATATGCATTGAGCTCATTTGCCGTTTGCAGCTCACTATCACTTAAAGAAGTCTTGAAT
TTGGGATCACAGCCTGAAGAGACAGTGCAAGCCGCAGCATTGAATCCTCTGTAGTAAGCT
GTGAAAGGAGCCTTGGACCAGTCAGTCCTTACAAGGCCACCTCTCGTGGCCCAGTCATCT
GCATTCCACAGGCTCGAGTAGATCCTCATTGGTTGGTTCTTTGGGAAAGGAACACCAAGC
TTCTCTGCATTGTTGAACACTCTTATAGGCAAATTGTCCACCAAGAATATGATGTGTTGT
GGTCTCCAGACAATAGAGTAAGTGTGGAAGTTCTTGGTTGGATCGAACCAGAGATAAAAC
TGTTGTTCTCTGTTGCCTTTCCCTTGAGCAAAGACGTTGGTGTGGAGAACATAAGGCTTA
CCTGTCTCGTTCCCTAGAAACTCGAAATCTATCTCATCATGTGTTGCTCCT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1DE81JQ 623 0 0
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ACAATCATATTGGATGGTTTCCCTTAGACTCTTGACCTCCTGCACTCAGGAGGGAATCCT
CTAGGGAACCTTTTGAGATCCGAGCAATAATTGTAGATCATGAAGTATTTCTGCACCCAT
CTGAGCCTCCTCCTGCCATATGCATTGAGCTCATTTGCCGTTTGCAGCTCACTATCACTT
AAAGAAGTCTTGAATTTGGGATCACAGCCTGAAGAGACAGTGCAAGCCGCAGCATTGAAT
CCTCTGTAGTAAGCTGTGAAAGGAGCCTTGGACCAGTCAGTCTTTACAAGGCCACCTCTC
GTGGCCCAGTCATCTGCATTCCACAGGCTCGAGTAGATCCTCATTGGTTGGTTCTTTGGG
AAAGGAACACCAAGCTTCTCTGCATTGTTGAACACTCTTATAGGCAAATTGTCCACCAAG
AATATGATGTGTTGTGGTCTCCAGACAATAGAGTAAGTGTGGAAGTTCTTGGTTGGATCG
AACCAGAGATAAAACTGTTGTTCTCTGTTGCCTTTCCCTTGAGCAAAGACGTTGGTGTGG
AGAACATAAGGCTTACCTGTCTC

QA 1 623 1 623
DS 

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GAAAGGAACACCAAGCTTCTCTGCATTGTTGAACACTCTTATAGGCAAATTGTCCACCAA
GAATATGATGTGTTGTGGTCTCCAGACAATAGAGTAAGTGTGGAAGTTCTTGGTTGGATC
GAACCAGAGATAAAACTGTTGTTCTCTGTTGCCTTTCCCTTGAGCAAAGACGTTGGTGTG
GAGAACATAAGGCTTACCTGTCTCGTTCCCTAGAAACTCGAAATCTATCTCATCATGTGT
TGCTCCTTGCGACGACAAGTAGTAAGCAGTGACGGTGCCGGCTGAGTTTCCGGCTACGAG
TTTAAGCTGCATATCGATCCGTCCGAATAGATACTCTTTCTTGGATTTGAACCCCGATCC
GGAAACCCGGTCTAGAGACAGGGACAGCATGTTTCCTCCGTTGAAGATTTTACCCCTGTG
GTCACCCCACGTGAGGTCGAACTCGTCGAAGAAGTTGCCTGAGTAGGCTGAACCGAACAT
CATTACCAGCAGAACAGCTGCCACGATGGTGATGGTGAGGCTCGAGCTTCGTCCCATTTG
GGTTTAGATGGTGGAGTTGAGGGGTGTGTTTAGTAAGATTTGAAGGTAAATTAAGAAGAT
GATGAGATATTTATGTTTTGGTGTGAGATCC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1FN08TF 643 0 0
TGT
GTTCTTTGGGAAAGGAACACCAAGCTTCTCTGCATTGTTGAACACTCTTATAGGCAAATT
GTCCACCAAGAATATGATGTGTTGTGGTCTCCAGACAATAGAGTAAGTGTGGAAGTTCTT
GGTTGGATCGAACCAGAGATAAAACTGTTGTTCTCTGTTGCCTTTCCCTTGAGCAAAGAC
GTTGGTGTGGAGAACATAAGGCTTACCTGTCTCGTTCCCTAGAAACTCGAAATCTATCTC
ATCATGTGTTGCTCCTTGCGACGACAAGTAGTAAGCAGTGACGGTGCCGGCTGAGTTTCC
GGCTACGAGTTTAAGCTGCATATCGATCCGTCCGAATAGATACTCTTTCTTGGATTTGAA
CCCCGATCCGGAAACCCGGTCTAGAGACAGGGACAGCATGTTTCCTCCGTTGAAGATTTT
ACCCCTGTGGTCACCCCACGTGAGGTCGAACTCGTCGAAGAAGTTGCCTGAGTAGGCTGA
ACCGAACATCATTACCAGCAGAACAGCTGCCACGATGGTGATGGTGAGGCTCGAGCTTCG
TCCCATTTGGGTTTAGATGGTGGAGTTGAGGGGTGTGTTTAGTAAGATTTGAAAGTAAAT
TAAGAAGATGATGAGATATTTATGTTTTGGTGTGAGATCC

QA 4 643 4 643
DS 



AS 1 4

CO CL2983Contig1 1132 4 7 U
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GGGTCTTGCTGCTTTGCTCAAGGCGGCTCATCCTGATTGGAGCCCCGCGGCGATAAGGTC
AGCGTTGATGACTACGGCTTACACGGTGGATAACCGAGATGAGAAAATGCTGGATGAGTC
AACGGGGAATGCATCTTCGGTTATGGATTACGGGTCGGGTCATGTTCACCCGACCAAAGC
TATGGATCCAGGATTAGTCTACGATATAACGTCTTACGATTACATCAATTTCTTGTGTAA
CTCCAACTACACAGGAACCAACATTGTGACTATAACCCGACGGAAAGCTGACTGCGATGG
TGCTAGACGCGCGGGACACGTTGGGAATTTAAACTACCCGTCGTTCTCCGTTGTGTTTCA
GCAGTATGGTGAGAGTAAACTGTCGACACATTTCATTAGGACAGTGACAAATGTTGGCGA
TTCAGACTCTGTTTATGAGGTTAAGATTAGGCCACCGAGAGGGACGACGGTGACGGTTAA
GCCGGAGAAGCTATCGTTCCGACGTGTGGGGCAGAAACTGAGTTTTGTGGTCAGGGTTAA
GACTACGGAGGTGAAACTGTCGCCAGGAGCGACAAGCGTTGAGACTGGTCATATAGTTTG
GTCGGATGGGAAACGAAATGTGACAAGTCCCTTGGTGGTTACTCTTCAACAACCTTTGTG
AAGGGGTCTTAGGACTTGGAGACCGGAAAGATTCTGGTCTCTTTGTTTTTATAACATGTG
TAAGATCATAAGCTGTTGTTGTTGTCTAATGTCTATGATCTTTGTTGGCTGTTCTTGTAA
TGTAAAATGTATCTTTTGCTGTTTAAGATACATAATCCGTAGAAGCCCACAAGTCCCTTG
GTGGTTACTCTTCAACAACCTTTGTGAA*GGGTTTTAGGATTTGGAGACCGGAAAAATTC
TGGTCTCTTTGTTCTCATAACATGTGTAAGATCAAATGCTGTTGTTGTTGTCTAATATGT
CTATGCTCTTTGTTGGCTGTTCCTGTAATGTAAAATGTATATTTGGTGATGTGGGCTTCT
AGTGGTGATGCTTGTAAAGCTTCAAGTTCTAAGCCCATATATATCGCTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BB85TF U 1
AF RR1AC78TF U 217
AF RR1AC78JQ C 279
AF RR1BB85JQ C 353
BS 1 591 RR1BB85TF
BS 592 592 RR1AC78TF
BS 593 719 RR1BB85TF
BS 720 928 RR1AC78TF
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BS 930 1026 RR1AC78TF
BS 1027 1132 RR1BB85JQ

RD RR1BB85TF 719 0 0
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GGGTCTTGCTGCTTTGCTCAAGGCGGCTCATCCTGATTGGAGCCCCGCGGCGATAAGGTC
AGCGTTGATGACTACGGCTTACACGGTGGATAACCGAGATGAGAAAATGCTGGATGAGTC
AACGGGGAATGCATCTTCGGTTATGGATTACGGGTCGGGTCATGTTCACCCGACCAAAGC
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CTCCAACTACACAGGAACCAACATTGTGACTATAACCCGACGGAAAGCTGACTGCGATGG
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GCAGTATGGTGAGAGTAAACTGTCGACACATTTCATTAGGACAGTGACAAATGTTGGCGA
TTCAGACTCTGTTTATGAGGTTAAGATTAGGCCACCGAGAGGGACGACGGTGACGGTTAA
GCCGGAGAAGCTATCGTTCCGACGTGTGGGGCAGAAACTGAGTTTTGTGGTTAGGGTTAA
GACTACGGAGGTGAAACTGTCGCCAGGAGCGACAAGCGTTGAGACTGGTCATATAGTTTG
GTCGGATGGGAAACGAAATGTGACAAGTCCCTTGGTGGTTACTCTTCAACAACCTTTGT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1AC78TF 812 0 0
GGGTCATGTTCACCCGACCAAGGCTATGGATCCAGGATTAGTCTACGATATAACGTCTTA
CGATTACATCAATTTCTTGTGTAACTCCAACTACACAGGAACCAACATTGTGACTATAAC
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CCCGTCGTTCTCCGTTGTGTTTCAGCAGTATGGTGAGAGTAAACTGTCGACACATTTCAT
TAGGACAGTGACAAATGTTGGCGATTCAGACTCTGTTTATGAGGTTAAGATTAGGCCACC
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GATCTTTGTTGGCTGTTCTTGTAATGTAAAATGTATCTTTTGCTGTTTAAGATACATAAT
CCGTAGAAGCCCACAAGTCCCTTGGTGGTTACTCTTCAACAACCTTTGTGAAAGGGTTTT
AGGATTTGGAGACCGGAAAAATTCTGGTCTCTTTGTTCTCATAACATGTGTAAGATCAAA
TGCTGTTGTTGTTGTCTAATATGTCTATGC
CA

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DS 

RD RR1AC78JQ 749 0 0
ATTACATCAATTTCTTGTGTAACTCCAACTACACAGGAACCAACATTGTGACTATAACCC
GACGGAAAGCTGACTGCGATGGTGCTAGACGCGCGGGACACGTTGGGAATTTAAACTACC
CGTCGTTCTCCGTTGTGTTTCAGCAGTATGGTGAGAGTAAACTGTCGACACATTTCATTA
GGACAGTGACAAATGTTGGCGATTCAGACTCTGTTTATGAGGTTAAGATTAGGCCACCGA
GAGGGACGACGGTGACGGTTAAGCCGGAGAAGCTATCGTTCCGACGTGTGGGGCAGAAAC
TGAGTTTTGTGGTCAGGGTTAAGACTGCGGAGGTGAAACTGTCGCCAGGAGCGACAAGCG
TTGAGACTGGTCATATAGTTTGGTCGGATGGGAAACGAAATGTGACAAGTCCCTTGGTGG
TTACTCTTCAACAACCTTTGTGAAGGGGTCTTAGGACTTGGAGACCGGAAAGATTCTGGT
CTCTTTGTTTTTATAACATGTGTAAGATCATAAGCTGTTGTTGTTGTCTAATGTCTATGA
TCTTTGTTGGCTGTTCTTGTAATGTAAAATGTATCTTTTGCTGTTTAAGATACATAATCC
GTAGAAGCCCACAAGTCCCTTGGTGGTTACTCTTCAACAACCTTTGTGAA*GGGTTTTAG
GATTTGGAGACCGGAAAAATTCTGGTCTCTTTGTTCTCATAACATGTGTAAGATCAAATG
CTGTTGTTGTTGTCTAATATGTCTATGC
C

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1BB85JQ 780 0 0
TGCGATGGTGCTAGACGCGCGGGACACGTTGGGAATTTAAACTACCCGTCGTTCTCCGTT
GTGTTTCAGCAGTATGGTGAGAGTAAACTGTCGACACATTTCATTAGGACAGTGACAAAT
GTTGGCGATTCAGACTCTGTTTATGAGGTTAAGATTAGGCCACCGAGAGGGACGACGGTG
ACGGTTAAGCCGGAGAAGCTATCGTTCCGACGTGTGGGGCAGAAACTGAGTTTTGTGGTT
AGGGTTAAGACTACGGAGGTGAAACTGTCGCCAGGAGCGACAAGCGTTGAGACTGGTCAT
ATAGTTTGGTCGGATGGGAAACGAAATGTGACAAGTCCCTTGGTGGTTACTCTTCAACAA
CCTTTGTGAAGGGGTTTTAGGACTTGGAGACCGGAAAGATTCTGGTCTCTTTGTTTTTAT
AACATGTGTAAGATCATAAGCTGTTGTTGTTGTCTAATGTCTATGATCTTTGTTGGCTGT
TCTTGTAATGTAAAATGTATCTTTTGCTGTTTAAGATACATAATCCGTAGAAGCCCACAA
GTCCCTTGGTGGTTACTCTTCAACAACCTTTGTGAA*GGGTTTTAGGATTTGGAGACCGG
AAAAATTCTGGTCTCTTTGTTCTCATAACATGTGTAAGATCAAATGCTGTTGTTGTTGTC
TAATATGTCTATGCTCTTTGTTGGCTGTTCCTGTAATGTAAAATGTATATTTGGTGATGT
GGGCTTCTAGTGGTGATGCTTGTAAAGCTTCAAGTTCTAAGCCCATATATATCGCTTTAT

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL2984Contig1 930 2 2 U
AATGTGTTACCAATAAATAATAATATCCTTCACAAATCAAATCTTCCACCACTAAATTTT
TCTGTAATTAAAAACTGAGAATTATATCACTCATTATCATCATCACTATCAACATCATCA
TCATCTTCCTCTTGCAAACTACTAAGACAGAAACAACTTTGAGTCTGAGCCATCAAATCT
TTCTTACTCTGCATCATCATCTTCCTCCTCTCAAACAAACTAACAGTTTGATTATCATCC
ACTTTATCGGGTTCTTGTAGTGCAAGTAAAGGCGTAGAATTAGGGTTTTGCCAAGTGTAG
AAACTGGAAACTGACATAGATCTTCCTCTGCTCCTCAGCTTATTAGCAATAATCAACCTC
CTCTTCTTATTAAACGGGTTTTCTACTTTTTCCAGATCCTTCGCCTTGATGTTGCTCGCT
TCCATTAAATTCCCAAAAGATTTTGATTTGCCCACGTAATGGTTCGATAACCCTCTCTTA
ATCGGCAGAAAGTCTTCTAAAGAGGAACTAAACGAATCAAGGGCTCCTCCTCCTTCTCCT
TGGGACGAAACGTCGTCGTCTTCCTCCTCGTTTTCGCTGATCTCTCCGATCGACGACGAT
GAGCTATCCTCCGGCGATTTCCCCTGATTTACTACGACTCATACTTAACCCGATACGTCT
CGCAAGCCCGATCTGAGATCCACCTCGTCCCGATTCACCCGCCATAAACAGAGCCGGCGG
CGGTACGGCCTTATCCTGCGCCGAAACACCGCCACGATCCCTAACGCACGCCGCCATACC
GATCCCAAACGATGAACCCACCATAACCTCCATATAATCCTCCGATAATCGGCGCTGGTT
TAAGGAATATTTTTTTTCTCAAAACGATACGATCAAGAGAGAGAGAGAAGAAAGCTCAAT
CAAACAAACACCGCTGATCGAGAGAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F219JQ U 1
AF RR1D442TF C 353
BS 1 592 RR1F219JQ
BS 593 930 RR1D442TF

RD RR1F219JQ 592 0 0
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TCTGTAATTAAAAACTGAGAATTATATCACTCATTATCATCATCACTATCAACATCATCA
TCATCTTCCTCTTGCAAACTACTAAGACAGAAACAACTTTGAGTCTGAGCCATCAAATCT
TTCTTACTCTGCATCATCATCTTCCTCCTCTCAAACAAACTAACAGTTTGATTATCATCC
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AAACTGGAAACTGACATAGATCTTCCTCTGCTCCTCAGCTTATTAGCAATAATCAACCTC
CTCTTCTTATTAAACGGGTTTTCTACTTTTTCCAGATCCTTCGCCTTGATGTTGCTCGCT
TCCATTAAATTCCCAAAAGATTTTGATTTGCCCACGTAATGGTTCGATAACCCTCTCTTA
ATCGGCAGAAAGTCTTCTAAAGAGGAACTAAACGAATCAAGGGCTCCTCCTCCTTCTCCT
TGGGACGAAACGTCGTCGTCTTCCTCCTCGTTTTCGCTGATCTCTCCGATCG

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1D442TF 578 0 0
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TGCTCGCTTCCATTAAATTCCCAAAAGATTTTGATTTGCCCACGTAATGGTTCGATAACC
CTCTCTTAATCGGCAGAGAGTCTTCTAAAGAGGAACTAAACGAATCAAGGGCTCCTCCTC
CTTCTCCTTGGGACGAAACGTCGTCGTCTTCCTCCTCGTTTTCGCTGATCTCTCCGATCG
ACGACGATGAGCTATCCTCCGGCGATTTCCCCTGATTTACTACGACTCATACTTAACCCG
ATACGTCTCGCAAGCCCGATCTGAGATCCACCTCGTCCCGATTCACCCGCCATAAACAGA
GCCGGCGGCGGTACGGCCTTATCCTGCGCCGAAACACCGCCACGATCCCTAACGCACGCC
GCCATACCGATCCCAAACGATGAACCCACCATAACCTCCATATAATCCTCCGATAATCGG
CGCTGGTTTAAGGAATATTTTTTTTCTCAAAACGATACGATCAAGAGAGAGAGAGAAGAA
AGCTCAATCAAACAAACACCGCTGATCGAGAGAAAAAA

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 4

CO CL2985Contig1 1374 4 43 U
GGACTCACAAACACTCTGGTCGCACTTAAATCATCTCAGATCGCCGTGGCGTCTATTTCT
CCAGGCTTAGAGATCTCCCCAGAGGATCTATCGAGTGTTGAAACATCCGTTTCATGCTTT
TCTAAACTCTCTGCTGCTGTTACTACAGCTTCACAAGCTGAAGCTCTTCTGACGATTTTA
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GCGACCGAGGAAGGAAATGACTGGGGAGATGATGATTGGAATGATGGATGGGAAACACTT
CAGGATTTAGAACCCGAAGAGAAAGAGAAAAAGGAATATGTACTCGCAGCTCATCCTTTA
CATTCGTGTTGGCTGGATCTTTTCAGAAAATACATCTCTCTGGGTATGCCGGAACAAGTT
CTACGTCTTATAGATAGATCGCTTCAGAAACCTGAAGAGATCCTACTTGAAGAAACTGAA
GCAGAAAGCCTGACTGGTATATTGGCCAGTACCGACCCATTTCTCGCACTAATGATTTCT
CTTCTGCTTCCCTACGAACGGGTCAGATCTCAGTGCCTCGGTGTTGTTGAAGACAAGTTG
AAGCAAGAAGGCCTTCCAGAGTTATCGAGTCAGAACCATTACAACGTTCTTCTTCTGGTT
ATATATTCTGGGACTCTCTCAGAAATAATCTCGAACTCTAGCTACGGGTCAGTCTTCTCT
TTCCTCTGTTATATAGTTGGAAAGCTATCTCGGGAGTTCCAAGAGGAGCGGATAAGAGAA
GCAGGCAACAAAGAGGCCAATACAAGTTGTGAGAGACGGCTTCTGTCATGTTTTGGGGAG
CTCATGTTCCCGTGTATTATCTCGGGGCTTGTAAAGGCCGATCAGCAGATATTAGCAGGG
TTTCTGGTAACCAAGTTCATGCACAGCAACCCATCTCTGAGTCTGATTAATGTTGCAGAG
GCAAGTCTGAGGAGATACTTGGAGAAGCAGGTCGAGTCTTTGGAGGATTCCTCTGGTGAG
ACCACCACAAAACTTGAAACGCTGAAGAACACAGTGTCAAACCTAAGGGTTAACTCAAAG
GAAGTCATACGATCTGCCTTAGCATCTCTTTGTACAAACAGCAGATGATCTGAAAAAGGA
TGATGCTTCTTGCATGGTGAAATGAGTGAGAAAAGTAATTTAGGAGAGGGTAAATTTGTT
TATGCGTTTTTTACTTCCATACAAAAGAGAATGTGTTGTTACAGTCTGAGCGGTTTGTTT
TAAACCAAACCAAACATAGTTATGGTCGGAACGAAATGGTCACTGAGCTTTGCAAATTTG
TTGTTTAGCTTTTACTATATTTTAATGAGGATATCAAAATCTTATCTTTACGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT39TF U 1
AF RR1CY26TF U 256
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GCAGAAAGCCTGACTGGTATCTTGGCCAGTACCGACCCATTTCTCGCACTAATGATTTCT
CTTCTGCTTCCCTACGAACGTGTCAGATCTCAGTGCCTCGGAGTTGCTGAAGACAAGTTG
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TCA

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DS 

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G
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AAGAGAAAGAGAAAAAGGAATATGTACTCGCAGCTCATCCTTTACATTCGTGTTGGCTGG
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TTGGAAAGCTATCTCGGGAGTTCCAAGAGGAGCGGATAAGAGAAGCAGGCAACAAAGAGG
CCAATACAAGTTGTGAGAGACGGCTTCTGTCATGTTTTGGGGAGCTCATGTTCCCGTGTA
TTATCTCGGGGCTTGTAAAGGCCGATCAGCAGATATTAGCAGG*TTTCTGGTAACCAAGT
TCATGCACAGCAACCCATCTCTGAGTCTGATTAATGTTGCAGAGGCAAGTCTGAG*AGAT
ACTTGGAGAAGCAG*TCGAGTCTTTGGAGGAT*CCTCTGGTGA
TACACACAGACTTGAAC

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DS 

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CGGT
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TATCGAGTCAGAACCATTACAACGTTCTTCTTCTGGTTATATATTCTGGGACTCTCTCAG
AAATAGTCTCGAACTCTAGCTACGGGTCAGTCTTCTCTTTCCTCTGTTATATAGTTGGAA
AGCTATCTCGGGAGTTCCAAGAGGAGCGGATAAGAGAAGCAGGCAACAAAGAGGCCAATA
CAAGTTGTGAGAGACGGCTTCTGTCATGTTTTGGGGAGCTCATGTTCCCGTGTATTATCT
CGGGGCTTGTAAAGGCCGATCAGCAGATATTAGCAGGGTTTCTGGTAACCAAGTTCATGC
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AGAAGCAGGTCGAGTCTTTGGAGGATTCCTCTGGTGATACCACCACAGAACTTGAAACGC
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CATCTCTTTGTACGAACAGCAGATGATCTGAAAA*GGATGATGCTTCTTGCATGGTGAAA
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AAAAGAGAATGTGTTGTTACAGTCTGAGCGGTTTGTTTTAAACCAAACCAAACATAGTTA
TGGTCGGAACGAAATGGTCACTGAGCTTTGC

QA 5 755 5 755
DS 

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TCTCAGAAATAATCTCGAATTCTAGCTACGGGTCAGTCTTCTCTTTCCTCTGTTATATAG
TTGGAAAGCTATCTCGGGAGTTCCAAGAGGAGCGAATAAGAGAAGCAGGCAACAAAGAGG
CCAATACAAGTTGTGCGAGACGGCTTCTGTCATGTTTTGGGGAACTCATGTTCCCGTGTT
TTATCTCGGGGCTTGTAAAGGCTGATCAGCAGATATTAGCAGGGTTTCTGGTAACCAAGT
TCATGCACAGCAACCCATCTCTGAGTCTGATTAATGTTGCAGAGGCAAGTCTGAGGAGAT
ACTTGGAGAAGCAGGTCGAGTCTTCGGAGGATTCCTCTGGTGAGACCACCACAAAACTTG
AAACGCTGAAGAACACAGTGTCGAACCTAAGGGTTAACTCAAAGGAAGTCATACGATCTG
CCTTAGCATCTCTTTGTACAAACAGCAGATGATCTGAAAAAGGATGATGCTTCTTGCATG
GTGAACTGAGTGAGAAAAGTAATTTAGGAGAGGGTAAATTTGTTTATGCGTTTTTTACTT
GCATACAAAAGAGAATGTGTT***ACAGTCTGAGCGGTTTGTTTTAAACCAAACCAAACA
TAGTTATGGTCGGAACGAAATGGTTACTGAGCTTTGCAAATTTGTTGTTTAGCTTTTACT
ATATTTTAATGAGGATATCAAAATCTTATCTTTACGCT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 3

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CGTTCAAAATCATGGACTCGGTTTCAATACAACAGCAAGATAAACGGTTTAACCTGTTTT
CATTAGACTAGGCAGATATATTGAGATGTCCATACTTTTGCATCACTCTTTTGGTGGCCA
TGGCGGCTGCTTCACTTGCTCTTAGTGTGCCTTGAGCCATGAGAGCTGCAAACTCACGGG
TAATCTCTTCCTGAATCTTGGTCCTAGCATCACCCAATGGATCCTCCTTCACCTTCTCTT
TACTAGAAGAAGCTTGAGCAACACCAGGTGCCACTTTTTCAGCTGGAACCGAGGTTTTGG
CATCCTCAGACTTCGAGTTATTCTCCTTGGGCTTGCTCGGTAGTTTTGGACCTTCATCCT
TGCCAAAAGCACCAAAAGGCTGTGCCTGAGGCCTAAACTGGGGAGCGTTAGGAACAGCGC
CGGCTCTCAGAGTCGTCTCCAGGTTTTGAATCATAGGCATTATAAGACCACCCATGGGGC
TGTTCATGACCTCGTTCGGAAGATCAAGAATGTAGTCTGGAATCCCTTTACCGACCAGAA
ACTGAGCGACCTCGTTGCTGAAGTTGTTACAGTTGTGAGCCAGCAGATTGTATGATTCAG
CAGCGTAACGTGGACTGATCTCCTCCAAGTACACCTCGAACACATCTTTAGGAACATGTG
TTTCACCCAGCTCTACCGTTCGCAGCGGTGCTCCGTATGGGGTGGTTCCAGCAGGCAGAT
GCTGGATGCCTCCTCCGAAAAAGTATTCACTTCCATACACAACCACTCCCGTATGCCAGA
CACCTTCGATAACCTTCCCCAAAAATGAAGCAGAGAGCTGGCGAGCCAAGCCTCGGCTTA
GGTCGTAGACATTCAACGTAACCTCAGCCATTCTTGAATACAAAATCTCTAAACAACCGT
GAAAATAGAGTTAACTACGATAACGAATGAAAGGAAATCGCGGCTCTTTCTTCCTCCTCC
AGCAAGCTCGGAATACAATTCGATATTTGCTTAAATCTGCC


BQ
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AF RR1AI61JQ U 1
AF RR1GE53JQ U 46
AF RR1AI61TF C 317
BS 1 112 RR1AI61JQ
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RD RR1AI61JQ 469 0 0
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CGTTCAAAATCATGGACTCGGTTTCAATACAACAGCAAGATAAACGGTTTAATCTGTTTT
CATTAGACTAGGCAGATATATTGAGATGTCCATACTTTTGCATCACTCTTTTGGTGGCCA
TGGCGGCTGCTTCACTTGCTCTTAGTGTGCCTTGAGCCATGAGAGCTGCAAACTCACGGG
TAATCTCTTCCTGAATCTTGGTCCTAGCATCACCCAATGGATCCTCCTTCACCTTCTCTT
TACTAGAAGAAGCTTGAGCAACACCAGGTGCCACTTTTTCAGCTGGAACCGAGGTTTTGG
CATCCTCAGACTTCGAGTTATTCTCCTTGGGCTTGCTCGGTAGTTTTGGACCTTCATCCT
TGCCAAAAGCACCAAAAGGCTGTGCCTGAGGCCTAAACTGGGGAGCGTT

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR1GE53JQ 712 0 0
G
ATAGTAATAAGAATCGTTCAAGATCATGGACTCGGTTTCAATACAACAGCAAGATAAACG
GTTTAACCTGTTTTCATTAGACTAGGCAGATATATTGAGATGTCCATACTTTTGCATCAC
TCTTTTGGTGGCCATGGCGGCTGCTTCACTTGCTCTTAGTGTGCCTTGCGCCATGAGAGC
TGCAAACTCACGGGTAATCTCTTCCTGAATCTTGGTCCTAGCATCACCCAATGGATCCTC
CTTCACCTTCTCTTTACTAGAAGAAGCTTGAGCAACACCAGGTGCCACTTTTTCAGCTGG
AACCGAGGTTTTGGCATCCTCAGACTTCGAGTTATTCTCCTTGGGCTTGCTCGGTAGTTT
TGGACCTTCATCCTTGCCAAAAGCACCAAAAGGCTGTGCCTGAGGCCTAAACTGGGGAGC
GTTAGGAACAGCGCCGGCTCTCAGAGTCGTCTCCAGGTTTTGAATCATAGGCATTATAAG
ACCACCCATGGGGCTGTTCATGACCTCGTTCGGAAGATCAAGAATGTAGTCTGGAATCCC
TTTACCGACCAGAAACTGAGCGACCTCGTTGCTGAAGTTGTTACAGTTGTGAGCCAGCAG
ATTGTATGATTCAGCAGCGTAACGTGGACTGATCTCCTCCAAGTACATCTCGAACACATC
TTTAGGAACATGTGTTTCACCCAGCTCTACCGTTCGCAGCGGTGCTCCGTA

QA 2 712 2 712
DS 

RD RR1AI61TF 745 0 0
AGCAACACCAGGTGCCACTTTTTCAGCTGGAACCGAGGTTTTGGCATCCTCAGACTTCGA
GTTATTCTCTTTGGGCTTGCTCGGTAGTTTTGGACCTTCATCCTTGCCAAAAGCACCAAA
AGGCTGTGCCTGAGGCCTAAACTGGGGAGCGTTAGGAACAGCGCCGGCTCTCAGAGTCGT
CTCCAGGTTTTGAATCATAGGCATTATAAGACCACCCATGGGGCTGTTCATGACCTCGTT
CGGAAGGTCAAGAATGTAGTCTGGAATCCCTTTACCGACCAGAAACTGAGCGACCTCGTT
GCTGAAGTTGTTACAGTTGTGAGCCAGCAGATTGTATGATTCAGCAGTGTAACGTGGACT
GATCTCCTCCAAGTACACCTCGAACACATCTTTAGGAACATGTGTTTCACCCAGCTCTAC
CGTTCGCAGCGGTGCTCCGTATGGGGTGGTTCCAGCAGGCAGATGCTGGATGCCTCCTCC
GAAAAAGTATTCACTTCCATACACAACCACTCCCGTATGCCAGACACCTTCGATAACCTT
CCCCAAAAATGAAGCAGAGAGCTGGCGAGCCAAGCCTCGGCTTAGGTCGTAGACATTCAA
CGTAACCTCAGCCATTCTTGAATACAAAATCTCTAAACAACCGTGAAAATAGAGTTAACT
ACGATAACGAATGAAAGGAAATCGCGGCTCTTTCTTCCTCCTCCAGCAAGCTCGGAATAC
AATTCGATATTTGCTTAAATCTGCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 4

CO CL2987Contig1 511 4 2 U
CGTCTGAAGGAACTTATTTGACATGAGAAAGTAGTTTACAGAGAATCAAACAGTCAAATA
TTTCTCTTTTTAGCTCATTCCAGTTTTCAACATACAAAAGCAACAATATGGTAACCTCTA
AGTTACGAGTCTGTGGTGGAGGACTTGTATGAAATCAAGTATGTGAGATTACAATCTCAA
AAGAAAAGGGAACAAAGAAGGTTATGAAGGTCGCTTGGTAGCTGAGGCTCCTCCTGCTCC
TCCCTCACTGGGATGTTCCTGACTTGGTATCACGAACTTGTTAACTTTCTTTGAGAGAAC
GCATTCTCTGAGAGATTGAAGGAACCGGATGCATTTCTCTGAATCGTACGGAGACTCAGT
GACACAATTGAGAAGAAGGAGAGCCTCTTGGCCGCAGACTGGTTGAGGATTCTGTTTCTC
CATGGAAATGATAAACCCTAAAGACAAAGGTTTTTCGGCCGACAGAGAGAGAGAGAGAGA
TGATGATGCTTCCGGATGTATCTCAAGTCCC


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO20JQ U 1
AF RR1FO20TF C 1
AF RR1CE66TF C 2
AF RR1CE66JQ U 4
BS 1 504 RR1FO20JQ
BS 505 511 RR1CE66JQ

RD RR1FO20JQ 504 0 0
CGTCTGAAGGAACTTATTTGACATGAGAAAGTAGTTTACAGAGAATCAAACAGTCAAATA
TTTCTCTTTTTAGCTCATTCCAGTTTTCAACATACAAAAGCAACAATATGGTAACCTCTA
AGTTACGAGTCTGTGGTGGAGGACTTGTATGAAATCAAGTATGTGAGATTACAATCTCAA
AAGAAAAGGGAACAAAGAAGGTTATGAAGGTCGCTTGGTAGCTGAGGCTCCTCCTGCTCC
TCCCTCACTGGGATGTTCCTGACTTGGTATCACGAACTTGTTAACTTTCTTTGAGAGAAC
GCATTCTCTGAGAGATTGAAGGAACCGGATGCATTTCTCTGAATCGTACGGAGACTCAGT
GACACAATTGAGAAGAAGGAGAGCCTCTTGGCCGCAGACTGGTTGAGGATTCTGTTTCTC
CATGGAAATGATAAACCCTAAAGACAAAGGTTTTTCGGCCGACAGAGAGAGAGAGAGAGA
TGATGATGCTTCCGGATGTATCTC

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR1FO20TF 504 0 0
CGT
CTGAAGGAACTTATTTGACATGAGAAAGTAGTTTACAGAGAATCAAACAGTCAAATATTT
CTCTTTTTAGCTCATTCCAGTTTTCAACATACAAAAGCAACAATATGGTAACCTCTAAGT
TACGAGTCTGTGGTGGAGGACTTGTATGAAATCAAGTATGTGAGATTACAATCTCAAAAG
AAAAGGGAACAAAGAAGGTTATGAAGGTCGCTTGGTAGCTGAGGCTCCTCCTGCTCCTCC
CTCACTGGGATGTTCCTGACTTGGTATCACGAACTTGTTAACTTTCTTTGAGAGAACGCA
TTCTCTGAGAGATTGAAGGAACCGGATGCATTTCTCTGAATCGTACGGAGACTCAGTGAC
ACAATTGAGAAGAAGGAGAGCCTCTTGGCCGCAGACTGGTTGAGGATTCTGTTTCTCCAT
GGAAATGATAAACCCTAAAGACAAAGGTTTTTCGGCCGACAGAGAGAGAGAGAGAGATGA
TGATGCTTCCGGATGTATCTC

QA 4 504 4 504
DS 

RD RR1CE66TF 505 0 0
GT
CTGAAGGAACTTATTTGACATGAGAAAGTAGTTTACAGAGAATCAAACAGTCGAATATTT
CTCTTTTTAGCTCCTTCCAGTTTTCAACATACAAAAGCAACAATATGGTAACCTCTAAGT
TACGAGTCTGTGGTGGAGGACTTGTATGAAATCAAGTATGTGAGATTACAATCTCAAAAG
AAAAGGGAACAAAGAAGGTTATGAAGGTCGCTTGGTAGCTGAGGCTCCTCCTGCTCCTCC
CTCACTGGGATGTTCCTGACTTGGTATCACGAACTTGTTAACTTTCTTTGAGAGAACGCA
TTCTCTGAGAGATTGAAGGAACCGGATGCATTTCTCTGAATCGTACGGAGACTCAGTGAC
ACAATTGAGAAGAAGGAGAGCCTCTTGGCCGCAGACTGGTTGAGGATTCTGTTTCTCCAT
GGAAATGATAAACCCTAAAGACAAAGGTTTTTCGGCCGACAGAGAGAGAGAGA****TGA
TGATGCTTCCGGATGTATCTC
AA

QA 3 503 3 503
DS 

RD RR1CE66JQ 508 0 0
CTGAAGGAACTTATTTGACATGAGAAAGTAGTTTACAGAGAATCAAACAGTCGAATATTT
CTCTTTTTAGCTCCTTCCAGTTTTCAACATACAAAAGCAACAATATGGTAACCTCTAAGT
TACGAGTCTGTGGTGGAGGACTTGTATGAAATCAAGTATGTGAGATTACAATCTCAAAAG
AAAAGGGAACAAAGAAGGTTATGAAGGTCGCTTGGTAGCTGAGGCTCCTCCTGCTCCTCC
CTCACTGGGATGTTCCTGACTTGGTATCACGAACTTGTTAACTTTCTTTGAGAGAACGCA
TTCTCTGAGAGATTGAAGGAACCGGATGCATTTCTCTGAATCGTACGGAGACTCAGTGAC
ACAATTGAGAAGAAGGAGAGCCTCTTGGCCGCAGACTGGTTGAGGATTCTGTTTCTCCAT
GGAAATGATAAACCCTAAAGACAAAGGTTTTTCGGCCGACAGAGAGAGAGAGA****TGA
TGATGCTTCCGGATGTATCTCAAGTCCC

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 4

CO CL2988Contig1 876 4 5 U
GAGACAATGCAAATTAGGTCAGCAGAGACTTCATTGATGTTTTATTACATTATTATTAGT
AGAAAGTAAAAAAGTCGCAATCATTTAGTTCTGTATTAAGTGGCAAGTATATGTATTATT
GTGTATCGAGGTAATTCGAAGGGTACGTGGAAAAGGTTATGGACACATGAAGCCTCGAGG
GACCCTGCGACCACAAGCCCTACAAAGAACAAAAATATTGCGAGAAGGAGGGGAACGTCG
TTGACCTCGTGGTTGCACAAATCCACATAGGCAAGCTGCTGCTTCGCGATCAGACAAATC
GCGAATAAAAGAGCAACATGGCTGTACCCTTCCAAAGTCTAGGAAATTCCCAAAACGTCT
TACAACATTGGCACATGCCCTTTGTTGAGCAGCATTCCTGGGACATGTAGGGAATGGGGG
CGGTGGTGGTTGGAAGTTCGGAGGAGGAAGTGGTGGAGTTATTTTTGGTGGAGTCCCGGA
TGGTGGATTCATTGGTGGTGGTGTATCAGGTGGTGAAATTTTTGGTGGTGGAATATCAGG
TGGCGTAATCCCAGGTGGTGGAATTTCTGGTTCGATTTGTGGTGGTGAAATTTTTGGTGG
TGGTATCTCAGGTGGCGTAATCCCAGGTGGCGGAATTTCTGGTTCGATTTGTGGTGGTGA
AATCTTTGGTGGTGGACTTTCTGGTGGTGTAATTTCTGTTGGTTCAATCTCCGGAGGAGT
AATATCAGGTGGTGGAATTTGTGATGGTGTAATCTCCGGTGGTGGAGTCTTTGGTTCAAT
TTCGGGTGGTGTAATCCCGGGTGGTGAAATCTCGGGTGGTGGAGTTACTGGTTCAGTTTC
TGGTGTAATCTCGGGTGGTTGAATTTCTGGTGGAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H429JQ U 1
AF RR1H429TF C 1
AF RR1AB17JQ U 29
AF RR1AB17TF C 189
BS 1 258 RR1H429JQ
BS 259 259 RR1AB17JQ
BS 260 507 RR1H429JQ
BS 508 711 RR1AB17JQ
BS 712 876 RR1AB17TF

RD RR1H429JQ 508 0 0
GAGACAATGCAAATTAGGTCAGCAGAGACTTCATTGATGTTTTATTACATTATTATTAGT
AGAAAGTAAAAAAGTCGCAATCATTTAGTTCTGTATTAAGTGGCAAGTATATGTATTATT
GTGTATCGAGGTAATTCGAAGGGTACGTGGAAAAGGTTATGGACACATGAAGCCTCGAGG
GACCCTGCGACCACAAGCCCTACAAAGAACAAAAATATTGCGAGAAGGAGGGGAACGTCG
TTGACCTCGTGGTTGCACGAATCCACATAGGCAAGCTGCTGCTTCGCGATCAGACAAATC
GCGAATAAAAGAGCAACATGGCTGTACCCTTCCAAAGTCTAGGAAATTCCCAAAACGTCT
TACAACATTGGCACATGCCCTTTGTTGAGCAGCATTCCTGGGACATGTAGGGAATGGGGG
CGGTGGTGGTTGGAAGTTCGGAGGAGGAAGTGGTGGAGTTATTTTTGGTGGAGTCCCGGA
TGGTGGATTCATTGGTGGTGGTGTATC
C

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1H429TF 508 0 0
GAGACAATGCAAATTAGGTCAGCAGAGACTTCATTGATGTTTTATTACATTATTATTAGT
AGAAAGTAAAAAAGTCGCAATCATTTAGTTCTGTATTAAGTGGCAAGTATATGTATTATT
GTGTATCGAGGTAATTCGAAGGGTACGTGGAAAAGGTTATGGACACATGAAGCCTCGAGG
GACCCTGCGACCACAAGCCCTACAAAGAACAAAAATATTGCGAGAAGGAGGGGAACGTCG
TTGACCTCGTGGTTGCACGAATCCACATAGGCAAGCTGCTGCTTCGCGATCAGACAAATC
GCGAATAAGAGAGCAACATGGCTGTACCCTTCCAAAGTCTAGGAAATTCCCAAAACGTCT
TACAACATTGGCACATGCCCTTTGTTGAGCAGCATTCCTGGGACATGTAGGGAATGGGGG
CGGTGGTGGTTGGAAGTTCGGAGGAGGAAGTGGTGGAGTTATTTTTGGTGGAGTCCCGGA
TGGTGGATTCATTGGTGGTGGTGTATC
C

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1AB17JQ 683 0 0
CTTCATTGATGTTTTATTACATTATTATTAGTAGAAAGTAAAAAAGTCCCAATCATTTAG
TTCTGTATTAAGTGGCAAGTATATGTATTATTGTGTATCGAGGTTATTCCAAGGTTACGT
GGAAAAGGTTATGGACACATGAAGCCTCGAGGGACCCTGCGACCACAAGCCCTACAAAGA
ACAAAAATATTGCGAGAAGGAGGGGAACGTCGTTGACCTCGTGGTTGCACAAATCCACAT
AGGCAAGCTGCTGCTTCGCGATCAGACAAATCGCGAATAAAAAAGCAACATGGCTGTGCC
CTTCCAAAGTCTAGGAAATTCCCAAAACGTCTTACAACATTGGCACATGCCCTTTGTTGA
GCAGCATTCCTGGGACATGTAGGGAATGGGGGCGGTGGTGGTTGGAAGTTCGGAGGAGGA
AGTGGTGGAGTTATTTTTGGTGGAGTCCCGGATGGTGGATTCATTGGTGGTGGTGTATCA
GGTGGTGAAATTTTTGGTGGTGGAATATCAGGTGGCGTAATCCCAGGTGGTGGAATTTCT
GGTTCGATTTGTGGTGGTGAAATTTTTGGTGGTGGTATCTCAGGTGGCGTAATCCCAGGT
GGCGGAATTTCTGGTTCGATTTGTGGTGGTGAAATCTTTGGTGGTGGACTTTCTGGTGGT
GTAATTTCTGTTGGTTCAATCTC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1AB17TF 688 0 0
GACCACAAGCCCTACAAAGAACAAAAATATTGCGAGAAGGAGGGGAACGTCGTTGACCTC
GTGGTTGCACAAATCCACATAGGCAAGCTGCTGCTTCGCGATCAGACAAATCGCGAATAA
GAGAGCAACATGGCTGTGCCCTTCCAAAGTCTAGGAAATTCCCAAAACGTCTTACAACAT
TGGCACATGCCCTTTGTTGAGCAGCATTCCTGGGACATGTAGGGAATGGGGGCGGTGGTG
GTTGGAAGTTCGGAGGAGGAAGTGGTGGAGTTATTTTTGGTGGAGTCCCGGATGGTGGAT
TCATTGGTGGTGGTGTATCAGGTGGTGAAATTTTTGGTGGTGGAATATCAGGTGGCGTAA
TCCCAGGTGGTGGAATTTCTGGTTCGATTTGTGGTGGTGAAATTTTTGGTGGTGGTATCT
CAGGTGGCGTAATCCCAGGTGGCGGAATTTCTGGTTCGATTTGTGGTGGTGAAATCTTTG
GTGGTGGACTTTCTGGTGGTGTAATTTCTGTTGGTTCAATCTCCGGAGGAGTAATATCAG
GTGGTGGAATTTGTGATGGTGTAATCTCCGGTGGTGGAGTCTTTGGTTCAATTTCGGGTG
GTGTAATCCCGGGTGGTGAAATCTCGGGTGGTGGAGTTACTGGTTCAGTTTCTGGTGTAA
TCTCGGGTGGTTGAATTTCTGGTGGAGC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 3

CO CL2989Contig1 1320 3 5 U
AGTTGTCGTCGTCTATCGAGAGACTTTGCAAAGATGGCGAGAAGAGATAAAAGTGAGATG
GCGAAGATGTCAATGCTCATGATCATGATGACCTCATCAATGCTGATGACCATGGTTGAC
TCTTCTAGATCAGTCCAAAGATCCCGTGACAGTGAAGAATCTGAGATCGTACGAAGACAC
TTGCTCGCTAATGGCCTAGGCGTCACTCCTCCAATGGGGTGGAATAGCTGGAACCATTTT
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GCTGATTATGTTCACAGCAAGGGCCTTAAGCTTGGGATCTACTCAGATGCAGGGTATTTG
ACTTGTAGCAAAACAATGCCGGGCTCTCTAGGCCATGAGGAGCAAGATGCCAAGACATTT
GCATAATGGGGAATAGATTACTTGAAGTATGACAACTGCAACACCGATGGCACGAGACCA
ACCGTCAGGTATCCAGTTATGACCCGAGCTCTGATGAAATCTGGCCGTCCCATCTTTCAC
TCCTTGTGTGAATGGGGAGATATGCATCCAGCTCTCTGGGGATCTCCACTAGGAAACAGT
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AACGAAATCTATGCTTGAAGTGGGAAATGGAGGGATGACTAAAGATGAGTACATAGTCCA
TTTCAGCATATGGGCAATCTCAAAGGCTCCTCTTCTACTTGGTTGTGACATAAGAAACAT
GACTAAAGAAACTATGGAGATTGTGGCAAACAAGGAGGTCATTGCTATCAATCAAGATTC
ACTTGGTGTTCAGGCCAAGAAAGCTAGAATGGAAGGTGATATCCAGATTTGGGCAGGGCC
ATTGTCAGGTTACAGAGTAGCTTTGCTTCTGTTGAACCGTGGACCAACACGATTAGCAAT
CACTGCTTTTTGGGATGATATTGAGATCCCTCCAAATAGCATCGTTGAAGCCAGAGATCT
ATGGAAGCACAAGACATTGAAGCAAAAGTTTGTGGGGAACTTGACAGCAACAGTTGATTC
TCATGCGTGTAAGCTGTATGTTCTCAAACCTGTTGCCTGAGAGATATAGGCTACGATTGT
AATATCCAATTTATTATGTAGACACAATGATCGGTTCCTTAATAAAATTGTTCAACGTTT


BQ
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AF RR1CZ18TF U 1
AF RR1FY51TF U 594
AF RR1FY51JQ C 607
BS 1 625 RR1CZ18TF
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BS 655 1112 RR1FY51TF
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RD RR1CZ18TF 654 0 0
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GCTGATTATGTTCACAGCAAGGGCCTTAAGCTTGGGATCTACTCAGATGCAGGGTATTTG
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QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1FY51TF 519 0 0
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CTTTCACTCCTTGTGTGAATGGGGAGATATGCATCCAGCTCTCTGGGGATCTCCACTAGG
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TAGTCCATTTCAGCATATGGGCAATCTCAAAGGCTCCTCTTCTACTTGGTTGTGACATAA
GAAACATGACTAAAGAAACTATGGAGATTGTGGCAAACAAGGAGGTCATTGCTATCAATC
AAGATTCACTTGGTGTTCAGGCCAAGAAAGCTAGAATGGAAGGTGATATCCAGATTTGGG
CAGGGCCATTGTCAGGTTACAGAGTAGCTTTGCTTCTGTTGAACCGTGGACCAACACGAT
TAGCAATCACTGCTTTTTGGGATGATATTGAGATCCCTC

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1FY51JQ 714 0 0
AGGTATCCAGTTATGACCCGAGCTCTGATGAAATCTGGCCGTCCCATCTTTCACTCCTTG
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ACCACTATTGACATCAATGATAGTTGGCTTAGTATGATTGCAAATGCAGACATGAACGAA
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AGAAACTATGGAGATTGTGGCAAACAAGGAGGTCATTGCTATCAATCAAGATTCACTTGG
TGTTCAGGCCAAGAAAGCTAGAATGGAAGGTGATATCCAGATTTGGGCAGGGCCATTGTC
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TTTTTGGGATGATATTGAGATCCCTCCAAATAGCATCGTTGAAGCCAGAGATCTATGGAA
GCACAAGACATTGAAGCAAAAGTTTGTGGGGAACTTGACAGCAACAGTTGATTCTCATGC
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CAATTTATTATGTAGACACAATGATCGGTTCCTTAATAAAATTGTTCAACGTTT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 4

CO CL2990Contig1 1292 4 6 U
GGTAGACAAGACTAATCTGTTTCTTGATCTTACTGAAGAAGTTCACTTTGATGCTGAGCT
TGGTCTCTTAGGAATAGCTTTTCATCCTAATTTCTTGAAAAACGGTAGATTCTTTGTTTC
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TGTTGAGTGTGACCCTTCAAAGCTAGATTCTGATAACGGAGCAACCCCATGTCAATACCA
CAGCGTCATATCAGAGTTCTTTACTAATGGGACTTATGTTAACCCGATGGAGATGGAGGA
AGCAAAGGAGATCCACACAACTTTGCACAGAACAAGAGATCTTTGCTTGGGAAGATCATG
AGGCTCGATGTAAATAATGTTCCAGATGCAAAAGCAATTAGCGAGTTTCAGCTATGGGGA
AACTATACTATACCAAAAGACAATCCGTTTACACAAGATAAGAATATGCTTCCTGAAATT
TGGGCCATGGGAGTTAGAAACCCATGGCGATGCAGTTTTGATTCGGAGAGGCCGTCTTAC
TTCCTATGTGCAGATGTTGGAGAGGACAAGTATGAAGAAGTGGACATGATCACCAAGGGA
GGAAACTATGGTTGGCATTACTACGAGGGACCTTTACCATTTAATCTCTCGACCTCTTCT
AAAACCAGCAAAAAATCAACAAAGATTGCAAATCCGATCTTCCCGATAATGTGGTACAAA
CACTCGGACGTAAACCAGAAAGAAGGGTCTGCATCAATAACTGGAGGATACTTTTATCGT
TCATCTACTGATCCATGCTTGTATGGAACGTATCTCTTTGCAGACTTATACACTGGAGTC
ATTTGGGTTGGAGCTGAAACTCTACTGGGTAGTGGAAACTTCACGAGCTCTCATATTCCA
TTACAATGCGCCTCGGATTCACCGATATCTTGCTCATCTGATGCAGAGTCCTCTTCATCG
TCATCTCCACCCCTTGGCTTTATATTCTCCTTTGGACAAGACAACAACAAAGACATCTAC
TTACTTGCAAGCTCTGGCCTTTACAGAATTGTTAGTCCGAGCCGCTGTAACTTTCATTGC
TCTCTTGAAAACGGAACTTCATTGGTTCCTTCACATCGTTCTCCGCCGTCTCCGCCGTCT
CCGCCGTCTCCATCATCGTCTCAACGACTACACAACAGCATTAGTACTCTAGTAATAAAT
TTCTTAGCGTGGTGTTTTCTTTTGTCTGTAATACAGAGAAAATGAACATGTTTAAACATC
CGTAGATAATAGAGAAGCAAATGTCTGGGACT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C974TF U 1
AF RR1FS87TF U 199
AF RR1FS87JQ C 563
AF RR1C974JQ C 1132
BS 1 663 RR1C974TF
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BS 920 1283 RR1FS87JQ
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TGGGCCATGGGAGTTAGAAACCCATGGCGATGCAGTTTTGATTCGGAGAGGCCGTCTTAC
TTCCTATGTGCAGATGTTGGAGAGGACAAGTATGAAGAAGTGGACATGATCACCAAGGGA
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AAA*CCAGCAAAAA

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DS 

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G
AAGCTAGATTCTGATAACGGAGCAACCCCATGTCAATACCACAGCGTCATATCAGAGTTC
TTTACTAATGGGACTTATGTTAACCCGATGGAGATGGAGGAAGCAAAGGAGATCCACACA
ACTTTGCACAGAACAAGAGATCTTTGCTTGGGAAGATCATGAGGCTCGATGTAAATAATG
TTCCAGATGCAAAAGCAATTAGCGAGTTTCAGCTATGGGGAAACTATACTATACCAAAAG
ACAATCCGTTTACACAAGATAAGAATATGCTTCCTGAAATTTGGGCCATGGGAGTTAGAA
ACCCATGGCGATGCAGTTTTGATTCGGAGAGGCCGTCTTACTTCCTATGTGCAGATGTTG
GAGAGGACAAGTATGAAGAAGTGGACATGATCACCAAGGGAGGAAACTATGGTTGGCATT
ACTACGAGGGACCTTTACCATTTAATCTCTCGACCTCTTCTAAAACCAGCAAAAAATCAA
CAAAGATTGCAAATCCGATCTTCCCGATAATGTGGTACAAACACTCGGACGTAAACCAGA
AAGAAGGGTCTGCATCAATAACTGGAGGATACTTTTATCGTTCATCTACTGATCCATGCT
TGTATGGAACGTATCTCTTTGCAGACTTATACACTGGAGTCATTTGGGTTGGAGCTGAAA
CTCTACTGGGTAGTGGAAACTTCACGAGCTCTCATATTCCATTACAATGCGCCTCGGATT

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DS 

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AGGACAAGTATGAAGAAGTGGACATGATCACCAAGGGAGGAAACTATGGTTGGCATTACT
ACGAGGGACCTTTACCATTTAATCTCTCGACCTCTTCTAAAACCAGCAAAAAATCAACAA
AGATTGCAAATCCGATCTTCCCGATAATGTGGTACAAACACTCGGACGTAAACCAGAAAG
AAGGGTCTGCATCAATAACTGGAGGATACTTTTATCGTTCATCTACTGATCCATGCTTGT
ATGGAACGTATCTCTTTGCAGACTTATACACTGGAGTCATTTGGGTTGGAGCTGAAACTC
TACTGGGTAGTGGAAACTTCACGAGCTCTCATATTCCATTACAATGCGCCTCGGATTCAC
CGATATCTTGCTCATCTGATGCAGAGTCCTCTTCATCGTCATCTCCACCCCTTGGCTTTA
TATTCTCCTTTGGACAAGACAACAACAAAGACATCTACTTACTTGCAAGCTCTGGCCTTT
ACAGAATTGTTAGTCCGAGCCGCTGTAACTTTCATTGCTCTCTTGAAAACGGAACTTCAT
TGGTTCCTTCACATCGTTCTCCGCCGTCTCCGCCGTCTCCGCCGTCTCCATCATCGTCTC
AACGACTACACAACAGCATTAGTACTCTAGTAATAAATTTCTTAGCGTGGTGTTTTCTTT
TGTCTGTAATACAGAGAAAATGAACATGTTTAAACATCCGTAGATAATAGAGAAGCAAAT
G

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DS 

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CCGCCGTTTCCGCCGTCTCCATCATCGTCTCAACGACTACACAACAGCATTAGTACTCTA
GTAATAAATTTTTTAGCGTGGTGTTTTCTTTTGTCTGTAATACAGAGAAAATGAACATGT
TTAAACATCCGTAGATAATAGAGAAGCAAATGTCTGGGACT

QA 1 161 1 161
DS 



AS 1 4

CO CL2991Contig1 905 4 3 U
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TGTATTTCCAATTATACCATGGTGTTACCTTTCCCTTCTATATATCTTTCTATTATAAGA
TACAGCTGTAATAATTTAATGCTCACACTTTGATTCCCGTAAACAAAGGGGTCACCGCAG
AAACATTAATGGTTTTGGCATTTTTATAAAACAAAAACTGAAAAATACAGAAATCTATCT
TGTAAATAATTGTTTTTTTTTTCTTGTAAAACAGAAAATAGACATGTGATGATAATGAAG
GGGAGAGAGAGAGAGATTATTAAGAGGATTCGTCGGCGCGAGAGTTTTCCTTTTTCACCC
TCGGCTGTATCCCATAATAACTAACGTACCACTTGACGAACTTCCTCAACCCTGCCGCAA
GATCCGTCGTCGGTTTATACCCGAAGTCTCTATACGCCAAGCTCACATTAGCATGCGTGT
AAGGCACGTCACCGTTTCTAGGCATTTTGATCAGATGCTTCTTCGCTTTCGTCCCTAACA
ACCCTTCCAATATCGAAACCAATCTCCCGACCGGAACCGGAGACGTGTTCCCGAGATTAT
AAACACGTAACTGAGCCGGTCCTCGCTTCTTTCCCCCGCTTCCGGTGCTCTTCTCCGCCG
TGTCTAACGCACCGACACACCCTTTGACTATATCGTCGATGTAGGTGAAGTCACGCGCCA
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TGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 

AF RR1G608JQ U 1
AF RR1G608TF C 99
AF RR1BE17JQ U 24
AF RR1B142JQ U 121
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BS 698 851 RR1BE17JQ
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GATCCGTCGTCGGTTTATACCCGAAGTCTCTATACGCCAAGCTCACATTAGCATGCGTGT
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AAACACGTAACTGAGCCGGTCCTCGCTTCTTTCCCCCGCTTCCGGTGCTCTTCTCCGCCG
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C

QA 1 697 1 697
DS 

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TAGACATGTGATGATAATGAAGGGGAGAGAGAGAGAGATTATTAAGAGGATTCGTCGGCG
CGAGAGTTTTCCTTTTTCACCCTCGGCTGTATCCCATAATAACTAACGTACCACTTGACG
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C

QA 1 599 1 599
DS 

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GTTCCCTTTCCCTTCTATATATCTTTCTATTATAAGATACAGCTGTAATAATTTAATACT
CACACTTTGATTCCCGTAAACAAAGGGGTCACCGCAGAAACATTAATGGTTTTGGCATTT
TTATAAAACAAAAACTGAAAAATACAGAAATCTATCTTGTAAATAATTGTTTTTTTTTTC
TTGTAAAACAGAAAATAGACATGTGATGATAATGAAGGAGAGAGAGAGAGAGATTATTAA
GAGGATTCGTCGGCGCGAGAGTTTTCCTTTTTCACCCTCGGCTGTATCCCATAATAACTA
ACGTACCACTTGACGAACTTCCTCAACCCCGCCGCAAGATCCGTCGTCGGTTTATACCCG
AAGTCTCTATACGCCAAGCTCACATTAGCATGCGTGTAAGGCACGTCACCGTTTCTAGGC
ATTTTGATCAGATGCTTCTTCGCTTTCGTCCCTAACAACCCTTCCAATATCGAAACCAAT
CTCCCGACCGGAACCGGAGACGTGTTCCCGAGATTATAAACACGTAACTGAGCCGGTCCT
CGCTTCTTTCCCCCGCTTCCGGTGCTCTTCTCCGCCGTGTCTAACGCACCGACACACCCT
TTGACTATATCGTCGATGTAGGTGAAGTCACGCGCCACTTCTTGGTTGTCCTGAGTTCTG
TAGATGTCGATAGACTTACCGTGGAGTATGGCTTTAGTAAAGAAGAAATAAGCCATGTCC
GGTTAAAGAAAGACCGTAGATGTGATTGTAAGTGTGTGCTATCTCCTC

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1B142JQ 785 0 0
TACAGCTGTAATAATTTAATACTCACACTTTGATTCCCGTAAACAAAGGGGTCACCGCAG
AAACATTAATGGTTTTGGCATTTTTATAAAACAAAAACTGAAAAATACAGAAATCTATCT
TGTAAATAATTGTTTTTTTTTTCTTGTAAAACAGAAAATAGACATGTGATGATAATGAAG
GAGAGAGAGAGAGAGATTATTAAGAGGATTCGTCGGCGCGAGAGTTTTCCTTTTTCACCC
TCGGCTGTATCCCATAATAACTAACGTACCACTTGACGAACTTCCTCAACCCCGCCGCAA
GATCCGTCGTCGGTTTATACCCGAAGTCTCTATACGCCAAGCTCACATTAGCATGCGTGT
AAGGCACGTCACCGTTTCTAGGCATTTTGATCAGATGCTTCTTCGCTTTCGTCCCTAACA
ACCCTTCCAATATCGAAACCAATCTCCCGACCGGAACCGGAGACGTGTTCCCGAGATTAT
AAACACGTAACTGAGCCGGTCCTCGCTTCTTTCCCCCGCTTCCGGTGCTCTTCTCCGCCG
TGTCTAACGCACCGACACACCCTTTGACTATATCGTCGATGTAGGTGAAGTCACGCGCCA
CTTCTTGGTTGTCCTGAGTTCTGTAGATGTCGATAGACTTACCGTGGAGTATGGCTTTAG
TAAAGAAGAAATAAGCCATGTCCGGTTAAAGAAAGACCGTAGATGTGATTGTAAGTGTGT
GCTATCTCCTCCCCTGCTTTCTTCGTCGCCGCGTAAAGACTCGCCGGCTGATCCGTTCTG
TGCTC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 4

CO CL2992Contig1 906 4 7 U
CAAAACGCAATTATATTGTGGTGCAGTTAAATTGTGTGGAAAGTAACATAATTTTATATA
AATAAATAAAATGGAAACGTTTTAGGTAACCCTACCCAAATACCATTGAAATATCAAAAC
CATCTCTGGAATCACAAAAGCTCAGAATAAATAACCAAAGAAGCAAAAAGTAAAAAAAAA
AAACTATCACTCTTCAAAAAGTGTGCTTCCCACTCCCTTCTTGCTCTCTTTTTTCTTTTG
CGCCAACAATCTCTCACTCTCTCTTCTGACGTTTTGACTCTGGAGATGACGGTGGTTCAG
GTCTCCGACTTGGTTCCCCTCTTTCTGCACCTTCCCCATCCTGTCTTGAAGAGGAGGCCT
GTCTATTGCTATTGCTGGCTCTGCCTGCAGTTTCAACTGAGCTTGAGGAAGGCACGTTTT
GAGATATGAATGGCATGATTTGCTGAAGAACACTTGATATGAAATTCCCTTCATCCATCC
CTGTTGCTGGCTCTACTTGTGCAGCATTTGAAACTGCTTCGTTTGTTTCCGTTGATGCTG
TGGCAGATGAATATACTGCCACCTGAGGCTCTTCTCGACTAGATACGGGTCTCATAATCT
GATGGATTCTGTTTCTGAACTCAGCAAAACCTCGAGCGCCTGGAGCAGAACTGCTATCAC
CTTCTCTTCCTGGAGTACTGGTGCTCTGTGGCTGCCTAGAGGATTCAACAACAGTCTGAT
GTACACCAGTTACTCCTGTTGATACCTGTTGATATCTAGCAACAACTGGTATAACTAAGG
CCACAGGATTTCGAGGAGTTTCAGATGGCCCTCGCATTGAAGGTGCAGAATCGGTAGTGC
CGCTGGGTGGAGCAGGGACCGACTGTCCAGGGGTTTGTTGTGTATTACTTTCTTCTCTCT
GGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR24JQ U 1
AF RR1GR24TF C 284
AF RR1E511JQ U 38
AF RR1E511TF C 234
BS 1 350 RR1GR24JQ
BS 351 351 RR1E511JQ
BS 352 447 RR1GR24JQ
BS 448 448 RR1E511JQ
BS 449 518 RR1GR24JQ
BS 519 703 RR1E511JQ
BS 704 906 RR1E511TF

RD RR1GR24JQ 518 0 0
CAAAACGCAATTATATTGTGGTGCAGTTAAATTGTGTGGAAAGTAACATAATTTTATATA
AATAAATAAAATGGAAACGTTTTAGGTAACCCTACCCAAATACCATTGAAATATCAAAAC
CATCTCTGGAATCACAAAAGCTCAGAATAAATAACCAAAGAAGCAAAAAGTAAAAAAAAA
AAACTATCACTCTTCAAAAAGTGTGCTTCCCACTCCCTTCTTGCTCTCTTTTTTCTTTTG
CGCCAACAATCTCTCACTCTCTCTTCTGACGTTTTGACTCTGGAGATGACGGTGGTTCAG
GTCTCCGACTTGGTTCCCCTCTTTCTGCACCTTCCCCATCCTGTCTTGAAAAGGAGGCCT
GTCTATTGCTATTGCTGGCTCTGCCTGCAGTTTCAACTGAGCTTGAGGAAGGCACGTTTT
GAGATATGAATGGCATGATTTGCTGAAAAACACTTGATATGAAATTCCCTTCATCCATCC
CTGTTGCTGGCTCTACTTGTGCAGCATTTGAAACTGCT

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1GR24TF 333 0 0
AGATGACGGTGGTTCAGGTCTCCGACTTGGTTCCCCTCTTTCTGCACCTCCCCCATCCTG
TCTTGAAGAGGAGGCCTGTCTATTGCTATTGCTGGCTCTGCCTGCAGTTTCAACTGAGCT
TGAGGAAGGCACGTTTTGAGATATGAATGGCATGATTTGCTGAAGAACACTTGATATGAA
ATTCCCTTCATCCATCCCTGTTGCTGGCTCTACTTGTGCAGCATTTGAAACTGCTTCGTT
TGTTTCCGTTGATGCTGTGGCAGATGAATATACTGCCACCTGAGGCTCTTCTCGACTAGA
TACGGGTCTCATAATCTGATGGATTCTGTTTC
C

QA 1 332 1 332
DS 

RD RR1E511JQ 666 0 0
GGAAAGTAACATAATTTTATATAAATAAATAAAATGGAAACGTTTTAGGTAACCCTACCC
AAATACCATTGAAATATCAAAACCATCTCTGGAATCACAAAAGCTCAGAATAAATAACCA
AAGAAGCAAAAAGTAAAAAAAAA***CTATCACTCTTCAAAAAGTGTGCTTCCCACTCCC
TTCTTGCTCTCTTTTTTCTTTTGCGCCAACAATCTCTCACTCTCTCTTCTGACGTTTTGA
CTCTGGAGATGACGGTGGTTCAGGTCTCCGACTTGGTTCCCCTCTTTCTGCACCTTCCCC
ATCCTGTCTTGAAGAGGAGGCCTGTCTATTGCTATTGCTGGCTCTGCCTGCAGTTTCAAC
TGAGCTTGAGGAAGGCACGTTTTGAGATATGAATGGCATGATTTGCTGAAGAACACTTGA
TATGAAATTCCCTTCATCCATCCCTGTTGCTGGCTCTACTTGTGCAGCATTTGAAACTGC
TTCGTTTGTTTCCGTTGATGCTGTGGCAGATGAATATACTGCCACCTGAGGCTCTTCTCG
ACTAGATACGGGTCTCATAATCTGATGGATTCTGTTTCTGAACTCAGCAAAACCTCGAGC
GCCTGGAGCAGAACTGCTATCACCTTCTCTTCCTGGAGTACTGGTGCTCTGTGGCTGCCT
AGAGGA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1E511TF 673 0 0
TCTTTTGCGCCAACAATCTCTCACTCTCTCTTCTGACGTTTTGACTCTGGAGATGACGGT
GGTTCAGGTCTCCGACTTGGTTCCCCTCTTTCTGCACCTTCCCCATCCTGTCTTGAAGAG
GAGGCCTGTCTATTGCTATTGCTGGCTCTGCCTGCAGTTTCAACTGAGCTTGAGGAAGGC
ACGTTTTGAGATATGAATGGCATGATTTGCTGAAGAACACTTGATATGAAATTCCCTTCA
TCCATCCCTGTTGCTGGCTCTACTTGTGCAGCATTTGAAACTGCTTCGTTTGTTTCCGTT
GATGCTGTGGCAGATGAATATACTGCCACCTGAGGCTCTTCTCGACTAGATACGGGTCTC
ATAATCTGATGGATTCTGTTTCTGAACTCAGCAAAACCTCGAGCGCCTGGAGCAGAACTG
CTATCACCTTCTCTTCCTGGAGTACTGGTGCTCTGTGGCTGCCTAGAGGATTCAACAACA
GTCTGATGTACACCAGTTACTCCTGTTGATACCTGTTGATATCTAGCAACAACTGGTATA
ACTAAGGCCACAGGATTTCGAGGAGTTTCAGATGGCCCTCGCATTGAAGGTGCAGAATCG
GTAGTGCCGCTGGGTGGAGCAGGGACCGACTGTCCAGGGGTTTGTTGTGTATTACTTTCT
TCTCTCTGGTTGC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 4

CO CL2993Contig1 1552 4 16 U
GGGACATTGTCAGATCTTAGAACCAAACCAATGTCTTCTTCTTCTTCTTCTACTTGTTCT
TTGTTAGCAGGAAAGAAGGTGGATGTCTTCCTGAGTTTCTGCGGCGGTTATAGGCATGAA
GATCTGAGAGATGATTTGCTTAAAAAACGCATTAAAACTTTTATTTCCTACAGATGCTTC
CAGACGAGCGTCTTACCAATTAATAGAGAGACACTCAAGGCTTTGGAAGAGTCGAAAGTC
GCGGTTGTGATGGCTTCTGAGAGGAAACCTTGTTCCGTTGGGTTCCTGGAAGAGATCATT
GCAATACTCGAATTTCAAGAGAAAGGTTCACTCACCGTCCTACCCTTCTTCCTCACAGCT
TTCTCTTTTGATCTTCAAGAAGAAATTTGCCAAGAATATCCAGAGAAGGTGCCAAGTTGG
AGAGATGCACTTATCAAACTGGCCAACATCACCGCCAACTATCGGTTTTCGGGTATGAGC
CAAGTAGCAGATCTGATCAAGAAGATTGTTAAAGGCATTAATCTTCCAGTTCTTACTTTC
TCATCAGACGAAATTAATAATGTACTTGTTGCAATGGATCGTCACATGAAAGTGGTTAAT
GACTTGTTGGCTTCAGAACCTAACAAAGAGGTTCATACCATCGGCATTTGGGGTAGGGCA
GGTGTTGGGAAGACAACCCTTGCAAGGTACGTTTATGCAAACATCTCTGTAAATTTTCAG
ACGCAAGTATTCCTAGAAAATGTTGAAAACATGGAAGACAAGATTCTCAAAATTGAAGGG
GGAGAATATCCAACTTTAATAACAACAAGTTTAGATCACGTTTGGCATGAAATTACCGAA
GCAAAGCGTAAACACCGGAAAGTTCTCCTTATAGCTGACGATGTGAACAACATCGAACAA
*GGGAAGTGGATCATTGAATACGCTAAGTGGTTTGCTCCCGGAAGCAAAGTCATTCTCAT
TAACCAGAACAAGAATTTGCTTGTTGACGCCGGAGTGAGGGATGTGTATGAAGTCAGAAC
TCTAAGATATGATGAAGCTCTTCAACTCTTCTCACATTTTTCTTTCAAACAGCCAAATCC
ACCTTCTGACTTCGAACAGCTTTCACTTCACGCTGTCCATCTCTCAGAGTTTCTTCCTTT
GGCTCTTAGATTGTTAGGGTCGTTTTTGAATGGTAGAGGTCGAGAGGAGTGGGAAGCTGC
ACTGCTCAAACTCAAGGCAAAGCAATGTGGAAATATAATGGAAGTGTGGAAACTTATGGC
ACCATCAGGAGAAAGAGGTCAAGATGAGTTGGAGGCTGCTACAGAGATAATGGAAGAGAG
GGAATCATCATTGCAAGATAAAGGTAAAGAGGAGATGGGAGTTGCTTCAGACATAATGGA
AGGATCATCAAAATACGAGAAATAATAGCAGTATGAAAAAAAGTCACCTGTACCATTTCC
CATTATACCGAGTGTGAAGCTTGCAAACTCCATTTGTTCTTTCTTATGTTTCTGATATTG
TGCTGTAAGTTTTTCCATGGTTGATAGTTTTCTAAACACGAATCAAAATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
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G

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CTAAACACGAATCAAAATTTC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 4

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DW32TF U 1
AF RR1F796TF U 48
AF RR1DW32JQ C 355
AF RR1F796JQ C 540
BS 1 189 RR1DW32TF
BS 190 190 RR1F796TF
BS 191 200 RR1DW32TF
BS 201 673 RR1F796TF
BS 674 911 RR1DW32JQ
BS 912 912 RR1F796JQ
BS 913 1020 RR1DW32JQ

RD RR1DW32TF 200 0 0
GGAAACAAAGTTCACATCTCAAATACTCACGCCATCGCCTTTTTGGTCGAGCAAGCAAGA
ATCAAAGCAGAGGCGATCAGAGATCGAAATCAATTCCTTCCTCCTCTCAGGTTTGGTTAG
AAGATGTCTCGAAGATATGACAGCCGTACCACAATCTTCTCCCCAGAAGGCCGTCTCTAC
CAAGTCGAG*ACGCAATGGA

QA 1 200 1 200
DS 

RD RR1F796TF 626 0 0
G
GAGCAAGCAAGAATCAAAGCAGAGGCGATCAGAGATCGAAATCAATTCCTTCCTCCTCTC
AGGTTTGGTTAGAAGATGTCTCGAAGATATGACAGCCGTACCACAATCTTCTCCCCAGAA
GGCCGTCTCTACCAAGTCGAGTACGCAATGGAGGCCATAGGCAACGCCGGTTCCGCCATC
GGTATCTTATCCAAAGACGGCGTCGTCTTGATCGGCGAGAAGAAAGTCACCTCCAAGCTT
CTCCAAACCTCCACCTCCTCCGAGAAAATGTACAAGATCGACGACCACGTCGCCTGCGCC
GTCGCTGGCATCATGTCCGACGCCAACATCCTCATCAACACTGCTAGAGTCCAAGCACAG
CGCTACACCTTCATGTACCAGGAGCCCATGCCTGTTGAGCAGCTTGTTCAGTCTCTCTGT
GATACCAAACAAGGGTACACGCAGTTCGGTGGTCTTCGTCCCTTTGGTGTGTCGTTTCTT
TTTGCAGGGTGGGACAAGAACCATGGGTTTCAGCTGTATATGAGTGACCCGAGTGGGAAC
TACGGTGGTTGGAAAGCTGCTGCTGTGGGAGCTAACAACCAGGCGGCTCAGTCTATTCTG
AAGCAAGACTACAAGGATGATGCGA

QA 2 626 2 626
DS 

RD RR1DW32JQ 666 0 0
GGCATCATGTCCGACGCCAACATCCTCATCAACACTGCTAGAGTCCAAGCACAGCGCTAC
ACCTTCATGTACCAGGAGCCCATGCCTGTTGAGCAGCTTGTTCAGTCTCTCTGTGATACC
AAACAAGGGTACACGCAGTTCGGTGGTCTTCGTCCCTTTGGTGTGTCGTTTCTTTTTGCA
GGGTGGGACAAGAACCATGGGTTTCAGCTGTATATGAGTGACCCGAGTGGGAACTACGGT
GGTTGGAAAGCTGCTGCTGTGGGAGCTAACAACCAGGCGGCTCAGTCTATTCTGAAGCAA
GACTACAAGGATGATGCGACGAGGGAAGAGGCGGTGGAGCTTGCGCTCAAGGTTCTGAGC
AAGACGATGGACAGCACTAGCTTGACGTCTGAGAAGCTCGAGCTTGCTGAGGTGTTTCTG
ACTCCTTCGGGGAGTGTTAAGTACCATGTTCACTCTCCTGACTCGCTTACTAAGCTGTTG
GTGAAGCATGGTGTGACTCAACCCGCTGCTGAATCGTCCTGAGCGCAACACTAATCGCCA
GAGAGTCTTGATCTCTGTTTGGTGATGTGTCTCCTTTTATCTATCTTGTTAGTTCTCTGT
TTTACATTAGACTTTATGGCGATGAAACTTGAATTTCACAATGTTATGAGAATTTTATTT
GAAGGT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1F796JQ 481 0 0
GGACAAGACCCATGGGTTTCAGCTGTATATGAGTGACCCGAGTGGGAACTACGGTGGTTG
GAAAGCTGCTGCTGTGGGAGCTAACAACCAGGCGGCTCAGTCTATTCTGAAGCAAGACTA
CAAGGATGATGCGACGAGGGAAGAGGCGGTGGAGCTTGCGCTCAAGGTTCTGAGCAAGAC
GATGGACAGCACTAGCTTGACGTCTGAGAAGCTCGAGCTTGCTGAGGTGTTTCTGACTCC
TTCGGGGAGTGTTAAGTACCATGTTCACTCTCCTGACTCGCTTACTAAGCTGTTGGTGAA
GCATGGTGTGACTCAACCCGCTGCTGAATCGTCCTGAGCGCAACACTAATCGCCAGAGAG
TCTTGATCTCTGCTTGGTGATGTGTCTCCTTTTATCTATCTTGTTAGTTCTCTGTTTTAC
ATTAGACTTTATGGCGATGAAACTTGAATTTCACAATGTTATGAGAATTTTATTTGAAGG
T

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 4

CO CL2995Contig1 473 4 3 U
GTTGGCGAAGTTGACTCTGTTTAGACAGTTTTATATTGTTGTCATTGGGCACTTGTACTT
CACGAGGATTGTAGTGTTTGCGTTGAAGACGATAGCTGCGTATAAGTATCTGTGGGTGAG
CAATGCGGCTGAGGAGATTGCGAGTCTGGCGTTTTACGTGGTTATGTTCTATATGTTTAG
GCCGGTTGAGAAGAATGAGTATTTTGTTTTGGATGAGGAAGATGAAGAAGCTGCGGAGCT
GCCCTTGAAGGAGGATGATTTTGAACTCTGAATCAGATCAAGAACTTTCATTGACTATAC
AAAGCCGACTTTGAGGAGGTTTGCTTTCTCCTTTTTTTTTTTTTCTATTGTTACTTTCGA
CTTCAAAGTAGTTTATTTGCAAGGGGAATAACCCTGTATGTAGTAGTACTCTCTTACATT
GTAAAAGGTTGTTTGTCCCTAAGACTGTTTTTACTTGTAAGAAAGATTAGTGC


BQ
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1FW52JQ C 1
AF RR1FZ69JQ C 1
AF RR1FW52TF U 1
AF RR1FZ69TF U 1
BS 1 241 RR1FW52TF
BS 242 242 RR1FW52JQ
BS 243 473 RR1FW52TF

RD RR1FW52JQ 473 0 0
GTTGGGGAAGTTGACTCTGTTTAGACAGTTTTATATTGTTGTCATTGGGCACTTGTACTT
CACGAGGATTGTAGTGTTTGCGTTGAAGACGATAGCTGCGTATAAGTATCTGTGGGTGAG
CAATGCGGCTGAGGAGATTGCGAGTCTGGCGTTTTACGTGGTTATGTTCTATATGTTTAG
GCCGGTTGAGAAGAATGAGTATTTTGTTTTGGATGAGGAAGATGAAGAAGCTGCGGAGCT
GCCCTTGAAGGAGGATGATTTTGAACTCTGAATCAGATCAAGAACTTTCATTGACTATAC
AAAGCCGACTTTGAGGAGGTTTGCTTTCTCCTTTTTTTTTTTTTCTATTGTTACTTTCGA
CTTCAAAGTAGTTTATTTGCAAGGGGAATAACCCTGTATGTAGTAGTACTCTCTTACATT
GTAAAAGGTTGTTTGTCCCTAAGACTGTTTTTACTTGTAAGAAAGATTAGTGC

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1FZ69JQ 473 0 0
GTTGGCGAAGTTGACTCTGTTTAGACAGTTTTATATTGTTGTCATTGGGCACTTGTACTT
CACGAGGATTGTAGTGTTTGCGTTGAAGACGATAGCTGCGTATAAGTATCTGTGGGTGAG
CAATGCGGCTGAGGAGATTGCGAGTCTGGCGTTTTACGTGGTTATGTTCTATATGTTTAG
GCCGGTTGAGAAGAATGAGTATTTTGTTTTGGATGAGGAAGATGAAGAAGCTGCGGAGCT
GCCCTTGAAGGAGGATGATTTTGAACTTTGAATCAGATCAAGAACTTTCATTGACTATAC
AAAGCCGACTTTGAGGAGGTTTGCTTTCTCCTTTTTTTTTTTTTCTATTGTTACTTTCGA
CTTCAAAGTAGTTTATTTGCAAGGGGAATAACCCTGTATGTAGTAGTACTCTCTTACATT
GTAAAAGGTTGTTTGTCCCTAAGACTGTTTTTACTTGTAAGAAAGATTAGTGC

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1FW52TF 473 0 0
GTTGGCGAAGTTGACTCTGTTTAGACAGTTTTATATTGTTGTCATTGGGCACTTGTACTT
CACGAGGATTGTAGTGTTTGCGTTGAAGACGATAGCTGCGTATAAGTATCTGTGGGTGAG
CAATGCGGCTGAGGAGATTGCGAGTCTGGCGTTTTACGTGGTTATGTTCTATATGTTTAG
GCCGGTTGAGAAGAATGAGTATTTTGTTTTGGATGAGGAAGATGAAGAAGCTGCGGAGCT
GGCCTTGAAGGAGGATGATTTTGAACTCTGAATCAGATCAAGAACTTTCATTGACTATAC
AAAGCCGACTTTGAGGAGGTTTGCTTTCTCCTTTTTTTTTTTTTCTATTGTTACTTTCGA
CTTCAAAGTAGTTTATTTGCAAGGGGAATAACCCTGTATGTAGTAGTACTCTCTTACATT
GTAAAAGGTTGTTTGTCCCTAAGACTGTTTTTACTTGTAAGAAAGATTAGTGC

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1FZ69TF 473 0 0
GTTGGCGAAGTTGACTCTGTTTAGACAGTTTTATATTGTTGTCATTGGGCACTTGTACTT
CACGAGGATTGTAGTGTTTGCGTTGAAGACGATAGCTGCGTATAAGTATCTGTGGGTGAG
CAATGCGGCTGAGGAGATTGCGAGTCTGGCGTTTTACGTGGTTATGTTCTATATGTTTAG
GCCGGTTGAGAAGAATGAGTATTTTGTTTTGGATGAGGAAGATGAAGAAGCTGCGGAGCT
GGCCTTGAAGGAGGATGATTTTGAACTCTGAATCAGATCAAGAACTTTCATTGACTATAC
AAAGCCGACTTTGAGGAGGTTTGCTTTCTCCTTTTTTTTTTTTTCTATTGTTACTTTCGA
CTTCAAAGTAGTTTATTTGCAAGGGGAATAACCCTGTATGTAGTAGTACTCTCTTACATT
GTAAAAGGTTGTTTGTCCCTAAGACTGTTTTTACTTGTAAGAAAGATTAGTGC

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 4

CO CL2996Contig1 1637 4 14 U
GGACTCTTCTCTCTGTCTCCTCCTCTCTTCGCTTCGGAACTTCCGAAGATTCGACTTTTC
TCACTAATAAACTATATTCGAATTTCTTCCTCTCCAATCTCTCTCTGTAATCACAATATT
AAGTCAACAAACAAAGCTTCGATTCAAAGAAATGGCGAATGCATCTGGTTTCTTCACTCA
CCCTTCCCTTTCCTCAATGCGAACCAGAACCCACCTCCCGATCACAGTTTCCGGATCTGG
GTTTCGCGTTTCCAAACGATTCTCCAAAAGGGTTCTCTGCTCTACCCTCAGCTCCCTCGA
TAACAATGCTTCTCCTTCTCCTTCTCAGTACCGACCTCCCAGGTTAGTGCCGAGTGGATG
CAAGCTGATCGGATCTGGTTCAGCTGTCCCGAGTCTTCTGGTTTCTAACGATGATCTCGC
GAAGATTGTCGATACCAATGACGAATGGATAGCTACTCGCACTGGTATCCGCAACCGTCG
AGTTGTTGTGTCAGGCAAAGATAGCTTGGTCGGGTTAGCAGTTGAAGCAGCTACCAAAGC
CCTTGAAATGGCTGAGGTTGCTCCGGATGATATCGACTTAGTCCTCATGTGTACTTCCAC
TCCTGATGATCTCTTCGGTGCTGCTCCACAGATTCAGAAGGCACTTGGTTGCACAAAGAA
CCCTTTGGCGTACGATATCACAGCTGCTTGTAGTGGATTTGTTTTGGGTCTTGTTTCAGC
TGCTTGTCATATAAGAGGAGGTGGTTTTAAGAATGTTTTAGTGATTGGAGCTGATTCTTT
GTCTCGGTTCGTTGATTGGACTGATAGAGGAACTTGCATCCTCTTTGGAGATGCTGCTGG
TGCTGTTGTTGTTCAGGCTTGTGACATTGAGGATGATGGGTTATACAGTTTTGATGTGCA
CAGTGATGGAGACGGTCGTAGACACTTAAATGCCTCTGTTAAAGAATCTCAAACCGATGG
TGATTTAAGCTCCAATGGGTCAGCGGTGGGTGACTTTCCACCAAAACAATCTTCATATTC
TTGCATTCAGATGAATGGACAAGAAGTGTTTCGCTTTGCTGTCAAATGTGTTCCCCAGCC
TCTTGAGTCTGCTTTACAAAAAGCCGGTCTTCCTGCTTCTTCCATTGATTGGCTCCTTCT
CCATCAGGCAAACCAGAGAATATTAGACTCTGTGGCTACAAGGCTAAAGTTTCCACCGGA
ACGAGTGATATCAAACTTGGCTAATTACGGCAACACAAGCGCTGCTTCTATCCCTCTAGC
TCTTGATGAGGCGGTGAGAAGTGGGAAAGCTAAACCGGGACACACCATAGCCACTTCCGG
TTTTGGAGCCGGTTTAACTTGGGGTTCTGCTATTATCAGGCGGAGATGAATGGTCAAAAG
TCCAACATGTAAGTTTTACTTCAGAGCAGAAGTGTATTTTTCTCTTCCACTGAGTAGAGG
AACACACTGGAAATTGGTTAAACCGGTCTGGTTTAGTCCGGTTGAACTGGAAGTAAAACG
CGTTTTGTCTGATTTCGTTTTATTTTCACTTTTTGGAGGTTTTATCGTTTACTTGTTAGT
TATTGTTTCCTTAAATCTTTTTTTTTATGTTCTTGAAAACTTCTTTTGTTGGTGATAGAA
GAATACTTGTTCAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1CN78TF U 1
AF RR1AU14TF U 613
AF RR1CN78JQ C 766
AF RR1AU14JQ C 841
BS 1 659 RR1CN78TF
BS 660 660 RR1AU14TF
BS 661 699 RR1CN78TF
BS 700 700 RR1AU14TF
BS 701 715 RR1CN78TF
BS 716 1143 RR1AU14TF
BS 1144 1289 RR1CN78JQ
BS 1290 1290 RR1AU14JQ
BS 1291 1360 RR1CN78JQ
BS 1361 1361 RR1AU14JQ
BS 1362 1404 RR1CN78JQ
BS 1405 1405 RR1AU14JQ
BS 1406 1632 RR1CN78JQ
BS 1633 1637 RR1AU14JQ

RD RR1CN78TF 725 0 0
GGACTCTTCTCTCTGTCTCCTCCTCTCTTCGCTTCGGAACTTCCGAAGATTCGACTTTTC
TCACTAATAAACTATATTCGAATTTCTTCCTCTCCAATCTCTCTCTGTAATCACAATATT
AAGTCAACAAACAAAGCTTCGATTCAAAGAAATGGCGAATGCATCTGGTTTCTTCACTCA
CCCTTCCCTTTCCTCAATGCGAACCAGAACCCACCTCCCGATCACAGTTTCCGGATCTGG
GTTTCGCGTTTCCAAACGATTCTCCAAAAGGGTTCTCTGCTCTACCCTCAGCTCCCTCGA
TAACAATGCTTCTCCTTCTCCTTCTCAGTACCGACCTCCCAGGTTAGTGCCGAGTGGATG
CAAGCTGATCGGATCTGGTTCAGCTGTCCCGAGTCTTCTGGTTTCTAACGATGATCTCGC
GAAGATTGTCGATACCAATGACGAATGGATAGCTACTCGCACTGGTATCCGCAACCGTCG
AGTTGTTGTGTCAGGCAAAGATAGCTTGGTCGGGTTAGCAGTTGAAGCAGCTACCAAAGC
CCTTGAAATGGCTGAGGTTGCTCCGGATGATATCGACTTAGTCCTCATGTGTACTTCCAC
TCCTGATGATCTCTTCGGTGCTGCTCCACAGATTCAGAAGGCACTTGGTTGCACAAAGA*
CCCTTTGGCGTACGATATCACAGCTGCTTGTAGTGGATT*GTTTTGGGTCTTGTT
CAGCTGCTGT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1AU14TF 531 0 0
CTTCGGTGCTGCTCCACAGATTCAGAAGGCACTTGGTTGCACAAAGAACCCTTTGGCGTA
TGATATCACAGCTGCTTGTAGTGGATTTGTTTTGGGTCTTGTTTCAGCTGCTTGTCATAT
AAGAGGAGGTGGTTTTAAGAATGTTTTAGTGATTGGAGCTGATTCTTTGTCTCGGTTCGT
TGATTGGACTGATAGAGGAACTTGCATCCTCTTTGGAGATGCTGCTGGTGCTGTTGTTGT
TCAGGCTTGTGACATTGAGGATGATGGGTTATACAGTTTTGATGTGCACAGTGATGGAGA
CGGTCGTAGACACTTAAATGCCTCTGTTAAAGAATCTCAAACCGATGGTGATTTAAGCTC
CAATGGGTCAGCGGTGGGTGACTTTCCACCAAAACAATCTTCATATTCTTGCATTCAGAT
GAATGGACAAGAAGTGTTTCGCTTTGCTGTCAAATGTGTTCCCCAGCCTCTTGAGTCTGC
TTTACAAAAAGCCGGTCTTCCTGCTTCTTCCATTGATTGGCTCCTTCTCCA

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1CN78JQ 867 0 0
ATTGGAGCTGATC
TTGTCTCGGTTCGT*GATTGGACTGATAGAGGA*CTTGCATCCTCTT*GGAGATGCTGCT
GGTGCTGTTGT*GTTCAGGCTTGTGACAT*GAGGATGATGGGTTATACAGTTTTGATGTG
CACAGTGATGGAGACGGTCGTAGACACTTGAATGCCTCTGTTAAAGAATCTCAAACCGAT
GGTGATTTAAGCTCCAATGGGTCAGCGGTGGGTGACTTTCCACCAAAACAATCTTCATAT
TCTTGCATTCAGATGAATGGACAAGAAGTGTTTCGCTTTGCTGTCAAATGTGTTCCCCAG
TCTCTTGAGTCTGCTTTACAAAAAGCCGGTCTTCCTGCTTCTTCCATTGATTGGCCCTTT
CTCCATCAGGCAAACCAGAGAATATTAGACTCTGTGGCTACAAGGCTAAAGTTTCCACCG
GAACGAGTGATATCAAACTTGGCTAATTACGGCAACACAAGCGCTGCTTCTATCCCTCTA
GCTCTTGATGAGGCGGTGAGAAGTGGGAAAGTTAAACCGGGACACACCATAGCCACTTCC
GGTTTTGGAGCCGGTTTAACTTGGGGTTCTGCTATTATCAGGTGGAGATGAATGGTCAAA
AGTCCAACATGTAAGTTTTACTTCAGGGCAGAAGTGTATTTTTCTCTTCCACTGAGTAGA
GGAACACACTGGAAATTGGTTAAACCGGTCTGGTTTAGTCCGGTTGAACTGGAAGTAAAA
CGCGTTTTGTCTGATTTCGTTTTATTTTCACTTTTTGGAGGTTTTATCGTTTACTTGTTA
GTTATTGTTTCCTTAAATCTTTTTTTTTATGTTCTTGAAAACTTCTTTTGTTGGTGATAG
AAGAATACTTGTTC

QA 14 867 14 867
DS 

RD RR1AU14JQ 797 0 0
TGCTGTTGT
TGTTCAGGCTTGTGACATTGAGGATGATGGGTTATACAGTTTTGATGTGCACAGTGATGG
AGACGGTCGTAGACACTTAAATGCCTCTGTTAAAGAATCTCAAACCGATGGTGATTTAAG
CTCCAATGGGTCAGCGGTGGGTGACTTTCCACCAAAACAATCTTCATATTCTTGCATTCA
GATGAATGGACAAGAAGTGTTTCGCTTTGCTGTCAAATGTGTTCCCCAGCCTCTTGAGTC
TGCTTTACAAAAAGCCGGTCTTCCTGCTTCTTCCATTGATTGGCTCCTTCTCCATCAGGC
AAACCAGAGAATATTAGACTCTGTGGCTACAAGGCTAAAGTTTCCACCGGAACGAGTGAT
ATCAAACTTGGCTAATTACGGCAACACAAGCGCTGCTTCTATCCCTCTAGCTCTTGATGA
GGCGGTGAGAAGTGGGAAAGCTAAACCGGGACACACCATAGCCACTTCCGGTTTTGGAGC
CGGTTTAACTTGGGGTTCTGCTATTATCAGGCGGAGATGAATGGTCAAAAGTCCAACATG
TAAGTTTTACTTCAGAGCAGAAGTGTATTTTTCTCTTCCACTGAGTAGAGGAACACACTG
GAAATTGGTTAAACCGGTCTGGTTTAGTCCGGTTGAACTGGAAGTAAAACGCGTTTTGTC
TGATTTCGTTTTATTTTCACTTTTTGGAGGTTTTATCGTTTACTTGTTAGTTATTGTTTC
CTTAAATCTTTTTTTTTATGTTCTTGAAAACTTCTTTTGTTGGTGATAGAAGAATACTTG
TTCAAACC

QA 10 797 10 797
DS 



AS 1 4

CO CL2997Contig1 521 4 11 U
GGATGAGTCACTATCTTCACGTCTTCTTCTTCTTCTCCCCCCGCCATGTTTTTGTTGAAC
TGGTTTCCCACTATGTTAATCTCTTTTAAGTGCATCTACCTCTTTCATCTCCACTTATGA
CTAAAATTATTTTTAAATAAAGCCTAGTTGTCTCCGCCTTTCTCCCAAACTTTTAGAAAG
TCGTGAGAATCGAATTATGTACAAGAACGGAGTGGAGGTGGTGGGTCATTGAGATAGGAG
ATCGTCGGCGGAGCAATTGATCGGAAACAATCAACGATGCACTAAAAAAAAAACTAGAAA
AGTCTTCAACATCCACATCTAGGGGTTTATCTTCTAAAGACAAACCTCAGCTTTCCGATG
TGAAATCTGAAATGGATTGAAGAAGGCTAAGATGTGAGTGGATCAGAAGGTGATGATGAT
AATGATACATCGGGGATCTCATGGTTTTGTAATTCGTCTAACAATAATGATATCCAGATA
ATTGATATATTATTTAATTTATGATATACATTTAGCTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1DZ91TF U 1
AF RR1DZ91JQ C 49
AF RR1CR18JQ C 130
AF RR1CR18TF U 130
BS 1 136 RR1DZ91TF
BS 137 137 RR1CR18TF
BS 138 203 RR1DZ91TF
BS 204 204 RR1CR18TF
BS 205 227 RR1DZ91TF
BS 228 228 RR1CR18TF
BS 229 283 RR1DZ91TF
BS 284 284 RR1CR18TF
BS 285 289 RR1DZ91TF
BS 290 290 RR1CR18TF
BS 291 521 RR1DZ91TF

RD RR1DZ91TF 521 0 0
GGATGAGTCACTATCTTCACGTCTTCTTCTTCTTCTCCCCCCGCCATGTTTTTGTTGAAC
TGGTTTCCCACTATGTTAATCTCTTTTAAGTGCATCTACCTCTTTCATCTCCACTTATGA
CTAAAATTATTTTTAATTAAAGCCTAGTTGTCTCCGCCTTTCTCCCAAACTTTTAGAAAG
TCGTGAGAATCGAATTATGTACAGGAACGGAGTGGAGGTGGTGGGTCGTTGAGATAGGAG
ATCGTCGGCGGAGCAATTGATCGGAAACAATCAACGATGCACTCAAAAAGAAACTAGAAA
AGTCTTCAACATCCACATCTAGGGGTTTATCTTCTAAAGACAAACCTCAGCTTTCCGATG
TGAAATCTGAAATGGATTGAAGAAGGCTAAGATGTGAGTGGATCAGAAGGTGATGATGAT
AATGATACATCGGGGATCTCATGGTTTTGTAATTCGTCTAACAATAATGATATCCAGATA
ATTGATATATTATTTAATTTATGATATACATTTAGCTGACC

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1DZ91JQ 473 0 0
TTTTTGTTGAACTGGTTTCCCACTATGTTAATCTCTTTTAAGTGCATCTACCTCTTTCAT
CTCCACTTATGACTAAAATTATTTTTAATTAAAGCCTAGTTGTCTCCGCCTTTCTCCCAA
ACTTTTAGAAAGTCGTGAGAATCGAATTATGTACAGGAACGGAGTGGAGGTGGTGGGTCG
TTGAGATAGGAGATCGTCGGCGGAGCAATTGATCGGAAACAATCAACGATGCACTCAAAA
AGAAACTAGAAAAGTCTTCAACATCCACATCTAGGGGTTTATCTTCTAAAGACAAACCTC
AGCTTTCCGATGTGAAATCTGAAATGGATTGAAGAAGGCTAAGATGTGAGTGGATCAGAA
GGTGATGATGATAATGATACATCGGGGATCTCATGGTTTTGTAATTCGTCTAACAATAAT
GATATCCAGATAATTGATATATTATTTAATTTATGATATACATTTAGCTGACC

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1CR18JQ 392 0 0
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GGAGCAATTGATCGGAAACAATCAACGATGCACTAAAAAAAGAACTAGAAAAGTCTTCAA
CATCCACATCTAGGGGTTTATCTTCTAAAGACAAACCTCAGCTTTCGGATGTGAAATCTG
AAATGGATTGAAGAAGGCTAAGATGTGAGTGGATCAGAAGGTGGTGATGATAATGATACA
TCGGGGATCTCATGGTTTTGTAATTCGTCTAACAATAATGATATCCGGATAATTGATATA
TTATTTAATTTATGATATACATTTAGCTGACC

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR1CR18TF 392 0 0
TTTTTAAATAAAGCCTAGTTGTCTCCGCCTTTCTCCCAAACTTTTAGAAAGTCGTTAGTA
TCGAATTATGTACAAGAACGGAGTGGAGGTGGTGGGTCATTGAGATAGGAGATCGTCGGC
GGAGCAATTGATCGGAAACAATCAACGATGCACTAAAAAAAGAACTAGAAAAGTCTTCAA
CATCCACATCTAGGGGTTTATCTTCTAAAGACAAACCTCAGCTTTCGGATGTGAAATCTG
AAATGGATTGAAGAAGGCTAAGATGTGAGTGGATCAGAAGGTGGTGATGATAATGATACA
TCGGGGATCTCATGGTTTTGTAATTCGTCTAACAATAATGATATCCGGATAATTGATATA
TTATTTAATTTATGATATACATTTAGCTGACC

QA 1 392 1 392
DS 



AS 1 4

CO CL2998Contig1 783 4 2 U
CAGTTCCTATGCAAAGTTTTGATGGATCTGATCCTTTTGGTGCCTTCACTTCTGGTCCAC
AGGCCCCAGTTGTAACAAACACAACATCCCCTGTATCTTTGGCAGACTCGAAACCACAAC
AGTTGCAAAAGAAAGATCCTTTCCAGGTGAAATCGGGAATATGGGCAGATTCTCTGAGCC
GTGGACTAATTGATCTCAATATAACTGCTCCCAAAAAAGCTTCCCTTGCTGATGTGGGGG
TCGTGGGTGGTCTGAGCAACGATGAAGGGAACAAGGCATCTGCTGCTGCGTACTACTCGG
GATGGTCCATGGGCGCAGGATCCGGGCTCGGTAAAACCGGACTATACAGTGCACAGCAGC
AGCAACAACCACAACAACAAACACCTGAGATCTCAGATGATTTCTTCTCCAGCCTCAGTC
ACCAAAGGTACTAAACTGGAGGCTTTAAGCAGTGACTTTGTCTGGGGTTATCACGTTTGA
TTCTACATTCATACTGGAAGTCAATGTTCTTATTCTCAATGGGAGTTTGTTGTTCTTGCT
CTTGATTGATGGGACAATCTGATCTGTGGCTTGCGTTTTAAATAAGAGAATTGTTTTTGG
GGAAGAGAGTATTATTTGTTGGTTTGAATTTTCTATTTGTTCATAGAACAACAAATCATA
TGTATTTCATTTGACTCTTTGGATAATATTATCTATCGTGTGTGATCTTTAATCAGAGGA
GACTCAGCTTTGTGTTACGATTCTACTGTCTTTATCTAATAATAAAAAGTGTATCGCACA
TGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 
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G
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TGATGGGACAATCTGATCTGTGGCTTGCGTTTTAAATAAGAGAATTGTTTTTGGGGAAGA
GAGTATTATTTGTTGGTTTGAATTTTCTATTTGTTCATAGAACAACAAATCATATGTATT
TCATTTGACTCTTTGGATAATATTATCTATCGTGTGTGATCTTTAATCAGAGGAGACTCA
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25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1GU66TF U 1
AF RR1GU66JQ C 1029
AF RR1BJ76JQ C 531
AF RR1BJ76TF U 531
BS 1 539 RR1GU66TF
BS 540 540 RR1BJ76TF
BS 541 634 RR1GU66TF
BS 635 1261 RR1BJ76TF

RD RR1GU66TF 634 0 0
GAGGACGTCTCCTAATCTCATCTCTTTGCATCCTATGTCGCTATCTCTTGACCTCCCTGG
TGGTTCAGTGTATTTATTTTAATTTTCCATATCTGTTATTCACATTGAATCCAGTTTCCA
TGGTGACTCCTCAGTTTCCTTCATCTCAAATATGTAAATATAATCAGGTTGAGATTACGA
TGGACATTCAGAACCAGGGGGAGGGGTTTAGGTTCCTGCTTTGAAAGAATCGATATCTCT
TTTGATTTTTTTTCTTGCTCTTCATTTTTGATTCTTAGGGATTCTGTAATGGCAGCGACA
GAAAAACGGATAAAGATATTTCTGCCGATTCAACGACTTTCGTTCTCACTGAAGAGGAAT
ACTGTGAGGAGATTCTTCTAGAGAAAGAGATACTTCTAGCCAAACTTCGGGATGATGAGG
AGAAAGCCAATTGTGCTGCGTCCGGTGAAGCTCCTGATCTGAATGATACCCAGTTTACTA
AACTGGATGAGCTCTTGACCCAGACCCAACTCTACTCTGAGTTTATTTTTGAGAAAATGG
AGGATATCACAAAAGCAAATCTCCTTTTTGCCTTTTTGTTGGTTAAAGAACATGATTTTT
CTTAATTGAGTTAGTGTGCTTTGGTAGAATGGGA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1GU66JQ 180 0 0
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ATGTACTTCAAGAAGCTTTCATGGCTATCCTCAAACTCGAAAAGGAGGTTTTTGCAATAA
TTTTAAGTTGCTCGATAAAAAGATTTATTACATTATATTTCATTTGATTCCTTTGTAAGA

QA 1 180 1 180
DS 

RD RR1BJ76JQ 731 0 0
GAGAAAATGAAGGATATCACAAAAGCAAATCTCCTTTTTGCCTTTTTGTTGGTTAAAGAA
CATGATTTTTCTTAATTGAGTTAGTGTGCTTTGGTAGAATGGGATAGAAGGTGAGACTCT
AAAAGCCGAGCCTGAGAAGAAAGGAGGTCGTGGACGCAAAAAAGGATGCTACTCAGGCCG
CCAATCCGAAGGTTAATAAAGCTGTTGCTGCATGATTTCAAGAGCTAAAGGTCATATATC
TGCCAACTCAGATCTGAGAGAGGAAAAAAAGGCATGAAAGAGCAGAGTGAATTCATGGGA
ATCTCTATTCCTCCTGATTGGAGATCTCAACAACTTCCTCTCCAACTCTGACAAGCAGGT
TCGGATTGCTCGGAAATTTTCAGCTATATAGAGGGCTTGGATGGTGAGCCAAAACTATAT
CTTGAGACAAAATGGTTTGTACTATGTCTCTTGCACTCTGCTGCAGCAAAAAAATTAGAC
AGATCTCCCTCATCTCTCACTGCAACCAATGTGTCAATCACAATGTCACCATTGTTGTAA
AGTCCATAGGTAAAGTTGATGTACTTCAAGAAGCTTTCATGGCTATCCTCAAACTCGAAA
AGGAGGTTTCTGCAATAATTTTAAGTTGCTCGATAAAAAGATCTATTACATTATATTTCA
TTTGATTCCTTTGTAAGAAACTATTTTCACACCTAATACGTTCTTGCTTGCTTTCAAATA
ACCATGTTTCC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1BJ76TF 731 0 0
GAGAAAATGAAGGATATCACAAAAGCAAATCTCCTTTTTGCCTTTTTGTTGGTTAAAGAA
CATGATTTTTCTTAATTGAGTTAGTGTGCTTTGGTAGAATGGGATAGAAGGTGAGACTCT
AAAAGCCGAGCCTGAGAAGAAAGGAGGTCGTGGACGCAAAAAAGGATGCTACTCAGGCCG
CCAATCCGAAGGTTAATAAAGCTGTTGCTGCATGATTTCAAGAGCTAAAGGTCATATATC
TGCCAACTCAGATCTGAGAGAGGAAAAAAAGGCATGAAAGAGCAGAGTGAATTCATGGGA
ATCTCTATTCCTCCTGATTGGAGATCTCAACAACTTCCTCTCCAACTCTGACAAGCAGGT
TCGGATTGCTCGGAAATTTTCAGCTATATAGAGGGCTTGGATGGTGAGCCAAAACTATAT
CTTGAGACAAAATGGTTTGTACTATGTCTCTTGCACTCTGCTGCAGCAAAAAAATTAGAC
AGATCTCCCTCATCTCTCACTGCAACCAATGTGTCAATCACAATGTCACCATTGTTGTAA
AGTCCATAGGTAAAGTTGATGTACTTCAAGAAGCTTTCATGGCTATCCTCAAACTCGAAA
AGGAGGTTTCTGCAATAATTTTAAGTTGCTCGATAAAAAGATCTATTACATTATATTTCA
TTTGATTCCTTTGTAAGAAACTATTTTCACACCTAATACGTTCTTGCTTGCTTTCAAATA
ACCATGTTTCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 3

CO CL3000Contig1 1078 3 15 U
GGTCACAAAACTCATTGGCAAAATGCTCAGATTAAACGTTAATTACCCTTTGCTTCCGAA
GATACCACCCAATCGCGTTTGTAACAGAAAGCTCGGCAGCTACTATGATTATTCGTCGAA
CGTTAAATATGGCGATGATGATAGTAAGAAGAAGCAGATGTTTCTAAGCGTTTCTGTGAA
AGCAATGAAGGAAGAAGGTAACGGAAGTGGAAGCATGAGTTTCTCTGGACAAAGCTGGGA
TCCTAGCTCCGAGATACAAGTTCCTTCCGACCAAAGACCTGTGAATGAGTATTCGGCTTT
GAAGGAAGGGACGTTGTATTCATGGGGAGAACTGAGTCCAACCCAATTCTTTCTTCGTAT
AGGTGGTCTTTGGTTGGTCACTTTCACTGTTCTTGGAGTTCCCATCGCTGCTGCTAGCTT
TAATCCTTCCAGAGAACCTTTGAGGTTTGTTATAGCTGCAGGGACAGGAACTTTATTCCT
GGTTTCATTGATTGTCTTGAGAATTTACCTGGGATGGAGCTATGTTGGAGATAGACTACT
CTCTGCTGTTATTCCATACGAAGAGAGCGGATGGTATGATGGCCAAATGTGGGTTAAGCC
ACCTGAGGTATTGGCTCGGGACAGGTTGTTAGGTTCGTACAAGGTGAAGCCGGTAATCAA
GATGCTGAAACAAACATTAGTTGGAACAGGAGCTTTGCTCGTTTCAGCATTCGTCCTATT
CGTTTTTGCAACACCTGTTGAGGATTTTGTTAAAACCACTCTAAGATCAAATGGTAACCA
ACCAGAGGTTTCTATTTCAAGAACCAACAACAAGTTCAATATGAGAAAAGAACAATTGCT
TCGGTTGCCCACAGATGTTGTGACAGATGATGACTTAGCAGCGGCCGCAGCTGAGGCTGC
TGATGGAAGACCGGTCTATTGTAGAGACCGTTACTATCGTGCATTGGCCGGTGGCCAATA
CTGCAAATGGGAAGATCTTGTTAAATAATTGTCATACTAGAAATACAACAACACACATGC
ACTATGTACCCTTTTTCAGTTTTGATTATAATGCCTATATATCAATCATCTCATCACC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW80TF U 1
AF RR1EJ06TF U 2
AF RR1EJ06JQ C 430
BS 1 52 RR1BW80TF
BS 53 53 RR1EJ06TF
BS 54 67 RR1BW80TF
BS 68 68 RR1EJ06TF
BS 69 142 RR1BW80TF
BS 143 143 RR1EJ06TF
BS 144 517 RR1BW80TF
BS 518 518 RR1EJ06TF
BS 519 555 RR1BW80TF
BS 556 556 RR1EJ06TF
BS 557 643 RR1BW80TF
BS 644 689 RR1EJ06TF
BS 690 690 RR1EJ06JQ
BS 691 726 RR1EJ06TF
BS 727 1078 RR1EJ06JQ

RD RR1BW80TF 647 0 0
GGTCACAAAACTCATTGGCAAAATGCTCAGATTAAACGTTAATTACCCTTTGGTTCCGAA
GATACCAGCCAATCGCGTTTGTAACAGAAAGCTCGGCAGCTACTATGATTATTCGTCGAA
CGTTAAATATGGCGATGATGATGGTAAGAAGAAGCAGATGTTTCTAAGCGTTTCTGTGAA
AGCAATGAAGGAAGAAGGTAACGGAAGTGGAAGCATGAGTTTCTCTGGACAAAGCTGGGA
TCCTAGCTCCGAGATACAAGTTCCTTCCGACCAAAGACCTGTGAATGAGTATTCGGCTTT
GAAGGAAGGGACGTTGTATTCATGGGGAGAACTGAGTCCAACCCAATTCTTTCTTCGTAT
AGGTGGTCTTTGGTTGGTCACTTTCACTGTTCTTGGAGTTCCCATCGCTGCTGCTAGCTT
TAATCCTTCCAGAGAACCTTTGAGGTTTGTTATAGCTGCAGGGACAGGAACTTTATTCCT
GGTTTCATTGATTGTCTTGAGAATTTACCTGGGATGGGGCTATGTTGGAGATAGACTACT
CTCTGCTGTTATTCCGTACGAAGAGAGCGGATGGTATGATGGCCAAATGTGGGTTAAGCC
ACCTGAGGTATTGGCTCGGGACAGGTTGTTAGGTTCGTACAAG
TGAA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1EJ06TF 728 0 0
GGG
ACAAAACTCATTGGCAAAATGCTCAGATTAAACGTTAATTACCCTTTGCTTCCGAAGATA
CCACCCAATCGCGTTTGTAACAGAAAGCTCGGCAGCTACTATGATTATTCGTCGATCGTT
AAATATGGCGATGATGATAGTAAGAAGAAGCAGATGTTTCTAAGCGTTTCTGTGAAAGCA
ATGAAGGAAGAAGGTAACGGAAGTGGAAGCATGAGTTTCTCTGGACAAAGCTGGGATCCT
AGCTCCGAGATACAAGTTCCTTCCGACCAAAGACCTGTGAATGAGTATTCGGCTTTGAAG
GAAGGGACGTTGTATTCATGGGGAGAACTGAGTCCAACCCAATTCTTTCTTCGTATAGGT
GGTCTTTGGTTGGTCACTTTCACTGTTCTTGGAGTTCCCATCGCTGCTGCTAGCTTTAAT
CCTTCCAGAGAACCTTTGAGGTTTGTTATAGCTGCAGGGACAGGAACTTTATTCCTGGTT
TCATTGATTGTCTTGAGAATTTACCTGGGATGGAGCTATGTTGGAGATAGACTACTCTCT
GCTGTTATTCCATACGAAGAGAGCGGATGGTATGATGGCCAAATGTGGGTTAAGCCACCT
GAGGTATTGGCTCGGGACAGGTTGTTAGGTTCGTACAAGGTGAAGCCGGTAATCAAGATG
CTGAAACAAACATTAGTTGGAACAG*AGCTTTGCTCGTTTCAGCATTCGTCCTATTCGTT
TT
GCA

QA 4 725 4 725
DS 

RD RR1EJ06JQ 649 0 0
CAGAGAACCTTTGAGGTTTGTTATAGCTGCAGGGACAGGAACTTTATTCCTGGTTTCATT
GATTGTCTTGAGAATTTACCTGGGATGGAGCTATGTTGGAGATAGACTACTTTCTGCTGT
TATTCCATACGAAGAGAGCGGATGGTATGATGGCCAAATGTGGGTTAAGCCACCTGAGGT
ATTGGCTCGGGACAGGTTGTTAGGTTCGTACAAGGTGAAGCCGGTAATCAAGATGCTGAA
ACAAACATTAGTTGGAACAGGAGCTTTGCTCGTTTCAGCATTCGTCCTATTCGTTTTTGC
AACACCTGTTGAGGATTTTGTTAAAACCACTCTAAGATCAAATGGTAACCAACCAGAGGT
TTCTATTTCAAGAACCAACAACAAGTTCAATATGAGAAAAGAACAATTGCTTCGGTTGCC
CACAGATGTTGTGACAGATGATGACTTAGCAGCGGCCGCAGCTGAGGCTGCTGATGGAAG
ACCGGTCTATTGTAGAGACCGTTACTATCGTGCATTGGCCGGTGGCCAATACTGCAAATG
GGAAGATCTTGTTAAATAATTGTCATACTAGAAATACAACAACACACATGCACTATGTAC
CCTTTTTCAGTTTTGATTATAATGCCTATATATCAATCATCTCATCACC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 4

CO CL3001Contig1 856 4 9 U
GGAGTGTAATCAATCGAGAAGAGAGAGAGATGGGAAAAGAGATGGAGTCCCCGAAGGAGC
AGAGCTCTTACACCGTTGAGCAGCTCGTCGCCGTCAATCCCTTCAACCCTGAAATCTTAC
CTGATCTCGAAAACTACGTCAACGAGCAGGTTACATCGCAAACGTATAGCCTGGATGCAA
ATCTATGCTTGCTTCGTCTCTATCAGTTTGAGCCTGAGCGCATGAATGCTCATATCGTGG
CTCAAATCCTGGTCAAGGCTCTTATGGCTATGCCAGCTCCAGACTTCAGCCTCTGCCTCT
TCTTGATTCCCGAAAGAGTGCAAATGGAGGAGCAGTTCAAGTCACTCATTGTTCTCTCAC
ACTACCTTGAGACTGGTAGGTTCCAACAGTTCTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACA
TTCTTGAGTCTGTTCCAGGTTTTGAACAAGCTATCCAAGCGTATGCAAGTCACCTTATTA
GCTTAAGCTACCAAAAAGTTCCAAGATCTGTGCTTCCCGAGGCTGTCAACATGGATGGTG
CATCTCTAGACAAGTTCATTGAGCACCAAGTGACTAACATGGGATGGATCGTAGAGAAAG
GAGATGGAAGTATCGTCTTACCGCAGAATGAATTTAACCATCCGGAGCTTAAGAAAAATA
ATACAGGTGAGAATGTTCCCTTGGAACACGTCGCCCGCATCTTCCCCATCCTTGGTTAAA
CCAGTTTGTCAGTACTCTTCAAATTTTCCTTTTTGTCTCCCTGGCTTTTAAACTAATGCA
ACACTTTAAGACACACTGTAATGTGATTTTTGCATTAACCTATTATAAGTATTTTAAACT
AATGCACACACTGTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO25TF U 10
AF RR1FP86TF U 6
AF RR1A244TF U 1
AF RR1A244JQ C 122
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GG
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GAAAGAGTGCAAATGGAGGAGCAGTTCAAGTCACTCATTGTTCTCTCACACTACCTTGAG
ACTGGTAGGTTCCAACAGTTCTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACATTCTTGAGTCT
GTTCCAGGTTTTGAACAAGCTATCCAAGCGTATGCAAGTCACCTTATTAGCTTAAGCTAC
CAAAAAGTTCCAAGATCTGTGCTTGCCGAGGCTGTCAACATGGATGGTGCATCTCTAGAC
AAGTTCATTGAGCACCAAGTGACTAACATGGGATGGATCGTAGAGAAAGGAGATGGAAGT
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GTACTCTTCAA
TTT

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DS 

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CACTTTAAGACACACTGTAATGTGATTTTTGCATTAACCTATTATAAGTATTTTAAACTA
ATGC

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DS 



AS 1 4

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AGATTTAATCAACCTCGATCTCTCTGACTCCTCTGAGAAGATCATTGCCGAGTACATATG
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CAAAAGGCATGCGGCGGCCAAGATCTTTAGCGACCCAGCCGTCGCCGCCGAAGAAACTTG
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TGTCAGTGGCACTAACGGAGAAGTCATGCCCGGACAGTGGGAATTCCAAGTCGGTCCAAC
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TGCAGGAGCACACACAAACTACAGTACCAAGTCGATGGGAGAAGATGGAGGGTACGAGGT
GATCAAGAAAGCGATAGAGAAGCTTGGATTGCGTCACAAGGAACACATCGCTGCTTATGG
TGAAGGCAACGAGTGTCGTCTCACTGGAAGACACGAGACTGCTGATATCAACACTTTCTT
ATGGGGTGTTGCCAACCGTGGGGCATCGATTAGGGTTGGTCGTGACACTGAGAAAGACGG
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CATGGTTGCTGAAACCACAATCCTCTGGAAACCATGATTGAAGAAACCTCTTATATCATC
AGTTCATGTTCATTTCTTCTACTTTCTCTTTCTCATTATGAAACAGTTCTCGTGTTTTCT
TTGTTTAAGAATGTTTGATTTAAACTCTTTCCAAGAAATAATGATAGTTCTTTTCTCCAG
CTTTAAAAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D632TF U 1
AF RR1E526TF U 117
AF RR1E526JQ C 554
AF RR1D632JQ C 1033
BS 1 257 RR1D632TF
BS 258 258 RR1E526TF
BS 259 325 RR1D632TF
BS 326 326 RR1E526TF
BS 327 456 RR1D632TF
BS 457 457 RR1E526TF
BS 458 595 RR1D632TF
BS 596 596 RR1E526TF
BS 597 605 RR1D632TF
BS 606 685 RR1E526TF
BS 686 686 RR1E526JQ
BS 687 761 RR1E526TF
BS 762 1262 RR1E526JQ
BS 1263 1271 RR1D632JQ

RD RR1D632TF 605 0 0
GGATACAAAAAAAAAAACTCAAGTATTCTTTTCAGATTCCTAGAAAATGTCGGCTCTTGC
AGATTTAATCAACCTCGATCTCTCTGACTCCTCTGAGAAGATCATTGCCGAGTACATATG
GATTGGTGGATCAGGCTTGGATATGAGAAGCAAAGCAAGGACTTTGCCAGGACCAGTGAA
GGATCCATCGGAGTTACCAAAATGGAACTATGACGGTTCAAGCACCGGCCAAGCTCCCGG
CGATGACAGTGAAGTCATCATCTACCCTCAAGCTATCTTCAAAGATCCCTTCAGAAGAGG
CAACAACATCCTTGTGATGTGTGACGCATATACACCGGCTGGCGAACCGATCCCAACAAA
CAAAAGGCATGCGGCGGCCAAGATCTTTAGCGACCCAGCCGTCGCCGCCGAAGAAACTTG
GTATGGAATTGAGCAAGAGTATACTTTGCTACAAAATGATATTAAGTGGCCGGTTGGTTG
GCCCGTCGGTGGCTTCCCAGGTCCTCAGGGGCCATACTACTGTGGAGTTGGAGCAGACAA
AGCCTTTGGAAGAGACATCGTAGATGCTCATTACAAAGCATGTCTTTACGCCGGA*TCAA
TGTCA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1E526TF 645 0 0
G
ATGGATTGGTGGATCAGGCTTGGATATGAGAAGCAAAGCAAGGACTTTGCCAGGACCAGT
GAAGGATCCATCGGAGTTACCAAAATGGAACTATGACGGTTCAAGCACCGGCCAAGCTCC
CGGCTATGACAGTGAAGTCACCATCTACCCTCAAGCTATCTTCAAAGATCCCTTCAGAAG
AGGCAACAACATCCTTGTGATGTGTGACACATATACACCGGCTGGCGAACCGATCCCAAC
AAACAAAAGGCATGCGGCGGCCAAGATCTTTAGCGACCCAGCCGTCGCCGCCGAAGAAAC
TTGGTATGGAATTGAGCAAGAGTATACTTTGCTACAAAAGGATATTAAGTGGCCGGTTGG
TTGGCCCGTCGGTGGCTTCCCAGGTCCTCAGGGGCCATACTACTGTGGAGTTGGAGCAGA
CAAAGCCTTTGGAAGAGACATCGTAGATGCTCATTACAAAGCATGTCTTTACGCCGGAAT
CAATGTCAGTGGCACTAACGGAGAAGTCATGCCCGGACAGTGGGAATTCCAAGTCGGTCC
AACCGTTGGAATAGCGGCCGCTGATCAG*TCTGGGTCGCTCGTTACATCCTGGAGAGGAT
TACAGAATTGGCTGGAGTGATTTTGTCTCTTGACCCTAAACCAA

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR1E526JQ 709 0 0
GACATCGTAGATGCTCATTACAAAGCATGTCTTTACGCCGGAATCAATGTCAGTGGCACT
AACGGAGAAGTCATGCCCGGACAGTGGGAATTCCAAGTCGGTCCAACCGTTGGAATAGCG
GCCGCTGATCAGGTCTGGGTCGCTCGTTACATCCTGGAGAGGATTACAGAATTGGCTGGA
GTGATTTTGTCTCTTGACCCTAAACCAATTCCGGGAGATTGGAATGGTGCAGGAGCACAC
ACAAACTACAGTACCAAGTCGATGGGAGAAGATGGAGGGTACGAGGTGATCAAGAAAGCG
ATAGAGAAGCTTGGATTGCGTCACAAGGAACACATCGCTGCTTATGGTGAAGGCAACGAG
TGTCGTCTCACTGGAAGACACGAGACTGCTGATATCAACACTTTCTTATGGGGTGTTGCC
AACCGTGGGGCATCGATTAGGGTTGGTCGTGACACTGAGAAAGACGGAAAAGGATACTTT
GAAGATCGTAGGCCAGCGTCTAACATGGATCCTTACACTGTGACTTCCATGGTTGCTGAA
ACCACAATCCTCTGGAAACCATGATTGAAGAAACCTCTTATATCATCAGTTCATGTTCAT
TTCTTCTACTTTCTCTTTCTCATTATGAAACAGTTCTCGTGTTTTCTTTGTTTAAGAATG
TTTGATTTAAACTCTTTCCAAGAAATAATGATAGTTCTTTTCTCCAGCT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1D632JQ 239 0 0
TGAAGATCGTAGGCCAGCGTCTAACATGGATCCTTACACTGTGACTTCCATGGTTGCTGA
AACCACAATCCTCTGGAAACCATGATTGAAGAAACCTCTTATATCATCAGTTCATGTTCA
TTTCTTCTACTTTCTCTTTCTCATTATGAAACAGTTCTCGTGTTTTCTTTGTTTAGGAAT
GTTTGATTTAAACTCTTTCCAAGAAATAATGATAGTTCTTTTCTCCAGCTTTAAAAAAA

QA 1 239 1 239
DS 



AS 2 4

CO CL3003Contig1 551 2 3 U
CTGACCAGAGGAAGAAGAAGCGATGGGTCTCGTCTTAATTTCTTCTTGTCCCGCACCGTC
CTCCCTCGTCCTCGTCTCTCGGCTTCACCAGTTCTCCGCCGGAATAAAAAACAGTGAAAT
TTCGCTCAATCATCAAATTTCTCCTACCCGTAAACCCTTAATTGCGAAACCATGTTGTTT
CAATCTTCCTCAAGAACCTATCCTCTCGGAGGCTCTCAAGGAGCCAATTGCATTTGTGGG
TGGGGTGTTTGCTGGACTACTTAGACTGGATCTAAACGATGAACCGCTCAAGGAATGGGT
GACGCGAACTGTTGAAGCTTCTGGTATTACAGACGAGGATGTTGGTGGATATGGGGTATC
ATCTAATGAAGAAGAATCTCCTCAACAGATTGAGATTGAATGAGGTCATCGTCCTTTAAT
ATGGTTGCCCTTGTGTATGTGTATGTTTATGTGCTAGAAACATAAACCCAAAGAAGATTG
TGCTCTTAGAAAAACCAAGGCTTGATTGACATCTTGCTCTATGTATCTTAATTAAATGAT
GAAAACACTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1BU09TF U 1
AF RR1D005TF U 10
BS 1 409 RR1BU09TF
BS 410 410 RR1D005TF
BS 411 551 RR1BU09TF

RD RR1BU09TF 551 0 0
CTGACCAGAGGAAGAAGAAGCGATGGGTCTCGTCTTAATTTCTTCTTGTCCCGCACCGTC
CTCCCTCGTCCTCGTCTCTCGGCTTCACCAGTTCTCCGCCGGAATAAAAAACAGTGAAAT
TTCGCTCAATCATCAAATTTCTCCTACCCGTAAACCCTTAATTGCGAAACCATGTTGTTT
CAATCTTCCTCAAGAACCTATCCTCTCGGAGGCTCTCAAGGAGCCAATTGCATTTGTGGG
TGGGGTGTTTGCTGGACTACTTAGACTGGATCTAAACGATGAACCGCTCAAGGAATGGGT
GACGCGAACTGTTGAAGCTTCTGGTATTACAGACGAGGATGTTGGTGGATATGGGGTATC
ATCTAATGAAGAAGAATCTCCTCAACAGATTGAGATTGAATGAGGTCATTGTCCTTTAAT
ATGGTTGCCCTTGTGTATGTGTATGTTTATGTGCTAGAAACATAAACCCAAAGAAGATTG
TGCTCTTAGAAAAACCAAGGCTTGATTGACATCTTGCTCTATGTATCTTAATTAAATGAT
GAAAACACTAA

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1D005TF 540 0 0
GGAAGAAGAAGCGATGGGTCTCGTCTTAATTTCTTCTTGTCCCGCACCGTCCTCCCTCGT
CCTCGTCTCTCGGCTTCACCAGTTCTCCGCCGGAATAAAAAACAGTGAAATTTCGCTCAA
TCATCAAATTTCTCCTACCCGTAAACCCTTAATTGCGAAACCATGTTGTTTCAATCTTCC
TCAAGAACCTATCCTCTCGGAGGCTCTCAAGGAGCCAATTGCATTTGTGGGTGGGGTGTT
TGTTGGACTACTTAGACTGGATCTAAACGATGAACCGCTCAAGGAATGGGTGACGCGAAC
TGTTGAAGCTTCTGGTATTACAGACGAGGATGTTGGTGGATATGGGGTATCATCTAATGA
AGAAGAATCTCCTCAACAGATTGAGATTGAATGAGGTCATCGTCCTTTAATATGGTTGCC
CTTGTGTATGTGTATGTTTATGTGCTAGAAACATAAACCCAAAGAAGATTGTGCTCTTAG
AAAAACCAAGGCTTGATTGACATCTTGCTCTATGTATCTTAATTAAATGATGAAAACACT

QA 1 540 1 540
DS 



CO CL3003Contig2 596 2 1 U
GGAAGAAGAAGCGATGGGTCTCTTCCTAATTTCTTCTTGTCCCGCACCGTCCTCCCTCTT
CCTCGTCTCTCGGCTTCACCAGTTCTCCGCCGGAATAAAATACAGTGAAATTTCGCTCAA
TCATCAAGCTTCTCCTACCCGTAAACCCTTAATTTCGAAACCATGTTGTTTCAATCTTCC
TCAAGAACCTATCCTCTCGGAGGCTCTCAAGGAGCCAATTGCATTTGTGGGTGGGGTGTT
TGCTGGACTACTTAGACTGGATCTAAACGATGAACCGCTCAAGGAATGGGTGACGCGAAC
TGTTGAAGCTTCTGGTATTACAGACGAGGGTGTTGGTGGATATGGGATGGTATCTAATGA
AGAAGAATCTCCTCAACAGATTGAGATTGAATGAGGTCAGTGTCCTTTAATATGGTTGCC
GTTGTGTATGTGTATGTTTATGGGCAAGAAACATAAACCCAAAGAAGATTGTGCTCTTAG
AAAAACCAATGCTTGATTGACATCTTGCTCTATGTTATGTATCTTAATTAAATGATGAAA
ACACTAATAAGAGAGTGGCCATCTTATAATAGAACAGAAAGATATTACATTTACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EP35TF U 1
AF RR1EP35JQ C 87
BS 1 596 RR1EP35TF

RD RR1EP35TF 596 0 0
GGAAGAAGAAGCGATGGGTCTCTTCCTAATTTCTTCTTGTCCCGCACCGTCCTCCCTCTT
CCTCGTCTCTCGGCTTCACCAGTTCTCCGCCGGAATAAAATACAGTGAAATTTCGCTCAA
TCATCAAGCTTCTCCTACCCGTAAACCCTTAATTTCGAAACCATGTTGTTTCAATCTTCC
TCAAGAACCTATCCTCTCGGAGGCTCTCAAGGAGCCAATTGCATTTGTGGGTGGGGTGTT
TGCTGGACTACTTAGACTGGATCTAAACGATGAACCGCTCAAGGAATGGGTGACGCGAAC
TGTTGAAGCTTCTGGTATTACAGACGAGGGTGTTGGTGGATATGGGATGGTATCTAATGA
AGAAGAATCTCCTCAACAGATTGAGATTGAATGAGGTCAGTGTCCTTTAATATGGTTGCC
GTTGTGTATGTGTATGTTTATGGGCAAGAAACATAAACCCAAAGAAGATTGTGCTCTTAG
AAAAACCAATGCTTGATTGACATCTTGCTCTATGTTATGTATCTTAATTAAATGATGAAA
ACACTAATAAGAGAGTGGCCATCTTATAATAGAACAGAAAGATATTACATTTACTC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1EP35JQ 510 0 0
CCGCCGGAATAAAATACAGTGAAATTTCGCTCAATCATCAAGCTTCTCCTACCCGTAAAC
CCTTAATTTCGAAACCATGTTGTTTCAATCTTCCTCAAGAACCTATCCTCTCGGAGGCTC
TCAAGGAGCCAATTGCATTTGTGGGTGGGGTGTTTGCTGGACTACTTAGACTGGATCTAA
ACGATGAACCGCTCAAGGAATGGGTGACGCGAACTGTTGAAGCTTCTGGTATTACAGACG
AGGGTGTTGGTGGATATGGGATGGTATCTAATGAAGAAGAATCTCCTCAACAGATTGAGA
TTGAATGAGGTCAGTGTCCTTTAATATGGTTGCCGTTGTGTATGTGTATGTTTATGGGCA
AGAAACATAAACCCAAAGAAGATTGTGCTCTTAGAAAAACCAATGCTTGATTGACATCTT
GCTCTATGTTATGTATCTTAATTAAATGATGAAAACACTAATAAGAGAGTGGCCATCTTA
TAATAGAACAGAAAGATATTACATTTACTC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 4

CO CL3004Contig1 963 4 14 U
GGACAGACAAAGGTTCGAGCAACTTGGAGGAGGCTTCGATGGAAGCATCTTCAGTGATTC
TCAAACCTTGCGCAGCCGTGACGGCGAGGGAAGGGTGTTCGAGCGAGGCAATGGAGGTTT
CATCGGGCGTTGACGATTCGCGCCAGAGAAAGCGTAAGGCCGAACTCGATCCAGAGGAAG
AGAGCGATGGTGAGATTGAGGAAGGCAGAATTGAGGAGAGCAAGGATGATGATGACAAAG
ATCCCTTAGCGGTGCCAGAGTGGGATGTGGACAGCTTCGATGGTGTGGTCTATACTTCCT
CTTCGGAGCCTGATCGAGAAAACAATGAGAAAGCTATCAATGACTATCGCATCTTTAAAA
AACAGCTCATCACCAGCAAGGGTTTCATGGTGGATCCATCGCTTAGGCCACATTATTTGT
ACAAAAGAATCGGCCACTTAAATTTTAACGACAGTGGATTCAACAGAGATTACTGTGAAA
AGATGGTCTCGGTATGTCTTGAGAGGCATAACCAAGACAAGGGTTCGAATGTGGAGTTTG
TTGAAGTGGTGAGAGCTAACTATCGAGGGGGTCCGAGACCCAAGTCATACATTACATTCA
TGGCCAGGGAGAAACCGGATGGGCCTCTTGTTGAGTATCAAGCCAAAGGTATGGCTACTC
TTGACAGGAAGAAGCATCCCATCCTCTGTAGACCGGCTCCTACGCCAAAGCCTCAAAACC
AAAACTAATTAAGAAGGTGGACTTGGCAAAAGGGCAATCATCAGAAGTCAAGATACAATC
CCTAGTGGTTGTAACATTTTAACTTTAGCTTTTTGTTTTATAATGTCTCTCGTGACCATG
TTCTCTAGAACTCAACAACTACGTAATTGATTGAATATTTTTGGAGTACCATTTTTTTTT
GTAACACTTTGGAGTGCCTTTTTATTTATTATTTAATAGTAGGACTATGAAGCGGTTTCC
CCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1DL69TF U 1
AF RR1CB52TF U 112
AF RR1DL69JQ C 249
AF RR1CB52JQ C 370
BS 1 204 RR1DL69TF
BS 205 205 RR1CB52TF
BS 206 648 RR1DL69TF
BS 649 649 RR1CB52TF
BS 650 717 RR1DL69TF
BS 718 723 RR1CB52TF
BS 724 724 RR1DL69JQ
BS 725 736 RR1CB52TF
BS 737 737 RR1DL69JQ
BS 738 748 RR1CB52TF
BS 749 842 RR1DL69JQ
BS 843 843 RR1CB52JQ
BS 844 899 RR1DL69JQ
BS 900 963 RR1CB52JQ

RD RR1DL69TF 725 0 0
GGACAGACAAAGGTTCGAGCAACTTGGAGGAGGCTTCGATGGAAGCATCTTCAGTGATTC
TCAAACCTTGCGCAGCCGTGACGGCGAGGGAAGGGTGTTCGAGCGAGGCAATGGAGGTTT
CATCGGGCGTTGACGATTCGCGCCAGAGAAAGCGTAAGGCCGAACTCGATCCAGAGGAAG
AGAGCGATGGTGAGATTGAGGAAGTCAGAATTGAGGAGAGCAAGGATGATGATGACAAAG
ATCCCTTAGCGGTGCCAGAGTGGGATGTGGACAGCTTCGATGGTGTGGTCTATACTTCCT
CTTCGGAGCCTGATCGAGAAAACAATGAGAAAGCTATCAATGACTATCGCATCTTTAAAA
AACAGCTCATCACCAGCAAGGGTTTCATGGTGGATCCATCGCTTAGGCCACATTATTTGT
ACAAAAGAATCGGCCACTTAAATTTTAACGACAGTGGATTCAACAGAGATTACTGTGAAA
AGATGGTCTCGGTATGTCTTGAGAGGCATAACCAAGACAAGGGTTCGAATGTGGAGTTTG
TTGAAGTGGTGAGAGCTAACTATCGAGGGGGTCCGAGACCCAAGTCATACATTACATTCA
TGGCCAGGGAGAAACCGGATGGGCCTCTTGTTGAGTATCAAGCCAAAG*TATGGCTACTC
TTGACAGGAAGAAGCATCCCATCCTCTGTAGACCGGCTCCTACGCCAAAGCCTCAAA
CCAAACTA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1CB52TF 637 0 0
G
GGAGGTTTCATCGGGCGTTGACGATTCGCGCCAGAGAAAGCGTAAGGCCGAGCTCGATCC
AGAGGAAGAGAGCGATGGTGAGATTGAGGAAGGCAGAATTGAGGAGAGCAAGGATGATGA
TGACAAAGATCCCTTAGCGGTGCCAGAGTGGGATGTGGACAGCTTCGATGGTGTGGTCTA
TACTTCCTCTTCGGAGCCTGATCGAGAAAACAATGAGAAAGCTATCAATGACTATCGCAT
CTGTAAAAAACAGCTCATCACCAGCAAGGGTTTCATGGTGGATCCATCGCTTAGGCCACA
TTATTTGTACAAAAGAATCGGCCACTTAAATTTTAACGACAGTGGATTCAACAGAGATTA
CTGTGAAAAGATGGTCTCTGTATGTCTTGAGAGGCATAACCAAGACAAGGGTTCGAATGT
GGAGTTTGTTGAAGTGGTGAGAGCTAACTATCGAGGGGGTCCGAGACCCAAGTCATACAT
TACATTCCTGGCCAGGGAGAAACCGGATGGGCCTCTTGTTGAGTGTCAAGCCAAAGGTAT
GGCTACTCTTGACAGGAAGAAGCATCCCATCCTCTGTAGACCGGCTCCTACGCCAAAGCC
TCAAAACCAAA*CTAATTAAGAAG*TGGACTTGGCA

QA 2 637 2 637
DS 

RD RR1DL69JQ 653 0 0
GCGGTGCCAGAGTGGGATGTGGACAGCTTCGATGGTGTGGTCTATACTTCCTCTTCGGAG
CCTGATCGAGAAAACAATGAGAAAGCTATCAATGACTATCGCATCTTTAAAAAACAGCTC
ATCACCAGCAAGGGTTTCATGGTGGATCCATCGCTTAGGCCACATTATTTGTACAAAAGA
ATCGGCCACTTAAATTTTAACGACAGTGGATTCAACAGAGATTACTGTGAAAAGATGGTC
TCGGTATGTCTTGAGAGGCATAACCAAGACAAGGGTTCGAATGTGGAGTTTGTTGAAGTG
GTGAGAGCTAACTATCGAGGGGGTCCGAGACCCAAGTCATACATTACATTCATGGCCAGG
GAGAAACCGGATGGGCCTCTTGTTGAGTATCAAGCCAAAGGTATGGCTACTCTTGACAGG
AAGAAGCATCCCATCCTCTGTAGACCGGCTCCTACGCCAAAGCCTCAAAACCAAAACTAA
TTAAGAAGGTGGACTTGGCAAAAGGGCAATCATCAGAAGTCAAGATACAATCCCTAGTGG
TTGTAACATTTTAACTTTAGCTTTTTGTTTTATAATGTCTCTCGTGACCATGTTTTCTAG
AACTCAACAACTACGTAATTGATTGAATATTTTTGGAGTACCATTTTTTTT
GT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1CB52JQ 594 0 0
TCACCAGCAAGGGTTTCATGGTGGATCCATCGCTTAGGCCACATTATTTGTACAAAAGAA
TCGGCCACTTAAATTTTAACGACAGTGGATTCAACAGAGATTACTGTGAAAAGATGGTCT
CTGTATGTCTTGAGAGGCATAACCAAGACAAGGGTTCGAATGTGGAGTTTGTTGAAGTGG
TGAGAGCTAACTATCGAGGGGGTCCGAGACCCAAGTCATACATTACATTCCTGGCCAGGG
AGAAACCGGATGGGCCTCTTGTTGAGTGTCAAGCCAAAGGTATGGCTACTCTTGACAGGA
AGAAGCATCCCATCCTCTGTAGACCGGCTCCTACGCCAAAGCCTCAAAACCAAAACTAAT
TAAGAAGGTGGACTTGGCAAAAGGGCAATCATCAGAAGTCAAGATACAATCCCTAGTGGT
TGTAACATTTTAACTTTAGCTTTTTGTTTTATAATGTCTCTCGTGACCATGTTCTCTAGA
ACTCAACAACTATGTAATTGATTGAATATTTTTGGAGTACCATTTTTTTTTGTAACACTT
TGGAGTGCCTTTTTATTTATTATTTAATAGTAGGACTATGAAGCGGTTTCCCCC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 4

CO CL3005Contig1 663 4 3 U
GGAATATCATTATCTGATTCGGTTCCTCCGTCGTAATATCTCAGCTTCCGGTTATCTTAG
GTGGCGGTGATGGCGGCAGCTCATGGACTGGTGGTCCAGAAAACAGAGGAGGAGTGGCAT
GCGATCCTTTCTCCTGAGCAGTTTAGGATTCTTCGACAAAAAGGCACTGAAATAGCAGGA
ACTGGAGAATATGACAAGTTCTTCGAGGATGGAATTTTCAGCTGTGTCGGATGCAAAACT
CCTCTCTATAAATCTACCACCAAGTTCGACTCCGGATGTGGGTGGCCAGCTTTCTTTGAA
GGATTCCCTGGTGCCATTAACCGAGCGCCTGATCCAGATGGGAGAAGAACAGAGATAACT
TGTGCAGTATGCGACGGGCATTTAGGCCATGTTATTAAAGGAGAAGGTTATGGTACTCCT
ACCGATGAACGCCACTGCGTTAACAGCGTTTCGATCATCTTCAACCCGCAAAAACCACCT
GAGGAGGCTGAGGATTGATCATAAAATATAATCAATCAGATATTTACTGTGTTCTTTAGT
TCTCCGGTTTGCTCATGTGAAATAATTCAGAATAATAATGTTGGATCATCTTTGTCAAAA
AAATAATATTCATATTGGACATTTCTCATGTTCGACGCTAATCATTTTAATATCAAATTA
AGC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR1AZ16JQ C 4
AF RR1AZ16TF U 4
AF RR1A637JQ C 1
AF RR1A637TF U 1
BS 1 5 RR1A637JQ
BS 6 469 RR1AZ16TF
BS 470 663 RR1A637TF

RD RR1AZ16JQ 466 0 0
GG
ATCATTATCTGATTCGGTTCCTCCGTCGTAATATCTCAGCTTCCGGTTATCTTAGGTGGC
GGTGATGGCGGCAGCTCATGGACTGGTGGTCCAGAAAACAGAGGAGGAGTGGCATGCGAT
CCTTTCTCCTGAGCAGTTTAGGATTCTTCGACAAAAAGGCACTGAAATAGCAGGAACTGG
AGAATATGACAAGTTCTTCGAGGATGGAATTTTCAGCTGTGTCGGATGCAAAACTCCTCT
CTATAAATCTACCACCAAGTTCGACTCCGGATGTGGGTGGCCAGCTTTCTTTGAAGGATT
CCCTGGTGCCATTAACCGAGCGCCTGATCCAGATGGGAGAAGAACAGAGATAACTTGTGC
AGTATGCGACGGGCATTTAGGCCATGTTATTAAAGGAGAAGGTTATGGTACTCCTACCGA
TGAACGCCACTGCGTTAACAGCGTTTCGATCATCTTCAACCCGC

QA 3 466 3 466
DS 

RD RR1AZ16TF 466 0 0
GG
ATCATTATCTGATTCGGTTCCTCCGTCGTAATATCTCAGCTTCCGGTTATCTTAGGTGGC
GGTGATGGCGGCAGCTCATGGACTGGTGGTCCAGAAAACAGAGGAGGAGTGGCATGCGAT
CCTTTCTCCTGAGCAGTTTAGGATTCTTCGACAAAAAGGCACTGAAATAGCAGGAACTGG
AGAATATGACAAGTTCTTCGAGGATGGAATTTTCAGCTGTGTCGGATGCAAAACTCCTCT
CTATAAATCTACCACCAAGTTCGACTCCGGATGTGGGTGGCCAGCTTTCTTTGAAGGATT
CCCTGGTGCCATTAACCGAGCGCCTGATCCAGATGGGAGAAGAACAGAGATAACTTGTGC
AGTATGCGACGGGCATTTAGGCCATGTTATTAAAGGAGAAGGTTATGGTACTCCTACCGA
TGAACGCCACTGCGTTAACAGCGTTTCGATCATCTTCAACCCGC

QA 3 466 3 466
DS 

RD RR1A637JQ 663 0 0
GGAATATCATTATCTGATTCGGTTCCTCCGTCGTAATATCTCAGCTTCCGGTTATCTTAG
GTGGCGGTGATGGCGGCAGCTCATGGACTGGTGGTCCAGAAAGCAGAGGAGGAGTGGCGT
GCGATCCTTTCTCCTGAGCAGTTTAGGATTCTTCGACAAAAAGGCACTGAAATAGCAGGA
ACTGGAGAATATGACAAGTTCTTCGAGGATGGAATTTTCAGCTGTGTCGGATGCAAAACT
CTTCTCTATAAATCTACCACCAAGTTCGACTCCGGATGTGGGTGGCCAGCTTTCTTTGAA
GGATTCCCTGGTGCCATTAACCGAGCGCCTGATCCAGATGGGAGAAGAACAGAGATAACT
TGTGCAGTATGCGACGGGCATTTAGGCCATGTTATTAAAGGAGAAGGTTATGGTACTCCT
ACCGATGAACGCCACTGCGTTAACAGCGTTTCGATCATCTTCAACCCGCAAAAACCACCT
GAGGAGGCTGAGGATTGATCATAAAATATAATCAATCAGATATTTACTGTGTTCTTTAGT
TCTCCGGTTTGCTCATGTGAAATAATTCAGAATAATAATGTTGGATCATCTTTGTCAAAA
AAATAATATTCATATTGGACATTTCTCATGTTCGACGCTAATCATTTTAATATCAAATTA
AGC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1A637TF 663 0 0
GGAAT
ATCATTATCTGATTCGGTTCCTCCGTCGTAATATCTCAGCTTCCGGTTATCTTAGGTGGC
GGTGATGGCGGCAGCTCATGGACTGGTGGTCCAGAAAGCAGAGGAGGAGTGGCGTGCGAT
CCTTTCTCCTGAGCAGTTTAGGATTCTTCGACAAAAAGGCACTGAAATAGCAGGAACTGG
AGAATATGACAAGTTCTTCGAGGATGGAATTTTCAGCTGTGTCGGATGCAAAACTCTTCT
CTATAAATCTACCACCAAGTTCGACTCCGGATGTGGGTGGCCAGCTTTCTTTGAAGGATT
CCCTGGTGCCATTAACCGAGCGCCTGATCCAGATGGGAGAAGAACAGAGATAACTTGTGC
AGTATGCGACGGGCATTTAGGCCATGTTATTAAAGGAGAAGGTTATGGTACTCCTACCGA
TGAACGCCACTGCGTTAACAGCGTTTCGATCATCTTCAACCCGCAAAAACCACCTGAGGA
GGCTGAGGATTGATCATAAAATATAATCAATCAGATATTTACTGTGTTCTTTAGTTCTCC
GGTTTGCTCATGTGAAATAATTCAGAATAATAATGTTGGATCATCTTTGTCAAAAAAATA
ATATTCATATTGGACATTTCTCATGTTCGACGCTAATCATTTTAATATCAAATTAAGC

QA 6 663 6 663
DS 



AS 1 4

CO CL3006Contig1 1038 4 12 U
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TCTATTCAAGAAAAATGTTTAGAATAGAGACGAGATCAGTTTAAGGGGAACACAAATGTC
TCAAGCAGAAGCAACCAAGAGTCCGTTGTGCCTGAAAAAAGGCTCTGGGGAAGGTTCTCG
TCCTCGGAACTCCACAAACACTTTTAGAGGCGCTTTTCCTCCTCCCAAAGCAAGTATGGT
GTTTCTGAATCTCTGTCCTGTCTCTTTAACGGCCTTGATGTCACCTAATCCAGCATCTTC
AAAAGCAAAAAACGCATCGGCAGACAAAACCTCCGCCCACTTGTAACTGTAATATCCAGC
TGCATAACCGCCTGCAAATATATGGCTGAAGCTACAGAGGAATCTATCCTCAGGAAGGGG
AGGGATGACTTGTGTCTTCATGGATACCCTTTGATCAACATCGTAAATAGACTCTGTCCC
ACTTGGCACATATTTCGTGTGCAGCTCCAGATCAACTGTAGCAAACTTCAGCTGACGAAG
ACTAAGGGATCCTGCACGGAATGTTCTTGCAGCCAGGAGCTTCTTGTACACATCCTCAGG
AAGAGATTCCCCTGTTTGATAATGCTTAGCAATGCTCATTAAGGTATCCCTGTGGTAGCA
CCAGTTCTCCATAAACTGTGAAGGTAATTCAACTGCATCCCACTCGATATTTCTGATACC
AGCAACTAGCCCCTCGTCTTCTTTCGTAAGCATATGCTGCAGAGCATGGCCAAATTCATG
GAATACAGTCTCTACCTCACGGAATGTCATAAGGCTTGGCTTATCACCAACCGGTGGAGT
TTGGTTGCAGACCATTTGCGCAACAGGTAGCCGAACGGAGGAACCCTTTTGGGCCATGAC
TCGGCTACGGGAAAAAACTTCATCCATCCAAGCACCGCCTCTCTTTTCTGAAGGACGAGA
GTATGGATCAAAGTAGAAATAAGCAGTGGGATTTCCAGAAGAATCTTTGATGCAGTAGAA
CCTAACGTCGCTGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO08TF C 14
AF RR1HB94JQ U 1
AF RR1C057JQ U 96
AF RR1C057TF C 305
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AATGTTTAGAATAGAGACGAGATCAGTTTAAGGGGAACACAAATGTCTCAAGCAGAAGCA
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C

QA 1 131 1 131
DS 

RD RR1HB94JQ 527 0 0
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TCCTCGGAACTCCACAAACACTTTTAGAGGCGCTTTTCCTCCTCCCAAAGCAAGTATGGT
GTTTCTGAATCTCTGTCCTGTCTCTTTAACGGCCTTGATGTCATCTAATCCAGCATCTTC
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TGCATAACCGCCTGCAAATATATGGCTGAAGCTACAGAGGAATCTATCCTCAGGAAGGGG
AGGGATGACTTGTGTCTTCATGGATACCCTTTGATCAACATCGTAAATAGACTCTGTCCC
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QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1C057JQ 438 0 0
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AAAAAGGCTCTGGGGAAGGTTCTCGTCCTCTGAACTCCACAAACACTTTTAGAGGCGCTT
TTCCTCCTCCCAAAGCAAGTATGGTGTTTCTGAATCTCTGTCCTGTCTCTTTAACGGCCT
TGATGTCACCTAATCCAGCATCTTCAAAAGCAAAAAACGCATCGGCAGACAAAACCTCCG
CCCACTTGTAACTGTAATATCCAGCTGCATAACCGCCTGCAAATATATGGCTGAAGCTAC
AGAGGAATCTATCCTCAGGAAGGGGAGGGATGACTTGTGTCTTCATGGATACCCTTTGAT
CAACATCGTAAATAGACTCTGTCCCACTTGGCACATATTTCGTGTGCAGCTCCAGATCAA
CTGTAGCAAACT
TCAGCT

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR1C057TF 734 0 0
AGCAG
AAACGCATCGGCAGACAAA**CTCCGCCCACTTGTAACTGTAATATCCAGCTGCATAACC
GC*TGCAAATATATGGCTGAAGCTACAGAGGAATCTATCCTCAGGAAGGGGAGGGATGAC
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ATATTTCGTGTGCAGCTCCAGATCAACTGTAGCAAACTTCAGCTGACGAAGACTAAGGGA
TCCTGCACGGAATGTTCTTGCAGCCAGGAGCTTCTTGTACACATCCTCAGGAAGAGATTC
CCCTGTTTGATAATGCTTAGCAATGCTCATTAAGGTATCCCTGTGGTAGCACCAGTTCTC
CATAAACTGTGAAGGTAATTCAACTGCATCCCACTCGATATTTCTGATACCAGCAACTAG
CCCCTCGTCTTCTTTCGTAAGCATATGCTGCAGAGCATGGCCAAATTCATGGAATACAGT
CTCTACCTCACGGAATGTCATAAGGCTTGGCTTATCACCAACCGGTGGAGTTTGGTTGCA
GACCATTTGCGCAACAGGTAGCCGAACGGAGGAACCCTTTTGGGCCATGACTCGGCTACG
GGAAAAAACTTCATCCATCCAAGCACCGCCTCTCTTTTCTGAAGGACGAGAGTATGGATC
AAAGTAGAAATAAGCAGTGGGATTTCCAGAAGAATCTTTGATGCAGTAGAACCTAACGTC
GCTGTTCCC

QA 6 734 6 734
DS 



AS 1 4

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AAAAAATGTCGGCAGCAGAGGCAGAGAACATCCCCACCAACGTCTCCTCAGGAGATGCTA
AAGCGAAGAAGACAAAGGAAGCTAAACCTAAGAAGAAGCCTGCAGTTGCAGAGAAGAAGG
CTCCTAAGAAGAAAGCTTCTTCTTCTCCTCCATCTCACCCTAAATACGAAGAGATGATTA
AAGATGCAATCACGACGTTGAAGGAGAGGACCGGATCCAGCCAATACGCGATTCAGAAGT
TCATCGAGAAGAAGGAGAAGTCTCTTCCAACTTCCTTCAGGAAGCTTCTCCTCGTTAATC
TCAAGAGGCTCGTCGCTGCTGAGAAGTTGGTTAAGGTGAAAGGATCTTTCAAACTTCCCT
CTGCCAAATCCGTTTCAGCAGCGGCAGCTAAACCGGCGGCGGTTAAGAAGAAACCAGCAG
CTGTATCTAAACCGAAGGCTCCGGTTAAAGCTAAACCGGCAGCTAAAGAAACTAAGAAGA
CTGCCGATGTAAAGCCAAAGGCTAAAGTTGTTGCTAAGCCTAAAGCAAAGACGAAGAGCG
TTGCCGCTGTGTCCAAGACTGCGGCTAAGCCTAAGGGTAAGGAGAGACCTGCGAAAGCGG
CGAGGACTTCGAGTAGAACGTCTCCGGGGAAGAAGGCTGCTGCTCCGGCTAAGAAAGCTG
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CCATAGTTTTTTTATTTTTAACTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCTTGTTCTTGTAATTTT
TTTTTGGTTTGTCTGAAATGAAGCCTTTTAATCAATAGCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BM48TF U 1
AF RR1ED05TF U 98
AF RR1ED05JQ C 400
AF RR1BM48JQ C 536
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AAGCGAAGAAGACAAAGGAAGCTAAACCTAAGAAGAAGCCTGCAGTTGCAGAGAAGAAGG
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AAGATGCAATCACGACGTTGAAGGAGAGGACCGGATCCAGCCAATACGCGATTCAGAAGT
TTATCGAGGAGAAGGAGAAGTCTCTTCCAACTTCCTTCAGGAAGCTTCTCCTCGTTAATC
TCAAGAGGCTCGTCGCTGCTGAGAAGTTGGTTAAGGTGAAAGGATCTTTCAAACTTCCCT
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CTGTATCTAAACCGAAGGCTCCGGTTAAAGCTAAACCGGCAGCTAAAGAAACTAAGAAGA
CTGCCGATGTAAAGCCAAAGGCTAAAGTTGTTGCTAAGCCTAAAGCAAAGACGAAGAGCG
TTGCCGCTGTGTCCAAGACTGCGGCTAAGCCT

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CCCTAAATACGAAGAGATGATTAAAGATGCAATCACGACGTTGAAGGAGAGGACCGGATC
CAGCCAATACTCGATTCAGAAGTTCATCGAGAAGAAGGAGAAGTCTCTTCCAACTTCCTT
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GAAAGGATCTTTCAAACTTCCCTCTGCCAAATCCGTTTCAGCAGCGGCAGCTAAACCGGC
GGCGGTTAAGAAGAAACCAGCAGCTGTATCTAAACCGAAGGCTCCGGTTAAAGCTAAACC
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GCCTAAAGCAAAGACGAAGAGCGTTGCCGCTGTGTCCAAGACTGCGGCTAAGCCTAAGGG
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DS 

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CGGTTAAGAAGAAACCAGCAGCTGTATCTAAACCGAAGGCTCCGGTTAAAGCTAAACCGG
CAGCTAAAGAAACTAAGAAGACTGCCGATGTAAAGCCAAAGGCTAAAGTTGTTGCTAAGC
CTAAAGCAAAGACGAAGAGCGTTGCCGCTGTGTCCAAGACTGCGGCTAAGCCTAAGGGTA
AGGAGAGACCTGCGAAAGCGGCGAGGACTTCGAGTAGAACGTCTCCGGGGAAGAAGGCTG
CTGCTCCGGCTAAGAAAGCTGTGGCTGTGGCTAAGAAGAAGAAGGCTCCGGTTAAGA

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DS 

RD RR1BM48JQ 467 0 0
GAAGACTGCCGATGTAAAGCCAAAGGCTAAAGTTGTTGCTAAGCCTAAAGCAAAGACGAA
GAGCGTTGCCGCTGTGTCCAAGACTGCGGCTAAGCCTAAGGGTAAGGAGAGACCTGCGAA
AGCGGCGAGGACTTCGAGTAGAACGTCTCCGGGGAAGAAGGCTGCTGCTCCGGCTAAGAA
AGCTGTGGCTGTGGCTAAGAAGAAGAAGGCTCCGGTTAAGAGTGGGAAGTCTCCGGCGAA
AAGGGCTTTTACGAGGACGGTTAAGAAGTGAAGATGATTTGGTGGTTTTATAGGATATGG
TGGTGGTTTAGCTTCTTTAGGATAGTCTTGTATAATTGAATCATCTTTGAAGGGGGTTTG
CTTTTCCATAGTTTTTTTATTTTTAACTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCTTGTTCTTGTA
ATTTTTTTTTGGTTTGTCTGAAATGAAGCCTTTTAATCAATAGCTAC

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 3

CO CL3008Contig1 1665 3 9 U
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GAGCTCTTGAAAATTTCAAGGATGCTTTTGAGAAGGCCTTGAATGCTGGAGAAGGCTTTT
CATCATCAGCGGACTCGTGCGCTCTGTCTTGCATGTCTAAGTTTGATAAAGGATGCGAAG
AGGCTGTTATTGAACAAGCAAATTGGGATACATCTAAAACCCGGGAAAAGCTTCAGCGCG
ACATTGAAGCCCATATCTCATCTGTCCGTACTGAAAAGTTGTCTGAATTGACTACTCTGT
ATCAGTCAAAACTAAATTTAGCATTATCCGGACCGGCGGAAGCTCTCCTGGATGGAGCTA
ATGATGAAACCTGGCCAGCAATAAGAAAGCTATTAAAACGAGAAGCAGAATTGGCTGTCT
ATGGTCTCTCCGATGCACTATCTGGTTTCGACATGGACAAGGAAACACGGAATAAAATGC
TCACTGACCTTGAGAAATATGCTCGATGTATTGTTGAAACCAAGGCAAGGGAAGAGGCTG
GAAGAGCTTTGATGCGCATGAAGGATAGATTTGCTACAATCTTCAGCCATGATTCTGATT
CAATGCCACGTGTTTGGACTGGAAAGGAGGACATCAGAGAAATCACCAAAATGGCTCGTT
CTGCATCCTTGAAGCTGCTTTCCGTTATGGCTGTCATCCGCTTGGATGATGAACTCGACA
ATATTGAGAAGACATTGACTCTCGCTCTGGTTAATCCTACGAGCAACAATGCTACCAACA
GGAGCATCAGCACAATTGATTCACTTGCGTCAAGCACTTGGGAGCAGGTTGCACCAGAAA
AGACGTTGATCACACCTGTACAGTGTAAATCACTGTGGAGACAATTCAAAAACAAGACAG
AATATACCGTTACACAGGCCATTTCTGCACAGGAAGCTAACCGACGGAATAACAACTGGT
TGCCACCTCCATGGGCAATCCTTGCCCTGGTCGTTCTTGGATTCAATGAATTTATGACTC
TCTTAAGAAATCCTCTATGGCTCTTGGTTCTGTTTGTTGGATACCTTGTTTCCAAAGCCT
TGTGGGTGCAACTAAACATTTCAGAATAGTTCCGCAACGGAGCGCTACCTGGACTTCTTT
CCTTGTCAACCAAATTTCTGCCAACGGTAATGAACCTCCTCAAGAAACTAGCGGAAGAAG
GACAAGCGCCGCCATCCACAAATACCAACCAAACTGCGATGAGCTCCTCCGCTCAATCCG
AGGTTACAACCAATGGTGAAATCAGCAGCAGTAGCAGCAGCTCCGGTTCGTCTCCAGCGA
GATCTGTTCCCATTGACACGAGTTCATAGAACAAAGCCCACGAACCTATATATACTTAAA
AAGTTTCGTTACCCTTTACAAAAGGGTAGCTCTCATTTTTGGTGTTGAGCAAGAGGGATT
CACCGAGAGCACTACGTTTATGTCACTGAAGGCATTGGTTACACTTTTCAGGTGCCAAAG
CCGTCTTGTATGTTCCTAGTCAAAGATTCTGTTGTAGACAAAAAAAATTGTGATTTGTTT
GCGTGTTTATGTAGTGATGTGGTTTATTGTATCTGATGAAAGAATGTTCCTTGAAGAAAA
AACCATTTTTTTTTTGTTATATGTGAAATTCAGATTGGTTTGTCG


BQ
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AF RR1BI05TF U 1
AF RR1C469TF U 356
AF RR1BI05JQ C 772
BS 1 827 RR1BI05TF
BS 828 828 RR1C469TF
BS 829 840 RR1BI05TF
BS 841 841 RR1C469TF
BS 842 875 RR1BI05TF
BS 876 893 RR1C469TF
BS 894 894 RR1BI05JQ
BS 895 1037 RR1C469TF
BS 1038 1665 RR1BI05JQ

RD RR1BI05TF 875 0 0
GGAAGTTATTGCAACTTGTTCAACCAACTTTCCAAGACTTGCTTGGACATTTGAGATCTG
GAGCTCTTGAAAATTTCAAGGATGCTTTTGAGAAGGCCTTGAATGCTGGAGAAGGCTTTT
CATCATCAGCGGACTCGTGCGCTCTGTCTTGCATGTCTAAGTTTGATAAAGGATGCGAAG
AGGCTGTTATTGAACAAGCAAATTGGGATACATCTAAAACCCGGGAAAAGCTTCAGCGCG
ACATTGAAGCCCATATCTCATCTGTCCGTACTGAAAAGTTGTCTGAATTGACTACTCTGT
ATCAGTCAAAACTAAATTTAGCATTATCCGGACCGGCGGAAGCTCTCCTGGATGGAGCTA
ATGATGAAACCTGGCCAGCAATAAGAAAGCTATTAAAACGAGAAGCAGAATTGGCTGTCT
ATGGTCTCTCCGATGCACTATCTGGTTTCGACATGGACAAGGAAACACGGAATAAAATGC
TCACTGACCTTGAGAAATATGCTCGATGTATTGTTGAAACCAAGGCAAGGGAAGAGGCTG
GAAGAGCTTTGATGCGCATGAAGGATAGATTTGCTACAATCTTCAGCCATGATTCTGATT
CAATGCCACGTGTTTGGACTGGAAAGGAGGACATCAGAGAAATCACCAAAATGGCTCGTT
CTGCATCCTTGAAGCTGCTTTCCGTTATGGCTGTCATCCGCTTGGATGATGAACTCGACA
ATATTGAGAAGACATTGACTCTCGCTCTGGTTAATCCTACGAGCAACAATGCTACCAACA
GGAGCATCAGCACAATTGATTCACTTGCGTCAAGCACTTGGGAGCAG*TTGCACCAGAAA
*GACGTTGATCACACCTGTACAGTGTAAATCACTG

QA 1 875 1 875
DS 

RD RR1C469TF 682 0 0
G
GCTAATGATGAAACCTGGCCAGCAATAAGAAAGCTATTAAAACGAGAAGCAGAATTGGCT
GTCTATGGTCTCTCCGATGCACTATCTGGTTTCGACATGGACAAGGAAACACGGAATAAA
ATGCTCACTGACCTTGAGAAATATGCTCGATGTATTGTTGAAACCAAGGCAAGGGAAGAG
GCTGGAAGAGCTTTGATGCGCATGAAGGATAGATTTGCTACAATCTTCAGCCATGATTCT
GATTCAATGCCACGTGTTTGGACTGGAAAGGAGGACATCAGAGAAATCACCAAAATGGCT
CGTTCTGCATCCTTGAAGCTGCTTTCCGTTATGGCTGTCATCCGCTTGGATGATGAACTC
GACAATATTGAGAAGACATTGACTCTCGCTCTGGTTAATCCTACGAGCAACAATGCTACC
AACAGGAGCATCAGCACAATTGATTCACTTGCGTCAATCACTTGGGAGCAGGTTGCACCA
GAAAAGACGTTGATCACACCTGTACAGTGTAAATCACTGTGGAGACAATTCAAAAACGAG
ACAGAATATACCGTTACACAGGCCATTTCTGCACAGGAAGCTAACCGACGGAATAACAAC
TGGTTGCCACCTCCATGGGCAATCCTTGCCCTGGTCGTTCTTGGATTCAATGAATTTATG
ACTCTCTTAAGAAATCCTCTA

QA 2 682 2 682
DS 

RD RR1BI05JQ 894 0 0
CTACCAACAGGAGCATCAGCACAATTGATTCACTTGCGTCAAGCACTTGGGAGCAGGTTG
CACCAGAAAAGACGTTGATCACACCTGTACAGTGTAAATCACTGTGGAGACAATTCAAAA
ACAAGACAGAATATACCGTTACACAGGCCATTTCTGCACAGGAAGCTAACCGACGGAATA
ACAACTGGTTGCCACCTCCATGGGCAATCCTTGCCCTGGTCGTTCTTGGATTCAATGAAT
TTATGACTCTCTTAAGAAATCCTCTATGGCTCTTGGTTCTGTTTGTTGGATACCTTGTTT
CCAAAGCCTTGTGGGTGCAACTAAACATTTCAGAATAGTTCCGCAACGGAGCGCTACCTG
GACTTCTTTCCTTGTCAACCAAATTTCTGCCAACGGTAATGAACCTCCTCAAGAAACTAG
CGGAAGAAGGACAAGCGCCGCCATCCACAAATACCAACCAAACTGCGATGAGCTCCTCCG
CTCAATCCGAGGTTACAACCAATGGTGAAATCAGCAGCAGTAGCAGCAGCTCCGGTTCGT
CTCCAGCGAGATCTGTTCCCATTGACACGAGTTCATAGAACAAAGCCCACGAACCTATAT
ATACTTAAAAAGTTTCGTTACCCTTTACAAAAGGGTAGCTCTCATTTTTGGTGTTGAGCA
AGAGGGATTCACCGAGAGCACTACGTTTATGTCACTGAAGGCATTGGTTACACTTTTCAG
GTGCCAAAGCCGTCTTGTATGTTCCTAGTCAAAGATTCTGTTGTAGACAAAAAAAATTGT
GATTTGTTTGCGTGTTTATGTAGTGATGTGGTTTATTGTATCTGATGAAAGAATGTTCCT
TGAAGAAAAAACCATTTTTTTTTTGTTATATGTGAAATTCAGATTGGTTTGTCG

QA 1 894 1 894
DS 



AS 1 4

CO CL3009Contig1 722 4 14 U
TCTTCTTCGAAGCTCAGAGATCTGGTGTCCTCCCTAGTAGCCAAAGAGTCACTTGGCACT
CTCAACCTTTCGATCAAGAATCTCTACGGACCAATCTGGGGACTCTCTAGATCAGGAAAT
TCATTCGGTTTACCTTCCTGGATGCACTCATTGCAATCCGGAAAGTCCCTAGAGTTCGTC
TACATTCACTCAACATCTCCCGCAAACGTCGCGGTTTCGAGCTACACTTTGGCTTGACCA
GACAGCAACTACTTCAAAAGGAATCACAGTGTGTATAGGTCGTGAGAAGAAGAAGAAGAA
AAGTGTTGGTTTTTCCCTCTGGTTCGTCAAGAAAGCTTAAAGGTTTGGTCTTTTTATCTT
CATTTTGCATTTTGGGGTGAATTAAAGGGTTGAAGAAGGGTGGAAGAAAGGTGTGAAGAG
AGTGAATCACTCTTCAGAAAATTTAAAGAAGAGTGAAAGTGCTCATCCCCTTTCTACTCC
CAAGTTCAATGCTTTTTTTTTAAATCTACATATAAATATATATAGTGCGAGAGAGAGAGT
GAGGAAGATAGAAAGAAAGATAGTGTCTTGTGAGAATTTGCAAGGATTGTTTTTTTCATT
CCTTGTAGCTCAAAAAACATGTGCATGCCTTTGTCTTTTTGTGTGTTTATCTTTCTTGGT
GGTCAGTTGTAAAACTCGACAACAGTCCTTAAATTAAATGTGATATGGTTATTAGCTTCT
GT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 

AF RR1D051TF U 1
AF RR1D051JQ C 310
AF RR1BL78TF U 71
AF RR1DT83JQ C 254
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BS 412 440 RR1D051TF
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BS 537 538 RR1BL78TF
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BS 546 546 RR1BL78TF
BS 547 572 RR1D051TF
BS 573 722 RR1BL78TF

RD RR1D051TF 572 0 0
TCTTCTTCGAAGCTCAGAGATCTGGTGTCCTCCCTAGTAGCCAAAGAGTCACTTGGCACT
CTCAACCTTTCGATCAAGAATCTCTACGGACCAATCTGGGGACTCTCTAGATCAGGAAAT
TCATTCGGTTTACCTTCCTGGATGCACTCATTGCAATCCGGAAAGTCCCTAGAGTTCGTC
TACATTCACTCAACATCTCCCGCAAACGTCGCGGTTTCGAGCTACACTTTGGCTTGACCA
GACAGCAACTACTTCAAAAGGAATCACAGTGTGTATAGGTCGTGAGAAGAAGAAGAAGAA
AAGTGTTGGTTTTTCCCTCTGGTTCGTCAAGAAAGCTTAAAGGTTTGGTCTTTTTATCTT
CATTTTGCATTTTGGGGTGAATTAAAGGGTTGAAGAAGGGTGGAAGAAAG*TGTGAAGAG
AGTGAATCACTCTTCAGAAA*TTTAAAGAAGAGTGAA*GTGCTCATCCCCTTTCTACTCC
CAAGTTCAATGCTTTTTTTT*AAATCTACATATAAATATATATAGTGCGAGAGAGA**GT
GAGGA*GATAGAAAGAAAGATAGTGTCTTGTG

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1D051JQ 404 0 0
TTTTTCCCTTTGGTTCGTCAAGAAAGCTTAAAGGTTTGGTCTTTTTATTTTCATTTTGCA
TTTTGGGGTGAATTAAAGGGTTGAAGAAGGGTGGAAGAAAGGTGTGAAGAGAGTGAATCA
CTTTTCAGAAAATTTAAAGAAGAGGGAAGGTGCTCATCCCCTTTTTACTCCCAAGTTCAA
TGCTTTTTTTTTAAATCTACATATAAATATATATAGTGCGAGAGAGA**GTGAGGAAGAT
AGAAAGAAAGATAGTGTTTTGTGAGAATTTGCAAGGATTGTTTTTTTCATTCCTTGTAGC
TCAAAAAACATGTGCATGCCTTTGTCTTTTTGTGTGTTTATCTTTTTTGGTGGTCAGTTG
TAAAACTCGACAACAGTCCTTAAATTAAATGTGATATGGTTATT

QA 1 404 1 404
DS 

RD RR1BL78TF 652 0 0
G
GATCAAGAATCTCTACGGACCAATCTGGGGACTCTCTAGATCAGGAAATTCATTCGGTTT
ACCTTCCTGGATGCACTCATTGCAATCCGGAAAGTCCCTAGAGTTCGTCTACATTCACTC
AACATCTCCCGCAAACGTCGCGGTTTCGAGCTACACTTTGGCTTGACCAGACAGCAACTA
CTTCAAAAGGAATCACAGTGTGTATAGGTCGTGAGAAGAAGAAGAAGAAAAGTGTTGGTT
TTTCCCTCTGGTTCGTCAAGAAAGTTTAAAGGTTTGGTCTTTTTATCTTCATTTTGCATT
TTGGGGTGAATTAAAGGGTTGAAGAAGGGTGGAAGAAAGGTGTGAAGAGAGTGAATCACT
CTTCAGAAAATTTAAAGAAGAGTGAAAGTGCTCATCCCCTTTCTACTCCCAAGTTCAATG
CTTTTTTTTTAAATCTACATATAAATATATATAGTGCGAGAGAGAGAGTGAGGAAGATAG
AAAGAAAGATAGTGTCTTGTGAGAATTTGCAAGGATTGTTTTTTTCATTCCTTGTAGCTC
AAAAAACATGTGCATGCCTTTGTCTTTTTGTGTGTTTATCTTTCTTGGTGGTCAGTTGTA
AAACTCGACAACAGTCCTTAAATTAAATGTGATATGGTTATTAGCTTCTGT

QA 2 652 2 652
DS 

RD RR1DT83JQ 469 0 0
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TCCCTCTGGTTCGTCAAGAAAGTTTAAAGGTTTGGTCTTTTTATCTTCATTTTGCATTTT
GGGGTGAATTAAAGGGTTGAAGAAGGGTGGAAGAAAGGTGTGAAGAGAGTGAATCACTCT
TCAGAAAATTTAAAGAAGAGTGAAAGTGCTCATCCCCTTTCTACTCCCAAGTTCAATGCT
TTTTTTTTAAATCTACATATAAATATATATAGTGCGAGAGAGAGAGTGAGGAAGATAGAA
AGAAAGATAGTGTCTTGTGAGAATTTGCAAGGATTGTTTTTTTCATTCCTTGTAGCTCAA
AAAACATGTGCATGCCTTTGTCTTTTTGTGTGTTTATCTTTCTTGGTGGTCAGTTGTAAA
ACTCGACAACAGTCCTTAAATTAAATGTGATATGGTTATTAGCTTCTG
C

QA 1 468 1 468
DS 



AS 1 2

CO CL3010Contig1 759 2 4 U
AAGTGAGAAAATTGAGTAATTATTAGATTAATTTAGATAACAAAAACAAAGAAAAGAGAG
ACAAAAAGAAAACGAAATGAAGGTATCTCAGAACCAGAAGAAATCTTTAAGTACAGAAGA
GCAAATGAAGAAGAATAAAAGGTTACAAACTATGTATCCTTGGAAGGAGCAGAAGCTTGA
GCCTGAGCTCCAAAGGCAAAGTAGTCTGTGATAACCTCCAAGGGCATACCTTTAGTCTCC
GGCACCTTCATGTAAACAAAGATCCACGAGACAACGCAAACCGCACCGTAAATGATGAAC
ACACCGACGAGTCCTATCGAGCTCAGGAGAACGGGAAGCGAGTAGGTGACGATAATGTCT
CCAATCCAGAACACCATAGCGCAGATAGCAATGCAGAGACCGCGGACTCTCGTCGGGAAG
ATCTCAGAACAGAGGATGTTCGGAATGGGACCGTAACCCATCACGAAGAAGCAGAAGTAG
AGTATCACACAGGCCGTGGAGAGCGCTGCGTTTACGACTTTGCTGATGTGGACAAGCTCG
CTGATGACGAGGACGATGAGGGAGAGGATGAGAACCGGGATGGTCCAGAGAAGTAATGCC
CTTCTTCCGGAGACATCCATGAGTCTCATGGCGACGACAATAGATGGAAGCATGAGTAAA
GTAGTTAACCCGCTGATGAGGAACGACGCGGAGATGGAGCTAAGTCCAAAGCTCGAGAGA
AGAATGTCTACACCAGCACGTTCAAGAATCTGAGGAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GL14TF C 1
AF RR1AR32JQ U 14
BS 1 17 RR1GL14TF
BS 18 249 RR1AR32JQ
BS 250 250 RR1GL14TF
BS 251 759 RR1AR32JQ

RD RR1GL14TF 304 0 0
AAGTGAGAAAATTGAGTAATTATTAGATTAATTTAGATAACAAAAACAAAGAAAAGAGAG
ACAAAAAGAAAACGAAATGAAGGTATCTCAGAACCAGAAGAAATCTTTAAGTACAGAAGA
GCAAATGAAGGAGAATAAAAGGTTACAAACTATGTATCCTTGGAAGGAGCAGAAGCTTGA
GCCTGAGCTCCAAAGGCAAAGTAGTCTGTGATAACCTCCAAGGGCATACCTTTAGTCTCC
GGCACCTTCATGTAAACAAAGATCCACGAGACAACGCAAACCGCACCGTAAATGATGAAC
ACAC

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR1AR32JQ 746 0 0
GGGT
AATTATTAGATTAATTTAGATAACAAAAACAAAGAAAAGAGAGACAAAAAGAAAACGAAA
TGAAGGTATCTCAGAACCAGAAGAAATCTTTAAGTACAGAAGAGCAAATGAAGAAGAATA
AAAGGTTACAAACTATGTATCCTTGGAAGGAGCAGAAGCTTGAGCCTGAGCTCCAAAGGC
AAAGTAGTCTGTGATAACCTCCAAGGGCATACCTTTAGTCTCCGGCACCTTCGTGTAAAC
AAAGATCCACGAGACAACGCAAACCGCACCGTAAATGATGAACACACCGACGAGTCCTAT
CGAGCTCAGGAGAACGGGAAGCGAGTAGGTGACGATAATGTCTCCAATCCAGAACACCAT
AGCGCAGATAGCAATGCAGAGACCGCGGACTCTCGTCGGGAAGATCTCAGAACAGAGGAT
GTTCGGAATGGGACCGTAACCCATCACGAAGAAGCAGAAGTAGAGTATCACACAGGCCGT
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GAGGAACGACGCGGAGATGGAGCTAAGTCCAAAGCTCGAGAGAAGAATGTCTACACCAGC
ACGTTCAAGAATCTGAGGAGTG

QA 5 746 5 746
DS 



AS 1 4

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GTGTTATTCACAGAGGAAGTGTTGGCTTTATCAACATTATTGTAACAAAAAAAAAGAGTT
CAGGGAAAAGAGATTGATTCAAAAACAAAGCACCAAATAGAGATGTTTACAGTTTTTGAC
AATTACATATGATTGAAGCTGTTGTCTCCGTTTATTAGCCTCACTCTCAATGTCAGGTAG
ATCAGTATCAATGTTCCCACACTTGATAAGATGGAGAATAAGATGACGATTTTCCTAGAA
TCAAATGAAGCAGCACGCTTGTATCTTCTCCACCTGTTCGTTGGTGCATCATGGCATCTC
TCTGAGATAGCTTTATCAGTGCTCAAGCTTGCTTGTCTCTGCAATACCTTTTGCATATGT
ACATCCGACTCAGCACCGTTCCCTTTCTCGACGTTGATGTCAACAACGCAAGACTGGTAG
GAATCTGTGCCTCCAAGTAGCACATTGATGCGGTTCTGAGTTTTCTGACAGTTGAGTTGG
GCATCGACGAGCATCTGGTTTTTAGAAGGAAGCAGAGACTTGACGAAGCTCAAGAGAGTA
AACCGGTGAGGGGTTATGTTTCCTTCATCAGGTAAGACTGCAATAGTGCACACGTCTTGG
ATTAGTGAATGATCGATGCAACGGTCTTGTTTCAAAGGAAATGCAGACTCCTTAACAAGA
GGAAACACATCTATGGAGGTATGTTTGGCAACATCAGTGAAGCTAGGCTTAGGAGCCTTG
AAGCTTGGATACTTGATGACTGGGGCATTCAAGTCCGCAACACTTGGGAGTTGTTGCTTC
CCCCCTTCACCACAAGTAGTCGCAGCCATCGCAGAGAGAATCGGTGTGAACCCACTGGAG
AAGTAGTTCTCAAGAGACTTGTTGTTGCATGTAAAGAAGCTTCAGAGAAGCAGAAGTGTA
GATACAGAGAGAGAGAGTTCAGAACAAGGCTCTACTCTTACTCCTCAGGTCCCGGCTGTG
ATTAGCCTGTGACTGTGAATTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW12JQ U 1
AF RR1AR08JQ U 63
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AF RR1GW12TF C 262
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RD RR1GW12JQ 570 0 0
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AATTACATATGATTGAAGCTGTTGTCTCCGTTTATTAGCCTCACTCTCAATGTCAGGTAG
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TCTGAAATAGCTTTATCAGTGCTCAAGCTTGCTTGTCTCTGCAATACCTTTTGCATATGT
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GAATCTGTGCCTCCAAGTAGCACATTGATGCGGTTCTGAATTTTCTGACAGTTGAGTTGG
GCATCGACGAACATCTGGTTTTTAGAA
AGA

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1AR08JQ 773 0 0
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ATCGACGAGCATCTGGTTTTTAGAAGGAAGCAGAAACTTGACGAAGCTCAAGAGAGTAAA
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GCTTGGATACTTGATGACTGGGGCATTCAAGTCCGCAACACTTGGGAGTTGTT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1AR08TF 791 0 0
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CGGTCTTGTTTCAAAGGAAATGCAGACTCCTTAACAAGAGGAAACACATCTATGGAGGTA
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GCCC

QA 8 791 8 791
DS 

RD RR1GW12TF 764 0 0
CTTGATAAGATGGAGAATAAGATGACGATTTTCCTAGAATCAAATGAAGCAGCACGCTTG
TATCTTCTCCACCTGTTCGTTGGTGCATCATGGCATCTCTCTGAGATAGCTTTATCAGTG
CTCAAGCTTGCTTGTCTCTGCAATAC*TTTTGCATATGTACATCCGACTCAGCACCGTTC
CCTTTCTCGACGTTGATGTCAACAACGCAAGACTGGTAGGAATCTGTGCCTCCAAGTAGC
ACATTGATGCGGTTCTGAGTTTTCTGACAGTTGAGTTGGGCATCGACGAGCATCTGGTTT
TTAGAAGGAAGCAGAGACTTGGCGAAGCTCAAGAGAGTAAACCGGTGAGGGGTTATGTTT
CCTTCATCAGGTAAGACTGCAATAGTGCACACGTCTTGGATTAGTGAATGATCGATGCAA
CGGTCTTGTTTCAAAGGAAATGCAGACTCCTTAACAAGAGGAAACACATCTATGGAGGTA
TGTTTGGCAACATCAGTGAAGCTAGGCTTAGGAGCCTTGAAGCTTGGATACTTGATGACT
GGGGCATTCAAGTCCGCAACACTTGGGAGTTGTTGCTTCCCCCCTTCACCACAAGTAGTC
GCAGCCATCGCAGAGAGAATCGGTGTGAACCCACTGGAGAAGTAGTTCTCAAGAGACTTG
TTGTTGCATGTAAAGAAGCTTCAGAGAAGCAGAAGTGTAGATACAGAGAGAGAGAGTTCA
GAACAAGGCTCTACTCTTACTCCTCAGGTCCCGGCTGTGATT
CC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 4

CO CL3012Contig1 843 4 4 U
GAACTTCAACAATAATATTTATCGACAACAACCAACAATGGCAACTTCCATAA*TCCATC
TTTTTGTTACCACCTTGCTCGTGGCCGCCCACACGGCCTTTGCCGAATCAAACATGCTCC
AAGATTTTTGTGTTGCTGACCTCAAGGGTGAGAAAGTCAACGGATACCCTTGCAAAGACC
CAGCACAAGTAACACCAGAGGACTTCTACTACACAGGCTTAGCCAATGGTGCATCCACCA
CCAACACCACATTGGGCTCAGCCGTTACAAGTGGCAACGTTGAGAAAATCCCTGGCCTCA
ACACTTTGGGTGTCTCCATGTCTCGGGTCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCAC
ATCTTCACCCCAGAGCTTCAGAAGCCATATTCGTCCTCGAAGGACGTCTCTTTGTCGGAT
TCTTGACAACCACTGGAAAACTCATCTCCAGACACATCAACAAAGGAGACGTCTTTGTGT
TCCCCAGAGCTCTCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACAATGCTCCTGCTTCCGTGCTCG
CTGCTTTCGATAGTCAGAATTCGGGAGCTCAAGGTGTTGGACCGACTCTGTTTGGTGCTA
ACCCTCCGATTCCTGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCTATTTAGAACCACAGGAGGTTC
AGAAAGTTAAGGGTAAATTCCCAGCCAAGAAATAAATATAGGTTTCAGAGCATACCCATA
AATGCAACAATCATAGACAAATAATGAACATAAAAATGTAAACTACTAAAAAAGTGCTTG
TAAATATTTTTTAACAATGTTGGCCCATTCATTATAATAATATTGGTTTCAACATTTCGA
AAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 

AF RR1CF76TF U 1
AF RR1B955JQ C 261
AF RR1A908JQ C 13
AF RR1A908TF U 13
BS 1 139 RR1CF76TF
BS 140 140 RR1A908TF
BS 141 646 RR1CF76TF
BS 647 843 RR1A908TF

RD RR1CF76TF 648 0 0
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TTTTTGTTACCACCTTGCTCGTGGCCGCCCACACGGCCTTTGCCGAATCAAACATGCTCC
AAGATTTTTGTGTTGCTGATCTCAAGGGTGAGAAAGTCAACGGATACCCTTGCAAAGACC
CAGCACAAGTAACACCAGAGGACTTCTACTACACAGGCTTAGCCAATGGTGCATCCACCA
CCAACACCACATTGGGCTCAGCCGTTACAAGTGGCAACGTTGAGAAAATCCCTGGCCTCA
ACACTTTGGGTGTCTCCATGTCTCGGGTCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCAC
ATCTTCACCCCAGAGCTTCAGAAGCCATATTCGTCCTCGAAGGACGTCTCTTTGTCGGAT
TCTTGACAACCACTGGAAAACTCATCTCCAGACACATCAACAAAGGAGACGTCTTTGTGT
TCCCCAGAGCTCTCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACAATGCTCCTGCTTCCGTGCTCG
CTGCTTTCGATAGTCAGAATTCGGGAGCTCAAGGTGTTGGACCGACTCTGTTTGGTGCTA
ACCCTCCGATTCCTGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCTATTTAGA
CC

QA 1 646 1 646
DS 

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TTTCGGGTCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCACATCTTCACCCCAGAGCTTCA
GAAGCCATATTCGTCCTCGAAGGACGTCTCTTTGTCGGATTCTTGACAACCACTGGAAAA
CTCATCTCCAGACACATCAACAAAGGAGACGTCTTTGTGTTCCCCAGAGCTTTCCTCCAT
TTCCAGCAGAACCCTAACAATGCTCCTGCTTCCGTGCTCGCTGCTTTCGATAGTCAGAAT
TCGGGAGCTCAAGGTGTTGGACCGACTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCGAT

QA 1 350 1 350
DS 

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TAATATTTATCGACAACAACCAACAATGGCAACTTCCATAAATCCATCTTTTTGTTACCA
CCTTGCTCGTGGCCGCCCACACGGCCTTTGCCGAATCAAACATGCTCCAAGATTTTTGTG
TTGCTGACCTCAAGGGTGAGAAAGTCAACGGATACCCTTGCAAAGACCCAGCACAAGTAA
CACCAGAGGACTTCTACTACACAGGCTTAGCCAATGGTGCATCCACCACCAACACCACAT
TGGGCTCAGCCGTTACAAGTGGCAACGTTGAGAAAATCCCTGGCCTCAACACTTTGGGTG
TCTCCATGTCTCGGGTCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCACATCTTCACCCCA
GAGCTTCAGAAGCCATATTCGTCCTCGAAGGACGTCTCTTTGTCGGATTCTTGACAACCA
CTGGAAAACTCATCTCCAGACACATCAACAAAGGAGACGTCTTTGTGTTCCCCAGAGCTC
TCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACAATGCTCCTGCTTCCGTGCTCGCTGCTTTCGATA
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AACAATGTTGGCCCATTCATTATAATAATATTGGTTTCAACATTTCG

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1A908TF 831 0 0
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CCTTGCTCGTGGCCGCCCACACGGCCTTTGCCGAATCAAACATGCTCCAAGATTTTTGTG
TTGCTGACCTCAAGGGTGAGAAAGTCAACGGATACCCTTGCAAAGACCCAGCACAAGTAA
CACCAGAGGACTTCTACTACACAGGCTTAGCCAATGGTGCATCCACCACCAACACCACAT
TGGGCTCAGCCGTTACAAGTGGCAACGTTGAGAAAATCCCTGGCCTCAACACTTTGGGTG
TCTCCATGTCTCGGGTCGACTACGCACCAGGCGGACTCAACCCGCCACATCTTCACCCCA
GAGCTTCAGAAGCCATATTCGTCCTCGAAGGACGTCTCTTTGTCGGATTCTTGACAACCA
CTGGAAAACTCATCTCCAGACACATCAACAAAGGAGACGTCTTTGTGTTCCCCAGAGCTC
TCCTCCATTTCCAGCAGAACCCTAACAATGCTCCTGCTTCCGTGCTCGCTGCTTTCGATA
GTCAGAATTCGGGAGCTCAAGGTGTTGGACCGACTCTGTTTGGTGCTAACCCTCCGATTC
CTGATGACTTGCTTGCCAAGGCGTTCTATTTAGAACCACAGGAGGTTCAGAAAGTTAAGG
GTAAATTCCCAGCCAAGAAATAAATATAGGTTTCAGAGCATACCCATAAATGCAACAATC
ATAGACAAATAATGAACATAAAAATGTAAACTACTAAAAAAGTGCTTGTAAATATTTTTT
AACAATGTTGGCCCATTCATTATAATAATATTGGTTTCAACATTTCGAAAA

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 4

CO CL3013Contig1 733 4 6 U
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GTTTCGCTCGTCGAAGGAAGAGTCTCTTGTTACGACTGCCCCAGTGATTACGATTATTCA
GGAATCATGATCACTGTTAGTTGTAGCCACTCCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCGAC
AAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGAACTTCCCTCGAGAGTCAAATCGGATTGCAAAGCGGAG
CTCCAAGGTAGCTTCAAGCAACTTTATGCTTCCAAAAGGAACATTATGTCGAAGATTGTT
AAGCTCGAAGGTGACAAATATGGTCTCTCTTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTCCA
AGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTCGTCCAAGACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGTGG
GGGCTGGCTCCCACGAGCTATTATCTTCCCTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAGAT
GCACCGTTTAAACATATATCTTTTGCGGCTCATGTGTAATATTTAATAATGTAAGTGCAA
AGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTTTTAAGTCCATGCCCTGAACTGAAGTTTGTGTGT
GATATTAGTGTACGAAGGTGGTTTGATGTTTTCTTTTTATATATGAAGCACAATTTAATA
GTAAATGATTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1B511JQ C 1
AF RR1AY67JQ C 28
AF RR1AY67TF U 28
AF RR1B511TF U 1
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RD RR1B511JQ 733 0 0
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AAGCTCGAAGGTGACAAATATGGTCTCTCTTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTCCA
AGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTCGTCCAAGACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGTGG
GGGCTGGCTCCCACGAGCTATTATCTTCCCTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAGAT
GCACCGTTTAAACATATATCTTTTGCGGCTCATGTGTAATATTTAATAATGTAAGTGCAA
AGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTTTTAAGTCCATGCCCTGAACTGAAGTTTGTGTGT
GATATTAGTGTACGAAGGTGGTTTGATGTTTTCTTTTTATATATGAAGCATAATTTAATA
GTAAATGATTTTT

QA 1 733 1 733
DS 

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GG
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AGCTTTGATCTCATCTTCCCTCGTGGTCTCGGTTTCGCTCGTCGAAGGAAGAGTCTCTTG
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CTCCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCGACAAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGAACTTCT
CTCGAGAGTCAAATCGGATTGCAAAGCGGAGCTCCAAGGTAGCTTCAAGCAACTTTATGC
TTCCAAAAGGAACATTATGTCGAAGATTGTTAAGCTCGAAGGTGACAAATATGGTCTCTC
TTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTCCAAGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTCGTCCAA
GACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGTGGGGGCTGGCTCCCACGAGCTATTATCTTCC
CTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAGATGCACCGTTTAAACATATATCTTTTGCGGC
TCATGTGTAATATTTAATAATGTAAGTGCAAAGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTTTT
AAGTCCATGCCCTGAACTGAAGTTTGTGTGTGATATTAGTGTACGAAGGTGGTTTGATGT
TTTCTTTTTATATATGAAGCACAATTTAATAG
C

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR1AY67TF 695 0 0
GG
ATCTATCCCTTCTCCAATGGCTATGCAGTTAAGTTTCCTAGCTTTGTTCCTTTTCACGGC
AGCTTTGATCTCATCTTCCCTCGTGGTCTCGGTTTCGCTCGTCGAAGGAAGAGTCTCTTG
TTACGACTGCCCCAGTGATTACGATTATTCAGGAATCATGATCACTGTTAGTTGTAGCCA
CTCCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCGACAAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGAACTTCT
CTCGAGAGTCAAATCGGATTGCAAAGCGGAGCTCCAAGGTAGCTTCAAGCAACTTTATGC
TTCCAAAAGGAACATTATGTCGAAGATTGTTAAGCTCGAAGGTGACAAATATGGTCTCTC
TTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTCCAAGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTCGTCCAA
GACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGTGGGGGCTGGCTCCCACGAGCTATTATCTTCC
CTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAGATGCACCGTTTAAACATATATCTTTTGCGGC
TCATGTGTAATATTTAATAATGTAAGTGCAAAGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTTTT
AAGTCCATGCCCTGAACTGAAGTTTGTGTGTGATATTAGTGTACGAAGGTGGTTTGATGT
TTTCTTTTTATATATGAAGCACAATTTAATAG
C

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR1B511TF 731 0 0
GGATACACATCTTTCTTGATAATGTGTTCATCTATCCCTTCTCCAATGGCTATGCAGTTA
AGTTTCCTAGCTTTGTTCCTTTTCACGGCAGCTTTGATCTCATCTTCCCTCGTGGTCTCG
GTTTCGCTCGTCGAAGGAAGAGTCTCTTGTTACGACTGCCCCAGTGATTACGATTATTCA
GGAATCATGATCACTGTTAGTTGTAGCCACTCCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCGAC
AAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGAACTTCCCTCGAGAGTCAAATCGGATTGCAAAGCGGAG
CTCCAAGGTAGCTTCAAGCAACTTTATGCTTCCAAAAGGAACATTATGTCGAAGATTGTT
AAGCTCGAAGGTGACAAATATGGTCTCTCTTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTCCA
AGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTCGTCCAAGACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGTGG
GGGCTGGCTCCCACGAGCTATTATCTTCCCTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAGAT
GCACCGTTTAAACATATATCTTTTGCGGCTCATGTGTAATATTTAATAATGTAAGTGCAA
AGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTTTTAAGTCCATGCCCTGAACTGAAGTTTGTGTGT
GATATTAGTGTACGAAGGTGGTTTGATGTTTTCTTTTTATATATGAAGCATAATTTAATA
GTAAATGATTT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL3014Contig1 889 4 9 U
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CACTCATCAAGTGAAGCTTTGTGATTTTGGAAGTGCTAAAGTATTGGTTAAAGGAGAGCC
AAACATTTCATATATCTGCTCGAGGTATTATAGAGCACCTGAGCTTATTTTTGGAGCAAC
TGAGTATACTACAGCCATTGATGTCTGGTCTACAGGATGTGTTCTCGCTTAGCTTCTTCT
AGGACAGCCATTGTTCCCTGGTGAGAGTGGCGTTGATCAACTTGTAGAGATCATAAAGGT
TTTGGGAACACCAACAAGAGAAGAAATCAAATGCATGAACCCTAATTACACTGAGTTCAA
GTTCCCTCAGATTAAAGCTCATCCATGGCATAAGATTTTCCACAAGAGGATGCCTCCTGA
AGCTGTTGATTTGGTCTCAAGGCTTCTTCAGTATTCTCCTAATCTCCGTTGCTCTGCTCT
TGATGCATTGGTCCACCCTTTCTTTGACGAGCTTAGAGATCCGAATGCAAGGTTGCCTAA
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GGAGATGGTGGCTAGGTTAGTACCTGAACATGCGAGGAAGCAGTGTCCATGGCTCGGTTT
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1AE76TF U 1
AF RR1AG08TF U 1
AF RR1AE76JQ C 269
AF RR1AG08JQ C 269
BS 1 807 RR1AE76TF
BS 808 808 RR1AG08TF
BS 809 829 RR1AE76TF
BS 830 830 RR1AG08TF
BS 831 835 RR1AE76TF
BS 836 842 RR1AG08TF
BS 843 843 RR1AE76JQ
BS 844 846 RR1AG08TF
BS 847 889 RR1AE76JQ

RD RR1AE76TF 846 0 0
GCGTTGTATTGGCGTGTGTCATCGTGACATAAAGCCTCAAAATTTGTTGGTGAATCCACA
CACTCATCAAGTGAAGCTTTGTGATTTTGGAAGTGCTAAAGTATTGGTTAAAGGAGAGCC
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TGAGTATACTACAGCCATTGATGTCTGGTCTACAGGATGTGTTCTCGCTTAGCTTCTTCT
AGGACAGCCATTGTTCCCTGGTGAGAGTGGCGTTGATCAACTTGTAGAGATCATAAAGGT
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GTTCCCTCAGATTAAAGCTCATCCATGGCATAAGATTTTCCACAAGAGGATGCCTCCTGA
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TGATGCATTGGTCCACCCTTTCTTTGACGAGCTTAGAGATCCGAATGCAAGGTTGCCTAA
TGGACGTTTCCTTCCACCACTATTCAACTTCAAGCCTCATGAGATTAAAGGTGTGCCTGT
GGAGATGGTGGCTAGGTTAGTACCTGAACATGCGAGGAAGCAGTGTCCATGGCTCGGTTT
ATGATTTATATCTGTTGCTATCTGCAAACACGAAAACTAGAAGAGGGGGAGAGTCCAAGA
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ACCCTTTTGTTTGTTATAATGAGTAGG*AGAGAGTGAATTGTTGTGGGG*CGGGG
TTATGATCTTG

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR1AG08TF 852 0 0
GCGTTGTATTGGCGTGTGTCATCGTGACATAAAGCCTCAAAATTTGTTGGTGAATCCACA
CACTCATCAAGTGAAGCTTTGTGATTTTGGAAGTGCTAAAGTATTGGTTAAAGGAGAGCC
AAACATTTCATATATCTGCTCGAGGTATTATAGAGCACCTGAGCTTATTTTTGGAGCAAC
TGAGTATACTACAGCCATTGATGTCTGGTCTACAGGATGTGTTCTCGCTTAGCTTCTTCT
AGGACAGCCATTGTTCCCTGGTGAGAGTGGCGTTGATCAACTTGTAGAGATCATAAAGGT
TTTGGGAACACCAACAAGAGAAGAAATCAAATGCATGAACCCTAATTACACTGAGTTCAA
GTTCCCTCAGATTAAAGCTCATCCATGGCATAAGATTTTCCACAAGAGGATGCCTCCTGA
AGCTGTTGATTTGGTCTCAAGGCTTCTTCAGTATTCTCCTAATCTCCGTTGCTCTGCTCT
TGATGCATTGGTCCACCCTTTCTTTGACGAGCTTAGAGATCCGAATGCAAGGTTGCCTAA
TGGACGTTTCCTTCCACCACTATTCAACTTCAAGCCTCATGAGATTAAAGGTGTGCCTGT
GGAGATGGTGGCTAGGTTAGTACCTGAACATGCGAGGAAGCAGTGTCCATGGCTCGGTTT
ATGATTTATATCTGTTGCTATCTGCAAACACGAAAACTAGAAGAGGGGGAGAGTCCAAGA
TATTCATTATCTTCTCTGTTTTTGTTACTATTATTCAATCTCAGTCCTGGTGATTTTGTA
ACCCTTTTGTTTGTTATAATGAGTAGGGAGAGAGTGAATTGTTGTGGGGGCGGGGTTATG
ATCTTG
TAAAAG

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR1AE76JQ 621 0 0
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AAATGCATGAACCCTAATTACACTGAGTTCAAGTTCCCTCAGATTAAAGCTCATCCATGG
CATAAGATTTTCCACAAGAGGATGCCTCCTGAAGCTGTTGATTTGGTTTCAAGGCTTTTT
CAGTATTTTCCTAATTTCCGTTGTTTTGCTCTTGATGCATTGGTCCACCCTTTTTTTGAC
GAGCTTAGAGATCCGAATGCAAGGTTGCCTAATGGACGTTTCCTTCCACCACTATTCAAC
TTCAAGCCTCATGAGATTAAAGGTGTGCCTGTGGAGATGGTGGCTAGGTTAGTACCTGAA
CATGCGAGGAAGCAGTGTCCATGGCTCGGTTTATGATTTATATCTGTTGCTATCTGCAAA
CACGAAAACTAGAAGAGGGGGGGAGTCCAAGATATTCATTATTTTTTCTGTTTTTGTTAC
TATTATTCAATTTCAGTCCTGGTGATTTTGTAACCCTTTTGTTTGTTATAATGAGTAGGG
AGAGAGTGAATTGTTGTGGGGGGGGGGTTATGATTTTGTAAAAGTCAACAAAGAAATGTT
TAAAAAAAAGAGTTTGGTGTT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1AG08JQ 621 0 0
GGCGTTGATCAACTTGTAGAGATCATAAAGGTTTTGGGAACACCAACAAGAGAAGAAATC
AAATGCATGAACCCTAATTACACTGAGTTCAAGTTCCCTCAGATTAAAGCTCATCCATGG
CATAAGATTTTCCACAAGAGGATGCCTCCTGAAGCTGTTGATTTGGTTTCAAGGCTTTTT
CAGTATTTTCCTAATTTCCGTTGCTTTGCTCTTGATGCATTGGTCCACCCTTTTTTTGAC
GAGCTTAGAGATCCGAATGCAAGGTTGCCTAATGGACGTTTCCTTCCACCACTATTCAAC
TTCAAGCCTCATGAGATTAAAGGTGTGCCTGTGGAGATGGTGGCTAGGTTAGTACCTGAA
CATGCGAGGAAGCAGTGTCCATGGCTCGGTTTATGATTTATATCTGTTGCTATCTGCAAA
CACGAAAACTAGAAGAGGGGGAGAGTCCAAGATATTCATTATTTTTTCTGTTTTTGTTAC
TATTATTCAATCTCAGTCCTGGTGATTTTGTAACCCTTTTGTTTGTTATAATGAGTAGGG
AGAGAGTGAATTGTTGTGGGGGGGGGGTTATGATTTTGTAAAAGTCAACAAAGAAATGTT
TAAAAAAAAGAGTTTGGTGTT

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 4

CO CL3015Contig1 853 4 2 U
GGGGATCGAGTGCCGCATTGGAAGGTTCCATAACATTTACGGTCCTTTTGGAACATGGAA
AGGTGGAAGAGAGAAGGCTCCTGCTGCTTTCTGCAGAAAGGCTCTTACCTCTACGGATAG
GTTTGGGATGTGGGGAGACGGGCTTCAAACCCGCTCTTTCACCTTCATTGATGAGTGTGT
TGAAGGTGTACTCAGGTTGACAAAATCAGATTTCCGTGAGCCGGTGAACATATGAAGCGA
TGAGATGGTGAGCATGAATGAGATGGCAGAGATGGTTCTGTGCTTTGAGGATAAGAAGCT
ACCGATTCACCACATTCCAGGACCAGAAGGTGTTCGTGGCCGTAGCTCGGACAACAATCT
GATCAAAGAGAAGCTTGGTTGGGCTCCAACGATGAGATTGAAGGAGGGGCTTAGAATAAC
TTACTTCTGGATAAAGGAACAGATTGAGAAAGAGAAGGCCAAAGGCAGTGATGTGTCGCT
TTATGGATCATCAAAAGTGGTTGGGACTCAAGCACCGGTTCAGCTCGGCTCACTCCGAGC
TGCTGATGGAAAAGAGTAGATGGATGATGGAGAATATGGCCTTGATCAATATATGATTAA
GGTCAGGAGAATGTTTAGTTATACCTTTAAGTAAGCTTTCCTATTATTATAGAAAAAAAG
CAATAAGTGTTTTGGATTTGACTGTCCTCTTTTGCTAATTATCTTGCTTGTTTTATAATT
ATTTTTTTGGGGGTTGAAGAAACTGTTCCATGTTAAGTTAATTATACTATGTGTAATTAT
ATATTATTGTGGTCCTGACACAATATGTTAAGTTGATGTTGTGGTACCAGGAATCTAGTG
TCCGAGTTCTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 

AF RR1HA79TF U 1
AF RR1HA79JQ C 449
AF RR1GI36JQ C 382
AF RR1GI36TF U 382
BS 1 595 RR1HA79TF
BS 596 853 RR1GI36TF

RD RR1HA79TF 595 0 0
GGGGATCGAGTGCCGCATTGGAAGGTTCCATAACATTTACGGTCCTTTTGGAACATGGAA
AGGTGGAAGAGAGAAGGCTCCTGCTGCTTTCTGCAGAAAGGCTCTTACCTCTACGGATAG
GTTTGGGATGTGGGGAGACGGGCTTCAAACCCGCTCTTTCACCTTCATTGATGAGTGTGT
TGAAGGTGTACTCAGGTTGACAAAATCAGATTTCCGTGAGCCGGTGAACATATGAAGCGA
TGAGATGGTGAGCATGAATGAGATGGCAGAGATGGTTCTGTGCTTTGAGGATAAGAAGCT
ACCGATTCACCACATTCCAGGACCAGAAGGTGTTCGTGGCCGTAGCTCGGACAACAATCT
GATCAAAGAGAAGCTTGGTTGGGCTCCAACGATGAGATTGAAGGAGGGGCTTAGAATAAC
TTACTTCTGGATAAAGGAACAGATTGAGAAAGAGAAGGCCAAAGGCAGTGATGTGTCGCT
TTATGGATCATCAAAAGTGGTTGGGACTCAAGCACCGGTTCAGCTCGGCTCACTCCGAGC
TGCTGATGGAAAAGAGTAGATGGATGATGGAGAATATGGCCTTGATCAATATATG

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1HA79JQ 380 0 0
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CAAGCACCGGTTCAGCTCGGCTCACTCCGAGCTGCTGATGGAAAAGAGTAGATGGATGAT
GGAGAATATGGCCTTGATCAATATATGATTAAGGTCAGGAGAATGTTTAGTTATACCTTT
AAGTAAGCTTTCCTATTATTATAGAAAAAAAGCAATAAGTGTTTTGGATTTGACTGTCCT
CTTTTGCTAATGATCTTGCTTGTTTTATAATTATTTTTTTGGGGGTTGAAGAAACTGTTC
CCTGTTAAGTTAATTATACTATGTGTAATTATATATTATTGTGGTCCTGACACAATATGT
TAAGTTGATGTTGTGGTACC

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR1GI36JQ 472 0 0
GGCTCCAACGATGAGATTGAAGGAGGGGCTTAGAATAACTTACTTCTGGATAAAGGAACA
GATTGAGAAAGAGAAGGCCAAAGGCAGTGATGTGTCGCTTTATGGATCATCAAAAGTGGT
TGGGACTCAAGCACCGGTTCAGCTCGGCTCACTCCGAGCTGCTGATGGAAAAGAGTAGAT
GGATGATGGAGAATATGGCCTTGATCAATATATGATTAAGGTCAGGAGAATGTTTAGTTA
TACCTTTAAGTAAGCTTTCCTATTATTATAGAAAAAAAGCAATAAGTGTTTTGGATTTGA
CTGTCCTCTTTTGCTAATTATCTTGCTTGTTTTATAATTATTTTTTTGGGGGTTGAAGAA
ACTGTTCCATGTTAAGTTAATTATACTATGTGTAATTATATATTATTGTGGTCCTGACAC
AATATGTTAAGTTGATGTTGTGGTACCAGGAATCTAGTGTCCGAGTTTTGAT

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1GI36TF 472 0 0
GGCTCCAACGATGAGATTGAAGGAGGGGCTTAGAATAACTTACTTCTGGATAAAGGAACA
GATTGAGAAAGAGAAGGCCAAAGGCAGTGATGTGTCGCTTTATGGATCATCAAAAGTGGT
TGGGACTCAAGCACCGGTTCAGCTCGGCTCACTCCGAGCTGCTGATGGAAAAGAGTAGAT
GGATGATGGAGAATATGGCCTTGATCAATATATGATTAAGGTCAGGAGAATGTTTAGTTA
TACCTTTAAGTAAGCTTTCCTATTATTATAGAAAAAAAGCAATAAGTGTTTTGGATTTGA
CTGTCCTCTTTTGCTAATTATCTTGCTTGTTTTATAATTATTTTTTTGGGGGTTGAAGAA
ACTGTTCCATGTTAAGTTAATTATACTATGTGTAATTATATATTATTGTGGTCCTGACAC
AATATGTTAAGTTGATGTTGTGGTACCAGGAATCTAGTGTCCGAGTTCTGAT

QA 1 472 1 472
DS 



AS 1 4

CO CL3016Contig1 496 4 5 U
GGGATATCAAAGAAAAAAAAACTCAAAAACTTATTCCAATTCTCTTATAAAAATGTGGAC
CAACAAGTTTTTCTTCCTCCTTGCAGTTGCATGCATGGCTGTGTTAAGTACAGCTCAAAC
GTTGCCTTCGATACCTGGACAGGACCCAGCAGACTGTCTGTCATCGTTGGAAGTTATTCC
CAACTGTATCTCAGAAATTTTCGGATCAATAATAAGTGGACATATCGGGACTGTTGGTCA
CTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGTTCTTAATGCAGATTGTATTACGCAGACGTTTGCCTT
TGCTCCCCTCTTCCCTCCGAGTCTAAGGGATCATTGTTCCAAACAATCTTTGCCATAATT
ATTCTACATGTTCTAGGTCATAATTATCAAATAGTGTTATGTTTCTGCTTAAATAACAAC
TCTTAATTTCCATGTAAACCCATGTGACCATCGTTATCCATATTTCATGTTGATATAAAC
ATCTTGCGTACTAAAT


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GE61JQ C 2
AF RR1GE61TF U 2
AF RR1BD70JQ C 1
AF RR1BD70TF U 1
BS 1 1 RR1BD70JQ
BS 2 142 RR1GE61TF
BS 143 143 RR1BD70TF
BS 144 435 RR1GE61TF
BS 436 496 RR1BD70TF

RD RR1GE61JQ 434 0 0
GGATATCAAAGAAAAAAAAACTCAAAAACTTATTCCAATTCTCTTATAAAAATGTGGACC
AACAAGTTTTTCTTCCTCCTTGCAGTTGCATGCATGGCTGTGTTAAGTACAGCTCAAACG
TTGCCTTCGATACCTGGACAGTACCCAGCAGACTGTCTGTCATCGTTGGAAGTTATTCCC
AACTGTATCTCAGAAATTTTCGGATCAATAATAAGTGGACATATCGGGACTGTTGGTCAC
TCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGTTCTTAATGCAGATTGTATTACGCAGACGTTTGCCTTT
GCTCCCCTCTTCCCTCCGAGTCTAAGGGATCATTGTTCCAAACAATCTTTGCCATAATTA
TTCTACATGTTCTAGGTCATAATTATCAAATAGTGTTATGTTTCTGCTTAAATAACAACT
CTTAATTTCCATGT

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR1GE61TF 434 0 0
GGATATCAAAGAAAAAAAAACTCAAAAACTTATTCCAATTCTCTTATAAAAATGTGGACC
AACAAGTTTTTCTTCCTCCTTGCAGTTGCATGCATGGCTGTGTTAAGTACAGCTCAAACG
TTGCCTTCGATACCTGGACAGTACCCAGCAGACTGTCTGTCATCGTTGGAAGTTATTCCC
AACTGTATCTCAGAAATTTTCGGATCAATAATAAGTGGACATATCGGGACTGTTGGTCAC
TCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGTTCTTAATGCAGATTGTATTACGCAGACGTTTGCCTTT
GCTCCCCTCTTCCCTCCGAGTCTAAGGGATCATTGTTCCAAACAATCTTTGCCATAATTA
TTCTACATGTTCTAGGTCATAATTATCAAATAGTGTTATGTTTCTGCTTAAATAACAACT
CTTAATTTCCATGT

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR1BD70JQ 496 0 0
GGGATATCAAAGAAAAAAAA*CTCAAAAACTTATTCCAATTCTCTTATAAAAATGTGGAC
CAACAAGTTTTTCTTCCTCCTTGCAGTTGCATGCATGGCTGTGTTAAGTACAGCTCAAAC
GTTGCCTTCGATACCTGGACAGGACCCAGCAGACTGTCTGTCATCGTTGGAAGTTATTCC
CAACTGTATTTCAGAAATTTTCGGATCAATAATAAGTGGACATATCGGGACTGTTGGTCA
CTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGTTCTTAATGCAGATTGTATTACGCAGACGTTTGCCTT
TGCTCCCCTCTTCCCTCCGAGTTTAAGGGATCATTGTTCCAAACAATCTTTGCCATAATT
ATTCTACATGTTTTAGGTCATAATTATCAAATAGTGTTATGTTTCTGCTTAAATAACAAC
TCTTAATTTCCATGTAAACCCATGTGACCATCGTTATCCATATTTCATGTTGATATAAAC
ATCTTGCGTACTAAAT

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1BD70TF 496 0 0
G
GGATATCAAAGAAAAAAAA*CTCAAAAACTTATTCCAATTCTCTTATAAAAATGTGGACC
AACAAGTTTTTCTTCCTCCTTGCAGTTGCATGCATGGCTGTGTTAAGTACAGCTCAAACG
TTGCCTTCGATACCTGGACAGGACCCAGCAGACTGTCTGTCATCGTTGGAAGTTATTCCC
AACTGTATCTCAGAAATTTTCGGATCAATAATAAGTGGACATATCGGGACTGTTGGTCAC
TCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGTTCTTAATGCAGATTGTATTACGCAGACGTTTGCCTTT
GCTCCCCTCTTCCCTCCGAGTCTAAGGGATCATTGTTCCAAACAATCTTTGCCATAATTA
TTCTACATGTTCTAGGTCATAATTATCAAATAGTGTTATGTTTCTGCTTAAATAACAACT
CTTAATTTCCATGTAAACCCATGTGACCATCGTTATCCATATTTCATGTTGATATAAACA
TCTTGCGTACTAAAT

QA 2 496 2 496
DS 



AS 1 4

CO CL3017Contig1 857 4 7 U
GGCCACTCCTAAATTGCGAGAAGAAAAAAAAAGGCGAAAAGCTCGCCAGATCGGGAGTCC
GCGAAACCGAAGAGAGATCGTAGGTTTTGGAAATGGCGTCGAAGCGGATCTTGAAGGAGT
TGAAGGATCTTCAGAAGGATCCACCCACCTCATGTAGCGCAGGACCTGTTGCTGAAGACA
TGTTTCATTGGCAGGCAACGATAATGGGTCCTTCAGACAGTCCTTATGCTGGTGGTGTTT
TCCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCGGATTACCCTTTCAAGCCTCCTAAGGTTACCTTTA
GGACGAAGGTGTTCCATCCCAACATTAACAGCAATGGAAGCATCTGCCTCGACATCTTGA
AGGAGCAATGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTCTTGTCGATCTGTTCTTTGT
TAACCGATCCAAACCCGGATGATCCTTTGGTGCCTGAGATAGCTCATATGTACAAGACTG
ACAAGAACAAGTATGAGTCCACTGCACGGAGCTGGACTCAGAAGTATGCCATGGGCTGAA
AAGGATAAGGGATCCCAAATCCACTAAACGATCTCTTTTTATGCGAAAATCTACCGTGAT
TTCTATGTATGATTCAATAGACTGATCTCTTTCCGTACTCGTTTGAAATTTCTGAAGACA
GGACCAATGAAGTAGGTCTTGTTTGTTTGGAAAAAAAAACATCTTTGTGAAACTAAAAAC
TGGAAATCTTCCAGGTGTTGTTTGGTCTTGTCTTGCAATTATGATTTGATGTTTTTACGG
TGTGATAACTGATAAGATGATTCACCAATTGTTCAACTTATCTGACTAATACCCTTCGAA
TAAAGTTGCTTGGGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH92TF U 1
AF RR1B127JQ C 322
AF RR1B127TF U 322
AF RR1EH92JQ C 170
BS 1 622 RR1EH92TF
BS 623 623 RR1B127TF
BS 624 633 RR1EH92TF
BS 634 634 RR1B127TF
BS 635 651 RR1EH92TF
BS 652 756 RR1B127TF
BS 757 857 RR1EH92JQ

RD RR1EH92TF 653 0 0
GGCCACTCCTAAATTGCGAGAAGAAAAAAAAAGGCGAAAAGCTCGCCAGATCGGGAGTCC
GCGAAACCGAAGAGAGATCGTAGGTTTTGGAAATGGCGTCGAAGCGGATCTTGAAGGAGT
TGAAGGATCTTCAGAAGGATCCACCCACCTCATGTAGCGCAGGACCTGTTGCTGAAGACA
TGTTTCATTGGCAGGCAACGATAATGGGTCCTTCAGACAGTCCTTATGCTGGTGGTGTTT
TCCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCGGATTACCCTTTCAAGCCTCCTAAGGTTACCTTTA
GGACGAAGGTGTTCCATCCCAACATTAACAGCAATGGAAGCATCTGCCTCGACATCTTGA
AGGAGCAATGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTCTTGTCGATCTGTTCTTTGT
TAACCGATCCAAACCCGGATGATCCTTTGGTGCCTGAGATAGCTCATATGTACAAGACTG
ACAAGAACAAGTATGAGTCCACTGCACGGAGCTGGACTCAGAAGTATGCCATGGGCTGAA
AAGGATAAGGGATCCCAAATCCACTAAACGATCTCTTTTTATGCGAAAATCTACCGTGAT
TTCTATGTATGATTCAATAGAC*GATCTCTTTCTGTACTCGTTTGAAATTT
CT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1B127JQ 435 0 0
G
CATTAACAGCAATGGAAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAATGGAGTCCTGCCCT
CACCATTTCCAAGGTGCTCTTGTCGATCTGTTCTTTGTTAACCGATCCAAACCCGGATGA
TCCTTTGGTGCCTGAGATAGCTCATATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCCAC
TGCACGGAGCTGGACTCAGAAGTATGCCATGGGCTGAAAAGGATAAGGGATCCTAAATCC
ACTAAACGATCTCTTTTTATGCGAAAATCTACCGTGATTTCTATGTATGATTCAATAGAC
TGATCTCTTTCCGTACTCGTTTGAAATTTCTGAAGACAGGACCAATGAAGTAGGTCTTGT
TTGTTTGGAAAAAAAAACATCTTTGTGAAACTAAAAACTGGAAATCTTCCAGGTGTTGTT
TGGTCTTGTCTTGC

QA 2 435 2 435
DS 

RD RR1B127TF 435 0 0
G
CATTAACAGCAATGGAAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAATGGAGTCCTGCCCT
CACCATTTCCAAGGTGCTCTTGTCGATCTGTTCTTTGTTAACCGATCCAAACCCGGATGA
TCCTTTGGTGCCTGAGATAGCTCATATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCCAC
TGCACGGAGCTGGACTCAGAAGTATGCCATGGGCTGAAAAGGATAAGGGATCCTAAATCC
ACTAAACGATCTCTTTTTATGCGAAAATCTACCGTGATTTCTATGTATGATTCAATAGAC
TGATCTCTTTCCGTACTCGTTTGAAATTTCTGAAGACAGGACCAATGAAGTAGGTCTTGT
TTGTTTGGAAAAAAAAACATCTTTGTGAAACTAAAAACTGGAAATCTTCCAGGTGTTGTT
TGGTCTTGTCTTGC

QA 2 435 2 435
DS 

RD RR1EH92JQ 688 0 0
TGCTGAAGACATGTTTCATTGGCAGGCAACGATAATGGGTCCTTCAGACAGTCCTTATGC
TGGTGGTGTTTTCCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCGGATTACCCTTTCAAGCCTCCTAA
GGTTACCTTTAGGACGAAGGTGTTCCATCCCAACATTAACAGCAATGGAAGCATCTGCCT
CGACATCTTGAAGGAGCAATGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTCTTGTCGAT
CTGTTCTTTGTTAACCGATCCAAACCCGGATGATCCTTTGGTGCCTGAGATAGCTCATAT
GTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCCACTGCACGGAGCTGGACTCAGAAGTATGC
CATGGGCTGAAAAGGATAAGGGATCCCAAATCCACTAAACGATCTCTTTTTATGCGAAAA
TCTACCGTGATTTTTATGTATGATTCAATAGAC*GATCTCTTTCTGTACTCGTTTGAAAT
TTTTGAAGACAGGACCAATGAAGTAGGTCTTGTTTGTTTGGAAAAAAAAACATCTTTGTG
AAACTAGAAACTGGAAATTTTCCTGGTGTTGTTTGGTCTTGTCTTGCAATTATGATTTGA
TGTTTTTACGGTGTGATAACTGATAAGATGATTCACCAATTGTTCAACTTATCTGACTAA
TACCCTTCGAATAAAGTTGCTTGGGAGT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 4

CO CL3018Contig1 848 4 5 U
GGTATGTGAACACCACCATCTACCCACTCACCTCCGTCCCTCTTCTCTTGTATTGTACGT
TACCCGCCGTTTGTCTCTTCACCAACCAGTTCATCATTCCTCAGATTAGCAACATTGCAA
GTATATGGTTTCTATCTCTCTTTCTGTCTATTTTCGCCACGGGTATACTGGAAATGAGGT
GGAGTGGCGTAGGCATAGACGAATGGTGGAGAAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGAG
TATCAGCTCACTTATTCGCCGTGTTTCAAGGTCTTCTCAAAGTCCTTGCTGGTATCGACA
CAAACTTCACAGTCACGTCAAAAGCTTCGGACGAGGACGGAGACTTCGCTGAGCTCTACA
TGTTCAAATGGACGACGCTTCTGATTCCGCCGACGACGCTGCTCATTGTAAACCTCGTGG
GAGTTGTTGCGGGTTTCTCGTACGCCATCAACAGTGGATACCAGTCATGGGGACCGCTCT
TTGGTAAGCTGTTCTTTGCCTTTTGGGTGATTGTTCACTTGTACCCTTTCCTCAAGGGTT
TGATGGGGAGACAGAACCGGACTCCTACTATTGTTGTGGTCTGGTCTGTTCTCTTGGCTT
CGATCTTCTCCTTGTTGTGGGTTAGGATCGATCCTTTCACTAAAAGAGTCACTGGTCCGG
ACATACTCGAGTGTGGGATCAACTGTTGAGAAGTGTGAGCAATAATATGCTTTTGGGGTT
AAAAAAACACTTAATTATAAAGTTCATATCTATTGTTTTATTTGTTTTGTGTATTGTCTG
TTGTGTCGTGGTGTAAGATTAAACAGTATTTTTGTTAATGTGGTGAAGATGCAAAGCCAG
TGGATGAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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G
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TCCGGACATACTCGAGTGTGGGATCAACTGTTGAGAAGTGTGAGCAATAATATGCTTTTG
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GTCTGTTGTGTCGTGGTGTAAGATTAAACAGTATTTTTGTTAATGTGGTGAAGATGCAAA
GCCAGTGGATGAT

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DS 



AS 1 4

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BQ
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GG
GAACATAGAAACACTCGAAACTTAACCAAAACAAACAAAAAATGGGAGAGGAGGA*AAGA
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CTCAAGAAGGAGAACCTACTAAAGATTCCAAAGAAGATGCACCTCCGGCGGAGCCTGAGG
CTCCAGCACCCCCTCCTCCGCCGCAAGAGATTATCCTTAAAGTTTACATGCATTGTGAAG
GCTGTGCTAGAAAAGTTCGCCGTTGCCTCAACGGCTTCGAAGGAGTGGAAGATGTGATGA
CTGATTGTAAAACGGGGAAAGTGGTGGTGAAGGTAGAGAAAGCTGATCCATTGAAAGTAT
TAGCCAGAGTTCAAAGAAAGACCCACCGTCAAGTTGTGCTTGTTTCTCCAATTCCTCCGC
CGTCTCAGCC

QA 3 492 3 492
DS 

RD RR1GI44TF 553 0 0
GGGTGAACATAGAAACACTCGAAACTTAACCAAAACAAACAAAAAATGGGAGAGGAGGAG
AAGAAACCAGAAGCAGCAGAGGAGAAGAAAATGGAGGAAAAGAAACCAGAAGAGGAGAAA
AAAGAAGGAGAAGGAAAGAAAGTAGAGGCTGATGAGAAAAAAGGAGAAGAATCTGAGAAG
AAAACTCAAGAAGGAGAACCTACTAAAGATTCCAAAGAAGATGCACCTCCGGCGGAGCCT
GAGGCTCCAGCACCCCCTCCTCCGCCGCAAGAGATTATCCTTAAAGTTTACATGCATTGT
GAAGGCTGTGCTAGAAAAGTTCGCCGTTGCCTCAACGGCTTCGAAGGAGTGGAAGATGTG
ATGACTGATTGTAAAACGGGGAAAGTGGTGGTGAAGGGAGAGAAAGCTGGTCCATTGAAA
GTATTAGCCAGAGTTCAAAGAAAGACCCACCGTCAAGTTGTGCTTGTTTCTCCAATTCCT
CCGCCGTCTCAGCCCCAGGAGAAGAAAGCAGAGGAGGAGAAACCCAAAGTGGAAGAGAAG
AAAGTGGAGCCTC

QA 1 553 1 553
DS 

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GCCCCA
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GAAACGGATCATGAGAATGAAAGGAGTGGAATTTGCTGAATCCGATTTAAAGGGTTCTCA
AGTGACGGTGAAAGGAGTGTTTGAACCGCAAAAGCTCGTTGAACACATTTATAAACGGAC
TGGAAAACATGCTGCCATTATGAAAATTGACCCACCACCTCCACCGCCACCTGAGGAAGC
AGCTGCGGCGGCTGAAGCAGAGAAGAAAGAAGAAGGAAAAGGGGACAATGGTGGAGGAGA
GTCC

QA 7 370 7 370
DS 

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GGAGAAGAAAGCAGAGGAGGAGAAACCCAAAGTGGAAGAGAAGAAAGTGGAGCCTCCCGT
AGTGGTCACGGTGGTCCTCAAGGTTCACATGCACTGTGAAGCTTGTGCAACGGAGATCAA
GAAACGGATCATGAGAATGAAAGGAGTGGAATCTGCTGAATCCGATTTAAAGGGTTCTCA
AGTGACGGTGAAAGGAGTGTTTGAACCGCAAAAGCTCGTTGAACACATTTATAAACGGAC
TGGAAAACATGCTGCCATTATGAAAATTGACCCACCACCTCCACCGCCACCTGAGGAAGC
AGCTGCGGCGGCTGAAGCAGAGAAGAAAGAAGAAGGAAAAGGGGACAATGGTGGAGGAGA
GTCCAAAGAGAAGGAAGAAAAGAAAGAAGGGGATGGTGACAAAGGGGAAGGAAAAGCAGC
TGAAAACGGTGGCGGCAGCGGCGAGGGAGAGGGCAAAGTTGTGGATGTGAGGAAGATAGA
TAATCCTTATTACTACTATTATTACCAACCACCGCGTGTGGCGGTTCCGCCTATGGAAAT
GCCGCCTCATGCTTACCCGCCTCAACTGTTCAGCGACGAGAATCCAAACTCATGTTCCAT
AATGTAAGACAAGAAACTGATGAAACGCTAAAGGGTTTATATGGAGAATATTTTG

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 4

CO CL3020Contig1 1219 4 5 U
GGACTTATACGCGCTTAGCAAAACCATTTTATTGAGGATCAACAGTGAAATGTGTACAAG
TGATTACATAATCAAATAAATATCTCGTCTGTGTATGTGTGTATAAGAAAAAGTGAGAGA
GATTTGTTACCTAATAAAGAAACAACAACAAACTTTGATGCCCCAAAAATGTCTTTTGAG
TGTTTTAAAAAAAGGGAAAGAAGGATGATTACTGTTGGTTGGTTCAAGCAAGATCTTGTG
GCTCAAGGGCTGCAATTTCTCTCAACACCTGACTTTTGTCTGCTTCAAACCTCTCATCCT
CTTTGTCTGGTTTTAAATCAGCCAACAATCTCAGGAGCTTGCTCCTATTAGCCACCAGAA
TGTTGACTATATCTGCAGGCTTGTTTTGGTTCGCCACAAACAACTTGAAAACATGGAATG
CTTCTATCTGGATGCTCTTGCTTGACTCTCTCAGAAGATTCATGAGAATCCTCAAGTTAT
CCCTTGAGCTCACATATTTCGTCATCACAGCTGAATTTGATCGATCCAGTAATATATCAC
CCAACAACTTGATAGCTTGCCGTCTGGTTATATAATTACTTGATTCAAGAAGCTTTGAGT
TGTAGTCCGCGAAAAACCAGTCTTCATTGTTGGTGAGGAACTCGGCAACAGTAGATTTGT
GCCTAGTTAGCAGTTCCTTGAAAGTTGCAGCTGCATCGGCAGCAATGTCGAAATTAGGAA
GCTGGATGTAATCGAAGAACTTCTTCACATGCTCCGATTCCAAAACATATTTGGCAACAA
TCTGATGGCGGATGCATTCCCTAAACATAGCACCGTAATGCAAAGACATGTCCGTGTTCT
CAAAGCCTTGAATCAAAACATCCATGAGATCAAGATTGGCTTCAAGATAATCAGAAGCAA
TCAACTTGGAACTGACTTGCTGCCTCTGTAGATTAGCAACAACTTGTGTAGCATCTTTCC
TAGTCTCGAGGTTGAGTTTAGGGAGACAAGTAATCAAGAGGCGGAGAGTGTCGTCTCCAA
AGAACTCTTGAGTCAATTGAGCACAAGCTTCAGCAACAGGCTCAGCCTCGCTGTTTCCAT
AGAGAATCGACTTCATATCACGTATGTTCCTGCTCAGCTCCGCCATCTTTTCATCGCGTT
TGGAATCAGGCAAAGAGATGGAACCGAGGGCGTAGAGAAAGAGATCGCGCGTCTGTCGGA
CGAGGTCAGACGGAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A702JQ U 17
AF RR1C005JQ U 1
AF RR1C005TF C 135
AF RR1A702TF C 398
BS 1 108 RR1C005JQ
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BS 758 1219 RR1A702TF

RD RR1A702JQ 440 0 0
G
GCAAAACCATTTTATTGAGGATCAACAGTGAAATGTGTACAAGTGATTACATAATCAAAT
AAATATCTCGTCTGTGTATGTGTGTATAAGAAAAAGTGAGAGAGATTTGTTACCTAATAA
AGAAACAACAACAAACTTTGATGCTCCAAAAATGTCTTTTGAGTGTTTTAAAAAAAGGAA
AAGAAGGATGATTACTGTTGGTTGGTTCAAGCAAGATCTTGTGGCTCAAGGGCTGCAATT
TCTCTCAACACCTGACTTTTGTCTGCTTCAAACCTCTCATCCTCTTTGTCTGGTTTTAAA
TCAGCCAACAATCTCAGGAGCTTGCTCCTATTAGCCACCAGAATGTTGACTATATCTGCA
GGCTTGTTTTGGTTCGCCACAAACAACTTGAAAACATGGAATGCTTCTATCTGGATGCTC
TTGCTTGACTCTCTCA
AAA

QA 2 437 2 437
DS 

RD RR1C005JQ 713 0 0
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TGATTACATAATCAAATAAATATCTCGTCTGTGTATGTGTGTATAAGAGAAAGTGAGAGA
GATTTGTTACCTAATAAAGAAACAACAACAAACTTTGATGCCCCAAAAATGTCTTTTGAG
TGTTTTAAAAAAAGGGAAAGAAGGATGATTACTGTTGGTTGGTTCAAGCAAGATCTTGTG
GCTCAAGGGCTGCAATTTCTCTCAACACCTGACTTTTGTCTGCTTCAAACCTCTCATCCT
CTTTGTCTGGTTTTAAATCAGCCAACAATCTCAGGAGCTTGCTCCTATTAGCCACCAGAA
TGTTGACTATATCTGCAGGCTTGTTTTGGTTCGCCACAAACAACTTGAAAACATGGAATG
CTTCTATCTGGATGCTCTTGCTTGACTCTCTCAGAAGATTCATGAGAATCCTCAAGTTAT
CCCTTGAGCTCACATATTTCGTCATCACAGCTGAATTTGATCGATCCAGTAATATATCAC
CCAACAACTTGATAGCTTGCCGTCTGGTTATATAATTACTTGATTCAAGAAGCTTTGAGT
TGTAGTCCGCGAAAAACCAGTCTTCATTGTTGGTGAGGAACTCGGCAACAGTAGATTTGT
GCCTAGTTAGCAGTTCCTTGAAAGTTGCAGCTGCATCGGCAGCAATGTCGAAA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1C005TF 624 0 0
TAAAGAAACAACAACAAACTTTGATGCCCCAAAAATGTCTTTTGAGTGTTTTAAAAAAAG
AGAAAGAAGGATGATTACTGTTGGTTGGTTCAAGCAAGATCTTGTGGCTCAAGGGCTGCA
ATTTCTCTCAACACCTGACTTTTGTCTGCTTCAAACCTCTCATCCTCTTTGTCTGGTTTT
AAATCAGCCAACAATCTCAGGAGCTTGCTCCTATTAGCCACCAGAATGTTGACTATATCT
GCAGGCTTGTTTTGGTTCGCCACAAACAACTTGAAAACATGGAATGCTTCTATCTGGATG
CTCTTGCTTGACTCTCTCAGAAGATTCATGAGAATCCTCAAGTTATCCCTTGAGCTCACA
TATTTCGTCATCACAGCTGAATTTGATCGATCCAGTAATATATCACCCAACAACTTGATA
GCTTGCCGTCTGGTTATATAATTACTTGATTCAAGAAGCTTTGAGTTGTAGTCCGCGAAA
AACCAGTCTTCATTGTTGGTGAGGAACTCGGCAACAGTAGATTTGTGCCTAGTTAGCAGT
TCCTTGAAAGTTGCAGCTGCATCGGCAGCAATGTCGAAATTAGGAAGCTGGATGTAATCG
AAGAACTTCTTCACATGCTCCGA
C

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1A702TF 822 0 0
CAAACAAC
TGAAAACATGGAATGCTTCTATCTGGATGCTCTTGCTTGACTCTCTCAGAAGATTCATGA
GAATCCTCAAGTTATCCCTTGAGCTCACATATTT*GTCATCACAGCTGAATTTGATCGAT
CCAGTAATATATCACCCAACAACTTGATAGCTTGC*GTCTGGTTATATAATTACTTGATT
CAAGAAGCTTTGAGTTGTAGTCCGCGAAAAACCAGTCTTCATTGTTGGTGAGGAACTCGG
CAACAGTAGATTTGTGCCTAGTTAGCAGTTCCTTGAAAGTTGCAGCTGCATCGGCAGCAA
TGTCGAAATTAGGAAGCTGGATGTAATCGAAGAACTTCTTCACATGCTCCGATTCCAAAA
CATATTTGGCAACAATCTGATGGCGGATGCATTCCCTAAACATAGCACCGTAATGCAAAG
ACATGTCCGTGTTCTCAAAGCCTTGAATCAAAACATCCATGAGATCAAGATTGGCTTCAA
GATAATCAGAAGCAATCAACTTGGAACTGACTTGCTGCCTCTGTAGATTAGCAACAACTT
GTGTAGCATCTTTCCTAGTCTCGAGGTTGAGTTTAGGGAGACAAGTAATCAAGAGGCGGA
GAGTGTCGTCTCCAAAGAACTCTTGAGTCAATTGAGCACAAGCTTCAGCAACAGGCTCAG
CCTCGCTGTTTCCATAGAGAATCGACTTCATATCACGTATGTTCCTGCTCAGCTCCGCCA
TCTTTTCATCGCGTTTGGAATCAGGCAAAGAGATGGAACCGAGGGCGTAGAGAAAGAGAT
CGCGCGTCTGTCGGACGAGGTCAGACGGAGTCCC

QA 9 822 9 822
DS 



AS 1 4

CO CL3021Contig1 738 4 7 U
CAGACTGATCATATGAAATTATTTGAAATATTATGTTGGATGATATAAACCACAAAACAT
AGCAGACTGCACAGGCACATACACACACATACAATTATTATTAATCATAGAGTTGGACAC
ACAAAAGCACACTCTGGGATAAGATGAAAGAAGAGTTTATGATGTAGTTGGTTTAGTCAT
CAGCAGGATCACTGGGAGTTTCATCGGCATTGCGTTTGATCGTGAGGACTGGACACTCAG
CATGCTTCACACAGAACCCACTCACAGTCCCCACAAAGACCTTTTGGAAGCGGCCGAAAC
CACGGCTTCCCAAAACAAGAAGATCTGGTCGGACCCGGCTAACTTCTTGGCATATAACGT
CCTTTGGATCACCTTTCTTGATCCATGCCTCGCAACTAACCCCAATCTCATGACATTTTG
TAACGAAATACTCGAGAAGGTGAAGACCTTTAGACTTGTTAGACTCTCTCATGTCTCTGA
AATCATCAGGAGACGCATATATGCTGTCTACCTCATCAAAACCGTCTTCGTCCACAACAT
GTACATGTAGCAAGAGAATCTTGAAATCGCTAGTGTTGGATCGGACCATTTTCTCCAGAG
TCCATTCGAAAGCTCTTTTGCTGCTTATCGAAGGGTGAGGCTTCCCTTTGATCGTCGATT
CGTTCACAGCCACCATCACTCGTGTCGGCTCCATCTCCATCTTTCACCAAATTCTTCTTC
TTCTTCTTTCTCGAATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H505JQ U 1
AF RR1H505TF C 1
AF RR1GM83JQ U 25
AF RR1GM83TF C 191
BS 1 64 RR1H505JQ
BS 65 65 RR1GM83JQ
BS 66 295 RR1H505JQ
BS 296 296 RR1GM83JQ
BS 297 370 RR1H505JQ
BS 371 671 RR1GM83JQ
BS 672 738 RR1GM83TF

RD RR1H505JQ 371 0 0
CAGACTGATCATATGAAATTATTTGAAATATTATGTTGGATGATATAAACCACAAAACAT
AGCAAACTGCACAGGCACATACACACACATACAATTATTATTAATCATAGAGTTGGACAC
ACAAAAGCACACTCTGGGATAAGATGAAAGAAGAGTTTATGATGTAGTTGGTTTAGTCAT
CAGCAGGATCACTGGGAGTTTCATCGGCATTGCGTTTGATCGTGAGGACTGGACACTCAG
CATGCTTCACACAGAACCCACTCACAGTCCCCACAAAGACCTTTTGGAAGCGGCCTAAAC
CACGGCTTCCCAAAACAAGAAGATCTGGTCGGACCCGGCTAACTTCTTGGCATATAACGT
CCTTTGGATC
G

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR1H505TF 615 0 0
CAGACTGATCATATGAAATTATTTGAAATATTATGTTGGATGATATAAACCACAAAACAT
AGCAGACTGCACAGGCACATACACACACATACAATTATTATTAATCATAGAGTTGGACAC
ACAAAAGCACACTCTGGGATAAGATGAAAGAAGAGTTTATGATGTAGTTGGTTTAGTCAT
CAGCAGGATCACTGGGAGTTTCATCGGCATTGCGTTTGATCGTGAGGACTGGACACTCAG
CATGCTTCACACAGAACCCACTCACAGTCCCCACAAAGACCTTTTGGAAGCGGCCTAGAC
CACGGCTTCCCAAAACAAGAAGATCTGGTCGGACCCGGCTAACTTCTTGGCATATAACGT
CCTTTGGATCGCCTTTCTTGATCCATGCCTCGCAACTAACCCCAATCTCATGACATTTTG
TAACGAAATACTCGAGAAGGTGAAGACCTTTAGACTTGTTAGACTCTCTCATGTCTCTGA
AATCATCAGGAGACGCATATATGCTGTCTACCTCATCAAAACCGTCTTCGTCCACAACAT
GTACATGTAGCAAGAGAATCTTGAAATCGCTAGTGTTGGATCGGACCATTTTCTCCAGAG
TCCATTCGAAAGCTC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1GM83JQ 647 0 0
GAAATATTATGTTGGATGATATAAACCACAAAACATAGCAGACTGCACAGGCACATACAC
ACACATACAATTATTATTAATCATAGAGTTGGACACACAAAAGCACACTCTGGGATAAGA
TGAAAGAAGAGTTTATGATGTAGTTGGTTTAGTCATCAGCAGGATCGCTGGGAGTTTCAT
CGGCATTGCGTTTGATCGTGAGGACTGGACACTCAGCATGCTTCACACAGAACCCACTCA
CAGTCCCCACAAAGACCTTTTGGAAGCGGCCGAAACCACGGCTTCCCAAAACAAGAAGAT
CTGGTCGGACCCGGCTAACTTCTTGGCATATAACGTCCTTTGGATCACCTTTCTTGATCC
ATGCCTCGCAACTAACCCCAATCTCATGACATTTTGTAACGAAATACTCGAGAAGGTGAA
GACCTTTAGACTTGTTAGACTCTCTCATGTCTCTGAAATCATCAGGAGACGCATATATGC
TGTCTACCTCATCAAAACCGTCTTCGTCCACAACATGTACATGTAGCAAGAGAATCTTGA
AATCGCTAGTGTTGGATCGGACCATTTTCTCCAGAGTCCATTCGAAAGCTCTTTTGCTGC
TTATCGAAGGGTGAGGCTTCCCTTTGATCGTCGATTCGTTCACAGCC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1GM83TF 548 0 0
G
CTGGGAGTTTCATCGGCATTGCGTTTGATCGTGAGGACTGGACACTCAGCATGCTTCACA
CAGAACCCACTCACAGTCCCCACAAAGACCTTTTGGAAGCGGCCGAGACCACGGCTTCCC
AAAACAAGAAGATCTGGTCGGACCCGGCTAACTTCTTGGCATATAACGTCCTTTGGATCA
CCTTTCTTGATCCATGCCTCGCAACTAACCCCAATCTCATGACATTTTGTAACGAAATAC
TCGAGAAGGTGAAGACCTTTAGACTTGTTAGACTCTCTCATGTCTCTGAAATCATCAGGA
GACGCATATATGCTGTCTACCTCATCAAAACCGTCTTCGTCCACAACATGTACATGTAGC
AAGAGAATCTTGAAATCGCTAGTGTTGGATCGGACCATTTTCTCCAGAGTCCATTCGAAA
GCTCTTTTGCTGCTTATCGAAGGGTGAGGCTTCCCTTTGATCGTCGATTCGTTCACAGCC
ACCATCACTCGTGTCGGCTCCATCTCCATCTTTCACCAAATTCTTCTTCTTCTTCTTTCT
CGAATCC

QA 2 548 2 548
DS 



AS 1 4

CO CL3022Contig1 651 4 12 U
TTTTTTTTTGGAACTATATATAGACTATTTCCAATGCACATAAATGTATCATATGTTTTA
CTTACCTACCAACAACAAGTGGTATTAAAATCTTGAGCAAACTACATATAACAAATCTAA
TTAGTTAAGCTTTTGGTCTGTGAATCATCACAGTTTAGGAGCAAAAGCTTGCGAGAAGAA
TGACACCAACGAACATAAGAGCCGTTGAGGTCAGGCCAGTCAGAGGAAGAGCAGGCTGTG
TAATGGTGAAGCCAAAGCGATAGAACTTGCTCTTGCTCCTCTTCTTCCAGCTCTGATATC
ATCTTCTCCAACACTTTCGCTAGCTCGGCTCTTTCCGCGCTTCTCAAAACCGGTTTATCC
GCTCCGTTGCTGGCACGACACAATAGTGGAAGCCACGAGATAAGCATCTTCTTCTTTACC
TCTCCCCATTTCTCTCCTCCTGCTGCTGCTTCCTTGAGCAACAAGGCTGAAATTTGGACC
ATAGAACATTGAAGTCTTGGTTCAGACCAAAGCGCCAGCCAAGCCAAGTTAGAAGCCGAA
GACCATTTCTCAACGGCTTCATCAACGAACCCATAAACCGACATCTTCTCCGCCAACCAA
AGCAGCTCCGCCGCCAGCTTCTCCGCCGTTTCCGCAGACTGATCCACCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DX16JQ U 10
AF RR1F306JQ U 10
AF RR1F306TF C 1
AF RR1DX16TF C 380
BS 1 9 RR1F306TF
BS 10 198 RR1DX16JQ
BS 199 199 RR1F306JQ
BS 200 230 RR1DX16JQ
BS 231 231 RR1F306JQ
BS 232 235 RR1DX16JQ
BS 236 466 RR1F306JQ
BS 467 467 RR1F306TF
BS 468 483 RR1F306JQ
BS 484 484 RR1F306TF
BS 485 493 RR1F306JQ
BS 494 651 RR1F306TF

RD RR1DX16JQ 226 0 0
GGAACTATATATAGACTATTTCCAATGCACATAAATGTATCATATGTTTTACTTACCTAC
CAACAACAAGTGGTATTAAAATCTTGAGCAAACTACATATAACAAATCTAATTAGTTAAG
CTTTTGGTCTGTGAATCATCACAGTTTAGGAGCAAAAGCTTGCGAGAAGAATGACACCAA
CGAACATAAAAGCCGTTGAGGTCAGGCCAGTCAGAGGAAGAACAGG

QA 1 226 1 226
DS 

RD RR1F306JQ 484 0 0
GGAACTATATATAGACTATTTCCAATGCACATAAATGTATCATATGTTTTACTTACCTAC
CAACAACAAGTGGTATTAAAATCTTGAGCAAACTACATATAACAAATCTAATTAGTTAAG
CTTTTGGTCTGTGAATCATCACAGTTTAGGAGCAAAAGCTTGCGAGAAGAATGACACCAA
CGAACATAAGAGCCGTTGAGGTCAGGCCAGTCAGAGGAAGAGCAGGCTGTGTAATGGTGA
AGCCAAAGCGATAGAACTTGCTCTTGCTCCTCTTCTTCCAGCTCTGATATCATCTTCTCC
AACACTTTCGCTAGCTCGGCTCTTTCCGCGCTTCTCAAAACCGGTTTATCCGCTCCGTTG
CTGGCACGACACAATAGTGGAAGCCACGAGATAAGCATCTTCTTCTTTACCTCTCCCCAT
TTCTCTCCTCCTGCTGCTGCTTCCTTGAGCAACAAGGGTGAAATTTGGACCATAAAACAT
TGAA

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR1F306TF 651 0 0
TTTTTTTTTGGAACTATATATAGACTATTTCCAATGCACATAAATGTATCATATGTTTTA
CTTACCTACCAACAACAAGTGGTATTAAAATCTTGAGCAAACTACATATAACAAATCTAA
TTAGTTAAGCTTTTGGTCTGTGAATCATCACAGTTTAGGAGCAAAAGCTTGCGAGAAGAA
TGACACCAACGAACATAAGAGCCGTTGAGGTCAGGCCAGTCAGAGGAAGAGCAGGCTGTG
TAATGGTGAAGCCAAAGCGATAGAACTTGCTCTTGCTCCTCTTCTTCCAGCTCTGATATC
ATCTTCTCCAACACTTTCGCTAGCTCGGCTCTTTCCGCGCTTCTCAAAACCGGTTTATCC
GCTCCGTTGCTGGCACGACACAATAGTGGAAGCCACGAGATAAGCATCTTCTTCTTTACC
TCTCCCCATTTCTCTCCTCCTGCTGCTGCTTCCTTGAGCAACAAGGCTGAAATTTGGACC
ATAGAACATTGAAGTCTTGGTTCAGACCAAAGCGCCAGCCAAGCCAAGTTAGAAGCCGAA
GACCATTTCTCAACGGCTTCATCAACGAACCCATAAACCGACATCTTCTCCGCCAACCAA
AGCAGCTCCGCCGCCAGCTTCTCCGCCGTTTCCGCAGACTGATCCACCGCC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1DX16TF 272 0 0
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CTGCTGCTGCTTCCTTGAGCAACAAGGCTGAAATTTGGACCATAGAACATTGAAGTCTTG
GTTCAGACCAAAGCGCCAGCCAAGCCAAGTTAGAAGCCGAAGACCATTTCTCAACGGCTT
CATCAACGAACCCATAAACCGACATCTTCTCCGCCAACCAAAGCAGCTCCGCCGCCAGCT
TCTCCGCCGTTTCCGCAGACTGATCCACCGCC

QA 1 272 1 272
DS 



AS 1 3

CO CL3023Contig1 1018 3 5 U
GGGGATAATAACCAAAATAGTATAATGTCATAATGCAATAAAAGATAGTATTTGACAACG
AATAAAAAAACTAAAAAAGTTAGAATTATAAACAAACATAAAAAATTAGACATAATAAAT
ATAATATTAGGAGAAGCGCGGACCAACCGCAAGGAAGACCTCTCATGTTTCTTCTACTTC
CTTCTTGGTTTTGATCTCTCCATGTACAACTTTAAACTCAGTGCATAAGAAGCTTGAAAA
CGGTGTCTTCACTTACCAAGACGTACTCATATCCAAGAACTTGAGCTCGGTTTCTGAACT
CACCATTTCTTGCTCCGGCACTTGGATCCCAACCAGCACGTCCGCGCCTGCCCCACCCTC
ACGGTAATGGAAAAGGCTAGTATTCCAACGTGGGCGTGGACCGAAAGAGTCCAGGAAGTT
CATCAGAGCACCAGGTATCTCAGGGAAGGTGAACTGGCAGAGAATATCTTCTTCAACACT
TGATCTTCCACCCATCAATTAATGCAGGTAATCTTTTACTAAGTCACTGGTTGTGAGGTT
CCTAGTTCTGAGCTGGGAAGATTCCATTCTCTTCTCTAGTGTGTGCACTCCAGCATTGTA
CATTACAACAAATTCTTTTTCATTTTGGTTATGTTCACGGTGGCTCTCATGGTTTTGTCT
ACATAGAGAATATGATAAGTCTTCAGACACAGCTTTTCCAACATCCTACAAAAAAAGAAA
AAATCAAATCAAGTGAGAACAACTATATATCCTCTATATATTGGTAGCTTGCTTCCCAGA
ATCTGGGCACGGAAGAACACCGGCAGACATTCAAGTCAGCAAGTAGAAGAGACTGCTTGA
CCATTATATGAGAATGAAATCTATTGGAACTGTGCAGAAAAAGCAATGAATTTGTATACT
ATAAGAGAGATGAGTAGAAGAGAGATGAAGAGATCGCGATTTTAAGAAGAGAAAATTCTG
ACTTATTTATACTCGATAACACAGATCTCGCCGACGCAATCGACGCAATGAATAACCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO07JQ U 1
AF RR1DE12JQ U 4
AF RR1EO07TF C 285
BS 1 442 RR1EO07JQ
BS 443 521 RR1DE12JQ
BS 522 522 RR1EO07TF
BS 523 643 RR1DE12JQ
BS 644 1018 RR1EO07TF

RD RR1EO07JQ 442 0 0
GGGGATAATAACCAAAATAGTATAATGTCATAATGCAATAAAAGATAGTATTTGACAACG
AATAAAAAAACTAAAAAAGTTAGAATTATAAACAAACATAAAAAATTAGACATAATAAAT
ATAATATTAGGAGAAGCGCGGACCAACCGCAAGGAAGACCTCTCATGTTTCTTCTACTTC
CTTCTTGGTTTTGATCTCTCCATGTACAACTTTAAACTCAGTGCATAAGAAGCTTGAAAA
CGGTGTCTTCACTTACCAAGACGTACTCATATCCAAGAACTTGAGCTCGGTTTCTGAACT
CACCATTTCTTGCTCCGGCACTTGGATCCCAACCAGCACGTCCGCGCCTGCCCCACCCTC
ACGGTAATGGAAAAGGCTAGTATTCCAACGTGGGCGTGGACCGAAAGAGTCCAGGAAGTT
CATCAGAGCACCAGGTATCTCA

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR1DE12JQ 645 0 0
GATAATAACCAAAATAGTATAATGTCATTATGCAATAAAAGATAGTATTTGACAACGAAT
AAAAAAACTAAAAA*GTTAGAATTATAAACAAACATAAAAAATTAGACATAATAAATATA
ATATTAGGAGAAGCGCGGACCAACCGCAAGGAAGACCTCTCATGTTTCTTCTACTTCCTT
CTTGGTTTTGATCTCTCCATGTACAACTTTAAACTCAGTGCATAAGAAGCTTGAAAACGG
TGTCTTCACTTACCAAGACGTACTCATATCCAAGAACTTGAGCTCGGTTTCTGAACTCAC
CATTTCTTGCTCCGGCACTTGGATCCCAACCAGCACGTCCGCGCCTGCCCCACCCTCACG
GTAATGGAAAAGGCTAGTATTCCAACGTGGGCGTGGACCGAAAGAGTCCAGGAAGTTCAT
CAGAGCACCAGGTCTCTCAGGGAAGGTGAACTGGCAGAGAATATCTTCTTCAACACTTGA
TCTTCCACCCATCAATTAATGCAGGTAATCTTTTACTA*GTCACTGGTTGTGAGGTTCCT
AGTTCTGAGCTGGGAAGATTCCATTCTCTTCTCTAGTGTGTGCACTCCAGCATTGTACAT
TACAACAAATTCTTTTTCATTTTGGTTATGTTCACGGTGG
CTGAA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1EO07TF 734 0 0
GCTCGGTTTCTGAACTCACCATTTCTTGCTCCGGCACTTGGATCCCAACCAGCACGTCCG
CGCCTGCCCCACCCTCACGGTAATGGAAAAGGCTAGTATTCCAACGTGGGCGTGGACCGA
AAGAGTCCAGGAAGTTCATCAGAGCACCAGGTATCTCAGGGAAGGTGAACTGGCAGAGAA
TATCTTCTTCAACACTTGATCTTCCACCCATCAATTAATGCAGGTAATCTTTTACTAAGT
CACTGGTTGTGAGGTTCCTAGTTCTGAGCTGGGAAGATTCCATTCTCTTCTCTAGTGTGT
GCACTCCAGCATTGTACATTACAACAAATTCTTTTTCATTTTGGTTATGTTCACGGTGGC
TCTCATGGTTTTGTCTACATAGAGAATATGATAAGTCTTCAGACACAGCTTTTCCAACAT
CCTACAAAAAAAGAAAAAATCAAATCAAGTGAGAACAACTATATATCCTCTATATATTGG
TAGCTTGCTTCCCAGAATCTGGGCACGGAAGAACACCGGCAGACATTCAAGTCAGCAAGT
AGAAGAGACTGCTTGACCATTATATGAGAATGAAATCTATTGGAACTGTGCAGAAAAAGC
AATGAATTTGTATACTATAAGAGAGATGAGTAGAAGAGAGATGAAGAGATCGCGATTTTA
AGAAGAGAAAATTCTGACTTATTTATACTCGATAACACAGATCTCGCCGACGCAATCGAC
GCAATGAATAACCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 4

CO CL3024Contig1 747 4 3 U
TTTTTGCAACCTGTGACATAAAGAAAGGAGAGCATCTGACTTATGACTATCAGTTTGTTC
AGTTTGGTGCAGATCAAGACTGCCATTGTGGAGCCATAGGTTGCAGAAGGAAGCTTGGGG
TGAAACCAAGCAAGCCTAAAGGACCCTCTGATGAAGCTCTTCATGTAGTGGTATCTGAAG
TAGCCCAGACACTGCCTAAGGTGCATCAAAATGGAGCTATACATGAACATGAACATGAAC
ATGAACATGAAGAAGGAAAGTCATGGAACAAGCTTAAGCAAGGGGAGCCATGTCCTCGTA
ACTGCATTGGTGTGGTGGTCAGGCTATCTCGCACCAGGAGTGATAGGTGTTTTGGCATCA
TTAGAAACTTTAGTGCGTTTACAAGAAAGCACGCGATAATGTTTGAAGATGGTGTTACCG
AGTTTATTGACATGTCCAAAGAAGAAGATTGGGAGATTCTATCTGACTAATAGTGTTCTA
AGATTTCTTTGAAGCAAAAGTTGAACAAATCTGTCAGTGTTTAAAGTTTGATTTGGGGAT
TGGTGCAGTGACCTTGTTGTTTTGCATCTAACAGAATGTAATGTTTGTAAGATTATACAT
AACCATATTTGTAATTTCTCCTCAATTTCCTCATTTTTCGTCAACATCTCAAAGATGATG
AACGATGTCCTGCAAGAACTATGTGGTGTATGTATGACATTGTTGCCTGTACTGTTGTTG
TAATCAAAGACTGTTCTTCTACCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EN96TF U 1
AF RR1F409TF U 1
AF RR1F409JQ C 8
AF RR1EN96JQ C 74
BS 1 545 RR1EN96TF
BS 546 622 RR1F409TF
BS 623 747 RR1F409JQ

RD RR1EN96TF 545 0 0
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AGTTTGGTGCAGATCAAGACTGCCATTGTGGAGCCATAGGTTGCAGAAGGAAGCTTGGGG
TGAAACCAAGCAAGCCTAAAGGACCCTCTGATGAAGCTCTTCATGTAGTGGTATCTGAAG
TAGCCCAGACACTGCCTAAGGTGCATCAAAATGGAGCTATACATGAACATGAACATGAAC
ATGAACATGAAGAAGGAAAGTCATGGAACAAGCTTAAGCAAGGGGAGCCATGTCCTCGTA
ACTGCATTGGTGTGGTGGTCAGGCTATCTCGCACCAGGAGTGATAGGTGTTTTGGCATCA
TTAGAAACTTTAGTGCGTTTACAAGAAAGCACGCGATAATGTTTGAAGATGGTGTTACCG
AGTTTATTGACATGTCCAAAGAAGAAGATTGGGAGATTCTATCTGACTAATAGTGTTCTA
AGATTTCTTTGAAGCAAAAGTTGAACAAATCTGTCAGTGTTTAAAGTTTGATTTGGGGAT
TGGTG

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1F409TF 622 0 0
TTTTTGC
AACCTGTGACATAAAGAAAGGAGAGCATCTGACTTATGACTATCAGTTTGTTCAGTTTGG
TGCAGATCAAGACTGCCATTGTGGAGCCATAGGTTGCAGAAGGAAGCTTGGGGTGAAACC
AAGCAAGCCTAAAGGACCCTCTGATGAAGCTCTTCATGTAGTGGTATCTGAAGTAGCCCA
GACACTGCCTAAGGTGCATCAAAATGGAGCTATACATGAACATGAACATGAACATGAACA
TGAAGAAGGAAAGTCATGGAACAAGCTTAAGCAAGGGGAGCCATGTCCTCGTAACTGCAT
TGGTGTGGTGGTCAGGCTATCTCGCACCAGGAGTGATAGGTGTTTTGGCATCATTAGAAA
CTTTAGTGCGTTTACAAGAAAGCACGCGATAATGTTTGAAGATGGTGTTACCGAGTTTAT
TGACATGTCCAAAGAAGAAGATTGGGAGATTCTATCTGACTAATAGTGTTCTAAGATTTC
TTTGAAGCAAAAGTTGAACAAATCTGTCAGTGTTTAAAGTTTGATTTGGGGGTTGGTGCA
GTGACCTTGTTGTTTTGCATCTAACAGAATGTAATGTTTGTAAGATTATACATAACCATA
TTTGTAATTTCTCCT

QA 8 622 8 622
DS 

RD RR1F409JQ 740 0 0
AACCTGTGACATAAAGAAAGGAGAGCATCTGACTTATGACTATCAGTTTGTTCAGTTTGG
TGCAGATCAAGACTGCCATTGTGGAGCCATAGGTTGCAGAAGGAAGCTTGGGGTGAAACC
AAGCAAGCCTAAAGGACCCTCTGATGAAGCTCTTCATGTAGTGGTATCTGAAGTAGCCCA
GACACTGCCTAAGGTGCATCAAAATGGAGCTATACATGAACATGAACATGAACATGAACA
TGAAGAAGGAAAGTCATGGAACAAGCTTAAGCAAGGGGAGCCATGTCCTCGTAACTGCAT
TGGTGTGGTGGTCAGGCTATCTCGCACCAGGAGTGATAGGTGTTTTGGCATCATTAGAAA
CTTTAGTGCGTTTACAAGAAAGCACGCGATAATGTTTGAAGATGGTGTTACCGAGTTTAT
TGACATGTCCAAAGAAGAAGATTGGGAGATTCTATCTGACTAATAGTGTTCTAAGATTTC
TTTGAAGCAAAAGTTGAACAAATCTGTCAGTGTTTAAAGTTTGATTTGGGGATTGGTGCA
GTGACCTTGTTGTTTTGCATCTAACAGAATGTAATGTTTGTAAGATTATACATAACCATA
TTTGTAATTTCTCCTCAATTTCCTCATTTTTCGTCAACATCTCAAAGATGATGAACGATG
TCCTGCAAGAACTATGTGGTGTATGTATGACATTGTTGCCTGTACTGTTGTTGTAATCAA
AGACTGTTCTTCTACCTTCC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1EN96JQ 674 0 0
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GCCTAAAGGACCCTCTGATGAAGCTCTTCATGTAGTGGTATCTGAAGTAGCCCAGACACT
GCCTAAGGTGCATCAAAATGGAGCTATACATGAACATGAACATGAACATGAACATGAAGA
AGGAAAGTCATGGAACAAGCTTAAGCAAGGGGAGCCATGTCCTCGTAACTGCATTGGTGT
GGTGGTCAGGCTATCTCGCACCAGGAGTGATAGGTGTTTTGGCATCATTAGAAACTTTAG
TGCGTTTACAAGAAAGCACGCGATAATGTTTGAAGATGGTGTTACCGAGTTTATTGACAT
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GCAAAAGTTGAACAAATCTGTCAGTGTTTAAAGTTTGATTTGGGGATTGGTGCAGTGACC
TTGTTGTTTTGCATCTAACAGAATGTAATGTTTGTAAGATTATACATAACCATATTTGTA
ATTTCTCCTCAATTTCCTCATTTTTCGTCAACATCTCAAAGATGATGAACGATGTCCTGC
AAGAACTATGTGGTGTATGTATGACATTGTTGCCTGTACTGTTGTTGTAATCAAAGACTG
TTCTTCTACCTTCC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 4

CO CL3025Contig1 1144 4 11 U
GGGCTTGGTTGATTTTGCTGAAATATACAGGAACTCAAATCGGTGTCGACGCAATAAGGA
GCTGATCGAAGGACTAAGCAAGCCAAGCAATAGTACACAAGAACTTGAGTTTCCGACCAG
ATACTCTCAATCGTTCTATAGTCAGTTTGTTGCTTGCCTGTGGAAACAAAACTTGTCTTA
TTGGCGGAACCCGCAATACACTGCCGTTCGCTTCTTCTACACGGTGGTTATCTCTCTAAT
GCTTGGAACAATATGTTGGAAATTTGGTGCCAAAAGGGACACTCAACAACAATTATTCAA
TGCAATGGGATCCATGTACGCAGCGGTTCTGTTCATTGGAATCACCAACGCAACCGCTGC
ACATCCCGTTGTTTCTATTGAAAGATTTGTTTCGTACCGTGAGAGAGCAGCGGGAATGTA
CTCAGCACTTCCCTTTGCATTTGCACAGGTGTTTATAGAGTTTCCATACGTGTTAGCACA
GTCCACTATATATAGTACCATATTCTATGCGATGGCCTCTTTCGAATGGTCAGCAGTGAA
GTTCTTGTGGTACTTATTCTTCATGTATTTTTCGATTTTGCACTTCACCTTCTACGGGAT
GATGACAACAGCAATCACCCCAAACCACAACGTTGCCGCAATTATAGCTGCCCCTTTTTA
CATGCTTTGGAACCTCTTCAGCGGTTTCATGATCCCATACAAGAGGATTCCGTTGTGGTG
GAGATGGTACTACTGGGCAAATCCGGTAGCATGGACACTTTACGGTTTATTGATGTCTCA
GTACGGTGATGATGAGAAACAGGTGAAGCTATCGGACGGTGTTCATCAAGTAATGGTGAA
ACAACTTCTTGAGGATGTGATGGGATACAAACATGACTTCTTGGGTGTCTCCGCTATTAT
GGTTGTTGCCTTTTGCGTCTTCTTCTCTGTTGTCTTTGCTTTCGCCATCAAAGCCTTCAA
TTTCCAAAGAAGATAGGTCACCAAATTATCATATACTCCAACCAACTCTCCCATTTATTA
ATCTATACATACAAATACATGAACAGACCTATTTATTTATTTATACATTGGAGACTTTGT
ATCTGAAACTGTAATGTATTACATAACTTTTTCACTCTTTACATGTACAGTACTACAGAT
CGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 

AF RR1GG53TF U 1
AF RR1GD63JQ C 376
AF RR1GD63TF U 376
AF RR1GG53JQ C 603
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BS 395 580 RR1GG53TF
BS 581 581 RR1GD63TF
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BS 760 760 RR1GD63JQ
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BS 1095 1136 RR1GD63TF
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GCTGATCGAAGGACTAAGCAAGCCAAGCAATAGTACACAAGAACTTGAGTTTCCGACCAG
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TTGGCGGAACCCGCAATACACTGCCGTTCGCTTCTTCTACACGGTGGTTATCTCTCTAAT
GCTTGGAACAATATGTTGGAAATTTGGTGCCAAAAGGGACACTCAACAACAATTATTCAA
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GTCCACTATATATAGTACCATATTCTATGCGATGGCCTCTTTCGAATGGTCAGCAGTGAA
GTTCTTGTGGTACTTATTCTTCATGTATTTTTCGATTTTGTACTTCACCTTCTACGGGAT
GATGACAACAGCAATCACCCCAAACCACAACGTTGCCGCAATTATAGCTGCCCCTTTTTA
CATGCTTTGGAACCTCTTCAGCGGTTTCATGAT

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DS 

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G
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TTCTTCATGTATTTTTCGATTTTGCACTTCACCTTCTACGGGATGATGACAACAGCAATC
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TTCAGCGGTTTCATGATCCCATACAAGAGGATTCCGTTGTGGTGGAGATGGTACTACTGG
GCAAATCCGGTAGCATGGACACTTTACGGTTTATTGATGTCTCAGTACGGTGATGATGAG
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GTGATGGGATACAAACATGACTTCTTGGGTGTCTCCGCTATTATGGTTGTTGCCTTTTGC
GTCTTCTTCTCTGTTGTCTTTGCTTTCGCCATCAAAGCCTTCAATTTCCAAAGAAGATAG
GTCACCAAATTATCATATACTCCAACCAACTCTCCCATTTATTAATCTATACATACAAAT
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TATTACATAACTTTTTCACTCTTTACATGTACAGTACTAC
GG

QA 2 761 2 761
DS 

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G
ATTGAAAGATTTGTTTCGTACCGTGAGAGAGCAGCGGGAATGTACTCAGCACTTCCCTTT
GCATTTGCACAGGTGTTTATAGAGTTTCCATACGTGTTAGCACAGTCCACTATATATAGT
ACCATATTCTATGCGATGGCCTCTTTCGAATGGTCAGCAGTGAAGTTCTTGTGGTACTTA
TTCTTCATGTATTTTTCGATTTTGCACTTCACCTTCTACGGGATGATGACAACAGCAATC
ACCCCAAACCACAACGTTGCCGCAATTATAGCTGCCCCTTTTTACATGCTTTGGAACCTC
TTCAGCGGTTTCATGATCCCATACAAGAGGATTCCGTTGTGGTGGAGATGGTACTACTGG
GCAAATCCGGTAGCATGGACACTCTACGGTTTATTGATGTCTCAGTACGGTGATGATGAG
AAACAGGTGAAGCTATCGGACGGTGTTCATCAAGTAATGGTGAAACAACTTCTTGAGGAT
GTGATGGGATACAAACATGACTTCTTGGGTGTCTCCGCTATTATGGTTGTTGCCTTTTGC
GTCTTCTTCTCTGTTGTCTTTGCTTTCGCCATCAAAGCCTTCAATTTCCAAAGAAGATAG
GTCACCAAATTATCATATACTCCAACCAACTCTCCCATTTATTAATCTATACATACAAAT
ACATGAACAGACCTATTTATTTATTTATACATTGGAGACTTTGTATCTGAAACTGTA*TG
TATTACATAACTTTTTCACTCTTTACATGTACAGTACTAC
GGAAAAA

QA 2 761 2 761
DS 

RD RR1GG53JQ 542 0 0
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TGCTTTGGAACCTCTTCAGCGGTTTCATGATCCCATACAAGAGGATTCCGTTGTGGTGGA
GATGGTACTACTGGGCAAATCCGGTAGCATGGACACTTTACGGTTTATTGGTGTCTCAGT
ACGGTGATGATGAGAAACAGGTGAAGCTATCGGACGGTGTTCATCAAGTGATGGTGAAAC
AACTTCTTGAGGATGTGATGGGATACAAACATGACTTCTTGGATGTTTCCGCTGTTATGG
TTGTTGCCTTTTGCGTCTTCTTCTCTGTTGTCTTTGCTTTCGCCATTAAAGCCTTCAATT
TCCAAAGAAGATAGGTCACCAAATTATCATATACTCCAACCAACTCTCCCATTTATTAAT
CTATACATACAAATACATGAACAGACCTATTTATTTATTTATACATTGGAGACTTTGTAT
CTGAAACTGTAATGTATTACATAACTTTTTCACTCTTTACATTTACAGTACTACAGATCG
AT

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 3

CO CL3026Contig1 1150 3 8 U
GGGACTTGGGAGGTGAGAAGAAGGAAGAATCTGTGCTTCGACTCCAATGGCGCTCTCGAA
TACTATCTTCTTCTCTCTTTCTCATTTAGCTCCCTTTACTTCTTCTTCTTCTTCCGCCAC
CAGCTGCCAGACTCGCTCTCCCGCTCTAATTTCACCTCCATATCTATCATCGCATGCTTT
CTTCGCTGATCCCCGGAAGTTCGTCGATGGTGTAACTCCTCTATCCACGAGGAGTATAAG
GAAGAACCGTGTACATGCTTTGATTAACAGCACTAATGCTACTCCTCCATCTTATCCGAA
AACTGAAGATGATGATGATGATGACTTCGTTCCAATGCCAATGGTTTTGATAGACCAGGA
TGCTGACCCTGAAGCCACCATTGTTCAACTCAGTTTTGGAGATCGTCTTGGGGCTCTCAT
TGACACTATGAGGGCGCTGAAAGATTTGGGATTGGATGTAATAAAAGGAACCGTCTCAAC
TGAAGGATCTGTTAAGCAGACCAAATTTTCTATAACAAAACTAGACACTGGTCGGAAAGT
GGAAGATCCTGACTCTTTGGAGCAAATCCGATTAACAATCATCAACAATCTTTTGAAATA
CCATCCGGAATGCAGTGATCAACTTGCAATGGGTGAGACATTTGGAATAAAGCCCCCCAA
AAAGAAGATTGATGTTGATATCGCGACTCACATACATGTGAAAGAAGATGGACCAAAGAG
GAGCTTGCTTTGCATAGAGACAGCAGACAGGCCAGGTCTTGTTGTGGAGATGATAAAAGT
GATGGCAGATATCAACATAGACGTTGAATCCGCGGAGATAGACACAGAAGGACTGGTTGC
GAAAGACAAGTTTCATGTAAGCTACCAAGGGCAAGCGCTAAATAGTTCATTGTCACAGGT
GTTGGTGAACTGTCTACGTTACTTCCTGAGAAGGCCTGAAACAGACATCGACAGCTATTA
ATTAGCTTTTTTTTGTTTGTTCCAAAACAAAAAAACTGCTCTTTCTCCTTTTCGAAATCG
CATCTGTTGCGGCATATCAAGTCTTTCTCTTTTGAACATTTTGTGGAAACTCGTAATACC
ATCACGTCTGCGAAATGTTTGTGTCTGGAACTGAACCATTGGGGGCTAAAGAATAAAGAT
GGTTTGGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F226TF U 1
AF RR1F226JQ C 791
AF RR1H655TF U 567
BS 1 657 RR1F226TF
BS 658 798 RR1H655TF
BS 799 799 RR1F226JQ
BS 800 973 RR1H655TF
BS 974 974 RR1F226JQ
BS 975 1014 RR1H655TF
BS 1015 1015 RR1F226JQ
BS 1016 1150 RR1H655TF

RD RR1F226TF 658 0 0
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TACTATCTTCTTCTCTCTTTCTCATTTAGCTCCCTTTACTTCTTCTTCTTCTTCCGCCAC
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CTTCGCTGATCCCCGGAAGTTCGTCGATGGTGTAACTCCTCTATCCACGAGGAGTATAAG
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AACTGAAGATGATGATGATGATGACTTCGTTCCAATGCCAATGGTTTTGATAGACCAGGA
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TGACACTATGAGGGCGCTGAAAGATTTGGGATTGGATGTAATAAAAGGAACCGTCTCAAC
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GGAAGATCCTGACTCTTTGGAGCAAATCCGATTAACAATCATCAACAATCTTTTGAAATA
CCATCCGGAATGCAGTGATCAACTTGCAATGGGTGAGACATTTGGAATAAAGCCCCC
A

QA 1 657 1 657
DS 

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TTTTGTTTGTTCCAAAACAAAAAAACTGCTCTTTCTCCTTTTCGAAATCGCATCTGTTGC
GGCATATCAAGTCTTTCTCTTTTGAACATTTTGTGGAAACTCGTAATACCATCACGTCTG
C

QA 1 301 1 301
DS 

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G
CCGATTAACAATCATCAACAATCTTTTGAAATACCATCCGGAATTCAGTGATCAACTTGC
AATGGGTGAGACATTTGGAATAAAGGCCCCCAAAAAGAAGATTGATGTTGATATCGCGAC
TCACATACATGTGAAAGAAGATGGACCAAAGAGGAGCTTGCTTTGCATAGAGACAGCAGA
CAGGCCAGGTCTTGTTGTGGAGATGATAAAAGTGATGGCAGATATCAACATTGACGTTGA
ATCCGCGGAGATAGACACAGAAGGACTGGTTGCGAAAGACAAGTTTCATGTAAGCTACCA
AGGGCAAGCGCTAAATAGTTCATTGTCACAGGTGTTGGTGAACTGTCTACGTTACTTCCT
GAGAAGGCCTGAAACAGACATCGACAGCTATTAATTAGCTTTTTTT*GTTTGTTCCAAAA
CAAAAAAACTGCTCTTTCTCCTTTTCGGAATCGCATCTGTTGCGGCATATCAAGTCTTTC
TCTTTTGAACATTTTGTGGAAACTCGTAATACCATCACGTCTGCGAAATGTTTGTGTCTG
GAACTGAACCATTGGGGGCTAAAGAATAAAGATGGTTTGGTTC

QA 2 584 2 584
DS 



AS 1 4

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TTTACATTTTGGCGAGATTTTATCATCAATGGTTTTACAAGAGACCAGACTTTATATTGG
TCACATATATAGCACATATAGCTTGAGCTTTTACATGTCTTTGTTTCTCTCTTAGACACT
TGGTTGATGAATAATTTATAGCCATAACATTATGACTAGAATCTTACAACGATACAGGAG
ATGTCATCTTTGCTTTTCCTAGAGATTGCTTCTTCTATCAACTCCTTGGCTGCCTCATGG
GGATCTTTTATGCTTCTGATCGCGTCCACAGCTTCTTGGTTTGACATCACCTTCCAAATT
CCATCACTGGCAAAAACAATGAACTCGGTTTCATCATGGATTGTCTGGTGTGTTATGTCT
GGTTCCGAGCTCAGATGCATCTTTAAGCTCTTATCTCCAAACGCCCTCGCAACCGCTAGT
TGTCCATCAACTCTTGGAACGTCCCCTGGAATATTGGACACAAAGCCGCCACGGCTCTCT
ATTTCCTTCTGCTCCTTGCTTGGTTCATGATCAACAGAGAGCTGAGATGCAACACCATTC
TTTGACATGACTGCCCGTGAGTCTCCAACGTTAGCAACTATTAGCTTTTGCCCATCTATC
AGAATTCCAGTTACAGCAGTTGATCCACCTTTGCCAAGTTTAAGTGACTGCTCTAATATG
GAAGCATCTGTTGATATGTATGCATCCCTTATAGCCTTCTCCATATCAGTCCAAAAATCC
TTCTCTTTGAGTATGTTGTCAAAGAGGTTGGTCTGCAAGTACTTGGCCACGTCATGTCCC
AAGTGACCGTCAAAAATGGCAAACAAACCCAAATCGTGGTTGTCTACTTTTTTGAACTCA
GACACAACGTAGTCCTCCATGGGATGGTTAGCTTTGCCCTTGACAAAGTGAAAACCGTGG
GAGATGTTTTTCCATGTCCTGCTTTTACCTCTGCCCGTTTCAGATCCGCAGAATCCAGCC
TTCAACTTCATCTTGTGCAGAATTTCGCTGCCTGTCATTGTTGTGAGAATGAGAGTTGAG
TGTTTGTGTATGAAATGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FE72JQ U 1
AF RR1E549JQ U 7
AF RR1FE72TF C 377
AF RR1E549TF C 618
BS 1 777 RR1FE72JQ
BS 778 1099 RR1FE72TF

RD RR1FE72JQ 777 0 0
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TTTACATTTTGGCGAGATTTTATCATCAATGGTTTTACAAGAGACCAGACTTTATATTGG
TCACATATATAGCACATATAGCTTGAGCTTTTACATGTCTTTGTTTCTCTCTTAGACACT
TGGTTGATGAATAATTTATAGCCATAACATTATGACTAGAATCTTACAACGATACAGGAG
ATGTCATCTTTGCTTTTCCTAGAGATTGCTTCTTCTATCAACTCCTTGGCTGCCTCATGG
GGATCTTTTATGCTTCTGATCGCGTCCACAGCTTCTTGGTTTGACATCACCTTCCAAATT
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GGTTCCGAGCTCAGATGCATCTTTAAGCTCTTATCTCCAAACGCCCTCGCAACCGCTAGT
TGTCCATCAACTCTTGGAACGTCCCCTGGAATATTGGACACAAAGCCGCCACGGCTCTCT
ATTTCCTTCTGCTCCTTGCTTGGTTCATGATCAACAGAGAGCTGAGATGCAACACCATTC
TTTGACATGACTGCCCGTGAGTCTCCAACGTTAGCAACTATTAGCTTTTGCCCATCTATC
AGAATTCCAGTTACAGCAGTTGATCCACCTTTGCCAAGTTTAAGTGACTGCTCTAATATG
GAAGCATCTGTTGATATGTATGCATCCCTTATAGCCTTCTCCATATCAGTCCAAAAA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1E549JQ 721 0 0
ATGAAACTTCAATCATTTAGACTAATGCACCAGCAACCATTTGCACGAAATTCTTTTACA
TTTTGGCGAGATTTTATCATCAATGGTTTTACAAGAGACCAGACTTTATATTGGTCACAT
ATATAGCACATATAGCTTGAGCTTTTACATGTCTTTGTTTCTCTCTTAGACACTTGGTTG
ATGAATAATTTATAGCCATAACATTATGACTAGAATCTTACAACGATACAGGAGATGTCA
TCTTTGCTTTTCCTAGAGATTGCTTCTTCTATCAACTCCTTGGCTGCCTCATGGGGATCT
TTTATGCTTCTGATCGCGTCCACAGCTTCTTGGTTTGACATCACCTTCCAAATTCCATCA
CTGGCAAAAACAATGAACTCGGTTTCATCATGGATTGTCTGGTGTGTTATGTCTGGTTCC
GAGCTCAGATGCATCTTTAAGCTCTTATCTCCAAACGCCCTCGCAACCGCTAGTTGTCCA
TCAACTCTTGGAACGTCCCCTGGAATATTGGACACAAAGCCGCCACGGCTCTCTATTTCC
TTCTGCTCCTTGCTTGGTTCATGATCAACAGAGAGCTGAGATGCAACACCATTCTTTGAC
ATGACTGCCCGTGAGTCTCCAACGTTAGCAACTATTAGCTTTTGCCCATCTATCAGAATT
CCAGTTACAGCAGTTGATCCACCTTTGCCAAGTTTAAGTGACTGCTCTAATATGGAAGCA
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1FE72TF 723 0 0
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GCATCTTTAAGCTCTTATCTCCAAACGCCCTCGCAACCGCTAGTTGTCCATCAACTCTTG
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TGTATGCATCCCTTATAGCCTTCTCCATATCAGTCCAAAAATCCTTCTCTTTGAGTATGT
TGTCAAAGAGGTTGGTCTGCAAGTACTTGGCCACGTCATGTCCCAAGTGACCGTCAAAAA
TGGCAAACAAACCCAAATCGTGGTTGTCTACTTTTTTGAACTCAGACACAACGTAGTCCT
CCATGGGATGGTTAGCTTTGCCCTTGACAAAGTGAAAACCGTGGGAGATGTTTTTCCATG
TCCTGCTTTTACCTCTGCCCGTTTCAGATCCGCAGAATCCAGCCTTCAACTTCATCTTGT
GCAGAATTTCGCTGCCTGTCATTGTTGTGAGAATGAGAGTTGAGTGTTTGTGTATGAAAT
GTG

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1E549TF 482 0 0
TGAGTCTCCAACGTTAGCAACTATTAGCTTTTGCCCATCTATCAGAATTCCAGTTACAGC
AGTTGATCCACCTTTGCCAAGTTTAAGTGACTGCTGTAATATGGAAGCATCTGTTGATAT
GTATGCATCCCTTATAGCCTTCTCCATATCAGTCCAAAAATCCTTCTCTTTGAGTATGTT
GTCAAAGAGGTTGGTCTGCAAGTACTTGGCCACGTCATGTCCCAAGTGACCGTCAAAAAT
GGCAAACAAACCCAAATCGTGGTTGTCTACTTTTTTGAACTCAGACACAACGTAGTCCTC
CATGGGATGGTTAGCTTTGCCCTTGACAAAGTGAAAACCGTGGGAGATGTTTTTCCATGT
CCTGCTTTTACCTCTGCCCGTTTCAGATCCGCAGAATCCAGCCTTCAACTTCATCTTGTG
CAGAATTTCGCTGCCTGTCATTGTTGTGAGAATGAGAGTTGAGTGTTTGTGTATGAAATG
TG

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 4

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GGAGGGAGGAGGAGCAATGTCGTCTTCTTTGCTGCGGTTTGGAGTCTCAAGGCCGACTTC
TTCTTCTTCTTCGTATAAGAACTTAGTAAGCTCCCACATCTTCGGGGTTGCTACGTTTTC
TTTGTCATGGGCAAGCAACACACCTCACCACATAAACACAAAGCTCAAGCAAAAGCAAAA
GCTCTGGGTTAAAGGTTCAGCACAAGAGATTCCACAGCAACTAGAGGAAGATTCAAAGTT
TGTACCTTTGGATCCTCAGGATCCTGTGTTCGGCCCTCCTGTTTTGCTGTTGCTTGGATT
TCAAGTTCATGAAGCACAGAAGATACAAGAGCTTCTTAAGGAGCTCGATGGCGAATTCAT
GAAGATTATGTTCTGTACAGAAGATATGATCCCGCGTTCGTTGTGGGAAGCAGTTAACAC
AAGACAGACTGACCTCAAGAGAGTTAAAATTGCGGAATCGCTGCCACGGATTTGCTTCTT
ATCTGGTTTGACAGGAGAAGAGATGATGATGTTCATTGATGCATTTCCAAAAACTGGGCT
AGAACCAGCTGTGTTTGCAGCTATGGTTCCTAACAGCGCTGATAAACCTATCTCGGAGTT
GATGGAGGAAATCATGGGAGATCATGAGTTGTTGAATGGGAGCGGTTCCAGCTGAAG*TT
TCTACTGATGAAGACAAGAGGACAGCTCGGGAATGGCTCTGTAAGTTGGCTCTTATGAGT
TTTGTTCCGCTATGCGAACTCGCATGATCATATAAAGAGTGTTGTGTTACTTTTATTTAC
AAAAACAGAGAGAATTTAGTCATTTGATTAATCTTCGTGTACATTACAAAACACTACTTA
CGTGGATAAATAGTCAGTATTTGTCTGAT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E867TF U 3
AF RR1BT63TF U 1
AF RR1F073TF U 1
AF RR1BT63JQ C 72
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G
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DS 

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GGA
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ACCTTTGGATCCTCAGGATCCTGTGTTCGGCCCTCCTGTTTTGCTGTTGCTTGGATTTCA
AGTTCATGAAGCACAGAAGATACAAGAGCTTCTTAAGGAGCTCGATGGCGAATTCATGAA
GATTATGTTCTGTACAGAAGATATGATCCCGCGTTCGTTGTGGGAAGCAGTTAACACAAG
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TGGTTTGACAGGAGAAGAGATGATGATGTTCATTGATGCATTTCCAAAAACTGGGCTAGA
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A*CAGAGAGAATTTAGTC

QA 4 801 4 801
DS 

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AAGCACAGAAGATACAAGAGCTTCTTAAGGAGCTCGATGGCGAATTCATGAAGATTATGT
TCTGTACAGAAGATATGATCCCGCGTTCGTTGTGGGAAGCAGTTAACACAAGACAGACTG
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ATGCGAACTCGCATGATCATATAAAGAGTGTTGTGTTACTTTTATTTACAAAAACAGAGA
GAATTTAGTCATTTGATTAATCTTCGTGTACATTACAAAACACTACTTACGTGGATAAAT
AGTCAGTATTTGTCTGAT

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 4

CO CL3029Contig1 1109 4 22 U
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CTTCTGATGAATGATAACCAAATTCACTGGTTCTCTATCGTCGATTCTCTGATGATCGTC
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CGATACAACGAGCTTGAGACTCAAGAAGAAGCTCAAGAAGAGACAGGATGGAAGCTTGTC
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TCCCCTTCGAACCGGGGTGGTCTGATGACGGCCATGCTTCTGCTCTGGGTCTTCATGGGA
CTCTTTGCTGGTTACGCTTCCTCACGTCTCTACAAAATGTTCAAAGGAACAGAGTGGAAG
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CTAAACGCTCTCATCTGGGGACAAAAGTCATCTGGTGCTGTCCCCTTTGGAACAATGTTC
GCCTTGATCTTCCTCTGGTTTGGCATCTCGGTTCCTCTCGTCTTTGTTGGAGCTTACCTC
GGCTTCAAAAAACCAGCGGTTGATGACCCAGTGAAAACCAACAAAATCCCAAGGCAAATC
CCAGAGCAAGCATGGTGCATGAACCCGGTTTTCTCAATCCTCATTGGAGGAATCCTACCG
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TACTACATCTTTGGTTTCCTCTTCCTTGTCTTTGTAATCCTCATCGTCACTTGCGCCGAG
ATAACCGTAGTACTCTGCTACTTCCAGCTCTGCAGTGAGGACTACCTGTGGTGGTGGAGA
TCGTACCTAACATCTGGCTCATCAGCTCTGTATCTATTCCTCTACGCGACCTTCTACTTC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F750TF U 1
AF RR1E672TF U 274
AF RR1GT69TF U 347
AF RR1H166TF U 347
BS 1 296 RR1F750TF
BS 297 297 RR1E672TF
BS 298 356 RR1F750TF
BS 357 357 RR1E672TF
BS 358 368 RR1F750TF
BS 369 369 RR1E672TF
BS 370 399 RR1F750TF
BS 400 400 RR1E672TF
BS 401 440 RR1F750TF
BS 441 441 RR1E672TF
BS 442 580 RR1F750TF
BS 581 581 RR1E672TF
BS 582 627 RR1F750TF
BS 628 662 RR1E672TF
BS 663 663 RR1GT69TF
BS 664 736 RR1E672TF
BS 737 737 RR1GT69TF
BS 738 950 RR1E672TF
BS 951 1035 RR1GT69TF
BS 1036 1036 RR1H166TF
BS 1037 1088 RR1GT69TF
BS 1089 1109 RR1H166TF

RD RR1F750TF 627 0 0
GCATATGATGTTGATTTCCAGGAAAGTGAAGTGAAGTGGGCATCTAGATGGGATGCTTAT
CTTCTGATGAATGATAACCAAATTCACTGGTTCTCTATCGTCGATTCTCTGATGATCGTC
CTGTTCCTGTCTGGCATGGTGGCGATGATAATGCTGAGAACCCTTTACCGTGACATTTCA
CGATACAACGAGCTTGAGACTCAAGAAGAAGCTCAAGAAGAGACAGGATGGAAGCTTGTC
CATGGTGATGTTTTCAGGATTCCAACCAATTCAGATCTGCTCTGCGTCTACGTTGGTACA
GGGGTCCAATGTTTAGGCATGGTTTTTGTCACAATGATCTTCGCCATGCTCGGGTTCCTC
TCCCCTTCTAACCGGGGTGGTCTGATGACGGCCATGCTTTTGCTCTGGGTCTTCATGGGA
CTCTTTGCTGGTTACGCTTCTTCACGTCTCTACAAAATGTTCAAAGGAACAGAGTGGAAG
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CTAAACGCTCTCATCTGGGGACAAAAGTCATCTGGTGCTG*CCCCTTTGGAACAATGTTC
GCCTTGATCTTCCTCTGGTTTGGCATC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1E672TF 677 0 0
GGTCTC
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TTCGCCATGCTTGGGTTTCTCTCCCCTTCGAACCGGGGTGGTCTGATGACGGCCATGCTT
CTGCTCTGGGTCTTCATGGGACTCTTTGCTGGTTACGCTTCCTCACGTCTCTACAAAATG
TTCAAAGGAACAGAGTGGAAGAGAATCGCCTTCAGAACAGCCTTCTTGTTCCCTGCAGTT
GTCTCCTCCATCTTCTTTGTCCTAAACGCTCTCATCTGGGGACAAAAGTCATCTGGTGCT
GTCCCCTTTGGAACAATGTTCGCCTTGATCTTCCTCTGGTTTGGCATCTCGGTTCCTCTC
GTCTTTGTTGGAGCTTACCTCGGTTTCAAAAAACCAGCGGTTGATGACCCAGTGAAAACC
AACAAAATCCCAAGGCAAATCCCAGAGCAAGCATGGTACATGAACCCGGTTTTCTCAATC
CTCATTGGAGGAATCCTACCGTTTGGTGCAGTCTTCATCGAGCTCTTCTTTATCCTCACA
TCCATCTGGCTCAACCAGTTCTACTACATCTTTGGTTTCCTCTTCCTTGTCTTTGTAATC
CTCATCGTCACTTGCGCCGAGATAACCGTAGTACTCTGCTACTTCCAGCTCTGCAGTGAG
GACTACCTGTG

QA 7 677 7 677
DS 

RD RR1GT69TF 742 0 0
GGCTT
GGGTTTCTCTCCCCTTCGAACCGGGGTGGTCTGATGACGGCCATGCTTCTGCTCTGGGTC
TTCATGGGACTCTTTGCTGGTTACGCTTCCTCACGTCTCTACAAAATGTTCAAAGGAACA
GAGTGGAAGAGAATCGCCTTCAGAACAGCCTTCTTGTTCCCTGCAGTTGTCTCCTCCATC
TTCTTTGTCCTAAACGCTCTCATCTGGGGACAAAAGTCATCTGGTGCTGTCCCCTTTGGA
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GCTTACCTCGGCTTCAAAAAACCAGCGGTTGATGACCCAGTGAAAACCAACAAAATCCCA
AGGCAAATCCCAGAGCAAGCATGGTGCATGAACCCGGTTTTCTCAATCCTCATTGGAGGA
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AACCAGTTCTACTACATCTTTGGTTTCCTCTTCCTTGTCTTTGTAATCCTCATCGTCACT
TGCGCCGAGATAACCGTAGTACACTGCTACTTCCAGCTCTGCAGTGAGGACTACCTGTGG
TGGTGGAGATCGTACCTAACATCTGGCTCATCAGCTCTGTATCTATTCCTCTACGCGACC
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ACATGCTCATCGCGTCT

QA 6 742 6 742
DS 

RD RR1H166TF 763 0 0
GGCTT
GGGTTTCTCTCCCCTTCGAACCGGGGTGGTCTGATGACGGCCATGCTTCTGCTCTGGGTC
TTCATGGGACTCTTTGCTGGTTACGCTTCCTCACGTCTCTACAAAATGTTCAAAGGAACA
GAGTGGAAGAGAATCGCCTTCAGAACAGCCTTCTTGTTCCCTGCAGTTGTCTCCTCCATC
TTCTTTGTCCTAAACGCTCTCATCTGGGGACAAAAGTCATCTGGTGCTGTCCCCTTTGGA
ACAATGTTCGCCTTGATCTTCCTCTGGTTTGGCATCTCGGTTCCTCTCGTCTTTGTTGGA
GCTTACCTCGGCTTCAAAAAACCAGCGGTTGATGACCCAGTGAAAACCAACAAAATCCCA
AGGCAAATCCCAGAGCAAGCATGGTGCATGAACCCGGTTTTCTCAATCCTCATTGGAGGA
ATCCTACCGTTTGGTGCAGTCTTCATCGAGCTCTTCTTTATCCTCACATCCATCTGGCTC
AACCAGTTCTACTACATCTTTGGTTTCCTCTTCCTTGTCTTTGTAATCCTCATCGTCACT
TGCGCCGAGATAACCGTAGTACTCTGCTACTTCCAGCTCTGCAGTGAGGACTACCTGTGG
TGGTGGAGATCGTACCTAACATCTGGCTCATCAGCTCTGTATCTATTCCTCTACGCGACC
TTCTACTTCTTCACAAAGCTTCAAATCACAAAACTGGTGTCGCGATGCTTTACTTTGGGT
ACATGCTCATCGCGTCTTACGCATTTTTGTGCTCACAG

QA 6 763 6 763
DS 



AS 1 4

CO CL3030Contig1 762 4 12 U
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TTTGTAGGTAACGTTTAAGATTCTCTCATATCTCTCGTCTGCTTGTTAGCCATTATGAGA
AAAAAATATATTATGAAACGTCATAAACTAAGGAAAAGAACAATGAAAGCAAAAGAAAGT
TGTCCAGAGTTGTCTTTGAGTCGAGTTTTGTTCCTTCAGGTCTTTTTGATGTTTACACGG
AGAACTTCTGAGGGACAGTATCAAAATCGTCTCCGAAGTCGAACCTTTGCCTTTCCCTTC
CAACCTTTCCCAAGTATAAAGGATCACATGACAAGCTTTCATCCATGGCAAATAGATTCT
TCGACAACCCAATTGTCCTTTGGATGACAGAATCCATGACCTCTATCATCTCACTGGTTT
TGTACTGCTCAGGGTCCTCCAAGAATCTCACCATTCCATCTTTCTGGTTGATTAGGGCAT
GTATCTGACCCTCCTGGATCATCTGAAGCACATGCATTTCCGCCTCCTTAGCATTAGCAA
GTTGGACCATGTTGGCTATATCTTGAAGCGACAAGGTCAAGTACTTCTGAGTCAATCTCA
GTATGTTCCGCTTGTAAAGTGATGCCACTGCTTGCTTAACTAATCCAAGGTTATTGTCCT
CTTCAAAATCTGAGCTGTGTGCCACAACTACTGCCTCTAGTTCACTGATCTTCCCATCGT
TGTAACGATTACCCACTTCGTAGTAAGGCATACACCCGCTCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK56JQ U 34
AF RR1EK56TF C 34
AF RR1E035JQ U 1
AF RR1F813JQ U 1
BS 1 71 RR1E035JQ
BS 72 72 RR1EK56JQ
BS 73 107 RR1E035JQ
BS 108 108 RR1EK56JQ
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BS 238 238 RR1EK56JQ
BS 239 366 RR1E035JQ
BS 367 367 RR1EK56JQ
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BS 583 583 RR1F813JQ
BS 584 737 RR1E035JQ
BS 738 762 RR1F813JQ

RD RR1EK56JQ 362 0 0
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CTCGTCTGCTTGTTAGCCATTATGAGAAAAAAATATATTATGAAACGTCATAAACTAAGG
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CC

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1EK56TF 362 0 0
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CTCGTCTGCTTGTTAGCCATTATGAGAAAAAAATATATTATGAAACGTCATAAACTAAGG
AAAAGAACAATGAAAGCAAAAGAAAGTTGTCCAGAGTTGTCTTTGAGTCGAGTTTTGTTC
CTTCAGGTCTTTTTGATGTTTACACGGAGAACTTCTGAGGGACAGTATCAAAATCGTCTC
CGAAGTCGAACCTTTGCCTTTCCCTTCCAACCTTTCCCAAGTATAAAGGATCACATGACA
AGCTTTCATCCATGGCAAATAGATTCTTCGACAACCCAATTGTCCTTTGGATGACAGAAT
CC

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1E035JQ 737 0 0
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AGAACTTCTGAGGGACAGTATCAAAATCGTCTCCGAAGTCGAACCTTTGCCTTTCCCTTC
CAACCTTTCCCAAGTATAAAGGATCACATGACAAGCTTTCATCCATGGCAAATAGATTCT
TCGACAGCCCAATTGTCCTTTGGATGACAGAATCCATGACCTCTATCATCTCACTGGTTT
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GTATCTGACCCTCCTGGATCATCTGAAGCACATGCATTTCCGCCTCCTTAGCATTAGCAA
GTTGGACCATGTTGGCTATATCTTGAAGCGACAAGGTCAAGTGCTTCTGAGTCAATCTCA
GTATGTTCCGCTTGTAAAGTGATGCCACTGCTTGCTTAACTAATCCAAGGTTATTGTCCT
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TGTAACGATTACCCACT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1F813JQ 762 0 0
AAACTTTATAGAAGTATCGAGGATTGGGTTTTCCGTGCTATGAACAACATCAATCGAAAA
TTTGTAGGTAATGTTTAAGATTCTCTCATATCTCTCGTCTGCTTGTTGGCCATTATGAGA
AAAAAATATATTATGAAACGTCATAAACTAAGGAAAAGAACAATGAAAGCAAAAGAAAGT
TGTCCAGAGTTGTCTTTGAGTCGAGTTTTGTTCCTTCAGGTCTTTTTGATGTTTACATGG
AGAACTTCTGAGGGACAGTATCAAAATCGTCTCCGAAGTCGAACCTTTGCCTTTCCCTTC
CAACCTTTCCCAAGTATAAAGGATCACATGACAAGCTTTCATCCATGGCAAATAGATTCT
TCGACAGCCCAATTGTCCTTTGGATGACAGAATCCATGACCTCTATCATCTCACTGGTTT
TGTACTGCTCAGGGTCCTCCAAGAATCTCACCATTCCATCTTTCTGGTTGATTAGGGCAT
GTATCTGACCCTCCTGGATCATCTGAAGCACATGCATTTCCGCCTCCTTAGCATTAGCAA
GTTGGACCATGTTGGCTATATCTTGAAGCGACAAGGTCAAGTACTTCTGAGTCAATCTCA
GTATGTTCCGCTTGTAAAGTGATGCCACTGCTTGCTTAACTAATCCAAGGTTATTGTCCT
CTTCAAAATCTGAGCTGTGTGCCACAACTACTGCCTCTAGTTCACTGATCTTCCCATCGT
TGTAACGATTACCCACTTCGTAGTAAGGCATACACCCGCTCT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL3031Contig1 1171 2 2 U
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GGAAGAGTAAGATTCGAGTTCGTGAATCTAGGGATCTGCAATCAACAATGAACCGCCACC
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GTGGACGGGTACCTGCTGCATCTAGGCCAGCTGGATTTGGTCAAAGCCTTGATGCTACTG
TTGATATTCCCTTGGATAACATGAATGACTCTTCACAGAAACAGAGAAAGCTTGCTGACT
GGGAAGCTGAGCTTAGGAAGAAAGAAATGGATATTAAACGGAGAGAGGATGCTATTGCTA
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ACATTGCTAATGAGATACCAGTTCATGCTCAAAAGCTCCAGTATCTGGCCTTTGCTAGTT
GGTTAGGTATCGTTTTGTGTCTGGTATTCAATGTGATTGCAACCATGGTCTGCTGGATTA
AAGGCGGAGGTGTGAAGATCTTTTTCCTTGCCACGATATATGCGCTGATGGGATGTCCAC
TTTCTTATGTTGTATGGTACAGGCCTCTCTACCGAGCCATGAGGACTGACAGCGCTTTGA
AGTTTGGTTGGTTTTTCTTCACCTACTTGATTCACATTGGCTTCTGCATCGTTGCCGCCA
TTGCCCCGCCGATCTTTTTCCATGGAAAATCATTAACGGGTGTGCTTGCAGCAATTGATG
TCATTTTAGACAGTGTATTAGCCGGGATCTTCTACTTTATCGGCTTTGGTCTCTTCTGCT
TGGAGTCACTTCTGAGTCTATGGGTTCTTCAGAAAATTTACCTCTACTTTAGGGGAAACA
AGTAAAAAGAGAAGGAAGAGAGGATGGTGGTAATTTTCCCTTTCGGGTAAAAGGTTTGAA
GTATGTGCATCTCGTATGAATATAATTACATATTACCATTGTGTTGAGGTAAATTGTTTA
GTTACTATAGTTGCAAGAGGGGTTGTTCAGCTATTTCTTTAGTTTTTTTTTTCTGCAATA
CCTTTAGTACCAGTGTCGTTCTCTGAACGTTTGGAATCTTTTCTTGACTAAGTGAACTTT
TGAAAGACAATCATAGCCATGAAATTATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1HA26TF U 1
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BS 606 1171 RR1HA26JQ

RD RR1HA26TF 605 0 0
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AATCTGGTGTTCAGATAGATGAGAAGAACTGGCCCCCGTTTTTTCCAATCATACACCATG
ACATTGCTAATGAGATACCAGTTCATGCTCAAAAGCTCCAGTATCTGGCCTTTGCTAGTT
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AAGGCGGAGGTGTGAAGATCTTTTTCCTTGCCACGATATATGCGCTGATGGGATGTCCAC
TTTCT

QA 1 605 1 605
DS 

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ATTAAAGGCGGAGGTGTGAAGATCTTTTTCCTTGCCACGATATATGCGCTGATGGGATGT
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TTGAAGTTTGGTTGGTTTTTCTTCACCTACTTGATTCACATTGGCTTCTGCATCGTTGCC
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TGCTTGGAGTCACTTCTGAGTCTATGGGTTCTTCAGAAAATTTACCTCTACTTTAGGGGA
AACAAGTAAAAAGAGAAGGAAGAGAGGATGGTGGTAATTTTCCCTTTCGGGTAAAAGGTT
TGAAGTATGTGCATCTCGTATGAATATAATTACATATTACCATTGTGTTGAGGTAAATTG
TTTAGTTACTATAGTTGCAAGAGGGGTTGTTCAGCTATTTCTTTAGTTTTTTTTTTCTGC
AATACCTTTAGTACCAGTGTCGTTCTCTGAACGTTTGGAATCTTTTCTTGACTAAGTGAA
CTTTTGAAAGACAATCATAGCCATGAAATTATATT

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 4

CO CL3032Contig1 1033 4 8 U
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TGGCCGCTTCTTTAACCTGAGTGTTCAAAACAAGCTTTTGAATGTAGATGAGAGTGTGTA
CATACCTATCACTAAAGCAGAGTTTGCTGTTCTTATCTCTGCTTTCAACTTCATCTTGCC
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TAACAATGCGTCACCTAAGTATGGAGGAGACTATGAATGGAGTAGATGATTGAGAATCAC
AGACAACCTTGGGAACTCGGTTCTTGTGTCCATCCCATCTTTTTGTTATCGCAGTCAACG
AGTAGCAGTAGAGACTGAAGCAGTGTTTTAGACCAAATGGGATGTGTTGTTGTGTAGGAA
AAAATCATTTTGTAGTGAAGACTGGAGAGCAAACGGTTAGACTTTTGGTAATACAAGAAT
CAATTTGTTCTTC


BQ
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AF RR1F417TF U 1
AF RR1DT53TF U 1
AF RR1F417JQ C 281
AF RR1DT53JQ C 459
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BS 732 732 RR1F417JQ
BS 733 749 RR1DT53TF
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BS 786 814 RR1DT53TF
BS 815 1033 RR1F417JQ

RD RR1F417TF 518 0 0
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AGGCAAAGCTGCTCTTACTATAGAGCCTCGTGCCCCCGAGTTTGTGTCTTTACAATCTGG
TGCGTTCAAGCTTTCTAAGGAAGGGTTCTTGCTGCTTCAGTTTGCTCCTGCAGCTGGTGT
TCGTCAGTACGATTGGAGCAGGAAACAGGTGTTCTCATTGTCGGTTACAGAGGTCGGTAA
TTTAGTTAGCCTTGGGCCGAGGGAATCATGTGAATTCT

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1DT53TF 814 0 0
GGATCTCCAAGTGGAGAAGAAGAAGAAGACGACGATGTCGCAGCTCTTATCTTCTCCTCC
AATGGCGGTCAACTCCAAAATCTTCTTAACCCATCGATTCCCAGAAGCTCGTGTTCTCAC
CGCCGGTGGTTTCGTCGGAAAAGGGCATTGCTTCGCCGTGAAAGTGAAACCGATGGAGGA
GAGGGTGAAGCTAACGGTGAAGTCTCGGTATAGCGACTCATCTTCACCACCTTACTCTCC
TCCGCAAAACGGGGAAGGAGGATCTTCGACACGGTTTTATGTGGGTCATTCTATTTACAA
AGGCAAAGCTGCTCTTACTATAGAGCCTCGTGCCCCCGAGTTTGTGTCTTTACAATCTGG
TGCGTTCAAGCTTTCTAAGGAAGGGTTCTTGCTGCTTCAGTTTGCTCCTGCAGCTGGTGT
TCGTCAGTACGATTGGAGCAGGAAACAGGTGTTCTCATTGTCGGTTACAGAGGTCGGTAA
TTTAGTTAGCCTTGGGCCGAGGGAATCATGTGAATTCTTTCATGATCCTAACAAGGGAAA
AGGTAGTGATGAAGGTAAAGTGAGGAAAGTGCTGAAAGTTGAACCCCTTCCAGATGGTTC
TGGCCGCTTCTTTAACCTGAGTGTTCAAAACAAGCTTTTGAATGTAGATGAGAGTGTGTA
CATACCTATCACTAAAGCAGAGTTTGCTGTTCTTATCTCTGCTTTCAACTTCATCTTGCC
GCACCTTATAG*CTGGCAAGCATTTGCAA*CTCCATCAAACCAGAAGACTCTAATCGTCT
TAC**ATGCGTCACCTAAGTATGGAGGAGACTAT

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1F417JQ 753 0 0
GTGGGTCATTCTATTTACAAAGGCAAAGCTGCTCTTACTATAGAGCCTCGTGCCCCCGAG
TTTGTGTCTTTACAATCTGGTGCGTTCAAGCTTTCTAAGGAAGGGTTCTTGCTGCTTCAG
TTTGCTCCTGCAGCTGGTGTTCGTCAGTACGATTGGAGCAGGAAACAGGTGTTCTCATTG
TCGGTTACAGAGGTCGGTAATTTAGTTAGCCTTGGGCCGAGGGAATCATGTGAATTCTTT
CATGATCCTAACAAGGGAAAAGGTAGTGATGAAGGTAAAGTGAGGAAAGTGCTGAAAGTT
GAACCCCTTCCAGATGGTTCTGGCCGCTTCTTTAACCTGAGTGTTCAAAACAAGCTTTTG
AATGTAGATGAGAGTGTGTACATACCTATCACTAAAGCAGAGTTTGCTGTTCTTATCTCT
GCTTTCAACTTCATCTTGCCGCACCTTATAGGCTGGCAAGCATTTGCAAACTCCATCAAA
CCAGAAGACTCTAATCGTCTTAACAATGCGTCACCTAAGTATGGAGGAGACTATGAATGG
AGTAGATGATTGAGAATCACAGACAACCTTGGGAACTCGGTTCTTGTGTCCATCCCATCT
TTTTGTTATCGCAGTCAACGAGTAGCAGTAGAGACTGAAGCAGTGTTTTAGACCAAATGG
GATGTGTTGTTGTGTAGGAAAAAATCATTTTGTAGTGAAGACTGGAGAGCAAACGGTTAG
ACTTTTGGTAATACAAGAATCAATTTGTTCTTC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1DT53JQ 575 0 0
TGTCGGTTACAGAGGTCGGTAATTTAGTTAGCCTTGGGCCGAGGGAATCATGTGAATTCT
TTCATGATCCTAACAAGGGAAAAGGTAGTGATGAAGGTAAAGTGAGGAAAGTGCTGAAAG
TTGAACCCCTTCCAGATGGTTCTGGCCGCTTCTTTAACCTGAGTGTTCAAAACAAGCTTT
TGAATGTAGATGAGAGTGTGTACATACCTATCACTAAAGCAGAGTTTGCTGTTCTTATCT
CTGCTTTCAACTTCATCTTGCCGCACCTTATAGGCTGGCAAGCATTTGCAAACTCCATCA
AACCAGAAGACTCTAATCGTCTTAACAATGCGTCACCTAAGTATGGAGGAGACTATGAAT
GGAGTAGATGATTGAGAATCACAGACAACCTTGGGAACTCGGTTCTTGTGTCCATCCCAT
CTTTTTGTTATCGCAGTCAACGAGTAGCAGTAGAGACTGAAGCAGTGTTTTAGACCAAAT
GGGATGTGTTGTTGTGTAGGAAAAAATCATTTTGTAGTGAAGACTGGAGAGCAAACGGTT
AGACTTTTGGTAATACAAGAATCAATTTGTTCTTC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 2 4

CO CL3033Contig1 715 2 1 U
GGAAACAAAAGACACAAACTCATCTGTTTGTCCAAAGAAAGGCACAAACTCATCTGGATT
CTCTCACCGGAAACACAACATGGATTCATCTACTTTTCTCGCCGCCGCAAGCTTAGACCG
GGGAAACCCATCTCCTGTTTCGAGAAAGCCATCAAAGCAAAAGAAGAAGACGGCTTCAGC
AAACAAAGCCATCAAAGTGCGTTACATATCAAACCCCATGAAAGTCAAAACCTGTGCTTC
CAAGTTTAGAGAGCTCGTACAAGAGCTCACTGGCCAAGACGCCGTCGATCAACCGGAGCC
CGTGTTCTCCCCCTCCACCGTCTCCGACCTCAGCCCTTCTCCTCCCCTGTCGGAGAATCT
TGCGCCACGTGTTCTTCTGCAGGAGCCGTTCGATGATCGGGTGGGTCATGAGTACTTTGA
GCCGTTGGATGGTGAAGATATGTTTTTGTCTCAGATGTCGGCAGGTTTTTCTGGTTTTTT
TTCTAATGGGTTTTACAATGTGAATGACTTCGGAAGAATCGATTCTGTGTGAAGATCTTC
AGAGTTTTAGGGTTTTCATCAAAGTATATATAAAAAATTATGAAATCCATACATGATTTT
AACCAAAAAATAAGCTGATACATGGGTATATTAATTAGTAAGGTTTGTGAGGCAAATTAT
TAGAGTTAAGTCACTTGTGAAATGGATCTTTTTATATATTGTTTTGTTCATTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F153TF U 1
AF RR1F153JQ C 111
BS 1 715 RR1F153TF

RD RR1F153TF 715 0 0
GGAAACAAAAGACACAAACTCATCTGTTTGTCCAAAGAAAGGCACAAACTCATCTGGATT
CTCTCACCGGAAACACAACATGGATTCATCTACTTTTCTCGCCGCCGCAAGCTTAGACCG
GGGAAACCCATCTCCTGTTTCGAGAAAGCCATCAAAGCAAAAGAAGAAGACGGCTTCAGC
AAACAAAGCCATCAAAGTGCGTTACATATCAAACCCCATGAAAGTCAAAACCTGTGCTTC
CAAGTTTAGAGAGCTCGTACAAGAGCTCACTGGCCAAGACGCCGTCGATCAACCGGAGCC
CGTGTTCTCCCCCTCCACCGTCTCCGACCTCAGCCCTTCTCCTCCCCTGTCGGAGAATCT
TGCGCCACGTGTTCTTCTGCAGGAGCCGTTCGATGATCGGGTGGGTCATGAGTACTTTGA
GCCGTTGGATGGTGAAGATATGTTTTTGTCTCAGATGTCGGCAGGTTTTTCTGGTTTTTT
TTCTAATGGGTTTTACAATGTGAATGACTTCGGAAGAATCGATTCTGTGTGAAGATCTTC
AGAGTTTTAGGGTTTTCATCAAAGTATATATAAAAAATTATGAAATCCATACATGATTTT
AACCAAAAAATAAGCTGATACATGGGTATATTAATTAGTAAGGTTTGTGAGGCAAATTAT
TAGAGTTAAGTCACTTGTGAAATGGATCTTTTTATATATTGTTTTGTTCATTGCC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1F153JQ 605 0 0
GCTTAGACCGGGGAAACCCATCTCCTGTTTCGAGAAAGCCATCAAAGCAAAAGAAGAAGA
CGGCTTCAGCAAACAAAGCCATCAAAGTGCGTTACATATCAAACCCCATGAAAGTCAAAA
CCTGTGCTTCCAAGTTTAGAGAGTTCGTACAAGAGCTCACTGGCCAAGACGCCGTCGATC
AACCGGAGCCCGTGTTCTCCCCCTCCACCGTTTCCGACTTCAGCCCTTTTCCTCCCCTGT
CGGAGAATCTTGCGCCACGTGTTTTTCTGCAGGAGCCGTTCGATGATCGGGTGGGTCATG
AGTACTTTGAGCCGTTGGATGGTGAAGATATGTTTTTGTTTCAGATGTCGGCAGGTTTTT
CTGGTTTTTTTTTTAATGGGTTTTACAATGTGAATGACTTCGGAAGAATCGATTCTGTGT
GAAGATCTTCAGAGTTTTAGGGTTTTCATCAAAGTATATATAAAAAATTATGAAATCCAT
ACATGATTTTAACCAAAAAATAAGCTGATACATGGGTATATTAATTAGTAAGGTTTGTGA
GGCAAATTATTAGAGTTAAGTCACTTGTGAAATGGATCTTTTTATATATTGTTTTGTTCA
TTGCC

QA 1 605 1 605
DS 



CO CL3033Contig2 562 2 3 U
GGGTCTGTCCAAAAGAAAGACACAAACTCATCTAGATTCTCTCACCGGAAACACAACATG
GATTCATCGACGTTTCTCGCCGCCGCAAGCTTAGACCAGGTAAACCCATCTCCTGTTTCG
AGAAAGCCATCAAAGCAAAAGAAGAAGACGGCTTCAGCAAACAAAGCCATCAAAGTGCGT
TACATATCAAACCCCATGAAAGTCAAAACCTGTGCTTCCAAGTTTAGAGAGCTCGTACAA
GAGCTCACTGGCCAAGACGCCGTCGATCAACCGGAGCCCGTGTTCTCCCCCTCCACCGTC
TCCGACCTCAGCCCTTCTCCTCCCCTGTCGGAGAATCTTGCGCCACGTCTTCTTCTGCAG
GAGCCGTTCGATGATCGGGTGGGTCATGAGTACTATGAGCCGTTGGATGGTGAAGATATG
TTTTTGCCTCAGATGTCGGCAGGCTTTTCTGGTTTTTTTTCAAATGGGTTTTACAATGTG
AATGACTTTGGAAGAATCGATTCCGTGTGAAGATCTTCAGCGTTTTTAGGGTTTTCATCA
AAGTATATATATAAAATTATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F453TF U 1
AF RR1F453JQ C 1
BS 1 11 RR1F453JQ
BS 12 436 RR1F453TF
BS 437 562 RR1F453JQ

RD RR1F453TF 436 0 0
GGGTCTGTCCA
AAAGAAAGACACAAACTCATCTAGATTCTCTCACCGGAAACACAACATGGATTCATCGAC
GTTTCTCGCCGCCGCAAGCTTAGACCAGGTAAACCCATCTCCTGTTTCGAGAAAGCCATC
AAAGCAAAAGAAGAAGACGGCTTCAGCAAACAAAGCCATCAAAGTGCGTTACATATCAAA
CCCCATGAAAGTCAAAACCTGTGCTTCCAAGTTTAGAGAGCTCGTACAAGAGCTCACTGG
CCAAGACGCCGTCGATCAACCGGAGCCCGTGTTCTCCCCCTCCACCGTCTCCGACCTCAG
CCCTTCTCCTCCCCTGTCGGAGAATCTTGCGCCACGTCTTCTTCTGCAGGAGCCGTTCGA
TGATCGGGTGGGTCATGAGTACTATGAGCCGTTGGATGGTGAAGATATGTTTTTGCCTCA
GATGT

QA 12 436 12 436
DS 

RD RR1F453JQ 562 0 0
GGGTCTGTCCAAAAGAAAGACACAAACTCATCTAGATTCTCTCACCGGAAACACAACATG
GATTCATCGACGTTTCTCGCCGCCGCAAGCTTAGACCAGGTAAACCCATCTCCTGTTTCG
AGAAAGCCATCAAAGCAAAAGAAGAAGACGGCTTCAGCAAACAAAGCCATCAAAGTGCGT
TACATATCAAACCCCATGAAAGTCAAAACCTGTGCTTCCAAGTTTAGAGAGCTCGTACAA
GAGCTCACTGGCCAAGACGCCGTCGATCAACCGGAGCCCGTGTTCTCCCCCTCCACCGTC
TCCGACCTCAGCCCTTCTCCTCCCCTGTCGGAGAATCTTGCGCCACGTCTTCTTCTGCAG
GAGCCGTTCGATGATCGGGTGGGTCATGAGTACTATGAGCCGTTGGATGGTGAAGATATG
TTTTTGCCTCAGATGTCGGCAGGCTTTTCTGGTTTTTTTTCAAATGGGTTTTACAATGTG
AATGACTTTGGAAGAATCGATTCCGTGTGAAGATCTTCAGCGTTTTTAGGGTTTTCATCA
AAGTATATATATAAAATTATGG

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 3

CO CL3034Contig1 629 3 5 U
GATGGACGTCTTCTACTCTCTCTCATCTCTATCTCTCTTCTTCTTCTCCTCTGTCGCCTT
CTCCCGCGTCTCCTCATCCACCAACAAAGTCGTGGAGGAAGAGCTCGGCCATGGGAGATC
ACGAGGCGAGCAACGTCACCTTCGAGTGCTCTCCTTCAGGTCCTTGCGTCTCCTGCAATT
CCTCCGAAAAGATTCCAACGTACTATGGTGGTCTTATTGAATATAGGGCACATCCTTTTT
GGGTCCAGAAGTATTGTCCTTCTCACGAGCACGACGCTACTCCAAGATGTTGCAGTTGTG
AAAGAATGGAGCCACAGAATGCAGCATATGTTGAACTCAACGATGGACGGAAGCTTTGCC
TCGAGTGTCTAGATTCAGCGGTGATGGACTCTTATCAATGTCAGCTTCTATACTTACAGA
TACAAGAGTTCTACGAAGGACTTAACATGAAGGTAGAGCAGGAAGTCCCACTAATAAAAC
ACTCAATTCAATAATACATGCTATCTTCTTGTCTCAAGACTGATCATGTGGTTGTTTTAA
GCCAAGGTACAAAATGTTTCTATGAATTGAATTTGTAAAATATGCTAAGAACTTTTTTTG
TCCTACCAATAATCTACAACATTAGAAAA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AS08JQ C 171
AF RR1AS08TF U 1
AF RR1A422TF U 1
BS 1 151 RR1A422TF
BS 152 153 RR1AS08TF
BS 154 268 RR1A422TF
BS 269 269 RR1AS08TF
BS 270 629 RR1A422TF

RD RR1AS08JQ 189 0 0
TTTCCTGCAATTC
CCGAAAAGATTCCAACGTACTATGGTGGTTTTATTGAATATAGGGCACATCCTTTTTGGG
TCCAGAAGTATTTTCCTTTTCACGAGCACGACGCTATTCCAAGATGTTGCAGTTGTGAAA
GAATGGAGCCACAGAATGCAGCATATGTTGAACTCAACGATGGACGGAAGCTTTGC

QA 14 189 14 189
DS 

RD RR1AS08TF 604 0 0
GGA
GGACGTCTTCTACTCTCTCTCATCTCTATCTCTCTTCTTCTTCTCCTCTGTCGCCTTCTC
CCGCGTCTCCTCATCCACCAACAAAGTCGTGGAGGAAGAGCTCGGCCATGGGAGATCACG
AGGCGAGCAACGTCACCTTCGAGTGCTCTCCTTCAGGTCCTTGCGTCTCCTGCAATTCC*
*CGAAAAGATTCCAACGTACTATGGTGGTCTTATTGAATATAGGGCACATCCTTTTTGGG
TCCAGAAGTATTGTCCTTCTCACGAGCACGACGCTACTCCAAGATGTTGCAGTTGTGAAA
GAATGGAGCCACAGAATGCAGCATATGTTGAACTCAACGATGGACGGAAGCTTTGCCTCG
AGTGTCTAGATTCAGCGGTGATGGACTCTTATCAATGTCAGCTTCTATACTTACAGATAC
AAGAGTTCTACGAAGGACTTAACATGAAGGTAGAGCAGGAAGTCCCACTAATAAAACACT
CAATTCAATAATACATGCTATCTTCTTGTCTCAAGACTGATCATGTGGTTGTTTTAAGCC
AAGGTACAAAATGTTTCTATGAATTGAATTTGTAAAATATGTTAAGAACTTTTTT
TGTCCT

QA 4 598 4 598
DS 

RD RR1A422TF 629 0 0
GATGGACGTCTTCTACTCTCTCTCATCTCTATCTCTCTTCTTCTTCTCCTCTGTCGCCTT
CTCCCGCGTCTCCTCATCCACCAACAAAGTCGTGGAGGAAGAGCTCGGCCATGGGAGATC
ACGAGGCGAGCAACGTCACCTTCGAGTGCTC**CTTCAGGTCCTTGCGTCTCCTGCAATT
CCTCCGAAAAGATTCCAACGTACTATGGTGGTCTTATTGAATATAGGGCACATCCTTTTT
GGGTCCAGAAGTATTGTCCTTCTCACGAACACGACGCTACTCCAAGATGTTGCAGTTGTG
AAAGAATGGAGCCACAGAATGCAGCATATGTTGAACTCAACGATGGACGGAAGCTTTGCC
TCGAGTGTCTAGATTCAGCGGTGATGGACTCTTATCAATGTCAGCTTCTATACTTACAGA
TACAAGAGTTCTACGAAGGACTTAACATGAAGGTAGAGCAGGAAGTCCCACTAATAAAAC
ACTCAATTCAATAATACATGCTATCTTCTTGTCTCAAGACTGATCATGTGGTTGTTTTAA
GCCAAGGTACAAAATGTTTCTATGAATTGAATTTGTAAAATATGCTAAGAACTTTTTTTG
TCCTACCAATAATCTACAACATTAGAAAA

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 4

CO CL3035Contig1 621 4 2 U
GGTCTTCTCCTCAGATCTCTCCTTCTCTCACTACTGCAAACGGCGATTGGAAAGAAACAC
AAGGTTTCGATTCTGGGTTTCTTCAACTCCTTCCAGAAAACGAGAAGAGATTACGTTTGG
ACATAAATACAAGACAAGAAGAATGGCTGATGACTGATTGAGCGGACATTTGGAGTGTGG
AAAGCAAAATGGAGAATTCTTGACCATGGGCATCCTAAATATGGTTTGGTCAAATGGATG
AAGCTAGTAACAGCAATAATGGCTCTACACAACTTCATACGTGATTCACATCGAGAAGAT
AATAATTTTGTGCATTGGCAGACAAGAGAAGAATATCATACTCATGGTGATAATGAAATG
GAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGCGATGGTTATGATAGACATATTCCATATAAT
CCGACTGGTGACAGAGCCATGGAAGATTTACGTGATCATATTACTAGTGAGTTGAGTAGA
GGATATCGATTACCTTATTAGTTTATTTGATTTGAGTTTGTACTGATGTTTATTATTGAT
CTTAAAATATTTGACTTTTGTTTTTAAACATTTATTTATGTTTAGTTTGTTGATATAGTT
TTTTTACAGATATGAATAAGT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB27JQ C 1
AF RR1GB27TF U 1
AF RR1GD70JQ C 1
AF RR1G420TF U 31
BS 1 565 RR1GB27TF
BS 566 621 RR1G420TF

RD RR1GB27JQ 565 0 0
GGTCTTCTCCTCAGATCTCTCCTTCTCTCACTACTGCAAACGGCGATTGGAAAGAAACAC
AAGGTTTCGATTCTGGGTTTCTTCAACTCCTTCCAGAAAACGAGAAGAGATTACGTTTGG
ACATAAATACAAGACAAGAAGAATGGCTGATGACTGATTGAGCGGACATTTGGAGTGTGG
AAAGCAAAATGGAGAATTCTTGACCATGGGCATCCTAAATATGGTTTGGTCAAATGGATG
AAGCTAGTAACAGCAATAATGGCTCTACACAACTTCATACGTGATTCACATCGAGAAGAT
AATAATTTTGTGCATTGGCAGACAAGAGAAGAATATCATACTCATGGTGATAATGAAATG
GAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGCGATGGTTATGATAGACATATTCCATATAAT
CCGACTGGTGACAGAGCCATGGAAGATTTACGTGATCATATTACTAGTGAGTTGAGTAGA
GGATATCGATTACCTTATTAGTTTATTTGATTTGAGTTTGTACTGATGTTTATTATTGAT
CTTAAAATATTTGACTTTTGTTTTT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1GB27TF 565 0 0
GGTCTTCTCCTCAGATCTCTCCTTCTCTCACTACTGCAAACGGCGATTGGAAAGAAACAC
AAGGTTTCGATTCTGGGTTTCTTCAACTCCTTCCAGAAAACGAGAAGAGATTACGTTTGG
ACATAAATACAAGACAAGAAGAATGGCTGATGACTGATTGAGCGGACATTTGGAGTGTGG
AAAGCAAAATGGAGAATTCTTGACCATGGGCATCCTAAATATGGTTTGGTCAAATGGATG
AAGCTAGTAACAGCAATAATGGCTCTACACAACTTCATACGTGATTCACATCGAGAAGAT
AATAATTTTGTGCATTGGCAGACAAGAGAAGAATATCATACTCATGGTGATAATGAAATG
GAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGCGATGGTTATGATAGACATATTCCATATAAT
CCGACTGGTGACAGAGCCATGGAAGATTTACGTGATCATATTACTAGTGAGTTGAGTAGA
GGATATCGATTACCTTATTAGTTTATTTGATTTGAGTTTGTACTGATGTTTATTATTGAT
CTTAAAATATTTGACTTTTGTTTTT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1GD70JQ 565 0 0
GGTCTTCTCCTCAGATCTCTCCTTCTCTCACTACTGCAAACGGCGATTGGAAAGAAACAC
AAGGTTTCGATTCTGGGTTTCTTCAACTCCTTCCAGAAAACGAGAAGAGATTACGTTTGG
ACATAAATACAAGACAAGAAGAATGGCTGATGACTGATTGAGCGGACATTTGGAGTGTGG
AAAGCAAAATGGAGAATTCTTGACCATGGGCATCCTAAATATGGTTTGGTCAAATGGATG
AAGCTAGTAACAGCAATAATGGCTCTACACAACTTCATACGTGATTCACATCGAGAAGAT
AATAATTTTGTGCATTGGCAGACAAGAGAAGAATATCATACTCATGGTGATAATGAAATG
GAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGCGATGGTTATGATAGACATATTCCATATAAT
CCGACTGGTGACAGAGCCATGGAAGATTTACGTGATCATATTACTAGTGAGTTGAGTAGA
GGATATCGATTACCTTATTAGTTTATTTGATTTGAGTTTGTACTGATGTTTATTATTGAT
CTTAAAATATTTGACTTTTGTTTTT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1G420TF 591 0 0
GG
ACTGCAAACGGCGATTGGAAAGAAACACAAGGTTTCGATTCTGGGTTTCTTCAACTCCTT
CCAGAAAACGAGAAGAGATTACGTTTGGACATAAATACAAGACAAGAAGAATGGCTGATG
ACTGATTGAGCGGACATTTGGAGTGTGGAAAGCAAAATGGAGAATTCTTGACCATGGGCA
TCCTAAATATGGTTTGGTCAAATGGATGAAGCTAGTAACAGCAATAATGGCTCTACACAA
CTTCATACGTGATTCACATCGAGAAGATAATAATTTTGTGCATTGGCAGACAAGAGAAGA
ATATCATACTCATGGTGATAATGAAATGGAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGTGA
TGGTTATGATAGACATATTCCATATAATCCGACTGGTGACAGAGCCATGGAAGATTTACG
TGATCATATTACTAGTGAGTTGAGTAGAGGATATCGATTACCTTATTAGTTTATTTGATT
TGAGTTTGTACTGATGTTTATTAT*GATCTTAAAATATTTGACTTTTGTTTTTAAACATT
TATTTATGTTTAGTTTGTTGATATAGTTTTTTTACAGATATGAATAAGT

QA 3 591 3 591
DS 



AS 1 2

CO CL3036Contig1 996 2 2 U
GAGGATATCGCCTACGATAGAGACTCAGGTCTTATCTATACTGGCTGTGTCGATGGATGG
GTGAAACGAGTGAAGGCTCTTGATTCAGCTAATGACTCCGTCGTAGAGGACTGGGTCAAT
ACTGGCGGTCGACCACTTGGCCTCGCTTTTGGACTACATGGAGAAGTCATCGTCGCAGAC
GCATACAAGGGGCTGTTGAACATAAGCGATGACGGAAAGAAGACGGAGTTGTTGACGGAT
GAAGCGGAAGGAGTAAGATTTAATCTCACCGATGCAGTCGCCGTTGGAGATAACGGCGTT
TTGTATTTCACAGATGCTTCTTACAAGTGCGGCTACAGTCAATCAAGCTTTGACTTTTTG
GAAGGCAAACCGCATGGTCGACTCATGAGCTTTGACCCGACAACAAGAACAACTCGTGTC
CTTTTAAAAAATCTTTACTTCGCTAATGGCGTGTCTATGTCTCCCGACCAAACTCATCTG
ATCTTTTGCGAAACTCCCATAAGAAGATGCAGCAAGTATTACATCAATGAGGAGCGTGTG
GAGGTATTTATTCAAAGCTTACCTGGTTATCCGGATAATATTCGGTACGATGGAGATGGA
CATTACTGGATCGCACTGCCGACGGGAGTAACAACGTTGCGGAAGCTGTCGATGAGGTAT
CCACTCTTGAGGAAAGTCATAGCCATGGCGGCTAAGTGGGGCTTCAATCTTATGTTTGCG
GAGGATGCTGGCGTTTTACAGGTGGATTTGGATGGGAAGCCCATTGCATTATACCATGAT
CGTAAAATTACTCATTTAACTACAGGAGTCAAGATTGGGGATTATCTCTATTGTGGGAGC
CTCTTGCATTCACGCATACTCCGACTCCATCTCCTAAAGTATCCGGCACAAAAGAGCATT
TGAAACATCAAGTTTATGCAAAATAAACAAACTTTGTATACATCACTTTAGCTGTCACAT
TTTTAAAAAATCTTACGGAGTCCTGATATAATGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GE39TF U 1
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BS 622 996 RR1GE39JQ

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DS 

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CGC
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CAAACTTTGTATACATCACTTTAGCTGTCACATTTTTAAAAAATCTTACGGAGTCCTGAT
ATAATGATT

QA 4 852 4 852
DS 



AS 1 4

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GCTTCAGTGGTTGTTAACTCAACCATCATCAATGCAAAGGATCCTTCTAAGCATGTTTTT
CACCTTGTGACGGATAAACTCAACTTCGCAGCAATGAACATGTGGTTCCTCCTAAACCCA
CCTGGAAAGGCAACCATACATGTGGAGAACGTGGATGAGTTCAAGTGGCTCAATTCATCT
TACTGCCCTGTTCTTCGCCAGCTCGAATCTTCAGCAATGAAAGAATGCTATTTCAAAGCA
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TTAAATCACTTGAGATTCTATCTCCCTGATCTTTATCCCAAGCTGAACAAGATCCTGTTC
TTGGACGACGACATCATCGTCCAGAAAGACCTGACTCCGCTCTGGGAGGTCAACCTGAAC
GGAAAAGTCAACGGTGCAGTCGAAACCTGCGGGGAGAGTTTCCACAGGTTCGACAAGTAT
CTCAACTTCTCGAACCCTCACATCGCCAGGAACTTCAATCCAAACGCTTGTGGATGGGCG
TATGGGATGAACATGTTCGACCTAAAGGAGTGGAAGAAGAGAGATATCACTGGTATCTAC
CATAAGTGGCAGAACATGAATGAGAACAGGACACTGTGGAAGCTAGGGACACTACCACCA
GGATTAATAACGTTTTACGGACTAACACACCCTTTGGACAAGTCGTGGCACGTGTTGGGA
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ATTTATCAAATCGTTATTAGATGATTTGAGGTAATTACTCGTAATCTTATGTTGTTTTCC
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TCATATTATTTTCTTACTTTCGGGTTAAAAGCACTTTTGTTATTCCGAAGTTTAATCGAT
AATATCTCAATAGCCCGG


BQ
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AF RR1EP77TF U 1
AF RR1BG69JQ C 474
AF RR1BG69TF U 474
AF RR1EP77JQ C 421
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DS 

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G
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DS 

RD RR1BG69TF 578 0 0
G
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CT

QA 2 576 2 576
DS 

RD RR1EP77JQ 738 0 0
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TATGGGATGAACATGTTCGACCTAAAGGAGTGGAAGAAGAGAGATATCACTGGTATCTAC
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AACGGGAACATGAAACCATGGTTGGAGTTGGCTATGTCTAAGTATCGACCGTATTGGACC
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CCATGGCGTTAATCTTTTATTTCTACACATTGTTTATTGTTTATTCATATCTTTCTTTAG
TCATATTATTTTCTTACTTTCGGGTTAAAAGCACTTTTGTTATTCCGAAGTTTAATCGAT
AATATCTCAATAGCCCGG

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 4

CO CL3038Contig1 619 4 7 U
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CCTACCAGTTGCATCCAGTCTTCCATCAAAAGCCATATACCAACTCACTTCTTCTTTCTA
AGAAGTGATCAGAACTCGTCGTTGACTCAGAAGAGACGAGTGTTTCAGACTTGTAAATCC
AAAAGCTTCAAAATTCAGGCCACAGACGGTACTGAGACCACTAAATCGAACAGCATACTT
TGTCCAAACTGTGAAGGCAAGGGTGCTGTGGCATGTTCTCAATGCAAAGGAGGAGGTGTG
AATTTGATTGACCATTTTAATGGGCAGTTTAAAGCTGGTGACTCCTGTTGGCTTTGTGGT
GAGAAAAAGTTCGTTTTATGTGGGGACTGCAATGGAGCGGGTTTCCTTGGTGGTTTCCTG
AGCACCCAGGATCAGTAGTACATTAAAAAGCCTCTTCAAAAGTTGGATCCTGTACCATTT
CTGTATAAGCCTTAGATGTAAAAGTCTTTCTCTCTCTATCAATGCTCTTCTAAAACCAAA
ATGTATATTACTATTTGTTACTGAACACCATCTTTGTTTTTAGTGCATCTCTCACAAGTC
ACAATTTATTATCTTCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H849TF U 1
AF RR1D554JQ C 25
AF RR1D554TF U 25
AF RR1H849JQ C 224
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BS 106 106 RR1D554TF
BS 107 417 RR1H849TF
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BS 419 491 RR1H849TF
BS 492 602 RR1D554TF
BS 603 619 RR1H849JQ

RD RR1H849TF 491 0 0
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AAAAGCTTCAAAATTCAGGCCACAGACGGTACTGAGACCACTAAATCGAACAGCATACTT
TGTCCAAACTGTGAAGGCAAGGGTGCTGTGGCATGTTCTCAATGCAAAGGAGGAGGTGTG
AATTTGATTGACCATTTTAATGGGCAGTTTAAAGCTGGTGACTCCTGTTGGCTTTGTGGT
GAGAAAAAGTTCGTTTTATGTGGGGACTGCAATGGAGCGGGTTTCCTTGGTGGTTTCTTG
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CTGTATAAGCC

QA 1 491 1 491
DS 

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GG
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ACCATCTTTGTTTTTAGTGCATCTCTCACAAGTCAC

QA 3 578 3 578
DS 

RD RR1D554TF 579 0 0
GG
AATGGCGAATTCACTATGCTTCTTAGCTTCTCCTCCTACCAGTTGCATCCAGTCTTCCAT
CAAAAGCCATATACCAACTCACTTCTTCTTTCTAAGAAGTGATCAGAACTCGTCGTTGAC
TCAGAAGAGACGAGTGTTTCAGACTTGTAAATCCAAAAGCTTCAAAATTCAGGCCACAGA
CGGTACTGAGACCACTAAATCGAACAGCATACTTTGTCCAAACTGTGAAGGCAAGGGTGC
TGTGGCATGTTCTCAATGCAAAGGAGGAGGTGTGAATTTGATTGACCATTTTAATGGGCA
GTTTAAAGCTGGTGACTCCTGTTGGCTTTGTGGTGAGAAAAAGTTCGTTTTATGTGGGGA
CTGCAATGGAGCGGGTTTCCTTGGTGGTTTCCTGAGCACCCAGGATCAGTAGTACATTAA
AAAGCCTCTTCAAAAGTTGGATCCTGTACCATTTCTGTATAAGCCTTAGATGTAAAAGTC
TTTCTCTCTCTATCAATGCTCTTCTAAAACCAAAATGTATATTACTATTTGTTACTGAAC
ACCATCTTTGTTTTTAGTGCATCTCTCACAAGTCAC
A

QA 3 578 3 578
DS 

RD RR1H849JQ 396 0 0
AATCGAACAGCATACTTTGTCCAAACTGTGAAGGCAAGGGTGCTGTGGCATGTTCTCAAT
GCAAAGGAGGAGGTGTGAATTTGATTGACCATTTTAATGGGCAGTTTAAAGCTGGTGACT
CCTGTTGGCTTTGTGGTGAGAAAAAGTTCGTTTTATGTGGGGACTGCAATGGAGCGGGTT
TCCTTGGTGGTTTCTTGAGCACCCAGGATCAGTAGTACATTAAAAAGCCTCTTCAAAAGT
TGGATCCTGTACCATTTCTGTATAAGCCTTAGATGTAAAAGTCTTTCTCTCTCTATCAAT
GCTCTTCTAAAACCAAAATGTATATTACTATTTGTTACTGAACACCATCTTTGTTTTTAG
TGCATCTCTCACAAGTCACAATTTATTATCTTCCTC

QA 1 396 1 396
DS 



AS 1 4

CO CL3039Contig1 1115 4 10 U
GGACTTTATGTCGGAAGCCATAGGGCTCAAACCAATAATTCCGGCATACTTGGATCCTTC
TTACAACATTTCAGATTTTGCAACAGGTGTTACTTTTGCTTCTGCTGCCACCGGCTACGA
CAACGCCACTTCCGATGTGCTGTCGGTTCTACCACTGTGGAAACAACTTGAATACTACAA
AGAATACCAAACAAAGCTAGAAGCATACCAAGGAAAAGACCAAGCCACAGAAACGATAAC
CAACTCTCTGTACCTCATAAGCGTAGGGACCAACGACTTCCTGGAGAACTACTTTGCCTT
TCCTGGACGTTCTTCTCAATACTCGGTCGATCTTTACCAAGATTTTCTAGCTGGAATCGC
CAAAGAGTTTGTGAAGAAGCTACACGGACTTGGAGCTAGAAAGATTTCACTAGGTGGATT
GCCTCCAATGGGATGTATGCCTTTAGAGAGAGCCACCAACATTGGCACGGGAGGTGAGTG
CATTGGACGCTTTAACGACATTGCGGTCCAGTTCAACGGCAAGCTTGAGAGGCTTGTTGA
GAAGCTGAGCAAAGAGCTTTCTGGTTCCGTCCTTGTTTTTTCAAATCCCTATGAACCATT
TATGCGAATCATCAAGAACCCTTCCTCTTTTGGGTTCGAGGTGGCCGCAGCTGCTTGCTG
TGCGACGGGGATGTTCGAGATGGGATATAGTTGCCAAAGGAATAACCCATTCACATGTTC
AAACGCAGACAAGTATGTGTTTTGGGACTCATTTCATCCAACACAGAAGACTCATCGCAT
CATGGCCAATTTTCTCATGAACGACACATTTTCTGACTTCCTGTAATGATTTATATGTGT
GTGTGTCTGGAGAACGGAGGATGGAGAGGAGAGTAATATTATTATTAGGGCTTGTCTACA
GGGCTTAACTTCCCATATTTTTGATCCAATAAATTATGCACTTTGTATGTATTAAATTAG
ACTTTGCTTTTGTGTTAAAATGTTAAAGTAGCGTAACCTATGTTTCTTTCTGTACTATGG
TGTGCCTATATAGCTTATTTTATTAGACAAAGAATATGCATGTGTTCTTGCTTATGTATT
TTTGAAGTTTTAGGAAGAAATTTGGTTTCAAAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D624TF U 1
AF RR1AT82TF U 199
AF RR1D624JQ C 453
AF RR1AT82JQ C 478
BS 1 213 RR1D624TF
BS 214 214 RR1AT82TF
BS 215 481 RR1D624TF
BS 482 482 RR1AT82TF
BS 483 610 RR1D624TF
BS 611 810 RR1AT82TF
BS 811 811 RR1D624JQ
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BS 1039 1072 RR1D624JQ
BS 1073 1115 RR1AT82JQ

RD RR1D624TF 610 0 0
GGACTTTATGTCGGAAGCCATAGGGCTCAAACCAATAATTCCGGCATACTTGGATCCTTC
TTACAACATTTCAGATTTTGCAACAGGTGTTACTTTTGCTTCTGCTGCCACCGGCTACGA
CAACGCCACTTCCGATGTGCTGTCGGTTCTACCACTGTGGAAACAACTTGAATACTACAA
AGAATACCAAACAAAGCTAGAAGCATACCAAGGGAAAGACCAAGCCACAGAAACGATAAC
CAACTCTCTGTACCTCATAAGCGTAGGGACCAACGACTTCCTGGAGAACTACTTTGCCTT
TCCTGGACGTTCTTCTCAATACTCGGTCGATCTTTACCAAGATTTTCTAGCTGGAATCGC
CAAAGAGTTTGTGAAGAAGCTACACGGACTTGGAGCTAGAAAGATTTCACTAGGTGGATT
GCCTCCAATGGGATGTATGCCTTTAGAGAGAGCCACCAACATTGGCACGGGAGGTGAGTG
CGTTGGACGCTTTAACGACATTGCGGTCCAGTTCAACGGCAAGCTTGAGAGGCTTGTTGA
GAAGCTGAGCAAAGAGCTTTCTGGTTCCGTCCTTGTTTTTTCAAATCCCTATGAACCATT
TATGCGAATC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1AT82TF 840 0 0
G
GAAGCATACCAAGGAAAAGACCAAGCCACAGAAACGATAACCAACTCTCTGTACCTCATA
AGCGTAGGGACCAACGACTTCCTGGAGAACTACTTTGCCTTTCCTGGACGTTCTTCTCAA
TACTCGGTCGATCTTTACCAAGATTTTCTAGCTGGAATCGCCAAAGAGTTTGTGAAGAAG
CTACACGGACTTGGAGCTAGAAAGATTTCACTAGGTGGATTGCCTCCAATGGGATGTATG
CCTTTAGAGAGAGCCACCAACATTGGCACGGGAGGTGAGTGCATTGGACGCTTTAACGAC
ATTGCGGTCCAGTTCAACGGCAAGCTTGAGAGGCTTGTTGAGAAGCTGAGCAAAGAGCTT
TCTGGTTCCGTCCTTGTTTTTTCAAATCCCTATGAACCATTTATGCGAATCATCAAGAAC
CCTTCCTCTTTTGGGTTCGAGGTGGCCGCAGCTGCTTGCTGTGCGACGGGGATGTTCGAG
ATGGGATATAGTTGCCAAAGGAATAACCCATTCACATGTTCAAACGCAGACAAGTATGTG
TTTTGGGACTCATTTCATCCAACACAGAAGACTCATCGCATCATGGCCAATTTTCTCATG
AACGACACATTCTCTGACTTCCTGTAATGATTTATATGTGTGTGTGTCTGGAGAACGGAG
GATGGAGAGGAGAGTAATATTATTATTAGGGCTTGTCTACAGGGCTTAACTTCCCATATT
TTTGATCCAATAAATTATGCACTTTGTATGTATTAAATTAGACTTTGCTTTTGTGTTAAA
ATGTTAAAGTAGCGTAACCTATGTTTCTTTCTGTACTATGGTGTGCCTATATAGCTTAT

QA 2 840 2 840
DS 

RD RR1D624JQ 620 0 0
CCACCAACATTGGCACGGGAGGTGAGTGCGTTGGACGCTTTAACGACATTGCGGTCCAGT
TCAACGGCAAGCTTGAGAGGCTTGTTGAGAAGCTGAGCAAAGAGCTTTCTGGTTCCGTCC
TTGTTTTTTCAAATCCCTATGAACCATTTATGCGAATCATCAAGAACCCTTCCTCTTTTG
GGTTCGAGGTGGCCGCAGCTGCTTGCTGTGCGACGGGGATGTTCGAGATGGGATATAGTT
GCCAAAGGAATAACCCATTCACATGTTCAAACGCAGACAAGTATGTGTTTTGGGACTCAT
TTCATCCAACACAGAAGACTCATCGCATCATGGCCAATTTTCTCATGAACGACACATTTT
CTGACTTCCTGTAATGATTTATATGTGTGTGTGTCTGGAGAACGGAGGATGGAGAGGAGA
GTAATATTATTATTAGGGCTTGTCTACAGGGCTTAACTTCCCATATTTTTGATCCAATAA
ATTATGCACTTTGTATGTATTAAATTAGACTTTGCTTTTGTGTTAAAATGTTAAAGTAGC
GTAACCTATGTTTCTTTCTGTACTATGGTGTGCCTATATAGCTTATTTTATTAGACAAAG
AATATGCATGTGTTCTTGCT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1AT82JQ 638 0 0
GTGCATTGGACGCTTTAACGACATTGCGGTCCAGTTCAACGGCAAGCTTGAGAGGCTTGT
TGAGAAGCTGAGCAAAGAGCTTTCTGGTTCCGTCCTTGTTTTTTCAAATCCCTATGAACC
ATTTATGGGAATCATCAAGAACCCTTCCTTTTTTGGGTTCGAGGTGGCCGCAGCTGCTTG
CTGTGCGACGGGGATGTTCGAGATGGGATATAGTTGCCAAAGGAATAACCCATTCACATG
TTCAAACGCAGACAAGTATGTGTTTTGGGACTCATTTCATCCAACACAGAAGACTCATCG
CATCATGGCCAATTTTTTCATGAACGACACATTTTTTGACTTCCTGTAATGATTTATATG
TGTGTGTGTTTGGAGAACGGAGGATGGAGAGGAGAGTAATATTATTATTAGGGCTTGTTT
ACAGGGGTTAACTTCCCATATTTTTGATCCAATAAATTATGCACTTTGTATGTATTAAAT
TAGACTTTGCTTTTGTGTTAAAATGTTAAAGTAGCGTAACCTATGTTTCTTTTTGTACTA
TGGTGTGCCTATATAGCTTATTTTATTAGACAAAGAATATGCATGTGTTTTTGCTTATGT
ATTTTTGAAGTTTTAGGAAGAAATTTGGTTTCAAAGTG

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 4

CO CL3040Contig1 546 4 4 U
GGCTCGTACAATACACATAATATACTTTCAAATTTAAA**AAAAAAAAGAGAAGAAGTAA
AAAATTAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTAGTTGTTCT
TATTATCTTTTCTGCTTTTGAAGTACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAG
GCAGTCTAATTCTGGGAGCAAAAATTGTATGAAGGATAATGAATGCCGGAAGATTTGCGA
AAACGAGAAAGCATTACGTGCTACTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGCCGGTGTTTCTG
CCACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCCTTTCCAAGACATTTTCATGCCCTATGCCAAATA
AATATTACTAGATAACTTTCGGAGATATTGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTATA
ATAAGTTTTCTATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATAAATTAATTTTTTGATAAAA
ATCAATGAATCTTTTTGATAGTTTAATAATGTAAGAATAACATTAAATTTTATTACAATA
TATTAA


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1AX72JQ C 1
AF RR1AX72TF U 1
AF RR1BM12TF U 4
AF RR1B303TF U 293
BS 1 5 RR1AX72JQ
BS 6 476 RR1AX72TF
BS 477 536 RR1BM12TF
BS 537 546 RR1B303TF

RD RR1AX72JQ 476 0 0
GGCTCGTACAATACACATAATATACTTTCAAATTTAAA**AAAAAAAAGAGAAGAAGTAA
AAAATTAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTAGTTGTTCT
TATTATCTTTTCTGCTTTTGAAGTACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAG
GCAGTCTAATTCTGGGAGCAAAAATTGTATGAAGGATAATGAATGCCGGAAGATTTGCGA
AAACGAGAAAGCATTACGTGCTACTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGCCGGTGTTTCTG
CCACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCCTTTCCAAGACATTTTCATGCCCTATGCCAAATA
AATATTACTAGATAACTTTCGGAGATATTGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTATA
ATAAGTTTTCTATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATAAATTAATTTTTTGAT

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR1AX72TF 476 0 0
GGCTC
GTACAATACACATAATATACTTTCAAATTTAAA**AAAAAAAAGAGAAGAAGTAAAAAAT
TAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTAGTTGTTCTTATTA
TCTTTTCTGCTTTTGAAGTACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGGCAGT
CTAATTCTGGGAGCAAAAATTGTATGAAGGATAATGAATGCCGGAAGATTTGCGAAAACG
AGAAAGCATTACGTGCTACTTGCGATTATACATTCCCAAGGCGCCGGTGTTTCTGCCACT
TTCCATGTTAATCAACAGAGCCTTTCCAAGACATTTTCATGCCCTATGCCAAATAAATAT
TACTAGATAACTTTCGGAGATATTGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTATAATAAG
TTTTCTATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATAAATTAATTTTTTGAT

QA 6 476 6 476
DS 

RD RR1BM12TF 533 0 0
GG
GTACAATACACATAATATACTTTCAAATTTTAAGAAAAAAAAAGAGAAGAAGTAAAAAAT
TAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTAGTTGTTCTTATTA
TCTTTTCTGCTTTTGAAGCACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAGTCATGCAAGAGGCAGC
CTAATTCTGGGAGCAAAAATTGTATGAAGGATAATGAATGCCGGAAGATTTGCGAAAACG
AGAAAGCATTACGTGCTACTTGCTATTATACATTCCCAAGGCGCCGGTGTTTCTGCCACT
TTCCATGTTAATCAACAGAGCCTTTCCAAGACATTTTCATGCCCTATGCCAAATAAATAT
TACTAGATAACTTTCGGAGATATTGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTATAATAAG
TTTTCTATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATAAATTAATTTTTTGATAAAAATCAA
TGAATCTTTTTGATAGTTTAATAATGTAAGAATAACATTAAATTTTATTAC

QA 3 533 3 533
DS 

RD RR1B303TF 254 0 0
TGTTTCTGCCACTTTCCATGTTAATCAACAGAGCCTTTCCAAGACATTTTCATGCCCTAT
GCCAAATAAATATTACTAGATAACTTTCGGAGATGTTGCGGAATAAAGTTCATTTCAATA
TTATTATAATAAGTTTTCTATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATAAATTAATTTTT
TGATAAAAATCAATGAATCTTTTTGATAGTTTAATAATGTAAGAATAACATTAAATTTTA
TTACAATATATTAA

QA 1 254 1 254
DS 



AS 1 2

CO CL3041Contig1 852 2 16 U
GGAAGCCAACTGTGGCCGCAAGCAACGAGAGAGAAAGAAAAATGGTGCTAAAGGTGTACG
GACCTCACTTTGCCTCACCGAAGCGAGCTCTGGTAACGCTCATCGAGAAGGGCGTTGCCT
TTGAGACCGTCCCCGTCGATCTCATGAAAGGAGAACACAAACAGCCTGCTTATCTCGCCT
TACAGCCCTTCGGTACCGTCCCTGCTGTTGTCGACGGAGACTACAAAATCTTCGAGTCAC
GTGCCGTCATGAGGTACGTTGCTGAGAAGTACAGGTCACAAGGACCTGACCTTTTGGGGA
AAACCGTGGAAGAAAGAGGACAAGTCGAGCAATGGCTTGACGTGGAGGCGACCACTTACC
ACCCACCGCTACTGAACCTGACACTTCACATAATGTTCGCGTCAGTCATGGGATTCCCAT
CCGATGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAAGAGAAACTCTCGGCTGTTCTCGATGTGTACG
AGGCACATCTCTCAAAGAGCAAGTACTTGGCCGGTGACTTTGTGAGTTTGGCTGACTTGG
CTCACCTCCCGTTCACTGATTACTTGGTCGGTCCGATCGGGAAGGCTTACATGATCAAAG
ATAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGAACGACATCAGCAGCCGTCCTGCGTGGAAGGAGA
CTCTTGAGAAATATTCATTCCCGGCTTAAGAACATGATGTTCTTGTTGTTGTTGTTTGTG
TACGTTTATGTGAGGTTTTAATAAGTCTGCATCCTCTTAATGTTATGTTACCTCTCTGTT
CTGTTTCCCTTTGTAACTCCAACTCTTTGTGTGGTTTCAGTGAGGCTTTTAATTAGAGGA
ACTTAATTAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW23TF U 1
AF RR1EL32JQ C 153
BS 1 160 RR1EW23TF
BS 161 161 RR1EL32JQ
BS 162 187 RR1EW23TF
BS 188 188 RR1EL32JQ
BS 189 224 RR1EW23TF
BS 225 225 RR1EL32JQ
BS 226 460 RR1EW23TF
BS 461 462 RR1EL32JQ
BS 463 484 RR1EW23TF
BS 485 485 RR1EL32JQ
BS 486 631 RR1EW23TF
BS 632 632 RR1EL32JQ
BS 633 656 RR1EW23TF
BS 657 657 RR1EL32JQ
BS 658 670 RR1EW23TF
BS 671 852 RR1EL32JQ

RD RR1EW23TF 680 0 0
GGAAGCCAACTGTGGCCGCAAGCAACGAGAGAGAAAGAAAAATGGTGCTAAAGGTGTACG
GACCTCACTTTGCCTCACCGAAGCGAGCTCTGGTAACGCTCATCGAGAAGGGCGTTGCCT
TTGAGACCGTCCCCGTCGATCTCATGAAAGGAGAACACAAGCAGCCTGCTTATCTCGCCT
TACAGCCTTTCGGTACCGTCCCTGCTGTTGTCGACGGAGACTACGAAATCTTCGAGTCAC
GTGCCGTCATGAGGTACGTTGCTGAGAAGTACAGGTCACAAGGACCTGACCTTTTGGGGA
AAACCGTGGAAGAAAGAGGACAAGTCGAGCAATGGCTTGACGTGGAGGCGACCACTTACC
ACCCACCGCTACTGAACCTGACACTTCACATAATGTTCGCGTCAGTCATGGGATTCCCAT
CCGATGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAAGAGAAACTCTCTTCTGTTCTCGATGTGTACG
AGGCGCATCTCTCAAAGAGCAAGTACTTGGCCGGTGACTTTGTGAGTTTGGCTGACTTGG
CTCACCTCCCGTTCACTGATTACTTGGTCGGTCCGATCGGGAAGGCTTACATGATCAAAG
ATAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGAACGAGATCAGCAGCCGTCCTGCGTGGAAG*AGA
CTCTTGAGAA
GTATTCATTT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1EL32JQ 700 0 0
GAACACAAACAGCCTGCTTATCTCGCCTTGCAGCCCTTCGGTACCGTCCCTGCTGTTGTC
GACGGCGACTACAAAATCTTCGAGTCACGTGCCGTCATGAGGTACGTTGCTGAGAAGTAC
AGGTCACAAGGGCCTGACCTTTTGGGGAAAACCGTGGAAGAAAGAGGTCAAGTTGAGCAA
TGGCTTGACGTGGAGGCGACCACTTACCACCCACCGCTACTGAACCTGACACTTCACATA
ATGTTCGCGTCAGTCATGGGATTCCCATCTGATGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAAGAG
AAGCTCTCGGCTGTTCTCGATGTGTACGAGGCACATCTCTCAAAGAGCAAGTACTTGGCC
GGTGACTTTGTGAGTTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCGTTTACTGATTACTTGGTCGGT
CCGATCGGGAAGGCTTACATGATCAAAGATAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGAACGAC
ATCAGCAGCCGTCCTGCGTGGAAGGAGACTCTTGAGAAATATTCATTCCCGGCTTAAGAA
CATGATGTTCTTGTTGTTGTTGTTTGTGTACGTTTATGTGAGGTTTTAATAAGTCTGCAT
CCTCTTAATGTTATGTTACCTCTCTGTTCTGTTTCCCTTTGTAACTCCAACTCTTTGTGT
GGTTTCAGTGAGGCTTTTAATTAGAGGAACTTAATTAAGT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 2 4

CO CL3042Contig1 818 2 2 U
GGAGAACCTCCAACAACGAAACCGGTTCTTCTTCCTCTCCGAGGCCTAAGCCAGACCCTG
ATGCTCCCTTAATCACAGAGCCATGCAAAGTATGTGGCAGAAAGTTCTGGTCTTCCAAGG
CACTCCATGGACACATGAGATCTCACCCTGAGCGTCGATGGCGTGGCATCAACCCTCCTC
CTAACCACCAACCAACCGTGACGGCAGCACCCCCGGTGTCTGTTACAGCGGAAGGCGGTC
AAGTGTTGGCTATTGCCTCCACGACCGGTTCAAGTGTGGTAGGAGTTGAATGTGGAGGTT
GTAAGAAAGTGTTTGAGTCACGTCAAGCATTAGATGGACATATATGTTCCGCCATTTTAA
ACTTAAACGAAGATCCTCCTCCTACTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAAGAGGTCG
TTGATGAGAGCAGGAGTGTGATGTTGGCGTCAAGGATGAATCATCGATGTGACATCTGTT
CTAAAGTGTTTTATAGTGGTCAGGCTTTGGGTGGTCACATGAGGTGTCATTGGGTTAAGG
ATAAGGAGAAGAAACAAGCTTCGACTGGTATCGATCTCAATGTTCCTGCGTCGTCGACCA
ACTTGCAGCCCGGTTCTCTTTCAGACGCAGTGCCAGAGTCTTCTTTGGATCTTAAGTTAC
GACTCTGACATTATAATATCTTATGGGTATTGGTTTTTTTCTCTTTATGAAACTCTCTAT
TTTATGTGTGTGAGTCACACAGTGTGACGATTTGTACGATGAATTTATACCATTGGGGGT
ATTGCAATAATCTTATTTAAAACTTATTTGTTGACGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C573TF U 1
AF RR1C573JQ C 182
BS 1 379 RR1C573TF
BS 380 818 RR1C573JQ

RD RR1C573TF 381 0 0
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ATGCTCCCTTAATCACAGAGCCATGCAAAGTATGTGGCAGAAAGTTCTGGTCTTCCAAGG
CACTCCATGGACACATGAGATCTCACCCTGAGCGTCGATGGCGTGGCATCAACCCTCCTC
CTAACCACCAACCAACCGTGACGGCAGCACCCCCGGTGTCTGTTACAGCGGAAGGCGGTC
AAGTGTTGGCTATTGCCTCCACGACCGGTTCAAGTGTGGTAGGAGTTGAATGTGGAGGTT
GTAAGAAAGTGTTTGAGTCACGTCAAGCATTAGATGGACATATATGTTCCGCCATTTTAA
ACTTAAACGAAGATCCTCC
TC

QA 1 379 1 379
DS 

RD RR1C573JQ 637 0 0
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AGTGTTGGCTATTGCCTCCACGACCGGTTCAAGTGTGGTAGGAGTTGAATGTGGAGGTTG
TAAGAAAGTGTTTGAGTCACGTCAAGCATTAGATGGACATATATGTTCCGCCATTTTAAA
CTTAAACGAAGATCCTCCTCCTACTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAAGAGGTCGT
TGATGAGAGCAGGAGTGTGATGTTGGCGTCAAGGATGAATCATCGATGTGACATCTGTTC
TAAAGTGTTTTATAGTGGTCAGGCTTTGGGTGGTCACATGAGGTGTCATTGGGTTAAGGA
TAAGGAGAAGAAACAAGCTTCGACTGGTATCGATCTCAATGTTCCTGCGTCGTCGACCAA
CTTGCAGCCCGGTTCTCTTTCAGACGCAGTGCCAGAGTCTTCTTTGGATCTTAAGTTACG
ACTCTGACATTATAATATCTTATGGGTATTGGTTTTTTTCTCTTTATGAAACTCTCTATT
TTATGTGTGTGAGTCACACAGTGTGACGATTTGTACGATGAATTTATACCATTGGGGGTA
TTGCAATAATCTTATTTAAAACTTATTTGTTGACGAC

QA 1 637 1 637
DS 



CO CL3042Contig2 494 2 4 U
GGAGACGATGAATAACAATATAGAGTTAAATCTCACTTTGAATCCCTCATCGGCTCCCCC
CAATGAAACTCCCCCGAGTCACAACCAAACCCCAAGAAGAAAACGCACTAGGAGAACCTC
CAACAACGAAACCGGTTCTTCTTCCTCTCCGAGGCCTAAACCAGACCCTGATGCTCCCTT
AATCACAGAGCCATGCAAAGTATGTGGCAGAAAGTTCTGGTCTTCCAAGGCACTCCATGG
ACACATGAGATCTCACCCTGAGCGTCAATGGCGTGGCATCAACCCTCCTCCTAACCACCA
ACCAACCGTGACGGCAGCACCCCCGGTGTCTGTTACAGCGGAAGGCGGTCAAGTGTTGGC
TATTGCCTCCACGACCGGTTCAAGTGCAGTAGGAGTTGAATGTGAAGGTTGTAAGAAAAT
GTTTGAGTCACGTCAAGCGTTAGATGGACATATATGTTCCGCCATTTTGAACTTAAACGA
AGATCCTCCTCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1D950TF U 1
AF RR1BB66TF U 6
BS 1 257 RR1D950TF
BS 258 258 RR1BB66TF
BS 259 489 RR1D950TF
BS 490 494 RR1BB66TF

RD RR1D950TF 489 0 0
GGAGACGATGAATAACAATATAGAGTTAAATCTCACTTTGAATCCCTCATCGGCTCCCCC
CAATGAAACTCCCCCGAGTCACAACCAAACCCCAAGAAGAAAACGCACTAGGAGAACCTC
CAACAACGAAACCGGTTCTTCTTCCTCTCCGAGGCCTAAACCAGACCCTGATGCTCCCTT
AATCACAGAGCCATGCAAAGTATGTGGCAGAAAGTTCTGGTCTTCCAAGGCACTCCATGG
ACACATGAGATCTCACCTTGAGCGTCAATGGCGTGGCATCAACCCTCCTCCTAACCACCA
ACCAACCGTGACGGCAGCACCCCCGGTGTCTGTTACAGCGGAAGGCGGTCAAGTGTTGGC
TATTGCCTCCACGACCGGTTCAAGTGCAGTAGGAGTTGAATGTGAAGGTTGTAAGAAAAT
GTTTGAGTCACGTCAAGCGTTAGATGGACATATATGTTCCGCCATTTTGAACTTAAACGA
AGATCCTCC

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR1BB66TF 489 0 0
G
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AACTCCCCCGAGTCACAACCAAACCCCAAGAAGAAAACGCACTAGGAGAACCTCCAGCAA
CGAAACCGGTTCTTCTTCCTCTCCGAGGCCTAAACCAGACCCTGATGCTCCCTTAATCAC
AGAGCCATGCAAAGTATGTGGCAGAAAGTTCTGGTCTTCCAAGGCACTCCATGGACACAT
GAGATCTCACCCTGAGCGTCAATGGCGTGGCATCAACCCTCCTCCTAACCACCAACCAAC
CGTGACGGCAGCACCCCCGGTGTCTGTTACAGCGGAAGGCGGTCAAGTGTTGGCTATTGC
CTCCACGACCGGTTCAAGTGCAGTAGGAGTTGAATGTGAAGGTTGTAAGAAAATGTTTGA
GTCACGTCAAGCGTTAGATGGACATATATGTTCCGCCATTTTGAACTTAAACGAAGATCC
TCCTCCTT

QA 2 489 2 489
DS 



AS 1 4

CO CL3043Contig1 892 4 7 U
GGGATCTGATCGGATCTGAAACTGAACGAAGATCGGAGAAGATGACAGAAGCGAGCCTCG
ATCTGCAGGAATCCGGCTGGGAGGAGCTCCGTAGAGAAGCTCGTAAAATCGAAGGCGATC
TCGACGTCAAACTCTCCTCTTACGCTAAGCTCGGCACCAGATTCAATCAAGGCGGGTATG
GTGTTGAGGGTGGATCTCCAGGAGGATCATGGAAGTCAATGGAGATTGAGATTCAATCTT
CGCTTGAGAAGTTGTTGGACATTAATGATTCCATGAGTAGATGTGCTGCCTCTGCTGCAC
CTACAACCTCTGTTACTCAAAAGCTTGCAAGGCACAGAGACATTCTTCACGAATACACTC
AGGAGTTTCGAAGGATAAAAGGGAACATAAACTCGATGAGGGAACATGCTGAGCTTCTGA
GTTCTGTCAGGGATGACATAAGTGAATATAAGGCTTCTGGTAGTATGTCACCAGGTGTGC
AAGTGTTAAGAGAGAGAGCTTCAATCCATGGAAGTATATCCCATATTGATGAAGTAATTG
GCCAAGCTCAAGCGACAAGAGCAGTTCTTGGCTCTCAACGGTCTCTGTTTTCGGATGTTC
AAGGGAAAGTGAAAAATCTCGGCGACAAGTTCCCAGTGATTCGTGGCTTACTTGGCTCAA
TTAGAAGGAGACGTTCTCGGGACACACTTATCCTCTCCGCTGTCATCGCTGCTTGTACCT
TGTTTATAATCATCTACTGGCTCTCGAAATAAACAGTATTGTTCATACACCTAAAGCCTG
TTAAGTCTATCCCTATATAGATTTTTCCAAGGTTTTTCTTGCCATTTGGTTGAGTTATGT
GTTCGTAGGATGTAATGTCACACTCCTAATCATAAAACAGCTTAAAAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GS72TF U 1
AF RR1H258TF U 7
AF RR1H258JQ C 162
AF RR1GS72JQ C 298
BS 1 155 RR1GS72TF
BS 156 156 RR1H258TF
BS 157 576 RR1GS72TF
BS 577 666 RR1H258TF
BS 667 667 RR1H258JQ
BS 668 806 RR1H258TF
BS 807 892 RR1H258JQ

RD RR1GS72TF 576 0 0
GGGATCTGATCGGATCTGAAACTGAACGAAGATCGGAGAAGATGACAGAAGCGAGCCTCG
ATCTGCAGGAATCCGGCTGGGAGGAGCTCCGTAGAGAAGCTCGTAAAATCGAAGGCGATC
TCGACGTCAAACTCTCCTCTTACGCTAAGCTCGGCGCCAGATTCAATCAAGGCGGGTATG
GTGTTGAGGGTGGATCTCCAGGAGGATCATGGAAGTCAATGGAGATTGAGATTCAATCTT
CGCTTGAGAAGTTGTTGGACATTAATGATTCCATGAGTAGATGTGCTGCCTCTGCTGCAC
CTACAACCTCTGTTACTCAAAAGCTTGCAAGGCACAGAGACATTCTTCACGAATACACTC
AGGAGTTTCGAAGGATAAAAGGGAACATAAACTCGATGAGGGAACATGCTGAGCTTCTGA
GTTCTGTCAGGGATGACATAAGTGAATATAAGGCTTCTGGTAGTATGTCACCAGGTGTGC
AAGTGTTAAGAGAGAGAGCTTCAATCCATGGAAGTATATCCCATATTGATGAAGTAATTG
GCCAAGCTCAAGCGACAAGAGCAGTTCTTGGCTCTC

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1H258TF 800 0 0
G
GATCGGATCTGAAACTGATCGAAGATCGGAGAAGATGACAGAAGCGAGCCTCGATCTGCA
GGAATCCGGCTGGGAGGAGCTCCGTAGAGAAGCTCGTAAAATCGAAGGCGATCTCGACGT
CAAACTCTCCTCTTACGCTAAGCTCGGCACCAGATTCAATCAAGGCGGGTATGGTGTTGA
GGGTGGATCTCCAGGAGGATCATGGAAGTCAATGGAGATTGAGATTCAATCTTCGCTTGA
GAAGTTGTTGGACATTAATGATTCCATGAGTAGATGTGCTGCCTCTGCTGCACCTACAAC
CTCTGTTACTCAAAAGCTTGCAAGGCACAGAGACATTCTTCACGAATACACTCAGGAGTT
TCGAAGGATAAAAGGGAACATAAACTCGATGAGGGAACATGCTGAGCTTCTGAGTTCTGT
CAGGGATGACATAAGTGAATATAAGGCTTCTGGTAGTATGTCACCAGGTGTGCAAGTGTT
AAGAGAGAGAGCTTCAATCCATGGAAGTATATCCCATATTGATGAAGTAATTGGCCAAGC
TCAAGCGACAAGAGCAGTTCTTGGCTCTCAACGGTCTCTGTTTTCGGATGTTCAAGGGAA
AGTGAAAAATCTCGGCGACAAGTTCCCAGTGATTCGTGGCTTACTTGGCTCAATTAGAAA
GAGACGTTCTCGGGACACACTTATCCTCTCCGCTGTCATCGCTGCTTGTACCTTGTTTAT
AATCATCTACTGGCTCTCGAAATAAACAGTATTGTTCATACACCTAAAGCCTGTTAAGTC
TATCCCTATATAGATTTTT

QA 2 800 2 800
DS 

RD RR1H258JQ 731 0 0
TTCAATCAAGGCGGGTATGGTGTTGAGGGTGGATCTCCAGGAGGATCATGGAAGTCAATG
GAGATTGAGATTCAATCTTCGCTTGAGAAGTTGTTGGACATTAATGATTCCATGAGTAGA
TGTGCTGCTTCTGCTGCACCTACAACCTCTGTTACTCAAAAGCTTGCAAGGCACAGAGAC
ATTCTTCACGAATACACTCAGGAGTTTCGAAGGATAAAAGGGAACATAAACTCGATGAGG
GAACATGCTGAGCTTCTGAGTTCTGTCAGGGATGACATAAGTGAATATAAGGCTTCTGGT
AGTATGTCACCAGGTGTGCAAGTGTTAAGAGAGAGAGCTTCAATCCATGGAAGTATATCC
CATATTGATGAAGTAATTGGCCAAGCTCAAGCGACAAGAGCAGTTCTTGGCTCTCAACGG
TCTCTGTTTTCGGATGTTCAAGGGAAAGTGAAAAATCTCGGCGACAAGTTCCCAGTGATT
CGTGGCTTACTTGGCTCAATTAGAAGGAGACGTTCTCGGGACACACTTATCCTCTCCGCT
GTCATCGCTGCTTGTACCTTGTTTATAATCATCTACTGGCTCTCGAAATAAACAGTATTG
TTCATACACCTAAAGCCTGTTAAGTCTATCCCTATATAGATTTTTCCAAGGTTTTTCTTG
CCATTTGGTTGAGTTATGTGTTCGTAGGATGTAATGTCACACTCCTAATCATAAAACAGC
TTAAAAATTCC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1GS72JQ 595 0 0
CACCTACAACCTCTGTTACTCAAAAGCTTGCAAGGCACAGAGACATTCTTCACGAATACA
CTCAGGAGTTTCGAAGGATAAAAGGGAACATAAACTCGATGAGGGAACATGCTGAGCTTC
TGAGTTCTGTCAGGGATGACATAAGTGAATATAAGGCTTCTGGTAGTATGTCACCAGGTG
TGCAAGTGTTAAGAGAGAGAGCTTCAATCCATGGAAGTATATCCCATATTGATGAAGTAA
TTGGCCAAGCTCAAGCGACAAGAGCAGTTCTTGGCTCTCAACGGTCTCTGTTTTCGGATG
TTCAAGGGAAAGTGAAAAATCTCGGCGACAAGTTCCCAGTGATTCGTGGCTTACTTGGCT
CAATTAGAAGGAGACGTTCTCGGGACACACTTATCCTCTCCGCTGTCATCGCTGCTTGTA
CCTTGTTTATAATCATCTACTGGCTCTCGAAATAAACAGTATTGTTCATACACCTAAAGC
CTGTTAAGTCTATCCCTATATAGATTTTTCCAAGGTTTTTCTTGCCATTTGGTTGAGTTA
TGTGTTCGTAGGATGTAATGTCACACTCCTAATCATAAAACAGCTTAAAAATTCC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 4

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GATCCCTTCACCTCTTTGTTTCTCATCCTCTATTGTTTTCTTCCAGCTTTCTCTCTTTTC
TCTGGACAGTTTATAGTACGAACACTTAGTATCTCCTTCTTAGTTTACCTCCTTTTGATT
ACCATCTGTTTGATTGGCTTGGCGGTTCTGGAGGTCAAGTGGTCCGGCATCGAACTAGAA
GAATGGTGGAGGAATGAACAGTGGTGGCTTATCTCCGGAACTAGCTCTCACCTTTATGCT
GTAGTCCAAGGAGTCCTCAAAGTTATTGCAGGGATCGAGATCTCTTTTACCTTAACCTCT
AAATCCGGGGGAGATGACAATGATGATATCTACGCAGATTTATACATAGTGAAATGGTCA
TCTCTAATGATACCACCCATTGTGATTGCAATGGTAAACATAATAGCAATTGTGGTAGCG
TTTGTCAGGACGATATACCAAGCGGTACCACAATGGAGCAAATTGATAGGAGGAGTTTTT
TTCAGCTTCTGGGTGTTAGCACATTTGTACCCTTTTGCAAAAGGATTAATGGGAAGGTGA
GGCAAGACTCCAGCAATAGTTTTTGTGTGGGCAGGTCTAATTGCCATCACTATCTCTTTA
CTATGGCCGGCTATTAATCCTAACACCGGACCTGTCGCTGCTGCTGAAGGTGTTGGAGGT
GGTGGATTTCAATTTCCTTAAAGCATTTACAGTATATATATGAGTAGAGTTTTCTAAAAC
CTAATTTAATTACAACAATAATACACTTTCCTATTTCCTTTTCTTGTTTATTTCTTTCTT
TGGTTGTAAATTTTCACTGAACAATATTTAGATTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1HB33TF U 1
AF RR1GP87TF U 1
AF RR1GP87JQ C 285
AF RR1HB33JQ C 332
BS 1 597 RR1GP87TF
BS 598 598 RR1GP87JQ
BS 599 646 RR1GP87TF
BS 647 816 RR1GP87JQ

RD RR1HB33TF 576 0 0
GATCCCTTCACCTCTTTGTTTCTCATCCTCTATTGTTTTCTTCCAGCTTTCTCTCTTTTC
TCTGGACAGTTTATAGTACGAACACTTAGTATCTCCTTCTTAGTTTACCTCCTTTTGATT
ACCATCTGTTTGATTGGCTTGGCGGTTCTGGAGGTCAAGTGGTCCGGCATCGAACTAGAA
GAATGGTGGAGGAATGAACAGTGGTGGCTTATCTCCGGAACTAGCTCTCACCTTTATGCT
GTAGTCCAAGGAGTCCTCAAAGTTATTGCAGGGATCGAGATCTCTTTTACCTTAACCTCT
AAATCCGGGGGAGATGACAATGATGATATCTACGCAGATTTATACATAGTGAAATGGTCA
TCTCTAATGATACCACCCATTGTGATTGCAATGGTAAACATAATAGCAATTGTGGTAGCG
TTTGTCAGGACGATATACCAAGCGGTACCACAATGGAGCAAATTGATAGGAGGAGTTTTT
TTCAGCTTCTGGGTGTTAGCACATTTGTACCCTTTTGCAAAAGGATTAATGGGAAGGTGA
GGCAAGACTCCAGCAATAGTTTTTGTGTGGGCAGGT

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1GP87TF 646 0 0
GATCCCTTCACCTCTTTGTTTCTCATCCTCTATTGTTTTCTTCCAGCTTTCTCTCTTTTC
TCTGGACAGTTTATAGTACGAACACTTAGTATCTCCTTCTTAGTTTACCTCCTTTTGATT
ACCATCTGTTTGATTGGCTTGGCGGTTCTGGAGGTCAAGTGGTCCGGCATCGAACTAGAA
GAATGGTGGAGGAATGAACAGTGGTGGCTTATCTCCGGAACTAGCTCTCACCTTTATGCT
GTAGTCCAAGGAGTCCTCAAAGTTATTGCAGGGATCGAGATCTCTTTTACCTTAACCTCT
AAATCCGGGGGAGATGACAATGATGATATCTACGCAGATTTATACATAGTGAAATGGTCA
TCTCTAATGATACCACCCATTGTGATTGCAATGGTAAACATAATAGCAATTGTGGTAGCG
TTTGTCAGGACGATATACCAAGCGGTACCACAATGGAGCAAATTGATAGGAGGAGTTTTT
TTCAGCTTCTGGGTGTTAGCACATTTGTACCCTTTTGCAAAAGGATTAATGGGAAGGTGA
GGCAAGACTCCAGCAATAGTTTTTGTGTGGGCAGGTCTAATTGCCATCACTATCTCTCTA
CTATGGCCGGCTATTAATCCTAACACCGGACCTGTCGCTGCTGCTG

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1GP87JQ 532 0 0
TTTTACCTTAACCTCTAAATCCGGGGGAGATGACAATGATGATATTTACGCAGATTTATA
CATAGTGAAATGGTCATCTCTAATGATACCACCCATTGTGATTGCAATGGTAAACATAAT
AGCAATTGTGGTAGCGTTTGTCAGGACGATATACCAAGCGGTACCACAATGGAGCAAATT
GATAGGAGGAGTTTTTTTCAGCTTCTGGGTGTTAGCACATTTGTACCCTTTTGCAAAAGG
ATTAATGGGAAGGTGAGGCAAGACTCCAGCAATAGTTTTTGTGTGGGCAGGTCTAATTGC
CATCACTATCTCTTTACTATGGCCGGCTATTAATCCTAACACCGGACCTGTCGCTGCTGC
TGAAGGTGTTGGAGGTGGTGGATTTCAATTTCCTTAAAGCATTTACAGTATATATATGAG
TAGAGTTTTCTAAAACCTAATTTAATTACAACAATAATACACTTTCCTATTTCCTTTTCT
TGTTTATTTCTTTCTTTGGTTGTAAATTTTCACTGAACAATATTTAGATTTT

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1HB33JQ 485 0 0
ACGCAGATTTATACATAGTGAAATGGTCATCTCTAATGATACCACCCATTGTGATTGCAA
TGGTAAACATAATAGCAATTGTGGTAGCGTTTGTCAGGACGATATACCAAGCGGTACCAC
AATGGAGCAAATTGATAGGAGGAGTTTTTTTCAGCTTCTGGGTGTTAGCACATTTGTACC
CTTTTGCAAAAGGATTAATGGGAAGGTGAGGCAAGACTCCAGCAATAGTTTTTGTGTGGG
CAGGTCTAATTGCCATCACTATCTCTTTACTATGGCCGGCTATTAATCCTAACACCGGAC
CTGTCGCTGCTGCTGAAGGTGTTGGAGGTGGTGGATTTCAATTTCCTTAAAGCATTTACA
GTATATATATGAGTAGAGTTTTCTAAAACCTAATTTAATTACAACAATAATACACTTTCC
TATTTCCTTTTCTTGTTTATTTCTTTCTTTGGTTGTAAATTTTCACTGAACAATATTTAG
ATTTT

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 4

CO CL3045Contig1 1492 4 6 U
GGAAAGTTCTGGGCTTTTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCGCTTTCGAGATCAATCGAAAG
GAAGAATCATCGGAAGAAGAAGAAAGAGAAGCTAATGGGTTGGATCCCGTGCTCTGGGAA
ATCAAATGGGAAGACTAAGAAAAGGAGCAACAGTGACGCAAAGCTCAGCAGGAATTGCTC
TGTCTCTACTTCAGAGAAATCTAAGGCCAAATCGTCAGTGAGTGAATCCAAAAGCAGAGG
GTCTGATAACATTGTTGCACAGACGTTTACGTTCTCTGAGCTAGCTACTGCCACTAGAAA
CTTCAGGAAAGAATGCCTTATCGGGGAAGGAGGATTCGGTAGAGTTTACAAAGGTTACTT
AGCAACCACTAGCCAGACAGCGGCTATCAAGCAACTTGATCATAATGGTTTACAAGGAAA
CAGAGAGTTCCTCGTTGAGGTTCTCATGTTGAGCCTTCTTCATCACCCAAATCTTGTGAA
CCTCATTGGGTATTGTGCTGATGGGGATCAAAGTCTTCTCGTCTACGAATACATGCCTCT
AGGTTCACTTGAAGATCATTTGCACGACATTTCACCTGGTAACCAGCCACTTGACTGGAA
CACAAGGATGAAAATAGCTGCAGGTGCTGCTAAAGGGTTGGAGTATCTGCACGACAAGAC
CATGCCTCCAGTGATCTACCGTGATTTGAAATGCTCCAACATTTTGCTCGGCGATGACTA
CTTCCCGAAGCTATCTGACTTCGGTTTGGCTAAACTTGGCCCAGTGGGTGACAAGTCTCA
CGTGTCCACTCGTGTTATGGGAACATACGGATACTGTGCTCCCGAGTACGCAATGACAGG
CCAGCTAACACTCAAGTCAGACGTTTACAGCTTCGGTGTGGTTCTTCTGGAGATTATAAC
CGGTAGGAAAGCCATAGACAATTCTAGATGTACTGGAGAACAGAATCTGGTCGCGTGGGC
GAGGCCTCTGTTTAAAGACAGGAGGAAATTCTCTCATATGGCTGATCCAATGCTTCAAGG
TCAATACCCTCCGAGAGGATTGTACCAAGCCCTTGCCGTGGCGGCAATGTGCGTGCAAGA
GCAGCCGAATCTGAGACCTGTCATTGCTGATGTTGTCACTGCACTCACTTATCTAGCTTC
CCAAAAGTTTGATCCTATGGCTCAGCCAGTCCAAGGCTCACTTTTCGCTCCTGGGACTCC
ACCTAGATCAAAGAGGGGGGTCTGAAAAGTAAATCTTAGTGCCGTGTGAGTTATTTACAC
TTTTAGACCGATTCCGAGCTGTCTTCTTCTTTTTTTAAATCGGGATGGGTTTCAGACTAA
GCATGAAAGGAGTTTGTTTGTAGATATGTGTAAGAAGAGTGATATTTCATATAGAAGCCG
GTTTGTAATGTTGTTGTTATAGGTAATGAGTCTTCACATGTAATGTAATGTTATGTAGCA
ACTGCTTTAAAAATGTGACAATATTTTATTATATGGTATTATTCAGTAATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GM38TF U 1
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AF RR1GM38JQ C 886
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CAC

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G
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CACTTATCTAGCTTCCCAAAAGTTTGATCCTATGGTTCAGCCAGTCCAAGGCTCACTTTT
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TTCATATAGAAGCCGGTTTGTAATGTTGTTGTTATAGGTAATGAGTCTTCACATGTAATG
TAATGTTATGTAGCAACTGCTTTAAAAATGTGACAATATTTTATTATATGGTATTATTCA
GTAATGT

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR1BO09TF C 1
AF RR1BO09JQ U 4
AF RR1B590JQ U 11
AF RR1B590TF C 11
BS 1 10 RR1BO09TF
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BS 173 582 RR1BO09JQ

RD RR1BO09TF 582 0 0
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AATACAAGGGCAAGACTAGATTTAAGACTGATACTCAAAGATTATCTCCGTTGATGCAAC
AATTAGAATTTGACGAGAAGAAACAAGTACAAACAGCGACATATCTCTCT**CACTTGGG
GTTCCTGAGGACGATAATGACAGAGTCACCACGGAGAAACATCTTGCTGATGAAGCGATC
TCTGTTAACAGGAAGAGCTTTCTTCTTTCCTTTCCCAGTTTTAGGTACCTCAGTCCACAT
TTCTCTGACGTTTTCCAGGACCATGTTGCAGTGCCTGTCAAAAGCTCTAACACGACCAAG
GAGTTTCCTGTTGTTGCGGCAATTGATCAGCACCTGAGTGTTGTTCTTGACACTCATCAT
CAGAACAGAAAGGGGTCCCGTGTTGAACTCCTCCTCCTCCGTCTTTCCGTTGATATCCTC
TTCCATTGGCCTACTCATATTCGCTTGCAGCTCAACAAATTCTCCGAAGATTAGTCTTAA
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DS 

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TGACGAGAAGAAACAAGTACAAACAGCGACATATCTCTCT**CACTTGGGGTTCCTGAGG
ACGATAATGACAGAGTCACCACGGAGAAACATCTTGCTGATGAAGCGATCTCTGTTAACA
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DS 

RD RR1B590TF 572 0 0
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CAAGACTAGATTTAAGACTGATACTCAAAGATTATCTCCGTTGATGCAACAATTAGAATT
TGACGAGAAGAAACAAGTACAAACAGCGACATATCTCTCTCTCACTTGGGGTTCCTGAGG
ACGATAATGACAGAGTCACCACGGAGAAACATCTTGCTGATGAAGCGATCTCTGTTAACA
GGAAGAGCTTTCTTCTTTCCTTTCCCAGTTTTAGGTACCTCGGTCCACATTTCTCTGACG
TTTTCCAGGACCATGTTGCAGTGCCTGTCAAAAGCTCTAACACGACCAAGGAGTTTCCTG
TTGTTGCGGCAATTGATCAGCACCTGAGTGTTGTTCTTGACACTCATCATCAGAACAGAA
AGGGGTCCCGTGTTGAACTCCTCCTCCTCCGTCTTTCCGTTGATATCCTCTTCCATTGGC
CTACTCATATTCGCTTGCAGCTCAACAAATTCTCCGAAGATTAGTCTTAAACCAGCTAAA
TCTCGGTCTTTGAGGAGCAGTCGAGAGACCCC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 3

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CTCTGGTCCAGACAGCCCTTTGAACAGTTTGGTGTAGCAGAGAGGAATGGCGCTGTTGGT
GAGGAAGTCAGGAATAGATCAGCTCCGATAAATATAGACAACAACAACGCTGCTTCTACC
GTCGATGCAGAGGCTAAGCTCCTTCAGTCGTTCAGGAACTGTATACTAAAGCTTATTAAA
CTGGAAGGATCAGAATGGTTGTTTGGGCAAAGCGATGGAGTCGATGAAGAACTGATAGAC
AAGGTAGCTGCAAGAGAAAAGTTTATCTACGAAGCTGAAACACGAGAAGTGGGCCACATG
GGCGAGCCTCAGGTTTCATCAGTTCCTAACTGTGGAGATGGTTGCGTTTGGAGAGCTGAT
TTGATTGTGAGCTTTGGAGTTTGGTGCATTCACCGTGTCCTTGACTTGTCTCTCATGGAG
AGTCGTCCTGAGCTCTGGGTAAAGTACACTTACGTTCTCAACCGCCTTCAGGGAGTTATA
GACCCGGCGTTCTCAAAGCTTCGGTCACCGATGACACCGTGCTTCTGCCTTCAGATTCCG
GCAAGCCACCAAAGAGCGAGTCCGCCTTCAGCTTCAAACGGAATGTTACCTCCGGCTGCA
AGACCAGCCAAAGGCAAATGCACAACAGCAGTCACACTTCTTGAGCTGATCAAAGACGTT
GAAATATCAATCTCTTGTAGGAAAGGCCGGACCGGTACTGCTGCTGGAGACGTGGCTTTC
CCAAAAGGGAAAGAGAATTTGGCATCCGTGTTGAAGCGGTATAAGCGTCGGTTATCGAAT
AAACCAACCGGTATGAATCAGGATGGACCCGGTTCAAGAAAGAACCTGAATGCAGCAGCT
TCTGTGTACGGACCAATGGGTTGAAGAAGAACATTTGAAAATCTCATGATGATCAAAGAG
ATGTCTAGAGGAAGCCCGTAAAAGCAAAACCTTTGCTTCGTTATTGTGTATTAAGGAAAA
GTGGATTTTTGTTGCTTCAGAACTTTTTTTCCTTTGTTAATTTGGTTGTAATGTTATGTT
ATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1B947TF U 1
AF RR1CS47TF U 213
AF RR1CS47JQ C 317
BS 1 236 RR1B947TF
BS 237 237 RR1CS47TF
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BS 441 467 RR1B947TF
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BS 852 904 RR1CS47TF
BS 905 1024 RR1CS47JQ

RD RR1B947TF 467 0 0
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TTGATTGTGAGCTTTGGAGTTTGGTGCATTCACCGTGTCCTTGACTTGTCTCTCATGGAG
AGTCGTCCTGAGCTCTGGGGAAAGTACACTTACGTTCTCAACCGCCT

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR1CS47TF 694 0 0
G
GATGGAGTCGATGAAGAACTGATAGACAAGGTAGCTGCAAGAGAAAAGTTTATCTACGAA
GCTGGAACGCGAGAAGTGGGCCACATGTGCGAGCCTCAGGTTTCATCAGTTCCTAACTGT
GGAGATGGTTGCGTTTGGAGAGCTGATTTGATTGTGAGCTTTGGAGTTTGGTGCATTCAC
CGTGTCCTTGACTTGTCTCTCATGGAGAGTCGTCCTGAGCTCTGGGTAAAGTACACTTAC
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GGTACTGCTGCTGGAGACGTGGCTTTCCCAAAAGGGAAAGAGAATTTGGCATCCGTGTTG
AAGCGGTATAAGCGTCGGTTATCGAATAAACCAACCGGTATGAATCAGGATGGACCCGGT
TCAAGAAAGAACCTGAATGCAGCAGCTTCTGTGTACG*ACCAATGGGTTGAAGAAGAACA
TTTGAAAATCTCATGATGATCAAAGAGATGT
CT

QA 2 692 2 692
DS 

RD RR1CS47JQ 708 0 0
CATCAGTTCCTAACTGTGGAGATGGTTGCGTTTGGAGAGCTGATTTGATTGTGAGCTTTG
GAGTTTGGTGCATTCACCGTGTCCTTGACTTGTCTCTCATGGAGAGTCGTCCTGAGCTCT
GGGTAAAGTACACTTACGTTCTCAACCGCCTTCAGGGAGTTATAGACCCGGCGTTCTCAA
AGCTTCGGTCACCGATGACACCGTGCTTCTGCCTTCAGATTCCGGCAAGCCACCAAAGAG
GGAGTCCGCCTTCAGCTTCAAACGGAATGTTACCTCCGGCTGCAAGACCAGCCAAAGGCA
AATGCACAACAGCAGTCACACTTCTTGAGCTGATCAAAGACGTTGAAATATCAATTTCTT
GTAGGAAAGGCCGGACCGGTACTGCTGCTGGAGACGTGGCTTTCCCAAAAGGGAAAGAGA
ATTTGGCATCCGTGTTGAAGCGGTATAAGCGTCGGTTATCGAATAAACCAACCGGTATGA
ATCAGGATGGACCCGGTTCAAGAAAGAACCTGAATGCAGCAGCTTCTGTGTACGGACCAA
TGGGTTGAAGAAGAACATTTGAAAATCTCATGATGATCAAAGAGATGTCTAGAGGAAGCC
CGTAAAAGCAAAACCTTTGCTTCGTTATTGTGTATTAAGGAAAAGTGGATTTTTGTTGCT
TCAGAACTTTTTTTCCTTTGTTAATTTGGTTGTAATGTTATGTTATAT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 2 4

CO CL3048Contig1 881 2 2 U
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AAAAAAACTAAGTGAAATAGACAAAACATCATGAGAAAGATGAAGATAGGTAGTGTTATG
TTGTAGAACGTCAATGATCTGAAAACATCATCAGGAAAAACATTAAGATTAAAAAAAAAA
TTACACCTTTTCAGTGTTTAGAGCTAAAGACGCTTGCTGTCTTCGGTTTATGATTTAGGA
TGCACCAAGAGCCGTTTCTCTTTTCACAGACAGATTCAGGATTCATTTCTCTTCTTGAGG
CTCATCACCTTTGGATGGCTCGTCTCCTTCCTCTGGGAGGTCAGAAGTCCACAAAGTGAG
ATTGTCTCTAAGTAGCTGCATGATAAGAGTGCTGTCCTTGTATGATTCCTCGTTTAGACT
ATCAAGCTCAGCGATTCCATCGTCAAATGCTTGTTTAGCCAATTGGCATGCGCTTTCAGG
AGAGTTCAAGATCTCATAGTAGAAAACTGAAAAGTTCAGCGCCAGGCCAAGTCTAACTGG
ATGCGTGGGTGCTAAACCAGTCTCTGCAGCAGCAACAGCAGCCTTATATGCCTCAAGAGA
CTGATCTGCAGCTTCCTTGCGTTCATCACCAGAACTAAACTCTGCCAGATACCGATAATA
ATCTCCTTTCATTTTGTAGAAAAAGACTGTAGATTCGACAGCCTTAGACGAAGGGATGAG
ATGCTTATCGATGACAGACAAGATGTCATTACAAACATTAGCAAGCTCATCTTCAACGCT
CTTGCGATAGTTCTTGATCCTCTTGACGTTCTCCTCGTTCCCCTTGGACTCTTCCTTCTG
CTCGATGGAAGATAGTATTCTCCACGAAGCTCTCTTTGCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FS54JQ U 1
AF RR1CD69TF C 356
BS 1 667 RR1FS54JQ
BS 668 881 RR1CD69TF

RD RR1FS54JQ 667 0 0
GAAATAAAGTAGATAGAGCGTGACCTTTGCAACTTGCATGGGAATACAATTTTGAAAGAC
AAAAAAACTAAGTGAAATAGACAAAACATCATGAGAAAGATGAAGATAGGTAGTGTTATG
TTGTAGAACGTCAATGATCTGAAAACATCATCAGGAAAAACATTAAGATTAAAAAAAAAA
TTACACCTTTTCAGTGTTTAGAGCTAAAGACGCTTGCTGTCTTCGGTTTATGATTTAGGA
TGCACCAAGAGCCGTTTCTCTTTTCACAGACAGATTCAGGATTCATTTCTCTTCTTGAGG
CTCATCACCTTTGGATGGCTCGTCTCCTTCCTCTGGGAGGTCAGAAGTCCACAAAGTGAG
ATTGTCTCTAAGTAGCTGCATGATAAGAGTGCTGTCCTTGTATGATTCCTCGTTTAGACT
ATCAAGCTCAGCGATTCCATCGTCAAATGCTTGTTTAGCCAATTGGCATGCGCTTTCAGG
AGAGTTCAAGATCTCATAGTAGAAAACTGAAAAGTTCAGCGCCAGGCCAAGTCTAACTGG
ATGCGTGGGTGCTAAACCAGTCTCTGCAGCAGCAACAGCAGCCTTATATGCCTCAAGAGA
CTGATCTGCAGCTTCCTTGCGTTCATCACCAGAACTAAACTCTGCCAGATACCGATAATA
ATCTCCT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1CD69TF 526 0 0
AGTGAGA
TGTCTCTAAGTAGCTGCATGATAAGAGTGCTGTC*TTGTATGATTCCTCGTTTAGACTAT
CAAGCTCAGCGATTCCATCGTCAAATGCTTGTTTAGCCAATTGGCATGCGCTTTCAGGAG
AGTTCAAGATCTCATAGTAGAAAACTGAAAAGTTCAGCGCCAGGCCAAGTCTAACTGGAT
GCGTGGGTGCTAAACCAGTCTCTGCAGCAGCAACAGCAGCCTTATATGCCTCAAGAGACT
GATCTGCAGCTTCCTTGCGTTCATCACCAGAACTAAACTCTGCCAGATACCGATAATAAT
CTCCTTTCATTTTGTAGAAAAAGACTGTAGATTCGACAGCCTTAGACGAAGGGATGAGAT
GCTTATCGATGACAGACAAGATGTCATTACAAACATTAGCAAGCTCATCTTCAACGCTCT
TGCGATAGTTCTTGATCCTCTTGACGTTCTCCTCGTTCCCCTTGGACTCTTCCTTCTGCT
CGATGGAAGATAGTATTCTCCACGAAGCTCTCTTTGCGC

QA 8 526 8 526
DS 



CO CL3048Contig2 777 2 12 U
GGATTGCCTTGTCTGAAAGAGAAGAAGAAGAAGACAAAAGCAGCAGCCATGGAGAACGAC
AGAGAAAAACAAATATACTTAGCGAAGCTCTCCGAGCAAACCGAACGATACGATGAGATG
GTTGAAGCGATGAAGAAAGTTGCTCAGCTTGACGTGGAGCTCACGGTGGAGGAGAGGAAT
CTCGTCTCCGTTGGGTACAAGAACGTGATCGGCGCAAAGAGAGCTTCGTGGAGAATACTA
TCTTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAACGTCAAGAGGATCAAG
AACTATCGCAAGAGCGTTGAAGATGAGCTTGCTAAAGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTC
ATCGATAAGCATCTCATCCCTTCGTCTAAGGCTGTCGAATCTACAGTCTTTTTCTACAAA
ATGAAAGGAGATTATTATCGGTATCTGGCAGAGTTTAGTTCTGGTGATGAACGCAAGGAA
GCTGCAGATCAGTCTCTTGAGGCATATAAGGCTGCTGTTGCTGCGGCAGAGACTGGTTTA
GCACCCACACATCCAGTTAGACTTGGCCTGGCACTGAACTTTTTATTTTTCTACTTTGAG
ATCTTGAACTCTCCTGAAAGTGCATGTCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGATGATGGAATC
GCTGAGCTTGATAGTCTAAACGAGGAATCATACAAGACAGCACTCTTATCATGCAGCTAC
TTAGAGACAATCTCACTTTGTGGACTTCTGACCTCCCAGAGGAAGAGACGAACCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FS54TF U 1
AF RR1EZ51TF U 3
BS 1 325 RR1FS54TF
BS 326 326 RR1EZ51TF
BS 327 335 RR1FS54TF
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BS 584 777 RR1EZ51TF

RD RR1FS54TF 588 0 0
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GTTGAAGCGATGAAGAAAGTTGCTCAGCTTGACGTGGAGCTCACGGTGGAGGAGAGGAAT
CTCGTCTCCGTTGGGTACAAGAACGTGATCGGCGCAAAGAGAGCTTCGTGGAGAATACTA
TCTTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAACGTCAAGAGGATCAAG
AACTATCGCAAGAGCGTTGAAGATGGGCTTGCTAATGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTC
ATCGATAAGCATCTCATCCCTTCGTCTAAGGCTGTCGAATCTACAGTCTTTTTCTACAAA
ATGAAAGGAGATTATTATCGGTATCTGGCAGAGTTTAGTTCTGGTGATGAACGCAAGGAA
GCTGCAGATCAGTCTCTTGAGGCATATAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGAGACTGGTTTA
GCACCCACGCATCCAGTTAGACTTGGCCTGGCGCTGAACTTTT
CAGTT

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1EZ51TF 775 0 0
GGATTGTCTGAAAAAGA
AGAAGAAGAAGAAGACAAAAGCAGCAGCCATGGAGAACGACAGAGAAAAACAAATATACT
TAGCGAAGCTCTCCGAGCAAACCGAACGATACGATGAGATGGTTGAGGCGATGAAGAAAG
TTGCTCAGCTTGACGTGGAGCTCACGGTGGAGGAGAGGAATCTCGTCTCCGTTGGGTACA
AGAACGTGATCGGCGCAAAGAGAGCTTCGTGGAGGATACTATCTTCCATCGAGCAGAAGG
AAGAGTCCAAGGGGAACGAGGAGAATGTCAAGAGGATCAAGAACTATCGCAAGAGTGTTG
AAGATGAGCTTGCTAAAGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTCATCGATAAGCATCTCATCC
CTTCGTCTAAG*CTGTCGAATCTACGGTCTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTATTATC
GGTATCTGGCAGAGTTTAGTTCTGGTGATGAACGCAAGGAAGCTGCTGATCAGTCTCTTG
AGGCATATAAGGCTGCTGTTGCTGCGGCAGAGACTGGTTTAGCACCCACACATCCAGTTA
GACTTGGCCTGGCATTGAACTTTTTATTTTTCTACTTTGAGATCTTGAACTCTCCTGAAA
GTGCATGTCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGATGATGGAATCGCTGAGCTTGATAGTCTAA
ACGAGGAATCATACAAGACAGCACTCTTATCATGCAGCTACTTAGAGACAATCTCACTTT
GTGGACTTCTGACCTCCCAGAGGAAGAGACGAACCATC

QA 18 775 18 775
DS 



AS 1 4

CO CL3049Contig1 821 4 10 U
ACATACAATAACCACATGTCTTATTTCATATAAACCGTTGGTTACATCACAACTTTGGTA
TGATCACAAGCATTCTCCAACC*ATAATACAAGATACAATTATTTCACATTTTAGAACAA
AGGGAACATCCTCCAACGAGGCCTGAGATGACAGTTGGAGTTTGAATCATCATAAGCCCT
TTGAAACTTCACAGAAAAAGATTGATCATTGCTAAGAACCAAACGTCGAACTCCAAGATC
ATCGATCTCTAGACCCACGTTGATACACGAAACAGAGGAGATAACCGGACAATACATAAG
CTTGTAAGCATCTCCATCTTCTTGAATCTGAAACAAGCTATTCCCTTTACCTTTCTCACC
ACCAATGCTCACAAAGCTCTTCCTCAGTTGCACGGAGTGGTTGATTCTCCACACTTTAGA
TTCAGGGCATAACCAAACCGTGGAATCAAACTCGAGGCTGAGGCTAGCTGAGAGCTGGAC
ATCCTTGGCTTTGGTGTTGAGCGGAGAGAAAGTTACTGGAAGGCCTGAGAAAAAAGGAGA
TGATGACTGTACGATGTCAAGATTCAAACACGAGTCTTGTGTGTTTACATTTCGGCTTGA
AGGGATAAGACCACTTCCGGCTCCGATCTTAGCCGGTATTATGTAGTATTGGACATTGGA
CTGAACTGGATGTCCTGCTATGTCTACGACTGCTTTGCCTGGTAGAGCATTGGCGGCAGA
AGCTGCGGCCAAGACGGCTGAGAGAACGGTGAGAGTGGTTAAACAGAGAGTAAGCATCTT
CATTAGTTAATATTCCGTTGTGGTGTGTCTTGTGTAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GA34JQ U 1
AF RR1AE88JQ U 5
AF RR1AE88TF C 146
AF RR1GA34TF C 39
BS 1 194 RR1GA34JQ
BS 195 195 RR1AE88JQ
BS 196 228 RR1GA34JQ
BS 229 229 RR1AE88JQ
BS 230 467 RR1GA34JQ
BS 468 468 RR1AE88JQ
BS 469 566 RR1GA34JQ
BS 567 567 RR1AE88JQ
BS 568 782 RR1GA34JQ
BS 783 821 RR1AE88JQ

RD RR1GA34JQ 782 0 0
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TGATCACAAGCATTCTCCAACC*ATAATACAAGATACAATTATTTCACATTTTAGAACAA
AGGGAACATCCTCCAACGAGGCCTGAGATGACAGTTGGAGTTTGAATCATCATAAGCCCT
TTGAAACTTCACAGTAAAAGATTGATCATTGCTAAGAACCAAACGTCGCACTCCAAGATC
ATCGATCTCTAGACCCACGTTGATACACGAAACAGAGGAGATAACCGGACAATACATAAG
CTTGTAAGCATCTCCATCTTCTTGAATCTGAAACAAGCTATTCCCTTTACCTTTCTCACC
ACCAATGCTCACAAAGCTCTTCCTCAGTTGCACGGAGTGGTTGATTCTCCACACTTTAGA
TTCAGGGCATAACCAAACCGTGGAATCAAACTCGAGGCTGAGGCTAGTTGAGAGCTGGAC
ATCCTTGGCTTTGGTGTTGAGCGGAGAGAAAGTTACTGGAAGGCCTGAGAAAAAAGGAGA
TGATGACTGTACGATGTCAAGATTCAGACACGAGTCTTGTGTGTTTACATTTCGGCTTGA
AGGGATAAGACCACTTCCGGCTCCGATCTTAGCCGGTATTATGTAGTATTGGACATTGGA
CTGAACTGGATGTCCTGCTATGTCTACGACTGCTTTGCCTGGTAGAGCATTGGCGGCAGA
AGCTGCGGCCAAGACGGCTGAGAGAACGGTGAGAGTGGTTAAACAGAGAGTAAGCATCTT
CA

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1AE88JQ 817 0 0
G
CAATAACCACATGTCTTATTTCATATAAACCGTTGGTTACATCACAACTTTGGTATGATC
ACAAGCATTCTCCAACC*ATAATACAAGATACAATTATTTCACATTTTAGAACAAAGGGA
ACATCCTCCAACGAGGCCTGAGATGACAGTTGGAGTTTGAATCATCATAAGCCCTTTGAA
ACTTCACAGAAAAAGATTGATCATTGCTAAGAACCAAACGTCTAACTCCAAGATCATCGA
TCTCTAGACCCACGTTGATACACGAAACAGAGGAGATAACCGGACAATACATAAGCTTGT
AAGCATCTCCATCTTCTTGAATCTGAAACAAGCTATTCCCTTTACCTTTCTCACCACCAA
TGCTCACAAAGCTCTTCCTCAGTTGCACGGAGTGGTTGATTCTCCACACTTTAGATTCAG
GGCATAACCAAACCGTGGAATCAAACTCGAGGCTGAGGCTAGCTGAAAGCTGGACATCCT
TGGCTTTGGTGTTGAGCGGAGAGAAAGTTACTGGAAGGCCTGAGAAGAAAGGAGATGATG
ACTGTACGATGTCAAGATTCAAACACGAGTCTTGTGTGTTTACATTTCGGCTTGAAGGGA
TAAGACCACTTCCGGCTCCGATCTTAGCCGGTATTATGTAGTATTGGACATTGGACTGAA
CTGGATGTCCTGCTATGTCTACGACTGCTTTGCCTGGTAGGGCATTGGCGGCAGAAGCTG
CGGCCAAGACGGCTGAGAGAACGGTGAGAGTGGTTAAACAGAGAGTAAGCATCTTCATTA
GTTAATATTCCGTTGTGGTGTGTCTTGTGTAGATCC

QA 2 817 2 817
DS 

RD RR1AE88TF 676 0 0
AGATGACAGTTGGAGTTTGAATCATCATAAGCCCTTTGAAACTTCACAGAAAAAGATTGA
TCATTGCTAAGAACCAAACGTCTAACTCCAAGATCATCGATCTCTAGACCCACGTTGATA
CACGAAACAGAGGAGATAACCGGACAATACATAAGCTTGTAAGCATCTCCATCTTCTTGA
ATCTGAAACAAGCTATTCCCTTTACCTTTCTCACCACCAATGCTCACAAAGCTCTTCCTC
AGTTGCACGGAGTGGTTGATTCTCCACACTTTAGATTCAGGGCATAACCAAACCGTGGAA
TCAAACTCGAGGCTGAGGCTAGCTGAGAGCTGGACATCCTTGGCTTTGGTGTTGAGCGGA
GAGAAAGTTACTGGAAGGCCTGAGAAGAAAGGAGATGATGACTGTACGATGTCAAGATTC
AAACACGAGTCTTGTGTGTTTACATTTCGGCTTGAAGGGATAAGACCACTTCCGGCTCCG
ATCTTAGCCGGTATTATGTAGTATTGGACATTGGACTGAACTGGATGTCCTGCTATGTCT
ACGACTGCTTTGCCTGGTAGGGCATTGGCGGCAGAAGCTGCGGCCAAGACGGCTGAGAGA
ACGGTGAGAGTGGTTAAACAGAGAGTAAGCATCTTCATTAGTTAATATTCCGTTGTGGTG
TGTCTTGTGTAGATCC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1GA34TF 765 0 0
TGGTTACATCACAACTTTGGTATGATCACAAGCATTCTCCAACCCATAATACAAGATACA
ATTATTTCACATTTTAGAACAAAGGGAACATCCTCCAACGAGGCCTGAGATGACAGTTGG
AGTTTGAATCATCATAAGCCCTTTGAAACTTCACAGTAAAAGATTGATCATTGCTAAGAA
CCAAACGTCGCACTCCAAGATCATCGATCTCTAGACCCACGTTGATACACGAAACAGAGG
AGATAACCGGACAATACATAAGCTTGTAAGCATCTCCATCTTCTTGAATCTGAAACAAGC
TATTCCCTTTACCTTTCTCACCACCAATGCTCACAAAGCTCTTCCTCAGTTGCACGGAGT
GGTTGATTCTCCACACTTTAGATTCAGGGCATAACCAAACCGTGGAATCAAACTCGAGGC
TGAGGCTAGTTGAGAGCTGGACATCCTTGGCTTTGGTGTTGAGCGGAGAGAAAGTTACTG
GAAGGCCTGAGAAAAAAGGAGATGATGACTGTACGATGTCAAGATTCAGACACGAGTCTT
GTGTGTTTACATTTCGGCTTGAAGGGATAAGACCACTTCCGGCTCCGATCTTAGCCGGTA
TTATGTAGTATTGGACATTGGACTGAACTGGATGTCCTGCTATGTCTACGACTGCTTTGC
CTGGTAGAGCATTGGCGGCAGAAGCTGCGGCCAAGACGGCTGAGAGAACGGTGAGAGTGG
TTAAACAGAGAGTAAGCATCTTCATTAG
GTTAGAGTTTGTGGTCC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 4

CO CL3050Contig1 668 4 9 U
GGGGGAGTTGCAACGCATAGATCACCACCAAAAATTCCCCCACACCGACATGTCGAGATC
CTCAGCTCTCGTTTACTTATCAATACTTTTCCTTCAGACCCATCTCTCGATCTCCGTCAA
CGTTCCGGTTTCTTCGGTGAACGGAGAAATAGACGCAATGCTTGACCGGAACGGCGTAGT
AGTCGGGGAAGAAGGAGAAGAGATGATGCCGTCGGATATAAGCCGGAGAGTGATGATGAT
GCGGAAACAGTACATAAGCTACGCAACTCTAAGGAGAGACATGGTTCCTTGTCAGAAGCC
AGGCGCTTCCTACTACGCTTGTCGATCAGGTCAGGCCAATTCTTACAGCAGAGGATGCAA
CATCATTACTAAGTGTGCTAGAGACACTAGCGACATCAAGACCTGAAACATTCTTTCCGC
TTATCTAATGATTTTAAAATACTCTCTCTCCAAGGATGAGGCAAGCAAAATCTTAATCTG
TTTTGTAATGTTGTTGTTTACAGTAGAAGAAGGTTTATATAGTTTTTTATGTAATCACTG
TTGGAATAATTGATATCTGTATTGTTGGAAGCGTTGAGTAGATTGATATATGGAAGATTG
TGGACTTTTGTAGGGATAGAGTTGAATTTCTGGGTGGGTTTGTGAATAATTGAAATGGTT
CTTGTTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H129JQ C 22
AF RR1H129TF U 22
AF RR1CM43JQ C 1
AF RR1CM43TF U 1
BS 1 23 RR1CM43TF
BS 24 280 RR1H129TF
BS 281 281 RR1CM43TF
BS 282 371 RR1H129TF
BS 372 372 RR1CM43TF
BS 373 571 RR1H129TF
BS 572 572 RR1CM43TF
BS 573 615 RR1H129TF
BS 616 668 RR1CM43TF

RD RR1H129JQ 594 0 0
GG
ACCACCAAAAATTCCCCCACACCGACATGTCGAGATCCTCAGCTCTCGTTTACTTATCAA
TACTTTTCCTTCAGACCCATCTCTCGATCTCCGTCAACGTTCCGGTTTTTTCGGTGAACG
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TAGAAGAAGGTTTATATAGTTTTTTATGTAATCACTGTTGGAATAATTGATATCTGTATT
GTTGGAAGTGTTGAGTAGATTGATATATGGAAGATTGTGGACTTTTGTAGGG

QA 3 594 3 594
DS 

RD RR1H129TF 594 0 0
GG
ACCACCAAAAATTCCCCCACACCGACATGTCGAGATCCTCAGCTCTCGTTTACTTATCAA
TACTTTTCCTTCAGACCCATCTCTCGATCTCCGTCAACGTTCCGGTTTCTTCGGTGAACG
GAGAAATAGACGCAATGCTTGACCGGAACGGCGTAGTAGTCGGGGAAGAAGGAGAAGAGA
TGATGCCGTCGGATATAAGCCGGAGAGTGATGATGATGCGGAAACAGTACATAAGCTACG
CAACTCTAAGGAGAGACTTGGTTCCTTGTCAGAAGCCAGGCGCTTCCTACTACGCTTGTC
GATCAGGTCAGGCCAATTCTTACAGCAGAGGATGCAACATCATTACTAGGTGTGCTAGAG
ACACTAGCGACATCAAGACCTGAAACATTCTTTCCGCTTATCTAATGATTTTAAAATACT
CTCTCTCCAAGGATGAGGCAAGCAAAATCTTAATCTGTTTTGTAATGTTGTTGTTTACAG
TAGAAGAAGGTTTATATAGTTTTTTATGTAATCACTGTTGGAATAATTGATATCTGTATT
GTTGGAAGTGTTGAGTAGATTGATATATGGAAGATTGTGGACTTTTGTAGGG

QA 3 594 3 594
DS 

RD RR1CM43JQ 668 0 0
GGGGGAGTTGCAACGCATAGATCACCACCAAAAATTCCCCCACACCGACATGTCGAGATC
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GCGGAAACAGTACATAAGCTACGCAACTCTAAGGAGAGACATGGTTCCTTGTCAGAAGCC
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CATCATTACTAAGTGTGCTAGAGACACTAGCGACATCAAGACCTGAAACATTCTTTCCGC
TTATCTAATGATTTTAAAATACTCTCTCTCCAAGGATGAGGCAAGCAAAATCTTAATCTG
TTTTGTAATGTTGTTGTTTACAGTAGAAGAAGGTTTATATAGTTTTTTATGTAATCACTG
TTGGAATAATTGATATCTGTATTGTTGGAAGCGTTGAGTAGATTGATATATGGAAGATTG
TGGACTTTTGTAGGGATAGAGTTGAATTTCTGG*TGGGTTTGTGAATAATTGAAATGGTT
CTTGTTGG

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1CM43TF 668 0 0
GGGGGAGTTGCAACGCATAGATCACCACCAAAAATTCCCCCACACCGACATGTCGAGATC
CTCAGCTCTCGTTTACTTATCAATACTTTTCCTTCAGACCCATCTCTCGATCTCCGTCAA
CGTTCCGGTTTCTTCGGTGAACGGAGAAATAGACGCAATGCTTGACCGGAACGGCGTAGT
AGTCGGGGAAGAAGGAGAAGAGATGATGCCGTCGGATATAAGCCGGAGAGTGATGATGAT
GCGGAAACAGTACATAAGCTACGCAACTCTAAGGAGAGACATGGTTCCTTGTCAGAAGCC
AGGCGCTTCCTACTACGCTTGTCGATCGGGTCAGGCCAATTCTTACAGCAGAGGATGCAA
CATCATTACTAAGTGTGCTAGAGACACTAGCGACATCAAGACCTGAAACATTCTTTCCGC
TTATCTAATGATTTTAAAATACTCTCTCTCCAAGGATGAGGCAAGCAAAATCTTAATCTG
TTTTGTAATGTTGTTGTTTACAGTAGAAGAAGGTTTATATAGTTTTTTATGTAATCACTG
TTGGAATAATTGATATCTGTATTGTTGGAAGCGTTGAGTAGATTGATATATGGAAGATTG
TGGACTTTTGTAGGGATAGAGTTGAATTTCTGGGTGGGTTTGTGAATAATTGAAATGGTT
CTTGTTGG

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 4

CO CL3051Contig1 998 4 2 U
GTCCCTTCACCATCAACATCTACCCTTTCATCTCTCTCTACAACGACCCTCACTTCCCAG
TAGAGTTCGCCTTCTTCGACGGAACAGGCTCTCCTGTTAACGACAACGGGAGGGTCTATG
ACAATGTCTTAGATGCGGACTACGATACTCTGGTCTGGTCCTTGCAGAAGAACGGGTTCG
GTAACATGTCTATCATTGTTGGGGAAGTCGGGTGGCCTACGGATGGTGATAAGAACGCGA
ACTTGCAGTACGCGAGACGGTACAACCAAGGGTTCATGAACCGTCAGAAGGCTGGGAGAG
GGACGCCGATGAGACCAGGGGCGCTGGATGCTTACTTGTTCGGTCTTATAGACGAAGATG
CTAAGAGCATTCAGCCAGGGAACTTTGAGAGACACTGGGGGATTTTTTACATCGATGGAC
AGCCTAAGTACAGCTCAGCCTTGGTAACGGTAACGCCGGGCTGGTCCCTGCGAAAGGTGT
GCGTCATATGGCGAAGAAGTGGTGTGTTCTTGCGCCGTCGGCTAATCTTCAGGATCCTCA
GCTTGGACCGAGTGTTAGTTACGCTTGTGATCATGCTGATTGTACTAGTCTTGGGTATGG
TTCCTCTTGTGGTAGCTTGGATCTAGCGAAGAATGTTTCGTACGCGTTTAATAGTTATTA
TCAGGTGAGTGATCAGCTGGACAGTGCGTGTAAGTTCCCTGGGGGTCTGTCTGTGATCAC
TACGAGTGATCCTTCTGTTGGGAGTTGCAAGTTCAAGATAATGATCAAGTCAGGTTCTTC
AGGTGGTGAAGGAAGAGACGGGATGATTACACGATCAGGGACAGTGTTGCTACTCTTGTC
GTGGTGTCTGTATATTGTTCTGTGAATAATACTGAAGGAAGTTTGGTGGGTTTTGATTAT
TTCTTTTGGATATAAGTTTGGTGTTTTATTGATAAAAACCAAAAAAACCAATAATTAAGA
TTTATGTATTGATTACCTGCTTAATCTCTTAATTCTCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BE72TF U 1
AF RR1AE61TF U 1
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AF RR1BE72JQ C 409
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI71JQ U 1
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TGAAGAGTTCCACCTCTGAAACCGCTTCTTCATTAGTGAAGTATTGGTAGAGACCATCTG
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QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1BN68JQ 717 0 0
TTTTTTCTTAATGATTATTATTAACATAATACATATTTGCACGTCTTCTCCGAGTTTCTC
TCTGTTTATGATATGGTTTTGATTATACTTTTTATACACAAGACTTCCACATTCTTCCTT
CTAAAGAGATCACTACAATAGAAACATCATCGTGGTACCGTCTCCGTTCCCCTTGTGGTA
TCTCAAGCAGTTCATGAAAATCCATACCAGCTTTCTTGGCAGCACGGAAAAGAAGTTCTT
GAACCAAGTGTTGAGCCGGGTCACCTTCAGGTTGTAACGTGATGAAGAGTTCCACCTCTG
AAACCGCTTCTTCATTAGCGAAGTATTGGTAGAGACCATCTGATGATAGTATCAGAAACT
GGTCTTTAGAGCCTAATCTATGGTGGTAAAGTGCTGGCAAGCAATTGATGTAAGGTGACG
TCCCTATGTAATCGATTTGGAACATTTCGAGTAGCGCATTGTTCCATTTTGGCTGCTTGA
GGAAACCTGCACCAAAAGCTCTTGTGACCTTCAACGAACCTTTAACACGTTCATTAGACA
CCGCAGTAGCATCATCTGGATGCTCCTTTCTTATTCTATCAACTTCCTCTTCTACGTTTG
TGCTATGATCAACAGTAAGCTGAAACGCAGATAGATTCGGCACCAAACTAGCTCGTTCTC
CTTCGCAAGTGCCATTAAAATCAATCATAGTTTCTTCGTTGATTCGTTCCAAGTCTT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1GI71TF 784 0 0
GTGGTATCTCAAGCAGTTCATGAAAATCCATACCAGCTTTCTTGGCAGCACGGAAAAGAA
GTC**TGAACCAAGTGTTGAGCCGGGTCAC*TTCAGGTTGTAACGTGATGAAGAGTTCCA
CCTCTGAAACCGCTTCTTCATTAGTGAAGTATTGGTAGAGACCATCTGATGATAGTATCA
GAAACTGGTCTTTAGAGCCTAATCTATGGTGGTAAAGTGCTGGCAAGCAATTGATGTAAG
GTGACGTCCCTATGTAATCGATTTGGAACATTTTGAGTAGCGCATTGTTCCATTTTGGCT
GCTTGAGGAAACCTGCACCAAAAGCTCTTGTGACCTTCAACGAACCTTTAACACGTTCAT
TAGACACCGCAGTAGCATCATCTGGATGCTCCTTTCTTATTCTATCAACTTCCTCTTCTA
CGTTTGTGCTATGATCAACAGTAAGCTGAAACGCAGATAGATTCGGCACCAAACTAGCTC
GTTCTCCTTCGCAAGTGCCATTAAAATCAATCATAGTTTCTTCGTTGATTCGTTCCAAGT
CTTGTCTTATCTTCCCCATCCAGTACTCAGTCTCGGCTTTCTGACCAAGCACCGCTCTAC
TATCTCCCACATTCATCAAATAAACATCTTCACCTTTCATCAACATCACAAGAAGACAAG
AACCCATCAAAGCCAACTCAGGATTCTCGTGGAGTATCATATCCGCATTCTCTAGATACG
CTTCTTCCGTCTTCCTCAGAGCTTCCGACAAGGCCTTCAACACGTCCGATGAGTTCGGAT
CCG
C

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1BN68TF 645 0 0
TCAACGAACCTTTAACACGTTCATTAGACACCGCAGTAGCATCATCTGGATGCTCCTTTC
TTATTCTATCAACTTCCTCTTCTACGTTTGTGCTATGATCAACAGTAAGCTGAAACGCAG
ATAGATTCGGCACCAAACTAGCTCGTTCTCCTTCGCAAGTGCCATTAAAATCAATCATAG
TTTCTTCGTTGATTCGTTCCAAGTCTTGTCTTATCTTCCCCATCCAGTACTCAGTCTCGG
CTTTCTGACCAAGCACCGCTCTACTATCTCCCACATTCATCAAATAAACATCTTCACCTT
TCATCAACATCACAAGAAGACAAGAACCCATCAAAGCCAGCTCAGGATTCTCGTGGAGTA
TCATATCCGCATTCTCTAGATACGCTTCTTCCGTCTTCCTCAGAGCTTCCGACAAGGCCT
TCAACACGTCCGATGAGTTCGGATCCGGATCCGGATCCGACCCGTTTGTCCTCTTGTTGA
TTTTCTCCTTTAATAAACGGTCGAGATCGAGTCTTTCTCGATCCCACTCGCATCTCCACC
TCCGTTGACTTTCCTCGCATTTCTTTGACTTCCGACAATCGCTCTTTGACTTTTTCTCCG
AACTCGAATCACAGTTTTCGCTCGGACAAGGACTGTTATTATCCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 4

CO CL3053Contig1 762 4 2 U
GGGGGATGCAGCATAGTCAGAAGATCACATTCGATGGACAAGCAGATGAAGCGCCTGATA
CGGTCACTGGAGATATAGTGTTCGTCATTCAGCAGAAGGATCACCCAAAGTTTAAGAGGA
AGGGAGAAGATCTCTTTGTTGAGCACACCCTCTCTCTTACAGAAGCCCTCTGCGGCTTCC
AGTTTGTCTTGACTCATTTAGACAAAAGACAGCTCCTCATCAAATCCGGTCCCGGGGAGG
TTGTGAAGCCAGACTCATACAGGGCGATAAGCGACGAGGGAATGCCAATGTACCAAAGGC
CGTTCATGAAGGGTAAGCTTTACATTCACTTCACGGTCGAGTTCCCTGAATCGCTGACCC
CGGATCAGACAAAGGCCATCGAAGCGGTTCTGCCGAAGCCAAAGGCAGCTCTGAGCGACA
TGGAGATAGACGAGTGCGAGGAGACGACGCTGCACGATGTGAACATGGAGGATGAGATGA
GAAGGAAGGCTCAAGCGCAAAGAGAGGCTTATGATGACGATGATGATGAAGAAGGCCCGG
GTGGTGCTCAGCGTGTGCAATGTGCTCAGCAGTGATATATATTATCAACATGCGCGCTTT
GTAGTGATATTCAGCATTTGCGTTTTAAAAATTATACTATGTATTATTTTCGGGTCTTTG
CTATTAGACTTTTGCCCGATTCTGTTGGAAGAAGCTTGTCCTAATTCATTTTCTTGTCGC
TTTCAGAATAAACTTCTTTTCTAGTTCTTGAGATTTACGTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FY37TF U 1
AF RR1FX64TF U 1
AF RR1FY37JQ C 85
AF RR1FX64JQ C 172
BS 1 614 RR1FX64TF
BS 615 762 RR1FY37JQ

RD RR1FY37TF 596 0 0
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GTGGTGCTCAGCGTGTGCAATGTGCTCAGCAGTGATATATATTATCAACATGCGCG

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1FX64TF 614 0 0
GGGGGATGCAGCATAGTCAGAAGATCACATTCGATGGACAAGCAGATGAAGCGCCTGATA
CGGTCACTGGAGATATAGTGTTCGTCATTCAGCAGAAGGATCACCCAAAGTTTAAGAGGA
AGGGAGAAGATCTCTTTGTTGAGCACACCCTCTCTCTTACAGAAGCCCTCTGCGGCTTCC
AGTTTGTCTTGACTCATTTAGACAAAAGACAGCTCCTCATCAAATCCGGTCCCGGGGAGG
TTGTGAAGCCAGACTCATACAGGGCGATAAGCGACGAGGGAATGCCAATGTACCAAAGGC
CGTTCATGAAGGGTAAGCTTTACATTCACTTCACGGTCGAGTTCCCTGAATCGCTGACCC
CGGATCAGACAAAGGCCATCGAAGCGGTTCTGCCGAAGCCAAAGGCAGCTCTGAGCGACA
TGGAGATAGACGAGTGCGAGGAGACGACGCTGCACGATGTGAACATGGAGGATGAGATGA
GAAGGAAGGCTCAAGCGCAAAGAGAGGCTTATGATGACGATGATGATGAAGAAGGCCCGG
GTGGTGCTCAGCGTGTGCAATGTGCTCAGCAGTGATATATATTATCAACATGCGCGCTTT
GTAGTGATATTCAG

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1FY37JQ 678 0 0
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ACACCCTCTCTCTTACAGAAGCCCTCTGCGGCTTCCAGTTTGTCTTGACTCATTTAGACA
AAAGACAGCTCCTCATCAAATCCGGTCCCGGGGAGGTTGTGAAGCCAGACTCATACAGGG
CGATAAGCGACGAGGGAATGCCAATGTACCAAAGGCCGTTCATGAAGGGTAAGCTTTACA
TTCACTTCACGGTCGAGTTCCCTGAATCGCTGACCCCGGATCAGACAAAGGCCATCGAAG
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CGACGCTGCACGATGTGAACATGGAGGATGAGATGAGAAGGAAGGCTCAAGCGCAAAGAG
AGGCTTATGATGACGATGATGATGAAGAAGGCCCGGGTGGTGCTCAGCGTGTGCAATGTG
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TTCTTGAGATTTACGTCC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1FX64JQ 591 0 0
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CGCTGACCCCGGATCAGACAAAGGCCATCGAAGCGGTTCTGCCGAAGCCAAAGGCAGCTC
TGAGCGACATGGAGATAGACGAGTGCGAGGAGACGACGCTGCACGATGTGAACATGGAGG
ATGAGATGAGAAGGAAGGCTCAAGCGCAAAGAGAGGCTTATGATGACGATGATGATGAAG
AAGGCCCGGGTGGTGCTCAGCGTGTGCAATGTGCTCAGCAGTGATATATATTATCAACAT
GCGCGCTTTGTAGTGATATTCAGCATTTGCGTTTTAAAAATTATACTATGTATTATTTTC
GGGTCTTTGCTATTAGACTTTTGCCCGATTCTGTTGGAAGAAGCTTGTCCTAATTCATTT
TCTTGTCGCTTTCAGAATAAACTTCTTTTCTAGTTCTTGAGATTTACGTCC

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 4

CO CL3054Contig1 1167 4 3 U
CCTTGTATGTTTTTATGGGATAAATAAAAATAAAAACAATTGAATGACTGAATATAGTCT
ATTCTAGTAGGATCATCATCTCTTTATCATTCTCAGCCACCAATGGAAACTCAAATTCCT
CTCTGGATTTCTTTCTATTCTCAGCTTGTTATGATCGTTTAACCTCCTTACGTTCACGCT
CTTCCTCTCTTTCTTCATGTTCCTTCTAACTTGTGAAGCTCTCTCTTTTTGCATTTCATA
TTCCTTTGCCGTTGAGACTAACTGTGGTGCTTCCAAAGACTGTCTTAAATCAGAATCCTT
TTTTTTCCTCCTGCAGCTCTAGTGATTGTTTCCTTACAGATTCCACCATCAACTCCATCG
ACTCTTTGTATTATTATCACTGAAGTCTACTAAATCCTCATCCAACATCACACTAAGTTC
AGTCATATCAAACAAAAACAATAAGAAACTAAAAAATCAAGAGAGACAAAAAAATATGGC
CATAAGAGTAAGAGCCATGTCCAAGATCTTCGGTTGGCAACAGCACTGGATCCTTCTCCG
ATACCTGGTGGTGATGGCTCCGGTTCCATGATGATCTAGATACCACGTTCTCTTTCTTGT
AATCATCTCTGTACATATAAGAACAGAGCATCTCAATACAATAAGATTATTCGATTCCAA
TACTCAATACAGTAGACCTCAAAATAGAAATGATGCCCGGGACTGCATCAAACAAACTGA
GATCATCGGATGTTTCAACCGGAGAACAGTCTTGGACCCGCGACTGTCCCGAAGGCGACT
CGGAACGGGTGACAGGCGAAGCAAGGGAGACCAAGCTTTGGTCCGGCCATCATCTGTGGA
GAACAGAAGAACCTGAGAAGTATGGTCCTCATCCTCCTGATCCTGTAACCATAGCAGTTA
ACATGAACATCCTATTTATATTGTGCAAGAACCGTCTCCAAGCAGATTAACGGACAGTAA
TTGTAGATCGTGGCCAAAGGTGTTAATAACTTGTTTAATGTGATGGATCTAGAAGCTAAC
CGTCTGTATTGATGAAGAGAAGTCGAAAGGACCTTATGAGAACAGACAATCGTGACGCCG
ATCTGCACAGGTCCTATGAACCCTAAAATGGCGAGGTATGAAGATGATAAAGCGATGTGG
TCCTCTGTTTTGTTTGGGTTTGGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ19JQ U 1
AF RR1DC18JQ U 343
AF RR1DZ19TF C 594
AF RR1DC18TF C 370
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CTTCCTCTCTTTCTTCATGTTCCTTCTAACTTGTGAAGCTCTCTCTTTTTGCATTTCATA
TTCCTTTGCCGTTGAGACTAACTGTGGTGCTTCCAAAGACTGTCTTAAATCAGAATCCTT
TTTTTTCCTCCTGCAGCTCTAGTGATTGTTTCCTTACAGATTCCACCATCAACTCCATCG
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AGTCATATCAAACAAAAACAATAAGAAACTAAAAAATCAAGAGAGACAAAAAA
A

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DS 

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CAACATCACACTAAGTTCAGTCATATCAAACAAAAACAATAAGAAACTAAAAAATCAAGA
GAGACAAAAAAATATGGCCATAAGAGTAAGAGCCATGTCCAAGATCTTCGGTTGGCAACA
GCACTGGATCCTTCTCCGATACCTGGTGGTGATGGCTCCGGTTCCATGATGATCTAGATA
CCACGTTCTCTTTCTTGTAATCATCTCTGTACATATAAGAACAGAGCATCTCAATACAAT
AAGATTATTCGATTCCAATACTCAATACAGTAGACCTCAAAATAGAAATGATGCCCGGGA
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ACTGTCCCGAAGGCGACTCGGAACGGGTGACAGGCGAAGCAAGGGAGACCAAGCTTTGGT
CCGGCCATCATCTGTGGAGAACAGAAGAACCTGAGAAGTATGGTCCTCATCCTCCTGATC
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ATTCCAATACTCAATACAGTAGACCTCAAAATAGAAATGATGCCCGGGACTGCATCAAAC
AAACTGAGATCATCGGATGTTTCAACCGGAGAACAGTCTTGGACCCGCGACTGTCCCGAA
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CTGTGGAGAACAGAAGAACCTGAGAAGTATGGTCCTCATCCTCCTGATCCTGTAACCATA
GCAGTTAACATGAACATCCTATTTATATTGTGCAAGAACCGTCTCCAAGCAGATTAACGG
ACAGTAATTGTAGATCGTGGCCAAAGGTGTTAATAACTTGTTTAATGTGATGGATCTAGA
AGCTAACCGTCTGTATTGATGAAGAGAAGTCGAAAGGACCTTATGAGAACAGACAATCGT
GACGCCGATCTGCACAGGTCCTAT
CC

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DS 

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TATTA
TATCACTGAAGTCTACTAAATC*TCATCCAACATCACACTAAGTTCAGTCATATCAAACA
AAA*CAATAAGAAACTAAAAA*TCAAGAGAGACAAAAAA*TATGGCCATAAGAGTAAGAG
CCATGTCCAAGATCTTCGGTTGGCAACAGCACTGGATCTTTCTCCGATACCTGGTGGTGA
TGGCTCCGGTTCCATGATGATCTAGATACCACGTTCTCTTTCTTGTAATCATCTCTGTAC
ATATAAGAACAGAGCATCTCAATACAATAAGATTATTCGATTCCAATACTCAATACAGTA
GACCTCAAAATAGAAATGATGCCCGGGACTGCATCAAACAAACTGAGATCATCGGATGTT
TCAACCGGAGAACAGTCTTGGACCCGCGACTGTCCCGAAGGCGACTCGGAACGGGTGACA
GGCGAAGCAAGGGAGACCAAGCTTTGGTCCGGCCATCATCTGTGGAGAACAGAAGAACCT
GAGAAGTATGGTCCTCATCCTCCTGATCCTGTAACCATAGCAGTTAACATGAACATCCTA
TTTATATTGTGCAAGAACCGTCTCCAAGCAGATTAACGGACAGTAATTGTAGATCGTGGC
CAAAGGTGTTAATAACTTGTTTAATGTGATGGATCTAGAAGCTAACCGTCTGTATTGATG
AAGAGAAGTCGAAAGGACCTTATGAGAACAGACAATCGTGACGCCGATCTGCACAGGTCC
TATGAACCCTAAAATGGCGAGGTATGAAGATGATAAAGCGATGTGGTCCTCTGTTTTGTT
TGGGTTTGGGCCC

QA 6 798 6 798
DS 



AS 1 4

CO CL3055Contig1 1288 4 7 U
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TGGAGTATTTTACGAAGTTCGGTGTGATGTATTTTAAGTTTTTAACCATAAAATAAAAGA
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ATACAAATCACTTCCAAAGTTCGTCTTAAACCTCATCTTAGTGTTTTACTCCCTGAATCT
CTTTCGACGTAAATCATCCGTATTGTATCCAGCAGTCTCGTTTCTGTATCCATCATCTCT
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GTCTGCCTTCAGCCGAGTACCTTCCTTTTGCATTGAGCGGCCACAGAAAGCCTTCATGGC
ATTCACAAAGTCGTTGTACTTCTCGAACTGAACAACAATCTTACAATAGAGACCTGATAC
GAGGTCTCCACTGTACTCATCTACATCCTTACCTAGATTATCGTCCTCAGCAACATTAAA
ATTCCTGATTTTGCCAAAGGTGGAGAAGATAGTATGAGCAACCAACATAGAAGGCTTAGA
TGAAACTCTTGTCTCCGCAAACCATCTTGATGGCACACCTCTAAGTATCATCGTATCCGC
CTCTCTCCTTCCTTCCCTTGGATGCCCAAAAGCGTAAAACTCCTCCCAATCTTTCTTCAA
CCTCTCGAAATCATCCGAAACAGGAAGCACCACACTGAGACTATACTTCAGTCCTTCCAA
ATTCACCTCAATACCATTCATCTTCTCCACCAAAACCTTCCTCCACTCTATAAACTTCTT
CTCCAAACCCTCCTCCTCCT***TCTTCTTCTTGCCTTGGAGAAACCCTAAATCTCGGAT
AAACAACGACCCCTGCGCCACCGGCTCCTCGCGCTTCCGCTTCTTCAAGTCCCTGTGGCG
GCGAACCACGATGTCTTCTTCCGAGATCGTCACTGAGGGGGAAGTCGAGTTCTTGAGGAA
ATCGATCAAGGATCGCTTGAGTTGCCATTCGTCGATGGGCTTTGAGACGGAGGGGACGAG
GGGGTGGATTGTGAGAGAGAGGTTGACGCGCGAGACGAGAGAGAGGCCGTTCTCGATTTC
TAGGGATTCTAACGGAGATAGCTCTTCTAACGACCGCATTTTTATTGGCCGGGGGATTGT
AGATTTTCGGGACGCGATTTGGGGGTCTTCACTCTTTCTTCGGCTTTTCACTTACGACTA
AGAAGTAGATCGATCGTACGAGTGGTCC


BQ
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AF RR1FK94JQ U 1
AF RR1DS48JQ U 680
AF RR1DS48TF C 680
AF RR1FK94TF C 681
BS 1 779 RR1FK94JQ
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BS 986 1049 RR1DS48JQ
BS 1050 1288 RR1DS48TF

RD RR1FK94JQ 807 0 0
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CTTTCGACGTAAATCATCCGTATTGTATCCAGCAGTCTCGTTTCTGTATCCATCATCTCT
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CTCTCTCCTTCCTTCCCTTGGATGCCCAAAAGCGTAAAACTCCTCCCAATCTTTCTTCAA
CCTCTCGAAATCATCCGAAACAGGAAGCACCACACTGAGACTATACTTCAGTCCTTCCAG
ATTCACCTCAATACCATTCATCTTCTC

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1DS48JQ 370 0 0
G
GATGCCCAAAAGCGTAAAACTCCTCCCAATCTTTCTTCAACCTCTCGAAATCATCCGAAA
CAGGAAGCACCACACTGAGACTATACTTCAGTCCTTCCAAATTCACCTCAATACCATTCA
TCTTCTCCACCAAAACCTTCCTCCACTCTATAAACTTCTTCTCCAAACCCTCCTCCTCCT
***TCTTCTTCTTGCCTTGGAGAAACCCTAAATCTCGGATAAACAACGACCCCTGCGCCA
CCGGCTCCTCGCGCTTCCGCTTCTTCAAGTCCCTGTGGCGGCGAACCACGATGTCTTCTT
CCGAAATCGTCACTGAGGGGGAAGTCGAGTTCTTGAGGAAATCGATCAAGGATCGCTTGA
GTTGCCATT

QA 2 370 2 370
DS 

RD RR1DS48TF 609 0 0
G
GATGCCCAAAAGCGTAAAACTCCTCCCAATCTTTCTTCAACCTCTCGAAATCATCCGAAA
CAGGAAGCACCACACTGAGACTATACTTCAGTCCTTCCAAATTCACCTCAATACCATTCA
TCTTCTCCACCAAAACCTTCCTCCACTCTATAAACTTCTTCTCCAAACCCTCCTCCTCCT
***TCTTCTTCTTGCCTTGGAGAAACCCTAAATCTCGGATAAACAACGACCCCTGCGCCA
CCGGCTCCTCGCGCTTCCGCTTCTTCAAGTCCCTGTGGCGGCGAACCACGATGTCTTCTT
CCGAGATCGTCACTGAGGGGGAAGTCGAGTTCTTGAGGAAATCGATCAAGGATCGCTTGA
GTTGCCATTCGTCGATGGGCTTTGAGACGGAGGGGACGAGGGGGTGGATTGTGAGAGAGA
GGTTGACGCGCGAGACGAGAGAGAGGCCGTTCTCGATTTCTAGGGATTCTAACGGAGATA
GCTCTTCTAACGACCGCATTTTTATTGGCCGGGGGATTGTAGATTTTCGGGACGCGATTT
GGGGGTCTTCACTCTTTCTTCGGCTTTTCACTTACGACTAAGAAGTAGATCGATCGTACG
AGTGGTCC

QA 2 609 2 609
DS 

RD RR1FK94TF 608 0 0
GATGCCCAAAAGCGTAAAACTCCTCCCAATCTTTCTTCAACCTCTCGAAATCATCCGAAA
CAGGAAGCACCACACTGAGACTATACTTCAGTCCTTCCAGATTCACCTCAATACCATTCA
TCTTCTCCACCAAAACCTTCCTCCACTCTATAAACTTCTTCTCCAAACCCTCCTCCTCCT
CCTTCTTCTTCTTGCCTTGGAGAAACCCTAAATCTCGGATAAACAACGACCCCTGCGCCA
CCGGCTCCTCGCGCTTCCGCTTCTTCAAGTCCCTGTGGCGGCGAACCACGATGTCTTCTT
CCGAGATCGTCACTGAGGGGGAAGTCGAGTTCTTGAGGAAATCGATCAAGGATCGCTTGA
GTTGCCATTCGTCGATGGGCTTTGAGACGGAGGGGACGAGGGGGTGGATTGTGAGAGAGA
GGTTGACGCGCGAGACGAGAGAGAGGCCGTTCTCGATTTCTAGGGATTCTAACGGAGATA
GCTCTTCTAACGACCGCATTTTTATTGGCCGGGGGATTGTAGATTTTCGGGACGCGATTT
GGGGGTCTTCACTCTTTCTTCGGCTTTTCACTTACGACTAAGAAGTAGATCGATCGTACG
AGTGGTCC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL3056Contig1 814 2 2 U
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AAAGATCTCATGGCCATTGCTGGAGAAGCCTTGAAGTCTAACATCACCACCATAGATCCT
TTGGTCCTACCGGCATCAGAACAGCTGCTCTTCCTCTCATCTCTTATCGGGCGTAAAATA
TTCAATGCAAAGTGGAAACCGTACATACCGGACTTCAAGATGGCCTTCGAACATTTCTGC
ATCCACGCTGGAGGACGAGCGGTGATCGACGAGCTGCAGAAGAGTTTACAGCTATCGGCA
GAACACGTGGAAGCTTCGAGAATGACGTTGCATAGGTTTGGTAACACGTCTTCGTCTTCA
TTATGGTATGAGCTTAGCTACATAGAGGCTAAAGGGAAGATGAAAAGAGGCGACCGGGTT
TGGCAGATTGCGTTTGGGAGTGGATTCAAGTGCAACTCTGCCGTGTGGAAATCTAACCGT
ACGATCAAAACACCAACGGAGGGACCATGGTCGGATTGTATCGACCGGTACCCTGTCTTT
ATCCCTGAGGTTGTCAAACTATGAGCATGCCTCTCTCTCTTTTCGGTGATACCTTTCAAT
AAGATTGGAATATGATAGAGAAAAGTGAAAAAGACGACACAAATACCATAAAAATGTTCA
TATATCTGCGTATACTTTTACATCTCTATTTTTTTATTGAAGTATTTATTTTTCTTATTT
CCTTTTAGATTCTCGTGATGTATTATTTGTGATGTATCAAATGCTACTTCTCTCTTCATT
TTTAGAAATTCGAAATAATACTTCTCTTTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H492JQ C 1
AF RR1AR06TF U 246
BS 1 246 RR1H492JQ
BS 247 814 RR1AR06TF

RD RR1H492JQ 774 0 0
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AAAGATCTCATGGCCATTGCTGGAGAAGCCTTGAAGTCTAACATCACCACCATAGATCCT
TTGGTCCTACCGGCATCAGAACAGCTGCTCTTCCTCTCATCTCTTATCGGGCGTAAAATA
TTCAATGCAAAGTGGAAACCGTACATACCGGACTTCAAGATGGCCTTCGAACATTTCTGC
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TGGCAGATTGCGTTTGGGAGTGGATTCAAGTGTAACTCTGCCGTGTGGAAATCTAACCGT
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ATCCCTGAGGTTGTCGAACTATGAGCATGCCTCTCTCTCTTTTCGGTGATACCTTTCAAT
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TATATCTGCGTATACTTTTACATCTCTATTTTTTTATTGAAGTATTTATTTTTCTTATTT
CCTTTTAGATTCTCGTGATGTATTATTTGTGATGTATCAAATGCTACTTCT
CTC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1AR06TF 569 0 0
G
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GTGGAAGCTTCGAGAATGACGTTGCATAGGTTTGGTAACACGTCTTCGTCTTCATTATGG
TATGAGCTTAGCTACATAGAGGCTAAAGGGAAGATGAAAAGAGGCGACCGGGTTTGGCAG
ATTGCGTTTGGGAGTGGATTCAAGTGCAACTCTGCCGTGTGGAAATCTAACCGTACGATC
AAAACACCAACGGAGGGACCATGGTCGGATTGTATCGACCGGTACCCTGTCTTTATCCCT
GAGGTTGTCAAACTATGAGCATGCCTCTCTCTCTTTTCGGTGATACCTTTCAATAAGATT
GGAATATGATAGAGAAAAGTGAAAAAGACGACACAAATACCATAAAAATGTTCATATATC
TGCGTATACTTTTACATCTCTATTTTTTTATTGAAGTATTTATTTTTCTTATTTCCTTTT
AGATTCTCGTGATGTATTATTTGTGATGTATCAAATGCTACTTCTCTCTTCATTTTTAGA
AATTCGAAATAATACTTCTCTTTCTCTT

QA 2 569 2 569
DS 



AS 1 4

CO CL3057Contig1 816 4 7 U
GCTATTCTGAGGTAATGGATATTGTGGGCGAGTTGTTTCCTTTCATATTCACTAAATTGG
AAGAGAGGTGCTCGAAGGAACTTGAAGCTATTAGAAAGCAATACCCATTTCAGCCATTGA
AGTTTCTTCCAAAAACATTGATTCTACCCTTTGCAGAAGGGATTCAAATGCTTAAGGAAG
CTGGTGTCGAGGCTGATCCTCTTGGAGATTTAAATACAGAAGTTGAGAGAAAGCTTGGCC
AGCTCGTTCTGGAGAAGTACAACACAGAGTTCTACATCCTGCATCGCTATCCTTCGGCGA
TTAGGCCATTTTACACTATGCCTTGTGCGGACGATCCTAACTACAGCAACTCATTCGATG
TCTTTATAAGAGGTGAGGAGATCATATCAGGAGCTCAACGTGTCCATGACCCGGAACTTT
TGAAGGAACAGGCAACACGAGTTGGCATTGACGTCGAGACAATAAAAACATACATTGATT
CATTCAGGTACGGTGCACCACCTCACGGTGGATTCGGAGTGGGTCTGGAGCGAGTGGTAA
TGCTCTTCTGTGGCCTCAACAACATCCGCAAAACATCGCTCTTCCCTCGTGACCCTCTAA
GACTCGCTCCCTAATATCTTTCCATCTCAAAGCTAAAGCGGTGGATCATTGCCGAACTCT
GCTGATTTTTCTCATGAATACTTCTAAGAGTTTTAATGGCTGATATTTGTCTTTTCCTCT
CATTCTTGCCCTTTCGAGCAAGTGAATCTTGTTTTAGTTCTGTGATACTTGTGTTTCTGT
CACATTACTTCTTTTTATCAAAGGCTTTGCATTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BC07TF U 1
AF RR1AM73TF U 11
AF RR1AM73JQ C 44
AF RR1BC07JQ C 207
BS 1 369 RR1BC07TF
BS 370 370 RR1AM73TF
BS 371 560 RR1BC07TF
BS 561 561 RR1AM73TF
BS 562 688 RR1BC07TF
BS 689 795 RR1AM73TF
BS 796 816 RR1AM73JQ

RD RR1BC07TF 688 0 0
GCTATTCTGAGGTAATGGATATTGTGGGCGAGTTGTTTCCTTTCATATTCACTAAATTGG
AAGAGAGGTGCTCGAAGGAACTTGAAGCTATTAGAAAGCAATACCCATTTCAGCCATTGA
AGTTTCTTCCAAAAACATTGATTCTACCCTTTGCAGAAGGGATTCAAATGCTTAAGGAAG
CTGGTGTCGAGGCTGATCCTCTTGGAGATTTAAATACAGAAGTTGAGAGAAAGCTTGGCC
AGCTCGTTCTGGAGAAGTACAACACAGAGTTCTACATCCTGCATCGCTATCCTTCGGCGA
TTAGGCCATTTTACACTATGCCTTGTGCGGACGATCCTAACTACAGCAACTCATTCGATG
TCTTTATAATAGGTGAGGAGATCATATCAGGAGCTCAACGTGTCCATGACCCGGAACTTT
TGAAGGAACAGGCAACACGAGTTGGCATTGACGTCGAGACAATAAAAACATACATTGATT
CATTCAGGTACGGTGCACCACCTCACGGTGGATTCGGAGTGGGTCTGGAGCGAGTGGTAA
TGCTCTTCTGTGGCCTCAACGACATCCGCAAAACATCGCTCTTCCCTCGTGACCCTCTAA
GACTCGCTCCCTAATATCTTTCCATCTCAAAGCTAAAGCGGTGGATCATTGCCGAACTCT
GCTGATTTTTCTCATGAATACTTCTAAG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1AM73TF 785 0 0
GGTAATGGATATTGTGGGCGAGTTGTTTCCTTTCATATTCACTAAATTGGAAGAGAGGTG
CTCGAAGGAACTTGAAGCTATTAGAAAGCAATACCCATTTCAGCCATTGAAGTTTCTTCC
AAAAACATTGATTCTACCCTTTGCAGAAGGGATTCAAATGCTTAAGGAAGCTGGTGTCGA
GGCTGATCCTCTTGGAGATTTAAATACAGAAGTTGAGAGAAAGCTTGGCCAGCTCGTTCT
GGAGAAGTACAACACAGAGTTCTACATCCTGCATCGCTATCCTTCGGCGATTAGGCCATT
TTACACTATGCCTTGTGCGGACGATCCTAACTACAGCAACTCATTCGATGTCTTTATAAG
AGGTGAGGAGATCATATCAGGAGCTCAACGTGTCCATGACCCGGAACTTTTGAAGGAACA
GGCAACACGAGTTGGCATTGACGTCGAGACAATAAAAACATACATTGATTCATTCAGGTA
CGGTGCACCACCTCACGGTGGATTCGGAGTGGGTCTGGAGCGAGTGGTAATGCTCTTCTG
TGGCCTCAACAACATCCGCAAAACATCGCTCTTCCCTCGTGGCCCTCTAAGACTCGCTCC
CTAATATCTTTCCATCTCAAAGCTAAAGCGGTGGATCATTGCCGAACTCTGCTGATTTTT
CTCATGAATACTTCTAAGAGTTTTAATGGCTGATATTTGTCTTTTCCTCTCATTCTTGCC
CTTTCGAGCAAGTGAATCTTGTTTTAGTTCTGTGATACTTGTGTTTCTGTCACATTACTT
CTTTT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1AM73JQ 773 0 0
CATATTCACTAAATTGGAAGAGAGGTGCTCGAAGGAACTTGAAGCTATTAGAAAGCAATA
CCCATTTCAGCCATTGAAGTTTCTTCCAAAAACATTGATTCTACCCTTTGCAGAAGGGAT
TCAAATGCTTAAGGAAGCTGGTGTCGAGGCTGATCCTCTTGGAGATTTAAATACAGAAGT
TGAGAGAAAGCTTGGCCAGCTCGTTCTGGAGAAGTACAACACAGAGTTCTACATCCTGCA
TCGCTATCCTTCGGCGATTAGGCCATTTTACACTATGCCTTGTGCGGACGATCCTAACTA
CAGCAACTCATTCGATGTCTTTATAAGAGGTGAGGAGATCATATCAGGAGCTCAACGTGT
CCATGACCCGGAACTTTTGAAGGAACAGGCAACACGAGTTGGCATTGACGTCGAGACAAT
AAAAACATACATTGATTCATTCAGGTACGGTGCACCACCTCACGGTGGATTCGGAGTGGG
TCTGGAGCGAGTGGTAATGCTCTTCTGTGGCCTCAACAACATCCGCAAAACATCGCTCTT
CCCTCGTGGCCCTCTAAGACTCGCTCCCTAATATCTTTCCATCTCAAAGCTAAAGCGGTG
GATCATTGCCGAACTCTGCTGATTTTTCTCATGAATACTTCTAAGAGTTTTAATGGCTGA
TATTTGTCTTTTCCTCTCATTCTTGCCCTTTCGAGCAAGTGAATCTTGTTTTAGTTCTGT
GATACTTGTGTTTCTGTCACATTACTTCTTTTTATCAAAGGCTTTGCATTACC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1BC07JQ 610 0 0
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GAGTTCTACATCCTGCATCGCTATCCTTCGGCGATTAGGCCATTTTACACTATGCCTTGT
GCGGACGATCCTAACTACAGCAACTCATTCGATGTCTTTATAATAGGTGAGGAGATCATA
TCAGGAGCTCAACGTGTCCATGACCCGGAACTTTTGAAGGAACAGGCAACACGAGTTGGC
ATTGACGTCGAGACAATAAAAACATACATTGATTCATTCAGGTACGGTGCACCACCTCAC
GGTGGATTCGGAGTGGGTCTGGAGCGAGTGGTAATGCTCTTCTGTGGCCTCAACGACATC
CGCAAAACATCGCTCTTCCCTCGTGACCCTCTAAGACTCGCTCCCTAATATCTTTCCATC
TCAAAGCTAAAGCGGTGGATCATTGCCGAACTCTGCTGATTTTTCTCATGAATACTTCTA
AGAGTTTTAATGGCTGATATTTGTCTTTTCCTCTCATTCTTGCCCTTTCGAGCAAGTGAA
TCTTGTTTTAGTTCTGTGATACTTGTGTTTCTGTCACATTACTTCTTTTTATCAAAGGCT
TTGCATTACC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 4

CO CL3058Contig1 963 4 3 U
GGGTACTTTAAAGTCTATCTCTTCTGCAACTCTTTAGGGTTTTATCCTCCAAAGTCGCAA
CCTTTTCTTATCCTCAAGAAATGGCGGCGACGCAGCTTATATCGTCACCAGTGACTGTGT
CAGCGAGGAGCTTAGCCTCACTGGAAGGTCTCCGTGCTGCTTCGACTGCAAAGTTTTCAT
CTTTTGGAACTTTGAAAGCAGGGAACTTTAGGCAGAGTCACTTCCGTCCTTTGGTTGTTA
AAGCTGCTTCTGTGGTTGCTCCTAAGTACACATCGATTAAGCCATTGGGAGATAGAGTTT
TGGTGAAGATCAAGGAGGCAGAGGAAAAGAGTATGGGAGGTATCTTTCTTCCATCCACAG
CTCAATCAAAACCTCAAGAAGGTGAAGTCGTTGCTGTGGGCGAAGGAAGAACTATTGGGA
AGACCAAAATCGATATCACTGTCCCTACTGGAGCACAGATTATTTACTCAAAATACGCAG
GAACTGAGGTGGAGTTTAACGATGTGAAACATCTCATTCTCAAGGAAGATGATATTGTTG
GCCTTCTCGAGACAGATGACATCAAAGATCTCAAACCCTTGAATGACCGAGTCTTCATCA
AGGTTGCTGAGGCAGAGGAGAAAACAGCTGGAGGGTTGTTGCTAACCGAGACTACCAAAG
AGAAGCCTTCTATTGGAACGGTTATAGCGGTTGGACCAGGTTCTCTAGATGAGGAAGGTA
AACTTCAGCCATTACCTATATCGACTGGAAGCACAGTTCTGTACTCCAAGTATGCAGGCA
ATGACTTCAAGGGAAAAGATGGTTCCAACTACATCGCCCTCAGAGCTTCAGATGTTATGG
CTATCCTTTCTTAGTTTTTT*CTTTTTTCTTTGTAACCTGCAACTTGTATCCCAATTGTG
GAAATTTTTTCATCAACGGCCTGAGCATAATCTTGAATAAAAAAGACTTGAGAGTTTTAA
AGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 

AF RR1AO85TF U 1
AF RR1FM21JQ C 548
AF RR1FM21TF U 548
AF RR1AO85JQ C 186
BS 1 773 RR1AO85TF
BS 774 958 RR1FM21TF
BS 959 963 RR1AO85JQ

RD RR1AO85TF 773 0 0
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CTTTTGGAACTTTGAAAGCAGGGAACTTTAGGCAGAGTCACTTCCGTCCTTTGGTTGTTA
AAGCTGCTTCTGTGGTTGCTCCTAAGTACACATCGATTAAGCCATTGGGAGATAGAGTTT
TGGTGAAGATCAAGGAGGCAGAGGAAAAGAGTATGGGAGGTATCTTTCTTCCATCCACAG
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GAACTGAGGTGGAGTTTAACGATGTGAAACATCTCATTCTCAAGGAAGATGATATTGTTG
GCCTTCTCGAGACAGATGACATCAAAGATCTCAAACCCTTGAATGACCGAGTCTTCATCA
AGGTTGCTGAGGCAGAGGAGAAAACAGCTGGAGGGTTGTTGCTAACCGAGACTACCAAAG
AGAAGCCTTCTATTGGAACGGTTATAGCGGTTGGACCAGGTTCTCTAGATGAGGAAGGTA
AACTTCAGCCATTACCTATATCGACTGGAAGCACAGTTCTGTACTCCAAGTAT

QA 1 773 1 773
DS 

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G
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TCTATTGGAACGGTTATAGCGGTTGGACCAGGTTCTCTAGATGAGGAAGGTAAACTTCAG
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AAGGGAAAAGATGGTTCCAACTACATCGCCCTCAGAGCTTCAGATGTTATGGCTATCCTT
TCTTAGTTTTTT*CTTTTTTCTTTGTAACCTGCAACTTGTATCCCAATTGTGGAAATTTT
TTCATCAACGG

QA 2 372 2 372
DS 

RD RR1FM21TF 411 0 0
G
GAGACAGATGACATCAAAGATCTCAAACCCTTGAATGACCGAGTCTTCATCAAGGTTGCT
GAGGCAGAGGAGAAAACAGCTGGAGGGTTGTTGCTAACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCT
TCTATTGGAACGGTTATAGCGGTTGGACCAGGTTCTCTAGATGAGGAAGGTAAACTTCAG
CCATTACCTATATCGACTGGAAGCACAGTTCTGTACTCCAAGTATGCAGGCAATGACTTC
AAGGGAAAAGATGGTTCCAACTACATCGCCCTCAGAGCTTCAGATGTTATGGCTATCCTT
TCTTAGTTTTTT*CTTTTTTCTTTGTAACCTGCAACTTGTATCCCAATTGTGGAAATTTT
TTCATCAACGGCCTGAGCATAATCTTGAATAAAAAAGACTTGAGAGTTTT

QA 2 411 2 411
DS 

RD RR1AO85JQ 778 0 0
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AAAATCGATATCACTGTCCCTACTGGAGCACAGATTATTTACTCAAAATACGCAGGAACT
GAGGTGGAGTTTAACGATGTGAAACATCTCATTCTCAAGGAAGATGATATTGTTGGCCTT
CTCGAGACAGATGACATCAAAGATCTCAAACCCTTGAATGACCGAGTCTTCATCAAGGTT
GCTGAGGCAGAGGAGAAAACAGCTGGAGGGTTGTTGCTAACCGAGACTACCAAAGAGAAG
CCTTCTATTGGAACGGTTATAGCGGTTGGACCAGGTTCTCTAGATGAGGAAGGTAAACTT
CAGCCATTACCTATATCGACTGGAAGCACAGTTCTGTACTCCAAGTATGCAGGCAATGAC
TTCAAGGGAAAAGATGGTTCCAACTACATCGCCCTCAGAGCTTCAGATGTTATGGCTATC
CTTTCTTAGTTTTTTTCTTTTTTCTTTGTAACCTGCAACTTGTATCCCAATTGTGGAAAT
TTTTTCATCAACGGCCTGAGCATAATCTTGAATAAAAAAGACTTGAGAGTTTTAAAGC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 4

CO CL3059Contig1 615 4 4 U
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CCACATGCATACAATTATAAAAGATCTTAGTGGTTCGTACCATCATTAATTTATCGAATC
AATAATTTATACGAATTCCTTTCTCCACGACAAGAAGAGAACAATGTGTATTGTGTAAAC
ACTTTTTAAGACTTGGGGTTTGTTGATCGCCCTCGCTCATAACTAATAAACTGATCATTC
GCTCTTGAATTATCTTGTGGATTGGCTCTTTAGGGTCTCCGACATCAGTTAATGTCTCTG
CTTTAATCCCATGATTTCCACTTATCTTCTTGGCTTTCTCTAATATACCCAAAGCAATCT
TCATATTCTTTTCTTGAGCTAGTCTTATAAGTTCTGCCCTAGGTGAAAATGGATAGAAAA
GCTGTGCAAATCCCAACGATGAAGAGAGCGAGATAGGACCAACAAAACTTTGTGGCTGTT
TTGCAAATATCAAAAGTTTATTGCTGTTACTTATATCTTGAAGATTTTCAAGGACCCAAA
CGAGTAAATCATAACTTGAGCTGCTCTCGTCAATAACCACCATAACATTCTTCATCTTCT
TCAAGTTTGTGTTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR1FT75JQ U 1
AF RR1FT75TF C 85
AF RR1FG21TF C 4
AF RR1D172JQ U 17
BS 1 400 RR1FT75JQ
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RD RR1FT75JQ 615 0 0
GTACAATAATATCATATTCTATTAGTTCAATAACCCCACAATATCATATATTTTACATAA
CCACATGCATACAATTATAAAAGATCTTAGTGGTTCGTACCATCATTAATTTATCGAATC
AATAATTTATACGAATTCCTTTCTCCACGACAAGAAGAGAACAATGTGTATTGTGTAAAC
ACTTTTTAAGACTTGGGGTTTGTTGATCGCCCTCGCTCATAACTAATAAACTGATCATTC
GCTCTTGAATTATCTTGTGGATTGGCTCTTTAGGGTCTCCGACATCAGTTAATGTCTCTG
CTTTAATCCCATGATTTCCACTTATCTTCTTGGCTTTCTCTAATATACCCAAAGCAATCT
TCATATTCTTTTCTTGAGCTAGTCTTATAAGTTCTGCCCTGGGTGAAAATGGATAGAAAA
GCTGTGCAAATCCCAACGATGAAGAGAGCGAGATAGGACCAACAAAACTTTGTGGCTGTT
TTGCAAATATCAAAAGTTTATTGCTGTTACTTATATCTTGAAGATTTTCAAGGACCCAAA
CGAGTAAATCATAACTTGAGCTGCTCTCGTCAATAACCACCATAACATTCTTCATCTTCT
TCAAGTTTGT
TTTCC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1FT75TF 531 0 0
TCTTAGTGGTTCGTACCATCATTAATTTATCGAATCAATAATTTATACGAATTCCTTTCT
CCACGACAAGAAGAGAACAATGTGTATTGTGTAAACACTTTTTAAGACTTGGGGTTTGTT
GATCGCCCTCGCTCATAACTAATAAACTGATCATTCGCTCTTGAATTATCTTGTGGATTG
GCTCTTTAGGGTCTCCGACATCAGTTAATGTCTCTGCTTTAATCCCATGATTTCCACTTA
TCTTCTTGGCTTTCTCTAATATACCCAAAGCAATCTTCATATTCTTTTCTTGAGCTAGTC
TTATAAGTTCTGCCCTGGGTGAAAATGGATAGAAAAGCTGTGCAAATCCCAACGATGAAG
AGAGCGAGATAGGACCAACAAAACTTTGTGGCTGTTTTGCAAATATCAAAAGTTTATTGC
TGTTACTTATATCTTGAAGATTTTCAAGGACCCAAACGAGTAAATCATAACTTGAGCTGC
TCTCGTCAATAACCACCATAACATTCTTCATCTTCTTCAAGTTTGT
TTTCC

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1FG21TF 612 0 0
CAATAATATCATATTCTATTAGTTCAATAACCCCACAATATCATATATTTTACATAACCA
CATGCATACAATTATAAAAGATCTTAGTGGTTCGTACCATCATTAATTTATCGAATCAAT
AATTTATACGAATTCCTTTCTCCACGACAAGAAGAGAGCAATGTGTATTGTGTAAACACT
TTTTAAGACTTGGGGTTTGTTGATCGCCCTCGCTCATAACTAATAAATTGATCATTCGCT
CTTGAATTATCTTGTGGATTGGCTCTTTAGGGTCTCCGACATCAGTTAATGTCTCTGCTT
TAATCCCATGATTTCCACTTATCTTCTTGGCTTTTTCTAATATACCCAAAGCAATCTTCA
TATTCTTTTCTTGAGCTAGTCTTATAAGTTCTGCCCTAGGTGAAAATGGATAGAAAAGCT
GTGCAAATCCCAACGATGAAGAGAGCGAGATAGGACCAACAAAACTTTGTGGCTGTTTTG
CAAATATCAAAAGTTTATTGCTGTTACTTATATCTTGAAGATTTTCAAGGACCCAAACGA
GTAAATCATAACTTGAGCTGCTCTCGTCAATAACGACCATAACATTCTTCATCTTCTTCA
AGTTTGTGTTCC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1D172JQ 601 0 0
TTCTATTAGTTCAATAACCCCACAATATCATATATTTTACATAACCACATGCATACAATT
ATAAAAGATCTTAGTGGTTCGTACCATCATTAATTTATCGAATCAATAATTTATACGAAT
TCCTTTCTCCACGACAAGAAGAGAGCAATGTGTATTGTGTAAACACTTTTTAAGACTTGG
GGTTTGTTGATCGCCCTCGCTAATAACTAATAAATTGATCATTCGCTCTTGAATTATCTT
GTGGATTGGCTCTTTAGGGTCTCCGACATCAGTTAATGTCTCTGCTTTAATCCCATGATT
TCCACTTATCTTCTTGGCTTTTTCTAATATACCCAAAGCAATCTTCATATTCTTTTCTTG
AGCTAGTCTTATAAGTTCTGTCCTAGGTGAAAATGGATAGAAAAGCTGTGCAAATCCCAA
CGATGAAAAGAGCGAGATAGGACCAACAAAACTTTGTGGCTGTTTTGCAAATATCAAAAG
TTTATTGCTGTTACTTATATCTTGAAGATTTTCAAGGACCCAAACGAGTAAATCATAACT
TGAGCTGCTCTCGTCAATAACGACCATAACATTCTTCATCTTCTTCAAGTTTGT
GTTACCC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

CO CL3060Contig1 958 2 2 U
TTTTTTTTGTCTTCCCAAGGTGCCTACCGACGCCTCTTCTCCTCTCCTTCCGTTTAATCG
CTTCCTCGTCACGCAACCTTTCGATCCACCCCCGGAGACAGCTATGAAGATCACAGCCTT
GCTTGTTCTGAAGGCCGCTCCCGAAGCCACGGATCCCGTCATCCTCGCAAACGCTTCCGA
CGTCTCTCACTTCGGCTATTTCCAGCGATCTAGCGTCAAGGAGTTCGTCGTCTTTGTCGG
TCGCACCGTCGCCAGCCGCACCCCTCCTTCCCAGCGCCAGTCCGTCCAGCACGAAGAGTA
CAAGGTTCACGCTTACAATAGAAATGGACTTTGCGCTGTTGGATTCATGGACGATCATCA
CCCTGTTCGAAGTGCCTTTTCTCTTCTCAATCAGGTTATAGATGAGTACCAGAAGAGTTT
TGGTGAGACATGGAGGTCTGCTAAAGAAGACTCCTCTCAGCCCTGGCCTTACTTAGCCCA
AGCTCTTACCAAATTTCAGGACCCAGCAGAGGCTGATAAGCTGTTGAAAATCCAGAGGGA
GTTGGATGAGACCAAGATTATCCTTCATAAAACCATTGATAGCGTTCTTGCCCGTGGTGA
GAAGCTGGACAGCCTAGTGGAGAAGAGCTTTGATTTGAGCATGGCATCCCAGATGTTTTA
CAAGCAAGCAAAGAAAACCAATTCATGCTGCACTATTTTTTGAGCTGGATGTCCTAAGGT
ATATATATAGTCAACCGAAGTGTTGCTGGAGGTCGACACTGTTTTTCATTTCCATGTATT
TGATTCCGTCTCTCTTGTTCCCATGCACTTTGAAATTCCACAAGACTCGAGTCATATGGT
GTGTCATCCAAATACATGTTAATTTGAATTGTCTTTGCCAGGTTTATATTATTGCTTTTG
TTCATGTTCTCACTTTGGTACGTTTGTTCATGTTAATTTGAATTGTCTTTGCCAGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET48TF U 1
AF RR1ET48JQ C 382
BS 1 615 RR1ET48TF
BS 616 958 RR1ET48JQ

RD RR1ET48TF 615 0 0
TTTTTTTTGTCTTCCCAAGGTGCCTACCGACGCCTCTTCTCCTCTCCTTCCGTTTAATCG
CTTCCTCGTCACGCAACCTTTCGATCCACCCCCGGAGACAGCTATGAAGATCACAGCCTT
GCTTGTTCTGAAGGCCGCTCCCGAAGCCACGGATCCCGTCATCCTCGCAAACGCTTCCGA
CGTCTCTCACTTCGGCTATTTCCAGCGATCTAGCGTCAAGGAGTTCGTCGTCTTTGTCGG
TCGCACCGTCGCCAGCCGCACCCCTCCTTCCCAGCGCCAGTCCGTCCAGCACGAAGAGTA
CAAGGTTCACGCTTACAATAGAAATGGACTTTGCGCTGTTGGATTCATGGACGATCATCA
CCCTGTTCGAAGTGCCTTTTCTCTTCTCAATCAGGTTATAGATGAGTACCAGAAGAGTTT
TGGTGAGACATGGAGGTCTGCTAAAGAAGACTCCTCTCAGCCCTGGCCTTACTTAGCCCA
AGCTCTTACCAAATTTCAGGACCCAGCAGAGGCTGATAAGCTGTTGAAAATCCAGAGGGA
GTTGGATGAGACCAAGATTATCCTTCATAAAACCATTGATAGCGTTCTTGCCCGTGGTGA
GAAGCTGGACAGCCT

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1ET48JQ 577 0 0
TCTTCTCAATCAGGTTATAGATGAGTACCAGAAGAGTTTTGGTGAGACATGGAGGTTTGC
TAAAGAAGACTCCTTTCAGCCCTGGCCTTACTTAGCCCAAGCTCTTACCAAATTTCAGGA
CCCAGCAGAGGCTGATAAGCTGTTGAAAATCCAGAGGGAGTTGGATGAGACCAAGATTAT
CCTTCATAAAACCATTGATAGCGTTTTTGCCCGTGGTGAGAAGCTGGACAGCCTAGTGGA
GAAGAGCTTTGATTTGAGCATGGCATCCCAGATGTTTTACAAGCAAGCAAAGAAAACCAA
TTCATGCTGCACTATTTTTTGAGCTGGATGTCCTAAGGTATATATATAGTCAACCGAAGT
GTTGCTGGAGGTCGACACTGTTTTTCATTTCCATGTATTTGATTCCGTCTCTCTTGTTCC
CATGCACTTTGAAATTCCACAAGACTCGAGTCATATGGTGTGTCATCCAAATACATGTTA
ATTTGAATTGTCTTTGCCAGGTTTATATTATTGCTTTTGTTCATGTTCTCACTTTGGTAC
GTTTGTTCATGTTAATTTGAATTGTCTTTGCCAGATT

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 4

CO CL3061Contig1 618 4 11 U
GGGACACAAAAAGAGTATTGTTTTCATAGTCATAGCTTAATCACAACCCATCATAATAAC
CACATGTTTATTTATTTTACAACAGGGGATGAATCATCGCCACGCCACCGGAAACTGAAC
AGTACAAACATTTAAACTTAAGAAAAACAAAGAGGCACAAAATTACCAAAAAATTAGACA
ACAAGAACATCTTATATGTATAAAAAAGCATGAAGAGAACAAAAAGTTCATAACGCCGGC
ACAAATATCTTTAACCCCACGAAAAGGACCAATCAGCGACCAGTAGGGTGCACGCGTCTT
CCCTTACCGTTGCCGGTTGGGTCAGAGCTACGGTTACTACCAGAACCGGAGGGGGTGAAG
GCAGAGATAATGGTTTTTACGACCATAGTTTTTAACAGCTTTCCCTCAACGGGAATCACA
CTCGCTGTTTCTTTCTTCACCTTCCGATCAACCGAAGAACTGTAACCTTCTCCTCTAGAA
CTCATATTAGCCTATTTATTTTTATTTACGTATATATAAGTTCGTATATGTCTGTGTTTG
TTTGTTTTTTTTTTTTTGAAAAAATGGGATTTTATGTCTCAGCCCTTTTGTGTGTGTGTT
TGTTGCTGTTGAAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CJ32TF C 1
AF RR1CJ32JQ U 9
AF RR1BI10TF C 36
AF RR1BI10JQ U 39
BS 1 8 RR1CJ32TF
BS 9 105 RR1CJ32JQ
BS 106 106 RR1BI10JQ
BS 107 394 RR1CJ32JQ
BS 395 395 RR1BI10JQ
BS 396 419 RR1CJ32JQ
BS 420 420 RR1BI10JQ
BS 421 554 RR1CJ32JQ
BS 555 556 RR1BI10JQ
BS 557 599 RR1CJ32JQ
BS 600 618 RR1BI10JQ

RD RR1CJ32TF 599 0 0
GGGACACAAAAAGAGTATTGTTTTCATAGTCATAGCTTAATCACAACCCATCATAATAAC
CACATGTTTATTTATTTTACAACAGGGGATGAATCATCGCCACGCTACCGGAAACTGAAC
AGTACAAACATTTAAACTTAAGAAAAACAAAGAGGCACAAAATTACCAAAAAATTAGACA
ACAAGAACATCTTATATGTATAAAAAAGCATGAAGAGAACAAAAAGTTCATAACGCCGGC
ACAAATATCTTTAACCCCACGAAAAGGACCAATCAGCGACCAGTAGGGTGCACGCGTCTT
CCCTTACCGTTGCCGGTTGGGTCAGAGCTACGGTTACTACCAGAACCGGAGGGGGTGAAG
GCAGAGATAATGGTTTTTACGACCATAGTTTTTACCAGCTTTCCCTCAACGGGAATCACG
CTCGCTGTTTCTTTCTTCACCTTCCGATCAACCGAAGAACTGTAACCTTCTCCTCTAGAA
CTCATATTAGCCTATTTATTTTTATTTACGTATATATAAGTTCGTATATGTCTGTGTTTG
TTTGTTTTTTTTTT**TGAAAAAATGGGATTTTATGTCTCAGCCCTTTTGTGTGTGTGT

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1CJ32JQ 591 0 0
AAAAGAGTATTGTTTTCATAGTCATAGCTTAATCACAACCCATCATAATAACCACATGTT
TATTTATTTTACAACAGGGGATGAATCATCGCCACGCTACCGGAAACTGAACAGTACAAA
CATTTAAACTTAAGAAAAACAAAGAGGCACAAAATTACCAAAAAATTAGACAACAAGAAC
ATCTTATATGTATAAAAAAGCATGAAGAGAACAAAAAGTTCATAACGCCGGCACAAATAT
CTTTAACCCCACGAAAAGGACCAATCAGCGACCAGTAGGGTGCACGCGTCTTCCCTTACC
GTTGCCGGTTGGGTCAGAGCTACGGTTACTACCAGAACCGGAGGGGGTGAAGGCAGAGAT
AATGGTTTTTACGACCATAGTTTTTACCAGCTTTCCCTCAACGGGAATCACGCTCGCTGT
TTCTTTCTTCACCTTCCGATCAACCGAAGAACTGTAACCTTCTCCTCTAGAACTCATATT
AGCCTATTTATTTTTATTTACGTATATATAAGTTCGTATATGTCTGTGTTTGTTTGTTTT
TTTTTT**TGAAAAAATGGGATTTTATGTCTCAGCCCTTTTGTGTGTGTGT

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1BI10TF 583 0 0
TTT
AATCACAACCCATCATAATAACCACATGTTTATTTATTTTACAACAGGGGATGAATCATC
GCCACGCCACCGGAAACTGAACAGTACAAACATTTAAACTTAAGAAAAACAAAGAGGCAC
AAAATTACCAAAAAATTAGACAACAAGAACATCTTATATGTATAAAAAAGCATGAAGAGA
ACAAAAAGTTCATAACGCCGGCACAAATATCTTTAACCCCACGAAAAGGACCAATCAGCG
ACCAGTAGGGTGCACGCGTCTTCCCTTACCGTTGCCGGTTGGGTCAGAGCTACGGTTACT
ACCAGAACCGGAGGGGGTGAAGGCAGAGATAATGGTTTTTACGACCATAGTTTTTAACAG
CTTTCTCTCAACGGGAATCACACTCGCTGTTTCTTTCTTCACCTTCCGATCAACCGAAGA
ACTGTAACCTTCTCCTCTAGAACTCATATTAGCCTATTTATTTTTATTTACGTATATATA
AGTTCGTATATGTCTGTGTTTGTTTGTTTTTTTTTTTTTGAAAAAATGGGATTTTATGTC
TCAGCCCTTTTGTGTGTGTGTTTGTTGCTGTTGAAATTCC

QA 4 583 4 583
DS 

RD RR1BI10JQ 580 0 0
AATCACAACCCATCATAATAACCACATGTTTATTTATTTTACAACAGGGGATGAATCATC
GCCACGCCACCGGAAACTGAACAGTACAAACATTTAAACTTAAGAAAAACAAAGAGGCAC
AAAATTACCAAAAAATTAGACAACAAGAACATCTTATATGTATAAAAAAGCATGAAGAGA
ACAAAAAGTTCATAACGCCGGCACAAATATCTTTAACCCCACGAAAAGGACCAATCAGCG
ACCAGTAGGGTGCACGCGTCTTCCCTTACCGTTGCCGGTTGGGTCAGAGCTACGGTTACT
ACCAGAACCGGAGGGGGTGAAGGCAGAGATAATGGTTTTTACGACCATAGTTTTTAACAG
CTTTCTCTCAACGGGAATCACACTCGCTGTTTCTTTCTTCACCTTCCGATCAACCGAAGA
ACTGTAACCTTCTCCTCTAGAACTCATATTAGCCTATTTATTTTTATTTACGTATATATA
AGTTCGTATATGTCTGTGTTTGTTTGTTTTTTTTTTTTTGAAAAAATGGGATTTTATGTC
TCAGCCCTTTTGTGTGTGTGTTTGTTGCTGTTGAAATTCC

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 4

CO CL3062Contig1 788 4 18 U
GGATATCAGAAATTTTGTTTGATCTCACGAGAGCTACTAGATGAATCAGATAATGAAGAT
CCCTACATTAATGTGCATCACAGCATTCTTCATACTCTTGACATCATTCCCAGCTCCTAT
CAAGAGTAAAAAAATGACTCCTGCTGAAAGAGCTTCCTATGTACTATGGTGCAATATACA
TCTTGACTACTGCGTGGACCGTGTTTCGAAAAATAAAAACAAGGAAGACGACTGTTGTAA
AATTCATTTTAATAAACCGCCGCCACCACCAACCAGACCGGCGTGTGTCTGTGAATATAT
GAAAGTTCCTGCCAAAAGGACGATTTATGCCAATCTTATGAAAGCTTGTGGACGAGAGGG
TCTCACCCCATATAACTACAGATGCAATGAACGGAAATAGCCAACCTAACCAGACGAGGT
TGGACACTAAAAAATTTTAGACCCAACAATTAATATTTATTTTAAAATTAGTTTTATTGA
AATGTAAAAAAAAGTTTTAAAACAGCTATTCTATTTTCTTAAAACAAATTAAAATGTTGG
AATGGACCTGGGGAAGATCGCACTAACCACCTCCAGTACTAAGCCGGCTACAAGACCATC
CCGGATCGTGTTTGGTAAGAAACATGGTCTTCTTGGGTTTAAATAGTGACCAAAAAAATA
AATAAAAATAGACTATTCTTTATCGTTCCTTTTTTTTAGCAATTTTATCGTTCCTTTCAA
TTTACACCATTTATAAATAATATTTGTTAACATTTCTTTTTAAAAAATATTATACTATAT
TTATTCTC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CR33TF U 1
AF RR1CR33JQ C 74
AF RR1B813TF U 3
AF RR1B813JQ C 3
BS 1 39 RR1CR33TF
BS 40 40 RR1B813TF
BS 41 207 RR1CR33TF
BS 208 208 RR1B813TF
BS 209 445 RR1CR33TF
BS 446 446 RR1B813TF
BS 447 655 RR1CR33TF
BS 656 656 RR1B813TF
BS 657 657 RR1CR33TF
BS 658 658 RR1B813TF
BS 659 694 RR1CR33TF
BS 695 696 RR1B813TF
BS 697 713 RR1CR33TF
BS 714 714 RR1B813TF
BS 715 719 RR1CR33TF
BS 720 720 RR1B813TF
BS 721 754 RR1CR33TF
BS 755 788 RR1B813JQ

RD RR1CR33TF 764 0 0
GGATATCAGAAATTTTGTTTGATCTCACGAGAGCTACTAAATGAATCAGATAATGAAGAT
CCCTACATTAATGTGCATCACAGCATTCTTCATACTCTTGACATCATTCCCAGCTCCTAT
CAAGAGTAAAAAAATGACTCCTGCTGAAAGAGCTTCCTATGTACTATGGTGCAATATACA
TCTTGACTACTGCGTGGACCGTGTTTCTAAAAATAAAAACAAGGAAGACGACTGTTGTAA
AATTCATTTTAATAAACCGCCGCCACCACCAACCAGACCGGCGTGTGTCTGTGAATATAT
GAAAGTTCCTGCCAAAAGGACGATTTATGCCAATCTTATGAAAGCTTGTGGACGAGAGGG
TCTCACCCCATATAACTACAGATGCAATGAACGGAAATAGCCAACCTAACCAGACGAGGT
TGGACACTAAAAAATTTTAGACCCAGCAATTAATATTTATTTTAAAATTAGTTTTATTGA
AATGTAAAAAAAAGTTTTAAAACAGCTATTCTATTTTCTTAAAACAAATTAAAATGTTGG
AATGGACCTGGGGAAGATCGCACTAACCACCTCCAGTACTAAGCCGGCTACAAGACCATC
CCGGATCGTGTTTGGTAAGAAACATGGTCTTCTTGGGTTTAAATAGTGACCAAAAGA*TA
AATAAAAATAGACTATTCTTTATCGTTCCTTTTT**TAGCAATTTTATCGTTC*TTTCA*
TTTACACCATTTATAAATAATATTTGTTAACATT
CTTTTAAAAA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1CR33JQ 703 0 0
TGCATCACAGCATTCTTCATACTCTTGACATCATTCCCAGCTCCTATCAAGAGTAAAAAA
ATGACTCCTGCTGAAAGAGCTTCCTATGTACTATGGTGCAATATACATCTTGACTACTGC
GTGGACCGTGTTTCTAAAAATAAAAACAAGGAAGACGACTGTTGTAAAATTCATTTTAAT
AAACCGCCGCCACCACCAACCAGACCGGCGTGTGTCTGTGAATATATGAAAGTTCCTGCC
AAAAGGACGATTTATGCCAATCTTATGAAAGCTTGTGGACGAGAGGGTCTCACCCCATAT
AACTACAGATGCAATGAACGGAAATAGCCAACCTAACCAGACGAGGTTGGACACTAAAAA
ATTTTAGACCCAGCAATTAATATTTATTTTAAAATTAGTTTTATTGAAATGTAAAAAAAA
GTTTTAAAACAGCTATTCTATTTTCTTAAAACAAATTAAAATGTTGGAATGGACCTGGGG
AAGATCGCACTAACCACCTCCAGTACTAAGCCGGCTACAAGACCATCCCGGATCGTGTTT
GGTAAGAAACATGGTCTTCTTGGGTTTAAATAGTGACCAAAAGAATAAATAAAAATAGAC
TATTCTTTATCGTTCCTTTTTT*TAGCAATTTTATCGTTCTTTTCAATTTACACCATTTA
TAAATAATATTTGTTAACATTTCTTTTTAAAAAATATTATACT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1B813TF 759 0 0
GG
ATCAGAAATTTTGTTTGATCTCACGAGAGCTACTAGATGAATCAGATAATGAAGATCCCT
ACATTAATGTGCATCACAGCATTCTTCATACTCTTGACATCATTCCCAGCTCCTATCAAG
AGTAAAAAAATGACTCCTGCTGAAAGAGCTTCCTATGTACTATGGTGCAATATACATCTT
GACTACTGTGTGGACCGTGTTTCGAAAAATAAAAACAAGGAAGACGACTGTTGTAAAATT
CATTTTAATAAACCGCCGCCACCACCAACCAGACCGGCGTGTGTCTGTGAATATATGAAA
GTTCCTGCCAAAAGGACGATTTATGCCAATCTTATGAAAGCTTGTGGACGAGAGGGTCTC
ACCCCATATAACTACAGATGCAATGAACGGAAATAGCCAACCTAACCAGACGAGGTTGGA
CATTAAAAA*TTTTAGACCCAACAATTAATATTTATTTTAAAATTAGTTTTATTGAAATG
TAAAAA***GTTTTAAAATAGCTATTCTATTTTCTTAAAACAAATTAAAATGTTGGAATG
GACCTGGGGAAGATCGCACTAACCACCTCCAGTACTAAGCCGGCTACAAGACCATCCCGG
ATCGTGTTTGGTAAGAAACATGGTCTTCTTGGGTTTAAATAGTGACCAAAAAAATAAATA
AAAATAGACTATTCTTTATCGTTCCTTTTTTTTAGCAATTTTATCGTTCCTTTCAATTTA
CACCATTTATAAATAATATTTGTTAACATT
TCTTTTT

QA 3 752 3 752
DS 

RD RR1B813JQ 786 0 0
GG
ATCAGAAATTTTGTTTGATCTCACGAGAGCTACTAGATGAATCAGATAATGAAGATCCCT
ACATTAATGTGCATCACAGCATTCTTCATACTCTTGACATCATTCCCAGCTCCTATCAAG
AGTAAAAAAATGACTCCTGCTGAAAGAGCTTCCTATGTACTATGGTGCAATATACATCTT
GACTACTGTGTGGACCGTGTTTCGAAAAATAAAAACAAGGAAGACGACTGTTGTAAAATT
CATTTTAATAAACCGCCGCCACCACCAACCAGACCGGCGTGTGTCTGTGAATATATGAAA
GTTCCTGCCAAAAGGACGATTTATGCCAATTTTATGAAAGCTTGTGGACGAGAGGGTCTC
ACCCCATATAACTACAGATGCAATGAACGGAAATAGCCAACCTAACCAGACGAGGTTGGA
CATTAAAAA*TTTTAGACCCAACAATTAATATTTATTTTAAAATTAGTTTTATTGAAATG
TAAAAA***GTTTTAAAATAGCTATTCTATTTTCTTAAAACAAATTAAAATGTTGGAATG
GACCTGGGGAAGATCGCACTAACCACCTCCAGTACTAAGCCGGCTACAAGACCATCCCGG
ATCGTGTTTGGTAAGAAACATGGTCTTCTTGGGTTTAAATAGTGACCAAAAAAATAAATA
AAAATAGACTATTCTTTATCGTTCCTTTTTTTTAGCAATTTTATCGTTCCTTTCAATTTA
CACCATTTATAAATAATATTTGTTAACATTTCTTTTTAAAAAATATTATACTATATTTAT
TCTC

QA 3 786 3 786
DS 



AS 1 4

CO CL3063Contig1 462 4 1 U
GGGTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTTCCCAATTTCTTCAAGTTCTCAAACTCTCTC
AAGAGCTCAAGAACATAACTTCCTCAATTCTCAACGAAATTTTGTGATTCTTGTTGCTGA
GAACTCGAAATCCCTATCTCTTTCTCCTTATAATCTCGGTTTTCCTCAAAGCAAGCTAAG
GTCTTTGTTTTGTAGGGCACGATGGGGAGAGCCCGTGGAAGAGTGACCAAGGAAGACAAA
GGAAAAGGACTTGCATCTACTTCCCAAGACCAAGCTGTCACACCAGATGTCAAAAGTATT
AACTTACAAAAAAGTTTCAATCTTTCTTTGAAATGTTATTAACTTGTTACAAAGTTTCAA
TTTTTTTGCACTGGTTATTTGTGGCATGTACATGTGGATACGAGACATAGCATATACATA
GTTTTCTCGATGTACATGTGGATAACGTGAATATGTGTACAT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1GJ85JQ C 1
AF RR1GJ85TF U 1
AF RR1H144JQ C 1
AF RR1H144TF U 1
BS 1 462 RR1GJ85TF

RD RR1GJ85JQ 462 0 0
GGGTCGCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCCCTTCCCAATTTCTTCAAGTTCTCAAACTCTCTC
AAGAGCTCAAGAACATAACTTCCTCAATTCTCAACGAAATTTTGTGATTCTTGTTGCTGA
GAACTCGAAATCCCTATCTCTTTCTCCTTATAATCTCGGTTTTCCTCAAAGCAAGCTAAG
GTCTTTGTTTTGTAGGGCACGATGGGGAGAGCCCGTGGAAGAGTGACCAAGGAAGACAAA
GGAAAAGGACTTGCATCTACTTCCCAAGACCAAGCTGTCACACCAGATGTCAAAAGTATT
AACTTACAAAAAAGTTTCAATCTTTCTTTGAAATGTTATTAACTTGTTACAAAGTTTCAA
TTTTTTTGCACTGGTTATTTGTGGCATGTACATGTGGATACGAGACATAGCATATACATA
GTTTTCTCGATGTACATGTGGATAACGTGAATATGTGTACAT

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1GJ85TF 462 0 0
GGGTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTTCCCAATTTCTTCAAGTTCTCAAACTCTCTC
AAGAGCTCAAGAACATAACTTCCTCAATTCTCAACGAAATTTTGTGATTCTTGTTGCTGA
GAACTCGAAATCCCTATCTCTTTCTCCTTATAATCTCGGTTTTCCTCAAAGCAAGCTAAG
GTCTTTGTTTTGTAGGGCACGATGGGGAGAGCCCGTGGAAGAGTGACCAAGGAAGACAAA
GGAAAAGGACTTGCATCTACTTCCCAAGACCAAGCTGTCACACCAGATGTCAAAAGTATT
AACTTACAAAAAAGTTTCAATCTTTCTTTGAAATGTTATTAACTTGTTACAAAGTTTCAA
TTTTTTTGCACTGGTTATTTGTGGCATGTACATGTGGATACGAGACATAGCATATACATA
GTTTTCTCGATGTACATGTGGATAACGTGAATATGTGTACAT

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1H144JQ 462 0 0
GGGTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTTCCCAATTTCTTCAAGTTCTCAAACTCTCTC
AAGAGCTCAAGAACATAACTTCCTCAATTCTCAACGAAATTTTGTGATTCTTGTTGCTGA
GAACTCGAAATCCCTATCTCTTTCTCCTTATAATCTCGGTTTTCCTCAAAGCAAGCTAAG
GTCTTTGTTTTGTAGGGCACGATGGGGAGAGCCCGTGGAAGAGTGACCAAGGAAGACAAA
GGAAAAGGACTTGCATCTACTTCCCAAGACCAAGCTGTCACACCAGATGTCAAAAGTATT
AACTTACAAAAAAGTTTCAATCTTTCTTTGAAATGTTATTAACTTGTTACAAAGTTTCAA
TTTTTTTGCACTGGTTATTTGTGGCATGTACATGTGGATACGAGACATAGCATATACATA
GTTTTCTCGATGTACATGTGGATAACGTGAATATGTGTACAT

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1H144TF 462 0 0
GGGTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTTCCCAATTTCTTCAAGTTCTCAAACTCTCTC
AAGAGCTCAAGAACATAACTTCCTCAATTCTCAACGAAATTTTGTGATTCTTGTTGCTGA
GAACTCGAAATCCCTATCTCTTTCTCCTTATAATCTCGGTTTTCCTCAAAGCAAGCTAAG
GTCTTTGTTTTGTAGGGCACGATGGGGAGAGCCCGTGGAAGAGTGACCAAGGAAGACAAA
GGAAAAGGACTTGCATCTACTTCCCAAGACCAAGCTGTCACACCAGATGTCAAAAGTATT
AACTTACAAAAAAGTTTCAATCTTTCTTTGAAATGTTATTAACTTGTTACAAAGTTTCAA
TTTTTTTGCACTGGTTATTTGTGGCATGTACATGTGGATACGAGACATAGCATATACATA
GTTTTCTCGATGTACATGTGGATAACGTGAATATGTGTACAT

QA 1 462 1 462
DS 



AS 1 4

CO CL3064Contig1 1044 4 3 U
GGGGAGACTCCAGAACAGTCAATCAAAAAGCCATTGATTCTCTTCTTCTCTCTCACTATT
GTTTTGTGTTCTTCAAGATTTTCTTTCAAAAAAGAAGAGCACACCTAGCTATGTCGTCGA
CAAACGGAGGTGGTTTCAAGTGTTTTTCACCGGAGAATACAAACTGGATTTTTCAAGAAG
TCAAAGATGTCACGTGGACGGTGGAGGAAAATAAACGTTTCGAGAAAGCCCCGCCTTTAT
CGACGACAAAGAAGACGTAGAGAGCTGGTCGAAGATCGCCGCTTTGATCCCGGGGAAAAC
CGTATATGACGTCATTAAACGATACAAGAAACTGCTGGATGACGTCAGTGACATCGAGGC
CGGACTTGTCCCCGATCCTCGCTACGGCTACGACGCCTCCTCAGAGACCACATGTGATTA
CTTCTTTGGGCTAGAGAACTCCTCTTGCGGTTACGGTTACGATTATGTCGTGGGAGGAAA
GAGAAGTACGCCGGCGATGACTGATGGTTTCAGGGCTCCGATACCAGAGAAAGAACGGAA
GAAAGGAGCTCCATGGACCGAGGAAGAACACCGACGATTTCTAATGGGTCTGAAGAAATA
TGGAAAAGGAGATTGGCGAAACATTGCAAGAAACTTTGTGACAACTCGAACGCCGACGCA
AGTTGCTTCGCACGCTCAAAAATATTTCATTCGACAGCTCACGGATTGTAAAGACAAACG
GCGGTCAAGCATTCACGACATCACAACCGTTAACGTCCCCGAGGGAAACGCACCAACAAC
CACCACACCCGCCGCTGCAACAGTCTCTCTTACTCCAGCCAATCCTTTTGACGTTTTCCT
TCCAAAGCCTCATCACAGTTTCGCGTTTTCGCCTGCGTCTAGTTATCATAACGCGTTTCC
GCAGTGGAGTTAAAAATCATATACTATAAATCTAGAGTTTGCCTCATATATTGTTATATA
TGTTTTCTACGCCTATCCAATTATTCATGCAGGATTTTGTAAATATTTGTAAAGAACTTT
TAAAGTTTGTGTGATCATGCAAAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FY42TF U 1
AF RR1G347TF U 1
AF RR1FY42JQ C 272
AF RR1G347JQ C 393
BS 1 591 RR1FY42TF
BS 592 711 RR1G347TF
BS 712 1044 RR1FY42JQ

RD RR1FY42TF 591 0 0
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GTTTTGTGTTCTTCAAGATTTTCTTTCAAAAAAGAAGAGCACACCTAGCTATGTCGTCGA
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QA 1 591 1 591
DS 

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GTTTTGTGTTCTTCAAGATTTTCTTTCAAAAAAGAAGAGCACACCTAGCTATGTCGTCGA
CAAACGGAGGTGGTTTCAAGTGTTTTTCACCGGAGAATACAAACTGGATTTTTCAAGAAG
TCAAAGATGTCACGTGGACGGTGGAGGAAAATAAACGTTTCGAGAAAGCCCCGCCTTTAT
CGACGACAAAGAAGACGTAGAGAGCTGGTCGAAGATCGCCGCTTTGATCCCGGGGAAAAC
CGTATATGACGTCATTAAACGATACAAGAAACTGCTGGATGACGTCAGTGACATCGAGGC
CGGACTTGTCCCCGATCCTCGCTACGGCTACGACGCCTCCTCAGAGACCACATGTGATTA
CTTCTTTGGGCTAGAGAACTCCTCTTGCGGTTACGGTTACGATTATGTCGTGGGAGGAAA
GAGAAGTACGCCGGCGATGACTGATGGTTTCAGGGCTCCGATACCAGAGAAAGAACGGAA
GAAAGGAGCTCCATGGACCGAGGAAGAACACCGACGATTTCTAATGGGTCTGAAGAAATA
TGGAAAAGGAGATTGGCGAAACATTGCAAGAAACTTTGTGACAACTCGAACGCCGACGCA
AGTTGCTTCGCACGCTCAAAAATATTTCATTCGACAGCTCACGGATTGTAA
GACA

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DS 

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CTGCTGGATGACGTCAGTGACATCGAGGCCGGACTTGTCCCCGATCCTCGCTACGGCTAC
GACGCCTCCTCAGAGACCACATGTGATTACTTCTTTGGGCTAGAGAACTCCTCTTGCGGT
TACGGTTACGATTATGTCGTGGGAGGAAAGAGAAGTACGCCGGCGATGACTGATGGTTTC
AGGGCTCCGATACCAGAGAAAGAACGGAAGAAAGGAGCTCCATGGACCGAGGAAGAACAC
CGACGATTTTTAATGGGTCTGAAGAAATATGGAAAAGGAGATTGGCGAAACATTGCAAGA
AACTTTGTGACAACTCGAACGCCGACGCAAGTTGCTTCGCACGCTCAAAAATATTTCATT
CGACAGCTCACGGATTGTAAAGACAAACGGCGGTCAAGCATTCACGACATCACAACCGTT
AACGTCCCCGAGGGAAACGCACCAACAACCACCACACCCGCCGCTGCAACAGTCTCTCTT
ACTCCAGCCAATCCTTTTGACGTTTTCCTTCCAAAGCCTCATCACAGTTTCGCGTTTTCG
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CTAGAGTTTGCCTCATATATTGTTATATATGTTTTCTACGCCTATCCAATTATTCATGCA
GGATTTTGTAAATATTTGTAAAGAACTTTTAAAGTTTGTGTGATCATGCAAAT

QA 1 773 1 773
DS 

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ACGGTTACGATTATGTCGTGGGAGGAAAGAGAAGTACGCCGGCGATGACTGATGGTTTCA
GGGCTCCGATACCAGAGAAAGAACGGAAGAAAGGAGCTCCATGGACCGAGGAAGAACACC
GACGATTTTTAATGGGTCTGAAGAAATATGGAAAAGGAGATTGGCGAAACATTGCAAGAA
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GACAGCTCACGGATTGTAAAGACAAACGGCGGTCAAGCATTCACGACATCACAACCGTTA
ACGTCCCCGAGGGAAACGCACCAACAACCACCACACCCGCCGCTGCAACAGTCTCTCTTA
CTCCAGCCAATCCTTTTGACGTTTTCCTTCCAAAGCCTCATCACAGTTTCGCGTTTTCGC
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TAGAGTTTGCCTCATATATTGTTATATATGTTTTCTACGCCTATCCAATTATTCATGCAG
GATTTTGTAAATATTTGTAAAGAACTTTTAAAGTTTGTGTGATCATGCAAAT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 4

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GTTTTTTTTTGATAATTTGGAACAACATTTTTCTACTATGATTCATCTCTATGGCCTTTG
AATGACTTGATTAGTTTCAAAATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1BR22JQ C 1
AF RR1BR22TF U 1
AF RR1B363TF U 16
AF RR1B363JQ C 135
BS 1 175 RR1BR22TF
BS 176 176 RR1B363TF
BS 177 189 RR1BR22TF
BS 190 190 RR1B363TF
BS 191 473 RR1BR22TF
BS 474 474 RR1B363TF
BS 475 603 RR1BR22TF
BS 604 680 RR1B363TF
BS 681 684 RR1B363JQ

RD RR1BR22JQ 605 0 0
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GGGTGGTAGAAGAGGAAGGAGGCTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTGGCTATTTAGCTCTTG
TGTTTCATTTTGTCAGAACAATGTTTCTTCGAGTTTTATTAAAAGGGATTTGAAGTTCAA
GTT
CT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1BR22TF 609 0 0
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GCGATGCAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACGTTAAGCTCCGTGCCACGGGTGGGAA
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CATGAAAATTGGCCGCATTGAGGATGTTACTCCGATCCCAACGGACAGTACCCGCCGAAA
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GTT
CTAAAA

QA 1 603 1 603
DS 

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GGG
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TGTTGTCCACATCTTCGCTTCCTTCAACGACACTTTCATTCACGTTACTGACCTGTCTGG
ACGTGAAACCCTTGTTCGTATCACTGGTGGAATGAAGGTGAAAGCTGACAGGGATGAGTC
CTCACCTTACGCAGCTATGCTTGCTGCACAAGATGTTGCTCAGCGATGCAAGGAGCTTGG
AATCACCGCTATGCACGTTAAGCTCCGTGCCACGGGTGGGAACAAGACCAAGACACCTGG
TCCTGGTGCCCAATCCGCTCTTAGAGCTCTTGCTCGTTCCGGCATGAAAATTGGCCGCAT
TGAGGATGTTACTCCGATCCCAACGGACAGTACCCACCGAAAGGGTGGTAGAAGAGGAAG
GAGGCTCTGAGTTTTTTTTTTTTTTTGGCTATTTAGCTCCTGTGTTTCATTTTGTCAGAA
CAATGTTTCTTCGAGTTTTATTAAAAGGGATTTGAAGTTCAAGTTTTTTTTTGATAATTT
GGAACAACATTTTTCTACTATGATTCATCTCTATGGCCTTTGAATGACTTGATTAGTTTC
AA

QA 4 665 4 665
DS 

RD RR1B363JQ 550 0 0
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CTGGACGTGAAACCCTTGTTCGTATCACTGGTGGAATGAAGGTGAAAGCTGACAGGGATG
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TTGGAATCACCGCTATGCACGTTAAGCTCCGTGCCACGGGTGGGAACAAGACCAAGACAC
CTGGTCCTGGTGCCCAATCCGCTTTTAGAGCTCTTGCTCGTTCCGGCATGAAAATTGGCC
GCATTGAGGATGTTACTCCGATCCCAACGGACAGTACCCACCGAAAGGGTGGTAGAAGAG
GAAGGAGGCTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTGGCTATTTAGCTCTTGTGTTTCATTTTGTC
AGAACAATGTTTTTTCGAGTTTTATTAAAAGGGATTTGAAGTTCAAGTTTTTTTTTGATA
ATTTGGAACAACATTTTTCTACTATGATTCATCTCTATGGCCTTTGAATGACTTGATTAG
TTTCAAAATT

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 3

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GAAAAGACTTCAAAGCTTCACTATCTAATCACAAGTTCAGAGAAATAGTCTTTGTATGCA
ATTGTACAGGAGGTGGACTCTCTCTCACAAAAGCAAACAATCCAAACTTTGATCAGTCAC
ATTACTTATATAAAACGATGCTTTCTGTATGGTAAAAAATACTCAATGGCTAAATCAGCC
TGCCGCTTGGAAATCTCCAAAGTCATCATCTGGTGCATCTTCAACGCCTGTTTCATTAGC
TTCTTGGTCTTCTTTCTTCTCTACTTCTTCTCGCTTCGTATCTAGATCTTGTTGTTCAGA
TGATCTTTGGACGCTGAGGCTGCTTGATGGGGACTTCTGAGCGGTTGTAACAGGAGAAAG
CGGTCCAGGAGGTGGAGGCGGAGGGATGAGTGAAGGAATGGTGGTTTCTATAGACTTGCC
CTTATCCTCCAAGGACAGATTGGTCAGACTCTTCTCTACCAACTTAGTCTTTGTGTCTTT
TTCGCTCATGTTTTTGAGTTGGAGAACAATGGTTTCTCCTTCCTTTAAGCTGTAATCAAC
AGATGATGTGTGCTGAAAGTGTTGTTCCATCTCTTCTGCTGTTTTCTTCTTGTTCAAGTA
CTTCATGTGGTCATGTAATGCTGCTTGGAAATCATATGCTTCAGTTCTCTCCCTGAATCC
GAGTCCAATAAAAGCATGACGCGCACGACCACCTATGTTTTCTTCCACACGGAGAACAAA
ATATCTGCTACTGTCGATTACAGCTTCTACTGGATGAAGCTCACCATCTCGGAGAAAGGC
CGGAGCGTAAAGTTCTCCAGTGGTTTTATCTACAAGTTTGATAATGCATTCTTCTCCTTT
GCTCACCACTTTCAATGCTCCTTCCCATGCCCATTTGTTCACGTCCCATTCATCCGCTCT
GTAGGAAGCTGCGCTTTTCCTTGGAGGTATCAAATAAACATAGCATTCAGGCACTTGGAA
GAGAGGAATCTCTATAGCTTCTCTCTCCTCGTTATCATCGACGGTCACATGATCCTTAAC
ATTCGATGAAGACGAAGCTTGATCCATCCTCAAAACCACTACCCAGATGACTAAATCGAT
CAACCACCTCGTAGAATCTTTAAAGTTAAAGTCTTTTGCCCTACTGTGATCACAATCTCA
CGAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B524JQ U 1
AF RR1B953JQ U 69
AF RR1B953TF C 430
BS 1 781 RR1B524JQ
BS 782 782 RR1B953JQ
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BS 822 885 RR1B953JQ
BS 886 1148 RR1B953TF

RD RR1B524JQ 821 0 0
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CGGTCCAGGAGGTGGAGGCGGAGGGATGAGTGAAGGAATGGTGGTTTCTATAGACTTGCC
CTTATCCTCCAAGGACAGATTGGTCAGACTCTTCTCTACCAACTTAGTCTTTGTGTCTTT
TTCGCTCATGTTTTTGAGTTGGAGAACAATGGTTTCTCCTTCCTTTAAGCTGTAATCAAC
AGATGATGTGTGCTGAAAGTGTTGTTCCATCTCTTCTGCTGTTTTCTTCTTGTTCAAGTA
CTTCATGTGGTCATGTAATGCTGCTTGGAAATCATATGCTTCAGTTCTCTCCCTGAATCC
GAGTCCAATAAAAGCATGACGCGCACGACCACCTATGTTTTCTTCCACACGGAGAACAAA
ATATCTGCTACTGTCGATTACAGCTTCTACTGGATGAAGCTCACCATCTCGGAGAAAGGC
CTGAGCGTAAAGTTCTCCAGTGGTTTTATCTACAAGTTTGA

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1B953JQ 817 0 0
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TATAAAACGATGCTTTCTGTATGGTAAAAAATACTCAATGGCTAAATCAGCCTGCCGCTT
GGAAATCTCCAAAGTCATCATCTGGTGCATCTTCAACGCCTGTTTCATTAGCTTCTTGGT
CTTCTTTCTTCTCTACTTCTTCTCGCTTCGTATCTAGATCTTGTTGTTCAGATGATCTTT
GGACGCTGAGGCTGCTTGATGGGGACTTCTGAGCGGTTGTAACAGGAGAAAGCGGTCCAG
GAGGTGGAGGCGGAGGGATGAGTGAAGGAATGGTGGTTTCTATAGACTTGCCCTTATCCT
CCAAGGACAGATTGGTCAGACTCTTCTCTACCAACTTAGTCTTTGTGTCTTTTTCGCTCA
TGTTTTTGAGTTGGAGAACAATGGTTTCTCCTTCCTTTAAGCTGTAATCAACAGATGATG
TGTGCTGAAAGTGTTGTTCCATCTCTTCTGCTGTTTTCTTCTTGTTCAAGTACTTCATGT
GGTCATGTAATGCTGCTTGGAAATCATATGCTTCAGTTCTCTCCCTGAATCCGAGTCCAA
TAAAAGCATGACGCGCACGACCACCTATGTTTTCTTCCACACGGAGAACAAAATATCTGC
TACTGTCGATTACAGCTTCTACTGGATGAAGCTCACCATCTCGGAGAAAGGCCGGAGCGT
AAAGTTCTCCAGTGGTTTTATCTACAAGTTTGATAATGCATTCTTCTCCTTTGCTCACCA
CTTTCAATGCTCCTTCCCATGCCCATTTGTTCACGTC

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1B953TF 719 0 0
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GTTTTTGAGTTGGAGAACAATGGTTTCTCCTTCCTTTAAGCTGTAATCAACAGATGATGT
GTGCTGAAAGTGTTGTTCCATCTCTTCTGCTGTTTTCTTCTTGTTCAAGTACTTCATGTG
GTCATGTAATGCTGCTTGGAAATCATATGCTTCAGTTCTCTCCCTGAATCCGAGTCCAAT
AAAAGCATGACGCGCACGACCACCTATGTTTTCTTCCACACGGAGAACAAAATATCTGCT
ACTGTCGATTACAGCTTCTACTGGATGAAGCTCACCATCTCGGAGAAAGGCCGGAGCGTA
AAGTTCTCCAGTGGTTTTATCTACAAGTTTGATAATGCATTCTTCTCCTTTGCTCACCAC
TTTCAATGCTCCTTCCCATGCCCATTTGTTCACGTCCCATTCATCCGCTCTGTAGGAAGC
TGCGCTTTTCCTTGGAGGTATCAAATAAACATAGCATTCAGGCACTTGGAAGAGAGGAAT
CTCTATAGCTTCTCTCTCCTCGTTATCATCGACGGTCACATGATCCTTAACATTCGATGA
AGACGAAGCTTGATCCATCCTCAAAACCACTACCCAGATGACTAAATCGATCAACCACCT
CGTAGAATCTTTAAAGTTAAAGTCTTTTGCCCTACTGTGATCACAATCTCACGAGTCCC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 4

CO CL3067Contig1 1001 4 14 U
AATCAAAAATCAACCACTTCCTCTCTCGCGTTGCTGACCACTCCTCCACTTTGCAGTCTC
AGATCTCGAAAATGGCAGCGAAAATCTCTCAGCTTGCTTGTCTCTCCTCCACCCGTCGCC
AATTCCGAATCCAGAACCGATCGTTTCCGGGACTTAGGTTCCGTCCGGAGTCTTTTGTAG
TTAGAAGCGTCGATGGGAACAGCTCAGAAACAACACCAGCTTCTTCTCTGAGCTATACAG
CTGAGGTTTCTAAACCTTTCGTTGTGAAAACATCCAACTCCACAGCGGATGAATCTGCTA
CTGGTAAAGAGATTACCACAGAGCCGGTAGAGGAACATGTTGCCTCAACACAGCCTCAAA
GAGCAGCAAAGATCCATGACTTCTGTTTTGGCATTCCTTATGGTGGTCTGGTTATGAGTG
GAGGTTTGCTTGGATTTGCGTTTTCAAGAAATCTTACAAGCTTAAGTACTGGGGTCCTCT
ATGGCGGTGGCCTTCTTGCTCTTAGTACATTGAGCTTGAAGATTTGGCGACAGGGAAAAT
CTAGTTTCCCTTACATACTAGGTCAAGCAGTGCTTTCAGCTGTTGTCTTCTGGAAGAACT
TCACAGCTTACTCTATGACTAAGAAGCTGTTTCCTGCCGGGCTATTTGCTGTTGTCAGTG
CTGCCATGTTGTGTTTCTACTCCTATGTGGTGCTCTCTGGAGGAAACCCACCTCCAAAGA
AACTGAAACCATCTGCTAGTCCTTCATACTGAAGAAACTTCTCATAGGTTTAGATTATAA
CACAAAATTCTTCTCTCTTTTGATGTGTTATGGTGTGATGTAATCTTATACTTTTGAGAG
GCAAGACAACAAACAACTATGACATGTTCTTTCCAGTGTCATTATTTGAAATTTTGTTTA
CTCACTTATGTTGGCTTAGTCACAAATCAAAAACCTTACAACGGTTTGATTGTAAAATAA
ACTTCAGGAGATTAAACAAAAGGTTACAATCTGTTTATAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV30TF U 1
AF RR1BG34TF U 15
AF RR1BG34JQ C 94
AF RR1CV30JQ C 226
BS 1 33 RR1CV30TF
BS 34 34 RR1BG34TF
BS 35 114 RR1CV30TF
BS 115 115 RR1BG34TF
BS 116 159 RR1CV30TF
BS 160 160 RR1BG34TF
BS 161 188 RR1CV30TF
BS 189 189 RR1BG34TF
BS 190 700 RR1CV30TF
BS 701 843 RR1BG34TF
BS 844 847 RR1BG34JQ
BS 848 848 RR1CV30JQ
BS 849 905 RR1BG34JQ
BS 906 1001 RR1CV30JQ

RD RR1CV30TF 700 0 0
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GAGGTTTGCTTGGATTTGCGTTTTCAAGAAATCTTACAAGCTTAAGTACTGGGGTCCTCT
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CTAGTTTCCCTTACATACTAGGTCAAGCAGTGCTTTCAGCTGTTGTCTTCTGGAAGAACT
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CTGCCATGTTGTGTTTCTACTCCTATGTGGTGCTCTCTGG

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1BG34TF 833 0 0
GG
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TGCGTTTTCAAGAAATCTTACAAGCTTAAGTACTGGGGTCCTCTATGGCGGTGGCCTTCT
TGCTCTTAGTACATTGAGCTTGAAGATTTGGCGACAGGGAAAATCTAGTTTCCCTTACAT
ACTAGGTCAAGCAGTGCTTTCAGCTGTTGTCTTCTGGAAGAACTTCACAGCTTACTCTAT
GACTAAGAAGCTGTTTCCTGCCGGGCTATTTGCTGTTGTCAGTGCTGCCATGTTGTGTTT
CTACTCCTATGTGGTGCTCTCTGGAGGAAACCCACCTCCAAAGAAACTGAAACCATCTGC
TAGTCCTTCATACTGAAGAAACTTCTCATAGGTTTAGATTATAACACAAAATTCTTCTCT
CTTTTGATGTGTTATGGTGTGATGTAATCTTATACTTTTGAGAGGCA
GACT

QA 3 829 3 829
DS 

RD RR1BG34JQ 813 0 0
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TTAGGTTCCGTCCGGAGTCTTTTGTAGTTAGAAGCGTCGATGGGAACAGCTCAGAAACAA
CACCAGCTTCTTCTCTGAGCTATACAGCTGAGGTTTCTAAACCTTTCGTTGTGAAAACAT
CCAACTCCACAGCGGATGAATCTGCTACTGGTAAAGAGATTACCACAGAGCCGGTAGAGG
AACATGTTGCCTCAACACAGCCTCAAAGAGCAGCAAAGATCCATGACTTCTGTTTTGGCA
TTCCTTATGGTGGTCTGGTTATGAGTGGAGGTTTGCTTGGATTTGCGTTTTCAAGAAATC
TTACAAGCTTAAGTACTGGGGTCCTCTATGGCGGTGGCCTTCTTGCTCTTAGTACATTGA
GCTTGAAGATTTGGCGACAGGGAAAATCTAGTTTCCCTTACATACTAGGTCAAGCAGTGC
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CTGCCGGGCTATTTGCTGTTGTCAGTGCTGCCATGTTGTGTTTCTACTCCTATGTGGTGC
TCTCTGGAGGAAACCCACCTCCAAAGAAACTGAAACCATCTGCTAGTCCTTCATACTGAA
GAAACTTCTCATAGGTTTAGATTATAACACAAAATTCTTCTCTCTTTTGATGTGTTATGG
TGTGATGTAATCTTATACTTTTGAGAGGCAAGACTACAAACAACTATGACATGTTCTTTC
CAGTGTCATTATTTGAAATTTTGTTTACTCAC
G

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1CV30JQ 776 0 0
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GTACTGGGGTCCTCTATGGCGGTGGCCTTCTTGCTCTTAGTACATTGAGCTTGAAGATTT
GGCGACAGGGAAAATCTAGTTTCCCTTACATACTAGGTCAAGCAGTGCTTTCAGCTGTTG
TCTTCTGGAAGAACTTCACAGCTTACTCTATGACTAAGAAGCTGTTTCCTGCCGGGCTAT
TTGCTGTTGTCAGTGCTGCCATGTTGTGTTTCTACTCCTATGTGGTGCTCTCTGGAGGAA
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TTGATTGTAAAATAAACTTCAGGAGATTAAACAAAAGGTTACAATCTGTTTATAGG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 4

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GCAAAAATAATAAATGTGAGTTCATTAAATGATTATGTATATTTTGTTTCCAG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1G623JQ C 1
AF RR1G878JQ C 1
AF RR1G623TF U 1
AF RR1G878TF U 1
BS 1 593 RR1G623TF

RD RR1G623JQ 593 0 0
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GCAAAAATAATAAATGTGAGTTCATTAAATGATTATGTATATTTTGTTTCCAG

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1G878JQ 593 0 0
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CGGTAATGGTACTATTTTTCATGTCAAGTGTCAATCTTACAACCCATCCATTAATCATCC
ACAAATAAATATACAACCCGACCGTTATCATATTTATTTCTTCGTCTCGGCTAAAGAAAG
AACAACGTATTATTGTCATCTCTTTTACCGGCTTCCGGCCAATCCAAATAACACTCGTCC
TCAAGAAAACCATTTCGATGAGCTTCAAGCATTTCGAGCAGGCACCCGGTCGAATAAATG
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TAAACCACTGGGACATGTGCTTAAATGGACTACCAAAACCTAAATATGTTTCTTCTTAAA
TGTTATAATAATATTTATGTACGTTCCCTAAGTTGTATAAATAATGTGATACAATATGTA
GCAAAAATAATAAATGTGAGTTCATTAAATGATTATGTATATTTTGTTTCCAG

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1G623TF 593 0 0
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TAAACCACTGGGACATGTGCTTAAATGGACTACCAAAACCTAAATATGTTTCTTCTTAAA
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GCAAAAATAATAAATGTGAGTTCATTAAATGATTATGTATATTTTGTTTCCAG

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1G878TF 593 0 0
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ACAAATAAATATACAACCCGACCGTTATCATATTTATTTCTTCGTCTCGGCTAAAGAAAG
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TCAAGAAAACCATTTCGATGAGCTTCAAGCATTTCGAGCAGGCACCCGGTCGAATAAATG
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TAAACCACTGGGACATGTGCTTAAATGGACTACCAAAACCTAAATATGTTTCTTCTTAAA
TGTTATAATAATATTTATGTACGTTCCCTAAGTTGTATAAATAATGTGATACAATATGTA
GCAAAAATAATAAATGTGAGTTCATTAAATGATTATGTATATTTTGTTTCCAG

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 4

CO CL3069Contig1 1174 4 3 U
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GAGCTCACCGTGGAGGAGCGAAACCTCCTCTCCGTCGCCTACAAAAACGTCATCGGCGCT
CGCCGCGCCTCGTGGCGCATCATCTCCTCGATCGAGCAGAAGGAGGAGAGCCGCGGCAAC
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AAGACGGGGCAGGAGAGGAAAGACGCCGCAGAGCATACCCTAACCGCTTACAAAGCCGCT
CAGGAAATTGCTAACGCTGAATTGGCTCCAACGCACCCGATCCGTCTTGGTCTGGCTTTG
AACTTCTCCGTCTTTTACTATGAGATTCTCAACTCTCCAGACCGTGCTTGCAGTCTCGCT
AAGCAGGCATTTGATGATGCAATCGCTGAGTTGGATACTCTAGGCGAGGAGTCATACAAG
GACAGTACTTTGATCATGCAGTTTCTCCGTGACAACCTTACTCTCTGGACTTCTGACATG
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AAGGAGACTTAAGTCTGTTATTCAGTATTCTAAACTCATCCAACTATTATGTTATTTCGC
TTGTGTTTGTTTTTCTAATCTCTTCCGTTTGCCATCCCCGATGCTTCTAAGGTCGTCTAT
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TTTTCTTCTTATTTGATTGAATGTTGTCGGGCTTTGTGCCTTGTACTGAACTCAGATTGC
TTTCTTATTAATACCATTTATCAGGTGATGTTTT


BQ
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TT

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TTGATTGAATGTTGTCGGGCTTTGTGCCTTGTACTGAACTCAGATTGCTTTCTTATTAAT
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BQ
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AF RR1DU63JQ U 1
AF RR1DU63TF C 1
AF RR1A516JQ U 44
AF RR1A516TF C 341
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AATAAGCCCAAAAATAAATGAAATTTATTAATTAAAGAAAAAAATAAAAAGAATGTGATC
ATTTAGCTCCTTGGTTCATTTTCTGGGGCTTCTGCATGTTCCATGCGTTGAGGCTCTCAA
CAGTCACAGGTTGTGACCCATTGTTGAAGACAAACAAATGAGCCTTATCACCTACAGCCT
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GAGTT
C

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ATAAAAAGAATGTGATCATTTAGCTCCTTGGTTCATTTTCTGGGGCTTCTGCATGTTCCA
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CGTTCTTGGGATAAGCTGAACACCGACCCAACCCTTCAAGGTATCTTCCACAGCACTATC
AGATTCGTTAGCCCAACCCCAAAGGATTCTTCTGTTCTTCGTGTCATCAAAGAATGTCTT
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ATCGGGCTTGTAACGATCCTTCTTGGTATCATACTTTCCAAGAGTGC

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DS 



AS 1 3

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AAGGAACATAAAAACAACACTTCTTTAGCTAAATGATACACATTCTCTTGTTTTTCTTTG
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AGTGTCCAAGGCTGGTTTAAGCGCGTCTCCTACTACTTGGAAAACACGCTGCGTTGCGTC
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AGAAAAAAAGGACAAAGACTTTATTTAATGGTGCTTCTCCTCTCC


BQ
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AF RR1GO07JQ U 1
AF RR1CG95JQ U 43
AF RR1CG95TF C 636
BS 1 47 RR1GO07JQ
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BS 200 787 RR1CG95JQ
BS 788 1365 RR1CG95TF

RD RR1GO07JQ 199 0 0
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CGGGATAATCCTCCATGGA

QA 1 199 1 199
DS 

RD RR1CG95JQ 745 0 0
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TTCTCTTGTTTTTCTTTGTTTTCAGTCCGAGCTAGGAAGAAACTTGGTTCCTGATCTAGT
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TGAGTCCGAGTACGAGTCCATGATGATGATGTTGGAGCCTTTGTTGATTCTCTTGAGGTA
AGATATTTTTAACGCTGCTATTTCTGCTTCAACACGTTTTGAGTTCCTCACGATTCCTTT
TACTTTGTTCGGTAGCTCTTCTAATGGAATGGCGATCATGCTGTTCTTAGCATTTGAAGG
GAGACGAGGGATCCCAGCTTTTTCCTTCTCTTTCTCTGATCTTATATCCACCATCAAGTA
GTTCTTGGAACATAGAAGATCAAGTGTTTGAGCCGGTGTGAGGTCACCTTTGTAACCGCG
GAAGTTAAAAGATATAGCAGACCAAACAGGAGGGAGGAGAAGGTAAGCAATAAAGGCAGC
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AGCAATGGGCTTAGCATCTTCGATA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1CG95TF 730 0 0
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AGGCAGCACCAGCGGCAACAACAATGACACTAGGATCAGCTGAAGATATCGTCTCCATGG
TCGATGAAGCAATGGGCTTAGCATCTTCGATAGCTTTTGTTGTCTGTTGGGCCACATCTG
TTACTGTCTTTGCAGCATTAAAGACGGGCTCCGCATCGATACCAGAGCTTTGCATTGCTT
CTTGAGCTTTCTTCGAAGCCTCTGAGAAAGCGGGAGTGGCAAGCTTCAAAGCCTCTTCTC
CGGCTTGCTTCGCGATGGGCAGAGCAGTGTCCAAGGCTGGTTTAAGCGCGTCTCCTACTA
CTTGGAAAACACGCTGCGTTGCGTCGAAAACACTCGAACCTGTTTCTTGGACTTGGTTGA
TTGTTTTCTCCACTTCAGTGAGAGAGGAGACGATCTGATCCTTGGAAATGGAAACGGCAG
CTTTGGCTTCAGGAGGAGGAGATGAGAAGACAGATAGAAGAGAGATTGAGGTTGTTGTTG
GAAGTGCGACCGAGATTTGCCTCACTCTCTTCTTACAAGACGAAGAAGAGGAAGAAGGAG
GAATAGTGAGGTTTGCAGTTACTGAAGACTTCATTGCCATCTCCGCCATAGCCATGGGTT
TCTTCTCTGCCAATCAATGTGACAGAGAAAAAAAGGACAAAGACTTTATTTAATGGTGCT
TCTCCTCTCC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 4

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AGAGAGAGAAAAGGGAAGAGACAAGCCAGGATCCGCCATAGCTGTGCAGATCCCCACCAT
CCAAAAGGAAACCCTAATCATGCCTCCAGGTGCTAAGAAAAGGAAAGCTGCTAAGAAAAA
GCAGCAACAACAAGAAGAAGCATCTTCTACTCAAACCAATCTCATACCCACCAATCATGA
TTCGAGCGAAGAAGATTCTGTCAGAAGTACCGACAAGGACTCTGATGAGCGGATAGAGAT
CGCTGATTCAAGCCGTGATCATGACAAGAACTCTAGCAGCAGCAGTAGTAGTAGCAACAG
CAGCAGCAGCAGCAGCTCGGATGATGAATCTAGTGAAGTTAAGAAGAAGAAGGAGAGTGG
TGAATCTGTCTCTGAAGCAATCACTGCTAATGTGATCGTAGAGAGTATCGGTTTGATGGA
TTTAGCTACTCCTAGTGATCCAAACACTGAAAAAGTGATTGAAATCGCGACTGTTGGTAC
AGTGGTCTCAGCCGAGAATGAGGAGGGTTCTTTGCGTAAACCAGACGAGATCACTGCTGA
GGTTTCTCTTGCCTCTGATGAGGTTAGGCAGGCGTCTTCAAGTGCAACCACCGCTGTTAA
AAAAGAAACTGAGAGAGAAACTTCGTCTTTGGCTCCTGAAGGCAGCAAGGAGTCTGAAGC
TACTACCAGTTTTCATGAAGAAGAGGCTTCCGTGGGACCACCAACACATGGAGTTGCGCA
AAGAACCTCATGGTTAAGTTGCGGTGGCTTGTTTGATGTGGTCACAGGATCCAGTAGATA
AACTCAGAAACAGAGTTTTCTTCATGAACTTAGAAGCTACAGAAGTGTTATCACAGCTAA
GGATTCTCGGTTTTTTATATCAGGTTACCTGTGAAAGTTCACAAAACACACATTCTCCTA
CTTCTAGTAGTCTTCAAGGCAGGCTTGTCTGTAGTTTTGTTCTTTTATAAGTCCTTACAG
GTTCTCTTCCCTTTCCCTCTCTGTACGATTCCTTGTCTGTTGTTGTTTTTTGTTCTCTCA
GGTTGTGAGACTGTTGTTGGCCAATTTATGAAATGATTATTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
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CGCTGATTCAAGCCGTGATCATGACAAGAACTCTAGCAGCAGTAGTAGTAGTAGC***AG
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AGTGGTCTCAGCCGAGAATGAGGAGAGTTCTTTGCGTAAACCAGACGAGATCACTGCTGA
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DS 

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GG
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AATCTCATACCCACCAATCATGATTCGAGCGAAGAAGATTCTGTCAGAAGTACCGACAAG
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AGCAGCAGTAGTAGTAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCTCGGATGATGAATCTAGTGAA
GTTAAGAAGAAGAAGGAGAGTGGTGAATCTGTCTCTGAAGCAATCACTGCTAATGTGATC
GTAGAGAGTATCGGTTTGATGGATTTAGCTACTCCTAGTGATCCAAACACTGAAAAAGTG
ATTGAAATCGCGACTGTTGGTACAGTGGTCTCAGCCGAGAATGAGGAGGGTTCTTTGCGT
AAACCAGACGAGATCACTGCTGAGGTTTCTCTTGCCTCTGATGAGGTTAGGCAGGCGTCT
TCAAGTGCAACCACCGCTGTTAAAAAAGAAACTGAGAGAGAAACTTCGTCTTTGGCTCCT
GAAGGCAGCAAGGAGTCTGAAGCTACTACCAG

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR1E578JQ 799 0 0
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AGCTCGGATGATGAATCTAGTGAAGTTAAGAAGAAGAAGGAGAGTGGTGAATCTGTCTCT
GAAGCAATCACTGCTAATGTGATCGTAGAGAGTATCGGTTTGATGGATTTAGCTACTCCT
AGTGATCCAAACACTGAAAAAGTGATTGAAATCGCGACTGTTGGTACAGTGGTTTCAGCC
GAGAATGAGGAGGGTTCTTTGCGTAAACCAGACGAGATCACTGCTGAGGTTTTTCTTGCC
TCTGATGAGGTTAGGCAGGCGTCTTCAAGTGCAACCACCGCTGTTAAAAAAGAAACTGAG
AGAGAAACTTCGTCTTTGGCTCCTGAAGGCAGCAAGGAGTCTGAAGCTACTACCAGTTTT
CATGAAGAAGAGGCTTCCGTGGGACCACCAACACATGGAGTTGCGCAAAGAACCTCATGG
TTAAGTTGCTGTGGCTTGTTTGATGTGGTCACAGGATCCAGTAGATAAACTCAGAAACAG
AGTTTTCTTCATGAACTTAGAAGCTACAGAAGTGTTATCACAGCTAAGGATTCTCGGTTT
TTTATATCAGGTTACCTGTGAAAGTTCACAAAACACACATTCTCCTACTTCTAGTAGTCT
TCAAGGCAGGCTTGTCTGTAGTTTTGTTCTTTTATAAGTCCTTACAGGTTCTCTTCCCTT
TCCCTCTCTGTACGATTCCTTGTCTGTTGTTGTTTTTTGTTCTCTCAGGTTGTGAGACTG
TTGTTGGCCAATTTATGAA

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1DA87JQ 510 0 0
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GAAACTTCGTCTTTGGCTCCTGAAGGCAGCAAGGAGTTTGAAGCTACTACCAGTTTTCAT
GAAGAAGAGGCTTCCGTGGGACCACCAACACATGGAGTTGGGTAAAGAACCTCATGGTTA
AGTTGCGGTGGCTTGTTTGATGTGGTCA**GGATCCAGTAGATAAACTCAGAAACAGAGT
TTTTTTCATGAACTTAGAAGCTACAGAAGTGTTATCACAGCTAAGGATTTTCGGTTTTTT
ATATCAGGTTACCTGTGAAAGTTCACAAAACACACATTTTCCTACTTTTAGTAGTTTTCA
AGGCAGGCTTGTCTGTAGTTTTGTTCTTT*ATAAGTCCTTACAGGTTTTTTTCCCTTTCC
CTCTCTGTACGATTCCTTGTCTGTTGTTGTTTTTTGTTCTCTCAGGTTGTGAGACTGTTG
TTGGCCAATTTATGAAATGATTATTTCTTT

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 4

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CGATTAGATTATTCTTCTGCTCAGATCGATTTTTCCAAGCTAAGAAATCATGCAGAACGA
GGAAGGAGTCGTCACCGAGCTTTACATTCCAAGGAAATGCTCGGCCACAAACAGATTGAT
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CTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGCTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGC
AGACAGTGGCGTTGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGTTGAAGCTAAACAACAGTGAGA
GATAGAGATCATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGGCAATGTTTCCTTGAATTTTCT
CTAGCTACGAACAAGTATCTCTCTTTTTCTGATCGATAAAAGATATTTAAGTTTTTTTTT
GGTGCCAATTGATTCAGTCCTCTTGATTATCTATACATTGAGAACTGCCACTTCATTGAA
CTTACTGATTATGCTGCATGAACTTGATAACTTGAAATCGATTTGCGTTATACC


BQ
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AF RR1EE11JQ C 1
AF RR1EE11TF U 1
AF RR1D581JQ C 40
AF RR1D581TF U 40
BS 1 132 RR1EE11TF
BS 133 133 RR1D581TF
BS 134 479 RR1EE11TF
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BS 481 510 RR1EE11TF
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TTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTTTTTGCGGCTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGC
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GGTGCCAATTGATTCAGTCCTCTTGATTAT
TT

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1EE11TF 512 0 0
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CGATTAGATTATTCTTCTGCTCAGATCGATTTTTCCAAGCTAAGAAATCATGCAGAACGA
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CACCTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGGTCATCTTGACGCTGATGGTAT
CTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGCTTTGTCCGTGCTCAGGGAGACGC
AGACAGTGGCGTTGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGTTGAAGCTAAACAACAGTGAGA
GATAGAGATCATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGGCAATGTTTCCTTGAATTTTCT
CTAGCTACGAACAAGTATCTCTCTTTTTCTGATCGATAAAAGATATTTAAGTTTTTTTT*
GGTGCCAATTGATTCAGTCCTCTTGATTAT
CT

QA 1 510 1 510
DS 

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GG
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TTTGCGTTATACC

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GG
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CGGCCACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGGTC
ATCTTGACGCTGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGCTTTG
TCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTTGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGTTG
AAGCTAAACAACAGTGAGAGATAGAGATCATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGGCA
ATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTCTTTTTCTGATCGATAAAA
GATATTTAAGTTTTTTTTTGGTGCCAATTGATTCAGTCCTCTTGATTATCTATACATTGA
GAACTGCCACTTCATTGAACTTACTGATTATGCTGCATGAACTTGATAACTTGAAATCGA
TTTGCGTTATACC

QA 3 555 3 555
DS 



AS 1 2

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CAAAATCAGTTGCTTTCAGAGAAATCTTCTAGTTGTCCAAGGAAAGTGGATTCGGTAACG
AGTCTTGCTTGCTATAGAGAGAATCTGCGAGCTGGGAATTAGGGGGGGTTGGGGAAGGAA
GCAATCAATGACGACGGAGGTAGTGGTGCACATATACGATGTGACAAACAGTGGATCAGA
GAAGACTAACAACACCATTCTCCAGATCAACAGGTTCTTCAAAGACGGCATCGGTCTTGG
CGGCATCTTCCACAGCGCCATTCAGGTGTATGGGGATGATGAATGGTCATTTGGGTATTG
TGAACAAGGAACTGGTGTCTTTAGCTGTCCTAGTACCAAGAATCCTATGTACACTTATCG
CGAGAAGATTGTTCTTGGGAAGACGGATTGCACCATTTTCACGGTTAATCAGATATTGCG
TGAGCTCAGCAGGGAATGGCCTGGACACACTTGTGATTTGTTGTCTAAAAATTGTAACCA
CTTCTGCGATGTACTCTGCGACAGGCTTGGTGTCCCTAAACTCCCAGGTTGGGTGAATCG
GTTTGCTCATGCCGGCGACACGGCGTTGGAAGTTGCAGGAAACACAGCAATGCGGATAAA
GCAAGCGAAAACTGAACTAGTATCAGCTAGTAAAGTGGCATATCGTTTCCTTTCGAATGT
TACATCGAGCGTAACCAACGGTGGTGGCTCTCCACAAGGGGGGCCTGGAACACTGGGCAG
TTCAGATAATGGGGGGAACATGAGATTGCAAGGTAGTTGGTTCAAAGGGTTACTTAACAC
TGCAAAACCCTCCACAAGTACGGAGATGGAAAGCAGAGATGATGAAGATGCAAATCACGC
AGTCCCCAGTCATCAAAAAACAGAGCCGTGACTCTGTACCCATCCACCCTACTGCATTTG
GGTAAAACTGTATATCTCCATTGGTCGAGAGGTTTACACGTACTGTACTCCATCATCTGT
ATCCATTGCCTTTGTACTGTACTGTCATTTAAACGCCATTTATTCCTCAGCAGAAAAGTG
TGATTTTGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB07TF U 1
AF RR1CB07JQ C 310
BS 1 638 RR1CB07TF
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RD RR1CB07TF 733 0 0
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TGAACAAGGAACTGGTGTCTTTAGCTGTCCTAGTACCAAGAATCCTATGTACACTTATCG
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TGAGCTCAGCAGGGAATGGCCTGGACACACTTGTGATTTGTTGTCTAAAAATTGTAACCA
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GTTTGCTCATGCCGGCGACACGGCGTTGGAAGTTGCAG*AAACACAGCAATGCGGATAAA
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TGTACATCGAGCGTACC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1CB07JQ 782 0 0
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TGCCGGCGACACGGCGTTGGAAGTTGCAGGAAACACAGCAATGCGGATAAAGCAAGCGAA
AACTGAACTAGTATCAGCTAGTAAAGTGGCATATCGTTTCCTTTCGAATGTTACATCGAG
CGTAACCAACGGTGGTGGCTCTCCACAAGGGGGGCCTGGAACACTGGGCAGTTCAGATAA
TGGGGGGAACATGAGATTGCAAGGTAGTTGGTTCAAAGGGTTACTTAACACTGCAAAACC
CTCCACAAGTACGGAGATGGAAAGCAGAGATGATGAAGATGCAAATCACGCAGTCCCCAG
TCATCAAAAAACAGAGCCGTGACTCTGTACCCATCCACCCTACTGCATTTGGGTAAAACT
GTATATCTCCATTGGTCGAGAGGTTTACACGTACTGTACTCCATCATCTGTATCCATTGC
CTTTGTACTGTACTGTCATTTAAACGCCATTTATTCCTCAGCAGAAAAGTGTGATTTTGA
TA

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 4

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TCACTCTACACCCGTCTTGGAACGCAAACGCCGCTCTTCCTGGGAATCGAGATCATATGT
TCACAAGAAGAGGAACAGAAGAATGAGGGAGAAGCAAGAGTTATTGCGCAATGTGAATGC
TTTTGCAGCTAACATGTTTACGAGTTGGCATGATGATGACGATGAGTATGATGAGCCCTC
CTCACGGAAGAAAAACAACTCGTGGTACAAAAAGAAGTATGCCAAAGAAGAGCCCAAAGG
AAAATGGAATGGCAAACATGGCTCCCAGAGTTGGGGTCCAAATAGGGGGCACTTTGATTT
TTGCGGAGTTGATGATGACTTTGACATTGACTATGTCTTCCGAACTGCTTTTGGTGGATC
CCGAGGTTTCTCTTTTTCATTCACCTTTGATG*AGGAGGATGAACCTCCTCGATGGCATC
ATTCTTCAAGGTTCTCCAATAACTCTAAAAGGTCTGGGAGATCAAAACATCGAATATACG
AGGATGAAGAAGAAGATGGGTATACTTCAACAGAATCCAGCGACTCTGAGTCTGAGCCAA
ACCAAGCTTCTCATAGACAAGCACTTGGCCTGAGTCCTTTAGGTCCTTTAAACCTCAAAG
ACGTCAAAAATGCATATCGAACTTGCGCTTTGAAATGGCATCCAGATCGTCATCAAGGCT
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ATATTCAAAGTGTTCATTTAAAAGCTTATCCTAAATCATAACACTACTACAGGATCCAAA
GCTATTTCTTTCTTCTGTCATCTTTTATTACTAAACTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G123TF U 31
AF RR1C941TF U 1
AF RR1EL70TF U 64
AF RR1EL70JQ C 267
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BS 410 441 RR1C941TF
BS 442 442 RR1G123TF
BS 443 512 RR1C941TF
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BS 514 602 RR1C941TF
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BS 604 669 RR1C941TF
BS 670 702 RR1EL70TF
BS 703 703 RR1EL70JQ
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BS 779 788 RR1EL70TF
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GAAGCAAGAGTTATTGCGCAATGTGAATGCTTTTGCAGCTAACATGTTTACGAGTTGGCA
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AAAGAAGTATGCCAAAGAAGAGCCCAAAGGAAAATGGAATGGCAAACATGGCTCCCAGAG
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TG*AGGAGGATGAACCTCCTCGATGGCATC

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DS 

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CATTAGAGCTGCGATTGGCAGACCACAGAGCTTAGCTTCTCACCTGAAAACAGCGCTTTT
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CTCACGGAAGAAAAACAACTCGTGGTACAAAAAGAAGTATGCCAAAGAAGAGCCCAAAGG
AAAATGGAATGGCAAACATGGCTCCCAGAGTTGGGGTCCAAATAGGGG*CACTTTGATTT
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CCGAGGTTTCTCTTTTTCATTCACCTTTGATGGAGGAGGATGAACCTCCTCGATGGCATC
ATTCTTCAAGGTTCTCCAATAACTCTAAAAGGTCTGGGAGATCAAAACATCGAATATACG
AG*ATGAAGAAGAAGATGGGTATACTTCAACAGAATCCAGCGACTCTGAGTCTGAGCCAA
ACCAAGCTT
CTCA

QA 1 669 1 669
DS 

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G
AGAGCTGCGATTGGCAGACCACAGAGCTTAGCTTCTCACCTGAAAACAGCGCTTTTTCAC
TCTACACCCGTCTTGGAACGCAAACGCCGCTCTTCCTGGGAATCGAGATCATATGTTCAC
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GCAGCTAACATGTTTACGAGTTGGCATGATGATGACGATGAGTATGATGAGCCCTCCTCA
CGGAAGAAAAACAACTCGTGGTACAAAAAGAAGTATGCCAAAGAAGAGCCCAAAGGAAAA
TGGAATGGCAAACATGGCTCCCAGAGTTGGGGTCCAAATAGGGGGCACTTTGATTTTTGC
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GGTTTCTCTTTTTCATTCACCTTTGATG*AGGAGGATGAACCTCCTCGATGGCATCATTC
TTCAAGGTTCTCCAATAACTCTAAAAGGTCTGGGAGATCAAAACATCGAATATACGAGGA
TGAAGAAGAAGATGGGTATACTTCAACAGAATCCAGCGACTCTGAGTCTGAGCCAAACCA
AGCTTCTCATAGACAAGCACTTGGCCTGAGTCCTTTAG*TCCTTTAAACCTCAAAGACGT
CAAAAATGCATATCGAACTTGCGCTTTGAAATGGCATCCAGATCGTCATCAAG*CTCAAC
CAAG
AGCAGCTGAAG

QA 2 725 2 725
DS 

RD RR1EL70JQ 735 0 0
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ACAAAAAGAAGTATGCCAAAGAAGAGCCCAAAGGAAAATGGAATGGCAAACATGGCTCCC
AGAGTTGGGGTCCAAATAGGGGGCACTTTGATTTTTGCGGAGTTGATGATGACTTTGACA
TTGACTATGTCTTCCGAACTGCTTTTGGTGGATCCCGAGGTTTCTCTTTTTCATTCACCT
TTGATG*AGGAGGATGAACCTCCTCGATGGCATCATTCTTCAAGGTTCTCCAATAACTCT
AAAAGGTCTGGGAGATCAAAACATCGAATATACGAGGATGAAGAAGAAGATGGGTATACT
TCAACAGAATCCAGCGACTTTGAGTTTGAGCCAAACCAAGCTTTTCATAGACAAGCACTT
GGCCTGAGTCCTTTAGGTCCTTTAAACCTCAAAGACGTCAAAAATGCATATCGAACTTGC
GCTTTGAAATGGCATCCAGATCGTCATCAAGGCTCAACCAAGGAGGCAGCTGAAGCAAAG
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AGTTTTAGATAGTGTGTTTGATTACTTAGAGATGATATTCAAAGTGTTCATTTAAAAGCT
TATCCTAAATCATAACACTACTACAGGATCCAAAGCTATTTCTTTCTTCTGTCATCTTTT
ATTACTAAACTTTCG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 4

CO CL3076Contig1 1315 4 14 U
GGAAAAGAAAGGTCATCCGTCTCTTCCACTATCCGCTCGGGGGTTGAATTAGATTGAAAA
CAAATGGATGAATCTCCTCTGGAGCAGCAGCAAAGTCAATCTCATGGGCAAGAGAAGGAA
ATAGTAGTAACTGAAGGTAGTGCCTTTGTGCATGGTGAGCCTCCTCCTCCTTCTCAAGAC
GTTAGTGTTCCTCCCAAAGTTGATAGCCAAGTGGAAGTCCTGGATGAGAAAGTCAGTAAG
CAGATCATTAAGGAAGGTCACGGTTCCAAACCATCCAAGTACTCCACTTGCTTCTTGCAT
TATAGGGCATGGACCAAACACACGCAGCATAAATTTGAGGATACATGGCAAGAGCAGCAA
CCTATTGAACTGGTTCTAGGAAAAGAGAAAAAAGAAATGATTGGTTTGGCTATCGGTGTT
GGTAGCATGAAGTCTGGTGAACGTGCGCTCTTGCATATCGGCTGGGAACTTGGTTACGGC
AAAGATGGAAACTTCTCTTTTCCCAATGTTCCTCCTATGGCTGACTTGTTGTATGAGGTT
GAAGTTATTGGCTTTGATGAAACAAAAGAGGGAAAGGCTCGCAGTGATATGACTGTGGAG
GAAAGGATTGGTGCAGCAGACAGAAGGAAAATGGATGGGAATAATCTGTTTAAGGAGGAT
AAACTGGAGGAGGCCATGCAACAATATGAAATGGCCATTGCATACATGGGGGATGACTTT
ATGTTTCAGCTGTATGGGAAGTACCAGGATATGGCTTTGGCAGTTAAGAACCCATGCCAC
TTAAACATGGCGGCTTGCTTGATCAAACTGAAACGTTACGATGAAGCAATTGGCCACTGC
AATATTGTGTTGACAGAAGAAGAGAAAAACCCAAAAGCGTTGTTCAGAAGAGGGAAGGCC
AAGGCAGAGCTAGGACAGATGGATTCAGCGCGTGAAGATTTTCTAAAAGCTCAAAAGTAT
TCACCTGATGACAATGCGATCAGAAGAGAGCTGCGTGCCATTGCGGAGCAAGAGAAAGCT
GTGTACCAAAAGCAAAAAGAGATGTACAAAGGAATATTTGGAGGAGGGAGAGATGAAAGT
GGTGGTGCCAAGGCAAAGAGCCGTAGTAACTGGTTGATAGTGCTATGGCAGTGGTTGGTG
TCCCTTTTCAGCAGAATCTTGGGACGTAACAGAGTTAAAGCAGATTAGTGTTACTATTTT
TGTTCCTTTATGTTGCAATGACTTTTTGAGAGACATGGAACTTGTTAATCTTTATTAATT
GTGTTGGAGAATTTACAAAACATAGTTGAGAATTCTAATAAAAGAAGCTTATATC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
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AF RR1BV76TF U 1
AF RR1C647TF U 304
AF RR1C647JQ C 411
AF RR1BV76JQ C 512
BS 1 458 RR1BV76TF
BS 459 459 RR1C647TF
BS 460 625 RR1BV76TF
BS 626 626 RR1C647TF
BS 627 654 RR1BV76TF
BS 655 655 RR1C647TF
BS 656 742 RR1BV76TF
BS 743 902 RR1C647TF
BS 903 903 RR1C647JQ
BS 904 1016 RR1C647TF
BS 1017 1229 RR1C647JQ
BS 1230 1230 RR1BV76JQ
BS 1231 1276 RR1C647JQ
BS 1277 1315 RR1BV76JQ

RD RR1BV76TF 742 0 0
GGAAAAGAAAGGTCATCCGTCTCTTCCACTATCCGCTCGGGGGTTGAATTAGATTGAAAA
CAAATGGATGAATCTCCTCTGGAGCAGCAGCAAAGTCAATCTCATGGGCAAGAGAAGGAA
ATAGTAGTAACTGAAGGTAGTGCCTTTGTGCATGGTGAGCCTCCTCCTCCTTCTCAAGAC
GTTAGTGTTCCTCCCAAAGTTGATAGCCAAGTGGAAGTCCTGGATGAGAAAGTCAGTAAG
CAGATCATTAAGGAAGGTCACGGTTCCAAACCATCCAAGTACTCCACTTGCTTCTTGCAT
TATAGGGCATGGACCAAACACACGCAGCATAAATTTGAGGATACATGGCAAGAGCAGCAA
CCTATTGAACTGGTTCTAGGAAAAGAGAAAAAAGAAATGATTGGTTTGGCTATCGGTGTT
GGTAGCATGAAGTCTGGTGAACGTGCGCTCTTGCATATTGGCTGGGAACTTGGTTACGGC
AAAGATGGAAACTTCTCTTTTCCCAATGTTCCTCCTATGGCTGACTTGTTGTATGAGGTT
GAAGTTATTGGCTTTGATGAAACAAAAGAGGGAAAGGCTCGCAGTGATATGACTGTGGAG
GAAAGGATTGGTGCAGCAGACAGAAAGAAAATGGATGGGAATAATCTGTTTAAG*AGGAT
AAACTGGAGGAGGCCATGCAACAATATGAAATGGCCATTGCATACATGGGGGATGACTTT
ATGTTTCAGCTGTATGGGAAGT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1C647TF 721 0 0
G
GGGCATGGACCAAACACACGCAGCATAAATTTGAGGATACATGGCAAGAGCAGCAACCTA
TTGAACTGGTTCTAGGAAAAGAGAAAAAAGAAATGATTGGTTTGGCTATCGGTGTTGGTA
GCATGAAGTCTGGTGAACGTGCGCTCTTGCATATCGGCTGGGAACTTGGTTACGGCAAAG
ATGGAAACTTCTCTTTTCCCAATGTTCCTCCTATGGCTGACTTGTTGTATGAGGTTGAAG
TTATTGGCTTTGATGAAACAAAAGAGGGAAAGTCTCGCAGTGATATGACTGTGGAGGAAA
GGATTGGTGCAGCAGACAGAAGGAAAATGGATGGGAATAATCTGTTTAAGGAGGATAAAC
TGGAGGAGGCCATGCAACAATATGAAATGGCCATTGCATACATGGGGGATGACTTTATGT
TTCAGCTGTATGGGAAGTACCAGGATATGGCTTTGGCAGTTAAGAACCCATGCCACTTAA
ACATGGCGGCTTGCTTGATCAAACTGAAACGTTACGATGAAGCAATTGGCCACTGCAATA
TTGTGTTGACAGAAGAAGAGAAAAACCCAAAAGCGTTGTTCAGAAGAGGGAAGGCCAAAG
CAGAGCTAGGACAGATGGATTCAGCGCGTGAAGATTTTCTAAAAGCTCAAAAGTATTCAC
CTGATGACAATGCGATCAGAAGAGAGCTGCGTGCCATTGCGGAGCAAGAGAA
GCTGTGTA

QA 2 713 2 713
DS 

RD RR1C647JQ 866 0 0
GCTATCGTG
TGGTAGCATGAAGTCTGGTGAACGTGCGCTCTTGCATATCGGCTGGGAACTTGGTTACGG
CAAAGATG*AAACTTCTCTTTTCCCAATGTTCCTC*TATGGCTGACTTGTTGTATGAGGT
TGAAGTTATTGGCTTTGATGAAACAAAAGAGGGAAAGTCTCGCAGTGATATGACTGTGGA
GGAAAGGATTGGTGCAGCAGACAGAAGGAAAATGGATGGGAATAATCTGTTTAAGGAGGA
TAAACTGGAGGAGGCCATGCAACAATATGAAATGGCCATTGCATACATGGGGGATGACTT
TATGTTTCAGCTGTATGGGAAGTACCAGGATATGGCTTTGGCAGTTAAGAACCCATGCCA
CTTAAACATGGCGGCTTGCTTGATCAAACTGAAACGTTACGATGAAGCAATTGGCCACTG
CAATATTGTGTTGACAGAAGAAGAGAAAAACCCAAAAGCGTTGTTCAGAAGAGGGAAGGC
CAAGGCAGAGCTAGGACAGATGGATTCAGCGCGTGAAGATTTTCTAAAAGCTCAAAAGTA
TTCACCTGATGACAATGCGATCAGAAGAGAGCTGCGTGCCATTGCGGAGCAAGAGAAAGC
TGTGTACCAAAAGCAAAAAGAGATGTACAAAGGAATATTTGGAGGAGGGAGAGATGAAAG
TGGTGGTGCCAAGGCAAAGAGCCGTAGTAACTGGTTGATAGTGCTATGGCAGTGGTTGGT
GTCCCTTTTCAGCAGAATCTTGGGACGTAACAGAGTTAAAGCAGATTAGTGTTACTATTT
TTGTTCCTTTATGTTGCAATGACTTTTTGATAGACATGGAACTTGTTAATCTTTATTAAT
TGTGTTGGAGAATTTAC

QA 10 866 10 866
DS 

RD RR1BV76JQ 804 0 0
CCT
CTATGGCTGACTTGT*GTATGAGGTTGAAGTTAT*GGCTTTGATGAAACAAAAGAGG*AA
AGGCTCGCAGTGATATGACTGTGGAGGAAAGGATTGGTGCAGCAGACAGAAGGAAAATGG
ATGGGAATAATCTGTTTAAGGAGGATAAACTGGAGGAGGCCATGCAACAATATGAAATGG
CCATTGCATACATGGGGGATGACTTTATGTTTCAGCTGTATGGGAAGTACCAGGATATGG
CTTTGGCAGTTAAGAACCCATGCCACTTAAACATGGCGGCTTGCTTGATCAAACTGAAAC
GTTACGATGAAGCAATTGGCCACTGCAATATTGTGTTGACAGAAGAAGAGAAAAACCCAA
AAGCGTTGTTCAGAAGAGGGAAGGCCAAGGCAGAGCTAGGACAGATGGATTCAGCGCGTG
AAGATTTTCTAAAAGCTCAAAAGTATTCACCTGATGACAATGCGATCAGAAGAGAGCTGC
GTGCCATTGCGGAGCAAGAGAAAGCTGTGTACCAAAAGCAAAAAGAGATGTACAAAGGAA
TATTTGGAGGAGGGAGAGATGAAAGTGGTGGTGCCAAGGCAAAGAGCCGTAGTAACTGGT
TGATAGTGCTATGGCAGTGGTTGGTGTCCCTTTTCAGCAGAATCTTGGGACGTAACAGAG
TTAAAGCAGATTAGTGTTACTATTTTTGTTCCTTTATGTTGCAATGACTTTTTGAGAGAC
ATGGAACTTGTTAATCTTTATTAATTGTGTTGGAGAATTTACAAAACATAGTTGAGAATT
CTAATAAAAGAAGCTTATATC

QA 4 804 4 804
DS 



AS 1 2

CO CL3077Contig1 732 2 15 U
GGACAACCCACAAAAACACATCTCAACAATTCTCTCGAATCATCCGCCAAACTCAAAGAT
AATTTTCAGCCATGACAGGATCCCAAGAAGAGACTCACCAGCCTCACACCGTTGATCAAG
AACATCCCAAAACAGTAGAAACAGAGCACCAACAACAACAACAAGAAGAACATCCTTCAT
CGTCCTCGTCTCCGGATCAGAAGAAATGGGGTACTCACGTGATGGGAGCTCCGGCAGCTC
CCGTGGCTCATCCCGATAACCAGCAGGCTGCCGCTTGGGTCGCTGGTGATAACCAGCAGA
TGCCGCACCAACCTTACATCGTCTACTCTCCTGTTGAACATCCTCCGTCTAACAACCCTC
TCGAGCCCGTCATCGGAATGTTCCATACTTGGAGCCGCAAGGCTGAAACCGTCGCTCGCA
ACATCTGGCACAATCTGAAGACGGGACCGTCTATGCCAGAAACGGCGTGGGGAAAGGTTA
ACCTGACCGCGAAAGCGATAACAAAGGGAGGTTTCGAGTCCCTCTTCAGACAGATATTTG
GAACGGACCCGAACGAGAAGCTGAAGAAGACTTTCGCATGTTATCTCTCCACGACAACAG
GCCCTGTCGCTGGAACTTTGTATCTCTCGAACGTTCGCGTCGCTTTCTGTAGCGACCGTC
CTCTCTTCTTCACCGCGCCTTCCGGACAGAAGCTTGAGTTACTACAGGTGGTGGTACCGT
TGGTGATATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FL07TF U 8
AF RR1GP04TF U 1
BS 1 54 RR1GP04TF
BS 55 55 RR1FL07TF
BS 56 56 RR1GP04TF
BS 57 57 RR1FL07TF
BS 58 294 RR1GP04TF
BS 295 295 RR1FL07TF
BS 296 457 RR1GP04TF
BS 458 458 RR1FL07TF
BS 459 487 RR1GP04TF
BS 488 488 RR1FL07TF
BS 489 520 RR1GP04TF
BS 521 521 RR1FL07TF
BS 522 529 RR1GP04TF
BS 530 530 RR1FL07TF
BS 531 732 RR1GP04TF

RD RR1FL07TF 532 0 0
GG
ACAAAAACACATCTCAACAATTCTCTCGAATCATCCGCCAAACTCAAAGATAATTTTCAG
CCATGACAGGATCCCAAGAAGAGACTCACCAGCCTCACACCGTTGATCAAGAACATCCCA
AAACAGTAGAAACAGAGCACCAACAACAACAACAAGAA***CATCCTTCATCGTCTTCGT
CTCCGGATCAGAAGAAATGGGGTACTCACGTGATGGGAGCTCCGGCAGCTCCGGTGGCTC
ATCCCGATAACCAGCAGGCTGCCGCTTGGGTCGCTGGTGATAACCAGCAGATGCCGCACC
AACCTTACATCGTCTACTCTCCTGTTGAACATCCTCCTTCTAACAACCCTCTCGAGCCCG
TCATCGGAATGTTCCATACTTGGAGCCGCAAGGCTGAAACCGTCGCTCGCAACATCTGGC
ACAATCTGAAGACGGGACCGTCTATGCCAGAAACGGCGTGGGGGAAGGTTAACCTGACCG
CGAAAGCTATAACAAAGGGAGGTTTCGAGTCCCTTTTCAGACAGAT
TTTC

QA 3 528 3 528
DS 

RD RR1GP04TF 732 0 0
GGACAACCCACAAAAACACATCTCAACAATTCTCTCGAATCATCCGCCAAACTCGA*GAT
AATTTTCAGCCATGACAGGATCCCAAGAAGAGACTCACCAGCCTCACACCGTTGATCAAG
AACATCCCAAAACAGTAGAAACAGAGCACCAACAACAACAACAAGAAGAACATCCTTCAT
CGTCCTCGTCTCCGGATCAGAAGAAATGGGGTACTCACGTGATGGGAGCTCCGGCAGCTC
CCGTGGCTCATCCCGATAACCAGCAGGCTGCCGCTTGGGTCGCTGGTGATAACCGGCAGA
TGCCGCACCAACCTTACATCGTCTACTCTCCTGTTGAACATCCTCCGTCTAACAACCCTC
TCGAGCCCGTCATCGGAATGTTCCATACTTGGAGCCGCAAGGCTGAAACCGTCGCTCGCA
ACATCTGGCACAATCTGAAGACGGGACCGTCTATGCCGGAAACGGCGTGGGGAAAGGTTA
ACCTGACGGCGAAAGCGATAACAAAGGGAGGTTTCGAGTCTCTCTTCAGGCAGATATTTG
GAACGGACCCGAACGAGAAGCTGAAGAAGACTTTCGCATGTTATCTCTCCACGACAACAG
GCCCTGTCGCTGGAACTTTGTATCTCTCGAACGTTCGCGTCGCTTTCTGTAGCGACCGTC
CTCTCTTCTTCACCGCGCCTTCCGGACAGAAGCTTGAGTTACTACAGGTGGTGGTACCGT
TGGTGATATTGC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 4

CO CL3078Contig1 1644 4 5 U
GGGATCCTGAAAGTATCATGGCTGCTGGTGGGACGGACTCTGCTCTTGCAAATGGTGGTT
TAGTAGCAGTGGAAGATGTTGGTATTGAAGGAAATGGTGTTGATTCTGGCGAGACCTTGG
ATACTGCTTCAGATAGTCAGAATGAGAATTCCGGAGACAGTTTCAATTTGGATGCAGTTG
AGCAGCCCAAAGAGGCATCAGCTGAGGTCACACAAGGTGTAAATGTAGAAGATCTAAAGC
ATGCTAAAGGCGAGATGGCTCAACGGAAGCTTAAGCATGAGAAACTCCCAGGTGGTAAGA
ATGTTCCATCGGTTCATGTCAAAAAGAACAAAGGTGCAGTTGCTAAAGTGGCAGCATCAA
ATGGTTCTGTTACTCCTAATGCACACACAACAAAGTCTCTTAAGAAAACATCAGTCAATG
GTAGAGCTGCTCAAGTAACGGAGCATGGAGAGCAAGGCTCTGCACCAGCAGAAAGTTCCA
CCGGGGACAAGGTGAAACCAAAGCCTCAAAAGAAACAAGCCAATGAGACATCTGAAGATG
ATACTCAGTCTTCTAATAGCCCCAAGGCAGACGATGGCAAACCTCGTAAAGTTGGTGCAC
TTCCAAATTATGGATTCAGTTTCAAATGTGACCAACGGGCTGAGAAGAGAAGAGAGTTCT
ATGTTAAGCTTGAGGAAAAGACTCATGCGAAAGAAGAGGAGATTAACAACATGCAAGCCA
AGTCCAAGGAAACAGAAGAAGCTGAGCTTAGGAAGCTGAGGAAGAGCTTGAACTTCAAAG
CCACACCCATGCCTAGCTTTTCTCAGCCGCCTAAAACAGAGTTAAAGAAGATACCACCAA
CAAGACCCAAATCTCCAAAACTAGGACGAAAGAAGACTGATTCTGAAGAAACTCAAACCC
CTCGCCTCGCTAGGCTGAGCCTAGATGAGAAAGCCTCTAGGGATAATCCAGCTTGTAAGG
GAACTGTGGCAACAGTTGATCCCAAGAAGCAACCGTTGCGCAAGTCACTTCCAAGATTGC
CATCTCAGAAAACAGCTCTCCCTGATGGAAAACCCGCCACAACCTCATCAAAGGGGAAAC
CTGAAATAAGAAAGAAGCTTGAAAAAGAAGCAGAAACCCAAAAGCAGTCTTCAAGTCCCA
TAGAAGAGGAGGTAGCACAAGTGACTGCATCACCCGATGCTGATGGAGAAGACTCGCATG
AGACTGTATGTCCAAGGATGGATGAAGATAGAGCAGAGTCCATTGAGGTGTCTGAAGCGG
TTGCAGTTGAGCATAAAGAGCTCTGCGTTAATTAAGGAGGACAAGAGGAACTTGAAAGCA
TGTAATAGTTATATATATATTCTTCGACCAAAACTTGTTTGAGAAGAAATGGGTAAAAGA
GTGAAAAGAGTCATGTGTCCGGTTCTAAAGCTTGCTGCTTTTAAATATTTCTTTGTTTGA
GGTTAATGTTTTAAATCTTTTATGTTGTATTTTGATGCTTTTCCTTTTATTTTTGATACT
TTGATTCCTAAGAAAAGTGAATATTCAGGAGATTTCGTGCGGTCGTCTGTTTTATTTCTT
ATCTTTTGTTATATGTGCCACTTCTTTTGTTTCATAACTGGATTATGTCTTTGATATTTG
TTCATATAAACAAAAAAGGTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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G
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GAAAGCATGTAATAGTTATATATATATTCTTCGACCAAAACTTGTTTGAGAAGAAATGGG
TAAAAGAGTGAAAAGAGTCATGTGTCCGGTTCTAAAGCTTGCTGCTTTTAAATATTTCTT
TGTTTGAGGTTAATGTTTTAAATCTTTTATGTTGTATTTTGATGCTTTTCCTTTTATTTT
TGATACTTTGATTCCTAGGAAAAGTGAATATTCAGGAGATTTCGTGCGGTCGTCTGTTTT
ATTTCTTATCTTTTGTTATATGTGCCACTTCTTTTGTTTCATAACTGGATTATGTCTTTG
ATATTTGTTCATATAAACAAAAAAGGTCTTC

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DS 



AS 1 4

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TCACCACCACTCCTCTTCTTACCACCGTCTCAATCTCCATCCCCAATCTCACTTCGCACC
ATCTTCTATCTCCTTCAAACACCCCACTACTTCCACCGCCACATTCTTATCACTCACCTC
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GAGAGTGTTTAAAACAGATTACAGCTTCCGATGTTTTTTTTCAATTTATATTTTCTGGTA
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BQ
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AF RR1H459TF U 1
AF RR1H876JQ C 264
AF RR1H876TF U 264
AF RR1H459JQ C 496
BS 1 437 RR1H459TF
BS 438 438 RR1H876TF
BS 439 473 RR1H459TF
BS 474 474 RR1H876TF
BS 475 478 RR1H459TF
BS 479 479 RR1H876TF
BS 480 664 RR1H459TF
BS 665 665 RR1H876TF
BS 666 677 RR1H459TF
BS 678 863 RR1H876TF
BS 864 886 RR1H459JQ

RD RR1H459TF 677 0 0
GGGACGTGACCTCTCTCTCTCTTTTCCTCCATCAATGGCCACCACAAACTCTCTCCAGCA
TCACCACCACTCCTCTTCTTACCACCGTCTCAATCTCCATCCCCAATCTCACTTCGCACC
ATCTTCTATCTCCTTCAAACACCCCACTACTTCCACCGCCACATTCTTATCACTCACCTC
CTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCGTTGTCTCCGCCTCTCTCACAACAAACGCCTC
CTCGGTAACCGCAGAAACCTCCACCGAGTTCGACGTCCTAGCGACCCACCTGACCAACCA
AGACTTCAGGAAAGCAGACGAAGAAACTCGCCGCCTTCTCATCCAGATAGCCGGAGAAGC
CGCGGTCAAACGCGGCTACGTCTTCTTCTCCGAGGTGAAGTCGATCTCCGTCCAAGATCT
TCAAGCCATCGACAACCCCTGGACCAAACACAGCGACGGGAGGTTCGGGTACATCGTGTA
GCGCAAAATCTGGTTAAAAGTCAAGAAAGACTTCACGAGATTCTTCATCAAAGTCGAGTG
GATGAAGCTTCTCGATACGGAGGTGGTTCAGTACAACTACAGAGCTTTCCCCGACGAGTT
CAAGTGGGAGCTTAACGACGAAACGCCTCTTGGACACTTGCCGCTCACTAACGCGTTGAG
AGGA*CGCAGCTTCTGA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1H876JQ 600 0 0
G
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AACTCGCCGCCTTCTCATCCAGATAGCCGGAGAAGCCGCGGTCAAACGCGGCTACGTCTT
TTTTTCCGAGGTGAAGTCGATCTCCGTCCAAGATCTTCAAGCCATCGACAACCTCTGGAC
CAAACACAGCGACGGGAGGTTCGGGTACAGCGTGCAGCGCAAAATCTGGTTAAAAGTCAA
GAAAGACTTCACGAGATTCTTCATCAAAGTCGAGTGGATGAAGCTTCTCGATACGGAGGT
GGTTCAGTACAACTACAGAGCTTTCCCCGACGAGTTCAAGTGGGAGCTTAACGACGAAAC
GCCTCTTGGACACTTGCCGCTCACTAACGCGTTGAGAGGAACGCAGCTTCTGAAATGCGT
TTTGAGCCATCCTGCGTTTGAGATAGATGGTGATGACGTTGAGGAAGGGGAAGAAGCAGA
GAACAGAGGTGGGGCCAAAGCACAGACCAAAGACACGAGAGTGTTTAAAACAGATTACAG
CTTCCGATGTTTTTTTTCAATTTATATTTTCTGGTAATGAATATAAAAATTATTGGTTT

QA 2 600 2 600
DS 

RD RR1H876TF 600 0 0
G
CGAGTTCGACGTCCTAGCGACCCACCTGACCAACCAAGACTTCAGGAAAGCAGACGAAGA
AACTCGCCGCCTTCTCATCCAGATAGCCGGAGAAGCCGCGGTCAAACGCGGCTACGTCTT
CTTCTCCGAGGTGAAGTCGATCTCCGTCCAAGATCTTCAAGCCATCGACAACCTCTGGAC
CAAACACAGCGACGGGAGGTTCGGGTACAGCGTGCAGCGCAAAATCTGGTTAAAAGTCAA
GAAAGACTTCACGAGATTCTTCATCAAAGTCGAGTGGATGAAGCTTCTCGATACGGAGGT
GGTTCAGTACAACTACAGAGCTTTCCCCGACGAGTTCAAGTGGGAGCTTAACGACGAAAC
GCCTCTTGGACACTTGCCGCTCACTAACGCGTTGAGAGGAACGCAGCTTCTGAAATGCGT
TTTGAGCCATCCTGCGTTTGAGATAGATGGTGATGACGTTGAGGAAGGGGAAGAAGCAGA
GAACAGAGGTGGGGCCAAAGCACAGACCAAAGACACGAGAGTGTTTAAAACAGATTACAG
CTTCCGATGTTTTTTTTCAATTTATATTTTCTGGTAATGAATATAAAAATTATTGGTTT

QA 2 600 2 600
DS 

RD RR1H459JQ 391 0 0
AAAAGTCAAGAAAGACTTCACGAGATTCTTCATCAAAGTCGAGTGGATGAAGCTTCTCGA
TACGGAGGTGGTTCAGTACAACTACAGAGCTTTCCCCGACGAGTTCAAGTGGGAGCTTAA
CGACGAAACGCCTCTTGGACACTTGCCGCTCACTAACGCGTTGAGAGGAACGCAGCTTCT
GAAATGCGTTTTGAGCCATCCTGCGTTTGAGATAGATGGTGATGACGTTGAGGAAGGGGA
AGAAGCAGAGAACAGAGGTGGGGCCAAAACACAGACCAAAGACACGAGAGTGTTTAAAAC
AGATTACAGCTTCTGATGTTTTTTTTCAATTTATATTTTCTGGTAATGAATATAAAAATT
ATTGGTTTATCAATGTGAAATTCATTAAGTC

QA 1 391 1 391
DS 



AS 1 4

CO CL3080Contig1 634 4 4 U
TTTTATCCAAACTATTTCATATTTCAATTATTACTACAAGTTTACACAACTTAGAAAGGG
GTACAAAGGCTCATTCAATACAGCAATAAGAAGGTGCGTACTGGTGTCGATACACAAATG
GTTTCACGGCATGAAAGTAACCGGAAAGGCGGTTATAACTGAATTTGATCCCATTATTTG
CCTGGTTTAGGTGGTTGCAAGAAGTGTGGAAGCTGCTGATGGGTCTTGCAAGGCACGCGT
CCCAACGTTCGCTCTCTGGCATTGTCTCCGCTACTGTGTAGACACCTTTTGTGTTTGTGA
AAGCTTGGTAGTTCACAACTTCTCCAGATTTGGTTATGCAGAGTACCGCAACCTCAGCTC
CTTCAAGGACATGATCTTCTGGCCCGATTGAAGAATCGGCACAGACATCGCATACTACTC
TGCCGCGAATCTCGCCAGTCCACGCGTCGACACCTGAAGCCCCGAAGATCGCAATCATCA
CGACCAAACCCATCACGAGTTTACACATCAGCGAATCCATGAACAAGAAAAGGTCTAACC
TATTGGCGCTTTTCCCTGAGACAAAGGACACGAGAGAACTCAGAACAAAAAAAACCTTGT
TACTGAAATGACCGGAGGAGCAAACACACCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E414JQ U 7
AF RR1E414TF C 7
AF RR1AL69TF C 1
AF RR1AL69JQ U 5
BS 1 7 RR1AL69TF
BS 8 144 RR1AL69JQ
BS 145 145 RR1E414JQ
BS 146 634 RR1AL69JQ

RD RR1E414JQ 588 0 0
G
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GGCTCATTCAATTCAGCAATAAGAAGGTGCGTACTGGTGTCGATACACAAATGGTTTCAC
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AATCTCGCCAGTCCACGCGTCGACACCTGAAGCCCCGAAGATCGCAATCATCACGACCAA
ACCCATCACGAGTTTACACATCAGCGAATCCATGAACAAGAAAAGGTCTAACCTATTGGC
GCTTTTCCCTGAGACAAAGGACACGAGAGAACTCAGAACAAAAAAAA

QA 2 588 2 588
DS 

RD RR1E414TF 588 0 0
G
CAAACTATTTCATATTTCAATTATTACTACAAGTTTACACAACTTAGAAAGGGGTACAAA
GGCTCATTCAATTCAGCAATAAGAAGGTGCGTACTGGTGTCGATACACAAATGGTTTCAC
GGCATGAAAGTAACCGGAAAGGCGGTTATAACTGAATTTGATCCCATTATTTGCCTGGTT
TAGGTGGTTGCAAGAAGTGTGGAAGCTGCTGATGGGTCTTGCAAGGCACGCGTCCCAACG
TTCGCTCTCTGGCATTGTCTCCGCTACTGTGTAGACACCTTTTGTGTTTGTGAAAGCTTG
GTAGTTCACAACTTCTCCAGATTTGGTTATGCAGAGTACCGCAACCTCAGCTCCTTCAAG
GACATGATCTTCTGGCCCGATTGAAGAATCGGCACAGACATCGCATACTACTCTGCCGCG
AATCTCGCCAGTCCACGCGTCGACACCTGAAGCCCCGAAGATCGCAATCATCACGACCAA
ACCCATCACGAGTTTACACATCAGCGAATCCATGAACAAGAAAAGGTCTAACCTATTGGC
GCTTTTCCCTGAGACAAAGGACACGAGAGAACTCAGAACAAAAAAAA

QA 2 588 2 588
DS 

RD RR1AL69TF 634 0 0
TTTTATCCAAACTATTTCATATTTCAATTATTACTACAAGTTTACACAACTTAGAAAGGG
GTACAAAGGCTCATTCAATACAGCAATAAGAAGGTGCGTACTGGTGTCGATACACAAATG
GTTTCACGGCATGAAAGTAACCGGGAAGGCGGTTATAACTGAATTTGATCCCATTATTTG
CCTGGTTTAGGTGGTTGCAAGAAGTGTGGAAGCTGCTGATGGGTCTTGCAAGGCACGCGT
CCCAACGTTCGCTCTCTGGCATTGTCTCCGCTACTGTGTAGACACCTTTTGTGTTTGTGA
AAGCTTGGTAGTTCACAACTTCTCCAGATTTGGTTATGCAGAGTACCGCAACCTCAGCTC
CTTCAAGGACATGATCTTCTGGCCCGATTGAAGAATCGGCACAGACATCGCATACTACTC
TGCCGCGAATCTCGCCAGTCCACGCGTCGACACCTGAAGCCCCGAAGATCGCAATCATCA
CGACCAAACCCATCACGAGTTTACACATCAGCGAATCCATGAACAAGAAAAGGTCTAACC
TATTGGCGCTTTTCCCTGAGACAAAGGACACGAGAGAACTCAGAACAAAAAAAACCTTGT
TACTGAAATGACCGGAGGAGCAAACACACCACCC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1AL69JQ 630 0 0
ATC
CAAACTATTTCATATTTCAATTATTACTACAAGTTTACACAACTTAGAAAGGGGTACAAA
GGCTCATTCAATACAGCAATAAGAAGGTGCGTACTGGTGTCGATACACAAATGGTTTCAC
GGCATGAAAGTAACCGGGAAGGCGGTTATAACTGAATTTGATCCCATTATTTGCCTGGTT
TAGGTGGTTGCAAGAAGTGTGGAAGCTGCTGATGGGTCTTGCAAGGCACGCGTCCCAACG
TTCGCTCTCTGGCATTGTCTCCGCTACTGTGTAGACACCTTTTGTGTTTGTGAAAGCTTG
GTAGTTCACAACTTCTCCAGATTTGGTTATGCAGAGTACCGCAACCTCAGCTCCTTCAAG
GACATGATCTTCTGGCCCGATTGAAGAATCGGCACAGACATCGCATACTACTCTGCCGCG
AATCTCGCCAGTCCACGCGTCGACACCTGAAGCCCCGAAGATCGCAATCATCACGACCAA
ACCCATCACGAGTTTACACATCAGCGAATCCATGAACAAGAAAAGGTCTAACCTATTGGC
GCTTTTCCCTGAGACAAAGGACACGAGAGAACTCAGAACAAAAAAAACCTTGTTACTGAA
ATGACCGGAGGAGCAAACACACCACCC

QA 4 630 4 630
DS 



AS 1 4

CO CL3081Contig1 465 4 1 U
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TATCAGCGATTGGAAGGTCATTCCGAAGAAAGCGAGCGTCTTCTCTTGATATTCTCTCTC
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CCAAAAAAGGAGGATATGTTGTGCAGCCTGATAAATTACCAAACTACGTAATCCCTGATC
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GTTAAGCAATTTGTGTTTGTTGCGAAATTCGTATTTTTATTTTCTTCAAGGACTTCAAGC
AACTTGTGACAACTTTTGAGTTATTAATGTTTTACTCTCTCTACC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1AP14JQ C 1
AF RR1FP79JQ C 1
AF RR1AP14TF U 1
AF RR1FP79TF U 1
BS 1 465 RR1AP14TF

RD RR1AP14JQ 465 0 0
GGATCGTTCAACTCAAACACTTGATATCTGGAATTCGAGTCGGTATGACGCTAGGGTTGT
TATCAGCGATTGGAAGGTCATTCCGAAGAAAGCGAGCGTCTTCTCTTGATATTCTCTCTC
CCAAACGAGCTCCCAGAGATTTCTACAAGGGCAAAAACTGCAAACCTACTGGTTTCCATA
CCAAAAAAGGAGGATATGTTGTGCAGCCTGATAAATTACCAAACTACGTAATCCCTGATC
TCACCGGCTTTAAGCTGAAACCATATGTGTCTCAGTGCCCTATAGAGGTCAACAAAACAA
CTGAAGCTTCCAAGTGAACATGTCACAAGAAAATATGTTTCGAGCCTTAGTAAGCTTAAA
GTTAAGCAATTTGTGTTTGTTGCGAAATTCGTATTTTTATTTTCTTCAAGGACTTCAAGC
AACTTGTGACAACTTTTGAGTTATTAATGTTTTACTCTCTCTACC

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1FP79JQ 465 0 0
GGATCGTTCAACTCAAACACTTGATATCTGGAATTCGAGTCGGTATGACGCTAGGGTTGT
TATCAGCGATTGGAAGGTCATTCCGAAGAAAGCGAGCGTCTTCTCTTGATATTCTCTCTC
CCAAACGAGCTCCCAGAGATTTCTACAAGGGCAAAAACTGCAAACCTACTGGTTTCCATA
CCAAAAAAGGAGGATATGTTGTGCAGCCTGATAAATTACCAAACTACGTAATCCCTGATC
TCACCGGCTTTAAGCTGAAACCATATGTGTCTCAGTGCCCTATAGAGGTCAACAAAACAA
CTGAAGCTTCCAAGTGAACATGTCACAAGAAAATATGTTTCGAGCCTTAGTAAGCTTAAA
GTTAAGCAATTTGTGTTTGTTGCGAAATTCGTATTTTTATTTTCTTCAAGGACTTCAAGC
AACTTGTGACAACTTTTGAGTTATTAATGTTTTACTCTCTCTACC

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1AP14TF 465 0 0
GGATCGTTCAACTCAAACACTTGATATCTGGAATTCGAGTCGGTATGACGCTAGGGTTGT
TATCAGCGATTGGAAGGTCATTCCGAAGAAAGCGAGCGTCTTCTCTTGATATTCTCTCTC
CCAAACGAGCTCCCAGAGATTTCTACAAGGGCAAAAACTGCAAACCTACTGGTTTCCATA
CCAAAAAAGGAGGATATGTTGTGCAGCCTGATAAATTACCAAACTACGTAATCCCTGATC
TCACCGGCTTTAAGCTGAAACCATATGTGTCTCAGTGCCCTATAGAGGTCAACAAAACAA
CTGAAGCTTCCAAGTGAACATGTCACAAGAAAATATGTTTCGAGCCTTAGTAAGCTTAAA
GTTAAGCAATTTGTGTTTGTTGCGAAATTCGTATTTTTATTTTCTTCAAGGACTTCAAGC
AACTTGTGACAACTTTTGAGTTATTAATGTTTTACTCTCTCTACC

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1FP79TF 465 0 0
GGATCGTTCAACTCAAACACTTGATATCTGGAATTCGAGTCGGTATGACGCTAGGGTTGT
TATCAGCGATTGGAAGGTCATTCCGAAGAAAGCGAGCGTCTTCTCTTGATATTCTCTCTC
CCAAACGAGCTCCCAGAGATTTCTACAAGGGCAAAAACTGCAAACCTACTGGTTTCCATA
CCAAAAAAGGAGGATATGTTGTGCAGCCTGATAAATTACCAAACTACGTAATCCCTGATC
TCACCGGCTTTAAGCTGAAACCATATGTGTCTCAGTGCCCTATAGAGGTCAACAAAACAA
CTGAAGCTTCCAAGTGAACATGTCACAAGAAAATATGTTTCGAGCCTTAGTAAGCTTAAA
GTTAAGCAATTTGTGTTTGTTGCGAAATTCGTATTTTTATTTTCTTCAAGGACTTCAAGC
AACTTGTGACAACTTTTGAGTTATTAATGTTTTACTCTCTCTACC

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 4

CO CL3082Contig1 870 4 5 U
GAAAGGGCATTGGCTTATGCTTACACTCACCAGCAAAACTGGAAGAACAATTCTAAGTCT
GGAAACCCGATGTTTATGGATCCGAGCAATCCGACATGGGGTTGGAGCTGGTTAGAGAGA
TGGATGGCTGGTCGACCACTGGACAACAGTTCCGAGAAAGAACAAAACAACGACAATGCT
GCCCCAGTCAAGAGCTCTATTAACCGTAACAACTCAACTCAACCAAACACACCATCATCC
GCAAGAGGCGGCACTCCAAGAAACAAAAACAGTTTCTTCTCTCCTCCAACTCCCTCAAGG
CTAAACCAATCCTCCAGAAAATCCACCGACGACGACGCCAGGAGCACGATCTCGGTCCTA
TCCGAGAGGAACCGTAGACACAGCATCGCTGGTACGTCAGTAAGAGATGACGAGAGCGTC
GCTGGCTCACAGACTCTCCCGAGCTATATGGTTCCAACTAAATCAGCTAGAGCCAGGGTC
AACAAGCCTCAGAGCCCATCAAGTGGTGGTGGTACCACACAGGAGAACGATGGCTTTACG
GCTAAGAAACGCCTCTCGTATCCTGCTTCGCCTGCATTGCCTAAACCACGGCGGTTCTCG
GCTCCGCCTAAGGTGGAGAGTGGCGTTGGCGTCACCGTGACCAACGGAGGAGGAAGCTGA
GGTATTTCTATTTATTACTGTCTTTTAAAAAAAAAGAGATATTTATGATTCCACTTTTAT
GTCTGTCGGAAATGGTTGTATTGTATGTTTGTTATACGTTCACTTTCAGTTTGGTAATTC
ATTTGTGCAGAGTGTAAACGCGTGTCATTTATTTTCTTTTACTTATAATAAACTTCATTA
TTCGACGACGATAAGGTTACCTTTGAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DU60TF U 1
AF RR1DU60JQ C 199
AF RR1C686JQ C 599
AF RR1C686TF U 599
BS 1 612 RR1DU60TF
BS 613 613 RR1C686TF
BS 614 648 RR1DU60TF
BS 649 849 RR1C686TF
BS 850 870 RR1DU60JQ

RD RR1DU60TF 648 0 0
GAAAGGGCATTGGCTTATGCTTACACTCACCAGCAAAACTGGAAGAACAATTCTAAGTCT
GGAAACCCGATGTTTATGGATCCGAGCAATCCGACATGGGGTTGGAGCTGGTTAGAGAGA
TGGATGGCTGGTCGACCACTGGACAACAGTTCCGAGAAAGAACAAAACAACGACAATGCT
GCCCCAGTCAAGAGCTCTATTAACCGTAACAACTCAACTCAACCAAACACACCATCATCC
GCAAGAGGCGGCACTCCAAGAAACAAAAACAGTTTCTTCTCTCCTCCAACTCCCTCAAGG
CTAAACCAATCCTCCAGAAAATCCACCGACGACGACGCCAGGAGCACGATCTCGGTCCTA
TCCGAGAGGAACCGTAGACACAGCATCGCTGGTACGTCAGTAAGAGATGACGAGAGCGTC
GCTGGCTCACAGACTCTCCCGAGCTATATGGTTCCAACTAAATCAGCTAGAGCCAGGGTC
AACAAGCCTCAGAGCCCATCAAGTGGTGGTGGTACCACACAGGAGAACGATGGCTTTACG
GCTAAGAAACGCCTCTCGTATCCTGCTTCGCCTGCATTGCCTAAACCACGGCGGTTCTCG
GCTCCGCCTAAG*TGGAGAGTGGCGTTGGCGTCACCGTGACCAACGGA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1DU60JQ 672 0 0
ATTAACCGTAACAACTCAACTCAACCAAACACACCATCATCCGCAAGAGGCGGCACTCCA
AGAAACAAAAACAGTTTCTTCTCTCCTCCAACTCCCTCAAGGCTAAACCAATCCTCCAGA
AAATCCACCGACGACGACGCCAGGAGCACGATCTCGGTCCTATCCGAGAGGAACCGTAGA
CACAGCATCGCTGGTACGTCAGTAAGAGATGACGAGAGCGTCGCTGGCTCACAGACTCTC
CCGAGCTATATGGTTCCAACTAAATCAGCTAGAGCCAGGGTCAACAAGCCTCAGAGCCCA
TCAAGTGGTGGTGGTACCACACAGGAGAACGATGGCTTTACGGCTAAGAAACGCCTCTCG
TATCCTGCTTCGCCTGCATTGCCTAAACCACGGCGGTTCTCGGCTCCGCCTAAGGTGGAG
AGTGGCGTTGGCGTCACCGTGACCAACGGAGGAGGAAGCTGAGGTATTTCTATTTATTAC
TGTCTTTTAAAAAAAA*GAGATATTTATGATTCCACTTTTATGTCTGTCGGAAATGGTTG
TATTGTATGTTTGTTATACGTTCACTTTCAGTTTGGTAATTCATTTGTGCAGAGTGTAAA
CGCGTGTCATTTATTTTCTTTTACTTATAATAAACTTCATTATTCGACGACGATAAGGTT
ACCTTTGAAATT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1C686JQ 252 0 0
G
GGCTCCGCCTAAGGTGGAGAGTGGCGTTGGCGTCACCGTGACCAACGGAGGAGGAAGCTG
AGGTATTTCTATTTATTACTGTCTTTTAAAAAAAAAGAGATATTTATGATTCCACTTTTA
TGTCTGTCGGAAATGGTTGTATTGTATGTTTGTTATACGTTCACTTTCAGTTTGGTAATT
CATTTGTGCAGAGTGTAAACGCGTGTCATTTATTTTCTTTTACTTATAATAAACTTCATT
ATTCGACGAC
C

QA 2 251 2 251
DS 

RD RR1C686TF 252 0 0
G
GGCTCCGCCTAAGGTGGAGAGTGGCGTTGGCGTCACCGTGACCAACGGAGGAGGAAGCTG
AGGTATTTCTATTTATTACTGTCTTTTAAAAAAAAAGAGATATTTATGATTCCACTTTTA
TGTCTGTCGGAAATGGTTGTATTGTATGTTTGTTATACGTTCACTTTCAGTTTGGTAATT
CATTTGTGCAGAGTGTAAACGCGTGTCATTTATTTTCTTTTACTTATAATAAACTTCATT
ATTCGACGAC
C

QA 2 251 2 251
DS 



AS 1 4

CO CL3083Contig1 802 4 6 U
GCATATAAGTTATCTTTAATATAATAATTGAAGAAGGAAGACTTAAAAGTTGGTGTAAAT
AAGCACGAAAGAAATAAATGATGGCCTTACACCCGCATAATTTACATAAGTCGCAATGGA
GAATAGAGTAAGAGGGAAGAGCTATGATTCTACCACCACACCTCCAAAACCTATAAGAAG
TATTTCATTCTTTCGTCTCTCCTCATTGCATTATACACTGCTTGAACCTGTTCGCTAGAG
ACAACTCGGATAGGGCCAATGTTCACCGATACATATTTGCCTTTGCTTGATAATGTCTGC
TTTACACAATCCTCAGGAATTTGGCGTTGAATAACAGATTCAACAGCAAGGACCATAGCA
TGAACAAAGTCATCTCCACCAGTCCCAATT**AGTAAACCCTCTCTCTGTAGGGTATGTA
TTTACCTTTTGGTCAAGTTCAAGCCAATCTTGAGCAGAATCATCAGCGACAGTGCCACCA
ATAATGACATTAGTAGTCTTCCCAACTCTCCCATCAGTCTTGGACACTTCTGAAATTGCC
TTGAGAACAGCTTCTTGAGGCGGACCTTGCTCCGATTGATCGTTGTGACTGCAATTGAGA
CGAGGGAGCCGGTCCGGAACTGAGGCGAAACCGCTGAAGCTTAGTCTCTTCGCCGCCGGG
AACAAACCATGGACTGTAACAGACGCCGGAGAAGTTGGGAAGAAGAAGCATCTTCTTCCT
GCGGCGGAGGTCCGGCGTGATTCCGATAGAAATACGGAGCGCAGAATCGTCTTGCAAGCC
ATTCTCTCTCTCTCTGTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1H366JQ U 1
AF RR1GR51JQ U 63
AF RR1H366TF C 90
AF RR1GR51TF C 652
BS 1 597 RR1H366JQ
BS 598 690 RR1GR51JQ
BS 691 706 RR1H366TF
BS 707 707 RR1GR51TF
BS 708 801 RR1H366TF
BS 802 802 RR1GR51TF

RD RR1H366JQ 597 0 0
GCATATAAGTTATCTTTAATATAATAATTGAAGAAGGAAGACTTAAAAGTTGGTGTAAAT
AAGCACGAAAGAAATAAATGATGGCCTTACACCCGCATAATTTACATAAGTCGCAATGGA
GAATAGAGTAAGAGGGAAGAGCTATGATTCTACCACCACACCTCCAAAACCTATAAGAAG
TATTTCATTCTTTCGTCTCTCCTCATTGCATTATACACTGCTTGAACCTGTTCGCTAGAG
ACAACTCGGATAGGGCCAATGTTCACCGATACATATTTGCCTTTGCTTGATAATGTCTGC
TTTACACAATCCTCAGGAATTTGGCGTTGAATAACAGATTCAACAGCAAGGACCATAGCA
TGAACAAAGTCATCTCCACCAGTCCCAATT**AGTAAACCCTCTCTCTGTAGGGTATGTA
TTTACCTTTTGGTCAAGTTCAAGCCAATCTTGAGCAGAATCATCAGCGACAGTGCCACCA
ATAATGACATTAGTAGTCTTCCCAACTCTCCCATCAGTCTTGGACACTTCTGAAATTGCC
TTGAGAACAGCTTCTTGAGGCGGACCTTGCTCCGATTGATCGTTGTGACTGCAATTG

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1GR51JQ 628 0 0
GCACGAAAGAAATAAATGATGGCCTTACACCCGCATAATTTACATAAGTCGCAATGGAGA
ATAGAGTAAGAGAGAAGAGCTATGATTCTACCACCACACCTCCAAAACCTATAAGAAGTA
TTTCATTCTTTCGTCTCTCCTCATTGCATTATACACTGCTTGAACCTGTTCGCTAGAGAC
AACTCGGATAGGGCCAATGTTCACCGATACATATTTGCCTTTGCTTGATAATGTCTGCTT
TACACAATCCTCAGGAATTTGGCGTTGAATAACAGATTCAACAGCAAGGACCATAGCATG
AACAAAGTCATCTCCACCAGTCCCAATTGCAGTAAACCCTCTCTCTGTAGGGTATGTATT
TACCTTTTGGTCAAGTTCAAGCCAATCTTGAGCAGAATCATCAGCGACAGTGCCACCAAT
AATGACATTAGTAGTCTTCCCAACTCTCCCATCAGTCTTGGACACTTCTGAAATCGCCTT
GAGAACAGCTTCTTGAGGCGGACCTTGCTCCGATTGATCGTTGTGACTGCAATTGAGACG
AGGGAGCCGGTCCGGAACTGAGGCGAAACCGCTGAAGCTTAGTCTCTTCGCCGCCGGGAA
CAAACCATGGACTGTAACAGACGCCGGA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1H366TF 712 0 0
CACCCGCATAATTTACATAAGTCGCAATGGAGAATAGAGTAAGAGGGAAGAGCTATGATT
CTACCACCACACCTCCAAAACCTATAAGAAGTATTTCATTCTTTCGTCTCTCCTCATTGC
ATTATACACTGCTTGAACCTGTTCGCTAGAGACAACTCGGATAGGGCCAATGTTCACCGA
TACATATTTGCCTTTGCTTGATAATGTCTGCTTTACACAATCCTCAGGAATTTGGCGTTG
AATAACAGATTCAACAGCAAGGACCATAGCATGAACAAAGTCATCTCCACCAGTCCCAAT
T**AGTAAACCCTCTCTCTGTAGGGTATGTATTTACCTTTTGGTCAAGTTCAAGCCAATC
TTGAGCAGAATCATCAGCGACAGTGCCACCAATAATGACATTAGTAGTCTTCCCAACTCT
CCCATCAGTCTTGGACACTTCTGAAATTGCCTTGAGAACAGCTTCTTGAGGCGGACCTTG
CTCCGATTGATCGTTGTGACTGCAATTGAGACGAGGGAGCCGGTCCGGAACTGAGGCGAA
ACCGCTGAAGCTTAGTCTCTTCGCCGCCGGGAACAAACCATGGACTGTAACAGACGCCGG
AGAAGTTGGGAAGAAGATGCATCTTCTTCCTGCGGCGGAGGTCCGGCGTGATTCCGATAG
AAATACGGAGCGCAGAATCGTCTTGCAAGCCATTCTCTCTCTCTCTGTTTCC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1GR51TF 151 0 0
GCCGCCGGGAACAAACCATGGACTGTAACAGACGCCGGAGAAGTTGGGAAGAAGAAGCAT
CTTCTTCCTGCGGCGGAGGTCCGGCGTGATTCCGATAGAAATACGGAGCGCAGAATCGTC
TTGCAAGCCATTCTCTCTCTCTCTGTTTCCC

QA 1 151 1 151
DS 



AS 1 4

CO CL3084Contig1 918 4 6 U
GGATAACACAGACACGATCTAAAGGGATCCTTATAATAACGAGACTGAGAGATGGCGAAT
GAAATACCTACCAAAGGGATCCTCAAGACCGAAGCTCTGAAACATTACATCTTGGAAACG
TCAGCATATCCAAGAGAGCATGGGCTGCTTAAGGAACTCCGTAAAGCCACAGTCCAGAAA
TATGGCAATTTAAGCGAGATGGAAGTTCCGGTTGATGAGGGCCTTCTTCTATCGATGCTT
TTAAAGATCGCCAACGCTAAGAACACACTCGAGCTCGGTGTTTTCACCGGTCACTCTCTT
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AAATTGGTTAAGGTTGGAGGAATCATTGCGTTCGACAACACCTTGTGGTTTGGTTTCGTG
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TTTAATTAGTGCTTTTAATAAGATGTTTTAACTTTTAAGTACTTCATATCGTTTATCTGA
TTATTATTTTTTCTAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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G
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T

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TCATATCGTTTATCTGATTATTATTTTTTC
G

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DS 



AS 1 4

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1A447TF U 89
AF RR1A447JQ C 171
AF RR1HB87JQ C 434
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BS 828 850 RR1A447JQ
BS 851 851 RR1HB87JQ
BS 852 925 RR1A447JQ

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ATAAGGAAAGTTTTGCGAACTCTCTCTTCCTCTAGAGAGAGAAGTTTCTCTCAAACCTCC
CTTCTTATCAAATACAAATCTTTCAGAAGGGAGAGTTTGATTTTGTTTTTGTTGTGTAAT
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CGATTTTCTTTTTGTTTTGTTGTGTTTTAAATCAAAAACAGAGCTGTTCTTAATGGGTTT
TTGGAATCTCTGTTTTGGTAATCAGTCTCCTCTTTCGCTAATATTCTAAATCCCGTTTTG
GTTTGTGTTTGGGCTTTCTTCTTCTTCCGATTATGCTCTTATTCTTTGCTTAGGGGTATC
AATCTTTACTTGCATGTGTGAGCCAAATAGGCGTATGAGTAAAGTTTCCTTGATGCAAAG
CAATACGTGATTGTTGGATCGATCTCGTTTGGTTCGTTGGAGGTTTAGTAGAGTCGGCAT
CTTTACGTTTGAAGATGGTCCGATAAAAAGTCTCCGGTTGAATCAAAATCGAGTTTTCCC
AGTGTAATCAATTGGTGTT

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DS 

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GGGAG
AGAGAGAGAAGTTTCTCTCAAACCTCCCTTCTTATCAAATACAAATCTTTCAGAAGGGAG
AGTTTGATTTTGTTTTTGTTGTGTAATACTTTCGATCAATCAGATCGACTTTTACTTTCG
CTTGGCGACTTGTAAACCTTCGCATGGCGATTTTCTTTTTGTTTTGTTGTGTTTTAAATC
AAAAACAGATCTGTTCTTAATGGGTTTTTGGAATCTCTGTTTTGGTAATCAGTCTCCTCT
TTCGCTAATATTCTAAATCCCGTTTTGGTTTGTGTTTGGGCTTTCTTCTTCTTCCGATTA
TGCTCTTATTCTTTGCTTAGGGGTATCAATCTTTACTTGCATGTGTGAGCCAAATAGGCG
TATGAGTAAAGTTTCCTTGATGCAAAGCAATACGTGATTGTTGGATCGATCTCGTTTGGT
TCGTTGGAGGTTTAGTAGAGTCGGCATCTTTACGTTTGAAGATGGTCCGATAAAAAGTCT
CCGGTTGAATCAAAATCGAGTTTTCCCAGTGTAATCAATTGGTGTTGAAGGAATCCCATC
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AAGCTCCATATTTTCTGAAGATCGGAGTTGGTGACCATCGCGGTGAAGGAGCATAGCAGC
GT

QA 6 667 6 667
DS 

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GTTGTGTAATACTTTCGATCAATCAGATCGACTTTTACTTTCGCTTGGCGACTTGTAAAC
CTTCGCATGGCGATTTTCTTTTTGTTTTGTTGTGTTTTAAATCAAAAACAGATCTGTTCT
TAATGGGTTTTTGGAATCTCTGTTTTGGTAATCAGTCTCCTCTTTCGCTAATATTCTAAA
TCCCGTTTTGGTTTGTGTTTGGGCTTTCTTCTTCTTCCGATTATGCTCTTATTCTTTGCT
TAGGGGTATCAATCTTTACTTGCATGTGTGAGCCAAATAGGCGTATGAGTAAAGTTTCCT
TGATGCAAAGCAATACGTGATTGTTGGATCGATCTCGTTTGGTTCGTTGGAGGTTTAGTA
GAGTCGGCATCTTTACGTTTGAAGATGGTCCGATAAAAAGTCTCCGGTTGAATCAAAATC
GAGTTTTCCCAGTGTAATCAATTGGTGTTGAAGGAATCCCATCTATAAACGACGGCTGAT
ACGAAAGTTTGGAGTTATGCGAGATCGGGAAGAAGTAACGGTGAAGCTCCATATTTTCTG
AAGATCGGAGTTGGTGACCATCGCGGTGAAGGAGCATAGCAGCGTCGGAGATGGCATGTT
GAACACGTGTACAATACGCGGCGCTGATGTTTCTGAAGTGAAACACGTGTATTCGATGTT
ACCGACTTTAAGTGTTTATTTGGGCCTTATCTATTGTAAACCTGATCCGCTGTAATATTG
CCCTTTGGGCTTTAAAATCAATGAAACAAGTTGAC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1HB87JQ 492 0 0
ATGTGTGAGCCAAATAGGCGTATGAGTAAAGTTTCCTTGATGCAAAGCAATACGTGATTG
TTGGATCGATCTCGTTTGGTTCGTTGGAGGTTTAGTAGAGTCGGCATCTTTACGTTTGAA
GATGGTCCGATAAAAAGTCTCCGGTTGAATCAAAATCGAGTTTTCCCAGTGTAATCAATT
GGTGTTGAAGGAATCCCATCTATAAACGACGGCTGATACGAAAGTTTGGAGTTATGCGAG
ATCGGGAAGAAGTAACGGTGAAGCTCCATATTTTCTGAAGATCGGAGTTGGTGACCATCG
CGGTGAAGGAGCATAGCAGCGTCGGAGATGGCATGTTGAACACGTGTACAATACGCGGCG
CTGATGTTTCTGAAGTGAAACACGTGTATTCGACGTTACCGACTTTAAGTGTTTATTAGG
GCCTTATCTATTGTAAACCTGATCCGCTGTAATATTGCCCTTTGGGCTTTAAAATCAATG
AAACAAGTTGA
T

QA 1 491 1 491
DS 



AS 1 2

CO CL3086Contig1 1170 2 8 U
GGGATTTCAAATGCGACCAGTTTTCTTCCTTTGGTCTCCATTTTTTTGTCAAAACGAAGA
CCAGAGCCATTGGATCTACAAATCGGGCAGTAGTGATTATCGTCAAACTTGAAATACTCA
TCAGTTTCTTCCTCTTCTCCTGGGTTTGATTGGCGGACAAAAGGGAGCTGGATTAGCTTT
CTGAATTGAACTTCGACCTTTGTATCTTGTTCCGGTGTAAGAAGAAGAATAAGAGGCTTT
TTGGTGATTATGGGATATCTGAATTCTGTTTTGTCATCTTCGAGCCAAGTTCACAAATCG
TCGGTCTTTTTGGTGTCTTTGACGGACATGGAGGTGCACGTGCAGCTGAATATGTCAAGC
AAAATCTATTCATTAACCTGATCAAGCATCCAAAGTTCATCTCTGACACTACAGCAGCAA
TAGCTGATGCATACAACCAAACAGACTCAGAGTTTCTTAAATCAGAAAATAGTCAGAACA
GAGATCCTGGTTCAACGGCTTCAACAGCCATATTAGTTGGCGACCGTTTACTTGTTGCTA
ATGTAGGGGACTCTAGAGCTGTTATATGCAGAGGTGGAAATGCTATTGCTGTATCCCGAG
ACCACAAGCCTGATCAAAGTGATGAGCGCCAACGAATAGAGGATGCTGGAGGATTTGTCA
TGTGGGCTGGAACATGGAGAGTTGGAGGAGTTCTTGCTGTTTCTCGTGCATTTGGCGATA
GGCTATTGAAGCAGTTCGTTGTTGCTGATCCGGAGATACAGGAGGAAAAAGTTGATAGCT
CTCTTGAGTTTCTCATTCTTGCAAGTGATGGTCTCTGGGACGTTGTATCTAACGAGGAAG
CTGTTGGGATGATCAAGGAGATAGAAGATCCCGAGGAAGGTGCAAGAAGACTGATGACGG
AAGCTTACCAAAGAGGGAGTGCAGACAACATAACTTGCGTCGTTGTACGTTTCTTTTCAG
ACCAAACAGGAGGAGTAGGTTCCATTGATCACGGTATTATACCAGACAGAAGCTCCGGTG
ACTCATCAACATAGTTTTAACATTGGTGATTTCCCTTTGGGTTTCGCTATTTCAGATTTC
ACCCAAAATAACAAATAAATCTGGGAGATTATACATTGTTTTAAAAAATGTCTCAAGGGT
TTATCAATAATATATAGAAAAAAGCCTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C777TF U 1
AF RR1C777JQ C 335
BS 1 641 RR1C777TF
BS 642 642 RR1C777JQ
BS 643 671 RR1C777TF
BS 672 672 RR1C777JQ
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BS 689 717 RR1C777TF
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RD RR1C777TF 717 0 0
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CCAGAGCCATTGGATCTACAAATCGGGCAGTAGTGATTATCGTCAAACTTGAAATACTCA
TCAGTTTCTTCCTCTTCTCCTGGGTTTGATTGGCGGACAAAAGGGAGCTGGATTAGCTTT
CTGAATTGAACTTCGACCTTTGTATCTTGTTCCGGTGTAAGAAGAAGAATAAGAGGCTTT
TTGGTGATTATGGGATATCTGAATTCTGTTTTGTCATCTTCGAGCCAAGTTCACAAATCG
TCGGTCTTTTTGGTGTCTTTGACGGACATGGAGGTGCACGTGCAGCTGAATATGTCAAGC
AAAATCTATTCATTAACCTGATCAAGCATCCAAAGTTCATCTCTGACACTACAGCAGCAA
TAGCTGATGCATACAACCAAACAGACTCAGAGTTTCTTAAATCAGAAAATAGTCAGAACA
GAGATCCTGGTTCAACGGCTTCAACAGCCATATTAGTTGGCGACCGTTTACTTGTTGCTA
ATGTAGGGGACTCTAGAGCTGTTATATGCAGAGGTGGAAATGCTATTGCTGTATCCCGAG
ACCACAAGCCTGATCAAAGTGATGAGCGCCAACGAATAGAG*ATGCTGGAGGATTTGTCA
TGTGGGCTGGA*CATGGAGAGTTGGAG*AGTTCTTGCTGTTTCTCGTGCATTTGGCG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1C777JQ 836 0 0
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GTTCATCTCTGACACTACAGCAGCAATAGCTGATGCATACAACCAAACAGACTCAGAGTT
TCTTAAATCAGAAAATAGTCAGAACAGAGATCCTGGTTCAACGGCTTCAACAGCCATATT
AGTTGGCGACCGTTTACTTGTTGCTAATGTAGGGGACTCTAGAGCTGTTATATGCAGAGG
TGGAAATGCTATTGCTGTATCCCGAGACCACAAGCCTGATCAAAGTGATGAGCGCCAACG
AATAGAGGATGCTGGAGGATTTGTCATGTGGGCTGGAACATGGAGAGTTGGAGGAGTTCT
TGCTGTTTCTCGTGCATTTGGCGATAGGCTATTGAAGCAGTTCGTTGTTGCTGATCCGGA
GATACAGGAGGAAAAAGTTGATAGCTCTCTTGAGTTTCTCATTCTTGCAAGTGATGGTCT
CTGGGACGTTGTATCTAACGAGGAAGCTGTTGGGATGATCAAGGAGATAGAAGATCCCGA
GGAAGGTGCAAGAAGACTGATGACGGAAGCTTACCAAAGAGGGAGTGCAGACAACATAAC
TTGCGTCGTTGTACGTTTCTTTTCAGACCAAACAGGAGGAGTAGGTTCCATTGATCACGG
TATTATACCAGACAGAAGCTCCGGTGACTCATCAACATAGTTTTAACATTGGTGATTTCC
CTTTGGGTTTCGCTATTTCAGATTTCACCCAAAATAACAAATAAATCTGGGAGATTATAC
ATTGTTTTAAAAAATGTCTCAAGGGTTTATCAATAATATATAGAAAAAAGCCTCAG

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 4

CO CL3087Contig1 1420 4 6 U
GGAAAACAAAAGCCGTATTCTCTTCTATCTTCAATTTAATATCCTCGAAAGAATAACAAA
GAGAGTAACTAAACCAACAAGTTTTGGACAGAGACCCATACACAAATAGTTTCCCTGTTC
TTTGGTCCGAGCAACGATGGAAAGGTACGACATATTGAGAGATCTTGGCTCCGGCAACTT
TGGAGTTGCGAAGCTTGTCAGAGAGAAAACCAACGGAAAGTTTTACGCCGTTAAGCACAT
CGAAAGAGGCATTAAGATTGATGAACATGTACAGAGAGAGATCATAAATCATAGAGACTT
GAAGCATCCCAATATCATCAGATTCAAAGAGGTTTTTGTAACACCAACGCATCTTGCCAT
AGTAATGGAGTATGCAGCAGGTGGTGAACTTTTTGAAAGAATTTGCAGTGCCGGTAGATT
CAGTGAAGACGAAGCAAGGTACTATTTCAAACAGCTTATCTCGGGAGTTAGCTATTGTCA
CGCTATGCAAATATGTCACCGAGACCTTAAGCTCGAGAATACACTCTTAGATGGGAGCCC
CTCGTCGCAGCTCAAAATATGCGATTTCGGATATTCCAAGTCATCAGTGCTACACTCTCA
GCCAAAATCCACCGTGGGAACTCCGGCTTACGTTGCTCCAGAGGTCCTGTCACGAAAAGA
ATATAACGGGAAGATTGCAGATGTATGGTCGTGTGGGGTAACATTATATGTAATGTTAGT
TGGTGCTTATCCCTTTGAAGATCCAGACGATCCAAGAAACATTAGAAAAACAATTCAGAG
GATATTAAGTGTACATTACACCATACCAGACTACGTCAGGATCTCCTCCGAATGCAAGCA
TCTCTTATCTCGTATCTTCGTTGCTGACCCTGATAAGAGAATAACTGTGCCGGAAATCGA
AGAACACTCCTGGTTCTTGAAGAATCCAGAGCCGGTTATCTCAGAAAAGAAAATAGTGGC
TGAGGAGGAGAATGATCGAAGAAGCCAAGAGGAGGGAGCAGAAACAGGAACTTTCGAATA
CACCAGAAGGTTCGTTCTTGAAGTTCATGAGTCCTGGGACGATGAACAGAGAGAAGAAAC
AGAGTAATCAAGAATCTGTTGAAACGGTGTCGTTTCGTACTTCATCAGGTACAAAATCTT
AGAACGTTAGACCAGAAAATCATTTGCACTGGTTGTTTAGTATTTAGACCTCTCTTGCTT
TAATTTTTATATTTTTGGTTGAAATTTTATAAGAATTTCAATTTTAGTTGTGTGAAATGT
GATTCATCTTTCCTTTCTTTGGGAATGATTTCGTCTGTGCGTAACCAATCTGGAAAGTCT
TCAGATGCTTGTTTGAATTTCGTTTGAAGAAAAAAGTTAAAACAAAAAGTTGTAAATTGT
ATATAGCTTTTGGGAAATAAGTTAAAATAAAATTGGTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW52TF U 1
AF RR1ER60TF U 7
AF RR1CB13TF U 390
AF RR1CB13JQ C 866
BS 1 235 RR1DW52TF
BS 236 236 RR1ER60TF
BS 237 477 RR1DW52TF
BS 478 687 RR1ER60TF
BS 688 1004 RR1CB13TF
BS 1005 1420 RR1CB13JQ

RD RR1DW52TF 485 0 0
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GAGAGTAACTAAACCAACAAGTTTTGGACAGAGACCCATACACAAATAGTTTCCCTGTTC
TTTGGTCCGAGCAACGATGGAAAGGTACGACATATTGAGAGATCTTGGCTCCGGCAACTT
TGGAGTTGCGAAGCTTGTCAGAGAGAAAACCAACGGAAAGTTTTACGCCGTTAAGTACAT
CGAAAGAGGCATTAAGATTGATGAACATGTACAGAGAGAGATCATAAATCATAGAGACTT
GAAGCATCCCAATATCATCAGATTCAAAGAGGTTTTTGTAACACCAACGCATCTTGCCAT
AGTAATGGAGTATGCAGCAGGTGGTGAACTTTTTGAAAGAATTTGCAGTGCCGGTAGATT
CAGTGAAGACGAAGCAAGGTACTATTTCAAACAGCTTATCTCGGGAGTTAGCTATTG
CACGCTAT

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1ER60TF 681 0 0
GG
AAAGCCGTATTCTCTTCTATCTTCAATTTAATATCCTCGAAAGAATAACAAAGAGAGTAA
CTAAACCAACAAGTTTTGGACAGAGACCCATACACAAATAGTTTCCCTGTTCTTTGGTCC
GAGCAACGATGGAAAGGTACGACATATTGAGAGATCTTGGCTCCGGCAACTTTGGAGTTG
CGAAGCTTGTCAGAGAGAAAACCAACGGAAAGTTTTACGCCGTTAAGCACATCGAAAGAG
GCATTAAGATTGATGAACATGTACAGAGAGAGATCATAAATCATAGAGACTTGGAGCATC
CCAATATCATCAGATTCAAAGAGGTTTTTGTAACACCAACGCATCTTGCCATAGTAATGG
AGTATGCAGCAGGTGGTGAACTTTTTGAAAGAATTTGCAGTGCCGGTAGATTCAGTGAAG
ACGAAGCAAGGTACTATTTCAAACAGCTTATCTCGGGAGTTAGCTATTGTCACGCTATGC
AAATATGTCACCGAGACCTTAAGCTCGAGAATACACTCTTAGATGGGAGCCCCTCGTCGC
AGCTCAAAATATGCGATTTCGGATATTCCAAGTCATCAGTGCTACACTCTCAGCCAAAAT
CCACCGTGGGAACTCCGGCTTACGTTGCTCCAGAGGTCCTGTCACGAAAAGAATATAACG
GGAAGATTGCAGATGTATG

QA 3 681 3 681
DS 

RD RR1CB13TF 615 0 0
TTTTTGAAAGAATTTGCAGTGCCGGTAGATTCAGTGAAGACGAAGCAAGGTACTATTTCA
AACAGCTTATCTCGGGAGTTAGCTATTGTCACGCTATGCAAATATGTCACCGAGACCTTA
AGCTCGAGAATACACTCTTAGATGGGAGCCCCTCGTCGCAGCTCAAAATATGCGATTTCG
GATATTCCAAGTCATCAGTGCTACACTCTCAGCCAAAATCCACCGTGGGAACTCCGGCTT
ACGTTGCTCCAGAGGTCCTGTCACGAAAAGAATATAACGGGAAGATTGCAGATGTATGGT
CGTGTGGGGTAACATTATATGTAATGTTAGTTGGTGCTTATCCCTTTGAAGATCCAGACG
ATCCAAGAAACATTAGAAAAACAATTCAGAGGATATTAAGTGTACATTACACCATACCAG
ACTACGTCAGGATCTCCTCCGAATGCAAGCATCTCTTATCTCGTATCTTCGTTGCTGACC
CTGATAAGAGAATAACTGTGCCGGAAATCGAAGAACACTCCTGGTTCTTGAAGAATCCAG
AGCCGGTTATCTCAGAAAAGAAAATAGTGGCTGAGGAGGAGAATGATCGAAGAAGCCAAG
AGGAGGGAGCAGAAA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1CB13JQ 555 0 0
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CCAGAGCCGGTTATTTCAGAAAAGAAAATAGTGGCTGAGGAGGAGAATGATCGAAGAAGC
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CATGAGTCCTGGGACGATGAACAGAGAGAAGAAACAGAGTAATCAAGAATCTGTTGAAAC
GGTGTCGTTTCGTACTTCATCAGGTACAAAATCTTAGAACGTTAGACCAGAAAATCATTT
GCACTGGTTGTTTAGTATTTAGACCTCTCTTGCTTTAATTTTTATATTTTTGGTTGAAAT
TTTATAAGAATTTCAATTTTAGTTGTGTGAAATGTGATTCATCTTTCCTTTCTTTGGGAA
TGATTTCGTCTGTGCGTAACCAATCTGGAAAGTCTTCAGATGCTTGTTTGAATTTCGTTT
GAAGAAAAAAGTTAAAACAAAAAGTTGTAAATTGTATATAGCTTTTGGGAAATAAGTTAA
AATAAAATTGGTGCC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 4

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GCTTGGGTGGAGGAGGAGG***GTTTAGGGCAAAGATGGAGCACTATGTGTACAGTGGAG
AAAAGAAGCACGTTTTGGCAGGGATCGGGATATTCACCGTCATCTTCGGCATCCCTTGGT
ATCTTATGAATCGAGGATCAAATAACCATCGGTCTCACCAAGATTACATGGAAAAGGCGG
ATAAAGCTAGAAAAGCTCGTCTCTCTTCATCTCCATCTCCATCCTCTGACAAGTAGTCCT
GTTTCAGACTCTAGTCAGATAATGATCCCCACTCACTCACTCAGCGTTTTCCATGTCCAT
ACAAAACATAACTCAGCAATGTCTGAGCCAGTGTGGTTTTATTTAGTTCAGTTTTACGTA
TCATTTCACTGTACTCCAGTTTCTATATTGAATAAAATAAAAGTTTTTCTCAACACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1AU50JQ C 1
AF RR1AU50TF U 1
AF RR1G547TF U 1
AF RR1F042TF U 6
BS 1 6 RR1AU50JQ
BS 7 471 RR1AU50TF
BS 472 478 RR1G547TF

RD RR1AU50JQ 472 0 0
GGGACTGAAGTTGATCTGAGATCGAGATGGGGAATGAGACAAAGAGCAATGGAGCTTCAA
GCTTGGGTGGAGGAGGAGG***GTTTAGGGCAAAGATGGAGCACTATGTGTACAGTGGAG
AAAAGAAGCACGTTTTGGCAGGGATCGGGATATTCACCGTCATCTTCGGCATCCCTTGGT
ATCTTATGAATCGAGGATCAAATAACCATCGGTCTCACCAAGATTACATGGAAAAGGCGG
ATAAAGCTAGAAAAGCTCGTCTCTCTTCATCTCCATCTCCATCCTCTGACAAGTAGTCCT
GTTTCAGACTCTAGTCAGATAATGATCCCCACTCACTCACTCAGCGTTTTCCATGTCCAT
ACAAAACATAACTCAGCAATGTCTGAGCCAGTGTGGTTTTATTTAGTTCAGTTTTACGTA
TCATTTCACTGTACTCCAGTTTCTATATTGAATAAAATAAAAGTTTTTCTC
T

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1AU50TF 472 0 0
GGGACT
GAAGTTGATCTGAGATCGAGATGGGGAATGAGACAAAGAGCAATGGAGCTTCAAGCTTGG
GTGGAGGAGGAGG***GTTTAGGGCAAAGATGGAGCACTATGTGTACAGTGGAGAAAAGA
AGCACGTTTTGGCAGGGATCGGGATATTCACCGTCATCTTCGGCATCCCTTGGTATCTTA
TGAATCGAGGATCAAATAACCATCGGTCTCACCAAGATTACATGGAAAAGGCGGATAAAG
CTAGAAAAGCTCGTCTCTCTTCATCTCCATCTCCATCCTCTGACAAGTAGTCCTGTTTCA
GACTCTAGTCAGATAATGATCCCCACTCACTCACTCAGCGTTTTCCATGTCCATACAAAA
CATAACTCAGCAATGTCTGAGCCAGTGTGGTTTTATTTAGTTCAGTTTTACGTATCATTT
CACTGTACTCCAGTTTCTATATTGAATAAAATAAAAGTTTTTCTC
T

QA 7 471 7 471
DS 

RD RR1G547TF 478 0 0
GGGACT
GAAGTTGATCTGAGATCGAGATGGGGAATGAGACAAAGAGCAATGGAGCTTCAAGCTTGG
GTGGAGGAGGAGGAGGGTTTAGGGCAAAGATGGAGCACTATGTGTACAGTGGAGAAAAGA
AGCACGTTTTGGCAGGGATCGGGATATTCACCGTCATCTTCGGCATCCCTTGGTATCTTA
TGAATCGAGGATCAAATAACCATCGGTCTCACCAAGATTACATGGAAAAGGCGGATAAAG
CTAGAAAAGCTCGTCTCTCTTCATCTCCATCTCCATCCTCTGACAAGTAGTCCTGTTTCA
GACTCTAGTCAGATAATGATCCCCACTCACTCACTCAGCGTTTTCCATGTCCATACAAAA
CATAACTCAGCAATGTCTGAGCCAGTGTGGTTTTATTTAGTTCAGTTTTACGTATCATTT
CACTGTACTCCAGTTTCTATATTGAATAAAATAAAAGTTTTTCTCAACACAT

QA 7 478 7 478
DS 

RD RR1F042TF 467 0 0
G
GAAGTTGATCTGAGATCGAGATGGGGAATGAGACAAAGAGCAATGGAGCTTCAAGCTTGG
GTGGAGGAGGAGGAGGGTTTAGGGCAAAGATGGAGCACTATGTGTACAGTGGAGAAAAGA
AGCACGTTTTGGCAGGGATCGGGATATTCACCGTCATCTTCGGCATCCCTTGGTATCTTA
TGAATCGAGGATCAAATAACCATCGGTCTCACCAAGATTACATGGAAAAGGCGGATAAAG
CTAGAAAAGCTCGTCTCTCTTCATCTCCATCTCCATCCTCTGACAAGTAGTCCTGTTTCA
GACTCTAGTCAGATAATGATCCCCACTCACTCACTCAGCGTTTTCCATGTCCATACAAAA
CATAACTCAGCAATGTCTGAGCCAGTGTGGTTTTATTTAGTTCAGTTTTACGTATCATTT
CACTGTACTCCAGTTTCTATATTGAATAAAATAAAAGTTTTTCTC
C

QA 2 466 2 466
DS 



AS 1 4

CO CL3089Contig1 557 4 13 U
CACAAACAGAGACAATTCATGAAAGTAATATCTCAACTGAAGTCAAAATAACAAAATCTG
GTGAATCAAACAAACTCATGTCTAACGATCTCCCTTACAAAGACATATTCCTCTCACACA
TCACTTTACTGCAAAACTCTCCACAAAAGAAGTTATCTAACTCTTTGGTGCAGTCTTCTC
CTTAGACTTCTGAAGCTTCAAAACCTTCTTCACAATCTTCTGCTCTTCAACCAAGAACGC
CCTAACGATCCTGTATTTAACAGCTAGCCCAGAGAGAACACCACCATATGCACGGTTCAC
TGTTCTCCTGTTCCTCGACAACCTCGACCTCTTGTACTCAGCAGGTCTCAAATGAGGAAT
CCCTTGGATTCGCTTGCCAGTGACAGGGCACTTAGGTCCACTAGCTCTCTTCTTCGTCGT
CTGGAAAGTCAACTTCCCACCAGGAGTTTTGACGATGCGGTGTTGGTTTGATTTGGTGGC
GTAAGAGTGGCGTGATCGGTAAAAAAGCCGTTGAACCATTTTCGCAAAGCTCAGGCTCAG
GCCGCCACAGAGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H739JQ U 18
AF RR1A735JQ U 21
AF RR1A735TF C 21
AF RR1HA24TF C 1
BS 1 20 RR1HA24TF
BS 21 94 RR1H739JQ
BS 95 95 RR1A735JQ
BS 96 221 RR1H739JQ
BS 222 222 RR1A735JQ
BS 223 254 RR1H739JQ
BS 255 255 RR1A735JQ
BS 256 328 RR1H739JQ
BS 329 329 RR1A735JQ
BS 330 524 RR1H739JQ
BS 525 525 RR1A735JQ
BS 526 537 RR1H739JQ
BS 538 557 RR1HA24TF

RD RR1H739JQ 520 0 0
CAT
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TCTAACGATCTCCCCTACAAAGACATATTCCTCTCACACATCACTTTACTGCAAAACTCT
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AAACCTTCTTCACAATCTTCTACTCTTCAACCAAGAACGCCCTAACGATCCTGTCTTTAA
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AAAAAAGCCGTTGAACCATTTTCG*AAAGCTCAGGCT

QA 4 520 4 520
DS 

RD RR1A735JQ 517 0 0
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TCTAACGATCTCCCTTACAAAGACATATTCCTCTCACACATCACTTTACTGCAAAACTCT
CCACAAAAGAAGTTATCTAACTCTTTGGTGCAGTCTTCTCCTTAGACTTCTGAAGCTTCA
AAACCTTCTTCACAATCTTCTGCTCTTCAACCAAGAACGCCCTAACGATCCTGTATTTAA
CAGCTAGCCCAGAGAGAACACCACCATATGCACGGTTCACTGTTCTCCTGTTCCTCGACA
ACCTCGACCTCTTGTACTCAGCAGGTCTCAAATGAGGAATCCCTTGGATTCGCTTGCCAG
TGACAGGGCACTTAGGTCCACTAGCTCTCTTCTTCGTCGTCTGGAAAGTCAACTTCCCAC
CAGGAGTTTTGACGATGCGGTGTTGGTTTGATTTGGTGGCGTAAGAGTGGCGTGATCGGT
AAAAAAGCCGTTGAACCATTTTCGCAAAGCTCAGGCT

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR1A735TF 517 0 0
GAAAGTAATATCTCAACTGATGTCAAAATAACAAAATCTGGTGAATCAAACAAACTCATG
TCTAACGATCTCCCTTACAAAGACATATTCCTCTCACACATCACTTTACTGCAAAACTCT
CCACAAAAGAAGTTATCTAACTCTTTGGTGCAGTCTTCTCCTTAGACTTCTGAAGCTTCA
AAACCTTCTTCACAATCTTCTGCTCTTCAACCAAGAACGCCCTAACGATCCTGTATTTAA
CAGCTAGCCCAGAGAGAACACCACCATATGCACGGTTCACTGTTCTCCTGTTCCTCGACA
ACCTCGACCTCTTGTACTCAGCAGGTCTCAGATGAGGAATCCCTTGGATTCGCTTGCCAG
TGACAGGGCACTTAGGTCCACTAGCTCTCTTCTTCGTCGTCTGGAAAGTCAACTTCCCAC
CAGGAGTTTTGACGATGCGGTGTTGGTTTGATTTGGTGGCGTAAGAGTGGCGTGATCGGT
AAAAAAGCCGTTGAACCATTTTCGCAAAGCTCAGGCT

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR1HA24TF 557 0 0
CACAAACAGAGACAATTCATGAAAGTAATATCTCAACTGAAGTCAAAATAACAAAATCTG
GTGAATCAAACAAACTCATGTCTAACGATCTCCCTTACAAAGACATATTCCTCTCACACA
TCACTTTACTGCAAAACTCTCCACAAAAGAAGTTATCTAACTCTTTGGTGCAGTATTCTC
CTTAGACTTCTGAAGCTTCAAAACCTTCTTCACAATCTTCTGCTCTTCAACCAAGAACGC
CCTAACGATCCTGTCTTTAACAGCTAGCCCAGAGAGAACACCACCATATGCACGGTTCAC
TGTTCTCCTGTTCCTCGACAACCTCGACCTCTTGTACTCAGCAGGTCTCAGATGAGGAAT
CCCTTGGATTCGCTTGCCAGTGACAGGGCACTTAGGTCCACTAGCTCTCTTCTTCGTCGT
CTGGAAAGTCAACTTCCCACCAGGAGTTTTGACGATGCGGTGTTGGTTTGATTTGGTGGC
GTAAGAGTGGCGTGATCGGTAAAAAAGCCGTTGAACCATTTTCGCAAAGCTCAGGCTCAG
GCCGCCACAGAGAAAAA

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 3

CO CL3090Contig1 903 3 9 U
GGGGGGAAGAATTAATCGGAGGGAGGGAGAATGGAAGGGAGCAAAGGCGAAGCGGTGTAC
GATTCAATGAATTTGAATCCTCACCTTTTCATCAATGCAGCACTCAACATCGTCCAAGAC
GTTGTCGACGAAGCTTTCCACTTCTATAGCCTTGAAGCATCCAATCTCCTGAAAATCGAT
GGACCTGATGATAACAACAGGTCACGGGAGTTATCGAAAGGTATTGATCGTGTTCGTGAT
ATGATTCAATCGGTTCTCGACAACCGCTTGGAGATGTGGGAACATTACTGTCTTCGATAC
ACTTTCGCTGTTCCTGAAGACTTTGTGCTGCTTCCGCCACAGAGTGATGATGACCGAAAT
ATCCAACCTTTGACAAACGACCAAGAGTTGGATGCAGAGTTGGATTCCCTAAGGCGTAAC
CTTCATTTGGTAGGAAACAGGTCTGTTGAGCTTAACTCGGAGCTCCAAGCTTTGGAAAGA
AAATCTGTTTTAAATGCAAGACTCGTTGATGAAGCTTCAAAGCTTTATGATCAATCATCA
GTGGACGATATGTTCAAAGAAATGACAAAAATGGCATCTGAACTTCGGACAGGGACCATC
AACAGGCTGAAAGCAAGAAATATGAATGCTGCTGCTGAAAGCGCCTTAGTAGAGACGCTA
AAGAACAATGGTATTGATTTCTCGGCTACGGCTCCCGATGGAAAGATTGAAGACCTCGAC
AAATTTCTGGCCGAGCTAAGAAAGATGTGAAAATGTTTTAACAATTGCCTTTCAACTCTG
CCCTTTTGTAAACCACTAGCTTGGCCTGGAAGACTTCGTTGTTTTTAGTTTACCTAATGG
CCACTTAATGTTTGTTTTGTTAACATACAAAAAGATCTACGCATATCTAGATATAAAGCT
TGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1DK47TF U 1
AF RR1BL96TF U 428
AF RR1DK47JQ C 189
BS 1 552 RR1DK47TF
BS 553 595 RR1BL96TF
BS 596 596 RR1DK47JQ
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BS 654 861 RR1BL96TF
BS 862 903 RR1DK47JQ

RD RR1DK47TF 552 0 0
GGGGGGAAGAATTAATCGGAGGGAGGGAGAATGGAAGGGAGCAAAGGCGAAGCGGTGTAC
GATTCAATGAATTTGAATCCTCACCTTTTCATCAATGCAGCACTCAACATCGTCCAAGAC
GTTGTCGACGAAGCTTTCCACTTCTATAGCCTTGAAGCATCCAATCTCCTGAAAATCGAT
GGACCTGATGATAACAACAGGTCACGGGAGTTATCGAAAGGTATTGATCGTGTTCGTGAT
ATGATTCAATCGGTTCTCGACAACCGCTTGGAGATGTGGGAACATTACTGTCTTCGATAC
ACTTTCGCTGTTCCTGAAGACTTTGTGCTGCTTCCGCCACAGAGTGATGATGACCGAAAT
ATCCAACCTTTGACAAACGACCAAGAGTTGGATGCAGAGTTGGATTCCCTAAGGCGTAAC
CTTCATTTGGTAGGAAACAGGTCTGTTGAGCTTAACTCGGAGCTCCAAGCTTTGGAAAGA
AAATCTGTTTTAAATGCAAGACTCGTTGATGAAGCTTCAAAGCTTTATGATCAATCATCA
GTGGACGATATG

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1BL96TF 434 0 0
G
GGTAGGAAACAGGTCTGTTGAGCTTAACTCGGAGCTCCAGGCTTTGGAAAGAAAATCTGT
TTTAAATGCAAGACTCGTTGATGAAGCTTCAAAGCTTTATGATCAATCATCAGTGGACGA
TATGTTCAAAGAAATGACAAAAATGGCATCTGAACTTCGGACAGGGATCATCAACAGGCT
GAAAGCAAGAAATGTGAATGCTGCTGCTGAAAGCGCCTTAGTAGGGACGCTAAAGAACAA
TGGTATTGATTTCTCGGCTACGGCTCCCGATGGAAAGATTGAAGACCTCGACAAATTTCT
GGCCGAGCTAAGAAAGATGTGAAAATGTTTTAACAATTGCCTTTCAACTCTGCCCTTTTG
TAAACCACTAGCTTGGCCTGGAAGACTTCGTTGTTTTTAGTTTACCTAATGGCCACTTAA
TGTTTGTTTTGTT

QA 2 434 2 434
DS 

RD RR1DK47JQ 715 0 0
TGATAACAACAGGTCACGGGAGTTATCGAAAGGTATTGATCGTGTTCGTGATATGATTCA
ATCGGTTCTCGACAACCGCTTGGAGATGTGGGAACATTACTGTCTTCGATACACTTTCGC
TGTTCCTGAAGACTTTGTGCTGCTTCCGCCACAGAGTGATGATGACCGAAATATCCAACC
TTTGACAAACGACCAAGAGTTGGATGCAGAGTTGGATTCCCTAAGGCGTAACCTTCATTT
GGTAGGAAACAGGTCTGTTGAGCTTAACTCGGAGCTCCAAGCTTTGGAAAGAAAATCTGT
TTTAAATGCAAGACTCGTTGATGAAGCTTCAAAGCTTTATGATCAATCATCAGTGGACGA
TATGTTCAAAGAAATGACAAAAATGGCATCTGAACTTCGGACAGGGACCATCAACAGGCT
GAAAGCAAGAAATATGAATGCTGCTGCTGAAAGCGCCTTAGTAGAGACGCTAAAGAACAA
TGGTATTGATTTTTCGGCTACGGCTCCCGATGGAAAGATTGAAGACCTCGACAAATTTCT
GGCCGAGCTAAGAAAGATGTGAAAATGTTTTAACAATTGCCTTTCAACTCTGCCCTTTTG
TAAACCACTAGCTTGGCCTGGAAGACTTCGTTGTTTTTAGTTTACCTAATGGCCACTTAA
TGTTTGTTTTGTTAACATACAAAAAGATCTACGCATATCTAGATATAAAGCTTGG

QA 1 715 1 715
DS 



AS 2 4

CO CL3091Contig1 1042 2 2 U
GGCCGAGACAACACAAACATGGCGAGTTTGGTTCGTCGCGCAGCCTCTCGGCTTGTCGGA
AGCTGCAGCAAAAGTCGCTTCTCCACTAACCCATTTCTGGATCACTCATTAGCCGCTCAT
TGCCGTCTGCGATATCTCACGCCGTCTATCTCCCGTAGTAATCTCTTCTCCACATCGGCT
AGAAAGAAAGCTTCTTCAACGGATCCGCTTCTCCGAGTGATCGAAACCGAGATCGGATTC
GCCGAGCAAGCCGATGATTACGATCGAGTCGAAGAAACTCCAAGTGGTTTCCCTTTTAAG
ATGGAAGACAAACCAGGATCCAAGGTCGTGACATTGACTAGAGATTACCAAGGAGAGAGT
GTTGTAGTTGAAGTACACATGACTAATCTTGTGACAGGTGATAAAGGAGACGACGAAGAG
AGCGAGGAAGAGAGTGAAGAAGAGGAAGAAGAAGAACAAGAGGATAAGCCGGAGAAGCCT
AAGCAATCAAATGTGCCTCTTTTGGTAACGCTTTCCAAGAAGACAGGACCGAGTTTGGAG
TTCAGGTGTACTGCTTCCTGACAAGATTGTGATCAAGGACATGTGGGTTACGTTTCCCGA
TGATCCTTCCAGGGATGAACTTGCCTATGAAGGCCCTTCCTTCCGGGTTTTGGATGAAAA
GTTAAGGAAGGCTTTCCATAGGTACATTGAGATTAGGGGGATAACGCCGGGCATGATCAA
CTTCTTGCACGAGTATATGATCAACAAGGATAGTGAAGAGCACTTACTGTGGTTGAAAAC
GCTCAAGAACTTTGTCAAGTCTTGAGGGGGGGAAATAACACTTTTTAAGGTTTCAGATGC
TCTGTCTTTCAAAACTTGTAGTCGAAACACTATTCTGTTTTGTTTGGATCTATTTATATG
ATTAAAAAGAGTATTGTGAAGTCAAAACTTGTAACACATTCTTGTGATAAGAAGCATGAG
CATCATTAGGTCTAGACAACAATAAGAAGTAACATTGTCAACACATTCTTCTGATAAGTA
TTTGAAGTGATTCTATTCTCAT


BQ
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G

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T

QA 1 721 1 721
DS 



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GG
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GGCCGAGTTTGGAGTTCAGGTGTACTGCTTTTCCTGACAAGATCGTGATCAAGGACATGT
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GGGTTTTGGATGAAAAGTTAAGGAAGGCTTTCCATAGGTACATTGAGATTAGGGGGATAA
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TACTTTGGTTGAAAATGCTCAAGAACTTTGTCGAGTCTTGAGGGGAGGGGGAAATAACAC
CTTTTTTTTAAGTTGTAAGATGCTCTGTCTTTCAAAACTTGTAGTTGAAACACTATTCTG
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QA 3 469 3 469
DS 



AS 1 4

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AGTGGCCCGCAATGTTGGAAGTGAAGGGTAGAGTTAGGCTGAGTGGGTTTGAGGAAGTTT
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GATGACGACATACCAGAATGGCGGCCAAATGTCCCTAGCCACCAGCTTCCACCACCCCCG
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AGACCGCCTCAAGATGGTTGGTGGGATAATCAAAATGGTGGCTCAGGGCAACACTATGAT
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AAAATAAAACTTCATAGACATTTGTGCTTTGTTTCTT


BQ
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AF RR1DZ26TF U 1
AF RR1E054TF U 1
AF RR1E054JQ C 639
AF RR1DZ26JQ C 710
BS 1 231 RR1DZ26TF
BS 232 232 RR1E054TF
BS 233 280 RR1DZ26TF
BS 281 281 RR1E054TF
BS 282 339 RR1DZ26TF
BS 340 693 RR1E054TF
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CGCCTTCCATTGCTGATATTAAGGGAGAAAAAATATGGCATGGATTACTGCAACTGAGTA
TGTCTTCCGTAGTCCCTGTCACTGGAATTTTCAGAAGTGGTGAGAAAGCAGACACGAGCG
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GACGGCATTTCGAAGAGCCAGCGTGGCAGCCTTTTTGAG

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DS 

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CGCCTTCCATTGCTGATATTAAGGGAGAAAAAATATGGCATGGATTACTGCAACTGAGTA
TGTCTTCCGTAGTCCCTGTCACTGGAATTTTCAGAAGTGGTGAGAAAGCAGACACGAGCG
AGTGGCCCGCAATGTTGGAAGTGAAGGGTAGAGTTAGGCTGAGTGGGTTTGAGGAAGTTT
ATTCAAGAGCTTCCCAAGTCTCGATCCCGTACCCTAATGGTAATGTACTTGGCTTGTAAA
GACGGCATTTCGAAGAGCCAGCGTGGCAGCCTTTTTGAGGTTGTTGATTCCTACGTTGCT
GATAAAAGAGTTGGCTACGCAGAGCCAGCCTCAGGTGTGGAGCTTTACCTTTGCCCAACA
CGTGGCGAGACTCTAGATTTGCTGACTAAAGTCATCTCTAAAGACCAGCTCGATGAAATC
AAGTCTTTGGATAGTGGGCTGCTTGTTGTTGTGTGGAGACGACCCGTCAACAAGCCCAGT
TTGAAACGTCAGCATTCTTACGCTTCTTCTGGCTCTAGAGCCTCTGTTGTGCCTGAAAAC
AAGAAGCAGAGAGGGAATCTCACAGAGAAACCTCCTGTTGCTGCATCAGTGGGGAACAAT
CATCATGGTTATGGAGGCAAAGCTGTGGAAGAA

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DS 

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TGATGATGATGCGCCACCTGGGTTTGGTCCTGTAGCTTCGAGAGATGATGATGATTTACC
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TCAACCCAAGTCTTTGGATCAAGTAAGACAGCTCATCCACATGTATGGAAACTCTGCAAG
GAGCTATAATAATGACAATGATGATGACGACATACCAGAATGGCGGCCAAATGTCCCTAG
CCACCAGCTTCCACCACCCCCGCCTCCACCTCCTGGGTTCAGACCTGAGATGGGTATTCA
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TGGCTCAGGGCAACACTATGATCAGAACAGGTCAAGAAACAGAGGATTTTGAAATCTCTG
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TCTCTTTAGCTTTTTGAAAAACTTGTTTACCTTCGCTTTGTAGCCATCGTAGAATACAAA
CCTCGAAGTAGTCCCAACTTCAAAAATAAAACTTCATAGACATTTGTGCTTTGTTTCTT

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DS 

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TCAGTTCATCATCGGTCGTGCCAGTTTCTTCTCACCAGCCATTACCGTCTCAACCCAAGT
CTTTGGATCAAGTAAGACAGCTCATCCACATGTATGGAAACTCTGCAAGGAGCTATAATA
ATGACAATGATGATGACGACATACCAGAATGGCGGCCAAATGTCCCTAGCCACCAGCTTC
CACCACCCCCGCCTCCACCTCCTGGGTTCAGACCTGAGATGGGTATTCAGGATCAAAGCA
GGACGATGGTTAGACCGCCTCAAGATGGTTGGTGGGATAATCAAAATGGTGGCTCAGGGC
AACACTATGATCAGAACAGGTCAAGAAACAGAGGATTTTGAAATCTCTGTTGATAATAGA
TTGTTTCTCTGTAATGTAGTGTTTTTTTCAATTGTTTTTGCTAAATCCCTCTCTTTAGCT
TTTTGAAAAACTTGTTTACCTTCGCTTTGTAGCCATCGTAGAATACAAACCTCGAAGTAG
TCCCAACTTCAAAAATAAAACTTCATAGACATTTGTGCTTTGTTTCTT

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 4

CO CL3093Contig1 984 4 5 U
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CGTTTTCCCCTTTCATCCCAAAAAGAGGGAAAAGTTTCGATCTTGTTGTTTGGAGTAATG
GTGGGTGCTCTGTTTGTTGTTGGCTCATCGGTGATGGATTCATGTTTATGTCTGGATGCT
CACACTAGGACCAGGAGCAAGGAGAAGATCCTTGGCAGTGCCAGTGCAAGAAAGATGGAA
CTAGGGAGCTCCTTTACTGGTTCAGGCATTGTTTTCAGGATTTCTTCCAAGAAGCGTGTC
CCAAGGATTGCGAATCGAAGAAAGAAACTCTTGATTGTGAGTGAGGACGTTGCTGGGAAC
TACGATGATACCTTCGGGGATGTCAAAACGAACCTTGTTAACTATTTCACATACAAAGCT
GTGAGGACGGTTCTTCATCAGCTCTACGAAATGAATCCTCCTCAATACACTTGGTTCTAT
AATTACGTCGTATCGAACAGACCAACCGATGGTAAACGATTCCTCCGCAAACTCGGAAAG
GAAAATCAGGAGCTTGCAGAAAGAGTGATGATCACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGCGG
ATCAAGAAATGCGACCATGGGAAGATATACCAAGATATATCGGATGAGAACTTGGCGTTG
ATGCGTGAACGCCTCATGGAGACCGTGATATGGCCTTCCGATGACTCGAACTCAGAGGTT
ATTGGCTGAAGAAGGCTGTGTCACAAACGCAGCATTTACTTTGCTCTCGTCAACTCGCTT
CACAATTTTAGGATCTTGAGTTTCTTTTAGTTTGATTTACATATAATGAATCATTAATGA
TACAGTCATTGAGCATTGTGTATATCAGTATATGTATCTATTCTTTCTTGGCATGTACTA
TTTATGACAATAGGGAAAAAAAACTATACCCTTCTTGTGCTCGGAAACTTTCTCAGTCAC
TGGACATGAACATGACTTGAGAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG44TF U 1
AF RR1AH53TF U 56
AF RR1DG44JQ C 449
AF RR1AH53JQ C 129
BS 1 180 RR1DG44TF
BS 181 733 RR1AH53TF
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RD RR1DG44TF 180 0 0
GGGTTTCTCTGTTTTGTTCTTCTCTGATTCTTACCAACTGTTTCTTGATTTCTTGAAGTT
CGTTTTCCCCTTTCATCCCAAAAAGAGGGAAAAGTTTCGATCTTGTTGTTTGGAGTAATG
GTGGGTGCTCTGTTTGTTGTTGGCTCATCGGTGATGGATTCATGTTTATGTCTGGATGCT

QA 1 180 1 180
DS 

RD RR1AH53TF 833 0 0
AAGTTCGTTTTCCCCTTTCATCCCAAAAAGAGGGAAAAGTTTCGATCTTGTTGTTTGGAG
TAATGGTGGGTGCTCTGTTTGTTGTTGGCTCATCGGTGATGGATTCATGTTTATGTCTGG
ATGCTCACACTAGGACCAGGAGCAAGGAGAAGATCCTTGGCAGTGCCAGTGCAAGAAAGA
TGGAACTAGGGAGCTCCTTTACTGGTTCAGGCATTGTTTTCAGGATTTCTTCCAAGAAGC
GTGTCCCAAGGATTGCGAATCGAAGAAAGAAACTCTTGATTGTGAGTGAGGACGTTGCTG
GGAACTACGATGATACCTTCGGGGATGTCAAAACGAACCTTGTTAACTATTTCACATACA
AAGCTGTGAGGACGGTTCTTCATCAGCTCTACGAAATGAATCCTCCTCAATACACTTGGT
TCTATAATTACGTCGTATCGAACAGACCAACCGATGGTAAACGATTCCTCCGCAAACTCG
GAAAGGAAAATCAGGAGCTTGCAGAAAGAGTGATGATCACGCGTCTCCACTTGTATGGCA
AGCGGATCAAGAAATGCGACCATGGGAAGATATACCAAGATATATCGGATGAGAACTTGG
CGTTGATGCGTGAACGCCTCATGGAGACCGTGATATGGCCTTCCGATGACTCGAACTCAG
AGGTTATTGGCTGAAGAAAGCTGTGTCACAAACGCAGCATTTACTTTGCTCTCGTCAACT
CGCTTCACAATTTTAGGATCTTGAGTTTCTTTTAGTTTGATTTACATATAATGAATCATT
AATGATACAGTCATTGAGCATTGTGTATATCAGTATATGTATCTATTCTTTCT

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR1DG44JQ 493 0 0
AAATGAATCCTCCTCAATACACTTGGTTCTATAATTACGTCGTATCGAACAGACCAACCG
ATGGTAAACGATTCCTCCGCAAACTCGGAAAGGAAAATCAGGAGCTTGCAGAAAGAGTGA
TGATCACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGTGGATCAAGAAATGCGACCATGGGAAGATAT
ACCAAGATATATCGGATGAGAACTTGGCGTTGATGCGTGAACGCCTCATGGAGACCGTGA
TATGGCCTTCCGATGACTCGAACTCAGAGGTTATTGGCTGAAGAAGGCTGTGTCACAAAC
GCAGCATTTACTTTGCTTTCGTCAACTCGCTTCACAATTTTAGGATCTTGAGTTTCTTTT
AGTTTGATTTACATATAATGAATCATTAATGATACAGTCATTGAGCATTGTGTATATCAG
TATATGTATCTATTCTTTCTTGGCATGTACTATTTATGACAATAGGGAAAAAAAACTATA
CCCTTCTTGT
ACC

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1AH53JQ 856 0 0
TCTGTTTGTTGTTGGCTCATCGGTGATGGATTCATGTTTATGTCTGGATGCTCACACTAG
GACCAGGAGCAAGGAGAAGATCCTTGGCAGTGCCAGTGCAAGAAAGATGGAACTAGGGAG
CTCCTTTACTGGTTCAGGCATTGTTTTCAGGATTTCTTCCAAGAAGCGTGTCCCAAGGAT
TGCGAATCGAAGAAAGAAACTCTTGATTGTGAGTGAGGACGTTGCTGGGAACTACGATGA
TACCTTCGGGGATGTCAAAACGAACCTTGTTAACTATTTCACATACAAAGCTGTGAGGAC
GGTTCTTCATCAGCTCTACGAAATGAATCCTCCTCAATACACTTGGTTCTATAATTACGT
CGTATCGAACAGACCAACCGATGGTAAACGATTCCTCCGCAAACTCGGAAAGGAAAATCA
GGAGCTTGCAGAAAGAGTGATGATCACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGCGGATCAAGAA
ATGCGACCATGGGAAGATATACCAAGATATATCGGATGAGAACTTGGCGTTGATGCGTGA
ACGCCTCATGGAGACCGTGATATGGCCTTCCGATGACTCGAACTCAGAGGTTATTGGCTG
AAGAAGGCTGTGTCACAAACGCAGCATTTACTTTGCTCTCGTCAACTCGCTTCACAATTT
TAGGATCTTGAGTTTCTTTTAGTTTGATTTACATATAATGAATCATTAATGATACAGTCA
TTGAGCATTGTGTATATCAGTATATGTATCTATTCTTTCTTGGCATGTACTATTTATGAC
AATAGGGAAAAAAAACTATACCCTTCTTGTGCTCGGAAACTTTCTCAGTCACTGGACATG
AACATGACTTGAGAAC

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 4

CO CL3094Contig1 748 4 9 U
GGAACGAATTTGAGACAAGAAAAGAAAAACAGAGAACGGCGGAGGAGGAGATGAATGGGC
CGCCGGAGAACGATCTTTGCTCGATATGTCATTCCCACTTTACTGCTCCTTGCCAAGCCA
ATTGCTCTCATTGGTTCTGCGGAAATTGCATCATGCTTGTGTGGAGGCATGGATCTATAT
TACAGCCATGCAAATGCCCCTTGTGTCGTCGTCCCATAAGTTTGCTCGTCCCTACAGAGG
ACACTATCAGAGACCGTAATGATCCTACAGTTACCGAGGTTCTTGCTAATCTTGAAACCT
ACAACCGACGCTTTGGTGGACAATCAACTAGTTTAATTCAGAGGATGCAAGACCTTCCGT
TCTTACTTCGGAGATTGTTGCGGGAAATGATGGATCCACAAAGAACACTTCCACTTGTCA
TCAGAGCTCGAGTTTATATCGCAATGATTCTCAGTGCTGTTTACATAGTCAGTCCAATAG
ATATCATTCCAGAAGGAGTTCTGGGGGTTGTCGGTTTGCTTGATGATCTACTCATAGCCT
TGATTTGTTTCCTCCATGTTGCTGCTCTCTACCGCTCGGTTCTCTATTTCCGCCATGCCG
GTTCTTGAACCAATGAATGTTTGTGACAATTCAAGAACTGAGAAATGTGCTTACCTTCCG
TCTTTGTCTTTGATCACTTAACCTTGTGTAGACACGATCATTCTGTTTTGACTATGGAAA
CTTAAATCAGTGAGGATGATAGGACCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H523JQ C 418
AF RR1H523TF U 1
AF RR1GJ09TF U 56
AF RR1GJ09JQ C 290
BS 1 252 RR1H523TF
BS 253 253 RR1GJ09TF
BS 254 287 RR1H523TF
BS 288 288 RR1GJ09TF
BS 289 619 RR1H523TF
BS 620 620 RR1GJ09TF
BS 621 650 RR1H523TF
BS 651 712 RR1GJ09TF
BS 713 748 RR1GJ09JQ

RD RR1H523JQ 128 0 0
TCATCAGAGCTCGAGTTTATATCGCAATGATTCTCAGTGCTGTTTACATAGTCAGTCCAA
TAGATATCATTCCAGAAGGAGTTCTGGGGGTTGTCGGTTTGCTTGATGATCTACTCATAG
CCTTGATT

QA 1 128 1 128
DS 

RD RR1H523TF 650 0 0
GGAACGAATTTGAGACAAGAAAAGAAAAACAGAGAACGGCGGAGGAGGAGATGAATGGGC
CGCCGGAGAACGATCTTTGCTCGATATGTCATTCCCACTTTACTGCTCCTTGCCAAGCCA
ATTGCTCTCATTGGTTCTGCGGAAATTGCATCATGCTTGTGTGGAGGCATGGATCTATAT
TACAGCCATGCAAATGCCCCTTGTGTCGTCGTCCCATAAGTTTGCTCGTCCCTACAGAGG
ACACTATCAGAGGCCGTAATGATCCTACAGTTACCGAGGTTCTTGCTGATCTTGAAACCT
ACAACCGACGCTTTGGTGGACAATCAACTAGTTTAATTCAGAGGATGCAAGACCTTCCGT
TCTTACTTCGGAGATTGTTGCGGGAAATGATGGATCCACAAAGAACACTTCCACTTGTCA
TCAGAGCTCGAGTTTATATCGCAATGATTCTCAGTGCTGTTTACATAGTCAGTCCAATAG
ATATCATTCCAGAAGGAGTTCTGGGGGTTGTCGGTTTGCTTGATGATCTACTCATAGCCT
TGATTTGTTTCCTCCATGTTGCTGCTCTCTACCGCTCGGTTCTCTATTTCCGCCATGCCG
GTTCTTGAACCAATGAATGCTTGTGACAATTCAAGAACTGAGAAATGTGC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1GJ09TF 657 0 0
TGGGCCGCCGGAGAACGATCTTTGCTCGATATGTCATTCCCACTTTACTGCTCCTTGCCA
AGCCAATTGCTCTCATTGGTTCTGCGGAAATTGCATCATGCTTGTGTGGAGGCATGGATC
TATATTACAGCCATGCAAATGCCCCTTGTGTCGTCGTCCCATAAGTTTGCTCGTCCCTAC
AGAGGACACTATCAGAGACCGTAATGATCCTACAGTTACCGAGGTTCTTGCTAATCTTGA
AACCTACAACCGACGCTTTGGTGGACAATCAACTAGTTTAATTCAGAGGATGCAAGACCT
TCCGTTCTTACTTCGGAGATTGTTGCGGGAAATGATGGATCCACAAAGAACACTTCCACT
TGTCATCAGAGCTCGAGTTTATATCGCAATGATTCTCAGTGCTGTTTACATAGTCAGTCC
AATAGATATCATTCCAGAAGGAGTTCTGGGGGTTGTCGGTTTGCTTGATGATCTACTCAT
AGCCTTGATTTGTTTCCTCCATGTTGCTGCTCTCTACCGCTCGGTTCTCTATTTCCGCCA
TGCCGGTTCTTGAACCAATGAATGTTTGTGACAATTCAAGAACTGAGAAATGTGCTTACC
TTCCGTCTTTGTCTTTGATCACTTAACCTTGTGTAGACACGATCATTCTGTTTTGAC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1GJ09JQ 459 0 0
TCTTGAAACCTACAACCGACGCTTTGGTGGACAATCAACTAGTTTAATTCAGAGGATGCA
AGACCTTCCGTTCTTACTTCGGAGATTGTTGCGGGAAATGATGGATCCACAAAGAACACT
TCCACTTGTCATCAGAGCTCGAGTTTATATCGCAATGATTCTCAGTGCTGTTTACATAGT
CAGTCCAATAGATATCATTCCAGAAGGAGTTCTGGGGGTTGTCGGTTTGCTTGATGATCT
ACTCATAGCCTTGATTTGTTTCCTCCATGTTGCTGCTCTCTACCGCTCGGTTCTCTATTT
CCGCCATGCCGGTTCTTGAACCAATGAATGTTTGTGACAATTCAAGAACTGAGAAATGTG
CTTACCTTCCGTCTTTGTCTTTGATCACTTAACCTTGTGTAGACACGATCATTCTGTTTT
GACTATGGAAACTTAAATCAGTGAGGATGATAGGACCAT

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 4

CO CL3095Contig1 593 4 11 U
GGGGGCGTTAAACAGTGAGAGAGAAGAGGAAGAGGAAGAAAGATGAACAAGAAGGAGATC
TTCAAGCTAGCAAAGGGTTTCAGGGGAAGAGCGAAGAACTGCATAAGAATCGCGAGGGAG
AGAGTGGAGAAAGCTCTTCAGTACTCTTACAGAGACAGGCGCAACAAAAAACGTGAGATG
CGAGGTCTCTGGATCGAGCGTATCAACGCCGGCTCTCGTCAGCACGGTGTGAACTACGGT
AACTTTATCCACGGACTGATGAAGGAGAACATCCAGCTGAACCGTAAAGTCCTCTCTGAG
TTGTCTATGCACGAACCTTACAGCTTCAAAGCACTCGTTGACGTCTCCCGCAACTCCTTC
CCTGGAAACAAGAACGTTGTCCAAGCCCCTCGGAAAGTAGACATTTCTTCCATTAATGCC
TAGTTATTATGAACATGCCTCTCCTTTCTTGTTCTCTTTCAAACAATAACACATACCGTT
TAGTTATTTGTTTGAATCACATGAACACAAACAAGAGCTTCACAATCTTTGAGCCAATGT
ATTTCTGTCTTCTTATTTCGTTTACCAGTTCTAAATCCATTGATTTGTTTACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EU13JQ C 41
AF RR1EU13TF U 41
AF RR1E051JQ C 1
AF RR1E051TF U 1
BS 1 40 RR1E051TF
BS 41 98 RR1EU13TF
BS 99 99 RR1E051TF
BS 100 167 RR1EU13TF
BS 168 168 RR1E051TF
BS 169 365 RR1EU13TF
BS 366 366 RR1E051TF
BS 367 437 RR1EU13TF
BS 438 438 RR1E051TF
BS 439 508 RR1EU13TF
BS 509 593 RR1E051TF

RD RR1EU13JQ 468 0 0
AGATGAACAAGAAGGAGATCTTCAAGCTAGCAAAGGGTTTCAGGGGAAGAGCGAAGAATT
GCATAAGAATCGCGAGGGAGAGAGTGGAGAAAGCTCTTCAGTACTCTTACAGAGACAGGC
GCAACAAGAAACGTGAGATGCGAGGTCTCTGGATCGAGCGTATCAACGCCGGCTCTCGTC
AGCACGGTGTGAACTACGGTAACTTTATCCACGGACTGATGAAGGAGAACATCCAGCTGA
ACCGTAAAGTCCTCTTTGAGTTGTCTATGCACGAACCTTACAGCTTCAAAGCACTCGTTG
ACGTCTCCCGCAACTCCTTCCCTGGTAACAAGAACGTTGTCCAAGCCCCTCGGAAAGTAG
ACATTTCTTCCATTAATGCCTAGTTATTATGAACATGTCTCTCCTTTCTTGTTCTCTTTC
AAACAATAACACATACCGTTTAGTTATTTGTTTGAATCACATGAACAC

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR1EU13TF 468 0 0
AGATGAACAAGAAGGAGATCTTCAAGCTAGCAAAGGGTTTCAGGGGAAGAGCGAAGAATT
GCATAAGAATCGCGAGGGAGAGAGTGGAGAAAGCTCTTCAGTACTCTTACAGAGACAGGC
GCAACAAGAAACGTGAGATGCGAGGTCTCTGGATCGAGCGTATCAACGCCGGCTCTCGTC
AGCACGGTGTGAACTACGGTAACTTTATCCACGGACTGATGAAGGAGAACATCCAGCTGA
ACCGTAAAGTCCTCTCTGAGTTGTCTATGCACGAACCTTACAGCTTCAAAGCACTCGTTG
ACGTCTCCCGCAACTCCTTCCCTGGTAACAAGAACGTTGTCCAAGCCCCTCGGAAAGTAG
ACATTTCTTCCATTAATGCCTAGTTATTATGAACATGTCTCTCCTTTCTTGTTCTCTTTC
AAACAATAACACATACCGTTTAGTTATTTGTTTGAATCACATGAACAC

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR1E051JQ 593 0 0
GGGGGCGTTAAACAGTGAGAGAGAAGAGGAAGAGGAAGAAAGATGAACAAGAAGGAGATC
TTCAAGCTAGCAAAGGGTTTCAGGGGAAGAGCGAAGAACTGCATAAGAATCGCGAGGGAG
AGAGTGGAGAAAGCTCTTCAGTACTCTTACAGAGACAGGCGCAACAAAAAACGTGAGATG
CGAGGTCTCTGGATCGAGCGTATCAACGCCGGCTCTCGTCAGCACGGTGTGAACTACGGT
AACTTTATCCACGGACTGATGAAGGAGAACATCCAGCTGAACCGTAAATTCCTCTCTGAG
TTGTCTATGCACGAACCTTACAGCTTCAAAGCACTCGTTGACGTCTCCCGCAACTCCTTC
CCTGGAAACAAGAACGTTGTCCAAGCCCCTCGGAAAGTTGACATTTCTTCCATTAATGCC
TAGTTATTGTGAACATGCCTCTCCTTTCTTGTTCTCTTTCAAACAATAACACATACCGTT
TAGTTATTTGTTTGAATCACATGAACACAAACAAGAGCTTCACAATCTTTGAGCCAATGT
ATTTCTGTCTTCTTATTTCGTTTACCAGTTCTAAATCCATTGATTTGTTTACT

QA 1 593 1 593
DS 

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TTCAAGCTAGCAAAGGGTTTCAGGGGAAGAGCGAAGAACTGCATAAGAATCGCGAGGGAG
AGAGTGGAGAAAGCTCTTCAGTACTCTTACAGAGACAGGCGCAACAAAAAACGTGAGATG
CGAGGTCTCTGGATCGAGCGTATCAACGCCGGCTCTCGTCAGCACGGTGTGAACTACGGT
AACTTTATCCACGGACTGATGAAGGAGAACATCCAGCTGAACCGTAAATTCCTCTCTGAG
TTGTCTATGCACGAACCTTACAGCTTCAAAGCACTCGTTGACGTCTCCCGCAACTCCTTC
CCTGGAAACAAGAACGTTGTCCAAGCCCCTCGGAAAGTTGACATTTCTTCCATTAATGCC
TAGTTATTGTGAACATGCCTCTCCTTTCTTGTTCTCTTTCAAACAATAACACATACCGTT
TAGTTATTTGTTTGAATCACATGAACACAAACAAGAGCTTCACAATCTTTGAGCCAATGT
ATTTCTGTCTTCTTATTTCGTTTACCAGTTCTAAATCCATTGATTTGTTTACT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 4

CO CL3096Contig1 1214 4 6 U
GGGGATATCCATTGCCCATACCTCTGACTAGGATTTTCAGAACCAAACACTTCAGCTTTG
GCTCTCATCTGTTCACTGTCTTATATATTGTAGATGTTACTTTATGCTCTGTCTAAAGTG
AATTGAGATAGAGAAAAAGAGAAAAAGAGAAAGAGAGTAGTAACATGGATGCTTGTTTTC
TTACCTCAAGATCAATCTCTGGTGTCAAAGAGGTTGTCCCGTTCATCAAACCTAGAATCT
TTTCTTGCCCCAAGAGAAGTTCCTGCCAGTTCCTCACCAGGAAATTTGCTTCTCCGTTCT
CTGTAAATTGTTCTCTTTCGGATTCATGGAAGCCACTGGACGATGATTGTGTCAACAATT
CAACATCAGATGCTGACTGGAGAGAGTTCAGGGCAAGGCTGGTGGCTGGAGAGCAAGCTG
CAACCTCAGAGAAGGACTCGTCCTCGTGGTCTAACCCTGACATGGTGGTTGACTATCCGT
CATCATCGTCCACACTGATCACAGTTGGAAACAAATGGGCACACAAGATCCACGAGCCAG
AGCCAGGGTGTCTCCTAATCGCTACAGAGAAGCTAGATGGAGTCCACATCTTCGAAAAGA
CAGTGATCCTCATCCTCTCTGTTGGACCTTCAGGTCCTATAGGAGTCATACTAAACCGTC
CATCGCTTATGTCTATCAAGGAGACTAAATCAACGGTCTTAGACGTGGCGGGAACGTTTT
CAGACAAGAGGCTCTTCTTTGGTGGGCCTTTGGAAGAAGGGTTGTTCCTGGTGAGTCCGA
GGAGTGGTGGGGACAACGAGGTTGCGAAGAGCGGAGTGTTCAGACAAGTGATGAAAGGAT
TGTACTATGGGACGAGAGAGAGTGTGGGATTGGCTGCAGAGATGCTGAAGAGGAAGCTGG
TGGGAAGAAGTGAGCTAAGATTCTTTGATGGGTATTGCGGTTGGGAAAAGGAGCAGTTGA
AAGCAGAGATCTTGGGAGGATACTGGACTGTGGCTGCTTGTAGCTCGAGTGTTGTTGAGC
TTGGTTCTGCTGTTCAGAGTCATGGTCTTTGGGATGAGGTTCTTGGACTTATTGGTCCTC
AAACTGGCTCTGTTATCTAAAGTCTAGCTTCTGTAATGTTTTTACTAATGGTTTTTTACT
ATTGTGTATGTTTAATTGATGTATGTACGTATTCAGGATTCATCACTAATTTAATGAGTA
TGAATGTTTCTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1H601TF U 1
AF RR1EB44TF U 113
AF RR1H601JQ C 536
AF RR1EB44JQ C 613
BS 1 533 RR1H601TF
BS 534 796 RR1EB44TF
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RD RR1H601TF 533 0 0
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GCTCTCATCTGTTCACTGTCTTATATATTGTAGATGTTACTTTATGCTCTGTCTAAAGTG
AATTGAGATAGAGAAAAAGAGAAAAAGAGAAAGAGAGTAGTAACATGGATGCTTGTTTTC
TTACCTCAAGATCAATCTCTGGTGTCAAAGAGGTTGTCCCGTTCATCAAACCTAGAATCT
TTTCTTGCCCCAAGAGAAGTTCCTGCCAGTTCCTCACCAGGAAATTTGCTTCTCCGTTCT
CTGTAAATTGTTCTCTTTCGGATTCATGGAAGCCACTGGACGATGATTGTGTCAACAATT
CAACATCAGATGCTGACTGGAGAGAGTTCAGGGCAAGGCTGGTGGCTGGAGAGCAAGCTG
CAACCTCAGAGAAGGACTCGTCCTCGTGGTCTAACCCTGACATGGTGGTTGACTATCCGT
CATCATCGTCCACACTGATCACAGTTGGAAACAAATGGGCACACAAGATCCAC

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1EB44TF 684 0 0
GG
AAAGTGAATTGAGATAGAGAAAAAGAGAAAAAGAGAAAGAGAGTAGTAACATGGATGCTT
GTTTTCTTACCTCAAGATCAATCTCTGGTGTCAAAGAGGTTGTCCCGTTCATCAAACCTA
GAATCTTTTCTTGCCCCAAGAGAAGTTCCTGCCAGTTCCTCACCAGGAAATTTGCTTCTC
CGTTCTCTGTAAATTGTTCTCTTTCGGATTCATGGAAGCCACTGGACGATGATTGTGTCA
ACAATTCAACATCAGATGCTGACTGGAGAGAGTTCAGGGCAAGGCTGGTGGCTGGAGAGC
AAGCTGCAACCTCAGAGAAGGACTCGTCCTCGTGGTCTAACCCTGACATGGTGGTTGACT
ATCCGTCATCATCGTCCACACTGATCACAGTTGGAAACAAATGGGCACACAAGATCCACG
AGCCAGAGCCAGGGTGTCTCCTAATCGCTACAGAGAAGCTAGATGGAGTCCACATCTTCG
AAAAGACAGTGATCCTCATCCTCTCTGTTGGACCTTCAGGTCCTATAGGAGTCATACTAA
ACCGTCCATCGCTTATGTCTATCAAGGAGACTAAATCAACGGTCTTAGACGTGGCGGGAA
CGTTTTCAGACAAGAGGCTCTTCTTTGGTGGGCCTTTGGAAGAAGGGTTGTTCCTGGTGA
GTCCGAGGAGTGGTGGGGACAA

QA 3 684 3 684
DS 

RD RR1H601JQ 676 0 0
GCCAGAGCCAGGGTGTCTCCTAGTCGCTACAGAGAAGCTAGATGGAGTCCACATCTTCGA
AAAGACAGTGATCCTCATCCTCTCTGTTGGACCTTCAGGTCCTATAGGAGTCATACTAAA
CCGTCCATCGCTTATGTCTATCAAGGAGACTAAATCAACGGTCTTAGACGTGGCGGGAAC
GTTTTCAGACAAGAGGCTCTTCTTTGGTGGGCCTTTGGAAGAAGGGTTGTTCCTGGTGAG
TCCGAGGAGTGGTGGGGACAACGAGGTTGCGAAGAGCGGAGTGTTCAGACAAGTGATGAA
AGGATTGTACTATGGGACGAGAGAGAGTGTGGGATTGGCTGCAGAGATGGTGAAGAGGAA
GCTGGTGGGAAGAAGTGAGCTAAGATTCTTTGATGGGTATTGCGGTTGGGAAAAGGAGCA
GTTGAAAGCAGAGATCTTGGGAGGATACTGGACTGTGGCTGCTTGTAGCTCGAGTGTTGT
TGAGCTTGGTTCTGCTGTTCAGAGTCATGGTCTTTGGGATGAGGTTCTTGGACTTATTGG
TCCTCAAACTGGCTCTGTTATCTAAAGTCTAGCTTCTGTAATGTTTTTACTAATGGTTTT
TTACTATTGTGTATGTTTAATTGATGTATGTACGTATTCAGGATTCATCACTAATTTAAT
GAGTATGAATGTTTCT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1EB44JQ 602 0 0
TCCTCTCTGTTGGACCTTCAGGTCCTATAGGAGTCATACTAAACCGTCCATCGCTTATGT
CTATCAAGGAGACTAAATCAACGGTCTTAGACGTGGCGGGAACGTTTTCAGACAAGAGGC
TCTTCTTTGGTGGGCCTTTGGAAGAAGGGTTGTTCCTGGTGAGTCCGAGGAGTGGTGGGG
ACAACGAGGTTGCGAAGAGCGGAGTGTTCAGACAAGTGATGAAAGGATTGTACTATGGGA
CGAGAGAGAGTG**GGATTGGCTGCAGAGATGCTGAAGAGGAAGCTGGTGGGAAGAAGTG
AGCTAAGATTCTTTGATGGGTATTGCGGTTGGGAAAAGGAGCAGTTGAAAGCAGAGATCT
TGGGAGGATACTGGACTGTGGCTGCTTGTAGCTCGAGTGTTGTTGAGCTTGGTTCTGCTG
TTCAGAGTCATGGTCTTTGGGATGAGGTTCTTGGACTTATTGGTCCTCAAACTGGCTCTG
TTATCTAAAGTCTAGCTTCTGTAATGTTTTTACTAATGGTTTTTTACTATTGTGTATGTT
TAATTGATGTATGTACGTATTCAGGATTCATCACTAATTTAATGAGTATGAATGTTTCTA
CT

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 4

CO CL3097Contig1 760 4 26 U
GGGGGAGAAAACGTTGATCCAAATTCAAAGAGAATCTCCGAACCTCTCATCGCATCCAAG
AAGTTTTCTTCTCAGCTTTATCTCAGATCGCTTCTTAGCTGTTACCATGCCGAAGAACAA
GGGAAAGGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAACGAAGCCGATGACGAGAAGCGTGA
GCTTATATTCAAAGAAGACGGACAAGAGTACGCGCAAGTCCTTCGCATGCTCGGCAACGG
GAGATGCGAGTGCATGTGCATCGACGGCACCAAACGTCTCTGCCATATCCGCGGCAAGAT
GCACAAGAAGGTTTGGATCGCGGCAGGTGATATCATACTTGTCGGTCTGAGAGACTACCA
GGATGACAAGGCTGATGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAGGCGAGGCTTCTCAAGGC
CTATGGTGAGCTTCCCGAGAACACTCGTCTCAACGAAGGTATTGCTGGTGATCTTGACGA
TGATGAGGAGAATGGCGCTGATGATGTTATTGATTTTGAGGACGAGGATATCGATAGGAT
CTAAGGTGTTTGTTTGGTTTTTGTTTTTGCTTTAAACCTTTTCTGGCAGCTTTGTATTGT
CAGTTTGAGACGCATGACTTCTGAGTTTACAGAAGAGTATACTTTACAACTATTATGTTC
TTTAGTTTGGTTTGGGCTTTGCAGTGAATCAGGTTGCTTTGGCACCAAAGAGTAAATAAT
CTATTCAACAGCAAACAAATAAAAAACTTTTAACATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 0 15 15 15 0 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1CS34TF U 1
AF RR1C549TF U 14
AF RR1FC47JQ C 275
AF RR1FC47TF U 275
BS 1 42 RR1CS34TF
BS 43 43 RR1C549TF
BS 44 51 RR1CS34TF
BS 52 52 RR1C549TF
BS 53 61 RR1CS34TF
BS 62 62 RR1C549TF
BS 63 162 RR1CS34TF
BS 163 163 RR1C549TF
BS 164 285 RR1CS34TF
BS 286 286 RR1C549TF
BS 287 395 RR1CS34TF
BS 396 397 RR1C549TF
BS 398 399 RR1CS34TF
BS 400 400 RR1C549TF
BS 401 587 RR1CS34TF
BS 588 588 RR1C549TF
BS 589 613 RR1CS34TF
BS 614 614 RR1C549TF
BS 615 646 RR1CS34TF
BS 647 692 RR1C549TF
BS 693 693 RR1FC47TF
BS 694 695 RR1C549TF
BS 696 696 RR1FC47TF
BS 697 706 RR1C549TF
BS 707 757 RR1FC47TF
BS 758 760 RR1FC47JQ

RD RR1CS34TF 646 0 0
GGGGGAGAAAACGTTGATCCAAATTCAAAGAGAATCTCCGAATCTCTCATCTCATCCAAG
AGGTTTTCTTCTCAGCTTTATCTCAGATCGCTTCTTAGCTGTTACCATGCCGAAGAACAA
GGGAAAGGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAACGAAGCTGATGACGAGAAGCGTGA
GCTTATATTCAAAGAAGACGGACAAGAGTACGCGCAAGTCCTTCGCATGCTCGGCAACGG
GAGATGCGAGTGCATGTGCATCGACGGCACCAAACGTCTCTGCCACATCCGCGGCAAGAT
GCACAAGAAGGTTTGGATCGCGGCAGGTGATATCATACTTGTCGGTCTGAGAGACTACCA
GGATGACAAGGCTGATGTCATCCTCAAGTACATGT**GACGAGGCGAGGCTTCTCAAGGC
CTATGGTGAGCTTCCCGAGAACACTCGTCTCAACGAAGGTATTGCTGGTGATCTTGACGA
TGATGAGGAGAATGGCGCTGATGATGTTATTGATTTTGAGGACGAGGATATCGATAGGAT
CTAAGGTGTTTGTTTGGTTTTTGTTTTTGCTTTAAACCTTTTCTGGCTGCTTTGTATTGT
CAGTTTGAGACGCGTGACTTCTGAGTTTACAGAAGAGTATACTTTA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1C549TF 693 0 0
GG
GATCCAAATTCAAAGAGAATCTCCTCACCTC**ATCGCATCCAAGAAGTTTTCTTCTCAG
CTTTGTTTCAGATCGCTTCTTAGCTGTTACCATGCCGAAGAACAAGGGAAAGGGAGGAAA
GAACAGGAAGAGAGGAAAGAACGAAGCCGATGACGAGAAGCGTGAGCTTATATTCAAAGA
AGACGGACAAGAGTACGCGCAAGTCCTTCGTATGCTCGGCAACGGGAGATGCGAGTGCAT
GTGCATCGACGGCACCAAACGTCTCTGCCATATCCGCGGCAAGATGCACAAGAAGGTTTG
GATCGCGGCAGGTGATATCATACTTGTCGGTCTGAGAGACTACCAGGATGACAAGGCTGA
TGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAGGCGAGGCTTCTCAAGGCCTATGGTGAGCTTCC
CGAGAACACTCGTCTCAACGAAGGTATTGCTGGTGATCTTGACGATGATGAGGAGAATGG
CGCTGATGATGTTATTGATTTTGAGGACGAGGATATCGATAGGATCTA*GGTGTTTGTTT
GGTTTTTGTTTTTGCTTTAAACCTTTTCTGGCAGCTTTGTATTGTCAGTTTGAGACGCAT
GACTTCTGAGTTTACAGAAGAGTATACTTTACAACTATTATGTTCTTTAGTTTGGTTTGG
GCTTTGCAGTGAATCAG*TTACTTTGGCACC

QA 3 693 3 693
DS 

RD RR1FC47JQ 486 0 0
GGTT
TCTGCCATATCCGCGGCAAGATGCACAAGAAGGTTTGGATCGCGGCAGGTGATATCATAC
TTGTCGGTTTGAGAGACTACCAGGATGACAAGGCTGATGTCATCCTCAAGTACATGTTTG
ATGAGGCGAGGCTTCTCAAGGCCTATGGTGAGCTTCCCGAGAACACTCGTTTCAACGAAG
GTATTGCTGGTGATCTTGACGATGATGAGGAGAATGGCGCTGATGATGTTATTGATTTTG
AGGACGAGGATATCGATAGGATTTAAGGTGTTTGTTTGGTTTTTGTTTTTGCTTTAAACC
TTTTTTGGCAGCTTTGTATTGTCAGTTTGAGACGCATGACTTTTGAGTTTACAGAAGAGT
ATACTTTACAACTATTATGTTCTTTAGTTTGGTTTGGGCTTTGCAGTGAATCAGGTTGCT
TTGGCACCAAAGAGTAAATAATCTATTCAACAGCAAACAAATAAAAAACTTTTAACATTT
TC

QA 5 486 5 486
DS 

RD RR1FC47TF 486 0 0
GGTC
TCTGCCATATCCGCGGCAAGATGCACAAGAAGGTTTGGATCGCGGCAGGTGATATCATAC
TTGTCGGTCTGAGAGACTACCAGGATGACAAGGCTGATGTCATCCTCAAGTACATGTCTG
ATGAGGCGAGGCTTCTCAAGGCCTATGGTGAGCTTCCCGAGAACACTCGTCTCAACGAAG
GTATTGCTGGTGATCTTGACGATGATGAGGAGAATGGCGCTGATGATGTTATTGATTTTG
AGGACGAGGATATCGATAGGATCTAAGGTGTTTGTTTGGTTTTTGTTTTTGCTTTAAACC
TTTTCTGGCAGCTTTGTATTGTCAGTTTGAGACGCATGACTTCTGAGTTTACAGAAGAGT
ATACTTTACAACTATTATGTTCTTTAGTTTGGTTTGGGCTTTGCAGTGAATCAGGTTGCT
TTGGCACCAAAGAGTAAATAATCTATTCAACAGCAAACAAATAAAAAACTTTTAACATT
CTC

QA 5 483 5 483
DS 



AS 1 4

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GCTATGTCTCCAGCTAAAGTTGATACCACGAAGAAGGCTGATCCTAAGGCCAAGGCCTTG
AAGGCTGCGAAAGCAGTTAAGTCTGGCCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGG
ACTAAGGTTACCTTCCACGGGCCAAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAATACCCA
AGAATCAGTGCTACTCCAAGGAACAAGTTGGATCACTATGGTATCCTTAAGTACCCACTC
ACCACCGAGTCTGCAATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGAC
ATTCGTGCCGACAAGAAGAAGATTAAGGATGCTGTTAAAAAGATGTATGACATTCAGACC
AAGAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACA
CCAGACTACGATGCTTTAGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTCGTCTACCT
CTCCTATTATAAAAAGGACTTGTGGTTTTGTCTCTAGTCGTCAAAACTTTGTTTTACAAT
ACATTCGTGTTGCAGTTAATTGTTGAATTCAAATTCTATGTTTTTTGGCTTCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E435TF U 1
AF RR1G402TF U 1
AF RR1G009TF U 20
AF RR1G402JQ C 87
BS 1 198 RR1E435TF
BS 199 199 RR1G402TF
BS 200 233 RR1E435TF
BS 234 234 RR1G402TF
BS 235 459 RR1E435TF
BS 460 460 RR1G402TF
BS 461 555 RR1E435TF
BS 556 654 RR1G402TF

RD RR1E435TF 555 0 0
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GCTATGTCTCCAGCTAAAGTTGATACCACGAAGAAGGCTGATCCTAAGGCCAAGGCCTTG
AAGGCTGCGAAAGCAGTTAAGTCTGGCCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGG
ACTAAGGTTACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAGTACCCA
AGAATCAGTGCTACTCCAAGGAACAAGTTGGATCACTATGGTATCCTTAAGTACCCACTC
ACCACCGAGTCTGCAATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGAC
ATTCGTGCCGACAAGAAGAAGATTAAGGATGCTGTTAAAAAGATGTATGACATTCAGACC
AAGAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGGAGGCTTACGTTAGGCTTACA
CCAGACTACGATGCTTTAGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTCGTCTACCT
CTCCTATTATAAAAA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1G402TF 654 0 0
GGAGGGTATTCAGCTTCTTTTAACACCTCTCCAGATATCAAGTGGGAATAATCATCTTGA
GCTATGTCTCCAGCTAAAGTTGATACCACGAAGAAGGCTGATCCTAAGGCCAAGGCCTTG
AAGGCTGCGAAAGCAGTTAAGTCTGGCCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGG
ACTAAGGTTACCTTCCACGGGCCAAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAATACCCA
AGAATCAGTGCTACTCCAAGGAACAAGTTGGATCACTATGGTATCCTTAAGTACCCACTC
ACCACCGAGTCTGCAATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGAC
ATTCGTGCCGACAAGAAGAAGATTAAGGATGCTGTTAAAAAGATGTATGACATTCAGACC
AAGAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACA
CCAGACTACGATGCTTTAGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTCGTCTACCT
CTCCTATTATAAAAAGGACTTGTGGTTTTGTCTCTAGTCGTCAAAACTTTGTTTTACAAT
ACATTCGTGTTGCAGTTAATTGTTGAATTCAAATTCTATGTTTTTTGGCTTCCC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1G009TF 608 0 0
GG
AACACCTCTCCAGATATCAAGTGGGAATAATCATCTTGAGCTATGTCTCCAGCTAAAGTT
GATACCACGAAGAAGGCTGATCCTAAGGCCAAGGCCTTGAAGGCTGCTAAAGCAGTTAGG
TCTGGCCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGACTAAGGTTACCTTCCACAGG
CCAAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAGTACCCAAGAATCAGTGCTACTCCAAGG
AACAAGTTGGATCACTATGGTATCCTTAAGTACCCACTCACCACCGAGTCTGCAATGAAG
AAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACATTCGTGCCGACAAGAAGAAG
ATTAAGGATGCTGTTAAAAAGATGTATGACATTCAGACCAAGAAGGTCAACACCCTCATC
AGGCCTGATGGAACGAAGAAGACTTACGTTAGGCTTACACCAGACTACGATGCTTTAGAT
GTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTCGTCTACCTCTCCTATTATAAAAAGGACTT
GTGGTTTTGTCTCTAGTCGTCAAAACTTTGTTTTACAATACATTCGTGTTGCAGTTAATT
GTTGAA

QA 3 608 3 608
DS 

RD RR1G402JQ 568 0 0
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CCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGACTAAGGTTACCTTCCACGGGCCAAA
GACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAATACCCAAGAATCAGTGCTACTCCAAGGAACAA
GTTGGATCACTATGGTATCCTTAAGTACCCACTCACCACCGAGTCTGCAATGAAGAAGAT
TGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACATTCGTGCCGACAAGAAGAAGATTAA
GGATGCTGTTAAAAAGATGTATGACATTCAGACCAAGAAGGTCAACACCCTCATCAGGCC
TGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACCAGACTACGATGCTTTAGATGTTGC
TAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTCGTCTACCTCTCCTATTATAAAAAGGACTTGTGGT
TTTGTCTCTAGTCGTCAAAACTTTGTTTTACAATACATTCGTGTTGCAGTTAATTGTTGA
ATTCAAATTCTATGTTTTTTGGCTTCCC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 4

CO CL3099Contig1 605 4 6 U
AAAAAAAATAACCAAGATAATCGAATGTCATATTGACAGGATATCAAAATAACTTTTACC
AAGTTTCTCAAATTTGTTTTGATATAATTTAAAACACCAACAAAGTTTAGAATGATAATC
AAAAACCAGCAAAGACAGACTAGTAATTGCACTGATCATTAGACAATGGCATTGGCAGCA
CTAGCAATCCTCGGCCAGAGATCAGCGCACTCTTTACCAATGGGACCAGTGATCGCAGAA
CCTTTCATTTCTCCCTTGGGGTTGACGATGACTCCAGCATTATCTTCGAAGTACATGAAG
ACACCATCCTTTCGGCGCCATAGCTTACTCTGCCTAACGATGACAGCTGGCATAACCTTC
TTACGGAGATCAGGCTTTCCCTTCTTGACGGTGGCCATCACCATGTCGCCGACGCAAGCA
GAAGGCAATCGGTTAAGACGACCTTTGATCCCTTTCACCGAAATGATGTAAAGGTTCTTG
GCACCGGTGTTGTCGGCGCAGTTCACCGTCGCCGCCACTGGAAGACCCAACGACATCCTG
AACTTGTTACCCGACGTTCCTCCACGTCCTCGCTTCGACATTTTCGACGGCTTGAGCAGA
TCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 10 

AF RR1GT35JQ U 1
AF RR1GT35TF C 106
AF RR1AE42JQ U 19
AF RR1AE42TF C 19
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BS 162 162 RR1AE42JQ
BS 163 529 RR1GT35JQ
BS 530 530 RR1AE42JQ
BS 531 604 RR1GT35JQ
BS 605 605 RR1AE42JQ

RD RR1GT35JQ 604 0 0
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AAGTTTCTCAAATTTGTTTTGATATAATTTAAAACACCAACAAAGTTTAGAATGATAATC
AAAAACCAGCAAAGACAGACTAGTAATTGCACTGATCATTAAACAATGGCATTGGCAGCA
CTAGCAATCCTCGGCCAGAGATCAGCGCACTCTTTACCAATGGGACCAGTGATCGCAGAA
CCTTTCATTTCTCCCTTGGGGTTGACGATGACTCCAGCATTATCTTCGAAGTACATGAAG
ACACCATCCTTTCGGCGCCATAGCTTACTCTGCCTAACGATGACAGCTGGCATAACCTTC
TTACGGAGATCAGGCTTTCCCTTCTTGACGGTGGCCATCACCATGTCGCCGACGCAAGCA
GAAGGCAATCGGTTAAGACGACCTTTGATCCCTTTCACCGAAATGATGTAAAGGTTCTTG
GCACCGGTGTTGTCGGCGCAGTTCACCGTCGCCGCCACTGGAAGACCCAGCGACATCCTG
AACTTGTTACCCGACGTTCCTCCACGTCCTCGCTTCGACATTTTCGACGGCTTGAGCAGA
TCTC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1GT35TF 499 0 0
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ATGGCATTGGCAGCACTAGCAATCCTCGGCCAGAGATCAGCGCACTCTTTACCAATGGGA
CCAGTGATCGCAGAACCTTTCATTTCTCCCTTGGGGTTGACGATGACTCCAGCATTATCT
TCGAAGTACATGAAGACACCATCCTTTCGGCGCCATAGCTTACTCTGCCTAACGATGACA
GCTGGCATAACCTTCTTACGGAGATCAGGCTTTCCCTTCTTGACGGTGGCCATCACCATG
TCGCCGACGCAAGCAGAAGGCAATCGGTTAAGACGACCTTTGATCCCTTTCACCGAAATG
ATGTAAAGGTTCTTGGCACCGGTGTTGTCGGCGCAGTTCACCGTCGCCGCCACTGGAAGA
CCCAGCGACATCCTGAACTTGTTACCCGACGTTCCTCCACGTCCTCGCTTCGACATTTTC
GACGGCTTGAGCAGATCTC

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DS 

RD RR1AE42JQ 587 0 0
G
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TGATATAATTTAAAACACCAACAAAGTTTAGAATGATAATCAAAAACCAGCAAAGACAGA
CTAGTAATTGCACTGATCATTAGACAATGGCATTGGCAGCACTAGCAATCCTCGGCCAGA
GATCAGCGCACTCTTTACCAATGGGACCAGTGATCGCAGAACCTTTCATTTCTCCCTTGG
GGTTGACGATGACTCCAGCATTATCTTCGAAGTACATGAAGACACCATCCTTTCGGCGCC
ATAGCTTCCTCTGCCTAACGATGACAGCTGGCATAACCTTCTTACGGAGATCAGGCTTTC
CCTTCTTGACGGTGGCCATCACCATGTCGCCGACGCAAGCAGAAGGCAATCGGTTAAGAC
GACCTTTGATCCCTTTCACCGAAATGATGTAAAGGTTCTTGGCACCGGTGTTGTCGGCGC
AGTTCACCGTCGCCGCCACTGGAAGACCCAACGACATCCTGAACTTGTTACCCGACGTTC
CTCCACGTCCTCGCTTCGACATTTTCGACGGCTTGAGCAGATCTCC

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DS 

RD RR1AE42TF 587 0 0
G
ATCGAATGTCATATTGACAGGATATCAAAATAACTTTTACCAAGTTTCTCAAATTTGTTT
TGATATAATTTAAAACACCAACAAAGTTTAGAATGATAATCAAAAACCAGCAAAGACAGA
CTAGTAATTGCACTGATCATTAGACAATGGCATTGGCAGCACTAGCAATCCTCGGCCAGA
GATCAGCGCACTCTTTACCAATGGGACCAGTGATCGCAGAACCTTTCATTTCTCCCTTGG
GGTTGACGATGACTCCAGCATTATCTTCGAAGTACATGAAGACACCATCCTTTCGGCGCC
ATAGCTTCCTCTGCCTAACGATGACAGCTGGCATAACCTTCTTACGGAGATCAGGCTTTC
CCTTCTTGACGGTGGCCATCACCATGTCGCCGACGCAAGCAGAAGGCAATCGGTTAAGAC
GACCTTTGATCCCTTTCACCGAAATGATGTAAAGGTTCTTGGCACCGGTGTTGTCGGCGC
AGTTCACCGTCGCCGCCACTGGAAGACCCAACGACATCCTGAACTTGTTACCCGACGTTC
CTCCACGTCCTCGCTTCGACATTTTCGACGGCTTGAGCAGATCTC
C

QA 2 586 2 586
DS 



AS 1 4

CO CL3100Contig1 929 4 9 U
GGGAGTGAGAGTCTTGAGAAAATTATAGAGAGCATCGAGAGAGTTTCTTCTTCAATGGCG
AACCTTCACACCGTTCTCGTTACCGGCGCTAGTGGCAGAACAGGCCAGATTGTGTACAAG
AAGCTGAAGGAGAGGTCAGACAAGTTTGTGGCGAAGGGTTTAGTGAGAACTCCTGAAGGG
AAAGACAAGATTGGAGGAGAAGCTGATGTTTTCATTGGTGATATAAGGGATGCTGATAGC
ATTACCCCTGCTGTTCAAGGGATCGATGCGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAA
ATGAAACCTGGTTTTGATCCCACCAAAGGTGGAAGACCTGAGTTCATGTTCGATGATGGT
CAATACCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGCCAGAAGAACCAAATTGATGCTGCCAAGGTT
GCTGGTGTTAAGCATATTGTCTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCT
CTGAACAAACTGGGAAATGGGAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTACCTT
GCTGATTCTGGAACTCCTTACACAATAATCAGAGCTGGGGGACTTCTTACACAAAGAAGG
AGGTGCACGAGAGCTCCTAGTTGGTAAAGATGACGAGCTTCCTCAAACAGACACTAAAAC
CGTCCCCAGGGCTGATGTTGCTGAAGTCTGCATTCAGGCATTGCTGTTCTAGGAAGCAAA
GAATAAAGCTTTTGATCTGGGCTCAAAGCCAGAGGGAACGAGTTCTCCTACTAAAGACTT
TAAGGCTCTCTTCTCTCAAGTCACCGCTCGTTTTTAAAATCTTTTATCTTCTCTGAATCC
ATTTGGGATGTGTAATGTACCAAACCAGTTAAAATAAAATATCTGGGTACACTATGAGTA
GAATCAATAAAAATAAGGGTTGTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A445TF U 1
AF RR1A445JQ C 89
AF RR1FB45JQ C 346
AF RR1FB45TF U 346
BS 1 537 RR1A445TF
BS 538 538 RR1FB45TF
BS 539 587 RR1A445TF
BS 588 588 RR1FB45TF
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BS 590 590 RR1FB45TF
BS 591 693 RR1A445TF
BS 694 922 RR1FB45TF
BS 923 929 RR1A445JQ

RD RR1A445TF 693 0 0
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AACCTTCACACCGTTCTCGTTACCGGCGCTAGTGGCAGAACAGGCCAGATTGTGTACAAG
AAGCTGAAGGAGAGGTCAGACAAGTTTGTGGCGAAGGGTTTAGTGAGAACTCCTGAAGGG
AAAGACAAGATTGGAGGAGAAGCTGATGTTTTCATTGGTGATATAAGGGATGCTGATAGC
ATTACCCCTGCTGTTCAAGGGATCGATGCGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAA
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CAATACCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGCCAGAAGAACCAAATTGATGCTGCCAAGGTT
GCTGGTGTTAAGCATATTGTCTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCT
CTGAACAAACTGGGAAATGGGAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTACTTT
GCTGATTCTGGAACTCCTTACACAATAATCAGAGCTGGGGGACTTCT*AGACAAAGAAGG
AGGTGCACGAGAGCTCCTAGTTGGTAAAGATGACGAGCTTCCTCAAACAGACACTAAAAC
CGTCCCCAGGGCTGATGTTGCTGAAGTCTGCAT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1A445JQ 841 0 0
CTAGTGGCAGAACAGGCCAGATTGTGTACAAGAAGCTGAAGGAGAGGTCAGACAAGTTTG
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TTTTCATTGGTGATATAAGGGATGCTGATAGCATTACCCCTGCTGTTCAAGGGATCGATG
CGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAAATGAAACCTGGTTTTGATCCCACCAAAG
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GCCAGAAGAACCAAATTGATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTTAAGCATATTGTCTTGGTTG
GGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCTCTGAACAAACTGGGAAATGGGAACATTC
TGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTACTTTGCTGATTCTGGAACTCCTTACACAATAA
TCAGAGCTGGGGGACTTCT*AGACAAAGAAGGAGGTGCACGAGAGCTCCTAGTTGGTAAA
GATGACGAGCTTCCTCAAACAGACACTAAAACCGTCCCCAGGGCTGATGTTGCTGAAGTC
TGCATTCAGGCATTGCTGTTCGAGGAAGCAAAGAATAAAGCTTTTGATCTGGGCTCAAAG
CCAGAGGGAACGAGTTCTCCTACTAAAGACTTTAAGGCTCTCTTCTCTCAAGTCACCGCT
CGTTTTTAAAATCTTTTATCTTCTCTGAATCCATTTGGGATGTGTAATGTACCAGACCAG
TTAAAATAAAATATCCGGGTACACTATGAGTAGAATCAATAAAAATAAGGGTTGTTCTTC
C

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR1FB45JQ 577 0 0
G
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ATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTTAAGCATATTGTCTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAA
ATCCGGATCATCCTCTGAACAAACTGGGAAATGGGAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAG
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DS 

RD RR1FB45TF 577 0 0
G
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ATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTTAAGCATATTGTCTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAA
ATCCGGATCATCCTCTGAACAAACTGGGAAATGGGAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAG
CTGAACAGTACCTTGCTGATTCTGGAACTCCTTACACAATAATCAGAGCTGGGGGACTTC
TTACACAAAGAAGGAGGTGCACGAGAGCTCCTAGTTGGTAAAGATGACGAGCTTCTTCAA
ACAGACACTAAAACCGTCCCCAGGGCTGATGTTGCTGAAGTCTGCATTCAGGCATTGCTG
TTCTAGGAAGCAAAGAATAAAGCTTTTGATCTGGGCTCAAAGCCAGAGGGAACGAGTTCT
CCTACTAAAGACTTTAAGGCTCTCTTCTCTCAAGTCACCGCTCGTTTTTAAAATCTTTTA
TCTTCTCTGAATCCATTTGGGATGTGTAATGTACCAAACCAGTTAAAATAAAATATCTGG
GTACACTATGAGTAGAATCAATAAAAATAAGGGTTG

QA 2 577 2 577
DS 



AS 1 2

CO CL3101Contig1 915 2 4 U
AGTCTAAAAACGTTATTTCCGTCAAGAATCAAGCAACGACAATTGAAAGTTAACTAAAGA
AATAGATTGTTCTTGAGTAACTTATACATAAAACAAAAAAGATTTCAAGAGAAAAGAGCC
GAGTAAAAGAGTACGTTCCAAGTATCAGGTAGACCAGGAAGACACCAATGGCTACAGTCA
TTACCAGGATGGTTCCCACTGTAAGCAGAAGGGTGAGCATCTTTACGAAGCTGAGATAGA
CCGGTTATGTCGAGCCAATAGACTGGTTTCTTCAATCTTCTAAACACTTTGTTTAAAATC
ACCCAAGCCACTGGTGGCCCTCCTGGATACTTCCTCCCATAGAATGGTTGTGTCTGACTC
TTACATGACTTCAGTGGCTCTCCCCAATCCCTTCCATCGTAATGAACAGGAGAAACGCCA
TTGAAGAAAACCTTGGTCTTAGATGGATTGACGAATGCATTGACCCATCGAGCCCAAGTG
GTCATCCCTTTGTAATAAGCGACCAGTCTGTTCATGTCTTTGTACAATCTGTTCCCATCT
TCCATGTAATCCCACGGCTGGATGTGATCAATATGGGTCCACCAATGCCAACTGTTGAAA
ATCAAGACGTCCATGCCTCTCCACATCTTGCCTTGCTTAATGGAATCCAGCTTAAGCACT
CGTCCAACGTTCTCTGAATCTAAATCCACTAAGAACTGTGTTCTGTATAGCTTTAGTGTC
ACTCCGTAGTCCTCGAAGGTGAGGGAAGCTAGACCCTTTTGAGTAAGAAGAGTGTAACGA
GCGTTAGGAACCCAAGCGTGAATTAGACAAGCAAGAGATTGCCACATGTTTGTGCTTGGT
GAATCTCCAACGAACATTATCTTTTTCCCTCTCATCTTCCTCAGAAATACACCCATTGAA
TCTGGGGAGAGAGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR68JQ U 1
AF RR1B007JQ U 78
BS 1 93 RR1FR68JQ
BS 94 94 RR1B007JQ
BS 95 734 RR1FR68JQ
BS 735 915 RR1B007JQ

RD RR1FR68JQ 734 0 0
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TTACCAGGATGGTTCCCACTGTAAGCAGAAGGGTGAGCATCTTTACGAAGCTGAGATAGA
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TTACATGACTTCAGTGGCTCTCCCCAATCCCTTCCATCGTAATGAACAGGAGAAACGCCA
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ACTCCGTAGTCCTC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1B007JQ 838 0 0
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ATAGACTGGTTTCTTCAATCTTCTAAACACTTTGTTTAAAATCACCCAAGCCACTGGTGG
CCCTCCTGGATACTTCCTCCCGTAGAATGGTTGTGTCTGACTCTTACATGACTTCAGTGG
CTCTCCCCAATCTCTTCCATCGTAATGAACAGGAGAAACGCCATTGAAGAAAACCTTGGT
CTTAGATGGATTGACGAATGCATTGACCCATCGAGCCCAAGTGGTCATCCCTTTGTAATA
AGCGACCAGTCTGTTCATGTCTTTGTACAATCTGTTCCCATCTTCCATGTAATCCCACGG
CTGGATGTGATCAATATGGGTCCACCAATGCCAACTGTTGAAAATCAAGACGTCCATGCC
TCTCCACATCTTGCCTTGCTTAATGGAATCCAGCTTAAGCACTCGTCCAACGTTCTCTGA
ATCTAAATCCACTAAGAACTGTGTTCTGTATAGCTTTAGTGTCACTCCGTAGTCCTCGAA
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GTGAATTAGACAAGCAAGAGATTGCCACATGTTTGTGCTTGGTGAATCTCCAACGAACAT
TATCTTTTTCCCTCTCATCTTCCTCAGAAATACACCCATTGAATCTGGGGAGAGAGCA

QA 1 838 1 838
DS 



AS 1 3

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CATTTTCACCACCGCACCGTCGAGAAATCTCGCACGTATCTCTCTTCACCAGTCATTATC
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GATCCCAATTGAACTCAGGTACGAGGCTTATCCGACTGTGATGGACATTAACCAGATACG
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GACGCTTGTGAAGCTGCAGAAGCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGGAGGGAAAGCATACGT
AGGGAACACTTGGTATGCGAAGGAGAGTTCTTGATGGCTATGGGAAAAGAAGAGGAGTGA
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CACACATTTGAGTCTTATTTCTATTTCCAGTTTCTGTTGTTTGTTACGAATGATGTTGAC
CATTTAAAAGAAAATAATGAGTTGGAGTTATCACT


BQ
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AF RR1DD37TF U 1
AF RR1BB42TF U 1
AF RR1BB42JQ C 202
BS 1 35 RR1BB42TF
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BS 793 875 RR1BB42JQ

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GGGTCTCT
TCTTCTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCGATCGGCAATGGCTGCCCCCAACTCCATTTTCA
CCACCGCACCGTCGAGAAATCTCGCACGTATCTCTCTTCACCAGTCATTATCGCTACCGT
TGAGTCTCCCGCTCGCCAGATCGAACTCCGTCTCGTTACGTCCCAAACCCCGATCCAGCT
CGCTCGTCTTCTGCTCCACCGATGAATCAAAGGTCTCATCCGCAGAGAAAGAGATCCCAA
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TACCTCACAGGTTCCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGCTGGGGAAT
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AGAGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATAG
TGATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAACCAACTTCTTCTTTGCTGGAGTCGACA
AAGTC

QA 9 553 9 553
DS 

RD RR1BB42TF 792 0 0
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CATTTTCACCACCGCACCGTCGAGAAATCTCGCACGTATCTCTCTTCACCAGTCATTATC
GCTACCGTTGAGTCTCCCGCTCGCCAGATCGAACTCCGTCTCGTTACGTCCCAAACCCCG
ATCCAGCTCGCTCGTCTTCTGCTCCACCGATGAATCAAAGGTCTCATCCGCAGAGAAAGA
GATCCCAATTGAACTCAGGTACGAGGCTTATCCGACTGTGATGGACATTAACCAGATACG
AGACATTTTACCTCACAGGTTCCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGC
TGGGGAATCTGCGGTAGCTATCAAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCA
TTTCCCTGAGAGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGG
AGGTATAGTGATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAACCAACTTCTTCTTTGCTGG
AGTCGACAAAGTCAGGTTCAGGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTGGTGATGAGGAT
GACGCTTGTGAAGCTGCAGAAGCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGGAGGGAAAGCATACGT
AGGGAACACTTGGTATGCGAAGGAGAGTTCTTGATGGCTATGGGAAAAGAAGAGGAGTGA
TCATCTTCTCTCATTTGCCTTTTGCTTTTTTTTTTCTTACCCTTGTGGGTACTGAGTTAT
CACACATTTGAG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1BB42JQ 674 0 0
CTCCACCGATGAATCAAAGGTCTCATCCGCAGAGAAAGAGATCCCAATTGAACTCAGGTA
CGAGGCTTATCCGACTGTGATGGACATTAACCAGATACGAGACATTTTACCTCACAGGTT
CCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGCTGGGGAATTTGCGGTAGCTAT
CAAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTCCCTGAGAGGCCCATTAT
GCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATAGTGATGCTGAATCC
AGAAGTGGGGGGATCTAAAACCAACTTCTTCTTTGCTGGAGTCGACAAAGTCAGGTTCAG
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GCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGGAGGGAAAGCATACGTAGGGAACACTTGGTATGCGAA
GGAGAGTTCTTGATGGCTATGGGAAAAGAAGAGGAGTGATCATCTTCTCTCATTTGCCTT
TTGCTTTTTTTTTTCTTACCCTTGTGGGTACTGAGTTATCACACATTTGAGTCTTATTTC
TATTTCCAGTTTCTGTTGTTTGTTACGAATGATGTTGACCATTTAAAAGAAAATAATGAG
TTGGAGTTATCACT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 3

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GGAGAAGAAGAGGGATGGCGTGGAGAGGAAACATAGCGAAGTCTCTGAAAGAGCTCAGGA
TTCTCCTCTGTCAATCTTCCCCAGCTAGCGCTTCCACCAGGACGTTCGTAGAGAAGAATT
ACAAAGATTTGAAGTCACTGAACCCTAAATTCCCTTTCCTGATCCGCGAATGCAGTGGGA
TCCAGCCTCAGATGTGGGCCAGATATGATATGGGTGTGGAGAGGTGTGTGAACTTGGATG
GTATGAACGAGTCACAGATTCTCAAGTCTCTTGAAGACCTTGTCAAAGCCGGAGGAGCTA
CAAAAGCCTAAAAGGTTGTTCCCTAAAAAAAAAGAATCTTAGATGATCCCGAATAAGATA
CAAACTTGAAACACATTCATCTGATCTGACTGTTCTTGTTATTCTATTACTTTGCAATTG
CAACTAGTTGGTGTCGTATCGCCTTTCGTTTTTGTTTGTAATCCTTGGAACTTGTTATTA
AATGAACCTTCCGTATGATTGTTGAAAACATATTTAGTGTGTCGTTTGTGATGTGTTTCC
CAATACAACACTCTTGATTTCTCAATTCTAACTAAAATCTCTATTCAATGAGAG


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H332TF U 1
AF RR1EQ91JQ C 9
AF RR1EQ91TF U 9
BS 1 194 RR1H332TF
BS 195 195 RR1EQ91TF
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BS 393 430 RR1H332TF
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BS 481 504 RR1H332TF
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ACAAAGATTTGAAGTCACTGAACCCTAAATTCCCTTTCCTGATCCGCGAATGCAGTGGGA
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CAAAAGCCTAAAAGGTTGTTCCCTAAAAAAAAAGAATCTTAGATGATCCCGAATAAGATA
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CAACTAGTTG*TGTCGTATCGCCTTTCGTTTTTGTTTGTAATCCTTGGAACTTGTTATTG
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G
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DS 

RD RR1EQ91TF 586 0 0
G
GAGGGATGGCGTGGAGAGGAAACATAGCGAAGTCTCTGAAAGAGCTCAGGATTCTCCTCT
GTCAATCTTCCCCAGCTAGCGCTTCCACCAGGACGTTCGTAGAGAAGAATTACAAAGATT
TGAAGTCACTGAACCCTAAATTCCCTTTCCTGATCCGCGAATGCAGTGGGATCCAGCCTC
AGATGTGGGCCAGATATGATATGGGTGTGGAGAGGTGTGTGAACTTGGATGGTATGAACG
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AAAAGGTTGTTCCCTAAAAAAAAAGAATCTTAGATGATCCCGAATAAGATACAAACTTGA
AACACATTCATCTGATCTGACTGTTCTTGTTATTCTATTACTTTGCAATTGCAACTAGTT
GGTGTCGTATCGCCTTTCGTTTTTGTTTGTAATCCTTGGAACTTGTTATTAAATGAACCT
TCCGTATGATTGTTGAAAACATATTTAGTGTGTCGTTTGTGATGTGTTTCCCAATACAAC
ACTCTTGATTTCTCAATTCTAACTAAAATCTCTATTCAATGAGAG

QA 2 586 2 586
DS 



AS 1 4

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TTCTTTTCCAGTAGTAACTATTCTCAAATACTCTGTTTGTGCATAAATGGCTTCTTTTTC
ATCCCTTGTGGCTATCATCTTCTTCTTATGCTCTCTCGCCGCTGCAAATGAAGTCACCGT
CGGTGGAAAATCCGGCGACTGGAAGATCCCTCCTTCCTCTTCTAACTCATTCACGGAATG
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AGACTCTGTTTTGCAAGTAACACGAGAAGCATACAAGAGCTGCAACACCACGAACCCTTT
AGCTAACTACACCGACGGAGAGACCAAGGTGAAGTTGGACAGGTCCGGTCCATTTTACTT
CATTAGTGGAGTCGATGGTCACTGTGAGAAAGGTCAGAAGGTGAGCCTCGTCGTGGTCAG
TCCGCGTCATAAAGCTATTT*CTCCGGCTCCTTCTCCGGTTGAGTTCGAAGATGGTCCAT
CCGTGGCTCCAGCTCCGACCAGTGGCTCAGCTAGGCTTGGTGGTGGGTTTGTTGCTGTGT
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GATGAGCTTTTTGTTTCAGAAAAGCTCTTTCTTTTAGTTTCTGTTTTTATGGATTACATC
TTGTTAGTTTAGAGATCTTTGTTGGTCTCGGTTCCTCACTACTATTTTATAATTAAATTA
AATTTATTATTTATCAAGATTGATGAAAAATGATTT


BQ
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25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK30TF U 1
AF RR1AH48TF U 1
AF RR1FK30JQ C 4
AF RR1AH48JQ C 64
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GGA
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CGTGGCT

QA 4 542 4 542
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TTCTTTTCCAGTAGTAACTATTCTCAAATACTCTGTTTGTGCATAAATGGCTTCTTTTTC
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CGGTGGAAAATCCGGCGACTGGAAGATCCCTCCTTCCTCTTCTAACTCATTCACGGAATG
GGCCCAAAAAGCTCGCTTCAAAGTCGGCGACTTTATCGTTTTCCGGTATGAAGCGGGTAA
AGACTCTGTTTTGCAAGTAACACGAGAAGCATACAAGAGCTGCAACACCACGAACCCTTT
AGCTAACTACACCGACGGAGAGACCAAGGTGAAGTTGGACAGGTCCGGTCCATTTTACTT
CATTAGTGGAGTCGATGGTCACTGTGAGAAAGGTCGGAAGGTGAGCCTCGTCGTGGTCAG
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CCGTGGCTCCAGCTCCGACCAGTGGCTCAGCTAGGCTTGGTGGTGGGTTTGTTGCTGTGT
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TTGTTAGTTTAGAGATCTTTGT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1FK30JQ 798 0 0
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TTATTATTTATCAAGATT

QA 1 798 1 798
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TGGAAAATCCGGCGACTGGAAGATCCCTCCTTCCTCTTCTAACTCATTCACGGAATGGGC
CCAAAAAGCTCGCTTCAAAGTCGGCGACTTTATCGTTTTCCGGTATGAAGCGGGTAAAGA
CTCTGTTTTGCAAGTAACACGAGAAGCATACAAGAGCTGCAACACCACGAACCCTTTAGC
TAACTACACCGACGGAGAGACCAAGGTGAAGTTGGACAGGTCCGGTCCATTTTACTTCAT
TAGTGGAGTCGATGGTCACTGTGAGAAAGGTCGGAAGGTGAGCCTCGTCGTGGTCAGTCC
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GTCTTGTTCTTGGTCTATGGG*CTTGGTTCTAATTTGGAACCATGTGGGTTATAAAGGAT
GAGCTTTTTGTTTCAGAAAAGCTCTTTCTTTTAGTTTCTGTTTTTATGGATTACATCTTG
TTAGTTTAGAGATCTTTGTTGGTCTCGGTTCCTCACTACTATTTTATAATTACATTAAAT
TTATTATTTATCAAGATTGATGAAAAATGATTT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL3105Contig1 873 2 2 U
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GAGACCCATCTCCACTCACTCCTCTTCAGTTTTTGTTGCTGCAGAAGCAGAAGGTCAGTG
TAGCAAATCAAGTGGTGTTTCTGAGGAAGGGAATGAGAGAGCCTCAGCTGGAAAGCATTC
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AGCTACCGTTATCGATGAGGTTGTAAAGAGTCCGAGTCTTGACTACTCACACTTTGTATC
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ACTCGGTGACCATAGCATAGCTGTTGATGAAGCAAGGTCATCTACTTTATTTGACTTGGG
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AGAGATTGTGTTCATTCTTCATGAATCTGAGTGTTTTGCTTACTGAAACAAAAAACAGAG
TATATCTCCTAGTGTGATGGATGCTTTGGATAC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EG07TF U 1
AF RR1A325TF U 2
BS 1 743 RR1EG07TF
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QA 1 743 1 743
DS 

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G
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TATGGAACAAAGATAGAATCAATGCGGCCCGTGATGTTCTGATGTAATCTCTTTCTGAAG
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TATCTCCTAGTGTGATGGATGCTTTGGATAC

QA 2 872 2 872
DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR1GN88JQ C 1
AF RR1GU59JQ C 1
AF RR1GN88TF U 1
AF RR1GU59TF U 1
BS 1 585 RR1GN88TF

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GAATTATGATGATATTGATGAATAAGAAAACCTTTTTTACGTGAG

QA 1 585 1 585
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GAATTATGATGATATTGATGAATAAGAAAACCTTTTTTACGTGAG

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 4

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ACGACGATTCACCCTCCGGAAAGCGATCTAAACTCGATCGGTTCCCTCTTAGCCGATGGG
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AATACATTTTTTTCGGAATCAAGTTATTATTTTCTTTATATATTTTCAGAATCAATGTAT
ATGAAAAGTGTTCC


BQ
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AF RR1FH73TF U 1
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AF RR1BH29JQ C 391
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GG
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CTTTATATATTTTCAGAATCAATGTATATGAAAAGTGTTCC

QA 4 824 4 824
DS 



AS 1 3

CO CL3108Contig1 785 3 1 U
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TCGGTTTCTCAGAGGTCGCCTCACCGTCGCCGGTCTTTCTTCTGACCGCTAGCACTCCGC
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CAATTCACACACTCGGCTCTAGTTTCAAGCAAAACAATCGAGACTTTCAGGTATAACGGT
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TGGGTCATTATTGGCTTCTTGTTTACAATTGATAGGTCATTCTATTCAGCTTCTTTTACA
AAAAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1E009TF U 1
AF RR1D262JQ C 49
AF RR1D262TF U 1
BS 1 785 RR1D262TF

RD RR1E009TF 716 0 0
GGAACCCTAATATCGTTTCTTTCCTTTG*CGATACAGAGTAAAAGGCGATTCTCAGATCC
TCGGTTTCTCAGAGGTCGCCTCACCGTCGCCGGTCTTTCTTCTGACCGCTAGCACTCCGC
CGGTGGTCTTCTTCTTCTTAATCGAACCTCCGGCTCACTTCGCGTCTCGTTGTCAATTAA
GTCGCCGAACACAGAAGCTCGTACCTCGCCAGGAACTGAAGTTGTTGCCTCGCCGCTCTG
CAATTCACACACTCAGCTCTAGTTTCAAGCAAAACAATCGAGACTTTCAGGTATAACGGT
GGATCAGTTGCCTAAATGCCTATTCAAAGAGGGTACCGAAATACAAGTTGAGAAGGTGAA
CAACACTTGTAGAACTTCTATACTTGAGGAGGTGGAGAAGTACATTGAGGCAGAGTACAA
AGAAGTGTTGGCTGATCCGCTGTTTGCTCAGGTTATGGCAATTTATGAGCATAAGCTTCA
GTATTCGGGGAGACTGATCCACACCTTTGCTTGTAAGCAGTTTCTTACCGCAAAACGTCA
TGAGTTGTGGTTCCATTATGCTCGGAGGCCTCTCAGATTTGCGATGCAAGAATTCCATGC
GGTTACTGGTCTGAAATACAAAGACGACGAGCCTGACTTGGGTATCTAGTGATGCTCATT
ATAATTAGCTTCTGTTTACAACTTCTTGTCTGAGATTATTGGATTTGTGCTTACAA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1D262JQ 732 0 0
ATTCTCAGATCCTCGGTTTCTCAGAGGTCGCCTCACCGTCGCCGGTCTTTCTTCTGACCG
CTAGCACTCCGCCGGTGGTCTTCTTCTTCTTAATCGAACCTCCGGCTCACTTCGCGTCTC
GTTGTCAATTAAGTCGCCGAACACAGAAGCTCGTACCTCGCCAGGAACTGAAGTTGTTGC
CTCGCCGCTCTGCAATTCACACACTCGGCTCTAGTTTCAAGCAAAACAATCGAGACTTTC
AGGTATAACGGTGGATCAGTTGCCTAAATGCCTATTCAAAGAGGGTACCGAAATACAAGT
TGAGAAGGTGAACAACACTTGTAGAACTTCTATACTTGAGGAGGTGGAGAAGTACATTGA
GGCAGAGTACAAAGAAGTGTTGGCTGATCCGCTGTTTGCTCAGGTTATGGCAATTTATGA
GCATAAGCTTCAGTATTCGGGGAGACTGATCCACACCTTTGCTTGTAAGCAGTTTCTTAC
CGCAAAACGTCATGAGTTGTGGTTCCATTATGCTCGGAGGCCTCTCAGATTTGCGATGCA
AGAATTCCATGCGGTTACTGGTCTGAAATACAAAGACGACGAGCCTGACTTGGGTATCTA
GTGATGCTCATTATAATTAGCTTCTGTTTACAACTTCTTGTCTGAGATTATTGGATTTGT
GCTTACAATTTCTGGGTCATTATTGGCTTCTTGTTTACAATTGATAGGTCATTCTATTCA
GCTTCTTTT
TAC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1D262TF 785 0 0
GGAACCCTAATATCGTTTCTTTCCTTTGGCGATACAGAGTAAAAGGCGATTCTCAGATCC
TCGGTTTCTCAGAGGTCGCCTCACCGTCGCCGGTCTTTCTTCTGACCGCTAGCACTCCGC
CGGTGGTCTTCTTCTTCTTAATCGAACCTCCGGCTCACTTCGCGTCTCGTTGTCAATTAA
GTCGCCGAACACAGAAGCTCGTACCTCGCCAGGAACTGAAGTTGTTGCCTCGCCGCTCTG
CAATTCACACACTCGGCTCTAGTTTCAAGCAAAACAATCGAGACTTTCAGGTATAACGGT
GGATCAGTTGCCTAAATGCCTATTCAAAGAGGGTACCGAAATACAAGTTGAGAAGGTGAA
CAACACTTGTAGAACTTCTATACTTGAGGAGGTGGAGAAGTACATTGAGGCAGAGTACAA
AGAAGTGTTGGCTGATCCGCTGTTTGCTCAGGTTATGGCAATTTATGAGCATAAGCTTCA
GTATTCGGGGAGACTGATCCACACCTTTGCTTGTAAGCAGTTTCTTACCGCAAAACGTCA
TGAGTTGTGGTTCCATTATGCTCGGAGGCCTCTCAGATTTGCGATGCAAGAATTCCATGC
GGTTACTGGTCTGAAATACAAAGACGACGAGCCTGACTTGGGTATCTAGTGATGCTCATT
ATAATTAGCTTCTGTTTACAACTTCTTGTCTGAGATTATTGGATTTGTGCTTACAATTTC
TGGGTCATTATTGGCTTCTTGTTTACAATTGATAGGTCATTCTATTCAGCTTCTTTTACA
AAAAA

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 4

CO CL3109Contig1 471 4 1 U
GGCTGACCATCCCGCCACCTTCGTACGTGCAAATGGCTGAGATGGAGAAGAAGCAGCATC
TGCTGAGCCAAGAGCAGCAGCTGTGGCAGCAGTACCAGCGTGAAGGAATGAGAGGTCAAG
CTAGTTTGGCGAAGATGAACACTGGTCCAGTTCCAGGTGGAATGCCTTACGGAATGCCAC
CTGTCAACGGGATGGGACCACCACCGACGGGGTATTACTACAACAATCCTTACTGATTCA
TTCTATTTGTTATTTTGCTCCACCAGTCTTATTGTGTATGCGTAGATGACTCGTCTGTTT
GTTCTATTTGTTCACCTTCGATCTCGTGTGTTTTTTGGAAATCTCTCTTGTGTTTCTTGC
TCGAGTTTGAATTTATAGTTTGTGACTTGTGTACACTTTATTGAGAATCTTGATTCCATT
TTGTAACATTTTAATATCTCTAATGTTTTTCACTGTAAATCTCTTGAGAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1BQ54TF U 189
AF RR1A781TF U 212
AF RR1BU85JQ C 1
AF RR1BU85TF U 1
BS 1 471 RR1BU85TF

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TGTTCACCTTCGATCTCGTGTGTTTTTTGGAAATCTCTCTTGTGTTTCTTGCTCGAGTTT
GAATTTATAGTTTGTGACTTGTGTACACTTTATTGAG

QA 1 217 1 217
DS 

RD RR1A781TF 191 0 0
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TTGTGTATGTGTAGATGACTCGTCTGTTTGTTCTATTTGTTCACCTTCGATCTCGTGTGT
TTTTTTGAAATCTCTCTTGTGTTTCTTGCTCGAGTTTGAATTTATAGTTTGTG
TACACTTTATTGAGAATC

QA 1 173 1 173
DS 

RD RR1BU85JQ 468 0 0
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TGCTGAGCCAAGAGCAGCAGCTGTGGCAGCAGTACCAGCGTGAAGGAATGAGAGGTCAAG
CTAGTTTGGCGAAGATGAACACTGGTCCAGTTCCAGGTGGAATGCCTTACGGAATGCCAC
CTGTCAACGGGATGGGACCACCACCGACGGGGTATTACTACAACAATCCTTACTGATTCA
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GTTCTATTTGTTCCCCTTCGATCTCGTGTGTTTTTTGGAAATCTCTCTTGTGTTTCTTGC
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QA 1 468 1 468
DS 

RD RR1BU85TF 471 0 0
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TGCTGAGCCAAGAGCAGCAGCTGTGGCAGCAGTACCAGCGTGAAGGAATGAGAGGTCAAG
CTAGTTTGGCGAAGATGAACACTGGTCCAGTTCCAGGTGGAATGCCTTACGGAATGCCAC
CTGTCAACGGGATGGGACCACCACCGACGGGGTATTACTACAACAATCCTTACTGATTCA
TTCTATTTGTTATTTTGCTCCACCAGTCTTATTGTGTATGCGTAGATGACTCGTCTGTTT
GTTCTATTTGTTCACCTTCGATCTCGTGTGTTTTTTGGAAATCTCTCTTGTGTTTCTTGC
TCGAGTTTGAATTTATAGTTTGTGACTTGTGTACACTTTATTGAGAATCTTGATTCCATT
TTGTAACATTTTAATATCTCTAATGTTTTTCACTGTAAATCTCTTGAGAAC

QA 1 471 1 471
DS 



AS 2 4

CO CL3110Contig1 717 2 23 U
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CATAATATTATTACGAATGTTACAGGTTGAAAAAAAAAGAAGGCAGTAATTAATCTAACA
TACAACAGAAAGATCACCTTTCACTCATGATCTACATCAAACCAAAAGTAGAGGTAAGCC
TTCGAGTACATGACTCGAACACGCTGCAGTACCAAGTCTCCGCTTGTAGCAACAGCCTTT
GCACCTCCTTCTATCCTTGTCTGCAAAACAGTCACACTGTTTCCCTTAATCTTTTCAACA
ACGGTTTCCTTCACTTCCACATGCCTGCTCAAGTTATCCTCTTCTTCTCCAGCAGTGCTC
ACGATTGGGCATGAAAGATGGTCCAAAGGGTTCGTTTCACATTGAAGCACACATCCATCA
ATCGTTAGCCTTCCACTCCTGTGAAGCAAGCAGCAGCCAAGCTCGGCCTTTACTGTTAGA
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AGGGTGGTTTCATCAGGAATCTCGCCACCACCAATCAGGCAAATAGGCTTTTTAATCTGA
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GCAGATACAGCAGACTCAATGTCATGGAAAACTCCAGGGAGTGATAAACCCTTCACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ63JQ U 1
AF RR1EF56JQ U 21
BS 1 91 RR1FJ63JQ
BS 92 92 RR1EF56JQ
BS 93 129 RR1FJ63JQ
BS 130 130 RR1EF56JQ
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BS 139 151 RR1FJ63JQ
BS 152 152 RR1EF56JQ
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BS 166 323 RR1FJ63JQ
BS 324 324 RR1EF56JQ
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BS 340 374 RR1FJ63JQ
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BS 376 410 RR1FJ63JQ
BS 411 411 RR1EF56JQ
BS 412 427 RR1FJ63JQ
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BS 468 468 RR1EF56JQ
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RD RR1FJ63JQ 717 0 0
GGAGTACAAAGGGAGATAATGTGATGATGATGATGATGATGATGAATGACCACCATCCCA
CATAATATTATTACGAATGTTACAGGTTGAAGAAAAAAGAAGGCAGTAATTAATCTAACA
TACAACAGAGAGATCAC*TTTCACTCATGATTTACATCAAACCAGAAGTAGAGGTAAGCC
TTCGAGTACATGACTCGAACACGCTGCAGTACCAAGTCTCCGCTTGTAGCAACAGCCTTT
GCACCTCCTTCTATCCTTGTCTGCAAAACAGTCACACTGTTTCCCTTAATCTTTTCAACA
ACGGTTTCCTTCACTTCCACATGTCTGCTCAAGTTATCTTCTTCTTCTCCAGCAGTGCTC
ACGATTGGGCATGAGAGATGGTCCAAAGGGTTCGTTTCACATTGAAGCACGCATCCATCA
ATCGTTATCCTTCCACTCCTGTGAAGCAAGCAGCAGCCAAGCTCGGCTTTTACTGTTAGA
TTCGCTAGCTTGCAGGTTGATAGCAACTCCAGGGCACTGTCTGATCCTCTAGAACATACA
AGGGTGGTTTCATCAGGAATCTCGCCACCACCAATCAGGCAAATAGGCTTTTTAATCTGA
ATATTAGAAACGCGATGACTTCCACCAGCACCTATTAAAATGGTATCACCAGGTCTTGCA
GCAGATACAGCAGACTCAATGTCATGGAAAACTCCAGGGAGTGATAAACCCTTCACA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1EF56JQ 650 0 0
AATG
TGATGATGATGATGATGATGAATGACCACCATCCCACATAATATTATTACGAATGTTACA
GGTTGAAAAAAAAAGAAGGCAGTAATTAATCTAACATACAACAGAAAGATCACCTTTCAC
TCATGATCTATATCAAACCAAAAGTAGAGGTAAGCCTTCGAGTACATGACTCGAACCCGC
TGCAGTACCAAGTCTCCGCTTGTAGCAACAGCCTTTGTACCTCCTTCTATCCTTGTCTGC
AAAACAGTCACACTGTTTCCCTTAATCTTTTCAACAACGGTTTCCTTCACTTCCACATGC
CTGCTCAAGTTATCCTCTTCTTCTCCAGCAGTGCTCACGATTGGGCATGAAAGATGGTCC
AAAGGGTTCGTTTCACATTGAAGCACACATCCATCGATCGTTAGCCTTCCGCTCCTGTGA
AGCAAGCAGCAGCCAAGCTCGGCCTTTACTGTTAGATTCGCTAGCTTGCAGGTTGATAGC
AACTCCAGGGCACTGTCTGATCCTCTAGAACATACAAGGGTGGTTTCATCAGGAATCTCG
CCACCACCAATCAGGCAAATAGGCTTTTTAATCTGAATATTAGAAACGCGATGACTTCCA
CCAGCTCCTATTAAAATGGTATCACCAGGTCTTGCAGCAGATACAG

QA 5 650 5 650
DS 



CO CL3110Contig2 766 2 16 U
GGGACGGCGAGGAGTTTAGGGTTCATTGATTGCTTCCTTCCATGGAGACTCCTAAAATCT
CAAAGCTTGACGACAAGCGAATCACCGAACCGAGGATGAAAAAGAAGAAGAGAATGAAAC
ATGAGTTTCTCACATCTCTTAACAATCTCGATGATGGTTGCCTCATGCACATCCTCAGCT
TCCTCTCTCCAATTCCTGATAGGTATAACACAGCACTCGTTTGCCACAGATGGAGATATC
TGGCCTGTCACCCTCGCTTGTGGCTACGAGTCGACCCTTTTGCGAAGGATTTATCATCAC
TCCCTGGAGTTTTCCATGACATTGAGTCTGCTGTATCTGCTGCAAGACCTGGTGATACCA
TTTTAATAGGAGCTGGTGGAAGTCATCGCGTTTCTAATATTCAGATTAAAAAGCCTATTT
GCCTGATTGGTGGTGGCGAGATTCCTGATGAAACCACCCTTGTATGTTCTAGAGGATCAG
ACAGTGCCCTGGAGTTGCTATCAACCTGCAAGCTAGCGAATCTAACAGTAAAAGCCGAGC
TTGGCTGCTGCTTGCTTCACAGGAGCGGAAGGATAACGATCGATGGATGCGTGCTTCAAT
GTGAAACGAACCCTTTGGACCATCTCTCATGCCCAATCGTGAGCACTGCTGGAGAAGAAG
AAGATAACTTGAGCAGACATGTGGAAGTGAAGGAAACCGTTGTTGAAAGATAAGGAAACA
GTGTGACTGTTTGCAGACAGATAGAGGAGGTACAAAGGCTGTGCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ63TF U 1
AF RR1EF56TF U 19
BS 1 100 RR1FJ63TF
BS 101 101 RR1EF56TF
BS 102 282 RR1FJ63TF
BS 283 283 RR1EF56TF
BS 284 288 RR1FJ63TF
BS 289 289 RR1EF56TF
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BS 297 299 RR1EF56TF
BS 300 370 RR1FJ63TF
BS 371 371 RR1EF56TF
BS 372 565 RR1FJ63TF
BS 566 566 RR1EF56TF
BS 567 580 RR1FJ63TF
BS 581 581 RR1EF56TF
BS 582 708 RR1FJ63TF
BS 709 766 RR1EF56TF

RD RR1FJ63TF 711 0 0
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CAAAGCTTGACGACAAGCGAATCACCGAACCGAGGATGAAGAAGAAGAAGAGAATGAAAC
ATGAGTTTCTCACATCTCTTAACAATCTCGATGATGGTTGCCTCATGCACATCCTCAGCT
TCCTCTCTCCAATTCCTGATAGGTATAACACAGCACTCGTTTGCCACAGATGGAGATATC
TGGCCTGTCACCCTCGCTTGTGGCTACGAGTCGACCCTTTTGTGAAGGGTTTATCA***C
TCCCTGGAGTTTTCCATGACATTGAGTCTGCTGTATCTGCTGCAAGACCTGGTGATACCA
TTTTAATAGGTGCTGGTGGAAGTCATCGCGTTTCTAATATTCAGATTAAAAAGCCTATTT
GCCTGATTGGTGGTGGCGAGATTCCTGATGAAACCACCCTTGTATGTTCTAGAGGATCAG
ACAGTGCCCTGGAGTTGCTATCAACCTGCAAGCTAGCGAATCTAACAGTAAAAGCCGAGC
TTGGCTGCTGCTTGCTTCACAGGAGTGGAAGGATAACGATTGATGGATGCGTGCTTCAAT
GTGAAACGAACCCTTTGGACCATCTCTCATGCCCAATCGTGAGCACTGCTGGAGAAGAAG
AAGATAACTTGAGCAGACATGTGGAAGTGAAGGAAACCGTTGTTGAAA
GAT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1EF56TF 748 0 0
GGATTG
ATTGATTGCTTCCTTCCATGGAGACTCCTAAAATCTCGAAGCTTGAC***AAGCGACTCA
CCGAACCGAGGATGAAAAAGAAGA***GAATGAAGCATGAGTTTCTCACATCTCTTAACA
ATCTCGATGATGGTTGCCTCATGCACATCCTCAGCTTCCTCTCTCCAATTCCTGATAGGT
ATAACACAGCACTCGTTTGCCACAGATGGAGATATCTGGCTTGTCACCCTCGCTTGTGGT
TACGAGTCGACCCTTTTGCGAAGGATTTATCATCACTCCCTGGAGTTTTCCATGACATTG
AGTCTGCTGTATCTGCTGCAAGACCTGGTGATACCATTTTAATAGGAGCTGGTGGAAGTC
ATCGCGTTTCTAATATTCAGATTAAAAAGCCTATTTGCCTGATTGGTGGTGGCGAGATTC
CTGATGAAACCACCCTTGTATGTTCTAGAGGATCAGACAGTGCCCTGGAGTTGCTATCAA
CCTGCAAGCTAGCGAATCTAACAGTAAAGGCCGAGCTTGGCTGCTGCTTGCTTCACAGGA
GCGGAAGGCTAACGATCGATGGATGTGTGCTTCAATGTGAAACGAACCCTTTGGACCATC
TCTCATGCCCAATCGTGAGCACTGCTGGAGAAGAAGAGGATAACTTGAGCAG*CATGTGG
AAGTGAAGGAAACCGTTGTTGAAAGATAAGGAAACAGTGTGACTGTTTGCAGACAGATAG
AGGAGGTACAAAGGCTGTGCTA

QA 7 748 7 748
DS 



AS 1 4

CO CL3111Contig1 680 4 4 U
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GGGCCGACTCCACTCTAAAGGAAAGGGAATCTCAGCTTCTGCTCTGCCGTATAAGCGATC
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TCCTGAGATCCCAGAGGATCTCTATCACTTGATTAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCA
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AATCCACCGTCCTGCTCGCTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCACCGGTCTGGAAGTA
TGAGTCTACCACCGCAAGCACTCTTGTGGCTTAAGGAAAGCATAGAGTAGGTCAAAGTCT
TTCATGAGCGACCATTTCGTTGCAAGATTGCATCTCTAGTTCTATGACTATGGACTTTGT
ATCTGTTTTCTCTAGTTTTTTGATCTGTTACAACTTACAATTCGATTTTTAATTTAATGA
AAACTCTTGTTCTTGTTATC


BQ
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25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1F408TF U 1
AF RR1GW67TF U 1
AF RR1F408JQ C 3
AF RR1GW67JQ C 305
BS 1 431 RR1F408TF
BS 432 432 RR1GW67TF
BS 433 644 RR1F408TF
BS 645 680 RR1GW67TF

RD RR1F408TF 644 0 0
GAAAAAACCAAGGAAGAACGATCTTCAGAGAAAGTAAACTCCGTGCGCAGCCGTCGACAT
GGGCCGACTCCACTCTAAAGGAAAGGGAATCTCAGCTTCTGCTCTGCCGTATAAGCGATC
ACCACCAAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGATGAGTCCATCTGCAAGTTTGC
GAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCACGGAATCCC
ACAAGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGAGAATCTTGAAAGCTCATGGTCTTGC
TCCTGAGATCCCAGAGGATCTCTATCACTTGATTAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCA
CCTAGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGTTCAGGTTGATTCTTGTAGAGAGCAG
AATCCACCGTCTTGCTCGCTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCACCGGTCTGGAAGTA
TGAGTCTACCACCGCAAGCACTCTTGTGGCTTAAGGAAAGCATAGAGTAGGTCAAAGTCT
TTCATGAGCGACCATTTCGTTGCAAGATTGCATCTCTAGTTCTATGACTATGGACTTTGT
ATCTGTTTTCTCTAGTTTTTTGATCTGTTACAACTTACAATTCG

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1GW67TF 680 0 0
GA
AAAAACCAAGGAAGAACGATCTTCAGAGAAAGTAAACTCCGTGCGCAGCCGTCGACATGG
GCCGACTCCACTCTAAAGGAAAGGGAATCTCAGCTTCTGCTCTGCCGTATAAGCGATCAC
CACCAAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGATGAGTCCATCTGCAAGTTTGCGA
AGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCACGGAATCCCAC
AAGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGAGAATCTTGAAAGCTCATGGTCTTGCTC
CTGAGATCCCAGAGGATCTCTATCACTTGATTAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACC
TTGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGTTCAGGTTGATTCTTGTAGAGAGCAGAA
TCCACCGTCCTGCTCGCTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCACCGGTCTGGAAGTATG
AGTCTACCACCGCAAGCACTCTTGTGGCTTAAGGAAAGCATAGAGTAGGTCAAAGTCTTT
CATGAGCGACCATTTCGTTGCAAGATTGCATCTCTAGTTCTATGACTATGGACTTTGTAT
CTGTTTTCTCTAGTTTTTTGATCTGTTACAACTTACAATTCGATTTTTAATTTAATGAAA
ACTCTTGTTCTTGTTATC

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR1F408JQ 678 0 0
AAAAACCAAGGAAGAACGATCTTCAGAGAAAGTAAACTCCGTGCGCAGCCGTCGACATGG
GCCGACTCCACTCTAAAGGAAAGGGAATCTCAGCTTCTGCTCTGCCGTATAAGCGATCAC
CACCAAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGATGAGTCCATCTGCAAGTTTGCGA
AGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCACGGAATCCCAC
AAGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGAGAATCTTGAAAGCTCATGGTCTTGCTC
CTGAGATCCCAGAGGATCTCTATCACTTGATTAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACC
TAGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGTTCAGGTTGATTCTTGTAGAGAGCAGAA
TCCACCGTCTTGCTCGCTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCACCGGTCTGGAAGTATG
AGTCTACCACCGCAAGCACTCTTGTGGCTTAAGGAAAGCATAGAGTAGGTCAAAGTCTTT
CATGAGCGACCATTTCGTTGCAAGATTGCATCTCTAGTTCTATGACTATGGACTTTGTAT
CTGTTTTCTCTAGTTTTTTGATCTGTTACAACTTACAATTCGATTTTTAATTTAATGAAA
ACTCTTGTTCTTGTTATC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1GW67JQ 376 0 0
GAGATCCCAGAGGATCTCTATCACTTGATTAAGAAAGCAGTTGCTATCCGCAAGCACCTT
GAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGTTCAGGTTGATTCTTGTAGAGAGCAGAATC
CACCGTCCTGCTCGCTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCACCGGTCTGGAAGTATGAG
TCTACCACCGCAAGCACTCTTGTGGCTTAAGGAAAGCATAGAGTAGGTCAAAGTCTTTCA
TGAGCGACCATTTCGTTGCAAGATTGCATCTCTAGTTCTATGACTATGGACTTTGTATCT
GTTTTCTCTAGTTTTTTGATCTGTTACAACTTACAATTCGATTTTTAATTTAATGAAAAC
TCTTGTTCTTGTTATC

QA 1 376 1 376
DS 



AS 1 4

CO CL3112Contig1 562 4 4 U
AAAAGTAAAAAACAAACTGATCTTATTGTATCAACATGAGACATGAAGGATCGATACATA
TATCTACTAGTTAAGTGGTTTGAATCATCATGCCTTTGTGGCGTCCTTAGCCTCTCCAGC
TTTACCCTCTACAAACTCAGCTGCTTCATTTCCTTTTGCCTTCGCATAATCCAAAGCTTT
CTGAGCTCCATCCACTGCAGTGTCTTTGGCTTCAACGTTCTTCTCAACAACGTAGTCTTT
TGCTTTCTCTCCATCTTTTAACGCTTCCTTTGTCTTCTCCGTCACGTAATCCGAAGCTCC
CCTTGTGGCCTCGTTGACGTCATCGAGAATGTTACCGTCACCTTTATCGGCGTAGATCAA
CGACTTCTTGCGCTGAGCGACGACGACGAGCTCAGTTTTCCGGCCAAAACCGACGGCGCC
AACGCCGCTCTGCTTGGCTGCTCCGCTGGGGAAAGAAGAACAAATCCCACTGAGAACAGC
TCCGGAGAATGACATCGCCATGAAGAGAGCAAAAGAAATCAAAGGAGGGGTTTAAGCAGG
AACAAGAGTGAGATGAGTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR1A155TF C 1
AF RR1AM59JQ U 3
AF RR1AM59TF C 3
AF RR1A155JQ U 3
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BS 393 393 RR1A155JQ
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RD RR1A155TF 562 0 0
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TTTACCCTCTACAAACTCAGCTGCTTCATTTCCTTTTGCCTTCGCATAATCCAAAGCTTT
CTGAGCTCCATCCACTGCAGTGTCTTTGGCTTCAACGTTCTTCTCAACAACGTAGTCTTT
TGCTTTCTCTCCATCTTTTAACGCTTCCTTTGTCTTCTCCGTCACGTAATCCGAAGCTCC
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CGACTTCTTGCGCTGAGCGACGACGACGAGCTCAGTTTTCCGGCCAAAACCGACGGCGCC
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DS 

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QA 6 560 6 560
DS 

RD RR1AM59TF 560 0 0
GGAGT
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CCATCCACTGCAGTGTCTTTGGCTTCAACGTTCTTCTCAACAACGTAGTCTTTTGCTTTC
TCTCCATCTTTTAACGCTTCCTTTGTCTTCTCCGTCACGTAATCCGAAGCTCCCCTTGTG
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GTGAGATGAGTATCC

QA 6 560 6 560
DS 

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AAAGT
AAAAACAAACTGATCTTATTGTATCAACATGAGACATGAAGGATCGATACATATATCTAC
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TCTACAAACTCAGCTGCTTCATTTCCTTTTGCCTTCGCATAATCCAAAGCTTTCTGAGCT
CCATCCACTGCAGTGTCTTTGGCTTCAACGTTCTTCTCAACAACGTAGTCTTTTGCTTTC
TCTCCATCTTTTAACGCTTCCTTTGTCTTCTCCGTCACGTAATCCGAAGCTCCCTTTGTG
GCCTCGTTGACGTCATCGAGAATGTTACCGTCACCTTTATCGGCGTAAATCAACGACTTC
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AATGACATCGCCATGAAGAGAGCAAAAGAAATCAAAGGAGGGGTTTAAGCAGGAACAAGA
GTGAGATGAGTATCC

QA 6 560 6 560
DS 



AS 1 4

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CAAATAATTCTACT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 

AF RR1GB33TF U 1
AF RR1GB33JQ C 1
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AF RR1H561JQ C 1
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GGAT

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DS 

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TGACATTCTGAAGAAATAAGTGTCACTTTTGTTCAAAGTTGGAAGCTTTTAATAATGTTG
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CAAATAATTCTACT

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DS 

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TGACATTCTGAAGAAATAAGTGTCACTTTTGTTCAAAGTTGGAAGCTTTTAATAATGTTG
ATGGGGTTGTAGTTTTGTTGTATTGTGTAAACATTCAGTATCATCATCTTATAAACTAAC
CAA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1H561JQ 674 0 0
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CTTGATGTTAGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCAGAAGAAGCCAAAGCAAAAGCTGTAGAGGA
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AGCATGCAGAGACGAAACACTGAAGAAACTAGAGATGAGCGAGAAGGAGATTGAAGATAT
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GGTGGACGCAGAGCTTAGGAGAAGGCGTAAAGCAGCGAGTAGAATCATGGCAGAATCCAA
AATCTGTGCTAATAAGTCGTTTCCCTCTGCAAAGGAAGTGCACAAGTCGAAAACGAGATC
CAAAGAGACATGTTTGGTCAAGTGTTAGGGAAAAGGACCTGTGGTCTCTTTTGAAATTTG
TGACATTCTGAAGAAATAAGTGTCACTTTTGTTCAAAGTTGGAAGCTTTTAATAATGTTG
ATGGGGTTGTAGTTTTGTTGTATTGTGTAAACATTCAGTATCATCATCTTATAAACTAAC
CAAATAATTTTACT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 3

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TTTCTTTTCTAGGAAAACCCTCAAACTTCCCCTGATAATTACTCTATTCAACCACTCTTT
CGTCTCTCGCCGATCTCTCGTTGGGTCATTCTGCTGTTTAGATCTCTTTTCCAAGTAATC
AATCTGAGAAATGGACAAGGAGAAATCTCCTAGTGGAGGTCTACCTCCACCATCAGGCCG
TTACTCATCCTTTCCTCATTTGACTCCTCCAAGTGGGAGCACCACCACCCCAGACGCTAA
CCGTTTCTGCCACGATATAAGCCGAATGCCGGACAACCCGCCTAAGAACAATCTAGGCCA
TCGCCGAGCTCACTCGGAGATCCTCACTCTTCCCGATGACTTGAGCTTCGACAGTGATCT
CGGTGTGGTTGGTGGTGATGGACCTTCTTTCTCCGACGACACGGACGAGGACTTAATGTC
TATGTATCTCGACATGGATAAGTTCAATTCCTCGGCGAGTTCTTCCTGTGAGCCGTCGGA
ACTCGTTTGGAGGAATGAGCTAGCCGGCGGCGGCTCGGCGGCTTCTAATCTTCAGAGTAC
GCCTCCTGGTGGTAGTGAAAGACCGAGGATTAGGCACCAGCATAGCCAGTCGATGGATGG
TTCGACGAGTATAAAGCCTGAGTTGCTTATGTCAGGGAATGAAGGAGTTGACTCTAAGAA
AGCTATCTCTGCTGCTAAACTCTCCGAGCTTGCTCTCATTGATCCAAAACGTGCCAAGAG
GATATGGGCAAACAGGCAGTCTGCTGCGAGGTCAAAAGAAAGGAAGATGAGATACATAGC
TGAGCTAGAGAGGAAAGTACAGACTTTACAAACTGAAGCTACTACTCTCTCAGCGCAGTT
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AGTACAAACAGTGGAGCAACAAGTTCACCTGCAGGATGCATTAAACGACGCACTGAAGGA
AGAAGTCCAACATCTTAAGGTATTAACGGGGCAAGGTGGTTCTAGCGGTGGTGCATCATC
AGTAATGAACTATGGTTCTTTTGGATCGAATCAGCAATTCTATCCCAATAATCAGTCGAT
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TGGTGGAAAACAAGACACCCCTAGAAGCTGTTAGTGAAGCCTTTGTCTGTAGTCTTTTAT
TAAAAACCATATTCAAATTCTTTGGCTTTTGTTCTGTTATGTTACCGAATTGTCTCTCGC
TTGGTTTTTGGATTTGAAGCTTGTTTAAATGACATAAGTCTGCAAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BB16TF U 1
AF RR1FL25TF U 390
AF RR1BB16JQ C 709
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AATCTGAGAAATGGACAAGGAGAAATCTCCTAGTGGAGGTCTACCTCCACCATCAGGCCG
TTACTCATCCTTTCCTCATTTGACTCCTCCAAGTGGGAGCACCACCACCCCAGACGCTAA
CCGTTTCTGCCACGATATAAGCCGAATGCCGGACAACCCGCCTAAGAACAATCTAGGCCA
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CGGTGTGGTTGGTGGTGATGGACCTTCTTTCTCCGACGACACTGATGAGGACTTGATGTC
TATGTATCTCGACATGGATAAGTTTAATTCCTCGGCGAGTTCTTCCTGTGAGCCGTCGGA
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GCCTCCTGGTGGTAGTGAAAGACCGAGGA

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G
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CGGCTCGGCGGCTTCTAATCTTCAGAGTACGCCTCCTGGTGGTAGTGAACGACCGAGGAT
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GTCAGGGAATGAAGGAGTTGACTCTAAGGAAGCTATCTCTGCTGCTAAACTCTCCGAGCT
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GTCAAAAGAAAGGAAGATGAGATACATAGCTGAGCTAGAGAGGAAAGTACAGACTTTACA
AACTGAAGCTACTACTCTCTCCGCGCAGTTGACTCTCTTACAGAGAGATACAAATGGACT
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QA 2 600 2 600
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ACGTGCCAAGAGGATATGGGCAAACAGGCAGTCTGCTGCGAGGTCAAAAGAAAGGAAGAT
GAGATACATAGCTGAGCTAGAGAGGAAAGTACAGACTTTACAAACTGAAGCTACTACTCT
CTCAGCGCAGTTGACTCTCTTACAGAGAGATACAAATGGACTGAGTGTTGAAAACCATGA
GCTGAAACTCCGAGTACAAACAGTGGAGCAACAAGTTCACCTGCAGGATGCATTAAACGA
CGCACTGAAGGAAGAAGTCCAACATCTTAAGGTATTAACGGGGCAAGGTGGTTCTAGCGG
TGGTGCATCATCAGTAATGAACTATGGTTCTTTTGGATCGAATCAGCAATTCTATCCCAA
TAATCAGTCGATCCACACTATGCAAGCTGCACAACAGTTCCAGCAGCTCCAAACCCATTC
ACAGAAACAGCAACAACAACAACAGCAGTTTCAGTATCAGCAGCGGCAGCAGCAGCAACT
GTATCAGCTCCAGCTCCAGCTTCAGCAGCAGCGGATTCAACAGCAGGAACAACAAAGCGG
TGTGGTGGCGGAGCCGAGAAGGCCGATGTCTTCTTCTTCGGGTGGTCAGAAAGAGAGTGC
GACATTACCTGATCTTGAGTCTCCCTCAACAAAAGACTGAAGATTGTTGTTGACTGCTGT
TAGTGTCCAGTTTGGTGGAAAACAAGACACCCCTAGAAGCTGTTAGTGAAGCCTTTGTCT
GTAGTCTTTTATTAAAAACCATATTCAAATTCTTTGGCTTTTGTTCTGTTATGTTACCGA
ATTGTCTCTCGCTTGGTTTTTGGATTTGAAGCTTGTTTAAATGACATAAGTCTGCAAAGT

QA 1 900 1 900
DS 



AS 2 4

CO CL3115Contig1 1215 2 6 U
GGGTTTTAGAACAAACAATAGAGCTTCGCTTCCTTCTCCTCTCTAAAATATCTTGGCGAC
GAAGAACATTGGTGAGGAGGAAAGATCAGTGAGATTCGACTCGATTCGATTCGATTCGAT
TCGATTGGAAGCTAACTCTTTTTCAGTTTGGAGAAGACGATGGAAGGAGGAGGAGAAGAA
GAAGTGAGCATTAACGAGTTGGCTTCGAATCTCACTACCTACAAAGAGCAGCTCCAACAG
GTGAAGCAGCTTTTATCACAAGACCCTAGAAACTCTGAATATGCTGACATGGAAAAGGAG
CTCAAAGAGGTGATTGCATTGACAGAGGAACTTCTTGCAACCGCTAAGCAAAATGAGATC
CCTCTTTCAGATGCTGGAGCAACCGCTGAATCACCCGATTTACTTGAGGGTGCTTGGCAA
AAAATGGAATCAAGGAATGACCCAATACATGAGGGTAAGTTCCCCATTGGAACAAAAGTT
CAAGCTGTCTATAGCGAAGATGGCGAGTGGTACGATGCGACTATTGAGGCGCATACTCTA
AATGGTTATTATGTTTCGTATAATGAGTGGGGTAACAAGGAAGAGGTTGATCCAGATAAT
GTGAGGGCAATAGAGACCAATGCCCTCTTGGAAGCAGAAAGAGTAGCGGAAGCTGCGAAG
AATGCACTCAAAAGAAAGATTGAGCAAGCTGCGAGTTCTGATTATCAATCCAAAACTCTA
CCAGCAAAGCTTAAAATCGATCCTAACGATCCCGAGGATGTGAAAATTGCAAAGCGTAAG
AAGATACATGCTTTCAAGTCAAAGGCGAGGCAGGAGCAACTGGAGGTTGCACAGAACAAG
AAACAGAATGCGTGGCAACAGTTTCAGACGACTAAAGCCAAAACTAAAAAGGTAGGGTTT
TTTACAGGGAGGAAGAAAGAGAGTATATTCAAATCACCGGAGGATCCATTTGGGAAAGTG
GGTGTGATTGGAAGTGGTAAAGGGTTGACAGATTTCCAAAAGAGAGAGAAGCATCTTCAT
CTCAAGTCTGGTAATGATGCTGAGGGTTCTAATGAATGAGAGAGAGAGAGGTTTTATGTG
TTTCTAAAGGAATTTAAGGTATTTACTTGAGTAGTAATTGTTCCTGTCTCTCGATTAAAC
CTCTTAAAACAGAAAGATCTGAAACCCTTTTGTGGATTTTCTGCTCTTTTGCAAGTTGAA
TCGAAGATTAGCTCT


BQ
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C659TF U 1
AF RR1C659JQ C 441
BS 1 765 RR1C659TF
BS 766 766 RR1C659JQ
BS 767 781 RR1C659TF
BS 782 782 RR1C659JQ
BS 783 804 RR1C659TF
BS 805 1215 RR1C659JQ

RD RR1C659TF 808 0 0
GGGTTTTAGAACAAACAATAGAGCTTCGCTTCCTTCTCCTCTCTAAAATATCTTGGCGAC
GAAGAACATTGGTGAGGAGGAAAGATCAGTGAGATTCGACTCGATTCGATTCGATTCGAT
TCGATTGGAAGCTAACTCTTTTTCAGTTTGGAGAAGACGATGGAAGGAGGAGGAGAAGAA
GAAGTGAGCATTAACGAGTTGGCTTCGAATCTCACTACCTACAAAGAGCAGCTCCAACAG
GTGAAGCAGCTTTTATCACAAGACCCTAGAAACTCTGAATATGCTGACATGGAAAAGGAG
CTCAAAGAGGTGATTGCATTGACAGAGGAACTTCTTGCAACCGCTAAGCAAAATGAGATC
CCTCTTTCAGATGCTGGAGCAACCGCTGAATCACCCGATTTACTTGAGGGTGCTTGGCAA
AAAATGGAATCAAGGAATGACCCAATACATGAGGGTAAGTTCCCCATTGGAACAAAAGTT
CAAGCTGTCTATAGCGAAGATGGCGAGTGGTACGATGCGACTATTGAGGCGCATACTCTA
AATGGTTATTATGTTTCGTATAATGAGTGGGGTAACAAGGAAGAGGTTGATCCAGATAAT
GTGAGGGCAATAGAGACCAATGCCCTCTTGGAAGCAGAAAGAGTAGCGGAAGCTGCGAAG
AATGCACTCAAAAGAAAGATTGAGCAAGCTGCGAGTTCTGATTATCAATCCAAAACTCTA
CCAGCAAAGCTTAAAATCGATCCTAACGATCCCGAGGATGTGAAA*TTGCAAAGCGTAAG
A*GATACATGCTTTCAAGTCAAAG
CGAG

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1C659JQ 775 0 0
CCCAATACATGAGGGTAAGTTCCCCATTGGAACAAAAGTTCAAGCTGTCTATAGCGAAGA
TGGCGAGTGGTACGATGCGACTATTGAGGCGCATACTCTAAATGGTTATTATGTTTCGTA
TAATGAGTGGGGTAACAAGGAAGAGGTTGATCCAGATAATGTGAGGGCAATAGAGACCAA
TGCCCTCTTGGAAGCAGAAAGAGTAGCGGAAGCTGCGAAGAATGCACTCAAAAGAAAGAT
TGAGCAAGCTGCGAGTTCTGATTATCAATCCAAAACTTTACCAGCAAAGCTTAAAATCGA
TCCTAACGATCCCGAGGATGTGAAAATTGCAAAGCGTAAGAAGATACATGCTTTCAAGTC
AAAGGCGAGGCAGGAGCAACTGGAGGTTGCACAGAACAAGAAACAGAATGCGTGGCAACA
GTTTCAGACGACTAAAGCCAAAACTAAAAAGGTAGGGTTTTTTACAGGGAGGAAGAAAGA
GAGTATATTCAAATCACCGGAGGATCCATTTGGGAAAGTGGGTGTGATTGGAAGTGGTAA
AGGGTTGACAGATTTCCAAAAGAGAGAGAAGCATCTTCATCTCAAGTCTGGTAATGATGC
TGAGGGTTCTAATGAATGAGAGAGAGAGAGGTTTTATGTGTTTCTAAAGGAATTTAAGGT
ATTTACTTGAGTAGTAATTGTTCCTGTCTCTCGATTAAACCTCTTAAAACAGAAAGATCT
GAAACCCTTTTGTGGATTTTCTGCTCTTTTGCAAGTTGAATCGAAGATTAGCTCT

QA 1 775 1 775
DS 



CO CL3115Contig2 1224 2 2 U
GGGTTTTAGAACAATCAATAGAGCTTCGCTTCCTTCTCCTCTCTAAAGTCTAAAATATCT
TGGCGACGAAGAACATTGGTGAGGAGGAAAGATCAGTGAGATTTCGATTCGATTCGATTC
GATTAGAAGCTAAAACTCTTTTTCAGTTTGGAGAAGACGATGGAAGGAGAAGAAGAAGTG
AGCATTAACGAGTTGGCTTCGAATCTCACTACCTACAAAGAGCAGCTCCAACAGGTGAAG
CAGCTTTTGTCACAAGACCCTAGAAACTCTGAATATGCAGACATGGAAAAGGAGCTTAAA
GAGGTGATTGCATTGACGGAGGAACTTCTTGCAACCGCTAAGCAAAATGAGATCCCTCTT
TCAGATGCTGGAGCAGCCGCTGAATCACCCGATTTACTTGAGGGTGCTTGGCAAAAAATG
GAATCAAGGAATGACCCAATACATGAGGGTAAGTTCCCCATTGGAACAAAAGTTCAAGCT
GTCTATAGCGAGGATGGCGAGTGGTATGATGCGACTATTGAGGCGCATACTCTAAATGGT
TATTATGTTTCGTATACTGAGTGGGGTAACAAGGAAGAGGTTGATCCAGATAATGTGAGG
GCAATAGAGACCAATGCCCTCTTGGAAGCAGAAAGAATAGCTGAAGCTGCGAAGAATGCA
CTCAACAGAAAGATTGAGCAAGCCGCGACTTCTGATTATCAATCCAAAACTCTACCAGCA
AAGCTTAAAATCGATCCTAACGATCCCGAGGATGTGAAAATTGCAAAGCGTAAGAAGATA
CATGCTTTCAAGTCAAAGGCAAGGCAGGAGCAACTGGAGGTTGCACAGAACAAGAAACAG
AATGCGTGGCAACAGTTTCAGACGACTAAAGCCTAAACTAAAAAGGTAGGGTTTTTTACA
GGGAGGAAGAAAGAGAGTATATTCAAATCACCGGAGGATCCATTTGGGAAAGTGGGTGTG
ATTGGAAGTGGTAAAGGGTTGACAGATTTCCAAAAGAGAGAGAAGCATCTTCATCTCAAG
TTTGGTAATGATGCTGAGGGTTCTAATGAATGAGAGTTATTTTATGTGTTTCTAAAGGAT
TTTAAGGTATTTACTTGAGTAGCAATTGGTTCCTGTCTCTCGATTAAACCTCTTAAAACA
GAAATATCTGAAACCCTTTTGTGGATTTTCTACTCTTTTGTAAGTTGAATCGAAGATTAG
CTCTTTTTTCTTTCTTTCTATTCG


BQ
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AF RR1FH14TF U 1
AF RR1FH14JQ C 431
BS 1 688 RR1FH14TF
BS 689 1224 RR1FH14JQ

RD RR1FH14TF 689 0 0
GGGTTTTAGAACAATCAATAGAGCTTCGCTTCCTTCTCCTCTCTAAAGTCTAAAATATCT
TGGCGACGAAGAACATTGGTGAGGAGGAAAGATCAGTGAGATTTCGATTCGATTCGATTC
GATTAGAAGCTAAAACTCTTTTTCAGTTTGGAGAAGACGATGGAAGGAGAAGAAGAAGTG
AGCATTAACGAGTTGGCTTCGAATCTCACTACCTACAAAGAGCAGCTCCAACAGGTGAAG
CAGCTTTTGTCACAAGACCCTAGAAACTCTGAATATGCAGACATGGAAAAGGAGCTTAAA
GAGGTGATTGCATTGACGGAGGAACTTCTTGCAACCGCTAAGCAAAATGAGATCCCTCTT
TCAGATGCTGGAGCAGCCGCTGAATCACCCGATTTACTTGAGGGTGCTTGGCAAAAAATG
GAATCAAGGAATGACCCAATACATGAGGGTAAGTTCCCCATTGGAACAAAAGTTCAAGCT
GTCTATAGCGAGGATGGCGAGTGGTATGATGCGACTATTGAGGCGCATACTCTAAATGGT
TATTATGTTTCGTATACTGAGTGGGGTAACAAGGAAGAGGTTGATCCAGATAATGTGAGG
GCAATAGAGACCAATGCCCTCTTGGAAGCAGAAAGAATAGCTGAAGCTGCGAAGAATGCA
CTCAACAGAAAGATTGAGCAAGCCGCGA
C

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1FH14JQ 794 0 0
ATGA
CCCAATACATGAGGGTAAGTTCCCCATTGGAACAAAAGTTCAAGCTGTCTATAGCGAGGA
TGGCGAGTGGTATGATGCGACTATTGAGGCGCATACTCTAAATGGTTATTATGTTTCGTA
TACTGAGTGGGGTAACAAGGAAGAGGTTGATCCAGATAATGTGAGGGCAATAGAGACCAA
TGCCCTCTTGGAAGCAGAAAGAATAGCTGAAGCTGCGAAGAATGCACTCAACAGAAAGAT
TGAGCAAGCCGCGACTTCTGATTATCAATCCAAAACTCTACCAGCAAAGCTTAAAATCGA
TCCTAACGATCCCGAGGATGTGAAAATTGCAAAGCGTAAGAAGATACATGCTTTCAAGTC
AAAGGCAAGGCAGGAGCAACTGGAGGTTGCACAGAACAAGAAACAGAATGCGTGGCAACA
GTTTCAGACGACTAAAGCCTAAACTAAAAAGGTAGGGTTTTTTACAGGGAGGAAGAAAGA
GAGTATATTCAAATCACCGGAGGATCCATTTGGGAAAGTGGGTGTGATTGGAAGTGGTAA
AGGGTTGACAGATTTCCAAAAGAGAGAGAAGCATCTTCATCTCAAGTTTGGTAATGATGC
TGAGGGTTCTAATGAATGAGAGTTATTTTATGTGTTTCTAAAGGATTTTAAGGTATTTAC
TTGAGTAGCAATTGGTTCCTGTCTCTCGATTAAACCTCTTAAAACAGAAATATCTGAAAC
CCTTTTGTGGATTTTCTACTCTTTTGTAAGTTGAATCGAAGATTAGCTCTTTTTTCTTTC
TTTCTATTCG

QA 5 794 5 794
DS 



AS 1 4

CO CL3116Contig1 1016 4 11 U
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GGCTTGACCGTCTCCGCATAAGCAAAGGACTCTCCACCACCGAAGACGACGATGCTTCCG
GCAATCCTCTTTCCCCCGACGACTTCCTCCGCCGCAACCACCGTGCCGACACCTCCGATT
CTCCTCCAACTCCCTCGGATCCGGAGCTAACGGATAGTCCGTCGGATCCGAATCCTGGAG
AATGGTACGGCGTGATGAGCGATGTTCTCTCGGAGCTCTTCAACTACAGCGGCTCCCCCT
CTCGCTCGGTTCCGGGGAAGAAGCTTCCGAGGAAACAGTCAAACCCTAAGCATTGCTCTC
CTCCTCAACGGGTGGTCTCGAGTTTTCTCCCCAAACTCGTCACGGAGAAGAGGAGGACGA
AGAGAAGCGTTGAGGAAGATGATGACGTGGAGGAGGAGGAAGGGGAGAAGGATCTGGTAG
GGTTTTCGAGGAGCGAAGTGACGGTGATCGACACGAGCTTCAAGATCTGGAAGTCGGAGA
AGGTTGTGTTCCGGAGGAGAAGCGTGTGGAAAGTTAGGGACAAGAAGGGTAACTCGCGTG
GTGTTGTCTCGTCGAAGAAGAAGAAGAAGACGATCAAGATCAAGAAGAAGAAGAAGAAGA
AGAAGAAGAGGAAATGCGATGTTGATGATGATGGTGAAAACGTTAGGAAAAGCAAGAAGA
TGAAGCTTTCAAGATCAGTTTCAGACAACAGTCCACAATATTTGAGTGAAGAGCTTCGTG
ATGATCCAGAGAGCAGCAATGCGAACCGAACCCTCTTGCGTAGATTGCCCTCTAAACCAA
GAAGCGTACTACACACTAGCAAGAAGAACGGTGAACCAGAGGCTCGTGGACATAGGTCAT
TGGCTTGATATAGCCACTAAGCTAAAACCTTTGCGTTCAATGTATATGATGATTCTGTTG
AATGATTATTATGTAACATTCTTGTTTATGAATTGCTATCATCTGATTTAAAGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C623TF U 1
AF RR1A711TF U 5
AF RR1C623JQ C 206
AF RR1A711JQ C 209
BS 1 135 RR1C623TF
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BS 655 785 RR1A711TF
BS 786 1016 RR1C623JQ

RD RR1C623TF 654 0 0
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QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1A711TF 781 0 0
GG
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QA 3 781 3 781
DS 

RD RR1C623JQ 811 0 0
GCT
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CGACACGAGCTTCAAGATCTGGAAGTCGGAGAAGGTTGTGTTCCGGAGGAGAAGCGTGTG
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QA 4 811 4 811
DS 

RD RR1A711JQ 801 0 0
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CTCGGAGCTCTTCAACTACAGCGGCTCCCCCTCTCGCTCGGTTCCGGGGAAGAAGCTTCC
GAGGAAACAGTCAAACCCTAAGCATTGCTCTCCTCCTCAACGGGTGGTCTCGAGTTTTCT
CCCCAAACTCGTCACGGAGAAGAGGAGGACGAAGAGAAGCGTTGAGGAAGATGATGACGT
GGAGGAGGAGGAAGGGGAGAAGGATCTGGTAGGGTTTTCGAGGAGCGAAGTGACGGTGAT
CGACACGAGCTTCAAGATCTGGAAGTCGGAGAAGGTTGTGTTCCGGAGGAGAAGCGTGTG
GAAAGTTAGGGACAAGAAGGGTAACTCGCGTGGTGTTGTCTCGTCGAAGAAGAAGAAGAA
GACGATCAAGATCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAATGCGATGTTGATGA
TGATGGTGAAAACGTTAGGAAAAGCAAGAAGATGAAGCTTTCAAGATCAGTTTCAGACAA
CAGTCCACAATATTTGAGTGAAGAGCTTCGTGATGATCCAGAGAGCAGCAATGCGAACCG
AACCCTCTTGCGTAGATTGCCCTCTAAACCAAGAAGCGTACTACACACTAGCAAGAAGAA
CGGTGAACCAGAGGCTCGTGGACATAGGTCATTGGCTTGATATAGCCACTAAGCTAAAAC
CTTTGCGTTCAATGTATATGATGATTCTGTTGAATGATTATTATGTAACATTCTTGTTTA
TGAATTGCTATCATCTGAT
CT

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 4

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AAACTCTAGTTCCAACCTCTTCTAACTCTAAACTCCAATCAAAGTCTCCCACTCTAGTCC
CCGTAAACCCAATCAACCGGCGGTCGGAGGTTAGAACCACTGTCCAGAGGCTCTAACGTA
TCTGTGGCGGAGAGAGTAGCTGAAGAAGCCATCGAATCCGTGGAAGAGACGGAGCGGCTA
AATAGATTGCTTGCGGATTCCTCAGATCGAGGTCTTAGCGCATCGAGCGAGACGAGAGCC
GAGATCAGTGAGCTCATCACGCAGCTCGAGTCCAAGAATCCTAATCGAAGCTCTGTTTCT
CCTTAGTGGCAAATGGATTCTCGCATGTATTAAGGAGTAGGGAACGAGAAGCAGTAGTGT
GACACAGGGGCGACTCCGGTCAAGCGTGGTGCGGCAGTGGTGCAAGTCGGTGGTGGTCGT
CTGGTGGATCAATGTATTTCAGTCTCTATTGCTCTGTTATAGATCTGATTTTCTCATGAA
GTCATGGTGGCTGGAGGAGGCAAGGTCCATGGCGGCTTGAGGAGGCAAATCTCGTGGCAG
CTGTTGGAGGAGGGGAAAAGCGCAGAGAGAAGGAGGCGGCTGGAGGCAAATCTCGTGGCG
GCTGTTGAAAATTTCAAGTACAAAATGAGTTGGCCTTCTAAATATTTGATTGAGTTTGAG
AAGACCACCTCATTATGTTCCTGAAATTTTCGAAGTGATTGAATGAATAAGAATGAAAAT
TAGGAGTTTGCCGATTATGTAATTTATAGATAGACATGATGAAAATTTAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1EU63TF U 1
AF RR1DH76TF U 1
AF RR1EU63JQ C 59
AF RR1DH76JQ C 160
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BS 636 636 RR1EU63JQ
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BS 703 719 RR1DH76TF
BS 720 830 RR1EU63JQ

RD RR1EU63TF 628 0 0
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QA 1 628 1 628
DS 

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TCTGTGGCGGAGAGAGTAGCTGAAGAAGCCATCGAATCCGTGGAAGAGACGGAGCGGCTA
AATAGATTGCTTGCGGATTCCTCAGATCGAGGTCTTAGCGCATCGAGCGAGACGAGAGCC
GAGATCAGTGAGCTCATCACGCAGCTCGAGTCCAAGAATCCTAATCGAAGCTCTGTTTCT
CCTTAGTGGCAAATGGATTCTCGCATGTATTAAGGAGTAGGGAACGAGAAGCAGTAGTGT
GACACAGGGGCGACTCCGGTCAAGCGTGGTGCGGCAGTGGTGCAAGTCGGTGGTGGTCGT
CTGGTGGATCAATGTATTTCAGTCTCTATTGCTCTGTTATAGATCTGATTTTCTCATGAA
GTCATGGTGGCTGGAGGAGGCAAGGTCCATGGCGGCTTGAGGAGGCAAATCTCGTGGCAG
CTGTTGGAGGAGGGGAAAAGCGCAGAGAGAAGGAG*CGGCTGGAGGCAAATCTCGTGGCG
GCTGTTGAAAATTTCAAGTACAAA*TGAGTTGGCCTTCTAA*TATTTGATTGAGTTTGA

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DS 

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CCC*GTAAACCCAATCAACCGGCGGTCGGAGGTTAGAACCACTGTCCAGAGGCTCTAACG
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TAAATAGATTGCTTGCGGATTCCTCAGATCGAGGTCTTAGCGCATCGAGCGAGACGAGAG
CCGAGATCAGTGAGCTCATCACGCAGCTCGAGTCCAAGAATCCTAATCGAAGCTCTGTTT
CTCCTTAGTGGCAAATGGATTCTCGCATGTATTAAGGAGTAGGGAACGAGAAGCAGTAGT
GTGACACAGGGGCGACTCCGGTCAAGCGTGGTGCGGCAGTGGTGCAAGTCGGTGGTGGTC
GTCTGGTGGATCAATGTATTTCAGTCTCTATTGCTCTGTTATAGATCTGATTTTCTCATG
AAGTCATGGTGGCTGGAGGAGGCAAGGTCCATGGCGGCTTGAGGAGGCAAATCTCGTGGC
AGCTGTTGGAGGAGGGGAAAAGCGCAGAGAGAAGGAGGCGGCTGGAGGCAAATCTCGTGG
CGGCTGTTGAAAATTTCAAGTACAAAATGAGTTGGCCTTCTAAATATTTGATTGAGTTTG
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DS 

RD RR1DH76JQ 671 0 0
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CTGGAGGCAAATCTCGTGGCGGCTGTTGAAAATTTCAAGTACAAAATGAGTTGGCCTTCT
AAATATTTGATTGAGTTTGAGAAGACCACCTCATTATGTTCCTGAAATTTTCGAAGTGAT
TGAATGAATAAGAATGAAAATTAGGAGTTTGCCGATTATGTAATTTATAGATAGACATGA
TGAAAATTTAC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 4

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GCGCTCCCGATTGTCTTCTCGCCCCTTATTTCCCTCACGACCGTCACCGACAATTCCTCA
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CTGAGAAAGACGCGGCTACGCATACAATCATGTTTCAGTCTGATGCTCGTGCCAATGATC
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ATGAATTGGACATGGTTCTTCATCAATTGGCTGTGTTTCGTGACCGTGCTCATAATCATT
ATCATCAAGAGCCGCATATGCGGATGCAAGAACCTGATGATCTCTCGAGTTCTCTTGATC
TAAACGACAACAACTCGATTCCTTACAATTACCCGCTTCATCATGTACAAGAACCAAACC
AACAACAACAATTTTGTTCTTCTGGAAACTTCAATGGGTTACAAGAAGACATGTGGTGTC
TTCAACTTCAAGATTCATCAACAACAGTGAATATGAAGGGTGGCTTCATTGATGAATGTG
GGGGCGTTAAGCCTGTAGAAGAGGCTTCTAACGAGTTCGAGCATCATGATGGTTTCGTTG
AAGACAGTAAGCTCGACTTGCCTTCAACACAATTCATTGTTTCTTCTTAGCTTTTATTTT
CTTGATTTAAGAATCATTTATATAGGGCTTAACAAATAATCCTCTCATAGATCGATCTCA
ATAGATTTTCTTTCACTTTACTTTCTTTTTCTTTTGTATCTCATTTGGTTAAATTCGTTA
TAGGATTAGATGTGAAGGAGACATGGAATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H112TF U 1
AF RR1BP87JQ C 118
AF RR1BP87TF U 118
AF RR1H112JQ C 422
BS 1 130 RR1H112TF
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CCATTGAAGGTTGC

QA 1 254 1 254
DS 

RD RR1BP87JQ 669 0 0
GG
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TATCATCAAGAGCCGCATATGCGGATGCAAGAACCTGATGATCTCTCGAGTTCTCTTGAT
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TCTTGATTTAAGAATCATTTATATAGGGCTTAACAAATAATCCTCTCATAGATCGATCTC
AATAGAT

QA 3 669 3 669
DS 

RD RR1BP87TF 691 0 0
GG
AACGCGCATAAGCTCTTTGGTGTCAGCAACATCACCAAGATCATCAAAGACCTTAGCCCT
CCTGAGAAAGACGCGGCTACGCATACAATCATGTTTCAGTCTGATGCTCGTGCCAATGAT
CCCATTGAAGGTTGCTATAGCATCATAAGAAGGCTTCAGTACGAGATCGAATATAATAAG
AATGAATTGGACATGGTTCTTCATCAATTGGCTGTGTTTCGTGACCGTGCTCATAATCAT
TATCATCAAGAGCCGCATATGCGGATGCAAGAACCTGATGATCTCTCGAGTTCTCTTGAT
CTAAACGACAACAACTCGATTCCTTACAATTACCCGCTTCATCATGTACAAGAACCAAAC
CAACAACAACAATTTTGTTCTTCTGGAAACTTCAATGGGTTACAAGAAGACATGTGGTGT
CTTCAACTTCAAGATTCATCAACAACAGTGAATATGAAGGGTGGCTTCATTGATGAATGT
GGGGGCGTTAAGCCTGTAGAAGAGGCTTCTAACGAGTTCGAGCATCATGATGGTTTCGTT
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TCTTGATTTAAGAATCATTTATATAGGGCTTAACAAATAATCCTCTCATAGATCGATCTC
AATAGATTTTCTTTCACTTTA
AAAAAAAA

QA 3 683 3 683
DS 

RD RR1H112JQ 452 0 0
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ACAACAACAATTTTGTTCTTCTGGAAACTTCAATGGGTTACAAGAAGACATGTGGTGTCT
TCAACTTCAAGATTCATCAACAACAGTGAATATGAAGGGTGGCTTCATTGATGAATGTGG
GGGCGTTAAGCCTGTAGAAGAGGCTTCTAACGAGTTCGAGCATCATGATGGTTTCGTTGA
AGACAGTAAACTCGACTTGCCTTCAACACAATTCATTGTTTCTTCTTAGCTTTTATTTTC
TTGATTTAAGAATCATTTATATAGGGCTTAACAAATAATCCTCTCATAGATCGATCTCAA
TAGATTTTCTTTCACTTTACTTTCTTTTTCTTTTGTATCTCATTTGGTTAAATTCGTTAT
AGGATTAGATGTGAAGGAGACATGGAATTTCC

QA 1 452 1 452
DS 



AS 1 4

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CAACTTTAAACAACTCTCGCCATTTCTGTGGATCACTTCCTGGACCATCTCCCTTGACTG
AATTGATCTCATAAGCTTTCCCTTGTGTGAACTCAATATCAAGTGCCTGTATGCAAGCTT
CAGCCACCACAAGTCTGCTTACCTCTCCAACAAGCTTGTCTCCTTGACCAATAACAACAG
CACGCCGTTCACCGGCTGTAGCTTTGAGCAAAGTATTGAGATCATAGGATGTGTATGGTC
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CTTCCCCCATCTTCTTGTACTTAAGAACCCCAAATAAGTCCATGATGCTACAAGGAAGCT
CATCAGGCTTGGTGACACCTACTGATGAAACCAGAACAACTCTCTCCACCGATGAGGGCA
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TACACCTCTGAGAAGGGAAAGCTGTAGTTCCCGTGCAGCAAATCACATGTGTCACACCCT
CAAACATGGATGGATCAAGATCCTCTGCATTCCTAGTATCACCTTTAACTACCTGTAATG
AATCTTCATCTTGTTTACCGAACAACTCGGTAGCTTTCTCAAGATCACGTAGCAATAGCC
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CACCAACGACAAGGACAAGCTTTGATGAAGAGGATAGAGTAGAAGAATCGACGGCTTCTT
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TGGTAGCCATGAATGGTCTGAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EB31TF C 441
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DS 

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CAAGTCTGCTTACCTCTCCAACAAGCTTGTCTCCTTGACCAATAACAACAGCACGCCGTT
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ATGGATCAAGATCCTCTGCATTCCTAGTATCACCTTTAACTACCTGTAATGAATCTT

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DS 

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T
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CC

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DS 

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TTAAGAACCCCAAATAAGTTCATGATGCTACAAGGAAGCTCATCAGGCTTGGTGACACCT
ACTGATGAAACCAGAACAACTCTCTCCACCGATGAGGGCAGTGCTGAAATGAGATTCCTC
ACACCTTCCCAATCTACTTTATCAGGTGTGTTCTCTCCACTACACCTCTGAGAAGGGAAA
GCTGTAGTTCCCGTGCAGCAAATCACATGTGTCACACCCTCAAACATGGATGGATCAAGA
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AACAACTTGGTAGCTTTCTCAAGATCACGTAGCAATAGCCTTGACTTAATGTTCCTCTTG
AGCAATGAAGCTACCACTAGTTGCCCGACACCACCAGTGCCACCAACGACAAGGACAAGC
TTTGATGAAGAGGATAGAGTAGAAGAATCGACGGCTTCTTCTGCGAGAGCTTGAATTGGA
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TATGTTGTAGATGGAACAGAAGGAGGAGCAAAGCTGAGAATGGTAGCCATGAATGGTCTG
AGCCC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 4

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GTATCCTCGGCTTCATCCAGAGGCATATGGCCAGGATGCTAACTCTTGACTTTCAGCTTG
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AAAAGATAACAAAGTCTTCTGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK05TF U 211
AF RR1C783TF U 1
AF RR1FK05JQ C 275
AF RR1C783JQ C 269
BS 1 663 RR1C783TF
BS 664 664 RR1FK05JQ
BS 665 755 RR1C783JQ
BS 756 756 RR1FK05JQ
BS 757 808 RR1C783JQ
BS 809 809 RR1FK05JQ
BS 810 983 RR1C783JQ

RD RR1FK05TF 269 0 0
G
CTACTCATTTGCAAGGGACATGACGATTAGATCAACGAAAGCAATGATACAGCCAGCTTT
GGTAACCGAAGGTCTTGATACCTGGAGGTCAAAGCTTCTATGGGTTTCACGGGTCTTCCC
CATGCCTCTTGTGGGTCTTTTCCTTATCGGGGCGTTCTGTGCTGACTTCGAGAATCAGAC
TGAAGACTATCCAGAACTGGAAGCACTCTCACGGCTCGATTTGGGTGCTGCTATGAAGGT
CTTCCTCGCTAAGAGATTGACGTCCGAG

QA 2 269 2 269
DS 

RD RR1C783TF 666 0 0
GCAGAAGAAACCCGATTGCTGCCAAGAGGCTCAAGACTTCACGACGTTCGAGAGGCTTCA
GTATCCTCGGCTTCATCCAGAGGCATATGGCCAGGATGCTAACTCTTGACTTTCAGCTTG
ACTGTCTTGATTACGAAGCTAAGAATTGGCACCATGCTGATCTCGACTTCGAGACCTTCA
CCTTGCTTCAGAAGGAGAAAGGGGAAAGCTTCTACTCATTTGCAAGGGACATGACGATTA
GATCAACGAAAGCAATGATACAGCCAGCTTTGGTAACCGAAGGTCTTGATACCTGGAGGT
CAAAGCTTCTATGGGTTTCACGGGTCTTCCCCATGCCTCTTGTGGGTCTTTTCCTTATCG
GGGCGTTCTGTGCTGACTTCGAGAATCAGACTGAAGACTATCCAGAACTGGAAGCACTCT
CACGGCTCGATTTGGGTGCTGCTATGAAGGTCTTCCTCGCTAAGAGATTGACATCCGAGC
TAACGCAAGGGACATCAGATATAGAGGAGAAATCTGTGATCATTGGTGAGAGAAACAAAG
CAGCGACAGAAGCTTTGAATAGAGCAATAGAGCAAGGACACAAGAGAGTTGCGATTCTTT
ACGGAGGAGGCCACATGCCTGACTTGGGAAGACGGCTTAGAGAAGAGTTTGATCTTGTTC
CTT
CTG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1FK05JQ 686 0 0
AACCGAAGGTCTTGATACCTGGAGGTCAAAGCTTCTATGGGTTTCACGGGTCTTCCCCAT
GCCTCTTGTGGGTCTTTTCCTTATCGGGGCGTTCTGTGCTGACTTCGAGAATCAGACTGA
AGACTATCCAGAACTGGAAGCACTCTCACGGCTCGATTTGGGTGCTGCTATGAAGGTCTT
CCTCGCTAAGAGATTGACATCCGAGCTAACGCAAGGGACATCAGATATAGAGGAGAAATC
TGTGATCATTGGTGAGAGAAACAAAGCAGCGACAGAAGCTTTGAAAAGAGCAATAGAGCA
AGGACACAAGAGAGTTGCGATTCTTTACGGAGGAGGCCACATGCCTGACTTGGGAAGACG
GCTTAGAGAAGAGTTTGATCTTGTTCCTTCTGAGGTGAGATGGGTAACAGCTTGGTCTAT
CAGTAACCCAAGGGACATGGAGACGACTTCGTTTCCGTTTCTGAGGACAATGGCTGATGC
TCTGCGTTGGCCGCTGAACCGGTACCAAACCCTGGCGTTGCTAATATTTTCGTCAGTTCT
TGCGCTGGATCTCTGCTTTTGGGAGCTGTTCTTGGATTCGACCATTGACTGGGGTTCACA
GATAGCTGCAGAGTTGTACCGGTTTGTAGATAATACAAAACTTATGTAATTACACAACGA
TGTACAAACAGTGTCTAATAGTATTC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1C783JQ 715 0 0
TTTGGT
AACCGAAGGTCTTGATACCTGGAGGTCAAAGCTTCTATGGGTTTCACGGGTCTTCCCCAT
GCCTCTTGTGGGTCTTTTCCTTATCGGGGCGTTCTGTGCTGACTTCGAGAATCAGACTGA
AGACTATCCAGAACTGGAAGCACTCTCACGGCTCGATTTGGGTGCTGCTATGAAGGTCTT
CCTCGCTAAGAGATTGACATCCGAGCTAACGCAAGGGACATCAGATATAGAGGAGAAATC
TGTGATCATTGGTGAGAGAAACAAAGCAGCGACAGAAGCTTTGAATAGAGCAATAGAGCA
AGGACACAAGAGAGTTGCGATTCTTTACGGAGGAGGCCACATGCCTGACTTGGGAAGACG
GCTTAGAGAAGAGTTTGATCTTGTTCCTTTTGAGGTGAGATGGGTAACAGCTTGGTCTAT
CAGTAACCCAAGGGACATGGAGACGACTTCGTTTCCGTTTCTGAGGACAATGGCTGATGC
TTTGCGTTGGCCGCTGAACCGGTACCAAACCCTGGCGTTGCTAATATTTTCGTCGGTTCT
TGCGCTGGATCTCTGCTTTTGGGAGCTGTTCTTGGATTCGACCATTGACTGGGGTTCACA
GATAGCTGCAGAGTTGTACCGGTTTGTAGATAATACAAAACTTATGTAATTACACAACGA
TGTACAAACAGTGTCTAATAGTATTCAAAAGATAACAAAGTCTTCTGCT

QA 7 715 7 715
DS 



AS 1 4

CO CL3121Contig1 1102 4 10 U
GGAATATAATAATCACACAGATACCTAACAAAGTTTAAGCTTTCTCACAAGAGTGTCTTT
CTCTGTTTTGTCGGAACAATGGCTGACAAGAACAACATTGTCATCGTATTCGATTTCGAC
AAGACGATCATCGACGTGGACAGTGATAACTGGGTCGTCGATGAGCTTGGCTTCACCGAG
TTGTTCGAACAGCTTCTCCCCACAATGCCTTGGAACTCTCTCATGGATCGGATGATGAAG
GAGCTTCATGATCATGGTAAAACCATTGAAGAAATCAAACAAGTCTTGAGAAGAATCCCT
ATTCATCCTCGTGTCATCCCTGCCATCAAATCCGCTCATGCTTTAGGGTGCGAGCTGAGG
ATAGTGAGTAATGCCAACACGTTCTTCATTGAAACGATCGTTGAACATCTCGGGATTAGT
GAGTATTTCTCAGAGATTAACACAAACCCTGGACTTGTAGATGAACAAGGAAGGTTAAGA
ATCTCTCCTTACCATGACTTCACCAAATCTTCACATGGTTGCTCTCGTTGCCCTCCTAAC
ATGTGCAAGAGTTTAATAATTGAGAGGATTCAAGCTTCTTTTACTAAAGAAGGAAAGAAG
ATGAAGATGGTCTATCTAGGAGATGGTGCTGGTGATTACTGTCCTAGTCTTAGACTCAAA
GGTGAAGATTACATGATGCCAAGGAAGAACTTCCCGGTTTGGGATTTGATTAGTCAAAAT
CCCACCTTGGTTAAGGCCTCGGTTAGAGATTGGACCGATGGTGAAGCTATGGAGAGGATA
TTAATGGGAATTATCAACGAGATTATATCATCAGAAGTGGAAGAGAAAGAAAAGATGTTG
AGCTCTGACCAATATAAGATATCTGTTGGGATTGTTCATGAACCTTTGTTGCCTCTTTCT
CTTCCGGTTCCTCTACATCTCGTGAAGTGATTGATGAAGAGAACAAAGAATCTAATACTT
TGTTTTGAAATATATAATATTATTCTTCATGCAATCGAGAAAAAATGTATGAGAAGATAC
CTAGAGTTGATTATAGTAATTCATGCACGTAAGTGTGTTATTTTTGATTCTTAAGTGATG
TAATGCAAGTATTTTTCTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1GJ78TF U 1
AF RR1A888TF U 12
AF RR1A888JQ C 324
AF RR1GJ78JQ C 384
BS 1 369 RR1GJ78TF
BS 370 370 RR1A888TF
BS 371 685 RR1GJ78TF
BS 686 734 RR1A888TF
BS 735 735 RR1A888JQ
BS 736 798 RR1A888TF
BS 799 881 RR1A888JQ
BS 882 882 RR1GJ78JQ
BS 883 1100 RR1A888JQ
BS 1101 1102 RR1GJ78JQ

RD RR1GJ78TF 686 0 0
GGAATATAATAATCACACAGATACCTAACAAAGTTTAAGCTTTCTCACAAGAGTGTCTTT
CTCTGTTTTGTCGGAACAATGGCTGACAAGAACAACATTGTCATCGTATTCGATTTCGAC
AAGACGATCATCGACGTGGACAGTGATAACTGGGTCGTCGATGAGCTTGGCTTCACCGAG
TTGTTCGAACAGCTTCTCCCCACAATGCCTTGGAACTCTCTCATGGATCGGATGATGAAG
GAGCTTCATGATCATGGTAAAACCATTGAAGAAATCAAACAAGTCTTGAGAAGAATCCCT
ATTCATCCTCGTGTCATCCCTGCCATCAAATCCGCTCATGCTTTAGGGTGCGAGCTGAGG
ATAGTGAGTGATGCCAACACGTTCTTCATTGAAACGATCGTTGAACATCTCGGGATTAGT
GAGTATTTCTCAGAGATTAACACAAACCCTGGACTTGTAGATGAACAAGGAAGGTTAAGA
ATCTCTCCTTACCATGACTTCACCAAATCTTCACATGGTTGCTCTCGTTGCCCTCCTAAC
ATGTGCAAGAGTTTAATAATTGAGAGGATTCAAGCTTCTTTTACTAAAGAAGGAAAGAAG
ATGAAGATGGTCTATCTAGGAGATGGTGCTGGTGATTACTGTCCTAGTCTTAGACTCAAA
GGTGAAGATTACATGATGCCAAGGA
G

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1A888TF 787 0 0
ATCACACAGATACCTAACAAAGTTTAAGCTTTCTCACAAGAGTGTCTTTCTCTGTTTTGT
CGGAACAATGGCTGACAAGAACAACATTGTCATCGTATTCGATTTCGACAAGACGATCAT
CGACGTGGACAGTGATAACTGGGTCGTCGATGAGCTTGGCTTCACCGAGTTGTTCGAACA
GCTTCTCCCCACAATGCCTTGGAACTCTCTCATGGATCGGATGATGAAGGAGCTTCATGA
TCATGGTAAAACCATTGAAGAAATCAAACAAGTCTTGAGAAGAATCCCTATTCATCCTCG
TGTCATCCCTGCCATCAAATCCGCTCATGCTTTAGGGTGCGAGCTGAGGATAGTGAGTAA
TGCCAACACGTTCTTCATTGAAACGATCGTTGAACATCTCGGGATTAGTGAGTATTTCTC
AGAGATTAACACAAACCCTGGACTTGTAGATGAACAAGGAAGGTTAAGAATCTCTCCTTA
CCATGACTTCACCAAATCTTCACATGGTTGCTCTCGTTGCCCTCCTAACATGTGCAAGAG
TTTAATAATTGAGAGGATTCAAGCTTCTTTTACTAAAGAAGGAAAGAAGATGAAGATGGT
CTATCTAGGAGATGGTGCTGGTGATTACTGTCCTAGTCTTAGACTCAAAGGTGAAGATTA
CATGATGCCAAGGAAGAACTTCCCGGTTTGGGATTTGATTAGTCAAAATCCCACCTTGGT
TAACGCCTCGGTTAGAGATTGGACCGATGGTGAAGCTATGGAGAGGATATTAATGGGAAT
TATCAAC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1A888JQ 778 0 0
CATCAAATCCGCTCATGCTTTAGGGTGCGAGCTGAGGATAGTGAGTAATGCCAACACGTT
CTTCATTGAAACGATCGTTGAACATCTCGGGATTAGTGAGTATTTCTCAGAGATTAACAC
AAACCCTGGACTTGTAGATGAACAAGGAAGGTTAAGAATCTCTCCTTACCATGACTTCAC
CAAATCTTCACATGGTTGCTCTCGTTGCCCTCCTAACATGTGCAAGAGTTTAATAATTGA
GAGGATTCAAGCTTCTTTTACTAAAGAAGGAAAGAAGATGAAGATGGTCTATCTAGGAGA
TGGTGCTGGTGATTACTGTCCTAGTCTTAGACTCAAAGGTGAAGATTACATGATGCCAAG
GAAGAACTTCCCGGTTTGGGATTTGATTAGTCAAAATCCCCCCTTGGTTAAGGCCTCGGT
TAGAGATTGGACCGATGGTGAAGCTATGGAGAGGATATTAATGGGAATTATCAACGAGAT
TATATCATCAGAAGTGGAAGAGAAAGAAAAGATGTTGAGCTCTGACCAATATAAGATATC
TGTTGGGATTGTTCATGAGCCTTTGTTGCCTCTTTCTCTTCCGGTTCCTCTACATCTCGT
GAAGTGATTGATGAAGAGAACAAAGAATCTAATACTTTGTTTTGAAATATATAATATTAT
TCTTCATGCAATCGAGAAAAAATGTATGAGAAGATACCTAGAGTTGATTATAGTAATTCA
TGCACGTAAGTGTGTTATTTTTGATTCTTAAGTGATGTAATGCAAGTATTTTTCTTT
T

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1GJ78JQ 719 0 0
CTTCATTGAAACGATCGTTGAACATCTCGGGATTAGTGAGTATTTCTCAGAGATTAACAC
AAACCCTGGACTTGTAGATGAACAAGGAAGGTTAAGAATCTCTCCTTACCATGACTTCAC
CAAATCTTCACATGGTTGCTCTCGTTGCCCTCCTAACATGTGCAAGAGTTTAATAATTGA
GAGGATTCAAGCTTCTTTTACTAAAGAAGGAAAGAAGATGAAGATGGTCTATCTAGGAGA
TGGTGCTGGTGATTACTGTCCTAGTCTTAGACTCAAAGGTGAAGATTACATGATGCCAAG
GAAGAACTTCCCGGTTTGGGATTTGATTAGTCAAAATCCCACCTTGGTTAAGGCCTCGGT
TAGAGATTGGACCGATGGTGAAGCTATGGAGAGGATATTAATGGGAATTATCAACGAGAT
TATATCATCAGAAGTGGAAGAGAAAGAAAAGATGTTGAGCTCTGACCAATATAAGATATC
TGTTGGGATTGTTCATGAACCTTTGTTGCCTCTTTTTCTTCCGGTTCCTCTACATCTCGT
GAAGTGATTGATGAAGAGAACAAAGAATCTAATACTTTGTTTTGAAATATATAATATTAT
TCTTCATGCAATCGAGAAAAAATGTATGAGAAGATACCTAGAGTTGATTATAGTAATTCA
TGCACGTAAGTGTGTTATTTTTGATTCTTAAGTGATGTAATGCAAGTATTTTTCTTTCT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 3

CO CL3122Contig1 727 3 8 U
GGAGACCAAAATCAAAAAGCTTTCAGATCTTATAGAAGAAAAGAACCTAACCTCTCTCTC
GAAGAAGAAGAAAAAAAGATGACTTTTACTATTCCGATCGAGAACGGAGATTCCGTAAAG
AACGCAGAAGCTGATTCACAAAGAACACTGTACCCGTATGTTACTGGGACTTCGATCGTC
GCAATCAAGTACAAAGATGGGGTTTTAATGGCTTCCGACATGGGAGGTTCATATGGATCC
ACCTTAAGGTACAAGAACATCGAGAGAATGAAGGCTATTGGTAAGCATTCTCTTCTCGGC
GCCAGTGGAGAAATCAGTGACTTTCAGGAGATTCTCCGTTATCTTGATGAGCTCGTGTTG
AATGATAGCATGCGGGATGATGGTAACTCTTTGGGACCAAAAGAGGTGCACAACTATCTG
ACCCGAGTTATGTACAACCGTCGCAACAAGTTTAACCCTCTCTGGAACACTCTCGTCCTT
GGAGGTGTCAAGAATGGCGAAACTTACCTTGGCATGGTGTCAATGATTGGTGTTAGTTTC
GAGGACAATCATGTTGCCACCGGATTTGGAAACCATCTCGCTAGGCCTATTCTACGTGAT
GAGTGGCATGCGGATCTAAGCTTTGAAGATGGTGTCAAGCCCCTTGAGAAATGTATGCGT
GTGCTTCTCTACCGTGACAGATCTGCTATTAACAAGCTTCAGATAGCGAAGATCACAGAA
GATGCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP51TF U 1
AF RR1CR14JQ C 485
AF RR1CR14TF U 18
BS 1 593 RR1EP51TF
BS 594 594 RR1CR14TF
BS 595 605 RR1EP51TF
BS 606 606 RR1CR14TF
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BS 641 641 RR1CR14TF
BS 642 720 RR1EP51TF
BS 721 727 RR1CR14TF

RD RR1EP51TF 720 0 0
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GAAGAAGAAGAAAAAAAGATGACTTTTACTATTCCGATCGAGAACGGAGATTCCGTAAAG
AACGCAGAAGCTGATTCACAAAGAACACTGTACCCGTATGTTACTGGGACTTCGATCGTC
GCAATCAAGTACAAAGATGGGGTTTTAATGGCTTCCGACATGGGAGGTTCATATGGATCC
ACCTTAAGGTACAAGAACATCGAGAGAATGAAGGCTATTGGTAAGCATTCTCTTCTCGGC
GCCAGTGGAGAAATCAGTGACTTTCAGGAGATTCTCCGTTATCTTGATGAGCTCGTGTTG
AATGATAGCATGCGGGATGATGGTAACTCTTTGGGACCAAAAGAGGTGCACAACTATCTG
ACCCGAGTTATGTACAACCGTCGCAACAAGTTTAACCCTCTCTGGAACACTCTCGTCCTT
GGAGGTGTCAAGAATGGCGAAACTTACCTTGGCATGGTGTCAATGATTGGTGTTAGTTTC
GAGGACAATCATGTTGCCACCGGATTTGGAAACCATCTCGCTAGGCCTATTCTTCGTGAT
GAGTGACATGCGGATCTAAGCTTTGAAGATGGTGTCAAGCTCCTTGAGAAATGTATGCGT
GTGCTTCTCTACCGTGACAGATCTGCTATTAACAAGCTTCAGATAGCGAAGATCACAGAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1CR14JQ 181 0 0
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ACAATCATGTTGCCACCGGATTTGGAAACCATCTCGCTAGGCCTATTTTACGTGATGAGT
GGCATGGGGATTTAAGCTTTGAAGATGGTGTCAAGCCCCTTGAGAAATGTATGGGTGTGC
T

QA 1 181 1 181
DS 

RD RR1CR14TF 710 0 0
AGCTTTCAGATCTTATAGAAGAAAAGAACCTAACCTCTCTCT**AAGAAGAAGAAAAAAA
GATGACTTTTACTATTCCGATCGAGAACGGAGATTCCGTAAAGAACGCAGAAGCTGATTC
ACAAAGAACACTGTACCCGTATGTTACTGGGACTTCGATCGTCGCAATCAAGTACAAAGA
TGGGGTTTTAATGGCTTCCGACATGGGAGGTTCATATGGATCCACCTTAAGGTACAAGAA
CATCGAGAGAATGAAGGCTATTGGTAAGCATTCTCTTCTCGGTGCCAGTGGAGAAATCAG
TGACTTTCAGGAGATTCTCCGTTATCTTGATGAGCTCGTGTTGAATGATAGCATGTGGGA
TGATGGTAACTCTTTGGGACCAAAAGAGGTGCACAACTATCTGACCCGAGTTATGTACAA
CCGTCGCAACAAGTTTAACCCTCTCTGGAACACTCTCGTCCTTGGAGGTGTCAAGAATGG
CGAAACTTACCTTGGCATGGTGTCAATGATTGGTGTTAGTTTCGAGGACAATCATGTTGC
CACCGGATTTGGAAACCATCTCGCTAGGCCTATTCTACGTGATGAGTGGCATGCGGATCT
AAGCTTTGAAGATGGTGTCAAGCCCCTTGAGAAATGTATGCGTGTGCTTCTCTACCGTGA
CAGATCTGCTATTAACAAGCTTCAGATAGCGA*GATCACAGAAGATGCGT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 4

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TCCTCAAGGTATTTCAATGCCTTTATGACAGTCTTTCATCTTACAACAAGTTATCACCAG
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ATTGAATCCGAAAGATCCTGAATTTTTGTTACTATGCTTTAAGTCTCGAGCTATCTTTTT
CGCCTAATATACAATTCATGGTTATAACAATTGAGTGTATTCAGTGTCATTTTGTTTGGC
AAGATCCTAGTTTTCATGC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1FX50JQ C 1
AF RR1H409JQ C 2
AF RR1FX50TF U 1
AF RR1H409TF U 2
BS 1 1 RR1FX50JQ
BS 2 557 RR1FX50TF
BS 558 559 RR1FX50JQ

RD RR1FX50JQ 559 0 0
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ATCAACCAAGTTACACTCTTTAACCCAGAGGCTTAGCAAGACGAATCTTCACGCCTCCTC
CGTACCCTCTCCCATCAAATCTTCGTTACCATCCTCACCCACTCCCCGTATCAATCCATC
TTTCACTAGATTACCAGTGGAGCTGAGTAGCTGTGTGTCGCTGTTTCCACTACATAGTGC
TGTAGCATCTGCTAGATTGGTATCAAGTTTGTCTGCTGAGTCTATGAGCTGGGGTTTAGT
TCCTCAAGGTATTTCAATGCCTTTATGACAGTCTTTCATCTTACAACAAGTTATCACCAG
GATGATAAAAGACATGAGAACAAAACTCTGGGATGTAGCATTTCTTTCTTATAATCTCTT
ATTGAATCCGAAAGATCCTGAATTTTTGTTACTATGCTTTAAGTCTCGAGCTATCTTTTT
CGCCTAATATACAATTCATGGTTATAACAATTGAGTGTATTCAGTGTCATTTTGTTTGGC
AAGATCCTAGTTTTCATGC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1H409JQ 558 0 0
TTTTTTTGGCTCCTCACTCACTCCTTTCCGATGGCGTCGTCCTCTAAAGTGTGCAGATTA
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GTACCCTCTCCCATCAAATCTTCGTTACCATCCTCACCCACTCCCCGTATCAATCCATCT
TTCACTAGATTACCAGTGGAGCTGAGTAGCTGTGTGTCGCTGTTTCCACTACATAGTGCT
GTAGCATCTGCTAGATTGGTATCAAGTTTGTCTGCTGAGTCTATGAGCTGGGGTTTAGTT
CCTCAAGGTATTTCAATGCCTTTATGACAGTCTTTCATCTTACAACAAGTTATCACCAGG
ATGATAAAAGACATGAGAACAAAACTCTGGGATGTAGCATTTCTTTCTTATAATCTCTTA
TTGAATCCGAAAGATCCTGAATTTTTGTTACTATGCTTTAAGTCTCGAGCTATCTTTTTC
GCCTAATATACAATTCATGGTTATAACAATTGAGTGTATTCAGTGTCATTTTGTTTGGCA
AGATCCTAGTTTTCAT
AC

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1FX50TF 559 0 0
T
TTTTTTTGGCTCCTCACTCACTCCTTTCCGATGGCGTCGTCCTCTAAAGTGTGCAGATTA
TCAACCAAGTTACACTCTTTAACCCAGAGGCTTAGCAAGACGAATCTTCACGCCTCCTCC
GTACCCTCTCCCATCAAATCTTCGTTACCATCCTCACCCACTCCCCGTATCAATCCATCT
TTCACTAGATTACCAGTGGAGCTGAGTAGCTGTGTGTCGCTGTTTCCACTACATAGTGCT
GTAGCATCTGCTAGATTGGTATCAAGTTTGTCTGCTGAGTCTATGAGCTGGGGTTTAGTT
CCTCAAGGTATTTCAATGCCTTTATGACAGTCTTTCATCTTACAACAAGTTATCACCAGG
ATGATAAAAGACATGAGAACAAAACTCTGGGATGTAGCATTTCTTTCTTATAATCTCTTA
TTGAATCCGAAAGATCCTGAATTTTTGTTACTATGCTTTAAGTCTCGAGCTATCTTTTTC
GCCTAATATACAATTCATGGTTATAACAATTGAGTGTATTCAGTGTCATTTTGTTTGGCA
AGATCCTAGTTTTCAT
GC

QA 2 557 2 557
DS 

RD RR1H409TF 558 0 0
TTTTTTTGGCTCCTCACTCACTCCTTTCCGATGGCGTCGTCCTCTAAAGTGTGCAGATTA
TCAACCAAGTTACACTCTTTAACCCAGAGGCTTAGCAAGACGAATCTTCACGCCTCCTCC
GTACCCTCTCCCATCAAATCTTCGTTACCATCCTCACCCACTCCCCGTATCAATCCATCT
TTCACTAGATTACCAGTGGAGCTGAGTAGCTGTGTGTCGCTGTTTCCACTACATAGTGCT
GTAGCATCTGCTAGATTGGTATCAAGTTTGTCTGCTGAGTCTATGAGCTGGGGTTTAGTT
CCTCAAGGTATTTCAATGCCTTTATGACAGTCTTTCATCTTACAACAAGTTATCACCAGG
ATGATAAAAGACATGAGAACAAAACTCTGGGATGTAGCATTTCTTTCTTATAATCTCTTA
TTGAATCCGAAAGATCCTGAATTTTTGTTACTATGCTTTAAGTCTCGAGCTATCTTTTTC
GCCTAATATACAATTCATGGTTATAACAATTGAGTGTATTCAGTGTCATTTTGTTTGGCA
AGATCCTAGTTTTCAT
AC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 4

CO CL3124Contig1 1232 4 7 U
GGGCCAACCATAACAATGCTACGAACCAATTTCTACATTTCAAATCGCTCTTACACGGCG
AAACAACCTTCGCTCTTTAGGGCACAGCACCGTGTTTCCTCTGTTCGCATCACCCATTGT
ACTGGTGATGGTGGTGGTGCTACCGCCGTCTCCTCCTCCTCCCGCCTCCGTGATCTCGTT
TTCGTCGTGAACCCTCAAGGAGCAAATGGTAGAACAGCTCAGGAATGGAAGAAGTTGCTT
CCTTACCTTCGATCTCGTCTGGGTAAAGACTGTAATATATGTGAGTCCTTAACATCTGGT
CCTTCTCATGCCATTGACATTACAAGAGAGGCTATTAGGGATGGTGCAGATGCTGTCATT
GCTGTTGGAGGTGATGGAACATTGCATGAGGTTGTTAATGGTTTCTTTTGGGAGGGGAAA
CCTGTTGGTAATCTCAATAGCGAAGCTGGCCATTCGGCTGCACTTGGTCTGATTCCGTTA
GGTACTGGTTCGGATTTTGCTAGGACATTTGGTTGGAACAATGATCCTCGTGAAGCTGTG
GAGCGCATTGCTAAAGGGATACGATCACGGGTTGATGTCGGTGTTATCGACCAGGAAGGA
AGGGATTCACATTACTTCATTAACGTTGCTGATGTTCATTTAAGTGCAAAGGCAGGCTTT
TACGCTTCAAAGTACAAGAAATTTGGAAACTTGTGCTATGTAATCGGTGCTCTTCAAGCT
TTTCTGGGACATCACAATCGAGATATGAGGATTAAGGTCAATGGAGGTGAATGGGAAGTA
TATCCACAAGTCACTGCTCTCTGTGTTGGAAATGCTAAGTACTTTGGCGGAGGAATGAAA
ATCACTCCCAATGCTGTCCCTGGAAATGGAAACCTTGAGGTTGTGGTTCTTCAAGACTTC
AAATGGTATGATTTCATACTGAAGCTTCATAAGCTATACAATGGGACGCATCTCTCGGTT
AACAATGTGAGCTCGAGAAGTGTACAAAGTATAGAAGTAGAGGAGATATCAGAGAGTGGA
AGCATCTATGTTCAGTCAGATGGAGAACATCTTGGGTTTCTACCTAGAAACTTTCAGGTT
TTACCCGGTGCCATCGACATAATCAGCTAATTATCACAACCGCACCTACCAAGATAGTGT
AAAAGGACTCAATCATACATTCAGCTTCTTTTTGTTTAGACTGTAAAGATTCTTCTTATT
TGAAGTTTGATTCATTGTTTAAACCAAAAAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D625TF U 1
AF RR1CZ04TF U 1
AF RR1D625JQ C 520
AF RR1CZ04JQ C 553
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BS 746 1225 RR1D625JQ
BS 1226 1232 RR1CZ04JQ

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AAACAACCTTCGCTCTTTAGGGCACAGCACCGTGTTTCCTCTGTTCGCATCACCCATTGT
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TTCGTCGTGAACCCTCAAGGAGCAAATGGTAGAACAGCTCAGGAATGGAAGAAGTTGCTT
CCTTACCTTCGATCTCGTCTGGGTAAAGACTGTAATATATGTGAGTCCTTAACATCTGGT
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GCTGTTGGAGGTGATGGAACATTGCATGAGGTTGTTAATGGTTTCTTTTGGGAGGGGAAA
CCTGTTGGTAATCTCAATAGCGAAGCTGGCCATTCGGCTGCACTTGGTCTGATTCCGTTA
GGTACTGGTTCGGATTTTGCTAGGACATTTGGTTGGAACAATGATCCTCGTGAAGCTGTG
GAGCGCATTGCTAAAGGGATACGATCACGGGTTGATGTCGGTGTTAT

QA 1 587 1 587
DS 

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AAACAACCTTCGCTCTTTAGGGCACAGCACCGTGTTTCCTCTGTTCGCATCACCCATTGT
ACTGGTGATGGTGGTGGTGCTACCGCCGTCTCCTCCTCCTCCCGCCTCCGTGATCTCGTT
TTCGTCGTGAACCCTCAAGGAGCAAATGGTAGAACAGCTCAGGAATGGAAGAAGTTGCTT
CCTTACCTTCGATCTCGTCTGGGTAAAGACTGTAATATATGTGAGTCCTTAACATCTGGT
CCTTCTCATGCCATTGACATTACAAGAGAGGCTATTAGGGATGGTGCAGATGCTGTCATT
GCTGTTGGAGGTGATGGAACATTGCATGAGGTTGTTAATGGTTTCTTTTGGGAGGGGAAA
CCTGTTGGTAATCTCAATAGCGAAGCTGGCCATTCGGCTGCACTTGGTCTGATTCCGTTA
GGTACTGGTTCGGATTTTGCTAGGACATTTGGTTGGAACAATGATCCTCGTGAAGCTGTG
GAGCGCATTGCTAAAGGGATACGATCACGGGTTGATGTCGGTGTTATCGACCAGGAAGGA
AGGGATTCACATTACTTCATTAACGTTGCTGATGTTCATTTAAGTGCAAAGGCAGGCTTT
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TTTCTGGGACATCACAATCGAGATA

QA 1 745 1 745
DS 

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GGTGTTATCGACCAGGAAGGAAGGGATTCACATTACTTCATTAACGTTGCTGATGTTCAT
TTAAGTGCAAAGGCAGGCTTTTACGCTTCAAAGTACAAGAAATTTGGAAACTTGTGCTAT
GTAATCGGTGCTCTTCAAGCTTTTCTGGGACATCACAATCGAGATATGAGGATTAAGGTC
AATGGAGGTGAATGGGAAGTATATCCACAAGTCACTGCTCTCTGTGTTGGAAATGCTAAG
TACTTTGGCGGAGGAATGAAAATCACTCCCAATGCTGTCCCTGGAAATGGAAACCTTGAG
GTTGTGGTTCTTCAAGACTTCAAATGGTATGATTTCATACTGAAGCTTCATAAGCTATAC
AATGGGACGCATCTCTCGGTTAACAATGTGAGCTCGAGAAGTGTACAAAGTATAGAAGTA
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CTACCTAGAAACTTTCAGGTTTTACCCGGTGCCATCGACATAATCAGCTAATTATCACAA
CCGCACCTACCAAGATAGTGTAAAAGGACTCAATCATACATTCAGCTTCTTTTTGTTTAG
ACTGTAAAGATTCTTCTTATTTGAAGTTTGATTCATTGTTTAAACC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1CZ04JQ 680 0 0
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TACTTCATTAACGTTGCTGATGTTCATTTAAGTGCAAAGGCAGGCTTTTACGCTTCAAAG
TACAAGAAATTTGGAAACTTGTGCTATGTAATCGGTGCTCTTCAAGCTTTTCTGGGACAT
CACAATCGAGATATGAGGATTAAGGTCAATGGAGGTGAATGGGAAGTATATCCACAAGTC
ACTGCTTTCTGTGTTGGAAATGCTAAGTACTTTGGCGGAGGAATGAAAATCACTCCCAAT
GCTGTCCCTGGAAATGGAAACCTTGAGGTTGTGGTTCTTCAAGACTTCAAATGGTATGAT
TTCATACTGAAGCTTCATAAGCTATACAATGGGACGCATCTCTCGGTTAACAATGTGAGC
TCGAGAAGTGTACAAAGTATAGAAGTAGAGGAGATATCAGAGAGTGGAAGCATCTATGTT
CAGTCAGATGGAGAACATCTTGGGTTTCTACCTAGAAACTTTCAGGTTTTACCCGGTGCC
ATCGACATAATCAGCTAATTATCACAACCGCACCTACCAAGATAGTGTAAAAGGACTCAA
TCATACATTCAGCTTCTTTTTGTTTAGACTGTAAAGATTCTTCTTATTTGAAGTTTGATT
CATTGTTTAAACCAAAAAAA

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 4

CO CL3125Contig1 1363 4 9 U
GGAACCTAAGCTAACCTAACATTCTTCGTCACCATTAGAGTCGGATCTGTTTTTCTCCAT
CGTTTATTCTATTCAGAATTGCCAAGAAAAGCATCCTTTGATTTGGTTCGACAATGAGTT
CTGGTGGAGGAGGATCGTCGTCTGACCCTTCCGGTGTAAAGAAAACATCCAAGCGACCAA
AATATTCAAGATTTACTCAGCAGGAGCTTCCAGCTTGCAAGCCAATTCTTACTCCAAGCT
GGGTGATCTTGACATTCCTTGCTGCTGGGGTTGTCTTCATTCCCCTGGGAGTCATATGCC
TATTTGCTTCTCAGGGAGTCGTTGAGATTGTTGATAGATATGACACAGACTGTGTTCCAG
AATCTTCCAGGGCCAACAAGGTCGCGTATATACAGAGTGAAGGAAATAAAATGTGTAACA
GAACAATAACGGTCACGAAAACTATGAAGCATCCTATCTATGTATACTACCAACTCGAGA
ATTACTACCAAAACCATAGAAGGTATGTGAAAAGCCGAAACGATGCACAACTAAGAAGTC
CAAAAGCAGAGAGTGATGTGCAGACTTGTGCACCTGAGGATAATGTGGTTGGACACCCGA
TTGTTCCATGTGGTCTTGTTGCTTGGAGTTTGTTCAATGATACTTATAAATTTTCAAGAA
ATAGCCAAGAGCTTCTTGTGAATAAGAAAGACATCTCATGGAAGAGTGACAGAGACAGCA
AGTTTGGGAAAAATGTCTACCCTAAAAACTTTCAGACAGGTGCTCCTATTGGTGGTGGAA
CTCTTGATGCCAAGAAACCGTTGAGTGAGCAAGAAGACCTGATAGTGTGGATGCGAACCG
CGGCCTTGCCAATATTTAGGAAGTTGTATGGGAAGATTGAAACGGACCTGAACACAGGGG
ATACCATAACGGTCTTGTTGGAGAACAACTACAACACTTACAGCTTCAATGGTGAGAAGA
AGCTAGTGCTATCAACAACTAGCTGGCTCGGTGGAAGGAACGACTTCCTCGGGATTGCTT
ACCTTACTGTGGGAAGCATTTGCTTGCTCCTGGCTGTTACATTCTCTGTATTGTATCTAG
TTAAGCCAAGGCAACTCGGAGATCCCTCGTACCTTTCGTGGAACAGAAGTCCTGGAGGTT
GACACTTGACAGATTAATAGAGTTTGGTCAAAGTTTTGTTCTATTCACCGTGAAACGGCG
TAGTTTTGAGCTGAGCTAGTAAAATAAATGAAGAGAAAATAGGGAATAAGAAGTATATAA
TAAGTACCTATATAATATAATTAAATGTTAACAACGTTTGAATTTTTATCCATATAACAG
TGGTAGTAAGATCATACTTGGTGTTTATGAGAAATAATGTGAA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1AF23TF U 124
AF RR1AJ49TF U 1
AF RR1AF23JQ C 578
AF RR1AJ49JQ C 690
BS 1 145 RR1AJ49TF
BS 146 146 RR1AF23TF
BS 147 704 RR1AJ49TF
BS 705 1046 RR1AF23JQ
BS 1047 1047 RR1AJ49JQ
BS 1048 1099 RR1AF23JQ
BS 1100 1100 RR1AJ49JQ
BS 1101 1345 RR1AF23JQ
BS 1346 1363 RR1AJ49JQ

RD RR1AF23TF 227 0 0
GG
GGAGGAGGATCGTCGTCTGACCCTTCCGGTGTAAAGAAAACATCCAAGCGACCAAAATAT
TCAAGATTTACTCCGCAGGAGCTTCCAGCTTGCAAGCCAATTCTTACTCCAAGCTGGGTG
ATCTTGACATTCCTTGCTGCTGGGGTTGTCTTCATTCCCCTGGGAGTCATATGCCTATTT
GCTTCTCAGGGAGTCGTTGAGATTGTTGATAGATATGACACAGAC

QA 3 227 3 227
DS 

RD RR1AJ49TF 704 0 0
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CGTTTATTCTATTCAGAATTGCCAAGAAAAGCATCCTTTGATTTGGTTCGACAATGAGTT
CTGGTGGAGGAGGATCGTCGTCTGAGCCTTCCGGTGTAAAGAAAACATCCAAGCGACCAA
AATATTCAAGATTTACTCAGCAGGAGCTTCCAGCTTGCAAGCCAATTCTTACTCCAAGCT
GGGTGATCTTGACATTCCTTGCTGCTGGGGTTGTCTTCATTCCCCTGGGAGTCATATGCC
TATTTGCTTCTCAGGGAGTCGTTGAGATTGTTGATAGATATGACACAGACTGTGTTCCAG
AATCTTCCAGGGCCAACAAGGTCGCGTATATACAGAGTGAAGGAAATAAAATGTGTAACA
GAACAATAACGGTCACGAAAACTATGAAGCATCCTATCTATGTATACTACCAACTCGAGA
ATTACTACCAAAACCATAGAAGGTATGTGAAAAGCCGAAACGATGCACAACTAAGAAGTC
CAAAAGCAGAGAGTGATGTGCAGACTTGTGCACCTGAGGATAATGTGGTTGGACACCCGA
TTGTTCCATGTGGTCTTGTTGCTTGGAGTTTGTTCAATGATACTTATAAATTTTCAAGAA
ATAGCCAAGAGCTTCTTGTGAATAAGAAAGACATCTCATGGAAG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1AF23JQ 768 0 0
GGATAATGTGGTTGGACACCCGATTGTTCCATGTGGTCTTGTTGCTTGGAGTTTGTTCAA
TGATACTTATAAATTTTCGAGAAATAGCCAAGAGCTTCTTGTGAATAAGAAAGACATCTC
ATGGAAGAGTGACAGAGACAGCAAGTTTGGGAAAAATGTCTACCCTAAAAACTTTCAGAC
AGGTGCTCCTATTGGTGGTGGAACTCTTGATGCCAAGAAACCGTTGAGTGAGCAAGAAGA
CCTGATAGTGTGGATGCGAACCGCGGCCTTGCCAATATTTAGGAAGTTGTATGGGAAGAT
TGAAACGGACCTGAACACAGGGGATACCATAACGGTCTTGTTGGAGAACAACTACAACAC
TTACAGCTTCAATGGTGAGAAGAAGCTAGTGCTATCAACAACTAGCTGGCTCGGTGGAAG
GAACGACTTCCTCGGGATTGCTTACCTTACTGTGGGAAGCATTTGCTTGTTCCTGGCTGT
TACATTCTCTGTATTGTATCTAGTTAAGCCAAGGCAACTCGGGGATCCCTCGTACCTTTC
GTGGAACAGAAGTCCTGGAGGTTGACACTTGACAGATTAATAGAGTTTGGTCAAAGTTTT
GTTCTATTCACCGTGAAACGGCGTAGTTTTGAGCTGAGCTAGTAAAATAAATGAAGAGAA
AATAGGGAATAAGAAGTATATAATAAGTACCTATATAATATAATTAAATGTTAACAACGT
TTGAATTTTTATCCATATAACAGTGGTAGTAAGATCATACTTGGTGTT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1AJ49JQ 674 0 0
GACATCTCATGGAAGAGTGACAGAGACAGCAAGTTTGGGAAAAATGTCTACCCTAAAAAC
TTTCAGACAGGTGCTCCTATTGGTGGTGGAACTCTTGATGCCAAGAAACCGTTGAGTGAG
CAAGAAGACCTGATAGTGTGGATGCGAACCGCGGCCTTGCCAATATTTAGGAAGTTGTAT
GGGAAGATTGAAACGGACCTGAACACAGGGGATACCATAACGGTCTTGTTGGAGAACAAC
TACAACACTTACAGCTTCAATGGTGAGAAGAAGCTAGTGCTATCAACAACTAGCTGGCTC
GGTGGAAGGAACTACTTCCTCGGGATTGCTTACCTTACTGTGGGAAGCATTTGCTTGCTC
CTGGCTGTTACATTTTCTGTATTGTATCTAGTTAAGCCAAGGCAACTCGGAGATCCCTCG
TACCTTTCGTGGAACAGAAGTCCTGGAGGTTGATACTTGACAGATTAATAGAGTTTGGTC
AAAGTTTTGTTCTATTCACCGTGAAACGGCGTAGTTTTGAGCTGAGCTAGTAAAATAAAT
GAAGAGAAAATAGGGAATAAGAAGTATATAATAAGTACCTATATAATATAATTAAATGTT
AACAACGTTTGAATTTTTATCCATATAACAGTGGTAGTAAGATCATACTTGGTGTTTATG
AGAAATAATGTGAA

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 4

CO CL3126Contig1 925 4 5 U
GTACTCTCTGACCTTCCTAATGTAACTCGACTAGCAGAACCTAAGTCTGAATATGTTGGT
GGAGATTTTCGTCAACATACTGGTGATGAGGCTACACATTTTGCGCTTTCTTTTGGAGTG
CCAGGATGGGATAAAGAGAAGGAAGCTGTTATGGCCACTGTTCTTCAGATGCTTATGGGA
GGAGGTGGCTCATTCTCTGCGGGAGGTCCTGGCAAGGGAATGCACTCTTGGCTTTATCTC
CGTATTTTGAACCAATACCAGGAGTTTCAATCATGCACT*CATTCACTAGCATTTTTAAC
AACGCCGGATTGTTTGGAATCTATGGTTGCACTAGTCCTGAGTATGCTGCAAAGGGAATT
GAATTAGTAGCTGATGAAATGAAAGCTGTTGCTGAAGGAAAAGTTAACCAGAAACATCTT
GATCGTGCCAAAGCAGCAACGAAATCTGCAATTCTGATGAATCTTGAATCTAGGATGATT
GTATCAGAAGACATCGGTAGACAGATACTTACATACGGAGAGAGGAAGCCAGTGGATGCA
TTCTTGAAGACAGTTGACCAACTCACCTTAAAGGACATAGCAGATTTCACCAGCAAGATT
ATTGCAAAGCCATTGACGATGGCATCTTTAGGATCAGTGTTGAATGTTCCAAGCTACGAC
TCCGTAAGCAGTAGATTTTCTTGAAGCCCTCTGCTGAAAGCAAAGGATCTTTTCTTGCGT
CATAAGAAAGAGTGGGGCGGGGGAGGTCTTGTAAAATAAAGAGAGCATTTTTTTAGGAAG
ATGCAACTACTTTTCTTTTTTCTTTTCTTATTGTTTCATCTCACAGTTTTTTGAACTCTG
AGAAAAGGATAATCCCGTTAAAATGTCGACTATTTACGACCATGTCTCCACCTTCAGTTC
TTTAATAATGATTGTTACGTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB03TF U 1
AF RR1DT92TF U 181
AF RR1DT92JQ C 213
AF RR1HB03JQ C 566
BS 1 279 RR1HB03TF
BS 280 280 RR1DT92TF
BS 281 602 RR1HB03TF
BS 603 881 RR1DT92TF
BS 882 925 RR1HB03JQ

RD RR1HB03TF 602 0 0
GTACTCTCTGACCTTCCTAATGTAACTCGACTAGCAGAACCTAAGTCTGAATATGTTGGT
GGAGATTTTCGTCAACATACTGGTGATGAGGCTACACATTTTGCGCTTTCTTTTGGAGTG
CCAGGATGGGATAAAGAGAAGGAAGCTGTTATGGCCACTGTTCTTCAGATGCTTATGGGA
GGAGGTGGCTCATTCTCTGCGGGAGGTCCTGGCAAGGGAATGCACTCTTGGCTTTATCTC
CGTATTTTGAACCAATACCAGGAGTTTCAATCATGCACTGCATTCACTAGCATTTTTAAC
AACGCCGGATTGTTTGGAATCTATGGTTGCACTAGTCCTGAGTATGCTGCAAAGGGAATT
GAATTAGTAGCTGATGAAATGAAAGCTGTTGCTGAAGGAAAAGTTAACCAGAAACATCTT
GATCGTGCCAAAGCAGCAACGAAATCTGCAATTCTGATGAATCTTGAATCTAGGATGATT
GTATCAGAAGACATCGGTAGACAGATACTTACATACGGAGAGAGGAAGCCAGTGGATGCA
TTCTTGAAGACAGTTGACCAACTCACCTTAAAGGACATAGCAGATTTCACCAGCAAGATT
AT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1DT92TF 701 0 0
GGAGGTGGCTCATTCTCTGCGGGAGGTCCTGGCAAGGGAATGCACTCTTGGCTTTATCTC
CGTATTTTGAACCAATACCAGGAGTTTCAATCATGCACT*CATTCACTAGCATTTTTAAC
AACGCCGGATTGTTTGGAATCTATGGTTGCACTAGTCCTGAGTATGCTGCAAAGGGAATT
GAATTAGTAGCTGATGAAATGAAAGCTGTTGCTGAAGGAAAAGTTAACCAGAAACATCTT
GATCGTGCCAAAGCAGCAACGAAATCTGCAATTCTGATGAATCTTGAATCTAGGATGATT
GTATCAGAAGACATCGGTAGACAGATACTTACATACGGAGAGAGGAAGCCAGTGGATGCA
TTCTTGAAGACAGTTGACCAACTCACCTTAAAGGACATAGCAGATTTCACCAGCAAGATT
ATTGCAAAGCCATTGACGATGGCATCTTTAGGATCAGTGTTGAATGTTCCAAGCTACGAC
TCCGTAAGCAGTAGATTTTCTTGAAGCCCTCTGCTGAAAGCAAAGGATCTTTTCTTGCGT
CATAAGAAAGAGTGGGGCGGGGGAGGTCTTGTAAAATAAAGAGAGCATTTTTTTAGGAAG
ATGCAACTACTTTTCTTTTTTCTTTTCTTATTGTTTCATCTCACAGTTTTTTGAACTCTG
AGAAAAGGATAATCCCGTTAAAATGTCGACTATTTACGACC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1DT92JQ 669 0 0
CAAGGGAATGCACTCTTGGCTTTATCTCCGTATTTTGAACCAATACCAGGAGTTTCAATC
ATGCACT*CATTCACTAGCATTTTTAACAACGCCGGATTGTTTGGAATCTATGGTTGCAC
TAGTCCTGAGTATGCTGCAAAGGGAATTGAATTAGTAGCTGATGAAATGAAAGCTGTTGC
TGAAGGAAAAGTTAACCAGAAACATCTTGATCGTGCCAAAGCAGCAACGAAATCTGCAAT
TCTGATGAATCTTGAATCTAGGATGATTGTATCAGAAGACATCGGTAGACAGATACTTAC
ATACGGAGAGAGGAAGCCAGTGGATGCATTCTTGAAGACAGTTGACCAACTCACCTTAAA
GGACATAGCAGATTTCACCAGCAAGATTATTGCAAAGCCATTGACGATGGCATCTTTAGG
ATCAGTGTTGAATGTTCCAAGCTACGACTCCGTAAGCAGTAGATTTTCTTGAAGCCCTCT
GCTGAAAGCAAAGGATCTTTTCTTGCGTCATAAGAAAGAGTGGGGCGGGGGAGGTCTTGT
AAAATAAAGAGAGCATTTTTTTAGGAAGATGCAACTACTTTTCTTTTTTCTTTTCTTATT
GTTTCATCTCACAGTTTTTTGAACTCTGAGAAAAGGATAATCCCGTTAAAATGTCGACTA
TTTACGACC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1HB03JQ 360 0 0
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CTTTAGGATCAGTGTTGAGTGTTCCAAGCTACGACTCCGTAAGCAGTAAATTTTCTTGAA
GCCCTCTGCTGAAAGCAAAGGATCTTTTCTTGCGTCATAAGAAAGAGTGGGGCGGGGGAG
GTCTTGTAAAATAAAGAGAGCATTTTTTTAGGAAGATGCAACTACTTTTCTTTTTTCTTT
TCTTATTGTTTCATCTCACAGTTTTTTGAACTCTGAGAAAAGGATAATCCCGTTAAAATG
TCGACTATTTACGACCATGTCTCCACCTTCAGTTCTTTAATAATGATTGTTACGTTTACC

QA 1 360 1 360
DS 



AS 1 4

CO CL3127Contig1 1083 4 5 U
GGCTTGTAACGCTGTTTTGATGGAGGATCATACGGCTAGGGAGGTTAGAGAGATGGTTGG
AGACCAAAGGTTTTGGAACGAGGTAGAGGCGGTCCACGCTTTGATCAAGCTTATCAAAGA
GATGGCTCGGAGAATAGAGGAAGAGAAGCTGCTCGCTGGGCAATGCCTCCCGCTATGGGA
CGAGCTAAGGGCTAAGGTTAAAGATTGGGACTCTAAGTTCAACGTAGGGGAAGGACATGT
GGAGAAACTTGTGGAGAGAAGATTCAAGAAGAGTTATCACCCGGCTTGGGCTGCGGCCTT
CATACTCGACCCTCTTTACTTGATAAGCGATAGTAGTGGCAAGTATCTTCCACCGTTCAA
ATGTTTGTCGCCGGAGCAAGAGAAAGATGTAGATAAGTTGATAATAAGGCTTGTGTCTAG
AGACGAGGCACACATTGCGTTGATGGAGCTTATGAAATGGAGAACCGAAGGGCTTGATCC
AATGTATGCAAGGGCGGTTCAGATGAAAGAGCGTGACCCTGTTACTGGTAAGATGAGGAT
AGCTAATCCTCAGAGCAGTAGGCTTGTATGGGAGACGTATCTTAGCGAGTTCAGGTCACT
AGGGAAAGTTGCGGTGAGGCTGATTTTCCTCCGTGCAACTACTTGTGGGTTCAAATGCAA
CTCATCCCTTTTGAAATGGGTAAGCTCTCATGGGAGGTCACATGCAGCTATAGATAGAGC
TCAGAATATGATTTTTATATCAGCTAATTCGAAATTCGAAAGAAGAGATTTCTCTAATGA
GGAGGATAGGGATGCAGAGTTACTTGCTATGGCTAATGGTGATGAAAATTTGCTAAATGA
TGTTCTTGTGGACACATCTTAGGTGTGATATTTTTCCAATTTTGATAATCTTGGTTTTTG
GATCAGTTTTGTTTAAGCTTAGTTTTTCATTAGAGTTTTGGCATTTTGTAGGATTGTTTG
GATTTTTTTCTTTCATCACCATTATCCCTTTATATCATTAATATTCAAGTTGTGATTGGT
TCCTTTAGAAGATGAGACTTATGATATGTAATCTGAGTATTTGTATTTCATTAGCCTATA
TAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 

AF RR1H971TF U 1
AF RR1BT54JQ C 325
AF RR1BT54TF U 325
AF RR1H971JQ C 383
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G
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T

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DS 

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G
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AATTCGAAATTCGAAAGAAGAGATTTCTCTAATGAGGAGGATAGGGATGCAGAGTTACTT
GCTATGGCTAATGGTGATGAAAATTTGCTAAATGATGTTCTTGTGGACACATCTTAGGTG
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TTCATTAGAGTTTTGGCATTTTGTAGGATTGTTTGGATTTTTTTCTTTCATCACCATTAT
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QA 2 701 2 701
DS 

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GCTAATTCGAAATTCGAAAGAAGAGATTTCTCTAATGAGGAGGATAGGGATGCAGAGCTA
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GTGTGATATTTTTCCAATTTTGATAATCTTGGTTTTTGGATCAGTTTTGTTTAAGCTTAG
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QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 3

CO CL3128Contig1 822 3 8 U
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EY09JQ U 1
AF RR1FI23JQ U 20
AF RR1FI23TF C 97
BS 1 64 RR1EY09JQ
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BS 295 822 RR1FI23JQ

RD RR1EY09JQ 294 0 0
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CATAGAGCAAAACATGGAAACAGAAATGTTGTTGAGCCAAAACAAGACTCAAAAAGTCGA
TTCTCTTACATTCTCTACATAAGACTAGTTTGTTGATGTTTATGCCTGTCTACTTAGCTG
TTGGGTTGTCTAGAGAGAGGGAAAGAGATCCTTTGAGGAGTTTGGCTTGGAAGGTCTGAT
GTTCGTTGTTGCTGAAAAGTATGTGGTGCAGGATCTGTCATGTCTTCCTCGTCT

QA 1 294 1 294
DS 

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ACAGAAATGTTGTTGAGCCAAAACAAGACTCAAAAAGTCGATTCTCTTACATTCTCTACA
TAAGACTAGTTTGTTGATGTTTATGTCTGTCTACTTAGCTGTTGGGTTGTCTAGAGAGAG
GGAAAGAGATCCTTTGAGGAGTTTGGCTTGGAAGGTCTGATGTTCGTTGTTGCTGAAAAG
TATGTGGTGCAGGATCTGTCATGTCTTCGTCGTCTTCCTCTGTTTCTTCAGGTTCAGTCG
AAGTTGACTTCTTGGGAATAACAAGCTGGTAGTTTGGGCTAAGCAATGTGTCCTGTTCAG
GCGGGAGTGGGACACCGAGTCCTGCTATCAATTTAGGCAAAGGGATCTTGTTCCTGCTCG
CAGCAAGCTCTAGCAGTACTTCTCTTGGAGGTGGCTGTGGGGAGGTGAAATTAAGTTTGG
AATGAATAGCTAGCTTCAGATCGTCAGAGTCAATGGTGGACTTGGTAGCATGCTCGGAGT
AAACCTGAGCATCAGTCAACACATCGACCACGTAACGGTACCATATTTCAAGAAACTGGT
GCACACACGAGGCTCGTAGTCCTCAACACCCATCGACTTAAGCAGAGACTTGACAATCTT
GGCGTCTCTAGGCAAATCTTCCTCACCTTCTCCAGCCATTGTTCCTCACTAACACGAGAC
TAAGTCGGTGGAGTACGGTAGATGCACGCCGGAGGTTGAAGAACGACGGCGAGTAATCGT
TCTCTGTGTCTTTGTGGCGGTCC

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1FI23TF 726 0 0
CCAAAACAAGACTCAAAAAGTCGATTCTCTTACATTCTCTACATAAGACTAGTTTGTTGA
TGTTTATGTCTGTCTACTTAGCTGTTGGGTTGTCTAGAGAGAGGGAAAGAGATCCTTTGA
GGAGTTTGGCTTGGAAGGTCTGATGTTCGTTGTTGCTGAGAAGTATGTGGTGCAGGATCT
GTCATGTCTTCGTCGTCTTCCTCTGTTTCTTCAGGTTCAGTCGAAGTTGACTTCTTGGGA
ATAACAAGCTGGTAGTTTGGGCTAAGCAATGTGTCCTGTTCAGGCGGGAGTGGGACACCG
AGTCCTGCTATCAATTTAGGCAAAGGGATCTTGTTCCTGCTCGCAGCAAGCTCTAGCAGT
ACTTCTCTTGGAGGTGGCTGTGGGGAGGTGAAATTAAGTTTGGAATGAATAGCTAGCTTC
AGATCGTCAGAGTCAATGGTGGACTTGGTAGCATGCTCGGAGTAAACCTGAGCATCAGTC
AACACATCGACCACGTAACGGTACCATATTTCAAGAAACTGGTGCACACACGAGGCTCGT
AGTCCTCAACACCCATCGACTTAAGCAGAGACTTGACAATCTTGGCGTCTCTAGGCAAAT
CTTCCTCACCTTCTCCAGCCATTGTTCCTCACTAACACGAGACTAAGTCGGTGGAGTACG
GTAGATGCACGCCGGAGGTTGAAGAACGACGGCGAGTAATCGTTCTCTGTGTCTTTGTGG
CGGTCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 4

CO CL3129Contig1 1047 4 14 U
GGAAAATAAACCCAGGCGTGAGAGCTCTTGTTCCTCTCTCTCTGTACTATTTTGTTCTTG
TCCTCTCAGTTACTAGTACTGCAACTCATCTATGGCCAGAGACGGTGGCGTTTCTTGCCT
ACGGAGTTCAGAGATGATGAGCGTCGGTATCGGAAAAATGGAATCTCCGCCGTTGGAGTT
AGATGAAGTTCATGTCCTGGCTGTTGATGACAGCCTCGTTGATCGGATTGTCATCGAGAG
ATTGCTTCGTATAACTTCCTGCAAAGTCACGGCGGTAGACCGCGGATGGCGTGCTCTGGA
GTTTCTAGGACTAGACAACGAGAAAGCATCTGCAGAACTAGATAGATTGAAAGTTGATTT
GATCATCACTGATTACTGTATGCCTGGAATGACTGGCTACGAGCTCCTCAAAAAGATAAA
GGAATCGTCCAGTTTCCGACAAGTTCCGGTGGTAATAATGTCGTCAGAGAATGTCTTAAC
CAGAATCGACAGATGTCTTGAGGAAGGTGCGGAGGACTTCTTATTAAAACCGGTGAAACT
CGCCGACGTGAAGCGCCTGAGAAGCTATTTAACCAGAGACGTTAAACTTTCCAACGCTAA
CAAACGGAAGCTTCCGGAAGATTCTGTTCCCATGCAAACCTCGCTTCCTCCTCCATCGTC
GCCTGATTCGTCGGACTCTTCTCCGCCGTCGACTAACTCGCCTGAATCTTCGGAGTCTTC
TCCGCCGGTGACTATCTCGCCTGAAACGTCGGACTCTTCTCCGCCGTTATCTCCCGTGGA
GATATTTTCCTCGCCACTCTCATATCCAATAGACGATGAAGATGACGATGTGTTGCCATC
GTCGCCGGAGTCTTCGCCGACGCCGGAGGAATCGCCGGTACGACGGCAGAAGATGGGAAG
TCCCGGATTGTTAGATTAATAAAGCTTGTTTTTTTACTTAATCGTGTAATATTTATCTCC
GTTAACTTTTTAAGCCTTTGACGGTGCTTTTAGTTGCACTTTGACTTGACGCCGTCAATT
TGTAGATCTCCTTTAATCTTGCCCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1E679TF U 1
AF RR1B005TF U 10
AF RR1B005JQ C 264
AF RR1E679JQ C 300
BS 1 45 RR1E679TF
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BS 47 307 RR1E679TF
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BS 746 746 RR1B005JQ
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BS 786 1046 RR1B005JQ
BS 1047 1047 RR1E679JQ

RD RR1E679TF 707 0 0
GGAAAATAAACCCAGGCGTGAGAGCTCTTGTTCCTCTCTCTCTGTGCTATTTTGTTCTTG
TCCTCTCAGTTACTAGTACTGCAACTCATCTATGGCCAGAGACGGTGGCGTTTCTTGCCT
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AGATGAAGTTCATGTCCTGGCTGTTGATGACAGCCTCGTTGATCGGATTGTCATCGAGAG
ATTGCTTCGTATAACTTCCTGCAAAGTCACGGCGGTAGACCGCGGATGGCGTGCTCTGGA
GTTTCTATGACTAGACAACGAGAAAGCATCTGCAGAACTAGATAGATTGAAAGTTGATTT
GATCATCACTGATTACTGTATGCCTGGAATGACTGGCTACGAGCTCCTCAAAAAGATAAA
GGAATCGTCCAGTTTCCGACAAGTTCCGGTGGTAATAATGTCGTCAGAGAATGTCTTAAC
CAGAATCGACAGATGTCTTGAGGAAGGTGCGGAGGACTTCTTATTAAAACCGGTGAAACT
CGCCGACGTGAAGCGCCTGAGAAGCTATTTAACCAGAGACGTTAAACTTTCCAACGCTAA
CAAACGGAAGCTTCCGGAAGATTCTGTTCCCATGCAAACCTCGCTTCCTCCTCCATCGTC
GCCTGATTCGTCG*ACTCTTCTC*GCCGTCGACTA
CTCGTCTGAATC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1B005TF 776 0 0
GG
CCAGGCGTGAGAGCTCTTGTTCCTCTCTCTCTGTACTATTTTGTTCTTGTCCTCTCAGTT
ACTAGTACTGCAACTCATCTATGGCCAGAGACGGTGGCGTTTCTTGCCTACGGAGTTCAG
AGATGATGAGCGTCGGTATCGGAAAAATGGAATCTCCGCCGTTGGAGTTAGATGAAGTTC
ATGTCCTGGCTGTTGATGACAGCCTCGTTGATCGGATTGTCATCGAGAGATTGCTTCGTA
TAACTTCCTGCAAAGTCACGGCGGTAGACCGCGGATGGCGTGCTCTGGAGTTTCTAGGAC
TAGACAACGAGAAAGCATCTGCAGAACTAGATAGATTGAAAGTTGATTTGATCATCACTG
ATTACTGTATGCCTGGAATGACTGGCTACGAGCTCCTCAAAAAGATAAAGGAATCGTCCA
GTTTCCGACAAGTTCCGGTGGTAATAATGTCGTCAGAGAATGTCTTAACCAGAATCGACA
GATGTCTTGAGGAAGGTGCGGAGGACTTCTTATTAAAACCGGTGAAACTCGCCGACGTGA
AGCGCCTGAGAAGCTATTTAACCAGAGACGTTAAACTTTCCAACGCTAACAAACGGAAGC
TTCCGGAAGATTCTGTTCCCATGCAAACCTCGCTTCCTCCTCCATCGTCGCCTGATTCGT
CGGACTCTTCTCCGCCGTCGACTAACTCGCCTGAATCTTCGGAGTCTTCTCCGCCGGTGA
CTATCTCGCCTGAA*CGTCGGACTCTTCTCCGCCGTTATCTCCCGTGGAGATAT

QA 3 776 3 776
DS 

RD RR1B005JQ 783 0 0
AAGTCACGGCGGTAGACCGCGGATGGCGTGCTCTGGAGTTTCTAGGACTAGACAACGAGA
AAGCATCTGCAGAACTAGATAGATTGAAAGTTGATTTGATCATCACTGATTACTGTATGC
CTGGAATGACTGGCTACGAGCTCCTCAAAAAGATAAAGGAATCGTCCAGTTTCCGACAAG
TTCCGGTGGTAATAATGTCGTCAGAGAATGTCTTAACCAGAATCGACAGATGTCTTGAGG
AAGGTGCGGAGGACTTCTTATTAAAACCGGTGAAACTCGCCGACGTGAAGCGCCTGAGAA
GCTATTTAACCAGAGACGTTAAACTTTCCAACGCTAACAAACGGAAGCTTCCGGAAGATT
CTGTTCCCATGCAAACCTCGCTTCCTCCTCCATCGTCGCCTGATTCGTCGGACTCTTCTC
CGCCGTCGACTAACTCGCCTGAATCTTCGGAGTCTTCTCCGCCGGTGACTATCTCGCCTG
AAACGTCGGACTCTTCTCCGCCGTTATCTCCCGTGGAGATATTTTCCTCGCCACTCTCAT
ATCCAATAGACGATGAAGATGACGATGTGTTGCCATCGTCGCCGGAGTCTTCGCCGACGC
CGGAGGAATCGCCGGTACGACGGCAGAAGATGGGAAGTCCCGGATTGTTAGATTAATAAA
GCTTGTTTTTTTACTTAATCGTGTAATATTTATCTCCGTTAACTTTTTAAGCCTTTGACG
GTGCTTTTAGTTGCACTTTGACTTGACGCCGTCAATTTGTAGATCTCCTTTAATCTTGCC
CCA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1E679JQ 748 0 0
GAG
TTCTATGACTAGACAACGAGAAAGCATCTGCAGAACTAGATAGATTGAAAGTTGATTTGA
TCATCACTGATTACTGTATGCCTGGAATGACTGGCTACGAGCTCCTCAAAAAGATAAAGG
AATCGTCCAGTTTCCGACAAGTTCCGGTGGTAATAATGTCGTCAGAGAATGTCTTAACCA
GAATCGACAGATGTCTTGAGGAAGGTGCGGAGGACTTCTTATTAAAACCGGTGAAACTCG
CCGACGTGAAGCGCCTGAGAAGCTATTTAACCAGAGACGTTAAACTTTCCAACGCTAACA
AACGGAAGCTTCCGGAAGATTCTGTTCCCATGCAAACCTCGCTTCCTCCTCCATCGTCGC
CTGATTCGTCGGACTCTTCTCCGCCGTCGACTAACTCGTCTGAATCTTCGGAGTCTTCTC
CGCCGGTGACTATCTCGCCTGAAACGTCGGACTCTTCTCCGCCGTTATCTCCCGTGGAGA
TATTTTCCTCGCCACTCTCATATCCAATAGACGATGAAGATGACGATGTGTTGCCATCGT
CGCCGGAGTCTTCGCCGACGCCGGAGGAATCGCCGGTACGACGGCAGAAGATGGGAAGTC
CCGGATTGTTAGATTAATAAAGCTTGTTTTTTTACTTAATCGTGTAATATTTATCTCCGT
TAACTTTTTAAGCCTTTGACGGTGCTTTTAGTTGCACTTTGACTTGACGCCGTCAATTTG
TAGATCTCCTTTAATCTTGCCCCAC

QA 4 748 4 748
DS 



AS 1 4

CO CL3130Contig1 1415 4 3 U
GGGCTTCCTCCTCCTTCCCTCTAATCTCTAACCTTCATAGATTACCAGAGAGATGACATC
TGTATCAAACGCTCCATCAGTGGATCCACACATGGTTGGCAATGCCTTTGTTCAGAAATA
CTACACCCACCTCTATGAAAAGCCCGCTGAAGTTTACAGATTCTATCTCGAGGAAAGTGT
GCTTGGAAGGCCTGGTCTTGATGGTGGTGATATGGTTTCTGTCAAATCATTGAAAGCAAT
TAATGATCAGATAACGTCTGTGGACTACCAAAACTCGAGGATCCAGATCCTGACTGCTGA
TTCCCAAGCGTCTTTGAAGAACGCTGTTGTGACTCTGGTCGCCGGTTTGGTGACTGACAA
AGATGGGGGAAGAAAGAGTTTCACTCAGTCTTTCTTCCTTGTGCCGCAGAACGGAAGCTA
CTTTGTTCTCAACGATGTCTTTAGGTACGTTTCCGACGTGTTTGCTGAACCAGAAGCTAC
CAATGAGGTCGAGGAGGTCGAGGATAGTCCAAAAGAAACTGTCGTTGAGCCTATTGCAAA
TATTGAAGTAGTGGAGCCGGCTGCTAAAGCTACAAATGAGGAGAAAGTTGGGAATGGACA
CAGCAACTTGCCTAAAGCTGCTGAAGCAAAACCTCAAGAGGACGCTGGTGGTCCCAAGAA
GTCCTTTGCAGTAATTGCTGCTCAAAATGGTGCTCAGTCCAATGCCAAAGCTTTACCAGC
AAAGCCTAAACCTGTTGAAAAGCCGAGAGTTGCTCCTCAGACCAAAGCTCCTGCACCAGT
AGCTGCTCCTCAGACCAAAGCTCCTGAACAACCTTCTGCTCCAGCTCGAGGTGGTTCCAT
ATTTGTTGCAAACTTGCCTATGGATGCGACTCCGGAGCAACTGTTTGAAACATTTAAAGA
CTTTGGAGCTATTAGAAGAGGTGGCATCCAAGTCAGAAGCTACACGGAACAAAGGAACTG
TTTTGGGTTTGTGGCCTTTGAAAATAGTGAATCGATCAAAAATGTCTTCAAGGCTCACAA
GGAATCTCCAATTTATGTCGGAAACAGAAGAGCATCTATAGAAGAAAAACGAGCCAACAA
CAATGATAATGGTGGGAGAACCTATGCGCGGAACAATGGCAACAATAGGAACGAGAATGG
TTACAGAAAGGACGGGTACAGACCTCGGGGCAATGGTGTGAATGGAGGACGAGGCTCCGG
GAGAAACGGGCCTGATAGAGGAGGGAGCGGTGATGCTAAAGCTTCTCATAACGGTCATGG
CAATGCTCAAGCCAAAAACTAGACTTTTTGATTGAAAGAACAGGGACTTTTTTTAGCTAT
GATTCTTTTAGTGGATTATGTCATTTTTGGATTATAATTGGGTTTTTGAACCCTTGTTCT
TTGACCAACTTGAAATCAATTTGATTAAACTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FZ16TF U 1
AF RR1AI15TF U 520
AF RR1AI15JQ C 661
AF RR1FZ16JQ C 738
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BS 637 1331 RR1AI15TF
BS 1332 1415 RR1AI15JQ

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GCTTGGAAGGCCTGGTCTTGATGGTGGTGATATGGTTTCTGTCAAATCATTGAAAGCAAT
TAATGATCAGATAACGTCTGTGGACTACCAAAACTCGAGGATCCAGATCCTGACTGCTGA
TTCCCAAGCGTCTTTGAAGAACGCTGTTGTGACTCTGGTCGCCGGTTTGGTGACTGACAA
AGATGGGGGAAGAAAGAGTTTCACTCAGTCTTTCTTCCTTGTGCCGCAGAACGGAAGCTA
CTTTGTTCTCAACGATGTCTTTAGGTACGTTTCCGACGTGTTTGCTGAACCAGAAGCTAC
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TATTGAAGTAGTGGAGCCGGCTGCTAAAGCTACAAATGAGGAGAAAGTTGGGAATGGACA
CAGCAACTTGCCTAAAGCTGCTGAAGCAAAACCTCA

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G
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GAGAAAGTTGGGAATGGACACAGCAACTTGCCTAAAGCTGCTGAAGCAAAACCTCAAGAG
GACGCTGGTGGTCCCAAGAAGTCCTTTGCAGTAATTGCTGCTCAAAATGGTGCTCAGTCC
AATGCCAAAGCTTTACCAGCAAAGCCTAAACCTGTTGAAAAGCCGAGAGTTGCTCCTCAG
ACCAAAGCTCCTGCACCAGTAGCTGCTCCTCAGACCAAAGCTCCTGAACAACCTTCTGCT
CCAGCTCGAGGTGGTTCCATATTTGTTGCAAACTTGCCTATGGATGCGACTCCGGAGCAA
CTGTTTGAAACATTTAAAGACTTTGGAGCTATTAGAAGAGGTGGCATCCAAGTCAGAAGC
TACACGGAACAAAGGAACTGTTTTGGGTTTGTGGCCTTTGAAAATAGTGAATCGATCAAA
AATGTCTTCAAGGCTCACAAGGAATCTCCAATTTATGTCGGAAACAGAAGAGCATCTATA
GAAGAAAAACGAGCCAACAACAATGATAATGGTGGGAGAACCTATGCGCGGAACAATGGC
AACAATAGGAACGAGAATGGTTACAGAAAGGACGGGTACAGACCTCGGGGCAATGGTGTG
AATGGAGGACGAGGCTCCGGGAGAAACGGGCCTGATAGAGGAGGGAGCGGTGATGCTAAA
GCTTCTCATAACGGTCATGGCAATGCTCAAGCCAAAAACTAGACTTTTTGATTGAAAGAA
CAGGGACTTTTTTTAGCTATGATTCTTTTAG

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AGCTGCTCCTCAGACCAAAGCTCCTGAACAACCTTCTGCTCCAGCTCGAGGTGGTTCCAT
ATTTGTTGCAAACTTGCCTATGGATGCGACTCCGGAGCAACTGTTTGAAACATTTAAAGA
CTTTGGAGCTATTAGAAGAGGTGGCATCCAAGTCAGAAGCTACACGGAACAAAGGAACTG
TTTTGGGTTTGTGGCCTTTGAAAATAGTGAATCGATCAAAAATGTCTTCAAGGCTCACAA
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CAATGATAATGGTGGGAGAACCTATGCGCGGAACAATGGCAACAATAGGAACGAGAATGG
TTACAGAAAGGACGGGTACAGACCTCGGGGCAATGGTGTGAATGGAGGACGAGGCTCCGG
GAGAAACGGGCCTGATAGAGGAGGGAGCGGTGATGCTAAAGCTTCTCATAACGGTCATGG
CAATGCTCAAGCCAAAAACTAGACTTTTTGATTGAAAGAACAGGGACTTTTTTTAGCTAT
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TTGACCAACTTGAAATCAATTTGATTAAACTGGTT

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RD RR1FZ16JQ 676 0 0
AAAAGCCGAGAGTTGCTCCTCAGACCAAAGCTCCTGCACCAGTAGCTGCTCCTCAGACCA
AAGCTCCTGAACAACCTTCTGCTCCAGCTCGAGGTGGTTCCATATTTGTTGCAAACTTGC
CTATGGATGCGACTCCGGAGCAACTGTTTGAAACATTTAAAGACTTTGGAGCTATTAGAA
GAGGTGGCATCCAAGTCAGAAGCTACACGGAACAAAGGAACTGTTTTGGGTTTGTGGCCT
TTGAAAATAGTGAATCGATCAAAAATGTCTTCAAGGCTCACAAGGAATCTCCAATTTATG
TCGGAAACAGAAGAGCATCTATAGAAGAAAAACGAGCCAACAACAATGATAATGGTGGGA
GAACCTATGCGCGGAACAATGGCAACAATAGGAACGAGAATGGTTACAGAAAGGACGGGT
ACAGACCTCGGGGCAATGGTGTGAATGGAGGACGAGGCTCCGGGAGAAACGGGCCTGATA
GAGGAGGGAGCGGTGATGCTAAAGCTTCTCTGAACGGTCATGGCAATGCTCAAGCCAAAA
ACTAGACTTTTTGATTGGAAGAACAGGGACTTTTTTTAGCTATGATTCTTTTAGTGGATT
ATGTCATTTT*GGATTATAATTGGGTTTTTGAACCCTTGTTCTTTGACCAACTTGAAATC
AATTTGATTAAACTGG

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL3131Contig1 918 2 2 U
GGGTCTTCTTCTCATCTCTCTCTCTCTAAACCCAAAATCAGTTTCAATCCTGTTTACGAC
ATCAACCTTTATCGCAGCGAACTCTCAAAGGTTTGTCTTCTTAAGTCGATTTGCTGCTAC
ACAAAAGATCTGTAAACTCAACTGTCTTAGACCACAACATGGCCAACTTCGATGGGCCAG
GGTTTGCGATGGTTGACGGTTACTGGATCCAGACCAAAGCCATAGACGTCGAATCATCAA
CCGACATCTCTCCGTACCTCTCCCGTCTCCTAGAAGACTGCGTCTGGAACGGCAACAGAG
CCATCGTCTTCGACCTCTACTGGGACGTCACCAAATCCGCCGACGCGAAGTCAGAGTGGC
GTCTCTCCTCGGTGAAGCTGAGCACCAAGAACTTGTGTCTCTTCCTCCGCCTCCCGAACC
CGTTCACCGACAACCTCAAGGATCTCTACCGCTTCTTCGCTTCCAAGTTCGTCACGTTCG
TCGGCGTTCAGATCCAAGAAGACCTTGTCTTGCTCAAGGAGAATCACGGGATTGTGATCA
GGAGCTCCTTGGAGATTGGGAAGCTTGCTGCGAAAGCGAGAGGGACTCCGATCGTTGAGT
TCCTTGGGACGAGGGAGTTGGCTCATAAGATACTTTGGTATGATATGAGCAGGCTCGATT
CGATTCAGTCCAAGTGGGATGAAGCTGGGGGGAATGATCGTCTTGAAGCTGCGGCTATTG
AAGGTTGGCTTATTTATAGTGTTTATGATCAGTTGCAGCAGTGATGTGTTGTTCTTGATC
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CTTTGTTGGTTGTTATGAGTGAACAAAATAATAATGTACTGAATAAAGAAAAAAAACATG
TCGGGCTTGTTTTCTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ06TF U 1
AF RR1FQ06JQ C 70
BS 1 720 RR1FQ06TF
BS 721 918 RR1FQ06JQ

RD RR1FQ06TF 720 0 0
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ATCAACCTTTATCGCAGCGAACTCTCAAAGGTTTGTCTTCTTAAGTCGATTTGCTGCTAC
ACAAAAGATCTGTAAACTCAACTGTCTTAGACCACAACATGGCCAACTTCGATGGGCCAG
GGTTTGCGATGGTTGACGGTTACTGGATCCAGACCAAAGCCATAGACGTCGAATCATCAA
CCGACATCTCTCCGTACCTCTCCCGTCTCCTAGAAGACTGCGTCTGGAACGGCAACAGAG
CCATCGTCTTCGACCTCTACTGGGACGTCACCAAATCCGCCGACGCGAAGTCAGAGTGGC
GTCTCTCCTCGGTGAAGCTGAGCACCAAGAACTTGTGTCTCTTCCTCCGCCTCCCGAACC
CGTTCACCGACAACCTCAAGGATCTCTACCGCTTCTTCGCTTCCAAGTTCGTCACGTTCG
TCGGCGTTCAGATCCAAGAAGACCTTGTCTTGCTCAAGGAGAATCACGGGATTGTGATCA
GGAGCTCCTTGGAGATTGGGAAGCTTGCTGCGAAAGCGAGAGGGACTCCGATCGTTGAGT
TCCTTGGGACGAGGGAGTTGGCTCATAAGATACTTTGGTATGATATGAGCAGGCTCGATT
CGATTCAGTCCAAGTGGGATGAAGCTGGGGGGAATGATCGTCTTGAAGCTGCGGCTATTG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1FQ06JQ 849 0 0
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CTGTAAACTCAACTGTCTTAGACCACAACATGGCCAACTTCGATGGGCCAGGGTTTGCGA
TGGTTGACGGTTACTGGATCCAGACCAAAGCCATAGACGTCGAATCATCAACCGACATCT
CTCCGTACCTCTCCCGTCTCCTAGAAGACTGCGTCTGGAACGGCAACAGAGCCATCGTCT
TCGACCTCTACTGGGACGTCACCAAATCCGCCGACGCGAAGTCAGAGTGGCGTCTCTCCT
CGGTGAAGCTGAGCACCAAGAACTTGTGTCTCTTCCTCCGCCTCCCGAACCCGTTCACCG
ACAACCTCAAGGATCTCTACCGCTTCTTCGCTTCCAAGTTCGTCACGTTCGTCGGCGTTC
AGATCCAAGAAGACCTTGTCTTGCTCAAGGAGAATCACGGGATTGTGATCAGGAGCTCCT
TGGAGATTGGGAAGCTTGCTGCGAAAGCGAGAGGGACTCCGATCGTTGAGTTCCTTGGGA
CGAGGGAGTTGGCTCATAAGATACTTTGGTATGATATGAGCAGGCTCGATTCGATTCAGT
CCAAGTGGGATGAAGCTGGGGGGAATGATCGTCTTGAAGCTGCGGCTATTGAAGGTTGGC
TTATTTATAGTGTTTATGATCAGTTGCAGCAGTGATGTGTTGTTCTTGATCTTATGGATT
TTCTGAGACTGCTTGCGCTTGATATTGATTGCAGTTTGTGCATTTTGATCTCTTTGTTGG
TTGTTATGAGTGAACAAAATAATAATGTACTGAATAAAGAAAAAAAACATGTCGGGCTTG
TTTTCTTTG

QA 1 849 1 849
DS 



AS 1 4

CO CL3132Contig1 729 4 7 U
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TTCAGTTACGCAAATTTTCAAAACACTCTCCATGTGAGGACATGTATTATTGAGACAGAG
AAATAAACATGTTCTACGAGTGAGAACAAAATAAAAAGGTCTGAAATGGATTTAACTTAT
CACATTTCAAGCTGACTGCAGTGTTATAGATACTCTGATCGAAAAAGGCGGCATGCGTCT
TTGTTATTTTGGATTCAAGACATTCATCGAGACTTGCGCTCCCACCATTCCATGAACTTA
ACTTGAGCCGCCATTGTGTCCAGCTTATAGAGTTGCAAGGTGTGGTTCGCAACTTCTTGC
CCAAAGGTCCAACCGAAAACACCTCCTCCTAAGAAGGAAAATGCAGCACCATGTGGACTC
CTAGAGTATTTCCAGGCAAAAGCGGCAGTAGATACAGCTCCAAGTGCAGCTCCGGCAACA
CCAAAAGTTGCAGCTTCTCTGGCGGTTTTAAGGGTGGGTCCATGAACGGGATCGGAAGCA
ATGAACTCCTCAACGTCGGATGAAGACCAAGAAGGAAGAGGCGCCTCGCGTTCAGTGAAC
CTCGTGTAGTTCTCCAGGAACGACAACTTCTCCTCCCAGAACCCCTTCAATCCATCCGCA
AACGACCTCGAGTCTCCCATCTTTGATTGATTCTTCGCACTCTTTTTTTTCTCTCTCCAG
ATCGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GG36JQ U 1
AF RR1EB69JQ U 48
AF RR1EB69TF C 48
AF RR1GG36TF C 163
BS 1 69 RR1GG36JQ
BS 70 70 RR1EB69JQ
BS 71 88 RR1GG36JQ
BS 89 89 RR1EB69JQ
BS 90 119 RR1GG36JQ
BS 120 718 RR1EB69JQ
BS 719 729 RR1EB69TF

RD RR1GG36JQ 123 0 0
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TTCAGTTACCCAAATTTTCAAAACACTCCCCATGTGAGGACATGTATTATTGAGACAGA
AAAA

QA 1 119 1 119
DS 

RD RR1EB69JQ 671 0 0
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GGATTTAACTTATCACATTTCAAGCTGACTGCAGTGTTATAGATACTCTGATCGAAAAAG
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CGCAACTTCTTGCCCAAAGGTCCAACCGAAAACACCTCCTCCTAAGAAGGAAAATGCAGC
ACCATGTGGACTCCTAGAGTATTTCCAGGCAAAAGCGGCAGTAGATACAGCTCCAAGTGC
AGCTCCGGCAACACCAAAAGTTGCAGCTTCTCTGGCGGTTTTAAGGGTGGGTCCATGAAC
GGGATCGGAAGCAATGAACTCCTCAACGTCGGATGAAGACCAAGAAGGAAGAGGCGCCTC
GCGTTCAGTGAACCTCGTGTAGTTCTCCAGGAACGACAACTTCTCCTCCCAGAACCCCTT
CAATCCATCCGCAAACGACCTCGAGTCTCCCATCTTTGATTGATTCTTCGCACTCTTTTT
TTTCTCTCTCC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1EB69TF 682 0 0
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TATTGAGACAGAGAAATAAACATGTTCTACGAGTGAGAACAAAATAAAAAGGTCTGAAAT
GGATTTAACTTATCACATTTCAAGCTGACTGCAGTGTTATAGATACTCTGATCGAAAAAG
GCGGCATGCGTCTTTGTTATTTTGGATTCAAGACATTCATCGAGACTTGCGCTCCCACCA
TTCCATGAACTTAACTTGAGCCGCCATTGTGTCCAGCTTATAGAGTTGCAAGGTGTGGTT
CGCAACTTCTTGCCCAAAGGTCCAACCGAAAACACCTCCTCCTAAGAAGGAAAATGCAGC
ACCATGTGGACTCCTAGAGTATTTCCAGGCAAAAGCGGCAGTAGATACAGCTCCAAGTGC
AGCTCCGGCAACACCAAAAGTTGCAGCTTCTCTGGCGGTTTTAAGGGTGGGTCCATGAAC
GGGATCGGAAGCAATGAACTCCTCAACGTCGGATGAAGACCAAGAAGGAAGAGGCGCCTC
GCGTTCAGTGAACCTCGTGTAGTTCTCCAGGAACGACAACTTCTCCTCCCAGAACCCCTT
CAATCCATCCGCAAACGACCTCGAGTCTCCCATCTTTGATTGATTCTTCGCACTCTTTTT
TTTCTCTCTCCAGATCGAAAAA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1GG36TF 567 0 0
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AAAAGGCGGCATGCGTCTTTGTTATTTTGGATTCAAGACATTCATCGAGACTTGCGCTCC
CACCATTCCATGAACTTAACTTGAGCCGCCATTGTGTCCAGCTTATAGAGTTGCAAGGTG
TGGTTCGCAACTTCTTGCCCAAAGGTCCAACCGAAAACACCTCCTCCTAAGAAGGACAAT
GCAGCACCATGTGGACTCCTAGAGTATTTCCAGGCAAAAGCGGCAGTAGATACAGCTCCA
AGTGCAGCTCCGGCAACACCAAAAGTTGCAGCTTCTCTGGCGGTTTTAAGGGTGGGTCCA
TGAACGGGATCGGAAGCAATGAACTCCTCAACGTCGGATGAAGACCAAGAAAGAAGAGGC
GCCTCGCGTTTAGTGAACCTCGTGTAGTTCTCCAGGAACGACAACTTCTCCTCCCAGAAC
CCCTTCAATCCATCCGCAAACGACCTCGAGTCTCCCATCTTTGATTGATTCTTCGCACTC
TTTTTTTTCTCTCTCCAGATCGAAAAA

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 4

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GGATCTTTAAAAACAAAAAAAAACAAATCTTCAGAAACGCTCCTTTTCTCTCTCGCGAAC
AAAAAAGAACAGACACAGTTAACCCTAGCTCCGGCCTGCCTCCGTGGTGGTGCCGGAGGC
AACTTCTTCCCTTTTCATCCTCCTTTTCTCTTTGCTATCCTCCTCCTCTTTCAACCCTAG
TTGATATGCAATCTTCTCTGAGCCGTTTCGAGTTCTCGTGAACCTGCGATTAGTTCGACG
GTGACGGTGACCGGCGTCCATTGGAGAGGTGGCGAGACCTGCGGCGTGTTTGAGGAGAGG
ATAGTCGGCTTTTAGGACTGGAGAACTCGCCAGATCTAGTTTTCATTTTTTCAGATCTAT
GGGGAGAGGTTCACGGCGGCGGCGCGTGAGTGGGTCGGACGTCTCCCATGTCTCGGTTAT
ACCTTATGGTGTGACGGTGAGACAGATGGAGAAGAAAGAA*ATGTGCGGTGAATGAAGGG
TTGTTCTCTGGTTCTCAGGGACAACATGCTCCAAGATTTATATTGATGGAGTAGTCACCC
AGAGATGTGATCTTGGCCGGTGAAGTGTGGCAGAATCATACATCCCGACACCGGTGACTG
GTTGTGTCTCGTCCCGGCGGTATGAGGTCTGCACCTTCTGTAGCTGCGACTTGGGGTATC
ACTCATGATTATCGACGTCACAGTCCGACTTTCAGTCCGGATGGCTTCTGTCCGGTTTTT
TTTGGCTATGGATCGAGACAAGGGTTGACAACGGATATGGGTCAAGTTCAGAATGCGCTG
TCTGGCGATGAAGCTGTTGGTACACGGACTGAACTCAAATCTTGTGGAGACCAATCGCTA
GTGTTTTACATCGAATCTGGCTTTTCTCATAGTCTGTTTGTTTGTACTGTTGTTTTCGTA
TCATGTGGTCTTAATAGAGGTCAAGAGACGGTTCTTCTCGGGTCGTGGGAAGAACTCGTC
TCATTGTGGTGAAAAATACACCGATGAATTAGATTGGGTAGCCTAGGATCCAAACCAGTT
TCGACTCCAGTGTTCCTAGGCGATACTAGATCTCATTGGTTGTATGTTGGGTTTAAAATC
TCTTGAGGTTGTAATCCTGTATTCACATTTGGTTAATGAAAAGTTGATGTTGAGTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BT73TF U 1
AF RR1CR77TF U 1
AF RR1CR77JQ C 351
AF RR1BT73JQ C 380
BS 1 337 RR1BT73TF
BS 338 695 RR1CR77TF
BS 696 1001 RR1CR77JQ
BS 1002 1002 RR1BT73JQ
BS 1003 1136 RR1CR77JQ

RD RR1BT73TF 337 0 0
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AAAAAAGAACAGACACAGTTAACCCTAGCTCCGGCCTGCCTCCGTGGTGGTGCCGGAGGC
AACTTCTTCCCTTTTCATCCTCCTTTTCTCTTTGCTATCCTCCTCCTCTTTCAACCCTAG
TTGATATGCAATCTTCTCTGAGCCGTTTCGAGTTCTCGTGAACCTGCGATTAGTTCGACG
GTGACGGTGACCGGCGTCCATTGGAGAGGTGGCGAGACCTGCGGCGTGTTTGAGGAGAGG
ATAGTCGGCTTTTAGGACTGGAGAACTCGCCAGATCT

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR1CR77TF 695 0 0
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AAAAAAGAACAGACACAGTTAACCCTAGCTCCGGCCTGCCTCCGTGGTGGTGCCGGAGGC
AACTTCTTCCCTTTTCATCCTCCTTTTCTCTTTGCTATCCTCCTCCTCTTTCAACCCTAG
TTGATATGCAATCTTCTCTGAGCCGTTTCGAGTTCTCGTGAACCTGCGATTAGTTCGACG
GTGACGGTGACCGGCGTCCATTGGAGAGGTGGCGAGACCTGCGGTGTGTTTGAGGAGAGG
ATAGTCGGCTTTTAGGACTGGAGAACTCGCCAGATCTAGTTTTCATTTTTTCAGATCTAT
GGGGAGAGGTTCACGGCGGCGGCGCGTGAGTGGGTCGGACGTCTCCCATGTCTCGGTTAT
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TTGTTCTCTGGTTCTCAGGGACAACATGCTCCAAGATTTATATTGATGGAGTAGTCACCC
AGAGATGTGATCTTGGCCGGTGAAGTGTGGCAGAATCATACATCCCGACACCGGTGACTG
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ACTCATGATTATCGACGTCACAGTCCGACTTTCAG

QA 1 695 1 695
DS 

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GAATGAAGGGTTGTTCTCTGGTTCTCAGGGACAACATGCTCCAAGATTTATATTGATGGA
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CCAATCGCTAGTGTTTTACATCGAATCTGGCTTTTCTCATAGTCTGTTTGTTTGTACTGT
TGTTTTCGTATCATGTGGTCTTAATAGAGGTCAAGAGACGGTTCTTCTCGGGTCGTGGGA
AGAACTCGTCTCATTGTGGTGAAAAATACACCGATGAATTAGATTGGGTAGTCTAGGATC
CAAACCAGTTTCGACTCCAGTGTTCCTAGGCGATACTAGATCTCATTGGTTGTATGTTGG
GTTTAAAATCTCTTGAGGTTGTAATCCTGTATTCACATTTGGTTAATGAAAAGTTGATGT
TGAGTT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1BT73JQ 757 0 0
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AGACAGATGGAGAAGAAATTTGATGTGCGGTGAATGAAGGGTTGTTCTCTGGTTCTCAGG
GACAACATGCTCCAAGATTTATATTGATGGAGTAGTCACCCAGAGATGTGATCTTGGCCG
GTGAAGTGTGGCAGAATCATACATCCCGACACCGGTGACTGGTTGTGTCTCGTCCCGGCG
GTATGAGGTCTGCACCTTCTGTAGCTGCGACTTGGGGTATCACTCATGATTATCGACGTC
ACAGTCCGACTTTCAGTCCGGATGGCTTCTGTCCGGTTTTTTT*GGCTATGGATCGAGAC
AAGGGTTGACAACGGATATGGGTCAAGTTCAGAATGCGCTGTCTGGCGATGAAGCTGTTG
GTACACGGACTGAACTCAAATCTTGTGGAGACCAATCGCTAGTGTTTTACATCGAATCTG
GCTTTTCTCATAGTCTGTTTGTTTGTACTGTTGTTTTCGTATCATGTGGTCTTAATAGAG
GTCAAGAGACGGTTCTTCTCGGGTCGTGGGAAGAACTCGTCTCATTGTGGTGAAAAATAC
ACCGATGAATTAGATTGGGTAGCCTAGGATCCAAACCGGTTTCGACTCCAGTGTTCCTAG
GCGATACTAGATCTCATTGGTTGTATGTTGGGTTTAAAATCTCTTGAGGTTGTAATCCTG
TATTCACATTTGGTTAATGAAAAGTTGATGTTGAGTT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 4

CO CL3134Contig1 1070 4 2 U
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ACACAAACTTGACTTGAGTGAGTGCCGCTCTTTCATCGTGAGAGGAAGATGGAAGGAGGA
GGAGGTGCCCACTACAACCCTCGAACCGTCGAAGAAGTCTTCCGAGATTTCAAGGGCCGT
CGTGCTGGCATCCTCCGTGCTCTCACCACCGATGTGAAAGAGTTTTTCCAGCAATGCAAT
CCTGAGAAGGACAACCTTTGCTTGTATGGATTCCCGAATCAAGTGTGGGAAGTTAACTTA
CCAGCTGAAGAAGTGCCTCCTGAGCTCCCTGAGCCTGCTCTCGGCATCAACTTTGCTAGG
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TTGTTCAACATGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGAAGTTGTAACTGGAAGTGCTAAA
AAACAAACAGAGGAGCAGCCTTCTTCAGTAACTAAAAATGGCAACAGATCCAAGTCTAAT
TCAAAAGTGAAGTCTCTAGGTTTGAGGTAACAAAGACTGAGTGCTGTCTTGAGCTCTACT
CACTAGACTACTAAAGAGATTTAGATGTCAAAAGCTCAAGGAAGATACAGGTTAGTGAAG
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CCCTGTGTGGAGCTTGTGGAGATAACTATGCTTCTGATTTCTGGATTTGCTGCGACATGT
GCGAGAAATGGTTCCATGGGAAGTGTGTGAAAATCACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATCA
AGCAATACAAGTGCCCTTCTTGCAGCAACAAAAGATCTCGACCCTAAAATGTTTTATTCC
ATTTGCCTTGGCTATCTATCAATCTATCCATCCCCCCAAATTGTACAATGCACTTCGAAA
TCTGTTTGTTGTTCAGACCGTTAGTTTGAAGCATGTCCAGATTTATAATT


BQ
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AF RR1AW41TF U 1
AF RR1EQ51TF U 1
AF RR1AW41JQ C 324
AF RR1EQ51JQ C 339
BS 1 702 RR1AW41TF
BS 703 1070 RR1AW41JQ

RD RR1AW41TF 706 0 0
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CACTAGACTACTAAAGAGATTTAGATGTCAAAAGCTCAAGGA
AGAT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1EQ51TF 719 0 0
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CGTGCTGGCATCCTCCGTGCTCTCACCACCGATGTGAAAGAGTTTTTCCAGCAATGCAAT
CCTGAGAAGGACAACCTTTGCTTGTATGGATTCCCGAATCAAGTGTGGGAAGTTAACTTA
CCAGCTGAAGAAGTGCCTCCTGAGCTCCCTGAGCCTGCTCTCGGCATCAACTTTGCTAGG
GACGGAATGCAGGAAAAAGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTGTCCACAGTGATGCCTGGTTG
CTTTCTGTCTCCTTTTACTTCGGTTCAAGATTTGGTATTGATAAAGCTGACAGGAAACGC
TTGTTCAACATGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGAAGTTGTAACTGGAAGTGCTAAA
AAACAAACAGAGGAGCAGCCTTCTTCAGTAACTAAAAATGGCAACAGATCCAAGTCTAAT
TCAAAAGTGAAGTCTCTAGGTTTGAGGTAACAAAGACTGAGTGCTGTCTTGAGCTCTACT
CACTAGACTACTAAAGAGATTTAGATGTCAAA*GCTCAAGGA
GATACAGTTAGTGAGAG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1AW41JQ 747 0 0
GCTCCCTGAGCCTGCTCTCGGCATCAACTTTGCTAGGGACGGAATGCAGGAAAAAGAATG
GCTTTCTCTTGTTGCTGTCCACAGTGATGCCTGGTTGCTTTCTGTCTCCTTTTACTTCGG
TTCAAGATTTGGTATTGATAAAGCTGACAGGAAACGCTTGTTCAACATGATAAACGAGGT
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TTCAGTAACTAAAAATGGCAACAGATCCAAGTCTAATTCAAAAGTGAAGTCTCTAGGTTT
GAGGTAACAAAGACTGAGTGCTGTCTTGAGCTCTACTCACTAGACTACTAAAGAGATTTA
GATGTCAAAAGCTCAAGGAAGATACAGGTTAGTGAAGAGGATGAAGGAGCAGAGGAGGAA
GGAGTAGAGGAAGAGGATGAAGAAGAACACGGTGAAACCCTGTGTGGAGCTTGTGGAGAT
AACTATGCTTCTGATTTCTGGATTTGCTGCGACATGTGCGAGAAATGGTTCCATGGGAAG
TGTGTGAAAATCACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATCAAGCAATACAAGTGCCCTTCTTGC
AGCAACAAAAGATCTCGACCCTAAAATGTTTTATTCCATTTGCCTTGGCTATCTATCAAT
CTATCCATCCCCCCAAATTGTACAATGCACTTCGAAATCTGTTTGTTGTTCAGACCGTTA
GTTTGAAGCATGTCCAGATTTATAATT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1EQ51JQ 732 0 0
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TGATAAAGCTGACAGGAAACGCTTGTTCAACATGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGA
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AGGAAGATACAGGTTAGTGAAGAGGATGAAGGAGCAGAGGAGGAAGGAGTAGAGGAAGAG
GATGAAGAAGAACACGGTGAAACCCTGTGTGGAGCTTGTGGAGATAACTATGCTTTTGAT
TTCTGGATTTGCTGCGACATGTGCGAGAAATGGTTCCATGGGAAGTGTGTGAAAATCACT
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CGACCCTAAAATGTTTTATTCCATTTGCCTTGGCTATCTATCAATCTATCCATCCCCCCA
AATTGTACAATGCACTTCGAAATCTGTTTGTTGTTCAGACCGTTAGTTTGAAGCATGTCC
AGATTTATAATT

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DS 



AS 1 4

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TCACACTGGTGGAACACGAGATTCTTTAGTTTGTTATTCATCTTCGTCTTCCTCTTCCTT
CCTTTAGTCTTATGCAGACGCGTAGATAGATTGGCTTTAAGCTCTGCGATCTCGTTTCTA
CTTGTGCTACTCTTTGTTATCATAAGCTCTGTGCTGGCAATCGTCGCACTCGTGCAAGGA
AAAACAAAGAGTCCAAGACTCTTCCCTGATCTCAGCAATGGAGGACAGTCTTTCTTCAAC
CTCTTCACTGCCTCCCCTGTTATCGTGACAGCCTTCACGTTTCATTTCAACCTCCATCCG
GTCGGATTCGAACTCAAGGATCCATTACAAGTGCTTTCAGCGACAAGGGTCTCAGTGATT
CTATGCGCGACCATCTACTCAGCGACTGGTCTCTTCTGCTACCTTCTCTTCGGGGACTCC
ACGATGACGGATGTTCTCATGAACTTTGATGAAAGCTCTGGTTCTTCGATAGGTTCGCTG
CTTAACGATGTCGTTAGAGCAAGCTACGCGATTCACCTCATGCTTGTGTTCCCTCTGCTC
AACTTCTCTTTGAGAGCCAACCTCGACGAGCTCTTGTTCCCTCTGAAGATTTCTTTGGTG
AACGACAACAAGAGATTCTTCGGACTCACTTTCCCGTTGCTCGTTTCTTGTTTCTTGGCT
GCTATTGCTATACCGGACATTTGGTACTTCTTTCAGTTCTTGGGATCGACTTCTACTGTC
TCTATAGCATTCATCTTCCCAGCTGCAATTGTCTTAAGGAATGTGAATGGAATGTCTACG
TTAAGAGAGAAGATTGATGCTTCGGTGATGTTTGTTCTTGCTGTTGCCACAAGTATCATT
GCCATTTCGACAAACATATACAGCTTCACGCAAACAGAAGAAGCATGAAAAAATTTAAGC
AGTCCCGTCCTCTTCAAGAATCTGTAAAGATGGTAGGAGCTTCAAGATTGCATTGTATTT
TTTTCATATCAATGTAAAATAGGGTTGGGAATGAGTGGTATGATAGCAATTTCAGGAATT
GGTATGTTTGTATTGGGGGACAAAGATTGAATCAAACAAACAAGAAGATTAAGATATTAT
TTCTTTGCTTATTTGCTATATAGAAGGGACGGAAGAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CTGGGATCGACTCTACTGT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1DH69TF 646 0 0
G
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CTGCTTAACGATGTCGTTAGAGCAAGCTACGCGATTCACCTCATGCTTGTGTTCCCTCTG
CTCAACTTCTCTTTGAGAGCCAACCTCGACGAGCTCTTGTTCCCTCTGAAGATTTCTTTG
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GCTGCTATTGCTATACCGGACATTTGGTACTTCTTTCAGTTCTTGGGATCGACTTCTACT
GTCTCTATAGCATTCATCTTCCCAGCTGCAATTGTCTTAAGGAATGTGAATGGAATGTCT
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QA 2 646 2 646
DS 

RD RR1G950TF 617 0 0
G
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CTTCGGACTCACTTTCCCGTTGCTCGTTTCTTGTTTCTTGGCTGCTATTGCTATACCGGA
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CCCAGCTGCAATTGTCTTAAGGAATGTGAATGGAATGTCTACGTTAAGAGAGAAGATTGT
TGCTTCGGTGATGTTTGTTCTTGCTGTTGCCACAAGTATCATTGCCATTTCGACAAACAT
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GGACAAAGATTGAATC

QA 2 617 2 617
DS 

RD RR1DH69JQ 203 0 0
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GGGGGACAAAGATTGAATCAAACAAACAAGAAGATTAAGATATTATTTCTTTGCTTATTT
GCTATATAGAAGGGACGGAAGAA

QA 1 203 1 203
DS 



AS 1 4

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ACGCTGGAATTATTTCTGGATTTACATTGGTATCTTCCTACCTTAAGAAGGCTGAATCGA
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TCCATGGATGCTTTCCATTTTTCGATATCGAGGCGGTTGAGCTTGATCCTGTAATGCTTA
ACGTTGGCAAGGATCACTTTGGTTTCACACAAGATGATCGCTTGAAGGTGAGTATTGCTG
ATGGGATCAAATACATTAGAGACATAACAAACTCTGAATCTTCTTCCGAGAATACGTCGG
ATGCTGTCTCTGAAACACAGTCGACTAGTTCCAATAATGCAGAAGGCGGCGGCACTTGTC
CTGACATCTTGATTATAGATGTGGATTCAGCAGATTCAAGCGGTGGATTAACCTGTCCTG
CATCTGAGTTTATCGAGGAGACATTTCTTCTCTCGGTCAAGCGTGCTCTCCCTCAGCACG
GTCTTTTCGTTGTGAACTTGGTCTCCAGGTCACAATCTGTCAAAGATATGGTCGTATCAA
GAATGAAAAAGGTTTTCGATCACTTGTTCGGCCTGCAACTAGAAGAGGAAGATGACGTAA
ACGTGGTGCTCTTTGGGCTCTGCTCTGAATCTGTAATTGGAGAGTGTGATATTCCAGAAT
CTGCAGTTATATTGGAGGGACTGCTCAAGTGCCAGAGATTGGAAACAAAGCAAAGCATCG
TCGACTCTACAAACAAGTTTAAATGCTGGAAATGAATCATCAACAAGTCTTCTAGCTATT
TTATAAAGGATTGTTCCATGTTCTAAAGTGCGACATTTTATAAGTTGTGCTTGTATTTTT
TTGAGATTACTGAAAATTACACTTCTGTTTTCTTCCTTGCGTAAGTGGAAAACGAAGCGT
GTGGTTTTTGTTTTACATAAGCTTCACTTTATTGTTAAACCAGCATATTGAGAGGCATTC
AATTTGGATGAGATAGTGATGTTCGAATC


BQ
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10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP96TF U 1
AF RR1H089JQ C 834
AF RR1H089TF U 834
AF RR1DP96JQ C 425
BS 1 730 RR1DP96TF
BS 731 834 RR1DP96JQ
BS 835 1092 RR1H089TF
BS 1093 1169 RR1DP96JQ

RD RR1DP96TF 730 0 0
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ATCAATTTCAGACAGAGAAAACTATAAATGCTTCTCAATCAAAACGAAAGGGAAAACGAA
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ACGCTGGAATTATTTCTGGATTTACATTGGTATCTTCCTACCTTAAGAAGGCTGAATCGA
GTGGAAAGATGGTTAAGACTGTTATAATTGGTCTTGGAGCTGGATTACTTCCCATGTTCC
TCCATGGATGCTTTCCATTTTTCGATATCGAGGCGGTTGAGCTTGATCCTGTAATGCTTA
ACGTTGGCAAGGATCACTTTGGTTTCACACAAGATGATCGCTTGAAGGTGAGTATTGCTG
ATGGGATCAAATACATTAGAGACATAACAAACTCTGAATCTTCTTCCGAGAATACGTCGG
ATGCTGTCTCTGAAACACAGTCGACTAGTTCCAATAATGCAGAAGGCGGCGGCACTTGTC
CTGACATCTTGATTATAGATGTGGATTCAGCAGATTCAAGCGGTGGATTAACCTGTCCTG
CATCTGAGTTTATCGAGGAGACATTTCTTCTCTCGGTCAAGCGTGCTCTCCCTCAGCACG
GTCTTTTCGTTGTGAACTTGGTCTCCAGGTCACAATCTGTCAAAGATATGGTCGTATCAA
GAATGAAAAA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1H089JQ 259 0 0
G
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GCTATTTTATAAAGGATTGTTCCATGTTTTAAAGTGCGACATTTTATAAGTTGTGCTTGT
ATTTTTTTGAGATTACTGAAAATTACACTTCTGTTTTCTTCCTTGCGTAAGTGGAAAACG
AAGCGTGTGGTTTTTGTT

QA 2 259 2 259
DS 

RD RR1H089TF 259 0 0
G
CAGAATCTGCAGTTATATTGGAGGGACTGCTCAAGTGCCAGAGATTGGAAACAAAGCAAA
GCATCGTCGACTCTACAAACAAGTTTAAATGCTGGAAATGAATCATCAACAAGTCTTCTA
GCTATTTTATAAAGGATTGTTCCATGTTCTAAAGTGCGACATTTTATAAGTTGTGCTTGT
ATTTTTTTGAGATTACTGAAAATTACACTTCTGTTTTCTTCCTTGCGTAAGTGGAAAACG
AAGCGTGTGGTTTTTGTT

QA 2 259 2 259
DS 

RD RR1DP96JQ 745 0 0
GATCAAATACATTAGAGACATAACAAACTCTGAATCTTCTTCCGAGAATACGTCGGATGC
TGTCTCTGAAACACAGTCGACTAGTTCCAATAATGCAGAAGGCGGCGGCACTTGTCCTGA
CATCTTGATTATAGATGTGGATTCAGCAGATTCAAGCGGTGGATTAACCTGTCCTGCATC
TGAGTTTATCGAGGAGACATTTCTTCTCTCGGTCAAGCGTGCTCTCCCTCAGCACGGTCT
TTTCGTTGTGAACTTGGTCTCCAGGTCACAATCTGTCAAAGATATGGTCGTATCAAGAAT
GAAAAAGGTTTTCGATCACTTGTTCGGCCTGCAACTAGAAGAGGAAGATGACGTAAACGT
GGTGCTCTTTGGGCTCTGCTCTGAATCTGTAATTGGAGAGTGTGATATTCCAGAATCTGC
AGTTATATTGGAGGGACTGCTCAAGTGCCAGAGATTGGAAACAAAGCAAAGCATCGCCGA
CTCTACAAACAAGTTGAAATGCTGGAAATGAATCATCAACAAGTCTTCTAGCTATTTTAT
AAAGGATTGTTCCATGTTCTAAAGTGCGACATGTTATAAGTTGTGCTTGTATTTTTTTGA
GATTACTGAAAATTATGCTTCTGTTTTCTTCCTTGCGTAAGTGGAAAACGAAGCGTGTGG
TTTTTGTTTTACATAAGCTTCACTTTATTGTTAAACCAGCATATTGAGAGGCATTCAATT
TGGATGAGATAGTGATGTTCGAATC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 3

CO CL3137Contig1 756 3 12 U
GGGCTCAAGCAGTTCTATAAAAACCTCGTGGTTTGGTTAACAACCTCCATAAACCCTAAT
TACTTCCGCCACTCTTTTTTACTTCGTTGCTAGCTAAAAAGATGGGAAGCGACACCGAAG
CAGAGAAGTCGATTCAAAAGGAGAATAAGAAGAAGGTTATCTCTCTTGCCCCTATCGCTA
AACCTCTCGCCGGCAAAAAGCTCCAGAAGAGAACATTTAAACTCATTCAAAAGGCTGCTG
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AAGGATTATGTGTTATAGCTGGAAACATATCTCCCATTGATGTGATTACCCATCTTCCAG
TCTTGTGTGAAGAAGCTGGTGTTCCATACGTCTACGTTCCATCTAAAGAAGATCTCGCGC
AC*CCGGGGCAACAAAACGACCCACTTGTTGTGTCTTGGTCATGCTTAAACCGGCCAAAG
GTGAACTAAGCGCGGAAGATCTTAAACAGCTGAAGACAGACTACGAACAAGTCTCTGACG
ATGTTAAAGAGCTTTCAACTTCAGTAATCTGATTAGGCACTAGAATCAAAGAAAACACAT
GTTGTGCCTTATTAGTGGCTAATTTGGTATTGAATATGATGTGAGAGAGATTAAGGCCCC
CTTATAACGATTTTTCAGTTTTGTAGTGATTGTAATTTAGGATCATAAAACAATGTTTCT
TTTTATCAGTGATATTTGATTGATGGTCTATAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1F487TF U 1
AF RR1BW18TF U 75
AF RR1AN04TF U 81
BS 1 232 RR1F487TF
BS 233 233 RR1BW18TF
BS 234 284 RR1F487TF
BS 285 285 RR1BW18TF
BS 286 421 RR1F487TF
BS 422 423 RR1BW18TF
BS 424 641 RR1F487TF
BS 642 642 RR1BW18TF
BS 643 655 RR1F487TF
BS 656 700 RR1BW18TF
BS 701 701 RR1AN04TF
BS 702 756 RR1BW18TF

RD RR1F487TF 655 0 0
GGGCTCAAGCAGTTCTATAAAAACCTCGTGGTTTGGTTAACAACCTCCATAAACCCTAAT
TACTTCCGCCACTCTTTTTTACTTCGTTGCTAGCTAAAAAGATGGGAAGCGACACCGAAG
CAGAGAAGTCGATTCAAAAGGAGAATAAGAAGAAGGTTATCTCTCTTGCCCCTATCGCTA
AACCTCTCGCCGGCAAAAAGCTCCAGAAGAGAACATTTAAACTCATTCAAAAAGCTGCTG
GAAACAAATGCTTGAAGAGAGGCGTGAAGGAAGTTGTCAAGAGCATAAGACGTGGCCAGA
AAGGATTATGTGTTATAGCTGGAAACATATCTCCCATTGATGTGATTACCCATCTTCCAG
TCTTGTGTGAAGAAGCTGGTGTTCCATACGTCTACGTTCCATCTAAAGAAGATCTCGCGC
AAGCCGGGGCAACAAAACGACCCACTTGTTGTGTCTTGGTCATGCTTAAACCGGCCAAAG
GTGAACTAAGCGCGGAAGATCTTAAACAGCTGAAGACAGACTACGAACAAGTCTCTGACG
ATGTTAAAGAGCTTTCAACTTCAGTAATCTGATTAGGCACTAGAATCAAAGAAAACACAT
GTTGTGCCTTATTAGTGGCTAATTTGGTATTGAATATGATGAGAGAGAGATTAAG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1BW18TF 682 0 0
TTTTTT
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GAGAATAAGAAGAAGGTTATCTCTCTTGCCCCTATCGCTAAACCTCTCGCCGGCAAAAAG
CTCCAGAAGAGAACATTTAAACTCATTCAAAAGGCTGCTGGAAACAAATGCTTGAAGAGA
GGCGTGAAGGAAGTTGTCAAGAGCGTAAGACGTGGCCAGAAAGGATTATGTGTTATAGCT
GGAAACATATCTCCCATTGATGTGATTACCCATCTTCCAGTCTTGTGTGAAGAAGCTGGT
GTTCCATACGTCTACGTTCCATCTAAAGAAGATCTCGCGCAC*CCGGGGCAACAAAACGA
CCCACTTGTTGTGTCTTGGTCATGCTTAAACCGGCCAAAGGTGAACTAAGCGCGGAAGAT
CTTAAACAGCTGAAGACAGACTACGAACAAGTCTCTGACGATGTTAAAGAGCTTTCAACT
TCAGTAATCTGATTAGGCACTAGAATCAAAGAAAACACATGTTGTGCCTTATTAGTGGCT
AATTTGGTATTGAATATGATGTGAGAGAGATTAAGGCCCCCTTATAACGATTTTTCAGTT
TTGTAGTGATTGTAATTTAG*ATCATAAAACAATGTTTCTTTTTATCAGTGATATTTGAT
TGATGGTCTATAGCTT

QA 7 682 7 682
DS 

RD RR1AN04TF 674 0 0
ACTTCGTTGCTAGCTAAAAAGATGGGAAGCGACACCGAAGCAGAGAAGTCGATTCAAAAG
GAGAATAAGAAGAAGGTTATCTCTCTTGCCCCTATCGCTAAACCTCTCGCCGGCAAAAAG
CTCCAGAAGAGAACATTTAAACTCATTCAAAAGGCTGCTGGAAACAAATGCTTGAAGAGA
GGCGTGAAGGAAGTTGTCAAGAGCGTAAGACGTGGCCAGAAAGGATTATGTGTTATAGCT
GGAAACATATCTCCCATTGATGTGATTACCCATCTTCCAGTCTTGTGTGAAGAAGCTGGT
GTTCCATACGTCTACGTTCCATCTAAAGAAGATCTCGCGCAC*CCGGGGCAACAAAACGA
CCCACTTGTTGTGTCTTGGTCATGCTTAAACCGGCCAAAGGTGAACTAAGCGCGGAAGAT
CTTAAACAGCTGAAGACAGACTACGAACAAGTCTCTGACGATGTTAAAGAGCTTTCAACT
TCAGTAATCTGATTAGGCACTAGAATCAAAGAAAACACATGTTGTGCCTTATTAGTGGCT
AATTTGGTATTGAATATGATGTGAGAGAGATTAAGGCCCCCTTATAACGATTTTTCAGTT
TTGTAGTGATTGTAATTTAGGATCATAAAACAATGTTTCTTTTTATCAGTGATATTTGAT
TGATGGTCTATAGC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 4

CO CL3138Contig1 975 4 5 U
TCAAAGACGACCTGAAAACGCTAATTTTATTGCAGCAATCTCTGTTTATTATCTTGCTTT
GGTTGTTGTTCTGTCTAGGAATGTTATTAGCTAAGCTGTATTGTAGATGCCCTTTCTCGA
TGTTTTTGGATCTATTACTTGTTAGCGAAAGTGATGATATGAAATTGTCGCCCCAGTCTT
ATTTGCATTCATTGCAACATGGTGATTGACTATTTTCGTCTGATTCTCTCTCAATTTTTT
CTTTAAAAAAGGATTGGAAGTGAAGAAAAGGCATATAATTGTTTTGTGACATCCAGTCTG
ATCTGCTTCTGCAGAATTGAGTGATTTGCCATATCCTCTGATCCTCTTTTAATTATAAAT
ATGACTTGTGTTTTTATTATTGCAAAGTGTGGGGAATGAGGATGTTTATTAAACCATACG
TCTGCAAATCTGAACTACAGTGTAGATTCATAGACATGCACTACCATCTGACCTCATGTT
TTCTAACTATTTTTTGCTTCTATTTTTCTTAAACCTGTCTTATAATTTGGTTTGCTGCAA
TCGATGATGAATAAAATCGTCCATATTTAATGATAATCCCATGATTATTAAACACTAGAT
CACCATCTTTCGGCTGAGGTTGCAGTTTACTCTTCATATGTTTTTTCCTTTTAAGAAATT
TTCAATGGTATTTGATTTACACTGTTAGGTTAGCGTTTCTCTTGTCGTAGTTTGCAGGTT
GCTTTTCATATATTTTATATTTTTGTTCTTTTGCAGGTTATTTACATCTGAGACGGCAAT
ATGTTTTTGATTTCATTTTTCGAGGATGGATTATAACCAAGAAATGTCTTTGTGACTATA
TTCTGTTGTTTCATCAACGTGTTTGTGATTGTAAATTTAAATTCTCTTAGTTTATATCGT
GAGAGAGATGGCCGTCTGCTTTATTTTTATGTGATTGCAAGTTATAACCTTTAATCAGAA
ATAACATTTGATCAG


BQ
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AF RR1FA87TF U 153
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BS 625 860 RR1FT35JQ
BS 861 998 RR1FA87JQ

RD RR1FT35TF 536 0 0
GGATCCAAAAATCAATATCCAACACCAACAACAATAAGAACTCAAGAACAATCTCCTCAT
CGCTTGATAAATACCAAATTGTCCAATCAACCTACGTAACCTCTGATCAATACCCAACAA
CATTACAATGGTGAAACAAGAACTCAAGATCAAGAAGGAAATGTCTTTGTCTTCACCATC
TCAGTCTTCACCTTCTTCGTCTTCTCCTAAGATCAAGAAGAATAAGATTAAGAAGTACAA
AGGAGTGAGGATGAGAAGTTGGGGATCATGGGTGTCTGAGATTAGGGCACCAAATAAAAA
AACAAGGATTTGGTTGGGTTCTTACTCAACAGCTGAAGCAGCAGCTAGGGCTTATGATGT
TGCACTCTTGTGTCTCAAAGGCCCTCAAGCCAATCTCAACTTCCCTAGTTCTGCTTCTTC
TCATCATCTATTAGATGAAATGACCATTTTGTCCCCTAAATCCATCCAAAAAATTGCCGC
TCAAGCTGCAAACAATTCATCTGATCTTTTTGCCCTTTCTTCATCAGCAGCCTCGT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1FA87TF 472 0 0
AGGG
GGAAATGTCTTTGTCTTCACCATCTCAGTCTTCACCTTCTTCGTCTTCTCCTAAGATCAA
GAAGAATAAGATTAAGAAGTACAAAGGAGTGAGGATGAGAAGTTGGGGATCATGGGTGTC
TGAGATTAGGGCACCAAATAAAAAAACAAGGATTTGGTTGGGTTCCTACTCAACAGCTGA
AGCAGCAGCTAGGGCTTATGATGTTGCACTCTTGTGTCTCAAAGGCCCTCAAGCCAATCT
CAACTTCCCTAGTTCTGCTTCTTCTCATCATCTATTAGATGAAATGACCATTTTGTCCCC
TAAATCCATCCAAAAAATTGTCGCTCAAGCTGCAAACAATTCATCTGATCTTTTTGCCCT
TTCTTCATCAGCAGCCTCGTCACCGTCCGATCATGATCATCATCCTGATGATGACGGCAT
GCAATCTTTGATAGGGTCTTTCGTGGACAATCATGTGTCTTTGATGAA

QA 5 472 5 472
DS 

RD RR1FT35JQ 692 0 0
GTCTTCACCATCTCAGTCTTCACCTTCTTCGTCTTCTCCTAAGATCAAGAAGAATAAGAT
TAAGAAGTACAAAGGAGTGAGGATGAGAAGTTGGGGATCATGGGTGTCTGAGATTAGGGC
ACCAAATAAAAAAACAAGGATTTGGTTGGGTTCTTACTCAACAGCTGAAGCAGCAGCTAG
GGCTTATGATGTTGCACTCTTGTGTCTCAAAGGCCCTCAAGCCAATCTCAACTTCCCTAG
TTCTGCTTCTTCTCATCATCTATTAGATGAAATGACCATTTTGTCCCCTAAATCCATCCA
AAAAATTGCCGCTCAAGCTGCAAACAATTCATCTGATCTTTTTGCCCTTTCTTCATCAGC
AGCCTCGTCACCGTCCGATCATGATCATCATCCTGATGATGACGGCATGCAATCTTTGAT
AGGGTCTTTCGTGGACAATCATGTGTCTTTGATGAATCCATCATCATCGTGGTATGATAA
TGAACATAACGGGATGTTCTTCTTCGACGATGGAGCTCCGTTTAATTACTCTCCTCTATT
GAACTCGACGACGAATATGGTCGATGCGTACTTCTACGAAGATGCTGATATTCCACTTTG
GAGTTTCAGTTGATCCGACGGTCCAGAATACATATATACTTTACAATTTTTCTCATTTAT
AAATTCTTTTTATATATTAGTTAATATACATT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1FA87JQ 805 0 0
TCTTCGTCTTCTC*TAAGATCAAGAAGAATAAGATTAAGAAGTACAAAGGAGTGAGGATG
AGAAGTTGGGGATCATGGGTGTCTGAGATTAGGGCACCAAATAAAAAAACAAGGATTTGG
TTGGGTTCCTACTCAACAGCTGAAGCAGCAGCTAGGGCTTATGATGTTGCACTCTTGTGT
CTCAAAGGCCCTCAAGCCAATCTCAACTTCCCTAGTTCTGCTTCTTCTCATCATCTATTA
GATGAAATGACCATTTTGTCCCCTAAATCCATCCAAAAAATTGTCGCTCAAGCTGCAAAC
AATTCATCTGATCTTTTTGCCCTTTCTTCATCAGCAGCCTCGTCACCGTCCGATCATGAT
CATCATCCTGATGATGACGGCATGCAATCTTTGATAGGGTCTTTCGTGGACAATCATGTG
TCTTTGATGAATCCATCATCATCGTGGTATGATAATGAACATAACGGGATGTTCTTCTTC
GACGATGGAGCTCCGTTTAATTACTCTCCTCTATTGAACTCGACGACGAATATGGTCGAT
GCGTACTTCTACGAAGATGCTGATATTCCACTTTGGAGTTTCAGTTGATCCGACGGTCCA
GAATACATATATACTTTACAATTTTTCTCATTTATAAATTCTTTTTATATATTAGTTAAT
ATACATTTAACAAAAAGTTATATTAACTACTCGTAATTATACTTTTTTTTGAGTTAGTCG
TAATTATACTTTTCAAGCTGTTTGTTTCTTGGAGAGAATGGACGACGAATATGATAACTT
ACTGTAATAAAGTTGAAACTATTAT

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 4

CO CL3140Contig1 698 4 9 U
AATAAAAAAAAATCTTCAAAAAAAAAGTAATTCATATATATATATATAATATACATGATT
GCATACGAATATTGATTCAACTATTGCATCAATTGCTCTCAAACATACACAATTATAAGA
CTTGTGACTTTTGAGCTCAATTATTTTGAGGCATATTCTTCTTCACAATAATCACAGGAC
ACTTCACACGTTTGGCGCAATACTCGCTCACACTGCCTAGCAAAGCCCTTTTGAAGAAGC
CATAGTCATGTGTGCCCATAACTAACATATCAGCCTTAAGGTTCTGAACTGCGTTACATA
TTACTTCCTTCGCATCTCCTCTTCCAACTTTTCTCTCTATATTAAAATCGGACTCAAAAT
CTTGGTAGACGTTTCGAGATCGAACCATGACTGATTCCACAAGCTCATTTTCGTATTTCT
TCAAGGCTGCAACCGGATCTCCGGTCACTATAAACCCTGCGGCATCAATGGAAGAATAAA
CGGGAAGAGGGGGCTTGACGTAGAGGAGGATGAGGGTATTATTGGAACCATATGGAAAAA
GATTGTCAAGACTCCATGAAAGAGCTTCCATGCTCTCTTCGCTCTCGTCCACTGCTACTA
CGATCTTTCTCTCCTTTATTTCTTCCATTTCTTTACTAAAATTCTTTTGTTTGCTTAAAA
TAGTAGAAGAGAAAATATCTAATGAAGAATGTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FV74JQ U 1
AF RR1D647JQ U 22
AF RR1D647TF C 22
AF RR1A687TF C 81
BS 1 118 RR1FV74JQ
BS 119 119 RR1D647JQ
BS 120 195 RR1FV74JQ
BS 196 196 RR1D647JQ
BS 197 235 RR1FV74JQ
BS 236 236 RR1D647JQ
BS 237 411 RR1FV74JQ
BS 412 686 RR1D647JQ
BS 687 698 RR1A687TF

RD RR1FV74JQ 411 0 0
AATAAAAAAAAATCTTCAAAAAAAAAGTAATTCATATATATATATATAATATACATGATT
GCATACGAATATTGATTCAACTATTGCATCAATTGCTCTCAAACATACACAATTATAAAA
CTTGTGACTTTTGAGCTCAATTATTTTGAGGCATATTCTTCTTCACAATAATCACAGGAC
ACTTCACACGTTTGGGGCAATACTCGCTCACACTGCCTAGCAAAGCCCTTTTGAAAAAGC
CATAGTCATGTGTGCCCATAACTAACATATCAGCCTTAAGGTTCTGAACTGCGTTACATA
TTACTTCCTTCGCATCTCCTCTTCCAACTTTTCTCTCTATATTAAAATCGGACTCAAAAT
CTTGGTAGACGTTTCGAGATCGAACCATGACTGATTCCACAAGCTCATTTT

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR1D647JQ 668 0 0
G
AAAAGTAATTCATATATATATATATAATATACATGATTGCATACGAATATTGATTCAACT
ATTGCATCAATTGCTCTCAAACATACACAATTATAAGACTTGTGACTTTTGAGCTCAATT
ATTTTGAGGCATATTCTTCTTCACAATAATCACAGGACACTTCACACGTTTGGCGCAATA
CTCGCTCACACTGCCTAGCAAAGCCCTTTTGAAGAAGCCATAGTCATGTGTGCCCATAAC
TAACATATCAGCCTTAAGGTTCTGAACTGCGTTACATATTACTTCCTTCGCATCTCCTCT
TCCAACTTTTCTCTCTATATTAAAATCGGACTCAAAATCTTGGTAGACGTTTCGAGATCG
AACCATGACTGATTCCACAAGCTCATTTTCGTATTTCTTCAAGGCTGCAACCGGATCTCC
GGTCACTATAAACCCTGCGGCATCAATGGAAGAATAAACGGGAAGAGGGGGCTTGACGTA
GAGGAGGATGAGGGTATTATTGGAACCATATGGAAAAAGATTGTCAAGACTCCATGAAAG
AGCTTCCATGCTCTCTTCGCTCTCGTCCACTGCTACTACGATCTTTCTCTCCTTTATTTC
TTCCATTTCTTTACTAAAATTCTTTTGTTTGCTTAAAATAGTAGAAGAGAAAATATCTAA
TGAA
AAA

QA 2 665 2 665
DS 

RD RR1D647TF 668 0 0
G
AAAAGTAATTCATATATATATATATAATATACATGATTGCATACGAATATTGATTCAACT
ATTGCATCAATTGCTCTCAAACATACACAATTATAAGACTTGTGACTTTTGAGCTCAATT
ATTTTGAGGCATATTCTTCTTCACAATAATCACAGGACACTTCACACGTTTGGCGCAATA
CTCGCTCACACTGCCTAGCAAAGCCCTTTTGAAGAAGCCATAGTCATGTGTGCCCATAAC
TAACATATCAGCCTTAAGGTTCTGAACTGCGTTACATATTACTTCCTTCGCATCTCCTCT
TCCAACTTTTCTCTCTATATTAAAATCGGACTCAAAATCTTGGTAGACGTTTCGAGATCG
AACCATGACTGATTCCACAAGCTCATTTTCGTATTTCTTCAAGGCTGCAACCGGATCTCC
GGTCACTATAAACCCTGCGGCATCAATGGAAGAATAAACGGGAAGAGGGGGCTTGACGTA
GAGGAGGATGAGGGTATTATTGGAACCATATGGAAAAAGATTGTCAAGACTCCATGAAAG
AGCTTCCATGCTCTCTTCGCTCTCGTCCACTGCTACTACGATCTTTCTCTCCTTTATTTC
TTCCATTTCTTTACTAAAATTCTTTTGTTTGCTTAAAATAGTAGAAGAGAAAATATCTAA
TGAA
AAA

QA 2 665 2 665
DS 

RD RR1A687TF 618 0 0
CTATTGCATCAATTGCTCTCAAACATACACAATTATAAGACTTGTGACTTTTGAGCTCAA
TTATTTTGAGGCATATTCTTCTTCACAATAATCACAGGACACTTCACACGTTTGGCGCAA
TACTCGCTCACACTGCCTAGCAAAGCCCTCTTGAAGAAGCCATAGTCATGTGTGCCCATA
ACTAACATATCAGCCTTAAGGTTCTGAACTGCGTCACATATTACTTCCTTCGCATCTCCT
CTTCCAACTTTTCTCTCTATATTAAAATCGGACTCAAAATCTTGGTAGACGTTTCGAGAT
CGAACCATGACTGATTCCACAAGCTCATTTTCGTATTCCTTCAAGGCTGCAACCGGATCT
CCGGTCACTATAAACCCTGCGGCATCAATGGAAGAATGAACGGGAAGAGGGGGCTTGACG
TAGAGGAGGATGAGGGTATTATTGGAACCATATGGAAAAAGATTGTCAAGACTCCATGAA
AGAGCTTCCATGCTCTCTTCGCTCTCGTCCACTGCTACTACGATCTTTCTCTCCTTTATT
TCTTCCATTTCTTTACTAAAATTCTTTTGTTTGCTTAAAATAGTAGAAGAGAAAATATCT
AATGAAGAATGTTTTTCC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 4

CO CL3141Contig1 539 4 10 U
GGAGTGAGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAACAAATGCTCTGAAGTCATCATATCCG
CAGCCATCTATATGGGCGGGTGTTTAACTGTAGTTTTGTCTTTTTGGTTATGTGATAAAA
GCCGACACGCTGAGAAATATGTGAGAAGAGGCCGTTTGGATTGGCCTGATAGGGCAACCT
CAAGAGACAGCCTGAAAGCAGTATTGAAGCTTCCTCGGCTTCAGAATCTGATAATGCAAC
ATGTGGACCATTCGGCGGGAGAGTTGATAAACATGGTGCAAGGGCTACTTAGGTATGATC
CGGCGGAAAGACTAACCGCTCGTGAAGCACTGAGACATCCTTTTTTCACAAGGAGAAGAT
GACGTGACCTTGAA*TTTGACGGATGTATATAGTGAGATGTGTGTTTGTAGTAGTAACAA
CTAGTAAAACCTTTACGAAATTGTGTTACGTGATAACCCTCTACGAATTCTGATATCTAT
TTTGTTAAAACAAATGCTTTGAATCACTCTTTTTTGAAGTGAAGATCGATTATTTGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP83JQ C 1
AF RR1DL71JQ C 260
AF RR1C912TF U 261
AF RR1DL71TF U 260
BS 1 260 RR1FP83JQ
BS 261 346 RR1C912TF
BS 347 347 RR1DL71TF
BS 348 374 RR1C912TF
BS 375 375 RR1DL71TF
BS 376 417 RR1C912TF
BS 418 418 RR1DL71TF
BS 419 483 RR1C912TF
BS 484 527 RR1DL71TF
BS 528 539 RR1FP83JQ

RD RR1FP83JQ 539 0 0
GGAGTGAGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAACAAATGCTCTGAAGTCATCATATCCG
CAGCCATCTATATGGGCGGGTGTTTAACTGTAGTTTTGTCTTTTTGGTTATGTGATAAAA
GCCGACACGCTGAGAAATATGTGAGAAGAGGCCGTTTGGATTGGCCTGATAGGGCAACCT
CAAGAGACAGCCTGAAAGCAGTATTGAAGCTTCCTCGGCTTCAGAATCTGATAATGCAAC
ATGTGGACCATTCGGCGGGAGAGTTGATAAACATGGTGCAAGGGCTACTTAGGTATGATC
CGGCGGAAAGACTAACCGCTCGTGAAGCACTGAGACATCCTTTTTTCACAAGGAGAAGAT
GACGTGACCTTGAA*TTTGACGGATGTATATAGTGAGATGTGTGTCTGTAGTAGTAACAA
CTAGTAAAACCTTTACGAAATTGTGTTACGTGATAACCCTCTACGAATTCTGATATCTAT
TTTGTTAAAACAAATGCTTTGAATCACTCTTTTTTGAAGTGAAGATCGATTATTTGTCT

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR1DL71JQ 268 0 0
G
GAGTTGATAAACATGGTGCAAGGGCTACTTAGGTATGATCCGGCGGAAAGACTAACCGCT
CGTGAAGCACTGAGACATCCTTTTTTCACAAGGAGAAGATGACGTGACCTTGAA*TTTGA
CGGATGTATATAGTGAGATGTGTGTTTGTAGTAGTAACAACTAGTAAAACCTTTACGAAA
TTGTGTTACGTGATAACCCTCTACGAATTCTGATGTCTATTTTGTTAAAACAAATGCTTT
GAATCACTCTTTTTTGAAGTGAAGATC

QA 2 268 2 268
DS 

RD RR1C912TF 225 0 0
GAGTTGATAAACATGGTGCAAGGGCTACTTAGGTATGATCCGGCGGAAAGACTAACCGCT
CGTGAAGCACTGAGACATCCTTTTTTTACAAGGAGAAGATGACGTGACCTTGAAATTTGA
CGGATGTATATAGTGAGATGTGTGTTTGTAGTAGTAATAACTAGTAAAACCTTTACGAAA
TTGTGTTACGTGATAACCCTCTACGAATTCTGATATCTATTTT
AT

QA 1 223 1 223
DS 

RD RR1DL71TF 268 0 0
G
GAGTTGATAAACATGGTGCAAGGGCTACTTAGGTATGATCCGGCGGAAAGACTAACCGCT
CGTGAAGCACTGAGACATCCTTTTTTCACAAGGAGAAGATGACGTGACCTTGAA*TTTGA
CGGATGTATATAGTGAGATGTGTGTTTGTAGTAGTAACAACTAGTAAAACCTTTACGAAA
TTGTGTTACGTGATAACCCTCTACGAATTCTGATGTCTATTTTGTTAAAACAAATGCTTT
GAATCACTCTTTTTTGAAGTGAAGATC

QA 2 268 2 268
DS 



AS 1 4

CO CL3142Contig1 753 4 7 U
CATAAAATCATCTTACTGAAAATTGAAATTGAAGTTTCCAGATTATCTGACGATGGCGCT
TCGTGCTGCTGCTACTCATCATCAAGGGACTAGCCGTATCGCGGCGACACTACGACGCGT
CGCTCGGCCATTATCAACAGACGCGGTGGTAGAGTCAGAGGATTACAAGCGTGGGGAGAT
CGGCAAGGTCTCCGGAATCCCTGAGGAGCATCTTTCTCGCAAGGTGATAATATACTCACC
AGCTAGAAGTGCTACACAGCAAGGATCTGGCAAACTCGGCAAATGGAAGATTAACTTCGT
CTCCACCTTAAAGTGGGAGAACCCGTTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGC
CAATGTTGGCGACTCTGCTCTTTCTTTTGATTCTGAGCTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCA
GCGTCACGGCTGGGATTACGTGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGAAGCCTAAGTC
TTACTCGGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAACCTCAACCACAGAACTGATCTTCTTCCAT
TTCTCGAGAAAAAAA*GGAGAAACTTCATCTGATAAATAAAAAGAAACCTCTCATGGTTT
CTTTCTTGTTTTAGCATCTCTGAGCTTGTTCTCTGAACTATGTATTATACATGTTTGGAT
TTTTTTTTTGTCTGTTTCCTTATTTTAACAATAATATGATATGATGGTAATGATAAACAC
TCTTTATGAGGTTTCGTCAAAGCTTTCTGATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D652TF U 8
AF RR1D652JQ C 31
AF RR1B273JQ C 1
AF RR1B273TF U 1
BS 1 9 RR1B273JQ
BS 10 222 RR1B273TF
BS 223 223 RR1D652TF
BS 224 438 RR1B273TF
BS 439 439 RR1D652TF
BS 440 743 RR1B273TF
BS 744 753 RR1B273JQ

RD RR1D652TF 518 0 0
GG
ATCTTACTGAAAATTGAAATTGAAGTTTCCAGATTATCTGACGATGGCGCTTCGTGCTGC
TGCTACTCATCATCAAGGGACTAGCCGTATCGCGGCGACACTACGACGCGTCGCTCGGCC
ATTATCAACAGACGCGGTGGTAGAGTCAGAGGATTACAAGCGTGGGGAGATCGGCAAGGT
CTCCGGAATCCCTGAGGAGCATCTTTCTCGCAAGGTGATAATATACTCACCAGCTAGAAG
TGCTACACAGCAAGGATCTGGCAAACTCGGCAAATGGAAGATTAACTTCGTCTCCACCTT
AAAGTGGGAGAACCCGTTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGG
CGACTCTGCTCTTTCTTTTGATTCTGAGCTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCAGCGTCACGG
CTGGGATTACGTGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGAAGCCTAAGTCTTACTCGGA
CAACTTCAAGTGGAAAGGCAAACCTCAACCACAGAA

QA 3 518 3 518
DS 

RD RR1D652JQ 648 0 0
GAAGTTTCCAGATTATCTGACGATGGCGCTTCGTGCTGCTGCTACTCATCATCAAGGGAC
TAGCCGTATCGCGGCGACACTACGACGCGTCGCTCGGCCATTATCAACAGACGCGGTGGT
AGAGTCAGAGGATTACAAGCGTGGGGAGATCGGCAAGGTCTCCGGAATCCCTGAGGAGCA
TCTTTCTCGCAAGGTGATAATATACTCACCAGCTAGAAGTGCTACACAGCAAGGATCTGG
CAAACTCGGCAAATGGAAGATTAACTTCGTCTCCACCTTAAAGTGGGAGAACCCGTTGAT
GGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGGCGACTCTGCTCTTTCTTTTGA
TTCTGAGCTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCAGCGTCACGGCTGGGATTACGTGGTCAAGAA
GCCCAAAACGCCCTTATTGAAGCCTAAGTCTTACTCGGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAA
ACCTCAACCACAGAACTGATCTTCTTCCATTTCTCGAGAAAAAAAAGGAGAAACTTCATC
TGATAAATAAAAAGAAACCTCTCATGGTTTCTTTCTTGTTTTAGCATCTCTGAGCTTGTT
CTCTGAACTATGTATTATACATGTTTGGATTTTTTTTTTGTCTGTTTC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1B273JQ 753 0 0
CATAAAATCATCTTACTGAAAATTGAAATTGAAGTTTCCAGATTATCTGACGATGGCGCT
TCGTGCTGCTGCTACTCATCATCAAGGGACTAGCCGTATCGCGGCGACACTACGACGCGT
CGCTCGGCCATTATCAACAGACGCGGTGGTAGAGTCAGAGGATTACAAGCGTGGGGAGAT
CGGCAAGGTCTCCGGAATCCCTGAGGAGCATCTTTCTCGCAATGTGATAATATACTCACC
AGCTAGAAGTGCTACACAGCAAGGATTTGGCAAACTCGGCAAATGGAAGATTAACTTCGT
CTCCCCCTTAAAGTGGGAGAACCCGTTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGC
CAATGTTGGCGACTTTGCTCTTTCTTTTGATTTTGAGCTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCA
GCGTCACGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGAAGCCTAAGTC
TTACTCGGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAACCTCAACCACAGAACTGATCTTCTTCCAT
TTCTCGAGAAAAAAA*GGAGAAACTTCATTTGATAAATAAAAAGAAACCTCTCATGGTTT
CTTTCTTGTTTTAGCATCTCTGAGCTTGTTCTCTGAACTATGTATTATACATGTTTGGAT
TTTTTTTTTGTCTGTTTCCTTATTTTAACAATAATATGATATGATGGTAATGATAAACAC
TCTTTATGAGGTTTCGTCAAAGCTTTCTGATCG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1B273TF 743 0 0
CATAAAATC
ATCTTACTGAAAATTGAAATTGAAGTTTCCAGATTATCTGACGATGGCGCTTCGTGCTGC
TGCTACTCATCATCAAGGGACTAGCCGTATCGCGGCGACACTACGACGCGTCGCTCGGCC
ATTATCAACAGACGCGGTGGTAGAGTCAGAGGATTACAAGCGTGGGGAGATCGGCAAGGT
CTCCGGAATCCCTGAGGAGCATCTTTCTCGCAATGTGATAATATACTCACCAGCTAGAAG
TGCTACACAGCAAGGATCTGGCAAACTCGGCAAATGGAAGATTAACTTCGTCTCCACCTT
AAAGTGGGAGAACCCGTTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGG
CGACTCTGCTCTTTCTTTTGATTCTGAGCTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCAGCGTCACGG
CTGGGATTATGTGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGAAGCCTAAGTCTTACTCGGA
CAACTTCAAGTGGAAAGGCAAACCTCAACCACAGAACTGATCTTCTTCCATTTCTCGAGA
AAAAAA*GGAGAAACTTCATCTGATAAATAAAAAGAAACCTCTCATGGTTTCTTTCTTGT
TTTAGCATCTCTGAGCTTGTTCTCTGAACTATGTATTATACATGTTTGGATTTTTTTTTT
GTCTGTTTCCTTATTTTAACAATAATATGATATGATGGTAATGATAAACACTCTTTATGA
GGTTTCGTCAAAGC

QA 10 743 10 743
DS 



AS 1 3

CO CL3143Contig1 814 3 29 U
GGATCACAATCTTTTCACTTATATTTCTCTTCTTAACAAAATATGGCAATTAATGGTTTG
TCAAAGATTGCTGCAACCTCTCTTCTCCTAGTCCTGGCCATCGTCCCAGCCGCGCTTGCT
GTGACGTACACGGTCGGAGACGCTGCTCAATGGGATAGTGGTGTGGACTACACAGCTTGG
GTCAAAGGAAAGACTTTCAGAGTTGGTGACACTCTAGAGTTCAATTATGGCCCTTCACAC
TCAGTGAACGAAGTGAACAAAGCCGGTTACGATAGCTGTGGAGGCACAGCGATCGATACT
CATTCTGGTGGAGACACCACGATTGATCTCGACAAAGTAGGTCCACGGTACTTCTACTGT
CCGACACCTGGTCACTGTCAAGGTGGCATGAAGCTAGCCGTTACGGTCGTAGCCGCATCT
TCCGGAACTCCAGCCGCCCCCACGCCGCCCTCTACAACTCCCGGAACTCCTTCCACACCG
GGATCACCGCCGTCTGCCGGAACTCCAGGTACACCGGCTTCAGGGTCAACTTCTCCTCCA
CCACCGAAGGCAAGTGGTGCCTCAAAGGGAGTGATGAGTTACGTTTTGGTCGGAGTCTCG
ATGGTTTTGGGTTATGGTTTGTGGATGTGAATGGTTTAGAGAGCCAGGGTGGAGTCAGTG
CTTTGCTTTTGATCTGTACTTTGTTTTGGTTGTAACTCTGTAAGAGAATTTGAGTGTGTT
TCCCACGCCATCACCTCTTAGTTAGGGTTTTATTATTTGGCGTTATCAGTTTATCATTAT
CACATTCACTTCTTTTTTTATTGTTGTAATAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE24TF U 1
AF RR1A019TF U 4
AF RR1A019JQ C 10
BS 1 78 RR1GE24TF
BS 79 79 RR1A019TF
BS 80 218 RR1GE24TF
BS 219 219 RR1A019TF
BS 220 220 RR1GE24TF
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BS 271 366 RR1GE24TF
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BS 450 450 RR1A019TF
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BS 590 798 RR1A019TF
BS 799 799 RR1A019JQ
BS 800 808 RR1A019TF
BS 809 814 RR1A019JQ

RD RR1GE24TF 589 0 0
GGATCACAATCTTTTCACTTATATTTCTCTTCTTAACAAAATATGGCAATTAATGGTTTG
TCAAAGATTGCTGCAACCGCTCTTCTCCTAGTCCTGGCCATCGTCCCAGCCGCGCTTGCT
GTGACGTACACGGTCGGAGACGCTGCTCAATGGGATAGTGGTGTGGACTACACAGCTTGG
GTCAAAGGAAAGACTTTCAGAGTTGGTGACACTCTAGAATCCAAGTATGGCCCTTCACAC
TCAGTGAACGAAGTGAACAAAGCAGGTTATGATAGCTGTGGAGGCACAGCGATCGATACT
CATTCTGGTGGAGACACCACGATTGATCTCGACAAAGTAGGTCCACGGTACTTCTACTGT
CCGACAATTGGTCACTGTCAAGGTGGCATGAAGCTAGCCGTTACGGTCGTAGCCGCCTCT
TCCGGAACTCCAGCCGCCCCCACGCCGCCTTCTACAACTCCCGGAACTCCTTCCACACCG
GGCTCAACGCCGGATGCCGGAACTCCAGGTACACCGGCTTCAGGGTCAACTTCTCCTCCA
CCACCGAAGGCAAGTGGTGCCTCAAAGGGAGTGATGAGTTACGTTTTGG

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1A019TF 806 0 0
GGACAA
TCTTTTCACTTATATTTCTCTTCTTAACAAAATATGGCAATTAATGGTTTGTCAAAGATT
GCTGCAACCTCTCTTCTCCTAGTCCTGGCCATCGTCCCAGCCGCGCTTGCTGTGACGTAC
ACGGTCGGAGACGCTGCTCAATGGGATAGTGGTGTGGACTACACAGCTTGGGTCAAAGGA
AAGACTTTCAGAGTTGGTGACACTCTAGAGTTCAATTATGGCCCTTCACACTCAGTGAAC
GAAGTGAACAAAGCCGGTTACGATAGCTGTGGAGGCACAGCGATCGATACTCATTCTGGT
GGAGACACCACGATTGATCTCGACAAAGTAGGTCCACGGTACTTCTACTGTCCGACACCT
GGTCACTGTCAAGGTGGCATGAAGCTAGCCGTTACGGTCGTAGCCGCATCTTCCGGAACT
CCAGCCGCCCCCACGCCGCCCTCTACAACTCCCGGAACTCCTTCCACACCGGGATCACCG
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TTCTTTTTT*ATTGTTGTA
T

QA 7 805 7 805
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GAAGTGAACAAAGCCGGTTACGATAGCTGTGGAGGCACAGCGATCGATACTCATTCTGGT
GGAGACACCACGATTGATCTCGACAAAGTAGGTCCACGGTACTTCTACTGTCCGACACCT
GGTCACTGTCAAGGTGGCATGAAGCTAGCCGTTACGGTCGTAGCCGCATCTTCCGGAACT
CCAGCCGCCCCCACGCCGCCCTCTACAACTCCCGGAACTCCTTCCACACCGGGATCACCG
CCGTCTGCCGGAACTCCAGGTACACCGGCTTCAGGGTCAACTTCTCCTCCACCACCGAAG
GCAAGTGGTGCCTCAAAGGGAGTGATGAGTTACGTTTTGGTCGGAGTCTCGATGGTTTTG
GGTTATGGTTTGTGGATGTGAATGGTTTAGAGAGCCAGGGTGGAGTCAGTGCTTTGCTTT
TGATCTGTACTTTGTTTTGGTTGTAACTCTGTAAGAGAATTTGAGTGTGTTTCCCACGCC
ATCACCTCTTAGTTAGGGTTTTATTATTTGGCGTTATCAGTTTATCATTATCACATTCAC
TTCTTTTTTTATTGTTGTAATAAAA

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 4

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TCTCGCACGACAGGTACTTCATCAAACAGATTGTTAACAGAGTCATAGAAGTTGAAGATG
GTTGTTTGGAAGATTACGCTGGCGACTACAATTATTATTTGGAGAAGAACCTGGAAGCTA
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CAGTTTGTATAGATATACTTTTTCAGTTAA*GGTACTATTAAGAAACTTAACTGTCTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 
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25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1FZ73TF U 1
AF RR1FZ73JQ C 206
AF RR1BF20JQ C 367
AF RR1BF20TF U 367
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RD RR1FZ73TF 520 0 0
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QA 1 520 1 520
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QA 1 795 1 795
DS 

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QA 1 654 1 654
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TGGTGACGCCTTCGAATGTGCTTGTTTTGGACGAACCTACCAATCACTTGGACATTCCTT
CAAAAGAGATGCTTGAGGAAGCGATAAACGAGTACCAAGGTACAGTCATTGCAGTCTCGC
ACGACAGGTACTTCATCAAACAGATTGTTAACAGAGTCATAGAAGTTGAAGATGGTTGTT
TGGAAGATTACGCTGGCGACTACAATTATTATTTGGAGAAGAACCTGGAAGCTAGAGCAA
AGGCGATAGAGAGAGAAGCAGAGCTAGAAGAGAAAGCACCAAAAGTGAAGGCGAAGTCAA
AGATGTCAAAAGCAGAGAAAGAAGCGAGGAAGAAGCAGAAGATGCAGGCGTTTCAACAGG
CTAAACAGAAGTCAAAGGCCAGCAAGAATTCAAAGAGATGGAACTGAGTACTGAAAGGAG
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GTATAGATATACTTTTTCAGTTAA*GGTACTATTAAGAAACTTAACTGTCTTAG

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 3

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TCGAATCCCGACTCCTGAAGCCAATATAGGTCCTATTGTTGACCCACATCCCATATCGTT
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AGAAGTGATCCCACTAGTTGCATATCGTTGGTTAGCGTTATGTTTAATAACCAGACCCTT
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CCCTGCACCTTGACATGAATC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F832TF C 1
AF RR1F832JQ U 5
AF RR1D961JQ U 92
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C

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CCAATTTGGTTTAACAAGTAAACCACTGAACCGCCAGTAAAGCACTAGACCGAGAACAAC
TCTTTAACTCCTACAACAGCAGCAGATAATCAATCATCCACAGTGAGCTTCCTGTCTACG
CTTGAGAAAGAGCTGTAAAACGCCTTGAAATGTCTGTACGCTATGTCTATATCCTCTGTT
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C

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1D961JQ 770 0 0
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TTAGCGTTATGTTTAATAACCAGACCCTTGTGTAGTTGAGGACGGTGGTTCTCTTCATGC
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CTGATAGCACGGTCAAAGGTACACTCCGTGACCTGAGCATTTCCTAAGGAACTCACAATC
CGTCTCATGGCTTGAAACATGGTGGGTACCCCTGCACCTTGACATGAATC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 4

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CCCTTGTCCAATCAAGAGCTCCTAGAATTCTCCTTGGCAACAACAGATGGCAATTCCCGA
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CAGATCCAGACAAGACTGAAATTCAAGGTGAGGGAAGAGACTGGACGACCTCTGTATTGC
TTTTCGCTCTCTGGGGTGCTCTTCTTTACTATTGCTTCAACCTTGCTCCTGATCAAACAC
CAACACAAGACTTGTACTTTCTGAAAAAGCTGTTGAATTTGAAAGGCGATGATGGCTTTA
GAATGAACCAGATCCTTGTTGGTTTATGGTATATAATGGGTTTATGGCCTGTGGTGTACG
CTATGCTCTTGCTTCCCACCGGTAGAAGTAAAACTCAGGCGTGGCCTTTCGTGGTGCTTT
CCTTCTTTGGTGGCGTCTACGCTTTGCTACCTTATTTTGCACCGTGGAATCCACCTTCTC
CTCCTATCTCAGAGTCTGAGCTTACAAAATGGTCTTTCAATGTTCTGGAATCAAAAGTAA
CTTCTGGGGTAACTCTTGTTGCAGGCCTGGGTTTAATTCTTTACTCTGTAGTTGGTAACC
CCGGTGACTTGAAAGAGTTTTATCAGTACTTTCGTGAGAGCAAATTCATACATGTCACGA
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BQ
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AF RR1DU41TF U 1
AF RR1AA45TF U 1
AF RR1AA45JQ C 420
AF RR1DU41JQ C 979
BS 1 741 RR1AA45TF
BS 742 1168 RR1AA45JQ

RD RR1DU41TF 649 0 0
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CTCCTATCTCAGAGTCTGAGCTTACAAAATGGTCTTTCAATGTTCTGGA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1AA45TF 741 0 0
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CCCTTGTCCAATCAAGAGCTCCTAGAATTCTCCTTGGCAACAACAGATGGCAATTCCCGA
AACACGAGAAGAAGAAAGGTCTCTCCCATTTCCATGTGTGCAGAAGCTCACTAAACAACC
CAGATCCAGACAAGACTGAAATTCAAGGTGAGGGAAGAGACTGGACGACCTCTGTATTGC
TTTTCGCTCTCTGGGGTGCTCTTCTTTACTATTGCTTCAACCTTGCTCCTGATCAAACAC
CAACACAAGACTTGTACTTTCTGAAAAAGCTGTTGAATTTGAAAGGCGATGATGGCTTTA
GAATGAACCAGATCCTTGTTGGTTTATGGTATATAATGGGTTTATGGCCTGTGGTGTACG
CTATGCTCTTGCTTCCCACCGGTAGAAGTAAAACTCAGGCGTGGCCTTTCGTGGTGCTTT
CCTTCTTTGGTGGCGTCTACGCTTTGCTACCTTATTTTGCACCGTGGAATCCACCTTCTC
CTCCTATCTCAGAGTCTGAGCTTACAAAATGGTCTTTCAATGTTCTGGAATCAAAAGTAA
CTTCTGGGGTAACTCTTGTTGCAGGCCTGGGTTTAATTCTTTACTCTGTAGTTGGTAACC
CCGGTGACTTGAAAGAGTTTT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1AA45JQ 749 0 0
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GCTATGCTCTTGCTTCCCACCGGTAGAAGTAAAACTCAGGCGTGGCCTTTCGTGGTGCTT
TCCTTCTTTGGTGGCGTCTACGCTTTGCTACCTTATTTTGCACCGTGGAATCCACCTTCT
CCTCCTATCTCAGAGTCTGAGCTTACAAAATGGTCTTTCAATGTTCTGGAATCAAAAGTA
ACTTCTGGGGTAACTCTTGTTGCAGGCCTGGGTTTAATTCTTTACTCTGTAGTTGGTAAC
CCCGGTGACTTGAAAGAGTTTTATCAGTACTTTCGTGAGAGCAAATTCATACATGTCACG
AGTCTAGATTTCTGCTTACTCTCTGCTTTTGCTCCGTTTTGGGTTTACAATGACATGACC
GCCAGAAAGTGGTTTGATAAAGGCCGTTGGCTGTTACCTGTATCCGTTGTGCCATTCTTG
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TCTGCATCATCTTCTGACCCAAGTCAATAGCAACATCACGATTGGATTTTGTTGATGACT
ATTTCAGCTCTTTGCATCGGTATCCACAATGGGTTTTACTCCCTTTTTGTTGCCCTGTTA
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TAGATGTTAATGAAAGGAAAGTCGAACCC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1DU41JQ 190 0 0
CAAGTCAATAGCAACATCACGATTGGATTTTGTTGATGACTATTTCAGCTCTTTGCATCG
GTATCCACAATGGGTTTTACTCCCTTTTTGTTGCCCTGTTATTGATGGAGTTAGAATGAG
AAATATTGTATTACAAGGGAGAGAACTGACAAAGTTTTCTATAGATGTTAATGAAAGGAA
AGTCGAACCC

QA 1 190 1 190
DS 



AS 1 4

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TTAAAATCTGAAACTTCAAGATAAAAGGGTAACAACAGAGTTTAGGTCTATCAAGAAACA
TAAACTAGCATAACAAAACACTCTTTAAGCGCCAGTGAAAGCCTTCTTTGCGAAAGCAGA
AGCACCAGCTGGTATCACCTTCAACACATTGAACCTCACAGTCTTGGACAAAGGCCTGCA
TTGTCCAATGATGACATGGTCTCCTTCCTTGACACGGAAGCAAGGTGAGACATGAGCAGG
GATGTTCGAATGCCTCTTCTCATACCTCTGATACTTCTTGACAAAGTGAAGGTAGTTTCT
TCGGACGATAATGGTCCTCTGCATTTTGGCCGAGTGGCAAGTACCAGCTAAGATACGACC
TCTAATCGAAACAGTTCCAGTGAAGGGACATTTACTGTCGATATAGGTTCCTTGAATGGC
ATCACGAGGAGTCTTGAAGCCCAAGCCAATGTTCTTCACGAATCTGTTTCCACCCTTTCC
AGGTCTCTTTCCCTTTCCAGATATCTTCGAGCTGAGGAAGACCTTAGGTTGCTTTAAGAA
AGCTTTCTCAGTCTGTTCCGCCATGGCTGCTCTTCTGCTCCCGTGAAAGCTTTGAGGCAA
AGGATGTAGGCAGCGACGGCTAGAGAGCTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GD15JQ U 1
AF RR1DA43TF C 54
AF RR1AG90JQ U 45
AF RR1AG90TF C 45
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BS 177 177 RR1AG90JQ
BS 178 248 RR1GD15JQ
BS 249 249 RR1AG90JQ
BS 250 359 RR1GD15JQ
BS 360 693 RR1AG90JQ

RD RR1GD15JQ 359 0 0
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TTAAAATCTGAAACTTCAAGATAAAAGGGTAACAACAGAGTTTAGGTCTATCAAGAAACA
TAAACTAGCATAACAAAACACTCTTTAAGCGCCAGTGAAAGCCTTCTTTGCGAAAGAAGA
AGCACCAGCTGGTATCACCTTCAACACATTGAACCTCACAGTCTTGGACAAAGGCCTGCA
TTGTCCAAAGATGACATGGTCTCCTTCCTTGACACGGAAGCAAGGTGAGACATGAGCAGG
GATGTTCGAATGCCTCTTCTCATACCTCTGATACTTCTTGACAAAGTGAAGGTAGTTTC

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR1DA43TF 306 0 0
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AGAAACATAAACTAGCATAACAAAACACTCTTTAAGCGCCAGTGAAAGCCTTCTTTGCGA
AAGCAGAAGCACCAGCTGGTATCACCTTCAACACATTGAACCTCACAGTCTTGGACAAAG
GCCTGCATTGTCCAATGATGACATGGTCTCCTTCCTTGACACGGAAGCAAGGTGAGACAT
GAGCAGGGATGTTCGAATGCCTCTTCTCATACCTCTGATACTTCTTGACAAAGTGAAGGT
AGTTTC

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR1AG90JQ 649 0 0
CG
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TCTATCAAGAAACATAAACTAGCATAACAAAACACTCTTTAAGCGCCAGTGAAAGCCTTC
TTTGCGGAAGCAGAAGCACCAGCTGGTATCACCTTCAACACATTGAACCTCACAGTCTTG
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GAGACATGAGCAGGGATGTTCGAATGCCTCTTCTCATACCTCTGATACTTCTTGACAAAG
TGAAGGTAGTTTCTTCGGACGATAATGGTCCTCTGCATTTTGGCCGAGTGGCAAGTACCA
GCTAAGATACGACCTCTAATCGAAACAGTTCCAGTGAAGGGACATTTACTGTCGATATAG
GTTCCTTGAATGGCATCACGAGGAGTCTTGAAGCCCAAGCCAATGTTCTTCACGAATCTG
TTTCCACCCTTTCCAGGTCTCTTTCCCTTTCCAGATATCTTCGAGCTGAGGAAGACCTTA
GGTTGCTTTAAGAAAGCTTTCTCAGTCTGTTCCGCCATGGCTGCTCTTCTGCTCCCGTGA
AAGCTTTGAGGCAAAGGATGTAGGCAGCGACGGCTAGAGAGCTCCCC

QA 3 649 3 649
DS 

RD RR1AG90TF 649 0 0
CG
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TCTATCAAGAAACATAAACTAGCATAACAAAACACTCTTTAAGCGCCAGTGAAAGCCTTC
TTTGCGGAAGCAGAAGCACCAGCTGGTATCACCTTCAACACATTGAACCTCACAGTCTTG
GACAAAGGCCTGCATTGTCCAATGATGACGTGGTCTCCTTCCTTGACACGGAAGCAAGGT
GAGACATGAGCAGGGATGTTCGAATGCCTCTTCTCATACCTCTGATACTTCTTGACAAAG
TGAAGGTAGTTTCTTCGGACGATAATGGTCCTCTGCATTTTGGCCGAGTGGCAAGTACCA
GCTAAGATACGACCTCTAATCGAAACAGTTCCAGTGAAGGGACATTTACTGTCGATATAG
GTTCCTTGAATGGCATCACGAGGAGTCTTGAAGCCCAAGCCAATGTTCTTCACGAATCTG
TTTCCACCCTTTCCAGGTCTCTTTCCCTTTCCAGATATCTTCGAGCTGAGGAAGACCTTA
GGTTGCTTTAAGAAAGCTTTCTCAGTCTGTTCCGCCATGGCTGCTCTTCTGCTCCCGTGA
AAGCTTTGAGGCAAAGGATGTAGGCAGCGACGGCTAGAGAGCTCCCC

QA 3 649 3 649
DS 



AS 1 3

CO CL3148Contig1 864 3 10 U
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CATTCAAAACAGAATCAATGCCAAAGAATAAGAAAACAGAATGGCAAGTGGGAGATCCTA
CAATAAGCGTAGTGGGCGAGCAATTCTGTAATCCATACCCAATGGATCTAATGGTTAAGA
GGAAAGTTCAAAGCTCCTCAAAAGATAATTACCAAGTGTTTGATCCAAGCGGAAACCTCC
TCCTACAAATTGATGGACAAGCTTGGGGGATTAACCGTAAAAGGGTTATGACTGATCCAG
CTGGTTTCACTATCCTCACAATGCGCCAAAAGGGAATGACGTTGAAGAACAAATGGGAAG
TGCATGGAGGAGAGAGCAAAGAGAGAGAAGACTTGCTGTTCACGGTACATCAATCTATGG
CAGTGTCATTGAAAACATCTGTGGATGTTTTCTTAGCAGAGAACAATAACGTCAAGAAGA
GTACGACTTGTGATTTTCATGCTTCAGGTGGATACTCGAATATCTCATTCAAAGTTTTCA
AATCGGATGCTCTCATCGCTGGGGTCACGCATAAGTTTACATGGGG*AAGTTTCTGCAAA
GGGAAATGTAATTTTAGGGTGAGAGTGAATCCAGAGGTGGATTATGCTTTTATCATTGCT
TTGCTTGTTATGGTTGATGACAATGAGAATTGATGTTATATGTCATCTTACTGGATGTCT
TCTCTCCTCAACATCTTATGTTTGGTTTCCTTTTCAATGTGCTATCGAAGCAAATATCCA
AAGATTTAAGAAGTTCTGATAAATGAAGTAATGAGAAACAGAGCAAGTTGTGGTCTTTTG
ATTTCAAACAAACCAATTTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GL58TF U 1
AF RR1E016TF U 2
AF RR1GL58JQ C 247
BS 1 167 RR1GL58TF
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BS 743 864 RR1GL58JQ

RD RR1GL58TF 742 0 0
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CATTCAAAACAGAATCAATGCCAAAGAATAAGAAAACAGAATGGCAAGTGGGAGATCCTA
CAATAAGCGTAGTGGGCGAGCAATTCTGTAATCCATACCCAATGGATTTGATGGTTAAGA
GGAAAGTTCAAAGCTCCTCAAAAGATAATTACCAAGTGTTTGATCCAAGTGGAAACCTCC
TCCTACAAATTGATGGACAAGCTTGGGGGATTAACCGTAAAAGGGTTATGACTGATCCAG
CTGGTTTCACTATCCTCACAATGCGCCAAAAGGGAATGACGTTGAAGAACAAATGGGAAG
TGCATGGAGGAGAGAGCAAAGAGAGAGAAGACTTGCTGTTCACGGTACATCAATCTATGG
CAGTGTCATTGAAAACATCTGTGGATGTTTTCTTAGCAGAGAACAATAACGTCAAGAAGA
GTACGACTTGTGATTTTCATGCTTCAGGTGGATACTCGAATATCTCATTCAAAGTTTTCA
AATCGGATGCTCTCATCGCTGGGGTCACGCATAAGTTTACATGGGGGAAGTTTCTGCAAA
GGGAAATGTAATTTTAGGGTGAGAGTGAATCCAGAGGTGGATTATGCTTTTATCATTGCT
TTGCTTGTTATGGTTGATGACAATGAGAATTGATGTTATATGTCATCTTACTGGATGTCT
TCTCTCCTCAACATCTTATGTT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1E016TF 745 0 0
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AAGAGGCTTTCATAATCTTTTGCAAACTTCTTCTTCTTGAGTTTATTCAAAACAGAATCA
ATGCCAAAGAATAAGAAAACAGAATGGCAAGTGGGAGATCCTACAATAAGCGTAGTGGGC
GAGCAATTCTGTAATCCATACCCAATGGATCTAATGGTTAAGAGGAAAGTTCAGAGTTTC
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CAAGCTTGGGGGATTAACCGTAAAAGGGTTATGACTGATCCAGCTGGTTTCACTATCCTC
ACAATGCGCCAAAAGGGAATGACGTTGAAGAACAAATGGGAAGTGCATGGAGGAGAGAGC
AAGGAGAGAGAAGACTTGCTGTTCACGGTACATCAATCTATGGCAGTGTCATTGAAAACA
TCTGTGGATGTTTTCTTAGCAGAGAACAATAACGTCAAGAAAAGTACGACTTGTGATTTT
CATGCTTCAGGTGGATACTCGAATATCTCATTCAAAGTTTTCAAATCGGATGCTCTCATC
GCTGGGGTCACGCATAAGTTTACATGGGG*AAGTTTCTGCAAAGGGAAATGTAATTTTAG
GGTGAGAGTGAATCCAGAGGTGGATTATGCTTTTATCACTGCTTTGCTTGTTATGGTTGA
TGACAATGAGAATTGATGCTAGATGTCATCTTACTAGATGTCTTCTCTCCTCA*CATCTT
ATGTT
TGGT

QA 17 741 17 741
DS 

RD RR1GL58JQ 618 0 0
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GAGGAGAGAGCAAAGAGAGAGAAGACTTGCTGTTCACGGTACATCAATTTATGGCAGTGT
CATTGAAAACATCTGTGGATGTTTTCTTAGCAGAGAACAATAACGTCAAGAAGAGTACGA
CTTGTGATTTTCATGCTTCAGGTGGATACTCGAATATCTCATTCAAAGTTTTCAAATCGG
ATGCTCTCATCGCTGGGGTCACGCATAAGTTTACATGGGG*AAGTTTCTGCAAAGGGAAA
TGTAATTTTAGGGTGAGAGTGAATCCAGAGGTGGATTATGCTTTTATCATTGCTTTGCTT
GTTATGGTTGATGACAATGAGAATTGATGTTATATGTCATCTTACTGGATGTCTTCTCTC
CTCAACATCTTATGTTTGGTTTCCTTTTCAATGTGCTATCGAAGCAAATATCCAAAGATT
TAAGAAGTTCTGATAAATGAAGTAATGAGAAACAGAGCAAGTTGTGGTCTTTTGATTTCA
AACAAACCAATTTTGACC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 4

CO CL3149Contig1 1258 4 17 U
GGACCACATATGTATTATTCTATCATCTCTCCTCTTCTTCCTTCTAATTTTTTTCCTCCT
CAAGAAATATTCTTGAAACAATGGGCGTAGCTGTTCTAAATCCACAGGACTGTCTGAAAC
AACCTTTCTCCCACATGAAATACCCTCGTAACCATACCGTATCATGCCCCAACAGTCAGA
AAAAACCGGTTTCAAACCGAACACGCCGGAGTCCTCCACATAACCAGACCACCAGATCTC
CTCCCAAAGCGCCGCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAACGCTCTGCCGTATCTTCTTACGTCC
CAAAGGGAACGGTTAAGAAGAGTCCAATCGCTGGTCAGGTTAGAATCCTGAAGCGCGGAG
AGGAGATCCCTAAGAAGACAGCGGATTTGGTCGTGGAAAAGCCAGATCTGGTCTCTACTC
AACGGATCGGACCAGATCCGTGTCTGATTCCGAGCCAGATCCGTCTCTCCGACCGCAAAT
CGAAGAAAGCCACCGTTCCCCCGTTTTACGCAGGTCCCGTGACCATGACTTCGCCGCCTC
CGAGCGACGTCCCTCTCCCTGCGTTCTTCACCACCACGAAGAAGAGCGTCTCTTTGTTCC
AAGCCGCCGAGGCTACCAACCGTCTCATCAGTATCCTCGGCATCGTCGTCGATTGAAGGC
GTATGTATGTATGTCTCCTCTCCGACCGACCGATGATATCCATTTCTATTTCAAGTGTTT
AAACGTTTTCAAAATTTCCCGACCGTCCGATTCGAATCTACAACAAAGCATCTACAGATT
CGACGAATCCTAGAAGACGAGGAAACAAACGCCATCTTCGTTATGAACCATTTTCGAATC
TTCCCTTATTTTTTCAAGGGGCAAGGTCGAAATATCTTTCTTAACAGGTCTTAGTTTCTC
TTTTCTTAGGGTTTAGTGTTTGTGTAGGAAGTATTTGTTTTCTTAGGCTTTTGTAATTTC
TAAGTAATCTGTTTCTGTCTTTCGGGTTTCATTTCGGTTTTAGTCCTAAGTTCCTCTGGT
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CTTATGTTTCGATGTAAGCAGTATTGCAGTTCTCTATCTATATAATATTAATCGTTTT


BQ
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G
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GTTTTCTTTTCTTTATTATCGAGTCTCTTGTTATTCCTGAAGGGTCATAGAGGTGTAGCC
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AAACAAACGCCATCTTCGTTATGAACCATTTTCGAATCTTCCCTTATTTTTTCAAGGGGC
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TGTAGGAAGTATTTGTTTTCTTAGGCTTTTGTAATTTCTAAGTAATCTGTTTCTGTCTTT
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G
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TCCCTTATTTTTTCAAGGGGCAAGGTCGAAATATCTTTCTTAACAGGTCTTAGTTTCTCT
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AAGTAATCTGTTTCTGTCTTTCGGGTTTCATTTCGGTTTTAGTCCTAAGTTCCTCTGGTA
AATTTTAGGTTCGCTTTTGTGTTTTCTTTTCTTTATTATCGAGTCTCTTGTTATTCCTGA
AGGGTCATAGAGGTGTAGCCTACTGGTAATTACCCTTGCGTTGTGTATGCCCAGTATTAC
AGTTCTATGTATTTAATAGTAGTTGTTTAAGGTCAGTCGAGTTTGATTTGTAATATGAAC
TTATGTTTCGATGTAAGCAGTATTGCAGTTCTCTATCTATATAATATTAATCGTTTT

QA 2 538 2 538
DS 



AS 1 4

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BQ
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DY55JQ U 1
AF RR1AC04JQ U 19
AF RR1DY55TF C 981
AF RR1AC04TF C 578
BS 1 371 RR1DY55JQ
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BS 373 408 RR1DY55JQ
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BS 410 572 RR1DY55JQ
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BS 868 1417 RR1AC04TF

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TATCTTAAATGGAGAAAAAGAAAACACAAAGACAATTATGGTAAGTATGTGATGGTAAGT
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GTGGTGGCCACACCATCATCCACAGACTTCCTCCTCATCTCATCCAAGATAAAGAGGACG
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TGAG

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DS 

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CG
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AAAACACAAAGACAATTATGGTAAGTATGTGATGGTAAGTAGGTAGGCATTTATAGGAAG
AGAGCTTTCTGTTTAAACAGGAACGCTGTGTAGGACAACTGTCTCCACCGTGAGACCTGG
TCCGAAACCAAACAAGACACCCCACTCCAACCCTTCACCTGTGGTGGCCACACCATCATC
CACAGACTTCCTCCTCATCTCATCCAAGATAAAGAGGACGCACGCGCTAGACATGTTTCC
ATACTCACTCAACACGTGACGTGTGGCTCTCATCTTCTCAGCCTTGAGTCCTAGCTTTTT
CTCAACGTCGTCAAGGATCGCTGGACCAACAGGGTGAGCTATCCAGAAGAGGGAGTTCCA
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TATGGCACCGTCCGAGTCAGGGAGGATGGTCTGAGCAGCAGACACCATCTCGAAGATAGG
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CTTGACT

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DS 

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CC
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CTTCGGTCAAGTGCATGTGTCGTTTCCTTATTGTCGACTTATCGCACATGCGCTTGAACT
TCTCCTTAAGGTCGGTCATGTGTTCACTGTTGGTGATGCGGAAGTAGTAGTCAGGATACT
CCGCTTGGAGCACATGGTTCGCAGGGTTGGCCGTGCCTATCGCCAAAATCCCTGC
C

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DS 

RD RR1AC04TF 840 0 0
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TATCAGGGTCCGAACCGACGATGAGTGCGGCTGCGCCGTCACTGAAGAGAGCTTGTCCTA
CGAGGGAGTCAAGGTGGGTGTCAGAAGGACCACGGAAGGTGTCGGCTGTGATCTCGGAGC
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CTGCCTCTTTGCCTAGCTTGGGGACTTCAACCACCACGATGTCTTGTCTAGCATCGAGAG
AAGGAGCCATGTAGGCGCACATGTTAGGGTTCTCTTTCAAGAACTCTTCGGTCAAGTGCA
TGTGTCGTTTCCTTATTGTCGACTTATCGCACATGCGCTTGAACTTCTCCTTAAGGTCGG
TCATGTGTTCACTGTTGGTGATGCGGAAGTAGTAGTCAGGATACTCCGCTTGGAGCACAT
GGTTCGCAGGGTTGGCCGTGCCTATCGCCAAAATCCCTGCAGGGCCATCTGCTCTCTGTG
CCTTTCTGATCTCATCCAACGAAGAGGTTGTACCCACCATCACCATATTAAACCAACTAG
GTTTTCACTAGAGTTTGATCGATGTGTGACTTTAGTAAGCAAGTTATGTGTGTATGTATC

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 3

CO CL3151Contig1 1342 3 15 U
CCAAAACGATCATCATCATTATACAAATAAACCGAAGTTATATCATATTCATAAGAGAGT
TGAAACGAGAGATAATAGAGAAACACAACACAAGGGCTCTCAAGTGCCAAAAGACAAAGC
TGAAACCTAACCTACTCGCCCACAGCCATGAACGGGATACCCCAGCCACCATGTCTTGAA
AAGTAATCATTATCTAGAGAAATAGCAAGAGCAACAACAACAGCTCTTTCCGACAAGGTC
AATGGCCGTTTCACAACTAACTCTTCTATCATTTTAGCAGGGCCACTTTGGAATGCAGCA
TCAGATTTTCCAAATCTTATTGCATACTGCCCAGCATCTGTTAATATCTCAAAGCCGAAA
CCCCTCCAGTCACGATCTATCTGGGCCAACACTTCTCCATCAGCATCCTTCACCGTGAAT
GTCCAGTTCCAAAACCCAGGATTCTCCACCACTGCAAACTGCTCGTTACCGAGGTATAAA
TCATAAATTCTTCTCCATAGATGCCATCGTCGGTGAACCACACCAATTTCCTCTCCATCA
ATCTCAGCATATATTGAACTTGTGACCCACCAGAAAGGTCTACGAACCCGGAAAAGCTCG
TTACCCAAAGCATCAGTTATGGAAGCAACAAATGGTCGCCGGGTACGAAGCAGCTGCCGC
ATAATTACATGACTCTGCTCCCGGATAGACCCCACAGGCGCCTCAGGATAGCAAACATCA
ACTACAGCATAGCGATTTTCCTGTTCGAAACCAAGAACCAGATTTGCCCATTCAATGTCC
CTTGTAATCAGCAAATTAGACCGAGCAAGCAGCGTCGCAATTTTGGCCTCATCTGAAGTT
TTAGGCTTGAGAGGACCAGACATAGACTGGCTAACAGGTGGTTGCTGCCGGGTAGGCTCG
TAACGGGAGGAAGATTGCTCATAAGCTGCATCCTCCTCGGGATAGTCTACTCTATGCTTA
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CGCTGAATCGTCGAAAAATGGAAAAGAAGACTTGTTCTGTAGAACAGCAGAGATGACCAT
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ATCGGAGGAGAAGAGAAGAGAGAGAGCGCTTGGAGAGGCAGAGCATGATGACGACTTCTT
CGGTCGCTTTGTGTTTCCCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE05JQ U 1
AF RR1FJ89JQ U 1
AF RR1FJ89TF C 644
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BS 731 767 RR1FJ89JQ
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RD RR1DE05JQ 730 0 0
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ACTACAGCAT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1FJ89JQ 767 0 0
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TGAAACGAGAGATAATAGAGAAACACAACACAAGGGCTCTCAAGTGCCAAAAGACAAAGC
TGAAACCTAACCTACTCGCCCACAGCCATGAACGGGATACCCCAGCCACCATGTCTTGAA
AAGTAATCATTATCTAGAGAAATAGCCAGAGCAACGACAACAGCTCTTTCCGACAAGGTC
AATGGCCGTTTCACAACTAACTCTTCTATCATTTTAGCAGGGCCACTTTGGAATGCAGCA
TCAGATTTTCCAAATCTTATTGCATACTGCCCAGCATCTGTTAATATCTCAAAGCCGAAA
CCCCTCCAGTCACGATCTATCTGGGCCAACACTTCTCCGTCAGCATCCTTCACGGTGAAT
GTCCAGTTCCAAAACCCAGGATTCTCCACCACTGCAAACTGCTCGTTCCCTAGGTATAAA
TCATAAATTCTTCTCCATAGATGCCATCGTCGGTGAACCACACCAATTTCCTCTCCATCA
ATCTCAGCATATATTGAACTTGTGACCCACCAGAAAGGTCTACGGACCCGGAAAAGCTCG
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ACTACAGCATAGCGATTTTCCTGTTCGAAACCAAGAACCAGATTTGC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1FJ89TF 699 0 0
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TTGCCCATTCAATGTCCCTTGTAATCAGCAAATTAGACCGAGCAAGCAGCGTCGCAATTT
TGGCCTCATCTGAAGTTTTAGGCTTGAGAGGACCAGACATAGACTGGCTAACAGGTGGTT
GCTGCCGGGTAGGCTCGTAACGGGAGGAAGATTGCTCATAAGCTGCATCCTCCTCGGGAT
AGTCTACTCTATGCTTAGTAGAAGCTTTTTTTTCCCAAATCGCTTCTCCCTCTCCTTTAG
CTTTTTCATATCTGAAACCCATAGCTTAGCCAAAAAGTCCCGGTCCACGCGAGGTGGAGT
CTCACCAACACTGGCGTCGCTGAATCGTCGAAAAATGGAAAAGAAGACTTGTTCTGTAGA
ACAGCAGAGATGACCATTTCTCGATAAGCTAGTGTTGTTTCCTGCAGGAGGAGAATGCAA
CGTCCCGAGTCCTACTCCGTCCAGGGAAGAGAAGAGTGGGGAACATGAGACAGCCGCAGT
AACATCGACGGAAGCGGATCGGAGGAGAAGAGAAGAGAGAGAGCGCTTGGAGAGGCAGAG
CATGATGACGACTTCTTCGGTCGCTTTGTGTTTCCCTCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 4

CO CL3152Contig1 980 4 15 U
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AATCAAAAACAACTACAAAAAACACTTTGGAGGACCAACAGTGTTACAAAAGTTTCCTCA
GGTCTGATGAATTATGGAAAACACTTGCACAGCTTCAAAAACTGTTAAATAAACTGCAAA
GCTTAACTGCTCAGTATTCTTATTGATTCGTTTCTGGTTCATCTCAAGCTGTGACCAATT
CTCATTCTCAAGAACTAACACTTACTTTGCTCTAGGATGCTTGGTCACTTTCCTTGTAAA
CGCAAACTCTCCAAACTTATGCCCAACTTTCCCTTCAGTGATCTTACAACGCACATGAGT
TTTGCCATTGTAGATTCTCACCGACGAATCAACATACTCTGGCAGAATTGTCGATCTCCT
TGACCATATCTTCCTGTTCAGAGCTGCGTTTTTCTTCTTCATCAAGAAGGCATCAACGAA
TGGATCTTTCCATACAGATCGGCTCACCATCTTATTGCTTTTCTTCTCATCTACTATAGC
TCCCTGATCCAAAGACAATGGCATGCTTGGCCATTCTTTTGCAACGTCCACATGGATGTT
AAACCCATTCAACTCCTGTCCATCCATAGCTGAAATAGCAGACTTGGCAGAATCCTCACT
GATGAAGTTAACAAATCCATAACCTCTAGACCTCCCAGTCACTTTGTTAGTCATGACTCT
TGCATCTGTAACTCCGTTGAAGGTAGAGAAAGCATCCTTCAAGGAGTGGTCGTCAGTTCC
GGGTGATAGGCCACCAATGAAAAGCTTTGTGGACATGTACCGGAGTGAAGGGAGCAGCAT
TTGAACATTTCTGTTTTGTAAAACCGCAAGTTTGGTGCAGAAAGACATTTGTTTGAAGAT
GTCTGGAGAGCACGTCCTTGTCGTCGATTTTGCTGATGGTTAAGCAGAGAAGATGAACAA
GAACAAACTCTTTAGGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C390JQ U 28
AF RR1ES13JQ U 1
AF RR1ES13TF C 246
AF RR1C390TF C 264
BS 1 59 RR1ES13JQ
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RD RR1C390JQ 609 0 0
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TGCTCTAGGATGCTTGGTCACTTTCCTTGTAAACGCAAACTCTCCAAACTTATGCCCAAC
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GTTTTTCTTCTTCATCAAGAAGGCATCAACGAATGGATCTTTCCATACAGATCGGCTCAC
CATCTTATTGCTTTTCTTCTCATCTACTATAGCTCCCTGATCCAAAGACAATGGCATGCT
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AGCTGAAAT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1ES13JQ 684 0 0
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GGTCTGATGAATTATGGAAAACACTTGCACAGCTTCAGAGACTGTTAAATAGACTGCAAA
GCTTAACTGCTCAGTATTCTTATTGATTCGTTTCTGGTTCATCTCAAGCTGTGACCAATT
CTCATTCTCAAGAACTAACACTTACTTTGCTCTAGGATGCTTGGTCACTTTCCTTGTAAA
CGCAAACTCTCCAAACTTATGCCCAACTTTCCCTTCAGTGATCTTACAACGCACATGAGT
TTTGCCATTGTAGATTCTCACCGACGAATCAACATACTCTGGCAGAATTGTCGATCTCCT
TGACCATATCTTCCTGTTCAGAGCTGCGTTTTTCTTCTTCATCAAGAAGGCATCAACGAA
TGGATCTTTCCATACAGATCGGCTCACCATCTTATTGCTTTTCTTCTCATCTACTATAGC
TCCCTGATCCAAAGACAATGGCATGCTTGGCCATTCTTTTGCAACGTCCACATGGATGTT
AAACCCATTCAACTCCTGTCCATCCATAGCTGAAATAGCAGACTTGGCAGAATCCTCACT
GATGAAGTTAACAAATCCATAACC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1ES13TF 715 0 0
TCTCAAGAACTAACACTTACTTTGCTCTAGGATGCTTGGTCACTTTCCTTGTAAACGCAA
ACTCTCCAAACTTATGCCCAACTTTCCCTTCAGTGATCTTACAACGCACATGAGTTTTGC
CATTGTAGATTCTCACCGACGAATCAACATACTCTGGCAGAATTGTCGATCTCCTTGACC
ATATCTTCCTGTTCAGAGCTGCGTTTTTCTTCTTCATCAAGAAGGCATCAACGAATGGAT
CTTTCCATACAGATCGGCTCACCATCTTATTGCTTTTCTTCTCATCTACTATAGCTCCCT
GATCCAAAGACAATGGCATGCTTGGCCATTCTTTTGCAACGTCCACATGGATGTTAAACC
CATTCAACTCCTGTCCATCCATAGCTGAAATAGCAGACTTGGCAGAATCCTCACTGATGA
AGTTAACAAATCCATAACCTCTAGACCTCCCAGTCACTTTGTTAGTCATGACTCTTGCCT
CTGTAACTCCGTTGAAGGTAGAGAAAGCATCCTTCAAGGAGTGGTCGTCAGTTCCGGGTG
ATAGGCCACCAATGAAAAGCTTTGTGGACATGTACCGGAGTGAAGGGAGCAGCATTTGAA
CATTTCTGTTTTGTAAAACCGCAAGTTTGGTGCAGAAAGACATTTTTTTGAAGATGTCTG
GAGAGCACGTCCTTGTCGTCGATTTTGCTGATGGTTAAGCAGAGAAGATGAAC
CC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1C390TF 717 0 0
ACTTTGCTCTAGGATGCTTGGTCACTTTC*TTGTAAACGCAAACTCTCCAAACTTATGCC
CAACTTTCCCTTCAGTGATCTTACAACGCACATGAGTTTTGCCATTGTAGATTCTCACCG
ACGAATCAACATACTCTGGCAGAATTGTCGATCTCCTTGACCATATCTTCCTGTTCAGAG
CTGCGTTTTTCTTCTTCATCAAGAAGGCATCAACGAATGGATCTTTCCATACAGATCGGC
TCACCATCTTATTGCTTTTCTTCTCATCTACTATAGCTCCCTGATCCAAAGACAATGGCA
TGCTTGGCCATTCTTTTGCAACGTCCACATGGATGTTAAACCCATTCAACTCCTGTCCGT
CCATAGCTGAAATAGCAGACTTGGCAGAATCCTCACTGATGAAGTTAACAAATCCATAAC
CTCTAGACCTCCCAGTCACTTTGTTAGTCATGACTCTTGCATCTGTAACTCCGTTGAAGG
TAGAGAAAGCATCCTTCAAGGAGTGGTCGTCAGTTCTGGGTGATGGGCCACCAATGAAAA
GCTTTGTGGACATGTACCGGAGTGAAGGGAGCAGCATTTGAACATTTCTGTTTTGTAAAA
CCGCAAGTTTGGTGCAGAAAGACATTTGTT*GAAGTTGTCTGGAGGGGACGTCCTTGTCG
TCGATTTTGCTGATGGTTACGCAGAGAAGATGAACAAGAACAAACTCTTTAGGGCCC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 4

CO CL3153Contig1 662 4 4 U
TTTTTTTTGGTCGGAGAAGTTACTTGATTTTATTACAGCAACTGAATTTAGGTTTGGTCG
GAAAAGTTATAACAAAGACACGAAGATGGAGCCTATGATGTTCCAAAATAGGTATATAAA
GAAAACATTAGTTTCCAACGTTATGGCAGATACTCAGCAGATACATAACTCTCTAAACTC
CAAGTTGAACTAATAGAGAGATGCATAATGGTTTTGGAAGAAACTCTTTAGAGAGCTTCT
GTCTGAACAAACGGGTTAGCGATTTCTTCAGTTCCATCCGTTGGTGAGACGAGCATCACC
GCAGTTCCACGGCAAACAATTAAACCGAGGGGTCTCGTCTGGTCAGTGGTCGTCAAAGGA
TCATCATGATCTCGAACAAACTCTACAGCCCCATCCAAAACAAGGTTGAGCAGCTGATCG
TACCCCTTAAGAGTTCCAGTAACTTGTCTACCACCGGTGAGCTTAACTTGAACACCCTTG
TCAACGAACTTAGCCAAATCCAACACCGTTTCCTTTCTTCCTGACATGGTAGAGCAGAAG
AGTCTTCGACACAAGTTCCCTTTCGGAGAAACGAAGATCTCTTCAGAGAACCTTGGCGGC
GAAGCAAATCGGAGGGACGATGTTGTGAAGTCGAGAGAGAGTCGGAGAATCTTTAGTGAT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1DX66JQ U 46
AF RR1DX66TF C 1
AF RR1AK37TF C 5
AF RR1AK37JQ U 8
BS 1 8 RR1DX66TF
BS 9 77 RR1AK37JQ
BS 78 78 RR1DX66JQ
BS 79 662 RR1AK37JQ

RD RR1DX66JQ 331 0 0
ATTTAGGTTTGGTCGGAAAAGTTATAACAAAGACACGAAGATGGAGCCTATGATGTTCCA
AAATAGGTATATAAAGAAAACATTAGTTTCCAACGTTATGGCAGATACTCAGCAGATACA
TAACTCTCTAAACTCCAAGTTGAACTAATAGAGAGATGCATAATGGTTTTGGAAGAAACT
CTTTAGAGAGCTTCTGTCTGAACAAACGGGTTAGCGATTTCTTCAGTTCCATCCGTTGGT
GAGACGAGCATCACCGCAGTTCCACGGCAAACAATTAAACCGAGGGGTCTCGTCTGGTCA
GTGGTCGTCAAAGGATCATCATGATCTCGAA

QA 1 331 1 331
DS 

RD RR1DX66TF 656 0 0
TTTTTTTTGGTCGGAGAAGTTACTTGATTTTATTACAGCAACTGAATTTAGGTTTGGTCG
GAAAAGTTATAACAAAGACACGAAGATGGAGC*TATGATGTTCCAAAATAGGTATATAAA
GAAAACATTAGTTTCCAACGTTATGGCAGATACTCAGCAGATACATAACTCTCTAAACTC
CAAGTTGAACTAATAGAGAGATGCATAATGGTTTTGGAAGAAACTCTTTAGAGAGCTTCT
GTCTGAACAAACGGGTTAGCGATTTCTTCAGTTCCATCCGTTGGTGAGACGAGCATCACC
GCAGTTCCACGGCAAACAATTAAACCGAGGGGTCTCGTCTGGTCAGTGGTCGTCAAAGGA
TCATCATGATCTCGAACAAACTCTACAGCCCCATCCAAAACAAGGTTGAGCAGCTGATCG
TACCCCTTAAGAGTTCCAGTAACTTGTCTACCACCGGTGAGCTTAGCTTGCACACCCTTG
TCAACGAACTTAGCCAAATCCAACACCGTTTCCTTTCTTCCTGACATGGTAGAGCAGAAG
AGTCTTCGACACAAGTTCCCTTTCGGAGAAACGAAGATCTCTTCAGAGAACTTTGGCGGC
GAAGCAAATCGGAGGGACGATGTTGTGAAGTCGAGAGAGAGTCGGAGAATCTTT
CC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1AK37TF 658 0 0
TTTC
GGTCGGAGAAGTTACTTGATTTTATTACAGCAACTGAATTTAGGTTTGGTCGGAAAAGTT
ATAACAAAGGCACGAAGATGGAGCCTATGATGTTCCAAAATAGGTATATAAAGAAAACAT
TAGTTTCCAACGTTATGGCAGATACTCAGCAGATACATAACTCTCTAAACTCCAAGTTGA
ACTAATAGAGAGATGCATAATGGTTTTGGAAGAAACTCTTTAGAGAGCTTCTGTCTGAAC
AAACGGGTTAGCGATTTCTTCAGTTCCATCCGTTGGTGAGACGAGCATCACCGCAGTTCC
ACGGCAAACAATTAAACCGAGGGGTCTCGTCTGGTCAGTGGTCGTCAAAGGATCATCATG
ATCTCGAACAAACTCTACAGCCCCATCCAAAACAAGGTTGAGCAGCTGATCGTACCCCTT
AAGAGTTCCAGTAACTTGTCTACCACCGGTGAGCTTAACTTGAACACCCTTGTCAACGAA
CTTAGCCAAATCCAACACCGTTTCCTTTCTTCCTGACATGGTAGAGCAGAAGAGTCTTCG
ACACAAGTTCCCTTTCGGAGAAACGAAGATCTCTTCAGAGAACCTTGGCGGCGAAGCAAA
TCGGAGGGACGATGTTGTGAAGTCGAGAGAGAGTCGGAGAATCTTT
AGTGATCC

QA 5 650 5 650
DS 

RD RR1AK37JQ 655 0 0
C
GGTCGGAGAAGTTACTTGATTTTATTACAGCAACTGAATTTAGGTTTGGTCGGAAAAGTT
ATAACAAAGGCACGAAGATGGAGCCTATGATGTTCCAAAATAGGTATATAAAGAAAACAT
TAGTTTCCAACGTTATGGCAGATACTCAGCAGATACATAACTCTCTAAACTCCAAGTTGA
ACTAATAGAGAGATGCATAATGGTTTTGGAAGAAACTCTTTAGAGAGCTTCTGTCTGAAC
AAACGGGTTAGCGATTTCTTCAGTTCCATCCGTTGGTGAGACGAGCATCACCGCAGTTCC
ACGGCAAACAATTAAACCGAGGGGTCTCGTCTGGTCAGTGGTCGTCAAAGGATCATCATG
ATCTCGAACAAACTCTACAGCCCCATCCAAAACAAGGTTGAGCAGCTGATCGTACCCCTT
AAGAGTTCCAGTAACTTGTCTACCACCGGTGAGCTTAACTTGAACACCCTTGTCAACGAA
CTTAGCCAAATCCAACACCGTTTCCTTTCTTCCTGACATGGTAGAGCAGAAGAGTCTTCG
ACACAAGTTCCCTTTCGGAGAAACGAAGATCTCTTCAGAGAACCTTGGCGGCGAAGCAAA
TCGGAGGGACGATGTTGTGAAGTCGAGAGAGAGTCGGAGAATCTTTAGTGATCC

QA 2 655 2 655
DS 



AS 2 4

CO CL3154Contig1 1024 2 2 U
GGGCCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACAAAAATCTTCTCTGTCATCGTTCTCTCTCTC
CCCTCTCTCGGAGATTTTACTCAGGGCGTTGATAAAAAAAAATGAATCAATACAACCTTC
ACCAGAAGAACAACGCCTTCTTCATGTCTCGCGAGGAGGAGATGATGGGACTCGATCGCA
GCAACAAGGAGGATCTTGTCGTTTGTCCTAAGCCTAGACGTGTCGGCTTACTCGTCACTC
GCCCTCTCAGATTACATTTGAGTCAAGCTGCTGCTGATCTGTGTGATTCGAAAGCGGGCG
CAGAGCTTTTGGACATCATCCGTAGAAAGGAGGAGAATGGTACAATAGGACAGTTACTAC
CTTCATCTCCACCGTACTTTCCCGGTTCGCCCCCGAGCAGAGCAGCGAACCCATTAGCCC
AAGATGCACGCTTTCGTGACGGCGAGAAGCTCAACTTCCCACTCGCTTCACCCAACTCTC
CTTTCCTTCATCCCGGTTCATCATCATCAGCCGGCTTCCCTTATCCATCACCATCACCAT
CATCTTCGTCGTCGTCTCGTGGTTGCGCTCGGATGAAATTTGGGCTCAAACCACCTGCAG
TTAGAGTAGAAGGGTTCGATTGCTTGAACCGTGACCGCCAGAGCTCCAGCATCCCCGCCA
TGGCTTAGTAGACAAAGCCACAAAAAAAAAAACAAGTGTATATAGAGAGAGAGATTCCGG
AAGCGTCCGTTCACCAAGGCCCTAACAGAGAAGGATTTGATTACTAGTGTTACTACTACA
TTTTTGAAGCAAATGAATATGTGATATCTATTTAGCGTTTTCTTTTTTTCATCTTCTCCT
GAGAGAGAGAGGGAGGATGAGGATGAGGATGAAGATGAAGATCGGTCACCGTTTTGTTTA
TACATTAATAATTAAGGAGAAGATTAGAAGAAGAATCTGTAAAATTTAATCTGGGATAAG
AGGTCTGGTTTGTATCTTTTTCCTTTTTGATTTCGTTGTAATATAAAATTATCTTCTTTA
AAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1D839TF U 1
AF RR1D839JQ C 334
BS 1 686 RR1D839TF
BS 687 1024 RR1D839JQ

RD RR1D839TF 686 0 0
GGGCCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACAAAAATCTTCTCTGTCATCGTTCTCTCTCTC
CCCTCTCTCGGAGATTTTACTCAGGGCGTTGATAAAAAAAAATGAATCAATACAACCTTC
ACCAGAAGAACAACGCCTTCTTCATGTCTCGCGAGGAGGAGATGATGGGACTCGATCGCA
GCAACAAGGAGGATCTTGTCGTTTGTCCTAAGCCTAGACGTGTCGGCTTACTCGTCACTC
GCCCTCTCAGATTACATTTGAGTCAAGCTGCTGCTGATCTGTGTGATTCGAAAGCGGGCG
CAGAGCTTTTGGACATCATCCGTAGAAAGGAGGAGAATGGTACAATAGGACAGTTACTAC
CTTCATCTCCACCGTACTTTCCCGGTTCGCCCCCGAGCAGAGCAGCGAACCCATTAGCCC
AAGATGCACGCTTTCGTGACGGCGAGAAGCTCAACTTCCCACTCGCTTCACCCAACTCTC
CTTTCCTTCATCCCGGTTCATCATCATCAGCCGGCTTCCCTTATCCATCACCATCACCAT
CATCTTCGTCGTCGTCTCGTGGTTGCGCTCGGATGAAATTTGGGCTCAAACCACCTGCAG
TTAGAGTAGAAGGGTTCGATTGCTTGAACCGTGACCGCCAGAGCTCCAGCATCCCCGCCA
TGGCTTAGTAGACAAAGCCACAAAAA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1D839JQ 691 0 0
AGAATGGTACAATAGGACAGTTACTACCTTCATCTCCACCGTACTTTCCCGGTTCGCCCC
CGAGCAGAGCAGCGAACCCATTAGCCCAAGATGCACGCTTTCGTGACGGCGAGAAGCTCA
ACTTCCCACTCGCTTCACCCAACTCTCCTTTCCTTCATCCCGGTTCATCATCATCAGCCG
GCTTCCCTTATCCATCACCATCACCATCATCTTCGTCGTCGTCTCGTGGTTGCGCTCGGA
TGAAATTTGGGCTCAAACCACCTGCAGTTAGAGTAGAAGGGTTCGATTGCTTGAACCGTG
ACCGCCAGAGCTCCAGCATCCCCGCCATGGCTTAGTAGACAAAGCCACAAAAAAAAAAAC
AAGTGTATATAGAGAGAGAGATTCCGGAAGCGTCCGTTCACCAAGGCCCTAACAGAGAAG
GATTTGATTACTAGTGTTACTACTACATTTTTGAAGCAAATGAATATGTGATATCTATTT
AGCGTTTTCTTTTTTTCATCTTCTCCTGAGAGAGAGAGGGAGGATGAGGATGAGGATGAA
GATGAAGATCGGTCACCGTTTTGTTTATACATTAATAATTAAGGAGAAGATTAGAAGAAG
AATCTGTAAAATTTAATCTGGGATAAGAGGTCTGGTTTGTATCTTTTTCCTTTTTGATTT
CGTTGTAATATAAAATTATCTTCTTTAAAGT

QA 1 691 1 691
DS 



CO CL3154Contig2 221 2 2 U
GAAGGAGAAGATTAGAAAGAAGAATCTGTAAAATTTTATCTTGGAGAAGAGGTCTGGTTT
GTATCTTTTTCCTTTTGATTTCGTTGTAATATAAAATTATCTTCTTTACACCATTGTGTA
TAGTAGTGGGCTGAGCATAAGCTCTCCAACAACACCTTTGTATATGTTTATCTTTGTGAT
TTGACGAATCTGTATATTAAAAGCACCGTATTGTTCTTACC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EE60JQ C 1
AF RR1EE60TF U 1
BS 1 1 RR1EE60JQ
BS 2 221 RR1EE60TF

RD RR1EE60JQ 221 0 0
GAAGGAGAAGATTAGAAAGAAGAATCTGTAAAATTTTATCTTGGAGAAGAGGTCTGGTTT
GTATCTTTTTCCTTTTGATTTCGTTGTAATATAAAATTATCTTCTTTACACCATTGTGTA
TAGTAGTGGGCTGAGCATAAGCTCTCCAACAACACCTTTGTATATGTTTATCTTTGTGAT
TTGACGAATCTGTATATTAAAAGCACCGTATTGTTCTTACC

QA 1 221 1 221
DS 

RD RR1EE60TF 221 0 0
G
AAGGAGAAGATTAGAAAGAAGAATCTGTAAAATTTTATCTTGGAGAAGAGGTCTGGTTTG
TATCTTTTTCCTTTTGATTTCGTTGTAATATAAAATTATCTTCTTTACACCATTGTGTAT
AGTAGTGGGCTGAGCATAAGCTCTCCAACAACACCTTTGTATATGTTTATCTTTGTGATT
TGACGAATCTGTATATTAAAAGCACCGTATTGTTCTTACC

QA 2 221 2 221
DS 



AS 1 2

CO CL3155Contig1 452 2 1 U
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TCCTCGTATCAAATTTCCTCAGAGACATTCCTCTTCTGCTACTTCATCAGGTTCTGGACC
AGCGCAGGGATCCGTTGCCGGCGGCAAGAGAAACGTGACGGCGAGTTCAGATGTCCCGGC
GGCGCCGAAAAACATTGCTGATGGAGGGAAAGCATCACTCCAGCCTAAACGCACTCCTGT
CTCCGACAAGGAAATCGAATCCATAATGTTGGGAGGTTGCATCTGATGTTTGAAGATTGA
TCAACACTTTGTGCTTCTTGTCTTTTTCGGCTGGTGAACTTTATTATATGCTATTTTAAT
GTAAAGGAAGAACTAATAATGCAGAGAAGATGATGTGTTGTATGAATGATTCTGTTTCTC
TTTGTCAATTAAAAAACAAAGTCTATATAGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AJ26JQ C 1
AF RR1AJ26TF U 1
BS 1 452 RR1AJ26TF

RD RR1AJ26JQ 452 0 0
AGAACAACGCAAAAACTTCATCAACTCAAGAATCAATAGGAAGCGGAAGATGAAGAGAAT
TCCTCGTATCAAATTTCCTCAGAGACATTCCTCTTCTGCTACTTCATCAGGTTCTGGACC
AGCGCAGGGATCCGTTGCCGGCGGCAAGAGAAACGTGACGGCGAGTTCAGATGTCCCGGC
GGCGCCGAAAAACATTGCTGATGGAGGGAAAGCATCACTCCAGCCTAAACGCACTCCTGT
CTCCGACAAGGAAATCGAATCCATAATGTTGGGAGGTTGCATCTGATGTTTGAAGATTGA
TCAACACTTTGTGCTTCTTGTCTTTTTCGGCTGGTGAACTTTATTATATGCTATTTTAAT
GTAAAGGAAGAACTAATAATGCAGAGAAGATGATGTGTTGTATGAATGATTCTGTTTCTC
TTTGTCAATTAAAAAACAAAGTCTATATAGCC

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR1AJ26TF 452 0 0
AGAACAACGCAAAAACTTCATCAACTCAAGAATCAATAGGAAGCGGAAGATGAAGAGAAT
TCCTCGTATCAAATTTCCTCAGAGACATTCCTCTTCTGCTACTTCATCAGGTTCTGGACC
AGCGCAGGGATCCGTTGCCGGCGGCAAGAGAAACGTGACGGCGAGTTCAGATGTCCCGGC
GGCGCCGAAAAACATTGCTGATGGAGGGAAAGCATCACTCCAGCCTAAACGCACTCCTGT
CTCCGACAAGGAAATCGAATCCATAATGTTGGGAGGTTGCATCTGATGTTTGAAGATTGA
TCAACACTTTGTGCTTCTTGTCTTTTTCGGCTGGTGAACTTTATTATATGCTATTTTAAT
GTAAAGGAAGAACTAATAATGCAGAGAAGATGATGTGTTGTATGAATGATTCTGTTTCTC
TTTGTCAATTAAAAAACAAAGTCTATATAGCC

QA 1 452 1 452
DS 



AS 1 4

CO CL3156Contig1 882 4 5 U
GCGAGTGTATCTTAAGTTATAAAATATTCTTCCGAGTTTAACAACATGCGAGTGTATCCA
TAAATATGCGAACAAGGGTAAGTTGCTCTGCTCTTTTCTCTACAACTTGATAACTAAACA
TCACAGTCTCAAGTACAAGGATGTTAAAAAAAGCTCAAAATTGTATCAATCTCATAAGTT
GTTCATGTTGTAGACACCATTATCAAAAAAACTATGAGGGAAGCCAAATATCATCTTGTA
TTCCAACTAGCCAACCTTGGCAACTTTTCTTGGCTCAGTTTGTCCCGACAAAGGGCATTG
CATCTCTGTCCAGCTAATCGGAACCATGGTTTCACCAGCAGCACTCTCCGCTGAGACCAC
GCCAAGCTCGTTCTTAGCAGTTGACAAATAGTAAGCCCGTGAGTCACCAAGGGACAGAAC
CATGGCTCTAACAATGTCACTAGGACGGAAAGACTGATGCATATCAACTTTGTCAATCTC
TGTTGCTCTTACATCTTGTTGCCTGATTATGCCAGCAAATTTTTCACGAACGGCCTTGGG
ACCAACACACAAGATATCAACAGAAGCCATTCTAGCCATAACTTTAGTCACCCTAGCTAA
GACAACAGAACCAGGCTCAGGAATAAGCCCATGTGCCTTGTGACCCGTAACTTCCACAAT
AGCTCTCTGGTCAGGAGAGTCGGGAAGAGAAGAAACAATCCGACGAGATCCAGTGAGGGA
AGCGTAGATTGTTTTGTCGTTGACGTAAGCTCCTTTGCCGGCTTTAAACTCAGCCACATT
CCCAAGTACATCTCCAGGCGTTACTATGTCCGTCATTTCAAGAGATTTCGACTGTTGATA
ACGAGGAAGAAGAGTACAAGGCAGAACACTATGGGGTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA74JQ U 1
AF RR1BW87JQ U 14
AF RR1BW87TF C 125
AF RR1DA74TF C 280
BS 1 179 RR1DA74JQ
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BS 181 670 RR1DA74JQ
BS 671 756 RR1BW87JQ
BS 757 882 RR1BW87TF

RD RR1DA74JQ 670 0 0
GCGAGTGTATCTTAAGTTATAAAATATTCTTCCGAGTTTAACAACATGCGAGTGTATCCA
TAAATATGCGAACAAGGGTAAGTTGCTCTGCTCTTTTCTCTACAACTTGATAACTAAACA
TCACAGTCTCAAGTACAAGGATGTTAAAAAAAGCTCAAAATTGTATCAATCTCATAAGTC
GTTCATGTTGTAGACACCATTATCAAAAAAACTATGAGGGAAGCCAAATATCATCTTGTA
TTCCAACTAGCCAACCTTGGCAACTTTTCTTGGCTCAGTTTGTCCCGACAAAGGGCATTG
CATCTCTGTCCAGCTAATCGGAACCATGGTTTCACCAGCAGCACTCTCCGCTGAGACCAC
GCCAAGCTCGTTCTTAGCAGTTGACAAATAGTAAGCCCGTGAGTCACCAAGGGACAGAAC
CATGGCTCTAACAATGTCACTAGGACGGAAAGACTGATGCATATCAACTTTGTCAATCTC
TGTTGCTCTTACATCTTGTTGCCTGATTATGCCAGCAAATTTTTCACGAACGGCCTTGGG
ACCAACACACAAGATATCAACAGAAGCCATTCTAGCCATAACTTTAGTCACCCTAGCTAA
GACAACAGAACCAGGCTCAGGAATAAGCCCATGTGCCTTGTGACCCGTAACTTCCACAAT
AGCTCTCTGG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1BW87JQ 743 0 0
AAGTTATAAAATATTCTTCCGAGTTTAACAACATGCGAGTGTATCCATAAATATGCGAAC
AAGGGTAAGTTGCTCTGCTCTTTTCTCTACAACTTGATAACTAAACATCACAGTCTCAAG
TACAAGGATGTTAAAAAAAGCTCAAAATTGTATCAATCTCATAAGTTGTTCATGTTGTAG
ACACCATTATCAAAAAAACTATGAGGGAAGCCAAATATCATCTTGTATTCCAACTAGCCA
ACCTTGGCAACTTTTCTTGGCTCAGTTTGTCCCGACAAAGGGCATTGCATCTCTGTCCAG
CTAATCGGAACCATGGTTTCACCAGCAGCACTCTCCGCTGAAACCACGCCAAGCTCGTTC
TTAGCAGTTGACAAATAGTAAGCCCGTGAGTCACCAAGGGACAGAACCATGGCTCTAACA
ATGTCACTAGGACGGAAAGACTGATGCATATCAACTTTGTCAATCTCTGTTGCTCTTACA
TCTTGTTGCCTGATTATGCCAGCAAATTTTTCACGAACGGCCTTGGGACCAACACACAAG
ATATCAACAGAAGCCATTCTAGCCATAACTTTAGTCACCCTAGCTAAGACAACAGAACCA
GGCTCAGGAATAAGCCCATGTGCCTTGTGACCCGTAACTTCCACAATAGCTCTCTGGTCA
GGAGAGTCGGGAAGAGAAGAAACAATCCGACGAGATCCAGTGAGGGAAGCGTAGATTGTT
TTGTCGTTGACGTAAGCTCCTTT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1BW87TF 758 0 0
AGTCTCAAGTACAAGGATGT**AAAAAAGCTCAAAATTGTATCAATCTCATAAGTTGTTC
ATGT*GTAGACACCATTATCAAAAAA*CTATGAGGGAAGCCAAATATCATCTTGTATTCC
AACTAGCCAACCTTGGCAACTTTTCTTGGCTCAGTTTGTCCCGACAAAGGGCATTGCATC
TCTGTCCAGCTAATCGGAACCATGGTTTCACCAGCAGCACTCTCCGCTGAGACCACGCCA
AGCTCGTTCTTAGCAGTTGACAAATAGTAAGCCCGTGAGTCACCAAGGGACAGAACCATG
GCTCTAACAATGTCACTAGGACGGAAAGACTGATGCATATCAACTTTGTCAATCTCTGTT
GCTCTTACATCTTGTTGCCTGATTATGCCAGCAAATTTTTCACGAACGGCCTTGGGACCA
ACACACAAGATATCAACAGAAGCCATTCTAGCCATAACTTTAGTCACCCTAGCTAAGACA
ACAGAACCAGGCTCAGGAATAAGCCCATGTGCCTTGTGACCCGTAACTTCCACAATAGCT
CTCTGGTCAGGAGAGTCGGGAAGAGAAGAAACAATCCGACGAGATCCAGTGAGGGAAGCG
TAGATTGTTTTGTCGTTGACGTAAGCTCCTTTGCCGGCTTTAAACTCAGCCACATTCCCA
AGTACATCTCCAGGCGTTACTATGTCCGTCATTTCAAGAGATTTCGACTGTTGATAACGA
GGAAGAAGAGTACAAGGCAGAACACTATGGGGTTTCCC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1DA74TF 596 0 0
TTGTCCCGACAAAGGGCATTGCATCTCTGTCCAGCTAATCGGAACCATGGTTTCACCAGC
AGCACTCTCCGCTGAGACCACGCCAAGCTCGTTCTTAGCAGTTGACAAATAGTAAGCCCG
TGAGTCACCAAGGGACAGAACCATGGCTCTAACAATGTCACTAGGACGGAAAGACTGATG
CATATCAACTTTGTCAATCTCTGTTGCTCTTACATCTTGTTGCCTGATTATGCCAGCAAA
TTTTTCACGAACGGCCTTGGGACCAACACACAAGATATCAACAGAAGCCATTCTAGCCAT
AACTTTAGTCACCCTAGCTAAGACAACAGAACCAGGCTCAGGAATAAGCCCATGTGCCTT
GTGACCCGTAACTTCCACAATAGCTCTCTGGTCAGGAGAGTCGGGAAGAGAAGAAACAAT
CCGACGAGATCCAGTGAGGGAAGCGTAGATTGTTTTGTCGTTGACGTAAGCTCCTTTGCC
GGCTTTAAACTCAGCCACATTCCCAAGTACATCTCCAGGCGTTACTATGTCCGTCATTTC
AAGAGATTTCGACTGTTGATAACGAGGAAGAAGAGTACAAGGCAGAACACTATG
CC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 4

CO CL3157Contig1 1018 4 15 U
CTTTTAATCACTCAAAGATGTACAGAATATAATTAGAATATCTTTCATACAAATGTCTAC
AAAATGGTTCTTCTTAGACCGATATATACTTAGAGATATATGAAAGACAGAATATAATTA
GAATATATTTATAAGTTAAATGCTGATGCAAGACGACATGGTAATCGTTTATGCATCAAG
GGAACTAAAGAAGCATAAGGGAAGTTATCCGATGCATGAGCTGGAGTTGGTGGGTAGACC
ATCATTCTTCTTCTTTGAATTAGGTATTGACATGAGGTAGAAGTGTGGTGAGTAACACTG
CAGATTCAATGCTCTCTCCTCTCATCCATACTTTAAAATCTCCATCAAAGTACCCATCCT
TATTCCACTCCTTGAGCTGCTTGAGAGAGAATGGTCCATGTACTTGTCCTTTAGGTAGTT
CATAGAACCACATCACTTGCTCCGGATCATGATGTGGTTCCACTCGACTGTCATTGTCAT
CATCAGCGTCATCATCACTGAGCACGATAATAATCTCTACTGCATTTGATAGAGGTTCTT
TTTTTTTGAGTTTCTCCCTAGCATTGGTCATTTCTCCCTTTTTGGCGCATTCAAACTTGG
CTTTAGGGCATGGAAGAGCTAATTCAATAACTTTCTCCATTGCTAAGCAACGGATTGTAC
TAATAGAAGAACGACAAGAAGGACACTTTTCCCCCAGTTTGGGAAAGCAACGAGGGCAAA
CGAAATGCCCATTCGGACACTGAATGATAGGAGCGGTGAGGAGCTCTGTACAAATTGGGC
AATTGAGTATACCAGCAGGCAGCTTCACGGAATCTGTGTTTGAGACACCATCCATTGTGG
AATTCAATCACGTTCCTCTTTTGGAGGAAGAAGACACTGAAGGGGTCAATCCAGTGGACC
AGTGCGAGACTGCGAGTCGTGGTGGGAAAAGGTGCGATTTGTACACTACACAATTAAACA
AAGCAAGAACAAACTGGAAAAAAAAGCATACCTCTTTTGGGAGGAAGAAGACACTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BB29JQ U 1
AF RR1A868JQ U 10
AF RR1A868TF C 145
AF RR1BB29TF C 145
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BS 841 943 RR1A868TF
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BS 969 969 RR1BB29TF
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RD RR1BB29JQ 794 0 0
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GAATATATTTATAAGTTAAATGCTGATGCAAGACGACATGGTAATCGTTTATGCATCAAG
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TTTTTTTGAGTTTCTCCCTAGCATTGGTCATTTCTCCCTTTTTGGCGCATTCAAACTTGG
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AATTGAGTATA
TCA

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1A868JQ 831 0 0
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CTTCTTAGACCGATATATACTTAGAGATATATGAAAGACAGAATATAATTAGAATATATT
TATAAGTTAAATGCTGATGCAAGACGACATGGTAATCGTTTATGCATCAAGGGAACTAAG
GAAGCATAAGGGAAGTTATCCGATGCATGAGCTGGAGTTGGTGGGTAGACCATCATTCTT
CTTCTTTGAATTAGGTATTGACATGAGGTAGAAGTGTGGTGAGTAACACTGCAGATTCAA
TGCTCTCTCCTCTCATCCATACTTTAAAATCTCCATCAAAGTACCCATCCTTATTCCACT
CCTTGAGCTGCTTGAGAGAGAATGGTCCATGTACTTGTCCTTTAGGTAGTTCATAGAACC
ACATCACTTGCTCCGGATCATGATGTGGTTCCACTCGACTGTCATTGTCATCATCAGCGT
CATCATCACTGAGCACGATAATAATCTCTACTGCATTTGATAGAGGTTCTTTTTTTTTGA
GTTTCTCCCTAGCATTGGTCATTTCTCCCTTTTTGGTGCATTCAAACTTGGCTTTAGGGC
ATGGAAGAGCTAATTCAATAACTTTCTCCATTGCTAAGCAACGGATTGTACTAATAGAAG
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CATTCGGACACTGAATGATAGGAGCGGTGAGGAGCTCTGTACAAATTGGGCAATTGAGTA
TACCAGCAGGCAGCTTCACGGAATCTGTGTTTGAGACACCATCCATTGTGG

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR1A868TF 874 0 0
GATGCA
AGACGACATGGTAATCGTTTATGCATCAAGGGAACTAAGGAAGCATAAGGGAAGT*ATCC
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CATGAGGTAGAAGTGTGGTGAGTAACACTGCAGATTCAATGCTCTCTCCTCTCATCCATA
CTTTAAAATCTCCATCAAAGTACCCATCCTTATTCCACTCCTTGAGCTGCTTGAGAGAGA
ATGGTCCATGTACTTGTCCTTTAGGTAGTTCATAGAACCACATCACTTGCTCCGGATCAT
GATGTGGTTCCACTCGACTGTCATTGTCATCATCAGCGTCATCATCACTGAGCACGATAA
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TTTCTCCCTTTTTGGTGCATTCAAACTTGGCTTTAGGGCATGGAAGAGCTAATTCAATAA
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CCCCCAGTTTGGGAAAGCAACGAGGGCAAACGAAATGCCCATTCGGACACTGAATGATAG
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CCTCTTTTGGGAGGAAGAAGACACTGCC

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DS 

RD RR1BB29TF 833 0 0
TGATGC
AGACGACATGGTAATCGTTTATGCATCAAGGGAACTAAAGAAGCATAAGGGAAGTTATCC
GATGCATGAGCTGGAGTTGGTGGGTAGACCATCATTCTTCTTCTTTGAATTAGGTATTGA
CATGAGGTAGAAGTGTGGTGAGTAACACTGCAGATTCAATGCTCTCTCCTCTCATCCATA
CTTTAAAATCTCCATCAAAGTACCCATCCTTATTCCACTCCTTGAGCTGCTTGAGAGAGA
ATGGTCCATGTACTTGTCCTTTAGGTAGTTCATAGAACCACATCACTTGCTCCGGATCAT
GATGTGGTTCCACTCGACTGTCATTGTCATCATCAGTGTCATCATCACTGAGCACGATAA
TAATCTCTACTGCATTTGATAGAGGTTCTTTTTTTTTGAGTTTCTCCCTAGCATTGGTCA
TTTCTCCCTTTTTGGCGCATTCAAACTTGGCTTTAGGGCATGGAAGAGCTAATTCAATAA
CTTTCTCCATTGCTAAGCAACGGATTGTACTAATAGAAGAACGACAAGAAGGACACTTTT
CTCCCAGTTTGGGAAAGCAACGAGGGCAAACGAAATGCCCATTTG*ACACTGAATGATAG
GAGCGGTGAGGAGCTCTGTACAAATTGGGCAATTGAGTATATCAGCAGGCGGCTTCACGG
AATCTGTGTTTGAGACACCATCCATTGTGGAATTCAATCACGTTCCTCTTTTGGAGGAAG
AAGACACTGAAGGGGTCAATCCAGTGGACCAGTGCGAGACTGCGAGTCGTGGTGGGAAAA
GGTGCGATTTGTACACTACACAATTAAACAAAGCAAGAACAAACTGG

QA 7 833 7 833
DS 



AS 1 3

CO CL3158Contig1 866 3 7 U
AGTTGATTTCGAACCCTAAGCTAAGGGGGTAAAGAGAGGTCTTTTCTCGGGAGACAAAAC
AGATAAACAGTGAGGGAGAAAGAAGGATGCAGAATCAGAGGCTGAAACAACAACAAGCAA
TGATGCAGCAAGCAATGATGCAACAACAACATCACTCTCTCTATCATCCTAGCCTCATGG
CTCCTCCTCCTCCTCAGATGGAGCCTCTGCCAAGTGGAAACCTTCCTCCTGGTTTTGATC
CCAGCACTTGCCGTAGTGTGTATGCTGGAAACATCCATACGCAGGTCACTGAGGTTCTTC
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AGTCATCATATGGATTTGTCCACTACTTTGATCAGAGATCTGCTGGTTTGGCTATCATGT
CTCTTAACGGAAGGCATCTATTTGGACAGCCTATCAAAGTTAATTGGGCGTATGCCACTG
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GGAAAAGTGTCGTTGAACTCACAAACGCTCAGAGGTGGTAGAGAGATCTCATCTCAACGA
AGAAGCTCTGAAACAATCCTCAGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX51TF U 1
AF RR1FP50TF U 59
AF RR1DT78TF U 81
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CTCCTCCTCCTCCTCAGATGGAGCCTCTGCCAAGTGGAAACCTTCCTCCTGGTTTTGATC
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GTGATGTGTGATCAGAAA
CTGGACGCTCG

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DS 

RD RR1FP50TF 682 0 0
GG
AGATAAACAGTGAGGGAGAAAGAAGGATGCAGAATCAGAGGCTGAAACAACAACAAGCAA
TGATGCAGCAAGCAATGATGCAACAACAACATCACTCTCTCTATCATCCTAGCCTCATGG
CTCCTCCTCCTCCTCAGATGGAGTCTCTGCCAAGTGGAAACCTTCCTCCTGGTTTTGATC
CCAGCACTTGCCGTAGTGTGTATGCTGGAAACATCCATACGCAGGTCACTGAGGTTCTTC
TTCAAGAGATTTTTGCTAGCACCGGCCCTGTTGAAAGCTGTAAACTCATCCGAAAGGATA
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CTCTTAACGGAAGGCATCTATTTGGACAGCCTATCAAAGTTAATTGGGCGTATGCCACTG
GTCAGAGGGAAGATACATCAAGCCATTTCAACATTTTT*GTTGGTGATCTCAGTCCAGAG
GTTACTGATGCAGCACTGTTTGAGAGCTTTTCTGGATTCAACACTTGCTCGGATGCAAGA
GTGATGTGGGATCAGAAAACTGGACGCTCGAGAGGCTTTGGGTTTGTTTCCTTCCGCAAT
CAGCAGGATGCTCAAACTGCCATAAATGAAATGAATGGTAAATGGATAAGTAGCAGACAG
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DS 

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G
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AACAACAACATCACTCTCTCTATCATCCTAGCCTCATGGCTCCTCCTCCTCCTCAGATGG
AGCCTCTGCCAAGTGGAAACCTTCCTCCTGGTTTTGATCCCAGCACTTGCCGTAGTGTGT
ATGCTGGAAACATCCATACGCAGGTCACTGAGGTTCTTCTTCAAGAGATTTTTGCTAGCA
CCGGCCCTGTTGAAAGCTGTAAACTCATCCGAAAGGATAAGTCATCATATGGATTTGTCC
ACTACTTTGATCAGAGATCTGCTGGTTTGGCTATCATGTCTCTTAACGGAAGGCATCTAT
TTGGACAGCCTATCAAAGTTAATTGGGCGTATGCCACTGGTCAGAGGGAAGATACATCAA
GCCATTTCAACATTTTT*GTTGGTGATCTCAGTCCAGAGGTTACTGATGCAGCACTGTTT
GAGAGCTTTTCTGGATTCAACACTTGCTCGGATGCAAGAGTGATGTGGGATCAGAAAACT
GGACGCTCGAGAGGCTTTGGGTTTGTTTCCTTCCGCAATCAGCAGGATGCTCAAACTGCC
ATAA*TGAAATGAATGGTAAATGGATAAGTAGCAGACAGATCAGATGCAACTGGGCGACA
AAGGGTGCTACTTTTGGGGAGGACAAACATAGCTCTGATGGAAAAGTGTCGTTGAACTCA
CAAACGCTCAGAGGTGGTAGAGAGATCTCATCTCAACGAAGAAGCTCTGAAACAATCCTC
AGTAT

QA 2 786 2 786
DS 



AS 1 4

CO CL3159Contig1 921 4 15 U
GGAAATGTACAAGCCAACAAAACCTTGGTGAGACCTCTTTTTGTAATAAACAGACCCTAA
ATACACCCTTTCTTTTTTTTTTCCTTGGAAAACTGAGAGAGAAACGAAGCACACAAGAAC
AGGTGAGTAAGTAAAACGAGTGATGACCGATGATCTACATGATTACACAAGAACATGTCC
TTTGTCTTCCCATCTCCCATTCTTCATCTGATAATCCCATCTCACTGGGCTCAAATTCTC
GAACTTGAGTGAGTTCACTACCACAAGCATCTGGCCACTTCACTTTCCGCTTTCCCAAAT
CCTCGTCACCACCAGTGAGGTCGCTAGCATCGTCATGGACGGTCAACGTCTCCTCGTCTT
CTTTGATATCCTCAAGAGTGCGTGACTCCACAACAGACGGCGGCCTCTTCAAGATGCTCC
TCAACGACAGTTTGAAAGCTTCTTTGCTGCTGTTATCATCATCATCATCAGCAGATTTAT
CTTTGTCCTTCTCAGGAAGAGCAACAACATCAGCTTTATTTGCCGCGCCGTGGTCTCTGT
CCTTCTCAGGAACAGCAACAGACTCTGGTGGTGGTAATGAAGATACAACGGGAGGATGCT
GCAGAGGTTCTACTTTAAGAGGACATGGGGTGGTGGTATCAAGTCCCGCGGAAGCGCCAC
CGCCGCAGCCACAAGAAAAACAAGAAAAAGAAGCGCAACCGCGGGAAACACGGTTCTTGA
TGGAATCCAGCGGAGAGAAGAAGGGGTTAGTAGTCTCCCCCAGACGAGGACGCTGAGAAG
AAAACCTCCTCCCTTCAACAGCAGGCAGTTACATTTGCTGAGGGATCAGCTCAGTGTATG
ACTTAAAGGTCAGCGCCGGCCTTTGAGATCGCCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTTTCTA
GTGTGAATCACAAATTGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B021JQ U 1
AF RR1B021TF C 43
AF RR1AZ14JQ U 83
AF RR1AZ14TF C 146
BS 1 258 RR1B021JQ
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BS 262 413 RR1B021JQ
BS 414 414 RR1AZ14JQ
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BS 734 767 RR1AZ14JQ
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ATACACCCTTTCTTTTTTTTTTCCTTGGAAAACTGAGAGAGAAACGAAGCACACAAGAAC
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TTTGTCTTCCCATCTCCCATTCTTCATCTGATAATCCCATCTCACTGGGCTCAAATTCTC
GAACTTGAGTGAGTTCAC***CACAAGCATCTGGCCACTTCACTTTCCGCTTTCCCAAAT
CCTCGTCACCACCAGTGAGGTCGCTAGCATCGTCATGGACGGTCAACGTCTCCTCGTCTT
CTTTGATATCCTCAAGAGTGCGTGACTCCACAACAGACGGCGGCCTCTTCAAGCTGCTCC
TTAACGACAGTTTGAAAGCTTCTTTGCTGCTGTTATCATCATCATCA***GCAGATTTAT
CTTTGTCCTTCTCAGGAAGAGCAACAACATCAGCTTTATTTGCTGCGCCGTGGTCTCTGT
CCTTCTCAGGAACAGCAACAGACTCTGGTGGTGGTAATGAAGATACAACGGGAGGATGCT
GCAGAGGTTCTACTTTAAGAGGACATGGGGTGGTGGTATCAAGTCCCGCGGAAGCGCCAC
CGCCGCAGCCACAAGAAAAACAAGAAAAGGAAGCGCAACCGCGGGAAACACGGTTCTTGA
TGGAATCCAGCGG
C

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DS 

RD RR1B021TF 692 0 0
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TTACACAAGAACATGTCCTTTGTCTTCCCATCTCCCATTCTTCATCTGATAATCCCATCT
CACTGGGCTCAAATTCTCGAACTTGAGTGAGTTCAC***CACAAGCATCTGGCCACTTCA
CTTTCCGCTTTCCCAAATCCTCGTCACCACCAGTGAGGTCGCTAGCATCGTCATGGACGG
TCAACGTCTCCTCGTCTTCTTTGATATCCTCAAGAGTGCGTGACTCCACAACAGACGGCG
GCCTCTTCAAGCTGCTCCTTAACGACAGTTTGAAAGCTTCTTTGCTGCTGTTATCATCAT
CATCA***GCAGATTTATCTTTGTCCTTCTCAGGAAGAGCAACAACATCAGCTTTATTTG
CTGCGCCGTGGTCTCTGTCCTTCTCAGGAACAGCAACAGACTCTGGTGGTGGTAATGAAG
ATACAACGGGAGGATGCTGCAGAGGTTCTACTTTAAGAGGACATGGGGTGGTGGTATCAA
GTCCCGCGGAAGCGCCACCGCCGCAGCCACAAGAAAAACAAGAAAAGGAAGCGCAACCGC
GGGAAACACGGTTCTTGATGGAATCCAGCGG
C

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1AZ14JQ 685 0 0
CCTTGGAAAACTGAGAGAGAAACGAAACACACAAGAACAGGTGAGTAAGTAAAACGAGTG
ATGACCGATGATCTACATGATTACACAAGAACATGTCCTTTGTCTTCCCATCTCCCATTC
TTCATCTGATAATCCCATCTCACTGGGCTCAAATTCTCGAACTTGAGTGAGTTCACTACC
ACAAGCATCTGGCCACTTCACTTTCCGCTTTCCCAAATCCTCGTCACCACCAGTGAGGTC
GCTAGCATCGTCATGGACGGTCAACGTCTCCTCGTCTTCTTTGATATCCTCAAGAGTGCG
TGACTCCACAACAGACGGCGGCCTCTTCAAGATGCTCCTCAACGACAGTTTGAAAGCTTC
TTTGCTGCTGTTATCATCATCATCATCAGCAGCTTTATCTTTGTCCTTCTCAGGAAGAGC
AACAACATCAGCTTTATTTGCCGCGCCGTGGTCTCTGTCCTTCTCAGGAACAGCAACAGA
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AGAAAAAGGAGCGCAACCGCGGGAAACACGGTTCTTGATGGAATCCAGCGGAGAGAAGAA
GGGGTTAGTAGTCTCCCCCAGACGA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1AZ14TF 776 0 0
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ATCTGATAATCCCATCTCACTGGGCTCAAATTCTCGAACTTGAGTGAGTTCACTACCACA
AGCATCTGGCCACTTCACTTTCCGCTTTCCCAAATCCTCGTCACCACCAGTGAGGTCGCT
AGCATCGTCATGGACGGTCAACGTCTCCTCGTCTTCTTTGATATCCTCAAGAGTGCGTGA
CTCCACAACAGACGGCGGCCTCTTCAAGATGCTCCTCAACGACAGTTTGAAAGCTTCTTT
GCTGCTGTTATCATCATCATCATCAGCAGCTTTATCTTTGTCCTTCTCAGGAAGAGCAAC
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TGGTGGTGGTAATGAAGATACAACGGGAGGATGCTGCAGAGGTTCTACTTTAAGAGGACA
TGGGGTGGTGGTATCAAGTCCCGCGGAAGCGCCACCGCCGCAGCCACAAGAAAAACAAGA
AAAAGGAGCGCAACCGCGGGAAACACGGTTCTTGATGGAATCCAGCGGAGAGAAGAAGGG
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CAGTTACATTTGCTGAGGGATCAGCTCAGTGTATGACTTAAAGGTCAGCGCCGGCCTTTG
AGATCGCCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTTTCTAGTGTGAATCACAAATTGGCCC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 4

CO CL3160Contig1 842 4 4 U
GGAGATTTTATTACAGAACACAAAAGTCTTCTCAATTCCTTGTCTGTAGGAAAGAAAGAC
TATCAAGCAAATCGCCATTAATTTACCGAAATAGTAAGTGTTTCGAAATTACAACAGTGG
GATTTTTTTTTGGTGATGATGAGAAGACAACGAGATGAAGAGTCTAGGGCTTTCCACGAC
CTATCGGCTCTTGTCCTGAGTCTCCTCCGTTCTCCGCCTATGTCGATCTCTCTCCCCGAT
CAATTCCCCGATTCCGTTCATCCAATCCGGCCTCGTTATTCGTCGGCGGCGACGCAGATA
TCTCCGTCGGGATTCGCGTCGCTGCTTCTAGGGATATCCTTGGCTCTTATGCTGTGTGGA
TCCGTGACCTTCTTCATTGGTTTCCTCTTGTTGCCTTGGGTGCTTGCTCTGATCACCGTT
TTCTACGTTGCTGGGATCGTTTCAGCCATTTCCTTGGCGGGGAGGTCGGTGCTCTTTTAC
GTCTTCACGCCACCTTCCTCCTCCAGGAAGGAGATTTCTGATTGGAAGCTTTTGTGATGT
GACGATGGGGACTTGCAAAACGCCCTATTATATCATCTGGCCTTCTGGTGAAGCAGGACA
ACAAAAGATGGATTGATTATAAGACGCAACAGTCCAATTAGAGTTTTTATTTCTTCTTTT
ATATAGTACTACTATGTATTCTCGGAGGGTTGGATAAAAAGCATGTGGATATTTGGGAGT
TTTTATAATCTTTTAGAGTTATAGAAACCTTTCTGATATTTTCGTGACAAAAAAAAAGAG
AAACCTTTCTGATTTGTACTTTTATTTCCATGGATGGTTTTATTATGTTACATGATTTTC
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 

AF RR1AJ37TF U 1
AF RR1G114TF U 37
AF RR1AJ37JQ C 50
AF RR1G114JQ C 487
BS 1 675 RR1AJ37TF
BS 676 676 RR1G114TF
BS 677 771 RR1AJ37TF
BS 772 842 RR1AJ37JQ

RD RR1AJ37TF 771 0 0
GGAGATTTTATTACAGAACACAAAAGTCTTCTCAATTCCTTGTCTGTAGGAAAGAAAGAC
TATCAAGCAAATCGCCATTAATTTACCGAAATAGTAAGTGTTTCGAAATTACAACAGTGG
GATTTTTTTTTGGTGATGATGAGAAGACAACGAGATGAAGAGTCTAGGGCTTTCCACGAC
CTATCGGCTCTTGTCCTGAGTCTCCTCCGTTCTCCGCCTATGTCGATCTCTCTCCCCGAT
CAATTCCCCGATTCCGTTCATCCAATCCGGCCTCGTTATTCGTCGGCGGCGACGCAGATA
TCTCCGTCGGGATTCGCGTCGCTGCTTCTAGGGATATCCTTGGCTCTTATGCTGTGTGGA
TCCGTGACCTTCTTCATTGGTTTCCTCTTGTTGCCTTGGGTGCTTGCTCTGATCACCGTT
TTCTACGTTGCTGGGATCGTTTCAGCCATTTCCTTGGCGGGGAGGTCGGTGCTCTTTTAC
GTCTTCACGCCACCTTCCTCCTCCAGGAAGGAGATTTCTGATTGGAAGCTTTTGTGATGT
GACGATGGGGACTTGCAAAACGCCCTATTATATCATCTGGCCTTCTGGTGAAGCAGGACA
ACAAAAGATGGATTGATTATAAGACGCAACAGTCCAATTAGAGTTTTTATTTCTTCTTTT
ATATAGTACTACTATTTATTCTCGGAGGGTTGGATAAAAAGCATGTGGATATTTGGGAGT
TTTTATAATCTTTTAGAGTTATAGAAACCTTTCTGATATTTTCGTGACAAA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1G114TF 715 0 0
GG
CTTGTCTGTAGGAAAGAAAGACTATCAAGCAAATCGCCATTAATTTACCGAAATAGTAAG
TGTTTCGAAATTACAACAGTGGGATTTTTTTTTGGTGATGATGAGAAGACAACGAGATGA
AGAGTCTAGGGCTTTCCACGACCTATCGGCTCTTGTCCTGAGTCTCCTCCGTTCTCCGCC
TATGTCGATCTCTCTCCCCGATCAATTCCCCGATTCCGTTCATCCAATCCGGCCTCGTTA
TTCGTCGGCGGCGACGCAGATATCTCCGTCGGGATTCGCGTCGCTGCTTCTAGGGATATC
CTTGGCTCTTATGCTGTGTGGATCCGTGACCTTCTTCATTGGTTTCCTCTTGTTGCCTTG
GGTGCTTGCTCTGATCACCGTTTTCTACGTTGCTGGGATCGTTTCAGCCATTTCCTTGGC
GGGGAGGTCGGTGCTCTTTTATGTCTTCACGCCACCTTCCTCCTCCAGGAAGGAGATTTC
TGATTGGAAGCTTTTGTGATGTGACGATGGGGACTTGCAAAACGCCCTATTATATCATCT
GGCCTTCTGGTGAAGCAGGACAACAAAAGATGGATTGATTATAAGACGCAACAGTCCAAT
TAGAGTTTTTATTTCTTCTTTTATATAGTACTACTATGTATTCTCGGAGGGTTGGATAAA
AAGCATGTGGATATTTGGGAGTTTTTATA*TCTTTTAGAGT*ATAGAAACCTT

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR1AJ37JQ 793 0 0
GAAAGAAAGACTATCAAGCAAATCGCCATTAATTTACCGAAATAGTAAGTGTTTCGAAAT
TACAACAGTGGGATTTTTTTTTGGTGATGATGAGAAGACAACGAGATGAAGAGTCTAGGG
CTTTCCACGACCTATCGGCTCTTGTCCTGAGTCTCCTCCGTTCTCCGCCTATGTCGATCT
CTCTCCCCGATCAATTCCCCGATTCCGTTCATCCAATCCGGCCTCGTTATTCGTCGGCGG
CGACGCAGATATCTCCGTCGGGATTCGCGTCGCTGCTTCTAGGGATATCCTTGGCTCTTA
TGCTGTGTGGATCCGTGACCTTCTTCATTGGTTTCCTCTTGTTGCCTTGGGTGCTTGCTC
TGATCACCGTTTTCTACGTTGCTGGGATCGTTTCAGCCATTTCCTTGGCGGGGAGGTCGG
TGCTCTTTTACGTCTTCACGCCACCTTCCTCCTCCAGGAAGGAGATTTCTGATTGGAAGC
TTTTGTGATGTGACGATGGGGACTTGCAAAACGCCCTATTATATCATCTGGCCTTCTGGT
GAAGCAGGACAACAAAAGATGGATTGATTATAAGACGCAACAGTCCAATTAGAGTTTTTA
TTTCTTCTTTTATATAGTACTACTATTTATTCTCGGAGGGTTGGATAAAAAGCATGTGGA
TATTTGGGAGTTTTTATAATCTTTTAGAGTTATAGAAACCTTTCTGATATTTTCGTGACA
AAAAAAAAGAGAAACCTTTCTGATTTGTACTTTTATTTCCATGGATGGTTTTATTATGTT
ACATGATTTTCTT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1G114JQ 356 0 0
ACGCCACCTTCCTCCTCCAGGAAGGAGATTTCTGATTGGAAGCTTTTGTGATGTGACGAT
GGGGACTTGCAAAACGCCCTATTATATCATCTGGCCTTCTGGTGAAGCAGGACAACAAAA
GATGGATTGATTATAAGACGCAACAGTCCAATTAGAGTTTTTATTTCTTCTTTTATATAG
TACTAATATGTATTCTCGGAGGGTTGGATAAAAAGCATGTGGATATTTGGGAGTTTTTAT
AATCTTTTAGAGTTATAGAAACCTTTCTGATATTTTCGTGACAAAAAAAAA*AGAAACCT
TTCTGATTTGTACTTTTATTTCCATGGATGGTTTTATTATGTTACATGATTTTCTT

QA 1 356 1 356
DS 



AS 1 4

CO CL3161Contig1 695 4 13 U
GGGAGACAAGAAGACTTCACATTGAGCTAGCTCGAGAAGGGGAACAAATGGCGAATCAGA
TTCCAGAGAGCAATCAACCGTCGAATACGCAGACCTACGGCTTTCCGATCTACGCAGCCG
ACTGGATCCCGGAAGAAACCGTCAGATCGAAAATCGACAAGGATCAGAACAACTCCGAAG
ATGACGGCAGCGAGTCTTCTTCTTCTCCGTCTTCGTCGACGACCTCCCGGAGCTGCATCG
TTTTGGCGGGAGGAGGCGGAGAGGGACGAAGCGGGATCGCTAACGTCGTCTTAATCTGTC
GTGTTGATCTCGACACCAAATCTCTGTCCGAACAACCTGTGGGTAGGATTGTGCTTGGTA
CTGATCTGCCTTACAGGATGGCTGTTCATCCTCGTGGAGGTGGTCTTGTTTGCGCATTGC
CTAACAGTTGCAAACGGTTTGATTGGGAGAACATTATGAGTCCAAGAGAGGCTGGTGAAG
ATGGAGAGGAAGTGATTAAGGAATTGAAGGACGTGGGACAACAGTTAGCTTTGGCGTTTA
ATCAGGAGGGGTCCGTGCTTGCTGCTGGTGGAGAGGATGGGACTTTGAGGATTTTTGAAT
GGCCTAGTATGAAAACGTTACTTGATGAGTCTAAGGCACATTCATCAGTTAAAAACCTAA
CTTTCAGCGAAAGTGGTAAGTTTCTTGTGTCACTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1D444TF U 1
AF RR1GW62TF U 11
AF RR1GH29TF U 1
AF RR1BA89TF U 12
BS 1 540 RR1D444TF
BS 541 545 RR1GH29TF
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BS 573 589 RR1GH29TF
BS 590 590 RR1BA89TF
BS 591 635 RR1GH29TF
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BS 656 694 RR1GH29TF
BS 695 695 RR1BA89TF

RD RR1D444TF 542 0 0
GGGAGACAAGAAGACTTCACATTGAGCTAGCTCGAGAAGGGGAACAAATGGCGAATCAGA
TTCCAGAGAGCAATCAACCGTCGAATACGCAGACCTACGGCTTTCCGATCTACGCAGCCG
ACTGGATCCCGGAAGAAACCGTCAGATCGAAAATCGACAAGGATCAGAACAACTCCGAAG
ATGACGGCAGCGAGTCTTCTTCTTCTCCGTCTTCGTCGACGACCTCCCGGAGCTGCATCG
TTTTGGCGGGAGGAGGCGGAGAGGGACGAAGCGGGATCGCTAACGTCGTCTTAATCTGTC
GTGTTGATCTCGACACCAAATCTCTGTCCGAACAACCTGTGGGTAGGATTGTGCTTGGTA
CTGATCTGCCTTACAGGATGGCTGTTCATCCTCGTGGAGGTGGTCTTGTTTGCGCATTGC
CTAACAGTTGCAAACGGTTTGATTGGGAGAACATTATGAGTCCAAGAGAGGCTGGTGAAG
ATGGAGAGGAAGTGATTAAGGAATTGAAGGACGTGGGACAACAGTTAGCTTTGGCGTTTA
AT

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1GW62TF 530 0 0
GG
GACTTCACATTGAGCTAGCTCGAGAAGGGGAACAAATGGCGAATCAGATTCCAGAGAGCA
ATCAACCGTCAAATACGCAGACCTACGGCTTTCCGATCTACGCAGCCGACTGGATCCCGG
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AGTCTTCTTCTTCTCCGTCTTCGTCGACGACCTCCCGGAGCTGCATCGTTTTGGCGGGAG
GAGGCGGAGAGGGACGAAGCGGGATCGCTAACGTCGTCTTAATCTGTCGTGTTGATCTCG
ACACCAAATCTCTGTCCGAACAACCTGTGGGTAGGATTGTGCTTGGTACTGATCTGCCTT
ACAGGATGGCTGTTCATCCTCGTGGGGGTGGTCTTGTTTGCGCATTGCCTAACAGTTGCA
AACGGTTTGATTGGGAGAACATTATGAGTCCAAGAGAGGCTGGTGAAGATGGAGAGGAAG
TGATTAAGGAATTGAAGGACGTGGGACAACAGTTAGCTTTGGCGTTTA

QA 3 530 3 530
DS 

RD RR1GH29TF 694 0 0
GGGAGACAAGAAGACTTCACATTGAGCTAGCTCGAGAAGGGGAACAAATGGCGAATCAGA
TTCCAGAGAGCAATCAACCGTCGAATACGCAGACCTACGGCTTTCCGATCTACGCAGCCG
ACTGGATCCCGGAAGAAACCGTCAGATCGAAAATCGACAAGGATCAGAACAACTCCGAAG
ATGACGGCAGCGAGTCTTCTTCTTCTCCGTCTTCGTCGACGACCTCCCGGAGCTGCATCG
TTTTGGCGGGAGGAGGCGGAGAGTGACGAAGCGGGATCGCTAACGTCGTCTTAATCTGTC
GTGTTGATCTCGACACCAAATCTCTGTCCGAACAACCTGTGGGTAGGATTGTGCTTGGTA
CTGATCTGCCTTACAGGATGGCTGTTCATCCTCGTGGAGGTGGTCTTGTTTGCGCATTGC
CTAACAGTTGCAAACGGTTTGATTGGGAGAACATTATGAGTCCAAGAGAGGCTGGTGAAG
ATGGAGAGGAAGTGATTAAGGAATTGAAGGGCGTGGGACAACAGTTAGCTTTGGCGTTTA
ATCAG*AGGGGTCCGTGCTTGCTGCTGGTGGGGAGGATGGGACTTTGAG*ATTTTTGAAT
GGCCTAGTATGAAAACGTTACTTGATGAGTCTAAG*CACATTCATCAGTTAAAA*CCTAA
CTTTCAGCGAAAGTGGTAAGTTTCTTGTGTCACT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1BA89TF 684 0 0
G
GACTTCACATTGAGCTAGCTCGAGAAGGGGAACAAATGGCGAATCAGATTCCAGAGAGCA
ATCAACCGTCGAATACGCAGACCTACGGCTTTCCGATCTACGCAGCCGACTGGATCCCGG
AAGCAACCGTCAGATCGAAAATCGACAAGGATCAGAACAACTCCGAAGATGACGGCAGCG
AGTCTTCTTCTTCTCCGTCTTCGTCGACGACCTCCCGGAGCTGCATCGTTTTGGCGGGAG
GAGGCGGAGAGGGACGAAGCGGGATCGCTAACGTCGTCTTAATCTGTCGTGTTGATCTCG
ACACCAAATCTCTGTCCGAACAACCTGTGGGTAGGATTGTGCTTGGTACTGATCTGCCTT
ACAGGATGGCTGTTCATCCTCGTGGAGGTGGTCTTGTTTGCGCATTGCCTAACAGTTGCA
AACGGTTTGATTGGGAGAACATTATGAGTCCAAGAGAGGCTGGTGAAGATGGAGAGGAAG
TGATTAAGGAATTGAAGGACGTGGGACAACAGTTAGCTTTGGCGTTTAATCAGGAGGGGT
CCGTGCTTGCTGCTGGTGGAGAGGATGGGACTTTGAGGATTTTTGAATGGCCTAGTATGA
AAACGTTACTTGATGAGTCTAAGGCACATTCATCAGTTAAAAACCTAACTTTCAGCGAAA
GTGGTAAGTTTCTTGTGTCACTT

QA 2 684 2 684
DS 



AS 1 4

CO CL3162Contig1 995 4 6 U
GGAACTTAGATTACATCGATCACTTCAAAGAAAATCGTCTCTTCCTCGTCGATACAAGTT
TGCTAACTTTCCGACAAAAGAAAAAACAAGAGTTCAATGGCAGTTTCTAGTGCTCTAACA
ATCCCTCCAAAAAAACTTCGGTCTGATCTTTACTCTTACTCGAACCAAGATAATACCAAG
ACACCTTTGGTTATCTCTGTTCTAGCTTCTCTTATCGACCGAACTCTAACTCGGAACCAG
AGGATCAATCGTAGAGCTTCGCCGGCGTCGCCTACTTCCGGCCGGAGTGGCAAAACCCAG
ATCTTCGATTGCCGTGAAATACCAGATATGACCATCCAATCGTACCTAGAGAGAATTTTC
CGGTACACTAAAGCCGGTCCATCGGTTTACGTGGTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTC
CGTCAACTAAATCCCGGTTTTAGAATCAGTCTCGCTAATGTACATCGTCTCCTCATCACC
ACCATCATGATCGCTTCTAAATACGTCGAAGATTTGAACTACAGAAATCCATATTTCGCG
AAAGTAGGTGGATTAGAGACAGAGGATTTGAACAGATTAGAGTTAGAGTTTCTGTTCTCG
GTGGGGTTCAAGCTACATGTCAATGTGAGTGTGTTCGAGAGTTATTGTTGTCATCTTGAG
AGAGAGGTTAGCTTTGGAGGAGGTTATCAGATTGAGAAGGCATTGCGTTGCGCCGAAGAG
ATCAAATCCAGACAAATGATCGTTCAAGATCCTAAACATCATCACCACCACCAGCTTGCT
CGAGTCTTGTTGTAGAAAAAGAAACTCTTCTTTTTTATTTATAGTTTAGTCGTTTTGTGC
TTGTGATCTTGACTTTCTGTTTGTTAGAGTTACTTTTGGCTCGGTATTGGTGTAAATGTA
AATATAATTTAGAGATGAGCAGTGATGTAAGTACGAGCATTGAATATTTGTATATAGATT
CACTATCTATTGAACTTGAGAAAATCGTTTCATTG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC88TF U 1
AF RR1CV83TF U 2
AF RR1CV83JQ C 509
AF RR1DC88JQ C 290
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BS 670 678 RR1DC88TF
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RD RR1DC88TF 678 0 0
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TGCTAACTTTCCGACAAAAGAAAAAACAAGAGTTCAATGGCAGTTTCTAGTGCTCTAACA
ATCCCTCCAAAAAAACTTCGGTCTGATCTTTACTCTTACTCGAACCAAGATAATACCAAG
ACACCTTTGGTTATCTCTGTTCTAGCTTCTCTTATCGACCGAACTCTAACTCGGAACCAG
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CGGTACACTAAAGCCGGTCCATCGGTTTACGTGGTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTC
CGTCAACTAAATCCCGGTTTTAGAATCAGTCTCGCTAATGTACATCGTCTCCTCATCACC
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AGAGAGGT*AGCTTTGGA

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DS 

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GG
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TAACTTTCCGACAAAAGAAAAAACAAGAGTTCAATGGCAGTTTCTAGTGCTCTAACAATC
TCTCCAAAAAAACTTCGGTCTGATCTTTACTCTTACTCGAACCAAGATAATACCAAGACA
CCTTTGGTTATCTCTGTTCTAGCTTCTCTTATCGACCGAACTCTAACTCGGAACCAGAGG
ATCAATCGTAGAGCTTCGCCGGCGTCGCCTACTTCCGGCCGGAGTGGCAAAACCCAGATC
TTCGATTGCCGTGAAATACCAGATATGACCATCCAATCGTACCTAGAGAGAATTTTCCGG
TACACTAAAGCCGGTCCATCGGTTTACGTGGTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTCTGT
CAACTAAATCCCGGTTTTAGAATCAGTCTCGCTAATGTACATCGTCTCCTCATCACCACC
ATCATGATCGCTTCTAAATACGTCGAAGATTTGAACTACAGAAATCCATATTTCGCGAAA
GTAGGTGGATTAGAGACAGAGGATTTGAACAGATTAGAGTTAGAGTTTCTGTTCTCGGTG
GGGTTCAAGCTACATGTCAATGTGAGTGTGTTCGAGAGTTATTGTTGTCATCTTGAGAGA

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DS 

RD RR1CV83JQ 447 0 0
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TGAACAGATTAGAGTTAGAGTTTCTGTTCTCGGTGGGGTTCAAGCTACATGTCAATGTGA
GTGTGTTCGAGAGTTATTGTTGTCATCTTGAGAGAGAGGTTAGCTTTGGAGGAGGTTATC
AGATTGAGAAGGCATTGCGTTGCGCCGAAGAGATCAAATCCAGACAAATGATCGTTCAAG
ATCCTAAACATCATCACCACCACCAGCTTGCTCGAGTCTTGTTGTAGAAAAAGAAACTCT
TCTTTTTTATTTATAGTTTAGTCGTTTTGTGCTTGTGATCTTGACTTTCTGTTTGTTAGA
GTTACTTTTGGCTCGGTATTGGTGTAAATGTAAATATAATTTAGAGATGAGCAGTGATGT
AAGTACGAGCATTGAATATTTGTATAT

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DS 

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AGAGAATTTTCCGGTACACTAAAGCCGGTCCATCGGTTTACGTGGTGGCTTATGTCTACA
TTGACCGGTTCCGTCAACTAAATCCCGGTTTTAGAATCAGTCTCGCTAATGTACATCGTC
TCCTCATCACCACCATCATGATCGCTTCTAAATACGTCGAAGATTTGAACTACAGAAATT
CATATTTCGCGAAAGTAGGTGGATTAGAGACAGAGGATTTGAACAGATTAGAGTTAGAGT
TTCTGTTCTCGGTGGGGTTCAAGCTACATGTCAATGTGAGTGTGTTCGAGAGTTATTGTT
GTCATCTTGAGAGAGAGGTTAGCTTTGGAGGAGGTTATCAGATTGAGAAGGCATTGCGTT
GCGCCGAAGAGATCAAATCCAGACAAATGATCGTTCAAGATCCTAAACATCATCACCACC
ACCAGCTTGCTCGAGTCTTGTTGTAGAAAAAGAAACTCTTCTTTTTTATTTATAGTTTAG
TCGTTTTGTGCTTGTGATCTTGACTTTCTGTTTGTTAGAGTTACTTTTGGCTCGGTATTG
GTGTAAATGTAAATATAATTTAGAGATGAGCAGTGATGTAAGTACGAGCATTGAATATTT
GTATATAGATTCACTATCTATTGAACTTGAGAAAATCGTTTCATTG

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 4

CO CL3163Contig1 871 4 10 U
GGGGGCTCTATAAATTACCAAAACATTCAGAACCTTTCTTCTTCACCAACAACTAAAGAT
GGCAGAAGAGGTGATTCTTTTGGATTACTGGGCGAGCGTGTTTGGGATGAGGACAAGGAT
TGCTCTGGATGAGAAAGGAGTGAAATATGAATACAGAGAAGAAGATCTAAGTAACAAGAG
CTCTTTGCTTCTTGAGATGAACCCAATTCACAAGAAGATTCCTGTTTTGATTCACAATGG
CAAACCCATCTGCGAATCCATAATACAGGTTGAGTACATCGATCAAGTCTGGCCTGGTAC
AAACCCTATTCTCCCATCTGATCCTTACCAGAGAGCTCAGGCT*GATTCTGGTCAGACTA
CATAGACAAGAAGACGAGCGGACCCTGCAAAGGTTTACATAGAGAAACAGGGGAGAAACA
AGAGGCAGCAAAGATGGAGTTTATCGAAGTGCTCAAGACCCTTGACTCGGAGCTAGGAGA
CAAATCATTCTTCGGCTGAAACGAGTTTGGGCTCGTGGACATTGCCTTTATAGGATTCTA
CAGTTGGTTCCGTACGTACGAGGTCATTGCAAATTTCAGCATTGTGGCAGAGTATCCTAA
GTTAATTGCTTGGGCAGAGAGGTGTTTGAAGAGAGAAAGTGTGGCTAAGGTCTTGCCCGA
CTCTGATAAGGTGCTAAAATCAGTCTCTGACTATCGGAAGAATATTTTAGGAATCAACTA
GATTCATATGCAGAACGTCCCATATTATGTTATATTTTCCTTAAAGATGTATTTCTCCGC
AATAATTATTATATAACATTATATCCCAACGAACTATGATCTTGTGTTAGATTATTATGA
ATTGAAAATTACAGAATTTATTTCGAACCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH70TF U 1
AF RR1BX31TF U 45
AF RR1BS74TF U 85
AF RR1CH70JQ C 124
BS 1 644 RR1CH70TF
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BS 782 805 RR1BS74TF
BS 806 871 RR1CH70JQ

RD RR1CH70TF 644 0 0
GGGGGCTCTATAAATTACCAAAACATTCAGAACCTTTCTTCTTCACCAACAACTAAAGAT
GGCAGAAGAGGTGATTCTTTTGGATTACTGGGCGAGCGTGTTTGGGATGAGGACAAGGAT
TGCTCTGGATGAGAAAGGAGTGAAATATGAATACAGAGAAGAAGATCTAAGTAACAAGAG
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CAAACCCATCTGCGAATCCATAATACAGGTTGAGTACATCGATCAAGTCTGGCCTGGTAC
AAACCCTATTCTCCCATCTGATCCTTACCAGAGAGCTCAGGCT*GATTCTGGTCAGACTA
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AGAGGCAGCAAAGATGGAGTTTATCGAAGTGCTCAAGACCCTTGACTCGGAGCTAGGAGA
CAAATCATTCTTCGGCTGAAACGAGTTTGGGCTCGTGGACATTGCCTTTATAGGATTCTA
CAGTTGGTTCCGTACGTACGAGGTCATTGCAAATTTCAGCATTGTGGCAGAGTATCCTAA
GTTAATTGCTTGGGCAGAGAGGTGTTTGAAGAGAGAAAGTGTGG

QA 1 644 1 644
DS 

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QA 1 737 1 737
DS 

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GG
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CTGACTATCGGAAGAATATTTTAGGAATCAACTAGATTCATATGTAGAACGTCCCATATT
ATGTTATATTTTCCTTAAAGATGTATTTCTCCGCAATAATTATTATATAACATTATATC

QA 3 721 3 721
DS 

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AATTATTATATAACATTATATCCCAACGAACTATGATCTTGTGTTAGATTATTATGAATT
GAAAATTACAGAATTTATTTCGAACCAA

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 4

CO CL3164Contig1 1261 4 4 U
GGAGTGCTCCACTCAATCTTCTTCTTTCACCAAAACAACAGCTGCTAGGGAGAGAGAGAG
AGAGAGCCAAACTCTATCCCTCAAGCTCTCAAGAGAATCAAACTCCAAAGATGAGCAGTT
TCTACGAGCATTACGAGTTCCCATACGATTCCAACCAGGTTCATCATCTCTACGATCATA
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GTTATAATAACTGGAATGGATCTGAGTACGAGTATGAGTATGAGACAGCCTCTGCATCTG
TTGCTTACTCTGTCTCCACCTTGTCTGAGCCGAAGCACTTGTTCTATGATCCGAGTTACT
ACACAACAACAACAACCTACGAGTCTCCTCCTCAGTTCAGTATCTACTGCAATGTTCAAG
GCTTCAACGAGCCGGAGTTCGAAGAGTACGATCCCACGCCGTACGGCGGTGGCTATGATA
TCGTTGCGACATACGGGAAACCTCTTCCTCCGTCGATGAAAACTTGTTACCCTTCTTCAA
CCGCTGATCAAGGTAAACCTCCTTCTCCTCCGGAGATCATCGCTCCTGTTCCTCTTGGAA
TCTATGGTGGTGGTGAAGAAAAGAAAGCTGTCAAGAAACATGTGACTTTCTCTGAGCCGT
TAGAGGAAGCTAAACCGTTAGAAACCATTAAAGAAGAAGAAGAACATGATCATCAAGAAG
AGGCAGAGGAAGAGGATGAAGAGGAAGAGGAAGATCCCAGTTCAAACAATGAAACTGTAG
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TCTGTGAGGTTATATTCGGAGGCTATTTTCCTTGTATCTTACGTAACAAAAGACGCCAGG
AGGATGAGAATCGTGCGGCTGAAGTTACTTGCTGGGAGAGCACAGATTTTGATCCGTGGA
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G


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 

AF RR1BF79TF U 1
AF RR1GK45TF U 1
AF RR1GK45JQ C 877
AF RR1BF79JQ C 535
BS 1 695 RR1BF79TF
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RD RR1BF79TF 695 0 0
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AGAGAGCCAAACTCTATCCCTCAAGCTCTCAAGAGAATCAAACTCCAAAGATGAGCAGTT
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GTTATAATAACTGGAATGGATCTGAGTACGAGTATGAGTATGAGACAGCCTCTGCATCTG
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GCTTCAACGAGCCGGAGTTCGAAGAGTACGATCCCACGCCGTACGGCGGTGGCTATGATA
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CCGCTGATCAAGGTAAACCTCCTTCTCCTCCGGAGATCATCGCTCCTGTTCCTCTTGGAA
TCTATGGTGGTGGTGAAGAAAAGAAAGCTGTCAAGAAACATGTGACTTTCTCTGAGCCGT
TAGAGGAAGCTAAACCGTTAGAAACCATTAAAGAA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1GK45TF 696 0 0
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AGGG**CCAAACTCTATCCCTCAAGCTCTCAAGAGAATCAAACTCCAAAGATGAGCAGTT
TCTACGAGCATTACGAGTTCCCATACGATTCCAACCAGGTTCATCATCTCTACGATCATA
ACTTTTATGATAACAATCAACATCAGCAGTTTGGTTTTGATCCAATGAGTTATAATAATA
GTTATAATAACTGGAATGGATCTGAGTACGAGTATGAGTATGAGACAGCCTCTGCATCTG
TTGCTTACTCTGTCTCCACCTTGTCTGAGCCGAAGCACTTGTTCTATGATCCGAGTTACT
ACACAACAACAACAACCTACGAGTCTCCTCCTCAGTTCAGTATCTACTGCAATGTTCAAG
GCTTCAACGAGCCGGAGTTCGAAGAGTACGATCCCACGCCGTACGGCGGTGGCTATGATA
TCGTTGCGACATACGGGAAACCTCTTCCTCCGTCGATGAAAACTTGTTACCCTTCTTCAA
CCGCTGATCAAGGTAAACCTCCTTCTCCTCCGGAGATCATCGCTCCTGTTCCTCTTGGAA
TCTATGGTGGTGGTGAAGAAAAGAAAGCTGTCAAGAAACATGTGACTTTCTCTGAGCCGT
TAGAGGAAGCTAAACCGTTAGAAACCATTAAAGAA
G

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1GK45JQ 382 0 0
TCTTACGTAACAAAAGACGCCAGGAGGATGAGAATCGTGCGGCTGAAGTTACTTGCTGGG
AGAGCACAGATTTTGATCCGTGGAAGACGACTTCAGACTACCTTTTCGGGGATTCGTATC
CGTATGGTTATGGGGATGGTGTTGGAAGAAGACAGTTTGAGATCTCCTCTTATGGTTATT
TGAGGTGTTAACTGGAATTGTCACGATCATCAGATGTGTCAAAGTTATGTGGTGAGAGCA
ATATTTTTTTTT*ATTATTGATGAAGCTGATTCGTTTTAGTATATACAATGATGATCTTT
CTTGTATGGTTGGTCCAACGTTCTTATGAAAAGATATTCCAGGTTGATCGATCAATATAA
ATGTTACAAAAACTTCCTTCTT

QA 1 382 1 382
DS 

RD RR1BF79JQ 727 0 0
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TTGGAATCTATGGTGGTGGTGAAGAAAAGAAAGCTGTCAAGAAACATGTGACTTTCTCTG
AGCCGTTAGAGGAAGCTAAACCGTTAGAAACCATTAAAGAAGAAGAAGAACATGATCATC
AAGAAGAGGCAGAGGAAGAGGATGAAGAGGAAGAGGAAGATCCCAGTTCAAACAATGAAA
CTGTAGACGAAGTTGAAGTGAAAGCTCTGTATGTTCCGTCTGGTTACGGCTTAGAAGCGA
CGGATCTCTGTGAGGTTATATTCGGAGGCTATTTTCCTTGTATCTTACGTAACAAAAGAC
GCCAGGAGGATGAGAATCGTGCGGCTGAAGTTACTTGCTGGGAGAGCACAGATTTTGATC
CGTGGAAGACGACTTCAGACTACCTTTTCGGGGATTCGTATCCGTATGGTTATGAGGATG
GTGTTGGAAGAAGGCAGTTTGAGATCTCCTCTTATGGTTATTTGAGGTGTTAACTGGAAT
TGTCACGATCATCAGATGTGTCAAAGTTATGTGGTGAGAGCAATATTTTTTTTTTATTAT
TGATGAAGCTGATTCGTTTTAGTATATACAATGATGACCTTTCTTGTATGGTTGGTCCAA
CGTTCTTATGAAAAGATATTCCAGGTTGATCGATCAATATAAATGTTACAAAAACTTCCT
TCTTAAG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 3

CO CL3165Contig1 1414 3 13 U
CACTTGGAAAAATGTTTGTTCAAAAAAAAAAAGACTTGGAAAAATGTAATGGAGAACTGG
CACTGTTTGGACGAGGGAAGCTTGTAAGAGAACTAGGCAATTGATAATCTATCTATTTAC
AACTTCTCTAATTCTCTTACATAATTATCAAACAGCACATGATAAATTTAGAATCATCCC
TACCGTTAGGGTTGTACAGCTAGGCTAGCTTGGTCTCTCGCTGCATCCCTACCGTTGGGT
TGTACAACTAGGCTAGCTTGGTCTCTCACTGCATTCGCACGTGCAGTCCTCTTGTTCTTT
CTTCAAAGTCTGAAGTTGGTTTTGAAGGCCTTTGATATGTTGTACAGCTAAATCAAGCAT
GTCCGAATAGCTTGTTTACTTATCCATGTTGGGGACAAGATCTTGTAGCTTCTTAAGTCT
CCCACTTATTCTCGTTCTCCTCTCCCGCTCGGCGATGCTTCTCGGGTGGGTGGCGAAGCC
ACGTTTGGCCCGAACTTTGCATGGTACAAAATCTTCGGGAAGCTGCATGTAGTTATCCAT
GTAGTTCATTGAAGTGTCTGAAGGAAGACTATACTGGGAAAAGAGACCTGAGCTCATGTC
CTTGGGTCGTTTAGTAGGTCGCGTCACAGTAAAACCTATTGAACCGGAACCGTCATCCCA
AGAATCAGTGGCGGCACCAAAGCCGGCCGCGGAAAACGAATGGCCCGAACCTTCGTGGAC
AGATGTCTCATTGACATCAGAGATCCTAGAAAGTGGGTCGTGACTCGTGAAGCTTAGCTG
AGACTTGAGCCTCGATGGCCCACGTCCTGCATTAGACCCTCCTTGCTGATTATAATCACT
GGTTGGTTGGTTCAACGAGAAGCTGTTTTTTTCACCGGAGAGGTAGCTGAAGAAGTCAGC
GGGAGAGCTACGTTGCCTAGCGAGAGAGTAAGATCCAGAGCTACTTCCTCCTCCTCCTCC
TCCGACGTTGTTGTTGATCTTTTGCTGTGAGATCTCGTTGAATCCACCGTAGGATCTGTC
CAGGAGGAGATCTTTGTTATTGTTATTGTTATTGCCAAGATGTTTCTGTCCGTCCGATGA
GTTGACTCCGCAAGTCAGGGACTCTGATCTCAGCGAGGAAGAATCAGCTCCGGCGAAGAA
ATCACCGAGGAAGTTATCCGGCGGCGGAAAGTTGAAGTCTCGAGCGTTTGACCCTCCAAT
GACTTCGTCCACCATAGAGTTCAGAAGCGATCCGGGAGCTGACCCGTATCGGATCAGTCC
CGCGCCGCCGCCGGGAAGCGATGATCTTTGTGATGATGATGACGTGGAGGAAGATGATTG
GTACATGACTTGTTCTATCACCAAATGGAGCCGGAGGTAGAGGGAAAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGATGTAAAAGACGTTTTTGAGAAAGAGAC


BQ
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T

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TAGCTGAGACTTGAGCCTCGATGGCCCACGTCCTGCATTAGACCCTCCTTGCTGATTATA
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CAGTCCCGCGCCGCCGCCGGGAAGCGATGATCTTTGTGATGATGATGACGTGGAGGAAGA
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AGAGAGAGAGAGATGTAAAAGACGTTTTTGAGAAAGAGAC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DL70JQ U 1
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TTACCACGAGGATTTATCCCTCTTTTGGCCATCTCATCACCTAGTCTCAAGATCGGGATT

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DS 

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CGATGAACCTGAGCAATAGAAGCAGACCCAAGAGGCTTATCATCAAATGATTCAAACACT
TCATCGATGCTTTTACCTAACTCTTTCTCCAGGACAAGTCGGATTGAATCAAATGGGGTA
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QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 3

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GTAAAAAACACTTTCCATGTCACTAGATATGGTCGAGAATACACATACTACAATGGTTAT
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TGAGAAGACCTTGGAAAGATAGGTAGAGATCTTTGTTATCTTCCCCAAATATCTCATCTG
CTTTCCTCAACGTTTCCTCTCGGGTTTGCTTCTGAGCGTTGAGTTCCTTAATGTTAGCTA
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BQ
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AF RR1GG43JQ U 1
AF RR1FJ30JQ U 24
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DS 

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ATTCAAGACTCGTAAAGTTTTTAACGCATGTTTCTGTTGAGAAGACCTTGGAAAGATAGG
TAGAGATCTTTGTTATCTTCCCCAAATATCTCATCTGCTTTCCTCAACGTTTCCTCTCGG
GTTTGCTTCTGAGCGTTGAGTTCCTTAATGTTAGCTAAGAAGGCACTGAATTGCTCATAT
GATAATCGGCTCCTGGCTTGTCTGAAGAACTCCTTACCGTCCATCCGAGGTGTACGAGCT
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CAGATTGTCGTCTTGGAGGGAGAAACTGCACCGGATGTTCTTTTGGGAGAACCAGATGCA
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CGTGGGGAGATGTATGGTGTCATTGAGAATTTGTTCATGTCGGTAGATCCACTGTAAGAA
CGGTGTGATGAATGTACGTTGGTCCTTTCATCTGCTTTGCCTGTATATGAACCAGTTGAT
CCAATACTTGACTGGTCGCATGCTTTTATATCAACAGGCTCTGTTTGAGGAGGAGCACTC
TCGTCGCTCAAAGACTTGATTAACTGCCGCTTGAATGTCTCCAGCTTAGCCAAATCACGA
GTTAGTTTCGTTACAGTCATTGCC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1FJ30TF 682 0 0
CTTTG
GGAGAACCAGATGCAGAATAGC*TCGAGGGGATACGCTTGTGGAGATGATCTTCGGCGTT
GCGGATGGGGTGAGGCGTGGGGAGATGTATGGTGTCATTGAGAATTTGTTCATGTCGGTA
GATCCACTGTAAGAACGGTGTGATGAATGTACGTTGGTCCTTTCATCTGCTTTGCCTGTA
TATGAACCAGTTGATCCAATACTTGACTGGTCGCATGCTTTTATATCAACAGGCTCTGTT
TGAGGAGGAGCACTCTCGTCGCTCAAAGACTTGATTAACTGCCGCTTGAATGTCTCCAGC
TTAGCCAAATCACGAGTTAGTTTCGTTACAGTCATTGCCAGTGAATCCTTCTCCTTTGTC
AGGATCATATTCTCTTCGAGGACGGTCTTCAACCTCGAATCAGCTTCGCGACGGTCTCTC
TCGAGGCGAGATGCCTTCTCCTCGAGCTCGCGGACAGCAGTTTCTTTACCCTGAAGCTTC
TGTCTCAGTTCAACCACCTCGGAGTCGAGATTCGAGACCCTCGAAGCTATCGCCATTGAG
GTGATCTTCCTCGCGAGATCCAGCTGCTCGAAAGGATCCATCGGAATCACCGACAGAACC
TCATCGGAGAGCTCGAGATCCAGCCTGTCGTCTCCCATTTCGGTCTTCTTCACTAACGTC
TCGTATCTCGTTCGCCC

QA 6 682 6 682
DS 



AS 1 3

CO CL3168Contig1 957 3 9 U
GACAAGCACGGTAACTACGGCTTGTTTGGCTCTTGATTTGTGTTCAATTTATTGTTATGG
TGAGTAACAAAGGAAAAAGACCAACAAGGATCATCTCTTTCTCTCACACTAACGTGATGT
TTGGCGAACAAAACAAAAAAGAGTTAAGTGATGTAATTAATAATCCATTCCACCCATGCC
TGCTCCAGCTCCTGCTGCCTCGCTTTCGTCTTTGGGAAGCTCCACCACTACTGCTTCAGT
TGTTGTCAACAGAGATGACACACTAGCAGCGTCAACCAAAGCGGTCCTGATCACTTTCAG
AGGATCTATGATACCAGCTTTCACCATATCCACATATTCACCTTTAGCAGCATCATAACC
AAGGTCTGTGTTATCTTGCTCCAAGAGTTTGCCAACAATAACAGCACCTTCCACTCCAGC
ATTTGAAGCAATCGTGTGCACAGGGGTCTTCAAAGCGTTCTGAATGATCTGCACACCAAT
CTTCTGGTCGAAGTTGGCTGTTGGAAGTTTCTCCAACTCCCTCGCTGCATATAGAAGAGC
CACACCACCTCCTGGCAAAATACCCTCTTCAACAGCTGCTTTAGTGGCATTCAAAGCATC
TGTCACTCTGTCTTTCTTCTCACCTACTTCAGCTTCACCTGCACCCCCAATCTTCAATAC
TGCAACTCCTCCAGAGAGCTTAGCCAACCTTTCTTGCAGTTTCTCCTTACCATAATCTGA
AGTGCTCAGTTCAATTGCTGACCTTATCTGCTCACATCTTTCCTCAATGGCTGTCTTGTC
ACCGGCTCCATCAAGAATAACAGTGTCGTCCTTGGAGACAGTAACTCTTTTGCAGGTCCC
TAGCATGCCCAAGTCCACCTTCTCCAGATTCATGCCCAGCTCATCCGTGATTACCTCTCC
ACCAGTAAGGGCAGCAAGGTCTTGCAAATTGGCCTTTCTATTTTCTCCAAAGCCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV44JQ U 1
AF RR1G561JQ U 71
AF RR1DV44TF C 216
BS 1 107 RR1DV44JQ
BS 108 108 RR1G561JQ
BS 109 530 RR1DV44JQ
BS 531 638 RR1G561JQ
BS 639 639 RR1DV44TF
BS 640 708 RR1G561JQ
BS 709 709 RR1DV44TF
BS 710 727 RR1G561JQ
BS 728 957 RR1DV44TF

RD RR1DV44JQ 530 0 0
GACAAGCACGGTAACTACGGCTTGTTTGGCTCTTGATTTGTGTTCAATTTATTGTTATGG
TGAGTAACAAAGGAAAAAGACCAACAAGGATCATCTCTTTCTCTCACGCTAACGTGATGT
TTGGCGAACAAAACAAAAAAGAGTTAAGTGATGTAATTAATAATCCATTCCACCCATGCC
TGCTCCAGCTCCTGCTGCCTCGCTTTCGTCTTTGGGAAGCTCCACCACTACTGCTTCAGT
TGTTGTCAACAGAGATGACACACTAGCAGCGTCAACCAAAGCGGTCCTGATCACTTTCAG
AGGATCTATGATACCAGCTTTCACCATATCCACATATTCACCTTTAGCAGCATCATAACC
AAGGTCTGTGTTATCTTGCTCCAAGAGTTTGCCAACAATAACAGCACCTTCCACTCCAGC
ATTTGAAGCAATCGTGTGCACAGGGGTCTTCAAAGCGTTCTGAATGATCTGCACACCAAT
CTTCTGGTCGAAGTTGGCTGTTGGAAGTTTCTCCAACTCCCTCGCTGCAT

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR1G561JQ 657 0 0
C
GGAAAAAGACCAACAAGGATCATCTCTTTCTCTCACACTAACGTGATGTTTGGCGAACAA
AACAAAAAAGAGTTCAGTGATGTAATTAATAATCCATTCCACCCATGCCTGCTCCAGCTC
CTGCTGCCTCGCTTTCGTCTTTGGGAAGCTCCACCACTACTGCTTCAGTTGTTGTCAACA
GAGATGACACACTAGCAGCGTCAACCAAAGCGGTCCTGATCACTTTCAGAGGATCTATGA
TACCAGCTTTCACCATATCCAAATATTCACCTTTAGCAGCATCATAACCAAGGTCTGTGT
TATCTTGCTCCAAGAGTTTGCCAACAATAACAGCACCTTCCACTCCAGCATTTGAAGCAA
TCGTGTGCACAGGGGTCTTCAAAGCGTTCTGAATGATCTGCACACCAATCTTCTGGTCGA
AGTTGGCTGTTGGAAGTTTCTCCAACTCCCTCGCTGCATATAGAAGAGCCACACCACCTC
CTGGCAAAATACCCTCTTCAACAGCTGCTTTAGTGGCATTCAAAGCATCTGTCACTCTGT
CTTTCTTCTCACCTACTTCAGCTTCACTTGCACCCCCAATCTTCAATACTGCAACTCCTC
CAGAGAGCTTAGCCAACCTTTCTTGCAGTTTCTCCTTGCCATAATCTGAAGTGCTC

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR1DV44TF 742 0 0
GAAGCTCCACCACTACTGCTTCAGTTGT*GTCAACAGAGATGACACACTAGCAGCGTCAA
CCAAAGCGGTC*TGATCACTTTCAGAGGATCTATGATACCAGCTTTCACCATATCCACAT
ATTCACCTTTAGCAGCATCATAACCAAGGTCTGTGTTATCTTGCTCCAAGAGTTTGCCAA
CAATAACAGCACCTTCCACTCCAGCATTTGAAGCAATCGTGTGCACAGGGGTCTTCAAAG
CGTTCTGAATGATCTGCACACCAATCTTCTGGTCGAAGTTGGCTGTTGGAAGTTTCTCCA
ACTCCCTCGCTGCATATAGAAGAGCCACACCACCTCCTGGCAAAATACCCTCTTCAACAG
CTGCTTTAGTGGCATTCAAAGCATCTGTCACTCTGTCTTTCTTCTCACCTACTTCAGCTT
CACCTGCACCCCCAATCTTCAATACTGCAACTCCTCCAGAGAGCTTAGCCAACCTTTCTT
GCAGTTTCTCCTTACCATAATCTGAAGTGCTCAGTTCAATTGCTGACCTTATCTGCTCAC
ATCTTTCCTCAATGGCTGTCTTGTCACCGGCTCCATCAAGAATAACAGTGTCGTCCTTGG
AGACAGTAACTCTTTTGCAGGTCCCTAGCATGCCCAAGTCCACCTTCTCCAGATTCATGC
CCAGCTCATCCGTGATTACCTCTCCACCAGTAAGGGCAGCAAGGTCTTGCAAATTGGCCT
TTCTATTTTCTCCAAAGCCAGG

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 3

CO CL3169Contig1 1121 3 18 U
CGGAGAATGTGTTATATTTTTTTTCATATAAATTTTCTAATGAAATTACAAGAATTTGCC
TATCAATGAGACATTGATTGATGCTAACAACTATTAACACTAATACAATCTTTTTATACT
ACAAAGAAACAAAAGCTGATTGAGAAACTTCTCTCTAGCACATCACAAACACAGACAAAC
CATCTCATCCTCTTCACCCCTGCGGAGCAAAACTCCAATTCAAGAACAGTTTCTGCTCAA
GCGGATCCTGGAACGAAGTGAAGCAATCAGTAGGCTGATACATGAACTGAGGAACAAAAG
CATCGCTCTGCAACAAGTCCATGGAACAACCACCAACACCACCAAACATGGAAGAATCAA
AAGCCTCCAAAGCATCCTCAAGCTCTCTCCATTTAGGCTCGCTCTGAACCTCCTCCTTCG
CATCCGGTGACACCACGTGTCCTCCCGAGCTGCTACAATCCTCCTCTTGTAACGTCGACG
ACACTGATGTATCAAAGGGCGACGATGCGGTGGTGGTCATGATCCTCGGCTTCTCATCAG
CAGGGTAGTACTTCTCCATGGTTCCTTTCTTGTTGTAGATTCGACATAACACCCAATCAT
CAAGTCGTAGGTTGTTCTTTTTGTTAACAGAAGCTGATCTATCGACATTAGCGAGACGAT
ACTCGTGCATGATCCAATTCGTTTTAATCCCTTTGGGAGCTTTCCCGGCGTAGAAGACGA
GCGCTTTCTTTATCCCCAACGTATTCGGTTTACCGATCGGTTTATCAGCTCCGGTGGCTT
TCCAATAACCGGTACCTGCTGCCCGGTTAGGACGCGAACCGTTTGGGTATTTCCGGTCTC
GAGGCGAGAAGAAGTACCACTCTTTCTCTCCGTACAGAGACATCTCTGGAAGCTCCCAAG
GGTTGAACTTGTAGAGATCGATTTCGGCGATAACCGGAGCTGAGATCTGCTCCGATGAGC
ATTTACGGATCAAGTAGAATTTCACGAGCTCTTCGTCCGTGGGGTGGAATCTGAATCCTG
CTGGTAAGTTTAGCTCTGCTTTCATTCTCCTCCAAAAGTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTA
ATTTTCTCTGGGTTTCGTCGTCTGCTGAAGATTGGAATCCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP75JQ U 1
AF RR1CD12JQ U 2
AF RR1CD12TF C 423
BS 1 431 RR1CP75JQ
BS 432 432 RR1CD12JQ
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BS 486 496 RR1CP75JQ
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BS 498 517 RR1CP75JQ
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BS 735 742 RR1CP75JQ
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RD RR1CP75JQ 743 0 0
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TATCAATGAGACATTGATTGATGCTAACAACTATTAACACTAATACAATCTTTTTATACT
ACAAAGAAACAAAAGCTGATTGAGAAACTTCTCTCTAGCACATCACAAACACAGACAAAC
CATCTCATCCTCTTCACCCCTGCGGAGCAAAACTCCAATTCAAGAACAGTTTCTGCTCAA
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AAGCCTCCAAAGCATCCTCAAGCTCTCTCCATTTAGGCTCGCTCTGAACCTCCTCCTTCG
CATCCGGTGACGCCACGTGTCCTCCCGAGCTGCTACAATCCTCCTCTTGTAACGTCG***
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CAGGGTGGTACTTCTCCATGGTTCCTTTCTTGTTGTAGATTCGACATAACACCCAATCAT
CAAGTCGTAGGTTGTTCTTTTTGTTAACAGAAGCTGATCTATCGACATTAGCGAGACGAT
ACTCGTGCATGATCCAATTCGTTTTAATCCCTTTGGGAGCTTTCCCGGCGTAGAAGACGA
GCGCTTTCTTTATACCCAACGT
C

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1CD12JQ 742 0 0
GA
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CAATGAGACATTGATTGATGCTAACAACTATTAACACTAATACAATCTTTTTATACTACA
AAGAAACAAAAGCTGATTGAGAAACTTCTCTCTAGCACATCACAAACACAGACAAACCAT
CTCATCCTCTTCACCCCTGCGGAGCAAAACTCCAATTTAAGAACGGTTTCTGCTCAAGCG
GATCCTGGAACGAAGTGAAGCAATCAGTAGGCTGATACATGAACTGAGGAACAAAAGCAT
CGCTCTGCAACAAGTCCATGGAACAACCACCAACACCACCAAACATGGAAGAATCAAAAG
CCTCCAAAGCATCCTCAAGCTCTCTCCATTTAGGCTCGCTCTGTACCTCCTCCTTT***T
CCGGTGACACCACGTGTCCTCCCGAGCTGCTACAATCCTCCTCTTGTAACGTCGACGACA
CTGATGTATCAAAGGGCGACGATGCGGTGGTGGTCATGATCCTCGGCTTCTCATCAGCAG
GGTAGTACTTCTCCATGGTTCCTTTCTTGTTGTAGATTCGACATAACACCCAATCATCAA
GTCGTAGGTTGTTCTTTTTGTTAACAGAAGCTGATCTATCGACATTAGCGAGACGATACT
CGTGCATGATCCAATTCGTTTTAATCCCTTTGGGAGCTTTCCCGGCGTAGAAGACGAGCG
CTTTCTTTATCCCCAACGT
A

QA 3 741 3 741
DS 

RD RR1CD12TF 699 0 0
TCCGGTGACACCACGTGTCCTCCCGAGCTGCTACAATCCTCCTCTTGTAACGTCGACGAC
ACTGATGTATCAAAGGGCGACGATGCGGTGGTGGTCATGATCCTCGGCTTCTCATCAGCA
GGGTAGTACTTCTCCATGGTTCCTTTCTTGTTGTAGATTCGACATAACACCCAATCATCA
AGTCGTAGGTTGTTCTTTTTGTTAACAGAAGCTGATCTATCGACATTAGCGAGACGATAC
TCGTGCATGATCCAATTCGTTTTAATCCCTTTGGGAGCTTTCCCGGCGTAGAAGACGAGC
GCTTTCTTTATCCCCAACGTATTCGGTTTACCGATCGGTTTATCAGCTCCGGTGGCTTTC
CAATAACCGGTACCTGCTGCCCGGTTAGGACGCGAACCGTTTGGGTATTTCCGGTCTCGA
GGCGAGAAGAAGTACCACTCTTTCTCTCCGTACAGAGACATCTCTGGAAGCTCCCAAGGG
TTGAACTTGTAGAGATCGATTTCGGCGATAACCGGAGCTGAGATCTGCTCCGATGAGCAT
TTACGGATCAAGTAGAATTTCACGAGCTCTTCGTCCGTGGGGTGGAATCTGAATCCTGCT
GGTAAGTTTAGCTCTGCTTTCATTCTCCTCCAAAAGTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTAAT
TTTCTCTGGGTTTCGTCGTCTGCTGAAGATTGGAATCCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 4

CO CL3170Contig1 1124 4 6 U
GGAACTCACACTGTAGCGAGCGAACGAAATAGAAATAGAGATAGAGAAAGAGAGAAACAA
ACTCTTGAGGCGAACGAAACTTTTTACTCTATTCTCAAGGCGAGAGAGAATCAATCCTCC
GTTGTTTCGATCGATCGATCATGCCTCCCGGTGCGAAGAAGAGAAAGGCGTTGAAGAAGA
AGCAGCATCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAAGCGATTGGAACAAGTACGAACAATAAGAGGT
TCAATGGCGATAATCTCCACGGAAATGATGAACAAGGAAGCCAAGATGATAGGGAAAGTG
ATAGCACTTTGAGTTCCCCTGTTTCTCAAGAGAATCAAGAATTTGGTGTCACAAAAGATC
CATCATCTTCTTTGGTGGTGAAGGAGAAGGACACTACTGCTAAAGAGATATCAGATGCTA
CTCATCAGGGACTAGGATCCAAAACTGGAAATGACGTCGCTGTTGAAAGAGGAACGGATA
ACAAGAACAGTATTCTGGAGAAATCTCCCATTTCCTCTAATGGAAACTCTACTCAGGATT
CTTGTGGTGATTCAGTTGAGGAAATCGCTCCTGTTGTCGATTCTGTCTCCCAAGTAGTGG
TTCCTGATAAGAGTGAGCATGCTGAGACCTCAACACGCTCAAATCTGGTCAAACAGAAGT
CTGATGAAAAGAAAGAGTATCAATCTCTGAAGAAAGAAAACGGTAAGGTGGCTACTCTTC
CAGGGTCTGCTGATGGAACAAGCAGAAATGTAGAGAGTGCAAGAGAATCTGAAGCTCCAG
TATCCTCTGAGGAAAATCGTCTTTTGTTGCCTGCTCCACCCGCTGTCCGAACTTCATGGT
TAAGTTGCTGCGGTTTGTTTGATGCAGTGACAGGGTCTGACAGATAAACACAGGAGTTAG
ATAAAGATGGACGCTCATGACAGCAAAGCTCAAAGACAACCAAAAAAGTAGAACTTACGG
TCGGTAAACTCTTCTTTGTACATCATCTTTGATAGATAATAATGTGGGCGGCTTTTAGCA
ACATAAATCTCATTTTACCTTTCATTTTTGAAATACAGTCTTAATTTGGTCCATTAAATG
GATTTTAGATTCATGAGACTAAATATAGCTCTATTTTTCTTTCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DD74TF U 1
AF RR1C743TF U 1
AF RR1C743JQ C 323
AF RR1DD74JQ C 408
BS 1 699 RR1C743TF
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QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1C743TF 719 0 0
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GTTGTTTCGATCGATCGATCATGCCTCCCGGTGCGAAGAAGAGAAAGGCGTTGAAGAAGA
AGCAGCATCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAAGCGATTGGAACAAGTACGAACAATAAGAGGT
TCAATGGCGATAATCTCCACGGAAATGATGAACAAGGAAGCCAAGATGATAGGGAAAGTG
ATAGCACTTTGAGTTCCCCTGTTTCTCAAGAGAATCAAGAATTTGGTGTCACAAAAGATC
CATCATCTTCTTTGGTGGTGAAGGAGAAGGACACTACTGCTAAAGAGATATCAGATGCTA
CTCATCAGGGACTAGGATCCAAAACTGGAAATGACGTCGCTGTTGAAAGAGGAACGGATA
ACAAGAACAGTATTCTGGAGAAATCTCCCATTTCCTCTAATGGAAACTCTACTCAGGATT
CTTGTGGTGATTCAGTTGAGGAAATCGCTCCTGTTGTCGATTCTGTCTCCCAAGTAGTGG
TTCCTGATAAGAGTGAGCATGCTGAGACCTCAACACGCTCAAATCTGGTCAAACAGAAGT
CTGATGAAAAGAAAGAGTATCAATCTCTGAAGAAAGAAA*CGGTAAG*TGGCTACTCTT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1C743JQ 802 0 0
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AACTGGAAATGACGTCGCTGTTGAAAGAGGAACGGATAACAAGAACAGTATTCTGGAGAA
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AATCGCTCCTGTTGTCGATTCTGTCTCCCAAGTAGTGGTTCCTGATAAGAGTGAGCATGC
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ATCTCTGAAGAAAGAAAACGGTAAGGTGGCTACTCTTCCAGGGTCTGCTGATGGAACAAG
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TTTGTTGCCTGCTCCACCCGCTGTCCGAACTTCATGGTTAAGTTGCTGCGGTTTGTTTGA
TGCAGTGACAGGGTCTGACAGATAAACACAGGAGTTAGATAAAGATGGACGCTCATGACA
GCAAAGCTCAAAGACAACCAAAAAAGTAGAACTTACGGTCGGTAAACTCTTCTTTGTACA
TCATCTTTGATAGATAATAATGTGGGCGGCTTTTAGCAACATAAATCTCATTTTACCTTT
CATTTTTGAAATACAGTCTTAATTTGGTCCATTAAATGGATTTTAGATTCATGAGACTAA
ATATAGCTCTATTTTTCTTTCG

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1DD74JQ 717 0 0
ATATCAGATGCTACTCATCAGGGACTAGGATCCAAAACTGGAAATGACGTCGCTGTTGAA
AGAGGAACGGATAACAAGAACAGTATTCTGGAGAAATCTCCCATTTCCTCTAATGGAAAC
TCTACTCAGGATTCTTGTGGTGATTCAGTTGAGGAAATCGCTCCTGTTGTCGATTCTGTC
TCCCAAGTAGTGGTTCCTGATAAGAGTGAGCATGCTGAGACCTCAACACGCTCAAATCTG
GTCAAACAGAAGTCTGATGAAAAGAAAGAGTATCAATCTCTGAAGAAAGAAAACGGTAAG
GTGGCTACTCTTCCAGGGTCTGCTGATGGAACAAGCAGAAATGTAGAGAGTGCAAGAGAA
TCTGAAGCTCCAGTATCCTCTGAGGAAAATCGTCTTTTGTTGCCTGCTCCACCCGCTGTC
CGAACTTCATGGTTAAGTTGCTGCGGTTTGTTTGATGCAGTGACAGGGTCTGACAGATAA
ACACAGGAGTTAGATAAAGATGGACGCTCATGACAGCAAAGCTCAAAGACAACCAAAAAA
GTAGAACTTACGGTCGGTAAACTCTTCTTTGTACATCATCTTTGATAGATAATAATGTGG
GCGGCTTTTAGCAACATAAATCTCATTTTACCTTTCATTTTTGAAATACAGTCTTAATTT
GGTCCATTAAATGGATTTTAGATTCATGAGACTAAATATAGCTCTATTTTTCTTTCG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 4

CO CL3171Contig1 824 4 11 U
GGAGGGATTCAACCGTCACTGATAAACCCATTCGTCGTTGATCGTCTCCTCGGTAGAGAA
GCATGGGCACCAAGAGAGTTATGAGATCTGGAAAGAAGATTGCTCCTCCTGTCTCCAACA
AATTCAACTTCATTCAGGAGACGCTTGTGAGGTCTAATGGCCTTAAGACCAAGGTCTGGA
CTCTTCCACCTGCGGAGATGTACGCTGCGTTGAACGACAGTGATACAGATAGTGATGGTT
CTGAGGATTTTGAGCTCTATCCCACGAATTTCGGTGTTGGGGTTAACCCGCATGAATCTG
GTCTCCCTAACTCATCTGATAGAGAACAGGAGATTTCAGTTGGTCGTCCAAACTTGGGTT
TCACGAGACGATGCAAGCTCAACTACCTTAGGAAAAGGAGGATGAGGCAGAGATTGGAAC
AACACAAGCTTATCAAGAAGCCTGCTTTCAACTTCACTCAGGACACCCTTGTGAGTGCTA
GTGGAGTGAAGACCAAGGTTTGGACACTTCCCCCTGCTGAGATGTATTCTGCTTTGAACG
ATAGTGATACTGATAGTGCTGGTTCTGAGGATTTTGAGCTCTATCCCACGAATTTCGGCA
TTGGGACTCGCCGCTCCAACCCTCCAACCCCTGAAGCTGCAGCTCATCCTCCTAAGGAGC
AGACATCTTCGTTTGCATCTTGCATCGAAGAGATTACAAAACATGTGGAGCTTTTGAAAC
AGGAACTTGCGAAATCCCATCCCTCGACACAATGCTTAGAATGGGCGGACCTTTTGTTTT
CTTGGATAACAAAAATCGGAGCTCTTCCTCACTACACCCAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F277TF U 1
AF RR1BS13TF U 1
AF RR1GK64TF U 1
AF RR1EN82TF U 208
BS 1 467 RR1BS13TF
BS 468 468 RR1F277TF
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BS 682 715 RR1BS13TF
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ATAGT

QA 1 545 1 545
DS 

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GGAGGGATTCAACCGTCACTGATAAACCCATTCGTCGTTGATCGTCTCCTCGGTAGAGAA
GCATGGGCACCAAGAGAGTTATGAGATCTGGAAAGAAGATTGCTCCTCCTGTCTCCAACA
AATTCAACTTCATTCAGGAGACGCTTGTGAGGTCTAATGGCCTTAAGACCAAGGTCTGGA
CTCTTCCACCTGCGGAGATGTACGCTGCGTTGAACGACAGTGATACAGATAGTGATGGTT
CTGAGGATTTTGAGCTCTATCCCACGAATTTCGGTGTTGGGGTTAACCCGCATGAATCTG
GTCTCCCTAACTCATCTGATAGAGAACAGGAGATTTCAGTTGGTCGTCCAAACTTGGGTT
TCACGAGACGATGCAAGCTCAACTACCTTAGGAAAAGGAGGATGAGGCAGAGATTGGAAC
AACACAAGCTTATCAAGAAGCCTGCTTTCAACTTCACTCAGGACACCTTTGTGAGTGCTA
GTGGAGTGAAGACCAAGGTTTGGACACTTCCCCCTGCTGAGATGTATTCTGCTTTGAACG
ATAGTGATACTGATAGTGCTGGTTCTGAGGATTTTGAGCTCTATCCCACGAATTTCGGCA
TTGGGACTCGCCGCTCCAACCCTCCAACCCCTGAAGCTGCAGCTCATCCTCCTAAGGAGC
AGACATCTTCGTTTGCATCTCGCATCGAAGAGATTACAAAACATGTGGAGCTTTT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1GK64TF 751 0 0
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CTGAGGATTTTGAGCTCTATCCCACGAATTTCGGTGTTGGGGTTAACCCGCATGAATCTG
GTCTCCCTAACTCATCTGATAGAGAACAGGAGATTTCAGTTGGTCGTCCAAACTTGGGTT
TCACGAGACGATGCAAGCTCAACTACCTTAGGAAAAGGAGGATGAGGCAGAGATTGGAAC
AACACAAGCTTATCAAGAAGCCTGCTTTCAACTTCACTCAGGACACCCTTGTGAGTGCTA
GTGGAGTGAAGACCAAGGTTTGGACACTTCCCCCTGCTGAGATGTATTCTGCTTTGAACG
ATAGTGATACTGATAGTGCTGGTTCTGAGGATTTTGAGCTCTATCCCACGAATTTCGGCA
TTGGGACTCGCCGCTCCAACCCTCCAACCCCTGAAGCTGCAGCTCATCCTCCTAAG*AGC
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AG*AACTTGCGAA*TCCCATCCCTCGACACA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1EN82TF 617 0 0
G
GTTGAACGACAGTGATACAGATAGTGATGGTTCTGAGGATTTTGAGCTCTATCCCACGAA
TTTCGGTGTTGGGGTTAACCCGCATGAATCTGGTCTCCCTAACTCATCTGATAGAGAACA
GGAGATTTCAGTTGGTCGTCCAAACTTGGGTTTCACGAGACGATGCAAGCTCAACTACCT
TAGGAAAAGGAGGATGAGGCAGAGATTGGAACAACACAAGCTTATCAAGAAGCCTGCTTT
CAACTTCACTCAGGACACCCTTGTGAGTGCTAGTGGAGTGAAGACCAAGATTTGGACACT
TCCCCCTGCTGAGATGTATTCTGCTTTGAACGATAGTGATACTGATAGTGCTGGTTCTGA
GGATTTTGAGCTCTATCCCACGAATTTCGGCATTGGGACTCGCCGCTCCAACCCTCCAAC
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AGAGATTACAAAACATGTGGAGCTTTTGAAACAGGAACTTGCGAAATCCCATCCCTCGAC
ACAATGCTTAGAATGGGCGGACCTTTTGTTTTCTTGGATAACAAAAATCGGAGCTCTTCC
TCACTACACCCAAAAA

QA 2 617 2 617
DS 



AS 1 4

CO CL3172Contig1 841 4 10 U
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GTCTATAATGGTAAGAGAAGAGGGGGTTCAGTCTTTCTAGTGAATCATAAAACAAACCAT
ATTGCTGTTACGACGGCAGTAAAAGACTCGAAACAAACAACTTAAGACAGATGAAATCTT
CTAGACACAAAAGAAGACAAGAAGTTGCTCACACCCTTTAAAAAGCTCATCACCTTAAGG
GAAAAGAGGCTGGTGTAGGAGTCCCGTTGTCTCGGATAATCCCAACATTATGTTAAGATT
CTGCAACGCTTGCCCTGAAGCTCCTTTCACAAGATTATCAATCACTGAGATTATGATAGC
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GTGTGTCCGCGGAACAACTCCTTCCTCCAACACTTTGACAAATTCTTCATCCTCATAAGA
CGATTTTAGCTGGTGGTGTAAGTCTTCTGTTCTAACTCCAGGAGCCATTTCCACATATAT
AGTAGATTGCATTCCGCGGATCATTGGCATGAGATGTGGCGTGAAACTGACTGTTACTTT
TGATTGTGTAACATCCGATAACCCCTGTTCAATTTCAGGAACATGGCGATGCCTTGTAAC
ACCATAAGAAGAAATGCCTTCAGCTATCTCAGAGTAAAGATTAGCCTCCTTAGCACCACG
TCCTGCTCCACTAACACCAGACTTTGCGTCGATGATAATGTTCGCATATTTGATGAGATT
TGCCTTTAGTAGAGGAACAAGAGGAAGCTGAACCGAAGTGGGGTAACAGCCTGGATTAGC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1BD81JQ U 1
AF RR1C214JQ U 9
AF RR1BY75JQ U 87
AF RR1DC29TF C 319
BS 1 146 RR1BD81JQ
BS 147 147 RR1C214JQ
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BS 804 841 RR1DC29TF

RD RR1BD81JQ 749 0 0
GGGACGATGATCAAACAATATAAGTTCTGTAACGTAATTAACAAACAAACAAAACCAGTA
GTCTATAATGGTAAGAGAAGAGGGGGTTCAGTCTTTCTAGTGAATCATAAAACAAACCAT
ATTGCTGTTACGACGGCAGTAAAAGAATCGAAACAAACAACTTAAGACAGATGAAATCTT
CTAGACACAAAAGAAGACAAGAAGTTGCTCACACCCTTTAAAAAGCTCATCACCTTAAGG
GAAAAGAGGCTGGTGTAGGAGTCCCGTTGTCTCGGATAATCCCAACATTATGTTAAGATT
CTGCAACGCTTGCCCTGAAGCTCCTTTCACAAGATTATCAATCACTGAGATTATGATAGC
TCGTCCAGGTATACGATCAGGGAACACATTCATGAAACAATAGTTTGATCCTCTAACATT
GTGTGTCCGCGGAACAACTCCTTCCTCCAACACTTTGACAAATTCTTCATCCTCATAAGA
CGATTTTAGTTGGTGATGTAAGTCTTCTGTTCTAACTCCAGGAGCCATTTCCACATATAT
AGTAGATTGCATTCCGCGGATCATTGGCATGAGATGTGGCGTGAAACTGACTGTTACTTT
TGATTGTGTAACATCCGATAACCCCTGTTCAATTTCAGGAACATGGCGATGCCTTGTAAC
ACCATAAGAAGAAATGCCTTCAGCTATCTCAGAGTAAAGATTAGCCTCCTTAGCACCACG
TCCTGCTCCACTAACACCAGACTTTGCGT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1C214JQ 789 0 0
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TGGTAAGAGAAGAGGGGGTTCAGTCTTTCTAGTGAATCATAAAACAAACCATATTGCTGT
TACGACGGCAGTAAAAGACTCGAAACAAACAACTTAAGACAGATGAAATCTTCTAGACAC
AAAAGAAGACAAGAAGTTGCTCACACCCTTTAAAAAGCTCATCACCTTAAGGGAAAAGAG
GCTGGTGTAGGAGTCCCGTTGTCTCGGATAATCCCAACATTATGTTAAGATTCTGCAACG
CTTGCCCTGAAGCTCCTTTCACAAGATTATCAATCACTGAGATTATGATAGCTCGTCCAG
GTATACGATCAGGGAACACATTCATGAAACAATAGTTTGATCCTCTAACATTGTGTGTCC
GCGGAACAACTCCTTCCTCCAACACTTTGACAAATTCTTCATCCTCATAAGACGATTTTA
GCTGGTGGTGTAAGTCTTCTGTTCTAACTCCAGGAGCCATTTCCACATATATAGTAGATT
GCATTCCGCGGATCATTGGCATGAGATGTGGCGTAAAACTGACTGTTACTTTTGATTGTG
TAACATCCGATAACCCCTGTTCAATTTCAGGAACATGGCGATGCCTTGTAACACCATAAG
AAGAAATGCCTTCAGCTATCTCAGAGTAAAGATTAGCCTCCTTAGCACCACGTCCTGCTA
CACTAACACCAGACTTTGCGTCGATGATAATGTTCGCATATTTGATGAGATTTGCCTTTA
GTAGAGGA
C

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1BY75JQ 721 0 0
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CTCGAAACAAACAACTTAAGACAGATGAAATCTTCTAGACACAAAAGAAGACAAGAAGTT
GCTCTCACCCTTTAAAAAGCTCATCCCCTTAAGGGAAAAGAGGCTGGTGTAGGAGTCCCG
TTGTCTCGGGTAATCCCAACATTATGTTAAGATTCTGCAACGCTTGCCCTGAAGCTCCTT
TCACAAGATTATCAATCACTGAGATTATGATAGCTCGTCCAGGTATACGATCAGGGAACA
CATTCATGAAACAATAGTTTGATCCTCTAACATTGTGTGTCCGCGGAACAACTCCTTCCT
CCAACACTTTGACAAATTCTTCATCCTCATAAGACGATTTTAGCTGGTGGTGTAAGTCTT
CTGCTCTAACTCCAGGAGCCATTTCCACATATATAGTAGATTGCATTCCGCGGATCATTG
GCATGAGATGTGGCGTGAAACTGACTGTTACTTTTGATTGTGTAACATCCGATAACCCCT
GTTCAATTTCAGGAACATGGCGATGCCTTGTAACACCATAAGAAGAAATGCCTTCAGCTA
TCTCAGAGTAAAGATTAGCCTCCTTAGCACCACGTCCTGCTCCACTAACACCAGACTTTG
CGTCGATGATAATGTTCTCATATTTGATGAGATTTGCCTTTAGTAGAGGAACAAGAG
AAGC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1DC29TF 523 0 0
AGCTCCTTTCACAAGATTATCAATCACTGAGATTATGATAGCTCGTCCAGGTATACGATC
AGGGAACACATTCATGAAACAATAGTTTGATCCTCTAACATTGTGTGTCCGCGGAACAAC
TCCTTCCTCCAACACTTTGACAAATTCTTCATCCTCATAAGACGATTTTAGCTGGTGGTG
TAAGTCTTCTGTTCTAACTCCAGGAGCCATTTCCACATATATAGTAGATTGCATTCCGCG
GATCATTGGCATGAGATGTGGCGTGAAACTGACTGTTACTTTTGATTGTGTAACATCCGA
TAACCCCTGTTCAATTTCAGGAACATGGCGATGCCTTGTAACACCATAAGAAGAAATGCC
TTCAGCTATCTCAGAGTAAAGATTAGCCTCCTTAGCACCACGTCCTGCTCCACTAACACC
AGACTTTGCGTCGATGATAATGTTCGCATATTTGATGAGATTTGCCTTTAGTAGAGGAAC
AAGAGGAAGCTGAACCGAAGTGGGGTAACAGCCTGGATTAGCC

QA 1 523 1 523
DS 



AS 1 3

CO CL3173Contig1 1433 3 5 U
GAATTAAGAATCCTGTAGCTAAGACCCCGGTGAGAGGGTATCAGAAGCTGCAGGCTATCC
TTAAAACAGTGATGCTTCGCCGAACTAAAGGTTCACTTATTGACGGGAAACTCATAATCT
CCTTACCTCCGAAGTCTATAGAGTTGAGAAAAGTGGATTTCACTGAGGAGGAACGTGATT
TCTACACCAACTTAGAGAGTGAATCTCGTAGTCAATTCCAGGAATACAAAGAAGCCGGGA
CAGTAAAGCAAAATTATGTAAATATTTTGTTGATGCTCTTGCGTCTTCGCCAAGCTTGTG
ATCACCCTCTTCTCGTTAAAGGTGAATACAGTTTTACTTGGGAGTCCTCGCTTGGATTAG
CTAAGAAGGAGAATTTCTCAGAAGCTTCATTGCAAATTTGTGGTATCTGCAGTGATTCAC
CTGAGGATGCTGTTGTGTCAGTCTGTGGTCACGTTTTCTGCAAGCAGTGCTTTTATGAAT
GCATTACGGGAGATGACAATCTATGCCCGATGGCAAACTGCAATGGCAGACTCTCTGCGA
TGCCTTCTATGCATGATAGTGCTACTTCGGTTCATGTTGAGACTGCTGACTCTTGTTCTG
AAGGTCTTCCATATGAGTCATCTAAAATCAAGGCTGCTCTAGAGATCTTACAATCACTTG
CCAGACCACAGGATTTGACAGATATGAAGCAGATATCTCAAAAGGGAGCGGAGTCTGTAA
CGCCACTCAAGGTTGTTGTTGGAGAGAAAGCCATTGTTTTCTCTCAGTGGACAAAGATGC
TGGACCTACTTGAAGCTTCTCTTATAAGTTCGCGTATTCAGTATAGAAGGCTCGATGGAA
CAATGTCAGTTGCTGCTCGTGACAAAGCAGTGCAGGATTTCAACACTCTCCCTGAGGTAA
CTGTAATGATCATGTCACTCAAGGCTGCTAGTCTCGGACTGAACATGGTAGCAGCGTGTC
ATGTTCTAATGCTAGACTTGTGGTGGAACCCAACAACCGAGGATCAGGCTATTGATAGAG
CACATCGCATAGGACAGACGCGACCAGTAACAGTGGTTCGATTCACAGTGAAAGAAACAG
TCGAAGATCGCATATTAGCCCTTCAGCAAAAGAAGAGAATGATGGTAGCGTCTGCATTTG
GTGAAGATGAAAAGGGAAGCCGACAGTCTCACCTCACCGTGGAGGACTTGAACTATCTGT
TTATGGCAGATTAATGAGAGCTCTTTTTGACCAGTGCGTGGGGGTACATATGATAGGATT
TTCTTTGTGCAGTTTATGGAGGGAGAAACTATTGGTGTAAACTGACTACAGGTATGGGAA
TATGGAAATAGGAAAAACTGAATTTGATTGGTTACTATTCTATTTAGACTTTTAGGTATT
GCAATGAAGACATTAAGAGTTCCTTTGCTTTTGAATCGCTCATTGTAAGAATA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EU56TF U 1
AF RR1CB94TF U 580
AF RR1CB94JQ C 650
BS 1 667 RR1EU56TF
BS 668 1282 RR1CB94TF
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BS 1284 1296 RR1CB94TF
BS 1297 1433 RR1CB94JQ

RD RR1EU56TF 667 0 0
GAATTAAGAATCCTGTAGCTAAGACCCCGGTGAGAGGGTATCAGAAGCTGCAGGCTATCC
TTAAAACAGTGATGCTTCGCCGAACTAAAGGTTCACTTATTGACGGGAAACTCATAATCT
CCTTACCTCCGAAGTCTATAGAGTTGAGAAAAGTGGATTTCACTGAGGAGGAACGTGATT
TCTACACCAACTTAGAGAGTGAATCTCGTAGTCAATTCCAGGAATACAAAGAAGCCGGGA
CAGTAAAGCAAAATTATGTAAATATTTTGTTGATGCTCTTGCGTCTTCGCCAAGCTTGTG
ATCACCCTCTTCTCGTTAAAGGTGAATACAGTTTTACTTGGGAGTCCTCGCTTGGATTAG
CTAAGAAGGAGAATTTCTCAGAAGCTTCATTGCAAATTTGTGGTATCTGCAGTGATTCAC
CTGAGGATGCTGTTGTGTCAGTCTGTGGTCACGTTTTCTGCAAGCAGTGCTTTTATGAAT
GCATTACGGGAGATGACAATCTATGCCCGATGGCAAACTGCAATGGCAGACTCTCTGCGA
TGCCTTCTATGCATGATAGTGCTACTTCGGTTCATGTTGAGACTGCTGACTCTTGTTCTG
AAGGTCTTCCATATGAGTCATCTAAAATCAAGGCTGCTCTAGAGATCTTACAATCACTTG
CCAGACC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1CB94TF 727 0 0
GTGAGACTGCTGACTC
TTCTGAAGGTCTTCCATATGAGTCATCTAAAATCAAGGCTGCTCTAGAGATCTTACAATC
ACTTGCCAGACCACAGGATTTGACAGATATGAAGCAGATATCTCAAAAGGGAGCGGAGTC
TGTAACGCCACTCAAGGTTGTTGTTGGAGAGAAAGCCATTGTTTTCTCTCAGTGGACAAA
GATGCTGGACCTACTTGAAGCTTCTCTTATAAGTTCGCGTATTCAGTATAGAAGGCTCGA
TGGAACAATGTCAGTTGCTGCTCGTGACAAAGCAGTGCAGGATTTCAACACTCTCCCTGA
GGTAACTGTAATGATCATGTCACTCAAGGCTGCTAGTCTCGGACTGAACATGGTAGCAGC
GTGTCATGTTCTAATGCTAGACTTGTGGTGGAACCCAACAACCGAGGATCAGGCTATTGA
TAGAGCACATCGCATAGGACAGACGCGACCAGTAACAGTGGTTCGATTCACAGTGAAAGA
AACAGTCGAAGATCGCATATTAGCCCTTCAGCAAAAGAAGAGAATGATGGTAGCGTCTGC
ATTTGGTGAAGATGAAAAGGGAAGCCGACAGTCTCACCTCACCGTGGAGGACTTGAACTA
TCTGTTTATGGCAGATTAATGAGAGCTCTTTTTGACCAGTGCGTGGGGGTACATATGATA
GGATTTTCTTTGTGCAGTTTATGGAGG*AGAAACTATTGGT
GTAACTGACT

QA 17 717 17 717
DS 

RD RR1CB94JQ 784 0 0
ACAATCACTTGCCAGACCACAGGATTTGACAGATATGAAGCAGATATCTCAAAAGGGAGC
GGAGTCTGTAACGCCACTCAAGGTTGTTGTTGGAGAGAAAGCCATTGTTTTCTCTCAGTG
GACAAAGATGCTGGACCTACTTGAAGCTTCTCTTATAAGTTCGCGTATTCAGTATAGAAG
GCTCGATGGAACAATGTCAGTTGCTGCTCGTGACAAAGCAGTGCAGGATTTCAACACTCT
CCCTGAGGTAACTGTAATGATCATGTCACTCAAGGCTGCTAGTCTCGGACTGAACATGGT
AGCAGCGTGTCATGTTCTAATGCTAGACTTGTGGTGGAACCCAACAACCGAGGATCAGGC
TATTGATAGAGCACATCGCATAGGACAGACGCGACCAGTAACAGTGGTTCGATTCACAGT
GAAAGAAACAGTCGAAGATCGCATATTAGCCCTTCAGCAAAAGAAGAGAATGATGGTAGC
GTCTGCATTTGGTGAAGATGAAAAGGGAAGCCGACAGTCTCACCTCACCGTGGAGGACTT
GAACTATCTGTTTATGGCAGATTAATGAGAGCTCTTTTTGACCAGTGCGTGGGGGTACAT
ATGATAGGATTTTCTTTGTGCAGTTTATGGAGGGAGAAACTATTGGTGTAAACTGACTAC
AGGTATGGGAATATGGAAATAGGAAAAACTGAATTTGATTGGTTACTATTCTATTTAGAC
TTTTAGGTATTGCAATGAAGACATTAAGAGTTCCTTTGCTTTTGAATCGCTCATTGTAAG
AATA

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 3

CO CL3174Contig1 744 3 2 U
GCCCAACAGATGTGGGATCCAAAGAACATGATGTGTGCCGCAGACCCGCGCCACGGCCGG
TACTTGACAGCGTCGGCAATGTTCCGTGGCAAAATGAGCACAAAGGAAGTGGACGAGCAG
ATGATAAACGTGCAGAACAAAAACTCATCCTACTTCGTGGAATGGATACCCAACAACGTG
AAGTCAAGCGTCTGTGACATAGCGCCTCGAGGCCTCTCCATGGCGTCGACCTTTATAGGG
AATTCGACATCGATCCAAGAGATGTTTAGGAGGGTGAGTGAGCAGTTCACTGCCATGTTC
AGGAGGAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGTGAAGGAATGGACGAGATGGAGTTCACT
GAAGCTGAGAGCAACATGAACGATCTGGTGTCTGAGTATCAGCAATACCAAGACGCAACG
GCAGATGAAGAAGGCGAGTATGAAGAAGAGGAGGAAGAAGAAGCGGAGTATCAAGACTGA
AAAGGCTTCTGCTGAGAATACCACCGTATCACCATCTCATGTGTTTTTTATCTCTGTCCT
TTAGATTTCGTTGAGTTTCTTATGTACTTGTTTTGTGATTGTCTTGTGTGTAAAAGTGAG
GTTGGAGCTCAGTATTTTTTTAATTTGTCGTGGTGTTGTTATAAATGAAGTCTGTTGTGT
GTGTGTTTTATGCTCTTGCTGCTTCAAATAATTAGTTCCCGGATTAGAGTTATGTATCTG
AACATCTCTAACGATCATTGTCTT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F365JQ C 1
AF RR1F365TF U 1
AF RR1E872TF U 58
BS 1 663 RR1F365TF
BS 664 744 RR1E872TF

RD RR1F365JQ 663 0 0
GCCCAACAGATGTGGGATCCAAAGAACATGATGTGTGCCGCAGACCCGCGCCACGGCCGG
TACTTGACAGCGTCGGCAATGTTCCGTGGCAAAATGAGCACAAAGGAAGTGGACGAGCAG
ATGATAAACGTGCAGAACAAAAACTCATCCTACTTCGTGGAATGGATACCCAACAACGTG
AAGTCAAGCGTCTGTGACATAGCGCCTCGAGGCCTCTCCATGGCGTCGACCTTTATAGGG
AATTCGACATCGATCCAAGAGATGTTTAGGAGGGTGAGTGAGCAGTTCACTGCCATGTTC
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GCAGATGAAGAAGGCGAGTATGAAGAAGAGGAGGAAGAAGAAGCGGAGTATCAAGACTGA
AAAGGCTTCTGCTGAGAATACCACCGTATCACCATCTCATGTGTTTTTTATCTCTGTCCT
TTAGATTTCGTTGAGTTTCTTATGTACTTGTTTTGTGATTGTCTTGTGTGTAAAAGTGAG
GTTGGAGCTCAGTATTTTTTTAATTTGTCGTGGTGTTGTTATAAATGAAGTCTGTTGTGT
GTG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1F365TF 663 0 0
GCCCAACAGATGTGGGATCCAAAGAACATGATGTGTGCCGCAGACCCGCGCCACGGCCGG
TACTTGACAGCGTCGGCAATGTTCCGTGGCAAAATGAGCACAAAGGAAGTGGACGAGCAG
ATGATAAACGTGCAGAACAAAAACTCATCCTACTTCGTGGAATGGATACCCAACAACGTG
AAGTCAAGCGTCTGTGACATAGCGCCTCGAGGCCTCTCCATGGCGTCGACCTTTATAGGG
AATTCGACATCGATCCAAGAGATGTTTAGGAGGGTGAGTGAGCAGTTCACTGCCATGTTC
AGGAGGAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGTGAAGGAATGGACGAGATGGAGTTCACT
GAAGCTGAGAGCAACATGAACGATCTGGTGTCTGAGTATCAGCAATACCAAGACGCAACG
GCAGATGAAGAAGGCGAGTATGAAGAAGAGGAGGAAGAAGAAGCGGAGTATCAAGACTGA
AAAGGCTTCTGCTGAGAATACCACCGTATCACCATCTCATGTGTTTTTTATCTCTGTCCT
TTAGATTTCGTTGAGTTTCTTATGTACTTGTTTTGTGATTGTCTTGTGTGTAAAAGTGAG
GTTGGAGCTCAGTATTTTTTTAATTTGTCGTGGTGTTGTTATAAATGAAGTCTGTTGTGT
GTG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1E872TF 687 0 0
G
GGTACCTGACAGCGTCGGCAATGTTCCGTGGCAAAATGAGCACAAAAGAAGTGGACGAGC
AGATGATAAACGTGCAGAACAAAAACTCATCCTACTTCGTGGAATGGATACCCAACAACG
TGAAGTCAAGCGTCTGTGACATAGCGCCTCGAGGCCTCTCCATGGCGTCGACCTTTATAG
GGAATTCGACATCGATCCAAGAGATGTTTAGGAGGGTGAGTGAGCAGTTCACAGCCATGT
TCAGGAGGAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGTGAAGGAATGGACGAGATGGAGTTCA
CTGAAGCTGAGAGCAACATGAACGATCTGGTGTCTGAGTATCAGCAATACCAAGACGCAA
CGGCAGATGAAGAAGGCGAGTATGAAGAAGAGGAGGAAGAAGAAGCGGAGTATCAAGACT
GAAAAGGCTTCTGCTGAGAATACCACCGTATCACCACCTCATGTGTTCTTTATCTCTGCC
CTTTAGATTTCGTTGAGTTTCTTATGTACTTGTTTTGTGATTGTCTTGTGTGTAAAAGTG
AGGTTGGAGCTCAGTATTTTTTTAATTTGTCGTGGTGTTGTTATAAATGAAGTCTGTTGT
GTGTGTGTTTTATGCTCTTGCTGCTTCAAATAATTAGTTCCCGGATTAGAGTTATGTATC
TGAACATCTCTAACGATCATTGTCTT

QA 2 687 2 687
DS 



AS 1 4

CO CL3175Contig1 870 4 6 U
GGGCCGGATTCAATCCAAAGCCGATTTTGAGCGATCTCCAATGGCGGAAGAAGATTCCGT
TAAAGAGGGGTATGCTGAGATCGTTGTTGTACGTCATGGAGAAACATCTTGGAATGCCGA
GAGAGAGATCCAGGGTCATTTGGATGTTGAACTAAACGATGCAGGAAGACAACAAGCAAA
AAAAGTTGCTGAGCGGTTATCAAAGGAGCCTAAGGTATCTTATGTTTACTCCTCTGACTT
AAAGAGAGCCTTTGAGACTGCTCAGATCATTGCAGCTAAATGCGGCAAGGTTGAGGTACT
TACTGATCCTGATTTGCGGGAGAGGCATTTAGGGGATATGCAAGGTCTTGTGTACCAAGA
AGCTTCCAAACTTCGCCCTGAAGCTTACAAGGCCTTCTCATCTAACCGCACAGACGTTGA
CATTCCAGGTGGAGGAGAAAGTCTTGACAAACTCTACGACAGATGTACATCTGCATTACA
GAGAATCGGCGACAAACATCAAGGTGAAAGAGTGGTGGTAGTGACTCATGGAGGTGTCAT
TCGATCTCTCTACGAGAGAGCTCGTCCAAGTGCACGAAAAGTTGAAAAGATTCTCAA*CA
CATCGGTCAATGTGTTCCGTTTATTCGACGGAGACAAATGGACAATCCAAGTTTGGGG*A
GATGTGTCTCATTTGGACCAAACCGGTTTCTTGCAATCCGGTTTTGGCGGTGACAGAACC
TCTGGTTAAGATTCAATGACTCTTTCCACTGAGGTTTTTCTGTAATTTAAATTTGACTCT
GTTACTTTCTTCTTTTGCAATTTGACCTCATAACTTTTAGGTCATCCCGATTTAGCCTGT
AATTGGGAGGATTAATAAAGTAATTGCTAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FZ95TF U 1
AF RR1BP39TF U 1
AF RR1BP39JQ C 27
AF RR1FZ95JQ C 244
BS 1 658 RR1BP39TF
BS 659 659 RR1BP39JQ
BS 660 688 RR1BP39TF
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BS 690 705 RR1BP39TF
BS 706 870 RR1BP39JQ

RD RR1FZ95TF 613 0 0
GGGCCGGATTCAATCCAAAGCCGATTTTGAGCGATCTCCAATGGCGGAAGAAGATTCCGT
TAAAGAGGGGTATGCTGAGATCGTTGTCGTACGTCATGGAGAAACATCTTGGAATGCCGA
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AAAGAGAGCCTTTGAGACTGCTCAGATCATTGCAGCTAAATGCGGCAAGGTTGAGGTACT
TACTGATCCTGATTTGCGGGAGAGGCGTTTAGG**ATATGCAAGGTCTTGTGTACCAAGA
AGCTTCTAAACTTCGCCCTGAAGCTTACAAGGCCTTCTCATCTAACCGCACAGACGTTGA
CATTCCAGGTGGAGGAGAAAGTCTTGACAAACTCTACGACAGATGTACATCTGCATTACA
GAGAATCGGCGACAAACATCAAGGTGAAAGAGTGGTGGTAGTGACTCATGGAGGTGTCAT
TCGATCTCTCTACGAGAGAGCTCGTCCAAGTGCACGAAAAGTTGAAAAGATTCTCAAACA
CATCGGTCAATGT

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1BP39TF 705 0 0
GGGCCGGATTCAATCCAAAGCCGATTTTGAGCGATCTCCAATGGCGGAAGAAGATTCCGT
TAAAGAGGGGTATGCTGAGATCGTTGTTGTACGTCATGGAGAAACATCTTGGAATGCCGA
GAGAGAGATCCAGGGTCATTTGGATGTTGAACTAAACGATGCAGGAAGACAACAAGCAAA
AAAAGTTGCTGAGCGGTTATCAAAGGAGCCTAAGGTATCTTATGTTTACTCCTCTGACTT
AAAGAGAGCCTTTGAGACTGCTCAGATCATTGCAGCTAAATGCGGCAAGGTTGAGGTACT
TACTGATCCTGATTTGCGGGAGAGGCATTTAGGGGATATGCAAGGTCTTGTGTACCAAGA
AGCTTCCAAACTTCGCCCTGAAGCTTACAAGGCCTTCTCATCTAACCGCACAGACGTTGA
CATTCCAGGTGGAGGAGAAAGTCTTGACAAACTCTACGACAGATGTACATCTGCATTACA
GAGAATCGGCGACAAACATCAAGGTGAAAGAGTGGTGGTAGTGACTCATGGAGGTGTCAT
TCGATCTCTCTACGAGAGAGCTCGTCCAAGTGCACGAAAAGTTGAAAAGATTCTCAA*CA
CATCGGTCAATGTGTTCCGTTTATTCGACGGAGACAAATGGACAATCCAAGTTTGGGGGA
GATGTGTCTCATTTGGACCAAACCGGTT*CTTGCAATCCGGTTTT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1BP39JQ 844 0 0
TTGAGCGATCTCCAATGGCGGAAGAAGAT*CCGTTAAAGAGGGGTATGCTGAGATCGTTG
TTGTACGTCATGGAGAAACATCTTGGAATGCCGAGAGAGAGATCCAGGGTCATTTGGATG
TTGAACTAAACGATGCAGGAAGACAACAAGCAAAAAAAGTTGCTGAGCGGTTATCAAAGG
AGCCTAAGGTATCTTATGTTTACTCCTCTGACTTAAAGAGAGCCTTTGAGACTGCTCAGA
TCATTGCAGCTAAATGCGGCAAGGTTGAGGTACTTACTGATCCTGATTTGCGGGAGAGGC
ATTTAGGGGATATGCAAGGTCTTGTGTACCAAGAAGCTTCCAAACTTCGCCCTGAAGCTT
ACAAGGCCTTCTCATCTAACCGCACAGACGTTGACATTCCAGGTGGAGGAGAAAGTCTTG
ACAAACTCTACGACAGATGTACATCTGCATTACAGAGAATCGGCGACAAACATCAAGGTG
AAAGAGTGGTGGTAGTGACTCATGGAGGTGTCATTCGATCTCTCTACGAGAGAGCTCGTC
CAAGTGCACGAAAAGTTGAAAAGATTCTCAA*CACATCGGTCAATGTGTTCCGTTTATTC
GACGGAGACAAATGGACAATCCAAGTTTGGGG*AGATGTGTCTCATTTGGACCAAACCGG
TTTCTTGCAATCCGGTTTTGGCGGTGACAGAACCTCTGGTTAAGATTCAATGACTCTTTC
CACTGAGGTTTTTCTGTAATTTAAATTTGACTCTGTTACTTTCTTCTTTTGCAATTTGAC
CTCATAACTTTTAGGTCATCCCGATTTAGCCTGTAATTGGGAGGATTAATAAAGTAATTG
CTAT

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR1FZ95JQ 627 0 0
GAGAGCCTTTGAGACTGCTCAGATCATTGCAGCTAAATGCGGCAAGGTTGAGGTACTTAC
TGATCCTGATTTGCGGGAGAGGCGTTTAGG**ATATGCAAGGTCTTGTGTACCAAGAAGC
TTCTAAACTTCGCCCTGAAGCTTACAAGGCCTTCTCATCTAACCGCACAGACGTTGACAT
TCCAGGTGGAGGAGAAAGTCTTGACAAACTTTACGACAGATGTACATTTGCATTACAGAG
AATCGGCGACAAACATCAAGGTGAAAGAGTGGTGGTAGTGACTCATGGAGGTGTCATTCG
ATCTCTTTACGAGAGAGCTCGTCCAAGTGCACGAAAAGTTGAAAAGATTCTCAA*CACAT
CGGTCAATGTGTTCCGTTTATTCGACGAAGACAAATGGACAATCCAAGTTTGGGG*AGAT
GTGTTTCATTTGGACCAAACCGGTTTCTTGCAATCCGGTTTTGGCGGTGACAGAACCTCT
GGTTAAGATTCAATGACTCTTTCCACTGAGGTTTTTCTGTAATTTAAATTTGACTCTGTT
ACTTTTTTTTTTTGCAATTTGACCTCATAACTTTTAGGTTATCCCGATTTAGCCTGTAAT
TGGGAGGATTAATAAAGTAATTGCTAT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL3176Contig1 659 2 14 U
GCCTTGGGATTCTTCAGTTTTTCAATTTCAGTTTCATGTTTCAAAACAAACCGAAATAGA
AAACATGCTTGGTTTAATCTGGTTTGGTTCGTTCAGTTCAAAATGAAACACAATTCAAAT
AGAAAATAGTTTGGTGCAATGCGAGAGTATACTAAGGATACGCTAATAAGAGAGAGCTTT
GGGTCCTATTCCTGCTTGGTACGAGCAAGCCTTGCACGACGCCTGAGTTCAGCTCTTTTC
CATTTTACAATTAGGTAGCAAAGCGAAAAGAGTGTGTTTATCAGAATTATCATTGCAATG
ACAAGAAGGGGTCCAGACCAGAGAACCGAGAGGAAGACTCCGTGGGGGTCAAAGTAGTTT
TGAGTAGAGAAGCTCTTCCAGTTTTTTCTCAAGACTCGGTTGAGACTCTCTGCAAAGTAC
ACTCCACCCAATGAGAATAAGAAGAGGAACATATGGAAGTTGAGATGCCTTCTAGAAAGA
AGAGTAACCAATAGAAACAGAGCATGGAACGCCATTAATCCCATTATCCATGGTTCCTTC
CAATCGATGGCGTGGAAAAATCCAATGAAATTAGCGTAGGCAGGTTGTAATCCGGTTCGG
AGCTCACCGGAAAGCTTCTGGACCAGATCCGCCATCAGATCCATTTGTTGCTCCATCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX10JQ U 1
AF RR1FQ03JQ U 58
BS 1 109 RR1GX10JQ
BS 110 110 RR1FQ03JQ
BS 111 141 RR1GX10JQ
BS 142 142 RR1FQ03JQ
BS 143 160 RR1GX10JQ
BS 161 161 RR1FQ03JQ
BS 162 219 RR1GX10JQ
BS 220 220 RR1FQ03JQ
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BS 285 285 RR1FQ03JQ
BS 286 308 RR1GX10JQ
BS 309 309 RR1FQ03JQ
BS 310 560 RR1GX10JQ
BS 561 659 RR1FQ03JQ

RD RR1GX10JQ 560 0 0
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AAACATGCTTGGTTTAATCTGGTTTGGTTCGTTCAGTTCAAAATGAAACGCAATTCAAAT
AGAAAATAGTTTGGTGCAATGTGAGAGTATACTAAGGATATGCTAATAAGAGAGAGCTTT
GGGTCCTATTCCTGCTTGGTACGAGCAAGCCTTGCACGATGCCTGAGTTCAGCTCTTTTC
CATTTTACAATTAGGTAGCAAAGCGAAAAGAGTGTGTTTATCAGGATTATCATTGCAATG
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TGAGTAGAGAAGCTCTTCCAGTTTTTTCTCAAGACTCGGTTGAGACTCTCTGCAAAGTAC
ACTCCACCCAATGAGAATAAGAAGAGGAACATATGGAAGTTGAGATGCCTTCTAGAAAGA
AGAGTAACCAATAGAAACAGAGCATGGAACGCCATTAATCCCATTATCCATGGTTCCTTC
CAATCGATGGCGTGGAAAAA

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1FQ03JQ 602 0 0
G
GAAAACATGCTTGGTTTAATCTGGTTTGGTTCGTTCAGTTCAAAATGAAACACAATTCAA
ATAGAAAATAGTTTGGTGCAATGCGAGAGTATACTAAGGATACGCTAATAAGAGAGAGCT
TTGGGTCCTATTCCTGCTTGGTACGAGCAAGCCTTGCACGACGCCTGAGTTCAGCTCTTT
TCCATTTTACAATTAGGTAGCAAAGCGAAAAGAGTGTGTTTATCAGAATTATCATTGCAA
TGACAAGGAGGGGTCCAGACCAGAGAACCGAGAGGAAGACTCCGTGGGGGTCAAAGTAGT
TTTGAGTAGAGAAGCTCTTCCAGTTTTTTCTCAAGACTCGGTTGAGACTCTCTGCAAAGT
ACACTCCACCCAATGAGAATAAGAAGAGGAACATATGGAAGTTGAGATGCCTTCTAGAAA
GAAGAGTAACCAATAGAAACAGAGCATGGAACGCCATTAATCCCATTATCCATGGTTCCT
TCCAATCGATGGCGTGGAAAAATCCAATGAAATTAGCGTAGGCAGGTTGTAATCCGGTTC
GGAGCTCACCGGAAAGCTTCTGGACCAGATCCGCCATCAGATCCATTTGTTGCTCCATCG
C

QA 2 602 2 602
DS 



AS 1 4

CO CL3177Contig1 797 4 4 U
AGTAGAAAGACATGGGATATAAATAAATTGTCGAGAAAGAAAACATTAGGGCAAAATCCG
ATACAACACCTAAGTGAAAGTGAAAAAAGTATTATAGGTTGGCTCAAAACATGCAAAGAC
GACAAACTACTAGTGATCATCTCAGTACTTGACTGGTGCAAGAATCTCGAGCTGTGCTCC
AAGCTTCTCCTCAGCCACCTTCTCAGCCTTGGCTCTAAGTTTGTTAAGCTGCTTCTTACG
CTCGTAAACAACTTGAGATCTCTCCTTCCTCTTCGTCTCCAGCTCCTTGATGGTGTCGTA
GTGGTTCCACCCGACTTCAGAAGAAAGACGGCCCAGAAGACAGTATTTGTGACCAGCTTG
AAGCCTCAAGACCCTGAGAGCATCGGGGATGACCATCCTCTTGACCTTGTCATATGGTGG
AGGCACACCTTCAAACACCTTCATGCGTGCAAGTGCAGCTGCTCCACGCTTCGTTTTGTG
TGGAATCATACCGCGAACAGTACGCCAGAAGATCTTGGAAGGAGCACGGAAGTGAATGGG
TCCGTGAGAAGGCTTCGTGTTCATACGTTTGCGAAGGAACCTCATGTACTTCATTTTCTG
GCGAACGAGTCCACCGGAGAGGCAAATCTCCTCGCACCTGACGATGACGACCTTCTGCCC
ATTGAGCAGCTCCTTGGCCACGATCGACGCCAGACGCCCCAGCATGTGGTGGCGCGCGTC
GACGACCACGCGCTTCGAGCATATACCTGATCCCGACACCATTTTTGCTTCACATTCTGT
CTGTGTGTGTGTCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FZ45TF C 1
AF RR1FZ45JQ U 322
AF RR1BD40JQ U 9
AF RR1BD40TF C 9
BS 1 10 RR1FZ45TF
BS 11 373 RR1BD40JQ
BS 374 374 RR1FZ45JQ
BS 375 797 RR1BD40JQ

RD RR1FZ45TF 467 0 0
AGTAGAAAGACATGGGATATAAATAAATTGTCGAGAAAGAAAACATTAGGGCAAAATCCG
ATACAACACCTAAGTGAAAGTGAAAAAAGTATTATAGGTTGGCTCAAAACATGCAAAGAC
GACAAACTACTAGTGATCATCTCAGTACTTGACTGGTGCAAGAATCTCGAGCTGTGCTCC
AAGCTTCTCCTCAGCCACCTTCTCAGCCTTGGCTCTAAGTTTGTTAAGCTGCTTCTTACG
CTCGTAAACAACTTGAGATCTCTCCTTCCTCTTCGTCTCCAGCTCCTTGATGGTGTCGTA
GTGGTTCCACCCGACTTCAGAAGAAAGACGGCCCAGAAGACAGTATTTGTGACCAGCTTG
AAGCCTCAAGACCCTGAGAGCATCGGGGATGACCATCCTCTTGACCTTGTCATATGGTGG
AGGCACACCTTCAAACACCTTCATGCGTGCAAGTGCAGCTGCTCCAC

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR1FZ45JQ 146 0 0
AGAAAGACGGCCCAAAAGACAGTATTTGTGACCAGCTTGAAGCCTCAAGACCCTGAGAGC
ATCGGGGATGACCATCCTCTTGACCTTGTCATATGGTGGAGGCACACCTTCAAACACCTT
CATGCGTGCAAGTGCAGCTGCTCCAC

QA 1 146 1 146
DS 

RD RR1BD40JQ 789 0 0
GG
CATGGGATATAAATAAATTGTCGAGAAAGAAAACATTAGGGCAAAATCCGATACAACACC
TAAGTGAAAGTGAAAAAAGTATTATAGGTTGGCTCAAAACATGCAAAGACGACAAACTAC
TAGTGATCATCTCAGTACTTGACTGGTGCAAGAATCTCGAGCTGTGCTCCAAGCTTCTCC
TCAGCCACCTTCTCAGCCTTGGCTCTAAGTTTGTTAAGCTGCTTCTTACGCTCGTAAACA
ACTTGAGATCTCTCCTTCCTCTTCGTCTCCAGCTCCTTGATGGTGTCGTAGTGGTTCCAC
CCGACTTCAGAAGAAAGACGGCCCAGAAGACAGTATTTGTGACCAGCTTGAAGCCTCAAG
ACCTTGAGAGCATCGGGGATGACCATCCTCTTGACCTTGTCATATGGTGGAGGCACACCT
TCAAACACCTTCATGCGTGCAAGTGCAGCTGCTCCACGCTTCGTTTTGTGTGGAATCATA
CCGCGAACAGTACGCCAGAAGATCTTGGAAGGAGCACGGAAGTGAATGGGTCCGTGAGAA
GGCTTCGTGTTCATACGTTTGCGAAGGAACCTCATGTACTTCATTTTCTGGCGAACGAGT
CCACCGGAGAGGCAAATCTCCTCGCACCTGACGATGACGACCTTCTGCCCATTGAGCAGC
TCCTTGGCCACGATCGACGCCAGACGCCCCAGCATGTGGTGGCGCGCGTCGACGACCACG
CGCTTCGAGCATATACCTGATCCCGACACCATTTTTGCTTCACATTCTGTCTGTGTGTGT
GTCCCCT

QA 3 789 3 789
DS 

RD RR1BD40TF 789 0 0
GG
CATGGGATATAAATAAATTGTCGAGAAAGAAAACATTAGGGCAAAATCCGATACAACAC*
TAAGTGAAAGTGAAAAAAGTATTATAGGTTGGCTCAAAACATGCAAAGACGACAAACTAC
TAGTGATCATCTCAGTACTTGACTGGTGCAAGAATCTCGAGCTGTGCTCCAAGCTTCTCC
TCAGCCACCTTCTCAGCCTTGGCTCTAAGTTTGTTAAGCTGCTTCTTACGCTCGTAAACA
ACTTGAGATCTCTCCTTCCTCTTCGTCTCCAGCTCCTTGATGGTGTCGTAGTGGTTCCAC
CCGACTTCAGAAGAAAGACGGCCCAGAAGACAGTATTTGTGACCAGCTTGAAGCCTCAAG
ACCTTGAGAGCATCGGGGATGACCATCCTCTTGACCTTGTCATATGGTGGAGGCACACCT
TCAAACACCTTCATGCGTGCAAGTGCAGCTGCTCCACGCTTCGTTTTGTGTGGAATCATA
CCGCGAACAGTACGCCAGAAGATCTTGGAAGGAGCACGGAAGTGAATGGGTCCGTGAGAA
GGCTTCGTGTTCATACGTTTGCGAAGGAACCTCATGTACTTCATTTTCTGGCGAACGAGT
CCACCGGAGAGGCAAATCTCCTCGCACCTGACGATGACGACCTTCTGCCCATTGAGCAGC
TCCTTGGCCACGATCGACGCCAGACGCCCCAGCATGTGGTGGCGCGCGTCGACGACCACG
CGCTTCGAGCATATACCTGATCCCGACACCATTTTTGCTTCACATTCTGTCTGTGTGTGT
GTCCCCT

QA 3 789 3 789
DS 



AS 1 3

CO CL3178Contig1 791 3 5 U
GGAATCTCTTCTTGATTCCAATACATTCTCTACCTTCCTGTAATCCAAGCTCTGTAGGGG
AAATGGCCACTGTCACTACTCAAGCCTCGGCCTCGATCTTCAGACCATGCACTTCAAAGC
CAAGATTCCTCACCGGTTCTTCCGGTAGGTTGAACCGAGAATTGTCGTTTAAGTCAATCG
GCTCAAAGACGTCCTCGTTCAAGGTTGAAGCTAAGAAAGGAGAATGGTTGCCCGGTTTGG
CATCTCCTGGTTATCTCAACGGCAGTCTTGCCGGTGATAATGGGTTTGACCCATTGGGAC
TGGCAGAGGATCCAGAGAACTTGAAGTGGTTCATCCAGGCTGAGCTTGTCAACGGACGGT
GGGCCATGCTCGGCGTCGCAGGGATGCTTTTGCCTGAAGTTTTCACCAAGATCGGAATCA
TCAACGTTCCTGAGTGGTACGATGCCGGGAAAGAGCAGTATTTTGCATCATCATCGACAT
TGTTCGTGATCGAGTTCATATTGTTTCATTACGTTGAGATCAGACGGTGGCAGGACATTA
AGAACCCAGGGAGTGTGAACCAAGACCCTATCTTCAAGCAATACAGCTTGCCTCCAAATG
AAGTTGGTTACCCCGGAGGAATCTTTAACCCTCTTAACTTCGCTCCTACGCTCGAGGCTA
AG*AGAAAGAGCTTGCAAATGGGAGGTTGGCGATGTTGGCATTCTTAGGGTCGTGATCAA
CACAATGTGACTGGAAAGGGACATTTGAGACCTGTTGCAGCACTTGTCGACCATGGCACA
ACACTATGTCA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU36TF U 1
AF RR1EF05TF U 1
AF RR1H780TF U 1
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CGTGATCACACATGTGACT

QA 1 711 1 711
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TCAACGTTCCTGAGTGGTACGATGCCGGGAAAGAGCAGTATTTTGCATCATCATCGACAT
TGTTCGTGATCGAGTTCATATTGTTTCATTACGTTGAGATCAGACGGTGGCAGGACGTTA
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ACACTATGTCA

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 4

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CGTTTGAAAAACAAATCAGAGAGAGCCTTACAGTTTTCGAATCACAAATACTAAAGATAA
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TCACGTACGAAAGGTATTCACTATAATGCATGCTGAATAATGTGCTCCGATAACGTGTTA
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GAGACTGAGGGGAAAAAAAAAGCGCAAAAGATTCGAAGATCGGTGGTGAAAGTGTGTACG
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BQ
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AF RR1EW22JQ U 1
AF RR1EW22TF C 241
AF RR1BR67JQ U 11
AF RR1BR67TF C 235
BS 1 85 RR1EW22JQ
BS 86 86 RR1BR67JQ
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BS 543 543 RR1BR67JQ
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RD RR1EW22JQ 709 0 0
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QA 1 709 1 709
DS 

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TGGCGTTACGCTTTATATTAGTCACAGGTTCAGTGAACTCGATGATTATACCATGCTTTC
CAACCTTCCAGTCGAGATAATCCTCCGCATCTTCGTAATCAGTAAGGACTGAGACCGTAC
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TAGTCAAGGCATAGTCCTTGAAGCCACTGATCAAGCGGCGCGCTTCGAGTGTACCGATAC
ATCCACGCAAACGAGGCTCCCCACCGTTAACTATTTTCTTCCAAGTGACAAACAATGGGT
GATTGGCGTCGTCAAAGGCAGGTGGAGGAGACTCTTCGTTGTTGTAGTGAGAGACCAAAG
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AGAGAGACT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1BR67JQ 846 0 0
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GGAGGGCTTGCTGGTCCCATTAATAGCAGGGACAAGGCCCCTTGTGGCCTTCACGTACGA
AAGGTATTCACTATAATGCATGCTGAATAATGTGCTCTGATAACGTGTTAGCTGGATACG
CCTACGCACCGACTCCGTTATCTCCCCATTGTATCCTGCTTTACGCACCAGCGAGTCTAT
TGCCTCTATCTTTGTCCAGCCTTCATGAGCTGGCACCTCAGGGAGATACGTGGCGTTACG
CTTTATATTAGTCACAGGTTCAGTGAACTCGATGATTATACCATGCTTTCCAACCTCCCA
GTCGAGATAATCCTCCGCATCTTCGTAATCAGTAAGGACTGAGACCGTACGCAGCAGAAA
GGGAAGTTCTTTGGGTTGTATTGGCGGGAACCTACGATCCCTCAGGGCACTGGTCAAGGC
ATAGTCCTTGAAGCCACTGATCAAGCGGCGTGCTTCGAGTGTACCGATACATCCACGCAA
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GTCAAAGGCAGGTGGAGGAGACTCTTCGTTGTTGTAGTGAGAGACCAAAGTGTCGAAACA
GTACACAGCCATGTCTCTGT*CGCAGACGCCATTTGTGTGCTTTTCA*GAGAGACTGAGG
GGAAAA

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR1BR67TF 707 0 0
GTGCCT
TCACGTACGAAAGGTATTCACTATAATGCATGCTGAATAATGTGCTCTGATAACGTGTTA
GCTGGATACGCCTACGCACCGACTCCGTTATCTCCCCATTGTATCGTGCTTTACGCACCA
GCGAGTCTATTGCCTCTATCTTTGTCCAGCCTTCATGAGCTGGCACCTCAGGGAGATACG
TGGCGTTACGCTTTATATTAGTCACAGGTTCAGTGAACTCGATGATTATACCATGCTTTC
CAACCTCCCAGTCGAGATAATCCTCCGCATCTTCGTAATCAGTAAGGACTGAGACCGTAC
GCAGCAGAAAGGGAAGTTCTTTGGGTTGTATTGGCGGGAACCTACGATCCCTCAGGGCAC
TGGTCAAGGCATAGTCCTTGAAGCCACTGATCAAGCGGCGTGCTTCGAGTGTACCGATAC
ATCCACGCAAACGAGGCTCCCCACCGTTAACTATTTTCTTCCAGGTGACAAACAATGGGT
GATTGGCGTCGTCAAAGGCAGGTGGAGGAGACTCTTCGTTGTTGTAGTGAGAGACCAAAG
TGTCGAAACAGTACACAGCCATGTCTCTGTTCGCAGACGCCATTTGTGTGCTTTTCAAGA
GAGACTGAGGGGAAAAAAAAAGCGCAAAAGATTCGAAGATCGGTGGTGAAAGTGTGTACG
TTTCAGAAACAACGAAAGAAAAGAAAGCACACTGACAACCC

QA 7 707 7 707
DS 



AS 1 4

CO CL3180Contig1 572 4 7 U
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AAATGATTTTATCCAGCCAAGGGACTGTCCATGCTTGACTCTAGTCCACGAAAACTCGAA
CCATCAGCACAGTCAGTACATGGACAATCCTTGGAAATACCAGAAG*GATTCAATCCATC
CAAAGACTATCCAGACTTGAAGATATCTAGTCCACGAGCCATCAGTACTACTAACAGTAC
TTCATCCGGGAAGAATTCAATCCAGCAAAAAGACTGGTTTATCGATCCAACAGACGGACA
GTCTATGAAAACTCTAGCAAACAGATAGTCTAAATCAACCGGGAAGAAAAACAATTTCAT
GGAGCAGACTCACATACTGATGCCCACGGATGTGTGTACTGACAGGAGGGTGTGAAAATA
CCCCGTAGACTGTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGCAAAAAAAAAAAAAATCTCACGTATTG
ATTCACCCACTGATCACCCACGGCTGGGTGTACTGATGGGACAGTCAGGGTGTGAAAATA
CCCCGTAGACTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G840TF U 110
AF RR1G840JQ C 113
AF RR1BZ79JQ C 1
AF RR1BZ79TF U 1
BS 1 113 RR1BZ79TF
BS 114 130 RR1G840TF
BS 131 131 RR1BZ79TF
BS 132 166 RR1G840TF
BS 167 167 RR1BZ79TF
BS 168 454 RR1G840TF
BS 455 572 RR1BZ79TF

RD RR1G840TF 345 0 0
AGGG
ACTCGAACCATCAGCACTGTCAGTACATGGACAATCCTTGGAAATACCAGAAGAGATTCA
ATCCATCCAAAGACTATCCAGACTTGAAGATATCTAGTCCACGAGCCATCAGTACTACTA
ACAGTACTTCATCCGGGAAGAATTCAATCCAGCAAAAAGACTGGTTTATCGATCCAACAG
ACGGACAGTCTATGAAAACTCTAGCAAACAGATAGTCTAAATCAACCGGGAAGAAAAACA
ATTTCATGGAGCAGACTCACATACTGATGCCCACGGATGTGTGTACTGACAGGAGGGTGT
GAAAATACCCCGTAGACTGTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGC

QA 5 345 5 345
DS 

RD RR1G840JQ 342 0 0
G
ACTCGAACCATCAGCACTGTCAGTACATGGACAATCCTTGGAAATACCAGAAG*GATTCA
ATCCATCCAAAGACTATCCAGACTTGAAGATATCTAGTCCACGAGCCATCAGTACTACTA
ACAGTACTTCATCCGGGAAGAATTCAATCCAGCAAAAAGACTGGTTTATCGATCCAACAG
ACGGACAGTCTATGAAAACTCTAGCAAACAGATAGTCTAAATCAACCGGGAAGAAAAACA
ATTTCATGGAGCAGACTCACATACTGATGCCCACGGATGTGTGTACTGACAGGAGGGTGT
GAAAATACCCCGTAGACTGTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGC

QA 2 342 2 342
DS 

RD RR1BZ79JQ 572 0 0
GCTTGGTGAAAATCACTCTCGCACCAAAATTTCAGTATGATTTTTCGTACTTAACGAGAA
AAATGATTTTATCCAGCCAAGGGACTGTCCATGCTTGACTTTAGTCCACGAAAACTCGAA
CCATCAGCACAGTCAGTACATGGACAATCCTTGGAAATACTAGAAG*GATTCAATCCATC
CAAAGACTGTCCAGACTTGAAGATATTTAGTCCACGAGCCATCAGTACTACTAACAGTAC
TTCATCCGGGAAGAATTCAATCCAGCAAAAAGACTGGTTTATCGATCCAACAGACGGACA
GTCTATGAAAACTCTAGCAAACAGATAGTCTAAATCAACCGGGAAGAAAAACAATTTCAT
GGAGCAGACTCACATACTGATGCCCACGGATGTGTGTACTGACAGGAGGGTGTGAAAATA
CCCCGTAGACTGTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGCAAAAAAAAAAAAAATCTCACGTATTG
ATTCACCCACTGATCACCCACGGCTGGGTGTACTGATGGGACAGTCAGGGTGTGAAAATA
CCCCGTAGACTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1BZ79TF 572 0 0
GCTTGGTGAAAATCACTCTCGCACCAAAATTTCAGTATGATTTTTCGTACTTAACGAGAA
AAATGATTTTATCCAGCCAAGGGACTGTCCATGCTTGACTCTAGTCCACGAAAACTCGAA
CCATCAGCACAGTCAGTACATGGACAATCCTTGGAAATACTAGAAG*GATTCAATCCATC
CAAAGACTGTCCAGACTTGAAGATATCTAGTCCACGAGCCATCAGTACTACTAACAGTAC
TTCATCCGGGAAGAATTCAATCCAGCAAAAAGACTGGTTTATCGATCCAACAGACGGACA
GTCTATGAAAACTCTAGCAAACAGATAGTCTAAATCAACCGGGAAGAAAAACAATTTCAT
GGAGCAGACTCACATACTGATGCCCACGGATGTGTGTACTGACAGGAGGGTGTGAAAATA
CCCCGTAGACTGTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGCAAAAAAAAAAAAAATCTCACGTATTG
ATTCACCCACTGATCACCCACGGCTGGGTGTACTGATGGGACAGTCAGGGTGTGAAAATA
CCCCGTAGACTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 4

CO CL3181Contig1 1322 4 7 U
GGGAAGAACCCTTTCTAAACCTTATCCCCTTTCAAAGCATAGCGAGAGAAAGAGAGAGCC
ATGTCTGCCTCCGCTTCCTCCGTTTCTCTATCTTCCTTCAACCCTAAATCTCTCCCTCTC
TGCGTCTCCCGCTCCGCCTCCATCCTCCCACCTTCCCTCTCCTTCAAACTCCACTCCATC
TTCGCTTCCTCCGCCGCCGTCAGATGCTCCTCCCCCGCCCAACACTCCTCTCGTTTCGCC
CGAAACGTCGCCGTATCGTCGGATTTCGAGGTTGAGGAGGAAAACATGTTCACCGACGGC
GACGACGATTCCTCTCCCCCGCCTCCGCGTGGCGGAAGCTCATTCTCCGCTGACCTGAAA
CTCTTCGTCGGTAACCTTTCTTTCGATGTGGATAGCGCTCAGCTCGCTCAGTTGTTTGAG
AGCGCCGGCACTGTTGAGATGGTTGAGGTAATATATGACAAAGTTACTGGCAGAAGCAGA
GGGTTTGGATTTGTGACCATGTCCACTGCATCTGAAGTCGAGGCAGCTGCTCAGCAGTTT
AATGGCTATGAACTTGAAGGCAGAGCTTTGAGGGTTAACGCTGGACCTCCTCCACCTAAG
AGAGAGGAATCCTTCTCCAGAGGACCGAGAAGCGGTGGTTACGGTTCAGAACGTGGTGGT
GGTTACGGTTCCGAACGTTCTGGCTACGGGTCTCAGCGTTCAGGACGTTCTGGTTACGGG
TCCGAGCGCTCCAGCTACGGGTCCGAGCGTTCAAGCTACGGCTCTGGGTCAGGTTCATCA
GACCGTGTTTATGTGGGTAACCTTTCGTGGGGTGTGGATGACACGGCGCTTGAGAGCTTG
TTCAGCGAGCAAGGAAAGGTTGTTGAGGCCAGGGTCATTTACGACAGGGACACTGGTCGA
TCAAAGGGTTTTGGGTTTGTGACGCTCGGCTCTCCTCAAGGGGTCACGAGAGCCATCAAC
TCTTTGAATGGCGCAGATTTGGATGGAAGACAGATTAGAGTCTCGGAGGCTGAGGCTAGG
CCACCAAGGCGCCAGTTTTGAGCAACCATGTCACTTCACTACTCTTTAAGAGAAATGGAG
GTGTAGGTCATCTTGACTGACGAACAAGCTATTTGAGTTTTGGGCTTTGTTTCTTTATTT
TACTTTTTAAGCCGTTTTGGGCTTTTTGCTTTTATCTTTGCAGACTACTTAGGGTTTTGG
ACTTTTATTTTCTTTCTTCCATTGTGCTGTGCTTGTTCTCGTTAACTACTTGTCCACCAA
ATGTCTGTGGACCGATTAAAAGAGTGTACGAATGGTTTTGCTTTAGTAAAATTTCTTCAA
TC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 

AF RR1AR16TF U 1
AF RR1AX74TF U 452
AF RR1AX74JQ C 599
AF RR1AR16JQ C 498
BS 1 703 RR1AR16TF
BS 704 704 RR1AX74TF
BS 705 754 RR1AR16TF
BS 755 1076 RR1AX74TF
BS 1077 1305 RR1AR16JQ
BS 1306 1306 RR1AX74JQ
BS 1307 1322 RR1AR16JQ

RD RR1AR16TF 754 0 0
GGGAAGAACCCTTTCTAAACCTTATCCCCTTTCAAAGCATAGCGAGAGAAAGAGAGAGCC
ATGTCTGCCTCCGCTTCCTCCGTTTCTCTATCTTCCTTCAACCCTAAATCTCTCCCTCTC
TGCGTCTCCCGCTCCGCCTCCATCCTCCCACCTTCCCTCTCCTTCAAACTCCACTCCATC
TTCGCTTCCTCCGCCGCCGTCAGATGCTCCTCCCCCGCCCAACACTCCTCTCGTTTCGCC
CGAAACGTCGCCGTATCGTCGGATTTCGAGGTTGAGGAGGAAAACATGTTCACCGACGGC
GACGACGATTCCTCTCCCCCGCCTCCGCGTGGCGGAAGCTCATTCTCCGCTGACCTGAAA
CTCTTCGTCGGTAACCTTTCTTTCGATGTGGATAGCGCTCAGCTCGCTCAGTTGTTTGAG
AGCGCCGGCACTGTTGAGATGGTTGAGGTAATATATGACAAAGTTACTGGCAGAAGCAGA
GGGTTTGGATTTGTGACCATGTCCACTGCATCTGAAGTCGAGGCAGCTGCTCAGCAGTTT
AATGGCTATGAACTTGAAGGCAGAGCTTTGAGGGTTAACGCTGGACCTCCTCCACCTAAG
AGAGAGGAATCCTTCTCCAGAGGACCGAGAAGCGGTGGTTACGGTTCAGAACGTGGTGGT
GGTTACGGTTCCGAACGTTCTGGCTACGGGTCTCAGCGTTCAG*ACGTTCTGGTTACGGG
TCCGAGCGCTCCAGCTACGGGTCCGAGCGTTCAA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1AX74TF 625 0 0
GC
TATGACAAAGTTACTGGCAGAAGCAGAGGGTTTGGATTTGTGACCATGTCCACTGCAGCT
GAAGTCGAGGCAGCTGCTCAGCAGCTTAATGGCTATGAACTTGAAGGCAGAGCTTTGAGG
GTTAACGCTGGACCTCCTCCACCTAAGAGAGAGGAATCCTTCTCCAGAGGACCGAGAAGC
GGTGGTTACGGTTCAGAACGTGGTGGTGGTTACGGTTCCGAACGTTCTGGCTACGGGTCT
CAGCGTTCAGGACGTTCTGGTTACGGGTCCGAGCGCTCCAGCTACGGGTCCGAGCGTTCA
AGCTACGGCTCTGGGTCAGGTTCATCAGACCGTGTTTATGTGGGTAACCTTTCGTGGGGT
GTGGATGACACGGCGCTTGAGAGCTTGTTCAGCGAGCAAGGAAAGGTTGTTGAGGCCAGG
GTCATTTACGACAGGGACACTGGTCGATCAAAGGGTTTTGGGTTTGTGACGCTCGGCTCT
CCTCAAGGGGTCACGAGAGCCATCAACTCTTTGAATGGCGCAGATTTGGATGGAAGACAG
ATTAGAGTCTCGGAGGCTGAGGCTAGGCCACCAAGGCGCCAGTTTTGAGCAACCATGTCA
CTTCACTACTCTTTAAGAGAAAT

QA 3 625 3 625
DS 

RD RR1AX74JQ 723 0 0
AGAGAGAGGAATCCTTCTCCAGAGGACCGAGAAGCGGTGGTTACGGTTCAGAACGTGGTG
GTGGTTACGGTTCCGAACGTTCTGGCTACGGGTCTCAGCGTTCAGGACGTTCTGGTTACG
GGTCCGAGCGCTCCAGCTACGGGTCCGAGCGTTCAAGCTACGGCTCTGGGTCAGGTTCAT
CAGACCGTGTTTATGTGGGTAACCTTTCGTGGGGTGTGGATGACACGGCGCTTGAGAGCT
TGTTCAGCGAGCAAGGAAAGGTTGTTGAGGCCAGGGTCATTTACGACAGGGACACTGGTC
GATCAAAGGGTTTTGGGTTTGTGACGCTCGGCTCTCCTCAAGGGGTCACGAGAGCCATCA
ACTCTTTGAATGGCGCAGATTTGGATGGAAGACAGATTAGAGTCTCGGAGGCTGAGGCTA
GGCCACCAAGGCGCCAGTTTTGAGCAACCATGTCACTTCACTACTCTTTAAGAGAAATGG
AGGTGTAGGTCATCTTGACTGACGAACAAGCTATTTGAGTTTTGGGCTTTGTTTCTTTAT
TTTACTTTTTAAGCCGTTTTGGGCTTTTTGCTTTTATCTTTGCAGACTACTTAGGGTTTT
GGACTTTTATTTTCTTTCTTCCATTGTGCTGTGCTTGTTCTCGTTAACTACTTGTCCACC
AAATGTCTGTGGACCGATTAAAAGAGTGTACGAATGGTTTTGCTTTAGTAAAATTTCTTC
AA
C

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1AR16JQ 825 0 0
CATGTCCACTGCATCTGAAGTCGAGGCAGCTGCTCAGCAGTTTAATGGCTATGAACTTGA
AGGCAGAGCTTTGAGGGTTAACGCTGGACCTCCTCCACCTAAGAGAGAGGAATCCTTCTC
CAGAGGACCGAGAAGCGGTGGTTACGGTTCAGAACGTGGTGGTGGTTACGGTTCCGAACG
TTCTGGCTACGGGTCTCAGCGTTCAGGACGTTCTGGTTACGGGTCCGAGCGCTCCAGCTA
CGGGTCCGAGCGTTCAAGCTACGGCTCTGGGTCAGGTTCATCAGACCGTGTTTATGTGGG
TAACCTTTCGTGGGGTGTGGATGACACGGCGCTTGAGAGCTTGTTCAGCGAGCAAGGAAA
GGTTGTTGAGGCCAGGGTCATTTACGACAGGGACACTGGTCGATCAAAGGGTTTTGGGTT
TGTGACGCTCGGCTCTCCTCAAGAGGTCACGAGAGCCATCAACTCTTTGAATGGCGCAGA
TTTGGATGGAAGACAGATTAGAGTCTCGGAGGCTGAGGCTAGGCCACCAAGGCGCCAGTT
TTGAGCAACCATGTCACTTCACTACTCTTTAAGAGAAATGGAGGTGTAGGTCATCTTGAC
TGACGAACAAGCTATTTGAGTTTTGGGCTTTGTTTCTTTATTTTACTTTTTAAGCCGTTT
TGGGCTTTTTGCTTTTATCTTTGCAGACTACTTAGGGTTTTGGACTTTTATTTTCTTTCT
TCCATTGTGCTGTGCTTGTTCTCGTTAACTACTTGTCCACCAAATGTCTGTGGACCGATT
AAAAGAGTGTACGAATGGTTTTGCTTTATTAAAATTTCTTCAATC

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 3

CO CL3182Contig1 1143 3 4 U
GGGTTGGTTTGAACTTTTATTATAATTTGGTTAGAAGCATCCCTAAGCACATAAATGAGT
TGGTTTGAACTTTTGTTATGTAATTCATAAGTTCTATATATCAGCTTTGAGAGATGGACA
AACTAATTACTTTTTCCTGAGTTGGTTTTGGAGGAGAATATCTCCCATCTATTTCCTTCT
GCTAAGCCCCTGATTCCTCATCTTTGCATCAAATTTAGACACGTCTCCACCATCATCGTC
ATCATCACTATGTCCAACTGGATCGGATACAGGCCAGCTTTTCTCTTTTTGAGCATCTTC
CTTCTTAAATCGAGAGCTTCCCGCACAGATAGCACCTCCTTCAAGTCAGATGCATTCCGT
TCTTTATTTGTAGATTCTGGCTTCAATAGTCGAGGATCGTTCAACACGTCATGACTGCTC
TTAATCTTTTGCTTTACAGCTGCCAGTTCCTTGTCCTCTTCCTCAGCTTCTTCTCTGAAT
GACAGTAGATTCAATTTCTTCACAGGCTTTTTTGGGGGATTCCTTGACTTCATCAACAGG
AGCATGTGATGTCTTTGCTAACACTCTAGGAACAATATCTTCGAAAGGGTTCCACAGAAC
CTCAACAAATAATATTTTGGGAGCAGGATCCAGGGGACGATCATCTTTACCAATGTCAAC
CTCTCCTAGTCTTAGAAGATTAAAGATTGAATCACCCGTTACCTTTCCAAAGATAGTGTG
CTTATCAAGCCAATCACACTTATCCAAAGTGAAAAAGAACTGGCTACCATTAGTATTCGA
TGAACTCTCAATAGCCATAGCCACAATCCCCCGGTGGTTAAATCTCAGCCTCGAGTGGAA
CTCATCGGCAAAGACACCTCCGTATATACTCTCTCCACCTGTTAGATATCACTCACAACA
GTCAACATATTGAAATCGACCCGTACAAACTAACCCTAGGAGTTTAATCAGAGGATCTGG
GGAAGTACATGTGCCGGAGCCGGTGGGATCGAGGAACCCGGGGATTACACGGTGGAAGAT
GGTGTCGATCGAAGTAACCCTCGAGGCAAAGTTGAACGAAATTCCGGACGGATTTGGGAG
CTTCCTTAGGCCATAGCTCGATCTCGATTAGGGTTCTCCTGTCCTTAGGTTCTTGCTGGG
CCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1BK56JQ U 6
AF RR1FN39JQ U 1
AF RR1FN39TF C 482
BS 1 307 RR1FN39JQ
BS 308 308 RR1BK56JQ
BS 309 750 RR1FN39JQ
BS 751 1143 RR1FN39TF

RD RR1BK56JQ 672 0 0
GGTTTGAACTTTTATTATAATTTGGTTAGAAGCATCCCTAAGCACATAAATGAGTTGGTT
TGAACTTTTGTTATGTAATTCATAAGTTCTATATATCAGCTTTGAGAGATGGACAAACTA
ATTACTTTTTCCTGAGTTGGTTTTGGAGGAGAATATCTCCCATCTATTTCCTTCTGCTAA
GCCCCTGATTCCTCATCTTTGCATCAAATTTAGACACGTCTCCACCATCATCGTCATCAT
CACTATGTCCAACTGGATCGGATACAGGCCAGCTTTTCTCTTTTTGAGCATCTTCCTTCT
TAAATCGAGAGCTTCCCGCACAGATAGCACCTCCTTCAAGTCAGATGCATTCCGTTCTTT
ATTTGTAGATTCTGGCTTCAATAGTCGAGGATCGTTCAACACGTCATGACTGCTCTTAAT
CTTTTGCTTTACAGCTGCCAGTTCCTTGTCCTCTTCCTCAGCTTCTTCTCTGAATGACAG
TAGATTCAATTTCTTCACAGGCTTTTTTGGGGGATTCCTTGACTTCATCAACAGGAGCAT
GTGATGTCTTTGCTAACACTCTAGGAACAATATCTTCGAAAGGGTTCCACAGAACCTCAA
CAGATAATATTTTGGGAGCAGGATCCAGGGGACGATCATCTTTACCAATGTCAACCTCTC
CTAGTCTTAGAA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1FN39JQ 750 0 0
GGGTTGGTTTGAACTTTTATTATAATTTGGTTAGAAGCATCCCTAAGCACATAAATGAGT
TGGTTTGAACTTTTGTTATGTAATTCATAAGTTCTATATATCAGCTTTGAGAGATGGACA
AACTAATTACTTTTTCCTGAGTTGGTTTTGGAGGAGAATATCTCCCATCTATTTCCTTCT
GCTAAGCCCCTGATTCCTCATCTTTGCATCAAATTTAGACACGTCTCCACCATCATCGTC
ATCATCACTATGTCCAACTGGATCGGATACAGGCCAGCTTTTCTCTTTTTGAGCATCTTC
CTTCTTAGATCGAGAGCTTCCCGCACAGATAGCACCTCCTTCAAGTCAGATGCATTCCGT
TCTTTATTTGTAGATTCTGGCTTCAATAGTCGAGGATCGTTCAACACGTCATGACTGCTC
TTAATCTTTTGCTTTACAGCTGCCAGTTCCTTGTCCTCTTCCTCAGCTTCTTCTCTGAAT
GACAGTAGATTCAATTTCTTCACAGGCTTTTTTGGGGGATTCCTTGACTTCATCAACAGG
AGCATGTGATGTCTTTGCTAACACTCTAGGAACAATATCTTCGAAAGGGTTCCACAGAAC
CTCAACAAATAATATTTTGGGAGCAGGATCCAGGGGACGATCATCTTTACCAATGTCAAC
CTCTCCTAGTCTTAGAAGATTAAAGATTGAATCACCCGTTACCTTTCCAAAGATAGTGTG
CTTATCAAGCCAATCACACTTATCCAAAGT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1FN39TF 662 0 0
ACAGTAGATTCAATTTCTTCACAGGCTTTTTTGGGGGATTCCTTGACTTCATCAACAGGA
GCATGTGATGTCTTTGCTAACACTCTAGGAACAATATCTTCGAAAGGGTTCCACAGAACC
TCAACAAATAATATTTTGGGAGCAGGATCCAGGGGACGATCATCTTTACCAATGTCAACC
TCTCCTAGTCTTAGAAGATTAAAGATTGAATCACCCGTTACCTTTCCAAAGATAGTGTGC
TTATCAAGCCAATCACACTTATCCAAAGTGAAAAAGAACTGGCTACCATTAGTATTCGAT
GAACTCTCAATAGCCATAGCCACAATCCCCCGGTGGTTAAATCTCAGCCTCGAGTGGAAC
TCATCGGCAAAGACACCTCCGTATATACTCTCTCCACCTGTTAGATATCACTCACAACAG
TCAACATATTGAAATCGACCCGTACAAACTAACCCTAGGAGTTTAATCAGAGGATCTGGG
GAAGTACATGTGCCGGAGCCGGTGGGATCGAGGAACCCGGGGATTACACGGTGGAAGATG
GTGTCGATCGAAGTAACCCTCGAGGCAAAGTTGAACGAAATTCCGGACGGATTTGGGAGC
TTCCTTAGGCCATAGCTCGATCTCGATTAGGGTTCTCCTGTCCTTAGGTTCTTGCTGGGC
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 2 4

CO CL3183Contig1 750 2 1 U
GCAACACCTTTTACAGCAACAAGGAGATCTTCCTTCGTGAGCTCATCAGTAACTCCTCCG
ATGCTTTGGACAAGATCAGATTCGAGTCCTTGACCGATAAGAGCAAGCTCGATGGACAGC
CTGAGCTTTTCATTCACATCATTCCTGACAAGACTAACAACACCTTGACCATCATCGATA
GCGGTATCGGTATGACCAAGGCCGATTTGGTCAACAACCTTGGAACTATTGCAAGGTCTG
GCACCAAGGAGTTCATGGAAGCGTTGGCTGCTGGTGCTGATGTTAGCATGATTGGGCAGT
TTGGTGTTGGTTTCTACTCTGCTTACTTGGTCGCTGACAAGGTCATTGTGACCACCAAGC
ACAATGATGATGAGCAGTACGTGTGGGAGTCTCAGGCTGGTGGGTCTTTCACTGTGACCA
GAGACACCTCTGGGGAGAGTCTTGGTAGGGGTACAAAGATGGTACTTCACCTTAAGGAGG
ATCAGTTGGAGTACCTTGAGGAGAGGAGGCTCAAGGATTTGGTTAAGAGGCATTCTGAGT
TCATCAGCTACCCAATCTCCCTGTGGATCGAGAAGACTATTGAGAAGGAGATCTCTGATG
ACGAGGATGAGGAGGAAAAGAAGGACGAGGAAGGAAAGGTTGAGGAAGTAGATGAGGAGA
AAGAAAAGGAGGAAAAGAAAAAGAAGAAGATTAAGGAGGTTTCCCACGAGTGGGACTTGG
TGAACAAGCAGAAGCCTATCTGGATGAGGA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1F106TF U 1
AF RR1AD31TF U 1
BS 1 750 RR1AD31TF

RD RR1F106TF 614 0 0
GCAAC
ACCTTTTACAGCAACAAGGAGATCTTCCTTCGTGAGCTCATCAGTAACTCCTCCGATGCT
TTGGACAAGATCAGATTCGAGTCCTTGACCGATAAGAGCAAGCTCGATGGACAGCCTGAG
CTTTTCATTCACATCATTCCTGACAAGACTAACAACACCTTGACCATCATCGATAGCGGT
ATCGGTATGACCAAGGCCGATTTGGTCAACAACCTTGGAACTATTGCAAGGTCTGGCACC
AAGGAGTTCATGGAAGCGTTGGCTGCTGGTGCTGATGTTAGCATGATTGGGCAGTTTGGT
GTTGGTTTCTACTCTGCTTACTTGGTCGCTGACAAGGTCATTGTGACCACCAAGCACAAT
GATGATGAGCAGTACGTGTGGGAGTCTCAGGCTGGTGGGTCTTTCACTGTGACCAGAGAC
ACCTCTGGGGAGAGTCTTGGTAGGGGTACAAAGATGGTACTTCACCTTAAGGAGGATCAG
TTGGAGTACCTTGAGGAGAGGAGGCTCAAGGATTTGGTTAAGAGGCATTCTGAGTTCATC
AGCTACCCAATCTCCCTGTGGATCGAGAAGACTATTGAGAAGGAGATCTCTGATGACGAG
GATGAGGAG

QA 6 614 6 614
DS 

RD RR1AD31TF 750 0 0
GCAACACCTTTTACAGCAACAAGGAGATCTTCCTTCGTGAGCTCATCAGTAACTCCTCCG
ATGCTTTGGACAAGATCAGATTCGAGTCCTTGACCGATAAGAGCAAGCTCGATGGACAGC
CTGAGCTTTTCATTCACATCATTCCTGACAAGACTAACAACACCTTGACCATCATCGATA
GCGGTATCGGTATGACCAAGGCCGATTTGGTCAACAACCTTGGAACTATTGCAAGGTCTG
GCACCAAGGAGTTCATGGAAGCGTTGGCTGCTGGTGCTGATGTTAGCATGATTGGGCAGT
TTGGTGTTGGTTTCTACTCTGCTTACTTGGTCGCTGACAAGGTCATTGTGACCACCAAGC
ACAATGATGATGAGCAGTACGTGTGGGAGTCTCAGGCTGGTGGGTCTTTCACTGTGACCA
GAGACACCTCTGGGGAGAGTCTTGGTAGGGGTACAAAGATGGTACTTCACCTTAAGGAGG
ATCAGTTGGAGTACCTTGAGGAGAGGAGGCTCAAGGATTTGGTTAAGAGGCATTCTGAGT
TCATCAGCTACCCAATCTCCCTGTGGATCGAGAAGACTATTGAGAAGGAGATCTCTGATG
ACGAGGATGAGGAGGAAAAGAAGGACGAGGAAGGAAAGGTTGAGGAAGTAGATGAGGAGA
AAGAAAAGGAGGAAAAGAAAAAGAAGAAGATTAAGGAGGTTTCCCACGAGTGGGACTTGG
TGAACAAGCAGAAGCCTATCTGGATGAGGA

QA 1 750 1 750
DS 



CO CL3183Contig2 822 2 2 U
GGGCATCCTCTCTACTCTCTCTCTCCCCTTTATTGCGTCTCTTAGATAAACCCTAGATCT
CTCCTCGATAAGAGATAAGCAGCGACGATGGCAGACGCCGAGACTTTTGCTTTCCAAGCG
GAGATTAACCAGTTGCTCTCCCTCATCATCAATACCTTCTACAGCAACAAGGAGATCTTC
CTTCGTGAGCTCATCAGTAACTCCTCCGATGCTTTGGACAAGATCAGATTCGAGTCATTG
ACCGATAAGAGCAAGCTCGATGGCCAGCCAGAGCTTTTCATCCACATCATTCCCGACAAG
ACTAACAACACCTTGACCATCATCGATAGTGGTATCGGTATGACCAAGGCCGATTTGGTC
AACAACCTTGGAACTATTGCGAGGTCTGGTACCAAGGAGTTCATGGAGGCTTTGGCTGCT
GGTGCTGATGTTAGCATGATTGGGCAGTTTGGTGTTGGTTTCTACTCTGCTTACTTGGTC
GCTGACAAGGTCATTGTCACCACCAAGCATAATGATGACGAGCAGTACGTGTGGGAGTCT
CAGGCTGGTGGGTCTTTCACCGTGACAAGAGACACCTCTGGGGAGAGTCTTGGGTAGGGG
TACGAAGATGGTCCTTCACCTCAAGGAGGACCAGTTGGGAGTACCTTGAGGAGAGGAGGC
TTAAAGATTTGGTCAAGAAGCACTCTGAGTTCATCAGCTACCCTATCTCCCTTTGGATCG
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AAGGCAAGGTTGAGGAAGTAGATGAGGAGAAAGAAAAGGAGG


BQ
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AF RR1G891TF U 1
AF RR1G891JQ C 32
BS 1 708 RR1G891TF
BS 709 822 RR1G891JQ

RD RR1G891TF 708 0 0
GGGCATCCTCTCTACTCTCTCTCTCCCCTTTATTGCGTCTCTTAGATAAACCCTAGATCT
CTCCTCGATAAGAGATAAGCAGCGACGATGGCAGACGCCGAGACTTTTGCTTTCCAAGCG
GAGATTAACCAGTTGCTCTCCCTCATCATCAATACCTTCTACAGCAACAAGGAGATCTTC
CTTCGTGAGCTCATCAGTAACTCCTCCGATGCTTTGGACAAGATCAGATTCGAGTCATTG
ACCGATAAGAGCAAGCTCGATGGCCAGCCAGAGCTTTTCATCCACATCATTCCCGACAAG
ACTAACAACACCTTGACCATCATCGATAGTGGTATCGGTATGACCAAGGCCGATTTGGTC
AACAACCTTGGAACTATTGCGAGGTCTGGTACCAAGGAGTTCATGGAGGCTTTGGCTGCT
GGTGCTGATGTTAGCATGATTGGGCAGTTTGGTGTTGGTTTCTACTCTGCTTACTTGGTC
GCTGACAAGGTCATTGTCACCACCAAGCATAATGATGACGAGCAGTACGTGTGGGAGTCT
CAGGCTGGTGGGTCTTTCACCGTGACAAGAGACACCTCTGGGGAGAGTCTTGGGTAGGGG
TACGAAGATGGTCCTTCACCTCAAGGAGGACCAGTTGGGAGTACCTTGAGGAGAGGAGGC
TTAAAGATTTGGTCAAGAAGCACTCTGAGTTCATCAGCTACCCTATCT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1G891JQ 791 0 0
ATTGCGTCTCTTAGATAAACCCTAGATCTCTCCTCGATAAGAGATAAGCAGCGACGATGG
CAGACGCCGAGACTTTTGCTTTCCAAGCGGAGATTAACCAGTTGCTCTCCCTCATCATCA
ATACCTTCTACAGCAACAAGGAGATCTTCCTTCGTGAGCTCATCAGTAACTCCTCCGATG
CTTTGGACAAGATCAGATTCGAGTCATTGACCGATAAGAGCAAGCTCGATGGCCAGCCAG
AGCTTTTCATCCACATCATTCCCGACAAGACTAACAACACCTTGACCATCATCGATAGTG
GTATCGGTATGACCAAGGCCGATTTGGTCAACAACCTTGGAACTATTGCGAGGTCTGGTA
CCAAGGAGTTCATGGAGGCTTTGGCTGCTGGTGCTGATGTTAGCATGATTGGGCAGTTTG
GTGTTGGTTTCTACTCTGCTTACTTGGTCGCTGACAAGGTCATTGTCACCACCAAGCATA
ATGATGACGAGCAGTACGTGTGGGAGTCTCAGGCTGGTGGGTCTTTCACCGTGACAAGAG
ACACCTCTGGGGAGAGTCTTGG*TAGGGGTACGAAGATGGTCCTTCACCTCAAGGAGGAC
CAGTTGG*AGTACCTTGAGGAGAGGAGGCTTAAGGATTTGGTCAAGAAGCACTCTGAGTT
CATCAGCTACCCTATCTCCCTTTGGATCGAGAAGACTATTGAGAAGGAGATCTCTGATGA
CGAGGACGAGGAGGAAAAGAAGGACGAGGAAGGCAAGGTTGAGGAAGTAGATGAGGAGAA
AGAAAAGGAGG

QA 1 791 1 791
DS 



AS 2 4

CO CL3184Contig1 597 2 2 U
TTATAGAAGTAATATTTATTCGATTAAGAACTGAAAATAGGAAATTTCAAAGAATGATAT
AATGATTGATGAATATTAAAAAGAGAGGATATATATTCTCCAATTTAAGCATTGATGGGT
AAATCAAGCGCATATGAATCCACGGGGGGTCTTCCTGCCACAAGCATTGAGAAGAAGACT
GAGAGAGACAGGAACATTAAGCTTAACTCCTAGGACATTTGCCTTTAAGGCAGTACAGAG
ACAAGCAGCAGCCCCAAGATCAACCAAACCCTTAAGGAGTGAACAACAAGGCTTGACTGG
TGGTGTGCCCAATTCGATTTTGAGAAGATCCTTGAGTACATTGGCACAAACGCCAAGTTT
GAGGGTTTTTCTTGGGCAGCTTCCTGAGGAGGATGGAGTTGGGGTAGGCTTGGGTTTAGG
TTTGGGAATAGAATCGCAGCCACCGCCACAAGCAGTAGTTAGCGTGAAAAATAGGGTGTT
GAATGTGAGGAGAATTATAAGGGAGGCTGAGATTTTTGAAGCCATCTCTCCAAAGATATA
ATTCAATTGAACAAGTTTTAAGCTGGAAATATTGCTTTTAGAGAGTGGTGGTGATCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EY25TF C 1
AF RR1EY25JQ U 3
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BS 3 597 RR1EY25JQ

RD RR1EY25TF 597 0 0
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GAGAGAGACAGGAACATTAAGCTTAACTCCTAGGACATTTGCCTTTAAGGCAGTACAGAG
ACAAGCAGCAGCCCCAAGATCAACCAAACCCTTAAGGAGTGAACAACAAGGCTTGACTGG
TGGTGTGCCCAATTCGATTTTGAGAAGATCCTTGAGTACATTGGCACAAACGCCAAGTTT
GAGGGTTTTTCTTGGGCAGCTTCCTGAGGAGGATGGAGTTGGGGTAGGCTTGGGTTTAGG
TTTGGGAATAGAATCGCAGCCACCGCCACAAGCAGTAGTTAGCGTGAAAAATAGGGTGTT
GAATGTGAGGAGAATTATAAGGGAGGCTGAGATTTTTGAAGCCATCTCTCCAAAGATATA
ATTCAATTGAACAAGTTTTAAGCTGGAAATATTGCTTTTAGAGAGTGGTGGT
GATCC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1EY25JQ 595 0 0
ATAGAAGTAATATTTATTCGATTAAGAACTGAAAATAGGAAATTTCAAAGAATGATATAA
TGATTGATGAATATTAAAAAGAGAGGATATATATTCTCCAATTTAAGCATTGATGGGTAA
ATCAAGCGCATATGAATCCACGGGGGGTCTTCCTGCCACAAGCATTGAGAAGAAGACTGA
GAGAGACAGGAACATTAAGCTTAACTCCTAGGACATTTGCCTTTAAGGCAGTACAGAGAC
AAGCAGCAGCCCCAAGATCAACCAAACCCTTAAGGAGTGAACAACAAGGCTTGACTGGTG
GTGTGCCCAATTCGATTTTGAGAAGATCCTTGAGTACATTGGCACAAACGCCAAGTTTGA
GGGTTTTTCTTGGGCAGCTTCCTGAGGAGGATGGAGTTGGGGTAGGCTTGGGTTTAGGTT
TGGGAATAGAATCGCAGCCACCGCCACAAGCAGTAGTTAGCGTGAAAAATAGGGTGTTGA
ATGTGAGGAGAATTATAAGGGAGGCTGAGATTTTTGAAGCCATCTCTCCAAAGATATAAT
TCAATTGAACAAGTTTTAAGCTGGAAATATTGCTTTTAGAGAGTGGTGGTGATCC

QA 1 595 1 595
DS 



CO CL3184Contig2 664 2 2 U
GGACCACCACTCTATAAAGCAACACTTCCAGCTTAAAACTTGCTCAATTGAATTATATCT
TTGGAAATATGGCTTCAAAAATCTCAGCCTCCCTTATAATTTTCCTCACATTCAACATCC
TCTTTTTCACTCTAACTACTGCTTGTGGCGGTGGCTGCGGTTCTATTCCCAAACCTAAAC
CCAAGCCTACCCCAACTCCATCCTCCTCAGGAAGCTGCCCAAGAAAAACCCTTAAACTTG
GCGTTTGTGCCAATGTACTCAAGGATCTTCTCAAAATCGAATTGGGCACACCACCAGTCA
AGCCTTGTTGTTCACTCCTTAAGGGTTTGGTTGATCTTGAGGCAGCTGCTTGTCTCTGTA
CCGCCTTAAAGGCAAATGTCCTAGGAATTAAGCTTAATGTTCCTGTCTCTCTCAGTCTTC
TTCTCAATGCTTGTGGCAGGAAGACCCCTCGTGGATTCATATGCGCTTGATCTACCCATC
AATGCTTAAATTGGAGAATATATGTCCTCTCTTTTTAATATTCATCAATCTTTATATCAT
TCTTTGAAATTACCTATTTTCAGTTCTTAATCAAATAAATATTACTTCTATTTCTATTAT
TGTATCTGTTTTAAAAATTGTGCTATTGCATAATTTAAATTTATTAATCGATTTCTTGTT
TCCC


BQ
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20 20 20 20 

AF RR1FV34JQ C 1
AF RR1FV34TF U 1
BS 1 2 RR1FV34JQ
BS 3 664 RR1FV34TF

RD RR1FV34JQ 664 0 0
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TTGGAAATATGGCTTCAAAAATCTCAGCCTCCCTTATAATTTTCCTCACATTCAACATCC
TCTTTTTCACTCTAACTACTGCTTGTGGCGGTGGCTGCGGTTCTATTCCCAAACCTAAAC
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GCGTTTGTGCCAATGTACTCAAGGATCTTCTCAAAATCGAATTGGGCACACCACCAGTCA
AGCCTTGTTGTTCACTCCTTAAGGGTTTGGTTGATCTTGAGGCAGCTGCTTGTCTCTGTA
CCGCCTTAAAGGCAAATGTCCTAGGAATTAAGCTTAATGTTCCTGTCTCTCTCAGTCTTC
TTCTCAATGCTTGTGGCAGGAAGACCCCTCGTGGATTCATATGCGCTTGATCTACCCATC
AATGCTTAAATTGGAGAATATATGTCCTCTCTTTTTAATATTCATCAATCTTTATATCAT
TCTTTGAAATTACCTATTTTCAGTTCTTAATCAAATAAATATTACTTCTATTTCTATTAT
TGTATCTGTTTTAAAAATTGTGCTATTGCATAATTTAAATTTATTAATCGATTTCTTGTT
TCCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1FV34TF 664 0 0
GG
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TTTTTCACTCTAACTACTGCTTGTGGCGGTGGCTGCGGTTCTATTCCCAAACCTAAACCC
AAGCCTACCCCAACTCCATCCTCCTCAGGAAGCTGCCCAAGAAAAACCCTTAAACTTGGC
GTTTGTGCCAATGTACTCAAGGATCTTCTCAAAATCGAATTGGGCACACCACCAGTCAAG
CCTTGTTGTTCACTCCTTAAGGGTTTGGTTGATCTTGAGGCAGCTGCTTGTCTCTGTACC
GCCTTAAAGGCAAATGTCCTAGGAATTAAGCTTAATGTTCCTGTCTCTCTCAGTCTTCTT
CTCAATGCTTGTGGCAGGAAGACCCCTCGTGGATTCATATGCGCTTGATCTACCCATCAA
TGCTTAAATTGGAGAATATATGTCCTCTCTTTTTAATATTCATCAATCTTTATATCATTC
TTTGAAATTACCTATTTTCAGTTCTTAATCAAATAAATATTACTTCTATTTCTATTATTG
TATCTGTTTTAAAAATTGTGCTATTGCATAATTTAAATTTATTAATCGATTTCTTGTTTC
CC

QA 3 664 3 664
DS 



AS 1 3

CO CL3185Contig1 957 3 9 U
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TGCCGACGATCAAACTTGTTCTCCTAGTCTGCTACGTTTCTCTTCTCTGCCTTGCATCAT
CATCATCACCTGATCTTTCTGGAATATCTAAACCATCTTCTTCGCAGAAAGTCTCGCTGG
GACTGTACTACGAGTCTCTATGTCCGTATTGTTCTTCCTTCATAGTAAACCACCTCACAA
AGCTCTTCGAAGACGATCTCATATCCATCGTGGACCTCCATCTGTCTCCCTGGGGCAACA
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AGTTATGATGAAGATGTATGGTTTACATATCAGAATTCATGTTTGTTGGGTTGTGTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC60TF U 1
AF RR1AT39TF U 260
AF RR1DC60JQ C 275
BS 1 669 RR1DC60TF
BS 670 670 RR1AT39TF
BS 671 739 RR1DC60TF
BS 740 911 RR1AT39TF
BS 912 912 RR1DC60JQ
BS 913 920 RR1AT39TF
BS 921 921 RR1DC60JQ
BS 922 934 RR1AT39TF
BS 935 957 RR1DC60JQ

RD RR1DC60TF 739 0 0
GGATTGAAGATATCGTTCAGAGACACAACAACAGCTTTGTCTTTGCATCTATGGCGTCGA
TGCCGACGATCAAACTTGTTCTCCTAGTCTGCTACGTTTCTCTTCTCTGCCTTGCATCAT
CATCATCACCTGATCTTTCTGGAATATCTAAACCATCTTCTTCGCAGAAAGTCTCGCTGG
GACTGTACTACGAGTCTCTATGTCCGTATTGTTCTTCCTTCATAGTAAACCACCTCACAA
AGCTCTTCGAAGACGATCTCATATCCATCGTGGACCTCCATCTGTCTCCCTGGGGCAACA
CCAAGCTCCGCTCCGATAATGTCACCGTCGTTTGCCAGCACGGTGCCTATGAATGCTTCT
TGGACACGGTAGAAGCTTGCGCGATTGATGCTTGGCCTGAACTGAGCGATCATTTCCCGT
TCATTTACTGTATTGAGAGTTTGGTGATTGAACACAAGTACAAAAAGTGGGAGACTTGTT
ATGAGAAGCTCAATCTGAACTCAAAACCTGTATCGGATTGCCTCAGCAGTGGACATGGGA
AAGAGCTTCAGTTGCAGTATGCTGCAGAAACGAGTGCACTTAAACCGCCTCATAAATACG
TTCCCTGGGTTGTCGTGGATGGTCAGCCACTTTATGAGGATTATGAAAACTTCATAAGCT
ACATCTGCA*GGCTTACAAAGGTAATAAACTGCCTGGAGCGTGCCCCAAATATTCTTCCA
TTCGCAGTGTCAAAGTGAA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1AT39TF 683 0 0
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TGTCACCGTCGTTTGCCAGCACGGTGCCTATGAATGCTTCTTGGACACGGTAGAAGCTTG
CGCGATTGATGCTTGGCCTGAACTGAGCGATCATTTCCCGTTCATTTACTGTATTGAGAG
TTTGGTGATTGAACACAAGTACAAAAAGTGGGAGACTTGTTATGAGAAGCTCAATCTGAA
CTCAAAACCTGTATCGGATTGCCTCAGCAGTGGACATGGGAAAGAGCTTCAGTTGCAGTA
TGCTGCAGAAACGAGTGCACTTAAACCGCCTCATAAATACGTTCCCTGGGTTGTCGTGGA
TGGTCAGCCACTTTATGAGGATTATGAAAACTTCATAAGCTACATCCGCAAGGCTTACAA
AGGTAATAAACTGCCTGGAGCGTGCCCCAAATATTCTTCCATTCGCAGTGTCAAAGTGAA
TCGCTTCCCTCTGGTTTGCCGGAAAGGAGTCAATACGATGTGGGATTTGTTGGAACGTGT
CAAAAGCTCTTTGTTGTCATACGTCACAGACCTGCTATAAACACCTTGTCTTGCTGTTGT
GCTGTGTAGCATGATACCCTGCAAAGCTTATATAGATTATTAGTTATGATGA*GATGTAT
G*TTTACATATCAGA
TTCATGTT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1DC60JQ 683 0 0
CCTCCATCTGTCTCCCTGGGGCAACACCAAGCTCCGCTCCGATAATGTCACCGTCGTTTG
CCAGCACGGTGCCTATGAATGCTTCTTGGACACGGTAGAAGCTTGCGCGATTGATGCTTG
GCCTGAACTGAGCGATCATTTCCCGTTCATTTACTGTATTGAGAGTTTGGTGATTGAACA
CAAGTACAAAAAGTGGGAGACTTGTTATGAGAAGCTCAATCTGAACTCAAAACCTGTATC
GGATTGCCTCAGCAGTGGACATGGGAAAGAGCTTCAGTTGCAGTATGCTGCAGAAACGAG
TGCACTTAAACCGCCTCATAAATACGTTCCCTGGGTTGTCGTGGATGGTCAGCCACTTTA
TGAGGATTATGAAAACTTCATAAGCTACATCTGCAAGGCTTACAAAGGTAATAAACTGCC
TGGAGCGTGCCCCAAATATTCTTCCATTCGCAGTGTCAAAGTGAATCGCTTCCCTCTGGT
TTGCCGGAAAGGAGTCAATACGATGTGGGATTTGTTGGAACGTGTCAAAAGCTCTTTGTT
GTCATACGTCACAGACCTGCTATAAACACCTTGTCTTGCTGTTGTGCTGTGTAGCATGAT
ACCCTGCAAAGCTTATATAGATTATTAGTTATGATGAAGATGTATGGTTTACATATCAGA
ATTCATGTTTGTTGGGTTGTGTC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 4

CO CL3186Contig1 729 4 13 U
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AAGATTGCTCCAATGGCTGATCCTGAACTAGAAGCTATTAGACAGAGGAGAATGCAAGAG
CTCATGGCTCGACATGGCACTCAGGGGAAGCAGGGCGGCAATCAGCAGAATCCAGATCAA
GAGAGAGCTCAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAACGTAGACAAATGATGCTTAGT
CAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGCGAATTGCTCGAATTGCCCTGGTGAAACCTGAG
AAAGCTAAAGGCGTAGAGGATGTTATTTTGAGGGCTGCTCAAATGGGACAGATTGTTGAG
AAGGTTTCTGAGGAGCGACTTATAACACTGTTGGAACAAATAAACAGTCAAACAACCAAG
CAGACTAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTGGACGACGATTAGGAAGAAGAAGAA
GATTATGCGATCTATGGGAGATCTCACTGTTGAGTTCACTAAGATGTACTTAAAAATGTT
TATTGTGAGTGAATCTTGATACTCTTTGGAATGAGATCATAAAAGTAAATCTCAAACTGA
AACTCTTCATTTTATCCTTTCTGGCATTTCCTCTGTGAACCATCCCTATCTCTTCTTATC
TTCCTCTCCTCCTCTCATTGCCTTGTATGGTTTGAATATTAATCTAAAAGAAAAAAAACG
ATTGTGTTC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A295TF U 1
AF RR1B045JQ C 1
AF RR1B045TF U 1
AF RR1A295JQ C 1
BS 1 13 RR1A295TF
BS 14 14 RR1B045TF
BS 15 141 RR1A295TF
BS 142 144 RR1B045TF
BS 145 226 RR1A295TF
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BS 316 316 RR1B045TF
BS 317 401 RR1A295TF
BS 402 521 RR1B045TF
BS 522 522 RR1A295JQ
BS 523 690 RR1B045TF
BS 691 729 RR1A295JQ

RD RR1A295TF 401 0 0
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AAAGCTAAAGGCGTATAGGATGTTATTTTGAGGGCTGCTCAAATGGGACAGATTGTTGAG
AAGGTTTCTGAGGAGCGACTTATAACACTGTTGGAACAAAT

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1B045JQ 471 0 0
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CAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGCGAATTGCTCGAATTGCCCTGGTGAAACCTGAG
AAAGCTAAAGGCGTAGAGGATGTTATTTTGAGGGCTGCTCAAATGGGACAGATTGTTGAG
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QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1B045TF 690 0 0
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CTCATGGCTCGACATGGCACTCAGGGGAAGCAGGGCGGCAATCAGCAGAATCCAGATCAA
GAGAGAGCTCAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAACGTAGACAAATGATGCTTAGT
CAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGCGAATTGCTCGAATTGCCCTGGTGAAACCTGAG
AAAGCTAAAGGCGTAGAGGATGTTATTTTGAGGGCTGCTCAAATGGGACAGATTGTTGAG
AAGGTTTCTGAGGAGCGACTTATAACACTGTTGGAACAAATAAACAGTCAAACAACCAAG
CAGACTAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTGGACGACGATTAGGAAGAAGAAGAA
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TATTGTGAGTGAATCTTGATACTCTTTGGAATGAGATCATAAAAGTAAATCTCAAACTGA
AACTCTTCATTTTATCCTTTCTGGCATTTCCTCTGTGAACCATCCCTATCTCTTCTTATC
TTCCTCTCCTCCTCTCATTGCCTTGTATGG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1A295JQ 729 0 0
GGGCGTTGGATTCGAAGCGCAACACAGAGATTTGGCATCCAGAAGAGGAAGGAGAAGAAG
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CTCATGGCTCGACATGGCACT***GGGAAGCAGGGCGGCAATCAGCAGAATCCAGATCAA
GAGAGAGCTCAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAACGTAGACAAATGATGCTTAGT
CAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGCGAATTGCTCGAATTGCCCTGGTGAAACCTGAG
AAAGCTAAAGGCGTAGAGGATGTTATTTTGAGGGCTGCTCAAATGGGACAGATTGTTGAG
AAGGTTTCTGAGGAGCGACTTATAACACTGTTGGAACAAATAAACAGTCAAACAACCAAG
CAGACTAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTGGACGACGATTAGGAAGAAGAAGAA
GATTATGCGATCTATGGGAGATCTCACTGTTGAGTTCACTAAGATGTACTTAAAAATGTT
TATTGTGAGTGAATCTTGATACTCTTTGGAATGAGATCATAAAAGTAAATCTCAAACTGA
AACTCTTCATTTTATCCTTTCTGGCATTTCCTCTGTGAACCATCCCTATCTCTTCTTATC
TTCCTCTCCTCCTCTCATTGCCTTGTATGGTTTGAATATTAATCTAAAAGAAAAAAAACG
ATTGTGTTC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 3

CO CL3187Contig1 1007 3 7 U
GGATGGACCCGTCTTCCCTTGTCTCGCTCGCCTAACACTTACCCCACACACTCTCTCACG
CCTCTCATCATCCCTTTCTCTCTACCCTTTATTAATTACAAATCCAAATCCATGTTCTAG
CTCTCATCCCCTCCCTCCCATAGGCTCTCTCTGTACAGTTAAACCTTAAGTTTTCTTTGT
TTGATCGGAAGAAGAAGAAACGATGAATCATCGGTGGGCGATTCAGCCGAACGCGCTCGC
TGCGGGAGGAGGAGAACAGAGTGTTGTAGTTTGCCCAAAACCACGTCGTATTGGTCTCCG
TAACTACGAACATCATCCCTCTCGCTCTCTGCGATGTTACTTCAGCCAGCAAGTTGAATC
CAAGGCAGAGAAGGATATCTTAGATATCATCCTCACCAAGGATGGTTATGGTTCGGAACA
AGTTCGTCATACGCAGGTGTTAGACTCGCCGTCCCCGTTTTTATGTGGGTCCCCGCCGAG
CAGAGTCACTAACCCATTAACGCAGGATTCTCGTTTCAGAGATGAGATCAAACTGGTCTC
TTCTTCCCCGATCACGGCTCCTTCGCTGGGCCAACCTCCATCGTCGCCTTCTTCCTCAGG
GAGGAAAGGAGGAGGATGTGTTAGAGGCAATTTTGGTAACAGCCCAGCGGTTAGGATCGA
AGGGGTTTGATTGCCTTGACAGGGACCGTAGAAACTGCAGCATCCCTGCCTCGGCTTAGA
AACCAAACCAATCTCAAAAAAAAATCCACATACTCTATTTGAATTAACTCACAGATCCAG
TTTAGTGCGTCGTACATAAATGGGTTTAAGGATATGGAGAGATGTGTGGATATAAATCTT
TGAGAAAGTGAGAGCATGAGATCGATCTTTTGGAGTTTGTCTCTTTTGTTTCTAAGAGTG
TAAATAGGTAACGGAGTAAAAGCAGTTTTATGGGTTAAGTTTGTAGTATTTGTGGTCATT
TTGTAAGTAACGTATTAAAGCTAAAAATGAGTCGGTGATGAGAATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C047TF U 1
AF RR1A454JQ C 295
AF RR1A454TF U 339
BS 1 364 RR1C047TF
BS 365 366 RR1A454TF
BS 367 487 RR1C047TF
BS 488 488 RR1A454TF
BS 489 654 RR1C047TF
BS 655 993 RR1A454TF
BS 994 1007 RR1A454JQ

RD RR1C047TF 658 0 0
GGATGGACCCGTCTTCCCTTGTCTCGCTCGCCTAACACTTACCCCACACACTCTCTCACG
CCTCTCATCATCCCTTTCTCTCTACCCTTTATTAATTACAAATCCAAATCCATGTTCTAG
CTCTCATCCCCTCCCTCCCATAGGCTCTCTCTGTACAGTTAAACCTTAAGTTTTCTTTGT
TTGATCGGAAGAAGAAGAAACGATGAATCATCGGTGGGCGATTCAGCCGAACGCGCTCGC
TGCGGGAGGAGGAGAACAGAGTGTTGTAGTTTGCCCAAAACCACGTCGTATTGGTCTCCG
TAACTACGAACATCATCCCTCTCGCTCTCTGCGATGTTACTTCAGCCAGCAAGTTGAATC
CAAGT*AGAGAAGGATATCTTAGATATCATCCTCACCAAGGATGGTTATGGTTCGGAACA
AGTTCGTCATACGCAGGTGTTAGACTCGCCGTCCCCGTTTTTATGTGGGTCCCCGCCGAG
CAGAGTCGCTAACCCATTAACGCAGGATTCTCGTTTCAGAGATGAGATCAAACTGGTCTC
TTCTTCCCCGATCACGGCTCCTTCGCTGGGCCAACCTCCATCGTCGCCTTCTTCCTCAGG
GAGGAAAGGAGGAGGATGTGTTAGAGGCAATTTTGGTAACAGCCCAGCGGTTAG
ATCG

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1A454JQ 713 0 0
G
CTCCGTAACTACGAACATCATCCCTCTCGCTCTCTGCGATGTTACTTCAGCCAGCAAGTT
GAATCCAAGGCAGAGAAGGATATCTTAGATATCATCCTCACCAAGGATGGTTATGGTTCG
GAACAAGTTCGTCATACGCAGGTGTTAGACTCGCCGTCCCCGTTTTTATGTGGGTCCCCG
CCGAGCAGAGTCACTAACCCATTAACGCAGGATTCTCGTTTCAGAGATGAGATCAAACTG
GTCTCTTCTTCCCCGATCACGGCTCCTTCGCTGGGCCAACCTCCATCGTCGCCTTCTTCC
TCAGGGAGGAAAGGAGGAGGATGTGTTAGAGGCAATTTTGGTAACAGCCCAGCGGTTAGG
ATCGAAGGG*TTTGATTGCCTTGACAGGGACCGTAGAAACTGCAGCATCCCTGCCTCGGC
TTAGAAACCAAACCAATCTCAAAAAAAAATCCACATACTCTATTTGAATTAACTCACAGA
TCCAGTTTAGTGCGTCGTACATAAATGGGTTTAAGGATATGGAGAGATGTGTGGATATAA
ATCTTTGAGAAAGTGAGAGCATGAGATCGATCTTTTGGAGTTTGTCTCTTTTGTTTCTAA
GAGTGTAAATAGGTAACGGAGTAAAAGCAGTTTTATGGGTTAAGTTTGTAGTATTTGTGG
TCATTTTGTAAGTAACGTATTAAAGCTAAAAATGAGTCGGTGATGAGAATGG

QA 2 713 2 713
DS 

RD RR1A454TF 669 0 0
ACTTCAGCCAGCAAGTTGAATCCAAGGCAGAGAAGGATATCTTAGATATCATCCTCACCA
AGGATGGTTATGGTTCGGAACAAGTTCGTCATACGCAGGTGTTAGACTCGCCGTCCCCGT
TTTTATGTGGGTCCCCGCCGAGCAGAGTCACTAACCCATTAACGCAGGATTCTCGTTTCA
GAGATGAGATCAAACTGGTCTCTTCTTCCCCGATCACGGCTCCTTCGCTGGGCCAACCTC
CATCGTCGCCTTCTTCCTCAGGGAGGAAAGGAGGAGGATGTGTTAGAGGCAATTTTGGTA
ACAGCCCAGCGGTTAGGATCGAAGGGGTTTGATTGCCTTGACAGGGACCGTAGAAACTGC
AGCATCCCTGCCTCGGCTTAGAAACCAAACCAATCTCAAAAAAAAATCCACATACTCTAT
TTGAATTAACTCACAGATCCAGTTTAGTGCGTCGTACATAAATGGGTTTAAGGATATGGA
GAGATGTGTGGATATAAATCTTTGAGAAAGTGAGAGCATGAGATCGATCTTTTGGAGTTT
GTCTCTTTTGTTTCTAAGAGTGTAAATAGGTAACGGAGTAAAAGCAGTTTTATGGGTTAA
GTTTGTAGTATTTGTGGTCATTTTGTAAGTAACGTATTAAAGCTAAAAATGAGTC
GGTGATGAGAATGG

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL3188Contig1 1319 2 2 U
GGACATGTGAGAAGCATGTAATTGGGTAACTCGTCTTCTCCAATCGGGAATCTTTACTCT
TTCTCTATCTCACCTGCAAAAATGGCGATGTGGGTATTTGGGTACGGATCTCTAATTTGG
AAAACGGGTTTTCCTTTCGAGGATCGTCTTCCTGGTTTCATCAAAAACTATCGCCGTGTT
TTCCACCAAGGTAGTACTGATCATAGAGGAACCCCCGAATTCCCGGGAAGAACAGTGACG
TTAGAGCCTGCGCCTGAAGAAATATGTTGGGGAGTTGCTTACAAGATAACCAAAGAGGAA
GACAAGAACGATGCTTTATTACATCTGGAAGTGAGGGAGAAGCAATATGACCAGAAAGAG
TATCTTGATTTCTTCACAGACATTAATGACTCAGAACCAGCTGTATCAGGAGTGATGGTA
TATATAGCTTCTCCTGACAAGAAGAGCAACAACAACTACTTAGGACCAGCTCCTCTTGAA
GACATTGCCAAACAGATAGTAAAAGCGGAAGGGCCTTCACGGCCGGGGGATCTCGTACGC
TGACCTTTTCCAGCTGGCCAGTGCTACTGCTATAGAGGAAGCTGGAGGACCTAAAATACC
CATGAAATATTGAAGAGTTGATACCTCTGGTCCTCATGAATGTCCTGAAGAAGGAAGGCT
TCCTGACGCTGGTCCTCCTTCACCTAATCATCTCAGAGAAGTCTTCTACAGAATGGGTTT
AGATGATAAGGACATAGTTGCATTATCTGGTGCACACACCTTAGGAAGATCTAGGCCAGA
ACGTAGTGGTTGGGGGAAGCCAGAAACGAAGTACACGAAAGAAGGACCGGGAGCACCAGG
GGGACAGTCATGGACACCAGAGTGGTTGAAGTTTGACAATTCTTACTTCACAGAAATCAA
GGAAAAGAGAGATGAAGATCTCCTTGTCCTGCCCACTGATGCTGCCATCTTTGAAGATCC
TTCTTTCAAGGTGTATGCTGAGAAGTATGCTGCAGATCAAGATGCTTTCTTCAAGGATTA
TGCTGAATCCCATGCGAAACTGAGCAATCTTGGAGCAAAATTTAACCCTCCTGAGGGTAT
CATTATCTAGTCGGCATCTAATTAACTCTGTCGAGGTACTGGTGTTTTTGAAAAAAAATA
ATGACAAAGAAGAAAGGGAACATTACTCGAGAGAACTTTTCTTCTTAGTTTTGCAGATAT
CTTTTGGACAATGTTTCTGCACAAAGGAGTTGGTTGAGTTTCCTTTGCCTTAACTATTGG
TCGTTCGTGTCATGGTTGAATTGTCGTATTGTTTGTTGCAATAACTTGAAAATCGGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FB88TF U 1
AF RR1FB88JQ C 595
BS 1 647 RR1FB88TF
BS 648 1319 RR1FB88JQ

RD RR1FB88TF 647 0 0
GGACATGTGAGAAGCATGTAATTGGGTAACTCGTCTTCTCCAATCGGGAATCTTTACTCT
TTCTCTATCTCACCTGCAAAAATGGCGATGTGGGTATTTGGGTACGGATCTCTAATTTGG
AAAACGGGTTTTCCTTTCGAGGATCGTCTTCCTGGTTTCATCAAAAACTATCGCCGTGTT
TTCCACCAAGGTAGTACTGATCATAGAGGAACCCCCGAATTCCCGGGAAGAACAGTGACG
TTAGAGCCTGCGCCTGAAGAAATATGTTGGGGAGTTGCTTACAAGATAACCAAAGAGGAA
GACAAGAACGATGCTTTATTACATCTGGAAGTGAGGGAGAAGCAATATGACCAGAAAGAG
TATCTTGATTTCTTCACAGACATTAATGACTCAGAACCAGCTGTATCAGGAGTGATGGTA
TATATAGCTTCTCCTGACAAGAAGAGCAACAACAACTACTTAGGACCAGCTCCTCTTGAA
GACATTGCCAAACAGATAGTAAAAGCGGAAGGGCCTTCACGGCCGGGGGATCTCGTACGC
TGACCTTTTCCAGCTGGCCAGTGCTACTGCTATAGAGGAAGCTGGAGGACCTAAAATACC
CATGAAATATTGAAGAGTTGATACCTCTGGTCCTCATGAATGTCCTG

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1FB88JQ 725 0 0
AATACCCATGAAATATTGAAGAGTTGATACCTCTGGTCCTCATGAATGTCCTGAAGAAGG
AAGGCTTCCTGACGCTGGTCCTCCTTCACCTAATCATCTCAGAGAAGTCTTCTACAGAAT
GGGTTTAGATGATAAGGACATAGTTGCATTATCTGGTGCACACACCTTAGGAAGATCTAG
GCCAGAACGTAGTGGTTGGGGGAAGCCAGAAACGAAGTACACGAAAGAAGGACCGGGAGC
ACCAGGGGGACAGTCATGGACACCAGAGTGGTTGAAGTTTGACAATTCTTACTTCACAGA
AATCAAGGAAAAGAGAGATGAAGATCTCCTTGTCCTGCCCACTGATGCTGCCATCTTTGA
AGATCCTTCTTTCAAGGTGTATGCTGAGAAGTATGCTGCAGATCAAGATGCTTTCTTCAA
GGATTATGCTGAATCCCATGCGAAACTGAGCAATCTTGGAGCAAAATTTAACCCTCCTGA
GGGTATCATTATCTAGTCGGCATCTAATTAACTCTGTCGAGGTACTGGTGTTTTTGAAAA
AAAATAATGACAAAGAAGAAAGGGAACATTACTCGAGAGAACTTTTCTTCTTAGTTTTGC
AGATATCTTTTGGACAATGTTTCTGCACAAAGGAGTTGGTTGAGTTTCCTTTGCCTTAAC
TATTGGTCGTTCGTGTCATGGTTGAATTGTCGTATTGTTTGTTGCAATAACTTGAAAATC
GGGAC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 4

CO CL3189Contig1 636 4 6 U
AAATAAGCTTAAATATATAAATGGGCAGATAATAGCGATGCAAATCAAAGGAAACTTATC
ATTTAGTGAACATGCGAATTAACATTTCGTTTTAGGCAAACAAGACATAAACGATCTGTT
ACAGCAAAAAAGTGAACAAGAACCAAACCAGACAACCAAACCAAACCAGACGGAACCAAA
TCTAAAGCGAAAACAGAGAGAAGCAGACAACAACGCCATAATGGTTGATTACCAGCCACC
ACCACCTCCGCCGCTTCCTCCGTAACCACCATCACCACCTCCGTAACCACCTCCATCACG
TCTGCCACCACCACCGTAGCCGCCACCACCGCCGCTTCCTCTGGATTGAGCCTCGTTGAC
GGTAATGGTACGGCCGTCAAGCTCCTTTCCGTTCATCTCCTCGATGGCATCCCTCATGGA
TTTCTCATCCTTGAAGGTAACGAATCCGAATCCCCTTGATCTTCCAGTCTCACGATCGTT
AATGATCTTAGAATCGATAACTTCGCCGAACTGTGAGAAAGTCCTCTCTAGCTCCTGATC
TCCGGTGGCCCATGCTAGGCCTCCCACGAAGCACCGGTACTCTACTTCTGCAGACATGTT
TTTTTTCTAAATAAAAAAAGGAGGATGGGTGAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CQ93JQ U 1
AF RR1CQ93TF C 1
AF RR1BP63JQ U 94
AF RR1BP63TF C 94
BS 1 139 RR1CQ93JQ
BS 140 140 RR1BP63JQ
BS 141 205 RR1CQ93JQ
BS 206 206 RR1BP63JQ
BS 207 216 RR1CQ93JQ
BS 217 636 RR1BP63JQ

RD RR1CQ93JQ 216 0 0
AAATAAGCTTAAATATATAAATGGGCAGATAATAGCGATGCAAATCAAAGGAAACTTATC
ATTTAGTGAACATGCGAATTAACATTTCGTTTTAGGCAAACAAGACATAAACGATCTGTT
ACAGCAAAAAAGTGAACAAAAACCAAACCAGACAACCAAACCAAACCAGACGGAACCAAA
TCTAAAGCGAAAACAGAGAGAAGCAAACAACAACGC

QA 1 216 1 216
DS 

RD RR1CQ93TF 216 0 0
AAATAAGCTTAAATATATAAATGGGCAGATAATAGCGATGCAAATCAAAGGAAACTTATC
ATTTAGTGAACATGCGAATTAACATTTCGTTTTAGGCAAACAAGACATAAACGATCTGTT
ACAGCAAAAAAGTGAACAAGAACCAAACCAGACAACCAAACCAAACCAGACGGAACCAAA
TCTAAAGCGAAAACAGAGAGAAGCAGACAACAACGC

QA 1 216 1 216
DS 

RD RR1BP63JQ 543 0 0
G
GGCAAACAAGACATAAACGATCTGTTACAGCAAAAAAGTGAACAAGAACCAAACCAGACA
ACCAAACCAAACCAGACGGAACCAAATCTAAAGCGAAAACAGAGAGAAGCAGACAACAAC
GCCATAATGGTTGATTACCAGCCACCACCACCTCCGCCGCTTCCTCCGTAACCACCATCA
CCACCTCCGTAACCACCTCCATCACGTCTGCCACCACCACCGTAGCCGCCACCACCGCCG
CTTCCTCTGGATTGAGCCTCGTTGACGGTAATGGTACGGCCGTCAAGCTCCTTTCCGTTC
ATCTCCTCGATGGCATCCCTCATGGATTTCTCATCCTTGAAGGTAACGAATCCGAATCCC
CTTGATCTTCCAGTCTCACGATCGTTAATGATCTTAGAATCGATAACTTCGCCGAACTGT
GAGAAAGTCCTCTCTAGCTCCTGATCTCCGGTGGCCCATGCTAGGCCTCCCACGAAGCAC
CGGTACTCTACTTCTGCAGACATGTTTTTTTTCTAAATAAAAAAAGGAGGATGGGTGAAA
AA

QA 2 543 2 543
DS 

RD RR1BP63TF 526 0 0
G
GGCAAACAAGACATAAACGATCTGTTACAGCAAAAAAGTGAACAAGAACCAAACCAGACA
ACCAAACCAAACCAGACGGAACCAAATCTAAAGCGAAAACAGAGAGAAGCAGACAACAAC
GCCATAATGGTTGATTACCAGCCACCACCACCTCCGCCGCTTCCTCCGTAACCACCATCA
CCACCTCCGTAACCACCTCCATCACGTCTGCCACCACCACCGTAGCCGCCACCACCGCCG
CTTCCTCTGGATTGAGCCTCGTTGACGGTAATGGTACGGCCGTCAAGCTCCTTTCCGTTC
ATCTCCTCGATGGCATCCCTCATGGATTTCTCATCCTTGAAGGTAACGAATCCGAATCCC
CTTGATCTTCCAGTCTCACGATCGTTAATGATCTTAGAATCGATAACTTCGCCGAACTGT
GAGAAAGTCCTCTCTAGCTCCTGATCTCCGGTGGCCCATGCTAGGCCTCCCACGAAGCAC
CGGTACTCTACTTCTGCAGACATGTTTTTTTTCTAAATAAAAAAA

QA 2 526 2 526
DS 



AS 1 4

CO CL3190Contig1 785 4 14 U
GAATGACGAGATAATGGCCAGGGGAACTTTTGCTAACATCCGTATCGTTAACAAGCTCAT
GAATGGGGAAGTTGGACCCAAGACTGTTCACATTCCTTCTGGAGAGAAGCTCTCAGTCTT
TGACGCAGCCATGAGGTACAAGTCATCTGGAGAAGACACGATTATTCTAGCTGGAGCCGA
GTATGGAAGTGGTAGCTCACGTGATTGGGCTGCTAAGGGACCTATGCTACAGGGTGTGAA
AGCAGTGATTTCAAAGAGTTTTGAAAGGATTCACCGAAGCAACTTGGTGGGAATGGGAAT
CATCCCGTTGTGCTTTAAGTCCGGTGAAGATGCAGACACACTTGGATTGACGGGTCATGA
ACGCTACACGATCCATCTCCCAACCGATATATCAGAGATAAGACCTGGCCAAGATGTTAC
CGTCACTACAGACAACGGAAAGTCTTTCACTTGCACAGTCCGCTTCGACACTGAGGTGGA
ATTGGCATACTTCAACCATGGAGGTATACTTCCATATGTCATCAGAAACTTGAGCAAGCA
GTAGTGAAAAGGTGAAAGGAACCCACGCATGTTTTTTAATAAAGAGTAAAGGAGCTTTAC
GACCTGTTTTCAAAATGTTATTTTTTTAAGGAAGGGGCAGATAAGTCTGTCGAGGAGATC
GATTTCCTGCCATATGAGATTTCAGTTGTTAGTTTACTCGTATCGCTCCCTTTAAGTTTG
TGCAACTTGCAGGACATGAACATATTATTTTCCGAAAGAAATAAAAACGAATCTCTCTCT
CTCGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DL41TF U 17
AF RR1DL41JQ C 465
AF RR1B504TF U 1
AF RR1B504JQ C 1
BS 1 16 RR1B504TF
BS 17 60 RR1DL41TF
BS 61 61 RR1B504TF
BS 62 126 RR1DL41TF
BS 127 127 RR1B504TF
BS 128 144 RR1DL41TF
BS 145 145 RR1B504TF
BS 146 354 RR1DL41TF
BS 355 355 RR1B504TF
BS 356 391 RR1DL41TF
BS 392 732 RR1B504TF
BS 733 733 RR1B504JQ
BS 734 779 RR1B504TF
BS 780 785 RR1B504JQ

RD RR1DL41TF 375 0 0
GCCAGGGGAACTTTTGCTAACATCCGTATCGTTAACAAGCTCATAAATGGGGAAGTTGGA
CCCAAGACTGTTCACATTCCTTCTGGAGAGAAGCTCTCAGTCTTTGACGCGGCCATGAGG
TACAAGTCGTCTGGAGAAGACACGATTATTCTAGCTGGAGCCGAGTATGGAAGTGGTAGC
TCACGTGATTGGGCTGCTAAGGGACCTATGCTACAGGGTGTGAAAGCAGTGATTTCAAAG
AGTTTTGAAAGGATTCACCGAAGCAACTTGGTGGGAATGGGAATCATCCCGTTGTGCTTT
AAGTCCGGTGAAGATGCAGACACACTTGGATTGACGGG*CATGAACGCTACACGATCCAT
CTCCCAACCGATATA

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR1DL41JQ 316 0 0
TCGACACTGAGGTGGAATTGGCATACTTCAACCATGGAGGTATACTTCCATATGTCATCA
GAAACTTGAGCAAGCAGTAGTGAAAAGGTGAAAGGAACCCACGCATGTTTTTTAATAAAG
AGTAAAGGAGCTTTACGACCTGTTTTCAAAATGTTATTTTTTTAAGGAAGGGGCAGATAA
GTCTGTCGAGGAGATCGATTTCCTGCCATATGAGATTTCAGTTGTTAGTTTACTCGTATC
GCTCCCTTTAAGTTTGTGCAACTTGCAGGACATGAACATATTATTTTCCGAAAGAAATAA
AAACGAATCTCTCTC
C

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR1B504TF 785 0 0
GAATGACGAGATAATGGCCAGGGGAACTTTTGCTAACATCCGTATCGTTAACAAGCTCAT
GAATGGGGAAGTTGGACCCAAGACTGTTCACATTCCTTCTGGAGAGAAGCTCTCAGTCTT
TGACGCAGCCATGAGGTACAAGTCATCTGGAGAAGACACGATTATTCTAGCTGGAGCCGA
GTATGGAAGTGGTAGCTCACGTGATTGGGCTGCTAAGGGACCTATGCTACAGGGTGTGAA
AGCAGTGATTTCAAAGAGTTTTGAAAGGATTCACCGAAGCAACTTGGTGGGAATGGGAAT
CATCCCGTTGTGCTTTAAGTCCGGTGAAGATGCAGACACACTTGGATTGACGGGTCATGA
ACGCTACACGATCCATCTCCCAACCGATATATCAGAGATAAGACCTGGCCAAGATGTTAC
CGTCACTACAGACAACGGAAAGTCTTTCACTTGCACAGTCCGCTTCGACACTGAGGTGGA
ATTGGCATACTTCAACCATGGAGGTATACTTCCATATGTCATCAGAAACTTGAGCAAGCA
GTAGTGAAAAGGTGAAAGGAACCCACGCATGTTTTTTAATAAAGAGTAAAGGAGCTTTAC
GACCTGTTTTCAAAATGTTATTTTTTTAAGGAAGGGGCAGATAAGTCTGTCGAGGAGATC
GATTTCCTGCCATATGAGATTTCAGTTGTTAGTTTACTCGTATCGCTCCCTTTAAGTTTG
TGCAACTTGCAG*ACATGAACATATTATTTTCCGAAAGAAATAAAAACGAATCTCTCTC
TCTCGG

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1B504JQ 785 0 0
GAATGACGAGATAATGGCCAGGGGAACTTTTGCTAACATCCGTATCGTTAACAAGCTCAT
GAATGGGGAAGTTGGACCCAAGACTGTTCACATTCCTTCTGGAGAGAAGCTCTCAGTCTT
TGACGCAGCCATGAGGTACAAGTCATCTGGAGAAGACACGATTATTCTAGCTGGAGCCGA
GTATGGAAGTGGTAGCTCACGTGATTGGGCTGCTAAGGGACCTATGCTACAGGGTGTGAA
AGCAGTGATTTCAAAGAGTTTTGAAAGGATTCACCGAAGCAACTTGGTGGGAATGGGAAT
CATCCCGTTGTGCTTTAAGTCCGGTGAAGATGCAGACACACTTGGATTGACGGGTCATGA
ACGCTACACGATCCATCTCCCAACCGATATATCAGAGATAAGACCTGGCCAAGATGTTAC
CGTCACTACAGACAACGGAAAGTCTTTCACTTGCACAGTCCGCTTCGACACTGAGGTGGA
ATTGGCATACTTCAACCATGGAGGTATACTTCCATATGTCATCAGAAACTTGAGCAAGCA
GTAGTGAAAAGGTGAAAGGAACCCACGCATGTTTTTTAATAAAGAGTAAAGGAGCTTTAC
GACCTGTTTTCAAAATGTTATTTTTTTAAGGAAGGGGCAGATAAGTCTGTCGAGGAGATC
GATTTCCTGCCATATGAGATTTCAGTTGTTAGTTTACTCGTATCGCTCCCTTTAAGTTTG
TGCAACTTGCAGGACATGAACATATTATTTTCCGAAAGAAATAAAAACGAATCTCTCTCT
CTCGG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 4

CO CL3191Contig1 1338 4 5 U
CTCCTTATAGTTTTCTTCGCCACCTACTCAAGAACACCAACCAAGCCGCCCTCTCTCGCT
CTAGAAATTTTATAAAAAGATGGAGATAACGAACGTGATGGAATACGAGAAGATAGCAAA
GGAGAAACTACCAAAGATGGTTTATGATTACTATGCATCTGGTGCAGAGGATCAGTGGAC
TCTTCAGGAAAATCGTAACGCCTTCTCCAGGATTCTGTTTAGGCCTCGGATTCTGATCGA
TGTAAGCAAGATTGATGTGAGCACGACTGTATTAGGGTTTAACATATCTATGCCAATCAT
GGTTGCTCCAACTGCTATGCAGAAAATGGCTCACCCTGATGGTGAGCTTGCAACCGCTAG
AGCTACTTCAGCTGCTGGAACGATCATGACTTTGTCTTCATGGGCGACGTCTAGTGTTGA
GGAAGTTGCTTCCACAGGACCTGGGATTCGCTTTTTCCAACTCTATGTCTATAAGGATAG
AAACGTGGTTAGGCAGCTTGTGAAACGAGCTGAAGAAGCTGGTTTCAAAGCGATTGCTCT
TACTGTTGATACCCCTAGGCTTGGACGCAGAGAATCCGACATCAAAAACAGATTCGCGCT
TCCTAGAGGTCTGACCTTGAAGAACTTCGAAGGGTTGGATCTTGGGAAAATAGACAAAAC
CGATGACTCAGGGCTAGCTTCATATGTTGCGGGTCAAGTTGATCAATCACTTAGCTGGAA
GGATATAAAGTGGTTACAATCTATCACAAGCTTGCCAATTCTTGTGAAGGGTGTTATTAC
AGCTGAGGATGCAAGAATCGCGGTTGAGTATGGAGCTGCAGGAATTATAGTTTCTAACCA
TGGAGCTCGTCAGCTTGATTATGTCCCTGCAACTATAATGGCTCTTGAAGAGGTGGTTAA
AGCGGTGGAGGGTCGGTTACCGGTGTTTCTTGACGGTGGAGTTCGCCGTGGAACTGATGT
CTTTAAAGCATTGGCTCTTGGAGCTTCAGGTGTCTTTGTTGGGAGGCCTAGCTTGTTCTC
GCTTGCAGCGAATGGAGAGGCGGGAGTGAGGAAGATGCTGCAAATGCTTAGAGACGAGTT
CGAGCTGACAATGGCACTAAGTGGCTGCCGCTCCCTGAGAGAGATCAGTCGGAACCACAT
CAAGACCGATTGGGACTTTCCTCATTACCTCCCGGCCAAGCTATAA*GGGGATATCTTAT
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AAACAAAAATTGCGTACG


BQ
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AF RR1B765TF U 541
AF RR1BE68JQ C 561
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G
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G
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GATGACTCAGGGCTAGCTTCATATGTTGCGGGTCAAGTTGATCAATCACTTAGCTGGAAG
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TTAATAATGTACTCTCCCCCCC

QA 2 743 2 743
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TCAAACAAAATGAAACGAGATATGAATGTTTGAATTACGATTTAATAATGTACTCTCCCC
CCCATCCAACTTTTACAGTAGGAAAATTTCCATTTGAATAAAACAAAAATTGCGTACG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 4

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AGGCTTAATCTTCGCAAGAGATAGACACAGACCCATTCAGGCTGGAAGAATTCAGTTTAG
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CATATTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU22TF U 1
AF RR1CO61TF U 269
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AF RR1CO61JQ C 557
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AGGCTTAATCTTCGCAAGAGATAGACACAGACCCATTCAGGCTGGAAGAATTCAGTTTAG
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GGTTCTTAATGGAGAACAGATTCTAGATGACATAGAAGAGAGTTTGTTAGGAAACCCTCT
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CATCAGTGACTGG

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G
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AAAGCAAAACTTTTTTTTAAAAGTCATATAGGTAAAAATTAAAGCATATTGCC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

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ACTTAAATATATAAATGGCATTTGCTTCAACG


BQ
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AF RR1FH15TF U 1
AF RR1FH15JQ C 76
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RD RR1FH15TF 763 0 0
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GGTGAACTCGAGCTCCAGATTCACTGTTGATGGCAAGTACGTGAAACTTGTGGCTAAAGA
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TGTCACATTTTTGCCTTGTGGTTCATTAGCAT
ATATCTGTACA

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DS 

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TAGATGTAAAGGTCGTGTATAAGGATCATGATCTCTTCACATTTTACTTAAATATATAAA
TGGCATTTGCTTCAACG

QA 1 857 1 857
DS 



AS 1 4

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CGACAGGGTCTCTAGCCATTATCGACTGCTCCACACTAAAGAGCGAGACAGGACTTGAGG
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CATTTGCAAGTGGACGGAACATTGAGAGGCAACGGTGGAGGATAGCAATCCCGGCTAGTC
CTTCTGTTACATCGGTTATAAGACTGAACAAAGCTTGGCCTCTAAAAGTGAGAGAATCCT
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GACGAGGAAGCCTAAACTTGGAACGCGAGATGGAGGAGAGAGCTGGGCGATGGCAGAATA
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CTCCCCCTGCGAGAAGTGAGAGAAGCTAAGAAAAGAATAATCTTCTTAAGGCTTTCATCA
CAGAGATTCAAATTAGGGTTTTTTTTTTGGGGAGATTTGGGGATTTCTTCGTGACAACAA
CCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 

AF RR1EI26JQ U 1
AF RR1B082JQ U 658
AF RR1B082TF C 784
AF RR1EI26TF C 785
BS 1 769 RR1EI26JQ
BS 770 826 RR1B082JQ
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BS 828 859 RR1B082JQ
BS 860 1446 RR1B082TF

RD RR1EI26JQ 769 0 0
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CTTTTGACATTTTTTTCTCTCTCTTTTTACAGTTGAACTGTCCATTTAATGAAAAATATC
TAAGAATCATAACATGAATCAATTACAAGAATAAGGGGAAAAGGAAACAGACACCCTACA
TAAGATATATTCCTCCTCCTCATCATCATCATCATCATCATCACCATCATCATCATCATC
ATCATCATCATCATCGCATCAGTTCCATGAACACAAAGCCATTCCACAAGCTATGCAACA
GCATCGAAGGCAACAAGTTCCTTGACCTTGCGAATATCAAACCCAAAACCACTCCAAGGA
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ACACTATCTCTTCCCAAACCGGTGCACAAACCGATACCACAACCGCATACAGGGCCATCG
CGACAGGGTCTCTAGCCATTATCGACTGCTCCACACTAAAGAGCGAGACAGGACTTGAGG
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CATTTGCAAGTGGACGGAACATTGAGAGGCAACGGTGGAGGATAGCAAT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1B082JQ 202 0 0
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AATCATTTGCAAGTGGACGGAACATTGAGAGGCAACGGTGGAGGATAGCAATCCCGGCTA
GTCCTTCTGTTACATCGGTTATAAGACTGAACAAAGCTTGGCCTCTAAA*GTGAGAGAAT
CCTTGTGGAAACCTGATATATG

QA 1 202 1 202
DS 

RD RR1B082TF 663 0 0
C
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ACCAATTCCCTTCAAAACTGCATCGGCAGCCTTGTGAAGAGTTGTGTTCCAATTAGCTTT
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CCCTGCGAGAAGTGAGAGAAGCTAAGAAAAGAATAATCTTCTTAAGGCTTTCATCACAGA
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CC

QA 2 663 2 663
DS 

RD RR1EI26TF 662 0 0
TGTTACATCGGTTATAAGACTGAACAAAGCTTGGCCTCTAAAAGTGAGAGAATCCTTGTG
GAAACCTGATATATGAGCCATGAAGGGGATCATCCAAGATCCAATGAACCAGAAGGCGGC
TACCCATAATAGCATTACCTGAACAATGGTCTCAGCAGTCCATGGTACCTTCCAACGAGT
ACCAATTCCCTTCAAAACTGCATCGGCAGCCTTGTGAAGAGTTGTGTTCCAATTAGCTTT
TTGATCAGTACATGGCTGAATATCTTGATCTGGCTTAATGAATTCCCCAGGCTCTGGATT
CTCGGGAGCAGAATCCTCATTTCTGAAACACTGAATCTTCCATTTGTGCTTGGCGGACTT
GGAAGGGGAGGCGGTGAGAGGAGAAACGTGGGTGAGAGCAGGGGAGACTAGGACGCGACG
AGGAAGCCTAAACTTGGAACGCGAGATGGAGGAGAGAGCTGGGCGATGGCAGAATAGAGA
CGAAGACGAGCATGGTGAGGTCAACATGGGACCCTCCCCCCCTAAGCTTTATAAATCTCC
CCCTGCGAGAAGTGAGAGAAGCTAAGAAAAGAATAATCTTCTTAAGGCTTTCATCACAGA
GATTCAAATTAGGGTTTTTTTTTTGGGGAGATTTGGGGATTTCTTCGTGACAACAACCAC
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 4

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ATGGTCCTGGTAATTGGAGAGCCGTTCCGACCAATACTGGGTTACTTAGATGCAGCAAGA
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AACATGAAGAAAAGATGATTGTCCATCTCCAAGCTCTCTTGGGGAATAGATGGGCTGCAA
TTGCGTCATATCTTCCACAAAGAACAGACAACGACATTAAGAACTATTGGAACACTCATT
TGAAGAAGAAACTCAACAAAGCCAATCAAGATTCTCTTCAAGAACTTGATCAATCAAGAG
ACCGTTCCTCGCTCTCTTCTTCTCCATCATCTTCTTCTGCTAATTCAAACTCAAACATCT
CAAGAGGCCAATGGGAAAGAAGGCTTCAAACTGATATTCATTTGGCGAAGAAGGCTCTCT
CTGAGGCTTTGTCTCCTGTCGTAGAACCAATCATTACCTCTACATTTGCCACTACAGCCA
CAACATCTTCTTCTGCTGAATCAAGACGTTCTACTTCCTCAGCTTGCAGGTTTCTTAGGA
TGCAAGAAACATCCACTGCTTATGCCTCGAGCACCGAGAATATAGCAAAACTGCTCAAAG
GGTGGGTGAAGAACCCTCCAAAGACTCAGAACTCTGCCGATCTAAGGGTTTCTCCAGATT
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CATTTTTGGGGTTTGATCATTTGAAAGGCTGTGACTCATCATATCATCAGGCTGGCGTAT
CACCTGATCATGAGACCAAACCAGACATAACTGGATGCAGTAACCAAAGTCAATGGTCTT
TGTTTGAAAAGTGGCTGTTTGAGGATTCTGGTGGACCGATTGGTGATATTGTGTTGGATG
AAAACCCCAATTTCTTCTGAAGAATTTGCCTAATCAGATGGTTCTAATTTTAGGATCATC
ATCTCTTTTTCCTTTTATAGTTTATTTATTTTTGGCTTTCCTAATTAACTCTTTAGATAT
CCTGAGCTAAATATTAATAATTTAATAATTTCCCTTGGTAATTACAATTAATTACGGGGG
ATTGTTTTACAATGGCCTTATGAATTCCAAGGGGGTCTGAAATATTGTTCACATGTTTGT
TATTGGTTTATATATTTGATTGATTTAGAAGTATTGGTATTGGTGTAAAATCCCATCTCT
TTATTTTTCCAGTTTACTATATGTTATTTTGAATAAGTGTTGTACTATGTTATATTTTGA
ATTTTTGAGATCTTCACATCGAGATGTGATGGAGATTGAGGTTGTTCAAAAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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G
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TCTGCTGAATCAAGACGTTCTACTTCCTCAGCTTGCAGGTTTCTTAGGATGCAAGAAACA
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CTGAGGCTTTGTCTCCTGTCGTAGAACCAATCATTACCTCTACATTTGCCACTACAGCCA
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CTTTCCTAATTAACTCTTTAGATATCCTGAGCTAAATATTAATAATTTAATAATTTCCCT
TGGTAATTACAATTAATTACGGGGGATTGTTTTACAATGGCCTTATGAATTCCAAGGGGG
TCTGAAATATTGTTCACATGTTTGTTATTGGTTTATATATTTGATTGATTTAGAAG
C

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CAAAACTGCTCAAAGGGTGGGTGAAGAACCCTCCAAAGACTCAGAACTCTGCCGATCTAA
GGGTTTCTCCAGATTATGAGACAAAAGAAGTGATCAAGAGTGATGTCGATAAGGACTGTG
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ATCAGGCTGGCGTATCACCTGATCATGAGACCAAACCAGACATAACTGGATGCAGTAACC
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ATATTGTGTTGGATGAAAACCCCAATTTCTTCTTAAGAATTTGCCTAATCAGATGGTTCT
AATTTTAGGATCATCATCTCTTTTTCCTTTTATAGTTTATTTATTTTTGGCTTTCCTAAT
TAACTCTTTAGATATCCTGAGCTAAATATTAATAATTTAATAATTTCCCTTGGTAATTAC
AATTAATTACGGGGGATTGTTTTACAATGGCCTTATGAATTCCAAGGGGGTCTGAAATAT
TGTTCACATGTTTGTTATTGGTTTATATATTTGATTGATTTAGAAGTATTGGTATTGGTG
TAAAATCCCATCTCTTTATTTTTCCAGTTTACTATATGTTATTTTGAATAAGTGTTGTAC
TATGTTATATTTTGAATTTTTGAGATCTTCACATCGAGATGTGATGGAGATTGAGGTTGT
TCAAAAGACC

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DS 



AS 1 4

CO CL3196Contig1 855 4 11 U
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TAATATATAAACAAATATCTGGCATTATCGTCTTTTCTTCTCGTTCTACAAGTACAGAAC
CCAACAAATACGAACATAAGAGAAACTAATAACAAAATAAAGGAAAACAAGTAAGCTGAA
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AAATAGCGTGTACACCACTCCACCGTTTAAACAGACCCAGCCGCGGCCTAACCCTAACCG
AACCGGACACAGAATCGTTCGTCAGTGGCAAAACCGTCAATATGAAACTCACGCGGAGAA
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ACCACCGCTGGGGAGAAAAGGGTAAGTGTCAGGAGGCGGCATGACACAGTTGTCTCCATT
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TACGGAACAGAATCTCTGACTGCATATTCCCAAGAGGCCCTGCTTCTGATAAGAAGTCAT
TATAGAACTTCACTCCCCACAACATCGCCGTATCATTTAGTCCTGCATAAGGAGTGAGAG
ATTTATAGTTGAAACTAAAAATCTGAGTGATGTTATCGAAATTTGGATGCTGAGCAACCA
TGTTCCACTGTGAGTAGTTTAAACGATAGTTGAAGTTTGTGATTGTGATCTTCACTCGCC
AATACTCTTTGTAGTTCTGCTTCACGTGCCAATGCACTCGTATGGGACACAAGTGTCTCG
TGCACTGCACAGTGG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH51JQ U 67
AF RR1EH51TF C 67
AF RR1E801JQ U 67
AF RR1D719JQ U 1
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AT
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QA 3 615 3 615
DS 

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AT
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CAAGAAGAACAGGGAGGAGCACGGAGGCGAAGACAGAGACTCCTGGTCGGAAACCACCGC
TGGGGAGAAAAGGGTAAGTGTCAGGAGGCGGCATGACACAGTTGTCTCCATTAAA*GTAG
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TTGAAACTAAAAA

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR1E801JQ 754 0 0
AC
AAACAAATATCTGGCATTATCGTCTTTTCTTCTCGTTCTACAAGTACAGAACCCAACAAA
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CAAGAAGAACAGGGAGGAGCACGGAGGCGAAGACAGAGACTTCTGGTCGGAAACCACCGC
TGGGGAGAAAAGGGTAAGTGTCAGGAGGCGGCATGACACAGTTGTCTCCATTAAA*GTAG
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AGAATCTCTGACTGCACATTCCCAAGAGGCCCTGCTTCTGATAAGAAGTCATTATAGAAC
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TTGTAGTTCTGCTTCACGTGCCAATGCACTCG

QA 3 754 3 754
DS 

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AAATAGCGTGTACACCACTCCACCGTTTAAACAGACCCAGCCACGGCCTAACCCTAACCG
AACCGGACACAGAATCGTTCGTCAGTGGCAAAACCGTCAATATGAAACTCACGCGGAGAA
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TACGGAACAGAATCTCTGACTGCACATTCCCAAGAGGCCCTGCTTCTGATAAGAAGTCAT
TATAGAACTTCACTCCCCACAACATCGCCGTATCATTTAGTCCTGCATAAGGAGTGAGAG
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TGTTCCACTGTGAGTAGTTTAAACGATAGTTGAAGTTTGTGATTGTGATCTTCACTCGCC
AATACTCTTTGTAGTTCTGCTTCACGTGCCAATGCACTCGTATGGGACACAAGTGTCTCG
TGCACTGCACAGTGG

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 4

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CGGTTAAGACTCTGACTCTAAACGTGAGGAAAGTGTTCTCGGACATAGACCAAACTCTCT
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ACCGGGAAAAAACATGGAAGAGGTTAGAAGATTTGGCGGCTTCAAAGACCAACGAGGCAG
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TGTATAATTATTTGGTTTAATTTAATCTTTTGGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1FF06TF U 1
AF RR1FF06JQ C 76
AF RR1A129JQ C 84
AF RR1A129TF U 84
BS 1 714 RR1FF06TF
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GAGAGAGAGAGAGAGAGGAGGGTGAGTATATCAGTTCTCATCACTGAATACTTGACAACT
TTTTTTT*GTATGGGTTCTACTTGTTGGTTGCTTGTGATCTTCTTCTTCTGGGA*TGGGC
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CTATAGGG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1FF06JQ 741 0 0
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TTTAATTTAATCTTTTGGATC

QA 1 741 1 741
DS 

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GA
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QA 3 733 3 733
DS 

RD RR1A129TF 733 0 0
GA
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AGAAGATTTGGCGGCTTCAAAGACCAACGAGGCAGAGCTGGTCCCAAGATTTGTGTCCTC
AGTGAATCTTGCAAGCAGCTCTGAGTCCTAAGGGTAGGTACGGTGGTTTCTTCTCTGTTA
TGTCAGCTTATACTTTTAATGGTAACGGATACAGATTCGGGTTTGAGTTGTTGAATCGGT
TTTCTTGAGGCAACCAAGAAGATATTCGAAAGAGAGAGAGAGAGAG******GAGGGTGA
GTATATCAGTTCTCATCACTGAATACTTGACAACTTTTTTTT*GTATGGGTTCTACTTGT
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AGAAAACTATAGGGGATGGGTTCCTGAAAGACGAATGTATAATTATTTGGTTTAATTTAA
TCTTTTGGATC

QA 3 733 3 733
DS 



AS 1 4

CO CL3198Contig1 693 4 6 U
GGAGCTTTGCTTGTTTCGCTGTCAGAAGGAGAAAATAAAAGCTTAGGGTTCGATCTCCCT
CACTCGCCATGTCCGGAGAAGAAGAAGAAGAGAACGCCGCCGAGCTCAAGATCGGAGACG
AGTTTTTGAAGGCAAAGTGTTTAATGAACTGTGAGGTCTCATTGATCCTTGAGCACAAGT
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TTCGAGAAATACTGAGTAGACATCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGCAATC
TCTGTCCTGAAACTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACAAAAGGAA
GAGCTCATAGTGATGAAGCAATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAGAGAT
TCGAGTAGTGCAAAACATTCTCAAGATCTAACATATTATAAACATAAATCTTTTTTAGCT
GATGATGTCTGGAGTTAATTTTTCATGTCTGAAACTATAAAAGCTTTCATATCAGTATTT
CCGGAATTATAACTTCAATGTTAAATGAATGTAATTTGCAATGGATGATCCCAAGCTTGC
AATGATATATGAATTATGATAATATGACGTACC


BQ
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AF RR1DB79TF U 1
AF RR1FK75TF U 1
AF RR1GY88JQ C 204
AF RR1GY88TF U 1
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A*TGATATATGAATTATGATAATATGACGTACC

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CATGTTTGAAACTATAAAAGCTTTCATATCAGTATTTCCGGAATTATAACTTCAATGTTA
AATGAATGTAATTTGCAATGGATGATCCCAAGCTTGCAATGATATATGAATTATG

QA 1 475 1 475
DS 

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TTCGAGAAATACTGAGTAGACATCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGCAATC
TCTGTCCTGAAACTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACAAAAGGAA
GAGCTCATAGTGATGAAGCAATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAGAGAT
TCGAGTAGTGCAAAACATTCTCAAGATCTAACATATTATAAACATAAATCTTTTTTAGCT
GATGATGTCTGGAGTTAATTTTTCATGTCTGAAACTATAAAAGCTTTCATATCAGTATTT
CCGGAATTATAACTTCAATGTTAAATGAATGTAATTTGCAATGGATGATCCCAAGCTTGC
A
ATGATAT

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 4

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ATGTTTAATGACCAGTTTACCCTCCGTGTTGTAGAGGCTTTCCCGGACAAGAAGAGTAAA
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TATTTCCTCAAATTACTTGTATTGTTGCAGAGCTTTGGCAAAGAGAACCGTTGAATTTCA
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TTTATAAAGCAAATGTAAAATAATTGAGGGGTTATTGATTGTTATTTGTTTTTAATTTTA
AATTAATTTAT


BQ
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AF RR1FY75TF U 1
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AF RR1EG41TF U 1
AF RR1EG41JQ C 142
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DS 

RD RR1FY75JQ 671 0 0
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DS 

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TGAT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1EG41JQ 710 0 0
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TTAGACGTGCGGCCAGCTTGGGAAAGAGAAAAGGCACATGTGAAAGGATCACTACACGTG
CCACTGTTCGTGGAGGATCCAGACAATGGGCCGATCACGCTGCTGAAGAAGTGGATCCAT
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TGGTTAACCGGAGGTTTTAACAGAGCAAACAAAGGAGATTTTCTAGAGATTGAAGGACCA
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GAAATAAAATGTGTCCGGTTTATTTAGTTGAACCGCTTACGGCGCCGTTTTTATTGTTTT
ACTAGGTGATTTTTCCGTACACATGCACGGATATAAATATTTATAAAGCAAATGTAAAAT
AATTGAGGGGTTATTGATTGTTATTTGTTTTTAATTTTAAATTAATTTAT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 4

CO CL3200Contig1 921 4 9 U
TTTTTAAAACCCTAATTTTTTTTCTCGCTTCAGTCAACCACCACTCCACTGTACACATCG
ATGGCGTGAAGGCATGATGATTTGAAAAAAAGAGTGAAGTTTCTGTTTTTTTTTTTTTTT
TACATTTCGTATTAATTTTCAGAATGGGTGATTCCGACAAGGACGACGGTGGAGGGCAAA
ACGGACAGTCTCCGTTGTCTCCCAGAGAGCAAGACAGGTTCCTACCGATCGCCAACGTGA
GCCGGATCATGAAAAAGGCCTTGCCGGCGAACGCCAAGATCTCCAAAGATGCTAAAGAGA
CGATGCAGGAGTGCGTCTCCGAGTTTATAAGCTTCGTCACGGGAGAGGCGTCGGATAAGT
GCCAGAAGGAGAAGAGGAAGACGATCAACGGCGACGATTTGCTTTGGGCTATGACCACTC
TAGGGTTCGAGGATTACGTTGAGCCGCTGAAGGTTTACTTGCAGAGGTTTAGGGAGATCG
AAGGGGAGAGGGCTGGACTTGAGAGGCCACAACATACAGGTGGTGAAGCTGGAGAGCATC
AGAGAGATGGAGGTGGATTCTACGGTGGTGGTGGGATGCAGTATCACCAGCATCATCAGT
TTCTTCACCAGCAGAACCATATGTATGGATCCACAGGTAGCGGTGATGG*TGGAGGTGGC
TCCGGTAGGACAAGGACTTGAAAGATTGGTGGAAGTGGATCTCTGTATATAGATACATTT
ATAAACATGCCCATAAGAGTTCGTAACGTCAATCTATACAAGTATCATGTTGGTTATGTA
AAGTTAGATTTTGAGGCTGTGTAAAGAGGATCAAGTGTGTCTGAAACTATATGATTCGCT
AATGGATCTGCTCCGTTTAGTCTTGTATTTAAACCTATTGGATTTGGTTTGATAATTTTT
TTTGTGAAAGAGTTGAGTGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BK09TF U 1
AF RR1EY32TF U 1
AF RR1EY32JQ C 354
AF RR1BK09JQ C 170
BS 1 117 RR1BK09TF
BS 118 120 RR1EY32TF
BS 121 501 RR1BK09TF
BS 502 502 RR1EY32TF
BS 503 631 RR1BK09TF
BS 632 649 RR1EY32TF
BS 650 650 RR1BK09JQ
BS 651 739 RR1EY32TF
BS 740 921 RR1BK09JQ

RD RR1BK09TF 631 0 0
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TTCTTCACCAGCAGAACCATATGTATGGATC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1EY32TF 739 0 0
TTTTTAAAACCCTAATTTTTTTTCTCGCTTCAGTCAACCACCACTCCACTGTACACATCG
ATGGCGTGAAGGCATGATGATTTGAAAAAAAGAGTGAAGTTTCTGTTTTTTTTTTTTTTT
TACATTTCGTATTAATTTTCAGAATGGGTGATTCCGACAAGGACGCCGGTGGAGGGCAAA
ACGGACAGTCTCCGTTGTCTCCCAGAGAGCAAGACAGGTTCCTACCGATCGCCAACGTGA
GCCGGATCATAAAAAAGGCCTTGCCGGCGAACGCCAAGATCTCCAAAGATGCTAAAGAGA
CGATGCAGGAGTGCGTCTCCGAGTTTATAAGCTTCGTCACGGGAGAGGCGTCGGATAAGT
GCCAGAAGGAGAAGAGGAAGAC*ATCAACGGCGACGATTTGCTTTGGGCTATGACCACTC
TAGGGTTCGAGGATTACGTTGAGCCGCTGAAGGTTTACTTGCAGAGGTTTAGGGAGATCG
AAGGGGAGAGGGCTGGACTTGAGAGGCCACAACATACAGGTGGTGAAGCTGGAGAGCATC
AGAGAGATGGAGGCGGATTCTACGGTGGTGGTGGGATGCAGTATCACCAGCATCATCAGT
TTCTTCACCAGCAGAACCATATGTATGGATCCACAGGTAGCGGTGATGGGTGGAGGTGGC
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ATAAACATGCCCATAAGAG

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1EY32JQ 493 0 0
GATAAGTGCCAGAAGGAGAAGAGGAAGAC*ATCAACGGGGACGATTTGCTTTGGGCTATG
ACCACTTTAGGGTTCGAGGATTACGTTGAGCCGCTGAAGGTTTACTTGCAGAGGTTTAGG
GAAATCGAAGGGGAGAGGGCTGGACTTGAGAGGCCACAACATACAGGTGGGGAAGCTGGA
GAGCATCAGAGAGATGGAGGGGGATTTTACGGGGGGGGTGGGATGCAGTATCACCAGCAT
CATCAGTTTTTTCCCCAGCAGAACCATATGTATGGATCCACAGGTAGCGGTGATGG*TGG
AGGTGGCTCCGGTAGGACAAGGACTTGAAAGATTGGTGGAAGTGGATCTCTGTATATAGA
TACATTTATAAACATGCCCATAAGAGTTCGTAACGTCAATCTATACAAGTATCATGTTGG
TTATGTAAAGTTAGATTTTGAGGCTGTGTAAAGAGGATCAAGTGTGTTTGAAACTATATG
ATTCGCTAATGGA

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR1BK09JQ 752 0 0
TGGAGGGCAAAACGGACAGTCTCCGTTGTCTCCCAGAGAGCAAGACAGGTTCCTACCGAT
CGCCAACGTGAGCCGGATCATGAAAAAGGCCTTGCCGGCGAACGCCAAGATCTCCAAAGA
TGCTAAAGAGACGATGCAGGAGTGCGTCTCCGAGTTTATAAGCTTCGTCACGGGAGAGGC
GTCGGATAAGTGCCAGAAGGAGAAGAGGAAGACGATCAACGGCGACGATTTGCTTTGGGC
TATGACCACTCTAGGGTTCGAGGATTACGTTGAGCCGCTGAAGGTTTACTTGCAGAGGTT
TAGGGAGATCGAAGGGGAGAGGGCTGGACTTGGGAGGCCACAACATACAGGTGGTGAAGC
TGGAGAGCATCAGAGAGATGGAGGTGGATTCTACGGTGGTGGTGGGATGCAGTATCACCA
GCATCATCAGTTTCTTCACCAGCAGAACCATATGTATGGATCCACAGGTAGCGGTTATGG
*TGGAGGTGGCTCCGGTAGGACAAGGACTTGAAAGATTGGTGGAATTGGATCTCTGTATA
TAGATACATTTATAAACATGCCCATAAGAGTTCGTAACGTCAATCTATACAAGTATCATG
TTGGTTATGTAAAGTTAGATTTTGAGGCTGTGTAAAGAGGATCAAGTGTGTCTGAAACTA
TATGATTCGCTAATGGATCTGCTCCGTTTAGTCTTGTATTTAAACCTATTGGATTTGGTT
TGATAATTTTTTTTGTGAAAGAGTTGAGTGCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 2 4

CO CL3201Contig1 821 2 10 U
GTAAAAGTTGTTTTTTTATTACTATGGGTAAACCAAATCAGACACAAAGAAAAAACAGAG
TACATGAATATCAGCGCAGGGACAGTGTTTGGGAGATCTTTTAAACACACTCTTTATTTC
AACAAAGCCCTCAAAGCTTTGTTGATCTCACACCTGACTGAGAAGAAGAGTATTGGTTTA
AGAGAGGCATGAGTAGGCCAAGTCCTTCTCTTCCTTCAGCTCCTCTGCAGTCAAATCCAT
CTTCTTCCTTGATACTTCATCGATAAGAAGCCCTTGGACAATACTCCACTCTCCATTGCG
GCAAGTGACAGGGAAGGAGTAGATAAGTCCTGATGGAACGTTGTAAGAGCCATCCGAGTA
TACTCCCATGGAAACAAATGTCCCCTCTGGAGTTCCAAGGACCCAGTCACGGATGTGGTC
ACATGCAGAGCTAGCAGCAGAAAGTGCACTAGACAACTTCCTGGCCTTGATGATTGCAGC
TCCACGTTGCTGAACCGTAGTGATGAACTCCCCATTCAACCACTCATCGTTCTTGACGAG
CTCACGGACAGGCTTTTCTCCAGACGAAGTCTGCACCTTAGCGTGGTTGACATCAGGGTA
CTGCGTGGATGAGTGGTTACCCCAGATGATCACGTTCTTAACATCAGAGACAGGCACGCT
CAACCTCTCAGAGATCTGACCCAAGGCCCTGTTGTGGTCAAGCCTTGTCAAACAAGTGAT
GTTCTTCTCAGGGATGGATGGTGCAAATTCCTTGAGGATCAATGCGTTGGTGTTGGCAGG
GTTTGCAACAACAAGAACCTTGCAGTTAGGAGCGGCATGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG88JQ U 1
AF RR1C682JQ U 50
BS 1 56 RR1EG88JQ
BS 57 57 RR1C682JQ
BS 58 264 RR1EG88JQ
BS 265 265 RR1C682JQ
BS 266 354 RR1EG88JQ
BS 355 355 RR1C682JQ
BS 356 382 RR1EG88JQ
BS 383 383 RR1C682JQ
BS 384 727 RR1EG88JQ
BS 728 821 RR1C682JQ

RD RR1EG88JQ 727 0 0
GTAAAAGTTGTTTTTTTATTACTATGGGTAAACCAAATCAGACACAAAGAAAAAACGGAG
TACATGAATATCAGCGCAGGGACAGTGTTTGGGAGATCTTTTAAACACACTCTTTATTTC
AACAAAGCCCTCAAAGCTTTGTTGATCTCACACCTGACTGAGAAGAAGAGTATTGGTTTA
AGAGAGGCATGAGTAGGCCAAGTCCTTCTCTTCCTTCAGCTCCTCTGCAGTCAAATCCAT
CTTCTTCCTTGATACTTCATCGATCAGAAGCCCTTGGACAATACTCCACTCTCCATTGCG
GCAAGTGACAGGGAAGGAGTAGATAAGTCCTGATGGAACGTTGTAAGAGCCATCTGAGTA
TACTCCCATGGAAACAAATGTCTCCTCTGGAGTTCCAAGGACCCAGTCACGGATGTGGTC
ACATGCAGAGCTAGCAGCAGAAAGTGCACTAGACAACTTCCTGGCCTTGATGATTGCAGC
TCCACGTTGCTGAACCGTAGTGATGAACTCCCCATTCAACCACTCATCGTTCTTGACGAG
CTCACGGACAGGCTTTTCTCCAGACGAAGTCTGCACCTTAGCGTGGTTGACATCAGGGTA
CTGCGTGGATGAGTGGTTACCCCAGATGATCACGTTCTTAACATCAGAGACAGGCACGCT
CAACCTCTCAGAGATCTGACCCAAGGCCCTGTTGTGGTCAAGCCTTGTCAAACAAGTGAT
GTTCTTC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1C682JQ 772 0 0
GG
AAAACAGAGTACATGAATATCAGCTCAGGGACAGTGTTTGG*AGATCTTTTAAACACACT
TTTTATTTCAACAAAGCCCTCAAAGCTTTGTTTATCTCACACCTGATTGAGACGAAGAGT
ATTGGTTTAAGAGAGGCATGAGTATGCCAAGTCCTTCTCTTCCTTCAGCTCCTCTGCAGT
CAAATCCATCTTCTTCCTTGATACTTCATCGATAGGAAGCCCTTGGACAATACTCCACTC
TCCATTGCGGCAAGTGACAGGGAAGGAGTAGATAAGTCCTGATGGAACGTTGTAAGAGCC
ATCCGAGTATACTCCCATGGAAACAAATGTCCCCTCTGGAGTTCCAAGGACCCAGTCACG
GATGTGGTCACATGCAGAGCTAGCAGCAGAGAGTGCACTAGACAACTTCCTGGCCTTGAT
GATTGCAGCTCCACGTTGCTGAACCGTAGTGATGAACTCTCCATTCAACCACTCATCGTT
CTTGACGAGCTCGCGGACAGGCTTTTCTCCAGACGAAGTCTGCACCTTAGCGTGGTTGAC
ATCAGGGTACTGTGTGGATGAGTGGTTACCCCAGATGATCACGTTCTTAACATCAGAGAC
AGGGACGCTCAACCTCTCAGAGATCTGACCCAAGGCCCTGTTGTGGTCAAGCCTTGTCAA
ACAAGTGATGTTCTTCTCAGGGATGGATGGTGCAAATTCCTTGAGGATCAATGCGTTGGT
GTTGGCAGGGTTTGCAACAACAAGAACCTTGCAGTTAGGAGCGGCATGCT

QA 3 772 3 772
DS 



CO CL3201Contig2 826 2 21 U
GGACGGATTCAACCAAAAGCCTCTCCCAAATCTCAAAAACACAGATCCATTCTCCCGGCG
ATAATCAACGACCTAGATCAGATGACGAAGGAACCAGTTCGCGTTCTCGTTACCGGCGCT
GCAGGACAAATTGGATACGCACTTGTCCCCATGATTGCAAGGGGTATCATGCTTGGTGCT
GACCAGCCCGTGATCCTCCACATGTTGGATATTCCTCCTGCTGCGGAAGCTCTCAACGGT
GTCAAGATAGAGTTGGTCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTCAAAGGTGTTGTTGCTACAACT
GATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAACGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCCAGG
AAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGATGTCATGTCCAAGAATGCCTCCATTTACAAGTCCCAG
GCCGCTGCCTTGGAGAAGCATGCCGCCCCTAACTGCAAGGTTCTTGTTGTTGCAAACCCT
GCAAACACCAACGCATTGATCCTCAAGGAATTTGCACCATCCATCCCTGAGAAGAACATC
ACTTGTTTGACAAGGCTTGACCACAACAGGGCCTTGGGTCAGATCTCTGAGAGGTTGAGC
GTCCCTGTCTCTGATGTTAAGAACGTGATCATCTGGGGTAACCACTCATCCACACAGTAC
CCTGATGTCAACCACGCTAAGTGCAGACTTCGTCTGGAGAAAGCCTGTCCGCGAGCTCGT
CAAGAACGATGAGTGGTTGAATGGAGAGTTCATCACTACGTTCAGCAACGTGGAGCTGCA
TCATCAAGGCAGGAAGTTGTCTAGTGCACTCTCTGCTGCTAGCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C682TF U 9
AF RR1EG88TF U 1
BS 1 84 RR1EG88TF
BS 85 85 RR1C682TF
BS 86 140 RR1EG88TF
BS 141 141 RR1C682TF
BS 142 149 RR1EG88TF
BS 150 150 RR1C682TF
BS 151 158 RR1EG88TF
BS 159 159 RR1C682TF
BS 160 400 RR1EG88TF
BS 401 401 RR1C682TF
BS 402 602 RR1EG88TF
BS 603 603 RR1C682TF
BS 604 653 RR1EG88TF
BS 654 654 RR1C682TF
BS 655 711 RR1EG88TF
BS 712 712 RR1C682TF
BS 713 722 RR1EG88TF
BS 723 723 RR1C682TF
BS 724 744 RR1EG88TF
BS 745 745 RR1C682TF
BS 746 826 RR1EG88TF

RD RR1C682TF 778 0 0
GG
AACCAAAAGCCTCTCCCAAATCTCAAAAACACAGATCCATTCTCC*GGCGATAATCAACG
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AGGGATGTACTGGAGTCAACGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCCAGGAAAGAAGGTA
TGGAGAGGAAGGATGTCATGTCCAAGAATGCCTCCATTTACAAGTCCCAGGCTGCTGCCT
TGGAGAAGCATGCCGCTCCTAACTGCAAGGTTCTTGTTGTTGCAAACCCTGCCAACACCA
ACGCATTGATCCTCAAGGAATTTGCACCATCCATCCCTGAGAAGAACATCACTTGTTTGA
CAAGGCTTGACCACAACAGGGCCTTGGGTCAGATCTCTGAGAGGTTGAGCGTCCCTGTCT
CTGATGTTAAGAACGTGATCATCTGGGGTAACCACTCATCCACACAGTACCCTGATGTCA
ACCACGCTAAGTGCAGACTTCGTCTGGAGAAAGCCTGTCCGCGAGCTCGTCAAGAACGAT
GAGTGGT*GAATGGAGAGT*CATCACTACGTTCAGCAACGTGGAGCTGCA
ATCATC

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR1EG88TF 826 0 0
GGACGGATTCAACCAAAAGCCTCTCCCAAATCTCAAAAACACAGATCCATTCTCCCGGCG
ATAATCAACGACCTAGATCAGATGGCGAAGGAACCAGTTCGCGTTCTCGTTACCGGCGCT
GCAGGACAAATTGGATACGCTCTTGTCCCTATGATTGCGAGGGGTATCATGCTTGGTGCT
GACCAGCCCGTGATCCTCCACATGTTGGATATTCCTCCTGCTGCGGAAGCTCTCAACGGT
GTCAAGATAGAGTTGGTCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTCAAAGGTGTTGTTGCTACAACT
GATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAACGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCCAGG
AAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGATGTCATGTCCAAGAATGTCTCCATTTACAAGTCCCAG
GCCGCTGCCTTGGAGAAGCATGCCGCCCCTAACTGCAAGGTTCTTGTTGTTGCAAACCCT
GCAAACACCAACGCATTGATCCTCAAGGAATTTGCACCATCCATCCCTGAGAAGAACATC
ACTTGTTTGACAAGGCTTGACCACAACAGGGCCTTGGGTCAGATCTCTGAGAGGTTGAGC
GTGCCTGTCTCTGATGTTAAGAACGTGATCATCTGGGGTAACCACTCATCCACGCAGTAC
CCTGATGTCAACCACGCTAAGTGCAGACTTCGTCTGGAGAAAGCCTGTCCGTGAGCTCGT
CA*GAACGATGAGTGGTTGAATGGGGAGTTCATCACTACGTTCAGCAACGTGGAGCTGCA
TCATCAAGGCAGGAAGTTGTCTAGTGCACTCTCTGCTGCTAGCTCT

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 4

CO CL3202Contig1 1234 4 11 U
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AATATTACCACATGGAAGTAAATGCAAATGATCTCCATAGGACAAGTTTTACAGAACCTG
AAAAGTTTTTTGTGCTTGCAGTGTCTTAAAACATTTACATTGGCTTGTTGTTGAGAAACG
ACTCGAAAAGAAGGAAACCTCGCCGAGGTCGGTGAAGAGGTACCTCGTGCCCTGCTCCAT
GTATTGTTACTAGAGTCAGTCCTTTGTAAACTTGGCTCCACCCACCAACCTGTCCGTTGT
CGTACCAAGGGTACCATTCGGAGACTGGTTGTAACTTGAGGGCTCTAATAGAGTACCGAG
TTCCAGTTATGGGAACCACTGAGTCAGTATCTCCACTGAAAACCCATATCCTGAGGCCTG
CACCGATGAGCTCCTTGTAGATTGGAAGCATAGAGAGAGGAGAATCCGCCCATTTATCTC
CAACAATGTCACTGCATGTCTTCCATGGATAAGCAAGTCCGGTTGTGTTAGCATGCATAG
CCTTTTGAACCTCCGGAGAGTTGAAATACATACCGGAGTATCTCTCCGTGCATGGGTCAT
ATGCTCTCCACATCCATGGATGACGAACCCTCAAGAAGCGTGACCTAAGAGCCGCAGCTT
CCTTCTTACAAGTGGCAGTGTAAATGCTGTACGGATCAATATCTCCTTGCTCCTTGTCCG
CAGCTTCAATGGCCTTGCTGCACTCAGGGGAAGGGTGCTCTGATGATACAAACTCACAGG
TGATCCTTAAGTTGTGGTAAGTGAGATCAGATATCAACCCATGAGTCCACCAGTACTCAA
ACAACCCCACGAAATCATGGTAGTCATCGATCACAGCATTCCCCACAATGAAGCCTTTGA
AGTTGATTTCAGGATTGTTTTTCCGGTAAACAATCTGTGACAGCTGAGGAACGTAGTGAC
CTGCGTAGCTTTCTCCAGCGATGTAGAACTCTCTGTGCTTGTATTGCGGAAACCTCTCGA
ACCATTTCACGAGAAACACATATGCATCTTCAGCTGTTCTCTGATCTCCGGAAGTGTACA
AGTCAGAGGTAGTATTCGTATACGAGAAACCAACACCAGCTGGTGATTCAAGAAACAACA
CGTTTGCCAACTGGTTCCAAGCGTAAGGATTGTGGTAAAGAGTTTTGCCATCAGGGTTGA
TCCTAAATGGACCAATCTCCTCAGCAGCACCATC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AP20JQ U 1
AF RR1AL32JQ U 3
AF RR1AP20TF C 54
AF RR1AL32TF C 377
BS 1 19 RR1AP20JQ
BS 20 20 RR1AL32JQ
BS 21 55 RR1AP20JQ
BS 56 56 RR1AL32JQ
BS 57 568 RR1AP20JQ
BS 569 569 RR1AL32JQ
BS 570 652 RR1AP20JQ
BS 653 653 RR1AL32JQ
BS 654 743 RR1AP20JQ
BS 744 866 RR1AL32JQ
BS 867 1234 RR1AL32TF

RD RR1AP20JQ 743 0 0
ATCAGACCAAATTAAATTAGTGTTTACTCAAAGCTCTTACAAATAAACAAACAACGAGAG
AATATTACCACATGGAAGTAAATGCAAATGATCTCCATAGGACAAGTTTTACAGAACCTG
AAAAGTTTTTTGTGCTTGCAGTGTCTTAAAACATTTACATTGGCTTGTTGTTGAGAAACG
ACTCGAAAAGAAGGAAACCTCGCCGAGGTCGGTGAAGAGGTACCTCGTGCCCTGCTCCAT
GTATTGTTACTAGAGTCAGTCCTTTGTAAACTTGGCTCCACCCACCAACCTGTCCGTTGT
CGTACCAAGGGTACCATTCGGAGACTGGTTGTAACTTGAGGGCTCTAATAGAGTACCGAG
TTCCAGTTATGGGAACCACTGAGTCAGTATCTCCACTGAAAACCCATATCCTGAGGCCTG
CACCGATGAGCTCCTTGTAGATTGGAAGCATAGAGAGAGGAGAATCCGCCCATTTATCTC
CAACAATGTCACTGCATGTCTTCCATGGATAAGCAAGTCCGGTTGTGTTAGCATGCATAG
CCTTTTGAACCTCCGGAGAGTTGAAATATATACCGGAGTATCTCTCCGTGCATGGGTCAT
ATGCTCTCCACATCCATGGATGACGAACCCTCAAGAAGCGTGACCTAAGAGCTGCAGCTT
CCTTCTTACAAGTGGCAGTGTAAATGCTGTACGGATCAATATCTCCTTGCTCCTTGTCCG
CAGCTTCAATGGCCTTGCTGCAC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1AL32JQ 869 0 0
CC
GACCAAATTAAATTAATGTTTACTCAAAGCTCTTACAAATAAACAGACAACAAGAGAATA
TTACCACATGGAAGTAAATGCAAATGATCTCCATAGGACAAGTTTTACAGAACCTGAAAA
GTTTTTTGTGCTTGCAGTGTCTTAAAACATTTACATTGGCTTGTTGTTGAGAAACGACTC
GAAAAGAAGGAAACCTCGCCGAGGTCGGTGAA*AGGTACCTCGTGCCCTGCTCCATGTAT
TGTTACTAGAGTCAGTCCTTTGTAAACTTGGCTCCACCCACCAACCTGTCCGTTGTCGTA
CCAAGGGTACCATTCGGAGACTGGCTGTAACTTGAGGGCTCTAATAGAGTACCGAGTTCC
AGTTATGGGAACCACTGAGTCAGTATCTCCACTGAAAACCCATATCCTGAGGCCTGCACC
GATGAGCTCCTTGTAGATTGGAAGCATAGAGAGAGGAGAATCCGCCCATTTATCTCCAAC
AATGTCACTGCATGTCTTCCATGGATAAGCAAGTCCGGTTGTGTTAGCATGCATAGCCTT
TTGAACCTCCGGAGAGTTGAAATACATACCGGAGTATCTCTCTGTGCATGGGTCATATGC
TCTCCACATCCATGGATGACGAACCCTCAAGAAGCGTGACCTAAGAGCCGCAGCTTCCTT
CTTACAAGTGGCAGTGTAAATGCTGTACGGATCAATATCTCCTTGCTCCTTGTCCGCAGC
TTCAATGGCCTTGCTGCACTCAGGGGAAGGGTGCTCTGATGATACAAACTCACAGGTGAT
CCTTAAGTTGTGGTAAGTGAGATCAGATATCAACCCATGAGTCCACCAGTACTCAAACAA
CCCCACGAAATCATGGTAGTCA
TCGAT

QA 3 864 3 864
DS 

RD RR1AP20TF 814 0 0
ACG
AGAGAATATTACCACATGGAAGTAAATGCAAATGATCTCCATAGGACAAGTTTTACAGAA
C*TGAAAAGTTTTTTGTGCTTGCAGTGTCTTAAAACATTTACATTGGCTTGTTGTTGAGA
AACGACTCGAAAAGAAGGAAACCTCGCCGAGGTCGGTGAAGAGGTACCTCGTGCCCTGCT
CCATGTATTGTTACTAGAGTCAGTCCTTTGTAAACTTGGCTCCACCCACCAACCTGTCCG
TTGTCGTACCAAGGGTACCATTCGGAGACTGGTTGTAACTTGAGGGCTCTAATAGAGTAC
CGAGTTCCAGTTATGGGAACCACTGAGTCAGTATCTCCACTGAAAACCCATATCCTGAGG
CCTGCACCGATGAGCTCCTTGTAGATTGGAAGCATAGAGAGAGGAGAATCCGCCCATTTA
TCTCCAACAATGTCACTGCATGTCTTCCATGGATAAGCAAGTCCGGTTGTGTTAGCATGC
ATAGCCTTTTGAACCTCCGGAGAGTTGAAATATATACCGGAGTATCTCTCCGTGCATGGG
TCATATGCTCTCCACATCCATGGATGACGAACCCTCAAGAAGCGTGACCTAAGAGCTGCA
GCTTCCTTCTTACAAGTGGCAGTGTAAATGCTGTACGGATCAATATCTCCTTGCTCCTTG
TCCGCAGCTTCAATGGCCTTGCTGCACTCAGGGGAAGGGTGCTCTGATGATACAAACTCA
CAGGTGATCCTTAAGTTGTGGTAAGTGAGATCAGATATCAACCCATGAGTCCACCAGTAC
TCAAACAACCCCACGAAATCATGGTAGTCA
C

QA 4 813 4 813
DS 

RD RR1AL32TF 858 0 0
CACTGAGTCAGTATCTCCACTGAAAACCCATATCCTGAGGC*TGCACCGATGAGCTC*TT
GTAGATTGGAAGCATAGAGAGAGGAGAATCCGCCCATTTATCTCCAACAATGTCACTGCA
TGTCTTCCATGGATAAGCAAGTCCGGTTGTGTTAGCATGCATAGCCTTTTGAACCTCCGG
AGAGTTGAAATACATACCGGAGTATCTCTCTGTGCATGGGTCATATGCTCTCCACATCCA
TGGATGACGAACCCTCAAGAAGCGTGACCTAAGAGCCGCAGCTTCCTTCTTACAAGTGGC
AGTGTAAATGCTGTACGGATCAATATCTCCTTGCTCCTTGTCCGCAGCTTCAATGGCCTT
GCTGCACTCAGGGGAAGGGTGCTCTGATGATACAAACTCACAGGTGATCCTTAAGTTGTG
GTAAGTGAGATCAGATATCAACCCATGAGTCCACCAGTACTCAAACAACCCCACGAAATC
ATGGTAGTCATCGATCACAGCATTCCCCACAATGAAGCCTTTGAAGTTGATTTCAGGATT
GTTTTTCCGGTAAACAATCTGTGACAGCTGAGGAACGTAGTGACCTGCGTAGCTTTCTCC
AGCGATGTAGAACTCTCTGTGCTTGTATTGCGGAAACCTCTCGAACCATTTCACGAGAAA
CACATATGCATCTTCAGCTGTTCTCTGATCTCCGGAAGTGTACAAGTCAGAGGTAGTATT
CGTATACGAGAAACCAACACCAGCTGGTGATTCAAGAAACAACACGTTTGCCAACTGGTT
CCAAGCGTAAGGATTGTGGTAAAGAGTTTTGCCATCAGGGTTGATCCTAAATGGACCAAT
CTCCTCAGCAGCACCATC

QA 1 858 1 858
DS 



AS 1 4

CO CL3203Contig1 1419 4 12 U
GGCATATATTATGGATACAAATGAAGAAGAAAGGGCCAAGGGTAAAACAGTTGAAGTTGG
AAGGGCTCATTTTGAAACTGAAAGCACAAGGTTTACCATTTTGGATGCTCCGGGTCACAA
GAGTTATGTACCCAATATGATTAGTGGAGCATCTCAGGCAGACATTGGTGTGCTGGTGAT
TTCCGCCCGTAAAGGTGAATTTGAAACAGGATATGAGAGGGGTGGGCAGACACGTGAACA
TGTTCAACTCGCAAAAACACTGGGCGTGTCGAAGCTGGTTGTTGTGGTGAACAAAATGGA
TGATCCAACTGTGAACTGGTCGAAAGAGAGGTACGATGAAATAGAACAAAAAATGCTACC
ATTTCTTAAATCCTCTGGCTACAACACAAAGAAAGATGTTCTCTTCATACCTATATCTGG
TCTAATGGGGGTTAATATGGATAAGAGGATGGATCGAAAGGTTTGTCCATGGTACAGTGG
TCCTAGCTTTTTTGAAGTACTTGATTCTATTGAAGTTCCACCACGAGATCCTAATGGTCC
ATTCAGGATGCCTATTATAGATAAATTTAAAGACATGGGAACTGTTGTTATGGGAAAAGT
AGAATCTGGCAGCATTAAGGAGGGTGATTCCTTGATGATTATGCCAAACACGGAACCCGT
GAAAGTTGTTGCTATATATTGCGACGAAGATAAAGTTAAGCGTGCTGGACCGGGTGAGAA
TTTGAGAGTCCGCATAACTGGCATTGAAGATGAGGATATCCTTCCAGGTTTTGTTTTATC
CAGCACGGTAAAACCTGTACCTGCTGTTATTGAATTTGTTGCACAGCTTCAAATCCTTGA
GCTGCTTGACAGCGCTATTTTCACAGCTGGTTACAAGGCTATTCTGCACATTCATGCAGT
TGTTGAGTAATGTGAGATCATCGAATTGATAAGCCAAATTGATATGAAGACGATGAAGCC
CATGAAAAAGAAAGTTCTGTTTGTGAAGAACGGTGCTGCTGTGGTCTGCCGTATACAGGT
TACCAATTCAATCTGTGTTGAAAAATTCTCAGATTTCCCTCAACTAGGAAGATTCACTCT
ACGAACGGAAGGGAAAACAGTAGCTGTTGGGAAGGTGACTGCGCTCTCAGGTGCTTCCGC
AAGCGCTTGATCCCAATTTTGCATGGAAGAAGGATATGGACATTGAGTTCCCTAAACTCA
AATCGTTGTTCCAGTTGGGGTTTTGAGACTTACTGCCGCAGATGTGTACCCTGAGACTTT
TTTGGAAATTTAAAAGCTAGAAAGAGTATTATGATGAACATGAGTGTGACTTTTTTTTCT
CTGTTAAGCTAAATTTACTACTACTATTACCTTCTTAGCTGGAGTCTGCTTTAAGGCTTT
TTGGAGTTCAAAATTTTTAGTCAAGTGCATGTTTCTTCC


BQ
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AF RR1EI93TF U 1
AF RR1EI82TF U 371
AF RR1EI93JQ C 634
AF RR1EI82JQ C 676
BS 1 406 RR1EI93TF
BS 407 407 RR1EI82TF
BS 408 763 RR1EI93TF
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BS 1238 1317 RR1EI93JQ
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RD RR1EI93TF 763 0 0
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AAGGGCTCATTTTGAAACTGAAAGCACAAGGTTTACCATTTTGGATGCTCCGGGTCACAA
GAGTTATGTACCCAATATGATTAGTGGAGCATCTCAGGCAGACATTGGTGTGCTGGTGAT
TTCCGCCCGTAAAGGTGAATTTGAAACAGGATATGAGAGGGGTGGGCAGACACGTGAACA
TGTTCAACTCGCAAAAACACTGGGCGTGTCGAAGCTGGTTGTTGTGGTGAACAAAATGGA
TGATCCAACTGTGAACTGGTCGAAAGAGAGGTACGATGAAATAGAACAAAAAATGCTACC
ATTTCTTAAATCCTCTGGCTACAACACAAAGAAAGATGTTCTCTTCTTACCTATATCTGG
TCTAATGGGGGTTAATATGGATAAGAGGATGGATCGAAAGGTTTGTCCATGGTACAGTGG
TCCTAGCTTTTTTGAAGTACTTGATTCTATTGAAGTTCCACCACGAGATCCTAATGGTCC
ATTCAGGATGCCTATTATAGATAAATTTAAAGACATGGGAACTGTTGTTATGGGAAAAGT
AGAATCTGGCAGCATTAAGGAGGGTGATTCCTTGATGATTATGCCAAACACGGAACCCGT
GAAAGTTGTTGCTATATATTGCGACGAAGATAAAGTTAAGCGTGCTGGACCGGGTGAGAA
TTTGAGAGTCCGCATAACTGGCATTGAAGATGAGGATATCCTT

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DS 

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G
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TTAATATGGATAAGAGGATGGATCGAAAGGTTTGTCCATGGTACAGTGGTCCTAGCTTTT
TTGAAGTACTTGATTCTATTGAAGTTCCACCACGAGATCCTAATGGTCCATTCAGGATGC
CTATTATAGATAAATTTAAAGACATGGGAACTGTTGTTATGGGAAAAGTAGAATCTGGCA
GCATTAAGGAGGGTGATTCCTTGATGATTATGCCAAACAAGGAACCCGTGAAAGTTGTTG
CTATATATTGCGACTAAGATAAAGTTAAGCGTGCTGGACCGGGTGAGAATTTGAGAGTCC
GCATAACTGGCATTGAAGATGAGGATATCCTTCCAGGTTTTGTTTTATCCAGCACGGTAA
AACCTGTACCTGCTGTTATTGAATTTGTTGCACAGCTTCAAATCCTTGAGCTGCTTGACA
GCGCTATTTTCACAGCTGGTTACAAGGCTATTCTGCACATTCATGCAGTTGTTGAGTAAT
GTGAGATCATCGAATTGATAAGCCAAATTGATATGAAGACGATGAAGCCCATGAAAAAGA
AAGTTCTGTTTGTGAAGAACGGTGCTGCTGTGGTCTGCCGTAT

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DS 

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GGATATCCTTCCAGGTTTTGTTTTATCCAGCACGGTAAAACCTGTACCTGCTGTTACTGA
ATTTGTTGCACAGCTTCAAATCCTTGAGCTGCTTGACAACGCTATTTTCACAGCTGGTTA
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CCAAATTGATATGAAGACGAGGAAGCCCATGAAAAAGAAAGTTCTGTTTGTGAAGAACGG
TGCTGCCGTGGTCTGCCGTATACAGGTTACCAATTCAATCTGTGTTGAAAAATTCTCAGA
TTTCCCTCAACTAGGAAGATTCACTCTACGAACGGAAGGGAAAACAGTAGCTGTTGGGAA
GGTGACTGCGCTCTCAGGTGCTTCCTCAAGCGCTTGATCCCAATTTTGCATGGAAGAAGG
ATATGGACATTGAGTTCCCTAAACTCAAATCGTTGTTCCAGTTGGGGTTTTGAGACTTAC
TGCTGCAGATGTGTACCCTGAGACTTTTTTGGAAATTTAAAAGCTAGAAAGAGTATTATG
ATGAACATGAGTGTGACTTTTTTT*CTCTGTTAAGCTAAATTTACTACTACTATTACCTT
CTTAGCTGGAGTCTGCTTTAAGGCTTTTTG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1EI82JQ 744 0 0
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AACTGGCATTGAAGATGAGGATATCCTTCCAGGTTTTGTTTTATCCAGCACGGTAAAACC
TGTACCTGCTGTTATTGAATTTGTTGCACAGCTTCAAATCCTTGAGCTGCTTGACAGCGC
TATTTTCACAGCTGGTTACAAGGCTATTCTGCACATTCATGCAGTTGTTGAGTAATGTGA
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TCTGTTTGTGAAGAACGGTGCTGCTGTGGTCTGCCGTATACAGGTTACCAATTCAATCTG
TGTTGAAAAATTCTCAGATTTCCCTCAACTAGGAAGATTCACTCTACGAACGGAAGGGAA
AACAGTAGCTGTTGGGAAGGTGACTGCGCTCTCAGGTGCTTCCGCAAGCGCTTGATCCCA
ATTTTGCATGGAAGAAGGATATGGACATTGAGTTCCCTAAACTCAAATCGTTGTTCCAGT
TGGGGTTTTGAGACTTACTGCCGCAGATGTGTACCCTGAGACTTTTTTGGAAATTTAAAA
GCTAGAAAGAGTATTATGATGAACATGAGTGTGACTTTTTTTTCTCTGTTAAGCTAAATT
TACTACTACTATTACCTTCTTAGCTGGGGTCTGCTTTAAGGCTTTTTGGAGTTCAAAATT
TTTAGTCAAGTGCATGTTTCTTCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 4

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GGACAACAATATCGTAAGTATATTAGGTATCTATTTGAGCACATTTCTTAGACTATATAA
AGTAAGAAAATTTGTACAGTAAGAGAGAGAGAGAGATGGGGAGGCAACCATGTTGTGACA
AAGTAGGCTTGAAGAAAGGGCCATGGACTGTTGAAGAAGACAAGAAGCTCATCAACTTCA
TCCTCACCAATGGCCACTGCTGTTGGAGAGCTCTTCCCAAGCTTTCTGGACTATTGAGGT
GTGGTAAAAGCTGCAGATTAAGATGGATAAATTATCTGAGACCTGATTTAAAAAGAGGCT
TTTTATCAGAATATGAAGAACAAATGGTCATTGATCTTCATGCCCAACTTGGCAATAGAT
GGTCAAAGATTGCCTCTCATTTACCAGGAAGAACTGATAATGAAATAAAGAACCATTGGA
ACACGCACATAAAGAAAAAGCTAAAGAAGATGGGTATTGACCCTATGACGCATAAGCCTC
TCTTGGAAGGTTCGCAACAACAAGCTCATGATGAGAAGAACACAAACCAAGAAGATCAAC
AAACTAAAAAAGAAGAAGAACAACAATATCAACTAGGTAAAGATTTGGAAAAGAACAACA
CACCAATTTCTACTGATGATGGATTTTGCATTGATGAAGTCCCATTACTCACTCCACATG
AGATATTTGTGGACATCTCTTCTGCTCACCATCATACTAGTGATGATAATGCCAACTTTA
ACATTAGTAACTCCACTTCACCTTCTTCGTCTACCTCGTCGTGCATATCATCAGTACCTA
GTGATGAGTTCTCAAAGTTTCTTGATGAAATTGAGATTGTTGACATCAAGTGGCTCTCCT
CCGATGATTCATCAAGGGATAACATTAATTACAACGACGCCAAGTTCAACGACAATGTTG
ATACGATGAACTTGTGGGATATCAATGATTTGAGCAGCTTGGAATTGTTTATGAATGATC
ATGATGATAGTTTGGTTGGAAGCGGATGTTCAAGAATGGTTATAAATCAAGATTCATTGA
CATTTGATATCCTTTAACTTTTAGTTTTATCTCTTGTTGTCTTAAATTGTTTTATGTTTG
TTTTGGGTTGGTGTTGCAGTTTAGTGGACGACTAAGTGCAAAAGTACATATGTAATAAAG
ATTGCAATTGTGAACATACTTTTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1F562TF U 1
AF RR1F562JQ C 467
AF RR1C996TF U 962
AF RR1EL11TF U 962
BS 1 551 RR1F562TF
BS 552 962 RR1F562JQ
BS 963 1167 RR1C996TF

RD RR1F562TF 551 0 0
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AAGTAGGCTTGAAGAAAGGGCCATGGACTGTTGAAGAAGACAAGAAGCTCATCAACTTCA
TCCTCACCAATGGCCACTGCTGTTGGAGAGCTCTTCCCAAGCTTTCTGGACTATTGAGGT
GTGGTAAAAGCTGCAGATTAAGATGGATAAATTATCTGAGACCTGATTTAAAAAGAGGCT
TTTTATCAGAATATGAAGAACAAATGGTCATTGATCTTCATGCCCAACTTGGCAATAGAT
GGTCAAAGATTGCCTCTCATTTACCAGGAAGAACTGATAATGAAATAAAGAACCATTGGA
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TCTTGGAAGGTTCGCAACAACAAGCTCATGATGAGAAGAACACAAACCAAGAAGATCAAC
AAACTAAAAAA

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1F562JQ 701 0 0
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GGAAAAGAACAACACACCAATTTCTACTGATGATGGATTTTGCATTGATGAAGTCCCATT
ACTCACTCCACATGAGATATTTGTGGACATCTCTTCTGCTCACCATCATACTAGTGATGA
TAATGCCAACTTTAACATTAGTAACTCCACTTCACCTTCTTCGTCTACCTCGTCGTGCAT
ATCATCAGTACCTAGTGATGAGTTCTCAAAGTTTCTTGATGAAATTGAGATTGTTGACAT
CAAGTGGCTCTCCTCCGATGATTCATCAAGGGATAACATTAATTACAACGACGCCAAGTT
CAACGACAATGTTGATACGATGAACTTGTGGGATATCAATGATTTGAGCAGCTTGGAATT
GTTTATGAATGATCATGATGATAGTTTGGTTGGAAGCGGATGTTCAAGAATGGTTATAAA
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QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1C996TF 206 0 0
G
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TTGGGTTGGTGTTGCAGTTTAGTGGACGACTAAGTGCAAAAGTACATATGTAATAAAGAT
TGCAATTGTGAACATACTTTTCTCT

QA 2 206 2 206
DS 

RD RR1EL11TF 206 0 0
G
GATGATAGTTTGGTTGGAAGCGGATGTTCAAGAATGGTTATAAATCAAGATTCATTGACA
TTTGATATCCTTTAACTTTTAGTTTTATCTCTTGTTGTCTTAAATTGTTTTATGTTTGTT
TTGGGTTGGTGTTGCAGTTTAGTGGACGACTAAGTGCAAAAGTACATATGTAATAAAGAT
TGCAATTGTGAACATACTTTTCTCT

QA 2 206 2 206
DS 



AS 2 4

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AGACGCGAAATTAACTTTGCAGTACAAAACGAGACATACACAACAGAGTAGAAAAGAAAT
AATCAAATGAGAACTAAAAATGTTAAAAGTCTATTGACTCCTTCATCTCACCCACTTCGA
GTTTGTATTCCTCTGGAATCACACTTCTTCAGAGTCTTTTTCTTTAACTTTTGTTGTTTT
GAGAGTGCTTACAAGAACAAGCAAAGTCTCCCCCCCTCTAAAACCTGGGGAGGGCCTAAA
GAAAGGTTTTCTTTTGTCTTTAAATTTACAAACATCATTCACTGGTCAAGTTGTATCCAG
CGGCTAAAAGTGCAGACTCTCGATCCCTTTTAGATTGGACTCATAGTTCTTCTTCATGAC
TGAAGTATTTCCCCTTGACGGAGATGATGATGATGCTAGCTTCTTGTTCTCAGATGAGAC
GATAGGTGAGCTTCGACCACCATGGATCTTTGGGTTGGAGCTTGATCCAGCTTCAATAAT
CTGAGGGTTTGATGGCTCGGAATCAGTTCCAGGAACTGCAGCCTCGCGACTACTGGAGAC
AGCAGCACGTCTTGATGACCCAGTTGCGCGGAGAAAGCTAGAGCTAGATAACATTACATC
TTTAGATATTGCAGGATCACTTGAAACTGGTGCTTTTTGTTTAGCTAAGTTGCCTGAATT
AAAAATTTGTCCAGAAATCCGCCTAGGGTTGTTTCCTGCTGGCCAGCCAGAAGCTCTAGC
TTCCTCGCCACCTGATGGCCTCTCAGCACTAGCGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D395JQ U 1
AF RR1CE83JQ U 64
BS 1 104 RR1D395JQ
BS 105 105 RR1CE83JQ
BS 106 160 RR1D395JQ
BS 161 161 RR1CE83JQ
BS 162 166 RR1D395JQ
BS 167 167 RR1CE83JQ
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BS 213 213 RR1CE83JQ
BS 214 747 RR1D395JQ
BS 748 757 RR1CE83JQ

RD RR1D395JQ 747 0 0
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AATCAAATGAGAACTAAAAATGTTAAAAGTCTATTGACTCCTTCCTCTCACCCACTTCGA
GTTTGTATTCCTCTGGAATCACACTTCTTCAGAGTCTTTT*CTTTATCTTTTGTTGTTTT
GAGAGTGCTTACAAGAACAAGCAAAGTCTCCCTCCCTCTAAAACCTGGGGAGGGCCTAAA
GAAAGGTTTTCTTTTGTCTTTAAATTTACAAACATCATTCACTGGTCAAGTTGTATCCAG
CGGCTAAAAGTGCAGACTCTCGATCCCTTTTAGATTGGACTCATAGTTCTTCTTCATGAC
TGAAGTATTTCCCCTTGACGGAGATGATGATGATGCTAGCTTCTTGTTCTCAGATGAGAC
GATAGGTGAGCTTCGACCACCATGGATCTTTGGGTTGGAGCTTGATCCAGCTTCAATAAT
CTGAGGGTTTGATGGCTCGGAATCAGTTCCAGGAACTGCAGCCTCGCGACTACTGGAGAC
AGCAGCACGTCTTGATGACCCAGTTGCGCGGAGAAAGCTAGAGCTAGATAACATTACATC
TTTAGATATTGCAGGATCACTTGAAACTGGTGCTTTTTGTTTAGCTAAGTTGCCTGAATT
AAAAATTTGTCCAGAAATCCGCCTAGGGTTGTTTCCTGCTGGCCAGCCAGAAGCTCTAGC
TTCCTCGCCACCTGATGGCCTCTCAGC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1CE83JQ 694 0 0
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TGTATTCCTCTGGAATCACACTTCTTCAGAGTCTTTTTCTTTAACTTTTGTTGTTTTGAG
AGTGCTTACAAGAACAAGCAAAGTCTCCCCCCCTCTAAAACCTGGGGAGGGCCTAAAGAA
AGGTTTTCTTTTGTCTTTAAATTTACAAACATCATTCACTGGTCAAGTTGTATCCGGCGG
CTAAAAGTGCAGACTCTCGATCCCTTTTAGATTGGACTCATAGTTCTTCTTCATGACTGA
AGTATTTCCCCTTGACGGAGATGATGATGATGCTAGCTTCTTGTTCTCAGATGAGACGAT
AGGTGAGCTTCGACCACCATGGATCTTTGGGTTGGAGCTTGATCCAGCTTCAATAATCTG
AGGGTTTGATGGCTCGGAATCAGTTCCAGGAACTGCAGCCTCGCGACTACTGGAGACAGC
AGCACGTCTTGATGACCCAGTTGCGCGGAGAAAGCTAGAGCTAGATAACATTACATCTTT
AGATATTGCAGGATCACTTGAAACTGGTGCTTTTTGTTTAGCTAAGTTGCCTGAATTAAA
AATTTGTCCAGAAATCCGCCTAGGGTTGTTTCCTGCTGGCCAGCCAGAAGCTCTAGCTTC
CTCGCCACCTGATGGCCTCTCAGCACTAGCGATA

QA 1 694 1 694
DS 



CO CL3205Contig2 1242 2 2 U
GGGTGGTGGTAGAGAGAGATGTCGCCGACGACGACGCTCTTTCGCCGGAAGTCAATCGGA
ATCCACAGCTACTCCAATTTACAATCCGCTTGATTCTCTTCCGCTGTAACTATATCTTTA
TACTCCTCAAGTACTCCAATCTCTTCTGGTGGTGGTTAGTAGTTAAAGAGGTAGTTCTAG
GGTTTGGATTTGATGGAGCCGAGAGTGGGGAACAAGTTTCGGCTGGGAAGGAAGATCGGC
AGTGGTTCGTTCGGAGAGATCTATCTCGGTACTGATATACAGACCAATGAAGAAGTTGCC
ATTAAACTTGAAAATGTGAAAACTAAGCATCCTCAGTTGCTGTATGAATCAAAATTATAT
AAAGTATTACAAGGAGGAACTGGCGTTCCAAACATTAAATGGTATGGTGTTGAAGGGGAA
TATAACGTCCTCGTGATAGACTTGTTGGGGCCTAGCCTTGAAGATCTATTCAATTTCTGC
AGTAGGAAACTCTCACTAAAGACTGTACTAATGCTTGCAGATCAAATGATCAATCGCATT
GAATTTGTTCATCAGAGGTCATTTCTACACCGGGACATCAAGCCTGACAACTTTCTGATG
GGTCTCGGGAGGCGTGCGAATCAGGTATACGTCATCGACTTTGGTCTGGCGAAGAAGTAT
AGAGATTCAAATCATCAACATATTCCGTACAGGGAAAATAAAAACTTGACTGGAACTGCT
AGATACGCTAGCATGAACACTCACCTTGGCATTGAACAAAGCCGTAGAGATGATTTGGAG
TCACTTGGATTTGTTCTCATGTACTTCTTAAAAGGAAGTCTTCCTTGGCAAGGACTGAAA
GCTGGTAATAAGAAGCAAAAGTATGAGAGAATTAGTGAGAAGAAAGTATCAACATCTATT
GAGTCTCTGTGCCGAGGATATCCATCTGAATTTGCTTCTTACTTCCATTATTGCCGTTCC
TTGAGATTCGATGATAAGCCAGACTATGCCTACCTGAAACGGCTTTTCCGAGACCTGTTT
ATTCGCGAAGGCTTCCAGTTTGATTATGTATTTGATTGGACTATCTTGAAGTATCAGCAA
TCACAGATTTCTACTCCTCCCCGTCCCAATGTTCCTGGAGTTGGGCAAAGCTCTGGCCTT
CCCCCTGCTATCGCTAGTGCTGAGAGGCCATCAGTGGCGAGGAAGCTAGAGCTTCTGGCT
GGCCAGCAGAACAACCCTAGGCGGATTTCTGGACAAATTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D395TF U 1
AF RR1CE83TF U 478
BS 1 620 RR1D395TF
BS 621 1242 RR1CE83TF

RD RR1D395TF 620 0 0
GGGTGGTGGTAGAGAGAGATGTCGCCGACGACGACGCTCTTTCGCCGGAAGTCAATCGGA
ATCCACAGCTACTCCAATTTACAATCCGCTTGATTCTCTTCCGCTGTAACTATATCTTTA
TACTCCTCAAGTACTCCAATCTCTTCTGGTGGTGGTTAGTAGTTAAAGAGGTAGTTCTAG
GGTTTGGATTTGATGGAGCCGAGAGTGGGGAACAAGTTTCGGCTGGGAAGGAAGATCGGC
AGTGGTTCGTTCGGAGAGATCTATCTCGGTACTGATATACAGACCAATGAAGAAGTTGCC
ATTAAACTTGAAAATGTGAAAACTAAGCATCCTCAGTTGCTGTATGAATCAAAATTATAT
AAAGTATTACAAGGAGGAACTGGCGTTCCAAACATTAAATGGTATGGTGTTGAAGGGGAA
TATAACGTCCTCGTGATAGACTTGTTGGGGCCTAGCCTTGAAGATCTATTCAATTTCTGC
AGTAGGAAACTCTCACTAAAGACTGTACTAATGCTTGCAGATCAAATGATCAATCGCATT
GAATTTGTTCATCAGAGGTCATTTCTACACCGGGACATCAAGCCTGACAACTTTCTGATG
GGTCTCGGGAGGCGTGCGAA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1CE83TF 765 0 0
G
GCAGTAGGAAACTCTCACTAAAGACTGTACTAATGCTTGCAGATCAAATGATCAATCGCA
TTGAATTTGTTCATCAGAGGTCATTTCTACACCGGGACATCAAGCCTGACAACTTTCTGA
TGGGTCTCGGGAGGCGTGCGAATCAGGTATACGTCATCGACTTTGGTCTGGCGAAGAAGT
ATAGAGATTCAAATCATCAACATATTCCGTACAGGGAAAATAAAAACTTGACTGGAACTG
CTAGATACGCTAGCATGAACACTCACCTTGGCATTGAACAAAGCCGTAGAGATGATTTGG
AGTCACTTGGATTTGTTCTCATGTACTTCTTAAAAGGAAGTCTTCCTTGGCAAGGACTGA
AAGCTGGTAATAAGAAGCAAAAGTATGAGAGAATTAGTGAGAAGAAAGTATCAACATCTA
TTGAGTCTCTGTGCCGAGGATATCCATCTGAATTTGCTTCTTACTTCCATTATTGCCGTT
CCTTGAGATTCGATGATAAGCCAGACTATGCCTACCTGAAACGGCTTTTCCGAGACCTGT
TTATTCGCGAAGGCTTCCAGTTTGATTATGTATTTGATTGGACTATCTTGAAGTATCAGC
AATCACAGATTTCTACTCCTCCCCGTCCCAATGTTCCTGGAGTTGGGCAAAGCTCTGGCC
TTCCCCCTGCTATCGCTAGTGCTGAGAGGCCATCAGTGGCGAGGAAGCTAGAGCTTCTGG
CTGGCCAGCAGAACAACCCTAGGCGGATTTCTGGACAAATTTTA

QA 2 765 2 765
DS 



AS 1 4

CO CL3206Contig1 810 4 4 U
GGGAGAAACCATCAAAATCTTCAGAAGTCTCTCTCTCTCCTTCTTCTCCATCCTAACAGA
GCTATGGCCCTCCACCGCTTCTCTTTCTCAACCCTCGTCTTCTTCTTCTCTCTCACCCTT
CTCGCCACGACGACCCTCTCCCTCTTCGAACCCGACCCGGATTCGATCTCCACCGTCTAC
GAACTCCTCCCCAAGTACGGCCTCCCAAGCGGCCTCTTGCCGGACTCCGTCACCAAATTC
ACCCTCTCGGACGACGGCCGATTCGTCGTCTACTTGGCCAAGTCCTGCGAAATCGAATTC
GACTACCGCGTCCGCTACGAGGAGACCGTATCCGGACGGATTAGCTACGGATCCATCACC
GAGCTGAAAGGTATTCAGGTGAAGCGGCTCTTTATCTGGTTGGATGTGGATGAGATCAAG
GTCGATCTACCTCCCACGGATTCGATCTACTTCAAGGTTGGGTTTATCAATAAGAAGCTT
GGTATTGACCAGTTCAAGACTGTGCATTCGTGCGGCGTCTCTGGGTCTTGTGGAGGTTCT
TGGAAGAGTTTTCTCCAGGGCAGCTTCCAGGAATGATGAATGAAGTTGAGATGCTCATCA
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AAACTTTTTTCCACAAAAAAAAAACTGTATCTATACAACATGACTAAATGTTTCGTTCAT
CACCACAATAGACTCTGGCCGTTTCAATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 5 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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GTTTCAATTT

QA 13 262 13 262
DS 



AS 1 4

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES35TF U 1
AF RR1AL59TF U 254
AF RR1ES35JQ C 559
AF RR1AL59JQ C 618
BS 1 695 RR1ES35TF
BS 696 887 RR1AL59TF
BS 888 991 RR1ES35JQ
BS 992 992 RR1AL59JQ
BS 993 1244 RR1ES35JQ
BS 1245 1245 RR1AL59JQ
BS 1246 1304 RR1ES35JQ
BS 1305 1370 RR1AL59JQ

RD RR1ES35TF 695 0 0
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CAACTCGGATGTGTTCGCTGCTGCTTTGATTGCTGCTGACAAGTCTTCTTCACCTTTGCA
AGTCTCCGATGTGGAGAATCTTGCCGTTTTTAAGGAAACTCTACAACTCATGTTTGGGGA
ACCCAATGGCAACGGCATTATCAAGAAGCTCATGAAAATGGGTGTTTACAGAGCCATTGA
TGTCCTCGAGGTAGCCGCTGGAATCAAATTCTCTAGAGCCGTCTTTTCGTGCCTGGAATA
TCTCCAAGCTGTTCCGTGGACAGAGGACGAAGAGGAAAGACTGAGGAGAGTTCTTGCAGT
TTATAACTTGGATGATGCTGAAATTTTGGCAAGGTTTAATTCTAACGAGACGGAGAACAA
CACACAAGAGAGCTTATCGAAGCAGCTTGTTTGGTCAATAACCTCTTGCAGCCATACAAA
TCCTCCTAGAAACGAGCTCAAATCTCTGGTGAAAGGTATTCTTTGCAAAAGTTCAGTGTA
CGAAAAAGAACAGCCTGAAATCAACAAGGAAGACATATATAAAGCAGGCAAGTACTGTGT
GGATTCACTTGTTAAACTGTTTGGAAAGGGAAGTTGTAACAAGAGCGGAAAGCCATTGAT
TGAAGGTATATCGAGGGAAGTGGAGAACATAAACT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1AL59TF 634 0 0
GCCGCTGGAATCAAATTCTCTAGAGCCGTCTTTTCGTGCCTGGAATATCTCCAAGCTGTT
CCTTGGACAGAGGACGAAGAGGAATGACTGAGGAGAGTTCTTGCAGTTTATAACTTGGAT
GATGCTGAAATTTTGGCAAGGTTTAATTCTAACGAGACGGAGAACAACACACAGGAGAGC
TTATCGAAGCAGCTTGTTTGGTCAATAACCTCTTGCAGCCATACAAATCCTCCTAGAAAC
GAGCTCAAATCTCTGGTGAAAGGTATTCTTTGCAAAAGTTCAGTGTACGAAAAAGAACAG
CCTGAAATCAACAAGGAAGACATATATAAAGCAGGCAAGTACTGTGTGGATTCACTTGTT
AAACTGTTTGGAAAGGGAAGTTGTAACAAGAGCGGAAAGCCATTGATTGAAGGTATATCG
AGGGAAGTGGAGAACATAAACTGGCTGTTGGAAATCATGATAGACCGGGAGATAGCAGAG
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CCAATGGTGAGGTACGAATTAAGCAGAGTAACAGGGTTAATGTTTATTGCAATGGGGAAA
AGGAGAGTGTAGTGCGGAGGAGAAGCAAGAGCGG

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1ES35JQ 746 0 0
AATCAACAAGGAAGACATATATAAAGCAGGCAAGTACTGTGTGGATTCACTTGTTAAACT
GTTTGGAAAGGGAAGTTGTAACAAGAGCGGAAAGCCATTGATTGAAGGTATATCGAGGGA
AGTGGAGAACATAAACTGGCTGTTGGAAATCATGATAGACCGGGAGATAGCAGAGGAATT
CGTGGAGAGATGGGGGAAGCAAAGAACGCTAGTGGAGATGCATGAGGAAGCGTCGCCAAT
GGTGAGGTACGAATTAAGCAGAGTAACAGGGTTAATGTTTATTGCAATGGGGAAAAGGAG
AGTGCAGTGCGGAGGAGAAGCAAGAGCGGGGCTTGTAGATATGTGGTTCAGGCCAATGTT
GCTAGATTTCGGGTGGCTGCAAAGGTGCAAGAAGGGATTAGACATGAGGGAAGTGGAAGA
AGGGATGGGGCAGGCGCTCTTAACACTGCCATCCAAGCTTCAGTATCAAGTGTTCATGGA
ATGGTTCAGGTGGTTCTCTAAGCACGGGACTGAGTGTCCTAATCTCAGTAAATCATTTCA
GATTTGGTGGCGTAGGTCTTTCCTTAGAGGTGTTGATTCTTCTTCTACTTGTAGGTGAGA
CAAAAGTGTTCAAGAGACACTGTTAGGGTGATAGCTTATGTAACTTTTTTCTCCTCTTGT
ATGTTGTTTCCACTTTGCTATGTTTGGATCGAAGCTAGTTTAAGTCTAAAAAGAAACAGG
CTAAATGATAAAAGGAAGTGGAACAG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1AL59JQ 753 0 0
TGTTTGGAAAGGGAAGTTGTAACAAGAGCGGAAAGCCATTGATTGAAGGTATATCGAGGG
AAGTGGAGAACATAAACTGGCTGTTGGAAATCATGATAGACCGGGAGATAGCAGAGGAAT
TCGTGGAGATATGGGGGAAGCAAAGAACGCTAGTGGAGATGCATGAGGAAGCGTCGCCAA
TGGTGAGGTACGAATTAAGCAGAGTAACAGGGTTAATGTTTATTGCAATGGGGAAAAGGA
GAGTGTAGTGCGGAGGAGAAGCAAGAGCGGGGCTTGTAGATATGTGGTTCAGGCCAATGT
TGCTAGATTTCGGGTGGCTGCAAAGGTGCAATAAGGGATTAGACATGAGGGAAGTGGAAG
AAGGGATGGGGCAGACGCTCTTAACACTGCCATCCAAGCTTCAGTATCAAGTGTTCATGG
AATGGTTCAGGTGGTTCTCTAAGCACGGGACTGAGTGTCCTAATCTCAGTAAATCATTTC
AGATTTGGTGGCGTAGGTCTTTCCTTAGAGGTGTTGATTCTTCTTCTACTTGTAGGTGAG
ACAAAAGTGTTCAAGAGACACTGTTAGGGTGATAGCTTATGTAACTTTTTTCTCCTCTTG
TATGTTGTTTCCACTTTGCTATGTTTGCATCGAAGCTAGTTTAAGTCTAAAAAGAAACAG
GCTAAATGATAAAAGGAAGTGGAACAGAGAAGGAAGAACAAGATATACCTCTTTATTATT
AGTTGCCTCCTGCGATGGAATGTTCAAAGAAAG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 4

CO CL3208Contig1 988 4 24 U
GGACGGCGTCTTCTCGATTTAATTTAAAAAAAAAAGATCCAAACCAGAGAGAGAGAGATA
GCCATGGAAGGAGGAGCTGGTATCTACAACCCACGCACTGTCGAAGAAGTTTTCAGAGAT
TTCAAAGGCCGTAGAGCCGCCATTGTCAAAGCTCTCACCTCCGATGTTGCAGAGTTTTAC
CAGCAATGCGATCCTGAGAAGGAAAATCTGTGCTTGTATGGGTTACCAAACGAACAATGG
GAAGTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCAGAGCTTCCAGAGCCAGCTCTAGGCATT
AACTTTGCAAGAGATGGGCTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTATCCACAGT
GACACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAAATAC
GAGAGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGATTCCTACCATATTTGAAGTAGTCACT
GGAAATATGAAAAAGCAAACTAAGGAAAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAATCTA
TCCAAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGCAGGCA
AACAATGAGGAAGATGGATCAGAGGAAGAGGATGAGGATGAACACGGGGAGACCCTTTGT
GGTGCCTGTGGAGACGGTGATGGTAATGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCTGTGACGTT
TGTGAGGTATGGTTCCACGGGAAGTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATC
AAACAGTACAAGTGCCCTGCATGTAGCAACAAAAGAGCGCGATCTTAAATGTTCTATTTG
TAGAGAGTGTAGCCTGTAGTAAGAAACTCTTACTACCCCCACCTTTATTTGGCTAGTTCT
TAACTCTTTCTATCCCACCATAACAACTTAGCCCCTATTTCTCATTTGAATTTGCTGTAT
AATTAATTGGTTTGTTTCCAGAAACATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC55TF U 20
AF RR1BQ58TF U 1
AF RR1BQ58JQ C 230
AF RR1EC55JQ C 231
BS 1 89 RR1BQ58TF
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BS 421 676 RR1BQ58TF
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BS 917 988 RR1BQ58JQ

RD RR1EC55TF 606 0 0
TTTTTTTTAAAAAGAG
GATCCAAACCAGAGAGAGAGAGT**GCTATGGAAGGAGGAGCTGGTATCTACAACCCACG
CACTGTCGAAGAAGTTTTCAGGGATTTCAAAGGCCGTAGAGCCGCCATTGTCAAAGCTCT
CACCTCCGATGTTGCAGAGTTTTACCAGCAATGCGATCCTGAGAAGGAGAATCTGTGCTT
GTATGGGTTACCGAACTAACAATGGGAAGTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCGGA
GCTTCCAGAGCCAGCTCTAGGCATTAACTTTGCAAGAGATGGGCTCTCTGAGAAGGAATG
GCTTTCTCTTGTTGCTATCCACAGTGACACTTGGTTGCTCTCTGTCTCTTTTTACTTCGG
CTCCAGATTCGCTTTCGACAAATACGAGAGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGGT
TCCTACCATATTTGAAGTCGTCACTGGAAATATGAAAAAGCAAACTAAGGATAAGTCCTC
TGCTTCAAATCGAAATGGCAATCTATCCAAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGG
CAAAAGCTCAAAGGCCATGCAG*CAAACAATGAGGAAGATGGATCAGAG
A

QA 17 605 17 605
DS 

RD RR1BQ58TF 769 0 0
GGACGGCGTCTTCTCGATTTAATTTAAAAAAAAAAGATCCAAACCAGAGAGAGAGAGATA
GCCATGGAAGGAGGAGCTGGTATCTACAATCCTCGCACTGTCGAAGAAGTTTTCAGAGAT
TTCAAAGGCCGTAGAGCCGCCATTGTCAAAGCTCTCACCTCCGATGTTGCAGAGTTTTAC
CAGCAATGCGATCCTGAGAAGGAAAATCTTTGCTTGTATGGGTTACCAAACGAACAGTGG
GAAGTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCAGAGCTTCCAGAGCCAGCTCTAGGCATT
AACTTTGCAAGAGATGGGCTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTATCCACAGT
GACACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAAATAT
GAGAGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGATTCCTACCATATTTGAAGTAGTCACT
GGAAATATGAAAAAGCAAACTAAGGAAAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAATCTA
TCCAAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGCAGGCA
AACAATGAGGAAGATGGATCAGAGGAAGAGGATGAGGATGAACACGGGGAGACCCTTTGT
GGTGCCTGTGGAGACG*TGATGGTAATGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCTGTGACGTT
TGTGAG*TATGGTTCCACGGGAAGTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1BQ58JQ 759 0 0
ACG
AACAGTGGGAAGTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCAGAGCTTCCAGAGCCAGCTC
TAGGCATTAACTTTGCAAGAGATGGGCTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTA
TCCACAGTGACACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCG
ACAAATATGAGAGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGATTCCTACCATATTTGAAG
TAGTCACTGGAAATATGAAAAAGCAAACTAAGGAAAAGTCTTCTGCTTCAAATCGAAATG
GCAATCTATCCAAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCA
TGCAGGCAAACAATGAGGAAGATGGATCAGAGGAAGAGGATGAGGATGAACACGGGGAGA
CCCTTTGTGGTGCCTGTGGAGACGGTGATGGTAATGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCT
GTGACGTTTGTGAGGTATGGTTCCACGGGAAGTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAGCTG
AGCATATCAAACAGTACAAGTGCCCTGCATGTAGCAACAAAAGAGCGCGATCTTAAATGT
TCTATT*GTAGAGAGTGTAGCCTGTAGTAAGAGACTCTTACTACCCCCGCCTTTATTTGG
CTAGTTCTTAACTCTTTCTATCC*ACCATAACAACTTAGCCCCTATTTCTCATTTGAATT
TGCTGTATAATTAATTGGTTTGTTTCCAGAAACATA

QA 4 759 4 759
DS 

RD RR1EC55JQ 751 0 0
CT
AACAATGGGAAGTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCGGAGCTTCCAGAGCCAGCTC
TAGGCATTAACTTTGCAAGAGATGGGCTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTA
TCCACAGTGACACTTGGTTGCTCTCTGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCG
ACAAATACGAGAGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGGTTCCTACCATATTTGAAG
TCGTCACTGGAAATATGAAAAAGCAAACTAAGGATAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATG
GCAATCTATCCAAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCA
TGCAGGCAAACAATGAGGAAGATGGATCAGAGGAAGAGGATGAGGATGAACATGGGGAAA
CCCTTTGTGGTGCCTGTGGAGACGGTGATGGTACTGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCT
GTGACGTTTGTGAGGTATGGTTCCACGGGAAGTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAGCTG
AGCATATCAAACAGTACAAGTGCCCTGCATGTAGCAACAAAAGAGCTCGATCTTAAATGT
TCTATTTGTAGAGAGTGTAGCCTGTAGTAAGAAACTCTTACTACCCTCATCTTTATTTGG
CTAGTTCTTAGCTCTTTCTATCCCACCATAACAACTTAGCCCCTATTTCTCATTTGAATT
TGCTGTATAATTAATTGGTTTGTTTCCAG

QA 3 751 3 751
DS 



AS 1 3

CO CL3209Contig1 1132 3 12 U
GGGGTCACCGTCGCCGTCTCCGTCTCCTTAGCCGTTCGAGTCCCTCCTTAACGTTCAGCC
ACGCTACCTACTTCCCTTACTGCAACTCTTTTGTGCATCAGTTTCCATAAGCAAAACTAT
GGCTTTAACGGATGCATCTCAAGACTTGTCGGCAGAGATGGAGGTGGATGCTTTCAGAAG
GCTCTTCCCTCTTCGTTTCTTCGAGCGCCATCTCTCTGAGTCTCTCCGACCTGATGGTAG
ACCTCTTGGCAAAGCCAGAGACACCATTGTCAACCTTGGGCTTGTTTCGTCTGCTGATGG
ATCTGCCCTTTGCCAAAATTGGTTCTACTACTATGATTGCAGCTATAAGAATGGAAGTAA
TGACTCCTTCTTTAGACTCCCCAGACGAAGGGTGCATGGCTGTTGAGTTCCACATGCCGC
CTATATGCTCTCCAACTGTTCGTCCTGGAAGACCAGCTGACGAGGCTCCTGTTATCTCCA
AGCGTTTGTCTGATATTATCTCAAGTTGTGATGTGATTGACCTTAAAGAACTGTGCCTAG
TTAGTGGAAAAGCTGCTTGGATGGGGTATCTGGACATATACTGTCTGGATGCTGATGGAG
CTCTTTTTGATGCTGCTCTGCTTTCTGCTGTTGCTGCCTTTTCGAATTTGCAAATACCAG
TTGTTGCTCTGAACGACA*TGGAAGAATAGTTGCCATCAATGGAGGACAAGAGGAGAATG
CATCGATCAGAGAGAAGGAAGCAGTGAACAAGGAGAAGAGGAAACTGACGCTCAAGAACA
TCCCTTTCTCTTTAACATGCATACTCCACAAGAAGTACATTCTAGCAGATCCGACAGCTG
AAGAAGAATCGATCATGGACACTCTGGTGACTGTTGTTCTGGACTCTTCGGATCAGATTG
TTTCTTTCAATAAATCGGGAGGAAACGCTCTCGCTGGTTCATCAGCCATCAAGAGCTGTG
TGGAGTTAGCAAAGAAGAGAGGTAAGGAGCTGAAGGAGATATTGGGAGAGATGGATATCG
ACTGATTAGAAATCAAGGACAATGTTTATCTTTCCATAACATTATTATGAAATCTAGTGC
TCGTCGTCACCATTTTTTTTAACAATATGTTTTGGTGATCTTATAATGAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB64TF U 1
AF RR1CL76TF U 5
AF RR1CL76JQ C 365
BS 1 310 RR1HB64TF
BS 311 311 RR1CL76TF
BS 312 397 RR1HB64TF
BS 398 398 RR1CL76TF
BS 399 512 RR1HB64TF
BS 513 513 RR1CL76TF
BS 514 645 RR1HB64TF
BS 646 646 RR1CL76TF
BS 647 668 RR1HB64TF
BS 669 669 RR1CL76TF
BS 670 699 RR1HB64TF
BS 700 1132 RR1CL76JQ

RD RR1HB64TF 703 0 0
GGGGTCACCGTCGCCGTCTCCGTCTCCTTAGCCGTTCGAGTCCCTCCTTAACGTTCAGCC
ACGCTACCTACTTCCCTTACTGCAACTCTTTTGTGCATCAGTTTCCATAAGCAAAACTAT
GGCTTTAACGGATGCATCTCAAGACTTGTCGGCAGAGATGGAGGTGGATGCTTTCAGAAG
GCTCTTCCCTCTTCGTTTCTTCGAGCGCCATCTCTCTGAGTCTCTCCGACCTGATGGTAG
ACCTCTTGGCAAAGCCAGAGACACCATTGTCAACCTTGGGCTTGTTTCGTCTGCTGATGG
ATCTGCCCTT*GCCAAAATTGGTTCTACTACTATGATTGCAGCTATAAGAATGGAAGTAA
TGACTCCTTCTTTAGACTCCCCAGACGAAGGGTGCATAGCTGTTGAGTTCCACATGCCGC
CTATATGCTCTCCAACTGTTCGTCCTGGAAGACCAGCTGACGAGGCTCCTGTTATCTCCA
AGCGTTTGTCTGATATTATCTCAAGTTGTGATATGATTGACCTTAAAGAACTGTGCCTAG
TTAGTGGAAAAGCTGCTTGGATGGGGTATCTGGACATATACTGTCTGGATGCTGATGGAG
CTCTTTTTGATGCTGCTCTGCTTTCTGCTGTTGCTGCCTTTTCGA*TTTGCAAATACCAG
TTGTTGCTTTGAACGACA*TGGAAGAATAGTTGCCATCA
ATGG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1CL76TF 705 0 0
GG
ACCGTCGCCGTCTCCGTCTCCTTAGCCGTTCGAGTCCCTCCTTAACGTTCAGCCACGCTA
CCTACTTCCCTTACTGCAACTCTTTTGTGCATCAGTTTCCATAAGCAAAACTATGGCTTT
AACGGATGCATCTCAAGACTTGTCGGCAGAGATGGAGGTGGATGCTTTCAGAAGGCTCTT
CCCTCTTCGTTTCTTCGAGCGCCATCTCTCTGAGTCTCTCCGACCTGATGGTAGACCTCT
TGGCAAAGCCAGAGACACCATTGTCAACCTTGGGCTTGTTTCGTCTGCTGATGGATCTGC
CCTTTGCCAAAATTGGTTCTACTACTATGATTGCAGCTATAAGAATGGAAGTAATGACTC
CTTCTTTAGACTCCCCAGACGAAGGGTGCATGGCTGTTGAGTTCCACATGCCGCCTATAT
GCTCTCCAACTGTTCGTCCTGGAAGACCAGCTGACGAGGCTCCTGTTATCTCCAAGCGTT
TGTCTGATATTATCTCAAGTTGTGATGTGATTGACCTTAAAGAACTGTGCCTAGTTAGTG
GAAAAGCTGCTTGGATGGGGTATCTGGACATATACTGTCTGGATGCTGATGGAGCTCTTT
TTGATGCTGCTCTGCTTTCTGCTGTTGCTGCCTTTTCGAATTTGCAAATACCAGTTGTTG
CTCTGAACGACA*TGGAAGA*TAGTTGCCATCA
TGGAGACAAG

QA 3 695 3 695
DS 

RD RR1CL76JQ 768 0 0
CT
CTTCTTTAGACTCCCCAGACGAAGGGTGCATGGCTGTTGAGTTCCACATGCCGCCTATAT
GCTCTCCAACTGTTCGTCCTGGAAGACCAGCTGACGAGGCTCCTGTTATCTCCAAGCGTT
TGTCTGATATTATCTCAAGTTGTGATGTGATTGACCTTAAAGAACTGTGCCTAGTTAGTG
GAAAAGCTGCTTGGATGGGGTATCTGGACATATACTGTCTGGATGCTGATGGAGCTCTTT
TTGATGCTGCTCTGCTTTCTGCTGTTGCTGCCTTTTCGAATTTGCAAATACCAGTTGTTG
CTCTGAACGACAATGGAAGAATAGTTGCCATCAATGGAGGACAAGAGGAGAATGCATCGA
TCAGAGAGAAGGAAGCAGTGAACAAGGAGAAGAGGAAACTGACGCTCAAGAACATCCCTT
TCTCTTTAACATGCATACTCCACAAGAAGTACATTCTAGCAGATCCGACAGCTGAAGAAG
AATCGATCATGGACACTCTGGTGACTGTTGTTCTGGACTCTTCGGATCAGATTGTTTCTT
TCAATAAATCGGGAGGAAACGCTCTCGCTGGTTCATCAGCCATCAAGAGCTGTGTGGAGT
TAGCAAAGAAGAGAGGTAAGGAGCTGAAGGAGATATTGGGAGAGATGGATATCGACTGAT
TAGAAATCAAGGACAATGTTTATCTTTCCATAACATTATTATGAAATCTAGTGCTCGTCG
TCACCATTTTTTTTAACAATATGTTTTGGTGATCTTATAATGAGTT

QA 3 768 3 768
DS 



AS 1 4

CO CL3210Contig1 666 4 4 U
GCTACACTTTCCTGGGCAGATGACTATGTCGTTCTACAATGCCTTATTTTTTGTTAGTCT
TAACGGGTTTGCCTTCATCACATCTCTATATGTGATCATAGTCCTCATAATTGGACTCCC
CATGTGGAAGCTCATTTATGCTTCAACGGCCGCTTTAAGTACCGCTATGTTGGCATCAAA
CCTAACTATATTCCCGACTCAGTATGACTATTCCGAATATATAATTAGGAACATCGTTAT
CTTGGCATTCCCATTAGTTACTGGAACCATTCTGTTTGCTACTTTCATGGTATTCATTAT
TGACAAACGTCGCCGTCACGGAGTGGACTTCCCGGCAAGCTGCTTCAGCATATCTGATCC
AGCGGATCCTTGCTATTTTTTCCTATTTAGTGGGATTTTCATTACTATTGTTTCGCGTTA
TTTAGGTTTGTTTAAGTGAAGAGGAGGAGCAGTTTTGTAACCTTCAAAACTATGCATGTT
ACTATATGTTTATATATATAGACTCGTTATCTTTCATCATATCAGGGGATAATGACGTAT
ATTTAAGATATATTTGAGGAGATAATTATGTAATTAGTTGGATATACTTGAAAGTCCTAA
GTCGGTAGGCAACATATGTATTATATAAACTCTTGTAAAGTCGTGAATAAGATAAATCTT
TTCCGC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 

AF RR1F530TF U 1
AF RR1EE59JQ C 1
AF RR1F530JQ C 116
AF RR1EE59TF U 1
BS 1 394 RR1F530TF
BS 395 395 RR1EE59TF
BS 396 401 RR1F530TF
BS 402 666 RR1EE59TF

RD RR1F530TF 401 0 0
GCTACACTTTCCTGGGCAGATGACTATGTCGTTCTACAATGCCTTATTTTTTGTTAGTCT
TAACGGGTTTGCCTTCATCACATCTCTATATGTGATCATAGTCCTCATAATTGGACTCCC
CATGTGGAAGCTCATTTATGCTTCAACGGCCGCTTTAAGTACCGCTATGTTGGCATCAAA
CCTAACTATATTCCCGACTCAGTATGACTATTCCGAATATATAATTAGGAACATCGTTAT
CTTGGCATTCCCATTAGTTACTGGAACCATTCTGTTTGCTACTTTCATGGTATTCATTAT
TGACAAACGTCGCCGTCACGGAGTGGACTTCCCGGCAAGCTGCTTCAGCATATCTGATCC
AGCGGATCCTTGCTATTTTTTCCTATTTAGTGGGGTTTTCA

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1EE59JQ 666 0 0
GCTACACTTTCCTGGGCAGATGACTATGTCGTTCTACAATGCCTTATTTTTTGTTAGTCT
TAACGGGTTTGCCTTCATCACATCTCTATATGTGATCATAGTCCTCATAATTGGACTCCC
CATGTGGAAGCTCATTTATGCTTCAACGGCCGCTTTAAGTACCGCTATGTTGGCATCAAA
CCTAACTATATTCCCGACTCAGTATGACTATTCCGAATATATAATTAGGAACATCGTTAT
CTTGGCATTCCCATTAGTTACTGGAACCATTCTGTTTGCTACTTTCATGGTATTCATTAT
TGACAAACGTCGCCGTCACGGAGTGGACTTCCCGGCAAGCTGCTTCAGCATATCTGATCC
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TTTAGGTTTGTTTAAGTGAAGAGGAGGAGCAGTTTTGTAACCTTCAAAACTATGCATGTT
ACTATATGTTTATATATATAGACTCGTTATCTTTCATCATATCAGGGGATAATGACGTAT
ATTTAAGATATATTTGAGGAGATAATTATGTAATTAGTTGGATATACTTGAAAGTCCTAA
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TTCCGC

QA 1 666 1 666
DS 

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TCAAACCTAACTATATTCCCGACTCAGTATGACTATTCCGAATATATAATTAGGAACATC
GTTATCTTGGCATTCCCATTAGTTACTGGAACCATTCTGTTTGCTACTTTCATGGTATTC
ATTATTGACAAACGTCGCCGTCACGGAGTGGACTTCCCGGCAAGCTGCTTCAGCATATCT
GATCCAGCGGATCCTTGCTATTTTTTCCTATTTAGTGGGATTTTCATTACTATTGTTTCG
CGTTATTTAGGTTTGTTTAAGTGAAGAGGAGGAGCAGTTTTGTAACCTTCAAAACTATGC
ATGTTACTATATGTTTATATATATAGACTCGTTATCTTTCATCATATCAGGGGATAATGA
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CCTAAGTCGGTAGGCAACATATGTATTATATAAACTCTTGTAAAGTCGTGAATAAGATAA
ATCTTTTCCGC

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1EE59TF 666 0 0
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TAACGGGTTTGCCTTCATCACATCTCTATATGTGATCATAGTCCTCATAATTGGACTCCC
CATGTGGAAGCTCATTTATGCTTCAACGGCCGCTTTAAGTACCGCTATGTTGGCATCAAA
CCTAACTATATTCCCGACTCAGTATGACTATTCCGAATATATAATTAGGAACATCGTTAT
CTTGGCATTCCCATTAGTTACTGGAACCATTCTGTTTGCTACTTTCATGGTATTCATTAT
TGACAAACGTCGCCGTCACGGAGTGGACTTCCCGGCAAGCTGCTTCAGCATATCTGATCC
AGCGGATCCTTGCTATTTTTTCCTATTTAGTGGGATTTTCATTACTATTGTTTCGCGTTA
TTTAGGTTTGTTTAAGTGAAGAGGAGGAGCAGTTTTGTAACCTTCAAAACTATGCATGTT
ACTATATGTTTATATATATAGACTCGTTATCTTTCATCATATCAGGGGATAATGACGTAT
ATTTAAGATATATTTGAGGAGATAATTATGTAATTAGTTGGATATACTTGAAAGTCCTAA
GTCGGTAGGCAACATATGTATTATATAAACTCTTGTAAAGTCGTGAATAAGATAAATCTT
TTCCGC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 4

CO CL3211Contig1 901 4 14 U
GGGGGGCGAACCGGACCTGGCACTGAGCTGAAAGTCTGAAACAAACAAACAATTGGATTC
CAGAGTTCGTTCACAATTACCACATGGGGGCATCAGATTCAACGCTATTAGGCGGTCAGG
AGAATAGAGGAGGTGGAGATGTGATAACGACCATCTCTCAACGATCCGAGAAAGTGGATC
CCATTCTCGATAATCTTAAATCTCTCACAGTTAGTAGGCCAATATTGAAGTCAGCTGCTC
CGAGGGAAAGTAGCTTAACAGATATATTGGTGAGGAAAGCTTTATCGAGCTCCTCTTCCA
AAGATACGGTGGATCCTCAAATACTTGTTGAGCTTTTCTCCATTTACCGTGAATGGCAAG
ACAGCAAAGCTCAAGATATTACCACCAGACAGGAAGATATAGAAAACAAGATTGAAGTGG
CAGATGCTTTGGCCTCTAAACTTCTACAGAGGTTTAACCACTCCGTTTCTGCTATGAGGA
CTACTTCCCACCATTTATCTCAAGTTCATGGCCTGCAGGTGGAGCTTGGGGAGCTTAAAG
GAAGGTTGACTGAGGTGATCAACAACTGCGATTCATTGTGTAAAAGAATAAATTCTGAGG
GACCTGAATCTCTTAGGTCAACAGTCACTCCCTTTGTTCTTGCACCTCCTGATTCGGTCA
GTAGTAGTACTACTCTCTCTTCTAAACAAGAGCCATAAGAGTCAGTGTCACCATTGATAA
GATTGGCTGTATACTTCTCACTAGTCTTTGACTTTTGCATAAATGCAAGATGATGGCTCT
ATTGTCTTCACGCTTTCAGTACTTGTTTTGTTAGTTTGTTTTCCGATTTGTATAATCGCT
CGTGAACAATAGGAAGCCAGTTGTTGTGACGTAGGAAAATTCATATGTTATTATTCTCTT
T


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1D738TF U 2
AF RR1H564TF U 1
AF RR1H564JQ C 87
AF RR1D738JQ C 62
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RD RR1D738TF 641 0 0
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CATTCTCGATAATCTTAAATCTCTCACAGTTAGTAGGCCAATATTGAAGTCAGCTGCTCC
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AAGGTTGACTGAGGTGATCAACAACTGCGATTCATTGTGTAAAAGAATAAATTCTGAGGG
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CTTGCAC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1H564TF 827 0 0
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CAGAGTTCGTTCACAATTACCACATGGGGGCATCAGATTCAACGCTATTAGGCGGTCAGG
AGAATAGAGGAGGTGGAGATGTGATAACGACCATCTCTCAACGATCCGAGAAAGTGGATC
CCATTCTCGATAATCTTAAATCTCTCACAGTTAGTAGGCCAATATTGAAGTCAGCTGCTC
CGAGGGAAAGTAGCTTAACAGATATATTGGTGAGGAAAGCTTTATCGAGCTCCTCTTCCA
AAGATACGGTGGATCCTCAAATACTTGTTGAGCTTTTCTCCATTTACCGTGAATGGCAAG
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CAGATGCTTTGGCCTCTAAACTTCTACAGAGGTTTAACCACTCCGTTTCTGCTATGAGGA
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GTAGTAGTACTACTCTCTCTTCTAAACAAGAGCCATAAGAGTCAGTGTCAC*ATTGATAA
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AT*GTCT*CACGCTTTCAGTACTTGTTTT*TTAGTTTGTTT
CCGATT

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1H564JQ 758 0 0
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ACGACCATCTCTCAACGATCCGAGAAAGTGGATCCCATTCTCGATAATCTTAAATCTCTC
ACAGTTAGTAGGCCAATATTGAAGTCAGCTGCTCCGAGGGAAAGTAGCTTAACAGATATA
TTGGTGAGGAAAGCTTTATCGAGCTCCTCTTCCAAAGATACGGTGGATCCTCAAATACTT
GTTGAGCTTTTCTCCATTTACCGTGAATGGCAAGACAGCAAAGCTCAAGATATTACCACC
AGACAGGAAGATATAGAAAACAAGATTGAAGTGGCAGATGCTTTGGCCTCTAAACTTCTA
CAGAGGTTTAACCACTCCGTTTTTGCTATGAGGACTACTTCCCACCATTTATCTCAAGTT
CATGGCCTGCAGGTGGAGCTTGGGGAGCTTAAAGGAAGGTTGACTGAGGTGATCAACAAC
TGCGATTCATTGTGTAAAAGAATAAATTTTGAGGGACCTGAATCTCTTAGGTCAACAGTC
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TTTGTTAGTTTGTTTTCCGATTTGTATAATCGCTCGTG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1D738JQ 840 0 0
CCAGAGTCGTTCAC
ATTACCACATGGGG*CATCAGATTCAACGCTATTAGGCGGTCAGGAGAATAGAGGAGGTG
GAGATGTGATAACGACCATCTCTCAACGATCCGAGAAAGTGGATCCCATTCTCGATAATC
TTAAATCTCTCACAGTTAGTAGGCCAATATTGAAGTCAGCTGCTCCGAGGGAAAGTAGCT
TAACAGATATATTGGTGAGGAAAGCTTTATCGAGCTCCTCTTCCAA***TACGGTGGATC
CTCAAATACTTGTTGAGCTTTTCTCCATTTACCGTGAATGGCAAGACAGCAAAGCTCAAG
ATATTACCACCAGACAGGAAGATATAGAAAACAAGATTGAAGTGGCAGATGCTTTGGCCT
CTAAACTTCTACAGAGGTTTAACCACTCCGTTTCTGCTATGAGGACTACTTCCCACCATT
TATCTCAAGTTCATGGCCTGCAGGTGGAGCTTGGGGAGCTTAAAGGAAGGTTGACTGAGG
TGATCAACAACTGCGATTCATTGTGTAAAAGAATAAATTCTGAGGGACCTGAATCTCTTA
GGTCAACAGTCACTCCCTTT***CTTGCACCTCCTGATTCGGTCAGTAGTAGTACTACTC
TCTCTTCTAAACAAGAGCCATAAGAGTCAGTGTCACCATTGATAAGATTGGCTGTATACT
TCTCACTAGTCTTTGACTTTTGCATAAATGCAAGATGATGGCTCTATTGTCTTCACGCTT
TCAGTACTTGTTTTGTTAGTTTGTTTTCCGATTTGTATAATCGCTCGTGAACAATAGGAA
GCCAGTTGTTGTGACGTAGGAAAATTCATATGTTATTATTCTCTTT

QA 15 840 15 840
DS 



AS 1 3

CO CL3212Contig1 774 3 6 U
AATTAAATCTTGTTTACAACCCCTTGTTGAAGAAGGGGTCATTAGTGTTTTCCATTCGTT
ACCTATAAAGTTAAAGAACATATAAGCAATGGAAAGCTATGTTTATATAGCTAATAAACA
TTAATGCTATCAAAGTATATAGTTTCTAAATAATGACATGTCACAGAGAGTACAATACGC
CTTCTTCGCTTGGATTTTAATTTTTAAGACAAACCCTGCTGGGACTCTTAGATGCAGGGA
TCATTTCATAGCTAGACACAACCTTGGTCCGTCATAGCTTGAGCTATATTCAAAAATGCT
GCAATTGTTGCTCCGTGTAGAAGAGCCTCAGGACTCTCTTTCTGATAACCGAAATCATTA
GCTGCTTTGAGAGCTTTCTCATAAGTCTGCTTCAGTGCTTCCTGTAATCTAGACTCAAAA
TCTTCTGCTGACCATTGCATTGAATTAGATTCACGGAGTTCTTCAATTTCTCCGGCAGCA
ACTCCTCCAGCTCCAGCAGCAATGGCAGGAGCAATCAGAACATTCGCCTTTCTGAAAACA
TCAACTGCTTCAGCTGTACACGGCATGTTTGAACCTTCTACCAGTAAGCGACAGCCTGCA
TTGACCAGATTAATAGCATCTGCTTGATCAACTTCATTCTGAGAAGCACAGGGGAACGCC
ACGTCACACCTTTCATTCCACGGCTTTACTTCATCAAAGTATTTGGCCCTCGCATACGTC
TTTGAATAGTCTCTCAGACTTCTATGTTGGGATTTTATATCTCTCAAGAAGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1CL57JQ U 1
AF RR1H275JQ U 105
AF RR1H275TF C 105
BS 1 276 RR1CL57JQ
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BS 448 448 RR1H275JQ
BS 449 736 RR1CL57JQ
BS 737 774 RR1H275JQ

RD RR1CL57JQ 736 0 0
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ACCTATAAAGTTAAAGAACATATAAGCAATGGAAAGCTATGTTTATATAGCTAATAAACA
TTAATGCTATCAAAGTATATAGTTTCTAAATAATGACATGTCACAGAGAGTACAATACGC
CTTCTTCGCTTGGATTTTAATTTTTAAGACAAACCCTGCTGGGACTCTTAGATGCAGGGA
TCATTTCATAGCTAGACACAACCTTGGTCCGTCATAACTTGAGCTATATTCAAAAATGCT
GCAATTGTTGCTCCGTGTAGAAGAGCCTCAGGACTCTCTTTCTGATAACCGAAATCATTA
GCTGCTTTGAGAGCTTTCTCATAAGTCTGCTTCAGTGCTTCCTGTAATCTAGACTCAAAA
TCTTCTGCTGACCATTGCATTGAATTAAATTCACGGAGTTCTTCAATTTCTCCGGCAGCA
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TCAACTGCTTCAGCTGTACACGGCATGTTTGAACCTTCTACCAGTAAGCGACAGCCTGCA
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TTTGAATAGTCTCTCA

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DS 

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ATAACCGAAATCATTAGCTGCTTTGAGAGCTTTCTCATAAGTCTGCTTCAGTGCTTCCTG
TAATCTAGACTCAAAATCTTCTGCTGACCATTGCATTGAATTAGATTCACGGAGTTCTTC
AATTTCTCCGGCAGCAACTCCTCCAGCTCCAGCAGCAATGGCAGGAGCAATCAGAACATT
CGCCTTTCTGAAAACATCAACTGCTTCAGCTGTACACGGCATGTTTGAACCTTCTACCAG
TAAGCGACAGCCTGCATTGACCAGATTAATAGCATCTGCTTGATCAACTTCATTCTGAGA
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CAAGAAGGCC

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DS 

RD RR1H275TF 670 0 0
ATATAGCTAATAAACATTAATGCTATCAAAGTATATAGTTTCTAAATAATGACATGTCAC
AGAGAGTACAATACGCTTTCTTCGCTTGGATTTTAATTTTTAAGACAAACCCTGCTGGGA
CTCTTAGATGCAGGGATCATTTCATAGCTAGACACAACCTTGGTCCGTCATAGCTTGAGC
TATATTCAAAAATGCTGCAATTGTTGCTCCGTGTAGAAGAGCCTCAGGACTCTCTTTCTG
ATAACCGAAATCATTAGCTGCTTTGAGAGCTTTCTCATAAGTCTGCTTCAGTGCTTCCTG
TAATCTAGACTCAAAATCTTCTGCTGACCATTGCATTGAATTAGATTCACGGAGTTCTTC
AATTTCTCCGGCAGCAACTCCTCCAGCTCCAGCAGCAATGGCAGGAGCAATCAGAACATT
CGCCTTTCTGAAAACATCAACTGCTTCAGCTGTACACGGCATGTTTGAACCTTCTACCAG
TAAGCGACAGCCTGCATTGACCAGATTAATAGCATCTGCTTGATCAACTTCATTCTGAGA
AGCACAGGGGAACGCCACGTCACACCTTTCATTCCACGGCTTTACTTCATCAAAGTATTT
GGCCCTCGCATACGTCTTTGAATAGTCTCTCAGACTTCTATGTTGGGATTTTATATCTCT
CAAGAAGGC
C

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 3

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AGATTAAAAAAAATACTTATATATCAATCCTATAGGAAACCTTATTGTTCTTCCTTAGGT
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ACATACTCCACAGCTTCTTCTAACATGTCTGCAGTGTTGGTTTGCTTATCCATGTTAGGA
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TCAAGAAACTTATCCATGTTGATATCCACCATTCCTGACACACCACCACTCATTTGCTCT
TCTTTCATCTGAGAAGAGAAGTGAGCTTCAATTTCCCTCGACCGTTTACTCGCCGCAGCA
ATGTCAACGTTCGGCGTCAAGTAATCGTAATTCGCCGGAATCCCAAAATTTGAGAAATAC
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AATGAGTCACGAGTCGTTACTCCGGCAAGAAGCTCAGTCAAACAGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AJ69JQ U 1
AF RR1AJ69TF C 1
AF RR1E464JQ U 1
BS 1 671 RR1AJ69JQ
BS 672 766 RR1E464JQ

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TCTTTCATCTGAGAAGAGAAGTGAGCTTCAATTTCCCTCGACCGTTTACTCGCCGCAGCA
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AAGCCACCGCC
C

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DS 

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AGATTAAAAAAAATACTTATATATCAATCCTATAGGAAACCTTATTGTTCTTCCTTAGGT
TTGCAAATGCACCTCCCCTGCTGCTCTGTCAACTCCTGGATCTTGCTTTGAAGAGCTTTC
ACATACTCCACAGCTTCTTCTAACATGTCTGCAGTGTTGGTTTGCTTATCCATGTTAGGA
ACAAGTTCTTGCAGCTTCCTGATCCGATCACTAATTCGCGTTCTCCTCACCCGTTCAGCA
ATGCTACGAGGATGAGTTGCACAACCACGTTTAGCACGAACCCTACAAGGAACCGAGTCC
TCAAGAAACTTATCCATGTTGATATCCACCATTCCTGACACACCACCACTCATTTGCTCT
TCTTTCATCTGAGAAGAGAAGTGAGCTTCAATTTCCCTCGACCGTTTACTCGCCGCAGCA
ATGTCAACGTTCGGCGTCAAGTAATCGTAATTCGCCGGAATCCCAAAATTTGAGAAATAC
CCATCGCTCCCAGCGCCAGAGCCACTGAGAAAATCGGCCGGAGTGCTATTTTGACGGTGA
AAGCCACCGCC
C

QA 1 671 1 671
DS 

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AGATTAAAAAAAATACTTATATATCAATCCTATAGGAAACCTTATTGTTCTTCCTTAGGT
TTGCAAATGCACCTCCTCTGCTGCTCTGTCAACTCCTGGATCTTGCTTTGAAGAGCTTTC
ACATACTCCACAGCTTCTTCTAACATGTCTGCAGTGTTGGTTTGCTTATCCATGTTAGGA
ACAAGTTCTTGCAGCTTCCTGATCCGATCACTAATTCGCGTTCTCCTCACCCGTTCAGCA
ATGCTACGAGGATGAGTTGCACAACCACGTTTAGCACGAACCCTACAAGGAACCGAGTCC
TCAAGAAACTTATCCATGTTGATATT*ACCATTCCTGACACACCACCACTCATTTGCTCT
TCTTTCATCTGAGAAGAGAAGTGAGCTTCAATTTCCCTCGACCGTTTACTCGCCGCAGCA
ATGTCAACGTTCGGCGTCAAGTAATCGTAATTCGCCGGAATCCCAAAATTTGAGAAATAC
CCATCGCTCCCAGCTCCAGAGCCACTGAGAAAATCGGCCGGAGTGCTATTTTGACGGTGA
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AATGAGTCACGAGTCGTTACTCCGGCAAGAAGCTCAGTCAAACAGA

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 4

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GGCGCAGTCACTTCGATAGTTCAAGTCCTTAGAGCTGGAACCATGGAAGCTAGAGAAAAC
GCTGCGGCCACACTCTTTAGCCTTTCGTTAGCTGATGAGAACAAGATCATAATAGGCGGA
TCCGGCGCCATACCTGCCTTGGTTGACCTGCTCGAGAACGGGACTCCTAGAGGGAAGAAA
GACGCAGCGACCGCGTTGTTCAACCTCTGCATTTATCAGGGAAACAAAGGCAGAGCGGTT
AGAGCCGGTATAGTGCCTGCTTTGGTTAAAATGCTGAGTGACTCGAGCAGCCACAGGATG
GTCGATGAAGCTTTGACTATACTCTCGGTTCTTGCGAGTAACCTAGACGCGAAAGCAGCG
ATTGTTAAAGCGAATACTTTGCCTGCATTGATAGGTATTCTCCAGACGGGTCAAGCTAGA
AACAGAGAGAACGCAGCAGCGATATTGCTTTCGCTGTGTAAGAGAGACAATGAGAAACTG
GTCTCGATAGGTAGACTCGGTGCGGTTGTGCCGTTGATGGATCTGTCGAAGAACGGAACA
GAGAGAGGCAAGAGGAAAGCTACGTCATTGTTAGAGCTTCTACGCAAAGCATGCCAATAA
TAATTATTAGTGGTCTCTGACAAAATAAAAATAAGGTTCGTCAAGCTCTCATTTTTTTTA
TGAAAAGTTTGCTGGCTATTTATTCAATTATTATTATGTTAATATTTTGTTTCAATTGAT
TTGATTTTTTTGGATATTAATTCCATTTGTGGAATCGAATCTTGAGATGGTGAGCTAAAA
GGGGTTTCGAGAATCGAACTTTTTTTCGCTTGCTGTGTATTTGTTTGGTTATACTATTTG
TAATAAAATTTGGGAATAATTACTAATAAGCATTGAATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN13TF U 1
AF RR1C184TF U 169
AF RR1AN13JQ C 170
AF RR1C184JQ C 272
BS 1 310 RR1AN13TF
BS 311 311 RR1C184TF
BS 312 735 RR1AN13TF
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BS 834 834 RR1C184JQ
BS 835 1000 RR1AN13JQ

RD RR1AN13TF 735 0 0
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ATCACTTGCGTTCTCAACCTCTCTATATATGACAACAACAAGGAGCTGATAATGTTTGCT
GGCGCAGTCACTTCGATAGTTCAAGTCCTTAGAGCTGGAACCATGGAAGCTAGAGAAAAC
GCTGCGGCCACACTCTTTAGCCTTTCGTTAGCTGATGAGAACAAGATCATAATAGGCGGA
TCCGGCGCCATACCTGCCTTGGTTGACCTGCTCGAGAACGGGACTCCTAGAGGGAAGAAA
GACGCAGCGATCGCGTTGTTCAACCTCTGCATTTATCAGGGAAACAAAGGCAGAGCGGTT
AGAGCCGGTATAGTGCCTGCTTTGGTTAAAATGCTGAGTGACTCGAGCAGCCACAGGATG
GTCGATGAAGCTTTGACTATACTCTCGGTTCTTGCGAGTAACCTAGACGCGAAAGCAGCG
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TAATTATTAGTGGTC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1C184TF 583 0 0
G
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TCCACAGGATGGTCGATGAAGCTTTGACTATACTCTCGGTTCTTGCGAGTAACCTAGACG
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QA 2 583 2 583
DS 

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TAATAGGCGGATCCGGCGCCATACCTGCCTTGGTTGACCTGCTCGAGAACGGGACTCCTA
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CGAAAGCAGCGATTGTTAAAGCGAATACTTTGCCTGCATTGATAGGTATTCTCCAGACGG
GTCAAGCTAGAAACAGAGAGAACGCAGCAGCGATATTGCTTTCGCTGTGTAAGAGAGACA
ATGAGAAACTGGTCTCGATAGGTAGACTCGGTGCGGTTGTGCCGTTGATGGATCTGTCGA
AGAACGGAACAGAGAGAGGCAAGAGGAAAGCTACGTCATTGTTAGAGCTTTTACGCAAAG
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CATTTTTTTTATGAAAAGTTTGCTGGCTATTTATTCAATTATTATTATGTTAATATTTTG
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GTGAGCTAAAAGGGGTTTCGAGAATCGAACTTTTTTTCGCTTGCTGTGTATTTGTTTGGT
TATACTATTTGTAATAAAATTTGGGAATAATTACTAATAAGCATTGAATTG

QA 1 831 1 831
DS 

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GCTGTGTATTTGTTTGGTTATACTATTTGTAATAAAATTTGGGAATAATTACT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR1E468JQ C 1
AF RR1E468TF U 1
AF RR1GA69TF U 112
BS 1 543 RR1E468TF
BS 544 592 RR1GA69TF

RD RR1E468JQ 543 0 0
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GTT

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1E468TF 543 0 0
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TTACTCATCGCGGAGATGGCGTTTTTGCTTAAAAACAACTCGATTTCATCTCACCTCCGA
TCTTACCCCCAGAAGAAGGATGGTGGAGCTCTAGGTCAATCCCGTCGGGGATTCCATGTG
GAGCTAGGAGCTCGCGAGAAAGATCTTTTGGCTGAGAACGATGCATTGAGGAGATTCAAG
TCGCATAAGAAAGGAGTGCGTCAATTGAAAAGAATTGGAGATGTCATCACTGCTGTCGTT
GTTGCTGGGTGCTGCTATGAGATCTATACGAGAGCAACGGTTAAAAAGGAAGCTTAGGCT
GCTGCTTGAGGAAGCTCATGTGTCCTCTCCTTTCGCTTTTATCATCAATCTTCCCTTTTC
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GAATAATCGAAAAGTATTTGGTTGTTTTCGAGAAATGGAATAAACCAGAAAGACTCGTTT
GTT

QA 1 543 1 543
DS 

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G
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ACTCGTTTGTTGAGCTCGTAAACTTGAATGATTCGTCAAATGTTATTTCTATTATCGCTT

QA 2 481 2 481
DS 



AS 1 3

CO CL3216Contig1 742 3 2 U
GGATCCCTCAAAACCATTTCGAAATCATTTTAGTTTGAGAGAGAGAATACAGACGACACC
AAGTTTCTTTCGATCTCCTCGCCGCAGATCAAATTCTCCTATTCCTCGGATAAACCTCTC
CTTCTGCGGCGGCGATGAAAAAAGAACAAACCTCCCAAACAACAACAAAAGTTTCAACCT
TTTATTGTCTGTTCCATCTCTCTCTCTCTCTTTCAAGAAACCACATATTTCGATAAACAT
GGCTCGTTCTCTCTCTAACGTTAAGATGGTATCTGCTTTCGTCTCTCAAGAACTCTCTAA
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AGCCGTTGTTTCGGCGGTAGTGAAGAAGGGAGTGGAAGAATCGAACCAGAAGATTGCTTG
GATTCCAGACCCCAAAACCGGTTATTACAGACCGGAAACCGGTTCCAACGAGATTGACCC
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TAATAGAGAAGCCTTCTTGGCTTTTCTATTTTGTAACAAAAGATCGTTGGATGTTTATGT
ATTTATCCATAATATAGTTTTA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

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C

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DS 



AS 1 4

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D309TF U 1
AF RR1D108TF U 553
AF RR1D309JQ C 480
AF RR1D108JQ C 598
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RD RR1D309TF 746 0 0
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CTTGGAATCCATTGCTTCTTCAGCTG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1D108TF 651 0 0
G
CTAGATGGAAGTGATGCAATTCTTCTTGGTGCTGAGACCCTTCGCGGGTTGTACCCTGTT
GAGACAATATCAACTGTCGGCAGGATCTGTGCTGAGGCAGAGAAGGTTTTCAATCAAGAT
TTGTACTTCAAGAGAACTGTCAAGTATGTAGGAGAACCGATGTCTCACTTGGAATCCATT
GCTTCTTCAGCTGTACGGGCAGCAATCAAGGTTAAGGCATCTGTCATTATATGCTTTACC
TCTTCTGGAAGAGCAGCAAGGTTGATTGCCAAATACAGGCCAACAATGCCCGTTATTTCT
TTTGTCATTCCCCGGGTTAAGACAAATCAGCTGAAATGGAGCTTTAGTGGAGCCTTCGAG
GCGAGGCAGTCACTTATTGTCAGAGGCCTTTTCCCCATGCTCGCTGATCCTCGTCACCCA
GCGGAATCGACAAGTGCGACGAACGAGTCAGTCCTGAAGGTTGCGCTAGACCACGGGAAG
CAAGCAGGAGTGATCAAATCGCATGACAGAGTAGTGGTGTGTCAGAAAGTTGGTGATGCA
TCTGTGGTGAAGATCATCGAGCTAGAGGATTAACAAAATTGGGAGAAAAAAA**CAAATT
GCTATATTTTTCTTACTTCGAGGCAGTGCCAGGAGTGAGTATATTTATCT

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR1D309JQ 821 0 0
CCCGTGTTGTTGATAGTATGACTGACAACTTGCGACCAACTCGTGCAGAGGCAACAGATG
TTGCTAATGCTGTTCTAGATGGAAGTGATGCAATTCTTCTTGGTGCTGAGACCCTTCGCG
GGTTGTACCCTGTTGAGACAATATCAACTGTCGGCAGGATCTGTGCTGAGGCAGAGAAGG
TTTTCAATCAAGATTTGTACTTCAAGAGAACTGTCAAGTATGTAGGAGAACCGATGTCTC
ACTTGGAATCCATTGCTTCTTCAGCTGTACGGGCAGCAATCAAGGTTAAGGCATCTGTCA
TTATATGCTTTACCTCTTCTGGAAGAGCAGCAAGGTTGATTGCCAAATACAGGCCAACAA
TGCCCGTTATTTCTGTTGTCATTCCCCGGGTTAAGACAAATCAGCTGAAATGGAGCTTTA
GTGGAGCCTTCGAGGCGAGGCAGTCACTTATTGTCAGAGGCCTTTTCCCCATGCTCGCTG
ATCCTCGTCACCCAGCGGAATCGACAAGTGCGACGAACGAGTCAGTCCTGAAGGTTGCGC
TAGACCACGGGAAGCAAGCAGGAGTGATCAAATCGCATGACAGAGTAGTGGTGTGTCAGA
AAGTTGGTGATGCATCTGTGGTGAAGATCATCGAGCTAGAGGATTAACAAAATTGGGAGA
AAAAAAAACAAATTGCTATATTTTTCTTACTTCGAGGCAGTGCCAGGAGTGAGTATATTT
ATCTACGGAACTTTTGGTTTTCGAGATTTGATGTCTCTAATTATTCCCCTTCTTATTCCA
TCGGTATACGTTTAGCTACGGTAAAAGAGTTCACAATGTC
C

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1D108JQ 818 0 0
CGGGTTGTACCCTGTTGAGACAATATCAACTGTCGGCAGGATCTGTGCTGAGGCAGAGAA
GGTTTTCAATCAAGATTTGTACTTCAAGAGAACTGTCAAGTATGTAGGAGAACCGATGTC
TCACTTGGAATCCATTGCTTCTTCAGCTGTACGGGCAGCAATCAAGGTTAAGGCATCTGT
CATTATATGCTTTACCTCTTCTGGAAGAGCAGCAAGGTTGATTGCCAAATACAGGCCAAC
AATGCCCGTTATTTCTTTTGTCATTCCCCGGGTTAAGACAAATCAGCTGAAATGGAGCTT
TAGTGGAGCCTTCGAGGCGAGGCAGTCACTTATTGTCAGAGGCCTTTTCCCCATGCTCGC
TGATCCTCGTCACCCAGCGGAATCGACAAGTGCGACGAACGAGTCAGTCCTGAAGGTTGC
GCTAGACCACGGGAAGCAAGCAGGAGTGATCAAATCGCATGACAGAGTAGTGGTGTGTCA
GAAAGTTGGTGATGCATCTGTGGTGAAGATCATCGAGCTAGAGGATTAACAAAATTGGGA
GAAAAAAAA*CAAATTGCTATATTTTTCTTACTTCGAGGCAGTGCCAGGAGTGAGTATAT
TTATCTACGGAACTTTTGGTTTTCGAGATTTGATGTCTCTAATTATTCCCCTTCTTATTC
CATCGGTATACGTTTAGCTACGGTAAAAGAGTTCACAATGTCTAGCAAATGATTCAATAA
GCTGTAACATCATTACGTTTTGATGTTACAAAACATAATCCCCTATATTGATCGTTAGTT
TGTGGCTCTGCATTTTGATATATATAGATAATGACTGC

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 4

CO CL3218Contig1 974 4 2 U
GGACTGGCTCTGCTGTGTCTCAATCTCCGTTGGAGATGATGAATGGTTTGTCTCCGCTTG
CCTACTCTTCAGGTGTTTCGACAAGGCCCGTCTCTCCGATGGGTAATAACAGTGTTGCTT
CCTCTCCAAGAAACGGGTCATGGCAGAACAGAGTTAATTCTCTGTCTCCACCTACTCTTC
AGCTCAATGGTGGAAGTAGATTGAAGTCTACACTGAGTGCTAGAGATCTTGATATCGATA
TGGAGATGGAGCTGAGACTTAGAGGTTTCAACAATGTAGAAGAGAGTTTTGGGTCTTATG
TCTCCTCCCCAAGTAGGAACTCTCAGATGGGTCAGAACATGAACCAGCATTACCCTTCTT
CCCCGGTAAGGCAACAGCCTCCTCCTCACCACTTTGACTCTTCAGCGGCTGTGGCAGCTG
CAGTGATGAACGCAAGATCATCTGCGTTTGCTAAACGCAGCTTGAGTTTCAAACCTCAAG
TAGCATCATCACCATCGAATCTTTCCGATTGGGGATCACCTAGTGGGAAGCTGGACTGGG
GAGTGCAAGGAGATGAGCTGAGTAAGATGAGAAGAAGTGTTTCATTTGGAATCCGTGGAG
ACAACAACAGTAACAATGCAGGGAGAGATTATAGGAACGAGCCAGATGTTTCGTGGGTTA
ACTCTTTGGTTAAAGACAGTGTTGTGTCCGAGAGAGGCTTTGGGATGAATGAGAGGGTGA
GGATAATGTCTTGGGCTGAGCAGATGTACAGAGAGAAGGAGCAGACTGTTGTGTAAACAC
ACACACACGCAGAAACTTGTTTATTCTTTAATCTTTTGTTACTTTTTAATTGTTTCTGTT
AGTATATGATTTGTAGTCACTATGAGAAAGATAACTGGGCTAATAGCTTATTAGTCTCTA
TATTGGTCATTTTTTCTTGTAATTCCAAACTATGAAATGGTCTTAGCAATAATAAACAGA
CATTACTTCCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW27TF U 129
AF RR1A501TF U 1
AF RR1DW27JQ C 176
AF RR1A501JQ C 104
BS 1 617 RR1A501TF
BS 618 974 RR1A501JQ

RD RR1DW27TF 277 0 0
G
GAAACGGGTCATGGCAGAACAGAGTTAATTCTCTGTCTCCACCTACTCTTCAGCTCAATG
GTGGAAGTAGATTGAAGTCTACACTGAGTGCTAGAGATCTTGATATCGATATGGAGATGG
AGCTGAGACTTAGAGGTTTCAACAATGTAGAAGAGAGTTTTGGGTCTTATGTCTCCTCCC
CAAGTAGGAACTCTCAGATGGGTCAGAACATGAACCAGCATTACCCTTCTTCCCCGG*AA
GGCAACAGCCTCCTCCTCACCACTTTGACTCTTCAG

QA 2 277 2 277
DS 

RD RR1A501TF 617 0 0
GGACTGGCTCTGCTGTGTCTCAATCTCCGTTGGAGATGATGAATGGTTTGTCTCCGCTTG
CCTACTCTTCAGGTGTTTCGACAAGGCCCGTCTCTCCGATGGGTAATAACAGTGTTGCTT
CCTCTCCAAGAAACGGGTCATGGCAGAACAGAGTTAATTCTCTGTCTCCACCTACTCTTC
AGCTCAATGGTGGAAGTAGATTGAAGTCTACACTGAGTGCTAGAGATCTTGATATCGATA
TGGAGATGGAGCTGAGACTTAGAGGTTTCAACAATGTAGAAGAGAGTTTTGGGTCTTATG
TCTCCTCCCCAAGTAGGAACTCTCAGATGGGTCAGAACATGAACCAGCATTACCCTTCTT
CCCCGGTAAGGCAACAGCCTCCTCCTCACCACTTTGACTCTTCAGCGGCTGTGGCAGCTG
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TAGCATCATCACCATCGAATCTTTCCGATTGGGGATCACCTAGTGGGAAGCTGGACTGGG
GAGTGCAAGGAGATGAGCTGAGTAAGATGAGAAGAAGTGTTTCATTTGGAATCCGTGGAG
ACAACAACAGTAACAAT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1DW27JQ 731 0 0
TCTTCAGCTCAATGGTGGAAGTAGATTGAAGTCTACACTGAGTGCTAGAGATCTTGATAT
CGATATGGAGATGGAGCTGAGACTTAGAGGTTTCAACAATGTAGAAGAGAGTTTTGGGTC
TTATGTCTCCTCCCCAAGTAGGAACTCTCAGATGGGTCAGAACATGAACCAGCATTACCC
TTCTTCCCCGGTAAGGCAACAGCCTCCTCCTCACCACTTTGACTCTTCAGCGGCTGTGGC
AGCTGCAGTGATGAACGCAAGATCATCTGCGTTTGCTAAACGCAGCTTGAGTTTCAAACC
TCAAGTAGCATCATCACCATCGAATCTTTCCGATTGGGGATCACCTAGTGGGAAGCTGGA
CTGGGGAGTGCAAGGAGATGAGCTGAGTAAGATGAGAAGAAGTGTTTCATTTGGAATCCG
TGGAGACAACAACAGTAACAATGCAGGGAGAGATTATAGGAACGATCCAGATGTTTCGTG
GGTTAACTCTTTGGTTAAAGACAGTGTTGTGTCTGAGAGAGGCTTTGGGATGAATGAGAG
GGTGAGGATAATGTCTTGGGCTGAGCAGATGTACAGAGAGAAGGAGCAGACTGTTGTGTA
AACACACACACACGCAGAAACTTGTTTATTCTTTAATCTTTTGTTACTTTTTAATTGTTT
CTGTTAGTATATGATTTGTAGTCACTATGAGAAAGATAACTGGGCTAATAGCTTATTAGT
CTCTATATTGG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1A501JQ 871 0 0
TAATAACAGTGTTGCTTCCTCTCCAAGAAACGGGTCATGGCAGAACAGAGTTAATTCTCT
GTCTCCACCTACTCTTCAGCTCAATGGTGGAAGTAGATTGAAGTCTACACTGAGTGCTAG
AGATCTTGATATCGATATGGAGATGGAGCTGAGACTTAGAGGTTTCAACAATGTAGAAGA
GAGTTTTGGGTCTTATGTCTCCTCCCCAAGTAGGAACTCTCAGATGGGTCAGAACATGAA
CCAGCATTACCCTTCTTCCCCGGTAAGGCAACAGCCTCCTCCTCACCACTTTGACTCTTC
AGCGGCTGTGGCAGCTGCAGTGATGAACGCAAGATCATCTGCGTTTGCTAAACGCAGCTT
GAGTTTCAAACCTCAAGTAGCATCATCACCATCGAATCTTTCCGATTGGGGATCACCTAG
TGGGAAGCTGGACTGGGGAGTGCAAGGAGATGAGCTGAGTAAGATGAGAAGAAGTGTTTC
ATTTGGAATCCGTGGAGACAACAACAGTAACAATGCAGGGAGAGATTATAGGAACGAGCC
AGATGTTTCGTGGGTTAACTCTTTGGTTAAAGACAGTGTTGTGTCCGAGAGAGGCTTTGG
GATGAATGAGAGGGTGAGGATAATGTCTTGGGCTGAGCAGATGTACAGAGAGAAGGAGCA
GACTGTTGTGTAAACACACACACACGCAGAAACTTGTTTATTCTTTAATCTTTTGTTACT
TTTTAATTGTTTCTGTTAGTATATGATTTGTAGTCACTATGAGAAAGATAACTGGGCTAA
TAGCTTATTAGTCTCTATATTGGTCATTTTTTCTTGTAATTCCAAACTATGAAATGGTCT
TAGCAATAATAAACAGACATTACTTCCTTTC

QA 1 871 1 871
DS 



AS 1 4

CO CL3219Contig1 765 4 4 U
GCGATTATTTCTTATGAGATAAATTTAAATTTAAAAGAGTTAAATATTATATCCAAAATA
TTAAAGAAAAAACAAAAAGAGAAAAAAAAATCGGTTACATAAGAAACAAAAAAAAAAATA
CAATAAAAAACAAGTTTTCTCTTACTCTTCCGAATCTTCTCAACCTTCTTGTCTCTTTCG
CTCGCTCAATTGTTAAACAACACACACAAAAAAACTGGCATCATCATCACCACCACCATG
AGGAGTTCACTCCCTCCTGTCCATGAAACTCCTCTTCACACAACTCTTTTGACACTCTGC
TGAACTGGTGATTAGTGGTTTAGGTTCATCCTCTCGCTGAACTGACCTAGATATCTCATC
GAGGAAAGTTCCAGATACTTTAGGTATGAAATCAGAGATCAAAACGAGTTTCGATTCAAT
ATCAAGGTCGCCGGATGGTTGTAGCAGGAAAAGTACGAGCTCCGAAAGGAATCGAGAAGA
AGAAGAAGATTCATTATCTGAAGCTGACGAAAAAAAAAGTAAGCCGTGAGAAGAGATGGC
TGATACAACACTCTGTAACTTCTCCAATCGCCTTAGCTTCTCCAAACGAGTAGTAGGTAG
AAAATTCACCTCGCCCAAAGCATCTCCGCTAACTTCCTGTGAGAGCCTCTTGTCGTAAAA
AGCACGGAGCTTCTGGTCGTCATCGATCTCAAGCTTCTTCAGGCAACCAGTAGTCGGATT
CGCGACGTTGAACTTCATCTTCTCCGATAGAAACTGTCACTACCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EF20JQ U 1
AF RR1EF20TF C 1
AF RR1BH82TF C 13
AF RR1BH82JQ U 16
BS 1 228 RR1EF20JQ
BS 229 229 RR1BH82JQ
BS 230 293 RR1EF20JQ
BS 294 765 RR1BH82JQ

RD RR1EF20JQ 305 0 0
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TTAAAGAAAAAACAAAAAGAGAAAAAAAAATCGGTTACATAAGAAACAAAAAAAAAAATA
CAATAAAAAACAAGTTTTCTCTTACTCTTCCGAATCTTCTCAACCTTCTTGTCTCTTTCG
CTCGCTCAATTGTTAAACAACACACACAAAAAAACTGGCATCATCATCGCCACCACCATG
AGGAGTTCACTCCCTCCTGTCCATGAAACTCCTCTTCACACAACTCTTTTGAC
TCTGCTGAACTC

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR1EF20TF 305 0 0
GCGATTATTTCTTATGAGATAAATTTAAATTTAAAAGAGTTAAATATTATATCCAAAATA
TTAAAGAAAAAACAAAAAGAGAAAAAAAAATCGGTTACATAAGAAACAAAAAAAAAAATA
CAATAAAAAACAAGTTTTCTCTTACTCTTCCGAATCTTCTCAACCTTCTTGTCTCTTTCG
CTCGCTCAATTGTTAAACAACACACACAAAAAAACTGGCATCATCATCGCCACCACCATG
AGGAGTTCACTCCCTCCTGTCCATGAAACTCCTCTTCACACAACTCTTTTGAC
TCTGCTGAACTC

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR1BH82TF 753 0 0
TTTGC
GATAAATTTAAATTTAAAAGAGTTAAATATTATATCCAAAATATTAAAGAAAAAACAAAA
AGAGAAAAAAAAATCGGTTACATAAGAAACAAAAAAAAA**TACGATAAAAAACAAGTTT
TCTCTTACTCTTCCGAATCTTCTCAACCTTCTTGTCTCTTTCGCTCGCTCAATTGTTAAA
CAACACACACAAAAAAACTGGCATCATCATCACCACCACCATGAGGAGTTCACTCCCTCC
TGTCCATGAAACTCCTCTTCACACAACTCTTTTGACACTCTGCTGAACTGGTGATTAGTG
GTTTAGGTTCATCCTCTCGCTGAACTGACCTAGATATCTCATCGAGGAAAGTTCCAGATA
CTTTAGGTATGAAATCAGAGATCAAAACGAGTTTCGATTCAATATCAAGGTCGCCGGATG
GTTGTAGCAGGAAAAGTACGAGCTCCGAAAGGAATCGAGAAGAAGAAGAAGATTCATTAT
CTGAAGCTGACGAAGAAGAAAGTAAGCCGTGAGAAGAGATGGCTGATACAACACTCTGTA
ACTTCTCCAATCGCCTTAGCTTCTCCAAACGAGTAGTAGGTAGAAAATTCACCTCGCCCA
AAGCATCTCCGCTAACTTCCTGTGAGAGCCTCTTGTCGTAAAAAGCACGGAGCTTCTGGT
CGTCATCGATCTCAAGCTTCTTCAGGCAACCAGTAGTCGGATTCGCGACGTTGAACTTCA
TCTTCTCCGATAGAAACTGTCACTACCC

QA 6 753 6 753
DS 

RD RR1BH82JQ 750 0 0
GC
GATAAATTTAAATTTAAAAGAGTTAAATATTATATCCAAAATATTAAAGAAAAAACAAAA
AGAGAAAAAAAAATCGGTTACATAAGAAACAAAAAAAAA**TACGATAAAAAACAAGTTT
TCTCTTACTCTTCCGAATCTTCTCAACCTTCTTGTCTCTTTCGCTCGCTCAATTGTTAAA
CAACACACACAAAAAAACTGGCATCATCATCACCACCACCATGAGGAGTTCACTCCCTCC
TGTCCATGAAACTCCTCTTCACACAACTCTTTTGACACTCTGCTGAACTGGTGATTAGTG
GTTTAGGTTCATCCTCTCGCTGAACTGACCTAGATATCTCATCGAGGAAAGTTCCAGATA
CTTTAGGTATGAAATCAGAGATCAAAACGAGTTTCGATTCAATATCAAGGTCGCCGGATG
GTTGTAGCAGGAAAAGTACGAGCTCCGAAAGGAATCGAGAAGAAGAAGAAGATTCATTAT
CTGAAGCTGACGAAAAAAAAAGTAAGCCGTGAGAAGAGATGGCTGATACAACACTCTGTA
ACTTCTCCAATCGCCTTAGCTTCTCCAAACGAGTAGTAGGTAGAAAATTCACCTCGCCCA
AAGCATCTCCGCTAACTTCCTGTGAGAGCCTCTTGTCGTAAAAAGCACGGAGCTTCTGGT
CGTCATCGATCTCAAGCTTCTTCAGGCAACCAGTAGTCGGATTCGCGACGTTGAACTTCA
TCTTCTCCGATAGAAACTGTCACTACCC

QA 3 750 3 750
DS 



AS 1 4

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ATTATTATTATGATATATAAAAGCATTCAAGTTTCTCGTGAAGGTGAGGAAGAACCCCTT
CAATTTTTTCTCACAACACAAAACGCAAAAAGCTATGGCTGAAAAAGGAAAGTGAGAGCA
TATGATATGTTTGGTTTCAAGCCGTTCGGATATAGTCTTGTGGGGTCACTTAGAGACTAA
TTTTTAGCTATGATCCCCTTTGCCATCAAGAAATAATAGGAAACCACGTATAGCAACACG
CACAACAAAAACATAACCAGCCAGTTTACTCCATGTTTTTCAGCCGTTTTCTCAATGACA
GTTAGCTTTGCCCTCGAGTCAAAAGATACTGACACTAAGCACCTTGAATCAGGGGAGAAA
CTCAGTGCGGTGACCAAACCGAGATGAGCTTTCTTGACCAATTGGTGGGTCTTCATTTTT
GTTGAATCAATTATCAAAACATCTCCTTCCATGTTTCCAAGTGCAAGAAGCTTCCCATCA
GCCGAGACATTAAAGGCGGATATAGAGTAGTTTCTCATAAGCTTTGAACGTCTTCTTTTC
CATGTTGTTGTATCCCATGTTATAATACTCCCACCACGTTCAGTGTTTGCAGCAATGTAG
AGAACTTCATTGCCTATATTGTCAACAGAGAATCTGCAGTAAGCAAACATCTCATCCTTC
TCTTTTGATAGACTGGCAATGGCAGCAGAAGCATTTACGTCCCAAACCCGACAAAGTGGA
CCTCCAAGTGACACAAGAAACTTACCACTTTCGCTGAAAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH29JQ U 1
AF RR1D444JQ U 36
AF RR1GW62JQ U 39
AF RR1BA89JQ U 1
BS 1 104 RR1BA89JQ
BS 105 105 RR1GH29JQ
BS 106 132 RR1BA89JQ
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BS 134 406 RR1BA89JQ
BS 407 407 RR1GH29JQ
BS 408 820 RR1BA89JQ

RD RR1GH29JQ 427 0 0
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TATGATATGTTTGGTTTCAAGCCGTTCGGATATAGTCTTGTGGGGTCACTTAGAGACTAA
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CACAACAAAAACATAACCAGCCAGTTTACTCCATGGTTTTCAGCCGTTTTCTCAATGACA
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CTCAGTG

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1D444JQ 665 0 0
CGCT
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GTGGGGTCACTTAGAGACTAATTTTTAGCTATGATCCCCTTTGCCATCAAGAAATAATAG
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TCAGCCGTTTTCTCAATGACAGTTAGCTTTGCCCTCGAGTCAAAAGATACTGACACTAAG
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AATTGGTGGGTCTTCATTTTTGTTGAATCAATTATCAAAACATCTCCTTCCATGTTTCCA
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AGCTTTGAACGTCTTCTTTTCCATGTTGTTGTATCCCATGTTATAATACTCCCACCACGT
TCAGTGTTTGCAGCAATGTAGAGAACTTCATTGCCTATATTGTCAACAGAGAATCTGCAG
T

QA 5 665 5 665
DS 

RD RR1GW62JQ 706 0 0
C
GATACAATGTTAGTTTACATTATTATTAT***GATATATAAAAGCATTCAAGTTTCTCGT
GAAGGTGAGGAAGAACCCCTTCAATTTTTTCTCACAACACAAAACGCAAAAAGCTATGAC
TGAAAAAGGAAAGTGAGAGCATATGATATGTTTGGTTTCAAGCCGTTCGGATATAGTCTT
GTGGGGTCACTTAAAGACTAATTTTTAGCTATGATCCCCTTTGCCATCAAGAAATAATAG
GAAACCACGTATAGCAACACGCACAACAAAAACATAACCAGCCAGTTTACTCCATGTTTT
TCAGCCGTTTTCTCAATGACAGTTAGCTTTGCCCTCGAGTCAAAAGATACTGACACTA*G
CACCTTGAATCAGGGGAGAAACTCAGTGCGGTGACCAAACCGAGATGAGCTTTCTTGACC
AATTGGTGGGTCTTCATTTTTGTTGAATCAATTATCAAAACATCTCCTTCCATGTTTCCA
AGTGCAAGAAGCTTCCCATCAGCCGAGACATTAAAGGCGGATATAGAGTAGTTTCTCATA
AGCTTTGAACGTCTTCTTTTCCATGTTGTTGTATCCCATGTTATAATACTCCCACCACGT
TCAGTGTTTGCAGCAATGTAGAGAACTTCATTGCCTATATTGTCAACAGAGAATCTGCAG
TAAGCAAACATCTCATCCTTCTCTTTTGATAGACTGGCAATGGCA

QA 2 706 2 706
DS 

RD RR1BA89JQ 820 0 0
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ATTATTATTATGATATATAAAAGCATTCAAGTTTCTCGTGAAGGCGAGGAAGAACCCCTT
CAATTTTTTCTCGCAACACAAAACGCAAAAAGCTATGGCTGAAAAAGGAAAGTGAGAGCA
TATGATATGTTTGGTTTCAAGCCGTTCGGATATAGTCTTGTGGGGTCACTTAGAGACTAA
TTTTTAGCTATGATCCCCTTTGCCATCAAGAAATAATAGGAAACCACGTATAGCAACACG
CACAACAAAAACATAACCAGCCAGTTTACTCCATGTTTTTCAGCCGTTTTCTCAATGACA
GTTAGCTTTGCCCTCGAGTCAAAAGATACTGACACTAAGCACCTTGGATCAGGGGAGAAA
CTCAGTGCGGTGACCAAACCGAGATGAGCTTTCTTGACCAATTGGTGGGTCTTCATTTTT
GTTGAATCAATTATCAAAACATCTCCTTCCATGTTTCCAAGTGCAAGAAGCTTCCCATCA
GCCGAGACATTAAAGGCGGATATAGAGTAGTTTCTCATAAGCTTTGAACGTCTTCTTTTC
CATGTTGTTGTATCCCATGTTATAATACTCCCACCACGTTCAGTGTTTGCAGCAATGTAG
AGAACTTCATTGCCTATATTGTCAACAGAGAATCTGCAGTAAGCAAACATCTCATCCTTC
TCTTTTGATAGACTGGCAATGGCAGCAGAAGCATTTACGTCCCAAACCCGACAAAGTGGA
CCTCCAAGTGACACAAGAAACTTACCACTTTCGCTGAAAG

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 4

CO CL3221Contig1 1045 4 6 U
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CAAGAGACATGAAGTACTCAGACGAAGTTTGCATGGCTATGCTTCGAGCTTTCGCACAAA
CGGGAGACGCTGATGGAGCTGCTGCGATGTTCACCTCGATGCAGCTTGATTTCAAGGATA
CGAACTGTTTCGAAGGTTATAGCTTGCTTGTGGAAGCATGCGGGAGAGCAGGGAACGCCG
GTAAAGCCAAAATCAACTTCGATCAGATGAGAGCGCGCGGGTTCAAACCAGACGATAAGT
GCATTGCGAACATGATCCGAGCGTATAAGAGAGAGAACTCGTTGGATAAAGCGTTGAGGC
TTTTGTTGCAGCTTGAGAAAGACGGGATTGAACTCGGTGTGATCACTTACACGGTCCTTG
TTGATTGGATGGCTAACCTCGGGCTTATAGAGGAAGCAGAGCAGCTTCTGGTCAAGATCT
CTCAGCTAGGGGAAGCTCCACCGTTTGAGCTCCAGGTGAGCTTGTGCTATATGTACTCTA
CTGCCAGGAACGAGAAGAAGACGCTTCAAGCTCTTGGGGTTTTGGAAGCTAAAAAGGATC
AGATGGGACCTAACGAGTTTGAGAGAGTGATAACTGGGTTGAAGATGGGCGGGTTCGAGA
AAGATGCGAGGAGGATGTTTAAGCATATGGAAGCTCGGAAGTTTCTGCCTTCGGATAGAC
TGAAGATCGATATGGGCGCATCACCATCGTTTGGGTCCGGGTTTAGTAGCAAAATGAGAC
GATAGATGTGTCTCTATGTGAAAGGAACTTTTGAAGCTTTCATCATTCCAGAGCGTTTAA
TGTTGTGAGTGAACTCACATTTCAGAGAGTTTATGTTTCCTCTATTGATTTAAAACTGTA
GTAGCTGTGATTCTGTAATACTAATAATCTTTGTTCCTTTTGGAATTTTGGAGATCTATT
CACCTGCTTCATTTTGAGTCGTGATGTTTTTCTCTGTGGATCTTCCTGGTCCTAACAAGT
GCTTCAACGAGAGTTCTTGTTTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA22TF U 1
AF RR1AC07TF U 90
AF RR1AC07JQ C 108
AF RR1DA22JQ C 319
BS 1 364 RR1DA22TF
BS 365 365 RR1AC07TF
BS 366 592 RR1DA22TF
BS 593 890 RR1AC07TF
BS 891 957 RR1AC07JQ
BS 958 1045 RR1DA22JQ

RD RR1DA22TF 593 0 0
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CAAGAGACATGAAGTACTCAGACGAAGTTTGCATGGCTATGCTTCGAGCTTTCGCACAAA
CGGGAGACGCTGATGGAGCTGCTGCGATGTTCACCTCGATGCAGCTTGATTTCAAGGATA
CGAACTGTTTCGAAGGTTATAGCTTGCTTGTGGAAGCATGCGGGAGAGCAGGGAACGCCG
GTAAAGCCAAAATCAACTTCGATCAGATGAGAGCGCGCGGGTTCAAACCAGACGATAAGT
GCATTGCGAACATGATCCGAGCGTATAAGAGAGAGAACTCGTTGGATAAAGCGTTGAGGC
TTTTTTTGCAGCTTGAGAAAGACGGGATTGAACTCGGTGTGATCACTTACACGGTCCTTG
TTGATTGGATGGCTAACCTCGGGCTTATAGAGGAAGCAGAGCAGCTTCTGGTCAAGATCT
CTCAGCTAGGGGAAGCTCCACCGTTTGAGCTCCAGGTGAGCTTGTGCTATATGTACTCTA
CTGCCAGGAACGAGAAGAAGACGCTTCAAGCTCTTGGGGTTTTGGAAGCTAA
G

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1AC07TF 801 0 0
GA
CATGGCTATGCTTCGAGCTTTCGCACAAACGGGAGACGCTGATGGAGCTGCTGCGATGTT
CACCTCGATGCAGCTTGATTTCAAGGATACGAACTGTTTCGAAGGTTATAGCTTGCTTGT
GGAAGCATGCGGGAGAGCAGGGAACGCCGGTAAAGCCAAAATCAACTTCGATCAGATGAG
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AGAGAACTCGTTGGATAAAGCGTTGAGGCTTTTGTTGCAGCTTGAGAAAGACGGGATTGA
ACTCGGTGTGATCACTTACACGGTCCTTGTTGATTGGATGGCTAACCTCGGGCTTATAGA
GGAAGCAGAGCAGCTTCTGGTCAAGATCTCTCAGCTAGGGGAAGCTCCACCGTTTGAGCT
CCAGGTGAGCTTGTGCTATATGTACTCTACTGCCAGGAACGAGAAGAAGACGCTTCAAGC
TCTTGGGGTTTTGGAAGCTAAAAAGGATCAGATGGGACCTAACGAGTTTGAGAGAGTGAT
AACTGGGTTGAAGATGGGCGGGTTCGAGAAAGATGCGAGGAGGATGTTTAAGCATATGGA
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TGGGTCCGGGTTTAGTAGCAAAATGAGACGATAGATGTGTCTCTATGTGAAAGGAACTTT
TGAAGCTTTCATCATTCCAGAGCGTTTAATGTTGTGAGTGAACTCACATTTCAGAGAGTT
TATGTTTCCTCTATTGATT

QA 3 801 3 801
DS 

RD RR1AC07JQ 850 0 0
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GCAGGGAACGCCGGTAAAGCCAAAATCAACTTCGATCAGATGAGAGCGCGCGGGTTCAAA
CCAGACGATAAGTGCATTGCGAACATGATCCGAGCGTATAAGAGAGAGAACTCGTTGGAT
AAAGCGTTGAGGCTTTTGTTGCAGCTTGAGAAAGACGGGATTGAACTCGGTGTGATCACT
TACACGGTCCTTGTTGATTGGATGGCTAACCTCGGGCTTATAGAGGAAGCAGAGCAGCTT
CTGGTCAAGATCTCTCAGCTAGGGGAAGCTCCACCGTTTGAGCTCCAGGTGAGCTTGTGC
TATATGTACTCTACTGCCAGGAACGAGAAGAAGACGCTTCAAGCTCTTGGGGTTTTGGAA
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GGCGGGTTCGAGAAAGATGCGAGGAGGATGTTTAAGCATATGGAAGCTCGGAAGTTTCTG
CCTTCGGATAGACTGAAGATCGATATGGGCGCATCACCATCGTTTGGGTCCGGGTTTAGT
AGCAAAATGAGACGATAGATGTGTCTCTATGTGAAAGGAACTTTTGAAGCTTTCATCATT
CCAGAGCGTTTAATGTTGTGAGTGAACTCACATTTCAGAGAGTTTATGTTTCCTCTATTG
ATTTAAAACTGTAGTAGCTGTGATTCTGTAATACTAATAATCTTTGTTCCTTTTGGAATT
TTGGAGATCT

QA 1 850 1 850
DS 

RD RR1DA22JQ 727 0 0
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AAGACGGGATTGAACTCGGTGTGATCACTTACACGGTCCTTGTTGATTGGATGGCTAACC
TCGGGCTTATAGAGGAAGCAGAGCAGCTTCTGGTCAAGATCTCTCAGCTAGGGGAAGCTC
CACCGTTTGAGCTCCAGGTGAGCTTGTGCTATATGTACTCTACTGCCAGGAACGAGAAGA
AGACGCTTCAAGCTCTTGGGGTTTTGGAAGCTAAGAAGGATCAGATGGGACCTAACGAGT
TTGAGAGAGTGATAACTGGGTTGAAGATGGGCGGGTTCGAGAAAGATGCGAGGAGGATGT
TTAAGCATATGGAAGCTCGGAAGTTTCTGCCTTCGGATAGACTGAAGATCGATATGGGCG
CATCACCATCGTTTGGGTCCGGGTTTAGTAGCAAAATGAGACGATAGATGTGTCTTTATG
TGAAAGGAACTTTTGAAGCTTTCATCATTCCAGAGCGTTTAATGTTGTGAGTGAACTCAC
ATTTCAGAGAGTTTATGTTTCCTCTATTGATTTAAAACTGTAGTAGCTGTGATTCTGTAA
TACTAATAATCTTTGTTCCTTTTGGAATTTTGGAGATCTATTCACCTGCTTCATTTTGAG
TCGTGATGTTTTTCTCTGTGGATCTTCCTGGTCCTAACAAGTGCTTCAACGAGAGTTCTT
GTTTATG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 4

CO CL3222Contig1 711 4 4 U
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AAAGGGTGGTGAAAGATGGGTCGTGTCCGTACCAAAACAGTGAAGAAATCGTCACGTCAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1GD20TF U 1
AF RR1CE07JQ C 48
AF RR1CE07TF U 339
AF RR1GD20JQ C 15
BS 1 462 RR1GD20TF
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BS 465 708 RR1GD20TF
BS 709 711 RR1GD20JQ

RD RR1GD20TF 710 0 0
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ATTTACAGTCGCTTCATCATCTCTCCAGCTCCGACCAGGACGTAACAGGTAAGTAACAAA
AAAGGGTGGTGAAAGATGGGTCGTGTCCGTACCAAAACAGTGAAGAAATCGTCACGTCAG
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CACTTGATGAAGCGTATCCAAAAGGGACCGGTGCGTGGGATCTCGCTCAAGCTGCAGGAG
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GTGAAGGTGGACAAAGAGACGCTAGAGATGCTTGCTTCGTTG**AATGTCTGACGTTTCC
GGGTTTTCTCAAGTGGAGACACAAGCGGCCATGGCACCAGGCAATGCGTTTGGCCGTGGT
GGAAGAAGATTTTAAGGCATGAGTTTTGTTTTTTTTGTTTTGTGTTATGGAATGATTCAC
AACGTTGTTAATCTCTTTCGTATATTCTTGCAGTACTGTTTTTATCCAAGTTTCAGAAGT
GTTGAATTAAATCATTTCTAATCAACAAATGAGTTTTAATTATTTTTT
GT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1CE07JQ 636 0 0
GG
ATCTTCTATTCATTTACGGTCGCTTCATCATCTCTCCAGCTCCGACCAGGACGTAACAGG
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CGTCACGTCAGGTGATCGATAAGTAATACTCGAGGATGACACTCGACTTCCACACGAACA
AGAAGATCTTGGAGGAAGTCGCAATCATCCCTTCCAAAAGACTACGTAACAAGATCGCTG
GCTTCTCCACCCACTTGATGAAGCGTATCCAAAAGGGACCGGTGCGTGGGATCTCGCTCA
AGCTGCAGGAGGAGGAGCGCGAACGGAGAATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCGGCGATCA
AGACCGATGATGTGAAGGTGGACAAAGAGACGCTAGAGATGCTTGCTTCGTTGGAAATGT
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TTGGCCGTGGTGGAAGAAGATTTTAAGGCATGAGTTTTGTTTTTTTTGTTTTGTGTTATG
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GTTTCAGAAGTGTTGAATTAAATCATTTC
GAACC

QA 3 631 3 631
DS 

RD RR1CE07TF 345 0 0
GAC
CTCGCTCAAGCTGCAGGAGGAGGAGCGCGAACGGAGAATGGACTTTGTCCCCGACGAGTC
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GTGTTATGGAATGATTCACAACGTTGTTAATCTCTTTCGTATATTCTTGCAGTACTGTTT
TTATTCAAGTTTCAGAAGTGTTGAATTAAATCATTTC
GAACC

QA 4 340 4 340
DS 

RD RR1GD20JQ 697 0 0
ACACTAAAATTTTCGTCAGCTCCGTCTTTTAGCTTATCTTCTATTCATTTACAGTCGCTT
CATCATCTCTCCAGCTCCGACCAGGACGTAACAGGTAAGTAACAAAAAAGGGTGGTGAAA
GATGGGTCGTGTCCGTACCAAAACAGTGAAGAAATCGTCACGTCAGGTGATCGAGAAGTA
CTACTCGAGGATGACACTCGACTTCCACACGAACAAGAAGATCCTGGAGGAAGTCGCAAT
CATCCCTTCCAAAAGACTACGTAACAAGATCGCTGGCTTCTCCACCCACTTGATGAAGCG
TATCCAAAAGGGACCGGTGCGTGGGATCTCGCTCAAGCTGCAGGAGGAGGAGCGCGAACG
GAGAATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCGGCGATCAAGACCGATGATGTGAAGGTGGACAA
AGAGACGCTAGAGATGCTTGCTTCGTTG**AATGTCTGACGTTTCCGGGTTTTCTCAAGT
GGAGACACAAGCGGCCATGGCACCAGGCAATGCGTTTGGCCGTGGTGGAAGAAGATTTTA
AGGCATGAGTTTTGTTTTTTTTGTTTTGTGTTATGGAATGATTCACAACGTTGTTAATCT
CTTTCGTATATTCTTGCAGTACTGTTTTTATCCAAGTTTCAGAAGTGTTGAATTAAATCA
TTTCTAATCAACAAATGAGTTTTAATTATTTTTTTGT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 4

CO CL3223Contig1 641 4 7 U
GGGCTAGGGTTCTTCTCTGTACTTCTCTCGCCGGCATAAAAGACACAAAAGAGGAAGAAG
ACACAGTATCAAGATTGAAAATGAAGGGACGCCAAGGAGAGAGAGTTAGATTGTATGTTC
GAGGAACAGTCCTAGGTTACAAGAGGTCGAAGTCGAACCAATACCCAAACACATCTCTGA
TCCAGATTGAAGGTGTGAATACAACAGAGGAGGTTACTTGGTACAAGGGAAAACGCATGG
CTTACATCTACAAGGCGAAGACAAAGAAGAACGGTTCTCACTACCGTTGCATCTGGGGCA
AAGTCGCTAGGCCACATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAGTTCACGTCAAACCTAC
CACCAAAGTCAATGGGAGCTAGAGTTAGAGTGTTCATGTACCCAAGCAACATATGAGAGG
AGGATATTTCAAGACCTGGAATTAATTTCACAATTATCAGATGGAGGCTCCCTATTTTCA
TTTCCTCAGAAGCTAATAGTTTATCCTATTCAACTTTTTTTTT*CATAGACTCTGTCGAT
GTTAACATTAATTTTGATGGAATTACAAAACTTTTGAGTTCCCAATTTCTTGTCATTACA
ATTTTTCCAATCATAGGCTTTCTATGAATATCAAAAGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DL85TF U 1
AF RR1DV06TF U 67
AF RR1GK58JQ C 127
AF RR1GK58TF U 127
BS 1 436 RR1DL85TF
BS 437 437 RR1DV06TF
BS 438 523 RR1DL85TF
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BS 525 612 RR1DL85TF
BS 613 627 RR1DV06TF
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RD RR1DL85TF 612 0 0
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ACACAGTATCAAGATTGAAAATGAAGGGACGCCAAGGAGAGAGAGTTAGATTGTATGTTC
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TCCAGATTGAAGGTGTGAATACAACAGAGGAGGTTACTTGGTACAAGGGAAAACGCATGG
CTTACATCTACAAGGCGAAGACAAAGAAGAACGGTTCTCACTACCGTTGCATCTGGGGCA
AAGTCGCTAGGCCACATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAGTTCACGTCAAACCTAC
CACCAAAGTCAATGGGAGCTAGAGTTAGAGTGTTCATGTACCCAAGCAACATATGAGAGG
AGGATATTTCAAGACCCGGAATTAATTTCACAATTATCAGATGGAGGCTCCCTATTTTCA
TTTCCTCAGAAGCTAATAGTTTATCCTATTCAACTTTTTTTTTTCATAGACTCTGTCGAT
GTTAACATTAATTTTGATGGAATTACAAAACTTTTGAGTTCCCAATTTCTTGTCATTACA
ATTTTTCCAATC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1DV06TF 564 0 0
G
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AGTCCTAGGTTACAAGAGGTCGAAGTCGAACCAATACCCAAACACATCTCTGATCCAGAT
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CTACAAGGCGAAGACAAAGAAGAACGGTTCTCACTACCGTTGCATCTGGGGCAAAGTCGC
TAGGCCACATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAGTTCACGTCAAACCTACCACCAAA
GTCAATGGGAGCTAGAGTTAGAGTGTTCATGTACCCAAGCAACATATGAGAGGAGGATAT
TTCAAGACCTGGAATTAATTTCACAATTATCAGATGGAGGCTCCCTATTTTCATTTCCTC
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CAATCATAGGCTTTCTATGA
GAA

QA 2 561 2 561
DS 

RD RR1GK58JQ 515 0 0
G
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TGAAGGTGTGAATACAACAGAGGAGGTTACTTGGTACAAGGGAAAACGCATGGCTTACAT
CTACAAGGCGAAGACAAAGAAGAACGGTTCTCACTACCGTTGCATCTGGGGCAAAGTCGC
TAGGCCACATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAGTTCACGTCAAACCTACCACCAAA
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TTCAAGACCTGGAATTAATTTCACAATTATCAGATGGAGGCTCCCTATTTTCATTTCCTC
AGAAGCTAATAGTTTATCCTATTCAACTTTTTTTTT*CATAGACTCTGTCGATGTTAACA
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CAATCATAGGCTTTCTATGAATATCAAAAGTGTT

QA 2 515 2 515
DS 

RD RR1GK58TF 515 0 0
G
AGTCCTAGGTTACAAGAGGTCGAAGTCGAACCAATACCCAAACACATCTCTGATCCAGAT
TGAAGGTGTGAATACAACAGAGGAGGTTACTTGGTACAAGGGAAAACGCATGGCTTACAT
CTACAAGGCGAAGACAAAGAAGAACGGTTCTCACTACCGTTGCATCTGGGGCAAAGTCGC
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GTCAATGGGAGCTAGAGTTAGAGTGTTCATGTACCCAAGCAACATATGAGAGGAGGATAT
TTCAAGACCTGGAATTAATTTCACAATTATCAGATGGAGGCTCCCTATTTTCATTTCCTC
AGAAGCTAATAGTTTATCCTATTCAACTTTTTTTTT*CATAGACTCTGTCGATGTTAACA
TTAATTTTGATGGAATTACAAAACTTTTGAGTTCCCAATTTCTTGTCATTACAATTTTTC
CAATCATAGGCTTTCTATGAATATCAAAAGTGTT

QA 2 515 2 515
DS 



AS 1 3

CO CL3224Contig1 868 3 10 U
ATCAGGCGCATGCTATAATTTCATTAAACATATAATCATATAACGCACACAAGAGCCAAT
CAGGAAAAGAAAGAAAAATAAGAGAATATATATATTACTTAAATGGACCGACATCATTTG
TCGTTTATATTGACTACGCCAAGACTAAAAATCCTATACATCTATGCGAAATTTACCAAA
TTACCCTTCATATTCTTCAGTTCTTCTCCACTGTATCATCATCACTTATCCGAAAACCCA
AACCCAACTCCATACCCGGATACCAACCCGACCCGGTTTGGTAGTTAACCCCTCTAATCT
GCTGCATATTCGAAGCCAGCAGCGAGCTGAAACTCCCACCAGTCGGATCTCCAACGGGCA
ACCCGTATAACATCCGGGTCGGATCCATTTCCGAACTCCCCATGACACTCCTCTCTTGGT
CGGAAACAGAGACGGTTTTACTCTTGGGACTGCTGCTCGACGGAGCCGAAGAAGAAGAAG
AGGACGATCCGACAGAGGATCGTTTACTGCTGTTCTTGCGAGAACCGCCACCGACGGGGA
TGTTACGGAGGGAACCGCCTTTGGTCCAGTAACGACGGCAGCTTTTGCAAAAGTGACGTG
GCTGTAACAGGTTGTAGTTGTTGTAGTAACAGAACTTGGTGTTGGGTGAGTCACAGCGAG
GGCAGTTTAGCTGCTCTTGCTCCGGTAAACCCGGTTGCTGCTGCTGCTGC******TGCT
TAGCCGTTGCCATGATCAACGATTGGTGGTGGTAATACGCCGCTGCTGACGTCAGATCCT
CCTGCATTTTTTGGGGTTTGGTTACTGTAGTTTCGACGTCGGTCTTGGACCTTATAAAGA
AAAGATGGGTAGTGTGAAAGAGGGATCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BE47JQ U 5
AF RR1AH16JQ U 1
AF RR1AH16TF C 61
BS 1 11 RR1AH16JQ
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BS 791 868 RR1AH16TF

RD RR1BE47JQ 769 0 0
GGCGCATGCTATAATTTCATTAAACATATAATCATATAACGCACACAAGAGCCAATCAGG
AAATGAAAGAAAAATAAGAGAATATATATATTACTTAAATGGACCGACGTCATTTGTCGT
TTATATTGACTACGCCAAGACTAAAAATCCTATACATCTATGAGAAATTTACCAAATTAC
CCTTCATATTCTTCAGTTCTTCTCCACTGTATCATCATCACTTATCCGAAAACCCAAACC
CAACTCCATACCCGGATACCAACCCGACCCGGTTTGGTAGTTAACCCCTCTAATCTGCTG
CATATTCGAAGCCAGCAGCGAGCTGAAACTCCCACCAGTCGGATCTCCAACGGGCAACCC
GTATAACATCCGGGTCGGATCCATTTCCGAACTCCCCATGACAATCCTCTCTTGGTCGGA
AACAGAGACGGTTTTACTCTTGGGACTGCTGCTCGACGGAGCCGAAGAAGAAGAAGAGGA
CGATCCGACAGAGGATCGTTTACTGCTGTTCTTGCGAGAACCGCCGCCGACGGGGATGTT
ACGGAGGGAACCGCCTTTGGTCCAGTAACGACGGCAGCTTTTGCAAAAGTGACGTGGCTG
TAACAGGTTGTAGTTGTTGTAGTAACAGAACTTGGTGTTGGGTGAGTCACAGCGAGGGCA
GTTTAGCTGCTCTTGCTCCGGTAAACCCGGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTTAGC
CGTTGCCATGATCAACGATTGGTGGT***AATACGCCGCTGCTGACGTC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1AH16JQ 790 0 0
ATCAGGCGCATTCTTTAATTTCATTAAACATATAATCATATAACGCACACAAGAGCCAAT
CGGGAAAAGAGAGAAAAATAAGAGAATATATATATTACTTAAATGGACCGACATCATTTG
TCGTTTATATTGACTACGCCAAGACTAAAAATCCTATACATCTATGCGAAATTTACCAAA
TTACCCTTCATATTCTTCAGTTCTTCTCCACTGTATCATCATCACTTATCCGAAAACCCA
AACCCAACTCCATACCCGGATACCAACCCGACCCGGTTTGGTAGTTAACCCCTCTAATCT
GCTGCATATTCGAAGCCAGCAGCGAGCTGAAACTCCCACCAGTCGGATCTCCAACGGGCA
ACCCGTATAACATCCGGGTCGGATCCATTTCCGAACTCCCCATGACACTCCTCTCTTGGT
CGGAAACAGAGACGGTTTTACTCTTGGGACTGCTGCTCGACGGAGCCGAAGAAGAAGAAG
AGGACGATCCGACAGAGGATCGTTTACTGCTGTTCTTGCGAGAACCGCCACCGACGGGGA
TGTTACGGAGGGAACCGCCTTTGGTCCAGTAACGACGGCAGCTTTTGCAAAAGTGACGTG
GCTGTAACAGGTTGTAGTTGTTGTAGTAACAGAACTTGGTGTTGGGTGAGTCACAGCGAG
GGCAGTTTAGCTGCTCTTGCTCCGGTAAACCCGGTTGCTGCTGCTGCTGC******TGCT
TAGCCGTTGCCATGATCAACGATTGGTGGTGGTAATACGCCGCTGCTGACGTCAGATCCT
CCTGCATTTT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1AH16TF 808 0 0
CGGGAAAAGAG
AGAAAAATAAGAGAATATATATATTACTTAAATGGACCGACATCATTTGTCGTTTATATT
GACTACGCCAAGACTAAAAATCCTATACATCTATGCGAAATTTACCAAATTACCCTTCAT
ATTCTTCAGTTCTTCTCCACTGTATCATCATCACTTATCCGAAAACCCAAACCCAACTCC
ATACCCGGATACCAACCCGACCCGGTTTGGTAGTTAACCCCTCTAATCTGCTGCATATTC
GAAGCCAGCAGCGAGCTGAAACTCCCACCAGTCGGATCTCCAACGGGCAACCCGTATAAC
ATCCGGGTCGGATCCATTTCCGAACTCCCCATGACACTCCTCTCTTGGTCGGAAACAGAG
ACGGTTTTACTCTTGGGACTGCTGCTCGACGGAGCCGAAGAAGAAGAAGAGGACGATCCG
ACAGAGGATCGTTTACTGCTGTTCTTGCGAGAACCGCCACCGACGGGGATGTTACGGAGG
GAACCGCCTTTGGTCCAGTAACGACGGCAGCTTTTGCAAAAGTGACGTGGCTGTAACAGG
TTGTAGTTGTTGTAGTAACAGAACTTGGTGTTGGGTGAGTCACAGCGAGGGCAGTTTAGC
TGCTCTTGCTCCGGTAAACCCGGTTGCTGCTGCTGCTGC******TGCTTAGCCGTTGCC
ATGATCAACGATTGGTGGTGGTAATACGCCGCTGCTGACGTCAGATCCTCCTGCATTTTT
TGGGGTTTGGTTACTGTAGTTTCGACGTCGGTCTTGGACCTTATAAAGAAAAGATGGGTA
GTGTGAAAGAGGGATCC

QA 12 808 12 808
DS 



AS 1 4

CO CL3225Contig1 1145 4 9 U
GGATTCCCCAGGTTGTTATTTTCATCACTCCTCCTCTTCCGTCCTCAACTTGTCGCGCCG
TTCTTCATCGTTCTCGTTAACCGTCGTTACTTTTACAGATTGTGTCTGGTTCTGAGTTTG
ACAATGAAGGGAGGTAGTAAGTTTGAACCGAGCTCGAGTAAGATTGTGTTTGACGACAGT
GAAGATGATGATGAAGATCAATCCTTATCGTCTCTCTCTTCTTCAGATGAGGAAGAAGAA
GAAGAGAAAGGGAAAGAGTTAACATTGGAGGAAATACATAGATTGCGTGCTGATGGGTCT
CGTCCTGCTGCTCCTTCGAAGCCATCGTTTTCTCAAGTGAAGAAGAACACTGGTCGTGCT
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AAGAAGGTGGTTCGGGATCCTCGTTTTGACTCATTGGCTGGAAACGCTGATCCTGAGGGG
TTCAGGAAGCGATACAGTTTCTTTTTCGAGGAGAAACTTCCTGTAGAAAGAGAGGAACTG
AAAAAGAAGCTAAAGAAAACAAAGAATCCAGAAGAGGTCGACGAACTCAAGGACCAGTTA
ACTTATGTTGAGAAGTTGTTGAAGTATGATCCATCAACAAATAGCAAAGGAAAGTCAATA
CTAACAGAACACAAAAAGAGAGAAAGAGAAGCCGCTAAGATGGGCAAAAAGCCTTACTAT
CTCAAACAATCTGAGATCCGTAAACAAGAACTCATCGAAAAGTACAACAGTCTCAAGGAA
TCTGGTAAGCTTTCATCGTTTCTTGACAAACGGAGGAAGAAGAATGCAACGAAGGATCAT
AGGTACATGCCCTATCGTCGAGCCGGTGCTTCAGAGCAATAGAGAGAGACAGTATTGCTT
TCTGACTTATTGTTTACGTTGGTTCGTTAAGGGCTTTGTGATGAGAATTGAAATCCAAAT
GTTACTTGTTTTTTTGTGTGCTTGATTGAGCCATATCAAGTACTGATGTTGCTTAGACTT
TGTTGTGGTTCTCTCCAGACACACGAAAGAACCACATAGAGTAATCAATATAGTTTTGTT
GGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 

AF RR1EJ57TF U 1
AF RR1BL22TF U 25
AF RR1EJ57JQ C 399
AF RR1BL22JQ C 414
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TTCAGGAAGCGATACAGTTTCTTTTTCGAGGAGAAACTTCCTGTAGAAAGAGAGGAACTG

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GG
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ATCGTCTCTCTCTTCTTCAGATGAGGAAGAAGAAGAAGAGAAAGGGAAAGAGTTAACATT
GGAGGAAATACATAGATTGCGTGCTGATGGGTCTCGTCCTGCTGCTCCTTCGAAGCCATC
GTTTTCTCAAGTGAAGAAGAACACTGGTCGTGCTGCAGACAAGAACATTACCTTCTCTGA
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QA 3 645 3 645
DS 

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CGACGAACTCAAGGACCAGTTAACTTATGTTGAGAAGTTGTTGAAGTATGATCCATCAAC
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DS 

RD RR1BL22JQ 732 0 0
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AGCTCCAAAGAAGGTGGTTCGGGATCCTCGTTTTGACTCATTGGCTGGAAACGCTGATCC
TGAGGGGTTCAGGAAGCGATACAGTTTCTTTTTCGAGGAGAAACTTCCTGTAGAAAGAGA
GGAACTGAAAAAGAAGCTAAAGAAAACAAAGAATCCAGAAGAGGTCGACGAACTCAAGGA
CCAGTTAACTTATGTTGAGAAGTTGTTGAAGTATGATCCATCGACAAATAGCAAAGGAAA
GTCAATACTAACAGAACACAAAAAGAGAGAAAGAGAAGCCGCTAAGATGGGCAAAAAGCC
TTACTATCTCAAACAATCTGAGATCCGTAAACAAGAACTCATCGAAAAGTACAACAGTCT
CAAGGAATCTGGTAAGCTTTCATCGTTTCTTGACAAACGGAGGAAGAAGAATGCAACGAA
GGATCATAGGTACATGCCCTATCGTCGAGCCGGTGCTTCAGAGCAATAGAGAGAGACAGT
ATTGCTTTCTGACTTATTGTTTACGTTGGTTCGTTAAGGGCTTTGTGATGAGAATTGAAA
TCCAAATGTTACTTGTTTTTTTGTGTGCTTGATTGAGCCATATCAAGTACTGATGTTGCT
TAGACTTTGTTGTGGTTCTCTCCAGACACACGAAAGAACCACATAGAGTAATCAATATAG
TTTTGTTGGACC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 4

CO CL3226Contig1 893 4 18 U
GGATCACTGCCAGTGTTGACTTTTGATCAAATCGGCGCCGGAAATGAGAAACTCGAGAAT
CTCGATCTTCACTTTGGCGTTTGTAGCATACGTAGTCAAAACAATCTCTTACGAACCGGA
ACTCGGTTCAGCTCGTGTCGTCTTCCAGACTAGTTACGGGGATATCGAATTTGGATTCTA
TCCAACGGTTGCGCCAGTAACGGTGGATCATATCTTCAAGCTCGTTCGTTTAGGTGGCTA
CAACACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTCGTTGCTCAAGTTGCAGATGTGCC
GAATGGAAGATCAGCTCCGATGAATGAGGAGCAAAAGAAAATAGCTTACAAGACTATTCT
CGGAGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCATTCTTTCCATGGGAAGACATGATGA
TCCAAACAGTGGTGGATCTTCATTCTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCATCTTGATGG
CAAGTACGCTGTGTTCGGTAAAGTGACTAAAGGAGATGAAACATCGAGGAAGCTAGAAGA
AGTTCCCACTCGCCGTGAAGGGATCTTTGTAATGCCGACGGAGCGGATCACCATTTTGTC
GACATACTATTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGATCTGTCCTGAAAAG
AAGGCTTGAAGCATCTTTTCTTGAGGTGGAAAGACAGAGAATGAAGTGCTTCCCGTGAAT
CCTTGTGAAGGCCTTTTTTAAGTAAAATAACTGTTCAACAAAGAAAAACCGACATGTATG
TTTGAAAAAAAAAAAAAACTCAGGATGCTAAGACAGATCCATTGGTTTTTGAGTGTAACA
GTGTAAAAAAACTGGTTGAGAAACATTTGGTCATGGTTTGTTTCCTTCTTGGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BD76TF U 7
AF RR1BD76JQ C 222
AF RR1B761TF U 1
AF RR1B761JQ C 55
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BS 48 276 RR1B761TF
BS 277 277 RR1BD76TF
BS 278 314 RR1B761TF
BS 315 315 RR1BD76TF
BS 316 340 RR1B761TF
BS 341 341 RR1BD76TF
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BS 361 361 RR1BD76TF
BS 362 532 RR1B761TF
BS 533 533 RR1BD76TF
BS 534 663 RR1B761TF
BS 664 664 RR1B761JQ
BS 665 685 RR1B761TF
BS 686 686 RR1B761JQ
BS 687 727 RR1B761TF
BS 728 893 RR1B761JQ

RD RR1BD76TF 653 0 0
GG
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TCACTTTGGCGTTTGTAGCCTACGTAGTCAAAACAATCTCTTACGAACCGGAACTCGGTT
CAGCTCGTGTCGTCTTCCAGACTAGTTACGGGGATATCGAATTTGGATTCTATCCAACGG
TTGCGCCAGTAACGGTGGATCATATCTTCAAGCTCGTTCGTTTAGGTGGCTACAACACTA
ATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTCGTTGCTCAAGTTGCAGATGTGGCGAATGGAA
GATCAGCTCCGATGAATGAGGAGCAAAAGAAAATAGCTTACAAGACTATTCTCGGAGAGT
TCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCATTCTTTCCATGGGAAGACATGATGATCCAAACA
GTGGTGGATCTTCATTCTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCATCTTGATGGCAAGTACG
CTGTGTTCGGTAAAGTGACTAAAGGAGATGAAACATTGAGGAAGCTAGAAGAAGTTCCCA
CTCGCCGTGAAGGGATCTTTGTAATGCCGACGGAGCGGATCACCATTTTGTCGACATACT
ATTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGATCTGTCCTGAAAA

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DS 

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CTCAAGTTGCAGATGTGGCGAATGGAAGATCAGCTCCGATGAATGAGGAGCAAAAGAAAA
TAGCTTACAAGACTATTCTCGGAGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCATTCTTT
CCATGGGAAGACATGATGATCCAAACAGTGGTGGATCTTCATTCTCGATGCTTTTTGGTG
ATGCTCCTCATCTTGATGGCAAGTACGCTGTGTTCGGTAAAGTGACTAAAGGAGATGAAA
CATTGAGGAAGCTAGAAGAAGTTCCCACTCGCCGTGAAGGGATCTTTGTAATGCCGACGG
AGCGGATCCCCATTTTGTCGACATACTATTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGG
AGAAATCTG

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DS 

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CTCGATCTTCACTTTGGCGTTTGTAGCATACGTAGTCAAAACAATCTCTTACGAACCGGA
ACTCGGTTCAGCTCGTGTCGTCTTCCAGACTAGTTACGGGGATATCGAATTTGGATTCTA
TCCAACGGTTGCGCCAGTAACGGTGGATCATATCTTCAAGCTCGTTCGTTTAGGTGGCTA
CAACACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTTGTTGCTCAAGTTGCAGATGTGCC
GAATGGAAGATCAGTTCCGATGAATGAGGAGCAAAAGAAAGTAGCTTACAAGACTATTCT
TGGAGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCATTCTTTCCATGGGAAGACATGATGA
TCCAAACAGTGGTGGATCTTCATTCTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCATCTTGATGG
CAAGTACGCTGTGTTCGGTAAAGTGACTAAAGGAGATGAAACATCGAGGAAGTTAGAAGA
AGTTCCCACTCGCCGTGAAGGGATCTTTGTAATGCCGACGGAGCGGATCACCATTTTGTC
GACATACTATTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGATCTGTCCTGAAAAG
AAG*CTTGAAGCATCTTTTCTTGAG*TGGAAAGACAGAGAATGAAGTGCTTCCCGTGAAT
CCTTGTG

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DS 

RD RR1B761JQ 839 0 0
GAGAATCTCGATCTTCACTTTGGCGTTTGTAGCATACGTAGTCAAAACAATCTCTTACGA
ACCGGAACTCGGTTCAGCTCGTGTCGTCTTCCAGACTAGTTACGGGGATATCGAATTTGG
ATTCTATCCAACGGTTGCGCCAGTAACGGTGGATCATATCTTCAAGCTCGTTCGTTTAGG
TGGCTACAACACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTTGTTGCTCAAGTTGCAGA
TGTGCCGAATGGAAGATCAGTTCCGATGAATGAGGAGCAAAAGAAAGTAGCTTACAAGAC
TATTCTTGGAGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCATTCTTTCCATGGGAAGACA
TGATGATCCAAACAGTGGTGGATCTTCATTCTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCATCT
TGATGGCAAGTACGCTGTGTTCGGTAAAGTGACTAAAGGAGATGAAACATCGAGGAAGTT
AGAAGAAGTTCCCACTCGCCGTGAAGGGATCTTTGTAATGCCGACGGAGCGGATCACCAT
TTTGTCGACATACTATTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGATCTGTCCT
GAAAAGAAGGCTTGAAGCATCTTTTCTTGAGGTGGAAAGACAGAGAATGAAGTGCTTCCC
GTGAATCCTTGTGAAGGCCTTTTTTAAGTAAAATAACTGTTCAACAAAGAAAAACCGACA
TGTATGTTTGAAAAAAAAAAAAAACTCAGGATGCTAAGACAGATCCATTGGTTTTTGAGT
GTAACAGTGTAAAAAAACTGGTTGAGAAACATTTGGTCATGGTTTGTTTCCTTCTTGGT

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 4

CO CL3227Contig1 1126 4 4 U
AGGGTGCGAGGAAGCAAGTTGATACCGGTGAGCTTCAGAAGATGAAAGCAATGGTGGAGA
AAGCAAGGCACGAAAACCGATCTAAAGAGGAATTGATAAAGAAACTGGAAGAAAACATAC
AGAACCTGGAAGGTAAGAATAAAGGAAGAGACCATTCATACAGAAGTCTCCAGGAAAAGA
ACAAAGACCTTGAAAGCCAGCTTGAGTCACTGCATAACCAATCGGAAAAGCAAAACTCAC
AGCTTCTAGAAAAACTAAGAAGCAGAGATGAGACTTGTACCAATCTCCAGCAGAAGGTCA
ATGAGCTAGAGTGTAAGCTTCGGGAGAGACACCAATCAGACTCTGCAGCTTGCCAACAGA
AGGTTAAGGATCTTGAGAATAAGCTGAAAGAATCTGAAGGCAGCTCCCTGGTGTTGCAAC
AGAAGGTTAAGGATTACGAGAATAAGTTGAAAGATTCTGAAAGCAACTCTCTTGTGTGGC
AACAGAAGATTAAAGAGTTGGAGAGGAAACAAAAAGAAGAGCAAACTCAAGAAGCAGTTT
TACTACGACAGAAGATTAAAGAGCTTGAAGTGAGGCTAAAGGAGCAAGAGCTGCACGTGC
AGCAAATGGCAGCAACGAGAGAGTTCCCTGATGTTGCGAGTGCTACTCCTAACGAAGTGA
AAACTTGTTTCAAAGAAGACAACTTTGGCAATGAGAATGCGGAATCCAACAACAACAACA
TCTTGAGAACATCAAACCGGCTCAAGGCTAGTGCTGCTCGAAGAAACGATTCTCTGAATC
CCAATGGGGTGACTAGAAAGAAGAGGGTCTCGAGAAGCGGTGAAACAGATAACAACGGTG
GTGATGAACCTCAGATGAAGGAGAAACGGATCAGGAAGTCAGACCCACCAAAAGTTGTTG
CTAGATTAACCAGACCAACAAGACCAGTCAGTTCGTCGAACCAAGTCCCTGTAGCTCAGA
AGAGAGTTGTTAGCAGAGAACAACAAGCTGTTGCCGGGAAAGAGAGAGACCCCAAGAAGA
AGATGTGGAATAGATAGAGAAAATTAGCTTTTAAAATATTCTCTGTCTGATTTGCTTCAC
TACATTGATGGTTATGTTAATACCTTAAGCTTGCTAATAACTATCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DA30TF U 1
AF RR1DA30JQ C 477
AF RR1EX95JQ C 789
AF RR1EX95TF U 789
BS 1 662 RR1DA30TF
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BS 791 1125 RR1EX95TF
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RD RR1DA30TF 669 0 0
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AAGCAAGGCACGAAAACCGATCTAAAGAGGAATTGATAAAGAAACTGGAAGAAAACATAC
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ACAAAGACCTTGAAAGCCAGCTTGAGTCACTGCATAACCAATCGGAAAAGCAAAACTCAC
AGCTTCTAGAAAAACTAAGAAGCAGAGATGAGACTTGTACCAATCTCCAGCAGAAGGTCA
ATGAGCTAGAGTGTAAGCTTCGGGAGAGACACCAATCAGACTCTGCAGCTTGCCAACAGA
AGGTTAAGGATCTTGAGAATAAGCTGAAAGAATCTGAAGGCAGCTCCCTGGTGTTGCAAC
AGAAGGTTAAGGATTACGAGAATAAGTTGAAAGATTCTGAAAGCAACTCTCTTGTGTGGC
AACAGAAGATTAAAGAGTTGGAGAGGAAACAAAAAGAAGAGCAAACTCAAGAAGCAGTTT
TACTACGACAGAAGATTAAAGAGCTTGAAGTGAGGCTAAAGGAGCAAGAGCTGCACGTGC
AGCAAATGGCAGCAACGAGAGAGTTCCCTGATGTTGCGAGTGCTACTCCTAACGAAGTGA
AA
CTTGTTT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1DA30JQ 650 0 0
TGGCAACAGAAGATTAAAGAGTTGGAGAGGAAACAAAAAGAAGAGCAAACTCAAGAAGCA
GTTTTACTACGACAGAAGATTAAAGAGCTTGAAGTGAGGCTAAAGGAGCAAGAGCTGCAC
GTGCAGCAAATGGCAGCAACGAGAGAGTTCCCTGATGTTGCGAGTGCTACTCCTAACGAA
GTGAAAACTTGTTTCAAAGAAGACAACTTTGGCAATGAGAATGCGGAATCCAACAACAAC
AACATCTTGAGAACATCAAACCGGCTCAAGGCTAGTGCTGCTCGAAGAAACGATTCTCTG
AATCCCAATGGGGTGACTAGAAAGAAGAGGGTCTCGAGAAGCGGTGAAACAGATAACAAC
GGTGGTGATGAACCTCAGATGAAGGAGAAACGGATCAGGAAGTCAGACCCACCAAAAGTT
GTTGCTAGATTAACCAGACCAACAAGACCAGTCAGTTCGTCGAACCAAGTCCCTGTAGCT
CAGAAGAGAGTTGTTAGCAGAGAACAACAAGCTGTTGCCGGGAAAGAGAGAGACCCCAAG
AAGAAGATGTGGAATAGATAGAGAAAATTAGCTTTTAAAATATTCTCTGTCTGATTTGCT
TCACTACATTGATGGTTATGTTAATACCTTAAGCTTGCTAATAACTATCA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1EX95JQ 337 0 0
GG
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TCAGATGAAGGAGAAACGGATCAGGAAGTCAGACCCACCAAAAGTTGTTGCTAGATTAAC
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TAGATAGAGAAAATTAGCTTTTAAAATATTCTCTGTTTGATTTGCTTCACTACATTGATG
GTTATGTTAATACCTTAAGCTTGCTAATAACTATC

QA 3 337 3 337
DS 

RD RR1EX95TF 337 0 0
GG
GACTAGAAAGAAGAGGGTCTCGAGAAGCGGTGAAACAGATAACAACGGTGGTGATGAACC
TCAGATGAAGGAGAAACGGATCAGGAAGTCAGACCCACCAAAAGTTGTTGCTAGATTAAC
CAGACCAACAAGACCAGTCAGTTCGTCGAACCAAGTCCCTGTAGCTCAGAAGAGAGTTGT
TAGCAGAGAACAACAAGCTGTTGCCGGGAAAGAGAGAGACCCCAAGAAGAAGATGTGGAA
TAGATAGAGAAAATTAGCTTTTAAAATATTCTCTGTCTGATTTGCTTCACTACATTGATG
GTTATGTTAATACCTTAAGCTTGCTAATAACTATC

QA 3 337 3 337
DS 



AS 2 4

CO CL3228Contig1 499 2 2 U
GGCTCTCGCTTATTTGTTGTTGTTGCCTGCTATCTTCCGCCGTCCCTTGAGATTCTTGCG
AAGATGGTTCTTCAAAACGATATCGATCTGCTCAACCCACCAGCTGAGCTTGAGAAGAGG
AAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAGTCCCCCAACTCATTTTTCATGGATGTGAAATGC
CAAGGCTGCTTCAACATCACTACTGTGTTCAGTCACTCTCAGACCGTTGTTGTATGCGGA
AACTGCCAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAAGCTAGGCTCACAGAAGGATGC
TCTTTCAGGAAGAAGTGAGATTGATTTGAAGCTTGAATCAATCAAGACCAGCTTCTTTCT
TTCTTTTTGTTTTTTTTTTTTCTATGTTGTGGATCTTGCATGCCTGTTCTGAAAAGCAAC
TCGTTGGAGTTTAGCGGAAGAAACCTTTGTTGATTTTGGATTTTAAGCTTGGTTATTACC
ATTTTAAAGTTTCTCTTGG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AC15JQ C 1
AF RR1AC15TF U 1
BS 1 2 RR1AC15JQ
BS 3 499 RR1AC15TF

RD RR1AC15JQ 499 0 0
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AAGATGGTTTTTCAAAACGATATCGATTTGCTCAACCCACCAGCTGAGCTTGAGAAGAGG
AAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAGTCCCCCAACTCATTTTTCATGGATGTGAAATGC
CAAGGCTGCTTCAACATCACTACTGTGTTCAGTCACTCTCAGACCGTTGTTGTATGCGGA
AACTGCCAGACAGTTTTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAAGCTAGGCTCACAGAAGGATGC
TCTTTCAGGAAGAAGTGAGATTGATTTGAAGCTTGAATCAATCAAGACCAGCTTCTTTCT
TTCTTTTTGTTTTTTTTTTTTCTATGTTGTGGATCTTGCATGCCTGTTTTGAAAAGCAAC
TCGTTGGAGTTTAGCGGAAGAAACCTTTGTTGATTTTGGATTTTAAGCTTGGTTATTACC
ATTTTAAAGTTTCTCTTGG

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1AC15TF 499 0 0
GG
CTCTCGCTTATTTGTTGTTGTTGCCTGCTATCTTCCGCCGTCCCTTGAGATTCTTGCGAA
GATGGTTCTTCAAAACGATATCGATCTGCTCAACCCACCAGCTGAGCTTGAGAAGAGGAA
GCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAGTCCCCCAACTCATTTTTCATGGATGTGAAATGCCA
AGGCTGCTTCAACATCACTACTGTGTTCAGTCACTCTCAGACCGTTGTTGTATGCGGAAA
CTGCCAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAAGCTAGGCTCACAGAAGGATGCTC
TTTCAGGAAGAAGTGAGATTGATTTGAAGCTTGAATCAATCAAGACCAGCTTCTTTCTTT
CTTTTTGTTTTTTTTTTTTCTATGTTGTGGATCTTGCATGCCTGTTCTGAAAAGCAACTC
GTTGGAGTTTAGCGGAAGAAACCTTTGTTGATTTTGGATTTTAAGCTTGGTTATTACCAT
TTTAAAGTTTCTCTTGG

QA 3 499 3 499
DS 



CO CL3228Contig2 450 2 1 U
GGTCTCTCGCTTATTTGTTGTCGTTGCCTGCTATCTTCCGCCGTCCCTTGAGATTCTTGC
GAAGATGGTTCTTCAAAACGATATCGATCTGCTCAACCCAGCTGAGCTTGAGAAGAGGAA
GCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAGTCCCCCAACTCATTTTTCATGGATGTGAAATGCCA
AGGCTGCTTCAACATCACTACTGTGTTCAGTCACTCTCAGACCGTTGTTGTATGCGGAAA
CTGCCAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAAGCTAGGCTCACAGAAGGATGCTC
TTTCAGGAAGAAGTGAGATTGATTTGAAGCTTGAATCAATCAAGACCAGCTTCTTTCTTT
CTTTTTATTTTTTTTTTTTCTATGTTGTGGATCTTGCATGCCTGTTCTGAAAAGCAACTC
GTTGGAGTTTAGCGGAAGAAACCTTTGTTG


BQ
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AF RR1FZ22TF U 1
AF RR1FZ22JQ C 64
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GTTGGAGTTTAGCGGAAGAAACCTTTGTTG

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DS 

RD RR1FZ22JQ 387 0 0
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TTTATTTTTTTTTTTTCTATGTTGTGGATCTTGCATGCCTGTTCTGAAAAGCAACTCGTT
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QA 1 387 1 387
DS 



AS 1 3

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GCTGACCCCAAAACGCACTCGTCTTCCATCTTGAGGTTGAAAGAATAAGAGACAGATGCA
TTGCATGGAGATGTAACGTTGAGATGAAGCACAGTGAGCCTAAGCTTCTCTAGCCAAATG
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TCTATCACCGTGGCATCTATTCTCAGTTTAGTACTACTTTGCTCTTCGTCACTCGCACGC
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CGTCTGCGGTTGCGTTCAACCGTAATGTGCGTCATCCTCTGACTCTCCATCTCTTCCGTG
TTCTTTGCTGGTTTGGTTCTCTTTCTCTTTCTCTTCTCTCTGCTCACTGATGATGCTACC
AAGTTGTTGTTTCTGCGCTTGCGTTGTGGGTTTAGCTGAATCTCTTCTTGGGTTGAGATC
ATGGCTTCATTGATTCTTTCAAGAGATGGGTTCTGATAGTAGTAGTTGGGTGAATGAGAC
AACTCTGGAACTTCATGTGGGAGATAGTTTCCTAGTCCCCAAGGCGGCTTCTCTAGTGTC
TGAAGAGAGAGTAGTGCTAGAAAGTTTGGGTCTTTGAAGGGCAACACCGCAGCAGAAAGA
TCTTCACTTTGTTGCATCATTTGTAAGAGTTGATCTTCTTCCTCAAGTTCAAATCTTTGA
TCCTCTCCTGATCCTTGAACTTCTAAGCTTCTTCTCACAATCACTTTCTGATTCAAAGAA
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AS37JQ U 1
AF RR1AG61JQ U 521
AF RR1AG61TF C 603
BS 1 765 RR1AS37JQ
BS 766 767 RR1AG61JQ
BS 768 845 RR1AS37JQ
BS 846 1326 RR1AG61JQ
BS 1327 1370 RR1AG61TF

RD RR1AS37JQ 845 0 0
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TAGAGTACCCCCTCTTAAACAAAGTCAAAGTGCCATGCCGAGAAGACTCCAATTACATAC
CAACAAAAAACACAAAACGAACTGACTATTATGAAAGAACGTTACTTTTTTGCTTTTTGG
GTTTCTTTGTTTTTAATTCAGCAGTCGAATATCTGACGAACCGCCGCCGTTATCTCATCC
GCTGACCCCAAAACGCACTCGTCTTCCATCTTGAGGTTGAAAGAATAAGAGACAGATGCA
TTGCATGGAGATGTAACGTTGAGATGAAGCACAGTGAGCCTAAGCTTCTCTAGCCAAATG
ATTGATCTAAGAAGCTGTCCTTGTTTCTTCGGGCATTGTATCTTGAGATTGACGTGACTC
TCTATCACCGTGGCATCTATTCTCAGTTTAGTACTACTTTGCTCTTCGTCACTCGCACGC
AGCGAAACGTCTTTGGTATCAGTTTGTTGAGTAATCTTTTGCGCTTCAAGTGATTGCAAC
TGTTGCTCGAGGATCTTCACGAAGTCTATAGCTCCTCCTACTATAGACGCTTGGTCTCCC
CTAAGGATGTAGGAAGATGGGATGAGAGAGCGGAGTGAGTTGAGATAAACGTTCATCTGG
CGTCTGCGGTTGCGTTCAACCGTAATGTGCGTCATCCTCTGACTCTCCATCTCTTCCGTG
TTCTTTGCTGGTTTGGTTCTCTTTCTCTTTCTCTTCTCTCTGCTC**TGATGATGCTACC
AAGTTGTTGTTTCTGCGCTTGCGTTGTGGGTTTAGCTGAATCTCTTCTTGGGTTGAGATC
ATGGC

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR1AG61JQ 806 0 0
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CTATAGACGCTTGGTCTCCCCTAAGGATGTAGGAAGATGGGATGAGAGAGCGGAGTGAGT
TGAGATAAACGTTCATCTGGCGTCTGCGGTTGCGTTCAACCGTAATGTGCGTCATCCTCT
GACTCTCCATCTCTTCCGTGTTCTTTGCTGGTTTGGTTCTCTTTCTCTTTCTCTTCTCTC
TGCTCACTGATGATGCTACCAAGTTGTTGTTTCTGCGCTTGCGTTGTGGGTTTAGCTGAA
TCTCTTCTTGGGTTGAGATCATGGCTTCATTGATTCTTTCAAGAGATGGGTTCTGATAGT
AGTAGTTGGGTGAATGAGACAACTCTGGAACTTCATGTGGGAGATAGTTTCCTAGTCCCC
AAGGCGGCTTCTCTAGTGTCTGAAGAGAGAGTAGTGCTAGAAAGTTTGGGTCTTTGAAGG
GCAACACCGCAGCAGAAAGATCTTCACTTTGTTGCATCATTTGTAAGAGTTGATCTTCTT
CCTCAAGTTCAAATCTTTGATCCTCTCCTGATCCTTGAACTTCTAAGCTTCTTCTCACAA
TCACTTTCTGATTCAAAGAACAGAGCTTGTTTTGTCCTTGAATCTTCTCCATAAACAAAT
CTGAGAAACCTCCCCTTATTATCACACACTCTTGTTTGTATCTCTCTCTGACAGAAGAAA
GGTCCCTCAGAACAACATTATTGGCTGTAGCAGTTTTGTCTGGCAGCGAAGACAGACAGT
TGTGGGGACTTTGGTTAATACTCAGA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1AG61TF 768 0 0
AAGGATGTAGGAAGATGGGATGAGAGAGCGGAGTGAGTTGAGATAAACGTTCATCTGGCG
TCTGCGGTTGCGTTCAACCGTAATGTGCGTCATCCTCTGACTCTCCATCTCTTCCGTGTT
CTTTGCTGGTTTGGTTCTCTTTCTCTTTCTCTTCTCTCTGCTCACTGATGATGCTACCAA
GTTGTTGTTTCTGCGCTTGCGTTGTGGGTTTAGCTGAATCTCTTCTTGGGTTGAGATCAT
GGCTTCATTGATTCTTTCAAGAGATGGGTTCTGATAGTAGTAGTTGGGTGAATGAGACAA
CTCTGGAACTTCATGTGGGAGATAGTTTCCTAGTCCCCAAGGCGGCTTCTCTAGTGTCTG
AAGAGAGAGTAGTGCTAGAAAGTTTGGGTCTTTGAAGGGCAACACCGCAGCAGAAAGATC
TTCACTTTGTTGCATCATTTGTAAGAGTTGATCTTCTTCCTCAAGTTCAAATCTTTGATC
CTCTCCTGATCCTTGAACTTCTAAGCTTCTTCTCACAATCACTTTCTGATTCAAAGAACA
GAGCTTGTTTTGTCCTTGAATCTTCTCCATAAACAAATCTGAGAAACCTCCCCTTATTAT
CACACACTCTTGTTTGTATCTCTCTCTGACAGAAGAAAGGTCCCTCAGAACAACATTATT
GGCTGTAGCAGTTTTGTCTGGCAGCGAAGACAGACAGTTGTGGGGACTTTGGTTAATACT
CAGAAGATGATGACGAAGATGAGAGCTTCCATTTGTTTGTGTCTTTCC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 4

CO CL3230Contig1 749 4 1 U
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ATCGAATCCACAACATGACTCTTGGCTCTGGAGGATCGAGTGTTGTTGTTCCGAGGAATT
TTCGGTTGCTAGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGGATAGGAGATGGAACTGTGAGCT
ATGGAATGGATGATGGAGATGACATTTACATGCGCTCTTGGACTGGCACCATCATCGCTC
CTCATAACACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTCTGTGACAAAGATT
ACCCGGAAAAACCTCCCACTGTCCGTTTCCATTCACGTATCAACATGGCTTGTGTCAACA
ATGAAACAGGAGTGGTGGAACCTAAGAAGTTTGGGCTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGACT
ACACAATGGAGACTATACTGACACAGCTGAAGAAGGAGATGTCTACGTCGCATAACCGTA
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TACTAAAGTATGTATCTGGGGGTACTCTATTGTCGTTCTCAAGCTTTTTTTTCTAAATTT
GTGATAAAAAAATTGGTCTATGTGGATGGTGATGATGATGATGATGTTCGATTGATCATC
TGAAGTTTATCCTTGTGTGCAAATTATCCAAAAAAACATTGTCTTCCCCGATTCATGTGT
TCAATCTTCTGAATTACTTGGTTTTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DM24TF U 40
AF RR1DM24JQ C 40
AF RR1AS29TF U 1
AF RR1AS29JQ C 100
BS 1 749 RR1AS29TF

RD RR1DM24TF 566 0 0
G
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TGCGAACTGGCAAAGGGACTACACAATGGAGACTATACTGACACAGCTGAAGAAGGAGAT
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AAAATCTTTGCCCCTTCTAATACTAAAGTATGTATCTGGGGGTACTCTATTGTCGTTCTC
AAGCTTTTTTTTCTAAATTTGTGAT

QA 2 566 2 566
DS 

RD RR1DM24JQ 671 0 0
G
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TGTTGTTGTTCCGAGGAATTTTCGGTTGCTAGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGGAT
AGGAGATGGAACTGTGAGCTATGGAATGGATGATGGAGATGACATTTACATGCGCTCTTG
GACTGGCACTATCATCGCTCCTCATAACACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAA
GCTCTTCTGTGACAAAGATTACCCGGAAAAACCTCCCACTGTCCGTTTCCATTCACGTAT
CAACATGGCTTGTGTCAACAATGAAACAGGAGTGGTGGAACCTAAGAAGTTTGGGCTTCT
TGCGAACTGGCAAAGGGACTACACAATGGAGACTATACTGACACAGCTGAAGAAGGAGAT
GTCTACGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTACTG
AAAATCTTTGCCCCTTCTAATACTAAAGTATGTATCTGGGGGTACTCTATTGTCGTTCTC
AAGCTTTTTTTTCTAAATTTGTGATAAAAAAATTGGTCTATGTGGATGGTGATGATGATG
ATGATGTTCGATTGATCATCTGAAGTTTATCCTTGTGTGCAAATTATCCAAAAAAACATT
GTCTTCCCCG

QA 2 671 2 671
DS 

RD RR1AS29TF 749 0 0
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ATCGAATCCACAACATGACTCTTGGCTCTGGAGGATCGAGTGTTGTTGTTCCGAGGAATT
TTCGGTTGCTAGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGGATAGGAGATGGAACTGTGAGCT
ATGGAATGGATGATGGAGATGACATTTACATGCGCTCTTGGACTGGCACCATCATCGCTC
CTCATAACACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTCTGTGACAAAGATT
ACCCGGAAAAACCTCCCACTGTCCGTTTCCATTCACGTATCAACATGGCTTGTGTCAACA
ATGAAACAGGAGTGGTGGAACCTAAGAAGTTTGGGCTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGACT
ACACAATGGAGACTATACTGACACAGCTGAAGAAGGAGATGTCTACGTCGCATAACCGTA
AGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTACTGAAAATCTTTGCCCCTTCTAA
TACTAAAGTATGTATCTGGGGGTACTCTATTGTCGTTCTCAAGCTTTTTTTTCTAAATTT
GTGATAAAAAAATTGGTCTATGTGGATGGTGATGATGATGATGATGTTCGATTGATCATC
TGAAGTTTATCCTTGTGTGCAAATTATCCAAAAAAACATTGTCTTCCCCGATTCATGTGT
TCAATCTTCTGAATTACTTGGTTTTAGCT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1AS29JQ 650 0 0
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GGACTGGCACCATCATCGCTCCTCATAACACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGA
AGCTTTTCTGTGACAAAGATTACCCGGAAAAACCTCCCACTGTCCGTTTCCATTCACGTA
TCAACATGGCTTGTGTCAACAATGAAACAGGAGTGGTGGAACCTAAGAAGTTTGGGCTTC
TTGCGAACTGGCAAAGGGACTACCCAATGGAGACTATACTGACACAGCTGAAGAAGGAGA
TGTTTACGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTTTAGTACT
GAAAATCTTTGCCCCTTCTAATACTAAAGTATGTATCTGGGGGTACTTTATTGTCGTTTT
CAAGCTTTTTTTTTTAAATTTGTGATAAAAAAATTGGTCTATGTGGATGGTGATGATGAT
GATGATGTTCGATTGATCATTTGAAGTTTATCCTTGTGTGCAAATTATCCAAAAAAACAT
TGTTTTCCCCGATTCATGTGTTCAATTTTTTGAATTACTTGGTTTTAGCT

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 4

CO CL3231Contig1 841 4 2 U
GCAGGAGAAGGATAGATTGTTCAATGCTATCGACACCATTCCCTGCATTTCCAACAAGGC
TAAATGGTGTTTAGATTGGACTCAAAGTCCTATGTCTTTTGCTGTGAGGCTTGTTGCTTT
TGCATGCGTCGAAGGAATCTTCTTCTCTGGAAGCCTCTGTGCCATCTTCTGGCTGAAGAA
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AGTTTATCAGATTGTTCATGAGGCAGTGGAAATCGAGACAGAGTTTGTCTGCAAGTCCCT
TCCATGTGATCTGATTGGAATGAACTCAAACCTCATGAGTCAATACATTCAATTTGTTGC
TGACCGTCTTCTGGTTACCTTGGGATGTGAAAGGAGATACAAAACAGATAATCCATTTGA
CTGGATGGAGTTCATATCTCTCCAAGGGAAGACAAACTTCTTTGAGAAGAGAGTGGGAGA
ATATCGAAAGGCATCTGTTATGTCAAGTCTCCAAGAAGGTAATAAGAACTACGAATTCAA
GATTGATGAGGACTTTTGAATGGAATTCGCCATTGAATCTGGGAAGGGCTCATCTCATTC
TTTATGAGTTACTCCAAAATGGGAACATTGTAGTAGACTAGAAGTAGTAGTACAAGAAAC
AAACTCACTTTAGATCGCATTTATTTTGGTTTTGGTTTAGCAGTAGATGTTATCTTAGTA
TTATTTGTGCCTTCTATAATGTCTGACATTACATCTTTGTTAATACTTCCTTCTTTCCAA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 

AF RR1G987TF U 20
AF RR1GB07TF U 1
AF RR1G987JQ C 94
AF RR1GB07JQ C 96
BS 1 742 RR1GB07TF
BS 743 841 RR1G987JQ

RD RR1G987TF 680 0 0
TTCAATGCTATCGACACCATTCCCTGCATTTCCAACAAGGCTAAATGGTGTTTAGATTGG
ACTCAAAGTCCTATGTCTTTTGCTGTGAGGCTTGTTGCTTTTGCATGCGTCGAAGGAATC
TTCTTCTCTGGAAGCCTCTGTGCCATCTTCTGGCTGAAGAAGAGAGGTCTTATGCCGGGT
TTGACTTTCTCAAACGAGCTTATATCGAGAGACGAGGGTCCCCACTGTGACTTTGCTTGT
CTCTTGTACAGTTTGCTGCAGAAGAAGCTTCCTGTGGAGAAAGTTTATCAGATTGTTCAT
GAGGCAGTGGAAATCGAGACAGAGTTTGTCTGCAAGTCCCTTCCATGTGATCTGATTGGA
ATGAACTCAAACCTCATGAGTCAATACATTCAATTTGTTGCTGACCGTCTTCTGGTTACC
TTGGGATGTGAAAGGAGATACAAAACAGATAATCCATTTGACTGGATGGAGTTCATATCT
CTCCAAGGGAAGACAAACTTCTTTGAGAAGAGAGTGGGAGAATATCGAAAGGCATCTGTT
ATGTCAAGTCTCCAAGAAGGTAATAAGAACTACGAATTCAAGATTGATGAG*ACTTTTGA
ATGGAATTCGCCATTGAATCTGGGAAGG*CTCATCTCATTCTTTATGAGTTACTCCAAA*
TGGGAACATTGTAGTAGACT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1GB07TF 758 0 0
GCAGGAGAAGGATAGATTGTTCAATGCTATCGACACCATTCCCTGCATTTCCAACAAGGC
TAAATGGTGTTTAGATTGGACTCAAAGTCCTATGTCTTTTGCTGTGAGGCTTGTTGCTTT
TGCATGCGTCGAAGGAATCTTCTTCTCTGGAAGCCTCTGTGCCATCTTCTGGCTGAAGAA
GAGAGGTCTTATGCCGGGTTTGACTTTCTCAAACGAGCTTATATCGAGAGACGAGGGTCC
CCACTGTGACTTTGCTTGTCTCTTGTACAGTTTGCTGCAGAAGAAGCTTCCTGTGGAGAA
AGTTTATCAGATTGTTCATGAGGCAGTGGAAATCGAGACAGAGTTTGTCTGCAAGTCCCT
TCCATGTGATCTGATTGGAATGAACTCAAACCTCATGAGTCAATACATTCAATTTGTTGC
TGACCGTCTTCTGGTTACCTTGGGATGTGAAAGGAGATACAAAACAGATAATCCATTTGA
CTGGATGGAGTTCATATCTCTCCAAGGGAAGACAAACTTCTTTGAGAAGAGAGTGGGAGA
ATATCGAAAGGCATCTGTTATGTCAAGTCTCCAAGAAGGTAATAAGAACTACGAATTCAA
GATTGATGAGGACTTTTGAATGGAATTCGCCATTGAATCTGGGAAGGGCTCATCTCATTC
TTTATGAGTTACTCCAAAATGGGAACATTGTAGTAGACTAGAAGTAGTAGTACAAGAAAC
AAACTCACTTTAGATCGCATTT
TATTTTTGGTTTTGGT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1G987JQ 748 0 0
TGTC
TTTGCTGTGAGGCTTGTTGCTTTTGCATGCGTCGAAGGAATCTTCTTCTCTGGAAGCCTC
TGTGCCATCTTCTGGCTGAAGAAGAGAGGTCTTATGCCGGGTTTGACTTTCTCAAACGAG
CTTATATCGAGAGACGAGGGTCCCCACTGTGACTTTGCTTGTCTCTTGTACAGTTTGCTG
CAGAAGAAGCTTCCTGTGGAGAAAGTTTATCAGATTGTTCATGAGGCAGTGGAAATCGAG
ACAGAGTTTGTCTGCAAGTCCCTTCCATGTGATCTGATTGGAATGAACTCAAACCTCATG
AGTCAATACATTCAATTTGTTGCTGACCGTCTTCTGGTTACCTTGGGATGTGAAAGGAGA
TACAAAACAGATAATCCATTTGACTGGATGGAGTTCATATCTCTCCAAGGGAAGACAAAC
TTCTTTGAGAAGAGAGTGGGAGAATATCGAAAGGCATCTGTTATGTCAAGTCTCCAAGAA
GGTAATAAGAACTACGAATTCAAGATTGATGAGGACTTTTGAATGGAATTCGCCATTGAA
TCTGGGAAGGGCTCATCTCATTCTTTATGAGTTACTCCAAAATGGGAACATTGTAGTAGA
CTAGAAGTAGTAGTACAAGAAACAAACTCACTTTAGATCGCATTTATTTTGGTTTTGGTT
TAGCAGTAGATGTTATCTTAGTATTATTTGTGCCTTCTATAATGTCTGACATTACATCTT
TGTTAATACTTCCTTCTTTCCAAA

QA 5 748 5 748
DS 

RD RR1GB07JQ 746 0 0
TC
TTTGCTGTGAGGCTTGTTGCTTTTGCATGCGTCGAAGGAATCTTCTTCTCTGGAAGCCTC
TGTGCCATCTTCTGGCTGAAGAAGAGAGGTCTTATGCCGGGTTTGACTTTCTCAAACGAG
CTTATATCGAGAGACGAGGGTCCCCACTGTGACTTTGCTTGTCTCTTGTACAGTTTGCTG
CAGAAGAAGCTTCCTGTGGAGAAAGTTTATCAGATTGTTCATGAGGCAGTGGAAATCGAG
ACAGAGTTTGTCTGCAAGTCCCTTCCATGTGATCTGATTGGAATGAACTCAAACCTCATG
AGTCAATACATTCAATTTGTTGCTGACCGTCTTCTGGTTACCTTGGGATGTGAAAGGAGA
TACAAAACAGATAATCCATTTGACTGGATGGAGTTCATATCTCTCCAAGGGAAGACAAAC
TTCTTTGAGAAGAGAGTGGGAGAATATCGAAAGGCATCTGTTATGTCAAGTCTCCAAGAA
GGTAATAAGAACTACGAATTCAAGATTGATGAGGACTTTTGAATGGAATTCGCCATTGAA
TCTGGGAAGGGCTCATCTCATTCTTTATGAGTTACTCCAAAATGGGAACATTGTAGTAGA
CTAGAAGTAGTAGTACAAGAAACAAACTCACTTTAGATCGCATTTATTTTGGTTTTGGTT
TAGCAGTAGATGTTATCTTAGTATTATTTGTGCCTTCTATAATGTCTGACATTACATCTT
TGTTAATACTTCCTTCTTTCCAAA

QA 3 746 3 746
DS 



AS 1 4

CO CL3232Contig1 760 4 10 U
AGGGCTTTTCCAGTTGTAAACCAAAGTGCAAAAAGACAGAGAAGGCGACGATGAGTTCGA
TGAAGCCAAGCAGGAGCGACGAGGTACCCGACCTGGATCAACAGATCAAGAACACCAACC
AGATCAGAGCTGGTTTCGATTCCTTGGCTCCTAAACGAGCCACTAAACCCACCCGGAGCG
AGCCAGGCCCTTTCGGATGTTTCTCTACTCCCGACCCAACCACTGACCATCCGGAGGCTG
ACAAGTTCCAAACTCTCCAGTCACAAACTCATGGTAATATTCTGCATGGAGGAGCTTCAG
CTGCTGTTCAAGATGAGTTCCTGGAGACAGAGTATTACACGAATCTCACCGCCATTGATA
AGCAACATCACACGACCGGAAGTGGGTTTATCAATGTGGGGAAGGAAGATGGCGGTGAAG
AGACCGTTATAGCCGCCGCTGCAATGAGTGACGGAGGTGAAAAGGCTGTTTACAGAAGCA
ACCCGGCGACGAACGAGTGGATTCCTGCGGTGGAGGAGGACCTTGCTTCAGAAGCTTCGT
CTAAACCGAACCGGAGCGAGAGTTCTTGAATGGGATCTTTGGATGTGTGTACTTTATCTT
CTTCCTGATGTTATGTTTCTTGATATTATTGTCATAAAATATTAAAATAAACTAATTAAA
TAAGTTTCTGTCATTAATATGAAATAATTATTTAATAGTTGATTAGAGGAGTTTCAACTT
CCAAATATCTCTGATAGATCGACTTTCTGTGGTCTGTATA


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AQ27TF U 2
AF RR1AQ30TF U 62
AF RR1G274TF U 1
AF RR1CK41TF U 2
BS 1 285 RR1G274TF
BS 286 286 RR1CK41TF
BS 287 288 RR1G274TF
BS 289 289 RR1CK41TF
BS 290 294 RR1G274TF
BS 295 295 RR1CK41TF
BS 296 467 RR1G274TF
BS 468 468 RR1CK41TF
BS 469 702 RR1G274TF
BS 703 760 RR1CK41TF

RD RR1AQ27TF 254 0 0
GGGCTTTTCCAGTTGTAAACCAAAGTGCAAAAAGACAGAGAAGGCGACGATGAGTTCGAT
GAAGCCAAGCAGGAGCGACGAGGTACCCGACCTGGATCAACAGATCAAGAACACCAACCA
GATCAGAGCTGGTTTCGATTCCTTGGCTCCTAAACGAGCCACTAAACCCACCCGGAGCGA
GCCAGGCCCTTTCGGATGTTTCTCTACTCCCGACCCAACCACTGACCATCCGGAGGCTGA
CAAGTTCCAAACTC

QA 1 254 1 254
DS 

RD RR1AQ30TF 594 0 0
GT
AGCCAAGCAGGAGCGACGAGGTACCCGACCTGGATCAACAGATCAAGAACACCAACCAGA
TCAGAGCTGGTTTCGATTCCTTGGCTCCTAAACGAGCCACTAAACCCACCCGGAGCGAGC
CAGGCCCTTTCGGATGTTTCTCTACTCCCGACCCAACCACTGACCATCCGGAGGCTGACA
AGTTCCAAACTCTCCAGTCACAAACTCATGGTAATATTCTGCATGGAGGAGCTTCAGCTG
CTGTTCAAGATGAGTTCCTGGAGACAGAGTATTACACGAATCTCACCGCCATTGATAAGC
AACATCACACGACCGGAAGTGGGTTTATCAATGTGGGGAAGGAAGATGGCGGTGAAGAGA
CCGTTATAGCCGCCGCTGCAATGAGTGACGGAGGTGAAAAGGCTGTTTACAGAAGCAACC
CGGCGACGAACGAGTGGATTCCTGCGGTGGAAGAGGACCTTGCTTCAGAAGCTTCGTCTA
AACCGAACCGGAGCGAGAGTTCTTGAATGGGATCTTTGGATGTGTGTACTTTATCTTCTT
CCTGATGTTATGTTTCTTGATATTATTGTCATAAAATATTAAAATAAACTAA

QA 3 594 3 594
DS 

RD RR1G274TF 702 0 0
AGGGCTTTTCCAGTTGTAAACCAAAGTGCAAAAAGACAGAGAAGGCGACGATGAGTTCGA
TGAAGCCAAGCAGGAGCGACGAGGTACCCGACCTGGATCAACAGATCAAGAACACCAACC
AGATCAGAGCTGGTTTCGATTCCTTGGCTCCTAAACGAGCCACTAAACCCACCCGGAGCG
AGCCAGGCCCTTTCGGATGTTTCTCTACTCCCGACCCAACCACTGACCATCCGGAGGCTG
ACAAGTTCCAAACTCTCCAGTCACAAACTCATGGTAATATTCTGCTTGAAGGAGGTTCAG
CTGCTGTTCAAGATGAGTTCCTGGAGACAGAGTATTACACGAATCTCACCGCCATTGATA
AGCAACATCACACGACCGGAAGTGGGTTTATCAATGTGGGGAAGGAAGATGGCGGTGAAG
AGACCGTTATAGCCGCCGCTGCAATGAGTGACGGAGGTGAAAAGGCTATTTACAGAAGCA
ACCCGGCGACGAACGAGTGGATTCCTGCGGTGGAGGAGGACCTTGCTTCAGAAGCTTCGT
CTAAACCGAACCGGAGCGAGAGTTCTTGAATGGGATCTTTGGATGTGTGTACTTTATCTT
CTTCCTGATGTTATGTTTCTTGATATTATTGTCATAAAATATTAAAATAAACTAATTAAA
TAAGTTTCTGTCATTAATATGAAATAATTATTTAATAGTTGA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1CK41TF 759 0 0
GGGCTTTTCCAGTTGTAAACCAAAGTGCAAAAAGACAGAGAAGGCGACGATGAGTTCGAT
GAAGCCAAGCAGGAGCGACGAGGTACCCGACCTGGATCAACAGATCAAGAACACCAACCA
GATCAGAGCTGGTTTCGATTCCTTGGCTCCTAAACGAGCCACTAAACCCGCCCGGAGCGA
GCCAGGCCCTTTCGGATGTTTCTCTACTCCCGACCCAACCACTGACCATCCGGAGGCTGA
CAAGTTCCAAACTCTCCAGTCACAAACTCATGGTAATATTCTGCATGGAGGAGCTTCAGC
TGCTGTTCAAGATGAGTTCCTGGAGACAGAGTATTACACGAATCTCACCGCCATTGATAA
GCAACATCACACGACCGGAAGTGGGTTTATCAATGTGGGGAAGGAAGATGGCGGTGAAGA
GACCGTTATAGCCGCCGCTGTAATGAGTGACGGAGGTGAAAAGGCTGTTTACAGAAGCAA
CCCGGCGACGAACGAGTGGATTCCTGCGGTGGAGGAGGACCTTGCTTCAGAAGCTTCGTC
TAAACCGAACCGGAGCGAGAGTTCTTGAATGGGATCTTTGGATGTGTGTACTTTATCTTC
TTCCTGATGTTATGTTTCTTGATATTATTGTCATAAAATATTAAAATAAACTAATTAAAT
AAGTTTCTGTCATTAATATGAAATA*TTATTTAATAGTTGATTAGAGGAGTTTCAACTTC
CAAATATCTCTGATAGATCGACTTTCTGTGGTCTGTATA

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 4

CO CL3233Contig1 1096 4 6 U
GGATCATCGGAGAGAGAGAGAGAGGAAGATGAGGTTTTGCTCAATTTCTCCGCCTGTGTG
TGTGTTGTCGTCGATTGCTCTTGCGCCACCCAGTTCCAATCTCAGTCATCGGCTTCTCCG
AATTTGCGCCACTGCTGACGACGGAGTGGAAGCTCCCGAGGAGGTTCAAACCCAATCTCC
TTCCTCTTCTTCTTCTTCTGCACTCGGTAAAGACTTGAAAAAGGTGGTTAACAAGACAGC
AGCAACCTTTGCGCCTAGGGCCTCCACCGCCAGTAAAAACCCAGCTCTCCCTGGAACTAC
TCTTTACAAAGTTTTTGAGGTTCAAGGTTATGCATCCATGTTCCTTGGAGGTGTTCTCTC
TTTCAACCTCCTCTTTCCCTCCACCCAACCTGACTTATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTC
CATTTGGATGTTCACTATTCCTTCTCTTCGAGCACGTGACTGCCCTCCTAAAGAGAAAGA
GGCTCTTAACTATCTTTTTCTCCTCATCCCTTTACTCAATGTTGCTATTCCCTTCTTCTG
GAAATCTTTTCCTCTTGTCTGGTCTGCTGATACCCTTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTG
GAAGCTTGGATGGCTGGAAAGAACCGAGTAGAGCTACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGA
AGATTCTATGTCTGAAATGATTCTCCATCCAGCTTCTCTGTTACCAAGTACAGCATATCT
AATATTCGAGGTACCTGGGTTTGAGTGAGGAAATTAAAATGCCACTTCATATACATTTTC
TTATCAAGAGCCCAGCTGGTAAATTTACAGAAAATAAACAAGTGTGCTCTCTTTTTTTTC
TGAATGAATAAACAAGTGTGCTCATTGCATTTGCATCCCAGGGTGTATGTTGTTTCTTCT
TCTATCGTACATAAAAATGCAAGATAGGAGAAGGGGATCGTTTGTTTGGTTATAGGCTAA
GCTTTTTCGCATCTTCTCGATAAAAGCATCTGATTTCTTATTTATGTCCCGTGTGATTTG
TTGCTTAGGCCTCGGCATGCTCTTCTTCCTCTTGTTATGTAACCTCTACTTTGGGCCGCT
ACTAGTACCATTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU70TF U 11
AF RR1ED82TF U 1
AF RR1AV55TF U 4
AF RR1ED82JQ C 268
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DS 

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TGTGTTGTCGTCGATTGTTCTTGCGCCACCCAGTTCCAATCTCAGTCATCGGCTTCTCCG
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AATATTCGAGGTACCTGGGTTTGAGTGAGGAAAT

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DS 

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GAGAGAGAGAGGAAGATGAGGTTTTGCTCAATTTCTCCGCCTGTGTGTGTGTTGTCGTCG
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GCTGACGACGGAGTGGAAGCTCCCGAGGAGGTTCAAACCCAATCTCCTTCCTCTTCTTCT
TCTTCTGCACTCGGTAAAGACTTGAAAAAGGTGGTTAACAAGACAGCAGCAACCTTTGCG
CCTAGGGCCTCCACCGCCAGTAAAAACCCAGCTCTCCCTGGAACTACTCTTTACAAAGTT
TTTGAGGTTCAAGGTTATGCATCCATGTTCCTTGGAGGTGTTCTCTCTTTCAACCTCCTC
TTTCCCTCCACCCAACCTGACTTATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTCCATTTGGATGTTC
ACTATTCCTTCTCTTCGAGCACGTGACTGCCCCCCTAAAGAGAAAGAGGCTCTTAACTAT
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CTTGTCTGGTCTGCTGATACCCTTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTGGAAGCTTGGATGG
CTGGAAAGAACCGAGTAGAGCTACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGAAGATTCTATGTCT
GAAATGATTCTCCATCCAGCTTCTCTGTTACCAAGTACAGCATATCTAATATTCGAGGTA
CCTGGGTTTGAG

QA 11 742 11 742
DS 

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CCGCCAGT
AAAACCCAGCTCTCCCTGGAACTACTCTTTACAAAGTTTT*GAGGT*CAAGGTTATGCAT
CCATGTTCCTTGGAGGTGTTCTCTCTTTCAACCTCCTCTTTCCCTCCACCCAACCTGACT
TATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTCCATTTGGATGTTCACTATTCCTTCTCTTCGAGCAC
GTGACTGCCCTCCTAAAGAGAAAGAGGCTCTTAACTATCTTTTTCTCCTCATCCCTTTAC
TCAATGTTGCTATTCCCTTCTTCTGGAAATCTTTTCCTCTTGTCTGGTCTGCTGATACCC
TTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTGGAAGCTTGGATGGCTGGAAAGAACCGAGTAGAGCT
ACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGAAGATTCTATGTCTGAAATGATTCTCCATCCAGCTT
CTCTGTTACCAAGTACAGCATATCTAATATTCGAGGTACCTGGGTTTGAGTGAGGAAATT
AAAATGCCACTTCATATACATTTTCTTATCAAGAGCCCAGCTGGTAAATTTACAGAAAAT
AAACAAGTGTGCTCTCTTTTTTTTCTGAATGAATAAACAAGTGTGCTCATTGCATTTGCA
TCCCAGGGTGTATGTTGTTTCTTCTTCTATCGTACATAAAAATGCAAGATAGGAGAAGGG
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TCTTATTTATGTCCCGTGTGATTTGTTGCTTAGGCCTCGGCATGCTCTTCTTCCTCTTGT
TATGTAACCTCTACTTTGGGCCGCTACTAGTACCATTTACC

QA 9 829 9 829
DS 



AS 1 4

CO CL3234Contig1 1040 4 2 U
GGGAGATCCTAAACAGTCGACTCTCTTCGTCGTTGTCGGACATACATAGATCTTCTAGCA
CACAACGTGTTCGACGAAATTCCCCTGAAAGCTCCTTGGAACTCACCGATCATGAAACTT
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TCTTCCCGTTGCCCGTCGAGACAGATCTTCACGGCGCGGTCATCATCTTCTTCTTCGCAA
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GACAATCGGTACAAACTGCTCGAGCGGTTCAACAAACATACTCATGAGTTTGAGTTCAAG
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CTTCTCTGTTTTTCTTTCTTTATGAGATATCATTGTATTAGAATTGCTTGTGGGAATATT
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GATGTTCTTTTTGGTGGTGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DK95TF U 1
AF RR1DK95JQ C 418
AF RR1BU14JQ C 375
AF RR1BU14TF U 375
BS 1 580 RR1DK95TF
BS 581 1040 RR1BU14TF

RD RR1DK95TF 580 0 0
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CACAACGTGTTCGACGAAATTCCCCTGAAAGCTCCTTGGAACTCACCGATCATGAAACTT
AGGCGAATCCTCGGTTCCTTTTCGAGTCTCGCTACAGAGAAGCTCTCTTCGTCTTCGTAT
TCTTCCCGTTGCCCGTCGAGACAGATCTTCACGGCGCGGTCATCATCTTCTTCTTCGCAA
CGAAATGCCGGAAGTAACCGCTCAGAAACGTTACCCGGGAACCACGTCAAATGGGCATCG
CTTGGTTCGGTCAGAAACTCGAGATTCGCGTCCGGGTTCTCACCGTTGAAGCCGAAACCG
TTGGATTCGATCATGGATTTGGATAGAGCCAAAACCAAATCGCCGGAGGAGCTTACTTCG
ATCTGGGACGATTATCATTTGGGACGAGGGCATATTGGAATCACTATGAAAGCTCAGCTT
TATCGTTTGTTGGAGCAACGAGCAGCTGAGTGCCGATACTTTGTCATTCCGTTGTGGAGA
GGAAATGGTTACATTACAATGTTTGCTCAAGTTGAAGCGC

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DS 

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CTTTATCGTTTGTTGGAGCAACGAGCAGCTGAGTGCCGATACTTTGTCATTCCGTTGTGG
AGAGGAAATGGTTACATTACAATGTTTGCTCAAGTTGAAGCGCCACACATGATTTTCACT
GGACTCGAAGACTACAAAGCGAGAGGAACTGAAGCGGCTCCTTACTTGACAAGCAAATTT
TACACTGAGCTTTCAGAGACGAAAGACTTGGTGTTTATCCGAGGCGATGTTGTGTTCACA
AGCAAGCTCACAGACGAGGAGGGGAAATGGCTGATGGAGACGGCTCAGTCGTTTTACTTG
AACGACAATCGGTACAAACTGCTCGAGCGGTTCAACAAACATACTCATGAGTTTGAGTTC
AAGGATGTGTTACAAGCTCTGGATATGCCTGTCCTCTGATTTGGTTAAAAATCAGGACTA
AAACTTCTCTGTTTTTCTTTCTTTATGAGATATCATTGTATTAGAATTGCTTGTGGGAAT
ATTAAATTTCCAGAGATTTTGCTCTTAAATAAACGCGCTCTTGAATGA
GC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1BU14JQ 666 0 0
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TCATTTGGGACGAGGGCATATTGGAATCACTATGAAAGCTCAGCTTTATCGTTTGTTGGA
GCAACGAGCAGCTGAGTGCCGATACTTTGTCATTCCGTTGTGGAGAGGAAATGGTTACAT
TACAATGTTTGCTCAAGTTGAAGCGCCACACATGATTTTCACTGGACTCGAAGACTACAA
AGCGAGAGGAACTGAAGCGGCTCCTTACTTGACAAGCAAATTTTACACTGAGCTTTCAGA
GACGAAAGACTTGGTGTTTATCCGAGGCGATGTTGTGTTCACAAGCAAGCTCACAGACGA
GGAGGGGAAATGGCTGATGGAGACGGCTCAGTCGTTTTACTTGAACGACAATCGGTACAA
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TCTGGATATGCCTGTCCTCTGATTTGGTTAAAAATCAGGACTAAAACTTCTCTGTTTTTC
TTTCTTTATGAGATATCATTGTATTAGAATTGCTTGTGGGAATATTAAATTTCCAGAGAT
TTTGCTCTTAAATAAACGCGCTCTTGAATGAACAATTCGAAAATGTGATGTTCTTTTTGG
TGGTGC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1BU14TF 666 0 0
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TCATTTGGGACGAGGGCATATTGGAATCACTATGAAAGCTCAGCTTTATCGTTTGTTGGA
GCAACGAGCAGCTGAGTGCCGATACTTTGTCATTCCGTTGTGGAGAGGAAATGGTTACAT
TACAATGTTTGCTCAAGTTGAAGCGCCACACATGATTTTCACTGGACTCGAAGACTACAA
AGCGAGAGGAACTGAAGCGGCTCCTTACTTGACAAGCAAATTTTACACTGAGCTTTCAGA
GACGAAAGACTTGGTGTTTATCCGAGGCGATGTTGTGTTCACAAGCAAGCTCACAGACGA
GGAGGGGAAATGGCTGATGGAGACGGCTCAGTCGTTTTACTTGAACGACAATCGGTACAA
ACTGCTCGAGCGGTTCAACAAACATACTCATGAGTTTGAGTTCAAGGATGTGTTACAAGC
TCTGGATATGCCTGTCCTCTGATTTGGTTAAAAATCAGGACTAAAACTTCTCTGTTTTTC
TTTCTTTATGAGATATCATTGTATTAGAATTGCTTGTGGGAATATTAAATTTCCAGAGAT
TTTGCTCTTAAATAAACGCGCTCTTGAATGAACAATTCGAAAATGTGATGTTCTTTTTGG
TGGTGC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 4

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GGAGCTAGCTCAGCAGAGCTGAACCAGAAAGTTGGTTTGGTGAATTCATCGGTTGGGTTT
GGTCAAAAGAAACAGACGCTTCCTATGATCAAAGCTCAACAACGAGTTGGTGGTGATGAT
GTTAATGGAAGAAGATCCGCAATGGTGATCTTAGCTGCTACACTCTTCTCCTCTGCTTCT
GCTAATGCTGGTGTCATCGATGAGTATCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACAAAGAACTGAAT
GATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCGAGAGCATTTACTGTCCAGTTC
GGAAGCTGCAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGTTGCCAAGATCTTGCCAAGCAAAAGAAA
GTACCATTCATCTCAGAAGATTTGGCGTTGGAATGCGAAGGCAAAGACAAGTACAAGTGT
GGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCATGTTTTGTTGTCTTTTTTAAATCCATTCTT
TGTATAAACTCAACAGTGTATCTCTCTCCCTCTCTTTATTCATCAAAGTTCTCAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR1EB39TF U 1
AF RR1H065JQ C 29
AF RR1H065TF U 1
AF RR1EB39JQ C 271
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BS 440 440 RR1H065TF
BS 441 653 RR1EB39TF
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GTTAATGGAAGAAGATCCGCAATGGTGATCTTAGCTGCTACACTCTTCTCCTCTGCTTCT
GCTAATGCTGGTGTCATCGATGAGTATCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACAAAGAACTGAAT
GATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCGAGAGCATTTACTGTCCAGTTC
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GTACCATTCATCTCAGAAGATTTGGCGTTGGAATGCGAAGGCAAAGACAAGTACAAGTGT
GGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCATGTTTTGTTGTCTTTTTTAAATCCATTCTT
TGTATAAACTCAACAGTGTATCTCTCTCCCTCTCTTTATTCATCAAAGTTCTC
AC

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DS 

RD RR1H065JQ 627 0 0
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CTGGTTGCCAAGATCTTGCCAAGCAAAAGAAAGTACCATTCATCTCAGAAGATTTGGCGT
TGGAATGCGAAGGCAAAGACAAGTACAAGTGTGGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGAT
CATGTTTTGTTGTCTTTTTTAAATCCATTCTTTGTATAAACTCAACAGTGTATCTCTCTC
TCTCTCTTTATTCATCAAAGTTCTC
GT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1H065TF 655 0 0
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GGAGCTAGCTCAGCAGAGCTGAACCAGAAAGTTGGTTTGGTGAATTCATCGGTTGGGTTT
GGTCAAAAGAAACAGACGCTTCCTATGATCAAAGCTCAACAACGAGTTGGTGGTGATGAT
GTTAATGGAAGAAGATCCGCAATGGTGATCTTAGCTGCTACACTCTTCTCCTCTGCTTCT
GCTAATGCTGGTGTCATCGATGAGTATCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACAAAGAACTGAAT
GATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCGAGAGCATTTACTGTCCAGTTC
GGAAGCTGCAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGTTGCCAAGATCTTGCCAAGCAAAAGAAA
GTACCATTCATCTCAGAAGATTTGGCGTTGGAATGCGAAGGCAAAGACAAGTACAAGTGT
GGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCATGTTTTGTTGTCTTTTTTAAATCCATTCTT
TGTATAAACTCAACAGTGTATCTCTCTCTCTCTCTTTATTCATCAAAGTTCTC
GT

QA 1 653 1 653
DS 

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AACTTTGCGAGAGCATTTACTGTCCAGTTCGGAAGCTGCAAGTTCCCTGGGAATTTCACT
GGTTGCCAAGATCTTGCCAAGCAAAAGAAAGTACCATTCATCTCAGAAGATTTGGCGTTG
GAATGCGAAGGCAAAGACAAGTACAAGTGTGGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCA
TGTTTTGTTGTCTTTTTTAAATCCATTCTTTGTATAAACTCAACAGTGTATCTCTCTCCC
TCTCTTTATTCATCAAAGTTCTCAC

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DS 



AS 1 4

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GGAGATTTCTCTCTTCCTCGATCGTTTTTCTCACTTAGCGGTGGAATCGAACGGTTAGAG
ATGGATCGGAGATGTTTGATGAGCACGTCTGCTTCTGGTACAGCCTCTAAGCCTAGCTCT
GGTGATACGGAGACGAAATCCTCCGGTGAAAACGAGGAATCTGGAGGATCTGATGGCGGT
TCTGATCAGAAAAGCGACCGTGCATCTGGGAAAAACGCTCGTGGAGCGCCGGTTTCGTGG
ATGAGCTTCTTCTTGCTGTTTGCTACTGGAGCTGGACTGGTCTACTACTATGATCGGGAA
AAGAAACGTCATATAGAAGATATAAATACCAATTCTAAAGCCGTCAAGGAGGGACCATCA
GCTGGAAAGGCAGCTATTGGAGGACCATTCAGCCTTATAAGAGATGATGGGAAGCGTATT
ACGGAGAAAGACTTGATGGGGAAATGGACCATCTTATACTTTGGGTTCACTCATTGTCCT
GATATCTGTCCTGACGAGCTTATTAAGCTAGCTGCTGCCATTGACAAAATAAAGGAAAAG
TCGGGAGTGGATGTGGTGCCGGTGTTTATCTCTGTGGATCCTGAAAGAGACACAGTTCAA
CAAGTACATGAATATGTCAAAGAGTTTCATCCGAAATTGATCGGGTTAACCGGGACCCCT
GAAGAAATCAAATCGGTGGCACGTTCGTACCGGGTTTACTACATGAAGACGGAAGAGGAA
GATTCAGACTATCTCGTTGATCACTCCATTGTCATGTACTTGATGAGCCCGGAGATGAAT
TTTGTGAAATTCTACGGGAAGAATCATGACGTTGACTCGTTGACCGACGGTGTTGTAAAA
GAGCTTCGACAGTACCGGAAGTGAAAAGCTTCGAAGAACACTTGAAAGGAAAAGAAAAAG
TGATTAAAAGTTACATAATTCACCATTTTGGATTCTTAGTGATCATTAATAAGAGTTTCT
CAGTACACGGGAGCTTGTGTTTCCTCGAAAAGAAAATTCAGTTTTTGTTTCCTGCACGCA
CAATATAGGAGTAAGCCATCTCTGATGAATTGATAGCTTTTAATACCTGAAAACTTGATG
ATTTACATTAATCTCAAATCAATATATCTTCTTCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DZ94JQ C 622
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T

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CGTTCGTACCGGGTTTACTACATGAAGACGGAAGAGGAAGATTCAGACTATCTCGTTGAT
CACTCCATTGTCATGTACTTGATGAGCCCGGAGATGAATTTTGTGAAATTCTACGGGAAG
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ATATATCTTCTTCGCC

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AS 1 4

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TCTCGTCTTGACTCATAGATTGTCTTCTCTCTCTGTCTCTTAGACGCCGCCTTTCCATCT
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BQ
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AF RR1CF59JQ U 1
AF RR1AD66JQ U 3
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AF RR1AD66TF C 4
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T
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TTGTGACAACAACCCCTCCTGCTGGCCCTTTGATCTCACCAGTCGTTTCACTCGACTCAA
ACGTAGCCCACTTGACATTGCACATCTTGTCATTGCGTTTGTTGCACCAAAACTGCTGCT
TGCCTCTGCACCAGTATTACTCCACTTTCTCAGTGTCCTCGCCAGATGTTTCACACGGCT
AAGCCGTATGGTCCC*ACCAGTTTACCGAACTCCTCCACTGATATTCCCACACTCTGATC
AGAATCAAACAACGAAGGGACAGTACTGCTGTCTCCGGAA*GAAGAGGTGACATCACTGC
AGCTAACTGGCTCCCTTCTCCGGTGATCTCTTGGA*TCTGAGAGCCGATGCGGCTTACCT
CAGCTCTCTGCCTTCGTAGCTGGTAGTTCTTGCGGCGTCGAGCCAAATGCCTTTCCCTCT
CGTCTTGACTCATAGATTGTCTTCTCTCTCTGTCTCTTAGACGCCGCCTTTCCATCTCCT
TCTCCTTCCTGCTTTTCCTCGATTCGTCTCTCTCTTCCTCCATTCTATATTATCACTCGC
AGCAGCTGAACATACGACGGC

QA 2 742 2 742
DS 

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TGTTGCACCAGAACTGCTGCTTGCCTCTGCACCAGTATTACTCCACTTTCTCAGTGTCCT
CGCCAGATGTTTCACACGGCTAAGTCGTATAGTCCCCACCAGTTTACCGAACTCCTCCAC
TGATATTCCCACACTCTGATCAGAATCAAACAAGGAAGGGACAGTACTGCTGTCTCCGGA
ATGAAGAGGCGAGATGACTGCAGCTAACTGGCTCCCTTCTCCGGTGATCTCTTGGAATCT
GAGAGCCGATGCGGCTTACCTCAGCTCTCTGCCTTCGTAGCTGGTAGTTCTTGCGGCGCC
GAGCCGAATGCCTTTCCCTCTCATCTTGGCTCATAGATTGTCTTCTCTCTCTGTCTCTTA
GACGCCGCCTTTCCATCTCCTTCTCCTTCCTGCTTTTCCTCGATTCGTCTCTCTCTTCCT
CCATTCTATATTATCACTCGCAGCAGCT

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DS 

RD RR1AD66TF 835 0 0
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GATATGTCTCCAAAAAGATAATGTGTTCGCTTTTACAAACACGCTAACATATATGATAAT
GAGGCTGGCGTTCAAGTTTGTGAACTCGACTGAAGCAGGGGCCCTTTGTGTTGGTGAGTG
TTGTGACAACAACCCCTCCTGCTGGCCCTTTGATCTCACCAGTCGTTTCACTCGACTCAG
ACGTAGCCCACTTGACATTGCACATCTTGTCATTGCGTTTGTTGCACCAGAACTGCTGCT
TGCCTCTGCACCAGTATTACTCCACTTTCTCAGTGTCCTCGCCAGATGTTTCACACGGCT
AAGCCGTATGGTCCC*ACCAGTTTACCGAACTCCTCCACTGATATTCCCACACTCTGATC
AGAATCAAACAACGAAGGGACAGTACTGCTGTCTCCGGAA*GAAGAGGTGACATCACTGC
AGCTAACTGGCTCCCTTCTCCGGTGATCTCTTGGA*TCTGAGAGCCGATGCGGCTTACCT
CAGCTCTCTGCCTTCGTAGCTGGTAGTTCTTGCGGCGTCGAGCCAAATGCCTTTCCCTCT
CGTCTTGACTCATAGATTGTCTTCTCTCTCTGTCTCTTAGACGCCGCCTTTCCATCTCCT
TCTCCTTCCTGCTTTTCCTCGATTCGTCTCTCTCTTCCTCCATTCTATATTATCACTCGC
AGCAGCTGAACATACGACGGCGATCAAGGGAATGAAGAGGAGGAGGAGGATTCGACGAAC
GTTTCTCCCTACAAACTTTCCTCTAAGACTAAATTTTTTATTAATTCGATTTTCC

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 3

CO CL3238Contig1 1213 3 28 U
GGACCCGAGAACTCCCCGGCCACAAAACAAACAATCAAAAGAAATGGAAACTTCCCGTTT
CACCCTTCCCCTTCTTCTCATCGCCTTCTCCTTCCTCCTCACTCTCTCCGCCCAAATGAC
CGGAAACTTCAAATGCGGCGAACGAGGAGACTCACCATCCACGTGTCGCTCTCTCGTCGG
TTACTCAAGCAAGCAAGCCACGACCTACGGCAATATCCAAACCCTCTTCGCTGTCAAGAA
GCTCCGTTCGATCCTCGAAGCCAACAACCTCCCACTCTCAACCCAACGCACTCAGGGCGT
GAACCCGAACCAGGTCGTACGCGTCCCGATCCCTTGCTCGTGCTCAAACGGAACCGGCGT
GTCGAACCGGACTCCGGTTTACACCGTCAAGAAGGGAGACACGCTCTACTTCATCGCATC
TGAGATTTTCGGAGGGTTGGTTCAGTACCAGAGGATCAGTGACCTGAACAGGATTCCCGA
CGCAAGCGAAATCGATGTGGGTCAAAGGTTTTGGATACCTTTGCCTTGTAGCTGCGATAA
GTTGAACGGTCAAGATGTTGTCCACTATGCGCACGTGGTCAAATCCGGAAGCTCCCTCGG
TGAGATCGCAGCTCAGTTTGGTACTGACAACACGACGTTGGCTCAGCTCAATGGGATCTC
CGGCGATGCTCAGCTCCTCGCTGATTACCCTCTTAACGTACCTCTCAGAGCTTGTAACTC
TTCCGTGCGGGCCGACTCGTTGGACGCCAAAATGCTTCTACCTAACAGCTCATACTCCAT
CACTGCAAATAATTGCATCAGGTGTTCTTGTCAAGCTTCGAATAATTGGACTTTAAGCTG
TGAAGCCTCTCAGCTTAAGCCTTCGTCGACCTGGCAGACTTGCCCGTCTCCGCGATGTGA
AGGAGCAGAGAGTTTGTTTGTAGGTAACACGACAAATACCTCTTGCGGACCTCGTTCTTG
CGCCTATGCTGGTTACTCCAACCAGACAATCTTAACAGCCCTTTCTCCAGATCCATGTTC
AGGTTCTGGCGGTTCTGGACCTCCTGGCAACTATGCTTCAACAACGTTGAGCTCAAGTTT
CAGTTATGTGGTAATGTTGATTCAGTGTGCTCTGATCTGTATGTCTTCTCTAGCGATGTA
ATAATGGTTTGGTGTATGTGAGGTGTGCACTTAAGTACAGTTCGGATTGTAATAAAAAAA
ATGGTTCCACGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FF46TF U 1
AF RR1CW61TF U 145
AF RR1CW61JQ C 529
BS 1 156 RR1FF46TF
BS 157 157 RR1CW61TF
BS 158 279 RR1FF46TF
BS 280 280 RR1CW61TF
BS 281 321 RR1FF46TF
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BS 491 660 RR1FF46TF
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BS 662 705 RR1FF46TF
BS 706 706 RR1CW61TF
BS 707 723 RR1FF46TF
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BS 729 740 RR1FF46TF
BS 741 741 RR1CW61TF
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BS 752 752 RR1CW61TF
BS 753 788 RR1FF46TF
BS 789 1213 RR1CW61JQ

RD RR1FF46TF 795 0 0
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CACCCTTCCCCTTCTTCTCATCGCCTTCTCCTTCCTCCTCACTCTCTCCGCCCAAATGAC
CGGAAACTTCAAATGCGGCGAACGAGGAGACTCACCCTCCACGTGTCGCTCTCTCGTCGG
TTACTCAAGCAAGCAAGCCACGACCTACGGCAATATCCAAACCCTCTTCGCTGTCAAGAA
GCTCCGTTCGATCCTCGAAGCCAACAACCTCCCACTCTCCACCCAACGCACTCAGGGCGT
GAACCCGAACCAGGTCGTACGTGTCCCGATCCCTTGCTCGTGCTCAAACGGAACCGGCGT
GTCGAACCGGACTCCGGTTTACACCGTCAAGAAGGGAGACACGCTCTTCTTCGTCGCATC
TGAGATTTTCGGAGGGTTGGTTCAGTACCAGAGGATCAGTGACCTGAACGGGATTCCCGA
CGCAAGCGAGATCGATGTGGGTCAAAGGTTTTGGATACCTTTGCCTTGTAGCTGCGATAA
GTTGAACGGTCAAGATGTTGTCCACTATGCGCACGTGGTCAAATCCGGAAGCTCCCTCGG
TGAGATCGCAGCTCAGTTTGGTACTGACAACACGACGTTGGCTCAGCTCAATGGGATCTC
TGGCGATGCTCAGCTCCTCGCTGATTACCCTCTTAACGTACCTCTGAGAGCTTGTAACTC
TTCGGTGGGGGCCGACTCGT*GGACGCCAAA*TGCTTCTACCTAACAGCTCATACTCCAT
CACTGCAA
TATTGCA

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1CW61TF 655 0 0
G
GGAGACTCACCATCCACGTGTCGCTCTCTCGTCGGTTACTCAAGCAAGCAAGCCACGACC
TACGGCAATATCCAAACCCTCTTCGCTGTCAAGAAGCTCCGTTCGATCCTTGAAGCCAAC
AACCTCCCACTCTCAACCCAACGCACTCAGGGCGTGAACCCGAACCAGGTCGTACGCGTC
CCGATCCCTTGCTCGTGCTCAAACGGAACCGGCGTGTCGAACCGGACTCCGGTTTACACC
GTCAAGAAGGGAGACACGCTCTACTTCATCGCATCTGAGATTTTCGGAGGGTTGGTTTAG
TACCAGAGGATCAGTGACCTGAACAGGATTCCCGACGCAAGCGAAATCGATGTGGGTCAA
AGGTTTTGGATACCTTTGCCTTGTAGCTGCGATAAGTTGAACGGTCAAGATGTTGTCCAC
TATGCGCACGTGGTCAAATCCGGAAGCTCCCTCGGTGAGATCGCAGCTCAGTTTGGTACT
GACAACACGACGTTGGCTCAGCTCAATGGGATCTCCGGCGATGCTCAGCTCCTCGCTGAT
TACCCTCTTAACGTACCTCTCAGAGCTTGTAACTCTTCCGTGCGGGCCGACTCGTTGGAC
GCCAAAATGCTTCTACCTAACAGCTCATACTCCATCACTGCAA
ATAATTGCATC

QA 2 644 2 644
DS 

RD RR1CW61JQ 685 0 0
TAGCTGCGATAAGTTGAACGGTCAAGATGTTGTCCACTATGCGCACGTGGTCAAATCCGG
AAGCTCCCTCGGTGAGATCGCAGCTCAGTTTGGTACTGACAACACGACGTTGGCTCAGCT
CAATGGGATCTCCGGCGATGCTCAGCTCCTCGCTGATTACCCTCTTAACGTACCTCTCAG
AGCTTGTAACTCTTCCGTGCGGGCCGACTCGTTGGACGCCAAAATGCTTCTACCTAACAG
CTCATACTCCATCACTGCAAATAATTGCATCAGGTGTTCTTGTCAAGCTTCGAATAATTG
GACTTTAAGCTGTGAAGCCTCTCAGCTTAAGCCTTCGTCGACCTGGCAGACTTGCCCGTC
TCCGCGATGTGAAGGAGCAGAGAGTTTGTTTGTAGGTAACACGACAAATACCTCTTGCGG
ACCTCGTTCTTGCGCCTATGCTGGTTACTCCAACCAGACAATCTTAACAGCCCTTTCTCC
AGATCCATGTTCAGGTTCTGGCGGTTCTGGACCTCCTGGCAACTATGCTTCAACAACGTT
GAGCTCAAGTTTCAGTTATGTGGTAATGTTGATTCAGTGTGCTCTGATCTGTATGTCTTC
TCTAGCGATGTAATAATGGTTTGGTGTATGTGAGGTGTGCACTTAAGTACAGTTCGGATT
GTAATAAAAAAAATGGTTCCACGTG

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 4

CO CL3239Contig1 715 4 4 U
CTCCAGCCTGAAGCTGAATCCAAATGTATAATGTAGCTTCCGTTTATAAAAAGGAGACTA
ATGGTGTATGATAGATAACAACATGATTAACATAATAATAGTAAAAACATGAAACGCGCT
CTATTGGATGAAATAGCCACTCAAGAAAAGCAGGAAAAAGAGGAGGAGACTCCCGAAGAT
CAAAGCAGTCTTCTGACCAGAGGTAAGTGCGTTACCCCCAAGCCCATATTGTTGATTCTG
AGCAAAACCCGCAATCTCAACCATTTTACTCTCGAAGAAACTCTGAGCTGCTCCACAAGT
TGGACATCTCCAGTCTTCAGGCAACTTGTCAAACTGGAACCCAGGAGGGATCGGGTACGA
CGGATCACCCGCGGACTCGTCATACTTGTACCCGCACGATCTGCACTCGTAGATTCCAGT
GTTCAGAACGGCGAATTTCTCCTCCTCTCTTCTTCGTGTCTCAACCGCATCTTCTTCGAG
TTCAGGCGTTGTGGCGTCGTCCCTTGAAACGGCTGAGAAGCGGGAAGGCGTAGATTGGTA
ACTCGGGGTGATGAAGATTTTGTGGTGAAGCTGCTGTTGTGTCTTGCCATAAAACTGTGT
CGGTCTGAGGGAAAAAGAAGAAGAATGGAACTGAGCGATAGGAGAGAAGGAGAACATAGC
GGTCGCCATGTTTTTATTGGTTTAAATTTTTTGGTTTGTTCATTGTTTGGAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EF87JQ U 1
AF RR1BV38JQ U 26
AF RR1BV38TF C 26
AF RR1EF87TF C 406
BS 1 381 RR1EF87JQ
BS 382 382 RR1BV38JQ
BS 383 689 RR1EF87JQ
BS 690 715 RR1BV38JQ

RD RR1EF87JQ 691 0 0
CTCCAGCCTGAAGCTGAATCCAAATGTATAATGTAGCTTCCGTTTATAAAAAGGAGACTA
ATGGTGTATGATAGATAACAACATGATTAACATAATAATAGTAAAAACATGAAACGCGCT
CTATTGGATGAAATAGCCACTCAAGAAAAGCAGGAAAAAGAGGAGGAGACTCCCGAAGAT
CAAAGCAGTCTTCTGACCAGAGGTAAGTGCGTTACCCCCAAGCCCATATTGTTGATTCTG
AGCAAAACCCGCAATCTCAACCATTTTACTCTCGAAGAAACTCTGAGCTGCTCCACAAGT
TGGACATCTCCAGTCTTCAGGCAACTTGTCAAACTGGAACCCAGGAGGGATCGGGTACGA
CGGATCACCCGCGGACTCGTCGTACTTGTACCCGCACGATCTGCACTCGTAGATTCCAGT
GTTCAGAACGGCGAATTTCTCCTCCTCTCTTCTTCGTGTCTCAACCGCATCTTCTTCGAG
TTCAGGCGTTGTGGCGTCGTCCCTTGAAACGGCTGAGAAGCGGGAAGGCGTAGATTGGTA
ACTCGGGGTGATGAAGATTTTGTGGTGAAGCTGCTGTTGTGTCTTGCCATAAAACTGTGT
CGGTCTGAGGGAAAAAGAAGAAGAATGGAACTGAGCGATAGGAGAGAAGGAGAACATAGC
GGTCGCCATGTTTTTATTGGTTTAAATTT
CC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1BV38JQ 690 0 0
GTATAATGTAGCTTCCGTTTATAAAAAGGAGACTAATGGTGTATGATAGATAACAACATG
ATTAACATAATAATAGTAAAAACATGAAACGCGCTCTATTGGATGAAATAGCCACTCAAG
AAAAGCAGGAAAAAGAGGAGGAGACTCCCGAAGATCAAAGCAGTCTTCTGACCAGAGGTA
AGTGCGTTACCCCCAAGCCCATATTGTTGATTCTGAGCAAAACCCGCAATCTCAACCATT
TTACTCTCGAAGAAACTCTGAGCTGCTCCACAAGTTGGACATCTCCAGTCTTCAGGCAAC
TTGTCAAACTGGAACCCAGGAGGGATCGGGTACGACGGATCACCCGCGGACTCGTCATAC
TTGTACCCGCACGATCTGCACTCGTAGATTCCAGTGTTCAGAACGGCGAATTTCTCCTCC
TCTCTTCTTCGTGTCTCAACCGCATCTTCTTCGAGTTCAGGCGTTGTGGCGTCGTCCCTT
GAAACGGCTGAAAAGCGGGAAGGCGTAAATTGGTAACTCGGGGTGATGAAGATTTTGTGG
TGAAGCTGCTGTTGTGTCTTGCCATAAAACTGTGTCGGTCTGAGGGAAAAAGAAGAAGAA
TGGAACTGAGCGATAGGAGAGAAGGAGAACATAGCGGTCGCCATGTTTTTATTGGTTTAA
ATTTTTTGGTTTGTTCATTGTTTGGAGACC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1BV38TF 690 0 0
GTATAATGTAGCTTCCGTTTATAAAAAGGAGACTAATGGTGTATGATAGATAACAACATG
ATTAACATAATAATAGTAAAAACATGAAACGCGCTCTATTGGATGAAATAGCCACTCAAG
AAAAGCAGGAAAAAGAGGAGGAGACTCCCGAAGATCAAAGCAGTCTTCTGACCAGAGGTA
AGTGCGTTACCCCCAAGCCCATATTGTTGATTCTGAGCAAAACCCGCAATCTCAACCATT
TTACTCTCGAAGAAACTCTGAGCTGCTCCACAAGTTGGACATCTCCAGTCTTCAGGCAAC
TTGTCAAACTGGAACCCAGGAGGGATCGGGTACGACGGATCACCCGCGGACTCGTCATAC
TTGTACCCGCACGATCTGCACTCGTAGATTCCAGTGTTCAGAACGGCGAATTTCTCCTCC
TCTCTTCTTCGTGTCTCAACCGCATCTTCTTCGAGTTCAGGCGTTGTGGCGTCGTCCCTT
GAAACGGCTGAGAAGCGGGAAGGCGTAGATTGGTAACTCGGGGTGATGAAGATTTTGTGG
TGAAGCTGCTGTTGTGTCTTGCCATAAAACTGTGTCGGTCTGAGGGAAAAAGAAGAAGAA
TGGAACTGAGCGATAGGAGAGAAGGAGAACATAGCGGTCGCCATGTTTTTATTGGTTTAA
ATTTTTTGGTTTGTTCATTGTTTGGAGACC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1EF87TF 286 0 0
CTCGTAGATTCCAGTGTTCAGAACGGCGAATTTCTCCTCCTCTCTTCTTCGTGTCTCAAC
CGCATCTTCTTCGAGTTCAGGCGTTGTGGCGTCGTCCCTTGAAACGGCTGAGAAGCGGGA
AGGCGTAGATTGGTAACTCGGGGTGATGAAGATTTTGTGGTGAAGCTGCTGTTGTGTCTT
GCCATAAAACTGTGTCGGTCTGAGGGAAAAAGAAGAAGAATGGAACTGAGCGATAGGAGA
GAAGGAGAACATAGCGGTCGCCATGTTTTTATTGGTTTAAATTT
CC

QA 1 284 1 284
DS 



AS 1 4

CO CL3240Contig1 612 4 4 U
GGGAGAGAGAGAGGGAGGGAGAAAGGAAGAAGCGAAACCCTAAAAAGAATCGGTGATGCA
GTTTGTGAGATCCGTGGGTGAGCAGTGTTATCGCCGAGGAAGCCCACTCGGGCGTCGAGA
TTTCTCTTCTTGGACGCGGCGTAGTTTGCACAATGGACCTAAAGGAATGGCGAATCGTAC
TCCTGAGAAACCAGTTGGACCACATGGCTCTATGGCACCTGGCCTAGCATTCTCTTTTGG
ATTTACTGGCTACCTGATCTGGCAAATGGTTGAGGTTAGACGAATGTCAAAAGCTGCGGA
CAAGGATATCGAATATCGCAGAGAAGCCCGTCTGAGGAACATCCGTATTTGTGAAGGACA
CCGGGAGATATCCAGGCTCAGGGATAAAAATAAAGCTGAAGCTGAAGCTAAAGCTAATAA
TAATTAAGGATGGTTGGTTTCCTGCAAGCTATTAGCATGGTTGGTTTGTTTGTAATTGTT
AAATTTCGTTTGGACTGCGTGATGTGACTCTGTTTTTTTCCTTATCTATCTTCTGTGTGT
GGAGACACTCTCTGTCATGCGTAATGTGTTGAGAATATTTTGTTATTTTACCTTATAAAT
TGTGTGTCCTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F935TF U 1
AF RR1F422TF U 17
AF RR1F422JQ C 17
AF RR1GW73TF U 8
BS 1 509 RR1F935TF
BS 510 510 RR1F422TF
BS 511 594 RR1F935TF
BS 595 612 RR1GW73TF

RD RR1F935TF 594 0 0
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GTTTGTGAGATCCGTGGGTGAGCAGTGTTATCGCCGAGGAAGCCCACTCGGGCGTCGAGA
TTTCTCTTCTTGGACGCGGCGTAGTTTGCACAATGGACCTAAAGGAATGGCGAATCGTAC
TCCTGAGAAACCAGTTGGACCACATGGCTCTATGGCACCTGGCCTAGCATTCTCTTTTGG
ATTTACTGGCTACCTGATCTGGCAAATGGTTGAGGTTAGACGAATGTCAAAAGCTGCGGA
CAAGGATATCGAATATCGCAGAGAAGCCCGTCTGAGGAACATCCGTATTTGTGAAGGACA
CCGGGAGATATCCAGGCTCAGGGATAAAAATAAAGCTGAAGCTGAAGCTAAAGCTAATAA
TAATTAAGGATGGTTGGTTTCCTGCAAGCTATTAGCATGGTTGGTTTGTTTGTAATTGTT
AAATTTCGTTTGGACTGCGTGATGTGACTGTGTTTTTTTCCTTATCTATCTTCTGTGTGT
GGAGACACTCTCTGTCATGCGTAATGTGTTGAGAATATTTTGTTATTTTACCTT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1F422TF 584 0 0
GGGAGAAAGGAAGAAGCGAAACCCTAAAAAGAATCGGTGATGCAGTTTGTGAGATCCGTG
GGTGAGCAGTGTTATCGCCGAGGAAGCCCACTCGGGCGTCGAGATTTCTCTTCTTGGACG
CGGCGTAGTTTGCACAATGGACCTAAAGGAATGGCGAATCGTACTCCTGAGAAACCAGTT
GGACCACATGGCTCTATGGCACCTGGCCTAGCATTCTCTTTTGGATTTACTGGCTACCTG
ATCTGGCAAATGGTTGAGGTTAGACGAATGTCAAAAGCTGCGGACAAGGATATCGAATAT
CGCAGAGAAGCCCGTCTGAGGAACATCCGTATTTGTGAAGGACACCGGGAGATATCCAGG
CTCAGGGATAAAAATAAAGCTGAAGCTGAAGCTAAAGCTAATAATAATTAAGGATGGTTG
GTTTCCTGCAAGCTATTAGCATGGTTGGTTTGTTTGTAATTGTTAAATTTCGTTTGGACT
GCGTGATGTGACTCTGTTTTTTTCCTTATCTATCTTCTGTGTGTGGAGACACTCTCTGTC
ATGCGTAATGTGTTGAGAATATTTTGTTATTTTACCTT
ATAAAA

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1F422JQ 580 0 0
GGGAGAAAGGAAGAAGCGAAACCCTAAAAAGAATCGGTGATGCAGTTTGTGAGATCCGTG
GGTGAGCAGTGTTATCGCCGAGGAAGCCCACTCGGGCGTCGAGATTTCTCTTCTTGGACG
CGGCGTAGTTTGCACAATGGACCTAAAGGAATGGCGAATCGTACTCCTGAGAAACCAGTT
GGACCACATGGCTCTATGGCACCTGGCCTAGCATTCTCTTTTGGATTTACTGGCTACCTG
ATCTGGCAAATGGTTGAGGTTAGACGAATGTCAAAAGCTGCGGACAAGGATATCGAATAT
CGCAGAGAAGCCCGTCTGAGGAACATCCGTATTTGTGAAGGACACCGGGAGATATCCAGG
CTCAGGGATAAAAATAAAGCTGAAGCTGAAGCTAAAGCTAATAATAATTAAGGATGGTTG
GTTTCCTGCAAGCTATTAGCATGGTTGGTTTGTTTGTAATTGTTAAATTTCGTTTGGACT
GCGTGATGTGACTCTGTTTTTTTCCTTATCTATCTTCTGTGTGTGGAGACACTCTCTGTC
ATGCGTAATGTGTTGAGAATATTTTGTTATTTTACCTT
CT

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1GW73TF 605 0 0
G
GAGAGGGAGGGAGAAAGGAAGAAGCGAAACCCTAAAAAGAATCGGTGATGCAGTTTGTGA
GATCCGTGGGTGAGCAGTGTTATCGCCGAGGAAGCCCACTCGGGCGTCGAGATTTCTCTT
CTTGGACGCGGCGTAGTTTGCACAATGGACCTAAAGGAATGGCGAATCGTACTCCTGAGA
AACCAGTTGGACCACATGGCTCTATGGCACCTGGCCTAGCATTCTCTTTTGGATTTACTG
GCTACCTGATCTGGCAAATGGTTGAGGTTAGACGAATGTCAAAAGCTGCGGACAAGGATA
TCGAATATCGCAGAGAAGCCCGTCTGAGGAACATCCGTATTTGTGAAGGACACCGGGAGA
TATCCAGGCTCAGGGATAAAAATAAAGCTGAAGCTGAAGCTAAAGCTAATAATAATTAAG
GATGGTTGGTTTCCTGCAAGCTATTAGCATGGTTGGTTTGTTTGTAATTGTTAAATTTCG
TTTGGACTGCGTGATGTGACTGTGTTTTTTTCCTTATCTATCTTCTGTGTGTGGAGACAC
TCTCTGTCATGCGTAATGTGTTGAGAATATTTTGTTATTTTACCTTATAAATTGTGTGTC
CTTA

QA 2 605 2 605
DS 



AS 2 4

CO CL3241Contig1 687 2 2 U
GGGGCACATGTCTCCTCTCTCCTCTAATTCCGCCGTCGTCTGTACTTTCACCGGTGCAGG
AGATCGAAATGACAACAGTTCCAGGACAGCTAGTCTGGGAGATCGTGAAGAGAAACAACT
GTTTCTTGGTCAAACAGTTCGGTAGAGGCAATGCCAAAGTTCAGTTCAGCAAAGAGAGCA
ACAACCTCTGCAACCTCAACTCTTATAAGCACTCTGGTTTGGCGAACAAGAAGACAGTGA
CCATTCAGGTAGCTGACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGAAGC
AGAACAAGCCTAAGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCTAGGATGG
CCAAAGCTGTTGCTAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAGAAGGCAG
CACTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAGGGTATTAGAGTCGCCAAGTCTGGTCCCAAGA
GGAGGAACAGGCAGGCCTGAAGAACCCACCACTGAACGAACATTTTTACTTCTTAAAAAA
AAGTTTGTTTTGAGAGTTTCAGACAGTGCTTGTAGGTTAAAAATTATTTTTTGGATAGCT
GAGAGAATCTTTGCTTGAAACACCTCCATTGTTACCCTTCTCTCACAAAATGATATTTAA
AAGTATTTTTTAATATTGTATTGCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BJ43JQ C 1
AF RR1BJ43TF U 1
BS 1 15 RR1BJ43JQ
BS 16 687 RR1BJ43TF

RD RR1BJ43JQ 687 0 0
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AGATCGAAATGACAACAGTTCCAGGACAGCTAGTCTGGGAGATCGTGAAGAGAAACAACT
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ACAACCTCTGCAACCTCAACTCTTATAAGCACTCTGGTTTGGCGAACAAGAAGACAGTGA
CCATTCAGGTAGCTGACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGAAGC
AGAACAAGCCTAAGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCTAGGATGG
CCAAAGCTGTTGCTAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAGAAGGCAG
CACTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAGGGTATTAGAGTCGCCAAGTCTGGTCCCAAGA
GGAGGAACAGGCAGGCCTGAAGAACCCACCACTGAACGAACATTTTTACTTCTTAAAAAA
AAGTTTGTTTTGAGAGTTTCAGACAGTGCTTGTAGGTTAAAAATTATTTTT*GGATAGCT
GAGAGAATCTTTGCTTGAAACACCTCCATTGTTACCCTTCTCTCACAAAATGATATTTAA
AAGTATTTTTTAATATTGTATTGCAGC

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1BJ43TF 687 0 0
GGGGCACATGTCTCC
TCTCTCCTCTAATTCCGCCGTCGTCTGTACTTTCACCGGTGCAGGAGATCGAAATGACAA
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AGTTCGGTAGAGGCAATGCCAAAGTTCAGTTCAGCAAAGAGAGCAACAACCTCTGCAACC
TCAACTCTTATAAGCACTCTGGTTTGGCGAACAAGAAGACAGTGACCATTCAGGTAGCTG
ACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGAAGCAGAACAAGCCTAAGC
TCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCTAGGATGGCCAAAGCTGTTGCTA
ACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAGAAGGCAGCACTTGCTAGGCTCA
GCGTGATCAGCAAGGGTATTAGAGTCGCCAAGTCTGGTCCCAAGAGGAGGAACAGGCAGG
CCTGAAGAACCCACCACTGAACGAACATTTTTACTTCTTAAAAAAAAGTTTGTTTTGAGA
GTTTCAGACAGTGCTTGTAGGTTAAAAATTATTTTTTGGATAGCTGAGAGAATCTTTGCT
TGAAACACCTCCATTGTTACCCTTCTCTCACAAAATGATATTTAAAAGTATTTTTTAATA
TTGTATTGCAGC

QA 16 687 16 687
DS 



CO CL3241Contig2 728 2 2 U
GGGCACTAGTCTCCTTCTCTCCTATAATTCCGCCGTCGTCTGTAGTACTTTCACTGGTGC
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GCGACAACCTCTGCAACCTCAACTCTTACAAGCACTCTGGTTTGGCGAACAAGAAGACAG
TGACCATTCAGGTAGCTGACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGA
AGCAGAACAAGCCTAAGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCTAGGA
TGGCCAAAGCTGTTGCCAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAGAAGG
CAGCACTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAGGGTATTAGAGTCGCCAAATCTGGTCCCA
AGAGGAGGAACAGGCAGGCTTAAAGAATCCACCACTCAACGAACATTTTACTTCTAAAAA
AAAGTTTGTTTTGAGAGTTTCAGACAGTGCTTGTAGGTTAAAAGATTATTTTTGGATAGC
TGAGAATCTTGCTTGAAACACCTCCTTTTCTCACAAAATGATACTAAAAACTATTTTTAA
TATTGTATTCCAGCTAAAGAGTGCCATATCTTGTAGAATCTGAAATGAATTAAAGAATAG
GTTAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH84TF U 1
AF RR1GH84JQ C 409
BS 1 602 RR1GH84TF
BS 603 728 RR1GH84JQ

RD RR1GH84TF 602 0 0
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GCGACAACCTCTGCAACCTCAACTCTTACAAGCACTCTGGTTTGGCGAACAAGAAGACAG
TGACCATTCAGGTAGCTGACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGA
AGCAGAACAAGCCTAAGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCTAGGA
TGGCCAAAGCTGTTGCCAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAGAAGG
CAGCACTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAGGGTATTAGAGTCGCCAAATCTGGTCCCA
AGAGGAGGAACAGGCAGGCTTAAAGAATCCACCACTCAACGAACATTTTACTTCTAAAAA
AAAGTTTGTTTTGAGAGTTTCAGACAGTGCTTGTAGGTTAAAAGATTATTTTTGGATAGC
TG

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1GH84JQ 320 0 0
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AATCTGGTCCCAAGAGGAGGAACAGGCAGGCTTAAAGAATCCACCACTCAACGAACATTT
TACTTTTAAAAAAAAGTTTGTTTTGAGAGTTTCAGACAGTGCTTGTAGGTTAAAAGATTA
TTTTTGGATAGCTGAGAATCTTGCTTGAAACACCTCCTTTTCTCACAAAATGATACTAAA
AACTATTTTTAATATTGTATTCCAGCTAAAGAGTGCCATATCTTGTAGAATCTGAAATGA
ATTAAAGAATAGGTTAAACC

QA 1 320 1 320
DS 



AS 2 4

CO CL3242Contig1 372 2 1 U
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CAAAATCATGCATCATTTATATATCATCTTCTACATTTTGTACGTATGTGCGCGACATCA
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ATTAAACTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BW77TF U 1
AF RR1BW77JQ C 82
BS 1 372 RR1BW77TF

RD RR1BW77TF 372 0 0
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GGGCGGTTCTGGGGAGCGTGAGCGACTACTGTGCGCATCATGCTCATTGCTCGGTGATGA
TCGTGAAGAAGCCAAAGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAACCCAAGCTGTGTATCTC
AGTCAAATTAAGGCAAGGTCTCATCTGCATAGTCAAATAAAATGCGAAACGATCCAAAGA
CAAAATCATGCATCATTTATATATCATCTTCTACATTTTGTACGTATGTGCGCGACATCA
AATACTTGTGTGTAAGTTGTAACAATATTGTTTTATTGCATGACATGTACTCTTATATCC
ATTAAACTATTT

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR1BW77JQ 291 0 0
GGGAT
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TGATGATCACCCAACAACCCAAGCTGTGTATTTCAGTCAAATTAAGGCAAGGTTTCATTT
GCATAGTCAAATAAAATGGGAAACGATCCAAAGACAAAATCATGCATCATTTATATATCA
TTTTTTACATTTTGTACGTATGTGCGGGACATCAAATACTTGTGTGTAAGTTGTAACAAT
ATTGTTTTATTGCATGACATGTACTTTTATATCCATTAAACTATTT

QA 6 291 6 291
DS 



CO CL3242Contig2 705 2 1 U
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GCACTTACGCCTTGGAGTGGGCCCTCGATCGTTTCTTCGTTCCCTTCGCTCCTTATTTTC
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GTCCCGGAACTGCGGAGGTTGTGCCTTATGTTAATTCCAATTTGAAGCATATGGCTGCTA
GGGTTATCGAGATGGCCAAAGGAATCTGTCAGAGCAAATCTGTTCATGGCGCTAAGTTGG
AAGTTTTTGAAGGTGATGCAAGAAGTATCCTGTGCGATGTTGTGGATAAACACCATGCTT
CTCTTCTTGTCGTGGGAAGCCACGGTTATGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTCTGGGGAGCG
TGAGCGACTACTGTGCGCATCATGCTCATTGCTCGGTGATGATCGTGAAGAAGCCAAAGA
TCAAGGTCTGATGATCACCCAACAACCCAAGCTGTGTATCTCAGTCAAATTAAGGCAAGG
TCTCATCTGCATAGTCAAATAAAATGCGAAAGGATCCAAAGACAAACTCATGTATCATTT
ATATATCATCTTCTACATTTTGTACGTATGTGCGCGACATCAAATACTTGTGTGTAACAT
TGTTTTATTGCATGACATGTACTCTTATATCCATTAAACTATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C639TF U 1
AF RR1C639JQ C 29
BS 1 705 RR1C639TF

RD RR1C639TF 705 0 0
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GCACTTACGCCTTGGAGTGGGCCCTCGATCGTTTCTTCGTTCCCTTCGCTCCTTATTTTC
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GTCCCGGAACTGCGGAGGTTGTGCCTTATGTTAATTCCAATTTGAAGCATATGGCTGCTA
GGGTTATCGAGATGGCCAAAGGAATCTGTCAGAGCAAATCTGTTCATGGCGCTAAGTTGG
AAGTTTTTGAAGGTGATGCAAGAAGTATCCTGTGCGATGTTGTGGATAAACACCATGCTT
CTCTTCTTGTCGTGGGAAGCCACGGTTATGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTCTGGGGAGCG
TGAGCGACTACTGTGCGCATCATGCTCATTGCTCGGTGATGATCGTGAAGAAGCCAAAGA
TCAAGGTCTGATGATCACCCAACAACCCAAGCTGTGTATCTCAGTCAAATTAAGGCAAGG
TCTCATCTGCATAGTCAAATAAAATGCGAAAGGATCCAAAGACAAACTCATGTATCATTT
ATATATCATCTTCTACATTTTGTACGTATGTGCGCGACATCAAATACTTGTGTGTAACAT
TGTTTTATTGCATGACATGTACTCTTATATCCATTAAACTATTTC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1C639JQ 677 0 0
TATGGTCGTCGGTATCGACGAAAGCGAGCAGAGCACTTACGCCTTGGAGTGGGCCCTCGA
TCGTTTCTTCGTTCCCTTCGCTCCTTATTTTCCCTTCGAGCTCTTCATCGTCCATGCCAA
ACCTAACACTGTCTCTGCCGTTGGCCTCGCTGGTCCCGGAACTGCGGAGGTTGTGCCTTA
TGTTAATTCCAATTTGAAGCATATGGCTGCTAGGGTTATCGAGATGGCCAAAGGAATCTG
TCAGAGCAAATCTGTTCATGGCGCTAAGTTGGAAGTTTTTGAAGGTGATGCAAGAAGTAT
CCTGTGCGATGTTGTGGATAAACACCATGCTTCTCTTCTTGTCGTGGGAAGCCACGGTTA
TGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTCTGGGGAGCGTGAGCGACTACTGTGCGCATCATGCTCA
TTGCTCGGTGATGATCGTGAAGAAGCCAAAGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAACCC
AAGCTGTGTATCTCAGTCAAATTAAGGCAAGGTCTCATCTGCATAGTCAAATAAAATGCG
AAAGGATCCAAAGACAAACTCATGTATCATTTATATATCATCTTCTACATTTTGTACGTA
TGTGCGCGACATCAAATACTTGTGTGTAACATTGTTTTATTGCATGACATGTACTCTTAT
ATCCATTAAACTATTTC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 4

CO CL3243Contig1 730 4 6 U
TGATCATCAATACAATACTAAGAAGCTTCATCAAAAGTTTCAATATTTGAAACTCACATT
GGAAAGATCGACACTTTTAAAAAGGCACTTATGATAATGGAACGAACTGACTAGTTATTA
TTACCGACGGCTCTTACACATAGTCTTGCGTTTCTGCATATTTGCAGTACAAAGTTTCAG
AACAAAGTCTCTGTCTTGGTTGCAGTTTTTGATGGGTTCACTGGTTCAGAATGAAGAAAA
CTGTTCGTGGTTTTTGCTGGAGGAGCTTCATGTGCATACTGGAATAGACCATTATTGGTT
TTGCTTGCGGTATTCGGTGGCTGCACTGGTACAACATGAAGCAAACGTTTTGTGGTTTCT
GCCGGAGGAGCTTCATGTGCAGACTGGAACATACCCTTGGTTTTTCTTGCAGTATTTGTT
GGCGTCACAGGTTCAGAATGAAGGAAACTGTTTGTGGTTTTGCCTGGAGGAGCTTCATGT
GCAGACTGGAGCAGATCCTTGGTTTTGGTTGCGGTGTTTGGTGGCTTCACAGGTACAACA
TGAAGCAAAGGTTTAGTGGTTTCTGCCGGAGGAGCTTCATGTGCAGACTGGAACATACCC
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AGACCCAACGATATCACGAGAGCTAAATAAAGTTTTGTCATTGCTAGCTAGTTTGGAAAC
TGTGAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E083JQ U 39
AF RR1E776JQ U 1
AF RR1E083TF C 4
AF RR1E776TF C 47
BS 1 179 RR1E776JQ
BS 180 180 RR1E083JQ
BS 181 228 RR1E776JQ
BS 229 229 RR1E083JQ
BS 230 682 RR1E776JQ
BS 683 730 RR1E083TF

RD RR1E083JQ 617 0 0
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CACTGGTTCAGAATGAAGAAAACTGTTCGTGGTTTTTGCTGGAGGAGCTTCATGTGCATA
CTGGAATAGACCATTATTGGTTTTGCTTGCGGTATTCGGTGGCTGCACTGGTACAACATG
AAGCAAACGTTTTGTGGTTTCTGCCGGAGGAGCTTCATGTGCAGACTGGAACATACCCTT
GGTTTTTCTTGCAGTATTTGTTGGCGTCACAGGTTCAGAATGAAGGAAACTGTTTGTGGT
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TGGTGGCTTCACAGGTACAACATGAAGCAAAGGTTTAGTGGTTTCTGCCGGAGGAGCTTC
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ATCCGCACTAGCGAAGA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1E776JQ 682 0 0
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GGAAAGATCGACACTTTTAAAAAGGCACTTATGATAATGGAACGAACTGACTAGTTATTA
TTACCGACGGCTCTTACACATAGTCTTGCGTTTCTGCATATTTGCAGTACAAAGTTTCAA
AACAAAGTCTCTGTCTTGGTTGCAGTTTTTGATGGGTTCACTGGTTCAAAATGAAGAAAA
CTGTTCGTGGTTTTTGCTGGAGGAGCTTCATGTGCATACTGGAATAGACCATTATTGGTT
TTGCTTGCGGTATTCGGTGGCTGCACTGGTACAACATGAAGCAAACGTTTTGTGGTTTCT
GCCGGAGGAGCTTCATGTGCAGACTGGAACATACCCTTGGTTTTTCTTGCAGTATTTGTT
GGCGTCACAGGTTCAGAATGAAGGAAACTGTTTGTGGTTTTGCCTGGAGGAGCTTCATGT
GCAGACTGGAGCAGATCCTTGGTTTTGGTTGCGGTGTTTGGTGGCTTCACAGGTACAACA
TGAAGCAAAGGTTTAGTGGTTTCTGCCGGAGGAGCTTCATGTGCAGACTGGAACATACCC
TTGGTTTTGTCCGGACGGCTAGTCTTGGTTGCTGCTTCATCCGCACTAGCGAAGAGTAGG
AGACCCAACGATATCACGAGAG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1E083TF 727 0 0
TCG
TCAATACAATACTAAGAAGCTTCATCAAAAGTTTCAATATTTGAAACTCACATTGGAAAG
ATCGACACTTTTAAAAAGGCACTTATGATAATGGAACGAACTGACTAGTTATTATTACCG
ACGGCTCTTACACATAGTCTTGCGTTTCTGCATATTTGCAGTACAAAGTTTCAGAACAAA
GTCTCTGTCTTGGTTGCAGTTTTTGATGGGTTCACTGGTTCAGAATGAAGAAAACTGTTC
GTGGTTTTTGCTGGAGGAGCTTCATGTGCATACTGGAATAGACCATTATTGGTTTTGCTT
GCGGTATTCGGTGGCTGCACTGGTACAACATGAAGCAAACGTTTTGTGGTTTCTGCCGGA
GGAGCTTCATGTGCAGACTGGAACATACCCTTGGTTTTTCTTGCAGTATTTGTTGGCGTC
ACAGGTTCAGAATGAAGGAAACTGTTTGTGGTTTTGCCTGGAGGAGCTTCATGTGCAGAC
TGGAGCAGATCCTTGGTTTTGGTTGCGGTGTTTGGTGGCTTCACAGGTACAACATGAAGC
AAAGGTTTAGTGGTTTCTGCCGGAGGAGCTTCATGTGCAGACTGGAACATACCCTTGGTT
TTGTCCGGACGGCTAGTCTTGGTTGCTGCTTCATCCGCACTAGCGAAGAGTAGGAGACCC
AACGATATCACGAGAGCTAAATAAAGTTTTGTCATTGCTAGCTAGTTTGGAAACTGTGAG
ATCC

QA 4 727 4 727
DS 

RD RR1E776TF 679 0 0
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CTGACTAGTTATTATTACCGACGGCTCTTACACATAGTCTTGCGTTTCTGCATATTTGCA
GTACAAAGTTTCAGAACAAAGTCTCTGTCTTGGTTGCAGTTTTTGATGGGTTCACTGGTT
CAGAATGAAGAAAACTGTTCGTGGTTTTTGCTGGAGGAGCTTCATGTGCATACTGGAATA
GACCATTATTGGTTTTGCTTGCGGTATTCGGTGGCTGCACTGGTACAACATGAAGCAAAC
GTTTTGTGGTTTCTGCCGGAGGAGCTTCATGTGCAGACTGGAACATACCCTTGGTTTTTC
TTGCAGTATTTGTTGGCGTCACAGGTTCAGAATGAAGGAAACTGTTTGTGGTTTTGCCTG
GAGGAGCTTCATGTGCAGACTGGAGCAGATCCTTGGTTTTGGTTGCGGTGTTTGGTGGCT
TCACAGGTACAACATGAAGCAAAGGTTTAGTGGTTTCTGCCGGAGGAGCTTCATGTGCAG
ACTGGAACATACCCTTGGTTTTGTCCGGACGGCTAGTCTTGGTTGCTGCTTCATCCGCAC
TAGCGAAGAGTAGGAGACCCAACGATATCACGAGAGCTAAATAAAGTTTTGTCATTGCTA
GCTAGTTTGGAAACTGT
CC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 3

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GGACAGGCAACCATAGATTTTGTACTGTTAGTTGTAGCAGGAGAACATCTTCTTCCACCA
CGGAACATCAAACCAAATCCGTCTACGGCTTTTACGCGGTTGAAGCTCACACTGTATGTA
AATCAATATGCTTTGGATTAAACGTTTCTGCTTCGTTATGACTATCGTTTCTGCTGCTGC
TCCGCTTACGGAATTGGAATCCGCCATAATTTCGCTAATTAAAGTCTATCATAATTATTC
CAATACAAGTACCAACCTCATTGACCATCAAGGAATAGAGTTACTTTGCTCCGATTTGGA
TGTCTCTCCTACTGATGTCCGAATCTTGATGCTTGCTTGGAAAATGAAAGCTGAGAAACA
AGATTACTTTACACAGGAGGAGTGGACAAGAGGCCTTCTGGCTTTAAGAGCTTATACACT
CAGTGAATTGAAGAATGCCCTTCCCGAGCTCGAGAAAGATGTTAGGATGCAATCAAATTT
CGCAGATTTCTATGCTTATGCCTTTACCTATTCTTTAACAGAGGAAAAACAGGGGAGCAT
TGACATAGAGACTATATGTCAACTCCTAGATACGGTCATGGG*ATCTACATTCCGACCCC
AAGTTGACTACTTTATCGACTACTTAAAGATCCAAAACGAGTACAAAGTCATAAACATGG
ATCAATGGATGGGCTTTTATAG*TTCTGCAATGAGATAAGTTTCCCGGACATGACGGAGT
ACAACCCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 

AF RR1BN49TF U 1
AF RR1E368TF U 1
AF RR1FN30TF U 39
BS 1 159 RR1BN49TF
BS 160 160 RR1E368TF
BS 161 668 RR1BN49TF
BS 669 669 RR1E368TF
BS 670 705 RR1BN49TF
BS 706 728 RR1E368TF

RD RR1BN49TF 705 0 0
GGACAGGCAACCATAGATTTTGTACTGTTAGTTGTAGCAGGAGAACATCTTCTTCCACCA
CGGAACATCAAACCAAATCCGTCTACGGCTTTTACGCGGTTGAAGCTCACACTGTATGTA
AATCAATATGCTTTGGATTAAACGTTTCTGCTTCGTTATAACTATCGTTTCTGCTGCTGC
TCCGCTTACGGAATTGGAATCCGCCATAATTTCGCTAATTAAAGTCTATCATAATTATTC
CAATACAAGTACCAACCTCATTGACCATCAAGGAATAGAGTTACTTTGCTCCGATTTGGA
TGTCTCTCCTACTGATGTCCGAATCTTGATGCTTGCTTGGAAAATGAAAGCTGAGAAACA
AGATTACTTTACACAGGAGGAGTGGACAAGAGGCCTTCTGGCTTTAAGAGCTTATACACT
CAGTGAATTGAAGAATGCCCTTCCCGAGCTCGAGAAAGATGTTAGGATGCAATCAAATTT
CGCAGATTTCTATGCTTATGCCTTTACCTATTCTTTAACAGAGGAAAAACAGGGGAGCAT
TGACATAGAGACTATATGTCAACTCCTAGATACGGTCATGGG*ATCTACATTCCGACCCC
AAGTTGACTACTTTATCGACTACTTAAAGATCCAAAACGAGTACAAAGTCATAAACATGG
ATCAATGGGTGGGCTTTTATAG*TTCTGCAATGAGATAAGTTTCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1E368TF 728 0 0
GGACAGGCAACCATAGATTTTGTACTGTTAGTTGTAGCAGGAGAACATCTTCTTCCACCA
CGGAACATCAAACCAAATCCGTCTACGGCTTTTACGCGGTT**AGCTCACACTGTATGTA
AATCAATATGCTTTGGATTAAACGTTTCTGCTTCGTTATGACTATCGTTTCTGCTGCTGC
TCCGCTTACGGAATTGGAATCCGCCATAATTTCGCTAATTAAAGTCTATCATAATTATTC
CAATACAAGTACCAACCTCATTGACCATCAAGGAATAGAGTTACTTTGCTCCGATTTGGA
TGTCTCTCCTACTGATGTCCGAATCTTGATGCTTGCTTGGAAAATGAAAGCTGAGAAACA
AGATTACTTTACACAGGAGGAGTGGACAAGAGGCCTTCTGGCTTTAAGAGCTTATACACT
CAGTGAATTGAAGAATGCCCTTCCCGAGCTCGAGAAAGATGTTAGGATGCAATCAAATTT
CGCAGATTTCTATGCTTATGCCTTTACCTATTCTTTAACAGAGGAAAAACAGGGGAGCAT
TGACATAGAGACTATATGTCAACTCCTAGATACGGTCATGGGGATCTACATTCCGACCCC
AAGTTGACTACTTTATCGACTACTTAAAGATCCAAAACGAGTACAAAGTCATAAACATGG
ATCAATGGATGGGCTTTTATAG*TTCTGCAATGAGATAAGTTTCCCGGACATGACGGAGT
ACAACCCA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1FN30TF 687 0 0
G
GGAGAACATCTTCTTCCACCACGGAACATCAAACCAAATCCGTCTACGGCTTTTACGCGG
TTGAAGCTCACACTGTATGTAAATCAATATGCTTTGGATTAAACGTTTCTGCTTCGTTAT
GACTATCGTTTCTGCTGCTGCTCCGCTTACGGAATTGGAATCCGCCATAATTTCGCTAAT
TAAAGTCTATCATAATTATTCCAATACAAGTACCAACCTCATTGACCATCAAGGAATAGA
GTTACTTTGCTCCGATTTGGATGTCTCTCCTACTGATGTCCGAATCTTGATGCTTGCTTG
GAAAATGAAAGCTGAGAAACAAGATTACTTTACACAGGAGGAGTGGACAAGAGGCCTTCT
GGCTTTAAGAGCTTATACACTCAGTGAATTGAAGAATGCCCTTCCCGAGCTCGAGAAAGA
TGTTAGGATGCAATCAAATTTCGCAGATTTCTATGCTTATGCCTTTACCTATTCTTTAAC
AGAGGAAAAACAGGGGAGCATTGACATAGAGACTATATGTCAACTCCTAGATACGGTCAT
GGG*ATCTACATTCCGACCCCAAGTTGACTACTTTATCGACTACTTAAAGATCCAAAACG
AGTACAAAGTCATAAACATGGATCAATGGATGGGCTTTTATAGGTTCTGCAATGAGATAA
GTTTCCCGGACATGACGGAGTACAAC

QA 2 687 2 687
DS 



AS 1 4

CO CL3245Contig1 750 4 11 U
GCTCTCACATATATAAGAGTACAAATTTTACTTCACTTAAGTGAACTGGTCTTAGTAACT
ATTACACATGACAGACACACTAAGGCATAATCCACAGATGGTTGGGGGAAAGATCTTTAT
TTGAGAAACAAAAAAAAAAACTCCAAAAGCCATTGATGGGGCAGACGGTCAAGCTAGCGA
GATGTCTCAGTTCCTTGTACTGTTTTTCAACCATTCTAGATACTTGTCGCTCCCACCAGT
TATGGGCAATGCAATTACTTCTGGCACATCGTATTCGTGATTAGCATTGACGTGCTCCGT
TAGAGACTCTAGAAGAGACTGCCTTGTTTTGATTATCAGTAGTTCCTCGGAATCACTCTG
AACCTTTCCTTCCCACTCGTACACCGATTCAACACCTGGGACAATGTTGACACACGCAGC
AAGCTTTTCTTGGACTATGCTATTAGCCAACTTCTTTCCTGCTTCTCTGTTAGGAACAGT
GACGTAGACGACAATGCTGGGCACAGTTTTGCTCCCCTCCTCCATTTTGATCGATAGTGA
AGAAGAAGAAGAAGAAGCCTTACTGCTAAACCTAGACCTTAAGAGAGGGGCAAAAGAGAG
AGACTGTGCACACCCCGGTTTAAAGGAAGACGATGAGAATGATGATAGACTCGAGAAACC
CAAGCTTAACACGCAAAACGCACCGACGAAAGGAATACGTCGTCGTGTTAAGACGGAAGA
TCCGATTCTACTGCTCAGAGACAAAGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F618JQ U 1
AF RR1AG88JQ U 15
AF RR1AG88TF C 15
AF RR1F618TF C 31
BS 1 53 RR1F618JQ
BS 54 54 RR1AG88JQ
BS 55 139 RR1F618JQ
BS 140 140 RR1AG88JQ
BS 141 446 RR1F618JQ
BS 447 447 RR1AG88JQ
BS 448 471 RR1F618JQ
BS 472 472 RR1AG88JQ
BS 473 485 RR1F618JQ
BS 486 546 RR1AG88JQ
BS 547 750 RR1AG88TF

RD RR1F618JQ 485 0 0
GCTCTCACATATATAAGAGTACAAATTTTACTTCACTTAAGTGAACTGGTCTTGGTAACT
ATTACACATGACAGACACACTAAGGCATAATCCACAGATGGTTGGGGGAAAGATCTTTAT
TTGAGAAACAAAAAAAAAA*CTCCAAAAGCCATTGATGGGGCAGACGGTCAAGCTAGCGA
GATGTCTCAGTTCCTTGTACTGTTTTTCAACCATTCTAGATACTTGTCGCTCCCACCAGT
TATGGGCAATGCAATTACTTCTGGCACATCGTATTCGTGATTAGCATTGACGTGCTCCGT
TAGAGACTCTAGAAGAGACTGCCTTGTTTTGATTATCAGTAGTTCCTCGGAATCACTCTG
AACCTTTCCTTCCCACTCGTACACCGATTCAACACCTGGGACAATGTTGACACACGCAGC
AAGCTTTTCTTGGACTATGCTATTAGTCAACTTCTTTCCTGCTTCTCTGTTTGGAACAGT
GACGT

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR1AG88JQ 532 0 0
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ACACACTAAGGCATAATCCACAGATGGTTGGGGGAAAGATCTTTATTTGAGAAACAAAAA
AAAAAACTCCAAAAGCCATTGATGGGGCAGACGGTCAAGCTAGCGAGATGTCTCAGTTCC
TTGTACTGTTTTTCAACCATTCTAGATACTTGTCGCTCCTACCAGTTATGGGCAATGCAA
TTACTTCTGGCACATCGTATTCGTGATTAGCATTGACGTGCTCCGTTAGAGACTCTAGAA
GAGACTGCCTTGTTTTGATTATCAGTAGTTCCTCGGAATCACTCTGAACCTTTCCTTCCC
ACTCGTACACCGATTCAACACCTGGGACAATGTTGACACACGCAGCAAGCTTTTCTTGGA
CTATGCTATTAGCCAACTTCTTTCCTGCTTCTCTGTTAGGAACAGTGACGTAGACGACAA
TGCTGGGCACAGTTTTGCTCCCCTCCTCCATTTTGATCGATAGTGAAGAAGA

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1AG88TF 736 0 0
AAGAGTACAAATTTTACTTCACTTAAGTGAACTGGTCTTAGTAACTATTACACATGACAG
ACACACTAAGGCATAATCCACAGATGGTTGGGGGAAAGATCTTTATTTGAGAAACAAAAA
AAAAAACTCCAAAAGCCATTGATGGGGCAGACGGTCAAGCTAGCGAGATGTCTCAGTTCC
TTGTACTGTTTTTCAACCATTCTAGATACTTGTCGCTCCTACCAGTTATGGGCAATGCAA
TTACTTCTGGCACATCGTATTCGTGATTAGCATTGACGTGCTCCGTTAGAGACTCTAGAA
GAGACTGCCTTGTTTTGATTATCAGTAGTTCCTCGGAATCACTCTGAACCTTTCCTTCCC
ACTCGTACACCGATTCAACACCTGGGACAATGTTGACACACGCAGCAAGCTTTTCTTGGA
CTATGCTATTAGCCAACTTCTTTCCTGCTTCTCTGTTAGGAACAGTGACGTAGACGACAA
TGCTGGGCACAGTTTTGCTCCCCTCCTCCATTTTGATCGATAGTGAAGAAGAAGAAGAAG
AAGCCTTACTGCTAAACCTAGACCTTAAGAGAGGGGCAAAAGAGAGAGACTGTGCACACC
CCGGTTTAAAGGAAGACGATGAGAATGATGATAGACTCGAGAAACCCAAGCTTAACACGC
AAAACGCACCGACGAAAGGAATACGTCGTCGTGTTAAGACGGAAGATCCGATTCTACTGC
TCAGAGACAAAGCCCC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1F618TF 701 0 0
CTTCACTTAAGTGAACTGGTCTTGGTAACTATTACACATGACAGACACACTAAGGCATAA
TCCACAGATGGTTGGGGGAAAGATCTTTATTTGAGAAACAAAAAAAAAA*CTCCAAAAGC
CATTGATGGGGCAGACGGTCAAGCTAGCGAGATGTCTCAGTTCCTTGTACTGTTTTTCAA
CCATTCTAGATACTTGTCGCTCCCACCAGTTATGGGCAATGCAATTACTTCTGGCACATC
GTATTCGTGATTAGCATTGACGTGCTCCGTTAGAGACTCTAGAAGAGACTGCCTTGTTTT
GATTATCAGTAGTTCCTCGGAATCACTCTGAACCTTTCCTTCCCACTCGTACACCGATTC
AACACCTGGGACAATGTTGACACACGCAGCAAGCTTTTCTTGGACTATGCTATTAGTCAA
CTTCTTTCCTGCTTCTCTGTTTGGAACAGTGACGTAGACGACAATGCTGGGCACAGTTTT
GCTCCCCTCCTCCATTTTGATCGATAGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGCCTTACTGCTAAA
CCTAGACCTTAAGAGAGGGGCAAAAGAGAGAGACTGTGCACACCCCGGTTTAAAGGAAGA
CGATGAGAATGATGATAGACTCGAGAAACCCAAGCTTAACACGCAAAACGCACCGACGAA
AGGAATACGTCGTCGTGTTAAGACGGAAGATCCGATTCT
CC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 4

CO CL3246Contig1 827 4 9 U
GAGAGAGAGTGATAACCATGGCGACGAGCTCTCATCTTCTTCCTCCTCAGGCATTGCATA
TGATACGGACCCAGCCATCGAAGAAACTAGGGTTTTCGCCGTTTCTATCATGCGCACCTT
CGATGAATCCTATTCTATCGATCTCAAGGCTTTCACTGAGCCACTCCAAATCTAGCTTCT
CGCTCGATACTAAGGCGAGACGAGAGGTTCTCGTTAGAGCAGAAGGTGAAGGTGAAGGTG
AAGCTGTTGATGCTAACGCTGCTACGGAGGATAATGTAGTAGAAGCTGATGAAGCCAAAG
CTCCAAGAAAGCCGAGAGTCAAGCTGGGAGACGTAATGGGGATACTGAATCAGAAAGCAA
TTGAGGTATCAGAGAAAGTGAGACCTGTTCCTGAAATCAGGACTGGAGATATCGTTGAGA
TCAAACTGGAAGTTCCTGAGAACAGACGTAAGTTGTCTATCTACAAAGGCATTGTGATGT
CTAGACAAAACGCTGGCATACACACTACCATTCGTATTCGCAGGATTATTGCTGGTATCG
GTGTTGAAATCGTGTTTCCCTTATACTCTCCCAACATCAAAGAGATAAAAGTGGTGAGCC
ACAGAAAAGTGAGAAGAGCAAGGCTATACTACCTGAGGGACAAGCTTCCCCGTCTCTCCA
CATTCAAGTGAACACCACCCCCACTGTGCTGTGTTTGACCTACCAACCAAGGTAGTAATC
TTCCCTTGTGTTCTCTGTTCTTGTAAGATTTTTTTTTTCTATTTTTCTTTTGTAAGTCAT
GGCATGCACATTCTTCTGAGAAAGTAAATCAAGTTTAGTCGAGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET30TF U 1
AF RR1AJ47TF U 12
AF RR1AJ47JQ C 114
AF RR1ET30JQ C 123
BS 1 450 RR1ET30TF
BS 451 451 RR1AJ47TF
BS 452 482 RR1ET30TF
BS 483 483 RR1AJ47TF
BS 484 499 RR1ET30TF
BS 500 500 RR1AJ47TF
BS 501 615 RR1ET30TF
BS 616 815 RR1AJ47TF
BS 816 827 RR1AJ47JQ

RD RR1ET30TF 615 0 0
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CGATGAATCCTATTCTATCGATCTCAAGGCTTTCACTGAGCCACTCCAAATCTAGCTTCT
CGCTCGATACTAAGGCGAGACGAGAGGTTCTCGTTAGAGCAGAAGGTGAAGGTGAAGGTG
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ACAGAAAAGTGAGAA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1AJ47TF 804 0 0
GG
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GCCATCGAAGAAACTAGGGTTTTCGCCGTTTCTATCATGCGCACCTTCGATGAATCCTAT
TCTATCGATCTCAAGGCTTTCACTGAGCCACTCCAAATCTAGCTTCTCGCTCGATACTAA
GGCGAGACGAGAGGTTCTCGTTAGAGCAGAAGGTGAAGGTGAAGGTGAAGCTGTTGATGC
TAACGCTGCTACGGAGGATAATGTAGTAGAAGCTGATGAAGCCAAAGCTCCAAGAAAGCC
GAGAGTCAAGCTGGGAGACGTAATGGGGATACTGAATCAGAAAGCAATTGAGGTATCAGA
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TCCTGAGAACAGACGTAAGTTGTCTATCTACAAAGGCATTGTGATGTCTAGACAAAACGC
TGGCATACACACTACCATTCGTATTCGCAGGATTATTGCTGGTATCGGTGTTGAAATCGT
GTTTCCCTTATACTCTCCCAACATCAAAGAGATAAAAGTGGTGAGCCACAGAAAAGTGAG
AAGAGCAAGGCTATACTACCTGAGGGACAAGCTTCCCCGTCTCTCCACATTCAAGTGAAC
ACCACCCCCACTGTGCTGTGTTTGACCTACCAACCAAGGTAGTAATCTTCCCTTGTGTTC
TCTGTTCTTGTAAGATTTTTTTTTTCTATTTTTCTTTTGTAAGTCATGGCATGCACATTC
TTCTGAGAAAGTAAATCAAGTT

QA 3 804 3 804
DS 

RD RR1AJ47JQ 714 0 0
GCACCTTCGATGAATCCTATTCTATCGATCTCAAGGCTTTCACTGAGCCACTCCAAATCT
AGCTTCTCGCTCGATACTAAGGCGAGACGAGAGGTTCTCGTTAGAGCAGAAGGTGAAGGT
GAAGGTGAAGCTGTTGATGCTAACGCTGCTACGGAGGATAATGTAGTAGAAGCTGATGAA
GCCAAAGCTCCAAGAAAGCCGAGAGTCAAGCTGGGAGACGTAATGGGGATACTGAATCAG
AAAGCAATTGAGGTATCAGAGAAAGTGAGACCTGTTCCTGAAATCAGGACTGGAGATATC
GTTGAGATCAAACTGGAAGTTCCTGAGAACAGACGTAAGTTGTCTATCTACAAAGGCATT
GTGATGTCTAGACAAAACGCTGGCATACACACTACCATTCGTATTCGCAGGATTATTGCT
GGTATCGGTGTTGAAATCGTGTTTCCCTTATACTCTCCCAACATCAAAGAGATAAAAGTG
GTGAGCCACAGAAAAGTGAGAAGAGCAAGGCTATACTACCTGAGGGACAAGCTTCCCCGT
CTCTCCACATTCAAGTGAACACCACCCCCACTGTGCTGTGTTTGACCTACCAACCAAGGT
AGTAATCTTCCCTTGTGTTCTCTGTTCTTGTAAGATTTTTTTTTTCTATTTTTCTTTTGT
AAGTCATGGCATGCACATTCTTCTGAGAAAGTAAATCAAGTTTAGTCGAGATTC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1ET30JQ 699 0 0
ATGAATCCTATTCTATCGATCTCAAGGCTTTCACTGAGCCACTCCAAATCTAGCTTCTCG
CTCGATACTAAGGCGAGACGAGAGGTTCTCGTTAGAGCAGAAGGTGAAGGTGAAGGTGAA
GCTGTTGATGCTAACGCTGCTACGGAGGATAATGTAGTAGAAGCTGATGAAGCCAAAGCT
CCAAGAAAGCCGAGAGTCAAGCTGGGAGACGTAATGGGGATACTGAATCAGAAAGCAATT
GAGGTATCAGAGAAAGTGAGACCTGTTCCTGAAATCAGGACTGGAGATATCGTTGAGATC
AAACTGGAAGTTCCTGAGAACAGACGTAGGTTGTCTATCTACAAAGGCATTGTGATGTCT
CGACAAAACGCTGGCATGCACACTACCATTCGTATTCGCAGGATTATTGCTGGTATCGGT
GTTGAAATCGTGTTTCCCTTATACTCTCCCAACATCAAAGAGATAAAAGTGGTGAGCCAC
AGAAAAGTGAGAAGAGCAAGGCTTTACTACCTGAGGGACAAGCTTCCCCGTCTCTCCACA
TTCAAGTGAACACCACCCCCACTGTGCTGTGTTTGACCTACCAACCAAGGTAGTAATCTT
CCCTTGTGTTCTCTGTTCTTGTAAGATTTTTTTTT*CTATTTTTCTTTTGTAAGTCATGG
CATGCACATTCTTCTGAGAAAGTAAATCAAGTT
TAGTCG

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 4

CO CL3247Contig1 868 4 14 U
GGAATAAAAGCAGGATCAAATCGTTTTGGTCAGATCTGCTCGGTTCTGTGGATAGAGAAG
CAATCAGCTCTTTTTCATCATCATCATCTTCCGTTATGGACGTTGGCGGAGGTGAAAGTG
TGGCAACGCCAGTTCAACAGAAAGCACATGAGGCCTGGAGGATTTACCAACACTACCTTG
ACAAGACTACTCCTCTACCCACTTACAGGTGGATTGGTACTGCTCTTGTTGCCCTTTCCT
ACTGTTTGAGGGTCTACTACCTTCAGGGCTTCTACATCATCGCCTATGGTCTTGGTATCT
ACCTTCTCAATCTCCTCATTGGCTTCTTGTCCCCTCTTGTTGATCCTGAGGCTTCTGGTG
GGGCCTCTGATGGTCCTTCTCTTCCTACCAGAGGTTCTGATGAGTTCAAGCCTTTTATCC
GCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCAATGACAAAGGCCTTCTGCATTGCGTTTG
TGATGACTTTCTTCTCGGTGTTTGACGTTCCTGTCTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATT
GGATCGTTCTCTTTTTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCTCACATGATCCAGTACAAGT
ACATCCCTTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGGAGTAGCAGCAGCGGCTCAC
GTGCGGACTGATCTGATGACCCTTGTTGTTAGAAAAATCATTTTGGACTATTTTTTTTCC
ATTGACGGACAGATCTATGCAGCTACAGCCTACAGGTAAGAATTAGATGGGTAAACACAA
GAAAATGAGAAAACAGGACGAGATTCGAATTTGTTCTTATTTTAGCTCGGAGAAAAATTG
GTCCTTGTATGTATTACTACTATTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BY30TF U 1
AF RR1C472TF U 89
AF RR1B439TF U 115
AF RR1B439JQ C 89
BS 1 196 RR1BY30TF
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RD RR1BY30TF 739 0 0
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ACCTTCTCAATCTCCTCATTGGCTTCTTGTCCCCTCTTGTTGATCCTGAGGCTTCTGGTG
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GCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCAATGACAAAGGCCTTCTGCATTGCGTTTG
TGATGACTTTCTTCTCGGTGTTTGACGTTCCTGTCTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATT
GGATCGTTCTCTTTTTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCTCACATGATCAAGTACAAGT
ACATCCCTTTCAGCTTCGGCAAACAGACATATGGTGGACGGAGTAGCAGCAGCGGCTCAC
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ATTGACGGACAGATCTATG

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1C472TF 663 0 0
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GTCCCCTCTTGTTGATCCTGAGGCTTCTGGTGGGGCCTCTGATGGTCCTTCTCTTCCTAC
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CCT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1B439TF 678 0 0
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GTATCTACCTTCTCAATCTCCTCATTGGCTTCTTGTCCCCTCTTGTTGATCCTGAGGCTT
CTGGTGGGGCCTCTGATGGTCCTTCTCTTCCTACCAGAGGTTCTGATGAGTTCAAGCCTT
TTATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCAATGACAAAGGCCTTCTGCATTG
CGTTTGTGATGACTTTCTTCTCGGTGTTTGACGTTCCTGTCTTCTGGCCTATCCTGCTTT
GCTATTGGATCGTTCTCTTTTTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCTCACATGATCCAGT
ACAAGTACATCCCTTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGGAGTAGCAGCAGCG
GCTCACGTGCGGACTGATCTGATGACCCTTGTTGTTAGAAAAATCATTTTGGACTATTTT
TTTTCCATTGACGGACAGATCTATGCAGCTACAGCCTACAGGTAAGAATTAGATGGGTAA
ACACAAGAAAATGAGAAA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1B439JQ 780 0 0
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GTCCCCTCTTGTTGATCCTGAGGCTTCTGGTGGGGCCTCTGATGGTCCTTCTCTTCCTAC
CAGAGGTTCTGATGAGTTCAAGCCTTTTATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTA
TTCAATGACAAAGGCCTTCTGCATTGCGTTTGTGATGACTTTCTTCTCGGTGTTTGACGT
TCCTGTCTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTTTTCTCACCATGAG
ACGCCAGATCTCTCACATGATCCAGTACAAGTACATCCCTTTCAGCTTCGGCAAACAGAA
ATATGGTGGACGGAGTAGCAGCAGCGGCTCACGTGCGGACTGATCTGATGACCCTTGTTG
TTAGAAAAATCATTTTGGACTATTTTTTTTCCATTGACGGACAGATCTATGCAGCTACAG
CCTACAGGTAAGAATTAGATGGGTAAACACAAGAAAATGAGAAAACAGGACGAGATTCGA
ATTTGTTCTTATTTTAGCTCGGAGAAAAATTGGTCCTTGTATGTATTACTACTATTTGTT

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL3248Contig1 1060 2 4 U
GAAAGAGACATCAGACCCATTTGTCTCAAACCACCTTCCTTGATCCTTGTCTCCAAAGAA
CAGAACTTACATCATCTCAGACACCACCGGTTGTGCTCCGGTCTGGTTTCCATGATTTGA
GCTTGGGACCCACTGATTCTCTCGCTTTAGGTTTAAGCTCAAATGCAAAAGCCCCTACTC
TCCTTCAGCTTAACCATCAGGCAGTGTCTCCTTCGGGTTATCCCAATTTGTTTCCAGAAC
ATCAACATCGACAGCAGTTACATGAACGGTTACAGGCTCACCACCAGCAGCAGCAGAGAC
ACCAAGCTGAGATGATGATGCTTAGGAAGTGCAACAGCGGGATAAGTTTGAGCTTCGATA
ACTCGAGCTGTACACCGACCATGTCATCCACTAGGTCCTTCATCTCATCGCTCAGCATAG
ATGGTAGCGTCAACAACTCCTCCTTCCATTTGGTAGGGGCTCCGAGTTCAACGGATCAGA
GTTCACAACACTCTAAGAGAAAATGCCTCATGAGAGGTGGTGATGAACATGGTAGCAGAT
GCCACTGCTCTAAGAAGAGGAAGCATCGGGTTAGGAGATCGATTAGAGTGCCTGCTATAA
GTAACAAGGTTGCAGATATCCCTCCTGATGATTATTCGTGGCGAAAATATGGTCAGAAAC
CCATCAAGGGCTCTCCTTATCCCAGGGGATACTACAAATGCAGTAGCATAAGAGGTTGTC
CAGCGAGGAAGCACGTTGAGAGATGTTTGGAAGATCCGGCAATGCTTATTGTTACTTATG
AAGCAGAGCATAACCATCCCAAATTGCCATCTCAGACCGTGACAACTTAACTTTCATTTT
ATCATGCGACTTCTCTCCTTTGTTCGCTGTGATGATCGACCTTGATTTTTTGCTCCAGTA
TTGTGTGATATATGATGGGAGCAATGCTTTTGTTGGGGTGGATTTGCTTTGTGATAAAGA
GTTTAATGCAGTTGTTGGTCTTGGGTTAATGAGTAAATGTAGTCAAGACTTTTTTGTTTC
TCAAGTGTATTGCTATTTAATTATTTGAAGTTCTGTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM26TF U 1
AF RR1EM26JQ C 403
BS 1 608 RR1EM26TF
BS 609 609 RR1EM26JQ
BS 610 680 RR1EM26TF
BS 681 1060 RR1EM26JQ

RD RR1EM26TF 680 0 0
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CAGAACTTACATCATCTCAGACACCACCGGTTGTGCTCCGGTCTGGTTTCCATGATTTGA
GCTTGGGACCCACTGATTCTCTCGCTTTAGGTTTAAGCTCAAATGCAAAAGCCCCTACTC
TCCTTCAGCTTAACCATCAGGCAGTGTCTCCTTCGGGTTATCCCAATTTGTTTCCAGAAC
ATCAACATCGACAGCAGTTACATGAACGGTTACAGGCTCACCACCAGCAGCAGCAGAGAC
ACCAAGCTGAGATGATGATGCTTAGGAAGTGCAACAGCGGGATAAGTTTGAGCTTCGATA
ACTCGAGCTGTACACCGACCATGTCATCCACTAGGTCCTTCATCTCATCGCTCAGCATAG
ATGGTAGCGTCAACAACTCCTCCTTCCATTTGGTAGGGGCTCCGAGTTCAACGGATCAGA
GTTCACAACACTCTAAGAGAAAATGCCTCATGAGAGGTGGTGATGAACATGGTAGCAGAT
GCCACTGCTCTAAGAAGAGGAAGCATCGGGTTAGGAGATCGATTAGAGTGCCTGCTATAA
GTAACAAG*TTGCAGATATCCCTCCTGATGATTATTCGTGGCGAAAATATGGTCAGAAAC
CCATCAAGGGCTCTCCTTAT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1EM26JQ 658 0 0
TCTCATCGCTCAGCATAGATGGTAGCGTCAACAACTCCTCCTTCCATTTGGTAGGGGCTC
CGAGTTCAACGGATCAGAGTTCACAACACTCTAAGAGAAAATGCCTCATGAGAGGTGGTG
ATGAACATGGTAGCAGATGCCACTGCTCTAAGAAGAGGAAGCATCGGGTTAGGAGATCGA
TTAGAGTGCCTGCTATAAGTAACAAGGTTGCAGATATCCCTCCTGATGATTATTCGTGGC
GAAAATATGGTCAGAAACCCATCAAGGGCTCTCCTTATCCCAGGGGATACTACAAATGCA
GTAGCATAAGAGGTTGTCCAGCGAGGAAGCACGTTGAGAGATGTTTGGAAGATCCGGCAA
TGCTTATTGTTACTTATGAAGCAGAGCATAACCATCCCAAATTGCCATCTCAGACCGTGA
CAACTTAACTTTCATTTTATCATGCGACTTCTCTCCTTTGTTCGCTGTGATGATCGACCT
TGATTTTTTGCTCCAGTATTGTGTGATATATGATGGGAGCAATGCTTTTGTTGGGGTGGA
TTTGCTTTGTGATAAAGAGTTTAATGCAGTTGTTGGTCTTGGGTTAATGAGTAAATGTAG
TCAAGACTTTTTTGTTTCTCAAGTGTATTGCTATTTAATTATTTGAAGTTCTGTTCAC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 4

CO CL3249Contig1 954 4 12 U
GGGACCAAAGAAGTTCAAAAACAAAAACAAAAGAAGTGTTGAAAAAAAAAAAACAAAAAA
AAACAATAAGAAGAAGAACAAGAATGTCGTTTTCTGGATATAGCTTCGTCGTAGTAACAT
TACTCTCCGTCGTCTTAACTCAAATCTATGGTTCCTGTAATGACCCACAGGCTGAACCCC
AACCGGCAGCAATGTCAGGGCATAATGCTCATCCCCAACCGGCAGCAACGTCAGGGCTTA
ATGCTCATCCTCAACCGGCAGCAAGGTCAGGGCTTAAGGCTCATCCCCAACCGGCAGCAA
CCTTAGGGCTTAACACCCTAGGTCGAACCAACCTAGACCCAATGTTTGATCTCAACCCGG
CAGCAACTTTATTGGTTCACAATCAGGTTCGAGCCGAAGTCGGGGTGGCTCCAATGCTGT
GGGACTTTAAACTAGCTGCCTTCGCACAGAACTACGCTAACGTACGATCCAAAGACTGTG
CCCTACAGCATTCGAACGACGAAATGTACGGCGAGAATATAGCTGCAGGGTGGCTCAAAT
CTAAGGAATCAATGAGCGGTCCGATCGCGGCTAAGTTGTGGTATGGCGAGAAGAAATTCT
ACAATTATCAAACCAACAAATGTAGTGGTGTGTGCGGGCATTATACTCAGATGGTGGCTA
ACCAATCGCACCGAGTTGGTTGTGGTCACGTCAG*TGTCATGCAAATACATATCTTTGGG
TCGTATGTAACTATGCTCCTAGGCCGATGGGTGATGAGAACACACGTCCGTATTAATGAA
CTTTTGTTTTTAACTAAGACGAGTAGTTGTCTGATGTAATAAAACTTAACATAATAAGTT
ACGTACTATAGATAAGACAAGACATTATAGTTTGGAGATGTCTGATCATGTAATAAAATT
TAACATAATAAGTTCGTGTATGATAGATTATATAAGATCCAGAAATTCTATTTT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H424TF U 1
AF RR1BN25TF U 2
AF RR1DH38TF U 11
AF RR1H424JQ C 322
BS 1 52 RR1H424TF
BS 53 53 RR1BN25TF
BS 54 690 RR1H424TF
BS 691 705 RR1BN25TF
BS 706 706 RR1DH38TF
BS 707 735 RR1BN25TF
BS 736 742 RR1DH38TF
BS 743 743 RR1H424JQ
BS 744 759 RR1DH38TF
BS 760 760 RR1H424JQ
BS 761 777 RR1DH38TF
BS 778 954 RR1H424JQ

RD RR1H424TF 690 0 0
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AAACAATAAGAAGAAGAACAAGAATGTCGTTTTCTGGATATAGCTTCGTCGTAGTAACAT
TACTCTCCGTCGTCTTAACTCAAATCTATGGTTCCTGTAATGACCCACAGGCTGAACCCC
AACCGGCAGCAATGTCAGGGCATAATGCTCATCCCCAACCGGCAGCAACGTCAGGGCTTA
ATGCTCATCCTCAACCGGCAGCAAGGTCAGGGCTTAAGGCTCATCCCCAACCGGCAGCAA
CCTTAGGGCTTAACACCCTAGGTCGAACCAACCTAGACCCAATGTTTGATCTCAACCCGG
CAGCAACTTTATTGGTTCACAATCAGGTTCGAGCCGAAGTCGGGGTGGCTCCAATGCTGT
GGGACTTTAAACTAGCTGCCTTCGCACAGAACTACGCTAACGTACGATCCAAAGACTGTG
CCCTACAGCATTCGAACGACGAAATGTACGGCGAGAATATAGCTGCAGGGTGGCTCAAAT
CTAAGGAATCAATGAGCGGTCCGATCGCGGCTAAGTTGTGGTATGGCGAGAAGAAATTCT
ACAATTATCAAACCAACAAATGTAGTGGTGTGTGCGGGCATTATACTCAGATGGTGGCTA
ACCAATCGCACCGAGTTGGTTGTGGTCACG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1BN25TF 734 0 0
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AACAATAAGAAGAAGAACAAGAATGTCGTTTTCTGGATATAGCTTCGTCGTAGTAACATT
ACTCTCCGTCGTCTTAACTCAAATCTATGGTTCCTGTAATGACCCACAGGCTGAACCCCA
ACCGGCAGCAATGTCAGGGCATAATGCTCATCCCCAACCGGCAGCAACGTCAGGGCTTAA
TGCTCATCCTCAACCGGCAGCAAGGTCAGGGCTTAAGGCTCATCCCCAACCGGCAGCAAC
CTTAGGGCTTAACACCCTAGGTCGAACCAACTTAGACCCAATGTTTGATCTCAACCCGGC
AGCAACTTTATTGGTTCACAATCAGGTTCGAGCCGAAGTCGGGGTGGCTCCAATGCTGTG
GGACTTTAAACTAGCTGCCTTCGCACAGAACTACGCTAACGTACGATCCAAAGACTGTGC
CCTACAGCATTCGAACGACGAAATGTACGGCGAGGATATAGCTGCAGGGTGGCTCAAATC
TAAGGAATCAATGAGCGGTCCGATCGCGGCTAAGTTGTGGTATGGCGAGAAGAAATTCTA
CAATTATCAAACCAACAAATGTAGTGGTGTGTGCGGGCATTATACTCAGATGGTGGCTAA
CCAATCGCACCGAGTTGGTTGTGGTCACGTCAG*TGTCATGCAA*TACATATCTTTGGGT
CGTATGTAACTATG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1DH38TF 767 0 0
GG
GTTCAAAAACAAAAACAAAAGAAGTGTTGAAAAAAAAAACA*AAAAAAAAACAATAAGAA
GAA***CAAGAATGTCGTTTTCTGGATATAGCTTCGTCGTAGTAACATTACTCTCCGTCG
TCTTAACTCAAATCTAT**TTCCTGTAATTACCCACAGGCTGAACCCCAACCGGCAGCAA
TGTCAGGGCATAATGCTCATCCCCAACCGGCAGCAACGTCAGGGCTTAATGCTCATCCTC
AACCGGCAGCAAGGTCAGGGCTTAAGGCTCATCCCCAACCGGCAGCAACCTTAGGGCTTA
ACACCCTAGGTCGAACCAACTTAGACCCAATGTTTGATCTCAACCCGGCAGCAACTTTAT
TGGTTCACAATCAGGTTCGAGCCGAAGTCGGGGTGGCTCCAATGCTGTGGGACTTTAAAC
TAGCTGCCTTCGCACAGAACTACGCTAACGTACGATCCAAAGACTGTGCCCTACAGCATT
CGAACGACGAAATGTACGGCGAGAATATAGCTGCAGGGTGGCTCAAATCTAAGGAATCAA
TGAGCGGTCCGATCGCGGCTAAGTTGTGGTATGGCGAGAAGAAATTCTACAATTATCAAA
CCAACAAATGTAGTGGTGTGTGCGGGCATTATACTCAGATGGTGGCTAACCAATCGCACC
GAGTTGGTTGTGGTCACGTCAG*TGTCATGCAAATACATATCTTTGGGTCGTATGTAACT
ATGCTCCTAG*CCGATGGGTGATGAGA*CACACGTCCGTATTAAT

QA 3 767 3 767
DS 

RD RR1H424JQ 633 0 0
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ATCAGGTTCGAGCCGAAGTCGGGGTGGCTCCAATGCTGTGGGACTTTAAACTAGCTGCCT
TCGCACAGAACTACGCTAACGTACGATCCAAAGACTGTGCCCTACAGCATTCGAACGACG
AAATGTACGGCGAGAATATAGCTGCAGGGTGGCTCAAATCTAAGGAATCAATGAGCGGTC
CGATCGCGGCTAAGTTGTGGTATGGCGAGAAGAAATTCTACAATTATCAAACCAACAAAT
GTAGTGGTGTGTGCGGGCATTATACTCAGATGGTGGCTAACCAATCGCACCGAGTTGGTT
GTGGTCACGTCAGGTGTCATGCAAATACATATCTTTGGGTCGTATGTAACTATGCTCCTA
GGCCGATGGGTGATGAGAACACACGTCCGTATTAATGAACTTTTGTTTTTAACTAAGACG
AGTAGTTGTCTGATGTAATAAAACTTAACATAATAAGTTACGTACTATAGATAAGACAAG
ACATTATAGTTTGGAGATGTCTGATCATGTAATAAAATTTAACATAATAAGTTCGTGTAT
GATAGATTATATAAGATCCAGAAATTCTATTTT

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 4

CO CL3250Contig1 1114 4 5 U
ATGGCATGTGATTAAGAAAGAAACAATTAAACAGAACCCTATGTACATATACGCTACTAT
TACACATACCACAGAAAAAACATTTATTTCCAAGGCCAATAATCTCGACCACAGAAGCAG
AAAACGCTTTCACTTGAATCAGCCCACATTAAAAATATCCAATACCCGAATCATATTTTA
TATCATTACCAATTCATCATTCTTCATTCAATCTTTTTATGTTGGCAAGTCTCCATCAGC
ATCGCCTTTGTCCATTAGTAGATTCTTGAGAGATGACCTGATAATTTTGGTGTCACTCAC
TTGCAACAGAAAATCACAAGACTTCTCCACAAGCTATCCACGAATCATTGCCTCTTTTTT
TTTTTTTGGATTATTCGATTCTTTATTTTGAAACTGAAAATAACATGAGAAACAGTCTTG
ATCTTGCCAATCCTCCAGTTTATTACAGCTTCCCCATAGACGACAGCCACTGTTCCATGT
TCTTCCCATCAGGAGCAGGAGAGAAGAAGCCGCCGCTTGGAATATGATTCCCTGAACCAT
CAATTAATTTCTTGTAACAAGGAACAAGAACCACAAACCCACCACCAGTATCATCCTCAC
ATTTAAACCCTGGTCCATGTGGCTCGACCCAGCCAACAGACCACTCAGGATCATCCGGTT
GGGGAAACACAACGTTCCCAATCTTCTCCTCCTCTCCTCCTCCTCTTCCAATCCATCCTC
TCTTAATCTTCTTCACCGTAGAAGAAGAAGAAGAAGATCCAGTCTTGTTATTATAAATAT
TCTTCTTGAGTGAAGAGGAGGATCCTCTGGACTCTTTCTTATCTCTCTCTTTAGAGTTAC
CACCACACAACCACCTCGGAAGACGAGGGAAAGAGACTGCCATCCTTTTTTAAAAAGGAA
AAAAACTCCGAAACTCCTCCGGAGATGAGGCTCTTATCATCCAGCCATGTATCCTTTTTT
ATCTTCTTCTATTCCTCTGACCGAGAAAAAAATGAGAGAGAGAGAGAGAAAAGTTTGATC
GTGGATGGAAGAAACTCTAGAATCGCGACGACGTCACTCTACAGTCTCTCTCTGACTTTT
GCCTGACTTTGTATTGAAGAAGAAGAAGCTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ91JQ U 1
AF RR1BJ15JQ U 35
AF RR1BJ15TF C 368
AF RR1CJ91TF C 370
BS 1 455 RR1CJ91JQ
BS 456 505 RR1BJ15JQ
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BS 507 779 RR1BJ15JQ
BS 780 1114 RR1BJ15TF

RD RR1CJ91JQ 455 0 0
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TACACATACCACAGAAAAAACATTTATTTCCAAGGCCAATAATCTCGACCACAGAAGCAG
AAAACGCTTTCACTTGAATCAGCCCACATTAAAAATATCCAATACCCGAATCATATTTTA
TATCATTACCAATTCATCATTCTTCATTCAATCTTTTTATGTTGGCAAGTCTCCATCAGC
ATCGCCTTTGTCCATTAGTAGATTCTTGAGAGATGACCTGATAATTTTGGTGTCACTCAC
TTGCAACAGAAAATCACAAGACTTCTCCACAAGCTATCCACGAATCATTGCCTCTTTTTT
TTTTTTTGGATTATTCGATTCTTTATTTTGAAACTGAAAATAACATGAGAAACAGTCTTG
ATCTTGCCAATCCTCCAGTTTATTACAGCTTCCCC

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1BJ15JQ 745 0 0
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GCCAATAATCTCGACCACAGAAGCAGAAAACGCTTTCACTTGAATCAGCCCACATTAAAA
ATATCCAATACCCGAATCATATTTTATATCATTACCAATTCATCATTCTTCATTCAATCT
TTTTATGTTGGCAAGTCTCCATCAGCATCGCCTTTGTCCATTAGTAGATTCTTGAGAGAT
GACCTGATAATTTTGGTGTCACTCACTTGCAACAGAAAATCACAAGACTTCTCCACAAGC
TATCCACGAATCATTGCCTCTTTTTTTTTTTT*GGATTATTCGATTCTTTATTTTGAAAC
TGAAAATAACATGAGAAACAGTCTTGATCTTGCCAATCCTCCAGTTTATTACAGCTTCCC
CATAGACGACAGCCACTGTTCCATGTTCTTCCCATCAGGAGCAGGAGAGAAAAAGCCGCC
GCTTGGAATATGATTCCCTGAACCATCAATTAATTTCTTGTAACAAGGAACAAGAACCAC
AAACCCACCACCAGTATCATCCTCACATTTAAACCCTGGTCCATGTGGCTCGACCCAGCC
AACAGACCACTCAGGATCATCCGGTTGGGGAAACACAACGTTCCCAATCTTCTCCTCCTC
TCCTCCTCCTCTTCCAATCCATCCTCTCTTAATCTTCTTCACCGTAGAAGAAGAAGAAGA
AGATCCAGTCTTGTTATTATAAATA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1BJ15TF 747 0 0
GGATTATTCGATTCTTTAT
TTTGAAACTGAAAATAACATGAGAAACAGTCTTGATCTTGCCAATCCTCCAGTTTATTAC
AGCTTCCCCATAGACGACAGCCACTGTTCCATGTTCTTCCCATCAGGAGCAGGAGAGAAG
AAGCCGCCGCTTGGAATATGATTCCCTGAACCATCAATTAATTTCTTGTAACAAGGAACA
AGAACCACAAACCCACCACCAGTATCATCCTCACATTTAAACCCTGGTCCATGTGGCTCG
ACCCAGCCAACAGACCACTCAGGATCATCCGGTTGGGGAAACACAACGTTCCCAATCTTC
TCCTCCTCTCCTCCTCCTCTTCCAATCCATCCTCTCTTAATCTTCTTCACCGTAGAAGAA
GAAGAAGAAGATCCAGTCTTGTTATTATAAATATTCTTCTTGAGTGAAGAGGAGGATCCT
CTGGACTCTTTCTTATCTCTCTCTTTAGAGTTACCACCACACAACCACCTCGGAAGACGA
GGGAAAGAGACTGCCATCCTTTTTTAAAAAGGAAAAAAACTCCGAAACTCCTCCGGAGAT
GAGGCTCTTATCATCCAGCCATGTATCCTTTTTTATCTTCTTCTATTCCTCTGACCGAGA
AAAAAATGAGAGAGAGAGAGAGAAAAGTTTGATCGTGGATGGAAGAAACTCTAGAATCGC
GACGACGTCACTCTACAGTCTCTCTCTGACTTTTGCCTGACTTTGTATTGAAGAAGAAGA
AGCTCCCC

QA 20 747 20 747
DS 

RD RR1CJ91TF 728 0 0
TTGGATATCGATTCTTA
TTTGAAACTGAAAATAACATGAGAAACAGTCTTGATCTTGCCAATCCTCCAGTTTAT*AC
AGCTTCCCCATAGACGACAGCCACTGTTCCATGTTCTTCCCATCAGGAGCAGGAGAGAAG
AAGCCGCCGCTTGGAATATGATTCCCTGAACCACCAATTAATTTCTTGTAACAAGGAACA
AGAACCACAAACCCACCACCAGTATCATCCTCACATTTAAACCCTGGTCCATGTGGCTCG
ACCCAGCCAATAGACCACTCAGGATCATCTGGTTGGGGAAACACAACGTTCCCAATCTTC
TCCTCCTCTCCTCCTCCTCTTCCAATCCATCCTCTCTTAATCTTCTTCACCGTAGAAGAA
GAAGAAGAAGATCCAGTCTTGTTATTATAAATATTCTTCTTGAGTGAAGAGGAGGATCCT
CTGGACTCTTTCTTATCTCTCTCTTTAGAGTTACCACCACACAACCACCTCGGAAGACGA
GGGAAAGAGACTGCCATCCTTTTTTAAAAAGGAAAAAAACTCCGAAACTCCTCTGGAGAT
GAGGCTCTTATCATCCAGCCATGTATCCTTTTTTATCTT**TCTATTCCTCTGACCGAGA
AAAAAATGAGAGAGAGAGAGAGAAAAGTTTGATCGTGGATGGAAGAAACTCTAGAATCGC
GACGACGTCTCTCTACAGTCTCTCTCTGACTTTTGCCTGACTTTGTATT
CC

QA 18 726 18 726
DS 



AS 1 3

CO CL3251Contig1 886 3 15 U
GCGAAAGTGAAATCTTTTAAGGGTGAACTTTGGAATACAATTGGGACAAGAGGAGTAAAC
CTTTATCTGAATTTTCTCCGATGACTTTCATATTCGTGAAAACCCCTCCCCGACATCGTT
AATTAACATTTAAGTCCCCTTATTTTTTCATTATTCCAGTTTTATCCTCCAAAGAGTGAT
AACAGAGCACAGTAAACTCATCGTGCTTTCTCCTCCGACCAACGACTTTTTCATGTCAAG
TGATCCGAGGCGGAGTACCAATTAAGAGACGGCGGCTGTTCGTCGGAAAAGAAACCACAC
GCTTCTTCGCCGCTGAAAAACTCGTCGTGATCCTCTGCTTGCTCTGTTTTCACGAACTGC
AAGAAACTCCCGCCGGTAACCGCGGCCGCCGGCGGCGTTAATCTACCGTTCTCCGAGCTG
GTCTCTTCGTTTAGGACAGCGCTCGAATCGAAGCTGTCGGAAGATCCAGCTTCGACGACG
GGGTTCGGTAGAAGATCACGGAGATCGGTGAAGCTTCGCCGGTAGTTAAAACCGGTTGAG
TGTTCGAGAAACTGAGGAGGAGACGAAGGAATCTGATCTTCTTCTTCCTTCACGGCGGAG
ATATCACTCTCCGTCGCAGCCTTGATGTTGTTGTTCTTATCTTCTTCTCCGTTGATCTTT
CCTTTCATTTTACTAATCTCTTGGAGAAGAGAATCGTTGTCGCGGCGGAGTGAATCGAAG
TTGTGGCGGAGAGAGTCGTATTGGCTCTTGAGAAGTCCGTAGTCTTTTTCTAGCTGTTTT
GTCTTCTACCGTGCGCGGCGGTTTTGGAACCAGACCGCTACTTGACGAGGTTGGAGACCA
AGCTCTTGTGCTAGTTTGGTTTTCCTCTCGGGTTCGAGTTTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C420JQ U 1
AF RR1FY31JQ U 51
AF RR1FY31TF C 326
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BS 761 781 RR1FY31JQ
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RD RR1C420JQ 760 0 0
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TTTTATCTGAATTTTCTCCGATGACTTTCATATTCGTGAAAACCCCTCCCCGACATCGTT
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CCTTTCATTTTACTAATCTCTTGGAGAAGAGAATCGTTGTCGCGGCGGAGTGAATCGAAG
TTGTGGCGGAGAGAGTCGTATTGGCTCTTGAGAAGTCCGT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1FY31JQ 731 0 0
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CGACATCGTTAATTAACATTTAAGTCCCCTTATTTTTTCATTATTCCAGTTTTATCCTCC
AAAGATTGATAACAGAGCACAGTAAACTCATCGTGCTTTCTCCTCCGACCAACGACTTTT
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GAAACCACACGCTTCTTCGCCGCTGAAAAACTCGTCGTGATCCTCTGCTTGCTCTGTTTT
CACGAACTGCAAGAAACTCCCGCCGGTAACCGCGGCCGCCGGCGGCGTTAATCTACCGTT
CTCCGAGCTGGTCTCTTCGTTTAGGACAGCGCTCGAATCGAAGCTGTCGGAAGATCCAGC
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TGAATCGAAGTTGTGGCGGAGAGAGTCGTATTGGCTCTTGAGAAGTCCGTAGTCTTTTTC
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DS 

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CCGCCGGCGGCGTTAATCTACCGTTCTCCGAGCTGGTCTCTTCGTTTAGGACAGCGCTCG
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CGGTGAAGCTTCGCCGGTAGTTAAAACCGGTTGAGTGTTCGAGAAACTGAGGAGGAGACG
AAGGAATCTGATCTTCTTCTTCCTTCACGGCGGAGATATCACTCTCCGTCGCAGCCTTGA
TGTTGTTGTTCTTATCTTCTTCTCCGTTGATCTTTCCTTTCATTTTACTAATCTCTTGGA
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GGAACCAGACCGCTACTTGACGAGGTTGGAGACCAAGCTCTTGTGCTAGTTTGGTTTTCC
TCTCGGGTTCGAGTTTGTTCC

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 4

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AAATAGATTGAGAATCAAAAGTCTAGCTGGATGATATGCTTCTTCCCTAAGACGTAAAGG
TGATATTTTCCATATCAATTGTGCTTGTTGACCAGAAATCTTTAACAGACGCTCGGATTC
TTAACCATTTAAGCTACGAAATTGGAAAGTGGAACATTTAGAGAAGTTTCAGTTGATCTG
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TATTTTTCCCTACCTACAAGATATTATTTTTTCTGTTCAAAATCTCTTGTCTGAATAAAG
CCAAAACAATCTTTACTAAGGCTTATCTATCATGTAAAGAATCTCAAAATCAGAATCAAT
CAAATACCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AJ22JQ C 197
AF RR1BX22TF U 1
AF RR1AJ22TF U 197
AF RR1G089TF U 297
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GT
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AAGTCTAGCTGGATGATATGCTTTTTCCCTAAGACGTAAAGGTGATATTTTCCATATCAA
TTGTGCTTGTTGACCAGAAATCTTTAACAGACGCTCGGATTTTTAACCATTTAAGCTACG
AAATTGGAAAGTGGAACATTTAGAGAAGTTTCAGTTGATTTGGGTTTTCTGTAGCAAGCC
ACGCAGCCACTGCTTTGTTACAAAACCCCACACAAACTTCTTTATTTTTCCCTACCTACA
AGATATTATTTTTTCTGTTCAAAAT
TTCT

QA 3 447 3 447
DS 

RD RR1BX22TF 674 0 0
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GTTCTCTAGTTTTCCAGACCTTATCTCATCTTTGATAAGCTCTGATTTCTATCATCCATA
CACAAGATGCGATCCAACTTTTAGCTGTAATTCTTCTTGATCGGTCTCCGTCAATACGAC
TCTGTCAACACGACTTTCGGGGGAGGTGATTATCCTAACAGTGGTTGAGCTTGATCGAAA
GGGCCGAGGTAGTGCCTAAATCACACACATATATAACCCATCCCTATAAAACACCATGAA
TCCAAAGGGAAGAAAGTTAACCTTGGTTTACAAACTCAGGCAGGGGATTTGAGTTTCTGG
AAATAGATTGAGAATCAAAAGTCTAGCTGGATGATATGCTTCTTCCCTAAGACGTAAAGG
TGATATTTTCCATATCAATTGTGCTTGTTGACCAGAAATCTTTAACAGACGCTCGGATTC
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GGTTCTCTGTAGCAAGCCACACAGCCACTGCTCTGTTACAAAACCCCACACAAACTTCTT
TATTTTTCCCTACCTACAAGATATTATTTTTTCTGTTCAAAATCTCTTGTCTGAATAAAG
CCAAAACAATCTTT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1AJ22TF 487 0 0
GT
GGGGGAGGTGATTATCCTAACAGTGGTTGAGCTTGATCGAAAGGGCCGAGGTAGTGCCTA
AATCACACACATATATAACCCATCCCTATAAAACACCATGAATCCAAAGGGAAGAAAGTT
AACCTTGGTTTACAAACTCAGGCAGGGGATTTGAGTTTCTGGAAATAGATTGAGAATCAA
AAGTCTAGCTGGATGATATGCTTCTTCCCTAAGACGTAAAGGTGATATTTTCCATATCAA
TTGTGCTTGTTGACCAGAAATCTTTAACAGACGCTCGGATTCTTAACCATTTAAGCTACG
AAATTGGAAAGTGGAACATTTAGAGAAGTTTCAGTTGATCTGGGTTCTCTGTAGCAAGCC
ACGCAGCCACTGCTCTGTTACAAAACCCCACACAAACTTCTTTATTTTTCCCTACCTACA
AGATATTATTTTTTCTGTTCAAAATCTCTTGTCTGAATAAAGCCAAAACAATCTTTACTA
AGGCT

QA 3 487 3 487
DS 

RD RR1G089TF 435 0 0
G
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TGGAAATAGATTGAGAATCAAAAGTCTAGCTGGATGATATGCTTCTTCCCTAAGACGTAA
AGGTGATATTTTCCATATCAATTGTGCTTGTTGACCAGAAATCTTTAACAGACGCTCGGA
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CTGGGTTCTCTGTAGCAGGCCACGCAGCCACTGCTCTGTTACAAAACCCCACACAAACTT
CTTTATTTTTCCCTACCTACAAGATATTATTTTTTCTGTTCAAAATCTCTTGTCTGAATA
AAGCCAAAACAATCTTTACTAAGGCTTATCTATCATGTAAAGAATCTCAAAATCAGAATC
AATCAAATACCATC

QA 2 435 2 435
DS 



AS 1 4

CO CL3253Contig1 223 4 1 U
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CCCCCTAGAACAACATTTTCTTTCAGGCCTTTCAACCAATCGATACGACCCCGAAGAGCA
GCTTTTGATAAAACTCGAGCAGTTTCTTGAAAACTTGCTTCGGATATAAAACTTTGAGTA
TTCAAAGATGCTCGAGTTATTCCTAATAAAACGGCTCGATAAC


BQ
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AF RR1A095TF C 1
AF RR1E439JQ U 1
AF RR1E439TF C 1
AF RR1A095JQ U 26
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QA 1 223 1 223
DS 

RD RR1E439JQ 223 0 0
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QA 1 223 1 223
DS 

RD RR1E439TF 223 0 0
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TTCAAAGATGCTCGAGTTATTCCTAATAAAACGGCTCGATAAC

QA 1 223 1 223
DS 

RD RR1A095JQ 198 0 0
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GGCCTTTCAACCAATCGATACGACCCCGAAGAGCAGCTTTTGATAAAACTCGAGCAGTTT
CTTGAAAACTTGCTTCGGATATAAAACTTTGAGTATTCAAAGATGCTCGAGTTATTCCTA
ATAAAACGGCTCGATAAC

QA 1 198 1 198
DS 



AS 2 4

CO CL3254Contig1 1308 2 2 U
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CTCATTTAAACAAAGCTACTCATTGAGTCATTTCCCCAAGAGAAGAAAATAACTTAAAAA
CATCGCAGATAGATAGATGGGGGACAAGAGATACACATGTGACATGTGCAACTTCATTAC
ACCATGAGGCCCTCAGGTGCAGCAGCAGCAGCGGCCTTAGGTTTAGGCTTATCAACAACG
ATAGCCTGAGTGGTCAGCACCATCCCTGCAACCGAAGCAGCGTTCTGAAGCGCACATCTG
GTCACTTTAGCCGGATCAATCACTCCAGCTTCCAACAGATTCTCATAGGTATCAGTCATG
GCGTTGTACCCTAGCTCCCATTCACTGAACATAATCTTCTCCACCACAACTTCTCCTTCA
ATCCCAGCGTTCTGCGCAATAAGTGCTGCTCCGACTTTAATGACGGCAACACCACCAGAG
AGTTTGGCTATTCTCTCAGCGAGCTTCTCCGAGTCGTACACAGAGTCAGTCTCGAACAGT
TCCTTCTTCAGCTGGGGGATACGAGCTTGCAACTCGTCCTTGGAAGCCGCATCTGCGATA
AGCGTAGTCGAGTCTTTGCTTATGGTCACTTTACGAGCGATACCCAACTGCTCTATGGTT
GTGTTTTCCACCAGCAGGCCCATGTCAAGTGCTTGGTACTCAGCTCCTGTCAAGATTGCG
ATATCTTGAAGCATAGCTTTCCTCCTTTCTCCAAACCCTGGAGCTTTCACGGCGACAACG
TTGAGAACACCGCGGAGTTTGTTAACAACGAGAGTTGCTAAGGCCTCTCCTGTAACATCC
TCTGCGATGATCAGCAACGGAGCACGAAGCTGAGTGGTCTTCTCCAAGATTGGGATGATG
TCTTTGATGGCAGTGATCTTCTGATCAGTGATCAACACTCTCGCGTTCTCGAACTCAACC
AGCAGCTTCTCAGGGTTAGTAACGAACTGAGGAGAGATGTAACCTCTGTCAATCTCCATC
CCTTCTTCGACTTCGACGGTGGTCTCGAAAGAGGACGAAGACTCGATGGAGAGAACACCG
TCAGGTCCAACTTTGTCGATGGCGTCAGCGATCATCGCTCCCACGAGCTCATCGTTTCCA
GCTGAGATTGTAGCCACAGCTCTGATGTCGCTACCGCCTTTGACGGGTCTAGCTCTCTTC
TCGAGCTCTTCGATCAAACCTTGGACAGTTTTATCGATTCCTCGCTTGAGGGAGACGGGA
TTGGCGCCGGAAGTGACGCTCAGCAATCCGTGTTTGATGATTTCACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW75JQ U 1
AF RR1DT33TF C 585
BS 1 767 RR1EW75JQ
BS 768 1308 RR1DT33TF

RD RR1EW75JQ 767 0 0
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CTCATTTAAACAAAGCTACTCATTGAGTCATTTCCCCAAGAGAAGAAAATAACTTAAAAA
CATCGCAGATAGATAGATGGGGGACAAGAGATACACATGTGACATGTGCAACTTCATTAC
ACCATGAGGCCCTCAGGTGCAGCAGCAGCAGCGGCCTTAGGTTTAGGCTTATCAACAACG
ATAGCCTGAGTGGTCAGCACCATCCCTGCAACCGAAGCAGCGTTCTGAAGCGCACATCTG
GTCACTTTAGCCGGATCAATCACTCCAGCTTCCAACAGATTCTCATAGGTATCAGTCATG
GCGTTGTACCCTAGCTCCCATTCACTGAACATAATCTTCTCCACCACAACTTCTCCTTCA
ATCCCAGCGTTCTGCGCAATAAGTGCTGCTCCGACTTTAATGACGGCAACACCACCAGAG
AGTTTGGCTATTCTCTCAGCGAGCTTCTCCGAGTCGTACACAGAGTCAGTCTCGAACAGT
TCCTTCTTCAGCTGGGGGATACGAGCTTGCAACTCGTCCTTGGAAGCCGCATCTGCGATA
AGCGTAGTCGAGTCTTTGCTTATGGTCACTTTACGAGCGATACCCAACTGCTCTATGGTT
GTGTTTTCCACCAGCAGGCCCATGTCAAGTGCTTGGTACTCAGCTCCTGTCAAGATTGCG
ATATCTTGAAGCATAGCTTTCCTCCTTTCTCCAAACCCTGGAGCTTT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1DT33TF 724 0 0
AAG
CGCATCTGCGATAAGCGTAGTCGAGTCTTTGCTTATGGTCACTTTACGAGCGATACCCAA
CTGCTCTATGGTTGTGTTTTCCACCAGCAGGCCCATGTCAAGTGCTTGGTACTCAGCTCC
TGTCAAGATTGCGATATCTTGAAGCATAGCTTTCCTCCTTTCTCCAAACCCTGGAGCTTT
CACGGCGACAACGTTGAGAACACCGCGGAGTTTGTTAACAACGAGAGTTGCTAAGGCCTC
TCCTGTAACATCCTCTGCGATGATCAGCAACGGAGCACGAAGCTGAGTGGTCTTCTCCAA
GATTGGGATGATGTCTTTGATGGCAGTGATCTTCTGATCAGTGATCAACACTCTCGCGTT
CTCGAACTCAACCAGCAGCTTCTCAGGGTTAGTAACGAACTGAGGAGAGATGTAACCTCT
GTCAATCTCCATCCCTTCTTCGACTTCGACGGTGGTCTCGAAAGAGGACGAAGACTCGAT
GGAGAGAACACCGTCAGGTCCAACTTTGTCGATGGCGTCAGCGATCATCGCTCCCACGAG
CTCATCGTTTCCAGCTGAGATTGTAGCCACAGCTCTGATGTCGCTACCGCCTTTGACGGG
TCTAGCTCTCTTCTCGAGCTCTTCGATCAAACCTTGGACAGTTTTATCGATTCCTCGCTT
GAGGGAGACGGGATTGGCGCCGGAAGTGACGCTCAGCAATCCGTGTTTGATGATTTCACG
C

QA 4 724 4 724
DS 



CO CL3254Contig2 803 2 39 U
GGATTTTATAAGTGTTAAAACCATTTCCTTATCCACACGCCCAGAAACGTTCTCCTCCGG
TCTGAAAAAAAAAATGGCGACTGCAAACGCTCTCACTTCCGCCTCTGTCCTCTGCTCCTC
ACGACAGGGAAAGCTGACTGGTGGAAGTCAGCAGAAAGGTCAAAGAGTAAGCTACAGGAA
AGCAAACAGACGTTTCAGCGTAAGAGCTAACGTCAAGGAGATTGCTTTCGACCAGAGCTC
CAGAGCTGCTCTTCAAGCTGGTATCGACAAGCTTGCCGATGCTGTTGGTCTCACTCTCGG
CCCTAGAGGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCCAAGGTTGTGAACGATGG
AGTCACCATTGCTAGGGCTATTGAGTTACCTGACGCCATGGAGAATGCTGGTGCTGCACT
TATCCGTGAGGTTGCGAGTAAGACTAATGACTCAGCTGGTGATGGAACAACCACTGCCTC
TGTCCTGGCTCGTGAAATCATCAAACACGGATTGCTGAGCGTCACCTCCGGCGCCAATCC
CGTCTCCCTCAAGCGAGGAATCGACAAAACTGTCCAAGGTTTGATCGAAGAGCTCGAGAA
GAGAGCTAGACCCGTCAAAGGCGGTAGCGACATCAGAGCCGTGGCTACAATCTCAGCTGG
AAACGATGAGCTCGTGGGAGCGATGATCGCTGACGCCATCGACAAAGTGGGACCTGACGG
TGTTCTCTCCATCGAGTCTTCGTCTCTTTCGAGACCACCGTCGAAGTCGAAAAGGGATGG
AGATGACAGAGCTACATCTCTCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1EW75TF 779 0 0
G
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AAAAAAATGGCGACTGCAAACGCTCTCACTTCCGCCTCTGTCCTCTGCTCCTCACGACAG
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AGACGTTTCAGCGTAAGAGCTAACGTCAAGGAGATTGCTTTCGACCAGAGCTCCAGAGCT
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GCTCGTGAAATCATCAAACACGGATTGCTGAGCGTCACTTCCGGCGCCAATCCCGTCTCC
CTCAAGCGAGGAATCGATAAAACTGTCCAAGGTTTGATCGAAGAGCTCGAGAAGAGAGCT
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GAGCTCGTGGGAGCGATGATCGCTGACGCCATCGACAA*GTGGGACCTGACGGTGTTCTC
TCCATCGAGTCTTCGTCTCTTTCGAGACCACCGTCGAAGTCGAAGAGGGATGGAGAT
G

QA 2 778 2 778
DS 



AS 1 3

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TCTAATAGAAAGTGACCACATAGCGAAAACATATTAAAAATGGTTTGTAAAACGCTCACT
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CGTTCAAGCAAATTAAGAATCCAAATTCAAAACGAGGGAAAAAGAAGATAGCTCAAAGCT
TCAATGTTAGATCTGGAAGAGAACACTCCATGTCCACTGCTTGTTTGACCTCCAAGTAAT
CCACTTTTCGTTCACCTAAATCACCATCAACCGCTTCAACCGCTACCTCATTGGCCCGTT
GCCTGAAACTCCCGGGCCATAGCAGCTCGGCCTCGTCGTCCTCAACGAGAAAAGGTACGA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FS37JQ U 1
AF RR1FS37TF C 108
AF RR1F845JQ U 210
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RD RR1FS37JQ 676 0 0
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CTTGATATCATATAAATATCCCATTTCGTTAATACACATAAGCAAACACTAGAATTGACT
TCTAATAGAAAGTGACCACATAGCGAAAACATATTAAAAATGGTTTGTAAAACGCTCACT
GTACATAATAGAGTTTTTTTTTTTTTTTTGCTAAAACATACATAATAGAGTTATAAATCT
CGTTCAAGCAAATTAAGAATCCAAATTCAAAACGAGGGAAAAAGAAGATAGCTCAAAGCT
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CCACTTTTCGTTCACCTAAATCACCATCAACCGCTTCAACCGCTACCTCATTGGCCCGTT
GCCTGAAACTCCCGGGCCATAGCAGCTCGGCCTCGTCGTCCTCAACGAGAAAAGGTACGA
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CAGCAGCGGCGTA
AGA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1FS37TF 787 0 0
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GAGTTATAAATCTCGTTCAAGCAAATTAAGAATCCAAATTCAAAACGAGGGAAAAAGAAG
ATAGCTCAAAGCTTCAATGTTAGATCTGGAAGAGAACACTCCATGTCCACTGCTTGTTTG
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GGCAGC
C

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1F845JQ 733 0 0
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GCAATGTTTCTAATGATCGTCTCTTGTGTTGGCCTTGTAATGCCTAGGTCGTGGGGAGAG
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CTGCCAGGGAAAACTCCAGCGAGACCCATACGCATAGCGCGTTTGGCAAGCGTTCTCTCG
CGTTTATGAGCGTTTTGGTGACCGCCAAGAGCCTGAGAGCTGTAAAACTTCCGTTGACAA
TAGTTGCAAGAGAAGACCCTCTTCGATACAGATGGTTGCTGTTGCTCCGGATTGCTAATT
TCGCTGGTGCTTGAAATTGGCAGCGTCAAAGAAGATGATTCAAGATCCAAGTTGTTGTTG
TTGTTATTGAAAC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL3256Contig1 721 2 5 U
CAATCTGAGGACTTACTTTCTTGAGGCGATAATAAAAAGGGGGCAAAGACAACTTTTCAC
TCAAAGCAAAAATAAAAAAGAAAGAAAAATCAAAGGTTCAGAAACGAGGACAACAGTTTT
CGTTCAGTGAGAAAGATTTGACTCAGTTACTTGGTGAGTTTGAAGTACAAGATGATGATA
ATGGCCACAACCAAAGCGGTGATAATGGCTCCAATGGTCCATTTGTTCCTGCTCATTCTC
CTCGTCATACCTGTCAAGATCTTCTTGCTCTTTCCAACATTCTCGTCTACTCCACTAAGC
GTATCCCCGGCACGTAGGAAAGATTGTCTCTGACCGTGCAAGTCTTGGAGGATTGAAACG
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CCCAAACGTTCTGTTGACATCATCAGTCTTGATCTTTGATCAGCTGAAGCCGTCTTCGTG
TCAGCCAGACCAGCTTCAAGCAACTCGTCTCGAGCAGCAGCGTTCAAGTTTCCAGATGTG
ATTCTCTTAACTTCGGTTTTGAAGTTGTTAAGATCAGACTTGAACTCTCTTAACTTGACA
AGGAGGCTGGATTTAACACCGGGGTGGGAGGCTCCTCGCCTCCAGATCCATTTTCCTAAT
CAATGCTTCTGCAAGTTCAAGGCCAGATTTGATTTCAGAGAGCTTCTCCTTCTTTTGTTC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1GW64JQ U 8
AF RR1AD35JQ U 1
BS 1 40 RR1AD35JQ
BS 41 41 RR1GW64JQ
BS 42 319 RR1AD35JQ
BS 320 320 RR1GW64JQ
BS 321 721 RR1AD35JQ

RD RR1GW64JQ 608 0 0
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AAAAATAAAAAAGAATGAAAAATCAAAGGTTCAGAAACGAGGACAACAGTTTTCGTTCAG
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TACCTGTCAAGATCTTCTTGCTCTTTCCAACATTCTCGTCTACTCCACTAAGCGTATCCC
CGGCACGTAGGAAAGATTGTCTCTGACCGTGCAAGTCTTGGAGGATTGAAACGCCAATCT
CTTCAGTCT**ATCATTGTTCTACGACTGTCCTTGAGTCTGTCTGAAGTACGGCCCAAAC
GTTCTGTTGACATCATCAGTCTTGATCTTTGATCAGCTGAAGCCGTCTTCGTGTCAGCCA
GACCAGCTTCAAGCAACTCGTCTCGAGCAGCAGCGTTCAAGTTTCCAGATGTGATTCTCT
TAACTTCGGTTTTGAAGTTGTTAAGATCAGACTTGAACTCTCTTAACTTGACAAGGAGGC
TGGATTTA

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1AD35JQ 721 0 0
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TCAAAGCAAAAATAAAAAAGAAAGAAAAATCAAAGGTTCAGAAACGAGGACAACAGTTTT
CGTTCAGTGAGAAAGATTTGACTCAGTTACTTGGTGAGTTTGAAGTACAAGATGATGATA
ATGGCCACAACCAAAGCGGTGATAATGGCTCCAATGGTCCATTTGTTCCTGCTCATTCTC
CTCGTCATACCTGTCAAGATCTTCTTGCTCTTTCCAACATTCTCGTCTACTCCACTAAGC
GTATCCCCGGCACGTAGGAGAGATTGTCTCTGACCGTGCAAGTCTTGGAGGATTGAAACG
CCAATCTCTTCAGTCTCCATCATTGTTCTACGACTGTCCTTGAGTCTGTCTGAAGTACGG
CCCAAACGTTCTGTTGACATCATCAGTCTTGATCTTTGATCAGCTGAAGCCGTCTTCGTG
TCAGCCAGACCAGCTTCAAGCAACTCGTCTCGAGCAGCAGCGTTCAAGTTTCCAGATGTG
ATTCTCTTAACTTCGGTTTTGAAGTTGTTAAGATCAGACTTGAACTCTCTTAACTTGACA
AGGAGGCTGGATTTAACACCGGGGTGGGAGGCTCCTCGCCTCCAGATCCATTTTCCTAAT
CAATGCTTCTGCAAGTTCAAGGCCAGATTTGATTTCAGAGAGCTTCTCCTTCTTTTGTTC
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 4

CO CL3257Contig1 689 4 24 U
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GACATGGAGTTCGTGCGAGGACGAGGGATCTGTTCGCGAGGGGGTTCAGGAAGAAGGGTA
CAATCCCACTCTCGACATACCTCAGGACCTTCAAGGTCGGGGATTACGTCGATGTTAAGG
TGAACGGTGCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCACGGTCGTACCGGTCGTG
TCTGGAACGTCACCAAGCGTGCCGTCGGTGTCGAAGTGAACAAGCAGATTGGTAACAGAA
TCATCAGGAAGAGGCTTCATGTGCGTGTGGAGCACGTGCAGCAGTCAAGGTGTGCAGAGG
AGTTCAAACTTAGAATCAAGAAGAACGATGAGCTCAAGGCCGCAGCCAAAGCCAGAGGCG
AGACAATAAGCACCAAGAGACAACCTAAAGGCCCCAAGCCAGGATTCATGGTTGAGGGTA
TGACCTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCCTACGACGTCGTCAACGATCTCAAGGGAGGCT
ATTAGTTCTACTTTCTTCCCCTTATGTTTTTGAGCTTTCCTTCCATATGTTTTGTAGCGA
CCTTAAGTACTGAAAGATGATTTTAAACAGCATGAGTTTTGTTATTGATACTTTTGTCTC
TGCCAATATTAAATGTTCCTTTTTCAGCC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS77TF U 1
AF RR1FK16JQ C 4
AF RR1FK16TF U 4
AF RR1DS77JQ C 276
BS 1 33 RR1DS77TF
BS 34 35 RR1FK16TF
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RD RR1DS77TF 689 0 0
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GACATGGAGTTCGTGCGAGGACGAGGGATCTGTTCGCGAGGGGGTTCAGGAAGAAGGGTA
CAATCCCATTGTCCACCTACCTCAGGACCTTCAAGGTCGGCGATTACGTCGATGTTAAGG
TGAACGGTGCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACCGGTCGTG
TCTGGAACGTCACCAAGCGTGCCGTCGGTGTCGAAGTGAACAAGCAGATTGGTAACAGAA
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AGACAATAAGCACCAAGAGACAACCTAAAGGCCCCAAGCCAGGATTCATGGTTGAGGGTA
TGACCTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCCTACGACGTCGTGAACGATCTCAAGGGAGGCT
ATTAGTTCTACTTTCTTCCCCTTATGTTTTTGAGCTTTCCTTCCATATGTTTTGTAGCGA
CCTTAAGTACTGAAAGATGATTTTAAACAGCATGAGTTTTGTTATTGATACTTTTGTTTC
TGCCAATATTAAATGTTCCTTTT
TCAGCC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1FK16JQ 682 0 0
GG
GCGATTTTAGGTTTCACTTGACGCATCCCACCAAGACGAAGAAAAATGCCGGCAGGACAT
GGAGTTCGTGCGAGGACGAGGGATCTGTTCGCGAGGGGGTTCAGGAAGAAGGGTACAATC
CCACTCTCGACATACCTCAGGACCTTCAAGGTCGGGGATTACGTCGATGTTAAGGTGAAC
GGTGCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCACGGTCGTACCGGTCGTGTCTGG
AACGTCACCAAGCGTGCCGTCGGTGTCGAAGTGAACAAGCAGATTGGTAACAGAATCATC
AGGAAGAGGCTTCATGTGCGTGTGGAGCACGTGCAGCAGTCAAGGTGTGCAGAGGAGTTC
AAACTTAGAATCAAGAAGAACGATGAGCTCAAGGCCGCAGCCAAAGCCAGAGGCGAGACA
ATAAGCACCAAGAGACAACCTAAAGGCCCCAAGCCAGGATTCATGGTTGAGGGTATGCCC
TTGGAGACTGTTACTCCTATCCCCTACGATGTCGTCAACGATCTCAAGGGAGGCTATTAG
TTCTACTTTCTTCCCCTTATGTTTTTGAGCTTTCCTTCCATATGTTTTGTAGCGACCTTA
AGTACTGAAAGATGATTTTAAACAGCATGAGTTTTGTTATTGATACTTTTGTCTCTGCCA
ATATTAAATGTTCCTTTT
CC

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR1FK16TF 682 0 0
GG
GCGATTTTAGGTTTCACTTGACGCATCCCACCAAGACGAAGAAAAATGCCGGCAGGACAT
GGAGTTCGTGCGAGGACGAGGGATCTGTTCGCGAGGGGGTTCAGGAAGAAGGGTACAATC
CCACTCTCGACATACCTCAGGACCTTCAAGGTCGGGGATTACGTCGATGTTAAGGTGAAC
GGTGCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCACGGTCGTACCGGTCGTGTCTGG
AACGTCACCAAGCGTGCCGTCGGTGTCGAAGTGAACAAGCAGATTGGTAACAGAATCATC
AGGAAGAGGCTTCATGTGCGTGTGGAGCACGTGCAGCAGTCAAGGTGTGCAGAGGAGTTC
AAACTTAGAATCAAGAAGAACGATGAGCTCAAGGCCGCAGCCAAAGCCAGAGGCGAGACA
ATAAGCACCAAGAGACAACCTAAAGGCCCCAAGCCAGGATTCATGGTTGAGGGTATGCCC
TTGGAGACTGTTACTCCTATCCCCTACGATGTCGTCAACGATCTCAAGGGAGGCTATTAG
TTCTACTTTCTTCCCCTTATGTTTTTGAGCTTTCCTTCCATATGTTTTGTAGCGACCTTA
AGTACTGAAAGATGATTTTAAACAGCATGAGTTTTGTTATTGATACTTTTGTCTCTGCCA
ATATTAAATGTTCCTTTT
CC

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR1DS77JQ 414 0 0
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GTGCAGCAGTCAAGGTGTGCAGAGGAGTTCAAACTTAGAATCAAGAAGAACGATGAGCTC
AAGGCCGCAGCCAAAGCCAGAGGCGAGACAATAAGCACCAAGAGACAACCTAAAGGCCCC
AAGCCAGGATTCATGGTTGAGGGTATGACCTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCCTACGAC
GTCGTGAACGATCTCAAGGGAGGCTATTAGTTCTACTTTCTTCCCCTTATGTTTTTGAGC
TTTCCTTCCATATGTTTTGTAGCGACCTTAAGTACTGAAAGATGATTTTAAACAGCATGA
GTTTTGTTATTGATACTTTTGTTTCTGCCAATATTAAATGTTCCTTTTTCAGCC

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 4

CO CL3258Contig1 705 4 1 U
GGACCTAATATCTGGAGACGAAACCCTAGATTTTATCAAGCTCGAAGAAGAAGAAGACGA
AATCATGGCAGGAGTTGGACCGCTGACACAAGATTGGGAGCCGGTGGTGATCCGCAAGAA
AGCCCCTAACTCCGCCGCCAAACGCGACGAGAAAACCGTCAACGCCGCTCGTCGATCCGG
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CACATCCCTCAACACTAAGAGGCTTGATGACGACACCGAGAACCTCGCTCATGAGCGTGT
GCCTACTGAGCTAAAGAAAGCCATTATGCAAGCTCGAACTGACAAGAAGCTTACCCAGTC
CCAACTTGCTCAAATCATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAGGAGTACGAGTCTGGTAA
AGCCACCCCCAACCAGCAGATCCTTTCTAAGCTTGAGAGAGCACTTGGAGCTAAACTCCG
TGGTAAGAAGTGATCATCATCAAGTCCTGAAGATGAACAAAACTTACTTGCAGTTTCACT
TTTCTTAATGACGATGTAGTAACAAGCTTCGATGTAATGTCATAACTTTGCTAAAGAATA
ATAATCTTTCTGATGTAAGAAAGACAGACCGTTTGAATGATTGGTTGATGAATCACTCTT
TCATTAACATATTTCATTATAAAAGTTAAGTTTGGGTTTTCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1EF48JQ C 20
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AF RR1F790TF U 1
AF RR1F790JQ C 30
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AATGAGAAGCCACAAGTGATCCAGGAGTACGAGTCTGGTAAAGCCACCCCCAACCAGCAG
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TCAAGTCCTGAAGATGAACAAAACTTACTTGCAGTTTCACTTTTCTTAATGACGATGTAG
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CG

QA 1 629 1 629
DS 

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DS 

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CGATGTAATGTCATAACTTTGCTAAAGAATAATAATCTTTCTGATGTAAGAAAGACAGAC
CGTTTGAATGATTGGTTGATGAATCACTCTTTCATTAACATATTTCATTATAAAAGTTAA
GTTTGGGTTTTCTTGC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 3

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GGCTTCAAAATCTTCATGTAAGTGATACATGAACCGGTCTCCATCAATAGAGAGGCTCAT
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GCGACTTGGACTTGGCGGAGTTCAGAACAGATTTCATGGCCATCGCTTGTTGTTCTTCTC
TATAGGGTTTTGGATATTGACCAACTAACGATTCAAGAAAGATGATTATATAAGAGAGGT
AAAAGTAGGAGATGGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA58JQ U 1
AF RR1EE91JQ U 277
AF RR1EE91TF C 895
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GTTAGTTATATTGCTTTGTGGTTATCTGTTTTTTCACAAATGTTTCACTTAAACAAAAAT
CAGTTCAACCCAATGTATAAGTGATTCTCGAGGTTAGAGTACTGTACTTGGCAACTCCGG
CGGGGCAACCGTTGCCAAATTTTGGGCACATTAACGAAGTAGGGCCTCTGTTGGCCTTTG
TTTTACGACCGCTGGCAATATAGTACCAAGCAAAGTCACGGTCAACATCATCTATCATGG
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TCAGCAGGTCGTTTTCAGTGGCTTATCTACAGCTGTGAATCCTCCCTTGGCGGACCTCTG
CTTCATTTAATCCAAGATTTCCACAACAGTCATTGACTCAGACTTTGTTACATCTTCCGC
ATTGACCAGGTTAGCAGTATACGGGTTACAACCCAACCTGAAATAATATCAGTTTAAATA
ATCTAAGGTGGGTTGGACATCTATGTTCATGCACGAAGACACGCAACGATGACATAGAGC
TTAGGGTAAGGGTTCTTGTTGTTTTTTTGGGGGTAAACATTGCACATGGTTGTTAGATAA
GAATCACCACCAAGTAATTTTGTGTTTACAGTCGTCACTAAAAGTATGAAAGGAGTTCGG
CACTGACTGTAAATTTCTTTTGACCTTAAAAGGTATAAATCAGTACACA
GAGAAG

QA 1 769 1 769
DS 

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CTAATTAATTTACATGGTCAGCACTCAGCAGATCGTTTTCAGTGGCTTATCTACAGCTGT
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CTCAAACTTTGTTACATCTTCCGCATTAACCAGGTTAGCAGTATACGGGTTACAACCCAA
CCTGAAATAATATCAGTTTAAATAATCTAAGGTGGGTTGGACATCTATGTTCATGCACGA
AGACACGCAACGATGACATAGAGCTTAGGGTAAGGGTTCTTGTTGTTTTTTTTGGGGTAA
ACATTGCACATGGTTGTTAGATAAGAATCACCACCAAGTAATTTTGTGTTTACAGTCGTC
ACTAAAAGTATGAAAGGAGTTCGGCACTGACTGTAAATTTCTTTTGACCTTAAAAGGTAT
AAATCAGTACACAAATAGCCTTCACTCTTGTAGCTAGGTTGGTCTGCGAAGGCACTATAT
GTGCAACGTGTGACGTTTTTGATGGTCGAGCAAGGCACATTGAGAAGAAAGAAAAAAAAA
ACAGTACACAGATAAGCAATTAAGTTAAAAATGATGTAAAATTTTAAACAGCTAACCATA
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GTCTCCATCAATAGAGAGGC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1EE91TF 563 0 0
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GCATTTGGCTTCAAAATCTTCATGTAAGTGATACATGAACCGGTCTCCATCAATAGAGAG
GCTCATCTGGCCAAGGTCGCAGAGAAAATAGCTCTGTCTGAAACAAATGGTAAAAGAGTG
ATCAGAAACGCTACAGATAGCTTTTCTTTTGGTAGCAGAGAAATTCCTGAGACTGTGGTT
CCTGGTTTGAGGCGAGCCTCGTATCGTGGAGAACGATTAGAGGAGACGAAGCCTTGCACT
GACCTGTTCGTAGATGTGTAGCATCTCAAAACCAATAAAAATCCCCCTTTTGCAGTGTTT
CTAGCCTCCCAAAAGTGGATCATAAGAAGCCTAATTCACAATCCGCTGACCCAGAGAGAT
GTCACGGCGACTTGGACTTGGCGGAGTTCAGAACAGATTTCATGGCCATCGCTTGTTGTT
CTTCTCTATAGGGTTTTGGATATTGACCAACTAACGATTCAAGAAAGATGATTATATAAG
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QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 3

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GTGGGTGTAGAGAAGACGAGGAGAATGAGGAGAGTTTTCGGCGCGAAAAAGAACACAGAG
CCTCCTCCCTCCATTCAGGATGCCTCCGATCGGATAAATAAAAGGGGAGAATCAGTGGAA
GAGAAGATAAAGAAGGCTGATGTTGAGCTCTGCAAATACAGAGAACAGATTCAAAAGACG
CGACCTGGTCCTGCTCAACAAGCTCTCAAAGCTCGTGCTATGAGGCTTCTCAAGCAGAAG
AAAATGTATGAAGGACAACGTGACATGCTCTATAATCAAACATTCAATCTCGATCAAGTC
TCTTTCGCTGCTGAAGGCCTCAAAGATGCTCAACAGACTATGACGGCGCTAAAGTCTGCT
AACAAGGAGCTGAAAGGGATGATGAAAACCGTTCTGATTCAAGATATCGATAATTTGCAA
GATGAGATGATGGATCTGATGGATGTGAGTTCTGAGATTCAAGATACGCTTGGTAGGAGC
TACAATGTTCCTGATGGTCTCGACGAAGATGATCTCATGGGAGAGCTGGAGGCTCTTGAA
GCTGATATGGGAGACGAGACAGAAGCAGATGGAGTGCCTTCTTATCTCCAACCCGATAAG
CATAGTGATTACGATGATGAACTTAACTTGCCTTCAGTACCCATAGGACAGACTGGAGCT
CCACCTGGTCGAGTTCAG*CTGAG*ATGAGTTTGGGTTGCCGGC*GTACCACGAGCT*CT
CTCCGGGGATAAAAGTTCTGGCGATTCTCTTTGTGGAGTGGAGCTAATACTAAGCTCTTT
TTTTAGGCTTAGGCTTCTGAATCACTTTGTTCATAACATTTTTTAACTTTTCTTTTGGCT
CTATAATGAATTTACAATAATTGTGTGTTTATGGAT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H792TF U 1
AF RR1F120TF U 3
AF RR1F120JQ C 227
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RD RR1H792TF 781 0 0
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CCTCCTCCCTCCATTCAGGATGCCTCCGATCGGATAAATAAAAGGGGAGAATCAGTGGAA
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CGGCCTGGTCCTGCTCAACAAGCTCTTAAAGCTCGTGCTATGAGGCTTCTCAAGCGGAAG
AAAATGTATGAAGGACAACGTGACATGCTCTATAATCAAACATTTAATCTCGATCAAGTC
TCTTTCGCTGCTGAAGGTCTCAAAGACGCTCAACAAACTATGACTGCGCTAAAGTCTGCT
AACAAGGAGCTGAAAGGGATGATGAAAACCGTTCAGATTCAAGATATCGATAATTTGCAA
GATGAGATGATGGATCTGATGGATGTGAGTTCTGAGATTCAAGAAACGCTTGGTAGGAGC
TATAATGTTCCTGATGGTCTCGACGAAGATGATCTCATGGGAGAGCTGGAGGCTCTTGAA
GCTGATATGGGAGACGAGACAGAAGCAGATGGAGTGCCTTCTTATCTCCA*CCCGATAAG
CATAGTGATTACGATGATGAACTTAACTTGCCTTCAGTACCCATAG*ACAGACTGGAGCT
CCACCTGGTCGAGT*CAG*CTGAG*ATGAGTT*GGATTGCCGGC*GTAC*ACGAGCT*CT
C

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1F120TF 813 0 0
GG
AAATTCGAGAACCTTTAGGAGTTTCTTCTCCAAATCCTCGAGATTTTGATCAGACGGTGG
GTGTAGAGAAGACGAGGAGAATGAGGAGAGTTTTCGGCGCGAAAAAGAACATAGAGCCTC
CTCCCTCCATTCAGGATGCCTCCGATCGGATAAATAAAAGGGGAGAATCAGTGGAAGAGA
AGATAAAGAATGCTGATGTTGAGCTCTGCAAATACAGAGAACAGATTCAAAAGACGCGAC
CTGGTCCTGCTCAACAAGCTCTCAAAGCTCGTGCTATGAGGCTTCTCAAGCAGAAGAAAA
TGTATGAAGGACAACGTGACATGCTCTATAATCAAACATTCAATCTCGATCAAGTCTCTT
TCGCTGCTGAAGGCCTCAAAGATGCTCAACAGACTATGACGGCGCTAAAGTCTGCTAACA
AGGAGCTGAAAGGGATGATGAAAACCGTTCTGATTCAAGATATCGATAATTTGCAAGATG
AGATGATGGATCTGATGGATGTGAGTTCTGAGATTCAAGATACGCTTGGTAGGAGCTACA
ATGTTCCTGATGGTCTCGACGAAGATGATCTCATGGGAGAGCTGGAGGCTCTTGAAGCTG
ATATGGGAGACGAGACAGAAGCAGATGGAGTGCCTTCTTATCTCCAACCCGATAAGCATA
GTGATTACGATGATGAACTTAACTTGCCTTCAGTACCCATAGGACAGACTGGAGCTCCAC
CTGGTCGAGTTCAG*CTGAG*ATGAGTTTGGGTTGCCGGC*GTACCACGAGCT*CTCTC*
GGGGATAAAAGT*CTGGCGATTCTCTTTGTG

QA 3 813 3 813
DS 

RD RR1F120JQ 710 0 0
AGATTCAAAAGACGCGACCTGGTCCTGCTCAACAAGCTCTCAAAGCTCGTGCTATGAGGC
TTCTCAAGCAGAAGAAAATGTATGAAGGACAACGTGACATGCTCTATAATCAAACATTCA
ATCTCGATCAAGTCTCTTTCGCTGCTGAAGGCCTCAAAGATGCTCAACAGACTATGACGG
CGCTAAAGTCTGCTAACAAGGAGCTGAAAGGGATGATGAAAACCGTTCTGATTCAAGATA
TCGATAATTTGCAAGATGAGATGATGGATCTGATGGATGTGAGTTCTGAGATTCAAGATA
CGCTTGGTAGGAGCTACAATGTCCCTGATGGTCTCGACGAAGATGATCTCATGGGAGAGC
TGGAGGCTCTTGAAGCTGATATGGGAGACGAGACAGAAGCAGATGGAGTGCCTTCTTATC
TCCAACCCGATAAGCATAGTGATTACGATGATGAACTTAACTTGCCTTCAGTACCCATAG
GACAGACTGGAGCTCCACCTGGTCGAGTTCAGGCTGAGGATGAGTTTGGGTTGCCGGCCG
TACCACGAGCTTCTCTCCGGGGATAAAAGTTCTGGCGATTCTCTTTGTGGAGTGGAGCTA
ATACTAAGCTCTTTTTTTAGGCTTAGGCTTCTGAATCACTTTGTTCATAACATTTTTTAA
CTTTTCTTTTGGCTCTATAATGAATTTACAATAATTGTGTGTTTATGGAT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 4

CO CL3261Contig1 1275 4 18 U
GGAAAAGAAAAACAAACAACAAATCTCATAGTCACAGAGAGTTACGAGAAATAATATGGC
GAAATCTCAAGATCAAAACAAAGCATTTGGTTGGGCGGCTAACGACAAATCTGGTGTACT
CTCTCCATTTCATTTCTCTAGAAGAGAGAATGGTGAGAACGATGTTACAGTGAAGATATT
GTTTTGTGGTGTTTGCCACTCTGATCTTCATACTATCAAGAACGATTGGGGATTCTCTCA
TTACCCCATCATTCCCGGGCATGAAATCGTTGGAATAGCAACAAAAGTTGGTAAGAATGT
AACAAAGTTCAAAGAAGGAGACCGAGTAGGAGTGGGAGTAATAATCGGATCATGCCAATC
ATGTGAATCATGTAACCAAGACTTAGAAAACTACTGTCCTCAGCTCGTATACACATACAA
CTCTCGTTCCTCTGACGGAACAAGAAACCAAGGTGGTTATTCCGACAAAATCGTTGTCGA
CCAACGCTTTGTCCTAAGCTTTCCTGATGGTTTACCCAGTGATTCAGGCGCGCCGCTGCT
CTGTGCTGGGATCACTGTGTATAGTCCGATGAAATATTACGGTATGACTGAAGAAAAAGG
GAAACATTTAGGTGTAAGTGGACTTGGTGGGCTTGGTCATATCGCAGTGAAGATTGGTAA
AGCCTTTGGTTTAAAAGTTACCGTGATTAGTAGGTCATCTGAGAAAGAGAGTGAAGCAAT
TGATAGACTCGGTGCTGACTCGTTTCTCGTCACAACGGATTCTCAAAAGATGAAGGACGC
AATTGGAACTATGGACTTCGTGTTGGACACGGTATCAGCAGAACATTCTCCGTTACCCTT
GTTCAGTTTGCTTAAAGTGAATGGAAAGCTTGTGGCTTTAGGGTTACCAGAGAAACCACT
CCAGCTACCAATCTTCCCTCTTGTTCTCGGAAGGAAAATGGTGGGAGGGAGTCAGATTGG
AGGAATGAAGGAGACACAAGAGATGCTTGACTTCTGTGCCAAGCATAATATCGTTGCGGA
TATTGAGCTCATCAAGATGAGTGATATCAACACGGCAATGGTCCGCTTGGCTAAGTCTGA
TGTCAGGTACCGGTTCGTGATCGATGCGGCCAACTCCATCAATTCTGCTTGAGTCATTAG
CTGTGACTAATGAACGTGTCGACCATTAGGTCTCCGTTTAAAGTCTGCTGTGATTAGTTT
TTTTTCTGCTTTCATCAATTCCTTTTTCTTGTCTTACATCTATGGTGTAATGAATAAAGC
AAATATTTCAGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1BO28TF U 26
AF RR1BO28JQ C 498
AF RR1GX31JQ C 591
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GTTTTGTGGTGTTTGCCACTCTGATCTTCATACTATCAAGAACGATTGGGGATTCTCTCA
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CT

QA 1 760 1 760
DS 

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GG
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TGGTTGGGCGGCTAACGACAAATCTGGTGTACTCTCTCCATTTCATTTCTCTAGAAGAGA
GAATGGTGAGAACGATGTTACAGTGAAGATATTGTTTTGTGGTGTTTGCCACTCTGATCT
TCATACTATCAAGAACGATTGGGGATTCTCTCATTACCCCATCATTCCCGGGCATGAAAT
CGTTGGAATAGCAACAAAAGTTGGTAAGAATGTAACAAAGTTCAAAGAAGGAGACCGAGT
AGGAGTGGGAGTAATAATCGGATCATGCCAATCATGTGAATCATGTAACCAAGACTTAGA
AAACTACTGTCCTCAGCTCGTATACACATACAACTCTCGTTCCTCTGACGGAACAAGAAA
CCAAGGTGGTTATTCCGACAAAATCGTTGTCGACCAACGCTTTGTCCTAAGCTTTCCTGA
TGGTTTACCCAGTGATTCAGGCGCGCCGCTGCTCTGTGCTGGGATCACTGTGTATAGTCC
GATGAAATATTACGGTATGACTGAAGAAAAAGGGAAACATTTAGGTGTAAGTGGACTTGG
TGGGCTTGGTCATATCGCAGTGAAGATTGGTAAAGCCTTTGGTTTAAAAGTTACCGTGAT
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CGTCACAACGGATTCTCAAAAGATGAAG*ACGCAATTGGAACTATGGACTTCGTGTTGGA
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DS 

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GAAAGCTTGTGGCTTTAGGGTTACCAGAGAAACCACTCCAGCTACCAATCTTCCCTCTTG
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ATGTGGCCAACTCCATCAATTCTGCTTGAGTCATTAGCTGTGACTAATGAACGTGTCGAC
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TTTTCTTGTCTTACATCTATGGTGTAA

QA 7 753 7 753
DS 

RD RR1GX31JQ 685 0 0
AAGAAAAAGGGAAACATTTAGGTGTAAGTGGACTTGGTGGGCTTGGTCATATCGCAGTGA
AGATTGGTAAAGCCTTTGGTTTAAAAGTTACCGTGATTAGTAGGTCATCTGAGAAAGAGA
GTGAAGCAATTGATAGACTCGGTGCTGACTCGTTTCTCGTCACAACGGATTCTCAAAAGA
TGAAGGACGCAATTGGAACTATGGACTTCGTGTTGGACACGGTATCAGCAGAACATTCTC
TGTTACCCTTGTTCAGTTTGCTTAAAGTGAATGGAAAGCTTGTGGCTTTAGGGTTACCAG
AGAAACCACTCCAGCTACCAATCTTCCCTCTTGTTCTCGGAAGGAAAATGGTGGGAGGGA
GTCAGATTGGAGGAATGAAGGAGACACAAGAGATGCTTGACTTCTGTGCCAAGCATAATA
TCGTTGCGGATATTGAGCTCATCAAGATGAGTGATATCAACACGGCAATGGTCCGCTTGG
CTAAGTCTGATGTCAGGTACCGGTTCGTGATCGATGCGGCCAACTCCATCAATTCTGCTT
GAGTCATTAGCTGTGACTAATGAACGTGTCGACCATTAGGTCTCCGTTTAAAGTCTGCTG
TGATTAGTTTTTTT*CTGCTTTCATCAATTCCTTTTTCTTGTCTTACATCTATGGTGTAA
TGAATAAAGCAAATATTTCAGTTAC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 4

CO CL3262Contig1 957 4 4 U
GGGTCTCAAACCCTAATTGTAGTCTTCGCCGTCTAGCATCCATCCATCCATGGGTCGTGT
CATCAGAGCCCAACGTAAGGGAGCAGGTTCCGTCTTCAAGTCCCACACCCACCACCGCAA
GGGTCCAGCCAAGTTCCGCAGCCTCGACTACGGCGAGAGAAATGGATACCTCAAGGGCGT
CGTGACGGAGATCATCCACGATCCCGGCCGTGGTGCGCCGCTAGCTCGCGTCGCGTTCCG
TCATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCGAGGGTATGTACAC
GGGACAGTTCTTGTACTGCGGTAAGAAAGCCACTCTCGTTGTCGGAAATGTTCTCCCCCT
TAGAGCAATTCCTGAAGGAGCTGTTGTCTGTAACGTCGAGCATCATGTCGGTGATCGTGG
TGTCCTCGCTAGAGCTTCTGGTGATTACGCTATCGTTATTTCACACAACCCTGACAACGA
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GAATCCAGTGGAGCATCCCCATGGAGGAGGTAACCATCAGCACATTGGTCACGCCAGTAC
TGTTAGACGTGATGCACCTCCTGGACAGAGTTGGTCTTATTGCTGCTAGGAGAGCTGGTC
GTCTCAGAGGTCAAGCTGCTGCTTCTGCTGCCAAGGCCGACTAGGTTTCATAAGATATTT
TTGTTTGCGTTTTGCTGTCTTTCCTTTCGGACCTTGTTGTGTTCTGAAATCTCAAAAATA
TTTTGTTATAATCTTGTCCTTCTCTGTCGAAGTTATTATTATGTCTTTACAATTTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DX09TF U 1
AF RR1DC73TF U 1
AF RR1DX09JQ C 273
AF RR1DC73JQ C 281
BS 1 596 RR1DC73TF
BS 597 597 RR1DX09JQ
BS 598 639 RR1DC73TF
BS 640 957 RR1DX09JQ

RD RR1DX09TF 556 0 0
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GGGTCCAGCCAAGTTCCGCAGCCTCGACTACGGCGAGAGAAATGGATACCTCAAGGGCGT
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TCATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCGAGGGTATGTACAC
GGGACAGTTCTTGTACTGCGGTAAGAAAGCCACTCTCGTTGTCGGAAATGTTCTCCCCCT
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TGTCCTCGCTAGAGCTTCTGGTGATTACGCTATCGTTATTTCACACAACCCTGACAACGA
CACTACTGGGGTCAAGTTGCCATCTGGTTCGAAGAAGATTGTTCCGAGTGGATGCAGGGC
CATGATTGGTCAAGTT

QA 1 556 1 556
DS 

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CATCAGAGCCCAACGTAAGGGAGCAGGTTCCGTCTTCAAGTCCCACACCCACCACCGCAA
GGGTCCAGCCAAGTTCCGCAGCCTCGACTACGGCGAGAGAAATGGATACCTCAAGGGCGT
CGTGACGGAGATCATCCACGATCCCGGCCGTGGTGCGCCGCTAGCTCGCGTCGCGTTCCG
TCATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCGAGGGTATGTACAC
GGGACAGTTCTTGTACTGCGGTAAGAAAGCCACTCTCGTTGTCGGAAATGTTCTCCCCCT
TAGAGCAATTCCTGAAGGAGCTGTTGTCTGTAACGTCGAGCATCATGTCGGTGATCGTGG
TGTCCTCGCTAGAGCTTCTGGTGATTACGCTATCGTTATTTCACACAACCCTGACAACGA
CACTACTGGGGTCAAGTTGCCATCTGGTTCGAAGAAGATTGTTCCGAGTGGATGCAGGGC
CATGATTGGTCAAGTTGCAGGTGGTGGAAGGACTGAGAAGCCGATGCTCAAGGCAG*AAA
CGCGTACCACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTCATGGCC

QA 1 639 1 639
DS 

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CTCTCGTTGTCGGAAATGTTCTCCCCCTTAGAGCAATTCCTGAAGGAGCTGTTGTCTGTA
ACGTCGAGCATCATGTCGGTGATCGTGGTGTCCTCGCTAGAGCTTCTGGTGATTACGCTA
TCGTTATTTCACACAACCCTGACAACGACACTACTGGGGTCAAGTTGCCATCTGGTTCGA
AGAAGATTGTTCCGAGTGGATGCAGGGCCATGATTGGTCAAGTTGCAGGTGGTGGAAGGA
CTGAGAAGCCGATGCTCAAGGCAGGAAACGCGTACCACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACT
CATGGCCTAAGGTTCGTGGTGTGGCTATGAATCCAGTGGAGCATCCCCATGGAGGAGGTA
ACCATCAGCACATTGGTCACGCCAGTACTGTTAGACGTGATGCACCTCCTGGACAGAGTT
GGTCTTATTGCTGCTAGGAGAGCTGGTCGTCTCAGAGGTCAAGCTGCTGCTTCTGCTGCC
AAGGCCGACTAGGTTTCATAAGATATTTTTGTTTGCGTTTTGCTGTCTTTCCTTTCGGAC
CTTGTTGTGTTCTGAAATCTCAAAAATATTTTGTTATAATCTTGTCCTTCTCTGTCGAAG
TTATTATTATGTCTTTACAATTTTC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1DC73JQ 677 0 0
GCCGCCGAGGGTATGTACACGGGACAGTTCTTGTACTGCGGTAAGAAAGCCACTCTCGTT
GTCGGAAATGTTCTCCCCCTTAGAGCAATTCCTGAAGGAGCTGTTGTCTGTAACGTCGAG
CATCATGTCGGTGATCGTGGTGTCCTCGCTAGAGCTTCTGGTGATTACGCTATCGTTATT
TCACACAACCCTGACAACGACACTACTGGGGTCAAGTTGCCATCTGGTTCGAAGAAGATT
GTTCCGAGTGGATGCAGGGCCATGATTGGTCAAGTTGCAGGTGGTGGAAGGACTGAGAAG
CCGATGCTCAAGGCAGGAAACGCGTACCACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTCATGGCCT
AAGGTTCGTGGTGTGGCTATGAATCCAGTGGAGCATCCCCATGGAGGAGGTAACCATCAG
CACATTGGTCACGCCAGTACTGTTAGACGTGATGCACCTCCTGGACAGAGTTGGTCTTAT
TGCTGCTAGGAGAGCTGGTCGTCTCAGAGGTCAAGCTGCTGCTTCTGCTGCCAAGGCCGA
CTAGGTTTCATAAGATATTTTTGTTTGCGTTTTGCTGTCTTTCCTTTCGGACCTTGTTGT
GTTCTGAAATCTCAAAAATATTTTGTTATAATCTTGTCCTTCTCTGTCGAAGTTATTATT
ATGTCTTTACAATTTTC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 4

CO CL3263Contig1 1014 4 12 U
GGACTCACTTCCAACAATGGTTGCTTCCACCACCATAACCGCCGTCGCACACGCAGCATC
TCATCTAACCCCTCCACGAACCGCATTCGCTATCTCTCCCCGGAGACTCTCTTCGCTCCC
GCTAACGAAAAAACCGAACCTCAGTCATCTACAGCGACGGAGAGCCAATGCACACTCTCC
GAGGCGCGTCGTGGTACGCGCCGCCAGAATCGAGTCAGGCGGAGTCAAGTTAGGAGCTAG
GGCTCCGAGTTTCGAGCTTCCGGAGCCGCTCACTGGGAATGTATGGAGGTTAGATGATTT
TGAGCTGTATCCGTGTCTACTGGTTATGTTTGTTTGTAATCATTGCCCGTTTGTGATTCA
CTTGAAGAAAGACATTGTAAAGCTCTCCAATTTCTATATGAAGAAAGGTCTTGCTGTTGT
TGCAATATCTTCGAATTCTGTAGTAACACATCCCCAGGATGGGCCAGAGTTGATGGCAGA
AGATGCAAAAATGTTCAAATACCCATTTCCTTACTTATATGATGAATCACAAGAGGTTGC
AAAGGAGTTTGGAGCTGTGTGTACCCCTGAGTTTTTCTTATATAAGAAGGATGGTCGTAG
GCCATTTGAACTTGTTTATCACGGCCAGTTTGATGATTCTCGGCCTAGCAATAACACTCC
AGTAACTGGGAGGGATCTAAGCCTCGCTATTGATCTTGCACTTAGCTGTCAACCAATACC
AACGAATCAAAAGCCAAGTGTTGGTTGCAGTATAAAGTGGCATCCAGGAACAGAATCGTG
AGCTAAGACATTGACTGTTCTGTATAAACAGTTGTTCACCATTATTTTCAGGCGAGTTGA
TTGTTTTATATCACAATTTATGTCCAAAATTAACGTATATAGAAAGTGTAAGTTGTATAA
CATTATTCAAGAGATATATACAGTAATCTGCGTCACGGATCCTATACTGTGGGATCATCG
TTCATGTGTGATATAAATTCATGAACAATATAAGAATCGAGTTTTTTAGTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FD36TF U 1
AF RR1CO89TF U 11
AF RR1CO89JQ C 236
AF RR1FD36JQ C 278
BS 1 75 RR1FD36TF
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BS 901 927 RR1CO89JQ
BS 928 1014 RR1FD36JQ

RD RR1FD36TF 702 0 0
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TCATCTAACCCCTCCGCGAACCGCATTCGCTATCTCTCCCCGGAGACTCTCTTCGCTCCC
GCTAACGAAAAAACCGAACCTCAGTCATCTACAGCGACGGAGAGCCAATGCACACTCTCC
GAGGCGCGTCGTGGTACGCGCCGCCAGAATCGAGTCAGGCGGAGTCAAGTTAGGAGCTAG
GGCTCCGAGTTTCGAGCTTCCGGAGCCGCTCACTGGGAATGTATGGAGGTTAGATGATTT
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CTTGAAGAAAGACATTGTAAAGCTCTCCAATTTCTATATGAAGAAAGGTCTTGCTGTTGT
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AGATGCAAAAATTTTCAAATACCCATTTCCTTACTTATATGATGAATCACAAGAGGTTGC
AAAGGAGTTTGGAGCTGTGTGTACCCCTGAGTTTTTCTTATATAAGAAGGATGGTCGTAG
GCCATTTGAACTTGTTTATCACGGCCAGTTTGATGATTCTCGGCCTAGCAATAACACTCC
AGTAACTGGGAGGGATCTAAGCCTCGCTATTGATCTTGCACT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1CO89TF 753 0 0
GG
AACAATGGTTGCTTCCACCACCATAACCGCCGTCGCACACGCAGCATCTCATCTAACCCC
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ACCGAACCTCAGTCATCTACAGCGACGGAGAGCCAATGCACACTCTCCGAGGCGCGTCGT
GGTACGCGCCGCCAGAATCGAGTCAGGCGGAGTCAAGTTAGGAGCTAGGGCTCCGAGTTT
CGAGCTTCCGGAGCCGCTCACTGGGAATGTATGGAGGTTAGATGATTTTGAGCTGTATCC
GTGTCTACTGGTTATGTTTGTTTGTAATCATTGCCCGTTTGTGATTCACTTGAAGAAAGA
CATTGTAAAGCTCTCCAATTTCTATATGAAGAAAGGTCTTGCTGTTGTTGCAATATCTTC
GAATTCTGTAGTAACACATCCCCAGGATGGGCCAGAGTTGATGGCAGAAGATGCAAAAAT
GTTCAAATACCCATTTCCTTACTTATATGATGAATCACAAGAGGTTGCAAAGGAGTTTGG
AGCTGTGTGTACCCCTGAGTTTTTCTTATATAAGAAGGATGGTCGTAGGCCATTTGAACT
TGTTTATCACGGCCAGTTTGATGATTCTCGGCCTAGCAATAACACTCCAGTAACTGGGAG
GGATCTAAGCCTCGCTATTGATCTTGCACTTAGCTGTCAACCAATACCAACGAATCAAAA
GCCAAGTGTTGGTTGCAGTATAAAGTGGCAT

QA 3 753 3 753
DS 

RD RR1CO89JQ 703 0 0
GCTAGGGCTCCGAGTTTCGAGCTTCCGGAGCCGCTCACTGGGAATGTATGGAGGTTAGAT
GATTTTGAGCTGTATCCGTGTCTACTGGTTATGTTTGTTTGTAATCATTGCCCGTTTGTG
ATTCACTTGAAGAAAGACATTGTAAAGCTCTCCAATTTCTATATGAAGAAAGGTCTTGCT
GTTGTTGCAATATCTTCGAATTCTGTAGTAACACATCCCCAGGATGGGCCAGAGTTGATG
GCAGAAGATGCAAAAATGTTCAAATACCCATTTCCTTACTTATATGATGAATCACAAGAG
GTTGCAAAGGAGTTTGGAGCTGTGTGTACCCCTGAGTTTTTCTTATATAAGAAGGATGGT
CGTAGGCCATTTGAACTTGTTTATCACGGCCAGTTTGATGATTCTCGGCCTAGCAATAAC
ACTCCAGTAACTGGGAGGGATTTAAGCCTCGCTATTGATCTTGCACTTAGCTGTCAACCA
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TCGTGAGCTAAGACATTGACTGTTCTGTATAAACAGTTGTTTACCATTATTTTCAGGCGA
GTTGATTGTTTTATATCACAATTTATGTCCAAAATTAACGTATATAGAAAGTGTAAGTTG
TATAGCATTATTCAAGAGATATATACAGTAAT
TGCGCCAAAAA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1FD36JQ 737 0 0
AATGTATGGAGGTTAGATGATTTTGAGCTGTATCCGTGTCTACTGGTTATGTTTGTTTGT
AATCATTGCCCGTTTGTGATTCACTTGAAGAAAGACATTGTAAAGCTCTCCAATTTCTAT
ATGAAGAAAGGTCTTGCTGTTGTTGCAATATCTTCGAATTCTGTAGTAACACATCCCCAG
GATGGGCCAGAGTTGATGGCAGAAGATGCAAAAATTTTCAAATACCCATTTCCTTACTTA
TATGATGAATCACAAGAGGTTGCAAAGGAGTTTGGAGCTGTGTGTACCCCTGAGTTTTTC
TTATATAAGAAGGATGGTCGTAGGCCATTTGAACTTGTTTATCACGGCCAGTTTGATGAT
TCTCGGCCTAGCAATAACACTCCAGTAACTGGGAGGGATTTAAGCCTCGCTATTGATCTT
GCACTTAGCTGTCAACCAATACCAACGAATCAAAAGCCAAGTGTTGGTTGCAGTATAAAG
TGGCATCCAGGAACAGAATCGTGAGCTAAGACATTGACTGTTCTGTATAAACAGTTGTTC
ACCATTATTTTCAGGCGAGTTGATTGTTTTATATCACAATTTATGTCCAAAATTAACGTA
TATATAAAGTGTAAGTTGTATAACATTATTCAAGAGATATATACAGTAATCTGCGTCACG
GATCCTATACTGTGGGATCATCGTTCATGTGTGATATAAATTCATGAACAATATAAGAAT
CGAGTTTTTTAGTGTGT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 4

CO CL3264Contig1 1269 4 8 U
GGGCATCAACCAAAGGAAAGCAGAACAAGAAAAAACTAAAACATCAAGAAAAATGGCGCA
TAATCTCGACCTCGAAGGCATCACCAAAGCAATCTCAGGAATGGGAGTTGATGAGGGAGC
ATTAATAAGTACTCTGGGGAACTCACACAAGGATCATCGCAAGTTGTTTAGGAAAGCAAG
CAAGAGTTTCTTTGTGGAAGATGAAGAAAGAGCTTTTGAGAAATGTCATGATCACTTTGT
CAAACATCTCAAGCTTGAGTTCTCTCGTTTCACTAACGCGGTGGTGATGTGGTCGATGCA
TCCATGGGAGAGAGACGCAAGGTTGGTGAAGAAAGCACTTAAGAAAGGAGATGAATCTTA
CAACCTCATCGTAGAGGTGTCATGCACTCGCTCCTCTGAGGATCTCCTAGGGGCACGCAA
AGCTTACCACTCTCTCTTCGACCAGTCCATGGAAGAAGACATTGCCTCTCACATCCATGG
CCCTCAACGCAAGCTGCTTGTGGGGCTCGTGAGTGCTTATAGATACGAAGGGAACAAGGT
GAAGGAAGATTCAGCCAAATCCGACGCTAAGATTTTGGCCGAGGCTGTGGCTTCTTCAGA
GAGGGAGCCATAGAGAATGATGAGGTTATTAGGATTCTGAGCACAAGAAGCAAACTTCAT
CTCCAACATCTTTACAAACACTTCAACCCAATCAAAGGCTCTGACCTTCGTGGGGGTGTA
TCTGAGTCTTCGCTCATCAATGAAGCATTGCTTTGTTTGCTCAAACCTTCTGTGTATTTC
AGCAAGATTTTGAATGCGTCTTTGAACAAAGACGCGGACAAGGGTACCAAAAAATGGTTG
ACAAGAGTGTTCGTTACGAGAGCAGATCATAGTGACATGAAGGAGATAGCAGAAGAGTAT
AATCAGCTCTATGGAGAGCCTTTGGCCCAAACAATTCAAGAGAAGATTAAAGGGAACTAC
AGAGATTTCTTGCTGACACTACTATCCAAATCGGATTAATTTCGGCTAAGAACGTATTGC
CAAGACTTGTGGTTATTGAACATTTGGATTTCTTTTTCGATATTATGTTTCTATTCCAAC
ATTTGCGTTTTCTATACCCTTTTTATCGTATCTGATAATAAAGTTACTGTCGCTGGTGTC
TGGTGACATGATTCAAGAAGAGAAGTGTGTGTCATGTTAAACTCAGTTTTCATGTTTTAT
GGTTTACAGTTCCAGTAACTGAAAACATAGTTAATACATAGTTAATACATTTGTATCACA
GTTCCCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR91TF U 1
AF RR1DV43TF U 19
AF RR1DV43JQ C 597
AF RR1GR91JQ C 1110
BS 1 282 RR1GR91TF
BS 283 665 RR1DV43TF
BS 666 666 RR1DV43JQ
BS 667 697 RR1DV43TF
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BS 699 707 RR1DV43TF
BS 708 1251 RR1DV43JQ
BS 1252 1269 RR1GR91JQ

RD RR1GR91TF 282 0 0
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TAATCTCGACCTCGAAGGCATCACCAAAGCAATCTCAGGAATGGGAGTTGATGAGGGAGC
ATTAATAAGTACTCTGGGGAACTCACACAAGGATCATCGCAAGTTGTTTAGGAAAGCAAG
CAAGAGTTTCTTTGTGGAAGATGAAGAAAGAGCTTTTGAGAAATGTCATGATCACTTTGT
CAAACATCTCAAGCTTGAGTTCTCTCGTTTCACTAACGCGGT

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR1DV43TF 689 0 0
AGCAGAACAAGAAAAAACTAAAACATCAAGAAAAATGGCGCATAATCTCGACCTCGAAGG
CATCACCAAAGCAATCTCAGGAATGGGAGTTGATGAGGGAGCATTAATAAGTACTCTGGG
GAACTCACACAAGGATCATCGCAAGTTGTTTAGGAAAGCAAGCAAGAGTTTCTTTGTGGA
AGATGAAGAAAGAGCTTTTGAGAAATGTCATGATCACTTTGTCAAACATCTCAAGCTTGA
GTTCTCTCGTTTCACTAACGCGGTGGTGATGTGGTCGATGCATCCATGGGAGAGAGACGC
AAGGTTGGTGAAGAAAGCACTTAAGAAAGGAGATGAATCTTACAACCTCATCGTAGAGGT
GTCATGCACTCGCTCCTCTGAGGATCTCCTAGGGGCACGCAAAGCTTACCACTCTCTCTT
CGACCAGTCCATGGAAGAAGACATTGCCTCTCACATCCATGGCCCTCAACGCAAGCTGCT
TGTGGGGCTCGTGAGTGCTTATAGATACGAAGGGAACAAGGTGAAGGAAGATTCAGCCAA
ATCCGACGCTAAGATTTTGGCCGAGGCTGTGGCTTCTTCAGAGAGGGAGCCATAGAGAAT
GATGAGGTTATTAGGATTCTGAGCACAAGAAGCAAACTTCATCTCCA*CATCTTTACAAA
CACTTCAACCCAATCAAAG*CTCTGACCT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1DV43JQ 657 0 0
AG
GAGAGGGAGCCATAGAGAATGATGAGGTTATTAGGATTCTGAGCACAAGAAGCAAACTTC
ATCTCCAACATCTTTACAAACACTTCAACCCAATCAAAGGCTCTGACCTTCGTGGGGGTG
TATCTGAGTCTTCGCTCATCAATGAAGCATTGCTTTGTTTGCTCAAACCTTCTGTGTATT
TCAGCAAGATTTTGAATGCGTCTTTGAACAAAGACGCGGACAAGGGTACCAAAAAATGGT
TGACAAGAGTGTTCGTTACGAGAGCAGATCATAGTGACATGAAGGAGATAGCAGAAGAGT
ATAATCAGCTCTATGGAGAGCCTTTGGCCCAAACAATTCAAGAGAAGATTAAAGGGAACT
ACAGAGATTTCTTGCTGACACTACTATCCAAATCGGATTAATTTCGGCTAAGAACGTATT
GCCAAGACTTGTGGTTATTGAACATTTGGATTTCTTTTTCGATATTATGTTTCTATTCCA
ACATTTGCGTTTTCTATACCCTTTTTATCGTATCTGATAATAAAGTTACTGTCGCTGGTG
TCTGGTGACATGATTCAAGAAGAGAAGTGTGTGTCATGTTAAACTCAGTTTTCATGTTTT
ATGGTTTACAGTTCCAGTAACTGAAAACATAGTTAATACATAGTTAATACATT
CG

QA 3 655 3 655
DS 

RD RR1GR91JQ 160 0 0
ATT
TGATAATAAAGTTACTGTCGCTGGTGTCTGGTGACATGATTCAAGAAGAGAAGTGTGTGT
CATGTTAAACTCAGTTTTCATGTTTTATGGTTTACAGTTCCAGTAACTGAAAACATAGTT
AATACATAGTTAATACATTTGTATCACAGTTCCCATT

QA 4 160 4 160
DS 



AS 1 4

CO CL3265Contig1 897 4 2 U
GGAGGCCGACGGAGAAAACCTTGACAAAACACCAAAGTGTTCAAACAATAAAAAGGAATC
TCCGTCCTAAAATTCCAGAATCGATTAGGTTTTTTTCCGACAAGAAACGCTGAGAGATGC
AATCGCTGGCGCTAAATCCGGCATCCATTCCCAGGTCGGCGCCACGAACCCTACCCCTAG
AGCCTTCCTTCTCTCGTTTTCTTTCTTCTGCTCAGAGTTTGAGCTCCCAACGCGCTTTTG
CTCTCGTAGCTAGGCCTCGTAATCGATTTCCAGGATTATCTCAATCTCTCTCTAGTCGAC
GATCCCAAGTTGTAAAGGCAGTGGCAACCCCAGACCCAATCTTGGAAGTACCCTTGACGG
AGGAAAACGTTGAAAGCGTTTTGGACGAAATCAGACCACACCTTATGTCTGATGGTGGGA
ATGTGGCATTGCATGAGATCGATGGCAATATTGTTCGAGTGAAACTGCAGGGAGCGTGTG
GTTCATGCCCAAGTTCTGTTACGACGATGAAGATGGGTATCGAGCGTCGCCTCATGGAAA
AGATCCCTGAAATAGTGGCTGTTGAATCAGTTGCAGATGAAGAGACTGGCCTTGAACTCA
ATGACGAAAACATTGAAAAGGTGCTTGAAGAAATCAGGCCTTACTTGATCGGAACGGCAG
ATGGATCCCTCGAACTGGTGGAGATTGAAGAACCGATTGTTAAGATAAGAATCACAGGAC
CTGCTGCTGGGGTCATGACCGTACGAGTGGCAGTAACTCAGAAACTCAGAGAGAAAATTC
CTTCTATTGCAGCTGTTCAACTTATATGAACTCCTCTCTTTTTTTGTATAGTTACTATGT
ACATATACTGTGTTTGACATTTGTTATTTGTGCCCAAATAATTAATTTTGTGTATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EQ86TF U 1
AF RR1AB50TF U 97
AF RR1AB50JQ C 294
AF RR1EQ86JQ C 192
BS 1 633 RR1EQ86TF
BS 634 897 RR1AB50TF

RD RR1EQ86TF 633 0 0
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TCCGTCCTAAAATTCCAGAATCGATTAGGTTTTTTTCCGACAAGAAACGCTGAGAGATGC
AATCGCTGGCGCTAAATCCGGCATCCATTCCCAGGTCGGCGCCACGAACCCTACCCCTAG
AGCCTTCCTTCTCTCGTTTTCTTTCTTCTGCTCAGAGTTTGAGCTCCCAACGCGCTTTTG
CTCTCGTAGCTAGGCCTCGTAATCGATTTCCAGGATTATCTCAATCTCTCTCTAGTCGAC
GATCCCAAGTTGTAAAGGCAGTGGCAACCCCAGACCCAATCTTGGAAGTACCCTTGACGG
AGGAAAACGTTGAAAGCGTTTTGGACGAAATCAGACCACACCTTATGTCTGATGGTGGGA
ATGTGGCATTGCATGAGATCGATGGCAATATTGTTCGAGTGAAACTGCAGGGAGCGTGTG
GTTCATGCCCAAGTTCTGTTACGACGATGAAGATGGGTATCGAGCGTCGCCTCATGGAAA
AGATCCCTGAAATAGTGGCTGTTGAATCAGTTGCAGATGAAGAGACTGGCCTTGAACTCA
ATGACGAAAACATTGAAAAGGTGCTTGAAGAAA

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DS 

RD RR1AB50TF 801 0 0
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CGGCGCCACGAACCCTACCCCTAGAGCCTTCCTTCTCTCGTTTTCTTTCTTCTGCTCAGA
GTTTGAGCTCCCAACGCGCTTTTGCTCTCGTAGCTAGGCCTCGTAATCGATTTCCAGGAT
TATCTCAATCTCTCTCTAGTCGACGATCCCAAGTTGTAAAGGCAGTGGCAACCCCAGACC
CAATCTTGGAAGTACCCTTGACGGAGGAAACCGTTGAAAGCGTTTTGGACGAAATCAGAC
CATACCTTATGTCTGATGGTGGGAATGTGGCATTGCATGAGATCGATGGCAATATTGTTC
GAGTGAAACTGCAGGGAGCGTGTGGTTCATGCCCAAGTTCTGTTACGACGATGAAGATGG
GTATCGAGCGTCGCCTCATGGAAAAGATCCCTGAAATAGTGGCTGTTGAATCAGTTGCAG
ATGAAGAGACTGGCCTTGAACTCAATGACGAAAACATTGAAAAGGTGCTTGAAGAAATCA
GGCCTTACTTGATCGGAACGGCAGATGGATCCCTCGAACTGGTGGAGATTGAAGAACCGA
TTGTTAAGATAAGAATCACAGGACCTGCTGCTGGGGTCATGACCGTACGAGTGGCAGTAA
CTCAGAAACTCAGAGAGAAAATTCCTTCTATTGCAGCTGTTCAACTTATATGAACTCCTC
TCTTTTTTTGTATAGTTACTATGTACATATACTGTGTTTGACATTTGTTATTTGTGCCCA
AATAATTAATTTTGTGTATTC

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DS 

RD RR1AB50JQ 592 0 0
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TTGACGGAGGAAACCGTTGAAAGCGTTTTGGACGAAATCAGACCATACCTTATGTTTGAT
GGTGGGAATGTGGCATTGCATGAGATCGATGGCAATATTGTTCGAGTGAAACTGCAGGGA
GCGTGTGGTTCATGCCCAAGTTTTGTTACGACGATGAAGATGGGTATCGAGCGTCGCCTC
ATGGAAAAGATCCCTGAAATAGTGGCTGTTGAATCAGTTGCAGATGAAGAGACTGGCCTT
GAACTCAATGACGAAAACATTGAAAAGGTGCTTGAAGAAATCAGGCCTTACTTGATCGGA
ACGGCAGATGGATCCCTCGAACTGGTGGAGATTGAAGAACCGATTGTTAAGATAAGAATC
ACAGGACCTGCTGCTGGGGTCATGACCGTACGAGTGGCAGTAACTCAGAAACTCAGAGAG
AAAATTCCTTTTATTGCAGCTGTTCAACTTATATGAACTCCTCTCTTTTTTTGTATAGTT
ACTATGTACATATACTGTGTTTGACATTTGTTATTTGTGCCCAAATAATTAA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1EQ86JQ 694 0 0
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AGGCCTCGTAATCGATTTCCAGGATTATCTCAATCTCTCTCTAGTCGACGATCCCAAGTT
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GAAAGCGTTTTGGACGAAATCAGACCACACCTTATGTCTGATGGTGGGAATGTGGCATTG
CATGAGATCGATGGCAATATTGTTCGAGTGAAACTGCAGGGAGCGTGTGGTTCATGCCCA
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ATAGTGGCTGTTGAATCAGTTGCAGATGAAGAGACTGGCCTTGAACTCAATGACGAAAAC
ATTGAAAAGGTGCTTGAAGAAATCAGGCCTTACTTGATCGGAACAGCAGATGGATCCCTC
GAACTGGTGGAGATTGAAGAACCGATTGTTAAGATAAGAATCACAGGACCTGCTGCTGGG
GTCATGACCGTACGAGTGGCAGTAACTCAGAAACTCAGAGAGAAAATTCCTTCTATTGCA
GCTGTTCAACTTATATGAACTCCTCTCTTTTTTTGTATAGTTACTATGTACATATACTGT
GTTTGACATTTGTTATTTGTGCCCAAATAATTAA

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 4

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GCTTAGCGGAGGGTTCTCGGATCATCTGGTCTGATGGTAAGCTTGTTCAGGAAATAGTCC
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GACACTATATAGACTTTAAGTTAAACCTCACAAACTGATGTTGTATATATGTTATTGAAC
ATGATGAGCAAATATTATTCACTCT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA08JQ C 1
AF RR1DA08TF U 1
AF RR1AJ70JQ C 145
AF RR1AJ70TF U 4
BS 1 4 RR1DA08JQ
BS 5 632 RR1DA08TF
BS 633 685 RR1AJ70TF

RD RR1DA08JQ 656 0 0
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TCCGCGATCTCAACAGTAGTGATCCTTACGTCGTCGCCAAAATGGGTAAACAGAAATTGA
AGACTCGAGTTATTTACAATGATGTGAATCCTGAGTGGAATGAAGATTTGACTCTCTCAG
TAACCGATCCCAATCTCAAAGTCTTCTTGACGGTGTATGATCACGATACATTCACCAAAG
ACGACAAAATGGGAGATGCAGAATTTGAGATTAAGCCGTACATCAATGCATTGACTATGC
ACTTGCAAGATCTCCCATATGGGACAATAGTGACCACAGTCCAGCCTAGCCGAGACAATT
GCTTAGCGGAGGGTTCTCGGATCATCTGGTCTGATGGTAAGCTTGTTCAGGAAATAGTCC
TTAGACTGAAACATGTAGAGTGCGGTGAGGTTGAGGTTCAACTTCAATGGATAGATCTTC
CTGGCTCCAAGGGTCTATGATTTGTTTATTTTTTTTATTTGTAATATCCGTCATGTTATG
GACACTATATAGACTTTAAGTTAAACCTCACAAACTGATGTTGTATATATGTTATT

QA 1 656 1 656
DS 

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GGAC
GAAAAAGGTAAACGTAATATCTGCGACGGGGAGAAGCATAACGATGAAGCCTTCTATGAT
GGATAGTCTATTAGGTCTTCTTCGTATTCGTGTCAAGCGCGGTGTGAATCTCGCCGTCCG
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TCGAGTTATTTACAATGATGTGAATCCTGAGTGGAATGAAGATTTGACTCTCTCAGTAAC
CGATCCCAATCTCAAAGTCTTCTTGACGGTGTATGATCACGATACATTCACCAAAGACGA
CAAAATGGGAGATGCAGAATTTGAGATTAAGCCGTACATCAATGCATTGACTATGCACTT
GCAAGATCTCCCATATGGGACAATAGTGACCACAGTCCAGCCTAGCCGAGACAATTGCTT
AGCGGAGGGTTCTCGGATCATCTGGTCTGATGGTAAGCTTGTTCAGGAAATAGTCCTTAG
ACTGAAACATGTAGAGTGCGGTGAGGTTGAGGTTCAACTTCAATGGATAGATCTTCCTGG
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CTATATAGACTTTAAGTTAAACCTCACA

QA 5 632 5 632
DS 

RD RR1AJ70JQ 512 0 0
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TGAATCCTGAGTGGAATGAAGATTTGACTCTCTCAGTAACCGATCCCAATCTCAAAGTCT
TCTTGACGGTGTATGATCACGATACATTCACCAAAGACGACAAAATGGGAGATGCAGAAT
TTGAGATTAAGCCGTACATCAATGCATTGACTATGCACTTGCAAGATCTCCCATATGGGA
CAATAGTGACCACAGTCCAGCCTAGCCGAGACAATTGCTTAGCGGAGGGTTCTCGGATCA
TTTGGTCTGATGGTAAGCTTGTTCAGGAAATAGTCCTTAGACTGAAACATGTAGAGTGCG
GTGAGGTTGAGGTTCAACTTCAGTGGATAGATCTTCCTGGCTCCAAGGGTCTATGATTTG
TTTATTTTTTTTATTTGTAATATCCGTCATGTTATGGACACTATATAGACTTTAAGTTAA
ACCTCACAAACTGATGTTGTATATATGTTATT

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1AJ70TF 682 0 0
G
GAAAAAGGTAAACGTAATATCTGCGACGGGGAGAAGCATAACGATGAAGCCTTCTATGAT
GGATAGTCTATTAGGTCTTCTTCGTATTCGTGTCAAGCGCGGTGTGAATCTCGCCGTCCG
CGATCTCAACAGTAGTGATCCTTACGTCGTCGTCAAAATGGGTAAACAGAAATTGAAGAC
TCGAGTTATTTACAATGATGTGAATCCTGAGTGGAATGAAGATTTGACTCTCTCAGTAAC
CGATCCCAATCTCAAAGTCTTCTTGACGGTGTATGATCACGATACATTCACCAAAGACGA
CAAAATGGGAGATGCAGAATTTGAGATTAAGCCGTACATCAATGCATTGACTATGCACTT
GCAAGATCTCCCATATGGGACAATAGTGACCACAGTCCAGCCTAGCCGAGACAATTGCTT
AGCGGAGGGTTCTCGGATCATTTGGTCTGATGGTAAGCTTGTTCAGGAAATAGTCCTTAG
ACTGAAACATGTAGAGTGCGGTGAGGTTGAGGTTCAACTTCAGTGGATAGATCTTCCTGG
CTCCAAGGGTCTATGATTTGTTTATTTTTTTTATTTGTAATATCCGTCATGTTATGGACA
CTATATAGACTTTAAGTTAAACCTCACAAACTGATGTTGTATATATGTTATTGAACATGA
TGAGCAAATATTATTCACTCT

QA 2 682 2 682
DS 



AS 1 4

CO CL3267Contig1 1319 4 9 U
GGACACAAACCCAAAGTTTTCATTAGCATTAACCTCAGAATGAAAATGGGTAGTGCTAAA
TCAGCCATACTAATCTTCTTATTATCAGTGGGCATCGCATCTTGCGCCATTGCCATGGAC
ATGTCCGTCGTTTCCTACGACGACGATCACCAAGTAACCGCTGGTCCCGGCCGCCGCAGC
AGCGTTTTTGATTCCGAGGCATCGTTGATATTCGAGTCATGGATGGTCAAGCACGGGAAG
GTGTACGAGTCCGTCGCCGAGAAGGAACGGCGTTTAACGATTTTCGAGGACAACCTTCGT
TTCATCACTAGCCGCAACGCTGAAAACGTTGGTTATCGGCTTGGTTTGAACCGGTTTGCA
GATTTGTCCCTCCATGAATACGGACACATTTGCCATGGGGCTGATCCGAGACCACCTAAG
AACCATGTTTTCATGACTAGCAGCAACCGATACAAGACTAGTGCTGGTGATGTGCTTCCT
AAGTCTGTTGACTGGAGGAAGGAAGGAGCAGTGACTGAAGTCAAAGATCAAGGCCATTGC
AGGAGTTGTTGGGCTTTCTCGACGGTGGGGGCAGTGGAAGGCTTAAACAAGATCGTGACA
GGAGAGTTAATCACTTTGTCCGAGCAAGATTTGATCAACTGTAACAAAGAAAATAATGGT
TGCGGAGGAGGTAAAGTCGAGACTGCCTATGAGTACATAGTTAACAATGGTGGTCCTGGT
ACAAACAGAGATTATCCTTATAAGGCTGTTAATGGAGTATGCGACGCCGGCCTCAAGGAA
AACAACAAGAATGTTATGATTGATGGGTATGAGAATTTGCCTTCCAACGACGAGCTTTCT
CTAATGAAAGCGGTTGCTCACCAGCCTGTAACAGCCATTATCGATTCAAGCAGCAGGGAA
TTTCAGCTTTATGAATCAGGGGTATTTAATGGAACGTGCGAAACAAACCTAAACCATGGA
GTTGTTGTGGTTGGGTATGGAACCGACAACAGTCGTGACTATTGGATCGTGAGGAACTCA
TGGGGAAACACTTGAGGAGAAGCTGGCTACATGAAGATGGCTCGCAACATTGCAAACCCA
AGAGGATTATGTGGTATCGCGATGCGAGCTGCATACCCCCTCAAGAACTCGGTTTCTAAC
GATATAAGGTCCATGGCCTAATAATTTGAACTAAATGTATGTATTATGCGAGGGTTCGAG
TGAGCGAACAACCTATTCGACTTTGAAGCAAAAATAATGTTGTCAATGGGTTTTATTTTG
TAATATATTTTGTAATTGTTGATTTGGAGTATTGTAATATTATGAATATTTCGTTTGGG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FH85TF U 1
AF RR1AB10TF U 3
AF RR1FH85JQ C 506
AF RR1AB10JQ C 519
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AGCGTTTTTGATTCCGAGGCATCGTTGATATTCGAGTCATGGATGGTCAAGCACGGGAAG
GTGTACGAGTCCGTCGCCGAGAAGGAACGGCGTTTAACGATTTTCGAGGACAACCTTCGT
TTCATCACTAGCCGCAACGCTGAAAACGTTGGTTATCGGCTTGGTTTGAACCGGTTTGCA
GATTTGTCCCTCCATGAATACGGACACATTTGCCATGGGGCTGATCCGAGACCACCTAAG
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AAGTCTGTTGACTGGAGGAAGGAAGGAGCAGTGACTGAAGTCAAAGATCAAGGCCATTGC
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G*AGAGTTAATCACTTTGTCCGAGCAAGATTTGATCAACTGTAACAAAGAAAATAATGGT
TGCGGAGGAGGTAAAGTCGAGACTGCCTATGAGTACATAGTTAACAATGGTGGTC
TTG

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GG
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TTTTTGATTCCGAGGCATCGTTGATATTCGAGTCATGGATGGTCAAGCACGGGAAGGTGT
ACGAGTCCGTCGCCGAGAAGGAACGGCGTTTAACGATTTTCGAGGACAACCTTCGTTTCA
TCACTAGCCGCAACGCTGAAAACGTTGGTTATCGGCTTGGTTTGAACCGGTTTGCAGATT
TGTCCCTCCATGAATACGGACACATTTGCCATGGGGCTGATCCGAGACCACCTAAGAACC
ATGTTTTCATGACTAGCAGCAACCGATACAAGACTAGTGCTGGTGATGTGCTTCCTAAGT
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GTTGTTGGGCTTTCTCGACGGTGGGGGCAGTGGAAGGCTTAAACAAGATCGTGACAGGAG
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AAGATTTGATCAACTGTAACAAAGAAAATAATGGTTGCGGAGGAGGTAAAGTCGAGACTG
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GCTACATGAAGATGGCTCGCAACATTGCAAACCCAAGAGGATTATGTGGTATCGCGATGC
GAGCTGCATACCCCCTCAAGAACTCGGTTTCTAACGATATAAGGTCCATGGCCTAATAAT
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AAGCAAAAATAATGTTGTCAATGGGTTTTATTTTGTAATATATTTTGTAATTGTTGATTT
GGAGTATTGTAATATTATGAATATTTCGTTTGGG

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ATGCGACGCCGGCCTCAAGGAAAACAACAAGAATGTTATGATTGATGGGTATGAGAATTT
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CGAAACAAACCTAAACCATGGAGTTGTTGTGGTTGGGTATGGAACCGACAACAGTCGTGA
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GGCTCGCAACATTGCAAACCCAAGAGGATTATGTGGTATCGCGATGCGAGCTGCATACCC
CCTCAAGAACTCGGTTTCTAACGATATAAGGTCCATGGCCTAATAATTTGAACTAAATGT
ATGTATTATGCGAGGGTTCGAGTGAGCGAACAACCTATTCGACTTTGAAGCAAAAATAAT
GTTGTCAATGGGTTTTATTTTGTAATATATTTTGTAATTGTTGATTTGGAGTATTGTAAT
ATTATGAATATTTCGTTTGGG

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DS 



AS 1 4

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AGGTAATGTGGAAGGTGTGTCATTCTCAATAGAAAGCTTTATGAGTTTGCAAAAGATAAA
AACAAAAACGAATTCAAATTGTTTCTCTTCTCTCATCAAACATTGTACATAAAATCTAAA
ACATATTTTTCCATTCTTTGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTGCCATAAGATTCTTCAAC
TCACCTCTGTTTAATCGAAGCAACGTGTGCGGCCTAATGAAACACGGATTGATGATAATA
GCCTTACTGAAAGCAAAAGGCAGCTGCTACTTTTACCACCCAAATTTGCTTTTTAATCAG
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TAAAATGGAATTCCAGGCATGAATCCTCTCATGGGTCTAAAGGGACGCCTTCCTCGGAAC
TGTCTCATTCCAGGGACGTTAGTTCTCTTTGCTGATACCTTTATCTGACGACCATGCAGC
TCTGACTCGTTCAAGATAAGAGAATTCTGAACGGCATCTTCTTCCACGAATTCGACGTAC
GCAAAACCTTTGGGTTGGCCAAACTTATCTGTCAGAATCGTAACCCTGTTGACAGTCCCA
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TCCTCGATCTCCTTGATTCGCTTCTTCATACCCTCCAGATCCTTAGAGCTAGAGCCTGGC
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TACTCGTCCGTCTCCATCTCTCCTTCCTCCTCTGGGATCTCTCCACCGTACACCTCGTGC
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CTGTCGTTAATCGAGAAATCTTAGGGCTTGTCC


BQ
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15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CF07JQ U 1
AF RR1CF54JQ U 5
AF RR1CF07TF C 270
AF RR1B091TF C 229
BS 1 157 RR1CF07JQ
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BS 160 695 RR1CF07JQ
BS 696 749 RR1CF54JQ
BS 750 1053 RR1B091TF

RD RR1CF07JQ 695 0 0
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AACAAAAACGAATTCAAATTGTTTCTCTTCTCTCATCAAACATTGTACATAAAATCTAAA
ACATATTTTTCCATTCTTTGCCTCTCTCTCTCTCTCT**TCTGCCATAAGATTCTTCAAC
TCACCTCTGTTTAATCGAAGCAACGTGTGCGGCCTAATGAAACACGGATTGATGATAATA
GCCTTACTGAAAGCAAAAGGCAGCTGCTACTTTTACCACCCAAATTTGCTTTTTAATCAG
TATGGTCTGTAGCGCATTGGCCGTCTGAACCTGGGAACTCTCCCATAACCATAAGGAGCA
TAAAATGGAATTCCAGGCATGAATCCTCTCATGGGTCTAAAGGGACGCCTTCCTCGGAAC
TGTCTCATTCCAGGGACGTTAGTTCTCTTTGCTGATACCTTTATCTGACGACCATGCAGC
TCTGACTCGTTCAAGATAAGAGAATTCTGAACGGCATCTTCTTCCACGAATTCGACGTAC
GCAAAACCTTTGGGTTGGCCAAACTTATCTGTCAGAATCGTAACCCTGTTGACAGTCCCA
CAGGACTGGAAATGTTGCTGGACTTCCTCTGGGGTACATGCGTAGTCCACATTGCCAACA
TAGATTGAACGGGAATCAACTTCCTCCTTCTCAGC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1CF54JQ 745 0 0
AATGTGGAAGGTGTGTCATTCTCAATAGAAAGCTTTATGAGTTTGCAAAAGCTAAAAACA
AAAACGAATTCAAATTGTTTCTCTTCTCTCATCAAACATTGTACATAAAATCTAAAACAT
ATTTTTCCATTCTTTGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTGCCATAAGATTCTTCAACTCAC
CTCTGTTTAATCGAAGCAACGTGTGCGGCCTAATGAAACACGGATTGATGATAATAGCCT
TACTGAAAGCAAAAGGCAGCTGCTACTTTTACCACCCAAATTTGCTTTTTAATCAGTATG
GTCTGTAGCGCATTGGCCGTCTGAACCTGGGAACTCTCCCATAACCATAAGGAGCATAAA
ATGGAATTCCAGGCATGAATCCTCTCATGGGTCTAAAGGGACGCCTTCCTCGGAACTGTC
TCATTCCAGGGACGTTAGTTCTCTTTGCTGATACCTTTATCTGACGACCATGCAGCTCTG
ACTCGTTCAAGATAAGAGAATTCTGAACGGCATCTTCTTCCACGAATTCGACGTACGCAA
AACCTTTGGGTTGGCCAAACTTATCTGTCAGAATCGTAACCCTGTTGACAGTCCCACAGG
ACTGGAAATGTTGCTGGACTTCCTCTGGGGTACATGCGTAGTCCACATTGCCAACATAGA
TTGAACGGGAATCAACTTCCTCCTTCTCAGCAGAACTAATAGCACCTGATGGATCTTGAT
CAGCGCCCATTTCTTTCTCAGCTTT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1CF07TF 515 0 0
AC
TTTACCACCCAAATTTGCTTTT**ATCAGTATGGTCTGTAGCGCATTGGC*GTCTGAACC
TGGGAACTCTCCCATAACCATAAGGAGCATAAAATGGAATTCCAGGCATGAATCCTCTCA
TGGGTCTAAAGGGACGCCTTCCTCGGAACTGTCTCATTCCAGGGACGTTAGTTCTCTTTG
CTGATACCTTTATCTGACGACCATGCAGCTCTGACTCGTTCAAGATAAGAGAATTCTGAA
CGGCATCTTCTTCCACGAATTCGACGTACGCAAAACCTTTGGGTTGGCCAAACTTATCTG
TCAGAATCGTAACCCTGTTGACAGTCCCACAGGACTGGAAATGTTGCTGGACTTCCTCTG
GGGTACATGCGTAGTCCACATTGCCAACATAGATTGAACGGGAATCAACTTCCTCCTTCT
CAGCAGAACTAATAGCACCTGATGGGTCTTGATCAGCGCCCATTTCTTTCTCAGCTTTGG
CTTGCATTTCACGCAAAGCTCCAGCTTCTTCCT

QA 3 515 3 515
DS 

RD RR1B091TF 825 0 0
GATTGATGATATAG
CTTACTGAAAGCAAAAGGCAGCTGCTACTTT*ACCACCCAAATTTGCTTTT*AATCAGTA
TGGTCTGTAGCGCATTGGC*GTCTGAACCTGGGAACTCTCCCATAACCATAAGGAGCATA
AAATGGAATTCCAGGCATGAATCCTCTCATGGGTCTAAAGGGACGCCTTCCTCGGAACTG
TCTCATTCCAGGGACGTTAGTTCTCTTTGCTGATACCTTTATCTGACGACCATGCAGCTC
TGACTCGTTCAAGATAAGAGAATTCTGAACGGCATCTTCTTCCACGAATTCGACGTACGC
AAAACCTTTGGGTTGGCCAAACTTATCTGTCAGAATCGTAACCCTGTTGACAGTCCCACA
GGACTGGAAATGTTGCTGGACTTCCTCTGGGGTACATGCGTAGTCCACATTGCCAACATA
GATTGAACGGGAATCAACTTCCTCCTTCTCAGCAGAACTAATAGCACCTGATGGATCTTG
ATCAGCGCCCATTTCTTTCTCAGCTTTGGCTTGCATTTCACGCAAAGCTCCAGCTTCTTC
CTCGATCTCCTTGATTCGCTTCTTCATACCCTCCAGATCCTTAGAGCTAGAGCCTGGCTC
AAGCTCCTCGTCTCCTCCTCCGGCGGCGGCGCCTTCTTCTTCGCCGACGTGTTCCTCGTA
CTCGTCCGTCTCCATCTCTCCTTCCTCCTCTGGGATCTCTCCACCGTACACCTCGTGCTC
TTGCTCATCGTTAAGCGTCATCTCTCTCTCTCTATCTCCCTCTTCTCTCACTCGGCGACT
GTCGTTAATCGAGAAATCTTAGGGCTTGTCC

QA 15 825 15 825
DS 



AS 1 3

CO CL3269Contig1 839 3 18 U
GGATTGAGCTCTGTTCTTCTTCTTCTGACTCTTGGTCTGATCTCTTACAAGAAACAGCAC
AAAAATGGCGTTCGCAGGAACAACACAGAAATGCATGGCCTGTGACAAAACCGTTTATCT
CGTCGACAAGTTAACCGCAGATAACCGGGTCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGTCACCA
TTGCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAACTATAACTCTTTCGAGGGAGTTCTCTACTGCAG
ACCACATTTTGATCAGAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAGAGCTTCGAGGGGAC
ACCAAAGATCGGAAAACCGGACAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCAGCTGGTACCAAAGT
GTCTAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGTT*GTGACAAAACCGTGTATC
CAATT*GAGAAGGTGTCGGTGAACGGGACATTGTACCACAAGAGCTGCTTCAAGTGTACA
CATGGAGGATGCACGATAAGTCCTTCGAATTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGC
AAGCATCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGA
GATAATACCGCTAAGGACAAAGTGGACGCTGCTTGAAAAGAAAAAGAGAAACAGTTCATT
TTGACCCTTGAAGAACCAATAGTGTCACTACCCTCGATCGATCCATAACATATAAATTGG
TTTTGTTCTTCTTAAGTTTATGTTCTTTCTTTTGGGATCTTTGTTGTCTCCTATGGTGAT
CTTGTTCACTCTTCGTTGGGTTTCTTGAGATGAAACAAAGAAACATATAAATAATGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX50TF U 23
AF RR1GF26TF U 1
AF RR1GF26JQ C 165
BS 1 644 RR1GF26TF
BS 645 645 RR1GF26JQ
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RD RR1CX50TF 623 0 0
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ACACAGAAATGCATGGCCTGTGACAAAACCGTTTATCTCGTCGACAAGTTAACCGCAGAT
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AGCAACTATAACTCTTTCGAGGGAGTTCTCTACTGCAGACCACATTTTGATCAGAACTTC
AAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAGAGCTTCGAGGGGACACCAAAGATCGGAAAACCGGAC
AGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCAGCTGGTACCAAAGTGTCTAATATGTTTGGTGGAACA
CGAGAAAAATGCGTTGGTTTGTGACAAAACCGTGTATCCAATTTGAGAAGGTGTCGGTGA
ACGGGACATTGTACCACAAGAGCTGCTTCAAGTGTACACATGGAGGATGCACGATAAGTC
CTTCGAATTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCATCATATTCAGCTTA
TCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAGCTCGAAAGAGGAGATAATACCGCTAAAGACAAAG
TGGACGCTGCTT
TAAAGAAAAGA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1GF26TF 817 0 0
GGATTGAGCTCTGTTCTTCTTCTTCTGACTCTTGGTCTGATCTCTTACAAGAAACAGCAC
AAAAATGGCGTTCGCAGGAACAACACAGAAATGCATGGCCTGTGACAAAACCGTTTATCT
CGTCGACAAGTTAACCGCAGATAACCGGGTCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGTCACCA
TTGCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAACTATAACTCTTTCGAGGGAGTTCTCTACTGCAG
ACCACATTTTGATCAGAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAGAGCTTCGAGGGGAC
ACCAAAGATCGGAAAACCGGACAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCAGCTGGTACCAAAGT
GTCTAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGTT*GTGACAAAACCGTGTATC
CAATT*GAGAAGGTGTCGGTGAACGGGACATTGTACCACAAGAGCTGCTTCAAGTGTACA
CATGGAGGATGCACGATAAGTCCTTCGAATTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGC
AAGCATCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGA
GATAATACCGCTAAGGACAAAGTGGACGCTGCTTGAAAAGAAAA*GAGAAACAGTTCATT
TTGACCCTTGAAGAACCAATAGTGTCACTACCCTCGATCGATCCATAACATATAAATTGG
TTT*GTTCTTCTTAAGTT*ATGT*CTTTCTTT*GGGATCTTTGT*GTCTCCTATGGTGAT
CT*GTTCACTCTTCGTTGGGTT*CTTGAGATGAAA
AA

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1GF26JQ 675 0 0
GTTTCCGTTGTCACCATTGCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAACTATAACTCTTTCGAGG
GAGTTCTCTACTGCAGACCACATTTTGATCAGAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGA
AGAGCTTCGAGGGGACACCAAAGATCGGAAAACCGGACAGACCTTTGGAGGGAGAGAGAC
CAGCTGGTACCAAAGTGTTTAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGTT*GT
GACAAAACCGTGTATCCAATT*GAGAAGGTGTCGGTGAACGGGACATTGTACCACAAGAG
CTGCTTCAAGTGTACACATGGAGGATGCACGATAAGTCCTTCGAATTACATAGCTCACGA
GGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAG
CCAGCTCGAAGGAGGAGATAATACCGCTAAGGACAAAGTGGACGCTGCTTGAAAAGAAAA
AGAGAAACAGTTCATTTTGACCCTTGAAGAACCAATAGTGTCACTACCCTCGATCGATCC
ATAACATATAAATTGGTTTTGTTCTTCTTAAGTTTATGTTCTTTCTTTTGGGATCTTTGT
TGTCTCCTATGGTGATCTTGTTCACTCTTCGTTGGGTTTCTTGAGATGAAACAAAGAAAC
ATATAAATAATGGGT

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL3270Contig1 1257 2 10 U
GCGGTTCCGTCAAAGCTAACGGACTTGCCTTTCTTTGACTTGATGAGCATTGGAGGGAAG
ATTAGAGCTGGTTTTGGTGCCATTGGCATTCGACCTTCACCTCCGGGTCGTGAGGAATCT
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TTTTGTTCAAGTGTTTATGCGGGAGATCCTGCGAAACTAAGTATGAAAGCAGCGTTTGGG
AAGGTTTGGAAACTAGAGGAGAATGGTGGAAGCATCATAGGTGGTGCTTTTAAGGCAATT
CAAGCGAGGAATAAAGCTCCCAAGACAACCCGAGACCCGCGCCTGCCAAAGCCAAAGGGC
CAAACTGTTGGTTCTTTCAGGAAAGGACTCACTATGCTGCCTGAGGCAATCTCTGCAAGG
TTGGGTAACAAGGTGAAAGTTTCTTGGAAGCTCTCAAGTATTACTAAGCTGGCAAGCGGA
GAATATAGCTTAACTTACGAAACTCCGGAGGGGATAGTCACTGTACAGAGCAAAAGTATA
GTGATGACTGTGCCATCTCATGTTGCTAGTAGTCTCTTGCGCCCTCTTTCTGATTCTGCA
GCTGAAGCGCTCTCGAGACTCTACTATCCGCCAGTTGCAGCAGTATCCATCTCATACCCC
AAAGAAGCAATCCGTAGCGAATGCTTAATAGATGGTGAACTAAAAGGGTTCGGCCAGTTG
CATCCACGCACGCAAAAAGTGGAAACTCTTGGAACAATATACAGTTCATCTCTCTTTCCT
AACCGAGCACCACCTGGAAGAGTGTTGCTATTGAACTACATCGGTGGAGCTACCAACACT
GGGATCTTATCAAAGTCAGAAGGTGAGTTAGTGGAAGCAGTAGATAGAGACTTGAGGAAG
ATGCTGATAAAGCCAAGCTCGACCGATCCACTTGTACTTGGAGTGAGAGTATGGCCTCAA
GCCATTCCCCAGTTCCTGATAGGTCACATTGATTTGGTAGACGCAGCGAAAGCATCTCTC
TCGTCATCTGGTCATGAGGGCATATTCTTGGGTGGAAATTACGTTGCTGGTGTAGCATTG
GGTCGGTGTGTGGAAGGTGCTTATGAAACCGCGACTCAAGTGAACGATTTCATGTCGAGG
TACACTTACAAGTAATGTAACCATTACGCAACAACGATTTGACTAGATTGCAGTTTTGAC
TTTAAGAACACTCTGTTTGTGAAAAAGACAAGTCTATGATTGAGTAAATTTATATGT


BQ
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AF RR1FF27TF U 1
AF RR1FF27JQ C 524
BS 1 707 RR1FF27TF
BS 708 708 RR1FF27JQ
BS 709 737 RR1FF27TF
BS 738 738 RR1FF27JQ
BS 739 756 RR1FF27TF
BS 757 757 RR1FF27JQ
BS 758 778 RR1FF27TF
BS 779 781 RR1FF27JQ
BS 782 812 RR1FF27TF
BS 813 1257 RR1FF27JQ

RD RR1FF27TF 812 0 0
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CAAACTGTTGGTTCTTTCAGGAAAGGACTCACTATGCTGCCTGAGGCAATCTCTGCAAGG
TTGGGTAACAAGGTGAAAGTTTCTTGGAAGCTCTCAAGTATTACTAAGCTGGCAAGCGGA
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GTGATGACTGTGCCATCTCATGTTGCTAGTAGTCTCTTGCGCCCTCTTTCTGATTCTGCA
GCTGAAGCGCTCTCGAGACTCTACTATCCGCCAGTTGCAGCAGTATCCATCTCATACCCC
AAAGAAGCAATCCGTAGCGAATGCTTAATAGATGGTGAACTAAAAGG*TTCGGCCAGTTG
CATCCACGCACGCAAAA*GTGGAAACTCTTGGAACA*TATACAGTTCATCTCTCTTTC**
TACCGAGCACCACCTGGAAGAGTGTTGCTATT

QA 1 812 1 812
DS 

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CTCTTTCTGATTCTGCAGCTGAAGCGCTCTCGAGACTCTACTATCCGCCAGTTGCAGCAG
TATCCATCTCATACCCCAAAGAAGCAATCCGTAGCGAATGCTTAATAGATGGTGAACTAA
AAGGGTTCGGCCAGTTGCATCCACGCACGCAAAAAGTGGAAACTCTTGGAACAATATACA
GTTCATCTCTCTTTCCTAACCGAGCACCACCTGGAAGAGTGTTGCTATTGAACTACATCG
GTGGAGCTACCAACACTGGGATCTTATCAAAGTCAGAAGGTGAGTTAGTGGAAGCAGTAG
ATAGAGACTTGAGGAAGATGCTGATAAAGCCAAGCTCGACCGATCCACTTGTACTTGGAG
TGAGAGTATGGCCTCAAGCCATTCCCCAGTTCCTGATAGGTCACATTGATTTGGTAGACG
CAGCGAAAGCATCTCTCTCGTCATCTGGTCATGAGGGCATATTCTTGGGTGGAAATTACG
TTGCTGGTGTAGCATTGGGTCGGTGTGTGGAAGGTGCTTATGAAACCGCGACTCAAGTGA
ACGATTTCATGTCGAGGTACACTTACAAGTAATGTAACCATTACGCAACAACGATTTGAC
TAGATTGCAGTTTTGACTTTAAGAACACTCTGTTTGTGAAAAAGACAAGTCTATGATTGA
GTAAATTTATATGT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 4

CO CL3271Contig1 684 4 10 U
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ATCATCTTCTTCACCGTTGCTGCACCTGCCTCCTCAGCCACTCATTCTGTCGAATGGTCG
CTTGGGGAGGACTATAGCTCCTTGGCTACCGGGAAACCTTATGCCATTGGCGATACCATC
GTGTTCAACTACGGTGCGGGTCACACGGTGGACGAAGTGAGTGAAAGTGACTACAAAAGT
TGCACATTGGGGAACTCAATTTCTTCCGACAGTAGCGGAACCACAAGCATAGCTCTCAAG
ACAGCTGGCTCTCACTACTTCATTTGCGCTATCCCCGGCCACTGTACCGGCGGCATGAAG
CTCTCTGTCAATGTAGGTGCAGCATCCTCTTCAGACGGTGGCAGTGACAGTGGTGGCAGT
ACCACCCCGAAAACTACACCTTCTCCAACCACAGAGAGCAGGAAGGCTGCTCCTACCGCT
TCAGCCACTGCTGTGTTGAAGCCGTTCAAGGCTTTGGTTGTGACTTGCGTTGTTGTATTA
TTATATGCTTTGGCTCTTTCTTAGTTGTCTTTAATTTCTTTTTGGTTTGGTTTGG***GG
CTCCTTTGAAAGTCCAGGCTAGAGGCAGTGCTATGAACCCTATTACACTGTATGCTTCTT
GTTGTGATTAATTATTCTATGATA


BQ
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1FS36TF U 1
AF RR1FS36JQ C 145
AF RR1EO26JQ C 1
AF RR1EO26TF U 1
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BS 86 86 RR1EO26TF
BS 87 140 RR1FS36TF
BS 141 141 RR1EO26TF
BS 142 198 RR1FS36TF
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BS 200 335 RR1FS36TF
BS 336 336 RR1EO26TF
BS 337 595 RR1FS36TF
BS 596 684 RR1EO26TF

RD RR1FS36TF 611 0 0
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ATCATCTTCTTCACCGTTGCTGCACTTGCCTCCTCAGCCACTCATTCTGTCGAATGGTCG
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TGCACATTGGGGAACTCAATTTCTTCCGACAGTAGCGGAACCACAAGCATAGCTCTCAAG
ACAGCTGGCTCTCACTACTTCATTTGCGCTATCCCTGGCCACTGTACCGGCGGCATGAAG
CTCTCTGTCAATGTAGGTGCAGCATCCTCTTCAGACGGTGGCAGTGACAGTGGTGGCAGT
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TCAGCCACTGCTGTGTTGAAGCCGTTCAAGGCTTTGGTTGTGACTTGCGTTGTTGTATTA
TTATATGCTTTGGCTCTTTCTTAGTTGTCTTTAATTTCTTTTTGGTTTGGTTTGG
TTTGGCTCCTTTGAAA

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1FS36JQ 510 0 0
GCTACCGGGAAACCTTATGCCATTGGCGATACCATCGTGTTCAACTACGGTGCGTGTCAC
ACGGTGGACGAAGTGAGTGAAAGTGACTACAAAAGTTGCACATTGGGGAACTCAATTTCT
TCCGACAGTAGCGGAACCACAAGCATAGCTCTCAAGACAGCTGGCTCTCACTACTTCATT
TGCGCTATCCCTGGCCACTGTACCGGCGGCATGAAGCTTTCTGTCAATGTAGGTGCAGCA
TCCTCTTCAGACGGTGGCAGTGACAGTGGTGGCAGTACCACCCCGAAAACTACACCTTCT
CCAACCACAGAGAGCAGGAAGGCTGCTCCTACCGCTTCAGCCACTGCTGTGTTGAAGCCG
TTCAAGGCTTTGGTTGTGACTTGCGTTGTTGTATTATTATATGCTTTGGCTCTTTTTTAG
TTGTCTTTAATTTCTTTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGCTCCTTTGAAAGTCCAGGCTAGAG
GCAGTGCTATGAACCCTATTACACTGTATG

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1EO26JQ 684 0 0
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ATCATCTTCTTCACCGTTGCTGCACCTGCCTCCTCAGCCACTCATTCTGTCGAATGGTCG
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TGCACATTGGGGAACTCAATTTCTTCCGACAGTAGCGGAACCACAAGCATAGCTCTCAAG
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ACCACCCCGAAAACTACACCTTCTCCAACCACAGAGAGCAGGAAGGCTGCTCCTACCGCT
TCAGCCACTGCTGTGTTGAAGCCGTTCAAGGCTTTGGTTGTGACTTGCGTTGTTGTATTA
TTATATGCTTTGGCTCTTTCTTAGTTGTCTTTAATTTCTTTTTGGTTTGGTTT*****GG
CTCCTTTGAAAGTCCAGGCTAGAGGCAGTGCTATGAACCCTATTACACTGTATGCTTCTT
GTTGTGATTAATTATTCTATGATA

QA 1 684 1 684
DS 



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AACTCCGGTTTGTTGGACCGGTATACCGGTTTGCTGAACTGGTGAACTGTCAGCTGGATT
CTCCCTTTGTGGAGTAGTAACACGACCCATTGGTTGATACGTATAGTGTAGCTGAGCTAG
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TTTTTTTTGAACAACTTATTTCTCCTTAACTTATGAAATAATCCAATAATATTCAATAGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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CG
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DS 

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QA 17 653 17 653
DS 

RD RR1BQ47TF 740 0 0
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ATCACGGCATTGGTTTGGTCTTCTTGACAATCAAACAAACCACTCCTCCATGGAGTCCCA
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CCGGTTTGTTGGACCGGTATACCGGTTTGCTGAACTGGTGAACTGTCAGCTGGATTCTCC
CTTTGTGGAGTAGTAACACGACCCATTGGTTGATACGTATAGTGTAGCTGAGCTAGTTTG
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AGAAATTTCGGATTACGTCC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 4

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AACCACTCCATCTCCGGCTAACAGCCACCACGGAGACGATTCTCTCCAGCAGCTTCTATG
ACTTCCATTCTCAACACCGTCTCCTCCATCCACGCCTCCAGAGTTTCCTCCGTCGGAGCG
CTCTCTCTCCGGAACTCGGTCTCCGTCGAGTTCACTCGCCGGCGTTCCGTCTGGTCCACG
TCGGAATCCGAATCGTCTGGGAGAATATTTGTTGTGCGTGCGGCGGAGACTGATACAGAT
AAAGTTAAATCTCAGGTGCCTGACAAGGCACCAGCACCCGGTGGTGGTTCGAGTATTAAC
CAGCTTCTTGGTATCAAAGGAGCTGCTCAAGAGACTAATAAATGGAAGATTCGTCTTCAG
CTTACAAAGCCAGTTACTTGGCCTCCATTAGTCTGGGGAGTTGTCTGTGGTGCTGCTGCT
TCAGGGAACTTCCACTGGACCCCAGAGGACGTTGCTAAGTCGATTCTTTGCATGATGATG
TCTGGCCCATGTCTTACTGGCTATACACAGACAATCAACGACTGGTATGATCGAGAGATT
GATGCAATCAATGAGCCATATCGCCCAATCCCATCCGGAGCAATATCAGAGCAAGAGGTT
ATTACACAAGTCTGGGTGCTATTACTGGGAGGTCTTGGAATTGCTGGAGTCTTAGATGTG
TGGGCAGGACATACCACTCCCACTTTGTTCTACCTTGCTTTGGGAGGATCCTTGTTGTCT
TATATATACTCTGCTCCACCTCTTAAGCTGAAACAAAATGGATGGGTTGGAAATTTTGCG
CTTGGAGCAAGCTATATCAGTTTGCCATGGTGGGCTGGGCAAGCATTGTTTGGCACTCTT
ACACCAGACGTTGTTGTTCTAACACTCTTGTACAGTATAGCTGGGTTGGGAATAGCGATT
GTTAATGACTTTAAAAGTGTTGAAGGAGACAGAGCAATGGGACTTCAGTCTCTCCCTGTA
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TCTGTTGCCGGATATCTATTAGCATCTGGCAAACCTTACTATGCGTTGGCGCTGCTTGCT
TTGATCACTCCCCAAATTGTTTTCCAGTTTAAATACTTCCTCAAGGACCCTGTCAAATAC
GACGTTAAGTACCAGGCCAGTGCACAGCCATTCTTGGTGCTCGGTATATTCGTGACGGCA
TTAGCATCAAGTCACTGAACGAGAGCATATTATGATCAGTTTTGGCCACCAAGCAAATGC
TCCAATTGCGAGCCACAAGTTTGTGCAAGCGGGTTAGCATTGCTGTAAAACAACATGTAT
CGACCATTACTGGAAATGACTCTTGTTGTAACAACTTAAGCGTCTTGGATGAAATTGAAA
TAATTTCTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1A982TF U 45
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AF RR1A982JQ C 647
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DS 

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GG
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CAGCAGCTTCTATGACTTCCATTCTCAACACCGTCTCCTCCATCCACGCCTCCAGAGTTT
CCTCCGTCGGAGCGCTCTCTCTCCGGAACTCGGTCTCCGTCGAGTTCACTCGCCGGCGTT
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TTGGAAATTTTGC

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CTTGGTGCTCGGTATATTCGTGACGGCATTAGCATCAAGTCACTGAACGAGAGCATATTA
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GGATGAAATTGAAATAATTTCTT
C

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DS 



AS 1 4

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AGGGATTTCGTGTTAAACAAAAGGAATGGTGTTAAAGGTCTCGTCGACTTTATAACCCTA
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TTCACTCCGTATAAAGAAAGTGTGTTGGAGTGGAGAGACTTTTTCAAGTTTCAGTATCCT
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CATTTCGAGATGATCAAACCAATCACCAAGAAGATCTTAAACATACTCATCAACAATCTA
AATTCAGTCGTAGATGAGTCTAATGAAGATGCACTAATTGGAACTATGAGAATGAACTTC
AACTATTATCCAGAGTGTCCTGAACCAAACCTGGCAATAGGAACTGGCCGCCATACAGAC
ATCAACACCCTCACTCTCCTCATACAAGAAGATGGCGTCTTTAGCAGCCTATATGGTCGA
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AATGTTGGAGACGTATTACAGATATTGAGCAACGGTAAGTATAAGAGCGTGGAGCATTGT
GTATTGGTCCATAAAGGGTTGTAGCCGAATTTCTGTCCCTATTTTCTACGGACCAGTTGA
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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FI67TF U 1
AF RR1FC31TF U 170
AF RR1AC55TF U 169
AF RR1FI67JQ C 596
BS 1 231 RR1FI67TF
BS 232 232 RR1AC55TF
BS 233 697 RR1FI67TF
BS 698 988 RR1AC55TF
BS 989 989 RR1FI67JQ
BS 990 1001 RR1AC55TF
BS 1002 1307 RR1FI67JQ

RD RR1FI67TF 697 0 0
GGATTCGTATCTAAGAAAGAAACCATGGTTCTTACCTCCTCAAAGGACGAGATCGACGTG
AGGGATTTCGTGTTAAACAAAAGGAATGGTGTTAAAGGTCTCGTCGACTTTATAACCCTA
AACACACTTCCTTCTCCATATATTCAACCTCCTCACGAACGCTTCACCTCCGACAAAATC
ATACCGTCACAAGTTCCTGTCATTGATGTGTCTGATTGGTTAGACCCACGATTTGCTAGA
GAGATCTGCGACGCAGCGGCTAAGCTCGGGGTGTTTCAGATAGTGAACCACGGGATAGCT
CCGGAGGAGTTAAAGGCAGTCATTGCGGCAGCTCGTGGCTTTTTCGACCTGCCGGCGGAT
GAGAGGAAGAGATATTGGAAAGGAAGTTCGGTGTCGGAGACGGCGTGGCTGACAACAAGT
TTCACTCCGTATAAAGAAAGTGTGTTGGAGTGGAGAGACTTTTTCAAGTTTCAGTATCCT
CGTGAAGGACATGACTTCGCTACTACATGGCCTTCTCTATGCAAGGAACAAGTGATACAC
CATTTCGAGATGATCAAACCAATCACCAAGAAGATCTTAAACATACTCATCAACAATCTA
AATTCAGTCGTAGATGAGTCTAATGAAGATGCACTAATTGGAACTATGAGAATGAACTTC
AACTATTATCCAGAGTGTCCTGAACCAAACCTGGCAA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1FC31TF 734 0 0
GG
GACAAAATCATACCGTCACAAGTTCCTGTCATTGATGTGTCTGATTGGTTAGACCCACGA
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GGGATAGCTCCGGAGGAGTTAAAGGCAGTCATTGCGGCAGCTCGTGGCTTTTTCGACCTG
CCGGCGGATGAGAGGAAGAGATATTGGAAAGGAAGTTCGTTGTCGGAGACGGCGTGGCTG
ACAACAAGTTTCACTCCGTATAAAGCAAGTGTGTTGGAGTGGAGAGACTTTTTCAAGTTT
CAGTATCCTCGTGAAGGACATGACTTCGCTACTACATGGCCTTCTCTATGCAAGGAACAA
GTGATACACCATTTCGAGATGATCAAACCAATCACCAAGAAGATCTTAAACATACTCATC
AACAATCTAAATTCAGTCGTAGATGAGTCTAATGAAGATGCACTAATTGGAACTATGAGA
ATGAACTTCAACTATTATCCAGAGTGTCCTGAACCAAACCTGGCAATAGGAACTGGCCGC
CATACAGACATCAACACCCTCACTCTCCTCATACAAGAAGATGGCGTCTTTAGCAGCCTA
TATGGTCGAGCCAGCGAGCACGAGGACAAATGGGTTGATGTCCCTCCGATTCCGGGAGCC
ATTGTTGTTAATGTTGGAGACGTATTACAGATATTGAGCAACGGTAAGTATAAGAGCGTG
GAGCATTGTGTA

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR1AC55TF 838 0 0
GGC
GACAAAATCATACCGTCACAAGTTCCTGTCATTGATGTGTCTGATTGGTTAGACCCACGA
GTTGCTAGAGAGATCTGCGACGCAGCGGCTAAGCTCGGGGTGTTTCAGATAGTGAACCAC
GGGATAGCTCCGGAGGAGTTAAAGGCAGTCATTGCGGCAGCTCGTGGCTTTTTCGACCTG
CCGGCGGATGAGAGGAAGAGATATTGGAAAGGAAGTTCGGTGTCAGAGACGGCGTGGCTG
ACAACAAGTTTCACTCCGTATAAAGAAAGTGTGTTGGAGTGGAGAGACTTTTTCAAGTTT
CAGTATCCTCGTGAAGGACATGACTTCGCTACTACATGGCCTTCTCTATGCAGGGAACAA
GTGATACACCATTTCGAGATGATCAAACCAATCACCAAGAAGATCTTAAACATACTCATC
AACAATCTAAATTCAGTCGTAGATGAGTCTAATGAAGATGCACTAATTGGAACTATGAGA
ATGAACTTCAACTATTATCCAGAGTGTCCTGAACCAAACCTGGCAATAGGAACTGGCCGC
CATACAGACATCAACACCCTCACTCTCCTCATACAAGAAGATGGCGTCTTTAGCAGCCTA
TATGGTCGAGCCAGCGAGCACGAGGACAAATGGGTTGATGTCCCTCCGATTCCGGGAGCC
ATTGTTGTTAATGTTGGAGACGTATTACAGATATTGAGCAACGGTAAGTATAAGAGCGTG
GAGCATTGTGTATTGGTCCATAAAGGGTTGTAGCCGAATTTCTGTCCCTATTTTCTACGG
ACCAGTTGATGATACGGTTATCGAGCCATTATGGGAG*TGCTAGAGAACA
TGAGT

QA 4 833 4 833
DS 

RD RR1FI67JQ 712 0 0
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ACTTCAACTATTATCCAGAGTGTCCTGAACCAAACCTGGCAATAGGAACTGGCCGCCATA
CAGACATCAACACCCTCACTCTCCTCATACAAGAAGATGGCGTCTTTAGCAGCCTATATG
GTCGAGCCAGCGAGCACGAGGACAAATGGGTTGATGTCCCTCCGATTCCGGGAGCCATTG
TTTTTAATGTTGGAGACGTATTACAGATATTGAGCAACGGTAAGTATAAGAGCGTGGAGC
ATTGTGTATTGGTCCATAA*GGGTTGTAGCCGAATTTCTGTCCCTATTTTTTACGGACCA
GTTGATGATACGGTTATCGAGCCATTATGGGAGGTGCTAGAGAACAATGAGGTGGCTCGG
TACAGAAAGATTGTGTATTTTTCGAACTATTTGAAGGATGTTTTTGGTAGACCCCATGAT
GGAAAGAAGACTATTGGATCGATCAACCTACCATGATAGGAGATACATAGATTTATATAA
AGATCTATAGCTAAAAATCGATCCTACTAATATCTTTGTGATCACAAAAAAACTATCTTA
TGTCTAAAATGTATATTTTCTTTCAACTTTATGTAAAATATGATACATTAAGCAATTACT
TAAGTTTGATCCTCTAATTTTTTTTGATAAAGTTTGATCCTAGAATTCAAGC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 4

CO CL3275Contig1 683 4 2 U
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AGAGAAAACTAGAGACAGAACAAAAGAGTATTGTTACAGGACATCCAAGATTCAGATGAG
TTGGTTACTTAGAAACTTTCTTCTTACCAGCAATAGCAATTTTCTTGCCTTTAAGAGTTC
TACAGTTGTTCTTAGTTCTCTGTCCACGACATGGCAACCCTTGGATGTGCCTTACACCAC
GGTAACACTGTATCTCCTTCAACCTCTTGATAGCAAGCGCATTGAATCTCCTCAGATCAC
CCTCGATCATGTACTTGGAGACTTCATCACGAAGAATGATGAGCTCTTCCTCAGCCATGT
CTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGGAGATCAACGAGGATCTGGCGAGCCCTAGTTCGGC
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AGTGGGCTACGGGCATCGCAACCATCTGCGTCATTGTTCTCTCTCTATCTATCCTCTTCC
TTCGTGTTTTTTTGAAACTTCCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1D973JQ U 39
AF RR1GN65JQ U 1
AF RR1GN65TF C 3
AF RR1D973TF C 26
BS 1 682 RR1GN65JQ
BS 683 683 RR1D973TF

RD RR1D973JQ 537 0 0
ATTACAAAATCACATTTTAAACAGAGAAAACTAGAGACAGAACAAAAGAGTATTGTTACA
GGACATCCAAGATTCAGATGAGTTGGTTACTTAGAAACTTTCTTCTTACCAGCAATAGCA
ATTTTCTTGCCTTTAAGAGTTCTACAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCCACGACATGGCAAC
CCTTGGATGTGCCTTACACCACGGTAACACTGTATCTCCTTCAACCTCTTGATAGCAAGC
GCATTGAATCTCCTCAGATCACCCTCGATCATGTACTTGGAGACTTCATCACGAAGAATG
ATGAGCTCTTCCTCAGCCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGGAGATCAACGAGG
ATCTGGCGAGCCCTAGTTCGGCCAATCCCATGAATGTACTGGAGAGAGTACTCAATCCTC
TTGTTACTCGGAATCTCCACACCTCCCACACGAGCACATCTGATGCTCAGACTCTGCTTA
CTGGGAGCGTTAGTAGTTGGGAGAGCGAGAGTGTTGCGAGTGAGAGGATTTGATTTA

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1GN65JQ 682 0 0
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AGAGAAAACTAGAGACAGAACAAAAGAGTATTGTTACAGGACATCCAAGATTCAGATGAG
TTGGTTACTTAGAAACTTTCTTCTTACCAGCAATAGCAATTTTCTTGCCTTTAAGAGTTC
TACAGTTGTTCTTAGTTCTCTGTCCACGACATGGCAACCCTTGGATGTGCCTTACACCAC
GGTAACACTGTATCTCCTTCAACCTCTTGATAGCAAGCGCATTGAATCTCCTCAGATCAC
CCTCGATCATGTACTTGGAGACTTCATCACGAAGAATGATGAGCTCTTCCTCAGCCATGT
CTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGGAGATCAACGAGGATCTGGCGAGCCCTAGTTCGGC
CAATCCCATGAATGTACTGGAGAGAGTACTCAATCCTCTTGTTACTCGGAATCTCCACAC
CTCCCACACGAGCACATCTGATGCTCAGACTCTGCTTACTGGGAGCGTTAGTAGTTGGGA
GAGCGAGAGTGTTGCGAGTGAGAGGATTTGATTTAGTCCAATTGCAAATGAGGGAGAGGG
AGTGGGCTACGGGCATCGCAACCATCTGCGTCATTGTTCTCTCTCTATCTATCCTCTTCC
TTCGTGTTTTTTTGAAACTTCC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1GN65TF 680 0 0
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AGAAAACTAGAGACAGAACAAAAGAGTATTGTTACAGGACATCCAAGATTCAGATGAGTT
GGTTACTTAGAAACTTTCTTCTTACCAGCAATAGCAATTTTCTTGCCTTTAAGAGTTCTA
CAGTTGTTCTTAGTTCTCTGTCCACGACATGGCAACCCTTGGATGTGCCTTACACCACGG
TAACACTGTATCTCCTTCAACCTCTTGATAGCAAGCGCATTGAATCTCCTCAGATCACCC
TCGATCATGTACTTGGAGACTTCATCACGAAGAATGATGAGCTCTTCCTCAGCCATGTCT
TTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGGAGATCAACGAGGATCTGGCGAGCCCTAGTTCGGCCA
ATCCCATGAATGTACTGGAGAGAGTACTCAATCCTCTTGTTACTCGGAATCTCCACACCT
CCCACACGAGCACATCTGATGCTCAGACTCTGCTTACTGGGAGCGTTAGTAGTTGGGAGA
GCGAGAGTGTTGCGAGTGAGAGGATTTGATTTAGTCCAATTGCAAATGAGGGAGAGGGAG
TGGGCTACGGGCATCGCAACCATCTGCGTCATTGTTCTCTCTCTATCTATCCTCTTCCTT
CGTGTTTTTTTGAAACTTCC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1D973TF 658 0 0
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GAGTATTGTTACAGGACATCCAAGATTCAGATGAGTTGGTTACTTAGAAACTTTCTTCTT
ACCAGCAATAGCAATTTTCTTGCCTTTAAGAGTTCTACAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCC
ACGACATGGCAACCCTTGGATGTGCCTTACACCACGGTAACACTGTATCTCCTTCAACCT
CTTGATAGCAAGCGCATTGAATCTCCTCAGATCACCCTCGATCATGTACTTGGAGACTTC
ATCACGAAGAATGATGAGCTCTTCCTCAGCCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTG
GAGATCAACGAGGATCTGGCGAGCCCTAGTTCGGCCAATCCCATGAATGTACTGGAGAGA
GTACTCAATCCTCTTGTTACTCGGAATCTCCACACCTCCCACACGAGCACATCTGATGCT
CAGACTCTGCTTACTGGGAGCGTTAGTAGTTGGGAGAGCGAGAGTGTTGCGAGTGAGAGG
ATTTGATTTAGTCCAATTGCAAATGAGGGAGAGGGAGTGGGCTACGGGCATCGCAACCAT
CTGCGCCATTGTTCTCTCTCTATCTATCCTCTTCCTTCGTGTTTTTTTGAAACTTCCC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 4

CO CL3276Contig1 1225 4 3 U
GTGGCGACATCAGTCCTCAAGGTAGCTGCTAAAGTGATAGGAGAAGTGCAAGCTCTGATC
ATATTCCCCGCTATACCCTACGCAATGCTCGCAGTGTTCTACATGTTCTGGCTATCAGCA
GCTCTCCATCTGTTCAGCTCTGGTCAGGTGGTCCAGAACAACTGCAACAACACCAACTGC
TGCGCGTATGATCTCGTGTTAAAGAAAGTGAACTGTGACCGTTGCTGCGGTTACAGCATA
CGTTACACTCCTCACATCACCATCGCCATATTCTTCCACCTGTTTGGTTGCTACTGGGCC
ACGCAGTTCTTCGTTGCTTCTTCTGCTACGGTGATTGCTGGCTCTGTTGCTTCTTATTAT
TGGGCCCAAGGGGAAGCAGCGTCGCCGGAGATACCTTTTCTTCCTGTTTTCGCCTCGATG
AAGCGGCTTGCACGCTACAACTTAGGATCTGTGGCTCTTGGTTCGCTCGTTGTCTCTTTT
GTGGAGTCTGTTCGGTTCATTCTCGAGGCTATTCGTCGTAAAACAAAAGTAAGAGGGACT
ACACCTGATCACTGGCTTGGGAGAGTGGGTCATTACACATCGCGTGGGTGTCTTAAAAGC
GTTGAGTGGACTATTAAATCGGTTAACCGCAATGCCTACATAATGATTGCTATAACAGGG
AAAAGCTTCTGCAAATCATCTGCAATGCAACAGAGCTGATCATAAACAACATTATGAGGA
TAGGCAAGGTTAATGTAATAGGAGATGTTATATTGTTTCTAGGGAAGCTTTGTGTGAGTC
TCTTCAGTGCTCTCTTTGGCTTTGTCATGTTGGATTCTCACAAGTATCGGTCTTCTCACA
ACAAAGTCTCCTCCCCTCTACTACCCGTTTTGGCATGTTGGGCTCTGGGGTATGTTGTGG
CTACACTGTTCTTTGCGGTGGTTGAGATGTCGATAGACACAATCATACTCTCCTTCTGTC
AAGACTCAGAGGAGAATCAAGGGAATGCTCAGCACGCTCCATCACTTCTACTTGAAACGT
TAGATAATAATGAGGAAGAGGTTCAGAGACTCACCCACTGATAGAGATCCTTACTGTATA
AGTTTTGTTTCTTTGGGGGTTGCCGGTTTATATTGGTTTTAAAGAATGGAATCTCTACTC
TCTAAAAACATTATAAGCATATATTGTAATGTCAGATGGCTTTGAGGATTCTTCTATTCT
GAAACCAAAATATTATATTTCTGCG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CL90TF U 1
AF RR1AS66TF U 173
AF RR1AS66JQ C 179
AF RR1CL90JQ C 188
BS 1 281 RR1CL90TF
BS 282 282 RR1AS66TF
BS 283 613 RR1CL90TF
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BS 691 816 RR1AS66JQ
BS 817 818 RR1CL90JQ
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BS 830 888 RR1AS66JQ
BS 889 939 RR1CL90JQ

RD RR1CL90TF 613 0 0
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CCCACCGTTTTCGATAATTTCAGTGCAAATGTGGTGGTTAATGGAGCCACCGTCAATCTT
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TCCAAAAAGTGGATTCCGGAGTTGAAACATTACGCACCTGGTGTCCCCATTATCCTTGTT
GGATCAAAACTTGATCTTCGAGATGATAAGCAGTTCTTCGTCGACCATCCTGGTGCTGTC
CCAATCACTACTG

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DS 

RD RR1AS66TF 518 0 0
CCCTGA
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TCTCCAAAAAGTGGATTCCGGAGTTGAAACATTACGCACCTGGTGTCCCCATTATCCTTG
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TCGAATGCAGTTCCAAATCTCAAGAGAATGTG

QA 7 518 7 518
DS 

RD RR1AS66JQ 710 0 0
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CTGTCGGAAAAACATGTCTGTTGATTTCTTACACTAGCAACACCTTCCCTACGGATTATG
TTCCCACCGTTTTCGATAATTTCAGTGCAAATGTGGTGGTTAATGGAGCCACCGTCAATC
TTGGATTGTGGGATACTGCAGGGCAAGAGGATTACAACAGATTAAGACCACTAAGCTACC
GTGGAGCAGATGTTTTTATATTGGCATTCTCCCTTATCAGTAAAGCCAGTTATGAAAACG
TCTCCAAAAAGTGGATTCCGGAGTTGAAACATTACGCACCTGGTGTCCCCATTATCCTTG
TTGGATCAAAACTTGATTTTCGAGATGATAAGCAGTTTTTCGTCGACCATCCTGGTGCTG
TCCCAATCACTACTGCTCAGGGAGAGGAGCTTAAGAAGCTAATAGAAGCACCTTCTTACA
TCGAATGCAGTTCCAAATCTCAAGAGAATGTGAAGGCAGTGTTTGACGCGGCCATTCGAG
TTGTGTTGCAACCTCCGAAGCAGAAGAAGAAAAAGAGCAAAGCGCAGAAGGCATGCTCCA
TCCTATGAAGATGATGATTTGGACAACTCTGTTTTTTT**TATTTGTGGTTTTGGTATAT
TATTAATCTTCTAACACTGCATCAATGTGTTAATGGATGATAAACACCCC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1CL90JQ 752 0 0
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AAACATGTCTGTTGATTTCTTACACTAGCAACACTTTCCCTACGGATTATGTTCCCACCG
TTTTCGATAATTTCAGTGCAAATGTGGTGGTTAATGGAGCCACCGTCAATCTTGGATTGT
GGGATACTGCAGGGCAAGAGGATTACAACAGATTAAGACCACTAAGCTACAGTGGAGCAG
ATGTTTTTATATTGGCATTCTCCCTTATCAGTAAAGCCAGTTATGAAAACGTCTCCAAAA
AGTGGATTCCGGAGTTGAAACATTACGCACCTGGTGTCCCCATTATCCTTGTTGGATCAA
AACTTGATTTTCGAGATGATAAGCAGTTTTTCGTCGACCATCCTGGTGCTGTCCCAATCA
CTACTGCTCAGGGAGAGGAGCTTAAGAAGCTAATAGAAGCACCTTCTTACATCGAATGCA
GTTCCAAATCTCAAGAGAATGTGAAGGCAGTGTTTGACGCGGCCATTCGAGTTGTGTTGC
AACCTCCGAAGCAGAAGAAGAAAAAGAGCAAAGCGCAGAAGGCATGCTCCATCCTATGAA
GATGATGATTTGGACAACTCTGTTTTTTTTTTATTTGTGGTCTTGGTATATTATTAATCT
TCTAACACTGCATCAATGTGTTAATGGATGATAAACACCCCAAGTTTGGTTTGGTCCTTT
TTCATGTTCTTAATACTAATGGAGTTTGTTCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 4

CO CL3278Contig1 888 4 3 U
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TTCTACATACACATATAATTATGAAAGTAGCTGTATGTAATTTACCAATCTATAGAATCT
CAAAAGGAGCTATTGATTCTCTCAAAATGAATTACTCATTTGATAGTTCATCTTTTGGCT
TCAGCAAGTAGAAATGAGCTTAGGATTATATGTAGTAAATGTGTGTTACAAGTATATCAT
CAGCCTAGCTACTTGCTGCTGGCTTGTGTAGAATCTTCTTGAAGCTTCTTCCCAGTTCCC
TTGCGCTCATTGATCGGGTAGGAGTTGGATCAAGAGAAATTTTCTGAGCCACCGACATCT
TGGCGATTTCAGAAATTGCAGCGTCTCTAACCCCAGGAACATCACTGGTAAGTTCTTCGT
AAGCAGCAACAAACGCCTTTTGCCAGAACTCAGGCAACTTGATCCGACGACTGTTAGTGT
ACACATCCCAAATATGCTTCACCACTTTCTCCCTCTCCTCCATTTCCAGAACGTCGAGAT
TCTCATGGTTTGTTGGGATCCCGATATCTTCCGATAACCGGTCTAGATTCTCAGTAGATA
ACCGGAGAGTGACTGTACCGGTGAACATAGACCAAAAAGCAAGAAGCATAAGAGCAGCAA
AGGCACAGAACTTGTAACGTCCTCTTCCAAACAAGACCGAATCGGAGCTATCCTTCTTCG
GATTTGTCGCCGTCGTCGCCGGCAAGACATCGTCCTCCTTCATCTCGATCTCAATGGTTT
TATGGGTTTTATTTAACACACTCAATCACTTTGCGTGGGGGATTAGAACAAAAACCTGAG
CTCAGTTTCAGTACATTCAGTGTCGGCTCGATTTTGATCTGAGCACCC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G602JQ U 1
AF RR1G602TF C 2
AF RR1FG85JQ U 6
AF RR1FG85TF C 257
BS 1 684 RR1G602JQ
BS 685 733 RR1FG85JQ
BS 734 888 RR1FG85TF

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TTCTACATACACATATAATTATGAAAGTAGCTGTATGTAATTTACCAATCTATAGAATCT
CAAAAGGAGCTATTGATTCTCTCAAAATGAATTACTCATTTGATAGTTCATCTTTTGGCT
TCAGCAAGTAGAAATGAGCTTAGGATTATATGTAGTAAATGTGTGTTACAAGTATATCAT
CAGCCTAGCTACTTGCTGCTGGCTTGTGTAGAATCTTCTTGAAGCTTCTTCCCAGTTCCC
TTGCGCTCATTGATCGGGTAGGAGTTGGATCAAGAGAAATTTTCTGAGCCACCGACATCT
TGGCGATTTCAGAAATTGCAGCGTCTCTAACCCCAGGAACATCACTGGTAAGTTCTTCGT
AAGCAGCAACAAACGCCTTTTGCCAGAACTCAGGCAACTTGATCCGACGACTGTTAGTGT
ACACATCCCAAATATGCTTCACCACTTTCTCCCTCTCCTCCATTTCCAGAACGTCGAGAT
TCTCATGGTTTGTTGGGATCCCGATATCTTCCGATAACCGGTCTAGATTCTCAGTAGATA
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AGGCACAGAACTTGTAACGTCCTC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1G602TF 683 0 0
AAAT
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CATACACATATAATTATGAAAGTAGCTGTATGTAATTTACCAATCTATAGAATCTCAAAA
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AAGTAGAAATGAGCTTAGGATTATATGTAGTAAATGTGTGTTACAAGTATATCATCAGCC
TAGCTACTTGCTGCTGGCTTGTGTAGAATCTTCTTGAAGCTTCTTCCCAGTTCCCTTGCG
CTCATTGATCGGGTAGGAGTTGGATCAAGAGAAATTTTCTGAGCCACCGACATCTTGGCG
ATTTCAGAAATTGCAGCGTCTCTAACCCCAGGAACATCACTGGTAAGTTCTTCGTAAGCA
GCAACAAACGCCTTTTGCCAGAACTCAGGCAACTTGATCCGACGACTGTTAGTGTACACA
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TGGTTTGTTGGGATCCCGATATCTTCCGATAACCGGTCTAGATTCTCAGTAGATAACCGG
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CAGAACTTGTAACGTCCTC

QA 5 683 5 683
DS 

RD RR1FG85JQ 728 0 0
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CATACACATATAATTATGAAAGTAGCTGTATGTAATTTACCAATCTATAGAATCTCAAAA
GGAGCTATTGGTTCTCTCAAAATGAATTACTCATTTGATAGTTCATCTTTTGGCTTCAGC
AAGTAGAAATGAGCTTAGGATTATATGTAGTAAATGTGTGTTACAAGTATATCATCAGCC
TAGCTACTTGCTGCTGGCTTGTGTAGAATCTTCTTGAAGCTTCTTCCCAGTTCCCTTGCG
CTCATTGATCGGGTAGGAGTTGGATCAAGAGAAATTTTCTGAGCCACCGACATCTTGGCG
ATTTCAGAAATTGCAGCGTCTCTAACCCCAGGAACATCACTGGTAAGTTCTTCGTAAGCA
GCAACAAACGCCTTTTGCCAGAACTCAGGCAACTTGATCCGACGACTGTTAGTGTACACA
TCCCAAATATGCTTCACCACTTTCTCCCTCTCCTCCATTTCCAGAACGTCGAGATTCTCA
TGGTTTGTTGGGATCCCGATATCTTCCGATAACCGGTCTAGATTCTCAGTAGATAACCGG
AGAGTGACTGTACCGGTGAACATAGACCAAAAAGCAAGAAGCATAAGAGCAGCAAAGGCA
CAGAACTTGTAACGTCCTCTTCCAAACAAGACCGAATCGGAGCTATCCTTCTTCGGATTT
GTCGCCGT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1FG85TF 632 0 0
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GGTAGGAGTTGGATCAAGAGAAATTTTCTGAGCCACCGACATCTTGGCGATTTCAGAAAT
TGCAGCGTCTCTAACCCCAGGAACATCACTGGTAAGTTCTTCGTAAGCAGCAACAAACGC
CTTTTGCCAGAACTCAGGCAACTTGATCCGACGACTGTTAGTGTACACATCCCAAATATG
CTTCACCACTTTCTCCCTCTCCTCCATTTCCAGAACGTCGAGATTCTCATGGTTTGTTGG
GATCCCGATATCTTCCGATAACCGGTCTAGATTCTCAGTAGATAACCGGAGAGTGACTGT
ACCGGTGAACATAGACCAAAAAGCAAGAAGCATAAGAGCAGCAAAGGCACAGAACTTGTA
ACGTCCTCTTCCAAACAAGACCGAATCGGAGCTATCCTTCTTCGGATTTGTCGCCGTCGT
CGCCGGCAAGACATCGTCCTCCTTCATCTCGATCTCAATGGTTTTATGGGTTTTATTTAA
CACACTCAATCACTTTGCGTGGGGGATTAGAACAAAAACCTGAGCTCAGTTTCAGTACAT
TCAGTGTCGGCTCGATTTTGATCTGAGCACCC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 4

CO CL3279Contig1 1132 4 14 U
GTGGCATCGGAAAACCCTAAAATCTCCAGACTCGCGCCTTCCACCGTTGTCGATCCTCAC
AAATCTCAACCATGGCGGCAACAAACGATCTCACCGTCTTGCAATTCGTGACTCCATCAT
CGACGGCCTCCACAAACACAACCCCAGTGCTCACAGCGCGAATCCACCCTCTCGTCATCT
TCAACGTCTGCGACTGCTTCGTGAGACGTCCCGACTCAGCCGAACGAGTCATCGGCACTC
TCCTCGGATCCATCCTACCTGACGGCACCGTCGATATCCGCAACTCCTACGCCGTCCCTC
ACAATGAATCCTCCGATCAGGTTGCTGTGGATATTGATTACCACCACAACATGTTAGCTT
CACACCTTAAGGTGAATCCAAAGGAAGTAATTGTTGGCTGGTATTCTACGGGTGCTGGGG
TCAATGGCGGTAGTGCACTGATTCATGACTTCTTTGCTAGGGAAGTCACCAACCCTATTC
ACCTTACAGTGGACACTGGATTCACTAACGGTGAAGGTACCATAAAAGCTCACGTCTCTT
CTAACCTTTCACTTGGTGACCGACAACTCGCTGCACAGTTTCAAGAGATTCCTGTTGATC
TCCGTATGGTTGATGCCGAGAGAGTCGGATACGATGTCCTCAAGGCAACAGCTGTTGACA
AACTTCCAAATGACATGGAAAGAATGGAGCTGACAATGGAGAGGCTCTTGACTCTAATCA
ACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTGGAAGGTCAAACATCTCCAGACAACAACA
TAGGACGATTTATTGCAGAGGCAGTATCATCCCTTCCCAAGTTACCCCCACAAGTCTTCG
ACAATGTCGTGAATGATAGTCTCCAGGATCAATTGCTTCTGTTGTACTTATCAAGCATAA
TAAGGACACAGTTGAGTCTAGCGGAGAAGCTCAACACAGCTGCTCAGATGCTGTAATCAG
CTTTTGATTCCTAATGGTTTTACTGAAAAATGTGGAATGTTACTTTTGGTTCAATTTTTT
TTTTGAGTTTGTATAACATTTTGACTCTTGTTATAGTTTTCCGAAATTGCAATTTAGAAA
CAGACAAACGTTCATTTTCATGAGTTAAAATGATATTTTAATAGAGTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1AP65JQ C 273
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CACACCTTAAGGTGAATCCAAAGGAAGTAATTGTTGGCTGGTATTCTACGGGTGCTGGGG
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TATGTTGACAGTGTCG
TG

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CGGCA
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CTTCTTTGCTAGGGAAGTCACCAACCCTATTCACCTTACAGTGGACACTGGATTCACTAA
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ATATTTTAATAGAGTTT

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DS 



AS 1 4

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G350TF U 1
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AF RR1C247JQ C 65
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ACGTCTCAAGAAAATCAGGAACCATCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTTCG
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ATTTTAATTTATGTTTCTTCTTCGAACTAGTTTGTGAGACACCTTTTGAATCTAGTTTTG
GGACCTTTTCAATCTTATGATCTGTCTTTGTGA
CCAAAAAAA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1G350JQ 394 0 0
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GGAAGTACTCTCAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGGATGACCTTGAAC
GTCTCAAGAAAATCAGGAACCATCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTTCGTG
GACAACACACCAAGACAACTGGCCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTGTCAAAGAAGCGTT
AAGCAAGCCTATTGGTGTTGCTAGTTACTGCTTTACTGGATATGTTTCACAAGAATCGAT
TTTAATTTATGTTTCTTCTTCGAACTAGTTTGTGAGACACCTTTTGAATCTAGTTTTGGG
ACCTTTTCAATCTTATGATCTGTCTTTGTGA
ACC

QA 1 391 1 391
DS 

RD RR1C247JQ 684 0 0
G
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GTGTGCTCAACACAAATGTTGATGGTAAGCAGAAGATAATGTTTGCCCTTACCTCTATCA
AAGGTATTGGGAGGCGATTGGCTAACATCGTCTGCAAGAAGGCTGATGTCGACATGAACA
AAAGGGCTGGTGAGTTATCTGCTGCTGAGATCGACAACCTGATGACAATTGTCGCTAACC
CGAAGCAGTACAAGATCCCAGACTGGTTCCTGAACAGACAGAAGGATTACAAAGACGGGA
AGTACTCTCAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGGATGACCTTGAACGTC
TCAAGAAAATCAGGAACCATCGTGGTTTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTTCGTGGAC
AACACACCAAGACAACTGGCCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTGTCAAAGAAGCGTTAAG
CGAGCCTATTGGTGTTGCTAGTTACTGCTTTACTGGATATGTTTCACAAGAATCGATTTT
AATTTATGTTTCTTCTTCGAACTAGTTTGTGAGACACCTTTTGAATCTAGTTTTGAGACC
TTTTCAATCTTATGATCTGTCTTTGTGAACCATTTGTTACACATGTGCCTGCTCCCGCTC
CCTTCTCTATTGCTATCTATATT

QA 2 684 2 684
DS 

RD RR1C247TF 684 0 0
G
TCTCATCTCTGCAAATCACAATGTCTTTGGTCGCAAATGAGGAGTTTCAGCATATTCTCC
GTGTGCTCAACACAAATGTTGATGGTAAGCAGAAGATAATGTTTGCCCTTACCTCTATCA
AAGGTATTGGGAGGCGATTGGCTAACATCGTCTGCAAGAAGGCTGATGTCGACATGAACA
AAAGGGCTGGTGAGTTATCTGCTGCTGAGATCGACAACCTGATGACAATTGTCGCTAACC
CGAAGCAGTACAAGATCCCAGACTGGTTCCTGAACAGACAGAAGGATTACAAAGACGGGA
AGTACTCTCAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGGATGACCTTGAACGTC
TCAAGAAAATCAGGAACCATCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTTCGTGGAC
AACACACCAAGACAACTGGCCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTGTCAAAGAAGCGTTAAG
CGAGCCTATTGGTGTTGCTAGTTACTGCTTTACTGGATATGTTTCACAAGAATCGATTTT
AATTTATGTTTCTTCTTCGAACTAGTTTGTGAGACACCTTTTGAATCTAGTTTTGAGACC
TTTTCAATCTTATGATCTGTCTTTGTGAACCATTTGTTACACATGTGCCTGCTCCCGCTC
CCTTCTCTATTGCTATCTATATT

QA 2 684 2 684
DS 



AS 1 4

CO CL3281Contig1 1111 4 6 U
GGGGGGAAGAAATCTCGATCAGATCTTAATTAATGATGAGGTAAACATTCAGAATGCTTT
CATCAAGTCAGAGCCAATTGTTTGGGATGATGATTGTGAGGATAATAAAATTGACTCTCT
TGTGCAAGCCATATGCAAAGAAGGAGGTCTGAGAGGTGTTACTTGGGTGGAACAAGGCTT
TAAAAGCGTCGATAAGGGAAATAATACAGCCCCCAAACCTCCTGAAGATTCTGAAGAGAG
AAACCATGAAGTGACAGTTCCTCCAGAGCAGAAACAACAAGAGAGAGGACCTGAGCAAGA
AGTCAATGCCCAGAATGATCTAGAGGAACTACGCAAGGCCACCGATATAAGATTTGAAGA
GTTGAAAGCAATATTCGAGGACAAAATAGGAAAGTTCGAAGCAAGATTTGCAGCTTTTCA
GAAAGCAGTCAGTAAAAATCAGAGCTACCCTTCTAACTCTGCTTCTGGTTTGAGGAACGA
CTGGAAGAATATTTCTGAGGAACTATGCAAGGCCACCGATATAAGATTTGAAGAGTTGAA
AGCAATATTCGAGGACAAAATAGGAAAGCTCGAAGCAAGATTTGCAGCTTCCCGTTTGGA
GACTACCTTTAAGCCCAGTGGAACCACAGAGAGTCCTGATGCTATGGGAGGGCGAGATGC
GAGCAGCCAATGTAAGCCCAACGAACCCACAGCGACACCTTGTGGTATGGTGACACGTCC
CAACAAGAAAAGGGATGTATCCAATGAGAGAAAGAATAGTATTGTTTTGTTGGACACACC
GGATAATACTGGTATGGTGACACGTCCCAACAAGAAAAGGGATGTATCCAATGAGAGAAA
GAATAGTATTGTTTTGTTGGACACACCGGATAATACTCCGCACCAAGGACAACTACAGAG
GACAAAAGTAGATGAGACGATGAAAGAAAAAAAAAAAGAGGAAGAAAAGTGAAGGAAAAC
CGTAATTGATTATTGTTTTCTAATATCATCACTTTTAGTGTTACAACTTTTAACTATTGT
TTTTTGCTCACATCTATCCAGTCGTGATATTGTAAGTGCCAAAGACCAATGGGGAATTCA
TCCTACAAGCTGGCTAACAGATACTATTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF10TF U 1
AF RR1BZ57JQ C 164
AF RR1GF10JQ C 188
AF RR1DA37TF U 446
BS 1 694 RR1GF10TF
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RD RR1GF10TF 722 0 0
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TGTGCAAGCCATATGCAAAGAAGGAGGTCTGAGAGGTGTTACTTGGGTGGAACAAGGCTT
TAAAAGCGTCGATAAGGGAAATAATACAGCCCCCAAACCTCCTGAAGATTCTGAAGAGAG
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GTTGAAAGCAATATTCGAGGACAAAATAGGAAAGTTCGAAGCAAGATTTGCAGCTTTTCA
GAAAGCAGTCAGTAAAAATCAGAGCTACCCTTCTAACTCTGCTTCTGGTTTGAGGAACGA
CTGGAAGAATATTTCTGAGGAACTATGCAAGGCCACCGATATAAGATTTGAAGAGTTGAA
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GACTACCTTTAAGCCCAGTGGAACCACAGAGAGTCCTGATGCTATGGGAGGGCGAGATGC
GAGCAGCCAATGTAAGCCCAACGAACCCACAGCGCCACCTTGTGGTATGGTGACACGTCC
CA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1BZ57JQ 759 0 0
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GAAGATTCTGAAGAGAGAAACCATGAAGTGACAGTTCCTCCAGAGCAGAAACAACAAGAG
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GATATAAGATTTGAAGAGTTGAAAGCAATATTCGAGGACAAAATAGGAAAGTTCGAAGCA
AGATTTGCAGCTTTTCAGAAAGCAGTCAGTAAAAATCAGAGCTACCCTTCTAACTCTGCT
TGTGGTTTGAGGAATGACTGGAAGAATATTTTTGAGGAACTATGCAAGGCCACCGATATA
AGATTTGAAGAGTTGAAAGCAATATTCGAGGACAAAATAGGAAAGCTCGAAGCAAGATTT
GCAGCTTCCCGTTTGGAGACTACCTTTAAGCCCAGTGGAACCACAGAGAGTCCTGATGCT
ATGGGAGGGCGAGATGCGAGCAGCCAATGTAAGCCCAACGAACCCACAGCGACACCTTGT
GGTATGGTGACACGTCCCAACAAGAAAAGGGATGTATCCAATGAGAGAAAGAATAGTATT
GTTTTGCTGGACACACCGGATAATACTGGTATGGTGACACGTCCCAACAAGAAAAGGGAT
GTATCCAATGAGAGAAAGAATAGTATTGTTTTGTTGGACACACCGGATAATACTCCGCAC
CAAGGACAACTACAGAGGACAAAAGTAGATGAGACGATG

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1GF10JQ 735 0 0
GTCGATAAGGGAAATAATACAGCCCCCAAACCTCCTGAAGATTCTGAAGAGAGAAACCAT
GAAGTGACAGTTCCTCCAGAGCAGAAACAACAAGAGAGAGGACCTGAGCAAGAAGTCAAT
GCCCAGAATGATCTAGAGGAACTACGCAAGGCCACCGATATAAGATTTGAAGAGTTGAAA
GCAATATTCGAGGACAAAATAGGAAAGTTCGAAGCAAGATTTGCAGCTTTTCAGAAAGCA
GTCAGTAAAAATCAGAGCTACCCTTCTAACTTTGCTTTTGGTTTGAGGAACGACTGGAAG
AATATTTTTGAGGAACTATGCAAGGCCACCGATATAAGATTTGAAGAGTTGAAAGCAATA
TTCGAGGACAAAATAGGAAAGCTCGAAGCAAGATTTGCAGCTTCCCGTTTGGAGACTACC
TTTAAGCCCAGTGGAACCACAGAGAGTCCTGATGCTATGGGAGGGCGAGATGCGAGCAGC
CAATGTAAGCCCAACGAACCCACAGCGCCACCTTGTGGTATGGTGACACGTCCCAACAAG
AAAAGGGATGTATCCAATGAGAGAAAGAATAGTATTGTTTTGTTGGACACACCGGATAAT
ACTGGTATGGTGACACGTCCCAACAAGAAAAGGGATGTATCCAATGAGAGAAAGAATAGT
ATTGTTTTGTTGGACACACCGGATAATACTCCGCACCAAGGACAACTACAGAGGACAAAA
GTAGATGAGACGATG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1DA37TF 666 0 0
G
ACCCTTCTAACTCTGCTTCTGGTTTGAGGAACGACTGGAAGAATATTTCTGAGGAACTAT
GCAAGGCCACCGATATAAGATTTGAAGAGTTGAAAGCAATATTCGAGGACAAAATAGAAA
AGCTCGAAGCAAGATTTGCAGCTTCCCGTTTGGAGACTACCTTTAAGCCCAGTGGAACCA
CAGAGAGTCCTGATGCTATGAGAGGGCGAGATGCGAGCAGCCAATGTAAGCCCAACGAAC
CCACAGCGACACCTTGTGGTATGGTGACACGTCCCAACAAGAAAAGGGATGTATCCAATG
AGAGAAAGAATAGTATTGTTTTGTTGGACACACCGGATAATACTGGTATGGTGACACGTC
CCAACAAGAAAAGGGATGTATCCAATGAGAGAAAGAATAGTATTGTTTTGTTGGACTCAC
CGGATAATACTCCGCACCAAGGACAACTACAGAGGACAAAAGTAGATGAGACGATGAAAG
AAAAAAAAAAAGAGGAAGAAAAGTGAAGGAAAACCGTAATTGATTATTGTTTTCTAATAT
CATCACTTTTAGTGTTACAACTTTTAACTATTGTTTTTTGCTCACATCTATCCAGTCGTG
ATATTGTAAGTGCCAAAGACCAATGGGGAATTCATCCTACAAGCTGGCTAACAGATACTA
TTGTC

QA 2 666 2 666
DS 



AS 1 4

CO CL3282Contig1 1207 4 8 U
GGGCGCTTGCTTAGCTTCTTACTATTATTACCACCACAAGCTTGTTGACTTCCCGACCGA
AACAGATCCCAAGATCGAAGTTCGAATCCCATGCATGCCTCCCCTAAAATACGACGAGAT
CCCTTCTTTCGTTCATCCTTTTTCACCTTATTCTGGTTTAAGAGAAGTGATCATAGATCA
GATCAAACGTCTTCACAATCCTTTCGCTGTTCTCATCGATACTTTCTACTCCTTGGAGAA
AGATATCATCGACCACATGACAAACCTCTCTCTCCCGGGCGTTGTCAGACCGCTCGGACC
GCTTTACAAAATGGCGAAAACGCTAATTTGTGATGACATCAAAGGAGATATGTCTGAGAC
AAGGGATGACTGCATGGAGTGGTTGGACTCACAGCCTGTTTCCTCCGTTGTTTACATCTC
TTTCGGCACCGTGGCTTACGTGAAACAAGAACAGATCAACGAGATTGCGTTCGGCGTTTT
AAACGCTGGCGTTTCGTTCTTGTGGGTGATTAGACAACAAGAGTTACGTATAAACAAAGA
GAGACATGTTCTGCCTGAAGAACTCAAAGAGAAAGGTAAAGTCGTCGAGTGGTGTTCGCA
AGAGAAAGTCTTGGCTCATCCTTCTGTGGTTTGTTTCGTGACTCATTGTGGATGGAACTC
GACCATGGAGGCTTTGTCTAGTGGAGTCCCAACGGTCTGTTTTCCTCAGTGGGGAGATCA
AGTCACCGACGCTGTTTACATGATCGACGTCTTGAAGACGGGAGTGAGGCTTAGCCGTGG
AGAGACGGAGGAGAGGGTGGTGCCTAGAGAGGAAGTAGCGGAGAGGCTGAGAGAAGTTAC
TAAAGGAGAGAAAGCGACAGAGCTGAAGAAGAATGCTTTGAAATGGAAGGAGGAGGCGGA
AACGGCTGTGGCTCGCGGTGGCTCGTCTGATCGGAATCTTGATGAGTTTGTGGAGAAGTT
GGGCGTGAAACCTGTGGCTAAACAGAACGGAAGTCTTAATCAAAACGGACATGTTCAAGA
ACTTTTAATGCAAAAGTCATAAATGTGTTTTGGATTATCTGTTGTTTGTTTTCTGCAAAT
CCTTAATTGTGTTTGTTTGTTTGCATGCTCCGCTTCGGTTCTTTATTTTCCTTTTTTTGT
ATGGGTCTGGGGAGACTAGTTATCCTTCTTGAATAAAAGTTAGATCACGACGTGTGTTTT
TATGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AI74TF U 1
AF RR1FC58TF U 417
AF RR1FC58JQ C 479
AF RR1AI74JQ C 496
BS 1 526 RR1AI74TF
BS 527 527 RR1FC58TF
BS 528 605 RR1AI74TF
BS 606 1137 RR1FC58TF
BS 1138 1138 RR1FC58JQ
BS 1139 1163 RR1FC58TF
BS 1164 1186 RR1FC58JQ
BS 1187 1207 RR1AI74JQ

RD RR1AI74TF 605 0 0
GGGCGCTTGCTTAGCTTCTTACTATTATTACCACCACAAGCTTGTTGACTTCCCGACCGA
AACAGATCCCAAGATCGAAGTTCGAATCCCATGCATGCCTCCCCTAAAATACGACGAGAT
CCCTTCTTTCGTTCATCCTTTTTCACCTTATTCTGGTTTAAGAGAAGTGATCATAGATCA
GATCAAACGTCTTCACAATCCTTTCGCTGTTCTCATCGATACTTTCTACTCCTTGGAGAA
AGATATCATCGACCACATGACAAACCTCTCTCTCCCGGGCGTTGTCAGACCGCTCGGACC
GCTTTACAAAATGGCGAAAACGCTAATTTGTGATGACATCAAAGGAGATATGTCTGAGAC
AAGGGATGACTGCATGGAGTGGTTGGACTCACAGCCTGTTTCCTCCGTTGTTTACATCTC
TTTCGGCACCGTGGCTTACGTGAAACAAGAACAGATCAACGAGATTGCGTTCGGCGTTTT
AAACGCTGGCGTTTCGTTCTTGTGGGTGATTAGACAACAAGAGTTAGGTATAAACAAAGA
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AGAGA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1FC58TF 747 0 0
G
CTCTTTCGGCACCGTGGCTTACGTGAAACAAGAACAGATCAACGAGATTGCGTTCGGCGT
TTTAAACGCTGGCGTTTCGTTCTTGTGGGTGATTAGACAACAAGAGTTACGTATAAACAA
AGAGAGACATGTTCTGCCTGAAGAACTCAAAGGGAAAGGTAAAGTCGTCGAGTGGTGTTC
GCAAGAGAAAGTCTTGGCTCATCCTTCTGTGGTTTGTTTCGTGACTCATTGTGGATGGAA
CTCGACCATGGAGGCTTTGTCTAGTGGAGTCCCAACGGTCTGTTTTCCTCAGTGGGGAGA
TCAAGTCACCGACGCTGTTTACATGATCGACGTCTTGAAGACGGGAGTGAGGCTTAGCCG
TGGAGAGACGGAGGAGAGGGTGGTGCCTAGAGAGGAAGTAGCGGAGAGGCTGAGAGAAGT
TACTAAAGGAGAGAAAGCGACAGAGCTGAAGAAGAATGCTTTGAAATGGAAGGAGGAGGC
GGAAACGGCTGTGGCTCGCGGTGGCTCGTCTGATCGGAATCTTGATGAGTTTGTGGAGAA
GTTGGGCGTGAAACCTGTGGCTAAACAGAACGGAAGTCTTAATCAAAACGGACATGTTCA
AGAACTTTTAATGCAAAAGTCATAAATGTGTTTTGGATTATCTGTTGTTTGTTTTCTGCA
AATCCTTAATTGTGTTTGTTTGTTTGCATGCTCCGCTTCGGTTCTTTATTTTCCTTTTTT
*GTATGGGTCTGGGGAGACTAGTTAT

QA 2 747 2 747
DS 

RD RR1FC58JQ 708 0 0
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GAGAGACATGTTCTGCCTGAAGAACTCAAAGGGAAAGGTAAAGTCGTCGAGTGGTGTTCG
CAAGAGAAAGTCTTGGCTCATCCTTCTGTGGTTTGTTTCGTGACTCATTGTGGATGGAAC
TCGACCATGGAGGCTTTGTCTAGTGGAGTCCCAACGGTCTGTTTTCCTCAGTGGGGAGAT
CAAGTCACCGACGCTGTTTACATGATCGACGTCTTGAAGACGGGAGTGAGGCTTAGCCGT
GGAGAGACGGAGGAGAGGGTGGTGCCTAGAGAGGAAGTAGCGGAGAGGCTGAGAGAAGTT
ACTAAAGGAGAGAAAGCGACAGAGCTGAAGAAGAATGCTTTGAAATGGAAGGAGGAGGCG
GAAACGGCTGTGGCTCGCGGTGGCTCGTCTGATCGGAATCTTGATGAGTTTGTGGAGAAG
TTGGGCGTGAAACCTGTGGCTAAACAGAACGGAAGTCTTAATCAAAACGGACATGTTCAA
GAACTTTTAATGCAAAAGTCATAAATGTGTTTTGGATTATCTGTTGTTTGTTTTCTGCAA
ATCCTTAATTGTGTTTGTTTGTTTGCATGCTCCGCTTCGGTTCTTTATTTTCCTTTTTTT
GTATGGGTCTGGGGAGACTAGTTATCCTTCTTGAATAAAAGTTAGATC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1AI74JQ 712 0 0
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TGAAGAACTCAAAGAGAAAGGTAAAGTCGTCGAGTGGTGTTCGCAAGAGAAAGTCTTGGC
TCATCCTTCTGTGGTTTGTTTCGTGACTCATTGTGGATGGAACTCGACCATGGAGGCTTT
GTCTAGTGGAGTCCCAACGGTCTGTTTTCCTCAGTGGGGAGATCAAGTCACCGACGCTGT
TTACATGATCGACGTCTTGAAGACGGGAGTGAGGCTTAGCCGTGGAGAGACGGAGGAGAG
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GACAGAGCTGAAGAGGAATGCTTTGAAATGGAAGGAGGAGGCGGAAACGGCTGTGGCTCG
CGGTGGCTCGTCTGATCGGAATCTTGATGAGTTTGTGGAGAAGTTGGGCGTGAAACCTGT
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GTCATAAATGTGTTTTGGATTATCTGTTGTTTGTTTTCTGCAAATCCTTAATTGTGTTTG
TTTGTTTGCATGCTCCGCTTCGGTTCTTTATTTTCCTTTTTTTGTATGGGTCTGGGGAGA
CTCGTTATCCTTCTTGAATAAAAGTTAGATCACGACGTGTGTTTTTATGACT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 4

CO CL3283Contig1 822 4 4 U
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GACAAGGCCAAACACAAAAACGATGTCGTTTACGGGAACTCAACAGAAATGCAGAGCGTG
TGAGAAGACGGTGTACCCAATGGTGCTTCTCTCAGCTGATGGAGTGACATTTCACAAGTC
TTGCTTCAAATGCTCTCACTGCAAAACCACTCTTCAACTGAGCAATTACTCATCAATGGA
AGGTGTGTTGTACTGTAAGCCACATTTTGAGCAGCTGTTCAAGGAGACTGGTAGCTTCAA
CAAGAACTTTCAGTCACCTGCAAAGCCACTAACTGACAAGCCAACTCCTGAGCTGACAAG
GACACCTAGCCGAGTTGCTGGAATGTTCTCTGGAACTCAAGACAAATGTGCTCCTTGCAG
TAAAACCGTGTATCCTATCGAAAAGGTGACAGTGGAGAGTCAGTGTTACCATAAATCTTG
CTTCAAATGTTCACATGGGGGCTGTGCGCTTTCTCCATCCAACTACGCAGTGCTCGAGGG
GATATTGTACTGCAAACACCATTTCGCTCAGCTTTTCAAGGAGAAAGGAAGTTACAATCA
CCTCATCAAATCTGCTTCCATCAAACGCTCTGCTGCTGCTGTAGAAGCTGTACCTGAATC
TTAAAAATTTGAATTTACCAACCAATGTCAACTTTAAAAAAAAGGGTTACTACCAAACTG
GTTTCACTTTGTCTTGGTGTATGTGATATGTTTGTTTTACTTGTATTCATTCACTTCTCC
ATGTTCTTGTCTTCCAAAATGAACCCAGGCGTCTCGCTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G303TF U 1
AF RR1GB62TF U 1
AF RR1G303JQ C 7
AF RR1GB62JQ C 37
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BS 667 667 RR1G303JQ
BS 668 699 RR1G303TF
BS 700 822 RR1G303JQ

RD RR1G303TF 699 0 0
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GATATTGTACTGCAAACACCATTTCGCTCAGCTTTTCAAGGAGAAAGGAAGTTACAATCA
CCTCATCAAATCTGCTTCCATCAAACGCTCTGCTGCTGCTGTAGAAGCTGTACCTGAATC
TTAAAA*TTTGAATTTACCAACCAATGTCAACTTTAAAA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1GB62TF 667 0 0
GGATCTTCT
TCACGATCAGATCGACGAAGAGTGAGCTTTGAGCATAAGAGATCTGAGGAGGACAAGGCC
AAACACAAAAACGATGTCGTTTACGGGAACTCAACAGAAATGCAGAGCGTGTGAGAAGAC
GGTGTACCCAATGGTGCTTCTCTCAGCTGATGGAGTGACATTTCACAAGTCTTGCTTCAA
ATGCTCTCACTGCAAAACCACTCTTCAACTGAGCAATTACTCATCAATGGAAGGTGTGTT
GTACTGTAAGCCACATTTTGAGCAGCTGTTCAAGGAGACTGGTAGCTTCAACAAGAACTT
TCAGTCACCTGCAAAGCCACTAACTGACAAGCCAACTCCTGAGCTGACAAGGACACCTAG
CCGAGTTGCTGGAATGTTCTCTGGAACTCAAGACAAATGTGCTCCTTGCAGTAAAACCGT
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CTGCAAACACCATTTCGCTCAGCTTTTCAAGGAGAAAGGAAGTTACAATCACCTCATCAA
ATCTGCTTCCATCAAACGCTCTGCTGCTGCTGTAGAAGCTGTACCTGAATCTTAAAA
A

QA 10 666 10 666
DS 

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CTC
TCACGATCAGATCGACGAAGAGTGAGCTTTGAGCATAAGAGATCTGAGGAGGACAAGGCC
AAACACAAAAACGATGTCGTTTACGGGAACTCAACAGAAATGCAGAGCGTGTGAGAAGAC
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TCAGTCACCTGCAAAGCCACTAACTGACAAGCCAACTCCTGAGCTGACAAGGACACCTAG
CCGAGTTGCTGGAATGTTCTCTGGAACTCAAGACAAATGTGCTCCTTGCAGTAAAACCGT
GTATCCTATCGAAAAGGTGACAGTGGAGAGTCAGTGTTACCATAAATCTTGCTTCAAATG
TTCACATGGGGGCTGTGCGCTTTCTCCATCCAACTACGCAGTGCTCGAGGGGATATTGTA
CTGCAAACACCATTTCGCTCAGCTTTTCAAGGAGAAAGGAAGTTACAATCACCTCATCAA
ATCTGCTTCCATCAAACGCTCTGCTGCTGCTGTAGAAGCTGTACCTGAATCTTAAAAATT
TGAATTTACCAACCAATGTCAACTTTAAAAAAAAGGGTTACTACCAAACTGGTTTCACTT
TGTCTTGGTGTATGTGATATGTTTGTTTTACTTGTATTCATTCACTTCTCCATGTTCTTG
TCTTCCAAAATGAACCCAGGCGTCTCGCTGATT

QA 4 816 4 816
DS 

RD RR1GB62JQ 786 0 0
TTTGAGCATAAGAGATCTGAGGAGGACAAGGCCAAACACAAAAACGATGTCGTTTACGGG
AACTCAACAGAAATGCAGAGCGTGTGAGAAGACGGTGTACCCAATGGTGCTTCTCTCAGC
TGATGGAGTGACATTTCACAAGTCTTGCTTCAAATGCTCTCACTGCAAAACCACTCTTCA
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GTTCAAGGAGACTGGTAGCTTCAACAAGAACTTTCAGTCACCTGCAAAGCCACTAACTGA
CAAGCCAACTCCTGAGCTGACAAGGACACCTAGCCGAGTTGCTGGAATGTTCTCTGGAAC
TCAAGACAAATGTGCTCCTTGCAGTAAAACCGTGTATCCTATCGAAAAGGTGACAGTGGA
GAGTCAGTGTTACCATAAATCTTGCTTCAAATGTTCACATGGGGGCTGTGCGCTTTCTCC
ATCCAACTACGCAGTGCTCGAGGGGATATTGTACTGCAAACACCATTTCGCTCAGCTTTT
CAAGGAGAAAGGAAGTTACAATCACCTCATCAAATCTGCTTCCATCAAACGCTCTGCTGC
TGCTGTAGAAGCTGTACCTGAATCTTAAAAATTTGAATTTACCAACCAATGTCAACTTTA
AAAAAAAGGGTTACTACCAAACTGGTTTCACTTTGTCTTGGTGTATGTGATATGTTTGTT
TTACTTGTATTCATTCACTTCTCCATGTTCTTGTCTTCCAAAATGAACCCAGGCGTCTCG
CTGATT

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 3

CO CL3284Contig1 1282 3 14 U
GGGCTAAGATGGAAAGTGAAAAGGTTCAGTGAATGAAGGAGAGAAGACGAAGCAAAGTCG
TAATCAGAGAACATCATCATCATCACCGTCGATCGGATTCAATGGCGGCGGCGGCGGATC
GGAGCAAAGGCGTTGTGAGAGACGAGTTCGTGACATATGCTTACATTCTTCTCTACATCG
CTCTCTCTAGCGGTCAAATCTTCTTCAATAAGTGGGTATTGTCACCTAAAGAAATAAACT
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TTCTCACCAAAGTTCTTAAGATCTTCAAGGTTGAGGAAGGAATGACATTAGAAATATATG
TTACATCAGTTATTCCAATAGGTGCCATGTTTGCCATGACCCTCTGGTTGGGAAACACTG
CCTATCTCTACATATCTGTTTCTTTTGCACAGATGTTGAAGGCTATAATGCCTGTTGCTG
TGTTTGTTCTTGGGGTAGCTGCTGGGCTTGAGATGATGAGCTGCAGGATGCTTTTGATTA
TGTCTATCATAAGTTTCGGTGTTTTGGTTGCGTCCTATGGGGAGCTAAACATCAACTGGA
TCGGTGTGGTTTACCAAATGGGCGGTGTCGTTGGAGAAGCGCTGCGGCTTATCTTCATGG
AGATTCGTGTCAAGAGGAAAGGCATTAAACTAAACCCAATCTCTCTCATGTACTATGTCA
GCCCCTGCAGTGCTGTTTGCTTGTTTCTACCGTGGATCTTCCTAGAGAAGTCGAAGATGG
AAGAAGGGAGTGGCACATGGGACTGACAACTCCTGGTGTTGACACTTAACTCCCTCTGTA
CATTCGCTCTCAACTTGTCGGTTTTCCTGGTGATCTCTCACACGAGTGCTCTCACTATCC
GAGTTGCTGGCGTTGTCAAGGACTGGGTGGTTGTCTTGGTCTCAGCTCTACTCTTTGCCG
ACACAAAACTCACAGTCATTAATCTTTTTGGTTACGCCATTGCCATTGCTGGTGTAGCGG
CTTATAACAATCATAAGTTGAAGAAAGAAGCGTCTTCTCGAGTTATCTCCGAAACTCCAG
GAGATGATGATAGTGAATCTATAGCGTTGGTGTCACAGGCTAATACAGAGAGATGATGCT
GATGATGTAGTGTGTCATCAGTCTTGTAAGGTAACCTTTGATTGTTTTGTGATATGTACC
TTCCGAATTCTATAACTCATACGAACACTACTCTGTACCTGGAAGGTAAGAAAGATTGAT
CGATTTTTATCCAATTCTCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 0 20 0 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 0 20 0 0 0 20 0 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF27TF U 33
AF RR1BQ79TF U 1
AF RR1EF27JQ C 492
BS 1 514 RR1BQ79TF
BS 515 515 RR1EF27TF
BS 516 666 RR1BQ79TF
BS 667 667 RR1EF27TF
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BS 808 810 RR1BQ79TF
BS 811 1282 RR1EF27JQ

RD RR1EF27TF 746 0 0
GG
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GGATTCGATGGCGGCGGCGGCGGATCGGAGCAAAGGCGTTGTGAGAGACGAGTTCGTGAC
ATATGCTTACATTCTTCTCTACATCGCTCTCTCTAGCGGTCAAATCTTCTTCAATAAGTG
GGTATTGTCATCTAAAGAAATAAACTTTCCATATCCGCTTGGATTAACTTTACTCCATAT
GATATTCTCCTCTGTCTTGTGTTTTCTTCTCACCAAAGTTCTTAAGATCTTCAAGGTTGA
GGAAGGAATGACATTAGAAATATATGTTACATCAGTTATTCCAATAGGTGCCATGTTTGC
CATGACCCTCTGGTTGGGAAACACTGCCTATCTCTACATATCTGTTTCTTTTGCACAGAT
GTTGAAGGCTATAATGCCTGTTGCTGTGTTTGTTCTTGGGGTAGCTGCTGGGCTTGAGAT
GATGAGCTGCAGGATGCTTTTGATTATGTCTATCATAAGTTTCGGTGTTTTGGTTGCGTC
CTATGGGGAGCTAAACATCAACTGGATCGGTGTGGTTTACCAAATGGGCGGTGTCGTTGG
AGAAGCGCTGCGGCTTATCTTCATGGAGATTCGTGTCAAGAGGAAAGGCATTAAACTAAA
CCCAATCTCTCTCATGTACTATGTCAGCCC*TGCAGTGCTGTTTGCTTGTTTCTACCGTG
*ATCTTCCTAGAGAAGTCGAAGAT

QA 3 746 3 746
DS 

RD RR1BQ79TF 810 0 0
GGGCTAAGATGGAAAGTGAAAAGGTTCAGTGAATGAAGGAGAGAAGACGAAGCAAAGTCG
TAATCAGAGAACATCATCATCATCACCGTCGATCGGATTCAATGGCGGCGGCGGCGGATC
GGAGCAAAGGCGTTGTGAGAGACGAGTTCGTGACATATGCTTACATTCTTCTCTACATCG
CTCTCTCTAGCGGTCAAATCTTCTTCAATAAGTGGGTATTGTCACCTAAAGAAATAAACT
TTCCATATCCGCTTGGATTAACTTTACTCCATATGATATTCTCCTCTGTCTTGTGCTTTC
TTCTCACCAAAGTTCTTAAGATCTTCAAGGTTGAGGAAGGAATGACATTAGAAATATATG
TTACATCAGTTATTCCAATAGGTGCCATGTTTGCCATGACCCTCTGGTTGGGAAACACTG
CCTATCTCTACATATCTGTTTCTTTTGCACAGATGTTGAAGGCTATAATGCCTGTTGCTG
TGTTTGTTCTTGGGGTAGCTGCTGGGCTTGAGATAATGAGCTGCAGGATGCTTTTGATTA
TGTCTATCATAAGTTTCGGTGTTTTGGTTGCGTCCTATGGGGAGCTAAACATCAACTGGA
TCGGTGTGGTTTACCAAATGGGCGGTGTCGTTGGAGAAGCGCTGCGGCTTATCTTCATGG
AGATTCTTGTCAAGAGGAAAGGCATTAAACTAAACCCAATCTCTCTCATGTACTATGTCA
GCCCCTGCAGTGCTGTTTGCTTGTTTCTACCGTGGATCTTCCTAGAGAAGTCGAAGATGG
AAGGAGGGGGTGGCACATGGGTGTGAGAAC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1EF27JQ 791 0 0
GGGGTAGCTGCTGGGCTTGAGATGATGAGCTGCAGGATGCTTTTGATTATGTCTATCATA
AGTTTCGGTGTTTTGGTTGCGTCCTATGGGGAGCTAAACATCAACTGGATCGGTGTGGTT
TACCAAATGGGCGGTGTCGTTGGAGAAGCGCTGCGGCTTATCTTCATGGAGATTCGTGTC
AAGAGGAAAGGCATTAAACTAAACCCAATCTCTCTCATGTACTATGTCAGCCCCTGCAGT
GCTGTTTGCTTGTTTCTACCGTGGATCTTCCTAGAGAAGTCGAAGATGGAGGAGGGGAGT
GGCACGTGGGACTTCCATTTCCTGGTGTTGACACTTAACTCCCTCTGTACATTCGCTCTC
AACTTGTCGGTTTTCCTGGTGATCTCTCACACGAGTGCTCTCACTATCCGAGTTGCTGGC
GTTGTCAAGGACTGGGTGGTTGTCTTGGTCTCAGCTCTACTCTTTGCCGACACAAAACTC
ACAGTCATTAATCTTTTTGGTTACGCCATTGCCATTGCTGGTGTAGCGGCTTATAACAAT
CATAAGTTGAAGAAAGAAGCGTCTTCTCGAGTTATCTCCGAAACTCCAGGAGATGATGAT
AGTGAATCTATAGCGTTGGTGTCACAGGCTAATACAGAGAGATGATGCTGATGATGTAGT
GTGTCATCAGTCTTGTAAGGTAACCTTTGATTGTTTTGTGATATGTACCTTCCGAATTCT
ATAACTCATACGAACACTACTCTGTACCTGGAAGGTAAGAAAGATTGATCGATTTTTATC
CAATTCTCATG

QA 1 791 1 791
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL3286Contig1 904 4 5 U
GGGCCGTCAAAGCCAACGTTCTCTCCTGTGCTGCTCCGACGGTCGGTGATTCTCACCGTC
ACCGGGAGAGGCTCCCTTAGATCTCCTTTTATGTCTCCTTGGGTTTAATCGCAATAACTT
GATACTTTGGTGAGTGTGTCTTCAGATCGGATTTTGGGCGATTTGACGAGTGTTTGTTTC
CAACACCGTTAGTCTATGCTCAGTCGGAGTTTCATGAGTGTAGATCGAGTCAATTTCTGT
GCAGGGGCCTTGAACGGTTTGGGTTCTGGCGACCGTAAATGCGATGGTCTCGTGGATCTC
ATGTTTAAGACTGTCCCTTGGTTATGTTGTTGTTGTTGGTATTTAGGTTGTAATTTTAAG
TCTTTTTGTGGGTGTGCATGTTGAACCTGAGACTATTTTCGCTTGGTTTCTTTCGGAGTG
TGGTCGGAATGCTGATCTGTTATGTCGATTTGTTTGAGTTGCTTCTCCTTTTTCGTAGCT
GTTTCTGGTGCACGGTGCAGGATTTAACCGGCTCTGATGTGGATGTCTACTTCTTCCATC
GAGAATGGTGAAGCGGGTTTCAAGCGAGTCTTTGATGGTGTTGCATTTTAGGCTGTCTAC
TCTTTGTTCCTTGTTCGTCTACGTTGAAGGTTCTTTATGTTATGGCTAGTGGTTTAGTTC
TTGGTTCATAATTCAGATTTCTTTGACCTTCTGGAATTGGTTGATTATAAGACAGTGATG
TTTGAGTGCTTCATTGGGTCTTTATTTGAGGACATTAGGCTGCGGCCTATGACTCTTTAT
CATGTCCTTTGTGGCGATACTCACTTATCAGGCTTTGTCTTCGGCAAAGTTTTTTTGTTC
AACCTTTGGATTTGATTGTGATTTGTTCGGTGTGAAGTATCTATGCTTTGAAGTTGTGCT
TTAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 

AF RR1G384TF U 1
AF RR1G430TF U 1
AF RR1G430JQ C 91
AF RR1G384JQ C 189
BS 1 440 RR1G384TF
BS 441 709 RR1G430TF
BS 710 710 RR1G430JQ
BS 711 742 RR1G430TF
BS 743 904 RR1G430JQ

RD RR1G384TF 440 0 0
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TGGTCGGAATGCTGATCTGT

QA 1 440 1 440
DS 

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ACCGGGAGAGGCTCCCTTAGATCTCCTTTTATGTCTCCTTGGGTTTAATCGCAATAACTT
GATACTTTGGTGAGTGTGTCTTCAGATCGGATTTTGGGCGATTTGACGAGTGTTTGTTTC
CAACACCGTTAGTCTATGCTCAGTCGGAGTTTCATGAGTGTAGATCGAGTCAATTTCTGT
GCAGGGGCCTTGAACGGTTTGGGTTCTGGCGACCGTAAATGCGATGGTCTCGTGGATCTC
ATGTTTAAGACTGTCCCTTGGTTATGTTGTTGTTGTTGGTATTTAGGTTGTAATTTTAAG
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TGGTCGGAATGCTGATCTGTTATGTCGATTTGTTTGAGTTGCTTCTCCTTTTTCGTAGCT
GTTTCTGGTGCACGGTGCAGGATTTAACCGGCTCTGATGTGGATGTCTACTTCTTCCATC
GAGAATGGTGAAGCGGGTTTCAAGCGAGTCTTTGATGGTGTTGCATTTTAGGCTGTCTAC
TCTTTGTTCCTTGTTCGTCTACGTTGAAGGTTCTTTATGTTATGGCTAGTGGTTTAGTTC
TTGGTTCATAATTCAGATTTCTTTGACCTTCTGGAATTGGTTGATTATA*GACAGTGATG
TTTGAGTGCTTCATTGGGTCTT
ATTTG

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1G430JQ 814 0 0
TATGTCT
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GTGTAGATCGAGTCAATTTCTGTGCAGGGGCCTTGAACGGTTTGGGTTCTGGCGACCGTA
AATGCGATGGTCTCGTGGATCTCATGTTTAAGACTGTCCCTTGGTTATGTTGTTGTTGTT
GGTATTTAGGTTGTAATTTTAAGTCTTTTTGTGGGTGTGCATGTTGAACCTGAGACTATT
TTCGCTTGGTTTCTTTCGGAGTGTGGTCGGAATGCTGATCTGTTATGTCGATTTGTTTGA
GTTGCTTCTCCTTTTTCGTAGCTGTTTCTGGTGCACGGTGCAGGATTTAACCGGCTCTGA
TGTGGATGTCTACTTCTTCCATCGAGAATGGTGAAGCGGGTTTCAAGCGAGTCTTTGATG
GTGTTGCATTTTAGGCTGTCTACTCTTTGTTCCTTGTTCGTCTACGTTGAAGGTTCTTTA
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TATCTATGCTTTGAAGTTGTGCTTTAG

QA 8 814 8 814
DS 

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CTTGAACGGTTTGGGTTCTGGCGACCGTAAATGCGATGGTCTCGTGGATCTCATGTTTAA
GACTGTCCCTTGGTTATGTTGTTGTTGTTGGTATTTAGGTTGTAATTTTAAGTCTTTTTG
TGGGTGTGCATGTTGAACCTGAGACTATTTTCGCTTGGTTTCTTTCGGAGTGTGGTCGGA
ATGCTGATCTGTTATGTCGATTTGTTTGAGTTGCTTCTCCTTTTTCGTAGCTGTTTCTGG
TGCACGGTGCAGGATTTAACCGGCTCTGATGTGGATGTCTACTTCTTCCATCGAGAATGG
TGAAGCGGGTTTCAAGCGAGTCTTTGATGGTGTTGCATTTTAGGCTGTCTACTCTTTGTT
CCTTGTTCGTCTACGTTGAAGGTTCTTTATGTTATGGCTAGTGGTTTAGTTCTTGGTTCA
TAATTCAGATTTCTTTGACCTTCTGGAATTGGTTGATTATAAGACAGTGATGTTTGAGTG
CTTCATTGGGTCTTTATTTGAGGACATTAGGCTGCGGCCTATGACTCTTTATCATGTCCT
TTGTGGCGATACTCACTTATCAGGCTTTGTCTTCGGCAAAGTTTTTTTGTTCAACCTTTG
GATTTGATTGTGATTTGTTCGGTGTGAAGTATCTATGCTTTGAAGTTGTGCTTTAG

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 4

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ATTTACAATCTCCAAGACGTCGTCGCGCCTTCTCAGCTCCGTTTCTCAATCTCTGCTCAG
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TTCACCTAAAGCCTTTCATGACTTGAACAAGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCTTT
TTTCATTTGTATGAGTTTGGTCAAACCTCTCTCTAAGTTTTATCTGTGACAGTGTTTTTG
CAGATATTGCTATGATTTAACTCTCAGATATAAACTGATATTGGTCTGTTTGAAAAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR1CG59JQ C 1
AF RR1CG59TF U 1
AF RR1AL91JQ C 56
AF RR1AL91TF U 56
BS 1 713 RR1CG59TF
BS 714 717 RR1AL91JQ

RD RR1CG59JQ 714 0 0
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GCACCTTTCACGTTAAGGAAGATCGGCGTACCTCCGAACTCAGCGAACCTAACGGAAGCT
CGCCGCCGTGTATTCGATTACTTCAGAGCTGCCTGTAGATCCATCCCTACAATCATGGAC
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TTCACCTAAAGCCTTTCATGACTTGAACAAGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCTTT
TTTCATTTGTATGAGTTTGGTCAAACCTCTCTTTAAGTTTTATCTGTGACAGTGTTTTTG
CAGATATTGCTATGATTTAACTTTCAGATATAAACTGATATTGGTCTGTTTGA
T

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1CG59TF 716 0 0
GGGAAAACTACGTCGTTGACTGTTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCCCTCTCTCAGCATT
TGATCCTTGGTTATCATCTGAGGAAGAGAGAAAGATCCTCGCTTCAGCGATCAGATGGCG
GCACCTTTCACGTTAAGGAAGATCGGCGTACCTCCGAACTCAGCGAACCTAACGGAAGCT
CGCCGCCGTGTATTCGATTACTTCAGAGCTGCCTGTAGATCCATCCCTACAATCATGGAC
ATTTACAATCTCCAAGACGTCGTCGCGCCTTCTCAGCTCCGTTTCTCAATCTCTGCTCAG
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TACGTGGTTGGTGAAGGGCTCGTCCAGAACACCGGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTCTGAT
TTTCTCAAAAATTTCTACACCAGCAACTACTTCTGAACTCCTCATGTTTCCTTTTCGAGT
TTCACCTAAAGCCTTTCATGACTTGAACAAGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCTTT
TTTCATTTGTATGAGTTTGGTCAAACCTCTCTCTAAGTTTTATCTGTGACAGTGTTTTTG
CAGATATTGCTATGATTTAACTCTCAGATATAAACTGATATTGGTCTGTTTGA
TTA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1AL91JQ 662 0 0
GAT
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TGCAGATATTGCTATGATTTAACTCTCAGATATAAACTGATATTGGTCTGTTTGAAAAT

QA 4 662 4 662
DS 

RD RR1AL91TF 662 0 0
GAT
TTTGATCCTTGGTTATCATCTGAGGA*GAGAGAAAGATCCTCGCTTCAGCGATCAGATGG
CGGCACCTTTCACGTTAAGGAAGATCGGCGTACCTCCGAACTCAGCGAACCTAACGGAAG
CTCGCCGCCGTGTATTCGATTACTTCAGAGCTGCCTGTAGATCCATCCCTACAATCATGG
ACATTTACAATCTCCAAGACGTCGTCGCGCCTTCTCAGCTCCGTTTCTCAATCTCTGCTC
AGATTCGTAAAAACGCTCACGTCACTGACCCTAAGGTGATTGATCTTCTTCTATTCAAGG
GAATGGAAGAGCTGACTGACATAGTGGATCACGCAAAGCAGCGTCACCATATCATCGGTC
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ATTTTCTCAAAAATTTCTACACCAGCAACTACTTCTGAACTCCTCATGTTTCCTTTTCGA
GTTTCACCTAAAGCCTTTCATGACTTGAACAAGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCT
TTTTTCATTTGTATGAGTTTGGTCAAACCTCTCTCTAAGTTTTATCTGTGACAGTGTTTT
TGCAGATATTGCTATGATTTAACTCTCAGATATAAACTGATATTGGTCTGTTTGA
AAAT

QA 4 658 4 658
DS 



AS 1 4

CO CL3288Contig1 884 4 5 U
GGACAAGTGAGATGCACGGCGTTTTAAGTAGTTCAAAACAAAAAAAACAGAAATTACATT
GCAACAATGGCCAAAGGTTCACAGAGAAATGATACTAACAACAAACAATCTTCACGAAGA
AGAAGAATACTATTAGATTCTGAGACGGATCGCTATACGGCGGAAGGCCCTGAGGAGGCA
GAGGAAGACGTAGGAACACCGATGAATGTTGAGAGGAAGCCGGCGGCGGCAGGATCATGT
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CCGACCATGAGGGCGGATATGAGTACAGATCCGACGCTGGTGAAGAAGATGACGACGATT
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AGAGAGTCCGGTTTGGTGAAGGCGGATCGATTGAGGAGCTCTGACCATGGTCGGCTACGG
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TGCGATTCGGTTAAGTTTGGGGGCTGAGTGGTGGTGGAAACCGGAAGCACTTGAGAACCT
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TAATAAAATTTATATCTGAAGGTTGGATGACAGATCCAGACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1EY42TF C 27
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AF RR1C213TF C 175
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CG
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DS 



AS 1 4

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BQ
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F218TF U 1
AF RR1AX42TF U 32
AF RR1AX42JQ C 188
AF RR1F218JQ C 771
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TCTTTTTGTGTGTGCCATTAACCTTGGTTTCTTGTTTTCTCAATTGGGTTCTTCTTGTAA
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TCTCATCGACTCGTCGTGGGACACATCGTCGTTCTATAAGCGACTCCATCACTTTCCTCG
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AATAATTTTTTTT*TTGTCTTGTGTGTGTGCCATTACAACTCATTAATGGCACAACTCCC
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CCCTACGTGGATGGATGAGTTTCTCGACTTCTCATCGACTCGTCGTGGGACACACCGTCG
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A
GACGCGCTCCGTCAT

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GCATTGGCCTGACTTTTCCTCCCAAAAACTCCCATCCATAGCCGCAACTGCCGCCGCAAC
CGCAGCAACCGCGGGACAACAAAACCCTACGTGGATGGATGAGTTTCTCGACTTTTCATC
GACTCGTCGTGGGACACACCGTCGTTCCATAAGCGACTCCATCGCTTTCCTCGAAGCTCC
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TTTTTGGATCACCAGCGATTGCTTCTGAACGTCGACAATAGTGCTATCAAGCAATGAATA
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TGGGAATGCTATGTAAAAAACCTAGCTGATTTGTTGTTTGTTTGATTTTTTTTTGTTGGA
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QA 8 807 8 807
DS 



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TAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

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AF RR1B063JQ C 531
AF RR1B063TF U 531
AF RR1G401JQ C 169
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GGGTTTCCCTCCCGGGCTCGTCTCCTTTCTCTCCCTACATTGGTTTAAAGCATATGGGCA
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CTCTTGAGCGTGAAATTGGGCTCGATGAAATCTCAACGCCAGATGTCTACAACCAGAGCA
GAATGAACAGTGTTCGTCCTCCTCCACCATCTGTTAGTAACATTGAAGATTCTGTGGCTG
CAAGTGAGCCCA***ATGATGCTAAATCACCAAAAGCATACACAACCGAGGATTACCTCA
ACATCACTGAAGAGCAGC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1B063JQ 327 0 0
G
CTGTGGCTGCAAGTGAGCCCACAGATGATGCTAAATCACCAAAAGCATACACAACCGAGG
ATTACCTCAACATCACTGAAGAGCAGCTCAAAGCTTCGTCTCCTGGTAAAAGCCAAACAG
AGGATCAAACTCGGACTCAAGAACCGCTGCAACCACCAGAGCCTGAAGTTACATTGAGAG
AGACCATGTCTGCATCTCCTTCAAGGCAAGATTGAAAGGCACCAAAAATTTGACTCATGT
GTATTTATGTTCTATTCGTTTTCCTAGTTAATGTTTATAAATGGGGTTTGTTAGTTAAAT
ATCATCCTATGTTGAATGATTGACTC

QA 2 327 2 327
DS 

RD RR1B063TF 359 0 0
G
CTGTGGCTGCAAGTGAGCCCACAGATGATGCTAAATCACCAAAAGCATACACAACCGAGG
ATTACCTCAACATCACTGAAGAGCAGCTCAAAGCTTCGTCTCCTGGTAAAAGCCAAACAG
AGGATCAAACTCGGACTCAAGAACCGCTGCAACCACCAGAGCCTGAAGTTACATTGAGAG
AGACCATGTCTGCATCTCCTTCAAGGCAAGATTGAAAGGCACCAAAAATTTGACTCATGT
GTATTTATGTTCTATTCGTTTTCCTAGTTAATGTTTATAAATGGGGTTTGTTAGTTAAAT
ATCATCCTATGTTGAATGATTGACTCATCATTTTATGAATCAAAAGATAGTTAAAGGG

QA 2 359 2 359
DS 

RD RR1G401JQ 735 0 0
AGCATATGGGCATCTCCATCTCCC*GAAATCTTCAAACCCAGAGAAGAAGAGAAGATTTA
AAAATGGTTTGGTGATTCGTGCGTCTTTGTTTGGGGTTGGAGCACCTGAGGCTTTGGTTA
TTGGTGTTGTCGCTTTGTTAGTCTTTGGTCCTAAAGGCCTTGCAGAGGTAGCTAGAACTC
TTGGGACAACACTGCGTACATTTCAGCCCACAATTAGAGAGCTACAAGATGTTTCAAGAG
ATTTCAAAAGCACTCTTGAGCGTGAAATTGGGCTCGATGAAATCTCAACGCCAGATGTCT
ACAACCAGAGCAGAATGAACAGTGTTCGTCCTCCTCCACCATCTGTTAGTAACATTGAAG
ATTCTGTGGCTGCAAGTGAGCCCA***ATGATGCTAAATCACCAAAAGCATACACAACCG
AGGATTACCTCAACATCACTGAAGAGCAGCTCAAAGCTTCGTCTCCTGGTAAAAGCCAAA
CAGAGGATCAAACTCGGACTCAAGAACCGCTGCAACCACCAGAGCCTGAAGTTACATTGA
GAGAGACCATGTCTGCATCTCCTTCAAGGCAAGATTGAAAGGCACCAAAAATTTGACTCA
TGTGTATTTATGTTCTATTCGTTTTCCTAGTTAATGTTTATAAATGGGATTTGTTAGTTA
AATATCATCCTATGTTGAATGATTGACTCATCATTTTATGAATCAAAAGATAGTTAAAGG
GAAATTTGATTGTAT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL3291Contig1 769 2 2 U
GGACATAACACAAACTAATATCCTTATTCCAATTCCAAATACAAACCAAGAAATTCAGAA
AATGGAGGGAAAAGCTGATCATGCTACTGCCAACCGCACCTACGATGAGTTTGATCCAGT
CTTTAACTGGAAAAGCGAACAAGGATTCGAAATTCTCACAATTAACCTTCCAGGGTTTAA
GAAAGAGCAACTTAAAGCGCAAGTAACCTCAACGAGGAAGGTGAGAGTGACGGGGGAACG
TCATGCAGGAGGCAACAGATGGATCCGTTTCCGCAAGGAGTTCCCTATTCCGGCTAACGT
CAATGCTGACTCCATCGCTGCCATATTTGTAGGCACAAATCTTGTTGTGAAGCTCCCTAG
ACTAGAGCCAATGGGGAAACAAACGTCTCCCATTGGTACTACCGCAAGACCTCCCCCGGT
TCATAAGCAAACCGAGAAGGTTCAGCCAACAGGAGAGAAAGAAGCAGAACTAAAGAAACA
TGCAGAGAAAGCTCAATTGTCAAAGCCATCTGGAGAGGAAGACAAGAAACGGGGAGAGAA
AGAAGAAGCTATCAAAGCCGGAGAAAAGGGAAACGTTTGTGATGGAGTTAAGCAAGATTA
TAGAAGTAAAATGAATGCATACAAGGAGAATCTTGGAGGATATATGGCAATGATGAAGAA
TAATCAGAGAGAAATCACAATTGGTATGGTTGCTCCAGCGGCTGCGGTTCTGTTGCTGTC
GATTGGATTCTATGCTAGCCAAATGTTTACTTCTTAATAACCTCTATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW59TF U 1
AF RR1BW59JQ C 33
BS 1 451 RR1BW59TF
BS 452 769 RR1BW59JQ

RD RR1BW59TF 467 0 0
GGACATAACACAAACTAATATCCTTATTCCAATTCCAAATACAAACCAAGAAATTCAGAA
AATGGAGGGAAAAGCTGATCATGCTACTGCCAACCGCACCTACGATGAGTTTGATCCAGT
CTTTAACTGGAAAAGCGAACAAGGATTCGAAATTCTCACAATTAACCTTCCAGGGTTTAA
GAAAGAGCAACTTAAAGCGCAAGTAACCTCAACGAGGAAGGTGAGAGTGACGGGGGAACG
TCATGCAGGAGGCAACAGATGGATCCGTTTCCGCAAGGAGTTCCCTATTCCGGCTAACGT
CAATGCTGACTCCATCGCTGCCATATTTGTAGGCACAAATCTTGTTGTGAAGCTCCCTAG
ACTAGAGCCAATGGGGAAACAAACGTCTCCCATTGGTACTACCGCAAGACCTCCCCCGGT
TCATAAGCAAACCGAGAAGGTTCAGCCAACA
GGAGAGAAAGAAGCAG

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1BW59JQ 737 0 0
TTCCAAATACAAACCAAGAAATTCAGAAAATGGAGGGAAAAGCTGATCATGCTACTGCCA
ACCGCACCTACGATGAGTTTGATCCAGTCTTTAACTGGAAAAGCGAACAAGGATTCGAAA
TTCTCACAATTAACCTTCCAGGGTTTAAGAAAGAGCAACTTAAAGCGCAAGTAACCTCAA
CGAGGAAGGTGAGAGTGACGGGGGAACGTCATGCAGGAGGCAACAGATGGATCCGTTTCC
GCAAGGAGTTCCCTATTCCGGCTAACGTCAATGCTGACTCCATCGCTGCCATATTTGTAG
GCACAAATCTTGTTGTGAAGCTCCCTAGACTAGAGCCAATGGGGAAACAAACGTCTCCCA
TTGGTACTACCGCAAGACCTCCCCCGGTTCATAAGCAAACCGAGAAGGTTCAGCCAACAG
GAGAGAAAGAAGCAGAACTAAAGAAACATGCAGAGAAAGCTCAATTGTCAAAGCCATCTG
GAGAGGAAGACAAGAAACGGGGAGAGAAAGAAGAAGCTATCAAAGCCGGAGAAAAGGGAA
ACGTTTGTGATGGAGTTAAGCAAGATTATAGAAGTAAAATGAATGCATACAAGGAGAATC
TTGGAGGATATATGGCAATGATGAAGAATAATCAGAGAGAAATCACAATTGGTATGGTTG
CTCCAGCGGCTGCGGTTCTGTTGCTGTCGATTGGATTCTATGCTAGCCAAATGTTTACTT
CTTAATAACCTCTATAA

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 4

CO CL3292Contig1 1057 4 5 U
AAAGAAAGTAAACATTATTGTTTTCCAACGAAATAACAAAAACGATGTAACCATATCGAG
TACAAAGTCGTCTCTTTGACAAAATTTGAAGCACACAAATTAACGAGAAAACAAACTATA
AAACGAAACAAACAACAAACAATAAAAGAGTAAGAAACAAAGAATCAGCCAGATTATTAT
CATATTATTATTACCTTCTTCTCATTCAGACAAAAGAAGGCATGTCCTTAACCCATGCAT
CAAGTGGCTTACCAATGGAGTAAACGATGAAACCGATCTCTCTCAACTTGTCCACATTCA
GAACGTTTCTTCCATCGAAGATAAAAGCTGGTTTCTGCATGTTGTCAAAGATCTTCTGGT
AGTCCAAAGACTTGAACTCATCCCACTCAGTCAAAACGCAAACCGCATGCGCGTCTTTAG
TAGCTTCATACGCGTCCCATTTCACGCTCACTTGTTTCACCGTGGTGGGGCTCATCGGCT
GCAAGTGTAGTGGATGGTCCCAGTCGAACTTTTTCATCGAAAGGTCTCTCTGAATCTGCT
CTTCAGTAACTTGAGGATCATAGATGCTGATCCGCGCTTTGTCTCCCAACAAACCTTTGC
ACACGTCAATGGCTGGTGTCTCCCTCGTGTCACCCGTGTCTTTCTTGAACGCGAATCCGA
GGATCGCCACCTTCTTGTTGGAGACGGTGTTGAACATAGAGGAGACGATTCTGTTCACGA
ACCGGTTCTTCTGGTAATCGTTGATCTTGATCACTTGTTTCCAGTACTCAGCAACTTCTG
GAAGTCCGTTGCACTGACAGATGTAGGCCAGATTCAGAATGTCCTTCTGGAAACAAGACC
CTCCGAATCCAACACTAGCGTTCAAGAACTTGGGACCGATTCTTGAATCAGTACCAACGG
CGTAAGCCACTTGAGTGACATCAGCGCCGGTGGATTCACAAAGAGCCGACATGGCGTTGA
CTGATGAGATCCTCTGAGCCAAGAAAGCGTTTGCAGCTAGCTTGGAAAGCTCGGCGGACC
AGAGGTTGGTCGTGATGATCTGGCCTTCAGGAACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F402TF C 1
AF RR1FU44JQ U 25
AF RR1A645JQ U 17
AF RR1A645TF C 232
BS 1 16 RR1F402TF
BS 17 224 RR1A645JQ
BS 225 225 RR1FU44JQ
BS 226 864 RR1A645JQ
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C

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TCTTGATCACTT

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AGCGTTCA

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CGGCGGACCAGAGGTTGGTCGTGATGATCTGGCCTTCAGGAACCCC

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 4

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 4

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CATTATCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU41TF U 1
AF RR1CJ37TF U 81
AF RR1CJ37JQ C 145
AF RR1CU41JQ C 275
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BS 908 929 RR1CJ37JQ
BS 930 970 RR1CU41JQ

RD RR1CU41TF 629 0 0
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CGCTCAGAATATGTCTCTCGATGTTTCTCAGCTGTTGGAGTCTGAAGATGCGGTTCCTGC
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CAAAGAGGTGGTGGAGAAAGATGAAAGTGGCGAAGGATCTTCCTCGAAGCAAGATGCAGA
TGTTGTCACAGACTTTGATTCAGCTTCGAAGTACCCTTTCCTCAAAAAGGCGGGCCAGAT
GTGTGGAGCGACATCTTCATTTGCTTCCCAGTTCCAAACAAAGGACGCTCGGCTACACGC
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TCTAGCAGCGGA**TGGGCTGGTCATACGACAAGAACGATAACCTCAACGTAGTCCTTTC
TTTCGGCTTGGTCCAACAACGAGATGATG

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1CJ37TF 795 0 0
G
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TGACTTTGAAGATTATCTTAACTTCTTTGACGACGTGGACGCTCAGGATATGTCTCTCGA
TGTTTCTCAGCTGTTGGAGTCTGAAGATGCGGTTCCTGCCCAAGAAGGCTTCGACCAGAT
ACCTTCCTCTGAAGACTTG*AGAAGGAGGTCACGGGAGGCAAAGAGGTGGTGGAGAAAGA
TGAAAGTGGCGAAGGATCTTCCTCGAAGCAAGATGCAGATGTTGTCACAGACTTTGATTC
AGCTTCGAAGTACCCTTTCCTCAAAAAGGCGGGCCAGATGTGTGGAGCGACATCGTCATT
TGCTTCCCAGTTCCAAACAAAGGATGCTCGGCTACACGCAGGGCAATCTTCAGGTTCGGT
CCACGTTACTGCAGGTATAATCAGAATATCAAACATGACTCTAGCAGCGGATATGGGCTG
GTCATACGACAAGAACGATAACCTCAACGTAGTCCTTTCTTTCGGCTTGGTCCAACAACG
AGATGATGGGATGAGTTCCTCTGTAAACAAGACAGGAGGAGTTCCAGCGACAAGAGCTAT
GTTGATCTTCCTTTGCTTATGGGTTCTCTTGCTATCTGTTAGCTTCAAAGTGGCAACAAT
GGTCTCTGCTCGGTAATAGCATCATCTTCG*TGTTTGTACCTCTCCAACTTATATATAGG
CTTTACTTTGGCAGTGCTTTGCTGCCTCAATATTTTATCTTTCATGTAGTTTGA*CTCTT
CATTACAGTTTCTG

QA 2 795 2 795
DS 

RD RR1CJ37JQ 785 0 0
CTTTGAAGATTATCTTAACTTCTT*GACGACGTGGACGCTCAGGATATGTCTCTCGATGT
TTCTCAGCTGTTGGAGTCTGAAGATGCGGTTCCTGCCCAAGAAGGCTTCGACCAGATACC
TTCCTCTGAAGACTTG*AGAAGGAGGTCACGGGAGGCAAAGAGGTGGTGGAGAAAGATGA
AAGTGGCGAAGGATCTTCCTCGAAGCAAGATGCAGATGTTGTCACAGACTTTGATTCAGC
TTCGAAGTACCCTTTCCTCAAAAAGGCGGGCCAGATGTGTGGAGCGACATCGTCATTTGC
TTCCCAGTTCCAAACAAAGGATGCTCGGCTACACGCAGGGCAATCTTCAGGTTCGGTCCA
CGTTACTGCAGGTATAATCAGAATATCAAACATGACTCTAGCAGCGGATATGGGCTGGTC
ATACGACAAGAACGATAACCTCAACGTAGTCCTTTCTTTCGGCTTGGTCCAACAACGAGA
TGATGGGATGAGTTCCTCTGTAAACAAGACAGGAGGAGTTCCAGCGACAAGAGCTATGTT
GATCTTCCTTTGCTTATGGGTTCTCTTGCTATCTGTTAGCTTCAAAGTGGCAACAATGGT
CTCTGCTCGGTAATAGCATCATCTTCGGTGTTTGTACCTCTCCAACTTATATATAGGCTT
TACTTTGGCAGTGCTTTGCTGCCTCAATATTTTATCTTTCATGTAGTTTGAACTCTTCAT
TACAGTTTCTGGCT******ATTTCTTCCAGAAATAAGAACATAACTTCTTAATTCTGTT
ATGAC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1CU41JQ 696 0 0
GACTTG
GAGAAGGAGGTCACAGGAGGCAAAGAGGTGGTGGAGAAAGATGAAAGTGGCGAAGGATCT
TCCTCGAAGCAAGATGCAGATGTTGTCACAGACTTTGATTCAGCTTCGAAGTACCCTTTC
CTCAAAAAGGCGGGCCAGATGTGTGGAGCGACATCTTCATTTGCTTCCCAGTTCCAAACA
AAGGACGCTCGGCTACACGCAGGGCAATCTTCAGGTTCGGTCCACGTTACTGCAGGTATA
ATCAGAATATCAAACATGACTCTAGCAGCGGA**TGGGCTGGTCATACGACAAGAACGAT
AACCTCAACGTAGTCCTTTCTTTCGGCTTGGTCCAACAACGAGATGATGGGATGAGTTCC
TCTGTAAACAAGACAGAAGGAGTTCCAGCGGCAAGAGCTATGTTGATCTTCCTTTGCTTA
TGGGTTCTCTTGCTATCTGTTAGCTTCAAAGTGGCAACAATGGTCTCTGCTCGGTAATTG
CATCATCTTCGGTGTTTGTACCTCTCCAACTTATATATAGGCTTTACTTTGGCAGTGCTT
TGCTGCC*CAATATTTTATCTTTCATGTAGTTTGAACTCT*CATTACAGTTTCTGGCTAT
GGCTATTTCTTCCAGAAATAAGAACACAACTTCTTAATTCTGTTATGACAGTTATCAGTG
ATCCTTAATTATGTAGGAAACATTATCTTT

QA 7 696 7 696
DS 



AS 1 3

CO CL3295Contig1 1202 3 4 U
GAAGTCAGTGAAAAGAACTCCCCGAATGATTCTCGAGTTTTCTATGGGAATGATTCCTTT
TATGTGCTTTTTAGGCTTCATCAAATGTTGTACGAGAGAATACAATCTGCAAAGATACAT
TCAGAGAGGAAATGGAAAGCTCCAGATCCAGATAACTCATCTCCTGATTCTTATACCAGG
TTCATGGATGCTCTCTATAATTTACTTGATGGCTCGACTGATAATACAAAGTTTGAAGAT
GAATGCCGAGCCATTATTGGTGCACAATCATATGTTCTCTTCACATTGGACAAGCTAGTT
CAGAAGTTTGTCAAGCATCTTCATGCAGTTGCGGCTGATGAGACAGACACCAAGCTACTG
CAACTATACACATATGAGAACTACAGAAAACCGGGAAGGTTCTTTGATATAGTGTACCAT
GAGAATACGCGAGCCCTTCTCCATGATCAGAACATATACCGGATTGAATATTCATCTGCA
CAAACCCGTCTGGCGATTCAACTTATGAACAACGGGAACGATCAGCCTGAAGTTACAGCT
GTAACAGTGGAACCAGGTTTTGCAAATTACCTGCAGAATGACTTTCTTTCGCTTGTTCCT
GATGAAGAAAGACCTGGTCTATTTCTCAAGAGGAACAAGGCGAACATGAGTGGTCCAGAT
GAATCTTCAGGGATGTTGCGTGCAATGGAAGGATTGAAGATTATCAATGAGGTCGAATGT
AAGATGGCTAGCAGTTCTTCCAAGGTCAAGTATGAACCACACACATCAGATCTTCTGTAT
AGACGCAAGCAGAAGAAACCAAATGGGCTTAAAACTCCTGGTAGCAGTGAAACCTCGAGA
AAGAGAAGACTATCGCGTCTTCACATGTGTCTGAACCGTAGACTTGCTGCCTTGCCTTAA
CAACGCGGCTTCAAGCACGTGTGGAAGTTCTTGGCTGAGATATGCAAGTATGAGTTAGTG
GTAGAGACTAGAGACCAAACTGTCTTTGACAAGATTCTTGCATCATTTCTGGCCCAAAGA
GATTCACATTCGAACAGTAAATTTTATTTTCTTAAATTGCGTCTGGAGCCGCCAGTTTTG
GTGTATAGTGTAAGATTATACATATACCAGAAAATACTACAGTGGGAGACTTTTAATTTT
TTCATCTAAAAACAAATGTTGGATATTTCTTCTGATGTTAGATTTCAATCTTTTCATCTA
CC


BQ
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10 10 

AF RR1CY70TF U 327
AF RR1E179TF U 1
AF RR1E179JQ C 511
BS 1 639 RR1E179TF
BS 640 640 RR1E179JQ
BS 641 662 RR1E179TF
BS 663 1202 RR1E179JQ

RD RR1CY70TF 266 0 0
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AAAACCGGGAAGGTTCTTTGATATAGTGTACCATGAGAATACGCGAGCCCTTCTCCATGA
TCAGAACATATACCGGATTGAATATTCATCTGCACAAACCCGTCTGGCGATTCAACTTAT
GAACAACGGGAACGATCAGCCTGAAGTTACAGCTGTAACAGTGGAACCAGGTTTTGCAAA
TTACCTGCAGAATGACTTTCTTTCGC

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR1E179TF 666 0 0
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TATGTGCTTTTTAGGCTTCATCAAATGTTGTACGAGAGAATACAATCTGCAAAGATACAT
TCAGAGAGGAAATGGAAAGCTCCAGATCCAGATAACTCATCTCCTGATTCTTATACCAGG
TTCATGGATGCTCTCTATAATTTACTTGATGGCTCGACTGATAATACAAAGTTTGAAGAT
GAATGCCGAGCCATTATTGGTGCACAATCATATGTTCTCTTCACATTGGACAAGCTAGTT
CAGAAGTTTGTCAAGCATCTTCATGCAGTTGCGGCTGATGAGACAGACACCAAGCTACTG
CAACTATACACATATGAGAACTACAGAAAACCGGGAAGGTTCTTTGATATAGTGTACCAT
GAGAATACGCGAGCCCTTCTCCATGATCAGAACATATACCGGATTGAATATTCATCTGCA
CAAACCCGTCTGGCGATTCAACTTATGAACAACGGGAACGATCAGCCTGAAGTTACAGCT
GTAACAGTGGAACCAGGTTTTGCAAATTACCTGCAGAATGACTTTCTTTCGCTTGTTCCT
GATGAAGAAAGACCTGGTCTATTTCTCAAGAGGAACAAG*CGAACATGAGTGGTCCAGAT
GA
TCTT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1E179JQ 692 0 0
AACGGGAACGATCAGCCTGAAGTTACAGCTGTAACAGTGGAACCAGGTTTTGCAAATTAC
CTGCAGAATGACTTTCTTTCGCTTGTTCCTGATGAAGAAAGACCTGGTCTATTTCTCAAG
AGGAACAAGGCGAACATGAGTGGTCCAGATGAATCTTCAGGGATGTTGCGTGCAATGGAA
GGATTGAAGATTATCAATGAGGTCGAATGTAAGATGGCTAGCAGTTCTTCCAAGGTCAAG
TATGAACCACACACATCAGATCTTCTGTATAGACGCAAGCAGAAGAAACCAAATGGGCTT
AAAACTCCTGGTAGCAGTGAAACCTCGAGAAAGAGAAGACTATCGCGTCTTCACATGTGT
CTGAACCGTAGACTTGCTGCCTTGCCTTAACAACGCGGCTTCAAGCACGTGTGGAAGTTC
TTGGCTGAGATATGCAAGTATGAGTTAGTGGTAGAGACTAGAGACCAAACTGTCTTTGAC
AAGATTCTTGCATCATTTCTGGCCCAAAGAGATTCACATTCGAACAGTAAATTTTATTTT
CTTAAATTGCGTCTGGAGCCGCCAGTTTTGGTGTATAGTGTAAGATTATACATATACCAG
AAAATACTACAGTGGGAGACTTTTAATTTTTTCATCTAAAAACAAATGTTGGATATTTCT
TCTGATGTTAGATTTCAATCTTTTCATCTACC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 4

CO CL3296Contig1 1006 4 8 U
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AAGATCGTCGTAAACTCCCACGATGTCGATTAGAGGAGGAAGACTCGTTGCTTTCTCGCC
GATTCTGGCGGCGGTGCTGTTCCTGCTGACGGTTAACCACGGCGAAGCCATATGGTTGAC
GATTCCGCCGACGGGAGGGACGAAGTGCGTCTCGGAGGAGATACAGAGCAACGTCGTCGT
TTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCATGATCCTGAACACACGGCTACTATTTCTTC
TAAGGTAACATCTCCTTATGGGAACAATATGCATAACCAAGAGAATGTGACGCATGGTCA
GTTTGCGTTCACAACTCAAGAAACTGGGAACTACTTGGCTTGCTTCTGGGTTGATTCCAG
TCGTCCGCAAGCTAATCCACTGACCCTTGGGATTGATTGGAAGATTGGTATCGCAGCCAA
AGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATCGAGGGTATTGAGCTTCAGTTGAGGAG
GCTTGACGGGTTAGTGCAGTCCATTCGTGAGAACATCAATTATATAAAAGACAGGGAAGC
CGAGATGAGAGAAGTGAGTGAGACAACCAACTCAAGCGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTC
ACTCGGGGTTTGCCTTTGCGTTGCGGGTTCACAGATATGGTACCTGAAGCGATATTTCCA
CAAGAAGAAACTCATTTAAAGACTTGGTCTGAAGGAACTTACTATATATATAGTAACACA
TCCCCACCCTGAAAAGAGGGGATAAGCAGAGTCAATTGGTTTTAAATGGAAGAACGCATT
TTCATTTTTTTCTTTCTGTGGAACATCATAACGGTAGTTGAGTTTGTTGTGCACAGATCA
CTTTGTGTTTTGATCGATCTCTGTTGGAGTAGGAAAACGGAGTTATGTGACAATGTACCA
AAGCAATTATCCTTTATCTAGAAATATGAAACGTTTACGAATTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GK92TF U 1
AF RR1GE06TF U 72
AF RR1GE06JQ C 171
AF RR1GK92JQ C 280
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BS 915 915 RR1GK92JQ
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RD RR1GK92TF 742 0 0
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AAGATCGTCGTAAACTCCCACGATGTCGATTAGAGGAGGAAGACTCGTTGCTTTCTCGCC
GATTCTGGCGGCGGTGCTGTTCCTGCTGACGGTTAACCACGGCGAAGCCATATGGTTGAC
GATTCCGCCGACGGGAGGGACGAAGTGCGTCTCGGAGGAGATACAGAGCAACGTCGTCGT
TTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCATGATCCTGAACACACGGCTACTATTTCTTC
TAAGGTAACATCTCCTTATGGGAACAATATGCATAACCAAGAGAATGTGACGCGTGGTCA
GTTTGCGTTCACAACTCAAGAAACTGGGAACTACTTGGCTTGCTTCTGGGTTGATTCCAG
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AGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATCGAGGGTATTGAGCTTCAGTTGAGGAG
GCTTGACGGGTTAGTGCAGTCCATTCGTGAGAACATCAATTATATAAAAGACAGGGAAGC
CGAGATGAGAGAAGTGAGTGAGACAACCAACTCAAGCGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTC
ACTCGGGGTT*GCCTTTGCGTTGCGGGTTCACAGATATGGTACCTGAAGCGATATTTCCA
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QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1GE06TF 677 0 0
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CGGTGCTGTTCCTGCTGACGGTTAACCACGGCGAAGCCATATGGTTGACGATTCCGCCGA
CGGGAGGGACGAAGTGCGTCTCGGAGGAGATACAGAGCAACGTCGTCGTTTTGGCTGATT
ACTACGTCGTCGATGAGCATGATCCTGAACACACGGCTACTATTTCTTCTAAGGTAACAT
CTCCTTATGGGAACAATATGCATAACCAAGAGAATGTGACGCATGGTCAGTTTGCGTTCA
CAACTCAAGAAACTGGGAACTACTTGGCTTGCTTCTGGGTTGATTCCAGTCGTCCGCAAG
CTAATCCACTGACCCTTGGGATTGATTGGAAGATTGGTATCGCAGCCAAAGATTGGGACT
CTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATCGAGGGTATTGAGCTTCAGTT*AGGAGGCTTGACGGGT
TAGTGCAGTCCATTCGTGAGAACATCAATTATATAAAAGACAGGGAAGCCGAGATGAGAG
AAGTGTGTGAGACAACCAACTCAAGCGTGGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTCGGGGTTT
GCCTTTGCGTTGCGGGTTCACAGATATGGTACCTGAAGCGATATTTCCACAAGAAGAAAC
TCATTTAAAGA
CTTGGT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1GE06JQ 836 0 0
TATGGTTGACGATTCC*CCGACGGGAGGGACGAAGTGCGTCTCGGAGGAGATACAGAGCA
ACGTCGTCGTTTTGGCTGATTACTACGTCGTCGATGAGCATGATCCTGAACACACGGCTA
CTATTTCTTCTAAGGTAACATCTCCTTATGGGAACAATATGCATAACCAAGAGAATGTGA
CGCATGGTCAGTTTGCGTTCACAACTCAAGAAACTGGGAACTACTTGGCTTGCTTCTGGG
TTGATTCCAGTCGTCCGCAAGCTAATCCACTGACCCTTGGGATTGATTGGAAGATTGGTA
TCGCAGCCAAAGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATCGAGGGTATTGAGCTTC
AGTT*AGGAGGCTTGACGGGTTAGTGCAGTCCATTCGTGAGAACATCAATTATATAAAAG
ACAGGGAAGCCGAGATGAGAGAAGTGTGTGAGACAACCAACTCAAGCGTGGCTTGGTTCA
GTATAATGTCACTCGGGGTTTGCCTTTGCGTTGCGGGTTCACAGATATGGTACCTGAAGC
GATATTTCCACAAGAAGAAACTCATTTAAAGACTTGGTCTGAAGGAACTTACTATATATA
TAGTAACACATCCCCACCCTGAAAAGAGGGGATAAGCAGAGTCAATTGGTTTTAAATGGA
AGAACGCATTTTCATTTTTTTCTTTCTGTGGAACATCATAACGGTAGTTGAGTTTGTTGT
GCACAGATCACTTTGTGTTTTGATTGATCTCTGTTGGAGTAGGAAAACGGAGTTATGTGA
CAATGTACCAAAGCAATTATCCTTTATCTAGAAATATGAAACGTTTACGAATTTAT

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1GK92JQ 727 0 0
ACACACGGCTACTATTTCTTCTAAGGTAACATCTCCTTATGGGAACAATATGCATAACCA
AGAGAATGTGACGCGTGGTCAGTTTGCGTTCACAACTCAAGAAACTGGGAACTACTTGGC
TTGCTTCTGGGTTGATTCCAGTCGTCCGCAAGCTAATCCACTGACCCTTGGGATTGATTG
GAAGATTGGTATCGCAGCCAAAGATTGGGACTCTGTTGCTAAAAAGGAAAAGATCGAGGG
TATTGAGCTTCAGTTGAGGAGGCTTGACGGGTTAGTGCAGTCCATTCGTGAGAACATCAA
TTATATAAAAGACAGGGAAGCCGAGATGAGAGAAGTGAGTGAGACAACCAACTCAAGCGT
GGCTTGGTTCAGTATAATGTCACTCGGGGTTTGCCTTTGCGTTGCGGGTTCACAGATATG
GTACCTGAAGCGATATTTCCACAAGAAGAAACTCATTTAAAGACTTGGTCTGAAGGAACT
TACTATATATATAGTAACACATCCCCACCCTGAAAAGAGGGGATAAGCAGAGTCAATTGG
TTTTAAATGGAAGAACGCATTTTCATTTTTTTCTTTCTGTGGAACATCATAACGGTAGTT
GAGTTTGTTGTGCACAGATCACTTTGTGTTTTGATCGATCTCTGTTGGAGTAGGAAAACG
GAGTTATGTGACAATGTACCAAAGCAATTATCCTTTATCTAGAAATATGAAACGTTTACG
AATTTAT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL3298Contig1 1297 4 14 U
GGCTCAATCCCAGGAAAGATCAGAGAGCAAGAAACTGAAAACGAAAAGCTGATTAAACAA
TCAACTTTAATCGAAAACTTTCTCCTTGTAATGCGTTTGAATCACGTTGAAAAGGCGATA
AGAAACGTGTTCCCTAAGGAATCATTTCGTGATTGTTCTTTGATTTCTGTGCATTAGATT
TAAAATCTCGAAAGTACTCTTCCTTTCCATGGAGGTTCAACCCGAAATGGAGCCAAGCTC
TTCCATTAGTTTAATCGCAGCTGTTTCATATGGCATTGCTTCAATGGCTATGGTCTTTAT
CAACAAAGCTGTCATCATGCAGTATCCACACTCCATGACTGTTCTTACTCTACAGCAATT
GGCTACTTCTTTGCTTATACACTGTGGAAGACGAATGGGGTACACAAGAGCCAGAGGGAT
CGATATGGCCACTGCGAAAAAGCTTCTTCCTGTTTCAATCTTCTACAATGCTAATGTTGC
ATTTGCTCTTGCTAGCTTGAAAGGAGTCAATATTCCTATGTATATCGCAATCAAGAGACT
CACTCCACTCGCTGTTTTGATTGCTGGTTATCTCTTTGGTAAAGGCGGCAAACCAACAAC
TCAGGTTGCTCTATCTGTACTACTGACGGCTGCAGGTTGTGTAATTGCAGCTCTTGGAGA
TTTTTCTTTTGATCTTTTCGGGTATGGTTTGGCTTTAACATCTGTCTTTTTCCAGACCAT
GTACCTCGTGCTGGTGGAGAAGTCTGGTGCAGAAGACGGGCTTTCCTCGATAGAGATAAT
GTTCTATAACAGCTTCCTTTCCCTCCCATTCTTGTCCTTCCTCATCATAGTTACTGGCGA
ATTCCCAAACTCTTTATCTCTACTACTCGCAAAGTGTTCTTACTTGCCGTTCTTGGTGCT
GCTTGTTCTTTCACTGGTTATGGGCATTGTCCTCAACTTCACCATGTTTCATTGCACCAT
CGTGAACTCTGCACTAACAACAACCATCGTTGGTGTCCTCAAAGGCGTTGGTTCCACCAC
GCTCGGTTTTGTCCTCTTGGGTGGTGTTGAAGTGCATGCTCTGAACGTGTCCGGTTTGGT
GGTCAACACAGCTGGTGGTGTGTGGTACTCTTATGCCAAGTACCGGCAGAAAAAGGCTAA
ACCGGCTAAGACATTGTCTGATTTGGAAGCTCATAAAAAATGAGAATTTCTGGTCCGATT
CGGTTTGCACACCAAAAAATAAATTTTATACTGCTCAGAATTTTCAAATATATAAAACCA
TGGATGTTACGTTAGTCTTAATTGATTAAAAAAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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GG
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CT

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GTACTCTTATGCCAAGTACCGGCAGAAAAAGGCTAAACCGGCTAAGACATTGTCTGATTT
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TTTATACTGCTCAGAATTTTCAAATATATAAAACCATGGATGTTACGTTAGTCTTAATTG
ATTAAAAAAGTTT

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DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GT76TF U 1
AF RR1CM49TF U 1
AF RR1GT76JQ C 501
AF RR1CM49JQ C 542
BS 1 485 RR1CM49TF
BS 486 486 RR1GT76TF
BS 487 707 RR1CM49TF
BS 708 1224 RR1GT76JQ

RD RR1GT76TF 611 0 0
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TACACGTGAAGAAAAACACCAGGATCATGTGAATTCACCAGATAAAGGACATGACGTGTT
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TTGAATTTGCT

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DS 

RD RR1CM49TF 707 0 0
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TCCCTAATACACCTCAACTGGTTTTACTCAGCTGCATTTCTCATCGATGGCAATCGTTTC
TTCAATCATGTCCACTTCAGTGGATCCTTCTTCCTTAGGAGTCTGTGTTTTTCCCAATAC
ATCGAAGATCTTTGGTAACAGTGCAAATCAGTTGCCGACCTATCTTAGACTTTCTACCTC
GTCAAGAAGACATGCCAAGTTGAGACTAGCGGCTTCGATTTCAAAGGTTCCACTTAAGAT
TACACGTGAAGAAAAACACCAGGATCATGTGAATTCACCAGATAAAGGACATGACGTGTT
TGAAGAAATCAAGCATCGGTTCTTGACCTTTAAGAAAGACAAATACATGGATAACTTGGA
GAGGTTTCAGAGTCTAGCCAAGAGCCAATCCCCGAAGTTTATGGTGATAGCTTGTGCAGA
TTCAA*GGGTTTGCCCTTCAGAAATATTGGGGTTCCAACCAGGAGAAGCATTTACCGTTC
GTAACATTGCAAATATTGTACCCACTTACGAGAGTGGTCCATCTGAAACGAAGGCCGCTC
TTGAATTTGCTGTAAATTCTCTTCAAGTGGAGAACATTCTTGTGGTCGGGCATAGTCGCT
GCGGAGGCATCCGTGCATTAATGACCATGGATGATGATGAAACAGAA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1GT76JQ 724 0 0
GAAATATTGGGGTTCCAACCAGGAGAAGCATTTACCGTTCGTAACATTGCAAATATTGTA
CCCACTTACGAGAGTGGTCCATCTGAAACGAAGGCCGCTCTTGAATTTGCTGTAAATTCT
CTTCAAGTGGAGAACATTCTTGTGGTCGGGCATAGTCGCTGCGGAGGCATCCGTGCATTA
ATGACCATGGATGATGATGAAACAGAAGAAGGCATAGACTCAAGGAGTTTCATTAAAAAC
TGGGTCATTATTGGGAAACCCGCAAGATCAATCTCGAAATCAGCTGCTTCAGAACTCAGC
TTTGATCAACAGTGTCAGCATTGTGAAAAGGAGTCTGTAAACTGCTCGCTGCGGAATCTA
TTGTCGTATCCATGGATAGAAGAGAGAGTGAAGAAGGGGACTTTAACAATCCATGGTGGT
TACTACGACTTCACTGAGTGCACGTTCGAGAAATGGACGGTGGATTATAAGGAAAGAAGA
TGCGTCGAGAGGACACTCGCTGTTAAGGACCGGTCCATCTGGAGTTGAACGAATTTGGTA
ACCGATCAGAGTAAAGCTTGAGTTTGGTTTCGTTTGGTTTTTGAGTTCTAAATTTTCTGT
TGGTTTGCTTTGGTTTGATTCCATTTTTATACGCTCAAACCTTGTTTTTGTTTTCTTACG
GTCTTCTGTACCTTTCACTTTACTAATTTCACTTAACCAAAAAATTAATTAAATAAACTG
TTTG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1CM49JQ 683 0 0
TAACATTGCAAATATTGTACCCACTTACGAGAGTGGTCCATCTGAAACGAAGGCCGCTCT
TGAATTTGCTGTAAATTCTCTTCAAGTGGAGAACATTCTTGTGGTCGGGCATAGTCGCTG
CGGAGGCATCCGTGCATTAATGACCATGGATGATGATGAAACAGAAGAAGGCATAGACTC
AAGGAGTTTCATTAAAAACTGGGTCATTATTGGGAAACCCGCAAGATCAATCTCGAAATC
AGCTGCTTCAGAACTCAGCTTTGATCAACAGTGTCAGCATTGTGAAAAGGAGTCTGTGAA
CTGCTCGCTGCGGAATCTATTGTCGTATCCATGGATAGAAGAGAGAGTGAAGAAGGGGAC
TTTAACAATCCATGGTGGTTACTACGACTTCACTGAGTGCACGTTCGAGAAATGGACGGT
GGATTATAAGGAAAGAAGATGCGTCGAGAGGACACTCGCTGTTAAGGACCGGTCCATCTG
GAGTTGAACGAATTTGGTAACCGATCAGAGTAAAGCTTGAGTTTGGTTTCGTTTGGTTTT
TGAGTTCTAAATTTTCTGTTGGTTTGCTTTGGTTTGATTCCATTTTTATACGCTCAAACC
TTGTTTTTGTTTTCTTACGGTCTTCTGTACCTTTCACTTTACTAATTTCACTTAACCAAA
AAATTAATTAAATAAACTGTTTG

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 3

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CAAAAACAGCTTTATGTTAATAAAGAAAAGAAAAACTGATTGTTTCTTTAACATATGGGA
AGAAAACCAACACATCTTTCGATTGCGTCTGTAAAAGGAGTCAAGTAAAAAAGATTCTCT
GGTACATTTTAAACTTATGAGGCAAAATAAGTCCTTAAGAGCTAAAGACAAAAAGCTTTT
AGACACGAGACATGCCGAGTTTGCGTTCAAACAAGCGACGCAGGAGATAGACTTGGAGGA
CACTTGCACCAATCAATGCAAACGACTCGAACAAAGCTTTGTGTACTGCTCTTTTGCTCA
TGTTCTCATTCACAATGGCTTGACGATCGGTCTGAGCCTCTAACCAATGCTGTTCAAACT
GGATGTTGTAAAGAGCCTCCTCTAACTTTGATATTTGCTCCATCAAGGGAGTGAAATGCT
CGTCCTTTGCGTGCTGGTCGTAGTAGGCAAAGTGGCCAAGCTGGACATCGAAGTCAATGG
TTTCGTGATAAGGAGACTTGTTTGTGAAACAGAAACGGTAAACCCCTTTCTTCAGGACAA
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CATGTATCACAAGATCTACACCATCCTCGTTAAAATGCCATTGAGAATCAGACTTGATGA
CGACGAAAGAGACGTGGAGCGTGTCGCCTTCGTATTCAGCCTTGTGGGAGAAGCATTCTA
CTCTGTCTATCACGAATCTGATACCTAACGCTGCCTGGAAGCTCCACACGAGCCCTAGTA
ATAGGATCGTAGCCTTAAAGCTCATCTTCCGAGTCTGAGAAATTGAGGAGTGATATGCTC
GATGAGTGTCAAGAAAAAAAAATGTGAGATTGATCGGAGAAGAAGAGCGAGTTCGTCCAG
AATCGGACAAGATGGATCTTGTTTTGACTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H171JQ U 1
AF RR1GL93JQ U 31
AF RR1GL93TF C 157
BS 1 149 RR1H171JQ
BS 150 150 RR1GL93JQ
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BS 511 857 RR1GL93JQ
BS 858 932 RR1GL93TF

RD RR1H171JQ 510 0 0
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CACTTGCACCAATCAATGCAAACGACTCGAACAAAGCTTTGTGTACTGCTCTTTTGCTCA
TGTTCTCATTCACAATGGCTTGACGATCGGTCTGAGCCTCTAACCAATGCTGTTCAAACT
GGATGTTGTAAAGAGCCTCCTCTAACTTTGATATTTGCTCCATCAAGGGAGTGAAATGCT
CGTCCTTTGCGTGCTGGTCGTAGTAGGCAAAGTGGCCAAGCTGGACATCGAAGTCAATGG
TTTCGTGATAAGGAGACTTGTTTGTGAAAC

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1GL93JQ 827 0 0
G
AAAACTGATTGTTTCTTTAACATATGGGAAGAAAACCAACACATCTTTCGATTGTGTCTG
TAAAAGGAGTCAAGTAAAAAAGATTCTCTGGTACATTTTAAACTTATGAGGCAGAATAAG
TTCTTAAGAGCTAAAGACAAAAAGCTTTTAGACACGAGACATGCCGAGTTTGCGTTCAAA
CAAGCGACGCAGGAGATAGACTTGGAGGACACTTGCACCAATCAATGCAAACGACTCGAA
CAAAGCTTTGTGTACTGCTCTTTTGCTCATGTTCTCATTCACAATGGCTTGACGATCGGT
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GAAACGGTAAACCCCTTTCTTCAGGACAACGAAGTCGTGCTTGGCACTGATCTGTTCCCT
AAAGTCATGAATTTGTTCTCCTGTTGGGCCATGTATCACAAGATCTACACCATCCTCGTT
AAAATGCCATTGAGAATCAGACTTGATGACGACGAAAGAGACGTGGAGCGTGTCGCCTTC
GTATTCAGCCTTGTGGGAGAAGCATTCTACTCTGTCTATCACGAATCTGATACCTAACGC
TGCCTGGAAGCTCCACACGAGCCCTAGTAATAGGATCGTAGCCTTAAAGCTCATCTTCCG
AGTCTGAGAAATTGAGGAGTGATATGCTCGATGAGTGTCAAGAAAA

QA 2 827 2 827
DS 

RD RR1GL93TF 776 0 0
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CTTTGTGTACTGCTCTTTTGCTCATGTTCTCATTCACAATGGCTTGACGATCGGTCTGAG
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GCTCCATCAAGGGAGTGAAATGCTCGTCCTTTGCGTGCTGGTCGTAGTAGGCAAAGTGGC
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GGTAAACCCCTTTCTTCAGGACAACGAAGTCGTGCTTGGCACTGATCTGTTCCCTAAAGT
CATGAATTTGTTCTCCTGTTGGGCCATGTATCACAAGATCTACACCATCCTCGTTAAAAT
GCCATTGAGAATCAGACTTGATGACGACGAAAGAGACGTGGAGCGTGTCGCCTTCGTATT
CAGCCTTGTGGGAGAAGCATTCTACTCTGTCTATCACGAATCTGATACCTAACGCTGCCT
GGAAGCTCCACACGAGCCCTAGTAATAGGATCGTAGCCTTAAAGCTCATCTTCCGAGTCT
GAGAA*TTGAGGAGTGATATGCTCGATGAGTGTCAAGAAAAAAAAATGTGAGATTGATCG
GAGAAGAAGAGCGAGTTCGTCCAGAATCGGACAAGATGGATCTTGTTTTGACTCCC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 3

CO CL3301Contig1 1072 3 9 U
GGAGTGCTAAACATTTGATTCAATATGCCAAACGTAATCTCATTACAACGAAAGCCCCTT
TATTCAAGAAATTTTTGAAAAGGTACAATGGAGAAATAAATACACCAGAAACGAAGTGTT
TTTGCAACGAATTGCTTTGAGACTACATACTGGTAGAATCAGAGCCACCAGTGAGAATGT
CATTGATTGATATGTTTCCGATATCGTCTCGGATCATTGACGGACCAGCATCCTTAAGAA
ATGCTTCAGATAAAGTAGTTTTCACAGCTATGCATCTCATGTTTGCAGCTTGAGCAGCCT
GGACTCCAGCAAGTGCATCTTCAATAACAATACACTCTCTTGTGGGCACACCCAAGATCT
TGGAAGCAGCCAAGAAAATATCTGGAGCTGGTTTCAAGTTCTCAAATGCGTCTGCTGATA
CAATTGCATCAAACATGGACAAAGACAAACCAGCGGCTGCAAGGTTTGCATCAACTTTGA
CACGGTCAGCGCTAGATGCAACAGCGACTTTGAGACCTCTGCTCTTACACTCAGTAACAA
GCTCAAGTGCTCCTGGAAATCCAATTCCAGACTCTGGCTTCGCGTACTTGTCGAGATAAA
TCTCAAAGAAGCGCTTTTTAGCTGCATCAGGATCAAAACCTTGTACTCCTTTAACAGAAG
CAACACCTCCTAAGAACTTAGCTTCACCTGTTCCCATGAAAGGGACGAAGTCATCAACAG
TGACTTCAACTCCCATCTCGGTGAAGACATCCACTGCGGCTCGTCTCGAGAGATCCTCGC
TGTTGCAAAGCACACCGTCCATATCGAATAGCACCGCGGACACCTTCCCCCAATCATCCG
CCTCCGTCGTCGTCGCCGGAGGGCTCTCCGCAGCAACACTCACTTTCCAGGACGGTAAAG
GAGCCGGAGAAACACAGCGGAATCCTGGAAACGAAGATGATGATCTTTTCGTGGGTTTTG
ATCTAATTGGATTAATCGAAGAAGAGAATCTCCTTGATGATTGGAAGAAAAGTGAAGGTG
AGCAGGAGGAGTAGAGTTTCAAAGCCATTATTTTGCTCTCTGTGTTTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D678JQ U 1
AF RR1E994JQ U 9
AF RR1E994TF C 256
BS 1 240 RR1D678JQ
BS 241 241 RR1E994JQ
BS 242 426 RR1D678JQ
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BS 436 698 RR1D678JQ
BS 699 819 RR1E994JQ
BS 820 1072 RR1E994TF

RD RR1D678JQ 698 0 0
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TATTCAAGAAATTTTTGAAAAGGTACAATGGAGAAATAAATACACCAGAAACGAAGTGTT
TTTGCAACGAATTGCTTTGAGACTACATACTGGTAGAATCAGAGCCACCAGTGAGAATGT
CATTGATTGATATGTTTCCGATATCGTCTCGGATCATTGACGGACCAGCATCCTTAAGAA
CTGCTTCAGATAAAGTAGTTTTCACAGCTATGCATCTCATGTTTGCAGCTTGAGCAGCCT
GGACTCCAGCAAGTGCATCTTCAATAACAATACACTCTCTTGTGGGCACACCCAAGATCT
TGGAAGCAGCCAAGAAAATATCTGGAGCTGGTTTCAAGTTCTCAAATGCGTCTGCTGATA
CAATTGAATCAAACGTGGACAAAGACAAACCAGCGGCTGCAAGGTTTGCATCAACTTTGA
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TCTCAAAGAAGCGCTTTTTAGCTGCATCAGGATCAAAACCTTGTACTCCTTTAACAGAAG
CAACACCTCCTAAGAACTTAGCTTCACCTGTTCCCATG

QA 1 698 1 698
DS 

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AAATTTTTGAAAAGGTACAATGGAGAAATAAATACACCAGAAACGAAGTGTTTTTGCAAC
GAATTGCTTTGAGACTACATACTGGTAGAATCAGAGCCGCCAGTGAGAATGTCATTGATT
GATATGTTTCCGATATCGTCTCGGATCATTGACGGACCAGCATCCTTAAGAAATGCTTCA
GATAAAGTAGTTTTCACAGCTATGCATCTCATGTTTGCAGCTTGAGCAGCCTGGACTCCA
GCAAGTGCATCTTCAATAACAATACACTCTCTTGTGGGCACACCCAAGATCTTGGAAGCA
GCCAAGAAAATATCTGGAGCTGGTTTCAAGTTCTCAAATGCGTCTGCTGATACAATTGCA
TCAAACATGGACAAAGACAAACCAGCGGCTGCAAGGTTTGCATCAACTTTGACACGGTCA
GCGCTAGATGCAACAGCGACTTTGAGACCTCTGCTCTTACACTCAGTAACAAGCTCAAGT
GCTCCTGGAAATCCAATTCCAGACTCTGGCTTCGCGTACTTGTCGAGATAAATCTCAAAG
AAGCGCTTTTTAGCTGCATCAGGATCAAAACCTTGTACTCCTTTAACAGAAGCAACACCT
CCTAAGAACTTAGCTTCACCTGTTCCCATGAAAGGGACGAAGTCATCAACAGTGACTTCA
ACTCCCATCTCGGTGAAGACATCCACTGCGGCTCGTCTCGAGAGATCCTCGCTGTTGCAA
AGCACACCGTCCATATCGAATAGCACCGCGG

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DS 

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GTAG
TTTCACAGCTATGCATCTCATGTTTGCAGCTTGAGCAGCCTGGACTCCAGCAAGTGCATC
TTCAATAACAATACACTCTCTTGTGGGCACACCCAAGATCTTGGAAGCAGCCAAGAAAAT
ATCTGGAGCTGGTTTCAAGTTCTCAAATGCGTCTGCTGATACAATTGCATCAAACATGGA
CAAAGACAAACCAGCGGCTGCAAGGTTTGCATCAACTTTGACACGGTCAGCGCTAGATGC
AACAGCGACTTTGAGACCTCTGCTCTTACACTCAGTAACAAGCTCAAGTGCTCCTGGAAA
TCCAATTCCAGACTCTGGCTTCGCGTACTTGTCGAGATAAATCTCAAAGAAGCGCTTTTT
AGCTGCATCAGGATCAAAACCTTGTACTCCTTTAACAGAAGCAACACCTCCTAAGAACTT
AGCTTCACCTGTTCCCATGAAAGGGACGAAGTCATCAACAGTGACTTCAACTCCCATCTC
GGTGAAGACATCCACTGCGGCTCGTCTCGAGAGATCCTCGCTGTTGCAAAGCACACCGTC
CATATCGAATAGCACCGCGGACACCTTCCCCCAATCATCCGCCTCCGTCGTCGTCGCCGG
AGGGCTCTCCGCAGCAACACTCACTTTCCAGGACGGTAAAGGAGCCGGAGAAACACAGCG
GAATCCTGGAAACGAAGATGATGATCTTTTCGTGGGTTTTGATCTAATTGGATTAATCGA
AGAAGAGAATCTCCTTGATGATTGGAAGAAAAGTGAAGGTGAGCAGGAGGAGTAGAGTTT
CAAAGCCATTATTTTGCTCTCTGTGTTTTCTCC

QA 5 817 5 817
DS 



AS 2 4

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ATCACAGATAAAACCTTAATAAAGTTAATCTGCATGATCTAATCTTCACAATCCTTCAAT
ACATGTGGATGTAACATCAACGATTCCTGCATTCTCTAGGAGTTTCTCTGTCAATGACCA
GAGCCTCCCAACTTCTGTTTTTACCTCCGCTATACAACTGTTTTCCTGCTGATTAACCTC
GTCATCTGGTATTACAGCGAAATTAAAGTCTGCATCGATACTCATGTCAGCTTGAGTTAA
AAGCTCTGTGCTCATCTCCGCAAGCTTCTGTAATGCGCTAGTTGCAGCTTCCACTTCAAG
CTGAACTGCCTCAAGCTGAAGCTTCTCTATGGCTAGATCACCCATTGTTTTCCCCTCCAT
TCTCTCTTGCGCCAATGCATATAGCATTTTCAAATCTTCCCTGTCATTGGCAGTTTCTTC
TTTCAGTTTCTTGAGTTCCCGCTCCTTTGCTTCTAGTCTTCCCATCACCACATTGATCTC
TTCGTCTTTAAACGTCAGAACCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN53JQ U 1
AF RR1GN79JQ U 1
BS 1 392 RR1GN53JQ
BS 393 393 RR1GN79JQ
BS 394 563 RR1GN53JQ

RD RR1GN53JQ 563 0 0
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ATCACAGATAAAACCTTAATAAAGTTAATCTGCATGATCTAATCTTCACAATCCTTCAAT
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GTCATCTGGTATTACAGCGAAATTAAAGTCTGCATCGATACTCATGTCAGCTTGAGTTAA
AAGCTCTGTGCTCATCTCCGCAAGCTTCTGTAATGCGCTAGTTGCAGCTTCCACTTCAAG
CTGAACTGCCTCAAGCTGAAGCTTCTCTATGGGTAGATCACCCATTGTTTTCCCCTCCAT
TCTCTCTTGCGCCAATGCATATAGCATTTTCAAATCTTCCCTGTCATTGGCAGTTTCTTC
TTTCAGTTTCTTGAGTTCCCGCTCCTTTGCTTCTAGTCTTCCCATCACCACATTGATCTC
TTCGTCTTTAAACGTCAGAACCC

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DS 

RD RR1GN79JQ 555 0 0
GAGACTGAACATATTTATTTAACACCTGGTAAAGTCTACAGATCCACACAAAAAAATCAC
ATCACAGATAAAACCTTAATAAAGTTAATCTGCATGATCTAATCTTCACAATCCTTCAAT
ACATGTGGATGTAACATCAACGATTCCTGCATTCTCTAGGAGTTTCTCTGTCAATGACCA
GAGCCTCCCAACTTCTGTTTTTACCTCCGCTATACAACTGTTTTCCTGCTGATTAACCTC
GTCATCTGGTATTACAGCGAAATTAAAGTCTGCATCGATACTCATGTCAGCTTGAGTTAA
AAGCTCTGTGCTCATCTCCGCAAGCTTCTGTAATGCGCTAGTTGCAGCTTCCACTTCAAG
CTGAGCTGCCTCAAGCTGAAGCTTCTCTATGGCTAGATCACCCATTGTTTTCCCCTCCAT
TCTCTCTTGCGCCAATGCATATAGCATTTTCAAATCTTCGCTGTCATTGGCAGTTTCTTC
TTTCAGTTTCTTGAGTTCCCGCTCCTTTGCTTCTAGTCTTCCCATCACCACATTGATCTC
TTCGTCTTTAAACGT

QA 1 555 1 555
DS 



CO CL3302Contig2 778 2 1 U
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AGTTGCTGAAGGAGAAAGACGTCCACCTTCACAGAATCGAAGGTGAGTTAGGCAGTTCGG
AGATGCGAGTCAGCGAAGCCGAGATGGTGGTGGAAAAAATTGCAGAGCTGACGAGCAGAT
TGGTTATGTCAACCACCAAGGATCTGATAAGTCAGCAACCACTAGAGAAACAACCTCGTG
TTGATTACGGAATGGAGAACAAACGGCTAGTGATGGAGTTAAACTTCACAAGAGAGAATC
TACGGTTGAAAGAGATGGAGGTTTTAGCTGCGTAGAGGGCTCTGACGTTTAAAGACGAAG
AGATCAATGTGGTGATGGGAAGACTAGAAGCAAAGGAGCGGGAACTCAAGAAACTGAAAG
AAGAAACTGCCAATGACAGCGAAGATTGAAATGCTATATGCATTGGCGCAAGAGAGAATG
GAGGGAAACAATGGGTGATCTAGCCATAGAGAAGCTTCAGCTTGAGCAGCTCAGCTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN79TF U 1
AF RR1GN53TF U 1
BS 1 778 RR1GN53TF

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DS 

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TACGGTTGAAAGAGATGGAGGTTTTAGCTGCGTAGAGGGCTCTGACGTTTAAAGACGAAG
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GAGGGAAACAATGGGTGATCTAGCCATAGAGAAGCTTCAGCTTGAGCAGCTCAGCTTG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR1CO91TF U 81
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AF RR1FR10TF U 1
AF RR1E571TF U 2
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G
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TCCTTAACCCTAAAGT
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QA 2 257 2 257
DS 

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DS 

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TGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACTGTCCGCACTGGCGGTAAAGGGACTG
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QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 4

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CATTCAAACATTTTTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F065TF U 1
AF RR1DS76TF U 1
AF RR1F065JQ C 54
AF RR1DS76JQ C 129
BS 1 730 RR1DS76TF
BS 731 737 RR1DS76JQ

RD RR1F065TF 586 0 0
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QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1DS76TF 730 0 0
GGATCATCAGAAGGTTGATTTCATGGCATGTCCTGCCTCCTACTTGTGTGCCTGATAGCT
GCATTGTCAACATCTACGATGAAGGTGACTGTATACCTCCTCACATCGACAACCACGACT
TTCTACGTCCCTTCTGTACCATCTCTTTTCTCAGTGAATGCAACATCCTCTTTGGCTCCA
ACCTTAAAATAGAAGGTCCTGGTGAATTCTCCGGTTCATTCTCAGTACCACTTCCTGTAG
GATCAGTTCTGGTCTTAAATGGAAATGGAGCTGATGTAGCTAAACACTGTGTACCTGCAG
TTCCCACAAAAAGGATATCAATCACGTTTAGGAAAATGGATGAGTCGAAACGCCCGGTTT
GGTTCACTCCAGAACCTGATTTGCAAGGGATCGAGCCACTGCCGTTGGACCTGAACCGGT
CTGATTCTGCTGCAAGGTCCTCAGGATCAAGCAACAGCCACAACGGTAGTAACAGAAGAG
GAGGGTATGGACGTAGAGGAGGTGGAGGAGGAAACAATTACGAGACGAGAGGTTACTATA
ATGCTGAGAGAAGCAGTGAACAGTATGACTCTAGAGAATGGTCATCAGGCCAGAGAAGAG
GTAGGCCACGACCTAGTAGAACCTCCTAAGGTTATATTATTATATACTTCCATTTCCGAA
GATGAAATTTATTCTACATTACCAACGAATATGTACAACATATGTCCTAATTTTAAGTCC
CATTCAAACA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1F065JQ 684 0 0
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CACGACTTTCTACGTCCCTTCTGTACCATCTCTTTTCTCAGTGAATGCAACATCCTCTTT
GGCTCCAACCTTAAAATAGAAGGTCCTGGTGAATTCTCCGGTTCATTCTCAGTACCACTT
CCTGTAGGATCAGTTCTGGTCTTAAATGGAAATGGAGCTGATGTAGCTAAACACTGTGTA
CCTGCAGTTCCCACAAAAAGGATATCAATCACGTTTAGGAAAATGGATGAGTCGAAACGC
CCGGTTTGGTTCACTCCAGAACCTGATTTGCAAGGGATCGAGCCACTGCCGTTGGACCTG
AACCGGTCTGATTTTGCTGCAAGGTCCTCAGGATCAAGCAACAGCCACAACGGTAGTAAC
AGAAGAGGAGGGTATGGACGTAGAGGAGGTGGAGGAGGAAACAATTACGAGACGAGAGGT
TACTATAATGCTGAGAGAAGCAGTGAACAGTATGACTCTAGAGAATGGTCATCAGGCCAG
AGAAGAGGTAGGCCACGACCTAGTAGAACCTCCTAAGGTTATATTATTATATACTTCCAT
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TAAGTCCCATTCAAACA
TTTTTCC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1DS76JQ 609 0 0
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ATAGAAGGTCCTGGTGAATTCTCCGGTTCATTCTCAGTACCACTTCCTGTAGGATCAGTT
CTGGTCTTAAATGGAAATGGAGCTGATGTAGCTAAACACTGTGTACCTGCAGTTCCCACA
AAAAGGATATCAATCACGTTTAGGAAAATGGATGAGTCGAAACGCCCGGTTTGGTTCACT
CCAGAACCTGATTTGCAAGGGATCGAGCCACTGCCGTTGGACCTGAACCGGTCTGATTTT
GCTGCAAGGTCCTCAGGATCAAGCAACAGCCACAACGGTAGTAACAGAAGAGGAGGGTAT
GGACGTAGAGGAGGTGGAGGAGGAAACAATTACGAGACGAGAGGTTACTATAATGCTGAG
AGAAGCAGTGAACAGTATGACTCTAGAGAATGGTCATCAGGCCAGAGAAGAGGTAGGCCA
CGACCTAGTAGAACCTCCTAAGGTTATATTATTATATACTTCCATTTCCGAAGATGAAAT
TTATTCTACATTACCAACGAATATGTACAACATATGTCCTAATTTTAAGTCCCATTCAAA
CATTTTTCC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

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TTGTTGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCATCTTCAAAGATGTATGACG
CCGAGTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGATTCGCCA
ACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCAGATGCTC
AGAACTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTCTCGGGC
TGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGCCGACCAAATAGA
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TATATGGATACTTTCATGTCTAGAGAAAAAAGCCAGTGTAAGAACTGAGAACTTCTTTGT
ATCCCTGATTGTTTTTTATATATTGTTTTAATACTTTGTAATAAGTCTCTTTGGAGAACA
TCTTCTTGTTTGTATTCTCTTTTAATCAAAGACGAGAGTTTCTATAGACATTGTGATAAA
ACAATTATCTTCTTATT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AS78JQ C 1
AF RR1AS78TF U 1
BS 1 1 RR1AS78JQ
BS 2 617 RR1AS78TF

RD RR1AS78JQ 617 0 0
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TTGTTGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCATCTTCAAAGATGTATGACG
CCGAGTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGATTCGCCA
ACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCAGATGCTC
AGAACTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTCTCGGGC
TGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGCCGACCAAATAGA
GAGCATACAACCTTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGTTTTCTTGATTATCTTCATTGT
TATATGGATACTTTCATGTCTAGAGAAAAAAGCCAGTGTAAGAACTGAGAACTTCTTTGT
ATCCCTGATTGTTTTTTATATATTGTTTTAATACTTTGTAATAAGTCTCTTTGGAGAACA
TCTTCTTGTTTGTATTCTCTTTTAATCAAAGACGAGAGTTTCTATAGACATTGTGATAAA
ACAATTATCTTCTTATT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1AS78TF 617 0 0
G
CACTTCCAAGAATCTCATCAGTGTAATCTTTTGCGAAGCTGTAGCTATATATGGCGTTAT
TGTTGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCATCTTCAAAGATGTATGACGC
CGAGTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGATTCGCCAA
CCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCAGATGCTCA
GAACTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTCTCGGGCT
GTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGCCGACCAAATAGAG
AGCATACAACCTTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGTTTTCTTGATTATCTTCATTGTT
ATATGGATACTTTCATGTCTAGAGAAAAAAGCCAGTGTAAGAACTGAGAACTTCTTTGTA
TCCCTGATTGTTTTTTATATATTGTTTTAATACTTTGTAATAAGTCTCTTTGGAGAACAT
CTTCTTGTTTGTATTCTCTTTTAATCAAAGACGAGAGTTTCTATAGACATTGTGATAAAA
CAATTATCTTCTTATT

QA 2 617 2 617
DS 



AS 1 4

CO CL3306Contig1 842 4 3 U
GAATAACAAACAACCTGAAACCTAATCTACCTGCAGAACTAGAAGAATATCAAAATGTCG
ACAACCTTCAAAGCCATAAGAGACCGGACATACTCAGGTGTAGGTGATCTCATCAGACTC
CTCCCGACAGGAACCGTCTTCTTGTTCCAGTTCTTAAACCCTGTCTTAACCAACAATGGT
CATTGCCTCCTAATCAACAAATACTTAACCGGAGCTCTTATTGTAATATGCGCCTTCTCT
TGCTGCTTTACTTGCTTCACCGATAGCTACCGAACAAGTGACGGTTACGTTCACTATGGA
ATCGCTACTGTGAAGGGTCTCTGGCCAGATTCTTCTTCAAAGGATCTCTCTTCGTATCGG
CTTAGAGTTGGAGATTTTGTCCACGCTTTCTTCACTGATCTTATTGTTTTCAGCGTTATT
TCTTTGTTGGATGCTAATACTGTTAACTGTTTTTATCCTGGCTTCGGTTCCACTGGGAAG
ATTTTCCTAATGGTTTTGCCTCCGGTGATCGGAGTTATCTCCAGCGTTGTCTTCACGGTG
TTCCCTAGTAGACGTCACGGAATTGGGAATCCGTCCGAGAATAATGATGACAATGCTTCT
GAGATGGAGAAATGATATATATGAGTGTCACTATATATATGTGCATAATTTAATGAAATG
GAATATATGCGTGAAATGTTAAAAGGTTGTGTGTAAGTTATGCATTGACGGTCGTATTGT
AATGTTTACTAATTTTAAATTTCTTGTGAATTTGTGATTTAATATTCATGTTTGATGAGA
AATCAATGTGTATCTATTTCTTTTTT*CTTTGTAAATGATTTTTTTTCAAATGTTTGTTG
AT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 

AF RR1AR43TF U 1
AF RR1B806TF U 257
AF RR1B806JQ C 348
AF RR1AR43JQ C 375
BS 1 505 RR1AR43TF
BS 506 839 RR1B806TF
BS 840 842 RR1AR43JQ

RD RR1AR43TF 505 0 0
GAATAACAAACAACCTGAAACCTAATCTACCTGCAGAACTAGAAGAATATCAAAATGTCG
ACAACCTTCAAAGCCATAAGAGACCGGACATACTCAGGTGTAGGTGATCTCATCAGACTC
CTCCCGACAGGAACCGTCTTCTTGTTCCAGTTCTTAAACCCTGTCTTAACCAACAATGGT
CATTGCCTCCTAATCAACAAATACTTAACCGGAGCTCTTATTGTAATATGCGCCTTCTCT
TGCTGCTTTACTTGCTTCACCGATAGCTACCGAACAAGTGACGGTTACGTTCACTATGGA
ATCGCTACTGTGAAGGGTCTCTGGCCAGATTCTTCTTCAAAGGATCTCTCTTCGTATCGG
CTTAGAGTTGGAGATTTTGTCCACGCTTTCTTCACTGATCTTATTGTTTTCAGCGTTATT
TCTTTGTTGGATGCTAATACTGTTAACTGTTTTTATCCTGGCTTCGGTTCCACTGGGAAG
ATTTTCCTAATGGTTTTGCCTCCGG

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1B806TF 583 0 0
G
CACCGATAGCTACCGAACAAGTGACGTTTACGTTCACTATGGAATCGCTACTGTGAAGGG
TCTCTGGCCAGATTCTTCTTCAAAGGATCTCTCTTCGTATCGGCTTAGAGTTGGAGATTT
TGTCCACGCTTTCTTCACT***CTTATTGTTTTCAGCGTTATTTCTTTGTTGGATGCTAA
TACTGTTAACTGTTTTTATCCTGGCTTCGGTTCCACTGGGAAGGTTTTCCTAATGGTTTT
GCCTCCGGTGATCGGAGTTATCTCCAGCGTTGTCTTCACGGTGTTCCCTAGTAGACGTCA
CGGAATTGGGAATCCGTCCGAGAATAATGATGACAATGCTTCTGAGATGGAGAAATGATA
TATATGAGTGTCACTATATATATGTGCATAATTTAATGAAATGGAATATATGCGTGAAAT
GTTAAAAGGTTGTGTGTAAGTTATGCATTGACGGTCGTATTGTAATGTTTACTAATTTTA
AATTTCTTGTGAATTTGTGATTTAATATTCATGTTTGATGAGAAATCAATGTGTATCTAT
TTCTTTTTT*CTTTGTAAATGATTTTTTTTCAAATGTTTGTT

QA 2 583 2 583
DS 

RD RR1B806JQ 492 0 0
CTCTTCGTATCGGCTTAGAGTTGGAGATTTTGTCCACGCTTTCTTCACT***CTTATTGT
TTTCAGCGTTATTTCTTTGTTGGATGCTAATACTGTTAACTGTTTTTATCCTGGCTTCGG
TTCCACTGGGAAGGTTTTCCTAATGGTTTTGCCTCCGGTGATCGGAGTTATCTCCAGCGT
TGTCTTCACGGTGTTCCCTAGTAGACGTCACGGAATTGGGAATCCGTCCGAGAATAATGA
TGACAATGCTTCTGAGATGGAGAAATGATATATATGAGTGTCACTATATATATGTGCATA
ATTTAATGAAATGGAATATATGCGTGAAATGTTAAAAGGTTGTGTGTAAGTTATGCATTG
ACGGTCGTATTGTAATGTTTACTAATTTTAAATTTCTTGTGAATTTGTGATTTAATATTC
ATGTTTGATGAGAAATCAATGTGTATCTATTTCTTTTTT*CTTTGTAAATGATTTTTTTT
CAAATGTTTGTT

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1AR43JQ 468 0 0
TTTTGTCCACGCTTTCTTCACTGATCTTATTGTTTTCAGCGTTATTTCTTTGTTGGATGC
TAATACTGTTAACTGTTTTTATCCTGGCTTCGGTTCCACTGGGAAGATTTTCCTAATGGT
TTTGCCTCCGGTGATCGGAGTTATCTCCAGCGTTGTCTTCACGGTGTTCCCTAGTAGACG
TCACGGAATTGGGAATCCGTCCGAGAATAATGATGACAATGCTTCTGAGATGGAGAAATG
ATATATATGAGTGTCACTATATATATGTGCATAATTTAATGAAATGGAATATATGCGTGA
AATGTTAAAAGGTTGTGTGTAAGTTATGCATTGACGGTCGTATTGTAATGTTTACTAATT
TTAAATTTCTTGTGAATTTGTGATTTAATATTCATGTTTGATGAGAAATCAATGTGTATC
TATTTCTTTTTTTCTTTGTAAATGATTTTTTTTCAAATGTTTGTTGAT

QA 1 468 1 468
DS 



AS 1 4

CO CL3307Contig1 676 4 2 U
TTTTTATATCAGCTTGCGCATCCTAACGAGTAAAGAATTAACAAAATCAGAAGAAAAAAA
CAGAGAAACAAAAGCTATATCAAATCAAAAGGGAGGCAAATAGCTTTCAACTTTGTCTCA
GCATTGTGAGATCATTGTAAACTAATGCACAGTTAAACCATGAAAACATTTATGTAGAGA
GGAATTCACTAATGAAGAAAAGTTATAGTTGACATTATTATGCTAAAAAAGCAGAGGATG
TTTTGTTTTTGTTTTGGAAGCTATCATCACTACTTTTTCTACTTGTTACGCTTCGCAGCA
CGTCTTCCATGACCCTTCTTTGGTGGTCCTTTATCACGACGCTTCAACATCTCAAGCTTC
GATAAGCGCTCTTTTTCTTCTCTAGCCAAGACATTGGGATCCTCGTTCTTAATGTCGTAT
GGATACCACTCCGCAACCTTATCACCAAAAAGCTTCTTCCTTAAGATCTTATGAGGAGAC
CTCTGCCCTGTTGGGTTAAGCATATGTCCGAAAATCCTTGCTCTTGCTTCGGTCACACCA
ACAGTAACTGCTGAAGTGACAAGGCTTTTCAGGCTACCACTAGCCATCTTTCCCTCAAAC
CCGCCGATCGGATAAAACAATAGCGACGGCGATGAGAGAAATCGGAGACGGCGAGACTGT
AAAACGGGGGGATTAC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1DA60JQ U 81
AF RR1BW61TF C 1
AF RR1BW61JQ U 3
AF RR1FF86JQ U 6
BS 1 5 RR1BW61TF
BS 6 676 RR1BW61JQ

RD RR1DA60JQ 323 0 0
CC
AATCAAAAGGGAGGCAAATAGCTTTCAACTTTGTCTCAGCATTGTGAGATCATTGTAAAC
TAATGCACAGTTAAACCATGAAAACATTTATGTAGAGAGGAATTCACTAATGAAGAAAAG
TTATAGTTGACATTATTATGCTAAAAAAGCAAAGGATGTTTTGTTTTTGTTTTGGAAGCT
ATCATCACTACTTTTTCTACTTGTTACGCTTCGCAGCACGTCTTCCATGACCCTTCTTTG
GTGGTCCTTTATCACGACGCTTCAACATCTCAAGCTTCGATAAGCGCTCTTTTTCTTCTC
TAGCCAAGACATTGGGATCC
C

QA 3 322 3 322
DS 

RD RR1BW61TF 676 0 0
TTTTTATATCAGCTTGCGCATCCTAACGAGTAAAGAATTAACAAAATCAGAAGAAAAAAA
CAGAGAAACAAAAGCTATATCAAATCAAAAGGGAGGCAAATAGCTTTCAACTTTGTCTCA
GCATTGTGAGATCATTGTAAACTAATGCACAGTTAAACCATGAAAACATTTATGTAGAGA
GGAATTCACTAATGAAGAAAAGTTATAGTTGACATTATTATGCTAAAAAAGCAGAGGATG
TTTTGTTTTTGTTTTGGAAGCTATCATCACTACTTTTTCTACTTGTTACGCTTCGCAGCA
CGTCTTCCATGACCCTTCTTTGGTGGTCCTTTATCACGACGCTTCAACATCTCAAGCTTC
GATAAGCGCTCTTTTTCTTCTCTAGCCAAGACATTGGGATCCTCGTTCTTAATGTCGTAT
GGATACCACTCCGCAACCTTATCACCAAAAAGCTTCTTCCTTAAGATCTTATGAGGAGAC
CTCTGCCCTGTTGGGTTAAGCATATGTCCGAAAATCCTTGCTCTTGCTTCGGTCACACCA
ACAGTAACTGCTGAAGTGACAAGGCTTTTCAGGCTACCACTAGCCATCTTTCCCTCAAAC
CCGCCGATCGGATAAAACAATAGCGACGGCGATGAGAGAAATCGGAGACGGCGAGACTGT
AAAACGGGGGGATTAC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1BW61JQ 674 0 0
TTT
ATATCAGCTTGCGCATCCTAACGAGTAAAGAATTAACAAAATCAGAAGAAAAAAACAGAG
AAACAAAAGCTATATCAAATCAAAAGGGAGGCAAATAGCTTTCAACTTTGTCTCAGCATT
GTGAGATCATTGTAAACTAATGCACAGTTAAACCATGAAAACATTTATGTAGAGAGGAAT
TCACTAATGAAGAAAAGTTATAGTTGACATTATTATGCTAAAAAAGCAGAGGATGTTTTG
TTTTTGTTTTGGAAGCTATCATCACTACTTTTTCTACTTGTTACGCTTCGCAGCACGTCT
TCCATGACCCTTCTTTGGTGGTCCTTTATCACGACGCTTCAACATCTCAAGCTTCGATAA
GCGCTCTTTTTCTTCTCTAGCCAAGACATTGGGATCCTCGTTCTTAATGTCGTATGGATA
CCACTCCGCAACCTTATCACCAAAAAGCTTCTTCCTTAAGATCTTATGAGGAGACCTCTG
CCCTGTTGGGTTAAGCATATGTCCGAAAATCCTTGCTCTTGCTTCGGTCACACCAACAGT
AACTGCTGAAGTGACAAGGCTTTTCAGGCTACCACTAGCCATCTTTCCCTCAAACCCGCC
GATCGGATAAAACAATAGCGACGGCGATGAGAGAAATCGGAGACGGCGAGACTGTAAAAC
GGGGGGATTAC

QA 4 674 4 674
DS 

RD RR1FF86JQ 671 0 0
ATATCAGCTTGCGCATCCTAACGAGTAAAGAATTAACAAAATCAGAAGAAAAAAACAGAG
AAACAAAAGCTATATCAAATCAAAAGGGAGGCAAATAGCTTTCAACTTTGTCTCAGCATT
GTGAGATCATTGTAAACTAATGCACAGTTAAACCATGAAAACATTTATGTAGAGAGGAAT
TCACTAATGAAGAAAAGTTATAGTTGACATTATTATGCTAAAAAAGCAGAGGATGTTTTG
TTTTTGTTTTGGAAGCTATCATCACTACTTTTTCTACTTGTTACGCTTCGCAGCACGTCT
TCCATGACCCTTCTTTGGTGGTCCTTTATCACGACGCTTCAACATCTCAAGCTTCGATAA
GCGCTCTTTTTCTTCTCTAGCCAAGACATTGGGATCCTCGTTCTTAATGTCGTATGGATA
CCACTCCGCAACCTTATCACCAAAAAGCTTCTTCCTTAAGATCTTATGAGGAGACCTCTG
CCCTGTTGGGTTAAGCATATGTCCGAAAATCCTTGCTCTTGCTTCGGTCACACCAACAGT
AACTGCTGAAGTGACAAGGCTTTTCAGGCTACCACTAGCCATCTTTCCCTCAAACCCGCC
GATCGGATAAAACAATAGCGACGGCGATGAGAGAAATCGGAGACGGCGAGACTGTAAAAC
GGGGGGATTAC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 4

CO CL3308Contig1 1007 4 8 U
GATTCCCCATCTGTCTAATCCTGCAATGTTGTGCGACTTCCTAACAAAATCATATGATAT
CGGAGGAGTTGTCAGTGTAATGGCTCTAAGCAGCCTCTTCATCCTCATGACCGAGCATGG
TCTAGAATATCCAAACTTTTATGAAAAGCTCTATGCGTTACTGGTTCCTTCGGTCTTTGT
GGCCAAGCACCGAGCAAGATTTCTCCAGCTTCTTGATGCTTGCCTTAAGTCATCATTGCT
TCCAGCATATCTGGCAGCTTCGTTCGCAAAGAAACTTAGCAGATTGTCACTCTCTGTTCC
TCCCTCGGGATCTCTTGTCATAACGGCTTTGATCTACAACCTGTTGCGTAGACATCCTAC
AATCAACCATCTTGTTCATCAGGAACCCGTTGAAAACGCCAATGAAGCCAATTCAGAGGC
TGACGAAGACAATGAGAGCAGCAGGCCAAAGACCAACAAGAAGCTTGGTATCGACTACTT
CAACAACCAGGAAACTGATCTCAAGAAAACTGGTGCCATGAAAAGTTCTCTATGGGAGAT
TGACACATTGCGCCACCATTACTGCCCACCTGTTTCAAGGTTTGTTTCATCGCTGGAAAC
TGATCTAACAATCAGAGCAAAAACTACTGAGATGAAAATAGAAGATTTCAGCTCGGGTTC
ATATGCCACCATCTTCGGGGACGAGATTCGAAGAAGGGTAAAACAAGTTCCATTAGCCTT
CTACAAAGCGGTTCCAACATCTCTGTTTGAGGATTCAGATTTTCCAGGGTGGACATTCAA
CATTCCTCAAGATGAGGGCAAATGCTGAGTGATGTCGAAAGAGTAGCCAACTCGTCAAGT
AAAAAACATTGCAGGTATTGGGAGATTTGTGATACCTAAGTTTTGTATTTCAGATATAGT
TTTTGGTTTTGATACGCTGAGTGTCTGTTAGCCGTACACCCACGCTATGACGCTATAGCA
CCCCATACATTCGCGTCTAGTCGATTTTAATCTATTTCTTTTTTACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1E652TF U 1
AF RR1E647TF U 1
AF RR1E647JQ C 228
AF RR1E652JQ C 231
BS 1 697 RR1E647TF
BS 698 698 RR1E647JQ
BS 699 732 RR1E647TF
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BS 734 735 RR1E647TF
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BS 737 750 RR1E647TF
BS 751 1007 RR1E647JQ

RD RR1E652TF 685 0 0
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TCTAGAATATCCAAACTTTTATGAAAAGCTCTATGCGTTACTGGTTCCTTCGGTCTTTGT
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TCCAGCATATCTGGCAGCTTCGTTCGCAAAGAAACTTAGCAGATTGTCACTCTCTGTTCC
TCCCTCGGGATCTCTTGTCATAACGGCTTTGATCTACAACCTGTTGCGTAGACATCCTAC
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TGACACATTGCGCCACCATTACTGCCCACCTGTTTCAAGGTTTGTTTCATCGCTGGAAAC
TGATCTAACAATCAGAGCAAAA*CTACTGAGATGAAAATAGAAGATTTCAGCTCGGGTTC
ATATGCCACCATCTTCGGG
ACGAGA

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DS 

RD RR1E647TF 750 0 0
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CGGAGGAGTTGTCAGTGTAATGGCTCTAAGCAGCCTCTTCATCCTCATGACCGAGCATGG
TCTAGAATATCCAAACTTTTATGAAAAGCTCTATGCGTTACTGGTTCCTTCGGTCTTTGT
GGCCAAGCACCGAGCAAGATTTCTCCAGCTTCTTGATGCTTGCCTTAAGTCATCATTGCT
TCCAGCATATCTGGCAGCTTCGTTCGCAAAGAAACTTAGCAGATTGTCACTCTCTGTTCC
TCCCTCGGGATCTCTTGTCATAACGGCTTTGATCTACAACCTGTTGCGTAGACATCCTAC
AATCAACCATCTTGTTCATCAGGAACCCGTTGAAAACGCCAATGAAGCCAATTCAGAGGC
TGACGAAGACAATGAGAGCAGCAGGCCAAAGACCAACAAGAAGCTTGGTATCGACTACTT
CAACAACCAGGAAACTGATCTCAAGAAAACTGGTGCCATGAAAAGTTCTCTATGGGAGAT
TGACACATTGCGCCACCATTACTGCCCACCTGTTTCAAGGTTTGTTTCATCGCTGGAAAC
TGATCTAACAATCAGAGCAAAAACTACTGAGATGAAAATAGAAGATTTCAGCTCGGGTTC
ATATGCCACCATCTTCGGGGACGAGATTCGAAGAAGG*TAAAACAAGTTCCATTAGCCTT
CTACAAAGCGGT*CCCACATCTCTGTTTGA

QA 1 750 1 750
DS 

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AGT
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QA 4 780 4 780
DS 

RD RR1E652JQ 777 0 0
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TCTCTGTTCCTCCCTCGGGATCTCTTGTCATAACGGCTTTGATCTACAACCTGTTGCGTA
GACATCCTACAATCAACCATCTTGTTCATCAGGAACCCGTTGAAAACGCCAATGAAGCCA
ATTCAGAGGCTGACGAAGACAATGAGAGCAGCAGGCCAAAGACCAACAAGAAGCTTGGTA
TCGACTACTTCAACAACCAGGAAACTGATCTCAAGAAAACTGGTGCCATGAAAAGTTCTT
TATGGGAGATTGACACATTGCGCCACCATTACTGCCCACCTGTTTCAAGGTTTGTTTCAT
CGCTGGAAACTGATCTAACAATCAGAGCAAAAACTACTGAGATGAAAATAGAAGATTTCA
GCTCGGGTTCATATGCCACCATCTTCGGGGACGAGATTCGAAGAAGGGTAAAACAAGTTC
CATTAGCCTTCTACAAAGCGGTTCCAACATCTCTGTTTGAGGATTCAGATTTTCCAGGGT
GGACATTCAACATTCCTCAAGATGAGGGCAAATGCTGAGTGATGTCGAAAGAGTAGCCAA
CTCGTCAAGTAAAAAACATTGCAGGTATTGGGAGATTTGTGATACCTAAGTTTTGTATTT
CAGATATAGTTTTTGGTTTTGATACGCTGAGTGTCTGTTAGCCGTACACCCACGCTATGA
CGCTATAGCACCCCATACATTCGCGTCTAGTCGATTTTAATCTATTTCTTTTTTACC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 4

CO CL3309Contig1 968 4 9 U
GGAAACAAAAAAAGTAAAGTAAAGAGTCAGAGACAGAACATCTTCAGTTCAGAGTCTCAA
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AGTGACTCGGAGCATGGATCGCCGAACTCGAAGTGCGACTCAACAAAACGGCGCTAAAGC
TGCTGGATCCGTCGTCAACAAGCAGGTGAAGAAGCTTGCGTCGCCGCCGAAGAGGAAGAA
GCCATCGACTGAGACTGGGAGAGGAGCTAAGAAGGCGAAGAAGGAAGAGAAAGCATCTCA
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CAACCCTGAAAAGCCAAGGCGTGGTTGCTTTGAGATCCGAGAGGAAGGTGGTAAAACATT
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AGTCATCGAGGACATCATTAAGAAGATCAAATGAGAGACATCTACAGAACTGCAAATAGG
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TCTAGAGAAACTTCGGATTTGTTAGGTTCCCTTTATTTTTTCGGTATGAGCACTGTAAGT
GCTGTCTGGTTGTTTTTGCATTGCATGATTGGCTTAGTTTGATCTGTTCTGTTTGTGGGA
TTAACTCGTATGTGCAAGGCTACTTTGATTCATCTCGTTGCTTGAAGCAAAACCGATTCG
TGTTATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1FO12TF U 1
AF RR1DK16TF U 66
AF RR1FO12JQ C 207
AF RR1DK16JQ C 253
BS 1 286 RR1FO12TF
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BS 288 638 RR1FO12TF
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RD RR1FO12TF 638 0 0
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AGTGACTCGGAGCATGGATCGCCGAACTCGAAGTGCGACTCAACAAAACGGCGCTAAAGC
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AGACTCGACGAAGCCCAAGATTGTTATAGAGCACTGTAAACAATGCAATGCGTTCAAGAC
AAGGGCCATTCAGGTGAAGGAAGGTCTGGAGGGAGCTGTTCCTGGCGTCACCGTGACGCT
CAACCCTGAAAAGCCAAGGCGTGGTTGCTTTGAGATCCGAGAGGAAGGTGGTAAAACATT
CATCAGTCTTTTGGAGATGAAACGTCCATTTGCTCCAA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1DK16TF 650 0 0
GG
GTACTCAGACGAAAGCCTGTCTCTTTGTTTTGTGTTCTGTTTTTCTTTTCCCGTACAATG
GCGCCGGTGAAGAGTAAGGGAGATGGAGAGGAAAAGGCACCAACTTCGTCGAGAGTGACT
CGGAGCATGGATCGCCGAACTCGAAGTGCGACTCAACAAAACGGCGCTAAAGCTGCTGGA
TCCGTCGTCAACAAGCAGGTGAAGAAGCTTGCGTCGCCGCCGAAGAGGAAGAAGCCATCG
ACTGAGACTGGGAGAGGAGCTAAGAAGGCGAAGAAGGAAGAGAAAGCATCTCAGGAAGTT
GTGAAGGATGAGGAAGAGGAAGAAGCTGCTGGTGCGGAGGAGGAGGAGGTTGGAGACTCG
ACGAAGCCCAAGATTGTTATAGAGCACTGTAAACAATGCAATGCGTTCAAGACAAGGGCC
ATTCAGGTGAAGGAAGGTCTGGAGGGAGCTGTTCCTGGCGTCACCGTGACGCTCAACCCT
GAAAAGCCAAGGCGTGGTTGCTTTGAGATCCGAGAGGAAGGTGGTAAAACATTCATCAGT
CTTTTGGAGATGAA*CGTCCATTTGCTCCAATGAAGGCTCTTGATATGGAAGAAGTCATC
GAGGACATCATTAAGAAGATCAAATGAGAGACATCTACAGAACTGCAA

QA 3 650 3 650
DS 

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TGAAGAAGCTTGCGTCGCCGGCGAAGAGGAAGAAGCCATCGACTGAGACTGGGAGAGGAG
CTAAGAAGGCGAAGAAGGAAGAGAAAGCATCTCAGGAAGTTGAGAAGGATGAGGAAGAGG
AAGAAGCTGCTGGTGCGGAGGAGGAGGAGGTTGGAGACTCGACGAAGCCCAAGATTGTTA
TAGAGCACTGTAAACAATGCAATGCGTTCAAGACAAGGGCCATTCAGGTGAAGGAAGGTC
TGGAGGGAGCTGTTCCTGGCGTCACCGTGACGCTCAACCCTGAAAAGCCAAGGCGTGGTT
GCTTTGAGATCCGAGAGGAAGGTGGTAAAACATTCATCAGTCTTTTGGAGATGAAACGTC
CATTTGCTCCAATGAAGGCTCTTGATATGGAAGAAGTCATCGAGGACATCATTAAGAAGA
TCAAATGAGAGACATCTACAGAACTGCAAATAGGCTCTTCTTTAGCCTAATCTGTCCCTT
TTGTTCCTACCAATCAGAATTATGTAGAAGACTTTCTAGAGAAACTTCGGATTTGTTAGG
TTCCCTTTATTTTTTCGGTATGAGCACTGTAAGTGCTGTCTGGTTGTTTTTGCATTGCAT
GATTGGCTTAGTTTGATCTGTTCTGTTTGTGGGATTAACTCGTATGTGTAAGGCTACTTT
GATTCATCTCGTTGCTTGAAGCAAAACCTATTCGTGTTATTC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1DK16JQ 715 0 0
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GACTGGGAGAGGAGCTAAGAAGGCGAAGAAGGAAGAGAAAGCATCTCAGGAAGTTGTGAA
GGATGAGGAAGAGGAAGAAGCTGCTGGTGCGGAGGAGGAGGAGGTTGGAGACTCGACGAA
GCCCAAGATTGTTATAGAGCACTGTAAACAATGCAATGCGTTCAAGACAAGGGCCATTCA
GGTGAAGGAAGGTCTGGAGGGAGCTGTTCCTGGCGTCACCGTGACGCTCAACCCTGAAAA
GCCAAGGCGTGGTTGCTTTGAGATCCGAGAGGAAGGTGGTAAAACATTCATCAGTCTTTT
GGAGATGAAACGTCCATTTGCTCCAATGAAGGCTCTTGATATGGAAGAAGTCATCGAGGA
CATCATTAAGAAGATCAAATGAGAGACATCTACAGAACTGCAAATAGGCTCTTCTTTAGC
CTAATCTGTCCCTTTTGTTCCTACCAATCAGAATTATGTAGAAGACTTTCTAGAGAAACT
TCGGATTTGTTAGGTTCCCTTTATTTTTTCGGTATGAGCATTGTAAGTGCTGTCTGGTTG
TTTTTGCATTGCATGATTGGCTTAGTTTGATCTGTTCTGTTTGTGGGATTAACTCGTATG
TGCAAGGCTACTTTGATTCATCTCGTTGCTTGAAGCAAAACCGATTCGTGTTATT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 4

CO CL3310Contig1 846 4 15 U
GCGAGACGGGAGGCCCTGTTATCTCATGTGCTTGGAAGCCTGAGTGGGATCGTCTTGATC
CCTTGGAGCGAGCTAGACTGAAGTCAAGACAAGGAGTAAGAACCGTTGGATTTGCTGAAG
TCGACGTTAGGGACAAGAGAACAGGCGAAAGTGTAAAGCACGACGGAGTTTCAGTAGGAG
AGATTGTGTTAAAAGGAGGATCGGTTATGCTCGGTTACTACAAAGACCCTGAAGGAACCG
CGGCGTGTATGAGAGAGGACGGATGGTTCTATACCGGAGATGTTGGGGTTATACATGAAG
ACGGTTACTTGGAGGTTAAGGACAGGTCCAAAGATGTGATCATATGCGGAGGAGAGAACA
TAAGCAGCGCGGAGGTTGAGACTGTTCTGTACACTAACCCGGTGGTGAAGGAAGCTGCGG
TGGTGGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGTGCTTTTGTGAGCTTGAAGT
ATGGTAATAATGGTGGTGACGGGTCGGTGACTGAGAGGGAGATAAGGGAGTTCTGTAAGA
CCAAGTTACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGATTTTTCAGGAGGAGCTTCCAAAGA
CATCTACTGGTAAAATTCAGAAGCTTCTTCTCAGACAGATGGCTAAGTCATTGCCTTGAT
TGATGATCTGGTTTGGGGTATTGAGAATATGAAGAAACTCTGAGAAGTAAAAAATAAAGA
GTATCTGTCGTTTGTGATGTATTAATGTATATCCTTGAGAGGGGATTAGTTTCTAAGTTT
GATGTAACATATGCTTGAATTTATTGTAATGATGAGATTTGCTAAGAAAGAGTGAGTTTA
CAAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR29TF U 1
AF RR1CA76JQ C 44
AF RR1E790TF U 61
AF RR1DR29JQ C 107
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TGGTGGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGTGCTTTTGTGAGCTTGAAGT
ATGGTAATAATGGTGGTGACGGGTCGGTGACTGAGAGGGAGATAAGGGAGTTCTGTAAGA
CCAAGTTACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGATTTTTCAGGAGGAGCTTCCAAAGA
CATCTACTGGTAAAATTCAGAAGCTTCTTCTCAGACAGATGGCTAAGTCATTGCCTTGAT
TGATGATCTGGTTTGGGGTATTGAGAATATGAAGAAACTCTGAGAAGTAAAAA*TAAAGA
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GATGTA*CATATGCTTGAATTT
TTGTATGATGAGATTGC

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1CA76JQ 780 0 0
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CGGAGTTTCAGTAGGAGAGATTGTGTTAAAAGGAGGATCGGTTATGCTCGGTTACTACAA
AGACCCTGAAGGAACCGCGGCGTGTATGAGAGAGGACGGATGGTTCTATACCGGAGATGT
TGGGGTTATACATGAAGACGGTTACTTGGAGGTTAAGGACAGGTCCAAAGATGTGATCAT
ATGCGGAGGAGAGAACATAAGCAGCGCGGAGGTTGAGACTGTTCTGTACACTAACCCGGT
GGTGAAGGAAGCTGCAGTGGTGGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGTGC
TTTTGTGAGCTTGAAGTATGGCAATAATGGTGGTGACGGGTCGGTGACTGAGAGGGAGAT
AAGGGAGTTCTGTAAGACCAAGTTACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGATTTTTCA
GGAGGAGCTTCCAAAGACATCTACTGGTAAAATTCAGAAGTTTCTTCTCAGACAGATGGC
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GATTAGTTTCTAAGTTTGATGTAACATATGCTTGAATTTATTGTAATGATGAGATTTGCT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1E790TF 772 0 0
G
CTTGGAGCGAGCTAGACTGAAGTCAAGACAAGGAGTAAGAACCGTTGGATTTGCTGAAGT
CGACGTTAGGGACAAGAGAACAGGCGAAAGTGTAAAGCACGACGGAGTTTCAGTAGGAGA
GATTGTGTTAAAAGGAGGATCGGTTATGCTCGGTTACTACAAAGACCCTGAAGGAACCGC
GGCGTGTATGAGAGAGGACGGATGGTTCTATACCGGAGATGTTGGGGTTATACATGAAGA
CGGTTACTTGGAGGTTAAGGACAGGTCCAAAGATGTTATCATATGCGGAGGAGAGAACAT
AAGCAGCGCGGAGGTTGAGACTGTTCTGTACACTAACCCGGTGGTGAAGGAAGCTGCGGT
GGTGGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGTGCTTTTGTGAGCTTGAAGTA
TGGTAATAATGGTGGTGACGGGTCGGTGACTGAGAGGGAGATAAGGGAGTTCTGTAAGAC
CAAGTTACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGATTTTTCAGGAGGGGCTTCCAAAGAC
ATCTGCTGGTAAAATTCAGAAGTTTCTTCTCAGACAGATGGCTAAGTCATTGCCTTGATT
GATGATCTGGTTTGGGGTATTGAGAATATGAAGAAACTCTGAGAAGTAAAAA*TAAAGAG
TATCTGTCGTTTGTGATGTATTAATGTATATCCTTGAGAGGGGATTAGTTTCTAAGTTTG
ATGTAACATATGCTTGAATTTATTGTAATGATGAGATTTGCTA
GAAAGAGT

QA 2 764 2 764
DS 

RD RR1DR29JQ 740 0 0
TGGATTTGCTGAAGTCGACGTTAGGGACAAGAGAACAGGCGAAAGTGTAAAGCACGACGG
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CCCTGAAGGAACCGCGGCGTGTATGAGAGAGGACGGATGGTTCTATACCGGAGATGTTGG
GGTTATACATGAAGACGGTTACTTGGGGGTTAAGGACAGGTCCAAAGATGTGATCATATG
CGGAGGAGAGGACATAAGCAGCGCGGAGGTTGAGACTGTTCTGTACACTAACCCGGTGGT
GAAGGAAGCTGCGGTGGTGGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGTGCTTT
TGTGAGCTTGAAGTATGGTAATAATGGTGGTGACGGGTCGGTGACTGAGAGGGAGATAAG
GGAGTTCTGTAAGACCAAGTTACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGATTTTTCAGGA
GGAGCTTCCAAAGACATCTACTGGTAAAATTCAGAAGCTTCTTCTCAGACAGATGGCTAA
GTCATTGCCTTGATTGATGATCTGGTTTGGGGTATTGAGAATATGAAGAAACTCTGAGAA
GTAAAAAATAAAGAGTATCTGTCGTTTGTGATGTATTAATGTATATCCTTGAGAGGGGAT
TAGTTTCTAAGTTTGATGTAACATATGCTTGAATTTATTGTAATGATGAGATTTGCTAAG
AAAGAGTGAGTTTACAAGTT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 4

CO CL3311Contig1 1200 4 14 U
GGGTTAAAAAGAAAAAGGGGCGGGCGCATCCACGACAAGGAGGAGATATGTCGACCTTCG
AAAAACCGTCTGTTGATTCTTATAGCAAGCAGAGGGATAAATGGCATCAAGTGAATGATT
GCTTTGATCTCGAGGATGGTGCTGGAGTGATCAGTCGACGGATGACCTACGATTGTGTAC
GTTGTGAGACTTATCCTTATCCTGTAATGGTCAAGCTTTATGCTAAGGTGGGGCTTCATC
TTTACAATATGTTTAAGGAGACAAACTACCAGCTTGATTCCCTAGTGCAATACAACATGT
TACATAATTATTTGTCCTCTTTCTGCATAACTTTGCTTGCACACGATCCAGCTCTTGACC
CATTGGAGAAAACCTTCCAGGTGCAAGTTGTTGAGGAAAAAGTAATCTGTTTGGATATTA
CGTGCACCATTGCCAGACTTAAAGATGAAGTGATCCCCAGGAACAGGAAGCCCTTTATAC
CAAACTTTCATGATGCAGCAAATGAGGAGTTGCTTGCAGATAGTTTCCTCAAAGGTGAAT
TGCCTGATTGGCCGTCAGATGATGCTTTGAATGATGGAAAACGGTTTTACTTGGTGAAGG
AATCAGAGTGGCAAGCCAATGACTGGATTCTTCTGTATCTGGAACTTGTAATTTGTGCAG
ATGCTAGGCAGGTCCTGAAGATGCATGTTGTTTCCCAATTGGAGATTCTGGAAGTGGCCA
TAGAAACTGGTATTGAAGATGTGGAGCCGCCGAATGCGAGACTCAAGGCGACACGTGCAA
ATGTCTACATAAAGTTTAAGGGCCTGGCAGATGTTCAAACCCCTAGAATGATTTTTGAGA
GCGGTGAGCATGTGGAACGTAAAGCTGTAGTCAGAAGAGTCCTCGATAGGAATGGATGCC
TGACTATTTCAGGTAAGTTTTGTGGTGGTCGAAGTACTCAAAAGCAGCCTTCTGTGGCTC
TCCAAAGTGGAAAGAAAATCCAGAGTTGTAAAAAGCGACCTCGCTCAGACTAGTACAACA
CTCATGGAGTAAGGCCCTCCTCTTGATGATAAGATCCATTTTGAATGTCTGGATCAGATA
ATAAATTATGCCATTTTACGGGCTTTTTTCTATTGTGTACTGTTTTCAGATACAACCTAT
TAAATATATTAGCAAGCATATTTGTGCCTTAAATTAATAACGGAATGACTTAGTTCACTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER23TF U 1
AF RR1DC89TF U 4
AF RR1DC89JQ C 608
AF RR1ER23JQ C 643
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DS 

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GG
AAAAAGAAAAAGGGGCGGGCGCATCCACGACAAGGAGGAGATATGTCGACCTTCGAAAAA
CCGTCTGTTGATTCTTATAGCAAGCAGAGGGATAAATGGCATCAAGTGAATGATTGCTTT
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AATTATTTGTCCTCTTTCTGCATAACTTTGCTTGCACACGATCCAGCTCTTGACCCATTG
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TCCG

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ATTAGCAAGCATATTTGTGCCTTAAATTAATAACGGAATGACTTAGTTCACTT

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DS 

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CTAGAATGATTTTTGAGAGCGGTGAGCATGTGGAACGTAAAGCTGTAGTCAGAAGAGTCC
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GAATGTCTGGATCAGATAATAAATTATGCCATTTTACGGGCTTTTTTCTATTGTGTACTG
TTTTCAGATACAACCTATTAAATATATTAGCAAGCATATTTGTGCC
C

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DS 



AS 1 4

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FE14TF U 1
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AF RR1B639JQ C 27
AF RR1B639TF U 27
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DS 

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G
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GCAGCTGGAGTTACAGGTGATGATAGCTGGTTCAAGACTGTAGTATTGGCTGGAGGAAGC
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TATATATGCAATGGAGTCAGAGTAATCCCTCCTCCTTGCGGCGTGGACTCAGCATCGCAT
GGAGCAAAGCTTATCAGTAACTTAAGCACGTTTCCTGGTCCTTGGTGTATCACAAGGAAG
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GACCGAGCTATTCTGTTAGTGAGAGAGAGACGGTTAATAGTTGCCTGCAAATAGTTCCAA
GGTACTTTACATGTCTGAATGTATAGTTATAGACTTATAGTGTTCCAATATTGATTGTCC
TCCATAGACATACAAAACCATTACGAAGAATTAAGTTTGTTACATTTACTTATACATACT
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QA 2 781 2 781
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RD RR1B639TF 781 0 0
G
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GACTATAAAGCTGAACTTTCAAGGGACACTCAAGCTTCAATGAAAGTTGCGGGTGAAGGA
TGGTTTACTCTGTCAAAGGAGCGTTTTCAGACAGGGGAGATATTATTCCAACCACGTCTT
GCTGGACTACGTGCAATGAGTTTACACCAGGCAGTCTCGCTCTGTATGGACCATTGTGAT
GCAGCTGGAGTTACAGGTGATGATAGCTGGTTCAAGACTGTAGTATTGGCTGGAGGAAGC
GCATGTTTGCCAGGACTTGCAGAAAGGCTAGAGAAAGAACTGCACGACCACCTTCCTTCT
TATATATGCAATGGAGTCAGAGTAATCCCTCCTCCTTGCGGCGTGGACTCAGCATCGCAT
GGAGCAAAGCTTATCAGTAACTTAAGCACGTTTCCTGGTCCTTGGTGTATCACAAGGAAG
CAGTTCCGTCGCAAATCAAGACTAATGTGGTGAATCTCTCAGAAGTTTTCTTCTCTTCAA
GACCGAGCTATTCTGTTAGTGAGAGAGAGACGGTTAATAGTTGCCTGCAAATAGTTCCAA
GGTACTTTACATGTCTGAATGTATAGTTATAGACTTATAGTGTTCCAATATTGATTGTCC
TCCATAGACATACAAAACCATTACGAAGAATTAAGTTTGTTACATTTACTTATACATACT
CTGTTCAAAATAAACCATTTTGAAACCCATTGCTGATTTATGTATATTTAATCTTTTCGC

QA 2 781 2 781
DS 



AS 1 4

CO CL3313Contig1 714 4 40 U
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GAAACGAAAAACACTTTGAAACAAATTATTTTTTTTCAAAAAAAGTTAAGCAATGGAAAC
CTTGGTGCCAGCTTCTTCAAGCTGCTTCTTAGCTTCCTCAGCTTCGTCCTTGGTCACACC
TTCCTTAAACTTCTTCGGCAACCCTTCGATAAGCTCCTTCGCTTCCTTCAACGCCAAGCT
AGTCAAAGCCCTAACCGCTTTAATCACCGCGATACGCGCATTGCTCGGCACTTCGTTAAT
CACCACGTCGAACTCCGTCTGCTCCTCCACCGCAGCCACCGCAGCACCTCCACCGTCTCC
CGGAGCAGCTGCAGCTGCAGCGGGAGCTAGCGAGAGCGGCGACACACCGAACTTGTCCTG
GAGGTAGTCCACGAGGACACGGGCTTCTTCGAGGGTCAGAGAAGAGATCTCGGACCCGAT
CTTCTCGATCTTCTCCGGAGCTTCGACGGCGGAGATGGGACGGAGGTGGGTTGCGCGGTG
GGTCAGTGTGGAGGAAGGTGAGCGGATGATGAGGATGGTGTTGGGTCGGGAAGGGAAGCC
ATGGGGAGAAGAGTGAGCGAGATAAGAGGAGGAGCGGAATGTGGTTGCGATGGGAAGAGT
CGTCGCTGCCATTTTTTTCACTCTTTTGGGTTTGGTTCGTGTCTCTCTCTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 10 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 10 25 10 10 10 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR1EE68JQ U 1
AF RR1A448JQ U 37
AF RR1EE68TF C 508
AF RR1A448TF C 37
BS 1 47 RR1EE68JQ
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RD RR1EE68JQ 713 0 0
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QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1A448JQ 678 0 0
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CGCATTGCTCGGCACTTCGTTAATCACCACGTCGAACTCCGTCTGCTCCTCCACCGCAGC
CACCGCAGCACCTCCACCGTCTCCCGGAGCAGCTGCAGCTGCAGCGGGAGCTAGCGAGAG
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GGGACGGAGGTGGGTTGCGCGGTGGGTCAGTGTGGAGGAAGGTGAGCGGATGATGAGGAT
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TCGTGTCTCTCTCTGTCC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1EE68TF 207 0 0
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GATGAGGATGGTGTTGTGTCGTGAAGGGAAGCCATGGGGAGAAGAGTGAGCGAGATAAGA
GGAGGTGCGGAATGTGGTTGCGATGGGAAGAGTCGTCGCTGCCATTTTTTTCACTCTTTT
GGGTTTGGTTCGTGTCTCTCTCTGTC
C

QA 1 206 1 206
DS 

RD RR1A448TF 678 0 0
CTCAGAGCTAATTCAATAATTCTTGAAACGAAAAACACTTTGAAACAAATTATTTTTTTT
CAAAAAAAGTTAAGCAATGGAAACCTTGGTGCCAGCTTCTTCAAGCTGCTTCTTAGCTTC
CTCAGCTTCGTCCTTGGTCACACCTTCCTTAAACTTCTTCGGCAACCCTTCGATAAGCTC
CTTCGCTTCCTTCAACGCCAAGCTAGTCAAAGCCCTAACCGCTTTAATCACCGCGATACG
CGCATTGCTCGGCACTTCGTTAATCACCACGTCGAACTCCGTCTGCTCCTCCACCGCAGC
CACCGCAGCACCTCCACCGTCTCCCGGAGCAGCTGCAGCTGCAGCGGGAGCTAGCGAGAG
CGGCGACACACCGAACTTGTCCTGGAGGTAGTCCACGAGGACACGGGCTTCTTCGAGGGT
CAGAGAAGAGATCTCGGACCCGATCTTCTCGATCTTCTCCGGAGCTTCGACGGCGGAGAT
GGGACGGAGGTGGGTTGCGCGGTGGGTCAGTGTGGAGGAAGGTGAGCGGATGATGAGGAT
GGTGTTGGGTCGGGAAGGGAAGCCATGGGGAGAAGAGTGAGCGAGATAAGAGGAGGAGCG
GAATGTGGTTGCGATGGGAAGAGTCGTCGCTGCCATTTTTTTCACTCTTTTGGGTTTGGT
TCGTGTCTCTCTCTGTC
C

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 4

CO CL3314Contig1 922 4 17 U
CGTACAATAGAACAACAGTAAAAAAAATTCAAGAGTCTAAAATGATAATGAACTACATAA
CAGAGAACATATTACTTGTACACGTACAACAACCACTCATAAAGTTAATGCTACACCTGA
ATCAGACCACAACAAACTCTCCACGTTCTGTGCAGACGATAGGGCTTTCAACAGCTCACG
GACGCTGCAGCGCCATGCTGCGCCTCTAAGCCTCTGTTTGTGTCTTCCGCCTTCACCTCG
TTACTTTTCTCCTCAACTACAGCTGCTGCTGCTTCTTGTGTTCCAGTCTCCTTATTAGCT
TCTACGTCTGCATCAAGGTTAGGCTCACCATCTGTCTTGTGCTCATCCGCTTCTTTGGTT
TCATTTCCGTTTGCTTCAGCGCCCATGCTGCCGTCCTTGATATCAGTCTCTTTCTCTGCA
AGCTTCTTCTCTCCATCACCTTCAGTGACAGCTTCCTGTGGTTCTTTTATTTCAGTGTCC
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TCCACTTCCATGGGCTCTTTCTTATCCGTCACAATTTCTCCCTCCTTGCTCTCTACTTCA
GTCTTTTTCTCCACCTCAGAGGTGTCTACTTCCATGGGCTCTTTCTCGTCTGTCTCAGCT
TCTCCTTCTTTGTTTTCAGCCTCCTTGTTCTCCTTCACAGCCTCAGACTTCTCACTCTCT
TTCTTCTCCTCAACAGCAGTTTCTTTCAGTCCATTCTTGTCAGCCTCTGCTTGTTGTGCC
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BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C243JQ U 1
AF RR1C243TF C 1
AF RR1AC11JQ U 4
AF RR1AC11TF C 121
BS 1 9 RR1C243JQ
BS 10 10 RR1AC11JQ
BS 11 62 RR1C243JQ
BS 63 63 RR1AC11JQ
BS 64 64 RR1C243JQ
BS 65 65 RR1AC11JQ
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BS 125 125 RR1AC11JQ
BS 126 154 RR1C243JQ
BS 155 155 RR1AC11JQ
BS 156 157 RR1C243JQ
BS 158 158 RR1AC11JQ
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CAAAAAACATATTACTTGTACACGTACAACAACCACTCATAAAGTTAATGCTACACCTGA
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TTACTTTTCTCCTCAGCTACAGCTGCTGCTGCTTCTTGTGTTCCAGTCTCCTTATTAGCT
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C

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CGT
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AGACCACAACAAACTCTCCACGTTCTGTGCAGACGATAGGGCTTTCAACAGCTCACGGAC
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CTTTTCTCCTCAGCTACAGCTGCTGCTGCTTCTTGTGTTCCAGTCTCCTTATTAGCTTCT
ACGTCTGCATCAAGGTTAGGCTCACCATCTGTCTTGTGCTCATCCGCTTCTTTGGTTTCA
TTTCCGTTTGCTTCAGCGCCCATGCTGCCGTCCTTGATATCAGTCTCTTTCTCTGCAAGC
TTCTTCTCTCCATCACCTTCAGTGACAGCTTCCTGTGGTTCTTTTATTTCAGTGTCCCTA
AGGTCTTCAACGCTGGGAGTTTCTTC
C

QA 4 509 4 509
DS 

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AGAACATATTACTTGTACACGTACAACAACCACTCATAAAGTTAATGCTACACCTGAATC
AGACCACAACAAACTCTCCACGTTCTGTGCAGACGATAGGGCTTTCAACAGCTCACGGAC
GCTGCAGCGCCATGCTGCGCCTCTAAGCCTCTGTTTGTGTCTTCCGCCTTCACCTCGTTA
CTTTTCTCCTCAACTACAGCTGCTGCTGCTTCTTGTGTTCCAGTCTCCTTATTAGCTTCT
GCGTCTGCATCAAGGTTAGGCTCACCATCTGTCTTGTGCTCATCCGCTTCTTTGGTTTCA
TTTCCGTTTGCTTCAGCGCCCATGCTGCCGTCCTTGATATCAGTCTCTTTCTCTGCAAGC
TTCTTCTCTCCATCACCTTCAGTGACAGCTTCCTGTGGTTCTTTTATTTCAGTGTCCCTA
AGGTCTTCAACGCTGGGAGTTTCTTCAGCTCTTCCTCCACTCTCAACCTCCGAGGTCTCC
ACTTCCATGGGCTCTTTCTTATCCGTCACAATTTCTCCCTCCTTGCTCTCTACTTCAGTC
TTTTTCTCCACCTCAGAGGTGTCTACTTCCATGGGCTCTTTCTCGTCTGTCTCAGCTTCT
CCTTCTTTGTTTTCAGCCTCCTTGTTCTCCTTCACAGCCTCAGACTTCTCACTCTCTTTC
TTCTCCTCAACAGCAGTTTCTTTCAGTCCATTCTTGTCAGCCTCTGCTTGTTGTGCCACT
TGGTTCTTCTC

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DS 

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GACGCTGCAGCGCCATGCTGCGCCTCTAAGCCTCTGTTTGTGTCTTCCGCCTTCACCTCG
TTACTTTTCTCCTCAACTACAGCTGCTGCTGCTTCTTGTGTTCCAGTCTCCTTATTAGCT
TCTGCGTCTGCATCAAGGTTAGGCTCACCATCTGTCTTGTGCTCATCCGCTTCTTTGGTT
TCATTTCCGTTTGCTTCAGCGCCCATGCTGCCGTCCTTGATATCAGTCTCTTTCTCTGCA
AGCTTCTTCTCTCCATCACCTTCAGTGACAGCTTCCTGTGGTTCTTTTATTTCAGTGTCC
CTAAGGTCTTCAACGCTGGGAGTTTCTTCAGCTCTTCCTCCACTCTCAACCTCCGAGGTC
TCCACTTCCATGGGCTCTTTCTTATCCGTCACAATTTCTCCCTCCTTGCTCTCTACTTCA
GTCTTTTTCTCCACCTCAGAGGTGTCTACTTCCATGGGCTCTTTCTCGTCTGTCTCAGCT
TCTCCTTCTTTGTTTTCAGCCTCCTTGTTCTCCTTCACAGCCTCAGACTTCTCACTCTCT
TTCTTCTCCTCAACAGCAGTTTCTTTCAGTCCATTCTTGTCAGCCTCTGCTTGTTGTGCC
ACTTGGTTCTTCTCAGCAGCCTCTTTGTTTTCCTTCTTAGTGAGAGAAGGGCGTCTCTTC
TTCAAGAGAGGTTCTTTCTTTCCTTTCTGGTAATAAGAACTGCTGAAAGCACCGTTGTGA
CACTAATGGATATGTTTTTGCC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 4

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TAGACAGTAAATTATTATTCTCCTTTGATACGGATAAAAAGGTTGACACAAGACATAAGC
GGGTGTAATGCGGGCAGTTGTGCCCGTAAGAAAAACTCAAACTTATGTTACAACATGTAA
TAAGGCTTCGTTTTGAGCTTTTATCTAAAGACATACTATCAGTTTACTTTCCGTTGTAGT
GTTGATCGACATGAGCATTCATATTTCTTGATTGTAAATGCTCAACTCTGCATGTGTTTC
CTTGTAACGTTGGGTGAGGTATGCCGAACATTTGATCGCTGGATATTTGGGAACGTTGCT
TTCGGACTTGCACGTTGGGAGACACTCCACAAGACATTCATGATTTGGTTCAACAAAAAA
TGGAATAGAATATCGTTCCTGACCGTTCCCAAGAACCCGATGTAACGTGGATTTGAAATA
GCCATTGCTCCAACGTTCCAGCATATCTCCAAGATTCACAATATATGCTCCTTTAATCGC
CGGCACATATTCCCACTTCTGAGGCTTGGCGTTCTTATCTTTGCATATCTGGAGACCCAT
GACACCATCAGTAGCTAACAGAGTCATCATTCCGTAATCAGAATGTGCTCCACAAGCATA
TATTCCTTGCGAAGGGTCAGAAACCCCTTGATAATGAAGCAATCGCATAGTTGCAATAGG
CTTTCCAAGCATCTCCGGGGTATCAAAGTAATTCGCATCCAGATCAAGTGCTAACGCCAA
TAATCTTCCAATATCCTTAGAAACCCTCAATGCTTCTTGGTGATATTTCTCCATGGTCTC
TCGCCACTGAGGCAATACATCAGAATCAGGCCAAGGGTTAGGGCCATAGAATGGTTTATC
ATAATCAGGATCATCTTTTGGAACTTCAATTCCAATGTAATAACCCTCTTTATGATCTCC
GTTAACTTGATTCTCAGGATCTAAGATTTCGTCAAGAACAGGTGTATAGCCTCTGTGCTT
TTCGTTTCTCAGAACTTTCATCTTCTCCTCCAAAGGAAGAGCGAAAAACTTCTTGCTCTG
CTCGAAAACATCCTCCATGAACTCCTCGTTTATACCGTGATTGATCACATAGAAAAATCC
ACTATCCAAACATGCCTGTTTGAGGGAAACAACAGAACGATGAAGATCATGGTCGGCGAG
ATCGATGCAATTAAGAGGCGGAACTTGCATGGTTGGGTCTTGCAGCCTCTCTTTCGTGTG
ATTCTCCATCTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTATTCAGAAGACGAAGGAGAAATGGCGTTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1DB33JQ U 1
AF RR1DB33TF C 87
AF RR1C607JQ U 63
AF RR1C607TF C 637
BS 1 760 RR1DB33JQ
BS 761 844 RR1C607JQ
BS 845 845 RR1C607TF
BS 846 854 RR1C607JQ
BS 855 1321 RR1C607TF

RD RR1DB33JQ 760 0 0
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TAGACAGTAAATTATTATTCTCCTTTGATACGGATAAAAAGGTTGACACAAGACATAAGC
GGGTGTAATGCGGGCAGTTGTGCCCGTAAGAAAAACTCAAACTTATGTTACAACATGTAA
TAAGGCTTCGTTTTGAGCTTTTATCTAAAGACATACTATCAGTTTACTTTCCGTTGTAGT
GTTGATCGACATGAGCATTCATATTTCTTGATTGTAAATGCTCAACTCTGCATGTGTTTC
CTTGTAACGTTGGGTGAGGTATGCCGAACATTTGATCGCTGGATATTTGGGAACGTTGCT
TTCGGACTTGCACGTTGGGAGACACTCCACAAGACATTCATGATTTGGTTCAACAAAAAA
TGGAATAGAATATCGTTCCTGACCGTTCCCAAGAACCCGATGTAACGTGGATTTGAAATA
GCCATTGCTCCAACGTTCCAGCATATCTCCAAGATTCACAATATATGCTCCTTTAATCGC
CGGCACATATTCCCACTTCTGAGGCTTGGCGTTCTTATCTTTGCATATCTGGAGACCCAT
GACACCATCAGTAGCTAACAGAGTCATCATTCCGTAATCAGAATGTGCTCCACAAGCATA
TATTCCTTGCGAAGGGTCAGAAACCCCTTGATAATGAAGCAATCGCATAGTTGCAATAGG
CTTTCCAAGCATCTCCGGGGTATCAAAGTAATTCGCATCC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1DB33TF 674 0 0
GATACGGATAAAAAGGTTGACACAAGACATAAGCGGGTGTAATGCGGGCAGTTGTGCCCG
TAAGAAAAACTCAAACTTATGTTACAACATGTAATAAGGCTTCGTTTTGAGCTTTTATCT
AAAGACATACTATCAGTTTACTTTCCGTTGTAGTGTTGATCGACATGAGCATTCATATTT
CTTGATTGTAAATGCTCAACTCTGCATGTGTTTCCTTGTAACGTTGGGTGAGGTATGCCG
AACATTTGATCGCTGGATATTTGGGAACGTTGCTTTCGGACTTGCACGTTGGGAGACACT
CCACAAGACATTCATGATTTGGTTCAACAAAAAATGGAATAGAATATCGTTCCTGACCGT
TCCCAAGAACCCGATGTAACGTGGATTTGAAATAGCCATTGCTCCAACGTTCCAGCATAT
CTCCAAGATTCACAATATATGCTCCTTTAATCGCCGGCACATATTCCCACTTCTGAGGCT
TGGCGTTCTTATCTTTGCATATCTGGAGACCCATGACACCATCAGTAGCTAACAGAGTCA
TCATTCCGTAATCAGAATGTGCTCCACAAGCATATATTCCTTGCGAAGGGTCAGAAACCC
CTTGATAATGAAGCAATCGCATAGTTGCAATAGGCTTTCCAAGCATCTCCGGGGTATCAA
AGTAATTCGCATCC

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1C607JQ 798 0 0
GACAGTAAATTATTATTCTCCTTTGATACGGATAAAAAGGTTGACACAAGACATAAGCGG
GTGTAATGCGGGCAGTTGTGCCCGTAAGAAAAACTCAAACTTATGTTACAACATGTAATA
AGGCTTCGTTTTGAGCTTTTATCTAAAGACATACTATCAGTTTACTTTCCGTTGTAGTGT
TGATCGACATGAGCATTCATATTTCTTGATTGTAAATGCTCAACTCTGCATGTGTTTCCT
TGTAACGTTGGGTGAGGTATGCCGAACATTTGATCGCTGGATATTTGGGAACGTTGCTTT
CGGACTTGCACGTTGGGAGACACTCCACAAGACATTCATGATTTGGTTCAACAAAAAATG
GAATAAAATATCGTTCCTGACCGTTCCCAAGAACCCGATGTAACGTGGATTTGAAATAGC
CATTGCTCCAACGTTCCAGCATATCTCCAAGATTCACAATATATGCTCCTTTAATCGCCG
GCACATATTCCCACTTCTGAGGCTTGGCGTTCTTATCTTTGCATATCTGGAGACCCATGA
CACCATCAGTAGCTAACAGAGTCATCATTCCGTAATCAGAATGTGCTCCACAAGCATATA
TTCCTTGCGAAGGGTCAGAAACCCCTTGATAATGAAGCAATCGCATAGTTGCAATAGGCT
TTCCAAGCATCTCCGGGGTATCAAAGTAATTCGCATCCAGATCAAGTGCTAACGCCAATA
ATCTTCCAATATCCTTAGAAACCCTCAATGCTTCTTGGTGATATTTCTCCATGGTCTCTC
GC*ACTGAGGCA
TACATC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1C607TF 685 0 0
ATCAGAATGTGCTCCACAAGCATATATTCCTTGCGAAGGGTCAGAAACCCCTTGATAATG
AAGCAATCGCATAGTTGCAATAGGCTTTCCAAGCATCTCCGGGGTATCAAAGTAATTCGC
ATCCAGATCAAGTGCTAACGCCAATAATCTTCCAATATCCTTAGAAACCCTCAATGCTTC
TTGGTGATATTTCTCCATGGTCTCTCGCCACTGAGGCAATACATCAGAATCAGGCCAAGG
GTTAGGGCCATAGAATGGTTTATCATAATCAGGATCATCTTTTGGAACTTCAATTCCAAT
GTAATAACCCTCTTTATGATCTCCGTTAACTTGATTCTCAGGATCTAAGATTTCGTCAAG
AACAGGTGTATAGCCTCTGTGCTTTTCGTTTCTCAGAACTTTCATCTTCTCCTCCAAAGG
AAGAGCGAAAAACTTCTTGCTCTGCTCGAAAACATCCTCCATGAACTCCTCGTTTATACC
GTGATTGATCACATAGAAAAATCCACTATCCAAACATGCCTGTTTGAGGGAAACAACAGA
ACGATGAAGATCATGGTCGGCGAGATCGATGCAATTAAGAGGCGGAACTTGCATGGTTGG
GTCTTGCAGCCTCTCTTTCGTGTGATTCTCCATCTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTATTCA
GAAGACGAAGGAGAAATGGCGTTCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 2 4

CO CL3316Contig1 1446 2 2 U
GGAGCGTAGAAGACACTGAACTCTAGCAACTTCAGTTCCGTACAGAAATGGCTCTTCAGG
CTGCATATTCTCTTCTTCCTTCTACCGTCTCAATCCGCAAAGTGGGCAAGTTCAATGCTT
ATCTAAAGGAGACGACTTTAACTGGTTTTTCATTTTCAAACCATCTTAAAGCCGACAAGA
TCTCCAACCTCTTAACCGTCAAGGAACAGAGAAGACAAAGTCCGCGTTTTTCCTCCGTTA
TTCGCGCACAGACCGTCACAGCAACGCCTCCATCTAGCGAAGCCTCGCCGGAGCAAAAGA
AGACACAGAGAAAAGGCACAGCAGTGATCACCGGAGCTTCCTCTGGTCTAGGTTTAGCCA
CGGCGAAGGCTTTAGCAGAGACGGGGAAATGGCACGTGATCATGGCTTGCAGGAACTTTC
TCAAAGCCGAGAAAGCTGCGAGATTCGTAGGGATGTCCAAGGAAGACTACACGGTGATGC
ATCTCGATCTCGCCTCGCTCGAAAGCGTGAGGCAGTTTGTTGATAGTTTCAGGAGAACAG
AACGGCCGTTAGATGTTCTTGTTTGCAACGCAGCGGTTTATCAGCCGACTGCTAAGGAAC
CTTCTTTCACAGCTGAAGGGTTTGAGCTCAGCGTTGGAACCAATCATTTAGGACATTTTC
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TCATCGTAGGATCTATAACAGGTAAATAAGAGTAAACCCCAGCGAGTCTAAGTTTCTAGT
TTCAGACAATGGATGTTCCTTTTATGTTCTTGTAGGAAACACAAACACTTTGGCTGGGAA
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ACCTCTGTTCAGGCTTCTCTTTCCGCCTTTTCAGAAGTATATCACCAAAGGTTACGTATC
TGAAGAGGAAGCTGGGAAAAGACTAGCACAGGTTGTGAGTGATCCGAGTTTGGGAAAGTC
AGGGGTGTACTGGAGCTGGAATAATAACTCGTCTTCGTTTGAGAATCAGCTTTCGAAAGA
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TGAGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

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BS 1 798 RR1AZ47TF
BS 799 1446 RR1AZ47JQ

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TCAAAGCCGAGAAAGCTGCGAGATTCGTAGGGATGTCCAAGGAAGACTACACGGTGATGC
ATCTCGATCTCGCCTCGCTCGAAAGCGTGAGGCAGTTTGTTGATAGTTTCAGGAGAACAG
AACGGCCGTTAGATGTTCTTGTTTGCAACGCAGCGGTTTATCAGCCGACTGCTAAGGAAC
CTTCTTTCACAGCTGAAGGGTTTGAGCTCAGCGTTGGAACCAATCATTTAGGACATTTTC
TTCTCTCGAGATTGCTTCTTGATGACTTGAAAAATTCTGATTATCCTTCTAAACGTATGA
TCATCGTAGGATCTATAACAGGTAAATAAGAGTAAACCCCAGCGAGTCTAAGTTTCTAGT
TTCAGACAATGGATGTTC

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DS 

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AAGTTTCTAGTTTCAGACAATGGATGTTCCTTTTATGTTCTTGTAGGAAACACAAACACT
TTGGCTGGGAATGTACCGCCAAAGGCGAACCTCGGAGACCTAAGAGGCTTAGCATCGGGA
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AAAGACAGCAAAGTATGCAACATGCTGACGATGCAGGAGCTTCACAGACGTTACCACGAG
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AGAGAGCACTTACCTCTGTTCAGGCTTCTCTTTCCGCCTTTTCAGAAGTATATCACCAAA
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TTGGGAAAGTCAGGGGTGTACTGGAGCTGGAATAATAACTCGTCTTCGTTTGAGAATCAG
CTTTCGAAAGAAGCAAGTGATGCTGAGAAGGCAAAGAAACTGTGGGAGGTTAGCGAGAAG
CTTGTTGGCTTGGCTTGATGCAAATGCATTTTTTGATTATGTATGTGTGTACCTATGGAA
ATAGAAGTCATTTACTAAATTCATAAACTGTAATACTTTTCCCACCATTTACTAGTTTCT
ACCATAATCAATGAGTG

QA 1 737 1 737
DS 



CO CL3316Contig2 789 2 5 U
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TCCTTGTCACTCATTGATTATGGTAGAAACTAGTAAATGGTGGGAAAAGTATTACAGTTT
ATGAATTTAGTAAATGACTTCTATTTCCATAGGTACACACATACATAATCAAAAAATGCA
TTTGCATCAAGCCAAGCCAACAAGCTTCTCGCTAACCTCCCACAGTTTCTTTGCCTTCTC
AGCATCACTTGCTTCTTTCGAAAGCTGATTCTCAAACGAAGACGAGTTATTATTCCAGCT
CCAGTACACCCCTGACTTTCCCAAACTCGGATCACTCACAACCTGTGCTAGTCTTTTCCC
AGCTTCCTCTTCAGATACGTAACCTTTGGTGATATACTTCTGAAAAGGCGGAAAGAGAAG
CCTGAACAGAGGTACGTGCTCTCTGAACAGTCCCGTAGTAGCGATGCAACCAGGGTAAAG
AGAAGCAAACGTGACTCCAGTTTCCTCGTGGTAACGTCTGTGAAGCTCCTGCATCGTCAG
CATGTTGCATACTTTGCTGTCTTTGTATGCTTTGGCTCCATCATACTCTCCTCCATCTAT
CATAGAACTGTTTTGCCCGTTCAGTCCCGATGCTAAGCCTCTTAGGTCTCCGAGGTTCGC
CTTTGGCGGTACATTCCCAGCCAAAGTGTTTGTGTTTCCTGTTATAGATCCTACGATGAT
CATACGTTTAGAAGGATAATCAGAATTTTTCAAGTCATCAAGCAATCTCGAGAGAAGAAA
ATGTCCTAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR89JQ U 7
AF RR1FR89TF C 1
BS 1 6 RR1FR89TF
BS 7 61 RR1FR89JQ
BS 62 62 RR1FR89TF
BS 63 700 RR1FR89JQ
BS 701 789 RR1FR89TF

RD RR1FR89JQ 695 0 0
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TCACTCATTGATTATGGTAGAAACTAGTAAATGGTGGGAAAAGTATTACAGTTTATGAAT
TTAGTAAATGACTTCTATTTCCATAGGTACACACATACATAATCAAAAAATGCATTTGCA
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CTCTTCAGATACGTAACCTTTGGTGATATACTTCTGAAAAGGCGGAAAGAGAAGCCTGAA
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AAACGTGACTCCAGTTTCCTCGTGGTAACGTCTGTGAAGCTCCTGCATCGTCAGCATGTT
GCATACTTTGCTGTCTTTGTATGCTTTGGCTCCATCATACTCTCCTCCATCTATCATAGA
ACTGTTTTGCCCGTTCAGTCCCGATGCTAAGCCTCTTAGGTCTCCGAGGTTCGCCTTTGG
CGGTACATTCCCAGCCAAAGTGTTTGTGTTTCCT
G

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1FR89TF 789 0 0
TTTTTTGCTCACTATACTCTTTACCAAATCTTTGATGTTT*ACA*TACATTATGGAATTT
TC**TGTCACTCATTGATTATGGTAGAAACTAGTAAATGGTGG*AAAAGTATTACAGTTT
ATGAATTTAGTAAATGACTTCTATTTCCATAGGTACACACATACATAATCAAAAAATGCA
TTTGCATCAAGCCAAGCCAACAAGCTTCTCGCTAACCTCCCACAGTTTCTTTGCCTTCTC
AGCATCACTTGCTTCTTTCGAAAGCTGATTCTCAAACGAAGACGAGTTATTATTCCAGCT
CCAGTACACCCCTGACTTTCCCAAACTCGGATCACTCACAACCTGTGCTAGTCTTTTCCC
AGCTTCCTCTTCAGATACGTAACCTTTGGTGATATACTTCTGAAAAGGCGGAAAGAGAAG
CCTGAACAGAGGTACGTGCTCTCTGAACAGTCCCGTAGTAGCGATGCAACCAGGGTAAAG
AGAAGCAAACGTGACTCCAGTTTCCTCGTGGTAACGTCTGTGAAGCTCCTGCATCGTCAG
CATGTTGCATACTTTGCTGTCTTTGTATGCTTTGGCTCCATCATACTCTCCTCCATCTAT
CATAGAACTGTTTTGCCCGTTCAGTCCCGATGCTAAGCCTCTTAGGTCTCCGAGGTTCGC
CTTTGGCGGTACATTCCCAGCCAAAGTGTTTGTGTTTCCTGTTATAGATCCTACGATGAT
CATACGTTTAGAAGGATAATCAGAATTTTTCAAGTCATCAAGCAATCTCGAGAGAAGAAA
ATGTCCTAA

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 4

CO CL3317Contig1 808 4 4 U
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CCGGTTTAATCAAGACTCTCATTGGTTTACACATGTAGCAAGTAGTTGCGAGTCTTGTGA
CTAGATTGATATAATACGCTAATAATCATATATGCAGGGAAGGAAAGCTGCACACTTTTT
CCC*ATTGCGATTGTCTTGAAACTTATATTGGAGGCTGCTTGTCATTTCCTTCAAAGTAG
GCTGTGATCCCGGTTTTCAGCTTTTTGATTGCATTAGCTGTGTCTGAGGCCTCTTGTGGT
TGCTCTTTAAGCAACCTGATCCGAGCCTCCATTTGACGATTCTGTTCTTCAGCCCTCTGA
AGCAAAGCTGTTAACCTTTGTATCTCGCGCTTCTTAGCTGCTGTTAAGTCGTTTGCAAAG
TCCATTACATTGGTCTTATCTGAAAACAAGGGATCCAAACTCTGTTCTTCGACCAGCTCC
TCAACTTTATCAAGAATTGGTCCAACCTGAAATTCTTGACAGTGTGCATCAAAATCATCC
TCTAATGTCTGATGCAAATTCACAATCACCTGAGTATACAGCCGATAAAGCGTGTTTTGC
TCAGCTACACCGAATTTCGAGAAAATTTCAAGAAAATCCTGTCTGGAGCATGCAGTGAGT
AGAGAAAGAAGAGCGGCTCTGAACGATTGCTTCATATCCGATTGTCTGCAACCCGGAATA
TCCGTTTCATGACCCGGTTCGTCCATCGTAGCCAAAATGAAAGAGGCGAAACTCGAGAAA
ATCTGGGTAAGTTGAAAATGAACTCTCC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1EY24JQ U 3
AF RR1AR69JQ U 3
AF RR1AR69TF C 1
AF RR1EY24TF C 84
BS 1 2 RR1AR69TF
BS 3 564 RR1EY24JQ
BS 565 592 RR1AR69JQ
BS 593 808 RR1AR69TF

RD RR1EY24JQ 562 0 0
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C*ATTGCGATTGTCTTGAAACTTATATTGGAGGCTGCTTGTCATTTCCTTCAAAGTAGGC
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QA 1 562 1 562
DS 

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GGTTTAATCAAAACTCTCATTGGTTTACACATGTAGCAAGTAGTTGCGAGTCTTGTGACT
AGATTGATATAATACGCTAATAATCATATATGCAGGGAAGGAAAGCTGCACACTTTTTCC
C*ATTGCGATTGTCTTGAAACTTATATTGGAGGCTGCTTGTCATTTCCTTCAAAGTAGGC
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CAAAGCTGTTAACCTTTGTATCTCGCGCTTCTTAGCTGCTGTTAAGTCGTTTGCAAAGTC
CATTACATTGGTCTTATCTGAAAACAAGGGATCCAAACTCTGTTCTTCGACCAGCTCCTC
AACTTTATCAAGAATTGGTCCAACCTGAAATTCTTGACAGTGTGCATCAAAATCATCCTC
TAATGTCTGATGCAAATTCACAATCACCTGAGTATACAGCCGATAAAGCG

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1AR69TF 808 0 0
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CTAGATTGATATAATACGCTAATAATCATATATGCAGGGAAGGAAAGCTGCACACTTTTT
CCC*ATTGCGATTGTCTTGAAACTTATATTGGAGGCTGCTTGTCATTTCCTTCAAAGTAG
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TGCTCTTTAAGCAACCTGATCCGAGCCTCCATTTGACGATTCTGTTCTTCAGCCCTCTGA
AGCAAAGCTGTTAACCTTTGTATCTCGCGCTTCTTAGCTGCTGTTAAGTCGTTTGCAAAG
TCCATTACATTGGTCTTATCTGAAAACAAGGGATCCAAACTCTGTTCTTCGACCAGCTCC
TCAACTTTATCAAGAATTGGTCCAACCTGAAATTCTTGACAGTGTGCATCAAAATCATCC
TCTAATGTCTGATGCAAATTCACAATCACCTGAGTATACAGCCGATAAAGCGTGTTTTGC
TCAGCTACACCGAATTTCGAGAAAATTTCAAGAAAATCCTGTCTGGAGCATGCAGTGAGT
AGAGAAAGAAGAGCGGCTCTGAACGATTGCTTCATATCCGATTGTCTGCAACCCGGAATA
TCCGTTTCATGACCCGGTTCGTCCATCGTAGCCAAAATGAAAGAGGCGAAACTCGAGAAA
ATCTGGGTAAGTTGAAAATGAACTCTCC

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1EY24TF 725 0 0
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TTATATTGGAGGCTGCTTGTCATTTCCTTCAAAGTAGGCTGTGATCCCGGTTTTCAGCTT
TTTGATTGCATTAGCTGTGTCTGAGGCCTCTTGTGGTTGCTCTTTAAGCAACCTGATCCG
AGCCTCCATTTGACGATTCTGTTCTTCAGCCCTCTGAAGCAAAGCTGTTAACCTTTGTAT
CTCGCGCTTCTTAGCTGCTGTTAAGTCGTTTGCAAAGTCCATTACATTGGTCTTATCTGA
AAACAAGGGATCCAAACTCTGTTCTTCGACCAGCTCCTCAACTTTATCAAGAATTGGTCC
AACCTGAAATTCTTGACAGTGTGCATCAAAATCATCCTCTAATGTCTGATGCAAATTCAC
AATCACCTGAGTATACAGCCGATAAAGCGTGTTTTGCTCAGCTACACCGAATTTCGAGAA
AATTTCAAGAAAATCCTGTCTGGAGCATGCAGTGAGTAGAGAAAGAAGAGCGGCTCTGAA
CGATTGCTTCATATCCGATTGTCTGCAACCCGGAATATCCGTTTCATGACCCGGTTCGTC
CATCGTAGCCAAAATGAAAGAGGCGAAACTCGAGAAAATCTGGGTAAGTTGAAAATGAAC
TCTCC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 4

CO CL3318Contig1 747 4 1 U
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AGATCGAAGAAGAAGATGGCATTGCAATGGCTAATTCTGTCGTATGTAGTTGCTGCGGAG
GTCGTGATCGCCGTCATCTTGACACTCCCTTACCCGATGCTTGTGAAGAAACGAATCGTA
TCACTTGTCTCGCTCATACTCCAGCCTGCCGCCTCCATCGTCGCCTTCGCTGGATTTCAA
CTCCTCGATCTTTACTGGAAGAATGAGCATAGACTAATGTGCTCCTCTGAGGTTTGCACT
GCTACAGAGCGTGATCGCTACGAGAAATCTATCTACAAGGCTCAGCGGAATGTGGTTCTC
TGTGCGGCTGGGATCCTTCTTTACTGGTGTATTTATCGCATCTGCAAGTACAACAAAGAC
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TCTGAGTTCTTCTGTTTTAGATATTACTTCGGTTTGTGAGTAGTCCCAAAAACTGAAACA
AGACCAGGATGTATCTAGATTAATCTTTTCACAGACCTTGCTTTGTGTTCATTCCTCTTG
CAACTTTACTTTTCTAAAAACAACACTATTCTGGGTTTTTCTAGGATTTGATTGCCTGGT
TTGGCTTTACGACCAATCTTCCCGGATGTAACCTGTCACAAAAATTGTCTTTTTTTGGTA
TTTGGCAGCTAACTTCTAAACGGTTCT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW34JQ C 23
AF RR1CW34TF U 47
AF RR1D664TF U 3
AF RR1A938TF U 1
BS 1 747 RR1A938TF

RD RR1CW34JQ 615 0 0
GG
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CTCCCTTACCCGATGCTTGTGAAGAAACGAATCGTATCACTTGTCTCGCTCATACTCCAG
CCTGCCGCCTCCATCGTCGCCTTCGCTGGATTTCAACTCCTCGATCTTTACTGGAAGAAT
GAGCATAGACTAATGTGCTCCTTTGAGGTTTGCACTGCTACAGAGCGTGATCGCTACGAG
AAATCTATTTACAAGGCTCAGCGGAATGTGGTTTTCTGTGCGGCTGGGATCCTTCTTTAC
TGGTGTATTTATCGCATCTGCAAGTACAACAAAGACCTTGAGCATTTGGAGGAACTAGAG
AAGAGATGCAAGGCAGAGTAGTAGTCTCCTCATAACTTTGAGTTTTTCTGTTTTAGATAT
TACTTCGGTTTGTGAGTAGTCCCAAAAACTGAAACAAGACCAGGATGTATTTAGATTAAT
CTTTTCACAGACCTTGCTTTGTGTTCATTCCTCTTGCAACTTTACTTTTTTAAAAACAAC
ACTATTTTGGGTT

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR1CW34TF 591 0 0
TGAGAGAGAGAAAGAGATCGAAGAAGAAGATGGCATTGCAATGGCTAATTCTGTCGTATG
TAGTTGCTGCGGAGGTCGTGATCGCCGTCATCTTGACACTCCCTTACCCGATGCTTGTGA
AGAAACGAATCGTATCACTTGTCTCGCTCATACTCCAGCCTGCCGCCTCCATCGTCGCCT
TCGCTGGATTTCAACTCCTCGATCTTTACTGGAAGAATGAGCATAGACTAATGTGCTCCT
CTGAGGTTTGCACTGCTACAGAGCGTGATCGCTACGAGAAATCTATCTACAAGGCTCAGC
GGAATGTGGTTCTCTGTGCGGCTGGGATCCTTCTTTACTGGTGTATTTATCGCATCTGCA
AGTACAACAAAGACCTTGAGCATTTGGAGGAACTAGAGAAGAGATGCAAGGCAGAGTAGT
AGTCTCCTCATAACTCTGAGTTCTTCTGTTTTAGATATTACTTCGGTTTGTGAGTAGTCC
CAAAAACTGAAACAAGACCAGGATGTATCTAGATTAATCTTTTCACAGACCTTGCTTTGT
GTTCATTCCTCTTGCAACTTTACTTTTCTAAAA*CAACACTATTCTGGGTT

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1D664TF 678 0 0
GG
GTAGATACGTGTCCGAACGCGCGCAGAATCCAGATCATCAGGTGAGAGAGAGAAAGAGAT
CGAAGAAGAAGATGGCATTGCAATGGCTAATTCTGTCGTATGTAGTTGCTGCGGAGGTCG
TGATCGCCGTCATCTTGACACTCCCTTACCCGATGCTTGTGAAGAAACGAATCGTATCAC
TTGTCTCGCTCATACTCCAGCCTGCCGCCTCCATCGTCGCCTTCGCTGGATTTCAACTCC
TCGATCTTTACTGGAAGAATGAGCATAGACTAATGTGCTCCTCTGAGGTTTGCACTGCTA
CAGAGCGTGATCGCTACGAGAAATCTATCTACAAGGCTCAGCGGAATGTGGTTCTCTGTG
CGGCTGGGATCCTTCTTTACTGGTGTATTTATCGCATCTGCAAGTACAACAAAGACCTTG
AGTATTTGGAGGAACTAGAGAAGAGATGCAAGGCAGAGTAGTAGTCTCCTCATAACTCTG
AGTTCTTCTGTTTTAGATATTACTTCGGTTTGTGAGTAGTCCCAAAAACTGAAACAAGAC
CAGGATGTATCTAGATTAATCTTTTCACAGACCTTGCTTTGTGTTCATTCCTCTTGCAAC
TTTACTTTTCTAAAA*CAACACTATTCTGGGTTTTTCTAG*ATTTGATTGTCTGGTTTGG
CTTTACGACCAATCT
G

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR1A938TF 747 0 0
GGGCGTAGATACGTGTCCGAACGCGCGCAGAATCCAGATCATCAGGTGAGAGAGAGAAAG
AGATCGAAGAAGAAGATGGCATTGCAATGGCTAATTCTGTCGTATGTAGTTGCTGCGGAG
GTCGTGATCGCCGTCATCTTGACACTCCCTTACCCGATGCTTGTGAAGAAACGAATCGTA
TCACTTGTCTCGCTCATACTCCAGCCTGCCGCCTCCATCGTCGCCTTCGCTGGATTTCAA
CTCCTCGATCTTTACTGGAAGAATGAGCATAGACTAATGTGCTCCTCTGAGGTTTGCACT
GCTACAGAGCGTGATCGCTACGAGAAATCTATCTACAAGGCTCAGCGGAATGTGGTTCTC
TGTGCGGCTGGGATCCTTCTTTACTGGTGTATTTATCGCATCTGCAAGTACAACAAAGAC
CTTGAGCATTTGGAGGAACTAGAGAAGAGATGCAAGGCAGAGTAGTAGTCTCCTCATAAC
TCTGAGTTCTTCTGTTTTAGATATTACTTCGGTTTGTGAGTAGTCCCAAAAACTGAAACA
AGACCAGGATGTATCTAGATTAATCTTTTCACAGACCTTGCTTTGTGTTCATTCCTCTTG
CAACTTTACTTTTCTAAAAACAACACTATTCTGGGTTTTTCTAGGATTTGATTGCCTGGT
TTGGCTTTACGACCAATCTTCCCGGATGTAACCTGTCACAAAAATTGTCTTTTTTTGGTA
TTTGGCAGCTAACTTCTAAACGGTTCT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 2 4

CO CL3319Contig1 808 2 19 U
GGGAAGAAATATTTTAATATATAAGATATGAGAAAAAGATACAATGTAGTTAATTAATTA
ACCAAAAAAGAGAGAAGACACTATAGTATAGCATATCAAAGAGAGACTCGCCTAAACAAC
ACACGAGCTTCATAGGAACATTACCTACACAACGAATCTTGTTCGTTCTACCAAAAAACG
CAAGTGAGAGGGGAGTGTAGTTTGGCAGCAACATGTTTACTCGCATTTAATCGACCTGTA
AATGTGGCGGACGAAAAGGAAAGCTGCACGGAAGCCAACTGTTCCGAGCATGAGGAAAAA
ACCGTAACAAATACAAGCCATGTAACCGAAAAAAAAAGAGGTTTGCATGAAACCAGACAT
GTCTGATCTCGCGTAGTAATAGTATAAGCAGTACGCGTAGATGAACAAACCAGTCGATCC
ACCGCATAGGAATGATCTCCACCACCATTCGTGATCTTCAGCTGCAAGCTGGAAGTAAGT
AAGGGCAACAGTTATAAACGCGGTGACAATCAAGAGGATGATGAAGACGATGAATAGGAT
GCTGTAAATGGTGTAGATCCTGTGACCCCAAACACTGGCAAAGATGTAATATAGCTCGAT
GTAGATGGCACTGAAAGGAAGAAAACCAGCCATGGCCATCGGAGGTATAGCACTCCTGTA
CCACGGGAGTGGCGGGATCTCACGTGGATACTTAGTGGTGCGGACAGGAGCTTGGAACTC
CGCTTTGCTGTTTTTACCGGCGATGCCACCCAATACAAGCAAAGGAGAAGTCACTAACGT
CCATATAAGACGATCACAACAATGGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY21JQ U 17
AF RR1ED20JQ U 1
BS 1 154 RR1ED20JQ
BS 155 155 RR1DY21JQ
BS 156 178 RR1ED20JQ
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BS 481 481 RR1DY21JQ
BS 482 808 RR1ED20JQ

RD RR1DY21JQ 487 0 0
ATATATAAGATATGAGAAAAAGATACAATGTAGTTAATTAATTAACCAAAAAAGAGAGGA
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GTAGTTTGGCAGCGACATGTTTACTCGCATTTAATTGACCTGTAAATGTGGCGGACGAAA
AGGAAAGCTGCACGGAAGCCAACTGTTCCGAGCATGAGGAAAAAACCGTAACAAATACAA
GCCATGTAACCGAAAAAAAAAGAGGTTTGCATGAAACCAGACATGTCTGATCTCGCGTAG
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CTCCACCACCATTCGTGATCTTCAGCTGCAAGCTGGAAGTAAGTAAGGGCAACGGTTATA
AAGGCGG

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1ED20JQ 808 0 0
GGGAAGAAATATTTTAATATATAAGATATGAGAAAAAGATACAATGTAGTTAATTAATTA
ACCAAAAAAGAGAGAAGACACTATAGTATAGCATATCAAAGAGAGACTCGCCTAAACAAC
ACACGAGCTTCATAGGAACATTACCTACACAACGGATCTTGTTCGTTCTACCAAAAAA*G
CAAGTGAGAGGG*AGTGTAGTTTGGCAGCAACATGTTTACTCGCATTTAATCGACCTGTA
AATGTGGCGGACGAAGAGGAGAGCTGCACGGAAGCCAACTGTTCCGAGCATGAGGAAGAA
ACCGTAACAAATACAAGCCATGTAACCGAAGAAGAAAGAGGTTTGCATGAAACCAGACAT
GTCTGATCTCGCGTAGTAATAGTATAAGCAGTACGCGTAGATGAACAAACCAGTCGATCC
ACCGCATAGGAATGATCTCCACCACCATTCGTGATCTTCAGCTGCAAGCTGGAAGTAAGT
GAGGGCAACAGTTATAAACGCGGTGACAATCAAGAGGATGATGAAGACGATGAATAGGAT
GCTGTAAATGGTGTAGATCCTGTGACCCCAAACACTGGCAAAGATGTAATATAGCTCGAT
GTAGATGGCACTGAAAGGAAGAAAACCAGCCATGGCCATCGGAGGTATAGCACTCCTGTA
CCACGGGAGTGGCGGGATCTCACGTGGATACTTAGTGGTGCGGACAGGAGCTTGGAACTC
CGCTTTGCTGTTTTTACCGGCGATGCCACCCAATACAAGCAAAGGAGAAGTCACTAACGT
CCATATAAGACGATCACAACAATGGTTC

QA 1 808 1 808
DS 



CO CL3319Contig2 1037 2 14 U
GGGGACAGAGTGATTGAGATCAATGCTAGGATGGATCCTCATTCGCTTGTGGATCTAACC
GAGGACAAGGAAGTTGATGCGGAGTTTACGTATACTGTCAAGTGGAAGGAGACGGAGACT
CCTTTCGAGAAGAGAATGGATAAGTACGCCATGTCTTCTTCTCTTCCTCATCACTTGGAG
ATTCACTGGTTCTCCATTATCAACTCTTGTGTTACTGTCCTGCTTTTGACTGGTTTCCTT
GCCACAATCTTGATGCGTGTCCTCAAGAATGATTTCATGAAGTATGCTCAAGATGAGGAA
GCTGCTGATGATCAAGAGGAAACTGGATGGAAGTACATTCACGGCGATGTGTTTCGGTTC
CCCAAGCACAAATCTCTCTTTGCTGCATCACTCGGCAGCGGCACTCAACTATTCACTCTG
ACCATATTCATCTTCATGCTTTCACTTGTTGGAGTGTTCTATCCATACAACCGAGGAGCA
CTCTTCACAGCTTTAGTCGTTATCTATGCTCTTACCTCCGGGATCGCCGGATACACCGCC
TCCTCTTTCTACTGTCAACTCGAAGGAAAGAACTGGGTGAGAAACTTATTACTCACTGGA
GGTCTCTTCTGTGGCCCGCTCTTCCTCACTTTCTGCTTCCTAAACACCGTCGCAATCGCC
TACAGCGCAACCGCAGCTCTCCCCTTTGGAACCATTGTTGTGATCGTCCTTATATGGACC
TTAGTGACTTCTCCTTTACTTGTATTGGGTGGCATCGCCGGTAAAAACAGCAAAGCGGAG
TTCCAAGCTCCTGTCCGCACCACCAAGTATCCACGTGAGATCCCGCCACTCCCGTGGTAC
AGGAGTGCTATACCTCAGATGGCCATGGCTGGTTTTCTTCCTTTCAGTGCCATCTACATC
GAGCTATATTACATCCTTGCCAGTGTCTGGGGTCACAGGATCTACACCATTTACAGCATC
CTCTTCATCGTCTTCATCATCCTCTTGATCGTCACCGCCTTTATAACCGTTGCCCTTACT
TACTTCCAGCTTGCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED20TF U 1
AF RR1DY21TF U 373
BS 1 590 RR1ED20TF
BS 591 591 RR1DY21TF
BS 592 639 RR1ED20TF
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BS 720 720 RR1DY21TF
BS 721 736 RR1ED20TF
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RD RR1ED20TF 736 0 0
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GAGGACAAGGAAGTTGATGCGGAGTTTACGTATACTGTCAAGTGGAAGGAGACGGAGACT
CCTTTCGAGAAGAGAATGGATAAGTACGCCATGTCTTCTTCTCTTCCTCATCACTTGGAG
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TTAGTGACTTCTCCTT

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DS 

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G
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TCATGCTTTCACTTGTTGGAGTGTTCTATCCATACAACCGAGGAGCACTCTTCACAGCTT
TAGTCGTTATCTATGCTCTTACCTCCGGGATCGCCGGATACACCGCCTCCTCTTTCTACT
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GCCCTCTCTTCCTCACTTTCTGCTTCCTAAACACCGTCGCAATCGCCTACAGCGCAACCG
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CTTTACTTGTATTGGGTGGCATCGCCGGTAAAAACAGCAAAGCGGAGTTCCAAGCTCCTG
TCCGCACCACCAAGTATCCACGTGAGATCCCGCCACTCCCGTGGTACAGGAGTGCTATAC
CTCAGATGGCCATGGCTGGTTTTCTTCCTTTCAGTGCCATCTACATCGAGCTATATTACA
TCCTTGCCAGTGTCTGGGGTCACAGGATCTACACCATTTACAGCATCCTCTTCATCGTCT
TCATCATCCTCTTGATCGTCACCGCCTTTATAACCGTTGCCCTTACTTACTTCCAGCTTG
CAGC

QA 2 665 2 665
DS 



AS 1 4

CO CL3320Contig1 1075 4 7 U
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CTTCACGCAGAAGATCCATGATCTCATCGGTATTCACACCGATGTGCCTGCTCCCGACAT
GGGGACTAACGCTCAGACCATGGCTTGGATTCTTGATGAGTACTCCAAGTTTCATGGTCA
TTCCCCTGCGGTTTTCACCGGAAAGCCCATTGATCTTGGTGGTTCTCTTGGTAGGGAAGC
TGCTACTGGACGTGGTGTGGTCTACGCTACTGAAGCTCTTCTCGCTGAGTACGGTAAATC
GATTCAGGGATTGACTTTTGTTGTTCAGGGTTTTGGGAATGTTGGAACATGGGCAGCTAA
GCTGATACACGAAAAAGGTGGGAAAGTGGTTGCGGTGAGCGACATTACAGGTGCGGTGAG
AAACCCTGAAGGTCTCGACATCAACGCTCTTCTGAAACACAAAGACGCTACTGGTAGTCT
CAAGGATTTCAGCGGTGGAGACGCGATGGACTCTGAGGAACTGCTGCTTCATGAGTGTGA
TGTTCTCATCCCTTGTGCTCTTGGTGGTGTCCTCAACAAGGAAAATGCTGGAGACGTGAA
GGCAAAGTTCATTATAGAGGCAGCAAACCATCCAACCGATCCTGATGCTGATGAGATTCT
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GAGTTACTTTGAGTGGGTGCAGAACATTCAAGGGTTCATGTGGGAAGAGGAGAAAGTGAA
CCTGGAGCTTCAAAAGTACATGACTCGAGCCTTTCACAACATCAAGTCAATGTGCCATAC
TCATTCTTGCAACCTCCGTATGGGAGCTTTCACCCTTGGAGTTAACCGTGTCGCTCGAGC
CACCCAGTTGCGTGGTTGGGAAGCTTAAGTCTTTTGGACTTTCCCCTTATATACTCTGTT
TCAGTTCTCTGTTTTTTTTTT*CATTGTTGCTGAAAAGCATTGAGGTTCGGAAATGGAAA
AGAAAACAAATCAATTGAATTTGACAGACTGAATAAAAAGATATTATTGATTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1C749TF U 1
AF RR1AT54JQ C 240
AF RR1C749JQ C 327
AF RR1EF73TF U 535
BS 1 261 RR1C749TF
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BS 263 714 RR1C749TF
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RD RR1C749TF 714 0 0
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GGCAAAGTTCATTATAGAGGCAGCAAACCATCCAACCGATCCTGATGCTGATGAGATTCT
GTCGAAGAAAGGAGTGATTATACTGCCAGATATATACGCAAACGCTGGAGGAGT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1AT54JQ 836 0 0
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GAAACCCTGAAGGTCTCGACATCAACGCTCTTCTGAAACACAAAGACGCTACTGGTAGTC
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ATGTTCTCATCCCTTGTGCTCTTGGTGGTGTCCTCAACAAGGAAAATGCTGGAGACGCGA
AGGCAAAGTTCATTATAGAGGCAGCAAACCATCCAACCGATCCTGATGCTGATGAGATTC
TGTCGAAGAAAGGAGTGATTATACTGCCAGATATATACGCAAACGCTGGAGGAGTGACGG
TGAGTTACTTTGAGTGGGTGCAGAACATTCAAGGGTTCATGTGGGAAGAGGAGAAAGTGA
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TTCAGTTCTCTGTTTTTTTTTTTCATTGTTGCTGAAAAGCATTGAGGTTCGGAAATGGAA
AAGGAAACAAATCAATTGAATTTGACAGACTGAATAAAAAGATATTATTGATTTTT

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1C749JQ 749 0 0
AGGGTTTTGGGAATGTTGGAACATGGGCAGCTAAGCTGATACACGAAAAAGGTGGGAAAG
TGGTTGCGGTGAGCGACATTACAGGTGCGGTGAGAAACCCTGAAGGTCTCGACATCAACG
CTCTTCTGAAACACAAAGACGCTACTGGTAGTCTCAAGGATTTCAGCGGTGGAGACGCGA
TGGACTCTGAGGAACTGCTGCTTCATGAGTGTGATGTTCTCATCCCTTGTGCTCTTGGTG
GTGTCCTCAACAAGGAAAATGCTGGAGACGTGAAGGCAAAGTTCATTATAGAGGCAGCAA
ACCATCCAACCGATCCTGATGCTGATGAGATTCTGTCGAAGAAAGGAGTGATTATACTGC
CAGATATATACGCAAACGCTGGAGGAGTGACGGTGAGTTACTTTGAGTGGGTGCAGAACA
TTCAAGGGTTCATGTGGGAAGAGGAGAAAGTGAACCTGGAGCTTCAAAAGTACATGACTC
GAGCCTTTCACAACATCAAGTCAATGTGCCATACTCATTCTTGCAACCTCCGTATGGGAG
CTTTCACCCTTGGAGTTAACCGTGTCGCTCGAGCCACCCAGTTGCGTGGTTGGGAAGCTT
AAGTCTTTTGGACTTTCCCTTTATATACTCTGTTTCAGTTCTCTGTTTTTTTTT**CATT
GTTGCTGAAAAGCATTGAGGTTCGGAAATGGAAAAGAAAACAAATCAATTGAATTTGACA
GATTGAATAAAAAGATATTATTGATTTTT

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AGTGAACCTGGAGCTTCAAAAGTACATGACTCGAGCCTTTCACAACATCAAGTCAATGTG
CCATACTCATTCTTGCAACCTCCGTATGGGAGCTTTCACCCTTGGAGTTAACCGTGTCGC
TCGAGCCACCCAGTTGCGTGGTTGGGAAGCTTAAGTCTTTTGGACTTTCCCCTTATATAC
TCTGTTTCAGTTCTCTGTTTTTTTTTT*CATTGTTGCTGAAAAGCATTGAGGTTCGGAAA
TGGAAAAGAAAACAAATCAATTGAATTTGACAGA
TTGA

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 4

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CTTTTTCACCTTAACCGTTGCAACTAATTGTGGTTGCAGCCCAAGTCCGAAACCCAAGCC
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CCCAAGTCCATCGGTCCCACATCCTAGCCCTAGGCCGGCCACACCTCCGAGGACCCCTGG
CTCACCCGGAAACTGTCCAATCGATGCTCTCAAGCTCGGTGTATGTGGAAATGTCCTAAG
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TGGGATCAACCTTAACGTTCCTATATCTCTCAGCGTTCTTCTCAACAAGTGTAACAAGAA
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CTCTACGAAATATTTACAGTTTCAATAAATGCATGCAAGCTACAGTCTAATATTTAAATC
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CCTCGTCAAAG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A533JQ C 1
AF RR1AZ94JQ C 1
AF RR1AZ94TF U 1
AF RR1A533TF U 1
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QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1AZ94JQ 726 0 0
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CCTC
GC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1AZ94TF 724 0 0
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CCTC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1A533TF 729 0 0
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TGGGATCAACCTTAACGTTCCTATATCTCTCAGCGTTCTTCTCAACAAGTGTAACAAGAA
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CTCTACGAAATATTTACGGTTTCAATAAATGCATGCAAGCTACAGTCTAATATTTAAATC
TTAATTTTGTTTAAGTGATATAATAAATGTGTAAGAGTTTTATATATTTTCTTAAATGTT
CCTC
GTCAA

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 4

CO CL3322Contig1 1006 4 7 U
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CAAAACGACTCCATCCTAAACAATGTCTTGTCCTAGTTTATGTTCCTACGGATTGGTTCA
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ATATTACTTTTGGATATTACAAAAGGAGAGAAAATAATAAATTTTG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EI40TF U 1
AF RR1DQ27TF U 12
AF RR1EI40JQ C 143
AF RR1DQ27JQ C 293
BS 1 547 RR1EI40TF
BS 548 548 RR1DQ27TF
BS 549 688 RR1EI40TF
BS 689 960 RR1EI40JQ
BS 961 961 RR1DQ27JQ
BS 962 986 RR1EI40JQ
BS 987 1006 RR1DQ27JQ

RD RR1EI40TF 693 0 0
GGAGATTGATTACACAAAAGCTCTGTCGGTTACTCTCAGCTGTAGGGTTACTATGTTTAG
GTCTTTGATTCGGACACGATCACAGTCACTCGTCACCATGTCCTCAATCACCCAGAGAGG
AAATGCAAGGCTTTTGTCTGAAGCTGCTGGTTCACATTCTAGAGATAAGATATTGGTTTT
GGGAGGAAATGGATATGTAGGTTCACATATATGCAAGGAGGCACTCAGACAAGGTTTCTC
TGTCTCCAGTCTTAGCAGGTCAGGAAGATCTTCTCTGCATGATTCATGGGTCGATGATGT
AACCTGGCATCAAGGTGATTTGCTTTCACCCGAATCTTTGAAGCCTGCACTAGAAGGAAT
AACATCTGCGATTTCGTGCGTTGGTGGTTTCGGTTCCAACTCACAAATGGTCCGAATCAA
CGGAACTGCAAACATTAATGCTGTTCAAGCTGCTGCACAAGGAGGTGTGAAGAGATTTGT
GTATATATCAGCTGCGGATTTTGGTGTCATAAATAACTTGATTCGAGGCTATTTCCAAGG
AAAGAGAGCAACCGAAGCTGAGATTTTTGATAAATTCGGAAACAGAGGAACGGTTCTAAG
GCCAGGATTCATACATGGGACTCGTCAGGTCGGTAGCATAAAGCTGCCACTTAGTCTCAT
TGGAGCTCCTCTCGAAATGGTTTTGAAG
TGTTC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1DQ27TF 682 0 0
GG
ACAAAAGCTCTGTCGGTTACTCTCAGCTGTAGGGTTACTATGTTTAGGTCTTTGATTCGG
ACACGATCACAGTCACTCGTCACCATGTCCTCAATCACCCAGAGAGGAAATGCAAGGCTT
TTGTCTGAAGCTGCTGGTTCACATTCTAGAGATAAGATATTGGTTTTGGGAGGAAATGGA
TATGTAGGTTCACATATATGCAAGGAGGCACTCAGACAAGGTTTCTCTGTCTCCAGTCTT
AGCAGGTCAGGAAGATCTTCTCTGCATGATTCATGGGTCGATGATGTAACCTGGCATCAA
GGTGATTTGCTTTCACCCGAATCTTTGAAGCCTGCACTAGAAGGAATAACATCTGTGATT
TCGTGCGTTGGTGGTTTCGGTTCCAACTCACAAATGGTCCGAATCAACGGAACTGCAAAC
ATTAATGCTGTTCAAGCTGCTGCACAAGGAGGTGTGAAGAGATTTGTGTATATATCAGCT
GCGGATTTTGGTGTCATAAATAACTTGATTCGAGGCTATTTCCAAGGAAAGAGAACAACC
GAAGCTGAGATTTTTGATAAATTCGGAAACAGAGGAACGGTTCTAAGGCCAGGATTCATA
CATGGGACTCGTCAGGTCGGTAGCATAAAGCTGCCACTTAGTCTCATTGGAGCTCCTCTC
GAAATGGTTTTGAAG
TGTTC

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR1EI40JQ 844 0 0
AGCTGCT
GTTCACATTCTAGAGATA*GATATTGGTTT*GGGAGGAAATGGATATGTAGGT*CACATA
TATGCAAGGAGGCACTCAGACAAGGTTTCTCTGTCTCCAGTCTTAGCAGGTCAGGAAGAT
CTTCTCTGCATGATTCATGGGTCGATGATGTAACCTGGCATCAAGGTGATTTGCTTTCAC
CCGAATCTTTGAAGCCTGCACTAGAAGGAATAACATCTGCGATTTCGTGCGTTGGTGGTT
TCGGTTCCAACTCACAAATGGTCCGAATCAACGGAACTGCAAACATTAATGCTGTTCAAG
CTGCTGCACAAGGAGGTGTGAAGAGATTTGTGTATATATCAGCTGCGGATTTTGGTGTCA
TAAATAACTTGATTCGAGGCTATTTCCAAGGAAAGAGAGCAACCGAAGCTGAGATTTTTG
ATAAATTCGGAAACAGAGGAACGGTTCTAAGGCCAGGATTCATACATGGGACTCGTCAGG
TCGGTAGCATAAAGCTGCCACTTAGTCTCATTGGAGCTCCTCTCGAAATGGTTTTGAAGG
TGTTCCCAAAAGAAGTGACGAAAATTCCTCTGATCGGACCGCTCTTAATACCTCCGGTTA
ATGTCAAGTCCGTGGCGGGAACTGCGGTAAAAGCTGCAGTTGATCCCGAGTTTGCGTCTG
GAGTCGTTGATGTTTACCGGATTCTTCAACACAAAACGACTCCATCCTAAACAATGTCTT
GTCCTAGTTTATGTTCCTACGGATTGGTTCAACTGTTCGATAATTTGAACAAAGCACGGT
CTCTGGTTCTGCAACCAATAAACTATGTACTGTATTACTTTTGGATATTACAAAAGG

QA 8 844 8 844
DS 

RD RR1DQ27JQ 714 0 0
GATGATGTAACCTGGCATCAAGGTGATTTGCTTTCACCCGAATCTTTGAAGCCTGCACTA
GAAGGAATAACATCTGTGATTTCGTGCGTTGGTGGTTTCGGTTCCAACTCACAAATGGTC
CGAATCAACGGAACTGCAAACATTAATGCTGTTCAAGCTGCTGCACAAGGAGGTGTGAAG
AGATTTGTGTATATATCAGCTGCGGATTTTGGTGTCATAAATAACTTGATTCGAGGCTAT
TTCCAAGGAAAGAGAACAACCGAAGCTGAGATTTTTGATAAATTCGGAAACAGAGGAACG
GTTCTAAGGCCAGGATTCATACATGGGACTCGTCAGGTCGGTAGCATAAAGCTGCCACTT
AGTCTCATTGGAGCTCCTCTCGAAATGGTTTTGAAGGTGTTCCCAAAAGAAGTGACGAAA
ATTCCTCTGATCGGACCGCTCTTAATACCTCCGGTTAATGTCAAGTCCGTGGCGGGAACT
GCGGTAAAAGCTGCAGTTGATCCCGAGTTTGCGTCTGGAGTCGTTGATGTTTACCGGATT
CTTCAACACAAAACGACTCCATCCTAAACAATGTCTTGTCCTAGTTTATGTTCCTACGGA
TTGGTTCAACTGTTCGATAATTTGAACAAAGCACGGTCTCTGGTTCTGCAACCAATAAAC
TATGTACTATATTACTTTTGGATATTACAAAAGGAGAGAAAATAATAAATTTTG

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 4

CO CL3323Contig1 1158 4 15 U
GGGCTCGTTTCCCCTTGTCTCTCTTACGTATCCAATGCCTAATCCCTCTTTTGATCTGAG
TTTCTTTGTCCTTTCATGGTAGATTCGGCTGCTTACGTGCGCAATACGAATAACAGCACG
AGACTCTTCTCCGCGTTGATCTGTTTGAGAGAGAGGAGCCTTTCGAATTCGTGATCTGGA
ATTATCTCTAGACGTTTTTGTTTCAGACCCAATAAGGTGGTGTACGAACAAAAGATGTCT
AACTTGCAAGGAGATTACAACCAAAAGATCGATTACGTATTCAAAGTGGTGTTGATCGGG
GATTCGGCGGTTGGCAAAACTCAGCTGCTGGCTCGGTTCGCTAGGAACGAGTTCAGCGTC
GACTCTAAAGCCACCATCGGTGTCGAGTTCCAGACTAAAACGCTCGTCATCGATAACAAA
ACCGTCAAAGCTCAGATTTGGGATACCGCTGGCCAAGAAAGATACCGGGCGGTGACAAGC
GCATACTACCGTGGAGCTGTTGGGGCAATGTTGGTCTACGACATGACCAAACGTCAATCA
TTCGATCACATGGCTAAATGGCTGGAAGAATTAAGAGGACACGCGGACAAAAACATAGTC
ATTATGCTGATTGGGAACAAATGTGATCTTGGAAGCCTTAGAGCAGTGCCGACAGAAGAC
GCACAAGAGTTTGCACAAAGAGAGAACTTGTTCTTCATGGAAACATCTGCTCTCGAAGCT
ACCAATGTTGAAACCGCTTTCTTGACCATCTTAACAGAGATTTACCGTATAATCAGCAAG
AAATCATTAACGGCTGATGATGATGACGCTGATGGGAATTCAAGTCTTTTAAAGGGGACT
AGGATCATCATTCCTAGTGAACAGGAGACTGGGAAAAGAGGTGGATGTTGCGGAAAATCG
TAAAACTTTACTAGCGTTGTTGTTTTCTTTGGTTTATGTTGTGTTTTTTTTTTCGCCTTA
ACCATTCGTTCTTGAAACGAAACAATAAGCAGAGGTTTTACTATAGAAAGAGCATGAGGA
TGAGCTCCCATTTATTGAATACCACGCAACGTTTTCAGATCGTGACTGTCTGATTTTGGG
AGAAACTGAGACTAGTATAGGTGAACGAGTCTTGTTTTTTGTTTCGCGTGCATGTCCATA
ATATATTTTTTCTATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H433TF U 1
AF RR1FU77TF U 94
AF RR1FU77JQ C 271
AF RR1H433JQ C 565
BS 1 177 RR1H433TF
BS 178 178 RR1FU77TF
BS 179 702 RR1H433TF
BS 703 703 RR1FU77TF
BS 704 722 RR1H433TF
BS 723 723 RR1FU77TF
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BS 763 763 RR1FU77JQ
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BS 793 793 RR1FU77JQ
BS 794 827 RR1FU77TF
BS 828 1006 RR1FU77JQ
BS 1007 1158 RR1H433JQ

RD RR1H433TF 771 0 0
GGGCTCGTTTCCCCTTGTCTCTCTTACGTATCCAATGCCTAATCCCTCTTTTGATCTGAG
TTTCTTTGTCCTTTCATGGTAGATTCGGCTGCTTACGTGCGCAATACGAATAACAGCACG
AGACTCTTCTCCGCGTTGATCTGTTTGAGAGAGAGGAGCCTTTCGAATTCGTGATCTTGA
ATTATCTCTAGACGTTTTTGTTTCAGACCCAATAAGGTGGTGTACGAACAAAAGATGTCT
AACTTGCAAGGAGATTACAACCAAAAGATCGATTACGTATTCAAAGTGGTGTTGATCGGG
GATTCGGCGGTTGGCAAAACTCAGCTGCTGGCTCGGTTCGCTAGGAACGAGTTCAGCGTC
GACTCTAAAGCCACCATCGGTGTCGAGTTCCAGACTAAAACGCTCGTCATCGATAACAAA
ACCGTCAAAGCTCAGATTTGGGATACCGCTGGCCAAGAAAGATACCGGGCGGTGACAAGC
GCATACTACCGTGGAGCTGTTGGGGCAATGTTGGTCTACGACATGACCAAACGTCAATCA
TTCGATCACATGGCTAAATGGCTGGAAGAATTAAGAGGACACGCGGACAAAAACATAGTC
ATTATGCTGATTGGGAACAAATGTGATCTTGGAAGCCTTAGAGCAGTGCCGACAGAAGAC
GCACAAGAGTTTGCACAAAGAGAGAACTTGTTCTTCATGGAA*CATCTGCTCTCGAAGCT
AC*AATGTTGAAACCGCTTTCTTGAC*ATCTTAACAGAGATT
TACCGTATA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1FU77TF 734 0 0
TACGTGCGCAATACGAATAACAGCACGAGACTCTTCTCCGCGTTGATCTGTTTGAGAGAG
AGGAGCCTTTCGAATTCGTGATCTGGAATTATCTCTAGACGTTTTTGTTTCAGACCCAAT
AAGGTGGTGTACGAACAAAAGATGTCTAACTTGCAAGGAGATTACAACCAAAAGATCGAT
TACGTATTCAAAGTGGTGTTGATCGGGGATTCGGCGGTTGGCAAAACTCAGCTGCTGGCT
CGGTTCGCTAGGAACGAGTTCAGCGTCGACTCTAAAGCCACCATCGGTGTCGAGTTCCAG
ACTAAAACGCTCGTCATCGATAACAAAACCGTCAAAGCTCAGATTTGGGATACCGCTGGC
CAAGAAAGATACCGGGCGGTGACAAGCGCATACTACCGTGGAGCTGTTGGGGCAATGTTG
GTCTACGACATGACCAAACGTCAATCATTCGATCACATGGCTAAATGGCTGGAAGAATTA
AGAGGACACGCGGACAAAAACATAGTCATTATGCTGATTGGGAACAAATGTGATCTTGGA
AGTCTTAGAGCAGTGCCGACAGAAGACGCACAAGAGTTTGCACAAAGAGAGAACTTGTTC
TTCATGGAAACATCTGCTCTCGAAGCTACCAATGTTGAAACCGCTTTCTTGACCATCTTA
ACAGAGATT*ACCGTATAATCAGCAAGAAATCATTAACG*CTGATGATGATGACGCTGAT
GGGAATTCAAGTCT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1FU77JQ 736 0 0
GATTACGTATTCAAAGTGGTGTTGATCGGGGATTCGGCGGTTGGCAAAACTCAGCTGCTG
GCTCGGTTCGCTAGGAACGAGTTCAGCGTCGACTCTAAAGCCACCATCGGTGTCGAGTTC
CAGACTAAAACGCTCGTCATCGATAACAAAACCGTCAAAGCTCAGATTTGGGATACCGCT
GGCCAAGAAAGATACCGGGCGGTGACAAGCGCATACTACCGTGGAGCTGTTGGGGCAATG
TTGGTTTACGACATGACCAAACGTCAATCATTCGATCACATGGCTAAATGGCTGGAAGAA
TTAAGAGGACACGCGGACAAAAACATAGTCATTATGCTGATTGGGAACAAATGTGATCTT
GGAAGTCTTAGAGCAGTGCCGACAGAAGACGCACAAGAGTTTGCACAAAGAGAGAACTTG
TTCTTCATGGAAACATCTGCTCTCGAAGCTACCAATGTTGAAACCGCTTTCTTGACCATC
TTAACAGAGATTTACCGTATAATCAGCAAGAAATCATTAACGGCTGATGATGATGACGCT
GATGGGAATTCAAGTCTTTTAAAGGGGACTAGGATCATCATTCCTAGTGAACAGGAGACT
GGGAAAAGAGGTGGATGTTGCGGAAAATCGTAAAACTTTACTAGCGTTGTTGTTTTCTTT
GGTTTATGTTGTGTTTTTTTTTTCGCCTTAACCATTCGTTCTTGAAACGAAACAATAAGC
AGAGGTTTTACTATAG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1H433JQ 594 0 0
GAAGAATTAAGAGGACACGCGGACAAAAACATAGTCATTATGCTGATTGGGAACAAATGT
GATCTTGGAAGCCTTAGAGCAGTGCCGACAGAAGACGCACAAGAGTTTGCACAAAGAGAG
AACTTGTTCTTCATGGAAACATCTGCTCTCGAAGCTACCAATGTTGAAACCGCTTTCTTG
ACCATCTTAACAGAGATTTACCGTATAATCAGCAAGAAATCATTAACGGCTGATGATGAT
GACGCTGATGGGAATTCAAGTCTTTTAAAGGGGACTAGGATTATCATTCCTAGTGAACAG
GAGACTGGGAAAAGAGGTGGATGTTGCGGAAAATCGTAAAACTTTACTAGCGTTGTTGTT
TTCTTTGGTTTATGTTGTGTTTTTTTTT*CGCCTTAACCATTCGTTCTTGAAACGAAACA
ATAAGCAGAGGTTTTACTATAGAAAGAGCATGAGGATGAGCTCCCATTTATTGAATACCA
CGCAACGTTTTCAGATCGTGACTGTCTGATTTTGGGAGAAACTGAGACTAGTATAGGTGA
ACGAGTCTTGTTTTTTGTTTCGCGTGCATGTCCATAATATATTTTTTCTATTAC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 4

CO CL3324Contig1 852 4 3 U
AAACAATTAACGAGTCTTGGATTTATATTAACAAACTCTGTAACAATTTAGAATGGTTCA
GAGTTCAGACCTCAAACTCGAAATAACGTTCCTCACCCAAAACAAAACTAAAAAAAAATC
CCAACTCCCAAACCAAACTCACACCCGATATAATAAATTAAAAGTTATTATCACACATCA
AATGATAAAACAAGAAAAAACAATATAATATACAAAACTAAAATCGACACATTGAAAGTT
CGAGATCAATTAATCGGTTCATGTCGACGGACATGACCTCAGGCAAGAGTCTCAGCCATC
GCCGCCTCTTCATCCAAGAAGAGATCCTCCGTCTTCCTAACAACCGCATGGATCAAAACC
AACACAGCTCCGACCAACAACGCACCAGCTATATTCAGCGTCGCGTTCGTCAAGAACAGC
AAAACAAGAGTTATCACCGATAAGCAAACCAACACCGTCTTATCATCGACCTGATACCTA
AACAGCTTGATAGGCTCGTCGCGGAGGAAGTAGAGGAAGATCCAGACAAAGACCAACACG
GTCAAGACGATGAGCGACGTGGGATGCTCGATAAGGCTGAAGAAGATCACGACCAAGAAG
ACGATCGCGTAGTTCGTCTGGAAGTAGACGAGGTTCTTCTTGATTCTTGAGAAAGCGTCG
GAGAGGCCGCGAGGGAGCCCCATGGAGTGGAAGTCGAACACCACTCTCCATGGGCGGCGC
GTGGCGAGTCCGTCTTTGATGTGTTGCTTGACGCGTGAGATTGAGTCGAGGTCTACCACC
GGCGAGCCGTGAGACGACGTCGGAATAGCGCCGTAGTTTGTCATTATTTTATTGTGTTAG
TATGGACTGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1DH33JQ U 65
AF RR1EP42JQ U 1
AF RR1EP42TF C 112
AF RR1DH33TF C 134
BS 1 794 RR1EP42JQ
BS 795 848 RR1EP42TF
BS 849 852 RR1DH33TF

RD RR1DH33JQ 453 0 0
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CTCCCAAACCAAACTCACACCCGATATAATAAATTAAAAGTTATTCTCACACATCAAATG
ATAAAACAAGAAAAAACAATATAATATACAAAACTAAAATCGACACATTGAAAGTTCGAG
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CCTCTTCATCCAAGAAGAGATCCTCCGTCTTCCTAACAACCGCATGGATCAAAACCAACA
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CAAGAGTTATCACCGATAAGCAAACCAACGCCGTCTTATCATCGACCTGATACCTAAACA
GCTTGATAGGCTCGTCGCGGAGGAAGTAGAGGA

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DS 

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AAACAATTAACGAGTCTTGGATTTATATTAACAAACTCTGTAACAATTTAGAATGGTTCA
GAGTTCAGACCTCAAACTCGAAATAACGTTCCTCACCCAAAACAAAACTAAAAAAAAATC
CCAACTCCCAAACCAAACTCACACCCGATATAATAAATTAAAAGTTATTATCACACATCA
AATGATAAAACAAGAAAAAACAATATAATATACAAAACTAAAATCGACACATTGAAAGTT
CGAGATCAATTAATCGGTTCATGTCGACGGACATGACCTCAGGCAAGAGTCTCAGCCATC
GCCGCCTCTTCATCCAAGAAGAGATCCTCCGTCTTCCTAACAACCGCATGGATCAAAACC
AACACAGCTCCGACCAACAACGCACCAGCTATATTCAGCGTCGCGTTCGTCAAGAACAGC
AAAACAAGAGTTATCACCGATAAGCAAACCAACACCGTCTTATCATCGACCTGATACCTA
AACAGCTTGATAGGCTCGTCGCGGAGGAAGTAGAGGAAGATCCAGACAAAGACCAACACG
GTCAAGACGATGAGCGACGTGGGATGCTCGATAAGGCTGAAGAAGATCACGACCAAGAAG
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GAGAGGCCGCGAGGGAGCCCCATGGAGTGGAAGTCGAACACCACTCTCCATGGGCGGCGC
GTGGCGAGTCCGTCTTTGATGTGTTGCTTGACGCGTGAGATTGAGTCGAGGTCTACCACC
GGCGAGCCGTGAGA

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1EP42TF 739 0 0
AAAAAAATCCCAACTCCCAAACCAA*CTCACACCCGATATAATAAAT*AAAAGTTATTAT
CACACATCAAATGATAAA*CAAGAAAAAACAATATAATATACAAAACTAAAATCGACACA
TTGAAAGTTCGAGATCAATTAATCGGTTCATGTCGACGGACATGACCTCAGGCAAGAGTC
TCAGCCATCGCCGCCTCTTCATCCAAGAAGAGATCCTCCGTCTTCCTAACAACCGCATGG
ATCAAAACCAACACAGCTCCGACCAACAACGCACCAGCTATATTCAGCGTCGCGTTCGTC
AAGAACAGCAAAACAAGAGTTATCACCGATAAGCAAACCAACACCGTCTTATCATCGACC
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ACCAACACGGTCAAGACGATGAGCGACGTGGGATGCTCGATAAGGCTGAAGAAGATCACG
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AAAGCGTCGGAGAGGCCGCGAGGGAGCCCCATGGAGTGGAAGTCGAACACCACTCTCCAT
GGGCGGCGCGTGGCGAGTCCGTCTTTGATGTGTTGCTTGACGCGTGAGATTGAGTCGAGG
TCTACCACCGGCGAGCCGTGAGACGACGTCGGAATAGCGCCGTAGTTTGTCATTATTTTA
TTGTGTTAGTATGGACT
CC

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DS 

RD RR1DH33TF 719 0 0
CA
AACTCACACCCGATATAATAAATTAAAAGTTATTCTCACACATCAAATGATAAAACAAGA
AAAAACAATATAATATACAAAACTAAAATCGACACATTGAAAGTTCGAGATCAATTAATC
GGTTCATGTCGACGGACATGACCTCAGGCAAGAGTCTCAGCCATCGCCGCCTCTTCATCC
AAGAAGAGATCCTCCGTCTTCCTAACAACCGCATGGATCAAAACCAACACGGCTCCGACC
AACAACGCACCAGCTATATTCAGCGTCGCGTTCGTCAAGAACAGCAAAACAAGAGTTATC
ACCGATAAGCAAACCAACGCCGTCTTATCATCGACCTGATACCTAAACAGCTTGATAGGC
TCGTCGCGGAGGAAGTAGAGGAAGATCCAGACAAAGACCAACACGGTCAAGACGATGAGC
GACGTGGGATGCTCGATAAGGCTGAAGAAGATCACGACCAAGAAGACGATCGCGTAGTTC
GTCTGGAAGTAGACGAGGTTCTTCTTGATTCTTGAGAAAGCGTCGGAGAGGCCGCGAGGG
AGCCCCATGGAGTGGAAGTCGAACATCACTCTCCATGGGCGGCGCGTGGCGAGTCCGTCT
TTGATGTGTTGCTTGACGCGTGAGATTGAGTCGAGGTCTACCACCGGCGAGCCGTGAGAC
GGCGTCGGAATAGCGCCGTAGTTTGTCATTATTTTATTGTGTTAGTATGGACTGGCC

QA 3 719 3 719
DS 



AS 1 2

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CCACGCCGCCGTTTCTGTTATCGCTACGGCCGACATTAAAGGAACAGCACCACTTTGTTC
CTCTACTCTCCATCTGCGATTTAAACCCCGCGAGCTCTCTATATTCCAAAACCATCGCAG
GGTCGTGCTCAAAGGGAGAGCAATAAAGGCGAAGTCGAAAGAAGAAGCAAGTATTCCTCC
TCCTGTGGGAGATGCATTTACTAATAGTACTATCAAGCATCTTCTCCTGCCTGTCATTGA
TCGGAATCCCTATCTCTCTGAAGGCACCCGACAGGCTGCTGCTACAACAACTAGCTTGGC
AAACAAGTATGGAGCTGATATCACAGTTGTAGTCATAGACGAAGAAAAGAGAGAATCATC
TTCGGAGCACGAGACTCAAGTCTCCAACATCCGATGGCATCTAGCACAAGGTGGTTTCCA
GGAGTTCAAGCTCTTGGAGAGGCTTGGGGAAGGGAAAAAGGCCACTGCGGTAATAGGAGA
GGTGGCCGATGAACTGGGGACAGAGCTGGTTGTTATGAGCATGGAAGCCATCCACTCCAA
GTTCATCGACGCCAATTTACTTGCTGAGTTCATCCCCTGCCCCGTCCTCCTCTTGCCCTT
ATGAATCCAAATATTTGCTCGTCTTGTCCTTCCCAATCGTTTTTTTTTTTTCATGTATTG
TCTGGGGAACGCATAGCAGAGACTAGAGAGAGTGGGTCGAAACGTGAGATGCATGTATCC
ATACATCTTCTGTATTTATTATGATGGTTCTGTGTGTGGTTGTTTTTCCGTATCCGTCAT
GAATTAGTTACACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BR49TF U 1
AF RR1BR49JQ C 94
BS 1 710 RR1BR49TF
BS 711 711 RR1BR49JQ
BS 712 794 RR1BR49TF
BS 795 856 RR1BR49JQ

RD RR1BR49TF 794 0 0
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CCACGCCGCCGTTTCTGTTATCGCTACGGCCGACATTAAAGGAACAGCACCACTTTGTTC
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ATGAATCCAAATATTTGCTCGTCTTGTCCTTCCCAATCGTTTTTTTTTTT*CATGTATTG
TCTGGGGAACGCATAGCAGAGACTAGAGAGAGTGGGTCGAAACGTGAGATGCATGTATCC
ATACATCTTCTGTA

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1BR49JQ 763 0 0
CATTAAAGGAACAGCACCACTTTGTTCCTCTACTCTCCATCTGCGATTTAAACCCCGCGA
GCTCTCTATATTCCAAAACCATCGCAGGGTCGTGCTCAAAGGGAGAGCAATAAAGGCGAA
GTCGAAAGAAGAAGCAAGTATTCCTCCTCCTGTGGGAGATGCATTTACTAATAGTACTAT
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GGCTGCTGCTACAACAACTAGCTTGGCAAACAAGTATGGAGCTGATATCACAGTTGTAGT
CATAGACGAAGAAAAGAGAGAATCATTTTCGGAGCACGAGACTCAAGTCTCCAACATCCG
ATGGCATTTAGCACAAGGTGGTTTCCAGGAGTTCAAGCTCTTGGAGAGGCTTGGGGAAGG
GAAAAAGGCCACTGCGGTAATAGGAGAGGTGGCCGATGAACTGGGGACAGAGCTGGTTGT
TATGAGCATGGAAGCCATCCACTCCAAGTTCATTGACGCCAATTTACTTGCTGAGTTCAT
CCCCTGCCCCGTCCTCCTCTTGCCCTTATGAATCCAAATATTTGCTCGTCTTGTCCTTCC
CAATCGTTTTTTTTTTTTCATGTATTGTCTGGGGAACGCATAGCAGAGACTAGAGAGAGT
GGGTCGAAACGTGAGATGCATGTATCCATACATCTTCTGTATTTATTATGATGGTTCTGT
GTGTGGTTGTTTTTCCGTATCCGTCATGAATTAGTTACACTCT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 4

CO CL3326Contig1 846 4 8 U
GGGCCTCAACGATGATAGACATGGAGATTAGGGATGATGACTACAAATACCTGAGAGTCC
AAGACGCTTTCAAGGCACTGCATCTCAACGTTAGCCTCATCGGAGTCATCGTCGAGTTAG
GGTTTCCCACTGCCTCTGATTGTTCATGCACGTTGAAAATCGTCGATCCATGGCACTCTG
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ATATCAAAGAAGAGGAATATTCGAATCTTAATTGCCAGTACAAGCGCAAAGCCCAGAAGG
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AGAAGTAATGAATAACGGCTTGGTGAGCAGAGTGCTGAGTCATCGACAAGAGCACGTGAT
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AGGAGTACTCCAAAGAAAAACTCTTGTAATTCTCTCTTTGATCAATAAAAGTACTTTTTA
TTCCTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 

AF RR1D379TF U 1
AF RR1C045TF U 1
AF RR1D379JQ C 117
AF RR1C045JQ C 163
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CAGCTCTCTGGAATGAGAAATCTTCTTCGTTTGCTTTATTCGACGAGGATGTTGTACCTT
ACCAATCGTCACCTAAGTTTCAGATGGGAGAACAGGATGATAACTTCTTATCAAATCTCA
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ATATCAAAGAAGAGGAATATTCGAATCTTAATTGCCAGTACAAGCGCAAAGCCCAGAAGG
AGTAAGAGGCTTGAGTAGTGACGGTTTGGCCCAGTGGTGTTGGTACTATTTGGGAGTTCT
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CAATAAAAGTACTTTTTATTCCTC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 4

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GGAAATGCTCATCTGTATCCACTTCCTCAATCTCCTGTACTACATCCTCTCCCTTAAGGA
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BQ
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AF RR1DA21JQ U 1
AF RR1CE74JQ U 84
AF RR1DA21TF C 299
AF RR1CE74TF C 391
BS 1 701 RR1DA21JQ
BS 702 839 RR1CE74JQ
BS 840 1014 RR1DA21TF

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TTTCATTTCATAATTCTCGTTTCAATACAATGCTAATGATCCCTATCTGCGATTTCGGCT
GGAAATGCTCATCTGTATCCACTTCCTCAATCTCCTGTACTACATCCTCTCCCTTAAGGA
CTCTTCCGAACACTATAAGCTGATCATTCAGATCCGGGATTGGCGCCGTTGTGATCAGAA
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TTTTT
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AATGCTAATGATCCCTATCTGCGATTTCGGCTGGAAATGCTCATCTGTATCCACTTCCTC
AATCTCCTGTACTACATCCTCTCCCTTAAGGACTCTTCCGAACACTATAAGCTGATCACT
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GAGACCTTTTGATGTGCTTATATCGGCATAGCCAGGACGATCGTAATTCTTTTGTTGTGA
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QA 6 756 6 756
DS 

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TGGGCTTGTGTCAAGGCGACCACGGAGCTTTCCTTTAGCAGTCCATTCTTCTACAGGTAT
AGAGCTCGAGGAGTGACCAGCTTGCACCAAGTAGTTTTTTATAACCCGTTGAAAAGGCAT
TCCCTTGAAGTGATCTTTTTTACACAGATCTAGAAACTTGTCGACAGCTTCAGGGGAAGC
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ACGATCGTAATTCTTTTGTTGTGATACAGCATTTGTGTCCTCAAAACTCTGACTCTGGGT
TTCAAGTGTGTTTCTTGACCTCTGGGACCAATGACGATAAGTAGTGACCAAGGAGAGTAC
AACTACAGCAACTACGAGATTACACACGACAATTGTAGAAATACTTATCCGACTAGGACC
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CAGCATTTGTGTCCTCAAAACTCTGACTCTGGGTTTCAAGTATGTTTCTTGACCTCTGGG
ACCAATGACGATAAGTAGTGACCAAGGAGAGTACAACTACAGCAACTACGAGATTACACA
CGACAATTGTAGAAATACTTATCCGACTAGGACCCTTCTTCTTCTTGCTTTGATTTAGCA
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CTGATACAACTTGTTCTCTTAGGAAGTTAGGAAACAAAAGGAAAGAGAGCGCTACGACAG
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DS 



AS 1 4

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TTGTTAATTCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1H512TF U 1
AF RR1AE92JQ C 1
AF RR1H512JQ C 422
AF RR1AE92TF U 1
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TGTTAATT
TC

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DS 

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TCGAGAGGCATGCAAGAAACTTAACAAAATCGAGCTCTCAGAATGCGAGATTTACGCATC
CTGTGAGCCGTGTCCCATGTGCTTCGGAGCCATCCATCTCTCCAGACTCAAGAGATTGGT
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TCTGAGAGGAACCGGTGTTTACCAGAAATCTAACCTGGTGATCAAGAAAGCCGACGGGAA
CGGAGCTGTGATTGCTGAACAAGTGTTCCAGAACACTAAGGAGAAGTTCCGTTTATACTG
AGAGACTTCTTCTCCTCCTTCATATCACATCCTTCTTCTTCTCCTTATTCATTCATGATG
GCCAATCAGAAGAAGAAGAAATGCACTTTGCTTTTAACCAAATAAATCTCTGTTTTCGAA
TTGTTAATT
CC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 4

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CACGGTTTTTTTTTCTTCTATCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ39JQ U 1
AF RR1DZ39TF C 485
AF RR1CO84JQ U 6
AF RR1CO84TF C 58
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GTAAAAGTGAAAAAGATGGAGACAACAAGTCAAAGAAAACATTTAAATGTGTGATGATTC
GACATTTTCAAGTGTCATCATCTTCATATTACAATAGAGGGGGCTTCTCTTGGTCGTTGC
ATCAAGCCTTGTCGTCATGGAACCACCACCTCGTCTCCTTAGGAGACCTCCCGTTCTTAC
AATTATTGACGTAACGATCATTATCTGCGGGGCGTTCCTTTGCAGGTGAACTTGATAGCA
TGGAGAGAATGCTGATGCAGACCGAACTCACAGTCATTGCTGGTGACCACGAGTCATATA
GAATATCCAAACAAATATGTCCATTGCTGTAGATATGTGGATGTGACGGTGCCGGAGGAA
CAAAAACTACCTGGGGGGCTTCCATAGGGTAATTAACGGGAAATTCAACCTG

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1DZ39TF 218 0 0
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ATCGGTAACTTTGTGCCTAAATCCAGTGGGAGGATTTAATTGCCACTCGGTAAGCTCTTT
CTGCAACCTATTGCACGCGATCTTGCTTAAAGCCTTGCGTGAGGGAGCGGAAGAGCTGGT
CATGGCGGAGAAAGAGAGAATACAAGGTGTGCGATGCC

QA 1 218 1 218
DS 

RD RR1CO84JQ 729 0 0
CGGTAATGTTTCTCTTCTCTGAGTTATTGGGAAGTGCGAGTTTGACATTCCATAGGTAAA
AGTGAAAAAGATGGAGACAACAAGTCAAAGAAAACATTTAAATGTGTGACGATTCGACAT
TTTCAAGTGTCATCATCTTCATATTACAATAGAGGGGGCTTCTCTTGGTCGTTGCATCAA
GCCTTGTCGTCATGGAACCACCACCTCGTCTCCTTAGGAGACCTCCCGTTCTTACAATTC
TTGACGTAACGATCATTATCTGCGGGGCGTTCCTTTGCAGGTGAACTTGATAGCATGGAG
AGAATGCTGATGCAGACCGAACTCACAGTCATTGCTGGTGACCACGAGTCATATAGAATA
TCCAAACAAATATGTCCATTGCTGTAGATATGTGGATGTGACGGTGCCGGAGGAACAAAA
ACTACCTGGGGGGCTTCCATAGGGTAATTAACGGGAAATTCAACCTGAAGCTGGTAAGTC
TCGTTCGCGTAAAGCGTCCCCGGAGCTCCGGTCACATCGATTGTCCATTTTTGAAGATTA
TCGGTAACTTTGTGCCTAAATCCAGTGGGAGGATTTAATTGCCACTCGGTAAGCTCTTTC
TGCAACCTATTGCACGCGATCTTGCTTAAAGCCTTGCGTGAGGGAGCGGAAGAGCTGGTC
ATGGCGGAGAAAGAGAGAATACAAGGTGTGCGATGCCCCCGGTTCCTTTACTCTTCACGG
TTTTTTTTT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1CO84TF 686 0 0
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TTCGACATTTTCAAGTGTCATCATCTTCATATTACAATAGAGGGGGCTTCTCTTGGTCGT
TGCATCAAGCCTTGTCGTCATGGAACCACCACCTCGTCTCCTTAGGAGACCTCCCGTTCT
TACAATTCTTGACGTAACGATCATTATCTGCGGGGCGTTCCTTTGCAGGTGAACTTGATA
GCATGGAGAGAATGCTGATGCAGACCGAACTCACAGTCATTGCTGGTGACCACGAGTCAT
ATAGAATATCCAAACAAATATGTCCATTGCTGTAGATATGTGGATGTGACGGTGCCGGAG
GAACAAAAACTACCTGGGGGGCTTCCATAGGGTAATTAACGGGAAATTCAACCTGAAGCT
GGTAAGTCTCGTTCGCGTAGAGCGTCCCCGGAGCTCCGGTCACATCGATTGTCCATTTTT
GAAGATTATCGGTAACTTTGTGCCTAAATCCAGTGGGAGGATTTAATTGCCACTCGGTAA
GCTCTTTCTGCAACCTATTGCACGCGATCTTGCTTAAAGCCTTGCGTGAGGGAGCGGAAG
AGCTGGTCATGGCGGAGAAAGAGAGAATACAAGGTGTGCGATGCCCCCGGTTCCTTTACT
CTTCACGGTTTTTTTTTCTTCTATCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 4

CO CL3330Contig1 1179 4 8 U
GGATATAAGCCACACCAATAGACAGAGAGAGAGAAAAACCCACCAAAAACTCTCTCAAAT
TCACCAAAATGGATATTGCTAGTAAAAATAAAGCAATAACGCTAAAAGTTAGGGACCAGC
TCGTTCAAGGCCGCGAGGTGGCCACTAAGCTCCAGCAATTCCTCTTTCAACATGGGTCGG
GTCTGGATACAGAGGATGATCTCATGGCTAAAATCTTGGAGTCATTCAATGACTCAATCT
CTGATCTTGATTCCTTAGAACCCGTCTCCTCCTCTTCTATTGTCACCGCCGTTGAGGGCT
CTCAAAATGCTTCCTGCGACAACGACGGCAAGCTTGATGATTCCGGTGATAGTCAGAAAA
GACTCGGACCCGTTAAGGGCAAAAGAGGATGCTACAAGAGAAAGAAGAGATCGGAGACGT
GGACTGTAGAGTCGCCGGTACTTGAGGACCAATTTTCATGGAGGAAGTATGGACAAAAGG
AGATTCTTAATGCCAAATTCCCAAGAAGTTACTTTAGGTGCACACATAAATTCACTCAAG
GGTGCAAGGCAACAAAGCAAGTGCAGAAGCTAGAGCTCGAATCCAAGATGTTCAACATCA
CGTACATAGGAAACCACACGTGTAACACCAAAGAAGTAGCACCCAAGATCAAGCCTTGTG
TTCATCATGATGAGATCATTATGCATTCTGAAGAGCTCAGTAGTCCTAGCTTGACTACCA
CGATGAAGGAAGAGGAAGAGAATCATCATCATGGTTCATCCACGGAGAGTGACTTGCAAT
TAGTGTGGCATGAAATATTGGTGTGTGAAGAAGAACATCTTCATCATCATCATGAGGCTA
TTTATGGTTGTGGTGAAACTAGTGTCAATGGTTTGGATTCCGCGGATCTTTGGAATTGGC
AGTGATTTCCGATTCAGCGGGAATGAGTAGTAGCTCTCTTACCTCGAACCAAGTTCGAGT
CTAGCTTACATTACTATAGAATGGAGCATCTATATTTTGTCATCTTCTCTAGAGAAATAA
TTATCAGGCTTGTATAATGGAGCATAAATATATTGTCTTCTTCTTCTTCAATGAGTGTAT
GTCTGTACATATTGTAGAATATGTAATAACACTCTTGTTGGATTAAGTGTATATATCTTC
TCTTTTTTTTGTCATCATATATATCTACTCTTATATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY64TF U 1
AF RR1E093TF U 365
AF RR1E093JQ C 428
AF RR1GY64JQ C 582
BS 1 446 RR1GY64TF
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BS 1152 1179 RR1GY64JQ

RD RR1GY64TF 742 0 0
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TCACCAAAATGGATATTGCTAGTAAAAATAAAGCAATAACGCTAAAAGTTAGGGACCAGC
TCGTTCAAGGCCGCGAGGTGGCCACTAAGCTCCAGCAATTCCTCTTTCAACATGGGTCGG
GTCTGGATACAGAGGATGATCTCATGGCTAAAATCTTGGAGTCATTCAATGACTCAATCT
CTGATCTTGATTCCTTAGAACCCGTCTCCTCCTCTTCTATTGTCACCGCCGTTGAGGGCT
CTCAAAATGCTTCCTGCGACAACGACGGCAAGCTTGATGATTCCGGTGATAGTCAGAAAA
GACTCGGACCCGTTAAGGGCAAAAGAGGATGCTACAAGAGAAAGAAGAGATCGGAGACGT
GGACTGTAGAGTCGCCGGTACTTGAGTACCAATTTTCATGGAGGAAGTATGGACAAAAGG
AGATTCTTAATGCCAAATTCCCAAGAAGTTACTTTAGGTGCACACATAAATTCACTCAAG
GGTGCAAGGCAACAAAGCAAGTGCAGAAGCTAGAGCTCGAATCCAAGATGTTCAACATCA
CGTACATAGGAAACCACACGTGTAACACCAAAGAAGTAGCACCCAAGATCAAGCCTTGTG
TTCATCATGATGAGATCATTATGCATTCTGAAGAGCTCAGTAGTCCTAGCTTGACTACCA
CGATGAAG
AGAGGAGAGATCAT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1E093TF 740 0 0
G
GGACCCGTTAAGGGCAAAAGAGGATGCTACAAGAGAAAGAAGAGATCGGAGACGTGGACT
GTAGAGTCGCCGGTACTTGAGGACCAATTTTCATGGAGGAAGTATGGACAAAAGGAGATT
CTTAATGCCAAATTCCCAAGAAGTTACTTTAGGTGCACACATAAATTCACTCAAGGGTGC
AAGGCAACAAAGCAAGTGCAGAAGCTAGAGCTCGAATCCAAGATGTTCAACATCACGTAC
ATAGGAAACCACACGTGTAACACCAAAGAAGTAGCACCCAAGATCAAGCCTTGTGTTCAT
CATGATGAGATCATTATGCATTCTGAAGAGCTCAGTAGTCCTAGCTTGACTACCACGATG
AAGGAAGAGGAAGAGAATCATCATCATGGTTCATCCACGGAGAGTGACTTGCAATTAGTG
TGGCATGAAATATTGGTGTGTGAAGAAGAACATCTTCATCATCATCATGAGGCTATTTAT
GGTTGTGGTGAAACTAGTGTCAATGGTTTGGATTCCGCGGATCTTTGGAATTGGCAGTGA
TTTCCGATTCAGCGGGAATGAGTAGTAGCTCTCTTACCTCGAACCAAGTTCGAGTCTAGC
TTACATTACTATAGAATGGAGCATCTATATTTTGTCATCTTCTCTAGAGAAATAATTATC
ACGCTTGTATAATGGAGCATAAATATATTGTCTTCTTCTTCTTCAATGAGTGTATGTCTG
TACATATTGTAGAATATGT

QA 2 740 2 740
DS 

RD RR1E093JQ 726 0 0
AGAGTCGCCGGTACTTGAGGACCAATTTTCATGGAGGAAGTATGGACAAAAGGAGATTCT
TAATGCCAAATTCCCAAGAAGTTACTTTAGGTGCACACATAAATTCACTCAAGGGTGCAA
GGCAACAAAGCAAGTGCAGAAGCTAGAGCTCGAATCCAAGATGTTCAACATCACGTACAT
AGGAAACCACACGTGTAACACCAAAGAAGTAGCACCCAAGATCAAGCCTTGTGTTCATCA
TGATGAGATCATTATGCATTCTGAAGAGCTCAGTAGTCCTAGCTTGACTACCACGATGAA
GGAAGAGGAAGAGAATCATCATCATGGTTCATCCACGGAGAGTGACTTGCAATTAGTGTG
GCATGAAATATTGGTGTGTGAAGAAGAACATCTTCATCATCATCATGAGGCTATTTATGG
TTGTGGTGAAACTAGTGTCAATGGTTTGGATTCCGCGGATCTTTGGAATTGGCAGTGATT
TCCGATTCAGCGGGAATGAGTAGTAGCTCTCTTACCTCGAACCAAGTTCGAGTCTAGCTT
ACATTACTATAGAATGGAGCATCTATATTTTGTCATCTTCTCTAGAGAAATAATTATCAG
GCTTGTATAATGGAGCATAAATATATTGTCTTCTTCTTCTTCAATGAGTGTATGTCTGTA
CATATTGTAGAATATGTAATAACACTCTTGTTGGATTAAGTGTATATATCTTCTCTTTTT
TTTG
CC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1GY64JQ 598 0 0
TCCAAGATGTTCAACATCACGTACATAGGAAACCACACGTGTAACACCAAAGAAGTAGCA
CCCAAGATCAAGCCTTGTGTTCATCATGATGAGATCATTATGCATTCTGAAGAGCTCAGT
AGTCCTAGCTTGACTACCACGATGAAGGAAGAGGAAGAGAATCATCATCATGGTTCATCC
ACGGAGAGTGACTTGCAATTAGTGTGGCATGAAATATTGGTGTGTGAAGAAGAACATCTT
CATCATCATCATGAGGCTATTTATGGTTGTGGTGAAACTAGTGTCAATGGTTTGGATTCC
GCGGATCTTTGGAATTGGCAGTGATTTCCGATTCAGCGGGAATGAGTAGTAGCTCTCTTA
CCTCGAACCAAGTTCGAGTCTAGCTTACATTACTATAGAATGGAACATCTATATTTTGTC
ATCTTCTCTAGAGAAATAATTATCAGGCTTGTATAATGGAGCATAAATATATTGTCTTCT
TCTTCTTCAATGAGTGTATGTCTGTACATATTGTAGAATATGTAATAACACTCTTGTTGG
ATTAAGTGTATATATCTTCTCTTTTTTTTGTCATCATATATATCTACTCTTATATTCC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 3

CO CL3331Contig1 975 3 4 U
GGACCCTCGTCTGATCAACCAAACCTTTTGTTGTTGATTTGGTTCTTTCTTCTTCACCTC
TTTCTCTTTCGTATTGTGTTTCTTCTCAATCAGATCCGAGGAGTTTGTTTGGTGATGTTT
TTGTTCGATTGGTTCTATGGAATCCTAGCGACGTTAGGATTGTGGCAGAAAGAGGCGAAG
ATATTGTTTCTGGGCCTCGACAATGCCGGCAAAACTACTTTGCTTCACATGCTCAAAGAC
GAGAGATTAGTACAACACCAGCCAACACAGCATCCAACATCTGAGGAACTGAGCATTGGC
AAAATCAAATTCAAGGCTTTTGACTTGGGTGGCCATCAGATTGCCCGTAGGGTCTGGAAA
GACTACTATGCCAAGGTTGATGCAGTTGTGTACCTAGTGGATGCTTACGACAAGGAGAGA
TTTGTGGAGTCAAAAAGAGAGCTTGATGCTCTTCTATCTGACGAAGGCTTAGCAAATGTT
CCCTTTCTTATTCTTGGCAACAAGATTGATATTCCTTATGCAGCCTCTGAAGATGAGCTT
AGGTATCACTTGGGTCTCACCAATTTCACCACGGGTAAAAGCAATGTGAATCTAGAAGAA
TCTGGTGTTCGTCCCCTTGAGGTCTTCATGTGCAGCATCGTCCGCAAAATGGGATATGGC
GAGGGCTTTAAATGGTTATCTTACTACATCAAGTGAGTGGGAAACCAAACAAGCACGGTT
TTATGAATGAGACTATCTCAATGTTTCCCTCTTTGAAAAGACATAAACTCTTTCTCTCTT
GTAGTATTATCTTCCAAGATTTAATATATCTGAGTAAGTCGAGGGTTGTGTATTAGTAGT
AGTACTCACGTTTCTTTTGTTGAATCAAACTGAACAAGAACATCATTCTGATCTCGAGCT
AAAACACTATGACCTCGACGTTGTGTCTGTAAGCAAATGAAATGTCATTATGATATAAGA
ACTCAGCTACTTGTC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV04TF U 2
AF RR1AY38TF U 1
AF RR1AY38JQ C 200
BS 1 185 RR1AY38TF
BS 186 186 RR1CV04TF
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BS 763 975 RR1AY38JQ

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TGTTCGATTGGTTCTATGGAATCCTAGCGACGTTAGGATTGTGGCAGAAAGAGGCGAAGA
TATTGTTTCTGGGCCTCGACAATGCCGGCAAAACTACTTTGCTTCACATGCTCAAAGACG
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CTGGTGTTCGTCCCCTTGAGGTCTTCATGTGCAGCATCGTCCGCAAAATGGGATATGGCG
AGGGCTTTAA*TGGTTATCTTACTACATCAAGTGAGTGGGAAAC
AA

QA 1 704 1 704
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RD RR1AY38TF 762 0 0
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TTGTTCGATTGGTTCTATGGAATCCTAGCGACGTTAGGATTGTGGCAGAAAGAGGCGAAG
ATATTTTTTCTGGGCCTCGACAATGCCGGCAAAACTACTTTGCTTCACATGCTCAAAGAC
GAGAGATTAGTACAACACCAGCCAACACAGCATCCAACATCTGAGGAACTGAGCATTGGC
AAAATCAAATTCAAGGCTTTTGACTTGGGTGGCCATCAGATTGCCCGTAGGGTCTGGAAA
GACTACTATGCCAAGGTTGATGCAGTTGTGTACCTAGTGGATGCTTACGACAAGGAGAGA
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CCCTTTCTTATTCTTGGCAACAAGATTGATATTCCTTATGCAGCCTCTGAAGATGAGCTT
AGGTATCACTTGGGTCTCACCAATTTCACCACGGGTAAAAGCAATGTGAATCTAGAAGAA
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GAGGGCTTTAAATGGTTATCTTACTACATCAAGTGAGTGGGAAACCAAACAAGCACGGTT
TTATGAATGAGACTATCTCAATGTTTCCCTCTTTGAAAAGAC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1AY38JQ 776 0 0
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AGCCAACACAGCATCCAACATCTGAGGAACTGAGCATTGGCAAAATCAAATTCAAGGCTT
TTGACTTGGGTGGCCATCAGATTGCCCGTAGGGTCTGGAAAGACTACTATGCCAAGGTTG
ATGCAGTTGTGTACCTAGTGGATGCTTACGACAAGGAGAGATTTGTGGAGTCAAAAAGAG
AGCTTGATGCTCTTCTATCTGACGAAGGCTTAGCAAATGTTCCCTTTCTTATTCTTGGCA
ACAAGATTGATATTCCTTATGCAGCCTCTGAAGATGAGCTTAGGTATCACTTGGGTCTCA
CCAATTTCACCACGGGTAAAAGCAATGTGAATCTAGAAGAATCTGGTGTTCGTCCCCTTG
AGGTCTTCATGTGCAGCATCGTCCGCAAAATGGGATATGGCGAGGGCTTTAAATGGTTAT
CTTACTACATCAAGTGAGTGGGAAACCAAACAAGCACGGTTTTATGAATGAGACTATCTC
AATGTTTCCCTCTTTGAAAAGACATAAACTCTTTCTCTCTTGTAGTATTATCTTCCAAGA
TTTAATATATCTGAGTAAGTCGAGGGTTGTGTATTAGTAGTAGTACTCACGTTTCTTTTG
TTGAATCAAACTGAACAAGAACATCATTCTGATCTCGAGCTAAAACACTATGACCTCGAC
GTTGTGTCTGTAAGCAAATGAAATGTCATTATGATATAAGAACTCAGCTACTTGTC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL3332Contig1 858 2 6 U
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CTACGCGTGCGATTCGCTGCCAGTTACCATCTCTGGTTACTAGATGCGAATCATCGGAAC
CACCGATCAAACAGATCCAGATCCAGCAGCGGCCTAGAGGAGGCGATTTAGCCGAGAACG
GGAAGATCGTGCTTCAACCGAGGCTCTGCACCCTCAGATCTTACGGATCTGAGATGATCG
TCGCCAAAAAAGACGTCGTCGGAGGAGGAGATGAAGGATCTGATGAGGTTGAGTTAGCGT
CGCCGTTTTTCGAGACGCTCACTGACTACATCGAGAGCTCGAAGAAGAGTCAGGACTTCG
AAACCATCTCCGGCCGTCTCGCTATGATTGTTTTCGCGGCGACTGTGGCGGAGGAGGTTG
TTACGGGGAACTCGTTGTTCAAGAAACTTGACGTGGAAGGGTTGAGTGAAGCCGTTGGAG
CGGGACTTGGAGCTATGGGATGCGCTGCGGTGTTCGCGTGGCTGACGATTTCTCGGAAGC
GAGTTGGACGGATCTTTACAGTGAGTTGCAACTCGTTTATTGACTCGTTGGTTGATCAGA
TCGTCGATGGGTTGTTCTACGACACCAAGCCTAGTGATTGGACCGACGAAATTTAAAATC
TATTTTGTAGATTTCGTACGTCGAGTACCACTACGTACAAATGTATTTAGTGTATAAACG
TCGCCTATAATAGTATACTACTATAGTTGGTTGGTCTTCAATCATCATTTCTTCATGGTG
GTTGGTGAAGATGATATTGAATGTCTGTAACTTGTTCGTCTATATTATATCAAAATGGTA
TAAATAATCCGTGACTGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CQ78TF U 1
AF RR1CQ78JQ C 59
BS 1 688 RR1CQ78TF
BS 689 689 RR1CQ78JQ
BS 690 729 RR1CQ78TF
BS 730 730 RR1CQ78JQ
BS 731 751 RR1CQ78TF
BS 752 858 RR1CQ78JQ

RD RR1CQ78TF 752 0 0
GGGTTGTTTCTTCCCATCACTTCTCACTTCACCTCGGACCATCATCAACAATGGTTATGG
CTACGCGTGCGATTCGCTGCCAGTTACCATCTCTGGTTACTAGATGCGAATCATCGGAAC
CACCGATCAAACAGATCCAGATCCAGCAGCGGCCTAGAGGAGGCGATTTAGCCGAGAACG
GGAAGATCGTGCTTCAACCGAGGCTCTGCACCCTCAGATCTTACGGATCTGAGATGATCG
TCGCCAAAAAAGACGTCGTCGGAGGAGGAGATGAAGGATCTGATGAGGTTGAGTTAGCGT
CGCCGTTTTTCGAGACGCTCACTGACTACATCGAGAGCTCGAAGAAGAGTCAGGACTTCG
AAACCATCTCCGGCCGTCTCGCTATGATTGTTTTCGCGGCGACTGTGGCGGAGGAGGTTG
TTACGGGGAACTCGTTGTTCAAGAAACTTGACGTGGAAGGGTTGAGTGAAGCCGTTGGAG
CGGGACTTGGAGCTATGGGATGCGCTGCGGTGTTCGCGTGGCTGACGATTTCTCGGAAGC
GAGTTGGACGGATCTTTACAGTGAGTTGCAACTCGTTTATTGACTCGTTGGTTGATCAGA
TCGTCGATGGGTTGTTCTACGACACCAAGCCTAGTGATTGGACCGACGAAATTTAAAATC
TATTTTGTAGATTTCGTACGTCGAGTAC*ACTACGTACAAATGTATTTAGTGTATAAACG
TCGCCTATA*TAGTATACTACTATAGTTGGT
G

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1CQ78JQ 800 0 0
T
GCTACGCGTGCGATTCGCTGCCAGTTACCATCTCTGGTTACTAGATGCGAATCATCGGAA
CCACCGATCAAACAGATCCAGATCCAGCAGCGGCCTAGAGGAGGCGATTTAGCCGAGAAC
GGGAAGATCGTGCTTCAACCGAGGCTCTGCACCCTCAGATCTTACGGATCTGAGATGATC
GTCGCCAAAAAAGACGTCGTCGGAGGAGGAGATGAAGGATCTGATGAGGTTGAGTTAGCG
TCGCCGTTTTTCGAGACGCTCACTGACTACATCGAGAGCTCGAAGAAGAGTCAGGACTTC
GAAACCATCTCCGGCCGTCTCGCTATGATTGTTTTCGCGGCGACTGTGGCGGAGGAGGTT
GTTACGGGGAACTCGTTGTTCAAGAAACTTGACGTGGAAGGGTTGAGTGAAGCCGTTGGA
GCGGGACTTGGAGCTATGGGATGCGCTGCGGTGTTCGCGTGGCTGACGATTTCTCGGAAG
CGAGTTGGACGGATCTTTACAGTGAGTTGCAACTCGTTTATTGACTCGTTGGTTGATCAG
ATCGTCGATGGGTTGTTCTACGACACCAAGCCTAGTGATTGGACCGACGAAATTTAAAAT
CTATTTTGTAGATTTCGTACGTCGAGTACCACTACGTACAAATGTATTTAGTGTATAAAC
GTCGCCTATAATAGTATACTACTATAGTTGGTTGGTCTTCAATCATCATTTCTTCATGGT
GGTTGGTGAAGATGATATTGAATGTCTGTAACTTGTTCGTCTATATTATATCAAAATGGT
ATAAATAATCCGTGACTGG

QA 2 800 2 800
DS 



AS 2 4

CO CL3333Contig1 605 2 3 U
AAAAAATTGTCTGAATAAACGATACTTCAGTTCTCAAACAGGAGAGACAAAAAAAACATA
ACACCTAGTAATCTCTCTCTCTCATTGATCACTCTTCATCAGGCTTCTTGAAAACATAAG
TGGTTCCACACTTGCCACAGTAATGCCTATCGAAATGACTCGCCATGAACGTCCCCGGAC
CACAGCTCGCCGAAGGACACTCTTTCCTCAGCCTCTGAACCTTGCCGCTTCCATCGACCT
TGTAAAACTGCAAAACCGCGAGCTTCACTTTCTTGTGCTTGTGCTTGATCTTCTTCGGCT
TCGTGTACGTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCGCTCCTCCTCTCAAACGGAAAACCAGGTGAA
AAGTCGACTCCTTCTGGATGTTGTAATCCGCGAGGGTCCTTCCGTCTTCCAGCTGCTTCC
CGGCGAAGATCAGACGCTGCTGGTCCGGCGGGATCCCTTCCTTGTCCTGGATCTTGGCCT
TCACATTGTCGATCGTGTCGGATGATTCGACCTCTAGGGTTATCGTCTTCCCCGTTAGGG
TTTTCACGAAGATCTGCATTTTCTTGTGAATGCTCTCTCTGTTTTTTTTTTTTTGGGTCG
GAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1GL66JQ U 48
AF RR1GL66TF C 1
BS 1 48 RR1GL66TF
BS 49 427 RR1GL66JQ
BS 428 605 RR1GL66TF

RD RR1GL66JQ 381 0 0
C
AAAAAAAACATAACACCTAGTAATCTCTCTCTCTCATTGATCACTCTTCATCAGGCTTCT
TGAAAACATAAGTGGTTCCACACTTGCCACAGTAATGCCTATCGAAATGACTCGCCATGA
ACGTCCCCGGACCACAGCTCGCCGAAGGACACTCTTTCCTCAGCCTCTGAACCTTGCCGC
TTCCATCGACCTTGTAAAACTGCAAAACCGCGAGCTTCACTTTCTTGTGCTTGTGCTTGA
TCTTCTTCGGCTTCGTGTACGTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCGCTCCTCCTCTCAAACGGA
AAACCAGGTGAAAAGTCGACTCCTTCTGGATGTTGTAATCCGCGAGGGTCCTTCCGTCTT
CCAGCTGCTTCCCGGCGAA
A

QA 2 380 2 380
DS 

RD RR1GL66TF 605 0 0
AAAAAATTGTCTGAATAAACGATACTTCAGTTCTCAAACAGGAGAGACAAAAAAAACATA
ACACCTAGTAATCTCTCTCTCTCATTGATCACTCTTCATCAGGCTTCTTGAAGACATAAG
TGGTTCCACACTTGCCACAGTAATGCCTATCGAAATGACTCGCCATGAACGTCCCCGGAC
CACAGCTCGCCGAAGGACACTCTTTCCTCAGCCTCTGAACCTTGCCGCTTCCATCGACCT
TGTAAAACTGCAGAACCGCGAGCTTCACTTTCTTGTGCTTGTGCTTGATCTTCTTCGGCT
TCGTGTACGTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCGCTCCTCCTCTCAGACGGAGAACCAGGTGAA
GAGTCGACTCCTTCTGGATGTTGTAATCCGCGAGGGTCCTTCCGTCTTCCAGCTGCTTCC
CGGCGAAGATCAGACGCTGCTGGTCCGGCGGGATCCCTTCCTTGTCCTGGATCTTGGCCT
TCACATTGTCGATCGTGTCGGATGATTCGACCTCTAGGGTTATCGTCTTCCCCGTTAGGG
TTTTCACGAAGATCTGCATTTTCTTGTGAATGCTCTCTCTGTTTTTTTTTTTTTGGGTCG
GAGCC

QA 1 605 1 605
DS 



CO CL3333Contig2 264 2 4 U
GAGATAATATACTGACTTAATGCAACTAATTAAAAACAAACCATAATGTCACAACAGAAA
TTTAACCGTACGTTACAACAAAAACCATCTAAAAAATTGTCTGAATAAACGATACTTCAG
TTCTCAAACAGGAAAAACAAAAAAAAACATAACACCTAGTAATCTCTCTCTCTCATTGAT
CACTCTTCATCAGGCTTCTTGAAAACATAAGTGGTTCCACACTTGCCACAGTAATGCCTA
TCGAAATGACTCCCCATGAACGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H962TF C 1
AF RR1H962JQ U 67
BS 1 66 RR1H962TF
BS 67 218 RR1H962JQ
BS 219 219 RR1H962TF
BS 220 264 RR1H962JQ

RD RR1H962TF 264 0 0
GAGATAATATACTGACTTAATGCAACTAATTAAAAACAAACCATAATGTCACAACAGAAA
TTTAACCGTACGTTACAACAAAGACCATCTAAAAAATTGTCTGAATAAACGATACTTCAG
TTCTCAAACAGGAGAGACAAAAAAAAACATAACACCTAGTAATCTCTCTCTCTCATTGAT
CACTCTTCATCAGGCTTCTTGAAGACATAAGTGGTTCCACACTTGCCACAGTAATGCCTA
TCGAAATGACTCGCCATGAACGTC

QA 1 264 1 264
DS 

RD RR1H962JQ 198 0 0
CGTACGTTACAACAAAAACCATCTAAAAAATTGTCTGAATAAACGATACTTCAGTTCTCA
AACAGGAAAAACAAAAAAAAACATAACACCTAGTAATCTCTCTCTCTCATTGATCACTCT
TCATCAGGCTTCTTGAAAACATAAGTGGTTCCCCACTTGCCACAGTAATGCCTATCGAAA
TGACTCCCCATGAACGTC

QA 1 198 1 198
DS 



AS 1 4

CO CL3334Contig1 685 4 4 U
GGAACCGAACCATGATTCAAAATCTTATAACAAGATTGCCGATCATCTTTGCCATATTCC
ATTACAACTTTGTAAGACAAAGATGAACCTCTTGGAGAAATCTTGAAGTTCTTTCTTAAT
TGAAGTCTTGTCCCGTTTGAATTACATCCTTTGCAAGATTTGAATAATCCCAAACCTTTG
TTGAAGTTCAAACAAGACTTCTCCGTATAAGTCCATAAGGTAAACTTCACCGCAACTCTT
GGAATCGTAGTTATCCACTCGATAGATTAAGTTTCCTTTGGAATCAAGAACTGTTCAGCC
TTTACTATGGTACTCTAGAGATCTCATCCAAATCATGAAACTCTCTTGCTCTGTTGTCAC
GTACGGTGAGCTCTTGACTTCTCCGACGCTGGATTCCACCGGTAATGCTTGGACAGGATG
AATCTGCACCATGTTTCTTAGCTGGAAAAACTTGGATACCGTTGTTCCTAAAGTATTTAT
ATGTGTTTTTTTTAAACTTAGAGCAGGATTATCGCTGGTTTTAGAGAGATCTTAGGCGGT
GAAGTCCAGTGGGGCTCCCTTTTAAAAAAAAAACTTTTACCTTTTGCTTTTTATGTAAGA
ATTGACTCATAAACTATTTGCGGGTCCCACTGTCACGTGGCGGTCCGCGATTGGTTAATT
ATATATATATATTTTTTAAATCGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B673JQ C 1
AF RR1B673TF U 1
AF RR1AA15JQ C 54
AF RR1AA15TF U 54
BS 1 572 RR1B673TF
BS 573 573 RR1AA15TF
BS 574 677 RR1B673TF
BS 678 685 RR1AA15JQ

RD RR1B673JQ 677 0 0
GGAACCGAACCATGATTCAAAATCTTATAACAAGATTGCCGATCATCTTTGCCATATTCC
ATTACAACTTTGTAAGACAAAGATGAACCTCTTGGAGAAATCTTGAAGTTCTTTCTTAAT
TGAAGTCTTGTCCCGTTTGAATTACATCCTTTGCAAGATTTGAATAATCCCAAACCTTTG
TTGAAGTTCAAACAAGACTTCTCCGTATAAGTCCATAAGGTAAACTTCACCGCAACTCTT
GGAATCGTAGTTATCCACTCGATAGATTAAGTTTCCTTTGGAATCAAGAACTGTTCAGCC
TTTACTATGGTACTCTAGAGATCTCATCCAAATCATGAAACTCTCTTGCTCTGTTGTCAC
GTACGGTGAGCTCTTGACTTCTCCGACGCTGGATTCCACCGGTAATGCTTGGACAGGATG
AATCTGCACCATGTTTCTTAGCTGGAAAAACTTGGATACCGTTGTTCCTAAAGTATTTAT
ATGTGTTTTTTTTAAACTTAGAGCAGGATTATCGCTGGTTTTAGAGAGATCTTAGGCGGT
GAAGTCCAGTGGGGCTCCCTTTTAAAAAAAAA*CTTTTACCTTTTGCTTTTTATGTAAGA
ATTGACTCATAAACTATTTGCGGGTCCCACTGTCACGTGGCGGTCCGCGATTGGTTAATT
ATATATATATATTTTTT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1B673TF 678 0 0
GGAACCGAACCATGATTCAAAATCTTATAACAAGATTGCCGATCATCTTTGCCATATTCC
ATTACAACTTTGTAAGACAAAGATGAACCTCTTGGAGAAATCTTGAAGTTCTTTCTTAAT
TGAAGTCTTGTCCCGTTTGAATTACATCCTTTGCAAGATTTGAATAATCCCAAACCTTTG
TTGAAGTTCAAACAAGACTTCTCCGTATAAGTCCATAAGGTAAACTTCACCGCAACTCTT
GGAATCGTAGTTATCCACTCGATAGATTAAGTTTCCTTTGGAATCAAGAACTGTTCAGCC
TTTACTATGGTACTCTAGAGATCTCATCCAAATCATGAAACTCTCTTGCTCTGTTGTCAC
GTACGGTGAGCTCTTGACTTCTCCGACGCTGGATTCCACCGGTAATGCTTGGACAGGATG
AATCTGCACCATGTTTCTTAGCTGGAAAAACTTGGATACCGTTGTTCCTAAAGTATTTAT
ATGTGTTTTTTTTAAACTTAGAGCAGGATTATCGCTGGTTTTAGAGAGATCTTAGGCGGT
GAAGTCCAGTGGGGCTCCCTTTTAAAAAAAAA*CTTTTACCTTTTGCTTTTTATGTAAGA
ATTGACTCATAAACTATTTGCGGGTCCCACTGTCACGTGGCGGTCCGCGATTGGTTAATT
ATATATATATATTTTTT
T

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1AA15JQ 632 0 0
GG
ATTCCATTACAACTTTGTAAGACAAAGATGAACCTCTTGGAGAAATCTTGAAGTTCTTTC
TTAATTGAAGTCTTGTCCCGTTTGAATTACATCCTTTGCAAGATTTGAATAATCCCAAAC
CTTTGTTGAAGTTCAAACAAGACTTCTCCGTATAAGTCCATAAGGTAAACTTCACCGCAA
CTCTTGGAATCGTAGTTATCCACTCGATAGATTAAGTTTCCTTTGGAATCAAGAACTGTT
CAGCCTTTGCTATGGTACTCTAGAGATCTCATCCAAATCATGAAACTCTCTTGCTCTGTT
GTCACGTACGGTGAGCTCTTGACTTCTCCGACGCTGGATTCCACCGGTAATGCTTGGACA
GGATGAATCTGCACCATGTTTCTTAGCTGGAAAAACTTGGATACCGTTGTTCCTAAAGTA
TTTATATGTGTTTTTTTTAAACTTAGAGCAGGATTATCGCTGGTTTTAGAGAGATCTTAG
GCGGTGAAGTCCAGTGGGGCTCCCTTTTAAAAAAAAAACTTTTACCTTTTGCTTTTTATG
TAAGAATTGACTCATAAACTATTTGCGGGTCCCACTGTCACGTGGCGGTCCGCGATTGGT
TAATTATATATATATATTTTTTAAATCGGC

QA 3 632 3 632
DS 

RD RR1AA15TF 632 0 0
GG
ATTCCATTACAACTTTGTAAGACAAAGATGAACCTCTTGGAGAAATCTTGAAGTTCTTTC
TTAATTGAAGTCTTGTCCCGTTTGAATTACATCCTTTGCAAGATTTGAATAATCCCAAAC
CTTTGTTGAAGTTCAAACAAGACTTCTCCGTATAAGTCCATAAGGTAAACTTCACCGCAA
CTCTTGGAATCGTAGTTATCCACTCGATAGATTAAGTTTCCTTTGGAATCAAGAACTGTT
CAGCCTTTGCTATGGTACTCTAGAGATCTCATCCAAATCATGAAACTCTCTTGCTCTGTT
GTCACGTACGGTGAGCTCTTGACTTCTCCGACGCTGGATTCCACCGGTAATGCTTGGACA
GGATGAATCTGCACCATGTTTCTTAGCTGGAAAAACTTGGATACCGTTGTTCCTAAAGTA
TTTATATGTGTTTTTTTTAAACTTAGAGCAGGATTATCGCTGGTTTTAGAGAGATCTTAG
GCGGTGAAGTCCAGTGGGGCTCCCTTTTAAAAAAAAAACTTTTACCTTTTGCTTTTTATG
TAAGAATTGACTCATAAACTATTTGCGGGTCCCACTGTCACGTGGCGGTCCGCGATTGGT
TAATTATATATATATATTTTTT
AAATCGGC

QA 3 624 3 624
DS 



AS 1 4

CO CL3335Contig1 747 4 10 U
GGACGCTCCCGAAGTCTAATTGAGAGAGAGAGAAGCAGAGAAGTCATTCACCAAGTCGTG
AGGAGAAGGAGAAGAAGATGTCGTGGCAATCGTACGTTGACGACCACCTTATGTGCGATG
TCGAAGGCAGCCAACTCACAGCCGCCGCCATCCTCGGTCAAGACGGTAGTGTCTGGGCTC
AGAGCGCCGCTTTCCCTCAGTTGAAGACTGAAGAAGTCAATGGGATCAACAAGGATTTCG
AGGAGCCCGGGTCTCTCGCCCCGACCGGTTTATTTCTCGGTGGTGCCAAATACATGGTTA
TTCAAGGTGAACCAGGAGCTGTCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGTGTTACTATCA
AGAAGACGAATCAAGCTTGGGTCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTGGAGGTCAAT
GCAATTTGGTTGTCGAAAGGCTCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCTAAAAATTTT
ATGTTTCGATGCGTCTTCTTTTTAACTAAAAAAGAATGGTCATTGCCCCCTTTTTTTCGT
TGTGATTGATTGTAGTAACGCAATCGATCTGATACTTTGGAACCGAATATCTTTGTTTTT
GGCCTTCTTGTTCCCGGGTTTGGGTTTCTTTGTCTTGTAATGGCATTTGATGATATTTTT
TTTTTCTTTCATTATGTGTTTTCTTGGATTTTGCTTCTTCATAAATTTTTGGGTTATTTT
TCTTGAATGGAGATGTGGTTTGAATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ84JQ C 1
AF RR1CJ84TF U 7
AF RR1AG79JQ C 18
AF RR1AG79TF U 18
BS 1 6 RR1CJ84JQ
BS 7 514 RR1CJ84TF
BS 515 515 RR1AG79TF
BS 516 578 RR1CJ84TF
BS 579 579 RR1AG79TF
BS 580 652 RR1CJ84TF
BS 653 653 RR1AG79TF
BS 654 724 RR1CJ84TF
BS 725 742 RR1AG79TF
BS 743 747 RR1AG79JQ

RD RR1CJ84JQ 742 0 0
GGACGCTCCCGAAGTCTAATTGAGAGAGAGAGAAGCAGAGAAGTCATTCACCAAGTCGTG
AGGAGAAGGAGAAGAAGATGTCGTGGCAATCGTACGTTGACGACCACCTTATGTGCGATG
TCGAAGGCAGCCAACTCACAGCCGCCGCCATCCTCGGTCAAGACGGTAGTGTCTGGGCTC
AGAGCGCCGCTTTCCCTCAGTTGAAGACTGAAGAAGTCAATGGGATCAACAAGGATTTCG
AGGAGCCCGGGTCTCTCGCCCCGACCGGTTTATTTCTCGGTGGTGCCAAATACATGGTTA
TTCAAGGTGAACCAGGAGCTGTCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGTGTTACTATCA
AGAAGACGAATCAAGCTTGGGTCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTGGAGGTCAAT
GCAATTTGGTTGTCGAAAGGCTCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCTAAAAATTTT
ATGTTTCGATGCGTCTTCTTTTTAACTAAAAAAGGATGGTCATTGCCCCCTTTTTTTCGT
TGTGATTGATTGTAGTAACGCAATCGATCTGATACTTTTGAACCGAATATCTTTGTTTTT
GGCCTTCTTGTTCCCGGGTTTGGGTTTCTTTGTCTTGTAATGGCATTTGATGGTATTTTT
TTTTTCTTTCATTATGTGTTTTCTTGGATTTTGCTTCTTCATAAATTTTTGGGTTATTTT
TCTTGAATGGATATGTGGTTTG

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1CJ84TF 718 0 0
TCCCGAAGTCTAATTGAGAGAGAGAGAAGCAGAGAAGTCATTCACCAAGTCGTGAGGAGA
AGGAGAAGAAGATGTCGTGGCAATCGTACGTTGACGACCACCTTATGTGCGATGTCGAAG
GCAGCCAACTCACAGCCGCCGCCATCCTCGGTCAAGACGGTAGTGTCTGGGCTCAGAGCG
CCGCTTTCCCTCAGTTGAAGACTGAAGAAGTCAATGGGATCAACAAGGATTTCGAGGAGC
CCGGGTCTCTCGCCCCGACCGGTTTATTTCTCGGTGGTGCCAAATACATGGTTATTCAAG
GTGAACCAGGAGCTGTCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGTGTTACTATCAAGAAGA
CGAATCAAGCTTGGGTCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTGGAGGTCAATGCAATT
TGGTTGTCGAAAGGCTCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCTAAAAATTTTATGTTT
CGATGCGTCTTCTTTTTAACTAAAAAAGGATGGTCATTGCCCCCTTTTTTTCGTTGTGAT
TGATTGTAGTAACGCAATCGATCTGATACTTTTGAACCGAATATCTTTGTTTTTGGCCTT
CTTGTTCCCGGGTTTGGGTTTCTTTGTCTTGTAATGGCATTTGATGGTATTTTTTTTTTC
TTTCATTATGTGTTTTCTTGGATTTTGCTTCTTCATAAATTTTTGGGTTATTTTTCTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1AG79JQ 730 0 0
GGGA
GAGAGAGAGAGAAGCAGAGAAGTCATTCACCAAGTCGTGAGGAGAAGGAGAAGAAGATGT
CGTGGCAATCGTACGTTGACGACCACCTTATGTGCGATGTCGAAGGCAGCCAACTCACAG
CCGCCGCCATCCTCGGTCAAGACGGTAGTGTCTGGGCTCAGAGCGCCGCTTTCCCTCAGT
TT**GACTGAAGAAGTCAATGGGATCAACAAGGATTTCGAGGAGCCCGGGTCTCTCGCCC
CGACCGGTTTATTTCTCGGTGGTGCCAAATACATGGTTATTCAAGGTGAACCAGGAGCTG
TCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGTGTTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCTTGGG
TCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTGGAGGTCAATGCAATTTGGTTGTCGAAAGGC
TCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCTAAAAATTTTATGTTTCGATGCGTCTTCTTT
TTAACTAAAAAAGAATGGTCATTGCCCCCTTTTTTTCGTTGTGATTGATTGTAGTAACGC
AATCGATCTGATACTTTGGAACCGAATATCTTTGTTTTTGGCCTTCTTGTTCCCGGGTTT
GGGTTTCTTTGTCTTGTAATGGCATTTGATGATATTTTTTTTT*CTTTCATTATGTGTTT
TCTTGGATTTTGCTTCTTCATAAATTTTTGGGTTATTTTTCTTGAATGGAGATGTGGTTT
GAATAC

QA 5 730 5 730
DS 

RD RR1AG79TF 730 0 0
GGGA
GAGAGAGAGAGAAGCAGAGAAGTCATTCACCAAGTCGTGAGGAGAAGGAGAAGAAGATGT
CGTGGCAATCGTACGTTGACGACCACCTTATGTGCGATGTCGAAGGCAGCCAACTCACAG
CCGCCGCCATCCTCGGTCAAGACGGTAGTGTCTGGGCTCAGAGCGCCGCTTTCCCTCAGT
TT**GACTGAAGAAGTCAATGGGATCAACAAGGATTTCGAGGAGCCCGGGTCTCTCGCCC
CGACCGGTTTATTTCTCGGTGGTGCCAAATACATGGTTATTCAAGGTGAACCAGGAGCTG
TCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGTGTTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCTTGGG
TCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTGGAGGTCAATGCAATTTGGTTGTCGAAAGGC
TCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCTAAAAATTTTATGTTTCGATGCGTCTTCTTT
TTAACTAAAAAAGAATGGTCATTGCCCCCTTTTTTTCGTTGTGATTGATTGTAGTAACGC
AATCGATCTGATACTTTGGAACCGAATATCTTTGTTTTTGGCCTTCTTGTTCCCGGGTTT
GGGTTTCTTTGTCTTGTAATGGCATTTGATGATATTTTTTTTT*CTTTCATTATGTGTTT
TCTTGGATTTTGCTTCTTCATAAATTTTTGGGTTATTTTTCTTGAATGGAGATGTGGTTT
G
AATAC

QA 5 725 5 725
DS 



AS 1 2

CO CL3336Contig1 1246 2 10 U
GGGAACTTGCTGAGGTTCTAGACAAGGATCTGCAGATGAGGGGAGCATCTGTCATTCCCT
GCGGTGAGATTTACGGGCAGTGGAAGGGTTTGGGTGAGGAGGAGAAGGATCATGAGATTG
TCTGGCCGCCAATGGTTGTCATCATGAATACTAGACTCGACAAGGACGAGAATGATAAGT
GGCTTGGCATGGGCAACCCGGAGCTGCTGGAGTACTTCAACGAGTATCCTGCAATTAGAG
CACGCCATTCCTATGGTCCACAGGGCCATCGTGGGATGAGTGTTCTGATCTTTGAGAGTA
CAGCCACTGGCTACTTTGAGGCTGACCGTCTACACAGGGACTTAGCTCAGAAAGGGTTAG
ATAGAGACGCCTGGGACCGTCGCCGGAGTTGGTTTTCTGGAGGTGTTCGCCAACTGTATG
GCTTCCTTGCGACCAAGCAGGATTTGGATGCATTCAATCAACACTGCCAAGGTAAAACAA
GGCTGAAGTACGAGATGAAATCGTACCAGGAGTATGTTGTGAAAGAGCTGAGGCAGATCG
CTGAAGACAATCAGCAGCTAAACTGGTTCAAGAACAAGCTGACAAAACAGAACAAGCACG
CCAAGGTGCTTGAGGAGTCTCTGGGAATATTGAGCGAGAAGCTGCGTAAGACTGCAGAAG
ATAACCGTATCGTGAGACAGAGAACAAAGATGCAGCATGAGCAGAACAGAGAAGAGATGG
ATTCACAAGACAAGTTTTTCGAAGAGTCCATCAAGCATACATGAGAAAAGAGATGCAAAG
GAAGAGAACTTCGAGATGCTGCAGCAGCAGGAGCGTGCTAAAGTGGTTGATTTGCGAAAG
AGATCTGAAGAAGTGTCCAGCTTCATAGAATGTCAAGAGAAGGAGATGAAAGAGTTTGTG
GAGGAGAGGGAGAAGCTGATAGAAGAGCAGGAGAAGAAGATGGCAGACTGGAAGAAGAAG
TACTTCGAGGGGATGCTTGATCTAGAGAGGGAGTTTGACAAGGCGTTGGAGCAGCTCATG
AGCAAGCACGGCCTCCACGATGCAGATGACACAGAAGACTACTAGCTTGGCGAGATTGGA
GCAAAGACTATTCTCATTCTCAGTAGGGATAATAATAATCTAAGGAGATTTTAAGACACT
ATTATTATTCTCCATTTTCAGTAAGTCGGCTAAGGAAGAAGTATTTTGTGACCAAAACTA
AGTTTCAATGCTTTATAAGTATAAAAGTTTAGGGGTTTTATAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB51TF U 1
AF RR1FB51JQ C 394
BS 1 614 RR1FB51TF
BS 615 615 RR1FB51JQ
BS 616 658 RR1FB51TF
BS 659 659 RR1FB51JQ
BS 660 663 RR1FB51TF
BS 664 664 RR1FB51JQ
BS 665 683 RR1FB51TF
BS 684 684 RR1FB51JQ
BS 685 704 RR1FB51TF
BS 705 1246 RR1FB51JQ

RD RR1FB51TF 704 0 0
GGGAACTTGCTGAGGTTCTAGACAAGGATCTGCAGATGAGGGGAGCATCTGTCATTCCCT
GCGGTGAGATTTACGGGCAGTGGAAGGGTTTGGGTGAGGAGGAGAAGGATCATGAGATTG
TCTGGCCGCCAATGGTTGTCATCATGAATACTAGACTCGACAAGGACGAGAATGATAAGT
GGCTTGGCATGGGCAACCCGGAGCTGCTGGAGTACTTCAACGAGTATCCTGCAATTAGAG
CACGCCATTCCTATGGTCCACAGGGCCATCGTGGGATGAGTGTTCTGATCTTTGAGAGTA
CAGCCACTGGCTACTTTGAGGCTGACCGTCTACACAGGGACTTAGCTCAGAAAGGGTTAG
ATAGAGACGCCTGGGACCGTCGCCGGAGTTGGTTTTCTGGAGGTGTTCGCCAACTGTATG
GCTTCCTTGCGACCAAGCAGGATTTGGATGCATTCAATCAACACTGCCAAGGTAAAACAA
GGCTGAAGTACGAGATGAAATCGTACCAGGAGTATGTTGTGAAAGAGCTGAGGCAGATCG
CTGAAGACAATCAGCAGCTAAACTGGTTCAAGAACAAGCTGACAAAACAGAACAAGCACG
CCAAGGTGCTTGAG*AGTCTCTGGGAATATTGAGCGAGAAGCTGCGTAAGACTGCAGA*G
ATA*CCGTATCGTGAGACAGAGA*CAAAGATGCAGCATGAGCAG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1FB51JQ 853 0 0
TGTTTCTGAGGTG
TCGCCAACTGTATGGCTTC*TTGCGACCAAGCAGGATTTGGATGCATTCAATCAACACTG
CCAAGGTAAAACAAGGCTGAAGTACGAGATGAAATCGTACCAGGAGTATGTTGTGAAAGA
GCTGAGGCAGATCGCTGAAGACAATCAGCAGCTAAACTGGTTCAAGAACAAGCTGACAAA
ACAGAACAAGCACGCCAAGGTGCTTGAGGAGTCTCTGGGAATATTGAGCGAGAAGCTGCG
TAAGACTGCAGAAGATAACCGTATCGTGAGACAGAGAACAAAGATGCAGCATGAGCAGAA
CAGAGAAGAGATGGATTCACAAGACAAGTTTTTCGAAGAGTCCATCAAGCATACATGAGA
AAAGAGATGCAAAGGAAGAGAACTTCGAGATGCTGCAGCAGCAGGAGCGTGCTAAAGTGG
TTGATTTGCGAAAGAGATCTGAAGAAGTGTCCAGCTTCATAGAATGTCAAGAGAAGGAGA
TGAAAGAGTTTGTGGAGGAGAGGGAGAAGCTGATAGAAGAGCAGGAGAAGAAGATGGCAG
ACTGGAAGAAGAAGTACTTCGAGGGGATGCTTGATCTAGAGAGGGAGTTTGACAAGGCGT
TGGAGCAGCTCATGAGCAAGCACGGCCTCCACGATGCAGATGACACAGAAGACTACTAGC
TTGGCGAGATTGGAGCAAAGACTATTCTCATTCTCAGTAGGGATAATAATAATCTAAGGA
GATTTTAAGACACTATTATTATTCTCCATTTTCAGTAAGTCGGCTAAGGAAGAAGTATTT
TGTGACCAAAACTAAGTTTCAATGCTTTATAAGTATAAAAGTTTAGGGGTTTTATAAATT

QA 14 853 14 853
DS 



AS 1 3

CO CL3337Contig1 770 3 7 U
GGGCAGGAGGAGCTTCACTGGCAGAAAAAGCACGGGCGGTGGAGGTGGAGGTGGAGCTGC
GGCGTTGTTGAAGCTCATCACAAGTGACATCAGCTTGGCGAGGAAGAGTTTCAGCTGTGT
CGCGAGACCCGCGTGTGATCTTACCAAAACCCCTCCCGGTTCTACAAGGTATCTTTTGGG
AGGATCCAAACCGGTTTCTATTAACGGGTCTGAAGGTCAGGATTCGGTTAAGGCAGTAGC
CCCTAGTCCTAAACCTCTAGCTAGTGAAGAGATAAAGCCGGTGTCGTCATTGTCCGAAGA
GAAGACTTGTGGTGTTGGTGGTGGTTCAGACCAGGAGGAGAAGCAGGTTGTTGTTCTCAA
AGTGTCTCTCCACTGCAGAGGCTGTGAAGCAAAAGTTAGGAAACATCTGTCCAGAATGCA
AGGTGTGACATCATTCAACATAGATTTTGCTGCAAAGAAAGTGACTGTGACTGGAAACAT
CACTCCCTTGGAATTATTGGATAGCATCTCAAAGGTTAAAAATGCTCAGTTTTGGACTAC
TCCAACACTCCCATTGCCAAATCTGCATACTCCAAAGCCTTAACTTACCTTTTTTACTGT
TTTATCTCTCCCTCTCTCCCTGTTGTAGTGAAATCAGTCGGTAAAGTTCCAGAATTTACT
GCACCTATCTTCAAATGGATTCCACTTTTGAACTTGTGATATAACTCAGCAACACAGCTG
AAACTCTACATCCAACCGCACTTTTTATGACTTATAATAATTTAATCTCG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E409TF U 1
AF RR1AO48TF U 5
AF RR1AO48JQ C 18
BS 1 79 RR1E409TF
BS 80 80 RR1AO48TF
BS 81 85 RR1E409TF
BS 86 86 RR1AO48TF
BS 87 283 RR1E409TF
BS 284 763 RR1AO48TF
BS 764 770 RR1AO48JQ

RD RR1E409TF 287 0 0
GGGCAGGAGGAGCTTCACTGGCAGAAAAAGCACGGGCGGTGGAGGTGGAGGTGGAGCTGC
GGCGTTGTTGAAGCTCATCGCAAGTTACATCAGCTTGGCGAGGAAGAGTTTCAGCTGTGT
CGCGAGACCCGCGTGTGATCTTACCAAAACCCCTCCCGGTTCTACAAGGTATCTTTTGGG
AGGATCCAAACCGGTTTCTATTAACGGGTCTGAAGGTCAGGATTCGGTTAAGGCAGTAGC
CCCTAGTCCTAAACCTCTAGCTAGTGAAGAGATAAAGCCGGTG
CCGT

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR1AO48TF 759 0 0
G
GGAGGAGCTTCACTGGCAGAAAAAGCACGGGCGGTGGAGGTGGAGGTGGAGCTGCGGCGT
TGTTGAAGCTCATCACAAGTGACATCAGCTTGGCGAGGAAGAGTTTCAGCTGTGTCGCGA
GACCCGCGTGTGATCTTACCAAAACCCCTCCCGGTTCTACAAGGTATCTTTTGGGAGGAT
CCAAACCGGTTTCTATTAACGGGTCTGAAGGTCAGGATTCGGTTAAGGCAGTAGCCCCTA
GTCCTAAACCTCTAGCTAGTGAAGAGATAAAGCCGGTGTCGTCATTGTCCGAAGAGAAGA
CTTGTGGTGTTGGTGGTGGTTCAGACCAGGAGGAGAAGCAGGTTGTTGTTCTCAAAGTGT
CTCTCCACTGCAGAGGCTGTGAAGCAAAAGTTAGGAAACATCTGTCCAGAATGCAAGGTG
TGACATCATTCAACATAGATTTTGCTGCAAAGAAAGTGACTGTGACTGGAAACATCACTC
CCTTGGAATTATTGGATAGCATCTCAAAGGTTAAAAATGCTCAGTTTTGGACTACTCCAA
CACTCCCATTGCCAAATCTGCATACTCCAAAGCCTTAACTTACCTTTTTTACTGTTTTAT
CTCTCCCTCTCTCCCTGTTGTAGTGAAATCAGTCGGTAAAGTTCCAGAATTTACTGCACC
TATCTTCAAATGGATTCCACTTTTGAACTTGTGATATAACTCAGCAACACAGCTGAAACT
CTACATCCAACCGCACTTTTTATGACTTATAATAATTT

QA 2 759 2 759
DS 

RD RR1AO48JQ 753 0 0
CTGGCAGAAAAAGCACGGGCGGTGGAGGTGGAGGTGGAGCTGCGGCGTTGTTGAAGCTCA
TCACAAGTGACATCAGCTTGGCGAGGAAGAGTTTCAGCTGTGTCGCGAGACCCGCGTGTG
ATCTTACCAAAACCCCTCCCGGTTCTACAAGGTATCTTTTGGGAGGATCCAAACCGGTTT
TTATTAACGGGTTTGAAGGTCAGGATTCGGTTAAGGCAGTAGCCCCTAGTCCTAAACCTC
TAGCTAGTGAAGAGATAAAGCCGGTGTCGTCATTGTCCGAAGAGAAGACTTGTGGTGTTG
GTGGTGGTTCAGACCAGGAGGAGAAGCAGGTTGTTGTTCTCAAAGTGTCTCTCCACTGCA
GAGGCTGTGAAGCAAAAGTTAGGAAACATCTGTCCAGAATGCAAGGTGTGACATCATTCA
ACATAGATTTTGCTGCAAAGAAAGTGACTGTGACTGGAAACATCACTCCCTTGGAATTAT
TGGATAGCATCTCAAAGGTTAAAAATGCTCAGTTTTGGACTACTCCAACACTCCCATTGC
CAAATTTGCATACTCCAAAGCCTTAACTTACCTTTTTTACTGTTTTATCTCTCCCTCTCT
CCCTGTTGTAGTGAAATCAGTCGGTAAAGTTCCAGAATTTACTGCACCTATCTTCAAATG
GATTCCACTTTTGAACTTGTGATATAACTCAGCAACACAGCTGAAACTCTACATCCAACC
GCACTTTTTATGACTTATAATAATTTAATCTCG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 3

CO CL3338Contig1 1039 3 15 U
GTATAGGGAAAAAGATAGTATAACATGAAAGGGTTCGAGTGTTCACGTTAAAATGAAATC
CATGAATCAGCTAAGTAACTCCTTACAACGACAAACTCGATAGAATAATTGAAAAAGTGT
TTTCTTTTTAGCTGCTCACACTTTACGAGGAATCTTCAGTTTCTGTGTTATCTGCTTAAT
CACCGGAAGCCTCTGACTGATGGGACCTGGGTCGCTATAGAATGCTAAATCAACTGGATA
CCCTTTCGCAGATAGAGACTTAAATGTTGTTTCCCTCCAACAGCTTACACGAAAAACTGT
GGGTGTCTCCCCTTTGCCAAAGATATAATGCATTCTCGTCTCTCTCAACCTCATAAGTAC
ACCATCAACTCTAAGCCAAAATCGTAAGAGGAGAAACCATGAACTTGGCATGACTCTCAC
TTTCACAGTCAGAAGTGACACTCCATTGTCAGCCAGTTCATCTTCATACAAAACTACCTC
ATCATAGAAGAGAATAGGTTCTTTAAGTGAGAGAGCAGCCAAATCAATCTGCTCTTCACA
GTTCTCCCACTTAAGACTAGCATCCCCCTCAACTGTTTCTTGGTCTTTCTCAACAACTCC
ACTCCCACAGTAGGGCGTAGTAAAAGTGTAATCATAATCCAGTATCACCTGCTGGGACGG
CTTGCTCCTGAACTTCCATTGTGCTGCAGCAGGAACTTCAACAGGAGGAAGCCCTTCTTG
CTTCCAACCAGCAAGTGCATCAAACGCGTTGAAATGAATCTTAGTGTTGCTCCTCAAGTG
TTTAAGAACCAACGCATTCTCTCCAAACACCATTTCAGGTAAGTGAGAGGTCTTAAGCTT
CTCTTCCCACTGTTCGTGAGCGAGAGAAGTGAGAATCGTGCCGCGGATGGTTTCGATCTC
CCAGTCATGGATGCGTAAACCTTGACGTCCGTCGGGAAGAAGCTCAGCTCCGGCGGATTT
AACGATCTCCTTATCGACCTCCGTCTCCATCTGAATCGCCGGCAAATGTTTTTCTTTTTT
TTTTCTCCGTCGGTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C576JQ U 1
AF RR1BJ19JQ U 6
AF RR1BJ19TF C 359
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CTTC

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QA 1 757 1 757
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CCACTCCCACAGTAGGGCGTAGTAAAAGTGTAATCATAATCCAGTATCACCTGCTGGGAC
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TTTTTTCTCCGTCGGTTTCCC

QA 1 681 1 681
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AS 1 3

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BF11JQ U 33
AF RR1B742JQ U 1
AF RR1B742TF C 307
BS 1 270 RR1B742JQ
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GAACATCGCTCTTGAGCCACGTTGTCCCTGGAGAACCCAACGG*AGAGTATCCAGAGAGG
TGAACGCCTTTAGATTTGCAGAAATCCC*TGAGAACAGTTTGTTGCCAAGAAGGG*TGAC
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TGGTGGAGAAGTTGCTTACACCAATAGCTCGGGCCTTACCCACATCAAAGAGTGCTTCCA
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AAGTACAACCTTTCGTGAGGCTAACAGGCCAGTGGATGAGATACAAATCGACATAGTCAA
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TACA

QA 1 904 1 904
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GTGCAGGTGTCTTGCCTAGCTTCTCAGCAACCGTGGTTATAATAGGGTTCTTCAGAACAT
CGCTCTTGAGCCACGTTGTCCCTGGAGAACCCAACGGGAGAGTATCCAGAGAGGTGAACG
CCTTTAGATTTGCAGAAATCCCCTGAGAACAGTTTGTTGCCAAGAAGGGGTGACACTCCA
CCTGGTTAACAGCTGGAGGGACACGAGCCACCTCCAAGAGATGTGCGAGTTTCTTGGTGG
AGAAGTTGCTTACACCAATAGCTCGGGCCTTACCCACATCAAAGAGTGCTTCCATAGCTT
TCCATGTGCTGGGAATATCAGTCGGCAAAATGTTCTCTGGCTTGAAACCAGTAGAAGTAC
AACCTTTCGTGAGGCTAACAGGCCAGTGGATGAGATACAAATCGACATAGTCAAGCTGTA
GATCCTGTAGAGTTCTGTTGAGAGCCTCTGGGACATCTTGAGGACCATGATCAGTACACC
AGAGTTTGGATGTGATGAAGATCTCCTCACGCTTTACAACTCCATCATCAAACAGTTTCT
TCAGGACTAACCCTATCTCTTTTTCGTTACCATAGATTTGAGCACAATCAATATGGCGAT
AACCGATCTTAACGGCGGCATCGACAGCGTTTCCGACGAGAC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 4

CO CL3340Contig1 854 4 4 U
AGGGGAACTCCTACCGGCGCAGCTGAGAAGTTTATCTCGCGGAAGAGGCAACCATGGGTA
TCTCTCGTGACTCCATCCACAAGAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGA
AGAAGCGAAAGTACGAGATGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGTTGTCAAGCAACAAGA
CGGTGAGGAGAATCCGAGTCCGTGGAGGTAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGACA
CCGGTAACTACTCGTGGGGAAGTGAAGCGGTGACACGCAAGACCAGGGTTCTCGATGTCG
TCTACAACGCTTCCAACAACGAGCTTGTCAGGACCAAGACTCTTGTGAAGAGTGCTATTG
TTCAGGTCGATGCCGCTCCTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCATTACGGAGTTGAGGTTG
GTCGCAAGAAGAAGAGTGCTGCTTCTGTCGCCGCCAAGAAGGACGGAGAGGACGGTGAGG
AAGCTGCTCCTGAGGAGACCAAGAAGAGTAACCACGTCTTGAGGAAGATCGAGAGCCGTC
AAGAGGGACGCAGCCTTGATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGACGTCTGTTGG
CTTGCATCTCATCTAGGCCAGGCCAGTGTGGACGTGCCGATGGATACATTCTGGAAAGCA
AAGAGCTAGAGTTCTACCAGAAGAAGATCCAGAAGAAGAAGGGAAAGGGTGCCGCTTAAA
AGCTTCACTTGTTTACTTTCAAACTTTTTTTTTTGTCTTATCATCAAACATGTTTTGAGT
TTCAGTTTCTACTATTGTCTGAGAACCCGAGATGCTTTTGGATTAGCTTGCAATGATATT
TCATAAACTACCCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 0 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW75TF U 121
AF RR1GB56TF U 1
AF RR1GA37TF U 4
AF RR1DW75JQ C 305
BS 1 656 RR1GB56TF
BS 657 657 RR1GA37TF
BS 658 692 RR1GB56TF
BS 693 854 RR1DW75JQ

RD RR1DW75TF 531 0 0
G
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GGTGAGGAGAATCCGAGTCCGTGGAGGTAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGACAC
CGGTAACTACTCGTGGGGAAGTGAAGCGGTGACACGCAAGACCAGGGTTCTCGATGTCGT
CTACAACGCTTCCAACAACGAGCTTGTCAGGACCAAGACTCTTGTGAAGAGTGCTATTGT
TCAGGTCGATGCCGCTCCTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCATTACGGAGTTGAGGTTGG
TCGCAAGAAGAAGAGTGCTGCTTCTGTCGCCGCCAAGAAGGACGGAGAGGACGGTGAGGA
AGCTGCTCCTGAGGAGACCAAGAAGAGTAACCACGTCTTGAGGAAGATCGAGAGCCGTCA
AGAGGGACGCAGCCTTGATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGACGTCTGTTGGC
TTGCATCTCATCTAGGCCAGGCCAGTGTGGACGTGCCGATGGATACATTC

QA 2 531 2 531
DS 

RD RR1GB56TF 692 0 0
AGGGGAACTCCTACCGGCGCAGCTGAGAAGTTTATCTCGCGGAAGAGGCAACCATGGGTA
TCTCTCGTGACTCCATCCACAAGAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGA
AGAAGCGAAAGTACGAGATGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGTTGTCAAGCAACAAGA
CGGTGAGGAGAATCCGAGTCCGTGGAGGTAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGACA
CCGGTAACTACTCGTGGGGAAGTGAAGCGGTGACACGCAAGACCAGGGTTCTCGATGTCG
TCTACAACGCTTCCAACAACGAGCTTGTCAGGACCAAGACTCTTGTGAAGAGTGCTATTG
TTCAGGTCGATGCCGCTCCTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCATTACGGAGTTGAGGTTG
GTCGCAAGAAGAAGAGTGCTGCTTCTGTCGCCGCCAAGAAGGACGGAGAGGACGGTGAGG
AAGCTGCTCCTGAGGAGACCAAGAAGAGTAACCACGTCTTGAGGAAGATCGAGAGCCGTC
AAGAGGGACGCAGCCTTGATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGACGTCTGTTGG
CTTGCATCTCATCTAGGCCAGGCCAGTGTGGACGTGCCGATGGATACATTCTGGAA*GCA
AAGAGCTAGAGTTCTACCAGAAGAAGATCCAG

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1GA37TF 681 0 0
GGAACTCCTACCGGCGCAGCTGAGAAGTTTATCTCGCGGAAGAGGCAACCATGGGTATCT
CTCGTGACTCCATCCACAAGAGGCGTGCCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGA
AGCGAAAGTACGAGATGGGAAGGCAGCCAGCCAACACCAAGTTGTCAAGCAACAAGACGG
TGAGGAGAATCCGAGTCCGTGGAGGTAACGTCAAGTGGCGTGCGTTGAGGCTCGACACCG
GTAACTACTCGTGGGGAAGTGAAGCGGTGACACGCAAGACCAGGGTTCTCGATGTCGTCT
ACAACGCTTCCAACAACGAGCTTGTCAGGACCAAGACTCTTGTGAAGAGTGCTATTGTTC
AGGTCGATGCCGCTCCTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCATTACGGAGTTGAGGTTGGTC
GCAAGAAGAAGAGTGCTGCTTCTGTCGCCGCCAAGAAGGACGGAGAGGACGGTGAGGAAG
CTGCTCCTGAGGAGACCAAGAAGAGTAACCACGTCTTGAGGAAGATCGAGAGCCGTCAAG
AGGGACGCAGCCTTGATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGACGTCTGTTGGCTT
GCATCTCATCTAGGCCAGGCCAGTGTGGACGTGCCGATGGATACATTCTGGAAAGCAAAG
AGCTAGAGTTCTACCAGAAGA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1DW75JQ 550 0 0
CAACGCTTCCAACAACGAGCTTGTCAGGACCAAGACTCTTGTGAAGAGTGCTATTGTTCA
GGTCGATGCCGCTCCTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCATTACGGAGTTGAGGTTGGTCG
CAAGAAGAAGAGTGCTGCTTCTGTCGCCGCCAAGAAGGACGGAGAGGACGGTGAGGAAGC
TGCTCCTGAGGAGACCAAGAAGAGTAACCACGTCTTGAGGAAGATCGAGAGCCGTCAAGA
GGGACGCAGCCTTGATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGACGTCTGTTGGCTTG
CATCTCATTTAGGCCAGGCCAGTGTGGACGTGCCGATGGATACATTCTGGAAGGCAAAGA
GCTAGAGTTCTACCAGAAGAAGATCCAGAAGAAGAAGGGAAAGGGTGCCGCTTAAAAGCT
TCACTTGTTTACTTTCAAACTTTTTTTTTTGTCTTATCATCAAACATGTTTTGAGTTTCA
GTTTCTACTATTGTCTGAGAACCCGAGATGCTTTTGGATTAGCTTGCAATGATATTTCAT
AAACTACCCC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 4

CO CL3341Contig1 993 4 5 U
GGGTCCACCCAGTATCCTCAACCATGGCCGCCGGGAAGAACAAGCGGATCTCTAAGGGAA
GAAAGGGAGGCAAGAAGAAGATTGCTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGATATCA
AGGCTCCCTCTCTCTTCACTCAGAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACTCAGG
GTACCAAGATTGCATCAGAGGGTCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTTTCTCTTGCTGATC
TCAACAAGGATGAGGACCAAGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGG
GAAGGAACATCTTGACTCAGTTCTGGGGTATGGACTTCACAACCGACAAACTCAGGTCCT
TGGTGAAGAAGTGGCAGACTTTGATCGAGTCTCACGTCGATGTCAAGACCACCGATAACT
ACACACTGAGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGCTAACCAAGTCAAGAGAA
CTTGCTACGCTCAATCCAGCCAAATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATCATGA
TCAAGGAAGCTTCGTCCTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCAGAATCCA
TTGGGAAGGATATTGAGAAGGCAACTCAGGGCATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTCATCC
GTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTTGGAAAGCTCATGGAGGTTCACG
GAGACTACACAGCAGAGGATGTCGGTGTGAAGGTAGACAGGCCGGCTGATGAGATTGTCG
AGGAACCAACTGAGATTATTGGAGCCTAAGAGAGGGTTTTTGAAGAAATGTCAAAACTGA
GAGATCGTTTTTTCATCTAAAACTTTTTAGTATCTTTATTGTTTTGTCCTCTCTTCACAC
TCGTTTGATTCCCCAGCTTCTTTTTGGTGTATTGATGACTTTTTTAGTATGAACTTGCGA
GTTTTGGATAATTTATGCAAAACGATTTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC27TF U 12
AF RR1AI14TF U 1
AF RR1AI14JQ C 237
AF RR1FC27JQ C 317
BS 1 30 RR1AI14TF
BS 31 31 RR1FC27TF
BS 32 805 RR1AI14TF
BS 806 806 RR1FC27JQ
BS 807 993 RR1AI14JQ

RD RR1FC27TF 699 0 0
GG
ATCCTCAACCATGGCCGCCGGGAAGAACAAGCGGATCTCTAAGGGAAGAAAGGGAGGCAA
GAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGATATCAAGGCTCCCTCTCT
CTTCACTCAGAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACTCAGGGTACCAAGATTGC
ATCAGAGGGTCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTTTCTCTTGCTGATCTCAACAAGGATGA
GGACCAAGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGGGAAGGAACATCTT
GACCCAGTTCTGGGGTATGGACTTCACAACCGACAAACTCAGGTCCTTGGTGAAGAAGTG
GCAGACTTTGATCGAGTCTCACGTCGATGTCAAGACCACCGATAACTACACACTGAGGCT
TTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGATGTGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGCTACGCTCA
ATCCAGCCAAATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATCATGATCAAGGAAGCTTC
GTCCTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCAGAATCCATTGGGAAGGATAT
TGAGAAGGCAACTCAGGGCATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTCATCCGTAAAGTCAAGAT
CCTCAAG*CTCCCAAATTCGACCTTGGAAAGCTCATG

QA 3 699 3 699
DS 

RD RR1AI14TF 808 0 0
GGGTCCACCCAGTATCCTCAACCATGGCCGTCGGGAAGAACAAGCGGATCTCTAAGGGAA
GAAAGGGAGGCAAGAAGAAGATTGCTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGATATCA
AGGCTCCCTCTCTCTTCACTCAGAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACTCAGG
GTACCAAGATTGCATCAGAGGGTCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTTTCTCTTGCTGATC
TCAACAAGGATGAGGACCAAGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGG
GAAGGAACATCTTGACTCAGTTCTGGGGTATGGACTTCACAACCGACAAACTCAGGTCCT
TGGTGAAGAAGTGGCAGACTTTGATCGAGTCTCACGTCGATGTCAAGACCACCGATAACT
ACACACTGAGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGCTAACCAAGTCAAGAGAA
CTTGCTACGCTCAATCCAGCCAAATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATCATGA
TCAAGGAAGCTTCGTCCTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCAGAATCCA
TTGGGAAGGATATTGAGAAGGCAACTCAGGGCATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTCATCC
GTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTTGGAAAGCTCATGGAGGTTCACG
GAGACTACACAGCAGAGGATGTCGGTGTGAAGGTAGACAGGCCGGCTGATGAGATTGTCG
AGGAACCAACTGAGATTATTGGAGC
TTA

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1AI14JQ 757 0 0
GATCTCAACAAGGATGAGGACCAAGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTC
CAGGGAAGGAACATCTTGACTCAGTTCTGGGGTATGGACTTCACAACCGACAAACTCAGG
TCCTTGGTGAAGAAGTGGCAGACTTTGATCGAGTCTCACGTCGATGTCAAGACCACCGAT
AACTACACACTGAGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGCTAACCAAGTCAAG
AGAACTTGCTACGCTCAATCCAGCCAAATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATC
ATGATCAAGGAAGCTTCGTCCTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCAGAA
TCCATTGGGAAGGATATTGAGAAGGCAACTCAGGGCATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTC
ATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTTGGAAAGCTCATGGAGGTT
CACGGAGACTACACAGCAGAGGATGTCGGTGTGAAGGTAGACAGGCCGGCTGATGAGATT
GTCGAGGAACCAACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGGTTTTTGAAGAAATGTCAAAA
CTGAGAGATCGTTTTTTCATCTAAAACTTTTTAGTATCTTTATTGTTTTGTCCTCTCTTC
ACACTCGTTTGATTCCCCAGCTTCTTTTTGGTGTATTGATGACTTTTTTAGTATGAACTT
GCGAGTTTTGGATAATTTATGCAAAACGATTTTTCTC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1FC27JQ 663 0 0
C
CAGTTCTGGGGTATGGACTTCACAACCGACAAACTCAGGTCCTTGGTGAAGAAGTGGCAG
ACTTTGATCGAGTCTCACGTCGATGTCAAGACCACCGATAACTACACACTGAGGCTTTTC
TGCATTGCCTTCACCAAGAGATGTGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGCTACGCTCAATCC
AGCCAAATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATCATGATCAAGGAAGCTTCGTCC
TGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCAGAATCCATTGGGAAGGATATTGAG
AAGGCAACTCAGGGCATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTC
AAGGCTCCCAAATTCGACCTTGGAAAGCTCATGGAGGTTCACGGAGACTACACAGCAGAG
GATGTCGGTGTGAAGGTAGACAGGCCGGCTGATGAGATTGTCGAGGAACCAACTGAGATT
ATTGGAGCCTAAGAGAGGGTTTTTGAAGAAATGTCAAAACTGAGAGATCGTTTTTTCATC
TAAAACTTTTTAGTATCTTTATTGTTTTGTCCTCTCTTCACACTCGTTTGATTCCCCAGC
TTCTTTTTGGTGTATTGATGACTTTTTTAGTATGAACTTGCGAGTTTTGGATAATTTATG
CA

QA 2 663 2 663
DS 



AS 1 3

CO CL3342Contig1 912 3 4 U
AGTGAAAGTACACTTCCGTATTTATGATGTTATTTTACACATCAACACATTACGCAGATC
AGCAAACTAGAGATAGCATAAACTTATTCATAATGGTTTTAATTTTCAAATAGCTCTGGT
TTGGTCCTTGTGAAGTCATTACATGAGTTGATATGATAGAACCGTATTGGTTATTTGGTG
TGATACAGACTTGTCAAAGATCGTTAATAAAAAACTCTTCAAGGTTCTTCACCAATCGAT
ACCGAGTTGCTTGGAGTGGAATAGATTATCAACATACGCGATTACTGGTGCTGATGCATT
TACATAGCTTTGCATCTCTATCTTAGCCTCC*CTTCTTCCTCATTGAGCATGGTAAGTAG
CTGAGATCTAGTGGGAAGAGCGTACATTCCTAAAGCAACAGCTTTGCGTATAGCCCATCC
ATGGTGTGGAGCAAACACTTGAGCATAAGACTTGGATGCTGGATCCTTTAAAGAATTATT
ACCTTCGGAAGCTATAATCTCTTCAAAAAGAGCCTTCACCATGTCAAGACCACGCTTTAC
CCTCAAAAGATTCCTAGTATGACTACCAGCTTTCCTTACACAGTCTGCCTCGATATCTTT
CTCCACCATCACCAGTAATGTCGATACCGAGCTCGACGCCTTCGCAAGATCATCAACCTT
GGCGACGTAGTCCATCTCGGCGAACTTGAAGGCGATCCCGAGGCAACCAAAGAGAGGCGA
GACGAGGGAGCAAGCGTGTGAGAACTGCGCCACGGGGACTTGAGGACTCGGGGAAGTCAC
GGTGACTGCTAGTTCTTTGAAAGCGGTTGAGATTTTTCGAAGCGGTCTCTCTGCGTTCGA
ATCCGCCATCCAAGATCTCGTCTTCCTTCTCCTGATTTCAGTATGTTTTTTTCAGATGTG
GTATGTATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F513JQ U 75
AF RR1CO13JQ U 1
AF RR1CO13TF C 206
BS 1 106 RR1CO13JQ
BS 107 107 RR1F513JQ
BS 108 740 RR1CO13JQ
BS 741 912 RR1CO13TF

RD RR1F513JQ 621 0 0
G
GCATAAACTTATTCGTAGTTGTTTTAATTTTCAAATAGCTCTGGTTTGGTCCTTGTGAAG
TCATTACATGAGTTGATA*****GAACCGTATTGGTTATTTGGTGTGATACATACTTGTC
AAAGATCGTTAATAAAAAACTCTTCAGGGTTCTTCACCAATCGATACCGAGTTGCTTGGA
GTGGAATAAATTATCAACATACGCGATTACCGGAGCTGATGCATTTACATAGCTTTGCAT
CTCTATCTTAGCCTCAGCTTCTTCCTCATTGAGCATGGAAAGTAGCTGAAATCTAGTGGG
AAGAGCGTACATTCCTAAAGCAACGGCTTTCCGTATAGCCCATCCATGGTGAGGAGCAAA
CACTTGAGCATAAGACTTGGATGCTGGATCCTTTAAAGAATTATTACCTTCGGAAGCTAT
AATCTCTTCAAAAAGAGCCTTCACCATGTCAAGACCACGCTTTACTCTCAAAAGGTTCCT
AGTATGACTACCAGCTTTCCTTACACAGTCTGCCTCGATATCTTTCTCCACCATCACCAC
TAATGTCGATACCGAACTCGACGCCTTTGCCAGATCATCAACCTTGGCGACGTAGTCCAT
CTCGGCGAACTTGAAGGCGA

QA 2 621 2 621
DS 

RD RR1CO13JQ 740 0 0
AGTGAAAGTACACTTCCGTATTTATGATGTTATTTTACACATCAACACATTACGCAGATC
AGCAAACTAGAGATAGCATAAACTTATTCATAATGGTTTTAATTTTTAAATAGCTCTGGT
TTGGTCCTTGTGAAGTCATTACATGAGTTGATATGATAGAACCGTATTGGTTATTTGGTG
TGATACAGACTTGTCAAAGATCGTTAATAAAAAACTCTTCAAGGTTCTTCACCAATCGAT
ACCGAGTTGCTTGGAGTGGAATAGATTATCAACATACGCGATTACTGGTGCTGATGCATT
TACATAGCTTTGCATCTCTATCTTAGCCTCC*CTTCTTCCTCATTGAGCATGGTAAGTAG
CTGAGATCTAGTGGGAAGAGCGTACATTCCTAAAGCAACAGCTTTGCGTATAGCCCATCC
ATGGTGTGGAGCAAACACTTGAGCATAAGACTTGGATGCTGGATCCTTTAAAGAATTATT
ACCTTCGGAAGCTATAATCTCTTCAAAAAGAGCCTTCACCATGTCAAGACCACGCTTTAC
CCTCAAAAGATTCCTAGTATGACTACCAGCTTTCCTTACACAGTCTGCCTCGATATCTTT
CTCCACCATCACCAGTAATGTCGATACCGAGCTCGACGCCTTCGCAAGATCATCAACCTT
GGCGACGTAGTCCATCTCGGCGAACTTGAAGGCGATCCCGAGGCAACCAAAGAGAGGCGA
GACGAGGGAGCAAGCGTGTG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1CO13TF 707 0 0
TAATA
AAAACTCTTCAAGGTTCTTCACCAATCGATACCGAGTTGCTTGGAGTGGAATAGATTATC
AACATACGCGATTACTGGTGCTGATGCATTTACATAGCTTTGCATCTCTATCTTAGCCTC
C*CTTCTTCCTCATTGAGCATGGTAAGTAGCTGAGATCTAGTGGGAAGAGCGTACATTCC
TAAAGCAACAGCTTTGCGTATAGCCCATCCATGGTGTGGAGCAAACACTTGAGCATAAGA
CTTGGATGCTGGATCCTTTAAAGAATTATTACCTTCGGAAGCTATAATCTCTTCAAAAAG
AGCCTTCACCATGTCAAGACCACGCTTTACCCTCAAAAGATTCCTAGTATGACTACCAGC
TTTCCTTACACAGTCTGCCTCGATATCTTTCTCCACCATCACCAGTAATGTCGATACCGA
GCTCGACGCCTTCGCAAGATCATCAACCTTGGCGACGTAGTCCATCTCGGCGAACTTGAA
GGCGATCCCGAGGCAACCAAAGAGAGGCGAGACGAGGGAGCAAGCGTGTGAGAACTGCGC
CACGGGGACTTGAGGACTCGGGGAAGTCACGGTGACTGCTAGTTCTTTGAAAGCGGTTGA
GATTTTTCGAAGCGGTCTCTCTGCGTTCGAATCCGCCATCCAAGATCTCGTCTTCCTTCT
CCTGATTTCAGTATGTTTTTTTCAGATGTGGTATGTATCTCC

QA 6 707 6 707
DS 



AS 1 4

CO CL3343Contig1 1097 4 21 U
TTTTTCTTGGTTGGATAATGGCAGCCTCCTCCTCCTGCTTCGCAGTTCCCTTATCTTCTT
CTCGATCATCTTCCAATGCCATCCCCAAATGCCAAACGCTAATCTCTCCGTTCTCTTACG
TACCATCTCTGAAAGCTTCTACCACCTCTTTCCATCTCTCTTCTCTTTCTCGCCAACGAC
TACAGCTCAAGGTCTCTTCTTCTTCTTCTTCAGAATTATCAGTTCTGGATGAAGCGAAAG
TAGAAGAAGAAGAAGTTAAAGCTGATGGAGAGACAGGAGAAGAAACCGAAGCGGAGCCAG
TGGTGACGAA**AACCGAGACCTTGCGAGCTATACGTTTGTAATATCCCAAGAAGCTATG
ACATTACTCAGCTTCTCGACATGTTTCAGTCTTTTGGAACTGTCATCTCCGTCGAGGTAT
CTCGAAATCCAGAGACTGGAGAGAGCCGTGGAAGCGGTTATGTCACAATGAGTTCTATCA
ACTCTACCAAAAACGCCATTGCTTCTCTTGATGGAAATGAAGTAGGTGGTCGGGAGATGC
GGGTTAGGTACTCTGTTGACATGAATCCAGGAACTAAGAGAAACACATCAGCCTTGAACT
CAACACCTAAGAAGATTCTCATGTACGAAAGCCCGTACAAAGTTTATGTCGGAAACCTCC
CTTGGCTCACTCAGCCTGATGGTTTGAGAGACCACTTTAGCCAGTTTGGTACAGTCGTTA
GCACCAGAGTGTTGCACGACCGCAAGACTGGGAAAAACAGAGTCTTTGCCTTTCTT**CT
TTGCGAGCCTTGAAGAATGTGATGCTGCTCTTTCGCTCAATAGAACAGAATATGAAGGTC
GCAGAATCATAGTCAGACAAGGTATCGAGAGGACCGAGCCTTAAAAACCCCCTGCTCCCC
TTTTGCTGCGAAAACATTTTCTTCAACAAGTAACCCCTTTTTATTTCGCTCTGTTTCTTT
TTTTTTCTTGAAGTTCCTTGTTACTCTTCAATTGTAACTTTCCATCTACATCTTCTTTTA
CCAATGAAGTGTAATCGTCACTGTCAGTCAATCTCCTCAAGCGTCTAAGTGTAATTCGAA
AGGGCCCAAATCATAAC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CE09TF U 1
AF RR1B918TF U 6
AF RR1CE09JQ C 479
AF RR1B918JQ C 135
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TACAACTCAAGGTCTCTTCTTCTTCTTCTTCAGAATTATCAGTTCTGGATGAAGCGAAAG
TAGAAGAAGAAGAAGTTAAAGCTGATGGAGAGACAGGAGAAGAAACCGAAGCGGAGCCAG
TGGTGACGAAGAAACCGAGACCTTGCGAGCTATACGTTTGTAATATCCCAAGAAGCTATG
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GGGTTAGGTACTCTGTTGACATGAATCCAGGAACTAAGAGAAACACATCAGCCTTGAACT
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AGAGTGTTGCACGACCGCAAGACTGGGAAAAACAGAGTCTTTGCCTTTCTT**CTTTGCG
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*TCATAGTCAG

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CTCAACACCTAAGAAGATTTTCATGTACGAAAGCCCGTACAAGGTTTATGTCGGAAACCT
CCCTTGGCTCACTCAGCCTGATGGTTTGAGAGACCACTTTAGCCAGTTTGGTACAGTCGT
TAGCACCAGAGTGTTGCACGACCGCAAGACTGGGAAAAACAGAGTCTTTGCCTTTCTTTC
CTTTGCGAACCTTGAAGAACGTGATGCTGCTCTTTCGCTCAATGGAACAGAATATGAAGG
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TACCAATGAAGTGTAATCGTCACTGTCAG
CC

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CCGAGACCTTGCGAGCTATACGTTTGTAATATCCCAAGAAGCTATGACATTACTCAGCTT
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ACTGGAGAGAGCCGTGGAAGCGGTTATGTCACAATGAGTTCTATCAACTCTACCAAAAAC
GCCATTGCTTCTCTTGATGGAAATGAAGTAGGTGGTCGGGAGATGCGGGTTAGGTACTCT
GTTGACATGAATCCAGGAACTAAGAGAAACACATCAGCCTTGAACTCAACACCTAAGAAG
ATTCTCATGTACGAAAGCCCGTACAAGGTTTATGTCGGAAACCTCCCTTGGCTCACTCAG
CCTGATGGTTTGAGAGACCACTTTAGCCAGTTTGGTACAGTCGTTAGTACCAGAGTGTTG
CACGACCGCAAGACTGGGAAAAACAGAGTCTTTGCCTTTCTT**CTTTGCGAGCCTTGAA
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AGACAAGGTATCGAGAGGACCGAGTCTTAAAAACCCCCTGCTCCCCTTTTGCTGCGAAAA
CATTTTCTTCAACAAGTAACCCCTTTTTATTTCGCTCTGTTTCTTTTTTTTTCTTGAAGT
TCCTTGTTACTCTTCAATTGTAACTTTCCATCTACATCTTCTTTTACCAATGAAGTGTAG
TCGTCACTGTCAGTCAATCTCCTCAAGCGTCTAAGTGTAATTCGAAAGGGCCCAAATCAT
AAC

QA 1 963 1 963
DS 



AS 1 4

CO CL3344Contig1 1294 4 7 U
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GTGCACACGTGTTCTTCAAGCAGCATGGATGGACAGATGGTGGCAAAATCGAGGCTAAGT
ACACTTCGAGAGCTGCTGATTTGTATCCCAGATTCTTGCTAAAGAAGTCGCTAAAGCCAT
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CAAAACTGGTGGTCTTGGTGCACGGAAGCTTACTACTAAGTCTACGGCGAATCTATATGA
GCAGAAACCAGAAGAAGTTGCACCGGTGATTCCTGCTGCTGCAACTTCAACCAATAACGG
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TGCCCCACCAAAGTCGTCGAGCTTCTTTTCGGATTTTGGAATGGACTCTTCTGTCCCCAG
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ATCTTGAATCTAAAGCTACTCTTCAGAAGTTTTCAGGCTCAGCATCTATCTCAAGCGCTG
ATTTTTTCGGTCATGGCCAAGACGAGTTCAACGACGATTTAACTGCTAGTGATCTCATTA
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CGAAGAAGAAGCTGGGAACATTGGCCTCTGGTATCTTCAGTGATCTTCAGGACAGGATGC
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TGGATATTATTATTGGATTCTCTGTTTGTTTGCAGATAAAAAATGTGGACAAGAATCAAT
TTTAATTGTTAAGATACAATCTGTTTTGAATGTC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AA76TF U 1
AF RR1BQ65JQ C 796
AF RR1BQ65TF U 796
AF RR1AA76JQ C 462
BS 1 690 RR1AA76TF
BS 691 691 RR1AA76JQ
BS 692 816 RR1AA76TF
BS 817 817 RR1BQ65TF
BS 818 838 RR1AA76TF
BS 839 1220 RR1BQ65TF
BS 1221 1294 RR1AA76JQ

RD RR1AA76TF 838 0 0
GGAATTTGGACTCGTGGAGCCCTGAGCAGCTCAGGACAATGATGTTTGGTGGGAACAACC
GTGCACACGTGTTCTTCAAGCAGCATGGATGGACAGATGGTGGCAAAATCGAGGCTAAGT
ACACTTCGAGAGCTGCTGATTTGTATCCCAGATTCTTGCTAAAGAAGTCGCTAAAGCCAT
TGCTGAAGATCTGCCTTCTTCTCCCCTTGCTGCGGAAGGATCTAATGGTGTTTCTTCCTT
TTCTGTCAAGGAAGAGTTGCCATCTCCTGTGAAACATGAAGCTGCTTCTTCGCCTAAAGC
TTGTAACACCACGGTCGCGCCTAGTACCTTTAAGAAACCTATCGGTGCTAAAAGGACGGG
CAAAACTGGTGGTCTTGGTGCACGGAAGCTTACTACTAAGTCTACGGCGAATCTATATGA
GCAGAAACCAGAAGAAGTTGCACCGGTGATTCCTGCTGCTGCAACTTCAACCAATAACGG
TGGAAGCAAATCATCAGGTGGTGGCTCATCATCATACGCCTCTCGGTTTGAGTACAATGA
CGACTTTCAAGCCGGAGGAGGTAAAAGCATTGGTGGTGGTACACAAGTGCTTAACCATGT
TGCCCCACCAAAGTCGTCGAGCTTCTTTTCGGATTTTGGAATGGACTCTTCTGTCCCCAG
AAATCAAGCTCCAACTCCTCTAAAGCTCAG*TTGAAGAATCAGATGAGCAAGAAAGAAGT
TCACAAACGCAAAGTCCATTTCTTCTGCTCAGTACTTTGGTGATCAGAACAAGAATGCTG
ATCTTGAATCTAAAGCTACTCTTCAGAAGTTTTCAG*CTCAGCATCTATCTCAAGCGC

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR1BQ65JQ 425 0 0
GG
ACTCTTCAGAAGTTTTCAGGCTCAGCATCTATCTCAAGCGCTGATTTTTTCGGTCATGGC
CAAGACGAGTTCAACGACGATTTAACTGCTAGTGATCTCATTAACCGACTTTCTTTCCAG
GCACAACAAGATATATCGTCGATAGTGAACATAGCAGGCGAGACGAAGAAGAAGCTGGGA
ACATTGGCCTCTGGTATCTTCAGTGATCTTCAGGACAGGATGCTGTAAGAAGGAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAGGTCTCGCATGTTTTTTTTTCATTTTACAGAGAAGAAGAGAAAGAA
GTGTCAGTCGGGAAACTTCCAATGAAGGATACTGGTTTCTATGTTTCTAGAGAGCTTTTT
TTTGGAACTGAGACGTGGCTTTTGTTGTTATATCAAAACTATATGGATATTATTATTGGA
TTC

QA 3 425 3 425
DS 

RD RR1BQ65TF 425 0 0
GG
ACTCTTCAGAAGTTTTCAGGCTCAGCATCTATCTCAAGCGCTGATTTTTTCGGTCATGGC
CAAGACGAGTTCAACGACGATTTAACTGCTAGTGATCTCATTAACCGACTTTCTTTCCAG
GCACAACAAGATATATCGTCGATAGTGAACATAGCAGGCGAGACGAAGAAGAAGCTGGGA
ACATTGGCCTCTGGTATCTTCAGTGATCTTCAGGACAGGATGCTGTAAGAAGGAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAGGTCTCGCATGTTTTTTTTTCATTTTACAGAGAAGAAGAGAAAGAA
GTGTCAGTCGGGAAACTTCCAATGAAGGATACTGGTTTCTATGTTTCTAGAGAGCTTTTT
TTTGGAACTGAGACGTGGCTTTTGTTGTTATATCAAAACTATATGGATATTATTATTGGA
TTC

QA 3 425 3 425
DS 

RD RR1AA76JQ 833 0 0
CAACTTCAACCAATAACGGTGGAAGCAAATCATCAGGTGGTGGCTCATCATCATACGCCT
CTCGGTTTGAGTACAATGACGACTTTCAAGCCGGAGGAGGTAAAAGCATTGGTGGTGGTA
CACAAGTGCTTAACCATGTTGCCCCACCAAAGTCGTCGAGCTTCTTTTCGGATTTTGGAA
TGGACTCTTCTGTCCCCAGAAATCAAGCTCCAACTCCTCTAAAGCTCAGGTTGAAGAATC
AGATGAGCAAGAAAGAAGTTCACAAACGCAAAGTCCATTTCTTCTGCTCAGTACTTTGGT
GATCAGAACAAGAATGCTGATCTTGAATCTAAAGCTACTCTTCAGAAGTTTTCAGGCTCA
GCATCTATCTCAAGCGCTGATTTTTTCGGTCATGGCCAAGACGAGTTCAACGACGATTTA
ACTGCTAGTGATCTCATTAACCGACTTTCTTTCCAGGCACAACAAGATATATTGTCGATA
GTGAACATAGCAGGCGAGACGAAGAAGAAGCTGGGAACATTGGCCTCTGGTATCTTCAGT
GATCTTCAGGACAGAATGCTGTAAGAAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGTCTCGCAT
GTTTTTTTTTCATTTTACAGAGAAGAAGAGAAAGAAGTGTCAGTCGGGAAACTTCCAATG
AAGGATACTGGTTTCTATGTTTCTAGAGAGCTTTTTTTTGGAACTGAGACGTGGCTTTTG
TTGTTATATCAAAACTATATGGATATTATTATTGGATTCTCTGTTTGTTTGCAGATAAAA
AATGTGGACAAGAATCAATTTTAATTGTTAAGATACAATCTGTTTTGAATGTC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 4

CO CL3345Contig1 727 4 2 U
GGGTCACTTGAAGGCATTGATTGCACTCAACTTATCTAACAACGCCTTCACAGGACATAT
TCCTCTGTCTTTGGCCAACCTCACGGAGCTCGAGTCACTAGACCTATCAAGCAACCAACT
CTCTGGGACTATTCCTAATGGACTTGGGAGCCTCTCCTTTTTGGCGTACATAAATGTGTC
TCACAACCAGCTCAAGGGTGAAATACCACAAGGAACACAGATTACGGGGCAACCTGTATC
CTCCTTTGAAGGAAATGCAGGACTTTGTGGTTTTCCTCTCAAACAAAGTTGCTTTGGGCC
TGATGCGCCACCAACACAACAACCTAAGGGCGAAGACGACGAAGACGAAGGACAAGTGTT
GAGCTGGAAAGCAGTTGCAATTGGGTATGGAGCTGGAGTGTTGTTTGGATTGACAATAGC
ACAAGTCATTGCTTCATTCAAGCCGGAGTGGCTCACCAAGATAATTGGTCTGTACAAGCG
CATAAGCCACTAAGCATTGTTTCAGTTTGAGTTTTATCTTTCCTTGTTTTCATCAAGTAG
TTGTGGTCTTGTATTGAAGCATTTCCTTATGTTCTTTGTTTGATTTCTTCTTCTATCAAA
TAAGAATGGTGTGTTCTCTGTAGCCATATTCATATGCATCTCTGTTTTTCATTTTCTAAT
GAGGAAAATGGTAGAAGCAAGGACCATCCCCATAAGCACAAAGAACTAATCTAATGTTTC
TTTTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1C812TF U 1
AF RR1C812JQ C 1
AF RR1AU21JQ C 100
AF RR1AU21TF U 346
BS 1 676 RR1C812TF
BS 677 727 RR1AU21TF

RD RR1C812TF 676 0 0
GGGTCACTTGAAGGCATTGATTGCACTCAACTTATCTAACAACGCCTTCACAGGACATAT
TCCTCTGTCTTTGGCCAACCTCACGGAGCTCGAGTCACTAGACCTATCAAGCAACCAACT
CTCTGGGACTATTCCTAATGGACTTGGGAGCCTCTCCTTTTTGGCGTACATAAATGTGTC
TCACAACCAGCTCAAGGGTGAAATACCACAAGGAACACAGATTACGGGGCAACCTGTATC
CTCCTTTGAAGGAAATGCAGGACTTTGTGGTTTTCCTCTCAAACAAAGTTGCTTTGGGCC
TGATGCGCCACCAACACAACAACCTAAGGGCGAAGACGACGAAGACGAAGGACAAGTGTT
GAGCTGGAAAGCAGTTGCAATTGGGTATGGAGCTGGAGTGTTGTTTGGATTGACAATAGC
ACAAGTCATTGCTTCATTCAAGCCGGAGTGGCTCACCAAGATAATTGGTCTGTACAAGCG
CATAAGCCACTAAGCATTGTTTCAGTTTGAGTTTTATCTTTCCTTGTTTTCATCAAGTAG
TTGTGGTCTTGTATTGAAGCATTTCCTTATGTTCTTTGTTTGATTTCTTCTTCTATCAAA
TAAGAATGGTGTGTTCTCTGTAGCCATATTCATATGCATCTCTGTTTTTCATTTTCTAAT
GAGGAAAATGGTAGAA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1C812JQ 727 0 0
GGGTCACTTGAAGGCATTGATTGCACTCAACTTATCTAACAACGCCTTCACAGGACATAT
TCCTCTGTCTTTGGCCAACCTCACGGAGCTCGAGTCACTAGACCTATCAAGCAACCAACT
CTCTGGGACTATTCCTAATGGACTTGGGAGCCTCTCCTTTTTGGCGTACATAAATGTGTC
TCACAACCAGCTCAAGGGTGAAATACCACAAGGAACACAGATTACGGGGCAACCTGTATC
CTCCTTTGAAGGAAATGCAGGACTTTGTGGTTTTCCTCTCAAACAAAGTTGCTTTGGGCC
TGATGCGCCACCAACACAACAACCTAAGGGCGAAGACGACGAAGACGAAGGACAAGTGTT
GAGCTGGAAAGCAGTTGCAATTGGGTATGGAGCTGGAGTGTTGTTTGGATTGACAATAGC
ACAAGTCATTGCTTCATTCAAGCCGGAGTGGCTCACCAAGATAATTGGTCTGTACAAGCG
CATAAGCCACTAAGCATTGTTTCAGTTTGAGTTTTATCTTTCCTTGTTTTCATCAAGTAG
TTGTGGTCTTGTATTGAAGCATTTCCTTATGTTCTTTGTTTGATTTCTTCTTCTATCAAA
TAAGAATGGTGTGTTCTCTGTAGCCATATTCATATGCATCTCTGTTTTTCATTTTCTAAT
GAGGAAAATGGTAGAAGCAAGGACCATCCCCATAAGCACAAAGAACTAATCTAATGTTTC
TTTTCCC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1AU21JQ 628 0 0
AGACCTATCAAGCAACCAACTCTCTGGGATTATTCCTAATGGACTTGGGAGCCTCTCCTT
TTTGGCGTACATAAATGTGTCTCACAACCAGCTCAAGGGTGAAATACCACAAGGAACACA
GATTACGGGGCAACCTGTATCCTCCTTTGAAGGAAATGCAGGACTTTGTGGTTTTCCTCT
CAAACAAAGTTGCTTTGGGCCTGATGCGCCACCAACACAACAACCTAAGGGCGAAGACGA
CGAAGACGAAGGACAAGTGTTGAGCTGGAAAGCAGTTGCAATTGGGTATGGAGCTGGAGT
GTTGTTTGGATTGACAATAGCACAAGTCATTGCTTCATTCAAGCCGGAGTGGCTCACCAA
GATAATTGGTCTGTACAAGCGCATAAGCCACTAAGCATTGTTTCAGTTTGAGTTTTATCT
TTCCTTGTTTTCATCAAGTAGTTGTGGTCTTGTATTGAAGCATTTCCTTATGTTCTTTGT
TTGATTTCTTCTTCTATCAAATAAGAATGGTGTGTTCTCTGTAGCCATATTCATATGCAT
CTCTGTTTTTCATTTTTTAATGAGGAAAATGGTAGAAGCAAGGACCATCCCCATAAGCAC
AAAGAACTAATCTAATGTTTCTTTTCCC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1AU21TF 382 0 0
CGAAGGACAAGTGTTGAGCTGGAAAGCAGTTGCAATTGGGTATGGAGCTGGAGTGTTGTT
TGGATTGACAATAGCACAAGTCATTGCTTCATTCAAGCCGGAGTGGCTCACCAAGATAAT
TGGTCTGTACAAGCGCATAAGCCACTAAGCATTGTTTCAGTTTGAGTTTTATCTTTCCTT
GTTTTCATCAAGTAGTTGTGGTCTTGTATTGAAGCATTTCCTTATGTTCTTTGTTTGATT
TCTTCTTCTATCAAATAAGAATGGTGTGTTCTCTGTAGCCATATTCATATGCATCTCTGT
TTTTCATTTTCTAATGAGGAAAATGGTAGAAGCAAGGACCATCCCCATAAGCACAAAGAA
CTAATCTAATGTTTCTTTTCCC

QA 1 382 1 382
DS 



AS 1 4

CO CL3346Contig1 472 4 3 U
GGAAAACGAGAAATAAATTATGAAAATGAGAAAATCACAGGTTCTTACGGTGATAATTCT
TATGGTTTTGGTCGAGCTAAGCCTGGTCAAAGAGGCTACGGCACACCCATGTGGTCAAAC
ATTTTTGTCGGCTTTGATTCAACTTGTGCCATGTACACCATCAGTGGTACCGTTTAGCAC
ATTGTCTCCGAACGAGCTATGTTGCACTGCCATCAAAACGCTTGGTCAGCCTTGTCTATG
CGTTATTGCCAACGGACCATCTATCCCTGGCGTTGATCACACTCTCGCTCTCCAGTTACC
TGGAAAATGTTCTGCCAATTTTCCTCCGTGTAACTAATTTTCTATGTTTACTAGAAAATC
ACAAATTGCTTTGGTTTTTAATTAGACTTGAGAAACTTTTTCAGACATATATGCAGAATT
GTATTTTCATAATTTTAGTGGCATTGTTAAAGACTAATTTAGAAGTGACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B785JQ C 1
AF RR1B785TF U 1
AF RR1AZ36JQ C 6
AF RR1AZ36TF U 6
BS 1 7 RR1B785JQ
BS 8 454 RR1B785TF
BS 455 472 RR1AZ36TF

RD RR1B785JQ 454 0 0
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TATGGTTTTGGTCGAGCTAAGCCTGGTCAAAGAGGCTACGGCACACCCATGTGGTCAAAC
ATTTTTGTCGGCTTTGATTCAACTTGTGCCATGTACACCATCAGTGGTACCGTTTAGCAC
ATTGTCTCCGAACGAGCTATGTTGCACTGCCATCAAAACGCTTGGTCAGCCTTGTCTATG
CGTTATTGCCAACGGACCATCTATCCCTGGCGTTGATCACACTCTCGCTCTCCAGTTACC
TGGAAAATGTTCTGCCAATTTTCCTCCGTGTAACTAATTTTCTATGTTTACTAGAAAATC
ACAAATTGCTTTGGTTTTTAATTAGACTTGAGAAACTTTTTCAGACATATATGCAGAATT
GTATTTTCATAATTTTAGTGGCATTGTTAAAGAC

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR1B785TF 454 0 0
GGAAAAC
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TTGGTCGAGCTAAGCCTGGTCAAAGAGGCTACGGCACACCCATGTGGTCAAACATTTTTG
TCGGCTTTGATTCAACTTGTGCCATGTACACCATCAGTGGTACCGTTTAGCACATTGTCT
CCGAACGAGCTATGTTGCACTGCCATCAAAACGCTTGGTCAGCCTTGTCTATGCGTTATT
GCCAACGGACCATCTATCCCTGGCGTTGATCACACTCTCGCTCTCCAGTTACCTGGAAAA
TGTTCTGCCAATTTTCCTCCGTGTAACTAATTTTCTATGTTTACTAGAAAATCACAAATT
GCTTTGGTTTTTAATTAGACTTGAGAAACTTTTTCAGACATATATGCAGAATTGTATTTT
CATAATTTTAGTGGCATTGTTAAAGAC

QA 8 454 8 454
DS 

RD RR1AZ36JQ 467 0 0
GG
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TTGGTCGAGCTAAGCCTGGTCAAAGAGGCTACGGCACACCCATGTGGTCAAACATTTTTG
TCGGCTTTGATTCAACTTGTGCCATGTACACTATCAGTGGTACCGTTTAGCACATTGTCT
CCGAACGAGCTATGTTGCACTGCCATCAAAACGCTTGGTCAGCCTTGTCTATGCGTTATT
GCCAACGGACCATCTATCCCTGGCGTTGATCACACTCTCGCTCTCCAGTTACCTGGAAAA
TGTTCTGCCAATTTTCCTCCGTGTAACTAATTTTCTATGTTTACTAGAAAATCACAAATT
GCTTTGGTTTTTAATTAGACTTGAGAAACTTTTTCAGACATATATGCAGAATTGTGTTTT
CATAATTTTAGTGGCATTGTTAAAGACTAATTTAGAAGTGACAGC

QA 3 467 3 467
DS 

RD RR1AZ36TF 467 0 0
GG
GAGAAATAAATTATGAAAATGAGAAAATCACAGGTTCTTACGGTGATAATTCTTATGGTT
TTGGTCGAGCTAAGCCTGGTCAAAGAGGCTACGGCACACCCATGTGGTCAAACATTTTTG
TCGGCTTTGATTCAACTTGTGCCATGTACACTATCAGTGGTACCGTTTAGCACATTGTCT
CCGAACGAGCTATGTTGCACTGCCATCAAAACGCTTGGTCAGCCTTGTCTATGCGTTATT
GCCAACGGACCATCTATCCCTGGCGTTGATCACACTCTCGCTCTCCAGTTACCTGGAAAA
TGTTCTGCCAATTTTCCTCCGTGTAACTAATTTTCTATGTTTACTAGAAAATCACAAATT
GCTTTGGTTTTTAATTAGACTTGAGAAACTTTTTCAGACATATATGCAGAATTGTGTTTT
CATAATTTTAGTGGCATTGTTAAAGACTAATTTAGAAGTGACAGC

QA 3 467 3 467
DS 



AS 1 4

CO CL3347Contig1 1064 4 15 U
GATGGAGCTTCCATGCTGCTCTATACCGCTCCAATATTAACATTTTCAAGGGTGTTTAAG
AAGAAAAGCACAGAGGAATTCTCATGTTTTCCTTACGTTATGACACTCTTAAACTGTTTG
ATTTACACTTGGTATGGCTTACCGATTGTGAGTCATCTTTGGGAGAATCTTCCTCTCGTC
ACCATCAATGGAGTCGGCATCCTTCTCGAATTACTCTTCATTTTCATATATTTCTGCTAC
GCGTCGCCCAAAGAAAAGGTTAAGGTTGGTCTTATATTTGTTCCGGTGGTGATCGTTTTG
TTCGGGGTAACGGCTTTAATCTCAGCCGTAGTGTTTGACGATCACCGTCACCGGAAATCA
TTTGTCGGAAGTGTCGGCCTCGTGGCTTCTATCTCCATGTATGGTTCTCCTCTCGTCGTT
ATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTGTGGAGTACATGCCATTTTACTTGTCATTCTTT
TCATTTCTGGCAAGCTCCCTTTGGCTGGCCTATGGTTTACTCAGCCATGATCTCTTTCTT
GCGTCACCTAATATGGTGGGGACTCCACTGGGGATTCTCCAACTTATCCTCTACTTTAAG
TACAAGAACAAGGAGGCACTGATTACAAAAACAGTGATGAGCAAATCGGATGATGAGAAG
AACAAGGGATCACTCGAGCTTGTAGTTGATGTTGATCATGACGGTGATGCCAATGAGAAG
AAGTTCAACAACGCATGTTAGTTTCTCCCTCCCCAAAAACTCCATGTGAATCCAGAGATT
TAATGTAAACTTGAAGGTCTCGTGGGATTCTGCTTTCACTACATGATGTTTTATCTCTAT
TGTGTATCATGTGAATAAAACACTCGACGACAAAATATCCAATGTGTCTACCAAAAGGAG
CAAAAGTAAAGAAAAACAAACGATCAATCGATAGTCTATGATTGATACGATCCAGAACTA
TTAGCTATTTGTTTATGTAAAATATTATCCAAAGAGTACGTGGAATCAAAGTTTAATCCA
CAGAAAACAGGATCCCCTTATACTTTATAAGATTTTTTTGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H990TF U 1
AF RR1ED27TF U 161
AF RR1H990JQ C 323
AF RR1DN06JQ C 330
BS 1 618 RR1H990TF
BS 619 680 RR1ED27TF
BS 681 681 RR1H990JQ
BS 682 758 RR1ED27TF
BS 759 759 RR1H990JQ
BS 760 796 RR1ED27TF
BS 797 797 RR1H990JQ
BS 798 808 RR1ED27TF
BS 809 809 RR1H990JQ
BS 810 831 RR1ED27TF
BS 832 832 RR1H990JQ
BS 833 854 RR1ED27TF
BS 855 857 RR1DN06JQ
BS 858 874 RR1ED27TF
BS 875 1064 RR1DN06JQ

RD RR1H990TF 618 0 0
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AAGAAAAGCACAGAGGAATTCTCATGTTTTCCTTACGTTATGACACTCTTAAACTGTTTG
ATTTACACTTGGTATGGCTTACCGATTGTGAGTCATCTTTGGGAGAATCTTCCTCTCGTC
ACCATCAATGGAGTCGGCATCCTTCTCGAATTACTCTTCATTTTCATATATTTCTGCTAC
GCGTCGCCCAAAGAAAAGGTTAAGGTTGGTCTTATATTTGTTCCGGTGGTGATCGTTTTG
TTCGGGGTAACGGCTTTAATCTCAGCCGTAGTGTTTGACGATCACCGTCACCGGAAATCA
TTTGTCGGAAGTGTCGGCCTCGTGGCTTCTATCTCCATGTATGGTTCTCCTCTCGTCGTT
ATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTGTGGAGTACATGCCATTTTACTTGTCATTCTTT
TCATTTCTGGCAAGCTCCCTTTGGCTGGCCTATGGTTTACTCAGCCATGATCTCTTTCTT
GCGTCACCTAATATGGTGGGGACTCCACTGGGGATTCTCCAACTTATCCTCTACTTTAAG
TACAAGAACAAGGAGGCA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1ED27TF 726 0 0
GGGAGAATCTTCCTCTCGTCACCATCAATGGAGTCGGCATCCTTCTCGAATTACTCTTCA
TTTTCATATATTTCTGCTACGCGTCGCCCAAAGAAAAGGTTAAGGTTGTTCTTATATTTG
TTCCGGTGGTGATCGTTT*GTTCGGGGTAACGGCTTTAATCTCAGCCGTAGTGTTTGACG
ATCACCGTCACCGGAAATCATTTGTCGGAAGTGTCGGCCTCGTGGCTTCTATCTCCATGT
ATGGTTCTCCTCTCGTCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTGTGGAGTACATGC
CATTTTACTTGTCATTCTTTTCATTTCTGGCAAGCTCCCTTTGGCTGGCCTATGGTTTAC
TCAGCCATGATCTCTTTCTTGCGTCACCTAATATGGTGGGGACTCCACTGGGGATTCTCC
AACTTATCCTCTACTTTAAGTACAAGAACAAGGAGGCACTGATTACAAAAACAGTGATGA
GCAAATCGGATGATGAGAAGAACAAGGGATCACTCGAGCTCGTAGTTGATGTTGATCATG
ACGGTGATGCCAATGAGAAGAAGTTCAACAACGCATGTTAGTTTCTCCCTCCCCAAAA*C
TCCATGTGAATCCAGAGATTTAATGTAAACTTGAAG*TCTCGTGGGAT*CTGCTTTCACT
ACATGATGTTT*ATCTCTATTGTGTATCATGTGAT**AAACACTCGACGACAAA
TATCCATGTGTC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1H990JQ 549 0 0
CAGCCGT
AGTGTTTGACGATCACCGTCACCGGAAATCATTTGTCGGAAGTGTCGGCCTCGTGGCTTC
TATCTCCATGTATGGTTCTCCTCTCGTCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTGT
GGAGTACATGCCATTTTACTTGTCATTCTTTTCATTTCTGGCAAGCTCCCTTTGGCTGGC
CTATGGTTTATTCAGCCATGATCTCTTTCTTGCGTCACCTAATATGGTGGGGACTCCACT
GGGGATTCTCCAACTTATCCTCTACTTTAAGTACAAGAACAAGGAGGCACTGATTACAAA
AACAGTGATGAGCAAATCGGATGATGAGAAGAACAAGGGATCACTCGAGCTTGTAGTTGA
TGTTGATCATGACGGTGATGCCAATGAGAAGAAGTTCAACAACGCATGTTAGTTTCTCCC
TCCCCAAAAACTCCATGTGAATCCAGAGATTTAATGTAAACTTGAAGGTCTCGTGGGATT
CTGCTTTCACTACATGATGTTTTATCTCTATTGTGTATCATGTGA
ATAAAACACTCGACGAC

QA 8 532 8 532
DS 

RD RR1DN06JQ 735 0 0
AGTGTTTGACGATCACCGTCACCGGAAATCATTTGTCGGAAGTGTCGGCCTCGTGGCTTC
TATCTCCATGTATGGTTCTCCTCTCGTCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTGT
GGAGTACATGCCATTTTACTTGTCATTCTTTTCATTTCTGGCAAGCTCCCTTTGGCTGGC
CTATGGTTTACTCAGCCATGATCTCTTTCTTGCGTCACCTAATATGGTGGGGACTCCACT
GGGGATTCTCCAACTTATCCTCTACTTTAAGTACAAGAACAAGGAGGCACTGATTACAAA
AACAGTGATGAGCAAATCGGATGATGAGAAGAACAAGGGATCACTCGAGCTTGTAGTTGA
TGTTGATCATGACGGTGATGCCAATGAGAAGAAGTTCAACAACGCATGTTAGTTTCTCCC
TCCCCAAAAACTCCATGTGAATCCAGAGATTTAATGTAAACTTGAAGGTCTCGTGGGATT
CTGCTTTCACTACATGATGTTTTATCTCTATTGTGTATCATGTGAATAAAACACTCGACG
ACAAAATATCCAATGTGTCTACCAAAAGGAGCAAAAGTAAAGAAAAACAAACGATCAATC
GATAGTCTATGATTGATACGATCCAGAACTATTAGCTATTTGTTTATGTAAAATATTATC
CAAAGAGTACGTGGAATCAAAGTTTAATCCACAGAAAACAGGATCCCCTTATACTTTATA
AGATTTTTTTGTATT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL3348Contig1 1087 2 2 U
GGGTCGTTCACCGAGTAAAATAACAAATCACTCCCTCTCGTTCTCTCACTGTTTGATCCT
CAAAAAAATGACGGAGAAAGATGCGATGGCGAGAAGCGAGGGTGCGATTAGGGTTAGCGG
AATGCAGTTTTCATACGATGTCTAGGATCCTATATTCTTCGATTTCAGCCTGGATCTCCC
CGCCGGATCTCGTTGCCTCTTGGTTGGTGCTAATGGATCTGGGAAGACGACATTGTTGAA
GATTCTAGCAGGAAAGCATATGGTTGGAGGGAAGAACATTGTGCAGGTCCTGAATCGCTC
TGCTTTTCACGACACAGACCTTGTCTGTAGTGGTGACTTGTCTTACCTTGGAGGCTCTTG
GAGCAAAACCGCTGGTTCTGCTGGTGAGATTCCTCTCCAGGGTGATTTCTCAGCAGAGCA
TATGGTATTCGGAGTTGAAGGGATTGATCCTGAGAGAAGAGAGAAACTGATTGATCTTCT
TGATATCAACCTTAAGTGGCGTATGCACAAGGTTTCTGATGGGCAGAGGCGTCGTGTGCA
AATATGCATGGGTCTTTTACTTCCATTCAAGGTACTGTTACTGGATGAGGTCACTGTTGA
CCTCGACGTTGTTGCTAGGATGGACTTGTTGGAATTCTTCAAAGAAGAATGTGAACAGAG
AGGAGCTACAATTGTATACGCAACGCATATTTTCGACGGACTAGAGACATGGGCTAGTCA
TTTGGCCTATATCCATGGAGGAGAGCTGAAGCTCTCTGCTAAACTGAAGGAGATCAAGGA
TTTAGAAACGTCACCGAATTTGCTCTCTGTGGTTGAGAATTGGCTTCGGTCTGAAACCAA
AGTGGAGAAGAAGACTAAGAAGAAACCTGTTGCTTCCTCTCCTTTATGTCATCTAGACAA
ATGGCGTATTACCGATGAAATCTCAACATCTTTTGAGAGATCATCAGTAAGAATAAGAGT
TTTTCACATTTGCGATTGTTTTTCTCTATTACTTTGTTTGCTTTAATTCTCTCATTCTAA
ATATAAGTTTAAACTAAGATGTAACAGACTTAGGTTTGGATATAAATCAGATAATACACG
CCTTCGC


BQ
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C708TF C 1
AF RR1C708JQ U 13
AF RR1AL18JQ U 9
AF RR1AL18TF C 545
BS 1 12 RR1C708TF
BS 13 181 RR1AL18JQ
BS 182 182 RR1C708JQ
BS 183 677 RR1AL18JQ
BS 678 678 RR1C708JQ
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BS 743 840 RR1AL18JQ
BS 841 1318 RR1AL18TF

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TGTTGAAATGAGATTCTAGGCATACATTAGAATACAACAGAGAGACCAAGTGCAGTTGAC
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CCATAACCACTTGCACATCTCTTATTCTTTAGAGCGCCAGTAGCGGCAAGTAGCCAGTTT
CCCATTCCAATGGCAGCAACAAACTTGCCCTTCTCGACAAACTTCTTGACTAATCCGACG
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TTTTTCTTGTTTGGTGACACTGCGTCCACTTTACATCCGAGAGCTTGAAACGCTTTAAAT
GGTACGTTGACACTGTAATCTTCAACACAATCCCCAATCAAGAATAGCAAAGAAGACTGC
TTCTCCATGGAGCAAGTAATCTT
CCCT

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DS 

RD RR1C708JQ 675 0 0
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GCACATCTCTTATTCTTTAGAGCGCCAGTAGCGGCAAGTAGCCAGTTTCCCATTCCAATG
GCAGCAACAAACTTGCCCTTCTCGACAAACTTCTTGACTAATCCGACGGCTTTGTCGTTC
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GAGACATCTTCCCAGGCGACAGTCACATAGAAGTTGTGGCTGGACTTCTCGGTTGGAAGT
TGCCTTCCGTCCTCGAGGTCGTGAACGATGGTTGCACATTTATCACCTTTTTTCTTGTTT
GGTGACACTGCGTCCACTTTACATCCGAGAGCTTGAAACGCTTTAAATGGTACGTTGACA
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CAAGTAATCTT
CCCT

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DS 

RD RR1AL18JQ 832 0 0
ATTT
CGAAATATACATTTATTATTTGTTTGCCACTGAATTCGTTTAACATCATGTTGAAATGAG
ATTCTAGGCATACATTAGAATACAACAGAGAGACCAAGTGCAGTTGACAATGCATACACA
AAGGCAGACAGATCAGAAGTTGTTGCTGCTGTGACCAGCTTGTCATCTGCCACGCACCTC
TCTGATTCCACGATCTGACCACCAGCAACCTTCACAGCCACCTTTGTCCCATAACCACTT
GCACATCTCTTATTCTTTAGAGCGCCAGTAGCGGCAAGTAGCCAGTTTCCCATTCCAATG
GCAGCAACAAACTTGCCCTTCTCGACAAACTTCTTGACTAATCCGACGGCTTTGTCGTTC
ATCACCAAGAGCTCCGGCGACCTTCCTCCGGGAACCACAATGCAGTCATAATCATCCACA
GAGACATCTTCCCAGGCGACAGTCACATAGAAGTTGTGGCTGGACTTCTCGGTTGGAAGT
TGCCTTCCGTCCTCGAGGTCGTGAACGATGGTTGCACATTTATCACCTTTTTTCTTGTTT
GGTGACACTGCGTCCACTTTACATCCGAGAGCTTGAAACGCTTTAAATGGTACGTTGACA
CTGTAATCTTCAACACAATCCCCAATCAAGAATAGCAAAGAAGACTGCTTCTCCATGGAG
CAAGTGATCTTGGAGCCAAGTGATTCTAACGGAACCTTGAGAGTGTTTCCAAGCGTTGGC
CACCCCAAA*GTGGAAATAAATTTTCCGTCCATGACACAATTGGTAATGTCGAAAACGGT
TTGGACACCTGGCTGTTGCCACCACGCACCGCCTGAGAGCTCGATAAA

QA 5 832 5 832
DS 

RD RR1AL18TF 774 0 0
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CGTTGACACTGTAATCTTCAACACAATCCCCAATCAAGAATAGCAAAGAAGACTGCTTCT
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GCGTTGGCCACCCCAAAAGTGGAAATAAATTTTCCGTCCATGACACAATTGGTAATGTCG
AAAACGGTTTGGACACCTGGCTGTTGCCACCACGCACCGCCTGAGAGCTCGATAAAAGGC
TTCATGCTTTCAAACGCCGTGCACTTCATTCCACGGGCGAGTAGACCCGCCGCCGCCAAA
AGCAGCTGGCTGTGGCAGCTCGTGAGAATAATTTTCTCAAGCTCAGCGAATCGAGCCACC
ATGCTGACGCATTTCTCGTCAGTGCTCAAAAGTTCCGTGAAACGTCCACCGGGAATGATG
ATGGCATCGTATTGCTCTGGGATGACTTCATCGAAGTTTGCGTTTAGTGTTAGATGATCG
ACCACCAACTCGGAGTATATCTCGAGGCCGAGGAGATCGTGAGCCGCCATGACACACTTG
TCGCCAGTTCTGCGACCAGGAGAAACGCAGTGGACGCTAACGCTAAAAGCTTGGAGGAAG
TAGAGAGGTACTATGGTCTCATATGCTTCCATGAACTCTCCGCATAACATCAAAACCGAC
TTCTGAGCCATTGATCCCATAATGATCGATCTCTTACGACAAGCGCACACACCC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 4

CO CL3351Contig1 1105 4 8 U
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CTTGCAATGTACTCCCAAAGGTCACATCACCACGACGACAACCACTCATCAGAGCAACAA
TGGAGTCTTCTGCTAATTCCGATGGCTACCAAAACATCTTGATGATGCGTCACGGTGACC
GCATTGACCAAGTCAACCCACTCTGGCTCGATACAGCTGCGAGACCTTGGGACCCTCCGC
TCGTTCACGACGGTATGGTACGCTCGTTTCGAACTGGTCAACGTATTCGATCTCAGATAC
GGTTTCCCATCCACAGGGTCTTCGTCTCTCCCTTCATCCGCTGCGTCCAGACTGCTTCAG
AAGTGGTCAACGCTCTCACTGCCATCGATCTTGACCCTAACGCTACGTCGTCTAAAGACG
TCCTCTCCATCGACAAATCCAAGCTCAAGGTTTCTATTGAGTTTGGATTAAGCGAGATGC
TTAACACAATATCTATTAAGCCTGAGATTGCCCCTAGAGATAGAAAATTCGAGTTCTTGA
TTTCTGATCTTGAAGCTATGTTTCCTGAGGGAATGGTGGATCATAATGCGATTCCTGCTT
ATAAAGAGATGCCACAATGGGGAGAGACCGTACAAGAATGCACTGTTCGATTTCTTAATG
TTGTTAACACACTTGCTAATAGGTATCCTTCAGAGAACTTGCTCTTAGTCACTCACGGGG
AA*GGAGTAAGGACTACATTTGCAACCTATAAAGAGGTTGATGTGTACGACATTGAGTAC
TGTGCTTGTGCTGAACTGAGAAGGCAGATCTCGAGTCAAGGCGGGTCTACAAAAGCTGGA
CACTTTGAGGTCATAACAAGTCTTGGTCAATCTGGAATCAAGTATCATTAACCACCACAG
CAGAGCAATGATCATGTCCTTGGACAAACTCAGGTTTAGTCAAATGTCTTCGAAAGATCA
TCATGCCATTGGGGAACCAAACCGGATTCTGGATATCTAGAATTTTCCGGTTAACCTGCC
TTGCACTTCATTACAGAAGGAAATATATAACGAGAACAACATTGTAGTCAATCCAAGAAA
ATTAATAAAAGATATTTTAACTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BI12TF U 67
AF RR1AO14TF U 1
AF RR1BI12JQ C 358
AF RR1AO14JQ C 406
BS 1 722 RR1AO14TF
BS 723 723 RR1BI12JQ
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BS 821 821 RR1BI12JQ
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BS 834 1105 RR1BI12JQ

RD RR1BI12TF 653 0 0
GG
GTACTCCCAAAGGTCACATCACCACGACGACAACCACTCATCAGAGCAACAATGGAGTCT
*CTGCTAATTCCGATGGCTACCAAAACATCTTGATGATGCGTCACGGTGACCGCATTGAC
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GACGGTATGGTACGCTCGTTTCGAACTGGTCAACGTATTCGATCTCAGATACGGTTTCCC
ATCCACAGGGTCTTCGTCTCTCCCTTCATCCGCTGCGTCCAGACTGCTTCAGAAGTGGTC
AACGCTCTCACTGCCATCGATCTTGACCCTAACGCTACGTCGTCTAAAGACGTCCTCTCC
ATCGACAAATCCAAGCTCAAGGTTTCTATTGAGTTTGGATTAAGCGAGATGCTTAACACA
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ACACTTGCTAATAGGTATCCTTCAGAGAACTTGCTCTTAGTCACTCACGGG

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR1AO14TF 835 0 0
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GCATTGACCAAGTCAACCCACTCTGGCTCGATACAGCTGCGAGACCTTGGGACCCTCCGC
TCGTTCACGACGGTATGGTACGCTCGTTTCGAACTGGTCAACGTATTCGATCTCAGATAC
GGTTTCCCATCCACAGGGTCTTCGTCTCTCCCTTCATCCGCTGCGTCCAGACTGCTTCAG
AAGTGGTCAACGCTCTCACTGCCATCGATCTTGACCCTAACGCTACGTCGTCTAAAGACG
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TTAACACAATATCTATTAAGCCTGAGATTGCCCCTAGAGATAGAAAATTCGAGTTCTTGA
TTTCTGATCTTGAAGCTATGTTTCCTGAGGGAATGGTGGATCATAATGCGATTCCTGCTT
ATAAAGAGATGCCACAATGGGGAGAGACCGTACAAGAATGCACTGTTCGATTTCTTAATG
TTGTTAACACACTTGCTAATAGGTATCCTTCAGAGAACTTGCTCTTAGTCACTCACGGGG
AAAGGAGTAAGGACTACATTTGCAACCTATAAAGAGGTTGATGTGTACGACATTGAGTAC
TGTGCTTGTGCTGAACTGAGAAG*CAGATCTCGAGTCAAG*CGGGTCTACAAA
GC

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR1BI12JQ 748 0 0
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ACGTCCTCTCCATCGACAAATCCAAGCTCAAGGTTTCTATTGAGTTTGGATTAAGCGAGA
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TGATTTCTGATCTTGAAGCTATGTTTCCTGAGGGAATGGTGGATCATAATGCGATTCCTG
CTTATAAAGAGATGCCACAATGGGGAGAGACCGTACAAGAATGCACTGTTCGATTTCTTA
ATGTTGTTAACACACTTGCTAATAGGTATCCTTCAGAGAACTTGCTCTTAGTCACTCACG
GGGAA*GGAGTAAGGACTACATTTGCAACCTATAAAGAGGTTGATGTATACGACATTGAG
TACTGTGCTTGTGCTGAACTGAGAAGGCAGATCTCGAGTCAAGGCGGGTCTACAAAAGCT
GGACACTTTGAGGTCATAACAAGTCTTGGTCAATCTGGAATCAAGTATCATTAACCACCA
CAGCAGAGCAATGATCATGTCCTTGGACAAACTCAGGTTTAGTCAAATGTCTTCGAAAGA
TCATCATGCCATTGGGGAACCAAACCGGATTCTGGATATCTAGAATTTTCCGGTTAACCT
GCCTTGCACTTCATTACAGAAGGAAATATATAACGAGAACAACATTGTAGTCAATCCAAG
AAAATTAATAAAAGATATTTTAACTGCC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1AO14JQ 700 0 0
CGTCGTCTAAAGACGTCCTCTCCATCGACAAATCCAAGCTCAAGGTTTCTATTGAGTTTG
GATTAAGCGAGATGCTTAACACAATATCTATTAAGCCTGAGATTGCCCCTAGAGATAGAA
AATTCGAGTTCTTGATTTCTGATCTTGAAGCTATGTTTCCTGAGGGAATGGTGGATCATA
ATGCGATTCCTGCTTATAAAGAGATGCCACAATGGGGAGAGACCGTACAAGAATGCACTG
TTCGATTTCTTAATGTTGTTAACACACTTGCTAATAGGTATCCTTCAGAGAACTTGCTCT
TAGTCACTCACGGGGAA*GGAGTAAGGACTACATTTGCAACCTATAAAGAGGTTGATGTG
TACGACATTGAGTACTGTGCTTGTGCTGAACTGAGAAGGCAGATCTCGAGTCAAGGCGGG
TCTACAAAAGCTGGACACTTTGAGGTCATAACAAGTCTTGGTCAATCTGGAATCAAGTAT
CATTAACCACCACAGCAGAGCAATGATCATGTCCTTGGACAAACTCAGGTTTAGTCAAAT
GTCTTCGAAAGATCATCATGCCATTGGGGAACCAAACCGGATTCTGGATATCTAGAATTT
TCCGGTTAACCTGCCTTGCACTTCATTACAGAAGGAAATATATAACGAGAACAACATTGT
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AS 1 4

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BQ
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AF RR1EG55TF U 1
AF RR1CY73TF U 402
AF RR1CY73JQ C 1020
AF RR1EG55JQ C 1243
BS 1 526 RR1EG55TF
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BS 1323 1788 RR1CY73JQ

RD RR1EG55TF 708 0 0
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CCTTGTGGCATTTGGGAGAAAGCCAGGCACCACGGCCTTTGTTTTCATCGATGAATGAAT
AAACTAACCAAATAACTAAATCAGAATATTCGCTTGGACGAACCAGATCGATCCACATTG
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TTTTGCCGTCAATAAGGAGATTGCTTGGCTCTGTTTCTGAATCGAATTGAGAAAAAGAAA
AAAACAATGGGGAGCTTGGGGACGTTACTGAGATATCCGGATGATATATATCCGCTGCTG
AAGATGAAGCGAGCGATCGAGAAAGCGGAGAAGCAGATCCCGCCTGAGCCACACTGGGGT
TTCTGCTACTCAATGCTTCACAAGGTTTCTCGTAGCTTCTCCCTCGTTATCCAGCAACTT
CGTCCCGAGCTTCGTAACGCTGTCTGCGTCTTCTACTTGGTTCTTCTT*CTCTTGATACT
GTCGAGGATGACACAAGCATTCAAACTGATGAAAAGCTGCCCGTCCTGTTTGCTTTCCAC
CGTCACATTTACGATACTGACTGGCACTATTCATGTGGTACGAAGGAGTACAAG*TTTTG
ATGGATCAGTTTCATCATGTTTCTGCAGCATTTTTGGAACTTGAAAAA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1CY73TF 744 0 0
GGCGACC
CCACACTGGGGTTTCTGCTACTCAATGCTTCACAAGGTTTCTCGTAGCTTCTCCCTCGTT
ATCCAGCAACTTCGTCCCGAGCTTCGTAACGCTGTCTGCGTCTTCTACTTGGTTCTTCGA
GCTCTTGATACTGTCGAGGATGACACAAGCATTCAAACTGATGAAAAGCTGCCCGTCCTG
TTTGCTTTCCACCGTCACATTTACGATACTGACTGGCACTATTCATGTGGTACGAAGGAG
TACAAGGTTTTGATGGATCAGTTTCATCATGTTTCTGCAGCATTTTTGGAACTTGAAAAA
GGATATCAAGAGGCTATCGAGGAAATTACTAAAAGAATGGGCGCAGGAATGGCCAAGTTT
ATCTGCCAGGAGGTAGAAACTGTTGATGACTACGATGAGTACTGCCACTATGTTGCTGGA
CTTGTGGGTTTGGGTCTGTCTAAACTCTTCCTCGCTTCAGGATCAGAAGTTTTGACTCCA
GATTGGGTTCATATTTCCAACTCAATGGGTTTATTTCTTCAGAAAACAAACATCATCAGA
GATTATCTTGAGGACATTAATGAGATCCCAAAGTCCCGCATGTTTTGGCCTCGTAAGATT
TGGGGCAAATATGCCGACAAACTAGAGGACTTAAAATACGAAGAGAATTCTACAAAAGCA
GTGAAGTGCTTGAATGAAATGGTCACCAATGCATTGACACATATCGA*GATTGCCTGAAC
TACATGGCTGCGTTGCG

QA 8 744 8 744
DS 

RD RR1CY73JQ 769 0 0
TGCCGACAAACTAGAGGACTTAAAATACGAAGAGAATTCTACAAAAGCAGTGAAGTGCTT
GAATGAAATGGTCACCAATGCATTGACACATATCGAAGATTGCCTGAACTACATGGCTGC
GTTGCGTGACCCTTCTATATTTCGCTTTTGTGCTATTCCTCAGATCATGGCGATTGGAAC
ACTTGCATTATGCTATAACAATGTACAATTATTTAGAGGAGTCGTGAAGCTGAGGCGAGG
TCTAACTGCTAAAGTCATTGATCGCACAAAGACAATGGCTGATGTCTATGGTGCTTTCTA
TGGTTTTTCTTGCATGCTTAAAACAAAGGTCGACAAGAACGATCCAAATGCCAGTGACAC
GCTAAACAGACTTGAAGCCGTGCAGAAAGTCTGCAGAGACACTGGAGTCCTGCATAAGAG
AAAATCTTATGTTAATGACGAAGGAAAATCATGCAATGTCTATATTGTAATGCTTGTGAT
TCTACTGGCCATAGTCTTTGCATATCTCAGAGCAAACTGAGTGGATCAGTGCTGGACATT
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TTGTTTTCCAGAACAAGAGTTTAAAACTTGATTTGATCCTCTAAACCCAGGCCACAATGG
ATTCTGTTTTGGTTATCTTTATCTTATCTGTAGGTGTAATAAACGTGCGCATTTATTCAT
ATCTGTTTTTCTCCTTTGTGTTTGCTTTTTGGAACCAAACATTCTGTAT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1EG55JQ 510 0 0
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GTCTATGGTGCTTTCTATGATTTTTCTTGCATGCTTAAAACAAAGGTCGACAAGAACGAT
CCAAATGCCAGTGACACGCTAAACAGACTTGAAGCCGTGCAGAAAGTCTGCAGAGACACT
GGAGTCCTGCATAAGAGAAAATCTTATGTTAATGACGAAGGAAAATCATGCAATGTCTAT
ATTGTAATGCTTGTGATTCTACTGGCCATAGTCTTTGCATATCTCAGAGCAAACTGAGTG
GATCAGTGCTGGACATTGTGATTCTTCATTTTTATTCACTCCACTCTCTTTCCTTAGAAA
CTGAATCCTATTCAAGATTGTTTTCCAGAACAAGAGTTTAAAACTTGATTTGATCCTCTA
AACCCAGGCCACAATGGATTCTGTTTTGGTTATCTTTATCTTATCTGTAGGTGTAATAAA
CGTGCGCATTTATTCATATCTGTTTTTCTC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 4

CO CL3353Contig1 963 4 19 U
GACACTGGCAAAGTCCTCCTCAACACCAAAATCACAGCAGATGATGCTCCTGGAGAGACC
TGGCACATGGTTTTCAGCCATGCAGGAGAAATACCGTACAGAGAGGGACAATCTGTTGGT
GTGATTGCTGATGGAGTTGACAAGAACGGAAAGCCTAACAAAGTCAGGCTTTACTCCATT
GCGAGCAGCGCTCTTGGAGATCTTGGCAACTCTGAAACTGTTTCTTTGTGCGTGAAGAGG
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CCTAAGGATCCAAACGCCACTGTTATTA*GCTTGCCACGGGGACAGGAATAGCTCCTTCT
AGGTCTTTCTTGTGGAAGATGTTCTTCGAGAAACATGATGACTACAAGTTTAATGGCTTA
GCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGTTCATTGCTCTACACAGAGGAGTTTGAT
AAGATGAAAGCAAAGGCACCAGAGAACTTCAGGGTTGATTACGCGATAAGCAGAGAACAA
GCAAATGATAAAGGAGAGAAAATGTATATCCAGACAAGAATGGCACAATACGCACCTGAG
CTATGGGAGTTGCTGAAGAAAGACAACACATTTGTCTACATGTGTGGGCTTAAGGGGATG
GAGAAAGGAATTGACGACATCATGGTCTCCTTAGCTGCTAATGACGGTATTGACTGGTTT
GATTATAAGAAGCAGTTGAAGAAGGCAGAGCAATGGAACGTTGAAGTTTACTGATTTGAA
CATTTTATATGGCAAAAGTATTAGTGTAATTTTTTCAGATCCAATGTCTCTGTAATCTGA
ACATAAGTTTATGTTTTAGATATATATACATTATACTGAAAAAGGGGTTCTTTTATCTTT
ACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 

AF RR1E140TF U 1
AF RR1ET33JQ C 244
AF RR1ET33TF U 244
AF RR1H120TF U 594
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BS 803 927 RR1ET33TF
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GG
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GAAAGCAAAGGCACCAGAGAACTTCAGGGTTGATTACGCGATAAGCAGAGAACAAGCAAA
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DS 

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GG
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GAAACCAGGAAGTGATGTCAAACTCACTGGTCCTGTAGGGAAAGAAATGCTTATGCCTAA
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GTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGTTCATTGCTCTACACAGAGGAGTTTGATAAGAT
GAAAGCAAAGGCACCAGAGAACTTCAGGGTTGATTACGCGATAAGCAGAGAACAAGCAAA
TGATAAAGGAGAGAAAATGTATATCCAGACAAGAATGGCACAATACGCACCTGAGCTATG
GGAGTTGCTGAAGAAAGACAACACATTTGTCTACATGTGTGGGCTTAAGGGGATGGAGAA
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TAAGAAGCAGTTGAAGAAGGCAGAGCAATGGAACGTTGAAGTTTACTGATTTGAACATTT
TATATGGCAAAAGTATTAGTGTAATTTTTTCAGATCCAATGTCTCTGTAATCTGAACATA
AGTTTATGTTTTAGATATATAT

QA 3 684 3 684
DS 

RD RR1H120TF 370 0 0
G
GAACAAGCAAATGATAAAGGAGAGAAAATGTATATCCAGACAAGAATGGCACAATACGCA
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GGGATGGAGAAAGGAATTGACGACATCATGGTCTCCTTAGCTGCTAATGACGGTATTGAC
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ATCTGAACATAAGTTTATGTTTTAGATATATATACATTATACTGAAAAAGGGGTTCTTTT
ATCTTTACC

QA 2 370 2 370
DS 



AS 1 4

CO CL3354Contig1 839 4 16 U
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ATTACCAAACACAAATGATACACACATAAGCAAACTTGTCTTCACTACTAGGTTCTCAGG
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CAGTTCGTGAAAGTGCATTTGTTAGCACGTCTATCGTCCAGTTCTTCAAGTCATCCTTGC
GCACAGGCTCTCC*AGTTCTTATCTGAGCGTTTGGGCGAGCAAGCTTGGACTCAAAAGGT
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CCCTGCCCTTCTGGTGCATTCTTTATCTTCCGTTCAATCATTTCTTGAGATTTCGAATCA
TCAATCATCATTAACACTTTTGCAAACAATGCAATACCGACCACGGCTAGGAACATAGGC
ATCGTTGCCGTGTCCAAATACGATCTTGATTCTGGAACCTCAACGAGGAACTGATTCTTT
ATCGGGTTCCTTCGTTTCTTGCTTTTTTGCAAATCAGTTAGTTTTTTTCCTTAAGGTCTC
CGTTGGGGCATCACTAGAAGAAGGTGAATGAAACCTTCTCTTAAGCAGTGTAAATAACTG
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ATTGGGAAGACAAAGATACTGTCTTTACGGTCGCCAGAGACGACTTTGTTCTTCTTCGTT
TTTCTCAATGTCCTGAATCCCTAATAGTTTCTTCTGAATTAGGAAACAAACTTGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1CV36JQ U 1
AF RR1AY78JQ U 40
AF RR1CV36TF C 98
AF RR1AY78TF C 40
BS 1 80 RR1CV36JQ
BS 81 82 RR1AY78JQ
BS 83 90 RR1CV36JQ
BS 91 91 RR1AY78JQ
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T
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GACCACGGCTAGGAACATAGGCATCGTTGCCGTGTCCAAATACGATCTTGATTCTGGAAC
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DS 

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CCAC
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GCTTGGACTCAAAAGGTGTTCTTGGCCTTACTTCTCTAAACTCATCCCACTCCTCACGCT
CGATCATCCTCACTGTGCCCTGCCCTTCTGGTGCATTCTTTATCTTCCGTTCAATCATTT
CTTGTGATTTCGAATCATCAATCATCATTAACACTTTTGCAAACAATGCAATACCGACCA
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CGAGGAACTGATTCTTTATCGGGTTCCTTCGTTTCTTGCTTTTTTGCAAATCAGTTAGTT
TTTT*CCTTAAGGTCTCCGTTGGGGCATCACTAGAAGAAGGTGAATGAAACCTTCTCTTA
AGCAGTGTAAATAACTGACTCTGCCTAGACATCGTAACAAGCAACAGCGATCTTCTTTCT
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CTTTGTTCTTCTTCGTTTTTCTCAATGTCCTGAATCCCTAATAGTTTCTTCTGAATTAGG
AAACAAACTTGTTTC
C

QA 5 799 5 799
DS 



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GTTCTTACAAAGAAATTCATAAATCTTTTTTTCAGTCAAATAGATTGGGTTTACTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ58TF U 55
AF RR1C588JQ C 1
AF RR1DU16TF U 94
AF RR1C588TF U 1
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GG
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DS 

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G
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TTAC

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CGGATATGAACAGGAACACGGAGTGGTTCATGTATCCAGGGATGTGGACGACTTATATAC
TGATAATCTTCTTCGGGTGGCTAGCTGTGTTCTCCGTCTCTGGGTGTGCCCCTGGGATGG
CTTGGACTGTTGTTAATCTCTCTCACTTCCTTGTAACTTATCACAGCTTCCACTGGATGA
AAGGCACTCCTTTTGGGGAGGACCAAGGCATCTACAATGCTCTCACCTGGTGGGAACAGA
TGGACAACGGTCAGCAACTTACCAGCAACCGCAAGTTCCTTACCGTCGTTCCTATTGTCC
TGTACTTGATAGCATCACATGCAACAGATTATAGACACCCATGGCTGTTGCTCAACACAC
TCGCTCTGATGGTTCTTGTTGTTGCCAAGTTCCCTAACATGCACAAGGTACGCATCTTCG
GCATCAATGCTGACAAATAGTTCAAGCCGCTTCTCAGCAGATCCATCTCTCTCTTATGGC
AAGAGAATAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAGCATACATAAACGTTCATATGAAGGAATTGGT
TTATTGATTGTGAGAGTTATGTTTGTTGGATATTTGTAAGTAACTAAAAGCTTTCATTAT
GTTC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 4

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TTCTTCCTCCTCCTCTCGATTCTCGATTGGAGATTAAAATCAGAAAGGTATCTACGAAAA
AAGCAAAAAAAAAGAGAAACAATCTCAAGAATGGCGGATCAGCTCACCGACGATCAGATC
CCTGAGTTCAAGGAAGCCTT*CAGCTTATTCGACAAGGATGGTGACGGTTGTATTACCAC
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TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E593TF U 1
AF RR1A205JQ C 80
AF RR1A205TF U 80
AF RR1E593JQ C 54
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BS 733 737 RR1E593TF
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BS 754 786 RR1A205TF
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ATGCTCTGTTT*GTGTCTGAACATTTAAAGTCT
GGTCTT

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TTAATGGTCTCT
AGTAAAGCA

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GG
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CAGCTTATTCGACAAGGATGGTGACGGTTGTATTACCACCAAGGAGCTTAGAACCGTGAT
GCGTTCTCTTGGACAGAACCCAACAGAAGCAGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTTGA
CGCTGACGGTAACGGAACCATTGATTTCCCGGAGTTCTTGAACCTCATGGCACGTAAGAT
GAAGGACACCGACTCCGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCCGGGTCTTTGACAAGGACCA
GAACGGTTTCATCTCAGCTACTGAGCTCCGTCATGTGATGACAAACCTGGGAGAGAAGCT
CACCGACGAAGAGGTTGATGAGATGATCAAGGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGACAGAT
TAACTATGAGGAGTTTGTCAAGGTCATGATGGCTAAGTGATTAAGGTTTTTGTTACTAAA
TACTCTCTTTTATATTTTACTATTATGTTCTAAAGTTTTTTATTCATGGAACTTTGGTTC
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CATTTCAAGTCTTGGTCTTTGTAAGTTTGTAACTTTGGTCTAGTT

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TCTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCTCGATTCTCGATTGGAGATTAAAATCAGAAAGGTATCT
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TCAGATCCCTGAGTTCAAGGAAGCCTTTCAGCTTATTCGACAAGGATGGTGACGGTTGTA
TTACCACCAAGGAGCTTGGAACCGTGATGCGTTCTCTTGGACAGAACCCAACAGAAGCAG
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AGTTCTTGAACCTCATGGCACGTAAGATGAAGGACACCGACTCCGAGGAAGAGCTCAAGG
AAGCCTTCCGAGTCTTCGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCAGCTGCTGAGCTCCGTC
ATGTGATGACAAACCTGGGAGAGAAACTCACAGATGAAGAGGTTGATGAGATGATCGAGG
AAGCTGATGTTGATGGTGATGGACAGATTAACTATGAGGAGTTTGTCAAGGTCATGATGG
CTAAGTGATTAAGGTTTTTGTTACTAAATACTCTCTTTTATATTTTACTATTATGTTCTA
AAGTTTTTTATTCATGGAACTT*GGTTCTGTTTTATGGCTGTTTAAGATGCAAATGTTGT
CTCTTTTATGCTCTGTTTTGTGTCTGAACATTTAAAGTCTTGGTCTT*GTAAGTT*GTAA
CTT*GGTCTAGTTTCGTGGTGTTTGTTATTAATGGTCTCTCTAGTAAAGCATTATACCTT
GGTTTTGTC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 3

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TACACAACAAATCTAGAGAAGCAGATGAAAGATTACATCACAACCCACAAAACAGGGCAG
GACAGGACACAACACACAACCCTTTTTGGTTTTTTATATATAAATATACAGAAGAGAGAC
TCATTCACATCTCTCAAGCGAACTTAGGGTTAGGCATGGCAGAGCGACCAAGGCCGCTGC
TGCCGCTACTGCTGCCCCCTCCCGCTGCTCCTCCTTGCGGTCCAAGCTTCTTAATCCAGT
GTTTCAGACTCTTTCTTGGATCCTTGCAGATCTTGCTTGATGTCAGATTCAAGCTCCCTT
CACGTTCCAGTGAAACCCTAAACTGTTCAAGTACTTTCACTATCTGCCAGAACTCCGGTC
TCTTGTCCGGTGCAACCGACC*AACACTGCTCAATCAGAGCTTTCATGGCTCCTGGGCAA
TCTTCAGGG*ATAGCCGGCCTAATGTTCTTGTGTACAACTGCGAAAGCAGCTTGAATAGG
ATTCATGTCCTCGTAAGGTATAGCTCCAGCAACCATTTCCCATAGAACGAGTCCAAAGCT
GTAAACATCAGCCTTTCGGCCATGTGGTTTCCTTTTAATCATTTCAGGTGCCATCCACAT
ATAAGTCCCTGGATCATCAGGGAAAGATGCTAGCTTTGAGGAGTTGAGACGATAAGAGAC
GGTTTGTGAAAACTTAGTCCTCCTAATCCAAGAAGAAGCCTCTTCATCCATCTTTCTAAA
CTACTCACAGATTGAAGCTAGCCCGTGAATACGACAAATGAGACAATCTCATCATCTACT
AAAAAACAACAAAGTCTCCATCTTTTCCTCTTCAACCATTAACCCCACACGTTTGTTTCC
CCCCCAAATCGCTGGAAACCCTTTGAAACACGGAATCAGGGAGGCATGAAGTAGAGGGAG
GAGGGAAAGGAAGTGGATCGGAGTGAGGAAGATCCGGCCCGGCGAACTTGGAAGACTGAG
GAAGAAGGAATCGTGTGGGGGATTCTGGGGAAGACTTTTCTTTGACGAATCCTCCCCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB78JQ U 1
AF RR1H066JQ U 1
AF RR1GB78TF C 337
BS 1 676 RR1GB78JQ
BS 677 730 RR1H066JQ
BS 731 1078 RR1GB78TF

RD RR1GB78JQ 676 0 0
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QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1H066JQ 730 0 0
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GACAGGACACAACACACAACCCTTTTTGGTTTTTTATATATAAATATACAGAAGAGAGAC
TCATTCACATCTCTCAAGCGAACTTAGGGTTAGGCATGGCAGAGCGACCAAGGCCGCTGC
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TCTTGTCCGGTGCAACCGACC*AACACTGCTCAATCAGAGCTTTCATGGCTCCTGGGCAA
TCTTCAGGG*ATAGCCGGCCTAATGTTCTTGTGTACAACTGCGAAAGCAGCTTGAATAGG
ATTCATGTCCTCGTAAGGTATAGCTCCAGCAACCATTTCCCATAGAACGAGTCCAAAGCT
GTAAACATCAGCCTTTCGGCCATGTGGTTTCCTTTTAATCATTTCAGGTGCCATCCACAT
ATAAGTCCCTGGATCATCAGGGAAAGATGCTAGCTTTGAGGAGTTGAGACGATAAGAGAC
GGTTTGTGAA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1GB78TF 742 0 0
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TCACTATCTGCCAGAACTCCGGTCTCT*GTCCGGTGCAACCGACCCAACACTGCTCAATC
AGAGCTTTCATGGCTCCTGGGCAATCTTCAGGGGATAGCCGGCCTAATGTTCTTGTGTAC
AACTGCGAAAGCAGCTTGAATAGGATTCATGTCCTCGTAAGGTATAGCTCCAGCAACCAT
TTCCCATAGAACGAGTCCAAAGCTGTAAACATCAGCCTTTCGGCCATGTGGTTTCCTTTT
AATCATTTCAGGTGCCATCCACATATAAGTCCCTGGATCATCAGGGAAAGATGCTAGCTT
TGAGGAGTTGAGACGATAAGAGACGGTTTGTGAAAACTTAGTCCTCCTAATCCAAGAAGA
AGCCTCTTCATCCATCTTTCTAAACTACTCACAGATTGAAGCTAGCCCGTGAATACGACA
AATGAGACAATCTCATCATCTACTAAAAAACAACAAAGTCTCCATCTTTTCCTCTTCAAC
CATTAACCCCACACGTTTGTTTCCCCCCCAAATCGCTGGAAACCCTTTGAAACACGGAAT
CAGGGAGGCATGAAGTAGAGGGAGGAGGGAAAGGAAGTGGATCGGAGTGAGGAAGATCCG
GCCCGGCGAACTTGGAAGACTGAGGAAGAAGGAATCGTGTGGGGGATTCTGGGGAAGACT
TTTCTTTGACGAATCCTCCCCT

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 4

CO CL3358Contig1 906 4 18 U
GGAGAAATGACTATCCTTCTTCTCCATGTTCCTCCTCCGACAACGTCCATCCTCTTCTCC
AACTCATCTTCTCCACGCTCCACCACCACACGAACTCTCAATCTCACGCGGCGCGTTTGC
TGCCGTGCCTCTAATTCCTCAGAGGTTAAATCGGAGTACAAGCCAGGAGTCCTCGACGAT
TTCTTCATGCAATCCTTCCGAAACAAACTGGTGGAGGAAGTCGGGTCGGATTCAGACAAA
CCCGGTTACGTTGGGCTTATTGAGCTTGTCAAGCTTCTCTTGTTGCAAGGTCGTACTAGG
TCCGAGACCAACGACGCAGCGGTGCGGATACTGAAGTCATTGTTTCCTCCGCTCATATTA
GAGCTTTACAAGCTTCTCATTGCTCCTTTAGCACAAGGGAAGATAGCTGCATTGATGGTT
GCGAGAGTTACTGTACTTACATGTCAATGGCTCATGGGACCTTGCAAAGTGAATACCATA
GATCTTCCTAATGGAGAATCTTGGGAGAGTGGGGTTTTTGTGGAGAAATGTCAGTATCTA
GAAGAGAGCAAATGTGTGGGAGTATGCATCAATACTTGTAAACTACCAACTCAGACATTC
TTTAAAGACTACATGGGAGTTCCTCTGTTGATGGAGCCAGACTTCAAAGATTATAGTTGC
CAGTTTAAATTTGGGGCAGCTCCACCGAAGGATGATGGCAATGTTAACGAACCGTGTCTT
GAGACATGCTCCATCGCCAGCCGAAGGAAATTAAATGCCGGGGAGTGTCCTATGGCGTAA
ACCTTCGTTTTATATGAAAAAGTAGTATGTTAATGCACCGACTTTATATTGTTGTGGTAT
AAATGTCCAACCATCTCGATTTGATCACAGATATTTACGAAATAACAAAAAAGAAAAATA
ATTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 

AF RR1CN70TF U 1
AF RR1CN70JQ C 176
AF RR1DY64JQ C 626
AF RR1DY64TF U 626
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BS 701 701 RR1DY64TF
BS 702 746 RR1CN70TF
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BS 752 769 RR1CN70TF
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BS 791 791 RR1DY64TF
BS 792 800 RR1CN70TF
BS 801 906 RR1DY64TF

RD RR1CN70TF 804 0 0
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TTCTTCATGCAATCCTTCCGAAACAAACTGGTGGAGGAAGTCGGGTCGGATTCAGACAAA
CCCGGTTACGTTGGGCTTATTGAGCTTGTCAAGCTTCTCTTGTTGCAAGGTCGTACTAGG
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GAGCTTTACAAGCTTCTCATTGCTCCTTTAGCACAAGGGAAGATAGCTGCATTGATGGTT
GCGAGAGTTACTGTACTTACATGTCAATGGCTCATGGGACCTTGCAAAGTGAATACCATA
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GAAGAGAGCAAATGTGTGGGAGTATGCATCAATACTTGTAAACTACCAACTCAGACATTC
TTTAAAGACTACATGGGAGTTCCTCTGTTGATGGAGCCAGACTTCAAAGATTATAGTTGC
CAGTTTAAATTTGGGGTAGCTCCACCGAAAGATGATGGCA*TGTTAACGAACCGTGTCTT
GAGACATGCTCCATCGCCAGCCGAAG**AAATAAATGCCGGGGAGTGTC*TATGGCGTAA
*CCTTCGTTT*ATATGAAAA
GTAG

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1CN70JQ 731 0 0
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ACAAACCCGGTTACGTTGGGCTTATTGAGCTTGTCAAGCTTCTCTTGTTGCAAGGTCGTA
CTAGGTCCGAGACCAACGACGCAGCGGTGCGGATACTGAAGTCATTGTTTCCTCCGCTCA
TATTAGAGCTTTACAAGCTTCTCATTGCTCCTTTAGCACAAGGGAAGATAGCTGCATTGA
TGGTTGCGAGAGTTACTGTACTTACATGTCAATGGCTCATGGGACCTTGCAAAGTGAATA
CCATAGATCTTCCTAATGGAGAATCTTGGGAGAGTGGGGTTTTTGTGGAGAAATGTCAGT
ATCTAGAAGAGAGCAAATGTGTGGGAGTATGCATCAATACTTGTAAACTACCAACTCAGA
CATTCTTTAAAGACTACATGGGAGTTCCTCTGTTGATGGAGCCAGACTTCAAAGATTATA
GTTGCCAGTTTAAATTTGGGGTAGCTCCACCGAAGGATGATGGCAATGTTAACGAACCGT
GTCTTGAGACATGCTCCATCGCCAGCCGAAGGAAATTAAATGCCGGGGAGTGTCCTATGG
CGTAAACCTTCGTTTTATATGAAAAAGTAGTATGTTAATGCACCGACTTTATATTGTTGT
GGTATAAATGTCCAACCATCTCGATTTGATCACAGATATTTACGAAATAACAAAAAAGAA
AAATAATTTCG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1DY64JQ 281 0 0
G
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GAAGGATGATGGCAATGTTAACGAACCGTGTCTTGAGACATGCTCCATCGCCAGCCGAAG
GAAATTAAATGCCGGGGAGTGTCCTATGGCGTAAACCTTCGTTTTATATGAAAAAGTAGT
ATGTTAATGCACCGACTTTATATTGTTGTGGTATAAATGTCCAACCATCTCGATTTGATC
ACAGATATTTACGAAATAACAAAAAAGAAAAATAATTTCG

QA 2 281 2 281
DS 

RD RR1DY64TF 281 0 0
G
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GAAGGATGATGGCAATGTTAACGAACCGTGTCTTGAGACATGCTCCATCGCCAGCCGAAG
GAAATTAAATGCCGGGGAGTGTCCTATGGCGTAAACCTTCGTTTTATATGAAAAAGTAGT
ATGTTAATGCACCGACTTTATATTGTTGTGGTATAAATGTCCAACCATCTCGATTTGATC
ACAGATATTTACGAAATAACAAAAAAGAAAAATAATTTCG

QA 2 281 2 281
DS 



AS 1 4

CO CL3359Contig1 675 4 6 U
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CTTGAAAGGGTCTTCAAGCCTTAGTCCTCACCACAAGAACAGGGCACTTAGCCTTGTTAA
CACAGTAATTGCCAACACTCCCAAGGAAAGTCCTTTCTAGAGCAACTTTACCATGGCTCC
CAACGATAAGCAAATCAACACCAAGCTTCTCAACAGCATCACATATCGCTTCTTTAGGGT
TTCCAAACTCCATCACCTTCTTTGGTGTAGTAACCCCGCTCTCAGCGCAAATCTTGGTCC
CTTCATGAATCCGATTCAACGCTGCGTTTTTGTAGTTCTGCTGCATTGAGTTTATCAGCT
CTATCGGAGCGGCGCCGTAAGAGGAAGCGTAGACGGAGCTGAGATCGAGCTGAGGCTGAG
CGGTGAAGAGGATGATATCGGAATCGGCGAGGCTGTCTTTGAGATACGCGAGCGTCCACC
GGAGAGCGTGTTTGCTGCAATCGCTTTCGTCAATCGCCACCATCACCTGCTTCTTCCCGC
TTTTCTTCTCTTCCGCCATTGTTTTTCTTCCTTCTTCTTCCGATTGAGTTTTGAGTTGAC
TACAGTTTTGATCCC


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DF79JQ U 1
AF RR1DF79TF C 1
AF RR1BB61JQ U 4
AF RR1BB61TF C 4
BS 1 54 RR1DF79JQ
BS 55 55 RR1BB61JQ
BS 56 192 RR1DF79JQ
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BS 194 280 RR1DF79JQ
BS 281 675 RR1BB61JQ

RD RR1DF79JQ 281 0 0
GTCAAACTAATAATATATTTATTTCCATTCACAAAGTTTCTTCAAACAAAGTAGTATACA
AGCAGAGCATTATTCTCAATACCAGTTTAACACAACACACATACAGCAAGGGAGGTGGTT
CTTGAAAGGGTCTTCAAGCCTTAGTCCTCACCACAAGAACAGGGCACTTAGCCTTGTTAA
CACAGTAATTGCTAACACTCCCAAGGAAAGTCCTTTCTAGAGCAACTTTACCATGGCTCC
CAACGATAAGCAAATCAACACCAAGCTTCTCAACAGCATC
C

QA 1 280 1 280
DS 

RD RR1DF79TF 281 0 0
GTC
AAACTAATAATATATTTATTTCCATTCACAAAGTTTCTTCAAACAAAGTAGTATACAAGC
AGAGCATTATTCTCAATACCAGTTTAACACAACACACATACAGCAAGGGAGGTGGTTCTT
GAAAGGGTCTTCAAGCCTTAGTCCTCACCACAAGAACAGGGCACTTAGCCTTGTTAACAC
AGTAATTGCTAACACTCCCAAGGAAAGTCCTTTCTAGAGCAACTTTACCATGGCTCCCAA
CGATAAGCAAATCAACACCAAGCTTCTCAACAGCATC
C

QA 4 280 4 280
DS 

RD RR1BB61JQ 672 0 0
AAACTAATAATATATTTATTTCCATTCACAAAGTTTCTTCAAACAAAGTAGCATACAAGC
AGAGCATTATTCTCAATATCAGTTTAACACAACACACATACAGCAAGGGAGGGGGTTCTT
GAAAGGGTCTTCAAGCCTTAGTCCTCACCACAAGAACAGGGCACTTAGCCTTGTTAACAC
AGTAATTGCCAACACTCCCAAGGAAAGTCCTTTCTAGAGCACCTTTACCATGGCTCCCAA
CGATAAGCAAATCAACACCAAGCTTCTCAACAGCATCACATATCGCTTCTTTAGGGTTTC
CAAACTCCATCACCTTCTTTGGTGTAGTAACCCCGCTCTCAGCGCAAATCTTGGTCCCTT
CATGAATCCGATTCAACGCTGCGTTTTTGTAGTTCTGCTGCATTGAGTTTATCAGCTCTA
TCGGAGCGGCGCCGTAAGAGGAAGCGTAGACGGAGCTGAGATCGAGCTGAGGCTGAGCGG
TGAAGAGGATGATATCGGAATCGGCGAGGCTGTCTTTGAGATACGCGAGCGTCCACCGGA
GAGCGTGTTTGCTGCAATCGCTTTCGTCAATCGCCACCATCACCTGCTTCTTCCCGCTTT
TCTTCTCTTCCGCCATTGTTTTTCTTCCTTCTTCTTCCGATTGAGTTTTGAGTTGACTAC
AGTTTTGATCCC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1BB61TF 672 0 0
AAACTAATAATATATTTATTTCCATTCACAAAGTTTCTTCAAACAAAGTAGCATACAAGC
AGAGCATTATTCTCAATATCAGTTTAACACAACACACATACAGCAAGGGAGGTGGTTCTT
GAAAGGGTCTTCAAGCCTTAGTCCTCACCACAAGAACAGGGCACTTAGCCTTGTTAACAC
AGTAATTGCCAACACTCCCAAGGAAAGTCCTTTCTAGAGCACCTTTACCATGGCTCCCAA
CGATAAGCAAATCAACACCAAGCTTCTCAACAGCATCACATATCGCTTCTTTAGGGTTTC
CAAACTCCATCACCTTCTTTGGTGTAGTAACCCCGCTCTCAGCGCAAATCTTGGTCCCTT
CATGAATCCGATTCAACGCTGCGTTTTTGTAGTTCTGCTGCATTGAGTTTATCAGCTCTA
TCGGAGCGGCGCCGTAAGAGGAAGCGTAGACGGAGCTGAGATCGAGCTGAGGCTGAGCGG
TGAAGAGGATGATATCGGAATCGGCGAGGCTGTCTTTGAGATACGCGAGCGTCCACCGGA
GAGCGTGTTTGCTGCAATCGCTTTCGTCAATCGCCACCATCACCTGCTTCTTCCCGCTTT
TCTTCTCTTCCGCCATTGTTTTTCTTCCTTCTTCTTCCGATTGAGTTTTGAGTTGACTAC
AGTTTTGATCCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL3360Contig1 783 3 30 U
GAAAAAAAAAATAAGGGGATTGATTTAGTATGTACACAGTAACCACGTAAAACAAAGACA
ACAAAGTCAAAACATCATCCCGGCAAACGGCATGCAGTTCTCCCTCTCTCTATTTCTACT
CTCTACACATACATTCCCCTCCTCCTATACACTTGACCAATAACCATTACAAAAGAGAAG
AACAGATTCATCAAACAAGTTCTCTGGCTATCAAATACCGAAACACGAAACTATGTGGTA
TCCACTCAACAATGCTCTTTCTGGACCTCCCTGAGCTAAGTTTCTTTACTCTTTTCTTCA
TTGTCTCTGGGAGACATTCTTGAACCATCTCCATCAGTGCTGCTTGACTCAAACCTGAGT
CTTTGCTAAAAGACTCAATGATCTTTGGTAAGACTAGCTTCTGGTCCTTCTTTACCCCAA
ACGTTGCACGAACATACTCCTCTCTCGCGGTTTCTAGCTCTTGGTAGATCCCCTTGGGCG
TATAAACACGAATCGCCGGATCAGAATGGTTGCCTGAGCAAAGAGCAAAGTATAAGAGAG
GCTCAGAATGGTCGAGGGAATACTCTTGATGCTCATCTCCGGTTCTGAACTTTCTTGGAA
TGAGTAGTAACTTCAGCCACTGGCCAGGACGAGGCATCTTGATGCGAAGAATATAACTTT
GTATCGCTTCTATGCTTACCATGCGACCTCCTATGTTGTAAGCTGGCTTGGAGAGCAGTA
AAAATCGCTTCCCGTTGTTCTGTGGAATCCCATTTGCTAGAAATGTGTGCATCACAAGTG
CGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1FD52JQ U 1
AF RR1DS79JQ U 27
AF RR1DS79TF C 36
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RD RR1FD52JQ 718 0 0
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CTTTGCTAAAAGACTCAATGATCTTTGGTAAGACTAGCTTCTGGTCCTTCTTTACCCCAA
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GTATCGCTTCTATGCTTACCATGCGACCTCCTATGTTGTAAGCTGGCTTGGAGA
GTAG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1DS79JQ 688 0 0
G
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TACACTTGACCAATAACCATTACAAAAGAGAAGAACAGATTCATCAAACAAGTTCTCTGG
CTATCAAATACCGAAACACGAAACTATGTGGTATCCACTCAACAATGCTCTTTCTGGACC
TCCCTGAGCTAAGTTTCTTTACTCTTTTCTTCATTGTCTCTGGGAGACATTCTTGAACCA
TCTCCATCAGTGCTGCTTGACTCAAACCTGAGTCTTTGCTAAAAGACTCAATGATCTTTG
GTAAGACTAGCTTCTGGTCCTTCTTTACCCCAAACGTTGCACGAACATACTCCTCTCTCG
CGGTTTCTAGCTCTTGGTAGATCCCCTTGGGCGTATAAACACGAATCGCCGGATCAGAAT
GGTTGCCTGAGCAAAGAGCAAAGTATAAGAGAGGCTCAGAATGGTCGAGGGAATACTCTT
GATGCTCATCTCCGGTTCTGAACTTTCTTGGAATGAGTAGTAACTTCAGCCACTGGCCAG
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QA 2 688 2 688
DS 

RD RR1DS79TF 748 0 0
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TACCGAAACACGAAACTATGTGGTATCCACTCAACAATGCTCTTTCTGGACCTCCCTGAG
CTAAGTTTCTTTACTCTTTTCTTCATTGTCTCTGGGAGACATTCTTGAACCATCTCCATC
AGTGCTGCTTGACTCAAACCTGAGTCTTTGCTAAAAGACTCAATGATCTTTGGTAAGACT
AGCTTCTGGTCCTTCTTTACCCCAAACGTTGCACGAACATACTCCTCTCTCGCGGTTTCT
AGCTCTTGGTAGATCCCCTTGGGCGTATAAACACGAATCGCCGGATCAGAATGGTTGCCT
GAGCAAAGAGCAAAGTATAAGAGAGGCTCAGAATGGTCGAGGGAATACTCTTGATGCTCA
TCTCCGGTTCTGAACTTTCTTGGAATGAGTAGTAACTTCAGCCACTGGCCAGGACGAGGC
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GCTAGAAATGTGTGCATCACAAGTGCGC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 4

CO CL3361Contig1 799 4 5 U
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GGGGAAGACACAAGAGTTAAAGGATAACGACATTAACAATGGCCAAATTCTTCATCCTGT
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TTACCCGCCTCAGTAAATTCCTCGAAGGGGCAAAGGTAAAGCTTGAGTGTAAGAGTCGTG
TGAACCAGACCGTGACAGTGACCAAGGAAGCTATGACCGACAAAGACGGAAAGTACCAGA
TGGAAGTTATGGGAGACCACGAAGAGGAAGTGTGTGAGATCATCCTCGTCCAATCACCGG
ACGCAGAGTGTGGCGAAGTAAACAACGAAGAGTTCCTAAGAAACGCAGCAAGGATCAGTC
TCACGGCTAACGATGGCATTGTCTCTAACGAGGTTCGAACCATTAACCCACTTGGGTTCA
TGAGGAAGACTCCTCTCGCTGATTGTCCTCAAGTTTTCAAGGAGCTTGGAATCGTCCCTG
ATGTCATCTTCTAAGCTTAATACCGATATACATCCATTTTAACTTTTTTTT*GTAACTTT
ATATTTCGTATATAAAACATTTATATATGATTTTTACATGTTGTCGGTCTGAGATACTAA
CTAGTGCTGTTTTCTTTTGTTTCATATCTTGTGTTTGTGTTCCAACGACCTTTTCAAAAT
GATTTTTAACTTCTAAATT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D594TF U 1
AF RR1ES10TF U 1
AF RR1D594JQ C 596
AF RR1AX55TF U 9
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BS 377 407 RR1D594TF
BS 408 696 RR1ES10TF
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RD RR1D594TF 407 0 0
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GGGGAAGACACAAGAGTTAAAGGATAACGACATTAACAATGGCCAAATTCTTCATCCTGT
TCCTTGCCTCTGCCATATGTTCAACCACCCTCCTTCACTTCGCGGCCGCTGATGCCGATG
ACTTCGACCGCTTCAACATCACGGGCTCCGTCTATTGCGACACATGCCGCGTCCAATTCG
TTACCCGCCTCAGTAAATTCCTCGAAGGGGCAAAGGTAAAGCTTGAGTGTAAGAGTCGTG
TGAACCAGACCGTGACAGTGACCAAGGAAGCTATGACCGACAAAGACGGAAAGTACCAGA
TGGAAGTTATGGGAGGCCACGAAGAGGAAGTGTGTGAGATCATCCTC

QA 1 407 1 407
DS 

RD RR1ES10TF 696 0 0
TTTTTTTTCCACCCCAAAAAATAAATTTACAAATAAAGCTCCCAAAATAAATCTAAGAGA
GGGGAAGACACAAGAGTTAAAGGATAACGACATTAACAATGGCCAAATTCTTCATCCTGT
TCCTTGCCTCTGCCATATGTTCAACCACCCTCCTTCACTTTGCGGCCGCTGATGCCGATG
ACTTCGACCGCTTCAACATCACGGGCTCCGTCTATTGCGACACATGCCGCGTCCAATTCG
TTACCCGCCTCAGTAAATTCCTCGAAGGGGCAAAGGTAAAGCTTGAGTGTAAGAGTCGTG
TGAACCAGACCGTGACAGTGACCAAGGAAGCTATGACCGACAAAGACGGAAAGTACCAGA
TGGAAGTTATGGGAGACCACGAAGAGGAAGTGTGTGAGATCATCCTCGTCCAATCACCGG
ACGCAGAGTGTGGCGAAGTAAACAACGAAGAGTTCCTAAGAAACGCAGCAAGGATCAGTC
TCACGGCTAACGATGGCATTGTCTCTAACGAGGTTCGAACCATTAACCCACTTGGGTTCA
TGAGGAAGACTCCTCTCGCTGATTGTCCTCAAGTTTTCAAGGAGCTTGGAATCGTCCCTG
ATGTCATCTTCTAAGCTTAATACCGATATACATCCATTTTAACTTTTTTTT*GTAACTTT
ATATTTCGTATATAAAACATTTATATATGATTTTTA

QA 1 696 1 696
DS 

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ACTTTATATTTCGTATATAAAACATTTATATATGATTTTTACATGTTGTCGGTTTGAGAT
ACTAACTAGTGCTGTTTTCTTTTGTTTCATATCTTGTGTTTGTGTTCCAACGACCTTTTC
AAAA

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR1AX55TF 791 0 0
CCACCCCAAAAAATAAATTTACAAATAAAGCTCCCAAAATAAATCTAAGAGAGGGGAAGA
CACAAGAGTTAAAGGATAACGACATTAACAATGGCCAAATTCTTCACCCTGTTCCTTGCC
TCTGCCATATGTTCAACCACCCTCCTTCACTTCGCGGCCGCTGATGCCGATGACTTCGAC
CGCTTCAACATCACGGGCTCCGTCTATTGCGACACATGCCGCGTCCAATTCGTTACCCGC
CTCAGTAAATTCCTCGAAGGGGCAAAGGTAAAGCTTGAGTGTAAGAGTCGTGTGAACCAG
ACCGTGACAGTGACCAAGGAAGCTATGACCGACAAAGACGGAAAGTACCAGATGGAAGTT
ATGGGAGACCACGAAGAGGAAGTGTGTGAGATCATCCTCGTCCAATCACCGGACGCAGAG
TGTGGCGAAGTAAACAACGAAGAGTTCCTAAGAAACGCAGCAAGGATCAGTCTCACGGCT
AACGATGGCATTGTCTCTAACGAGGTTCGAACCATTAACCCACTTGGGTTCATGAGGAAG
ACTCCTCTCGCTGATTGTCCTCAAGTTTTCAAGGAGCTTGGAATCGTCCCTGATGTCATC
TTCTAAGCTTAATACCGATATACATCCATTTTAACTTTTTTTTTGTAACTTTATATTTCG
TATATAAAACATTTATATATGATTTTTACATGTTGTCGGTCTGAGATACTAACTAGTGCT
GTTTTCTTTTGTTTCATATCTTGTGTTTGTGTTCCAACGACCTTTTCAAAATGATTTTTA
ACTTCTAAATT

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 4

CO CL3362Contig1 1533 4 7 U
GGAGTGAGTGAGTGAGAGAGCTATCGATTCGAAAAACAATGGCGGCCACTCTGCACGTTT
CTCCAACTCTTTCCCGCTACAAATTCTTCTCAGCTTCCGCAGTCGAAAACCCTAATTTCT
ATCCACATCAAATTATCAACAGTCGTCGACGGAAATCGACCAAATCGCATCTTCAAGCGC
AGCACAACAATAGTACCAATATTAGCTATGGTCCTCGGACGACGACGGAACTCGCCTCCT
CGAAGAAACTACGGATTAGGCAAATGGAGATCGAGCAAGGACAAATAGAAGAAGAAGAAG
AAGAGCTAGAGGATATGAGTGACGACGAAGCGAGTCTGCTATCGTTGAGCATGAAACCGG
ACAGAAACATGGCGTTGCTCGACGATTACGAGATGGAGGAGGAGCTTGGCCACGCTCCTC
CCGGTACCAATCATCGTAGCGGATACGTGGCGGTGGTTGGGATGCCGAACGTGGGGAAAA
GCACGCTTTCGAATCAAATGATTGGCCAGAAGATCTCTATCGTTACCGATAAACCCCAAA
CCACGAGGCATCGGATTCTCGGTATCTGTTCCAGCCCTGATTATCAGATGATACTTTATG
ATACGCCTGGTGTGATCGAGAAGAAGATGCACAGGTTAGATACTATGATGATGAAGAATG
TCCGTGATGCTGCCATCAACGCTGATTGCGTTGTCATTCTTGTTGATGCTTGTAAAACTC
CTGCTAATATAGACGAAGTCTTGAAATAGGGCTTGGGAGACCTTGAAAAGAGGCCACCTA
TGCTGCTTGTTATGAATAAGAAAGATCTCATTAAACCTGGTGAGATTGCCAAGAAACTGG
AGTGGTATGAAAAATTTACAGATGTTGATGAAGTTATACCTGTTAGTGCAAAGTATGGAC
ATGGAGTGGAGGATGTGAAAGAGTGGATCTTATCCAAACTTCCCTTTGGCCCACCTTATT
ATCCCAAGGATATTGTGAGTGAGCACCCAGAGAGATTCTTTGTTGCTGAGATCGTTAGAG
AGAAGATATTTATGCAGTACCGAAATGAAGTTCCTTATGCATGTCAGGTCAACGTGCTGA
GCTACAAAACTAGACCAGCTGCAAAAGATTTTATTCAAGTAGAAGTAGTCGTGGATAAAA
ATTCTCAGAAGATCATCCTTATTGGAAAAGAAGGGAAGGCTTTGAAAACGCTAGCAACGG
CCGCTCGACTTGACATTGAAGATTTCCTTCAGAAAAAAGTCTTCCTTGAGGTGGAAGTGA
GAGTGAAGGAAAATTGGAGACAAGATGAGGGACTTCTCAAGTACTATGGCTATGGAGGAC
AGATCCGGGCTATGTAAGTAAGTGTGTGTTGGCTTCAAATGGGTTATGAAGAAGGGCAAA
TGGGTTATGAAGAAGGGTAGTAAGTGCAAATGGCACGGCTCAGGTCAGCTTTTTCCCCTT
TTTTGTTTTGTTTTGTATGTATTTTAACCGATACGGCTCAGCCTCAGGATATATAGCTTT
TTGTCTTTAATCTCAATTCGACGATTCCTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1EO45TF U 1
AF RR1DD50TF U 334
AF RR1EO45JQ C 884
AF RR1DP69TF U 1264
BS 1 365 RR1EO45TF
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BS 367 717 RR1EO45TF
BS 718 963 RR1DD50TF
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BS 1531 1533 RR1EO45JQ

RD RR1EO45TF 717 0 0
GGAGTGAGTGAGTGAGAGAGCTATCGATTCGAAAAACAATGGCGGCCACTCTGCACGTTT
CTCCAACTCTTTCCCGCTACAAATTCTTCTCAGCTTCCGCAGTCGAAAACCCTAATTTCT
ATCCACATCAAATTATCAACAGTCGTCGACGGAAATCGACCAAATCGCATCTTCAAGCGC
AGCACAACAATAGTACCAATATTAGCTATGGTCCTCGGACGACGACGGAACTCGCCTCCT
CGAAGAAACTACGGATTAGGCAAATGGAGATCGAGCAAGGACAAATAGAAGAAGAAGAAG
AAGAGCTAGAGGATATGAGTGACGACGAAGCGAGTCTGCTATCGTTGAGCATGAAACCGG
ACAGAGACATGGCGTTGCTCGACGATTACGAGATGGAGGAGGAGCTTGGCCACGCTCCTC
CCGGTACCAATCATCGTAGCGGATACGTGGCGGTGGTTGGGATGCCGAACGTGGGGAAAA
GCACGCTTTCGAATCAAATGATTGGCCAGAAGATCTCTATCGTTACCGATAAACCCCAAA
CCACGAGGCATCGGATTCTCGGTATCTGTTCCAGCCCTGATTATCAGATGATACTTTATG
ATACGCCTGGTGTGATCGAGAAGAAGATGCACAGGTTAGATACTATGATGATGAAGAATG
TCCGTGATGCTGCCATCAACGCTGATTGCGTTGTCATTCTTGTTGATGCTTGTAAAA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1DD50TF 630 0 0
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TGGAGGAGGAGCTTGGCCACGCTCCTCCCGGTACCAATCATCGTAGCGGATACGTGGCGG
TGGTTGGGATGCCGAACGTGGGGAAAAGCACGCTTTCGAATCAAATGATTGGCCAGAAGA
TCTCTATCGTTACCGATAAACCCCAAACCACGAGGCATCGGATTCTCGGTATCTGTTCCA
GCCCTGATTATCAGATGATACTTTATGATACGCCTGGTGTGATCGAGAAGAAGATGCACA
GGTTAGATACTATGATGATGAAGAATGTCCGTGATGCTGCCATCAACGCTGATTGCGTTG
TCATTCTTGTTGATGCTTGTAAAACTCCTGCTAATATAGACGAAGTCTTGAAATAGGGCT
TGGGAGACCTTGAAAAGAGGCCACCTATGCTGCTTGTTATGAATAAGAAAGATCTCATTA
AACCTGGTGAGATTGCCAAGAAACTGGAGTGGTATGAAAAATTTACAGATGTTGATGAAG
TTATACCTGTTAGTGCAAAGTATGGACATGGAGTGGAGGATGTGAAAGAGTGGATCTTAT
CCAAACTTCCCTTTGGCCCACCTTATTATC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1EO45JQ 650 0 0
TAGTGCAAAGTATGGACATGGAGTGGAGGATGTGAAAGAGTGGATCTTATCCAAACTTCC
CTTTGGCCCACCTTATTATCCCAAGGATATTGTGAGTGAGCACCCAGAGAGATTCTTTGT
TGCTGAGATCGTTAGAGAGAAGATATTTATGCAGTACCGAAATGAAGTTCCTTATGCATG
TCAGGTCAACGTGCTGAGCTACAAAACTAGACCAGCTGCAAAAGATTTTATTCAAGTAGA
AGTAGTCGTGGATAAAAATTCTCAGAAGATCATCCTTATTGGAAAAGAAGGGAAGGCTTT
GAAAACGCTAGCAACGGCCGCTCGACTTGACATTGAAGATTTCCTTCAGAAAAAAGTCTT
CCTTGAGGTGGAAGTGAGAGTGAAGGAAAATTGGAGACAAGATGAGGGACTTCTCAAGTA
CTATGGCTATGGAGGACAGATCCGGGCTATGTAAGTAAGTGTGTGTTGGCTTCAAATGGG
TTATGAAGAAGGGCAAATGGGTTATGAAGAAGGGTAGTAAGTGCAAATGGCACGGCTCAG
GTCAGCTTTTTCCCCTTTTTTGTTTTGTTTTGTATGTATTTTAACCGATACGGCTCAGCC
TCAGGATATATAGCTTTTTGTCTTTAATCTCGATTCGACGATTCCTTTCG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1DP69TF 269 0 0
G
GAAGGAAAATTGGAGACAAGATGAGGGACTTCTCAAGTACTATGGCTATGGAGGACAGAT
CCGGGCTATGTAAGTAAGTGTGTGTTGGCTTCAAATGGGTTATGAAGAAGGGCAAATGGG
TTATGAAGAAGGGTAGTAAGTGCAAATGGCACGGCTCAGGTCAGCTTTTTCCCCTTTTTT
GTTTTGTTTTGTATGTATTTTAACCGATACGGCTCAGCCTCAGGATATATAGCTTTTTGT
CTTTAATCTCAATTCGACGATTCCTT
CG

QA 2 267 2 267
DS 



AS 2 4

CO CL3363Contig1 815 2 2 U
GGGCTCCCACCCTCAGATTTTCCTCTTGTACGCATTCATCGAAAGTCGAAACAACCATGA
ATCCCGAGTACGACTACCTCTTCAAGCTCCTGCTCATCGGGGATTCTGGCGTGGGGAAGT
CTTGTCTACTGCTGAGATTCTCTGATGATTCGTATGTAGAAAGTTACATAAGCACTATTG
GAGTCGATTTTAAAATTCGGACAGTGGAGCAAGACGGGAAGACGATTAAGCTCCAAATTT
GGGACACTGCTGGTCAAGAGCGGTTCAGGACAATTACTAGCAGTTATTACCGCGGCGCAC
ATGGAATCATTATTGTCTACGACGTCGCAGATCAAGAAAGCTTTAACAACGTGAAGCAAT
GGTTGAGTGAAATTGATCGTTATGCCAGTGACAATGTGAACAAACTCCTGGTTGGAAACA
AGTGTGATCTTACTGAAAACAGAGCCGTTCCATATGAAACGGCAAAGGCTTTTGCCGATG
AAATTGGAATTCCTTTCATGGAGACTAGTGCAAAAGATGCTACAAACGTGGAACAGGCTT
TCATGGCGATGTCTGCATCCATCAAAGAGAGTATGGCAAGTCAACCAGCTGGGAGCAATG
CCAGACCGCCGACGGTGCAGATCAGAGGACAGCCTGTTGCCCAAAAGAATGGCTGTTGCT
CAACTTGATTGTCTAGCAATATCCTTTCCTTGGAGTCCAAAATTGTTTTCTCTTCAGTTC
ACTTGTACTTTGTATGTAATATCTGGTCTGTAATTAAGCTCACTTGTCCTTCTTTGGTGG
TTGTTTTTCTCTTTGCGTATCAACATTTTCGTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AV23TF U 1
AF RR1AV23JQ C 1
BS 1 762 RR1AV23TF
BS 763 815 RR1AV23JQ

RD RR1AV23TF 781 0 0
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QA 1 762 1 762
DS 

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ATCCCGAGTACGACTACCTCTTCAAGCTCCTGCTCATCGGGGATTCTGGCGTGGGGAAGT
CTTGTCTACTGCTGAGATTCTCTGATGATTCGTATGTAGAAAGTTACATAAGCACTATTG
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ATGGAATCATTATTGTCTACGACGTCGCAGATCAAGAAAGCTTTAACAACGTGAAGCAAT
GGTTGAGTGAAATTGATCGTTATGCCAGTGACAATGTGAACAAACTCCTGGTTGGAAACA
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AAATTGGAATTCCTTTCATGGAGACTAGTGCAAAAGATGCTACAAACGTGGAACAGGCTT
TCATGGCGATGTCTGCATCCATCAAAGAGAGTATGGCAAGTCAACCAGCTGGGAGCAATG
CCAGACCGCCGACGGTGCAGATCAGAGGACAGCCTGTTGCCCAAAAGAATGGCTGTTGCT
CAACTTGATTGTCTAGCAATATCCTTTCCTTGGAGTCCAAAATTGTTTTCTCTTCAGTTC
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TTGTTTTTCTCTTTGCGTATCAACATTTTCGTACC

QA 1 815 1 815
DS 



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TACCAACACATTTCTGTGGCTGCCTTCAGTGTATTTATATCGATACTGCC


BQ
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AF RR1DO90TF U 1
AF RR1DO90JQ C 184
BS 1 783 RR1DO90TF
BS 784 784 RR1DO90JQ
BS 785 813 RR1DO90TF
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RD RR1DO90TF 813 0 0
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TGACAATGTGAACAAACTCCTGGTTGGAAACAAGTGTGATCTTACTGAAAACAGAGCCGT
TCCATATGAAACGGCAAAGGCTTTTGCCGATGAAATTGGAATTCCTTTCATGGAGACTAG
TGCAAAAGATGCTACAAACGTGGAACAGGCTTTCATGGCGATGTCCACATCGATCAAACA
GAGTATGGCAAGCCAACCAGCTGGGAACAATGCCAGACCGCCGACGGTGCAGATCAGAGG
ACAGCCTGTTGTCCAAAAGAATGGCTGTTGCTCAACTTGATTCCCTAGCAATATCCTTTT
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TGTAATTAAGCTCAAGTGTCCTTTGGTGGTTGTTTTTCTCTTTGCGTATCAACATTTTCG
TAC*AACACATTTCTGTGGCTGCCTTCAGTGTA

QA 1 813 1 813
DS 

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CAATGTGAACAAACTCCTGGTTGGAAACAAGTGTGATCTTACTGAAAACAGAGCCGTTCC
ATATGAAACGGCAAAGGCTTTTGCCGATGAAATTGGAATTCCTTTCATGGAGACTAGTGC
AAAAGATGCTACAAACGTGGAACAGGCTTTCATGGCGATGTCCACATCGATCAAACAGAG
TATGGCAAGCCAACCAGCTGGGAACAATGCCAGACCGCCGACGGTGCAGATCAGAGGACA
GCCTGTTGTCCAAAAGAATGGCTGTTGCTCAACTTGATTCCCTAGCAATATCCTTTTCTT
CGAGTTCAAAATCGTTTTCTCTTCAGTTCACTTGTACTTTGTATGTAATATCTGGTCTGT
AATTAAGCTCAAGTGTCCTTTGGTGGTTGTTTTTCTCTTTGCGTATCAACATTTTCGTAC
CAACACATTTCTGTGGCTGCCTTCAGTGTATTTATATCGATACTGCC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 4

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TACGAAGATGCCCTTAAAAAACTTGGAGAGCTTCTCACCAAGAAATCGGATCTAGGTAAC
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ATAGATTCTGTAGAAAGGATCAAGTCTGGATTCAACCATTTCAAGACTCATAATTATGAG
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GCTTGTGCAGATTCTCGAGTTTGCCCGTCCCACATCTTGAATTTTCAACTTGGGGAAGCA
TTCATCGTTAGAAACATTGCAAACATGGTGCCACCTTATGATAAGACAAAACACTGTAAT
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AACAAGCTCGCCATAAGAGGCGCTCACTATGATTTTGTGAAAGGGACGTTTGATCTCTGG
GAACTTGACTTCAAGACCACCCCAGCTTTTGCCTTGTCATAAAAGAGTTCTACTCATGTT
TTCTCTCTATGTTGCTTCTAAGTGTGTTCTCAATTTCTCATCAATAATCATCTTTCTTTA
CCTTCAGTTTCTTGTCTCTTTTTGTTTTTCTACTCAACTTCAGTTTCTTGTATAATCTCA
TCTTTTATGTTTTAAATTAAATGAATAAGCTATAACCAGCACTTTATTTTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1G074TF U 1
AF RR1AV76TF U 1
AF RR1AV76JQ C 220
AF RR1G074JQ C 237
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BS 310 329 RR1AV76TF
BS 330 330 RR1G074TF
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BS 426 717 RR1AV76TF
BS 718 1012 RR1AV76JQ

RD RR1G074TF 650 0 0
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GCTTGTGCAGATTCTCGAGTTTGCCCGTCCCACATCTTGAATTTTCAACTTGGGGAAGCA
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ATTGATGCCGCCCTTGAATATCCAATCACAGTCCTCAATGTGGAGAGCATTCTGGTGATT
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TTTAAGAGTGAATTCATTGAAGACTGGATCCAGATCTGTGCATCGGCCAAGAACAAGACC
AGGCAGGATTGTAAAGACCTGAGCTTCGACGACCAGTGCACCAACTGTGA

QA 1 650 1 650
DS 

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TACGAAGATGCCCTTAAAAAACTTGGAGAGCTTCTCACCAAGAAATCGGATCTAGGTAAC
GTCGCAGCGGCAAAGATCAAGCAGTTAACTAGTGAGCTAGAGGAACTTGATTCCAGCAAG
ATAGATTCTGTAGAAAGGATCAAGTCTGGATTCAACCATTTCAAGACTCATAATTATGAG
AAGAATCCTTCGTTGTACAGTGCACTTGCCAAGAGCCAGAGCCCCAAGTTTCTGGTGTTT
GCTTGTGCGGATTCTCGAGTTTGCCCGTCTCACATCTTGAATTTTCAACTTGGGGAAGCA
TTCATCGTTAGAAACATTGCAAACATGGTGCCACCTTATGATAAGACAAAACACTGTAAT
ATTGGTGCCGCCCTTGAATATCCAATCACAGTCCTCAATGTGGAGAGCATTCTGGTGATT
GGTCACAGCTGTTGTGGTGGAATAAAAGGACTCATGGCAATTGAAGATGATGCGGCTCCC
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AATTTTCAACTTGGGGAAGCATTCATCGTTAGAAACATTGCAAACATGGTGCCACCTTAT
GATAAGACAAAACACTGTAATATTGGTGCCGCCCTTGAATATCCAATCACAGTCCTCAAT
GTGGAGAGCATTCTGGTGATTGGTCACAGCTGTTGTGGTGGAATAAAAGGACTCATGGCA
ATTGAAGATGATGCGGCTCCCTTTAAGAGTGAATTCATTGAAGACTGGATCCAGATCTGT
GCATCGGCCAAGAACAAGACCAGGCAGGATTGTAAAGACCTGAGCTTCGACGACCAGTGC
ACCAACTGTGAGAAGGAAGCTGTGAACGTGTCGCTGGGGAACCTGTTATCGTACCCGTTC
GTGAGAGAGCGAGTGGTGAAAAACAAGCTCGCCATAAGAGGCGCTCACTATGATTTTGTG
AAAGGGACGTTTGATCTCTGGGAACTTGACTTCAAGACCACCCCAGCTTTTGCCTTGTCA
TAAAAGAGTTCTACTCATGTTTTCTCTCTATGTTGCTTCTAAGTGTGTTCTCAATTTCTC
ATCAATAATCATCTTTCTTTACCTTCAGTTTCTTGTCTCTTTTTGTTTTTCTACTCAACT
TCAGTTTCTTGTATAATCTCATCTTTTATGTTTTAAATTAAATGAATAAGCTATAACCAG
CACTTTATTTTCC

QA 1 793 1 793
DS 

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TAATATTGATGCCGCCCTTGAATATCCAATCACAGTCCTCAATGTGGAGAGCATTCTGGT
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TCCCTTTAAGAGTGAATTCATTGAAGACTGGATCCAGATCTGTGCATCGGCCAAGAACAA
GACCAGGCAGGATTGTAAAGACCTGAGCTTCGACGACCAGTGCACCAACTGTGAGAAGGA
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GAAAAACAAGCTCGCCATAAGAGGCGCTCACTATGATTTTGTGAAAGGGACGTTTGATCT
CTGGGAACTTGACTTCAAGACCACCCCAGCTTTTGCCTTGTCATAAAAGAGTTCTACTCA
TGTTTTCTCTCTATGTTGCTTCTAAGTGTGTTCTCAATTTCTCATCAATAATCATCTTTC
TTTACCTTCAGTTTCTTGTCTCTTTTTGTTTTTCTACTCAACTTCAGTTTCTTGTATAAT
CTCATCTTTTATGTTTTAAATTAAATGAATAAGCTATAACCAGCACTTT

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 4

CO CL3365Contig1 775 4 9 U
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ATAAGGTTATCGAAACGATGCCGTCTAAGGCTGATGTGTATGGGATGGTGTTTGGTGCTT
TGCATTGGCCCGGGTTGGATCTCGTCAATACGTTGGAGGCTCCTGCTGCGTCGGAGACTG
AGAGTGCTGCTGCGTAGAGGAGTTCACTAATTTATCAGTGAGCTGAAAAGAATCATCCTT
TTTGTGTTTGTTCTTCTGGATCAAAGATAGTATTTTTGTCAAAATAAAAATTTGAACTTG
GCTTTTTCAGACCAGTGTTTCTTGGTTTTGTTATAATTGGATTTAGATTTCTTGTTTTGT
ACTGTTTGTTTGAAGTGAATTTGCTGGTTGAATGGTTAAATAACAATACTTGGCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1BS45TF U 1
AF RR1BS45JQ C 1
AF RR1H009JQ C 217
AF RR1H009TF U 17
BS 1 246 RR1BS45TF
BS 247 247 RR1H009TF
BS 248 288 RR1BS45TF
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BS 290 327 RR1BS45TF
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BS 329 693 RR1BS45TF
BS 694 757 RR1H009TF
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RD RR1BS45TF 693 0 0
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TTTGTGTTTGTTCTTCTGGATCAAAGATAGTATTTTTGTCAAAATAAAAATTTGAACTTG
GCTTTTTCAGACCAGTGTTTCTTGGTTTTGTTA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1BS45JQ 775 0 0
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GAGCCCTCCTGGTCGCAGGCAAGACGAAGCTCAACCTCCAGAACTGCCACTTCATCACCG
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AGAACAGCAACACGAAGCTCCTGGTGGCGAAGAACACGCTGGTCTTCAAGGCCCTGGAAG
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TGCATTGGCCCGGGTTGGATCTCGTCAATACGTTGGAGGCTCCTGCTGCGTCGGAGACTG
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TTTGTGTTTGTTCTTCTGGATCAAAGATAGTATTTTTGTCAAAATAAAAATTTGAACTTG
GCTTTTTCAGACCAGTGTTTCTTGGTTTTGTTATAATTGGATTTAGATTTCTTGTTTTGT
ACTGTTTGTTTGAAGTGAATTTGCTGGTTGAATGGTTAAATAACAATACTTGGCG

QA 1 775 1 775
DS 

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TGAGTTTCCAGAAGGAGAAGAAGCTGTTCGACAACAACTTGGGCGGGGCCGTGTTCGAGG
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TGTATGGGATGGTGTTTGGTGCTTTGCATTGGCCCGGGTTGGATCTCGTCAATACGTTGG
AGGCTCCTGCTGCGTCGGAGACTGAGAGTGCTGCTGCGTAGAGGAGTTCACTAATTTATC
AGTGAGCTGAAAAGAATCATCCTTTTTGTGTTTGTTCTTCTGGATCAAAGATAGTATTTT
TGTCAAAATAAAAATTTGAACTTGGCTTTTTCAGACCAGTGTTTCTTGGTTTTGTTATAA
TTGGATTTAGATTTCTTGTTTTGTACTGTTTGTTTGAAGTGAATTTGCTGGTTGAATGGT
T

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1H009TF 741 0 0
GG
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TCACCGTCAAACAACTTCAAGAGCTCCGCGGGATCCTCCGGGAGAACAGCAACACGAAGC
TCCTGGTGGCGAAGAACACGCTGGTCTTCAAGGCCCTGGAAGGGACCAAGTGGGAGTCCC
TGAAGCCGTGTATGAAAGGCATGAACGCCTAGATCTTCGTCCAGACCGAAGACATCCCCG
CGGCGCTGAAGACGTTCGTGAGTTTCCAGAAGGAGAAGAAGCTGTTCGACAACAACTTGG
GCGGGGCCGTGTTCGAGGAGAAGCTGTACGCTCCTCAGGATTATAAGGTTATCGAAACGA
TGCCGTCTAAGGCTGATGTGTATGGGATGGTGTTTGGTGCTTTGCATTGGCCCGGGTTGG
ATCTCGTCAATACGTTGGAGGCTCCTGCTGCGTCGGAGACTGAGAGTGCTGCTGCGTAGA
GGAGTTCACTAATTTATCAGTGAGCTGAAAAGAATCATCCTTTTTGTGTTTGTTCTTCTG
GATCAAAGATAGTATTTTTGTCAAAATAAAAATTTGAACTTGGCTTTTTCAGACCAGTGT
TTCTTGGTTTTGTTATAATTGGATTTAGATTTCTTGTTTTGTACTGTTTGTTTGAAGTGA
ATTTGCTGGTTGAATGGTT

QA 3 741 3 741
DS 



AS 1 4

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CCATACAAACAAGCCCTAAACGCTTAGCCGAGACCGCTCTAGCCGTTACCCTGAGCCGAG
CCCAATCCACCAAACTCTTCGTCTCGCGTCTGACGCGTTTCAAGGGCCTTAAGAAGCGCG
AGGTCGAAGCCATCAAGGACTGCGTTGAGGAGATCAACGATACCATTGACCGTTTGACCA
AGTCGGTCCAAGAGATGAAGCTATGTGGGAGTGCCAAAAATCAAGATCAGTTTGCGTTCC
ACATGAGTAATGCTCAGACTTGGACTAGTGCGGCTTTGACAGATGAGAACACTTGCTCCG
ATGGTTTCTCGGG*TCGGGTCATGGATGGAAGGATCAAGAACTCGGTTCGAGCTAGAATT
GTTAACGTGGGTCACGAAACTAGCAACGCCCTGTCCTTGATTAATGCATTTGCTAAGAAG
TATTAATTTAAGTTTTAAGAAATATTTTGCGGCATCTCATATATAAATAATATATATAAT
GGTCTCCGTAAATGTAATATATATATGCCGAGTTGGTTAGATTTTTTTT*CTTATTTGGT
TTGTACTATTGTCCATTTGTATTTTGAGATATAAAAGTTTAAGAAGTTGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1CK93TF U 1
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AF RR1CD85JQ C 156
AF RR1CD85TF U 156
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GTTAACGTGGGT**CGAAACTAGCAACGCCCTGTCCTTGATTAATGCATTTGCTAAGAAG
TATTAATTTAAGTTTTA*GAAATATTTTGCGGCATCTCATATATAA
TATATA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1CK93JQ 762 0 0
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AGCCATCAAGGACTGCGTTGAGGAGATCAACGATACCATTGACCGTTTGACCAAGTCGGT
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TAATGCTCAGACTTGGACTAGTGCGGCTTTGACAGATGAGAACACTTGCTCCGATGGTTT
CTCGGG*TCGGGTCATGGATGGAAGGATCAAGAACTCGGTTCGAGCTAGAATTGTTAACG
TGGGT**CGAAACTAGCAACGCCCTGTCCTTGATTAATGCATTTGCTAAGAAGTATTAAT
TTAAGTTTTAAGAAATATTTTGCGGCATCTCATATATAAATAATATATATAATGGTCTCC
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QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1CD85JQ 677 0 0
G
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QA 2 677 2 677
DS 

RD RR1CD85TF 666 0 0
G
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TGACAGATGAGAACACTTGCTCCGATGGTTTCTCGGG*TCGGGTCATGGATGGAAGGATC
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TCATATATAAATAATATATATAATGGTCTCCGTAAATGTAATATATATATGCCGAGTTGG
TTAGATTTTTTTT*CTTATTTGGTTTGTACTATTGTCCATTTGTATTTTGAGATATAAA
GTTTAA

QA 2 660 2 660
DS 



AS 1 4

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR1BL73TF C 1
AF RR1DW88JQ U 61
AF RR1DW88TF C 61
AF RR1BL73JQ U 4
BS 1 3 RR1BL73TF
BS 4 60 RR1BL73JQ
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RD RR1BL73TF 469 0 0
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CTCCTCCTCCTCCGGAAGCAGCTGATCCTGCAGCTTGAGCAGCTTTCTTCGCCGCCTTCT
CTTGCAATGCTTTTGCATCCCTTTCACGGCGTTGCTCTGGAGTTAAACCATCGTCTTTGG
TCTTTCCTTTTCCTCCGGCACGAGCTTGAGCTCTTTCACGGTCTCGCTCTCTCTGGCTTC
CTCGAGTCATGATGATGATGGTGAGCTTTAGCAGAGAAACGCGCCTAGACAACAAGAGAT
CCGGAGAGAGATCTCTCCCTTACAGAAGCCAAAGGCCAAGAGACAATCC

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AAAGAAAGTTACAAGTTACAACAACAACAACGAATCATTTCTTATTATTGTTTCCTTTGC
CTCCTCCTCCTCCGGAAGCAGCTGATCCTGCAGCTTGAGCAGCTTTCTTCGCCGCCTTCT
CTTGCAATGCTTTTGCATCCCTTTCACGGCGTTGCTCTGGAGTTAAACCATCGTCTTTGG
TCTTTCCTTTTCCTCCGGCACGAGCTTGAGCTCTTTCACGGTCTCGCTCTCTCTGGCTTC
CTCGAGTCATGATGATGATGGTGAGCTTTAGCAGAGAAACGCGCCTAGACAACAAGAGAT
CTGGAGAGAGATCTCTCCCTTACAGAAGCCAAAGGCCAAGAGACAATCC

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DS 

RD RR1DW88TF 409 0 0
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AAAGAAAGTTACAAGTTACAACAACAACAACGAATCATTTCTTATTATTGTTTCCTTTGC
CTCCTCCTCCTCCGGAAGCAGCTGATCCTGCAGCTTGAGCAGCTTTCTTCGCCGCCTTCT
CTTGCAATGCTTTTGCATCCCTTTCACGGCGTTGCTCTGGAGTTAAACCATCGTCTTTGG
TCTTTCCTTTTCCTCCGGCACGAGCTTGAGCTCTTTCACGGTCTCGCTCTCTCTGGCTTC
CTCGAGTCATGATGATGATGGTGAGCTTTAGCAGAGAAACGCGCCTAGACAACAAGAGAT
CTGGAGAGAGATCTCTCCCTTACAGAAGCCAAAGGCCAAGAGACAATCC

QA 1 409 1 409
DS 

RD RR1BL73JQ 466 0 0
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CTCCTCCTCCGGAAGCAGCTGATCCTGCAGCTTGAGCAGCTTTCTTCGCCGCCTTCTCTT
GCAATGCTTTTGCATCCCTTTCACGGCGTTGCTCTGGAGTTAAACCATCGTCTTTGGTCT
TTCCTTTTCCTCCGGCACGAGCTTGAGCTCTTTCACGGTCTCGCTCTCTCTGGCTTCCTC
GAGTCATGATGATGATGGTGAGCTTTAGCAGAAAAACGCGCCTAGACAACAAGAGATCCG
GAGAGAGATCTCTCCCTTACAGAAGCCAAAGGCCAAGAGACAATCC

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 4

CO CL3368Contig1 879 4 11 U
GGACAACTCAACTCAAAAGGAAACAAAGAAAAAACCTACCAAACCCTAAAACACACGAAT
ATCAATCACAATGATGTCCTCGTTCCCATTGGTCTCCTTTCTCATCACTCTCATGTTGGC
TGCAGCTGTATGCACCCACGGAGGACAGGAACACGTGCTGGACACCTCCGAAGATCCAGT
TCTAACGACTGCACGATACTTGATCCAGCCGTACTCCCGGAGTAGTAACGGAGGTGGTCT
TCTTCCCGTCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGCATCAGCCAATCCTCGGT
TACAGCCTTACCAGGCCTACCAGTTAGCTTCTCATATCCATACGCGCTCATGGACACCTA
TGTTAACGAAGGGCAAGCTGTAAATATCGAGTTTAGGTCCGACTTTAGGTCGGAAGCATG
GCCGGGATGCGAGGAGTTTTCCAAGTACTGGGAAGTAGATGAATCCTCATCGGCTTCCGA
GGAGCCTGCGATTCTCGTCGGTGGTAAGAAGCAGGAACGAAACAGCTGGTTTAAAATTGA
GAGAAAAGAAAAATTTGTTGGAGGAGTTGCGTACAAGTTGAGCACCTTAACCGGAACCAT
TGGAACCGTCCCAGGGCCTTGGGAAAATGCACCACAACTAGTTATCACCAATGATACTGC
GAAGACCTTCCTCGTGAAATTCCATAGGGTTCATGATGATACTACTTCTACTTCAAGTCT
GTAGAAGTTAGGTCTAAGGATGTTCCCATTCTACTAGTCAACAAGCCAAAATCATGTAAT
GGAAAGCCTGTGACTCGTCCATGGCCTAAAATAATGGGTTGAGATGATACCCTCATGCCT
GTACCTGAATTTCCATAAATATATTAAGTTATGTTTGCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1BC74TF U 1
AF RR1E159TF U 2
AF RR1BC74JQ C 50
AF RR1E159JQ C 232
BS 1 610 RR1BC74TF
BS 611 731 RR1E159TF
BS 732 732 RR1BC74JQ
BS 733 738 RR1E159TF
BS 739 739 RR1BC74JQ
BS 740 760 RR1E159TF
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BS 762 770 RR1E159TF
BS 771 771 RR1BC74JQ
BS 772 781 RR1E159TF
BS 782 879 RR1BC74JQ

RD RR1BC74TF 610 0 0
GGACAACTCAACTCAAAAGGAAACAAAGAAAAAACCTACCAAACCCTAAAACACACGAAT
ATCAATCACAATGATGTCCTCGTTCCCATTGGTCTCCTTTCTCATCACTCTCATGTTGGC
TGCAGCTGTATGCACCCACGGAGGACAGGAACACGTGCTGGACACCTCCGAAGATCCAGT
TCTAACGACTGCACGATACTTGATCCAGCCGTACTCCCGGAGTAGTAACGGAGGTGGTCT
TCTTCCCGTCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGCATCAGCCAATCCTCGGT
TACAGCCTTACCAGGCCTACCAGTTAGCTTCTCATATCCATACGCGCTCATGGACACCTA
TGTTAACGAAGGGCAAGCTGTAAATATCGAGTTTAGGTCCGACTTTAGGTCGGAAGCATG
GCCGGGATGCGAGGAGTTTTCCAAGTACTGGGAAGTAGATGAATCCTCATCGGCTTCCGA
GGAGCCTGCGATTCTCGTCGGTGGTAAGAAGCAGGAACGAAACAGCTGGTTTAAAATTGA
GAGAAAAGAAAAATTTGTTGGAGGAGTTGCGTACAAGTTGAGCACCTTAACCGGAACCAT
TGGAACCGTC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1E159TF 783 0 0
GGG
AACTCAACTCAAAAGGAAACAAAGAAAAAACCTACCAAACCCTAAAACACACAAATATCA
ATCACAATGATGTCCTCGTTCCCATTGGTCTCCTTTCTCATCACTCTCATGTTGGCTGCA
GCTGTATGCACCCACTGAGGACAGGAACACGTGCTGGACACCTCCGAAGATCCAGCTCTA
ACGACTGCACGATACTTGATCCAGCCGTACTCCCGGAGTAGTAACGGAGGTGGTCTTCTT
CCCGTCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGTATCAGCCAATCCTCGGTTACA
GCCTTACCAGGCCTACCAGTTAGCTTCTCATATCCATACGCGCTCATGGACACCTATGTT
AACGAAGGGCAAGCTGTAAATATCGAGTTTAGGTCCGACTTTAGGTCGGAAGCATGGCCG
GGATGCGAGGAGTTTTCCAAGTACTGGGAAGTAGATGAATCCTCATCGGCTTCCGAGGAG
CCTGCGATTCTCGTCGGTGGTAAGAAGCAGGAACGAAACAGCTGGTTTAAAATTGAGAGA
AAAGAAAAATTTGTTGGAGGAGTTGCGTACAAGTTGAGCACCTTAACCGGAATCATTGGA
ACCGTCCCAGGGCCTTGGGAAAATGCACCACAACTAGTTATCACCAATGATACTGCGAAG
ACCTTCCTCGTGAAATTCCATAGGGTTCATGATGATACTACTTCTACTTCAAGTCTGTAG
AAGTTAG*TCTAAG*ATGTTCCCATTCTACTAGTCA*CAAGCCAAA*TCATGTAATG
TAA

QA 4 780 4 780
DS 

RD RR1BC74JQ 830 0 0
AACACACGAATATCAATCACAATGATGTCCTCGTTCCCATTGGTCTCCTTTCTCATCACT
CTCATGTTGGCTGCAGCTGTATGCACCCACGGAGGACAGGAACACGTGCTGGACACCTCC
GAAGATCCAGTTCTAACGACTGCACGATACTTGATCCAGCCGTACTCCCGGAGTAGTAAC
GGAGGTGGTCTTCTTCCCGTCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGCATCAGC
CAATCCTCGGTTACAGCCTTACCAGGCCTACCAGTTAGCTTCTCATATCCATACGCGCTC
ATGGACACCTATGTTAACGAAGGGCAAGCTGTAAATATCGAGTTTAGGTCCGACTTTAGG
TCGGAAGCATGGCCGGGATGCGAGGAGTTTTCCAAGTACTGGGAAGTAGATGAATCCTCA
TCGGCTTCCGAGGAGCCTGCGATTCTCGTCGGTGGTAAGAAGCAGGAACGAAACAGCTGG
TTTAAAATTGAGAGAAAAGAAAAATTTGTTGGAGGAGTTGCGTACAAGTTGAGCACCTTA
ACCGGAACCATTGGAACCGTCCCAGGGCCTTGGGAAAATTCACCACAACTAGTTATCACC
AATGATACTGCGAAGACCTTCCTCGTGAAATTCCATAGGGTTCATGATGATACTACTTCT
ACTTCAAGTCTGTAGAAGTTAGGTCTAAGGATGTTCCCATTCTACTAGTCAACAAGCCAA
AATCATGTAATGGAAAGCCTGTGACTCGTCCATGGCCTAAAATAATGGGTTGAGATGATA
CCCTCATGCCTGTACCTGAATTTCCATAAATATATTAAGTTATGTTTGCC

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR1E159JQ 648 0 0
AGGTGGTCTTCTTCCCGTCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGTATCAGCCA
ATCCTCGGTTACAGCCTTACCAGGCCTACCAGTTAGCTTCTCATATCCATACGCGCTCAT
GGACACCTATGTTAACGAAGGGCAAGCTGTAAATATCGAGTTTAGGTCCGACTTTAGGTC
GGAAGCATGGCCGGGATGCGAGGAGTTTTCCAAGTACTGGGAAGTAGATGAATCCTCATC
GGCTTCCGAGGAGCCTGCGATTCTCGTCGGTGGTAAGAAGCAGGAACGAAACAGCTGGTT
TAAAATTGAGAGAAAAGAAAAATTTGTTGGAGGAGTTGCGTACAAGTTGAGCACCTTAAC
CGGAATCATTGGAACCGTCCCAGGGCCTTGGGAAAATGCACCACAACTAGTTATCACCAA
TGATACTGCGAAGACCTTCCTCGTGAAATTCCATAGGGTTCATGATGATACTACTTCTAC
TTCAAGTCTGTAGAAGTTAGGTCTAAGGATGTTCCCATTCTACTAGTCAACAAGCCAAAA
TCATGTAATGTAAAGCCTGTGACTCGTCCATGGCCTAAAATAATGGGTTGAGATGATACC
CTCATTCCTGTACCTGAATTTCCATAAATATATTAAGTTATGTTTGCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 4

CO CL3369Contig1 928 4 32 U
GGCTCTCTAATCCTTTCCAATCCACGTCCAAGTAAAAACAACAAAGAAAGAAAAAAGATG
AACACTCCAATAAAACTCACTTTTCTCATTCTCTGCATCGCCCTAACCGCAACCGCATTC
GTAGTCCCAGCAAAACGAGCCGATGTTACACCAGAACACGATAAAACTGTAGCAGGAATC
TGCAGCGTTGTGGAAGACAAAAATCTTTGTAGCATAACCTTGAAAACCGTCCCAAGCAAT
GACCCAGCCTTCTTGGTCCGTTACTTAGCCACAGCCGCAGAATCCTCTGTTAAAAGGGGT
TTGAACTTCCTCTCTGGAATCAAACCCAAGTACAAAGGAAACGCATTCGCCACAAACTGC
ATCACCGGTTGCGAAAAACAGCTAAACAACGCCTTGGAAGACTTTGCAGATTTCTGGAAA
GCCGCGGGAGAAAACATAACCAGCATGGCTGATAATTACTTCACATGCAAGAAGAAGATG
ACTTCCATCTTCACGTACCAATCGACTTGTCTCGATGACATTTATGAAAAAACGTTGTTG
AAAGAGGTTCAAGGGGGGATAGGACTTGGGAAAAGAATGAGTGGTGAGTCATTGGATGTG
TTCGCTGGAATGGACAAAGTCTTTAACACTTTAAACATTAAGACCAAACTTAACCAGCAA
GATACCGATTCGTTGCTCCCACCTCCTTTGTCGTTTTACTACAATTGATTTATTTATTAA
CATACATATTCTTATACATATATAACAAATAAAAATGTGCATCGACTGGAGTTTTTCAGA
TATTTTAGGAATCTTGTAAGGGTTCCTTTTTGATGTATATTTGTAATTACTATGTTATAG
GTGATAATCATGTATGGACCTCGTGGTTGGAAAGGATACGGGAAAAATGTGATTATTATC
TAATAATAATAAACTTAATTTGTAACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B026TF U 5
AF RR1BG67TF U 1
AF RR1C649TF U 22
AF RR1C649JQ C 262
BS 1 49 RR1BG67TF
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BS 51 116 RR1BG67TF
BS 117 117 RR1C649TF
BS 118 137 RR1BG67TF
BS 138 138 RR1C649TF
BS 139 152 RR1BG67TF
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BS 264 264 RR1C649TF
BS 265 518 RR1BG67TF
BS 519 519 RR1C649TF
BS 520 532 RR1BG67TF
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BS 790 799 RR1BG67TF
BS 800 928 RR1C649JQ

RD RR1B026TF 746 0 0
AGGG
AATCCTTTCCAATCCACGTCCAAGTAAAAACAACAAAGAAAGAAAAAAGATGAACACTCC
AATAAAACTCACTTTTCTCATTCTCTGCATCGCCCTAACCGCAACCGCATTCGTAGTCCC
AGCAAAACGAGCCGATGTTACACCAGAACACGATAAAACTGTAGCAGGAATCTGCAGCGT
TGTGGAAGACAAAAATCTTTGTAGCATAACCTTGAAAACCGTCCCAAGCAATGACCCAGC
CTTCTTGGTCCGTTACTTAGCCACAGCCGCAGAATCCTCTGTTAAAAGGGGTTTGAACTT
CCTCTCTGGAATCAAACCCAAGTACAAAGGAAACGCATTCGCCACAAACTGCATCACCGG
TTGCGAAAAACAGCTAAACAACGCCTTGGAAGACTTTGCAGATTTCTGGAAAGCCGCGGG
AGAAAACATAACCAGCATGGCTGATAATTACTTCACATGCAAGAAGAAGATGACTTCCAT
CTTCACGTACCAATCGACTTGTCTCGATGACATTTATGAAAAAACGTTGTTGAAAGAGGT
TCAAGGGGGGATAGGACTTGGGAAAAGAATGAGTGGTGAGTCATTGGATGTGTTCGCTGG
AATGGACAAAGTCTTTAACACTTTAAACATTAAGACCAAACTTAACCAGCAAGATACCGA
TTCGTTGCTCCCACCTCCTTTGTCGTTTTACTACAATTGATTTATTTATTAACATACATA
TTCTTATACATATATAACAAA
T

QA 5 745 5 745
DS 

RD RR1BG67TF 799 0 0
GGCTCTCTAATCCTTTCCAATCCACGTCCAAGTAAAAACAACAAAGAAACAAAAAAGATG
AACACTCCAATAAAACTCACTTTTCTCATTCTCTGCATCGCCCTAACCGCAACCGCTTTC
GTAGTCCCAGCAAAACGTGCCGATGTTACACCGGAACACGAAAAAACTGTGGCAGGAATC
TGCAGCGTTGTGGAAGACAAAAATCTTTGTAGCATAACCTTGAAAACCGTCCCGAGCAAT
GATCCAGCCTTCTTGGTCCGTTATTTAGCCACAGCCGCAGAATCCTCTGTTAAAAGGGGT
TTGAACTTCCTCTCTGGAATCAAACCCAAGTACAAAGGAAACGCATTCGCCACAAACTGC
ATCACCGGTTGCGAAAAACAGCTAAACAACGCCTTGGAAGACTTTGCAGATTTCTGGAAA
GCCGCGGGAGAAAACATAACCAGCATGGCTGATAATTACTTCACATGCAAGAAGAAGATG
ACTTCCATCTTCACGTACCAATCGACTTGTCTCGATGATATTTATGAAAAAAAGTTGTTG
AAAGAGGTTCAAGGGGGGATAGGACTTGGGAAAAGAATGAGTGGTGAGTCATTGGATGTG
TTCGCTGGAATGGACAAAGTCTTTAACACTTTAAACATTAAGACCAAACTTAACCAGCAA
GATACCGATTCGTTGCTCCCACCACCTTTGTCGTTTTACTACAATTGATTTATTTATTAA
CATACATATTCTTATACATATATAACAAAGAAAAATGTGCATCGACTGGGGTTTTTCAGA
TATTTTAG*AATCTTGTAA

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1C649TF 763 0 0
GG
ACGTCCAAGTAAAAACAACAAAGAAAGAAAAAAGATGAACACTCCAATAAAACTCACTTT
TCTCATTCTCTGCATCGCCCTAACCGCAACCGCATTCGTAGTCCCAGCAAAACGAGCCGA
TGTTACACCAGAACACGATAAAACTGTAGCAGGAATCTGCAGCGTTGTGGAAGACAAAAA
TCTTTGTAGCATAACCTTGAAAACCGTCCCAAGCAATGACCCAGCCTTCTTGGTCCGTTA
CTTAGCCACAGCCGCAGAATCCTCTGTTAAAAGGGGTTTGAACTTCCTCTCTGGAATCAA
ACCCAAGTACAAAGGAAACGCATTCGCCACAAACTGCATCACCGGTTGCGAAAAACAGCT
AAACAACGCCTTGGAAGACTTTGCAGATTTCTGGAAAGCCGCGGGAGAAAACATAACCAG
CATGGCTGATAATTACTTCACATGCAAGAAGAAGATGACTTCCATCTTCACGTACCAATC
GACTTGTCTCGATGACATTTATGAAAAAACGTTGTTGAAAGAGGTTCAAGGGGGGATAGG
ACTTGGGAAAAGAATGAGTGGTGAGTCATTGGATGTGTTCGCTGGAATGGACAAAGTCTT
TAACACTTTAAACATTAAGACCAAACTTAACCAGCAAGATACCGATTCGTTGCTCCCACC
TCCTTTGTCGTTTTACTACAATTGATTTATTTATTAACATACATATTCTTATACATATAT
AACAAATAAAA*TGTGCATCGACTGGAGTTTTTCAGATATT

QA 3 763 3 763
DS 

RD RR1C649JQ 667 0 0
TAC
TTAGCCACAGCCGCAGAATCCTCTGTTAAAAGGGGTTTGAACTTCCTCTCTGGAATCAAA
CCCAAGTACAAAGGAAACGCATTCGCCACAAACTGCATCACCGGTTGCGAAAAACAGCTA
AACAACGCCTTGGAAGACTTTGCAGATTTCTGGAAAGCCGCGGGAGAAAACATAACCAGC
ATGGCTGATAATTACTTCACATGCAAGAAGAAGATGACTTCCATCTTCACGTACCAATCG
ACTTGTCTCGATGACATTTATGAAAAAACGTTGTTGAAAGAGGTTCAAGGGGGGATAGGA
CTTGGGAAAAGAATGAGTGGTGAGTCATTGGATGTGTTCGCTGGAATGGACAAAGTCTTT
AACACTTTAAACATTAAGACCAAACTTAACCAGCAAGATACCGATTCGTTGCTCCCCCCT
CCTTTGTCGTTTTACTACAATTGATTTATTTATTAACATACATATTTTTATACATATATA
ACAAATAAAAATGTGCATCGACTGGAGTTTTTCAGATATTTTAGGAATCTTGTAAGGGTT
CCTTTTTGATGTATATTTGTAATTACTATGTTATAGGTGATAATCATGTATGGACCTCGT
GGTTGGAAAGGATACGGGAAAAATGTGATTATTATCTAATAATAATAAACTTAATTTGTA
ACTT

QA 4 667 4 667
DS 



AS 1 4

CO CL3370Contig1 1169 4 4 U
GGGTGATTCTCTGAGTCGTCAGTGTGCACGACCGAGAGAGAGATATGGCGGCGAAATCGA
TGGCGACGCTAGATTCTGGCACAACCTGTTCCTCCTGGAACTACTCCGGCCACCGATTAG
CCGCCGGATCCATAGACGGAACCCTCTCCGTTTACGACTCTCCCGTCCCCTCTTCTTCCT
CTTCTTTCACTAGCAGTTCCAAAGTTAGGGTTAGCGAATCGAGTCTTGTAAAGATCCTCT
GGCTTCCTTCGGAATACGGCGATGCGGTAGCCTGCATTTGCGAAGACGGCAGCTTATCCA
TTTGGGAGGAGGTCTCTCAAGACACGCATGCTCTTGAGTGGAAACTGTGTAAGAGCATGA
TGAACAAGTCTACCCAAGTGCTTGATGTTCAGTTTGGGGTCTCCAGAAAGAGTCTAAAGA
TGGTTGCAGCATATTCAGATGGCTTCCTTAGGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCTTTGGAGT
TAAAAAACTGGCAACTTCAGGCTGAGTTTCAGAATGTGATCGATTCTCTGTCGGCTCTGG
GTAAACCATCAACCATGTCTGCATCTGTTTCTTGGAATCCAATGAGGAGTGGAGAGCAAG
AACCCAGCTTTGTTTTAGCTTTCAACTCTGACTCTCCTCATCTTAATTCTTCCAAGATCT
GGGAGTTTGACGAAGCTCATAACAGATGGTTGGCTGTAGCAGAATTAGCCTCGCCAGAAG
ACAAAGGTGATCCAGTTTATGCCGTCTCGTGGGCCCCAAATATTGGCCGACCATACGAGG
TTGTTGCTGTTGCAACTCATAAAGGCATAGGGATATGGCAAGTTGGTCTAGCTCCTGACC
TTGATGGAAGGCTTCCTGTAAAGAAGGCCGCCTCGCTTTCTGGTCATCAAGGCGAGGTTT
GGCAGATGGAATGGGACATGAGTGGCATGACTTTAGCTACCACTGGAAGCGATGGGATGG
TCAGATTGTGGCAGTCCAACTTAAATGGTGAGTGGCACGAACAGGCCATGCTCGAACCAG
TCCCCTCCTGAAGATTCCGGACTCACTTATTTAGAGTTTAGTTCGATGATTCATATCTTT
CAATGTGAGTTAAAAGGTTTCTAAGCTTTCTATTGTATAACAAATCATATCTTACAATGG
TTTCAATTTCATCTCGGTTTTGACGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK36TF U 1
AF RR1DJ35TF U 11
AF RR1GK36JQ C 497
AF RR1DJ35JQ C 506
BS 1 631 RR1GK36TF
BS 632 632 RR1DJ35TF
BS 633 718 RR1GK36TF
BS 719 1169 RR1GK36JQ

RD RR1GK36TF 718 0 0
GGGTGATTCTCTGAGTCGTCAGTGTGCACGACCGAGAGAGAGATATGGCGGCGAAATCGA
TGGCGACGCTAGATTCTGGCACAACCTGTTCCTCCTGGAACTACTCCGGCCACCGATTAG
CCGCCGGATCCATAGACGGAACCCTCTCCGTTTACGACTCTCCCGTCCCCTCTTCTTCCT
CTTCTTTCACTAGCAGTTCCAAAGTTAGGGTTAGCGAATCGAGTCTTGTAAAGATCCTCT
GGCTTCCTTCGGAATACGGCGATGCGGTAGCCTGCATTTGCGAAGACGGCAGCTTATCCA
TTTGGGAGGAGGTCTCTCAAGACACGCATGCTCTTGAGTGGAAACTGTGTAAGAGCATGA
TGAACAAGTCTACCCAAGTGCTTGATGTTCAGTTTGGGGTCTCCAGAAAGAGTCTAAAGA
TGGTTGCAGCATATTCAGATGGCTTCCTTAGGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCTTTGGAGT
TAAAAAACTGGCAACTTCAGGCTGAGTTTCAGAATGTGATCGATTCTCTGTCGGCTCTGG
GTAAACCATCAACCATGTCTGCATCTGTTTCTTGGAATCCAATGAGGAGTGGAGAGCAAG
AACCCAGCTTTGTTTTAGCTTTCAACTCTGATTCTCCTCATCTTAATTCTTCCAAGATCT
GGGAGTTTGACGAAGCTCATAACAGATGGTTGGCTGTAGCAGAATTAGCCTCGCCAGA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1DJ35TF 675 0 0
GG
GAGTCGTCAGTGTGCACGACCGAGAGAGAGATATGGCGGCGAAATCGATGGCGACGCTAG
ATTCTGGCACAACCTGTTCCTCCTGGAACTACTCCGGCCACCGATTAGCCGCCGGATCCA
TAGACGGAACCCTCTCCGTTTACGACTCTCCCGTCCCCTCTTCTTCCTCTTCTTTCGCTA
GCAGTTCCAAAGTTAGGGTTAGCGAATCGAGTCTTGTAAAGATCCTCTGGCTTCCTTCGG
AATACGGCGATGCGGTAGCCTGCATTTGCGAAGACGGCAGCTTATCCATTTGGGAGGAGG
TCTCTCAAGACACGCATGCTCTTGAGTGGAAACTGTGTAAGAGCATGATGAACAAGTCTA
CCCAAGTGCTTGATGTTCAGTTTGGGGTCTCCAGAAAGAGTCTAAAGATGGTTGCAGCAT
ATTCAGATGGCTTCCTTAGGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCTTTGGAGTTAAAAAACTGGC
AACTTCAGGCTGAGTTTCAGAATGTGATCGATTCTCTGTCGGCTCTGGGTAAACCATCAA
CCATGTCTGCATCTGTTTCTTGGAATCCAATGAGGAGTGGAGAGCAAGAACCCAGCTTTG
TTTTAGCTTTCAACTCTGACTCTCCTCATCTTAATTCTTCCA*GATCTGGGAGTTTGACG
AAGCTCATAACAG

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR1GK36JQ 673 0 0
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GTCTGCATCTGTTTCTTGGAATCCAATGAGGAGTGGAGAGCAAGAACCCAGCTTTGTTTT
AGCTTTCAACTCTGATTCTCCTCATCTTAATTCTTCCAAGATCTGGGAGTTTGACGAAGC
TCATAACAGATGGTTGGCTGTAGCAGAATTAGCCTCGCCAGAAGACAAAGGTGATCCAGT
TTATGCCGTCTCGTGGGCCCCAAATATTGGCCGACCATACGAGGTTGTTGCTGTTGCAAC
TCATAAAGGCATAGGGATATGGCAAGTTGGTCTAGCTCCTGACCTTGATGGAAGGCTTCC
TGTAAAGAAGGCCGCCTCGCTTTCTGGTCATCAAGGCGAGGTTTGGCAGATGGAATGGGA
CATGAGTGGCATGACTTTAGCTACCACTGGAAGCGATGGGATGGTCAGATTGTGGCAGTC
CAACTTAAATGGTGAGTGGCACGAACAGGCCATGCTCGAACCAGTCCCCTCCTGAAGATT
CCGGACTCACTTATTTAGAGTTTAGTTCGATGATTCATATCTTTCAATGTGAGTTAAAAG
GTTTCTAAGCTTTCTATTGTATAACAAATCATATCTTACAATGGTTTCAATTTCATCTCG
GTTTTGACGTTCT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1DJ35JQ 636 0 0
GTTTCAGAATGTGATCGATTCTCTGTCGGCTCTGGGTAAACCATCAACCATGTCTGCATC
TGTTTCTTGGAATCCAATGAGGAGTGGAGAGCAAGAACCCAGCTTTGTTTTAGCTTTCAA
CTCTGACTCTCCTCATCTTAATTCTTCCAAGATCTGGGAGTTTGACGAAGCTCATAACAG
ATGGTTGGCCGTAGCAGAATTAGCCTCGCCAGAAGACAAAGGTGATCCAGTTTATGCCGT
CTCGTGGGCCCCAAATATTGGCCGACCATACGAGGTTGTTGCTGTTGCAACTCATAAAGG
CATAGGGATATGGCAAGTTGGTCTAGCTCCTGACCTTGATGGAAGGCTTCCTGTAAAGAA
GGCCGCCTCGCTTTCTGGTCATCAAGGCGAGGTTTGGCAGATGGAATGGGACATGAGTGG
CATGACTTTAGCTACCACTGGAAGCGATGGGATGGTCAGATTGTGGCAGTCCAACTTAAA
TGGTGAGTGGCACGAACAGGCCATGCTCGAACCAGTCCCCTCCTGAAGATTCCGGACTCA
CTTATTTAGAGTTTAGTTCGATGATTCATATCTTTCAATGTGAGTTAAAAGGTTTCTAAG
CTTTCTATTGTATAACAAATCATATCTTACAATGGT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 4

CO CL3371Contig1 843 4 8 U
GGGTGTCCTTTCGAATAAAGTAAAGAGTTTGGGGGAAGACCGGAGATGACGGTGAGACAG
AAAGCTATGTCGACGTTGCCGAAGCTGATTCGAGCCATGAGAAAGGAAGCTCCCAAGCAG
CAGCAAAGCCTCGTCTTGCCATCTCTGAGAAGAGCTTTCTCTTTCTACGATCAGATCAAT
CTCATCGACAACGTTCCAGAGGATCAGCTTCGGTTTCAGGAATTTGATGAGACAAGTTTC
ACGGTGAATGGGGTTAAGTACGATGGGAGCTTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTGATGTCA
TGGAGCCCTCGTTGCTTCTCCGAGATCACAACCGACAGCTTGTCAATTTTCCAGACTGTT
AGACCAGTTCCAGAGCTGTTAATTGTGGGTTGTGGAAGATACAATCATCCAGTGAATCCC
CAAGTCCGTCAGTTTGTGAAGTCAATTGGCATGAAGCTAGAAACCTTGGACTCTAGAAAT
GCTGCATCGACTTACAACATACTGAATGAGGAAGGCAGGATAGTGGCGGCTGCGTTGCTT
CCATATGGAGTTATACATCCTAACTCTTAACCTCGGCAGAACCAAACTTTGAACAACTCG
AGATTATCTTTTTTTTTTTGTTAAAAACACCAGCACGGTCTGTAAATGAAATCTTTCACA
CTTAATTGTTTTTTCGAAACTTTTCTTGTCTTGTTGTAGCTTGAATAAAATTGAGCTTTC
TCTGGAAACAAACAGCAGTTTCCTGCTTTATAACTTAAGTACCTGGAAGAAAGACATCTC
AGGGTTGACAATCTGATTAAATCTGTTTTATATAATATCTTCAGAATCCTGGAGATTATG
GCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1H407JQ C 31
AF RR1H407TF U 30
AF RR1BJ75TF U 1
AF RR1BJ75JQ C 227
BS 1 162 RR1BJ75TF
BS 163 163 RR1H407TF
BS 164 233 RR1BJ75TF
BS 234 234 RR1H407TF
BS 235 727 RR1BJ75TF
BS 728 728 RR1BJ75JQ
BS 729 778 RR1BJ75TF
BS 779 843 RR1BJ75JQ

RD RR1H407JQ 357 0 0
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QA 1 357 1 357
DS 

RD RR1H407TF 598 0 0
G
GGGGGAAGACCGGAGATGACGGTGAGACAGAAAGCTATGTCGACGTTGCCGAAGCTGATT
CGAGCCATGAGAAAGGAAGCTCCCAAGCAGCAGCAAAGCCTCGTCTTGCCATCTCTGAGA
AGAGCTTTCTCTTTCTACGATCAGATCAATCTCATCGACAACGTTCCAGAGGATCAGCTT
CGGTTTCAGGAATTTGATGAGACAAGTTTCACGGTGAATGGGGTTAAGTACGATGGGAGC
TTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTGATGTCATGGAGCCCTCGTTGCTTCTCCGAGATCACA
ACCGACAGCTTGTCAATTTTCCAGACTGTTAGACCAGTTCCAGAGCTGTTAATTGTGGGT
TGTGGAAGATACAATCATCCAGTGAATCCCCAAGTCCGTCAGTTTGTGAAGTCAATTGGC
ATGAAGCTAGAAACCTTGGACTCTAGAAATGCTGCATCGACTTACAACATACTGAATGAG
GAAGGCAGGATAGTGGCGGCTGCGTTGCTTCCATATGGAGTTATACATCCTAACTCTTAA
CCTCGGCAGAACCAAACTTTGAACAACTCGAGATTATCTTTTTTTTTTTGTTAAAAA

QA 2 598 2 598
DS 

RD RR1BJ75TF 778 0 0
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CAGCAAAGCCTCGTCTTGCCATCTCTGAGAAGAGCTTTCTCTCTCTACGATCAGATCAAT
CTCATCGACAACGTTCCAGAGGATCAGCTTCGGTTTCAGGAATTTGATGAGACGAGTTTC
ACGGTGAATGGGGTTAAGTACGATGGGAGCTTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTGATGTCA
TGGAGCCCTCGTTGCTTCTCCGAGATCACAACCGACAGCTTGTCAATTTTCCAGACTGTT
AGACCAGTTCCAGAGCTGTTAATTGTGGGTTGTGGAAGATACAATCATCCAGTGAATCCC
CAAGTCCGTCAGTTTGTGAAGTCAATTGGCATGAAGCTAGAAACCTTGGACTCTAGAAAT
GCTGCATCGACTTACAACATACTGAATGAGGAAGGCAGGATAGTGGCGGCTGCGTTGCTT
CCATATGGAGTTATACATCCTAACTCTTAACCTCGGCAGAACCAAACTTTGAACAACTCG
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TCTGGAA*CAAACAGCAGTTTCCTGCTTTATAACTTAAGTACCTGGAAGAAAGACATC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1BJ75JQ 617 0 0
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ACTTGCTGATGTCATGGAGCCCTCGTTGCTTCTCCGAGATCACAACCGACAGCTTGTCAA
TTTTCCAGACTGTTAGACCAGTTCCAGAGCTGTTAATTGTGGGTTGTGGAAGATACAATC
ATCCAGTGAATCCCCAAGTCCGTCAGTTTGTGAAGTCAATTGGCATGAAGCTAGAAACCT
TGGACTCTAGAAATGCTGCATCGACTTACAACATACTGAATGAGGAAGGCAGGATAGTGG
CGGCTGCGTTGCTTCCATATGGAGTTATACATCCTAACTCTTAACCTCGGCAGAACCAAA
CTTTGAACAACTCGAGATTATCTTTTTTTTTTTGTTAAAAACACCAGCACGGTCTGTAAA
TGAAATCTTTCACACTTAATTGTTTTTTCGAAACTTTTCTTGTCTTGTTGTAGCTTGAAT
AAAATTGAGCTTTCTCTGGAAACAAACAGCAGTTTCCTGCTTTATAACTTAAGTACCTGG
AAGAAAGACATCTCAGGGTTGACAATCTGATTAAATCTGTTTTATATAATATCTTCAGAA
TCCTGGAGATTATGGCC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 4

CO CL3372Contig1 814 4 2 U
TTTTTCTTCCTCTCTCAACAAAGATAGACAGCCAATGGTTGGTGATTAAATAAGGAACTA
TATCCGTAGCTCCGACGATTCTTCTTCTGTAGACGAAGACATAACTTCTTCTATGTATTC
CTCGGGAAAAGAGTGTATGCCTACAGAATGGACCGATGAGAAGCATAGTCTGTATCTTAA
ATCAATGGAAGCTTCATTCGTAGACCAGCTTTATAGCTCCCTCGGTTCGAGTTTGATGAG
CAAGGAGAACGTAGGAGGAAACCCATCTGAAGAACAGTTCAAGGTTTTTCGTGATGGTTT
CTGGCAGAAGAGTAATGTAAGACAGCCTCATGAGTATCGTGTCAAAGGAAGAAGACACGG
TGGTGGTTCTAACCATGAGTTTCTTAAGAGCCCGTGGATCAAGCACTATAGGACCATGGG
AGAGGTATCTGACAGAACTTTGCCAACGAAGTAACAAAAGGGGAAAATAGTGGAAGCTCG
AAGAAAATAAAGACAGTGATGAACGGATCGTCTAGTACTGATCAGGTGGCTCCACTCAGA
AAAACTCCAGCAGACATGACGTAAATTGAACCCTCATCGTTAATTGAAACACAGTCTGTT
TTAGTGGTAACCGGTCTCCCTTTGTAATCCATATATATATATATAGCACTGCTTTTGCTG
ATACCAAGACTAGATGTTCGGACAAGAACCCTGTGCAGCAAGAAGATTACCACGAATGCG
TTTGCATCTGGTTTTATCGTGTGATATGTTTGCTTTTAAATCAAAACTCCTTTTTATGTC
TTTTCTTTTTCTTATTTAGCTTTTGCTTTTGCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1H273TF U 1
AF RR1GA31TF U 1
AF RR1GA31JQ C 92
AF RR1H273JQ C 205
BS 1 754 RR1GA31TF
BS 755 814 RR1GA31JQ

RD RR1H273TF 544 0 0
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TATCCGTAGCTCCGACGATTCTTCTTCTGTAGACGAAGACGTAACTTCTTCTATGTATTC
CTCGGGAAAAGAGTGTATGCCTACAGAATGGACCGATGAGAAGCATAGTCTGTATCTTAA
ATCAATGGAAGCTTCATTCGTAGACCAGCTTTATAGCTCCCTCGGTTCGAGTTTGATGAG
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AGAGGTATCTGACAGAACTTTGCCAACGAAGTAACAAAAGGGGAAAATAGTGGAAGCTCG
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AAAA

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1GA31TF 754 0 0
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TATCCGTAGCTCCGACGATTCTTCTTCTGTAGACGAAGACATAACTTCTTCTATGTATTC
CTCGGGAAAAGAGTGTATGCCTACAGAATGGACCGATGAGAAGCATAGTCTGTATCTTAA
ATCAATGGAAGCTTCATTCGTAGACCAGCTTTATAGCTCCCTCGGTTCGAGTTTGATGAG
CAAGGAGAACGTAGGAGGAAACCCATCTGAAGAACAGTTCAAGGTTTTTCGTGATGGTTT
CTGGCAGAAGAGTAATGTAAGACAGCCTCATGAGTATCGTGTCAAAGGAAGAAGACACGG
TGGTGGTTCTAACCATGAGTTTCTTAAGAGCCCGTGGATCAAGCACTATAGGACCATGGG
AGAGGTATCTGACAGAACTTTGCCAACGAAGTAACAAAAGGGGAAAATAGTGGAAGCTCG
AAGAAAATAAAGACAGTGATGAACGGATCGTCTAGTACTGATCAGGTGGCTCCACTCAGA
AAAACTCCAGCAGACATGACGTAAATTGAACCCTCATCGTTAATTGAAACACAGTCTGTT
TTAGTGGTAACCGGTCTCCCTTTGTAATCCATATATATATATATAGCACTGCTTTTGCTG
ATACCAAGACTAGATGTTCGGACAAGAACCCTGTGCAGCAAGAAGATTACCACGAATGCG
TTTGCATCTGGTTTTATCGTGTGATATGTTTGCT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1GA31JQ 723 0 0
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TATAGCTCCCTCGGTTCGAGTTTGATGAGCAAGGAGAACGTAGGAGGAAACCCATCTGAA
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GAGTATCGTGTCAAAGAAAGAAGACACGGTGGTGGTTCTAACCATGAGTTTCTTAAGAGC
CCGTGGATCAAGCACTATAGGACCATGGGAGAGGTATCTGACAGAACTTTGCCAACGAAG
TAACAAAAGGGGAAAATAGTGGAAGCTCGAAGAAAATAAAGACAGTGATGAACGGATCGT
CTAGTACTGATCAGGTGGCTCCACTCAGAAAAACTCCAGCAGACATGACGTAAATTGAAC
CCTCATCGTTAATTGAAACACAGTCTGTTTTAGTGGTAACCGGTCTCCCTTTGTAATCCA
TATATATATATATAGCACTGCTTTTGCTGATACCAAGACTAGATGTTCGGACAAGAACCC
TGTGCAGCAAGAAGATTACCACGAATGCGTTTGCATCTGGTTTTATCGTGTGATATGTTT
GCTTTTAAATCAAAACTCCTTTTTATGTCTTTTCTTTTTCTTATTTAGCTTTTGCTTTTG
CCC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1H273JQ 610 0 0
CCAGCTTTATAGCTCCCTCGGTTCGAGTTTGATGAGCAAGGAGAACGTAGGAGGAAACCC
ATCTGAAGAACAGTTCAAGGTTTTTCGTGATGGTTTCTGGCAGAAGAGTAATGTAAGACA
GCCTCATGAGTATCGTGTCAAAGGAAGAAGACACGGTGGTGGTTCTAACCATGAGTTTCT
TAAGAGCCCGTGGATCAAGCACTATAGGACCATGGGAGAGGTATCTGACAGAACTTTGCC
AACGAAGTAACAAAAGGGGAAAATAGTGGAAGCTCGAAGAAAATAAAGACAGTGATGAAC
GGATCGTCTAGTACTGATCAGGTGGCTCCACTCAGAAAAACTCCAGCAGACATGACGTAA
ATTGAACCCTCATCGTTAATTGAAACACAGTCTGTTTTAGTGGTAACCGGTCTCCCTTTG
TAATCCATATATATATATATAGCACTGCTTTTGCTGATACCAAGACTAGATGTTCGGACA
AGAACCCTGTGCAGCAAGAAGATTACCACGAATGCGTTTGCATCTGGTTTTATCGTGTGA
TATGTTTGCTTTTAAATCAAAACTCCTTTTTATGTCTTTTCTTTTTCTTATTTAGCTTTT
GCTTTTGCCC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 4

CO CL3373Contig1 1294 4 17 U
GCATATCGTGGATAGTGAGTCCGGTGTTCAAGTATTTCAAGGATGGTACTAATATGGTTC
CTGAGGATGATCCGGTTGTGTATGTTTCCGAAGAAGACGACCCTGAGAACTGGCATGTTC
AGGTGTTCCGTTCTATTGACTCAGGTTCCTTGAAAGGGTTTCCGTATTATGAAGACGAGG
CTAAGCTGCAGAATCTGGAAAGTGCCAAGCGTCTTGTAGTAGATAAGAGTATACAGACGG
CATACATACAGACAATCAGATCTGCTCAGCATTTCATATACATAGAGAATCAGTATTTTC
TTGGTTCTTCTTATGCTTGGCCTAATTATAAAGATGCAGGAGCTGATAATCTTATCCCAA
TGGAGTTGGCACTAAAGATTGTTAGTAAAATCAGAGCTAAAGAAAGGTTTGCTGTGTATG
TGGTCATACCATTGTGGCCTGAAGGTGATCCAAAGTCTGGACCTGTCCAAGAGATTCTAT
ATTGGCAGAGCCAAACTATGCAGATGATGTATGATGTCATAGCAAGAGAACTGAAAGCGG
TGGAGTCAGATGCTCACCCTCTCGATTACCTTAACTTTTACTGCCTTGGTAAACGAGAGC
CGTTTCCAGATGATATGCCAGCCACCAATGGCAGTGCGATATCGGATTCTTATAAGTTCC
AGCGTTTCATGATTTACGTGCACGCAAAGGGGATGATAGTAGATGATGAGTATGTACTAA
TGGGATCTGCTAACATCAACCAAAGATCTATGGCCGGCACGAAAGATACAGAGATAGCCA
TGGGTGCATATCAACCTCATCATACATGGACTAGCAAGGGAAAACACCCACGTGGCCAGG
TGTATGGATACAGGATGTCACTATGGGCAGAGCATTTAGGCAAAACAGGAGATGAGTTTG
TGGAGCCTGGTGATCTTGAATGTGTCAGGAACGTTAACGAAATCGCTGAAGGGAACTGGA
AGAAGTTCATAGATTTTGAATTTTCGGAGCTGCAAGGTCACTTGATTAAGTATCCATTGC
AAGTAGACGCTGATGGTAAAGTGAGCTCGCTTCCAGATTATGACAGTTTCCCGGATGTTG
GTGGTAAGATCATTGGAGCTCATTCCATGGCTCTCCCTGATACTCTGACCACTTAGTAAT
GTTGTGATATTACCAAATGTCGTGTGAAGTTGTACATTGTAACTTTTGTTGTTTTATTTA
TTCTTTTATGATTTGTCAAACTTTATTTGTTTGGGGGTGCCAAAAGCAGAGAGTGTGGGA
CTATGGAGGCAAAATATTAATAAGGATATTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FV51TF U 1
AF RR1B044TF U 338
AF RR1FV51JQ C 536
AF RR1H137JQ C 582
BS 1 462 RR1FV51TF
BS 463 463 RR1B044TF
BS 464 763 RR1FV51TF
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BS 765 793 RR1FV51TF
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BS 795 806 RR1FV51TF
BS 807 975 RR1B044TF
BS 976 976 RR1FV51JQ
BS 977 982 RR1B044TF
BS 983 983 RR1FV51JQ
BS 984 1129 RR1B044TF
BS 1130 1130 RR1FV51JQ
BS 1131 1138 RR1B044TF
BS 1139 1139 RR1FV51JQ
BS 1140 1148 RR1B044TF
BS 1149 1294 RR1FV51JQ

RD RR1FV51TF 806 0 0
GCATATCGTGGATAGTGAGTCCGGTGTTCAAGTATTTCAAGGATGGTACTAATATGGTTC
CTGAGGATGATCCGGTTGTGTATGTTTCCGAAGAAGACGACCCTGAGAACTGGCATGTTC
AGGTGTTCCGTTCTATTGACTCAGGTTCCTTGAAAGGGTTTCCGTATTATGAAGACGAGG
CTAAGCTGCAGAATCTGGAAAGTGCCAAGCGTCTTGTAGTAGATAAGAGTATACAGACGG
CATACATACAGACAATCAGATCTGCTCAGCATTTCATATACATAGAGAATCAGTATTTTC
TTGGTTCTTCTTATGCTTGGCCTAATTATAAAGATGCAGGAGCTGATAATCTTATCCCAA
TGGAGTTGGCACTAAAGATTGTTAGTAAAATCAGAGCTAAAGAAAGGTTTGCTGTGTATG
TGGTCATACCATTGTGGCCTGAAGGTGATCCAAAGTCTGGAC*TGTCCAAGAGATTCTAT
ATTGGCAGAGCCAAACTATGCAGATGATGTATGATGTCATAGCAAGAGAACTGAAAGCGG
TGGAGTCAGATGCTCACCCTCTCGATTACCTTAACTTTTACTGCCTTGGTAAACGAGAGC
CGTTTCCAGATGATATGCCAGCCACCAATGGCAGTGCGATATCGGATTCTTATAAGTTCC
AGCGTTTCATGATTTACGTGCACGCAAAGGGGATGATAGTAGATGATGAGTATGTACTAA
TGGGATCTGCTAACATCAACCAAAGATCTATGGCCGGCACGAA*GATACAGAGATAGCCA
TGGGTGCATATCA*CCTCATCATACA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1B044TF 815 0 0
G
GGAGCTGATAATCTTATTCCAATGGAGTTGGCACTAAAGATTGTTAGTAAAATCAGAGCT
AAAGAAAGGTTTGCTGTGTATGTGGTCATACCATTGTGGCCTGAAGGTGATCCAAAGTCT
GGACCTGTCCAAGAGATTCTATATTGGCAGAGCCAAACTATGCAGATGATGTATGATGTC
ATAGCAAGAGAACTGAAAGCGGTGGAGTCAGATGCTCACCCTCTCGATTACCTTAACTTT
TACTGCCTTGGTAAACGAGAGCCGTTTCCAGATGATATGCCAGCCACCAATGGCAGTGCG
ATATCGGATTCTTATAAGTTCCAGCGTTTCATGATTTACGTGCACGCAAAGGGGATGATA
GTAGATGATGAGTATGTACTAATGGGATCTGCTAACATCAACCAAAGATCTATGGCCGGC
ACGAAAGATACAGAGATAGCCATGGGTGCATATCAACCTCATCATACATGGACTAGCAAG
GGAAAACACCCACGTGGCCAGGTGTATGGATACAGGATGTCACTATGGGCAGAGCATTTA
GGCAAAACAGGAGATGAGTTTGTGGAGCCTGGTGATCTTGAATGTGTCAGGAACGTTAAC
GAAATCGCTGAAGGGAACTGGAAGAAGTTCATAGATTCTGAATTCTCGGAGCTGCAAGGT
CACTTGATTAAGTATCCATTGCAAGTAGACGCTGATGGTAAAGTGAGCTCGCTTCCAGAT
TATGACAGTTTCCCGGATGTTGGTGGTAAGATCATTGGAGCTCATTCCATGGCTCTCCCT
GATACTCTGAC*ACTTAGTA*TGTTGTGAT
GTTA

QA 2 811 2 811
DS 

RD RR1FV51JQ 759 0 0
AGCGGTGGAGTCAGATGCTCACCCTCTCGATTACCTTAACTTTTACTGCCTTGGTAAACG
AGAGCCGTTTCCAGATGATATGCCAGCCACCAATGGCAGTGCGATATCGGATTCTTATAA
GTTCCAGCGTTTCATGATTTACGTGCACGCAAAGGGGATGATAGTAGATGATGAGTATGT
ACTAATGGGATCTGCTAACATCAACCAAAGATCTATGGCCGGCACGAAAGATACAGAGAT
AGCCATGGGTGCATATCAACCTCATCATACATGGACTAGCAAGGGAAAACACCCACGTGG
CCAGGTGTATGGATACAGGATGTCACTATGGGCAGAGCATTTAGGCAAAACAGGAGATGA
GTTTGTGGAGCCTGGTGATCTTGAATGTGTCAGGAACGTTAACGAAATCGCTGAAGGGAA
CTGGAAGAAGTTCATAGATTTTGAATTTTCGGAGCTGCAAGGTCACTTGATTAAGTATCC
ATTGCAAGTAGACGCTGATGGTAAAGTGAGCTCGCTTCCAGATTATGACAGTTTCCCGGA
TGTTGGTGGTAAGATCATTGGAGCTCATTCCATGGCTCTCCCTGATACTCTGACCACTTA
GTAATGTTGTGATATTACCAAATGTCGTGTGAAGTTGTACATTGTAACTTTTGTTGTTTT
ATTTATTCTTTTATGATTTGTCAAACTTTATTTGTTTGGGGGTGCCAAAAGCAGAGAGTG
TGGGACTATGGAGGCAAAATATTAATAAGGATATTTGTG

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1H137JQ 713 0 0
TGCCTTGGTAAACGAGAGCCGTTTCCAGATGATATGCCAGCCACCAATGGCAGTGCGATA
TCGGATTCTTATAAGTTCCAGCGTTTCATGATTTACGTGCACGCAAAGGGGATGATAGTA
GATGATGAGTATGTACTAATGGGATCTGCTAACATCAACCAAAGATCTGTGGCCGGCACG
AAAGATACAGAGATAGCCATGGGTGCATATCAACCTCATCATACATGGACTAGCAAGGGA
AAACACCCACGTGGCCAGGTGTATGGATACAGGATGCCACTATGGGCAGAGCATTTAGGC
AAAACAGGAGATGAGTTTGTGGAGCCTGGTGATCTTGAATGTGTCAGGAACGTTAACGAA
ATCGCTGAAGGGAACTGGAAGAAGTTCATAGATTTTGAATTTTCGGAGCTGCAAGGTCAC
TTGATTAAGTATCCATTGCAAGTAGACGCTGATGGTAAAGTGAGCTCGCTTCCAGATTAT
GACAGTTTCCCGGATGTTGGTGGTAAGATCATTGGAGCTCATTCCATGGCTCTCCCTGAT
ACTTTGACCACTTAGTAATGTTGTGATGTTACCAAATGTTGTGTGAAGTTGTGCATTGTA
ACTTTTGTTGTTTTATTTATTCTTTTATGATTTGTCAAACTTTATTTGTTTGGGGGTGCC
AAAAGCAGAGAGTGTGGGACTATGGAGGCAAAATATTAATAAGGATATTTGTG

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 4

CO CL3374Contig1 666 4 1 U
ACAGAAAAAAAAACCTAACTTCTAGAATACGGTAATGCAGACAAGTTTAAATTGCAATAA
ACACCAAACTTCAAGTTTAACTTTTAAATAACAACAATCAACCCACAACCATAAGATCTT
GGCCAAACTGAAACTAAACTTAAAAACAAATTACATAAGGGTCTTCTCTCTTGTTCTTGG
CACATTCTCACGTGATTCAGACGTCTAAGTAAACACGCCTCAAAGGAAGACAAGCTCTCA
TCTCGATCACTATAATCGGTCACCTAAGTTTTTTCACGTCTACGCCTCAAACGTATCAAA
CGTAGATGAGCTTTCATTTTGATCACTAGAATCGGCCACCTCAGTTCACATCATGCAAAT
GCCTCATAAACTTCTTGCGGGCCCGTGGTAAACTAAAACCAGCACTACCAACCCTTGAAT
ATGTTGTGGTTTTCCTACCATCAGCAGCATCAGCACCATTTTGTTTGTCGGAATCCATGT
TAGTACCTTGTTCTATAGCGGGAGAGAGACATAGGGTCGAGACTACAGTAACAAGGTCGA
ATCTAGAGACCCAGAGAGTGACTGAGAAGTGAGAAGTCAAGACTGGGAATCGATGATTTG
CAAAGACCAAGAGAAATTTCGAGAGAGTGAGACACGATTAGGGTTCGGCTGAGAATTGAG
ATGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 

AF RR1DI32JQ U 1
AF RR1DI32TF C 1
AF RR1A366JQ U 54
AF RR1A366TF C 54
BS 1 666 RR1DI32JQ

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GGCCAAACTGAAACTAAACTTAAAAACAAATTACATAAGGGTCTTCTCTCTTGTTCTTGG
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ATGTTGTGGTTTTCCTACCATCAGCAGCATCAGCACCATTTTGTTTGTCGGAATCCATGT
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ATGTCC

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TTCTTGGCACATTCTCACGTGATTCAGACGTCTAAGTAAACACGCCTCAAAGGAAGACAA
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TATCAAACGTAGATGAGCTTTCATTTTGATCACTAGAATCGGCCACCTCAGTTCACATCA
TGCAAATGCCTCATAAACTTCTTGCGGGCCCGTGGTAAACTAAAACCAGCACTACCAACC
CTTGAATATGTTGTGGTTTTCCTACCATCAGCAGCATCAGCACCATTTTGTTTGTCGGAA
TCCATGTTAGTACCTTGTTCTATAGCGGGAGAGAGACATAGGGTCGAGACTACAGTAACA
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TGATTTGCAAAGACCAAGAGAAATTTCGAGAGAGTGAGACACGATTAGGGTTCGGCTGAG
AATTGAGATGTCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 4

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AGCGTGCCTACACTTGTCCTCTCCCTTTCGTTCGCAGCTGCTGTCTTCTTCCTCCTCTCC
TCTTCTCTCTCCACCTCCTCCTGCTCCTGTCCTCCATCTGCATCTTCTTCTCCGAACGTC
GTTAGTGATGTGAGATTAACAGAGAAGATATCCCCGACGCGAGATGATATAGAGTGGGTC
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AATCCTCGCACTAGAGATCAACAGCTCGCAGATCTGAAACAGTACAAGGGTATATCTCAT
TACGAAGGAGACAACAATCACACAGCTCTCCCATGCCCCGGTGAGCTACTAGTCGAGCAG
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GGACTCGAGAGGCTGGTTGAGAAGTTGAAGCCTTACGATGGGAGGATCTTCGTGTCGCAT
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GGACTTGAGTATCTTGGCAAACAGACGCATGATAGCTTGCTGTTTAATCACTACGAGATC
TGGTTCGGGTTTAGACGGTTTAGGACGTAAAAGATTGTTTGAAGTATCTGTTTTCTTCAC
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CAGAGATGACTGTATGTCTGTATCTTACTTTTTTGTGTTTATTACTTTATGGTGGGAGAT
CCGTGTATTGTTCATATAACAGCTGAGATTTCGAACCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK91TF U 1
AF RR1CN53TF U 268
AF RR1CN53JQ C 340
AF RR1GK91JQ C 485
BS 1 642 RR1GK91TF
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AGAGATCTGATTAGATCCAATGGTTTGCATATGCAGAAGAACGAGCTCAGGAAGGGGATT
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GAATCCTCCAATCTCAGACCAAACTCTCGCGTCCTCGAAATCGGGTGTGGCACCTTACGC
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GAGCTCTCTCTGATGGCTGCTTTGAGATACGAGCTCCCATCT

QA 1 642 1 642
DS 

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G
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CAGATCTGAAACAGTACAAGGGTATATCTCATTACGAAGGAGACAACAATCACACAGCTC
TCCCATGCCCCGGTGAGCTACTAGTCGAGCAGCATCACAGCAACTACGGCGAGCCATGGG
CAGGTGGACGCGACGTATTCGAGTTCTTAGCCGAATCCTCCAATCTCAGACCGAACTCTC
GCGTCCTCGAAATCGGGTGTGGCACCTTACGCGTGGGTCTGCATTTCATACGCTATCTCA
ACCCAAGTCACTTCCACTGCCTCGAAAAGGACGAGCTCTCTCTGATGGCTGCTTTGAGAT
ACGAGCTCCCATCTCAAGGTCTTCTCCACAAACGTCCTCTTATACTCAGAGGAGAAGACA
TGGAGTTCAGCAAGTTCGGGTTAGATACAACGTATGATCTGATCTACGCGAGTGCTGTGT
TCCTCCACATGCCTGATAAGCTCGTGTGGACGGGACTCGAGAGGCTGGTTGAGAAGTTGA
AGCCTTACGATGGGAGGATCTTCGTGTCGCATAACGTGAAGTTTTTCTCGAGGTTAGGTG
GGGACGAGTGTGCGAAGAGGTTAGCGAGTTTGGGACTTGAGTATCTTGGCAAACAGACGC
ATGATAGCTTGCTGTTTA*TCACTACGAGATCTGGTTCGGGTTTAGACGGTTA**GACGT
AAA*GATTGTTTGAAGTATCTGTTT*CTTCACACGTCGTGAGGGATTT
AAGAGT

QA 2 769 2 769
DS 

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G*TGAGCTACTAGTCGAGCAGCATCACAGCAACTACGGCGAGCCATGGGCAGGTGGACGC
GACGTATTCGAGTTCTTAGCCGAATCCTCCAATCTCAGACCGAACTCTCGCGTCCTCGAA
ATCGGGTGTGGCACCTTACGCGTGGGTCTGCATTTCATACGCTATCTCAACCCAAGTCAC
TTCCACTGCCTCGAAAAGGACGAGCTCTCTCTGATGGCTGCTTTGAGATACGAGCTCCCA
TCTCAAGGTTTTCTCCACAAACGTCCTCTTATACTCAGAGGAGAAGACATGGAGTTCAGC
AAGTTCGGGTTAGATACAACGTATGATCTGATCTACGCGAGTGCTGTGTTCCTCCACATG
CCTGATAAGCTCGTGTGGACGGGACTCGAGAGGCTGGTTGAGAAGTTGAAGCCTTACGAT
GGGAGGATCTTCGTGTCGCATAACGTGAAGTTTTTCTCGAGGTTAGGTGGGGACGAGTGT
GCGAAGAGGTTAGCGAGTTTGGGACTTGAGTATCTTGGCAAACAGACGCATGATAGCTTG
CTGTTTAATCACTACGAGATCTGGTTCGGGTTTAGACGGTTTAGGACGTAAAAGATTGTT
TGAAGTATCTGTTTTCTTCACACGTCGTGAGGGATTTTAAAGAGTCCTAAGAGATTGTTT
CTGTAGAGAAGATGTCAAGTGCAGAGATGACTGTATGTCTGTATCTTACTTTTTTGTGTT
TATTACTTTATGGTGGGAGATCCGTGTATTGTTCATATAACAGCTGAGATTTCGAACCG

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR1GK91JQ 657 0 0
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GTCTGCATTTCATACGCTATCTCAACCCAAGTCACTTCCACTGCCTCGAAAAGGACGAGC
TCTCTCTGATGGCTGCTTTGAGATACGAGCTCCCATCTCAAGGTCTTCTCCACAAACGTC
CTCTTATACTCAGAGGAGAAGACATGGAGTTCAGCAAGTTCGGGTTAGATACAACGTATG
ATCTGATCTACGCGAGCGCTGTGTTCCTCCACATGCCTGATAAGCTCGTGTGGACGGGAC
TCGAGAGGCTGGTTGAGAAGTTGAAGCCTTACGATGGGAGGATCTTCGTGTCGCATAACG
TGAAGTTTTGCTCGAGGTTAGGTGGGGACGAGTGTGCGAAGAGGTTAGCGAGTTTGGGAC
TTGAGTATCTTGGCAAACAGACGCATGATAGCTTGCTGTTTAATCACTGCGAGATCTGGT
TCGGGTTTAGACGGTTTAGGACGTAAAAGATTGTTTGAAGTATCTGTTTTCTTCACACGT
CGTGAGGGATTTTAAAGAGTCCTAAGAGATTGTTTCTGTAGAGAAGATGTCAAGTGCAGA
GATGACTGTATGTCTGTATCTTACTTTTTTGTGTTTATTACTTTATGGTGGGAGATC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 3

CO CL3376Contig1 825 3 42 U
GGGAACTTATAATCAATCTCTCATCTAAAAAAACAATTCAGAAAGTGAATCTTCAGATAT
CGATGGCGACCAAAGTGTATATCGTGTACCACTCAATGTACGGTCATGTGGAGAAATTAG
CTGAAGAGATAAGGAAAGGAGCTGCTTCCGTTGAAGGTGTTGAAGCCAAGCTATGGCAGG
TACCAGAGACGCTTCCAGAAGAAGCACTCTCTAAAATGAGCGCACCACCAAAGAGCGAAT
CACCAATCATCACACCTAACGACCTCACCGAAGCCGACGGCTTCGTCTTCGGGTTCCCGA
CGAGGTTCGGCATGATGGCTGCTCAGTTCAAAGCCTTCTTGGACGCAACCGGTGGACTCT
GGAGGACTCAGTCACTCGCTGGCAAACCAGCTGGTATCTTCTACAGCACTGGCTCTCAAG
GCGGTGGCCAAGAAACCACCGCATTGACGGCGATAACTCAGCTGGTACACCACGGGATGA
TATTCGTCCCCATCGGTTACACATTTGGTGCTGGGATGTTCGAGATGGAGAATGTGAAAG
GTGGAAGCCCCTATGGAGCTGGAACATTCGCTGGAGATGGTTCAAGGCAGCCAACTGAGC
TTGAGCTAGCCCAAGCGTTTCACCAAGGCAAGTACATTGCTACCATCACCAAGAAGCTCA
AGGGATCTTCTTCTGCTTAGAGACAGCCCGGCCCTTTGAAAAAA*TATATCAATAAGAAA
AAAACAATCATATATTTTATTTCGGGTTTTGATTATCAAAAACATGGTATTGTTTCACAA
ACAATCATTCTTGTCTTGCTTTTACGTATTAGATATGTATGATTT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA74TF U 436
AF RR1GX41TF U 1
AF RR1BH61TF U 2
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RD RR1CA74TF 319 0 0
G
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TTATTTCGGGTTT
TGATT

QA 2 314 2 314
DS 

RD RR1GX41TF 816 0 0
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CGAGGTTCGGCATGATGGCTGCTCAGTTCAAAGCCTTCTTGGACGCAACCGGTGGACTCT
GGAGGACTCAGTCACTCGCTGGTAAACCAGCTGGTATCTTCTACAGCACTGGCTCTCAAG
GCGGTGGCCAAGAAACCACCGCATTGACGGCGATAACTCAGCTGGTACACCACGGGATGA
TATTTGTCCCCATCGGTTACACATTTGGTGCTGGGATGTTCGAGATGGAGAATGTGAAAG
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AAA*CAATCATATATTTTATTTTGGGTTT*GAT*ATCAAAA*CATGGTATTGTTTCACAG
ACA*TCATTCT*GTCTTGCTTT
ACGTATTAAGATAT

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1BH61TF 824 0 0
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GATGGCGACCAAAGTGTATATCGTGTACTACTCAATGTACGGTCATGTGGAGAAATTAGC
TGAAGAGATAAGGAAAGGAGCTGCTTCTGTTGAAGGTGTTGAAGCCAAGCTATGGCAGGT
ACCTGAGACGCTTCCAGAAGAAGCACTCTCTAAAATGAGCGCACCACCAAAGAGCGAATC
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GAGGACTCAGTCACTCGCTGGCAAACCAGCTGGTATCTTCTACAGCACTGGCTCTCAAGG
CGGTGGCCAAGAAACCACCGCATTGACGGCGATAACTCAGCTGGTACACCACGGGATGAT
ATTCGTCCCCATCGGTTACACATTTGGTGCTGGGATGTTCGAGATGGAGAATGTGAAAGG
TGGAAGCCCCTATGGAGCTGGAACATTCGCTGGAGATGGTTCAAGGCAGCCAACTGAGCT
TGAGCTAGCCCAAGCGTTTCACCAAGGCGAGTACATTGCTACCATCACCAAGAAGCTCAA
GGGATCTTCTTCTGCTTAGAGACAGCCCGGCCCTTTGAAAAAA*TATATCAATAAGAAAA
AAACAATCATATATTTTATTTCGAGTTTTGATTATCAAAAACATGGTATTGTTTCACAAA
CAATCATTCTTGTCTTGCTTTTACGTATTAGATATGTATGATTT

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 4

CO CL3377Contig1 1174 4 4 U
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GCTTCCGCATGGTCGACGTCTCTGCATTGCCGTCAGATTGATATATGATTCGACCATAAC
TTTTATTTTCTTGTTGGGTCCTTCTTTCTTTGGGCTGAAGCATGTTTGTAAACATATTTT
CATAAATCGTCAAGCCCATCTCATTTAAAACTCAAGCCCAAAAGCCAAATTTTCTTGATT
TGTTTCTGCTGCTGATTCAGGGCACATCATTCCCTCCTTCTTTAAAAAGATTTGCCCTCA
AATATGTCTTTCTTTAGCTTCAGATAGAATGATCTCTTGGCTTTTCGTAGAACTCTTTTT
TATTTTTTTTTTTTTAGAAAAGAAGATGAAAGGTAGAAGATGGATGAAGAAGATGGAAAG
ATGAGAAAAATGAACAGATAGTACCGGTTGAGTGGCTCTGATACCACTTGATAGAACCAA
AATCGGGATCACTCTTTCGGTAAGGTTGATATGCACTCTGATCCGGAAGGATAGAGAACT
GGTGGGATGATTGGTGACACAATGGGATGCGGAAAGGCCCAATGATACTACCAGACTTCA
AATGTTGCCGGATGTGACGCACCGGTCCAACAAAGGAAGGATCGAGACTTGGAGATAACC
TCACCAAGAAACTAAGAAATGTTCAACCAAGAACAAAGAGTTAAAACTCACAAAAAAGGG
AAAAAGGTCTGATTACAAAATACTAGTCAAACATAGAAATTAGCAACTTGTAAAAACAAG
GAAGACTTGACCAAAGACCAAAGACCAAAAATCATAAATGTGTTGACTTGACCAAAATTG
AATGATTGTGGTCGCAGAACTCTTCGGTTGGTCTCGTGCTTCCGCATGGTCGACCGTCTC
TGCATTGCCGTCAGATTGATATATGATTCGACCATAACTTTTATTTTCTTGTTGGGTCCT
TCTTTCTTTGGGCTGAAGCATGTTTGTAAACATATTTTCATAAATCGTCAAGCCCATCTC
ATTTAAAACTCAAGCCCAAAAGCCAAATTTTCTTGATTTGTTTCTGCTGCTGATTCAGGG
CACATCATTCCCTCCTTCTTTAAAAAGATTTGCCCTCAAATATGTCTTTCTTTAGCTTCA
GATAGAATGATCTCTTGGCTTTTCGTAGAACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G628TF C 1
AF RR1G628JQ U 377
AF RR1B336JQ U 376
AF RR1B336TF C 448
BS 1 376 RR1G628TF
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BS 514 514 RR1G628JQ
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RD RR1G628TF 767 0 0
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AATATGTCTTTCTTTAGCTTCAGATAGAATGATCTCTTGGCTTTTCGTAGAACTCTTTTT
TATTTTTTTTTTTTTAGAAAAGAAGATGAAAGGTAGAAGATGGATGAAGAAGATGGAAAG
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AATGTTGCCGGATGTGACGCACCGGTCCAACAAAGGAAGGATCGAGACTTGGAGATAACC
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AAAAAGGTCTGATTACAAAATACTAGTCAAACATAGAAATTAGCAAC

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DS 

RD RR1G628JQ 722 0 0
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TC

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DS 

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A
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ACCAAAGACCAAAAATCATAAATGTGTTGACTTGACCAAAATTGAATGATTGTGGTCGCA
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QA 2 799 2 799
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RD RR1B336TF 727 0 0
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TGCGGAAAGGCCCAATGATACTACCAGACTTCAAATGTTGCCGGATGTGACGCACCGGTC
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AAAATCATAAATGTGTTGACTTGACCAAAATTGAATGATTGTGGTCGCAGAACTCTTCGG
TTGGTCTCGTGCTTCCGCATGGTCGACCGTCTCTGCATTGCCGTCAGATTGATATATGAT
TCGACCATAACTTTTATTTTCTTGTTGGGTCCTTCTTTCTTTGGGCTGAAGCATGTTTGT
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TTTTCTTGATTTGTTTCTGCTGCTGATTCAGGGCACATCATTCCCTCCTTCTTTAAAAAG
ATTTGCCCTCAAATATGTCTTTCTTTAGCTTCAGATAGAATGATCTCTTGGCTTTTCGTA
GAACTCC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 4

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GGAGTACCGTATTACGCGGGGCAGAACCCGTATCAGGCGGGGATTGTGCCGCCGAACGCA
ATCTATGGAGATCCGATGGGTGCTCCGATCCATCAAACGTTTTATCGGGATACTCCTGCT
CCTTTCAATTGCCTCTATTGCGGCAATACTGGTCTCACCCATATCAGATCAAAACCCGGT
GTAACTGCTGTTGTTGCTTGCATGACTCCATTTATGCTTGGATTCTGTTTTCTCTGCCCT
TCAATGGATTGCCTCTGGAACAAACAGCATCATTGCCCTCAATGTGGGAATAAGGTTGCT
GACTTTGAGAAATCAGATCCCTGTCTGGTGATGGATCCGCCACAGTGGACGCAACCGAGC
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AAGTTGAGACCTTGTGTTTGCACGTACCTACAAAAATTGAAGATTCTGAATAAACCCTGT
AAAATGTGTGAGAAAAGGAACATATACAATTGTCTGTATCGTCCAGTGATTCGTGAATTG
CACCGTTTAGTGTCTTGATTCTTATCCCTTCTTTGGATATGAAACACAGATTCTTTAAGC
AAAGACGTCTATTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH63TF U 24
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AF RR1AF47TF U 1
AF RR1AF47JQ C 1
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RD RR1DH63TF 651 0 0
GGG
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GGTGATGGATCCGCCACAGTGGACGCAACCGAGCTTTGCACTCCCTGCATGATATAAGAC
TGCATTCTTTTTTTTCTTGTTAATATTACTTGTGAAGTTGAGACCTTGTGTTTGCACGTA
CCTACAAAA*TTGAAGATTCTGAATAAACCCTGTAAAATGTGTGAGAA

QA 4 651 4 651
DS 

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TACTTAATCCTCTCGCTGCCTGCTGTGCGTTTGCTTCATCTTTAATCGTTGACGATGTCG
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TTTTATCGGGATACTCCTGCTCCTTTCAATTGCCTCTATTGCGGCAATACTGGTCTCACC
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GGATTCTGTTTTCTCTGCCCTTCAATGGATTGCCTCTGGAACAAGCAGCATCATTGCCCT
CAGTGTGGGAATAAGGTTGCTGACTTTGAGAAATCAGATCCCTGTCTGGTGATGGATCCG
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AAGATTCTGAATAAACCCTGTAAAATGTGTGAGAAAAGGAACATATACAATTGTCTGT

QA 1 658 1 658
DS 

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QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1AF47JQ 795 0 0
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GCTGTGCGTTTGCTTCATCTTTAATCGTTGACGATGTCGAAAGAGGGAGAGACGGTGATC
GGAGTACCGTATTACGCGGGGCAGAACCCGTATCAGGCGGGGATTGTGCCGCCGAACGCA
ATCTATGGAGATCCGATGGGTGCTCCGATCCATCAAACGTTTTATCGGGATACTCCTGCT
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GTAACTGCTGTTGTTGCTTGCATGACTCCATTTATGCTTGGATTCTGTTTTCTCTGCCCT
TCAATGGATTGCCTCTGGAACAAACAGCATCATTGCCCTCAATGTGGGAATAAGGTTGCT
GACTTTGAGAAATCAGATCCCTGTCTGGTGATGGATCCGCCACAGTGGACGCAACCGAGC
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CACCGTTTAGTGTCTTGATTCTTATCCCTTCTTTGGATATGAAACACAGATTCTTTAAGC
AAAGACGTCTATTTC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 4

CO CL3379Contig1 851 4 8 U
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CTGTTTAGCAGCGGTTTCCTGTTCCTCTGAGCAGCCACCGCTCCGTCCTTTAGGCAGTCC
TGTTGGAGACGGAGCTACCACGGTACTGAAATCTACACTCGACAGGGCTTCTGAGCTTCT
CCGAGCTAATAACTTCAGCAACGCAGGCATGGCTCTGTGGCGCGCCTCCTTCAATGAGTT
CTTCAACCTTCTGATGAGGTATTGCATCAGCAAATACGACAGTATTATGCAGAGTTTGAA
TTCGCAGTTACCACCAGAGTTTGCGAGTGAGATATCAGATGCAGCTGCGCAAGCCATTGT
CCGTGAAATGCCCATTGAGCTTCTGCGTTCGAGTTTCCCACATATTGATGAGCAGCAAAA
GAGATTGCTAATGGAGTTTTTGAAACGGTCTATGCTTGGAAGCCAGAAAACCGAGCCGGT
CTTGACCTGAGAGATAGTATAGAATCAAGAAACCATACCGCAATGTCTGTATATGGAGCA
TAAGATGATGCGGACACCGTAACAGGAAAGG*TTGAGAGAATCGGTTCAAACTCTCTTTT
TTTTTTCATTTTACTTTTGCGTTAGAGAAATAGGATTGTTCCTTCAAATGGACAAGACTG
TTTTTTGTGTCTTTTTAGCTCTGCAGAACTTTGTAGCCCAAGGGATTGTGTGTGTTTCTG
TGTTCTGTCTAGTATTTTTTGTTTTTGAAACTTTCCTTCATGTTTTTGATGATTATCGTT
CCCTTTTCTATGTTTTACCAAGTAAACATTTGGAGTTATGCTTTGGTAATAAAGTCTTAT
TTGTTCTTGAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FX14TF U 1
AF RR1G568TF U 1
AF RR1G568JQ C 89
AF RR1FX14JQ C 124
BS 1 571 RR1FX14TF
BS 572 572 RR1G568TF
BS 573 605 RR1FX14TF
BS 606 606 RR1G568JQ
BS 607 700 RR1G568TF
BS 701 702 RR1G568JQ
BS 703 739 RR1G568TF
BS 740 851 RR1G568JQ

RD RR1FX14TF 606 0 0
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CTGTTTAGCAGCGGTTTCCTGTTCCTCTGAGCAGCCACCGCTCCGTCCTTTAGGCAGTCC
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CCGAGCTAATAACTTCAGCAACGCAGGCATGGCTCTGTGGCGCGCCTCCTTCAATGAGTT
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CTTGACCTGAGAGATAGTATAGAATCAAGAAACCATACCGCAATGTCTGTATATGGAGCA
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TTTTT
T

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1G568TF 748 0 0
GAAGCTTGCAAACGTTGTGAACTCGTGCATTCACAAGATGGATTTAGGTCCCATAAGCGC
CTGTTTAGCAGCGGTTTCCTGTTCCTCTGAGCAGCCACCGCTCCGTCCTTTAGGCAGTCC
TGTTGGAGACGGAGCTACCACGGTACTGAAATCTACACTCGACAGGGCTTCTGAGCTTCT
CCGAGCTAATAACTTCAGCAACGCAGGCATGGCTCTGTGGCGCGCCTCCTTCAATGAGTT
CTTCAACCTTCTGATGAGGTATTGCATCAGCAAATACGACAGTATTATGCAGAGTTTGAA
TTCGCAGTTACCACCAGAGTTTGCGAGTGAGATATCAGATGCAGCTGCGCAAGCCATTGT
CCGTGAAATGCCCATTGAGCTTCTGCGTTCGAGTTTCCCACATATTGATGAGCAGCAAAA
GAGATTGCTAATGGAGTTTTTGAAACGGTCTATGCTTGGAAGCCAGAAAACCGAGCCGGT
CTTGACCTGAGAGATAGTATAGAATCAAGAAACCATACCGCAATGTCTGTATATGGAGCA
TAAGATGATGCGGACACCGTAACAGGAAAGG*TTGAGAGAATCGGTTCAAACTCTCTTTT
TTTTT*CATTTTACTTTTGCGTTAGAGAAATAGGATTGTTCCTTCAAATGGACAAGACTG
TTTTTTGTGTCTTTTTAGCTCTGCAGAACTTTGTAGCCCA**GGATTGTGTGTGTTTCTG
TGTTCTGTCTAGTATTTTT
GTTTTGAAC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1G568JQ 763 0 0
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AAATCTACACTCGACAGGGCTTCTGAGCTTCTCCGAGCTAATAACTTCAGCAACGCAGGC
ATGGCTCTGTGGCGCGCCTCCTTCAATGAGTTCTTCAACCTTCTGATGAGGTATTGCATC
AGCAAATACGACAGTATTATGCAGAGTTTGAATTCGCAGTTACCACCAGAGTTTGCGAGT
GAGATATCAGATGCAGCTGCGCAAGCCATTGTCCGTGAAATGCCCATTGAGCTTCTGCGT
TCGAGTTTCCCACATATTGATGAGCAGCAAAAGAGATTGCTAATGGAGTTTTTGAAACGG
TCTATGCTTGGAAGCCAGAAAACCGAGCCGGTCTTGACCTGAGAGATAGTATAGAATCAA
GAAACCATACCGCAATGTCTGTATATGGAGCATAAGATGATGCGGACACCGTAACAGGAA
AGG*TTGAGAGAATCGGTTCAAACTCTCTTTTTTTTTTCATTTTACTTTTGCGTTAGAGA
AATAGGATTGTTCCTTCAAATGGACAAGACTGTTTTTTGTGTCTTTTTAGCTCTGCAGAA
CTTTGTAGCCCAAGGGATTGTGTGTGTTTCTGTGTTCTGTCTAGTATTTTTTGTTTTTGA
AACTTTCCTTCATGTTTTTGATGATTATCGTTCCCTTTTCTATGTTTTACCAAGTAAACA
TTTGGAGTTATGCTTTGGTAATAAAGTCTTATTTGTTCTTGAT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1FX14JQ 728 0 0
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AGCTAATAACTTCAGCAACGCAGGCATGGCTCTGTGGCGCGCCTCCTTCAATGAGTTCTT
CAACCTTCTGATGAGGTATTGCATCAGCAAATACGACAGTATTATGCAGAGTTTGAATTC
GCAGTTACCACCAGAGTTTGCGAGTGAGATATCAGATGCAGCTGCGCAAGCCATTGTCCG
TGAAATGCCCATTGAGCTTCTGCGTTCGAGTTTCCCACATATTGATGAGCAGCAAAAGAG
ATTGCTAATGGAGTTTTTGAAACGGTCTATGCTTGGAAGCCAGAAAACCGAGCCGGTCTT
GACCTGAGAGATAGTATAGAATCAAGAAACCATACCGCAATGTCTGTATATGGAGCATAA
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TTTCATTTTACTTTTGCGTTAGAGAAATAGGATTGTTCCTTCAAATGGACAAGACTGTTT
TTTGTGTCTTTTTAGCTCTGCAGAACTTTGTAGCCCAAGGGATTGTGTGTGTTTCTGTGT
TCTGTCTAGTATTTTTTGTTTTTGAAACTTTCCTTCATGTTTTTGATGATTATCGTTCCC
TTTTCTATGTTTTACCAAGTAAACATTTGGAGTTATGCTTTGGTAATAAAGTCTTATTTG
TTCTTGAT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 4

CO CL3380Contig1 924 4 10 U
GGGGACATAAGCTATCATCTCTTCCACCAATGCCTGGTCCTGTAAAGACAGGGTTTAAGG
TGGTTGTGGTCGACGGGAAGCTACTTGTGATTGCTGGTTGCGCTATGATCAATGGCTCTC
ATGTTGCATCTTCTGATGTTTATCAGTTTGATACTTGCCTCAACAGCTGGAGCAGACTAG
CTGACTTGAAGGAGGCTCGTT*ATGACTTTGCTTGCGCTGAGGTGAATGGGCTTGTTTAC
GTGGTGGGAGGTCACGGTGGAAATGGTGAGAGTCTGTCTAGTGCGGAGGTTTACGATCCA
GAGACGGGGATTCGGACTTTCATAGAGTCTCTGAGGCGTCCGAGATGGGGATGTTTCGCT
AGCGGCTTCAACGGGAAGCTATACGTGATGGGTGGGAGATCCAACTTCACCATTGGTAAC
TCAAAACTTGTTGATGTGTACAACCCTCGGTGTGGTTCCTGGTGTGGCAGCAAAAACGGT
GTAACTATGGTCACAGCTCATGTTGAAGTAGGAAAAAAACTATTCTGTATCGAGTGGAAG
AACCAGAGGAAGATGTCTGTCTTCAATGCAGAAGAAGATACTTGGG*AAGTTGTGGCTCT
ACCGCTTTCAGGAAGCTCGAGGGCAGGGTTTCAGTTTGGTAAGCTGAGTGGGAAGCTTCT
TCTTTTTCCGTCTCAAGAAGAGACTGGTCACAGCACTTTGCTGTACGATCCGGATGCTGC
ACCAGGCAGGCAGTGGAAAACATTTGAGATAAAACTGTCTGGTTCCTGCGTATGCAGCGT
CACAATCATAGCCTGATTTTATGATGATCTTATTGATACCATTGTTGTCACATTTATCCA
TGATCCAAACTTAAAAGAGAGCGTTGAGTTTTACACTGATCTTTGATACAGTTTGAATAA
AGTGGAGTGTGTGTGTTTTGTTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G843TF U 1
AF RR1GB05TF U 1
AF RR1G843JQ C 97
AF RR1GB05JQ C 174
BS 1 586 RR1G843TF
BS 587 587 RR1GB05TF
BS 588 611 RR1G843TF
BS 612 612 RR1G843JQ
BS 613 729 RR1G843TF
BS 730 730 RR1G843JQ
BS 731 743 RR1GB05TF
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BS 745 762 RR1GB05TF
BS 763 924 RR1G843JQ

RD RR1G843TF 734 0 0
GGGGACATAAGCTATCATCTCTTCCACCAATGCCTGGTCCTGTAAAGACAGGGTTTAAGG
TGGTTGTGGTCGACGGGAAGCTACTTGTGATTGCTGGTTGCGCTATGATCAATGGCTCTC
ATGTTGCATCTTCTGATGTTTATCAGTTTGATACTTGCCTCAACAGCTGGAGCAGACTAG
CTGACTTGAAGGAGGCTCGTT*ATGACTTTGCTTGCGCTGAGGTGAATGGGCTTGTTTAC
GTGGTGGGAGGTCACGGTGGAAATGGTGAGAGTCTGTCTAGTGCGGAGGTTTACGATCCA
GAGACGGGGATTCGGACTTTCATAGAGTCTCTGAGGCGTCCGAGATGGGGATGTTTCGCT
AGCGGCTTCAACGGGAAGCTATACGTGATGGGTGGGAGATCCAACTTCACCATTGGTAAC
TCAAAACTTGTTGATGTGTACAACCCTCGGTGTGGTTCCTGGTGTGGCAGCAAAAACGGT
GTAACTATGGTCACAGCTCATGTTGAAGTAGGAAAAAAACTATTCTGTATCGAGTGGAAG
AACCAGAGGAAGATGTCTGTCTTCAATGCAGAAGAAGATACTTGGGGAAGTTGTGGCTCT
ACCGCTTTCAG*AAGCTCGAGGGCAGGGTTTCAGTTTGGTAAGCTGAGTGGGAAGCTTCT
TCTTTTTCCGTCTCAAGAAGAGACTGGTCACAGCACTTTGCTGTACGATCCGGATGCTGC
ACCAGGCAG
CAGTG

QA 1 729 1 729
DS 

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TGGTTGTGGTCGACGGGAAGCTACTTGTGATTGCTGGTTGCGCTATGATCAATGGCTCTC
ATGTTGCATCTTCTGATGTTTATCAGTTTGATACTTGCCTCAACAGCTGGAGCAGACTAG
CTGACTTGAAGGAGGCTCGTT*ATGACTTTGCTTGCGCTGAGGTGAATGGGCTTGTTTAC
GTGGTGGGAGGTCACGGTGGAAATGGTGAGAGTCTGTCTAGTGCGGAGGTTTACGATCCA
GAGACGGGGATTCGGACTTTCATAGAGTCTCTGAGGCGTCCGAGATGGGGATGTTTCGCT
AGCGGCTTCAACGGGAAGCTATACGTGATGGGTGGGAGATCCAACTTCACCATTGGTAAC
TCAAAACTTGTTGATGTGTACAACCCTCGGTGTGGTTCCTGGTGTGGCAGCAAAAACGGT
GTAACTATGGTCACAGCTCATGTTGAAGTAGGAAAAAAACTATTCTGTATCGAGTGGAAG
AACCAGAGGAAGATGTCTGTCTTCAATGCAGAAGAAGATACTTGGG*AAGTTGTGGCTCT
ACCGCTTTCAG*AAGCTCGAGGGCAGGGTTTCAGTTTGGTAAGCTGAGTGGGAAGCTTCT
TCTTTTTCCGTCTCAAGAAGAGACTGGTCACAGCACTTTGCTGTACGATCCGGATGCTGC
ACCAGGCAG*CAGTGGAAAACATCTGAGATAAAACTGTCTGG
GTTC

QA 1 762 1 762
DS 

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GTTGCGCTATGATCAATGGCTCTCATGTTGCATCTTCTGATGTTTATCAGTTTGATACTT
GCCTCAACAGCTGGAGCAGACTAGCTGACTTGAAGGAGGCTCGTTTATGACTTTGCTTGC
GCTGAGGTGAATGGGCTTGTTTACGTGGTGGGAGGTCACGGTGGAAATGGTGAGAGTCTG
TCTAGTGCGGAGGTTTACGATCCAGAGACGGGGATTCGGACTTTCATAGAGTCTTTGAGG
CGTCCGAGATGGGGATGTTTCGCTAGCGGCTTCAACGGGAAGCTATACGTGATGGGTGGG
AGATCCAACTTCACCATTGGTAACTCAAAACTTGTTGATGTGTACAACCCTCGGTGTGGT
TCCTGGTGTGGCAGCAAAAACGGTGTAACTATGGTCACAGCTCATGTTGAAGTAGGAAAA
AAACTATTCTGTATCGAGTGGAAGAACCAGAGGAAGATGTCTGTCTTCAATGCAGAAGAA
GATACTTGGG*AAGTTGTGGCTCTACCGCTTTCAGGAAGCTCGAGGGCAGGGTTTCAGTT
TGGTAAGCTGAGTGGGAAGCTTCTTCTTTTTCCGTCTCAAGAAGAGACTGGTCACAGCAC
TTTGCTGTACGATCCGGATGCTGCACCAGGCAGGCAGTGGAAAACATTTGAGATAAAACT
GTCTGGTTCCTGCGTATGCAGCGTCACAATCATAGCCTGATTTTATGATGATCTTATTGA
TACCATTGTTGTCACATTTATCCATGATCCAAACTTAAAAGAGAGCGTTGAGTTTTACAC
TGATCTTTGATACAGTTTGAATAAAGTGGAGTGTGTGTGTTTTGTTTG

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1GB05JQ 751 0 0
AGACTAGCTGACTTGAAGGAGGCTCGTT*ATGACTTTGCTTGCGCTGAGGTGAATGGGCT
TGTTTACGTGGTGGGAGGTCACGGTGGAAATGGTGAGAGTCTGTCTAGTGCGGAGGTTTA
CGATCCAGAGACGGGGATTCGGACTTTCATAGAGTCTTTGAGGCGTCCGAGATGGGGATG
TTTCGCTAGCGGCTTCAACGGGAAGCTATACGTGATGGGTGGGAGATCCAACTTCACCAT
TGGTAACTCAAAACTTGTTGATGTGTACAACCCTCGGTGTGGTTCCTGGTGTGGCAGCAA
AAACGGTGTAACTATGGTCACAGCTCATGTTGAAGTAGGAAAAAAACTATTCTGTATCGA
GTGGAAGAACCAGAGGAAGATGTCTGTCTTCAATGCAGAAGAAGATACTTGGG*AAGTTG
TGGCTCTACCGCTTTCAGGAAGCTCGAGGGCAGGGTTTCAGTTTGGTAAGCTGAGTGGGA
AGCTTTTTCTTTTTCCGTCTCAAGAAGAGACTGGTCACAGCACTTTGCTGTACGATCCGG
ATGCTGCACCAGGCAGGCAGTGGAAAACATTTGAGATAAAACTGTCTGGTTCCTGCGTAT
GCAGCGTCACAATCATAGCCTGATTTTATGATGATCTTATTGATACCATTGTTGTCACAT
TTATCCATGATCCAAACTTAAAAGAGAGCGTTGAGTTTTACACTGATCTTTGATACAGTT
TGAATAAAGTGGAGTGTGTGTGTTTTGTTTG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 3

CO CL3381Contig1 902 3 5 U
ATAACTTCAAACAACACGAAACTAGATCCATTGAATTCTTGGCGGTAAGGACAAGATCTC
GACAACTAGTAATAAAAGTTTATTCTGAAAAAAAATACAAAAACAAAAAACAAAAGATCT
TGACCAGCATTTTGAATAAGGACACGAGTTTCTTGCCACAGAACCGGCAAAAGTCTATTA
AAAAAAATCGTAACCAGCAGCATTTGGATATCTCACTGCTGGGCACATTGCACGCGCTGA
GCACCTCCTGGACCTTCTTCATCATCATCGTCATCATCATAAGCCTCTCTCTGAGCACGA
GCCTTCTTTCTCATCTCATCCTCCATGTCCACATCGTGCAGCGTCGTCTCTTCGCACTCG
TCTATCTCCATGTCGCTCAAAGTCGCCTTTGCTGGCTTCGGCAAAACCGCTTCAATGGCC
TTCGTCTGGTTCGGGCCCAGCGAGTCTGGGAACTCTACGGTGAAGTGGATGTACAGCTTA
CCCTTCATGAAGGGCCTTTGGTGTATCGGCATTCCCTCGTCGCTTATCGCCCTGTATGAA
TCTGGCTTCACAACCTCTCCAGGATGCGATTTGATGAGAAGCTGTCTTGTGTCCAAGTGA
GTCAAGACGAACTGGAACCCACAGAGGGCTTCGGTTAGAGAGAGGGTGTGCTCCACGAAG
AGATCATCTCCCTTTCTCTTGAAGGTTGAGTGCTCCTTCTGCTGAACGACGAACACTATA
TCTCCAGTGACCGAATCAGGCGCTTCATCTGCTTGTCCACGGAATGTAATCTTCTGACTG
TGTTGCATTCCCTTCTCCACAGCTACTTCAAGCACCTTCTTCTCGGAGACAACCTTCTCT
CCTTTGCACTGTGGACACCTATCACGATCGTTGATGGTCTCTCCAGTGCCCTTGCAGTCA
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1CF82TF C 195
AF RR1CF82JQ U 12
AF RR1AG54JQ U 1
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BS 632 632 RR1CF82JQ
BS 633 902 RR1AG54JQ

RD RR1CF82TF 466 0 0
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CTCATCCTCCATGTCCACATCGTGCAGCGTCGTCTCTTCGCACTCGTCTATCTCCATGTC
GCTCAGAGTCGCCTTTGCTGGCTTCGGCAAAACCGCTTCAATGGCCTTCGTCTGGTTCGG
GCCCAGCGAGTCTGGGAACTCTACGGTGAAGTGGATGTACAGCTTACCCTTCATGAAGGG
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QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1CF82JQ 670 0 0
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ATAAAAGTTTATTCTGAAAAAAAATACAAAAACAAAAAACAAAAGATCTTGACCAGCATT
TTGAATAAGGACACGAGTTTCTTGCCACAGAACCGGCAAAAGTCTATTAAAAAAAATCGT
AACCAGCAGCATTTGGATATCTCACTGCTGGGCACATTGCACGCGCTGAGCACCTCCTGG
ACCTTCTTCATCATCATCGTCATCATCATAAGCCTCTCTCTGAGCACGAGCCTTCTTTCT
CATCTCATCCTCCATGTCCACATCGTGCAGCGTCGTCTCTTCGCACTCGTCTATCTCCAT
GTCGCTCAAAGTCGCCTTTGCTGGCTTCGGCAAAACCGCTTCAATGGCCTTCGTCTGGTT
CGGGCCCAGCGAGTCTGGGAACTCTACGGTGAAGTGGATGTACAGCTTACCCTTCATGAA
GGGCCTTTGGTGTATCGGCATTCCCTCGTCGCTTATCGCCCTGTATGAATCTGGCTTCAC
AACCTCTCCAGGATGCGATTTGATGAGAAGCTGTCTTGTGTCCAAGTGAGTCAAGACGAA
CTGGAACCCACAGAGGGCTTCGGTTAGAGAGAGGGTGTGCTCCACGAAGAGATCATCTCC
CTTTCTCTTG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1AG54JQ 902 0 0
ATAACTTCAAACAACACGAAACTAGATCCATTGAATTCTTGGCGGTAAGGACAAGATCTC
GACAACTAGTAATAAAAGTTTATTCTGAAAAAAAATACAAAAACAAAAAACAAAAGATCT
TGACCAGCATTTTGAATAAGGACACGAGTTTCTTGCCACAGAACCGGCAAAAGTCTATTA
AAAAAAATCGTAACCAGCAGCATTTGGATATCTCACTGCTGGGCATATTGCACGCGCTGA
GCACCTCCTGGACCTTCTTCATCATCATCGTCATCATCATAAGCCTCTCTCTGAGCACGA
GCCTTCTTTCTCATCTCATCCTCCATGTCCACATCGTGCAGCGTCGTCTCTTCGCACTCG
TCTATCTCCATGTCGCTCAAAGTCGCCTTTGCTGGCTTCGGCAAAACCGCTTCAATGGCC
TTCGTCTGGTTCGGGCCCAGCGAGTCTGGGAACTCTACGGTGAAGTGGATGTACAGCTTA
CCCTTCATGAAGGGCCTTTGGTGTATCGGCATTCCCTCGTCGCTTATCGCCCTGTATGAA
TCTGGCTTCACAACCTCTCCAGGATGCGATTTGATGAGAAGCTGTCTTGTGTCCAAGTGA
GTCAAGACGAACTGGAACCCACAGAGGGCTTAGGTTAGAGAGAGGGTGTGCTCCACGAAG
AGATCATCTCCCTTTCTCTTGAAGGTTGAGTGCTCCTTCTGCTGAACGACGAACACTATA
TCTCCAGTGACCGAATCAGGCGCTTCATCTGCTTGTCCACGGAATGTAATCTTCTGACTG
TGTTGCATTCCCTTCTCCACAGCTACTTCAAGCACCTTCTTCTCGGAGACAACCTTCTCT
CCTTTGCACTGTGGACACCTATCACGATCGTTGATGGTCTCTCCAGTGCCCTTGCAGTCA
TG

QA 1 902 1 902
DS 



AS 1 4

CO CL3382Contig1 842 4 2 U
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ATTGCGAAGATGATAGATTCTACCTTGGAGTTCGTCAACAAAACCACTTCCAATTCTTTA
TTCATGTTTCTCTTCTGTAACTTGATCATCATCTTAATCCTCATGGGAAACTCTAAACAG
GGTTCAGAAGACAAGCTCGGTTCGAAGGAATCCATATTGGTATCTGAGTCTAGGACTCTC
GACTCAAAGACCGATTTTAAGAAACCCATGTTGATACCTGAATCGGTTCTCTCTTCCAAA
CCCGTGTTAGTATCTGAATCGGTTCTCTCTTCCAAACCCGGTTTGGAGAAACCAGGGTTA
ATATCTGATTCTACTCTCCCGTTAAATCCCGGTTTAGAAGAACCGGGAACGATATCAAAG
TCGGTTGGCTCCTCCCAACCTGCGGGTTCTAATCCATCGTTGACTTCTAAATCCGGTTTG
GATGTAATATCTTCTGGGTTGAAACTCGGTTCAGACTGTTTAGAGAAGGAGGACGAGATA
GGGAGAATGAGAAAGAAAGAGAGCTTGGTAGTAGAGAATGAGAGCTTGGAAGTGGAGTGT
GTGCTTCGAAGACGAGCTGAAGAATTTATTCGTAAAGTTAATACTCAATGGAAACTAGAG
AATTCTTATCTCCAGTACTAATTAGAGTTTTGTTTGTAATTATCGAAATGCTCTTTTTCA
AAAACAAAATGTTTTGTGGAAATGTTTTAAAAAACAACAACTAGATTTTGATCCGAGATT
CGACATCGCGGATTTTTTTGGATTGTATACAAAGTTTGTGAATTAATATTTTAAAATTGT
TG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1DB13TF U 1
AF RR1D791TF U 2
AF RR1DB13JQ C 203
AF RR1D791JQ C 111
BS 1 698 RR1DB13TF
BS 699 842 RR1D791JQ

RD RR1DB13TF 698 0 0
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TTCATGTTTCTCTTCTGTAACTTGATCATCATCTTAATCCTCATGGGAAACTCTAAACAG
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DS 

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TATCTGATTCTACTCTCCCGTTAAATCCCGGTTTAGAAGAACCGGGAACGATATCAAAGT
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ATGTAATATCTTCTGGGTTGAAACTCGGTTCAGACTGTTTAGAGAAGGAGGACGAGATAG
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ATTCTT

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QA 1 596 1 596
DS 

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CTCTTCCAAACCCGTGTTAGTATCTGAATCGGTTCTCTCTTCCAAACCCGGTTTGGAGAA
ACCAGGGTTAATATCTGATTCTACTCTCCCGTTAAATCCCGGTTTAGAAGAACCGGGAAC
GATATCAAAGTCGGTTGGCTCCTCCCAACCTGCGGGTTCTAATCCATCGTTGACTTCTAA
ATTCGGTTTGGATGTAATATCTTCTGGGTTGAAACTCGGTTCAGACTGTTTAGAGAAGGA
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CTCTTTTTCAAAAACAAAATGTTTTGTGGAAATGTTTTAAAAAACAACAACTAGATTTTG
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TTAAAATTGTTG

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 3

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GTTTCTTCTATTGACATACATATATGTATTCAACGACTGGGAACAAGAGAAAAAAACAAC
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ATCTGGAGCTAACTCTATGTTAATACCAGCTCTAAGGACTTTGCTGAACTGGATTAGTTG
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ACCTCCACTGTTTCCCGGGTTAATAGCTGCATCTGTTTGAATCCCACCACCAATGGTAAC
ACCGGTTTGGCTAAAAATGTCACGGTTAAGACCGCTGATGACACCAACCGTAAGGGTGTG
GTCAAAACCAAACGGGTTCCCAATTGCTAAACACTGCTGCCCGACTTTAAGAGAATTTGA
TTGTCCAACTCTGATCGGTTTAAGGAGTGCTTCAGGTGCTTCTACCTTCAAGACAGCAAG
ATCCTTAGCACGATCAGCACCAACAAGTTTCCCTTCGAAATTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BW46JQ U 1
AF RR1GA12JQ U 1
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BS 1 280 RR1BW46JQ
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DS 

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DS 

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QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 4

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CGTACATCACCTTTCTTTGATCCGCAACAAGCGCTGCCTCATGGCCTATGTGCACAATCG
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AGCTTGGGTGATCTCACAGATTAATCAAACGGTATTGGTATGTGTGATCAAAAAGAATGT
AAGCTTACATAGTCTTTCTTATTTGTATAATTGTAAGACAGGAACAGTGAAACCTCCCTC
ATACCAGCAAAAAAAAAAACTCGATGTACAATTCGTTTTATCTTCCAAAGTTACTTCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C287TF U 1
AF RR1EM57TF U 5
AF RR1C287JQ C 239
AF RR1EM57JQ C 281
BS 1 170 RR1C287TF
BS 171 171 RR1EM57TF
BS 172 370 RR1C287TF
BS 371 371 RR1EM57TF
BS 372 691 RR1C287TF
BS 692 797 RR1C287JQ
BS 798 798 RR1EM57JQ
BS 799 900 RR1C287JQ

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GTTCACAGGGAATGATATAGTAGTGGATTGAAACATGTACGGGAGAAAAGGGTATCAGCT
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TGATGAGACAATCGAAGAATGCGAGCAGAATCACCATCTCATCCAGTCTCTCATGAGGAA
AATGCAACGAGAAGGGTTGGAGGTTCCGAACAATAGAAACGCTGACCACTACGGAGCACT
CGTACATCACCTTTCTTTGATCCGCAACAAGCGCTGCCTCATGGCCTATGTGCACAATCG
AGCAGAAATTGTGCGTGATCTGGCGTGGAGAGTAGGACTTGAACTTCCCTACCTTCCACC
TGAAATCCTTGAGAAGCTCACCACTCTCGAGAAGGAGTATTTCAAGAACCATTCCGTTGC
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AGATCCGTACATCAAGGTCAGAGTTGTGGGAGATATCGACCGAGGAATTATGATGAATGA
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CTACATTGCTCGGGGGCAAATGGAGGAGCTG

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DS 

RD RR1EM57TF 687 0 0
GGGAGCGCCGCC
GAGAGAGAGAGAGGTGTTCAGGGGAGCAGATCCGTGCCTTCCAAGTTCACAGGGAATGAT
ATAGTAGTGGATTGAAACATGTACGGGAGAAAAGGGTATCAGCTGGTTAAGGATTTTGCG
AGTGGGGAGAAGGGTCAGCTCAAACCTTTCAATAACAAGCTCTTTGATGAGACAATCGAA
GAATGCGAGCAGAATCACCATCTCATCCAGTCTCTCATGAGGAAAATGCAACGAGAAGGG
TTGGAGGTTCCGAACAATAGAAACGCTGACCACTACGGAGCACTCGTACATCACCTTTCT
TTGATCCGCAACAAGC*CTGCCTCATGGCCTATGTGCACAATCGAGCAGAAATTATGCGT
GATCTGGCGTGGAGAGTAGGACTTGAACTTCCCTACCTTCCACCTGAAATCCTTGAGAAG
CTCACCACTCTCGAGAAGGAGTATTTCAAGAACCATTCCGTTGCTATCACTTCCTACATG
GGAAAAGCAGGCATCGAGTTGAATGTCGATATGGTGCCTCCCAAAGATCCGTACATCAAG
GTCAGAGTTGTGGGAGATATCGACCGAGGAATTATGATGAATGACAAGGCAACAAATTTC
GCACCTCACTCTATGCATTTCCTCAAACGAACTGATGCAGAACCCTACATTGCTCGGGGG
CAAATGGAGGAGCTG

QA 13 687 13 687
DS 

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AAAATGCAACGAGAAGGGTTGGAGGTTCCGAACAATAGAAACGCTGACCACTACGGAGCA
CTCGTACATCACCTTTCTTTGATCCGCAACAAGCGCTGCCTCATGGCCTATGTGCACAAT
CGAGCAGAAATTGTGCGTGATCTGGCGTGGAGAGTAGGACTTGAACTTCCCTACCTTCCA
CCTGAAATCCTTGAGAAGCTCACCACTCTCGAGAAGGAGTATTTCAAGAACCATTCCGTT
GCTATCACTTCCTACATGGGAAAAGCAGGCATCGAGTTGAATGTCGATATGGTGCCTCCC
AAAGATCCGTACATCAAGGTCAGAGTTGTGGGAGATATCGACCGAGGAATTATGATGAAT
GACAAGGCAACAAATTTCGCACCTCACTCTATGCATTTCCTCAAACGAACTGATGCAGAA
CCCTACATTGCTCGGGGGCAAATGGAGGAGCTGACAGGTTGAGGTAGATTGATGCAATAG
GAAGCTTGGGTGATCTCACAGATTAATCAAACGGTATTGGTATGTGTGATCAAAAAGAAT
GTAAGCTTACATAGTCTTTTTTATTTGTATAATTGTAAGACAGGAACAGTGAAACCTCCC
TCATACCAGCAAAAAAAAAAACTCGATGTACAATTCGTTTTATCTTCCAAAGTTACTTCA
GT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1EM57JQ 606 0 0
GCTGACCACTACGGAGCACTCGTACATCACCTTTCTTTGATCCGCAACAAGC*CTGCCTC
ATGGCCTATGTGCACAATCGAGCAGAAATTATGCGTGATCTGGCGTGGAGAGTAGGACTT
GAACTTCCCTACCTTCCACCTGAAATCCTTGAGAAGCTCACCACTCTCGAGAAGGAGTAT
TTCAAGAACCATTCCGTTGCTATCACTTCCTACATGGGAAAAGCAGGCATCGAGTTGAAT
GTCGATATGGTGCCTCCCAAAGATCCGTACATCAAGGTCAGAGTTGTGGGAGATATCGAC
CGAGGAATTATGATGAATGACAAGGCAACAAATTTCGCACCTCACTCTATGCATTTCCTC
AAACGAACTGATGCAGAACCCTACATTGCTCGGGGGCAAATGGAGGAGCTGACAGGTTGA
GGTAGATTGATGCAATAGGAAGCTTGGGTGATCTCACAGATTAATCAAACGGTATTGGTA
TGTGTGATCAAAAAGAATGTAAGCTTACATAGTCTTTCTTATTTGTATAATTGTAAGACA
GGAACAGTGAAACCTCCCTCATACCAGCAAAAAAAAA**CTCGATGTACAATTCGTTTTA
TCTTCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 4

CO CL3385Contig1 1077 4 15 U
AGAACTGTGTAACAAGTTCAACAGAACAATGATCACACTCGTCTCTCTTCTTGGTAAAGA
AAACTACAGACTGAATGAATGAATGAATGAATGTTTTGAATCTCATCTACCATTATTGTC
ATCAGACCACATCATCTAACTCCAACTTAAAACCAAGCAAAGCTAACAAAAAATACTAGC
AAGAGAACAACTTCAAAGCTAAAACGTGCCTTACAAGCAGAAGAGGTCTTCCCAGCCTTA
TCAGCAGCTTCAATCTTCTCATTGGCAGCACTTGGAGTAGGTGCAGGAGAATCAACTTCA
GGTGTCTCTGCTTCAGGTGTCTCTGCTTCAGGTGTAAGTTTTGGATCATTACTATCTGAG
ACATTGTCTTCATCACCTGGTCCAGGAGCTGGAGCTGAAGGGGTTGCACCACTGATGGGA
GATGGACCTGGAGCCATTGCAGCATGCATAGGAGATGGAGCCGGAGACGGAGCTGGAGCT
GGAGCCAAAGGAACGGGTGGTGGTGGAGGTGGG*AGAACTGCTAAGCTGAGTCCAGGAGC
CACAATGGGCATGCTAATCTGGATTATAGACAGGTTAAAAGGGTTGTGATACAACGTGGT
AACATACTCAGCGTTTAGAGGCGAGCCCTTTACTCCGGATCCAAAGTAAACTCTTCCTTT
AGATTTGGTACAGTTGAGGAAACCGTTCATCTCTTCACCCAAACCGGTTGTTTGGTACAA
GGTAGTGAGCATCATGCTCGTCTCCTTCATCCCCTTGAGCTTGAGCTCGTCGTAGTAGTC
AAGAATGACATGAGTCATGAGGATGTTCTTGAGCTCAATGGCGGATTTGTTAGTGATAGA
ACCGATGGCGCTGTTGTTAACAGCGAGTAGGGTTATGGTTTGGTATTTGCTTATGAGTGT
AGTGAGCTTGGTACTGGTGAAGAGGTCACTCATTGTGCTGAAATTGGAGTATTTCTCAAA
CGCGTGTGTGATGTTATCGACTGTAACAAGGGTAGAGAAGAGGAGTAAGAGGGTTAGCGA
GAGGAGAGAAAAGGAGGCGTTGAGACCCATCTTGTGTGATAGATAGTGAAAAGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CH78JQ U 1
AF RR1BB10JQ U 93
AF RR1CH78TF C 398
AF RR1BB10TF C 413
BS 1 203 RR1CH78JQ
BS 204 204 RR1BB10JQ
BS 205 264 RR1CH78JQ
BS 265 265 RR1BB10JQ
BS 266 374 RR1CH78JQ
BS 375 375 RR1BB10JQ
BS 376 453 RR1CH78JQ
BS 454 454 RR1BB10JQ
BS 455 465 RR1CH78JQ
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BS 467 513 RR1CH78JQ
BS 514 514 RR1BB10JQ
BS 515 700 RR1CH78JQ
BS 701 773 RR1BB10JQ
BS 774 1077 RR1CH78TF

RD RR1CH78JQ 700 0 0
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AAACTACAGACTGAATGAATGAATGAATGAATGTTTTGAATCTCATCTACCATTATTGTC
ATCAGACCACATCATCTAACTCCAACTTAAAACCAAGCAAAGCTAACAAAAAATACTAGC
AAGAGAACAACTTCAAAGCTAAAGCGTGCCTTACAAGCAGAAGAGGTCTTCCCAGCCTTA
TCAGCAGCTTCAATCTTCTCATTGTCAGCACTTGGAGTAGGTGCAGGAGAATCAACTTCA
GGTGTCTCTGCTTCAGGTGTCTCTGCTTCAGGTGTAAGTTTTGGATCATTACTATCTGAG
ACATTGTCTTCATCCCCTGGTCCAGGAGCTGGAGCTGAAGGGGTTGCACCACTGATGGGA
GATGGACCTGGAGCCATTGCAGCATGCATAGGAAATGGAGCCGGAAACGGAGCTGGAGCT
GGAGCCAAAGGAACGGGTGGTGGTGGAGGTGGGGAGAACTGCTAAGCTGAGTCCAGGAGC
CACAATGGGCATGCTAATCTGGATTATAGACAGGTTAAAAGGGTTGTGATACAACGTGGT
AACATACTCAGCGTTTAGAGGCGAGCCCTTTACTCCGGATCCAAAGTAAACTCTTCCTTT
AGATTTGGTACAGTTGAGGAAACCGTTCATCTCTTCACCC

QA 1 700 1 700
DS 

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ACAAGCAGAAGAGGTCTTCCCAGCCTTATCAGCAGCTTCAATCTTCTCATTGGCAGCGCT
TGGAGTAGGTGCAGGAGAATCAACTTCAGGTGTCTCTGCTTCAGGTGTCTCTGCTTCAGG
TGTAAGTTTTGGATCATTACTATCTGAGACATTGTCTTCATCACCTGGTCCAGGAGCTGG
AGCTGAAGGGGTCGCACCACTGATGGGAGATGGACCTGGAGCCATTGCAGCATGCATAGG
AGATGGAGCCGGAGACGGAGCTGGAGCTGGAGCCAAAGGAACGGGTGGTGGTGGAGGTGG
G*AGAACTGCTAAGCTGAGTCCAGGAGCCACAATGGGCATGCTAATCTGGATTATAGACA
GGTTAAAAGGGTTGTGATACAACGTGGTAACATACTCAGCGTTTAGAGGCGAGCCCTTTA
CTCCGGATCCAAAGTAAACTCTTCCTTTAGATTTGGTACAGTTGAGGAAACCGTTCATCT
CTTCACCCAAACCGGTTGTTTGGTACAAGGTAGTGAGCATCATGCTCGTCTCCTTCATCC
CCTTGAGCTTGAGCTCGTCGT

QA 1 681 1 681
DS 

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GAGCCGGAGACGGAGCTGGAGCTGGAGCCAAAGGAACGGGTGGTGGTGGAGGTGGG*AGA
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AAAGGGTTGTGATACAACGTGGTAACATACTCAGCGTTTAGAGGCGAGCCCTTTACTCCG
GATCCAAAGTAAACTCTTCCTTTAGATTTGGTACAGTTGAGGAAACCGTTCATCTCTTCA
CCCAAACCGGTTGTTTGGTACAAGGTAGTGAGCATCATGCTCGTCTCCTTCATCCCCTTG
AGCTTGAGCTCGTCGTAGTAGTCAAGAATGACATGAGTCATGAGGATGTTCTTGAGCTCA
ATGGCGGATTTGTTAGTGATAGAACCGATGGCGCTGTTGTTAACAGCGAGTAGGGTTATG
GTTTGGTATTTGCTTATGAGTGTAGTGAGCTTGGTACTGGTGAAGAGGTCACTCATTGTG
CTGAAATTGGAGTATTTCTCAAACGCGTGTGTGATGTTATCGACTGTAACAAGGGTAGAG
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GATAGATAGTGAAAAGCTCC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1BB10TF 665 0 0
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CTGGAGCTGGAGCCAAAGGAACGGGTGGTGGTGGAGGTGGG*AGAACTGCTAAGCTGAGT
CCAGGAGCCACAATGGGCATGCTAATCTGGATTATAGACAGGTTAAAAGGGTTGTGATAC
AACGTGGTAACATACTCAGCGTTTAGAGGCGAGCCCTTTACTCCGGATCCAAAGTAAACT
CTTCCTTTAGATTTGGTACAGTTGAGGAAACCGTTCATCTCTTCACCCAAACCGGTTGTT
TGGTACAAGGTAGTGAGCATCATGCTCGTCTCCTTCATCCCCTTGAGCTTGAGCTCGTCG
TAGTAGTCAAGAATGACATGAGTCATGAGGATGTTCTTGAGCTCAATGGCGGATTTGTTA
GTGATAGAACCGATGGCGCTGTTGTTAACAGCGAGTAGGGTTATGGTTTGGTATTTGCTT
ATGAGTGTAGTGAGCTTGGTACTGGTGAAGAGGTCACTCATTGTGCTGAAATTGGAGTAT
TTCTCAAACGCGTGTGTGATGTTATCGGCTGTAACAAGGGTAGAGAAGAGGAGTAAGAGG
GTTAGCGAGAGGAGAGAAAAGGAGGCGTTGAGACCCATCTTGTGTGATAGATAGTGAAAA
GCTCC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 4

CO CL3386Contig1 709 4 7 U
TTTTTTTTCTCTTTAACCCACATGATTTTCATTCATAACGAAAAGGACTCTACAACGTAG
TCTCTAATGTAACAAAAGAGAGAGGAAACAAAACAAAGACCTAATCTAAATCTAAACGCT
ACACATTGACTCATCTTCGAACAACAACAACAGAACCAGAGATTCTACTCATCGTCATCA
CCGGAAGGTTTGGAAGCACCACCAGCCTTCTTGGGAAGAAGAAGATTATGAATGTTGGGC
ATCACACCTCCGTTCGCAATCGTCACATCCCCAAGCAACTTGCTCAGCTCCTCATCGTTC
CTCACCGCCAACTGGATGTGTCGCGGCACGATCCTCGTCTTCTTGTTGTCCCTCGCTGCG
TTTCCCGCCAATTCAAGAACCTACACAGATCCCAATTTCGAAATTAGGGTTTACGGAATC
GATCCCCACCAAGATATAAAGAAATTGAGTAATTAATTTAATTACCTCTGCGGCGAGGTA
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CGACGTGGCCTTCTTGGCAACTCCAGATCCGAGAGTTTTTCCACGGCCTGCCATTTCTAA
GTCGAAGTAATGAATTTTTTTTTAAAAAGATGAGTAGAGAGGGGAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1E831JQ U 15
AF RR1E831TF C 1
AF RR1FL82JQ U 15
AF RR1FL82TF C 17
BS 1 32 RR1E831TF
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BS 225 640 RR1E831JQ
BS 641 709 RR1FL82JQ

RD RR1E831JQ 626 0 0
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GAGTTTTT

QA 19 626 19 626
DS 

RD RR1E831TF 709 0 0
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ATCACACCTCCGTTCGCAATCGTCACATCCCCAAGCAACTTGCTCAGCTCCTCATCGTTC
CTCACCGCCAACTGGATGTGTCGCGGCACGATCCTCGTCTTCTTGTTGTCCCTCGCTGCG
TTTCCCGCCAATTCAAGAACCTACACAGATCCCAATTTCGAAATTAGGGTTTACGGAATC
GATCCCCACCAAGATATAAAGAAATTGAGTAATTAATTTAATTACCTCTGCGGCGAGGTA
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CGACGTGGCCTTCTTGGCAACTCCAGATCCGAGAGTTTTTCCACGGCCTGCCATTTCTAA
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QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1FL82JQ 695 0 0
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AAGCAACTTGCTCAGCTCCTCATCGTTCCTCACCGCCAACTGGATGTGTCGCGGCACGAT
CCTCGTCTTCTTGTTGTCCCTCGCTGCGTTTCCCGCCAATTCAAGAACCTACACAGATCC
CAATTTCGAAATTAGGGTTTACGGAATCGATCCCCACCAAGATATAAAGAAATTGAGTAA
TTAATTTAATTACCTCTGCGGCGAGGTATTCGAGAACGGCGGCTAAGTAGACCGGAGCTC
CGGCACCGACACGCTCGGCGTATTTGCCGTTCTTCAAGAACCTTGCGATACGACCGACGG
GGAGCTGGAGACCGGCTTTGCTGCTCCTCGACGTGGCCTTCTTGGCAACTCCAGATCCGA
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QA 19 695 19 695
DS 

RD RR1FL82TF 693 0 0
AACCCACATGATTTCA
TCATAACGAAAAGGACTCTACAACGTAGTCTCTAATGTAACAAAAGAGAGAGGAAACAAA
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GAACCAGAGATTCTACTCATCGTCATCACCGGAAGGTTTGGAAGCACCACCAGCCTTCTT
GGGAAGAAGAAGATTATGAATGTTGGGCATCACACCTCCGTTCGCAATCGTCACATCCCC
AAGCAACTTGCTCAGCTCCTCATCGTTCCTCACCGCCAACTGGATGTGTCGCGGCACGAT
CCTCGTCTTCTTGTTGTCCCTCGCTGCGTTTCCCGCCAATTCAAGAACCTACACAGATCC
CAATTTCGAAATTAGGGTTTACGGAATCGATCCCCACCAAGATATAAAGAAATTGAGTAA
TTAATTTAATTACCTCTGCGGCGAGGTATTCGAGAACGGCGGCTAAGTAGACCGGAGCTC
CGGCACCGACACGCTCGGCGTATTTGCCGTTCTTCAAGAACCTTGCGATACGACCGACGG
GGAGCTGGAGACCGGCTTTGCTGCTCCTCGACGTGGCCTTCTTGGCAACTCCAGATCCGA
GAGTTTTTCCACGGCCTGCCATTTCTAAGTCGAAGTAATGAATTTTTTTTTAAAAAGATG
AGTAGAGAGGGGAAGCG

QA 17 693 17 693
DS 



AS 1 4

CO CL3387Contig1 671 4 9 U
GGAGCGGCGGAAGATCCGACGGTGGTGGTGATGATGGAGAGGATAGCACAGACGTTCATT
ATCGTGAGATGATTGAAGCTAATCCTGGAAACGGGATTTTTCTCAGCAATTACGCCAAGT
TCTTGAAAGAGGTTCGGGGAGATTACTTGAAAGCAGAGGAGTATTGCGGGAGAGCGGTTC
TGGTGAGTCCTTACGATGGGAATGTTCTCTCCATGTACGCGGAGCTTGTGTGGATGATCC
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ATGAAGATGAAGAGAGACACGGAGAAGTACTTGAGCCTCAAACTTCTCGGATTGATTTCT
TTACCGGACCTTACCCAATTACGGCCATGTCTTAACTCCTTGTCTTGGCATCTTATAGAT
TTAGTTAAATAATGTTACTTCTATGATCTATCTAACCCTTTTGTTTTAATGTGAATTCTT
TTAATGTTGCCTCCCTTTCATAATATATATGGGTGTTTTCAGTTTTAGAATTTGTCTCAG
TTGTAGACCTGTAGTAATATACCACCGGAAGGAAAATAAGTATTGGAATAAAAAGTTTTG
CTCTTAAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH76TF U 401
AF RR1FE29TF U 20
AF RR1EE57JQ C 1
AF RR1EE57TF U 1
BS 1 20 RR1EE57TF
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RD RR1CH76TF 142 0 0
GC
CTTCTCGGATTGATTTCTTTACCGGACCTTACCCAATTACGGCCATGTCTTAACTCCTTG
TCTTGGCATCTTATAGATTTAGTTAAATAATGTTACTTCTATGATCTATCTAACCCTTTT
GTTTTAATGTGAATTCTTTT

QA 3 142 3 142
DS 

RD RR1FE29TF 608 0 0
G
GGTGGTGGTGATGATGGAGAGGATAGCACAGACGTTCATTATCGTGAGATGATTGAAGCT
AATCCTGGAAACGGGATTTTTCTCAGCAATTACGCCAAGTTCTTGAAAGAGGTTCGGGGA
GATTACTTGAAAGCAGAGGAGTATTGCGGGAGAGCGGTTCTGGTGAGTCCTTACGATGGG
AATGTTCTCTCCATGTACGCGGAGCTTGTGTGGATGATCCATAAGGATTCGTCTCGTGCT
GAGTCTTACTTCAATCGAGCTGTTGCAGCTGCTCCTGATGACTGTTATGTACAAGCTTCA
TATGCGCGGTTTCTTTGGGATGCTGAAGAGGAGGAAGAAGATGAAGATGAAGAGAGACAC
GGAGAAGTACTTGAGCCTCAAACTTCTCGGATTGATTTCTTTACCGTACCTTACCCAATT
ACGGCCATGTCTTAACTCCTTGTCTTGGCATCTTATAGATTTAGTTAAATAATGTTACTT
CTATGATCTATCTAACCCTTTTGTTTTAATGTGAATTCTTTTAATGTTGCCTCCCTTTCA
TAATATATATGGGTGTTTTCAGTTTTAGAATTTGTCTCAGTTGTAGACCTGTAGTAATAT
ACCACCG

QA 2 608 2 608
DS 

RD RR1EE57JQ 665 0 0
GGAGCGGCGGAAGATCCGACGGTGGTGGTGATGATGGAGAGGATAGCACAGACGTTCATT
ATCGTGAGATGATTGAAGCTAATCCTGGAAACGGGATTTTTCTCAGCAATTACGCCAAGT
TCTTGAAAGAGGTTCGGGGAGATTACTTGAAAGCAGAGGAGTATTGCGGGAGAGCGGTTC
TGGTGAGTCCTTACGATGGGAATGTTCTCTCCATGTACGCGGAGCTTGTGTGGATGATCC
ATAAGGATTCGTCTCGTGCTGAGTCTTACTTCAATCGAGCTGTTGCAGCTGCTCCTGATG
ACTGTTATGTACAAGCTGCATATGCGCGGTTTCTTTGGGATGCTGAAGAGGAGGAAGAAG
ATGAAGATGAAGAGAGACACGGAGAAGTACTTGAGCCTCAAACTTCTCGGATTGATTTCT
TTACCGGACCTTACCCAATTACGGCCATGTCTTAACTCCTTGTCTTGGCATCTTATAGAT
TTAGTTAAATAATGTTACTTCTATGATCTATCTAACCCTTTTGTTTTAATGTGAATTCTT
TTAATGTTGCCTCCCTTTCATAATATATATGGGTGTTTTCAGTTTTAGAATTTGTCTCAG
TTGTAGACCTGTAGTAATATACCACCGGAAGGAAAATAAGTATTGGAATAAAAAGTTTTG
CTCTT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1EE57TF 671 0 0
GGAGCGGCGGAAGATCCGACGGTGGTGGTGATGATGGAGAGGATAGCACAGACGTTCATT
ATCGTGAGATGATTGAAGCTAATCCTGGAAACGGGATTTTTCTCAGCAATTACGCCAAGT
TCTTGAAAGAGGTTCGGGGAGATTACTTGAAAGCAGAGGAGTATTGCGGGAGAGCGGTTC
TGGTGAGTCCTTACGATGGGAATGTTCTCTCCATGTACGCGGAGCTTGTGTGGATGATCC
ATAAGGATTCGTCTCGTGCTGAGTCTTACTTCAATCGAGCTGTTGCAGCTGCTCCTGATG
ACTGTTATGTACAAGCTGCATATGCGCGGTTTCTTTGGGATGCTGAAGAGGAGGAAGAAG
ATGAAGATGAAGAGAGACACGGAGAAGTACTTGAGCCTCAAACTTCTCGGATTGATTTCT
TTACCGGACCTTACCCAATTACGGCCATGTCTTAACTCCTTGTCTTGGCATCTTATAGAT
TTAGTTAAATAATGTTACTTCTATGATCTATCTAACCCTTTTGTTTTAATGTGAATTCTT
TTAATGTTGCCTCCCTTTCATAATATATATGGGTGTTTTCAGTTTTAGAATTTGTCTCAG
TTGTAGACCTGTAGTAATATACCACCGGAAGGAAAATAAGTATTGGAATAAAA*GTTTTG
CTCTTAAAAAA

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL3388Contig1 705 2 3 U
TTTTTTTCTTAAAGACTAGTCAATTTAATTTAGAGATTCACCAATGTGATAACTTCAATA
CATGTGAAACTCAAAACCTAAGAACATCTCCAAAGCTATGTGGTTCCATCAACATGTGAA
GCATGAAACAATTATATAAACACAACATGTGTTATCACATCAACGTCTTTGATATGAAGT
AGACACAACATAATATGAACACGTACAATTGGAAAGTTTCTGTGGCCAAAGTAACAAATC
AAAGAATGTCCTTCCGGTGAAAAACAGAGCTCAATCAATGAAACCGGTTCTTCTGAAAAC
AGCATTCCTCACCTGTCGGAGATCTCTCCCTTTAAGTGTTCTTCCTGCTCCTTCAAGCAC
GGAGCATGACAGGTAAGAAGACTGCGCCAAAGACCGAGCTACAATCTCATGCGGAGGAAG
CATTTCGCCTTCTTCTTCCTCCTCATCCTCATCCACCACATCAGTCAGCTTGAACTCCTT
CTTATGACGATTCATCATGGCCAAAGATGCTACCGGCACTTGAACCGGAGCAGACTGAGG
ATACTTCCCTCCACCTGTAAAAGAAGCAGTGTACGGAAGCCTCTCTTGAGGCGGTTTGGG
AGCTGAGGGAATGGCACGAGTCGCCGAAGATGAAGATGAAGAAGGTGAAGTGGAGGGAAG
AGATGCAGGCTTATGGTGAAAGAGAACACGAGGAGACAGAGAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY10JQ U 14
AF RR1CF21TF C 1
BS 1 13 RR1CF21TF
BS 14 528 RR1FY10JQ
BS 529 705 RR1CF21TF

RD RR1FY10JQ 515 0 0
GACTAGTCAATTTAATTTAGAGATTCACCAATGTGATAACTTCAATACATGTGAAACTCA
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ATATAAACACAACATGTGTTATCACATCAACGTCTTTGATATGAAGTAGACACAACATAA
TATGAACACGTACAATTGGAAAGTTTCTGTGGCCAAAGTAACAAATCAAAGAATGTCCTT
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TGTCGGAGATCTCTCCCTTTAAGTGTTCTTCCTGCTCCTTCAAGCACGGAGCATGACAGG
TAAGAAGACTGCGCCAAAGACCGAGCTACAATCTCATGCGGAGGAAGCATTTCGCCTTCT
TCTTCCTCCTCATCCTCATCCACCACATCAGTCAGCTTGAACTCCTTCTTATGACGATTC
ATCATGGCCAAAGATGCTACCGGCACTTGAACCGG

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR1CF21TF 705 0 0
TTTTTTTCTTAAAGACTAGTCAATTTAATTTAGAGATTCACCAATGTGATAACTTCAATA
CATGTGAAACTCAAAACCTAAGAACATCTCTAAAGCTATGTGGTTCCATCAACATGTGAA
GCATGAAGCAATTATATAAACACAACATGTGTTATCACATCAACGTCTTTGATATGAAGT
AGACACAACATAATATGAACACGTACAATTGGAAAGTTTCTGTGGCCAAAGTAACAAATC
AAAGAATGTCCTTCCGGTGAAAAACAGAGCTCAATCAATGAAACCGGTTCTTCTGAAAAC
AGCATTCCTCACCTGTCGGAGATCTCTCCCTTTAAGTGTTCTTCCTGCTCCTTCAAGCAC
GGAGCATGACAGGTAAGAAGACTGCGCCAAAGACCGAGCTACAATCTCATGCGGAGGAAG
CATTTCGCCTTCTTCTTCCTCCTCATCCTCATCCACCACATCAGTCAGCTTGAACTCCTT
CTTATGACGATTCATCATGGCCAAAGATGCTACCGGCACTTGAACCGGAGCAGACTGAGG
ATACTTCCCTCCACCTGTAAAAGAAGCAGTGTACGGAAGCCTCTCTTGAGGCGGTTTGGG
AGCTGAGGGAATGGCACGAGTCGCCGAAGATGAAGATGAAGAAGGTGAAGTGGAGGGAAG
AGATGCAGGCTTATGGTGAAAGAGAACACGAGGAGACAGAGAGAG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 4

CO CL3389Contig1 798 4 14 U
GGACTCCTCTCTCATATCCCAATTTTACTCAAGATAAACATTATCAGAGGTAGAAAAAAT
GGCTGAGGCGGCAATAACCAAGGCGTCTACTATGGTCGGGAAGCTTGAGACAGACGTGGA
GATCAAAGCTTCGGCTGGACAGTTTCATCACATGTTCGCCGGGAGACCACACCATGTCTC
CAAAGCATCTCCAGGCAAGATTAAAGGTTGTGATCTGCACGAAGGTGACTGGGGCAAGGT
CGGCTCTATCGTCTACTGGAACTACTTTCATGATGGGGAGGCAAAGGTGGCCAAGGAGAG
AATCGAGGCAGTGGAGCCGGATAAGAACTTGATCACGTTCAGGGTTATAGAAGGTGATCT
GATGAAAGAGTACAAAAGCTTCGTGATCACGATCCAGGTGACTCCTAAGCACGGAGGGCC
AGGGAGTATTGTGCACTGGCACCTTGAGTATGAGAAGATTAGCGACTTGGTTGCTCATCC
CGAGACTCTCCTCCAGTTCTGCGTTGAAGTCTCCAAAGAGATCGACGAACATCTCTTGTC
TGAGGAATAGAGGAGAGTACTCCTCGCGCGACTCTCCTATCAGTACTTGTGTGCATGGTT
GAAGCAAGTTGATTTCAGTAATAAAAAGTTCAATAAATAACGAGTGTATAATATATATGA
GTGACTTGTGAAATGGAAGTGCTGTATTATATATGCACGTATTCTACTTTCTTGTTTGTT
AAAGTGTATTATGTTTGTCTTTAATAAAAGTATAAAGCATGTGATATATGTTCGGATCAA
TATCGTTTTTCTACTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH86JQ C 1
AF RR1CH86TF U 22
AF RR1AO62TF U 27
AF RR1AO62JQ C 27
BS 1 26 RR1CH86JQ
BS 27 37 RR1CH86TF
BS 38 38 RR1AO62TF
BS 39 185 RR1CH86TF
BS 186 186 RR1AO62TF
BS 187 388 RR1CH86TF
BS 389 389 RR1AO62TF
BS 390 722 RR1CH86TF
BS 723 724 RR1AO62TF
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BS 764 779 RR1AO62TF
BS 780 798 RR1AO62JQ

RD RR1CH86JQ 765 0 0
GGACTCCTCTCTCATATCCCAATTTTACTCAAGATAAGCATTATCAGAGGTAGAAAAAAT
GGCTGAGGCGGCAATAACCAAGGCGTCTACTATGGTCGGGAAGCTTGAGACAGACGTGGA
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AATCGAGGCAGTGGAGCCGGATAAGAACTTGATCACGTTCAGGGTTATAGAAGGTGATCT
GATGAAAGAGTACAAAAGCTTCGTGATCGCGATCCAGGTGACTCCTAAGCACGGAGGGCC
AGGGAGTATTGTGCACTGGCACCTTGAGTATGAGAAGATTAGCGACTTGGTTGCTCATCC
CGAGACTCTCCTCCAGTTCTGCGTTGAAGTCTCCAAAGAGATCGACGAACATCTCTTGTC
TGAGGAATAGAGGAGAGTACTCCTCGCGCGACTCTCCTATCAGTACTTGTGTGCATGGTT
GAAGCAAGTTGATTTCAGTAATAAAAAGTTCAATAAATAACGAGTGTATAATATATATGA
GTGACTTGTGAAATGGAAGTGCTGTATTATATATGCACGTATTCTACTTTCTTGTTTGTT
AAGGTGTATTATGTTTGTCTTTAATAAAAGTATAAAGCATGTG
AT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1CH86TF 742 0 0
TTTTT
ACTCAAGATAAGCATTATCAGAGGTAGAAAAAATGGCTGAGGCGGCAATAACCAAGGCGT
CTACTATGGTCGGGAAGCTTGAGACAGACGTGGAGATCAAAGCTTCGGCTGGACAGTTTC
ATCACATGTTCGCCGGGAGACCACACCATGTCTCCAAAGTATCTCCAGGCAAGATTAAAG
GTTGTGATCTGCACGAAGGTGACTGGGGCAAGGTCGGCTCTATCGTCTACTGGAACTACT
TTCATGATGGGGAGGCAAAGGTGGCCAAGGAGAGAATCGAGGCAGTGGAGCCGGATAAGA
ACTTGATCACGTTCAGGGTTATAGAAGGTGATCTGATGAAAGAGTACAAAAGCTTCGTGA
TCGCGATCCAGGTGACTCCTAAGCACGGAGGGCCAGGGAGTATTGTGCACTGGCACCTTG
AGTATGAGAAGATTAGCGACTTGGTTGCTCATCCCGAGACTCTCCTCCAGTTCTGCGTTG
AAGTCTCCAAAGAGATCGACGAACATCTCTTGTCTGAGGAATAGAGGAGAGTACTCCTCG
CGCGACTCTCCTATCAGTACTTGTGTGCATGGTTGAAGCAAGTTGATTTCAGTAATAAAA
AGTTCAATAAATAACGAGTGTATAATATATATGAGTGACTTGTGAAATGGAAGTGCTGTA
TTATATATGCACGTATTCTACTTTCTTGTTTGTTAAG*TGTATTATGTTTGTCTTTAT**
AAAGTATAAAGCATGTG

QA 6 742 6 742
DS 

RD RR1AO62TF 753 0 0
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CTACTATGGTCGGGAAGCTTGAGACAGACGTGGAGATCAAAGCTTCGGCTGGACAGTTTC
ATCACATGTTCGCCGGGAGACCACACCATGTCTCCAAAGCATCTCCAGGCAAGATTAAAG
GTTGTGATCTGCACGAAGGTGACTGGGGCAAGGTCGGCTCTATCGTCTACTGGAACTACT
TTCATGATGGGGAGGCAAAGGTGGCCAAGGAGAGAATCGAGGCAGTGGAGCCGGATAAGA
ACTTGATCACGTTCAGGGTTATAGAAGGTGATCTGATGAAAGAGTACAAAAGCTTCGTGA
TCACGATCCAGGTGACTCCTAAGCACGGAGGGCCAGGGAGTATTGTGCACTGGCACCTTG
AGTATGAGAAGATTAGCGACTTGGTTGCTCATCCCGAGACTCTCCTCCAGTTCTGCGTTG
AAGTCTCCAAAGAGATCGACGAACATCTCTTGTCTGAGGAATAGAGGAGAGTACTCCTCG
CGCGACTCTCCTATCAGTACTTGTGTGCATGGTTGAAGCAAGTTGATTTCAGTAATAAAA
AGTTCAATAAATAACGAGTGTATAATATATATGAGTGACTTGTGAAATGGAAGTGCTGTA
TTATATATGCACGTATTCTACTTTCTTGTTTGTTAAAGTGTATTATGTTTGTCTTTAATA
AAAGTATAAAGCATGTGATATATGTTCGGATCA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1AO62JQ 772 0 0
ACTCAAGATAAACATTATCAGAGGTAGAAAAAATGGCTGAGGCGGCAATAACCAAGGCGT
CTACTATGGTCGGGAAGCTTGAGACAGACGTGGAGATCAAAGCTTCGGCTGGACAGTTTC
ATCACATGTTCGCCGGGAGACCACACCATGTCTCCAAAGCATCTCCAGGCAAGATTAAAG
GTTGTGATCTGCACGAAGGTGACTGGGGCAAGGTCGGCTCTATCGTCTACTGGAACTACT
TTCATGATGGGGAGGCAAAGGTGGCCAAGGAGAGAATCGAGGCAGTGGAGCCGGATAAGA
ACTTGATCACGTTCAGGGTTATAGAAGGTGATCTGATGAAAGAGTACAAAAGCTTCGTGA
TCACGATCCAGGTGACTCCTAAGCACGGAGGGCCAGGGAGTATTGTGCACTGGCACCTTG
AGTATGAGAAGATTAGCGACTTGGTTGCTCATCCCGAGACTCTCCTCCAGTTCTGCGTTG
AAGTCTCCAAAGAGATCGACGAACATCTCTTGTCTGAGGAATAGAGGAGAGTACTCCTCG
CGCGACTCTCCTATCAGTACTTGTGTGCATGGTTGAAGCAAGTTGATTTCAGTAATAAAA
AGTTCAATAAATAACGAGTGTATAATATATATGAGTGACTTGTGAAATGGAAGTGCTGTA
TTATATATGCACGTATTCTACTTTCTTGTTTGTTAAAGTGTATTATGTTTGTCTTTAATA
AAAGTATAAAGCATGTGATATATGTTCGGATCAATATCGTTTTTCTACTTTC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 4

CO CL3390Contig1 893 4 7 U
GGTGGTTATTTCTGATGAAGTTTATAAGCACACAATATATGGAGAGAATCCATTTGTCCC
GATGGGGATATTCGCATCGATTGCTCCTGTGGTTACACTCGGATCCCATTTCCAAGGGGT
GGCTCGTCCCTGGCTGGAGAATAGGTTGGATGGCGATGCATGATCCAAAATAATGTTTTC
AAAACCACTGGGGTCGTTGAATCCATCAAGGACTTTCTTAACATAAGTCCAGATCCATCG
ACAATTCTACAGTTTGCACTTCCAAATATCTTGGAGAAGACAAAGAAAGATTTCTTTGAG
AAGAAAAACCTGACATTTAAGCAGAACGTAGATATGATGTTCGATGCCCTCAAGGAGATT
CCTTGCCTCGTTTGCCCTAAGAAACCTGAGTCGTGTACCTACTTAGTGACAAAATTGGAC
CTATCACTCTTGGAGGACATCACAGACGATGTTGATTTCTGCATGAAGCTGGCCCGAGAG
GAGAGCCTCGTCCTTTTACCTGGAGAGGCATTAGGCAAGAAGAATTGGGTGAGAATCTCA
ATTGGAGTCGAGAGATCAATGCTAGAAGACGCTTTCTTGAGGCTCAAAGTCTTCTATGCT
CGCCATGTCAAATCACAAACCACTTAAAAGACTTCATTGTCATAAACCTGAGAGGCCCTA
TCGTTCTACTGTTTTTGTATTTTCTCTATTCAATAAATTTCTCGATAATGTTCGAGAGAC
TTTGGGTTGTTGTGTGCGTGTGTGCGCACGTGTGTTTAAGTAGCTATCTGTGATTGTCCA
TTTGTCCGTTTAGAACGTCGTTTTAGTGGAGTCGATGTCAAAACATGATGTCACGAACTT
GCCATCTTGTATGCGAGTTGAGAATAAATAATATCTGACGTGTGTTTCAAAAC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B931TF U 1
AF RR1B931JQ C 2
AF RR1F178JQ C 305
AF RR1F178TF U 207
BS 1 106 RR1B931TF
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BS 108 169 RR1B931TF
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BS 171 788 RR1B931TF
BS 789 887 RR1F178TF
BS 888 893 RR1B931JQ

RD RR1B931TF 788 0 0
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TCGTTCTACTGTTTTTGTATTTTCTCTATTCAATAAATTTCTCGATAATGTTCGAGAGAC
TTTGGGTTGTTGTGTGCGTGTGTGCGCACGTGTGTTTAAGTAGCTATCTGTGATTGTCCA
TTTGTCCG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1B931JQ 892 0 0
GG
GGTTATTTCTGATGAAGTTTATAAGCACACAATATATGGAGAGAATCCATTTGTCCCGAT
GGGGATATTCGCATCGATTGCTCCTGTGGTTACACTCGGATCCCATTTCCAAGGGGTGGC
TCGTCCCTGGCTGGAGAATAGGTTGGATGGCGATGCATGATCCAAAATAATGTTTTCAAA
ACCACTGGGGTCGTTGAATCCATCAAGGACTTTCTTAACATAAGTCCAGATCCATCGACA
ATTCTACAGTTTGCACTTCCAAATATCTTGGAGAAGACAAAGAAAGATTTCTTTGAGAAG
AAAAACCTGACATTTAAGCAGAACGTAGATATGATGTTCGATGCCCTCAAGGAGATTCCT
TGCCTCGTTTGCCCTAAGAAACCTGAGTCGTGTACCTACTTAGTGACAAAATTGGACCTA
TCACTCTTGGAGGACATCACAGACGATGTTGATTTCTGCATGAAGCTGGCCCGAGAGGAG
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GGAGTCGAGAGATCAATGCTAGAAGACGCTTTCTTGAGGCTCAAAGTCTTCTATGCTCGC
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GGGTTGTTGTGTGCGTGTGTGCGCACGTGTGTTTAAGTAGCTATCTGTGATTGTCCATTT
GTCCGTTTAGAACGTCGTTTTAGTGGAGTCGATGTCAAAACATGATGTCACGAACTTGCC
ATCTTGTATGCGAGTTGAGAATAAATAATATCTGACGTGTGTTTCAAAAC

QA 3 892 3 892
DS 

RD RR1F178JQ 584 0 0
AAAACCTGACATTTAAGCAGAACGTAGATATGATGTTCGATGCCCTCAAGGAGATTCCTT
GCCTCGTTTGCCCTAA**AACCTGAGTCGTGTACCTACTTAGTGACAAAATTGGACCTAT
CACTCTTGGAGGACATCACAGACGATTTTGATTTCTGCATGAAGCTGGCCCGAGAGGAGA
GCCTCGTCCTTTTACCTGGAGAGGCATTAGGCAAGAAGAATTGGGTGAGAATCTCAATTG
GAGTCGAGAGATCAATGCTAGAAGACGCTTTCTTGAGGCTCAAAGTTTTCTATGCTCGCC
ATGTCAAATCACAAACCACTTAAAAGACTTCATTGTCATAAACCTGAGAGGCCCTATCGT
TTTACTGTTTTTGTATTTTCTTTATTCAATAAATTTCTCGATAATGTTCGAGAGACTTTG
GGTTGTTGTGTG**TGTGTGCGCACGTGTGTTTAAGTAGCTATCTGTGATTGTCCATTTG
TCCGTTTAGAACGTCGTTTTAGTGGAGTCGATGTCAAAACATGATGTCACGAACTTGCCA
TCTTGTATGCGAGTTGAGAATAAATAATATCTGACGTGTGTTT
C

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1F178TF 681 0 0
G
AAGGACTTTCTTAACATAAGTCCAGATCCATCGACAATTCTACAGTTTGCACTTCCGAAT
ATCTTGGAGAAGACAAAGAAAGATTTCTTTGAGAAGAAAAACCTGACATTTAAGCAGAAC
GTAGATATGATGTTCGATGCCCTCAAGGAGATTCCTTGCCTCGTTTGCCCTAA**AACCT
GAGTCGTGTACCTACTTAGTGACAAAATTGGACCTATCACTCTTGGAGGACATCACAGAC
GATTTTGATTTCTGCATGAAGCTGGCCCGAGAGGAGAGCCTCGTCCTTTTACCTGGAGAG
GCATTAGGCAAGAAGAATTGGGTGAGAATCTCAATTGGAGTCGAGAGATCAATGCTAGAA
GACGCTTTCTTGAGGCTCAAAGTCTTCTATGCTCGCCATGTCAAATCACAAACCACTTAA
AAGACTTCATTGTCATAAACCTGAGAGGCCCTATCGTTCTACTGTTTTTGTATTTTCTCT
ATTCAATAAATTTCTCGATAATGTTCGAGAGACTTTGGGTTGTTGTGTG**TGTGTGCGC
ACGTGTGTTTAAGTAGCTATCTGTGATTGTCCATTTGTCCGTTTAGAACGTCGTTTTAGT
GGAGTCGATGTCAAAACATGATGTCACGAACTTGCCATCTTGTATGCGAGTTGAGAATAA
ATAATATCTGACGTGTGTTT

QA 2 681 2 681
DS 



AS 1 4

CO CL3391Contig1 943 4 7 U
GGATCTCCGCCGTTTGTAGCTGACGACACTCTCCTCCTCTTTGCTTCCGTCTCGATCATC
GGCACTAGTCATGTCGGAGAAAGGAGGAAAAGGGTTCAAATCTGCTCTCAAGTCTGCTTA
TGGAGCCGGCAAGGACGATAACTCAACCAAGTCCAAGAAGACAAGGAAAGTTCAGTTTGA
TCCTCAAGGCCCACGAGAGTCCAAGTACACGTTTCTTCAAGACCCTGATGATCAGATCCA
AGGTTCTTCTGCTAAAGGCGGGAAGGGAAGCAAGGCTAAGAAGAGTTCTCTGTCTAAAGA
CTCTCAGCCGCTTGAGCTTAAGACTGATAAGGAGCTTCCGGAGAATGCAAAGTGCATGAT
GGATTGTGAAGCTTTTGAGATTCTACAAGGCGTAAAGGAACAAATGGCTGTTCTATCTGA
AGATCCTAGCTTAAAGCTTCCTGTGTCTTTCGACAGAGGACTGGAGTATGTGAAGTATGG
TCGTTGCTACATGAATCCTCAGTCTGTCAGACAGATCCTTGAGCCTCTGAAAAAGCATGG
TGTATCTGAAAGCGAGATGTGTGTGATTGCCAATGTTTGTCCAGAAAGCATTGATGAAGT
CTTTGCTTTTGTTCCATCCATGAAGGGAAGAAAAGACAAGATCAGTGAGGCCTTAGAAGA
GGCATTGGCGAAGCTCTCCAAGCTCAAAAGATCTGCTTAATGATGATGTTATCCAAGCTG
TTTAACCATAGTAGTAAAGTAAGGATGTTTAAGTTGGGCTTGGGTTTTTTCTTTGGCATG
AAAATGAATCTACTACGCAAGGGTCGGGGTGTTGTAAATGATCTAATGATGTGACAACAA
CATTTGATGTAAGTTTTAATCGTTTCCTTACAATGCTATGGAATGTTCTTAAATAAATCA
AGCACATGAACCTGTCACTTGAGTTCATTTAACGACAGATGAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BB53TF U 2
AF RR1BO93TF U 1
AF RR1BO93JQ C 66
AF RR1BB53JQ C 292
BS 1 367 RR1BO93TF
BS 368 368 RR1BB53TF
BS 369 722 RR1BO93TF
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BS 877 943 RR1BB53JQ

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QA 1 646 1 646
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CTTCTGCTAAAGGCGGGAAGGGAAGCAAGGCTAAGAAGAGTTCTCTGTCTAAAGACTCTC
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CTAGCTTAAAGCTTCCTGTGTCTTTCGACAGAGGACTGGAGTATGTGAAGTATGGTCGTT
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G

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DS 

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TGATGAAGTCTTTGCTTTTGTTCCATCCATGAAGGGAAGAAAAGACAAGATCAGTGAGGC
CTTAGAAGAGGCATTGGCGAAGCTCTCCAAGCTCAAAAGATCTGCTTAATGATGATGTTA
TCCAAGCTGTTTAACCATAGTAGTAAAGTAAGGATGTTTAAGTTGGGCTTGGGTTTTTTC
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AATAAATCAAGCACATGAACCTGTCACTTGAGTTCATTTAACGACAGATGAC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 4

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ATTCTGATTCCTAATGCCTCTGTTCTCTCCCTCTCCCAGCTCCAATGCTCCCCTGTGTCG
CCTTCTCAGGCTCCGTTATCCCCCGATGATGCAACAAAGCTCCTCCATAAGGTCTTGGGG
TGGAGTATAATGGAGGATGAAGCGGGTGGTCTGAAAATAAGGTGCATGTGGAAGGTGAGG
GATTTTGGGTGCGGCGTTGAACTCATTAACAGGATCCATAAGGTTGCTGAAGCTTCTGGT
CATTACCCTTCTCTCCATTTGGAAAGTCCTACCCAAGTTAGAGCTGAGCTATCTACCTCT
TCCATTGGTGGGCTGAGTATGAACGATTTCATAATGGCGGCAAAGATAGATGACATCAAG
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TTTTGCTTCATATTTGTGATATTTTTGTATGATAACATATAATACACGTGATGTATTCGT
TGGTCTTTATGTTAAGTTATATAGAAACTATGTATTATTCATAATCATATTGGAAAGCAT
TTTTTTAGCACAAAACACTACGATCATGTAATTCATAAGACATACATTAATAAGTGATAT
TTGTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP66TF U 1
AF RR1G847TF U 1
AF RR1GP66JQ C 124
AF RR1G847JQ C 322
BS 1 680 RR1G847TF
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RD RR1GP66TF 712 0 0
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GATTTTGGGTGCGGCGTTGAACTCATTAACAGGATCCATAAGGTTGCTGAAGCTTCTGGT
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QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1G847TF 731 0 0
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ACGTCATCATCTCCGCCGTGTTATGTCTCCGTCTCATTCCTCCGTCAACTTCCTCCTTGC
ACCACTGTTCAGTTCTTTGGTTTCTCACGGACCCAGCGTAAACTGGGTGGGTTAACGGTA
ACCCGGAACAATCTGGCGCAGGATTTTCTCGGGGACTGGGGAGCTCGAGACCCTTACCCG
GAGGAGATAGCTAGCCAGTTCGGTGATAAAGTGTTGGGACCCCAAAGCACTGAGCACAAG
ATTCTGATTCCTAATGCCTCTGTTCTCTCCCTCTCCCAGCTCCAATGCTCCCCTGTGTCG
CCTTCTCAGGCTCCGTTATCCCCCGATGATGCAACAAAGCTCCTCCATAAGGTCTTGGGG
TGGAGTATAATGGAGGATGAAGCGGGTGGTCTGAAAATAAGGTGCATGTGGAAGGTGAGG
GATTTTGGGTGCGGCGTTGAACTCATTAACAGGATCCATAAGGTTGCTGAAGCTTCTGGT
CATTACCCTTCTCTCCATTTGGAAAGTCCTACCCAAGTTAGAGCTGAGCTATCTACCTCT
TCCATTGGTGGGCTGAGTATGAACGATTTCATAATGGCGGCAAAGATAGATGACATCAAG
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TT
GCTTCATAT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1GP66JQ 729 0 0
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CGGAACAATCTGGCGCAGGATTTTCTCGGGGACTGGGGAGCTCGAGACCCTTACCCGGAG
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TCTCAGGCTCCGTTATCCCCCGATGATGCAACAAAGCTCCTCCATAAGGTCTTGGGGTGG
AGTATAATGGAGGGTGAAGCGGGTGGTCTGAAAATAAGGTGCATGTGGAAGGTGAGGGAT
TTTGGGTGCGGCGTTGAACTCATTAACAGGATCCATAAGGTTGCTGAAGCTTCTGGTCAT
TACCCTTCTCTCCATTTGGAAAGTCCTACCCAAGTTAGAGCTGAGCTATCTACCTCTTCC
ATTGGTGGGCTGAGTATGAACGATTTCATAATGGCGGCAAAGATAGATGACATCAATACT
TCTGATCTTTCCCCTAGGAAAAGAGCTTGGGCGTAACAAACTTGTTCTTCTTTTTTTTTT
TGCTTCATATTTGTGATATTTTTGTATGATAACATATAATACACGTGATGTATTCGTTGG
TCTTTATGTTAAGTTATATAGAAACTATGTATTATTCATAATCATATTGGAAAGCATTTT
TTTAGCAC
C

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1G847JQ 585 0 0
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GCGGGTGGTCTGAAAATAAGGTGCATGTGGAAGGTGAGGGATTTTGGGTGCGGCGTTGAA
CTCATTAACAGGATCCATAAGGTTGCTGAAGCTTCTGGTCATTACCCTTCTCTCCATTTG
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AACGATTTCATAATGGCGGCAAAGATAGATGACATCAAGACTTCTGATCTTTCCCCTAGG
AAAAGAGCTTGGGCGTAACAAACTTGTTCTTCTTTTTTTTT**GCTTCATATTTGTGATA
TTTTTGTATGATAACATATAATACACGTGATGTATTCGTTGGTCTTTATGTTAAGTTATA
TAGAAACTATGTATTATTCATAATCATATTGGAAAGCATTTTTTTAGCACAAAACACTAC
GATCATGTAATTCATAAGACATACATTAATAAGTGATATTTGTGC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 4

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GCTTCCTCATCTGTTTGTGGGGAACTTACTTAAAGGACAGACCGTGGGAGTTATTGGAGC
TGGACGTATTGGGTCTGCTTATGCTAGAATGATGGTTGAAGGGTTCAAGATGAATTTGAT
CTACTTTGATCTTTACCAATCCACTCGTCTTGAGAAATTCGTGACAGCTTATGGACAATT
CTTGAAAGCAAATGGGGAACAACCTGTGACATGGAAACGAGCTTCTTCCATGGAGGAGGT
TCTGCGTGAGGCTGATCTGATAAGTCTTCACCCTGTGTTGGACAAAACCACTTACCATCT
TGTCAATAAGGAGAGGCTTGCCATGATGAAAAAGGAAGCAATTCTTGTGAACTGCAGTAG
AGGTCCTGTGATCGATGAGGTAGCTCTTGTCAATCATCTAAGAGAAAACCCAATGTTCCG
AGTTGGTCTTGAGGTGTTTGAGGAAGAGCCATTCATGAAGCCAGGGCTTGCTGATATGAA
GAATGCTATTGTTGTTCCTCACATTGCTTCTGCTTCCAAGTGGACTCGTGAAGGAATGGC
TACGCTTGCAGCTCTCAACGTCCTCGGAAGGATCAAAGGATATCCTATTT*GGAGTGACC
CGAACCGGGTCGACCCGTTCTTGAACGAAAATGCTTCACCGCCTAACGCCAGCCCAAGCA
TTGTCAACTCAAAAGCCTTAGGATTGCCTGTGTCGAAGCTGTGAGTTAAAAGAGTATTAT
GAAGAAGGGGAGATTTGGAAGAATCATTTTAGTAAAAATATCTGATGGTCTCAAAAGTTG
TGTTCATGTAATGTATTGCAAAACAACCATGTCGGATCATAAATAACTCTTTTTAAGTGT
TAATTGGTTTTTAAGTTTGTTGAGTAATTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH74TF U 1
AF RR1AJ23JQ C 351
AF RR1AJ23TF U 18
AF RR1G591JQ C 101
BS 1 492 RR1GH74TF
BS 493 493 RR1AJ23TF
BS 494 626 RR1GH74TF
BS 627 650 RR1AJ23TF
BS 651 651 RR1AJ23JQ
BS 652 741 RR1AJ23TF
BS 742 742 RR1G591JQ
BS 743 789 RR1AJ23TF
BS 790 790 RR1G591JQ
BS 791 802 RR1AJ23TF
BS 803 803 RR1G591JQ
BS 804 813 RR1AJ23TF
BS 814 934 RR1G591JQ

RD RR1GH74TF 626 0 0
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GCTTCCTCATCTGTTTGTGGGGAACTTACTTAAAGGACAGACCGTGGGAGTTATTGGAGC
TGGACGTATTGGGTCTGCTTATGCTAGAATGATGGTTGAAGGGTTCAAGATGAATTTGAT
CTACTTTGATCTTTACCAATCCACTCGTCTTGAGAAATTCGTGACAGCTTATGGACAATT
CTTGAAAGCAAATGGGGAACAACCTGTGACATGGAAACGAGCTTCTTCCATGGAGGAGGT
TCTGCGTGAGGCTGATCTGATAAGTCTTCACCCTGTGTTGGACAAAACCACTTACCATCT
TGTCAATAAGGAGAGGCTTGCCATGATGAAAAAGGAAGCAATTCTTGTGAACTGCAGTAG
AGGTCCTGTGATCGATGAGGTAGCTCTTGTCAATCATCTAAGAGAAAACCCAATGTTCCG
AGTTGGTCTTGATGTGTTTGAGGAAGAGCCATTCATGAAGCCAGGGCTTGCTGATATGAA
GAATGCTATTGTTGTTCCTCACATTGCTTCTGCTTCCAAGTGGACTCGTGAAGGAATGGC
TACGCTTGCAGCTCTCAACGTCCTCG

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1AJ23JQ 349 0 0
CTTACCATTTTGTCAATAAGGAGAGGCTTGCCATGATGAAAAAGGAAGCAATTTTTGTGA
ACTGCAGTAGAGGTCCTGTGATCGATGAGGTAGCTTTTGTCAATCATTTAAGAGAGAACC
CAATGTTCCGAGTTGGTTTTGAGGTGTTTGAGGAAGAGCCATTCATGAAGCCAGGGCTTG
TTGATATGAAGAATGCTATTGTTGTTCCTCCCATTGCTTTTGCTTCCAAGTGGACTCGTG
AAGGAATGGGTACGCTTGCAGCTTTCAACGTCCTCGGAAGGATCAAAGGATATCCTATTT
*GGAGTGACCCGAACCGGGTCGACCCGTTTTTGAACGAAAATGCTTC
CC

QA 1 347 1 347
DS 

RD RR1AJ23TF 796 0 0
G
TGAAGCTGATGGTTTCATGAGAGGTGGCTTGTACGAGGGTTGGCTTCCTCATCTGTTTGT
GGGGAACTTACTTAAAGGACAGACCGTGGGAGTTATTGGAGCTGGGCGTATTGGGTCTGC
TTATGCTAGAATGATGGTTGAAGGGTTCAAGATGAATTTGATCTACTTTGATCTTTACCA
ATCCACTCGTCTTGAGAAATTCGTGACAGCTTATGGACAATTCTTGAAAGCAAATGGGGA
ACAACCTGTGACATGGAAACGAGCTTCTTCCATGGAGGAGGTTCTGCGTGAGGCTGATCT
GATAAGTCTTCACCCTGTGTTGGACAAAACCACTTACCATCTTGTCAATAAGGAGAGGCT
TGCCATGATGAAAAAGGAAGCAATTCTTGTGAACTGCAGTAGAGGTCCTGTGATCGATGA
GGTAGCTCTTGTCAATCATCTAAGAGAGAACCCAATGTTCCGAGTTGGTCTTGAGGTGTT
TGAGGAAGAGCCATTCATGAAGCCAGGGCTTGCTGATATGAAGAATGCTATTGTTGTTCC
TCACATTGCTTCTGCTTCCAAGTGGACTCGTGAAGGAATGGCTACGCTTGCAGCTCTCAA
CGTCCTCGGAAGGATCAAAGGATATCCTATTTTGGAGTGACCCGAACCGGGTCGACCCGT
TCTTGAACGAAAATGCTTCACCGCCTAACGCCAGCCCAAGCATTGTCAACTCAAAAGCCT
TAG*ATTGCCTGTGTCGAAGCTGTGAGTTAAAAGAGTATTATGAAGAAGGG*AGATTTGG
AAGA*TCATTTTAGT

QA 2 796 2 796
DS 

RD RR1G591JQ 834 0 0
GGACCGTGGGAGTA
TGGAGCTGGACGTATTGGGTCTGCTTATGCTAGAATGATGGT*GAAGGGTTCAAGATGAA
TTTGATCTACTTTGATCTTTACCAATCCACTCGTCTTGAGAAATTCGAGACAGCTTATGG
ACAATTCTTGAAAGCAAATGGGGAACAACCTGTGACATGGAAACGAGCTTCTTCCATGGA
GGAGGTTCTGCGTGAGGCTGATCTGATAAGTCTCCACCCTGTGTTGGACAAAACCACTTA
CCATCTTGTCAATAAGGAGAGGCTTGCCATGATGAAAAAGGAAGCAATTCTTGTGAACTG
CAGTAGAGGTCCTGTGATCGATGAGGTAGCTCTTGTCAATCATCTAAGAGAAAACCCAAT
GTTCCGAGTTGGTCTTGATGTGTTTGAGGAAGAGCCATTCATGAAGCCAGGGCTTGCTGA
TATGAAGAATGCTATTGTTGTTCCTCACATTGCTTCTGCTTCCAAGTGGACTCGTGAAGG
AATGGCTACGCTTGCAGCTCTCAACGTCCTCGGAAGGATCAAAGGATATCCTATTT*GGA
GTGACCCGAACCGGGTCGACCCGTTCTTGAACGAAAATGCTTCACCGCCTAACGCCAGCC
CAAGCATTGTCAACTCAAAAGCCTTAGGATTGCCTGTGTCGAAGCTGTGAGTTAAAAGAG
TATTATGAAGAAGGGGAGATTTGGAAGAATCATTTTAGTAAAAATATCTGATGGTCTCAA
AAGTTGTGTTCATGTAATGTATTGCAAAACAACCATGTCGGATCATAAATAACTCTTTTT
AAGTGTTAATTGGTTTTTAAGTTTGTTGAGTAATTTTACC

QA 15 834 15 834
DS 



AS 1 2

CO CL3394Contig1 817 2 20 U
GGGAGATTCACTGCTCATCTTCTTAGGGTTTCAGCTGTCGGCAGATTTACATTTCCACGA
ATATGGCGACTCAGATTAGCAAGAAGAGAAAGTTTGTGGCGGACGGTGTGTTCTACGCCG
AACTGAACGAGGTTCTCACTAGAGAGCTGGCGGAGGATGGATACTCGGGCGTGGAGGTTA
GGGTTACTCCAATGAGGACTGAGATTATCATCAGAGCCACCCGTACTCAAAATGTTCTCG
GTGAGAAAGGGAGGAGGATCAGGGAGCTGACATCTCTTGTACAGAAGAGATTCAGGTTTC
CTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACACCGAAAAGGTTGCCAACAGAGGTCTCTGTGCCATTG
CTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGTCTTACCGTTCGCAGGGCTTGCT
ATGGTGTATTGAGATTCGTCATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGTGAGGTGATTGTGAGTG
GAAAGCTCCGTGCAGCACGTGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGACGGTTACATGGTTTCAT
CCGGTCAACCTACCAAGGAGTACATCGACTCTGCTGTCAGACATGTTCTCCTTAGACAGG
GAGTGCTCGGAATCAAGGTTAAGGTTATGCTTGACTGGGACCCTAAGGGAGTAACGGGAC
CTAAGACACCATTACCTGATGTTGTGATCATCCATACTCCCAAGGAAGAAGAAGTGAATT
CTACATCTACCCAAGTTGTTGCTCCGGCTGCTGCTCTTGTACCCGAAGCTCCCCTCACAG
CTGTAGATTACCCTGAGATGATCCCAGTTGCTTAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
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AF RR1EN71TF U 1
AF RR1GS90TF U 196
BS 1 325 RR1EN71TF
BS 326 326 RR1GS90TF
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GGGAGATTCACTGCTCATCTTCTTAGGGTTTCAGCTGTCGGCAGATTTACATTTCCACGA
ATATGGCGACTCAGATTAGCAAGAAGAGAAAGTTTGTGGCGGACGGTGTGTTCTACGCCG
AACTGAACGAGGTTCTCACTAGAGAGCTGGCGGAGGATGGATACTCGGGCGTGGAGGTTA
GGGTTACTCCAATGAGGACTGAGATTATCATCAGAGCCACCCGTACTCAAAATGTTCTCG
GTGAGAAAGGGAGGAGGATCAGGGAGCTGACATCTCTTGTACAGAAGAGATTCAGGTTTC
CTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACACTGAGAAGGTTGCCAACTGAGGTCTCTGTGCCATTG
CTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGTCTTACCGTTCGCAGGGCTTGCT
ATGGTGTCTTGAGATTCGTCATGGAGAGTGGAGCTAAGGGCTGTGAGGTGATTGTGAGTG
GAAAGCTCCGTGCTGCGCGTGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGACGGTTACATGGTTTCAT
CTGGTCAGCCTACCAAGGAGTACATCGACTCTGCTGTCAGACATGTTCTCCTTAG

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1GS90TF 622 0 0
GGACTGAGATTATCATCAGAGCCACCCGTACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAAGGGAGGA
GGATCAGGGAGTTGACATCTCTTGTACAGAAGAGATTCAGGTTTCCTCAAGACAGTGTTG
AGCTTTACGCCGAAAAGGTTGCCAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCTC
TCCGTTACAAGCTTCTCGGTGGTCTTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTATTGAGAT
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AGGAGTACATCGACTCTGCTGTCAGACATGTTCTCCTTAGACAGGGAGTGCTCGGAATCA
AGGTTAAGGTTATGCTTGACTGGGACCCTAAGGGAGTAACGGGACCTAAGACACCATTAC
CTGATGTTGTGATCATCCATACTCCCAAGGAAGAAGAAGTGAATTCTACATCTACCCAAG
TTGTTGCTCCGGCTGCTGCTCTTGTACCCGAAGCTCCCCTCACAGCTGTAGATTACCCTG
AGATGATCCCAGTTGCTTAGAA

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 4

CO CL3395Contig1 918 4 13 U
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CTGATAAAAAGAAAATGCAAAAATTTAACACTCACAATTAGAGGTATTAATAATGTTTAT
TTATGTTTAAGCAGTTTGTGTTCAAGACTCGCTTTCCTTCCCTCCGTAAATTGTATTTGT
ATCTGTGTGCTATAGATATCCAAACAACATTACCTTTTACAGCAACAAGTCTTCTCTCCT
GTATTCACGAACAATCACAGGTATACTCGTCGGAGGAATCATTCCATAATCCGTAACGAT
CATAGATATATACTCAGCAGGAGTTGAATCGTACATTAGATTCAGAAACTGGAGGTTTTT
GTTATTATCCATCGTCTTTGCATGCTTTGTGTTGGTTCTTAATGGCACATTGGCTATGGC
GTCAGGATCCCCAAGTTCGTTAGAGCAGATTGAATCAAGCAGGACTCTTTCATGGAACTT
GTAAGCTTCGCAACACACAATGACAGGAACACTAAACGCGTTTGCAACCATTGCAACACA
CGCCGTACCAACTTTCGAGTACAGAGTTCCATTAGAGAAGATGGACGAAGCACCAAGAAA
GACACGCGTAACCTCACCCATGATGTAGGAAACGGCGTTTATATGAGTGTAGGTACAGTC
GAGACCACGGGCGACAAGCCTACGGAGTAGCTTTTGACCTTCAAGGTTAGGGCGTGAGTC
TACAACCACTACACGGAACTTTCTCCCAATCTCATGGGCGTACAAGAGAATCATCTCAAC
CACACAGGAGAATCCGTATGTGAGAAGAACCTCTCCGTCTCTGATTTTTGTTACGGCGTG
TTGTACAATCACCTTGTCTGCAAGAATGATCTTCTCGTCTATGAACCGGCCTATTTCGGA
GCAGAGAGAAGCTTTTGC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH34JQ U 1
AF RR1EH34TF C 42
AF RR1AN19JQ U 4
AF RR1AN19TF C 218
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RD RR1EH34JQ 657 0 0
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QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1EH34TF 791 0 0
A
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CAACAAGTCTTCTCTCCTGTATTCACGAACAATCACAGGTATACTCGTCGGAGGAATCAT
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TGGCACATTGGCTATGGCGTCAGGATCCCCAAGTTCGTTCGAGCAGATTGAATCAAGCAG
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GATTTTTGT
C

QA 2 790 2 790
DS 

RD RR1AN19JQ 852 0 0
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TGTTTAAGAAGTTTGTGTTCAAGACTCGCTTTTCTTCCCTCCGTAAATTGTATTTGTATC
TGTGTGCTATAGATATCCAAACAACATTACCTTTTACAGCAACAAGTCTTCTCTCCTGTA
TTCACGAACAATCACAGGTATGCTCGTCGGAGGAATCATTCCATAATCCGTAACGATCAT
AGATATATACTCAGCAGGAGTTGAATCGTACATTAGATTCAGACACTGGAGGTTTTTGTT
GTTATCCATCGTCTTTGCATGCTTTGTGTTGGTTCTTAATGGCACATTGGCTATGGCGTC
AGGATCCCCAAGTTCGTTAGAGCAGATTGAATCAAGCAGGACTCTTTCATGGAACTTGTA
AGCTTCGCAACACACAATGACAGGGACACTAAACGCGTTTGCAACCATTGCAACACACGC
CGTACCAACTTTCGAGTACAGAGTTCCATTAGAGAAGATGGACGAAGCACCAAGAAAGAC
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AACCACTACACGGAACTTTCTCCCAATCTCATGGGCGTACAAGAGAATCATCTCAACCAC
ACAGGAGAATCCGTATGTGAGAAGAACCTCTCCGTCTCTGATTTTTGTTACGGCGTGTTG
TACAATCACCTT

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR1AN19TF 701 0 0
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AGATTCAGACACTGGAGGTTTTTGTTGTTATCCATCGTCTTTGCATGCTTTGTGTTGGTT
CTTAATGGCACATTGGCTATGGCGTCAGGATCCCCAAGTTCGTTAGAGCAGATTGAATCA
AGCAGGACTCTTTCATGGAACTTGTAAGCTTCGCAACACACAATGACAGGGACACTAAAC
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AAGATGGACGAAGCACCAAGAAAGACACGCGTAACCTCACCCATGATGTAGGAAACGGCG
TTTATATGAGTGTAGGTACAGTCGAGACCACGGGCGACAAGCCTACGGAGTAGCTTTTGA
CCTTCAAGGTTAGGGCGTGAGTCTACAACCACTACACGGAACTTTCTCCCAATCTCATGG
GCGTACAAGAGAATCATCTCAACCACACAGGAGAATCCGTATGTGAGAAGAACCTCTCCG
TCTCTGATTTTTGTTACGGCGTGTTGTACAATCACCTTGTCTGCAAGAATGATCTTCTCG
TCTATGAACCGGCCTATTTCGGAGCAGAGAGAAGCTTTTGC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 4

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AAGGGCTTCCCAAAAGACTCTGATTTAATGATTTTACCGGTTGCAAACGCTGTAGAACTC
AAGGGTAAGGCTGGATCCAAGGCGATTCTGGTGAAAAATATTTACTTGTCTTGTGATCCT
TACATAGGGATTCGCATGAAAGAACCAAATCCATCAAGTTCAGCATTTATGGATGCTTTC
GTGCCGGGCAAGCCTATTTCCGGATATGGAGTGTCTAGGGTGATAGATTCTGATGATCCA
ACCTTGACAAGGAAGTGCCTAACCTTGACTCTGCCTTAAAGAGGTGTTTTCCAAAGGGCA
TTGACATATACTTTGAGAACGTGGGAGGCAAAATGCTTGACGCCGTGCTACTGAACATGA
AAACGCATGGAATAATTGCTGTATGCGGGATGATCTCTCAGTACCATCTTGAAACCAGAG
AAGGGATTCAAAATCTACCGGTTGTTATCTACAAAAAGATCAAGATGCAAGGTTTTGTGG
GTGTTGACTTCATTGATACATTCTCTAAGTTCTTGGAGTTTATGCTTCCATGTATAAAAG
CGAGGAAGTTGATATATGTTGAAGACGTTGTTGAAGGACTAGACAATGGTCCTTCTGCTC
TTGTTGGACTCTTTCGTGGACTAAACTTTGGGAAACAAGTTCTTAAGATCGCTCGTGAGT
GAGATATAGATAGATTGCCCGTATATGATTTATGTGAAGAGATTCATGTGGGTTGAACTA
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GTTTGGGTTCTTTTGGGTTTAGTGATGATATATTCTAAACCAGTATCATTCAAAACTTAG
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
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30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC10TF U 1
AF RR1BX21TF U 4
AF RR1EC10JQ C 103
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TTGACATATACTTTGAGAACGTGGGAGGCAAAATGCTTGACGCCGTGCTACTGAACATGA
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AAGGGATTCAAAATCTACCGGTTGTTATCTACAAAAAGATCA**ATGCAAGGTTTTGTGG
GTGTTGACTTCATTGATACATTCTCTAAGTTCTTGGAGTTTATGCTTCCATGTATAAAAG
CGAGGAAGTTGATATATGTTGAAGACGTTGTTGAAG*ACTAGACAATGGTCCTTCTGCTC
TTGTTGGACTCTTTCGTGGACTAAACTTTGGGAA*CAAGTTCTTA*GATCGCTCGTGAGT
GAGATATAGATAGATTGCCCGTATATGATTTATGTGA*GAGAT*CATGTGGGTTGA
CTAACTGACTAGAT

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GG
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CTTCCCAAAAGACTCTGATTTAATGATTTTACCGGTTGCAAACGCTGTAGAACTCAAGGG
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AGGGATTCGCATGAAAGAACCAAATCCATCAAGTTCAGCATTTATGGATGCTTTCGTGCC
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GACAAGGAAGTGCCTAACCTTGACTCTGCCTTAAAGAGGTGTTTTCCAAAGGGCATTGAC
ATATACTTTGAGAACGTGGGAGGCAAAATGCTTGACGCCGTGCTACTGAACATGAAAACG
CATGGAATAATTTCTGTATGCGGGATGATCTCTCAGTACCATCTTGAAACCAGAGAAGGG
ATTCAAAATCTACCGGTTGTTATCTACAAAAAGATCAAGATGCAAGGTTTTGTGGGTGTT
GACTTCATTGATACATTCTCTAAGTTCTTGGAGTTTATGCTTCCATGTATAAAAGCGAGG
AAGTTGATATATGTTGAAGACGTTGTTGAAGGACTAGACAATGGTCCTTCTGCTCTTGTT
GGACTCTTTCGTGGACTAAACTTTGGGAA*CAAGTTCTTAAGATCGCTCGTGAGTGAG

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DS 

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TACTTGTCTTGTGATCCTTACATAGGGATTCGCATGAAAGAACCAAATCCATCAAGTTCA
GCATTTATGGATGCTTTCGTGCCGGGCAAGCCTATTTCCGGATATGGAGTGTCTAGGGTG
ATAGATTCTGATGATCCAACCTTGACGAGGAAGTGCCTAACCTTGACTCTGCCTTAAAGA
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ACCATCTTGAAACCAGAGAAGGGATTCAAAATCTACCGGTTGTTATTTACAAAAAGATCA
**ATGCAAGGTTTTGTGGGTGTTGACTTCATTGATACATTCTCTAAGTTCTTGGAGTTTA
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TTAAGATCGCTCGTGAGTGAGATATAGATAGATTGCCCGTATATGATTTATGTGAAGAGA
TTCATGTGGGTTGAACTAACTGAACTAGATAATGATGCAAAGCTAACAATAGGCACGACT
GCTTACATATGTAATGTGGTTTGGGTTCTTTTGGGTTTAGTGATGATATATTCTAAACCA
GTATCATTCAAAACTTAGGG

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DS 

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AAAGGGCATTGACATATACTTTGAGAACGTGGGAGGCAAAATGCTTGACGCCGTGCTACT
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AACCAGAGAAGGGATTCAAAATCTACCGGTTGTTATCTACAAAAAGATCAAGATGCAAGG
TTTTGTGGGTGTTGACTTCATTGATACATTCTCTAAGTTCTTGGAGTTTATGCTTCCATG
TATAAAAGCGAGGAAGTTGATATATGTTGAAGACGTTGTTGAAGGACTAGACAATGGTCC
TTCTGCTCTTGTTGGACTCTTTCGTGGACTAAACTTTGGGAAACAAGTTCTTAAGATCGC
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TTGAACTAACTGAACTAGATAATGATGCAAAGCTAACAATAGGCACGACTGCTTACATAT
GTAATGTGGTTTGGGTTCTTTTGGGTTTAGTGATGATATATTCTAAACCAGTATCATTCA
AAACTTAGGGATCAATAGTGTCATTTCACGAAACTGAAGTGAAGCCCCAGCGGCCCAGCC
TAATTTATATGGCCAAGGCCTAACACTAAAAAGCAGTGTCTTGAAATATGAATTCAAGAC
ATGGAGCTATGTAACTTGTAAAGCAGTGGACTGGAAATATGAATTGAAGTCATAAAGG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

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GTGACCAACCAAGACCAGATGTGAGTTTCTACACGATGAAGGCCACACAACACGGTGGAA
GGGTTACAAAGGTCGGTACTTTGAAGGCCAAACAAGCCAATGCCCTCTTCTGGTCGCCCA
CAGGCAAGTACATTATCCTTGCTGGGTTGAAGAACTTCAACGGCCAACTTGAATTTTTCA
ACGTGGATGAGCTCGAGACGATGGCCACAACCGAACACTTCATGGCCACTGATATCGAAT
GGGACCCAACTGGAAGGTACGTTGCAACAGCAGTGACGTCAGTCCATGAGATGGAGAATG
GATTCACCATCTGGTCGTTCAATGGAAAATTGCTTTACCGGAATCTGAAGGATCATTTCT
TCCAGTTGGCATGGCGCCCAAGACCTCCATCATTCTTGTCTCCGGAGAAGGAAGAAGAGA
TAGCAAAGAACCTGAAGAAGTACAGCAAGAAGTACGAGTTGGAGGACCAGGACGTGTCGT
TGCTGTTGAGTGAACAAGACAGAGAGAAGAGGAAGGCGTTGAAGGAAGAGTGGGAGAAAT
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ATGGAGAAGAAGTCGTCCAAGAATGAATGCAAGTTTCCCCACTTGAAGAAGTGTCATTCT
CCTTTCCTTTTCCTGTCCTTCGGATCACTCTTTAGACATCTTATCAAACTGTTTTTTTCT
TTTTCCTGTTCGTTGAAGTTTTAGAATTTTCAATTTTGGTTTCTTGGATATTATATTATG
TTCTTATTCCAGTTTCGGATTATATGTTGAAGCACTTTAATAAATATATCGCATCTTTAA
ATTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1ED40TF U 1
AF RR1ED40JQ C 576
BS 1 634 RR1ED40TF
BS 635 1324 RR1ED40JQ

RD RR1ED40TF 636 0 0
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GTGACCAACCAAGACCAGATGTGAGTTTCTACACGATGAAGGCCACACAACACGGTGGAA
GGGTTACAAAGGTCGGTACTTTGAAGGCCAAACAAGCCAATGCCCTCTTCTGGTCGCCCA
CAGGCAAGTACATTATCCTTGCTGGGTTGAAGAA
CT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1ED40JQ 749 0 0
GCCAATGCCCTCTTCTGGTCGCCCACAGGCAAGTACATTATCCTTGCTGGGTTGAAGAAC
TTCAACGGCCAACTTGAATTTTTCAACGTGGATGAGCTCGAGACGATGGCCACAACCGAA
CACTTCATGGCCACTGATATCGAATGGGACCCAACTGGAAGGTACGTTGCAACAGCAGTG
ACGTCAGTCCATGAGATGGAGAATGGATTCACCATCTGGTCGTTCAATGGAAAATTGCTT
TACCGGAATCTGAAGGATCATTTCTTCCAGTTGGCATGGCGCCCAAGACCTCCATCATTC
TTGTCTCCGGAGAAGGAAGAAGAGATAGCAAAGAACCTGAAGAAGTACAGCAAGAAGTAC
GAGTTGGAGGACCAGGACGTGTCGTTGCTGTTGAGTGAACAAGACAGAGAGAAGAGGAAG
GCGTTGAAGGAAGAGTGGGAGAAATGGGTGAAGCAATGGAAGTCGCTGCAGGAAGAGGAG
AAACTTGCGAGGCAAAACCTCAGGGATGGAGAAGAAGTCGTCCAAGAATGAATGCAAGTT
TCCCCACTTGAAGAAGTGTCATTCTCCTTTCCTTTTCCTGTCCTTCGGATCACTCTTTAG
ACATCTTATCAAACTGTTTTTTTCTTTTTCCTGTTCGTTGAAGTTTTAGAATTTTCAATT
TTGGTTTCTTGGATATTATATTATGTTCTTATTCCAGTTTCGGATTATATGTTGAAGCAC
TTTAATAAATATATCGCATCTTTAAATTC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL3398Contig1 518 2 6 U
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GACGACTTGCCGACAAACAGTCCTTACGTGGACGACTCTGGTAGCTTGGAGGATTATAAA
ATGAAAGCTTATGGAGCCCAAGGCCACCAAGAGGTTAAGGCTGGCCTCGGTGGTGGATCT
ACCGATGCTCCTACTCCTTCAGGTGGAGGAACCACCGCTACTGCTGAGAAAGCTCCTTGA
AAGCTTAAAAAACTTTGATAATAATGGGTTAAAATACCAAGATTTGTAGCCACTTTATTC
GAATCACTGATCCAAGTTCAGTTTGTATGGGTTATCTTTTTTTTTTTCTCAAGCTTCTAA
ACTAATAAGGTTCCGAACCTGTTAGCCAACTCGGTGGGTTATGTACTAAAATGTAATTGC
ATGTATTACTGAGTGTGAAAATAATTTCCTGAGTTTCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW36TF U 1
AF RR1DK96TF U 1
BS 1 172 RR1AW36TF
BS 173 173 RR1DK96TF
BS 174 327 RR1AW36TF
BS 328 328 RR1DK96TF
BS 329 511 RR1AW36TF
BS 512 518 RR1DK96TF

RD RR1AW36TF 511 0 0
GGAAGAACCCAACAACTATAATAGTACAAAAAAAAGAAAAGAAAAATGGAGGCAGGGAAG
ACACCACCGGCGACGACAACGACACCGACGGAGAAGAAACCAGAGCAAGAAGTGAAAAAC
GACGACTTGCCGACAAACAGTCCTTACGTGGACGACTCTGGTAGCTTGGAGGGTTATAAA
ATGAAAGCTTATGGAGCCCAAGGCCACCAAGAGGTTAAGGCTGGCCTCGGTGGTGGATCT
ACCGATGCTCCTACTCCTTCAGGTGGAGGAACCACCGCTACTGCTGAGAAAGCTCCTTGA
AAGCTTAAAAAACTTTGATAATAATGGTTTAAAATACCAAGATTTGTAGCCACTTTATTC
GAATCACTGATCCAAGTTCAGTTTGTATGGGTTATCTTTTTTTTTTTCTCAAGCTTCTAA
ACTAATAAGGTTCCGAACCTGTTAGCCAACTCGGTGGGTTATGTACTAAAATGTAATTGC
ATGTATTACTGAGTGTGAAAATAATTTCCTG

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1DK96TF 518 0 0
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ACACCACCGGCGACGACAACGACACCGACGGAGAAGAAACCAGAGCAAGAAGTGAAAAAC
GACGACTTGCCGACAAACAGTCCTTACGTGGACGACTCTGGTAGCTTGGAGGATTATAAA
ATGAAAGCTTATGGAGCCCAAGGCCACCAAGAGGTTAAGGCTGGCCTCGGTGGTGGATCT
ACCGATGCTCCTACTCCTTCAGGTGGAGGAACCACCGCTACTGCTGAGAAAGCTCCTTGA
AAGCTTAAAAAACTTTGATAATAATGGGTTAAAATACCAAGATTTGTAGTCACTTTATTC
GAATCACTGATCCAAGTTCCGTTTGTATGGGTTATCTTTTTTTTTT*CTCAAGCTTCTAA
ACTAATAAGGTTCCGAACCTGTTAGCCAACTCGGTGGGTTATGTACTAAAATGTAATTGC
ATGTATTACTGAGTGTGAAAATAATTTCCTGAGTTTCA

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 3

CO CL3399Contig1 582 3 7 U
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GAGGTTGAAAACATGGCTTATGCAGCGATGAAGCCCACCAAGGCTGGTTTGGAAGAGCCA
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AAAGTGTGTGCTGATTTGGTACGAGGAGCAAAGGACAAGAGACTCAGAACAAAAGGACCA
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ACAGTCTCTTACACTTCATTTGGAGTAGACCAATGTTTTGTTGTCGTGAAACTTAGTTCC
TGTGCTTTCTTAGTTGAGGAGATTTTGTTTTATTCCAGTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ81TF U 1
AF RR1AY72JQ C 6
AF RR1AY72TF U 6
BS 1 228 RR1CJ81TF
BS 229 229 RR1AY72TF
BS 230 451 RR1CJ81TF
BS 452 454 RR1AY72TF
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BS 537 537 RR1AY72TF
BS 538 582 RR1CJ81TF

RD RR1CJ81TF 582 0 0
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GAGGTTGAAAACATGGCTTATGCAGCGATGAAGCCCACCAAGGCTGGTTTGGAAGAGCCA
CTCGAGCAGATTCACAAGATCAGGATCACTCTCTCCTCCAAGAACGTCAAGAACCTCGAG
AAAGTGTGTGCTGATTTGGTACGAGGAGCAAAGGACAAGAGACTCAGA*CAAAAGGACCA
GTGAGGATGCCCACCAAGGTTCTTAAGATCACTACCCGTAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGA
ACTAACACGTGGGACAGGTTTGAGTTGAGGGTTCACAAGCGAGTGATTGATCTCTTTAGC
TCTCCTGATGTGGTGAAGCAAATCACTTCCATCACCATTGAACCTGGTGTTGAGGTCGAA
GTCACCATCGCCGACTCTTAGATTTTTTTTT***TACTTTTTCTGCAAGAAACAGTCTCA
ACAGTCTCTTACACTTCATTTGGAGTAGACCAATGTTTTGTTGTCGTGAAACTTAGCTCC
TGTGCTTTCTTAGTTGAGGAGATTTTGTTTTATTCCAGTCTT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1AY72JQ 573 0 0
G
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TGTGCTGATTTGGTACGAGGAGCAAAGGACAAGAGACTCAGAACAAAAGGACCAGTGAGG
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ACGTGGGACAGGTTTGAGTTGAGGGTTCACAAGCGAGTGATTGATCTCTTTAGCTCTCCT
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TTCTTAGTTGAGGAGATTTTGTTTTATTCC
GT

QA 2 571 2 571
DS 

RD RR1AY72TF 573 0 0
G
GTTCATCGCCGTCGTCGTTGTCGTCTCACAGAAGAATAAGAAGAAACAAAGAGAGAGGTT
GAAAACATGGCTTATGCAGCGATGAAGCCCACCAAGGCTGGTTTGGAAGAGCCACTCGAG
CAGATTCACAAGATCAGGATCACTCTCTCCTCCAAGAACGTCAAGAACCTCGAGAAAGTG
TGTGCTGATTTGGTACGAGGAGCAAAGGACAAGAGACTCAGAACAAAAGGACCAGTGAGG
ATGCCCACCAAGGTTCTTAAGATCACTACCCGTAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGAACTAAC
ACGTGGGACAGGTTTGAGTTGAGGGTTCACAAGCGAGTGATTGATCTCTTTAGCTCTCCT
GATGTGGTGAAGCAAATCACTTCCATCACCATTGAACCTGGTGTTGAGGTCGAAGTCACC
ATCGCCGACTCTTAGATTTTTTTTTTTTTACTTTTTCTGCAAGAAACAGTCTCAACAGTC
TCTTACACTTCATTTGGAGTAGACCAATGTTTTGTTGTCGTGAAACTTAGTTCCTGTGCT
TTCTTAGTTGAGGAGATTTTGTTTTATTCC
GT

QA 2 571 2 571
DS 



AS 1 2

CO CL3400Contig1 778 2 5 U
GATCTCTGTTCAGAATGAAGATGGAACCAAGATTGAATGCAGAGTGTGGAATCCTTTCCG
TTCTAAGCTTGCGGCTGCTATTCTTGGTGGTGTTGATAACATTTGGATTAAACCTGGTGC
TAAAGTTCTTTACCTTGGTGCTGCTTCTGGAACCACAGTCTCTCATGTGTCTGATCTTGT
TGGACCCGAGGGATGTGTCTACGCAGTTGAGTTTTCTCACAGAAGTGGTAGAGATTTGGT
GAACATGGCGAAGAAGAGGACTAACGTTATCCCTATCATTGAAGATGCTAGACACCCTGC
TAAGTACAGAATGCTTGTAGGCATGGTTGATGTTATCTTCTCTGATGTTGCACAGCCTGA
TCAGGCTAGGATTGTGGCTTTGAATACAAGCTTCTTCCTCAAAACTGGAGGTCACTTTGT
GATCTCAATCAAGGCAAACTGTATCGACTCAACAGTTCCAGCTGAAGCTGTGTTTCAGAG
CGAAGTGAAGAAGCTCCAACAAGAGCAGTTCAAGCCGGCAGAGCAAGTGACGCTTGAGCC
ATTTGAGCGTGACCATGCTTGTGTCGTTGGTTCCTACCGTGCCCCTAAGAAGGCCAAGGC
TGCTACTGCCGCTTAGAAACTCCTTTTGTGTTGTGGAGTTTGTTTGTTTTTCAGTTTCTG
CTTCTGTCTTGTTTCTCTTTTAGAATCTGTAGTGTTTTAGAATCTGTTAAACCAGACTTG
GAACTCATCAGTTGTTAAATCAGATTTTGCTTGTTGAGAAAGTTTTAATAGTAATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AT29JQ C 1
AF RR1DG65TF U 256
BS 1 255 RR1AT29JQ
BS 256 385 RR1DG65TF
BS 386 386 RR1AT29JQ
BS 387 745 RR1DG65TF
BS 746 778 RR1AT29JQ

RD RR1AT29JQ 778 0 0
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TTCTAAGCTTGCGGCTGCTATTCTTGGTGGTGTTGATAACATTTGGATTAAACCTGGTGC
TAAAGTTCTTTACCTTGGTGCTGCTTCTGGAACCACAGTCTCTCATGTGTCTGATCTTGT
TGGACCCGAGGGATGTGTCTACGCAGTTGAGTTTTCTCACAGAAGTGGTAGAGATTTGGT
GAACATGGCGAAGAAGAGGACTAACGTTATCCCTATCATTGAAGATGCTAGACACCCTGC
TAAGTACAGAATGCTTGTAGGCATGGTTGATGTTATCTTCTCTGATGTTGCACAGCCTGA
TCAGGCTAGGATTGTGGCTTTGAATACAAGCTTCTTCCTCAAAACTGGAGGTCACTTTGT
GATCTCAATCAAGGCAAACTGTATCGACTCAACAGTTCCAGCTGAAGCTGTGTTTCAGAG
CGAAGTGAAGAAGCTCCAACAAGAGCAGTTCAAGCCGGCAGAGCAAGTGACGCTTGAGCC
ATTTGAGCGTGACCATGCTTGTGTCGTTGGTTCCTACCGTGCCCCTAAGAAGGCCAAGGC
TGCTACTGCCGCTTAGAAACTCCTTTTGTGTTGTGGAGTTTGTTTGTTTTTCAGTTTCTG
CTTCTGTCTTGTTTCTCTTTTAGAATCTGTAGTGTTTTAGAATCTGTTAAACCAGACTTG
GAACTCATCAGTTGTTAAATCAGATTTTGCTTGTTGAGAAAGTTTTAATAGTAATTCG

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1DG65TF 490 0 0
GAGGACTAACGTTATCCCTATCATTGAAGATGCTAGACACCCTGCTAAGTACAGAATGCT
TGTAGGCATGGTTGATGTTATCTTCTCTGATGTTGCACAGCCTGATCAGGCTAGGATTGT
GGCTTTGAATGCAAGCTTCTTCCTCAAAACTGGAGGTCACTTTGTGATCTCAATCAAGGC
AAACTGTATCGACTCAACAGTTCCAGCTGAAGCTGTGTTTCAGAGCGAAGTGAAGAAGCT
CCAACAAGAGCAGTTCAAGCCGGCAGAGCAAGTGACGCTTGAGCCATTTGAGCGTGACCA
TGCTTGTGTCGTTGGTTCCTACCGTGCCCCTAAGAAGGCCAAGGCTGCTACTGCCGCTTA
GAAACTCCTTTTGTGTTGTGGAGTTTGTTTGTTTTTCAGTTTCTGCTTCTGTCTTGTTTC
TCTTTTAGAATCTGTAGTGTTTTAGAATCTGTTAAACCAGACTTGGAACTCATCAGTTGT
TAAATCAGAT

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 3

CO CL3401Contig1 970 3 6 U
CAACAAGTTGAAGAAGTGAAGTGCATTGTGAGAGTGCTTCCTATATGGTTTGCCGCATCG
ATCTATTACTTAACCATCACGCAACAGATGACCTACCCTGTCTTCCAAGCCCTTCAGAGC
TACCGTCGCTTAGGCTCCAGAGGATTCGTGATCCCGGCAGCCACCTACGTCGTCTTCTTG
ATGACAGGAATGACGGTTTTCATCATATTCTACGACCGTGTCCTGGTGCCTACGTTAAGA
AGAATAACCGGCATAGACACGGGGATAACGCTCTTGCAAAGGATTGGAACTGGTATTTTC
TTCGCCTTTGTTAGCTTGATAGTCTCCGGTTTCGTCGAGGAACGGAGGAGAACGTTGGCG
CTGACTAAACCAACACTCGGTATGGCTC*CACGGAAGGGAGAAATCTCTTCGATGTCAGC
TATGTGGCTGATCCCACAACTCGCCCTTGCGGGTATAGCCGAGGCGTTTGGAGCTATTGG
ACAGATGGAGTTTTACTACAAGCAGTTCCCTGAGAACATGAGGAGCTTCGCCGGTTCGAT
CTTTTATGTGGGAGGAGGAGTTTCGAGTCACCTCGGTAGCTTCTTGATTGCGACGGTTCA
CCGGACGACGCAGAACTCGGCTGGTGGTAATTGGTTAGCTGAGGATTTGAACAAAGGAAG
ATTGGATTACTTCTATTTCATGATCGCTGGAATCTTGGCGGTTAATTTTGCTTATTTCTT
GGTCATTTCAAGATGGTATAGGTATAAAGGAAGTGATGATGAGGTGACAACTTGTGAAAC
CAATGGAGATGCCATAAAACAACAAGACAAGAACAATGTCTGATGAACGTGCAGTTTCTC
ATCTTCTGGAAGTTATAAGGCATAGTTTTTGGTCAGCCTCAGTCCCCTTAGACTCTTGGA
CTTGCATGTAGTAAGCCATAAAGAAATGCTGTAGTCATATATACTTGTTCTGGCTCTTTA
TTTTGGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG52TF U 1
AF RR1FG52JQ C 213
AF RR1CY82TF U 270
BS 1 388 RR1FG52TF
BS 389 389 RR1CY82TF
BS 390 463 RR1FG52TF
BS 464 464 RR1CY82TF
BS 465 493 RR1FG52TF
BS 494 970 RR1CY82TF

RD RR1FG52TF 496 0 0
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ATCTATTACTTAACCATCACGCAACAGATGACCTACCCTGTCTTCCAAGCCCTTCAGAGC
TACCGTCGCTTAGGCTCCAGAGGATTCGTGATCCCGGCAGCCACCTACGTCGTCTTCTTG
ATGACAGGAATGACGGTTTTCATCATATTCTACGACCGTGTCCTGGTGCCTACGTTAAGA
AGAATAACCGGCATAGACACGGGGATAACGCTCTTGCAAAGGATTGGAACTGGTATTTTC
TTCGCCTTTGTTAGCTTGATAGTCTCCGGTTTCGTCGAGGAACGGAGGAGAACGTTGGCG
CTGACTAAACCAACACTCGGTATGGCTCTCACGGAAGGGAGAAATCTCTTCGATGTCAGC
TATGTGGCTGATCCCACAACTCGCCCTTGCGGGTATAGCCGAG*CGTTTGGAGCTATTGG
ACAGATGGAGTTT
ACT

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR1FG52JQ 747 0 0
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CGTCGAGGAACGGAGGAGAACGTTGGCGCTGACTAAACCAACACTCGGTATGGCTC*CAC
GGAAGGGAGAAATCTCTTCGATGTCAGCTATGTGGCTGATCCCACAACTCGCCCTTGCGG
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GGTTAGCTGAGGATTTGAACAAAGGAAGATTGGATTACTTCTATTTCATGATCGCTGGAA
TCTTGGCGGTTAATTTTGCTTATTTCTTGGTCATTTCAAGATGGTATAGGTATAAAGGAA
GTGATGATGAGGTGACAACTTGTGAAACCAATGGAGATGCCATAAAACAACAAGACAAGA
ACAATGTCTGATGAACGTGCAGTTTCTCATCTTCTGGAAGTTATAAGGCATAGTTTTTGG
TCAGCTTCAGTCCTCTTAGACTCTTGGACTTGCATGTAGTAAGCCATAAAGAAATGCTGT
AGTCATATATACTTGTTCTGGCTCTTT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1CY82TF 701 0 0
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TTTCGTCGAGGAACGGATGAGAACGTTGGCGCTGACTAAACCAACACTCGGTATGGCTC*
CACGGAAGGGAGAAATCTCTTCGATGTCAGCTATGTGGCTGATCCCACAACTCGCCCTTG
CGGGTATAGCCGAGGCGTTTGGAGCTATTGGACAGATGGAGTTTTACTACAAGCAGTTCC
CTGAGAACATGAGGAGCTTCGCCGGTTCGATCTTTTATGTGGGAGGAGGAGTTTCGAGTC
ACCTCGGTAGCTTCTTGATTGCGACGGTTCACCGGACGACGCAGAACTCGGCTGGTGGTA
ATTGGTTAGCTGAGGATTTGAACAAAGGAAGATTGGATTACTTCTATTTCATGATCGCTG
GAATCTTGGCGGTTAATTTTGCTTATTTCTTGGTCATTTCAAGATGGTATAGGTATAAAG
GAAGTGATGATGAGGTGACAACTTGTGAAACCAATGGAGATGCCATAAAACAACAAGACA
AGAACAATGTCTGATGAACGTGCAGTTTCTCATCTTCTGGAAGTTATAAGGCATAGTTTT
TGGTCAGCCTCAGTCCCCTTAGACTCTTGGACTTGCATGTAGTAAGCCATAAAGAAATGC
TGTAGTCATATATACTTGTTCTGGCTCTTTATTTTGGGATT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 3

CO CL3402Contig1 730 3 2 U
TTTTTCCCCGACTCTCTCTCTCATAAACGCTCCATCTTCTCTCATCACCAAACACTTTCA
GTTTTACAGATCTACAGCTCCGGCGGCTTCCATAGCGTCGGAGCTGTGCGTTCATGTTTG
TATATTTTCTCTGTGGTTCTTTTAAGATCCGTTTTGTATCTGTGTTTTTTTCTGTTTCTT
CTCTGTTTCAGTGGTAGACTATTTGTAAGATTTGGTGTGGTTTGATCTCTTCGTCGCTGC
GGTGTCTTGCTTGATTGATTTTGACCAGATCTGTATTTTTTTCTGGTGTACGGTGCTGGT
TGATGCCGTCTCTGATGTGGGTTGTTAATTCTTCCATCAGATTTGGTCAAATCTTCTTGT
TTGAGTAATTGGTGGTCGGTGTTCGGGTCCTTATGTCTCCCCATGGTTGGGGCTTTTGTC
TCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACAATCTTCGCCGGCTTTTATCTCGGAAAATATCG
AAGCTTTGGATTCAAACTTTCTTCTCCCAGTCTGGTTTCGTTAATGGCAGAGGTTCGGTG
AAGGATGCTCGTGCCTTCCAGACGTGATGGGCTTTCATGTGGTGGG*TGTGTGTTTTCTG
TGTGGGCTTAAAAGCCTGGTTAAAGTTAATGTATTTTATGTTTTGAATTTTGTTCGGCCT
TTTGTATCTGAAGTTAATGTTGGGCTTTGTTCATTTTGGACATAGACCTTTTAATAAAAT
ACCAGATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL92TF U 1
AF RR1CT51TF U 239
AF RR1EL92JQ C 225
BS 1 714 RR1EL92TF
BS 715 730 RR1EL92JQ

RD RR1EL92TF 714 0 0
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TATATTTTCTCTGTGGTTCTTTTAAGATCCGTTTTGTATCTGTGTTTTTTTCTGTTTCTT
CTCTGTTTCAGTGGTAGACTATTTGTAAGATTTGGTGTGGTTTGATCTCTTCGTCGCTGC
GGTGTCTTGCTTGATTGATTTTGACCAGATCTGTATTTTTTTCTGGTGTACGGTGCTGGT
TGATGCCGTCTCTGATGTGGGTTGTTAATTCTTCCATCAGATTTGGTCAAATCTTCTTGT
TTGAGTAATTGGTGGTCGGTGTTCGGGTCCTTATGTCTCCCCATGGTTGGGGCTTTTGTC
TCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACAATCTTCGCCGGCTTTTATCTCGGAAAATATCG
AAGCTTTGGATTCAAACTTTCTTCTCCCAGTCTGGTTTCGTTAATGGCAGAGGTTCGGTG
AAGGATGCTCGTGCCTTCCAGACGTGATGGGCTTTCATGTGGTGGG*TGTGTGTTTTCTG
TGTGGGCTTAAAAGCCTGGTTAAAGTTAATGTATTTTATGTTTTGAATTTTGTTCGGCCT
TTTGTATCTGAAGTTAATGTTGGGCTTTGTTCATTTTGGACATAGACCTTTTAA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1CT51TF 465 0 0
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GTTTGAGTAATTGGTGGTCGGCGTTCGGGTCCTTATGTCTCCCCATGGTTGGGGCTTTTG
TCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACAATCTTCGCCGGCTTTTATCTCGGAAAATAT
CGAAGCTTTGGATTCAAACTTTCTTCTCCCAGTCTGGTTTCGTTAATGGCAGAGGTTCGG
TGAAGGATGCTCGTGCCTTCCAGACGTGATGGGCTTTCATGTGGTGGGGTGTGTGTTTTC
TGTGTGGGCTTAAAAGCCTGGTTAAAGTTAATGTATTTTATGTTTTGAATTTTGTTCGGC
CTTTTGTATCTGAAGTTAATGTTGGGCTTTGTTCATTTTGGACAT

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1EL92JQ 506 0 0
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GGTGTACGGTGCTGGTTGATGCCGTCTCTGATGTGGGTTGTTAATTCTTCCATCAGATTT
GGTCAAATCTTCTTGTTTGAGTAATTGGTGGTCGGTGTTCGGGTCCTTATGTCTCCCCAT
GGTTGGGGCTTTTGTCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACAATTTTCGCCGGCTTTT
ATCTCGGAAAATATCGAAGCTTTGGATTCAAACTTTCTTCTCCCAGTCTGGTTTCGTTAA
TGGCAGAGGTTCGGTGAAGGATGCTCGTGCCTTCCAGACGTGATGGGCTTTCATGTGGTG
GG*TGTGTGTTTTCTGTGTGGGCTTAAAAGCCTGGTTAAAGTTAATGTATTTTATGTTTT
GAATTTTGTTCGGCCTTTTGTATCTGAAGTTAATGTTGGGCTTTGTTCATTTTGGACATA
GACCTTTTAATAAAATACCAGATGAC

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 3

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BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1F539JQ C 1
AF RR1F539TF U 1
AF RR1AL89TF U 3
BS 1 2 RR1F539JQ
BS 3 404 RR1F539TF
BS 405 473 RR1AL89TF

RD RR1F539JQ 404 0 0
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TAAAGATGAAAAA*TCACTTATATTTTCATTTAATGTTTTAACTCTCCTCATCATTCTTG
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AATGCGCATGCTATGTCCCATGTCCAAAATGATCTTAATGTCTAGTTTATTGACAAACAA
ATTCATATATACTTATAATAAATTATGATGTGATTCATAGTAAT

QA 1 404 1 404
DS 

RD RR1F539TF 404 0 0
GG
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QA 3 404 3 404
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ACGAAGACAAAAGGGTTAGGCATGCAACAAGTAACCACTGGGTGCGTTTCAGGAAACAAA
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ATTATGTTATTGTCAAATTATGATAACAATAAAATATGATCATTTGGAGAA

QA 1 471 1 471
DS 



AS 1 3

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BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1CO47JQ C 1
AF RR1CO47TF U 1
AF RR1EE37TF U 1
BS 1 514 RR1CO47TF
BS 515 536 RR1EE37TF

RD RR1CO47JQ 514 0 0
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QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1CO47TF 514 0 0
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ACGTAATTATCAATAAAATTTAATAATATTATGT

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1EE37TF 536 0 0
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TAATAATTAGAAAAAAGAATCGTGCAAACTAAAATGGAAAAGGTAAATTTCTTTGCAATA
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GGAGAGGCTGCTCAAGGGGCCAGGACATGGGCCGATTGGGCTACGAGCAAATTCAGGATT
GGTGGAAATTTCGAAAAAGCTCCCGATTCAGAGTGAAACGTGTGGAGGTCATAAGAAAAA
TTTATCTTAAAGAACATGCATAACTGTTTACCAAGTAAAAATATGTGAATTGAGGAAGCA
ACAATATAGTTGCATTCTCTTGTATCTTATTGTATAAGAAAATTTTCCATTAACACTAAC
ACGTAATTATCAATAAAATTTAATAATATTATGTAAAACCTATACAAACTTAAGCG

QA 1 536 1 536
DS 



AS 1 2

CO CL3405Contig1 625 2 2 U
GGATATTATTGTCTTCATCTCAAGTTTCTTCTTCTACTTTCCCTGAAAAACAGGAATTTC
ACAAAACCCAATCCCGAGAAAATGCATGATTTCTGCTTCACAATCCCGTACGGGATGCTT
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GGGATCAGTGCTCTCATGACCTGTTTTTACGTATACAAGATCGCTACTGGTGGCAATAAA
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TCATATAGTCATATGTGTTTCTGAGATTAGTTTCTGGTCATCGTGTTATTGTTAATAACA
AACTGTTTTTTGTGTCACATTTTAT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AV63JQ C 1
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TCATATAGTCATATGTGTTTCTGAGATTAGTTTCTGGTCATCGTGTTATTGTTAATAACA
AACTGTTTTT*GTGTCACATTTTAT

QA 1 625 1 625
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RD RR1AV63TF 625 0 0
GG
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AAAACCCAATCCCGAGAAAATGCATGATTTCTGCTTCACAATCCCGTACGGGATGCTTCT
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GATCAGTGCTCTCATGACCTGTTTTTACGTATACAAGATCGCTACTGGTGGCAATAAAAT
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CTGTTTTTTGTGTCACATTTTAT

QA 3 625 3 625
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FI72TF U 1
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AS 1 3

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C


BQ
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15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1FH76TF U 1
AF RR1FF89TF U 1
AF RR1FH76JQ C 187
BS 1 291 RR1FF89TF
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BS 730 736 RR1FF89TF
BS 737 737 RR1FH76JQ
BS 738 755 RR1FF89TF
BS 756 756 RR1FH76JQ
BS 757 782 RR1FF89TF
BS 783 961 RR1FH76JQ

RD RR1FH76TF 634 0 0
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CTTGCCTCGCCAAAGCCCTCTCTGGGCTTCGCAAGAAATGTCCGAGAAACAGAGCAGCAA
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TGTTCGATAAGAAGAAGAGCGCTTTCACCAAAAA

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DS 

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TCAAAGCCTCTTATATAAACATCTCCACTCCTCAAAGATCACAAACAATGCCTTTAATTT
TTGGATCGGTCCCTATCTTGGCTGCGGTGGCCATTCAACTCCTTATATCCAGTGTTTCGT
CCCTCAACATTACCAATGAGTATCTCCACCACGCATGCAACAACACCCAAGGGAAATACG
TGCCAGGGGGTGTGTTCGAAAAAAATCTCAACATTGTCCTCAAAAACATATTCACCTTTG
ATCTGCGCAACGGTTACGCCCTTGAGTCCAATATGGATAGACCCTACAAATTTATACCTC
CTGCCGCCGTCTTCGTCATGCTCCAATGTCGTGGCGACTCCTACGGGCCTAAGTGTCACT
CTTGCCTCGCCAAAGCCCTCTCTGGGCTTCGCAAGAAATGTCCGAGAAACAGAGCAGCAA
CAATATGGTACGACCAATGCACTCTGGATATTGCTACATACAATTCCGGTGACACCAGAA
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AT
G

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DS 

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G
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GGGTGTGTTCGAAAAAAATCTCAACATTGTCCTCAAAAACATATCCACCCTTGATCTGCG
CAACGGTTACGCCCTTGAGTCCAATATGGATAGACCCTACAAATTTATACCTCCTGCCGC
CGTTTTCGTCATGCTCCAATGTCGTGGCGACTCCTACGGGCCTAAGTGTCACTCTTGCCT
CGCCAAAGCCCTTTTTGGGCTTCGCAAGAAATGTCCGAGAAACAGAGCAGCAACAATATG
GTACGACCAATGCACTCTGGATATTGCTACATACAATTCCGGTGACACCAGAATCCTTTA
CGATAATTATTTATGTATGGAGAACCCAAAGGACCTGAGCGGAGATACGGAGATGTTCGA
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CTGTAATGCAAGATTTGAGCTTTACCCTTTTCTTAGAACTTAAGACTGTTTGTGGGAGCC
CTTTGTTTGATGTTTGAATAAGTGCTATATCAGGAAATAAAAAGTGTTCTCCTC

QA 2 775 2 775
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR1A996JQ U 1
AF RR1A996TF C 1
AF RR1G439JQ U 1
BS 1 553 RR1A996JQ
BS 554 653 RR1G439JQ

RD RR1A996JQ 554 0 0
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C

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DS 

RD RR1A996TF 554 0 0
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TCTTGTATTCATTGTACCGCAAAAAGAAGTAACCCAAATAATCAAACTCAATTGGAGACA
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CAGAGAGCAAATC
C

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1G439JQ 653 0 0
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CAAGCTACACAGACGCAGACAGGTAAGATGTAACAAGTGAAAAGGTAAGAGGCTTCTGCT
TCTTGTATTCATTGTACCGCAAAAAGAAGTAACCCAAATAATCAAACTCAATTGGAGACA
TCCTTGCCTGTATGATTGCCCATACCGCCCAGTACAAATGAGACGCTAATTTATACGCGT
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GTAAGTAATGCTTGATGAAATGATATTGTTCTTCTTTAGTTGGGTACAAGCTGTAATCAC
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ATCCATACTCGAAATCAATCAAGTACAGTTTCTCTTCTTTCTCATTTAGCATCAGGTTTC
CAGAGAGCAAATCATTATGAGCAAACACCACAGGTGCGGTAAGTAAGCCTGTGAATTCCC
TTAGCTCAACAATTTCTTTATACAGTTCTTCAAACGAAATAGTCTCGGAGAGC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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CATAATGTGTGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP53TF U 1
AF RR1A772TF U 25
AF RR1A772JQ C 168
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CAAAAACAGCTGGAAGGCGATTGCTGAACTCATTCCTCGTGAAGTACCAGTATTAGAGAA
GAAAGGAAAGAAGAAGCAAGCTTCTGTAACTGTGATGCAGGG*CCAAAACCAGGGAAGCC
AACTGATTTGTCTCGTATGCGTCAAGTGATCACGAGACTCAAGCACAGTCCACCTTCTCA
TATGAAGCCTAA*GTACCC*CACCATCTGA*GTTGACC*GTGAGTGAAACGGTGTAGTTT
GTGTT
GTGTGACA

QA 1 785 1 785
DS 

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G
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GATGGCATCGACGGAGGAAACTACAAGGCTTACGAGTCTCGGTTCCAGTCGCAGCGGTTT
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TTGAAAAACGGTTCCGATGACTTGCCTTTTTCATCGGTCATGGAGAAAGAGGAAGGTTTT
GCTCTCAGGGAGTGGCGAAGGTTAAATGCTCGGAGATTGGAAGAGAAGGAGAAGAAGGAG
AAAGAAATGGTTCAGCAGATTATAGAAACAGCAGATCAATACAAGGCAGAGTTCTACAGC
AAGCGTAGCATTACTATTGAAAACAACAAGAAATCCAACCGCGAGAAAGATAAGTTGTAT
TTGGAGAGCCAAGAAAAGTTTTATGCTGAAGCTGACAAAAACAGCTGGAAGGCGATTGCT
GAACTCATTCCTCGTGAAGTACCAGTATTAGAGAAGAAAGGAAAGAAGAAGCAAGCTTCT
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GTGATCACGAGACTCAAGCACAGTCCACCTTCTCATATGAAGCCTAAAGTACCCACACCA
TCTGAAGTTGACCCGTGAGTGAAACGGTGTAGTTCGTGTTTGTGTGACAAGTTAACT

QA 2 778 2 778
DS 

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TAAATGCTCGGAGATTGGAAGAGAAGGAGAAGAAGGAGAAAGAAATGGTTCAGCAGATTA
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ACAACAAGAAATCCAACCGCGAGAAAGATAAGTTGTATTTGGAGAGCCAAGAAAAGTTTT
ATGCTGAAGCTGACAAAAACAGCTGGAAGGCGATTGCTGAACTCATTCCTCGTGAAGTAC
CAGTATTAGAGAAGAAAGGAAAGAAGAAGCAAGCTTCTGTAACTGTGATACAGGGGCCAA
AACCATGGAAGCCAACTGATTTGTCTCGTATGCGTCAAGTGATCACGAGACTCAAGCACA
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TGTTATTTGTTAGCTTCATCATGTGTTTCAGACTCGAATTTTGTTTTTTTTTCGGTTATG
TTACTCTGGTCTTAGCCTTGCTGGCTTCCCACACAGTTTTCAACTTGGATGCATCTATTC
TAATAAAACCGACCATAATGTGTGTAC

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 3

CO CL3411Contig1 672 3 5 U
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CTCTTCTCTAATCATCACAAACATAGCCTTAGCGCAAGACCGAGCTCCTCACGGGTTAGC
TTATGAGACCCCAGTGGCGTTTTCACCTTCTGCATTTGACTTCTTTCACGCGCAACCACG
AAACCAGGATGCAACTTTAGAGCCTTGCGCTGAATCCGACTGCTCGCCTCTCCCAGTGTC
TGCGAAGGTTCAAGGAGCTTCTGAAAAAGCACAGCAAAGCGAGGTAGCAACAATGTCAAT
TGGTTCGAGAAGCGGAATGGGAGCTGGTGGTGTGATCGGGATCATCTTTGGACTTGCGTT
TCCCATGGTGATGTGAACCATTCTAGTTCCATCCAACCTATTGTTTGAGCTGATATTATG
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TAAAGCTTGTATTTAGATTTCCATACGCTGTGGTTAATAGCAGAACGTATTGGATTGTTT
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TTTATTGTAACC


BQ
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU10TF U 66
AF RR1GU10JQ C 66
AF RR1A529TF U 1
BS 1 145 RR1A529TF
BS 146 146 RR1GU10TF
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RD RR1GU10TF 263 0 0
GTG
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TTCAAGGAGCTTCTGAAAAA

QA 4 263 4 263
DS 

RD RR1GU10JQ 538 0 0
GTG
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TAATCATCACAAACATAGCCTTAGCGCAAGACCGAGCTCCTCACGGGTTAGCTTATGAGA
CCCCAGTGGCGTTTTCCCCTTCTGCATTTGACTTCTTTCACGCGCAACCACGAAACCAGG
ATGCAACTTTAGAGCCTTGCGCTGAATCCGACTGCTCGCCTCTCCCAGTGTCTGCGAAGG
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TATATCTAGACTTTGAGTTTAAATGTGTGCTTTTTTTTTCTTCACTTGTTCTTAAAGCTT
GTATTTAGATTTCCATACGCTGTGGTTAATAGCAGAACGTATTGGATTGTTTGGC

QA 4 538 4 538
DS 

RD RR1A529TF 672 0 0
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CTCTTCTCTAATCATCACAAACATACCCTTAGCGCAAGACCGAGCTCCTCACGGGTTAGC
TTATGAGACCCCAGTGGCGTTTTCACCTTCTGCATTTGACTTCTTTCACGCGCAACCACG
AAACCAGGATGCAACTTTAGAGCCTTGCGCTGAATCCGACTGCTCGCCTCTCCCAGTGTC
TGCGAAGGTTCAAGGAGCTTCTGAAAAAGCACAGCAAGGCGAGGTAGCAACAATGTCAAT
TGGTTCGAGAAGCGGAATGGGAGCTGGTGGTGTGATCGGGATCATCTTTGGACTTGCGTT
TCCCATGGTGATGTGAACCATTCTAGTTCCATCCAACCTATTGTTTGAGCTGATATTATG
ATAGATTATATATCTAGACTTTGAGTTTAAATGTGTGCTTTTTTTTTCTTCACTTGTTCT
TAAAGCTTGTATTTAGATTTCCATACGCTGTGGTTAATAGCAGAACGTATTGGATTGTTT
GGCTACGGATCTCAGTTATATTTGATTAAAATTTAGGGAACATTTTTTAAAAGAAATTGT
TTTATTGTAACC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL3412Contig1 648 3 2 U
GGAAAAAGGAGAAACTGATCAAGCTCGTTTACAAAACCATCAACATTCTACAAAGCAAAG
AATATGTACAGATCTGCGAGTTGGAACCGTGCCACGGAAGACTACTCGTCCGCACCGCCC
AAAGGATTGTGGATGGGCTCCATGATCGGTCCCCTTGACGAAGACGAGCCACCTTCCTAC
AATAATCCACCAGCGGATGAGATGGTTAAGAAGGAGAAGTCACCTGCCAAGTTCGCAGAA
AAGGCTATTCACATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGTGCTCTCGTCCTTTGGCTCTTC
TCAAATCCAGATGTGGTGGATGTTGGGATGAGATAGGAATCTATTGCCGCTAGGATTGAA
GGACTGACGATAGAAGGAGACATCGACAATGATAGCGATGGAGCTCAGACTGGTTTCTTG
GGCGCAACCTTAGAGCTCAGTGGTGATCCAGACAAAACACATTATGCTGATCGGAACATA
CGAGCTTCAAGGAAACTGATTAAAGGTTTCTACTAATTAATAAGAAATCAATCACCAAAC
TATTTTTTTATACATTTTGGTTGCAAATATAAGCTTTTCCAAAAGGTTTTTTTCTTGGTT
AATAAAGGAGCAGATTAATTTAAATCCAAGTGTAATATTTCTAATCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI62JQ C 1
AF RR1BI62TF U 1
AF RR1BF52TF U 10
BS 1 621 RR1BI62TF
BS 622 648 RR1BF52TF

RD RR1BI62JQ 621 0 0
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AATATGTACAGATCTGCGAGTTGGAACCGTGCCACGGAAGACTACTCGTCCGCACCGCCC
AAAGGATTGTGGATGGGCTCCATGATCGGTCCCCTTGACGAAGACGAGCCACCTTCCTAC
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AAGGCTATTCACATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGTGCTCTCGTCCTTTGGCTCTTC
TCAAATCCAGATGTGGTGGATGTTGGGATGAGATAGGAATCTATTGCCGCTAGGATTGAA
GGACTGACGATAGAAGGAGACATCGACAATGATAGCGATGGAGCTCAGACTGGTTTCTTG
GGCGCAACCTTAGAGCTCAGTGGTGATCCAGACAAAACACATTATGCTGATCGGAACATA
CGAGCTTCAAGGAAACTGATTAAAGGTTTTTACTAATTAATAAGAAATCAATCACCAAAC
TATTTTTTTATACATTTTGGTTGCAAATATAAGCTTTTCCAAAAGGTTTTTTTCTTGGTT
AATAAAGGAGCAGATTAATTT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1BI62TF 621 0 0
GGAAAAAGGAGAAACTGATCAAGCTCGTTTACAAAACCATCAACATTCTACAAAGCAAAG
AATATGTACAGATCTGCGAGTTGGAACCGTGCCACGGAAGACTACTCGTCCGCACCGCCC
AAAGGATTGTGGATGGGCTCCATGATCGGTCCCCTTGACGAAGACGAGCCACCTTCCTAC
AATAATCCACCAGCGGATGAGATGGTTAAGAAGGAGAAGTCACCTGCCAAGTTCGCAGAA
AAGGCTATTCACATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGTGCTCTCGTCCTTTGGCTCTTC
TCAAATCCAGATGTGGTGGATGTTGGGATGAGATAGGAATCTATTGCCGCTAGGATTGAA
GGACTGACGATAGAAGGAGACATCGACAATGATAGCGATGGAGCTCAGACTGGTTTCTTG
GGCGCAACCTTAGAGCTCAGTGGTGATCCAGACAAAACACATTATGCTGATCGGAACATA
CGAGCTTCAAGGAAACTGATTAAAGGTTTCTACTAATTAATAAGAAATCAATCACCAAAC
TATTTTTTTATACATTTTGGTTGCAAATATAAGCTTTTCCAAAAGGTTTTTTTCTTGGTT
AATAAAGGAGCAGATTAATTT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1BF52TF 639 0 0
G
GAAACTGATCAAGCTCGTTTACAAAACCATCAACATTCTACAAAGCAAAGAATATGTACA
GATCTGCGAGTTGGAACCGTGCCACGGAAGACTACTCGTCCGCACCGCCCAAAGGATTGT
GGATGGGCTCCATGATCGGTCCCCTTGACGAAG**GAGCCACCTTCCTACAATAATCCAC
CAGCGGATGAGATGGTTAAGAAGGAGAAGTCACCTGCCAAGTTCGCAGAAAAGGCTATTC
ACATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGTGCTCTCGTCCTTTGGCTCTTCTCAAATCCAG
ATGTGGTGGATGTTGGGATGAGAGAGGAATCTATTGCCGCTAGGATTGAAGGACTGACGA
TAGAAGGAGACATCGACAATGATAGCGATGGAACTCAGACTGGTTTCTTGGGCGCAACCT
TAGAGCTCAGTGGTGATCCAGACAAAACACATTATGCTGATCGGAACATACGAGCTTCAA
GGAAACTGATTAAAGGTTTCTACTAATTAATAAGAAATCAATCACCAAACTATTTTTTTA
TACATTTTGGTTGCAAATATAAGCTTTTCCAAAAGGTTTTC**CTTGGTTAATAAAGGAG
CAGATTAATTTAAATCCAAGTGTAATATTTCTAATCTC

QA 2 639 2 639
DS 



AS 1 3

CO CL3413Contig1 932 3 5 U
GGAACAAAAGCACCCTTAACTGAAAATAATAACAATCTAAAACAATGAAAACTCCAAATT
TTTTATTCAAACATTTTATTTTCTCTATTTTGGGCATGCCGTTTCTCATGATACATAGTG
TTTCACCATTGAACCTTACCAATGAGTATCTCAATCACAAATGCCTCCTTGATCAAGGGA
AATATAACTCTGGAAGTGAGTACGAGGATAACCTCAACCGTCTCTTTCGTTCAGTTAGTA
GTGATGCTTATGGTGTGATTGGTTTCGTACACACAGGTATTGGATCGACTCCCAATTTTA
TTTCTATCACTCTCCAGTGTCGTGGTGACTCTATTGGGTCTAAATGCCATACATGTACTG
ACACCGCAATCTCGGAGTTTCATAAGGGATGTCCGAAGAACAAAGGAGGAATCATATGGT
ACGACCAATGTTTTCTCTTTGTTACTACAATCAAAGAAAAAGATCTAATCAAAACTAACT
ACGAGAATATTTTTTCTATGTACAACTCAAATAACGTGAGAGGGGATGGAATCTTGTTTG
CCAAGAGGGTGATGGATTTTTTATCTGAGCTCACACTTAAAGTCGAGAAAACAATCAAAG
GCATTCACGTCTTATTATATGCGGAAGGGGAAAAGAAGTTTGGGAAAAATAAATTGTATG
CAATGGTGCAGTGTATACAACTAACATTAGATTGTAAGAGTTGTCTGCAATGGAGTATCA
AAAAACTTTTCAATAACAGTAACGTTAAACAAGGAGCAAGAGTTTTGGGTACGAATTGTG
AAGTAAGATATGAGTTATACCCTTTTCTTAGGAGAAGCAATTTCACGGTGGTGTGAATAC
ATCCTTTTCATAATTTCTAATTATGAGTTTTGTTTACTTTTTTTATTTAGCTGAAATGTT
ACATTCATATATCAATAAAAATAGTGTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL61TF U 1
AF RR1CJ59TF U 10
AF RR1AL61JQ C 172
BS 1 125 RR1AL61TF
BS 126 126 RR1CJ59TF
BS 127 709 RR1AL61TF
BS 710 724 RR1CJ59TF
BS 725 932 RR1AL61JQ

RD RR1AL61TF 709 0 0
GGAACAAAAGCACCCTTAACTGAAAATAATAACAATCTAAAACAATGAAAACTCCAAATT
TTTTATTCAAACATTTTATTTTCTCTATTTTGGGCATGCCGTTTCTCATGATACATAGTG
TTTCATCATTGAACCTTACCAATGAGTATCTCAATCACAAATGCCTCCTTGATCAAGGGA
AATATAACTCTGGAAGTGAGTACGAGGATAACCTCAACCGTCTCTTTCGTTCAGTTAGTA
GTGATGCTTATGGTGTGATTGGTTTCGTACACACAGGTATTGGATCGACTCCCAATTTTA
TTTCTATCACTCTCCAGTGTCGTGGTGACTCTATTGGGTCTAAATGCCATACATGTACTG
ACACCGCAATCTCGGAGTTTCATAAGGGATGTCCGAAGAACAAAGGAGGAATCATATGGT
ACGACCAATGTTTTCTCTTTGTTACTACAATCAAAGAAAAAGATCTAATCAAAACTAACT
ACGAGAATATTTTTTCTATGTACAACTCAAATAACGTGAGAGGGGATGGAATCTTGTTTG
CCAAGAGGGTGATGGATTTTTTATCTGAGCTCACACTTAAAGTCGAGAAAACAATCAAAG
GCATTCACGTCTTATTATATGCGGAAGGGGAAAAGAAGTTTGGGAAAAATAAATTGTATG
CAATGGTGCAGTGTATACAACTAACATTAGATTGTAAGAGTTGTCTGCA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CJ59TF 715 0 0
GG
ACCCTTAACTGAAAATAATAACAATCTAAAACAATGAAAACTCCAAATTTTTTATTCAAA
CATTTTATTTTCTCTATTTTGGGCATGCCGTTTCTCATGATACATAGTGTTTCACCATTG
AACCTTACCAATGAGTATCTCAATCACAAATGCCTCCTTGATCAAGGGAAATATAACTCT
GGAAGTGAGTACGAGGATAATCTCAACCGTCTCTTTCGTTCAGTTAGTAGTGATGCTTAT
GGTGTGATTAGTTTCGTACACACAAGTATTGGATCGACTCCCAATTTTATTTCTATCACT
CTCCAGTGTCGTGGTGACTCTATTGGGTCTAAATGCCATACATGTACTGACACCGCAATC
TCGGAGTTTCATAAGAGATGTCCGAAGAACAAAGGAGGAATCATATGGTACGACCAATGT
TTTCTCTTTGTTACTACAATCAAAGAAAAAGATCTAATCAAAACTAACTACGAGAATATT
TTTTCTATGTACAACTCAAATAACGTGAGAGGGGATGGAATCTTGTTTGCCAAGAGGGTG
ATGGATTTTTTATCTGAGC*CACACTTAAAGTCGAGAAAACAATCAAAGGCATTCACATC
TTATTATATGCGGAAGGGGAAAAGAAGTTTGGGAAAAATAAATTGTATGCAATGGTGCAG
TATATACAACTAACATTAGATTGTAAGAGTTGTCTGCAATGGAGTATCAAAAA

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR1AL61JQ 761 0 0
ATCAAGGGAAATATAACTCTGGAAGTGAGTACGAGGATAACCTCAACCGTCTCTTTCGTT
CAGTTAGTAGTGATGCTTATGGTGTGATTGGTTTCGTACACACAGGTATTGGATCGACTC
CCAATTTTATTTCTATCACTCTCCAGTGTCGTGGTGACTCTATTGGGTCTAAATGCCATA
CATGTACTGACACCGCAATCTCGGAGTTTCATAAGGGATGTCCGAAGAACAAAGGAGGAA
TCATATGGTACGACCAATGTTTTCTCTTTGTTACTACAATCAAAGAAAAAGATCTAATCA
AAACTAACTACGAGAATATTTTTTCTATGTACAACTCAAATAACGTGAGAGGGGATGGAA
TCTTGTTTGCCAAGAGGGTGATGGATTTTTTATCTGAGCTCACACTTAAAGTCGAGAAAA
CAATCAAAGGCATTCACGTCTTATTATATGCGGAAGGGGAAAAGAAGTTTGGGAAAAATA
AATTGTATGCAATGGTGCAGTGTATACAACTAACATTAGATTGTAAGAGTTGTCTGCAAT
GGAGTATCAAAAAACTTTTCAATAACAGTAACGTTAAACAAGGAGCAAGAGTTTTGGGTA
CGAATTGTGAAGTAAGATATGAGTTATACCCTTTTCTTAGGAGAAGCAATTTCACGGTGG
TGTGAATACATCCTTTTCATAATTTCTAATTATGAGTTTTGTTTACTTTTTTTATTTAGC
TGAAATGTTACATTCATATATCAATAAAAATAGTGTTTACC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 3

CO CL3414Contig1 831 3 9 U
GGATCGAGGGAGGAAATGGTCTGTTATACACTGGATCTCTTCATCGTCATCAGTTCAGAT
GAGATTGAAATCGAAGCACTCACACAGACAGAACGAAGATCAAGAATGGCTCTCGAGGCA
TGGTTAATGGATGATAGCAATGAAGATCAGAGACTTCCTCATCATCCTAACCCCAAAGAG
CTCCTCCCTATGGATTACTTGGCTGAACTGGGAGTATTGTACTGGAAGTTGAACCCTGAG
AACTACGAGAATGATTCCGAGCTAGCCAAGATTAGAGATGAAAGGGGTTACGATTACATG
GATTTGCTGGATCTGTGTCCCGAGAAAGTCAGCAACTACGAGGAGAAGCTGAAGAACTTT
TTCACAGAACACATTCACCAGGACGAAGAGATTCGCTACTGCCTAGCAGGAAGTGGCTAT
TTTGATGTCAGGGACAAGGATGACCGTTGCATCCGAATTTGGATGAAACCGGGCGATCTA
ATTGTTCTTCCTGCTGGGATCTACCACCGGTTCACACTCGACACCAGCAACTACATCAAG
CTGATGAGGCTGTTTGTGGGAGAACCGGTTTGGACACCATATAACCGACCTCAGGAAGAT
CACCCGGTTAGGAAGGAGTATATAAAGAGCTTAACCCACAAGTTTGGAGAAAGCATTCAA
GCTCATTAAGCAGATAGCATTGTGGTGCACTTCTATGTATTGTTTACTCAGTTCTTGTCA
CATATTTGTGCTTTTGTTCAAATAAAGAAATAATATTTGTCACCTAAATAGTGAAAGTTG
TTAATATAAAACTTTGATATATATTGGATGAAATAAAAGCCAGAGTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO28JQ C 55
AF RR1AO28TF U 55
AF RR1AH57TF U 1
BS 1 449 RR1AH57TF
BS 450 450 RR1AO28TF
BS 451 544 RR1AH57TF
BS 545 545 RR1AO28TF
BS 546 689 RR1AH57TF
BS 690 690 RR1AO28TF
BS 691 737 RR1AH57TF
BS 738 738 RR1AO28TF
BS 739 831 RR1AH57TF

RD RR1AO28JQ 711 0 0
GG
AGATGAGATTGAAATCGAAGCACTCACACAGACAGAACGAAGATCAAGAATGGCTCTCGA
GGCATGGTTAATGGATGATAGCAATGAAGATCAGAGACTTCCTCATCATCCTAACCCCAA
AGAGCTCCTCCCTATGGATTACTTGGCTGAACTGGGAGTATTGTACTGGAAGTTGAACCC
TGAGAACTACGAGAATGATTCCGAGCTAGCCAAGATTAGAGATGAAAGGGGTTACGATTA
CATGGATTTGCTGGATCTGTGTCCCGAGAAAGTCAGCAACTACGAGGAGAAGCTGAAGAA
CTTTTTCACAGAACACATTCACCAGGACGAAGAGATTCGCTACTGCCTAGCAGGAAGTGG
CTATTTTGATGTCAGGGACAAGGATGACCGTTGCATCCGAATTTGGATGAAACCGGGCGA
TCTAATTGTTCTTCCTGCTGGGATCTACCACCGGTTCACACTCGACACCAGCAACTACAT
CAAGCTGATGAGGCTGTTTGTGGGAGAACCGGTTTGGACACCATATAACCGACCTCAGGA
AGATCACCCGGTTAGGAAGGAGTATATAAAGAGCTTAACCCACAAGTTTGGAGAAAGCAT
TCAAGCTCATTAAGCAGATAGCATTGTGGTGCACTTCTATGTATTGTTTACTCAGTTCTT
GTCACATATTTGTGCTTTTGTTCAAATAAAGAAATAATATTTGTCACCT

QA 3 711 3 711
DS 

RD RR1AO28TF 711 0 0
GG
AGATGAGATTGAAATCGAAGCACTCACACAGACAGAACGAAGATCAAGAATGGCTCTCGA
GGCATGGTTAATGGATGATAGCAATGAAGATCAGAGACTTCCTCATCATCCTAACCCCAA
AGAGCTCCTCCCTATGGATTACTTGGCTGAACTGGGAGTATTGTACTGGAAGTTGAACCC
TGAGAACTACGAGAATGATTCCGAGCTAGCCAAGATTAGAGATGAAAGGGGTTACGATTA
CATGGATTTGCTGGATCTGTGTCCCGAGAAAGTCAGCAACTACGAGGAGAAGCTGAAGAA
CTTTTTCACAGAACACATTCACCAGGACGAAGAGATTCGCTACTGCCTAGCAGGAAGTGG
CTATTTTGATGTCAGGGACAAGGATGACCGTTGCATCCGAATTTGGATGAAACCGGGCGA
TCTAATTGTTCTTCCTGCTGGGATCTACCACCGGTTCACACTCGACACCAGCAACTACAT
CAAGCTGATGAGGCTGTTTGTGGGAGAACCGGTTTGGACACCATATAACCGACCTCAGGA
AGATCACCCGGTTAGGAAGGAGTATATAAAGAGCTTAACCCACAAGTTTGGAGAAAGCAT
TCAAGCTCATTAAGCAGATAGCATTGTGGTGCACTTCTATGTATTGTTTACTCAGTTCTT
GTCACATATTTGTGCTTTTGTTCAAATAAAGAAATAATATTTGTCACCT

QA 3 711 3 711
DS 

RD RR1AH57TF 831 0 0
GGATCGAGGGAGGAAATGGTCTGTTATACACTGGATCTCTTCATCGTCATCAGTTCAGAT
GAGATTGAAATCGAAGCACTCACACAGACAGAACGAAGATCAAGAATGGCTCTCGAGGCA
TGGTTAATGGATGATAGCAATGAAGATCAGAGACTTCCTCATCATCCTAACCCCAAAGAG
CTCCTCCCTATGGATTACTTGGCTGAACTGGGAGTATTGTACTGGAAGTTGAACCCTGAG
AACTACGAGAATGATTCCGAGCTAGCCAAGATTAGAGATGAAAGGGGTTACGATTACATG
GATTTGCTGGATCTGTGTCCCGAGAAAGTCAGCAACTACGAGGAGAAGCTGAAGAACTTT
TTCACAGAACACATTCACCAGGACGAAGAGATTCGCTACTGCCTAGCAGGAAGTGGCTAT
TTTGATGTCAGGGACAAGGATGACCGTTGGATCCGAATTTGGATGAAACCGGGCGATCTA
ATTGTTCTTCCTGCTGGGATCTACCACCGGTTCACACTCGACACCAGCAACTACATCAAG
CTGAGGAGGCTGTTTGTGGGAGAACCGGTTTGGACACCATATAACCGACCTCAGGAAGAT
CACCCGGTTAGGAAGGAGTATATAAAGAGCTTAACCCACAAGTTTGGAGAAAGCATTCAA
GCTCATTAAGCAGATAGCATTGTGGTGCATTTCTATGTATTGTTTACTCAGTTCTTGTCA
CATATTTGTGCTTTTGTCCAAATAAAGAAATAATATTTGTCACCTAAATAGTGAAAGTTG
TTAATATAAAACTTTGATATATATTGGATGAAATAAAAGCCAGAGTTATAT

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 3

CO CL3415Contig1 820 3 4 U
GGAGACGACGTTTTACTTCCTCTTCTTCGCATTCTCCAATCAGTGTTTGTTGTTTGTTTT
GGGTGAAATAGAGAGAAAAAAAGTGAGCGGAGCGGGGAAGAAAGTGGCGGAAGTGGCGTT
CAAAGCGTCGAGGACGATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTCCTTGTCACCGATGAGGC
TCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGCGCTTTCGATGAGGTCAACACCCAGCTCCAGAC
TAAGTTCAGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGACTTCTACAGAAAGGGTATTGGCTC
TGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCATTGAGATTCCTAAGTACGTGGA
CAATGTTACCCCTGAGTACAAGCCCAAGTTTGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGC
AGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTAGAGAAAGAAATTGTTGATGTTCAAGA
GATAAGCAAAAAGCTCAGCACAATGACCGCAGATGAGTACTTCGAGAAGCACCCAGAACT
CAAAAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATTCACCATGTT
GTATCTCTGGCCTGGAAAAGAAACTCTTTCCTCTTTTTCTTTTGATGTGATTTTGTGAGA
GTCGATCCATATAACATAATAAGGACCACTCCATTTACTTCGAGATGTTCATTGGAGATC
CAATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGTTTTCAGTTGTCAATGTCATAATATTGTTT
GTTTCGTTCTAAAGAGAATAATAAGAGTGAAAAGATCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FG01TF U 1
AF RR1DQ10JQ C 662
AF RR1DQ10TF U 662
BS 1 683 RR1FG01TF
BS 684 684 RR1DQ10TF
BS 685 739 RR1FG01TF
BS 740 820 RR1DQ10TF

RD RR1FG01TF 739 0 0
GGAGACGACGTTTTACTTCCTCTTCTTCGCATTCTCCAATCAGTGTTTGTTGTTTGTTTT
GGGTGAAATAGAGAGAAAAAAAGTGAGCGGAGCGGGGAAGAAAGTGGCGGAAGTGGCGTT
CAAAGCGTCGAGGACGATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTCCTTGTCACCGATGAGGC
TCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGCGCTTTCGATGAGGTCAACACCCAGCTCCAGAC
TAAGTTCAGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGACTTCTACAGAAAGGGTATTGGCTC
TGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCATTGAGATTCCTAAGTACGTGGA
CAATGTTACCCCTGAGTACAAGCCCAAGTTTGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGC
AGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTAGAGAAAGAAATTGTTGATGTTCAAGA
GATAAGCAAAAAGCTCAGCACAATGACCGCAGATGAGTACTTCGAGAAGCACCCAGAACT
CAAAAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATTCACCATGTT
GTATCTCTGGCCTGGAAAAGAAACTCTTTCCTCTTTTTCTTTTGATGTGATTTTGTGAGA
GTCGATCCATATAACATAATAAG*ACCACTCCATTTACTTCGAGATGTTCATTGGAGATC
CAATGAGACAATGACGATA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1DQ10JQ 159 0 0
G
CGATCCATATAACATAATAAGGACCACTCCATTTACTTCGAGATGTTCATTGGAGATCCA
ATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGTTTTCAGTTGTCAATGTCATAATATTGTTTGT
TTCGTTCTAAAGAGAATAATAAGAGTGAAAAGATCTCT

QA 2 159 2 159
DS 

RD RR1DQ10TF 159 0 0
G
CGATCCATATAACATAATAAGGACCACTCCATTTACTTCGAGATGTTCATTGGAGATCCA
ATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGTTTTCAGTTGTCAATGTCATAATATTGTTTGT
TTCGTTCTAAAGAGAATAATAAGAGTGAAAAGATCTCT

QA 2 159 2 159
DS 



AS 1 2

CO CL3416Contig1 1073 2 6 U
GGATTGATAAAAGAAAGGCTGAAAGTCAAAAGCGGGGCGACCTCTCTCTCGGATCTGAAG
ATAAAAAAGATGCCTCGTTATGAAGATCGTCACGGAAGCACACGACTCTATGTTGGTCAC
TTGTCCTCTCGAACACGGACTCGTGATGTTGAACGTCTCTTTAGCAAATATGGGAGAGTT
CGAGATGTTGATATGAAGCGTGACTTTGCCTTTGTCGATTTTAGCGATCCCCGAGATGCT
GATGATGCAAGGTACCGCTTAGATGGAAGAGACGTTGACGGAAGCCGTATTGTTGTTGAA
TTTGCTAAAGGGACACCACGTGGTTCTGGTTCTGGTTCTGGTTATGGTTCTCGAGAGATA
TCTTCAAGCAGAGGAGGACCTCCTCCCCCCAGGAAGTGGGCGTTGCTTCAACTGTGGTCT
TGATGGACACTGGGCTAGAGATTGCACTGCTGGTGATTGGAAGAACAAATGTTATCGATG
TGGCGATAGAGGTCACATTGAGAGGAACTGCAAGAACAGTCCCAAGAAGCTCAAGAGGGA
CCAAAGTTACTCGAGATCACCAGTTAGGTCTCGGTCACCTCCTCCTCGTCGCAGTAGAAG
AAATCGCAGCAGAAGCAGAAGCCCAAGCTACAGTCGCTCAAGATCTCCGGTTAGGACAGA
AAAGAAGCGAACTCCTGAACCAGCTGCGAGAAGCAGGAGCCCTGAACCAACGGTTCTTAA
CTCACCTCCACTCAAAGACACAGACCATAGCCCAAGTCCCAATGAAAAGAGCCCAATGCC
TGAGAAGAAGGGTCAGGAAAACGGCAATGGGACCAATGGACAAGACGAACCCAGTCCTAG
AGACGAACCCAGTCCCTGAGATGTAATATTATTCACAAAGAGTAAAGAAACTCTTCAAAC
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BQ
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10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D189TF U 1
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DS 

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GAA
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AATCGCAGCAGAAGCAGAAGCCCAAGCTACAGTCGCTCAAGATCTCCGGTTAGGACAGAA
AAGAAGCGAACTCCTGAACCAGCTGCGAGAAGCAGGAGCCCTGAACCAACGGTTCTTAAC
TCACCTCCACTCAAAGACACAGACCATAGCCCAAGTCCCAATGAAAAGAGCCCAATGCCT
GAGAAGAAGGGTCAGGAAAACGGCAATGGGACCAATGGACAAGACGAACCCAGTCCTAGA
GACGAACCCAGTCCCTGAGATGTAATATTATTCACAAAGAGTAAAGAAACTCTTCAAACA
ATTTGATCAAACTTGCATTTATTTCTATAAGACTTGTAATGAATTTATTGTTGTTTTTGT
GTGACTTTCATTCTATGACTTCCTCCCTCTCGTCTTTTTTTTTTCTCCTTTAAAAACAAA
TATATCTTCATAAATTGAGTTCTATACCAAATGTAAGCTGCAAAACTCAAGT

QA 4 775 4 775
DS 



AS 1 3

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AATTCCACCTCCCCACTTCTTCCTGTACTCTTCATACTTGTCGTTGAAGTTCGCCTTAAT
GGCCTCAAGGATTTTGCTAAACTCCATATTGTCCTCGTTCTTCACTGTCGTCAAACACAA
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BQ
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AF RR1AW15JQ U 42
AF RR1AW15TF C 227
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RD RR1G212JQ 750 0 0
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GGCACATCTGGAGAGATCACAGGAGCTAAAACAAAAGATTTTCATTCAAGTTTAAAAACT
AGAATCCTCAAAAAAAAAGGAAGGTGAAATCAGGACAAGTCTCTAATTCATCCTCTGAGC
AGCTTCCTTGGCTAGAACTCTCTCCTTGGCCTTAGTCTTGGCCTGAGATTTTGATCCCAT
AATTCCACCTCCCCACTTCTTCCTGTACTCTTCATACTTGTCGTTGAAGTTCGCCCTAAT
GGCCTCAAGGATTTTGCTAAACTCCATCTTGTCCTCGTTCTTCACTGTCGTCAAACACAA
GCAAGCTGCTGTTTTCTGGTTAACAATCGTTCCTAATCGTGATTTCCCCTTGACAATGCA
GTAAGGAACTTCCATTTTCCTGCATAGTGCAGGCAACCAGACGACCAACTCAATCGGGTC
CACATCATGAGCTATCACCACCAATTGCGCCTTGTCCTGCTCAATGAGGTAGGTCACATG
GTTGAGACCATACTTCACGACAATTGGCTTCTTCGATTCAACAGTCTTTCCTTCAGCCTC
AGCCTGAGCCTTCTTGAGAAGACGCTCCTTCTTGGCTGCCTTGTCCTCAGGCCTGTACTT
GAGCAGAATCTTGAACAGAGAAGTCGCTAAGTTCTTGTCAAGGGTATTAGTGAACTGGTT
GAGTGCCGGTGGAACCTTCAACCTCTGCT
T

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1AW15JQ 708 0 0
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TCATTCAAGTTTAAAAACTAGAATCCTCAAAAAAAA*GGAAGGTGAAATCAGGACAAGTC
TCTAATTCATCCTCTGAGCAGCTTCCTTGGCTAGAACTCTATCCTTGGCCTTAGTCTTGG
CCTGAGATTTTGATCCCATAATTCCACCTCCCCACTTCTTCCTGTACTCTTCATACTTGT
CGTTGAAGTTCGCCTTAATGGCCTCAAGGATTTTGCTAAACTCCATATTGTCCTCGTTCT
TCACTGTCGTCAAACACAAGCAAGCTGCTGTTTTCTGGTTAACAATCGTTCCTAATCGTG
ATTTCCCCTTGACAATGCAGTAAGGAACTTCCATTTTCCTGCATAGTGCAGGCAACCAGA
CGACCAACTCAATCGGGTCCACATCATGAGCTATCACCACCAATTGCGCCTTGTTCTGCT
CAATGAGGTAGGTCACATGGTTGAGACCATACTTCACGACAATTGGCTTCTTCGATTCAA
CAGTCTTTCCTTCAGCCTCAGCCTGAGCCTTCTTGAGAAGACGCTCCTTCTTGGCTGCCT
TGTCCTCAGGCCTGTACTTGAGCAGAATCTTGAACAGAGAAGTCGCTAAGTTCTTGTCAA
GGGTCTTAGTGAACTGGTTGAGTGCCGGTGGAACCTTCAACCTCTGCT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1AW15TF 787 0 0
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AAGTTCGCCTTAATGGCCTCAAGGATTTTGCTAAACTCCATATTGTCCTCGTTCTTCACT
GTCGTCAAACACAAGCAAGCTGCTGTTTTCTGGTTAACAATCGTTCCTAATCGTGATTTC
CCCTTGACAATGCAGTAAGGAACTTCCATTTTCCTGCATAGTGCAGGCAACCAGACGACC
AACTCAATCGGGTCCACATCATGAGCTATCACCACCAATTGCGCCTTGTTCTGCTCAATG
AGGTAGGTCACATGGTTGAGACCATACTTCACGACAATTGGCTTCTTCGATTCAACAGTC
TTTCCTTCAGCCTCAGCCTGAGCCTTCTTGAGAAGACGCTCCTTCTTGGCTGCCTTGTCC
TCAGGCCTGTACTTGAGCAGAATCTTGAACAGAGAAGTCGCTAAGTTCTTGTCAAGGGTC
TTAGTGAACTGGTTGAGTGCCGGTGGAACCTTCAACCTCTGCTTCAGAATACGCTTCTGC
CTCTGGAGACGAATAGACTTTGGCCATTTGATGTATCTGGTGAGATCCTTTTTCGGTGGC
AATGCTCCTCCGATCCCAAACTGCTTGGGACGCCTCTCAAAGAGAGGGTTTGTCACTTTC
TCCGATTTTTTCTTGGTAACCGCTTTAACTCCTTTCTTTGGGGCCATTTTCAGATTTTTT
CCACAGCAGCTGTCTCGGAAGAGAGAAGAAACTGAAACTATAGAGAGGCTAACGAAAGAG
ATGACCC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 3

CO CL3418Contig1 817 3 15 U
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CGCATATTATTATATATCTGCTTGTCGACCCTCCTCTTTCCCCTTTTCTTAACGAGGTTT
TTATTAAGCTTGATGACGTCTGGGGCCTTCTTGGCACTGCTGCATTTGCTTTCTTCTGTT
TCTACCTTCTACTCGCTGTTATCGCTGGGGCAATGATGCTGGGTTTGAAGCTTGTCTTCA
TTACCATTCATCCGATGAAATGGGGAGCTACTTTAATGAACTCCTTCCTCTTCAATGTTG
GGCTCATTCTTCTCTGTTCCATCAGTGTGATTCAGTTCTGTGCCACTGCATTCGGATACT
ACGCTCAAGCCACCGCTGCTCAGGAGATCTTTGGCCACACATTGCAGTCACTTCGAGGAA
TCAAGTATCTCTACAAGTACAACGTGTTCCAAATCGGGTTTGTTATCCTGGCTGGATTGA
CCTTCCTATATTACATTGCCTTCGGATGGAGAAGAAAGAAACCTAGCGCCCGTTTCCAGC
TCTCTTCTTAATGTGAAAATATTTCCCTTTCGTTGGGGATCTGATTGAGTGCTGTCCACA
CAAAGTGTCTGATATGTTTCCGGATCATACCGGAAATACCTGGAGACTCTGCTTGTGCTT
ATGAGTTTTTTTTTT*TAGCATTGTTTCTCATTTTTTTT*GTTATGTATTTACTGTTTGG
TTGAGCAACTGTTAGCTGTCCTGTCTTGTCTTGTCTTGGTTTATTGTATTGTACTGTCTT
CTGATGCGAGATTATGTAGTGAGAAGCCTTACATCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP54TF U 1
AF RR1EV16TF U 67
AF RR1EP54JQ C 118
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BS 111 111 RR1EV16TF
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BS 675 675 RR1EV16TF
BS 676 702 RR1EP54TF
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BS 795 801 RR1EV16TF
BS 802 817 RR1EP54JQ

RD RR1EP54TF 792 0 0
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CGCATATTATTATATATCTGCTTGTCGACCCTCCTCTTTCCCCTTTTCTTGACGAGGTTT
TTATTAAGCTTGATGACGTCTGGGGCCTTCTTGGCACTGCTGCATTTGCTTTCTTCTGTT
TCTACCTTCTACTCGCTGTTATCGCTGGGGCAATGATGCTGGGTTTGAAGCTTGTCTTCA
TTACCATTCATCCGATGAAATGGGGAGCTACTTTAATGAACTCCTTCCTCTTCAATGTTG
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ACGCTCAAGCCACCGCTGCTCAGGAGATCTTTGGCCACACATTGCAGTCACTTCGAGGAA
TCAAGTATCTCTACAAGTACAACGTGTTCCAAATCGGGTTTGTTATCCTGGCTGGATTGA
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TCTCTTCTTAATGTGAAAATATTTCCCTTTCGTTGGGGATCTGATTGAGTGCTGTCCACA
CAAAGTGTCTGATATGTTTCCGGATCATACCGGAAATACCTGGAGACTCTGCTTGTGCTT
ATGAGTTTTTTTTT**TAGCATTGTTTCTCATTTTTTTT*GT*ATGTATTTACTGTTTGG
TTGAGCA*CTGTTAGCTGTCCTGTCTTGTCTTGTCTTGGTTT*TTGTATTGTACTGTCTT
CTGATGCGAGAT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1EV16TF 738 0 0
GTATC
ATATATCTGCTTGTCGACCCTCCTCTTTCCCCTTTTCTTAACGAGGTTTTCATTAAGCTT
GATGACGTCTGGGGTCTTCTTGGCACTGCTGCTTTTGCTTTCTTCTGTTTCTACCTTCTA
CTCGCTGTTATCGCTGGGGCAATGATGCTGGGTTTGAAGCTTGTCTTCATTACCATTCAT
CCGATGAAATGGGGAGCTACTTTAATGAACTCCTTCCTCTTCAATGTTGGGCTCATTCTT
CTCTGTTCCATCAGTGTGATTCAGTTCTGTGCCACTTCATTCGGATACTACGCTCAAGCC
ACCGCTGCTCAGGAGATCTTTGGCCACACATTGCAGTCACTTCGAGGAATCAAGTATCTC
TACAAGTACAACGTGTTCCAAATCGGGTTTGTTATCCTGGCTGGATTGACCTTCCTATAT
TACATTGCCTTCGGATGGAGAAGAAAGAAACCTAGCGCCCGTTTCCAGCTCTCTTCTTAA
TGTGAAAATATTTCCCTTTCGTTGGGGATCTGATTGAGTGCTGTCCACACAAAGTGTCTG
ATATGTTTCCGGATCATACCGGAAATACCTGGAGACTCTGCTTGTGCTTATGAGTTTTTT
TTTTTTAGCATTGTTTCTCATTTTTTTT*GTTATGTATTTACTGTTTGGTTGAGCAACTG
TTAGCTGTCCTGTCTTGTCTTGTCTTGGTTTATTGTATTGTACTGTCTTCTGATGCCAGA
TTTTGTAGTG
GGA

QA 6 735 6 735
DS 

RD RR1EP54JQ 700 0 0
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GTTTCTACCTTCTACTCGCTGTTATCGCTGGGGCAATGATGCTGGGTTTGAAGCTTGTCT
TCATTACCATTCATCCGATGAAATGGGGAGCTACTTTAATGAACTCCTTCCTCTTCAATG
TTGGGCTCATTCTTCTCTGTTCCATCAGTGTGATTCAGTTCTGTGCCACTGCATTCGGAT
ACTACGCTCAAGCCACCGCTGCTCAGGAGATCTTTGGCCACACATTGCAGTCACTTCGAG
GAATCAAGTATCTCTACAAGTACAACGTGTTCCAAATCGGGTTTGTTATCCTGGCTGGAT
TGACCTTCCTATATTACATTGCCTTCGGATGGAGAAGAAAGAAACCTAGCGCCCGTTTCC
AGCTCTCTTCTTAATGTGAAAATATTTCCCTTTCGTTGGGGATCTGATTGAGTGCTGTCC
ACACAAAGTGTCTGATATGTTTCCGGATCATACCGGAAATACCTGGAGACTCTGCTTGTG
CTTATGAGTTTTTTTTTT*TAGCATTGTTTCTCATTTTTTTTTGTTATGTATTTACTGTT
TGGTTGAGCAACTGTTAGCTGTCCTGTCTTGTCTTGTCTTGGTTTATTGTATTGTACTGT
CTTCTGATGCGAGATTATGTAGTGAGAAGCCTTACATCGC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 3

CO CL3419Contig1 805 3 11 U
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AATGGGAAACAAAAATCTTAAGGCGACGTTGCTCCTCTTCACCACCTTTCTCTCCATTTC
CCGATCAACCTCAGCCGTTCATTCTCCTCCACGACTAAACGCAACAACCAACGATCTAAC
TTTCATCCGAACAAGCTGCAACGCAACTCTATATCCAGACCTCTGCTTCAACTCTCTCGC
TGGCTACGCCTCTGCCGTTCAAAACAGTCCCGCGAGGCTAGCCAAACTAGCTATCGGAGT
AACCATTTCAAAAGCTAAATCAACGGCTCTTTTTCTTACCAAGTTCTCGCGCTCAGCAAC
CAAAGCCGAAGACTGTGCTTCTTACCTTAAAGACGCACTCGACGAGATGAGAGATTCTCT
CCGAACACTACGCAACATTAGCCGCGGAGTAGGCATTGATGCGGCTCCGTCATCGGTGGA
GATGTTTAGATTCAAGATGAGTGACGTGCAGACGTACATGAGTGCAGCTTTGACGTATGA
GGATACGTGTACGGACGAATATGATGAAACGGATGAAGTGGGAGGGACCAAGACGGCTGT
TTATGATCGGGTGAACAATCTGAAGAGGTTAACTAGTAATGCTCTTGCGCTTGTTAACAG
TTATGCCAACTATGGAGCTCCTTGAGATGAGATCATGAAAGCGTTTTTTAACCTTTAATT
TAAATGTTTCTTCTGATATTTATTTTTACTTTGTTAAATATTTCTTTTGAAAATTTAGTA
TGATGTTTTATAAACTTTTAATTCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1BF90TF U 1
AF RR1BF90JQ C 256
AF RR1GJ93TF U 781
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QA 1 190 1 190
DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D466TF U 73
AF RR1CK22TF U 1
AF RR1GJ72TF U 28
BS 1 756 RR1CK22TF
BS 757 763 RR1GJ72TF

RD RR1D466TF 620 0 0
GG
GGCTTCTCCAACTTTGTTCGCCCCCTCTTCCATGGCTTCGAGAATTGCTGATTCTCTATT
CGCCTTCACGGGCCCACAACAATGTCTCCCTAGGGCTCCTCAAGTTGCTCCTGCTCGTCT
TTCTCCAGGTGTGTATGCTGTGAGACCGATTGATCTTCTGTTAAGAGGTCATGCGCATAG
AAGGAGAACGTTCTTGGTTCCTGCAAAGAAAAGGGTTGGATGTATAAAAGCGGTGGCTGC
TCCAGCCGCACCTCCTTCAGCTGACAGTGCGGAAGAGAGGGAGCAGTTAGCAGAAAGCTA
TGGGTTCAAACAAATTGGACAAGATCTTCCTGATAATGTCACTTTAAAAGATATCATGGA
TACACTTCCCAAAGAGGTGTTTGAGATTGATGATGTCAAGGCTTGGAAGTCTGTGTTGGT
ATCTGTGACTTCCTACGCTTTAGGGCTCTTCATGATCGCAAAAGCCCCTTGGTATCTGCT
TCCGTTGGCTTGGGCTTGGACAGGAACTGCAGTTACAGGGTTCTTTGTGGTAGGACATGA
TTGTGCTCATAAATCATTTTCCAAGAACAAATTGGTTGAAGACATTGTGGGTACTCTAGC
CTTCCTACCTCTTATATA

QA 3 620 3 620
DS 

RD RR1CK22TF 756 0 0
GGGAAGAGGTGAGAGGACTCTTCACAGCCATTCAATCCCTTTTAAGAAAAAAACATTTGC
AGAGAAACTCCTGTGGCTTCTCCAACTTTGTTCGCCCCCTCTTCCATGGCTTCGAGAATT
GCTGATTCTCTATTCGCCTTCACGGGCCCACAACAATGTCTCCCTAGGGCTCCTCAAGTT
GCTCCTGCTCGTCTTTCTCCAGGTGTGTATGCTGTGAGACCGATTGATCTTCTGTTAAGA
GGTCATGCGCATAGAAGGAGAACGTTCTTGGTTCCTGCAAAGAAAAGGGTTGGATGTATA
AAAGCGGTGGCTGCTCCAGCCGCACCTCCTTCAGCTGACAGTGCGGAAGAGAGGGAGCAG
TTAGCAGAAAGCTATGGGTTCAAACAAATTGGACAAGATCTTCCTGATAATGTCACTTTA
AAAGATATCATGGATACACTTCCCAAAGAGGTGTTTGAGATTGATGATGTCAAGGCTTGG
AAGTCTGTGTTGGTATCTGTGACTTCCTACGCTTTAGGGCTCTTCATGATCGCAAAAGCC
CCTTGGTATCTGCTTCCGTTGGCTTGGGCTTGGACAGGAACTGCAGTTACAGGGTTCTTT
GTGATAGGACATGATTGTGCTCATAAATCATTTTCCAAGAACAAATTGGTTGAAGACATT
GTGGGTACTCTAGCCTTCCTACCTCTTGTATACCCCTATGAGCCATGGAGATTTAAGCAC
GACCGTCATCACGCCAAAACCAACATGTTAGTTCAT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1GJ72TF 736 0 0
GG
ATTCAATCCCTTTTAAGAAAAAAACATTTGCAGAGAAACTCCTGTGGCTTCTCCAACTTT
GTTCGCCCCCTCTTCCATGGCTTCGAGAATTGCTGATTCTCTATTCGCCTTCACGGGCCC
ACAACAATGTCTCCCTAGGGCTCCTCAAGTTGCTCCTGCTCGTCTTTCTCCAGGTGTGTA
TGCTGTGAGACCGATTGATCTTCTGTTAAGAGGTCATGCGCATAGAAGGAGAACGTTCTT
GGTTCCTGCAAAGAAAAGGGTTGGATGTATAAAAGCGGTGGCTGCTCCAGCCGCACCTCC
TTCAGCTGACAGTGCGGAAGAGAGGGAGCAGTTAGCAGAAAGCTATGGGTTCAAACAAAT
TGGACAAGATCTTCCTGATAATGTCACTTTAAAAGATATCATGGATACACTTCCCAAAGA
GGTGTTTGAGATTGATGATGTCAAGGCTTGGAAGTCTGTGTTGGTATCTGTGACTTCCTA
CGCTTTAGGGCTCTTCATGATCGCAAAAGCCCCTTGGTATCTGCTTCCGTTGGCTTGGGC
TTGGACAGGAACTGCAGTTACAGGGTTCTTTGTGATAGGACATGATTGTGCTCATAAATC
ATTTTCCAAGAACAAATTGGTTGAAGACATTGTGGGTACTCTAGCCTTCCTACCTCTTGT
ATACCCCTATGAGCCATGGAGATTTAAGCACGACCGTCATCACGCCAAAACCAACATGTT
AGTTCATGACACAG

QA 3 736 3 736
DS 



AS 1 3

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ACCCATAAGATAACGAGAAAACAAATCCTGTTGGTGTTATAAAATTACATACGGGATATA
AGAAGCGGGACAGAGGCAGGAGCTTCCTCT**AATCTCATGCTCAAGCTCTCCATACCGC
TCAAGCACGCGCATCCTGCAGTCCTCAGCAGCTAGCACTCCCGTTGAATAGGCACCATGC
ACTGATCCTGGGTAGCTTGCGCTAGTAGCTTCCCCAGCAAAGAATAGATTATCCAATGGC
ACTCTCAGCCTCTCATAGAGGTCATGAGGTTTGTTCACTATGTCGTAACTATATGATCCC
AGTGAGTTGATGTCTGATCCCCACCTCGATACCAAATAATGTATCGGTGAAGATGCATCA
GGAAGAATCTTTTGGAGTTGTGAAAAAGCAAATTTTGCAGCTGATTCGTCAGACATCTTC
TCTATGTCTCTAGCGAGCTGACCAGCCGGCATGTAAACAAGGACAGGATGGTTTGTGGCT
TTATGCAGGTTCAAGAAGTAACTGCATCCGTAGGAGGTTTCTGCGACCACTCCAAGAAAC
TCCACGTTTGGCCAAAACACATTGTCAAAGTTCAATATGATCTTGTTCTCGATTCCTACA
CCGAGATCGTTGATAGCTTCTTGTTTCCAATCCGGAAGCTTTGGTTCGAA


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H665JQ U 1
AF RR1H665TF C 1
AF RR1CJ53JQ U 1
BS 1 16 RR1CJ53JQ
BS 17 17 RR1H665JQ
BS 18 147 RR1CJ53JQ
BS 148 148 RR1H665JQ
BS 149 150 RR1CJ53JQ
BS 151 152 RR1H665JQ
BS 153 239 RR1CJ53JQ
BS 240 240 RR1H665JQ
BS 241 259 RR1CJ53JQ
BS 260 260 RR1H665JQ
BS 261 710 RR1CJ53JQ

RD RR1H665JQ 352 0 0
GA
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CCATAAGATAACGAGAAAACAAATCCTGTTGGTGTTATAAAATTACATACGGGATATAAG
AAGCGGGACAGAGGCAGGAGCTTCCTCT**AATCTCATGCTCAAGCTCTCCATACCGCTC
AAGCACGCGCATCCTGCAGTCCTCAGCAGCTAGCACTCCCGTTGAATAGGCACCATGCAC
TGATCCTGGGTAGCTTGCGCTAGTAGCTTCCCCAGCAAAGAATAGATTATCCAATGGCAC
TCTCAGCCTCTCATAGAGGTCATGAGGTTTGTTCACTATGTCGTAACTA
C

QA 3 351 3 351
DS 

RD RR1H665TF 352 0 0
GA
GTTAAATGTAGTCTCATAAACTTTTTAAAGTTGTATATCACATGAAATCAATCATAAAAC
CCATAAGATAACGAGAAAACAAATCCTGTTGGTGTTATAAAATTACATACGGGATATAAG
AAGCGGGACAGAGGCAGGAGCTTCCTCT**AATCTCATGCTCAAGCTCTCCATACCGCTC
AAGCACGCGCATCCTGCAGTCCTCAGCAGCTAGCACTCCCGTTGAATAGGCACCATGCAC
TGATCCTGGGTAGCTTGCGCTAGTAGCTTCCCCAGCAAAGAATAGATTATCCAATGGCAC
TCTCAGCCTCTCATAGAGGTCATGAGGTTTGTTCACTATGTCGTA
GCTAC

QA 3 347 3 347
DS 

RD RR1CJ53JQ 710 0 0
GGGTTAAATGTAGTCTAATAAACTTTTTAAAGTTGTATATCACATGAAATCAATCATAAA
ACCCATAAGATAACGAGAAAACAAATCCTGTTGGTGTTATAAAATTACATACGGGATATA
AGAAGCGGGACAGAGGCAGGAGCTTCCCCTTCAATCTCATGCTCAAGCTCTCCATACCGC
TCAAGCACGCGCATCCTGCAGTCCTCAGCAGCTAGCACTCCCGTTGAATAGGCACCATGT
ACTGATCCTGGGTAGCTTGTGCTAGTAGCTTCCCCAGCAAAGAATAGATTATCCAATGGC
ACTCTCAGCCTCTCATAGAGGTCATGAGGTTTGTTCACTATGTCGTAACTATATGATCCC
AGTGAGTTGATGTCTGATCCCCACCTCGATACCAAATAATGTATCGGTGAAGATGCATCA
GGAAGAATCTTTTGGAGTTGTGAAAAAGCAAATTTTGCAGCTGATTCGTCAGACATCTTC
TCTATGTCTCTAGCGAGCTGACCAGCCGGCATGTAAACAAGGACAGGATGGTTTGTGGCT
TTATGCAGGTTCAAGAAGTAACTGCATCCGTAGGAGGTTTCTGCGACCACTCCAAGAAAC
TCCACGTTTGGCCAAAACACATTGTCAAAGTTCAATATGATCTTGTTCTCGATTCCTACA
CCGAGATCGTTGATAGCTTCTTGTTTCCAATCCGGAAGCTTTGGTTCGAA

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 3

CO CL3423Contig1 1424 3 9 U
GGGAAGACGTGGCAATCCACCCCCATATCGCGCCGCCGCTTCACCGATCCTTTAACCACC
GATCTACACTCCCCTCCGCCTCTAAGAAACTCCTCTTCCTCAGGAATCCCACGCCGGTGC
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CTCCATCGATTTCCTAAACCCTTTGCCATCGCCTCAAGGTGTGTGAGAGAAAAGGATGGA
TCAATCAGGGGATCAACGGACCTGAATCCAAACGGAAGAAAGAATCTTGGAAGCTTAAAA
GTTATGGTAGTCAGATCAAGCGTGATAGTACTAAGAAGCTGGTAGTTCTCAAACCTACGG
GAGGTCCAAGTCTACTGGTTTCCAGATGATCGCTGCTCCATCTGCGCCATTCATTACTTC
TGTGGCTCAAACTCAGAGCAGGAATGCGTTTTATAGTGCTTTGAAGAAGAAGACATCTAC
AAACATCTCACTCTCAACTAGCTCTTTCTCTTTCATCCTCCCTTCTGTCGAGGAAAAAAC
AGATATCTCTAAGGAGCTTGTAGCTAGTAACCCTTCAAGTGGGCAGGCTGCAGAAAGAGA
AAGAGATGATGGTTTTGAATCGGCAGACCTTCCAGATGAAGAAGAGGCTGAGTTCCTTAA
ATCCCTTGGGTGGGACGAAAAAAATACTGAGGTAGAAGCCCTTACAGACGAGGAAATCCG
AGCCTTCTATGAACAGCACAAGGAGGTGAAGCCATTACTGATGAAAAAGCTGCCTATCAT
TACTGAGGCGTAACTCCTAATCCGTGATCTGATTTTGAAGACAGTTTCTTATTTTTGGTG
GTGGAGGAGGCTTCAGTTGCACTATGAGTGTTGTTCTACTTCTTCAGAAAAGCAACAAAA
TTGAGTATTTGTATATCTTTTGGTCTGAATATAGAGAGTGATTTTGTTTTGAAAGCTTCC
CTAGGTTTCTAACGTTTGATGATAATCAGCGGCTTCTTTAAGAGCCTGGAGAAGGTGAAG
CCTGAGCCTTCAGAGGGCTCCTCCTTTTTCAGAGACTGCCTCGTAGAATTGAGGGTATGC
TTTTAGCCTTCAGATTCTAAAGTTTCAGTTCTTTTTTTCTTTTCTAGGTTGTATCCTAGT
GACTATGCTTGTTTCAAGTTAAGATTGACAAGTAGTAAAAACACCATTGGACATTCTTTT
GGATTAGAATCCTTAACTATTCTCAAAAAAAAGAAAATTAGTTTAATAATCTTAAGGACT
CCAATGGTGATAACACCATTGAAGATGCTCTAAGGTGTCTAGTCCGCATCTTTAAACTCT
ATGTTGTTGTTGTTCTTCTTCTTCTTTTTGAGAATCTATCTATTATTTAACTGCTATGGA
TTTTTTGTTTAATTCTGGAAAAAAACAAATTTAGAATTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AT89TF U 1
AF RR1EY82TF U 210
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CTCCATCGATTTCCTAAACCCTTTGCCATCGCCTCAAGGTGTGTGAGAGAAAAGGATGGA
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TGTGGCTCAAACTCAGAGCAGGAATGCGTTTTATAGTGCTTTGAAGAAGAAGACATCTAC
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AGATATCTCTAAGGAGCTTGTAGCTAGTAACCCTTCAAGTGGGCAGGCTGCAGAAAGAGA
AAGAGATGATGGTTTTGAATCGGCAGACCTTCCAGATGAAGAAGAGGCTGAGTTCCTTAA
ATCCCTTGGGTGGGACGAAAAAAATACTGAGGTAGAAGCCCTTACAGACGAGGAAATCCG
AGCCTTCTATGAACAGCACAAGGAGGTGAAGCCATTACTGATGAAAAAGCTGCCTATCAT
TACTGAG*CGTAACTCCTAATCCGTGATCTGATTTTGA*GACAGTTTCTTATTTTTGGTG
GT

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DS 

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G
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AACGGAAGAAAGAATCTTGGAAGCTTAAAAGTTATGGTAGTCAGATCAAGCGTGATAGTA
CTAAGAAGCTGGTAGTTCTCAAACCTACGGGAGGTCCAAGTCTACTGGTTTCCAGATGAT
CGCTGCTCCATCTGCGCCATTCATTACTTCTGTGGCTCAAACTCAGAGCAGGAATGCGTT
TTATAGTGCTTTGAAGAAGAAGACATCTACAAACATCTCACTCTCAACTAGCTCTTTCTC
TTTCATCCTCCCTTCTGTCGAGGAAAAAGCAGATATCTCTAAGGAGCTTGTAGCTAGTAA
CCCTTCAAGTGGGCCGGCTGCAGAAAGAGAAAGAGATGATGGTTTTGAATCGGCAGACCT
TCCAGATGAAGAAGAGGCTGAGTTCCTTAAATCCCTTGGGTGGGACGAAAAAAATACTGA
GGTAGAAGCCCTTACAGACGAGGAAATCCGAGCCTTCTATGAACAGCACAAGGAGGTGAA
GCCATTACTGATGAAAAAGCTGCCTATCATTACTGAGGCGTAACTCCTAATCCGTGATCT
GATTTTGAAGACAGTTTCTTATTTTTGGTGGTGGAGGAGGCTTCAGTTGCACTATGAGTG
TTGTTCTACTTCTTCAGAAAAGCAACAAAATTGAGTATTTGTATATCTTTTGGTCTTAAT
ATAGAGAGTGATTTTGTTTTGAAAGCTTCC

QA 2 751 2 751
DS 

RD RR1AT89JQ 756 0 0
GGTGGGACGAAAAAAATACTGAGGTAGAAGCCCTTACAGACGAGGAAATCCGAGCCTTCT
ATGAACAGCACAAGGAGGTGAAGCCATTACTGATGAAAAAGCTGCCTATCATTACTGAGG
CGTAACTCCTAATCCGTGATCTGATTTTGAAGACAGTTTCTTATTTTTGGTGGTGGAGGA
GGCTTCAGTTGCACTATGAGTGTTGTTCTACTTCTTCAGAAAAGCAACAAAATTGAGTAT
TTGTATATCTTTTGGTCTGAATATAGAGAGTGATTTTGTTTTGAAAGCTTCCCTAGGTTT
CTAACGTTTGATGATAATCAGCGGCTTCTTTAAGAGCCTGGAGAAGGTGAAGCCTGAGCC
TTCAGAGGGCTCCTCCTTTTTCAGAGACTGCCTCGTAGAATTGAGGGTATGCTTTTAGCC
TTCAGATTCTAAAGTTTCAGTTCTTTTTTTCTTTTCTAGGTTGTATCCTAGTGACTATGC
TTGTTTCAAGTTAAGATTGACAAGTAGTAAAAACACCATTGGACATTCTTTTGGATTAGA
ATCCTTAACTATTCTCAAAAAAAAGAAAATTAGTTTAATAATCTTAAGGACTCCAATGGT
GATAACACCATTGAAGATGCTCTAAGGTGTCTAGTCCGCATCTTTAAACTCTATGTTGTT
GTTGTTCTTCTTCTTCTTTTTGAGAATCTATCTATTATTTAACTGCTATGGATTTTTTGT
TTAATTCTGGAAAAAAACAAATTTAGAATTTGTTTC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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GATCACTGTGATGACCGCCGGCGAACAGATCATCACCCTTGACGTCGATTCACACGAAAC
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GCTGTTGTACAATGGAAACGAGATGAGGAACTCAGATAAATTGAGTGCCTTGGGTGTAAA
GGACGATGATTTATTGATGATGATGGTGTCCAACGCCTCATCTGGTGCGGCGGGAATGAT
TTGGGTATGAATCCTGATGGATCAGCTTCCAACCCTGCAGCTTTTCAGCAACACATTCGG
GGTGATTCTAATATTATGGGACAGTTATTCCAGACGGATCCTGAGCTTGCACAAGTTATC
TCTGGAAGCGATTTAAACAAGTTACAGGACGTTTTGCGTTCACGGCATCAACAGCGATCT
GTAGCGCAGCGTCAGAAGGAGGAGGAACTCGCCCTTCTGTATGCAGATCCTTTCGATGTT
GAAGCACAGAAGAAAATCGAAGCTGCAATTCGTCAGAAAGGAATTGATGAGAACTGGGAA
GCTGCCCTTGAACATAATCCCGAAGGTTTTGCTCGGGTGATAATGCTGTATGTGGATATG
GAGGTCAATGGTATACCTCTAAAGGCTTTTGTTGATAGCGGTGCTCAATCTACAATCATA
TCCAAGAGTTGTGCTGAGAGATGCGGATTGCTGAGACTCATGGATCAACGGTATAAAGGT
ATTGCTCAGGGTGTTGGCCAAACAGAGATATTAGGCCGCATTCATGTCGCTCCAATCAAG
ATTGGAAAAAACTTTTACCCGTGTTCATTCATAGTGCTGGACTCACCTAACATGGAGTTC
CTTTTTGGCCTTGATATGCTGCGCAAGCATCAGTGCACTATTGATTTGAAGGATAACGTC
TTGACTGTTGGAGGAGGAGAGGTCTCGGTTCCCTTTTTGCATGAGAAAGACCTCCCTTCT
CGATTCCTTGATGAAGGTGGTGTTCCGAATCAAGCATCTAGCTCTGGAGCAGCGGTTCCT
TCTGGGTTTACAGAGAAGAGTAGTAACACAGTTGCAAGCCCAGCGAGTCAACCTTCAAGA
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CTCTTTGGCGACTGAAAATTATTAGAGAAAAATAAAATTGTCCCATAAACCAAAACACCA
AACAAACTGTGATTTTATAAAGAGAGACTCTTTTCAATCTG


BQ
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AF RR1C282TF U 1
AF RR1C282JQ C 706
BS 1 762 RR1C282TF
BS 763 1361 RR1C282JQ

RD RR1C282TF 762 0 0
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GATCACTGTGATGACCGCCGGCGAACAGATCATCACCCTTGACGTCGATTCACACGAAAC
CGTTGAGAATGTTAAAGCCTTGCTCGAAGTTGAGGCGAGTGTTCCGATTCAGCAGCAGCA
GCTGTTGTACAATGGAAACGAGATGAGGAACTCAGATAAATTGAGTGCCTTGGGTGTAAA
GGACGATGATTTATTGATGATGATGGTGTCCAACGCCTCATCTGGTGCGGCGGGAATGAT
TTGGGTATGAATCCTGATGGATCAGCTTCCAACCCTGCAGCTTTTCAGCAACACATTCGG
GGTGATTCTAATATTATGGGACAGTTATTCCAGACGGATCCTGAGCTTGCACAAGTTATC
TCTGGAAGCGATTTAAACAAGTTACAGGACGTTTTGCGTTCACGGCATCAACAGCGATCT
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GAGGTCAATGGTATACCTCTAAAGGCTTTTGTTGATAGCGGTGCTCAATCTACAATCATA
TCCAAGAGTTGTGCTGAGAGATGCGGATTGCTGAGACTCATG

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DS 

RD RR1C282JQ 656 0 0
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CAACGGTATAAAGGTATTGCTCAGGGTGTTGGCCAAACAGAGATATTAGGCCGCATTCAT
GTCGCTCCAATCAAGATTGGAAAAAACTTTTACCCGTGTTCATTCATAGTGCTGGACTCA
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GGAGCAGCGGTTCCTTCTGGGTTTACAGAGAAGAGTAGTAACACAGTTGCAAGCCCAGCG
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QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 3

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ATTCATAGCTATCTCGAGAGGATCTTCAAATACGCCAATTGCAGTCCTTCTTGCTTCGTC
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CTGTACTACAACAATGCGTATTACGCCAAAGTGGGAGGGATAAGCACGAAGGAGATGAAT
CTTCTGGAGCTTGACTTCTTATTTGGGTTAGGTTTTGATTTAAACGTGAAGCCAAACACG
TTCCGCGCTTACTTCTCTTATCTTCAAAAGGAAATGACTCTTGTTCAACCTCTCTCTCTC
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AATCTTGATTAAGAAATTTCAAAGCAAGTTCG


BQ
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AF RR1B412TF U 1
AF RR1A521TF U 2
AF RR1B412JQ C 29
BS 1 700 RR1B412TF
BS 701 872 RR1B412JQ

RD RR1B412TF 700 0 0
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TCTCTAAAACACACGCAAAACATGGCTGAGCTCGAGAGTCCAGGAGTAATGCCGAAGCTA
ATAGCTTTCTTATCTTCATTGCTAGAACGAGTTGCCGAGTCTAACGATCAGTCCCGGCGA
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ATTCATAGCTATCTCGAGAGGATCTTCAAATACGCCAATTGCAGTCCTTCTTGCTTCGTC
GTGGCTTACGTTTATCTCGACCGTTTCACTCAATGACAGCCTTCGCTTCCCATCAACTCC
TTTAACGTTCATCGTCTCCTCATTACCAGTGTCATGGTCTCCGCTAAATTCCTCGATGAT
CTGTACTACAACAATGCGTATTACGCCAAAGTGGGAGGGATAAGCACGAAGGAGATGAAT
CTTCTGGAGCTTGACTTCTTATTTGGGTTAGGTTTTGATTTAAACGTGAAGCCAAACACG
TTCCGCGCTTACTTCTCTTATCTTCAAAAGGAAATGACTCTTGTTCAACCTCTCTCTCTC
GTTGTTGTCCCACCAAGATCTGTCATTACCTTCAACGACGAAGAAGCTTCTCATCAGAAA
CAACAACAGCATCAACTCGCTGTTTAATTTACACAAGATT

QA 1 700 1 700
DS 

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GG
ACAGAAGAAAAAAGAAAGTAACTTTCTTAATTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTAAAACACACGCAAAACATGGCTGAGCTCGAGAGTCCAGGAGTAATGCCGAAGCTAATA
GCTTTCTTATCTTCATTGCTAGAACGAGTTGCCGAGTCTAACGATCAGTCCCGGCAAGTC
ACGACTAAGTCGCAGAGTGTTTCCGTGTTCCGCGGACTGAGCCGGCCAACCATTACGATT
CATAGCTACCTCGAGAGGATCTTCAAATACGCCAATTGCAGTCCTTCTTGCTTCGTCGTG
GCTTACGTTTATCTCGACGGTTTCACTCAAAGACAGCCTTCGCTTCCCATCAACTCCTTT
AACGTTCATCGTCTCCTCATTACCAGTGTCATGGTCTCCGCTAAATTCCTCGATGATCTG
TACTACAACAATGCGTATTACGCCAAAGTGGGAGGGATAAGCACGAAGGAGATGAATCTT
CTGGAGCTTGACTTCTTATTTGGGTTAGGTTTTGATTTAAACGTGAAGCCAAACACGTTC
CGCGCTTACTTCTCTTATCTTCAAAAGGAAATGACTCTTGTTCAACCTCTCTCTCTCGTT
GTTGTCCCACCAAGATCTGTCATTACCTTCAACGACGAAGAAGCTTCTCATCAGAAACAA
CAACAGCATCAACTCGCTGTTTAATTTACACAAGATT
CC

QA 3 699 3 699
DS 

RD RR1B412JQ 844 0 0
CTTAATTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAAACACACGCAAAACATGGCTG
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GAGTTGCCGAGTCTAACGATCAGTCCCGGCGAGTCACGACTCAGTCGCAGAGTGTTTCCG
TGTTCCACGGACTGAGCCGGCCAACCATTACGATTCATAGCTATCTCGAGAGGATCTTCA
AATACGCCAATTGCAGTCCTTCTTGCTTCGTCGTGGCTTACGTTTATCTCGACCGTTTCA
CTCAATGACAGCCTTCGCTTCCCATCAACTCCTTTAACGTTCATCGTCTCCTCATTACCA
GTGTCATGGTCTCCGCTAAATTCCTCGATGATCTGTACTACAACAATGCGTATTACGCCA
AAGTGGGAGGGATAAGCACGAAGGAGATGAATCTTCTGGAGCTTGACTTCTTATTTGGGT
TAGGTTTTGATTTAAACGTGAAGCCAAACACGTTCCGCGCTTACTTCTCTTATCTTCAAA
AGGAAATGACTCTTGTTCAACCTCTCTCTCTCGTTGTTGTCCCACCAAGATCTGTCATTA
CCTTCAACGACGAAGAAGCTTCTCATCAGAAACAACAACAGCATCAACTCGCTGTTTAAT
TTACACAAGATTCCAAATAAAAAACAAAAAAAAATCCAAGTGGTTTTTTGGTTTCTCTGT
TCTTTATCACTCTGGCCCTTGTTTTAATGAAATGTGTAGTTGTAGATGATGTAGAGGTTA
GTCGGCAGGGACTCTTATCTTTGTCTTAAATCAATCTTGATTAAGAAATTTCAAAGCAAG
TTCG

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 3

CO CL3426Contig1 851 3 15 U
GGAGAACAGCAATGGCTTCTTGTTCTTCCATCTCCTTCTCATGCGCACCTTCACTCTTCT
CCACCAAACCCATCAACCATTCTTCTTCACCAAGGCTGCTCTCCTCTAAATTCCTCGGAA
CCCGAAACTTAAAGCTTCGGATCCGACCCAACAGACTCGGACCCTCCAACGGTTCAAGAA
CCACCTGCTGGTTCAAGTTCGGCAAGAACGGCGTCGATGCTGAAAGTACCGGAATCTATG
GCAGTCAGACACGCGATGACTTCGACAAAGACGACGTTGAACAATATTTCAATTACATGG
GGATGCTTGCGGTAGAAGGCACCTATTCGAAGATGGAAGCACTTCTAAACCTAAACATTC
ATCCCGTTGATATTCTACTGATGTTGGCAGCCACAGAAGGTGACAAACCAAAGATAGAGG
AGCCGCTTAGAGCTGGCGCGAGCTACTCAGTCAAGGATGCTGATGGAAGAACCGCTCTTG
ACAGAGCTAACAGTGAAGAGATTCGTGACTTGATCCTTGGCTACTCCACTCAGAAGGCTT
GAATATCATCTTTAGTCTGAAGTTATGTTTCTGAGTTATTATAAAGAATGTTGTGCTAGA
ACAAACTGTCTTTATGGGTCCCGCGGATGAGTAGGTTATAAAATCCATCTTCATCTCCTT
CCTTTTTGTCTTTCTCGCCTGTTTCTTGTTTCTTCCTTGGAGGTTCTTCTATGGGGTTTG
GTGTTATTGCAGCGAGAGGTCTTTTTACAGGTAGGAAAGCCACCTTGGTTGCTCTGCAAC
TCAGTTTGATTGTATTTGTGTTGATCTTTGCCGGACTCAGTGGCTTTATAGATTCATCAT
CTGGTTTTTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AE74TF U 1
AF RR1AQ74TF U 1
AF RR1AQ74JQ C 55
BS 1 145 RR1AE74TF
BS 146 146 RR1AQ74TF
BS 147 165 RR1AE74TF
BS 166 166 RR1AQ74TF
BS 167 227 RR1AE74TF
BS 228 228 RR1AQ74TF
BS 229 303 RR1AE74TF
BS 304 304 RR1AQ74TF
BS 305 423 RR1AE74TF
BS 424 424 RR1AQ74TF
BS 425 448 RR1AE74TF
BS 449 449 RR1AQ74TF
BS 450 734 RR1AE74TF
BS 735 746 RR1AQ74TF
BS 747 851 RR1AQ74JQ

RD RR1AE74TF 734 0 0
GGAGAACAGCAATGGCTTCTTGTTCTTCCATCTCCTTCTCATGCGCACCTTCACTCTTCT
CCACCAAACCCATCAACCATTCTTCTTCACCAAGGCTGCTCTCCTCTAAATTCCTCGGAA
CCCGAAACTTAAAGCTTCGGATCCGGCCCAACAGACTCGGACCCTTCAACGGTTCAAGAA
CCACCTGCTGGTTCAAGTTCGGCAAGAACGGCGTCGATGCTGAAAGTGCCGGAATCTATG
GCAGTCAGACACGCGATGACTTCGACAAAGACGACGTTGAACAATATTTCAATTACATGG
GGACGCTTGCGGTAGAAGGCACCTATTCGAAGATGGAAGCACTTCTAAACCTAAACATTC
ATCCCGTTGATATTCTACTGATGTTGGCAGCCACAGAAGGTGACAAACCAAAGATAGAGG
AGCTGCTTAGAGCTGGCGCGAGCTACTCGGTCAAGGATGCTGATGGAAGAACCGCTCTTG
ACAGAGCTAACAGTGAAGAGATTCGTGACTTGATCCTTGGCTACTCCACTCAGAAGGCTT
GAATATCATCTTTAGTCTGAAGTTATGTTTCTGAGTTATTATAAAGAATGTTGTGCTAGA
ACAAACTGTCTTTATGGGTCCCGCGGATGAGTAGGTTATAAAATCCATCTTCATCTCCTT
CCTTTTTGTCTTTCTCGCCTGTTTCTTGTTTCTTCCTTGGAGGTTCTTCTATGGGGTTTG
GTGTTATTGCAGCG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1AQ74TF 746 0 0
GGAGAACAGCAATGGCTTCTTGTTCTTCCATCTCCTTCTCATGCGCACCTTCACTCTTCT
CCACCAAACCCATCAACCATTCTTCTTCACCAAGGCTGCTCTCCTCTAAATTCCTCGGAA
CCCGAAACTTAAAGCTTCGGATCCGACCCAACAGACTCGGACCCTCCAACGGTTCAAGAA
CCACCTGCTGGTTCAAGTTCGGCAAGAACGGCGTCGATGCTGAAAGTACCGGAATCTATG
GCAGTCAGACACGCGATGACTTCGACAAAGACGACGTTGAACAATATTTCAATTACATGG
GGATGCTTGCGGTAGAAGGCACCTATTCGAAGATGGAAGCACTTCTAAACCTAAACATTC
ATCCCGTTGATATTCTACTGATGTTGGCAGCCACAGAAGGTGACAAACCAAAGATAGAGG
AGCCGCTTAGAGCTGGCGCGAGCTACTCAGTCAAGGATGCTGATGGAAGAACCGCTCTTG
ACAGAGCTAACAGTGAAGAGATTCGTGACTTGATCCTTGGCTACTCCACTCAGAAGGCTT
GAATATCATCTTTAGTCTGAAGTTATGTTTCTGAGTTATTATAAAGAATGTTGTGCTAGA
ACAAACTGTCTTTATGGGTCCCGCGGATGAGTAGGTTATAAAATCCATCTTCATCTCCTT
CCTTTTTGTCTTTCTCGCCTGTTTCTTGTTTCTTCCTTGGATGTTCTTCTATGGGGTTTG
GTGTTATTGCAGCGAGAGGTCTTTTT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1AQ74JQ 797 0 0
TCTTCTCCACCAAACCCATCAACCATTCTTCTTCACCAAGGCTGCTCTCCTCTAAATTCC
TCGGAACCCGAAACTTAAAGCTTCGGATCCGACCCAACAGACTCGGACCCTCCAACGGTT
CAAGAACCACCTGCTGGTTCAAGTTCGGCAAGAACGGCGTCGATGCTGAAAGTACCGGAA
TCTATGGCAGTCAGACACGCGATGACTTCGACAAAGACGACGTTGAACAATATTTCAATT
ACATGGGGATGCTTGCGGTAGAAGGCACCTATTCGAAGATGGAAGCACTTCTAAACCTAA
ACATTCATCCCGTTGATATTCTACTGATGTTGGCAGCCACAGAAGGTGACAAACCAAAGA
TAGAGGAGCCGCTTAGAGCTGGCGCGAGCTACTCAGTCAAGGATGCTGATGGAAGAACCG
CTCTTGACAGAGCTAACAGTGAAGAGATTCGTGACTTGATCCTTGGCTACTCCACTCAGA
AGGCTTGAATATCATCTTTAGTCTGAAGTTATGTTTCTGAGTTATTATAAAGAATGTTGT
GCTAGAACAAACTGTCTTTATGGGTCCCGCGGATGAGTAGGTTATAAAATCCATCTTCAT
CTCCTTCCTTTTTGTCTTTCTCGCCTGTTTCTTGTTTCTTCCTTGGAGGTTCTTCTATGG
GGTTTGGTGTTATTGCAGCGAGAGGTCTTTTTACAGGTAGGAAAGCCACCTTGGTTGCTC
TGCAACTCAGTTTGATTGTATTTGTGTTGATCTTTGCCGGACTCAGTGGCTTTATAGATT
CATCATCTGGTTTTTGC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 3

CO CL3427Contig1 299 3 2 U
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GGGGTTTGTTCTCACGTGCATCGCTCGTCCAACTTCTGATGTCGTTATTCGAACCCACCA
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TAGAGAGAATATGTTGATGATGTAATAAGAAAGAATAAGACTCGTGTCA*TTCTTTTTCG
ATACTCTGTTTCAGTGTTACAGTATTTTAACGTGGATGTCAAGTAATTACAACTTAAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AG73TF U 1
AF RR1EJ30TF U 1
AF RR1BG06TF U 1
BS 1 242 RR1AG73TF
BS 243 299 RR1BG06TF

RD RR1AG73TF 246 0 0
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GGGGTTTGTTCTCACGTGCATCGCTCGTCCAACTTCTGATGTCGTTATTCGAACCCACCA
AGAAGAAGCCATGGCTTAAATAACTCAAAAAGTATTTCACTTTCTATCGTATCATCACAC
TAGAGAGAATATGTTGATGATGTAATAAGAAAGAATAAGACTCGTGTCA*TTCTTTTTCG
AT
AAAT

QA 1 242 1 242
DS 

RD RR1EJ30TF 242 0 0
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GGGGTTTGTTCTCACGTGCATCGCTCGTCCAACTTCTGATGTCGTTATTCGAACCCACCA
AGAAGAAGCCATGGCTTAAATAACTCAAAAAGTATTTCACTTTCTATCGTATCATCACAC
TAGAGAGAATATGTTGATGATGTAATAAGAAAGAATAAGACTCGTGTCA*TTCTTTTTCG
AT

QA 1 242 1 242
DS 

RD RR1BG06TF 299 0 0
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GGGGTTTGTTCTCACGTGCATCGCTCGTCCAACTTCTGATGTCGTTATTCGAACCCACCA
AGAAGAAGCCATGGCTTAAATAACTCAAAAAGTATTTCACTTTCTATCGTATCATCACAC
TAGAGAGAATATGTTGATGATGTAATAAGAAAGAATAAGACTCATGTCAATTCTTTTTCG
ATACTCTGTTTCAGTGTTACAGTATTTTAACGTGGATGTCAAGTAATTACAACTTAAGG

QA 1 299 1 299
DS 



AS 1 3

CO CL3428Contig1 677 3 3 U
GAAATATGTGCGTATATATAAACAAAAGTCTTGTTTGTTTTACAGAACAAAAAGTTGCCA
CATGACATGAATTGTACTAAAAAGAAACACACTGTACACTTGGACATTGTTATCACTCTT
TTATCTTTAGGTTGTGTTCTGTTGTGGTGGAGCGTCGAGAGGGAAACACGTCTCATCACC
ACCCGTGTTCCAAAGGAAATGTGCATAGTTTGCAGAGTAAAATGAGTTTGTTGGATCAGC
AGAGATTGCTTCCAAGAACGTCTCCTCTGCTCTCCACAAATCGTTCCTTGCCTTCCACAA
GAACGTCGCGTATTTACTCAACGCCTCGGCGTCAGCTGGCTCTGCTTTTGCCGCTCTCCT
GAAATACTTCTCCGCTCTGTCGTAATCATGTATGATTAGGTAGAGAAACTGAGCGTAATT
AGCAAGAAGGAGAACGTTATCAGGCTGCTGAGACAGACCCGTTTGGTAGAGAAGCTCCGT
CTTGAAGTAATCCATCGACTCTTCTGCCTCTACTCGTGCCTCCACGGGAGCAACCATCTG
CTTCATCGTGTCGTGATCCAACGCCTCCATCTTCTCCGTTTCCTCCAAGATCGAGTTCCA
CAGCCTAGCCTCTTCCTGCCCCGACACCGATACCTCTGAATCCGCAGCTGTTGAGCCGAG
AGACGACGAAGAGAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB95JQ U 20
AF RR1CB95TF C 20
AF RR1DG72JQ U 1
BS 1 358 RR1DG72JQ
BS 359 359 RR1CB95JQ
BS 360 677 RR1DG72JQ

RD RR1CB95JQ 440 0 0
G
AACAAAAGTCTTGTTTGTTTTACAGAACAAAAAGTTGCCACATGACATGAATTGTACTAA
AAAGAAACACACTGTACACTTGGACATTGTTATCACTCTTTTATCTTTAGGTTGTGTTCT
GTTGTGGTGGAGCGTCGAGAGGGAAACACGTCTCATCACCACCCGTGTTCCAAAGGAAAT
GTGCATAGTTTGCAGAGTAAAATGAGTTTGTTGGATCAGCAGAAATTGCTTCCAAGAACG
TCTCCTCTGCTCTCCACAAATCGTTCCTTGCCTTCCACAAGAACGTCGCGTATTTACTCA
ACGCCTCGGCGTCAGCTGGCTCTGCTTTTGCCGCTCTCCTGAAATACTTCTCCGCTCTGT
CGTAATCATGTATGATTAGGTAGAGAAACTGAGCGTAATTAGCAAGAAGGAGAACGTTAT
CAGGCTGCTGAGACAGACC

QA 2 440 2 440
DS 

RD RR1CB95TF 440 0 0
G
AACAAAAGTCTTGTTTGTTTTACAGAACAAAAAGTTGCCACATGACATGAATTGTACTAA
AAAGAAACACACTGTACACTTGGACATTGTTATCACTCTTTTATCTTTAGGTTGTGTTCT
GTTGTGGTGGAGCGTCGAGAGGGAAACACGTCTCATCACCACCCGTGTTCCAAAGGAAAT
GTGCATAGTTTGCAGAGTAAAATGAGTTTGTTGGATCAGCAGAGATTGCTTCCAAGAACG
TCTCCTCTGCTCTCCACAAATCGTTCCTTGCCTTCCACAAGAACGTCGCGTATTTACTCA
ACGCCTCGGCGTCAGCTGGCTCTGCTTTTGCCGCTCTCCTGAAATACTTCTCCGCTCTGT
CGTAATCATGTATGATTAGGTAGAGAAACTGAGCGTAATTAGCAAGAAGGAGAACGTTAT
CAGGCTGCTGAGACAGACC

QA 2 440 2 440
DS 

RD RR1DG72JQ 677 0 0
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CATGACATGAATTGTACTAAAAAGAAACACACTGTACACTTGGACATTGTTATCACTCTT
TTATCTTTAGGTTGTGTTCTGTTGTGGTGGAGCGTCGAGAGGGAAACACGTCTCATCACC
ACCCGTGTTCCAAAGGAAATGTGCATAGTTTGCAGAGTAAAATGAGTTTGTTGGATCAGC
AGAGATTGCTTCCAAGAACGTCTCCTCTGCTCTCCACAAATCGTTCCTTGCCTTCCACAA
GAACGTCGCGTATTTACTCAACGCCTCGGCGTCAGCTGGCTCTGCTTTTGCCGCTCTCTT
GAAATACTTCTCCGCTCTGTCGTAATCATGTATGATTAGGTAGAGAAACTGAGCGTAATT
AGCAAGAAGGAGAACGTTATCAGGCTGCTGAGACAGACCCGTTTGGTAGAGAAGCTCCGT
CTTGAAGTAATCCATCGACTCTTCTGCCTCTACTCGTGCCTCCACGGGAGCAACCATCTG
CTTCATCGTGTCGTGATCCAACGCCTCCATCTTCTCCGTTTCCTCCAAGATCGAGTTCCA
CAGCCTAGCCTCTTCCTGCCCCGACACCGATACCTCTGAATCCGCAGCTGTTGAGCCGAG
AGACGACGAAGAGAACT

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 3

CO CL3429Contig1 508 3 3 U
TTTTTTTCTGTAAATCTCCATCTCCGATCAATT*AGCAGATCTAACAGAAAC*ATGTCGG
GAAGAGGAAAGGGAGGAAAGGGACTGGGAAAGGGAGGAGCGAAGAGGCACAGGAAAGTGC
TGAGGGATAACATCCAAGGCATCACCAAGCCTGCGATCCGTCGTCTCGCCCGCAGAGGTG
GCGTCAAGCGTATAAGCGGCCTGATCTACGAGGAGACCAGAGGAGTCCTCAAGATCTTCC
TCGAGAACGTCATCCGCGACGCCGTCACCTACACCGAGCACGCTAGGAGGAAGACTGTCA
CTGCTATGGATGTGGTCTATGCTCTTAAGAGGCAAGGACGCACTCTCTACGGGTTCGGCG
GTTAGTCAACGAGTGGTTGGGGGATTAGGATTGTTAAATTGTAGCTAAATCTTTAGCAAT
CTTGTGCTGTTAAGTTCTCAATTGAAAGTGGTGATGTCTTTGTTACTTTGGTCGTGTAAT
ATGAATCCAAACTCGAAGTTTAACTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1G517JQ C 1
AF RR1G517TF U 1
AF RR1EE22TF U 4
BS 1 10 RR1G517JQ
BS 11 487 RR1G517TF
BS 488 508 RR1EE22TF

RD RR1G517JQ 508 0 0
TTTTTTTCTGTAAATCTCCATCTCCGATCAATT*AGCAGATCTAACAGAAAC*ATGTCGG
GAAGAGGAAAGGGAGGAAAGGGACTGGGAAAGGGAGGAGCGAAGAGGCACAGGAAAGTGC
TGAGGGATAACATCCAAGGCATCACCAAGCCTGCGATCCGTCGTCTCGCCCGCAGAGGTG
GCGTCAAGCGTATAAGCGGCCTGATCTACGAGGAGACCAGAGGAGTCCTCAAGATCTTCC
TCGAGAACGTCATCCGCGACGCCGTCACCTACACCGAGCACGCTAGGAGGAAGACTGTCA
CTGCTATGGATGTGGTCTATGCTCTTAAGAGGCAAGGACGCACTCTCTACGGGTTCGGCG
GTTAGTCAACGAGTGGTTGGGGGATTAGGATTGTTAAATTGTAGCTAAATCTTTAGCAAT
CTTGTGCTGTTAAGTTCTCAATTGAAAGTGGTGATGTCTTTGTTACTTTGGTCGTGTAAT
ATGAATCCAAACTCGAAGTTTAACTT
CC

QA 1 506 1 506
DS 

RD RR1G517TF 487 0 0
TTTTTTTCTG
TAAATCTCCATCTCCGATCAATT*AGCAGATCTAACAGAAAC*ATGTCGGGAAGAGGAAA
GGGAGGAAAGGGACTGGGAAAGGGAGGAGCGAAGAGGCACAGGAAAGTGCTGAGGGATAA
CATCCAAGGCATCACCAAGCCTGCGATCCGTCGTCTCGCCCGCAGAGGTGGCGTCAAGCG
TATAAGCGGCCTGATCTACGAGGAGACCAGAGGAGTCCTCAAGATCTTCCTCGAGAACGT
CATCCGCGACGCCGTCACCTACACCGAGCACGCTAGGAGGAAGACTGTCACTGCTATGGA
TGTGGTCTATGCTCTTAAGAGGCAAGGACGCACTCTCTACGGGTTCGGCGGTTAGTCAAC
GAGTGGTTGGGGGATTAGGATTGTTAAATTGTAGCTAAATCTTTAGCAATCTTGTGCTGT
TAAGTTCTCAATTGAAAGTGGTGATGTCTTTGTTACTTTGGTCGTGTAATATGAATC

QA 11 487 11 487
DS 

RD RR1EE22TF 505 0 0
TTTTTCT
TAAATCTCCACCTCCGATCAATTTAACAGATCTAACAGAAACGATGTCGGGAAGAGGAAA
GGGAGGAAAGGGACTGGGAAAGGGAGGAGCGAAGAGACACAGGAAAGTGCTGAGGGATAA
CATCCAAGGCATCACCAAGCCTGCGATCCGTCGTCTCGCCCGCAGAGGCGGCGTCAAGCG
TATAAGCAGCCTCATCTACGAGGAGACCAGAGGAGTCCTCAAGATCTTCCTCGAGAACGT
CATCCGCGACGCCGTCACCTACACCGAGCACGCGCGCAGGAAGACTGTTACTGCTATGGA
TGTGGTCTATGCTCTCAAGAGGCAGGGACGCACTCTCTACGGGTTCGGCGGTTAATCAAC
GAGTGGTTGGGGGATTAGGGTTGTTAAATTGTAGCTAAATCTTTAGCAATCTTGTGCTGT
TAAGTTCTCAATTGAAAGTGGTGATGTCTTTGTTACTTTTGTCGTGTAATATGAATCCAA
ACTCGAAGTTTAACTTTC

QA 8 505 8 505
DS 



AS 1 2

CO CL3430Contig1 678 2 3 U
GATAGAAAGAAAGGGTCCTTTGGCAAAACTGACTACATTGGTATCAAGGTAGATGACTAC
CACAGTGATGTCATCGTGGAAATGCCTCCTCACGCCTCTCTCTATCTTCATCAAATCAAA
GTATCTCATTTCTCTCTTCTTCGCTGCCGCTTGCATTGCCATCTTCACCAGTCTACGTGC
TATCCCGTTTCGTGGGTGGTTCTGAACGATGTCAACAGCTTCTTGGTTGCTAAGCTGTTC
CCATAGTCCATCAAAAGCAAATATAAGAAACTGGTCTTGTGGTTGGAGCTCATGCTCTGT
TATCGACGGTTCCCCACTCAAGATTGGTCTCTTGATCGGCTCTCTGAGTCTATACTTCGT
GTACAACGGTTCCCTGTTGAACTCCGCCTTCTTAAGATACATGTCTCCTATGGATCTAGA
TACCTGAATAAGGCCCTTAACGCGCCACACATTGTGCTTTAACACGACGATATGCGAGTC
ATCAAACAGGAACTCCAGAATCGAGACTCAAAGCAATCTTGCCTGCCCATGGATTCAGCA
GCAGTTCAAAAGGTTAACCTATTCGAGAATCTCCGGATCTACGCTTATTTTCAACTCCCC
GAAGCATTTCGTCGCTTACTACGCCCTTCCTCGTCTCTGGGTGCCTAGGTATCCACCGTA
AGCCTTTCCTCGTTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT57JQ U 7
AF RR1CT57TF C 1
BS 1 6 RR1CT57TF
BS 7 455 RR1CT57JQ
BS 456 678 RR1CT57TF

RD RR1CT57JQ 449 0 0
AAGAAAGGGTCCTTTGGCAAAACTGACTACATTGGTATCAAGGTAGATGACTACCACAGT
GATGTCATCGTGGAAATGCCTCCTCACGCCTCTCTCTATCTTCATCAAATCAAAGTATCT
CATTTCTCTCTTCTTCGCTGCCGCTTGCATTGCCATCTTCACCAGTCTACGTGCTATCCC
GTTTCGTGGGTGGTTCTGAACGATGTCAACAGCTTCTTGGTTGCTAAGCTGTTCCCATAG
TCCATCAAAAGCAAATATAAGAAACTGGTCTTGTGGTTGGAGCTCATGCTCTGTTATCGA
CGGTTCCCCACTCAAGATTGGTCTCTTGATCGGCTCTCTGAGTCTATACTTCGTGTACAA
CGGTTCCCTGTTGAACTCCGCCTTCTTAAGATACATGTCTCCTATGGATCTAGATACCTG
AATAAGGCCCTTAACGCGCCACACATTGT

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR1CT57TF 678 0 0
GATAGAAAGAGAGGGTCCTTTGGCAGAGCTGACTACATTGGTATCAAGGTAGATGACTAC
CACAGTGATGTCATCGTGGAAATGCCTCCTCACGCCTCTCTCTATCTTCATCAGATCAGA
GTATCTCATTTCTCTCTTCTTCGCTGCCGCTTGCATTGCCATCTTCACCAGTCTACGTGC
TATCCCGTTTCGTGGGTGGTTCTGAACGATGTCAACAGCTTCTTGGTTGCTAAGCTGTTC
CCATAGTCCATCAGAAGCAAATATAAGAAACTGGTCTTGTGGTTGGAGCTCATGCTCTGT
TATCGACGGTTCCCCACTCAAGATTGGTCTCTTGATCGGCTCTCTGAGTCTATACTTCGT
GTACAACGGTTCCCTGTTGAACTCCGCCTTCTTAAGATACATGTCTCCTATGGATCTAGA
TACCTGAATAAGGCCCTTAACGCGCCACACATTGTGCTTTAACACGACGATATGCGAGTC
ATCAAACAGGAACTCCAGAATCGAGACTCAAAGCAATCTTGCCTGCCCATGGATTCAGCA
GCAGTTCAAAAGGTTAACCTATTCGAGAATCTCCGGATCTACGCTTATTTTCAACTCCCC
GAAGCATTTCGTCGCTTACTACGCCCTTCCTCGTCTCTGGGTGCCTAGGTATCCACCGTA
AGCCTTTCCTCGTTTGAC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 3

CO CL3431Contig1 861 3 5 U
GTCCATATAACATTTTATATCCGACAAACACTTGAACATTGCAACAAAACCTTTGTGTTT
TTTTTTTTTAAATGCCAAGAAAGAGCACCTAAGTTCATAGTCTATAATTTTGTTTCTTTC
TCTCCCTTACATTTGCCAAAACGGAGACCCTTTTACTATAAAACAACCTAGGCAGAGAGA
AGGTAAAAGAGTCTATACACATCTTGTGATTGTTACATAATTGAAGGCCTAGGATAGTTC
ACAGCTTGTGGAGACTTGTTGTTATTGCTCTCATTGCTGGGTTGAACATTCTGCTGCTCT
TTTAGTGTTTCCTTCTGGACATTGAGTTCTTCAAGTGTCTTGACGACATCGTTCATGGTA
GGTCTAACCTTGGAATCTATGGATATGCAATCGAGTGCAACAAGTGCAATTTTCGAAGCC
CTGGTTAGCGAGTATTGACCTTGGAGACGAGGATCCATCACTCGGAGTAGCCTTCTTTTG
TTTGTCAAGTAAGGTCTTGCCCAATCCACTAGATTGTGTTCTCCCACCGGTTGGTTCTTG
TCTATCGCTCGTCTTCCTGATAACAACTCCAGTAACACCACCCCGAAGCTGTACACATCG
CTCTTTGCCGATAAATGACCGGTAGCTACATACTCGGGAGCAGCGTATCCTTGAGTTCCC
ACGACTCTGGTAGAGACATGGCTATTGTCACCCTCTGGACCATCCCTAGCCAAACCGAAA
TCCGAAAGCTTGGCATTGTAGTTCGAATCTAGCAAGATGTTGGATGCTTTT**GTCTCGG
TATATAACTTGAGGTTGAGCATTGTGAAGAAAAGCGAGTCCTCTAGCTGCACCAAGAGCC
ATTCGAACTCGTGTGTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B525JQ U 1
AF RR1AN80JQ U 41
AF RR1B525TF C 130
BS 1 511 RR1B525JQ
BS 512 512 RR1AN80JQ
BS 513 808 RR1B525JQ
BS 809 846 RR1AN80JQ
BS 847 861 RR1B525TF

RD RR1B525JQ 808 0 0
GTCCATATAACATTTTATATCCGACAAACACTTGAACATTGCAACAAAACCTTTGTGTTT
TTTTTTTTTAAATGCCAAGAAAGAGCACCTAAGTTCATAGTCTATAATTTTGTTTCTTTC
TCTCCCTTACATTTGCCAAAACGGAGACCCTTTTACTATAAAACAACCTAGGCAGAGAGA
AGGTAAAAGAGTCTATACACATCTTGTGATTGTTACATAATTGAAGGCCTAGGATAGTTC
ACAGCTTGTGGAGACTTGTTGTTATTGCTCTCATTGCTGGGTTGAACATTCTGCTGCTCT
TTTAGTGTTTCCTTCTGGACATTGAGTTCTTCAAGTGTCTTGACGACATCGTTCATGGTA
GGTCTAACCTTGGAATCTATGGATATGCAATCGAGTGCAACAAGTGCAATTTTCGAAGCC
CTGGTTAGCGAGTATTGACCTTGGAGACGAGGATCCATCACTCGGAGTAGCCTTCTTTTG
TTTGTCAAGTAAGGTCTTGCCCAATCCACTAAATTGTGTTCTCCCACCGGTTGGTTCTTG
TCTATCGCTCGTCTTCCTGATAACAACTCCAGTAACACCACCCCGAAGCTGTACACATCG
CTCTTTGCCGATAAATGACCGGTAGCTACATACTCGGGAGCAGCGTATCCTTGAGTTCCC
ACGACTCTGGTAGAGACATGGCTATTGTCACCCTCTGGACCATCCCTAGCCAAACCGAAA
TCCGAAAGCTTGGCATTGTAGTTCGAATCTAGCAAGATGTTGGATGCTTTT**GTCTCGG
TATATAACTTGAGGTTGAGCATTGTGAA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1AN80JQ 806 0 0
GCAACAAAACCTTTGTGTTTTTTTTT***AAATGCCAAGAAAGAGCACCTAAGTTCATAG
TCTATAATTTTGTTTCTTTCTCTCCCTTACATTTGCAAAAACAGAGACCCTTTTACTATA
AAACAACCTAGGCAGAGAGAAGGTAAAAGAGTCTATACACATCTTGTGATTGTTACATAA
TTGAAGGCCTAGGATAGTTCACAGCTTGTGGAGACTTGTTGTTATTGCTCTCATTGCTGG
GTTGAACATTCTGCTGCTCTTTTAGTGTTTCCTTCTGGACATTGAGTTCTTCAAGTGTCT
TGACGACATCGTTCATGGTAGGTCTAACCTTGGAATCTATGGATATGCAATCGAGTGCAA
CAAGTGCAATTTTCGAAGCCCTGGTTAGCGAGTATTGACCTTGGAGACGAGGATCCATCG
CTCGGAGTAGCCTTCTTTTGTTTGTCAAGTAAGGTCTTGCCCAATCCACTAGATTGTGTT
CTCCCACCGGTTGGTTCTTGTCTATCGCTCGTCTTCCTGATAACAACTCCAGTAACACCA
CCCCGAAGCTGTACACATCGCTCTTTGCCGATAAATGACCGGTAGCTACATACTCGGGAG
CAGCGTATCCTTGAGTTCCCACGACTCTGGTAGAGACATGGCTATTGTCACCCTCTGGAC
CATCCCTAGCCAAACCGAAATCCGAAAGCTTGGCATTGTAGTTCGAATCTAGCAAGATGT
TGGATGCTTTGAAGTCTCGGTATATAACTTGAGGTTGAGCATTGTGAAGAAAAGCGAGTC
CTCTAGCTGCACCAAGAGCCATTCGA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1B525TF 732 0 0
CATTTGCCAAAACGGAGACCCTTTTACTATAAAACAACCTAGGCAGAGAGAAGGTAAAAG
AGTCTATACACATCTTGTGATTGTTACATAATTGAAGGCCTAGGATAGTTCACAGCTTGT
GGAGACTTGTTGTTATTGCTCTCATTGCTGGGTTGAACATTCTGCTGCTCTTTTAGTGTT
TCCTTCTGGACATTGAGTTCTTCAAGTGTCTTGACGACATCGTTCATGGTAGGTCTAACC
TTGGAATCTATGGATATGCAATCGAGTGCAACAAGTGCAATTTTCGAAGCCCTGGTTAGC
GAGTATTGACCTTGGAGACGAGGATCCATCACTCGGAGTAGCCTTCTTTTGTTTGTCAAG
TAAGGTCTTGCCCAATCCACTAGATTGTGTTCTCCCACCGGTTGGTTCTTGTCTATCGCT
CGTCTTCCTGATAACAACTCCAGTAACACCACCCCGAAGCTGTACACATCGCTCTTTGCC
GATAAATGACCGGTAGCTACATACTCGGGAGCAGCGTATCCTTGAGTTCCCACGACTCTG
GTAGAGACATGGCTATTGTCACCCTCTGGACCATCCCTAGCCAAACCGAAATCCGAAAGC
TTGGCATTGTAGTTCGAATCTAGCAAGATGTTGGATGCTTTT**GTCTCGGTATATAACT
TGAGGTTGAGCATTGTGAAGAAAAGCGAGTCCTCTAGCTGCACCAAGAGCCATTCGAACT
CGTGTGTTCCCC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 3

CO CL3432Contig1 730 3 4 U
CTCTCTCATCTTTCAAACTCTCCGATCAATGGCAGCGACAATGGCGACATCAGCAAAATG
CATGTCCCTAAACACATCTCCTCCCAAACCCCTAAACCAGACCAAACCCATCTCTTCCTC
AAAACCCTTCATCTCCCTCCCAAACCAACCTAAGCCCACAGTCTCCCTCGCCGTCACCAG
CACCGCCCTCGCCGGAGCCGTGTTCTCCGCCCTCAGCTACTCCGAGCCCGCGTTCGCCGC
TCACCAGATCTCTCAGCTCGCGGCGGCTCAAGGCAGCGACAACCGCGGCCTAGCTCTTCT
CCTCCCCATCGTCCCGGCCATCGGATGGGTCCTCTTCAACATCCTCCAGCCGGCTCTCAA
CCAGATCAACAAGATGCGTGCGAGCAAAGGAGTCGTCGTGGGTCTTGGCGGTGGTCTCGC
TGCGTCAGGGCTTTTGACTATGACCCCGGAGGCGTCCGCTAGTATGGTTAACGAGATGGC
GGCGGTGGCGGAAGCGGCGGCGAAAGTTGATGACAACAGGGGACAGTTGTTGCTGTTCGT
GGTTGCACCGGCTCTGCTTTGGGTTCTTTACAATATATTGCAGCCTGCTTTGAACCAACT
CAACAAAATGAGGAATAAGTGATAATCTTGTTTATTATATATAATCATCGTTAAGATTCA
AAATGTAAGATTAATCAATTTGTTTCATGGACAGATTCTATGTTTAAATTTTGGATAAAC
TTGATCTTGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA32TF U 1
AF RR1DA88TF U 12
AF RR1HA32JQ C 1
BS 1 598 RR1HA32TF
BS 599 599 RR1HA32JQ
BS 600 719 RR1DA88TF
BS 720 730 RR1HA32JQ

RD RR1HA32TF 599 0 0
CTCTCTCATCTTTCAAACTCTCCGATCAATGGCAGCGACAATGGCGACATCAGCAAAATG
CATGTCCCTAAACACATCTCCTCCCAAACCCCTAAACCAGACCAAACCCATCTCTTCCTC
AAAACCCTTCATCTCCCTCCCAAACCAACCTAAGCCCACAGTCTCCCTCGCCGTCACCAG
CACCGCCCTCGCCGGAGCCGTGTTCTCCGCCCTCAGCTACTCCGAGCCCGCGTTCGCCGC
TCACCAGATCTCTCAGCTCGCGGCGGCTCAAGGCAGCGACAACCGCGGCCTAGCTCTTCT
CCTCCCCATCGTCCCGGCCATCGGATGGGTCCTCTTCAACATCCTCCAGCCGGCTCTCAA
CCAGATCAACAAGATGCGTGCGAGCAAAGGAGTCGTCGTGGGTCTTGGCGGTGGTCTCGC
TGCGTCAGGGCTTTTGACTATGACCCCGGAGGCGTCCGCTAGTATGGTTAACGAGATGGC
GGCGGTGGCGGAAGCGGCGGCGAAAGTTGATGACAACAGGGGACAGTTGTTGCTGTTCGT
GGTTGCACCGGCTCTGCTTTGGGTTCTTTACAATATATTGCAGCCTGCTTTGAACCAA
C

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1DA88TF 708 0 0
GGA
AAACTCTCCGATCAATGGCAGCGACAATGGCGACATCAGCAAAATGCATGTCCCTAAACA
CATCTCCTCCCAAACCCCTAAACCAGACCAAACCCATCTCTTCCTCAAAACCCTTCATCT
CCCTCCTAAACCAACCTAAGCCCACAGTCTCCCTCGCCGTCACTAGCACCGCCCTCGCCG
GAGCCGTGTTCTCCGCCCTCAGCTACTCCGAGCCCGCGCTCGCCGCTCACCAGATCTCTC
AGCTCGCGGCGGCTCAAGGCAGCGACAACCGCGGCCTAGCTCTTCTCCTCCCCATCGTCC
CGGCCATCGGATGGGTCCTCTTCAACATCCTCCAGCCGGCCCTCAACCAGATCAACGAGA
TGCGTGCGAGCAAAGGAGTCGTCGTGGGTCTTGGCGGTGGTCTCGCTGCGTCAGGGCTTT
TGACTATGACCCCGGAGGCGTCCGCTAGTATGGTTAACGAGATGGCGGCGTTGGCGGAAG
CGGCGGCGAAAGTTGATGACAACAGAGGACAGTTGTTGCTGTTCGTGGTTGCACCGGCTC
TGCTTTGGGTTCTTTACAATATATTGCAGCCTGCTTTGAACCAATTCAACAAAATGAGGA
ATAAGTGATAATCTTGTTTATTATATATAATCATCGTTAAGATTCAAAATGTAAGATTAA
TCAATTTGTTTCATGGACAGATTCTATGTTTAAATTTTGGATAAA

QA 4 708 4 708
DS 

RD RR1HA32JQ 730 0 0
CTCTCTCATCTTTCAAACTCTCCGATCAATGGCAGCGACAATGGCGACATCAGCAAAATG
CATGTCCCTAAACACATCTCCTCCCAAACCCCTAAACCAGACCAAACCCATCTCTTCCTC
AAAACCCTTCATCTCCCTCCCAAACCAACCTAAGCCCACAGTCTCCCTCGCCGTCACCAG
CACCGCCCTCGCCGGAGCCGTGTTCTCCGCCCTCAGCTACTCCGAGCCCGCGTTCGCCGC
TCACCAGATCTCTCAGCTCGCGGCGGCTCAAGGCAGCGACAACCGCGGCCTAGCTCTTCT
CCTCCCCATCGTCCCGGCCATCGGATGGGTCCTCTTCAACATCCTCCAGCCGGCTCTCAA
CCAGATCAACAAGATGCGTGCGAGCAAAGGAGTCGTCGTGGGTCTTGGCGGTGGTCTCGC
TGCGTCAGGGCTTTTGACTATGACCCCGGAGGCGTCCGCTAGTATGGTTAACGAGATGGC
GGCGGTGGCGGAAGCGGCGGCGAAAGTTGATGACAACAGGGGACAGTTGTTGCTGTTCGT
GGTTGCACCGGCTCTGCTTTGGGTTCTTTACAATATATTGCAGCCTGCTTTGAACCAACT
CAACAAAATGAGGAATAAGTGATAATCTTGTTTATTATATATAATCATCGTTAAGATTCA
AAATGTAAGATTAATCAATTTGTTTCATGGACAGATTCTATGTTTAAATTTTGGATAAAC
TTGATCTTGT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL3433Contig1 726 2 7 U
GGGACTCAGATCTGCAATCGAAGTTCTTGGGAGATCCAATTTGACGGGAGAAGAAGAAGC
ATGGACACTTTTACGGCGGAGGATCTGTCGACGATCGGCGGAATCGCCACCGTGTCGCTC
CTTCACTCGTTTATTCCGACGCATTGGCTACCTTTCTCAATCGTCGGACGCGCGCAGAAA
TGGACGCTTTCCAGAACACTCTTCGTCACTGCATTTGGAGCAGTCCTGCATGTCATATCC
ACTTCTCTTCTCGGTATAACAGCGATCACTATGGCGAATACCATCGCCGGTGAAGAGACT
GTTCACAAGCTTGCTTCTCTTTTGCTTGTGATTCTCGGTGGAAGCTATGTCGTATTGTTT
TTGGCTGGTAAAGGTGGTCACACTCATTCTCATAACAAACCCATGGAAAAAATGGCTGTT
GCTGGGCTTGTTCTCGTTCCTGCGTTATCTCCATGTGCAACAACTCTCCCGGTTTTCCTC
GCTGTTGGAAATTCAAAGCCCATGATGGTTCTCGCCATCATAGTTCTGCTGATAAGCACC
ATATTGGTGATGACATCTCTGGTGGCTCTATCGTTCTATGGTGCAAGCCAACTGAAGTTT
CACTGGATGGAGCGATACGACAAGCTTCTGGTTGGTTCGGTTCTGTGTCTGGTAGGTATC
CTAACCCTCCTCTTCCATGATCATGACCACCATGGCCACGAAGCACATCAACTCCCCAGG
AAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ96TF U 184
AF RR1B787TF U 1
BS 1 399 RR1B787TF
BS 400 400 RR1EZ96TF
BS 401 533 RR1B787TF
BS 534 534 RR1EZ96TF
BS 535 590 RR1B787TF
BS 591 591 RR1EZ96TF
BS 592 726 RR1B787TF

RD RR1EZ96TF 421 0 0
GG
GCTTTCCAGAAGTCTCTTCGTCACTGCATTTGGAGCAGTCCTGCATGTTATCTCCACTTC
TCTTCTCGGTATAACAGCGATCACTATGGCGAATACCATCGCCGGTGAAGAGACTGTTCA
CAAGCTTGCTTCTCTTTTGCTTGTGATTCTCGGTGGAAGCTATGTCGTATTGTTTTTGGC
TGGTAAAGGTGGTCACACTCATTCTCATAACAAACCCATGGAGAAAATGGCTGTTGCTGG
GCTTGTTCTCGTTCCTGCGTTATCTCCATGTGCTACAACTCTCCCTGTTTTCCTCGCTGT
TGGAAATTCTAAGCCCATGATGGTTCTCGCCATCATAGTTCTGCTGATAAGCACCATATT
GGTGATGACATCTCTGGTGGCTCTATCGTTCTATGGTGCAAGTCAACTGAAGTTTCACT

QA 3 421 3 421
DS 

RD RR1B787TF 726 0 0
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ATGGACACTTTTACGGCGGAGGATCTGTCGACGATCGGCGGAATCGCCACCGTGTCGCTC
CTTCACTCGTTTATTCCGACGCATTGGCTACCTTTCTCAATCGTCGGACGCGCGCAGAAA
TGGACGCTTTCCAGAACACTCTTCGTCACTGCATTTGGAGCAGTCCTGCATGTCATATCC
ACTTCTCTTCTCGGTATAACAGCGATCACTATGGCGAATACCATCGCCGGTGAAGAGACT
GTTCACAAGCTTGCTTCTCTTTTGCTTGTGATTCTCGGTGGAAGCTATGTCGTATTGTTT
TTGGCTGGTAAAGGTGGTCACACTCATTCTCATAACAAATCCATGGAAAAAATGGCTGTT
GCTGGGCTTGTTCTCGTTCCTGCGTTATCTCCATGTGCAACAACTCTCCCGGTTTTCCTC
GCTGTTGGAAATTCAAAGCCCATGATGGTTCTCGCCATCATAGTTCTGCTGATCAGCACC
ATATTGGTGATGACATCTCTGGTGGCTCTATCGTTCTATGGTGCAAGCCAGCTGAAGTTT
CACTGGATGGAGCGATACGACAAGCTTCTGGTTGGTTCGGTTCTGTGTCTGGTAGGTATC
CTAACCCTCCTCTTCCATGATCATGACCACCATGGCCACGAAGCACATCAACTCCCCAGG
AAAATC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL3434Contig1 838 2 2 U
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TTCCCAGATTTAAAGAAGATGTCTACCTTCAGCGGCGACGAGACTGCTCCCTTCTTCGGC
TTCCTTGGCGCTGCCGCCGCCCTCGTCTTCTCCTGTATGGGAGCTGCTTATGGAACTGCG
AAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCCATGGGAGTTATGAGACCTGAGTTGGTGATGAAGTCC
ATTGTCCCCGTGGTTATGGCTGGTGTGTTGGGTATCTATGGACTCATCATCGCTGTTATC
ATCAGCACCGGTATCAACCCGAAGGCTAAGTCTTACTACCTCTTTGATGGATACGCGCAC
CTCTCGTCTGGTCTTGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGAATC
GTTGGAGATGCTGGAGTCAGGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTTTTCGTGGGGATGATT
CTTATCCTCATCTTTGCGGAAGCACTTGCTCTCTATGGTCTCATTGTAGGCATTATCTTG
TCCTCTCGAGCTGGTCAGTCCAGAGCAGAATGAGAAACAAAACAAACGTCAGGTGATGAT
TATTATTTTTTTCGTGTGTGGAATGTCTCACTTGCTCTCATCTGTTTGTTTGGGGTTGCG
ATCTCTGCTCCTTCCTTCCGATGGGTGCTTGAGTGTAGGATGTTGTTATTTGTTTGGTTG
GCTAATAATAAGACAAGTGTGCATGTTTTGTATTCTTTGTATTTGTCTTGAGGAACTTGA
TGATATTTTGTTTGTAAAGAAGTTTGCTTCTGAAACCATCTTCGAGTGTTGTTATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FH63TF U 1
AF RR1FH63JQ C 90
BS 1 694 RR1FH63TF
BS 695 838 RR1FH63JQ

RD RR1FH63TF 694 0 0
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TTCCCAGATTTAAAGAAGATGTCTACCTTCAGCGGCGACGAGACTGCTCCCTTCTTCGGC
TTCCTTGGCGCTGCCGCCGCCCTCGTCTTCTCCTGTATGGGAGCTGCTTATGGAACTGCG
AAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCCATGGGAGTTATGAGACCTGAGTTGGTGATGAAGTCC
ATTGTCCCCGTGGTTATGGCTGGTGTGTTGGGTATCTATGGACTCATCATCGCTGTTATC
ATCAGCACCGGTATCAACCCGAAGGCTAAGTCTTACTACCTCTTTGATGGATACGCGCAC
CTCTCGTCTGGTCTTGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGAATC
GTTGGAGATGCTGGAGTCAGGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTTTTCGTGGGGATGATT
CTTATCCTCATCTTTGCGGAAGCACTTGCTCTCTATGGTCTCATTGTAGGCATTATCTTG
TCCTCTCGAGCTGGTCAGTCCAGAGCAGAATGAGAAACAAAACAAACGTCAGGTGATGAT
TATTATTTTTTTCGTGTGTGGAATGTCTCACTTGCTCTCATCTGTTTGTTTGGGGTTGCG
ATCTCTGCTCCTTCCTTCCGATGGGTGCTTGAGT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1FH63JQ 749 0 0
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CTCCTGTATGGGAGCTGCTTATGGAACTGCGAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCCATGGG
AGTTATGAGACCTGAGTTGGTGATGAAGTCCATTGTCCCCGTGGTTATGGCTGGTGTGTT
GGGTATCTATGGACTCATCATCGCTGTTATCATCAGCACCGGTATCAACCCGAAGGCTAA
GTCTTACTACCTCTTTGATGGATACGCGCACCTCTCGTCTGGTCTTGCTTGTGGTCTTGC
TGGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGAATCGTTGGAGATGCTGGAGTCAGGGCAAATGC
TCAGCAGCCTAAGCTTTTCGTGGGGATGATTCTTATCCTCATCTTTGCGGAAGCACTTGC
TCTCTATGGTCTCATTGTAGGCATTATCTTGTCCTCTCGAGCTGGTCAGTCCAGAGCAGA
ATGAGAAACAAAACAAACGTCAGGTGATGATTATTATTTTTTTCGTGTGTGGAATGTCTC
ACTTGCTCTCATCTGTTTGTTTGGGGTTGCGATCTCTGCTCCTTCCTTCCGATGGGTGCT
TGAGTGTAGGATGTTGTTATTTGTTTGGTTGGCTAATAATAAGACAAGTGTGCATGTTTT
GTATTCTTTGTATTTGTCTTGAGGAACTTGATGATATTTTGTTTGTAAAGAAGTTTGCTT
CTGAAACCATCTTCGAGTGTTGTTATGAT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 3

CO CL3435Contig1 868 3 9 U
CTGTTCAATACCATATGTTTTTGTAACTACTTCAAAAATTCAAATAATTTAAAGATTTTT
TTGTGTTCTTTTAAGCATCTACATACAAACAGGTTGAAACTCTGAAAACTTCTCTGAATC
AATCATAATTGTTCTCTTGTCTTTAGTTTGAAGGAAACAGCTTCTCTGCTTGGTCTGGGA
AGAACGTTATGAACAACAAAGCACAGACGAGCACTGTTCATAAGACAGCTGAAATCTTGC
CTTGAATTGTGATAAGCCCTGCCTTGCCGGCATTCTGCAACTCCGTTGAACCAACCGACT
CAAATGTCCCTGGTTTAACAGACTGTAACCCTGATGTTACACAAGCAATGTTATCGTAAC
CTGCTTCCTCCAATCTACTAGCAGCAGCTGCAGATCTGAGAATTTCTTGGCAAACCAGTA
ACAGTTTGCTGTCCTGTGAAAACTCGTTTCTAACGGATTTAACGAACTCCGGATTCAGTT
TCGTGAAGGGCAGACCAAAGAAGAGCCCTGAGAAGTTGTTGTGCACTGTCCTCTTCACTA
TCGTACCAAGATCGTTGTCTTCGTTGAAGATGAAGAGAGGGATGTGGTGGCAAGACTTTA
TATGAGCTCTCTCGAACTGAGTCTTGTCTCTTACATCCACAACCTTGTAACCTTCCGCTG
CTATCAACTTCTTCGCTTCCTCTGCATTCACGAACTTCACCTCAGCCGCAACTCTCAGAC
TTCTCCGGCGGATATTATTGTTACCAGAGACGCTCTTTCCGGACCAGCTCACCGCTTTCA
ACCTCCTTGTCCCGAGATCACTGGTGAAACAAAGAGCCGTAGGGCTAGGGCTTGCTATCC
CCGCCATTATTGCAGAAGTCTCTCGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT38JQ U 1
AF RR1FX60JQ U 23
AF RR1GT38TF C 365
BS 1 232 RR1GT38JQ
BS 233 233 RR1FX60JQ
BS 234 268 RR1GT38JQ
BS 269 269 RR1FX60JQ
BS 270 333 RR1GT38JQ
BS 334 334 RR1FX60JQ
BS 335 490 RR1GT38JQ
BS 491 669 RR1FX60JQ
BS 670 868 RR1GT38TF

RD RR1GT38JQ 490 0 0
CTGTTCAATACCATATGTTTTTGTAACTACTTCAAAAATTCAAATAATTTAAAGATTTTT
TTGTGTTCTTTTAAGCATCTACATACAAACAGGTTGAAACTCTGAAAACTTCTCTGAATC
AATCATAATTGTTCTCTTGTCTTTAGTTTGAAGGAAACAGCTTCTCTGCTTGGTCTGGGA
AGAACGTTATGAACAACAAAGCACAGACGAGCACTGTTCATAAGACAGCTGAGATCTTGC
CTTGAATTGTGATAAGCCCTGCCTTGCCTGCATTCTGCAACTCCGTTGAACCAACCGACT
CAAATGTCCCTGGTTTAACAGACTGTAACCCTGGTGTTACACAAGCAATGTTATCGTAAC
CTGCTTCCTCCAATCTACTAGCAGCAGCTGCAGATCTGAGAATTTCTTGGCAAACCAGTA
ACAGTTTGCTGTCCTGTGAAAACTCGTTTCTAACGGATTTAACGAACTCCGGATTCAGTT
TCGTGAAGGG

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1FX60JQ 647 0 0
GTAACTACTTCAAAAATTCAAATAATTTAAAGATTTTTTTGTGTTCTTTTAAGCATCTAC
ATACAAACAGGTTGAAACTCTGAAAACTTCTCTGAATCAATCATAATTGTTCTCTTGTCT
TTAGTTTGAAGGAAACAGCTTCTCTGCTTGGTCTGGGAAGAACGTTATGAACAACAAAGC
ACAGACGAGCACTGTTCCTAAGACAGCTGAAATCTTGCCTTGAATTGTGATAAGCCCTGC
CTTGCCGGCATTCTGCAACTCCGTTGAACCAACCGACTCAAATGTCCCTGGTTTAACAGA
CTGTAGCCCTGATGTTACACAAGCAATGTTATCGTAACCTGCTTCCTCCAATCTACTAGC
AGCAGCTGCAGATCTGAAACCTTCTTGGCAAACCAGTAACAGTTTGCTGTCCTGTGAAAA
CTCGTTTCTAACGGATTTAACGAACTCCGGATTCAGTTTCGTGAAGGGCAGACCAAAGAA
GAGCCCTGAGAAGTTGTTGTGCACTGTCCTCTTCACTATCGTACCAAGATCGTTGTCTTC
GTTGAAGATGAAGAGAGGGATGTGGTGGCAAGACTTTATATGAGCTCTCTCGAACTGAGT
CTTGTCTCTTACATCCACAACCTTGTAACCTTCCGCTGCTATCAACT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1GT38TF 504 0 0
TTCCTCCAATCTACTAGCAGCAGCTGCAGATCTGAGAATTTCTTGGCAAACCAGTAACAG
TTTGCTGTCCTGTGAAAACTCGTTTCTAACGGATTTAACGAACTCCGGATTCAGTTTCGT
GAAGGGCAGACCAAAGAAGAGCCCTGAGAAGTTGTTGTGCACTGTCCTCTTCACTATCGT
ACCAAGATCGTTGTCTTCGTTGAAGATGAAGAGAGGGATGTGGTGGCAAGACTTTATATG
AGCTCTCTCGAACTGAGTCTTGTCTCTTACATCCACAACCTTGTAACCTTCCGCTGCTAT
CAACTTCTTCGCTTCCTCTGCATTCACGAACTTCACCTCAGCCGCAACTCTCAGACTTCT
CCGGCGGATATTATTGTTACCAGAGACGCTCTTTCCGGACCAGCTCACCGCTTTCAACCT
CCTTGTCCCGAGATCACTGGTGAAACAAAGAGCCGTAGGGCTAGGGCTTGCTATCCCCGC
CATTATTGCAGAAGTCTCTCGATT

QA 1 504 1 504
DS 



AS 1 2

CO CL3436Contig1 765 2 2 U
GGGACTCTCCGAAGTCCGATCCCTTCTTCTCCGGCTCGAAAATTCTCCTCCTTTGCATTT
GATCGACTCGTCTCAGCTCAATTCTCTGCCGTTTTCACGTTACAGCTTCGTTTAGTTAAA
GGCGTTGGCCAAAAGACTTGGGATTAAGTAGTCTGGTTTGCGGGAGAGATGAATCACGGC
CAACATTCTGGCGAAGCAAAGCATGAAGATGATGCTGCTCTTACTGAGTTCCTTGCGTCT
CTCATGGATTATACTCCTACTATTCCTGATGATCTAGTGGAGCACTACTTGGCTAAGAAT
GGGTTTCAGTGCCCCGACGTACGATTAATAAGGCTAGTTGCTGTGGCTACACAAAAGTTT
GTTGCAGATGTTGCCAGCGATGCTCTTCAGCACTGCAAGGCTAGACCAGCACCAGTTGTG
AAAGACAAAAAACAGCAGAAGGATAAGCGTTTAGTATTGACAATGGAAGACCTTTCAAAA
GCTTTGCGTGAGTATGGTGTGAACGTGAAGCATCCAGAATATTGCTGATAGCCCTTCGAC
CGGAATGGATCCTGCGACAAGAGACGAATAGCAACCAGGAAGTCTCGATCGTCTTTCCCA
GTATGGATGATCGTGTGTGAGTTACTTGATTTTCTATTGTGTTTTAGTTGAAACAAAACT
CTCTTCTCCTCTTCGTAGTCATCGATTACTTGTATATCATTCCTCCTGTTGTTTGTTTCT
TGACTTACGTCCTTGTGTTATTGAGTTTCATACCATACTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AZ43TF U 1
AF RR1AZ43JQ C 558
BS 1 727 RR1AZ43TF
BS 728 765 RR1AZ43JQ

RD RR1AZ43TF 727 0 0
GGGACTCTCCGAAGTCCGATCCCTTCTTCTCCGGCTCGAAAATTCTCCTCCTTTGCATTT
GATCGACTCGTCTCAGCTCAATTCTCTGCCGTTTTCACGTTACAGCTTCGTTTAGTTAAA
GGCGTTGGCCAAAAGACTTGGGATTAAGTAGTCTGGTTTGCGGGAGAGATGAATCACGGC
CAACATTCTGGCGAAGCAAAGCATGAAGATGATGCTGCTCTTACTGAGTTCCTTGCGTCT
CTCATGGATTATACTCCTACTATTCCTGATGATCTAGTGGAGCACTACTTGGCTAAGAAT
GGGTTTCAGTGCCCCGACGTACGATTAATAAGGCTAGTTGCTGTGGCTACACAAAAGTTT
GTTGCAGATGTTGCCAGCGATGCTCTTCAGCACTGCAAGGCTAGACCAGCACCAGTTGTG
AAAGACAAAAAACAGCAGAAGGATAAGCGTTTAGTATTGACAATGGAAGACCTTTCAAAA
GCTTTGCGTGAGTATGGTGTGAACGTGAAGCATCCAGAATATTGCTGATAGCCCTTCGAC
CGGAATGGATCCTGCGACAAGAGACGAATAGCAACCAGGAAGTCTCGATCGTCTTTCCCA
GTATGGATGATCGTGTGTGAGTTACTTGATTTTCTATTGTGTTTTAGTTGAAACAAAACT
CTCTTCTCCTCTTCGTAGTCATCGATTACTTGTATATCATTCCTCCTGTTGTTTGTTTCT
TGACTTA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1AZ43JQ 208 0 0
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TGAGTTACTTGATTTTCTATTGTGTTTTAGTTGAAACAAAACTCTTTTCTCCTCTTCGTA
GTCATCGATTACTTGTATATCATTCCTCCTGTTGTTTGTTTCTTGACTTACGTCCTTGTG
TTATTGAGTTTCATACCATACTTTTACC

QA 1 208 1 208
DS 



AS 1 2

CO CL3437Contig1 415 2 5 U
AACACCGAAATCAGCTCATCATATCAGTACCAGGGTTCGGTAAACTACAAACTTGTCAAA
ATAAATCTCCCATAAAAAAAAACTGAAACTAAAGCCGTCTCTTGAAACAAAATCTGGTTT
GGTAATTTTAGTTTTTCCCTATCTGAAAACCCACTAAAAAAAATAGGAAAGTTTAGTGTT
CAAGGGGGAACACATACTCTGTCAAGCGTTGTAGCTTGGATGAATCCCCCTTTTGCTCTC
TTTTAATCCCTTGCTTCTTCACAGTCACCATTTGAAATGCTGCATCCACTGTCCATCCTT
TCTCCACAACATAAGTAGTGGCATCATCTTGTGTCATGCCTAGGAAAAAAGCCAAATCAG
GGATGGTAATTGTGGAGTAGGCAAACAACAAAAGCTGAAACACCCTTTTTGTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1ER27JQ U 29
AF RR1DM21JQ U 1
BS 1 37 RR1DM21JQ
BS 38 38 RR1ER27JQ
BS 39 162 RR1DM21JQ
BS 163 163 RR1ER27JQ
BS 164 415 RR1DM21JQ

RD RR1ER27JQ 246 0 0
ACCAGGGTTCGGTAAACTACAAACTTGTCAAAATAAATCTCCCATAAAAAAAAACTGAAA
CTGGAGCCGTCTCTTGAAACAAAATCTGGTTTGGTAATTTTAGTTTTTCCCTATCTGAAA
ACCCCCTAAAAAAAATAGGAAAGTTTAGTGTTCAAGGGGGAACACATACTCTGTCAAGCG
TTGTAGCTTGGATGAATCCCCCTTTTGCTCTCTTTTAATCCCTTGCTTCTTCACAGTCAT
CATTTG

QA 1 246 1 246
DS 

RD RR1DM21JQ 415 0 0
AACACCGAAATCAGCTCATCATATCAGTACCAGGGTTTGGTAAACTACAAACTTGTCAAA
ATAAATCTCCCATAAAAAAAAACTGAAACTAAAGCCGTCTCTTGAAACAAAATCTGGTTT
GGTAATTTTAGTTTTTCCCTATCTGAAAACCCACTAAAAAAA*TAGGAAAGTTTAGTGTT
CAAGGGGGAACACATACTCTGTCAAGCGTTGTAGCTTGGATGAATCCCCCTTTTGCTCTC
TTTTAATCCCTTGCTTCTTCACAGTCACCATTTGAAATGCTGCATCCACTGTCCATCCTT
TCTCCACAACATAAGTAGTGGCATCATCTTGTGTCATGCCTAGGAAAAAAGCCAAATCAG
GGATGGTAATTGTGGAGTAGGCAAACAACAAAAGCTGAAACACCCTTTTTGTGTA

QA 1 415 1 415
DS 



AS 1 3

CO CL3438Contig1 492 3 2 U
GGAGATTTTCGGGAGATTCGATCGAATTTGGGGGTTAGGGTTTTTTCGCTGCCGACGAAC
TGCTTGATCAATGACGCCGCCTCCTGGACTTTACCCCGGTAGCAGCACTCTTGCCCTGGT
GGCTCGTGCTTCCGCTTTCGGGCTGGGTCTCGTCTACGGCAACATCAAGCTCAAGGCCTT
GAAGATAAAGAAGAACTCACAGATTAAGGCTGAAGCCAAGGCTCATCACTAAACCAAACT
TTCTTTCTCTCCCTTCAAAATAAGATGACGAAGAAGCCCAGTGAACGTTCTCCACAAATG
TAGCTGTTTCTTCTTGAGCTATATCTCTCCCTTGGTGACATTTTTCTGTTTTTCTATTTC
CTTCTTGGTTATCGTTGACAAAGAAGAACAAAAACTTTTGTCTGAAAAAGCAATCATAGT
ACCATTATGATTTAAACCTAATGCTAGAACACCCATATGTTTATCATTTTAACAAGGTTG
CTTATATAACCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1AR76JQ C 1
AF RR1AR76TF U 1
AF RR1CE57TF U 41
BS 1 487 RR1AR76TF
BS 488 492 RR1CE57TF

RD RR1AR76JQ 487 0 0
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GGCTCGTGCTTCCGCTTTCGGGCTGGGTCTCGTCTACGGCAACATCAAGCTCAAGGCCTT
GAAGATAAAGAAGAACTCACAGATTAAGGCTGAAGCCAAGGCTCATCACTAAACCAAACT
TTCTTTCTCTCCCTTCAAAATAAGATGACGAAGAAGCCCAGTGAACGTTCTCCACAAATG
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CTTCTTGGTTATCGTTGACAAAGAAGAACAAAAACTTTTGTCTGAAAAAGCAATCATAGT
ACCATTATGATTTAAACCTAATGCTAGAACACCCATATGTTTATCATTTTAACAAGGTTG
CTTATAT

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1AR76TF 487 0 0
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TGCTTGATCAATGACGCCGCCTCCTGGACTTTACCCCGGTAGCAGCACTCTTGCCCTGGT
GGCTCGTGCTTCCGCTTTCGGGCTGGGTCTCGTCTACGGCAACATCAAGCTCAAGGCCTT
GAAGATAAAGAAGAACTCACAGATTAAGGCTGAAGCCAAGGCTCATCACTAAACCAAACT
TTCTTTCTCTCCCTTCAAAATAAGATGACGAAGAAGCCCAGTGAACGTTCTCCACAAATG
TAGCTGTTTCTTCTTGAGCTATATCTCTCCCTTGGTGACATTTTTCTGTTTTTCTATTTC
CTTCTTGGTTATCGTTGACAAAGAAGAACAAAAACTTTTGTCTGAAAAAGCAATCATAGT
ACCATTATGATTTAAACCTAATGCTAGAACACCCATATGTTTATCATTTTAACAAGGTTG
CTTATAT

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1CE57TF 452 0 0
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AGCAGCACTCTTGCCCTGGTGGCTCGTGCTTCCGCTTTCGGGCTGGGTCTCGTCTACGGC
AACATCAAGCTCAAGGCCTTGAAGATAAAGAAGAACTCACAGATTAAGGCTGAAGCCAAG
GCTCATCACTAAACCAAACTTTCTTTCTCTCCCTTCAAAATAAGATGACGAAGAAGCCCA
GTGAACGTTCTCCACAAATGTAGCTGTTTCTTCTTGAGCTATATCTCTCCCTTGGTGACA
TTTTTCTGTTTTTCTATTTCCTTTTTGGTTATCGTTGACAAAGAAGAACAAAAACTTTTG
TCTGAAAAAGCAATCATAGTACCATTATGATTTAAACCTAATGCTAGAACACCCATATGT
TTATCATTTTAACAAGGTTGCTTATATAACCT

QA 1 452 1 452
DS 



AS 1 3

CO CL3439Contig1 1080 3 13 U
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GCAGAGAACTCTCTAGAGCGGAGACCAAAAGAAGACAGAGTATGGTGGGAAGAAGAGGAG
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GAGATCAGGAGATACGAGGAGGTACTACGTAGTGAGAGGGAGGAAGAGGAACGACAAAAA
GCGAAGAATAAAAAGAAGAAAAAGAAGCTGCAACCCGAATTAGTAGAAGGGTATCTAGAA
GATTATCCTCCTCGAAGAAACAACAACGATAGAAGATTGTCAGAAAGAGGCCGGAACGTT
AGAAGCCGGTATGTGTCCGACTTTGAAATGAATGGTGCGGATTATGCACCTCAACCAAAA
CGACGCAAAAAAGGAGAGGTTGGGCTAGCAAATATCTTGGAAACCATAGTGGACACACTA
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GACTATTTTGATATAGTGCAACGCCCGATGGATCTGTCGACAATCCGGGATAAGGTACGG
AAGATAGAGTACAGAAACCGCGAGCAGTTTAGACACGATGTCTGGCAGATCCAGTTCAAT
GCTCATCTTTATAACAGCAACGGGCGTAACCCTGGGATACCGCCTTTGGCAGATCAGTTG
CTGGAGATTTGTGATTACTTGATAGATGATTATGGAGATCAGTTAGAAGAAGCAGAGAAA
GGTATTGATAGATAGATCCCACTGACTGAGAGAGTGTGTGTTTTAAGTTAGTCATTCCTC
TTTTATGCCAAAAAGTGGGTTCTAGCTTTGGCTAATGATTTGTATGAAAAAAAGAAAGAA
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TTTTTTAAATTGTTGTTTGTAAAATTTTGAGGGTTTCACTAAATTGATGATTGTGGTATT
AAATAGCACTTTGGAAGATGATGTGTTAATGTTGTGCATAAAAACATTGTTTTCATTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN20TF U 1
AF RR1A705TF U 30
AF RR1DN20JQ C 418
BS 1 393 RR1DN20TF
BS 394 394 RR1A705TF
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ATAAGTAGGAGAAGAGATTATGATGATATGAATGTAACAGAAGAACCCAACGAGATAGCT
GAGATCAGGAGATACGAGGAGGTACTACGTAGTGAGAGGGAGGAAGAGGAACGACAAAAA
GCGAAGAATAAAAAGAAGAAAAAGAAGCTGCAACCCGAATTAGTAGAAGGGTATCTAGAA
GATTATCCTCCTCGAAGAAACAACAACGATAGAAGATTGTCAGAAAGAGGCCGGAACGTT
AGAAGCCGGTATGTGTCCGACTTTGAAATGAATTGTGCGGATTATGCACCTCAACCAAAA
CGACGCAAAAAAGGAGAGGTTGGGCTAGCAAATATCTTGGAAACCATAGTGGACACACTA
AGACTCAAAGAAGAAGTGTCGGGCCTCTTCTTGAAACCGGTTTCAAAGAAAGATGCTCCC
GACTATTTTGATATAGTGCAACGCCCGATGGATCTGTCGACAATCCGGGATAAG*TACGG
AAGATAGAGTACAGAAACCGCGAGCAGTTTAGACACGATGTCTGGCAGATCCAGTTCAAT
GCTCATCTTTATAACAGCAACGG*CGTAACCCTGGGATAC**GCTTTGGCAGATCAGTTG
CTGGA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1A705TF 741 0 0
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AGAAGACAGAGTATGGTGGGAAGAAGAGGAGATAAGTAGGAGAAGAGATTATGATGATAT
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TAGAAGATTGTCAGAAGGAGGCCGGAACGTTAGAAGCCGGTATGTGTCCGACTTTGAAAT
GAATGGTGCGGATTATGCACCTCAACCAAAACGACGCAAAAAAGGAGAGGTTGGGTTAGC
AAATATCTTGGAAACCATAGTGGACACACTAAGACTCGAAGAAGAAGTGTCGGGCCTCTT
CTTGAAACCGGTTTCAAAGAAGGATGCTCCCGACTATTTTGATATAGTGCAGCGCCCGAT
GGATCTGTCGACAATCCGGGATAAGGTACGGAAGATAGAGTACAGAAACCGCGAGCAGTT
TAGACACGATGTCTGGCAGATCCATTTCAATGCTCATCTTTATAACAGCAACGGGCGTAA
CCCTGGGATACCGCCTTTGGCAGATCAGTTGCTGGAGATTTGTGATTACTTGATAGATGA
TTATGGAGATCAGTTAGAAGA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1DN20JQ 663 0 0
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CTAAGACTCAAAGAAGAAGTGTCGGGCCTCTTCTTGAAACCGGTTTCAAAGAAGGATGCT
CCCGACTATTTTGATATAGTGCAACGCCCGATGGATCTGTCGACAATCCGGGATAAGGTA
CGGAAGATAGAGTACAGAAACCGCGAGCAGTTTAGACACGATGTCTGGCAGATCCAGTTC
AATGCTCATCTTTATAACAGCAACGGGCGTAACCCTGGGATACCGCCTTTGGCAGATCAG
TTGCTGGAGATTTGTGATTACTTGATAGATGATTATGGAGATCAGTTAGAAGAAGCAGAG
AAAGGTATTGATAGATAGATCCCACTGACTGAGAGAGTGTGTGTTTTAAGTTAGTCATTC
CTCTTTTATGCCAAAAAGTGGGTTCTAGCTTTGGCTAATGATTTGTATGAAAAAAAGAAA
GAAAGAAACATTGTCATGTGCTGTCTGTGTAAAAGTCAAGTAAGTAAAAAGAAAATTGTT
TCTTTTTTTAAATTGTTGTTTGTAAAATTTTGAGGGTTTCACTAAATTGATGATTGTGGT
ATTAAATAGCACTTTGGAAGATGATGTGTTAATGTTGTGCATAAAAACATTGTTTTCATT
GAG

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 3

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CTAAAGAAACCAAGTTTGCCTCCTTTGAAATCTGAAACTTTGGCGTTCATTCACTTGGAG
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TACATTCTCGCGTAACCATACGTTGGAAGAACGTGGTTTGTGCCGCTAGCGTAATCGCCA
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CATTTCTCAGCGTCTTTGACGTTGATGATCAAGTGTTCGGGTGCATACAGGTTTGAGAAA
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GCAAACTCTCCTCTAGGAAGGCTTTTGCACTGTTTGGAGATTTCGTCTTCGATGGCTTTG
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TGAGAAAGCAAGTCTGCTGCAATGTAAACTGGATTAGCATGTTCATCAGCGATGACTAGA
ACTTCTGAAGGGCCAGCAGGCATATCAATCGAAACCATTGCCTCGCTGTTTTGAAGAATC
ATCTTAGCAGCTGTAACATACTGATTCCCAGGACCAAAAATCTTCTCGACCTTAGGACAT
GAATCAGTCCCCCAGGCCATGGCAGCTATAGCCTGAGCTCCACCAGCTTTAAGTATGTGA
GTTACACCAGCCCTCTTGGCACAATACAGCACCTCCTTACATATGCTTCCTTCCTTAGTT
GGTGGAGTAGCGAGGACAACTGTTTTACATCCAGCAATCTGAGCAGGAATAGCAAGCATC
AAAGCAGTAGATGGCAAAACAGCTGTTCCACCAGGGACATAAAGACCAACAGACCCAATA
GATCTCGACACCCTTTTACATCTGACACCTTCTATATTCTCAACGCTTTTCTCAGTTGAC
TTTTGAGCCAAGTGAAATGCATAAATGTTGTCATACGCAACATCAAACGCTTCTTTGACT
GTAGAGTGGAGAAGGAGAGACGAGGCGAGTAAAGGAGCGAGAGACGAGAAAGATCGAGTG
ACATTTTCACCTGATTCC


BQ
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AF RR1BN87TF C 724
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RD RR1FB82JQ 647 0 0
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TACATTCTCGCGTAACCATACGTTGGAAGAACGTGGTTTGTGCCGCTAGCGTAATCGCCA
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GCAAACTCTCCTCTAGGAAGGCTTTTGCACTGTTTGGAGATTTCGTC

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DS 

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ATAGTCGCCACATAAGGACCAAGGTTTCTCAGACCTTCCTCCGTCAAGGACTGCACAGTC
ATGAACTTCAAGAAAGAGTCGAGAGAGACGCCGCTGTACATTCTCGCGTAACCATACGTT
GGAAGAACGTGGTTTGTGCCGCTAGCGTAATCGCCAACACTCTCTGGCGTCCACGGCCCT
ACGAAAACGGAACCTGCGTTTTCGATCAGTCCTTCCCATTTCTCAGCGTCTTTGACGTTG
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GCAAATACGGTGAAACTGTGACTAAGTGCTTTTGAAGCAAACTCTCCTCTAGGAAGGCTT
TTGCACTGTTTGGAGATTTCGTCTTCGATGGCTTTGAGGTCTACACCGTCGCCTACAACG
ACAAGAACAACTTGACTATCTGGACCATGCTCAGCCTGAGAAAGCAAGTCTGCTGCAATG
TAAACTGGATTAGCATGTTCATCAGCGATGACTAGAA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1BN87TF 615 0 0
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TCTGAAGGGCCAGCAGGCATATCAATCGAAACCATTGCCTCGCTGTTTTGAAGAATCATC
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GCAGTAGATGGCAAAACAGCTGTTCCACCAGGGACATAAAGACCAACAGACCCAATAGAT
CTCGACACCCTTTTACATCTGACACCTTCTATATTCTCAACGCTTTTCTCAGTTGACTTT
TGAGCCAAGTGAAATGCATAAATGTTGTCATACGCAACATCAAACGCTTCTTTGACTGTA
GAGTGGAGAAGGAGAGACGAGGCGAGTAAAGGAGCGAGAGACGAGAAAGATCGAGTGACA
TTTTCACCTGATTCC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

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TGACGCAACCCGCAGATTCAACCCGACAACAACAAGGTCCTATCGCCGCCGATGGAGGCT
AAGCTACTCAACCGCACTTTTTACGATTCGCCAGGACTCAATCTCGCTGCGCATTCTTCT
ACACCTGTCTCCTATCTACCCGGTAAATTAAGATTTGGACCGCCTCGCTCTCTCTCACTC
CGTGTCTCCACAGCAACACCGATCCGATGCTCTAGGGGGGGGCTACGGGTGGATGAGAGT
GAGAGCCTGACACTTGAAAGCATAAGTCACTCTTTGATCCGTCAAGAGGACAGCATTATA
TTCAACCTTCTTGAGCGAGCTCAGTATCATTACAATGCTGATACTTATGACGAGGATGCT
TTTACTATGGAAGGGTTTCAAGGATCTTTGGTCGAGTTTATTGTCAGAGAAACCGAACAG
CTTCACGCTAAGGTGGACAAGTACAAAAGTCCAGATGAACATCCCTTCTTCCCACAATGC
TTGCCTGACGCTGAGCCAATCCTTCCCCCTATTCAATACCCACAGGTTCTACATCAATGC
GCCCATTCGATAAGCATCAACAAGAAGGTGTGGAACATGTATTTCAAACACATTCTTCCC
AGACTGGTCAAGCCAGGGGACGATGGTAATAGTGGTTCATCTGCTCTATGTGACACCATG
TGCTTACAGATACTTTCAAAGAGAATTCACTATGGCAAATTTGTTGCTGAGGCCAAGTTT
CGTGAAGATCCAGCAACATATGAAACAGCCATCCGTGAACAAGACCGGACACAACTGTTG
ATACTTTTGACGTATGAAACAGATGAAGAAGTAATCAAGAAACGAGTTGAGAGCAAAGCT
AGAATTTTCGGTCAATACATAACGATCAACGATCAAGACAGTGGAGCTGCTGATCCTTCA
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AGGAACCATACCATTTGTATTTGATCTTAATTTACAAAACTGTAATGTAAACCGAGACTC
AAAATAAATGAACTACTTAAAAAAAATGAATTATTCCTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D743TF U 1
AF RR1D743JQ C 464
BS 1 739 RR1D743TF
BS 740 740 RR1D743JQ
BS 741 771 RR1D743TF
BS 772 772 RR1D743JQ
BS 773 786 RR1D743TF
BS 787 1179 RR1D743JQ

RD RR1D743TF 786 0 0
GGCCTTTCCCATTTCTTGATAGTTGTTGCCTTAACTTCTTCTTTTCTCTCGTGATTCTCC
TGACGCAACCCGCAGATTCAACCCGACAACAACAAGGTCCTATCGCCGCCGATGGAGGCT
AAGCTACTCAACCGCACTTTTTACGATTCGCCAGGACTCAATCTCGCTGCGCATTCTTCT
ACACCTGTCTCCTATCTACCCGGTAAATTAAGATTTGGACCGCCTCGCTCTCTCTCACTC
CGTGTCTCCACAGCAACACCGATCCGATGCTCTAGGGGGGGGCTACGGGTGGATGAGAGT
GAGAGCCTGACACTTGAAAGCATAAGTCACTCTTTGATCCGTCAAGAGGACAGCATTATA
TTCAACCTTCTTGAGCGAGCTCAGTATCATTACAATGCTGATACTTATGACGAGGATGCT
TTTACTATGGAAGGGTTTCAAGGATCTTTGGTCGAGTTTATTGTCAGAGAAACCGAACAG
CTTCACGCTAAGGTGGACAAGTACAAAAGTCCAGATGAACATCCCTTCTTCCCACAATGC
TTGCCTGACGCTGAGCCAATCCTTCCCCCTATTCAATACCCACAGGTTCTACATCAATGC
GCCCATTCGATAAGCATCAACAAGAAGGTGTGGAACATGTATTTCAAACACATTCTTCCC
AGACTGGTCAAGCCAGGGGACGATGGTAATAGTGGTTCATCTGCTCTATGTGACACCATG
TGCTTACAGATACTTTCAA*GAGAATTCACTATGGCAAATTTGTTGCTGAG*CCAAGTTT
CGTGAA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1D743JQ 716 0 0
TCAGAGAAACCGAACAGCTTCACGCTAAGGTGGACAAGTACAAAAGTCCAGATGAACATC
CCTTCTTCCCACAATGCTTGCCTGACGCTGAGCCAATCCTTCCCCCTATTCAATACCCAC
AGGTTCTACATCAATGCGCCCATTCGATAAGCATCAACAAGAAGGTGTGGAACATGTATT
TCAAACACATTCTTCCCAGACTGGTCAAGCCAGGGGACGATGGTAATAGTGGTTCATCTG
CTCTATGTGACACCATGTGCTTACAGATACTTTCAAAGAGAATTCACTATGGCAAATTTG
TTGCTGAGGCCAAGTTTCGTGAAGATCCAGCAACATATGAAACAGCCATCCGTGAACAAG
ACCGGACACAACTGTTGATACTTTTGACGTATGAAACAGATGAAGAAGTAATCAAGAAAC
GAGTTGAGAGCAAAGCTAGAATTTTCGGTCAATACATAACGATCAACGATCAAGACAGTG
GAGCTGCTGATCCTTCATACAAAATCAATCCTAGCTTAGTTTCAAAACTCTATGGAGAAA
GGATCATGCCACTCACAAAGGAAGTCCAAGTTGAGTACTTGCTTAGGAGGCTGGATTGAT
GTTGTTTATCAAGAAGAAGGAACCATACCATTTGTATTTGATCTTAATTTACAAAACTGT
AATGTAAACCGAGACTCAAAATAAATGAACTACTTAAAAAAAATGAATTATTCCTG

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL3442Contig1 902 2 8 U
GGGAGAGACATCGAAAAAGACGAAGAAAGTGAACTCTGCGCTATCTCTACTCTCTACCTA
CTCCTCCTCCGGTACTTTCTATCGTCAGAGAAGCTTCTGATGGCTCCCCTTACACTCTCT
GTTGATGTGAAGAACTCTGCGTTGATACCACTGCTTACGGCCGGGGGACAGAATACAAAA
TTTTAAGAGCTTAACCAAAAAGAAAATGGGGTTGAACCGTGTAGCACTTGTTTGCTCTGC
AGTCCTATGGCTAAGCATCTCCGGCTTGAGCCATGCCGGAGTCACCAGCAACTACACCAG
AGTAGCTGAACCTTCCGAAGAAATGCCACTCGAAACCTTCCCTCCTCCCGCTGGCTTAAA
CGCTCCTGAACAAGTTCATATAACGCAAGGAGATCGCAACGGTCGAGGTATGATAATCTC
GTGGGTCACGCCTATAAACGATGATGGTTCTAACATCGTGACATACTGGGTCGCGGATAG
CGACGGGAGTACAAAGCAGAGCGCCGAAGCATCAACCTCGACTTACAGATACTACGACTA
CACCTCTGGTTTTCTTCATCACGCTACCATTAAAAAGCTTGAGTACGAAACAAAATATTT
CTACGAGCTTGGAACCGGTCGTTCCACTAGACAATTCTCCTTCACGACTCCTCCTAAAGC
TGGTCCTGATGTTCCCTACACATTTGGTGTCATTGGTGATCTGGGACAAACCTATGCCTC
TAACCAGACACTGTACAATTATATGTCGAACCCTAAAGGCCAAGCGGTTCTTTTTGTTGG
AGACTTGTCGTACGCTGATGACCATCCCAACCACGACCAAAGAAAATGGGATTCGTATGG
ACGATTTGTTGAACCTAGTGCTGCATATCAACCTTGGATCTGGGCTGCTGGGAACCACGA
GA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 

AF RR1AO74TF U 1
AF RR1D049TF U 186
BS 1 591 RR1AO74TF
BS 592 592 RR1D049TF
BS 593 600 RR1AO74TF
BS 601 601 RR1D049TF
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BS 808 883 RR1AO74TF
BS 884 902 RR1D049TF

RD RR1AO74TF 883 0 0
GGGAGAGACATCGAAAAAGACGAAGAAAGTGAACTCTGCGCTATCTCTACTCTCTACCTA
CTCCTCCTCCGGTACTTTCTATCGTCAGAGAAGCTTCTGATGGCTCCCCTTACACTCTCT
GTTGATGTGAAGAACTCTGCGTTGATACCACTGCTTACGGCCGGGGGACAGAATACAAAA
TTTTAAGAGCTTAACCAAAAAGAAAATGGGGTTGAACCGTGTAGCACTTGTTTGCTCTGC
AGTCCTATGGCTAAGCATCTCCGGCTTGAGCCATGCCGGAGTCACCAGCAACTACACCAG
AGTAGCTGAACCTTCCGAAGAAATGCCACTCGAAACCTTCCCTCCTCCCGCTGGCTTAAA
CGCTCCTGAACAAGTTCATATAACGCAAGGAGATCGCAACGGTCGAGGTATGATAATCTC
GTGGGTCACGCCTATAAACGATGATGGTTCTAACATCGTGACATACTGGGTCGCGGATAG
CGACGGGAGTACAAAGCAGAGCGCCGAAGCATCAACCTCGACTTACAGATACTACGACTA
CACCTCTGGTTTTCTTCATCACGCTACCATTAAAAAGCTTGAGTACGAAACTAAATATTT
TTACGAGCTTGGAACCGGTCGTTCCACTAGACAATTCTCCTTCACGACTCCTCCTAAAGC
TGGTCCTGATGTTCCCTACACATTTGGTGTCATTGGTGATCTGGGACAAACCTATGCCTC
TAACCAGACACTGTACAATTATATGTCGAACCCTAAAGGCCAAGCGGTTCTTTTTGTTGG
AGACTTGTCGTACGCTGATGACCATCTCAACCACGACCAAAGAAAATGGGATTCGTATGG
ACGATTTGTTGAACCTAGTGCTGCATATCAACCTTGGATCTGG

QA 1 883 1 883
DS 

RD RR1D049TF 717 0 0
TAGGAGCTT
CCAAAAAGAAAATGGGGTTGAACCGTGTAGCACTTGTTTGCTCTGCAGTCGTGTGGCTAA
GCATCTCCGGCTTGAGCCATGCCGGAGTCACCAGCAACTACACCAGAGTAGCTGAACCTT
CCGAAGAAATGCCACTCGAAACCTTTCCTCCTCCCGCTGGCTTAAACGCTCCTGAACAAG
TTCATATAACGCAAGGAGATCGCAACGGTCGAGGTATGATAATCTCGTGGGTCACGCCTA
TAAACGATGATGGTTCTAACATCGTGACATACTGGGTCGCGGATAGCGACGGGAGTACAA
AGCTGAGCGCCGAAGCATCAACCTCGACTTATAGATACTACGACTACACCTCTGGTTTTC
TTCATCACGCTACCATTAAAAAGCTTGAGTACGAAACAAAATATTTCTACGAGCTTGGAA
CGGGTCGTTCCACTAGACAATTCTCCTTCACGACTCCTCCTAAAGCTGGTCCTGATGTTC
CCTACACATTTGGTGTCATTGGTGATCTGGGACAAACCTATGCCTCTAACCAGACACTGT
ACAATTATATGTCGAACCCTAAAGGCCAAGCGGTTCTTTTTGTTGGAGACTTGTCGTACG
CTGATGACCATCCCAACCACGACCAAAGAAAATGGGATTCGTATGGACGATTTGTTGAAC
CTAGTGCTGCATATCAACCTTGGATCTGGGCTGCTGGGAACCACGAGA

QA 10 717 10 717
DS 



AS 1 3

CO CL3443Contig1 522 3 2 U
GGGAATCTGGTAACACAAAGATTTATAAGATTACTTACTTCCTAAATAAAATAAAAGAGA
AAGGTTTGACAAAAGAGAGAGA**TGAGTTGTGTACTTCGTCTTGTTGTGCTTCTCCTCT
TGATGCTTACAGTTACATCTTCAGCTCGTAGTTCTGTCTCCTTTTCAGGTATCGGGAAGA
TTGGAATTGAAAGGAGGTCGTTGATGGTGAGTGTCGAGGATTATGGTGACCCGTCCGCAA
ATCCTAAACACAATCCTGGTGTTCCTCCGGCAAACACCGCCCAACGCAGCCCCGGCAGAG
TCTGACTTAACTTTATAGTCAACCCAAGAACAGAAGAAGATATGAAATTGTCAGCTTTAC
AAAGTTCAGTTTGTCTGAAACGAAACAAAACTCTCAGTTTATACAAGTTTCTCCAATCTG
TATATTTGATATATAAACGTTTCTGGTAATTTCTTGCATCTTTTGTTTCCTTAAGAAGAT
GGCTAGATGCCTTGTTCCAATTGGAGTCTAAGCAAAAAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A930JQ C 1
AF RR1A930TF U 1
AF RR1D837TF U 10
BS 1 460 RR1A930TF
BS 461 522 RR1D837TF

RD RR1A930JQ 371 0 0
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TTGGAATTGAAAGGAGGTCGTTGATGGTGAGTGTCGAGGATTATGGTGACCCGTCCGCAA
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TCTGACTTAACTTTATAGTCAACCCAAGAACAGAAGAAGATATGAAATTGTCAGCTTTAC
AAAGTTCAGTT

QA 1 371 1 371
DS 

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AAGGTTTGACAAAAGAGAGAGA**TGAGTTGTGTACTTCGTCTTGTTGTGCTTCTCCTCT
TGATGCTTACAGTTACATCTTCAGCTCGTAGTTCTGTCTCCTTTTCAGGTATCGGGAAGA
TTGGAATTGAAAGGAGGTCGTTGATGGTGAGTGTCGAGGATTATGGTGACCCGTCCGCAA
ATCCTAAACACAATCCTGGTGTTCCTCCGGCAAACACCGCCCAACGCAGCCCCGGCAGAG
TCTGACTTAACTTTATAGTCAACCCAAGAACAGAAGAAGATATGAAATTGTCAGCTTTAC
AAAGTTCAGTTTGTCTGAAACGAAACAAAACTCTCAGTTTATACAAGTTTCTCCAATCTG
TATATTTGATATATAAACGTTTCTGGTAATTTCTTGCATC

QA 1 460 1 460
DS 

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GG
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AAAGAGAGAGAGATGAGTTGTGTACTTCGTCTTGTTGTGCTTCTCCTCTTGATGCTTACA
GTTACATCTTCAGCTCGTAGTTCTGTCTCCTTTTCAGGTATTGGGAAGATTGGAATTGAA
AGGAGGTCGTTGATGGTGAGCGTCGAGGATTATGGTGACCCGTCCGCAAATCCTAAACAC
AATCCTGGTGTTCCTCCGGCAAACACCGCCCAACGCAGCCCCGGCAGAGTCTGACTTAAC
TTTATAGTCAACCCAAGAACAGAAGAAGATATGAAATTGTCAGCTTTACAAAGTTCAGTT
TGTCTGAAACGAAACAAAACTCTCAGTTTATACAAGTTTCTCCAATCTGTATATTTGATA
TATAAACGTTTCTGGTAATTTCTTGCATCTTTTGTTTCCTTAAGAAGATGGCTAGATGCC
TTGTTCCAATTGGAGTCTAAGCAAAAAAAAA

QA 3 513 3 513
DS 



AS 1 3

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CTTCAACTGATTCGCGCAATTTTGGACCTGTACCTTACAATCTCATCGAAGGAAAAGCTC
TTCTTCGTGTCTGGCCACCACGGTTCTTTGGGTCATTGAGGTGACGATCACAATCCGGCT
TGTTTCCCTTTCAGTTGTTTTTGCAGTAGGATGTGTGCAACTCCAGCGGTTTTATTGCAA
TGTTGATCATACTCATTAGAGTAATGTTATGTATCAATCGGATTTAGATAAAGCCACAGA
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TAAGATTCATTTTGTAAGATCTAAAAAGTTGGTGAGATTTTGGTTGATAATTGGCATTGA
GCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR1F886TF U 1
AF RR1AX07JQ C 88
AF RR1AX07TF U 88
BS 1 102 RR1F886TF
BS 103 103 RR1AX07TF
BS 104 569 RR1F886TF
BS 570 663 RR1AX07TF

RD RR1F886TF 569 0 0
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GCTCCGTCAGCGTTGTGGTTCCAAAAGGCCATGTTTGGATTCAGGGAGATAACTTGTATG
CTTCAACTGATTCGCGCAATTTTGGACCTGTACCTTACAATCTCATCGAAGGAAAAGCTC
TTCTTCGTGTCTGGCCACCACGGTTCTTTGGGTCATTGAGGTGACGATCACAATCCGGCT
TGTTTCCCTTTCAGTTGTTTTTGCAGTAGGATGTGTGCAACTCCAGCGGTTTTATTGCAA
TGTTGATCATACTCATTAGAGTAATGTTATGTATCAATCGGATTTAGATAAAGCCACAGA
AGTGGGATAAATATTAGAGGAAGCCATGG

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1AX07JQ 576 0 0
G
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TGGGTCATTGAGGTGACGATCACAATCCGGCTTGTTTCCCTTTCAGTTGTTTTTGCAGTA
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QA 2 576 2 576
DS 

RD RR1AX07TF 576 0 0
G
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TCCGACTGACCCGACTAGGATGGTGACGAAGAGGATCTTGGGTTTAGAAGGGCATAGACT
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TGGGTCATTGAGGTGACGATCACAATCCGGCTTGTTTCCCTTTCAGTTGTTTTTGCAGTA
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GACCTGACTTTGTTTTATACCTGAAGCTACGTTAAGATTCATTTTGTAAGATCTAAAAAG
TTGGTGAGATTTTGGTTGATAATTGGCATTGAGCC

QA 2 576 2 576
DS 



AS 1 3

CO CL3445Contig1 560 3 1 U
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ATAAGGGTATGGATACGGGTACGGGTAAGGATGTTGTTGGTGCGGTTGAGGTGGCAAATA
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BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1A679JQ U 1
AF RR1A679TF C 1
AF RR1FL34JQ U 1
BS 1 560 RR1A679JQ

RD RR1A679JQ 560 0 0
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QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1A679TF 560 0 0
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QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1FL34JQ 560 0 0
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CACAAATTAGAAATAAATCCTAATATAACTTAGGATTCGATCCGTTGGAGTGAAAAAGAG
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GCAGCTTGATGTGTTCTCATCATTGAAATAATGAGAATACTGATCACCACCATGGGGAGG
ATAAGGGTATGGATACGGGTACGGGTAAGGATGTTGTTGGTGCGGTTGAGGTGGCAAATA
GTTGACATCAGGAGGTGGTCGAGCGTACATCATCGGTTGAAACCGCTCGTTGCCCATGGC
TCGTTGCTGGTTCATAACCGCTGCTAAGTATTGTTGTTGTTGTTGCTACTGCTGCTGTTG
CAAGTAGGGATTTCCCGGCATTGAGTCTTGGCCGCCTCCGGCGCCACCATGGCCTTGGAA
ATATCCTGGAGGGGCTCCAC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 3

CO CL3446Contig1 1079 3 9 U
ATAATGAGAGCCCTTCCCCGAGAAGTCGATCCCGTTGTGTATAACATGCTGCACGAAGAC
CCTGGCAACATTAGCTACTCTGCTGTCGGAGGTTTAGGTGATCAAATCAGAGAACTCAGG
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CCTAAGGGAGTCCTTCTGTATGGACCTCCAGGGACAGGAAAAACTCTACTAGCTAGGGCT
ATTGCCAGCAACATCGATGCCAACTTCTTGAAGGTTGTGTCTAGTGCAATCATAGACAAA
TACATTGGAGAAAGTGCTAGGCTGATTCGGGAGATGTTTAACTATGCCCGTGAACACCAG
CCTTGTATCATTTTCATGGACGAAATCGATGCTATTGGTGGGCGTCGTTTTAGCGAGGGA
ACTAGTGCTGATCGTGAAATTCAAAGAACGCTCATGGAGTTACTCAACCAGCTTGATGGG
TTTGACAACCTCGGAAAGGTGAAAATGATAATGGCGACGAACAGGCCTGATGTGCTTGAT
CCTGCGCTTCTCCGTCCAGGTAGATTAGATAGAAAGATTGATATCCCTTTGCCAAATGAG
CAATCAAGAATGGATATCCTCAAGATCCATGCAGCTGGTATAGCCAAACATGGTGAAATT
GAGTACGAGGCTATTGTCAAACTTGCAGAGGGCTTCAATGGTGCTGATCTGCGTAACATA
TGCACGGAGGCTGGAATGTTTGCAATCCGAGCAGAGCGGGACTATGTGATCCAGGAAGAT
TTCATGAAGGCGGTGAGAAAGCTGAGCGAGGCCAAGAAACTTGAGTCGAGTTCACACTAC
AATGCAGATTTCGGAAAAGAGTGAGAGGAGGGATTAAGAAACTCTTGTCGTGTGAGCTAG
GGATAAAAGAAAGGACAGTGCAATGGCATGGAAGTTTCGTATTATTGTTTGTTCTTTGAC
TTTGGCAATGTGAAACTTTGTTTTACTTTTTTTCTGAGAAGCAGAGATTGTGGAGTGTGT
GCTTTTACTACCTTTTAATACTTTAAACGCTTCAATCATACACCAATTGGTCAAATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY20TF U 1
AF RR1CY20JQ C 317
AF RR1AM82TF U 588
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BS 681 681 RR1AM82TF
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QA 1 713 1 713
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QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1AM82TF 436 0 0
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TTGTGGAGTGTGTGCT

QA 1 436 1 436
DS 



AS 1 3

CO CL3447Contig1 690 3 9 U
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BQ
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AF RR1B118TF U 4
AF RR1AC10JQ C 1
AF RR1AC10TF U 1
BS 1 6 RR1AC10JQ
BS 7 157 RR1B118TF
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RD RR1B118TF 651 0 0
GGG
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ATTGTTACAAAAAAGAGTAATTATTAATACCTACTAATCAATCAAAAAATGAAGACCATT
CCGTTAATGTGCATCGCCTTCGTCATACTCTTGACATCGTTCCCGGCTACGATCAAGAGT
AACAAGCTCGCAGATGTTTGCAAAACAAGTCTTGATTTCTGCATGCGCGAAATTCCAAAA
AATAACCACCACAAAGCCAGATGTTGTGAACAACATACAGGAATACAAAGACCTCCATCA
AGATCATGTTACTGTATATTATCAAAAGATACAGCTAGTTTTTTTCGTCTTGCCAAACTT
TTCAATTTATGTGGAAAAGCTGTTTTGAATGATCCTAACCCGTGTTAATGATGCGAGCGT
AAGATAGCCAACCAACCAAACCCCAAGAATCTTCAAACCAAATTGGAGATATTTTATCGT
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TGTTTATGTTCACAAACCATCTCTCTCCCATTTTTATCTTCCTCGTTTGAATTACAGTTC
AATATCTGTATTTGTTTTTTTTTAATGTATTTTCCTAAATAAAACTGA

QA 4 651 4 651
DS 

RD RR1AC10JQ 690 0 0
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ATCAATATTGTTACAAAAAAGAGTAATTATTAATACCTACTAATCAATCAAAAAATGAAG
ACCATTCCGTTAATGTGCATCGCCTTCGTCATACTCTCGACATCGTTCCCGGCTACGATC
AAGAGTAACAAGCTCGCAGATGTTTGCAAAACAAGTCTTGATTTCTGCATGCGCGAAATT
CCAAAAAATAACCACCACAAAGCCAGATGTTGTGAACAACATACAGGAATACAAAGACCT
CCATCAAGATCATGTTACTGTATATTATCAAAAGATACAGCTAGTTTTTTTCGTCTTGCC
AAACTTTTCAATTTATGTGGAAAAGCTGTTTTGAATGATCCTAACCCGTGTTAATGATGC
GAGCGTAAGATAGCCAACCAACCAAACCCCAAGAATCTTCAAACCAAATTGGAGATATTT
TATCGTCAGTTATTTCCTAATTTTGTTTTAATCAAGTTATTGTTTAATAGGAGAGATTAT
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TCACCGACCCATGAATACACCACTCTCCACCCCAATGAGGCTTTGATTTCATTCAAAGCT
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GAATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

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AF RR1EK73TF C 655
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GGATCGTCACCGACCCATGAATACACCACTCTCCACCCCAATGAGGCTTTGATTTCATTC
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AAGTGTGAATCC

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DS 



AS 1 3

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CTTCATCTCTTAAACTTTATTGACTGTCGACTGTGTCCCAAAAAGCAAGAGAAGCTAGTA
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GCAACTTGTGTTGTGACTTGTGAGTGAGTGTTATGTTAGATCGGGCACACTAAATGTATT
TTTGTGTATGTTTGAAATAAAAAAAGTTGCAATGAA


BQ
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AF RR1BT11TF U 1
AF RR1BT11JQ C 199
AF RR1DI34TF U 715
BS 1 693 RR1BT11TF
BS 694 715 RR1BT11JQ
BS 716 934 RR1DI34TF
BS 935 936 RR1BT11JQ

RD RR1BT11TF 693 0 0
GCATCACCAAGCAATGGCAACCTCCAAGATGTGTTTGACCCCTTCCAGTCTCTGAGGGAG
ACGAAGAAGATCTCTCCAGCCATGGACTCCCTGCAAGGTTACTACGGTCTGAAACCAACA
AGCAGGAGAGCTTCTGAAGCTTCTCATCTCCAAGACAATGATCAGTACCTCAAACCGTTC
CCAGCCACCAGTACTCCTTTAAACCAACACAGAAAATCCAGAAGCTTGGTTGATGCAGTT
ATCGCCGAGGTCAACAAATCATCATCCAACGGGTACAACAAGGAAGTGAATTCTGCTGAT
AAGCCAATCAGAAGACGCCAAAAATCTGAAGCTGATTTCAGTTCGAGGACCCCAGAACTG
CTTCTGAAGAAGGAGAGCAGAAGCAGCAGTGGCGTGTTTTCTGCAATAGCCGGGAAAGGT
TTAGCACTTAGACCCAAAGCAGCAGCGAGCAGAACTAACTCGCCAGCAGATACTAATGGT
AATTCCAAACCAGTACCAGTCAATCTGATGGATGCTCCTTTGGGAGACAGCTTCTCAAGC
GTGAGGAAATCGTTTAGCGCCTCTATTCTGCAAGAACCGGTCAACAAGGGTGGTTCATCA
TCATCATCGCTATGGACACTGAAAGCAGATTTGCTCCAACAAGCAGCCATGGCAAGGTCT
ATCTTTGACGGATTGCCTAAGCCTCTAACTGGT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1BT11JQ 738 0 0
TTAAACCAACACAGAAAATCCAGAAGCTTGGTTGATGCAGTTATCGCCGAGGTCAACAAA
TCATCATCCAACGGGTACAACAAGGAAGTGAATTCTGCTGATAAGCCAATCAGAAGACGC
CAAAAATCTGAAGCTGATTTCAGTTCGAGGACCCCAGAACTGCTTCTGAAGAAGGAGAGC
AGAAGCAGCAGTGGCGTGTTTTCTGCAATAGCCGGGAAAGGTTTAGCACTTAGACCCAAA
GCAGCAGCGAGCAGAACTAACTCGCCAGCAGATACTAATGGTAATTCCAAACCAGTACCA
GTCAATCTGATGGATGCTCCTTTGGGAGACAGCTTCTCAAGCGTGAGGAAATCGTTTAGC
GCCTCTATTCTGCAAGAACCGGTCAACAAGGGTGGTTCATCATCATCATCGCTATGGACA
CTGAAAGCAGATTTGCTCCAACAAGCAGCCATGGCAAGGTCTATCTTTGACGGATTGCCT
AAGCCTCTAACTGGTCGGAGAAACAAAAAGGCTATGTAGCTTCTTCATCTCTTAAACTTT
ATTGACTGTCGACTGTGTCCCAAAAAGCAAGAGAAGCTAGTAGGTAAAATTACAAGTAGA
GTGTACATTGCACTGCATTGCATTTAATTTAAAAACAATAATGCAACTTGTGTTGTGACT
TGTGAGTGAGTGTTATGTTAGATCGGGCACACTAAATGTATTTTTGTGTATGTTTGAAAT
AAAAAA*GTTGCAATGAA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1DI34TF 220 0 0
G
AGCTTCTTCATCTCTTAAACTTTATTGACTGTCGACTGTGTCCCAAAAAGCAAGAGAAGC
TAGTAGGTAAAATTACAAGTAGAGTGTACATTGCACTGCATTGCATTTAATTTAAAAACA
ATAATGCAACTTGTGTTGTGACTTGTGAGTGAGTGTTATGTTAGATCGGGCACACTAAAT
GTATTTTTGTGTATGTTTGAAATAAAAAAAGTTGCAATG

QA 2 220 2 220
DS 



AS 1 2

CO CL3450Contig1 826 2 23 U
TAACATCACTGACGTCACTATAACAGCTCCCGGCGATAGCCCCAACACCGACGGGTGAAA
GTTCGGGTTCTGTAGCAACATTAACATCTCCAACACACACATTGGTACCGGAGACGACTG
TATCGCCATCCTTTCCGGAACCACAAACATGGATATCTCTAATGCCAACTGTGGTCCCGG
ACATGGGATCAGTGTCGGAAGCTTAGGGAAAAACAAAGAAGAGAAGGACGTTAATGGCTT
AACCGTAAGAGACATAGTATTTAACGGCACAAGCGATGGTATTCGAATCAAGACTTGGGA
ATCTTCAGCTTCCAAGATCTTGGTCTCTAACTTCGTGTACGAGAATATTCAAATGATTAA
CGTTGGAAACCCTATCATTATCGACCAGAAGTATTGTCCTCACCCACCCTGTGAAAAGAA
GGGAGAGTCACACGTTCAAATCCAGGACCTTAAGTTAAAGAACATATATGGAACATCGAC
AAACAAATTGGCGGTGAATCTTAAATGTAGCAAGAGCTTTCCATGCAAGAATATTGAGCT
AACTGACATTAACATAGAGCATAAGGGAGTCAAGGGTGGTCCTTCCACAGCCATATGTGA
GAATGTTGACAGTTCCGCACGCGGAAAGATGGTTCCTCAGCAATGTCTGAACTGAATCAA
CGACCCATGGGAACAGTGACCGTGTGTAGTAACTACAATTTTATATTTTCTGATGTTTTT
GTATAATTTCCTAAATGCTGTGTAATTGCTTCTCCATCTTTCTTCTTTCCGCTAGTTTAT
GAAAGTTTTTGATTGATGAAATAAAGAAGTGAATACACTTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C471JQ C 1
AF RR1F038TF U 5
BS 1 5 RR1C471JQ
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BS 806 826 RR1C471JQ

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CGTTGGAAACCCTATCATTATCGACCAGAAGTATTGTCCTCACCCACCCTGTGAAAAGAA
GGGAGAGTCACACGTTCAAATCCAGGACCTTAAGTTAAAGAACATATATGGAACATCGAC
AAACAAATTGGCGGTGAATCTTAAATGTAGCAAGAGCTTTCCATGCAAGAATGTTGAGCT
AAGTGACATTAACATAGAGCATAAGGGAGTCAAGGGTGGTCCTTCCACAGCCATATGTGA
GAATGTTGACGGTTCCGCACGCGGAAAGATGGTTCCTCAGCAATGTCTGAACTGAATCAA
CGACCCATGGGAACAGTGACCGTGTGTAGTAACTATAATTTTATATTTTCTGATGTTTTT
GTATAATTTCCTAAATGCTGTGTATTTGCTTCTCCATCTTTCTTCTTTCCGCTAGTTTAT
GAAAGTTTTTGATTGATGAAATAAAGAAGTGAATACACTTTTGTTT

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR1F038TF 803 0 0
G
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GGTTCTGTAGCAACATTAACATCTCCAACACACACATTGGTACCGGAGACGACTGTATCG
CCATCCTTTCCGGAACCACAAACATGGATATCTCTAATGCCAACTGTGGTCCCGGACATG
GGATCAGTGTCGGGAGCTTAGGGAAAAACAAAGAAGAGAAGGACGTTAATGGCTTAACCG
TAAGAGACATAGTATTTAACGGCACAAGCGATGGTATTCGAATCAAGACTTGGGAATCTT
CAGCTTCCAAGATCTTGGTCTCTAACTTCGTGTACGAGAATATTCAAATGATTAACGTTG
GAAACCCTATCATTATCGACCAGAAGTATTGTCCTCACCCACCCTGTGAAAAGAAGGGAG
AGTCACACGTTCAAATCCAGGACCTTAAGTTAAAGAACATATATGGAACATCGACAAACA
AATTGGCGGTGAATCTTCAATGTAGCAAGAGCTTTCCATGCAAGAGTATTGAGCTAACTG
ACATTAACATAGAGCATAAGGGAGTCAATGGTGGTCCTTCCACTGCCGTATGTGAGAATG
TTGACAGTTCCGCACGCGGAAAGATGGTTCCTCAGCAATGTCTGAACTGAATCAACGACC
CATGGGAACAGTGACCGTGTGTAGTAACTACTATTTTATATTTTCTGATGTTTTTGTATA
ATTTCCTAAATGCTGTGTAATTGCTTCTCCATCTTTCTTCTTTCTGCTAGTTTATGAAAG
TTTT*GATTGATGAAATAAA
AA

QA 2 801 2 801
DS 



AS 1 3

CO CL3451Contig1 859 3 4 U
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ACCTATGCGGATGGGAAGACCACAATGTCGGTTTACGAGAGAAAAACCAGTATTAAAGAT
TTCTATGCTGTGATATTTCCATCGCTGTTGCAACTAGAAAGGGGCATCACAGACGTGGAT
GACCGCAAACAGAAAGAGGTCTGCAAAGTAAGGTACAGGAACAAAGAGGAGATGGAAAGA
GTAAAGCTCTCGGAGATTGACGTGGAGAGAGACGAAGAGTGTGGTATATGTATGGAGATG
AACAGCATGGTTGTTCTTCCCAACTGTACGCATTCTTTATGCATCAAGTGTTACCGTGAC
TGGCATGGGAGGTCAGAGTCATGCCCTTTCTGCAGGGACAGTCTGAAGAGAGTGAACTCA
GGGGACCTGTGGATGTTGATGGAGAAATCAGATACGGTCAGTCTCCATACAGTGGAGAGG
GAGAATAAGAAGAGGCTGTTTGTGTACATAGAGAAGCTACCTCTAGTGGTTCCAGATCAA
GTGTTTGCTTCTTCTCCTTACGATTGCCATGTCAAGTGAGTAAGATTAATAAGAAGAAGA
AGAAGAGCTTTTTATAAAAGGCTAAACCGGTTCTGGTAAACCTTTATATGAATGTATATA
TAATGTTTTTAGAGTAGTAGTAAGTAAGTAATAATAATAATATAGTAACCATTCTCTTGG
GGAAGTCCATTTCTACTTGCTTGTCTGTTTTTTTTCAAAATGTGCATTTGGCTTTTGGTT
CCCAAACTGTGTTATTTTCCGCTGTGTAGTAAATTCACGACTCTAAAACCCTCTTCTTTG
TGAAGTGGCTTTCAATCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C505TF U 1
AF RR1C505JQ C 39
AF RR1GN71TF U 537
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BS 755 757 RR1GN71TF
BS 758 775 RR1C505TF
BS 776 859 RR1GN71TF

RD RR1C505TF 775 0 0
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GGGGACCTGTGGATGTTGATGGAGAAATCAGATACGGTCAGTCTCCATACAGTGGAGAGG
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TAATGTTTTTAGAGTAGTAGTAAGTAAGTAATAATAATAATATAGTAACCATTCTCTTGG
GGAAGTCCATTTCTACTTGCTTGTCTGTTTTTTTC**AAATGTGCATTTGGCTTT

QA 1 775 1 775
DS 

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GTGTGGTATATGTATGGAGATGAACAGCATGGTTGTTCTTCCCAACTGTACGCATTCTTT
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CAGTCTCCATACAGTGGAGAGGGAGAATAAGAAGAGGCTGTTTGTGTACATAGAGAAGCT
ACCTCTAGTGGTTCCAGATCAAGTGTTTGCTTTTTCTCCTTACGATTGCCATGTCAAGTG
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AACCTTTATATGAATGTATATATAATGTTTTTAGAGTAGTAGTAAGTAAGTAATAATAAT
AATATAGTAACCATTCTCTTGGGGAAGTCCATTTCTACTTGCTTGTCTGTTTTTTTTCAA
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GACTC
C

QA 1 785 1 785
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G
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AGAAGAAGAGCTTTTTATAAAAGGCTAAACCGGTTCTGGTAAACCTTTATATGAATGTAT
ATATAATGTTTTTAGAGTAGTAGTAAGTAAGTAATAATAATAATATAGTAACCATTCTCT
TGGGGAAGTCCATTTCTACTTGCTTGTCTGTTTTTTTTCAAAATGTGCATTTGGCTTTTG
GTTCCCAAACTGTGTTATTTTCCGCTGTGTAGTAAATTCACGACTCTAAAACCCTCTTCT
TTGTGAAGTGGCTTTCAATCAT

QA 2 323 2 323
DS 



AS 1 3

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CTCATGTTACCGTCCACCTGATCATTTCAAGATCACGAAAAGCGACTTCATCGAGCTGGC
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CAACCTCCGTGATGGACGCGAAGAAGCAGCGATGGTCATCTTCGGAGCCATCGACGAGCT
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GTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1D985TF U 1
AF RR1CG89TF U 7
AF RR1F183TF U 7
BS 1 718 RR1D985TF
BS 719 783 RR1F183TF

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TCTCCTTCTCTTCATCTTTGTTTCTCGGTTCCTCCCACTCTTGGTTTATCCTCTATCCAT
CTTCTTGCTTCTTCTCCTTTACCACTTCCTCACTCCTTCCTCTGTTTTCCTTCTTGATTT
CTCATGTTACCGTCCACCTGATCATTTCAAGATCACGAAAAGCGACTTCATCGAGCTGGC
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DS 

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TCTTCATCTTTGTTTCTCGGTTCCTCCCACTCTTGGTTTATCCTCTATCCATCTTCTTGC
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CCACGCCTTCTCTCTCGGCGATGGTGATCAACCACTACAAGCTGAGCACAACACGGAGAG
CTACA
CC

QA 3 667 3 667
DS 

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GG
GAAGCAAAATGAAAAAAGAGGTAACAAAGATGATGAATGGTGGTGGAGTTGAGTCAAAAC
CACCCAAAGGCTTTCCTGATTTCCTCGACTCTGTGAATTTGAAATACCTGAAGCTTGGCT
ACATTTACTTGCTCTCTCTTTCCAACACCTTCTGCTTCTTTCTTCCTCCTCTTCTCCTTC
TCTTCATCTTTGTTTCTCGGTTCCTCCCACTCTTGGTTTATCCTCTATCCATCTTCTTGC
TTCTTCTCCTTTACCACTTCCTCACTCCTTCCTCTGTTTTCCTTCTTGATTTCTCATGTT
ACCGTCCACCTGATCATTTCAAGATCACGAAAAGCGACTTCATCGAGCTGGCAATGAAGT
CTGGCAACTTCAACGAGACTTCCATCGAGCTCCAAAGAAAAGTTTTGGAGCAATCAGGCA
TAGGAGAGGAGAGCTACATGCCGAGAGTGGTCTTCAAGCCTGGTCACAAACTCAACCTCC
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CTACAACCTCGGTGGTATGGGGTGCGGCGCTGGAATCATAGCGGTTGATTTAGCCAAAGA
TCTTTTGAACGCTCATCGAGGCTCGTACGCTTTGGTGGTGAGCACGGAGATAGTG

QA 3 777 3 777
DS 



AS 1 3

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AATCGATGGCGAGAAAAAGGATACTGGCTGAAATGGGATATGAATTCACTGTCGTGACAG
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ATCCTCAACCTACCTTATTGATTACTTCTGACACTGTTGTTGTGTACAAAGGTGTCATTA
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TTATGATGATGATCTTTAATCCACTTTTGGTATACAAAGATTGAAATTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G431TF U 1
AF RR1B722TF U 63
AF RR1G431JQ C 73
BS 1 625 RR1G431TF
BS 626 626 RR1B722TF
BS 627 671 RR1G431TF
BS 672 672 RR1B722TF
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BS 731 731 RR1G431JQ
BS 732 831 RR1B722TF

RD RR1G431TF 702 0 0
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AATCGATGGCGAGAAAAAGGATACTGGCTGAAATGGGATATGAATTCACTGTCGTGACAG
CAGACATTGATGAGAAAGCAATCAGGAGAGAGAATCCTGAAGAATTGGTGGTAGCTATCG
CTCAAGCTAAGGCAGATGAGATAATATCGAAATTGGGAGGTCAAAGTCAGTTTGCTCAGG
ATCCTCAACCTACCTTATTGATTACTTCTGACACTGTTGTTGTGTACAAAGGTGTCATTA
GAGAAAAACCAACCACCAAGGATGAAGCTCGTCAATTTATCAAAGGCTATTCCGGGTCAC
ACGGAGGCGTTGTGGGCTCTGTTTTAGTAAGCAACTTGAAAACTGGTGTTCAAAGAATTG
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CACCCTTTATCGATACCGTGGTGGGGAGGAGTTGATACAGTCATGGGACTTCCTAAAGAC
CTCACCGAAAA*TTCATCAGCGATGTATTGTAGCTCA
CCCCT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1B722TF 769 0 0
GGGG
GGGGGGAGACGAGGATGGCGATGAAGAGAGGATTCAAGATGATTCTGGGATCTCAATCAA
TGGCGAGAAAAAGGATACTGGCTGAAATGGGATATGAATTCACTGTCGTGACAGCAGACA
TTGATGAGAAAGCAATCAGGAGAGAGAATCCTGAAGAATTGGTCGTAGCTATCGCTCAAG
CTAAGGCAGATGAGATAATATCGAAATTGGGAGGTCAAAGTCAGTTTGCTCAGGATCCTC
AACCTACCTTATTGATTACTTCTGACACTGTTGTTGTGTACAAAGGTGTCATTAGAGAAA
AACCAACCACCAAGGATGAAGCTCGTCAATTTATCAAAGGCTATTCCGGGTCACACGGAG
GCGTTGTGGGCTCTGTTTTAGTAAGCAACTTGAAAACTGGTGTTCAAAGAATTGGATGGG
ACAAAGCTGAGGTTTATTTCCATGAGATACCAGAAAAAGTTATAGACGATCTTATTGATG
ATGCGGTAACATACAAAGTTGCTGGAGGTTTAATGCTGGAGCATCCCCTCATTGCACCCT
TTATCGATACCGTGGTGGG*AGGAGTTGATACAGTCATGGGACTTCCTAAAGACCTCACC
GAAAAATTCATCAGCGATGTATTGTAGCTCAACCCCCTCCCCCTTTGAAGATTCCTCATG
TAGG*AAGGCTTAGAACCGATATACTCTGAGATTCTTATTGCAACATTTAAATATTATGA
TGATGATCTTTAATCCACTTTTGGTATACAAAGATTGAAATTCCT

QA 5 769 5 769
DS 

RD RR1G431JQ 730 0 0
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GAAAAAGGATACTGGCTGAAATGGGATATGAATTCACTGTCGTGACAGCAGACATTGATG
AGAAAGCAATCAGGAGAGAGAATCCTGAAGAATTGGTGGTAGCTATCGCTCAAGCTAAGG
CAGATGAGATAATATCGAAATTGGGAGGTCAAAGTCAGTTTGCTCAGGATCCTCAACCTA
CCTTATTGATTACTTCTGACACTGTTGTTGTGTACAAAGGTGTCATTAGAGAAAAACCAA
CCACCAAGGATGAAGCTCGTCAATTTATCAAAGGCTATTCCGGGTCACACGGAGGCGTTG
TGGGCTCTGTTTTAGTAAGCAACTTGAAAACTGGTGTTCAAAGAATTGGATGGGACAAAG
CTGAGGTTTATTTCCATGAGATACCAGAAAAAGTTATAGACGATCTTATTGATGATGCGG
TAACATACAAAGTTGCTGGAGGTTTAATGCTGGAGCATCCCCTCATTGCACCCTTTATCG
ATACCGTGGTGGG*AGGAGTTGATACAGTCATGGGACTTCCTAAAGACCTCACCGAAAAA
TTCATCAGCGATGTATTGTAGCTCAACCCCCTCCCCCTTTGAAGATTCCTCATGTAGGGA
AGGCTTAGA*CCGATATACTCTGAGATTCTTATTGCAACATTTAAATATTATGATGATGA
TCTTTAATC
T

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

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AACACAATGAAAGGAGTCTTTAAGAGGGTAGATAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACC
TCTCTTGCTCTGTGGGGAACCAACCTTGGATCAAATCACAAGCAGTCCAAACCACATATC
TCGAGAATAGGACCACCTTTAGCCACAAACGGGTTAACCCTTACCCAAAGAAGTGTAAGA
ATAGAAGCCAGGAGAATAGACCAGACGACAATAATGGTCGGCATTCTATCTTGTTTCCCT
AGCAAACCTTTAAGGAAAGGGTAAAGATGAATAACCACCCAAAGTGCAAAGAACAACCTT
CCAAAAAGCGGTCCCCATGAGTCATATCCATTGCTTATAGCATCAGAGATTCCGACCACG
ATTCCGATGACGTTTATGATAAGAAGAGTCGTGGGAGGGATGAGAAGTGAAGTCCATTTG
AAGAGGTAAAGGTCTGAGAACTCTCCATCATCAGCTGCCTTTGACGTGACCGTGAAGTTA
GTGTCCACACCAGCGAGAACCTTGAGAAGACCTTGGAAGAGAGCAAAGAGATGAGCAGAG
ACACCTCCAATGACCCAAAACTGTTCATTTCTCCACCAGTCATCGATCCCAACTTTGCCC
CATTGCATCTCCAGAACACCAGTTACTGCAATGGACGAGAAGAGTGCCATGAAGAGGATA
CTCGCATAGTTGCTTATCTCTGGAACAATGAATTTGCCTGTGAGAAGACAGATGGCTGGG
AGGGAACAGTAGACAATGAGAGGGAGAGAGGTCCATGGGTAAACCACAGAGTTGATGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FW01JQ U 1
AF RR1C388TF C 201
BS 1 440 RR1FW01JQ
BS 441 441 RR1C388TF
BS 442 787 RR1FW01JQ
BS 788 840 RR1C388TF

RD RR1FW01JQ 787 0 0
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TCTCTTGCTCTGTGGGGAACCAACCTTGGATCAAATCACAAGCAGTCCAAACCACATATC
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ATAGAAGCCAGGAGAATAGACCAGACGACAATAATGGTCGGCATTCTATCTTGTTTCCCT
AGCAAACCTTTAAGGAAAGGGTAAAGATGAATAACCACCCAAAGTGCAAAGAACAACCTT
CCAAAAAGCGGTCCCCATGAGTCATATCCATTGCTTATAGCATCAGAGATTCCGACCACG
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GTGTCCACACCAGCGAGAACCTTGAGAAGACCTTGGAAGAGAGCAAAGAGATGAGCAGAG
ACACCTCCAATGACCCAAAACTGTTCATTTCTCCACCAGTCATCGATCCCAACTTTGCCC
CATTGCATCTCCAGAACACCAGTTACTGCAATGGACGAGAAGAGTGCCATGAAGAGGATA
CTCGCATAGTTGCTTATCTCTGGAACAATGAATTTGCCTGTGAGAAGACAGATGGCTGGG
AGGGAAC

QA 1 787 1 787
DS 

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GTCATATCCATTGCTTATAGCATCAGAGATTCCGACCACGATTCCGATGACGTTTATGAT
AAGAAGAGTCGTGGGAGGGATGAGAAGTGAAGTCCATTTGAAGAGGTAAAGGTCTGAGAA
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CTGTTCATTTCTCCACCAGTCATCGATCCCAACTTTGCCCCATTGCATCTCCAGAACACC
AGTTACTGCAATGGACGAGAAGAGTGCCATGAAGAGGATACTCGCATAGTTGCTTATCTC
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AGGGAGAGAGGTCCATGGGTAAACCACAGAGTTGATGTAC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 3

CO CL3455Contig1 834 3 7 U
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ACAGAGGCTTTTTGTTTGTAATATATTCGATCTTAGATCGATCTTCTTATTCCGGTTAGC
GGATTTCTCTTCCCTAGGGGATTTTGTACTTCGCTTTGGCGATAATTCCGGTTAGCGGAA
TAAAATATTCGGCTCTGTCTGATCAAATCTTCCGTTTACGGGATTTGATTTCGACTTAGT
CCGATCTCTTTTTGTTGTGTCTTAGCTCTCCTCCTTCTGTTCTTCATTCCTATTTCACCT
GTTCTTAAGGGTTAATTTTCTTATTATTAGCATGCTCAACTCTTGATTCAGATTTGGAAT
AAATCTTCGCAGATAAAGAATGTGGAGTTTCCATGATGATCAAGATAGAGAGTCAGAAGA
TGCTAGTGGGATTTGAAGCAGAAATAGAAGAGTTGGAGTTGTCATACGACAAACGTTCCG
ACAATGTTCTGTCTCAATCTTATTGAAGTCTCTTCGTTGGAGTTAACCCTAATATTGGAG
ATGAAATCCTTGTTTGAACAGATGACGATTGAAGGAGATCGGAGCAAACAAGCAGTTCAA
GTGGAGTCAGAGATGATGAACGGAGTTGATCGGCAAAGTTCCCGCGACGTTTTCTTTCTC
TGTTCAAGAAAGAGGTTGCGTCCAAAAAGCAAACACGTAGTGCACACGTGTTAGGTTTAT
GTTTCATCATTATCTTTTAATCTTGGACTCACTTCGGGCTGATTGTATAATTTAGAATCC
TTGAACTACTTGTATGGCCCATTGGGCATGGTTTTAATAAAACCAAAAGATGAC


BQ
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AF RR1DD43TF U 25
AF RR1DD43JQ C 257
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TAAAATATTCGGCTCTGTCTGATCAAATCTTCCGTTTACGGGATTTGATTTCGACTTAGT
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GTTCTTAAGGGTTAATTTTCTTATTATTAGCATGCTCAACTCTTGATTCAGATTTGGAAT
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GG
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TACTTCGCTTTGGCGATAATTCCGGTTAGCGGAATAAAATATTCGGCTCTGTCTGATCAA
ATCTTCCGTTTACGGGATTTGATTTCGACTTAGTCCGATCTCTTTTTGTTGTGTCTTAGC
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TTAGCATGCTCAACTCTTGATTCAGATTTGGAATAAATCTTCGCAGATAAAGAATGTGGA
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ATCTTATTGAAGTCTCTTCGTTGGAGTTAACCCTAATATTGGAGATGAAATCCTTGTTTG
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TTAATCTTGGACTCACTTCGGGCTGATTGTATAATTTAGAATCCTTGAACTACTTGTATG
GCCCATTGGGCATGGTTTTAATAAAACCAAAAGATGAC

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DS 



AS 1 3

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TGAACAAATGAATATATCTCGTGTTGTGCTGT


BQ
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AF RR1CQ70TF U 1
AF RR1CQ70JQ C 523
AF RR1A439TF U 579
BS 1 643 RR1CQ70TF
BS 644 1204 RR1A439TF
BS 1205 1205 RR1CQ70JQ
BS 1206 1267 RR1A439TF
BS 1268 1268 RR1CQ70JQ
BS 1269 1290 RR1A439TF
BS 1291 1292 RR1CQ70JQ

RD RR1CQ70TF 643 0 0
GGATCGAAAGAGGCTGAGAGGGGACGACGACCGGTGGACTCTGCAGCACCGCCGCTCCTC
GGGAACAATCGGAATTTTACAACGACTTGAGTGAAATCCAAAACATCACCCGCGTACAGA
CAAAACCTATATCGGATTGGATTTAGAGTGTGGGGAGAAGAGCAAAGTTCTTCCGAAAAT
GGAGTGACGACGCCGTCGTTTGATTCTTGTAGATCCGCCACACACAGGTTTGCACCTTTA
TATATTATTTAGCCGTGATGGAAGCAGACAACGGAGGGAACAATTCTAGTCATGCTTCCA
AACAACGTTTGCGTTGGACCCATGAGCTTCATGAACGCTTCGTTGATTCCGTTGCTCAAC
TTGGTGGCCCTGATAGAGCTACACCTAAAGGCGTTCTTAGAGTGATGGGTGTTCAAGGGT
TAACTATTTATCATGTCAAGAGTCACTTACAGAAATATCGACTTGCAAAGTATCTGCCAG
ATTCGTCCTCTGAAGGGAAGAAAACTGATAAGAAAGAATCTGGGGATGTGCTCTCTGGGT
TGGACGGTTCATCGGGAATGCAGATAACTGAAGCCCTTAAGCTGCAGATGGAAGTTCAGA
AACGATTGCACGAGCAACTAGAAGTGCAAAGACAGCTCCAACT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1CQ70JQ 770 0 0
GGGATGTGCTCTCTGGGTTGGACGGTTCATCGGGAATGCAGATAACTGAAGCCCTTAAGC
TGCAGATGGAAGTTCAGAAACGATTGCACGAGCAACTAGAAGTGCAAAGACAGCTCCAAC
TACGGATAGAAGCACAAGGGAAGTACTTGAAGAAGATAATTGAAGAGCAACAACGACTCA
GTGGAGCTCTTGGCGAGCCCTCCTCAGGCCCAGTAACAGGTGAATCAGATCCTGCCACAC
CTGCCCCAACATCTGAGTCTCCCCTACAAGATAAATCTGGCAAGGAGTGTGGACCAGACA
AAAGCCTTTCAGTTGACGAATCTCTTTCATCTTACCGGGAGCCATTGACACCAGACTCAG
GGTGTAACCTTGGGTCTCAAGACGAGAGCGCAGGAGAAGAGAGATCATCAAAGAGGCCTA
GATTGGTGAGAGGAGGTGCAGCTGGTTATACACAGGAGATGGTAGTGGCGCACCCAATAC
TAGAATCAGGCTTGAACGCTTCTTACCATCAGTCAGACCATGCTCTTGGCTTTGACCGTC
CCTCTACATCACTGCTTGGGGCTGAAAATGGATTGGACAAGGTTTCAGGAGACGATCTAT
GAGTTGTGTGTATCAGGTGGCATCTGTAGTTGAGTGTATCACATGTAGTTTTGCTTGTCT
ATCCTTATTCCTAATAGTTAGGAGTTTCCTCTTAGTGAGGTGATCACAACTCTCTAATTA
TAGACACTGCCACTAGCATGAACAAATGAATATATCTCGTGTTGTGCTGT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1A439TF 712 0 0
G
AGCTGCAGATGGAAGTTCAGAAACGATTGCACGAGCAACTAGAAGTGCAAAGACAGCTCC
AACTACGGATAGAAGCACAAGGGAAGTACTTGAAGAAGATAATTGAAGAGCAACAACGAC
TCAGTGGAGCTCTTGGCGAGCCCTCCTCAGGCCCAGTAACAGGTGAATCAGATCCTGCCA
CACCTGCCCCAACATCTGAGTCTCCCCTACAAGATAAATCTGGCAAGGAGTGTGGACCAG
ACAAAAGCCTTTCAGTTGACGAACCTCTTTCATCTTACCGGGAGCCATTGACACCAGACT
CAGGGTGTAACCTTGGGTCTCAAGACGAGAGCGCAGGAGAAGAGAGATCATCAAAGAGGC
CTAGATTGGTGAGAGGAGGTGCAGCTGGTTATACACAGGAGATGGTAGTGGCGCACCCAA
TACTAGAATCAGGCTTGAACACTTCTTACCATCAGTCAGACCATGCTCTTGGCTTTGACC
GTCCCTCTACATCACTGCTTGGGGCTGAAAATGGATTGGACAAGGTTTCAGGAGACGATC
TATGAGTTGTGTGTATCAGGTGGCATCTGTAGTTGAGTGTATCACATGTAGTTTTGCTTG
TCTATCCTTATTCCTAATAGTTAGGGGTTTCCTCTTAGTGAGGTGATCACAACTCTCTAA
TTATAGACACTGCCACTAGCATGAACAA*TGAATATATCTCGTGTTGTGCT

QA 2 712 2 712
DS 



AS 1 3

CO CL3457Contig1 700 3 13 U
GGATCCCAAAAGACTAGCACATTAAAAGAAACACATACTAGTTAGAAAGATAGAGAGAAA
GAGATGGCTAATAGTGTAGAACAAGACTTATTGTATTCATCCTTTGTAGACGCAAGAATC
TCATTTTCCAATGACTTTGCAGACAGTGATCATCTGAAGCTTCATCAGACAATTTCATCA
AGACATGACCAGATGAAGTACAAGGAAGCTCCTGTCTCATCTGATTTCAAATTCAATGTC
GAAAATTACGGTTTCCTTTCTGCTGCTGATGAGATCTTCTTTGGTGGAGTTTTGTTGCCA
CTGGAGAAGACTCAGAGGAAAGCAACCACACTGAGAGAAGAGCTAAGTGTTCAAGATTCT
GACCGTACGAACTCAAAAGGGTCTCGTAATTGGTGGAAACTAGGTCTCAGTAAACCCAAG
AAAATTCACTCCAATAACAGCAGCAACAACAACAACA***GTTTCAATCTTCCCCACAAA
TCTCAGAATTGTCTTGCAAGTATATTGGAATCTGACGACTGAAAGATGGACTCTAGTAAA
ATCTCAGCTAATTACGGCGACCTAGACTTCTAATGCTAATGACAAAAATAAATTATTTCC
GATTTTTTTTAATTGATCTTGTTTTACTTTGAGTTCTCGACTTATCTCTTGTTATTATGT
AGTTTTCCTTTATTTATGACCACATGAGCAATGTTATGCA


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG73TF U 1
AF RR1CO49JQ C 4
AF RR1CO49TF U 4
BS 1 55 RR1FG73TF
BS 56 56 RR1CO49TF
BS 57 88 RR1FG73TF
BS 89 89 RR1CO49TF
BS 90 323 RR1FG73TF
BS 324 324 RR1CO49TF
BS 325 434 RR1FG73TF
BS 435 435 RR1CO49TF
BS 436 457 RR1FG73TF
BS 458 460 RR1CO49TF
BS 461 609 RR1FG73TF
BS 610 610 RR1CO49TF
BS 611 700 RR1FG73TF

RD RR1FG73TF 700 0 0
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GAGATGGCTAATAGTGTAGAACAAGACTCATTGTATTCATCCTTTGTAGACGCAAGAATC
TCATTTTCCAATGACTTTGCAGACAGTGATCATCTGAAGCTTCATCAGACAATTTCATCA
AGACATGACCAGATGAAGTACAAGGAAGCTCCTGTCTCATCTGATTTCAAATTCAATGTC
GAAAATTACGGTTTCCTTTCTGCTGCTGATGAGATCTTCTTTGGTGGAGTTTTGTTGCCA
CTGGAGAAGACTCAGAGGAAAGCGACCACACTGAGAGAAGAGCTAAGTGTTCAAGATTCT
GACCGTACGAACTCAAAAGGGTCTCGTAATTGGTGGAAACTAGGTCTCAGTAAACCCAAG
AAAATTCACTCCAAGAACAGCAGCAACAACAACAACAACAGTTTCAATCTTCCCCACAAA
TCTCAGAATTGTCTTGCAAGTATATTGGAATCTGACGACTGAAAGATGGACTCTAGTAAA
ATCTCAGCTAATTACGGCGACCTAGACTTCTAATGCTAATGACAAAAATAAATTATTTCC
GATTTTTTT*AATTGATCTTGTTTTACTTTGAGTTCTCGACTTATCTCTTGTTATTATGT
AGTTTTCCTTTATTTATGACCACATGAGCAATGTTATGCA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1CO49JQ 681 0 0
GG
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TTCCAATGACTTTGCAGACAGTGATCATCTGAAGCTTCATCAGACAATTTCATCAAGACA
TGACCAGATGAAGTACAAGGAAGCTCCTGTTTCATTTGATTTCAAATTCAATGTCGAAAA
TTACGGTTTCCTTTCTGCTGCTGATGAGATCTTCTTTGGTGGAGTTTTGTTGCCACTGGA
GAAGACTCAGAGGAAAGCAACCACACTGAGAGAAGAGCTAAGTGTTCAAGATTCTGACCG
TACGAACTCAAAAGGGTCTCGTAATTGGTGGAAAATAGGTCTCAGTAAACCCAAGAAAAT
TCACTCCAATAACAGCAGCAACAACAACAACA***GTTTCAATCTTCCCCACAAATCTCA
GAATTGTCTTGCAAGTATATTGGAATCTGACGACTGAAAGATGGACTCTAGTAAAATTTC
AGCTAATTACGGCGACCTAGACTTTTAATGCTAATGACAAAAATAAATTATTTCCGATTT
TTTTTAATTGATCTTGTTTTACTTTGAGTTCTCGACTTATCTCTTGTTATTATGTAGTTT
TCCTTTATTTATGAC
CACA

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR1CO49TF 680 0 0
GG
CCAAAAGACTAGCACATTAAAAGAAACACATACTAGTTAGAAAGATAGAGAGAAAGAGAT
GGCTAATAGTGTAGAACAAGACTTATTGTATTCATCCTTTGTAGACGCAAGAATCTCATT
TTCCAATGACTTTGCAGACAGTGATCATCTGAAGCTTCATCAGACAATTTCATCAAGACA
TGACCAGATGAAGTACAAGGAAGCTCCTGTCTCATCTGATTTCAAATTCAATGTCGAAAA
TTACGGTTTCCTTTCTGCTGCTGATGAGATCTTCTTTGGTGGAGTTTTGTTGCCACTGGA
GAAGACTCAGAGGAAAGCAACCACACTGAGAGAAGAGCTAAGTGTTCAAGATTCTGACCG
TACGAACTCAAAAGGGTCTCGTAATTGGTGGAAACTAGGTCTCAGTAAACCCAAGAAAAT
TCACTCCAATAACAGCAGCAACAACAACAACA***GTTTCAATCTTCCCCACAAATCTCA
GAATTGTCTTGCAAGTATATTGGAATCTGACGACTGAAAGATGGACTCTAGTAAAATCTC
AGCTAATTACGGCGACCTAGACTTCTAATGCTAATGACAAAAATAAATTATTTCCGATTT
TTTTTAATTGATCTTGTTTTACTTTGAGTTCTCGACTTATCTCTTGTTATTATGTAGTTT
TCCTTTATTTATGAC
ACA

QA 3 677 3 677
DS 



AS 1 3

CO CL3458Contig1 922 3 4 U
GGAGCTTCATTCTTCCTGGCGTGTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCTCCCTCCATCAA
TGGCGACCACAAACTCTCTCCATCACCACCACTCTTCTTACCAACACCACCGCCACAACT
TCCATTACCAATCTCACTTCACACCAACTTCTCTCTCCCTCAAACAACCCACCACTTCCA
CCGCCACATTCTCATCACTCATCTGCTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCGGCCGTCGTCACCT
CTGCTACCACCACAAACGCTTCCGACATAACGACCGAAACCACAACCGAGTTCGATGTCC
TAGCGACCCATCTGATCAACCAAGATTTCAAGAAAGCAGACGAAGAAACTAGGAGACTTC
TCATTCAGATAGCGGGAGAAGCAGCCATAAAACGCGGCTATGTTTTCTTCTCTGAGGTGA
AGTCTATCTCCGTTGAAGATCTTCAAGCTATCGACAACCTGTGGACCAAACACAGCGATG
GGAGGTTCGGATACAGCGTGCAACGCAAAATATGGTTAAAAGTCAAGAAAGACTTCACGA
GATTCTTCATTAAAGTCGAGTGGATGAAGCTTCTTGATACAGAGGTGGTCCAGTACAACT
ACAGAGCTTTCCCTGACGAGTTCAAGTGGGAGCTTAATGATGAAACGCCTCTAGGACACT
TACCGCTAACAAACGCGTTGAGAGGAACGCAGCTTCTGAAATGCGTTTTAAGCCATCCTG
CGTTTGAGATAGCTGGCGATGATGATAATGAAGAAGGAGATGAGGCAGAGACAAAAGGTG
GTGGTAAAGGACAGACAAAAGACACAAGAGTGTTTAAAACAGATTACAGCTTCTGATGTC
TTTGATTTTTATTTGGATTATGAATATGTATGAACAGTCAATTAGTTAATGAATATAAAC
CAAAAGTCTTTATTGGTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B159TF U 1
AF RR1FR52TF U 25
AF RR1FR52JQ C 202
BS 1 509 RR1B159TF
BS 510 510 RR1FR52TF
BS 511 760 RR1B159TF
BS 761 922 RR1FR52JQ

RD RR1B159TF 760 0 0
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TGGCGACCACAAACTCTCTCCATCACCACCACTCTTCTTACCAACACCACCGCCACAACT
TCCATTACCAATCTCACTTCACACCAACTTCTCTCTCCCTCAAACAACCCACCACTTCCA
CCGCCACATTCTCATCACTCATCTGCTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCGGCCGTCGTCACCT
CTGCTACCACCACAAACGCTTCCGACATAACGACCGAAACCACAACCGAGTTCGATGTCC
TAGCGACCCATCTGATCAACCAAGATTTCAAGAAAGCAGACGAAGAAACTAGGAGACTTC
TCATTCAGATAGCGGGAGAAGCAGCCATAAAACGCGGCTATGTTTTCTTCTCTGAGGTGA
AGTCTATCTCCGTTGAAGATCTTCAAGCTATCGACAACCTGTGGACCAAACACAGCGATG
GGAGGTTCGGATACAGCGTGCAACGCAAAGTATGGTTAAAAGTCAAGAAAGACTTCACGA
GATTCTTCATTAAAGTCGAGTGGATGAAGCTTCTTGATACAGAGGTGGTCCAGTACAACT
ACAGAGCTTTCCCTGACGAGTTCAAGTGGGAGCTTAATGATGAAACGCCTCTAGGACACT
TACCGCTAACAAACGCGTTGAGAGGAACGCAGCTTCTGAAATGCGTTTTAAGCCATCCTG
CGTTTGAGATAGCTGGCGATGATGATAATGAAGAAGGAGA

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1FR52TF 719 0 0
GGCTC
CTCTCTCTCTCTCTCCCCCTCCCTCCATCAATGGCGACCACAAACTCTCTCCATCACCAC
CACTCTTCTTACCAACACCACCGCCACAACTTCCATTACCAATCTCACTTCACACCAACT
TCTCTCTCCCTCAAACAACCCACCACTTCCACCGCCACATTCTCATCACTCATCTGCTCT
TCTTCTTCTTCCTCCTCGGCCGTCGTCACCTCTGCTACCACCACAAACGCTTCCGACATA
ACGACCGAAACCACAACCGAGTTCGATGTCCTAGCGACCCATCTGATCAACCAAGATTTC
AAGAAAGCAGACGAAGAAACTAGGAGACTTCTCATTCAGATAGCGGGAGAAGCAGCCATA
AAACGCGGCTATGTTTTCTTCTCTGAGGTGAAGTCTATCTCCGTTGAAGATCTTCAAGCT
ATCGACAACCTGTGGACCAAACACAGCGATGGGAGGTTCGGATACAGCGTGCAACGCAAA
ATATGGTTAAAAGTCAAGAAAGACTTCACGAGATTCTTCATTAAAGTCGAGTGGATGAAG
CTTCTTGATACAGAGGTGGTCCAGTACAACTACAGAGCTTTCCCTGACGAGTTCAAGTGG
GAGCTTAATGATGAAACGCCTCTAGGACACTTACCGCTAACAAACGCGTTGAGAGGAACG
CAGCTTCTGAAATGCGTTTTAAGCCATCCTGCGTTTGAGATAGCTGGCGATGAT

QA 6 719 6 719
DS 

RD RR1FR52JQ 721 0 0
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CCGACATAACGACCGAAACCACAACCGAGTTCGATGTCCTAGCGACCCATCTGATCAACC
AAGATTTCAAGAAAGCAGACGAAGAAACTAGGAGACTTCTCATTCAGATAGCGGGAGAAG
CAGCCATAAAACGCGGCTATGTTTTCTTCTCTGAGGTGAAGTCTATCTCCGTTGAAGATC
TTCAAGCTATCGACAACCTGTGGACCAAACACAGCGATGGGAGGTTCGGATACAGCGTGC
AACGCAAAATATGGTTAAAAGTCAAGAAAGACTTCACGAGATTCTTCATTAAAGTCGAGT
GGATGAAGCTTCTTGATACAGAGGTGGTCCAGTACAACTACAGAGCTTTCCCTGACGAGT
TCAAGTGGGAGCTTAATGATGAAACGCCTCTAGGACACTTACCGCTAACAAACGCGTTGA
GAGGAACGCAGCTTCTGAAATGCGTTTTAAGCCATCCTGCGTTTGAGATAGCTGGCGATG
ATGATAATGAAGAAGGAGATGAGGCAGAGACAAAAGGTGGTGGTAAAGGACAGACAAAAG
ACACAAGAGTGTTTAAAACAGATTACAGCTTCTGATGTCTTTGATTTTTATTTGGATTAT
GAATATGTATGAACAGTCAATTAGTTAATGAATATAAACCAAAAGTCTTTATTGGTTGAT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 3

CO CL3459Contig1 692 3 2 U
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AACACTTGCCATCGGCAAAAGATCCTGAACAGAGAGCATGCTTTTACAGAACACAAGGTT
GCATTATTTTGCTTGATATACTCAGCATTGCGCTTTGTCGGAAGAGAGGAATACTGAAAG
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AGTTGTCTCTTGTTTGGTCCTATTCTTTCCAACATTAATCACCTGAATGAAAATTTGTTT
TGTATCGTTACAAATGCAGCTCATGTCTCTAATGTATATTTGCCAATGGTTCACTAAAGA
TAAAAGCTAACGTGGAGCCTCTTTAACCGGCAAGCTCGCTGATTGGTGGACGGTCCATGA
TATCTGCTGCACCTGCTGCACTACGTTGCAGCGTGGGGTCAATATCAGGCAACTTAGGAA
TCTGAGCCAAGAGATCAATGGTGCGTCGTAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G631JQ C 1
AF RR1G631TF U 1
AF RR1DF96JQ U 436
BS 1 486 RR1G631TF
BS 487 692 RR1DF96JQ

RD RR1G631JQ 486 0 0
GAAGCGTAAAAATGGTGAGGATCAAGTTAAGATTAGTAACGGTTTGGAGTGTAAGATAAC
CTGCAGTTCTTCAAAGGTCTCCTATGTATTCGACACAGAGGATGTGTTGCATCGTGTTAA
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AACACTTGCCATCGGCAAAAGATCCTGAACAGAGAGCATGCTTTTACAGAACACAAGGTT
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AGTTGTCTCTTGTTTGGTCCTATTCTTTCCAACATTAATCACCTGAATGAAAATTTGTTT
TGTATC

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1G631TF 486 0 0
GAAGCGTAAAAATGGTGAGGATCAAGTTAAGATTAGTAACGGTTTGGAGTGTAAGATAAC
CTGCAGTTCTTCAAAGGTCTCCTATGTATTCGACACAGAGGATGTGTTGCATCGTGTTAA
GAGGAAGAAGGTATCAAACCAAAGCAGACAGGACCATGTTGTTGCTAGTGGCTCTTCAGT
CAGGCAAAGGAGGATACAAAGTTACCAAAAACTTCTCACCGGACAATGACCTTGTCTCAC
AACACTTGCCATCGGCAAAAGATCCTGAACAGAGAGCATGCTTTTACAGAACACAAGGTT
GCATTATTTTGCTTGATATACTCAGCATTGCGCTTTGTCGGAAGAGAGGAATACTGAAAG
GATTAGCTTCCACAGTTGTGTATATAAAGCTTTTGTATGTTGCTGTAACATTAACTCAAA
AGTTGTCTCTTGTTTGGTCCTATTCTTTCCAACATTAATCACCTGAATGAAAATTTGTTT
TGTATC

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR1DF96JQ 257 0 0
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GCAGCTCATGTCTCTAATGTATATTTGCCAATGGTTCACTAAAGATAAAAGCTAACGTGG
AGCCTCTTTAACCGGCAAGCTCGCTGATTGGTGGACGGTCCATGATATCTGCTGCACCTG
CTGCACTACGTTGCAGCGTGGGGTCAATATCAGGCAACTTAGGAATCTGAGCCAAGAGAT
CAATGGTGCGTCGTAAC

QA 1 257 1 257
DS 



AS 1 2

CO CL3460Contig1 760 2 2 U
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ATTGCGTCGTTTGAGATTCTTTTCCATCCAGTCCCTTATCTTTTCTTCTGTCTTCCTAGT
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GGAATGAAAATGCACCGTAGCTTCTGGGCACATCACGATGCCACCATTTTGTGCAATGTT
GGTTTGCAAGTTTCCACCTGCTGCAAATTTGACCACTCCATGAGCTCTTCTTCTTCACTA
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CTTCTATGACCACCGGTGTGAACTATTCCAATCCTGTTGAGAGCCTGGGACCAAAAAAAT
GACTCAGCTAGCATTGAGTTTAAGACTACAAATTGAAGACACAAAACTCAAAGGAGAGAA
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TGATCTCATGAACATGAAGGATGTGTGGGACCAAGTAAGAGAGATGAACCACAACACTTC
TTCTCTCTTTTTTATATGTGAAAGAGAGAAATTAAAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D910TF U 1
AF RR1D910JQ C 81
BS 1 539 RR1D910TF
BS 540 760 RR1D910JQ

RD RR1D910TF 539 0 0
GGGCCGTTCGAGTGATTGTGTTGCTGAAGTCGATGTGATGAATTCGTTTCTAGAGTTTTG
ATTGCGTCGTTTGAGATTCTTTTCCATCCAGTCCCTTATCTTTTCTTCTGTCTTCCTAGT
ATGAAGCTGGCGAGGAAATGATTATCTAACTCCATGTTGTGACCCTTTCCCTGTCCGTAT
GGAATGAAAATGCACCGTAGCTTCTGGGCACATCACGATGCCACCATTTTGTGCAATGTT
GGTTTGCAAGTTTCCACCTGCTGCAAATTTGACCACTCCATGAGCTCTTCTTCTTCACTA
AGCTACGGATCGTCCGTTTCTTCACTCACTGACATGCCCCTCCCGCCTTTGAGTCATCAT
CATCATCATCATCATCATCATGAATGAAAATGCAGAGAGCTTCACTCTTTGAGCTCCATT
TAACTCAAAACCACAACAAATGGTGACTTTGAACTGTTGCAGCTGAAGTCTCTCCGGCTT
CTTCTATGACCACCGGTGTGAACTATTCCAATCCTGTTGAGAGCCTGGGACCAAAAAAA

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR1D910JQ 680 0 0
TTT
CCATCCAGTCCCTTATCTTTTCTTCTGTCTTCCTAGTATGAAGCTGGCGAGGAAATGATT
ATCTAACTCCATGTTGTGACCCTTTCCCTGTCCGTATGGAATGAAAATGCACCGTAGCTT
CTGGGCACATCACGATGCCACCATTTTGTGCAATGTTGGTTTGCAAGTTTCCACCTGCTG
CAAATTTGACCACTCCATGAGCTCTTCTTCTTCACTAAGCTACGGATCGTCCGTTTCTTC
ACTCACTGACATGCCCCTCCCGCCTTTGAGTCATCATCATCATCATCATCATCATCATGA
ATGAAAATGCAGAGAGCTTCACTCTTTGAGCTCCATTTAACTCAAAACCACAACAAATGG
TGACTTTGAACTGTTGCAGCTGAAGTCTCTCCGGCTTCTTCTATGACCACCGGTGTGAAC
TATTCCAATCCTGTTGAGAGCCTGGGACCAAAAAAATGACTCAGCTAGCATTGAGTTTAA
GACTACAAATTGAAGACACAAAACTCAAAGGAGAGAACATCACTCTATTCCTCTTCTATT
GCTATCTGTATGTATCTTTTTTTTTATCAAACTTCCATGATCTCATGAACATGAAGGATG
TGTGGGACCAAGTAAGAGAGATGAACCACAACACTTCTTCTCTCTTTTTTATATGTGAAA
GAGAGAAATTAAAAGCC

QA 4 680 4 680
DS 



AS 1 3

CO CL3461Contig1 818 3 9 U
ATATACATGATAATGACGCATGAACATGTCGCCGAGAAGCTTTGCTCAGAGCTTAAAGAA
CTCGAAAGAGACAAGGCAGAAGAGACTAACACACCGTTGCGTCATTACGATACAGAGGAT
TTCAAGTTCTTTAACGAGAGGGTAACACAGTTTGCAGGAATGCTAAATTATGATTCCTTA
GGAAAGCTACACTACTTACACGCAGTGGTAACAGAAACACTTCGTCTCTACCCTGCGGTT
CCTCAGGATCCAAAAGGAGTGTTAGAAGATGATATATTACCTAATGGAACAAAGGTGAAA
GCAGGAGGTATGGTAACATATGTTCCTTACTCGATGGGTCGCATGGAATACAACTGGGGA
TCAGATGCAGCTACGTTTAAACCAGAAAGATGGCTTAAAGATGGGATGTTTCAGAACGCT
TCCCCATTCAAGTTCACAGCATTTCAGGCTGGACCTAGGATATGCTTGGGAAAGGATTCA
GCTTATCTACAAATGAAGATGGCAATGGCAATTCTTTGCAGATTCTATAGATTCCATTTG
GTGCCAAATCACCCTGTCAAGTATCGGATGATGACTATCTTATCTATGGCGCATGGTTTG
AAAGTTACTGTCTCCAGACGTTCATAGACAAAAAAATAAAAAGAGAGAACAATAAAGGGA
AAGTGTCTAATACAGTATGGAATGATACAAGAAGATAAGATATACAAAACTTTATTAAAC
ACTTTGTTCTTAGACTATCAAAGAAGAACAGTTGTCCAAGTGAATATATAATGTCAAATT
TCATGTTCTAAAACTTGGTGAGTAGATAACTTCTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AU09TF U 417
AF RR1AU09JQ C 1
AF RR1BL70TF U 285
BS 1 285 RR1AU09JQ
BS 286 416 RR1BL70TF
BS 417 545 RR1AU09TF
BS 546 546 RR1BL70TF
BS 547 559 RR1AU09TF
BS 560 621 RR1BL70TF
BS 622 622 RR1AU09JQ
BS 623 788 RR1BL70TF
BS 789 818 RR1AU09JQ

RD RR1AU09TF 143 0 0
CGCTTCCCCATTCAAGTTCACAGCATTTCAGGCTGGACCTAGGATATGCTTGGGAAAGGA
TTCAGCTTATCTACAAATGAAGATGGCAATGGCAATTCTTTGCAGATTCTATAGATTCCA
TTTGGTGCCGAATCACCCTGTCA

QA 1 143 1 143
DS 

RD RR1AU09JQ 818 0 0
ATATACATGATAATGACGCATGAACATGTCGCCGAGAAGCTTTGCTCAGAGCTTAAAGAA
CTCGAAAGAGACAAGGCAGAAGAGACTAACACACCGTTGCGTCATTACGATACAGAGGAT
TTCAAGTTCTTTAACGAGAGGGTAACACAGTTTGCAGGAATGCTAAATTATGATTCCTTA
GGAAAGCTACACTACTTACACGCAGTGGTAACAGAAACACTTCGTCTCTACCCTGCGGTT
CCTCAGGATCCAAAAGGAGTGTTAGAAGATGATATATTACCTAATGGAACAAAGGTGAAA
GCAGGAGGTATGGTAACATATGTTCCTTACTCGATGGGTCGCATGGAATACAACTGGGGA
TCAGATGCAGCTACGTTTAAACCAGAAAGATGGCTTAAAGATGGGATGTTTCAGAACGCT
TCCCCATTCAAGTTCACAGCATTTCAGGCTGGACCTAGGATATGCTTGGGAAAGGATTCA
GCTTATCTACAAATGAAGATGGCAATGGCAATTCTTTGCAGATTCTATAGATTCCATTTG
GTGCCAAATCACCCTGTCAAGTATCGGATGATGACTATCTTATCTATGGCGCATGGTTTG
AAAGTTACTGTCTCCAGACGTTCATAGACAAAAAAATAAAAAGAGATAACAATAAAGGGA
AAGTGTCTAATACAGTATGGAATGATACAAGAAGATAAGATATACAAAACTTTATTAAAC
ACTTTGTTCTTAGACTATCAAAGAAGAACAGTTGTCCAAGTGAATATATAATGTCAAATT
TCATGTTCTAAAACTTGGTGAGTAGATAACTTCTTTTC

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR1BL70TF 504 0 0
G
GGAACAAAGGTGAAAGCAGGAGGTATGGTAACATATGTTCCTTACTCGATGGGTCGCATG
GAATACAACTGGGGATCAGATGCAGCTACGTTTAAACCAGAAAGATGGCTTAAAGATGGG
ATGTTTCAGAACGCTTCCCCATTCAAGTTCACAGCATTTCAGGCTGGACCTAGGATATGC
TTGGGAAAGGATTCAGCTT*TCTACAAATGAAGATGGCAATGGCAATTCTTTGCAGATTC
TATAGATTCCATTTGTTGCCAAATCACCCTGTCAAGTATCGGATGATGACTATCTTATCT
ATGGCGCATGGTTTGAAAGTTACTGTCTCCAGACGT*CATAGACAAAAAAATAAAAAGAG
AGAACAATAAAGGGAAAGTGTCTAATACAGTATGGAATGATACAAGAAGATAAGATATAC
AAAACTTTATTAAACACTTTGTTCTTAGACTATCAAAGAAGAACAGTTGTCCAAGTGAAT
ATATAATGTCAAATTTCATGTTC

QA 2 504 2 504
DS 



AS 1 3

CO CL3462Contig1 631 3 2 U
GGGTTTACAAAAACCATCAGCATCCTAAAGAAAACACTTTCTATTGTAATAAACTAAATA
AAAGTAATATGTACAGATCCGCGAGCTGGAACCGTGGGACAGAAGACTACTCATCCGCAC
CACCTAAAGGATTGTGGATGGGCTCCATGATCGGTTCCCTCGACGATGACGAACTACCTT
CACACAATAATCCACCAGAGGAGATGATCAAGAAGGAGAAGTCACGTACCAAGTTCGCAG
AAAACGCTATTCACATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGCGCTCTCGTCCTTTGGCTCT
TCTCAAATCCAGATGTAGATGTTGGGATGAGAGAGGAATCTATTGCGGCTAGGATTGAAG
GATTGACAATCGAAGGAGACATCGACAACGACAGTGATGGAACTCAGACTGGTTTCTTGG
GAGCCACCTTAGAACTCGGTGGTGATTTAGACAAACCACACCATGTTGAACGGAACAGAC
GAGCTTCAAGGAAACTGATCAAAGGTTTCTACTAGTTTAAACAAAGATTTGTCTTGATTA
TTTTTATTTAATCTAAAAGATTTGCTAAAACTATGAACGTCTTTTTTTTGGTTAATGAGG
CAACTAAATTTAAATCCAAGTATATTTTCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL90JQ C 1
AF RR1BL90TF U 1
AF RR1AS15TF U 64
BS 1 617 RR1BL90TF
BS 618 631 RR1AS15TF

RD RR1BL90JQ 617 0 0
GGGTTTACAAAAACCATCAGCATCCTAAAGAAAACACTTTCTATTGTAATAAACTAAATA
AAAGTAATATGTACAGATCCGCGAGCTGGAACCGTGGGACAGAAGACTACTCATCCGCAC
CACCTAAAGGATTGTGGATGGGCTCCATGATCGGTTCCCTCGACGATGACGAACTACCTT
CACACAATAATCCACCAGAGGAGATGATCAAGAAGGAGAAGTCACGTACCAAGTTCGCAG
AAAACGCTATTCACATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGCGCTCTCGTCCTTTGGCTCT
TCTCAAATCCAGATGTAGATGTTGGGATGAGAGAGGAATCTATTGCGGCTAGGATTGAAG
GATTGACAATCGAAGGAGACATCGACAACGACAGTGATGGAACTCAGACTGGTTTCTTGG
GAGCCACCTTAGAACTCGGTGGTGATTTAGACAAACCACACCATGTTGAACGGAACAGAC
GAGCTTCAAGGAAACTGATCAAAGGTTTCTACTAGTTTAAACAAAGATTTGTCTTGATTA
TTTTTATTTAATCTAAAAGATTTGCTAAAACTATGAACGTCTTTTTTTTGGTTAATGAGG
CAACTAAATTTAAATCC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1BL90TF 617 0 0
GGGTTTACAAAAACCATCAGCATCCTAAAGAAAACACTTTCTATTGTAATAAACTAAATA
AAAGTAATATGTACAGATCCGCGAGCTGGAACCGTGGGACAGAAGACTACTCATCCGCAC
CACCTAAAGGATTGTGGATGGGCTCCATGATCGGTTCCCTCGACGATGACGAACTACCTT
CACACAATAATCCACCAGAGGAGATGATCAAGAAGGAGAAGTCACGTACCAAGTTCGCAG
AAAACGCTATTCACATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGCGCTCTCGTCCTTTGGCTCT
TCTCAAATCCAGATGTAGATGTTGGGATGAGAGAGGAATCTATTGCGGCTAGGATTGAAG
GATTGACAATCGAAGGAGACATCGACAACGACAGTGATGGAACTCAGACTGGTTTCTTGG
GAGCCACCTTAGAACTCGGTGGTGATTTAGACAAACCACACCATGTTGAACGGAACAGAC
GAGCTTCAAGGAAACTGATCAAAGGTTTCTACTAGTTTAAACAAAGATTTGTCTTGATTA
TTTTTATTTAATCTAAAAGATTTGCTAAAACTATGAACGTCTTTTTTTTGGTTAATGAGG
CAACTAAATTTAAATCC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1AS15TF 568 0 0
GTAATATGTACAGATCCGCGAGCTGGAATCGTGGGACAGAAGACTACTCATTCGCACCAC
CTAAAGGATTGTGGATGGGCTCCATGATCGGTTCCCTCGACGATGACGAACTACCTTCAC
ACAATAATCCACCAGAGGAGATGATCAAGAAGGAGAAGTCACGTACCAAGTTCGCAGAAA
ACGCTATTCACATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGCGCTCTCGTCCTTTGGCTCTTCT
CAAATCCAGATGTAGATGTTGGGATGAGAGAGGAATCTATTGCGGCTAGGATTGAAGGAT
TGACAATCGAAGGAGACATCGACAACGACAGTGATGGAACTCAGACTGGTTTCTTGGGAG
CCACCTTAGAACTCGGTGGTGATTTAGACAAACCACACCATGTTGAACGGAACAGACGAG
CTTCAAGGAAACTGATCAAAGGTTTCTACTAGTTTAAACAAAGATTTGTCTTGATTATTT
TTATTTAATCTAAAAGATTTGCTAAAACTATGAACGTCTTTTTTTTGGTTAATGAGGCAG
CTAAATTTAAATCCAAGTATATTTTCTT

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 3

CO CL3463Contig1 812 3 4 U
GGAGGTCAAGTTTTACATTCAGTTTGAGTCCAAACACAACAATTTAAGGAGATAACAACA
TATGCACTGTGCAACTTGACATCCTTTTCAGAAAAATAAAAAAACATTTTTTTTCCTAAC
AAAAACAAGCAAAGAAAGTTCTGGTCAATCCCTAAAAGATCATGTTCAACCTGTTCATCA
CCTTTAACAATTACAAATCTTAAGAATCCACAATAGTCTTACCCTTTTTCCCCCCTACAG
ATGTTTCCCTTAAGAGCTCCTTGCAAACACTCTAAGAGCTTCTCTTGATCAATCCATTTG
TATGTGACCAGCCATATATCACAACCCTTAAGAGCCACAAGACTAGAGTGATTATTATTA
TACTTCTCATCTTGACTTGTAGATGCTTCTACAAGGAACCTGATCACTGTCTTCTCCACC
AGAAGCATCGTAGCCACCACTTGTTGACCTTGACAATGGCATCATCAGCATCATGGATTG
TTGTCGATGTTGACCTCCCTGTTGACCCATCAGACCAACAGCTGAAGAAAACCTGTTGAG
CTGCACCGACCCTTCTGCTGCTTCAGCAGACACTCTAAAAGGGTGAATGTCATGCGAGTC
TAAGCTGCTCTCTGGTGAAGATGTCACCGTAAGACCACCTGACCCTGACATTGCTCTGCT
CGTATGAAACGCGCTTCTTGCTTCTAGCTGAAGAGGACCTAGCCCTGATGAGCTAGTTGA
TGTCTCCATAGCTACTCTTGTCTGAACATTCATCAACGGTTCTGCTGGTAACCTTATGCG
CTGCTTAGATTGCCTTCTCTGCTGCTGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1FQ50JQ U 1
AF RR1BE19JQ U 46
AF RR1FQ50TF C 176
BS 1 103 RR1FQ50JQ
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BS 696 812 RR1BE19JQ

RD RR1FQ50JQ 695 0 0
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TATGCACTGTGCAACTTGACATCCTTTTCAGAAAAATAAAAAA*CATTTTTTTTCCTAAC
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CCTTTAACAATTACAAATCTTAAGAATCCACAATAGTCTTACCCTTTTTCCCCCCTACAG
ATGTTTCCCTTAAGAGCTCCTTGCAAACACTCTAAGAGCTTCTCTTGATCAATCCATTTG
TATGTGACCAGCCATATATCACAACCCTTAAGAGCCACAAGACTAGAGTGATTATTATTA
TACTTCTCATCTTGACTTGTAGATGCTTCTACAAGGAACCTGATCACTGTCTTCTCCACC
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CGTATGAAACGCGCTTCTTGCTTCTAGCTGAAGAG

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DS 

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ATTTTTTTTCCTAACAAAAACAAGCAAAGAAAGTTCTGGTCAATCCCTAAAAGATCATGT
TCAACCTGTTCATCACCTTTAACAATTACAAATCTTAAGAATCCGCAATAGTCTTACCCT
TTTTCCCCCCTACAGATGTTTCCCTTAAGAGCTCCTTGCAAACACTCTAAGAGCTTCTCT
TGATCAATCCATTTGTATGTGACCAGCCATATATCACAACCCTTAAGAGCCACAAGACTA
GAGTGATTATTATTATACTTCTCATCTTGATTTGTAGATGCTTCTACAAGGAACCTGATC
ACTGTCTTCTCCACCAGAAGCATCGTAGCCACCACCTGTTGACCTTGACAATGGCATCAT
CATCATCATGGATTGTTGTTGATGTTGACCTCCCTGTTGACCCATCAGACCAACAGCTGA
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DS 

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TCATCA
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TGTTTCCCTTAAGAGCTCCTTGCAAACACTCTAAGAGCTTCTCTTGATCAATCCATTTGT
ATGTGACCAGCCATATATCACAACCCTTAAGAGCCACAAGACTAGAGTGATTATTATTAT
ACTTCTCATCTTGACTTGTAGATGCTTCTACAAGGAACCTGATCACTGTCTTCTCCACCA
GAAGCATCGTAGCCACCACTTGTTGACCTTGACAATGGCATCATCAGCATCATGGATTGT
TGTCGATGTTGACCTCCCTGTTGACCCATCAGACCAACAGCTGAAGAAAACCTGTTGAGC
TGCACCGACCCTTCTGCTGCTTCAGCAGACACTCTAAAAGGGTGAATGTCATGCGAGTCT
AAGCTGCTCTCTGGTGAAGATGTCACCGTAAGACCACCTGACCCTGACATTGCTCTGCTC
GTATGAAACGCGCTTCTTGCTTCTAGCTGAAGAGGACCTAGCCCTGATGAGCTAGTTGAT
GTCTCCATAGCTACTCTTGTCTGAACATTCATCAACGGTTCTGCTGGTAACCTTATGCGC
TGCTTAGATTGCCTTC
C

QA 7 622 7 622
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR1EY89JQ U 1
AF RR1EY89TF C 21
AF RR1BB22JQ U 16
BS 1 637 RR1EY89JQ

RD RR1EY89JQ 637 0 0
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CAAAAGGAAATCAAAGAGAACATAGGAAAGAACATAAAAGAAGAATCGGTTAAAAAAATT
TAAAATAGTAAAAAACTAAAAACAAATAAGTCAAAGTCTCTCATAGAGAAAGAAGCTTTC
TATCATCAACGCCTGTGCCTTCGATCACCAAACTCCTCCTCCATCGCTTCAGTGACAACG
CACCGTGGCGCCTCCATCAACTCAGGGCTAAGCCTAAACATGAGCACGCAAAACTCCATC
TGATTCAACGCACCGTCTCGATCGAAATCCCCTTCGTTGATCATACACTTTACATCGTCG
TCCGTCAGGTCACCGAGCCCAAGGACCGCCGATGCGTTTCGCCGCAAGCTCTCGAAAGTG
ATGACACCTCTCTCTCTGTCGACGAGTAGCTCGAACCCTTTGCAGAGCTCGTCGATGAGA
CCTTCTCCTCCGAGTTTCCCGGCCATCGCCGGGAAGAAGTCGTGGAAAGTGGGTTCTTGG
TTTTGCTGGGTGGGTCTTGTTGAGGATTTAGGAGACGCCATTAGAGAGAGAGAGAGTGAT
GATTTTGAGAAATGGTTTTATGTTGTGAGGTTGATCC

QA 1 637 1 637
DS 

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TCGATCACCAAACTCCTCCTCCATCGCTTCAGTGACAACGCACCGTGGCGCCTCCATCAA
CTCAGGGCTAAGCCTAAACATGAGCACGCAAAACTCCATCTGATTCAACGCACCGTCTCG
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GGCCATCGCCGGGAAGAAGTCGTGGAAAGTGGGTTCTTGGTTTTGCTGGGTGGGTCTTGT
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TGTTGTGAGGTTGATCC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1BB22JQ 622 0 0
CCATA
TCAGTTTTATTATAATATATCCAACAATTTATACGAACTGCAAAAGGAAGTCAAAGAGAA
CATAGGAAAGAACATAAAAGAAGAATCGGTTAAAAAAATTTAAAATAGTGAAAAACTAAA
AACAAATAAGTCAAAGTCTCTCATAGAGAAAGAAGCTTTCTATCATCAACGCCTGTGCCT
TCGATCACCAAACTCCTCCTCCATCGCTTCAGTGACAACGCACCGTGACGCCTCCATCAA
CTCAGGGCTAAGCCTAAACATGAGCACGCAAAACTCCATCTGATTCAACGCACCGTCTCG
ATCGAAATCCCCTTCGTTGATCATACACTTTACATCGTCGTCCGTCAGGTCACCGAGCCC
AAGGACCGCCGATGCGTTTCGCCGCAAGCTCTCGAAAGTGATGACACCTCTCTCTCTGTC
GACGAGTAGCTCGAACCCTTTGCAGAGCTCGTCGATGAGACCTTCTCCTCCGAGTTTCCC
GGCCATCGCCGGGAAGAAGTCGTGGAAAGTGGGTTCTTGGTTCTGCTGGGTGGGTCTTGT
TGAGGATTTAGGAGACGCCATTAGAGAGAGAGAGAGTGATGATTTTGAGAAATGGTTTTA
TGTTGTGAGGTTGATCC

QA 6 622 6 622
DS 



AS 1 2

CO CL3465Contig1 1168 2 4 U
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TCTGATGATAGGGGTATCGATGTTGTTAGGAACAAGATTAAGATGTTTGCTCAGAAGAAA
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TCTGGAGCACAGCAAGCCCTGAGGAGAACGATTGAGATCTACTCAAACTCTACCCGCTTT
GCACTTGCTTGTAACACCTCCGGCAAGATTATTGAGCCTATCCAGAGTAGATGCGCTTTA
GTTCGATTCTCTAGGTTATCTGATCAGGACATACTTGGCCGTCTCATGGTCGTCGTTCAA
GCTGAGAATGTTCCTTATGTACCTGAAGGCCTTGAGGCGATAATCTTCACAGCTGATGGT
GATATGAGGCAAGCGCTGAACAACTTGCAAGCCACATTCAGTGGGTTCCGCTTTGTCAAT
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TTAGGCTACTCTCCCACCGACATTATCACAACGCTTTTCCGTATAATAAAGAATTATGAT
ATGGCTGAGTATCTGAAACTGGAGTTCATGAAGGAAACTGGGTTTGCTCATATGAGAATC
TGTGATGGAGTTGGATCATACCTCCAGCTATGTGGTCTTCTTGCTAAGTTGGCCGTTGTT
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CTGTGACTGGTTTGTATGTTTAATTCGAGTTGGTTAACTCTCGGTTGTTTGACAGTTTGG
ATAAGATCTTGCAATGCAAAGCTTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CR66TF U 1
AF RR1CR66JQ C 386
BS 1 642 RR1CR66TF
BS 643 643 RR1CR66JQ
BS 644 664 RR1CR66TF
BS 665 1168 RR1CR66JQ

RD RR1CR66TF 664 0 0
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AACAGTTCGGGAGGCGGTTACGAGATCCCGTGGGTGGAGAAATACAGGCCGAGCAAGGTG
GTGGATATCGTCGGGAACGAAGATGCTGTCTCGAGGCTTCAAGTCATCGCTCGCGACGGA
AACATGCCCAATCTTATCCTCGCCGGACCTCCTGGAACGGGTAAAACCACTAGCATTTTG
GCTCTTGCTCACGAGCTTCTCGGCCCTAATTATAGAGAGGCTGTTCTCGAGTTGAATGCT
TCTGATGATAGGGGTATCGATGTTGTTAGGAACAAGATTAAGATGTTTGCTCAGAAGAAA
GTCACACTTCCTCCTGACCGTCATAAGGTTGTCATTCTTGATGAAGCTGACAGCATGACA
TCTGGAGCACAGCAAGCCCTGAGGAGAACGATTGAGATCTACTCAAACTCTACCCGCTTT
GCACTTGCTTGTAACACCTCCGGCAAGATTATTGAGCCTATCCAGAGTAGATGCGCTTTA
GTTCGATTCTCTAGGTTATCTGATCAGGACATACTTGGCCGTCTCATGGTCGTCGTTCAA
GCTGAGAATGTTCCTTATGTACCTGAAGGCCTTGAGGCGATA*TCTTCACAGCTGATGGT
GATA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1CR66JQ 783 0 0
ATAAGGTGTCATC
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CTACTCAAACTCTACCCGCTTTGCACTTGCTTGTAACACCTCCGGCAAGATTATTGAGCC
TATCCAGAGTAGATGCGCTTTAGTTCGATTCTCTAGGTTATCTGATCAGGACATACTTGG
CCGTCTCATGGTCGTCGTTCAAGCTGAGAATGTTCCTTATGTACCTGAAGGCCTTGAGGC
GATAATCTTCACAGCTGATGGTGATATGAGGCAAGCGCTGAACAACTTGCAAGCCACATT
CAGTGGGTTCCGCTTTGTCAATCAAGAAAACGTCTTCAAGGTCTGTGACCAGCCTCACCC
GCTTCATGTCAAGAACATGGTTCGAAATGTGTTGGAAAGTAAGTTCGACGATGCTTGTCA
CGGCATGAAGCAGCTATACGATTTAGGCTACTCTCCCACCGACATTATCACAACGCTTTT
CCGTATAATAAAGAATTATGATATGGCTGAGTATCTGAAACTGGAGTTCATGAAGGAAAC
TGGGTTTGCTCATATGAGAATCTGTGATGGAGTTGGATCATACCTCCAGCTATGTGGTCT
TCTTGCTAAGTTGGCCGTTGTTCGTGAAACAGCGAAAGCAGCTTAGGCCAGTTAGATTCC
CCACTTATCACCAGTAATGAACCTGTGACTGGTTTGTATGTTTAATTCGAGTTGGTTAAC
TCTCGGTTGTTTGACAGTTTGGATAAGATCTTGCAATGCAAAGCTTTTCG

QA 14 783 14 783
DS 



AS 1 3

CO CL3466Contig1 973 3 19 U
GGCGATCGATGCTTACGGTCCCATCAGTGACAACGCTGGTGGTATTGCTGAGATGGCTGG
GATGAGCCACCGTATCCGTGAGAGAACCGACGCTCTTGATGCAGCTGGAAACACCACTGC
CGCTATTGGAAAAGGATTTGCTATCGGCTCAGCTGCGTTGGTCTCGTTGGCTCTGTTCGG
TGCCTTTGTGAGCCGTGCGGGAGTCCACACCGTAGATGTTTTGACACCTAAGGTTATCAT
TGGGCTGCTTGTCGGTGCTATGCTTCCTTACTGGTTCCCAGCCATGACGATGAAGAGTGT
GGGAAGTGCGGCTCTTAAGATGGTTGAAGAAGTTCGCAGGCAGTTCAACACCATCCCTGG
ACTCATGGAAGGTACCGCGAAACCTGACTACGCAACATGCGTCAAGATCTCCACTGATGC
TTCCATCAAGGAGATGATTCCTCCGGGTTGCCTTGTCATGCTCACACCTCTCATTGTTGG
TTTCTTCTTTGGTGTTGAGACTCTCTCTGGTGTTCTCGCCGGCTCTCTTGTTTCCGGTGT
CCAGATTGCTATCTCTGCGTCTAACACTGGTGGTGCCTGGGACAACGCCAAGAAATACAT
CGAGGCTGGTGTGTCAGAGCACGCAAAGAGTCTTGGACCAAAGGGTTCAGAGCCACACAA
GGCAGCTGTGATTGGAGACACTATTGGAGACCCATTGAAAGATACTTCAGGACCTTCGTT
GAACATCCTGATCAAGCTCATGGCTGTTGAGTCTCTCGTCTTTGCTCCCTTCTTTGCCAC
TCACGGTGGCATCCTTTTCAAGTACCTCTGAACTCAACCCTGAGTGAAGAAGAAAGATGA
TGATGAAGATGGTTACAATGCCTCTTTTTACCATTCTTGTTTTCATTTTGCGTAGGTGGT
TTTAAAACATTTAGTTTGGACTCATTCCAAAGAACCAAACCAAAAGATGTTTCTCTCTCT
TTTTGTGCTGTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH66TF U 1
AF RR1CH40TF U 14
AF RR1DH66JQ C 299
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BS 771 973 RR1DH66JQ

RD RR1DH66TF 639 0 0
GGCGATCGATGCTTACGGTCCCATCAGTGACAACGCTGGTGGTATTGCTGAGATGGCTGG
GATGAGCCACCGTATCCGTGAGAGAACCGACGCTCTTGATGCGGCTGGAAACACCACTGC
CGCTATTGGAAAAGGATTTGCTATCGGCTCAGCTGCGTTGGTCTCGTTGGCTCTGTTCGG
TGCCTTTGTGAGCCGTGCGGGAGTCCACACCGTAGATGTTTTGACACCTAAGGTTATCAT
TGGGCTGCTTGTCGGTGCTATGCTTCCTTACTGGTTCTCAGCCATGACGATGAAGAGTGT
GGGAAGTGCGGCTCTTAAGATGGTTGAAGAAGTTCGCAGGCAGTTCAACACCATCCCTGG
ACTCATGGAAGGTACCGCGAAACCTGACTACGCAACATGCGTCAAGATCTCCACTGATGC
TTCCATCAAGGAGATGATTCCTCCGGGTTGCCTTGTCATGCTCACACCTCTCATTGTTGG
TTTCTTCTTTGGTGTTGAGACTCTCTCTGGTGTTCTCGCCGGCTCTCTTGTTTCCGGTGT
CCAGATTGCTATCTCTGCGTCTAACACTGGTGGTGCCTGGGACAACGCCAAGAAATACAT
CGAGGCTGGTGTGTCAGAGCACGCAAAGAGTCTTGGACC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1CH40TF 757 0 0
G
ACGGTCCCATCAGTGACAACGCTGGTGGTATTGCTGAGATGGCTGGGATGAGCCACCGTA
TCCGTGAGAGAACCGACGCTCTTGATGCAGCTGGAAACACCACTGCCGCTATTGGAAAAG
GATTTGCTATCGGCTCAGCTGCGTTGGTCTCGTTGGCTCTGTTCGGTGCCTTTGTGAGCC
GTGCGGGAGTCCACACCGTAGATGTTTTGACACCTAAGGTTATCATTGGGCTGCTTGTCG
GTGCTATGCTTCCTTACTGGTTCCCAGCCATGACGATGAAGAGTGTGGGAAGTGCGGCTC
TTAAGATGGTTGAAGAAGTTCGCAGGCAGTTCAACACCATCCCTGGACTCATGGAAGGTA
CCGCGAAACCTGACTACGCAACATGCGTCAAGATCTCCACTGATGCTTCCATCAAGGAGA
TGATTCCTCCGGGTTGCCTTGTCATGCTCACACCTCTCATTGTTGGTTTCTTCTTTGGTG
TTGAGACTCTCTCTGGTGTTCTCGCCGGCTCTCTTGTTTCCGGTGTCCAGATTGCTATCT
CTGCGTCTAACACTGGTGGTGCCTGGGACAACGCCAAGAAATACATCGAGGCTGGTGTGT
CAGAGCACGCAAAGAGTCTTGGACCAAAGGGTTCAGAGCCACACAAG*CAGCTGTGATTG
GAGACACTATTGGAGACCCATTGAAAGATACTTC*GGAC*TTCGTTGA*CGTCCTGATCA
*GCTCATGGCTGTTGAGTCTCTCGTCTTTGCTCCCT

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR1DH66JQ 675 0 0
GTGGGAAGTGCGGCTCTTAAGATGGTTGAAGAAGTTCGCAGGCAGTTCAACACCATCCCT
GGACTCATGGAAGGTACCGCGAAACCTGACTACGCAACATGCGTCAAGATCTCCACTGAT
GCTTCCATCAAGGAGATGATTCCTCCGGGTTGCCTTGTCATGCTCACACCTCTCATTGTT
GGTTTCTTCTTTGGTGTTGAGACTCTCTCTGGTGTTCTCGCCGGCTCTCTTGTTTCCGGT
GTCCAGATTGCTATCTCTGCGTCTAACACTGGTGGTGCCTGGGACAACGCCAAGAAATAC
ATCGAGGCTGGTGTGTCAGAGCACGCAAAGAGTCTTGGACCAAAGGGTTCAGAGCCACAC
AAGGCAGCTGTGATTGGAGACACTATTGGAGACCCATTGAAAGATACTTCAGGACCTTCG
TTGAACATCCTGATCAAGCTCATGGCTGTTGAGTCTCTCGTCTTTGCTCCCTTCTTTGCC
ACTCACGGTGGCATCCTTTTCAAGTACCTCTGAACTCAACCCTGAGTGAAGAAGAAAGAT
GATGATGAAGATGGTTACAATGCCTCTTTTTACCATTCTTGTTTTCATTTTGCGTAGGTG
GTTTTAAAACATTTAGTTTGGACTCATTCCAAAGAACCAAACCAAAAGATGTTTCTCTCT
CTTTTTGTGCTGTCG

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 3

CO CL3467Contig1 872 3 3 U
GAAAGAAAAGTGAGAGATATGGAAGAGACAAAATCAAGATTCAAGAGGATCTGTGTCTTC
TGTGGAAGCAGTTCCGGTAACAAACCTTCTTACCAAGAAGCTGCCATTCAACTGGGCAAC
GAATTGGTGGAGAGAAAGATTGATTTGGTATACGGAGGTGGAAGCGTGGGGCTTATGGGT
CTCGTCTCTCAGGCTGTTCATCATGGTGGTCGCCATGTTCTAGGGGTCATCCCAAAAACC
TTGATGCCAAGAGAGATAACCGGTGAAACCATCGGAGAAGTTAAGGCCGTCGCTGATATG
CATCAAAGAAAAGCGGAGATGGCTCGTCAAGCCAACGCCTTCATTGCTCTTCCTGGTGGG
TATGGTACGTTGGAAGAATTGCTGGAAGTCATTACATGGGCTCAACTCGGAATCCACCGT
AAGCCGGTGGGTCTTCTTAACGTGGATGGTTACTACAACTCGCTGTTGACGTTTATCGAC
AAGGCGGTGGACGAAGGATTCATATCCCCAATGGCGTAGAATCATCGTCTCTGCACCAAA
CGCTAAGGAGTTGGTTCGACAACTCGAGGAATATGAACCGGAGTTCGACGAGATAACGTC
AAAATTGGTTTGGGATGAAGTGGACCGGCTCAGTTATGTACCGGGCTCGGAGGTAGCTAC
ATGAGGAAACAAGTGGGAAGTCTTTTTTGGGTAAAAGCAGTAAGTGTACAGCGGAATTGA
GGTTTTTTATAACATCAGAAGAAAAGGTCGGAAATGTAGACAAAAAAGGTATTGGGGTCG
TTCGGATAACATTATTTTGTAAGGGGGGTTTAATGTGTGAAGTGGATAAACCACGTGGGC
AACTACTAAACCGCGTATATACCAAACACTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN18TF U 1
AF RR1CD58TF U 53
AF RR1CD58JQ C 166
BS 1 316 RR1FN18TF
BS 317 598 RR1CD58TF
BS 599 872 RR1CD58JQ

RD RR1FN18TF 316 0 0
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TGTGGAAGCAGTTCCGGTAACAAACCTTCTTACCAAGAAGCTGCCATTCAACTGGGCAAC
GAATTGGTGGAGAGAAAGATTGATTTGGTATACGGAGGTGGAAGCGTGGGGCTTATGGGT
CTCGTCTCTCAGGCTGTTCATCATGGTGGTCGCCATGTTCTAGGGGTCATCCCAAAAACC
TTGATGCCAAGAGAGATAACCGGTGAAACCATCGGAGAAGTTAAGGCCGTCGCTGATATG
CATCAAAGAAAAGCGG

QA 1 316 1 316
DS 

RD RR1CD58TF 546 0 0
GTGTCTTCTGTGGAAGCAGTTC*GGTAACAAACCTTCTTACCAAGAAGCTGCCATTCAAC
TGGGCAACGAATTGGTGGAGAGAAAGATTGATTTGGTATACGGAGGTGGAAGCGTGGGGC
TTATGGGTCTCGTCTCTCAGGCTGTTCATCATGGTGGTCGCCATGTTCTAGGGGTCATCC
CAAAAACCTTGATGCCAAGAGAGATAACCGGTGAAACCATCGGAGAAGTTAAGGCCGTCG
CTGATATGCATCAAAGAAAAGCGGAGATGGCTCGTCAAGCCAACGCCTTCATTGCTCTTC
CTGGTGGGTATGGTACGTTGGAAGAATTGCTGGAAGTCATTACATGGGCTCAACTCGGAA
TCCACCGTAAGCCGGTGGGTCTTCTTAACGTGGATGGTTACTACAACTCGCTGTTGACGT
TTATCGACAAGGCGGTGGACGAAGGATTCATATCCCCAATGGCGTAGAATCATCGTCTCT
GCACCAAACGCTAAGGAGTTGGTTCGACAACTCGAGGAATATGAACCGGAGTTCGACGAG
ATAACG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1CD58JQ 707 0 0
GTGGGGCTTATGGGTCTCGTCTCTCAGGCTGTTCATCATGGTGGTCGCCATGTTCTAGGG
GTCATCCCAAAAACCTTGATGCCAAGAGAGATAACCGGTGAAACCATCGGAGAAGTTAAG
GCCGTCGCTGATATGCATCAAAGAAAAGCGGAGATGGCTCGTCAAGCCAACGCCTTCATT
GCTCTTCCTGGTGGGTATGGTACGTTGGAAGAATTGCTGGAAGTCATTACATGGGCTCAA
CTCGGAATCCACCGTAAGCCGGTGGGTCTTCTTAACGTGGATGGTTACTACAACTCGCTG
TTGACGTTTATCGACAAGGCGGTGGACGAAGGATTCATATCCCCAATGGCGTAGAATCAT
CGTCTCTGCACCAAACGCTAAGGAGTTGGTTCGACAACTCGAGGAATATGAACCGGAGTT
CGACGAGATAACGTCAAAATTGGTTTGGGATGAAGTGGACCGGCTCAGTTATGTACCGGG
CTCGGAGGTAGCTACATGAGGAAACAAGTGGGAAGTCTTTTTTGGGTAAAAGCAGTAAGT
GTACAGCGGAATTGAGGTTTTTTATAACATCAGAAGAAAAGGTCGGAAATGTAGACAAAA
AAGGTATTGGGGTCGTTCGGATAACATTATTTTGTAAGGGGGGTTTAATGTGTGAAGTGG
ATAAACCACGTGGGCAACTACTAAACCGCGTATATACCAAACACTAT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 3

CO CL3468Contig1 1043 3 5 U
AGGAAAAACAGAAATATATAACAAAAGGACAAAATGATATTTCTCCGTTTTGATATATAT
ATAAAAACTTAAAATATTTCCCACTTACAGCAACACATCATCATCTTCATGATATCGCAT
TTTTAAACACTTATTAAGCGTTAATGAACTTTTTATCTTACAAACTAAAAAAACATAACA
TCACTTATATAATATAGAGTTACATGATTACCCTTGATGTCATTCATATTCGTCACACTC
ACGATGATGTCAACAGTTGAAAACATCACCAGCAGTAGAAGCAGAAGCCATGATTGGTTG
GTTATAAAACCCTAGATTGAGAGTGTTCATCAGCCCGTCGTAAAATCCACCTCCGCCGCT
GGGGCCACCGTAGTCAATTAGTTCCCCTCCCTGACCAGTCTCCATCTCAAAGGAAGACGA
CTCGACAAAGTCGACGATTTCGTTGAGGGAATCAAGGCGGTGGTTGAGCTCCAGGAGCTG
AGCTCTGAGAATGGAGTTCTCCGCCTCGATAGTGACGTAGTGCTCCGTCGTGACGGCGAT
CCCAGCGACGATATGGCCGTTTTCTTTACGTAGATGAGCGACCTGAGCCGCTAGATCGTC
CAAGTGCTGCTGCTTCCTCATCCTCGACCTCCTCGCCGACTCTCTGTTCGACTGCTTCCT
CTTTCTCTTCCGCTCGTCGAGTAGGTCACGTTGTCGGAGATCAGATTCCGAACAGGAGTT
TTGTAAACCGATCGTCGAAACAGACGAGTTGCTTGTCGAAGATCCCAGTTCAGTTTTATT
CATATTTAATATACCAAAAACACACAGAAAAATACTAGTTCAAATAAAAACGAATCTATA
GTAAGCCCAGATCTAAGGATTTCACTAATCACCGGAGACGACATGAATGTTTGAACATCA
AGATCCAGTTCTTTGCCACATCAATATTAGAAAAGGAAGAAAAAACAGAACAGGTTTTGT
TTCTCGAGAAAATAAAAAACTGAAAAAGTATAGAAAAAGGAAGACAAAAACACGAACAGT
TTTAGAAGTGATGTATGTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX60JQ U 1
AF RR1GK20JQ U 99
AF RR1GK20TF C 395
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BS 655 830 RR1GK20JQ
BS 831 1043 RR1GK20TF

RD RR1GX60JQ 654 0 0
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TCACTTATATAATATAGAGTTACATGATTACCCTTGATGTCATTCATATTCGTCACACTC
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GTTATAAAACCCTAGATTGAGAGTGTTCATCAGCCCGTCGTAAAATCCACCTCCGCCGCT
GGGGCCACCGTAGTCAATTAGTTCCCCTCCCTGACCAGTCTCCATCTCAAAGGAAGACGA
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TACAAACTAAAAAAACATAACATCACTTATATAATATAGAGTTACATGATTACCCTTGAT
GTCATT**TATTCGTCACACTCACGATGATGTCAACAGTTGAAAACATCACCAGCAGTAG
AAGCAGAAGCCATGATTGGTTGGTTATAAAACCCTAGATTGAGAGTGTTCATCAGCCCGT
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TCTCCATCTCAAAGGAAGACGACTCGACAAAGTCGACGATTTCGTTGAGGGAATCAAGGC
GGTGGTTGAGCTCCAGGAGCTGAGCTCTGAGAATGGAGTTCTCCGCCTCGATAGTGACGT
AGTGCTCCGTCGTGACGGCGATCCCAGCGACGATATGGCCGTTTTCTTTACGTAGATGAG
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ACTCTCTGTTCGACTGCTTCCTCTTTCTCTTCCGCTCGTCGAGTAGGTCACGTTGTCGGA
GATCAGATTCCGAACAGGAGTTTTGTAAACCGATCGTCGAAACAGACGAGTTGCTTGTCG
AAGATCCCAGTTCAGTTTTATTCATATTTAATATACCAAAAACACACAGAAAAATACTAG
TTCAAATAAAAA

QA 1 732 1 732
DS 

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GTCGAAGATCCCAGTTCAGTTTTATTCATATTTAATATACCAAAAACACACAGAAAAATA
CTAGTTCAAATAAAAACGAATCTATAGTAAGCCCAGATCTAAGGATTTCACTAATCACCG
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AAAAGGAAGACAAAAACACGAACAGTTTTAGAAGTGATGTATGTATTCC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 3

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CGACTCTATCTGTGCATAAACTTATTGGAGAAATGTAATAATAGACTTGAGGTGTTTCAT
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TTTATTGATCTAGCTTGTGAATCTTATTGAACCTCGATTTTTATCAAAATGTCGTACGCG
TCTTTTTGTCGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK17TF U 1
AF RR1C940TF U 19
AF RR1DK17JQ C 78
BS 1 659 RR1DK17TF
BS 660 673 RR1DK17JQ

RD RR1DK17TF 659 0 0
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CACTGGTCACATGGAAGGAGATAGCTCTCAGGGTTACGCGCTTCTTGTTCTTGGCATCCT
TACTTTCCTCCCTGGGTTCTATGAGACTCGGATTGCTTACTATTCGTGGAGAGGAGCTGA
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TTTATTGATCTAGCTTGTGAATCTTATTGAACCTCGATTTTTATCAAAATGTCGTACGC

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DS 

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GG
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CACCGAAGGCGTTTGATAGAGTTCCGTGGAAATCGATAGCGTTAGCTTTGTTTCTTCTGT
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ATAGCTCTCAGGGTTACGCGCTTCTTGTTCTTGGCATCCTTACTTTCCTCCCTGGGTTCT
ATGAGACTCGGATTGCTTACTATTCGTGGAGAGGAGCTGAAGGGTATCGTTTCGCAGCCA
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ATCTTATTGAACCTCGATTTTT

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DS 

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TGAATCTTATTGAACCTCGATTTTTATCAAAATGTCGTACGCGTCTTTTTGTCGGC

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 3

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TAAATTTAGAAACTACTCAAAACTGATGGTAAATTTTTAATTTGTTACAACAGCGTTATA
TCTGTTCTTACCAAATTATAATTTACACTGAAAGGCTGAGGCCTCCTCTTTCATACTTAC
TTATTCTTCCGTCTTCTTTTCTTCGAACTCGGTTCTTCTTCTTCATCATCATCATCATCC
ACCACCTTCTTCTTGCTCTTGCTCTTACTCTTCTTCTTCCGAGACGACTCTTTAGTGGTT
ACCTTACCAGGAGTGTCAACTAGTACAGGAGTACTGTCTCCATTCACAGCATCCCCTATT
GGGAACGAGCCTTCCTCGGCTTCCTCGAGTTGCCAGTTGCAGAAAAGCCCTCCATTGCTT
TTGCCGCTAGCCGACATTGGCAACGGCTCTCCTGCCCCGGGAAGCAAGCTGTTGAAAGTG
ACGTCCCCGTTTTTCCCACCTTTGCGCTCTAACAGGATCCGGTCTGGTCTGATTATTGTG
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DG90JQ U 1
AF RR1DF69JQ U 21
AF RR1DG90TF C 11
BS 1 68 RR1DG90JQ
BS 69 69 RR1DF69JQ
BS 70 154 RR1DG90JQ
BS 155 482 RR1DF69JQ
BS 483 716 RR1DG90TF

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TAAATTTAAAAACTACTCAAAACTGATGGTAAATTTTTAATTTGTTACAACAGCGTTATA
TCTGTTCTTACCAAATTATAATTTACACTGAAAG

QA 1 154 1 154
DS 

RD RR1DF69JQ 462 0 0
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AACTGATGGTAAATTTTTAATTTGTTACAACAGCGTTATATCTGTTTTTACCAAATTATA
ATTTACACTGAAAGGCTGAGGCCTCCTCTTTCATACTTACTTATTCTTCCGTCTTCTTTT
CTTCGAACTCGGTTCTTCTTCTTCATCATCATCATCATCCACCACCTTCTTCTTGCTCTT
GCTCTTACTCTTCTTCTTCCGAGACGACTCTTTAGTGGTTACCTTACCAGGAGTGTCAAC
TAGTACAGGAGTACTGTCTCCATTCACAGCATCCCCTATTGGGAACGAGCCTTCCTCGGC
TTCCTCGAGTTGCCAGTTGCAGAAAAGCCCTCCATTGCTTTTGCCGCTAGCCGACATTGG
CAACGGCTCTCCTGCCCCGGGAAGCAAGCTGTTGAAAGTGAC

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR1DG90TF 706 0 0
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AACTACTCAAAACTGATGGTAAATTTTTAATTTGTTACAACAGCGTTATATCTGTTCTTA
CCAAATTATAATTTACACTGAAAGGCTGAGGCCTCCTCTTTCATACTTACTTATTCTTCC
GTCTTCTTTTCTTCGAACTCGGTTCTTCTTCTTCATCATCATCATC***CACCACCTTCT
TCTTGCTCTTGCTCTTACTCTTCTTCTTCCGAGACGACTCTTTAGTGGTTACCTTACCAG
GAGTGTCAACTAGTACAGGAGTACTGTCTCCATTCACAGCATCCCCTCTTGGGAACGAGC
CTTCCTCGTCTTCCTCGAGTTGCCAGTTGCAGAAAAGCCCTCCATTGCTTTTGCCGCTAG
CCGACATTGGCAACGGCTCTCCTGCCCCGGGAAGCAAGCTGTTGAAAGTGACGTCCCCGT
TTTTCCCACCTTTGCGCTCTAACAGGATCCGGTCTGGTCTGATTATTGTGCCGAGAATGC
TTCGGTTCGGTCCTAAAGCTAGAATAGCTTTCGTGTTTGTTAAAGTAGACAAGGCCATTG
CAAACGCTGAACGAATCTGAAAGTAGTTGAATGAGCTCTTGCCAATGTCATTCTCTGGTG
TCTCTGGATCCTCGATAGAGATGAGCCCTGGCCGGGCTTGGTTCCC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL3471Contig1 1178 2 10 U
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GGGTATTGCTGTATTCAGCTTTTTATGAATTCTACCACTCAGGAGGAAGCTGTTAGGCAT
CTTGAGCATGCAAAGGCACACTTTGAAGAAGCATTGACAGCACGTCATAGAGGTTCAGAC
TCGAGAAAACTTGTTATAAAGGGCGTTAGAGGCAAAGGTGTCAATGAGAAGCTGAGTGAA
GAAGCTCTGGTTACGTTGTCCTCTCGGGTTAAAATGCAGATTGATGTGGTAAAGTCCTTC
ATCGATTCTGAAGGAGCACCATGGAAGCTTTCCTTGTTTGGAAATCCAAATGATTCAGAG
ACATCCAGGAGAAGATGTGAAATAGTGAAGACTCTTGTTGAGAAAAACTTTGACTTAGCT
TTTCAAGTTATATATGAATTTAAGCTCTCAGCTGTTGATATATATGCTGGTGTTGCTGCA
TCACTCGCCGATAGGAAGAAAGGCAGTCAGTTGACAGAACTATTCAAAAACATCAAAGGA
ACGATCCAAGATGATGACTGGGATCAGGTCCTGGGTGCTGCCATCAATGTATATGCCAAC
AAGCACAAAGAGCGCCCTGACCGTCTCATAGACATGTTAACAAGCAGCCATCGAAAGGTG
CTGGCTTGCGTGGTATGTGGCCGCCTGAAAAGGGCGTTCCAGATTGCGTCCAGAAGCGGT
AATGTGGCTGATGTTCAATATGTAGCTCATCAAGCCTCACATGCCAATTCGCACACTGTA
CTCGGTATGTGCAAGCAATGGCTATCTCAAAACATGTAAAGCCTTGTAATCTCCATGACA
TCGGTCCAAAGGCAACGTAAAAAAAAAACTCTCGAGGTACACATCGTTTTGGCTGATTCG
CGATTAGTCTTGCCTCAGCTTTTATTTTGTTCACTTCTAGTAAAATAGAAAGACTACATA
TGTTTTTTGTTTAAAATATCGAGGGCAGGTTGTTTAAAAAGAACCTGGTGGAAAATAGTT
TAATCACTCATATGAAGATCATTGACTGATGATTTTGAACTGCGAGAGATTGTGCAAATG
GAGAAAATGCATAGGTATACTTGTAAAAAAAATTTGGGTTCACCATGGTTGGCATTTACT
ATTTAATGTGAGATGGTGTCCTCGTTTTGTGTTGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G492TF U 1
AF RR1B618JQ C 360
BS 1 387 RR1G492TF
BS 388 388 RR1B618JQ
BS 389 693 RR1G492TF
BS 694 694 RR1B618JQ
BS 695 712 RR1G492TF
BS 713 713 RR1B618JQ
BS 714 737 RR1G492TF
BS 738 738 RR1B618JQ
BS 739 811 RR1G492TF
BS 812 1178 RR1B618JQ

RD RR1G492TF 814 0 0
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GGGTATTGCTGTATTCAGCTTTTTATGAATTCTACCACTCAGGAGGAAGCTGTTAGGCAT
CTTGAGCATGCAAAGGCACACTTTGAAGAAGCATTGACAGCACGTCATAGAGGTTCAGAC
TCGAGAAAACTTGTTATAAAGGGCGTTAGAGGCAAAGGTGTCAATGAGAAGCTGAGTGAA
GAAGCTCTGGTTACGTTGTCCTCTCGGGTTAAAATGCAGATTGATGTGGTAAAGTCCTTC
ATCGATTCTGAAGGAGCACCATGGAAGCTTTCCTTGTTTGGAAATCCAAATGATTCAGAG
ACATCCAGGAGAAGATGTGAAATAGTGGAGACTCTTGTTGAGAAAAACTTTGACTTAGCT
TTTCAAGTTATATATGAATTTAAGCTCTCAGCTGTTGATATATATGCTGGTGTTGCTGCA
TCACTCGCCGATAGGAAGAAAGGCAGTCAGTTGACAGAACTATTCAAAAACATCAAAGGA
ACGATCCAAGATGATGACTGGGATCAGGTCCTGGGTGCTGCCATCAATGTATATGCCAAC
AAGCACAAAGAGCGCCCTGACCGTCTCATAGACATGTTAACAAGCAGCCATCGAAAGGTG
CTGGCTTGCGTGGTATGTGGCCGCCTGAAAAGG*CGTTCCAGATTGCGTCCA*AAGCGGT
AATGTGGCTGATGTTCA*TATGTAGCTCATCAAGCCTCACATGCCAATTCGCACACTGTA
CTCGGTATGTGCAAGCAATGGCTATCTCAAA
CAT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR1B618JQ 819 0 0
TGCTTT
CAGGAGAAGATGTGAAATAGTGAAGACTCTTGTTGAGAAAAACTTTGACTTGGCTTTTCA
AGTTATATATGAATTTAAGCTCTCAGCTGTTGATATATATGCTGGTGTTGCTGCATCACT
CGCCGATAGGAAGAAAGGCAGTCAGTTGACAGAACTATTCAAAAACATCAAAGGAACGAT
CCAAGATGATGACTGGGATCAGGTCCTGGGTGCTGCCATCAATGTATATGCCAACAATCA
CAAAGAGCGCCCTGACCGTTTCATAGACATGTTAACAAGCAGCCATCGAAAGGTGCTGGC
TTGCGTGGTATGTGGCCGCCTGAAAAGGGCGTTCCAGATTGCGTCCAGAAGCGGTAATGT
GGCTGATGTTCAATATGTAGCTCATCAAGCCTCACATGCCAATTCGCACACTGTACTCGG
TATGTGCAAGCAATGGCTATCTCAAAACATGTAAAGCCTTGTAATCTCCATGACATCGGT
CCAAAGGCAACGTAAAAAAAAAACTCTCGAGGTACACATCGTTTTGGCTGATTCGCGATT
AGTCTTGCCTCAGCTTTTATTTTGTTCACTTCTAGTAAAATAGAAAGACTACATATGTTT
TTTGTTTAAAATATCGAGGGCAGGTTGTTTAAAAAGAACCTGGTGGAAAATAGTTTAATC
ACTCATATGAAGATCATTGACTGATGATTTTGAACTGCGAGAGATTGTGCAAATGGAGAA
AATGCATAGGTATACTTGTAAAAAAAATTTGGGTTCACCATGGTTGGCATTTACTATTTA
ATGTGAGATGGTGTCCTCGTTTTGTGTTGGATT

QA 7 819 7 819
DS 



AS 1 3

CO CL3472Contig1 1102 3 8 U
GGGCCTCTTGCCTCCTCGTCACTCATATCTCACATAGCTAAACAATGGTGTTTGTGAAGC
CATCCAAGTCGAATGCTTACTTCAAGAGGTACCAAGTCAAGTTCAGGAGAAGGAGAGCTG
GAAAGACTGATTACAGAGCAAGAATCCGTCTCATCAACCAAGACAAGAACAAGTACAACA
CCCCCAAGTACCGTTTCGTTGTCCGTTTCACCAACAAAGACATCGTCGCGCAAATCGTGT
CCGCGAGCATAGCTGGTGACATTGTCAAGGCCTCTGCTTATGCTCATGAGCTTCCTCAAT
ATGGGCTCACTGTTGGGCTCTCCAACTATGCTGCAGCTTACTGTACTGGCCTTCTCTTGG
CTCGCCGTGTGTTGAAGATGTTGGAAATGGATGAAGAGTATGAAGGCAACGTGGAGGCCA
CTGGAGAAGACTTTTCCGTGGAACCCACCGATTCAAGGAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTG
ACGTCGGTCTTATCAGGACCACAACAGGAAACCGTGTCTTCGGTGCACTCAAGGGTGCAT
TGGACGGAGGTCTTGATATCCCTCACAGTGACAAGAGATTCGCCGGTTTCAACAAAGAAA
ACAAACAGCTTGATGCTGAGATCCACAGGAACTACATCTACGGTGGCCATGTTTCGAATT
ATATGAAGATGTTGAATGAAGATGAGCCGGAAAAGTTTCAGACTCACTTCAGTCAGTACT
TGAAGAAAGGAGTTGATGCCGAGAGCATGGAGGAGTTGTACAAGAAGGTTCATGCAGCCA
TCCGCGCTGATCCTAACCCAAAGAAGACGGAGAAACCTGCTCCCAAGGCACACAAGAGGT
ACAATTTGAAGAAGTTGACCTATGAAGAAAGGAAAAACAAGTTGATTGAGAGAGTTAAGG
CATTCAATGGAGCAGCTGGTGGTGATGACGATGATGAGGAGGATGAAGAATAAATCAGTG
CAACTCTTATTGTCTCATGATGTTGTCTCTTGTAGCTTTTTACTGTTTTGAGCTTAAAGC
CTCTTTTATTCTATTTTCAAGACTAAAACACTCAGTTTTTGTTTTCACATTTGAATTGGG
TTATCTGAGGATTTACTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM61TF U 23
AF RR1FE67TF U 1
AF RR1DM61JQ C 419
BS 1 451 RR1FE67TF
BS 452 452 RR1DM61TF
BS 453 469 RR1FE67TF
BS 470 470 RR1DM61TF
BS 471 767 RR1FE67TF
BS 768 768 RR1DM61JQ
BS 769 791 RR1FE67TF
BS 792 1102 RR1DM61JQ

RD RR1DM61TF 564 0 0
GG
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AGAGGTACCAAGTCAAGTTCAGGAGAAGGAGAGCTGGAAAGACTGATTACAGAGCAAGAA
TCCGTCTCATCAACCAAGACAAGAACAAGTACAACACCCCCAAGTACCGTTTCGTTGTCC
GTTTCACCAACAAAGACATCGTCGCGCAAATCGTGTCCGCGAGCATAGCTGGTGACATTG
TCAAGGCCTCTGCTTATGCTCATGAGCTTCCTCAATATGGGCTCACTGTTGGGCTCTCCA
ACTATGCTGCAGCTTACTGTACTGGCCTTCTCTTGGCTCGCCGTGTGTTGAAGATGTTGG
AAATGGATGAAGAGTATGAAGGCAACGTGGGGGCCACTGGAGAAGACTTTTCCGTGGAAC
CCACCGATTCAAGGAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTGACGTCGGTCTTATCAGGACCACAA
CAGGAAACCGTGTCTTCGGTGCACTCAAGGGTGCATTGGACGGAGGTCTTGATATCCCTC
ACAGTGACAAGAGATTCGCCGG

QA 3 564 3 564
DS 

RD RR1FE67TF 791 0 0
GGGCCTCTTGCCTCCTCGTCACTCATATCTCACATAGCTAAACAATGGTGTTTGTGAAGC
CATCCAAGTCGAATGCTTACTTCAAGAGGTACCAAGTCAAGTTCAGGAGAAGGAGAGCTG
GAAAGACTGATTACAGAGCAAGAATCCGTCTCATCAACCAAGACAAGAACAAGTACAACA
CCCCCAAGTACCGTTTCGTTGTCCGTTTCACCAACAAAGACATCGTCGCGCAAATCGTGT
CCGCGAGCATAGCTGGTGACATTGTCAAGGCCTCTGCTTATGCTCATGAGCTTCCTCAAT
ATGGGCTCACTGTTGGGCTCTCCAACTATGCTGCAGCTTACTGTACTGGCCTTCTCTTGG
CTCGCCGTGTGTTGAAGATGTTGGAAATGGATGAAGAGTATGAAGGCAACGTGGAGGCCA
CTGGAGAAGACTTTTCCGTGGAACCCACCGAGTCAAGGAGACCTTTCCGCGCTCTTCTTG
ACGTCGGTCTTATCAGGACCACAACAGGAAACCGTGTCTTCGGTGCACTCAAGGGTGCAT
TGGACGGAGGTCTTGATATCCCTCACAGTGACAAGAGATTCGCCGGTTTCAACAAAGAAA
ACAAACAGCTTGATGCTGAGATCCACAGGAACTACATCTACGGTGGCCATGTTTCGAATT
ATATGAAGATGTTGAATGAAGATGAGCCGGAAAAGTTTCAGACTCACTTCAGTCAGTACT
TGAAGAAAGGAGTTGATGCCGAGAGCATGGAGGAGTTGTACAAGAAG*TTCATGCAGCCA
TCCGCGCTGAT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1DM61JQ 684 0 0
CACTGGAGAAGACTTTTCCGTGGAACCCACCGATTCAAGGAGACCTTTCCGTGCTCTTCT
TGACGTCGGTCTTATCAGGACCACAACAGGAAACCGTGTCTTCGGTGCACTCAAGGGTGC
ATTGGACGGAGGTCTTGATATCCCTCACAGTGACAAGAGATTCGCCGGTTTCAACAAAGA
AAACAAACAGCTTGATGCTGAGATCCACAGGAACTACATCTACGGTGGCCATGTTTCGAA
TTATATGAAGATGTTGAATGAAGATGAGCCGGAAAAGTTTCAGACTCACTTCAGTCAGTA
CTTGAAGAAAGGAGTTGATGCCGAGAGCATGGAGGAGTTGTACAAGAAGGTTCATGCAGC
CATCCGCGCTGATCCTAACCCAAAGAAGACGGAGAAACCTGCTCCCAAGGCACACAAGAG
GTACAATTTGAAGAAGTTGACCTATGAAGAAAGGAAAAACAAGTTGATTGAGAGAGTTAA
GGCATTCAATGGAGCAGCTGGTGGTGATGACGATGATGAGGAGGATGAAGAATAAATCAG
TGCAACTCTTATTGTCTCATGATGTTGTCTCTTGTAGCTTTTTACTGTTTTGAGCTTAAA
GCCTCTTTTATTCTATTTTCAAGACTAAAACACTCAGTTTTTGTTTTCACATTTGAATTG
GGTTATCTGAGGATTTACTTCTTT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 3

CO CL3473Contig1 931 3 7 U
TTTTTGACGAAAGAAGCTTCTTCGCTCTTCTCCTCTCGTCCTTTTAGAACTTTTCGTCGT
CTTTCGATCGTCAACGCGTTTCTTCTCATCTGCGATTTCCTCGAAGCTTCAGATCAACGA
TCATGGCCACCTCTGGAAACAAGAACATCAACGCCAAATTGGTATTGCTTGGAGATGTTG
GTGCTGGAAAGTCAAGTCTTGTGCTTCGGTTTGTTAAAGATCAGTTTGTTGAGTCCCAGG
AATCAACCATAGGTGCAGCTTTTTTCTCTCAGACATTGGCTGTGAATGACGCTACTGTCA
AGTTTGAAATATGGGATACAGCTGGTCAGGAACGTTACCATAGCTTGGCTCCAATGTACT
ACAGGGGTGCAGCTGCCGCCATTATTGTCTTTGACATTACTAATCAAGCCTCTTTTGAGA
GGGCGAAGAAATGGGTTCAGGAACTGCAGGCACAAGGTAACCCTAATATGGTGATGGCTC
TTGCTGGAAACAAAGCTGATTTATTAGATGCAAGGAAAGTGTCTCCAGAGGAGGCAGAGA
CATATGCACAAGAGAACAGCCTTTTCTTCATGGAAACCTCAGCGAAGACTGCAACTAATG
TCAAAGACATCTTCTACGAAATCGCAAAAAGGCTACCACGTGTGCAGCCAGCAGAGAACC
CAACAGGAATGGTTATCCCAAACGGTCCCGGAGCTACGGCAGCAAGCGCATCATGTTGTG
CTTAGTCAGCAGTAGATCTCTCTCTTCTTCTTATCTGGACATTGTCGCTTTGAATTGCAT
TGACAAGAAAAGTGTATAAAGCCAATGATATTTTCCAACTATGGTGAATCTTAAAGATAT
TTGTATTTGAAAGAGGGTTTGGATCTCATTTGTAATTAGATTCCATAACTCTCTGTGCAT
GTGTTTTTACTTCTATATATTTTGTGCACCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FM56TF U 1
AF RR1G992TF U 1
AF RR1G992JQ C 174
BS 1 234 RR1FM56TF
BS 235 235 RR1G992TF
BS 236 346 RR1FM56TF
BS 347 347 RR1G992TF
BS 348 626 RR1FM56TF
BS 627 680 RR1G992TF
BS 681 931 RR1G992JQ

RD RR1FM56TF 626 0 0
TTTTTGACGAAAGAAGCTTCTTCGCTCTTCTCCTCTCGTCCTTTTAGAACTTTTCGTCGT
CTTTCGATCGTCAACGCGTTTCTTCTCATCTGCGATTTCCTCGAAGCTTCAGATCAACGA
TCATGGCCACCTCTGGAAACAAGAACATCAACGCCAAATTGGTATTGCTTGGAGATGTTG
GTGCTGGAAAGTCAAGTCTTGTGCTTCGGTTTGTTAAAGATCAGTTTGTTGAGTTCCAGG
AATCAACCATAGGTGCAGCTTTTTTCTCTCAGACATTGGCTGTGAATGACGCTACTGTCA
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ACAGGGGTGCAGCTGCCGCCATTATTGTCTTTGACATTACTAATCAAGCCTCTTTTGAGA
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TCAAAGACATCTTCTACGAAATCGCA

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1G992TF 680 0 0
TTTTTGACGAAAGAAGCTTCTTCGCTCTTCTCCTCTCGTCCTTTTAGAACTTTTCGTCGT
CTTTCGATCGTCAACGCGTTTCTTCTCATCTGCGATTTCCTCGAAGCTTCAGATCAACGA
TCATGGCCACCTCTGGAAACAAGAACATCAACGCCAAATTGGTATTGCTTGGAGATGTTG
GTGCTGGAAAGTCAAGTCTTGTGCTTCGGTTTGTTAAAGATCAGTTTGTTGAGTCCCAGG
AATCAACCATAGGTGCAGCTTTTTTCTCTCAGACATTGGCTGTGAATGACGCTACTGTCA
AGTTTGAAATATGGGATACAGCTGGTCAGGAACGTTACCATAGCTTGGCTCCAATGTACT
ACAGGGGTGCAGCTGCCGCCATTATTGTCTTTGACATTACTAATCAAGCCTCTTTTGAGA
GGGCGAAGAAATGGGTTCAGGAACTGCAGGCACAAGGTAACCCTAATATGGTGATGGCTC
TTGCTGGAAACAAAGCTGATTTATTAGATGCAAGGAAAGTGTCTCCAGAGGAGGCAGAGA
CATATGCACAAGAGAACAGCCTTTTCTTCATGGAAACCTCAGCGAAGACTGCAACTAATG
TCAAAGACATCTTCTACGAAATCGCAAAAAGGCTACCACGTGTGCAGCCAGCAGAGAACC
CAACAGGAATGGTTATCCCA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1G992JQ 758 0 0
GATGTTGGTGCTGGAAAGTCAAGTCTTGTGCTTCGGTTTGTTAAAGATCAGTTTGTTGAG
TCCCAGGAATCAACCATAGGTGCAGCTTTTTTCTCTCAGACATTGGCTGTGAATGACGCT
ACTGTCAAGTTTGAAATATGGGATACAGCTGGTCAGGAACGTTACCATAGCTTGGCTCCA
ATGTACTACAGGGGTGCAGCTGCCGCCATTATTGTCTTTGACATTACTAATCAAGCCTCT
TTTGAGAGGGCGAAGAAATGGGTTCAGGAACTGCAGGCACAAGGTAACCCTAATATGGTG
ATGGCTCTTGCTGGAAACAAAGCTGATTTATTAGATGCAAGGAAAGTGTCTCCAGAGGAG
GCAGAGACATATGCACAAGAGAACAGCCTTTTCTTCATGGAAACCTCAGCGAAGACTGCA
ACTAATGTCAAAGACATCTTCTACGAAATCGCAAAAAGGCTACCACGTGTGCAGCCAGCA
GAGAACCCAACAGGAATGGTTATCCCAAACGGTCCCGGAGCTACGGCAGCAAGCGCATCA
TGTTGTGCTTAGTCAGCAGTAGATCTCTCTCTTCTTCTTATCTGGACATTGTCGCTTTGA
ATTGCATTGACAAGAAAAGTGTATAAAGCCAATGATATTTTCCAACTATGGTGAATCTTA
AAGATATTTGTATTTGAAAGAGGGTTTGGATCTCATTTGTAATTAGATTCCATAACTCTC
TGTGCATGTGTTTTTACTTCTATATATTTTGTGCACCG

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 3

CO CL3474Contig1 771 3 3 U
AAATAGGTTTACGTATTGTTCAGAATGGAGACATTCTATTACAGAATGTCTTTGTTCCGG
ATGAGGAGCGGTTACCTGGGGTAAATTCATTTCAGGACACAAGCAAGGTCCTGGCTGTCT
CACGTGTAATGGTGGCCTGGCAACCAATTGGTATATCAATGGGAGTTTACGATATGTGTC
ACAGGTATCTAAAGGAGAGGAAACAGTTTGGAGCACCGTTGGCTGCTTTCCAGATAAACC
AACAGAAGCTTGTGAAGATGCTGGGCAATGTTCAAGCGATGTTTATGATGGGTTGGCGCC
TCTGCAAGCTATATGAGACGGGTCAGATGACTCCAGGTCAAGCCAGTTTAGGAAAGGCAT
GGATTACATCCAAGGCAAGGGAAACTGCTTCGCTAGGTCGGGAATTACTCGGTGGGAATG
GAGTTTTAGGGGATTTTCTGGTGGCAAAGGCTTTCGGTGACCTTGAACCCATTTTCACAT
ACGAAGGGACGTACGACATAAACACCTTAGTGACGGGGAGGGAAGTTACCGGGATTGCGA
GTTTCAAACCGCCAGCTTCACGGGGCCGTAGCCGTCTTTAAGGTTGTGCAGTGTTTGTTG
CTGTTGGCTGCTAATTATATTTACCTGGAGTACAAAGTGCGCCAGATAATATTGGCATAA
AGGGACATATTGCAATAATGGGCCCGTGCTCTGTAAGGCATGTAGGGTGGGAATATTCCT
TTCGTAAACATTTAATGAATTCAAGTATGAAATGATAAATTACTTTTCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1AJ27JQ C 1
AF RR1G778TF U 253
AF RR1G910TF U 253
BS 1 253 RR1AJ27JQ
BS 254 766 RR1G778TF
BS 767 771 RR1AJ27JQ

RD RR1AJ27JQ 771 0 0
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ATGAGGAGCGGTTACCTGGGGTAAATTCATTTCAGGACACAAGCAAGGTCCTGGCTGTCT
CACGTGTAATGGTGGCCTGGCAACCAATTGGTATATCAATGGGAGTTTACGATATGTGTC
ACAGGTATCTAAAGGAGAGGAAACAGTTTGGAGCACCGTTGGCTGCTTTCCAGATAAACC
AACAGAAGCTTGTGAAGATGCTGGGCAATGTTCAAGCGATGTTTATGATGGGTTGGCGCC
TCTGCAAGCTATATGAGACGGGTCAGATGACTCCAGGTCAAGCCAGTTTAGGAAAGGCAT
GGATTACATCCAAGGCAAGGGAAACTGCTTCGCTAGGTCGGGAATTACTCGGTGGGAATG
GAGTTTTAGGGGATTTTTTGGTGGCAAAGGCTTTCGGTGACCTTGAACCCATTTTCACAT
ACGAAGGGACGTACGACATAAACACCTTAGTGACGGGGAGGGAAGTTACCGGGATTGCGA
TTTTCAAACCGCCAGCTTCACGGGGCCGTAGCCGTCTTTAAGGTTGTGCAGTGTTTGTTG
CTGTTGGCTGCTAATTATATTTACCTGGAGTACAAAGTGCGCCAGATAATATTGGCATAA
AGGGACATATTGCAATAATGGGCCCGTGCTCTGTAAGGCATGTAGGGTGGGAATATTCCT
TTCGTAAACATTTAATGAATTCAAGGATGAAATGATAAATTACTTTTCGTT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1G778TF 516 0 0
G
GAAGATGCTGGGCAATGTTCAAGCGATGTTTATGATGGGTTGGCGCCTCTGCAAGCTATA
TGAGACGGGTCAGATGACTCCAGGTCAAGCCAGTTTAGGAAAGGCATGGATTACATCCAA
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TTTTCTGGTGGCAAAGGCTTTCGGTGACCTTGAACCCATTTTCACATACGAAGGGACGTA
CGACATAAACACCTTAGTGACGGGGAGGGAAGTTACCGGGATTGCGAGTTTCAAACCGCC
AGCTTCACGGGGCCGTAGCCGTCTTTAAGGTTGTGCAGTGTTTGTTGCTGTTGGCTGCTA
ATTATATTTACCTGGAGTACAAAGTGCGCCAGATAATATTGGCATAAAGGGACATATTGC
AATAATGGGCCCGTGCTCTGTAAGGCATGTAGGGTGGGAATATTCCTTTCGTAAACATTT
AATGAATTCAAGTATGAAATGATAAATTACTTT
TC

QA 2 514 2 514
DS 

RD RR1G910TF 514 0 0
G
GAAGATGCTGGGCAATGTTCAAGCGATGTTTATGATGGGTTGGCGCCTCTGCAAGCTATA
TGAGACGGGTCAGATGACTCCAGGTCAAGCCAGTTTAGGAAAGGCATGGATTACATCCAA
GGCAAGGGAAACTGCTTCGCTAGGTCGGGAATTACTCGGTGGGAATGGAGTTTTAGGGGA
TTTTCTGGTGGCAAAGGCTTTCGGTGACCTTGAACCCATTTTCACATACGAAGGGACGTA
CGACATAAACACCTTAGTGACGGGGAGGGAAGTTACCGGGATTGCGAGTTTCAAACCGCC
AGCTTCACGGGGCCGTAGCCGTCTTTAAGGTTGTGCAGTGTTTGTTGCTGTTGGCTGCTA
ATTATATTTACCTGGAGTACAAAGTGCGCCAGATAATATTGGCATAAAGGGACATATTGC
AATAATGGGCCCGTGCTCTGTAAGGCATGTAGGGTGGGAATATTCCTTTCGTAAACATTT
AATGAATTCAAGTATGAAATGATAAATTACTTT

QA 2 514 2 514
DS 



AS 1 3

CO CL3475Contig1 690 3 2 U
GGATCACAAATCTCATTCATACCACTTCCCAAAACAACAACAAATCTTAACCCGAGTTCG
AATCGCGATGGAGACCACGGGAAAAGCGAAGAAGGCTTTCGGAGGAAGAAAAGCCGGTGG
CCCCAAATCAGTCTCGAAATCGATCAAAGCCGGTCTCCAGTTCCCTGTCGGGAGAATCAC
CCGTTTCCTCAAGAAGGGACGTTACGCACAGAGGCTCGGCGGTGGCGCTCCGGTCTACAT
GGCCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCCGCCGAAGTTCTGGAGCTTGCTGGTAACGCTGCGAG
AGACAACAAGAAGTCGAGAATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAGGAACGATGA
AGAGTTGGGGAAGCTTCTCAGCGGAGTCACCATCGCTCACGGTGGTGTCTTGCCCAACAT
TAACTCCGTTCTTTTGCCTAAGAAGTCTGCTAAATCAAGCGAGGAAGCTGCTGCTGCACC
TAAGTCGCCTGGCAAATCTCCCAAGAAGGCCTAATCTTTCTCTCGACCGTTAATTTCATT
TTCACCAGTTTTAGTTTATGTGTGTTTGGTTACTTTTGTCTTGAGACTATGTAGAAAAAT
CTAGCTTTTTAATTTT*ATGTGATTTGGATTTGAGTTCTCTTCAGATCCACAACTTTTCT
CTAAGAACATGTTATAAAACCTTTTGCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1G504TF U 478
AF RR1DE31TF U 1
AF RR1DE31JQ C 273
BS 1 689 RR1DE31TF
BS 690 690 RR1DE31JQ

RD RR1G504TF 154 0 0
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ATTTTCACCAGTTTTAGTTTATGTGTGTTTGGTTACTTTTGTCTTGAGACTATGTAGAAA
AATCTAGCTTTTTAATTTTGATGTGATTTGGATT

QA 1 154 1 154
DS 

RD RR1DE31TF 689 0 0
GGATCACAAATCTCATTCATACCACTTCCCAAAACAACAACAAATCTTAACCCGAGTTCG
AATCGCGATGGAGACCACGGGAAAAGCGAAGAAGGCTTTCGGAGGAAGAAAAGCCGGTGG
CCCCAAATCAGTCTCGAAATCGATCAAAGCCGGTCTCCAGTTCCCTGTCGGGAGAATCAC
CCGTTTCCTCAAGAAGGGACGTTACGCACAGAGGCTCGGCGGTGGCGCTCCGGTCTACAT
GGCCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCCGCCGAAGTTCTGGAGCTTGCTGGTAACGCTGCGAG
AGACAACAAGAAGTCGAGAATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAGGAACGATGA
AGAGTTGGGGAAGCTTCTCAGCGGAGTCACCATCGCTCACGGTGGTGTCTTGCCCAACAT
TAACTCCGTTCTTTTGCCTAAGAAGTCTGCTAAATCAAGCGAGGAAGCTGCTGCTGCACC
TAAGTCGCCTGGCAAATCTCCCAAGAAGGCCTAATCTTTCTCTCGACCGTTAATTTCATT
TTCACCAGTTTTAGTTTATGTGTGTTTGGTTACTTTTGTCTTGAGACTATGTAGAAAAAT
CTAGCTTTTTAATTTT*ATGTGATTTGGATTTGAGTTCTCTTCAGATCCACAACTTTTCT
CTAAGAACATGTTATAAAACCTTTTGCAC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1DE31JQ 418 0 0
TTCTGGAGCTTGCTGGTAACGCTGCGAGAGACAACAAGAAGTCGAGAATCATCCCGAGGC
ATTTTCTTTTGGCGATTAGGAACGATGAAGAGTTGGGGAAGCTTTTCAGCGGAGTCACCA
TCGCTCACGGTGGTGTCTTGCCCAACATTAACTCCGTTTTTTTGCCTAAGAAGTTTGCTA
AATCAAGCGAGGAAGCTGCTGCTGCACCTAAGTCGCCTGGCAAATCTCCCAAGAAGGCCT
AATCTTTCTCTCGACCGTTAATTTCATTTTCACCAGTTTTAGTTTATGTGTGTTTGGTTA
CTTTTGTCTTGAGACTATGTAGAAAAATCTAGCTTTTTAATTTT*ATGTGATTTGGATTT
GAGTTCTTTTCAGATCCACAACTTTTTTTTAAGAACATGTTATAAAACCTTTTGCACT

QA 1 418 1 418
DS 



AS 1 3

CO CL3476Contig1 652 3 8 U
GGAGGCAACACTGAGTTTAATACTGTAGGATATACAACAACAAAAACTCTTTTCTTCACC
CAAAAGCTAGGTTTATTTCATGGGTTTTTGGTTTTAAATATCTTTCAAACTACAAGAGAG
AAATAATTTTGTTTCTTCTTCTCCAAGAAACGAACCACAGATTGATTGAGACTTCCTTTA
AGACACCATGGACAAAGTTGTGAGAATGTCTTCGGAGAAAGGAGTTGTTATATTCAGCAA
GAGCTCGTGTTGCATGTCCTATGCGGTCCAGGTCCTCTTCCAAGACCTCGGGGTTCACCC
GACCGTCCATGAGATAGACAAGGACCCTGATTGTCGTGAGATAGAGAAATCCCTAATGAG
GCTCGGGTGTTCCACACCAGTCCCAGCCATCTTTGTGGATGGGAAGCTCGTTGGTTCGAC
CAATGAAGTCATGTCGATGCACCTTAGCGGCTCGCTTGTTCCGCTCGTTAAGCCATTTCA
AGCCAATCTATGTTAAAAAATGTGTTCTTACTTTTTAATCTAAACATATAATTCAATAAG
AAACAATCTAAAACACAATCTTATAGCCGATGCAAGTATGCAACCTTCGTAATATAACTT
TATAAATATTGTTTGTTTGTAATTTTATTGAAGTGATCCCTATAATAATTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A130TF U 8
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TCTA

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DS 



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GATGTGGAGG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR01TF U 1
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GG
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QA 3 583 3 583
DS 

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AAGAGGGAGATTCTGATGTCTCCGATGCTATAGCTGCTCAGGTTCGTCGGTTGGCTATGG
AGGTTCGACAGCTAGCTTCAGCAAGTCAGATAACCGTCATGAATGGAGTTTCTGGTGCAA
ACTTGCAAGCTCTTGCTGTTCCTGCTGCGGCGTTGGGAGCTTTAGGATATGGTTATATGT
GGTGGAAGGGACTCTCTTTCACTGACCTTATGTATGTGACAAAAGCCAACATGGCTACTG
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DS 

RD RR1DK85JQ 729 0 0
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GCTCACGGTAGAAAGGCTCTCTTATATTTATATTCGTTGGCTTGGTTTGTCTCTCCTCCC
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TGACATGGGCATGTGTTGTGTCCGCTTTTTTGGACCTTTGAAGCAAATAAAATAAAGTTG
ATGTGGAGG

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 3

CO CL3478Contig1 701 3 7 U
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TAAGCCTGCCAAAGATGAGAAAGATGAAAAAGCGCCTCCTCCTGCTAAAGTTTCCCCTAA
AGTTGAGACGATTCATTGTGAAACTAGGCGTGGAAGTTTTTTTTCATCCATAGCTGATGG
GTTTAATTGGGGAGCTGGAAATGCGATGGGACACAGATTCGTTGAATCCATTTTTGGTCC
TAGAACCATTAAAACAGAAGTTGTTTTACCAGAGAAAGTTGAAGTAGCTGCTGTCTCTGC
CATTGATGATAACGATAAATACAAGGACTACACTGAATCATGTAGCATAAGCTATAATGC
ATTTCAAGAATGCTTGAACGTGGAAGGGAATAAACTAAGCAAATGTCACGTATTCATGGA
TTCGCTCTTCGAGTGCAGGAAGAACTCTAGTTCCTTCAACTTCTAAGTTCTTGGGATTTT
ATAATTCTATTTTTCTTTCTTATTTAGTGTTTTCCAATAAATTAAGATGTAAAAACTCTC
GTTGATTAAATCGTTTATCATGTGGCTGTGTTTCTTGGTTAATTTGACCACCATGTCTAT
GAATTATCGTATGTCTTGGATAAAATAAAGTCTTTTAGTCT


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B696TF U 3
AF RR1AO15JQ C 1
AF RR1AO15TF U 1
BS 1 2 RR1AO15JQ
BS 3 323 RR1B696TF
BS 324 324 RR1AO15TF
BS 325 418 RR1B696TF
BS 419 419 RR1AO15TF
BS 420 569 RR1B696TF
BS 570 701 RR1AO15TF

RD RR1B696TF 567 0 0
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GATCATATTCAACTCGGCCTAAAGTTCGATCTACATCATTTTTTCATAAGAAAGCAGCTA
AGCCTGCCAAAGATGAGAAAGATGAAAAAGCGCCTCCTCCTGCTAAAGTTTCCCCTAAAG
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TTAATTGGGGAGCTGGAAATGCGATGGGACACAGATTCGTTGAATCCATTTTTGGTCCTA
GAACCATTAAAACAGAAGTTGCTTTACCAGAGAAAGTTGAAGTAGCTGCTGTCTCTGCCA
TTGATGATAACGATAAATACAAGGACTACACTGAATCATGTAGCATAAGCTATAATTCAT
TTCAAGAATGCTTGAACGTGGAAGGGAATAAACTAAGCAAATGTCACGTATTCATGGATT
CGCTCTTCGAGTGCAGGAAGAACTCTAGTTCCTTCAACTTCTAAGTTCTTGGGATTTTAT
AATTCTATTTTTCTTTCTTATTTAGTG

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1AO15JQ 701 0 0
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CAGATCATATTCAACTCGGCCTAAAGTTCGATCTACATCATTTTTTCATAAGAAAGCAGC
TAAGCCTGCCAAAGATGAGAAAGATGAAAAAGCGCCTCCTCCTGCTAAAGTTTCCCCTAA
AGTTGAGACGATTCATTGTGAAACTAGGCGTGGAAGTTTTTTTTCATCCATAGCTGATGG
GTTTAATTGGGGAGCTGGAAATGCGATGGGACACAGATTCGTTGAATCCATTTTTGGTCC
TAGAACCATTAAAACAGAAGTTGTTTTACCAGAGAAAGTTGAAGTAGCTGCTGTCTCTGC
CATTGATGATAACGATAAATACAAGGACTACACTGAATCATGTAGCATAAGCTATAATGC
ATTTCAAGAATGCTTGAACGTGGAAGGGAATAAACTAAGCAAATGTCACGTATTCATGGA
TTCGCTCTTCGAGTGCAGGAAGAACTCTAGTTCCTTCAACTTCTAAGTTCTTGGGATTTT
ATAATTCTATTTTTCTTTCTTATTTAGTGTTTTCCAATAAATTAAGATGTAAAAACTCTC
GTTGATTAAATCGTTTATCATGTGGCTGTGTTTCTTGGTTAATTTGACCACCATGTCTAT
GAATTATCGTATGTCTTGGATAAAATAAAGTCTTTTAGTCT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1AO15TF 701 0 0
GG
GGGCATATCATTCGATCAGTTCGAGAATGGGTCGCCGCGGATACGGTGGTGGAGGACGCA
GATCATATTCAACTCGGCCTAAAGTTCGATCTACATCATTTTTTCATAAGAAAGCAGCTA
AGCCTGCCAAAGATGAGAAAGATGAAAAAGCGCCTCCTCCTGCTAAAGTTTCCCCTAAAG
TTGAGACGATTCATTGTGAAACTAGGCGTGGAAGTTTTTTTTCATCCATAGCTGATGGGT
TTAATTGGGGAGCTGGAAATGCGATGGGACACAGATTCGTTGAATCCATTTTTGGTCCTA
GAACCATTAAAACAGAAGTTGTTTTACCAGAGAAAGTTGAAGTAGCTGCTGTCTCTGCCA
TTGATGATAACGATAAATACAAGGACTACACTGAATCATGTAGCATAAGCTATAATGCAT
TTCAAGAATGCTTGAACGTGGAAGGGAATAAACTAAGCAAATGTCACGTATTCATGGATT
CGCTCTTCGAGTGCAGGAAGAACTCTAGTTCCTTCAACTTCTAAGTTCTTGGGATTTTAT
AATTCTATTTTTCTTTCTTATTTAGTGTTTTCCAATAAATTAAGATGTAAAAACTCTCGT
TGATTAAATCGTTTATCATGTGGCTGTGTTTCTTGGTTAATTTGACCACCATGTCTATGA
ATTATCGTATGTCTTGGATAAAATAAAGTCTTTTAGTCT

QA 3 701 3 701
DS 



AS 1 3

CO CL3479Contig1 1155 3 9 U
GGGGCTAGAGAGATAGAAAAAGCTATGGCGGACGAAGAAGACGAGTCACCGGAGACAGAG
CTAAGTTACTATCAGAAGAAGGAAATCGCGAAATGGTTCCTCCTCAACGCTCCCGCTGGC
GAAATCAATTACGTCGCCAAAGATTTAAAGGCGGTTTTGAGCGATGAGGAAGTGTACAAC
GAGGCAGCCATGGAGGCGTTTCCAGTGTACAATAAGTCTCACATGATCTGCCTTGAAATG
CCTAATAGGGCGGGTGATGTGATTGTTTCATCTTACAGTGAAATTACAGAGAATGAGTAC
CTTGATCCAAGAACTGCCCAGGTTGCCATTGTTGATCACGTCAAACAGATTTGTACAAAT
GTAAGACCTGCTGACGATGAAGAACTTCCATCTTCGTATATTGAGGAATTCAGATGTGCC
CTTGATGCTGAAATCCAGAGATACGTTAGTGAATCTTACCCGAAAGGTGTGTCCGCAGTT
AACTGTGTGAAAGGCAAAGATGCTGATGGTCCAGGGTCGAACTTTGAGTTCGTCGTTATA
ATTACTGCCATGAAGCTCAGTCCCCAAAACTTCTGTAATGGAAGTTGGAGATCTGTATGG
AACATTGATTTCCAGGATGAATCTCAGGTGCTTGACATAAAAGGGAAATTGCAGGTAGGA
GCCCATTATTTCGAAGAGGGGAATGTAGAGTTAGATGCAAAAAAAGAGTTCCAAGATTCG
ACAATATTTCAGTCTCCCGATGACTGCGCGATAGCTATAGCCAATATCATCCGGCACCAT
GAGGCGGAGTACCTTGCAGCTCTAGAGGTGGCGTATTCCAAATTACCGGATAACACTTTC
AAGGATCTGAGGAGGAAACTTCCAGTGACAAGAACTCTGTTCCCATGGCAGAACACTTTA
CAGTTCAGCCTAACCAGAGAGGTAGAGAAAGAACTTGGACTTGGCAAGTGAGACAAAATC
ATCAAATTTCAGCCTCCTCTGTTTCCATATATTTTTACCAAGTTTCTGTGATTCTGTTAT
GTAAGTGGAGAGGCTAAATATCATCCCTTACTGTTTCTGGTGGTGTGTCGTGTATTTGTT
CCTTCCGCTGATGTAATGTACAAACCGCATGCAAGTATTGAATCTTTGATATCTATAAAA
GAAATTCCGTTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD37TF U 1
AF RR1GQ21TF U 147
AF RR1GQ21JQ C 433
BS 1 227 RR1GD37TF
BS 228 228 RR1GQ21TF
BS 229 495 RR1GD37TF
BS 496 496 RR1GQ21TF
BS 497 627 RR1GD37TF
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BS 629 650 RR1GD37TF
BS 651 760 RR1GQ21TF
BS 761 1155 RR1GQ21JQ

RD RR1GD37TF 650 0 0
GGGGCTAGAGAGATAGAAAAAGCTATGGCGGACGAAGAAGACGAGTCACCGGAGACAGAG
CTAAGTTACTATCAGAAGAAGGAAATCGCGAAATGGTTCCTCCTCAACGCTCCCGCTGGC
GAAATCAATTACGTCGCCAAAGATTTAAAGGCGGTTTTGAGCGATGAGGAAGTGTACAAC
GAGGCAGCCATGGAGGCGTTTCCAGTGTACAATAAGTCTCACATGATTTGCCTTGAAATG
CCTAATAGGGCGGGTGATGTGATTGTTTCATCTTACAGTGAAATTACAGAGAATGAGTAC
CTTGATCCAAGAACTGCCCAGGTTGCCATTGTTGATCACGTCAAACAGATTTGTACAAAT
GTAAGACCTGCTGACGATGAAGAACTTCCATCTTCGTATATTGAGGAATTCAGATGTGCC
CTTGATGCTGAAATCCAGAGATACGTTAGTGAATCTTACCCGAAAGGTGTGTCCGCAGTT
AACTGTGTGAAAGGCGAAGATGCTGATGGTCCAGGGTCGAACTTTGAGTTCGTCGTTATA
ATTACTGCCATGAAGCTCAGTCCCCAAAACTTCTGTAATGGAAGTTGGAGATCTGTATGG
AACATTGATTTCCAGGATGAATCTCAG*TGCTTGACATAAAAGGGAAATT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1GQ21TF 614 0 0
G
AAGGCTGTTTTGAGCGATGAGGAAGTGTACAACGAGGCAGCCATGGAGGCGTTTCCAGTG
TACAATAAGTCTCACATGATCTGCCTTGAAATGCCTAATAGGGCGGGTGATGTGATTGTT
TCATCTTACAGTGAAATTACAGAGAATGAGTACCTTGATCCAAGAACTGCCCAGGTTGCC
ATTGTTGATCACGTCAAACAGATTTGTACAAATGTAAGACCTGCTGACGATGAAGAACTT
CCATCTTCGTATATTGAGGAGTTCAGATGTGCCCTTGATGCTGAAATCCAGAGATACGTT
AGTGAATCTTACCCGAAAGGTGTGTCCGCAGTTAACTGTGTGAAAGGCAAAGATGCTGAT
GGTCCAGGGTCGAACTTTGAGTTCGTCGTTATAATTACTGCCATGAAGCTCAGTCCCCAA
AACTTCTGTAATGGAAGTTGGAGATCTGTATGGAACATTGATTTCCAGGATGAATCTCAG
GTGCTTGACATAAAAGGGAAATTGCAGGTAGGAGCCCATTATTTCGAAGAGGGGAATGTA
GAGTTAGATGCAAAAAAAGAGTTCCAAGATTCGACAATATTTCAGTCTCCCGATGACTGC
GCGATAGCTATAG

QA 2 614 2 614
DS 

RD RR1GQ21JQ 723 0 0
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GGCAAAGATGCTGATGGTCCAGGGTCGAACTTTGAGTTCGTCGTTATAATTACTGCCATG
AAGCTCAGTCCCCAAAACTTCTGTAATGGAAGTTGGAGATCTGTATGGAACATTGATTTC
CAGGATGAATCTCAGGTGCTTGACATAAAAGGGAAATTGCAGGTAGGAGCCCATTATTTC
GAAGAGGGGAATGTAGAGTTAGATGCAAAAAAAGAGTTCCAAGATTCGACAATATTTCAG
TCTCCCGATGACTGCGCGATAGCTATAGCCAATATCATCCGGCACCATGAGGCGGAGTAC
CTTGCAGCTCTAGAGGTGGCGTATTCCAAATTACCGGATAACACTTTCAAGGATCTGAGG
AGGAAACTTCCAGTGACAAGAACTCTGTTCCCATGGCAGAACACTTTACAGTTCAGCCTA
ACCAGAGAGGTAGAGAAAGAACTTGGACTTGGCAAGTGAGACAAAATCATCAAATTTCAG
CCTCCTCTGTTTCCATATATTTTTACCAAGTTTCTGTGATTCTGTTATGTAAGTGGAGAG
GCTAAATATCATCCCTTACTGTTTCTGGTGGTGTGTCGTGTATTTGTTCCTTCCGCTGAT
GTAATGTACAAACCGCATGCAAGTATTGAATCTTTGATATCTATAAAAGAAATTCCGTTT
GTC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 3

CO CL3480Contig1 896 3 5 U
GGATTCATCTAGTTGTTATCTCCACAGAAAAAAAAATGAGCAACCTTATTAGTTCTCTCG
AACTCTCATCTCTTACACTCGAAGACCCATGGCCTGCTTTCTAGCCTAATTTTCTTCGAG
AATCTTTTTTTTTTAATTCTGAACCCTTCTTGGTTTCTTCATCATCTTTCTAAAATGTTT
TCTAAAAATCATGGGGACTGGAGAAAAAACTCTGAAAAGTTTCCATTTACATCGCAAACA
AACGGCCAAAATCAAAGATGTTCCAAAAGGATGCTTAGCGATCAAAGTTGGATCACAAGG
AGAAGAGCAACAAAGATTTATAGTTCCTATTTTGTATTTTAATCATCCGTTGTTCATACA
GCTCTTGAAAGAAGCAGAAGATGAGTATG*ATTCGATCAAAAGGGCACCATCACGATCCC
TTGCCACGTGGCTGAGTTTCGTTACGTTCAAGCTTTGATTGATGGAGGGAGAATTGTTTA
TCATGGTAACAATAACCATCTTCATAGACATAGCGGTCGTGACCAGTATCATCCTCTTGT
TGGATGTTTCAGAACGTGATGAATGATGAGGACGAGGAGGATAAATGAATGCTTGTATGC
GCTAAGTTTTCAATCCATGAGGAGTTGAGGAGCCAAAACTGGCCTAACCCAAGAATAAAA
TGATTTTTCTGTTTTCTCTTTGATGATTTTAGTATTTTCTGTAATTTGTATGGAATTTCA
AGTTAAAAGAAAGTTATTTTCTGATTTTATGGTTTATCGTTTTGAATGACTGGAGATAAT
CAACAAATGACGATGATCACAAGAAAGCGAAGCTTTTTTTTTGTAGATTGCATCTAAAAT
TTAGTCACGACATGTATAAATTTGATAGTAATGAAAAAAGAAATATTGTGAGATGG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F149TF U 1
AF RR1BK44TF U 2
AF RR1F149JQ C 167
BS 1 47 RR1F149TF
BS 48 48 RR1BK44TF
BS 49 709 RR1F149TF
BS 710 727 RR1BK44TF
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RD RR1F149TF 709 0 0
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TCTAAAAATCATGGGGACTGGAGAAAAAACTCTGAAAAGTTTCCATTTACATCGCAAACA
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AGAAGAGCAACAAAGATTTATAGTTCCTATTTTGTATTTTAATCATCCGTTGTTCATACA
GCTCTTGAAAGAAGCAGAAGATGAGTATG*ATTCGATCAAAAGGGCACCATCACGATCCC
TTGCCACGTGGCTGAGTTTCGTTACGTTCAAGCTTTGATTGATGGAGGGAGAATTGTTTA
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QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1BK44TF 728 0 0
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ACGGCCAAAATCAAAGATGTTCCAAAAGGATGCTTAGCGATCAAAGTTGGATCACAAGGA
GAAGAGCAACAAAGATTTATAGTTCCTATTTTGTATTTTAATCATCCGTTGTTCATGCAG
CTCTTGAAAGAAGCAGAAGATGAGTATGGATTCGATCAAAAGGGCACCATCACGATCCCT
TGCCACGTGGCTGAGTTTCGTTACGTTCAAGCTTTGATTGATGGAGGGAGAATTGTTTAT
CATGGTAACAATAACCATCTTCATAGACATAGCGGTCGTGACCAGTATCATCCTCTTGTT
GGATGTTTCAGAACGTGATGAATGATGAGGACGAGGAGGATAAATGAATGCTTGTATGCG
CTAAGTTTTCAATCCATGAGGAGTTGAGGAGCCAAAACTGGCCTAACCCAAGAATAAAAT
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GTTAAA
GA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1F149JQ 730 0 0
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TTACATCGCAAACAAACGGCCAAAATCAAAGATGTTCCAAAAGGATGCTTAGCGATCAAA
GTTGGATCACAAGGAGAAGAGCAACAAAGATTTATAGTTCCTATTTTGTATTTTAATCAT
CCGTTGTTCATACAGCTCTTGAAAGAAGCAGAAGATGAGTATG*ATTCGATCAAAAGGGC
ACCATCACGATCCCTTGCCACGTGGCTGAGTTTCGTTACGTTCAAGCTTTGATTGATGGA
GGGAGAATTGTTTATCATGGTAACAATAACCATCTTCATAGACATAGCGGTCGTGACCAG
TATCATCCTCTTGTTGGATGTTTCAGAACGTGATGAATGATGAGGACGAGGAGGATAAAT
GAATGCTTGTATGCGCTAAGTTTTCAATCCATGAGGAGTTGAGGAGCCAAAACTGGCCTA
ACCCAAGAATAAAATGATTTTTCTGTTTTCTCTTTGATGATTTTAGTATTTTCTGTAATT
TGTATGGAATTTCAAGTTAAAAGAAAGTTATTTTCTGATTTTATGGTTTATCGTTTTGAA
TGACTGGAGATAATCAACAAATGACGATGATCACAAGAAAGCGAAGCTTTTTTTTTGTAG
ATTGCATCTAAAATTTAGTCACGACATGTATAAATTTGATAGTAATGAAAAAAGAAATAT
TGTGAGATGG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 3

CO CL3481Contig1 662 3 6 U
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TGTTGAGATCCATTACAAAGGACAAACCCGCAAAAGCAGCGTTGATAAAGATGGAGGTAG
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CGAAGCTACAATATATGTGAAAGAGTTATTGGAGATGGGAGTGGAGAAAGGAACGGCTGA
GCTAAGGCCGACCAAGTACAATGTTGTTGACACCGATCTCTCATTTGTCGGCGAGATTCT
CCTTGGAGTTTCTTACTCTGTTATGCAAGACAGAGGAATCGATGGAGAAGAGTTTGGTGG
ATGGAAGCATAGCCAGTTTGATTAATTTCTCCTTTAGATTGCTCGCTTATACTTTCCGGG
TTTTACATTTAGTGTGAACACATTAAGCATTTCTTAATTTCAACAAAAAGAACTATTAAC
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1AH01TF U 1
AF RR1AP85JQ C 51
AF RR1AP85TF U 51
BS 1 393 RR1AH01TF
BS 394 394 RR1AP85TF
BS 395 572 RR1AH01TF
BS 573 573 RR1AP85TF
BS 574 644 RR1AH01TF
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RD RR1AH01TF 644 0 0
GGATTGTGTCTCACAAGATTTCATCATCTTCTTTCTTGGTTTAGAAATCTTCAAACAAAC
CCAATATTTTCTTTCAAAAAGCTCTCGAGAGACAGAGATGGCTGTGGGAATCCTCGAGGT
TGATCTGATCAGTGGGAAAGGTCTCAAACGATCTGAATTATTTGGTAAGATAGATCCGTA
TGTTGAGATCCATTACAAAGGACAAACCCGCAAAAGCAGCGTTGATAAAGATGGAGGTAG
AAATCCTACATGGAATGAGAAACTGAAATGGAGAGCAGAGTTTCCTGGCTCCGGCGGCGA
CTACAAACTCATTGTCAAAGTCATGGACCATGATACTTTCTCCGCCGACGATCCCATCGG
CGAAGCTACAATATATGTGAAAGAGTTATTGGAAATGGGAGTGGAGAAAGGAACGGCTGA
GCTAAGGCCGACCAAGTACAATGTTGTTGACACCGATCTCTCATTTGTCGGCGAGATTCT
CCTTGGAGTTTCTTACTCTGTTATGCAAGACAGAGGAATCGATGGAGAAGAGTTTGGTGG
ATGGAAGCATAGCCAGTTTGATTAATTTCTCCCTTAGATTGCTCGCTTATACTTTCCGGG
TTTTACATTTAGTGTGAACACATTAAGCATTTCTTAATTTCAAC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1AP85JQ 612 0 0
GG
AAACAAACCCAATATTTTCTTTCAAAAAGCTCTCGAGAGACAGAGATGGCTGTGGGAATC
CTCGAGGTTGATCTGATCAGTGGGAAAGGTCTCAAACGATCTGAATTATTTGGTAAGATA
GATCCGTATGTTGAGATCCATTACAAAGGACAAACCCGCAAAAGCAGCGTTGATAAAGAT
GGAGGTAGAAATCCTACATGGAATGAGAAACTGAAATGGAGAGCAGAGTTTCCTGGCTCC
GGCGGCGACTACAAACTCATTGTCAAAGTCATGGACCATGATACTTTCTCCGCCGACGAT
CCCATCGGCGAAGCTACAATATATGTGAAAGAGTTATTGGAGATGGGAGTGGAGAAAGGA
ACGGCTGAGCTAAGGCCGACCAAGTACAATGTTGTTGACACCGATCTCTCATTTGTCGGC
GAGATTCTCCTTGGAGTTTCTTACTCTGTTATGCAAGACAGAGGAATCGATGGAGAAGAG
TTTGGTGGATGGAAGCATAGCCAGTTTGATTAATTTCTCCTTTAGATTGCTCGCTTATAC
TTTCCGGGTTTTACATTTAGTGTGAACACATTAAGCATTTCTTAATTTCAACAAAAAGAA
CTATTAACAC

QA 3 612 3 612
DS 

RD RR1AP85TF 612 0 0
GG
AAACAAACCCAATATTTTCTTTCAAAAAGCTCTCGAGAGACAGAGATGGCTGTGGGAATC
CTCGAGGTTGATCTGATCAGTGGGAAAGGTCTCAAACGATCTGAATTATTTGGTAAGATA
GATCCGTATGTTGAGATCCATTACAAAGGACAAACCCGCAAAAGCAGCGTTGATAAAGAT
GGAGGTAGAAATCCTACATGGAATGAGAAACTGAAATGGAGAGCAGAGTTTCCTGGCTCC
GGCGGCGACTACAAACTCATTGTCAAAGTCATGGACCATGATACTTTCTCCGCCGACGAT
CCCATCGGCGAAGCTACAATATATGTGAAAGAGTTATTGGAGATGGGAGTGGAGAAAGGA
ACGGCTGAGCTAAGGCCGACCAAGTACAATGTTGTTGACACCGATCTCTCATTTGTCGGC
GAGATTCTCCTTGGAGTTTCTTACTCTGTTATGCAAGACAGAGGAATCGATGGAGAAGAG
TTTGGTGGATGGAAGCATAGCCAGTTTGATTAATTTCTCCTTTAGATTGCTCGCTTATAC
TTTCCGGGTTTTACATTTAGTGTGAACACATTAAGCATTTCTTAATTTCAACAAAAAGAA
CTATTAACAC

QA 3 612 3 612
DS 



AS 1 3

CO CL3482Contig1 1022 3 6 U
GGCCTTTGAGTTCATTATCAATAACGGTGGAATTGATACAGAGGAAGATTATCCATATAA
GGGTGTTGACGGACGTTGTGACCAGACCAGAAAAACGCTAAAGTTGTCACAATTGATTCA
TATGCGGATGTGCCAGCCAATAGTGAAGACTCCTTGAAAAGCACTTTCTAACCAACCAAT
TAGCGTCGCCATTGAGGGTGGTGGTCGTGCGTTCCAGCTCTATGATTCAGGTATATTTGA
TGGAATTTGCGGAACGGATCTAGACCACGGAGTTTTGGCGGTAGGATACGGAACAGAGAA
CGGAAAAGACTACTGGATTGTGAAAAACTCATGGGGGTCAAGCTGGGGAGAGAGCGGATA
CATAAGGATGGAGCGTAACATTGCAGCTTCAGCGGGAAATGTGGTATCGCTGTGGAGCCT
TCATATCCGATCAAGAATGGCCAAAACCCACCAAACCCGGGACCTTCACCTCCATCTCCC
ATCAAGCCTCCCACTCAATGTGACAGTTACTACACATGTCCTGAGAGCAACACTTGCTGT
TGTCTCTTTGAGTATGGTAAGTATTGTTTTTCTTGGGGATGTTGCCCACTAGAAGCAGCC
ACTTGTTGTGATGACAACTATAGTTGCTGCCCTCACGACTACCCCGTTTGTGACCTTGAT
CAGGGAACTTGTTTAATGAGCAAGAACAGTCCGTTTAGTGTTAAGGCCTTAAAGCGCAAA
CCTGCAATGCCACTCTGGTCACACGGCAGGAAGAACATTGCTTAAAGAGATGATGCGGAC
ACTGCACATTTTCTTCTTCATAGAGGACTCTGAATCATATGAGAGCTTTGAAGAGATTTG
TCTGATGTTTTTAATGTTGTTGTTTATGCCATAACTAGATACATAAAAATGCAGTTGCCG
GGTTTCGTGTATACATAAAGAACCATAAGCTGCATTTAAAGCTCTACGTTGAGGTTCGTT
GATACAATAGACTTATTGTTATTTTGGAAAAGGTTTACAATCTATGGCAATTTTATGGAA
GT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1F603TF U 1
AF RR1A647JQ C 388
AF RR1A647TF U 388
BS 1 705 RR1F603TF
BS 706 706 RR1A647TF
BS 707 726 RR1F603TF
BS 727 727 RR1A647TF
BS 728 738 RR1F603TF
BS 739 1022 RR1A647TF

RD RR1F603TF 738 0 0
GGCCTTTGAGTTCATTATCAATAACGGTGGAATTGATACAGAGGAAGATTATCCATATAA
GGGTGTTGACGGACGTTGTGACCAGACCAGAAAAACGCTAAAGTTGTCACAATTGATTCA
TATGCGGATGTGCCAGCCAATAGTGAAGACTCCTTGAAAAGCACTTTCTAACCAACCAAT
TAGCGTCGCCATTGAGGGTGGTGGTCGTGCGTTCCAGCTCTATGATTCAGGTATATTTGA
TGGAATTTGCGGAACGGATCTAGACCACGGAGTTTTGGCGGTAGGATACGGAACAGAGAA
CGGAAAAGACTACTGGATTGTGAAAAACTCATGGGGGTCAAGCTGGGGAGAGAGCGGATA
CATAAGGATGGAGCGTAACATTGCAGCTTCAGCGGGAAATGTGGTATCGCTGTGGAGCCT
TCATATCCGATCAAGAATGGCCAAAACCCACCAAACCCGGGACCTTCACCTCCATCTCCC
ATCAAGCCTCCCACTCAATGTGACAGTTACTACACATGTCCTGAGAGCAACACTTGCTGT
TGTCTCTTTGAGTATGGTAAGTATTGTTTTTCTTGGGGATGTTGCCCACTAGAAGCAGCC
ACTTGTTGTGATGACAACTATAGTTGCTGCCCTCACGACTACCCCGTTTGTGACCTTGAT
CAGGGAACTTGTTTAATGAGCAAGAACAGTCCGTTTAGTGTTAAG*CCTTAAAGCGCAAA
CCTGCA*TGCCACTCTGG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1A647JQ 635 0 0
GCAGCGGGA
AAATGTGGTATCGCTGTGGAGCCTTCATATCCGATCAAGAATGGCCAAAACCCACCAAAC
CCGGGACCTTCACCTCCATCTCCCATCAAGCCTCCCACTCAATGTGACAGTTACTACACA
TGTCCTGAGAGCAACACTTGCTGTTGTCTCTTTGAGTATGGTAAGTATTGTTTTTTTTGG
GGATGTTGCCCACTAGAAGCAGCCACTTGTTGTGATGACAACTATAGTTGCTGCCCTCAC
GACTACCCCGTTTGTGACCTTGATCAGGGAACTTGTTTAATGAGCAAGAACAGTCCGTTT
AGTGTTAAGGCCTTAAAGCGCAAACCTGCAATGCCACTCTGGTCACACGGCAGGAAGAAC
ATTGCTTAAAGAGATGATGCGGACACTGCACATTTTTTTTTTCATAGAGGACTTTGAATC
ATATGAGAGCTTTGAAGAGATTTGTTTGATGTTTTTAATGTTGTTGTTTATGCCATAACT
AGATACATAAAAATGCAGTTGCCGGGTTTCGTGTATACATAAAGAACCATAAGCTGCATT
TAAAGCTTTACGTTGAGGTTCGTTGATACAATAGACTTATTGTTATTTTGGAAAAGGTTT
ACAATCTATGGCAATTTTATGGAAGT

QA 10 635 10 635
DS 

RD RR1A647TF 635 0 0
GCAGCGGGA
AAATGTGGTATCGCTGTGGAGCCTTCATATCCGATCAAGAATGGCCAAAACCCACCAAAC
CCGGGACCTTCACCTCCATCTCCCATCAAGCCTCCCACTCAATGTGACAGTTACTACACA
TGTCCTGAGAGCAACACTTGCTGTTGTCTCTTTGAGTATGGTAAGTATTGTTTTTCTTGG
GGATGTTGCCCACTAGAAGCAGCCACTTGTTGTGATGACAACTATAGTTGCTGCCCTCAC
GACTACCCCGTTTGTGACCTTGATCAGGGAACTTGTTTAATGAGCAAGAACAGTCCGTTT
AGTGTTAAGGCCTTAAAGCGCAAACCTGCAATGCCACTCTGGTCACACGGCAGGAAGAAC
ATTGCTTAAAGAGATGATGCGGACACTGCACATTTTCTTCTTCATAGAGGACTCTGAATC
ATATGAGAGCTTTGAAGAGATTTGTCTGATGTTTTTAATGTTGTTGTTTATGCCATAACT
AGATACATAAAAATGCAGTTGCCGGGTTTCGTGTATACATAAAGAACCATAAGCTGCATT
TAAAGCTCTACGTTGAGGTTCGTTGATACAATAGACTTATTGTTATTTTGGAAAAGGTTT
ACAATCTATGGCAATTTTATGGAAGT

QA 10 635 10 635
DS 



AS 1 3

CO CL3483Contig1 750 3 6 U
GGGCTCCCAGCTTTTGCCTTCTGTCGGAGTGTTCTCGCAACCTTAACCGCAAATGGCGTC
GGAGAAGAAGCTAACGAACCCAATGAGGGACATAAAAGTGCAGAAGCTGGTCCTCAACAT
CTCCGTCGGCGAGAGTGGAGATCGTCTCACCAGAGCCTCCAAGGTCTTGGAACAGTTGAG
TGGCCAGACTCCTGTTTTCTCCAAAGCAAGGTACACTGTTCGTTCTTTTGGTATCAGACG
TAACGAGAAGATTGCTTGCTACGTTACCGTCAGGGGAGACAAAGCAATGCAGCTCCTTGA
AAGTGGACTCAAGGTTAAAGAGTATGAGCTCTTGAGAAGGAACTTCAGCGACACTGGTTG
CTTTGGTTTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTATGACCCGTCGACTGG
AATCTACGGTATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAGCGTCCTGGTTACCGTGTGGCGCGTCG
CAGAAGATGCAAGGCTCGTGTTGGAATCCAGCACAGAGTCACGAAGGATGATGCCATGAA
ATGATTCCAAGTTAAATACGAAGGAGTCATTCTCAACAAGTCTCAGAACATTACTGGTTA
AGCAACAAAACTGTTTCAGTTAGAGATCTGTAATCTGTGTGTTTTGTCCACCCCTGGTTT
GAATCGTATTTTATCAGTTTTGTTTTTTGCTTCTCTGTTCTTCAGACATTTGAGTTTTCT
TTTTAGACATTGCTTATCTTCTTACACTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED52TF U 1
AF RR1D456TF U 20
AF RR1ED52JQ C 46
BS 1 543 RR1ED52TF
BS 544 544 RR1ED52JQ
BS 545 687 RR1D456TF
BS 688 688 RR1ED52JQ
BS 689 717 RR1D456TF
BS 718 750 RR1ED52JQ

RD RR1ED52TF 544 0 0
GGGCTCCCAGCTTTTGCCTTCTGTCGGAGTGTTCTCGCAACCTTAACCGCAAATGGCGTC
GGAGAAGAAGCTAACGAACCCAATGAGGGACATAAAAGTGCAGAAGCTGGTCCTCAACAT
CTCCGTCGGCGAGAGTGGAGATCGTCTCACCAGAGCCTCCAAGGTCTTGGAACAGTTGAG
TGGCCAGACTCCTGTTTTCTCCAAAGCAAGGTACACTGTTCGTTCTTTTGGTATCAGACG
TAACGAGAAGATTGCTTGCTACGTTACCGTCAGGGGAGACAAAGCAATGCAGCTCCTTGA
AAGTGGACTCAAGGTTAAAGAGTATGAGCTCTTGAGAAGGAACTTCAGCGACACTGGTTG
CTTTGGTTTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTATGACCCGTCGACTGG
AATCTACGGTATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAGCGTCCTGGTTACCGTGTGGCGCGTCG
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ATG
A

QA 1 543 1 543
DS 

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TCCAAAGCAAGGTACACTGTTCGTTCTTTTGGTATCAGACGTAACGAGAAGATTGCTTGC
TACGTTACCGTCAGGGGAGACAAAGCAATGCAGCTCCTTGAAAGTGGACTCAAGGTTAAA
GAGTATGAGCTCTTGAGAAGGAACTTCAGCGACACTGGTTGCTTTGGTTTCGGTATCCAG
GAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTATGACCCGTCGACTGGAATCTACGGTATGGACTTC
TATGTTGTTCTTGAGCGTCCTGGTTACCGTGTGGCGCGTCGCAGAAGATGCAAGGCTCGT
GTTGGAATCCAGCACAGAGTCACGAAGGATGATGCCATGAAATGGTTCCAAGTTAAATAC
GAAGGAGTCATTCTCAACAAGTCTCAGAACATTACTGGTTAAGCAACAAAACTGTTTCAG
TTAGAGATCTGTAATCTGTGTGTTTTGTCCACCCCTGGTTTGAATCGTATTTTATCAGTT
TTGTTTTT*GCTTCTCTGTTCTTCAGACATTTGAGTTT

QA 1 698 1 698
DS 

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CTTGGAACAGTTGAGTGGCCAGACTCCTGTTTTCTCCAAAGCAAGGTACACTGTTCGTTC
TTTTGGTATCAGACGTAACGAGAAGATTGCTTGCTACGTTACCGTCAGGGGAGACAAAGC
AATGCAGCTCCTTGAAAGTGGACTCAAGGTTAAAGAGTATGAGCTCTTGAGAAGGAACTT
CAGCGACACTGGTTGCTTTGGTTTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTA
TGACCCGTCGACTGGAATTTACGGTATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAGCGTCCTGGTTA
CCGTGTGGCGCGTCGCAGAAGATGCAAGGCTCGTGTTGGAATCCAGCACAGAGTCACGAA
GGATGATGCCATGAAATGATTCCAAGTTAAATACGAAGGAGTCATTCTCAACAAGTCTCA
GAACATTACTGGTTAAGCAACAAAACTGTTTCAGTTAGAGATCTGTAATCTGTGTGTTTT
GTCCACCCCTGGTTTGAATCGTATTTTATCAGTTTTGTTTTTTGCTTCTCTGTTCTTCAG
ACATTTGAGTTTTCTTTTTAGACATTGCTTATCTTCTTACACTGT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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TTCCGACGCATAAAAAATGGCAACGTTCTCCGCTCTGTCCACTTTCGCCGCGGCGGCAAT
TACCTTGCAACTACTCCTAGTTCCAGCTTCAGCCTCTCCTCACATGAAATACATTGATGC
TATCTGCGATCGCTCCCACGACCAAGATTACTGCGTTAAAACACTGACCACCAACCCCCC
TACGGCTGCTCCCATTGGCCTGAACCCACTCGCCGAGGCCGTGATGGAGCTCACCATAGC
CCACGCCGAGAAGACAGCGGCTTTCCTGGACGAGACGGCGAAGAAAGATCCAGCGGTGCA
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AAACCTGAAGCTCAAACAATCCCCTGACACCGCTCACTACGACGTTAGGTCTTCGACCGA
CCAGATGAAGCGCGTGGAGGGATTAGTTGCGAAAAACAATGACCAGGCTTCAACCACTCT
CAAGGAAATGACCGTGCAGATGGAGAAGCTACTTGATCTTGCAGCTAGTGCCGCCGATGC
TGTGGACGATGATGATGAGAACATCCACCGTCGCGAATGATTTTAAAGCAGTGATCCGGT
TTCGTTTTTTTT*GTGTTCACACTACAAAATATAATAAATAAATGAATACATATACACAC
ACACAC**AAAATGTGGTGTGATAAACTAGTAATTAAGTTCTTGAAATATTTGCAGACTG
ATGTCAATTTTTGGCATATATAAAAAGTTTGCTGTATGATCTTTTTTACAAAACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AD24JQ C 1
AF RR1AD24TF U 1
AF RR1FR73TF U 301
BS 1 672 RR1AD24TF
BS 673 673 RR1FR73TF
BS 674 801 RR1AD24TF
BS 802 835 RR1FR73TF

RD RR1AD24JQ 801 0 0
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QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1AD24TF 801 0 0
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TACCTTGCAACTACTCCTAGTTCCAGCTTCAGCCTCTCCTCACATGAAATACATTGATGC
TATCTGCGATCGCTCCCACGACCAAGATTACTGCGTTAAAACACTGACCACCAACCCCCC
TACGGCTGCTCCCATTGGCCTGAACCCACTCGCCGAGGCCGTGATGGAGCTCACCATAGC
CCACGCCGAGAAGACAGCGGCTTTCCTGGACGAGACGGCGAAGAAAGATCCAGCGGTGCA
GGCTGCGTATGCCGAGTACCACAAGGCCTATCTAGCCGTGGTGGCTGATCTCAAGAGCGC
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CCAGATGAAGCGCGTGGAGGGATTAGTTGCGAAAAACAATGACCAGGCTTCAACCACTCT
CAAGGAAATGACCGTGCAGATGGAGAAGCTACTTGATCTTGCAGCTAGTGCCGCCGATGC
TGTGGACGATGATGATGAGAACATCCACCGTCGCGAATGATTTTAAAGCAGTGATCCGGT
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ACACAC**AAAATGTGGTGTGATAAACTAGTAATTAAGTTCTTGAAATATTTGCAGACTG
ATGTCAATTTTTGGCATATAT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1FR73TF 535 0 0
G
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AAGGAAATGACCGTGCAGATGGAGAAGCTACTTGATCTTGCAGCTAGTGCCGCCGATGCT
GTGGACGATGATGATGAGAACATCCACCGTCGCGAATGATTTTAAAGCAGTGATCCGGTT
TCGTTTTTTT**GTGTTCACACTACAAAATATAATAAATAAATGAATACATATACACACA
CACACACAAAATGTGGTGTGATAAACTAGTAATTAAGTTCTTGAAATATTTGCAGACTGA
TGTCAATTTTTGGCATATATAAAAAGTTTGCTGTATGATCTTTTTTACAAAACT

QA 2 535 2 535
DS 



AS 1 2

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TCTCCCATCATCTTTTTCCTTTATGCAACTATTTCATTCAATTTATCTTTACCATATGGT
AGAACCAAAGATTATCATAAAACAAGTGTTATATCCATTTGACTATCTTTATAATAAAAG
CTCTGGATGATTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F466TF U 1
AF RR1F466JQ C 208
BS 1 625 RR1F466TF
BS 626 626 RR1F466JQ
BS 627 642 RR1F466TF
BS 643 797 RR1F466JQ

RD RR1F466TF 651 0 0
GGCTCGCCGTGGGCTCCTCGTCGTCGGGATAAAAATAATTACAGATCAAAAGCAAAGTGA
AGAAGGAAGCTCGCTGACCATGTCCTGGATGAAAGGAGATTTACTTTCCAAAAGCAGGAG
GCTTGTTGGCGGACTCGCTATGCGAGAGCCTGTTTGGCTTAAAGCCATGGAAGCATCACC
TCCTCCTGTCTTTCCTCGCTCTAATGGGAACCTCAAGAAGATTGTTCTCCCTGAAGATTC
CTACGTTCGTCGATTCGCACGCAAGCATCCTGAAGCGAAACTCGTCGAACCCATCAAGGT
TTCGGCGTTTATTCCTGATCCAGCTCGGGTATATGGTTGTCGTGTCCTTGAACTGACCAA
GAATGGCATCAGCGAGGATGACGCCATGTCCGTAGCTAATATGGAGTATCTTGCAGAGAG
AAAGGAAAAGAAGAAAGCATACAAACGCTTAAAGGAGCTTGCTGTACTGCAAGACAAGGC
TCCTCCTCCTAAACCCTATCTTAGTTCCAAAAGAGAGATGCAAATCCAAGAGAAGAAAGC
CCCTACGGATCCTCCTAGCGTCCGCAGGCTTGTTAACCAGCTGAAACAGCAGAAAGAGGT
GTTGCTCCAGGACAAACCTGGAGGA*GTGCTAATCATGACCA
CTGGATTGA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1F466JQ 590 0 0
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TCCTGAAGCGAAACTCGTCGAACCCATCAAGGTTTCGGCGTTTATTCCTGATCCAGCTCG
GGTATATGGTTGTCGTGTCCTTGAACTGACCAAGAATGGCATCAGCGAGGATGACGCCAT
GTCCGTAGCTAATATGGAGTATCTTGCAGAGAGAAAGGAAAAGAAGAAAGCATACAAACG
CTTAAAGGAGCTTGCTGTACTGCAAGACAAGGCTCCTCCTCCTAAACCCTATCTTAGTTC
CAAAAGAGAGATGCAAATCCAAGAGAAGAAAGCCCCTACGGATCCTCCTAGCGTCCGCAG
GCTTGTTAACCAGCTGAAACAGCAGAAAGAGGTGTTGCTCCAGGACAAACCTGGAGGAAG
TGCTAATCATGACCACTGGATTGATGAATAAACTCTCCCATCATCTTTTTCCTTTATGCA
ACTATTTCATTCAATTTATCTTTACCATATGGTAGAACCAAAGATTATCATAAAACAAGT
GTTATATCCATTTGACTATCTTTATAATAAAAGCTCTGGATGATTTATTT

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

CO CL3487Contig1 772 2 3 U
ACGAATATCCTACCGGGGACTCCTATAAAGGCAGGGATCAACTTCAAGACCGGGATTGAA
CATTTTTGCATTCATACAGGAGGAAAAGCTGTGATTGATGGGATTCAACATAGTTTGGAC
TTAGCCGACTATGATATTGAACCGGCGAGGATGACTCTCTATAGGTTTGGGAACACCTCG
GCTAGTAGTTTGTGGTATGTTTTGGCTTACATGGAGGCTAAGAAGAGACTGAAGAGAGGA
GATAGAGTGTTTATGATAAGCTTTGGAGCTGGGTTTAAGTGTAATAGCTGCGTTTGGGAA
GTTTTGAGAGATCTAACCATTGGAGAATCAAAAGAGAATGTGTGGAATCATTGCATTAAT
GATTATCCACCTAAATCGATTTCGAATCCTTTTACAAAGATGTATGGTTGGCTTCAAGAT
GAAGATCCTGAAACTTTCAAGATCCCTGAGACTTTCAAGATCCCTGACGAGTATATGTAA
AACGTTTCCGCACAGAAACGGAAACACAAAGACAACACAAAGGTGATGATATTCTCTTTC
TTTTCTTTTTATTTTTCCCTTTAATATTTACGTGTTTGAATTGGATTGAAAATGGGATAT
GAATGCATGCAATATAAACTTTGGTTACATATTGCTTGATATAATTTTTTGTGTTATAAT
TTGTTAAAAGAATTTCTGGGGCATTGCCCTTCCAATACGATGACTGTTTTTTTAATTTGC
CATCCGAATGGAATGTTGCCCTCTTTTTCTTGCGTTAAAAGTTGCATCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD93TF U 254
AF RR1D971JQ C 1
BS 1 254 RR1D971JQ
BS 255 700 RR1GD93TF
BS 701 772 RR1D971JQ

RD RR1GD93TF 447 0 0
G
GATAAGCTTTGGAGCTGGGTTTAAGTGTAATAGCTGCGTTTGGGAAGTTTTGAGAGATCT
AACCATTGGAGAATCAAAAGAGAATGTGTGGAATCATTGCATTAATGATTATCCACCTAA
ATCGATTTCGAATCCTTTTACAAAGATGTATGGTTGGCTTCAAGATGAAGATCCTGAAAC
TTTCAAGATCCCTGAGACTTTCAAGATCCCTGACGAGTATATGTAAAACGTTTCCGCACA
GAAACGGAAACACAAAGACAACACAAAGGTGATGATATTCTCTTTCTTTTCTTTTTATTT
TTCCCTTTAATATTTACGTGTTTGAATTGGATTGAAAATGGGATATGAATGCATGCAATA
TAAACTTTGGTTACATATTGCTTGATATAATTTTTTGTGTTATAATTTGTTAAAAGAATT
TCTGGGGCATTGCCCTTCCAATACGA

QA 2 447 2 447
DS 

RD RR1D971JQ 772 0 0
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TTAGCCGACTATGATATTGAACCGGCGAGGATGACTCTCTATAGGTTTGGGAACACCTCG
GCTAGTAGTTTGTGGTATGTTTTGGCTTACATGGAGGCTAAGAAGAGACTGAAGAGAGGA
GATAGAGTGTTTATGATAAGCTTTGGAGCTGGGTTTAAGTGTAATAGCTGCGTTTGGGAA
GTTTTGAGAGATCTAACCATTGGAGAATCAAAAGAGAATGTGTGGAATCATTGCATTAAT
GATTATCCACCTAAATCGATTTCGAATCCTTTTACAAAGATGTATGGTTGGCTTCAAGAT
GAAGATCCTGAAACTTTCAAGATCCCTGAGACTTTCAAGATCCCTGACGAGTATATGTAA
AACGTTTCCGCACAGAAATGGAAACACAAAGACAACACAAAGGTGATGATATTCTCTTTC
TTTTCTTTTTATTTTTCCCTTTAATATTTACGTGTTTGAATTGGATTGAAAATGGGATAT
GAATGCATGCAATATAAACTTTGGTTACATATTGCTTGATATAATTTTTTGTGTTATAAT
TTGTTAAAAGAATTTTTGGGGCATTGCCCTTCCAATACGATGACTGTTTTTTTAATTTGC
CATCCGAATGGAATGTTGCCCTCTTTTTCTTGCGTTAAAAGTTGCATCTTTT

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 3

CO CL3488Contig1 789 3 1 U
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CTACTATACAGCCAGGTCTGGACCCTCACTTACAATTACGATGCATACATACATAAACCA
TACATTATATAATATATGAGTTGGCCTAACAATGACCCGAAACCCTAGCTATATCATAAT
ATTTGAAGTAGAAGGAAACAAATACTCATAATCATAATAAGATAAATTTTCGTGGCAGAA
ATCGATGATTTATATCTCAGATTGATTAGTGAGAATTTTAGTAATTAAGCAAGCTCCTAA
TGATGGCTGCCTCGGCGCTGTCGTCGTCCGTTGAAGCCAAAAGTTCCGACAAACGGTCAC
TGAGATCATCAACCTCTCTGTGTAAGTTCCTGATGTAGTTGCAAGTCTCTTGTAGCACTT
TAGATGCTGACACCTTGTCAGAACGGCGGCGTCGGAGCTCAGGGATGAGGTGTTGGAGCT
TAGTAACAAGATCGGTAATCTGATCATCAGAGATTCTTGAGCTTCCTGACTGTCGTGAAC
GTGATGATCTTCTGCTCGACATCTTCTTTAGTAAGTGGCTTTGTTTGTTTGTGTGTGTGT
GGAGAGAGAGGAATGCAGTAAGGATAAGTAGTTGTTGTGTCAGAGAGAGAAAGAGAATAA
GAGTGGAGAAGACGAAGAAGATTGTTTTGAAGATGGAGGAGCAAAAGGGGACGTGTTTTT
ATAATGCAAATTTATGAGGAGAGAGAGAAGAAGAAGGAGGAAGAAGATAGACAAGAGAGA
CAAGTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FN85JQ U 17
AF RR1B324JQ U 1
AF RR1B324TF C 216
BS 1 789 RR1B324JQ

RD RR1FN85JQ 736 0 0
A
CATTAATCATAATATTAGAGAGGATCTCATGATAATACACAGGCTACTATACAGCCAGGT
CTGGACCCTCACTTACAATTACGATGCATACATACATAAACCATACATTATATAATATAT
GAGTTGGCCTAACAATGACCCGAAACCCTAGCTATATCATAATATTTGAAGTAGAAGGAA
ATAAATACTCATAATCATAATAAGACAAATTTTCGTGGCGGAAATCGATGATTTATATCT
CAGATTAATTAGTGAGAATTTTAGTAATTAAGCAAGCTCCTAATGATGGCTGCCTCGGCG
CTGTCGTCGTCCGTTGAAGCCAAAAGTTCCGACAAACGGTCACTGAGATCATC***CTCT
CTGTGTAAGTTCCTGATGTAGTTGCAAGTCTCTTGTAGCACTTTAGATGCTGACACCTTG
TCAGAACGGCGGCGTCGGAGCTCAGGGATGAGGTGTTGGAGCTTAGTAACAAGATCGGTA
ATCTGATCATCAGAGATTCTTGAGCTTCCTGACTGTCGTGAACGTGATGATCTTCTGCTC
GACATCTTCTTTAGTAAGTGGCTTTGTTTGTTTGTGTGTGTGTGGAGAGAGAGGAATGCA
GTAAGGATAAGTAGTTGTTGTGTCAGAGAGAGAAAGAGAATAAGAGTGGAGAAGACGAAG
AAGATTGTTTTGAAGATGGAGGAGCAAAGGGGGACGTGTTTTTATAATGCAAATTTATGA
GGAGAGAGAGAAGAA

QA 2 736 2 736
DS 

RD RR1B324JQ 789 0 0
AAGGAAACGAAATGTGTCATTAATCATAATATTAGAGAGGATCTCATGATAATACACAGG
CTACTATACAGCCAGGTCTGGACCCTCACTTACAATTACGATGCATACATACATAAACCA
TACATTATATAATATATGAGTTGGCCTAACAATGACCCGAAACCCTAGCTATATCATAAT
ATTTGAAGTAGAAGGAAACAAATACTCATAATCATAATAAGATAAATTTTCGTGGCAGAA
ATCGATGATTTATATCTCAGATTGATTAGTGAGAATTTTAGTAATTAAGCAAGCTCCTAA
TGATGGCTGCCTCGGCGCTGTCGTCGTCCGTTGAAGCCAAAAGTTCCGACAAACGGTCAC
TGAGATCATCAACCTCTCTGTGTAAGTTCCTGATGTAGTTGCAAGTCTCTTGTAGCACTT
TAGATGCTGACACCTTGTCAGAACGGCGGCGTCGGAGCTCAGGGATGAGGTGTTGGAGCT
TAGTAACAAGATCGGTAATCTGATCATCAGAGATTCTTGAGCTTCCTGACTGTCGTGAAC
GTGATGATCTTCTGCTCGACATCTTCTTTAGTAAGTGGCTTTGTTTGTTTGTGTGTGTGT
GGAGAGAGAGGAATGCAGTAAGGATAAGTAGTTGTTGTGTCAGAGAGAGAAAGAGAATAA
GAGTGGAGAAGACGAAGAAGATTGTTTTGAAGATGGAGGAGCAAAAGGGGACGTGTTTTT
ATAATGCAAATTTATGAGGAGAGAGAGAAGAAGAAGGAGGAAGAAGATAGACAAGAGAGA
CAAGTGCCC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1B324TF 574 0 0
AATAAGATAAATTTTCGTGGCAGAAATCGATGATTTATATCTCAGATTGATTAGTGAGAA
TTTTAGTAATTAAGCAAGCTCCTAATGATGGCTGCCTCGGCGCTGTCGTCGTCCGTTGAA
GCCAAAAGTTCCGACAAACGGTCACTGAGATCATCAACCTCTCTGTGTAAGTTCCTGATG
TAGTTGCAAGTCTCTTGTAGCACTTTAGATGCTGACACCTTGTCAGAACGGCGGCGTCGG
AGCTCAGGGATGAGGTGTTGGAGCTTAGTAACAAGATCGGTAATCTGATCATCAGAGATT
CTTGAGCTTCCTGACTGTCGTGAACGTGATGATCTTCTGCTCGACATCTTCTTTAGTAAG
TGGCTTTGTTTGTTTGTGTGTGTGTGGAGAGAGAGGAATGCAGTAAGGATAAGTAGTTGT
TGTGTCAGAGAGAGAAAGAGAATAAGAGTGGAGAAGACGAAGAAGATTGTTTTGAAGATG
GAGGAGCAAAAGGGGACGTGTTTTTATAATGCAAATTTATGAGGAGAGAGAGAAGAAGAA
GGAGGAAGAAGATAGACAAGAGAGACAAGTGCCC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 3

CO CL3489Contig1 792 3 5 U
GGATAAGAGCCACAACATTTCACAAAAAAAATAATGGCAACGACTGCATCTCCACTGGCG
AGCCAGCTAAGAAGTAGCTTCTCTTCCGCTACTAATTCGAGGCGTATCGCTGTTCCTAAG
GGCATCTCCGGCGCTCCTTTCAGCGTTTCACCGACCAAGAGAACGTTTTCTTTCACAGTC
CGAGCTGTCCAGTCAGACAAGCCAACATTCCAAGTGATCCAACCAATCAACGGCGATCCA
TTCATCGGAAGCTTAGAAACTCCAGTAACGTCAAGCCCACTGATCGCGTGGTATCTCTCC
AACCTCCCGGCTTACCGCACAGCCGTCAACCCTCTCCTCCGAGGTGTCGAAGTGGGTTTG
GCTCATGGTTTCCTTTTAGTGGGCCCATTTGTCAAAGCAGGCCCATTAAGGAACACTGCC
TATGCTGGCTCCGCCGGATCTTTAGCCGCTGCTGGGCTTGTAGTCATCCTCAGCATGTGC
CTCACTATCTATGGAATCTCTTCGTTCAAGGAAGGAGAGCCGTCGATTGCACCAAGTTTG
ACTTTGACGGGGCGGAAGAAGCAACCGGACCAGCTTCAGACAGCAGAGGGATGGGCTAAG
TTCACTGGAGGGTTCTTCTTCGGAGGGATCTCTGGTGTGACTTGGGCTTATTTCCTTCTC
TACGTTCTTGACCTTCCTTACTTCGTCAAATGAATGTACTTAAAAATATGATCTTTCACT
AATCTTCTCGACCTTCAAATACTTTCTTGCATCATTGTTTTTTTTTAACTCTTGTCTTCA
TCAAGATTCTTG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC88TF U 1
AF RR1G319TF U 3
AF RR1FC88JQ C 31
BS 1 175 RR1FC88TF
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BS 690 792 RR1FC88JQ

RD RR1FC88TF 175 0 0
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DS 

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GG
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QA 3 687 3 687
DS 

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CCGACCAAGAGAACGTTTTCTTTCACAGTCCGAGCTGTCCAGTCAGACAAGCCAACATTC
CAAGTGATCCAACCAATCAACGGCGATCCATTCATCGGAAGCTTAGAAACTCCAGTAACG
TCAAGCCCACTGATCGCGTTGTATCTCTCCAACCTCCCGGCTTACCGCACAGCCGTCAAC
CCTCTCCTCCGAGGTGTCGAAGTGGGTTTGGCTCGTGGTTTCCTTTTAGTGGGCCCATTT
GTCAAAGCAGGCCCATTAAGGAACACTGCCTATGCTGGCTCCGCCGGATCTTTAGCCGCT
GCTGGGCTTGTAGTCATCCTCAGCATGTGCCTCACTATCTATGGAATCTCTTCGTTCAAG
GAAGGAGAGCCGTCGATTGCACCAAGTTTGACTTTGACGGGGCGGAAGAAGCAACCGGAC
CAGCTTCAGACAGCAGAGGGATGGGCTAAGTTCACTGGAGGGTTCTTCTTCGGAGGGATC
TCTGGTGTGACTTGGGCTTATTTCCTTCTCTACGTTCTTGACCTTCCTTACTTCGTCAAA
TGAATGTACTTAAAAATATGATCTTTCACTAATCTTCTCGACCTTCAAATACTTTCTTGC
ATCATTGTTTTTTTTTAACTCTTGTCTTCATCAAGATTCTTG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 3

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TCTCCATTCCCTTCAGACCCCCCGCGGCGGCTTGATTCCCCCACCAACCTCCATTTCCTT
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CACTGTGGAGTCTGTTATTCTCCCTGATGGAGAGAAATACAAGGACATGGATACTCTCAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK33TF U 17
AF RR1AH51TF U 1
AF RR1H416TF U 20
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QA 6 563 6 563
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CCCAAAGTCCTTGTCTTTATCTTCCACCACTATCTCCACGTCTCGTGTTCGAGCCGGTCC
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TAACTTCATCCAAATCTCTACCACTGTTATGTCCCAGGTTGATTCTTCTGTTGGTGGCAA

QA 1 780 1 780
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GG
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CACCATGTCGCTATCAATCTCCTCCTCCTCCCCGAAGACTCTCCATTCCCTTCAGACCCC
CCGCGGCGGCTTGATTCCCCCACCAACCTCCATTTCCTTCCCAAAGTCCTTGTCTTTATC
TTCCACCACTATCTCCACGTCTCGTGTTCGAGCCGGTCCCAGCCAGCTGATTAACGAACC
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GAGTTACCCCATCTATATCGGCGCCGGCTTGCTCGATCAATCACATCTTCTTCAAAGGCA
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CAAGACTGTTCATGCTTTGACTTTTGGAAACCCCAACCTCACTGTGGAGTCTGTTATTCT
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TGAGTCTCGCCTTGATCGCCGTTCTACTTTTGTTGCCCTTGGTGGCGGTGTTATTGGCGA
TATGTGTGGCTATGCTGCTGCTTCTTACCTCCGTGGTGTTAACTTCATCCAAATCCCTAC
CACTGTTAT

QA 3 731 3 731
DS 



AS 1 3

CO CL3491Contig1 1020 3 3 U
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TGTTTTTTTTTGTAGATTCTGAGAGAGATGAATGAACCACCACAAAGAATGAAAGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BR86JQ U 1
AF RR1BZ71JQ U 72
AF RR1BR86TF C 435
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BS 772 787 RR1BZ71JQ
BS 788 1020 RR1BR86TF

RD RR1BR86JQ 771 0 0
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CTTGGGATTCGACTGAGAAAACCAGTATCAATCTTCTTGTAGTGACTATGAAACTTCATG
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GAGCCCCTGAGGCATTTGACCAAACGAACTGCACGATCATACCAAGCAAGAGACCGTAAC
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AAAAAGCCATCAACTTCGTCTTCATATCTCTCATACAGAACCGGCATTGTGTGTGCTCCC
ACAAACCCAATATACAAAACAGTTAGGAAGTTGCAACAGCTCCCTATTATTGCGGCTAGC
CATAGTCCAATCACAGCCATGAGGAACTGTTTCAAACTCCCTCTACAAGCCAAGTCCTGA
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TCTTTTGGAAGAACAAGGCGAGGCACTCTAGACTGTGATGAGCGGTTTAGAGCCCCTGAG
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TCTTGTTCGAAGAAAGAAACGTTCTTTTTCTTATGAACCGTCTCGGTGAAGTTATCAACC
AAATCGCCGATAACGTCCTCTACAATACTCTTCTCATGCATGATTCTTGGAGGAGTTGGT
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QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 3

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TGGGCTTGCTTGTGCG


BQ
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AF RR1CT89TF U 1
AF RR1F256TF U 126
AF RR1F256JQ C 156
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GTG

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GG
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GGGGATAACACTAGAACAGTCTCTGAGGACGGAGATAAACGCCGGGAGGATAATCAGGCG
AGGTTCCGTGAAACAGGACTTCCGAGGAGAGGTTTTGGAGTACCGGTTCAAGTAGCGGTT
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GGACTACGATGGTACTCGATGCGGCTAAGCATTGATGAAGATGGAGATGTTGCAGATGAG
TTCTTGGAAGATCATAACTGTAAGACTTTGCCAAGAAAATGCAAAACAAAAGCTGCAAAA
GTGAGAGGTTTAGTGATATCTTCTGATGGGAAACTTCAGCCAATAATGCACTGAACAATG
GAGAAATATTTACTGATTAGTGTGGTTGAATCAGAGAAAGGTTAGAGACTGGGTTTCATT
TAGCCATTCAATCTCGATATAAAATCGATTAGATTCTGGTTGTTGATACTTGAGAACTTG
AAATGTTATGTAACTGTGAATTT
GTT

QA 3 685 3 685
DS 

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AAAGCATCCATCTGATTCAGTGATAAGTTTGAAATCAAAGTTCGATTTAGTTTTTGCTTC
TGATGGGTTTCTTAAAGAAGTTAACGGGGATATTCGGGTTCGGGCACAACGATGGTGGGC
ACGGAGTTGCTTCGAGAGATGAAGATGGTGACGGGGATAACACTAGAACAGTCTCTGAGG
ACGGAGATAAACGCCGGGAGGATAATCAGGCGAGGTTCCGTGAAACAGGACTTCCGAGGA
GAGGTTTTGGAGTACCGGTTCAAGTAGCGGTTGAACGGTCTAATCCTGGTCCTATTCTTC
AGCCTTGTCCTGCTTCTGACGGTGGTATTCAGGGACTACGATGGTACTCGATGCGGCTAA
GCATTGATGAAGATGGAGATGTTGCAGATGAGTTCTTGGAAGATCATAACTGTAAGACTT
TGCCAAGAAAATGCAAAACAAAAGCTGCAAAAGTGAGAGGTTTAGTGATATCTTCTGATG
GGAAACTTCAGCCAATAATGCACTGAACAATGGAGAAATATTTACTGATTAGTGTGGTTG
AATCAGAGAAAGGTTAGAGACTGGGTTTCATTTAGCCATTCAATCTCGATATAAAATCGA
TTAGATTCTGGTTGTTGATACTTGAGAACTTGAAATGTTATGTAACTGTGAATTTTGTTT
TTGAAAATTGACAAGTAAATCTGTTTGGGCTTGCTTGTGCG

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 3

CO CL3493Contig1 1095 3 6 U
TTTTTATCGATGTCGATTCCTCAGGCAAAGATGGAGCTTCGTCCTCTGGGAAACACAGGT
CTCAAAGTTAGCTCCATCGGCTTCGGCGCCTCTCCTCTCGGAAGCGTCTTCGGTCCAGTC
GCCGAAGTCGATGCCGTCGCCACCGTAAGCGAGGCGTTCCGACAAGGCATTAACTTCTTC
GACACTTCCCCGTATTATGGAGGAACGCTATCGGAGAAGATGCTTGGTAAGGGACTAAAG
GCACTACAAGTCCCTAGAAATGACTACATTGTGGCTACCAAGTGTGGACGTTACGAAGAA
GGTTTCGATTTCAGTGCTGAGAGAGTCACAAAGAGCATCGACGAGAGCTTGGAGAGGCTT
CAGCTAGATTACGTCGACATACTTCACTGCCACGACATTGAGTTCGGGTCTCTTGACCAG
ATTGTGAGTGAAACAATCCCTGCGCTGCAGAAACTGAAACGGGAAGGGAAGACAAGGTTT
ATCGGTATCACTGGTCTTCCGTTGAGTATATTCACTTATGTTCTTGATAGAGTGCCTCCA
GGGAGTGTTGATGTGATATTGTCGTACTGCCATTACGGTGTAAACGATTCGACGTTGCTG
G*ATTTGTTTCCTTACTTGAAGAGCAAAG*TGTGGGCGTGATAAGTGCTTCTCCATTGGC
AATGGGTCTCCTTACGGAACAAGGTCCTCCTGAATGGCACCCTGCTTCCCCTGAGCTTAA
GTCTGCTTGCAAAGCTGCTGTTGGTCATTGTAAATCAAAGGGTAAGAAGATCACAAAGTT
AGCACTGCAGTACAGCTTAGGAAACAAGGAGGTTTCATCAGTGTTGGTTGGAATGAGCTC
TGTCTCACAGGTGGAAGAAAATGTTGCAGCAGTTAGAGAGCTTGAAGGTGTGGGTATGGA
TCAAGAAACTCTCTCTGAGGTTGAAGCTATTCTCGAGCCTGTAAAGAATCAGACATGGCC
AAGTGGAATCGATCAAAATTAAAAGCTCTCTTCGCTGTGTTTGTTCACATTACTTCTTGG
AATGCTTTGATGTGTCGGTAACAGTTTTAAGTTTTAAGTTGAGTTGATACGGTTAATAAA
ATTTCTTAGGGTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV73TF U 1
AF RR1B540TF U 94
AF RR1CV73JQ C 286
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BS 677 677 RR1CV73JQ
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BS 685 701 RR1CV73TF
BS 702 1095 RR1CV73JQ

RD RR1CV73TF 701 0 0
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CTCAAAGTTAGCTCCATCGGCTTCGGCGCCTCTCCTCTCGGAAGCGTCTTCGGTCCAGTC
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GCACTACAAGTCCCTAGAAATGACTACATTGTGGCTACCAAGTGTGGACGTTACGAAGAA
GGTTTCGATTTCAGTGCTGAGAGAGTCACAAAGAGCATCGACGAGAGCTTGGAGAGGCTT
CAGCTAGATTACGTCGACATACTTCACTGCCACGACATTGAGTTCGGGTCTCTTGACCAG
ATTGTGAGTGAAACAATCCCTGCGCTGCAGAAACTGAAACGGGAAGGGAAGACAAGGTTT
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G*ATTTGTTTCCTTACTTGAAGAGCAAAG*TGTGGGCGTGATAAGTGCTTCTCCATTGGC
AATGGGTCTCCTTACG*AACAAG*TCCTCCTGAATGGCACC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1B540TF 587 0 0
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GCGTTCCGACAAGGCATTAACTTCTTCGACACTTCCCCGTATTATGGAGGAACGCTATCG
GAGAAGATGCTTGGTAAGGGACTAAAGGCACTACAAGTCCCTAGAAATGACTACATTGTG
GCTACCAAGTGTGGACGTTACGAAGAAGGTTTCGATTTCAGTGCTGAGAGAGTCACAAAG
AGCATCGACGAGAGCTTGGAGAGGCTTCAGCTAGATTACGTCGACATACTTCACTGCCAC
GACATTGAGTTCGGGTCTCTTGACCAGATTGTGAGTGAAACAATCCCTGCGCTGCAGAAA
CTGAAACGGGAAGGGAAGACAAGGTTTATCGGTATCACTGGTCTTCCGTTGAGTATATTC
ACTTATGTTCTTGATAGAGTGCCTCCAGGGAGTGTTGATGTGATATTGTCGTACTACCAT
TACGGTGTAAACGATTCGACGTTGCTGGGATTTGTTGCCTTACTTGAAGAGCAAAG*TGT
GGGCGTGATAAGTGCTTCTCCATTGGCAATGGGTCTCCTTACG
GAAC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1CV73JQ 810 0 0
T
GACGTTACGAAGAAGGTTTCGATTTCAGTGCTGAGAGAGTCACAAAGAGCATCGACGAGA
GCTTGGAGAGGCTTCAGCTAGATTACGTCGACATACTTCACTGCCACGACATTGAGTTCG
GGTCTCTTGACCAGATTGTGAGTGAAACAATCCCTGCGCTGCAGAAACTGAAACGGGAAG
GGAAGACAAGGTTTATCGGTATCACTGGTCTTCCGTTGAGTATATTCACTTATGTTCTTG
ATAGAGTGCCTCCAGGGAGTGTTGATGTGATATTGTCGTACTGCCATTACGGTGTAAACG
ATTCGACGTTGCTGG*ATTTGTTTCCTTACTTGAAGAGCAAAGGTGTGGGCGTGATAAGT
GCTTCTCCATTGGCAATGGGTCTCCTTACGGAACAAGGTCCTCCTGAATGGCACCCTGCT
TCCCCTGAGCTTAAGTCTGCTTGCAAAGCTGCTGTTGGTCATTGTAAATCAAAGGGTAAG
AAGATCACAAAGTTAGCACTGCAGTACAGCTTAGGAAACAAGGAGGTTTCATCAGTGTTG
GTTGGAATGAGCTCTGTCTCACAGGTGGAAGAAAATGTTGCAGCAGTTAGAGAGCTTGAA
GGTGTGGGTATGGATCAAGAAACTCTCTCTGAGGTTGAAGCTATTCTCGAGCCTGTAAAG
AATCAGACATGGCCAAGTGGAATCGATCAAAATTAAAAGCTCTCTTCGCTGTGTTTGTTC
ACATTACTTCTTGGAATGCTTTGATGTGTCGGTAACAGTTTTAAGTTTTAAGTTGAGTTG
ATACGGTTAATAAAATTTCTTAGGGTATC

QA 2 810 2 810
DS 



AS 1 2

CO CL3494Contig1 719 2 3 U
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CCATTATAAAACCTAACACATAAGTCAAGAGAGATCCTTAAACACAACTTACTTACAGTG
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CTGCTTCTTCGGGTCATCAGTTGAAGAAGGATCACCATCACCGCCGCTTTTCTTGCCAAA
TATCATCTCATCAAGATCATCCATCATGTCATCCCCACTCCCACCACCTCCATGGACCCC
ACCTCGTGCAATCGATGGTTTTCTGACCAGAAATTCTTCTTTCCCATGATCCGAAAAGTC
ATCAGGCTCTTCAGCAACAGGGATCATGGCTGGTTCTGGTGCGGTTAGCGGTGCTGAGGG
TTTGTTCATCTCCTCGTACTTGGACAGTGTTTTCACAAGCTCGTCGTTCACATTCAAGGC
TTCAAACAGAAGGGCTTCGTCTTCACCTGCTGTCTCGATGATTCTTTGGACAGTGGTTTG
AGACTGACGGCACTGTTGTACAAGTGTCCTGGTTAAGTCATCCTGTAAAGCATCTTGTTG
AGGCGAAGAGGACAGAACCGTGGAAAGAAGTTCAATGCTGTTTCTTGCTATATCGAAAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DJ26JQ U 1
AF RR1D210JQ U 1
BS 1 391 RR1D210JQ
BS 392 392 RR1DJ26JQ
BS 393 719 RR1D210JQ

RD RR1DJ26JQ 414 0 0
GTAAAACGTTTGTCTTATCTCAAAGATAAACTTGAAATCTTTGTGTCATAAACATCTCCT
CCATTATAAAACCTAACACATAAGTCAAGAGAGATCCTTAAACACAACTTACTTACAGTG
AAACCGTTTTGAATCACCAATTAAACTTCATAAATTCATTAAAAAAAAGAAAGTTTTTGT
TTTCGCAGGAAAGAAACCATCTCAGAATCGAGTGAGATCATCGCTTTTAGACGAAGACTG
CTGCTTCTTCGGGTCATCAGTTGAAGAAGGATCACCATCACCGCCGCTTTTCTTGCCAAA
TATCATCTCATCAAGATCATCCATCATGTCATCCCCACTCCCACCACCTCCATGGACCCC
ACCTCGTGCAATCGATGGTTTTCTGACCAGAAATTCTTCTTTCCCATGATC
CGA

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR1D210JQ 719 0 0
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CCATTATAAAACCTAACACATAAGTCAAGAGAGATCCTTAAACACAACTTACTTACAGTG
AAACCGTTTTGAATCACCAATTAAACTTCATAAATTCATTAAAAAAAAGAAAGTTTTTGT
TTTCGCAGGAAAGAAACCATCTCAGAATCGAGTGAGATCATCGCTTTTAGACGAAGACTG
CTGCTTCTTCGGGTCATCAGTTGAAGAAGGATCACCATCACCGCCGCTTTTCTTGCCAAA
TATCATCTCATCAAGATCATCCATCATGTCATCCCCACTCCCACCACCTCCATGGACCCC
ACCTCGTGCAATCGATGGTTTTCTGACCAGAGATTCTTCTTTCCCATGATCCGAAAAGTC
ATCAGGCTCTTCAGCAACAGGGATCATGGCTGGTTCTGGTGCGGTTAGCGGTGCTGAGGG
TTTGTTCATCTCCTCGTACTTGGACAGTGTTTTCACAAGCTCGTCGTTCACATTCAAGGC
TTCAAACAGAAGGGCTTCGTCTTCACCTGCTGTCTCGATGATTCTTTGGACAGTGGTTTG
AGACTGACGGCACTGTTGTACAAGTGTCCTGGTTAAGTCATCCTGTAAAGCATCTTGTTG
AGGCGAAGAGGACAGAACCGTGGAAAGAAGTTCAATGCTGTTTCTTGCTATATCGAAAG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 3

CO CL3495Contig1 1113 3 10 U
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GATACCTCCGCGGGTTAAGCCGCCGCGCCACGACGGCTCTCTCGGTCAACCAAACGCGCT
CGATCTCTTCATTTCATCGATCAGAGCTCCCCGGGACAAGCAGCATTACTCATTGGATCC
CATCTCAGAATCGATCTCTCACCAGAGATCTCCCATCGTATTATCGCTCCCAAGGTCGAC
ATTTCTCTTCGAAAACAAACGACACTGACGAAAGCAGCGAAGGTGATGACGAGGAGGACT
ACGAGGATTCGGGGGAGATGGAAGTAGTAGAAAGGGAGTATTCACCGGCGGAGAAAGTAG
AGGCCGCGGCGGAGATAGGGTACAAGGTGATGGGTCCTCTCAAACCTTCGGAGAGACTGT
TCAAACCCTACGGGCCTGTGTTTGCCGTTGTTCAGATTGGTTCGCATCAGTTCAAAGTAA
GCAACGGGGACTCCATTTTCACTGAGAAGTTGAAGTTCTGTGACATCAATGATAAGTTGG
TACTGACCAAGGTGCTTCTAATGGGCTCAGCAAGCCAGACGATTATTGGGAGGCCTATCT
TGCCTGATGCCACTGTTCATGCGGTTGTGGAAGAGCATGCACTGGACGAAAAAGTGCTCA
TTTTCAAAAAGAAACGAAGAAAGAATTACAGAAGAACCACAGGACATCGACAGGAATTAA
CGAAGTTGAGAATAACCGATATACAAGGAATTGAGAAACCAGAACCGAAGATTGTCCATA
AGCCTTCCAAGGCAGCGGCTGATACAGAGCAATCAGAGGCCGAGCTAGTTGCTTAATTAC
TTTTCTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGCTGATGCCAATACTTGAAGTAAGTTCACGTTTCTT
GGTAGTTAGTGGTAACTACTAGGCTTCTAAGATATGAACGTGATTTGCCTTTAGCTATCT
CGTTTCTACTGGAACTGGCTCAGGTTTTTTGATACGGTTTGTCTTTTTTTTCTTGTTTCA
GAAGAATTCACAAATAAAGATTAGCGTAAACATTGGTTGCACTATGCCTTTGTCCTGTAA
GATCGAGTTATATAATATTGTTTTTATTGCCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CE44TF U 1
AF RR1FY89TF U 155
AF RR1CE44JQ C 429
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BS 654 1113 RR1CE44JQ

RD RR1CE44TF 653 0 0
TCTCTCTCGAGTCTTGGCAAACCCTAAGTTATACTCTTTGCTCTCCGATGGCGAGCCTTC
GATACCTCCGCGGGTTAAGCCGCCGCGCCACGACGGCTCTCTCGGTCAACCAAACGCGCT
CGATCTCTTCATTTCATCGATCAGAGCTCCCCGGGACAAGCAGCATTACTCATTGGATCC
CATCTCAGAATCGATCTCTCACCAGAGATCTCCCATCGTATTATCGCTCCCAAGGTCGAC
ATTTCTCTTCGAAAACAAGCGACACTGACGAAAGCAGCGAAGGTGATGATGAGGAGGACT
ACGAGGATTCGGGGGAGATGGAAGTAGTAGAAAGGGAGTATTCACCGGCGGAGAAAGTAG
GGGCCGCGGCGGAGATAGGGTACAAGGTGATGGGTCCTCTCAAACCTTCGGAGAGATTGT
TCAAACCCTACGGGCCTGTGTTTGCCGTTGTTCAGATTGGTTCGCATCAGTTCAAAGTAA
GCAACGGGGACTCCATTTTCACTGAGAAGTTGAAGTTCTGTGACATCAATGATAAGTTGG
TACTGACCAAGGTGCTTCTAATGGGCTCAGCAAGCCAGACGATTATTGGGAGGCCTATCT
TGCCTGATGCCACTGTTCATGCGGTTGTGGAAGAGCATGCACTGGACGAAAAA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1FY89TF 483 0 0
GACAAGCAGCATTACTCATTGGATCCCATCTCAGAATCGATCTCTCACCAGAGATCTCCC
ATTGTATTATCGCTCCCAAGGTCGACATTTCTCTTCTAAAACAAACGACACTGATGAAAG
CAGCGAAGGTGATGACGAGGAGGACTACGAGGATTCGGGGGAGATGGAAGTAGTAGAAAG
GGAGTATTCACCGGCGGAGAAAGTAGAGGCGGCGGCGGAGATAGGGTACAAGGTGATGGG
TCCTCTCAAACCTTCGGAGAGACTGTTCAAACCCTACGAGCCTGTGTTTGCCGTTGTTCA
GATTGGTTCGCATCAGTTCAAAGTAAGCAACGGGGACTCCATTTTCACTGAGAAGTTGAA
GTTCTGTGACATCAATGATAAGTTGGTACTGACCAAGGTGCTTCTAATGGGCTCAGCAAG
CCAGACGATTATTGGGAGACCTATCTTGCCTGATGCCACTGTTCATGCTGTTGTGGAAGA
GCA

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR1CE44JQ 685 0 0
TACGGGCCTGTGTTTGCCGTTGTTCAGATTGGTTCGCATCAGTTCAAAGTAAGCAACGGG
GACTCCATTTTCACTGAGAAGTTGAAGTTCTGTGACATCAATGATAAGTTGGTACTGACC
AAGGTGCTTTTAATGGGCTCAGCAAGCCAGACGATTATTGGGAGGCCTATCTTGCCTGAT
GCCACTGTTCATGCGGTTGTGGAAGAGCATGCACTGGACGAAAAAGTGCTCATTTTCAAA
AAGAAACGAAGAAAGAATTACAGAAGAACCACAGGACATCGACAGGAATTAACGAAGTTG
AGAATAACCGATATACAAGGAATTGAGAAACCAGAACCGAAGATTGTCCATAAGCCTTCC
AAGGCAGCGGCTGATACAGAGCAATCAGAGGCCGAGCTAGTTGCTTAATTACTTTTCTTT
TTTTGTTGTTGTTGTTGCTGATGCCAATACTTGAAGTAAGTTCACGTTTCTTGGTAGTTA
GTGGTAACTACTAGGCTTCTAAGATATGAACGTGATTTGCCTTTAGCTATCTCGTTTCTA
CTGGAACTGGCTCAGGTTTTTTGATACGGTTTGTCTTTTTTTTCTTGTTTCAGAAGAATT
CACAAATAAAGATTAGCGTAAACATTGGTTGCACTATGCCTTTGTCCTGTAAGATCGAGT
TATATAATATTGTTTTTATTGCCGG

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 3

CO CL3496Contig1 1423 3 3 U
GAACGCAATGAACAAGCTCGATTTGTTGAAGCCATGGACGCTCACTTTCTCCTTTGGCCG
AGCCCTCCAGCAAAGCACTCTCAAGGCTTGGGGCGGTAAGAAAGAGAACGTAGCCAAAGC
TCAGGCCACGTTCTTGGTCAGGTGCAAGGCTAACTCTGACGCTACACTTGGGAAATACAT
CCCCGGGGCTTCTGGTGACTCTGCGTTGATACCACTGCTTACGGCCGGGGGGGGCTCTGA
CCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGGTTAAGGGAACC
CACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTCTTCATAGGGCAATTGTCACTGCTTATGGACCCGA
ACCTGGGTGATCTATCTATGACCAGGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAA
CCGACTGATGTTGAAAAATCAGCGGATGAGTTATGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAAC
CCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGAAATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACATCTAG
GGGTAAAGCACTGTTTCGGTGCGGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGA
ATACTAGATATGACCTCAAAATAACTGGGGTCAAGGTCGGCCAGTGAGACGGTGGGGGAT
AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCCTAAATGACCGC
TCAGTGATAAAGGAGGTAGGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCAGCCAC
CCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGAACGGGG
CTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGATGTCAAAATGCATCGGTAGGGGAGCGTTCCGCCT
TAGGGGGAAGCAACCGCGCGAGCGGCGGTGGACGAAGCGGAAGCGAGAATGTCGGCTTGA
GTAACGCAAACATTGGTGAGAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCCGCAAGGT
TCGTCCACGGAGGGTGAGTCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAA
CAGGTGAATATTCCTGTACTACCCCTTGTTGGTCCCGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAG
TCGAAAGATGGTTATCGGTTCAAGAACGCAAGGTGTCCCTGTTTTTTCAGGGTAAGAAGG
GGTAGAGAAAATGCCCCGAGCCAATGTTCGAGTACCAGGCGCTACGGCGCTGAAGTAACC
CATGCTATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGACCTTCAACAAAAGGGTACCTGTACCCGAA
ACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAGGGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAA
CTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAAGGGTGCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ED96TF U 1
AF RR1ED96JQ C 254
AF RR1GE02TF U 829
BS 1 537 RR1ED96TF
BS 538 829 RR1ED96JQ
BS 830 1423 RR1GE02TF

RD RR1ED96TF 537 0 0
GAACGCAATGAACAAGCTCGATTTGTTGAAGCCATGGACGCTCACTTTCTCCTTTGGCCG
AGCCCTCCAGCAAAGCACTCTCAAGGCTTGGGGCGGTAAGAAAGAGAACGTAGCCAAAGC
TCAGGCCACGTTCTTGGTCAGGTGCAAGGCTAACTCTGACGCTACACTTGGGAAATACAT
CCCCGGGGCTTCTGGTGACTCTGCGTTGATACCACTGCTTACGGCCGGGGGGGGCTCTGA
CCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGGTTAAGGGAACC
CACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTCTTCATAGGGCAATTGTCACTGCTTATGGACCCGA
ACCTGGGTGATCTATCTATGACCAGGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAA
CCGACTGATGTTGAAAAATCAGCGGATGAGTTATGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAAC
CCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGAAATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACATC

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1ED96JQ 718 0 0
GAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGGTTAAGGGAACCCACCGGAGCCGTA
GCGAAAGCGAGTCTTCATAGGGCAATTGTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCT
ATCTATGACCAGGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTG
AAAAATCAGCGGATGAGTTATGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTG
GTTCTCCCCGAAATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACATCTAGGGGTAAAGCACTG
TTTCGGTGCGGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAGATATGA
CCTCAAAATAACTGGGGTCAAGGTCGGCCAGTGAGACGGTGGGGGATAAGCTTCATCGTC
GAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCCTAAATGACCGCTCAGTGATAAAGG
AGGTAGGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCAGCCACCCTTGAAAGAGTG
CGTAATAGCTCACTGATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGAACGGGGCTAAGCGATCTGC
CGAAGCTGTGGGATGTCAAAATGCATCGGTAGGGGAGCGTTCCGCCTTAGGGGGAAGCAA
CCGCGCGAGCGGCGGTGGACGAAGCGGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAAC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1GE02TF 595 0 0
G
GATGAACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGATGTCAAAATGCATCGGTAGGGGA
GCGTTCCGCCTTAGGGGGAAGCAACCGCGCGAGCGGCGGTGGACGAAGCGGAAGCGAGAA
TGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGAGAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTC
CTCCGCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAGTCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAG
TCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTACTACCCCTTGTTGGTCCCGAGGGACGGAGGA
GGCTAGGTTAGTCGAAAGATGGTTATCGGTTCAAGAACGCAAGGTGTCCCTGTTTTTTCA
GGGTAAGAAGGGGTAGAGAAAATGCCCCGAGCCAATGTTCGAGTACCAGGCGCTACGGCG
CTGAAGTAACCCATGCTATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGACCTTCAACAAAAGGGTAC
CTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAGGGGCGCGAGACAACTC
TCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAAGGGTGCCTCC

QA 2 595 2 595
DS 



AS 1 2

CO CL3497Contig1 751 2 2 U
GGACTACACCTCAAAGCAAATAAAATATCTGAAACGTAGAGAAGAAGAAAAGATGACAAC
GGAGAAGAAAGTGATGGAAGTAGTGAAAAATCTCGACTTGGAGAGATACATGGGCCGCTG
GTATGAGATTGCTTCTTTCCCTTCCATTTTTCAGCCCAAGAACGGTGTTGACACTCGCGC
CACCTACACCCTCAACCCTGACGGCACGGTGCACGTCTTGAACGAGACGTGGAACGGTGG
CAAGAGAGCTTTCATTCAAGGCTCGGCCTACAAGACGGATCCTAAGAGCGACGAGGCGAA
GTTCAAAGTTAAGTTTTATGTCCCTCCTTTCCTCCCTATCATTCCTGTCACGGGAGATTA
CTGGGTGTTGTATATTGATCCTGAGTACCAGCACGCCATCATCGGCCAGGGTTCAAGGAG
TTCTCTCTGGATATTGAGCAGGACAGCGCATATGGAGGAAGAGACATACAAGGCGCTGGT
GGAGAAGGCGGTGGAGGAAGGTTACGATGTCAGCAAGCTTCACAAGACCCCTCAGAGTGA
CACACCACCGGAGTCCAACGCTGCTCCTGACGACACCAAGGGTGTTTGGTGGTTCAAATC
CATGTTCGGCAAATAGTTACAAAAACGACAGACCTCCCCTTTTACTTCCATTGCTTGTGT
AATAATATTACTACCCCTTATGTGTACTCTAGTAATTGTCGTTCTGTTTTGTGTTATACT
GAACATCTAAATTAAATCCATTTACGTCAGC


BQ
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AF RR1DY26TF U 1
AF RR1DY26JQ C 271
BS 1 437 RR1DY26TF
BS 438 751 RR1DY26JQ

RD RR1DY26TF 437 0 0
GGACTACACCTCAAAGCAAATAAAATATCTGAAACGTAGAGAAGAAGAAAAGATGACAAC
GGAGAAGAAAGTGATGGAAGTAGTGAAAAATCTCGACTTGGAGAGATACATGGGCCGCTG
GTATGAGATTGCTTCTTTCCCTTCCATTTTTCAGCCCAAGAACGGTGTTGACACTCGCGC
CACCTACACCCTCAACCCTGACGGCACGGTGCACGTCTTGAACGAGACGTGGAACGGTGG
CAAGAGAGCTTTCATTCAAGGCTCGGCCTACAAGACGGATCCTAAGAGCGACGAGGCGAA
GTTCAAAGTTAAGTTTTATGTCCCTCCTTTCCTCCCTATCATTCCTGTCACGGGAGATTA
CTGGGTGTTGTATATTGATCCTGAGTACCAGCACGCCATCATCGGCCAGGGTTCAAGGAG
TTCTCTCTGGATATTGA

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR1DY26JQ 481 0 0
CAAGACGGATCCTAAGAGCGACGAGGCTAAGTTCAAAGTTAAGTTTTATGTCCCTCCTTT
CCTCCCTATCATTCCTGTCACGGGAGATTACTGGGTGTTGTATATTGATCCTGAGTACCA
GCACGCCATCATCGGCCAGGGTTCAAGGAGTTCTCTCTGGATATTGAGCAGGACAGCGCA
TATGGAGGAAGAGACATACAAGGCGCTGGTGGAGAAGGCGGTGGAGGAAGGTTACGATGT
CAGCAAGCTTCACAAGACCCCTCAGAGTGACACACCACCGGAGTCCAACGCTGCTCCTGA
CGACACCAAGGGTGTTTGGTGGTTCAAATCCATGTTCGGCAAATAGTTACAAAAACGACA
GACCTCCCCTTTTACTTCCATTGCTTGTGTAATAATATTACTACCCCTTATGTGTACTCT
AGTAATTGTCGTTCTGTTTTGTGTTATACTGAACATCTAAATTAAATCCATTTACGTCAG
C

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 3

CO CL3498Contig1 814 3 7 U
GGTACCCTAAAGAGGGGTTCACTACTTATGAAGTACTTAGTTCTTGCATATGGAAAGCAA
GATCTCGAGCCCTAAAGCTAAACTTTGATGGGATCACTGTCCTTGGCGTAGCTGTTGGAA
TCCGACATGTTCTAGATCCGCCACTTCCTAAAGGATTCTACGGTAACGCCTACATAGATG
TCTATATCGAGTTAACCGTAAGAGAACTGCAAGAAGCATCAATCTCTGACATTGCTAAGC
ACGTGAAGAAAGCCAAGAAAACAGCTTATGACAAGGGCTATCTCGAGGAAGAGTTAAAGA
ATACGGAGAGATTAATGAGGGATAATGCAAAATTCGAAGGGGTGAGTGATGGACTATTGT
TCCTCACTGACTGGAGGAATATTGGTTGGTTTGGATCAATGGATTTTGGTTGGAATGAGC
CAGTGAATCTGCGGCCGTTGACCGAGCAGAAGACTGCACTGCATATAGGGATGATCTTGA
GACCTTCACAACTTGATCCATCAATGGAAGGTGGAGTTAAAGTGATCATGACGTTGCCAA
GAGTTGCAATGGTTGACTTCAAGCGAGAGATGGATGCTATGAACAAACTTTACTATTAAG
ATTATTAGTACCTGGATTAGTTTTCTATGTGTGTGAGTGAATGTTTCAAACATGAATAAT
GGGCGAATAAGATGATTATGCTTATATGAATGCTGGGCGAGTAAAGAGGAGATGTAAATC
ATCTAGTATGTAGAAACAAACCGATATTGATTACATTGTAATTTATTATCATAATTTCTT
GACTTTGAATCATTGGAGGAAGCAAGTGTGCATC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT55TF U 1
AF RR1GH71TF U 2
AF RR1DT55JQ C 253
BS 1 54 RR1DT55TF
BS 55 55 RR1GH71TF
BS 56 168 RR1DT55TF
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BS 170 677 RR1DT55TF
BS 678 757 RR1GH71TF
BS 758 814 RR1DT55JQ

RD RR1DT55TF 677 0 0
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TCCGACATGTTCTAGATCCGCCACTTCCTAAAGGATTCTACGGTAACGTCTACATAGATG
TCTATATCGAGTTAACCGTAAGAGAACTGCAAGAAGCATCAATCTCTGACATTGCTAAGC
ACGTGAAGAAAGCCAAGAAAACAGCTTATGACAAGGGCTATCTCGAGGAAGAGTTAAAGA
ATACGGAGAGATTAATGAGGGATAATGCAAAATTCGAAGGGGTGAGTGATGGACTATTGT
TCCTCACTGACTGGAGGAATATTGGTTGGTTTGGATCAATGGATTTTGGTTGGAATGAGC
CAGTGAATCTGCGGCCGTTGACCGAGCAGAAGACTGCACTGCATATAGGGATGATCTTGA
GACCTTCACAACTTGATCCATCAATGGAAGGTGGAGTTAAAGTGATCATGACGTTGCCAA
GAGTTGCAATGGTTGACTTCAAGCGAGAGATGGATGCTATGAACAAACTTTACTATTAAG
ATTATTAGTACCTGGATTAGTTTTCTATGTGTGTGAGTGAATGTTTCAAACATGAATAAT
GGGCGAATAAGATGATT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1GH71TF 756 0 0
GTACCCTAAAGAGGGGTTCACTACTTATGAAGTACTTGGTTCTTGCATATGGAAAGCAAG
ATCTCGAGCCCTAAAGCTAAACTTTGATGGGATCACTGTCCTTGGCGTAGCTGTTGGAAT
CCGACATGTTCTAGATCCGCCACTTCCTAAAGGATTCTACGGTAACGCCTACATAGATGT
CTATATCGAGTTAACCGTAAGAGAACTGCAAGAAGCATCAATCTCTGACATTGCTAAGCA
CGTGAAGAAAGCCAAGAAAACAGCTTATGACAAGGGCTATCTCGAGGAAGAGTTAAAGAA
TACGGAGAGATTAATGAGGGATAATGCAAAATTCGAAGGGGTGAGTGATGGACTATTGTT
CCTCACTGACTGGAGGAATATTGGTTGGTTTGGATCAATGGATTTTGGTTGGAATGAGCC
AGTGAATCTGCGGCCGTTGACCGAGCAGAAGACTGCACTGCATATAGGGATGATCTTGAG
ACCTTCACAACTTGATCCATCAATGGAAGGTGGAGTTAAAGTGATCATGACGTTGCCAAG
AGTTGCAATGGTTGACTTCAAGCGAGAGATGGATGCTATGAACAAACTTTACTATTAAGA
TTATTATTACCTGGATTAGTTTTCTATGTGTGTGAGTGAATGTTTCAAACATGAATAATG
GGCGAATAAGATGATTATGCTTATATGAATGCTGGGCGAGTAAAGAGGAGATGTAAATCA
TCTAGTATGTAGAAACAAACCGATATTGATTACATT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1DT55JQ 562 0 0
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TAATGAGGGATAATGCAAAATTCGAAGGGGTGAGTGATGGACTATTGTTCCTCACTGACT
GGAGGAATATTGGTTGGTTTGGATCAATGGATTTTGGTTGGAATGAGCCAGTGAATCTGC
GGCCGTTGACCGAGCAGAAGACTGCACTGCATATAGGGATGATCTTGAGACCTTCACAAC
TTGATCCATCAATGGAAGGTGGAGTTAAAGTGATCATGACGTTGCCAAGAGTTGCAATGG
TTGACTTCAAGCGAGAGATGGATGCTATGAACAAACTTTACTATTAAGATTATTAGTACC
TGGATTAGTTTTCTATGTGTGTGAGTGAATGTTTCAAACATGAATAATGGGCGAATAAGA
TGATTATGCTTATATGAATGCTGGGCGAGTAAAGAGGAGATGTAAATCATCTAGTATGTA
GAAGCAAACCGATATTGATTACATTGTAATTTATTATCATAATTTCTTGACTTTGAATCA
TTGGAGGAAGCAAGTGTGCATC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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AAAAGAGACCAGGTTACTTACTATCCATAAATACCAAAACCAAAAGAAAACAAAAGAGTT
ATCATTCTTCTTTATCCCTCAAAACTTCACCAAGAGGTCTGTCTAAGAAATTAACAATAA
AAAAAAAGAAGCACAACTTAAAGCTCATCGTGAGACTCATCCTCCTCCTCGTTCGCTGAT
TCACCTCCAGCACCTCCTGGTGCACCACCTGTCCTCTGATACACGGCCGTGATGATTGGG
TTACACACTGCCTCTACTTCCTTCAACTTCTCGTCGTACTCTTCTTTCTCTGAGTTTTGG
TTCTCGTCAAGCCACTCCAAGGCTTCTTTGGTCGCTGCTTCTATCTTCTCCTTCTCATCC
GCCTCCAGTTTGTCTGCAAGCTTGTCCTTGTCGCTAACTTGGTTCTTCATGTTGTACACG
TATGTCTCCAGGCTGTTCCTAGCGTCGATTCTCTCCTTCACCTTCTTGTCTTCCTCTGCA
AACTCCTCTGCCTCCTTAACCATCCGGTCAATCTCTTCCTGACTCAGACGTCCCTTCTCG
TTTGTGATTGTGATCTTCTCTGATTTACCAGAGGCCTTGTCCTCTGCCTTCACGTTCAGG
ATACCGTTGGCGTCCACTTCAAACGTGACTTCGATTTGAGGTGTTCCTCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FI13TF C 369
AF RR1FI13JQ U 1
AF RR1D659JQ U 65
BS 1 102 RR1FI13JQ
BS 103 103 RR1D659JQ
BS 104 200 RR1FI13JQ
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BS 202 244 RR1FI13JQ
BS 245 245 RR1D659JQ
BS 246 713 RR1FI13JQ

RD RR1FI13TF 150 0 0
AAGCCACTCCAAGGCTTCTTTGGTCGCTGCTTCTATCTTCTCCTTCTCATCCGCCTCCAG
TTTGTCTGCAAGCTTGTCCTTGTCGCTAACTTGGTTCTTCATGTTGTACACGTATGTCTC
CAGGCTGTTCCTAGCGTCGATTCTCTCCTT

QA 1 150 1 150
DS 

RD RR1FI13JQ 713 0 0
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AAAAGAGACCAGGTTACTTACTATCCATAAATACCAAAACCATAAGAAAACAAAAGAGTT
ATCATTCTTCTTTATCCCTCAAAACTTCACCAAGAGGTCTGTCTAAGAAATTAACAATAA
AAAAAAAGAAGCACAACTTAGAGCTCATCGTGAGACTCATCCTCCTCCTCGTTCGCTGAT
TCAC*TCCAGCACCTCCTGGTGCACCACCTGTCCTCTGATACACGGCCGTGATGATTGGG
TTACACACTGCCTCTACTTCCTTCAACTTCTCGTCGTACTCTTCTTTCTCTGAGTTTTGG
TTCTCGTCAAGCCACTCCAAGGCTTCTTTGGTCGCTGCTTCTATCTTCTCCTTCTCATCC
GCCTCCAGTTTGTCTGCAAGCTTGTCCTTGTCGCTAACTTGGTTCTTCATGTTGTACACG
TATGTCTCCAGGCTGTTCCTAGCGTCGATTCTCTCCTTCACCTTCTTGTCTTCCTCTGCA
AACTCCTCTGCCTCCTTAACCATCCGGTCAATCTCTTCCTGACTCAGACGTCCCTTCTCG
TTTGTGATTGTGATCTTCTCTGATTTACCAGAGGCCTTGTCCTCTGCCTTCACGTTCAGG
ATACCGTTGGCGTCCACTTCAAACGTGACTTCGATTTGAGGTGTTCCTCTGCC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1D659JQ 625 0 0
GG
GACCAGGTTACTTACTATCCATAAATACCAAAACCAAAAGAAAACAAAAGAGTTATCATT
CTTCTTTATCCCTCAAAACTTCACCAAGAGGTCTGTCTAAGAAATTAACAATAAAAAAAA
AGAAGCACAACTTAAAGCTCATCGTGAGACTCATCCTCCTCCTCGTTCGCTGATTCACCT
CCAGCACCTCCTGGTGCACCACCTGTCCTCTGATACACGGCCGTGATGATTGGGTTACAC
ACTGCCTCTACTTCCTTCAACTTCTCGTCGTACTCTTCTTTCTCTGAGTTTTGGTTCTCG
TCAAGCCACTCCAAGGCTTCTTTGGTCGCTGCTTCTATCTTCTCCTTCTCATCCGCCTCC
AGTTTGTCTGCAAGCTTGTCCTTGTCGCTAACTTGGTTCTTCATGTTGTACACGTATGTC
TCCAGGCTGTTCCTAGCGTCGATTCTCTCCTTCACCTTCTTGTCTTCCTCTGCAAACTCC
TCTGCCTCCTTAACCATCCGGTCAATCTCTTCCTGACTCAGACGTCCCTTCTCGTTTGTG
ATTGTGATCTTCTCTGATTTACCAGAGGCCTTGTCCTCTGCCTTCACGTTCAGGATACCG
TTGGCGTCCACTTCAAACGTGAC

QA 3 625 3 625
DS 



AS 1 3

CO CL3501Contig1 625 3 13 U
GTTTCGACCGGTTAGTAGACGAACCGGACATTGTGAACCTCCCTTATCTCCAAAAGATTG
TGTCGGAAACACTACGTTTGTATCCTGCAGTTCCGCTACTACTACCTCATTTGTCTTCGA
GTGATTGTAGAGTGGCGGGGTACGATATGCCACGTGGTACGATGGTGTTGACTAACGTGT
GGGCTATGCAGAGAGATCCAAAGTTATGGGAAGATCCAGAGATATTCAAGCCCGAAAGAT
TTGAAAAAGCAGGAGAGGCTGATAAGCTATTGCCATTTGGGATGGGACGGAGAGCTTGTC
CTGGAGCTGGACTTGCTCAACGGTTAGTGAGCCTGGTTCTTGCAACTTTGGTTCAGTATT
TCGAGTGGGAAAGGGTTGGTGATGAGCTTGTGGACATGACCGAAGACAAAGGAGCCACAT
TGCCTAAACTAGTGCGATTGAGAACCATGTGCAAAGCACGTCCTATTGTTGGTAAACTAA
TCTGATTCTTGTCTTGTAATATGCACCTTTGTTGTTGTTTTGTTTTAAGAAAATGTGTAT
GTTTGAATAACAACTTTTTATTGTGAATATTTTTAACTTTTACAGTCTTGTATGTGTCTA
AATAAACGTCACAAAAGAACTATAA


BQ
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DD73TF U 1
AF RR1DD73JQ C 1
AF RR1AF74TF U 1
BS 1 5 RR1AF74TF
BS 6 6 RR1DD73TF
BS 7 115 RR1AF74TF
BS 116 116 RR1DD73TF
BS 117 321 RR1AF74TF
BS 322 322 RR1DD73TF
BS 323 331 RR1AF74TF
BS 332 332 RR1DD73TF
BS 333 357 RR1AF74TF
BS 358 358 RR1DD73TF
BS 359 435 RR1AF74TF
BS 436 436 RR1DD73TF
BS 437 625 RR1AF74TF

RD RR1DD73TF 581 0 0
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TGTCGGAAACACTACGTTTGTATCCTGCAGTTCCGCTACTACTACCTCATTTGTCTTCGA
GTGATTGTAGAGTGGCGGGGTACGATATGCCACGTGGTACGATGGTGTTGACTAACGTGT
GGGCTATGCAGAGAGATCCAAAGTTATGGGAAGATCCAGAGATATTCAAGCCCGAAAGAT
TTGAAAAAGCAGGAGAGGCTGATAAGCTATTGCCATTTGGGATGGGACGGAGAGCTTGTC
CTGGAGCTGGACTTGCTCAACGGTTAGTGAGCCTGGTTCTTGCAACTTTGGTTCAGTATT
TCGAGTGGGAAAGGGTTGGTGATGAGCTTGTGGACATGACCGAAGACAAAGGAGCCACAT
TGCCTAAACTAGTGCGATTGAGAACCATGTGCAAAGCACGTCCTATTGTTGGTAAACTAA
TCTGATTCTTGTCTTGTAATATGCACCTTTGTTGTTGTTTTGTTTTAAGAAAATGTGTAT
GTTTGAATAACAACTTTTTATTGTGAATATTTTTAACT
AAA

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1DD73JQ 578 0 0
GTTTCGACCGGTTAGTAGACGAACCGGACATTGTGAACCTCCCTTATCTCCAAAAGATTG
TGTCGGAAACACTACGTTTGTATCCTGCAGTTCCGCTACTACTACCTCATTTGTTTTCGA
GTGATTGTAGAGTGGCGGGGTACGATATGCCACGTGGTACGATGGTGTTGACTAACGTGT
GGGCTATGCAGAGAGATCCAAAGTTATGGGAAGATCCAGAGATATTCAAGCCCGAAAGAT
TTGAAAAAGCAGGAGAGGCTGATAAGCTATTGCCATTTGGGATGGGACGGAGAGCTTGTC
CTGGAGCTGGACTTGCTCAACGGTTAGTGAGCCTGGTTCTTGCAACTTTGGTTCAGTATT
TCGAGTGGGAAAGGGTTGGTGATGAGCTTGTGGACATGACCGAAGACAAAGGAGCCACAT
TGCCTAAACTAGTGCGATTGAGAACCATGTGCAAAGCACGTCCTATTGTTGGTAAACTAA
TTTGATTCTTGTCTTGTAATATGCACCTTTGTTGTTGTTTTGTTTTAAGAAAATGTGTAT
GTTTGAATAACAACTTTTTATTGTGAATATTTTTAACT

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1AF74TF 625 0 0
GTTTCAACCGGTTAGTAGACGAACCGGACATTGTGAACCTCCCTTATCTCCAAAAGATTG
TGTCGGAAACACTACGTTTGTATCCTGCAGTTCCGCTACTACTACCTCATTTGTCGTCGA
GTGATTGTAGAGTGGCGGGGTACGATATGCCACGTGGTACGATGGTGTTGACTAACGTGT
GGGCTATGCAGAGAGATCCAAAGTTATGGGAAGATCCAGAGATATTCAAGCCCGAAAGAT
TTGAAAAAGCAGGAGAGGCTGATAAGCTATTGCCATTTGGGATGGGACGGAGAGCTTGTC
CTGGAGCTGGACTTGCTCAACTGTTAGTGAGTCTGGTTCTTGCAACTTTGGTTCAGTGTT
TCGAGTGGGAAAGGGTTGGTGATGAGCTTGTGGACATGACCGAAGACAAAGGAGCCACAT
TGCCTAAACTAGTGCCATTGAGAACCATGTGCAAAGCACGTCCTATTGTTGGTAAACTAA
TCTGATTCTTGTCTTGTAATATGCACCTTTGTTGTTGTTTTGTTTTAAGAAAATGTGTAT
GTTTGAATAACAACTTTTTATTGTGAATATTTTTAACTTTTACAGTCTTGTATGTGTCTA
AATAAACGTCACAAAAGAACTATAA

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 3

CO CL3502Contig1 492 3 2 U
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CGGAGATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATTA
CCTACTCAAACATTTGTGCGAATCTCGTGAGGAACTTTCTCAAGGAGCCTTTCAAAGCTG
AAGCCCTTAATCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTG
AGAAACCAATTCTGCGTTCTGACACACCTGGAGTTTGAGATTTTTTAACGTTTCGATATC
AAGTTTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGATATTATGTACTCTGCAACATTTTCCT
TCTTTTGACTTTAAGATTGTTAACAATGGAGTTCGAGTGAGAGAGAGTGACCTCATTCCT
ATCTTGAAACTTTTTTTTTTTGAAAATGGCTTTCAAATTAAAGAGCAAAAATAAAAAAAG
TTTACTATCTTG


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GA29TF U 2
AF RR1F390JQ C 1
AF RR1F390TF U 1
BS 1 1 RR1F390JQ
BS 2 492 RR1F390TF

RD RR1GA29TF 418 0 0
GATCAATCTCTCCCTTGTTGTGAATTTCGGAGCGAAGAAAAAAAAAGAGAAAAGAAGATC
GGAGATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATTAC
CTACTCAAACATTTGTGCGAATCTCGTGAGGAACTGTCTCAAGGAGCCTTTCCAAGCTGA
AGCCCTTAATCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGGAAGCCTGA
GAAACCAATTCTGCGTTCTGACACACCTGGAGTTTGAGATTTTTTAACGTTTCAATATCA
AGTTTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAATAAATTATGTACTCTGCAACATTTTCCTT
CTTTTGACATTAAGATTGTTAACAATGGAGTTTGAGTGAGAGAGAGCGCCCTCATTCC

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR1F390JQ 492 0 0
GGATCAATCTCTCCCTTGTTGTGAATTTCGGAGCGAAGAAAAAAAAAGAGAAAAGAAGAT
CGGAGATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATTA
CCTACTCAAACATTTGTGCGAATCTCGTGAGGAACTTTCTCAAGGAGCCTTTCAAAGCTG
AAGCCCTTAATCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTG
AGAAACCAATTTTGCGTTTTGACACACCTGGAGTTTGAGATTTTTTAACGTTTCGATATC
AAGTTTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGATATTATGTACTTTGCAACATTTTCCT
TCTTTTGACTTTAAGATTGTTAACAATGGAGTTCGAGTGAGAGAGAGTGACCTCATTCCT
ATCTTGAAACTTTTTTTTTTTGAAAATGGCTTTCAAATTAAAGAGCAAAAATAAAAAAAG
TTTACTATCTTG

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1F390TF 492 0 0
G
GATCAATCTCTCCCTTGTTGTGAATTTCGGAGCGAAGAAAAAAAAAGAGAAAAGAAGATC
GGAGATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATTAC
CTACTCAAACATTTGTGCGAATCTCGTGAGGAACTTTCTCAAGGAGCCTTTCAAAGCTGA
AGCCCTTAATCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGA
GAAACCAATTCTGCGTTCTGACACACCTGGAGTTTGAGATTTTTTAACGTTTCGATATCA
AGTTTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGATATTATGTACTCTGCAACATTTTCCTT
CTTTTGACTTTAAGATTGTTAACAATGGAGTTCGAGTGAGAGAGAGTGACCTCATTCCTA
TCTTGAAACTTTTTTTTTTTGAAAATGGCTTTCAAATTAAAGAGCAAAAATAAAAAAAGT
TTACTATCTTG

QA 2 492 2 492
DS 



AS 1 2

CO CL3503Contig1 354 2 2 U
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TCTATGACCAGCCAAACCAGTAGTCAAGAATGTAGACGAGGCCCAAAGAGAACGGGTAAA
GCAGGTATGCTATGAAACATGTCCAAAGAGGATACGTTGTGCGGAAGCTAGCAAAAGTTC
CCATCACCAGACAAACAATGAGAATCACCAACACTTCTGACGAGAAGTTCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1B656TF C 1
AF RR1B656JQ U 91
BS 1 90 RR1B656TF
BS 91 354 RR1B656JQ

RD RR1B656TF 354 0 0
ACTCAACGAAACAAGAAATATAATATTAGCTTTAATAAGAATGTTTCAATCACATCAACA
AATCTCAGAAATGTAACTTGAGAGTTTTTTACACTCTGTGATCCATAAACATAAACAAGA
AGAAGAAGAGAGAGAGAAACAGAAACACTCGAGAAGAAATCTTTGAACGAGAGGAATCTC
TCTATGACCAGCCAAACCAGTAGTCAAGAATGTAGACGAGGCCCAAAGAGAACGGGTAAA
GCAGGTATGCTATGAAACATGTCCAAAGAGGATACGTTGTGCGGAAGCTAGCAAAAGTTC
CCATCACCAGACAAACAATGAGAATCACCAACACTTCTGACGAGAAGTTCC
TTC

QA 1 351 1 351
DS 

RD RR1B656JQ 264 0 0
ACACTCTGTGATCCATAAACATAAACAAGAAGAAGAAGAGAGAGAGAAACAGAAACACTC
GAGAAGAAATCTTTGAACGAGAGGAATCTCTCTATGACCAGCCAAACCAGTAGTCAAGAA
TGTAGACGAGGCCCAAAGAGAACGGGTAAAGCAGGTATGCTATGAAACATGTCCAAAGAG
GATACGTTGTGCGGAAGCTAGCAAAAGTTCCCATCACCAGACAAACAATGAGAATCACCA
ACACTTCTGACGAGAAGTTCCATC

QA 1 264 1 264
DS 



AS 1 3

CO CL3504Contig1 741 3 34 U
GGATACCAAAACATATTCTTAAAGAAAAGTAAAACAAACTAA****AAACCAAAAATGGC
TTTGCATAAGTTTCCTCTCATGGGGCTTCTTTTGCTCCTAACCATCGTAGTCTCTCCGGC
AATAGCCGATGGACCTGTTTGCCCGCCGACGACCAAACTAAGCCGGGCAAGTTTCCCCGA
AGGTTTTTTATTTGGCACGGCTACGGCAGCATATCAGGTTGAAGGTGCAGTGAACGAAAC
TTGTCGTGGACCGTCCTTATGGGATATCTACTGCAAGAGATTTCCATCCAGATGCAACAA
CGATAACGGCGATGTGGCCGTTGATTTCTTCCATCGTTATAAGGAAGATATCCAACTAAT
GAAGAATCTGAACACAGATGCCTTCAGAATGTCTATCGCATGGCCAAGAATATTTCCTCA
TGGGAGAAAGGAGAAAGGAGTGAGTCAAGCTGGTGTGCAATTTTACCATGACCTCATCGA
CGAGCTCATAAAAAATGGTATAACTCCGTTCGTGACAGTTTTTCACTGGGACACTCCACA
AGATTTAGAGGACGAATATGGTGGCTTTTTAAGTGAAAGAATTGTGAAAGACTTCCGAGA
ATATGCAGATTTTGTTTTCCAAGAATATGGTGGAAAGGTGAAACATTGGATCACTTTCAA
CGAACCATGGGTTTTCTCCCACGCTGGTTATGATGTAGGGAAGAAAGCACCAGGACGTTG
CTCAAAGTATGTCAAAGAAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH41TF U 1
AF RR1FG96TF U 5
AF RR1AD95TF U 3
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BS 29 30 RR1AD95TF
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BS 43 46 RR1AD95TF
BS 47 49 RR1GH41TF
BS 50 50 RR1AD95TF
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BS 88 88 RR1AD95TF
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BS 146 146 RR1AD95TF
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BS 489 561 RR1GH41TF
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DS 

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GGG
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GGACCGTCCTTATGGGATATCTACTGCAAGAGATTTCCATCCAGATGCAACAACGATAAC
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CTGAACACAGATGCCTTCAGAATGTCTATCGCATGGCCAAGAATATTTCCTCATGGGAGA
AAGGAGAAAGGAGTGAGTCAAGCTGGTGTGCAATTTTACCATGACCTCATCGACGAGCTC
ATAAAAAATGGTATAACTCCGTTCGTGACAGTTTTTCACTGGGACACTCCACAAGATTTA
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TGGGTTTTCTCCCACGCTGGTTATGATGTAGGGAAGAAAGCACCAGGACG

QA 4 713 4 713
DS 

RD RR1AD95TF 739 0 0
GGACC
AAAACATATTCTTAAAGAAAAGTAAAACAAACTAA****AAACCAAAAATGGCTTTGCAT
AAGTTTCCTCTCATGGGGCTTCTTTTGCTCCTAACCATCGTAGTCTCTCCGGCAATAGCC
GATGGACCTGTTTGCCCGCCGACGACCAAACTAAGCCGGGCAAGTTTCCCCGAAGGTTTT
TTATTTGGCACGGCTACGGCAGCATATCAGGTTGAAGGTGCAGTGAACGAAACTTGTCGT
GGACCGTCCTTATGGGATATCTACTGCAAGAGATTTCCATCCAGATGCAACAACGATAAC
GGCGATGTGGCCGTTGATTTCTTCCATCGTTATAAGGAAGATATCCAACTAATGAAGAAT
CTGAACACAGATGCCTTCAGAATGTCTATCGCATGGCCAAGAATATTTCCTCATGGGAGA
AAGGAGAAAGGAGTGAGTCAAGCTGGTGTGCAATTTTACCATGACCTCATCGACGAGCTC
ATAAAAAATGGTATAACTCCGTTCGTGACAGTTTTTCACTGGGACACTCCACAAGATTTA
GAGGACGAATATGGTGGCTTTTTAAGTGAAAGAATTGTGAAAGACTTCCGAGAATATGCA
GATTTTGTTTTCCAAGAATATGGTGGAAAGGTGAAACATTGGATCACTTTCAACGAACCA
TGGGTTTTCTCCCACGCTGGTTATGATGTAGGGAAGAAAGCACCAGGACGTTGCTCAAAG
TATGTCAAAGAAGA

QA 6 739 6 739
DS 



AS 1 3

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AACATAAACCAACGAAATACAACAGAAAGAATACAAAACTCAGTGCTTACACATACTTCC
CTCTATACTTAGGTTTAGGATCCTTAAAGCTTTTGGTATCAGTACGAACCTGGCAAGAAT
CAGAAGGTTTAAACACAGAGGAATGAATATTACCTTCCTCTAACCACTTAAGATGATTCT
CCCTAAACTCCAAATGCATTAAACGAGCAGCCTCTTCAACTTCTTCACTATAAGGCTCCA
CTTTCACCATGGTCAGCAAAACCCTACTGTACCGCGAGCTCAGTATCTGTTCAGAGACGG
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AAACCGGGAAGAAAAAGACGATCCTGCCTTTCATCACCAGCATTCTCGCAGCAAGGTGAA
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TTTTGTCTTCAGGGACTGTGTATGGATCCACTGTCCCTCTAAGGATCTTCCTGCCACCTG
ATTTGCGCCCACCAGCTCGAACTCCGTATGGTGGATCACATATTATCGCATCAAATATCT
CCTTTAGCCCGGAACGCCAAGGAGGAAGATTATTATCCATTCTAAGTAAAGCAACAGGCA
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GCACAACTCTGATATCAATATCTGCACCCATTGTCATTGCACCAAAACGTGCAGCAGAGA
CAAGAATACTCCCTGTACCAACAAACCCT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 0 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD37JQ U 2
AF RR1F588JQ U 1
AF RR1CD37TF C 73
BS 1 441 RR1F588JQ
BS 442 442 RR1CD37JQ
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RD RR1CD37JQ 475 0 0
GT
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ATAAACCAACGAAATACAACAGAAAGAATACAAAACTCAGTGCTTACACATACTTCCCTC
TATACTTAGGTTTAGGATCCTTAAAGCTTTTGGTATCAGTACGAACCTGGCAAGAATCAA
AAGGTTTAAACACAGAGGAATGAATATTACCTTCCTCTAACCACTTAAGATGATTCTCCC
TAAACTCCAAATGCATTAAACGAGCAGCCTCTTCAACTTCTTCACTATAAGGCTCCACTT
TCACCATGGTCAGCAAAACCCTACTGTACCGCGAGCTCAGTATCTGTTCAGAGACGGCTA
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CCGGGAAAAAAAAGACGATCCTGCCTTTCATCACCAGCATTCTCGCAGCAAGG

QA 3 475 3 475
DS 

RD RR1F588JQ 861 0 0
GGCCCTAAAAGTTCAATTTGTATTGGAAAATGAAAATACATCTTCACAACAACAGCGTTC
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CTCTATACTTAGGTTTAGGATCCTTAAAGCTTTTGGTATCAGTACGAACCTGGCAAGAAT
CAGAAGGTTTAAACACAGAGGAATGAATATTACCTTCCTCTAACCACTTAAGATGATTCT
CCCTAAACTCCAAATGCATTAAACGAGCAGCCTCTTCAACTTCTTCACTATAAGGCTCCA
CTTTCACCATGGTCAGCAAAACCCTACTGTACCGCGAGCTCAGTATCTGTTCAGAGACGG
CTACCAACTTGAAACACGGGTGCTCAGGAAACTTAACCTCACTGCCATTCTCATCTCTCA
AAACCGGGAAGAAAAAGACGAGCCTGCCTTTCATCACCAGCATTCTCGCAGCAAGGTGAA
GCAGATCATGAACACACTCCACTAGACTATATGCACCAGTGGATGGAATGTGATCTGATC
TTTTGTCTTCAGGGACTGTGTATGGATCCACTGTCCCTCTAAGGATCTTCCTGCCACCTG
ATTTGCGCCCACCAGCTCGAACTCCGTATGGTGGATCACATATTATCGCATCAAATATCT
CCTTTAGCCCGGAACGCCAAGGAGGAAGATTATTATCCATTCTAAGTAAAGCAACAGGCA
TAGGTAGTCCATACTGCTTGAAATTGCTCCAAACATTACAGTCTGGTCCACGTCCATCAC
GCACAACTCTGATATCAATATCTGCACCCATTGTCATTGCACCAAA*CGTGCA*CAGAGA
CAAGAATACTCCCTGTACCAA

QA 1 861 1 861
DS 

RD RR1CD37TF 797 0 0
ACG
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GCAAAACCCTACTGTACCGCGAGCTCAGTATCTGTTCAGAGACGGCTACCAACTTGAAAC
ACGGGTGCTCAGGAAACTTAACCTCACTGCCATTCTCATCTCTCAAAACCGGGAAGAAAA
AGACGATCCTGCCTTTCATCACCAGCATTCTCGCAGCAAGGTGAAGCAGATCATGAACAC
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CTCGAACTCCGTATGGTGGATCACATATTATCGCATCAAATATCTCCTTTAGCCCGGAAC
GCCAAGGAGGAAGATTATTATCCATTCTAAGTAAAGCAACAGGCATAGGTAGTCTATACT
GCTTGAAATTGCTCCAAACATTACAGTCTGGTCCACGTCCATCACGCACAACTCTGATAT
CAATATC*******ATTGTCATTGCACCAAAACGTGCAGCAGAGACAAGAATACTCCCTG
TACCAACAAACCCT

QA 4 797 4 797
DS 



AS 1 3

CO CL3506Contig1 709 3 15 U
AAGCCATGGAACAAACGAATCTTCTACTTTCCAGTACAAAATCATCTGACAACAAACGTA
CTGATATCACCACCGATGAACACAAAATGGTTAATGCAAGCAAACCATGAGTGTATTGTT
GGTCAACTAGTTTTGGAAAGAAAAAGAGTAAGAACCAGTGTTGGGATCTTTAACAGCCTT
GAAATTGTCTACACTCATCCCAAATTTGCCCAATATCGTGTTTCCCATCTCCTTCAACTT
TGCTATGGCTTCTTCTTTCATCTTTTCTTGCTTCGCAGCCGCCAATGGTTCCAAACGCCG
AATTCCTTTTCTAGCCTGATCATTTGAAGGGTCCAGTTCTAATATCTTCTTCAAGTCAGT
GAGGGCTTCTTCAAAATGTTCAAGCTTCTCATGAGCTTCTGCACGACGGACCAAAGCTTT
AGTATAGCTCGGATTCAGCTCTATCGCTTTTGTGCTTTCCTTGATTGCTTCTGCATATTT
ACCCAATTTGAGATAACATATCGCTCTGTTTGAATGGCAGATAGATCAAAACTCCAAAGA
TTCAGGAAACTCCTGAGCAAACTGTAAAGCAAGCTCATACTTTGACAATGCATCTTCGTA
TAAGCCATTTCCAAACAACTTGTTTCCTTCCATTTTAGCTTCATTTGCATCCTCCAAAGC
TTTCTCCTTCTGATTTGATTCAACACCATTTTCAACTCAGTGACTTGCC


BQ
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AF RR1CY89JQ U 1
AF RR1CY89TF C 27
AF RR1FK85JQ U 156
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BS 435 453 RR1CY89JQ
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BS 528 528 RR1CY89TF
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BS 618 618 RR1CY89TF
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BS 659 667 RR1FK85JQ
BS 668 709 RR1CY89TF

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DS 

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TGCCCAATATCGTGTTTCCCATCTCCTTCAACTTTGCTATGGCTTCTTCTTTCATCTTTT
CTTGCTTCGCAGCCGCCAATGGTTCCAAACGCCGAATTCCTTTTCTAGCCTGATCATTTG
AAGGGTCCAGTTCTAATATCTTCTTCAAGTCAGTGAGGGCTTCTTCAAAATGTTCAAGCT
TCTCATGAGCTTCTGCACGACGGACCAAAGCTTTAGTATAGCTCGGATTCAGCTCTATCG
CTTTTGTGCTTTCCTTGATTGCTTCTGCATATTTACCCAATTTGAGATAACATATCGCTC
TGTTTGAATGGCAGATAGATCAAAGCTCCAAAGATTCAGGAAACTCCTGAGCAAACTGTA
AAGCAAGCTCATACTTTGACAATGCATCTTCGTATAAGCCATTTCCAAACAATTTGTTTC
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CATTTTCAACTCAGTGACTTGCC

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DS 

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TCGTGTTTCCCATCTCCTTCAACTTTGCTATGGCTTCTTCTTTCATCTTTTCTTGCTTCG
CAGCCGCCAATGGTTCCAAACGCCGAATTCCTTTTCTAGCCTGATCATTTGAAGGGTCCA
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TTTCCTTGATTGCTTCTGCATATTTACCCAATTTGAGATAACATATCGCTCTGTTTGAAT
GGCAGATAGATCGAAACTCCAAAGATTCAGGAAACTCCTGAGCAAACTGTAAAGCAAGCT
CATACTTTGACAATGCATCTTCGTATAAGCCATTTCCAAACAGCTTGTTTCCTTCCATTT
TAGCTTCATTTGCATCTTCCAACGCTTTCTCC

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DS 



AS 1 3

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TGTGTTGAGAAGCGGAGAAAACAACAAAGGTTTGCATGGTCACAGATACTTTGGTTTATT
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ATTTCCATGCTACTTCACGTCCTTCCCAACTTACACCGGAAAGTCCATAAACTGCATCTT
GATTCCGGACCTCATCAGACAATACAAAGTTAAGAACATCTTGAACTATAGTGGGGTCTG
GGCAACATGCCAAAGAACCTAAGATTCGAGTTTTCTCCTGGCTCAGGTCTGTTTCCCTAT
ACACCTTAAGCAGAGACTCGTAACCAGATTTGTCTGACTTGTTGGCTCTCTGCATTACAG
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GCAGTTAAGACTTCCCCTCTCAGCATAGCATCTAGATGGCTCTCCCCTTGTTTTGGGTCC
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TCAATAGCAGTCAAGCTTTGGCTCTCTGTTGCCTTCCTGAGTCCAGCCGCGAGGCTGTCA
TCATATTTCACCCTATAGAACCCAGCCTGATCGACATTGATTTTTATCCAAGAGCCATCA
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AAGTTTTTACGCACGTCATATGAACCACAGCACAGGGTTACTGGCACAATCCATTGTCCT
TCCCCAGGAGAACCGCTTGACAAGAAACGAGACTGCTCAAGTTCCAGTTTTCCATCTTTT
AATTTAGCTGAGACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA45JQ U 1
AF RR1BC57JQ U 1
AF RR1BC57TF C 608
BS 1 75 RR1BC57JQ
BS 76 76 RR1EA45JQ
BS 77 844 RR1BC57JQ
BS 845 1395 RR1BC57TF

RD RR1EA45JQ 834 0 0
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CAGGAGATAAAACAGAACGAAAAAGTGCGAGACTTTAGTTTGAAGAGAGCTGAGCAACGA
GGTGTGTGAGATTGTCTTCCTTTTTGATACTCTCCACCCAATTAGCATTGATATGAACCT
TTTCAATGCTCTGCTTCAAGGTTCTTGCCATTGAAGGCTTTGATCTCGTTAAGAAATACT
CCTGCACTTCTTTCGCCTTCTCAAACGACGCAAACGGAGATACAACTGCACTTATGAAGC
GTGTTAGGAGAAATCCAGAACCCCATGTCTTCTCAATGAAGACCCACTTCTCCTGTAGCC
ATTTCCATGCTACTTCACGTCCTTCCCAACTTACACCGGAAAGTCCATAAACTGCATCTT
GATTCCGGACCTCATCAGACAATACAAAGTTAAGAACATCTTGAACTATAGTGGGGTCTG
GGCAACATGCCAAAGAACCTAAGATTCGAGTTTTCTCCTGGCTCAGGTCTGTTTCCCTAT
ACACCTTAAGCAGAGACTCGTAACCAGATTTGTCTGACTTGTTGGCTCTCTGCATTACAG
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ATGCATCAAATCTTCTAACTCCCTCCTTTAGTGTCTCATCATGCCC*AAACGTAGCAAGT
GCAGTTAAGACTTCCCCTCTCAGCATAGCATCTAGATGGCTCTCCCCTTGTTTT

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR1BC57JQ 844 0 0
ATCTGAAAAGGAAACTTTATTGATGACAAAGTCAAAGTCTAAAAAATAAACTTCAAATTC
TGTGTTGAGAAGCGGGGAAAACAACAAAGGTTTGCATGGTCACAGATACTTTGGTTTATT
CAGGAGATAAAACAGAACGAAAAAGTGCGAGACTTTAGTTTGAAGAGAGCTGAGCAACGA
GGTGTGTGAGATTGTCTTCCTTTTTGATACTCTCCACCCAATTAGCATTGATATGAACCT
TTTCAATGCTCTGCTTCAAGGTTCTTGCCATTGAAGGCTTTGATCTCGTTAAGAAATACT
CCTACACTTCTTTCGCCTTCTCAAACGACGCAAACGGAGATACAACTGCACTTATGAAGC
GTGTTAGGAGAAATCCAGAACCCCATGTCTTCTCAATGAAGACCCACTTCTCCTGTAGCC
ATTTCCATGCTACTTCACGTCCTTCCCAACTTACACCGGAAAGTCCATAAACTGCATCTT
GATTCCGGACCTCATCAGACAATACAAAGTTAAGAACATCTTGAACTATAGTGGGGTCTG
GGCAACATGCCAAAGAACCTAAGATTCGAGTTTTCTCCTGGCTCAGGTCTGTTTCCCTAT
ACACCTTAAGCAGAGACTCGTAACCAGATTTGTCTGACTTGTTGGCTCTCTGCATTACAG
CAACATAAGCAGCCCTTCTGAGGTCAGGAGGCAGAAGCGTAGTGTTCCTATCAGATAAGA
ATGCATCAAATCTTCTAACTCCCTCCTTTAGTGTCTCATCATGCCC*AAACGTAGCAAGT
GCAGTTAAGACTTCCCCTCTCAGCATAGCATCTAGATGGCTCTCCCCTTGTTTTGGGTCC
CAAC

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR1BC57TF 788 0 0
AAGCAGAGACTCGTAACCAGATTTGTCTGACTTGTTGGCTCTCTGCATTACAGCAACATA
AGCAGCC*TTCTGAGGTCAGGAGGCAGAAGCGTAGTGTTC*TATCAGATAAGAATGCATC
AAATCTTCTAACTCCCTCCTTTAGTGTCTCATCATGCCCCAAACGTAGCAAGTGCAGTTA
AGACTTCCCCTCTCAGCATAGCATCTAGATGGCTCTCCCCTTGTTTTGGGTCCCAACCAA
GTTTCCCAGCAGCAAGCTGGAAAACGCCGATGAAAAATTGTTTAATCCCAGACATCAGTT
CTAAATTTGCGTCTGCTGCAATCTTCACAACTTTGTAGCTTATAACAATGAGGTTTGACA
GCACGGTGTAGTCAGATTCCTTTTTGTAAGCACTAATCAAAGTGAGCAAAGAGGCCAGAG
ACTGCTGACGAGCCATAGACAGTGCAAAAGAATCATCCAAAATACCATATCTATCAATAG
CAGTCAAGCTTTGGCTCTCTGTTGCCTTCCTGAGTCCAGCCGCGAGGCTGTCATCATATT
TCACCCTATAGAACCCAGCCTGATCGACATTGATTTTTATCCAAGAGCCATCACCAACGG
AACAGCCCAATAACTCCTTTATATCATATGCTCCAGATTTGGATTCCAACAAGAAGTTTT
TACGCACGTCATATGAACCACAGCACAGGGTTACTGGCACAATCCATTGTCCTTCCCCAG
GAGAACCGCTTGACAAGAAACGAGACTGCTCAAGTTCCAGTTTTCCATCTTTTAATTTAG
CTGAGACC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 3

CO CL3508Contig1 797 3 10 U
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AAAAACGTTCGCGGAGGTGTGACCTGAGATCACGAAACAAACAAATCTCCTACTCGACCA
TTCATCACACCATGTTGAGAAGAATCGTCACCTCTCATCTCAAAACCCTAGCCGCCGATG
TCGCCTCTGCTTCTCCTCGCCGATCCATAGCCACCACCACCACCACCGCGAGACAACACG
TTGGCTTCCATCGCGCCGCCAATCCCGTTTCTTCTTCCGTCATCCCTCGCTGTTTCAGCT
CTGAATCAGTAGAGAGAATAGCGAAGAAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATTGCAACTG
GACACGAGAAGGAGGATCTTCAAGCTGAACTTGAGGGGAGGAGACTGCTTGACATTGACT
TCCCGGAAGGTCCTTTTGGTACTAAGGAAGCTCCTGCTATAGTAAAGTCCTACTATGACA
AGCGAATTGTGGGATGCCCAGGTGGTGAAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCT
GGCTGGAGAAAGGGAAGTCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTAGAAG
TGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCCGATGGTCACGGTGATGAAGACGATGAGCATCACCACT
GATTCCATAGCTTCTCACTTTTAATTTCTTTTT*ACTATATTTTTACAATTTTT*ACTGG
AATAAAAAGGTTCCACCGTTGGTGAAAAATGTTTTTGATCGTATTAGAACAACACTTAAT
GCAACGACTCCTTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET64TF U 1
AF RR1FI33TF U 5
AF RR1FI33JQ C 88
BS 1 143 RR1ET64TF
BS 144 144 RR1FI33TF
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BS 309 311 RR1FI33TF
BS 312 376 RR1ET64TF
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BS 706 725 RR1ET64TF
BS 726 797 RR1FI33JQ

RD RR1ET64TF 725 0 0
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AAAAACGTTCGCGGAGGTGTGACCTGAGATCACGAAACAAACAAATCTCCTACTCGACCA
TTCATCACACCATGTTGAGAAGAGTCGTCACCTCTCATCTCAAAACCCTAGCCGCCGATG
TCGCCTCTGCTTCTCCTCGCCGATCCATAGCCACCACCACCACCACCGCGAGACAACACG
TTGGCTTCCATCGCGCCGCCAATCCCGTTTCTTCTTCCGTCATCCCTCGCTGTTTCAGCT
CTGAATCA***GAGAGAATAGCGAAGAAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATTGCAACTG
GACACGAGAAGGAGGAGCTTCAAGCTGAACTTGAGGGGAGGAGACTGCTTGACATTGACT
TCCCGGAAGGTCCTTTTGGTACTAAGGAAGCTCCTGCTATAGTAAAGTCCTACTATGACA
AGCGAATTGTGGGATGCCCAGGTGGTGAAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCT
GGCTGGAGAAAGGGAAGTCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTAGAAG
TGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCCGATGGTCACGGTGATGAAGACGATGAGCATCACCACT
GATTCCATAGCTTCTCACTTTTAATTTCTTTTT*ACTATATTTT*ACAATTTTT*ACTGG
AATAA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1FI33TF 721 0 0
AGG
GCCGGCCACTGAAAAGGGAGCATCATCGGCGAAGAGTCTCGGAGAAGAAGAAAAAAAACG
TTCGCGGAGGTGTGACCTGAGATCACGAAACAAACAAATCTCCTACTCGACCATTCATCA
CACCATGTTGAGAAGAATCGTCACCTCTCATCTCAAAACCCTAGCCGCCGATGTCGCCTC
TGCTTCTCCTCGCCGATCCATAGCCACCACCACCACCACCGCGAGACAACACGTTGGCTT
CCATCGCGCCGCCAATCCCGTTTCTTCTTCCGTCATCCCTCGCTGTTTCAGCTCTGAATC
AGTAGAGAGAATAGCGAAGAAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATTGCAACTGGACACGA
GAAGGAGGATCTTCAAGCTGAACTTGAGGGGAGGAGACTGCTTGACATTGACTTCCCGGA
AGGTCCTTTTGGTACTAAGGAAGCTCCTGCTATAGTAAAGTCCTACTATGACAAGCGAAT
TGTGGGATGCCCAGGTGGTGAAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGA
GAAAGGGAAGTCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTAGAAGTGGTTGG
TCCAGGTGGGCCTCCCGATGGTCACGGTGATGAAGACGATGAGCATCACCACTGATTCCA
TAGCTTCTCACTTTTAATTTCTTTTT*ACTATATTTTTACAATTTTT*ACTGGAATAA

QA 4 721 4 721
DS 

RD RR1FI33JQ 710 0 0
GATCACGAAACAAACAAATCTCCTACTCGACCATTCATCACACCATGTTGAGAAGAATCG
TCACCTCTCATCTCAAAACCCTAGCCGCCGATGTCGCCTCTGCTTCTCCTCGCCGATCCA
TAGCCACCACCACCACCACCGCGAGACAACACGTTGGCTTCCATCGCGCCGCCAATCCCG
TTTCTTCTTCCGTCATCCCTCGCTGTTTCAGCTCTGAATCAGTAGAGAGAATAGCGAAGA
AGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATTGCAACTGGACACGAGAAGGAGGATCTTCAAGCTG
AACTTGAGGGGAGGAGACTGCTTGACATTGACTTCCCGGAAGGTCCTTTTGGTACTAAGG
AAGCTCCTGCTATAGTAAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGATGCCCAGGTGGTG
AAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGGAAGTCTTTTGAAT
GCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTAGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCCGATG
GTCACGGTGATGAAGACGATGAGCATCACCACTGATTCCATAGCTTCTCACTTTTAATTT
CTTTTTTACTATATTTTTACAATTTTTTACTGGAATAAAAAGGTTCCACCGTTGGTGAAA
AATGTTTTTGATCGTATTAGAACAACACTTAATGCAACGACTCCTTTGAG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 3

CO CL3509Contig1 1065 3 7 U
GCAGGTGGAATTATTGAGTCTTGTTTCTGGCCCGGAAAGTATTCACTAGAGCTAAGTTCA
GATGTCTATGACAAACTATGGAGGTTCGACACGGAAGGCTTACCTGCAGACCTCATCAGC
AGGGGTCTAGCTGTGGAAGATGAGACGGCGGAACATGGGGTACGCCTGACGATACCAGAT
TACCCATTTGCTAATGACGGTTTAATGCTGTGGGATGCACTAAAGGAATGGATCACAGAC
TATGTGAAGCACTATTATCCAGATGCGGAACATGTCATGTTGTATGAGGAACTCCAAGGA
TGGTGGAGTGAAGTGAGGAACATAGGGCATGGAGACAAGAAAAATGAACCATGGTGGCCT
GATCTCAAAACTCAAGATGACTTGATTGAAGTGGTGACCACGATTGCATGGGTGGCTTCA
GGTCACCATGCAGCTGTGAACTTTGGACAGTACGGGTATGGTGGATACTTTCCCAACCGA
CCAACCACAACAAGGATAAAAATGCCAGTGGAAGAACCGACAGAGGAAGAGCTCAGAGAG
TTCTATGAGGAGCCAGAGAAGACTATGCTTAAGACATTCCCTTCGAAGAAGCAGGCGACC
AAAGTGATGGTGACTTTGGATCTTCTATCATCACATTCACCAGATGAAGAGTACCTAGGA
GAAAACCCAGAAGCATCTTGGGCCCACGAACCTGTCATCTATGCTGCATATGAACGTTTC
AAAGGCAAGCTCCAATACCTAGAAGGAGTGATAGATGAGAGGAACGTGAATGTTTCTCTA
AAGAATCGAGCTGGAGCAGGTGTTGTTAAGTACGAGCTTTTGAAGCCTATCTCTGAACCA
GGCGTTACCGGGATGGGTGTTCCCTACAGTGTGTCTATTTGATCTCTAATGCATTGGAAG
TTATCATCTACGTTTCTCCCAAGCTATAATCTATGTTTCTTTCTTTCGTAATAAATAATG
AATCTCACCCTGCTCAAGGGTACCTTGTTTGTGCTGGGAAGCTCTGAAGGATCTTGATGT
TGTTATTTATTTTGGGAATAAGACAATGTGTGGTCGTTTTTATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CF11TF U 1
AF RR1CF11JQ C 214
AF RR1DC85TF U 517
BS 1 274 RR1CF11TF
BS 275 517 RR1CF11JQ
BS 518 588 RR1DC85TF
BS 589 589 RR1CF11JQ
BS 590 796 RR1DC85TF
BS 797 797 RR1CF11JQ
BS 798 1065 RR1DC85TF

RD RR1CF11TF 274 0 0
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AGGGGTCTAGCTGTGGAAGATGAGACGGCGGAACATGGGGTACGCCTGACGATACCAGAT
TACCCATTTGCTAATGACGGTTTAATGCTGTGGGATGCACTAAAGGAATGGATCACAGAC
TATGTGAAGCACTATTATCCAGATGCGGAACATG

QA 1 274 1 274
DS 

RD RR1CF11JQ 847 0 0
GATGCACTAAAGGAATGGATCACAGACTATGTGAAGCACTATTATCCAGATGCGGAACAT
GTCATGTTGTATGAGGAACTCCAAGGATGGTGGAGTGAAGTGAGGAACATAGGGCATGGA
GACAAGAAAAATGAACCATGGTGGCCTGATCTCAAAACTCAAGATGACTTGATTGAAGTG
GTGACCACGATTGCATGGGTGGCTTCAGGTCACCATGCAGCTGTGAACTTTGGACAGTAC
GGGTATGGTGGATACTTTCCCAACCGACCAACCACAACAAGGATAAAAATGCCAGTGGAA
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ACATTCCCTTCGAAGAAGCAGGCGACCAAAGTGATGGTGACTTTGGATCTTCTATCATCA
CATTCACCAGATGAAGAGTACCTAGGAGAAAACCCAGAAGCATCTTGGGCCCACGAACCT
GTCATTTATGCTGCATATGAACGTTTCAAAGGCAAGCTCCAATACCTAGAAGGAGTGATA
GATGAGAGGAACGTGAATGTTTCTCTAAAGAATCGAGCTGGAGCAGGTGTTGTTAAGTAC
GAGCTTTTGAAGCCTATCTTTGAACCAGGCGTTACCGGGATGGGTGTTCCCTACAGTGTG
TCTATTTGATCTCTAATGCATTGGAAGTTATCATTTACGTTTCTCCCAAGCTATAATCTA
TGTTTCTTTCTTTCGTAATAAATAATGAATCTCACCCTGCTCAAGGGTACCTTGTTTGTG
CTGGGAAGCTCTGAAGGATCTTGATGTTGTTATTTATTTTGGGAATAAGACAATGTGTGG
TCGTTTT

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1DC85TF 549 0 0
G
CGACAGAGGAAGAGCTCAGAGAGTTCTATGAGGAGCCAGAGAAGACTATGCTTAAGACAT
TCCCTTCGAAGGAGCAGGCGACCAAAGTGATGGTGACTTTGGATCTTCTATCATCACATT
CACCAGATGAAGAGTACCTAGGAGAAAACCCAGAAGCATCTTGGGCCCACGAACCTGTCA
TCTATGCTGCATATGAACGTTTCAAAGGCAAGCTCCAATACCTAGAAGGAGTGATAGATG
AGAGGAACGTGAATGTTTCTCTAAAGAATCGAGCTGGAGTAGGTGTTGTTAAGTACGAGC
TTTTGAAGCCTATCTCTGAACCAGGCGTTACCGGGATGGGTGTTCCCTACAGTGTGTCTA
TTTGATCTCTAATGCATTGGAAGTTATCATCTACGTTTCTCCCAAGCTATAATCTATGTT
TCTTTCTTTCGTAATAAATAATGAATCTCACCCTGCTCAAGGGTACCTTGTTTGTGCTGG
GAAGCTCTGAAGGATCTTGATGTTGTTATTTATTTTGGGAATAAGACAATGTGTGGTCGT
TTTTATGT

QA 2 549 2 549
DS 



AS 1 3

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CATGGTGTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCACTGAGGCTCCCAAGTTCAA
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TGCTTCTCCAGTCTAATCTCTTTTGATGTATACGTTACTCTTCAGAGCTCTTAATAGTTC
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TGTCTACTTAATATTCCGGAATTGATTTT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CD06TF U 362
AF RR1EV44JQ C 1
AF RR1EV44TF U 1
BS 1 362 RR1EV44TF
BS 363 460 RR1CD06TF
BS 461 461 RR1EV44TF
BS 462 489 RR1CD06TF
BS 490 490 RR1EV44TF
BS 491 534 RR1CD06TF
BS 535 569 RR1EV44TF

RD RR1CD06TF 173 0 0
G
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CTTCTCCAGTCTAATCTCTTTTGATGTATACGTTACTCATCAGAGCTCTTAATAGTTCTT
TTATGTTTGAACTCCTTCGTACTCGAGAAACTCTTTAGAAGGCTGTTTTGAG

QA 2 173 2 173
DS 

RD RR1EV44JQ 569 0 0
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AGGTGGAAAACAGAAGAAGAAGAAGTGGAGCAAGGGAAAGCAAAAGGAGAAGGTGAACAA
CATGGTGTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCACTGAGGCTCCCAAGTTCAA
GCTCATCACCCCTTCCATTCTCTCCGACCGTATGAGGATCAACGGGTCTCTTGCAAGGAA
GGCAATAAGGGAGCTAATGGCTAAAGGTGTGATCAGGATGGTCGCTGCTCACTCGAGCCA
GCAGATCTACACTCGTGCCACCAACACCTAAACAAAACAGATCGACCTTTGTCAATGTTT
TGCTTCTCCAGTCTAATCTCTTTTGATGTATACGTTACTCTTCAGAGCTCTTAATAGTTC
TTTTATGTTCGAACTCCTTCGTACTCGAGAAACTCTTTAGAAGGCTGTTTTGAGATATTA
TGTCTACTTAATATTCCGGAATTGATTTT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1EV44TF 569 0 0
GGACTGTCGTCTCTCATCTCCATAGCCTACCTGCCGATTGTTACCCGTCTCCGTCGATAA
CACCATGGCGCCAAAGAAGGATAAGGTTCCGCCGCCGTCGTCAAAGCCGGCTAAATCCGG
AGGTGGAAAACAGAAGAAGAAGAAGTGGAGCAAGGGAAAGCAAAAGGAGAAGGTGAACAA
CATGGTGTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCACTGAGGCTCCCAAGTTCAA
GCTCATCACCCCTTCCATTCTCTCCGACCGTATGAGGATCAACGGGTCTCTTGCAAGGAA
GGCAATAAGGGAGCTAATGGCTAAAGGTGTGATCAGGATGGTCGCTGCTCACTCGAGCCA
GCAGATCTACACTCGTGCCACCAACACCTAAACAAAACAGATCGACCTTTGTCAATGTTT
TGCTTCTCCAGTCTAATCTCTTTTGATGTATACGTTACTCTTCAGAGCTCTTAATAGTTC
TTTTATGTTCGAACTCCTTCGTACTCGAGAAACTCTTTAGAAGGCTGTTTTGAGATATTA
TGTCTACTTAATATTCCGGAATTGATTTT

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 3

CO CL3511Contig1 730 3 3 U
AAGTAAAAAGACAATTCTTTATTATTATAACCAAGACCTCATCGATCTTGGTCAATCACA
AACGGATACAAAGAGAGATAAACATTAAAATATGAAAACAAATCCTCAAAAGACAGCTCA
AAGCTCATCCCTCTTGATCATGGATGGACGAACACCTTGACTTAGGAAGTCTTTGTAATA
CTTGCCCGATTCTTTCTCATATCGTGTGAGGTTATTCTTGAAATCAATGTAGTAAAGTCC
AAATCTGTTCTTGTAACCATCTTGCCACTCAAAGTTATCCAACAAGGACCACACAAAGTA
TCCAGTAACATTCACCTTGTCGATGCAAATAGCTTCATTCATACTCAAAAGATGCCTCTG
AAGATAATATTTCCTGTTGTGATCAGCTGTACCAACTGCAATTGAATCTGCAGCCCCAAG
TTCTTCTCCATATCCGTTTTCCATTATCATAATTTCTGGGTTGCCATACTTATCCTTGAT
GTACTTCAAAAGACTTCTAAAGCCTCTCGCAAAAACGGGAAGTGCACCGGTGATAGGCTT
GCTACCAATGCTGTAATTGTACGCATTCTTAGTTTCCCAGTTAACTAGAGAATCTTGCAT
CCATCTTGGTTTAGAAGGATCTGGCTTCTCCAGATAGTTTGAAAACATTGAAGTATAGTA
GTTGAGCCCAACGAAATCGGCTGAGTTTTTCAGTTTGGCTTTCTGTGCATCGGTAAATTT
AGGTAATCTG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH41JQ U 22
AF RR1FG96JQ U 2
AF RR1AD95JQ U 1
BS 1 89 RR1AD95JQ
BS 90 90 RR1FG96JQ
BS 91 730 RR1AD95JQ

RD RR1GH41JQ 207 0 0
AAG
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TTAAAACATGAAAACAAATCCTCAAAA**CAGCTCAAAGCTCATCCCTCTTGATCATGGA
TGGACGAACACCTTGACTTAGGAAGTCTTTGTAATACTTGCCCGATTCTTTCTCATATCG
TGTGAGGTTATTCTTGAAATCAAT

QA 4 207 4 207
DS 

RD RR1FG96JQ 713 0 0
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ACGGATACAAAGAGAGATAAACATTAAAATATGAAAACAAATCCTCAAAAGACAGCTCAA
AGCTCATCCCTCTTGATCATGGATGGACGAACACCTTGACTTAGGAAGTCTTTGTAATAC
TTGCCCGATTCTTTCTCATATCGTGTGAGGTTATTCTTGAAATCAATGTAGTAAAGTCCA
AATCTGTTCTTGTAACCATCTTGCCACTCAAAGTTATCCAACAAGGACCACACAAAGTAT
CCAGTAACATTCACCTTGTCGATGCAAATAGCTTCATTCATACTCAAAAGATGCCTCTGA
AGATAATATTTCCTGTTGTGATCAGCTGTACCAACTGCAATTGAATCTGCAGCCCCAAGT
TCTTCTCCATATCCGTTTTCCATTATCATAATTTCTGGGTTGCCATACTTATCCTTGATG
TACTTCAAAAGGCTTCTAAAGCCTCTCGCAAAAACGGGAAGTGCACCGGTGATAGGCTTG
CTACCAATGCTGTAATTGTACGCATTCTTAGTTTCCCAGTTAACTAGAGAATCTTGCATC
CATCTTGGTTTAGAAGGATCTGGCTTCTCCAGATAGTTTGAAAACATTGAAGTATAGTAG
TTGAGCCCAACGAAATCGGCTGAGTTTTTCAGTTTTGCTTTCTGTGCATCGGT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1AD95JQ 730 0 0
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AACGGATACAAAGAGAGATAAACATTAAAGTATGAAAACAAATCCTCAAAAGACAGCTCA
AAGCTCATCCCTCTTGATCATGGATGGACGAACACCTTGACTTAGGAAGTCTTTGTAATA
CTTGCCCGATTCTTTCTCATATCGTGTGAGGTTATTCTTGAAATCAATGTAGTAAAGTCC
AAATCTGTTCTTGTAACCATCTTGCCACTCAAAGTTATCCAACAAGGACCACACAAAGTA
TCCAGTAACATTCACCTTGTCGATGCAAATAGCTTCATTCATACTCAAAAGATGCCTCTG
AAGATAATATTTCCTGTTGTGATCAGCTGTACCAACTGCAATTGAATCTGCAGCCCCAAG
TTCTTCTCCATATCCGTTTTCCATTATCATAATTTCTGGGTTGCCATACTTATCCTTGAT
GTACTTCAAAAGACTTCTAAAGCCTCTCGCAAAAACGGGAAGTGCACCGGTGATAGGCTT
GCTACCAATGCTGTAATTGTACGCATTCTTAGTTTCCCAGTTAACTAGAGAATCTTGCAT
CCATCTTGGTTTAGAAGGATCTGGCTTCTCCAGATAGTTTGAAAACATTGAAGTATAGTA
GTTGAGCCCAACGAAATCGGCTGAGTTTTTCAGTTTGGCTTTCTGTGCATCGGTAAATTT
AGGTAATCTG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL3512Contig1 603 2 2 U
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TTCGGATTTCTCCCCGGTTTATGACGTTGGTCTCCTAAGAAACGGGCAAGGTGGTGGCGG
CCGGCCAGCACCAGCATTGCCTGCTCCTAGTACTGGCGGTGGTAAATGGTGTGTGGCCAA
GTTGGGAGCCAGTGATGCGCAGTTACAAGGAAATATTGATTGGGTGTGTAGTCAGGGAGG
TGTTGATTGTAGACCGATCCAAGCTGGTGGTTCTTGCTTTAATCCGAACAGCATGAGGAC
GCACGCGTCGTTTGTGATGAACGCTTATTTCCAGAAAAACGGTCACACTGATGGGGCGTG
TAATTTCAACGGAACTGGTGTCGTGGTAGGGAACAACCCAAGCAATGGTGCTTGTAGGTA
CTAAGTGAAGTCTCTTAAGAGATTTCTCTATATAGCATTTGTTTGGAAAGACCCTAACAT
AATAATGGTTCATGTGTTGTTCTTATAATTTAAGGTTTCTATATTCATTCTATTTTTGGT
GCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1BP47TF U 1
AF RR1BP47JQ C 1
BS 1 570 RR1BP47TF
BS 571 603 RR1BP47JQ

RD RR1BP47TF 570 0 0
GTCACAACGACAAGGAACACCTCTCATGCCTAATAGACGGTTCGAGACTTACCTATTCGG
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TTCGGATTTCTCCCCGGTTTATGACGTTGGTCTCCTAAGAAACGGGCAAGGTGGTGGCGG
CCGGCCAGCACCAGCATTGCCTGCTCCTAGTACTGGCGGTGGTAAATGGTGTGTGGCCAA
GTTGGGAGCCAGTGATGCGCAGTTACAAGGAAATATTGATTGGGTGTGTAGTCAGGGAGG
TGTTGATTGTAGACCGATCCAAGCTGGTGGTTCTTGCTTTAATCCGAACAGCATGAGGAC
GCACGCGTCGTTTGTGATGAACGCTTATTTCCAGAAAAACGGTCACACTGATGGGGCGTG
TAATTTCAACGGAACTGGTGTCGTGGTAGGGAACAACCCAAGCAATGGTGCTTGTAGGTA
CTAAGTGAAGTCTCTTAAGAGATTTCTCTATATAGCATTTGTTTGGAAAGACCCTAACAT
AATAATGGTTCATGTGTTGTTCTTATAATT

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1BP47JQ 603 0 0
GTCACAACGACAAGGAACACCTCTCATGCCTAATAGACGGTTCGAGACTTACCTATTCGG
TTTGTTTAATGAAGAAGGCAAGCCTGGTCCAACCGCTGAGCGAAACTGGGGGCTTTTCCA
TTCGGATTTCTCCCCGGTTTATGACGTTGGTCTCCTAAGAAACGGGCAAGGTGGTGGCGG
CCGGCCAGCACCAGCATTGCCTGCTCCTAGTACTGGCGGTGGTAAATGGTGTGTGGCCAA
GTTGGGAGCCAGTGATGCGCAGTTACAAGGAAATATTGATTGGGTGTGTAGTCAGGGAGG
TGTTGATTGTAGACCGATCCAAGCTGGTGGTTCTTGCTTTAATCCGAACAGCATGAGGAC
GCACGCGTCGTTTGTGATGAACGCTTATTTCCAGAAAAACGGTCACACTGATGGGGCGTG
TAATTTCAACGGAACTGGTGTCGTGGTAGGGAACAACCCAAGCAATGGTGCTTGTAGGTA
CTAAGTGAAGTCTCTTAAGAGATTTCTCTATATAGCATTTGTTTGGAAAGACCCTAACAT
AATAATGGTTCATGTGTTGTTCTTATAATTTAAGGTTTCTATATTCATTCTATTTTTGGT
GCC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 3

CO CL3513Contig1 922 3 7 U
GCATATCTGTCGTGTGTTACCTTGCCACATACGCCTTCTCAGGAGTTCTGTTCATGTGGT
TCAACCCGTCTGGCCATGATTGTGGACTAAATGTTTTCTTCATCGTCATGACTATGATCC
TTGCCTTTGTTTTTGCCATCGTTGCCTTACATCCTGCGGTCAATGGCAGCCTTTTACCAG
CATCGGTTATATCGGTTTACTGTGCGTATGTCTGTTACACGGGTCTCTCTAGCGAACCAC
ACGACTACGTGTGCAATGGACTTAACAGATCAAAGGCAGTGACCGCTAGTACTCTAACAC
TCGGAATGCTCACTACAGTTCTCTCTGTTCTCTACTCCGCCCTCCGAGCTGGCTCTTCCA
CCACATTCCTCTCACCATCATCCTCTCCCAGAGCAGGTGGTAAGGAGGCATTGTTAGAAG
ACCCTGAGGATGGGAAGAAAGGTGGTGAAGCAGAGGCACGACCTGTGAGTTACTCATACT
CTTTCTTCCATATAATCTTTGCGCTGGCGAGCATGTACGCTGCAATGCTTCTCTCGGGAT
GGGCTGACTCGTCAGAGAGTGCGTCTCTGATCGATGTGGGATGGACCTCTGTTTGGGTCA
AGATTTGCACCGGTTGGGTCACAGCTGCACTCTACATCTGGACACTCATTGCACCTCTCA
TCCTTCCGGATCGCGAGTTCTACTAAATGGCAATATCCGTCAGGAGAGAAGGCAACACTT
ATATGGTCCGGTGAATATGTTTATATATTAGCGACTTAAAAATGGGTATGGTCATGTAAC
GGTAATAATGAATGTAGAGCTCTTATCATATTCTATATACTTGTAATTAAAACATGAATA
AAAGACTTTGAATGTTGGGAGTGTTCTTGGATCCTCTCTCTGTTCTGTTTATGATTATTT
AATGTATAAAAGCTTTTGAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FJ51TF U 1
AF RR1A469TF U 235
AF RR1FJ51JQ C 337
BS 1 281 RR1FJ51TF
BS 282 282 RR1A469TF
BS 283 664 RR1FJ51TF
BS 665 793 RR1A469TF
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BS 795 919 RR1A469TF
BS 920 922 RR1FJ51JQ

RD RR1FJ51TF 664 0 0
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TCAACCCGTCTGGCCATGATTGTGGACTAAATGTTTTCTTCATCGTCATGACTATGATCC
TTGCCTTTGTTTTTGCCATCGTTGCCTTACATCCTGCGGTCAATGGCAGCCTTTTACCAG
CATCGGTTATATCGGTTTACTGTGCGTATGTCTGTTACACGGGTCTCTCTAGCGAACCAC
ACGACTACGTGTGCAATGGACTTAACAGATCAAAGGCAGTGGCCGCTAGTACTCTAACAC
TCGGAATGCTCACTACAGTTCTCTCTGTTCTCTACTCCGCCCTCCGAGCTGGCTCTTCCA
CCACATTCCTCTCACCATCATCCTCTCCCAGAGCAGGTGGTAAGGAGGCATTGTTAGAAG
ACCCTGAGGATGGGAAGAAAGGTGGTGAAGCAGAGGCACGACCTGTGAGTTACTCATACT
CTTTCTTCCATATAATCTTTGCGCTGGCGAGCATGTACGCTGCAATGCTTCTCTCGGGAT
GGGCTGACTCGTCAGAGAGTGCGTCTCTGATCGATGTGGGATGGACCTCTGTTTGGGTCA
AGATTTGCACCGGTTGGGTCACAGCTGCACTCTACATCTGGACACTCATTGCACCTCTCA
TCCT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1A469TF 685 0 0
G
ACCACACGACTACGTGTGCAATGGACTTAACAGATCAAAGGCAGTGACCGCTAGTACTCT
AACACTCGGAATGCTCACTACAGTTCTCTCTGTTCTCTACTCCGCCCTCCGAGCTGGCTC
TTCCACCACATTCCTCTCACCACCATCCTCTCCCAGAGCAGGTGGTAAGGAGGCATTGTT
AGAAGACCCTGAGGATGGGAAGAAAGGTGGTGAAGCAGAGGCACGACCTGTGAGTTACTC
ATACTCTTTCTTCCATATAATCTTTGCGCTGGCGAGCATGTACGCTGCAATGCTTCTCTC
GGGATGGACTGACTCGTCAGAGAGTGCGTCTCTGATCGATGTGGGATGGACCTCTGTTTG
GGTCAAGATTTGCACCGGTTGGGTCACAGCTGCACTCTACATCTGGACACTCATTGCACC
TCTCATCCTTCCGGATCGCGAGTTCTACTAAATGGCAATATCCGTCAGGAGAGAAGGCAA
CACTTATATGGTCCGGTGAATATGTTTATATATTAGCGACTTAAAAATGGGTATGGTCAT
GTAACGGTAATAATGAAT*TAGAGCTCTTATCATATTCTATATACTTGTAATTAAAACAT
GAATAAAAGACTTTGAATGTTGGGAGTGTTCTTGGATCCTCTCTCTGTTCTGTTTATGAT
TATTTAATGTATAAAAGCTTTTGA

QA 2 685 2 685
DS 

RD RR1FJ51JQ 586 0 0
CCGCCCTCCGAGCTGGCTCTTCCACCACATTCCTCTCACCATCATCCTCTCCCAGAGCAG
GTGGTAAGGAGGCATTGTTAGAAGACCCTGAGGATGGGAAGAAAGGTGGTGAAGCAGAGG
CACGACCTGTGAGTTACTCATACTCTTTCTTCCATATAATCTTTGCGCTGGCGAGCATGT
ACGCTGCAATGCTTCTCTCGGGATGGGCTGACTCGTCAGAGAGTGCGTCTCTGATCGATG
TGGGATGGACCTCTGTTTGGGTCAAGATTTGCACCGGTTGGGTCACAGCTGCACTCTACA
TCTGGACACTCATTGCACCTCTCATCCTTCCGGATCGCGAGTTCTACTAAATGGCAATAT
CCGTCAGGAGAGAAGGCAACACTTATATGGTCCGGTGAATATGTTTATATATTAGCGACT
TAAAAATGGGTATGGTCATGTAACGGTAATAATGAATGTAGAGCTCTTATCATATTCTAT
ATACTTGTAATTAAAACATGAATAAAAGACTTTGAATGTTGGGAGTGTTCTTGGATCCTC
TCTCTGTTCTGTTTATGATTATTTAATGTATAAAAGCTTTTGAGAT

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 3

CO CL3514Contig1 1156 3 6 U
GGGCCATCTCAAAGTCCATCTCTTTCCCGCCCCGAGTTCGAGTCTCATCGAGATCTCCGC
TACCCACAACCCAAATCCGAGCCGGAATCCGCGAGCTACGAGAGCGAATCGATAGCGTAA
AAAACACTCAGAAGATCACAGAGGCGATGAAACTCGTGGCGGCGGCTAGGGTTCGCCGAG
CTCAAGAAGCCGTCATCAATTGCAGACCTTTCACCGAAACCCTCGTCGGTATCCTCCACT
CCATCAACCAGTGCGCTCAATCGGAAGACGTAGACTTCCCTCTCAGCAACGTCAGACCCG
TAAAGAGAGTCGCTTTGGTCGTCGTCACCGGTGATAAAGGCTTGTGCGGCGGTTTCAACA
ACGCAGTGATCAAGAAAGCTAACTCACGGGTCGACGAGTTGAAGCAGAGAGGTGTGGACT
GCGTTGTGGTGAGTGTAGGGAAGAAAGGGAACGCTTACTTTAGTCGAAGAGACGACGTTG
AAGTTGATAAATGTATCGAAGGAGGAGGTGTTTATCCAACGGCGAAAGAAGCTCAGGTAA
TCGCAGACGATGTGTTCTCCTTGTTCGTGAGCGAGGAGGTTGATAAGGTCGAGCTCGTCT
ACACAAAGTTCGTGTCTTTAGTGAAATCCGATCCTGTGATCCACACTCTGTTACCGTTGT
CTGTCAAAGGAGAGTCTCGCGATGTTAACGGAGAGTGTGTCGACGCTATGGAGGATGAGA
TGTTTAGGCTGACGAGCAAAGACGGGAAGCTCGCTGTGGAGAGGACGAAAGTTGAGGTTG
TTGAGAGACCGGAGATGATCTCGCCGTTGATGCAGTTTGAGCAAGACCCTGTTCAGATTC
TCGACGCGATGATGCCTCTGTATTTGAACAGTCAGATTCTGAGAGCGTTGCAGGAGTCTT
TGGCGAGTGAGCTGGCCTCGAGGATGAGTGCTATGAGCAATGCGACGGATAATGCGGTTG
AGTTGAAGAAGAGTCTGACGGTTGCTTATAATCGGGAGAGGCAGGCTAAGATCACTGGGG
AGTTGCTGGAGATTGTGGCTGGTGCCGAAGCTCTTCGAGGGACTTAGTTAGGAGAAAACT
ATATTTTTGTTAAAACCATTTGTTGTTGTGTAACAATGTCATGAAAGAATAAAAACATCG
ACAAAACACTGATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FS02TF U 1
AF RR1CQ72JQ C 546
AF RR1CQ72TF U 546
BS 1 745 RR1FS02TF
BS 746 746 RR1CQ72TF
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BS 777 777 RR1CQ72TF
BS 778 788 RR1FS02TF
BS 789 1156 RR1CQ72TF

RD RR1FS02TF 788 0 0
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CTCAAGAAGCCGTCATCAATTGCAGACCTTTCACCGAAACCCTCGTCGGTATCCTCCACT
CCATCAACCAGTGCGCTCAATCGGAAGACGTAGACTTCCCTCTCAGCAACGTCAGACCCG
TAAAGAGAGTCGCTTTGGTCGTCGTCACCGGTGATAAAGGCTTGTGCGGCGGTTTCAACA
ACGCAGTGATCAAGAAAGCTAACTCACGGGTCGACGAGTTGAAGCAGAGAGGTGTGGACT
GCGTTGTGGTGAGTGTAGGGAAGAAAGGGAACGCTTACTTTAGTCGAAGAGACGACGTTG
AAGTTGATAAATGTATCGAAGGAGGAGGTGTTTATCCAACGGCGAAAGAAGCTCAGGTAA
TCGCAGACGATGTGTTCTCCTTGTTCGTGAGCGAGGAGGTTGATAAGGTCGAGCTCGTCT
ACACAAAGTTCGTGTCTTTAGTGAAATCCGATCCTGTGATCCACACTCTGTTACCGTTGT
CTGTCAAAGGAGAGTCTCGCGATGTTAACGGAGAGTGTGTCGACGCTATGGAGGATGAGA
TGTTTAGGCTGACGAGCAAAGACGG*AAGCTCGCTGTGGAGAGGACGAAAGTTGAG*TTG
TTGAGAGA

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1CQ72JQ 611 0 0
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ACACTGATACT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1CQ72TF 611 0 0
GACGATGTGTTCTCCTTGTTCGTGAGCGAGGAGGTTGATAAGGTCGAGCTCGTCTACACA
AAGTTCGTGTCTTTAGTGAAATCCGATCCTGTGATCCACACTCTGTTACCGTTGTCTGTC
AAAGGAGAGTCTCGCGATGTTAACGGAGAGTGTGTCGACGCTATGGAGGATGAGATGTTT
AGGCTGACGAGCAAAGACGGGAAGCTCGCTGTGGAGAGGACGAAAGTTGAGGTTGTTGAG
AGACCGGAGATGATCTCGCCGTTGATGCAGTTTGAGCAAGACCCTGTTCAGATTCTCGAC
GCGATGATGCCTCTGTATTTGAACAGTCAGATTCTGAGAGCGTTGCAGGAGTCTTTGGCG
AGTGAGCTGGCCTCGAGGATGAGTGCTATGAGCAATGCGACGGATAATGCGGTTGAGTTG
AAGAAGAGTCTGACGGTTGCTTATAATCGGGAGAGGCAGGCTAAGATCACTGGGGAGTTG
CTGGAGATTGTGGCTGGTGCCGAAGCTCTTCGAGGGACTTAGTTAGGAGAAAACTATATT
TTTGTTAAAACCATTTGTTGTTGTGTAACAATGTCATGAAAGAATAAAAACATCGACAAA
ACACTGATACT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 3

CO CL3515Contig1 1053 3 21 U
GGGTTGAATCTCTCTCGTTGCCTGCCTGCCGTACTCTGTGTTCTCTCTTTTGTTCGTGCG
AATTATTTTGCTTCATGGATGTTGCGGCGGTGGCGAGATGTGCCGGAAGGTGCTATGTTT
CTCCGGCGGCGTTCCGAGAGTCCCGGAATCTGAGGTTATCGTTGTCTGATCTCCGGAGCT
TGGAGCCTGCCGGTTTGATGTTTCGCGGGAAAAGTCAACGGACACTGAACTTCGTCCGTC
CGATCATGGCGACAGACAAGTCGATTTCTGCCCGGCAAAGTGAAACACAGCAAATCAACG
GAAACATCGTCTGGCATGCTTGTCCCATCACTAAACCCGACAGACAAGAACTGATTAAGC
AAAAGGGTTGTGTCATTTGGATTACTGGCTTAAGTGGTTCAGGGAAAAGTAGTCTGGCTT
GTGCTGTTAGCCGAGCTCTGTACAACCGTGGGAAGCTCTCGTATATACTCGACGGTGACA
ACGTTCGACATGGTTTAAACAGCGATCTTAGTTTCAAAGCAGAAGATCGAGCCGAAAACA
TCCGAAGAGTTGGCGAAGTCGCCAAATTGTTTGCGGATGCTGGAATCATCTGTATTGCTA
GTCTCATCTCTCCTTACCGGAAGGAACGAGCTGCTTGTCGTGCGTTGCTACCGCAAGGAG
ATTTCATCGAGGTGTTCATGGATGTGCCACTCCATGTCTGTGAAGCTAGAGACCCAAAGG
GCTTATACAAGCGTGCACGGGCTGGTGAAATCAAAGGTTTTACAGGAATAGATGACCCTT
ATGAACCCCCTTTGGATTGTGAGATTGTGATACAAAACAGCAGAGACGACAATTCATCTC
TTTCAGAAATGGCAGAGATTGTTGTGTCATACTTAGACCAAAATGGATACCTCAAGCCGT
CGTAGAGAATAATCACTCCACATAAGGATTTGGTTAATATGTACACAAACATGTCTTGTA
ATATGCTCAAAAGTGTATCAGTCTCATCTCATGTATCAATCATTAACCCGCGTTTTCATC
GTTTTGAATGCGATAAAAATCATTATTGATTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FX45TF U 1
AF RR1CF62TF U 45
AF RR1CF62JQ C 415
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DS 

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TTGCTACCG

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DS 

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ACCCTTATGAACCCCCTTTGGATTGTGAGATTGTGATACAAAACAGCAGAGACGACAATT
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CTTGTAATATGCTCAAAAGTGTATCAGTCTCATCTCATGTATCAATCATTAACCCGCGTT
TTCATCGTTTTGAATGCGATAAAAATCATTATTGATTGT

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 3

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AATTACTCTCTCTTTTCATGTGTGTTTGCTTTTGGATCTTCTTATGTTCATGTTGTCAGG
ATTTTTTTCTTTTACCCAATTGAGATGATGGTTAAACTTGCAAGACATTAAAAAAAA


BQ
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AF RR1CT08TF U 1
AF RR1A640TF U 560
AF RR1CT08JQ C 601
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TCAATCCCCAGTCAGGAAGATGCCTCGCTATGATGATCGTTACGGGAACACTCGTCTTTA
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CCGTGATGCTGATGACGCGAGACATTACTTGGATGGACGAGACTTCGATGGAAGTCGCAT
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GCCTCCTGGAGCTGGTCGCTGCTTTAGCTGTGGTGTTGACGGTCACTGGGCTCGAGACTG
CACTGCAGGGGACTGGAAGAACAAGTGTTACCGCTGTGGGGAGAGAGGACACATTGAGAG
AAACTGCAAGAACAGTCCCAAGAAGCTCAGGCGAAGTGGAAGCTACTCCAGGTCACCTGT
AAGATCCCGTTCTCCTCCTCGTCGTAGAAGAAGCCCAAGCCGTAGCAGGAGTCTGAGCCG
AAGCTACAGCCGATCAAGATCCCCAGTGAAAAGAAGAGAGAGAAGTGTCGAGGAGAGATC
TCGCAGTCCAAAGAGAATGGAGGACTCTCTA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1A640TF 536 0 0
G
GTCGTAGAAGAAGCCCAAGCCGTAGCAGGAGTCTGAGCCGAAGCTACAGCCGATCAAGAT
CCCCAGTGAAAAGAAGAGAGAGAAGTGTCGAGGAGAGATCTCGCAGTCCAAAGAGAATGG
AGGACTCTCTATCGCCAAGAGGCAGGGACCGTAGTCCGATTATGGATGATGAAGGTAGCC
CAAGGATCATAGACGGGAGCCCTCCACCTTCTCCGAAGCTTGAAAAGCAAGCAGGATCAG
ACCATGACGGTGGTGGCAGCCCTCAAAACAATGGCAATGGCAGCAACACTGTGGGACGCA
GTGCTGACAGCCCGAGAGAGGACAGAAGCCCCGTTGATGATGATTACGAGGCCAACCGTG
CTTCCCCTAGGGGAAGCGAGTCTCCTTGACTTCTGATGGCTCATGGCCTCAAGTCACAGG
CACTCTAGCATGTTGTACTATTATATCAGACTTCTCCAGAAATTACTCTCTCTTTTCATG
TGTGTTTGCTTTTGGATCTTCTTATGTTCATGTTGTCAGGATTTTTTTCTTTTAC

QA 2 536 2 536
DS 

RD RR1CT08JQ 537 0 0
AAGCTACAGCCGATCAAGATCCCCAGTGAAAAGAAGAGAGAGAAGTGTCGAGGAGAGATT
TCGCAGTCCAAAGAGAATGGAGGACTTTCTATCGCCAAGAGGCAGGGACCGTAGTCCGAT
TATGGATGATGAAGGTAGCCCAAGGATCATAGACGGGAGCCCTCCACCTTTTCCGAAGCT
TGAAAAGCAAGCAGGATCAGACCATGACGGTGGTGGCAGCCCTCAAAACAATGGCAATGG
CAGCAACACTGTGGGACGCAGTGCTGACAGCCCGAGAGAGGACAGAAGCCCCGTTGATGA
TGATTACGAGGCCAACCGTGCTTCCCCTAGAGGAAGCGAGTCTCCTTGACTTTTGATGGC
TCATGGCCTCAAGTCACAGGCACTTTAGCATGTTGTACTATTATATCAGACTGCTCCAGA
AATTACTCTCTCTTTTCATGTGTGTTTGCTTTTGGATCTTCTTATGTTCATGTTGTCAGG
ATTTTTTTCTTTTACCCAATTGAGATGATGGTTAAACTTGCAAGACATTAAAAAAAA

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 3

CO CL3517Contig1 679 3 2 U
GTCCGCAAGTGGAGCTGTCTCTACTGCAACGCTGCTTCAATCATCATCTTCTCCTAGTGC
TATTCAGTACGAGGGCCGGTTTGAGATATTAGCCTTATCAATATCTTATCTTGTCCCAAC
TGATGGAAGTTTCCGGAACAGAACTGGAAACTTATCAGTTTCGCTTGCTAGCCCTGATGG
GCGTGTGATTGGTGGTGCCATTGGAGGGCCTTTAATAGCAGCTAGTCCTGTTCAGGTTAT
CGTAGGGAGCTTTATATGGGCAGCTCCTAAGATCAAGAACAAGAAACGAGAAGAAGAAGG
TGCTGAAAATGTTCAAGACACTAATGATCACCATCATCAAGCTCTGGACCCTGTTCCTCA
ACACACACAAGGCCAAAACCTGATTTGGTCAACAGGTTCAAGGCAGATGGATATGCGCCA
TGCTCATGCTGATATTGATCTAATGCGCGGTTGATGATGTTACAGTGACATCTCTGTGTA
CATAAAGCATGGAACCTAGGAATTGAACAAGAAGAAGAACATAAGCTAACCTGAAATGTT
TAAGTCTTTATGTCTGCTTGGAGCTTTGATTCTACTACATCTTTGATTCAGTTGTTAACT
GAAAGTAATTACTTGTTTAACTTTGCTAATCTCGATATTAATACAAAACACAAGAACCTC
TTGGTCAATGTTTGTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D691TF U 1
AF RR1D691JQ C 36
AF RR1C161TF U 279
BS 1 647 RR1D691TF
BS 648 679 RR1C161TF

RD RR1D691TF 649 0 0
GTCCGCAAGTGGAGCTGTCTCTACTGCAACGCTGCTTCAATCATCATCTTCTCCTAGTGC
TATTCAGTACGAGGGCCGGTTTGAGATATTAGCCTTATCAATATCTTATCTTGTCCCAAC
TGATGGAAGTTTCCGGAACAGAACTGGAAACTTATCAGTTTCGCTTGCTAGCCCTGATGG
GCGTGTGATTGGTGGTGCCATTGGAGGGCCTTTAATAGCAGCTAGTCCTGTTCAGGTTAT
CGTAGGGAGCTTTATATGGGCAGCTCCTAAGATCAAGAACAAGAAACGAGAAGAAGAAGG
TGCTGAAAATGTTCAAGACACTAATGATCACCATCATCAAGCTCTGGACCCTGTTCCTCA
ACACACACAAGGCCAAAACCTGATTTGGTCAACAGGTTCAAGGCAGATGGATATGCGCCA
TGCTCATGCTGATATTGATCTAATGCGCGGTTGATGATGTTACAGTGACATCTCTGTGTA
CATAAAGCATGGAACCTAGGAATTGAACAAGAAGAAGAACATAAGCTAACCTGAAATGTT
TAAGTCTTTATGTCTGCTTGGAGCTTTGATTCTACTACATCTTTGATTCAGTTGTTAACT
GAAAGTAATTACTTGTTTAACTTTGCTAATCTCGATATTAATACAAA
GC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1D691JQ 614 0 0
TTCAATCATCATCTTCTCCTAGTGCTATTCAGTACGAGGGCCGGTTTGAGATATTAGCCT
TATCAATATCTTATCTTGTCCCAACTGATGGAAGTTTCCGGAACAGAACTGGAAACTTAT
CAGTTTCGCTTGCTAGCCCTGATGGGCGTGTGATTGGTGGTGCCATTGGAGGGCCTTTAA
TAGCAGCTAGTCCTGTTCAGGTTATCGTAGGGAGCTTTATATGGGCAGCTCCTAAGATCA
AGAACAAGAAACGAGAAGAAGAAGGTGCTGAAAATGTTCAAGACACTAATGATCACCATC
ATCAAGCTCTGGACCCTGTTCCTCAACACACACAAGGCCAAAACCTGATTTGGTCAACAG
GTTCAAGGCAGATGGATATGCGCCATGCTCATGCTGATATTGATCTAATGCGCGGTTGAT
GATGTTACAGTGACATCTCTGTGTACATAAAGCATGGAACCTAGGAATTGAACAAGAAGA
AGAACATAAGCTAACCTGAAATGTTTAAGTCTTTATGTCTGCTTGGAGCTTTGATTCTAC
TACATCTTTGATTCAGTTGTTAACTGAAAGTAATTACTTGTTTAACTTTGCTAATCTCGA
TATTAATACAAA
GC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1C161TF 401 0 0
G
CAAGAAACGAGAAGAAGAAGGTGCTGAAAATGTTCAAGACACTAATGATCACCATCATCA
AGCTCTGGACCCTGTTCCTCAACACACACAAGGCCAAAACCTGATTTGGTCAACAGGTTC
AAGGCAGATGGATATGCGCCATGCTCATGCTGATATTGATCTAATGCGCGGTTGATGATG
TTACAGTGACATCTCTGTGTACATAAAGCATGGAACCTAGGAATTGAACAAGAAGAAGAA
CATAAGCTAACCTGAAATGTTTAAGTCTTTATGTCTGCTTGGAGCTTTGATTCTACTACA
TCTTTGATTCAGTTGTTAACTGAAAGTAATTACTTGTTTAACTTTGCTAATCTCGATATT
AATACAAAACACAAGAACCTCTTGGTCAATGTTTGTTACC

QA 2 401 2 401
DS 



AS 1 3

CO CL3518Contig1 475 3 4 U
GGAAAGAAGAAAATACACAAAAACACACGCACGCACTTTGAAGCTTCAATAGTTTTCTCA
GCAACTTCTTAACGCTTAAGAAAAATGGGAACAGCTACTTTCATAGATATTCTTCTCGCT
ATCCTCTTGCCTCCTCTTGGTGTCTTTCTTAGATATGGTTGCGAGGTTGAATTTTGGATA
TGTTTGGTTTTGACGCTTTTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTC
ACCAAATAAATTACCATCAATCCTCTCTTCTTTTCATTTCATCTCCTTGAACAACTGTTT
CGTCGTGTTTTCCTATCTTTGTGTAACTGTGATTGATTCATCGTTTCTTTAGTCAGGGTT
TTATCATTGTTGTGTGTTGCATACCTTTTGTTGATATAAAGAAGAGATCCTTTGTTTTGT
GTGAAGAACTTGTTTATTCAAGTTTTTCAAATATATAATAGTTTTTTCTATCGTT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B889TF U 1
AF RR1AV90JQ C 2
AF RR1AV90TF U 2
BS 1 194 RR1B889TF
BS 195 195 RR1AV90TF
BS 196 423 RR1B889TF
BS 424 475 RR1AV90TF

RD RR1B889TF 423 0 0
GGAAAGAAGAAAATACACAAAAACACACGCACGCACTTTGAAGCTTCAATAGTTTTCTCA
GCAACTTCTTAACGCTTAAGAAAAATGGGAACAGCTACTTTCATAGATATTCTTCTCGCT
ATCCTCTTGCCTCCTCTTGGTGTCTTTCTTAGATATGGTTGCGAGGTTGAATTTTGGATA
TGTTTGGTTTTGACCCTTTTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTC
ACCAAATAAATTACCATCAATCCTCTCTTCTTTTCATTTCATCTCCTTGAACAACTGTTT
CGTCGTGTTTTCCTATCTTTGTGTAACTGTGATTGATTCATCGTTTCTTTAGTCAGGGTT
TTATCATTGTTGTGTGTTGCATACCTTTTGTTGATATAAAGAAGAGATCCTTTGTTTTGT
GTG

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR1AV90JQ 474 0 0
GAAAGAAGAAAATACACAAAAACACACGCACGCACTTTGAAGCTTCAATAGTTTTTTCAG
CAACTTCTTAACGCTTAAGAAAAATGGGAACAGCTACTTTCATAGATATTCTTCTCGCTA
TCCTCTTGCCTCCTCTTGGTGTCTTTCTTAGATATGGTTGCGAGGTTGAATTTTGGATAT
GTTTGGTTTTGACGCTTTTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTCA
CCAAATAAATTACCATCAATCCTCTCTTCTTTTCATTTCATCTCCTTGAACAACTGTTTC
GTCGTGTTTTCCTATCTTTGTGTAACTGTGATTGATTCATCGTTTCTTTAGTCAGGGTTT
TATCATTGTTGTGTGTTGCATACCTTTTGTTGATATAAAGAAGAGATCCTTTGTTTTGTG
TGAAGAACTTGTTTATTCAAGTTTTTCAAATATATAATAGTTTTTTCTATCGTT

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR1AV90TF 474 0 0
GAAAGAAGAAAATACACAAAAACACACGCACGCACTTTGAAGCTTCAATAGTTTTCTCAG
CAACTTCTTAACGCTTAAGAAAAATGGGAACAGCTACTTTCATAGATATTCTTCTCGCTA
TCCTCTTGCCTCCTCTTGGTGTCTTTCTTAGATATGGTTGCGAGGTTGAATTTTGGATAT
GTTTGGTTTTGACGCTTTTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTCA
CCAAATAAATTACCATCAATCCTCTCTTCTTTTCATTTCATCTCCTTGAACAACTGTTTC
GTCGTGTTTTCCTATCTTTGTGTAACTGTGATTGATTCATCGTTTCTTTAGTCAGGGTTT
TATCATTGTTGTGTGTTGCATACCTTTTGTTGATATAAAGAAGAGATCCTTTGTTTTGTG
TGAAGAACTTGTTTATTCAAGTTTTTCAAATATATAATAGTTTTTTCTATCGTT

QA 1 474 1 474
DS 



AS 1 3

CO CL3519Contig1 738 3 10 U
GGGGTGCGTTCTCATCCAGAGAGGAAGACTCAGGCATTTTCATAGCTAAAACGCTTCTTT
CCCAAAGGGGTATCCTGAGAACACAAAGGATAACAAACTATGGCCAAGGGAGTTGCAGTC
TTGAACAGCAGCGAGGGTGTTAAGGGGACTATCTTCTTCACCCAGGATGGAAACGGTGCG
ACCACTGTGACTGGTACAGTTTCTGGACTTAAACCTGGTCTACATGGTTTTCATGTCCAT
GCTCTTGGTGACACCACTAACGGCTGCATGTCCACCGGTCCACATTTCAACCCTGAAGGT
AAACAACACGGTGCCCCTGAGGATGCTAATCGACATGCTGGCGATCTAGGAAACATCACT
GTTGGAGATGATGGAACTGCCACCTTCACAATCACTGACAGCCAGATTCCTCTTGATGGA
CCAAACTCTATTGTGGGAAGGGCTGTTGTTGCCCACGCTGACCCTGATGACCTCGGAAAG
GGAAGCCATGAACTCAGCTTGGCTACCGGAAATGCAGGCGGCCGTGTTGCTTGTGGTATT
ATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTGTCACTTTATCGAGGAAGAGAGTGATGTAATAAGGAGGT
CATATACCTCCAGACCTGGCTAGTTTGTGTGTGCGGGTGTGTGGCTCCTTTGTGGATCAA
ATGCATTTTATTTAAGACCCAAAAAAACAGAGAAAATTCCAGACTATTTTATGAATAACA
AGAGCAGATGTGAACCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AF83TF U 1
AF RR1CP35TF U 24
AF RR1CP35JQ C 154
BS 1 451 RR1AF83TF
BS 452 452 RR1CP35TF
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BS 484 484 RR1CP35TF
BS 485 634 RR1AF83TF
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BS 637 655 RR1AF83TF
BS 656 686 RR1CP35TF
BS 687 687 RR1CP35JQ
BS 688 738 RR1CP35TF

RD RR1AF83TF 655 0 0
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CCCAAAGGGGTATCCTGAGAACACAAAGGATAACAAACTATGGCCAAGGGAGTTGCAGTC
TTGAACAGCAGCGAGGGTGTTAAGGGGACTATCTTCTTCACCCAGGATGGAAACGGTGCG
ACCACTGTGACTGGTACAGTTTCTGGACTTAAACCTGGTCTACATGGTTTTCATGTCCAT
GCTCTTGGTGACACCACTAACGGCTGCATGTCCACCGGTCCACATTTCAACCCTGAAGGT
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GTTGGAGATGATGGAACTGCCACCTTCACAATCACTGACAGCCAGATTCCTCTTGATGGA
CCAAACTCTATTGTGGGAAGGGCTGTTGTTGTCCACGCTGACCCTGATGACCTCGGAAAG
GGAGGCCATGAACTCAGCTTGGCTACCGGAAATGCAGGCGGCCGTGTTGCTTGTGGTATT
ATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTGTCACTTTATCGAGGAAGAGAGTGATGTAATAAGGAGGT
CATATACCTCCAGACCTGGCTAGTTTGTGTGTGCTTGTGTGTGGCTCCTTTGTGG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1CP35TF 715 0 0
GG
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AAGGATAACAAACTATGGCCAAGGGAGTTGCAGTCTTGAACAGCAGCGAGGGTGTTAAGG
GGACTATCTTCTTCACCCAGGATGGAAACGGTGCGACCACTGTGACTGGTACAGTTTCTG
GACTTAAACCTGGTCTACATGGTTTTCATGTCCATGCTCTTGGTGACACCACTAACGGCT
GCATGTCCACCGGTCCACATTTCAACCCTGAAGGTAAACAACACGGTGCCCCTGAGGATG
CTAATCGACATGCTGGCGATCTAGGAAACATCACTGTTGGAGATGATGGAACTGCCACCT
TCACAATCACTGACAGCCAGATTCCTCTTGATGGACCAAACTCTATTGTGGGAAGGGCTG
TTGTTGCCCACGCTGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAAGCCATGAACTCAGCTTGGCTA
CCGGAAATGCAGGCGGCCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTGTCA
CTTTATCGAGGAAGAGAGTGATGTAATAAGGAGGTCATATACCTCCAGACCTGGCTAGTT
TGTGTGTGCGGGTGTGTGGCTCCTTTGTGGATCAAATGCATTTTATTTAAGACCCAAAAA
A*CAGAGAAAATTCCAGACTATTTTATGAATAACAAGAGCAGATGTGAACCAA

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR1CP35JQ 583 0 0
TTCTTCACCCAGGATGGAAACGGTGCGACCACTGTGACTGGTACAGTTTCTGGACTTAAA
CCTGGTCTACATGGTTTTCATGTCCATGCTCTTGGTGACACCACTAACGGCTGCATGTCC
ACCGGTCCACATTTCAACCCTGAAGGTAAACAACACGGTGCCCCTGAGGATGCTAATCGA
CATGCTGGCGATCTAGGAAACATCACTGTTGGAGATGATGGAACTGCCACCTTCACAATC
ACTGACAGCCAGATTCCTCTTGATGGACCAAACTCTATTGTGGGAAGGGCTGTTGTTGCC
CACGCTGACCCTGATGACCTCGGAAAGGGAAGCCATGAATTCAGCTTGGCTACCGGAAAT
GCAGGCGGCCGTGTTGCTTGTGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTGTCACTTTATCG
AGGAAGAGAGTGATGTAATAAGGAGGTCATATACCTCCAGACCTGGCTAGTTTGTGTGTG
CGGGTGTGTGGCTCCTTTGTGGATCAAATGCATTTTATTTAAGACCCAAAAAAACAGAGA
AAATTCCAGACTATTTTATGAATAACAAGAGCAGATGTGAACC

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 3

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CAAGTCGGTGTCGGCATCTGTCGTGGGAGGAGGAAGCAGCTTGGCGGCTTCGCAGTGCCA
GAAGTGTTTCCAGACGGGGCACTGGACTTATGAGTGCAAGAACGAGAGGGTTTACATCTC
TAGGCCTTCCAGAACCCAGCAGCTTAAGAACCCTAAGCTGAGGATGAAGCCTTCTGTTGA
TGATCTTGGTGATGATGAGAAGGTAGATGCAGGAAACGGGAAAGATGATGAGGAAGGTGA
GAGGCGGTCGTCTAAGAAGAGCAAGAGAAAGCAGAGGTCGAAGTCTGATTCCGGGAGTGA
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TGATTCTGAATACAGTTCGTCGTCTGACTCAGAGGAGGAAAGGAGGAGGAGAAGGAATAA
GAGGAAGAGCAAGAAGAAGCCAAAGCAGAGGAAGGAGAGGCAAAGGAGAAGAAGATACAG
CTCTTCTTCATCTGAGGAGTCATCTGATTCAGAATCAGCTTCGGACTCTGATTCTGATGA
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AGTTGGGTTTTAGGAAAATCTGAAGTGGATGATGAATACTTTTTTCTATATGCGTTGTTT
TTAGAGTGAGTGAGTCATTTTGAGCTACATGAAGAATACTCGCAGCTTCTTTTTCTCATG
TTTCAACTTTCCCTTTTCTCAGCCATTCATGGCTTTGTGTTGTAGTAAACTGATGGATTT
CAGAATCTCTTTTAGTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DO08TF U 1
AF RR1DO08JQ C 291
AF RR1FC84TF U 405
BS 1 651 RR1DO08TF
BS 652 1040 RR1FC84TF

RD RR1DO08TF 651 0 0
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TGCTTCCAAAGGTTTAAGCCGTACCCAAGCCGAGCGAGCAGCGGCTGCAGCTTCCAGGAA
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CAAGTCGGTGTCGGCATCTGTCGTGGGAGGAGGAAGCAGCTTGGCGGCTTCGCAGTGCCA
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DS 

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TTTTCTCATGTTTCAACTTTCCCTTTTCTCAGCCATTCATGGCTTTGTGTTGTAGTAAAC
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QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1FC84TF 636 0 0
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GATAGCGAAGCCTCTGTGTTTGAAACAGATAGTAGTGACGGCTCTGAATCATTTGGAGAG
AGTGATTCTGAATACAGTTCGTCGTCTGACTCAGAGGAGGAAAGGAGGAGGAGAAGGAAT
AAGAGGAAGAGCAAGAAGAAGCCAAAGCAGAGGAAGGAGAGGCAAAGGAGAAGAAGATAC
AGCTCTTCTTCATCTGAGGAGTCATCTGATTCAGAATCAGCTTCGGACTCTGATTCTGAT
GAAGACAGAAGAAGCAGTAGAAAGAAGAAGAGCAAGAAGAACAGCAGCAACAAACGTCGT
TGAGTTGGGTTTTAGGAAAATCTGAAGTGGATGATGAATACTTTTTTCTATATGCGTTGT
TTTTAGAGTGAGTGAGTCATTTTGAGCTACATGAAGAATACTCGCAGCTTCTTTTTCTCA
TGTTTCAACTTTCCCTTTTCTCAGCCATTCATGGCTTTGTGTTGTAGTAAACTGATGGAT
TTCAGAATCTCTTTTAGTTTTC

QA 15 636 15 636
DS 



AS 1 3

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ATCATCGTTATACTGACCATCAAAGTCAGTTGGTTTCAACAGTTATGGAGTTCATAAACA
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TCATGATGCACATTCAATACACATTGTTTCCGGTTAAAAGGGGAAACATTGATTGGGTTA
GTAACAGTAAATCTCATAATACAAAAGTAGTTCCTTTATCAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H384TF U 1
AF RR1FO52TF U 134
AF RR1FO52JQ C 470
BS 1 605 RR1H384TF
BS 606 606 RR1FO52TF
BS 607 662 RR1H384TF
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BS 776 792 RR1FO52TF
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RD RR1H384TF 662 0 0
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TTCCGAACAGCCACGACGAGAAGCTCGTGGGTCTCCTTCACGAAACCGGTTCGAAAGAAG
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GAGGTGATGTGGTTCTCCTCTATGCCTCCAAGTATCATGATATCAGTAATGTGATCAATC
TCTCGTGACGGTATGATCTGAAGAAAGGCATAAGAGAGCGTCTTGGGGAAGACTTTTTGG
AA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1FO52TF 659 0 0
GG
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ATAACAACATTTCAGCTTGTGCACAGCAACCGAAGAAGATGGAGATTCCGAACAGCCACG
ACGAGAAGCTCGTGGGTCTCCTTCACGAAACCGGTTCGAAAGAAGTTGTGGTCTTGTGCC
ATGGATTTCGATCCAGCAAGAATCACCAAATCATGAAGAATGTGGCTGCTGCTTTAGAGA
AAGAAGGGATCAGTGCGTTCCGTTTTGATTTCTCTGGAAATGGAGAGAGTGAAGGCAGTT
TCTATTATGCTAACTATAACCATGAAGCTGATGATCTACGTTCTGTCATCCAACACTTGT
CTGACATGAACCGTGTGGTTCCTATCATTCTTGGACACAGTAAAGGAGGTGATGTGGTTC
TCCTCTATGCCTCCAAGTATCATGATATCAGTAATGTGATCAATCTCTCGGGACGGTATG
ATCTGAAGAAAGGCATAAGAGAGCGTCTTGGGGAAGACTTTTTGGAAAGAATTAAGGAAC
AAGGATTCATCGATGTTAACAATGGAAAATCCAGCTACCGTGTTACGGAGGAGAGCTTAA
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QA 3 659 3 659
DS 

RD RR1FO52JQ 653 0 0
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TGTGATCAATCTCTCGGGACGGTATGATCTGAAGAAAGGCATAAGAGAGCGTCTTGGGGA
AGACTTTTTGGAAAGAATTAAGGAACAAGGATTCATCGATGTTAACAATGGAAAATCCAG
CTACCGTGTTACGGAGGAGAGCTTAATGGAGAGGTTAGGCACTGATATGCATGAAGCTTG
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AAACGTGGAAGATGCCAAGGAGTTTGCGAAGATCATACCGAACCGCAAGCTAGAGATTGT
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GTTCATAAACACAGTCATTGTCAAGAACAACAACTAGTCTTCTTTTTTTTTCTTTTGCCT
TTGAGAAGTGTTCATGATGCACATTCAATACACATTGTTTCCGGTTAAAAGGGGAAACAT
TGATTGGGTTAGTAACAGTAAATCTCATAATACAAAAGTAGTTCCTTTATCAC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 3

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CTGACTATTAAATAAGCCAAAAATATTATGGGTC


BQ
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AF RR1AF69TF U 1
AF RR1E242JQ C 1
AF RR1E242TF U 1
BS 1 14 RR1AF69TF
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BS 500 500 RR1E242TF
BS 501 514 RR1AF69TF

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CCACCACCGAGACTCTCATCCTCGGCGTTGCTCCGTCGATGAACTCTCAGTTCGAGGCTT
CCGGCGAGACTTTCGTTGCCGAGAACGATGCCTGCAAATGCGGATCTGACTGCAAGTGCA
ACCCTTGCACCTGCAAATAGATAACCACATAAACCCCTAAGAGTCTTGCAATAAACCTTT
ATGTTATGTGTAATAATAATGGCTGATTTCTCCGGTTGTTTTGCCGGCGACAGTGAGTCT
TGTTCTTCTGTGTCTGTTGTTATGGTTTGGTCATGAGATATCTCTGTAAGTTTTATCTTT
CTGACTATTAAATAAGCCAGAAATATTATGGGTC

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DS 

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GCAATTCTCAAGAGAAAATGTCTTGCTGTGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCA
AGTGCGTTGGATGCGGAGGTTGCAAAATGTACCCAGACCTGAGCTTCTCCGGCGAGACCA
CCACCACCGAGACTCTCATCCTCGGCGTTGCTCCGTCGATGAACTCTCAGTTCGAGGCTT
CCGGCGAGACTTTCGTTGCCGAGAACGATGCCTGCAAATGCGGATCTGACTGCAAGTGCA
ACCCTTGCACCTGCAAATAGATAACCACATAAACCCCTAAGAGTCTTGCAATAAACCTTT
ATGTTATGTGTAATAATAATGGTTGATTTCTCCGGTTGTTTTGCCGGCGACAGTGAGTCT
TGTTCTTCTGTGTCTGTTGTTATGGTTTGGTCATGGGATATCTCTGTAAGTTTTATCTTT
CTGACTATTAAATAAGCCAAAAATATTATGGGTC

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1E242TF 514 0 0
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GCAATTCTCAAGAGAAAATGTCTTGCTGTGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCA
AGTGCGTTGGATGCGGAGGTTGCAAAATGTACCCAGACCTGAGCTTCTCCGGCGAGACCA
CCACCACCGAGACTCTCATCCTCGGCGTTGCTCCGTCGATGAACTCTCAGTTCGAGGCTT
CCGGCGAGACTTTCGTTGCCGAGAACGATGCCTGCAAATGCGGATCTGACTGCAAGTGCA
ACCCTTGCACCTGCAAATAGATAACCACATAAACCCCTAAGAGTCTTGCAATAAACCTTT
ATGTTATGTGTAATAATAATGGTTGATTTCTCCGGTTGTTTTGCCGGCGACAGTGAGTCT
TGTTCTTCTGTGTCTGTTGTTATGGTTTGGTCATGGGATATCTCTGTAAGTTTTATCTTT
CTGACTATTAAATAAGCCAAAAATATTATGGGTC

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 3

CO CL3523Contig1 1077 3 18 U
TTTTTTTCTTTTCAAAACTCACCTGGTCTCTTTACTTCTTCCTTCCCGTCGACAGCGATG
ATCGTGCAAGAAGAGCAAAGAAGCAAAAGGATCCCGTTCTAGTAGCTCCCTGGTTCCTTA
ATTTCTCAAAAAAGTAACCTTTCATAGAAACATGAACACTGGGATTCACAACGGATGGAG
AGCTTCCGTAACTTCAGAAGACCCAAGAAGAAAGCTCCTGGATTTGCTCGGATCCTACCC
TAACGCCATCCCCAGGGAGAGGATCCTTTTGGGTAGTCATGTACGTAGAGCAGTGATGAT
TTCGAGTTCGAAGAAAGCGAATCTCTCTGCTTCGAGGAAACAGAGAATCCAGCTACAGAG
TAATAGAGAAAAAAAGGAGCTTACTTTCAGTGAGTTCCTTAAACACCCTTCTGGGATGGA
GGCTGTGATCAACGCCAAGGCTTTGCAGAGTTATCAGTTAGTTGATGATGATGAAAATAC
TTACAGATGTACATTGCCAACAATCCAGTTAATGAGCTTTGAAGTTTCTCCAGTACTGGT
TTTGAGGGTCATTCCCACACAGGAAGATTGTACAGTCGAGCTACTTTCCTGCAAGTTAGA
GGGATCAGAGTTATTGGAGAGCCAAAGTGAAAGGTTTTCAGCGATTATGACAAATTGTAT
GACTTGGAACATGGAAGATCCAGAGCCATTTTTGGAGGTTGATGTGAGCTTGAAAGTCAC
TCTTGAGATCTCAACACGACCATTCACTATGCTTCCAGTATCAGCTGTTGAGGCTCCTGG
GAATCTAGTGATGCAGACACTTGTAGATACATTAGTACCCCTTATGCTTCAGCAATTACT
CAAAGATTATGACGAATGGATTCAAAAGCAGCAACAAAACTTCTTAAGCTAATCTTGTGC
TTCTTGATATTTTTACCAGTGTATTCAAATCGAAGATATGGGATTAGTTGTTGTGTTTTA
GCCGTTTGAGATTGACATACATGTGTAAACAGCTCTGTATTAAAAGTGCAGAGGTAAAAA
GCTATTACTGATGAAGTAGAAACATTCATAAGGTAAAAAGAGATTTGGTTCACTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BG48TF U 8
AF RR1BL62TF U 1
AF RR1BG48JQ C 258
BS 1 246 RR1BL62TF
BS 247 247 RR1BG48TF
BS 248 292 RR1BL62TF
BS 293 293 RR1BG48TF
BS 294 633 RR1BL62TF
BS 634 634 RR1BG48JQ
BS 635 699 RR1BL62TF
BS 700 700 RR1BG48JQ
BS 701 733 RR1BL62TF
BS 734 734 RR1BG48JQ
BS 735 740 RR1BL62TF
BS 741 741 RR1BG48JQ
BS 742 776 RR1BL62TF
BS 777 777 RR1BG48JQ
BS 778 782 RR1BL62TF
BS 783 783 RR1BG48JQ
BS 784 799 RR1BL62TF
BS 800 1077 RR1BG48JQ

RD RR1BG48TF 622 0 0
CTTTTCAAAACTCACCTGGTCTCTTTACTTCTTCCTTCCCGTCGACAGCGATGATCGTGC
AAGAAGAGCAAAGAAGCAAAAGGATCCCGTTCTAGTAGCTCCCTGGTTCCTTAATTTCTC
AAAAAAGTAACCTTTCATAGAAACATGAACACTGGGATTCACAACGGATGGAGAGCTTCC
GTAACTTCAGAAGACCCAAGAAGAAAGCTCCTGGATTTGCTCGGATCCTACCCTAACGCC
ATCCCCAGGGAGAGGATCCTTTTGGGTAGTCATGTACGTAGAGCAGTGATGATTTCGAGT
TCGAAGAAAGCGAATCTCTCTGCTTCGAGGAAACAGAGAATCCAGCTACAGAGTAATAGA
GAAAAAAAGGAGCTTACTTTCAGTGAGTTCCTTAAACACCCTTCTGGGATGGAGGCTGTG
ATCAACGCCAAGGCTTTGCAGAGTTATCAGTTAGTTGATGATGATGAAAATACTTACAGA
TGTACATTGCCAACAATCCAGTTAATGAGCTTTGAAGTTTCTCCAGTACTGGTTTTGAGG
GTCATTCCCACACAGGAAGATTGTACAGTCGAGCTACTTTCCTGCAAGTTAGAGGGATCA
GAGTTATTGGAGAGCCAAAGTG

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1BL62TF 799 0 0
TTTTTTTCTTTTCAAAACTCACCTGGTCTCTTTACTTCTTCCTTCCCGTCGACAGCGATG
ATCGTGCAAGAAGAGCAAAGAAGCAAAAGGATCCCGTTCTAGTAGCTCCCTGGTTCCTTA
ATTTCTCAAAAAAGTAACCTTTCATAGAAACATGAACACTGGGATTCACAACGGATGGAG
AGCTTCCGTAACTTCAGAAGACCCAAGAAGAAAGCTCCTGGATTTGCTCGGATCCTACCC
TAACGCTATCCCCAGGGAGAGGATCCTTTTGGGTAGTCATGTACGTAGAGCAATGATGAT
TTCGAGTTCGAAGAAAGCGAATCTCTCTGCTTCGAGGAAACAGAGAATCCAGCTACAGAG
TAATAGAGAAAAAAAGGAGCTTACTTTCAGTGAGTTCCTTAAACACCCTTCTGGGATGGA
GGCTGTGATCAACGCCAAGGCTTTGCAGAGTTATCAGTTAGTTGATGATGATGAAAATAC
TTACAGATGTACATTGCCAACAATCCAGTTAATGAGCTTTGAAGTTTCTCCAGTACTGGT
TTTGAGGGTCATTCCCACACAGGAAGATTGTACAGTCGAGCTACTTTCCTGCAAGTTAGA
GGGATCAGAGTTATTGGAGAGCCAAAGTGAAAG*TTTTCAGCGATTATGACAAATTGTAT
GACTTGGAACATGGAAGATCCAGAGCCATTTTTGGAGGT*GATGTGAGCTTGAAAGTCAC
TCTTGAGATCTCA*CACGAC*ATTCACTATGCTTCCAGTATCAGCTGTTGAGGCTC*TGG
GA*TCTAGTGATGCAGACA

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1BG48JQ 820 0 0
AGAGGATCCTTTTGGGTAGTCATGTACGTAGAGCAGTGATGATTTCGAGTTCGAAGAAAG
CGAATCTCTCTGCTTCGAGGAAACAGAGAATCCAGCTACAGAGTAATAGAGAAAAAAAGG
AGCTTACTTTCAGTGAGTTCCTTAAACACCCTTCTGGGATGGAGGCTGTGATCAACGCCA
AGGCTTTGCAGAGTTATCAGTTAGTTGATGATGATGAAAATACTTACAGATGTACATTGC
CAACAATCCAGTTAATGAGCTTTGAAGTTTCTCCAGTACTGGTTTTGAGGGTCATTCCCA
CACAGGAAGATTGTACAGTCGAGCTACTTTCCTGCAAGTTAGAGGGATCAGAGTTATTGG
AGAGCCAAAGTGAAAGGTTTTCAGCGATTATGACAAATTGTATGACTTGGAACATGGAAG
ATCCAGAGCCATTTTTGGAGGTTGATGTGAGCTTGAAAGTCACTCTTGAGATCTCAACAC
GACCATTCACTATGCTTCCAGTATCAGCTGTTGAGGCTCCTGGGAATCTAGTGATGCAGA
CACTTGTAGATACATTAGTACCCCTTATGCTTCAGCAATTACTCAAAGATTATGACGAAT
GGATTCAAAAGCAGCAACAAAACTTCTTAAGCTAATCTTGTGCTTCTTGATATTTTTACC
AGTGTATTCAAATCGAAGATATGGGATTAGTTGTTGTGTTTTAGCCGTTTGAGATTGACA
TACATGTGTAAACAGCTCTGTATTAAAAGTGCAGAGGTAAAAAGCTATTACTGATGAAGT
AGAAACATTCATAAGGTAAAAAGAGATTTGGTTCACTTGT

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 3

CO CL3524Contig1 559 3 2 U
GGATTTTTGAAACTTTTTATTTGATTTTTTTTGGGGTTTTCAATTACTCTTCCCTCCCCT
CTTCGTTATTTTAGATGTAAATCAAATCGGATTGAACGAAGGAGAAATGAAGCGGAAAGT
AATAACACAACAACAACAAAAGATTCGATTTTTTTTCCTGATCGTTTTACTTTTTT*CTG
TTTTTTTTT*CTCTTTTTGGGGATATTAGAGGAGAGGGAAGATGAAAAGGGTAGGAGCTT
GCCGGCGGCGAAGCCTGCGACGGCGAGATAAGAGAAAAAAACTGGGTAGAGAGATTGTAG
GCGAGATGAATTGGTGACGATCCCCCGGCCGTAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTGTGTG
AGAGAGAGACTAGAGTTTTACCTATTTTGAGAGATTGGAGAGATTTGTCATCTCCTTTTG
TATTTCTACTTTATTCTATCTATGCAATTCTTTCATATATATATTGTTATGAATTGCTTA
GCTATGTCTGAGTAGTCTACTTGTTAGATCTAGGGTTTAAATAGGTTTGTGGGATTAGAC
CCAAACTATAATTGCTAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP57JQ U 1
AF RR1CP57TF C 1
AF RR1BI01JQ U 33
BS 1 321 RR1CP57JQ
BS 322 559 RR1BI01JQ

RD RR1CP57JQ 333 0 0
GGATTTTTGAAACTTTTTATTTGATTTTTTTTGGGGTTTTCAATTACTCTTCCCTCCCCT
CTTCGTTATTTTAGATGTAAATCAAATCGGATTGAACGAAGGAGAAATGAAGCGGAAAGT
AATAACACAACAACAACAAAAGATTCGATTTTTTTTCCTGATCGTTTTACTTTTTT*CTG
TTTTTTTTT*CTCTTTTTGGGGATATTAGAGGAGAGGGAAGATGAAAAGGGTAGGAGCTT
GCCGGCGGCGAAGCCTGCGACGGCGAGATAAGAGAAAAAAACTGGGTAGAGAGATTGTAG
GCGAGATGAATTGGTGACGAT
GGAAGAGAGACC

QA 1 321 1 321
DS 

RD RR1CP57TF 333 0 0
GGATTTTTGAAACTTTTTATTTGATTTTTTTTGGGGTTTTCAATTACTCTTCCCTCCCCT
CTTCGTTATTTTAGATGTAAATCAAATCGGATTGAACGAAGGAGAAATGAAGCGGAAAGT
AATAACACAACAACAACAAAAGATTCGATTTTTTTTCCTGATCGTTTTACTTTTTT*CTG
TTTTTTTTT*CTCTTTTTGGGGATATTAGAGGAGAGGGAAGATGAAAAGGGTAGGAGCTT
GCCGGCGGCGAAGCCTGCGACGGCGAGATAAGAGAAAAAAACTGGGTAGAGAGATTGTAG
GCGAGATGAATTGGTGACGAT
GGAAGAGAGACC

QA 1 321 1 321
DS 

RD RR1BI01JQ 527 0 0
GGGGTTTTCAATTACTCTTCCCTCCCCTCTTCGTTATTTTAGATGTAAATCAAATCGGAT
TGAACGAAGGAGAAATGAAGCGGAAAGTAATAACACAACAACAACAAAAGATTCGATTTT
TTTTTCTGATCGTTTTACTTTTTTTCTGTTTTTTTTTTCTCTTTTTGGGGATATTAGAGG
AGAGGGAAGATGAAAAGGGTAGGAGCTTGCCGGCGGCGAAGCCTGCGACGGCGAGATAAG
AAAAAAAAACTGGGTAGAGAGATTGTAGGCGAGATGAATTGGTGACGATCCCCCGGCCGT
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTGTGTGAGAGAGAGACTAGAGTTTTACCTATTTTGAGA
GATTGGAGAGATTTGTCATCTCCTTTTGTATTTCTACTTTATTCTATCTATGCAATTCTT
TCATATATATATTGTTATGAATTGCTTAGCTATGTCTGAGTAGTCTACTTGTTAGATCTA
GGGTTTAAATAGGTTTGTGGGATTAGACCCAAACTATAATTGCTAAC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

CO CL3525Contig1 663 2 3 U
TTTAAACAAACACACACAACGATTAAAGTTCCAGCAAAACCAGTACAAGAGCAACTGTCT
GTTGGATCATTCTTCTTCTTATTACCCAGTGAAAAAGATAAAACAAGAACATGTTATTAA
CCATCACTGAAACAATTCATTCATTCATCACCATCATCATCAAATGCATTTGTGAGAAAC
TGAGAAGACATCACCAGACATCAGGACGGAGTTCCCCAGTCGCCGGTGGCATCCAACGAC
CAGAATTATAAACGTTCTCGCCAACTTTCCATCCCGGAACATCCTTCATTACATCTGCCT
CGTAGTCCAGATACTTTTTCCACTCAAACACAAACCTTTCATCTTCTTCAGCTTGAAGAA
TGGGAAGTATAGCTCTACGAGCAGCATATTTCTCTTCCTTCAACGCCCTGCGGATCTTGT
TACCCTGGCCGACCTGGTACATCCCCCAAGCAAATGCACCAGAAACAGTAAGGAAAATAG
CCATAGCGCTAGGACCCGTATTGGATATCCGGCGAGCATATCGAACCGGCGCGAATCCAC
CCGGTGGCGGACCATCTTGAAGCAGAGGCATGTCCTTCACGCTCGCCATCCCTGCCTTCT
TCCTTATCATCGCCTCCGTCATCTTTGCTCGGTCGAATTTGACTCTCTGAGATTCCGATT
CCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1DD62JQ U 4
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BS 1 3 RR1DD62TF
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GAAGTATAGCTCTACGAGCAGCATATTTCTCTTCCTTCAACGCCCTGCGGATCTTGTTAC
CCTGGCCGACCTGGTACATCCCCCAAGCAAATGCACCAGAAACAGTAAGGAAAATAGCCA
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GTGGCGGACCATCTTGAAGCAGAGGCATGTCCTTCACGCTCGCCATCCCTGCCTTCTTCC
TTATCATCGCCTCCGTCA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1DD62TF 663 0 0
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GTTGGATCATTCTTCTTCTTATTACCCAGTGAAAAAGATAAAACAAGAACATGTTATTAA
CCATCACTGAAACAATTCATTCATTCATCACCATCATCATCAAATGCATTTGTGAGAAAC
TGAGAAGACATCACCAGACATCAGGACGGAGTTCCCCAGTCGCCGGTGGCATCCAACGAC
CAGAATTATAAACGTTCTCGCCAACTTTCCATCCCGGAACATCCTTCATTACATCTGCCT
CGTAGTCCAGATACTTTTTCCACTCAGACACAAACCTTTCATCTTCTTCAGCTTGAAGAA
TGGGAAGTATAGCTCTACGAGCAGCATATTTCTCTTCCTTCAACGCCCTGCGGATCTTGT
TACCCTGGCCGACCTGGTACATCCCCCAAGCAAATGCACCAGAAACAGTAAGGAAAATAG
CCATAGCGCTAGGACCCGTATTGGATATCCGGCGAGCATATCGAACCGGCGCGAATCCAC
CCGGTGGCGGACCATCTTGAAGCAGAGGCATGTCCTTCACGCTCGCCATCCCTGCCTTCT
TCCTTATCATCGCCTCCGTCATCTTTGCTCGGTCGAATTTGACTCTCTGAGATTCCGATT
CCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 3

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CTC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EF84TF U 1
AF RR1G259JQ C 1
AF RR1G259TF U 1
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RD RR1EF84TF 653 0 0
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QA 1 653 1 653
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CTC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1G259TF 663 0 0
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GGAAAGCCCGTGCTCACGGCGGTGTGACCCGTGGTCTCCATGAAAGCGCCAAGCTTATCG
AGAAGCGTGTTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTGATTACGTCA
AGCTTGTCAAAGCTCTATGCGCTGATCACAACATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGTGCTA
AAACCCTCGGTGAATGGGCTGGTCTTTGCAAGATCGATTCAGAGGGCAATGCAAGGAAGG
TTGTTGGATGCTCGTGCCTTGTAGTCAAGGATTACGGTGAGGAGACAACTGCACTCAACA
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CTC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 3

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 
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20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GM10TF U 71
AF RR1EU76TF U 1
AF RR1G540TF U 68
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BS 651 651 RR1G540TF
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RD RR1GM10TF 531 0 0
G
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DS 

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CATGGGACAAACTCGCTTGCACTCGCCCTCTATCGAACCTCGGATGTTTGAGAAACAACA
GTTCTCTTCCAACTTCTAAAAAGAGTTTTTCCTTTTCAACAAAGGCAATGTCTGAATCCA
GCCAGAACAACGCTTCTTCTGGACTTCCTATTGATTTGAGAGGGAAAAGGGCTTTCATTG
CTGGTATTGCTGATGATAATGGATATGGTTGGGCCATAGCCAAATCTCTTGCTGCTGCTG
GTGCTGAAATATTGGTTGGGACATGGGTTCCTGCACTTAACATTTTTGAGACGAGCCTGA
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AAACTCTTCTGGAG

QA 1 794 1 794
DS 

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GGCT
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GCGGCGACGGCAGCTTCAAGCTTGCAATTTGCTACAATAAGGCCAAGCATCTCTAGCAAA
GTCTTTAAAGCAGGGACCTGCATTGTCGGTGCCAATCCCAGGAACGCATCATGGGACAAA
CTCGCTTGCACTCGCCCTCTATCGAACCTCGGATGTTTGAGAAACAACAGTTCTCTTCCA
ACTTCTAAAAAGAGTTTTTCCTTTTCAACAAAGGCAATGTCTGAATCCAGCCAGAACAAC
GCTTCTTCTGGACTTCCTATTGATTTGAGAGGGAAAAGGGCTTTCATTGCTGGTATTGCT
GATGATAATGGATAGGGTTGGGCCATAGCCAAATCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAAATA
TTGGTTGGGACATGGGTTCCTGCACTTAACATTTTTGAGACGAGCCTAAGACGTGGAAAA
TTTGACCAGTCACGCGTGCTGCCTGACGGGTCATTGATGGAGATTAAAAAGGTCTATCCT
TTGGATGCTGTGTTTGACAATCCTGAAGATGTGCCTGAGGATGTGAAAGCGAATAAGCGA
TATGCTGGATCATCAA*CTGGACAGTACAGGAAGCTGCTGAATGTGTGAGAAAAGATTTC
GGACCATTGACATTCTTGTCCACTCACTTGCAAATGGACCAGAGTTAGCAACCTCTTCTG
GAGACATCAAGAAAAGCTACTCGCTGCTATCTCTGCTCGAGTACTCTTTGTTCCTCCTCA
GCATTCCTGCCATATGAACCAGG

QA 5 807 5 807
DS 



AS 1 3

CO CL3528Contig1 1075 3 12 U
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CACAAAGGGGGTTACAATACGACGAAGCTGGGGATACCAAGAGAAAGCAACAAGATGGAA
GGATACAAGAGAATGAGAGACCAACATAAAACACATGGGATGATGTGATGATCATCTCAG
TGGAACTTAAGGCTGGTCAAGACATTGTTGTTGACTGGATCCCCCAAATGATCAAGAAGG
TTCTGGTAAGGCCCCACACCGGTCACTAGTCCCTGCACAAAATAGCCTAGAATTGCGAGC
ATAGCCAGTCTACCATTCTTGACCTCCTTGAGTTTCAGCTCCTTCATTGACTTCTCGTCT
TTTCCAAACCCAAGAGGGTTAAAGAAAGGTCCACCGGGGTAAGACGGGTATCTGAACCAG
CAAAACCTTTCTCTAAGCCTAAGAAGTACTGTTTTCCCATTGATCCTGGGTTGTACCAGT
CCTGCAACCTCCGGTGCTCAGCAAATCCCATCAAAGCCATCTCGAGAACAAAGAGTGTGT
AAGGGTCTGCCCAGTAGCTGTATGTCCCTGCAGGTGGAATCACACCGGTTTGGAACCAGG
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CAGCTGCACCCAACATAGCGAACCTTCCGTTGATGATCTCTCCGTAGGCTAACCATCTTG
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GTGAAGAAGACACAAGTGCTTGTGCTGCCATTTTTTATCTGTTTCTTGAACTTTTCTTTG
TGTCACCAAGAGATGATGTGGTTCAGTTATAGTCTGGAAGGCAGTGTTGGGGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EY11JQ U 1
AF RR1C493JQ U 1
AF RR1C493TF C 266
BS 1 7 RR1C493JQ
BS 8 8 RR1EY11JQ
BS 9 69 RR1C493JQ
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BS 292 823 RR1C493JQ
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RD RR1EY11JQ 238 0 0
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TGGAACTTAAGGCTGGTCAAGACATTGTTGTTGACTGGATCCCCCAAATGATCAA
AAA

QA 1 235 1 235
DS 

RD RR1C493JQ 823 0 0
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GGATACAAGAGAATGAGAGACCAACATAAAACACATGGGATGATGTGATGATCATCTCAG
TGGAACTTAAGGCTGGTCAAGACATTGTTGTTGACTGGATCCGCCAAATGATCAAGAAGG
TTCTGGTAAGGCCCCACACCGGTCACTAGTCCCTGCACAAAATAGCCTAGGATTGCGAGC
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TTTCCAAACCCAAGAGGGTTAAAGAAAGGTCCACCGGGGTAAGACGGGTATCTGAACCAG
CAAAACCTTTCTCTAAGCCTAAGAAGTACTGTTTTCCCATTGATCCTGGGTTGTACCAGT
CCTGCAACCTCCGGTGCTCAGCAAATCCCATCAAAGCCATCTCGAGAACAAAGAGTGTGT
AAGGGTCTGCCCAGTAGCTGTATGTCCCTGCAGGTGGAATCACACCGGTTTGGAACCAGG
GAAGAGCAGTGTCTGCTGGAATCAAACCAGCTTTGCCAAGAATCTCAGGGGCAATAGCTC
CAGCTGCACCCAACATAGCGAACCTTCCGTTGATGATCTCTCCGTAGGCTAACCATCTTG
GCTCGATGAAACCTCCAGTACCTTCTGGGTCTGAAAGACCAAGAGGGTCGAATCCATAGT
CGCCAGGTAAGCTGCCATCCAAGTAAGACAGAGATTGTGAAGA

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR1C493TF 810 0 0
ACTAGT
CCTGCACAAAATAGCCTAGA**TGCGAGCATAGCCAGTCTACCATTCTTGACT**CTTGA
GTT*CAGCTC*TTCATTGACTTCTCGTCTTT*CCAAACCCAAGAGGGTTAAAGAAAG*TC
CACCGGGGTAAGACGGGTATCTGAACCAGCAAAACCTTTCTCTAAGC*TAAGAAGTACTG
TTTTCCCATTGATCCTGGGTTGTACCAGTCCTGCAACCTCCGGTGCTCAGCAAATCCCAT
CAAAGCCATCTCGAGAACAAAGAGTGTGTAAGGGTCTGCCCAGTAGCTGTATGTCCCTGC
AGGTGGAATCACACCGGTTTGGAACCAGGGAAGAGCAGTGTCTGCTGGAATCAAACCAGC
TTTGCCAAGAATCTCAGGGGCAATAGCTCCAGCTGCACCCAACATAGCGAACCTTCCGTT
GATGATCTCTCCGTAGGCTAACCATCTTGGCTCGATGAAACCTCCAGTACCTTCTGGGTC
TGAAAGACCAAGAGGGTCGAATCCATAGTCGCCAGGTAAGCTGCCATCCAAGTAAGACAG
AGATTGTGAAGATGCAAACCACAATGGTCTGTTTGCTCCTTGCTTTACAGGTGGAGTTGA
AGCAGCCTTAACAACAAAGCAAGTCTTCCTCACGGACACAACTGGTTTTGTGCCGAATGT
CTGTCTAGCGGTCTGAACAGAGGAGGTAAGTGAAGAAGACACAAGTGCTTGTGCTGCCAT
TTTTTATCTGTTTCTTGAACTTTTCTTTGTGTCACCAAGAGATGATGTGGTTCAGTTATA
GTCTGGAAGGCAGTGTTGGGGTCC

QA 7 810 7 810
DS 



AS 1 2

CO CL3529Contig1 948 2 16 U
CATGCAAAAAAAGCGTTTAGCTTAGCTTGTCTTATGCTTTTAAGATTACAAAAGAATAGA
AGGAGAGGAGGAACATAACCAGCAACAAGATTTTTTTAAACCAATGGCTACATATCTCTC
TCTAGATCTTCTCGACTCTGAACGAATCCATAACTCTTCTTAGGTCTTTTTCCTCTTCCT
GGAAAACTTTCTCAGGTGTTTGGAGTCTCAATGAGTAGAGTCTATTGTTCTCAACTCCTA
GAACCGCGAGGTAACGCCTGTCCCATTCCAAACGAGCCACTCTATCTTGCGGCATCACAG
CCAGCTCGTTGTTGTTTGCGTATGACTTTATGTTCACCTCAACTTGGTAGTAGAGTTTAC
CGTCATCCGCAACTCTGGAGGAAGTTGTTAGGATGTTTGACTCGCGCTTGACACCGAGTC
TAGTGGACATAAACTCAGTCAAGTACTGTCTAAGTACTTTCTTTCCTGCTTCTTCAGGTG
AGCCCAAGTCCTCAAGAGACTTGTATTTCGAGGAAGAAGGCGAAGAAAACTCGACAGAGA
GGTTCTCGTCGAGGACAATAGGATCTCTAAAGAATATGTCAGCCCCCGCTCCTCGGACTT
GGATCCAGTTTTGAGGGTACTTGAAAGAGTATCCATCAAATGTATCAATGTACTCTCTGA
ACACAGGCGTCAAAGCAAATGCTGATGTTGGAAGATTGGCTTCTGAAACCATTAAACCAG
ACATGAGCAAGCCACTCATCAACATGTTTCTCCTCCCAACTGCACATGCCTGTTTGGCAT
TGGTTGACAAGTTTTGGAGAACTGGAGATTCTGGTTTAGTGAACTTGGTGGACTGGGAAA
TGATGGGTCTGAAGAAAGAAGAGGGATTTGAAGTGGGTTTGGTGAGAGGAGGTGAGAGAG
AGCGAGGAGAGAGAAGAGTCTCCATGTTAGGAACCCAAAGAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN75JQ U 1
AF RR1CB67TF C 279
BS 1 364 RR1CN75JQ
BS 365 365 RR1CB67TF
BS 366 421 RR1CN75JQ
BS 422 422 RR1CB67TF
BS 423 523 RR1CN75JQ
BS 524 524 RR1CB67TF
BS 525 583 RR1CN75JQ
BS 584 584 RR1CB67TF
BS 585 586 RR1CN75JQ
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BS 588 758 RR1CN75JQ
BS 759 759 RR1CB67TF
BS 760 764 RR1CN75JQ
BS 765 765 RR1CB67TF
BS 766 786 RR1CN75JQ
BS 787 948 RR1CB67TF

RD RR1CN75JQ 787 0 0
CATGCAAAAAAAGCGTTTAGCTTAGCTTGTCTTATGCTTTTAAGATTACAAAAGAATAGA
AGGAGAGGAGGAACATAACCAGCAACAAGATTTTTTTAAACCAATGGCTACATATCTCTC
TCTAGATCTTCTCGACTCTGAACGAATCCATAACTCTTCTTAGGTCTTTTTCCTCTTCCT
GGAAAACTTTCTCAGGTGTTTGGAGTCTCAATGAGTAGAGTCTATTGTTCTCAACTCCTA
GAACCGCGAGGTAACGCCTGTCCCATTCCAAACGAGCCACTCTATCTTGCGGCATCACAG
CCAGCTCGTTGTTGTTTGCGTATGACTTTATGTTCACCTCAACTTGGTAGTAGAGTTTAC
CGTCTTCCGCAACTCTGGAGGAAGTTGTTAGGATGTTTGACTCGCGCTTGACACCGAGTC
TGGTGGACATAAACTCAGTCAAGTACTGTCTAAGTACTTTCTTTCCTGCTTCTTCAGGTG
AGCCCAAGTCCTCAAGAGACTTGTATTTCGAGGAAGAAGGCGAGGAAAACTCGACAGAGA
GGTTCTCGTCGAGGACAATAGGATCTCTAAAGAATATGTCAGCGCCGGCTCCTCGGACTT
GGATCCAGTTTTGAGGGTACTTGAAAGAGTATCCATCAAATGTATCAATGTACTCTCTGA
ACACAGGCGTCAAAGCAAATGCTGATGTTGGAAGATTGGCTTCTGAAACCATTAAACCAG
ACATGAGCAAGCCACTCATCAACATGTTTCTCCTCCCA*CTGCATATGCCTGTTTGGCAT
TGGTTG
C

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1CB67TF 670 0 0
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TCAACTTGGTAGTAGAGTTTACCGTCATCCGCAACTCTGGAGGAAGTTGTTAGGATGTTT
GACTCGCGCTTGACACCGAGTCTAGTGGACATAAACTCAGTCAAGTACTGTCTAAGTACT
TTCTTTCCTGCTTCTTCAGGTGAGCCCAAGTCCTCGAGAGACTTGTATTTCGAGGAAGAA
GGCGAAGAAAACTCGACAGAGAGGTTCTCGTCGAGGACAATAGGGTCTCTAAAGAATATG
TCAGCCCCCGCTCCTCGGACTTGGATCCAGTTTTGAGGGTACTTGAAAGAGTATCCATCA
AATGTATCAATGTACTCTCTGAACACAGGCGTCAAAGCAATTGCTGTTGTTGGAAGATTG
GCTTCTGAAACCATTAAACCGGACATGAGCAAGCCACTCATCAATATGTTTCTCCTCCCA
ACTGCACATGCCTGTTTGGCATTGGTTGACAAGTTTTGGAGAACTGGAGATTCTGGTTTA
GTGAACTTGGTGGACTGGGAAATGATGGGTCTGAAGAAAGAAGAGGGATTTGAAGTGGGT
TTGGTGAGAGGAGGTGAGAGAGAGCGAGGAGAGAGAAGAGTCTCCATGTTAGGAACCCAA
AGAAAAAAAA

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 3

CO CL3530Contig1 1180 3 6 U
GGGGCAACATCAGTTACCGCGTTCCCACTTCTTATCAATCAATAGTTTTCTAAAATTCTC
TCTTAATGAATTCGTTTCGCATCCCTCTCTCTCACCCTTTATATACTGTTTTTTCTTCAC
TTGCTACACACCATAACCTGAGAACCTGCTCAAATCAAGCTCAAGCATGGTCATGAAACC
AAACGGCAAGTCCCCTGTCTCCTCTTCCAATGATCAGGAAGTTATGTTCTTCAAAGATAT
CTTACCAGGAACCCACGAAACCCATTGTTTTATGATTGGATGTAGTTTTTAGTCTTTCTT
CCTACTTACATACATAAATCCCGATTCTAAATTTGTTAGAGTTTTGAGTTTGTCTTATTA
CTGTTGACGAGCATTTTTTTGCGTTGAAAGTTGTAGGCATGACCTTTTAGTAATACATTA
TCTTTCTTAGTTGCAAGTTGTGAGCTTTTTGGAGGAAGAGTGCCTGAGTTTAAGTAAAAC
AAATTAAAAAAATTCTAATATTTCATATCATATATGAGTTATATTGTTGTATGACTTTAG
CTTCTTCTTTTTCAGTACATTTATCTCGGATGAATGCAACCGTTTCATCTTTCAAAAAGT
GTATGTTTTATCATACTTCTGAAGATGCAAGGTTATTGTATGTCTCTGCTACTGTTTGTG
ACGTTAACCTTGGAGAATTTTGTTCTTTATCTATTTGAACTTCATATAGCTCCAACTGGA
ATCTTTAG*TTGTCCTTTTGATTTCTTCCTTGCAAATCATTTAACTACGCTAAACAGAGT
GCTCTTCAAGCAGCCTGTCACAGCTGTCGAGATCTTCCAGATGAGGGGAATAATAGTACC
TGTCACAGTGACGAACCAAAGAAAGCAAAGTGTCCTAAACATGGAAATGAGAGCTTTCAC
TACTCATCTCAGAGATTTCACCCCTTCGTTTGCAGTTTCAGTTTTCCTTTTTCAGTTTGA
GCATTGGCTAAGGCTTTCGTTTTAGTTAACATCTTTCAGTGTTTGATTTAACTTTTTCCC
CTGCAATCCGTTTACATATTTGATAATTTTTTATTACGTGATGATTATAAGCTTTTAAAA
TAATCACTTGGTATTTTCAATTATAATTGTGGTTTCTCTGCTGAGTGTTTGCTATTTATG
CATCACTCTTTCTCTGTTAATTTGAAAACTGATATTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO69TF U 1
AF RR1CB76TF U 42
AF RR1BO69JQ C 408
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CTTACCAGGAACCCACGAAACCCATTGTTTTATGATTGGATGTAGTTTTTAGTCTTTCTT
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TCTTTCTTAGTTGCAAGTTGTGAGCTTTTTGGAGGAAGAGTGCCTGAGTTTAAGTAAAAC
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CTTCTTCTTTTTCAGTACATTTATCTCGGATGAATGCAACCGTTTCATCTTTCAAAAAGT
GTATGTTTTATCATACTTCTGAAGATGCAAAGTTATTGTATGTCTCTGCTACTGTTTGTG
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GCTCTTCA
GC

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GG
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ATGTTCTTCAAAGATATCTTACCAGGAACCCACGAAACCCATTGTTTTATGATTGGATGT
AGTTTTTAGTCTTTCTTCCTACTTACATACATAAATCTCGATTCTAAATTTGTTAGAGTT
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CTTTTGGTAATACATTATCTTTCTTAGTTGCAAGTTGTGAGCTTTTTGGAGGAAGAGTGC
CTGAGTTTAAGTAAAACAAATTAAAAAAATTCTAATATTTCATATCATATATGAGTTATA
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CTCTGCTACTGTTTGTGACGTTAACCTTGGAGAATTTTGTTCTTTATCTATTTGAACTTC
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*CTACGCTAA*CAGAGTGCTCTTCA
GCA

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TA
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CTCCAACTGGAATCTTTAGGTTGTCCTTTTGATTTCTTCCTTGCAAATCATTTAACTACG
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AACTTTTTCCCCTGCAATCCGTTTACATATTTGATAATTTTTTATTACGTGATGATTATA
AGCTTTTAAAATAATCACTTGGTATTTTCAATTATAATTGTGGTTTCTCTGCTGAGTGTT
TGCTATTTATGCATCACTCTTTCTCTGTTAATTTGAAAACTGATATTATCC

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DS 



AS 1 3

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ATCGGCTACATACGGTTCCCAGCTCTTCCCTGACCA


BQ
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AF RR1DE06JQ U 1
AF RR1DE06TF C 1
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CACAGGAATCTGCTTTGAAAGATATAATGTAGTGTAGCCTAGCTTTTCATATTCAACCTT
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ATCGGCTACATACGGTTCCC

QA 1 500 1 500
DS 

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ATGTAAAACTGAACCTGCACATCATCGGCTACATACGGTTCCCAGCTCTTCCCTGACCA

QA 1 299 1 299
DS 



AS 1 2

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GGAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1EC12TF U 1
AF RR1FF83TF U 1
BS 1 185 RR1EC12TF
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BS 187 713 RR1EC12TF
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RD RR1EC12TF 713 0 0
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TCAAGCCGTTGCCACCCCGATTCTGTATGATTTCTACAACTACGATGTTGACAAAAAGGA
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TTTTTATTTTTTATTTTGGAAACCATGAGGAGAGGCAAAATCTTTGCTTATTTCCTTGAT
CTTATTGACAGTTTTTGTAGACACTTTTTGGTTCTCTAGAGAAAATACTATTT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1FF83TF 724 0 0
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AGAGAGAGAG****CTTCAATGGAGTTAGCTTCCTTTGTCGGTAGAGCTCTGTT***TTC
CGTATTCCTTCTCTCCGCATGGCAAGAGTTCAATGGGTTTGGGGATGATGGGGGTCGAGC
AGCTAAATCCTTAAGACCAAAGTACAATGCTTTTGTTAGCCACGTGACAACTCATACCGG
CCAGCAATTGCCACCGGTTGATATGAAGATTCTTGTTGCTGCTGCTGTAGCCTTGAAGGG
CATTGGTGGACTTTTGTTCGTCTTTGGCAGCTCTCTGGGAGCTTATCTCTTGCTTCTGCA
TCAAGCCGTTGCCACCCCGATTCTGTATGATTTCTACAACTACGATGTTGACAAAAAGGA
ATTCAGCCAACTGTTTTCCAAGTTTACTCAGAGCTTGGCACTCCTTGGGGCACTACTCTT
CTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGAGACATGGTAGGCAACTCCGGAAGAAGGCTCCAAA
AGCTAAAGCAAACTGATAAAAAATGATGTTTTCATCGGGTTGTTCAAGCTTTTGTCTGTA
TTTTTATTTTTTATTTTGGAAACCATGAGGAGAGGCAAAATCTTTGCTTATTTCCTTGAT
CTTATTGACAGTTTTTGTAGACACTTTTTGGTTCTCTAGAGAAAATACTATTTCAATTTC
GGAT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 3

CO CL3533Contig1 667 3 1 U
GTGGAGCCAGGAAGTTTGCGTTAATAGGAGTTGGAGCCATTGGTTGCAGCCCAAACGAGC
TAGCTCAGAACAGCAGAGATGGAACAACATGTGACGAGAGGATCAACTCCGCGAACAGAC
TCTTTAACAGCAAGCTCATAACTATAGTCGACCACTTTAACCAGAACACACCAGACACCA
AGTTCACTTACATTAACGCATACGGCATCTTCCAAGACATTGTTACAAACCCTGCTCGCT
ACGGGTTTAGAGTGACAAATGCAGGATGTTGTGGAGTTGGGAGGAACAATGGACAGATAA
CTTGTCTACCTGGACAAGCTCCATGTTTGAATAGGAATGAGTATGTGTTTTGGGACGCGT
TTCATCCCGGTGAAGCTGCCAATATTGTTATTGGAAGAAGATCTTTTAGGCGAGAAGCTG
CTTCTGATGCTCATCCTTATGATATTCAGCAGCTAGCAACTCTCTAAGTAGAGAGTGGGA
GAGAGAGAGAGAAACCTGTTGTTTTGCTTGTATAAGTGTTTTGATAGTTCTTCAATGTTA
ACTCAGTTTGGACTCATGATGTCTAATTTCGTTTGTGTTGTGTTTGATTTGACAAGTGTT
TGAGTAATGATTTTGAGTTACTGTTTTTACCTCTTTAAAAACTTTTATAGAAAATTTTAT
TTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H404TF U 188
AF RR1EZ69TF U 1
AF RR1EZ69JQ C 152
BS 1 667 RR1EZ69TF

RD RR1H404TF 441 0 0
G
TACATTAACGCATACGGCATCTTCCAAGACATTGTTACAAACCCTGCTCGCTACGGGTTT
AGAGTGACAAATGCAGGATGTTGTGGAGTTGGGAGGAACAATGGACAGATAACTTGTCTA
CCTGGACAAGCTCCATGTTTGAATAGGAATGAGTATGTGTTTTGGGACGCGTTTCATCCC
GGTGAAGCTGCCAATATTGTTATTGGAAGAAGATCTTTTAGGCGAGAAGCTGCTTCTGAT
GCTCATCCTTATGATATTCAGCAGCTATCAACTCTCTAAGTAGAGAGTGGGAGAGAGAGA
GAGAAACCTGTTGTTTTGCTTGTATAAGTGTTTTGATAGTTCTTCAATGTTAACTCAGTT
TGGACTCATGATGTCTAATTTCGTTTGTGTTGTGTTTGATTTGACAAGTGTTTGAGTAAT
GATTTTGAGTTACTGTTTTT

QA 2 441 2 441
DS 

RD RR1EZ69TF 667 0 0
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TAGCTCAGAACAGCAGAGATGGAACAACATGTGACGAGAGGATCAACTCCGCGAACAGAC
TCTTTAACAGCAAGCTCATAACTATAGTCGACCACTTTAACCAGAACACACCAGACACCA
AGTTCACTTACATTAACGCATACGGCATCTTCCAAGACATTGTTACAAACCCTGCTCGCT
ACGGGTTTAGAGTGACAAATGCAGGATGTTGTGGAGTTGGGAGGAACAATGGACAGATAA
CTTGTCTACCTGGACAAGCTCCATGTTTGAATAGGAATGAGTATGTGTTTTGGGACGCGT
TTCATCCCGGTGAAGCTGCCAATATTGTTATTGGAAGAAGATCTTTTAGGCGAGAAGCTG
CTTCTGATGCTCATCCTTATGATATTCAGCAGCTAGCAACTCTCTAAGTAGAGAGTGGGA
GAGAGAGAGAGAAACCTGTTGTTTTGCTTGTATAAGTGTTTTGATAGTTCTTCAATGTTA
ACTCAGTTTGGACTCATGATGTCTAATTTCGTTTGTGTTGTGTTTGATTTGACAAGTGTT
TGAGTAATGATTTTGAGTTACTGTTTTTACCTCTTTAAAAACTTTTATAGAAAATTTTAT
TTTTTTC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1EZ69JQ 516 0 0
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CCAAGACATTGTTACAAACCCTGCTCGCTACGGGTTTAGAGTGACAAATGCAGGATGTTG
TGGAGTTGGGAGGAACAATGGACAGATAACTTGTTTACCTGGACAAGCTCCATGTTTGAA
TAGGAATGAGTATGTGTTTTGGGACGCGTTTCATCCCGGTGAAGCTGCCAATATTGTTAT
TGGAAGAAGATTTTTTAGGCGAGAAGCTGCTTTTGATGCTCATCCTTATGATATTCAGCA
GCTAGCAACTTTTTAAGTAGAGAGTGGGAGAGAGAGAGAGAAACCTGTTGTTTTGCTTGT
ATAAGTGTTTTGATAGTTTTTCAATGTTAACTCAGTTTGGACTCATGATGTCTAATTTCG
TTTGTGTTGTGTTTGATTTGACAAGTGTTTGAGTAATGATTTTGAGTTACTGTTTTTACC
TTTTTAAAAACTTTTATAGAAAATTTTATTTTTTTC

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 3

CO CL3534Contig1 523 3 3 U
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CGTAAGAATATTACAAAGAACAATATGTCGTCATCACAGTTCGTTATCTTTTGTATTATC
TTGATTACTTTATTTCCTCGTCGTGAATTTGTTGATGGCCAAGTTCTTGGTGTGGGTAAA
GAAGCTTGTAAGCAAATCAAATGCGGCGAAGACAATAAACTTAATTGTAATTGTTGTGTC
TCCAATGATGGGAATCAGTACAGGTGTTACGCTAAGATGGAATTTTGTAAAGAAATGTGC
GGAAATATGTTATAAGCTATTCGGAGAACCTACATCAGAGATTATAAATACCTGGATGAA
TAATTTATTTAATATCTTATATCTACTTTCGTTTTCCATTAGTCCAACAAATTCAGTTTA
TGCCTATTGTATTTAGTGTTAGAGACTTTCATATTCTATGTAATGCACAATGGTTTAAGT
ATCTTAACTTCAAAGTTTGTTATGAGAAGTGATATTTTCTATT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A937TF U 1
AF RR1C596TF U 1
AF RR1B168TF U 2
BS 1 32 RR1A937TF
BS 33 33 RR1C596TF
BS 34 523 RR1A937TF

RD RR1A937TF 523 0 0
GGAACCATCGAACCAATAAATGTAAAATTCAAGAGAAAAAAAAAATAAACTTGTTTGTAA
CGTAAGAATATTACAAAGAACAATATGTCGTCATCACAGTTCGTTATCTTTTGTATTATC
TTGATTACTTTATTTCCTCGTCGTGAATTTGTTGATGGCCAAGTTCTTGGTGTGGGTAAA
GAAGCTTGTAAGCAAATCAAATGCGGCGAAGACAATAAACTTAATTGTAATTGTTGTGTC
TCCAATGATGGGAATCAGTACAGGTGTTACGCTAAGATGGAATTTTGTAAAGAAATGTGC
GGAAATATGTTATAAGCTATTCGGAGAACCTACATCAGAGATTATAAATACCTGGATGAA
TAATTTATTTAATATCTTATATCTACTTTCGTTTTCCATTAGTCCAACAAATTCAGTTTA
TGCCTATTGTATTTAGTGTTAGAGACTTTCATATTCTATGTAATGCACAATGGTTTAAGT
ATCTTAACTTCAAAGTTTGTTATGAGAAGTGATATTTTCTATT

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR1C596TF 505 0 0
GGA
ACCATCGAACCAATAAATGTAAAATTCAAAAGAAAAAAAAA*TAAACTTGTTTGTAACGT
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GCTTGTAAGCAAATCAAATGCGGCGAAGACAATAAACTTAATTGTAATTGTTGTGTCTCC
AATGATGGGAATCAGTACAGGTGTTACGCTAAGATGGAATTTTGTAAAGAAATGTGCGGA
AATATGTTATAAGCTATTCGGAGAACCTACATCAGAGATTATAAATACCTGGATGAATAA
TTTATTTAATATCTTATATCTACTTTCGTTTTCCATTAGTCCAACAAATTCAGTTTATGC
CTATTGTATTTAGTGTTAGAGACTTTCATATTCTATGTAATGCACAATGGTTTAAGTATC
TTAACTTCAAAGTTTGTTATGA

QA 4 505 4 505
DS 

RD RR1B168TF 504 0 0
GG
ACCATCGAACCAATAAATGTAAAATTCAAAAGAAAAAAAAAATAAACTTGTTTGTAACGT
AAGAATATTACAAAGAACAATATGTCGTCATCACAGTTCGTTATCTTTTGTATTATTTTG
ATTACTTTATTTCCTCGTCGTGAATTTGTTGATGGCCAAGTTCTTGGTGTGGGTAAAGAA
GCTTGTAAGCAAATCAAATGCGGCGAAGACAATAAACTTAATTGTAATTGTTGTGTCTCC
AATGATGGGAATCAGTACAGGTGTTACGCTAAGATGGAATTTTGTAAAGAAATGTGCGGA
AATATGTTATAAGCTATTCGGAGAACCTACATCAGAGATTATAAATACCTGGATGAATAA
TTTATTTAATATCTTATATCTACTTTCGTTTTCCATTAGTCCAACAAATTCAGTTTATGC
CTATTGTATTTAGTGTTAGAGACTTTCATATTCTATGTAATGCACAATGGTTTAAGTATC
TTAACTTCAAAGTTTGTTATGA

QA 3 504 3 504
DS 



AS 1 3

CO CL3535Contig1 908 3 19 U
GTAATGACAATACAGGGTATCTTATATATATATGGCTTCAAGTATTGAAAACAAAGTTGG
GGTTTCCATCTCATTGTATTCAGAGATAATGGTAACACAATGAATTGACATTAATAAGCA
AAAAAAATCAGCTGGTCAAAAACAAATGAATATGACAACCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTC
TTTGCTTGCTTCATTTCATTCTGCTGTTACCTTGATCTGTCCATAGAGATTAGGGTCTGC
TTCATAGTATACAACATCTCCTTCATCGCTCACAAAATGATCTTCTTTAATACTTTTTGC
TAAAATTCCCAGTAAATGTAATGGCAAAGGTCCAGACTTATCAGGCTCCCTGTAATACTT
CCCTAATACTGGTTTAGCTGCTTCTGTTGCTTCTACCAAATGATAATGTGGGATCTGAGG
GAAAAGATGATGTATCACATGAGTTCCAATGTCGTGATGGATGTTGTTGATCAGTCCGTA
GTCACGGTCCAATGTCGTAAGCCCTCCTCTCAAGTAACTCCATTCCTTCCCACGGTACCA
AGGGAGCTTATCTTCATGACCATGGTGATGAAGGTAAGTCACAAAGTCCAACCACATAAC
ATTTATCCAGTAAGGAACTACATAAAGTTTAAGCATTTGCATAGGACCCATCACGAAGTT
GAGACAGACAAGCAGAGCAGCCATTGCAGTCCAACAAGCGGTGGATGTAAGAACATCATT
TCTCTCTTTAGGGAGGAACAAGTCGCTGTCCGGATGGTAATGAGAACCCTTCTTCCCCGG
ACTTCGAGCCCACAAGTAGAAAGGGTAAGCGAGCATCACAAGAGGCAATGTAAATCTAAA
GAACCTAGTCGGTTTGTCCAAACTCTTGTAGATTTTCTCAGACATAGGATGCCAAGATTC
GTCGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EQ32JQ U 1
AF RR1BN46JQ U 9
AF RR1EQ32TF C 163
BS 1 126 RR1EQ32JQ
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BS 591 591 RR1EQ32TF
BS 592 774 RR1BN46JQ
BS 775 908 RR1EQ32TF

RD RR1EQ32JQ 224 0 0
GTAATGACAATACAGGGTATCTTATATATATATGGCTTCAAGTATTGAAAACAAAGTTGG
GGTTTCCATCTCATTGTATTCAGAGATAATGGTAACACAATGAATTGACATTAATAAGCA
AAAAAA*TCAGCTGGTCAAAAACAAATGAATCTGACAACCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTC
TTTGCTTGCTTCATTTCATTCTGCTGTTACCTTGATCTGTCCAT

QA 1 224 1 224
DS 

RD RR1BN46JQ 766 0 0
CAGGATATCTTATATG
TATATATATGGCTTCAAGTATTGAAAACAACGTTGGGGTTTCCATCTCATTGTATTCAGA
GATAATGGTAACACAATGAATTGACATTAATAAGCAAAAAAAATCAGCTGGTCAGAAACA
AATGAATATGACAACCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTTTGCTTGCTTCATTTCATTCTGC
TGTTACCTTGATCTGTCCATAGAGATTAGGGTCTGCTTCATAGTATACAACATCTCCTTC
ATCGCTCACAAAATGATCTTCTTTAATACTTTTTGCTAAAATTCCCAGTAAATGTAATGG
CAAAGGTCCAGACTTATCAGGCTCCCTGTAATACTTCCCTAATACTGGTTTAGCTGCTTC
TGTTGCTTCTACTAAATGGTAATGTGGGATCTGCGGGAAAAGATGATGTATCACATGTGT
TCCAATGTCGTGATGGATGTTGTTGATCAGTCCGTAGTCACGGTCCAATGTCGTAAGTCC
TCCTCTCAAGTAACTCCATTCCTTCCCACGGTACCAAGGGAGCTTATCTTCATGACCATG
GTGATGAAGGTAAGTCACAAAGTCCAGCCACATAACATTTATCCAGTAAGGAACTACATA
AAGTTTAAGCATTTGCATAGGACCCATCACGAAGTTGAGACAGACAAGCAGAGCAGCCAT
TGCAGTCCAACAAGCGGTGGATGTAAGAACATCATTTCTCTCTTTAGGGAGGAACAAGTC
GCTGTCCGGATGGTAATGAGAACCCTTCTT

QA 17 766 17 766
DS 

RD RR1EQ32TF 746 0 0
TCTCTCTCTCTCTTTCTCTTTGCTTGCTTCATTTCATTCTGCTGTTACCTTGATCTGTCC
ATAGAGATTAGGGTCTGCTTCATAGTATACAACATCTC*TTCATCGCTCACAAAATGATC
TTCTTTAATACTTTTTGCTAAGATTCCCAGTAAATGTAATGGCAAAGGTCCAGACTTATC
AGGCTCCCTGTAATACTTCCCTAATACTGGTTTAGCTGCTTCTGTTGCTTCTACCAGATG
ATAATGTGGGATCTGAGGGAAAAGATGATGTATCACATGAGTTCCAATGTCGTGATGGAT
GTTGTTGATCAGTCCGTAGTCACGGTCCAATGTCGTAAGCCCTCCTCTTAAGTAACTCCA
TTCCTTCCCACGGTACCAAGGGAGCTTATCTTCATGACCATGGTGATGAAGGTAAGTCAC
AAAGTCCAACCACATTACATTTATCCAGTAAGGAACTACATAAAGTTTAAGCATTTGCAT
AGGACCCATCACGAAGTTGAGACAGACAAGCAGAGCAGCCATTGCAGTCCAACAAGCGGT
GGATGTAAGAACATCATTTCTCTCTTTAGGGAGGAACAAGTCGCTGTCCGGATGGTAATG
AGAACCCTTCTTCCCCGGACTTCGAGCCCACAAGTAGAAAGGGTAAGCGAGCATCACAAG
AGGCAATGTAAATCTAAAGAACCTAGTCGGTTTGTCCAAACTCTTGTAGATTTTCTCAGA
CATAGGATGCCAAGATTCGTCGTTCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 3

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AATGGCTCTTAGGAGACTTTCTTCTTCAGTTGACAAACCTATTCGTCCTCTTATCAGATC
ATCTTCATGCTACATGTCTTCTTTGCCCAGTGAAGCTGTCGATGACAAGGAGAGATCTCG
TGTCACCTGGCCAAAACAGCTGAACGCATCTTTGGAGGAAGTTGATCCTGAGATTGCTGA
CATCATTGAGCATGAGAAAGCTAGACAGTGGAAAGGGCTTGAACTCATTCCTTCTGAAAA
TTTCACATCTGTCTCGGTGATGCAAGCTGTTGGCTCTGTGATGACTAATAAGTACAGTGA
AGGGTACCCTGGTGCTAGATACTATGGAGGAAATGAGTACATAGACATGGCGGAAACCTT
GTGCCAGAAGCGTGCTCTAGAAGCTTTCCGGTTAGACCCTGAGAAGTGGGGAGTGAATGT
CCAACCTTTGTCTGGATCACCTGCCAACTTCCATGTGTACACTGCATTGTTGAAGCCTCA
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TGACACCAAGAAGATATCTGCTGTGTCTATCTTCTTTGAAACAATGCCCTACCGCTTGGA
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY39TF U 19
AF RR1G269TF U 1
AF RR1H455TF U 1
BS 1 643 RR1G269TF
BS 644 644 RR1H455TF
BS 645 678 RR1G269TF
BS 679 716 RR1H455TF

RD RR1FY39TF 528 0 0
G
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TCTTCTTCAGTTGACAAACCTATTCGTCCTCTTATCAGATCATCCTCGTGCTACATGTCT
TCTTTGCCCAGTGAAGCTGTCGATGACAAGGAGAGATCTCGTGTCACTTGGCCAAAACAG
CTGAACGCATCTTTGGAGGAAGTTGATCCTGAGATTGCTGACATCATTGAGCATGAGAAA
GCTAGACAATGGAAGGGGCTTGAACTCATTCCATCTGAGAATTTCACATCTGTCTCGGTG
ATGCAAGCTGTTGGGTCTGTGATGACTAACAAGTACAGTGAAGGCTACCCTGGTGCTAGA
TACTACGGAGGAAATGAGTACATAGACATGGCGGAAACCTTGTGCCAGAAGCGTGCTCTA
GAAGCTTTCCGGTTAGACCCTGAGAAGTGGGGAGTGAATGTCCAACCTTTGTCTGGATCA
CCTGCCAACTTCCATGTGTACACTGCATTGTTGAGGCCTCATGAGAG

QA 2 528 2 528
DS 

RD RR1G269TF 678 0 0
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AATGGCTCTTAGGAGACTTTCTTCTTCAGTTGACAAACCTATTCGTCCTCTTATCAGATC
ATCTTCATGCTACATGTCTTCTTTGCCCAGTGAAGCTGTCGATGACAAGGAGAGATCTCG
TGTCACCTGGCCAAAACAGCTGAACGCATCTTTGGAGGAAGTTGATCCTGAGATTGCTGA
CATCATTGAGCATGAGAAAGCTAGACAGTGGAAAGGGCTTGAACTCATTCCTTCTGAAAA
TTTCACATCTGTCTCGGTGATGCAAGCTGTTGGCTCTGTGATGACTAATAAGTACAGTGA
AGGGTACCCTGGTGCTAGATACTATGGAGGAAATGAGTACATAGACATGGCGGAAACCTT
GTGCCAGAAGCGTGCTCTAGAAGCTTTCCGGTTAGACCCTGAGAAGTGGGGAGTGAATGT
CCAACCTTTGTCTGGATCACCTGCCAACTTCCATGTGTACACTGCATTGTTGAAGCCTCA
TGAGAGAATCATGGCACTTGATCTTCCTCACGGTGGTCATCTTTCTCATGGTTATCAGAC
TGACACCAAGAAGATATCTGCTGTGTCTATCTTCTTTGAAACA*TGCCCTACCGCTTGGA
CGAGAGCACTGGCTTCAT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1H455TF 716 0 0
GGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCAGAGCAAAAATGGCGATGGC
AATGGCTCTTAGGAGACTTTCTTCTTCAGTTGACAAACCTATTCGTCCTCTTATCAGATC
ATCTTCATGCTACATGTCTTCTTTGCCCAGTGAAGCTGTCGATGACAAGGAGAGATCTCG
TGTCACCTGGCCAAAACAGCTGAACGCATCTTTGGAGGAAGTTGATCCTGAGATTGCTGA
CATCATTGAGCATGAGAAAGCTAGACAGTGGAAAGGGCTTGAACTCATTCCTTCTGAAAA
TTTCACATCTGTCTCGGTGATGCAAGCTGTTGGCTCTGTGATGACTAATAAGTACAGTGA
AGGGTACCCTGGTGCTAGATACTATGGAGGAAATGAGTACATAGACATGGCGGAAACCTT
GTGCCAGAAGCGTGCTCTAGAAGCTTTCCGGTTAGACCCTGAGAAGTGGGGAGTGAATGT
CCAACCTTTGTCTGGATCACCTGCCAACTTCCATGTGTACACTGCATTGTTGAAGCCTCA
TGAGAGAATCATGGCACTTGATCTTCCTCACGGTGGTCATCTTTCTCATGGTTATCAGAC
TGACACCAAGAAGATATCTGCTGTGTCTATCTTCTTTGAAACAATGCCCTACCGCTTGGA
CGAGAGCACTGGCTTCATCGACTACGACCAGATGGAGAAAGTGCTACTCTTTCAGC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 3

CO CL3537Contig1 569 3 1 U
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GGAAGAATGGGTTTAACGAATTTCATACTGACGGTGGCGGGAGTAGGCGCCGTGGTGATG
CTACTGAAGAGCGACGTCAAACAATCTGTCACCGTCTTGAGGCGCAACGTCAAGCACATC
CGCCACTGGCTCGAAGAAGAAACCTCCGCCGCCTCCAAAGCAGCGCAGTCCATAAAACCA
AAGGAAATTGAAACCAAGGTTCCGGGGAAGGACATCCCCAAAGAGAAGAATTAGTCTCTG
TCCACAGATGTTTTTATTTTTGTAGGTTGCTGTTTGATTTATGACTTTGGTATCACCATT
TCTACTCAAACTAATTGGTCTGTGGATTTTAGTTTTCTGTCTCAATCTCTTCACCTCTTA
ACGTTTGAAGTAAAACACAATAATATAATCTCCCGTCTTTTTTTTCAATATAGTTTTACA
ATGACGTCGTTTTCCCAAGTGTTTGTTCTTCTACTCTTTTTGCAGCAGTAATTGTAAAAA
AAAA*TTCTCATAAAACATCTTTCTTTGT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1FU73JQ C 1
AF RR1FU73TF U 1
AF RR1CI41TF U 255
BS 1 569 RR1FU73TF

RD RR1FU73JQ 569 0 0
CCTAGCGTCCCAACCCATAAAAAGAATCAGCTGCAGTCTTCGAATCGGATCCTTTAAATC
GGAAGAATGGGTTTAACGAATTTCATACTGACGGTGGCGGGAGTAGGCGCCGTGGTGATG
CTACTGAAGAGCGACGTCAAACAATCTGTCACCGTCTTGAGGCGCAACGTCAAGCACATC
CGCCACTGGCTCGAAGAAGAAACCTCCGCCGCCTCCAAAGCAGCGCAGTCCATAAAACCA
AAGGAAATTGAAACCAAGGTTCCGGGGAAGGACATCCCCAAAGAGAAGAATTAGTCTCTG
TCCACAGATGTTTTTATTTTTGTAGGTTGCTGTTTGATTTATGACTTTGGTATCACCATT
TCTACTCAAACTAATTGGTCTGTGGATTTTAGTTTTCTGTCTCAATCTCTTCACCTCTTA
ACGTTTGAAGTAAAACACAATAATATAATCTCCCGTCTTTTTTTTCAATATAGTTTTACA
ATGACGTCGTTTTCCCAAGTGTTTGTTCTTCTACTCTTTTTGCAGCAGTAATTGTAAAAA
AAAA*TTCTCATAAAACATCTTTCTTTGT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1FU73TF 569 0 0
CCTAGCGTCCCAACCCATAAAAAGAATCAGCTGCAGTCTTCGAATCGGATCCTTTAAATC
GGAAGAATGGGTTTAACGAATTTCATACTGACGGTGGCGGGAGTAGGCGCCGTGGTGATG
CTACTGAAGAGCGACGTCAAACAATCTGTCACCGTCTTGAGGCGCAACGTCAAGCACATC
CGCCACTGGCTCGAAGAAGAAACCTCCGCCGCCTCCAAAGCAGCGCAGTCCATAAAACCA
AAGGAAATTGAAACCAAGGTTCCGGGGAAGGACATCCCCAAAGAGAAGAATTAGTCTCTG
TCCACAGATGTTTTTATTTTTGTAGGTTGCTGTTTGATTTATGACTTTGGTATCACCATT
TCTACTCAAACTAATTGGTCTGTGGATTTTAGTTTTCTGTCTCAATCTCTTCACCTCTTA
ACGTTTGAAGTAAAACACAATAATATAATCTCCCGTCTTTTTTTTCAATATAGTTTTACA
ATGACGTCGTTTTCCCAAGTGTTTGTTCTTCTACTCTTTTTGCAGCAGTAATTGTAAAAA
AAAA*TTCTCATAAAACATCTTTCTTTGT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1CI41TF 315 0 0
G
AAGGTTCCGGGGAAGGACATCCCCAAAGAGAAGAATTAGTCTCTGTCCACAGATGTTTTT
ATTTTTGTAGGTTGCTGTTTGATTTATGACTTTGGTATCACCATTTCTACTCAAACTAAT
TGGTCTGTGGATTTTAGTTTTCTGTCTCAATCTCTTCACCTCTTAACGTTTGAAGTAAAA
CACAATAATATAATCTCCCGTCTTTTTTTTCAATATAGTTTTACAATGACGTCGTTTTCC
CAAGTGTTTGTTCTTCTACTCTTTTTGCAGCAGTAATTGTAAAAAAAAAATTCTCATAAA
ACATCTTTCTTTGT

QA 2 315 2 315
DS 



AS 1 2

CO CL3538Contig1 465 2 5 U
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TCTTGTCGATTAATTTCACTCAGTATCATGTTGACTGAAACTCCGTTTAGGCCACGAGAG
AAGCTTCTGGAGAAGCAGAGGTTGTTCCAGAGTATCCAGAGGCACACTTACCTCAAAGGA
CCAATGGACAAGGTCACCTCCGTTGCCATTCCTCTTGCCTTGGCTGCATCTGCTCTCTAC
ATGATTGGAACAGGAATCTACAACATGTCGAATGGAATCGGGAAGAAGGAATAAGCAAAA
CAACAGCTTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTCCTTTTTATGTACGCTTTTGGGGGGTTTATTT
CTATGTGTATCCAGTGGCTAGCATGATAGGTTGCAGACTAAAGGTTGCACTGGTCTTTTT
CTTGCATTTTTGCCAAATAATTGCAGCAGACAATGTCGAAAGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY29TF U 23
AF RR1B962TF U 1
BS 1 116 RR1B962TF
BS 117 117 RR1DY29TF
BS 118 178 RR1B962TF
BS 179 179 RR1DY29TF
BS 180 465 RR1B962TF

RD RR1DY29TF 279 0 0
GG
CCCTCCATCTGCGC**CTCTCTCTCTAGCTCCCTTATCTTGTCGATTAATTTCACTCAGT
ATCATGTTGACTGAAACTCCGTTTAGGCCACGAGAGAAGCTTCTGGAGAAGCAGAGGTTG
TTCCAGAGTATCCAGAGGCACACTTACCTCAAAGGACCAATGGACAAGGTCACCTCCGTT
GCCATTCCTCTTGCCTTGGCTGCATCTGCTCTCTACATGATTGGAACAGGAATCTACAAC
ATGTCGAATGGAATCGGGAAGAAGGAATAAGCAAAAC

QA 3 279 3 279
DS 

RD RR1B962TF 465 0 0
GGGTTCCATTCTTCTTCTTCATTCCCCTCCATCTGCGCATCTCTCTCTCTAGCTCCCTTA
TCTTGTCGATTAATTTCACTCAGTATCATGTTGACTGAAACTCCGTTTAGGCCACGTGAG
AAGCTTCTGGAGAAGCAGAGGTTGTTCCAGAGTATCCAGAGGCACACTTACCTCAAAGTA
CCAATGGACAAGGTCACCTCCGTTGCCATTCCTCTTGCCTTGGCTGCATCTGCTCTCTAC
ATGATTGGAACAGGAATCTACAACATGTCGAATGGAATCGGGAAGAAGGAATAAGCAAAA
CAACAGCTTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTCCTTTTTATGTACGCTTTTGGGGGGTTTATTT
CTATGTGTATCCAGTGGCTAGCATGATAGGTTGCAGACTAAAGGTTGCACTGGTCTTTTT
CTTGCATTTTTGCCAAATAATTGCAGCAGACAATGTCGAAAGATA

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 3

CO CL3539Contig1 824 3 1 U
GGCTGTCAGTTCTTCGCAGAGTTCTTATTATTTGAAGGGGGTAAGGTAGAAGAAGGATGA
AGAGAATATTCGGTGCGAAGAACAACAAAGAGCCTCCTCCCTCCATCCAGGATGCTTCCG
ATCGGATCAATAAAAGAGGAGAATCAGTGGAAGATAAGGTGAAGAGGCTGGACGCTGAGC
TCTGCAAATACAAAGACCAGATCAAGAGTACAAGACCTGGTCCTGCTCAGGAAGCTATCA
AAGCTCGTGCTATGCGAGTTCTCAAGCAAAGGAAAATGTATGAAGGACAACGTGATATGC
TCTATAATCAGACTTTCAACCTTGATCAAGTTTCTTTTGCTGCTGAAGGCCTCAAAGATG
CTCAACAAACTATGACAGCCTTGAAGTCTGCTAACAAGGAGTTGAAAGGAATGATGAAAA
CCGTCAAGATTCAAGATATTGATAATTTACAAGATGAGATGATGGACTTGATGGATGTGA
GCTCTGAAATTCAAGATTCACTTGGTAGGAGCTACAATGTTCCTGATGACATTGACGAAG
ATGACCTCATGGGCGAGCTTGATGCTCTTGAAGCTGACATGGGAAACGAGACTGAAGCAG
ACGGTGTGCCTTCCTATCTCCAACCCGATACTGAACCTGATCTCGATGAGGGACTTGACT
TGCCTCCACCACCAACGGGGAGGACACAAACAGCAGAGCTCAACCTGGACGAGCTCAGCT
GAGGATGAATGGGGATTACCTGCTGTACCACGTGCATCACTCCCGGGGATAAACCCACCG
TTTCCACACACTTCTGTTCCGTGTGCATTTAAAGTTCATCTCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B864JQ C 105
AF RR1BB96TF U 10
AF RR1B864TF U 1
BS 1 824 RR1B864TF

RD RR1B864JQ 555 0 0
ATCCAGGATGCTTCCGATCGGATCAATAAAAGAGGAGAATCAGTGGAAGATAAGGTGAAG
AGGCTGGACGCTGAGCTCTGCAAATACAAAGACCAGATCAAGAGTACAAGACCTGGTCCT
GCTCAGGAAGCTATCAAAGCTCGTGCTATGCGAGTTCTCAAGCAAAGGAAAATGTATGAA
GGACAACGTGATATGCTCTATAATCAGACTTTCAACCTTGATCAAGTTTCTTTTGCTGCT
GAAGGCCTCAAAGATGCTCAACAAACTATGACAGCCTTGAAGTCTGCTAACAAGGAGTTG
AAAGGAATGATGAAAACCGTCAAGATTCAAGATATTGATAATTTACAAGATGAGATGATG
GACTTGATGGATGTGAGCTCTGAAATTCAAGATTCACTTGGTAGGAGCTACAATGTTCCT
GATGACATTGACGAAGATGACCTCATGGGCGAGCTTGATGCTCTTGAAGCTGACATGGGA
AACGAGACTGAAGCAGACGGTGTGCCTTCCTATCTCCAACCCGATACTGAACCTGATCTC
GATGAGGGACTTGAC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1BB96TF 693 0 0
GG
CTTCGCAGAGTTCTTATTATTTGAAGGGGGTAAGGTAGAAGAAGGATGAAGAGAATATTC
GGTGCGAAGAACAACAAAGAGCCTCCTCCCTCCATCCAGGATGCTTCCGATCGGATCAAT
AAAAGAGGAGAATCAGTGGAAGATAAGGTGAAGAGGCTGGACGCTGAGCTCTGCAAATAC
AAAGACCAGATCAAGAGGACAAGACCTGGTCCTGCTCAGGAAGCTATCAAAGCTCGTGCT
ATGCGAGTTCTCAAGCAAAAGAAAATGTATGAAGGACAACGTGATATGCTCTATAATCAG
ACTTTCAACCTTGATCAAGTTTCTTTTGCTGCTGAAGGCCTCAAAGATGCTCAACAAACT
ATGACAGCCTTGAAGTCTGCTAACAAGGAGTTGAAAGGAATGATGAAAACCGTCAAGATT
CAAGATATTGATAATTTACAAGATGAGATGATGGACTTGATGGATGTGAGCTCTGAAATC
CAAGATTCACTTGGTAGGAGCTACAATGTTCCTGATGACATTGACGAAGATGACCTCATG
GGCGAGCTTGATGCTCTTGAAGCTGACATGGGAAACGAGACTGAAGCAGACGGTGTGCCT
TCCTATCTCCAACCCGATACTGAACCTGATCTCGATGAGGGACTTGACTTGCCTCCACCA
CCAACGGGGAGGACACAAACAGCA
CGAGCTC

QA 3 686 3 686
DS 

RD RR1B864TF 824 0 0
GGCTGTCAGTTCTTCGCAGAGTTCTTATTATTTGAAGGGGGTAAGGTAGAAGAAGGATGA
AGAGAATATTCGGTGCGAAGAACAACAAAGAGCCTCCTCCCTCCATCCAGGATGCTTCCG
ATCGGATCAATAAAAGAGGAGAATCAGTGGAAGATAAGGTGAAGAGGCTGGACGCTGAGC
TCTGCAAATACAAAGACCAGATCAAGAGTACAAGACCTGGTCCTGCTCAGGAAGCTATCA
AAGCTCGTGCTATGCGAGTTCTCAAGCAAAGGAAAATGTATGAAGGACAACGTGATATGC
TCTATAATCAGACTTTCAACCTTGATCAAGTTTCTTTTGCTGCTGAAGGCCTCAAAGATG
CTCAACAAACTATGACAGCCTTGAAGTCTGCTAACAAGGAGTTGAAAGGAATGATGAAAA
CCGTCAAGATTCAAGATATTGATAATTTACAAGATGAGATGATGGACTTGATGGATGTGA
GCTCTGAAATTCAAGATTCACTTGGTAGGAGCTACAATGTTCCTGATGACATTGACGAAG
ATGACCTCATGGGCGAGCTTGATGCTCTTGAAGCTGACATGGGAAACGAGACTGAAGCAG
ACGGTGTGCCTTCCTATCTCCAACCCGATACTGAACCTGATCTCGATGAGGGACTTGACT
TGCCTCCACCACCAACGGGGAGGACACAAACAGCAGAGCTCAACCTGGACGAGCTCAGCT
GAGGATGAATGGGGATTACCTGCTGTACCACGTGCATCACTCCCGGGGATAAACCCACCG
TTTCCACACACTTCTGTTCCGTGTGCATTTAAAGTTCATCTCCA

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL3540Contig1 761 2 19 U
TGTGCTAGCTTCATACTCAGCATATGGTAAATACACGCCGCAGTTCAAATGGCTAGAAAA
GGAATTCCCAAAGGTTAACAGAACAGAAACTCCATGGTTGATCGTTCTGATGCACTCACC
TTGGTACAACAGCTATGATTACCATTACATGGAAGGTGAAACCATGAGACTGATGTATGA
GCAGTGGTTCGTCAAGTACAAAGTGGATCTTGTTTTTGCAGGTCATGTCCATGCCTATGA
AAGATCAGAACGTGTATCAAACATTGCGTACAACGTGGTTAACGGAATTTGCACTCCAGT
TAAAGATAAAGCTGCTCCAGTCTACATCACCATTGGTGATGGAGGCAATCTTGAAGGATT
AGCAACCAGAATGACTGAACCTCAGCCTAAGTACTCTGCCTTCAGAGAAGCGAGCTTCGG
ACACGCCGTATTATCGATAAAGAACAGGACTCACGCGTACTATGGTTGGCACAGGAACCA
GGATGGCTATGCGGTGAAAGGTGACACCATGTGGTTTTATAATAGACACTGGCATCCCAT
TGATGATTCTCCTTCTGATGATTCTTGAGAACCTTTGAAATCTTCTTAATATACATCACT
TTGGTGGTGCATTCCCATGTTTTGCATAAAAAAAACAATCAAACAAAGGTGTTGTAGGGT
TATAGATTGTGTAAAGGATCTGATCGCGATCTAAAACACGAAGCATATGCAGAAACTATT
TATCCGTTATGGTTTGGGGAGTGTGACTCAAATTCGATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM14TF U 50
AF RR1FA76JQ C 1
BS 1 50 RR1FA76JQ
BS 51 79 RR1DM14TF
BS 80 80 RR1FA76JQ
BS 81 169 RR1DM14TF
BS 170 170 RR1FA76JQ
BS 171 318 RR1DM14TF
BS 319 319 RR1FA76JQ
BS 320 357 RR1DM14TF
BS 358 358 RR1FA76JQ
BS 359 360 RR1DM14TF
BS 361 361 RR1FA76JQ
BS 362 435 RR1DM14TF
BS 436 436 RR1FA76JQ
BS 437 477 RR1DM14TF
BS 478 478 RR1FA76JQ
BS 479 613 RR1DM14TF
BS 614 614 RR1FA76JQ
BS 615 623 RR1DM14TF
BS 624 761 RR1FA76JQ

RD RR1DM14TF 580 0 0
G
GGCTAGAAAAGGAATTCCCAAAGGTTAACCGAACAGAAACTCCATGGTTGATCGTTCTGA
TGCACTCACCTTGGTACAACAGCTATGATTACCATTACATGGAAGGTGAAACCATGAGAG
TGATGTATGAGCAGTGGTTCGTCAAGTACAAAGTGGATCTTGTTTTTGCAGGTCATGTCC
ATGCCTATGAAAGATCAGAACGTGTATCAAACATTGCGTACAACGTGGTTAACGGAATTT
GCACTCCAGTTAAAGATAAAGCTGCTCCTGTCTACATCACCATTGGTGATGGAGGCAATC
TTGAAGGGTTGGCAACCAGAATGACTGAACCTCAGCCTAAGTACTCTGCCTTCAGAGAAG
CGAGCTTCGGACACGCCGTATTATCTATAAAGAACAGGACTCACGCGTACTATGGTTGGC
ACAGGAATCAGGATGGCTATGCGGTGAAAGGTGACACCATGTGGTTTTATAATAGACACT
GGCATCCCATTGATGATTCTCCTTCTGATGATTCTTGAGAACCTTTGAAATCTTCTTAAT
ATACATCACTTTGGTGGTGCATTTCCATGTTTT
CCATTA

QA 2 574 2 574
DS 

RD RR1FA76JQ 761 0 0
TGTGCTAGCTTCATACTCAGCATATGGTAAATACACGCCGCAGTTCAAATGGCTAGAAAA
GGAATTCCCGAAGGTTAACAGAACAGAAACTCCATGGTTGATCGTTCTGATGCACTCACC
TTGGTACAACAGCTATGATTACCATTACATGGAAGGTGAAACCATGAGACTGATGTATGA
GCAGTGGTTCGTCAAGTACAAAGTGGATCTTGTTTTTGCAGGTCATGTCCATGCCTATGA
AAGATCAGAACGTGTATCAAACATTGCGTACAACGTGGTTAACGGAATTTGCACTCCAGT
TAAAGATAAATCTGCTCCAGTCTATATCACCATTGGTGATGGAGGCAATCTTGAAGGATT
AGCAACCAGAATGACTGAACCTCAGCCTAAGTACTCTGCCTTCAGAGAAGCGAGCTTCGG
ACACGCCGTATTATCGATAAAGAACAGGACTCACGCGTACTATGGTTGGCACAGGAACCA
GGATGGCTATGCGGTGGAGGGTGACACCATGTGGTTTTATAATAGACACTGGCATCCCAT
TGATGATTCTCCTTCTGATGATTCTTGAGAACCTTTGAAATCTTCTTAGTATACATCACT
TTGGTGGTGCATTCCCATGTTTTGCATAAAAAAAACAATCAAACAAAGGTGTTGTAGGGT
TATAGATTGTGTAAAGGATCTGATCGCGATCTAAAACACGAAGCATATGCAGAAACTATT
TATCCGTTATGGTTTGGGGAGTGTGACTCAAATTCGATTGC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL3541Contig1 858 2 6 U
GCCATTTTCTTATTTTTAATAATAAACTCCAATGACACTGTTTTTTCCCAATCCTTCGTG
TTTGCTAGAAAAAAAAACGGATCTGAGCCCAATCCTTCTTTCTCTCTCAACTCTCTTACC
CTTGTTCTTTCTATGATCGTGAGTTTTTAGATTAACGTAGGTGATTCGATATCTAGATGC
AGAATTGGATAGAGGGCAATCTCTTGATTCACTAATTTAGGGTTCATAGCTAGCCTAGGT
TACTCTGTTTCTCTTCTCTGTTGTGGGTTTCTGAGATCAGAATTTAGGGTTTTTAGTTTA
GTGTTTGTGCGTAAGATGGATAAGCCTCGGGATAATGATCAGTTAGCTGTGAAAAAGAAG
ATAAAGAAGACTCCTTTACACCTGCCCAGTCTCGCAAATAATGGTTGCACAAGCAAGAAC
CGCTTAAGAAGAAGCATTGTTCCGCAGCTAACATCTTCTCCTATGCCCCATGATGTTCCT
CCTCCTCCTCCTGCCATGGCTCAGCCAACTCGTAACACAGCTGAGTCTCCTGTCCCGGTT
TCTCTTCAAAGCTCATCAGGAGATTCAGGTCCCTCAGCTAGGTTCAGTGGTGGTGGGGGA
ATATTGCCTACTCCTGTCTCTCTGTGTAATCACTACCCTCAAGGCTCGTCTGGAGATTCA
GTAGGGCCCAATAGAAACCAAATGAAACCATCTCATCATGACTATCAACAACAACCACCA
CCACGGTTCTATGGTTCTTCTGCATCAACTGTACCCATTTTGCCCTCTCCTAGTTCGACG
GTCCCGGGATATTACCCACTCCCCACCACTTCATATCCTTCACACTTCAACAAGAACTTT
CACATCCTCATCATGGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BZ33JQ U 1
AF RR1FD20TF U 73
BS 1 572 RR1BZ33JQ
BS 573 573 RR1FD20TF
BS 574 606 RR1BZ33JQ
BS 607 607 RR1FD20TF
BS 608 773 RR1BZ33JQ
BS 774 858 RR1FD20TF

RD RR1BZ33JQ 774 0 0
GCCATTTTCTTATTTTTAATAATAAACTCCAATGACACTGTTTTTTCCCAATCCTTCGTG
TTTGCTAGAAAAAAAAACGGATCTGAGCCCAATCCTTCTTTCTCTCTCAACTCTCTTACC
CTTGTTCTTTCTATGATCGTGAGTTTTTAGATTAACGTAGGTGATTCGATATCTAGATGC
AGAATTGGATAGAGGGCAATCTCTTGATTCACTAATTTAGGGTTCATAGCTAGCCTAGGT
TACTCTGTTTCTCTTCTCTGTTGTGGGTTTCTGAGATCAGAATTTAGGGTTTTTAGTTTA
GTGTTTGTGCGTAAGATGGATAAGCCTCGGGATAATGATCAGTTAGCTGTGAAAAAGAAG
ATAAAGAAGACTCCTTTACACCTGCCCAGTCTCGCAAATAATGGTTGCACAAGCAAGAAC
CGCTTAAGAAGAAGCATTGTTCCGCAGCTAACATCTTCTCCTATGCCCCATGATGTTCCT
CCTCCTCCTCCTGCCATGGCTCAGCCAACTCGTAACACAGCTGAGTCTCCTGTCCCGGTT
TCTCTTCAAAGCTCATCAGGAGATTCAGGTCCTTCAGCTAGGTTCAGTGGTGGTGGGGGA
ATATTGTCTACTCCTGTCTCTCTGTGTAATCACTACCCTCAAGGCTCGTCTGGAGATTCA
GTAGGGCCCAATAGAAACCAAATGAAACCATCTCATCATGACTATCAACAACAACCACCA
CCACGGTTCTATGGTTCTTCTGCATCAACTGTACCCATTTTGCCCTCTCCTAG
G

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1FD20TF 786 0 0
CGGGGG
GGATCTGAGCCCAATCCTTCTTTCTCTCTCAACTCTCTTACCCTTGTTCTTTCTATGATC
GTGAGTTTTTAGATTAACGTAGGTGATTCGATATCTAGATGCAGAATTGGATAGAGGGCA
ATCTCTTGATTCACTAATTTAGGGTTCATAGCTAGCCTAGGTTACTCTGTTTCTCTTCTC
TGTTGTGGGTTTCTGAGATCAGAATTTAGGGTTTTTAGTTTAGTGTTTGTGCGTAAGATG
GATAAGCCTCGGGATAATGATCAGTTAGCTGTGAAAAAGAAGATAAAGAAGACTCCTTTA
CACCTGCCCAGTCTCGCAAATAATGGTTGCACAAGCAAGAACCGCTTAAGAAGAAGCATT
GTTCCGCAGCTAACATCTTCTCCTATGCCCCATGATGTTCCTCCTCCTCCTCCTGCCATG
GCTCAGCCAACTCGTAACACAGCTGAGTCTCCTGTCCCGGTTTCTCTTCAAAGCTCATCA
GGAGATTCAGGTCCCTCAGCTAGGTTCAGTGGTGGTGGGGGAATATTGCCTACTCCTGTC
TCTCTGTGTAATCACTACCCTCAAGGCTCGTCTGGAGATTCAGTAGGGCCCAATAGAAAC
CAAATGAAACCATCTCATCATGACTATCAACAACAACTACCACCACGGTTCTATGGTTCT
TCTGCATCAACTGTACCCATTTTGCCCTCTCCTAGTTCGACGGTCCCGGGATATTACCCA
CTCCCCACCACTTCATATCCTTCACACTTCAACAAGAACTTTCACATCCTCATCATGGCT

QA 7 786 7 786
DS 



AS 1 3

CO CL3542Contig1 740 3 7 U
GGCAGATCTAAAATTAATCTCTTCTAATTCTTCTTTAATCCTTTGAATCTCTATCTTTCT
CAATCATCACAACAAACACACGACCTCCGCCGTCCAAGCATCACAACCACCACTGCACGG
CCTCCTCCGTTCGTTTGCCTTGCCGTCCTAACATCACCACCACCACACGTTTGCCGTCCC
ATCATCACCACCACCACCACACCTCCATGGTTTGAAATCTATCTCTCTCTATATGTATAT
ATCTCTGCCTCTACTTCTCTCTCTGTTTTTGAACTGCTATGATTTGGCTTTGGGATGGAT
GAGGCACGGCGAAGCAGGCATGATGGTGGAACCAGAGAAGAAGAGATGCAGAGAAGGATA
GAAGACAGACGCGAGGGTGGAGCCGAGCAAGCAGAAAAAGAAGAGAGACGAATCAGAGAC
TTCGCGGGCGAGGATCGGAAGAAGAAGGCGCCGTCTTGGTGGTCGAGCGTGGTGGCTACA
CCACTCAGTCATCCTGAAGAAGCTTGATGGAAGTGGTCTCGCGTGGTGGTTGAAGGCGGC
GGATGCGTTCTAGGTTTTGTTATTAGGTTTAGATGCTTTTGGTTTAGATTCTTTTTTTTT
TTTTGGTTTAGTTTAGGTTTTTTTTTGGGTTAGCTTAGTCTAGTTTGTATCCCGATTAAC
TAATTTTGATATATAAAGTTTTTAAAATATATTTATTTGTATTTTTTTGTTTTCTATTTT
TTTTTTAATAATACAAACAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW70TF U 1
AF RR1H374TF U 43
AF RR1H374JQ C 293
BS 1 195 RR1AW70TF
BS 196 198 RR1H374TF
BS 199 520 RR1AW70TF
BS 521 521 RR1H374TF
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BS 605 683 RR1H374TF
BS 684 740 RR1H374JQ

RD RR1AW70TF 613 0 0
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CCTCCTCCGTTCGTTTGCCTTGCCGTCCTAACATCACCACCACCACACGTTTGCCGTCCC
ATCATCACCACCACC***ACACCTCCATGGTTTGAAATCTATCTCTCTCTATATGTATAT
ATCTCTGCCTCTACTTCTCTCTCTGTTTTTGAACTGCTATGATTTGGCTTTGGGATGGAT
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TTTT
TGGTTTAGT

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GG
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AACCACCACTGCACGGCCTCCTCCGTTCGTTTGCCTTGCCGTCCTAACATCACCACCACC
ACACGTTTGCCGTCCCATCATCACCACCACCACCACACCTCCATGGTTTGAAATCTATCT
CTCTCTATATGTATATATCTCTGCCTCTACTTCTCTCTCTGTTTTTGAACTGCTATGATT
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GAGCGTGGTGGCTACACCACTCAGTCATCCTGAAGAAGCTTGATGGAAGTGGTCTCGCGT
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DS 

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TTTTTTTTTTTTGGTTTAGTTTAGGTTTTTTTTTGGGTTAGCTTAGTCTAGTTTGTATCC
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TCTATTTTTTTTTTAATAATACAAACAA

QA 1 448 1 448
DS 



AS 1 3

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ATCATCTTCCGTTTGACCCAAACTCCCCTCACCCCATAAATCATCTTTACTAACTACATC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1H687JQ U 1
AF RR1H687TF C 53
AF RR1A247JQ U 442
BS 1 652 RR1H687JQ

RD RR1H687JQ 652 0 0
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CGGGTTCTGATATATGCCTATAGCAGTTGCGCTCCAAGATGCAACGTTGTAAATAACTTT
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AAGTGCTTTCTGAAGCTGATCAGGAGATATATCCTTAGTCTGCTTAAGGGAAGATAAATA
AGTAGCCATGAAACAAGCGATACCGTCAGCTATATCCTCTTCCCTAACAAGAACATAATC
ATCATCTTCCGTTTGACCCAAACTCCCCTCACCCCATAAATCATCTTTACTAACTACATC
CCAAGAGCTACCTTCTTCAGCAAGATCTTGGAGAAGCGAAACTTGAGCTAGCTCAATCTT
CTCCCGAAAGCCATGACATTCAACTCTGGACTTGATGAGATCATAGAATTTA

QA 1 652 1 652
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GCTGAGTCTCGAGGCTGTGTTGTAACTTATGAGCAACATGTGAGTCAGATGTATCTTTCA
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AGGATCATCGGGTTCTGATATATGCCTATAGCAGTTGCGCTCCAAGATGCAACGTTGTAA
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ATCGTGCTAAGTGCTTTCTGAAGCTGATCAGGAGATATATCCTTAGTCTGCTTAAGGGAA
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QA 1 600 1 600
DS 

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AAGATCTTGGAGAAACGAAACTTGAGCTAGCTCAATCTTCTCCCGAAAGCCTTGACATTC
AACTCTAGACTTGATGAGAT

QA 1 200 1 200
DS 



AS 1 3

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TATTTGCGGTTATTACATTTTTTTTTTT**GCTACAGATCTTATGCCTATAACAAGAATT
TTTC


BQ
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10 10 

AF RR1EG19TF U 1
AF RR1EG19JQ C 22
AF RR1EO52TF U 71
BS 1 529 RR1EG19TF
BS 530 544 RR1EO52TF

RD RR1EG19TF 533 0 0
GGAAGACTGACTCAGACTCGAAACAAATCTGTAGGGTTCGTTGTCTCCTTCAGGTCTCGA
TCTTCGTTCTAGGACAGTTTTACAAGCTTCTTGCAGTTTTACAAGCTTCAGATTTGACTT
TTCGCCATGGCAGAGGATGAAGTTGTTGATCCAAAGAAGTACCTTGAGGAATCTTGCAAA
CCAAAATGTGTGAAGCCACTGCTTGAATATCAGGCGTGTGTGAAGAGAATCCAAGGTGAT
GACTCTGGCCACAAGCATTGCACCGGTCAGTACTTCGACTACTGGCAGTGCATTGACAAA
TGTGTTGCACCCAAGCTTTTTGCAAAACTGAAATGAAAACAAGGCGATTTTTGGACACAG
TATCTTCTTGAGTTTGGTTCATGTTACTTGTAAGAGGATGTATAAAACGCAGTGGATGTT
GTCATAACTGCAAACCTGAATATGCCAAATGGCTCTTCTTCTCGGTTTTGTTTCTATCGC
TATTTGCGGTTATTACATTTTTTTTTTT**GCTACAGATCTTATGCCTA
ATAA

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1EG19JQ 512 0 0
AACAAATCTGTAGGGTTCGTTGTCTCCTTCAGGTCTCGATCTTCGTTCTAGGACAGTTTT
ACAAGCTTCTTGCAGTTTTACAAGCTTCAGATTTGACTTTTCGCCATGGCAGAGGATGAA
GTTGTTGATCCAAAGAAGTACCTTGAGGAATCTTGCAAACCAAAATGTGTGAAGCCACTG
CTTGAATATCAGGCGTGTGTGAAGAGAATCCAAGGTGATGACTCTGGCCACAAGCATTGC
ACCGGTCAGTACTTCGACTACTGGCAGTGCATTGACAAATGTGTTGCACCCAAGCTTTTT
GCAAAACTGAAATGAAAACAAGGCGATTTTTGGACACAGTATCTTCTTGAGTTTGGTTCA
TGTTACTTGTAAGAGGATGTATAAAACGCAGTGGATGTTGTCATAACTGCAAACCTGAAT
ATGCCAAATGGCTCTTCTTCTCGGTTTTGTTTCTATCGCTATTTGCGGTTATTACATTTT
TTTTTTT**GCTACAGATCTTATGCCTA
ATAA

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1EO52TF 474 0 0
TCAAT
AGTTTTACAAGCTTCTTGCAGTTTTACAAGCTTCAGATTTGACTTTTCGCCATGGCAGAG
GATGAAGTTGTTGATCCAAAGAAGTACCTTGAGGAATCTTGCAAACCAAAATGTGTGAAG
CCACTGCTTGAATATCAGGCGTGTGTGAAGAGAGTCCAAGGTGATGACTCTGGCCACAAG
CATTGCACCGGTCAGTACTTCGACTACTGGCAGTGCATTGACAAATGTGTTGCACCCAAG
CTTTTTGCAAAACTGAAATGAAAACAAGGCGATTTTTGGACACAGTATCTTCTTGAGTTT
GGTTCATGTTACTTGTAAGAGGATGTATAAAACGCAGTGGATGTTGTCATAACTGCAAAC
CTGAATATGCCAAATGGCTCTTCTTCAGGGTTTTGTTTCTATCGCTATTTGCGGTTATTA
CATTTTTTTTTTTTTGCTACAGATCTTATGCCTATAACAAGAATTTTTC

QA 6 474 6 474
DS 



AS 1 2

CO CL3545Contig1 759 2 5 U
GGACCAAATGATTGTGGAACTGTGCGGGAAGATGTAGTAGTTGTTAACTCTGGCTCATCT
GGTGGTCCTGTTAGGCAAGAACAAGAACATGTTGATGAGGAATGCTCCAGAAAGCGGGGA
AGGACTGGATCTTGTGTTAGACCAGGAGGAACCAAAGCTTGTCGTGAGAGATTGAGGAGA
GAAAAGCTAAATGAGAAGTTCATGGATTTGAGCTCGGTTTTAGAGCCTGGGAGGACTCCA
AAGACCGATAAACCGGCTATTCTCGATGATGCAATCCGTGTCTTGAATCAACTCAGATAT
GAAGCTCATGAGCTTGAAGAAACTAATCAGAAGCTTTTAGAGGAGATCAAGAGTCTCAAG
GCTGAGAAGAATGAGCTGAGGGAGGAGAAGCAAGCTTTGAAAGCGGAGAAGGAGAAGACG
GAACAGCAGTTGAAGTCTATGATGGTTCCATCTACAGGGTTCATGCCTCAGATTCCAACT
CCATTTAATCAGAACAAGATGGCAGTTTATCCGAGCTACGGTTACATGCCAATGTGGCAT
TACTTGCCTCAATCTGTTCGTGATACATCTCGTGATCAAGAACTCAGGCCTCCTGCTGCT
TAAACTCTCCATTACCTACATATTCTGTTTGGTACTAGAGAATTTAGAGAGATATCTAAT
CCACTTGGTTTTAGGATTCTTCAGTTTGGCAAGTGTAAACGCTTTACTCTTTCTTTGTCT
TGGGTTGTATTTTGAATAAAATGTGCACATTAACTCCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD78TF U 36
AF RR1CD78JQ C 1
BS 1 35 RR1CD78JQ
BS 36 674 RR1CD78TF
BS 675 675 RR1CD78JQ
BS 676 710 RR1CD78TF
BS 711 759 RR1CD78JQ

RD RR1CD78TF 679 0 0
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TGAGGAATGCTCCAGAAAGCGGGGAAGGACTGGATCTTGTGTTAGACCAGGAGGAACCAA
AGCTTGTCGTGAGAGATTGAGGAGAGAAAAGCTAAATGAGAAGTTCATGGATTTGAGCTC
GGTTTTAGAGCCTGGGAGGACTCCAAAGACCGATAAACCGGCTATTCTCGATGATGCAAT
CCGTGTCTTGAATCAACTCAGATATGAAGCTCATGAGCTTGAAGAAACTAATCAGAAGCT
TTTAGAGGAGATCAAGAGTCTCAAGGCTGAGAAGAATGAGCTGAGGGAGGAGAAGCAAGC
TTTGAAAGCGGAGAAGGAGAAGACGGAACAGCAGTTGAAGTCTATGATGGTTCCATCTAC
AGGGTTCATGCCTCAGATTCCAACTCCATTTAATCAGAACAAGATGGCAGTTTATCCGAG
CTACGGTTACATGCCAATGTGGCATTACTTGCCTCAATCTGTTCGTGATACATCTCGTGA
TCAAGAACTCAGGCCTCCTGCTGCTTAAACTCTCCATTACCTACATATTCTGTTTGGTAC
TAGAGAATTTAGAGAGATATCTAATCCACTTGGTTTTAG*ATTCTTCAGTTTGGCAAGTG
TAAACGCTTTACTCT
TTCT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1CD78JQ 759 0 0
GGACCAAATGATTGTGGAACTGTGCGGGAAGATGTAGTAGTTGTTAACTCTGGCTCATCT
GGTGGTCCTGTTAGGCAAGAACAAGAACATGTTGATGAGGAATGCTCCAGAAAGCGGGGA
AGGACTGGATCTTGTGTTAGACCAGGAGGAACCAAAGCTTGTCGTGAGAGATTGAGGAGA
GAAAAGCTAAATGAGAAGTTCATGGATTTGAGCTCGGTTTTAGAGCCTGGGAGGACTCCA
AAGACCGATAAACCGGCTATTCTCGATGATGCAATCCGTGTCTTGAATCAACTCAGATAT
GAAGCTCATGAGCTTGAAGAAACTAATCAGAAGCTTTTAGAGGAGATCAAGAGTCTCAAG
GCTGAGAAGAATGAGCTGAGGGAGGAGAAGCAAGCTTTGAAAGCGGAGAAGGAGAAGACG
GAACAGCAGTTGAAGTCTATGATGGTTCCATCTACAGGGTTCATGCCTCAGATTCCAACT
CCATTTAATCAGAACAAGATGGCAGTTTATCCGAGCTACGGTTACATGCCAATGTGGCAT
TACTTGCCTCAATCTGTTCGTGATACATCTCGTGATCAAGAACTCAGGCCTCCTGCTGCT
TAAACTCTCCATTACCTACATATTCTGTTTGGTACTAGAGAATTTAGAGAGATATCTAAT
CCACTTGGTTTTAGGATTCTTCAGTTTGGCAAGTGTAAACGCTTTACTCTTTCTTTGTCT
TGGGTTGTATTTTGAATAAAATGTGCACATTAACTCCAG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL3546Contig1 878 2 2 U
GCAACAATCGTTGATCTACAGTTTCGTGGCACGAGGGACGGTGATCCTGGTGGAGTTCAC
GGATTTCAAGGGAAATTTCACATCGATCGCTGCACAGTGCCTCCAAAAGCTTCCTTCTTC
CAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGATGGTCATACCTTCAATTACCTAGTTGAAAATGG
ATTCACATATTGTGTTGTTGCAGTTGATTCTGCTGGGAGGCAGATTCCTATGGCTTTCTT
GGAGCGAGTTAAGGAGGATTTCAACAAGAGATATGGTGGTGGCAAGGCTGCTACTGCTCA
ACCCAACTCCTTGAATAAGGAATTTGGGTCGAAACTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTAT
GGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTTAAAGCTCAAGTTTCTGAAGTTAA
AGGTGTCATGATGGAAAACATTGAGAAGGTCCTTGACCGTGGTGAGAAAATCGAACTTTT
GGTGGACAAAACCGAAAACCTTCGCTCACAGGCGCAAGATTTCAGAACACAAGGGACTCA
AATGAGAAGAAAGATGTGGTTTCAGAACATGAAGATAAAACTCATTGTTCTTGCAATCAT
CATCGCCTTGATCCTCATCATCGTCCTCTCAGTCTGCGGTGGCTTCAACTGCGGCAAATA
AGTCCGGAACATCTCTGATTTCCGAGAACATCATCCTCATTCAGTTTGTTGTGCTTTTTT
TTTTTCTTTTTGGCTTAAAATTTCTCATCGCTATGTTTCTCTTGCTTAGATTTGCACTTG
TTGAAATTGGTTTTGTATAGGTCATATATATATGTATGAAACTGATTCTTGCAAACCATT
TACTTGGGACCTAATTTGAACGCTTGTGTTTGCTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AX31TF U 1
AF RR1H721TF U 340
BS 1 777 RR1AX31TF
BS 778 878 RR1H721TF

RD RR1AX31TF 777 0 0
GCAACAATCGTTGATCTACAGTTTCGTGGCACGAGGGACGGTGATCCTGGTGGAGTTCAC
GGATTTCAAGGGAAATTTCACATCGATCGCTGCACAGTGCCTCCAAAAGCTTCCTTCTTC
CAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGATGGTCATACCTTCAATTACCTAGTTGAAAATGG
ATTCACATATTGTGTTGTTGCAGTTGATTCTGCTGGGAGGCAGATTCCTATGGCTTTCTT
GGAGCGAGTTAAGGAGGATTTCAACAAGAGATATGGTGGTGGCAAGGCTGCTACTGCTCA
ACCCAACTCCTTGAATAAGGAATTTGGGTCGAAACTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTAT
GGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTTAAAGCTCAAGTTTCTGAAGTTAA
AGGTGTCATGATGGAAAACATTGAGAAGGTCCTTGACCGTGGTGAGAAAATCGAACTTTT
GGTGGACAAAACCGAAAACCTTCGCTCACAGGCGCAAGATTTCAGAACACAAGGGACTCA
AATGAGAAGAAAGATGTGGTTTCAGAACATGAAGATAAAACTCATTGTTCTTGCAATCAT
CATCGCCTTGATCCTCATCATCGTCCTCTCAGTCTGCGGTGGCTTCAACTGCGGCAAATA
AGTCCGGAACATCTCTGATTTCCGAGAACATCATCCTCATTCAGTTTGTTGTGCTTTTTT
TTTTTCTTTTTGGCTTAAAATTTCTCATCGCTATGTTTCTCTTGCTTAGATTTGCAC

QA 1 777 1 777
DS 

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G
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GCTCAAGTTTCTGAAGTTAAAGGTGTCATGATGGAAAACATTGAGAAGGTCCTTGACCGT
GGTGAGAAAATCGAACTTTTGGTGGACAAAACCGAAAACCTTCGCTCACAGGCGCAAGAT
TTCAGAACACAAGGGACTCAAATGAGAAGAAAGATGTGGTTTCAGAACATGAAGATAAAA
CTCATTGTTCTTGCAATCATCATCGCCTTGATCCTCATCATCGTCCTCTCAGTCTGCGGT
GGCTTCAACTGCGGCAAATAAGTCCGGAACATCTCTGATTTCCGAGAACATCATCCTCAT
TCAGTTTGTTGTGCTTTTTTTTT**CTTTTTGGCTTAAAATTTCTCATCGCTATGTTTCT
CTTGCTTAGATTTGCACTTGTTGAAATTGGTTTTGTATAGGTCATATATATATGTATGAA
ACTGATTCTTGCAAACCATTTACTTGGGACCTAATTTGAACGCTTGTGTTTGCTTTGG

QA 2 539 2 539
DS 



AS 1 3

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TACTTGCGCTTTCTCTACCTACTCCACAACATGCCTCCTTAAGCTTCTCCTCTCTCGGCG
TCGCCCCCACCAATGTTCTTAACCGCAATAAATCCGTAGTCCACCGTCTGGTTACCTCCT
TTAGTCAAAGTGCTTCCCATAAACCTGAAGATGCTGACCCTTATGTTGATAGAGAAGGAG
AAACAACGTTGGATAAGAATGCGACACGCTGGCAAAACCCGTTCGTTTCGGCAGAGCTTG
TTAAGAAATTGAAAAGATATGGATTATCTGGAATACTGTCTTACGGTTTACTTAACACAG
TCTATTACACCGCAGCTTTCCTCTTGGTGTGGTTTTATGTTGCGCCAGCACCGGGAAAAA
TGGGATATCTCGCTGCAGCTGAGAGATTTCTTAAAGTGATGGCCATGGTCTGGGCTGGAA
GCCAAGTTACTAAGCTCGTCAGAATAGGAGGGGCAGTGGCACTTGCACCTATTGTTGATA
GAGGACTGTCTTGGTTTACAGTTAAATACAAGTTTGAAAGTCAGGGCAAAGCTTTCGGCG
CAATGGTTGGGATATGTCTTGGTCTGGCTTTGATGCTATTTCTTGTTGTGACACTGCTCT
GGGCCTAGCTCAGAGTAATTGCTGCATTTGCAAGAGTTTTTGCTTTTTACAACAATTTTG
TTTTTTGGTTATTTACATTATGCACTTGACACGTATTGTAGATATGATCTGCAATGAAAT
TACTCTATAAAGAAGAGGCTTTTTATATTCCCAGATGAAGAAGAAGAAATGTATGTAAAC
TCAAATAATTAAGACAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT58TF U 1
AF RR1DT58JQ C 167
AF RR1AJ93TF U 157
BS 1 709 RR1DT58TF
BS 710 858 RR1AJ93TF

RD RR1DT58TF 709 0 0
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GGGCCTAGCTCAGAGTAATTGCTGCATTTGCAAGAGTTTTTGCTTTTTA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1DT58JQ 622 0 0
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TGATAGAGAAGGAGAAACAACGTTGGATAAGAATGCGACACGCTGGCAAAACCCGTTCGT
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TTTACTTAACACAGTCTATTACACCGCAGCTTTCCTCTTGGTGTGGTTTTATGTTGCGCC
AGCACCGGGAAAAATGGGATATCTCGCTGCAGCTGAGAGATTTCTTAAAGTGATGGCCAT
GGTCTGGGCTGGAAGCCAAGTTACTAAGCTCGTCAGAATAGGAGGGGCAGTGGCACTTGC
ACCTATTGTTGATAGAGGACTGTCTTGGTTTACAGTTAAATACAAGTTTGAAAGTCAGGG
CAAAGCTTTCGGCGCAATGGTTGGGATATGTCTTGGTCTGGCTTTGATGCTATTTCTTGT
TGTGACACTGCTCTGGGCCTAGCTCAGAGTAATTGCTGCATTTGCAAGAGTTTTTGCTTT
TTACAACAATTTTGTTTTTTGGTTATTTACATTATGCACTTGACACGTATTGTAGATATG
ATCTGCAATGAAATTACTCTAT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1AJ93TF 702 0 0
G
AGTCCACCGTCTGGTTACCTCCTTTAGTCAAAGTGCTTCCCATAAACCTGAAGATGCTGA
CCCTTATGTTGATAGAGAAGGAGAAACAACGTTGGATAAGAATGCGACACGCTGGCAAAA
CCCGTTCGTTTCGGCAGAGCTTGTTAAGAAATTGAAAAGATGTGGATTATCTGGAATACT
GTCTTACGGTTTACTTAACACAGTCTATTACACCGCAGCTTTCCTCTTGGTGTGGTTTTA
TGTTGCGCCAGCACCGGGAAAAATGGGATATCTCGCTGCAGCTGAGAGATTTCTTAAAGT
GATGGCCATGGTCTGGGCTGGAAGCCAAGTTACTAAGCTCGTCAGAATAGGAGGGGCATT
GGCACTTGCACCTATTGTTGATAGAGGACTGTCTTGGTTTACAGTTAAATACAAGTTTGA
AAGTCAGGGCAAAGCTTTCGGCGCAATGGTTGGGATATGTCTTGGTCTGGCTTTGATGCT
ATTTCTTGTTGTGACACTGCTCTGGGCCTAGCTCAGAGTAATTGCTGCATTTGCAAGAGT
TTTTGCTTTTTACAACAATTTTGTTTTTTGGTTATTTACATTATGCACTTGACACGTATT
GTAGATATGATCTGCAATGAAATTACTCTATAAAGAAGAGGCTTTTTATATTCCCAGATG
AAGAAGAAGAAATGTATGTAAACTCAAATAATTAAGACAAG

QA 2 702 2 702
DS 



AS 1 3

CO CL3548Contig1 930 3 9 U
GAAAAGAAAAGACATTAGTAGTATAAAATTTATAGAAAAGCGTGCTTATGCAGACAACAA
TAGCCCAACATGACTTGGACCGCACTGGAAAACAGAAAAAATATTAACAAATAAAGAGAC
GCACCAAGTGGGCTTTCTTTGCCACTAATAAGACCAAATAAAGTTTGACCAACTTTTTTT
ATGTTTTTTTGACTTTGCAATGACTGTTGTGTAGTAACTAACAAATGTAACAAAGGCCTC
AGAGACTCATCAAACAACAAAACTATTAAAAAAACATTCCCACCCAAATTTTCCCATCTG
AGTTCATAAAATGTTCCCCTCCCATTGACTCCTACCCAACTCCCCAACAAAAGCTTATTT
TATGACTCAATCCCACCCATCTGACCAGACAAGATCAGGACTGACCAAGGCACCCCATCT
GACTTTTTAAACACAAGACCAGACTCTAATCAGACCCATTTAAAACCAGTGCCCCCAAGA
CTCTTGACCTCCTTCCGACTCTTCAATCATCATGCCTTAGCTCCTTCACTTGAAGTTGAA
TCCACCTGGAGGTGCGGCTGCGTCGCTACCCCCAAACTGGAATCCCTGAGCAGACTCATC
ACCAGGTGGTAAAGTCTCGTCATCCTCTTCCAGCCAGTATGTTTCAAGAATCTTCACTGC
CTTCTCATAAATCTCGGTGTTGTCATGGCTCTGCAGATTCTCAATCTTCTCTAGTCCCTC
AGCATCATCGATTAACTGTGCAAAAACGTTTGCATCCCCTGTGTTTCCCGTCACCTTCCA
GCTTCCCCGACTTTCAGAATGTTCTCTAGTCCTTCTAGACACACGGTGATAATCCTTGGA
TCCGGGCATACCAAGAGATCACACAATGGTTTCACGACTCCCTGAGCAACCATGTACTTG
ATTTGGTCAGCAGAACCGCCCGAAGTGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW35JQ U 1
AF RR1BZ64JQ U 168
AF RR1BZ64TF C 191
BS 1 205 RR1FW35JQ
BS 206 206 RR1BZ64JQ
BS 207 258 RR1FW35JQ
BS 259 259 RR1BZ64JQ
BS 260 419 RR1FW35JQ
BS 420 420 RR1BZ64JQ
BS 421 644 RR1FW35JQ
BS 645 912 RR1BZ64JQ
BS 913 930 RR1BZ64TF

RD RR1FW35JQ 644 0 0
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TAGCCCAACATGACTTGGACCGCACTGGAAAACAGAAAAAATATTAACAAATAAAGAGAC
GCACCAAGTGGGCTTTCTTTGCCACTAATAAGACCAAATAAAGTTTGACCAACTTTTTTT
ATGTTTTTTTGACTTTGCAATGACTATTGTGTAGTAACTAACAAATGTAACAAAGGCCTC
AGAGACTCATCAAACAACGAAACTATTAAAAAAACATTCCCACCCAAATTTTCCCATCTG
AGTTCATAAAATGTTCCCCTCCCATTGACTCCTACCCAACTCCCCAACAAAAGCTTATTT
TATGACTCAATCCCACCCATCTGACCAGACAAGATCAGGACTGACCAAGGCACCCCATCC
GACTTTTTAAACACAAGACCAGACTCTAATCAGACCCATTTAAAACCAGTGCCCCCAAGA
CTCTTGACCTCCTTCCGACTCTTCAATCATCATGCCTTAGCTCCTTCACTTGAAGTTGAA
TCCACCTGGAGGTGCGGCTGCGTCGCTACCCCCAAACTGGAATCCCTGAGCAGACTCATC
ACCAGGTGGTAAAGTCTCGTCATCCTCTTCCAGCCAGTATGTTT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1BZ64JQ 745 0 0
GGCCAAC
TTTTTTATGTTTTTTTGACTTTGCAATGACTGTTGTGTAGTAACTAACAAATGTAACAAA
GGCCTCAGAGACTCATCAAACAACAAAACTATTAAAAAAACATTCCCACCCAAATTTTCC
CATCTGAGTTCATAAAATGTTCCCCTCCCATTGACTCCTACCCAACTCCCCAACAAAAGC
TTATTTTATGACTCAATCCCACCCATCTGACCAGACAAGATCAGGACTGACCAAGGCACC
CCATCTGACTTTTTAAACACAAGACCAGACTCTAATCAGACCCATTTAAAACCAGTGCCC
CCAAGACTCTTGACCTCCTTCCGACTCTTCAATCATCATGCCTTAGCTCCTTCACTTGAA
GTTGAATCCACCTGGAGGTGCGGCTGCGTCGCTACCCCCAAACTGGAATCCCTGAGCAGA
CTCATCACCAGGTGGTAAAGTCTCGTCATCCTCTTCCAGCCAGTATGTTTCAAGAATCTT
CACTGCCTTCTCATAAATCTCGGTGTTGTCATGGCTCTGCAGATTCTCAATCTTCTCTAG
TCCCTCAGCATCATCGATTAACTGTGCAAAAACGTTTGCATCCCCTGTGTTTCCCGTCAC
CTTCCAGCTTCCCCGACTTTCAGAATGTTCTCTAGTCCTTCTAGACACACGGTGATAATC
CTTGGATCCGGGCATACCAAGAGATCACACAATGGTTTCACGACTCCCTGAGCAACCATG
TACTTGATTTGGTCAGCA

QA 8 745 8 745
DS 

RD RR1BZ64TF 740 0 0
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CAAACAACAAAACTATTAAAAAAACATTCCCACCCAAATTTTCCCATCTGAGTTCATAAA
ATGTTCCCCTCCCATTGACTCCTACCCAACTCCCCAACAAAAGCTTATTTTATGACTCAA
TCCCACCCATCTGACCAGACAAGATCAGGACTGACCAAGGCACCCCATCTGACTTTTTAA
ACACAAGACCAGACTCTAATCAGACCCATTTAAAACCAGTGCCCCCAAGACTCTTGACCT
CCTTCCGACTCTTCAATCATCATGCCTTAGCTCCTTCACTTGAAGTTGAATCCACCTGGA
GGTGCGGCTGCGTCGCTACCCCCAAACTGGAATCCCTGAGCAGACTCATCACCAGGTGGT
AAAGTCTCGTCATCCTCTTCCAGCCAGTATGTTTCAAGAATCTTCACTGCCTTCTCATAA
ATCTCGGTGTTGTCATGGCTCTGCAGATTCTCAATCTTCTCTAGTCCCTCAGCATCATCG
ATTAACTGTGCAAAAACGTTTGCATCCCCTGTGTTTCCCGTCACCTTCCAGCTTCCCCGA
CTTTCAGAATGTTCTCTAGTCCTTCTAGACACACGGTGATAATCCTTGGATCCGGGCATA
CCAAGAGATCACACAATGGTTTCACGACTCCCTGAGCAACCATGTACTTGATTTGGTCAG
CAGAACCGCCCGAAGTGGCC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 3

CO CL3549Contig1 1239 3 11 U
GGAGAAAAAAAGCTTTCAATTCAAAACCCTAGAGCTCAAGGTGAAGTTAAACAACAGCTC
CATCTGAAAGTTATATAATATAGAGAGAGATTCGTCGGGGATTTTAGAATCATGTATAGG
GAGAGAGGCACGGTTGGTTCGAGACCGGAGGTTGTGGATCGGAAACGAATCAACGGATCT
CTTGAACGACCTTCTCCGTCCACGTCTCGTCAAGTTAACGGTAAAGGAAAAGGAACCGTT
ACGGCGACAGCGCCTCACTCCGTGAAGCAACCGCACGACCATAGAGATTCGCTTTCTGCT
TCTCTCTCCAAGAATAACGTTTCAGACGATGAATCAGACACAGACAGTGAAGAAGAATCA
GATGGCAGTGGTTCAGACACCTCGTGGATATCTTAGTTCTGTAATCTTAAGGGTAACGAG
TTCTTCTGTGAGGTTGATGATGATTACATCCAAGATGACTTCAACTTGTGTGGACTCAGC
AGTGTAGTCCCGTACTACGAGTACGCTCTTGATTTGATTTTGGATCTAGAATCTTCCCAT
GGAGAGATGTTTACAGAGGAACAGAATGAGTTGATCGAGTCAGCTGCTGAGATGCTTTAT
GGTCTTATTCACGCTCGTTACATACTGACAACCAAAGGGCTGGCTGCAATGTTAGATAAA
TACAAAAACTACGACTTTGGAGGGTGTCCTAGAGTTTATTGCTGTGGCCAACCCTGTCTT
CCGGTTGGTCAATCGGATTTGCCTCGGTCTAGCACGGTGAAGATATATTGCCCTAAATGT
CAAGACATTTACTACCCGCGATCAAAGTATCAAGGCAACATTGATGGGGCTTACTTTGGG
ACAACGTTTCCACATCTGTTCTTGATGACTTATGGAAATCTCAAGCCACCAAAGGCAACA
CAAAACTATGTTCCAAGAGTTTTTGGTTTCAAATTACACAATCCGTGAGTGAAATTTCAA
AGACAAAACAGGAGAGTGAAGGTGATCATGGCTTTGGATTGGAAAAGAGAAACAAGGAGC
GTTTGTAATCTCACCAACGGTGAAGAAGCAGCAGTGTCTATTTGTCATCAGGTATATACA
CATTAGAAGCAAGCCAAAAAAATGAAAATCTTTTTGATGTTAAAACTTGAATTGGTATTT
TCCTACTTTTTGTAATCTTCTTCTTTTGTTTTGTTTCTTCCCACTGTGAGATTCTGTCAG
ATAGTTCAATCATATATTAAGAAGTGTTCCTTTTTAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM89TF U 1
AF RR1GO14TF U 66
AF RR1EM89JQ C 586
BS 1 123 RR1EM89TF
BS 124 124 RR1GO14TF
BS 125 253 RR1EM89TF
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BS 255 394 RR1EM89TF
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BS 725 746 RR1EM89TF
BS 747 772 RR1GO14TF
BS 773 1239 RR1EM89JQ

RD RR1EM89TF 746 0 0
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CATCTGAAAGTTATATAATATAGAGAGAGATTCGTCGGGGATTTTAGAATCATGTATAGG
GAGGGAGGCACGGTTGGTTCGAGACCGGAGGTTGTGGATCGGAAACGAATCAACGGATCT
CTTGAACGACCTTCTCCGTCCACGTCTCGTCAAGTTAACGGTAAAGGAAAAGGAACCGTT
ACGGCGACAGCGCTTCACTCCGTGAAGCAACCGCACGACCATAGAGATTCGCTTTCTGCT
TCTCTCTCCAAGAATAACGTTTCAGACGATGAATCAGACACAGACAGTGAAGAAGAATCA
GATGGCAGTGGTTCAGACACCTCGTGGATATCTTGGTTCTGTAATCTTAAGGGTAACGAG
TTCTTCTGTGAGGTTGATGATGATTACATCCAAGATGACTTCAACTTGTGTGGACTCAGC
AGTGTAGTCCCGTACTACGAGTACGCTCTTGATTTGATTTTGGATCTAGAATCTTCCCAT
GGAGAGATGTTTACAGAGGAACAGAATGAGTTGATCGAGTCAGCTGCTGAGATGCTTTAT
GGTCTTATTCACGCTCGTTACATACTGACAACCAAAGGGCTGGCTGCAATGTTAGATAAA
TACAAAAACTACGACTTTGGAGGGTGTCCTAGAGTTTATTGCTGTGGCCAACCCTGTCTT
CCG*TTGGTCAATCGGATTTGCCTCG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1GO14TF 707 0 0
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AGGCACGGTTGGTTCGAGACCGGAGGTTGTGGATCGGAAACGAATCAACGGATCTCTTGA
ACGACCTTCTCCGTCCACGTCTCGTCAAGTTAACGGTAAAGGAAAAGGAACCGTTACGGC
GACAGCGCCTCACTCCGTGAAGCAACCGCACGACCATAGAGATTCGCTTTCTGCTTCTCT
CTCCAAGAATAACGTTTCAGACGATGAATCAGACACAGACAGTGAAGAAGAATCAGATGG
CAGTGGTTCAGACACCTCGTGGATATCTTAGTTCTGTAATCTTAAGGGTAACGAGTTCTT
CTGTGAGGTTGATGATGATTACATCCAAGATGACTTCAACTTGTGTGGACTCAGCAGTGT
AGTCCCGTACTACGAGTACGCTCTTGATTTGATTTTGGATCTAGAATCTTCCCATGGAGA
GATGTTTACAGAGGAACAGAATGAGTTGATCGAGTCAGCTGCTGAGATGCTTTATGGTCT
TATTCACGCTCGTTACATACTGACAACCAAAGGGCTGGCTGCAATGTTAGATAAATACAA
AAACTACGACTTTGGAAGGTGTCCTAGAGTTTATTGCTGTGGCCAACCCTGTCTTCCGGT
TGGTCAATCGGATTTGCCTCGGTCTAGCACGGTGAAGATATATTGCC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1EM89JQ 654 0 0
GCTGAGATGCTTTATGGTCTTATTCACGCTCGTTACATACTGACAACCAAAGGGCTGGCT
GCAATGTTAGATAAATACAAAAACTACGACTTTGGAGGGTGTCCTAGAGTTTATTGCTGT
GGCCAACCCTGTCTTCCGGTTGGTCAATCGGATTTGCCTCGGTCTAGCACGGTGAAGATA
TATTGCCCTAAATGTCAAGACATTTACTACCCGCGATCAAAGTATCAAGGCAACATTGAT
GGGGCTTACTTTGGGACAACGTTTCCACATCTGTTCTTGATGACTTATGGAAATCTCAAG
CCACCAAAGGCAACACAAAACTATGTTCCAAGAGTTTTTGGTTTCAAATTACACAATCCG
TGAGTGAAATTTCAAAGACAAAACAGGAGAGTGAAGGTGATCATGGCTTTGGATTGGAAA
AGAGAAACAAGGAGCGTTTGTAATCTCACCAACGGTGAAGAAGCAGCAGTGTCTATTTGT
CATCAGGTATATACACATTAGAAGCAAGCCAAAAAAATGAAAATCTTTTTGATGTTAAAA
CTTGAATTGGTATTTTCCTACTTTTTGTAATCTTCTTCTTTTGTTTTGTTTCTTCCCACT
GTGAGATTCTGTCAGATAGTTCAATCATATATTAAGAAGTGTTCCTTTTTAGCC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 3

CO CL3550Contig1 988 3 10 U
GAGTCACCGGTTTGCCTAACCGTCCACACGTTGTTTTCGTTGATGGACACTGCACGACGC
AGCTAGAAGAAACATGGACAGCTTTGTTTTCAGGAATCAGATACGCAAAGAACTTCACCA
AACCGGTTTGTTTTCGCCACGCCGTTCTCTCACCGTTGGGATACGAGACGGCTCTTTTCA
AGGGCTTGTCCGGCGAGATTGAATGCAAGGGCGAATCATCTCACAACCTGTGGCTAAACC
CTGACAACACAAAAACCGCGAGGCTCTCAGAGTTTGGCGAAATGATCAGATCATCATTCG
GTTTCCCTGTGAACAGACACCGCTCAATAGAAAAACCGCTGTCGTCATCATCCCCTGTTT
ACAACGTTCTCTTTGTCCGACGTGAAGACTACTTAGCACACCCTCGTCACGGAGGTAAAG
TCCAGTCACGGCTCGTCAACGAGGAAGAAGTGTTCGAGTCGTTGCGCCAGTGGGTTGCGT
CTGGCTCCACGGGTCTGACGAAATGCGGGATTAACCTTGTGAACGGGCTGTTTGCGCACA
TGTCGATGAAAGATCAAGTCAAAGCCATCCAAGACGCGTCGGTGATCATAGGAGCTCACG
GAGCGGGACTGACGCACATAGTCTCTGCAACACCAAACACAACGATATTTGAGATTATAA
GCGTCGAGTTTCGGAGGCCGCATTTCGAGCTTATAGCTAAGTGGAAAGGTTCGGAGAATC
ATCCGATGCATCTGGCGAATTCACGGGCGGATCCGACGGCTGTGATTGAGAAGTTAAAAG
AGATAATGAGAAGTCTTGGCTGCTGAAAAAGAAGTCTCGGGTGACCCCGTGAGTTCGAAC
CTTAGCAGCCACGGGATGTTTTTGTATTATTATTTTTCTTCGTCTTTAGGTGGGGGTTAA
TGTCAATGTCAAGTGTTGCAGATTGGCTTTTGCTATTTTGTACCAAACATGCTTTTTGAC
ACGGGATAATTATTATACCACTCTCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DJ67TF U 1
AF RR1DJ67JQ C 386
AF RR1G429TF U 513
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BS 679 679 RR1G429TF
BS 680 708 RR1DJ67TF
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BS 919 919 RR1DJ67JQ
BS 920 988 RR1G429TF

RD RR1DJ67TF 708 0 0
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AGCTAGAAGAAACATGGACAGCTTTGTTTTCAGGAATCAGATACGCAAAGAACTTCACCA
AACCGGTTTGTTTTCGCCACGCCGTTCTCTCACCGTTGGGATACGAGACGGCTCTTTTCA
AGGGCTTGTCCGGCGAGATTGAATGCAAGGGCGAATCATCTCACAACCTGTGGCTAAACC
CTGACAACACAAAAACCGCGAGGCTCTCAGAGTTTGGCGAAATGATCAGATCATCATTCG
GTTTCCCTGTGAACAGACACCGCTCAATAGAAAAACCGCTGTCGTCATCATCCCCTGTTT
ACAACGTTCTCTTTGTCCGACGTGAAGACTACTTAGCACACCCTCGTCACGGAGGTAAAG
TCCAGTCACGGCTCGTCAACGAGGAAGAAGTGTTCGAGTCGTTGCGCCAGTGGGTTGCGT
CTGGCTCCACGGGTCTGACGAAATGCGGGATTAACCTTGTGAACGGGCTGTTTGCGCACA
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GAGCGGGACTGACGCACATAGTCTCTGCAACACCAAACACAACGATATTTGAGATTATAA
GCGTCGAGTTTCGGAGGC*GCATTTCGAGCTTATAGCTAAGTGGAAAG

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DS 

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AGACTACTTAGCACACCCTCGTCACGGAGGTAAAGTCCAGTCACGGCTCGTCAACGAGGA
AGAAGTGTTCGAGTCGTTGCGCCAGTGGGTTGCGTCTGGCTCCACGGGTCTGACGAAATG
CGGGATTAACCTTGTGAACGGGCTGTTTGCGCACATGTCGATGAAAGATCAAGTCAAAGC
CATCCAAGACGCGTCGGTGATCATAGGAGCTCACGGAGCGGGACTGACGCACATAGTTTC
TGCAACACCAAACACAACGATATTTGAGATTATAAGCGTCGAGTTTCGGAGGCCGCATTT
CGAGCTTATAGCTAAGTGGAAAGGTTCGGAGAATCATCCGATGCATCTGGCGAATTCACG
GGCGGATCCGACGGCTGTGATTGAGAAGTTAAAAGAGATAATGAGAAGTCTTGGCTGCTG
AAAAAGAAGTCTCGGGTGACCCCGTGAGTTCGAACCTTAGCAGCCACGGGATGTTTTTGT
ATTATTATTTTTCTTCGTCTTTAGGTGGGGGTTAATGTCAATGTCAAGTGTTGCAGATTG
GCTTTTGCTATTTTGTACCAAACATGCTTTTTGACACGGGATAATTATTATACC

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DS 

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G
ACCTTGTGAACGGGTTGTTTGCGCACATGTCGATGAAAGATCAAGTCAAAGCCATCCAAG
ACGCGTCGGTGATCATAGGAGCTCACGGAGCGGGGCTGACGCACATAGTGTCAGCAACAC
CAAACACAACGATATTTGAGATTATAAGCGTCAAGTTTCGGAGGCCGCATTTCGAGCTTA
TAGCTAAGTGGAAAGGTTTGGAGTATCATCCGATGCATCTGGCGAATTCACGGGCGGATC
CGACGGCTGTGATTGAGAAGTTAAAAGAGATAATGAGAAGTCTTGGCTGCTGAAAAAGAA
GTCTCGGGTGACCCCGTGAGTTCGAACCTTAGCAGCCACGGGATGTTTTTGTATTATTAT
TTTTCTTCGTCTTTAGGTGGGGGTTAATGTCAATGTCAAGTGTTGTAGATTGGCTTTTGC
TATTTTGTACCAAACATGCTTTTTGACACGGGATAATTATTATACCACTCTCACT

QA 2 476 2 476
DS 



AS 1 3

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GTGAAAGCTTCTCCCTTTAGCTCATTAGAAGCATCCATCGAATCCGCAAGAGACATCTGG
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AAGTCTCCTTCGCCTTCTAGCAACTCCGACTTCGCTCGCAGGAGCGTGACGGAGCAGTCC
ACGGCCTTTGCCACGACCTCTGCTTCTGCTTTAGAGGAGCTTGCAGAGTGGAATGTACTG
TACAGACAAAAGTTTGGCTTTATCTTTATTATTTGCGCTTCCGGCAGGACTCACACCGAG
ATGCTCGCCGAGTTAAAGGGAAGGTATGCAAACAGACCAATAGTGGAGCTCGAGATTGCT
GCTAAGGAGCAGATGAAAATAACTGAGCTCCGGATGGCAAAGCTCTTCTCCGAGAAGGCC
AAAGGTGTTTCACAAACTGAGTCCACTAAACCTCAAGATCGTCTGAGAATCATAGGAGGG
CATTTGAATGTTGCAGAAGCTACCAAGAGAAGTAGGCCACCCATCACCACCCATGTCCTG
GACGTCTCACGTGGTGCTCCAGCTGTAGGTGTTGAAGTCCACTTGGAGGTGTGGAATGGT
ACTACGAGTCCTTCCTTTGGTTATGGAGGTCGTGGGGACTGGTCCACGGTGGGAACTTCA
GCTACTGATAAAGATGGGCGTAGCGGGCAACTGATGGATTTGGTGGAGGCTTTGAAGCCA
GGGACGTATAGGATAAGCTTCAACACTGGAAAGTATTGCCCAGGAGGCTTCTTCCCTTAT
GTTTCCATTGCGTTTGAGGTCACTGAATCTCAGAAATGGGAGCATTTCCACGTCCCGCTG
TTACTTTCACCCTTTTCTTTCACCACATACCGTGGGAGCTAGAGCTAGAGCTGCTGCTGC
AAAGTCTTCAAGACATTTGGTGGTACTGTTATCTATCAAAATTGCTATAAAATAAAAATC
TGTATGTGTATTTATTCTCTCCTTTCACTTCACCATCTCGTTTTTGAAACACGTCTGCAA
AGAACTCAAACTGCCCCTGTGCCAGTATGATAGGCTTGAG


BQ
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AF RR1DC35TF U 1
AF RR1BB50TF U 6
AF RR1BB50JQ C 305
BS 1 269 RR1DC35TF
BS 270 270 RR1BB50TF
BS 271 292 RR1DC35TF
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BS 294 633 RR1DC35TF
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BS 685 1180 RR1BB50JQ

RD RR1DC35TF 633 0 0
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AAGATCAGGGAAGAAGACTGGATGGTTTTCTGCGGAAGCTCCGATTTCGCGAAGCTGATG
GTGAAAGCTTCTCCCTTTAGCTCATTAGAAGCATCCATCGAATCCGCAAGAGACATCTGG
TTCAACCAAGTCAACGTCGCGGCTTGGCTCGAAGCCTTCGCTGCTCATCCTCAGATAGGG
AAGTCTCCTTCGCCTTCTAGCAACTCCGATTTCGCTCGCAGGAGCGTGACGGGGCAGTCC
ACGGCCTTTGCCACGACCTCTGCTTCTGCTTTAGAGGAGCTTGCAGAGTGGAATGTACTG
TACAGACAAAAGTTTGGCTTTATCTTTATTATTTGCGCTTCCGGCAGGACTCACACCGAG
ATGCTCGCCGAGTTAAAGGGAAGGTATGCAAACAGACCAATAGTGGAGCTCGAGATTGCT
GCTAAGGAGCAGATGAAAATAACTGAGCTCCGGATGGCAAAGCTCTTCTCCGAGAAGGCC
AAAGGTGTTTCACAAACTGAGTCCACTAAACCTCAAGATCGTCTGAGAATCATAGGAGGG
CATTTGAATGTTGCAGAAGCTACCAAGAGAAGT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1BB50TF 679 0 0
GG
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GGGAAGAAGACTGGATGGTTTTCTGCGGAAGCTCCGATTTCGCGAAGCTGATGGTGAAAG
CTTCTCCCTTTAGCTCATTAGAAGCATCCATCGAATCCGCAAGAGACATCTGGTTCAACC
AAGTCAACGTCGCGGCTTGGCTCGAAGCCTTCGCTGCTCATCCTCAGATAGGGAAGTCTC
CTTCGCCTTCTAGCAACTCCGACTTCGCTCGCAGGAGCGTGACGGAGCAGTCCACGGCCT
TTGCCACGACCTCTGCTTCTGCCTTAGAGGAGCTTGCAGAGTGGAATGTACTGTACAGAC
AAAAGTTTGGCTTTATCTTTATTATTTGCGCTTCCGGCAGGACTCACACCGAGATGCTCG
CCGAGTTAAAGGGAAGGTATGCAAACAGACCAATAGTGGAGCTCGAGATTGCTGCTAAGG
AGCAGATGAAAATAACTGAGCTCCGGATGGCAAAGCTCTTCTCCGAGAAGGCCAAAGGTG
TTTCACAAACTGAGTCCACTAAACCTCAAGATCGTCTGAGAATCATAGGAGGGCATTTGA
ATGTTGCAGAAGCTACCAAGAGAAGTAGGCCACCCATCACCACCCATGTCCTGGACGTCT
CACGTGGTGCTCCAGCT

QA 3 679 3 679
DS 

RD RR1BB50JQ 876 0 0
GCCTTTG
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GTTTGGCTTTATCTTTATTATTTGCGCTTCCGGCAGGACTCACACCGAGATGCTCGCCGA
GTTAAAGGGAAGGTATGCAAACAGACCAATAGTGGAGCTCGAGATTGCTGCTAAGGAGCA
GATGAAAATAACTGAGCTCCGGATGGCAAAGCTCTTCTCCGAGAAGGCCAAAGGTGTTTC
ACAAACTGAGTCCACTAAACCTCAAGATCGTTTGAGAATCATAGGAGGGCATTTGAATGT
TGCAGAAGCTACCAAGAGAAGTAGGCCACCCATCACCACCCATGTCCTGGACGTCTCACG
TGGTGCTCCAGCTGTAGGTGTTGAAGTCCACTTGGAGGTGTGGAATGGTACTACGAGTCC
TTCCTTTGGTTATGGAGGTCGTGGGGACTGGTCCACGGTGGGAACTTCAGCTACTGATAA
AGATGGGCGTAGCGGGCAACTGATGGATTTGGTGGAGGCTTTGAAGCCAGGGACGTATAG
GATAAGCTTCAACACTGGAAAGTATTGCCCAGGAGGCTTCTTCCCTTATGTTTCCATTGC
GTTTGAGGTCACTGAATCTCAGAAATGGGAGCATTTCCACGTCCCGCTGTTACTTTCACC
CTTTTCTTTCACCACATACCGTGGGAGCTAGAGCTAGAGCTGCTGCTGCAAAGTCTTCAA
GACATTTGGTGGTACTGTTATCTATCAAAATTGCTATAAAATAAAAATCTGTATGTGTAT
TTATTCTCTCCTTTCACTTCACCATCTCGTTTTTGAAACACGTCTGCAAAGAACTCAAAC
TGCCCCTGTGCCAGTATGATAGGCTTGAG

QA 8 876 8 876
DS 



AS 1 3

CO CL3552Contig1 1119 3 10 U
GGACCCTTGTATAAGCATCTCTCGCCAAACGCAAGAAAATGCGAAAAACAAAATCAATAA
TGGTTCCCAAAGGTGCAAAGAACACGCTTCTAGAGCGACCTTGGTTCATCGTGCTGGCTC
TAGCTGGTCTTATAGGCGGCGCAGTGCTCATCACAAGTTTCATCCGAGCTACGGACAACA
CTTTATCACTATGTTCCACGACTAAAACAACTGCAAAATCCATAGCCGAATACACAGCCA
CACCAATCCAGCTCCAATCCATCGTCCATTACGCAACCTCACGAACCGTCCCTCAACAAA
CCTTCGCGGAGATCTCTATCTCCTTAGAAGTCCTTAAGGACCGTTTACCTTCAATTTTCT
CGTCTTTGGCCTCGGCCGTGACTCCCTCATGTGGGCCTCCCTCAATCCAGGTGGCACCAC
TGTGTTCATGGAAGAGGATCCTGAGTGGATCGAGGCCGTTCTCAAGGACGCACCGTCCCT
AAGAGCCCACCATGTGCAGTATCGGACCCAACTTTCTCAAGCGGACCGTCTTCTCAAAAC
CTACCGGTCTGAACCCAAATGTTTGCCCGCCAACGCTTTCCCGATCCGGGACAACGAGAA
GTGTCCATTGGCGTTGACTTCACTTCCTGATGAGTTCTATGATACCGAGTGGGATCTGAT
CATGGTGGACGCACCAAAAGGATACTTCGCAACCGCGCCAGGGAGGATGGCAGCCATATT
CTCCTCAGCTGTCATGGCTCGTAACCGGAAGGGTGCAGGCACGACGCACGTTTTCCTTCA
TGACGTTGACCGCAAAGTGGAGAAAGCTTACGCCAACGAGTTCCTATGCGAGAAGTACAG
AGTCAAATCTGCTGGTAGGCTCTGGCACTTCGAAATGCCCAACGCTGCTAACATGAGCGA
CCAGCCGGGGGATCGGTTCTGCTAGATTGCTCCGATATGCAGTCAGTTCATGGTTACTTT
TTTTTTACATTAAACACCGCATACAACTATCCAAAGGCTTCTCATTAAAATAAAATCATG
TATCCAAAGGCTTCTCAGCGCATACAACTATTGCTATTACTCTTTGTTTTTGTATGGTGT
GCTGTAGAAAATTATTGAATGAAAGATCTAGCAAGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX43TF U 57
AF RR1GU69TF U 1
AF RR1GU69JQ C 469
BS 1 136 RR1GU69TF
BS 137 137 RR1DX43TF
BS 138 155 RR1GU69TF
BS 156 156 RR1DX43TF
BS 157 360 RR1GU69TF
BS 361 361 RR1DX43TF
BS 362 384 RR1GU69TF
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BS 386 680 RR1GU69TF
BS 681 1119 RR1GU69JQ

RD RR1DX43TF 404 0 0
ATC
ATGGTTCCCAAAGGTGCAAAGAACACGCTTCTAGAGCGACCTTGGTTCATCGTGCTGGCT
CTAGCTGGTCTTATAGGCGGGGCAGTGCTCATCACCAGTTTCATCCGAGCTACGGACAAC
ACTTTATCACTATGTTCCACGGCTGAAACAACTGCAAAATCCATAGCCGAATACACAGCC
ACACCAATCCAGCTCCAATCCATCGTCCATTACGCAACCTCACGCACCGTCCCTCAACAA
ACCTTCGCGGAGATCTCTATCTCCTTAGAAGTCCTTAAGGACCGTTTACCTTCAATTTTC
TCGTCTTTGGCCTCGGTCGTGACTCCCTCATGTGGGCCTCCCTCAATCCAGGTGGCACCA
CTGTGTTCATGGAGGAGGATCCTGAGTGGATCGAGGCCGTT

QA 4 404 4 404
DS 

RD RR1GU69TF 683 0 0
GGACCCTTGTATAAGCATCTCTCGCCAAACGCAAGAAAATGCGAAAAACAAAATCAATAA
TGGTTCCCAAAGGTGCAAAGAACACGCTTCTAGAGCGACCTTGGTTCATCGTGCTGGCTC
TAGCTGGTCTTATAGGTGGCGCAGTGCTCATCACAGGTTTCATCCGAGCTACGGACAACA
CTTTATCACTATGTTCCACGACTAAAACAACTGCAAAATCCATAGCCGAATACACAGCCA
CACCAATCCAGCTCCAATCCATCGTCCATTACGCAACCTCACGAACCGTCCCTCAACAAA
CCTTCGCGGAGATCTCTATCTCCTTAGAAGTCCTTAAGGACCGTTTACCTTCAATTTTCT
TGTCTTTGGCCTCGGCCGTGACTCTCTCATGTGGGCCTCCCTCAATCCAGGTGGCACCAC
TGTGTTCATGGAAGAGGATCCTGAGTGGATCGAGGCCGTTCTCAAGGACGCACCGTCCCT
AAGAGCCCACCATGTGCAGTATCGGACCCAACTTTCTCAAGCGGACCGTCTTCTCAAAAC
CTACCGGTCTGAACCCAAATGTTTGCCCGCCAACGCTTTCCCGATCCGGGACAACGAGAA
GTGTCCATTGGCGTTGACTTCACTTCCTGATGAGTTCTATGATACCGAGTGGGATCTGAT
CATGGTGGACGCACCAAAAG
ATA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1GU69JQ 651 0 0
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TCTTCTCAAAACCTACCGGTCTGAACCCAAATGTTTGCCCGCCAACGCTTTCCCGATCCG
GGACAACGAGAAGTGTCCATTGGCGTTGACTTCACTTCCTGATGAGTTCTATGATACCGA
GTGGGATCTGATCATGGTGGACGCACCAAAAGGATACTTCGCAACCGCGCCAGGGAGGAT
GGCAGCCATATTCTCCTCAGCTGTCATGGCTCGTAACCGGAAGGGTGCAGGCACGACGCA
CGTTTTCCTTCATGACGTTGACCGCAAAGTGGAGAAAGCTTACGCCAACGAGTTCCTATG
CGAGAAGTACAGAGTCAAATCTGCTGGTAGGCTCTGGCACTTCGAAATGCCCAACGCTGC
TAACATGAGCGACCAGCCGGGGGATCGGTTCTGCTAGATTGCTCCGATATGCAGTCAGTT
CATGGTTACTTTTTTTTTACATTAAACACCGCATACAACTATCCAAAGGCTTCTCATTAA
AATAAAATCATGTATCCAAAGGCTTCTCAGCGCATACAACTATTGCTATTACTCTTTGTT
TTTGTATGGTGTGCTGTAGAAAATTATTGAATGAAAGATCTAGCAAGTTAT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 3

CO CL3553Contig1 813 3 9 U
TCACTTCAGCATTCCAAAAGACACACATGGGTTTATTAAAATAATAACAATAGAAGAACC
CTCCTTTATTTAGATAGCCAATAGACAAGACAAACGTACATTAAGATATAAGACAAACCA
AAAACAACAACAATAGACCATGCAACTCCATAAGTTCACATGATAATCTTATTCATACAC
AATATAAGATTGGTTCTGCATCAGTTGGCTATGGGCGCCACTCTAACTCCGATCTTGTAA
AGAAACTCACCAGCTTGTCCATAGAACCCAACGACCTTGTGGTCTTTCTTCTCCAGCACG
AATTCAGTTCCTGAGTCCATTCCATACGGGTCAGAAATTCTCTTGTTTGTCTTGAATTTA
AGACAGATGATCGCCGGTGCATCGACACCATAAATCTTGTCATAGTAGCCTATCACACCT
GTGAGATATTCACCATCTTCAAGCACAAACTCTTCAGCATCAAGCAATGACTTCTTCCCA
TGAACACTTCCAAGGACAGGCTTTGAAGCATTTACATACTCAGCCTCGAAATAAGTCACA
CAAGAGTCACCTTGTCCTACATATATCTTCTTCACACCGTCGTGAACACCATCGTCCCAC
TTAACTCCAGCGTCTCCACCTTGTGCTGGAATAGTATCGACGGGAGTCACTGGTGTTGAC
GTAGGAGCAATATAAACTCCAAGAGAGTGGATCACGTCGCTTGCACTTCCATGGAATCCA
ACGATTTTGCCACCCCCTAGCTCTGCTTCTTGTCCAGAGGCCATTCCAAACGGCTGAGAA
ACTTTTCCCTTGAATGTCTTGAAGATAAGAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CM33TF C 1
AF RR1D621JQ U 52
AF RR1E339JQ U 108
BS 1 51 RR1CM33TF
BS 52 135 RR1D621JQ
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RD RR1CM33TF 597 0 0
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CTCCTTTATTTAGATAGCCAATAGACAAGACAAACGTACATTAAGATATAAGACAAACCA
AAAACAACAACAATAGACCATGCAACTCCATAAGTTCACATGATAATCTTATTCATACAC
AATATAAGATTGGTTCTGCATAAGTTGGTTATGGGCGCCACTCTAACTCCGATCTTGTAA
AGAAACTCACCAGCTTGTCCATAGAACCCAACGACCTTGTGGTCTTTCTTCTCCAGCACG
AATTCAGTTCCTGAGTCCATTCCATACGGGTCAGAAATTCTCTTGTTTGTCTTGAATTTA
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GTGAGATATTCACCATCTTCAAGCACAAACTCTTCAGCATCAAGCAATGACTTCTTCCCA
TGAACACTTCCAAGGACAGGCTTTGAAGCATTTACATACTCAGCCTCGAAATAAGTCACA
CAAGAGTCACCTTGTCCTACATATATCTTCTTCACACCGTCGTGAACACCATCGTCC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1D621JQ 705 0 0
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GACAAACCAAAAACAACAACAATAAACCATGCAACTCCATAAGTTCACATGATAATCTTA
TTCATACACAATATAAGATTGGTTCTGCATCAGTTGGCTATGGGCGCCACTCTAACTCCG
ATCTTGTAAAGAAACTCACCAGCTTGTCCATAGAACCCAACGACCTTGTGGTCTTTCTTC
TCCAGCACGAATTCAGTTCCTGAGTCCATTCCATACGGGTCAGAAATTCTCTTGTTTGTC
TTGAATTTAAGACAGATGATCGCCGGTACATCGACACCATAAATCTTGTCATAGTAGCCT
ATCACACCTGTGAGATATTCACCATCTTCAAGCACAAACTCTTCAGCATCAAGCAATGAC
TTCTTCCCATGAACACTTCCAAGGACAGGCTTTGAAGCATTTACATACTCAGCCTCGAAA
TAAGTCACACAAGAGTCACCTTGTCCTACATATATCTTCTTCACACCGTCGTGAACACCA
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GGTGTTGACGTAGGAGTAATATAAACTCCAAGAGAGTGGATCACGTCGCTTGCACTTCCA
TGGAATCCAACGATTTTGCCACCCCCTAGCTCTGCTTCTTGTCCA

QA 1 705 1 705
DS 

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CTTATTCATACACAATATAAGATTGGTTCTGCATCAGTTGGCTATGGGCGCCACTCTAAC
TCCGATCTTGTAAAGAAACTCACCAGCTTGTCCATAGAACCCAACGACCTTGTGGTCTTT
CTTCTCCAGCACGAATTCAGTTCCTGAGTCCATTCCATACGGGTCAGAAATTCTCTTGTT
TGTCTTGAATTTAAGACAGATGATCGCCGGTGCATCGACACCATAAATCTTGTCATAGTA
GCCTATCACACCCGTGAGATATTCACCATCTTCAAGCACAAACTCTTCAGCATCAAGCAA
TGACTTCTTCCCATGAACACTTCCAAGGACAGGCTTTGAAGCATTTACATACTCAGCCTC
GAAATAAGTCACACAAGAGTCACCTTGTCCTACATATATCTTCTTCACACCGTCGTGAAC
ACCATCGTCCCACTTAACTCCAGCGTCTCCACCTTGTGCTGGAATAGTATCGACGGGAGT
CACTGGTGTTGACGTAGGAGCAATATAAACTCCAAGAGAGTGGATCACGTCGCTTGCACT
TCCATGGAATCCAACGATTTTGCCACCTCCTAGCTCTGCTTCTTGTCCAGAGGCCATTCC
AAACGGCTGAGAAACTTTTCCCTTGAATGTCTTGAAGATAAGAGCG

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 3

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CGGAGTGAACTTGATTCCTTCGGAGAAGAAAGTCACAGGAGCCATCAAAAAGAGAGACAT
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TATAATGGAACCGATTACCCATGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D608JQ U 1
AF RR1D608TF C 101
AF RR1BU84JQ U 28
BS 1 726 RR1D608JQ
BS 727 745 RR1BU84JQ

RD RR1D608JQ 727 0 0
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CAAATAACACATGATAAAGAGAAGAAACGTATCAAGAATCCGCAGAAGAATAAAACCATC
TATCTGAAATAAAACTTCGGCTCAAGAAAATTGTAATACATATAAAAGCAGTAGCAGATA
GTTTGCTTAGGCAGTCTTAGGCTTTGGCTTAATACGCTTCACTCTCGAGTACAAGAAGAC
TCCCGCTAGGGCAATTCCGGTTCCAAAAGCATTAACAGGCGAGACGGGTGTCTTGAAGAA
GATGACAGAGCTCACGATGACCACCACACGCTTCACACAGTTTCCTACAGAATGTGTAAC
CGGTGATACTCTCGCCAGTATCATGTACGACACCTGCTGGTATGCGTGGAAGCAGAGTGC
AGCAATAAGAGACTTGGTGTAGATTTGTTGAACATTCACACCAACTGACTGGATGTATGA
CGGAGTGAACTTGATTCCTTCGGAGAAGAAAGTCACAGGAGCCATCAAAAAGAGAGACAT
CAACGTTATTATAGAGAAGAGGGTGATGTTGTCCAAAGAATCATCTTTCTTGACCATGAC
TTTTTTGCTAAGCACGTTACGGGATTGGTTAGTCAAGTTTGAAGCCATTGCACTCAAAAA
GCCAGCCCAGTTGAATGAGACCTCTGTAATTGAAGCAAGTGCAACTCCACCAACGATTGG
TATAAT
C

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1D608TF 627 0 0
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TATAAAAGCAGTAGCAGATAGTTTGCTTAGGCAGTCTTAGGCTTTGGCTTAATACGCTTC
ACTCTCGAGTACAAGAAGACTCCCGCTAGGGCAATTCCGGTTCCAAAAGCATTAACAGGC
GAGACGGGTGTCTTGAAGAAGATGACAGAGCTCACGATGACCACCACACGCTTCACACAG
TTTCCTACAGAATGTGTAACCGGTGATACTCTCGCCAGTATCATGTACGACACCTGCTGG
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CCAACTGACTGGATGTATGACGGAGTGAACTTGATTCCTTCGGAGAAGAAAGTCACAGGA
GCCATCAAAAAGAGAGACATCAACGTTATTATAGAGAAGAGGGTGATGTTGTCCAAAGAA
TCATCTTTCTTGACCATGACTTTTTTGCTAAGCACGTTACGGGATTGGTTAGTCAAGTTT
GAAGCCATTGCACTCAAAAAGCCAGCCCAGTTGAATGAGACCTCTGTAATTGAAGCAAGT
GCAACTCCACCAACGATTGGTATAAT
C

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1BU84JQ 718 0 0
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AAATTGTAATACATATAAAAGCAGTAGCAGATAGTTTGCTTAGGCAGTCTTAGGCTTTGG
CTTAATACGCTTCACTCTCGAGTACAAGAAGACTCCCGCTAGGGCAATTCCGGTTCCAAA
AGCATTAACAGGCGAGACGGGTGTCTTGAAGAAGATGACAGAGCTCACGATGACCACCAC
ACGCTTCACACAGTTTCCTACAGAATGTGTAACCGGTGATACTCTCGCCAGTATCATGTA
CGACACCTGCTGGTATGCGTGGAAGCAGAGTGCAGCAATAAGAGACTTGGTGTAGATTTG
TTGAACATTCACACCAACTGACTGGATGTATGACGGAGTGAACTTGATTCCTTCGGAGAA
GAAAGTCACAGGAGCCATCAAAAAGAGAGACATCAATGTTATTATAGAGAAGAGGGTGAT
GTTGTCCAAAGAATCATCTTTCTTGACCATGACTTTTTTGCTAAGCACGTTACGGGATTG
GTTAGTCAAGTTTGAAGCCATTGCACTCAAAAAGCCAGCCCAGTTGAATGAGACCTCTGT
AATTGAAGCAAGTGCAACTCCACCAACGATTGGTATAATGGAACCGATTACCCATGGA

QA 1 718 1 718
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3556Contig1 1149 3 16 U
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CCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCACCAGAGACTTGCTGTCTCTCTCTTTTGACCTTCGAGTC
CTCATTAGAAAAGCAATGGTGACCACGTCCTCATCTCGTACCAAGTCAAACAACTCTGTC
CTTCGTTCCCAATCACCCTCCGGTCAATTCTGCGGCGCTTACTCTAGAACCGTCCCGTCG
TCTTCTTCTTCCTCCTCCGCAGCGTTCGCTTCTTCCACGAGCTCTACTTTCTCCTCCCCG
TCCTCATCCTTCTTCAGCAACCACCACCACCGATCCTCCTCTCCCCCTCGCGTGAATCTC
TACACTCCTCCCC*ACCACCCTATGTTTCGCTATTCTCTCGACAGCAGATCCAACTCTCC
TCCCAACCGATCCATCTCCGTCTCCAAGAAACCGCAGCCTAAGGCCTCCGAGAAGACGAC
GGCGACGGCGACGAGGAGGAGGTGTATGTGTTCTCCGACGACGCATCCTGGATCTTTCCG
GTGTAGTCTCCACAAGAACGTTGCGAATCCGCACGGGCAAGGTACGGCGTCGTATACGGC
TAACAGTTTGAATATGCGGCGATCGGCGATGACGAACTCGCTTGTGAGAATCGGTGGGGT
TGAAGGGGAGTGGGTGAGAAGATCGTTGACGACTCTGATAAGGCCTTCGTCGCATCATCT
CAAAAGACGAGCTGCGTTTCAGCCTCGTCCTAGTAGGCTTTCGGTTATGTCGAGAGCCGA
GTGTGATTGATCTGATCTGATCTGGTTTCAGATTTTAGGTTTGCTCTTCTCTTTATTAAA
GAAGAAAAAGAAAACACAGCAGGAATCACTAGGGGGACAGATCTGGTCGGAAAGAAGTTG
AATTGGCGGGTAATGAGAGATCTACGGCGATTGTGGGAGGAGAAATCTCAACCCTTGAGA
TCGGAGTTTTGTAAAACGAACACACCATCATATGTTTTTTTTGTTGTTGGGTGAAGAAAG
ATGCGGAAGTGCATTGTGTACATATACTTTATTTTACTCTCTGTTTTCATGTGTTCTCTG
TTTCTCTCAAAAAGTATTGTCAGATTACATCTAAAATTAAAAAAAAATTCAGAATAATAT
TAGATCTGG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AY61TF U 3
AF RR1H541TF U 1
AF RR1AY61JQ C 340
BS 1 31 RR1H541TF
BS 32 32 RR1AY61TF
BS 33 184 RR1H541TF
BS 185 185 RR1AY61TF
BS 186 354 RR1H541TF
BS 355 355 RR1AY61TF
BS 356 440 RR1H541TF
BS 441 441 RR1AY61TF
BS 442 464 RR1H541TF
BS 465 465 RR1AY61TF
BS 466 700 RR1H541TF
BS 701 701 RR1AY61JQ
BS 702 722 RR1H541TF
BS 723 724 RR1AY61JQ
BS 725 738 RR1H541TF
BS 739 1149 RR1AY61JQ

RD RR1AY61TF 697 0 0
GG
AGAACCAACCTCCCTCCGGGGCCTCTGGAGAGAGAGAGAGAATCAAAAACCTCCTTCCTT
CCTTCCTTCCTTCCTCCACCAGAGACTTGTTGTCTCTCTCTTTTGACCTTCGAGTCCTCA
TTAGAAAAGCAATGGTGACCACGTCCTCATCTCGTACCAAGTCAAACAACTCTGTCCTTC
GTTCCCAATCACCCTCCGGTCAATTCTGCGGCGCTTACTCTAGAACCGTCCCGTCGTCTT
CTTCTTCCTCCTCCGCAGCGTTCGCTTCTTCCACGAGCTCTACTTTCTCCTCCCCGTCCT
CATCCTTCTTCAGCAACCACCACCACCGATCCTCCTCTCCCCCTCGCGTGAATCTCTACA
CTCCTCCCC*ACCACCCTATGTTTCGCTATTCTCTCGACAGCAGATCCAACTCTCCTCCC
AACCGATCCATCTCCGTCTCCAAGAAACCGCAGCCTAAGGCCTCCGAGAAGACGACGGCG
ACGGCGACGAGGAGGAGGTGTATGTGTTCTCCGACGACGCATCCTGGATCTTTCCGGTGT
AGTCTCCACAAGAACGTTGCGAATCCGCACGGGCAAGGTACGGCGTCGTATACGGCTAAC
AGTTTGAATATGCGGCGATCGGCGATGACGAACTCGCTTGTGAGAATCGGTGGGGTTGAA
GGGGAGTGGGTGAGAAGATCGTTGACGACTCTGAT

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR1H541TF 755 0 0
GGACAGAACCAACCTCCCTCCGGGGCCTCTG*AGAGAGAGAGAGAATCAAAAACCTCCTT
CCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCACCAGAGACTTGCTGTCTCTCTCTTTTGACCTTCGAGTC
CTCATTAGAAAAGCAATGGTGACCACGTCCTCATCTCGTACCAAGTCAAACAACTCTGTC
CTTCTTTCCCAATCACCCTCCGGTCAATTCTGCGGCGCTTACTCTAGAACCGTCCCGTCG
TCTTCTTCTTCCTCCTCCGCAGCGTTCGCTTCTTCCACGAGCTCTACTTTCTCCTCCCCG
TCCTCATCCTTCTTCAGCAACCACCACCACCGATCCTCCTCTCCCCCTCGCGTGGATCTC
TACACTCCTCCCC*ACCACCCTATGTTTCGCTATTCTCTCGACAGCAGATCCAACTCTCC
TCCCAACCGATCCATCTCCGCCTCCAAGAAACCGCAGCCTAAGGTCTCCGAGAAGACGAC
GGCGACGGCGACGAGGAGGAGGTGTATGTGTTCTCCGACGACGCATCCTGGATCTTTCCG
GTGTAGTCTCCACAAGAACGTTGCGAATCCGCACGGGCAAGGTACGGCGTCGTATACGGC
TAACAGTTTGAATATGCGGCGATCGGCGATGACGAACTCGCTTGTGAGAATCGGTGGGGT
TGAAGGGGAGTGGGTGAGAAGATCGTTGACGACTCTGATA*GGCCTTCGTCGCATCATCT
CA**AGACGAGCTGCGTT
CATCTCGTCTAGTAGCT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1AY61JQ 810 0 0
TCTCCCCCTCGCGTGAATCTCTACACTCCTCCCCCACCACCCTATGTTTCGCTATTCTCT
CGACAGCAGATCCAACTCTCCTCCCAACCGATCCATCTCCGTCTCCAAGAAACCGCAGCC
TAAGGCCTCCGAGAAGACGACGGCGACGGCGACGAGGAGGAGGTGTATGTGTTCTCCGAC
GACGCATCCTGGATCTTTCCGGTGTAGTCTCCACAAGAACGTTGCGAATCCGCACGGGCA
AGGTACGGCGTCGTATACGGCTAACAGTTTGAATATGCGGCGATCGGCGATGACGAACTC
GCTTGTGAGAATCGGTGGGGTTGAAGGGGAGTGGGTGAGAAGATCGTTGACGACTCTGAT
AAGGCCTTCGTCGCATCATCTCAAAAGACGAGCTGCGTTTCAGCCTCGTCCTAGTAGGCT
TTCGGTTATGTCGAGAGCCGAGTGTGATTGATCTGATCTGATCTGGTTTCAGATTTTAGG
TTTGCTCTTCTCTTTATTAAAGAAGAAAAAGAAAACACAGCAGGAATCACTAGGGGGACA
GATCTGGTCGGAAAGAAGTTGAATTGGCGGGTAATGAGAGATCTACGGCGATTGTGGGAG
GAGAAATCTCAACCCTTGAGATCGGAGTTTTGTAAAACGAACACACCATCATATGTTTTT
TTTGTTGTTGGGTGAAGAAAGATGCGGAAGTGCATTGTGTACATATACTTTATTTTACTC
TCTGTTTTCATGTGTTCTCTGTTTCTCTCAAAAAGTATTGTCAGATTACATCTAAAATTA
AAAAAAAATTCAGAATAATATTAGATCTGG

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL3557Contig1 807 2 12 U
GAGGACCAAGATCGCTGAGTTGCTCCGTTACCATTCAACCAAGAGCGGTGATGAGTTGAC
CAGCCTCAAGTACTACGTGACAAGGATGAAGGAAGGTCAGGAGGATATCTTCTACATCAC
GGGTGAGAGCAAAAAGGCTGTGGAGAACTCTCCATTCCTTGAGAAGCTCAAGAAGAAAGG
GTATGAAGTTCTCTACATGGTTGATGCTATCGATGAGTATGCCATTGGCCAGCTCAAGGA
ATTTGAAGGCAAGAAGCTCGTGCCTGCAACCAAGGAAGGATTGAAACTGGGAGAGACAGA
AGACGAGAAGAAGAAAAAGGAGGAGCTCAAGGAGAAGTTCGAAGGACTCTGCAAAGTGAT
CAAGGATGTTCTCGGGGACAAGGTCGAGAAGGTTATTGTCTCTGACCGTGTTGTTGACTC
ACCATGCTGTCTGGTAACAGGTGAATACGGCTGGACCGCAAACATGGAGAGGATCATGAA
AGCCCAGGCTTTGAGAGACAGCAGCATGGGTGGTTACATGTCTTCCAAGAAGACGATGGA
GATTAACCCAGAGAATGCTATCATGGACGAGCTGAGGAAAAGAGCTGAAGCCGACAAGAA
TGACAAGTCGGTGAAGGATCTTGTTCTTCTCCTGTTTGAGACTGCCCTTCTCACTTCTGG
ATTCAGCCTAGACGAGCCAAACACTTTCGGTAGCAGAATCCACAGGATGTTGAAGCTTGG
ACTGAGCATTGATGATGATGATGCTGTTGAAGCTGATGCAGAGATGCCTCCACTTGAAGA
TGACGCTGATGCTGAAGCAGCAAGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GN06TF U 1
AF RR1FJ20TF U 141
BS 1 262 RR1GN06TF
BS 263 263 RR1FJ20TF
BS 264 590 RR1GN06TF
BS 591 591 RR1FJ20TF
BS 592 689 RR1GN06TF
BS 690 690 RR1FJ20TF
BS 691 697 RR1GN06TF
BS 698 698 RR1FJ20TF
BS 699 717 RR1GN06TF
BS 718 718 RR1FJ20TF
BS 719 729 RR1GN06TF
BS 730 807 RR1FJ20TF

RD RR1GN06TF 729 0 0
GAGGACCAAGATCGCTGAGTTGCTCCGTTACCATTCAACCAAGAGCGGTGATGAGTTGAC
CAGCCTCAAGTACTACGTGACAAGGATGAAGGAAGGTCAGGAGGATATCTTCTACATCAC
GGGTGAGAGCAAAAAGGCTGTGGAGAACTCTCCATTCCTTGAGAAGCTCAAGAAGAAAGG
GTATGAAGTTCTCTACATGGTTGATGCTATCGATGAGTATGCCATTGGCCAGCTCAAGGA
ATTTGAAGGCAAGAAGCTCGTGTCTGCAACCAAGGAAGGATTGAAACTGGGAGAGACAGA
AGACGAGAAGAAGAAAAAGGAGGAGCTCAAGGAGAAGTTCGAAGGACTCTGCAAAGTGAT
CAAGGATGTTCTCGGGGACAAGGTCGAGAAGGTTATTGTCTCTGACCGTGTTGTTGACTC
ACCATGCTGTCTGGTAACAGGTGAATACGGCTGGACCGCAAACATGGAGAGGATCATGAA
AGCCCAGGCTTTGAGAGACAGCAGCATGGGTGGTTACATGTCTTCCAAGAAGACGATGGA
GATTAACCCAGAGAATGCTATCATGGACGAGCTGAGGAAAAGAGCTGAAGTCGACAAGAA
TGACAAGTCGGTGAAGGATCTTGTTCTTCTCCTGTTTGAGACTGCCCTTCTCACTTCTGG
ATTCAGCCTAGACGAGCCAAACACTTTCG*TAGCAGA*TCCACAGGATGTTGAAGCT*GG
ACTGAGCAT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1FJ20TF 667 0 0
TGGAGAACTCTCCATTCCTTGAGAAGCTCAAGAAGAAAGGGTATGAAGTTCTCTACATGG
TTGATGCTATCGATGAGTATGCCATTGGCCAGCTCAAGGAATTTGAAGGCAAGAAGCTCG
TGCCTGCAACCAAGGAAGGATTGAAACTGGGAGAGACAGAAGACGAGAAGAAGAAAAAGG
AGGAGCTCAAGGAGAAGTTCGAAGGACTCTGCAAAGTGATCAAGGATGTTCTCGGGGACA
AGGTCGAGAAGGTTATTGTCTCTGACCGTGTTGTTGACTCACCATGCTGTCTGGTAACAG
GTGAATACGGCTGGACCGCAAACATGGAGAGGATCATGAAAGCCCAGGCTTTGAGAGACA
GCAGCATGGGTGGTTACATGTCTTCCAAGAAGACGGTGGAGATTAACCCAGAGAATGCTA
TCATGGACGAGCTGAGGAAAAGAGCTGAAGCCGACAAGAATGACAAGTCGGTGAAGGATC
TTGTTCTTCTCCTGTTTGAGACTGCCCTTCTCACTTCTGGATTCAGCCTAGACGAGCCAA
ACACTTTCGGTAGCAGAATCCACAGGATGTTGAAGCTTGGACTGAGCATTGATGATGATG
ATGCTGTTGAAGCTGATGCAGAGATGCCTCCACTTGAAGATGACGCTGATGCTGAAGCAG
CAAGATG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 3

CO CL3558Contig1 766 3 6 U
GAACATTTACCAGGAAAGACAGAAGAAGAAGTGAAGATGGTTTGGAACACAAAACTAAAA
AAGAAACTGTCTCAAATGGGAATAGATCATGTCACTCACCGTCCTTTTTCTCATGTGCTT
GCTGAATACGGCAACATCAACGGTGGTGGTACCCTAAACCCTAATCCCATGAACCAAACC
GGATCCCTTGGACCTAATCCCTCCCTCAACGAAGATTCTCATAAACAACAACAACAGCAA
CCTGATGATTCAGGAGATCTCATGTTTCACCTACAAGCAATCAAGCTCATGACTGAGTCA
TCAAACCAAGTCAAGCCAGAGTCCACGTTTATGTACGCCTCTTCCTCTTCTTCTAACTCG
TCTCCTCCATTGTTCTCTTCAACTTGTTCTACCATAGCTCAGGAGAGCTCAGAGGTTAAC
TTCACCTGGTCTGACTTTCTTCTTGATCAAGAAACCTTCAATGAAAACCAACAGCAGAAC
TATCCTGATCAAGAACTAGACAACTTGTTTGGGAATGAGTTCTCTGAGGCAGAAGCTGTA
GCTACAATGGCTAATACAGCAACTGCAGCTTCTCAAATGGAAGAAGAATCTCTAAGCAAT
GGGTTCGTTGAGTCGATTATAGCTAAAGAAAAAGAGTTGTTCTTGGGATTTCCAAGCTAT
TTGGAGCAGCCTTTCCAGTTCTAGTTTTCTTCCTCTTCTCAAGTCTCAACTACTAAATAA
AGAAAGGAGCTAATAACGAGACAGACGCTTTTTTTTTATAATAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H918TF U 1
AF RR1DB38JQ C 231
AF RR1DB38TF U 231
BS 1 592 RR1H918TF
BS 593 593 RR1DB38TF
BS 594 599 RR1H918TF
BS 600 600 RR1DB38TF
BS 601 687 RR1H918TF
BS 688 766 RR1DB38TF

RD RR1H918TF 688 0 0
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AAGAAACTGTCTCAAATGGGAATAGATCATGTCACTCACCGTCCTTTTTCTCATGTGCTT
GCTGAATACGGCAACATCAACGGTGGTGGTACCCTAAACCCTAATCCCATGAACCAAACC
GGATCCCTTGGACCTAATCCCTCCCTCAACGAAGATTCTCATAAACAACAACAACAGCAA
CCTGATGATTCAGGAGATCTCATGTTTCACCTACAAGCAATCAAGCTCATGACTGAGTCA
TCAAACCAAGTCAAGCCAGAGTCCACGTTTATGTACGCCTCTTCCTCTTCTTCTAACTCG
TCTCCTCCATTGTTCTCTTCAACTTGTTCTACCATAGCTCAGGAGAGCTCAGAGGTTAAC
TTCACCTGGTCTGACTTTCTTCTTGATCAAGAAACCTTCAATGAAAACCAACAGCAGAAC
TATCCTGATCAAGAACTAGACAACTTGTTTGGGAATGAGTTCTCTGAGGCAGAAGCTGTA
GCTACAATGGCTAATACAGCAACTGCAGCTTCTCAAATGGAAGAAGAATCTCCAAGCAAC
GGGTTCGTTGAGTCGATTATAGCTAAAGAAAAAGAGTTGTTCTTGGGATTTCCAAGCTAT
TTGGAGCAGCCTTTCCAGTTCTAGTTT
A

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1DB38JQ 536 0 0
G
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TCTAACTCGTCTCCTCCATTGTTCTCTTCAACTTGTTCTACCATAGCTCAGGAGAGCTCA
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CAGCAGAACTATCCTGATCAAGAACTAGACAACTTGTTTGGGAATGAGTTCTTTGAGGCA
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TTAAGCAATGGGTTCGTTGAGTCGATTATAGCTAAAGAAAAAGAGTTGTTCTTGGGATTT
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QA 2 536 2 536
DS 

RD RR1DB38TF 536 0 0
G
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ACTGAGTCATCAAACCAAGTCAAGCCAGAGTCCACGTTTATGTACGCCTCTTCCTCTTCT
TCTAACTCGTCTCCTCCATTGTTCTCTTCAACTTGTTCTACCATAGCTCAGGAGAGCTCA
GAGGTTAACTTCACCTGGTCTGACTTTCTTCTTGATCAAGAAACCTTCAATGAAAACCAA
CAGCAGAACTATCCTGATCAAGAACTAGACAACTTGTTTGGGAATGAGTTCTCTGAGGCA
GAAGCTGTAGCTACAATGGCTAATACAGCAACTGCAGCTTCTCAAATGGAAGAAGAATCT
CTAAGCAATGGGTTCGTTGAGTCGATTATAGCTAAAGAAAAAGAGTTGTTCTTGGGATTT
CCAAGCTATTTGGAGCAGCCTTTCCAGTTCTAGTTTTCTTCCTCTTCTCAAGTCTCAACT
ACTAAATAAAGAAAGGAGCTAATAACGAGACAGACGCTTTTTTTTTATAATAGAG

QA 2 536 2 536
DS 



AS 1 3

CO CL3559Contig1 723 3 10 U
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GCGTTTTTGGTGGCTCTATCTGCGATTGAATTTGGATTGACTTCTGCCAATACCGTTCCT
GCTTTCCTCTGGTCTCCGCATCTCCAGGGTGCTAATGGTGAAGTGGATGAGGGTGTAAAC
TATCAGGTGATGTCTGCGAAGGATCTAGTAGGCTCTGTTTTCACTCAAGGAGGATGGTCT
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GCGCCAGAGGAAGAAAGGATGGAGAATTTACTGCTTTCAGGGCTTAAAGAAGCTTGCCCT
AACAATGTAGGAGTCAGCAATATTGTCTTCTCTGATTCTTGCTTTGTTGAAGATGGAACA
GTTCTGAAACTATCTGACTTGCAGTCTTTCAAAGATCATTTACTTGCTAGAAGAGAAACA
AGGAAAGAAGGAGAAACTGACTTGGTTGTGCTCTGTTCTAGGGTCCGAATCAATTAGTGA
ATCCGGCACTCACATTCAGAGCGTGAAAGCATTGCGGAACTTGTTAGTTCTGTAGAACAA
TCT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1GY07TF U 1
AF RR1CX03TF U 1
AF RR1FU84TF U 7
BS 1 10 RR1CX03TF
BS 11 11 RR1GY07TF
BS 12 202 RR1CX03TF
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BS 550 638 RR1CX03TF
BS 639 723 RR1FU84TF

RD RR1GY07TF 221 0 0
GATCTC
TGGTAAGATTGTTCGACGACGAAGATGACGAAGATGCAGCGAATTGGTGTGGTGGCGTTT
TTGGTGGCTCTATCTGCGATTGAATTTGGATTGACTTCTGCCAATACCGTTCCTGCTTTC
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GTGATGTCTGCGAAGGATCTAGTAGGCTCTGTTTT

QA 7 221 7 221
DS 

RD RR1CX03TF 638 0 0
GATCTCTGGTGAGATTGTTCGACGACGAAGATGACGAAGATGCAGCGAATTGGTGTGGTG
GCGTTTTTGGTGGCTCTATCTGCGATTGAATTTGGATTGACTTCTGCCAATACCGTTCCT
GCTTTCCTCTGGTCTCCGCATCTCCAGGGTGCTAATGGTGAAGTGGATGAGGGTGTAAAC
TATCAGGTGATGTCTGCGAAGGGTCTAGTAGGCTCTGTTTTCACTCAAGGAGGATGGTCT
AACTTTCTGTGCTCGGACAAGAAAGTTGAGCAAGCTGTTGACGTTGCACTTGTGTTCATC
GGCAAAGAGTTACTGTCTTCTGATGTTTCCTCGAAAAAGAATTCGGATCCTGCCCTTGTT
AACACACTGAATAGTCTGTTTACTGCTTCCAACTTCTCATTGGCATTCCCATATATTGCT
GCGCCAGAGGAAGAAAGGATGGAGAATTTACTGCTTTCAGGGCTTAAAGAAGCTTGCCCT
AACAATGTAGGAGTCAGCAATATTGTCTTCTCTGATTCTTGCTTTGTTGAAGATGGAACA
GTTCTGAA*CTATCTGACTTGCAGTCTTTCAAAGATCATTTACTTGCTAGAAGAGAAACA
AGGAAAGAAGGAGAAACTGACTTGGTTGTGCTCTGTTC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1FU84TF 717 0 0
TGGTAAGATTGTTCGACGACGAAGATGACGAAGATGCAGCGAATTGGTGTGGTGGCGTTT
TTGGTGGCTCTATCTGCGATTGAATTTGGATTGACTTCTGCCAATACCGTTCCTGCTTTC
CTCTGGTCTCCGCATCTCCAGCGTGTTAATGGTGAAGTGGATGAGGGTGTAAACTATCAG
GTGATGTCTGCGAAGGATCTAGTAGGCTCTGTTTTCACTCAAGGAGGATGGTCTAACTTT
CTGTGCTCGGACAAGAAAGTTGAGCAAGCTGTTGACGTTGCACTTGTGTTCATCGGCAAA
GAGTTACTGTCTTCTGATGTTTCCTCGAAAAAGAATTCGGATCCTGCCCTTGTTAACACA
CTGAATAGTCTGTTTACTGCTTCCAACTTCTCATTGGCATTCCCATATATCGCTGCGCCA
GAGGAAGAAAGGATGGAGAATTTACTGCTTTCAGGGCTTAAAGAAGCTTGCCCTAACAAT
GTAGGAGTCAGCAATATTGTCTTCTCTGATTCTTGCTTTGTTGAAGATGGAACAGTTCTG
AAACTATCTGACTTGCAGTCTTTCAAAGATCATTTACTTGCTAGAAGAGAAACAAGGAAA
GAAG*AGAAACTGACTTGGTTGTGCTCTGTTCTAGGGTCCGAATCAATTAGTGAATCCGG
CACTCACATTCAGAGCGTGAAAGCATTGCGGAACTTGTTAGTTCTGTAGAACAATCT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 3

CO CL3560Contig1 1315 3 5 U
GGAACTCACCCTGGACAAAGACAATGGCGATCAATAAAAAACTCTTATCTCTTATACTCC
TCGTATCCTCCCTATCATCAATCGCATCATCATCATCTTTCTCAGATCCCGATTCCGATT
CAGATCTCACCAACGAACTCGTCTCCCTCAGATCAAACTCCGAATCAGGCGTAATCCATC
TCGACGACCATGGAATCTCCAAATTCCTCATCTCCTCCCCAACTCCACGCCCTTACTCCA
TCCTCGTCTTCTTCGACGCCACTCAGCTCCACAGCAAAACCGAGCTCCGTCTCCAAGAGC
TCCGCCGCGAATTCCACCTCCTCTCCGCCACCTTCCTCGCCGCTAACAACAACGGATCCG
ATCTAAACAAACTCTTCTTCTGCGAGATCGAGTTCTCCCAGTCCCAATCCTCCTTCAAAC
GATTCAACGTCAACGCTCTCCCTCACATCCGTCTCGTAACCGCCTCCACGTCGAAACTAA
CCGACGAGTCCGGACAAATGGATCAATCCGATTTCTCTAGGTTAGCCGAATCAATGGCCG
AGTTCGCCGAGCAGCGAACCAAACTCACCGTAGGTCCGATCCAGCGCCCGCCGCTTCTCT
CCAAGCCCCAGATCAGCGTCATCGTGGCGATGATCGTCGTCGCTGCTCCGTTCGTCATCA
AACGGATTCTTAGAGGAGAGACTCTTCTCCATGACCACAGGCTTTGGCTATCAGGCGCCA
TCTTCGTCTACTTCTTCAGCGTCGCGGGGACGATGCACAACATTATCAGGAAGATGCCTA
TGTTTTCCAGGATCGTAACGATCCGAACAAGCTTGTTTTCTTCTACCAAGGATCAGGGAT
GCAGCTTGGAGCCGAGGGGTTCGCTGTGGGGTTCTTGTACACTGTGGTTGGGTTGCTCTT
GGCGTTTGTTACTAACGTGCTTGTTCGAGTTGGGAACGTTAATGTTCAGAGATTGGTGAT
GCTTGTGGCTCTGGTTGTGTCCTCCTGGGCTGTGAAGCAGGTTGTTTACTTGGATAATTG
GAAGACTGGTTATGGGATTCATCCCTATTGGCCTTCTAGTTGGCAATGATTTCACACTCG
TTGGGTTTAGTTTTCAAGACGTTTTCTGGAACTTGAGTTATGATATGTTGGACGTTTTTT
TTGTGTTTTGATTCGACTACTTTGAATCAGTGTAGTACAATTTCAGATGGTTTAAACTCA
TTACTGTTTTCCTAGTTCCTTGTTACTCTCTAGTCAGTGACAACCATTACTCACTGCTCT
GTTGGCTATGTATAAGAGGAACCATATTCAGAAATTCAGATACTTTTGGGCTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1C231TF U 1
AF RR1CZ54TF U 446
AF RR1CZ54JQ C 876
BS 1 695 RR1C231TF
BS 696 1122 RR1CZ54TF
BS 1123 1123 RR1CZ54JQ
BS 1124 1179 RR1CZ54TF
BS 1180 1315 RR1CZ54JQ

RD RR1C231TF 695 0 0
GGAACTCACCCTGGACAAAGACAATGGCGATCAATAAAAAACTCTTATCTCTTATACTCC
TCGTATCCTCCCTATCATCAATCGCATCATCATCATCTTTCTCAGATCCCGATTCCGATT
CAGATCTCACCAACGAACTCGTCTCCCTCAGATCAAACTCCGAATCAGGCGTAATCCATC
TCGACGACCATGGAATCTCCAAATTCCTCATCTCCTCCCCAACTCCACGCCCTTACTCCA
TCCTCGTCTTCTTCGACGCCACTCAGCTCCACAGCAAAACCGAGCTCCGTCTCCAAGAGC
TCCGCCGCGAATTCCACCTCCTCTCCGCCACCTTCCTCGCCGCTAACAACAACGGATCCG
ATCTAAACAAACTCTTCTTCTGCGAGATCGAGTTCTCCCAGTCCCAATCCTCCTTCAAAC
GATTCAACGTCAACGCTCTCCCTCACATCCGTCTCGTAACCGCCTCCACGTCGAAACTAA
CCGACGAGTCCGGACAAATGGATCAATCCGATTTCTCTAGGTTAGCCGAATCAATGGCCG
AGTTCGCCGAGCAGCGAACCAAACTCACCGTAGGTCCGATCCAGCGCCCGCCGCTTCTCT
CCAAGCCCCAGATCAGCGTCATCGTGGCGATGATCGTCGTCGCTGCTCCGTTCGTCATCA
AACGGATTCTTAGAGGAGAGACTCTTCTCCATGAC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1CZ54TF 734 0 0
G
ATCCGTCTCGTAACCGCCTCCACGTCGAAACTAACCGACGAGTCCGGACAAATGGATCAA
TCCGATTTCTCTAGGTTAGCCGAATCAATGGCCGAGTTCGTCGAGCAGCGAACCAAACTC
ACCGTAGGTCCGATCCAGCGCCCGCCGCTTCTCTCCAAGCCCCAGATCAGCGTCATCGTG
GCGATGATCGTCGTCGCTGCTCCGTTCGTCATCAAACGGATTCTTAGAGGAGAGACTCTT
CTCCATGACCACAGGCTTTGGCTATCAGGCGCCATCTTCGTCTACTTCTTCAGCGTCGCG
GGGACGATGCACAACATTATCAGGAAGATGCCTATGTTTTCCAGGATCGTAACGATCCGA
ACAAGCTTGTTTTCTTCTACCAAGGATCAGGGATGCAGCTTGGAGCCGAGGGGTTCGCTG
TGGGGTTCTTGTACACTGTGGTTGGGTTGCTCTTGGCGTTTGTTACTAACGTGCTTGTTC
GAGTTGGGAACGTTAATGTTCAGAGATTGGTGATGCTTGTGGCTCTGGTTGTGTCCTCCT
GGGCTGTGAAGCAGGTTGTTTACTTGGATAATTGGAAGACTGGTTATGGGATTCATCCCT
ATTGGCCTTCTAGTTGGCAATGATTTCACACTCGTTGGGTTTAGTTTTCAAGACGTTTTC
TGGAACTTGAGTTATG*TATGTTGGACGTTTTTTTTGTGTTTTGATTCGACTACTTTGAA
TCAGTGTAGTACA

QA 2 734 2 734
DS 

RD RR1CZ54JQ 440 0 0
TGTACACTGTGGTTGGGTTGCTCTTGGCGTTTGTTACTAACGTGCTTGTTCGAGTTGGGA
ACGTTAATGTTCAGAGATTGGTGATGCTTGTGGCTCTGGTTGTGTCCTCCTGGGCTGTGA
AGCAGGTTGTTTACTTGGATAATTGGAAGACTGGTTATGGGATTCATCCCTATTGGCCTT
CTAGTTGGCAATGATTTCACACTCGTTGGGTTTAGTTTTCAAGACGTTTTCTGGAACTTG
AGTTATGATATGTTGGACGTTTTTTTTGTGTTTTGATTCGACTACTTTGAATCAGTGTAG
TACAATTTCAGATGGTTTAAACTCATTACTGTTTTCCTAGTTCCTTGTTACTCTCTAGTC
AGTGACAACCATTACTCACTGCTCTGTTGGCTATGTATAAGAGGAACCATATTCAGAAAT
TCAGATACTTTTGGGCTGTC

QA 1 440 1 440
DS 



AS 1 3

CO CL3561Contig1 319 3 3 U
GGATTCACGTCTGAGCATTCAAAAAATAAAAAGTCATGGGGTTTGCGGCGATTTGGAACT
CTCGTCCCAAGAAGTACGGGCCTGGTTCCCGCACCTGCCGTGTGTGCGGAAACTCACATG
GGCTAATCAGGAAGTATGGTCTGAACTGCTGTAGGCAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGG
AAATCGGATTCATCAAGTACCGTTAAAGATCTGGTGTTGTTTATGCAGTTGCAGTCATTT
TGTTTTCTTAAGCTTTTGAGACTTCAATATTGTAATGGATCTTATTAATATGCAATACAT
TTGAGTTGTTGAACGTTTT


BQ
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AF RR1E717JQ C 1
AF RR1E717TF U 1
AF RR1FN02TF U 5
BS 1 6 RR1E717JQ
BS 7 314 RR1E717TF
BS 315 319 RR1FN02TF

RD RR1E717JQ 315 0 0
GGATTCACGTCTGAGCATTCAAAAAATAAAAAGTCATGGGGTTTGCGGCGATTTGGAACT
CTCGTCCCAAGAAGTACGGGCCTGGTTCCCGCACCTGCCGTGTGTGCGGAAACTCACATG
GGCTAATCAGGAAGTATGGTCTGAACTGCTGTAGGCAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGG
AAATCGGATTCATCAAGTACCGTTAAAGATCTGGTGTTGTTTATGCAGTTGCAGTCATTT
TGTTTTCTTAAGCTTTTGAGACTTCAATATTGTAATGGATCTTATTAATATGCAATACAT
TTGAGTTGTTGAAC
C

QA 1 314 1 314
DS 

RD RR1E717TF 315 0 0
GGATTC
ACGTCTGAGCATTCAAAAAATAAAAAGTCATGGGGTTTGCGGCGATTTGGAACTCTCGTC
CCAAGAAGTACGGGCCTGGTTCCCGCACCTGCCGTGTGTGCGGAAACTCACATGGGCTAA
TCAGGAAGTATGGTCTGAACTGCTGTAGGCAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGGAAATCG
GATTCATCAAGTACCGTTAAAGATCTGGTGTTGTTTATGCAGTTGCAGTCATTTTGTTTT
CTTAAGCTTTTGAGACTTCAATATTGTAATGGATCTTATTAATATGCAATACATTTGAGT
TGTTGAAC
C

QA 7 314 7 314
DS 

RD RR1FN02TF 315 0 0
GG
ACGTCTGAGCATTCAAAAAGTAAAAAGTCATGGGGTTTGCGGCGATTTGGAACTCTCATC
CCAAGAAGTACGGGCCTGGTTCCCGCACCTGCCGTGTGTGCGGAAACTCACATGGGCTAA
TCAGGAAGTATGGTCTGAACTGCTGTAGGCAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGGAAATCG
GATTCATCAAGTACCGTTAAAGATCTGGTGTTGTTTATGCAGTTGCAGTCATTTTGTTTT
CTTAAGCTTTTGAGACTTCAATATTGTAATGGATCTTATTAATATGCAATACATTTGAGT
TGTTGAACGTTTT

QA 3 315 3 315
DS 



AS 1 2

CO CL3562Contig1 1081 2 8 U
GAGGGAAGAAGCTCAAAAAACCTTTAAAGGATGGGGATAAGCTTTCTAGCGAAAATAAAG
CTGCCTCTCAAGCAACTGTCTCCAAGGCAGCTGCTGATGTTTCTCAGCCAGAAGCATCAA
AAGATGTGGAGATGAAGGAAGCATCACAGTCCGAGAAGGATCCTCAAGATATGGTCAAAA
CTGCAGGAGAGGAGGCTGAGCAGGCTAGGGAGGGTGCAAAGGATGTTCGTAATATGCCAG
ACACGTCCGTTGCGGAGAAGGCCATTGTATCAGCTTCTGTACCCGAAAATGGAACAGATG
GTGAAAATCCAAATAAAGAAGGAAGTAAAGAGAAGAATGTTTGTAAAGGGACAAAAGACA
AACATAACACTGATAAGCTTAAGCGTGCAGCTATCTCTGCTCTCTCAGCTGCAGCAGTAA
AGGCAAAGCATCTTGCGAAGCTTGAAGAAGATCAAATCCGACAACTTTCTGGATCATTGA
TAGAGAAGCAGTTACATAAACTAGAAGCAAAGCTATCTATCTTCAACGACGCTGAAAGCG
TGACAGCGAGGGTAAGAGAGCAATTAGAAAGGTCAAGGCAACGGCTATACCATGAAAGAG
CACAGATCATAGCGGCTCGTCTCGGTGCCCCACCTTCAGTATCCTCAAAAGCATCATTAC
CAGCAAACAGAATTGCCGCAAATTTTGCTAATGTGGCTCAGAGACCTCCCATCGGCATGA
CCTTTCCACGCCCACCAATGCCAAGACCTCCAGGACCAGGTACATGAACTTTATCATTCC
CTGTTTCTGAAGTTCAGATCCAGCCCCAGGTTCAGACAGTTGTTTTTTCGGTTTAGTGGT
TCCACATGATAGTGTCAGATTCACGGGGTAGCTCCTTATGTTATATTTGTAAGACCAGGT
ACATTGTCCCACCTCTTTCGGCTTCAACCTATGAGCTTTGGTTCATTTTTCTGGAGATTG
ATTTATCGGACTTATGTAGGAGACGAAGTTAGTTAAGGGTTATAGACCCATCAGTTAATG
TTTAATGTAAGCGACAAATGGAACATGTGGAGATATGTGAATGTGTTTTATTTATGGTTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1FL39TF U 1
AF RR1FL39JQ C 327
BS 1 756 RR1FL39TF
BS 757 757 RR1FL39JQ
BS 758 785 RR1FL39TF
BS 786 786 RR1FL39JQ
BS 787 793 RR1FL39TF
BS 794 794 RR1FL39JQ
BS 795 806 RR1FL39TF
BS 807 1081 RR1FL39JQ

RD RR1FL39TF 809 0 0
GAGGGAAGAAGCTCAAAAAACCTTTAAAGGATGGGGATAAGCTTTCTAGCGAAAATAAAG
CTGCCTCTCAAGCAACTGTCTCCAAGGCAGCTGCTGATGTTTCTCAGCCAGAAGCATCAA
AAGATGTGGAGATGAAGGAAGCATCACAGTCCGAGAAGGATCCTCAAGATATGGTCAAAA
CTGCAGGAGAGGAGGCTGAGCAGGCTAGGGAGGGTGCAAAGGATGTTCGTAATATGCCAG
ACACGTCCGTTGCGGAGAAGGCCATTGTATCAGCTTCTGTACCCGAAAATGGAACAGATG
GTGAAAATCCAAATAAAGAAGGAAGTAAAGAGAAGAATGTTTGTAAAGGGACAAAAGACA
AACATAACACTGATAAGCTTAAGCGTGCAGCTATCTCTGCTCTCTCAGCTGCAGCAGTAA
AGGCAAAGCATCTTGCGAAGCTTGAAGAAGATCAAATCCGACAACTTTCTGGATCATTGA
TAGAGAAGCAGTTACATAAACTAGAAGCAAAGCTATCTATCTTCAACGACGCTGAAAGCG
TGACAGCGAGGGTAAGAGAGCAATTAGAAAGGTCAAGGCAACGGCTATACCATGAAAGAG
CACAGATCATAGCGGCTCGTCTCGGTGCCCCACCTTCAGTATCCTCAAAAGCATCATTAC
CAGCAAACAGAATTGCCGCAAATTTTGCTAATGTGGCTCAGAGACCTCCCATCGGCATGA
CCTTTCCACGCCCACCAATGCCAAGACCTCCAGGAC*AGGTACATGAACTTTATCATTCC
CTGTT*CTGAAGT*CAGATCCAGCCC
AGG

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1FL39JQ 755 0 0
AAAGAGAAGAATGTTTGTAAAGGGACAAAAGACAAACATAACACTGATAAGCTTAAGCGT
GCAGCTATCTCTGCTCTCTCAGCTGCAGCAGTAAAGGCAAAGCATCTTGCGAAGCTTGAA
GAAGATCAAATCCGACAACTTTCTGGATCATTGATAGAGAAGCAGTTACATAAACTAGAA
GCAAAGCTATCTATCTTCAACGACGCTGAAAGCGTGACAGCGAGGGTAAGAGAGCAATTA
GAAAGGTCAAGGCAACGGCTATACCATGAAAGAGCACAGATCATAGCGGCTCGTCTCGGT
GCCCCACCTTCAGTATCCTCAAAAGCATCATTACCAGCAAACAGAATTGCCGCAAATTTT
GCTAATGTGGCTCAGAGACCTCCCATCGGCATGACCTTTCCACGCCCACCAATGCCAAGA
CCTCCAGGACCAGGTACATGAACTTTATCATTCCCTGTTTCTGAAGTTCAGATCCAGCCC
CAGGTTCAGACAGTTGTTTTTTCGGTTTAGTGGTTCCACATGATAGTGTCAGATTCACGG
GGTAGCTCCTTATGTTATATTTGTAAGACCAGGTACATTGTCCCACCTCTTTCGGCTTCA
ACCTATGAGCTTTGGTTCATTTTTCTGGAGATTGATTTATCGGACTTATGTAGGAGACGA
AGTTAGTTAAGGGTTATAGACCCATCAGTTAATGTTTAATGTAAGCGACAAATGGAACAT
GTGGAGATATGTGAATGTGTTTTATTTATGGTTCC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 3

CO CL3563Contig1 550 3 3 U
GGCGGATAGAAGACGAAACTAACTCAAAGATGCAGATCTTCGTGAAAACCCTAACCGGAA
AGACCATCACCCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCC
AAGACAAAGAAGGTATCCCTCCAGATCAGCAGAGATTGATCTTCGCCGGTAAACAGCTCG
AAGATGGCCGTACTTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACGCTTCATCTTGTGT
TGAGGCTTAGGGGAGGTATTATCGAGCCTTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAACC
AGGACAAGATGATTTGCCGCAAGTGCTATGCTCGTCTTCACCCAAGGGCTGTGAACTGCA
GGAAGAAGAAGTGTGGCCACAGCAACCAGTTGAGGCCTAAGAAGAAGATCAAGTAGACTC
GTTTCAAGAACCTGATCTCTTTCCTCCTTTTTTTGTTTTGTTTCGTCTCGCCCTTGATAA
GGTTGTTTTTGCTTCAGTGAAATTTGATGTTTCAAAGATTTTATCAGTAAAAGGATTTTG
GTTTCCTATT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1G277JQ C 1
AF RR1EY19TF U 9
AF RR1G277TF U 1
BS 1 10 RR1G277TF
BS 11 547 RR1EY19TF
BS 548 550 RR1G277JQ

RD RR1G277JQ 550 0 0
GGCGGATAGAAGACGAAACTAACTCAAAGATGCAGATCTTCGTGAAAACCCTAACCGGAA
AGACCATCACCCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCC
AAGACAAAGAAGGTATCCCTCCAGATCAGCAGAGATTGATCTTCGCCGGTAAACAGCTCG
AAGATGGCCGTACTTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACGCTTCATCTTGTGT
TGAGGCTTAGGGGAGGTATTATCGAGCCTTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAACC
AGGACAAGATGATTTGCCGCAAGTGCTATGCTCGTCTTCACCCAAGGGCTGTGAACTGCA
GGAAGAAGAAGTGTGGCCACAGCAACCAGTTGAGGCCTAAGAAGAAGATCAAGTAGACTC
GTTTCAAGAACCTGATCTCTTTCCTCCTTTTTTTGTTTTGTTTCGTCTCGCCCTTGATAA
GGTTGTTTTTGCTTCAGTGAAATTTGATGTTTCAAAGATTTTATCAGTAAAAGGATTTTG
GTTTCCTATT

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1EY19TF 539 0 0
GG
AGACGAAACTAACTCAAAGATGCAGATCTTCGTGAAAACCCTAACCGGAAAGACCATCAC
CCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAAGACAAAGA
AGGTATCCCTCCAGATCAGCAGAGATTGATCTTCGCCGGTAAACAGCTCGAAGATGGCCG
TACTTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACGCTTCATCTTGTGTTGAGGCTTAG
GGGAGGTATTATCGAGCCTTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAACCAGGACAAGAT
GATTTGCCGCAAGTGCTATGCTCGTCTTCACCCAAGGGCTGTGAACTGCAGGAAGAAGAA
GTGTGGCCACAGCAACCAGTTGAGGCCTAAGAAGAAGATCAAGTAGACTCGTTTCAAGAA
CCTGATCTCTTTCCTCCTTTTTTTGTTTTGTTTCGTCTCGCCCTTGATAAGGTTGTTTTT
GCTTCAGTGAAATTTGATGTTTCAAAGATTTTATCAGTAAAAGGATTTTGGTTTCCT

QA 3 539 3 539
DS 

RD RR1G277TF 550 0 0
GGCGGATAGAAGACGAAACTAACTCAAAGATGCAGATCTTCGTGAAAACCCTAACCGGAA
AGACCATCACCCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCC
AAGACAAAGAAGGTATCCCTCCAGATCAGCAGAGATTGATCTTCGCCGGTAAACAGCTCG
AAGATGGCCGTACTTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACGCTTCATCTTGTGT
TGAGGCTTAGGGGAGGTATTATCGAGCCTTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAACC
AGGACAAGATGATTTGCCGCAAGTGCTATGCTCGTCTTCACCCAAGGGCTGTGAACTGCA
GGAAGAAGAAGTGTGGCCACAGCAACCAGTTGAGGCCTAAGAAGAAGATCAAGTAGACTC
GTTTCAAGAACCTGATCTCTTTCCTCCTTTTTTTGTTTTGTTTCGTCTCGCCCTTGATAA
GGTTGTTTTTGCTTCAGTGAAATTTGATGTTTCAAAGATTTTATCAGTAAAAGGATTTTG
GTTTCCT
ATT

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 2

CO CL3564Contig1 1314 2 2 U
GCTATTCGTGTGTTCATTGCTTGTTATGTGTGGATGACTGGATTTGGGAATTTTTCTTAT
TATTACATTCGAAAGGACTTCAGCCTTGCAAGGTTTGCACAGATGATGTGGAGGTTAAAT
TTCCTGGTCATATTCTCATGTATAGTCCTCAACAACAGTTACATGCTGTACTACATATGC
CCAATGCACACCCTGTTTACTCTAATGGTTTATGGAGCACTTGGTATCATGAACAAATAT
AATGAGAATGGTTCAGTCATAGCTGCCAAAATTGTTGCCTGCTTCTTCGTTGTGATTATC
GTTTGGGAGATTCCTGGCGTTTTTGAATGGATTTGGAGTCCATTTACGTTCCTAATGGGT
TACAATGACCCCGCAAAACCGCAGCTTCCCCTCTTACATGAGTGGCATTTCCGCTCGGGC
CTTGACCGGTACATATGGATAATAGGGATGCTATATGCATACTACCACCCAACTGTTGAA
AGTTGGATGGATAAACTGGAGGAAGCTGAGATGAAGTTCAGGATGGTTATCAAAACAACT
GTGGCACTCATAGCACTAACGGTGGGATATTTTTGGTTCGAGTACATATACAAGCTGGAC
AAGCTAACTTACAACAAATATCATCCTTACACCTCTTGGATCCCAATAACTGTTTATATC
TGTCTCCGAAACATCACCCAGTCTTTCCGCGGCTACAGCTTGACCCTTCTGGCTTGGCTT
GGGAAGATAACACTGGAAACATATATCTCCCAGTTTCATATATGGCTCAGATCTGGAGTT
CCTGATGGCCAGCCCAAATTGCTACTTTCTCTAATCCCGGAATACCCATTGTTGAACTTC
ATGCTCACAACTTCGATTTATGTCGCTATCTCTTATAGGCTCTTCGAGCTTACCAACACA
TTGAAAACAGCCTTCATACCAACCAAAGACGACAAGCGGCTTCTCTACAACACGATCTCT
GCAATCATAATCTGCACTTGTCTCTACTTTTTCTCGTTTGTTCTCGTCAAAATCCCCTAA
AAACTGGTGTAAAGCACGTCTGAACCAGACCAAAGTGGATATTAGTTGAATGGAATTCAT
ATCAGTTTGCAGAATGAATCACAGAAGATGGTAGATATAAGAACAAGATGGAAGATATTA
GAGGTAGTGGATACAATGTTGGCACAAATGTCATTTGTTTGTATATTTATTTGTTTATGA
ACAGGGTCAAGGTGTTTTCTCTTGTTTATGTATGTTCTGTTCACGATTATGTAAACTATT
ATCATTTTTTCAAAACCAGTTGAATAATATATAATCGCATCATCTAGCTTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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TATTACATTCGAAAGGACTTCAGCCTTGCAAGGTTTGCACAGATGATGTGGAGGTTAAAT
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CCAATGCACACCCTGTTTACTCTAATGGTTTATGGAGCACTTGGTATCATGAACAAATAT
AATGAGAATGGTTCAGTCATAGCTGCCAAAATTGTTGCCTGCTTCTTCGTTGTGATTATC
GTTTGGGAGATTCCTGGCGTTTTTGAATGGATTTGGAGTCCATTTACGTTCCTAATGGGT
TACAATGACCCCGCAAAACCGCAGCTTCCCCTCTTACATGAGTGGCATTTCCGCTCGGGC
CTTGACCGGTACATATGGATAATAGGGATGCTATATGCATACTACCACCCAACTGTTGAA
AGTTGGATGGATAAACTGGAGGAAGCTGAGATGAAGTTCAGGATGGTTATCAAAACAACT
GTGGCACTCATAGCACTAACGGTGGGATATTTTTGGTTCGAGTACATATACAAGCTGGAC
AAGCTAACTTACAACAAATATCATCCTTACACCTCTTGGATCCCAATAACTGTTTATATC
TGTCTCCGAAACATCACCCAGTCTTTCCGCGGCTACAGCTTGACCCTTCTGGC

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DS 

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AGCTTGACCCTTCTGGCTTGGCTTGGGAAGATAACACTGGAAACATATATCTCCCAGTTT
CATATATGGCTCAGATCTGGAGTTCCTGATGGCCAGCCCAAATTGCTACTTTCTCTAATC
CCGGAATACCCATTGTTGAACTTCATGCTCACAACTTCGATTTATGTCGCTATCTCTTAT
AGGCTCTTCGAGCTTACCAACACATTGAAAACAGCCTTCATACCAACCAAAGACGACAAG
CGGCTTCTCTACAACACGATCTCTGCAATCATAATCTGCACTTGTCTCTACTTTTTCTCG
TTTGTTCTCGTCAAAATCCCCTAAAAACTGGTGTAAAGCACGTCTGAACCAGACCAAAGT
GGATATTAGTTGAATGGAATTCATATCAGTTTGCAGAATGAATCACAGAAGATGGTAGAT
ATAAGAACAAGATGGAAGATATTAGAGGTAGTGGATACAATGTTGGCACAAATGTCATTT
GTTTGTATATTTATTTGTTTATGAACAGGGTCAAGGTGTTTTCTCTTGTTTATGTATGTT
CTGTTCACGATTATGTAAACTATTATCATTTTTTCAAAACCAGTTGAATAATATATAATC
GCATCATCTAGCTTTGTG

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 3

CO CL3565Contig1 953 3 8 U
GGGATTCTCAAATCTGTACCTGAAAAATCTCAAACTCTCAGATCTGCCAATATCTCTCTC
TTATCGTGACGGTGAAGAGAGAGAGAGAGAGA**TATCTCTCGAGAGCGAGAAAAAAAAT
GGCGGCGGTGACACCATTAGCAAAGTTCAAGCTCGTCTTCCTCGGAGATCAATCCGTCGG
CAAGACCAGCATCATCACTCGTTTCATGTACGACAAATTCGATACCACCTATCAGGCAAC
GATTGGGATTGATTTCTTGTCAAAGACAATGTACCTTGAGGATAGGACTCTTCGTCTCCA
GCTTTGGGATACTGCCGGGCAAGAAAGGTTTCGAAGTCTGATACCAAGTTATATCAGAGA
TTCCTCTGTTGCTGTCATTGTCTATGACGTTGCTAATAGGCAGTCGTTCTTGAACACCTC
GAAGTGGGTTGAGGATGTTCATACAGAGAGAGGTAACGATGTTATAATTGTTCTCGTGGG
TAACAAAACTGATCTGGTTGACAAGAGGCAAGTGTCGATAGAGGAAGGGGATAACAAAGC
TCGTGATTTTGGAGTTATATTCATAGAGACGAGTGCAAAAGCAGGATTTAACATCAAGCC
ACTATTCCGGAAGATTTCGGCAGCATTACCAGGAATGGATACACTTTCTTCAGCGAAACA
AGGCGATATGGTTGATGTTAACCTTAAGTCATCGAACCATTCGTCTAATGCGGAGCAACA
AAGCGGTGG*CTGTTCGTGCTGATTAATCTTTACTAAAAAAATATATACTTTTAACAGCA
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ATGGAGATGTGTAATAATGACACGCTTGCAAGCTTAAGAAGAATGTTTCGCTC


BQ
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AF RR1GO52TF U 38
AF RR1BB67TF U 1
AF RR1BB67JQ C 27
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GG
AGATCTGCCAATACCTCTCTCTTATCGTGACGGTGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGATATCT
CTCGAGAGCGAGAAAAAAA*TGGCGGCGGTGACACCATTAGCAAAGTTCAAGCTCGTCTT
CCTCGGAGATCAATCCGTCGGCAAGACCAGCATCATCACTCGTTTCATGTACGACAAATT
CGATACCACCTATCAGGCAACGATTGGGATTGATTTCTTGTCAAAGACAATGTACCTTGA
GGATAGGACTCTTCGTCTCCAGCTTTGGGATACTGCCGGGCAGGAAAGGTTTCGAAGTCT
GATACCAAGTTATATCAGAGATTCCTCTGTTGCTGTCATTGTCTATGACGTTGCTAATAG
GCAGTCGTTCTTGAACACCTCGAAGTGGGTTGAGGATGTTCGTACAGAGAGAGGTAACGA
TGTCATAATTGTCCTGGTGGGTAACAAAACTGATCTCGTTGACAAGAGGCAAGTGTCGAT
AGAGGAAGGGGATAACAAAGCTCGTGATTTTGGAGTTATATTCATAGAGACGAGTGCAAA
AGCAGGATTTAACATCAAGCCACTATTCCGGAAGATTTCGGCAGCATTACCAGGAATGGA
TACACTTTCTTCAGCGAAACAAGGCGATATGGTTGATGTTAACCTTAAGTCATTGAACCA
TTCGTCTA*TGCGGAGCAACAAAGTGGTGG*CTGTTCGTGCTGATTAATCTTTACTAAAA
AA

QA 3 724 3 724
DS 

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TTATCGTGACGGTGAAGAGAGAGAGAGAGAGA**TATCTCTCGAGAGCGAGAAAAAAAAT
GGCGGCGGTGACACCATTAGCAAAGTTCAAGCTCGTCTTCCTCGGAGATCAATCCGTCGG
CAAGACCAGCATCATCACTCGTTTCATGTACGACAAATTCGATACCACCTATCAGGCAAC
GATTGGGATTGATTTCTTGTCAAAGACAATGTACCTTGAGGATAGGACTCTTCGTCTCCA
GCTTTGGGATACTGCCGGGCAAGAAAGGTTTCGAAGTCTGATACCAAGTTATATCAGAGA
TTCCTCTGTTGCTGTCATTGTCTATGACGTTGCTAATAGGCAGTCGTTCTTGAACACCTC
GAAGTGGGTTGAGGATGTTCATACAGAGAGAGGTAACGATGTTATAATTGTTCTCGTGGG
TAACAAAACTGATCTGGTTGACAAGAGGCAAGTGTCGATAGAGGAAGGGGATAACAAAGC
TCGTGATTTTGGAGTTATATTCATAGAGACGAGTGCAAAAGCAGGATTTAACATCAAGCC
ACTATTCCGGAAGATTTCGGCAGCATTACCAGGAATGGATACACTTTCTTCAGCGAAACA
AAGCGATATGGTTGATGTTAACCTTAAGTCATCGAACCATTCGTCTAATGCGGAGCAACA
AAGCGGTGGGCTGTTCGTGCTGATTAATCTTTACTAAAAAA*TATATACTTTTAACAGCA
ACAGAGTATGGAGATTTTTAAAAATGATTCATAACTTGATGGAGTAAAATAAACTCTGGT
GTAA

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR1BB67JQ 927 0 0
ATCTCAAACTCTCAGATCTGCCAATATCTCTCTCT*ATCGTGACG*TGAAGAGAGAGAGA
GAGAGA**TATCTCTCGAGAGCGAGAAAAAAAATGGCGGCGGTGACACCATTAGCAAAGT
TCAAGCTCGTCTTCCTCGGAGATCAATCCGTCGGCAAGACCAGCATCATCACTCGTTTCA
TGTACGACAAATTCGATACCACCTATCAGGCAACGATTGGGATTGATTTCTTGTCAAAGA
CAATGTACCTTGAGGATAGGACTCTTCGTCTCCAGCTTTGGGATACTGCCGGGCAAGAAA
GGTTTCGAAGTCTGATACCAAGTTATATCAGAGATTCCTCTGTTGCTGTCATTGTCTATG
ACGTTGCTAATAGGCAGTCGTTCTTGAACACCTCGAAGTGGGTTGAGGATGTTCATACAG
AGAGAGGTAACGATGTTATAATTGTTCTCGTGGGTAACAAAACTGATCTGGTTGACAAGA
GGCAAGTGTCGATAGAGGAAGGGGATAACAAAGCTCGTGATTTTGGAGTTATATTCATAG
AGACGAGTGCAAAAGCAGGATTTAACATCAAGCCACTATTCCGGAAGATTTCGGCAGCAT
TACCAGGAATGGATACACTTTCTTCAGCGAAACAAGGCGATATGGTTGATGTTAACCTTA
AGTCATCGAACCATTCGTCTAATGCGGAGCAACAAAGCGGTGG*CTGTTCGTGCTGATTA
ATCTTTACTAAAAAAATATATACTTTTAACAGCAACAGAGTATGGAGATTTTTAAAAATG
ATTCATAACTTGATGGAGTAAAATAAACTCTGGTGTAAGGTAAGAGATTTTTACTTGGAC
TCTCTAGTATTCTTTAAGATGTTTTGAGTTCAATATGGAGATGTGTAATAATGACACGCT
TGCAAGCTTAAGAAGAATGTTTCGCTC

QA 1 927 1 927
DS 



AS 1 3

CO CL3566Contig1 967 3 10 U
GGGTATAGACCATGAGGAGGTGAGAGTCTTCCGGAGACTGCGAAAACCCTAATTTCGTTC
GCGAAAAAAGGTCTTTTTTTTTGGGTTCTAATCTTAACGATGGTGCATCACTCAACCGAC
GATGATTCGGAGTTGGAAGTAAGACCTGATGGTGCTACTAGGCTCGTCCAACAGAGCGTC
GACGCTCCCTCCTCCTCTGACTCACGACCTCTCCAGGAACCAGACTCCTCTTCCGCCGTT
CCTAATCACACCATCACTATCACCGTTTCCCATGACTCCTCGGACCACCTTCTTCATGGT
CCTGACCGCGCCACTTTCGGGGATGTGAAGAAAGCCCTTGTCCAGAAAACTGAGTTGGAG
GCTAGTGATATGAAGATCTTGTTCAGGGGAGATGAGAAAGATGATGACGCTGAGCTATTG
CAAGCTGCTGGTGTTATCGACGGTTCTAGTCTTGTCCTTGTGGAGGAACCTAATGAGAGA
GAGGACCATGTTGAACCGCCTCCCGTGATGATGATGACCGAAGAGATTGCCAAGGCTATT
GCTGCTGTTCAAGCAGTCACTCGAGAGGTCGATGACCTCTCGGATAGAGTTGCTGCTTTA
GAGGCTGCTGTCGATGGAGGGACGATAGTTGCGGTGAAAGAGTTTGACATGACTGCTGAG
CTGCTCATGAGGCAGTTGCTCAAATTGGATGGCATCAAGGTAGATGGGGAAGCTAGAGTA
CAGCGAAAGGCAGAGGTACGTAGGGTCCAAAAGTTGCAGGAGGATGTGGATACCTTGAAG
GCAAGATGTTACAGAGCAAAGCCGCAGCTGTAACCACTGAGTGGGATTCGTTTTGAAACC
GGTGTTGGAAAGCTCGAACCCTCCGCCAGCTTTCGCTTTTGTACCAATGTAAACCAAGAT
TGGGAGAAATTTGACTGACATTTTTATTATTTTGTTACGTTGCTTAAAGAGAATATTGCT
TTTTACT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX51TF U 4
AF RR1EQ88TF U 1
AF RR1DX51JQ C 583
BS 1 160 RR1EQ88TF
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BS 701 729 RR1EQ88TF
BS 730 967 RR1DX51JQ

RD RR1DX51TF 433 0 0
G
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AAAAAGGTCTTTTTTTT*GGGTTCTAATCTTAACGATGGTGCATCACTCAACCGACGATG
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CTGCTGGTGTTA

QA 2 433 2 433
DS 

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CCTGACCGCGCCACTTTCGGGGATGTGAAGAAAGCCCTTGTCCAGAAAACTGAGTTGGAG
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GAGGCTGCTGTCGATGGAGGGACGATAGTTGCGGTGAAAGAGTTTGACATGACTGCTGAG
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CAGCGAAAG
CAG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1DX51JQ 385 0 0
GATAGAGTTGCTGCTTTAGAGGCTGCTGTCGATGGAGGGACGATAGTTGCGGTGAAGGAG
TTTGACATGACTGCTGAGCTGCTCATGAGGCAGTTGCTCAAATTGGATGGCATCAAGGTA
GATGGGGAAGCTAGAGTACAGCGAAAGGCAGAGGTACGTAGGGTCCAAAAGTTGCAGGAG
GATGTGGATACCTTGAAGGCAAGATGTTACAGAGCAAAGCCGCAGCTGTAACCACTGAGT
GGGATTCGTTTTGAAACCGGTGTTGGAAAGCTCGAACCCTCCGCCAGCTTTCGCTTTTGT
ACCAATGTAAACCAAGATTGGGAGAAATTTGACTGACATTTTTATTATTTTGTTACGTTG
CTTAAAGAGAATATTGCTTTTTACT

QA 1 385 1 385
DS 



AS 1 3

CO CL3567Contig1 747 3 8 U
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TTCTGATTGCAGCATTGTTATCAGCTAGCGTGACAGAACAAATGGCTCCATCTCCTTCCT
CAGGACCTTCGGTTGAACCAGACTGCATGACGAATCTGTTGAACATGACGGACTGTCTTT
CGTACGTGCAGGTAGGAAACCGTGGTGGTGCGGCCAATCCAGACAAATCTTGTTGTCCGG
AGCTTGCCGGCCTTGTCGATAACTCGCCACAATGCCTCTGCTACCTACTCGGCGGAGATA
TGGAGGTTCAGTATGGAATCAAGATTGATAAGGCAAAGGCTCTCAAGCTTCCCGGAGTTT
GTGGCGTCGTTACTCCAGATCCCTCACTATGTTCACTGTTTGGAATTCCAGTTGGAGCAC
CGGAAGCTATGGGCAACGAGGAATCCTCCCCAGCCTTCGCTCCAACTTCAGGTGCTGAAT
CACCAGAAGGCTTAGCATCGGGTCCATCGGCTAGCAGGATGAGCGATGCACGAAACACTG
CACCTTATTCTCTTTTTCTCAGTATCTTCTGCATTTCATCTATAATCCTGATTTCCTTTT
CTTTTTAGCGACTCCATTATTTGTATTGTATTTTCCTATAAAAGAAGTATTGTTGCTTTT
GGTAGGTTATTTTCCTGAATTTAATACTTTGTATTTTATGGATTATTTCATCATTCATCT
TACTAAATAAAGATTGTCATCTTAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG67TF U 1
AF RR1H240TF U 12
AF RR1AV15TF U 22
BS 1 112 RR1FG67TF
BS 113 113 RR1H240TF
BS 114 358 RR1FG67TF
BS 359 359 RR1H240TF
BS 360 664 RR1FG67TF
BS 665 665 RR1AV15TF
BS 666 710 RR1FG67TF
BS 711 747 RR1H240TF

RD RR1FG67TF 710 0 0
GAAATCCTCTCACACAGAAACGCAAAAACACAATGACTAACGTTGCAGTAATAGCCGCTA
TTCTGATTGCAGCATTGTTATCAGCTAGCGTGACAGAACAAATGGCTCCATCCCCTTCCT
CAGGACCTTCGGTTGAACCAGACTGCATGACGAATCTGTTGAACATGACGGACTGTCTTT
CGTACGTGCAGGTAGGAAACCGTGGTGGTGCGGCCAATCCAGACAAATCTTGTTGTCCGG
AGCTTGCCGGCCTTGTCGATAACTCGCCACAATGCCTCTGCTACCTACTCGGCGGAGATA
TGGAGGTTCAGTATGGAATCAAGATTGATAAGGCAAAGGCTCTCAAGCTTCCCGGAGTCT
GTGGCGTCGTTACTCCAGATCCCTCACTATGTTCACTGTTTGGAATTCCAGTTGGAGCAC
CGGAAGCTATGGGCAACGAGGAATCCTCCCCAGCCTTCGCTCCAACTTCAGGTGCTGAAT
CACCAGAAGGCTTAGCATCGGGTCCATCGGCTAGCAGGATGAGCGATGCACGAAACACTG
CACCTTATTCTCTTTTTCTCAGTATCTTCTGCATTTCATCTATAATCCTGATTTCCTTTT
CTTTTTAGCGACTCCATTATTTGTATTGTATTTTCCTATAAAAGAAGTATTGTTGCTTTT
GGTATGTTATTTTCCTGAATTTAATACTTTGTATTTTATGGATTATTTCA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1H240TF 736 0 0
GG
ACAGAAACGCAAAAACACAATGACTAACGTTGCAGTAATAGCCGCTATTCTGATTGCAGC
ATTGTTATCAGCTAGCGTGACAGAACAAATGGCTCCATCTCCTTCCTCAGGACCTTCGGT
TGAACCAGACTGCATGACGAATCTGTTGAACATGACGGACTGTCTTTCGTACGTGCAGGT
AGGAAACCGTGGTGGTGCGGCCAATCCAGACAAATCTTGTTGTCCGGAGCTTGCCGGCCT
TGTCGATAACTCGCCACAATGCCTCTGCTACCTACTCGGCGGAGATATGGAGGTTCAGTA
TGGAATCAAGATTGATAAGGCAAAGGCTCTCAAGCTTCCCGGAGTTTGTGGCGTCGTTAC
TCCAGATCCCTCACTATGTTCACTGTTTGGAATTCCAGTTGGAGCACCGGAAGCTATGGT
CAACGAGGAATCCTCCCCAGCCTTCGCTCCAACTTCAGGTGCTGAATCACCAGAAGGCTT
AGCATCGGGTCCATCGGCTAGCAGGATGAGCGATGCACGAAACACTGCACCTTATTCTCT
TTTTCTCAGTATCTTCTGCATTTCATCTATAATCCTGATTTCCTTTTCTTTTTAGCGACT
CCATTATTTGTATTGTATTTTCCTATAAAAGAAGTATTGTTGCTTTTGGTA*GTTATTTT
CCTGAATTTAATACTTTGTATTTTATGGATTATTTCATCATTCATCTTACTAAATAAAGA
TTGTCATCTTAAAA

QA 3 736 3 736
DS 

RD RR1AV15TF 703 0 0
GG
AAAAACACAATGACTAACGTTGCAGTAATAGCCGCTATTCTGATTGCAGCATTGTTATCA
GCTAGCGTGACAGAACAAATGGCTCCATCTCCTTCCTCAGGACCTTCGGTTGAACCAGAC
TGCATGACGAATCTGTTGAACATGACGGACTGTCTTTCGTACGTGCAGGTAGGAAACCGT
GGTGGTGCGGCCAATCCAGACAAATCTTGTTGTCCGGAGCTTGCCGGCCTTGTCGATAAC
TCGCCACAATGCCTCTGCTACCTACTCGGCGGAGATATGGAGGTTCAGTATGGAATCAAG
ATTGATAAGGCAAAGGCTCTCAAGCTTCCCGGAGTTTGTGGCGTCGTTACTCCAGATCCC
TCACTATGTTCACTGTTTGGAATTCCAGTTGGAGCACCGGAAGCTATGGGCAACGAGGAA
TCCTCCCCAGCCTTCGCTCCAACTTCAGGTGCTGAATCACCAGAAGGCTTAGCATCGGGT
CCATCGGCTAGCAGGATGAGCGATGCACGAAACACTGCACCTTATTCTCTTTTTCTCAGT
ATCTTCTGCATTTCATCTATAATCCTGATTTCCTTTTCTTTTTAGCGACTCCATTATTTG
TATTGTATTTTCCTATAAAAGAAGTATTGTTGCTTTTGGTAGGTTATTTTCCTGAATTTA
ATACTTTGTATTTTATGGATTATTTCATCATTCATCTTACT

QA 3 703 3 703
DS 



AS 1 3

CO CL3568Contig1 813 3 2 U
GGGAACTCGCCTTCTGCTATCACAACCTTACTCCTTCAATGGCGTCTTCTTCCCTATCAA
CTCTTTGCAGCTCTACTTCGTCTTCTCTTCATCCCAAATCAAATTCTCTTTCAGCTAAGT
TATCCTCCAAAGCAAATGTATCAGTCCAGTTCCTGGGAAAGAGACAGTCCCCACATCTCT
CCTCAACCCCGAGATTTCTCACCGTCATCGCCATGGCTCCACCCAAACCCGGAGGCAAAG
CCAAGAAAGTTGTGGGGCTGATAAAACTGGCTCTTGAGGCCGGGAAAGCAACTCCGGCTC
CTCCGGTAGGTCCGGCTCTTGGTTCAAAGGGTGTCAACATTATGGCTTTCTGCAAGGACT
ACAACGCTAGAACCGCTGATAAAGCTGGTTACATTATTCCTGTCGAAATCACTGTCTTCG
ATGATAAGAGCTTCACCTTTATCCTCAAGACCCCGCCTGCTTCGGTTTTGTTGCTTAAGG
CTGCAGGTGTTGAGAAGGGATCGAAAGATCCAAAGCAAGATAAAGTTGGGGTGATAACAA
TAGACCAGCTTCGCACAATCGCAGCTGAGAAGCTGCCCGATCCGAACTGCACGACCATTG
AATCCGCTATGAGAATCATTGCAGGAACTGCAGCTAACATGGGGATCGACATAGACCCTC
CAGTTCTTGAACCCAAAAAGAATGCAGTTTTGTTGTAAAAGCCTGCACTGTGGTTTCTGT
GCTTTTGTTTGTTTCTAAATGTAATTTCCAACAAGACACTTGAGAGATCTCCATATGAAC
ATTATCTTGCATGGTATCAGAGTCTTGGTGTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP20TF U 1
AF RR1AM25TF U 1
AF RR1AM25JQ C 37
BS 1 762 RR1AM25TF
BS 763 813 RR1AM25JQ

RD RR1DP20TF 620 0 0
GGGAACTCGCCTTCTGCTATCACAACCTTACTCCTTCAATGGCGTCTTCTTCCCTATCAA
CTCTTTGCAGCTCTACTTCGTCTTCTCTTCATCCCAAATCAAATTCTCTTTCAGCTAAGT
TATCCTCCAAAGCAAATGTATCAGTCCAGTTCCTGGGAAAGAGACGGTCCCCACATCTCT
CCTCAACCCCGAGATTTCTCACCGTCATCGCCATGGCTCCACCCAAACCCGGAGGCAAAG
CCAAGAAAGTTGTGGGGCTGATAAAACTGGCTCTTGAGGCCGGGAAAGCAACTCCGGCTC
CTCCGGTAGGTCCGGCTCTTGGTTCAAAGGGTGTCAACATTATGGCTTTCTGCAAGGACT
ACAACGCTAGAACCGCTGATAAAGCTGGTTACATTATTCCTGTCGAAATCACTGTCTTCG
ATGATAAGAGCTTCACCTTTATCCTCAAGACCCCGCCTGCTTCGGTTTTGTTGCTTAAGG
CTGCAGGTGTTGAGAAGGGATCGAAAGATCCAAAGCAAGATAAAGTTGGGGTGATAACAA
TAGACTAGCTTCGCACAATCGCAGCTGAGAAGCTGCCCGATCTGAACTGCACGACCATTG
AATCCGCTATGAGAATCATT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1AM25TF 762 0 0
GGGAACTCGCCTTCTGCTATCACAACCTTACTCCTTCAATGGCGTCTTCTTCCCTATCAA
CTCTTTGCAGCTCTACTTCGTCTTCTCTTCATCCCAAATCAAATTCTCTTTCAGCTAAGT
TATCCTCCAAAGCAAATGTATCAGTCCAGTTCCTGGGAAAGAGACAGTCCCCACATCTCT
CCTCAACCCCGAGATTTCTCACCGTCATCGCCATGGCTCCACCCAAACCCGGAGGCAAAG
CCAAGAAAGTTGTGGGGCTGATAAAACTGGCTCTTGAGGCCGGGAAAGCAACTCCGGCTC
CTCCGGTAGGTCCGGCTCTTGGTTCAAAGGGTGTCAACATTATGGCTTTCTGCAAGGACT
ACAACGCTAGAACCGCTGATAAAGCTGGTTACATTATTCCTGTCGAAATCACTGTCTTCG
ATGATAAGAGCTTCACCTTTATCCTCAAGACCCCGCCTGCTTCGGTTTTGTTGCTTAAGG
CTGCAGGTGTTGAGAAGGGATCGAAAGATCCAAAGCAAGATAAAGTTGGGGTGATAACAA
TAGACCAGCTTCGCACAATCGCAGCTGAGAAGCTGCCCGATCCGAACTGCACGACCATTG
AATCCGCTATGAGAATCATTGCAGGAACTGCAGCTAACATGGGGATCGACATAGACCCTC
CAGTTCTTGAACCCAAAAAGAATGCAGTTTTGTTGTAAAAGCCTGCACTGTGGTTTCTGT
GCTTTTGTTTGTTTCTAAATGTAATTTCCAACAAGACACTTG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1AM25JQ 777 0 0
CAATGGCGTCTTCTTCCCTATCAACTCTTTGCAGCTCTACTTCGTCTTCTCTTCATCCCA
AATCAAATTCTCTTTCAGCTAAGTTATCCTCCAAAGCAAATGTATCAGTCCAGTTCCTGG
GAAAGAGACAGTCCCCACATCTCTCCTCAACCCCGAGATTTCTCACCGTCATCGCCATGG
CTCCACCCAAACCCGGAGGCAAAGCCAAGAAAGTTGTGGGGCTGATAAAACTGGCTCTTG
AGGCCGGGAAAGCAACTCCGGCTCCTCCGGTAGGTCCGGCTCTTGGTTCAAAGGGTGTCA
ACATTATGGCTTTCTGCAAGGACTACAACGCTAGAACCGCTGATAAAGCTGGTTACATTA
TTCCTGTCGAAATCACTGTCTTCGATGATAAGAGCTTCACCTTTATCCTCAAGACCCCCC
CTGCTTCGGTTTTGTTGCTTAAGGCTGCAGGTGTTGAGAAGGGATCGAAAGATCCAAAGC
AAGATAAAGTTGGGGTGATAACAATAGACCAGCTTCGCACAATCGCAGCTGAGAAGCTGC
CCGATCCGAACTGCACGACCATTGAATCCGCTATGAGAATCATTGCAGGAACTGCAGCTA
ACATGGGGATCGACATAGACCCTCCAGTTCTTGAACCCAAAAAGAATGCAGTTTTGTTGT
AAAAGCCTGCACTGTGGTTTCTGTGCTTTTGTTTGTTTCTAAATGTAATTTCCAACAAGA
CACTTGAGAGATCTCCATATGAACATTATCTTGCATGGTATCAGAGTCTTGGTGTGC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 3

CO CL3569Contig1 858 3 6 U
GGAGGCTTCGTACTCTGCAAACATGGCGACTAGCTCTCATCTTCTTCTTCCTCAGGCACT
GCATATGATACCGAGAATCCCAAGTAAGAATCTAGGAGTTTCTTCATTTATACCATCAGT
GAACTCTCGGATATCATTGTCTAGGGTTTCCCTAAACCATTCCAGCTCGAACTTTGGATT
CGCAATCGGTTCCAGGAAGCGAAGGGAGTTTATAGCTAAAGCCGAAGCGAGCAGTACTGT
AGGTGAAGACACTGAAGCAGTTCCGGAGGATGTTGCTGAAACAGTAGAAGACACTGAGGT
CGAGGAAGCAAAAACTCCGTGGAAGCCAAGGACCAAGCTCGGAGATGTCATGGGGATACT
GAACCAGAAAGCAATTGAGGTTTCAGAGAAAGTAAGACCGGTTCCAGAGATTAGGACAGG
GGACATTGTAGAGATCAAACTGGAAGTACCTGAGAACAGGCGTAGGTTATCAATCTACAA
AGGGATAGTGATGTCTAGGCAAAACGCAGGCATCCACACTACTATTCGTATCCGGAGAAT
CATTGCTGGCATTGGCGTTGAAATCGTCTTTCCTTTATACTCACCCAACATAAAGGAGAT
AAAAGTGGTAAGCCACAGGAAAGTGAGAAGAGCAAGACTTTACTATCTGAGGGACAAACT
TCCTCGTCTCTCTACTTTTAAATGAGGCACCAAACCCAACATCAGTCTTTTGCTGTCTTA
AGTCTCCAGAGGTAGCCTGCTACTCCTCTTCTTGTAAGAATTGTTTGTTTGTTTGCTTTG
TCTTTTGGGATTTTGTTACTCGTCATGTAATATTACAGTGACAATTGAGAAAAGTAAATC
AAAATGTTTTGTGAGGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H295TF U 14
AF RR1C590TF U 1
AF RR1C590JQ C 81
BS 1 686 RR1C590TF
BS 687 687 RR1C590JQ
BS 688 690 RR1C590TF
BS 691 691 RR1C590JQ
BS 692 716 RR1C590TF
BS 717 858 RR1C590JQ

RD RR1H295TF 146 0 0
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AGAATCCCAAGTAAGAATCTAGGAGTTTCTTCATTTATACCATCAGTGAACTCTCGGATA
TCATTGTCTATGGTTTCCCTAAACCA

QA 1 146 1 146
DS 

RD RR1C590TF 716 0 0
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GCATATGATACCGAGAATCCCAAGTAAGAATCTAGGAGTTTCTTCATTTATACCATCAGT
GAACTCTCGGATATCATTGTCTAGGGTTTCCCTAAACCATTCCAGCTCGAACTTTGGATT
CGCAATCGGTTCCAGGAAGCGAAGGGAGTTTATAGCTAAAGCCGAAGCGAGCAGTACTGT
AGGTGAAGACACTGAAGCAGTTCCGGAGGATGTTGCTGAAACAGTAGAAGACACTGAGGT
CGAGGAAGCAAAAACTCCGTGGAAGCCAAGGACCAAGCTCGGAGATGTCATGGGGATACT
GAACCAGAAAGCAATTGAGGTTTCAGAGAAAGTAAGACCGGTTCCAGAGATTAGGACAGG
GGACATTGTAGAGATCAAACTGGAAGTACCTGAGAACAGGCGTAGGTTATCAATCTACAA
AGGGATAGTGATGTCTAGGCAAAACGCAGGCATCCACACTACTATTCGTATCCGGAGAAT
CATTGCTGGCATTGGCGTTGAAATCGTCTTTCCTTTATACTCACCCAACATAAAGGAGAT
AAAAGTGGTAAGCCACAGGAAAGTGAGAAGAGCAAGACTTTACTATCTGAGGGACAAACT
TCCTCGTCTCTCTACTTTTAAATGAG*CAC*AAACCCAACATCAGTCTTTTGCTGT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1C590JQ 778 0 0
CAAGTAAGAATCTAGGAGTTTCTTCATTTATACCATCAGTGAACTCTCGGATATCATTGT
CTAGGGTTTCCCTAAACCATTCCAGCTCGAACTTTGGATTCGCAATCGGTTCCAGGAAGC
GAAGGGAGTTTATAGCTAAAGCCGAAGCGAGCAGTACTGTAGGTGAAGACACTGAAGCAG
TTCCGGAGGATGTTGCTGAAACAGTAGAAGACACTGAGGTCGAGGAAGCAAAAACTCCGT
GGAAGCCAAGGACCAAGCTCGGAGATGTCATGGGGATACTGAACCAGAAAGCAATTGAGG
TTTCAGAGAAAGTAAGACCGGTTCCAGAGATTAGGACAGGGGACATTGTAGAGATCAAAC
TGGAAGTACCTGAGAACAGGCGTAGGTTATCAATCTACAAAGGGATAGTGATGTCTAGGC
AAAACGCAGGCATCCACACTACTATTCGTATCCGGAGAATCATTGCTGGCATTGGCGTTG
AAATCGTCTTTCCTTTATACTCACCCAACATAAAGGAGATAAAAGTGGTAAGCCACAGGA
AAGTGAGAAGAGCAAGACTTTACTATTTGAGGGACAAACTTCCTCGTCTCTCTACTTTTA
AATGAGGCACCAAACCCAACATCAGTCTTTTGCTGTCTTAAGTCTCCAGAGGTAGCCTGC
TACTCCTCTTCTTGTAAGAATTGTTTGTTTGTTTGCTTTGTCTTTTGGGATTTTGTTACT
CGTCATGTAATATTACAGTGACAATTGAGAAAAGTAAATCAAAATGTTTTGTGAGGCG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL3570Contig1 556 2 1 U
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AAACACAACAAGAAAAGCTATGGCTGGTATGCTTCCTGGAGTTGAGTGCGCGAGGAGGCG
GCGCTTCCACGGCGGTGCTCCACCGATCGACTTATCCAACACGGCTTCTGTGGCGGCAGC
GACAGGACAGGTCTGGACACGGCGACCATCGTTCTCTCTCTACACTACCAGTCACGAGTG
TCACCAAGCCTATGTCTCCTTCTCGGAGAGAAATGTTAGCAACAAATCGTATGGTGATGA
TAACGATGAGAAGCTCTTCGGAGCAGCCAAAGAAGCTAAGGAGAGGCTGGACAAGCGGCT
GAGGAACCCGCGAAGAAGGTTCGGTTTGGTTAAACTAGCGTATGGTAGCAAATGAAGTAC
TAATTCACCTTAAAATGCGCCGAACCAGCTCAAGTCTTTTGCTTTTATTCCATGATAATG
ATGCATGATGATGTATTATTTACTTTCAACATGTGGTATCACATGAGCATATAATTGTGA
GATTGCCTTTTGTCGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E479JQ C 1
AF RR1E479TF U 1
BS 1 556 RR1E479TF

RD RR1E479JQ 556 0 0
GGAAAATATTTGTAGCTGCGGGTCATTTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCTCTAAGCAAACTA
AAACACAACAAGAAAAGCTATGGCTGGTATGCTTCCTGGAGTTGAGTGCGCGAGGAGGCG
GCGCTTCCACGGCGGTGCTCCACCGATCGACTTATCCAACACGGCTTCTGTGGCGGCAGC
GACAGGACAGGTCTGGACACGGCGACCATCGTTCTCTCTCTACACTACCAGTCACGAGTG
TCACCAAGCCTATGTCTCCTTCTCGGAGAGAAATGTTAGCAACAAATCGTATGGTGATGA
TAACGATGAGAAGCTCTTCGGAGCAGCCAAAGAAGCTAAGGAGAGGCTGGACAAGCGGCT
GAGGAACCCGCGAAGAAGGTTCGGTTTGGTTAAACTAGCGTATGGTAGCAAATGAAGTAC
TAATTCACCTTAAAATGCGCCGAACCAGCTCAAGTCTTTTGCTTTTATTCCATGATAATG
ATGCATGATGATGTATTATTTACTTTCAACATGTGGTATCACATGAGCATATAATTGTGA
GATTGCCTTTTGTCGG

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1E479TF 556 0 0
GGAAAATATTTGTAGCTGCGGGTCATTTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCTCTAAGCAAACTA
AAACACAACAAGAAAAGCTATGGCTGGTATGCTTCCTGGAGTTGAGTGCGCGAGGAGGCG
GCGCTTCCACGGCGGTGCTCCACCGATCGACTTATCCAACACGGCTTCTGTGGCGGCAGC
GACAGGACAGGTCTGGACACGGCGACCATCGTTCTCTCTCTACACTACCAGTCACGAGTG
TCACCAAGCCTATGTCTCCTTCTCGGAGAGAAATGTTAGCAACAAATCGTATGGTGATGA
TAACGATGAGAAGCTCTTCGGAGCAGCCAAAGAAGCTAAGGAGAGGCTGGACAAGCGGCT
GAGGAACCCGCGAAGAAGGTTCGGTTTGGTTAAACTAGCGTATGGTAGCAAATGAAGTAC
TAATTCACCTTAAAATGCGCCGAACCAGCTCAAGTCTTTTGCTTTTATTCCATGATAATG
ATGCATGATGATGTATTATTTACTTTCAACATGTGGTATCACATGAGCATATAATTGTGA
GATTGCCTTTTGTCGG

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 3

CO CL3571Contig1 826 3 3 U
GGATCTCAAAAACTCTATATCGATCGGAAACTACTCAGACTCGTTTTTTTAAAAATCAGA
TTGCTTAGCGTCTTGAATGGTAGAAACAATTCCGACTATCAGAGATTTTATGCTCTCCCA
TTGCACAACCGCTAGGGCGGGCTTTCTCCTCCCTGTCTCCACCCCATCTTCTTTCACATT
TGTCTCTTTCAAGAAATCTTGGTACTTACGTTGCATGGGCGTCCACCCTTGAATAAAAAA
AAGGCCTTCATCAGAGTTTCTGATTCCTTTTGTTGGTATAATTGTAAAGATGGTGTACAA
CAAGCAGATGAAAAACTCTAAATCGAAGATAAACAGGTTCCTCGTTAGCATCAGTTTCGT
AGGAAGTGCTGGACCGATTCGTTTTGTTGTCAAAGAAGATGAAACTGTATCAAATGTGAT
TGAGTATGCTCTCAAATGCTACGCCCGCGAAGGCAGGCTTCCCCTTCTCGGATCAGATTC
CAGCTTTTTCATTCTTTACTGTCCTTATTGTGCCGCTGAAGCATTCAGTCCGTGGGGGAA
AATCGGGTCAACCGGATCGAGGAACTTCGTTTTGTCGAAGAAGTCAGAAGCTCAAAGCCT
TGGAGACTCTGTGGGGACAACAATGAGGAAAATCTCTGGGAGGTGGAAGGCTTGGCTCAA
CAGGTCTCTAGGCCTTGTGGATCATTCTCACTAATTAGATCATGCTTTTTGAATTTGATT
TTTTACATTTTTGTTTTTTTGGTTCTTGTTTTCACTGGAATAGCCGTCACAACACTTGTG
GTTTCTTTTTTTGCCATAAAATTAATGAATTGAGACTTGATAGAGC


BQ
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AF RR1AC69TF U 1
AF RR1C011TF U 3
AF RR1AC69JQ C 3
BS 1 475 RR1AC69TF
BS 476 646 RR1C011TF
BS 647 826 RR1AC69JQ

RD RR1AC69TF 475 0 0
GGATCTCAAAAACTCTATATCGATCGGAAACTACTCAGACTCGTTTTTTTAAAAATCAGA
TTGCTTAGCGTCTTGAATGGTAGAAACAATTCCGACTATCAGAGATTTTATGCTCTCCCA
TTGCACAACCGCTAGGGCGGGCTTTCTCCTCCCTGTCTCCACCCCATCTTCTTTCACATT
TGTCTCTTTCAAGAAATCTTGGTACTTACGTTGCATGGGCGTCCACCCTTGAATAAAAAA
AAGGCCTTCATCAGAGTTTCTGATTCCTTTTGTTGGTATAATTGTAAAGATGGTGTACAA
CAAGCAGATGAAAAACTCTAAATCGAAGATAAACAGGTTCCTCGTTAGCATCAGTTTCGT
AGGAAGTGCTGGACCGATTCGTTTTGTTGTCAAAGAAGATGAAACTGTATCAAATGTGAT
TGAGTATGCTCTCAAATGCTACGCCCGCGAAGGCAGGCTTCCCCTTCTCGGATCA

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR1C011TF 644 0 0
GG
CTCAAAAACTCTATATCGATCGGAAACTACTCAGACTCGTTTTTTTAAAAATCAGATTGC
TTAGCGTCTTGAATGGTAGAAACAATTCCGACTATCAGAGATTTTATGCTCTCCCATTGC
ACAACCGCTAGGGCGAGCTTTCTCCTCCCTGTCTCCACCCCATCTTCTTTCACATTTGTC
TCTTTCAAGAAATCTTGGTACTTACGTTGCATGGGCGTCCACCCTTGAATAAAAAAAAGG
CCTTCATCAGAGTTTCTGATTCCTTTTGTTGGTATAATTA*AAAGATGGTGTACAACAAG
CAGATGAAAAACTCTAAATCGAAGATAAACAGGTTCCTCGTTAGCATCAGTTTCGTAGGA
AGTGCTGGACCGATTCGTTTTGTTGTAAAAGAAGATGAAACTGTATCAAATGTGATTGAG
TATGCTCTCAAATGCTACGCCCGCGAAGGCAGGCTTCCCCTTCTCGGATCAGATTCCAGC
TTTTTCATTCTTTACTGTCCTTATTGTGCCGCTGAAGCATTCAGTCCGTGGGGGAAAATC
GGGTCAACCGGATCGAGGAACTTCGTTTTGTCGAAGAAGTCAGAAGCTCAAAGCCTTGGA
GACTCTGTGGGGACAACAATGAGGAAAATCTCTGGGAGGTGG

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR1AC69JQ 824 0 0
AT
CTCAAAAACTCTATATCGATCGGAAACTACTCAGACTCGTTTTTTTAAAAATCAGATTGC
TTAGCGTCTTGAATGGTAGAAACAATTCCGACTATCAGAGATTTTATGCTCTCCCATTGC
ACAACCGCTAGGGCGGGCTTTCTCCTCCCTGTCTCCACCCCATCTTCTTTCACATTTGTC
TCTTTCAAGAAATCTTGGTACTTACGTTGCATGGGCGTCCACCCTTGAATAAAAAAAAGG
CCTTCATCAGAGTTTCTGATTCCTTTTGTTGGTATAATTGTAAAGATGGTGTACAACAAG
CAGATGAAAAACTCTAAATCGAAGATAAACAGGTTCCTCGTTAGCATCAGTTTCGTAGGA
AGTGCTGGACCGATTCGTTTTGTTGTCAAAGAAGATGAAACTGTATCAAATGTGATTGAG
TATGCTCTCAAATGCTACGCCCGCGAAGGCAGGCTTCCCCTTCTCGGATCAGATTCCAGC
TTTTTCATTCTTTACTGTCCTTATTGTGCCGCTGAAGCATTCAGTCCGTGGGGGAAAATC
GGGTCAACCGGATCGAGGAACTTCGTTTTGTCGAAGAAGTCAGAAGCTCAAAGCCTTGGA
GACTCTGTGGGGACAACAATGAGGAAAATCTCTGGGAGGTGGAAGGCTTGGCTCAACAGG
TCTCTAGGCCTTGTGGATCATTCTCACTAATTAGATCATGCTTTTTGAATTTGATTTTTT
ACATTTTTGTTTTTTTGGTTCTTGTTTTCACTGGAATAGCCGTCACAACACTTGTGGTTT
CTTTTTTTGCCATAAAATTAATGAATTGAGACTTGATAGAGC

QA 3 824 3 824
DS 



AS 1 3

CO CL3572Contig1 728 3 7 U
CGAATTAAACATCCCAAGATCTTATTAATATAGCAAACATTACATTCAAGTTGATTCAAT
TTATAGGGCGCAATATTAGTGCTACAGACAAACAACACGTAACATATTACAACAAACCAA
ACAAGAAAAGAAAGGCTTCTGGGGAAATTTAATTCTTAAGCTTTATAATTAAGGAGTAGG
CTTCAACGTGTTGGCAACATCAATCACAAAACGGTATCTAACGTCAGCCTTCTCGAGCCG
TTCCATGGCAGTGTTGACATAATCTGCAGAGATAAGCTCAATGTCTGCCGTGATGTTGTG
TTTTCCGGCCAGATCCATCATCTCTTGAGTCTCTTTTATCCCTCCTACCATACTTCCCAC
CACCATCTTCTTCCCCACGATGAGAGGCAGAACCGGAAGCTCAAGTGGTTTCTCAGGTGC
ACCAACCATAATTAGTTTACCGTTATATTTAAGCAAATCAAAAAGCGGGAGAAGTGGATG
AGTCGCAAATACGGTATCAATAATACCATCCATAGTCCCCATTACATCCTTCATCTGCTC
CGGGTCACGGCTCACCAAGAACAGATCCGCACCAAGCCGACTAATGGCCTCGTCCCTCTT
CTTATCCGAAGTACTAATAACCGTAACCTTAGTACCCATAGCCTTAGCAAATTTCACAGC
TACATGACCTAAGCCACCTAGGCCCACCACACCGATGTGCATACCCGGCCCGAGGAGCCC
GTGATACT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY91JQ U 1
AF RR1FY91TF C 1
AF RR1CU13JQ U 1
BS 1 69 RR1CU13JQ
BS 70 70 RR1FY91JQ
BS 71 232 RR1CU13JQ
BS 233 233 RR1FY91JQ
BS 234 389 RR1CU13JQ
BS 390 390 RR1FY91JQ
BS 391 728 RR1CU13JQ

RD RR1FY91JQ 464 0 0
CGAATTAAACATCCCAAGATCTTATTAATATAGCAAACATTACATTCAAGTTGATTCAAT
TTATAGGGCGCAATATTAGTGCTACAGACAAACAACACGTAACATATTACAACAAACCAA
ACAAGAAAAGAAAGGCTTCTGGGGAAATTTAATTCTTAAGCTTTATAATTAAGGAGTAGG
CTTCAACGTGTTGGCAACATCAATCACAAAACGGTATCTAACGTCAGCCTTCTCGAGCCG
TTCCATGGCAGTGTTGACATAATCTGCAGAGATAAGCTCAATGTCTGCCGTGATGTTGTG
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CACCATCTTCTTCCCCACGATGAGAGGCAGAACCGGAAGCTCAAGTGGTTTCTCAGGTGC
ACCAACCATAATTAGTTTACCGTTATATTTAAGCAAATCAAAAA

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1FY91TF 464 0 0
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TTATAGGGCGCAATATTAGTGCTACAGACAAACAACACGTAACATATTACAACAAACCAA
ACAAGAAAAGAAAGGCTTCTGGGGAAATTTAATTCTTAAGCTTTATAATTAAGGAGTAGG
CTTCAACGTGTTGGCAACATCAATCACAAAACGGTATCTAACGTCAGCCTTCTCGAGCCG
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CACCATCTTCTTCCCCACGATGAGAGGCAGAACCGGAAGCTCAAGTGGTTTCTCAGGTGC
ACCAACCATAATTAGTTTACCGTTATATTTAAGCAAATCAAAAA

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1CU13JQ 728 0 0
CGAATTAAACATCCCAAGATCTTATTAATATAGCAAACATTACATTCAAGTTGATTCAAT
TTATAGGGCACAATATTAGTGCTACAGACAAACAACACGTAACATATTACAACAAACCAA
ACAAGAAAAGAAAGGCTTCTGGGGAAATTTAATTCTTAAGCTTTATAATTAAGGAGTAGG
CTTCAACGTGTTGGCAACATCAATCACAAAACGGTATCTAACGTCAGCCTTC*CGAGCCG
TTCCATGGCAGTGTTGACATAATCTGCAGAGATAAGCTCAATGTCTGCCGTGATGTTGTG
TTTTCCGGCCAGATCCATCATCTCTTGAGTCTCTTTTATCCCTCCTACCATACTTCCCAC
CACCATCTTCTTCCCCACGATGAGAGGCAAAACCGGAAGCTCAAGTGGTTTCTCAGGTGC
ACCAACCATAATTAGTTTACCGTTATATTTAAGCAAATCAAAAAGCGGGAGAAGTGGATG
AGTCGCAAATACGGTATCAATAATACCATCCATAGTCCCCATTACATCCTTCATCTGCTC
CGGGTCACGGCTCACCAAGAACAGATCCGCACCAAGCCGACTAATGGCCTCGTCCCTCTT
CTTATCCGAAGTACTAATAACCGTAACCTTAGTACCCATAGCCTTAGCAAATTTCACAGC
TACATGACCTAAGCCACCTAGGCCCACCACACCGATGTGCATACCCGGCCCGAGGAGCCC
GTGATACT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 3

CO CL3573Contig1 816 3 2 U
GGATAGTAACCTCAAGAAGTGATATAAAACATTATCCGAATTAAAAGTCCCAACCCTTTT
TATTCTTTTGATTACTTTTAAGAAAGAGAGCAAGAATATGGGAAGTGTACAGTTGAATGG
TTCAGGCTTAGTAGCTTCTCTATCTCAAAATCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACTTAG
TAACCCCAAGTCGTCCTTCTTACGCTCAAAACATAATGCCACCAGAGCCAAAACTATCCG
AGCCATAAGCACCGCACCAGCAAGCCAGCCTCCAGTCGTAGATGAGTCGAGTGATGAACC
TCCTGCTGTCGATTTTGCATTCGTCCATTCGGTGTTGCTACCGGACGGAACACCGGACGT
GCATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAAACTTAGAGACATGATGTTGGATTCTAACAT
CGAACTCTATGGTCCTTATAGTAAGCCCTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACCTGCGC
TACTTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAGGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGA
AAAGGAGAAACTCAAAAGGAAACCAAAAAACTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGG
AAATCCAGATTCAACCAGATTGGTCGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGA
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TCCAGTTGTTATTGTCTACATCATGAAACAATAACGATCGAGTTCATTTTAATCGTTGTC
GATATTAACCATATATACAACTAGCTATTTAGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1D204TF U 60
AF RR1BA90TF U 1
AF RR1BA90JQ C 62
BS 1 815 RR1BA90TF
BS 816 816 RR1BA90JQ

RD RR1D204TF 612 0 0
GG
ATTCTTTTGATTACTTTTAAGAAAGAGAGCAAGAATATGGGAAGTGTACAGTTGAATGGT
TCAGGCTTAGTAGCTTCTCTATCTCAAAATCATATCTT*ATCCACAAAACCAAACTTAGT
AACCCCAAGTCGTCCTTCTTACGCTCAAAACATAATGCCACCAGAGCCAAAACTATCCGA
GCCATAAGCACCGCACCAGCAAGCCAGCCTCCAGTCGTAGATGAGCCGAGTGATGAACCT
CCTGCTGTCGATTTTGCATTCGTCCATTCGGTGTTGCTACCGGACGGAACACCGGACGTG
CATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACA*AAACTTAGAGACATGATGTTGGATTCTAACATC
GAACTCTATGGTCCTTATAGTAAGCCCTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACCTGCGCT
ACTTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAGGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGAA
AAGGAGAAACTCAAAAGGAAACCAAAAAACTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGGA
AATCCAGATTCAACCGGATTGGTCGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGAA
TGGAACATCC

QA 3 612 3 612
DS 

RD RR1BA90TF 815 0 0
GGATAGTAACCTCAAGAAGTGATATAAAACATTATCCGAATTAAAAGTCCCAACCCTTTT
TATTCTTTTGATTACTTTTAAGAAAGAGAGCAAGAATATGGGAAGTGTACAGTTGAATGG
TTCAGGCTTAGTAGCTTCTCTATCTCAAAATCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACTTAG
TAACCCCAAGTCGTCCTTCTTACGCTCAAAACATAATGCCACCAGAGCCAAAACTATCCG
AGCCATAAGCACCGCACCAGCAAGCCAGCCTCCAGTCGTAGATGAGTCGAGTGATGAACC
TCCTGCTGTCGATTTTGCATTCGTCCATTCGGTGTTGCTACCGGACGGAACACCGGACGT
GCATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAAACTTAGAGACATGATGTTGGATTCTAACAT
CGAACTCTATGGTCCTTATAGTAAGCCCTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACCTGCGC
TACTTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAGGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGA
AAAGGAGAAACTCAAAAGGAAACCAAAAAACTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGG
AAATCCAGATTCAACCAGATTGGTCGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGA
ATGGAACATCCCTAAGAATTTACCTATTGATGATCCCGAAAGTTCTACGTGAAAGTACGA
TCCAGTTGTTATTGTCTACATCATGAAACAATAACGATCGAGTTCATTTTAATCGTTGTC
GATATTAACCATATATACAACTAGCTATTTAGATA

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1BA90JQ 755 0 0
ATTCTTTTGATTACTTTTAAGAAAGAGAGCAAGAATATGGGAAGTGTACAGTTGAATGGT
TCAGGCTTAGTAGCTTCTCTATCTCAAAATCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACTTAGT
AACCCCAAGTCGTCCTTCTTACGCTCAAAACATAATGCCACCAGAGCCAAAACTATCCGA
GCCATAAGCACCGCACCAGCAAGCCAGCCTCCAGTCGTAGATGAGTCGAGTGATGAACCT
CCTGCTGTCGATTTTGCATTCGTCCATTCGGTGTTGCTACCGGACGGAACACCGGACGTG
CATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAAACTTAGAGACATGATGTTGGATTCTAACATC
GAACTCTATGGTCCTTATAGTAAGCCCTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACCTGCGCT
ACTTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAGGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGAA
AAGGAGAAACTCAAAAGGAAACCAAAAAACTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGGA
AATCCAGATTCAACCAGATTGGTCGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGAA
TGGAACATCCCTAAGAATTTACCTATTGATGATCCCGAAAGTTCTACGTGAAAGTACGAT
CCAGTTGTTATTGTCTACATCATGAAACAATAACGATCGAGTTCATTTTAATCGTTGTCG
ATATTAACCATATATACAACTAGCTATTTAGATAC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 3

CO CL3574Contig1 742 3 43 U
GATTCTCATAACAAAACCTTTTCTTCTTTCCCAAGCAATTAACAAAACTAGATACAGCCG
GATTGTTTCTAATCCGGCCGTACCAATCCTCAAATGGCTTCAATAACAACAATTCCAGAC
GCTGATGTCTTCCCTACAGTCACCATGCCCGTCACAGTAGTCTTAACCGGCGGTCTTCTC
TTTATCATTGTCGCCGGATTCTTCTCTCTCTTCTTCTGGAGATGCCTTCTGAATCGCTTG
TCCTCAGCTTGGACCCTTCAGAGAACACCCTACGGCGACCTAATCCACGTCACCACTCCC
CCTGAAAACGCAGGCCTCGACCCGTTTATCATCAAGTCCTTTCCCGTGTTCCTCTACTCA
TCCGCAACAATGAGAAACCAATGCACTGAATGTGCTATTTGCTTGTCAGAGTTTTCAGAT
GATGACACTGTTAGGCTTATAACGGTGTGTCGTCACGGGTTTCACTCAGCTTGCATTGAT
CTTTGGTTTGCGTCACACAAGACTTGTCCTGTTTGCCGGTGCGAGCTAGACCCGGGACTG
GTCGGATCTGGAAGCCACAAGTCATTGCACAACACGGTTACAATCACTATTCAAGACTTA
AACCATGAAGATGTGAACCCTCCTTCCGCTAGCTCAAGCAAAA*GTTTTTTCTTGAAGCC
TTCTCTAGTCACATTCCACAGGGCATTTCATGTTTAAGACGACTGATGTCGTCAATGTGA
AGACAAAGGAAAACACTACCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB21TF U 6
AF RR1DU87TF U 1
AF RR1DV74TF U 6
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BS 695 695 RR1DV74TF
BS 696 742 RR1DU87TF

RD RR1DB21TF 695 0 0
GG
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TCTTCCCTACAGTCACCATGCCCGTCACAGTAGTCTTAACCGGCGGTCTTCTCTTTATCA
TTGTCGCCGGATTCTTCTCTCTCTTCTTCTGGAGATGCCTTCTGAATCGCTTGTCCTCAG
CTTGGACCCTTCAGAGAACACCCTACGGCGACCTAATCCACGTCACCACTCCCCCTGAAA
ACGCAGGCCTCGACCCGTTTATCATCAAGTCCTTTCCCGTGTTCCTCTACTCATCCGCAA
CAATGAGAAACCAATGCACTGAATGTGCTATTTGCTTGTCAGAGTTTTCAGATGATGACA
CTGTTAGGCTTATAACGGTGTGTCGTCACGGGTTTCACTCAGCTTGCATTGATCTTTGGT
TTGCGTCACACAAGACTTGTCCTGTTTGCCGGTGCGAGCTAGACCCGGGACTGGTCGGAT
CTGGAAGCCACAAGTCATTGCACAACACGGTTACAATCACTATTCAAGACTTAAACCATG
AAGATGTGAACCCTCCTTCCGCTAGCTCAAGCAAAA*GTTTTTTCTTGAAGCCTTCTCTA
GTCACATTCCACAGGGCATTTCATGTTTAAGAC

QA 3 695 3 695
DS 

RD RR1DU87TF 742 0 0
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GATTGTTTCTAATCCGTCCGTACCAATCCTCAAATGGCTTCAATAACAACAATTCCAGAC
GCTGATGTCTTCCCTACAGTCACCATGCCCGTCACAGTAGTCTTAACCGGCGGTCTTCTC
TTTATCATTGTCGCCGGATTCTTCTCTCTCTTCTTCTGGAGATGCCTTCTGAATCGCTTG
TCCTCAGCCTGGACCCTTCAGAGAACATCCTACGGCGACCTAATCCACGTCACCACTCCC
CCTGAAAACGCAGGGCTCGACCCGTTTATCATCAAGTCCTTTCCCGTGTTCCTCTACTCA
TCCGCAACGATGAGAAACCAGTGCACTGAATGTTCCATCTGCTTGTCAGAGTTTTCAGAT
GAAGACACCGTTAGGCTAATAACGGTGTGTCGTCACGGGTTTCACTCAGCTTGCATTGAT
CTTTGGTTTGCGTCGCACAAGACTTGCCCTGTTTGCCGGTGCGAGTTAGACCCGGGACTG
GTCGGATCTGGAAGCCACGAGTCTTTGCACAACACGGTTACAATCACTATTCAAGACTTA
AACCATGAAGATGTGAACCCTCCTTCCGCTAACTCAAGCAAAA*GTTTTTCCCTGAAGCC
TTCTCTAGTCACATTCCACAGGGCATTTCATGTTCAAGACGACTGATGTCGTCAATGTGA
AGACAAAGGAAAACACTACCAA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1DV74TF 735 0 0
GG
ATAACAAAACCTTTTCTTCTTTCCCAAGCAATTAACAAAACTAGATACAGCCGGATTGTT
TCTAATCCGGCCGTACCAATCCTCAAATGGCTTCAATAACAACAATTCCAGACGCTGATG
TCTTCCCTACAGTCACCATGCCCGTCACAGTAGTCTTAACCGGCGGTCTTCTCTTTATCA
TTGTCGCCGGATTCTTCTCTCTCTTCTTCTGGAGATGCCTTCTGAATCGCTTGTCCTCAG
CTTGGACCCTTCAGAGAACACCCTACGGCGACCTAATCCACGTCACCACTCCCCCTGAAA
ACGCAGGCCTCGACCCGTTTATCATCAAGTCCTTTCCCGTGTTCCTCTACTCATCCGCAA
CAATGAGAAACCAATGCACTGAATGTGCTATTTGCTTGTCAGAGTTTTCAGATGATGACA
CTGTTAGGCTTATAACGGTGTGTCGTCACGGGTTTCACTCAGCTTGCATTGATCTTTGGT
TTGCGTCACACAAGACTTGTCCTGTTTGCCGGTGCGAGCTAGACCCGGGACTGGTCGGAT
CTGGAAGCCACAAGTCATTGCACAACACGGTTACAATCACTATTCAAGACTTAAACCATG
AAGATGTGAACCCTCCTTCCGCTAGCTCAAGCAAAACGTTTTTTCTTGAAGCCTTCTCTA
GTCACATTCCACAGG*CATTTCATGTTTAAGACGAC*GATGTCGTCA*TGTGAAGAC
CAAAGGAAACATTACC

QA 3 719 3 719
DS 



AS 1 3

CO CL3575Contig1 695 3 5 U
GGGAGAATCCAAGAGACGAGCTTCTCCGTCGCGTGAAAGGACTCAATCCTAGCGTGGTGA
CACTAGTGGAGGAAGAGATGAACTCCAACACGGCGCCGTTTTTGGGCAGAGTTAGCGAGT
CGTGCGCTTGTTACGGCGCTTTGCTTGATTCCGTTGAGTCCACCGTTCCGAGTTCTAACT
CGGACCGTGCCAAAGTGGAGGAAGGGATCGGTCGGAAGCTGATAAACGCGGTTGCGTGCG
AAGGGATCGATCGGGTCGAGCGGTGCGAGGTTTTTGGGAAATGGCGGATGAGGATGAGCA
TGGCTGGGTTTGAGTTGATGCCAGTTAGTGAGAAGATAGCCGAGTCGATGAAGAGTCGAC
TCAGTAACGGAAACCGAGTCCACCCGGGTCTTACCGTTAAGGAAGAGAACGGAGGTGTGT
GCTTTGGTTGGATGGGACGGACACTCGCTGTCGCATCCGCTTGGCGTTAACTTCACACTA
TTTTTACCTTCTTTTAATATTACTACCCTATTATTATTATTGTTGCTATTAATTTCGGGA
TATTCTGATATTATTATCATTGTGATTTTCGTTTTCGAAGTGTATTAAATCTTTAAAAGA
TTGAGGATGGGGGAGGAAAAGGAAAGGTAGGAATCTTATGTAAAATGGATTTTAAATATT
TTTACTCATAATAAAAGAAAGAATGATTGGGTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1D163TF U 1
AF RR1D163JQ C 1
AF RR1H534TF U 387
BS 1 390 RR1D163TF
BS 391 615 RR1H534TF
BS 616 616 RR1D163TF
BS 617 694 RR1H534TF
BS 695 695 RR1D163JQ

RD RR1D163TF 625 0 0
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GCTTTGGTTGGATGGGACGGACACTCGCTGTCGCATCCGCTTGGCGTTAACTTCACACTA
TTTTTACCTTCTTTTAATATTACTACCCTATTATTATTATTGTTGCTATTAATTTCGGGA
TATTCTGATATTATTATCATTGTGATTTTCGTTTTCGAAGTGTATTAAATCTTTAAAAGA
TTGAGGATGGGGGAGGAAAAGGAA
C

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1D163JQ 695 0 0
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CACTAGTGGAGGAAGAGATGAACTCCAACACGGCGCCGTTTTTGGGCAGAGTTAGCGAGT
CGTGCGCTTGTTACGGCGCTTTGCTTGATTCCGTTGAGTCCACCGTTCCGAGTTCTAACT
CGGACCGTGCCAAAGTGGAGGAAGGGATCGGTCGGAAGCTGATAAACGCGGTTGCGTGCG
AAGGGATCGATCGGGTCGAGCGGTGCGAGGTTTTTGGGAAATGGCGGATGAGGATGAGCA
TGGCTGGGTTTGAGTTGATGCCAGTTAGTGAGAAGATAGCCGAGTCGATGAAGAGTCGAC
TCAGTAACGGAAACCGAGTCCACCCGGGTCTTACCGTTAAGGAAGAGAACGGAGGTGTGT
GCTTTGGTTGGATGGGACGGACACTCGCTGTCGCATCCGCTTGGCGTTAACTTCACACTA
TTTTTACCTTCTTTTAATATTACTACCCTATTATTATTATTGTTGCTATTAATTTCGGGA
TATTCTGATATTATTATCATTGTGATTTTCGTTTTCGAAGTGTATTAAATCTTTAAAAGA
TTGAGGATGGGGGAGGAAAAGGAACGGTAGGAATCTTATGTAAAATGGATTTTAAATATT
TTTACTCATAATAAAAGAAAGAATGATTGGGTTTC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1H534TF 308 0 0
GGTT
TTACCGTTAAGGAAGAGAACGGAGGTGTGTGCTTTGGTTGGATGGGACGGACACTCGCTG
TCGCATCCGCTTGGCGTTAACTTCACACTATTTTTACCTTCTTTTAATATTACTACCCTA
TTATTATTATTGTTGCTATTAATTTCGGGATATTCTGATATTATTATCATTGTGATTTTC
GTTTTCGAAGTGTATTAAATCTTTAAAAGATTGAGGATGGGGGAGAAAAAGGAAAGGTAG
GAATCTTATGTAAAATGGATTTTAAATATTTTTACTCATAATAAAAGAAAGAATGATTGG
GTTT

QA 5 308 5 308
DS 



AS 1 3

CO CL3576Contig1 671 3 8 U
GGATCCCAAAACCTAAACCTCCACTTCCGCCTCTTCGTTCCCGAGAAAAATCAAAGAAAG
AAAGAGAGATTCAAGATGGCACCAAAGGCAGGAAAGAAACCAGCGGAGAAGAAACCAGCC
GCCGCGGAGAAGCCAGCGGAGGAAGAGAAGGTAGCGGAGAAAGCACCAGCGGAGAAGAAG
CCCAAGGCCGGGAAGAAGCTACCGAAGGAAGCCTCCATAGGCGCGACCGACAAGAAGAAG
AAGCGCAGCAAGAAGAGCGTCGAGACGTACAAGATCTACATCTTCAAGGTGCTCAAGCAA
GTCCACCCAGACATCGGGATCTCGAGCAAGGCCATGGGGATCATGAACAGCTTCATCAAC
GACATCTTCGAGAAGCTTGCTCAGGAAGCGTCCAAACTCGCTAGGTACAACAAGAAGCCG
ACGATTACTTCTCGCGAGATCCAGACAGCGGTTAGACTTGTTCTTCCTGGTGAGCTTGCT
AAGCACGCCGTGTCTGAAGGAACCAAGGCTGTGACTAAGTTTACTAGCTCTTGAAATGAA
AATCTCTTGTTAGGATTCTAGATCTGAGCGCTTTTGGGTTTTGTCTTTTGGTACGGATTA
TGCTTATCTTAGCTTTATGGTGCGGTGACTTTGTAAGAACATATGAATGATTAATCGTCT
CTTTTGTTTTT


BQ
10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1H987TF U 2
AF RR1BD30TF U 1
AF RR1H987JQ C 278
BS 1 5 RR1BD30TF
BS 6 6 RR1H987TF
BS 7 619 RR1BD30TF
BS 620 620 RR1H987TF
BS 621 638 RR1BD30TF
BS 639 639 RR1H987JQ
BS 640 667 RR1BD30TF
BS 668 671 RR1H987JQ

RD RR1H987TF 637 0 0
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AAGAGAGATTCAAGATGGCACCAAAGGCAGGAAAGAAACCAGCGGAGAATAAACCAGCCG
CCGCGGAGAAGCCAGCGGAGGAAGAGAAGGTAGCGGAGAAAGCACCAGCGGAGAAGAAGC
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AGCGCAGCAAGAAGAGCGTCGAGACGTACAAGATCTACATCTTCAAGGTGCTCAAGCAAG
TCCACCCAGACATCGGGATCTCGAGCAAGGCCATGGGGATCATGAACAGCTTCATCAACG
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CGATTACTTCTCGCGAGATCCAGACAGCGGTTAGACTTGTTCTTCCTGGTGAGCTTGCTA
AGCACGCCGTGTCTGAAGGAACCAAGGCTGTGACTAAGTTTACTAGCTCTTGAAATGAAA
ATCTCTTGTTAGGATTCTAGATCTGAGCGCTTTTGGGTTTTGTCTTTTGGTACGGATTAT
GCTTATCTTAGCTTTATGGTGCGGTGACTTTGTAAGA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1BD30TF 667 0 0
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AAAGAGAGATTCAAGATGGCACCAAAGGCAGGAAAGAAACCAGCGGAGAAGAAACCAGCC
GCCGCGGAGAAGCCAGCGGAGGAAGAGAAGGTAGCGGAGAAAGCACCAGCGGAGAAGAAG
CCCAAGGCCGGGAAGAAGCTACCGAAGGAAGCCTCCATAGGCGCGACCGACAAGAAGAAG
AAGCGCAGCAAGAAGAGCGTCGAGACGTACAAGATCTACATCTTCAAGGTGCTCAAGCAA
GTCCACCCAGACATCGGGATCTCGAGCAAGGCCATGGGGATCATGAACAGCTTCATCAAC
GACATCTTCGAGAAGCTTGCTCAGGAAGCGTCCAAACTCGCTAGGTACAACAAGAAGCCG
ACGATTACTTCTCGCGAGATCCAGACAGCGGTTAGACTTGTTCTTCCTGGTGAGCTTGCT
AAGCACGCCGTGTCTGAAGGAACCAAGGCTGTGACTAAGTTTACTAGCTCTTGAAATGAA
AATCTCTTGTTAGGATTCTAGATCTGAGCGCTTTTGGGTTTTGTCTTTTGGTACGGATTA
TGCTTATCTTAGCTTTATGATGCGGTGACTTTGTAAGA*CATATGAATGATTAATCGTCT
CTTTTGT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1H987JQ 394 0 0
ACATTTTCAAGGTGCTCAAGCAAGTCCACCCAGACATCGGGATCTCGAGCAAGGCCATGG
GGATCATGAACAGCTTCATCAACGACATTTTCGAGAAGCTTGCTCAGGAAGCGTCCAAAC
TCGCTAGGTACAACAAGAAGCCGACGATTACTTCTCGCGAGATCCAGACAGCGGTTAGAC
TTGTTTTTCCTGGTGAGCTTGCTAAGCACGCCGTGTTTGAAGGAACCAAGGCTGTGACTA
AGTTTACTAGCTCTTGAAATGAAAATCTCTTGTTAGGATTCTAGATTTGAGCGCTTTTGG
GTTTTGTCTTTTGGTACGGATTATGCTTATTTTAGCTTTATGGTGCGGTGACTTTGTAAG
AACATATGAATGATTAATCGTTTCTTTTGTTTTT

QA 1 394 1 394
DS 



AS 1 3

CO CL3577Contig1 787 3 2 U
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TTATTCCTCAAGCTCAGCCTCGCTCTCTCACTAAGCCCACTTCCACATTCTCCATTCAAG
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CAGCTATTTCTGTAGCAGCCAATCTTGTGGCTGTATCACTAGGGACTGAAACTGATGGTT
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CAAGCCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1DZ84TF U 1
AF RR1AR14TF U 1
AF RR1FM09TF U 1
BS 1 786 RR1AR14TF
BS 787 787 RR1FM09TF

RD RR1DZ84TF 657 0 0
GGAAGAAAGAAACCGTTGGCGACTAAGCGTTGACTCTCTATCTCTCTCTCTATCTCTCGG
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QA 1 657 1 657
DS 

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CAGCTATTTCTGTAGCAGCCAATCTTGTGGCTGTATCACTAGGGACTGAAACTGATGGTT
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CAAGCC

QA 1 786 1 786
DS 

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TCGTTGAGTTCTATCTCAAAGCCATCTCCAAACTCAACCCGATGCTCCACGCCGTCATAG
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CGAAAGACAAGCTTAACACAACGGCTGGTTCCTTTGCTTTGCTTGGTTCCGTCGTCCCTC
GAGACGCGGGTGTTGTCAAGAGACTCCGAAGATCTGGTGCTGTGATCTTGGGCAAAGCCA
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GCCTACAAGGAAAGAATCCATATGTTTTATCAGCAGATCCATCTGGGTCGAGTAGTGGAT
CAGCTATTTCTGTAGCAGCCAATCTTGTGGCTGTATCACTAGGGACTGAAACTGATGGTT
CCATTCTTTCTCCATCGAGTCAGA*CTCAGTGGTCGGGATTAAACCAAGTGTTGGGCTCA
CAAGCCG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 3

CO CL3578Contig1 686 3 8 U
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TCATTAAGAATAATATGGGAGAAACAGAAGAGAAAGAAGTGAAGAAGAATCATGGTGATA
AAGAAGAGGAACACAACAAGGCTGAGAAAGCAGATAAGAAGGAGAAGAAGAAGGATAAAG
ATAAGAAGGATAAGAATGAGGACGATAAAAAAGGTGGAGGAGAAGAAGGAGAAGATCAAG
AGAAGAAGAGCAAGAAGAAAGATAAGAAGACGAAGAAAGAGAAGAACCCTGAAGATAAGA
AAGATCCAGAGAAGTTGAAGATGGAACTTCAGAAGATTGAAGAAAAGATTCAAGCTATGG
TCTTAAAGAAAGATGAGATCGTTAAG*TTATTCATGATGCTGAACAAGCTAAAGGTAGTG
CCGTAGCAGCAGCAGCAGACGCACCACCACCAACTAATTAACCCAATTTCCAAACACAAA
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GAAGTGCTGATGAATGTTGTTTTCATCGTATTTTGGTAGGATTTTCTCATTTCTGGTTTT
CGTTTGTTTAATTTATATTTTTGTATATATTGTACAAAAACCATCTGTTTTTAATATAAT
ACTTATCAGCTTGGTGATTCTGATGG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EL88TF U 1
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AF RR1F368TF U 1
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TCTTAAAGAAAGATGAGATCGTTAAG*TTATTCATGATGCTGAACAAGCTAAAGGTAGTG
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TCTTAAAGAAAGATGAGATCGTTAAG*TTATTCATGATGCTGAACAAGCTAAAGGTAGTG
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CGTTTGTTTAATTTATATTTTTGTATATATTGTACAAAAACCATCTGTTTTTAATATAAT
ACTTATCAGCTTGGTGATTCTGATGG

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 3

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AGTGGAAGATTAGAACGTTTCCTTCAGATGAGTGATGACAATCCTTTTGTCATCCCTGAG
ATGGATTCAACTCTTAGAAAGCAGATTCAAGAGTTTAATTGGCAAATTGTTAATGTTACT
ACACCTTCCAACTACTTCCACGTTCTGCGTCGCCAGATACACAGGGATTTCCGCAAGCCT
CTTATAGTGATGGCTCCTAAAAACTTGCTTCGACACAAGAAGTGTGTATCTAACCTCTCG
GAGTTCGATGATGTGAAAGGACATCCTGGGTTTGACAAGCAAGGAACCAGGTTTAAACGG
TTGATTAAAGATCAAAGTGGTCACTCGGATCTTGAAGAAGGTATCCGACGTCTAGTCCTC
TGCTCTGGGAAGGTCTACTATGAGCTTGACGAAGAGCGACAAAAGTCTGGAACAAACGAC
ATAGCCATTTGCAGAGTCGAGCAGCTTTGTCCATTCCCTTACGATCTCATTCAGAGAGAA
CTAAAGCGATATCCAAATGCAGAGATAGTGTGGTGTCAAGAAGAGCCGATGAACATGGGA
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CAGCTTCATGTTAAGGAGCAAACCGATCTTGTTCACAAAGCTCTTCAACCTGACCCCATC
ACCCCTATCCTCCCTTAAATGGCCCATTAAGGATATATATAAATAACAGCTTCAGCTCTT
GAAGCCCATAAGAGTCTTCTCTGAGAAAAAGAACATGTTTGCTTGAGAGTTTCATTTCAA
CTTGGTTTGAATGTTTCTGGTTTAGTTCGGTTATCAATAAAAATGATGTAATCAAACATA
AAATGATGTAAACGATCATAAATACTTTCTTCGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT71TF U 1
AF RR1B008TF U 260
AF RR1BJ14TF U 278
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BS 962 1022 RR1B008TF
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ATGGATTCAACTCTTAGAAAGCAGATTCAAGAGTTTAATTGGCAAATTGTTAATGTTACT
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CTTATAGTGATGGCTCCTAAAAACTTTCTTCGACACAAGAAGTGTGTATCTAACCTCTCG
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GCGCTGA

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DS 

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G
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ACATCCTGGGTTTGACAAGCAAGGAACCAGGTTTAAACGGTTGATTAAAGATCAAAGTGG
TCACTCGGATCTTGAAGAAGGTATCCGACGTCTAGTCCTCTGCTCTGGGAAGGTCTACTA
TGAGCTTGACGAAGAGCGACAAAAGTCTGGAACAAACGACATAGCCATTTGCAGAGTAGA
GCAGCTCTGTCCATTCCCTTATGATCTCATTCAGAGAGAACTAAAGCGATATCCAAATGC
AGAGATAGTGTGGTGTCAAGAAGAGCCGATGAACATGGGAGGATATCAGTATATAACACC
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TGGGCGTCTTCCTTCAGCTGCTACAGCCACTGGTTTTTACCAGCTTCATGTTAAGGAGCA
GACCGATCTTGTTCATAAAGCTCTTCAACCTGACCCCATCACCCCTATCCTCCCTTAAAT
GGCCCATTAAGGATATATATAAATAACAGCTTCAGCTCTTGAAGCCCATAAGAGTCTTCT
CTGAGAAAAAGAACATGTTTGCTTGAGAGTTTCATTTCAATTTGGTTTGAATGTTTCTGG
TTTAGTTCGGTTATCAATAAAAATGATGTAATCAAACATAAA
TATTTTCTCCGTTTTAAA

QA 2 763 2 763
DS 

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GA
CACAGGGATTTCCGCAAGCCTCTTATAGTGATGGCTCCTAAAAACTTGCTTCGACACAAG
AAGTGTGTATCTAACCTCTCGGAGTTCGATGATGTGAAAGGACATCCTGGGTTTGACAAG
CAAGGAACCAGGTTTAAACGGTTGATTAAAGATCAAAGTGGTCACTCGGATCTTGAAGAA
GGTATCCGACGTCTAGTCCTCTGCTCTGGGAAGGTTTACTATGAGCTTGACGAAGAGCGA
CAAAAGTCTGGAACAAACGACATAGCCATTTGCAGAGTCGAGCAGCTTTGTCCATTCCCT
TACGATCTCATTCAGAGAGAACTAAAGCGATATCCAAATGC*GAGATAGTGTGGTGTCAA
GAAGAGCCGATGAACATGGGAGGATATCAGTATATAGCACCAAGGCTGTGGACGGCCATG
AAGGCGCTGAACAGAGGAAGCTTCAGCGACATCAAATACGTTGGGCGT*TTCCTTCAGCT
GCTACAGCCACTGGTTTTTACCAGCTTCATGTTAAGGAGCAAACCGATCTTGTTCACAAA
GCTCTTCAACCTGACCCCATCACCCCTATCCTCCCTTAAATGGCCCATTAAGGATATA**
**AATAACAGCTTCAGCTCTTGAAGCCCATAAGAGTCTTCTCTGA*AAAAAGAACATGTT
TGCTTGAGAGTTTCATTTCAACTTGGTTTGAATGTTTC*GGTTTAGTTCGGTTATCAATA
AAAATGATGTAATCAAACATAAAATGATGTAAACGATCATAAATACTTTCTTCGTTTC

QA 3 780 3 780
DS 



AS 1 3

CO CL3580Contig1 809 3 10 U
GGCTTCTAGTCTTCGATTCGTTTCTCTCTTCAGGTCTTCGTTTTGGGCAGAGATGGCGAT
TCCTTACATGGAAACGGTCGTGGGTTTTATGATAGTGATGTACGTTTTTGAGACATACTT
GGATATGAGGCAGCACACGGCTCTCAAGCTTCCAACTCTCCCAAAAACCTTGGTTGGAGT
CATTAGCCAAGAGAAGTTTGAGAAATCCCGAGCTTACAGTCTTGACAAAAGCCATTTTCA
TTTTGTTCATGAGTTTGTGACTATCCTTATTGACTCTGCGATGTTGTTCTTTGGGATCCT
GCCTTGGTTTTGGAAGTTATCGGGAGGTTTTCTACCGATGGTGGGACTAGATCCAGAGAA
TGAAATTCTGCACACTCTTTCATTCTTGGCTGGTGTTATGATATGGTCACAGATCACTGA
TTTGCCATTTTCTTTGTACTCAACTTTCGTCATTGAGTCTCGACACGGGTTCAATAAACA
AACAATATGGATGTTCTTTAGGGACATGGTCAAAGGAATACTTCTCTCTGTCATACTAGC
CCCTCCTATTGTTGCCGCAATTATTGTTATAGTTCAGAAAGGAGGTCCTTACCTTGCCAT
CTATCTGTGGGCATTCATGTTTGTCCTGTCTCTTGTAATGATGACTATATACCCAGTTTT
GATTGCACCTCTTTTCAACAAGTTCACTCCTCTTCCAGATGGAGACCTCCGGGAGAAA*T
TGAGAAACTTGCTTCTTCTCTAAAGTT*CCTCTGACGAAGCTGTTTGTAGTCGATGGATC
TACAAGTCAGCATAGCATGCTTACATGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF58TF U 1
AF RR1BP54TF U 6
AF RR1BK88TF U 7
BS 1 677 RR1EF58TF
BS 678 678 RR1BP54TF
BS 679 718 RR1EF58TF
BS 719 719 RR1BP54TF
BS 720 729 RR1EF58TF
BS 730 730 RR1BP54TF
BS 731 747 RR1EF58TF
BS 748 748 RR1BP54TF
BS 749 781 RR1EF58TF
BS 782 809 RR1BP54TF

RD RR1EF58TF 781 0 0
GGCTTCTAGTCTTCGATTCGTTTCTCTCTTCAGGTCTTCGTTTTGGGCAGAGATGGCGAT
TCCTTACATGGAAACGGTCGTGGGTTTTATGATAGTGATGTACGTTTTTGAGACATACTT
GGATATGAGGCAGCACACGGCTCTCAAGCTTCCAACTCTCCCAAAAACCTTGGTTGGAGT
CATTAGCCAAGAGAAGTTTGAGAAATCCCGAGCTTACAGTCTTGACAAAAGCCATTTTCA
TTTTGTTCATGAGTTTGTGACTATCCTTATTGACTCTGCGATGTTGTTCTTTGGGATCCT
GCCTTGGTTTTGGAAGTTATCGGGAGGTTTTCTACCGATGGTGGGACTAGATCCAGAGAA
TGAAATTCTGCACACTCTTTCATTCTTGGCTGGTGTTATGATATGGTCACAGATCACTGA
TTTGCCATTTTCTTTGTACTCAACTTTCGTCATTGAGTCTCGACACGGGTTCAATAAACA
AACAATATGGATGTTCTTTAGGGACATGGTCAAAGGAATACTTCTCTCTGTCATACTAGC
CCCTCCTATTGTTGCCGCAATTATTGTTATAGTTCAGAAAGGAGGTCCTTACCTTGCCAT
CTATCTGTGGGCATTCATGTTTGTCCTGTCTCTTGTAATGATGACTATATACCCAGTTTT
GATTGCACCTCTTTTCA*CAAGTTCACTCCTCTTCCAGATGGAGACCTCCGGGAGAAAAT
TGAGAAACTCGCTTCTTCTCTAAAGTTTCCTCTGACGAAGCTGTTTGTAGTCGATGGATC
T

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1BP54TF 804 0 0
GG
AGTCTTCGATTCGTTTCTCTCTTCAGGTCTTCGTTTTGGGCAGAGATGGCGATTCCTTAC
ATGGAAACGGTCGTGGGTTTTATGATAGTGATGTACGTTTTTGAGACATACTTGGATATG
AGGCAGCACACGGCTCTCAAGCTTCCAACTCTCCCAAAAACCTTGGTTGGAGTCATTAGC
CAAGAGAAGTTTGAGAAATCCCGAGCTTACAGTCTTGACAAAAGCCATTTTCATTTTGTT
CATGAGTTTGTGACTATCCTTATTGACTCTGCGATGTTGTTCTTTGGGATCCTGCCTTGG
TTTTGGAAGTTATCGGGAGGTTTTCTACCGATGGTGGGACTAGATCCAGAGAATGAAATT
CTGCACACTCTTTCATTCTTGGCTGGTGTTATGATATGGTCACAGATCACTGATTTGCCA
TTTTCTTTGTACTCAACTTTCGTCATTGAGTCTCGACACGGGTTCAATAAACAAACAATA
TGGATGTTCTTTAGGGACATGGTCAAAGGAATACTTCTCTCTGTCATACTAGCCCCTCCT
ATTGTTGCCGCAATTATTGTTATAGTTCAGAAAGGAGGTCCTTACCTTGCCATCTATCTG
TGGGCATTCATGTTTGTCCTGTCTCTTGTAATGATGACTATATACCCAGTTTTGATTGCA
CCTCTTTTCAACAAGTTCACTCCTCTTCCAGATGGAGACCTCCGGGAGAAA*TTGAGAAA
CTTGCTTCTTCTCTAAAGTT*CCTCTGACGAAGCTGTTTGTAGTCGATGGATCTACAAGT
CAGCATAGCATGCTTACATGTA

QA 3 804 3 804
DS 

RD RR1BK88TF 776 0 0
G
AGTCTTCGATTCGTTTCTCTCTTCAGGTCTTCGTTTTGGGCAGAGATGGCGATTCCTTAC
ATGGAAACGGTCGTGGGTTTTATGATAGTGATGTACGTTTTTGAGACATACTTGGATATG
AGGCAGCACACGGCTCTCAAGCTTCCAACTCTCCCAAAAACCTTGGTTGGAGTCATTAGC
CAAGAGAAGTTTGAGAAATCCCGAGCTTACAGTCTTGACAAAAGCCATTTTCATTTTGTT
CATGAGTTTGTGACTATCCTTATTGACTCTGCGATGTTGTTCTTTGGGATCCTGCCTTGG
TTTTGGAAGTTATCGGGAGGTTTTCTACCGATGGTGGGACTAGATCCAGAGAATGAAATT
CTGCACACTCTTTCATTCTTGGCTGGTGTTATGATATGGTCACAGATCACTGATTTGCCA
TTTTCTTTGTACTCAACTTTCGTCATTGAGTCTCGACACGGGTTCAATAAACAAACAATA
TGGATGTTCTTTAGGGACATGGTCAAAGGAATACTTCTCTCTGTCATACTAGCCCCTCCT
ATTGTTGCCGCAATTATTGTTATAGTTCAGAAAGGAGGTCCTTACCTTGCCATCTATCTG
TGGGCATTCATGTTTGTCCTGTCTCTTGTAATGATGACTATATACCCAGTTTTGATTGCA
CCTCTTTTCAACAAGTTCACTCCTCTTCCAGATGGAGACCTCCGGGAGAAA*TTTAGAA*
CTTGCTTCTTCTCTAAAGTT*CCTCTGACGAAGCTGTT*GTAGTCGATGGATCT
A

QA 2 775 2 775
DS 



AS 1 3

CO CL3581Contig1 592 3 8 U
GGATAAAAGGTTAATAACAAAGCGGGCTGTGTAATCTCGTTGGTCGTCAGCCTCTCTCCA
GTCTCTACTCCGCCGCATAGATCCAAGACAAACGAAAAAATGGTGACGACCAAGAAAACG
AAGAAGTCACACGAGGGAATCAACAGCAGGTTGGCACTTGTAATGAAGAGTGGAAAATAC
ACTCTTGGTTACAAGTCTGTCCTCAAGTCTCTAAGAGGCTCCAAAGGGAAACTGATTCTC
ATCTCCTCGAATTGCCCACCGTTGAGGAGATCAGAGATTGAGTACTACGCTATGCTCGCC
AAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAATGTTGATTTGGGAACAGCTTGTGGAAAG
TACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATTGTTGATCCTGGTGATTCTGATATTATCAAGACC
ATTCCTGGTGATCAGTGATAAACCATCCTCGATTTTGTTTTCTTTTTCTTGCGACGTTTA
TCTATTTATGTATCCGAGCTTATCTCAACTTTTATGAGCAAAAAGACTATGTTTAGATAT
TTTGTTTTAAGTTTTCAATGATGAATTTTTTTTTATTTGCTGAAACATGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G507TF U 1
AF RR1E752JQ C 31
AF RR1E752TF U 31
BS 1 149 RR1G507TF
BS 150 150 RR1E752TF
BS 151 446 RR1G507TF
BS 447 447 RR1E752TF
BS 448 548 RR1G507TF
BS 549 549 RR1E752TF
BS 550 581 RR1G507TF
BS 582 592 RR1E752TF

RD RR1G507TF 581 0 0
GGATAAAAGGTTAATAACAAAGCGGGCTGTGTAATCTCGTTGGTCGTCAGCCTCTCTCCA
GTCTCTACTCCGCCGCATAGATCCAAGACAAACGAAAAAATGGTGACGACCAAGAAAACG
AAGAAGTCACACGAGGGAATCAACAGCAGTTTGGCACTTGTAATGAAGAGTGGAAAATAC
ACTCTTGGTTACAAGTCTGTCCTCAAGTCTCTAAGAGGCTCCAAAGGGAAACTGATTCTC
ATCTCCTCGAATTGCCCACCGTTGAGGAGATCAGAGATTGAGTACTACGCTATGCTCGCC
AAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAATGTTGATTTGGGAACAGCTTGTGGAAAG
TACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATTGTTGATCCTGGTGATTCTGATATTATCAAGACC
ATTCCTGGTGATCAGTGATAAACCATTCTCGATTTTGTTTTCTTTTTCTTGCGACGTTTA
TCTATTTATGTATCCGAGCTTATCTCAACTTTTATGAGCAAAAAGACTATGTTTAGATAT
TTTGTTTTTAGTTTTCAATGATGAATTTTTTTTTATTTGCT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1E752JQ 562 0 0
GG
AATCTCGTTGGTCGTCAGCCTCTCTCCAGTCTCTATTCCGCCGCATAGATCCAAGACAAA
CGAAAAAATGGTGACGACCAAGAAAACGAAGAAGTCACACGAGGGAATCAACAGCAGGTT
GGCACTTGTAATGAAGAGTGGAAAATACACTCTTGGTTACAAGTCTGTCCTCAAGTCTCT
AAGAGGCTCCAAAGGGAAACTGATTCTCATCTCCTCGAATTGCCCACCGTTGAGGAGATC
AGAGATTGAGTACTACGCTATGCTCGCCAAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAA
TGTTGATTTGGGAACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATTGTTGA
TCCTGGTGATTCTGATATTATCAAGACCATTCCTGGTGATCAGTGATAAACCATCCTCGA
TTTTGTTTTCTTTTTCTTGCGACGTTTATCTATTTATGTATCCGAGCTTATCTCAACTTT
TATGAGCAAAAAGACTATGTTTAGATATTTTGTTTTAAGTTTTCAATGATGAATTTTTTT
TTATTTGCTGAAACATGATT

QA 3 562 3 562
DS 

RD RR1E752TF 562 0 0
GG
AATCTCGTTGGTCGTCAGCCTCTCTCCAGTCTCTACTCCGCCGCATAGATCCAAGACAAA
CGAAAAAATGGTGACGACCAAGAAAACGAAGAAGTCACACGAGGGAATCAACAGCAGGTT
GGCACTTGTAATGAAGAGTGGAAAATACACTCTTGGTTACAAGTCTGTCCTCAAGTCTCT
AAGAGGCTCCAAAGGGAAACTGATTCTCATCTCCTCGAATTGCCCACCGTTGAGGAGATC
AGAGATTGAGTACTACGCTATGCTCGCCAAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAA
TGTTGATTTGGGAACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATTGTTGA
TCCTGGTGATTCTGATATTATCAAGACCATTCCTGGTGATCAGTGATAAACCATCCTCGA
TTTTGTTTTCTTTTTCTTGCGACGTTTATCTATTTATGTATCCGAGCTTATCTCAACTTT
TATGAGCAAAAAGACTATGTTTAGATATTTTGTTTTAAGTTTTCAATGATGAATTTTTTT
TTATTTGCTGAAACATGATT

QA 3 562 3 562
DS 



AS 1 2

CO CL3582Contig1 789 2 2 U
GGATCTTTTGTTTCTTCAATCTTGAGCTCTTCTTCTTCGTTCCTGAGATTTTTTCGCTAT
ACGACTTGTGAAGATGTTCTCGGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCCACTCC
AACAGAATGCGATGAGCAAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATTTGGAGAACACCAACCAGGA
GTTGAAGAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGG
AAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGAT
TCATCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGATGTTATCTTTGT
TGCGACAAGAAGGATCATGCGTCCACCTAAGAAGGGTGCTGCTGTGCAGAGGCCACGCAA
CAGAACTCTAACCTCTGTTCACGAAGCAATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGAT
TGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGA
GGCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGTGTGTACCGGAA
ACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTCGAGTACCCTGTTGAAGCTTGAAGAATCACATCAGG
ATAGAGCTTTTGATTTTGTTTTGTGGTGTTTAGGATGAAGTACACACTGTTTTGATTCAG
TTATCCACAATCTTCATATTACAAAGACTTGCTTTCTGTACTTTCCAAATTTGAAACCCT
TTAAGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB57TF U 1
AF RR1EB57JQ C 240
BS 1 649 RR1EB57TF
BS 650 789 RR1EB57JQ

RD RR1EB57TF 655 0 0
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ACGACTTGTGAAGATGTTCTCGGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCCACTCC
AACAGAATGCGATGAGCAAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATTTGGAGAACACCAACCAGGA
GTTGAAGAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGG
AAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGAT
TCATCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGATGTTATCTTTGT
TGCGACAAGAAGGATCATGCGTCCACCTAAGAAGGGTGCTGCTGTGCAGAGGCCACGCAA
CAGAACTCTAACCTCTGTTCACGAAGCAATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGAT
TGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGA
GGCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGTGTGTACCGGAA
ACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTCGAGTACCCTGTTGAAGCTTGAAGA
ATCACA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1EB57JQ 550 0 0
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TTCATCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGATGTTATTTTTG
TTGCGACAAGAAGGATCATGCGTCCACCTAAGAAGGGTGCTGCTGTGCAGAGGCCACGCA
ACAGAACTTTAACCTCTGTTCACGAAGCAATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGA
TTGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTTTATTTGG
AGGCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGTGTGTACCGGA
AACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTCGAGTACCCTGTTGAAGCTTGAAGAATCACATCAG
GATAGAGCTTTTGATTTTGTTTTGTGGTGTTTAGGATGAAGTACACACTGTTTTGATTCA
GTTATCCACAATCTTCATATTACAAAGACTTGCTTTCTGTACTTTCCAAATTTGAAACCC
TTTAAGTTTC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 3

CO CL3583Contig1 700 3 12 U
GGACAGATTCGACTGGTCAAACAAAAAAAAAAAAAACGAAAGAACTCGAGATGAAAGGCG
GCCAATCGAAAGCTGAAGCGACGAGCACCGACCAGAGACTGAAAACAAGAGGAAGGAAGA
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TCCTAGATGATTTTCGACTGGAGTTCAAAGAGGCGAACCCTAACAACAAGTCCGTCGCCG
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ATGCTTCCAAGGCAGAGACCAGGAAGAGTGAATATAATAAGAGTATGCAACATTACAACA
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AAGCTGGAGGAGGAAGCGAAGAGGAGGAAGAAGACGATTATTAAGGAGGCTTTCTAGTTA
TTGCTATTTTACTGACTCAGATTTGAGGATGCGATTAGGAATTTAAGTGTGACCTTAAAC
TCAAAAAAAATATGGTTATGCTTTGTGTGTTTTGTAATATTAAGAACCTCATTTGCTACT
TGTTTTGTGTTTAGGTCAGTTGTATGGTCGGATAATATCAGTTGGGATGCTATATCTCCT
CATTACCTTCGGTGTTTATTTATTAAGGATTTGTTTGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E484TF U 1
AF RR1B119JQ C 127
AF RR1B119TF U 127
BS 1 198 RR1E484TF
BS 199 199 RR1B119TF
BS 200 222 RR1E484TF
BS 223 223 RR1B119TF
BS 224 319 RR1E484TF
BS 320 320 RR1B119TF
BS 321 352 RR1E484TF
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BS 354 582 RR1E484TF
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BS 584 640 RR1E484TF
BS 641 700 RR1B119TF

RD RR1E484TF 640 0 0
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GCCAATCGAAAGCTGAAGCGACGAGCACCGACCAGAGACTGAAAACAAGAGGAAGGAAGA
AGAAGACGGCGACGAAGGACCCAAACAAACCTAAGAGACCTCCAAGCGCTTTCTTCGTCT
TCCTAGATGATTTTCGACGGGAGTTCAAAGAGGCGAACCCTA*CAACAAGTCCGTCGCCG
CCGTTGGTAAGGCTGCCGGAGAGAAGTGGAAGTCTATGAGTGAAGAAGAGAAAGCTCCTT
ATGCTTCCAAGGCAGAGAC*AGGAAGAGTGAATATAATAAGAGTATGCAACAGTACAACA
TGAAACTGGCTAATGGAACCAGTAGAGGTGAAGATGATGAGTCCAGGTCTGAAGTGGACG
AAGCTGGAGGAGGAAGCGAAGAGGAGGAAGAAGACGATTATTAAGGAGGCTTTCTAGTTA
TTGCTATTTTACTGACTCAGATTTGAGGATGCGATTAGGAATTTAAGTGTGACCTTAAAC
TCAAAAAAAATATGGTTATGCTTTGTGTGTTTTGTAATATTA*GAACCTCATTTGCTACT
TGTTTTGTGTTTAGGTCAGTTGTATGGTCGGATAATATCA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1B119JQ 574 0 0
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TGGCTAATGGAACCAGTAGAGGTGAAGATGATGAGTCCAGGTCTGAAGTGGACGAAGCTG
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AAAATATGGTTATGCTTTGTGTGTTTTGTAATATTAAGAACCTCATTTGCTACTTGTTTT
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CTTCGGTGTTTATTTATTAAGGATTTGTTTGACG

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1B119TF 574 0 0
CGGCGACGAAGGACCCAAACAAACCTAAGAGACCTCCAAGCGCTTTCTTCGTCTTCCTAG
ATGATTTTCGACTGGAGTTCAAAGAGGCGAACCCTAACAACAAGTCCGTCGCCGCCGTTG
GTAAGGCTGCCGGAGAGAAGTGGAAGTCTATGAGTGAAGAAGAGAAAGCTCCTTATGCTT
CCAAGGCAGAGACCAGGAAGAGTGAATATAATAAGAGTATGCAACATTACAACATGAAAC
TGGCTAATGGAACCAGTAGAGGTGAAGATGATGAGTCCAGGTCTGAAGTGGACGAAGCTG
GAGGAGGAAGCGAAGAGGAGGAAGAAGACGATTATTAAGGAGGCTTTCTAGTTATTGCTA
TTTTACTGACTCAGATTTGAGGATGCGATTAGGAATTTAAGTGTGACCTTAAACTCAAAA
AAAATATGGTTATGCTTTGTGTGTTTTGTAATATTAAGAACCTCATTTGCTACTTGTTTT
GTGTTTAGGTCAGTTGTATGGTCGGATAATATCAGTTGGGATGCTATATCTCCTCATTAC
CTTCGGTGTTTATTTATTAAGGATTTGTTTGACG

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 3

CO CL3584Contig1 1087 3 2 U
GGGTTTTCAGTTTAATTTTTTTAAGAGATAAAATTTTCGTCTAAACAATAAAGACAAATT
TGAATATCTAGGATGGTGACCAAGTCACGACATTATCCAACAAGAAGTCAAAAGATATAG
TCCACAGGAATAACAATTTGCTAAACCCGAACAAATGATCCTCGTCCTACATAGGGTTGA
TCACTCCCGCGCCGTTCCTCCCCATCTCTGAACCCGACTCTCGGCTTGCTCTGCCTCTTT
GTTCCAGTTAGTGTAGTAGATTATTCCAATCAACATAAGTGTCTGTAAGCAGATTCCAGC
TACCATACCTCCCCATATTCCCTGAACTCCGAGGTTTAGTGTGAATCCAAGAACAAGACC
AGCAGGAAGTCCAATAATGTAATAGCACGCAAGGTTCACGTATGCCACTAGACTCTGCCA
CCCAGCTCCAACAGCAACACCTGACAAGACAGGCTGGAGGCTGTTCAAAAGGACAGTAAA
GGCCAACAAGACAGCTATTCTCGTGGTTTCTGCGGCCACAGCTTCACTAGAAGTGAAAAG
ATGAGGGAAGCTATCTTTTGTGGCTAAGACAACAATCATGCACACGACCCCGATAAGGGT
TGATGTTATGGAGACAACTATCACTGCGAATTTGGCTAGATATGCATTTCCTGCACCCAG
CTCATTCGAAACCCTCACACTTATAGCAGCGTTAAACCCGATTGAAATCATTGCCGTCCA
ACCTTCTATGTTCATACAGATGGAAATGGCATCGACAGGTATCAATGGATTAGGAAGAAG
ACCCGTGACAACGACCAGAATCATCAAATACCAAAACTCCAAACAGAGCATGACAGCAGA
AGCTAGAGATAGTTTGACAAATCCATAGAGGTCACGAAACGCAAGCCAAGAAAATCCACT
CCAAGCACCGTCTGATTTAGTGATTAAAATATACAAAAGCTGACCGATAACAACAAGCCA
CCATGAGGTATTGAGGGTGATGGCTGCACCTACAAGCCCCCACTTAAAGTATATGATGAA
TAGCCAGCTAAAGACTGCGTGTATAATCAGAACCACCCCGGAGATCCAGGCCATCACAAG
CACTTTC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 

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QA 1 762 1 762
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QA 1 716 1 716
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AS 1 3

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CAGTTTATAATC


BQ
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI87TF U 1
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AF RR1FB07TF U 557
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GGTTTTGGTTTTTTTAACTCGTCTTTTGGGGTTTAGCTGTGAAT

QA 1 764 1 764
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AACGGTTTCACTGCCGATGGTTTACAAATGCTCACCAACAACCTTTGTTACACGTTTGCG
AGGTGCACGAGATCTGTCTCGATTGTGCCACCGGCTTACTATGCCCACCTGGCTGCGTTC
AGGGCTCGTTACTACATGGAAAGTGAGACCTCTGATGGGGGTTCAAGCAAGAGCAGGAAC
ACAACCGCAAGCACGAGTGCTGTTGTCTCGCGTCTACCAGCCATCAAAGATAACGTCAAG
GATGTTATGTTCTACTGCTGATGAAGCACCACTTTCTTGGCTACTAGCCCAACCGAAAGG
AATGATAAATAATGAACTCTCTACCTTTCGGTTTTGGTTTTTTTAACTCGTCTTTTGGGG
TTTAGCTGTGAATACTTTGAATGATGCGGCTAATATTTTCTCTCGGAACTATTATGCGTT
TTGGTATCACGACGATGATCTGACTTCACGTTTGTCGTTGTGGAAGAAAGAAAAGGTTTA
ACTATGGTTTTTCTTTAGACTGTTCCGACTCGGAAGTTTCATGTGCTGTGTTCTGAGTTA
GCTTTCTACCATCTATTAATCTGAATTATCAGTTTATAATC

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1FB07TF 410 0 0
G
GCAAGAGCAGGAACACAACCGCAAGCACGAGTGCTGTTGTCTCGCGTCTACCAGCCATCA
AAGATAACGTCAAGGATGTTATGTTCTACTGCTGATGAAGCACCACTTTCTTGGCTACTA
GCCCAACCGAAAGGAATGATAAATAATGAACTCTCTACCTTTCGGTTTTGGTTTTTTTAA
CTCGTCTTTTGGGGTTTAGCTGTGAATACTTTGAATGATGCGGCTAATATTTTCTCTCGG
AACTATTATGCGTTTTGGTATCACGACGATGATCTGACTTCACGTTTGTCGTTGTGGAAG
AAAGAAAAGGTTTAACTATGGTTTTTCTTTAGACTGTTCCGACTCGGAAGTTTCATGTGC
TGTGTTCTGAGTTAGCTTTCTACCATCTATTAATCTGAATTATCA
TTTT

QA 2 406 2 406
DS 



AS 1 3

CO CL3586Contig1 642 3 2 U
GGGGGAGTTGCTGGAGGAACTTGCTTCTCTGAGTGATACGCCTGGCAACCGGCTGCGAAC
TCGTGCTAAGCCTCAGCAATCCACTACTCTAAACAGTGCACCTATTAGCTCAGAAACAGG
ACGGATGAAGTTAGGGAGAAAAGCCAAGAACCAGAGCAAGAAAACGACTTGTGGAAGAAC
ATCAAAGATTTTGCAGGATCGGTCGCAAATGGAGCCATGAAATGGCTGAGAGATAACCTC
TAGAGATCCATGTTCAACTAACATGACCTGCTTTAAAAGGTATTCTCGGCTGCACCCATG
GTACCAATGTGGAAGGAAATGTTAATTGTTTCATTTGTTGATGTGAGGGTCTTTTGCAGA
AAGCTCTTTATTCCTTTTCAGTTTGGTGGATGCTATTTGCCAAGTCATAATGATTTGATG
CGTGAAAAGAGAGCGATTCTGCTCTAACTGCCCCATTCCTTTTATTAGTACAAATACAAC
CGGTGTTTCGAGTTAGTTTTGTGTTTTTGGTAAAAAAGAAAAAAATCAGAGAACTGTAAT
AGGTAATTATTGGTTTTTGATGGAGTCAGAGTGATTGAACTGAATACTGATGCAAGGGGT
TGAAGGGGGGTCCAGAAAATTTGTGCGGGATTGCAAACTTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ19JQ C 1
AF RR1FQ19TF U 1
AF RR1GQ66TF U 163
BS 1 582 RR1FQ19TF
BS 583 642 RR1GQ66TF

RD RR1FQ19JQ 582 0 0
GGGGGAGTTGCTGGAGGAACTTGCTTCTCTGAGTGATACGCCTGGCAACCGGCTGCGAAC
TCGTGCTAAGCCTCAGCAATCCACTACTCTAAACAGTGCACCTATTAGCTCAGAAACAGG
ACGGATGAAGTTAGGGAGAAAAGCCAAGAACCAGAGCAAGAAAACGACTTGTGGAAGAAC
ATCAAAGATTTTGCAGGATCGGTCGCAAATGGAGCCATGAAATGGCTGAGAGATAACCTC
TAGAGATCCATGTTCAACTAACATGACCTGCTTTAAAAGGTATTCTCGGCTGCACCCATG
GTACCAATGTGGAAGGAAATGTTAATTGTTTCATTTGTTGATGTGAGGGTCTTTTGCAGA
AAGCTCTTTATTCCTTTTCAGTTTGGTGGATGCTATTTGCCAAGTCATAATGATTTGATG
CGTGAAAAGAGAGCGATTCTGCTCTAACTGCCCCATTCCTTTTATTAGTACAAATACAAC
CGGTGTTTCGAGTTAGTTTTGTGTTTTTGGTAAAAAAGAAAAAAATCAGAGAACTGTAAT
AGGTAATTATTGGTTTTTGATGGAGTCAGAGTGATTGAACTG

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1FQ19TF 582 0 0
GGGGGAGTTGCTGGAGGAACTTGCTTCTCTGAGTGATACGCCTGGCAACCGGCTGCGAAC
TCGTGCTAAGCCTCAGCAATCCACTACTCTAAACAGTGCACCTATTAGCTCAGAAACAGG
ACGGATGAAGTTAGGGAGAAAAGCCAAGAACCAGAGCAAGAAAACGACTTGTGGAAGAAC
ATCAAAGATTTTGCAGGATCGGTCGCAAATGGAGCCATGAAATGGCTGAGAGATAACCTC
TAGAGATCCATGTTCAACTAACATGACCTGCTTTAAAAGGTATTCTCGGCTGCACCCATG
GTACCAATGTGGAAGGAAATGTTAATTGTTTCATTTGTTGATGTGAGGGTCTTTTGCAGA
AAGCTCTTTATTCCTTTTCAGTTTGGTGGATGCTATTTGCCAAGTCATAATGATTTGATG
CGTGAAAAGAGAGCGATTCTGCTCTAACTGCCCCATTCCTTTTATTAGTACAAATACAAC
CGGTGTTTCGAGTTAGTTTTGTGTTTTTGGTAAAAAAGAAAAAAATCAGAGAACTGTAAT
AGGTAATTATTGGTTTTTGATGGAGTCAGAGTGATTGAACTG

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1GQ66TF 480 0 0
GG
CGACTTGTGGAAGAACATCAAAGATTTTGCAGGATCGGTCGCAAATGGAGCCATGAAATG
GCTGAGAGATAACCTCTAGAGATCCATGTTCAACTAACATGACCTGCTTTAAAAGGTATT
CTCGGCTGCACCCATGGTACCAATGTGGAAGGAAATGTTAATTGTTTCATTTGTTGATGT
GAGGGTCTTTTGCAGAAAGCTCTTTATTCCTTTTCAGTTTGGTGGATGTTATTTGCCAAG
TCATAATGATTTGATGCGTGAAAAGAGAGCGATTCTGCTCTAACTGCCCCATTCCTTTTA
TTAGTACAAATACAACCGGTGTTTCGAGTTAGTTTTGTGTTTTTGGTAAAAAAGAAAAAA
ATCAGAGAACTGTAATAGATAATTATTGGTTTTTGATGGAGTCAGAGTGATTGAACTGAA
TACTGATGCAAGGGGTTGAAGGGGGGTCCAGAAAATTTGTGCGGGATTGCAAACTTCT

QA 3 480 3 480
DS 



AS 1 3

CO CL3587Contig1 956 3 7 U
GGATAACCCTAACTCTAGAAAACTTCTCCTGATAACTCTCTCCCTCTCTCCCAAGTGTGG
TTTTCAACCCATTCGTAAAGATCATGAACCTTGAAGAGAAACCAACCATGGCTTCAAGGG
CTTCACCTCAAGCCGAACATCTCTACTACGTCCGGTGCAGCATCTGCAACACAATCCTCG
CGGTTGGGATACCAATGAAGAGAATGCTTGACACTGTAACGGTGAAATGTGGCCATTGTG
GTAACCTCTCGTTTCTCACCACAAGCCCTCCTCTGCAAGGCCATGTCAGCCTCACTCTTC
AGATGCAGAGCTTTGGTGGGAGTGAGTATAAGAAGGGAAGCTCTTCTTCCTCCTCGTCTT
CTACCTCCAGTGACCAGCCACCATCTCCTCGACCACCCTTTGTCGTTAAACCTCCTGAGA
AGAAGCAGAGACTTCCATCGGCTTACAACCGCTTCATGAGGGATGAGATACAACGCATCA
AGAGTGCGAATCCGGAAATACCACATCGTGAAGCTTTCAGCGCTGCTGCCAAAAATTGGG
CTAAGTACATACCCAATTCTCCTACTTCCATTACTTCCGGAGGCAGCAACATCCACGGTT
TCGGATTTGGTGAGAAGAAGTGAAGTCCCCAAGGAAATGCATGCCTAAAAATAATAATAA
ACGCACGTGTGCGTGATCAAACTTTTCAGCGAAGGGGTTTAGTTAACGGCGTCGTTTTCG
TCATTATGTGTTTTAGATGTGTTTAAAGTTGGTGTGTTTTCCTTTGTATGTCTCCGCAGA
AGTGATGTTTGCCTCATAGTAGAATCTTTAGTTCTGTCTGTCTTAGATTTGAAAGCTACG
TTACGTTGATGTGTTCATCTGGACGTTCATGTCGGGACGTAATAAGTTTGTCTTAATCCT
ATAACATTTCTGCCTATCTCTCTTGTCTCTAGCTATCTATCGTACAAATTATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D318TF U 1
AF RR1BS46TF U 11
AF RR1BS46JQ C 195
BS 1 34 RR1D318TF
BS 35 35 RR1BS46TF
BS 36 358 RR1D318TF
BS 359 650 RR1BS46TF
BS 651 651 RR1BS46JQ
BS 652 690 RR1BS46TF
BS 691 956 RR1BS46JQ

RD RR1D318TF 358 0 0
GGATAACCCTAACTCTAGAAAACTTCTCCTGATATCTCTCTCCCTCTCTCCCAAGTGTGG
TTTTCAACCCATTCGTAAAGATCATGAACCTTGAAGAGAAACCAACCATGGCTTCAAGGG
CTTCACCTCAAGCCGAACATCTCTACTACGTCCGGTGCAGCATCTGCAACACAATCCTCG
CGGTTGGGATACCAATGAAGAGAATGCTTGACACTGTAACGGTGAAATGTGGCCATTGTG
GTAACCTCTCGTTTCTCACCACAAGCCCTCCTCTGCAAGGCCATGTCAGCCTCACTCTTC
AGATGCAGAGCTTTGGTGGGAGTGAGTATAAGAAGGGAAGCTCTTCTTCCTCCTCGTC

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1BS46TF 680 0 0
AACTCTAGAAAACTTCTCCTGATAACTCTCTCCCTCTCTCCCAAGTGTGGTTTTCAACCC
ATTCGTAAAGATCATGAACCTTGAAGAGAAACCAACCATGGCTTCAAGGGCTTCACCTCA
AGCCGAACATCTCTACTACGTCCGGTGCAGCATCTGCAACACAATCCTCGCGGTTGGGAT
ACCAATGAAGAGAATGCTTGACACTGTAACGGTGAAATGTGGCCATTGTGGTAACCTCTC
GTTTCTCACCACAAGCCCTCCTCTGCAAGGCCATGTCAGCCTCACTCTTCAGATGCAGAG
CTTTGGTGGGAGTGAGTATAAGAAGGGAAGCTCTTCTTCCTCCTCGTCTTCTACCTCCAG
TGACCAGCCACCATCTCCTCGACCACCCTTTGTCGTTAAACCTCCTGAGAAGAAGCAGAG
ACTTCCATCGGCTTACAACCGCTTCATGAGGGATGAGATACAACGCATCAAGAGTGCGAA
TCCGGAAATACCACATCGTGAAGCTTTCAGCGCTGCTGCCAAAAATTGGGCTAAGTACAT
ACCCAATTCTCCTACTTCCATTACTTCCGGAGGCAGCAACATCCACGGTTTCGGATTTGG
TGAGAAGAAGTGAAGTCCCCAAGGAAATGCATGCCTAAAA*TAATAATAAACGCACGTGT
GCGTGATCAAACTTTTCAGC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1BS46JQ 762 0 0
ATGAAGAGAATGCTTGACACTGTAACGGTGAAATGTGGCCATTGTGGTAACCTCTCGTTT
CTCACCACAAGCCCTCCTCTGCAAGGCCATGTCAGCCTCACTCTTCAGATGCAGAGCTTT
GGTGGGAGTGAGTATAAGAAGGGAAGCTCTTCTTCCTCCTCGTCTTCTACCTCCAGTGAC
CAGCCACCATCTCCTCGACCACCCTTTGTCGTTAAACCTCCTGAGAAGAAGCAGAGACTT
CCATCGGCTTACAACCGCTTCATGAGGGATGAGATACAACGCATCAAGAGTGCGAATCCG
GAAATACCACATCGTGAAGCTTTCAGCGCTGCTGCCAAAAATTGGGCTAAGTACATACCC
AATTCTCCTACTTCCATTACTTCCGGAGGCAGCAACATCCACGGTTTCGGATTTGGTGAG
AAGAAGTGAAGTCCCCAAGGAAATGCATGCCTAAAAATAATAATAAACGCACGTGTGCGT
GATCAAACTTTTCAGCGAAGGGGTTTAGTTAACGGCGTCGTTTTCGTCATTATGTGTTTT
AGATGTGTTTAAAGTTGGTGTGTTTTCCTTTGTATGTCTCCGCAGAAGTGATGTTTGCCT
CATAGTAGAATCTTTAGTTCTGTCTGTCTTAGATTTGAAAGCTACGTTACGTTGATGTGT
TCATCTGGACGTTCATGTCGGGACGTAATAAGTTTGTCTTAATCCTATAACATTTCTGCC
TATCTCTCTTGTCTCTAGCTATCTATCGTACAAATTATTTTC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 3

CO CL3588Contig1 923 3 4 U
GGAGCTCAGAATCAGATCCGCTTACTTCGTCGAGGTGACGCAGAGAAGCTCTCCTTCATT
GTTATTCAGCTTCCGTTTTTCCAAAGAAATCACAAATGGACGGAGGAAGCGGTGGTGGTG
ACATGGCGACGCCTGTACAAAAGAAGGCACACGAGGCATGGAGGGTTTACAAGTACTACC
TCGACAAGACTACGCCTCACTCAACCTACAGGTGGATTGGCACATTCGTTGTCTTTCTCA
TCTACTGCTTGAGGGTTTTCTCCATCCACGGTTTCTACATCATCTCCTACGGTCTCGGCA
TCTACCTCCTCAACCTCCTCATCGGCTTTTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGCTCGACG
CTGCCTCTGATGGTGGTGGTGCTTCTCTCCCTACTCGTGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTT
TTATCCGCCGACTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTACTCCATGACTAAGGCATTCTGCATTG
CCTTTCTCATGACGTTCTTCTCGGTTTTTGATGTTCCCGTCTTCTGGCCTATACTTCTTT
GCTACTGGATCGTTCTCTTTGTCCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGC
ACAAGTACATTCCTTTCAGCATCGGTAAACAGAAATATAGCGGTCGGAGATCTGCTGCTA
GCAGTGGTGGCTCTCGTGCTGATTGATTGATCCAGAAGAACGAAAAAAGAGGGGGATGGG
GTTCAAACCATTTTGGAGTGTTTTTGTAGTGTGATGAATTGAATCAGACTCCTATCAGCT
TACCTATTTGGCAACAAGGGTGTGATTAGTTTAATCTGTTATATGTTGCAAGAAAAATGT
TCTTTGTTAGTTCCCCTTTAATCCTAAGTACTTCTGTAAATATGATTTACGTTTATTTCG
GAACACATTCATTCCTTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A681TF U 1
AF RR1FG10TF U 7
AF RR1A681JQ C 84
BS 1 81 RR1A681TF
BS 82 82 RR1FG10TF
BS 83 702 RR1A681TF
BS 703 923 RR1A681JQ

RD RR1A681TF 702 0 0
GGAGCTCAGAATCAGATCCGCTTACTTCGTCGAGGTGACGCAGAGAAGCTCTCCTTCATT
GTTATTCAGCTTCCGTTTTTCTAAAGAAATCACAAATGGACGGAGGAAGCGGTGGTGGTG
ACATGGCGACGCCTGTACAAAAGAAGGCACACGAGGCATGGAGGGTTTACAAGTACTACC
TCGACAAGACTACGCCTCACTCAACCTACAGGTGGATTGGCACATTCGTTGTCTTTCTCA
TCTACTGCTTGAGGGTTTTCTCCATCCACGGTTTCTACATCATCTCCTACGGTCTCGGCA
TCTACCTCCTCAACCTCCTCATCGGCTTTTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGCTCGACG
CTGCCTCTGATGGTGGTGGTGCTTCTCTCCCTACTCGTGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTT
TTATCCGCCGACTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTACTCCATGACTAAGGCATTCTGCATTG
CCTTTCTCATGACGTTCTTCTCGGTTTTTGATGTTCCCGTCTTCTGGCCTATACTTCTTT
GCTACTGGATCGTTCTCTTTGTCCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGC
ACAAGTACATTCCTTTCAGCATCGGTAAACAGAAATATAGCGGTCGGAGATCTGCTGCTA
GCAGTGGTGGCTCTCGTGCTGATTGATTGATCCAGAAGAACG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1FG10TF 699 0 0
GG
GAATCAGATCCGCTTACTTCGTCGAGGTGACGCAGAGAAGCTCTCCTTCATTGTTATTCA
GCTTCCGTTTTTCCAAAGAAATCACAAATGGACGGAGGAAGCGGTGGTGGTGACATGGCG
ACGCCTGTACAAAAGAAGGCACACGAGGCATGGAGGGTTTACAAGTACTACCTCGACAAG
ACTACGCCTCACTCAACCTACAGGTGGATTGGCACATTCGTTGTCTTTCTCATCTACTGC
TTGAGGGTTTTCTCCATCCACGGTTTCTACATCATCTCCTACGGTCTCGGCATCTACCTC
CTCAACCTCCTCATCGGCTTTTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGCTCGACGCTGCCTCT
GATGGTGGTGGTGCTTCTCTCCCTACTCGTGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTTATCCGC
CGACTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTACTCCATGACTAAGGCATTCTGCATTGCCTTTCTC
ATGACGTTCTTCTCGGTTTTTGATGTTCCCGTCTTCTGGCCTATACTTCTTTGCTACTGG
ATTGTTCTCTTTGTCCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGCACAAGTAC
ATTCCTTTCAGCATCGGTAAACAGAAATATAGCGGTCGGAGATCTGCTGCTAGCAGTGGT
GGCTCTCGTGCTGATTGATTGATCCAGAAGAACG
AAA

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR1A681JQ 840 0 0
AAGAAATCACAAATGGACGGAGGAAGCGGTGGTGGTGACATGGCGACGCCTGTACAAAAG
AAGGCACACGAGGCATGGAGGGTTTACAAGTACTACCTCGACAAGACTACGCCTCACTCA
ACCTACAGGTGGATTGGCACATTCGTTGTCTTTCTCATCTACTGCTTGAGGGTTTTCTCC
ATCCACGGTTTCTACATCATCTCCTACGGTCTCGGCATCTACCTCCTCAACCTCCTCATC
GGCTTTTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGCTCGACGCTGCCTCTGATGGTGGTGGTGCT
TCTCTCCCTACTCGTGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTTATCCGCCGACTCCCTGAGTTC
AAGTTCTGGTACTCCATGACTAAGGCATTCTGCATTGCCTTTCTCATGACGTTCTTCTCG
GTTTTTGATGTTCCCGTCTTCTGGCCTATACTTCTTTGCTACTGGATCGTTCTCTTTGTC
CTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGCACAAGTACATTCCTTTCAGCATC
GGTAAACAGAAATATAGCGGTCGGAGATCTGCTGCTAGCAGTGGTGGCTCTCGTGCTGAT
TGATTGATCCAGAAGAACGAAAAAAGAGGGGGATGGGGTTCAAACCATTTTGGAGTGTTT
TTGTAGTGTGATGAATTGAATCAGACTCCTATCAGCTTACCTATTTGGCAACAAGGGTGT
GATTAGTTTAATCTGTTATATGTTGCAAGAAAAATGTTCTTTGTTAGTTCCCCTTTAATC
CTAAGTACTTCTGTAAATATGATTTACGTTTATTTCGGAACACATTCATTCCTTTGTTTC

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

CO CL3589Contig1 636 2 4 U
GGGACGACGGCACACAATCTTCACCCGAGAGAGCGATCAGAGTAGCTAAAATGGTGAACA
TTCCAAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAAGAATGCAAGAAGCACACATTGCACA
AGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCCGCTCAAGGGAAGCGTCGTTATG
ACCGTAAGCAATCTGGCTATGGTGGTCAGACCAAGCCTGTCTTCCATAAGAAGGCTAAGA
CCACGAAGAAGATTGTCCTCAGGCTTCAGTGCCAAACTTGCAAGCACTTTTCGCAGCACT
CAATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACATCTC
TTTTCTAAGCTGTTGTCATCTTATTTTGTCACAAGTTTTCTATTTCGTTTGGATCTTGAT
TCCATCTGTTTTAGCCCTCGTATAAGATTTGTCCCCTCCCCCCAACTCTATATTTTGAAT
CATCTTGATATGATTTTGCTGTTTTTCTATGCACTTGAAATGGTTACTTTTGAGATATAA
TTTGTACGAAACTCATGAGGCTCTGTTTTCTCGAGCAGAAAGTATTGATCTTTCATGTGA
AAGCCTCTGAAATTAAGCAATAACAAATGCTTTTAA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ27TF U 1
AF RR1FD43TF U 1
BS 1 389 RR1DJ27TF
BS 390 390 RR1FD43TF
BS 391 500 RR1DJ27TF
BS 501 636 RR1FD43TF

RD RR1DJ27TF 500 0 0
GGGACGACGGCACACAATCTTCACCCGAGAGAGCGATCAGAGTAGCTAAAATGGTGAACA
TTCCAAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAAGAATGCAAGAAGCACACATTGCACA
AGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCCGCTCAAGGGAAGCGTCGTTATG
ACCGTAAGCAATCTGGCTATGGTGGTCAGACCAAGCCTGTCTTCCATAAGAAGGCTAAGA
CCACGAAGAAGATTGTCCTCAGGCTTCAGTGCCAAACTTGCAAGCACTTTTCGCAGCACT
CAATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACATCTC
TTTTCTAAGCTGTTGTCATCTTATTTTGTTACAAGTTTTCTATTTCGTTTGGATCTTGAT
TCCATCTGTTTTAGCCCTCGTATAAGATTTGTCCCCTCCCCCCAACTCTATATTTTGAAT
CATCTTGATATGATTTTGCT

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1FD43TF 636 0 0
GG
GACGACGGCACACAATCTTCACCCGAGAGAGCGATCAGAGTAGCTAAAATGGTGAACATT
CCAAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAAGAATGCAAGAAGCACACATTGCACAAG
GTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCCGCTCAAGGGAAGCGTCGTTATGAC
CGTAAGCAATCTGGCTATGGTGGTCAGACCAAGCCTGTCTTCCATAAGAAGGCTAAGACC
ACGAAGAAGATTGTCCTCAGGCTTCAGTGCCAAACTTGCAAGCACTTTTCGCAGCACTCA
ATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGGCAAGAAGGGCAAGGGAACATCTCTT
TTCTAAGCTGTTGTCATCTTATTTTGTCACAAGTTTTCTATTTCGTTTGGATCTTGATTC
CATCTGTTTTAGCCCTCGTATAAGATTTGTCCCCTCCCCCCAACTCTATATTTTGAATCA
TCTTGATATGATTTTGCTGTTTTTCTATGCACTTGAAATGGTTACTTTTGAGATATAATT
TGTACGAAACTCATGAGGCTCTGTTTTCTCGAGCAGAAAGTATTGATCTTTCATGTGAAA
GCCTCTGAAATTAAGCAATAACAAATGCTTTTAA

QA 3 636 3 636
DS 



AS 1 3

CO CL3590Contig1 531 3 2 U
GATTAAGATTATTCTTTCTTCTCTTCACGAACTCCATCTTCTCCTCCTCATCTACTTTTT
CTTCTGCTCTTCTTCTCAATCTGAACTTATCTCCCTTTGCTCAATCTCCATTCAAGCCTA
CCTTCGTTAGCTGTTGTCGTGGAGACCAAGACGATTTCATGACTGAGTTTTATCCTCTTC
CTAATCTATCTCTCTCTGTATCTCTTTCAGCTTTTTCTAATTTATTTTATTTTTTGTTTT
GTTTACAGATCTGAGAAGAAACACACACGTCGGAGATGGTGGTGTGACGGAAGAAGCACG
CCGGAGGTGGTATCGTGACGGAGCAGACAAGCCGGAGCTGATGGTGAAGCGCGGAAGCAA
CGGCGGTGGAGGTGCTGAAGCTGACGGTGACGTCTACATTTCTTTGAAGCCGACGGTGAC
GTCTACGACGGAGATGACGATGTATTTTTGTATATATAATTATGTATTTGTGAATAATGT
TTTTATGTATTTGTGTATTTTGTCTAAATAATGATAATTAAAAAACAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1B974TF U 1
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AF RR1AP70TF U 337
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BS 520 531 RR1CU82TF

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CTTCTGCTCTTCTTCTCAATCTGAACTTATCTCCCTTTGCTCAATCTCCATTCAAGCCTA
CCTTCGTTAGCTGTTGTCGTGGAGACCAAGACGATTTCATGACTGAGTTTTATCCTCTTC
CTAATCTATCTCTCTCTGTATCTCTTTCAGCTTTTTCTAATTTATTTTATTTTTTGTTTT
GTTTACAGATCTGAGAAGAAACACACACGTCGGAGATGGTGGTGTGACGGAAGAAGCACG
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TTTTATGTATTTGTGTATTTTGTCTAAATAATGATAATT

QA 1 519 1 519
DS 

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GGG
ACGAACTCCATCTTCTCCTCCTCATCTACTTTTTCTTCTGCTCTTCTTCTCAATCTGAAC
TTATCTCCCTTTGCTCAATCTCCATTCAAGCCTACCTTCGTTAGCTGTTGTCGTGGAGAC
CAAGACGATTTCATGACTGAGTTTTATCCTCTTCCTAATCTATCTCTCTCTGTATCTCTT
TCAGCTTTTTCTAATTTATTTTATTTTTTGTTTTGTTTACAGATCTGAGAAGAAACACAC
ACGTCGGAGATGGTGGTGTGACGGAAGAAGCACGCCGGAGGTGGTATCGTGACGGAGCAG
ACAAGCCGGAGCTGATGGTGAAGCGCGGAAGCAACGGCGGTGGAGGTGCTGAAGCTGACG
GTGACGTCTACATTTCTTTGAAGCCGACGGTGACGTCTACGACGGAGATGACGATGTATT
TTTGTATATATAATTATGTATTTGTGAATAATGTTTTTATGTATTTGTGTATTTTGTCTA
AATAATGATAATTAAAAAACAAAAA

QA 4 508 4 508
DS 

RD RR1AP70TF 183 0 0
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CATTTCTTTGAAGCCGACGGTGACGTCTACGACGGAGATGACGATGTATTTTTGTATATA
TAATTATGTATTTGTGAATAATGTTTTTATGTATTTGTGTATTTTGTCTAAATAATGATA
ATT

QA 1 183 1 183
DS 



AS 1 3

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ATACGAGAAGAACTCCGTTCTCGAGAAAGCTAGTAGCTTCAGACGATTTCATCGGAAGAT
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GTTTGATTTCACTCTTCAATCTTGATCTTCTGGAACAGGTTTTGTCGGAGCTAACCAAAG
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TATAGTCACCTCTCAGTTTGAATGGAGGCAACCGCTTCTTGAGCTTGATGCTGCTCCTAG
CTTGTCTCAGAAACACCAGCAGATTGCAAAGAGGGAAGATGCTGTCAAAGAGAAGATCAT
CTCGTCACAAGAGAGACATATCCAGAGGCTAAATGAGCTTGTACGAACTCTTCAAATGCA
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CCCATTACAACAACTCTTATAAATAACATGAATGGTGCACGTAAACGCTGTGGGAAAAGA
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GGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1F831TF U 1
AF RR1AY37TF U 119
AF RR1F831JQ C 212
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DS 

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GG
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GTTTGATTTCACTCTTCAATCTTGATCTTCTGGAACAGGTTTTGTCGGAGCTAACCAAAG
AGAGAGAAGGAAGAAAAAAATGTCGAGGCCGATCATGCTTGTCTTTCTACTGGTTATACT
TATAGTCACCTCTCAGTTTGAATGGAGGCAACCGCTTCTTGAGCTTGATGCTGCTCCTAG
CTTGTCTCAGAAACACCAGCAGATTGCAAAGAGGGAAGATGCTGTCAAAGAGAAGATCAT
CTTGTCACAAGAGAGACATATCCAGAGGCTAAATGAGCTTGTACGAACTCTTCAAATGCA
GTTGCTGCGTTGCAAAGGACAAGAGAACTAGACAAGAAACGCCACTGAAACCTCCCGTCT
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CCCATTACAACAACTCTTATAAATAACATGAATGGTGCACGTAAACGCTGTGGGAAAA*A
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TGTTAACATGTTCCTGCAAATTTGATCACAAGGATTGTCTTAATCTTATGATGAAAGTTG
AGATATTCAAATTGTAATGAGAATTTGGGTACTTGTAGCATCTTTTCATATGGCTTGATG
GTATTAT

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AGGGAAGATGCTGTCAAAGAGAAGATCATCTCGTCACAAGAGAGACATATCCAGAGGCTA
AATGAGCTTGTACGAACTCTTCAAATGCAGTTGCTGCGTTGCAAAGGACAAGAGAACCAG
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AAACACATTGTGGAAGACTAGTTTTTCACCCCATTACAACAACTCTTATAAATAACATGA
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DS 



AS 1 2

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AACCCGAGGCATCTTTGCTTGGCGATAAGGAACGACGAGGAGTTGGGGAAGCTGCTTCAC
GGAGTCACCATCGCGAGCGGTGGAGTTCTTCCGAACATCAACCCGGTGCTTCTTCCCAAG
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AAGGCTTAACTGTCGATGTGATGCGTTTGTTATATCGATCTACAAGAAGAACGACTTGTT
TTTTTTTTAGGGATTGTGTAGGTTGGTTGCTTTCTATGTTTACTCTCTCTGTTTGTGGTT
TGTTTATGGATCCTCGGATGGCAAGATTATGTGTTACAGCCATTTTGTAATGAATGAACT
AATTTCTGGGTTATCTTCTACTCAGTTTCTCAGTCGTATCAAATAAATAAAAGTTTCTTT
CTGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D517TF U 1
AF RR1D517JQ C 298
BS 1 607 RR1D517TF
BS 608 608 RR1D517JQ
BS 609 698 RR1D517TF
BS 699 787 RR1D517JQ

RD RR1D517TF 698 0 0
GGACGCAAACCGTAAACCGCTACAAAACCGGAATAAAAAGGAAAGATAATTTCGTGGTAG
TTTGTTAAGAATCCGATGGACTCGTCGTCGTCACCAGCAGCAGGAGCAGCAGCATCGAAG
CCGGCGAGAGGCGCGGGAGGAAGAAAAGGAGGTGATCGGAAGAAGAGCGTTTCAAAGTCG
GCCAAGGCCGGTCTCCAGTTTCCCGTCGGCCGTATCTCTCGTTACTTGAAGAAAGGCCGT
TACGCGATCAGGTACGGCGCCGGTGCTCCCGTTTACCTCGCCGCCGTTCTCGAGTACCTC
GCCGCCGAGGTTTTGGAGCTGGCGGGGAACGCAGCGAGGGACAACAAGAAGAACAGGATA
AACCCGAGGCATCTTTGCTTGGCGATAAGGAACGACGAGGAGTTGGGGAAGCTGCTTCAC
GGAGTCACCATCGCGAGCGGTGGAGTTCTTCCGAACATCAACCCGGTGCTTCTTCCCAAG
AGATCTGCATCTCAAACTGAGAAGCCTGAGAAAGCTGCTAAGGCTGCTAAATCTCCCAAG
AAGGCTTAACTGTCGATGTGATGCGTTTGTTATATCGATCTACAAGAAGAACGACTTGTT
TTTTTTT*AGGGATTGTGTAGGTTGGTTGCTTTCTATGTTTACTCTCTCTGTTTGTGGTT
TGTTTATGGATCCTCGGATGGCAAGATTATGTGTTACA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1D517JQ 490 0 0
CTCGCCGCCGAGGTTTTGGAGCTGGCGGGGAACGCAGCGAGGGACAACAAGAAGAACAGG
ATAAACCCGAGGCATCTTTGCTTGGCGATAAGGAACGACGAGGAGTTGGGGAAGCTGCTT
CACGGAGTCACCATCGCGAGCGGTGGAGTTCTTCCGAACATCAACCCGGTGCTTCTTCCC
AAGAGATTTGCATCTCAAACTGAGAAGCCTGAGAAAGCTGCTAAGGCTGCTAAATCTCCC
AAGAAGGCTTAACTGTCGATGTGATGCGTTTGTTATATCGATCTACAAGAAGAACGACTT
GTTTTTTTTTTAGGGATTGTGTAGGTTGGTTGCTTTCTATGTTTACTCTCTCTGTTTGTG
GTTTGTTTATGGATCCTCGGATGGCAAGATTATGTGTTACAGCCATTTTGTAATGAATGA
ACTAATTTCTGGGTTATCTTCTACTCAGTTTCTCAGTCGTATCAAATAAATAAAAGTTTC
TTTCTGGATT

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 2

CO CL3593Contig1 988 2 10 U
AAATCGTAAACCTTTATTCATTTAAAATTTTAAATCACGAACGAATAAAATGTAAATTTG
ACAACAAAATAATCAAAAGACCAACAAGAATTTTGTAATAAAAACAAACATACAACAAAT
ATGTCTAGAATACAAAAGGAATAAGAGCCTTGACATGCTTCGGGAAGTCATCAAACTTGG
AAAGATACCATCTTCTAGTAGCGTAGCTCCGACCAACGAGATAGAAAGTGGTTCCCATGG
CGAAAGAAAACGAGTAAATGGTCTGAGAAACCATAAAGAAGCTCCAAAACACAATGATCT
CGAACAGGTAGTGAGGGCATATGATCGTGTCGAACAGACCACCTTTTGGTATCTTGTACA
CTTTCTTCCCGCCTTCCTCGTTCCTTAGCTTAGCTAGCAAAACATGGTGATACAGATTCC
CAACGATTCCCACCACGAACATGACAATCCCGATGAGTTTCGTATCGAAAGCCGGCTCGG
TTAGTCCTAGTGTGAAGCTTTGGCTGTATAGCATCAACACCGTGGATGAGAAGTAGCTGC
TGGTTATGATGAAGGCTGAGTCTACAGCCATCTCTCCACTGTACTTGTGGATGAACAGAA
CCTCGAAGATTCTTTTGAGGAAATGGAGAGCGAGAGCGGATTTGATGAGGAGAAACCTGA
GATCATCGGAAGGTAAGACGAAGAAAGAAGCTGCGGCGGCTAGGAAGGCTGGTGTGTAGA
GCAAAAGCATTCCGATTCGGCTGGAGAAGCTGCCAAATCGGTGCTTTTGTGGTTGTGGTT
GTGGTGATGATGATGCGAATTTGGAGTATTTGAGATGGTTTCCTCTCACTTCAGACCAAC
CGATCTGCGCAAGAGCGGCTAAACCCACGACGCTCATAGTGTTGAGCAACATTGACGGAG
GTGGTGGATACACAAAACTCATTGCCAATTCCATTTTTTTGTTTGTAAGAAGAAGAAGAA
GCTGTTTCTGCTGTTTTGAATGTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CS01JQ U 1
AF RR1AH52TF C 147
BS 1 577 RR1CS01JQ
BS 578 578 RR1AH52TF
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BS 630 678 RR1CS01JQ
BS 679 988 RR1AH52TF

RD RR1CS01JQ 678 0 0
AAATCGTAAACCTTTATTCATTTAAAATTTTAAATCACGAACGAATAAAATGTAAATTTG
ACAACAAAATAATCAAAAGACCAACAAGAATTTTGTAATAAAAACAAACATACAACAAAT
ATGTCTAGAATACAAAAGGAATAAGAGCCTTGACATGCTTCGGGAAGTCATCAAACTTGG
AAAGATACCATCTTCTAGTAGCGTAGCTCCGACCAACGAGATAGAAAGTGGTTCCCATGG
CGAAAGAAAACGAGTAAATGGTCTGAGAAACCATAAAGAAGCTCCAAAACACAATGATCT
CGAACAGGTAGTGAGGGCATATGATCGTGTCGAACAGACCACCTTTTGGTATCTTGTACA
CTTTCTTCCCGCCTTCCTCGTTCCTTAGCTTAGCTAGCAAAACATGGTGATACAGATTCC
CAACGATTCCCACCACGAACATGACAATCCCGATGAGTTTCGTATCGAAAGCCGGCTCGG
TTAGTCCTAGTGTGAAGCTTTGGCTGTATAGCATCAACACCGTGGATGAGAAGTAGCTGC
TGGTTATGATGAAGGCTGAGTCTACAGCCATCTCTCCGCTGTACTTGTGGATGCACAGAA
CC*CGAAGATTCTTTTGAGGAAATGGAGGGCGAGAGCGGATTTGATGAGGAGAAACCTGA
GATCATCGGAAGGTAAGA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1AH52TF 842 0 0
AGCC
TGACATGCTTCGGGAAGTCATCAAACTTGGAAAGATACCATCTTCTAGTAGCGTAGCTCC
GACCAACGAGATAGAAAGTGGTTCCCATGGCGAAAGAAAACGAGTAAATGGTCTGAGAAA
CCATAAAGAAGCTCCAAAACACAATGATCTCGAACAGGTAGTGAGGGCATATGATGGTGT
CGAACAGACCACCTTTTGGTATCTTGTACACTTTCTTCCCGCCTTCTTCGTTCCTTAGCT
TAGCTAGCAGAACATGGTGATACAGGTTCCCAACGATTCCCACCACGAACATGACAATCC
CGATGAGTTTCGTATCGAAAGCCGGCTCGGTTAGTCCTAGTGTGAAGCTTTGGCTGTATA
GCATCAACACCGTGGATGAGAAGTAGCTGCTGGTTATGATGAAGGCTGAGTCTACAGCCA
TCTCTCCACTGTACTTGTGGATGAACAGAACCTCGAAGATTCTTTTGAGGAAATGGAGAG
CGAGTGCGGATTTGATGAGGAGAAACCTGAGATCATCGGAAGGTAAGACGAAGAAAGAAG
CTGCGGCGGCTAGGAAGGCTGGTGTGTAGAGCAAAAGCATTCCGATTCGGCTGGAGAAGC
TGCCAAATCGGTGCTTTTGTGGTTGTGGTTGTGGTGATGATGATGCGAATTTGGAGTATT
TGAGATGGTTTCCTCTCACTTCAGACCAACCGATCTGCGCAAGAGCGGCTAAACCCACGA
CGCTCATAGTGTTGAGCAACATTGACGGAGGTGGTGGATACACAAAACTCATTGCCAATT
CCATTTTTTTGTTTGTAAGAAGAAGAAGAAGCTGTTTCTGCTGTTTTGAATGTTTTCC

QA 5 842 5 842
DS 



AS 1 3

CO CL3594Contig1 794 3 6 U
CTGTCAACTCAACTCTGACTTAGGAAGCTTGCTGTGAACCTCATCCCTTTCCCCAGGCTC
CACTTCTTCATGGTGGGTTTCGCTCCGTTGACGTCGAGAGGATCGCAGCAGTACAGTGCC
TTGAGTGTCCCTGAGCTGACCCAGCAGATGTGGGATGCAAAGAACATGATGTGCGCTGCT
GACCCTCGTCACGGACGTTACCTAACTGCATCCGCTGTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACT
AAGGAGGTGGATGAGCAGATGATGAACATTCAGAACAAGAACTCGTCCTACTTTGTGGAG
TGGATCCCGAACAATGTCAAGTCCAGTGTCTGTGATATTGCGCCGACGGGTTTGAAAATG
GCCTCGACTTTCATTGGGAACTCGACTTCGATCCAGGAGATGTTTAGGCGTGTGAGCGAA
CAGTTCACTGCTATGTTCAGGAGAAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACAGGAGAAGGAATG
GACGAGATGGAGTTCACGGAAGCAGAGAGTATGAACGATCTTGTTGCAGAGTATCAGCAG
TACCAGGATGCTACGGCCGACGGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGAT
GAGGCTTGAGATGTTGGTCAATGGCTTCCTCTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCT
GTTTCTTCTTCTTTCTATGTTTCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTTTCCAGTTTATGT
TTGCTTTGTTCTTTCACTCGTTCTGGATTGTTAAACGTCTGCGTGCATTGGTTTATTGTT
TTGTCAAGTGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1D128JQ C 1
AF RR1CL72TF U 562
AF RR1D128TF U 70
BS 1 69 RR1D128JQ
BS 70 561 RR1D128TF
BS 562 758 RR1CL72TF
BS 759 759 RR1D128TF
BS 760 790 RR1CL72TF
BS 791 794 RR1D128JQ

RD RR1D128JQ 794 0 0
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CACTTCTTCATGGTGGGTTTCGCTCCGTTGACGTCGAGAGGATCGCAGCAGTACAGTGCC
TTGAGTGTCCCTGAGCTGACCCAGCAGATGTGGGATGCAAAGAACATGATGTGCGCTGCT
GACCCTCGTCACGGACGTTACCTAACTGCATCCGCTGTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACT
AAGGAGGTGGATGAGCAGATGATGAACATTCAGAACAAGAACTCGTCCTACTTTGTGGAG
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TACCAGGATGCTACGGCCGACGGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGAT
GAGGCTTGAGATGTTGGTCAATGGCTTCCTTTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCT
GTTTTTTCTTCTTTCTATGTTTCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTTTCCAGTTTATGT
TTGCTTTGTTCTTTCACTCGTTCTGGATTGTTAAACGTCTGCGTGCATTGGTTTATTGTT
TTGTCAAGTGAAAA

QA 1 794 1 794
DS 

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TGGCTTCCTCTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCTGTTTCTTCTTCTTTCTATGTT
TCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTTTCCAGTTTATGTTTGCTTTGTTCTTTCACTCGT
TCTGGATTGTTAAACGTTTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTGTCAAGTG

QA 1 229 1 229
DS 

RD RR1D128TF 725 0 0
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CCTGAGCTGACCCAGCAGATGTGGGATGCAAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCTCGT
CACGGACGTTACCTAACTGCATCCGCTGTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACTAAGGAGGTG
GATGAGCAGATGATGAACATTCAGAACAAGAACTCGTCCTACTTTGTGGAGTGGATCCCG
AACAATGTCAAGTCCAGTGTCTGTGATATTGCGCCGACGGGTTTGAAAATGGCCTCGACT
TTCATTGGGAACTCGACTTCGATCCAGGAGATGTTTAGGCGTGTGAGCGAACAGTTCACT
GCTATGTTCAGGAGAAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACAGGAGAAGGAATGGACGAGATG
GAGTTCACGGAAGCAGAGAGTATGAACGATCTTGTTGCAGAGTATCAGCAGTACCAGGAT
GCTACGGCCGACGGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGA
GATGTTGGTCAATGGCTTCCTCTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCTGTTTCTTCT
TCTTTCTATGTTTCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTT*CCAGTTTATGTTTGCTTTGT
TCTTTCACTCGTTCTGGATTGT*AAACGTCTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTGTCAAGT
G
AAAA

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 3

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CCAAATTTAAGTTGGTATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ32TF U 16
AF RR1CJ47TF U 1
AF RR1B389TF U 1
BS 1 197 RR1B389TF
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BS 199 582 RR1B389TF
BS 583 583 RR1DQ32TF
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RD RR1DQ32TF 585 0 0
GGATTCG
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CACTGGAACTCTCAAGGGCTATGATCAGTTACTCAACCTTGTTCCGGACGGAGCAGTTGA
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AATTGTTTGTCGTGGAACTGCGGTGATGCTTGTCTCACCAACGGATGGCACTGAAGAAAT
CGCTAACCCGTTTGTTCAACCAGAAGCTGTCTAAAGTGTTTCTTTCAATACAGAATCTCT
CTCTCTCATTTATGTTTTTTAAGTTGGGGGTTTTAGAGAGTATTATGTATCTAAGTATCT
GCCGTGGACGCTGGAAACAATTATTTCTATGTGCTCAGGTCCGACTCTGCCTAACAATTA
GAGTGTGATTTGAACTGTTTCT*GAGTTTATCATTGAA

QA 8 585 8 585
DS 

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CAACGGATGGCACTGAAGAAATCGCTAACCCGTTTGTTCAACCGGAAGCTGTCTAAAGTG
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QA 1 576 1 576
DS 

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CAGGAAGAAAGGAAACAGTGTTAGATTTGGCTAAGTTTGTGGATAAAGGTGTGCAAGTTA
AGCTCACCGGTGGTAGAGAAGTCACTGGAACTCTCAAGGGCTATGATCAGTTGCTCAACC
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ATCAAACAAGACCTCTTGGTTTAATTGTTTGTCGTGGAACTGCGGTGATGCTTGTCTCAC
CAACGGATGGCACTGAAGAAATCGCTAACCCGTTTGTTCAACCGGAAGCTGTCTAAAGTG
TTTCTTTCAATACATAATCTCTCTCTCTCATTTATGTTTTTTAAGTTAGGGGTTTTAGAG
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GTCCGACTCTGCCTAACAATTAGAGTGTGATTTGAACTGTTTTTTGAGTTTATCATTGAA
CCAAATTTAAGTTGGTATC

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 3

CO CL3596Contig1 484 3 3 U
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AACTTGAAGAAGCTCTTAAGAAACTTGGCTCGGTGACCCCTGATGACGTGACTCGTATGA
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CAGCTGCCAATCCTGGACTTATGAAGGATGTTGCCAAAGTTTTCTAAAATGGTAGTATTT
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AGCAACTATCCATATTATAATTCATGTAACTGAACACTGGAGTAGTATATCTCTCAATAA
ATCTCTCGAGTGTTTTTAATTTTGTTTATTTCCCCCAATAAATTCAAGATTTGCTACGTT
TACA


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR1EV80TF U 2
AF RR1DH57TF U 5
AF RR1H206TF U 1
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BS 183 183 RR1EV80TF
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TATCCATATTATAATTCATGTAACTGAACACTGGAGTAGTATATCTCTCAATAAATCTCT
C

QA 6 426 6 426
DS 

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GG
AAAAGGAAAACGATCTTTAAAACACATAGACACACATAATGGCGGATAAAGCTGAGCACG
AACGTATATTCAAGAAATTTGATACTGACGGCGATGGTAAAATATCAGCAGCCGAACTTG
AAGAAGCTCTTAAGAAACTTGGCTCGGTGACCCCCGATGACGTGACTCGTATGATGGCTA
AAATCGATACTGATGGTGATGGAAACATATCGTTTCAAGAATTCACTGATTTTGCAGCTG
CCGATCCTGGACTTATGAAGGATGTTGCCAAAGTTTTCTAAAATGGTAGTATTTGCCATC
GTCTTATTTTTGAAAATGTTAACATTCATTTCTTCTCAATATGATTTTGTTATAAGCAAC
TATCCATATTATAATTCATGTAACTGAACACTGGAGTAGTATATCTCTCAATAAATCTCT
CGAGTGTTTT

QA 3 432 3 432
DS 

RD RR1H206TF 484 0 0
GGACCAAAAAGGAAAACGATCTTTAAAACACATAGACACACATAATGGCGGATAAAGCTG
AGCACGAACGTATATTCAAGAAATTTGATACTGACGGCGATGGTAAAATATCAGCAGCCG
AACTTGAAGAAGCTCTTAAGAAACTTGGCTCGGTGACCCCTGATGACGTGACTCGTATGA
TGACTAAAATCGATACTGATGGTGATGGAAACATATCGTTTCAAGAATTCACTGATTTTG
CAGCTGCCAATCCTGGACTTATGAAGGATGTTGCCAAAGTTTTCTAAAATGGTAGTATTT
GCCATCGTCTTATTTTTGAAAATGTTAACATTCATTTCTTCTCAATATGATTTTGTTATA
AGCAACTATCCATATTATAATTCATGTAACTGAACACTGGAGTAGTATATCTCTCAATAA
ATCTCTCGAGTGTTTTTAATTTTGTTTATTTCCCCCAATAAATTCAAGATTTGCTACGTT
TACA

QA 1 484 1 484
DS 



AS 1 3

CO CL3597Contig1 1153 3 12 U
GATGGAGGGAGGCGGATGGTGTACGGACGTAGCTTCATGTAGTGCGCGTAAGAATACAAT
GAAGGGTTCGTCCAAATTCATGAACAAAGACTTTGGTTTCTCCGGTATCTTAGGTGGCAA
GCAAAACACTAATCCAGATTTTTACAATTGGAATAGAATCAAAGTGCGTTATTGCGATGG
ATCGTCTTTCACCGGCAATGTAGAAGCCGTTAATCCGGCGAATAAGCTATTCTTCCGAGG
TGCACGAGTTTGGCGTGCAGTGATTGATGATCTTATGGCTAAAGGAATGAAAAACGCTCA
AAACGCGATACTCTCAGGTTGTTCAGCCGGAGCATTGGCCGCGATTCTACACTGTGACAC
TTTCCGAGCCATACTTCCCCCAACTGCTAGAGTCAAATGTGTTTCTGATGCTGGTTACTT
TATTCATGGTAAGGATATATCAGGAGGATCATACATCCAAACGTATTACAGTAAAGTCGT
CGCACTCCACGGATCTGCAAAGACTCTTCCTGTTTCATGCACCTCAAAAATGAAACCTGA
ACTCTGTTTCTTCCCGCAAAACGTTGTCCCTTCCATGCGAACACCACTCTTTGTCATTAA
TGCTGCCTTCGATTCCTGGCAGATCAAGAATGTTTTGGCTCCAACTGCTGTTGATAAGCG
TAAGGAGTGGAAGAACTGTAAGCTTGATCTTAAGAAATGTACGGCCGCTCAGCTCAAAAC
CGTCCAAGGGTTTAGGGATCAGATGATGCGTGCATTGTCTCCGGTTCACTCTACTCCGTC
CAGAGGACTGTTCTTGGACTCGTGTCACGCTCATTGCCAAGGCGGAAGCACCGCCTCTTG
GTCCGGTGCCAAAGGTCCCCAAGTCGCCAATTCGAAAATTTCACAAGCAGTAGGAAACTG
GTTTTATGGTCGGACTGCATTCCAGAAGATAGACTGTCCGTCGCCTATTTGCAACCCTAC
TTGTCCTGCAATCTCGACTGACGAATAGTACTCAAATCATATGGCAAAAATGTTCATTTT
TATTAATACCAAAAATTACCATTGCTGAGGAATAAGAGGTTAAGACAACTGCATTAAAAC
TGACTAAAAGATCATATTTCTACATTCATTTAAAGACTATTCCTGTATTTAATGTGAAAA
GTTTTAAACTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1D132TF U 1
AF RR1D132JQ C 334
AF RR1EE39TF U 441
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BS 704 704 RR1EE39TF
BS 705 718 RR1D132TF
BS 719 719 RR1EE39TF
BS 720 763 RR1D132TF
BS 764 764 RR1EE39TF
BS 765 780 RR1D132TF
BS 781 781 RR1EE39TF
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BS 819 1139 RR1EE39TF
BS 1140 1140 RR1D132JQ
BS 1141 1153 RR1EE39TF

RD RR1D132TF 818 0 0
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GAAGGGTTCGTCCAAATTCATGAACAAAGACTTTGGTTTCTCCGGTATCTTAGGTGGCAA
GCAAAACACTAATCCAGATTTTTACAATTGGAATAGAATCAAAGTGCGTTATTGCGATGG
ATCGTCTTTCACCGGCAATGTAGAAGCCGTTAATCCGGCGAATAAGCTATTCTTCCGAGG
TGCACGAGTTTGGCGTGCAGTGATTGATGATCTTATGGCTAAAGGAATGAAAAACGCTCA
AAACGCGATACTCTCAGGTTGTTCAGCCGGAGCATTGGCCGCGATTCTACACTGTGACAC
TTTCCGAGCCATACTTCCCCCAACTGCTAGAGTCAAATGTGTTTCTGATGCTGGTTACTT
TATTCATGGTAAGGATATATCAGGAGGATCATACATCCAAACGTATTACAGTAAAGTCGT
CGCACTCCACGGATCTGCAAAGACTCTTCCTGTTTCATGCACCTCAAAAATGAAACCTGA
ACTCTGTTTCTTCCCGCAAAACGTTGTCCCTTCCATGCGAACACCACTCTTTGTCATTAA
TGCTGCCTTCGATTCCTGGCAGATCAAGAATGTTTTGGCTCCAACTGCTGTTGATAAGCG
TAAGGAGTGGAAGAACTGTAAGCTTGATCTTAAGAAATGTACG*CCGCTCAGCTCAAA*C
CGTCCAAGGGTTTAGGGATCAGATGATGCGTGCATTGTCTCCG*TTCACTCTACTCCGTC
*AGAGGACTGTTCTTGGACTCGTGTCACGCTCATTGCC

QA 1 818 1 818
DS 

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ATTGGCCGCGATTCTACACTGTGACACTTTCCGAGCCATACTTCCCCCAACTGCTAGAGT
CAAATGTGTTTCTGATGCTGGTTACTTTATTCATGGTAAGGATATATCAGGAGGATCATA
CATCCAAACGTATTACAGTAAAGTCGTCGCACTCCACGGATCTGCAAAGACTCTTCCTGT
TTCATGCACCTCAAAAATGAAACCTGAACTCTGTTTCTTCCCGCAAAACGTTGTCCCTTC
CATGCGAACACCACTCTTTGTCATTAATGCTGCCTTCGATTCCTGGCAGATCAAGAATGT
TTTGGCTCCAACTGCTGTTGATAAGCGTAAGGAGTGGAAGAACTGTAAGCTTGATCTTAA
GAAATGTACGGCCGCTCAGCTCAAAACCGTCCAAGGGTTTAGGGATCAGATGATGCGTGC
ATTGTCTCCGGTTCACTCTACTCCGTCCAGAGGACTGTTCTTGGACTCGTGTCACGCTCA
TTGCCAAGGCGGAAGCACCGCCTCTTGGTCCGGTGCCAAAGGTCCCCAAGTCGCCAATTC
GAAAATTTCACAAGCAGTAGGAAACTGGTTTTATGGTCGGACTGCATTCCAGAAGATAGA
CTGTCCGTCGCCTATTTGCAACCCTACTTGTCCTGCAATCTCGACTGACGAATAGTTCTC
AAATCATATGGCAAAAATGTTCATTTTTATTAATACCAAAAATTACCATTGCTGAGGAAT
AAGAGGTTAAGACAACTGCATTAAAACTGACTAAAAGATCATATTTCTACATTCATTTAA
AGACTATTCCTGTATTTAATGTGAAAAGTTTTAAACTT

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR1EE39TF 713 0 0
G
AGGAGGATCATACATCCAAACGTATTACAGTAAAGTCGTCGCACTCCACGGATCTGCAAA
GACTCTTCCTGTTTCATGCACCTCAAAAATGAAACCTGAACTCTGTTTCTTCCCGCAAAA
CGTTGTCCCTTCCATGCGAACACCACTCTTTGTCATTAATGCTGCCTTCGATTCCTGGCA
GATCAAGAATGTTTTGGCTCCAACTGCTGTTGATAAGCGTAAGGAGTGGAAGAACTGTAA
GCTTGATCTTAAGAAATGTACGGCCGCTCAGCTCAAAACCGTCCAAGGGTTTAGGGATCA
GATGATGCGTGCATTGTCTCCGGTTCACTCTACTCCGTCCAGAGGACTGTTCTTGGACTC
GCGTCACGCTCATTGCCAAGGCGGAAGCACCGCCTCTTGGTCCGGTGCCAAAGGTCCCCA
AGTCGCCAATTCGAAAATTTCACAAGCAGTAGGAAACTGGTTTTATGGTCGGACTGCATT
CCAGAAGATAGACTGTCCGTCGCCTATTTGCAACCCTACTTGTCCTGCAATCTCGACTGA
CGAATAGTACTCAAATCATATGGCAAAAATGTTCATTTTTATTAATACCAAAAATTACCA
TTGCTGAGGAATAAGAGGTTAAGACAACTGCATTAAAACTGACTAAAAGATCATATTTCT
ACATTCATTTAAAGACTATTCCTGTATTTAATGTGAAA*GTTTTAAACTTAT

QA 2 713 2 713
DS 



AS 1 3

CO CL3598Contig1 577 3 2 U
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AGTGCATGATAAATAAGAACACTGTGGACATAAACATGGAAGAGCAGAGAGAGAAGAGAA
ATGAGAGAAAGGGGGAGACACATAACATAAAGACATGAATGTAAATCAAGCTGATACTGC
AGCTGCGACTTGTTCTTCTTCTGGGAGGAGAGTGCACACCAGCTTCCTGTCTCCATACAC
ATTGTCCACCCGCCCTGTGGTTGGCCAGAACTTGGCAGATCGGAGCCATGCGGTAGGGAA
AGCAGCGTACTCTCGGGAATACGGCTTCTTCCATGTGTCTGACATTAGCATAGCTGGAGA
ATGTGGAGCTCCCTTGAGAACGTTGTTCTGGACATCTGCATTTCCTTTTTCAATCTGTGC
AATTTCTTCCCTGATCGAAATGAGAGTATCGCAGAACCGGTCTAACTCCGCCTTGCTTTC
ACTCTCGGTTGGCTCAATCATGAGCGTTCCAGAGACAGGGAAAGACATTGTGGGTGCATG
AAATCCATAGTCCATTAGCCGTTTCGCCACATCCTCT


BQ
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB35JQ U 1
AF RR1DB35TF C 1
AF RR1E884JQ U 1
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BS 555 577 RR1E884JQ

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C

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C

QA 1 554 1 554
DS 

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ACTCTCGGTTGGCTCAATCATGAGCGTTCCAGAGACAGGGAAAGACATTGTGGGTGCATG
GAATCCATAGTCCATTAGCCGTTTCGCCACATCCTCT

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 3

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AAGATCATCCATCATGTCATCCCCACTCCCACCACCTCCTCCATGGATCGAAGAAGCTCG
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GAAGATAGGTGCCAAGCTCTCGTTGTCTCGTCCAGGAAAACGGATACCTCTCGCTTTTAA
GCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 

AF RR1EZ11JQ U 22
AF RR1C739JQ U 1
AF RR1C739TF C 292
BS 1 264 RR1C739JQ
BS 265 265 RR1EZ11JQ
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BS 450 450 RR1EZ11JQ
BS 451 778 RR1C739JQ
BS 779 843 RR1C739TF

RD RR1EZ11JQ 635 0 0
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AAGTTCAATGCTGTTTCTTGCTATATCGAAAGCTT

QA 1 635 1 635
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CACAGTAATGCTAAAACCATCTCAGAATCGAATGAGATCATCATCTTTAGACGACTTCTT
CGAGTCATGTCCGCCATCTGTCGAGGAACCGCCGCTCTTCTTGCCAAATATCATCTCATC
AAGATCATCCATCATGTCATCCCCGCTCCCACCACCTCCTCCATGGATCGAAGAAGCTCG
TGCACTCGACGATTTTCTGACCAGAGATTCTTCTTTTCCATGAAGTGGAGAGTCGTCAGG
CTCTTCAGAGACAGGAATCATGGCTGGTTCGGGCGCGGTTAGCGGTGCAGAGGGTTTGTT
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TGTCTGCTCAGCGGTAAAGCTTCTTACAGGAGGAGCATTATACTGAACATGCTCAGGCTC
ACGCGAATGCTGAGGAAGTTCACTGCTCACTTCTACTGCTGGAGCTGACCTAGCAGGG
TGAAGA

QA 1 778 1 778
DS 

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CGCTTTTAAGCC

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 3

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CCTGCTTTGAGGAAGCCTGTGTTCACAAAGGTTAATGAGCTGAGGCCAGGAACCAATGGC
CACTCACTCAACGTGAAAGTTGTCAGCACGAAGACGGTGATGCAGAGAGGTGGTGGAGGT
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ACTGCTATCATTATCTTTACTGCCAGAAACGATCAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAG
ATAGTGACGCTGCGCAATGCAAAGATCGACATGTACAAGGGATCTATGAGGCTTGCTGTT
GATAGATGGGGTCGCGTTGAAGTTGCTGAGGAGCCCACTGACATCACTGTCAAGGAAGAT
AACAATCTTTCTCTCATCGAGTATGAGCTTGTGAGCGTCGAAGCTTGATTTGGTTCAGCC
TGCCCACCATCAAAAGAGTAAGCAGAGTGAGACTCAGAGAAGACCCCCATTTTCTAGTTT
GAGTTTTGCTTATCATAATTTGTAGTCTTTAATGTATTCTCCAAGCTTAACTCTCTTCCC
GTTTTGAAAATCAGGTTGCAGGTATTTTTATTACGTAGATTGATTCTCTCTTAAAATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA08TF U 1
AF RR1GW39TF U 21
AF RR1CA08JQ C 79
BS 1 657 RR1CA08TF
BS 658 666 RR1GW39TF
BS 667 719 RR1CA08JQ

RD RR1CA08TF 657 0 0
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TCCCAAACCAAAACGATTTTTTTTTAATTTAAAAAGAAGAAGATTATGGCTGAGGCATCA
CCTGCTTTGAGGAAGCCTGTGTTCACAAAGGTTAATGAGCTGAGGCCAGGAACCAATGGC
CACTCACTCAACGTGAAAGTTGTCAGCACGAAGACGGTGATGCAGAGAGGTGGTGGAGGT
CGTCCTAGTGGTCCTCAGGCTCGTCAGATGAGGATTGCTGAATGTTTAGTTGGTGATGAG
ACTGCTATCATTATCTTTACTGCCAGAAACGATCAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAG
ATAGTGACGCTGCGCAATGCAAAGATCGACATGTACAAGGGATCTATGAGGCTTGCTGTT
GATAGATGGGGTCGCGTTGAAGTTGCTGAGGAGCCCACTGACATCACTGTCAAGGAAGAT
AACAATCTTTCTCTCATCGAGTATGAGCTTGTGAGCGTCGAAGCTTGATTTGGTTCAGCC
TGCCCACCATCAAAAGAGTAAGCAGAGTGAGACTCAGAGAAGACCCCCATTTTCTAGTTT
GAGTTTTGCTTATCATAATTTGTAGTCTTTAATGTATTCTCCAAGCTTAACTCTCTT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1GW39TF 646 0 0
GG
GCCTCGATAGATCTAATCAGGAAGTCTTCTCTCTCTTCTCCCAAACCAAAACGATTTTTT
TTTAATTTAAAAAGAAGAAGATTATGGCTGAGGCATCACCTGCTTTGAGGAAGCCTGTGT
TCACAAAGGTTAATGAGCTGAGGCCAGGAACCAATGGCCACTCACTCAACGTGAAAGTTG
TCAGCACGAAGACGGTGATGCAGAGAGGTGGCGGAGGTCGTCCTAGTGGTCCTCAGGCTC
GTCAGATGAGGATTGCTGAATGTTTAGTTGGTGATGAGACTGCTATCATTATCTTTACTG
CCAGAAACGATCAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAGATAGTGACGCTGCGCAATGCAA
AGATCGACATGTACAAGGGATCTATGAGGCTTGCTGTTGATAGATGGGGTCGCGTTGAAG
TTGCTGAGGAGCCCACTGACATCGCTGTCAAGGAAGATAACAATCTTTCTCTCATCGAGT
ATGAGCTTGTGAGCGTCGAAGCTTGATTTGGTTCAGCCTGCCCACCATCAAAAGAGTAAG
CAGAGTGAGACTCAGAGAAGACCCCCATTTTCTAGTTTGAGTTTTGCTTATCATAATTTG
TAGTCTTTAATGTATTCTCCAAGCTTAACTCTCTTCCCGTTTTG

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR1CA08JQ 641 0 0
TTTTTTTAATTTAAAAAGAAGAAGATTATGGCTGAGGCATCACCTGCTTTGAGGAAGCCT
GTGTTCACAAAGGTTAATGAGCTGAGGCCAGGAACCAATGGCCACTCACTCAACGTGAAA
GTTGTCAGCACGAAGACGGTGATGCAGAGAGGTGGTGGAGGTCGTCCTAGTGGTCCTCAG
GCTCGTCAGATGAGGATTGCTGAATGTTTAGTTGGTGATGAGACTGCTATCATTATCTTT
ACTGCCAGAAACGATCAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAGATAGTGACGCTGCGCAAT
GCAAAGATCGACATGTACAAGGGATCTATGAGGCTTGCTGTTGATAGATGGGGTCGCGTT
GAAGTTGCTGAGGAGCCCACTGACATCACTGTCAAGGAAGATAACAATCTTTCTCTCATC
GAGTATGAGCTTGTGAGCGTCGAAGCTTGATTTGGTTCAGCCTGCCCACCATCAAAAGAG
TAAGCAGAGTGAGACTCAGAGAAGACCCCCATTTTCTAGTTTGAGTTTTGCTTATCATAA
TTTGTAGTCTTTAATGTATTCTCCAAGCTTAACTCTCTTCCCGTTTTGAAAATCAGGTTG
CAGGTATTTTTATTACGTAGATTGATTCTCTCTTAAAATAT

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 3

CO CL3601Contig1 869 3 9 U
GGAAACGTAGAAAGCTCGGCTGCTCGACGACAGTCGCTTTCTCTCTCATAAAGTTCCATC
TTCTTTCTTCACCAAAAACTTCAAGGTCTTCAGATTTGCAGCTCCGGCGGCTTCCATAGC
GTCGGAGCTGTGCTTTCATTTCTTGAGGATTGAGGAAATCCTTCGAAAGCCTCTTAGATG
TGGTGTAGCTTGTTCCCTTCGTCGCTGTTATGGCTTTCTCGATTGATTTGATCAGATCTG
TATTTTTTTCTGGTGTACGGTGGCTAGTTGAAGCCGTCTCTGATGTGGGTTGCTAATTCT
TCCATCAGATCTGATCAAATCGGTGTCGGTTGAGTCGTTTGTGGTCGACGTTTTGGTCTG
TAGTGCTCTCCTCTTTCTTAGGCTCTGGTTATTGGAAGGAGCTCCTCCTTTGGTGGTTTC
GGTTTGTGTCTCCCTATGGTTGGGGCTGTTCTGGTTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAAC
ATCATCTTCGTCGGCTTTAGTCTCCGGGAAAGGTGATTCTTTTACACCGTTTTCGCCGGC
TTATCACTGTTTACTCTTGTCGGTAAAGATGTCTCTGCTTACTTGATGGAAAATTGGAGC
TTTGGATTCAATCCTTCGTTTCCCGTTTAGCTTCGCTGATGGTGGATTTCTGGCGTGCTT
ACTATCTGATTCCGGAGGATGGCCGTGCTTTCCGGTGGATGTTCAGGTGTTGGGAAGAGA
TGAATCTGTTCACGTGTTGGAAGGGAAGAGATGAGTCTTCCTCGTTGACTCATATGTGGG
CCTAGGGCCTGGTTAAATTAAATGTATTTCTTGTTTTGGACTATGTTTTGTTCTGTATGT
GTGTTGTTAGTGGGCTTGGACCTTTAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FI68TF U 1
AF RR1BF27JQ C 113
AF RR1BF27TF U 113
BS 1 145 RR1FI68TF
BS 146 146 RR1BF27TF
BS 147 623 RR1FI68TF
BS 624 624 RR1BF27TF
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BS 637 673 RR1FI68TF
BS 674 849 RR1BF27TF
BS 850 869 RR1BF27JQ

RD RR1FI68TF 676 0 0
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TTCTTTCTTCACCAAAAACTTCAAGGTCTTCAGATTTGCAGCTCCGGCGGCTTCCATAGC
GTCGGAGCTGTGCTTTCATTTCTTGGGGATTGAGGAAATCCTTCGAAAGCCTCTTAGATG
TGGTGTAGCTTGTTCCCTTCGTCGCTGTTATGGCTTTCTCGATTGATTTGATCAGATCTG
TATTTTTTTCTGGTGTACGGTGGCTAGTTGAAGCCGTCTCTGATGTGGGTTGCTAATTCT
TCCATCAGATCTGATCAAATCGGTGTCGGTTGAGTCGTTTGTGGTCGACGTTTTGGTCTG
TAGTGCTCTCCTCTTTCTTAGGCTCTGGTTATTGGAAGGAGCTCCTCCTTTGGTGGTTTC
GGTTTGTGTCTCCCTATGGTTGGGGCTGTTCTGGTTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAAC
ATCATCTTCGTCGGCTTTAGTCTCCGGGAAAGGTGATTCTTTTACACCGTTTTCGCCGGC
TTATCACTGTTTACTCTTGTCGGTAAAGATGTCTCTGCTTACTTGATGGAAAATTGGAGC
TTTGGATTCAATCCTTCGTTTCCAGTTTAGCTTCGGTGATGGTGGATTTCTGGCGTGCTT
ACTATCTGATTCC
CGA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1BF27JQ 757 0 0
G
CCATAGCGTCGGAGCTGTGCTTTCATTTCTTGAGGATTGAGGAAATCCTTCGAAAGCCTC
TTAGATGTGGTGTAGCTTGTTCCCTTCGTCGCTGTTATGGCTTTCTCGATTGATTTGATC
AGATCTGTATTTTTTTCTGGTGTACGGTGGCTAGTTGAAGCCGTCTCTGATGTGGGTTGC
TAATTCTTCCATCAGATCTGATCAAATCGGTGTCGGTTGAGTCGTTTGTGGTCGACGTTT
TGGTCTGTAGTGCTCTCCTCTTTCTTAGGCTCTGGTTATTGGAAGGAGCTCCTCCTTTGG
TGGTTTCGGTTTGTGTCTCCCTATGGTTGGGGCTGTTCTGGTTCTGGGAAGAGGTGGTTC
ACATAACATCATCTTCGTCGGCTTTAGTCTCCGGGAAAGGTGATTCTTTTACACCGTTTT
CGCCGGCTTATCACTGTTTACTCTTGTCGGTAAAGATGTCTCTGCTTACTTGATGGAAAA
TTGGAGCTTTGGATTCAATCCTTCGTTTCCCGTTTAGCTTCGCTGATGGTGGATTTCTGG
CGTGCTTACTATCTGATTCCGGAGGATGGCCGTGCTTTCCGGTGGATGTTCAGGTGTTGG
GAAGAGATGAATCTGTTCACGTGTTGGAAGGGAAGAGATGAGTCTTCCTCGTTGACTCAT
ATGTGGGCCTAGGGCCTGGTTAAATTAAATGTATTTCTTGTTTTGGACTATGTTTTGTTC
TGTATGTGTGTTGTTAGTGGGCTTGGACCTTTAATA

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR1BF27TF 737 0 0
G
CCATAGCGTCGGAGCTGTGCTTTCATTTCTTGAGGATTGAGGAAATCCTTCGAAAGCCTC
TTAGATGTGGTGTAGCTTGTTCCCTTCGTCGCTGTTATGGCTTTCTCGATTGATTTGATC
AGATCTGTATTTTTTTCTGGTGTACGGTGGCTAGTTGAAGCCGTCTCTGATGTGGGTTGC
TAATTCTTCCATCAGATCTGATCAAATCGGTGTCGGTTGAGTCGTTTGTGGTCGACGTTT
TGGTCTGTAGTGCTCTCCTCTTTCTTAGGCTCTGGTTATTGGAAGGAGCTCCTCCTTTGG
TGGTTTCGGTTTGTGTCTCCCTATGGTTGGGGCTGTTCTGGTTCTGGGAAGAGGTGGTTC
ACATAACATCATCTTCGTCGGCTTTAGTCTCCGGGAAAGGTGATTCTTTTACACCGTTTT
CGCCGGCTTATCACTGTTTACTCTTGTCGGTAAAGATGTCTCTGCTTACTTGATGGAAAA
TTGGAGCTTTGGATTCAATCCTTCGTTTCCCGTTTAGCTTCGCTGATGGTGGATTTCTGG
CGTGCTTACTATCTGATTCCGGAGGATGGCCGTGCTTTCCGGTGGATGTTCAGGTGTTGG
GAAGAGATGAATCTGTTCACGTGTTGGAAGGGAAGAGATGAGTCTTCCTCGTTGACTCAT
ATGTGGGCCTAGGGCCTGGTTAAATTAAATGTATTTCTTGTTTTGGACTATGTTTTGTTC
TGTATGTGTGTTGTTA

QA 2 737 2 737
DS 



AS 1 3

CO CL3602Contig1 825 3 6 U
GCGAATGAACGATTTCTTCAAGATTCTATTACCATCATAACAAGCTAAGAATGCCAACTT
AAAACCAAATCAAATCATCATCAAAGTAAAAAAGAACTACAAACGCAGCCAAGAACAATC
AGTTTTTCTTTTTCACCTTCAGAAATTCTTTGGGACTTTTTAGGTTCCACAGCAAACAGA
CTTCTGCGTAGCCTGTCCGGCTCCAGCAGCCTGGTCTGTTTGGCTGATCCTAATCGTCGA
AGGCTCTGCCCTGGAGTCAGTATCTGCGAGTCTCTGCTTAATGTCCTTTGCTATCGAGAA
GAAAACTTCCTCCACATTTAAATTTGTTTTGGCACTAGTTTCAAAGAACTTGATTCCGTA
TTCATCAGCAAGTGCTTGACCCTTTGCTTTTGGTACGGCCCTCTTGCTCTCGTCCATATC
GGCTTTGTTCCCAACCAAGATCTTGTTGACATTATCCGAAGCGTGCTGCTCGATGTTACG
AATCCAGTTCCTAATGTTGTTGAAGGATGACTCGTCTGTGACATCATACACCAGCAAAAT
GCCCATTGCCCCTCTGTAATAAGCAGTGGTGATGGTTCGAAAACGTTCTTGACCAGCAGT
ATCCCAAATCTGAAGCTTGATGCGTTTCCCATCAAGCTCAATAGTTCTTATCTTAAAATC
AATCCCAATGGTGGCGATGAAGCTAGTGGTGAAAGAGCCATCAGAGAACCTCAACAGCAA
ACAACTTTTACCAACACCGCTGTCACCGATAAGGAGAAGCTTGATGAGGTAATCGTAATC
GGCTCTTGCCCTAGCAGGTGGTGCAGCCATCGAAATCAGATCCCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GN83JQ U 1
AF RR1EF41JQ U 1
AF RR1GN83TF C 313
BS 1 175 RR1EF41JQ
BS 176 176 RR1GN83JQ
BS 177 674 RR1EF41JQ
BS 675 675 RR1GN83TF
BS 676 786 RR1EF41JQ
BS 787 825 RR1GN83TF

RD RR1GN83JQ 561 0 0
GG
GAATGAACGATTTCTTCAAGATTCTATTACCATCATAACAAGCTAAGAATGCCAACTTAA
AACCAAATCAAATCATCATCAAAGTAAAAAAGAACTACAAACGCAGCCAAGAACAATCAG
TTTTTCTTTTTCACCTTCAGAAATTCTTTGGGACTTTTTAGGTTCCACAGCAAACAGACT
TCTGCGTAGCCTGTCCGGCTCCAGCAGCCTGGTCTGTTTGGCTGATCCTAATCGTCGAAG
GCTCTGCCCTGGAGTCAGTATCTGCGAGTCTCTGCTTAATGTCCTTTGCTATCGAGAAGA
AAACTTCCTCCACATTTAAATTTGTTTTGGCACTAGTTTCAAAGAACTTGATTCCGTATT
CATCAGCAAGTGCTTGACCCTTTGCTTTTGGTACGGCCCTCTTGCTCTCGTCCATATCGG
CTTTGTTCCCAACCAAGATCTTGTTGACATTATCCGAAGCGTGCTGCTCGATGTTACGAA
TCCAGTTCCTAATGTTGTTGAAGGATGACTCGTCTGTGACATCATACACCAGCAAAATGC
CCATTGCCCCTCTGTAATA

QA 3 561 3 561
DS 

RD RR1EF41JQ 786 0 0
GCGAATGAACGATTTCTTCAAGATTCTATTACCATCATAACAAGCTAAGAATGCCAACTT
AAAACCAAATCAAATCATCATCAAAGTAAAAAAGAACTACAAACGCAGCCAAGAACAATC
AGTTTTTCTTTTTCACCTTCAGAAATTCTTTGGGACTTTTTAGGTTCCACAGCAAGCAGA
CTTCTGCGTAGCCTGTCCGGCTCCAGCAGCCTGGTCTGTTTGGCTGATCCTAATCGTCGA
AGGCTCTGCCCTGGAGTCAGTATCTGCGAGTCTCTGCTTAATGTCCTTTGCTATCGAGAA
GAAAACTTCCTCCACATTTAAATTTGTTTTGGCACTAGTTTCAAAGAACTTGATTCCGTA
TTCATCAGCAAGTGCTTGACCCTTTGCTTTTGGTACGGCCCTCTTGCTCTCGTCCATATC
GGCTTTGTTCCCAACCAAGATCTTGTTGACATTATCCGAAGCGTGCTGCTCGATGTTACG
AATCCAGTTCCTAATGTTGTTGAAGGATGACTCGTCTGTGACATCATACACCAGCAAAAT
GCCCATTGCCCCTCTGTAATAAGCAGTGGTGATGGTTCGAAAACGTTCTTGACCAGCAGT
ATCCCAAATCTGAAGCTTGATGCGTTTCCCATCAAGCTCAATAGTTCTTATCTTAAAATC
AATCCCAATGGTGGTGATGAAGCTAGTGGTGAAAGAGCCATCAGAGAACCTCAACAGCAA
ACAACTTTTACCAACACCGCTGTCACCGATAAGGAGAAGCTTGATGAGGTAATCGTAATC
GGCTCT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1GN83TF 513 0 0
CACATTTAAATTTGTTTTGGCACTAGTTTCAAAGAACTTGATTCCGTATTCATCAGCAAG
TGCTTGACCCTTTGCTTTTGGTACGGCCCTCTTGCTCTCGTCCATATCGGCTTTGTTCCC
AACCAAGATCTTGTTGACATTATCCGAAGCGTGCTGCTCGATGTTACGAATCCAGTTCCT
AATGTTGTTGAAGGATGACTCGTCTGTGACATCATACACCAGCAAAATGCCCATTGCCCC
TCTGTAATAAGCAGTGGTGATGGTTCGAAAACGTTCTTGACCAGCAGTATCCCAAATCTG
AAGCTTGATGCGTTTCCCATCAAGCTCAATAGTTCTTATCTTAAAATCAATCCCAATGGT
GGCGATGAAGCTAGTGGTGAAAGAGCCATCAGAGAACCTCAACAGCAAACAACTTTTACC
AACACCGCTGTCACCGATAAGGAGAAGCTTGATGAGGTAATCGTAATCGGCTCTTGCCCT
AGCAGGTGGTGCAGCCATCGAAATCAGATCCCC

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 3

CO CL3603Contig1 734 3 14 U
GGACTGTGAGAGAACCCAAATGGCTCCGAGAACCGATTCGCAAACCCAAGCCACCATGTC
AGACACGTCCAACGAATCGTCGATCGATCCGATCTTCCACATTCTCCGTCTCGTCCCTTT
CTCATTCCTCCGGCCACCGCGTCTCCGTCTCAAGCTCCCTTCGTTCACTCTCCCCTCGCC
GATGACCGTATTCGCTCTGATCCTCCTCACCTACTTCCTCGTCATATCCGGATTCGTCTA
CGACGTGATTGTGGAGCCTCCTGGCATCGGGTCGACTCAGGATCCAGTCACCGGGGCGAT
ACGGCCCGTCGTGTTCATGTCGGGTCGGGTCAACGGGCAGTACATCATCGAAGGTCTTTC
GTCGGGATTCATGTTCGTGATGGGTGGGATCGGGATCATAATGCTGGATCTGGCGTTGGA
TAAGAATCGAGCTAAGAGTGTGAAAGCATCGTATGCTACGGCGGGAGTGACTTCCGTTGT
GATTGGTTATGTTATGAGTATGCTCTTCATCCGTATTAAGATCCCTGGTTATCTCCATTA
GAGTTGTTTTAGATCACTTGCATTTGGTTCTGTAATGGGCTTCTCTAGTTTACGAATTAC
CGTTGAGAAAAGAAGTGACTTTTGTGTTTCTTAAAGCTTTGTGTGTTCACTGAAACCGGA
TTCTCTACTTAGTTCTGAGTTTCTTTGTTTGGGAATGGTTGTGTCAGCTTTGAATGTTAG
AATCTGCGTTTGAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX83JQ C 254
AF RR1BX83TF U 1
AF RR1GB17TF U 1
BS 1 11 RR1BX83TF
BS 12 12 RR1GB17TF
BS 13 43 RR1BX83TF
BS 44 44 RR1GB17TF
BS 45 69 RR1BX83TF
BS 70 70 RR1GB17TF
BS 71 186 RR1BX83TF
BS 187 187 RR1GB17TF
BS 188 189 RR1BX83TF
BS 190 190 RR1GB17TF
BS 191 692 RR1BX83TF
BS 693 693 RR1GB17TF
BS 694 725 RR1BX83TF
BS 726 734 RR1GB17TF

RD RR1BX83JQ 176 0 0
GAGCCTCCTGGCATCGGGTCGACTCAGGATCCAGTCACCGGGGCGATACGGCCCGTCGTG
TTCATGTCGGGTCGGGTCAACGGGCAGTACATCATCGAAGGTCTTTCGTCGGGATTCATG
TTCGTGATGGGTGGGATCGGGATCATAATGCTGGATCTGGCGTTGGATAAGAATCG

QA 1 176 1 176
DS 

RD RR1BX83TF 725 0 0
GGACTGTGAGATAACCCAAATGGCTCCGAGAACCGATTCGCAAGCCCAAGCCACCATGTC
AGACACGTCTAACGAATCGTCGATCGATCCGATCTTCCACATTCTCCGTCTCGTCCCTTT
CTCATTCCTCCGGCCACCGCGTCTCCGTCTCAAGCTCCCTTCGTTCACTCTCCCCTCGCC
GATGACTGTGTTCGCTCTGATCCTCCTCACCTACTTCCTCGTCATATCCGGATTCGTCTA
CGACGTGATTGTGGAGCCTCCTGGCATCGGGTCGACTCAGGATCCAGTCACCGGGGCGAT
ACGGCCCGTCGTGTTCATGTCGGGTCGGGTCAACGGGCAGTACATCATCGAAGGTCTTTC
GTCGGGATTCATGTTCGTGATGGGTGGGATCGGGATCATAATGCTGGATCTGGCGTTGGA
TAAGAATCGAGCTAAGAGTGTGAAAGCATCGTATGCTACGGCGGGAGTGACTTCCGTTGT
GATTGGTTATGTTATGAGTATGCTCTTCATCCGTATTAAGATCCCTGGTTATCTCCATTA
GAGTTGTTTTAGATCACTTGCATTTGGTTCTGTAATGGGCTTCTCTAGTTTACGAATTAC
CGTTGAGAAAAGAAGTGACTTTTGTGTTTCTTAAAGCTTTGTGTGTTCACTGAAACCGGA
TTCTCTACTTAGTTCTGAGTTTCTTTGTTTGGTAATGGTTGTGTCAGCTTTGAATGTTAG
AATCT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1GB17TF 734 0 0
GGACTGTGAGAGAACCCAAATGGCTCCGAGAACCGATTCGCAAACCCAAGCCACCATGTC
AGACACGTCCAACGAATCGTCGATCGATCCGATCTTCCACATTCTCCGTCTCGTCCCTTT
CTCATTCCTCCGGCCGCCGCGTCTCCGTCTCAAGCTCCCTTCTTTCACTCTCCCCTCTCC
GATGACCGTATTCGCTCTGATCCTCCTCACCTACTTCCTCGTCATATCCGGATTCGTCTA
CGATGTGATTGTGGAGCCTCCAGGCATCGGGTCGACCCAGGATCCGGTCACCGGGGCAAT
ACGGCCCGTCGTGTTCATGTCGGGTCGGGTCAACGGGCAGTACATCATCGAAGGTCTTTC
GTCGGGATTCATGTTCGTGATGGGTGGGATCGGGATCATAATGCTGGATCTGGCGTTGGA
TAAGAATCGAGCTAAGAGTGTGAAAGCATCGTATGCTACGGCGGGAGTGACTTCCGTTGT
GATTGGTTATGTTATGAGTATGCTCTTCATCCGTATTAAGATCCCTGGTTATCTCCATTA
GAGTTGTTTTAGATCACTTGCATTTGGTTCTGTAATGGGCTTCTCTAGTTTACGAATTAC
CGTTGAGAAAAGAAGTGACTTTTGTGTTTCTTAAAGCTTTGTGTGTTCACTGAAACCGGA
TTCTCTACTTAGTTCTGAGTTTCTTTGTTTGGGAATGGTTGTGTCAGCTTTGAATGTTAG
AATCTGCGTTTGAT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 3

CO CL3604Contig1 720 3 6 U
GGAACGAACTCATAGGTCGAGCCTTTTCGCAGTTGCAGCAGCATCTCTGTTCCGTCTATC
TCGCCGTCGTCAACATGGGTAAGACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAGAGGC
TTAGGATCAATCAGAGGTGGGCGGACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAAGGCAATGAGT
GGAAGAAGCCTTTTGCTGGATCTTCTCACGCTAAGGGTATCGTCCTTGAGAAAATTGGTA
TTGAGGCCAAGCAGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGA
ACGGTAAAAAGATTGCTGCTTTCGTCCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAA
ATGACGAAGTGTTGATTGCTGGGTTCGGGCGTAAAGGTCATGCCGTCGGAGATATTCCCG
GAGTCAGGTTCAAGGTGGTGAAGGTCTCTGGTGTCTCACTCTTGGCCCTCTTCAAGGAGA
AGAAGGAGAAGCCTAGGTCTTAGAGACTACTACACTGCTTCTAATGGATTTTGATATTTG
AAACACTCCTCTGTTCTACTTATAATCTGTTTGGATCCAGTTGACTCTTTTAAGTATTCT
CTCCTCCTGCACTAAAGCTTCCCATTTTCTCTTTTCTTTTACCACTCTCAATATGTCTCT
ATTTAATCTTATCGAAACCGTCCACGAAAAAATCCTATTGAAACCTTGTTTGAAATGTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS32TF U 1
AF RR1D494TF U 128
AF RR1DS32JQ C 94
BS 1 309 RR1DS32TF
BS 310 310 RR1D494TF
BS 311 360 RR1DS32TF
BS 361 361 RR1D494TF
BS 362 396 RR1DS32TF
BS 397 720 RR1DS32JQ

RD RR1DS32TF 403 0 0
GGAACGAACTCATAGGTCGAGCCTTTTCGCAGTTGCAGCAGCATCTCTGTTCCGTCTATC
TCGCCGTCGTCAACATGGGTAAGACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAGAGGC
TTAGGATCAATCAGAGGTGGGCGGACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAAGGCAATGAGT
GGAAGAAGCCTTTTGCTGGATCTTCTCACGCTAAGGGTATCGTCCTTGAGAAAATTGGTA
TTGAGGCCAAGCAGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGA
ACGGTAAAA*GATTGCTGCTTTCGTCCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAA
*TGACGAAGTGTTGATTGCTGGGTTCGGGCGTAAAG
TCATGCC

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR1D494TF 277 0 0
CAACCAT
AGGTGGGCGGACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAAGGCAATGAGTGGAAGAAGCCTTTT
GCTGGATCTTCTCACGCTAAGGGTATCGTCCTTGAGAAAATTGGTATTGAGGCCAAGCAG
CCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGAACGGTAAAAAGATT
GCTGCTTTCGTCCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAATGACGAAGTGTTG
ATTGCTGGGTTCGGGCGTAAAG
GTCATGCC

QA 8 269 8 269
DS 

RD RR1DS32JQ 627 0 0
TGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAGAGGCTTAGGATCAATCAGAGGTGGGCGGACAAGCAGT
ACAAGAAGAGTCACCAAGGCAATGAGTGGAAGAAGCCTTTTGCTGGATCTTCTCACGCTA
AGGGTATCGTCCTTGAGAAAATTGGTATTGAGGCCAAGCAGCCTAACTCTGCCATTCGTA
AATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGAACGGTAAAAAGATTGCTGCTTTCGTCCCTAATG
ATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAATGACGAAGTGTTGATTGCTGGGTTCGGGCGTA
AAGGTCATGCCGTCGGAGATATTCCCGGAGTCAGGTTCAAGGTGGTGAAGGTCTCTGGTG
TCTCACTCTTGGCCCTCTTCAAGGAGAAGAAGGAGAAGCCTAGGTCTTAGAGACTACTAC
ACTGCTTCTAATGGATTTTGATATTTGAAACACTCCTCTGTTCTACTTATAATCTGTTTG
GATCCAGTTGACTCTTTTAAGTATTCTCTCCTCCTGCACTAAAGCTTCCCATTTTCTCTT
TTCTTTTACCACTCTCAATATGTCTCTATTTAATCTTATCGAAACCGTCCACGAAAAAAT
CCTATTGAAACCTTGTTTGAAATGTTA

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL3605Contig1 929 2 4 U
GGATACTTCTTACTACTTCTCTCTCTCTACCGAAACCTCCCAAATTATAACTCTTACGTG
ATTGTAGAGTTTTCCGTATCCTCTCTAAGAGAAATCAAGTAGCAGCGAGAGCTCTTCTCT
TACCGCCTCTAACTCCACCGTCACCGCCTCTAACGCTACTGTCACCGCCGTCGCCGTCAC
CGCCACGGTTGCGTCATCGGGTGCTATGGACACTGATATGCCTAATCTCAAACAGTACGG
AGACGGGATCGAATGGTCGACGTTGCTCGGACAGGGTTCATCGGACGGTGGGGTTTTCTC
GGAGATCGGATGTTTTACCGCGGCGTCGACGGTTGAAACAACTCCGTTTGGACTCGGTGG
TACTTTCGTAAATCAACAGTCTATAGCTGATCATCTGAAGTTGGAAGGTAATACTTTACC
TCAGCAATTTGGTGATCCAACGGCTCAGGTTGATCCTAATATGGGATTTGAACCGTTGGA
TTGGGGAAGTGGAGGAGGAGATCAAACACTCTTTGATCTAACCAGTTCAGTTTATCATGC
ATACTGGAGTCAAAGTCAATGGGCGTCGTCTGATCAAGATCAGAATGGTCTCTACCTACC
TTAATTCTCACAGCTTCTTCTTAACAAAAATAATAATATATATTATACACATAAGGTAAA
GTTTGATGATGTTGGTTTATATATATTTTTTATTTTACGTAATGGGTTGAAAACGGGATT
TATTATATATAATATATATGACTGCTTGTAAATTTTTTTCTCCAAATATAAAATTTACCT
CTTGTTTCCTAGTTTTTGGAATATCCCAAGAGTGGAGTTTTATGTGGCATATTGGTTTTA
ATTTGGCTTTGGTTTACTTATCGTTGTATATTTGATAAGATTTAAATTTTGCTGTGATTT
TATTTGATAAGGTTTACTTATTATTGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL73TF U 1
AF RR1DX88JQ C 320
BS 1 446 RR1EL73TF
BS 447 447 RR1DX88JQ
BS 448 496 RR1EL73TF
BS 497 929 RR1DX88JQ

RD RR1EL73TF 497 0 0
GGATACTTCTTACTACTTCTCTCTCTCTACCGAAACCTCCCAAATTATAACTCTTACGTG
ATTGTAGAGTTTTCCGTATCCTCTCTAAGAGAAATCAAGTAGCAGCGAGAGCTCTTCTCT
TACCGCCTCTAACTCCACCGTCACCGCCTCTAACGCTACTGTCACCGCCGTCGCCGTCAC
CGCCACGGTTGCGTCATCGGGTGCTATGGACACTGATATGCCTAATCTCAAACAGTACGG
AGACGGGATCGAATGGTCGACGTTGCTCGGACAGGGTTCATCGGACGGTGGGGTTTTCTC
GGAGATCGGATGTTTTACCGCGGCGTCGACGGTTGAAACAACTCCGTTTGGACTCGGTGG
TACTTTCGTAAATCAACAGTCTATAGCTGATCATCTGAAGTTGGAAGGTAATACTTTACC
TCAGCAATTTGGTGATCCAACGGCTC*GGTTGATCCTAATATGGGATTTGAACCGTTGGA
TTGGGGAAGTGGAGGA
T

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1DX88JQ 610 0 0
GCGGCGTCGACGGTTGAAACAACTCCGTTTGGACTCGGTGGTACTTTCGTAAATCAACAG
TCTATAGCTGATCATCTGAAGTTGGAAGGTAATACTTTACCTCAGCAATTTGGTGATCCA
ACGGCTCAGGTTGATCCTAATATGGGATTTGAACCGTTGGATTGGGGAAGTGGAGGAGGA
GATCAAACACTCTTTGATCTAACCAGTTCAGTTTATCATGCATACTGGAGTCAAAGTCAA
TGGGCGTCGTCTGATCAAGATCAGAATGGTCTCTACCTACCTTAATTCTCACAGCTTCTT
CTTAACAAAAATAATAATATATATTATACACATAAGGTAAAGTTTGATGATGTTGGTTTA
TATATATTTTTTATTTTACGTAATGGGTTGAAAACGGGATTTATTATATATAATATATAT
GACTGCTTGTAAATTTTTTTCTCCAAATATAAAATTTACCTCTTGTTTCCTAGTTTTTGG
AATATCCCAAGAGTGGAGTTTTATGTGGCATATTGGTTTTAATTTGGCTTTGGTTTACTT
ATCGTTGTATATTTGATAAGATTTAAATTTTGCTGTGATTTTATTTGATAAGGTTTACTT
ATTATTGCTG

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 3

CO CL3606Contig1 1254 3 13 U
GGACACAGAAATATTTTAATTATTATACTTTCTCGAGTTTTGTTGTTCTTCACTCTATCA
TCCATCAGTTTCTCCAAATCAGTCTTTATCACTCGCCTGCCTTTTCTGCTACAACATGAA
CCACTTCTGTACAATTCAAGGTTGTGTACCCATAATGGAATTTGGATTTTTAAGACATTG
TCTTGAGCAAAATCTCACTTTTTCATGGAACTTGAAGGCATCCAGTTCGGCCACAATTTC
ACATCTCCAGAGACTTCCTTTATCTATGGTAGTAGCTTCTACTCGAAATCATTACTACAA
GAACAGTTTGCTCTTGAAGAGATTTTTAGTACGTGTCGGCAGCACTGAGGAGGAACACTC
ATTGTCAGAAGATTCACTCAATGACTCTGTTTCTAGACCTCTCACTAGTGAAGAGTTGAA
GTCATTGCTCATCGATAACCAGAGATCGAAGCTTGTTAAGAAGTTGAGTGAAGCTAATCA
ACATAACCGCTTCCTCAAGCGTCAGCTTAAAACACAGGAGGAGGAGATAACTAACATCAA
AAGTGAGCTTGCAATCATGGAGCTCGAAGTTCAGGCTCTGGTCAACTTGGCAGAAGAAAT
AGCAAATCTTGGTATTCCACAAGGTTCTAGAAAGATTAGTGGAAAGTACATTCAATCACA
CCTTCTCACTCGCTTAGACGCTGTTCATAATAAGCTGAAGGAACAAATAAAAGACGTGGA
AGCTGCACAATCGAAAGAAGTTAATGTCTTCTGGATTGGTATGGCAGAGAGTGTACAAGT
AATGGGATCTTTTGACGGATGGAGCCAACCTGAGGATCTATCGCCCGAGTACACCGCTTC
GTTCACTAAATTCTCCACCACATTAGTCCTTCGTCCTGGGCGGTATGAGATGAAGTTCTT
AGTGGATGGAGAATGGCAGATCTCACGTGAGTTTCCTACTTCCGGAGAAGGAATGTTGGA
GAACAATGTTCTAGTCGTGGAATAGCCTGTAGTGGTGGGTGATCTTTCTGCATCACACAT
TTTGGTAATACTACCTTTAAACATCATAACCCATCTGTTTTCAGACGGGTTGTAAATGAA
GATGGAGCTGATGCCGAGTGGTCATGGTGAAGCATGAAATAGCTAGCTGCCACTCAGTTT
TAATGTAATGCATATGTCATAGAATAATAGTTCTTTACGTCACTCAACTGGAGTTGTAAA
CGTTTTTACTTTATTGCTTTCAGTTCATATACAAGACGGATCTAGTTAGGCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A675TF U 1
AF RR1AD75TF U 50
AF RR1A675JQ C 498
BS 1 310 RR1A675TF
BS 311 311 RR1AD75TF
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RD RR1A675TF 695 0 0
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AGCAAATCTTGGTATTCCACAAG*TTCTAGAAAGATTAGTGGAAAGTACATTCAATCACA
CCTTCTCACTCGCTTAGACGCTGTTCATAATAAGC

QA 1 695 1 695
DS 

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GG
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AAGACATTGTCTTGAGCAAAATCTCACTTTTTCATGGAACTTGAAGGCATCCAGTTCGGC
CACAATTTCACATCTCCAGAGACTTCCTTTATCTATGGTAGTAGCTTCTACTCGAAATCA
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GGAACACTCATTGTCAGAAGATTCACTCAATGACTCTGTTTCTAGACCTCTCACTAGTGA
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TCAATCACACCTTCTCACTCGCTTAGACGCTGTTCATAATAAGCTGAAGGAACAAATAAA
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QA 3 819 3 819
DS 

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CACAAGGTTCTAGAAAGATTAGTGGAAAGTACATTCAATCACACCTTCTCACTCGCTTAG
ACGCTGTTCATAATAAGCTGAAGGAACAAATAAAAGACGTGGAAGCTGCACAATCGAAGG
AAGTTAATGTCTTCTGGATTGGTATGGCAGAGAGTGTACAAGTAATGGGATCTTTTGACG
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CCACATTAGTCCTTCGTCCTGGGCGGTATGAGATGAAGTTCTTAGTGGATGGAGAATGGC
AGATCTCACGTGAGTTTCCTACTTCCGGAGAAGGAATGTTGGAGAACAATGTTCTAGTCG
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TAAACATCATAACCCATCTGTTTTCAGACGGGTTGTAAATGAAGATGGAGCTGATGCCGA
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TTTCAGTTCATATACAAGACGGATCTAGTTAGGCACC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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AAGACTCTGGCCTTCCTTCAGCTAACGACGTTTTCTCTCAGATATCAGGGCCACCGGAGT
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AACGTATTACCCGTAAAAAGAAGAAAGCTAAATCTAAAGGTGTTGTCGTGGAAGCGAAAC
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TATGCCCACTTTGCGGTGACCGGCCATTACCGGACTCGGATGCAAAGAAGAAAGGCTCTA
CGGTCAAAGATAAAGAGAAGAGCAAAAGAATGAGAGGACAATCCTCCCACGCTTCTTGGA
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TTAAATTGTTGTTCCATCCAAATCCATCATTACTAAAAACTATTGTCGGAAGTGAAAACC
CTTAAGTTCTTAAGTAATTGATGTTGAGAGATATAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FV75TF U 1
AF RR1FV75JQ C 192
AF RR1FB36TF U 579
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RD RR1FV75TF 714 0 0
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TATGCCCACTTTGCGGTGACCGGCCATTACCGGACTCGGATGCAAAGAAGAAAGGCTCTA
CGGTCAAAGATAAAGAGAAGAGCAAAAGAATGAGAGGACAATCCTCCCACGCTTCTTGGA
AAAGTGAAACCGAGATGCAACTTAG*CAACATTTCGATTAGA*TGTTTCCAA
CT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1FV75JQ 621 0 0
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GGGATTCATGAGAGAGTCAGAAACGATATCGATGCACCACCATTTTCAGAGAATGGTGAA
AAGCGGATATCTACCGCAACCAATCCAAATGCAGAAGAAGCTGCAGATTTTTTAAGGATG
TGTTTGCAATGTGGAGTACCAAAAACATATACAAGCGCGAGAGGAATGGTATGCCCACTT
TGCGGTGACCGGCCATTACCGGACTCGGATGCAAAGAAGAAAGGCTTTACGGTCAAAGAT
AAAGAGAAGAGCAAAAGAATGAGAGGACAATCCTCCCACGCTTCTTGGAAAAGTGAAACC
GAGATGCAACTTAGGCAACATTTCGATTAGAATGTTTCCAAACTTTTCTTTAAATTGTTG
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AAGTAATTGATGTTGAGAGAT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1FB36TF 238 0 0
GATGCAAAGAAGAGAGGCTCTACGGTCAAAGATAAAGAGAAGAGCAAAAGAATGAGAGGA
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TAGAATGTTTCCAAACTTTTCTTTAAATTGTTGTTCCATCCAAATCCATCATTACTAAAA
ACTATTGTCGGAAGTGAAAACCCTTAAGTTCTTAAGTAATTGATGTTGAGAGATATAT

QA 1 238 1 238
DS 



AS 1 3

CO CL3609Contig1 849 3 12 U
GGTCCGTCCTCTCGGGGTTTCCATTCCATAAGCTCCATTTCTCTTCTCTTCCTTCAATTC
TCACACTCTCTTCACTTCTTCAGGTAAGCTAGAAACCAATCAGTGGAAACTTGGGTTTGA
AGTGGTTTCGACATGCCGTCTTACCTTTCACCGTGTTTCGCTCCTTGTGATTCACGTCTC
CTCACTGTTCTTAGAAAGAATAATGCATCATCATCATCATCTTTAACCTCCTTTAGGATG
AACGAGACTAAGAAAAACCGAGTCTTTCTTGCTTCTCAGAGAAACTCTCAAAGGTATTCC
CATAGCCAAGACCCTTTCTTGAACCTCCACCCTGAGATATCTCTCCTTAGAGGTGAAGGA
GGAGGAGGAGGAGCCAATACAGTATCCAACCCCAGGAAAGAAACTACTTCCGTGCTTCCT
GTCGATGAAGACTTCGATGAGCCCTCTGCTCCTAGCGGCTACAACGAGGCGAGGATCAAA
GTTATAGGCGTGGGAGGTGGTGGATCAAACGCTGTGAACCGGATGATAGAGAGCGAGATG
ATGGGAGTTGAGTTCTGGATCGTGAACACCGACATCCAAGCTATGAGGATGTCTCCTGTT
TTGTCTGAGAACAGGTTACAGATCGGTAAGGAGCTGACTAGAGGTTTGGGCGCTGGAGGG
AACCCTGAGATCGGTATGAACGCTGCTCAG*AGAGCAAAGTAGCTATCGAAGAG*CTCTT
TATGGTTCAGACATGGTCTTTGTCACTGCTGGGATGGGAGGTGGGACTGGTACTGGAGCG
GCTCCTGTGATTGCAGAATCGCTAAGCCATGGGGATCTTGACGTTGGTATTGCACAACGC
CTTTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV42TF U 13
AF RR1EZ64TF U 1
AF RR1C673TF U 90
BS 1 105 RR1EZ64TF
BS 106 106 RR1EV42TF
BS 107 152 RR1EZ64TF
BS 153 153 RR1EV42TF
BS 154 232 RR1EZ64TF
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BS 234 744 RR1EZ64TF
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BS 782 795 RR1EZ64TF
BS 796 849 RR1C673TF

RD RR1EV42TF 761 0 0
G
GGGGTTTCCATTCCATAAGCTCCATTTCTCTTCTCTTCCTTCAATTCTCACACTCTCTTC
ACTTCTTCAGGTAAGCTAGAAACCAATCAGTGGAAACTTGGGTTTGAAGTGGTTTCGACA
TGCCGTCTTACCTTTCACCGTGTTTCGCTCCTTGTGATTCACGTCTCCTCACTGTTCTTA
GAAAGAATAATGCATCATCATCATCATCTTTAACCTCCTTTAGGATGAACGAGACTAAGA
AAAACCGAGTCTTTCTTGCTTCTCAGAGAAACTCTCAAAGGTATTCCCATAGCCAAGACC
CTTTCTTGAACCTCCACCCTGAGATATCTCTCCTTAGAGGTGAAGGAGGAGGAGGAGGAG
CCAATACAGTATCCAACCCCAGGAAAGAAACTACTTCCGTGCTTCCTGTCGATGAAGACT
TCGATGAGCCCTCTGCTCCTAGCGGCTACAACGAGGCGAGGATCAAAGTTATAGGCGTGG
GAGGCGGTGGATCAAACGCTGTGAACCGGATGATAGAGAGCGAGATGATGGGAGTTGAGT
TCTGGATCGTGAACACCGACATCCAAGCTATGAGGATGTCTCCTGTTTTGTCTGAGAACA
GGTTACAGATCGGTAAGGAGCTGACTAGAGGTTTGGGCGCTGGAGGGAACCCTGAGATCG
GTATGAACGCTGCTCAG*AGAGCAAAGTAGCTATCGAAGAG*CTCTTTATGGTTCAGACA
TGGTCTTTGTCACTGCTGGGATGGGAGGTGGGACTGGTAC

QA 2 761 2 761
DS 

RD RR1EZ64TF 795 0 0
GGTCCGTCCTCTCGGGGTTTCCATTCCATAAGCTCCATTTCTCTTCTCTTCCTTCAATTC
TCACACTCTCTTCACTTCTTCAGGTAAGCTAGAAACCAATCAGTG*AAACTTGGGTTTGA
AGTGGTTTCGACATGCCGTCTTACCTTTCACCATGTTTCGCTCCTTGTGATTCACGTCTC
CTCACTGTTCTTAGAAAGAATAATGCATCATCATCATCATCTTTAACCTCCTCTAGGATG
AACGAGACTAAGAAAAACCGAGTCTTTCTTGCTTCTCAGAGAAACTCTCAAAGGTATTCC
CATAGCCAAGACCCTTTCTTGAACCTCCACCCTGAGATATCTCTCCTTAGAGGTGAAGGA
GGAGGAGGAGGAGCCAATACAGTATCCAACCCCAGGAAAGAAACTACTTCCGTGCTTCCT
GTCGATGAAGACTTCGATGAGCCCTCTGCTCCTAGCGGCTACAACGAGGCGAGGATCAAA
GTTATAGGCGTGGGAGGTGGTGGATCAAACGCTGTGAACCGGATGATAGAGAGCGAGATG
ATGGGAGTTGAGTTCTGGATCGTGAACACCGACATCCAAGCTATGAGGATGTCTCCTGTT
TTGTCTGAGAACAGGTTACAGATCGGTAAGGAGCTGACTAGAGGTTTGGGCGCTGGAGGG
AACCCTGAGATCGGTATGAACGCTGCTCAG*AGAGCAAAGTAGCTATCGAAGAG*CTCTT
TATGGTTCAGACATGGTCTTTGTCGCTGCTGGGATGGGAGGTGGGACTGGTACTGGAGCG
*CTCCTGTGATTGCA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1C673TF 760 0 0
TAGAAACCAATCAGTGGAAACTTGGGTTTGAAGTGGTTTCGACATGCCGTCTTACCTTTC
ACCGTGTTTCGCTCCTTGTGATTCACGTCTCCTCACTGTTCTTAGAAAGAATAATGCATC
ATCATCATCATCTTTAACCTCCTTTAGGATGAACGAGACTAAGAAAAACCGAGTCTTTCT
TGCTTCTCAGAGAAACTCTCAAAGGTATTCCCATAGCCAAGACCCTTTCTTGAACCTCCA
CCCTGAGATATCTCTCCTTAGAGGTGAAGGAGGAGGAGGAGGAGCCAATACAGTATCCAA
CCC*AGGAAAGAAACTACTTCCGTGCTTCCTGTCGATGAAGACTTCGATGAGCCCTCTGC
TCCTAGCGGCTACAACGAGGCGAGGATCAAAGTTATAGGCGTGGGAGGTGGTGGATCAAA
CGCTGTGAACCGGATGATAGAGAGCGAGATGGTGGGAGTTGAGTTCTGGATCGTGAACAC
CGACATCCAAGCTATGAGGATGTCTCCTGTTTTGTCTGAGAACAGGTTACAGATCGGTAA
GGAGCTGACTAGAGGTTTGGGCGCTGGAGGGAACCCTGAGATCGGTATGAACGCTGCTCA
GGAGAGCAAAGTAGCTATCGAAGAGGCTCTTTATGGTTCAGACATGGTCTTTGTCACTGC
TGGGATGGGAGGTGGGACTGGTACTGGAGCGGCTCCTGTGATTGCAGAATCGCTAAGCCA
TGGGGATCTTGACGTTGGTATTGCACAACGCCTTTCTCTT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL3610Contig1 987 2 6 U
TTTTTTTGCTATCGTCGTCAAGAGCCCGAGAGAGAGAGAGAGAGGAATCGGTTGTGTGTT
GTCGAAGCTTCTTGGCTCTCTCTTCTCTTGTTAACGCGCTTATCTCATCTGCGATCTCTC
GTTGATCAGAGGATTTCCAGAGCTTCAGAGATCAACAATCATGGCCACCGCTGGAGGAAA
CAAGAACATCAACGCCAAATTGGTATTGCTTGGGGATGTTGGAGCTGGAAAATCAAGTCT
TGTGCTTCGATTCGTTAAAGATCAGTTTGTTGAATTCCAGGAATCAACGATAGGTGCAGC
TTTCTTCTCTCAAACACTGGCTGTCAATGATGCAACTGTCAAGTTTGAGATTTGGGATAC
TGCTGGTCAGGAACGTTACCATAGCTTGGCTCCTATGTACTACCGGGGTGCTGCTGCTGC
CATTATTGTCTTTGACATTACTAATCAAGCCTCATTTGAGAGGGCTAAGAAATGGGTTCA
GGAACTGCAGGCACAAGGTAACCCTAATATGGTGATGGCTCTTGCTGGAAACAAAGCTGA
TTTATTAGATGCAAGGAAAGTGTCTGCCGAGGAGGCAGAGACGTACGCACAAGAGAACAG
CCTTTTCTTCATGGAAACCTCAGCTAAGACTGCAACAAATGTCAAAGACATCTTCTACGA
AATCGCAAAAAGGCTACCACGTGTACAGCCAGCAGAAAACCCAGCAGGAATGGTTCTCCC
AAGCGGGCCAGCAGCTACTGCAGTGAGTAGTTCATCATGTTGTGCTTAAGAGAGCTCTCT
CTCTTGGTTAGTCACTGTAGAAAGGAAACATCCAGTCTCTTTATGTGTTTTCTTCTTGTC
TTAACGTTGTCGCTTTGCTTTGCATTGTATATCAAGATGTTTCCGCTCTGTGGAAATCTA
AAGATACTTGTATTTGAAGAGGTTTGATTTGTAATTAGATATCACAACTTACTATGCGTG
TGATCGCTTCTCTATATATTGTGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E021TF U 1
AF RR1B344JQ C 300
BS 1 316 RR1E021TF
BS 317 317 RR1B344JQ
BS 318 486 RR1E021TF
BS 487 487 RR1B344JQ
BS 488 671 RR1E021TF
BS 672 987 RR1B344JQ

RD RR1E021TF 671 0 0
TTTTTTTGCTATCGTCGTCAAGAGCCCGAGAGAGAGAGAGAGAGGAATCGGTTGTGTGTT
GTCGAAGCTTCTTGGCTCTCTCTTCTCTTGTTAACGCGCTTATCTCATCTGCGATCTCTC
GTTGATCAGAGGATTTCCAGAGCTTCAGAGATCAACAATCATGGCCACCGCTGGAGGAAA
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TGTGCTTCGATTCGTTAAAGATCAGTTTGTTGAATTCCAGGAATCAACGATAGGTGCAGC
TTTCTTCTCTCAAACATTGGCTGTCAATGATGCAACTGTCAAGTTTGAGATTTGGGATAC
TGCTGGTCAGGAACGTTACCATAGCTTGGCTCCTATGTACTACCGGGGTGCTGCTGCTGC
CATTATTGTCTTTGACATTACTAATCAAGCCTCATTTGAGAGGGCTAAGAAATGGGTTCA
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AATCGCAAAAA

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DS 

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CC
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TTATTAGATGCAAGGAAAGTGTCTGCCGAGGAGGCAGAGTCGTACGCACAAGAGAACAGC
CTTTTCTTCATGGAAACCTCAGCTAAGACTGCAACAAATGTCAAAGACATCTTCTACGAA
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TCTTGGTTAGTCACTGTAGAAAGGAAACATCCAGTCTCTTTATGTGTTTTCTTCTTGTCT
TAACGTTGTCGCTTTGCTTTGCATTGTATATCAAGATGTTTCCGCTCTGTGGAAATCTAA
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GATCGCTTCTCTATATATTGTGCCCC

QA 3 688 3 688
DS 



AS 1 3

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CCGATCTCTTACCTATAAATAGAGATCTCCGGAGCTATGGTTTCCACAGATTCATCGCTC
CTCACTGCTCAAAATTTAGAAAACTTATTGCACTCGAACCGTCATAACCCGCCTACTTCG
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TGGACGATCAGGTTGTTGTTGTTTCACTTGAACTGTTTCGTCTTTGTTATTATTTCTTTT
TTTTAGTTTCAATACTGAGACTGTTTCATCCTTCTTATTACTTTGGTTTAATTTTATTCA
CAAATCTGCACATCCTGCAGTTATCTTTCATCCAAGCGTCTGTATCTGTTCATCGTCTGA
ACATGATGGAGCTTCTCGAGGAGGGAGCCATCGTCGCCATCCGACTTAACGAGTTTACGA
AGATGGACGAAGTGACTATTGTTGCAAACCATTCCATGCGTCTGACTCTACTATGTTTGT
GGGTTTTGATAGTGAGATGAACAAACTTGGGACCCTTTTATTGATTATCTCTCTCTCTCT
TCACCTCTCTCAGTAGAAGGTAGTATATATCTCTTGGAACCGGATTCATAATCACCACGA
GTTACGCCGGACCAGGATCCAGTGCCGCCGCTGCCAACAGAAGTTCTTGGACATCCCTAA
GTCTCTTACTCTTAG*TGGTTTGAAAGTGAAGAACCTTGTTACTGTTGATGTTTCGGATT
TGAAAGTGTCTGCGTTGTTCTTTGCTATTGATGGGTATGTGGTGACCAGGCCTGGTACCA
CTAAGACGAGCGTTGTTGGTATGTTGGCTGCTAGAGATGTGCAAGACAAAAAGTATAGGC
AGACCATTACAGCTGCAGGAATTGGTTTGTTTTTCCACATCTCTATTTACGTTTTTTGTT
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TTGCGTTGATTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F523TF U 13
AF RR1A869TF U 1
AF RR1A869JQ C 219
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TAG*TGGTTTGAA*GTGAAGAACCTTGT

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TTTTAGTTTCAATACTGAGACTGTTTCATCCTTCTTATTACTTTGGTTTAATTTTATTCA
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GGGTTTTGATAGTGAGATGAACAAACTTGGGACCCTTTTATTGATTATCTCTCTCTCTCT
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CTA

QA 1 843 1 843
DS 

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TACTTTGGTTTAATTTTATTCACAAATCTGCACATCCTGCAGTTATCTTTCATCCAAGCG
TCTGTATCTGTTCATCGTCTGAACATGATGGAGCTTCTCGAGGAGGGAGCCATCGTCGCC
ATCCGACTTAACGAGTTTACGAAGATGGACGAAGTGACTATTGTTGCAAACCATTCCATG
CGTCTGACTTTACTATGTTTGTGGGTTTTGATAGTGAGATGAACAAACTTGGGACCCTTT
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GTTACTGTTGATGTTTCGGATTTGAAAGTGTTTGCGTTGTTCTTTGCTATTGATGGGTAT
GTGGTGACCAGGCCTGGTACCACTAAGACGAGCGTTGTTGGTATGTTGGCTGCTAGAGAT
GTGCAAGACAAAAAGTATAGGCAGACCATTACAGCTGCAGGAATTGGTTTGTTTTTCCAC
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CTTTTAATTTGTTCAGTGTGTTTTGCGTTGATTACC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

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TCCTCTCCATCTCTCTATCTCTCTTCTTCCTTAAAGCAATGGATCGACAAGATTCCGATG
ACATCATGAAGTTTCTCGACGGCATGGCTAGCTCCGACGATGTTTTATTTGGTTTTCTCG
ACGGAGGAAACCATTCACCGGAGATTTACCATGACTCCGGTAATTTCACCGCCGGTGAAG
AATCCAATGCTGACAACGATGCAGCAGGTAGCAATTCAGAAGAGAACAAAACCTTTTGGC
TTGAACAAGAACAACTTCTCCAGGCGACACTGTATAGGACAAGTTCAATTGAGACAAAGA
TTCGACAAGCAACGAAACAAGCCTTGAAAGAAGTGAGATCAAACGGTACGAAATGTGTCT
GCCGAAAACCCGTGTCCAGCGGTTGCCGTAGCTGTCTACGCGGCGAAGTGTCTCGCCTTC
TCCGAGAGGCCGGATACGATTGCGTCAGCTGTAAATCCAAGTGGAGAAGTAATCATGAGA
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AGATGCGTGTGGTGATCGAGCTATCTTTCAGGGCTGAGTTCGAGATGGCGAGAGGTAGTG
ATGAGTACAAGCGACTCCTTGGAATATTACCGGAAGTGTACGTCGGGAAACAGAGAGGCT
GAGACACTAATAAAATATTGTGCACGGCGGCGAAAAGTGCATGAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E144TF U 9
AF RR1BK22TF U 1
BS 1 210 RR1BK22TF
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BS 685 768 RR1BK22TF

RD RR1E144TF 695 0 0
GGATACC
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TATCTCTCTTCTTCCTTAAAGCAATGGATCGACAAGATTCCGATGACATCATGAAGTTTC
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CACCGGAGATTTACCATGACTCCGGTAATTTCACCGCCGGTGAAGAATCCAATGCTGACA
ACGATGCAGCAGGTAGCAATTCCGAAGAGAACAAAACCTTTTGGCTTGAACAAGAACAAC
TTCTCCAGGCGACACTGTATAGGACAAGTTCAATTGAGACAAAGATTCGACAAGCAACGA
AACAAGCCTTGAAAGAAGTGAGATCAAACGGTACGAAATGTGTCTGCCGAAAACCCGTGT
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TCGAGCTATCTTTCAGGGCTGAGTTCGAGATGGCGAGAGGTAGTGATGAGTACAAGCGAC
TCCTTGGAATATTACCGGAAGTGTACGT

QA 8 695 8 695
DS 

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TCCTCTCCATCTCTCTATCTCTCTTCTTCCTTAAAGCAATGGATCGACAAGATTCCGATG
ACATCATGAAGTTTCTCGACGGCATGGCTAGCTCCGACGATGTTTTATTTGGTTTTCTCG
ACGGAGGAAACCATTCACCGGAGATTTACCCTGACTCCGGTAATTTCACCGCCGGTGAAG
AATCCGATGCTGACAACGATGCAGCCGGTAGCAATTCAGAAGAGAACAAAACCTTTTGGC
TTGAACAAGAACAACTTCTCCAGGCGACACTGTATAGGACAAGTTCAATTGAGACAAAGA
TTCGACAAGCAACGAAACAAGCCTTGAAAGAAGTGAGATCAAAGGGTACGAAATGTGTCT
GCCGAAAACCCGTGTCCAGCGGTTGCCGTAGCTGTCTACGCGGCGAAGTGTCTCGCCTTC
TCCGAGAGGCCGGATACGATTGCGTTAGCTGTAAATCCAAGTGGAGAAGTAATCATGGGA
TCCTTGCAGGTGAGCATGAATATTTGGAAATCGTGGACCTATCGGGATCGAAGAAAGTCG
AGATGCGTGTGGTGATCGAGCTATCTTTCAGGGCTGAGTTCGAGATGGCGAGGGGTAGTG
ATGAGTACAAGCGACTCGTTGGA*TATTACCGGAAGTGTACGTCGGGAAACAGAGAGGCT
GAGACACTAATAAAATATTGTGCACGGCGGCGAAAAGTGCATGAAGAC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

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CTCGCTCTTTCTTCCGACGACGGTGGTGCCACCGCCGCTGCCGGAGATTTGGTTTCATGC
GGTGCCGCCGCCTAGTTATGAGTTATCTACTGTTCGGGTGTTGGAACCTAGTTGAGAATT
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GTTGTCTGAACGGTGAATGAATGGACCAAACTTTGAAATTTTTTAATGCTTCAAGCTTTT
TCCTCTGTTTGTTTTTGGTATAAATGTCTCAGCTTTATGCTCATCACCGTGTCGTATGGA
ACTGATGAAATGACCGTTACATGAACG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AA35JQ C 1
AF RR1AA35TF U 1
BS 1 627 RR1AA35TF

RD RR1AA35JQ 627 0 0
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CAGAAGAAATCGACGGCTCATCACAGGAAGACGAGGCCGAAGAAGACGCAGCCTTGGGAC
ATTAAGAGGAAGCCCACCGTTTACGCTCCTCTTCCTCCTCTCCCTCCTGATTGGTCTCCT
CTCGCTCTTTCTTCCGACGACGGTGGTGCCACCGCCGCTGCCGGAGATTTGGTTTCATGC
GGTGCCGCCGCCTAGTTATGAGTTATCTACTGTTCGGGTGTTGGAACCTAGTTGAGAATT
TGTGTCTGTGTCTGTTAATGTGTTTCTGTTTCATGCTGTCTGTTTCTTCTTATGGACTTT
GTTGTCTGAACGGTGAATGAATGGACCAAACTTTGAAATTTTTTAATGCTTCAAGCTTTT
TCCTCTGTTTGTTTTTGGTATAAATGTCTCAGCTTTATGCTCATCACCGTGTCGTATGGA
ACTGATGAAATGACCGTTACATGAACG

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1AA35TF 627 0 0
GGATACTCAGTTTCACTGCAAGCAGAAAAGATAAGACGAAACGATATGTCTGTGTCAGCG
ATCTTTGGCACCGGAATCGCCACCGTCGCTTCATCTCCGGCTCTCCGTCAGTTCCAAATT
CCGAAATTGGGAAACGGAGGAGGAGGACTGGGGATGGTGATAGAGTGTTCGTCGAGGCCG
CAGAAGAAATCGACGGCTCATCACAGGAAGACGAGGCCGAAGAAGACGCAGCCTTGGGAC
ATTAAGAGGAAGCCCACCGTTTACGCTCCTCTTCCTCCTCTCCCTCCTGATTGGTCTCCT
CTCGCTCTTTCTTCCGACGACGGTGGTGCCACCGCCGCTGCCGGAGATTTGGTTTCATGC
GGTGCCGCCGCCTAGTTATGAGTTATCTACTGTTCGGGTGTTGGAACCTAGTTGAGAATT
TGTGTCTGTGTCTGTTAATGTGTTTCTGTTTCATGCTGTCTGTTTCTTCTTATGGACTTT
GTTGTCTGAACGGTGAATGAATGGACCAAACTTTGAAATTTTTTAATGCTTCAAGCTTTT
TCCTCTGTTTGTTTTTGGTATAAATGTCTCAGCTTTATGCTCATCACCGTGTCGTATGGA
ACTGATGAAATGACCGTTACATGAACG

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL3614Contig1 914 2 6 U
GCAAAAGACATCAAAATTTCAAAAGGACTAATCCTTAGTATGCACATGTACAAAAAAGTG
ATTTTGCCTCCAAGCTACAAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGGTATACAAAGAAAACTGCA
AATGATCACCATGAAAGCTAGAAGAAGGGGAATAACAGGTACTCTGCATAGAAGAGATTC
CATATAAATCGGTAATATCCTGCAATAGCTTCCTTTGTGTAGTTTGCTTTTTCTAGCACC
CATGTCTGGAAAATCAAGCATGAAGCCAAGATCATATGTGCAGGAATCATCAAGCTACCT
CTAAAAACCTGAGGCATGTAGAAAGCTAGTGATACAGCAGAAATATAGTTAACTAGCAGA
AGTCCGGAACCGAGGAATGCAATGTTCCTCACTCCAAGCTTTGTTGCTAGAGTTGATATT
TGGAACTTGCAATCTCCTTCAACATCAGGAAGATCTTTTGTGATAGCAATGACCAGTGCA
AACAATGTCACAAATGACGTTATGAAAGCCACAGGTGCACTCCACTGAAACGAAAGTCCA
AGGGCAGCTCTAGTAGCATGGTACACACCAAAATTAAGAAGGAAACCTCGTACCGTGGCA
ATAATAAGAAACGCTGCAACTGGAAACGCGCGATTCTATCAAGAACTGGATCGGAACCAG
CAGCACCTACCTGAGAACATGCCCTGATCGAGATTTTTCTGTAGTTAGTTGAAACAAATT
TGGACCGCATACATGAACTTGATAAGCTCGTGAAGCCAACATCTTGGGACCGGCTTAGAA
GCTTCCCAGCTAAATGCACAGAAGGCCGATGGTGATGATGAGAAGCTGCTAAGAAACGAG
GTGATACAGACGAGAACCGAAGAGAAGGTGGTTGAGAGATTGAGAGCTCCATTGATGCCA
CTAGCCACACACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F064JQ U 1
AF RR1C851TF C 262
BS 1 335 RR1F064JQ
BS 336 336 RR1C851TF
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BS 432 446 RR1F064JQ
BS 447 914 RR1C851TF

RD RR1F064JQ 446 0 0
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CATATAAATCGGTAATATCCTGCAATAGCTTCCTTTGTGTAGTTTGCTTTTTCTAGCACC
CATGTCTGGAAAATCAAGCATGAAGCCAAGATCATATGTGCAGGAATCATCAAGCTACCT
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DS 

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ATGAAAGCCACAGGTGCACTCCACTGAAACGAAAGTCCAAGGGCAGCTCTAGTAGCATGG
TACACACCAAAATTAAGAAGGAAACCTCGTACCGTGGCAATAATAAGAAACGCTGCAACT
GGAAACGCGCGATTCTATCAAGAACTGGATCGGAACCAGCAGCACCTACCTGAGAACATG
CCCTGATCGAGATTTTTCTGTAGTTAGTTGAAACAAATTTGGACCGCATACATGAACTTG
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AAGGCCGATGGTGATGATGAGAAGCTGCTAAGAAACGAGGTGATACAGACGAGAACCGAA
GAGAAGGTGGTTGAGAGATTGAGAGCTCCATTGATGCCACTAGCCACACACCC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 3

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CCAAAACATTTTGACTTATTACTCTCTCTCACACACACACAACCAATCTACGAGACTAAA
AGAGTTCCATGAAACATAGAAACTATTTCAATATACAAATATCCAAAACCATACATTCCA
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ACAATATATGTATCTTATTATGCCTTACTTGGCAAGGTAGGTATACTCTGCTCATTCCTG
AAGAAATTATCTGGATCCACAGCCGTTTTAATCTTCACTAACCGATCAAAGTTCTTACCA
AAATACATCCTT*CCATACACCTCTCCTTCCTTGTAACTATCCTCCCCATGATCATTCAC
CCC*AATATCCACATCACGGTAGTTAAAGTAAGCACCTCTAGGGTTCTTGCTCACAAACC
C*GGTCATGAAACTGTGAAGCACTCTGGCTTCGTTCAAGTAACCCTTCTCTAGCTCCGGA
GACGATTCTTTCCAGTTCACAGAGTACTGAATCTTGTAAAGCATGTTCCTGTGCGGGAAC
GGAGTCGCGTCCTCCGCTATCTCCGTCATTCTTCCACCGTAAGGGTTGAAAACGAGCCCG
ATCTTCCCTAACTCAATCATCTTATTGAACAGAGACTCTAACCCGTTTCTTGGAATCTCT
GTCTCCACGTAATCCGACTTCCTCTTCCCGGGGCTAGAGGAGTCGAGATTCCGATCAAGA
AACACTTTGGGATCGGTCTCAGTTGCGTTGACGCGATTGTCCCACCACAGAGCAGACTGG
AACCAAGTCATCTCCGTACAGTTCTCCTTCCTAAGAGCCAGCTCAGGAAGCTCTTTACTA
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GTCTTCTTCTTGCTCCTCGTCACCGGCTGAATCAGCATCCTCATGAACAGATTCTTGTCG
GTTTTAGGACCAACGAACTGCCACTTGTGAACCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY91JQ U 1
AF RR1AL54JQ U 161
AF RR1AL54TF C 220
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BS 639 1022 RR1AL54JQ
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RD RR1GY91JQ 639 0 0
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C

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1AL54JQ 862 0 0
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AAAACCATACATTCCATATTGCTTCACCAAAGCATTACATTAAAAGTAAAAACCAATCTT
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ATCAAAGTTCTTACCAAAATACATCCTT*CCATACACCTCTCCTTCCTTGTAACTATCCT
CCCCATGATCATTCACCCC*AATATCCACATCACGGTAGTTAAAGTAAGCACCTCTAGGG
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GTTTCTTGGAATCTCTGTCTCCACGTAATCCGACTTCCTCTTCCCGGGGCTAGAGGAGTC
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GAACAGATTCTTGTCGGT

QA 5 862 5 862
DS 

RD RR1AL54TF 836 0 0
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GGTATACTCTGCTCATTCCTGAAGAAATTATCTGGATCCACAGCCGTTTTAATCTTCACT
AACCGATCAAAGTTCTTACCAAAATACATCCTTTCCATACACCTCTCCTTCCTTGTAACT
ATCCTCCCCATGATCATTCACCCCCAATATCCACATCACGGTAGTTAAAGTAAGCACCTC
TAGGGTTCTTGCTCACAAACCCCGGTCATGAAACTGTGAAGCACTCTGGCTTCGTTCAAG
TAACCCTTCTCTAGCTCCGGAGACGATTCTTTCCAGTTCACAGAGTACTGAATCTTGTAA
AGCATGTTCCTGTGCGGGAACGGAGTCGCGTCCTCCGCTATCTCCGTCATTCTTCCACCG
TAAGGGTTGAAAACGAGCCCGATCTTCCCTAACTCAATCATCTTATTGAACAGAGACTCT
AACCCGTTTCTTGGAATCTCTGTCTCCACGTAATCCGACTTCCTCTTCCCGGGGCTAGAG
GAGTCGAGATTCCGATCAAGAAACACTTTGGGATCGGTCTCAGTTGCGTTGACGCGATTG
TCCCACCACAGAGCAGACTGGAACCAAGTCATCTCCGTACAGTTCTCCTTCCTAAGAGCC
AGCTCAGGAAGCTCTTTACTAAGCAGCGAAACGACGTCGTCTGCTTTCCCTAAGTACAGA
GCCACCACAGTGGCTCTCACCGTCTTCTTCTTGCTCCTCGTCACCGGCTGAATCAGCATC
CTCATGAACAGATTCTTGTCGGTTTTAGGACCAACGAACTGCCACTTGTGAACCAC

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 2

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ACGCGTCTTCCTAACCCATTGCCTCTTCTTCTGTATATTATCCACAGTTTATGTTTCTCT
CTCTCTCTCTCTGTGGTTCATAATCATAAAGTTCATTGCTTATTTCTTCGCGGCGTCGTC
TGTTTTAAGTTTTAACTCTTTGAGTTTCAATTCACACTGCTTCTAAGACTCGATCTCTTT
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GATAAGAAGCCATGGAGGCAGCGTCGCCTCTAAACACAAGCACGACTGGATCATACTAGT
GATCTTGGTGGCCATCGAGATCGGTCTGCAGCTCATATCTCCTTTCTACAGATACGTCGG
GAGAGATATGATGACCGATCTCAAATACCCTTTCAACGACAACACCGTCCCTATCTGGTC
GGTACCGATCTACGCTGTCCTTCTCCCGATCATAGTGTTCGTCTGCTTCTACATGAAGAG
AACGTGCGTCTACGATCTTCACCACAGCATTCTCGGACTGCTCTTCACGGTTTTGATAAC
CGGTATCATCACCGACTCCATCAAGCTCGCCACGGGACGCCCTCGTCCTAACTTCTACTG
GCGTTGCTTCCCTGACGGCAAAGAGTGTTCGACGCGTTGGGTGGTGTGATATGCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW71TF U 1
AF RR1EW15TF U 102
BS 1 502 RR1FW71TF
BS 503 503 RR1EW15TF
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RD RR1FW71TF 632 0 0
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CTCTCTCTCTCTGTGGTTCATAATCATAAAGTTCATTGCTTATTTCTTCGCGGCGTCGTC
TGTTTTAAGTTTTAACTCTTTGAGTTTCAATTCACACTGCTTCTAAGACTCGATCTCTTT
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GATAAGAAGCCATGGAGGCAGCGTCGCCTCTAAACACAAGCACGACTGGATCATACTAGT
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GAGAGATATGATGACCGATCTCGAATACCCTTTCAACGACAACACCGTCCCTATCTGGTC
GGTACCGATCTACGCTGTCCTTCTCCCGATCATAGTGTTCGTCTGCTTCTACATGAAGAG
AACGTGCGTCTACGATCTTCACCACAGCATTC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1EW15TF 675 0 0
GG
ACAGTTTATGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGGTTCATAATCATAAAGTTCATTGCTTAT
TTCTTCGCGGCGTCGTCTGTTTTAAGTTTTAACTCTTTGAGTTTCAATTCACACTGCTTC
TAAGACTCGATCTCTTTGCCTCATTATTCCCCAATGGTCTTTGGATCGTTCTTCTCTTCT
CTCAAGTTCTGGGGAAATTCTCAGGAACAAGAACCGCAGAGAGGGAGGATGCAGGAGATA
GATCTCAGCATTCACACGATAAGAAGCCATGGAGGCAGCGTCGCCTCTAAACACAAGCAC
GACTGGATCATACTAGTGATCTTGGTGGCCATCGAGATCGGTCTGCAGCTCATATCTCCT
TTCTACAGATACGTCGGGAGAGATATGATGACCGATCTCAAATACCCTTTCAACGACAAC
ACCGTCCCTATCTGGTCGGTACCGATCTACGCTGTCCTTCTCCCGATCATAGTGTTCGTC
TGCTTCTACATGAAGAGAACGTGCGTCTACGATCTTCACCACAGCATTCTCGGACTGCTC
TTCACGGTTTTGATAACCGGTATCATCACCGACTCCATCAAGCTCGCCACGGGACGCCCT
CGTCCTAACTTCTACTGGCGTTGCTTCCCTGACGGCAAAGAGTGTTCGACGCGTTGGGTG
GTGTGATATGCCA

QA 3 675 3 675
DS 



AS 1 3

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AAAAGAAAATGAACTATCCAATAAGACACAAGTCCGAAGCAAAGAAAAAGAAAAACTAAA
ACATGTATTCCTGTATTCTCTATAAATTCAGTGAGCTGAGTTCCTGACCTTTTATATCAA
AAAAAAAAAAAAAATCAAATCAATATCTAAACTGGTGCGGTCTGTTGCTGCTGCTCCTGA
ACCGCCTTGTAACATTCGAGGCTGCAGAGAGGAAGCTTAGTCTTTGAATCACGATACCTG
TAAGGATTGGTGCATGCAGGTCCCGCACAATTTTCTCGCGGAGGAGGATAACCGGAAGGT
TTGGGATCGAACAGGCTAGGCACTTTGTCAATGGGAAATGAAACAGTAGTTCCATTAGGA
CCCATTATTGTTCTGATGTAGCTTGTCGAAGCCCTTTCCTCGTGTGCAGCTTTCTCCTGT
GCCAATTCATCAAGTCGTTTCTTAACTTTGTCTTCACGCTTCTTCCTGCTCGAATCTTGG
CCTAGAATTTTTCTAATGGCCTCTGCCTCAGACTCCCTTGCAGCCTTCTCGATCTGAACT
TTTCGCTTTTGAGCAGCTTCTGCCTTCTTTAGTTGCTGCTCCATCTCTGAAAGATTCTCC
TTTTTCCTTCTCGATGTAGTAGGAGGTAATCCATCTGGAAACTCAATCGCGCTTGATTTG
CCAGATGCAGAAGCAAGGGCTCGTTGGCGACTAGTCAAAGTCGATTCCCTCTTAAC*TCA
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TCTTTGAAAGCCTTTTCAGATGCAGTTTTCTTCTTACCAGAATTTCCCCCATTAGATGGC
TTCAACTGTCTCTTCCCTGACTCAGTCTCTTCATTACACACTGAGACATTCCTATACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1C654JQ U 1
AF RR1DG43JQ U 63
AF RR1DG43TF C 302
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BS 797 814 RR1C654JQ
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AAAAAAAAAAAAAATCAAATCAATATCTAAACTGGTGCGGTCTGTTGCTGCTGCTCCTGA
ACCGCCTTGTAACATTCGAGGCTGCAGAGAGGAAGCTTAGTCTTTGAATCACGATACCTG
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CCTAAAATTTTTCTAATGGCCTCTGCCTCAAACTCCCTTGCAGCCTTCTCGATCTGAACT
TTTCGCTTTTGAGCAGCTTCTGCCTTCTTTAGTTGCTGCTCCATCTCTGAAAGATTCTCC
TTTTTCCTTCTCGATGTAGTAGGAGGTAATCCATCTGGAAACTCAATCGCGCTTGATTTG
CCAGATGCAGAAGCAAGGGCTCGTTGGCGACTAGTCAAAGTCGAT*CCCTCTTAACCTCA
TTACCAATCTCCTTT*CATCAGCCACCGGATCGA

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DS 

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ATGTATTCCTGTATTCTCTATAAATTCAGTGAGCTGAGTTCCTGACCTTTTATATCAAAA
AAAAAAAAAAA*TCAAATCAGTATCTAAACTGGTGCGGTCTGTTGCTGCTGCTCCTGAAC
CGCCTTGTAACATTCGAGGCTGCAGAGAGGAAGCTTAGTCTTTGAATCACGATACCTGTA
AGGATTGGTGCATGCAGGTCCCGCACAATTTTCTCGCGGAGGAGGATAACCGGAAGGTTT
GGGATCGAACAGGCTAGGCACTTTGTCAATGGGAAATGAAACAGTAGTTCCATTAGGACC
CATTATTGTTCTGATGTAGCTTGTCGAAGCCCTTTCCTCGTGTGCAGCTTTCTCCTGTGC
CAATTCATCAAGTCGTTTCTTAACTTTGTCTTCACGCTTCTTCCTGCTCGAATCTTGGCC
TAGAATTTTTCTAATGGCCTCTGCCTCAGACTCCCTTGCAGCCTTCTCGATCTGAACTTT
TCGCTTTTGAGCAGCTTCTGCCTTCTTTAGTTGCTGCTCCATCTCTGAAAGATTCTCCTT
TTTCCTTCTCGATGTAGTAGGAGGTAATCCATCTGGAAACTCAATCGCGCTTGATTTGCC
AGATGCAGAAGCAAGGGCTCGTTGGCGACTAGTCAAAGTCGATTCCCTCTTAAC*TCATT
ACCAATCTCCTTT
TC

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DS 

RD RR1DG43TF 658 0 0
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CCATTATTGTTCTGATGTAGCTTGTCGAAGCCCTTTCCTCGTGTGCAGCTTTCTCCTGTG
CCAATTCATCAAGTCGTTTCTTAACTTTGTCTTCACGCTTCTTCCTGCTCGAATCTTGGC
CTAGAATTTTTCTAATGGCCTCTGCCTCAGACTCCCTTGCAGCCTTCTCGATCTGAACTT
TTCGCTTTTGAGCAGCTTCTGCCTTCTTTAGTTGCTGCTCCATCTCTGAAAGATTCTCCT
TTTTCCTTCTCGATGTAGTAGGAGGTAATCCATCTGGAAACTCAATCGCGCTTGATTTGC
CAGATGCAGAAGCAAGGGCTCGTTGGCGACTAGTCAAAGTCGATTCCCTCTTAAC*TCAT
TACCAATCTCCTTTTCATCAGCCACCGGATCGAGTTCCTCCTCCTCCTCATAATCCATCT
CTTTGAAAGCCTTTTCAGATGCAGTTTTCTTCTTACCAGAATTTCCCCCATTAGATGGCT
TCAACTGTCTCTTCCCTGACTCAGTCTCTTCATTACACACTGAGACATTCCTATACTC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 3

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TGGGAACAGAGATACTTCAAAGGGGTTATTCATGCTAGCTATATACAGAGATATACATAT
GACATTCGTTTGCACAAATTATTGATTAGCCCCAACCTCTTTAAAGAGGGAAGGAGTCAT
CGTGGCCGTCAACACCGCCATCATCATCAGTATCGTCGCCCATCTGGAAGAGATTGAATC
CCCCAACATCCCACTTTGCATCTTTGTAGTTGGAAGTAGAGCTCACATAATACTTCACCT
CATGAAACAAGTTCAGATTATCCACCAGCTTATGGAACACATTGCATCCACAACACTGCA
CGAAGACGGTGCCGTCAGTGTAAGCACGTGGATTTATGGCTCGTGTAGTTCTCTGTCCAC
AAACGTTGCAAGTGAAGGCGACGCGCATACGCCTACGAGGCGATTTCGTGAATAGTGACC
AAGGAAATGTTGAAACCGTCTCCGCATCGGCCTTGGCCGGAAGAGACGGCCCCTCCATCC
CGGAACTGGTGGTCCAGCCTCTGACCGAGGCGGCGCTCAAGACCAATCCCATGGCCTCAT
CATTCGAGAGAGTTCGATTTTGGAATAGAGGAACGAAGCTCAATGAATCCGATTCGGATT
TGGGATCATAATCTTTGTCGTCCTTCATCGAAAGCCGGACGATTCTCGGAAAAGATGAGT
ATGTTCTCTTCTTCGGAGAGAAGATGGATAGCGACGAAGATGAGGAAGAGACGATGGTGG
CCGCAGAGCTTAGGGCGGTAGCTTCCATGGTTGATCTTTGAGCTAACAGAGAAGCAGATT
TTGTTTTTTTCCTTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DF23TF U 1
AF RR1B411JQ U 16
AF RR1B411TF C 123
BS 1 64 RR1DF23TF
BS 65 65 RR1B411JQ
BS 66 83 RR1DF23TF
BS 84 84 RR1B411JQ
BS 85 193 RR1DF23TF
BS 194 194 RR1B411JQ
BS 195 346 RR1DF23TF
BS 347 794 RR1B411JQ
BS 795 795 RR1B411TF
BS 796 844 RR1B411JQ
BS 845 860 RR1B411TF

RD RR1DF23TF 346 0 0
GGACAAGGAAGCAATGCCGGATTCTTAACATTGACATATATATGACCAATTTATTATTAA
TGGGGACAGAGATACTTCAAAGGTGTTATTCATGCTAGCTATATACAGAGATATACATAT
GACATTCGTTTGCACAAATTATTGATTAGCCCCAACCTCTTTAAAGAGGGAAGGAGTCAT
CGTGGCCGTCAACGCCGCCATCATCATCAGTATCGTCGCCCATCTGGAAGAGATTGAATC
CCCCAACATCCCACTTTGCATCTTTGTAGTTGGAAGTAGAGCTCACATAATACTTCACCT
CATGAAACAAGTTCAGATTATCCACCAGCTTATGGAACACATTGCA

QA 1 346 1 346
DS 

RD RR1B411JQ 829 0 0
GT
CGGATTCTTAACATTGACATATATATGACCAATTTATTATTAATGGGAACAGAGATACTT
CAAAGGGGTTATTCATGCTAGCTATATACAGAGATATACATATGACATTCGTTTGCACAA
ATTATTGATTAGCCCCAACCTCTTTAAAGAGGGAAGGAGTCATCGTGGCCGTCAACACCG
CCATCATCATCAGTATCGTCGCCCATCTGGAAGAGATTGAATCCCCCAACATCCCACTTT
GCATCTTTGTAGTTGGAAGTAGAGCTCACATAATACTTCACCTCATGAAACAAGTTCAGA
TTATCCACCAGCTTATGGAACACATTGCATCCACAACACTGCACGAAGACGGTGCCGTCA
GTGTAAGCACGTGGATTTATGGCTCGTGTAGTTCTCTGTCCACAAACGTTGCAAGTGAAG
GCGACGCGCATACGCCTACGAGGCGATTTCGTGAATAGTGACCAAGGAAATGTTGAAACC
GTCTCCGCATCGGCCTTGGCCGGAAGAGACGGCCCCTCCATCCCGGAACTGGTGGTCCAG
CCTCTGACCGAGGCGGCGCTCAAGACCAATCCCATGGCCTCATCATTCGAGAGAGTTCGA
TTTTGGAATAGAGGAACGAAGCTCAATGAATCCGATTCGGATTTGGGATCATAATCTTTG
TCGTCCTTCATCGAAAGCCGGACGATTCTCGGAAAAGATGAGTATGTTCTCTTCTTCGGA
GAGAAGATGGATAGCGACGAAGATGAGGAAGAGACGATGGTGGCCGCAGAGCTTAGG*CG
GTAGCTTCCATGGTTGATCTTTGAGCTAACAGAGAAGCAGATTTTGT

QA 3 829 3 829
DS 

RD RR1B411TF 738 0 0
CATTCGTTTGCACAAATTATTGATTAGCCCCAACCTCTTTAAAGAGGGAAGGAGTCATCG
TGGCCGTCAACACCGCCATCATCATCAGTATCGTCGCCCATCTGGAAGAGATTGAATCCC
CCAACATCCCACTTTGCATCTTTGTAGTTGGAAGTAGAGCTCACATAATACTTCACCTCA
TGAAACAAGTTCAGATTATCCACCAGCTTATGGAACACATTGCATCCACAACACTGCACG
AAGACGGTGCCGTCAGTGTAAGCACGTGGATTTATGGCTCGTGTAGTTCTCTGTCCACAA
ACGTTGCAAGTGAAGGCGACGCGCATACGCCTACGAGGCGATTTCGTGAATAGTGACCAA
GGAAATGTTGAAACCGTCTCCGCATCGGCCTTGGCCGGAAGAGACGGCCCCTCCATCCCG
GAACTGGTGGTCCAGCCTCTGACCGAGGCGGCGCTCAAGACCAATCCCATGGCCTCATCA
TTCGAGAGAGTTCGATTTTGGAATAGAGGAACGAAGCTCAATGAATCCGATTCGGATTTG
GGATCATAATCTTTGTCGTCCTTCATCGAAAGCCGGACGATTCTCGGAAAAGATGAGTAT
GTTCTCTTCTTCGGAGAGAAGATGGATAGCGACGAAGATGAGGAAGAGACGATGGTGGCC
GCAGAGCTTAGGGCGGTAGCTTCCATGGTTGATCTTTGAGCTAACAGAGAAGCAGATTTT
GTTTTTTTCCTTCTTTCC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 3

CO CL3619Contig1 994 3 4 U
GGGAACTCACTTCCACCATGTCTGCAGCACTGAGCTCGTCTCTCTACATCTCCCCAAAGA
AACCTTCACCATGTCCACCACACCAATCTCTATCCACGAAACCCACAACCATCAAAACCA
CTCTCCACAGCCACCCTCTCTTCTCCGTAGCCGACCAAGCCGTAACCCTCCAAATGAAAG
AGAAGATCCTATGCCTCGAGCTCATGGGAATCGACTCCGGCAAAGCCCTCTCTCTCAACC
CTTTCCTCCGCTCGGCCTCTCTCGACTCCGTCGAGTCCGTCCTCAACTTCCTCCAGTCAA
AAGGAATCTACCCGAACGACCTCCCGAGGATCTTGGGGATGTGTCCTAAGATCCTCACTT
CCGACGTCAGAACAGAACTCAACCCTGTTTTCGTGTTCCTGTCGAGTGATCTCCGCGTCC
CCGATAATGCGTTCAGAAGAGTGGTCAAGAAATGCCCGAGGCTACTGATCAGCAGCGTGG
AGGACCAGCTCAAGCCTGCGCTGTTCTACCTGCAGAGACTTGGTTTCAAGGATCTTGATG
CCCTTGCTTACCAGGATCCAGTCTTGTTGGTGTCTAGTGTTGAACACACTCTCATCCCAA
AGCTTAGATTCTTGGAGAGTATAGGGTTTACGAGATCAGAGGCGATTGGAATGATCCTTA
GATGTCCAGCTCTGTTCACATTCAGCATAGAGAACAACTTTAAACCGAAGCTCGATTACT
TCATGCGCGAGATCAAAGGTAGACTGGAGAATCTGAAGGAGTTTCCGCAGTATTTTGCGT
TCAGTCTAGAGAAAAGGATAAAGCCTAGGCACCTGGAGTCGATGGAGAGAGGTTTGGAAT
TGCCGTTGTCGTTGATGCTTAAGAGCACTGATGAGGAGTTTGAGCAATTGCTCCAGCAAA
CAAAGCACTCTTCAGTGGTAAACGTGTAATCTTATTGTTGTATATGGTGGGGAAGTGTTA
CAGTGTGTATTAATAGTATTTTGACATTGTTCCG


BQ
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AF RR1F727TF U 7
AF RR1CU88TF U 1
AF RR1CU88JQ C 335
BS 1 100 RR1CU88TF
BS 101 101 RR1F727TF
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BS 653 994 RR1CU88JQ

RD RR1F727TF 499 0 0
GG
ACTTCCACCATGTCTGCAGCACTGAGCTCGTCTCTCTACATCTCCCCAAAGAAACCTTCA
CCATGTCCACCACACCAATCTCTATCCACGAAACCCACAACCATCAAAACCACTCTCCAC
AGCCACCCTCTCTTCTCCGTAGCCGACCAAGCCGTAACCCTCCAAATGAAAGAGAAGATC
CTATGCCTCGAGCTCATGGGAATCGACTCCGGCAAAGCCCTCTCTCTCAACCCTTTCCTC
CGCTCGGCCTCTCTCGACTCCGTCGAGTCCGTCCTCAACTTCCTCCAGTCAAAAGGAATC
TACCCGAACGACCTCCCGAGGATCTTGGGGATGTGTCCTAAGATCCTCACTTCCGACGTC
AGAACAGAACTCAACCCTGTTTTCGTGTTCCTGTCGAGTGATCTCCGCGTCCCCGATAAT
GCGTTCAGAAGAGTGGTCAAGAAATGCCCGAGGCTACTGATCAGCAGCGTGGAGGACCAG
CTCAAGCCTGCGCTGTT

QA 3 499 3 499
DS 

RD RR1CU88TF 652 0 0
GGGAACTCACTTCCACCATGTCTGCAGCACTGAGCTCGTCTCTCTACATCTCCCCAAAGA
AACCTTCACCATGTCCACCACACCAATCTCTATCCACGAAGCCCACAACCATCAAAACCA
CTCTCCACAGCCACCCTCTCTTCTCCGTAGCCGACCAAGCCGTAACCCTCCAAATGAAAG
AGAAGATCCTATGCCTCGAGCTCATGGGAATCGACTCCGGCAAAGCCCTCTCTCTCAACC
CTTTCCTCCGCTCGGCCTCTCTCGACTCCGTCGAGTCCGTCCTCAACTTCCTCCAGTCAA
AAGGAATCTACCCGAACGACCTCCCGAGGATCTTGGGGATGTGTCCTAAGATCCTCACTT
CCGACGTCAGAACAGAACTCAACCCTGTTTTCGTGTTCCTGTCGAGTGATCTCCGCGTCC
CCGATAATGCGTTCAGAAGAGTGGTCAAGAAATGCCCGAGGCTACTGATCAGCAGCGTGG
AGGACCAGCTCAAGCCTGCGCTGTTCTACCTGCAGAGACTTGGTTTCAAGGATCTTGATG
CCCTTGCTTACCAGGATCCAGTCTTGTTGGTGTCTAGTGTTGAACACACTCTCATCCCAA
AGCTTAGATTCTTGGAGAGTATAGGGTTTACGAGATCAGAGGCGATTGGAAT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1CU88JQ 660 0 0
GGGGATGTGTCCTAAGATCCTCACTTCCGACGTCAGAACAGAACTCAACCCTGTTTTCGT
GTTCCTGTCGAGTGATCTCCGCGTCCCCGATAATGCGTTCAGAAGAGTGGTCAAGAAATG
CCCGAGGCTACTGATCAGCAGCGTGGAGGACCAGCTCAAGCCTGCGCTGTTCTACCTGCA
GAGACTTGGTTTCAAGGATCTTGATGCCCTTGCTTACCAGGATCCAGTCTTGTTGGTGTC
TAGTGTTGAACACACTCTCATCCCAAAGCTTAGATTCTTGGAGAGTATAGGGTTTACGAG
ATCAGAGGCGATTGGAATGATCCTTAGATGTCCAGCTCTGTTCACATTCAGCATAGAGAA
CAACTTTAAACCGAAGCTCGATTACTTCATGCGCGAGATCAAAGGTAGACTGGAGAATCT
GAAGGAGTTTCCGCAGTATTTTGCGTTCAGTCTAGAGAAAAGGATAAAGCCTAGGCACCT
GGAGTCGATGGAGAGAGGTTTGGAATTGCCGTTGTCGTTGATGCTTAAGAGCACTGATGA
GGAGTTTGAGCAATTGCTCCAGCAAACAAAGCACTCTTCAGTGGTAAACGTGTAATCTTA
TTGTTGTATATGGTGGGGAAGTGTTACAGTGTGTATTAATAGTATTTTGACATTGTTCCG

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 3

CO CL3620Contig1 1147 3 7 U
TTTTTTCTTATTATTCTTTTCAATTTATTTATCTGTGTTCATTAGATCTCTCTGCTATGT
CATCGTCTTTCCGATTCAGATCGTCGGAGTTCAGCTCTCGATCCACGGATAGGCCTCGTA
TCGGCATGGATCTAGTGGCTTCGGTTTGATTCATGCCAGAAGACGTATCGTAGCTGCTGA
GAGATCTCTCAGGATCGGTCGAATAGCTGATCTGATCTCCGATCGCGAGGCTCCTCGTTG
GATCTGTGATTTGCGTCTCGGAGATGATGAATCCGATTGGCAAGGAGGAGCGACTGGAGA
AGAGAGAAGAGGAGGGAAGATATGTGAAATGATATGAGTATTGAAGGATGTATGAGATGT
TTGTTAAGGACGATACAGCCTTTCTGATGAGAGAGGGCTTGAGTTCTGAATTAGCATCTT
TGTCATCCGACCTTTGCCATGACAGGTGCGCTTGCATGGCAGGTCACAAAAAGTTCCTTA
ATAAAAAAAA*TAGTTTCGTGTTGTTGTGAGGGGAGTTCGCACGGGGAACATATTTTTTT
AAGCCCGGGTTCTCCCCTCACCTTTGTGTCTTTGCATCTCGCTCTCTCTCACACACTCAC
TGATTCCTTTTGATCTCAAATTCACCAAAATATCTCGATACAGACATATTTTGAATGAAT
CCAGATCTTACTATTGAGCAGATCTGGAGTCAAACGCACGGCCTAATCCAACATACTCCA
TGGAGACACAGAGGTACTTTTAAATTTTAGTTTCAATTCTCCCATCCAGCTGTTTAATCC
TACAACATAACATATCTAACCAACCGTCTTTAATTTTTTCATGGACAAAAAAAGATTATT
ACTATTCAGAATTGAATTATTATTAATTAGGCTTTTGTAACAAAGAAATCATATATTGCA
TCTATATTTATATCACTTTACCATTACCTCGGCTCACTATTGATTTGAATTTGAAATTAC
TTATTACTTTCGTCTATAATAACATGTGATTTACAAGGTGTATATACCTAGGTAAAATTT
GTTTGGGACAACAATTTGTACGCATTTTTATAGTGTATTGTATCTTGTTACATTTCTACC
AATCTGTAAGCATACTGTAATGTATCATGTATGTTTTTTAGTGTTGCAAATGGCTTTGAA
GACCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1EU04TF U 1
AF RR1BR82TF U 42
AF RR1EU04JQ C 437
BS 1 302 RR1EU04TF
BS 303 303 RR1BR82TF
BS 304 730 RR1EU04TF
BS 731 768 RR1BR82TF
BS 769 769 RR1EU04JQ
BS 770 817 RR1BR82TF
BS 818 1147 RR1EU04JQ

RD RR1EU04TF 730 0 0
TTTTTTCTTATTATTCTTTTCAATTTATTTATCTGTGTTCATTAGATCTCTCTGCTATGT
CATCGTCTTTCCGATTCAGATCGTCGGAGTTCAGCTCTCGATCCACGGATAGGCCTCGTA
TCGGCATGGATCTAGTGGCTTCGGTTTGATTCATGCCAGAAGACGTATCGTAGCTGCTGA
GAGATCTCTCAGGATCGGTCGAATAGCTGATCTGATCTCCGATCGCGAGGCTCCTCGTTG
GATCTGTGATTTGCGTCTCGGAGATGATGAATCCGATTGGCAAGGAGGAGCGACTGGAGA
AGGGAGAAGAGGAGGGAAGATATGTGAAATGATATGAGTATTGAAGGATGTATGAGATGT
TTGTTAAGGACGATACAGCCTTTCTGATGAGAGAGGGCTTGAGTTCTGAATTAGCATCTT
TGTCATCCGACCTTTGCCATGACAGGTGCGCTTGCATGGCAGGTCACAAAAAGTTCCTTA
ATAAAAAAAA*TAGTTTCGTGTTGTTGTGAGGGGAGTTCGCACGGGGAACATATTTTTTT
AAGCCCGGGTTCTCCCCTCACCTTTGTGTCTTTGCATCTCGCTCTCTCTCACACACTCAC
TGATTCCTTTTGATCTCAAATTCACCAAAATATCTCGATACAGACATATTTTGAATGAAT
CCAGATCTTACTATTGAGCAGATCTGGAGTCAAACGCACGGCCTAATCCAACATACTCCA
TGGAGACACA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1BR82TF 777 0 0
GG
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CGCGAGGCTCCTCGTTGGATCTGTGATTTGCGTCTCGGAGATGATGAATCCGATTGGCAA
GGAGGAGCGACTGGAGAAGAGAGAAGAGGAGGGAAGATATGTGAAATGATATGAGTATTG
AAGGATGTATGAGATGTTTGTTAAGGACGATACAGCCTTTCTGATGAGAGAGGGCTTGAG
TTCTGAATTAGCATCTTTGTCATCCGACCTTTGCCATGACAGGTGCGCTTGCATGGCAGG
TCACAAAAAGTTCCTTAATAAAAAAAAATAGTTTCGTGTTGTTGTGAGGGGAGTTCGCAC
GGGGAACATATTTTTTTAAGCCCGGGTTCTCCCCTCACCTTTGTGTCTTTGCATCTCGCT
CTCTCTCACACACTCACTGATTCCTTTTGACCTCAAATTCACCAAAATATCTCGATACAG
ACATATTTTGAATGAATCCAGATCTTACTATTGAGCAGATCTGGAGTCAAACGCACGGCC
TAATCCAACATACTCCATGGAGACACAGAGGTACTTTTAAATTTTAGTTTCAATTCTCCC
ATCCATCTGTTTAATCCTACAACATAACATATCTAACCAACCGTCTTTAATTTT
C

QA 3 776 3 776
DS 

RD RR1EU04JQ 711 0 0
CCATGACAGGTGCGCTTGCATGGCAGGTCACAAAAAGTTCCTTAATAAAAAAA**TAGTT
TCGTGTTGTTGTGAGGGGAGTTCGCACGGGGAACATATTTTTT*AAGCCCGGGTTCTCCC
CTCACCTTTGTGTCTTTGCATCTCGCTCTCTCTCACACACTCACTGATTCCTTTTGATCT
CAAATTCACCAAAATATCTCGATACAGACATATTTTGAATGAATCCAGATCTTACTATTG
AGCAGATCTGGAGTCAAACGCACGGCCTAATCCAACATACTCCATGGAGACACAGAGGTA
CTTTTAAATTTTAGTTTCAATTCTCCCATTCAGCTGTTTAATCCTACAACATAACATATC
TAACCAACCGTCTTTAATTTTTTCATGGACAAAAAAAGATTATTACTATTCAGAATTGAA
TTATTATTAATTAGGCTTTTGTAACAAAGAAATCATATATTGCATCTATATTTATATCAC
TTTACCATTACCTCGGCTCACTATTGATTTGAATTTGAAATTACTTATTACTTTCGTCTA
TAATAACATGTGATTTACAAGGTGTATATACCTAGGTAAAATTTGTTTGGGACAACAATT
TGTACGCATTTTTATAGTGTATTGTATCTTGTTACATTTCTACCAATCTGTAAGCATACT
GTAATGTATCATGTATGTTTTTTAGTGTTGCAAATGGCTTTGAAGACCTTT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 3

CO CL3621Contig1 597 3 4 U
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CATCGACGTAGATCCGTCTCTTAGTCTCCGTTGAAATATGGCCAAGTCTTGCAAGGGTCT
TGCTGAAGAGCTTGTCAAGTGTCTCAGTGAATCGATGTGTGTTAAGGAGGAGAAACGGTC
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TTCACCTTTTTAAATTGTCTTCTTTCTGGTTTCTGCACGATGCTAAAGGTGGGAATGCAG
GGACTCACAATACTTGCCATGTCAATATCAAGTTAGGCTTGTCCCAAATACTCAACTTGA
TTTCTTTTCCTTTCATAAAAGCTGGTATTTCATTTCATCGGACCGGATGCACTTGAATGT
CTTCCTTCATGTAGCTTAAAGAAAGAGAAACAATGTAAACGAACGATGCTTTCTTCC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F662TF U 1
AF RR1AR31TF U 3
AF RR1F662JQ C 1
BS 1 3 RR1F662JQ
BS 4 500 RR1F662TF
BS 501 516 RR1AR31TF
BS 517 597 RR1F662JQ

RD RR1F662TF 500 0 0
GGA
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CGACGTAGATCCGTCTCTTAGTCTCCGTTGAAATATGGCCAAGTCTTGCAAGGGTCTTGC
TGAAGAGCTTGTCAAGTGTCTCAGTGAATCGATGTGTGTTAAGGAGGAGAAACGGTCAAT
TAGGGACTGCGCGGGTGAGAAAAGCCCATGTATACCGAGTGAATGTGTTGGCCTACGCGA
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GGGTTACTAACAGAAGACATGTACTGAGCACCTGCTTGCTTGTTCAATACCGCATTTTTC
ACCTTTTTAAATTGTCTTCTTTCTGGTTTCTGCACGATGCTAAAGGTGGGAATGCAGGGA
CTCACAATACTTGCCATGTCAATATCAAGTTAGGCTTGTCCCAAATACTCAACTTGATTT
CTTTTCCTTTCATAAAA

QA 4 500 4 500
DS 

RD RR1AR31TF 515 0 0
G
GAACCCAGTCATTCTTCCGCAAAGCCAAAACTGAACTGAAGAACCCTTGGGGGTCTTCAT
CGACGTAGATCCGTCTCTTAGTCTCCGTTGAAATATGGCCAAGTCTTGCAAGGGTCTTGC
TGAAGAGCTTGTCAAGTGTCTCAGTGAATCGATGTGTGTTAAGGAGGAGAAACGGTCAAT
TAGGGACTGCGCGGGTGAGAAAAGCCCATGTATACCGAGTGAATGTGTTGGCCTACGCGA
AACCTACTTCAATTGTAAAAGAGGACAGGTAGACATGAGAGCCAGGATTCGAGGAAACAA
GGGTTACTAACAGAAGACATGTACTGAGCACCTGCTTGCTTGTTCAATACCGCATTTTTC
ACCTTTTTAAATTGTCTTCTTTCTGGTTTCTGCACGATGCTAAAGGTGGGAATGCAGGGA
CTCACAATACTTGCCATGTCAATATCAAGTTAGGCTTGTCCCAAATACTCAACTTGATTT
CTTTTCCTTTCATAAAAGCTGGTATTTCATTTC
C

QA 2 514 2 514
DS 

RD RR1F662JQ 597 0 0
GGAGAACCCAGTCATTCTTCCGCAAAGCCAAAACTGAACTGAAGAACCCTTGGGGGTCTT
CATCGACGTAGATCCGTCTCTTAGTCTCCGTTGAAATATGGCCAAGTCTTGCAAGGGTCT
TGCTGAAGAGCTTGTCAAGTGTCTCAGTGAATCGATGTGTGTTAAGGAGGAGAAACGGTC
AATTAGGGACTGCGCGGGTGAGAAAAGCCCATGTATACCGAGTGAATGTGTTGGCCTACG
CGAAACCTACTTCAATTGTAAAAGAGGACAGGTAGACATGAGAGCCAGGATTCGAGGAAA
CAAGGGTTACTAACAGAAGACATGTACTGAGCACCTGCTTGCTTGTTCAATACCGCATTT
TTCACCTTTTTAAATTGTCTTCTTTCTGGTTTCTGCACGATGCTAAAGGTGGGAATGCAG
GGACTCACAATACTTGCCATGTCAATATCAAGTTAGGCTTGTCCCAAATACTCAACTTGA
TTTCTTTTCCTTTCATAAAAGCTGGTATTTCATTTCATCGGACCGGATGCACTTGAATGT
CTTCCTTCATGTAGCTTAAAGAAAGAGAAACAATGTAAACGAACGATGCTTTCTTCC

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 3

CO CL3622Contig1 753 3 4 U
GGACACAAAAGAATGGCAGCTCTAGCATCAAACCCTCAGATGTTAACGAGACAAGGTCAC
AGTAATTACAAAAAGGAACAATTCTGGAGGAAAGAGAGTTTGAATACGGAGAAGAAGTGT
GGGTTTTTCTGTGTGAA*GGTTTACAATCATGAAAAGCTTGGGAGGTCACAAGTAGAAAA
GGAGTGGAGGTTAAAAGCTTTTTGGTCAAACGTATCACAGCCTGAGACTGTGGAGATGGT
ACCCATCAATGACGTTGATGAGCTTGAAGCTGTTCTCTCTGACGCACGCAACCTCTCTCA
GCCTATCATCATCGAATGGATGGCTTCTTGGTGTCGGAAATGTATTTACTTGAAGCCTAA
GTTGGAGAAACTGGCAGCGGAATATAATAACCGAACGAAGTTCTACTACGTGGATGTGAA
CAAAGTCCCTCAAACTTTGGTGAAGCGTGGCAACATCTCGAAAATGCCCACCATTCAGTT
GTGGAAGGAAGGGGAGATGCAAGAGGAAGTGATAGGAGGTCACAAAGGATGGCTTGTTAT
TGAAGAAGTCAGAGAATTGATCAATAAATATGTCTGATTCTCTTTTTTTTTTTCTTCTCT
TCCTCATCTTTTCTGTTAATTTGTACAGTAGCTTTTAAATTTTGCATTTTTTGATATTTG
AGACATAGAGAATGGAGAAAGAGAACTAAATATGATAAGCTGTGTTTTTAGTTTTCAACA
GTTTGTTTGCGAATAGATGACATACAAGACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ72TF U 34
AF RR1C038TF U 1
AF RR1FZ72JQ C 48
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BS 594 690 RR1C038TF
BS 691 753 RR1FZ72JQ

RD RR1FZ72TF 255 0 0
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TCTCTCTGACGCACG

QA 1 255 1 255
DS 

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TGAAGAAGTCAGAGAATTGATCAATAAATATGTCTGATTCTCTTTTTTTTTT*CTTCTCT
TCCTCATCTTTTCTGTTAATTTGTACAGTAGCTTTTAAATTTTGCATTTTTTGATATTTG
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QA 1 690 1 690
DS 

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GGAGAAGAAGTGTGGGTTTTTCTGTGTGAAAGGTTTACAATCATGAAAAGCTTGGGAGGT
CACAAGTAGAAAAGGAGTGGAGGTTAAAAGCTTTTTGGTCAAACGTATCACAGCCTGAGA
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GCAACCTCTTTCAGCCTATCATCATCGAATGGATGGCTTCTTGGTGTCGGAAATGTATTT
ACTTGAAGCCTAAGTTGGAGAAACTGGCAGCGGAATATAATAACCGAACGAAGTTCTACT
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TTTTTTCTTCTCTTCCTCATCTTTTCTGTTAATTTGTACAGTAGCTTTTAAATTTTGCAT
TTTTTGATATTTGAGACATAGAGAATGGAGAAAGAGAACTAAATATGATAAGCTGTGTTT
TTAGTTTTCAACAGTTTGTTTGCGAATAGATGACATACAAGACAGC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 3

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CGATCCGTCACCGCCGCATCCTCCAAATCGGCGACGGCTCTTGCCTTTTCAACGGAGCTT
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CCGCCGCAGACTCCTTCTTCCTTCATGAAGCCTCGTCCGTCGACCGCCTCTTCGATCCCG
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ACAATCGCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACCGACATAAAGAAA
TACTTCGTGAGCAGTGGTTTCGCGTTTCTCCACGCAAACTCCGTCGCTGACATCGTAGCG
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CTCTCTCTTTAAAACAAAATCATTTGGGTTTACAAATGATTAATGAAAATTCCCTCTCTC
TTTTTTACTACAACAAAGGATGATTTTTCCTTGTTTTAACTGTGTTGGAGTTTGTTTGAA
TAATAAAAGAATTTGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY46TF U 1
AF RR1BL05TF U 5
AF RR1GY46JQ C 6
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RD RR1GY46TF 671 0 0
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TACTTCGTGAGCAGTGGTTTCGCGTTTCTCCACGCAAACTCCGTCGCTGACATCGTAGCG
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TTCACACAGAAACTTGCTTCTGCCACAACGGACCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATTGGG
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CTCTCTCTT
AA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1BL05TF 761 0 0
GG
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ACTACAACAAAG*ATGATTTTTCCTTGTTTTA
CTGTGTT

QA 3 754 3 754
DS 

RD RR1GY46JQ 793 0 0
T
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GTCACCGCCGCATCCTCCAAATCGGCGACGGCTCTTGCCTTTTCAACGGAGCTTCCGTCG
ACGATCGATTCGACATTCGTGGAGTCATGGAAGAAAGTCGCGCCGAACATGGACCCGCCG
CAGACTCCTTCTTCCTTCATGAAGCCTCGTCCGTCGACCGCCTTTTCGATCCCGACGAAG
CTCACAGTCAATTTCGTCCTCCCTTACGCATTTGAGCTTTCCGAGAAAGAGGTCGACATG
GTCATCATCCCCGCGACAACAGGACAAATGGGTGTGTTGCCTGGACACGTTCCGACAATC
GCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACCGACATAAAGAAATACTTC
GTGAGCAGTGGTTTCGCGTTTCTCCACGCAAACTCCGTCGCTGACATCGTAGCGGTCGAG
GCCGTGCCGCTTGAGAACATTGACGCCGGTCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACA
CAGAAACTTGCTTTTGCCACAACGGACCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATTGG*TGTCGA
AGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCAGGCTAATAGAAGTTTCTCTTTCTCTCTCT
CTTTAAAACAAAATCATTTGGGTTTACAAATGATTAATGAAAATTCCCTCTCTCTTTTTT
ACTACAACAAAGGATGATTTTTCCTTGTTTTAACTGTGTTGGAGTTTGTTTGAATAATAA
AAGAATTTGTGG

QA 2 793 2 793
DS 



AS 1 3

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CCATTCCTCCTCTGTTTTTATGCAATAAGTAATAATCTTGCTACCAAAACAAACTAAATC
TTTCTTTGCCATTCCAACTCTAATGGCATTTTATGTAATATAGAACATGGTTACAAGTTC
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AAGAAGTTAAAACATTTTGATATGGATTACTTACGGCATTGGATATATCTCAGGATCTTA
ACATGTCAGAGTGTTGGGTACAATTAGTAAAACTCTCAGTACAATCAAAAACATTTCCAC
TCAATGAGAATCTGAAATAACTCAGTATAAAGAACAAAATGATAATCCAAACAAAATAAG
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AATATGTCAACAAAACCATGTTTTTTTTATTACTCTTAGTGCCAGTTTCGAGTTATCTTG
AAAGAATGTGGAAGAAAAAAAAAGAGGTACACACACATCCGTAGACTGCGTGTGTGAATC
ATACATACATACCACTTATCTTGAGCAGTGATGAATGATTCAATCCAATTTCGAAATGAC
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TTCAGCGATGACTCGCTTCACAGCGGTTTCAAGCCTATCAGCAAAAGAAGGGAACTGAAG
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CTCCGTCGTCCTTCCCCACGTTCCCCGCCGATGCCCCTTGCTCAAACACTGCATACTCTG
CTCAAACGTTTCCTCCAGGCATGACTCCATTGCCTCCAGCAATACCAGCAGCTGTGTTTG
CAACTAGATTACCATAGAGATTCGGTGTCACCATGACGTCGAATTGCTCTGGTCTCGCTA
CAAGTTGCATACAGCAGTTATCAACAATGATCTCGTTGTAGGCGATGCTTGGATACTTCT
TAGCAACCTCTTGACAAGATTCCAGGAACAAACCATCCGCGAGTTTCATGATGTTGGCCT
TGTGCACTGCCGTAACTTTCTTCCTGTTGTTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI16JQ U 1
AF RR1CI16TF C 14
AF RR1DD27JQ U 544
BS 1 735 RR1CI16JQ
BS 736 1233 RR1DD27JQ

RD RR1CI16JQ 736 0 0
CCATTCCTCCTCTGTTTTTATGCAATAAGTAATAATCTTGCTACCAAAACAAACTAAATC
TTTCTTTGCCATTCCAACTCTAATGGCATTTTATGTAATATAGAACATGGTTACAAGTTC
TTTAGTTTGACGAATATATATGTTTGGTTTTATCTTCTCTTTTATTAACAACATCGTATG
AAGAAGTTAAAACATTTTGATATGGATTACTTACGGCATTGGATATATCTCAGGATCTTA
ACATGTCAGAGTGTTGGGTACAATTAGTAAAACTCTCAGTACAATCAAAAACATTTCCAC
TCAATGAGAATCTGAAATAACTCAGTATAAAGAACAAAATGATAATCCAAACAAAATAAG
CAACAAAACCATTTGAAATAATAACATTGTTCCACTCGAAGCACAGCAAATCTTTTATAA
AGAAGTTAAATGTAAGTTTCATTTATTCAAAAAGTACACGAACAACAGAGAAGCATTTGT
ATCCTTTCCTTTCTTCTTGGGAGAGCAAAATCGCAATTTGACGACAACAACCCAATTAAA
AATATGTCAACAAAACCATGTTTTTTTTATTACTCTTAGTGCCAGTTTCGAGTTATCTTG
AAAGAATGTGGAAGAAAAAAAAAGAGGTACACACACATCCGTAGACTGCGTGTGTGAATC
ATACATACATACCACTTATCTTGAGCAGTGATGAATGATTCAATCCAATTTCGAAATGAC
AGCGTCGACGACCTC
C

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1CI16TF 723 0 0
TG
TTTTATGCAATAAGTAATAATCT*GCTACCAAA*CAAACTAA*TCTTTCTTTGCCATTCC
AACTCTAATGGCATTTTATGTAATATAGAACATGGTTACAAGTTCTTTAGTTTGACGAAT
ATATATGTTTGGTTTTATCTTCTCTTTTATTAACAACATCGTATGAAGAAGTTAAAACAT
TTTGATATGGATTACTTACGGCATTGGATATATCTCAGGATCTTAACATGTCAGAGTGTT
GGGTACAATTAGTAAAACTCTCAGTACAATCAAAAACATTTCCACTCAATGAGAATCTGA
AATAACTCAGTATAAAGAACAAAATGATAATCCAAACAAAATAAGCAACAAAACCATTTG
AAATAATAACATTGTTCCACTCGAAGCACAGCAAATCTTTTATAAAGAAGTTAAATGTAA
GTTTCATTTATTCAAAAAGTACACGAACAACAGAGAAGCATTTGTATCCTTTCCTTTCTT
CTTGGGAGAGCAAAATCGCAATTTGACGACAACAACCCAATTAAAAATATGTCAACAAAA
CCATGTTTTTTTTATTACTCTTAGTGCCAGTTTCGAGTTATCTTGAAAGAATGTGGAAGA
AAAAAAAAGAGGTACACACACATCCGTAGACTGCGTGTGTGAATCATACATACATACCAC
TTATCTTGAGCAGTGATGAATGATTCAATCCAATTTCGAAATGACAGCGTCGACGACCTC
C

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR1DD27JQ 690 0 0
ATA
TCAACAAAACCATGTTTTTTTTATTACTCTTAGTGCCAGTTTCGAGTTATCTTGAAAGAA
TGTGGAAGAAAAAAAAAGAGGTACACACACATCCGTAGACTGCGTGTGTGAATCATACAT
ACATACCACTTATCTTGAGCAGTGATGAATGATTCAATCCAATTTCGAAATGACAGCGTC
GACGACCTCTTGGGTTGTACTCTTTCCGCCAAGATCTTCAGTCCTGCATTTTCCTTCAGC
GATGACTCGCTTCACAGCGGTTTCAAGCCTATCAGCAAAAGAAGGGAACTGAAGATGTCT
AAGCATCATGGCTGATGAGAGCAGCAACGCCACAGGGTTTGCATTCTTCTGCTCCTCCGT
CGTCCTTCCCCACGTTCCCCGCCGATGCCCCTTGCTCAAACACTGCATACTCTGCTCAAA
CGTTTCCTCCAGGCATGACTCCATTGCCTCCAGCAATACCAGCAGCTGTGTTTGCAACTA
GATTACCATAGAGATTCGGTGTCACCATGACGTCGAATTGCTCTGGTCTCGCTACAAGTT
GCATACAGCAGTTATCAACAATGATCTCGTTGTAGGCGATGCTTGGATACTTCTTAGCAA
CCTCTTGACAAGATTCCAGGAACAAACCATCCGCGAGTTTCATGATGTTGGCCTTGTGCA
CTGCCGTAACTTTCTTCCTGTTGTTCA

QA 4 690 4 690
DS 



AS 1 3

CO CL3625Contig1 419 3 6 U
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GGTTCTTCAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGAAAGCCTTTCGTTGTGAAGG
CTAAGCTCATTTCCAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAGGCTGGTGGCGCCGTCGTGC
TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTTAAGTATTGTCTTTTGGA
ATCGTTGTTGGACTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGACATCTTTTAATCAATATTA
TTGGATTTTATAATCGTCATTTCAGTTAAATGTGGTATTGATTGATATGGTTTTTTTCG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1AT35JQ C 1
AF RR1FC74TF U 1
AF RR1AT35TF U 1
BS 1 224 RR1FC74TF
BS 225 225 RR1AT35TF
BS 226 239 RR1FC74TF
BS 240 240 RR1AT35TF
BS 241 366 RR1FC74TF
BS 367 419 RR1AT35TF

RD RR1AT35JQ 418 0 0
TCCGCAACAAGTTCTACTGCCCCATCGTCAACCTCGACAAGCTCTGGTCACTCGTCCCCG
AGGATGTGAAGGGGAAGGCCACAAAGGACAAGGTGCCGATGATCGATGTGACGCAGCACG
GGTTCTTCAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGAAAGCCTTTCGTTGTGAAGG
CTAAGCTCATTTCCAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAGGCTGGTGGCGCCGTCGTGC
TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTTAAGTATTGTCTTTTGGA
ATCGTTGTTGGACTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGACATCTTTTAATCAATATTA
TTGGATTTTATAATCGTCATTTCAGTTAAATGTGGTATTGATTGATATGGTTTTTT
CG

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR1FC74TF 366 0 0
TCCGCAACAAGTTCTACTGCCCCATCGTCAACCTCGACAAGCTCTGGTCACTCGTCCCCG
AGGATGTGAAGGGGAAGGCCACAAAGGACAAGGTGCCGATGATCGATGTGACGCAGCACG
GGTTCTTCAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGAAAGCCTTTCGTTGTGAAGG
CTAAGCTCATTTCCAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAGGCTTGTGGCGCCGTCGTGA
TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTTAAGTATTGTCTTTTGGA
ATCGTTGTTGGACTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGACATCTTTTAATCAATATTA
TTGGAT

QA 1 366 1 366
DS 

RD RR1AT35TF 419 0 0
TCCGCAACAAGTTCTACTGCCCCATCGTCAACCTCGACAAGCTCTGGTCACTCGTCCCCG
AGGATGTGAAGGGGAAGGCCACAAAGGACAAGGTGCCGATGATCGATGTGACGCAGCACG
GGTTCTTCAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGAAAGCCTTTCGTTGTGAAGG
CTAAGCTCATTTCCAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAGGCTGGTGGCGCCGTCGTGC
TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTTAAGTATTGTCTTTTGGA
ATCGTTGTTGGACTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGACATCTTTTAATCAATATTA
TTGGATTTTATAATCGTCATTTCAGTTAAATGTGGTATTGATTGATATGGTTTTTTTCG

QA 1 419 1 419
DS 



AS 1 3

CO CL3626Contig1 670 3 31 U
GGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGGCGTGTGAGATTTTAGGAGAGAGA
GAGAGAGGATGGAGAATCTCTGGCGAATCGCAACAGGCCAGGATCCGAACCGGCAAGACT
ACGAAGGAATCGAGTTCTGGTCAAACCCAGAGCGATCGGGCTGGCTCACGAAGCAAGGCG
ATTACATCAAGACCTGGCGCAGACGCTGGTTCGTGCTCAAGCGAGGGAAGCTCCTCTGGT
TCAAGGACCAATCGGGGGCCCTGACACGCGGATCCGTCCCGCGCGGGGTGATCTCGGTGG
GGGATTGTCTGACGGTGAAAGGAGCAGAGGACGTGGTGAACAAGGCTTTCGCCTTCGAGA
TATCGAGCGGGAACGTCACCATGTTCTTCGTGGCTGATAACGATAAGGAGAAGGAGGAGT
GGATCAACTCTATTGGGAGGTCGATTGTGCAGCACTCCAGATCCGTTACTGATTCTGAAG
TCCTTGATTATGATCAAAGGCCCTGACTTATCCTTCTTCTATTGCTTTTATGTTTTTGGT
TAATGTTTTTTACTTCTATTGTACGACGTCGTCGTCATGTATGTGTATTCCTCTCTCTAT
CTCT**GTGCCTGTGGTTTTTTT*TTATGTATCTGCTTCTCGATTCAGTGAACAAGTTTT
GTCTTTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1AD28TF U 1
AF RR1GC51JQ C 6
AF RR1GC51TF U 6
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CTATTGGGAGGTCGATTGTGCAGCACTCCAGATCCGTTACTGATTCTGAAGTCCTTGATT
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QA 5 660 5 660
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TTGT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1C822TF U 1
AF RR1EZ81TF U 2
AF RR1EZ81JQ C 56
BS 1 167 RR1C822TF
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GCTTTAATTATAGTCTGACTCATAAAGTGGC

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DS 

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TTGACGTGAGGGGTAATGATCAGGTGGTGCGGCGGAGTACTGAAAGCAACGGTGTGACAC
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GATGAGCTTTAATTATAGTCTGACTCATAAAGTGGCAGAAGAACTATTTATAAAAAAGTA
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TGCTTCATTAAGTTAATTAGGCTTTTTTGTTTTTAAATTTGTAATTAGTTTGTAATTCAT
TAGTATTGT

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 3

CO CL3628Contig1 742 3 6 U
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TTTTTCGACGTATCCAAGAACTTACGATCTTCTTCATGTTGATGGTCTGTTTACATCTGA
GAACCAAAGGTGTGATATGAAATATGTAATGTTGGAAATGGATAGGATCTTGCGTCCTAA
TGGGTATGCGATTATACGCGAGTCGAGCTATTTCGTGGAGAATATAGCATCGGTTGCTAA
AGGACTGAGATGGAGTTGCCGTAAGGAGAAAACTGAGTCTGAGTCTGAGAATGAGAAGCT
CTTGATTTGCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATCTAACGCAGCAACGTCAGAAACAAAATA
GTAGAAAAGGCTTGAGCTTAAAGCTTTTGTCTTGTCCGGAGGTTTCTTGAGAACAAAGTC
ACTACAACAAAGCATAGGTTCTTTGTATCGCTTTAAAGCCAAGAAAGCTTTTTAAAAGCG
GCTGCCAATTATTATTTTGTTATCCCAGCATATTTATCAACTTTTTCGATTTTTCTTATA
GTATATGCTTGGTGAGATATATATTATTGATCTTTTGTTTAAACTGTAATTTTAAATTGT
CGAGATTTCTCCAACGTTAGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1AE63TF U 1
AF RR1DG47TF U 34
AF RR1AE63JQ C 214
BS 1 86 RR1AE63TF
BS 87 87 RR1DG47TF
BS 88 115 RR1AE63TF
BS 116 116 RR1DG47TF
BS 117 737 RR1AE63TF
BS 738 742 RR1AE63JQ

RD RR1AE63TF 737 0 0
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GAACCAAAGGTGTGATATGAAATATGTAATGTTGGAAATGGATAGGATCTTGCGTCCTAA
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CTTGATTTGCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATCTAACGCAGCAACGTCAGAAACAAAATA
GTAGAAAAGGCTTGAGCTTAAAGCTTTTGTCTTGTCCGGAGGTTTCTTGAGAACAAAGTC
ACTACAACAAAGCATAGGTTCTTTGTATCGCTTTAAAGCCAAGAAAGCTTTTTAAAAGCG
GCTGCCAATTATTATTTTGTTATCCCAGCATATTTATCAACTTTTTCGATTTTTCTTATA
GTATATGCTTGGTGAGATATATATTATTGATCTTTTGTTTAAACTGTAATTTTAAATTGT
CGAGATTTCTCCAACGT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1DG47TF 696 0 0
G
ATGAACACTGAGTACGGTGGTTTGGCTGCTGCTCTGGTCGATGATCCTTTGTAGGTGATG
AACGTTGTTTCGTCTTACGCTGCGAATACGCTTCCCGTTGTGTTTGATCGTGGGTTGATT
GGAACATATCACGACTGGTGTGAAGCTTTTTCGACGTATCCAAGAACTTACGATCTTCTT
CATGTTGATGGTCTGTTTACATCTGAGAACCAAAGGTGTGATATGAAATATGTAATGTTG
GAAATGGATAGGATCTTGCGTCCTAATGGGTATGCGATTATACGCGAGTCGAGCTATTTC
GTGGAGAATATAGCATCGGTTGCTAAAGGACTGAGATGGAGTTGCCGTAAGGAGAAAACT
GAGTCTGAGTCTGA*AATGAGAAGCTCTTGATTTGCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATCT
AACGCAGCAACGTCAGAAACAAAATAGTAGAAAAGGCTTGAGCTTAAAGCTTTTGTCTTG
TCCGGAGGTTTCTTGAGAACAAAGTCACTACAACAAAGCATAGGTTCTTTGTATCGCTTT
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C

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DS 

RD RR1AE63JQ 529 0 0
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TGAGTTTGAGTTTGAGAATGAGAAGCTCTTGATTTGCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATT
TAACGCAGCAACGTCAGAAACAAAATAGTAGAAAAGGCTTGAGCTTAAAGCTTTTGTTTT
GTCCGGAGGTTTTTTGAGAACAAAGTCACTACAACAAAGCATAGGTTTTTTGTATCGCTT
TAAAGCCAAGAAAGCTTTTTAAAAGCGGCTGCCAATTATTATTTTGTTATCCCAGCATAT
TTATCAACTTTTTCGATTTTTTTTTTAGTATATGCTTGGTGAGATATATATTATTGATCT
TTTGTTTAAACTGTAATTTTAAATTGTCGAGATTTTTCCAACGTTAGGT

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

CO CL3629Contig1 783 2 3 U
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GAGTATTGTTCGCCAAGGAGGACTTCAACCTCGCAAAGCATCCGTTGATCGAGTCAGTGC
CAAACTTGCAAGTGATCAAGCTCATGCAGAGTTTCAAATCCAAGGAGTACGTTAGGGAGA
CATTCGCTTGGATGCATTATTATTGGTTTTTGACCTATGAAGGCATTGAGTTTTTGAGAA
CTTATCTTAACCTTCCGTCTGATGTTGTTCCTGCGACCTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCCA
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TTGAAGGTGAAAAGGGTGGAGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCTTTCCAAGGAAGTGGTG
GTAGGCCTGGATTTGGCCGTGGTGCAGGTGGTTACAGCGCTGCAGCTCCATCTGGTTCCG
GTTTACCCTGAAAGAGCTGTGCTTATCGTTAAGCAACTGAAAGACAGTTTTCAGTTTTGG
CTTTAGTTTTGTTTTTGTAATCCAGATCCGGAATCTATAATCTATCTATTTCTCTGACTT
TTGGTTTAAAGAAACAAATCCTATAATTTTCCAGTGTCAGTGTTAAATTCCACGTTTTTC
TAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 

AF RR1BN19JQ C 1
AF RR1BN19TF U 1
BS 1 737 RR1BN19TF
BS 738 738 RR1BN19JQ
BS 739 783 RR1BN19TF

RD RR1BN19JQ 783 0 0
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CAAACTTGCAAGTGATCAAGCTCATGCAGAGTTTCAAATCCAAGGAGTACGTTAGGGAGA
CATTCGCTTGGATGCATTATTATTGGTTTTTGACCTATGAAGGCATTGAGTTTTTGAGAA
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CTTTAGTTTTGTTTTTGTAATCCAGATCCGGAATCTATAATCTATCTATTTCTCTGACTT
TTGGTTTAAAGAAACAAATCCTATAATTTTCCAGTGTCAGTGTTAAATTCCACGTTTTTC
TAG

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1BN19TF 783 0 0
GGAGACCAAAAAACAACAAAGAAGCTCTGTTCCTCGTTGCAGCGAAAGCTCCTACCAACA
AGACGATGATTATCTCAGAGACCAACCGCAGAGAGATCTGCAAGTACCTCTTCAAAGAAG
GAGTATTGTTCGCCAAGGAGGACTTCAACCTCGCAAAGCATCCGTTGATCGAGTCAGTGC
CAAACTTGCAAGTGATCAAGCTCATGCAGAGTTTCAAATCCAAGGAGTACGTTAGGGAGA
CATTCGCTTGGATGCATTATTATTGGTTTTTGACCTATGAAGGCATTGAGTTTTTGAGAA
CTTATCTTAACCTTCCGTCTGATGTTGTTCCTGCGACCTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCCA
TTGGCCGTCCTTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCCAAGAGGGCCACCTCGCTTTGAGG
GAGACCGTCCCAGATATGGTGACCGTGATGGTTACCGTGCAGGGCCACGTGGTGGTGATG
TTGAAGGTGAAAAGGGTGGAGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCTTTCCAAGGAAGTGGTG
GTAGGCCTGGATTTGGCCGTGGTGCAGGTGGTTACAGCGCTGCAGCTCCATCTGGTTCCG
GTTTACCCTGAAAGAGCTGTGCTTATCGTTAAGCAACTGAAAGACAGTTTTCAGTTTTGG
CTTTAGTTTTGTTTTTGTAATCCAGATCCGGAATCTATAATCTATCTATTTCTCTGACTT
TTGGTTTAAAGAAACAA*TCCTATAATTTTCCAGTGTCAGTGTTAAATTCCACGTTTTTC
TAG

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 3

CO CL3630Contig1 815 3 4 U
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TATCGCCTAGTCTTAACACTATCTTCTTTTTTCTTTATTCCCCCTTTCTCTATACTTGTT
TTACAATTTACATACAAAAAGAAACAAGCTAAACATAAAAGACTTGGCCAACGTTCAAAA
GGGTTTCATGAGGAACATGCAAGATAACACTATTCTCCCTACAAATCTTAGCAAGAAACG
CATAAACATAATCAATCGCTATCTTTTTGGGAAGCCATGATCCATTTCTTGCTTTCACCA
CAGTGTTTCCCATGATATGAACAACCCCTGACTCTTTACAAGTCTTTAGAAACTGCAACT
CATCCTCCTCCTCTTCCTCCACCGTGTTGTTCTGACTGAAACTCAGCCTATTATCGGCAG
GAACTATCGTGTCTAATGTCGATACCGTGTAGTCCACCATCGATGAGAACTCATCAATGT
TATTGTTGTGGTGGTTGTTGTTATGGATCAAATCCTCTCTAGACTCTTGTGTATGGTTGA
GTGAATAGGCGCTGCTGTATGTGCTTGAGTTTGAAGCTGGCTCCATCATAGTTTCGATTC
GGATAAATGAGAAGAGATTGTTCAACAGCTTGTTTTCAAAATCATCATCTTTCCTATGTA
GATCTTTGTAACCATACCTGGCTACACAACGGAACATTCTGAACGTCTTTGGTCCTATCC
TATTGACAAGAAACCTCTCTTCTTCAGGAACAGTGTAAACCGGAAGATACTTGACGCAAA
CAAAGACAACAACCGAGTGAATAGCAGGCAAGTTC


BQ
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AF RR1FL38JQ U 1
AF RR1FG81JQ U 75
AF RR1FL38TF C 108
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GGGTTTCATGAGGAACATGCAAGATAACACTATTCTCCCTACAAATCTTAGCAAGAAACG
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TATTGACAAGAAACCTCTCTTCTTCAGGAACAGTGTAAACCGGA

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DS 

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AG
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AAAAGAAACAAGCTAAACATAAAAGACTTGGCCAACGTTCAAAAGGGTTTCATGAGGAAC
ATGCAAGATAACACTATTCTCCCTACAATT**TAGCAAGAAACGCATAAACATAATCAAT
CGCTATATTTTTGGGAAGC*ATGATCCATTTCTTGCTTTCACCACAGTGTTTCCCATGAT
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CTCTTCT

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DS 

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TTTGGTCCTATCCTATTGACAAGAAACCTCTCTTCTTCAGGAACAGTGTAAACCGGAAGA
TACTTGACGCAAACAAAGACAACAACCGAGTGAATAGCAGGCAAGTTC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

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CGAGTGGGTGAAGTGGCATCCGAGAGGACACGTTGTGTTGGCTGGATCAGAAGATTGTTC
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GAGCGTCACTTGCGGTGACTTCACTCCTGACGGTAAACTAATCTGTACTGGCTCTGATGA
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TCCATACCATACAGAAGGGTTGATATGCTTGGACATTAACTCCAACTCCAGTCTTGCTAT
CAGTGGCTCAAAAGACGGTTCTGTTCACATTGTCAATATAGTCACTGGAAAGGTTGTGAG
CTCTTTGAGTTCTCATACAGAGTCAGTTGAATGCGTAAAGTTTTCACCAAGCTCCGCTAC
TATCCCTATGGCTGCAACAGGTGGGATGGACAAGAAGCTTGTCATCTGGGATCTTCAACA
TTCAACTCCTAGGTTCATCTGCGACCACGCGGAAGGTGTGACTTGCGTGACATGGATAGG
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ATTAGGAAACTGCGTCCACACCTACCATGGCCACCAGGATACAGTCCAAGCCGTCTCAGT
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TTATTTATTACCTTCTTGTTATTGGTTCGGACATGTGATTGATTACTGATAAAGATGTAA
AACATTCTACTTTTCAATTATATTTGATAGTTTTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AG45TF U 1
AF RR1AG45JQ C 544
BS 1 772 RR1AG45TF
BS 773 1416 RR1AG45JQ

RD RR1AG45TF 772 0 0
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TCTTCCGGACGCATACGATGAGGATGATAATGACAACGACAATGATGAAGTGTTTGATGA
AAACGATGACTCCATTCACACATTCACTGGTCACAAAGGTGAGCTTTATGCATTGGCATG
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GAAAATCGGCAACGGAGACTGGGCTGCTGAGCTTCTAGGTCACAAAGACTCTGTTTCTTC
TCTAGCTTTTAGCTACGATGGACAGTTAGTTGCCTCTGGTGGGTTGGATGGTGTCGTTCA
GATCTTTGACGCATCGTCTGGGACTTTGAAATGTGTTTTGGACGGTCCTGGTGGTGGCAT
CGAGTGGGTGAAGTGGCATCCGAGAGGACACGTTGTGTTGGCTGGATCAGAAGATTGTTC
TATGTGGATGTGGAATGCTGATAAAGAAGCTTATCTTAATATGTTTTCTGGTCACAACCA
GAGCGTCACTTGCGGTGACTTCACTCCTGACGGTAAACTAATCTGTACTGGCTCTGATGA
TGCTAGTTTGATAGTATGGAACCCAAAGAGTTGTGAAAGCATTCATGTGGTT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1AG45JQ 873 0 0
GTGGGTGAAGTGGCATCCGAGAGGACACGTTGTGTTGGCTGGATCAGAAGATTGTTCTAT
GTGGATGTGGAATGCTGATAAAGAAGCTTATCTTAATATGTTTTCTGGTCACAACCAGAG
CGTCACTTGCGGTGACTTCACTCCTGACGGTAAACTAATCTGTACTGGCTCTGATGATGC
TAGTTTGATAGTATGGAACCCAAAGAGTTGTGAAAGCATTCATGTGGTTAAAGGTCATCC
ATACCATACAGAAGGGTTGATATGCTTGGACATTAACTCCAACTCCAGTCTTGCTATCAG
TGGCTCAAAAGACGGTTCTGTTCACATTGTCAATATAGTCACTGGAAAGGTTGTGAGCTC
TTTGAGTTCTCATACAGAGTCAGTTGAATGCGTAAAGTTTTCACCAAGCTCCGCTACTAT
CCCTATGGCTGCAACAGGTGGGATGGACAAGAAGCTTGTCATCTGGGATCTTCAACATTC
AACTCCTAGGTTCATCTGCGACCACGCGGAAGGTGTGACTTGCGTGACATGGATAGGAAC
CTCAAAGTACTTAGCCACAGGCTGTGCCGATGGCACAGTGAGCATTTGGGACAGCTTATT
AGGAAACTGCGTCCACACCTACCATGGCCACCAGGATACAGTCCAAGCCGTCTCAGTCTC
CACCAACACCGACTTCATTGTGTCGGTCTCTGTTGACAACACTGCTCGTGTCTATGACAC
ATCTGAGTTTCAAAACAAAATGGAATAGGCAAGTGATTGAACACTTAAGCATAAGTGTTA
TTTATTACCTTCTTGTTATTGGTTCGGACATGTGATTGATTACTGATAAAGATGTAAAAC
ATTCTACTTTTCAATTATATTTGATAGTTTTGT

QA 1 873 1 873
DS 



AS 1 3

CO CL3632Contig1 649 3 4 U
GGGAACATCCATTACTAAAAGAAACAAAAACAATAAAAATATGTTTCGTTTTACAATAAT
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ATGGCACGTGAGGAAATACGGAGGAAGTTCCGGTATTGATTTCAAGGATCATATACTTGA
TAAAACACTTTATTGGTGCAACATCTGGTCAGGTCCTAATTTCAGTCTTAATGCGTCTAT
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GGGAGATGGTATTTATGAATCTATCAATGGTGCAACGCCTTGGAAATTCAAGTATCATTG
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GAAGGGTTGATTTACCTGTCAACTAGTATTTTTAATAAATTATTTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EP16TF U 1
AF RR1FI74JQ C 24
AF RR1FI74TF U 24
BS 1 209 RR1EP16TF
BS 210 210 RR1FI74TF
BS 211 560 RR1EP16TF
BS 561 649 RR1FI74TF

RD RR1EP16TF 560 0 0
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ATGGCACGTGAGGAAATACGGAGGAAGTTACGGTATTGATTTCAAGGATCATATACTTGA
TAAAACACTTTATTGGTGCAACATCTGGTCAGGTCCTAATTTCAGTCTTAATGCGTCTAT
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GGGAGATGGTATTTATGAATCTATCAATGGTGCAACGCCTTGGAAATTCAAGTATCATTG
GTATGGAAAAACTTTTAAATAAGGTCATCATGATCTCTTTTATGTTCATATATACTATAT
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TATTATGATTCATTCGACGG

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1FI74JQ 626 0 0
GG
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GTATTTTTAATAAATTATTTTTGG

QA 3 626 3 626
DS 

RD RR1FI74TF 626 0 0
GG
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CAACAAGCGATAGGATCGTCGTTCTTTCTCTATAACCAGGTGCGCCATGGAATCCTAATG
AAAGTCCATTGCAAATCAAAAGACAACGATATGGGATGGCACGTGAGGAAATACGGAGGA
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TGGTCAGGTCCTAATTTCAGTCTTAATGCGTCTATCGTCACGTACGAAAGTAAGCTGTAT
GAACACAAAAACAATTGGATAAGATGGTCTATAAGGGGAGATGGTATTTATGAATCTATC
AATGGTGCAACGCCTTGGAAATTCAAGTATCATTGGTATGGAAAAACTTTTAAATAAGGT
CATCATGATCTCTTTTATGTTCATATATACTATATATATATATATGTGTGTGTTTTGTAT
GTTTCTCAACTAATTGTGTATTAATGTGACATTGGTATTATGATTCATTCGACGGAATAT
CTAAGAGTCAACCCTGATAAATGTATATACTCACAGAAGGGTTGATTTACCTGTCAACTA
GTATTTTTAATAAATTATTTTTGG

QA 3 626 3 626
DS 



AS 1 3

CO CL3633Contig1 383 3 2 U
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GGAATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCATCACACCCCCACCAGAGGGATGGACCCAAAGTTC
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GAAGACTAAGTTTTGTATTCTCTCTTGAGACTCTTTTAGTAGACAAGTGAACCTTTTTAC
CTTTATCTGTTCGTTTGATTATGTTTCCGCAAATGGTTTGTGCACTCTTTCAATCCAGGC
TTTAATTTAATATCAGATATTTT


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1C808JQ C 1
AF RR1C808TF U 1
AF RR1DU68TF U 4
BS 1 5 RR1C808JQ
BS 6 383 RR1C808TF

RD RR1C808JQ 382 0 0
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GAGATGGCAAAGTCGAAGAATCGCACCGCGCATAACCAGTCGGCCAAGGCCCACAAGAAC
GGAATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCATCACACCCCCACCAGAGGGATGGACCCAAAGTTC
TTGAGGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCACAACGTCAAGAGCGGCGAGAATGCCACCACT
GAAGACTAAGTTTTGTATTCTCTCTTGAGACTCTTTTAGTAGACAAGTGAACCTTTTTAC
CTTTATCTGTTCGTTTGATTATGTTTCCGCAAATGGTTTGTGCACTCTTTCAATCCAGGC
TTTAATTTAATATCAGATATTT

QA 1 382 1 382
DS 

RD RR1C808TF 383 0 0
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CTAAGTTTTGTATTCTCTCTTGAGACTCTTTTAGTAGACAAGTGAACCTTTTTACCTTTA
TCTGTTCGTTTGATTATGTTTCCGCAAATGGTTTGTGCACTCTTTCAATCCAGGCTTTAA
TTTAATATCAGATATTTT

QA 6 383 6 383
DS 

RD RR1DU68TF 380 0 0
GG
GTGGCCGTATAAGCAACCCCAGCCGATCAGATCTCTCCTCTATCTTCCTTACACAGAGAT
GGCAAAGTCGAAGAATCACACCGCGCATAACCAGTCGGCCAAGGCCCACAAGAACGGAAT
CAAGAAGCCAAGGAGGCACCTTCACACCCCCACCAGAGGGATGGACCCAAAGTTCTTGAG
GAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCACAACGTCAAGAGCGGCGAGAATGCCACCACTGAAGA
CTAAGTTTTGTATTCTCTCTTGAGACTCTTTTAGTAGACAAGTGAACCTTTTTACCTTTA
TCTGTTCGTTTGATTATGTCTCCGCAAATGGTTTGTGCACTCTTTCAATCCAGGCTTTAA
TTTAATATCAGATATTT
T

QA 3 379 3 379
DS 



AS 1 3

CO CL3634Contig1 478 3 2 U
GGGGATTTTCTTTCTAAATTTTAATTCTTACAATCCCTAAAACCCTAGCCCTCTTTCACG
CAACTCAGCTCATAGCTCAAGCTCCTCTGTTCCTGCCTGAGATTGTTTCAGACAATGCTT
TTGATGACTCTCTGCAACACAGCTGCTGCAGACAAGCTTAAACGAAGCTGTATCTACTGA
CTTTGATGGTGAAATATCAAAAACCCTAATTTAATTTAATTTATATTTTCTTCCTTGATT
TTTCCTCTGAGGGTTTTAATCATCAATGCTTACACACAGTACGGTGGGTAAGCAATAAAA
AGTTCAAAATCCCAAACTTTCTACTCCTTTAAATCCCAAGAAAACCCACACACACACAAA
AAAAAAAACTTTAGATTTTTAAATTTTGAGGGGAACCAAAAAATGCCCTAAATGGTTATA
GAGAAGAAGTTTAGGAATGAGATTATTGGAGATGATGAAATGATCGGAGATCTAATGA


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC84JQ C 1
AF RR1BC84TF U 71
AF RR1GS57TF U 2
BS 1 1 RR1BC84JQ
BS 2 478 RR1GS57TF

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TTGATGACTTTTTGCAACACA

QA 1 141 1 141
DS 

RD RR1BC84TF 285 0 0
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TCTGCAACACAGCTGCTGCAGACAAGCTTAAACGAAGCTGTATCTACTGACTTTGATGGT
GAAATATCAAAAACCCTAATTTAATTTAATTTATATTTTCTTCCTTGATTTTTCCTCTGA
GGGTTTTAATCATCAATGCTTACACACAGTACGGTGGGTACGCAATAAAAAGTTCAAAAT
CCCAAACTTTCTACTCCTTTAAATCCCAAGAAAACCCACACACAC

QA 1 285 1 285
DS 

RD RR1GS57TF 477 0 0
GGGATTTTCTTTCTAAATTTTAATTCTTACAATCCCTAAAACCCTAGCCCTCTTTCACGC
AACTCAGCTCATAGCTCAAGCTCCTCTGTTCCTGCCTGAGATTGTTTCAGACAATGCTTT
TGATGACTCTCTGCAACACAGCTGCTGCAGACAAGCTTAAACGAAGCTGTATCTACTGAC
TTTGATGGTGAAATATCAAAAACCCTAATTTAATTTAATTTATATTTTCTTCCTTGATTT
TTCCTCTGAGGGTTTTAATCATCAATGCTTACACACAGTACGGTGGGTAAGCAATAAAAA
GTTCAAAATCCCAAACTTTCTACTCCTTTAAATCCCAAGAAAACCCACACACACACAAAA
AAAAAAACTTTAGATTTTTAAATTTTGAGGGGAACCAAAAAATGCCCTAAATGGTTATAG
AGAAGAAGTTTAGGAATGAGATTATTGGAGATGATGAAATGATCGGAGATCTAATGA

QA 1 477 1 477
DS 



AS 1 3

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GTCTCATCCTCTCATCCTCCTCCAGGTTCTCTCGTCTCAGCTACAGCACTAGATTTCTCA
GACACCGCACAAACCCTCTTCCCGTTCCTCGATTCCGATGCTACTGCTCTTCCTCCGACG
AGACTTCTCCTTCTCCTTCTGTAAAGAAACGTGTGGTCTCTGGAGTCCAGCCTACTGGTT
CTATCCACCTCGGAAACTATCTCGGCGCTATCAAAAACTGGGTCACTCTTCAGGACACAT
ACGAAACACTCTTTTTTATCGTTGACCTTCATGCGATAACGCTACCTTATGACGTGCAAG
AACTGAGAAAGGCAACTAGGGATACCGCAGCGCTCTATCTGGCATGTGGTGTAGACATTT
CTAAGGCTTCGGTGTTTGTGCAATCTCACGTCCGCGCTCATGTGGAGTTAATGTGGCTTT
TGAGTTCATCCACACCTATCGGTTGGTTGCAGAAAATGACACAGTTCAAAGAGAAATCAC
GCAAGGAGGGGGGTGAGAATGCTTCTGTGTCTTTGTTAACTTATCCAGTTCTGATGGCTG
CTGACATCCTCTTGTATAAGTCAGATTTTGTGCCTGTGGGTGAGGACCAGAAGCAGCACC
TAGAACTTGCACGCGACCTGGCACAGCGTGTGAATAATTTGTATGGTGGAAGGAAGTGGA
AGAAGCTTGGAGGGCGTGGTGGTTCTATCTTTAAGATACCAGAACCACTCATACCACAAG
TTGGAGCCAGAGTTATGTCTCTTACAGATGGTCTTTCCAAGATGTCCAAGTCTGCACCTT
CTGACCAGTCCCGGATCAATCTCCTTGACTCTAAAGATTTGATTGCGGATAAGATCAAAC
GGTGCAAGACAGATTCATTTGCAGGCCTTGAGTTTGACAATGCCGAGAGACCTGAATGCA
ACAATCTCCTCTCCGTATATCAGATTGTTTCAGGCAATACAAAAGAGGAAGTGATGGAGG
AATGCAAAGATATGAGCTGGGGCACATTTAAGCCTCTCCTTGCTGATGCTGTCATCGAGC
ATCTCAGTCCAATCCAGGTCCGTTATGAGGAGATAACAGCAGAGTCAGCTTATTTGGACA
AAGTATTGTCAGAAGGTGCGGACAGAGCCACGGAGATAGCCGAATCCACTATTCACAATT
TGAAACAAGCGATGGGTTTCTATATATGAGAGAGGATCAGTGCCTATAAGCTTCTTTTTT
TTTGGTGGAGAGTGAGAGTTAAAAGTTAAAATTTGTAAAACGATTTTTGATTCTTGTATT
AGTGCAGTCAAATGCTGCTCAATATTCTTTGCTGTAACTGTGATGTATCGATATTCTTTG
CGGTAAGTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN03TF U 1
AF RR1A379TF U 35
AF RR1A379JQ C 552
BS 1 604 RR1EN03TF
BS 605 707 RR1A379TF
BS 708 1390 RR1A379JQ

RD RR1EN03TF 604 0 0
TTTTTTTTTCGGTGGTGCGGCGTGACCAACAGAGAAGACAAAGAATGGCACACGCGACGA
GTCTCATCCTCTCATCCTCCTCCAGGTTCTCTCGTCTCAGCTACAGCACTAGATTTCTCA
GACACCGCACAAACCCTCTTCCCGTTCCTCGATTCCGATGCTACTGCTCTTCCTCCGACG
AGACTTCTCCTTCTCCTTCTGTAAAGAAACGTGTGGTCTCTGGAGTCCAGCCTACTGGTT
CTATCCACCTCGGAAACTATCTCGGCGCTATCAAAAACTGGGTCACTCTTCAGGACACAT
ACGAAACACTCTTTTTTATCGTTGACCTTCATGCGATAACGCTACCTTATGACGTGCAAG
AACTGAGAAAGGCAACTAGGGATACCGCAGCGCTCTATCTGGCATGTGGTGTAGACATTT
CTAAGGCTTCGGTGTTTGTGCAATCTCACGTCCGCGCTCATGTGGAGTTAATGTGGCTTT
TGAGTTCATCCACACCTATCGGTTGGTTGCAGAAAATGACACAGTTCAAAGAGAAATCAC
GCAAGGAGGGGGGTGAGAATGCTTCTGTGTCTTTGTTAACTTATCCAGTTCTGATGGCTG
CTGA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1A379TF 673 0 0
GG
GACAAAGAATGGCACGCGCGACGAGTCTCATCCTCTCATCCTCCTCCAGGTTCTCTCGTC
TCAGCTACAGCACTAGATTTCTCAGACACCGCACAAACCCTCTTCCCGTTCCTCGATTCC
GATGCTACTGCTCTTCCTCCGACGAGACTTCTCCTTCTCCTTCTGTAAAGAAACGTGTGG
TCTCTGGAGTCCAGCCTACTGGTTCTATCCACCTCGGGAACTATCTCGGCGCTATCAAAA
ACTGGGTCACTCTTCAGGACACATACGAAACACTCTTTTTTATCGTTGACCTTCATGCGA
TAACGCTACCTTATGACGTGCAAGAACTGAGAAAGGCAACTAGGGATACCGCAGCGCTCT
ATCTGGCATGTGGTGTAGACATTTCTAAGGCTTCGGTGTTTGTGCAATCTCACGTCCGCG
CTCATGTGGAGTTAATGTGGCTTTTGAGTTCATCCACACCTATCGGTTGGTTGCAGAAAA
TGACTCAGTTCAAAGAGAAATCACGCAAGGAGGGGGGTGAGAATGCTTCTGTGTCTTTGT
TAACTTATCCAGTTCTGATGGCTGCTGACATCCTCTTGTATAAGTCAGATTTTGTGCCTG
TGGGTGAGGACCAGAAGCAGCACCTAGAACTTGCACGCGACCTGGCACAGCGTGTGAATA
ATTTGTATGGT

QA 3 673 3 673
DS 

RD RR1A379JQ 839 0 0
GGTGAGAATGCTTCTGTGTCTTTGTTAACTTATCCAGTTCTGATGGCTGCTGACATCCTC
TTGTATAAGTCAGATTTTGTGCCTGTGGGTGAGGACCAGAAGCAGCACCTAGAACTTGCA
CGCGACCTGGCACAGCGTGTGAATAATTTGTATGGTGGAAGGAAGTGGAAGAAGCTTGGA
GGGCGTGGTGGTTCTATCTTTAAGATACCAGAACCACTCATACCACAAGTTGGAGCCAGA
GTTATGTCTCTTACAGATGGTCTTTCCAAGATGTCCAAGTCTGCACCTTCTGACCAGTCC
CGGATCAATCTCCTTGACTCTAAAGATTTGATTGCGGATAAGATCAAACGGTGCAAGACA
GATTCATTTGCAGGCCTTGAGTTTGACAATGCCGAGAGACCTGAATGCAACAATCTCCTC
TCCGTATATCAGATTGTTTCAGGCAATACAAAAGAGGAAGTGATGGAGGAATGCAAAGAT
ATGAGCTGGGGCACATTTAAGCCTCTCCTTGCTGATGCTGTCATCGAGCATCTCAGTCCA
ATCCAGGTCCGTTATGAGGAGATAACAGCAGAGTCAGCTTATTTGGACAAAGTATTGTCA
GAAGGTGCGGACAGAGCCACGGAGATAGCCGAATCCACTATTCACAATTTGAAACAAGCG
ATGGGTTTCTATATATGAGAGAGGATCAGTGCCTATAAGCTTCTTTTTTTTTGGTGGAGA
GTGAGAGTTAAAAGTTAAAATTTGTAAAACGATTTTTGATTCTTGTATTAGTGCAGTCAA
ATGCTGCTCAATATTCTTTGCTGTAACTGTGATGTATCGATATTCTTTGCGGTAAGTTA

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 3

CO CL3636Contig1 921 3 2 U
CTGGAATTTTATTTACAAATACAGAGAAGATACAAGAAAGAAAAAGCAACTGTGCATCGG
ATGAATCGGATCAACACTTACATGCACTTAAACAACCTCACATAATCACATTATTAAGCA
GAAAGAAACCTTAAAAAGATAGAGAAACAGACAACAAGAGCAGACATAGTACAACAGAAC
ATCATAAGATTATCTACTCGAGGCCAAGACGTTGGCAAATGAACGCAGTGACTTTCTCCG
ACTCAGGCAGAACTTTAGAAACGCTCTCTCTCTGCAAACATCTATTGGCCCACCCAGCCA
ACTCTGGACACTCTGATTCGATACTCATATTCCCAAACTTGTTGCAGACTCCAAACCAGC
TGTAGAACCCAATGAGAGCTATATCCACATACCCAAACGTTTCGCCTCCAAAGTAATGCT
TGTCTCCAAGCTCGGATTCAAGCGTCTTGAATATCTCGATTAACTCTTTGGATGCTTCTT
TCTCCTCACCTTTTATCGCCCAAATCCTCCTCGCCGTAACATTCACCTTTTTGTCGACGA
AATCTGCCCAAAACTTGGCATGAGCTCTCTGGTAAGGATCGGAAGGAAGAAGTGGGTTTT
CAACGGGCCAAGTTTCGTCGATGTACTCGACCTGGATGAGAGATTCACATACCGGTTTAT
CATTGTGGATGAGAACCGGGATTTTCTTGTGAACCGGGTTCATCTCGAGGAGAAAAGAGA
TCTTGTTCCATAAATCTTCTTCTCTGTAATCGTACTTGACTTTTTTCTCCTCCAGAGCGA
TCCTCGTTCTCATTCCAAACATACTCGCCCAGACGCTCAGAAGAATCACCTCGTCTGCCA
TTTTTACTCTTTGATTAATCTCACTAAGAACTTTTTTTTTCCTCGTACGTGGTTTTTTGT
AGCTAGTAATTGTGTGGTGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DP03JQ U 1
AF RR1AS92JQ U 1
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BS 822 921 RR1DP03TF

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QA 1 660 1 660
DS 

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ATGAATCGGATCAACACTTACATGCACTTAAACAACCTCACATAATCACATTATTAAGCA
GAAAGAAACCTTAAAAAGATAGAGAAACAGACAACAAGAGCAGACATAGTACAACAGAAC
ATCATAAGATTATCTACTCGAGGCCAAGACGTTGGCAAATGAACGCAGTGACTTTCTCCG
ACTCAGGCAGAACTTTAGAAACGCTCTCTCTCTGCAAACATCTATTGGCCCACCCAGCCA
ACTCTGGACACTCTGATTCGATACTCATATTCCCAAACTTGTTGCAGACTCCAAACCAGC
TGTAGAACCCAATGAGAGCTATATCCACATACCCAAACGTTTCGCCTCCAAAGTAATGCT
TGTCTCCAAGCTCGGATTCAAGCGTCTTGAATATCTCGATTAACTCTTTGGATGCTTCTT
TCTCCTCACCTTTTATCGCCCAAATCCTCCTCGCCGTAACATTCACCTTTTTGTCGACGA
AATCTGCCCAAAACTTGGCATGAGCTCTCTGGTAAGGATCGGAAGGAAGAAGTGGGTTTT
CAACGGGCCAAGTTTCGTCGATGTACTCGACCTGGATGAGAGATTCACATACCGGTTTAT
CATTGTGGATGAGAACCGGGATTTTCTTGTGAACCGGGTTCATCTCGAGGAGAAAAGAGA
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TCCTCGTTCTCATTCCAAACATACTCGCCCAGACGCTCAGA

QA 1 821 1 821
DS 

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CTCTCTCTGCAAACATCTATTGGCCCACCCAGCCAACTCTGGACACTCTGATTCGATACT
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CCTCCTCGCCGTAACATTCACCTTTTTGTCGACGAAATCTGCCCAAAACTTGGCATGAGC
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CTCGACCTGGATGAGAGATTCACATACCGGTTTATCATTGTGGATGAGAACCGGGATTTT
CTTGTGAACCGGGTTCATCTCGAGGAGAAAAGAGATCTTGTTCCATAAATCTTCTTCTCT
GTAATCGTACTTGACTTTTTTCTCCTCCAGAGCGATCCTCGTTCTCATTCCAAACATACT
CGCCCAGACGCTCAGAAGAATCACCTCGTCTGCCATTTTTACTCTTTGATTAATCTCACT
AAGAACTTTTTTTTTCCTCGTACGTGGTTTTTTGTAGCTAGTAATTGTGTGGTGCC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 3

CO CL3637Contig1 1028 3 3 U
TGTTCAATGGCTTCTTCAGTGACTCCTCTAGGTCCATGGGTTCTTCACCATCACCACCCT
TCAACTATCATTACCCAATCCAAAACACCCAGATCCAGATCTCATTCCCTCGTCACCCTT
AAACCCATCTCCCTCACTCCAAAACGCACCGTTTCGTACACCGTTTCCTCTTCCCTCGTC
ACCAAAGAAGACAACAACCTCAAATCCACCACCACCACCACCTCTTCCTCCTTCGATTTC
ATGTCTTACATCCTCCGCAAAGCCGAGTCCGTCAACAGAGCCCTCGACTCCGCCGTGCCT
CTCCGCTTCTCTCGTTCGCCTTCGAGCATTTAGCAACTGCCACGAGCTCGGAGGTTTCTC
CGGCGAGAGTGGTCAGAGCTGTGGGAGAGTTGGCGAAAGCCATCGGCACGGAAGGGCTCG
TGGCTGGACAGGTGGTGGATATAAGCAGCGAAGGTTTGGACCTAAACGACGTCGGATTGG
ATCATCTGGAGTATATACATTTGCATAAAACGGCGGCGTTGCTTGAGGCTTCCGCGGTTT
TGGGTGGGATCGTAGGTGGAGGGAGCGATGAAGAGATCGAGAGGCTGAGGAAGTTCGCGA
GGTGTATCGGTTTGTTGTTTCAGGTGGTTGATGATATCTTGGACGTCACGAAATCGTCTC
AAGAGCTGGGGAAAACCGCTGGGAAAGATTTGATTGCTGATAAGTTGACGTATCCGAAGC
TCATGGGTTTGGAGAAATCGAGAGAGTTCGCTGAGAAGTTGAATAGAGAGGCGCGTGATC
AGCTTTTAGGGTTTGATTCCGACAAGGTTGCTCCTTTGTTGGCTTTGGCTAATTACATTG
CGAATAGACAGAACTGAGTGTTGTGTTCTTTTTTCTTTAGTTCTTGTCGGAATTATTCTC
TATCTGGGCTTGTTTCGGATCGAATTGTAGAAATATTGGAGAGATGCTAAAACAGATCTC
TTGCGTGTTAGTAATGATTGCTATGTTATAGATTTAATATTTAAGAGATCAGTGATTTTA
GTTTCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FV24TF U 1
AF RR1GL10TF U 411
AF RR1FV24JQ C 324
BS 1 591 RR1FV24TF
BS 592 970 RR1GL10TF
BS 971 1028 RR1FV24JQ

RD RR1FV24TF 591 0 0
TGTTCAATGGCTTCTTCAGTGACTCCTCTAGGTCCATGGGTTCTTCACCATCACCACCCT
TCAACTATCATTACCCAATCCAAAACACCCAGATCCAGATCTCATTCCCTCGTCACCCTT
AAACCCATCTCCCTCACTCCAAAACGCACCGTTTCGTACACCGTTTCCTCTTCCCTCGTC
ACCAAAGAAGACAACAACCTCAAATCCACCACCACCACCACCTCTTCCTCCTTCGATTTC
ATGTCTTACATCCTCCGCAAAGCCGAGTCCGTCAACAGAGCCCTCGACTCCGCCGTGCCT
CTCCGCTTCTCTCGTTCGCCTTCGAGCATTTAGCAACTGCCACGAGCTCGGAGGTTTCTC
CGGCGAGAGTGGTCAGAGCTGTGGGAGAGTTGGCGAAAGCCATCGGCACGGAAGGGCTCG
TGGCTGGACAGGTGGTGGATATAAGCAGCGAAGGTTTGGACCTAAACGACGTCGGATTGG
ATCATCTGGAGTATATACATTTGCATAAAACGGCGGCGTTGCTTGAGGCTTCCGCGGTTT
TGGGTGGGATCGTAGGTGGAGGGAGCGATGAAGAGATCGAGAGGCTGAGGA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1GL10TF 560 0 0
GAAGGGCTCGTGGCTGGACAGGCGGTGGATATAAGCAGCGAAGGTTTGGACCTAAACGAC
GTCGGATTGGATCATCTGGAGTATATACATTTGCATAAAACGGCGGCGTTGCTTGAGGCT
TCCGCGGTTTTGGGTGGGATCGTAGGTGGAGGGAGCGATGAAGAGATCGAGAGGCTGAGG
AAGTTCGCGAGGTGTATCGGTTTGTTGTTTCAGGTGGTTGATGATATCTTGGACGTCACG
AAATCGTCTCAAGAGCTGGGGAAAACCGCTGGGAAAGATTTGATTGCTGATAAGTTGACG
TATCCGAAGCTCATGGGTTTGGAGAAATCGAGAGAGTTCGCTGAGAAGTTGAATAGAGAG
GCGCGTGATCAGCTTTTAGGGTTTGATTCCGACAAGGTTGCTCCTTTGTTGGCTTTGGCT
AATTACATTGCGAATAGACAGAACTGAGTGTTGTGTTCTTTTTTCTTTAGTTCTTGTCGG
AATTATTCTCTATCTGGGCTTGTTTCGGATCGAATTGTAGAAATATTGGAGAGATGCTAA
AACAGATCTCTTGCGTGTTA

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1FV24JQ 705 0 0
GAGCATTTAGCAACTGCCACGAGCTCGGAGGTTTCTCCGGCGAGAGTGGTCAGAGCTGTG
GGAGAGTTGGCGAAAGCCATCGGCACGGAAGGGCTCGTGGCTGGACAGGTGGTGGATATA
AGCAGCGAAGGTTTGGACCTAAACGACGTCGGATTGGATCATCTGGAGTATATACATTTG
CATAAAACGGCGGCGTTGCTTGAGGCTTCCGCGGTTTTGGGTGGGATCGTAGGTGGAGGG
AGCGATGAAGAGATCGAGAGGCTGAGGAAGTTCGCGAGGTGTATCGGTTTGTTGTTTCAG
GTGGTTGATGATATCTTGGACGTCACGAAATCGTCTCAAGAGCTGGGGAAAACCGCTGGG
AAAGATTTGATTGCTGATAAGTTGACGTATCCGAAGCTCATGGGTTTGGAGAAATCGAGA
GAGTTCGCTGAGAAGTTGAATAGAGAGGCGCGTGATCAGCTTTTAGGGTTTGATTCCGAC
AAGGTTGCTCCTTTGTTGGCTTTGGCTAATTACATTGCGAATAGACAGAACTGAGTGTTG
TGTTCTTTTTTCTTTAGTTCTTGTCGGAATTATTCTCTATCTGGGCTTGTTTCGGATCGA
ATTGTAGAAATATTGGAGAGATGCTAAAACAGATCTCTTGCGTGTTAGTAATGATTGCTA
TGTTATAGATTTAATATTTAAGAGATCAGTGATTTTAGTTTCTGT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL3638Contig1 720 2 8 U
GTGGACAAGAAAATACACCACAACTTGCTAGAAATCTAAGAAAAATACCAGAAGAACTTA
AAGCTAAGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAGATAACTCTGTTTTTTGAAGGATCGAAGGAGCT
ATGGCCTTTTGGTGACAGACTCAGAGCTAACTTCGAAGAAACCAAGAAACTCGTCCTCCA
GACTGCTGGACATAAGGATCTACTTGAAGGAGACCCTTACTTGAAACAGAGACTGAGACT
TCGTAACTCTTACATCACCACACTCAATGTCTGTCAAGCTTACACATTGAAGAGGATCCG
TGACCCGAGCTACAATGTGACTCTACGACCTCACATCTCCAAGGAGATTGCTGAATCGAG
CAAAGAACTCATCGAGCTTAACCCGACGAGCGAGTACGCGCCTGGACTCGAAGATACACT
CATCTTGACCATGAAGGGTGTCGCTGCTGGTCTACAGAACACCGGTTGAGTAAAAAAAAC
AGAGATGAGCCTCTCTGTTTCTCCACAGTCTGCTTCTTTTTATCTACTGATTCGAAAATA
ATAAATTATGCGGTTGGTTTGTGTGTGAATCCACCGTCAAAATGTTGATCTTTGTGTACG
ATTTACTCTTTTAAGATCATGAACACATGCTCTGTTTTTTTTTTCTCGAATGTATCAAAA
CAGAGCAAGGGAATCTTTTCTTGTTTGTTTGTCTTTTACTTAACCATCCTCTTTGTCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX57TF U 1
AF RR1CU55TF U 216
BS 1 282 RR1CX57TF
BS 283 283 RR1CU55TF
BS 284 622 RR1CX57TF
BS 623 623 RR1CU55TF
BS 624 649 RR1CX57TF
BS 650 650 RR1CU55TF
BS 651 667 RR1CX57TF
BS 668 720 RR1CU55TF

RD RR1CX57TF 667 0 0
GTGGACAAGAAAATACACCACAACTTGCTAGAAATCTAAGAAAAATACCAGAAGAACTTA
AAGCTAAGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAGATAACTCTGTTTTTTGAAGGATCGAAGGAGCT
ATGGCCTTTTGGTGACAGACTCAGAGCTAACTTCGAAGAAACCAAGAAACTCGTCCTCCA
GACTGCTGGACATAAGGATCTACTTGAAGGAGACCCTTACTTGAAACAGAGACTGAGACT
TCGTAACTCTTACATCACCACACTCAATGTCTGTCAAGCTTATACATTGAAGAGGATCCG
TGACCCGAGCTACAATGTGACTCTACGACCTCACATCTCCAAGGAGATTGCTGAATCGAG
CAAAGAACTCATCGAGCTTAACCCGACGAGCGAGTACGCGCCTGGACTCGAAGATACACT
CATCTTGACCATGAAGGGTGTCGCTGCTGGTCTACAGAACACCGGTTGAGTAAAAAAAAC
AGAGATGAGCCTCTCTGTTTCTCCACAGTCTGCTTCTTTTTATCTACTGATTCGAAAATA
ATAAATTATGCGGTTGGTTTGTGTGTGAATCCACCGTCAAAATGTTGATCTTTGTGTACG
ATTTACTCTTTTAAGATCATGA*CACATGCTCTGTTTTTTTTTTCTCGA*TGTATCAAAA
CAGAGCA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1CU55TF 505 0 0
G
TTACTTTAAACAGAGACTGAGACTTCGTAACTCTTACATCACCACACTCAATGTCTGTCA
AGCTTACACATTGAAGAGGATCCGTGACCCGAGCTACAATGTGACTCTACGACCTCACAT
CTCCAAGGAGATTGCTGAATCGAGCAAAGAACTCATCGAGCTTAACCCGACGAGCGAGTA
CGCGCCTGGACTCGAAGATACACTCATCTTGACCATGAAGGGTGTCGCTGCTGGTCTACA
GAACACCGGTTGAGTAAAAAAAACAGAGATGAGCCTCTCTGTTTCTCCACAGTCTGCTTC
TTTTTATCTACTGATTCGAAAATAATAAATTATGCGGTTGGTTTGTGTGTGAATCCACCG
TCAAAATGTTGATCTTTGTGTACGATTTACTCTTTTAAGATCATGAACACATGCTCTGTT
TTTTTTT*CTCGAATGTATCAAAACAGAGCAAGGGAATCTTTTCTTGTTTGTTTGTCTTT
TACTTAACCATCCTCTTTGTCGTT

QA 2 505 2 505
DS 



AS 1 3

CO CL3639Contig1 722 3 19 U
CTATGAAAACAAATGATGTATGCATTCACATCTCATTACTAAGTTGTATACACACAGATA
TAAAATGATAAAAGGGTTTAAACCACAACGGTTCATTGAGCATTCTCACGGGGGGTTTTA
CATTGTATGAATTCTTCAACCGGAATAAACCAAAACAAACCTAAAAACTAGTATATGAAA
CTCAGGTGAAGTTCGGTTCATTGAGCAATCACTCTTTAGTTTTCATCACCATAACATATT
GAATGGCACACAGAAAAAACTTGCAATAAACGCAATCCACTCTTTTCGATTTCAATCAAG
CATCGATCCTAAGTAGCGAGTTGAGTGAAGTACTGTTGAACTTCTGCGCAAAACCTCGGA
TTACAAGCACTATAACATCGCGGAAATGGCGCGAATGTACCACCATGTCTACTGCATTCT
CGCTATTTACAACAACCCTCAGCCTTCTCTGGTCATTACGAAATGTCTCCACATGGAAAG
GAGGAACATAGCTTCCACGAACTTCAGTGCTTGAGAAAGACGCCTTTGAACCTGGTTTCA
CAACCTTTAATCTCTTACTGTTCATTTCTAGCATCCGTCTCTCCAGATTTCCCTCACCCG
CAATCTTTTTTGGATAAGGGTCCTTGTCACACAGCACCTCAAACTTCACTAAACCAGTTT
CTAGTTTCAGCTTCACTTCCTTATAAAGATCAGGTTCAACAGAAACAGGTTCCGTAGATG
CA


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1D267JQ U 3
AF RR1D267TF C 5
AF RR1FK88JQ U 1
BS 1 233 RR1FK88JQ
BS 234 234 RR1D267JQ
BS 235 258 RR1FK88JQ
BS 259 259 RR1D267JQ
BS 260 277 RR1FK88JQ
BS 278 278 RR1D267JQ
BS 279 308 RR1FK88JQ
BS 309 309 RR1D267JQ
BS 310 352 RR1FK88JQ
BS 353 353 RR1D267JQ
BS 354 459 RR1FK88JQ
BS 460 460 RR1D267JQ
BS 461 514 RR1FK88JQ
BS 515 515 RR1D267JQ
BS 516 522 RR1FK88JQ
BS 523 523 RR1D267JQ
BS 524 556 RR1FK88JQ
BS 557 557 RR1D267JQ
BS 558 722 RR1FK88JQ

RD RR1D267JQ 630 0 0
AT
GAAAACAAATGATGTATGCATTCACATCTCATTACTAAGTTGTATACACACAGATATAAA
ATGATAAAAGGGTTTAAACCACAACGGTTCATTGAGCATTCTCACGGGGGGTTTTACATT
GTATGAATTCTTCAACCGGAATAAACCAAAACAAACCTAAAAACTAGTATATGAAACTCA
GGTGAAGTTCGGTTCATTGAGCAATCACTCTTTAGTTTTCATCACCATAACATATTGAAT
GGCACACAGAAAAAACTTGCAATAAACGCAATCCACTCTTTTCGATTTCAATCAAGCATC
GATCCTAAGTAGCGAGTTGAGTGAAGTACTGTTGAACTTCTGCGCAAAACCTCGGATTAC
AAGCACTATAACATCGCGGAAATGGCGCGAATGTACCACCATGTCTACTGCATTCTCGCT
ATTTACAACAACCCTCAGCCTTCTCTGGTCATTACGAAATGTCTCCACATGGAAAGGAGG
AACATAGCTTCCACGAACTTCAGTGCTTGAGAAAGACGCCTTTGAACCTGGTTTCACAAC
CTTTAATCTCTTACTGTTCATTTCTAGCATCCGTCTCTCCAGATTTCCCTCACCCGCAAT
CTTTTTTGGATAAGGGTCCTTGTCACAC

QA 3 630 3 630
DS 

RD RR1D267TF 659 0 0
GAAAACAAATGATGTATGCATTCACATCTCATTACTAAGTTGTATACACACAGATATAAA
ATGATAAAAGGGTTTAAACCACAACGGTTCATTGAGCATTCTCACGGGGGGTTTTACATT
GTATGAATTCTTCAACCGGAATAAACCAAAACAAACCTAAAAACTAGTATATGAAACTCA
GGTGAAGTTCGGTTCATTGAGCAATCACTCTTTAGTTTTCATCACCATAACATATTGAAT
GGCACACAGAAAAAACTTGCAATAGACGCAATCCACTCTTTTCGATTTCAATCAAGCATC
GATCCTAAGTAGCGAGTTGAGTGAAGTACTGTTGAACTTCTGCGCAAAACCTCGGATTAC
AAGCACTATAACATCGCGGAGATGGCGCGAATGTACCACCATGTCTACTGCATTCTCGCT
ATTTACAACAACCCTCAGCCTTCTCTGGTCATTACGAAATGTCTCCACATGGAAAGGAGG
AACATAGCTTCCACGAACTTCAGTGCTTGAGAAAGACGCCTTTGAACCTGGTTTCACAAC
CTTTAATCTCTTACTGTTCATTTCTAGCATCCGTCTCTCCAGATTTCCCTCACCCGCAAT
CTTTTTTGGATAAGGGTCCTTGTCACACAGCACCTCAAACTTCACTAAACCAGTTTCT
C

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1FK88JQ 722 0 0
CTATGAAAACAAATGATGTATGCATTCACATCTCATTACTAAGTTGTATACACACAGATA
TAAAATGATAAAAGGGTTTAAACCACAACGGTTCATTGAGCATTCTCACGGGGGGTTTTA
CATTGTATGAATTCTTCAACCGGAATAAACCAAAACAAACCTAAAAACTAGTATATGAAA
CTCAGGTGAAGTTCGGTTCATTGAGCAATCACTCTTTAGTTTTCATCACCATAGCATATT
GAATGGCACACAGAAAAA*CTTGCAATAAACGCAATC*ACTCTTTTCGATTTCAATCAAG
CATCGATCTTAAGTAGCGAGTTGAGTGAAGTACTGTTGAACTTCTGCGCAAAGCCTCGGA
TTACAAGCACTATAACATCGCGGAAATGGCGCGAATGTACCACCATGTCTACTGCATTCT
CGCTATTTACAACAACCCTCAGCCTTCTCTGGTCATTACAAAATGTCTCCACATGGAAAG
GAGGAACATAGCTTCCACGAACTTCAGTGCTTGAAAAAGACGTCTTTGAACCTGGTTTCA
CAACCTTTAATCTCTTCCTGTTCATTTCTAGCATCCGTCTCTCCAGATTTCCCTCACCCG
CAATCTTTTTTGGATAAGGGTCCTTGTCACACAGCACCTCAAACTTCACTAAACCAGTTT
CTAGTTTCAGCTTCACTTCCTTATAAAGATCAGGTTCAACAGAAACAGGTTCCGTAGATG
CA

QA 1 722 1 722
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3641Contig1 999 3 3 U
ATTTTCTCCTTATCAAGAAACCTCTGATCAGTCAAATACCCATCAATCAATCAAATCCCC
AAACACTCCCAAAAAAAAAGAGAGGAGAGCTTCCAACTTCAAAGCCTTTTTCATCTTCTT
AAAAAATGTCTATGTCGTCTATGTCTTCCCCTTCCTCAGCTGTTTTTTTCACCAGAGAAC
CTCTCACCAGATCCTCTCTCTCCTTCCGAACAGCTCTGCTATGTCCAGTGCAACTATTGC
GAAACCATTCTTGCGGTTAGTGTTCCTTACACAAGCATGTTCAAGACCGTAACCGTCAGA
TGTGGTTGCTGTACTAATCTTATTTCCGTGAACATGAGATCGCTTGTCCTTCCAGCCTCT
AACCAGCTCCAGCTCCAGCTTGGACCTCACTCTTACTTCACTCCCCAAAACATTCTGGGG
GAGCTGAAAGATGCACCATCAAACATGAATATGATGATGATGAATCAACACCCTAATATG
AATGACATCCCATCTTTCATGGATCTTCATCAGCAACATGAGATTCCTAAGGCACCACCC
GTTAACCGCCCTCCAGAGAAAAGACAGAGAGTCCCATCCGCATATAACCGATTCATCAAG
GAGGAGATCCAACGTATCAAAGCTGGTAATCCTGATATAAGCCACCGAGAAGCTTTTAGT
GCTGCAGCCAAGAATTGGGCCCACTTCCCCCACATACACTTCGGGCTCTCGCCAGACAAT
CAACCCGTGAAGAAAACCAACATGCCTCAACAGGAGGGTGAAGACAACATGGGGATGAGA
GAAGGGTTCTACGCTCCTGCGACGAATGTTGGTGCGATTCCTTACTAAAGATAAATTTAA
TCAAGAAGTATTTAAGACTTTGAAATCCAGTTTGTAGGGTTTATGTTGCCCAAAAGTAGG
GTTTCTTTTTCTTTCTTGAACTTATATATGTTATATATGCTTGCGTTTTCTTCTGTTGTT
GTAATCAAAATCCTGCTAATTAATGAGGTTTGCTATGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AZ27TF U 1
AF RR1AZ27JQ C 223
AF RR1AB56TF U 245
BS 1 733 RR1AZ27TF
BS 734 981 RR1AB56TF
BS 982 999 RR1AZ27JQ

RD RR1AZ27TF 733 0 0
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QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1AZ27JQ 777 0 0
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QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1AB56TF 737 0 0
G
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GAAAGATGCACCATCAAACATGAATATGATGATGATGAATCAACACCCTAATATGAATGA
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AGCCAAGAATTGGGCCCACTTCCCCCACATACACTTCGGGCTCTCGCCAGACAATCAACC
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AAGTATTTAAGACTTTGAAATCCAGTTTGTAGGGTTTATGTTGCCCAAAAGTAGGGTTTC
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CAAAATCCTGCTAATT

QA 2 737 2 737
DS 



AS 1 3

CO CL3642Contig1 706 3 10 U
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TCTGTGTGTGGGTTTCCCTACATCTGATCTTGAAGTAGAAACACAAGACGAGGACGAGGT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EQ72TF U 1
AF RR1H563JQ C 14
AF RR1H563TF U 14
BS 1 32 RR1EQ72TF
BS 33 33 RR1H563TF
BS 34 151 RR1EQ72TF
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BS 153 245 RR1EQ72TF
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BS 557 678 RR1EQ72TF
BS 679 706 RR1H563TF

RD RR1EQ72TF 678 0 0
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TTGGCTTCAGCGAAAGAATTTTCCGATGAATCGGAGATATTCTCCGAACATCCGACGAGG
AGCAACGAGGTGTGAGTTTAGAATTCCAGTA*AAATCTCCAGTCCAGCAGATAGAGGATC
CTTGGCTGTTCCTTCGCACAAGGTCACTGTGCACGATCGTCAACGAGGAGTCGTTCACGA
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TCCCTTTGCTTGCAGGCATGGTTGCTGTACTAGCTGTGCTGTACGTGTTAAATCTGGAGA
GTTGAGGCAGCCACAAGCATTAGGAATATCAGCTGAACTCAAGTCCCAGGGATATGCACT
TCTGTGTGTGGGTTTCCCTACATCTGATCTTGAAGTAGAAACACAAGACGAGGACGAGGT
CTACTGGCTACAATTTGGAAGATACTTCGCTCGTGGACCAATTGAGAGAGATGATTACGC
CCTTGAACTCGCCATAGGAGACGAGTAGAAACAATAAGCGTTATAGAAGTGAGTGTTACT
TTTTTAGTCCTGAATCTCGTGGTACATCCTTGTAAACCTCTTGATGAACTCGACCATATT
CTGAGAGAACTTCCCACC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1H563JQ 693 0 0
GG
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GAATTTTCCGATGAATCGGAGATATTCTCCGAACATCCGACGAGGAGCAACGAGGTGTGA
GTTTAGAATTCCAGTAGAAATCTCCAGTCCAGCAGATAGAGGATCCTTGGCTGTTCCTTC
GCACAAGGTCACTGTGCACGATCGTCAACGAGGAGTCGTTCACGAGTTTGAGGTTCCAGA
GGATCAGTACATATTGCACTCAGCTGAATCTCAGAACATTAATCTTCCCTTTGCTTGCAG
GCATGGTTGCTGTACTAGCTGTGCTGTACGTGTTAAATCTGGAGAGTTGAGGCAGCCACA
AGCATTAGGAATATCAGCTGAACTCAAGTCCCAGGGATATGCACTTCTGTGTGTGGGTTT
CCCTACATCTGATCTTGAAGTAGAAACACAAGACGAGGACGAGGTCTACTGGCTACAATT
TGGAAGATACTTCGCTCGTGGACCAATTGAGAGAGATGATTACGCCCTTGAACTCGCCAT
GGGAGACGAGTAGAAACAATAAGCGTTATAGAAGTGAGTGTTACTTTTTTAGTCCTGAAT
CTCGTGGTACATCCTTGTAAACCTCTTGATGAACTCGACCATATTCTGAGAGAACTTCCC
ACCAGATCAAACATTTTATGAAAACTTATTG

QA 3 693 3 693
DS 

RD RR1H563TF 693 0 0
GG
AGAAAGAAAAAAAATGGTTCTGGTTTTGCACTGTACATCTTGCAATTGGCTTCAGCGAAA
GAATTTTCCGATGAATCGGAGATATTCTCCGAACATCCGACGAGGAGCAACGAGGTGTGA
GTTTAGAATTCCAGTAGAAATCTCCAGTCCAGCAGATAGAGGATCCTTGGCTGTTCCTTC
GCACAAGGTCACTGTGCACGATCGTCAACGAGGAGTCGTTCACGAGTTTGAGGTTCCAGA
GGATCAGTACATATTGCACTCAGCTGAATCTCAGAACATTAATCTTCCCTTTGCTTGCAG
GCATGGTTGCTGTACTAGCTGTGCTGTACGTGTTAAATCTGGAGAGTTGAGGCAGCCACA
AGCATTAGGAATATCAGCTGAACTCAAGTCCCAGGGATATGCACTTCTGTGTGTGGGTTT
CCCTACATCTGATCTTGAAGTAGAAACACAAGACGAGGACGAGGTCTACTGGCTACAATT
TGGAAGATACTTCGCTCGTGGACCAATTGAGAGAGATGATTACGCCCTTGAACTCGCCAT
GGGAGACGAGTAGAAACAATAAGCGTTATAGAAGTGAGTGTTACTTTTTTAGTCCTGAAT
CTCGTGGTACATCCTTGTAAACCTCTTGATGAACTCGACCATATTCTGAGAGAACTTCCC
ACCAGATCAAACATTTTATGAAAACTTATTG

QA 3 693 3 693
DS 



AS 1 3

CO CL3643Contig1 684 3 2 U
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AAACGGTAGATCACATTAATTCTAATTCTATAGGGTTTGATTAAAATCACAAACCAAACT
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GAGCAGAGCTGCTTGGCTTGGATTCACCTCTCTCTTTCAAGATGCTTGACTTGAACTGCT
TTTCATCGTGAACGTTCAGATCCTCAACGTAGTCAACAAAGACACGAACCCTCCCACGAG
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TCTCCGGATCAAAGAAGAAGACGTGATAAACCTTCGCAGTGTAGTCCATAGCCAAAACAA
TCTCACCTCCCTCAGTCATCCCGGCAACAGAGAAATTGCAACGGCGAACAATCTTCTCCT
CAGACAAAACGTAAACAGACTTCACCCACTCTTTCATCTCGACAACATCTTCAAGAACCC
ACAAAGACAACTCAAGAACAATCTTCTCATCATCATCACCTTTAACATACTTCCAGTAAA
CACCAGCTAATTTCCCCTTGTAGTTAATCAAGTTAACAGCCTCTTGGCCAGCAAAGCAAT
CAGCTTCGATGAACTCAAACTCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AH55JQ U 1
AF RR1AH55TF C 1
AF RR1F269JQ U 53
BS 1 620 RR1AH55JQ
BS 621 684 RR1F269JQ

RD RR1AH55JQ 621 0 0
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CTCTCTCTCTCATAAGAAGCTTTCATCATTCACTGATCCCTCCCACGAGTTCCTTGACTT
GAGCAGAGCTGCTTGGCTTGGATTCACCTCTCTCTTTCAAGATGCTTGACTTGAACTGCT
TTTCATCGTGAACGTTCAGATCCTCAACGTAGTCAACAAAGACACGAACCCTCCCACGAG
TCCCAATCGCT*CCAGCTTATCTCCAAACCCTTGCACCTGAACGCTTCTGAGAGTGTTCT
TCTCCGGATCAAAGAAGAAGACGTGATAAACCTTCGCAGTGTAGTCCATAGCCAAAACAA
TCTCACCTCCCTCAGTCATCCCGGCAACAGAGAAATTGCAACGGCGAACAATCTTCTCCT
CAGACAAAACGTAAACAGACTTCACCCACTCTTTCATCTCGACAACATCTTCAAGAACCC
ACAAAGACAACTCAAGAACAATCTTCTCATCATCATCACCTTTAACATACTTCCAGTAAA
CACCAGCTAATTTCCCCTTG
C

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1AH55TF 621 0 0
GATCATAAAAGTCTTAAAAGACAGTCTGTTAATATTATTTCCAGTAGAGATGCCCTAACT
AAACGGTAGATCACATTAATTCTAATTCTATAGGGTTTGATTAAAATCACAAACCAAACT
CTCTCTCTCTCATAAGAAGCTTTCATCATTCACTGATCCCTCCCACGAGTTCCTTGACTT
GAGCAGAGCTGCTTGGCTTGGATTCACCTCTCTCTTTCAAGATGCTTGACTTGAACTGCT
TTTCATCGTGAACGTTCAGATCCTCAACGTAGTCAACAAAGACACGAACCCTCCCACGAG
TCCCAATCGCT*CCAGCTTATCTCCAAACCCTTGCACCTGAACGCTTCTGAGAGTGTTCT
TCTCCGGATCAAAGAAGAAGACGTGATAAACCTTCGCAGTGTAGTCCATAGCCAAAACAA
TCTCACCTCCCTCAGTCATCCCGGCAACAGAGAAATTGCAACGGCGAACAATCTTCTCCT
CAGACAAAACGTAAACAGACTTCACCCACTCTTTCATCTCGACAACATCTTCAAGAACCC
ACAAAGACAACTCAAGAACAATCTTCTCATCATCATCACCTTTAACATACTTCCAGTAAA
CACCAGCTAATTTCCCCTTG
C

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1F269JQ 632 0 0
CCCTAACTAAACGGTAGATCACATTAATTCTAATTCTATAGGGTTTGATTAAAATCACAA
ACCAAACTCTCTCTCTCTCATAAGAAGCTTTCATCATTCACTGATCCCTCCCACGAGTTC
CTTGACTTGAGCAGAGCTGCTTGGCTTGGATTCACCTCTCTCTTTCAAGATGCTTGACTT
GAGCTGCTTTTCATCGTGAACGTTCAGATCCTCAACGTAGTCAACAAAGACACGAACCCT
CCCACGAGTCCCAATCGCTTCCAGCTTATCTCCAAACCCTTGCACTTGAACGCTTCTGAG
AGTGTTCTTCTCCGGATCAAAGAAGAAGACGTGATAAACCTTCGCAGTGTAGTCCATAGC
CAAAACAATCTCACCTCCCTCAGTCATCCCAGCGACAGAGAAATTGCAACGACGAACAAT
CTTCTCCTCAGACAAAATGTAAACAGACTTCACCCACTCTTTCATCTCGGCAACATCTTC
AAGAACCCACAAAGACAACTCAAGAACAATCTTCTCATCATCATCACCTTTAACATACTT
CCAGTAAACACCAGCTAATTTCCCCTTGTAGTTAATCAAGTTAACAGCCTCTTGGCCAGC
AAAGCAATCAGCTTCGATGAACTCAAACTCCT

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 3

CO CL3644Contig1 514 3 2 U
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CAATCCTGAAGTCAGATGTACAAAGGAGAATAGGGCAGCTGGGATTTTGGATAACCATGC
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GATCATGCCTGGCATCAACAAATTCTTCACTGATCCTAAATACTGATTATCAAAACTTTG
TTGTCGTTATATTGTTTCTTGGATTGCATCTCTTCAGTCTTCCCTATGATATAAACCCTC
ATTTGTCAGTTTCACATTGTGATGTATCCTCAGCTTGGATGACTTCTTATGCTGTCACTT
TAAAGCATATAATAATAAAACTACTTATGTATGA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1GB21JQ C 1
AF RR1GB21TF U 1
AF RR1F280TF U 9
BS 1 513 RR1GB21TF
BS 514 514 RR1F280TF

RD RR1GB21JQ 513 0 0
GGCAACATTCATTCTCAGAGAAGCCGTCTTCCTCTTGTAATCTCTCTCTCGTTCGGACAT
CATCTTATCCGCGATTCCAATGTCGAGCCGTTGGTTGAGACCTGAGGTGTATCCTTTGTT
CGCGGCTACTGGAGTTGCGGTCGGGATCTGCGCGTTTTCGTTGATCAGAAACATCACCGG
CAATCCTGAAGTCAGATGTACAAAGGAGAATAGGGCAGCTGGGATTTTGGATAACCATGC
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GATCATGCCTGGCATCAACAAATTCTTCACTGATCCTAAATACTGATTATCAAAACTTTG
TTGTCGTTATATTGTTTCTTGGATTGCATCTCTTCAGTCTTCCCTATGATATAAACCCTC
ATTTGTCAGTTTCACATTGTGATGTATCCTCAGCTTGGATGACTTCTTATGCTGTCACTT
TAAAGCATATAATAATAAAACTACTTATGTATG

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1GB21TF 513 0 0
GGCAACATTCATTCTCAGAGAAGCCGTCTTCCTCTTGTAATCTCTCTCTCGTTCGGACAT
CATCTTATCCGCGATTCCAATGTCGAGCCGTTGGTTGAGACCTGAGGTGTATCCTTTGTT
CGCGGCTACTGGAGTTGCGGTCGGGATCTGCGCGTTTTCGTTGATCAGAAACATCACCGG
CAATCCTGAAGTCAGATGTACAAAGGAGAATAGGGCAGCTGGGATTTTGGATAACCATGC
AGAGGGAGAGAAGTACAAGGAAAACTTCCTGAGGAAGTACGTTCGCAACAAGCACCCTGA
GATCATGCCTGGCATCAACAAATTCTTCACTGATCCTAAATACTGATTATCAAAACTTTG
TTGTCGTTATATTGTTTCTTGGATTGCATCTCTTCAGTCTTCCCTATGATATAAACCCTC
ATTTGTCAGTTTCACATTGTGATGTATCCTCAGCTTGGATGACTTCTTATGCTGTCACTT
TAAAGCATATAATAATAAAACTACTTATGTATG

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1F280TF 506 0 0
GG
ATTCTCAGAGAAGCCGTCTTCCTCTTGTAATCTCTCTCTCGTTCGGACATCATCTTATCC
GCGATTCCAATGTCGAGCCGTTGGTTGAGACCTGAGGTGTATCCTTTGTTCGCGGCTACT
GGAGTTGCGGCCGGGATCTGCGCGTTTTCGTTGATCAGAAACATCACCGGCAATCCTGAA
GTCAGATGTACAAAGGAGAATAGGGCAGCTGGGATTTTAGATAACCATGCAGAGGGAGAG
AAGTACAAGGAAAACTTCCTGAGGAAGTACGTTCGCAACAAGCACCCTGAGATCATGCCT
GGCATCAACAAATTCTTCACTGATCCTAAATACTGATTATCAAAACTTTGTTGTTGTTAT
ATTGTTTCTTGGATTGCATCTCTTCAGTCTTCCCTATGATATAAACCCTCATTTGTCAAT
TTCACATTGTGATGTATCCTCAGCTTGGATGACTTCTTATGCTGTCACTTTAAAGCATAT
AATAATAAAACTACTTATGTATGA

QA 3 506 3 506
DS 



AS 1 2

CO CL3645Contig1 761 2 2 U
GGATTTCATTTCTAGTACTAATCACATAAACTAGAAAAAAAACATAACAAAATGGCGTCA
GTTACATCAGCTACCGTCTTCCCATGTTTCACCGGCCTCAAGCTCGCCGTCAACTCCAAA
CCCACGACGGTATCCACCGCCGCCTTCAAATCCCCTTCCACAGCGGCGCCTAAGCTCTCC
GTGAAGTCGTCTCTGAAAGATTTCGGCGTTATGGCCGTCGCAGCTGCAGCGTCCATCGCT
TTGGCCGGGAATGCGATGGCCATTGAGATTCTCTTAGGATCTGACGATGGTGGTCTTGTT
TTCGTGCCAAGCGAATTCACGGTGGCTAAAGGAGAGAAGATCGTTTTCAAGAACAACGCA
GGGTACCCACACAACGTGGTGTTCGACGAAGACGAGATCCCTAGTGGCGTGGACGCGGGC
AAGATCTCTATGGACGAGCAAGCTCTTCTCAATGGTGCTGGAGAGACATACGAGGTTACA
CTGACGGAGCCTGGCTCTTACGGCTTCTATTGTGTGCCGCACCAGGGAGCTGGTATGGTC
GGGAAACTTACTGTCAATTGAATTGTGACTAGATGATGATTATTCATGAACCATAAATAA
TTGTAATCTGGAAGAGTGTCTTGAATTATAAAACAGGATTATGTAATACTCCATTTACGT
ACTGGGTTAATGGTAATAGCATTGGTTTTTCGGTACTTTTAAGCTGCTGCCATTGATTTA
GATCAATTGTGTTTGTCACGTGAAAATAAAGTTTCTTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR51TF U 1
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TGTTGGGAAAA

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CTAGTGGCGTGGACGCGGGCAAGATCTCTATGGACGAGCAAGCTCTTCTCAATGGTGCTG
GAGAGACATACGAGGTTACACTGACGGAGCCTGGCTCTTACGGCTTCTATTGTGTGCCGC
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TATTCATGAACCATAAATAATTGTAATCTGGAAGAGTGTCTTGAATTATAAAACAGGATT
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AAGCTGCTGCCATTGATTTAGATCAATTGTGTTTGTCACGTGAAAATAAAGTTTCTTTGA
G

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DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR1CX83JQ U 1
AF RR1FM35JQ U 1
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AAAGTTCCCCATCGACATTGACATCATACACAGAGCACTCCCAAAGCTCTTCAGTCCATC
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AATGAGTGAGTATTGTGGAACCTGCCAGAAGATGCTTAATGAGCTTGAGCCATCACACTG
AATGCAACTCTTGTCTGCATACTTGAGTCTAAAGCATTCCACAACCCCAGCTGCAACCAT
AGCTAAGATAGCAATCACAAGTCCAATACCCATCCTGTGAAGCTCGGTGATTCCCTTTGA
TCCATCCTTCTTCTTGAATCTGGTGGCC

QA 3 690 3 690
DS 



AS 1 3

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TTTTTCACCTGAGAAGTGTTTTGTTCTCAAAGTGAGATATCCTTCGGTGTTTGAAACTGG
CAAATGCTTATTTACCCCATAGAAAATCCAAAAAAAATTAAGTTTATGTATTGCATTTTC
TTTGATTTTCTTTTCTCATGTATAAGGTTCAGTGTGTACAAGTGTCAAACATAAATAAAC
TAGTAGTTCAGTAC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BT12TF U 1
AF RR1B664TF U 2
AF RR1B664JQ C 2
BS 1 284 RR1BT12TF
BS 285 285 RR1B664TF
BS 286 456 RR1BT12TF
BS 457 457 RR1B664TF
BS 458 599 RR1BT12TF
BS 600 756 RR1B664TF
BS 757 757 RR1B664JQ
BS 758 806 RR1B664TF
BS 807 807 RR1B664JQ
BS 808 820 RR1B664TF
BS 821 821 RR1B664JQ
BS 822 834 RR1B664TF
BS 835 854 RR1B664JQ

RD RR1BT12TF 606 0 0
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ATTTTTG

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1B664TF 842 0 0
G
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TTTCACCTGAGAAGTGTTTTGTTCTCAAAGTGAGATATCCTTCGGTGTTTGAAACTGGCA
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TGATTTTCTTTTCTCATGTATAAG*TTCAGTGTGTACA*GTGTCAAACATAA
TAAACTAAG

QA 2 833 2 833
DS 

RD RR1B664JQ 853 0 0
G
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ATTTTTTCTTGGGCACTTCCCAAGTTTTCTTTTTTCTTCTACGAACTCTTTTTGTGGGCA
TTTCACAAAACCAAAAATTTATATTTCCTTTTTGTCTCAAAATTTGCTTGAAATTTATAA
AAATGGGAAACTGTTTGAATGGAGGAAACAACGTTACAAGAGTGGTTCAAGAAGAACAAG
AAGTGAAGAAAGATCACAACAGAAAAGATCGGAAAGTGAAGACTGTTCTGAGAAGAGATG
AGTTAGAGAAACTCATCCTCTTCCAGTTAAACGCCGGCGGCGACGTCCAAGG*CAAGGGA
GAAACAACTTTGGCTTCTTTCGGGGATTTTCTCAGGGAACTAGAGGCGGAGAGATTCGCC
GGAGAAGCCGCAGCTAAGGCAGCTGAGGAAGACGGAGAGTCTCGCCGGAGATGTCGGAAG
TGGAGACCGTCGTTGGAGAGAATTACTGAATGGCCTGAAGAAACACTATAGTAATCACTT
TTTAATCATTTTTAGATAATTAATTAAGGTTTAATTTAATTTCTTTCTCTAAGATAGGAT
TTTTGTGGGGG*AGTTTGCATTT*GCTTGTTTTTATTTCTCTTTTTTTCCGATGATTTTT
TTTCACCTGAGAAGTGTTTTGTTCTCAAGGTGAGATATC*TTCGGTGTTTGAAACTGGCA
AATGCTTATTTACCCCATAGAAAATCCAAAAAAAATTAAGTTTATGTATTGCATTTTCTT
TGATTTTCTTTTCTCATGTATAAGGTTCAGTGTGTACAAGTGTCAAACATAAATAAACTA
GTAGTTCAGTAC

QA 2 853 2 853
DS 



AS 1 3

CO CL3648Contig1 1219 3 7 U
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AGAAGCAGCGTTAGGTATGATCGTAGGCGGAGGAGGAGAAGGAGACGCAGCCGTGGCGGC
GGAGCAGAATAGACAAATGAAAGGTGAGATAGCTACACATCCCATGTACGAGCAGCTTTT
GGCCGCACACGTGGCATGTCTGAGAGTGGCGACTCCCATCGACCAGCTTCCGATCATTGA
AGCTCAGCTTTCTCACTCTCATCATCTTCTCCGATCTTATGCTTCGACAGCCGTTGGATT
CTCGCATCATGATCGTCAAGAGCTCGACAACTTCTCGGCACAATATGTAATGGTGTTGTG
TAGCTTCAAAGAACAGCTTCAACAACACGTGAGGGTTCATGCCGTAGAAGCTGTGATGGC
TTGCCGTGAAATTGAGAACAACCTCCACTCTCTCACAGGAGCGACATTAGGAGAAGGGTC
CGGTGCGACGATGTCCGAGGATGAGGACGATCTTCATATGGATTTCTTATCTGATAATTC
CCGGCATTGATTTTAGCGGGGGACAAGATATGACGGGATTTGGTCCATTGCTTCCGACTG
AATCTGAAAGATCTCTTATGGAAAGAGTCAGACAAGAGCTGAAACTCGAACTCAAACAGG
GTTTTAAATCAAGAATTGAAGATGTAAGAGAAGAGATAATGAGGAAAAGAAGGGCTGGGA
AATTGCCTGGAGACACAACAACTGTCTTGAAAAATTGGTGGCAACAACATTGCAAATGGC
CTTACCCTACTGAAGACGACAAGGCAAAATTGGTGGAGGAGACAGGATTACAGTTGAAGC
AAATCAACAACTGGTTCATTAATCAACGCAAGAGGAACTGGCACAATAACTCTCATTCCC
TCACTTCCTTGAAGTCCAAGCGCAAACACTGATCTCTTATTACTGGTATACAATTGCCAC
TACATTTACATATGCTACTTACATTCCGCAGTATATAATTCCATTGATCTAGTAATAACG
AGGTGTGATTATGAATATCATGTACTTAGCTTATTTTACATCCCAACCACTAAAAGGTTT
GTTCTTTAAGTGATTTACTTGTTGTTATTGGATTGTGATTCAATACGTGTATGTTTTACT
TTTTACTGCGATTCATCAC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY52TF U 1
AF RR1GP21TF U 3
AF RR1FY52JQ C 552
BS 1 169 RR1FY52TF
BS 170 170 RR1GP21TF
BS 171 395 RR1FY52TF
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BS 599 694 RR1GP21TF
BS 695 1219 RR1FY52JQ

RD RR1FY52TF 598 0 0
GGATATACGTACGTTGATTTCTTCGGTTCTCTCTAATCGTACAACCAAAATCAGGTCGAA
GAATCAGGGTTTTCAGGACAAAACCGAGTTTCGCTCTCCGTCTTCTATCAAGAATATGCA
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GGAGCAGAATAGACAAATGAAAGGTGAGATAGCTACACATCCCATGTACGAGCAGCTTTT
GGCCGCACACGTGGCATGTCTGAGAGTGGCGACTCCCATCGACCAGCTTCCGATCATTGA
AGCTCAGCTTTCTCACTCTCATCATCTTCTCCGATCTTATGCTTCGACAGCCGTTGGATT
CTCGCATCATGATCGTCAAGAGCTCGACAACTTCTTGGCACAATATGTAATGGTGTTGTG
TAGCTTCAAAGAACAGCTTCAACAACACGTGAGGGTTCATGCCGTAGAAGCTGTGATGGC
TTGCCGTGAAATTGAGAACAACCTCCACTCTCTCACAGGAGCGACATTAGGAGAAGGGTC
CGGTGCGACGATGTCCGAGGATGAGGACGATCTTCATATGGATTTCTTATCTGATAAT

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1GP21TF 697 0 0
GG
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CAGGGTTTTCAGGACAAAACCGAGTTTCGCTCTCCGTCTTCTATCAAGAATATGCAAGAA
GCAGCGTTAGGTATGATCGTAGGCGGAGGAGGAGAAGGAGACGCAGCCGTGGCGGCGGAG
CAGAATAGACAAATGAAAGGTGAGATAGCTACACATCCCATGTACGAGCAGCTTTTGGCC
GCACACGTGGCATGTCTGAGAGTTGCGACTCCCATCGACCAGCTTCCGATCATTGAAGCT
CAGCTTTCTCACTCTCATCATCTTCTCCGATCTTATGCTTCGACAGCCGTTGGATTCTCG
CATCATGATCGTCAAGAGCTCGACAATTTCTCGGCACAATATGTAATGGTGTTGTGTAGC
TTCAAAGAACAGCTTCAACAACACGTGAGGGTTCATGCCGTAGAAGCTGTGATGGCTTGC
CGTGAAATTGAGAACAACCTCCACTCTCTCACAGGAGCGACATTAGGAGAAGGGTCCGGT
GCGACGATGTCCGAGGATGAGGACGATCTTCATATGGATTTCTTATCTGATAATTCCCGG
CATTGATTTTAGCGGGGGACAAGATATGACGGGATTTGGTCCATTGCTTCCGACTGAATC
TGAAAGATCTCTTATGGAAAGAGTCAGACA
GAGCT

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR1FY52JQ 668 0 0
TGTCCGAGGATGAGGACGATCTTCATATGGATTTCTTATCTGATAATTCC*GGCATTGAT
TTTAGCGGGGGACAAGATATGACGGGATTTGGTCCATTGCTTCCGACTGAATCTGAAAGA
TCTCTTATGGAAAGAGTCAGACAAGAGCTGAAACTCGAACTCAAACAGGGTTTTAAATCA
AGAATTGAAGATGTAAGAGAAGAGATAATGAGGAAAAGAAGGGCTGGGAAATTGCCTGGA
GACACAACAACTGTCTTGAAAAATTGGTGGCAACAACATTGCAAATGGCCTTACCCTACT
GAAGACGACAAGGCAAAATTGGTGGAGGAGACAGGATTACAGTTGAAGCAAATCAACAAC
TGGTTCATTAATCAACGCAAGAGGAACTGGCACAATAACTCTCATTCCCTCACTTCCTTG
AAGTCCAAGCGCAAACACTGATCTCTTATTACTGGTATACAATTGCCACTACATTTACAT
ATGCTACTTACATTCCGCAGTATATAATTCCATTGATCTAGTAATAACGAGGTGTGATTA
TGAATATCATGTACTTAGCTTATTTTACATCCCAACCACTAAAAGGTTTGTTCTTTAAGT
GATTTACTTGTTGTTATTGGATTGTGATTCAATACGTGTATGTTTTACTTTTTACTGCGA
TTCATCAC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 3

CO CL3649Contig1 1141 3 4 U
GGATTTCTCTTGTGACTCGTTCTCTCCTGCACACAGTCTTTTTCTTCAAAGCCTTTGACT
CATTTCTCTTGACTCGTTCTCTCCTTCACTGCTTCACAGTCTCTCATATCTCTCTCTCTG
CAAAGATAACACTCATTTCTTATACACTTGCTCTATCTCTTCCATTGTCCTCCATGGATG
AAAATGAAGACGATGTTCTTCCTCGTTTCTTCAAGGTTTTCTTCTCGGAAACAGCCTCTG
AATCAATGGGGATTCCCATGTCCTTTAATGAGCATCTCGAAGATCCACTTCCACAGAAAG
CCAAGCTCCAAGGCACTGGAGGTGGAATTTGGACTGTGAGCTTCACCAAGATCCGTGAAT
GTGCTTATTTCACATCTGGATGGTCCAAATTTGCAGAGGAGCATGAACTCAAGGACGGTG
AGTTCTTGACCTTTGTCTATGATGGCCACCACACGTTTGAAGTGAGTGTCTACGGTCATT
GTGGTTGTAAAGAGACAAGAGCAGTGGTGGAGACAGTGGAGGTTTCTGACGATGATTCTG
ATGGAAGTGAAGAAGAAGAAGATTCTTCTGCAGATGATGATTCAGATGTTAGCAGCAACG
TGACAGTATCAGATGATGATGCAGGGCTTTCGAGTATGGAGGTCACTGGAAATCCATGTT
TTACAACCAAACTCAAGCAGAGGATATATGAGCTGTTAATTCCAGCAAATGTGGTTAATG
AACATGGGCTTACGTTTGGAGACAGCATCAAGTACATTGATGCAGAAGGG*TCATGAAAG
GGGAAAGAGGGAAAATGCCTGATGGTAGGGTTTGCCTCAAAGGATGGAACAGGGTTTGCA
GAAGGAACAGGGTCAGAGAGCAAGATACAGTCCACTGCGAGATGCTTCATGTCAGGAAGA
AAGTTCACTCGATCAAAGTCACAGTCACACGTGGTTGAGTCTCTCTTCATCAGTTCATCA
CCATCATCATCATATCATTATCATGAGTTGAGTTCTATGGTTTAGTATGGGTTTCGTTTG
TTTCAGGACTGTTATGAACTTGTTGATGTTTGCATGGTTATAATGTAATGCCTATGTGGC
TTTCTTTTAAATTTCTGGTAGTATCTTGAATGCTTTATGTAATGCATCAGTGGCTTTTTA
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BO45TF U 1
AF RR1GM08TF U 53
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DS 

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TCTCTCTGCAAAGATAACACTCATTTCTTATACACTTGCTCTATCTCTTCCATTGTCCTC
CATGGATGAAAATGAAGGCGATGTTCTTCCTCGTTTCTTCAAGGTTTTCTTCTCGGAAAC
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ACAGAAAGCTAAGCTCCAAGGCACTGGAGGTGGAATTTGGACTT**AGCTTCACCAAGAT
CCGTGAATGTGCTTATTTCACATCTGGATGGTCCAAATTTGCAGAGGAGCATGAACTCAA
GGACGGTGAGTTCTTGACCTTTGTCTATGATGGCCACCACACGTTTGAAGTGAGTGTCTA
CGGTCATTGTGGTTGTAAAGAGACAAGAGCAGTGGTGGAGACAGTGGAGGTTTCTGACGA
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CATGAAAG
GGGAAAG

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DS 

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TGACAGTATCAGATGATGATGCAGGGCTTTCGAGTATGGAGGTCACTGGAAATCCATGTT
TTACAACCAAACTCAAGCAGAGGATATATGAGCTGTTAATTCCAGCAAATGTGGTTAATG
AACATGGGCTTACGTTTGGAGACAGCATCAAGTACATTGATGCAGAAGGGGTCATGAAAG
GGGAAAGAGGGAAAATGCCTGATGGTAGGGTTTGCCTCAAAGGATGGAACAGGGTTTGCA
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G

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 3

CO CL3650Contig1 1327 3 8 U
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CCTCTTAACGGTTTCCTTTCACCTCCCCTCTTTCTCATTCTTTATATACTGTTTTTTTCA
TTCTGTTCCACAAACCAAAACCCTAGAACCTGCTCTATTTAAGCTCAAGCCATGGCGATC
AAAACAAACGGCAAGTTCCCTGTCTCCTCTGCCAATGATCAAGGAGTTATGTTCTTCAAA
AATATCTCACCAGGTCCCACAAAACCCAGTTACACTACCTATCTGAACCCAATAAAAAGA
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AGGATATTGGGAGATTTATACATCTAAAATTATGGTGGTGTTCACTAAAACGTCTTTGTT
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AGCTCTGATTTCTATAAAATTCTTAGTTGTCTGGAATTTCCTTGCAGTTCTTCAACTAAT
GTTGCTCATATTTTGGTTAGTATCAGGTACCTCAATATTGGGTTTCGTCTTTCTTTATTT
ATGTGAAGTTACATTGGTATGCCTTAAATTATCTGCATATTTTACTCGCTTTTACCCGCA
GATGAGAGATTGGATTTAGGTGACAGTGAACCAGGGTTTGATGCTGATCATGAATATGGT
GAAGGGGAGTTTGAAGAGAGAGAATTGAAGCAGTAGGAACATGGGTTGGTTAATCAGATG
GATGAAAAACTTGAGGAGGGAACAGAGGCCGATGAAAATGCAGGTGAGTTTACCGACGAC
ATTGGGAGGAGCTAGAGTGTCAAAGTAGTTATGTGCATGCTTATGATGAAATTAAGCGTG
GAGAAGCTGTTGATGTGTAAGAAGAAAGAGAAGATCATCATGATGTGCTCCATGACAGAC
GCTCGCTTAAGGAGTTTGAAATATTTGTTAGAAGCTTGGACAAAAGTACTACGGAAGAAG
TTTTGAGAAAGTGTTTGTCCTGTGGTGCAGTGACTGAAATAAAATGAGGATTATAATGAA
ATGCAAGGGTTATGATTAGGCAAAAAATGAGATATCCAATAGTAATCTTCTATACTTAAG
TATTAGATCGAGAGTTTGTGTAACTTGGTCATCGTATGTTCAACCAGTATGTATAAGGAT
TGACCACATTTAGGCAAGCCTATGCATGGATTTACCATATATTATCAAATCTGATGTTCT
TTTATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN72TF U 37
AF RR1BE45TF U 1
AF RR1BE45JQ C 553
BS 1 260 RR1BE45TF
BS 261 261 RR1EN72TF
BS 262 406 RR1BE45TF
BS 407 407 RR1EN72TF
BS 408 453 RR1BE45TF
BS 454 454 RR1EN72TF
BS 455 794 RR1BE45TF
BS 795 1327 RR1BE45JQ

RD RR1EN72TF 742 0 0
G
CAATCAAACGTTTGCTTCAATCTCCTCTTAACGGTTTCCTTTCACCTCCCCTCTTTCTCA
TTCTTTATATACTGTTTTTTTCTTTCTGTTCTACAAACCAAAACCCTAGAACCTGCTCTA
TTTAAGCTCAAGCCATGGCGATCAAAACAAACGGCAAGTTCCCTGTCTCCTCTGCCAATG
ATCAAGGAGTTATGTTCTTCAAAAATATCTCACCAGGTCCCACAAAACCCAGTTACACTA
CCTATCTGAACCCAATAAAAAGATCCTTATTGGTCTGGAAATGCACCTCATCGACGAACA
GGAGAAATGTATATGTAAACATGATTGATTTGAGATTACTGAACTGGTCACTCCACCACC
ATCTCTAATAGCTGGAGTAGAAAAGGATATTGGGAGATTTATACATCTAAAATTATGGTG
GTGTTCACTAAAACGTCTTTGTTTGCATGCCAAAGAGTATTGTGTTTGTTTATTTGCTTA
TATGGTTCAGGTGTACTATATTTAGCTCTGATTTCTATAAAATTCTTAGTTGTCTGGGAT
TTCCTTGCAGTTCTTCAACTAATGTTGCTCATATTTTGGTTAGTATCAGGTACCTCAATA
TTGGGTTTCGTCTTTCTTTATTTATGTGAAGTTACATTGGTATGCCTTAAATTATCTGCA
TAGTTTACTCGCTTTTACCCGAAGATGAGAGATTGGATTTAGGTGACAGTGAACCAGGGT
TTGATGCTGATCATGAATATG

QA 2 742 2 742
DS 

RD RR1BE45TF 794 0 0
GGAACTTCGTCCAATCTCCGTTACCCAACCTCCTCTACAATCAAACGTTTGCTTCAATCT
CCTCTTAACGGTTTCCTTTCACCTCCCCTCTTTCTCATTCTTTATATACTGTTTTTTTCA
TTCTGTTCCACAAACCAAAACCCTAGAACCTGCTCTATTTAAGCTCAAGCCATGGCGATC
AAAACAAACGGCAAGTTCCCTGTCTCCTCTGCCAATGATCAAGGAGTTATGTTCTTCAAA
AATATCTCACCAGGTCCCACGAAACCCAGTTACACTACCTATCTGAACCCAATAAAAAGA
TCCTTATTGGTCTGGAAATGCACCTCATCGACGAACAGGAGAAATGTATATGTAAACATG
ATTGATTTGAGATTACTGAACTGGTCACTCCACCACCATCTCTAATTGCTGGAGTAGAAA
AGGATATTGGGAGATTTATACATCTAAAATTATTGTGGTGTTCACTAAAACGTCTTTGTT
TGCATGCCAAAGAGTATTGTGTTTGTTTATTTGCTTATATGGTTCAGGTGTACTATATTT
AGCTCTGATTTCTATAAAATTCTTAGTTGTCTGGAATTTCCTTGCAGTTCTTCAACTAAT
GTTGCTCATATTTTGGTTAGTATCAGGTACCTCAATATTGGGTTTCGTCTTTCTTTATTT
ATGTGAAGTTACATTGGTATGCCTTAAATTATCTGCATATTTTACTCGCTTTTACCCGCA
GATGAGAGATTGGATTTAGGTGACAGTGAACCAGGGTTTGATGCTGATCATGAATATGGT
GAAGGGGAGTTTGA

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1BE45JQ 775 0 0
TATAAAATTCTTAGTTGTCTGGAATTTCCTTGCAGTTCTTCAACTAATGTTGCTCATATT
TTGGTTAGTATCAGGTACCTCAATATTGGGTTTCGTCTTTCTTTATTTATGTGAAGTTAC
ATTGGTATGCCTTAAATTATCTGCATATTTTACTCGCTTTTACCCGCAGATGAGAGATTG
GATTTAGGTGACAGTGAACCAGGGTTTGATGCTGATCATGAATATGGTGAAGGGGAGTTT
GAAGAGAGAGAATTGAAGCAGTAGGAACATGGGTTGGTTAATCAGATGGATGAAAAACTT
GAGGAGGGAACAGAGGCCGATGAAAATGCAGGTGAGTTTACCGACGACATTGGGAGGAGC
TAGAGTGTCAAAGTAGTTATGTGCATGCTTATGATGAAATTAAGCGTGGAGAAGCTGTTG
ATGTGTAAGAAGAAAGAGAAGATCATCATGATGTGCTCCATGACAGACGCTCGCTTAAGG
AGTTTGAAATATTTGTTAGAAGCTTGGACAAAAGTACTACGGAAGAAGTTTTGAGAAAGT
GTTTGTCCTGTGGTGCAGTGACTGAAATAAAATGAGGATTATAATGAAATGCAAGGGTTA
TGATTAGGCAAAAAATGAGATATCCAATAGTAATCTTCTATACTTAAGTATTAGATCGAG
AGTTTGTGTAACTTGGTCATCGTATGTTCAACCAGTATGTATAAGGATTGACCACATTTA
GGCAAGCCTATGCATGGATTTACCATATATTATCAAATCTGATGTTCTTTTATTC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 3

CO CL3651Contig1 598 3 5 U
GGGAAGAGGCGAGCAAAGGAGTTGAAGAAACATGGCGGCCAACGGCGTGAGAAGGGCCCT
CAATAAGCTATCTTCGTCATCATCGACGACAGGGAGAACACTCTTCGCTCGTTCTTCTTC
TGGTCCGAGTGTCGGAAAATCAGCTGGATTCGCTTTCTCGAACGGATCATCTTCATCTCG
CTCCTCACTTCGTAGGCTCACATCCTCCAGGGTTCCAGTGGAGCTGAGTGCAGGAGTTTC
GCTTATACCGTTACATAGTGTTACTGCTTCAGCTTTACTCACTTCGTTGCTGTCTCTTAG
CAATCAGAGCTGGGGTTGCTTATCTGAAGGATTTGGAACGACACTATAACATGGACTGCG
AGTTTTTGACTCCTCCAGTGTTTTACTTGTCAGATCCCAAGAAACCCTTTTCATCATTTC
ATCATCGGTGGTCTGCAGTTTTTTTTTGTCCCCCAAAAGGTTTCAGATAACATTTCTCTT
TGAAGAGCTCCTTTGTTGTGTCATCTTCAGTTGGATGATTCTGCTGAGGGAAATAAACTT
TGCTAGAGTTTTTACCTAAAGATATCTATTGAAAGAGTTCGATTTCCATTTCATTTGA


BQ
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AF RR1G988TF U 1
AF RR1DG83JQ C 2
AF RR1DG83TF U 2
BS 1 292 RR1G988TF
BS 293 293 RR1DG83TF
BS 294 378 RR1G988TF
BS 379 379 RR1DG83TF
BS 380 598 RR1G988TF

RD RR1G988TF 598 0 0
GGGAAGAGGCGAGCAAAGGAGTTGAAGAAACATGGCGGCCAACGGCGTGAGAAGGGCCCT
CAATAAGCTATCTTCGTCATCATCGACGACAGGGAGAACACTCTTCGCTCGTTCTTCTTC
TGGTCCGAGTGTCGGAAAATCAGCTGGATTCGCTTTCTCGAACGGATCATCTTCATCTCG
CTCCTCACTTCGTAGGCTCACATCCTCCAGGGTTCCAGTGGAGCTGAGTGCAGGAGTTTC
GCTTATACCGTTACATAGTGTTACTGCTTCAGCTTTACTCACTTCGTTGCTGCCTCTTAG
CAATCAGAGCTGGGGTTGCTTATCTGAAGGATTTGGAACGACACTATAACATGGACTGCG
AGTTTTTGACTCCTCCAGGGTTTTACTTGTCAGATCCCAAGAAACCCTTTTCATCATTTC
ATCATCGGTGGTCTGCAGTTTTTTTTTGTCCCCCAAAAGGTTTCAGATAACATTTCTCTT
TGAAGAGCTCCTTTGTTGTGTCATCTTCAGTTGGATGATTCTGCTGAGGGAAATAAACTT
TGCTAGAGTTTTTACCTAAAGATATCTATTGAAAGAGTTCGATTTCCATTTCATTTGA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1DG83JQ 591 0 0
GGGAAG
GGCGAGCAAAGGAGTTGAAGAAACATGGCGGCCAACGGCGTGAGAAGGGCCCTCAATAAG
CTATCTTCGTCATCATCGACGACAGGGAGAACACTCTTCGCTCGTTCTTCTTCTGGTCCG
AGTGTCGGAAAATCAGCTGGATTCGCTTTCTCGAACGGATCATCTTCATCTCGCTCCTCA
CTTCGTAGGCTCACATCCTCCAGGGTTCCAGTGGAGCTGAGTGCAGGAGTTTCGCTTATA
CCGTTACATAGTGTTACTGCTTCAGCTTTACTCACTTCGTTGCTGTCTCTTAGCAATCAG
AGCTGGGGTTGCTTATCTGAAGGATTTGGAACGACACTATAACATGGACTGCGAGTTTTT
GACTCCTCCAGTGTTTTACTTGTCAGATCCCAAGAAACCCTTTTCATCATTTCATCATCG
GTGGTCTGCAGTTTTTTTTTGTCCCCCAAAAGGTTTCAGATAACATTTCTCTTTGAAGAG
CTCCTTTGTTGTGTCATCTTCAGTTGGATGATTCTGCTGAGGGAAATAAACTTTGCTAGA
GTTTTTACCTAAAGATATCTATTGAAAGAGTTCGATTTCCATT
CC

QA 7 589 7 589
DS 

RD RR1DG83TF 579 0 0
GGGAAG
GGCGAGCAAAGGAGTTGAAGAAACATGGCGGCCAACGGCGTGAGAAGGGCCCTCAATAAG
CTATCTTCGTCATCATCGACGACAGGGAGAACACTCTTCGCTCGTTCTTCTTCTGGTCCG
AGTGTCGGAAAATCAGCTGGATTCGCTTTCTCGAACGGATCATCTTCATCTCGCTCCTCA
CTTCGTAGGCTCACATCCTCCAGGGTTCCAGTGGAGCTGAGTGCAGGAGTTTCGCTTATA
CCGTTACATAGTGTTACTGCTTCAGCTTTACTCACTTCGTTGCTGTCTCTTAGCAATCAG
AGCTGGGGTTGCTTATCTGAAGGATTTGGAACGACACTATAACATGGACTGCGAGTTTTT
GACTCCTCCAGTGTTTTACTTGTCAGATCCCAAGAAACCCTTTTCATCATTTCATCATCG
GTGGTCTGCAGTTTTTTTTTGTCCCCCAAAAGGTTTCAGATAACATTTCTCTTTGAAGAG
CTCCTTTGTTGTGTCATCTTCAGTTGGATGATTCTGCTGAGGGAAATAAACTTTGCTAGA
GTTTTTACCTAAAGATATCTATTGAAAGAGTTC

QA 7 579 7 579
DS 



AS 1 2

CO CL3652Contig1 874 2 4 U
AGGAAAGAGCTAGAAAAAATGATCAGAACCATTTTCCTCTTCCTCGTCCTCTTCATCGGG
ACGCAAGTCAACGCGCAGCTCATTCCGCCGGGCGAGGCCCGATGGTTTCGCTTACCAACC
GGGTCGTCATCGTCTTGGCCCGGATACTATACTAATCGAGGCGTTTTATGACCCCGTTTG
CCCGTACAGTAGAGACTCTTGGCCTCCGCTGAAGAAAGCGCTTAAACATTACGGATCTCG
CGTTTCCCTTCTCCTCCACCTCCTTCCGTTACCGTACCATGACAATGCGTATGTAACCTC
TCGTGCTTTACACATTGTGAATACTTTCAACGCCAACGCTACATTCAGTTTACTTGAAGG
GTTCTTTAAGCATCAGGCAATGTTCTACGGTGCGAAAACACAACTCCTGACAAGACCTCA
AGTTGTGGGAAGAATTGTCAATCTTGGAACAGCCACGTTGGGAAACTCGTATCATCATCT
TCTCAAATCTGGATTCAACGACACCAAGTCGGAGCGTGCAACCAGAGTTTCATTCAAGTA
TAGTGCTTCAAGAGGTGTTTATGGAACACCAACCTTCTACGTGAATGGGTTCAAGTTGGC
AGATGATGATTCTCCTTCGGATTTTGGAGGATGGAAAAAAGTTATTGATCCTCTGGTTCA
ACCACACAAGGTAGAAAGGTAGCCAGAGATTCAAGATGATCTTATTCCATTCATCTGATC
ATCTCAAGTGCTTTTTACCTGTTTTCACATCCATATCATGTAAAAATAATAAGTGCTCTG
TCGTCTGACTATATATGCACTGTATATATACTTAGTCAAAACCTGTCTATTGTACAATGA
AACATCTTGATTGAATGACTTGTTGGGTTTCGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B306TF U 1
AF RR1B306JQ C 62
BS 1 91 RR1B306TF
BS 92 92 RR1B306JQ
BS 93 619 RR1B306TF
BS 620 874 RR1B306JQ

RD RR1B306TF 619 0 0
AGGAAAGAGCTAGAAAAAATGATCAGAACCATTTTCCTCTTCCTCGTCCTCTTCATCGGG
ACGCAAGTCAACGCGCAGCTCATTCCGCCGG*CGAGGCCCGATGGTTTCGCTTACCAACC
GGGTCGTCATCGTCTTGGCCCGGATACTATACTAATCGAGGCGTTTTATGACCCCGTTTG
CCCGTACAGTAGAGACTCTTGGCCTCCGCTGAAGAAAGCGCTTAAACATTACGGATCTCG
CGTTTCCCTTCTCCTCCACCTCCTTCCGTTACCGTACCATGACAATGCGTATGTAACCTC
TCGTGCTTTACACATTGTGAATACTTTCAACGCCAACGCTACATTCAGTTTACTTGAAGG
GTTCTTTAAGCATCAGGCAATGTTCTACGGTGCGAAAACACAACTCCTGACAAGACCTCA
AGTTGTGGGAAGAATTGTCAATCTTGGAACAGCCACGTTGGGAAACTCGTATCATCATCT
TCTCAAATCTGGATTCAACGACACCAAGTCGGAGCGTGCAACCAGAGTTTCATTCAAGTA
TAGTGCTTCAAGAGGTGTTTATGGAACACCAACCTTCTACGTGAATGGGTTCAAGTTGGC
AGATGATGATTCTCCTTCG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1B306JQ 813 0 0
CGCAAGTCAACGCGCAGCTCATTCCGCCGGGCGAGGCCCGATGGTTTCGCTTACCAACCG
GGTCGTCATCGTCTTGGCCCGGATACTATACTAATCGAGGCGTTTTATGACCCCGTTTGC
CCGTACAGTAGAGACTCTTGGCCTCCGCTGAAGAAAGCGCTTAAACATTACGGATCTCGC
GTTTCCCTTCTCCTCCACCTCCTTCCGTTACCGTACCATGACAATGCGTATGTAACCTCT
CGTGCTTTACACATTGTGAATACTTTCAACGCCAACGCTACATTCAGTTTACTTGAAGGG
TTCTTTAAGCATCAGGCAATGTTCTACGGTGCGAAAACACAACTCCTGACAAGACCTCAA
GTTGTGGGAAGAATTGTCAATCTTGGAACAGCCACGTTGGGAAACTCGTATCATCATCTT
CTCAAATCTGGATTCAACGACACCAAGTCGGAGCGTGCAACCAGAGTTTCATTCAAGTAT
AGTGCTTCAAGAGGTGTTTATGGAACACCAACCTTCTACGTGAATGGGTTCAAGTTGGCA
GATGATGATTCTCCTTCGGATTTTGGAGGATGGAAAAAAGTTATTGATCCTCTGGTTCAA
CCACACAAGGTAGAAAGGTAGCCAGAGATTCAAGATGATCTTATTCCATTCATCTGATCA
TCTCAAGTGCTTTTTACCTGTTTTCACATCCATATCATGTAAAAATAATAAGTGCTCTGT
CGTCTGACTATATATGCACTGTATATATACTTAGTCAAAACCTGTCTATTGTACAATGAA
ACATCTTGATTGAATGACTTGTTGGGTTTCGAT

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 3

CO CL3653Contig1 745 3 4 U
GCTCCAGTTACAAGCATTAATTATTGAATATTTTTAGAAAAGATACACGTAGAACATTTT
AGACGACGATTCGTCTAATACATATTTTAGGTAACGGCTTGAATTAAAAGATACACTTAC
TTGATATGACATATGACACTTTTGTCACGTGACTTCACTACAAAAGTTATGTCACATGAA
CCGGATACTTATGAACCGAGTCACCCCACGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCCGAAA
TCGTTCTCAATGCACTCCACACAATACTGTTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGCCAACT
GCCAAACCCGATCTCCATGCTTGACCCGACACTTAGCCTCTATGTAAGCTAGCTCGTACC
ACAGAGACGAGCTTGAAGTGTTTCCAAACCGGTGCAAAGTCATCCGAGACGGCTCGAGAT
CGACCTCACTGAGGCCAAGACCTTTTTCAACCGCGTCAAGTAACGCTCTACCACCAGCGT
GGATACAGAAGTGCTCGAAACATAGTTTAAAATTCGGGACATATGGACTGCTCTTTAACC
TAAAAAGCCTACTCTTTACAATAGAGATAATAAACCGGAGCTTTTCAGATAAAGGCAGAA
CAAGGGGACCAAGTGCGGTTAGATTCGTCTTCAACGTGTCACCAGCAACAATGGTTAGTT
CTCTAGATAGTGATACTCCAACGATACCTTTGTCGTCTTCTTTTTGGTCAGCACAAGTGT
AATGTTTGTCGCTAGCGCCTTTGTG


BQ
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AF RR1GB11JQ U 93
AF RR1GB11TF C 1
AF RR1E380JQ U 26
BS 1 25 RR1GB11TF
BS 26 263 RR1E380JQ
BS 264 264 RR1GB11TF
BS 265 745 RR1E380JQ

RD RR1GB11JQ 153 0 0
AACGGCTTGAATTAAAAAATACACTTACTTGATATGACATATGACACTTTTGTCACGTGA
CTTCACTACAAAAGTTATGTCACATGAACCGGATACTTATGAACCGAGTCACCCCCCGGG
TTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCCGAAATCGTT

QA 1 153 1 153
DS 

RD RR1GB11TF 320 0 0
GCTCCAGTTACAAGCATTAATTATTGAATATTTTTAGAAAAGATACACGTAGAACATTTT
AGACGACGATTCGTCTAATACATATTTTAGGTAACGGCTTGAATTAAAAGATACACTTAC
TTGATATGACATATGACACTTTTGTCACGTGACTTCACTACAAAAGTTATGTCACATGAA
CCGGATACTTATGAACCGAGTCACCCCACGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCCGAAA
TCGTTCTCAATGCACTCCACACAATACTGTTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGCCAACT
GCCAAACCCGATCTCCATGC

QA 1 320 1 320
DS 

RD RR1E380JQ 720 0 0
GAATATTTTTAGAAAAGATACACGTAGAACATTTTAGACGACGATTCGTCTAATACATAT
TTTAGGTAACGGCTTGAATTAAAAGATACACTTACTTGATATGACATATGACACTTTTGT
CACGTGACTTCACTACAAAAGTTATGTCACATGAACCGGATACTTATGAACCGAGTCACC
CCACGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCCGAAATCGTTCTCAATGCACTCCACACAGT
ACTGTTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGCCAACTGCCAAACCCGATCTCCATGCTTGAC
CCGACACTTAGCCTCTATGTAAGCTAGCTCGTACCACAGAGACGAGCTTGAAGTGTTTCC
AAACCGGTGCAAAGTCATCCGAGACGGCTCGAGATCGACCTCACTGAGGCCAAGACCTTT
TTCAACCGCGTCAAGTAACGCTCTACCACCAGCGTGGATACAGAAGTGCTCGAAACATAG
TTTAAAATTCGGGACATATGGACTGCTCTTTAACCTAAAAAGCCTACTCTTTACAATAGA
GATAATAAACCGGAGCTTTTCAGATAAAGGCAGAACAAGGGGACCAAGTGCGGTTAGATT
CGTCTTCAACGTGTCACCAGCAACAATGGTTAGTTCTCTAGATAGTGATACTCCAACGAT
ACCTTTGTCGTCTTCTTTTTGGTCAGCACAAGTGTAATGTTTGTCGCTAGCGCCTTTGTG

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 3

CO CL3654Contig1 1193 3 4 U
GGGTTGAATGTTGATCATGGCAGTGCTTCCTCTTCTCACTCTCCTGTCTCTCTCCTCCCC
AATCCTTTCCCTCTCAGAATATATAAACATCGACTGTGGAGCATCGGAATCCTACTTGGA
CTCCTACAATGTAAAATGGATCGGAGACAAAGACTTCACCACCAGCGGTAAGTCACTCGA
GACTAAACGGACGAAGCCGCTCAACACCCTCCGGTTATTTCCCTCAAAAAATAAAAAAAA
TTGCTATAGCAACATTCCGGCGACAAGAGGCCGTAAAACACTTGTTAGAACAATGTTTTT
CTACGGGAACTACGACGAAAAATCCTTGGCGCCCTCTTTCGACGTTGTTTACGACGAGAA
ACACCGTGACACAGTTGAATTTACTGTTTCACCGAAGCTCAATAACAAGGCGATTTTTAT
ATCGGAGGTGATATATTCTCCTGCGAGTGAGAGTATCAGCGTTTGCCTAATCCGTACGCA
TGTGTCAGATGTTCCTTTTATATCCTCCATTGAAGTTTATGGTTTGGATGCTGACATGTA
CGACGATCTTGGACCCGACGAAGCTCTCATCCGCCGAAATCTAGTTCCGTATGGTTACAA
AAACGTTGAACGCGACCCATTCGGTAGGTTATGGTTCCCGTTAGAACCCGACGACCCAGG
ATCCAGCGAGTTAAAAATCTCAGCGCGATCGATTGACATCACCGGCGTGCCCAATAAACC
TCCCGCTAATGTTATGGAAAAGGCTTTGTCGCAAGGCATCATAAGACTCTCTTACAAAAC
CTTACCCTCAGCTGGCAGACCGATTTACTTGGCTCTATACTTCTCAGAGCCCGAAAGTCT
AGTAGGTCGGACCATGACACGGTCGTTCAACGTTTTTCTGGACAACAAACAACTGAATTC
AGTTCCCATCGTACCGGTTCTCGGGAAAGCTACAGAGTTCGTCACAAGAGACATCGTAGC
CACTTCGGAGTCCAAGGTGAGCTTTAAATCTACCAAGGACTCGACTTTGCCTCCAATCGT
CAACGCTATCGAGCTATATTCGATAAGTAAGGTTGTCGGTGGTGATTACGGAGGAGGAGG
TGGACAAAGCGGTGACGACAGTACTGATGATCGTAACGAAGGTTGTTTTTGTAATTCAAG
ATTTTTTATACACATATTGTTTCTTTTTTACCTTACCAAATAGTCTATAATTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ21TF U 1
AF RR1CY31TF U 1
AF RR1DZ21JQ C 527
BS 1 29 RR1CY31TF
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RD RR1DZ21TF 295 0 0
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QA 1 295 1 295
DS 

RD RR1CY31TF 637 0 0
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AATCCTTTCCCTCTCAGAATATATAAACATCGACTGTGGAGCATCGGAATCCTACTTGGA
CTCCTACAATGTAAAATGGATCGGAGACAAAGACTTCACCACCAGCGGTAAGTCACTCGA
GACTAAACGGACGAAGCCGCTCAACACCCTCCGGTTATTTCCCTCAAAAAATAAAAAAAA
TTGCTATAGCAACATTCCGGCGACAAGAGGCCGTAAAACACTTGTTAGAACAATGTTTTT
CTACGGGAACTACGACGAAAAATCCTTGGCGCCCTCTTTCGACGTTGTTTACGACGAGAA
ACACCGTGACACAGTTGAATTTACTGTTTCACCGAAGCTCAATAACAAGGCGATTTTTAT
ATCGGAGGTGATATATTCTCCTGCGAGTGAGAGTATCAGCGTTTGCCTAATCCGTACGCA
TGTGTCAGATGTTCCTTTTATATCCTCCATTGAAGTTTATGGTTTGGATGCTGACATGTA
CGACGATCTTGGACCCGACGAAGCTCTCATCCGCCGAAATCTAGTTCCGTATGGTTACAA
AAACGTTGAACGCGACCCATTCGGTAGGTTATGG
AAA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1DZ21JQ 667 0 0
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CCGTATGGTTACAAAAACGTTGAACGCGACCCATTCGGTAGGTTATGGTTCCCGTTAGAA
CCCGACGACCCAGGATCCAGCGAGTTAAAAATCTCAGCGCGATCGATTGACATCACCGGC
GTGCCCAATAAACCTCCCGCTAATGTTATGGAAAAGGCTTTGTCGCAAGGCATCATAAGA
CTCTCTTACAAAACCTTACCCTCAGCTGGCAGACCGATTTACTTGGCTCTATACTTCTCA
GAGCCCGAAAGTCTAGTAGGTCGGACCATGACACGGTCGTTCAACGTTTTTCTGGACAAC
AAACAACTGAATTCAGTTCCCATCGTACCGGTTCTCGGGAAAGCTACAGAGTTCGTCACA
AGAGACATCGTAGCCACTTCGGAGTCCAAGGTGAGCTTTAAATCTACCAAGGACTCGACT
TTGCCTCCAATCGTCAACGCTATCGAGCTATATTCGATAAGTAAGGTTGTCGGTGGTGAT
TACGGAGGAGGAGGTGGACAAAGCGGTGACGACAGTACTGATGATCGTAACGAAGGTTGT
TTTTGTAATTCAAGATTTTTTATACACATATTGTTTCTTTTTTACCTTACCAAATAGTCT
ATAATTT

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 3

CO CL3655Contig1 786 3 10 U
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GAGATTGAGTTGATCTCAACAATGGGAGAAAAGAAATCTTGGACAAGGCCACCAATCCAA
ATGGAATTTCAAGTGCCAATGTTCACAGCCTCTGGTTTGCGAGTTCGTTTCCTCAAGGTG
TGGGAGAAGAGCGGTTACAACACGGTGGAGTGGGTTCGCTACATAACAAAAGCTGGATCT
TATGAGATCAGATGCTGAAGTTAAAGATCACACTTCAGGTTAAGTCACATCAAACTCCGA
GGCTCATGGCTTCTAGCTTTTGTTCCTTGTTCAAACAAGAGTTAAATATCATTGAATTGG
TTTTCTCTTCTCTTTTGTGGTTTTCTACGAGTTATAGTTTAAATTAATTTGTAGTTTGCG
TCATCGTATTTGTGAAAGAAATATTAATCGGGCTTATATGTTAAATAAATTGTATTTTCG
TATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 10 10 10 10 

AF RR1B801JQ C 1
AF RR1FI01TF U 29
AF RR1A368TF U 116
BS 1 29 RR1B801JQ
BS 30 166 RR1FI01TF
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BS 665 665 RR1A368TF
BS 666 786 RR1FI01TF

RD RR1B801JQ 762 0 0
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CAAACAGCAAAGACGAACTTCCAAGTGACAACTGGTCGTGCTAAGTACAACCCATCAATC
GATTGCTTGGTTTGGAAGATAAGAAAATTTCCCGGACAAACAGAGTCTACACTAAGTGCA
GAGATTGAGTTGATCTCAACAATGGGAGAAAAGAAATCTTGGACAAGGCCACCAATCCAA
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TGGGAGAAGAGCGGTTACAACACGGTGGAGTGGGTTCGCTACATAACAAAAGCTGGATCT
TATGAGATCAGATGCTGAAGTTAAAGATCACACTTCAGGTTAAGTCACATCAAACTCCGA
GGCTCATGGCTTCTAGCTTTTGTTCCTTGTTCAAACAAGAGTTAAATATCATTGAATTGG
TTTTCTCTTCTCTTTTGTGGTTTTCTACGAGTTATAGTTTAAATTAATTTGTAGTTTGCG
TCATCGTATTTGTGAAAGAAATATTAATCGGGCTTATATGTT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1FI01TF 758 0 0
G
CTCCGAGAAGACTGTTAGCTTTGTACCACCGGATGGTGAATTTGAACTGATGAAGTACCG
AATAACAGAGGGCGTGAATCTGCCTTTCCGTGTATTGCCAACAATTAAAGAACTTGGTCG
CACACGCATGGAAGTAAGTGTGAAGGTCAAAAGTGTGTTTGGTGCTAAAATGTTTGCGCT
TGGAGTCGTGGTTAAAATTCCAGTGCCGAAACAAACAGCAAAGACGAACTTCCAAGTGAC
AACTGGTCGTGCTAAGTACAACCCATCAATCGATTGCTTGGTTTGGAAGATAAGAAAATT
TCCCGGACAAACAGAGTCTACACTAAGTGCAGAGATTGAGTTGATCTCAACAATGGGAGA
AAAGAAATCTTGGACAAGGCCACCAATCCAAATAGAATTTCAAGTGCCAATGTTCACAGC
CTCTGGTTTGCGAGTTCGTTTCCTCAAGGTGTGGGAGAAGAGCGGTTACAACACGGTGGA
GTGGGTTCGCTACATAACAAAAGCTGGATCTTATGAGATCAGATGCTGAAGTTAAAGATC
ACACTTCAGGCTAAGTCACATCAAACTCCGAGGCTCATGGCTTCTAGCTTTTGTTCCTTG
TTCAAACAAGAGTTAAATATCATTGAATTGGTTTTTTCTTCTCTTTTGTGGTTTTCTACG
AGTTATAGTTTAAATTAATTTGTAGTTTGCGTCATCGTATTTGTGAAAGAAATATTAATC
GGGCTTATATGTTAAATAAATTGTATTTTCGTATGAC

QA 2 758 2 758
DS 

RD RR1A368TF 667 0 0
G
CCGTGTATTGCCAACAATTAAAGAACTTGGTCGCACACGCATGGAAGTAAATGTGAAGGT
CAAAAGTGTGTTTGGTGCTAAAATGTTTGCGCTTGGAGTCGTGGTTAAAATTCCAGTGCC
GAAACAAACAGCAAAGACGAACTTCCAAGTGACAACTGGTCGTGCTAAGTACAACCCATC
AATCGATTGCTTGGTTTGGAAGATAAGAAAATTTCCCGGACAAACAGAGTCTACACTAAG
TGCAGAGATTGAGTTGATCTCAACAATGGGAGAAAAGAAATCTTGGACAAGGCCACCAAT
CCAAATGGAATTTCAAGTGCCAATGTTCACAGCCTCTGGTTTGCGAGTTCGTTTCCTCAA
GGTGTGGGAGAAGAGCGGTTACAACACGGTGGAGTGGGTTCGCTACATAACAAAAGCTGG
ATCTTATGAGATCAGATGCTGAAGTTAAAGATCACACTTCAGGTTAAGTCACATCAAACT
CCGAGGTTCATGGCTTCTAGCTTTTGTTCCTTGTTCAAACAAGAGTTAAATATCATTGAA
TTGGTTTTCTCTTCTCTTTTGTGGTTTTCTACGAGTTATAGTTTAAATTAATTTGTAGTT
TGCGTCATCGTATTTGTGAAAGAAATATTAATCGGGCTTATATGTTAA*TAAATTGTATT
TTCGTA

QA 2 667 2 667
DS 



AS 1 3

CO CL3656Contig1 1054 3 10 U
GGAGGAAGCTAAATCGAGGAGTGGCGCATTTTAGCCGTCCGCATAACCGTCCGACGCTGT
CTCTCCTCTCCGACTACATCTCGGTTTCTTCTCTTCCCTTTCATCATCGTCGGAATCGAA
TCGAATCGAATCGATGGCTGCTCCACCTGCTAGGGCCAGAGCCGATTATGATTATCTCAT
TAAGCTTCTTCTGATTGGAGATAGTGGTGTGGGTAAAAGTTGCCTACTTCTACGTTTCTC
TGATGGATCCTTCACCACTAGCTTCATCACCACCATTGGCATTGACTTTAAGATCAGAAC
GATTGAGCTTGATGGGAAACGTATCAAGCTCCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAAC
GCTTCCGCACTATCACCACTGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGGATTTTGCTTGTCTATG
ATGTCACAGACGAGTCTTCCTTCAACAACATTAGGAACTGGATTCGTAATATCGAACAAC
ATGCTTCTGATAATGTTAACAAGATCTTGGTTGGTAACAAGGCTGACATGGATGAAAGCA
AGAGGGCTGTACCTACAGCAAAGGGTCAGGCTCTTGCTGATGAGTACGGAATTAAGTTCT
TCGAAACAAGTGCTAAGACAAACCTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTCTCGATAGGGAGGG
ACATCAAGCATAGGCTTTCTGACACTGACTCCAGGGCTGAGCCTGCGACGATTAAGATAA
GCCAGACAGACCAGGCAGCTGGTGCCGGGCAGGCCACACAGAAGTCTGCATGCTGTGGAA
CTTAAAAGAAAGTTGTAAAATTGAAGTTTTAAGACGAGACAGACAGACCAGGCAGCTGGT
GCCTTGTTTTATTCCAACATTTCTGATTCGCTCTAAAATGCCCTTTCCTATTTGTACGAA
GGTTTTAATCGAAACTTGTATTCTTCTCTTTTTATGTTGCTTATTTTTTTCGACAATGAC
TGAATAGTTTATATTTCTTTTGCTCTTTAATTTAGTATATTGACTTCTAAGAGTTGTTTG
CTCATCTTTCCACAATACAACGACCAAACAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FZ90TF U 1
AF RR1EX15TF U 693
AF RR1FZ90JQ C 288
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TAAGCTTCTTCTGATTGGAGATAGTGGTGTGGGTAAAAGTTGCCTACTTCTACGTTTCTC
TGATGGATCCTTCACCACTAGCTTCATCACCACCATTGGCATTGACTTTAAGATCAGAAC
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GCTTCCGCACTATCACCACTGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGGATTTTGCTTGTCTATG
ATGTCACAGACGAGTCTTCCTTCAACAACATTAGGAACTGGATTCGTAATATCGAACAAC
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AGAGGGCTGTACCTACAGCAAAGGGTCAGGCTCTTGCTGATGAGTACGGAATTAAGTTCT
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DS 

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G
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CCACACAGAAGTCTGCATGCTGTGGAACTTAAAAGAAAGTTGTAAAATTGAAGTTTTAAG
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TAAAATGCCCTTTCCTATTTGTACGAAGGTTTTAATCGAAACTTGTATTCTTCTCTTTTT
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AGTATATTGACTTCT

QA 2 316 2 316
DS 

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GCTGGTCAAGAACGCTTCCGCACTATCACCACTGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGGATT
TTGCTTGTCTATGATGTCACAGACGAGTCTTCCTTCAACAACATTAGGAACTGGATTCGT
AATATCGAACAACATGCTTCTGATAATGTTAACAAGATCTTGGTTGGTAACAAGGCTGAC
ATGGATGAAAGCAAGAGGGCTGTACCTACAGCAAAGGGTCAGGCTCTTGCTGATGAGTAC
GGAATTAAGTTCTTCGAAACAAGTGCTAAGACAAACCTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTC
TCGATAGGGAGGGACATCAAGCATAGGCTTTCTGACACTGACTCCAGGGCTGAGCCTGCG
ACGATTAAGATAAGCCAGACAGACCAGGCAGCTGGTGCCGGGCAGGCCACACAGAAGTCT
GCATGCTGTGGAACTTAAAAGAAAGTTGTAAAATTGAAGTTTTAAGACGAGACAGACAGA
CCAGGCAGCTGGTGCCTTGTTTTATTCCAACATTTCTGATTCGCTCTAAAATGCCCTTTC
CTATTTGTACGAAGGTTTTAATCGAAACTTGTATTCTTCTCTTTTTATGTTGCTTATTTT
TTTCGACAATGACTGAATAGTTTATATTTCTTTTGCTCTTTAATTTAGTATATTGACTTC
TAAGAGTTGTTTGCTCATCTTTCCACAATACAACGACCAAACAGTTT

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 3

CO CL3657Contig1 913 3 5 U
GGACAGAAGATAAACATGAACACAAACCGTCGCAACAAATCCATTTGATACCTTAAATTT
CCCCTGATCAAAAGAAAATAAAAACCCATTTGAAACAAGAAGAAAAGCGTGAAATGACAT
AAAAATGGTCACGAAATAAGCAAAAAAGGTAGAACAGGCAAAGGGCATGGAAGACAGTCG
TAGAGGATTATCTTCAACACCACAATCACGCAAGATCATGGTGATCGCTGACCCGACCCG
TGAATCTGCAGCTGCTCTTCAATACACTCTTTCACACGCCGTGCTCGAGCAGGACGAGCT
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GAGATTACCAAGCTCCATTTCCTCCTCCTCCTCTAGCAACAGCGGGTCCTCACCGGGAGC
TGCTAATGCTAACGCTAACACTACAATCGCAGCTTCATCTTTGGCATCTGAGATTGGTCA
AGGAGAAGGGAATTTCCTTGAACAGATGAAACGGATATGTGAAATCGCTCAGCCGAAGGT
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TGGAGACAAACTTGGGGTGGATGTTATCATCATTGGCCAACGCACGACAATCTCAGCCTC
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TGAATATTTAATCGAAAACAGCAAATGCACCTGTGTTGGCGTACAGAAGAAAGGTCAAAA
CGGAGGCTATGTTTTAAACACCAAGACTCATAAGAACTTTCGGCTCTTGGCATGATCATG
CGCATATTGCGCCTAGTCAGTTTTATAATACTTACATGTAGCTAAAAAGACAAAAAAGAA
GAAGTTTACCAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FH33TF U 1
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CCCCTGATCAAAAGAAAATAAAAACCCATTTGAAACAAGAAGAAAAGCGTGAAATGACAT
AAAAATGGTCACGAAATAAGCAAAAAAGGTAGAACAGGCAAAGGGCATGGAAGACAGTCG
TAGAGGATTATCTTCAACACCACAATCACGCAAGATCATGGTGATCGCTGACCCGACCCG
TGAATCTGCAGCTGCTCTTCAATACACTCTTTCACACGCCGTGCTCGAGCAGGACGAGCT
CATCCTTGTCAATGTTGAAAACAATGGTGGCTCGTGGAAAAACGCTTTCTCAAGTTTCTT
GAGATTACCAAGCTCCATTTCCTCCTCCTCCTCTAGCAACAGCGGGTCCTCACCGGGAGC
TGCTAATGCTAACGCTAACACTACAATCGCAGCTTCATCTTTGGCATCTGAGATTGGTCA
AGGAGAAGGGAATTTCCTTGAACAGATGAAACGGATATGTGAAATCGCTCAGCCGAAGGT
GCGTGTGCACACCGAGTGTATTACAACGGAAGGAAACAAAGCTGCATCTATTCTTCTTCA
TGGAGACAAACTTGGGGTGGATGTTATCATCATTGGCCAACGCACGACAATCTCAGCCTC
CCTT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1AM84TF 769 0 0
C
GACATAAAAATGGTCACGAAATAAGCAAAAAAGGTAGAACAGGCAAAGGGCATGGAAGAC
AGTCGTAGAGGATTATCTTCAACACCACAATCACGCAAGATCATGGTGATCGCTGACCCG
ACCCGTGAATCTGCAGCTGCTCTTCAATACACTCTTTCACACGCCGTGCTCGAGCAGGAC
GAGCTCATCCTTGTCAATGTTGAAAACAATGGTGGCTCGTGGAAAAACGCTTTCTCAAGT
TTCTTGAGATTACCAAGCTCCATTTCCTCCTCCTCCTCTAGCAACAGCGGGTCCTCACCG
GGAGCTGCTAATGCTAACGCTAACACTACAATCGCAGCTTCATCTTTGGCATCTGAGATT
GGTCAAGGAGAAGGGAATTTCCTTGAACAGATGAAACGGATATGTGAAATCGCTCAGCCG
AAGGTGCGTGTGCACACCGAGTGTATTACAACGGAAGGAAACAGAGCTACATCTATTCTT
CTTCATGGAGACAAACTTGGGGTGGATGTTATCATCATTGGCCAACGCAGGACAATCTCA
GCCTCCCTTTTAGGATCTAGGAGACCTGGAGGGTCTATTAGAGGACCAAAAGGAGTAGAC
ACTGCTGAATATTTAATCGAAAACAGCAAATGCACCTGTGTTGGCGTACAGAAGAAAGGT
CAAAACGGAGGCTATGTTTTAAACACCAAGACTCATAAGAACTTTCGGCTCTTGGCATGA
TCATGCGCATATTGCGCCTAGTCAGTTTTATAATACTTACATGTAGCT

QA 2 769 2 769
DS 

RD RR1AM84JQ 188 0 0
ATTTAATCGAAAACAGCAAATGCACCTGTGTTGGCGTACAGAAGAAAGGTCAAAACGGAG
GCTATGTTTTAAACACCAAGACTCATAAGAACTTTCGGCTCTTGGCATGATCATGCGCAT
ATTGCGCCTAGTCAGTTTTATAATACTTACATGTAGCTAAAAAGACAAAAAAGAAGAAGT
TTACCAGC

QA 1 188 1 188
DS 



AS 1 3

CO CL3658Contig1 545 3 2 U
GGGGTGCTATAATAGAAGACACCTTGTTGATGGGTGCAGACTACTACGAGACTGATGCGG
ATAGGACACTCCTGGCTGCAAAAGGCAGCATTCCGATTGGCATTGGCCGAGACTCACACA
TTAAAAGAGCTATCATTGACAAGAATGCTCGTATTGGTGACAACGTCAAGATCATCAACA
CGGACAATGTGCAAGAAGCTGCTAGAGAGACGGATGGATACTTCATCAAGAGCGGCATTG
TTACAGTGATCAAGGATGCTCTCATTCCTAGTGGAACTGTTATCTAAGAGACACCACCCC
CTTTGACAATCTTCTTACATATCTCATGGTTTTGACCTCGTGTTAGCTTCCACTGATGCT
ATCTGTAATGTTATCCGCGGTCAGGGCCTATTCATCCTCTTCCCTTATCCCGAAATAATA
ATATCTACTTTGTATTCTAGATCTTTGGCGATATACATGCATAGAAATGCAGAACTTGCC
CTCTATGCAACAAAACTATGAACCAGAAATCGTTAAAAGGTGAGCAAATACTTTGGGGCA
TTGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1FH83TF U 1
AF RR1FH83JQ C 310
AF RR1BM13TF U 83
BS 1 499 RR1FH83TF
BS 500 545 RR1BM13TF

RD RR1FH83TF 499 0 0
GGGGTGCTATAATAGAAGACACCTTGTTGATGGGTGCAGACTACTACGAGACTGATGCGG
ATAGGACACTCCTGGCTGCAAAAGGCAGCATTCCGATTGGCATTGGCCGAGACTCACACA
TTAAAAGAGCTATCATTGACAAGAATGCTCGTATTGGTGACAACGTCAAGATCATCAACA
CGGACAATGTGCAAGAAGCTGCTAGAGAGACGGATGGATACTTCATCAAGAGCGGCATTG
TTACAGTGATCAAGGATGCTCTCATTCCTAGTGGAACTGTTATCTAAGAGACACCACCCC
CTTTGACAATCTTCTTACATATCTCATGGTTTTGACCTCGTGTTAGCTTCCACTGATGCT
ATCTGTAATGTTATCCGCGGTCAGGGCCTATTCATCCTCTTCCCTTATCCCGAAATAATA
ATATCTACTTTGTATTCTAGATCTTTGGCGATATACATGCATAGAAATGCAGAACTTGCC
CTCTATGCAACAAAACTAT

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1FH83JQ 190 0 0
TTTTT
TTACATATTTCATGGTTTTGACCTCGTGTTAGCTTCCACTGATGCTATCTGTAATGTTAT
CCGCGGTCAGGGCCTATTCATCCTTTTCCCTTATCCCGAAATAATAATATTTACTTTGTA
TTCTAGATCTTTGGCGATATACATGCATAGAAATGCAGAACTTGCCCTCTATGCAACAAA
ACTAT

QA 6 190 6 190
DS 

RD RR1BM13TF 463 0 0
G
GGCAGCATTCCGATTGGCATTGGCCGAGACTCACACATTAAAAGAGCTATCATTGACAAG
AATGCTCGTATTGGTGACAACGTCAAGATCATCAACACGGACAATGTGCAAGAAGCTGCT
AGAGAGACGGATGGATACTTCATCAAGAGCGGCATTGTTACAGTGATCAAGGATGCTCTC
ATTCCTAGTGGAACTGTTATCTAAGAGACACCACCCCCTTTGACAATCTTCTTACATATC
TCATGGTTTTGACCTCGTGTTAGCTTCCACTGATGCTATCTGTAATGTTATCCGCGGTCA
GGGCCTATTCATCCTCTTCCCTTATCCCGAAATAATAATATCTACTTTGTATTCTAGATC
TTTGGCGATATACATGCATAGAAATGCAGAACTTGCCCTCTATGTAACAAAACTATGAAC
CAGAAATCGTTAAAAGGTGAGCAAATACTTTGGGGCATTGCA

QA 2 463 2 463
DS 



AS 1 2

CO CL3659Contig1 704 2 2 U
TGGACCAGAGATCATAATTAATTTATAATGTATAGAAGCAAACACCAACTGAATCAGTAC
CAAGAATATTAACAGTTAATAGACAGAAAAAGATGATTCTGTTCCTTTTTTTCCGAAAAC
AATAGAGATTCTAGTAATGTCTCAAAGGTGCCAAAATGAGGAGTTTTCATTCACCCGATG
ACATTTAAACACAATCACAAAGACACAAAGACCACAAAAAGATTCAGAGGTTTGTCATCA
GATTTTGGTGTTCCCTTCGAAGAAGGTTTCTAGACAATGGGAGGATACTGCTTGGACTGC
AGCTTAACCCTTTTCTTGTACTCAACTGCATCCTGAATGAAGAGATGATACCCATCAGTC
TGTGCAGGGTCAGCTGGATTAGGCGTGTCAAGTAAATCCTGAATACCGACAAGAATCTGC
TCCACAGTGATGGCTGGTCTCCACCCGGAATCCTCGTTAAGGATTGAGAGACAGACTGTC
CCTGATGGATAGACATTAGGGTGGAAAAAGCCTGGTGGGAATTTGCATTTGGGAGGCTTG
CTCGGATAGTCCTCGCTGAAGTGCATCGTTAATGGAAAGAACCCACCTTCCCAATCAGTA
CCGGCTTTACCAGGAATAGTGCAATGCCACACCATTAGATTCACCGACCCATCAGGCCCA
GTCTCAGGCTTCGCCACAAAACCATGAGGATGATTCTTCCTCCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A524TF C 1
AF RR1A524JQ U 2
BS 1 1 RR1A524TF
BS 2 704 RR1A524JQ

RD RR1A524TF 620 0 0
TGGACCAGAGATCATAATTAATTTATAATGTATAGAAGCAAACACCAACTGAATCAGTAC
CAAGAATATTAACAGTTAATAGACAGAAAAAGATGATTCTGTTCCTTTTTTTCCGAAAAC
AATAGAGATTCTAGTAATGTCTCAAAGGTGCCAAAATGAGGAGTTTTCATTCACCCGATG
ACATTTAAACACAATCACAAAGACACAAAGACCACAAAAAGATTCAGAGGTTTGTCATCA
GATTTTGGTGTTCCCTTCGAAGAAGGTTTCTAGACAATGGGAGGATACTGCTTGGACTGC
AGCTTAACCCTTTTCTTGTACTCAACTGCATCCTGAATGAAGAGATGATACCCATCAGTC
TGTGCAGGGTCAGCTGGATTAGGCGTGTCAAGTAAATCCTGAATACCGACAAGAATCTGC
TCCACAGTGATGGCTGGTCTCCACCCGGAATCCTCGTTAAGGATTGAGAGACAGACTGTC
CCTGATGGATAGACATTAGGGTGGAAAAAGCCTGGTGGGAATTTGCATTTGGGAGGCTTG
CTCGGATAGTCCTCGCTGAAGTGCATCGTTAATGGAAAGAACCCACCTTCCCAATCAGTA
CCGGCTTTACCAGGAATAGT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1A524JQ 703 0 0
GGACCAGAGATCATAATTAATTTATAATGTATAGAAGCAAACACCAACTGAATCAGTACC
AAGAATATTAACAGTTAATAGACAGAAAAAGATGATTCTGTTCCTTTTTTTCCGAAAACA
ATAGAGATTCTAGTAATGTCTCAAAGGTGCCAAAATGAGGAGTTTTCATTCACCCGATGA
CATTTAAACACAATCACAAAGACACAAAGACCACAAAAAGATTCAGAGGTTTGTCATCAG
ATTTTGGTGTTCCCTTCGAAGAAGGTTTCTAGACAATGGGAGGATACTGCTTGGACTGCA
GCTTAACCCTTTTCTTGTACTCAACTGCATCCTGAATGAAGAGATGATACCCATCAGTCT
GTGCAGGGTCAGCTGGATTAGGCGTGTCAAGTAAATCCTGAATACCGACAAGAATCTGCT
CCACAGTGATGGCTGGTCTCCACCCGGAATCCTCGTTAAGGATTGAGAGACAGACTGTCC
CTGATGGATAGACATTAGGGTGGAAAAAGCCTGGTGGGAATTTGCATTTGGGAGGCTTGC
TCGGATAGTCCTCGCTGAAGTGCATCGTTAATGGAAAGAACCCACCTTCCCAATCAGTAC
CGGCTTTACCAGGAATAGTGCAATGCCACACCATTAGATTCACCGACCCATCAGGCCCAG
TCTCAGGCTTCGCCACAAAACCATGAGGATGATTCTTCCTCCC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 3

CO CL3660Contig1 842 3 7 U
TAGAAAAATTGGATCTGAGGCTAGAAAGTTCCGGAGACATCGGAGAAACCCTAGATTAAA
TGAGAAGGAGAGAGTGAGAGGAGAGAGCGACAGAGAAAGGAAAATAATGGAGGAGGAGAA
GAAGAAAGAGGGATCATATAGGTACTGGGTGAGAGAAGCCACAGCGGACGCAGCTCCTCC
TCCTCAGCCACAAAAGCTCACCAACAACAACAACGACGTCGCTTCCAATGCTCCTCCTGC
CCTCGGCTCCCTCTGGAATCAGGCTGGCACTTGGGAGGAAAAAAATCTCACTAAATGGGC
CACTGATCGATTAAAGGAGCTGCTGGTGTCAGTGGGTTCACTTCAATTCTCTTCTGGAAA
AGCTGAGATTATAGATGTTAGCAGATGTGTTGGAGATGCTTTCTTGGTCACTGTTCGGAA
CAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGCTTTCCCTCAAAGTCCAAGGAGAGTGGTCTGT
TAACGAGGACGCAAAAAAGGTGAAGGGGAGTCTCGACATTCCTGAGTTCTCTTTCGGCGA
GCTTGATGATCTTGAGGTGAATGTGAAGCTCAGTGAAGACAAAGAGCTTTCCCAGCAACT
GAGGCAGCAAGTTCGGTTGGATATGAAGCAGTTCTTGGAGCCTATACGCCTTAAACTTGC
TCAGTTCGAGCAGGAACTCAAAGATCGATAGTTATTGTTTCTTTTCATTTGATATCAGCA
ATTTTCTGTTAGCATCGAGAACTTTGTTAAAACACAACACTCCCATCTTACAGCTTTTCT
TGTATCCATGCTTCATCTGTTCTACCAACATTTCCACATTTATTGTCTAAGTTCAGTTCA
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1FV48TF U 1
AF RR1EI72TF U 86
AF RR1FV48JQ C 186
BS 1 96 RR1FV48TF
BS 97 97 RR1EI72TF
BS 98 673 RR1FV48TF
BS 674 674 RR1EI72TF
BS 675 751 RR1FV48TF
BS 752 780 RR1EI72TF
BS 781 842 RR1FV48JQ

RD RR1FV48TF 752 0 0
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C

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1EI72TF 695 0 0
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GTGGGTTCACTTCAATTCTCTTCTGGAAAAGCTGAGATTATAGATGTTAGCAGATGTGTT
GGAGATGCTTTCTTGGTCACTGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGCTT
TCCCTCAAAGTCCAAGGAGAGTGGCCTGTTA*CGAGGACGCAAAAAAGGTGAAGGGGAGT
CTCGACATTCCTGAGTTCTCTTTCGGCGAGCTTGATGATCTTGAGGTGAATGTGAAGCTC
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ACACAACACTCCCATCTTACAGCTTTTCT

QA 7 695 7 695
DS 

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GCTCCCTCTGGAATCAGGCTGGCACTTGGGAGGAAAAAAATCTCACTAAATGGGCCACTG
ATCGATTAAAGGAGCTGCTGGTGTCAGTGGGTTCACTTCAATTCTCTTCTGGAAAAGCTG
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TCGAGCAGGAACTCAAAGATCGATAGTTATTGTTTCTTTTCATTTGATATCAGCAATTTT
CTGTTAGCATCGAGAACTTTGTTAAAACACAACACTCCCATCTTACAGCTTTTCTTGTAT
CCATGCTTCATCTGTTCTACCAACATTTCCACATTTATTGTCTAAGTTCAGTTCATC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 3

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GATCTTCTCTTTTATGTAAGAATTTTAAAACAGTAGACATAAACTCTTTTTCTTGGTGTT
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GTCTATTCCCTCCAACACTGTAACTTCCGGGGTAACCTTCAAAGGCATTACCAGTTGGGT
CTGAGACGGCTACATTGTCAAAACCAAAGCCATAAGAGCGAGACAAGCCGTCTAACT


BQ
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AF RR1G503JQ U 84
AF RR1G503TF C 84
AF RR1F712JQ U 1
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BS 142 246 RR1F712JQ
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BS 317 657 RR1F712JQ

RD RR1G503JQ 311 0 0
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C

QA 1 310 1 310
DS 

RD RR1G503TF 311 0 0
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TGTAAGAAAGAAAGAAAAAAAGAACCATTAACAATTAGAGTTACAAACAAGAGCACACAA
CATGAATAATCTTTTGGAGAAATCTAAAGAATAGTGAGATCGAGAATCAACAATCTCTCT
AGTTATTGCTATGGAAAGATGAACGCAGTAGACACCAAATCTCTTTTTTTTT*ATCATCC
CTCCCAACATCTTTGTATCTTTGCAGCTAACCAATCTGATCTTCTCTTTTATGTAAGAAT
TTTAAAACAG
C

QA 1 310 1 310
DS 

RD RR1F712JQ 657 0 0
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AAAGTTTAAACCAAAAAAAAATCTGTAAGAAAGAAAGAAAAAAAGAACCATTAACAATTA
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GATCGAAAATCAACAATCTCTCTAGTTATTGCTATGTAAAGATGAACGCAGTAGACACCA
AATCTCTTTTTTTTTTATCATCCCTCCCAACATCTTTGTATCTTTGCAGCTAACCAATCT
GATCTTCTCTTTTATGTAAGAATTTTAAAACAGTAGACATAAACTCTTTTTCTTGGTGTT
GTTTTGTGATGCTAAAACCAAAAAAAGAAAAAACAGAAACTCACTGTGATGAAGAAAGTT
GGTAACAACTCTTCAAACTTCTCATTGCATTTTTCTATGCTTCAATATCTCTATTCGTTT
GTCTATTCCCTCCAACACTGTAACTTCCGGGGTAACCTTCAAAGGCATTACCAGTTGGGT
CTGAGACGGCTACATTGTCAAAACCAAAGCCATAAGAGCGAGACAAGCCGTCTAACT

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 3

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CTGTAATTCACGGGCATGTAAAACAATGGTTTCAAACCAAGTGACTGTAATCTTGTCCTC
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BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1B153JQ C 1
AF RR1CP36TF U 4
AF RR1B153TF U 1
BS 1 5 RR1B153JQ
BS 6 416 RR1B153TF

RD RR1B153JQ 331 0 0
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CACTACCAAGAGCTGGGAGGAGAATGAGAAGTTATCAAACAAATGGTCAGATCGATGCAG
GCCCATCTTTCAGTGGCAGAGGTGGTGGTCACAATCCATGAGCTCCCTCTTTCCCCTTCT
CGGTCATCTCTTCAAATTTCAACTTTCATCTTTTTATGTTATTTACAATCATATCAGTTT
CTGTAATTCACGGGCATGTAAAACGATGGTT

QA 1 331 1 331
DS 

RD RR1CP36TF 356 0 0
GG
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TTCATGCTGCTGGTTCTTCTTGGCAACAGTCTTGTTCTTGCTTCTAAACAAGAATCACTA
CCAAGAGCTGGGAGGAGAATGAGAAGTTATCAAACAAACGGTCAGATCGATGCAGGCCCA
TCTTTCAGTGGCAGAGGTGGTGGTCACAATCCATGAGCTCCCTCTTTCCCCTTCTCGGTC
ATCTCTTCAAATTTCAACTTTCATCTTTTTATGTTATTTACAATCATATCAGTTTCTGTA
ATTCACGGGCATGTAAAACAATGGTTTCAAACCAAGTGACTGTAATCTTGTCCT

QA 3 356 3 356
DS 

RD RR1B153TF 416 0 0
GGGCC
AAATAAGATAGTTTGAGTAAAATGGGAAAGAAGATCTTTTCACCATTGGCTTTTGTGTTC
TTCGTGCTGCTGGTTCTTCTTGGCAACAGTCTTGTTCTTGCTTCTAAACAAGAATCACTA
CCAAGAGCTGGGAGGAGAATGAGAAGTTATCAAACAAATGGTCAGATCGATGCAGGCCCA
TCTTTCAGTGGCAGAGGTGGTGGTCACAATCCATGAGCTCCCTCTTTCCCCTTCTCGGTC
ATCTCTTCAAATTTCAACTTTCATCTTTTTATGTTATTTACAATCATATCAGTTTCTGTA
ATTCACGGGCATGTAAAACAATGGTTTCAAACCAAGTGACTGTAATCTTGTCCTCAAAGC
CGGAACAAAACGATCCAAACATCAAGAAAACACACAAGAATTATATGACAG

QA 6 416 6 416
DS 



AS 1 3

CO CL3663Contig1 1295 3 6 U
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AGGAAGACTAAGACTGTATCATGAGGAATCCTGTTCTTCCGGTCTCCGATCCTCCTCTCG
CCGGAGAGAATGACACCGACGATCGCCTTTTCAAAGGACCCGCCATGACCAAACGTGGCG
CCTACGCTGCTCTCTCTTACATGTCCTGCGCAGTGATGCTTGTGCTGTTCAATAAAGCAG
CTCTCTCTTCCTATGACTTCCCCTGTGTTAACATTATCACACTCTTTCAGATGGTGTCCT
CTACCTTGTTTCTATATACCTTGAGGCGCAAGAAGATTATCTCTTTCACAGCGGGTGATT
CTGATAATAATGTCTCAGCTTTTGTGCCGTTGAAGACATTGTTTCACACCCTTCCTCTCT
CAGTTGCCTATCTTCTCTACATGCTAGTCACTATGGCGTCTGTGAGAGGGGTTAATGTCC
CCATGTACACCACGCTTAGGCGTACTACGGTGGCTTTTACTATGGTGATTGAGTACATGC
TCACTGGTCAGAGATATACCCGGTCTATCATTGGAAGTGTTGGCGTTATCTTGTTTGGCG
CATTTTTTGCTGGAGCTAGGGACTTGTCATTTGACTTTTATGGATATGGTGTCGTTTTCT
TAGCCAACATAACAACAGCAGTTTATCTAGCAACCATCTCCCGGACTGGGAAATCAAGTG
GCTTGAATAGCTTTGGCCTTATGTGGTGCAATGGAATTATATGCGGTCCAATATTGATGA
TATGGACATATGTTTGCGGTGACTTGGAGAGGACTATTAACTTTCCTCACCTCTTTTCTC
CCGGTTTCATGGTTGTGTTACTCTCTTCGTGTGTGTTGGCTTTCTTCTTAAACTACTGTA
TTTTTCTTAACACCACTCTCAACTCGGCTGTCACGCAGACAATTTGTGGCAATATGAAGG
ACGTATTCACGGTTGGACTAGGCTGGATGTTCTTTGGTGGACTCCCATTCGACTTGATGA
ATGTGATTGGACAGCTTTTTGGTTTCTTCGGGTCCGGTTTATATGCATACTATAAGATCA
TTGGGAGGTAAACAAAGAAGAGCCATTCACAAACAGGAGTGGCCCCTAGTGATGATCCTT
AATGCGACGCCTCATTTTTGTTCACTTTTCTTGTTTTCTTGGTTCACTTTTCACGTTGAT
AATAGTTTAATGATATGAGAAATATTGTTTTTAGTTCTAAACAAACTGTAAACAAGCAGA
AGAATTAGGCAAAGCAAAATACTACTACTTTTGGC


BQ
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AF RR1B322TF U 14
AF RR1CC02TF U 1
AF RR1CC02JQ C 514
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GG
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CTTACATGTCCTGCGCAGTGATGCTTGTGCTGTTCAATAAAGCAGCTCTCTCTTCCTATG
ACTTCCCCTGTGTTAACATTATCACACTCTTTCAGATGGTGTCCTCTACCTTGTTTCTAT
ATACCTTGAGGCGCAAGAAGATTATCTCTTTCACAGCGGGTGATTCTGATAATAATGTCT
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TCTACATGCTAGTCTCTATGGCGTCTGTGAGAGGGGTTAATGTCCCCATGTACACCACGC
TTAGGCGTACTACGGTGGCTTTTACTATGGTGATTGAGTACATGCTCACTGGTCAGAGAT
ATACCCGGTCTATCATTGGAAGTGTTGGCGTTATCTTGTTTGGCGCATTTTTTGCTGGAG
CTAGGGACTTGTCATTTGACTTTTATGGATATGGTGTCGTTTTCTTAGCCAACATAACAA
CAGCAGTTTATCTAGCAACCATCTCCCGGACTGGGAAATCAAGTGGCTTGAATAGCTT

QA 3 720 3 720
DS 

RD RR1CC02TF 833 0 0
GGACGGCGGTGACTCGAGTTTTGCCGGACAAAAGAAGAGTCATAGAGACGGCGAACACGG
AGGAAGACTAAGACTGTATCATGAGGAATCCTGTTCTTCCGGTCTCCGATCCTCCTCTCG
CCGGAGAGAATGACACCGACGATCGCCTTTTCAAAGGACCCGCCATGACCAAACGTGGCG
CCTACGCTGCTCTCTCTTACATGTCCTGCGCAGTGATGCTTGTGCTGTTCAATAAAGCAG
CTCTCTCTTCCTATGACTTCCCCTGTGTTAACATTATCACACTCTTTCAGATGGTGTCCT
CTACCTTGTTTCTATATACCTTGAGGCGCAAGAAGATTATCTCTTTCACAGCGGGTGATT
CTGATAATAATGTCTCAGCTTTTGTGCCGTTGAAGACATTGTTTCACACCCTTCCTCTCT
CAGTTGCCTATCTTCTCTACATGCTAGTCACTATGGCGTCTGTGAGAGGGGTTAATGTCC
CCATGTACACCACGCTTAGGCGTACTACGGTGGCTTTTACTATGGTGATTGAGTACATGC
TCACTGGTCAGAGATATACCCGGTCTATCATTGGAAGTGTTGGCGTTATCTTGTTTGGCG
CATTTTTTGCTGGAGCTAGGGACTTGTCATTTGACTTTTATGGATATGGTGTCGTTTTCT
TAGCCAACATAACAACAGCAGTTTATCTAGCAACCATCTCCCGGACTGGGAAATCAAGTG
GCTTGAATAGCTTTGGCCTTATGTGGTGCAATGGAATTATATGCGGTCCA*TATTGATGA
TATGGACATATGTT*GCGGTGACTTGGAGAGGACTATTAACTTTCCTCACCTC

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR1CC02JQ 782 0 0
GC
TTTACTATGGTGATTGAGTACATGCTCACTGGTCAGAGATATACCCGGTCTATCATTGGA
AGTGTTGGCGTTATCTTGTTTGGCGCATTTTTTGCTGGAGCTAGGGACTTGTCATTTGAC
TTTTATGGATATGGTGTCGTTTTCTTAGCCAACATAACAACAGCAGTTTATCTAGCAACC
ATCTCCCGGACTGGGAAATCAAGTGGCTTGAATAGCTTTGGCCTTATGTGGTGCAATGGA
ATTATATGCGGTCCAATATTGATGATATGGACATATGTTTGCGGTGACTTGGAGAGGACT
ATTAACTTTCCTCACCTCTTTTCTCCCGGTTTCATGGTTGTGTTACTCTCTTCGTGTGTG
TTGGCTTTCTTCTTAAACTACTGTATTTTTCTTAACACCACTCTCAACTCGGCTGTCACG
CAGACAATTTGTGGCAATATGAAGGACGTATTCACGGTTGGACTAGGCTGGATGTTCTTT
GGTGGACTCCCATTCGACTTGATGAATGTGATTGGACAGCTTTTTGGTTTCTTCGGGTCC
GGTTTATATGCATACTATAAGATCATTGGGAGGTAAACAAAGAAGAGCCATTCACAAACA
GGAGTGGCCCCTAGTGATGATCCTTAATGCGACGCCTCATTTTTGTTCACTTTTCTTGTT
TTCTTGGTTCACTTTTCACGTTGATAATAGTTTAATGATATGAGAAATATTGTTTTTAGT
TCTAAACAAACTGTAAACAAGCAGAAGAATTAGGCAAAGCAAAATACTACTACTTTTGGC

QA 3 782 3 782
DS 



AS 1 3

CO CL3664Contig1 806 3 12 U
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AGGCGTCACCTCTTCCTGTGATTACTGGATTAGAGATTAGGGCTCGCAGAGGTTTTTGAC
CTATTCGAGATGTATTCCGATCGTGTGGAGGCTGGGAATGTAAGCAAGAATACGGTGAAG
AACCGTCTCAATGGCGGCTCTGGAGACTTGTCTTCGCGCGGGAGACAAGTCACGAGGAAG
AGAGGAAGGCAGGATGATGATAAGTGGGAGCATGATCTTTTCGATGATGACAACAAGCCT
CGACTTTCAAATCGCAAGGTTGACCCTAGAGATCTCCGCTTGAAGCTCCAGAAGAAACAC
CATGGCTTGCAGAGTCGGCTAGGTGGAGCTAGTTTGGGGGAACGGGATCTGCGCGAGAAG
CTATCCGGGGCAAAGAATCCACCACTAAGGAACAGTAACTTACAAAAGTCTACAAGGGAG
GCTGCTAGATCACCAGCCGTCAAGAACGGTTCAGGTGAAACCAAATCCGAGACCAGAGCA
GCTTTGAACGGAGCTACCAAGAAGAAACCACAGCAGGCTGGTACCTCAGTTGATAGCTTC
CTGGAATCATTGGGTCTCGAGAAATATTCAACCTCATTTCAAGTGGAAGAAGTTGATATG
GATGCTCTGATGCATATGACAGATGATGACCTCAAAGCTATGCTCATACCAATGGGACC*
AGGA*GAAGATACTTCTTGCTTTGGGATCTAA*CGTTGATAGATTTGCTTCAAAGCTCTT
AGTGAATGATTCTCAGAAAGACCCTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E742TF U 1
AF RR1EJ65TF U 3
AF RR1B151TF U 6
BS 1 147 RR1E742TF
BS 148 148 RR1EJ65TF
BS 149 765 RR1E742TF
BS 766 766 RR1EJ65TF
BS 767 769 RR1E742TF
BS 770 772 RR1EJ65TF
BS 773 785 RR1E742TF
BS 786 786 RR1B151TF
BS 787 790 RR1E742TF
BS 791 791 RR1B151TF
BS 792 795 RR1E742TF
BS 796 806 RR1B151TF

RD RR1E742TF 795 0 0
GGGAGCTGCCGCTTAACAGTCTTGAGTCGAAATCGGAATCGGAAATATCGCTTTCGTTCG
AGGCGTCACCTCTTCCTGTGATTACTGGATTAGAGATTAGGGCTCGCAGAGGTTTTTGAC
CTATTCGAGATGTATTCCGATCGTGTGAAGGCTGGGAATGTAAGCAAGAATACGGTGAAG
AACCGTCTCAATGGCGGCTCTGGAGACTTGTCTTCGCGCGGGAGACAAGTCACGAGGAAG
AGAGGAAGGCAGGATGATGATAAGTGGGAGCATGATCTTTTCGATGATGACAACAAGCCT
CGACTTTCAAATCGCAAGGTTGACCCTAGAGATCTCCGCTTGAAGCTCCAGAAGAAACAC
CATGGCTTGCAGAGTCGGCTAGGTGGAGCTAGTTTGGGGGAACGGGATCTGCGCGAGAAG
CTATCCGGGGCAAAGAATCCACCACTAAGGAACAGTAACTTACAAAAGTCTACAAGGGAG
GCTGCTAGATCACCAGCCGTCAAGAACGGTTCAGGTGAAACCAAATCCGAGACCAGAGCA
GCTTTGAACGGAGCTACCAAGAAGAAACCACAGCAGGCTGGTACCTCAGTTGATAGCTTC
CTGGAATCATTGGGTCTCGAGAAATATTCAACCTCATTTCAAGTGGAAGAAGTTGATATG
GATGCTCTGATGCATATGACAGATGATGACCTCAAAGCTATGCTCATACCAATGGGACC*
AGGA*GAAGATACTTCTTGCTTTGGGATCTAA*CGTTGATAGATT*GCTC**AAGCTCTT
AGTGA*TGAT*CTCA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1EJ65TF 794 0 0
GAGCT
GCCGCTTAACAGTCTTGAGTCGAAATCGGAATCGGAAATATCGCTTTCGTTCGAGGCGTC
ACCTCTTCCTGTGATTACTGGATTAGAGATTAGGGCTCGCAGAGGTTTTTGACCTATTCG
AGATGTATTCCGATCGTGTGGAGGCTGGGAATGTAAGCAAGAATACGGTGAAGAACCGTC
TCAATGGCGGCTCTGGAGACTTGTCTTCGCGCGGGAGACAAGTCACGAGGAAGAGAGGAA
GGCAGGATGATGATAAGTGGGAGCATGATCTTTTCGATGATGACAACAAGCCTCGACTTT
CAAATCGCAAGGTTGACCCTAGAGATCTCCGCTTGAAGCTCCAGAAGAAACACCATGGCT
TGCAGAGTCGGCTAGGTGGAGCTAGTTTGGGGGAACGGGATCTGCGCGAGAAGCTATCCG
GGGCAAAGAATCCACCACTAAGGAACAGTAACTTACAAAAGTCTACAAGGGAGGCTGCTA
GATCACCAGCCGTCAAGAACGGTTCAGGTGAAACCAAATCCGAGACCAGAGCAGCTTTGA
ACGGAGCTACCAAGAAGAAACCACAGCAGGCTGGTACCTCAGTTGATAGCTTCCTGGAAT
CATTGGGTCTCGAGAAATATTCAACCTCATTTCAAGTGGAAGAAGTTGATATGGATGCTC
TGATGCATATGACAGATGATGACCTCAAAGCTATGCTCATACCAATGGGACC*AGGA*GA
AGATACTTCTTGCTTTGGGATCTAA*CGTTGATAGATTTGCTTCAAAGCTCTTAGTGA
TGATCTCAGAA

QA 6 783 6 783
DS 

RD RR1B151TF 801 0 0
GG
GCCGCTTAACAGTCTTGAGTCGAAATCGGAATCGGAAATATCGCTTTCGTTCGAGGCGTC
ACCTCTTCCTGTGATTACTGGATTAGAGATTAGGGCTCGCAGAGGTTTTTGACCTATTCG
AGATGTATTCCGATCGCGTGGAGGCTGGGAATGTAAGCAAGAATACGGTGAAGAACCGTC
TCAATGGCGGCTCTGGAGACTTGTCTTCGCGCGGGAGACAAGTCACGTGGAAGAGAGGAA
GGCAGGATGATGATAAGTGGGAGCATGATCTTTTCGATGATGACAACAAGCCTCGACTTT
CAAATCGCAAGGTTGACCCTAGAGATCTCCGCTTGAAGCTCCAGAAGAAACACCATGGCT
TGCAGAGTCGGCTAGGTGGAGCTAGTTTGGGGGAACGGGATCTGCGCGAGAAGCTATCCG
GGGCAAAGAATCCACCACTAAGGAACAGTAACTTACAAAAGTCTACAAGGGAGGCTGCTA
GATCACCAGCCGTCAAGAACGGTTCAGGTGAAACCAAATCCGAGACCAGAGCAGCTTTGA
ACGGAGCTACCAAGAAGAAACCACAGCAGGCTGGTACCTCAGTTGATAGCTTCCTGGAAT
CATTGGGTCTCGAGAAATATTCAACCTCATTTCAAGTGGAAGAAGTTGATATGGATGCTC
TGATGCATATGACAGATGATGACCTCAAAGCTATGCTCATACCAATGGGACCCAGGAAGA
AGATACTTCTTGCTTTGGGATCTAAACGTTGATAGATTTGCTTCAAAGCTCTTAGTGAAT
GATTCTCAGAAAGACCCTG

QA 3 801 3 801
DS 



AS 1 3

CO CL3665Contig1 763 3 5 U
AATTCAAACAAAGTTTTCAGTTTAGACAAACATCAAAGACACAAACCTCAACATGACAGA
CCGCTAACGACATGAGCCACAAGTTTTACACACATTAATACATAGCAGACGAGCTGGTTC
CGCACGAAAGGGACGGTTTACATAACTAGAATGAAACCTGAACGCCCAACAAAACCATAA
GCTGTGACACAAACTCTGGGTGTCCTGGCCATGCTGCGCCAGTAACCAGATTCCCGTCAG
TGAAGCATCGGTGGATTGGATCAGGTTCTAACCAAGTTCCTCCTCCAAGTTCCACATTCA
GTTTCACTGCTGGATAAGCAGTGCATTTCCTTCCCTTGAGGACACCGGCAGCAGCTAAGA
TCTGTTGTCCGTGGCAGATAGACGCAACTGGTTTCCCAGAACTCATAAACTCTTTAACCA
GGTTAAGAACTTGTTGGTTCAGGGTTAGATATTCTGGAGCTCTGCCTCCTGGAATGACCA
GAGCATCATAACCGGAGGAATCTAGTCCATCAAAAGTAGCAGTCAAAGCAAAAGTATGCC
CTGGCTTTTCACTGTAAGTCTGGTCACCCTCAAAGTCATGAATTGCAGTTGGGCAGCGAT
CACCAGCCTTTTTCTCCGGACAAACCGAATCAACTTGACACCCCAAAGCTTGAAGGGACT
GAAACGGGACTTTGACTTCATAGTCCTCCATATAATCCCCACAAAGAAACAAGATTCTTT
TATTTGCTCCAGTTACTTTACCGCCAAGGGCCTTGAGAAAGAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK38JQ U 1
AF RR1CI13JQ U 1
AF RR1DK38TF C 162
BS 1 444 RR1CI13JQ
BS 445 445 RR1DK38JQ
BS 446 552 RR1CI13JQ
BS 553 553 RR1DK38JQ
BS 554 763 RR1CI13JQ

RD RR1DK38JQ 604 0 0
AATTCAAACTAAGTTTTCAGTTTAGACAAACATCAAAGACACAAACCTCAACATGACAGA
CCGCTAACGACATGAGCCACAAGTTTTACACACATTACTACATAGCAGACGAGCTGGTTC
CGCACGAAAGGGACGGTTTACATAACTAGAATGAAACCTGAACGCCCAACAAAACCATAA
GCTGTGACACAAACTCTGGGTGTCCTGGCCATGCTGCGCCAGTAACCAGATTCCCGTCAG
TGAAGCATCGGTGGATTGGATCAGGTTCTAACCAAGTTCCTCCTCCAAGTTCCACATTCA
GTTTCACTGCTGGATAAGCAGTGCATTTCCTTCCCTTGAGGACACCGGCAGCAGCTAAGA
TCTGTTGTCCGTGGCAGATAGACGCAACTGGTTTCCCAGAACTCATAAACTCTTTAACCA
GGTTAAGAACTTGTTGGTTCAGGGTTAGATATTCTGGAGCTCTGCCTCCTGGAATGACCA
GAGCATCATAACCGGAGGAATCTAGTCCATCAAAAGTAGCAGTCAAAGCAAAAGTATGCC
CTGGCTTTTCACTGTAAGTCTGGTCACCCTCAAAGTCATGAATTGCAGTTGGGCAGCGAT
CACC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1CI13JQ 763 0 0
AATTCAAACAAAGTTTTCAGTTTAGACAAACATCAAAGACACAAACCTCAACATGACAGA
CCGCTAACGACATGAGCCACAAGTTTTACACACATTAATACATAGCAGACGAGCTGGTTC
CGCACGAAAGGGACGGTTTACATAACTAGAATGAAACCTGAACGCCCAACAAAACCATAA
GCTGTGACACAAACTCTGGGTGTCCTGGCCATGCTGCGCCAGTAACCAGATTCCCGTCAG
TGAAGCATCGGTGGATTGGATCAGGTTCTAACCAAGTTCCTCCTCCAAGTTCCACATTCA
GTTTCACTGCTGGATAAGCAGTGCATTTCCTTCCCTTGAGGACACCGGCAGCAGCTAAGA
TCTGTTGTCCGTGGCAGATAGACGCAACTGGTTTCCCAGAACTCATAAACTCTTTAACCA
GGTTAAGAACTTGTTGGTTCAGGGCTAGATATTCTGGAGCTCTGCCTCCTGGAATGACCA
GAGCATCATAACCGGAGGAATCTAGTCCATCAAAAGTAGCAGTCAAAGCAAAAGTATGCC
CTGGCTTTTCAC*GTAAGTCTGGTCACCCTCAAAGTCATGAATTGCAGTTGGGCAGCGAT
CACCAGCCTTTTTCTCCGGACAAACCGAATCAACTTGACACCCCAAAGCTTGAAGGGACT
GAAACGGGACTTTGACTTCATAGTCCTCCATATAATCCCCACAAAGAAACAAGATTCTTT
TATTTGCTCCAGTTACTTTACCGCCAAGGGCCTTGAGAAAGAG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1DK38TF 595 0 0
ACGCCCAACAAAACCATAAGCTGTGACACAAACTCTGGGTGTCCTGGCCATGCTGCGCCA
GTAACCAGATTCCCGTCAGTGAAGCATCGGTGGATTGGATCAGGTTCTAACCAAGTTCCT
CCTCCAAGTTCCACATTCAGTTTCACTGCTGGATAAGCAGTGCATTTCCTTCCCTTGAGG
ACACCGGCAGCAGCTAAGATCTGTTGTCCGTGGCAGATAGACGCAACTGGTTTCCCAGAA
CTCATAAACTCTTTAACCAGGTTAAGAACTTGTTGGTTCAGGGTTAGATATTCTGGAGCT
CTGCCTCCTGGAATGACCAGAGCATCATAACCGGAGGAATCTAGTCCATCAAAAGTAGCA
GTCAAAGCAAAAGTATGCCCTGGCTTTTCACTGTAAGTCTGGTCACCCTCAAAGTCATGA
ATTGCAGTTGGGCAGCGATCACCAGCCTTTTTCTCCGGACAAACCGAATCAACTTGACAC
CCCAAAGCTTGAAGGGACTGAAACGGGACTTTGACTTCATAGTCCTCCATATAATCCCCA
CAAAGAAACAAGATTCTTTTATTTGCTCCAGTTACTTTACCGCCAAGGGCCTTG
C

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 3

CO CL3666Contig1 848 3 14 U
GGAAGCCAACAAAAAAAATCAGCTGGAGAATTAAGAACAAGGACGAAGAGCCTCCAGAAA
TCTTCATCTCAAGATTAATATCAATTACACAAAAAGATATGGGTTACTGGAAATCGAAGA
TTGTTCCAACAATGAAGAAATTGTTCGAGAGAAGCCCAACAAACAAGGATGTTGTTGCTG
AGGCTAGCAAGACCCCAGCCTTTGATGATTCTAAGGAAGCAATCAACAAGGAGATTGAGG
AGAAAAAGACAGAACTGGAACCCAAGGTCTTGGATATCTATGAAGCCACGTCTGCTGAAC
TCAAGGCTTTGGTGAGGGAGCCTAAAGAAGATGGTTTAACGAAACACTCTGCCGAAGTGC
AGAAATTCCTCGAGGCACTTGTTGAAATTGGATTCCCTGGATCAAAGGATGCATGTGAAC
TTTTATCTACTAGCTCCGGACCAGTGACGTTCATATTTGAGAAAGTATGTGTGTTTCTCC
CGGTGGAGGAGAAGTCACGAGAGATGGAAAATGTGG**GAAGTCGCGAAAACCGAAGAAC
CGTCCAAAGAAGAAGACACCAAACAGGCCAAGGAAGATGAAATTGCAACCGCCGAGAAAG
AGAAAGAAACAGTTGAAGAGAAGAAAGAAGAGGTCCTACCCGCAATTATTCCTGTCATTG
CCGCTGATGAGGAGAATAAGTCAGCCGTGGAAGAGGAGAAGAAGGAAGCAGTGGAAGAGA
AGAAGCCAGCCGTGGAAGAGGTGAACAAAGAAGTTGTTGCCGCGGCGCCTGAGGCTGAAA
CTCCGTCGACCGTGGTCACAGCAGCTCCGGTGGTTGAAACTCCGGCAAAGGCTCCCGTGA
CTTTGGCG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1G515TF U 3
AF RR1B530TF U 1
AF RR1G515JQ C 351
BS 1 516 RR1B530TF
BS 517 518 RR1G515TF
BS 519 634 RR1B530TF
BS 635 635 RR1G515TF
BS 636 740 RR1B530TF
BS 741 741 RR1G515JQ
BS 742 773 RR1B530TF
BS 774 774 RR1G515JQ
BS 775 779 RR1B530TF
BS 780 780 RR1G515JQ
BS 781 809 RR1B530TF
BS 810 810 RR1G515JQ
BS 811 822 RR1B530TF
BS 823 848 RR1G515JQ

RD RR1G515TF 685 0 0
GG
GCCAACAAAAAAAATCAGCTGGAGAATTAAGAACAAGGACGAAGAGCCTCCAGAAATCTT
CATCTCAAGATTAATATCAATTACACAAAAAGATATGGGTTACTGGAAATCGAAGATTGT
TCCAACAATGAAGAAATTGTTCGAGAGAAGCCCAACAAACAAGGATGTTGTTGCTGAGGC
TAGCAAGACCCCAGCCTTTGATGATTCTAAGGAAGCAATCAACAAGGAGATTGAGGAGAA
AAAGACAGAACTGGAACCCAAGGTCTTGGATATCTATGAAGCCACGTCTGCTGAACTCAA
GGCTTTGGTGAGGGAGCCTAAAGAAGATGGTTTAACGAAACACTCTGCCGAAGTGCAGAA
ATTCCTCGAGGCACTTGTTGAAATTGGATTCCCTGGATCAAAGGATGCATGTGAACTTTT
ATCTACTAGCTCCGGACCAGTGACGTTCATATTTGAGAAAGTATGTGTGTTTCTCCCGGT
GGAGGAGAAGTCACGAGAGATGGAAAATGTGG**GAAGTCGCGAAAACCGAAGAACCGTC
CAAAGAAGAAGACACCAAACAGGCCAAGGAAGATGAAATTGCAACCGCCGAGAAAGAGAA
AGAAACAGTTGAAGAGAAGAAAGAAGAGGTCCTACCCGCAATTATTCCTGTCATTGCCGC
TGATGAGGAGAATAAGTCAGCCG

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR1B530TF 822 0 0
GGAAGCCAACAAAAAAAATCAGCTGGAGAATTAAGAACAAGGACGAAGAGCCTCCAGAAA
TCTTCATCTCAAGATTAATATCAATTACACAAAAAGATATGGGTTACTGGAAATCGAAGA
TTGTTCCAACAATGAAGAAATTGTTCGAGAGAAGCCCAACAAACAAGGATGTTGTTGCTG
AGGCTAGCAAGACCCCAGCCTTTGATGATTCTAAGGAAGCAATCAACAAGGAGATTGAGG
AGAAAAAGACAGAACTGGAACCCAAGGTCTTGGATATCTATGAAGCCACGTCTGCTGAAC
TCAAGGCTTTGGTGAGGGAGCCTAAAGAAGATGGTTTAACGAAACACTCTGCCGAAGTGC
AGAAATTCCTCGAGGCACTTGTTGAAATTGGATTCCCTGGATCAAAGGATGCATGTGAAC
TTTTATCTACTAGCTCCGGACCAGTGACGTTCATATTTGAGAAAGTATGTGTGTTTCTCC
CGGTGGAGGAGAAGTCACGAGAGATGGAAAATGTGGAAGAAGTCGCGAAAACCGAAGAAC
CGTCCAAAGAAGAAGACACCAAACAGGCCAAGGAAGATGAAATTGCAACCGCCGAGAAAG
AGAAAGAAACAGTTGAAGAGAAGAAAGAAGAGGTTCTACCCGCAATTATTCCTGTCATTG
CCGCTGATGAGGAGAATAAGTCAGCCGTGGAAGAGGAGAAGAAGGAAGCAGTGGAAGAGA
AGAAGCCAGCCGTGGAAGAG*TGAACAAAGAAGTTGTTGCCGCGGCGCCTGAG*CTGAA*
CTCCGTCGACCGTGGTCACAGCAGCTCCG*TGGTTGAAACTC

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1G515JQ 498 0 0
GCCGAAGTGCAGAAATTCCTCGAGGCACTTGTTGAAATTGGATTCCCTGGATCAAAGGAT
GCATGTGAACTTTTATTTACTAGCTCCGGACCAGTGACGTTCATATTTGAGAAAGTATGT
GTGTTTCTCCCGGTGGAGGAGAAGTCACGAGAGATGGAAAATGTGG**GAAGTCGCGAAA
ACCGAAGAACCGTCCAAAGAAGAAGACACCAAACAGGCCAAGGAAGATGAAATTGCAACC
GCCGAGAAAGAGAAAGAAACAGTTGAAGAGAAGAAAGAAGAGGTCCTACCCGCAATTATT
CCTGTCATTGCCGCTGATGAGGAGAATAAGTCAGCCGTGGAAGAGGAGAAGAAGGAAGCA
GTGGAAGAGAAGAAGCCAGCCGTGGAAGAGGTGAACAAAGAAGTTGTTGCCGCGGCGCCT
GAGGCTGAAACTCCGTCGACCGTGGTCACAGCAGCTCCGGTGGTTGAAACTCCGGCAAAG
GCTCCCGTGACTTTGGCG

QA 1 498 1 498
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3668Contig1 570 3 33 U
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GTGATCCTCCTCCAAGGCCGTTACGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGATCCTTCGAC
GACGGAAACCGCGAGCGTCCTTACGGACACTGCCTCGTCGCGGGACTCAAGAAGTATCCG
AGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAATCTAGAGTCAAGTGC
TTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGAT
CTGAAGGAGGTTGCGACTCTAGAAGCTCTGGCGTCGAAGGACAAGAAGGTGGCCGCTCTT
AAGGAGGCTAAGGCTAAGCTGGAGGAGAGGTTCAAGACTGGGAAGAACAGGTGGTTCTTT
ACCAAGCTCAGGTTTTGAAGAAGCCATTTTGTCGTTTCTGTTTTTT*TTATTAATCATTT
TGTAATGGAATTTACATTATGCTTATGTAGTTTCGAGAATGAATGTGGA*CACGTTTT*G
GATGGTTTATGAACTTTGGTTTGAAGTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1EC04TF U 1
AF RR1FM30JQ C 1
AF RR1FM30TF U 1
BS 1 22 RR1EC04TF
BS 23 23 RR1FM30TF
BS 24 110 RR1EC04TF
BS 111 111 RR1FM30TF
BS 112 224 RR1EC04TF
BS 225 225 RR1FM30TF
BS 226 266 RR1EC04TF
BS 267 267 RR1FM30TF
BS 268 320 RR1EC04TF
BS 321 321 RR1FM30TF
BS 322 338 RR1EC04TF
BS 339 339 RR1FM30TF
BS 340 353 RR1EC04TF
BS 354 354 RR1FM30TF
BS 355 359 RR1EC04TF
BS 360 360 RR1FM30TF
BS 361 368 RR1EC04TF
BS 369 369 RR1FM30TF
BS 370 380 RR1EC04TF
BS 381 381 RR1FM30TF
BS 382 398 RR1EC04TF
BS 399 399 RR1FM30TF
BS 400 466 RR1EC04TF
BS 467 467 RR1FM30TF
BS 468 476 RR1EC04TF
BS 477 477 RR1FM30TF
BS 478 496 RR1EC04TF
BS 497 497 RR1FM30TF
BS 498 529 RR1EC04TF
BS 530 530 RR1FM30TF
BS 531 532 RR1EC04TF
BS 533 533 RR1FM30TF
BS 534 570 RR1EC04TF

RD RR1EC04TF 570 0 0
TTTTTCTCGCCGGAAGAGAGAGCAGCAGCCATGGTTAAGTTCCTGAAGCAGAACAAAGCG
GTGATCCTCCTCCAAGGCCGTTACGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGCTCCTTCGAC
GACGGAAACCGCGAGCGTCCTTACGGACACTGCCTCGTCGCGGGACTCAAGAAGTATCCG
AGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCTAGAGTCAAGTGC
TTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCACCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGAT
CTGAAGGAGGTTGCGACTCTGGAAGCTCTGGCGTCGAAAGACAAGAAGGTGGCGGCTCTC
AAGGAGGCGAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGGAAGAACAGGTGGTTCTTT
ACCAAGCTCAGGTTTTGAAGAAGCCATTTTGTCGTTTCTGTTTTTTATTATTAATCGTTT
TGTAATGGAATTTACAGTATGCTTATGTAGTTTCGAGAATGAATGTGGAACATGTTTT*G
GATGGTTTATGAACTTTGGTTTGAAGTTTA

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1FM30JQ 561 0 0
TTTTTTC
CGCCGGAAGAGAGAGAAGCAGCCATGGTTAAGTTCCTGAAGCAGAACAAAGCGGTGATCC
TCCTCCAAGGCCGTTACGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGATCCTTCGACGACGGAA
ACCGCGAGCGTCCTTACGGACACTGCCTCGTCGCGGGACTCAAGAAGTATCCGAGCAAGG
TCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAATCTAGAGTCAAGTGCTTCATCA
AGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGATCTGAAGG
AGGTTGCGACTCTAGAAGCTCTGGCGTCGAAGGACAAGAAGGTGGCCGCTCTTAAGGAGG
CTAAGGCTAAGCTGGAGGAGAGGTTCAAGACTGGGAAGAACAGGTGGTTCTTTACCAAGC
TCAGGTTTTGAAGAAGCCATTTTGTCGTTTCTGTTTTTT*TTATTAATCATTTTGTAATG
GAATTTACATTATGCTTATGTAGTTTCGAGAATGAATGTGGA*CACGTTTT*GGATGGTT
TATGAACTTTGGTT

QA 8 561 8 561
DS 

RD RR1FM30TF 569 0 0
TTTTTTC
CGCCGGAAGAGAGAGAAGCAGCCATGGTTAAGTTCCTGAAGCAGAACAAAGCGGTGATCC
TCCTCCAAGGCCGTTACGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGATCCTTCGACGACGGAA
ACCGCGAGCGTCCTTACGGACACTGCCTCGTCGCGGGACTCAAGAAGTATCCGAGCAAGG
TCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAATCTAGAGTCAAGTGCTTCATCA
AGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGATCTGAAGG
AGGTTGCGACTCTAGAAGCTCTGGCGTCGAAGGACAAGAAGGTGGCCGCTCTTAAGGAGG
CTAAGGCTAAGCTGGAGGAGAGGTTCAAGACTGGGAAGAACAGGTGGTTCTTTACCAAGC
TCAGGTTTTGAAGAAGCCATTTTGTCGTTTCTGTTTTTT*TTATTAATCATTTTGTAATG
GAATTTACATTATGCTTATGTAGTTTCGAGAATGAATGTGGA*CACGTTTTTGGATGGTT
TATGAACTTTGGTTTGAA
TTTT

QA 8 565 8 565
DS 



AS 1 3

CO CL3669Contig1 1075 3 7 U
GGCAAACGTACGTTGTGAATAGACTTCGAGTTTTCCAAGAACAATCCAAAAATATATGCT
ATTAAAAGAAAATAGTAAAATCGGTAGTTTTAGGGGTGAAAGTTGACGTTGTGAACAATA
CATAATGTTTTCAAGAAACCTGCAAAATCATTTTTTGAAGAAATACATAATGTATCATAG
AATCTGAACGTTACTGCTTAGGATGTTCGAGCTCACTGATCTCCCCATCTGCGCAGTTTC
CAACCCAAATATACATCGTTGTGTTTCTTCTACTCGGCAACACTCTGCAACAATCTCTCC
TAGGTGACTTGTGCCATCGGAGTGGATCAGGCCGCTTCAAAACGACGACGGAATCGATCT
TTCCGGGCGAATCCAGCCTCCATCTGCATCCAGGAAACCGTCTCGTCTTATCCAAATTAT
AGTATCCAATCACTTGACGACGTCCTTCATCGTACTTAGCCGAGTTTACGTAAAACACAA
ACGGTCTCTGACACGGATGCCTCGACACGGGTCTCGTGTTGAACGCGTAGCCGATGTAGT
CAGCCCTTCTGAACCAGTTTAGGAACGTTCTCGAAGGCATCTCTAGCTCGCGAGGTGAAA
TGATGCCTCGGATTATCTGGACGGAGAAGCCCCACGATACAGAGATGGACCAGAACCGGC
TCTGGTCGTAGCAGATTGACTGCTGGAATATGCTGGCTGAGTCGAGTTCTGCCGATGACA
TGAGGTGTCGGAGGGCACGTGAGCGTTTCATCTTAGGGAATATAGGTTGCACTACGTCGA
TGTGGTGGAGTGTCACTAATGGAGCTACTGGATGGGCTCCTAATAGCCCCAATAGGTCAC
CATAAACATCATACTGGTGGAAGCCAGGCTCTTTGGTTAGTGGTACACCGAGCTAAGTCA
TACAAGCTTGGATGCGATCATCACTGCCATAAAGACCAGGGTACCGTTGGATGCAACGGT
CCTGCATTTTGGAGAGCTCAACAGCTAAAGCGTAGCTAATAGCAAAACCACCGCCACCAA
ATGCCATGGAGTATGAGAAGAAGATGTTCTGAACGTGAGCCTCCGATGAAATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG02JQ U 1
AF RR1CK49JQ U 35
AF RR1GG02TF C 331
BS 1 98 RR1GG02JQ
BS 99 99 RR1CK49JQ
BS 100 531 RR1GG02JQ
BS 532 644 RR1CK49JQ
BS 645 645 RR1GG02TF
BS 646 649 RR1CK49JQ
BS 650 1075 RR1GG02TF

RD RR1GG02JQ 531 0 0
GGCAAACGTACGTTGTGAATAGACTTCGAGTTTTCCAAGAACAATCCAAAAATATATGCT
ATTAAAAGAAAATAGTAAAATCGGTAGTTTTAGGGGTGGAAGTTGACGTTGTGAACAATA
CATAATGTTTTCAAGAAACCTGCAAAATCATTTTTTGAAGAAATACATAATGTATCATAG
AATCTGAACGTTACTGCTTAGGATGTTCGAGCTCACTGATCTCCCCATCTGCGCAGTTTC
CAACCCAAATATACATCGTTGTGTTTCTTCTACTCGGCAACACTCTGCAACAATCTCTCC
TAGGTGACTTGTGCCATCGGAGTGGATCAGGCCGCTTCAAAACGACGACGGAATCGATCT
TTCCGGGCGAATCCAGCCTCCATCTGCATCCAGGAAACCGTCTCGTCTTATCCAAATTAT
AGTATCCAATCACTTGACGACGTCCTTCATCGTACTTAGCCGAGTTTACGTAAAACACAA
ACGGTCTCTGACACGGATGCCTCGACACGGGTCTCGTGTTGAACGCGTAGC

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1CK49JQ 615 0 0
G
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GTGAAGGTTGACGTTGTGAACAATACATAATGTTTTCAAGAAACCTGCAAAATCATTTTT
TGAAGAAATACATAATGTATCATAGAATCTGAACGTTACTGCTTAGGATGTTCGAGCTCA
CTGATCTCCCCATCTGCGCAGTTTCCAACCCAAATATACATCGTTGTGTTTCTTCTACTC
GGCAACACTCTGCAACAATCTCTCCTAGGTGACTTGTGCCATCGGAGTGGATCAGGCCGC
TTCAAAACGACGACGGAATCGATCTTTCCGGGCGAATCCAGCCTCCATCTGCATCCAGGA
AACCGTCTCGTCTTATCCAAATTATAGTATCCAATCACTTGACGACGTCCTTCATCGTAC
TTAGCCGAGTTTACGTAAAACACAAACGGTCTCTGACACGGATGCCTCGACACGGGTCTC
GTGTTGAACGCGTAGCCGATGTAGTCAGCCCTTCTGAACCAGTTTAGGAACGTTCTCGAA
GGCATCTCTAGCTCGCGAGGTGAAATGATGCCTCGGATTATCTGGACGGAGAAGCCCCAC
GATACAGAGGTGGA

QA 2 615 2 615
DS 

RD RR1GG02TF 745 0 0
AGCCGCTTC
AAACGACGACGGAATCGATCTT*CCGGGCGAATCCAGC*TCCATCTGCATCCAGGAAAC*
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CCGAGTTTACGTAAAACACAAACGGTCTCTGACACGGATGCCTCGACACGGGTCTCGTGT
TGAACGCGTAGCCGATGTAGTCAGCCCTTCTGAACCAGTTTAGGAACGTTCTCGAAGGCA
TCTCTAGCTCGCGAGGTGAAATGATGCCTCGGATTATCTGGACGGAGAAGCCCCACGATA
CAGAGATGGACCAGAACCGGCTCTGGTCGTAGCAGATTGACTGCTGGAATATGCTGGCTG
AGTCGAGTTCTGCCGATGACATGAGGTGTCGGAGGGCACGTGAGCGTTTCATCTTAGGGA
ATATAGGTTGCACTACGTCGATGTGGTGGAGTGTCACTAATGGAGCTACTGGATGGGCTC
CTAATAGCCCCAATAGGTCACCATAAACATCATACTGGTGGAAGCCAGGCTCTTTGGTTA
GTGGTACACCGAGCTAAGTCATACAAGCTTGGATGCGATCATCACTGCCATAAAGACCAG
GGTACCGTTGGATGCAACGGTCCTGCATTTTGGAGAGCTCAACAGCTAAAGCGTAGCTAA
TAGCAAAACCACCGCCACCAAATGCCATGGAGTATGAGAAGAAGATGTTCTGAACGTGAG
CCTCCGATGAAATACC

QA 10 745 10 745
DS 



AS 1 2

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TCTGAACCAGCGTCAAAGGCACAGGAAGAAACTTCAGCAGCTAATTCTTCTCCTGTAGAG
GGTGTCACACCGGTTCCTGAACCTAATAAAGAAACAGAGAACCCTGATAAGGACGATGTG
TTCTCTGATAACGAAACAGAGTCCGCGGGCCCAACCAAAACCACATCATCTGCTTCTTCT
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AAAGTATCTATATCTGGAAACAAGGGACCATCTCAGGCGGTGCAAGGAGCAGTTAGCAAG
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GAGTTCAAGGTTATGGCGGCTGATGCATCTGTGTTCTCGTTTGGAGATGAAGACGACTAC
GAAAGCGACTGAAGAATGATGAACAAAAGAGATGGCAGGTAGGTGTGTGTGTGTACATAG
AAACAGGGAATGTTAAACCAGTCAAGTCAGAAGATGGAATCCATTCAATGTGTTGTGGTT
TCTTGTTGTTACGTTGAATATGGCCTTTTTCGCTTTATACATTATGGTTTTTTTTCCTCA
AAATATTACTGCACGATTGCTTACGTCTTTAATTTTGTATTGCGACACTATTGTTTGAAA
TAATAAAACTATGCATTATCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BP05TF U 1
AF RR1BP05JQ C 252
BS 1 719 RR1BP05TF
BS 720 720 RR1BP05JQ
BS 721 744 RR1BP05TF

RD RR1BP05TF 744 0 0
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TCTGAACCAGCGTCAAAGGCACAGGAAGAAACTTCAGCAGCTAATTCTTCTCCTGTAGAG
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TTCTCTGATAACGAAACAGAGTCCGCGGGCCCAACCAAAACCACATCATCTGCTTCTTCT
CAAACCACAGAAGCCAAACATACCGCAGATGAAACTTCTGCTCTAGCTCGTGCGACCGAG
AAAGTATCTATATCTGGAAACAAGGGACCATCTCAGGCGGTGCAAGGAGCAGTTAGCAAG
GCTGAAGCGACAGAGAAACCTACTGGGTCTGTGGTCAACGCGTCAAGCTCAGAGAGTAGT
GAGTTCAAGGTTATGGCGGCTGATGCATCTGTGTTCTCGTTTGGAGATGAAGACGACTAC
GAAAGCGACTGAAGAATGATGAACAAAAGAGATGGCAGGTAGGTGTGTGTGTGTACATAG
AAACAGGGAATGTTAAACCAGTCAAGTCAGAAGATGGAATCCATTCAATGTGTTGTGGTT
TCTTGTTGTTACGTTGAATATGGCCTTTTTCGCTTTATACATTATGGTTTTTTTTCCTCA
AAATATTACTGCACGATTGCTTACGTCTTTAATTTTGTATTGCGACACTATTGTTTGAA*
TAATAAAACTATGCATTATCCACC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1BP05JQ 493 0 0
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ATCTGGAAACAAGGGACCATCTCAGGCGGTGCAAGGAGCAGTTAGCAAGGCTGAAGCGAC
AGAGAAACCTACTGGGTCTGTGGTCAACGCGTCAAGCTCAGAGAGTAGTGAGTTCAAGGT
TATGGCGGCTGATGCATCTGTGTTCTCGTTTGGAGATGAAGACGACTACGAAAGCGACTG
AAGAATGATGAACAAAAGAGATGGCAGGTAGGTGTGTGTGTGTACATAGAAACAGGGAAT
GTTAAACCAGTCAAGTCAGAAGATGGAATCCATTCAATGTGTTGTGGTTTCTTGTTGTTA
CGTTGAATATGGCCTTTTTCGCTTTATACATTATGGTTTTTTTTCCTCAAAATATTACTG
CACGATTGCTTACGTCTTTAATTTTGTATTGCGACACTATTGTTTGAAATAATAAAACTA
TGCATTATCCACC

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 3

CO CL3671Contig1 556 3 1 U
GGAGCATCAGCGATGAACTATGGGTCGTTTGGATCAAACCAGCAGTTCTATTCCAACAAT
CAGTCAATGCAGACAATCTTAGCCGCACAACAGCTCCAGCAGTTGCAGCTTCATTCACAG
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CAACAGCAACAGATACAACAGCTTATGCATCACCGTCTTCGACAGCAGGAACAACAAAAT
GGAACTGCGGAGGTGAGAAAACAGAAGCCATTCCATGGCCAGGATGAGAGCTGATGAACA
CGAATACAAATATTATGTAATGAGAGAGAGGGTACTGGCGTTGTTGTGTACTAAGCAGTA
CATCACTGTTCAATACATTTGAATAGCCCAAAGAAAACATTCCGAGTTGTTTAGATTTTG
TTATTGAGACTGTGTCTCGTGTCTTAGTACACATGTTCAAATTGCTAATTTGTTGTTATA
AATCATAAAAACATAACCGTTATTGCCAACACTATGCTTGATGCATATTTAAAATATTCT
CAGATGCTCTTGTATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FZ68TF U 118
AF RR1FM19JQ C 1
AF RR1FM19TF U 1
BS 1 556 RR1FM19TF

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G
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TTCAACGGCAACAGATACAACAGCTTATGCATCACCGTCTTCGACAGCAGGAACAACAAA
ATGGAACTGCGGAGGTGAGAAAACAGAAGCCATTCCATGGCCAGGATGAGAGCTGATGAA
CACGAATACAAATATTATGTAATGAGAGAGAGGGTACTGGCGTTGTTGTGTACTAAGCAG
TACATCACTGTTCAATACATTTGAATAGCCCAAAGAAAACATTCCGAGTTGTTTAGATTT
TGTTATTGAGACTGTGTCTCGTGTCTTAGTACACATATTCAAATTGCTAATTTGTTGTTA
TAAATCATAAAAACATAACCGTTATTGCC

QA 2 390 2 390
DS 

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AAACAACAACAGCATCAACATCAACAACAACAACAACAACAACAGCAGCAGTTTCAGTTT
CAACAGCAACAGATACAACAGCTTATGCATCACCGTTTTCGACAGCAGGAACAACAAAAT
GGAACTGCGGAGGTGAGAAAACAGAAGCCATTCCATGGCCAGGATGAGAGCTGATGAACA
CGAATACAAATATTATGTAATGAGAGAGAGGGTACTGGCGTTGTTGTGTATTAAGCAGTA
CATCACTGTTCAATACATTTGAATAGCCCAAAGAAAACATTCCGAGTTGTTTAGATTTTG
TTATTGAGACTGTGTTTCGTGTTTTAGTACACATGTTCAAATTGCTAATTTGTTGTTATA
AATCATAAAAACATAACCGTTATTGCCAACACTATGCTTGATGCATATTTAAAATATTTT
CAGATGCTTTTGTATT

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1FM19TF 556 0 0
GGAGCATCAGCGATGAACTATGGGTCGTTTGGATCAAACCAGCAGTTCTATTCCAACAAT
CAGTCAATGCAGACAATCTTAGCCGCACAACAGCTCCAGCAGTTGCAGCTTCATTCACAG
AAACAACAACAGCATCAACATCAACAACAACAACAACAACAACAGCAGCAGTTTCAGTTT
CAACAGCAACAGATACAACAGCTTATGCATCACCGTCTTCGACAGCAGGAACAACAAAAT
GGAACTGCGGAGGTGAGAAAACAGAAGCCATTCCATGGCCAGGATGAGAGCTGATGAACA
CGAATACAAATATTATGTAATGAGAGAGAGGGTACTGGCGTTGTTGTGTACTAAGCAGTA
CATCACTGTTCAATACATTTGAATAGCCCAAAGAAAACATTCCGAGTTGTTTAGATTTTG
TTATTGAGACTGTGTCTCGTGTCTTAGTACACATGTTCAAATTGCTAATTTGTTGTTATA
AATCATAAAAACATAACCGTTATTGCCAACACTATGCTTGATGCATATTTAAAATATTCT
CAGATGCTCTTGTATT

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL3672Contig1 938 2 4 U
GGAATTTTGTCGCTTTGCTCACTCTCGTTTCTGCATCCTTTTTGCCCGATTTGCCTTTAT
AAACGGCTGCTGCAAAAGCTGTATCCTCCTGCAGAGCTCACACACTAATAATAATGGAGA
AGAACCAGAGATTCAGAAAAGTTTGTGTTTTTTGCGGAAGTAACTCTGGCCACAGAGATG
TTTTCAGCCTTGCTGCTATCGAACTTGGCAATGAACTCGTGAAAAGGAAGATAGATTTGG
TTTATGGAGGAGGAAGTGTTGGACTAATGGGTCTGATATCTCGGAGAGTCTCAGAAGGTG
GTTGTCATGTACTCGGGATCATCCCACAAGCTCTGATGCCTATTGAGATATCTGGTGAGA
CTGTTGGAGAAGTAAGAGTTGTTGCAGACATGCACGAGCGCAAAGCAGCAATGGCACAAG
AAGCTGAGGCTTTCATTGCCCTCCCTGGAGGTTATGGAACAATGGAGGAACTGCTGGAGA
TTATAACATGGGCACAGCTTGGTATCCATAAGAAGACGGTTGGTCTTTTGAATGTTGATG
GTTACTACAACAATCTGCTCGCTTTGTTTGACACTGGAGTTGAAGAGGGTTTTATTAAGC
CAGGTGCTCGTAACATCCTTGTTTCTGCGCCATCTGCCAAAGAACTCCTGGAGAAGATGG
AGCTATATACTCCTTCGCACAAGCACATTGCTTCTCACCAGAGCTGGGAAGTAAAGCAAC
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GAACAGTAGAAAAGCTTTTGGTGTATGGTGAAAGCCATTATTAATTTCAGATTTTGGGAT
CATACATAATGTCTTTTTTCTTCTTCTTTTGGAAATCAGAATGATCTGTCATGTCTTTTG
GAGATAAGCTGTGACAAGATTATAAGGTTTGGATAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GE23TF U 1
AF RR1DM29JQ C 208
BS 1 453 RR1GE23TF
BS 454 454 RR1DM29JQ
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BS 731 938 RR1DM29JQ

RD RR1GE23TF 730 0 0
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TTTTCAGCCTTGCTGCTATCGAACTTGGCAATGAACTCGTGAAAAGGAAGATAGATTTGG
TTTATGGAGGAGGAAGTGTTGGACTAATGGGTCTGATATCTCGGAGAGTCTCAGAAGGTG
GTTGTCATGTACTCGGGATCATCCCACAAGCTCTGATGCCTATTGAGATATCTGGTGAGA
CTGTTGGAGAAGTAAGAGTTGTTGCAGACATGCACGAGCGCAAAGCAGCAATGGCACAAG
AAGCTGAGGCTTTCATTGCCCTCCCTGGAGGTTTTGGAACAATGGAGGAACTGCTGGAGA
TTATAACATGGGCACAGCTTGGTATCCATAAGAAGACGGTTGGTCTTTTGAATGTTGATG
GTTACTACAACAATCTGCTCGCTTTGTTTGACACTGGAGTTGAAGAGGGTTTTATTAAGC
CAGGTGCTCGTAACATCCTTGTTTCTGCGCCATCTGCCAAAGAACTCCTGGAGAAGATGG
AGCTATATACTCCTTCGCACAAGCACATTGCTTCTCACCAGAGCTGGGAAGTAAAGCAAC
TAGCTGGAGA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1DM29JQ 731 0 0
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TGGGTCTGATATCTCGGATAGTCTCAGAAGGTGGTTGTCATGTACTCGGGATCATCCCAC
AAGCTCTGATGCCTATTGAGATATCTGGTGAGACTGTTGGAGAAGTAAGAGTTGTTGCAG
ACATGCACGAGCGCAAAGCAGCAATGGCACAAGAAGCTGAGGCTTTCATTGCCCTCCCTG
GAGGTTATGGAACAATGGAGGAACTGCTGGAGATTATAACATGGGCACAGCTTGGTATCC
ATAAGAAGACGGTTGGTCTTTTGAATGTTGATGGTTACTACAACAATCTGCTTGCTTTGT
TTGACACTGGAGTTGAAGAGGGTTTTATTAAGCCAGGTGCTCGTAACATCCTTGTTTTTG
CGCCATCTGCCAAAGAACTCCTGGAGAAGATGGAGCTATATACTCCTTCGCACAAGCACA
TTGCTTCTCACCAGAGCTGGGAAGTAAAGCAACTAGCTGGAGATTCTTAACATTCTGTTT
AGCATTTGAAACAGCATGTGTGTTTTTCAATTTGAACAGTAGAAAAGCTTTTGGTGTATG
GTGAAAGCCATTATTAATTTCAGATTTTGGGATCATACATAATGTCTTTTTTCTTCTTCT
TTTGGAAATCAGAATGATCTGTCATGTCTTTTGGAGATAAGCTGTGACAAGATTATAAGG
TTTGGATAGAG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 3

CO CL3673Contig1 463 3 5 U
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CAAAAGCGCAATACACAAAAAGAAAAAGTACATCTTTAGTTTTCTCCTACAAATTAAACA
CAATATGGTGTCTCAAAAGTTGGAGATCTGCATCGAGTTAGTGAAGACTGCCGTCTCTTT
TGTAGCCACCGTGGCTGAAACAGTGGAAGAAGCTTTCCGTAAGCCTCCGCCGGCGCTTCC
GTCAGCTCATGATGTTCGCCGGAACAGTTACGCCGACGTTCCCATTCCTCTTGTTGGATT
CATGTGATGAGCTTTTTGTGTTTGTTAAACTTTTATTCTTTAGTTTTGGCCTCGTTTGGC
TCTCGTGCCATGAGGCGTTTTGGAATGTTGTTGATTTGTGTATAAATATAACCAAGTGAA
TCATGAAGAGTTACAGATGAATCGATCGTCGATGTTTATAAAG


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1BF91TF U 1
AF RR1BH78JQ C 2
AF RR1BH78TF U 2
BS 1 139 RR1BF91TF
BS 140 140 RR1BH78TF
BS 141 391 RR1BF91TF
BS 392 394 RR1BH78TF
BS 395 463 RR1BF91TF

RD RR1BF91TF 463 0 0
GGCACAAAGATAAGAGCTCTCGAGACGCGGAAAACATAGAGAGAAGAAACACGCATACCT
CAAAAGCGCAATACACAAAAAGAAAAAGTACATCTTTAGTTTTCTCCTACAAATTAAACA
CAATATGGTGTCTCAAAAGCTGGAGATCTGCATCGAGTTAGTGAAGACTGCCGTCTCTTT
TGTAGCCACCGTGGCTGAAACAGTGGAAGAAGCTTTCCGTAAGCCTCCGCCGGCGCTTCC
GTCAGCTCATGATGTTCGCCGGAACAGTTACGCCGACGTTCCCATTCCTCTTGTTGGATT
CATGTGATGAGCTTTTTGTGTTTGTTAAACTTTTATTCTTTAGTTTTGGCCTCGTTTGGC
TCTCGTGCCATGAGGCGTTTTGGAATGTTGT***TTTGTGTATAAATATAACCAAGTGAA
TCATGAAGAGTTACAGATGAATCGATCGTCGATGTTTATAAAG

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR1BH78JQ 431 0 0
GG
ACAAAGATAAGAGCTCTCGAGACGCGGAAAACATAGAGAGAAGAAACACGCATACCTCAA
AAGCGCAATACACAAAAAGAAAAAGTACATCTTTAGTTTTCTCCTACAAATTAAACACAA
TATGGTGTCTCAAAAGTTGGAGATCTGCATCGAGTTAGTGAAGACTGCCGTCTCTTTTGT
AGCCACCGTGGCTGAAACAGTGGAAGAAGCTTTCCGTAAGCCTCCGCCGGCGCTTCCGTC
AGCTCATGATGTTCGCCGGAACAGTTACGCCGACGTTCCCATTCCTCTTGTTGGATTCAT
GTGATGAGCTTTTTGTGTTTGTTAAACTTTTATTCTTTAGTTTTGGCCTCGTTTGGCTCT
CGTGCCATGAGGCGTTTTGGAATGTTGTTGATTTGTGTATAAATATAACCAAGTGAATCA
TGAAGAGTT

QA 3 431 3 431
DS 

RD RR1BH78TF 431 0 0
GG
ACAAAGATAAGAGCTCTCGAGACGCGGAAAACATAGAGAGAAGAAACACGCATACCTCAA
AAGCGCAATACACAAAAAGAAAAAGTACATCTTTAGTTTTCTCCTACAAATTAAACACAA
TATGGTGTCTCAAAAGTTGGAGATCTGCATCGAGTTAGTGAAGACTGCCGTCTCTTTTGT
AGCCACCGTGGCTGAAACAGTGGAAGAAGCTTTCCGTAAGCCTCCGCCGGCGCTTCCGTC
AGCTCATGATGTTCGCCGGAACAGTTACGCCGACGTTCCCATTCCTCTTGTTGGATTCAT
GTGATGAGCTTTTTGTGTTTGTTAAACTTTTATTCTTTAGTTTTGGCCTCGTTTGGCTCT
CGTGCCATGAGGCGTTTTGGAATGTTGTTGATTTGTGTATAAATATAACCAAGTGAATCA
TGAAGAGTT

QA 3 431 3 431
DS 



AS 1 3

CO CL3674Contig1 854 3 12 U
CAACACCATTGGTTCCAAGCTCATCTTCCTAGGTATTTAGCTGTCCCTCCTCCAGACACG
GCCCAGCAAGCGAAAAAGATTGATGAGGAAATTCTCCAAGAAGTTGTCAGTATGGGATTT
GACAGAAACCTCCTCATTGAATCTCTCCGCAACCGAACCCAGAATGATGGGACTGTGACA
TACTATCTGATACTGGACAACCGGTTCCGTGTCTCTGCTGGTTATCTCGGGGCCGAGTTT
CAAGAGACAATGGAATGGGTACTCCGAGAATGCATCCAGCAGAAAGCGTAGCTTCACCGG
TTGCTAACCGGCTTCCAGGAATGATGGAGTTCCAAGGAGTTGGCTTGAGATCTCAATACC
CTGTTGAGAGAAAATGGGCCCTTGGACTTCAGTCTCGTGCTCATCCCCGGGAGATAATGA
CAGAAGTCCTGAAAGCGCTGCAAGATCTGAGTGTGCGCTGGAAGAAGATAGGGCCGTACA
ACATGAAGTGCAGATGGGTTCCAAACAATGGAGATGGAATGCTAAGTAACTCGATGCAGG
ACAACAACTACTTTGGAGATGATTCCAGCATAATAGAGAACGACTCAGCTGTGAGGTCGC
CTAATGTTGTCAAGTTTGAACTTCAGTTGTATAAAACTCGAGACGACAAGTATCTGTTGG
ATCTGCAGAGGGTACAAGGTCCTCAGTTCTTGTTTTTGGACCTCTGTGCTGCCTTCCTTG
CTCAGCTCCGAGTCCTTTGAATAATCAATCAAACCGGAACTCTTCAACAATAATTTCCAC
TTCTTCCTTCTTTTCTTCTTCTTTGGTCTAAGAAAATATTCAGTAAGAAATTAAAAGCGA
ACTTCTTCTACTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY77TF U 1
AF RR1B410TF U 28
AF RR1EQ52JQ C 68
BS 1 135 RR1CY77TF
BS 136 136 RR1B410TF
BS 137 222 RR1CY77TF
BS 223 223 RR1B410TF
BS 224 241 RR1CY77TF
BS 242 242 RR1EQ52JQ
BS 243 253 RR1CY77TF
BS 254 255 RR1EQ52JQ
BS 256 502 RR1B410TF
BS 503 503 RR1EQ52JQ
BS 504 592 RR1B410TF
BS 593 854 RR1EQ52JQ

RD RR1CY77TF 262 0 0
CAACACCATTGGTTCCAAGCTCATCTTCCTAGGTATTTAGCTGTCCCTCCTCCAGACACG
GCCCAGCAAGCGAAAAAGATTGATGAGGAAATTCTCCAAGAAGTTGTCAGTATGGGATTT
GACAGAAACCTCCTCGTTGAATCTCTCCGCAACCGAACCCAGAATGATGGGACTGTGACA
TACTATCTGATACTGGACAACCGGTTCCGTGTCTCTGCTGGT*ATCTCGGGGCCGAGTTT
C*AGAGACAATGG
AAGGACTCC

QA 1 253 1 253
DS 

RD RR1B410TF 565 0 0
G
CTAGGTATTTAGCTGTCCCTCCTCCAGATACGGCCCAGCAAGCGAAAAAGATTGATGAGG
AAATTCTCCAAGAAGTTGTCAGTATGGGATTTGACAGAAACCTCCTCATTGAATCTCTCC
GCAACCGGACCCAGAATGATGGGACTGTGACATACTATCTGATACTGGACAACCGGTTCC
GTGTCTCTGCTGGTTATCTCGGGGCCGAGTTTCGAGAGACAATGGTGTGGGTACTCCGAG
AATGCATCCAGCAGAAAGCGTAGCTTCACCGGTTGCTAACCGGCTTCCAGGAATGATGGA
GTTCCAAGGAGTTGGCTTGAGATCTCAATACCCTGTTGAGAGAAAATGGGCCCTTGGACT
TCAGTCTCGTGCTCATCCCCGGGAGATAATGACAGAAGTCCTGAAAGCGCTGCAAGATCT
GAGTGTGCGCTGGAAGAAGATAGGGCCGTACAACATGAAGTGCAGATGGGTTCCTAACAA
TGGAGATGGAATGCTAAGTAACTCGATGCAGGACAACAACTACTTTGGAGATGATTCCAG
CATAATAGAGAACGACTCAGCTGT

QA 2 565 2 565
DS 

RD RR1EQ52JQ 787 0 0
AAGCGAAAAAGATTGATGAGGAAATTCTCCAAGAAGTTGTCAGTATGGGATTTGACAGAA
ACCTCCTCATTGAATCTCTCCGCAACCGAACCCAGAATGATGGGACTGTGACATACTATC
TGATACTGGACAACCGGTTCCGTGTCTCTGCTGGTTATCTCGGGGCCGAGTTTCAAGAGA
CAATGGAA**GGTACTCCGAGAATGCATCCAGCAGAAAGCGTAGCTTCACCGGTTGCTAA
CCGGCTTCCAGGAATGATGGAGTTCCAAGGAGTTGGCTTGAGATCTCAATACCCTGTTGA
GAGAAAATGGGCCCTTGGACTTCAGTCTCGTGCTCATCCCCGGGAGATAATGACAGAAGT
CCTGAAAGCGCTGCAAGATCTGAGTGTGTGCTGGAAGAAGATAGGGCCGTACAACATGAA
GTGTAGATGGGTTCCAAACAATGGAGATGGAATGCTAAGTAACTCGATGCAGGACAACAA
CTACTTTGGAGATGATTCCAGCATAATAGAGAACGACTCAGCTGTGAGGTCGCCTAATGT
TGTCAAGTTTGAACTTCAGTTGTATAAAACTCGAGACGACAAGTATCTGTTGGATCTGCA
GAGGGTACAAGGTCCTCAGTTCTTGTTTTTGGACCTCTGTGCTGCCTTCCTTGCTCAGCT
CCGAGTCCTTTGAATAATCAATCAAACCGGAACTCTTCAACAATAATTTCCACTTCTTCC
TTCTTTTCTTCTTCTTTGGTCTAAGAAAATATTCAGTAAGAAATTAAAAGCGAACTTCTT
CTACTAT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 3

CO CL3675Contig1 769 3 1 U
GGATCCATAAAGTGAAAGCTCACGCATAGAGCCATACCGTCCCAAAAAAAAGAAGAAGCA
AAAGTCCAAAAAAAACTCTCCAAAACATTCTCTCTTTGCTCTTTAGTCTCTCTCTCTCTG
CCTTTCTCTTTGTCAAAGTTCATGGATGCTACGAAGTGGACGCAGGGTTTTCAAGAAATG
ATCAATGTAAAACCAATGGATCAAATGATTTTAAACACTAACAACAACACATCGCAACAA
CAA***CCAACATTCATCGCCACCACAACAAGGCCAAACGCCACCGCAGCCAACGGCGGC
TCCGGCGGAAACAACAACAATACGGCTACTACGATGGAAAGTAGAAAGGCCAGACCGCAA
GAGAAAGTAAACTGTCCAAGATGTAACTCAACGAATACGAAGTTCTGTTATTACAACAAC
TACAGTCTCACGCAACCAAGATACTTCTGCAAAGGTTGTCGAAGGTATTGGACTGAAGGT
GGTTCTCTTCGTAACGTCCCTGTTGGAGGCAGCTCAAGAAAGAACAAGAGATCCTCAACA
CCTTTAGCTTCACATTCCAACCCCAAGCTTCCAGATCTAAACCCACCGGTTCTTTTCTCA
AGCCAAATCCCTAATAAGTCGTCAAAAGATCTCAACTTGTTGTCTTTCCCGGTCATGCAA
GATCATCATCATGGTATGTCTCAGTTTCTTCATATGCCCAAGATCGAGAACAACAATACA
TCATCTTCAATCTATGCTTCATCATCTCCTGTCTCAGCTCTCGAGCTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1G185TF U 1
AF RR1FZ75TF U 1
AF RR1CO77TF U 37
BS 1 769 RR1FZ75TF

RD RR1G185TF 592 0 0
GGATCCATAAAGTGAAAGCTCACGCATAGAGCCATACCGTCCCAAAAAAAAGAAGAAGCA
AAAGTCCAAAAAAAACTCTCCAAAACATTCTCTCTTTGCTCTTTAGTCTCTCTCTCTCTG
CCTTTCTCTTTGTCAAAGTTCATGGATGCTACGAAGTGGACGCAGGGTTTTCAAGAAATG
ATCAATGTAAAACCAATGGATCAAATGATTTTAAACACTAACAACAACACATCGCAACAA
CAA***CCAACATTCATCGCCACCACAACAAGGCCAAACGCCACCGCAGCCAACGGCGGC
TCCGGCGGAAACAACAACAATACGGCTACTACGATGGAAAGTAGAAAGGCCAGACCGCAA
GAGAAAGTAAACTGTCCAAGATGTAACTCAACGAATACGAAGTTCTGTTATTACAACAAC
TACAGTCTCACGCAACCAAGATACTTCTGCAAAGGTTGTCGAAGGTATTGGACTGAAGGT
GGTTCTCTTCGTAACGTCCCTGTTGGAGGCAGCTCAAGAAAGAACAAGAGATCCTCAACA
CCTTTAGCTTCACATTCCAACCCCAAGCTTCCAGATCTAAACCCACCGGTTC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1FZ75TF 769 0 0
GGATCCATAAAGTGAAAGCTCACGCATAGAGCCATACCGTCCCAAAAAAAAGAAGAAGCA
AAAGTCCAAAAAAAACTCTCCAAAACATTCTCTCTTTGCTCTTTAGTCTCTCTCTCTCTG
CCTTTCTCTTTGTCAAAGTTCATGGATGCTACGAAGTGGACGCAGGGTTTTCAAGAAATG
ATCAATGTAAAACCAATGGATCAAATGATTTTAAACACTAACAACAACACATCGCAACAA
CAA***CCAACATTCATCGCCACCACAACAAGGCCAAACGCCACCGCAGCCAACGGCGGC
TCCGGCGGAAACAACAACAATACGGCTACTACGATGGAAAGTAGAAAGGCCAGACCGCAA
GAGAAAGTAAACTGTCCAAGATGTAACTCAACGAATACGAAGTTCTGTTATTACAACAAC
TACAGTCTCACGCAACCAAGATACTTCTGCAAAGGTTGTCGAAGGTATTGGACTGAAGGT
GGTTCTCTTCGTAACGTCCCTGTTGGAGGCAGCTCAAGAAAGAACAAGAGATCCTCAACA
CCTTTAGCTTCACATTCCAACCCCAAGCTTCCAGATCTAAACCCACCGGTTCTTTTCTCA
AGCCAAATCCCTAATAAGTCGTCAAAAGATCTCAACTTGTTGTCTTTCCCGGTCATGCAA
GATCATCATCATGGTATGTCTCAGTTTCTTCATATGCCCAAGATCGAGAACAACAATACA
TCATCTTCAATCTATGCTTCATCATCTCCTGTCTCAGCTCTCGAGCTTC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1CO77TF 732 0 0
GG
GTCCCAAAAAAAAGAAGAAGCAAAAGTCCAAAAAAAACTCTCCAAAACATTCTCCCTTTG
CTCTTTAGTCTCTCTCTCTCTGCCTTTCTCTTTGTCAAAGTTCATGGATGCTACGAAGTG
GACGCAGGGTTTTCAAGAAATGATCAATGTAAAACCAATGGATCAAATGATTTTAAACAC
TAACAACAACACATCGCAACAACAACAACCAACATTCATCGCCACCACAACAAGGCCAAA
CGCCACCGCAGCCAACGGCGGCTCCGGCGGAAACAACAACAATACGGCTACTACGATGGA
AAGTAGAAAGGCCAGACCGCAAGAGAAAGTAAACTGTCCAAGATGTAACTCAACGAATAC
GAAGTTCTGTTATTACAACAACTACAGTCTCACGCAACCAAGATACTTCTGCAAAGGTTG
TCGAAGGTATTGGACTGAAGGTGGTTCTCTTCGTAACGTCCCTGTTGGAGGCAGCTCAAG
AAAGAACAAGAGATCCTCAACACCTTTAGCTTCACATTCCAACCCCAAGCTTCCAGATCT
AAACCCACCGGTTCTTTTCTCAAGCCAAATCCCTAATAAGTCGTCAAA*GATCTCAACTT
GTTGTCTTTCCCGGTCATGCAAGATCATCATCATGGTATGTCTCAGTTTCTTCATATGCC
CAAGATCGAGAC**ACAATACATCATCTTCAATCTATGCTTCATCATCTC*TGTCTCAGC
TCTCGAGCTT

QA 3 732 3 732
DS 



AS 1 2

CO CL3676Contig1 777 2 11 U
GGCCCTTGGATGCTTTCTTCTTTTAAATGAATTTGTGTGCACAAACACAGACATATTGTG
TACAACATTTTATAAGTTTTTGCAACTAAACTCGTATAGGTAAAGCTCTTGTAGCCGCTC
ACTAGTTTGAGGGGTTATCACTCATCATCATGATCTTTCCTGTGGACATCCAGCTGCCAT
GTGCCATCATCCATTTGAACCATCCCTTTGTTTGCAAGACACCTCCAGGTACTGGGCACT
AAGAACTCGTCTTTCAGAACATCTAAACCTTTATTGACCAATGAAATATCCCGACCAATC
ACCAGCTTAAACAGCCCGGCTTTGTCTTGCATCCCCGCCAAGCCGTGCAGGTATATCTCC
AGGTTATGGTAGTTCCTAAAGTTTAAAAACCGTTTGAGGTAAGTCGAGTTCAATGTATTG
ATCTGGAGCTCCTGGCCTACTTCTGCATACAGCAAGAGTGGATAATGTGGTGCCACATCC
GGAACATTGACTACTCTTAGGATGTTAAGTTGTTTGAGCGAGTCGACGGTGTTTACGAAG
TCTTGGTCCCCAATTCGAGGACACCCGTACGCAAAAACTGTGATGGGAACTTGTTTTCTT
TCAAGACCCGCACTGATCATGTTTTTCTTGCCATTGACAAGATCTGCTGCTGCCAGAGTT
GACATTACTCCGCCCAAGCTATGGCCTGTGAAAGTGATGCTCACTTCTTCGTTCTTGTAA
ACTTCTAGCAGTCTCTTGAGCTCTCCTTGTAACTGTTCTCGTGCGCTAGTAGTGTCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW34JQ U 1
AF RR1AK69JQ U 1
BS 1 61 RR1AK69JQ
BS 62 62 RR1GW34JQ
BS 63 258 RR1AK69JQ
BS 259 259 RR1GW34JQ
BS 260 387 RR1AK69JQ
BS 388 388 RR1GW34JQ
BS 389 396 RR1AK69JQ
BS 397 397 RR1GW34JQ
BS 398 450 RR1AK69JQ
BS 451 451 RR1GW34JQ
BS 452 777 RR1AK69JQ

RD RR1GW34JQ 516 0 0
GGCCCTTGGATGCTTTCTTCTTTTAAATGAATTTGTGTGTACAAACACAGACATATTGTG
TACAACATTTTATAAGTTTTTGCAACTAAACTCGTATAGGTAAAGCTCTTGTAGCCGCTC
ACTAGTTTGAGGGGTTATCACTCATCATCATGATCTTTCCTGTGGACATCCAGCTGCCAT
GTGCCATCATCCATTTGAACCATCCCTTTGTTTGCAAGACACCTCCAGGTACTGGGCACT
AAGAACTCGTCTTTCAGAACATCTAGACCTTTATTGACCAATGAAATATCCCGACCAATC
ACCAGCTTAAACAGCCCGGCTTTGTCTTGCATCCCCGCCAAGCCGTGCAGGTATATCTCC
AGGTTATGGTAGTTCCTAAAGTTTAAAAACCGTTTGAGGTAAGTCGAGTTCAATGTATTG
ATCTGGAGCTCCTGGCCTACTTCTGCATACAGCAAGAGTGGATAATGTGGTGCCACATCC
GGAACATTGACTACTCTTAGGATGTTAAGTTGTTTG

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1AK69JQ 777 0 0
GGCCCTTGGATGCTTTCTTCTTTTAAATGAATTTGTGTGCACAAACACAGACATATTGTG
TGCAACATTTTATAAGTTTTTGCAACTAAACTCGTATAGGTAAAGCTCTTGTAGCCGCTC
ACTAGTTTGAGGGGTTATCACTCATCATCATGATCTTTCCTGTGGACATCCAGCTGCCAT
GTGCCATCATCCATTTGAACCATCCCTTTGTTTGCAAGACACCTCCAGGTACTGGGCACT
AAGAACTCGTCTTTCAGAGCATCTAAACCTTTATTGACCAATGAAATATCCCGACCAATC
ACCAGCTTAAACAGCCCGGCTTTGTCTTGCATCCCCGCCAAGCCGTGCAGGTATATCTCC
AGGTTATGGTAGTTCCTAAAGTTTAAAGACCGTTTGGGGTAAGTCGAGTTCAATGTATTG
ATCTGGAGCTCCTGGCCTACTTCTGCATACGGCAAGAGTGGATAATGTGGTGCCACATCC
GGAACATTGACTACTCTTAGGATGTTAAGTTGTTTGAGCGAGTCGACGGTGTTTACGAAG
TCTTGGTCCCCAATTCGAGGACACCCGTACGCAAAAACTGTGATGGGAACTTGTTTTCTT
TCAAGACCCGCACTGATCATGTTTTTCTTGCCATTGACAAGATCTGCTGCTGCCAGAGTT
GACATTACTCCGCCCAAGCTATGGCCTGTGAAAGTGATGCTCACTTCTTCGTTCTTGTAA
ACTTCTAGCAGTCTCTTGAGCTCTCCTTGTAACTGTTCTCGTGCGCTAGTAGTGTCA

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 3

CO CL3677Contig1 1026 3 7 U
GGACGTTAGACCGGTCTGACAGGTTGAGGAGTTTCTAGAGTATTATTACACACACACACA
GCCTTTTTTAAAGCGGCATATTCTCTCTTGGTCACTTCCACTTCAGCATAATAATTTGAG
CATCGATGGCGATTGCGTTTTCAAATCTCCACACAGAGCAAGGTCTCAAAACCGTTGAGG
AACACCTCTCTGGGAAAACTTACATCTCCGGCGATAAGTTTTCAGTGGATGATGTGAAGG
TTTATGCTGCCGTGTTGGAGAAACCAGGTGATGGTTTCCCAAACGTTAGCAAGTGGTATG
ATACCGTTGCTTCCCATCTTGCTAAAAGTTTTCCCGGGAAAGTTGTCGGAGTGAAAATTG
GTGGCGGTGTTGCTCAGTCCGGAACTCCGAAAACAGAGGCACCTGCTGCTGCTTCTGGAG
CTGATGCTACTGCTGATGATGATGATGATGATATTGATCTTTTTGCTGATGAGACAGAAG
ATGAGAAAAAGGCTGCAGAGGAGAGGGAAGCTGCTAAGAAAGATACCAAGAAACCTAAAG
AGAGTGGAAAGTCATCTGTGCTACTTGACGTAAAGCCATGGGATGATGAAACCGATATGA
AGAAGTTGGAAGAAGCTGTCCGTAGTGTTCAGATGCCTGGTCTCTATTGGGGAGCTTCGA
AATTGGTACCGGTTGGTTACGGGATAAAGAAACTCACTATAATGATGACAATTGATGATG
ACCTTGTCTCTGTGGACAACCTCATTGAAGACCATCTCACCTCAGAGCCTAACAACGAGT
ACATCCAAAGCGTCGACATTGTTGCGTTTAACAAAATCTAGAGACTCGAAGACTCCTTCT
ACATGAAAAGATGTTAGTTCACAGTTTCAGTGTTGCCAGTCTTCCTGTCCCGTCATCTGT
ATGGTTTTTATGTGTTTTTTATGTCGTCTCCTTCATGTTGTAAGACCTACTTTGGTGTTT
AAACTAGCTTCTACTTTACTTCTTGTCTAAGCGAATTGCTGTTATAACCTCAGATTATCA
TATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1DF65TF U 1
AF RR1CG44TF U 103
AF RR1CG44JQ C 261
BS 1 242 RR1DF65TF
BS 243 243 RR1CG44TF
BS 244 264 RR1DF65TF
BS 265 788 RR1CG44TF
BS 789 789 RR1CG44JQ
BS 790 832 RR1CG44TF
BS 833 1026 RR1CG44JQ

RD RR1DF65TF 264 0 0
GGACGTTAGACCGGTCTGACAGGTTGAGGAGTTTCTAGAGTATTATTACACACACACACA
GCCTTTTTTAAAGCGGCATATTCTCTCTTGGTCACTTCCACTTCAGCATAATAATTTGAG
CATCGATGGCGATTGCGTTTTCAAATCTCCACACAGAGCAAGGTCTCAAAACCGTTGAGG
AACACCTCTCTGGGAAAACTTACATCTCCGGCGATAAGTTTTCAGTGGATGATGTGAAGG
TT*ATGCTGCCGTGTTGGAGAAAC

QA 1 264 1 264
DS 

RD RR1CG44TF 730 0 0
GG
AGCATAATAATTTGAGCATCGATGGCGATTGCGTTTTCAAATCTCCACACAGAGCAAGGT
CTCAAAACCGTTGAGGAACACCTCTCTGGGAAAACTTACATCTCCGGCGATAAGTTTTCA
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GTTAGCAAGTGGTATGATACCGTTGCTTCCCATCTTGCTAAAAGTTTTCCCGGGAAAGTT
GTCGGAGTGAAAATTGGTGGCGGTGTTGCTCAGTCCGGAACTCCGAAAACAGAGGCACCT
GCTGCTGCTTCTGGAGCTGATGCTACTGCTGATGATGATGATGATGATATTGATCTTTTT
GCTGATGAGACAGAAGATGAGAAAAAGGCTGCAGAGGAGAGGGAAGCTGCTAAGAAAGAT
ACCAAGAAACCTAAAGAGAGTGGAAAGTCATCTGTGCTACTTGACGTAAAGCCATGGGAT
GATGAAACCGATATGAAGAAGTTGGAAGAAGCTGTCCGTAGTGTTCAGATGCCTGGTCTC
TATTGGGGAGCTTCGAAATTGGTACCGGTTGGTTACGGGATAAAGAAACTCACTATAATG
ATGACAATTGATGATGACCTTGTCTCTGTGGACAACCTCATTGAAGACCATCTCACCTCA
GAGCCTAACAACGAGTACATCCAA*GCGTCGACATTGTTGCGTTTAACAAAATCTAGAGA
CTCGAAGA

QA 3 730 3 730
DS 

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GCTAAAAGTTTTCCCGGGAAAGTTGTCGGAGTGAAAATTGGTGGCGGTGTTGCTCAGTCC
GGAACTCCGAAAACAGAGGCACCTGCTGCTGCTTCTGGAGCTGATGCTACTGCTGATGAT
GATGATGATGATATTGATCTTTTTGCTGATGAGACAGAAGATGAGAAAAAGGCTGCAGAG
GAGAGGGAAGCTGTTAAGAAAGATACCAAGAAACCTAAAGAGAGTGGAAAGTCATCTGTG
CTACTTGACGTAAAGCCATGGGATGATGAAACCGATATGAAGAAGTTGGAAGAAGCTGTC
CGTAGTGTTCAGATGCCTGGTCTCTATTGGGGAGCTTCGAAATTGGTACCGGTTGGTTAC
GGGATAAAGAAACTCACTATAATGATGACAATTGATGATGACCTTGTCTCTGTGGACAAC
CTCATTGAAGACCATCTCACCTCAGAGCCTAACAACGAGTACATCCAAAGCGTCGACATT
GTTGCGTTTAACAAAATCTAGAGACTCGAAGACTCCTTCTACATGAAAAGATGTTAGTTC
ACAGTTTCAGTGTTGCCAGTCTTCCTGTCCCGTCATCTGTATGGTTTTTATGTGTTTTTT
ATGTCGTCTCCTTCATGTTGTAAGACCTACTTTGGTGTTTAAACTAGCTTCTACTTTACT
TCTTGTCTAAGCGAATTGCTGTTATAACCTCAGATTATCATATTCC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 3

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CTCCCATCAACTTCCGCAAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTTCTTGCTAGCCGTTCTGAGC
GGAAAAGCTTGCCCAACCAGTGCTGATATCAAGGGTATCCTCAATTCAGTTGGTGCCGAA
ACAGAGGAGTCTCAGATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTCAATGGGAAAGACGTGGCTGAG
CTGATTGCTGTCGGAAGGGAGAAGTTGGCTTCAGTACCAAGCGGTGGTGGCGTTGCCATG
GCTTCTGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTCCCCCTGCTGCTGAGTCCAAGAAA
GAAGAGAAGAAAGAGGAGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGCCTGTTCGAG
TAAGGCGCGTTTGCTTGGATGTTATCTGTTTTTGAACGTTTTGGAACCTCTTTGAAACCT
ATATGTTGTTGTTTTCTAGTTTGTTCTCGGTCAGTATCTTTGACATTCCTGAAATTCTCA
AGAGATTTTACACAAACATGATCCTTATATTTGCATTTCTATTTTTTGTTTTGAAAATCT
GCTTTCATGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CU04TF U 1
AF RR1A743JQ C 12
AF RR1A743TF U 12
BS 1 130 RR1CU04TF
BS 131 131 RR1A743TF
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BS 337 337 RR1A743TF
BS 338 556 RR1CU04TF
BS 557 612 RR1A743TF

RD RR1CU04TF 563 0 0
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CTCCCATCAACTTCCGCAAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTTCTTGCTAGCCGTTCTGAGC
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CTGATTGCTGTCGGAAGGGAGAAGTTGGCTTCAGTACCAAGCGGTGGTGGCGTTGCCATG
GCTTCTGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCCCCTGCTGCTGAGTCCAAGAAA
GAAGAGAAGAAAGAGGAGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGCCTGTTCGAG
TAAGGCGCGTTTGCTTGGATGTTATCTGTTTTTGAACGTTTTGGAACCTCTTTGAAACCT
ATATGTTGTTGTTTTCTAGTTTGTTCTCGGTCAGTATCTTTGACATTCCTGAAATTCTCA
AGAGATTTTACACAAA
ACATGAT

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1A743JQ 601 0 0
GG
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GAAGGGAGAAGTTGGCTTCAGTACCAAGCGGTGGTGGCGTTGCCATGGCTTTTGCTCCAT
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AGGAGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGCCTGTTCGAGTAAGGCGCGTTTG
CTTGGATGTTATCTGTTTTTGAACGTTTTGGAACCTCTTTGAAACCTATATGTTGTTGTT
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AAACATGATCCTTATATTTGCATTTTTATTTTTTGTTTTGAAAATCTGCTTTCATGTTG

QA 3 601 3 601
DS 

RD RR1A743TF 601 0 0
GG
GCCGTCTTCAGAAACCCTTTTAGCTTTCCGCTGCCTCGTGCGAGATCCTCCCATCAACTT
CCGCAAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTTCTTGCTAGCCGTTCTGAGCGGAAAAGCTTGCC
CAACCAGTGCTGATATCAAGGGTATCCTCAATTCAGTTGGTGCCGAAACAGAGGAGTCTC
AGATTGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTCAATGGGAAAGACGTGGCTGAGCTGATTGCTGTCG
GAAGGGAGAAGTTGGCTTCAGTACCAAGCGGTGGTGGCGTTGCCATGGCTTCTGCTCCAT
CTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTCCCCCTGCTGCTGAGTCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAG
AGGAGAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGCCTGTTCGAGTAAGGCGCGTTTG
CTTGGATGTTATCTGTTTTTGAACGTTTTGGAACCTCTTTGAAACCTATATGTTGTTGTT
TTCTAGTTTGTTCTCGGTCAGTATCTTTGACATTCCTGAAATTCTCAAGAGATTTTACAC
AAACATGATCCTTATATTTGCATTTCTATTTTTTGTTTTGAAAATCTGCTTTCATGTTG

QA 3 601 3 601
DS 



AS 1 3

CO CL3679Contig1 1261 3 10 U
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CCGAAATTGAACCACTCATGAATCTCTCCCATCTTGCAACTCCAAACCCCGTAACCCTAA
TCCCCAAACTTCCAATTCGTCATCTAGCAGCTCCAATCATCGGCCGGAACTTCTCAAACC
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ATGGTGGAAAAACCGGGAATTGGGTTAACCGGTTACCGATTCCGGGACTCGGAGCTGAGA
ATGTATTCAGATTGATTTCGAGCGCGACGGGAAGTCCAATTGGACAGTTCATATCGTCCC
CTGTCACGTTCTTGCACTCTGTTGATCCCAGAATCAAATTGGTATGGCTATTAACTCTGG
TAGTTCTCCCAGCAAGAGCAAATATTGTTGTGCGTTTGGGACTTGTTCTCTGTACTGCTC
TTTTGTCTATCTCTGTCCTCCCAAGACAAGTTTGGATGGATCAATTGGCGAGAGTTTCAC
TACTTTCGGGTATCCTCTTCATTACCTTGGGGCTAGGTTCAGATGGTGCACCTCCGATGC
TTCAATCAAGAACTCCACCATCTTCACTCACGGGCTTGCCTGATCTTCCCATGTCTTTGA
GCGGTTATTCGTACATGCTGCTCAAGCTCGGACCTTTGCAGTTCACTAGGAAAGGCTTAT
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TTGCAACCACTACACCGGAGCAACTTGCGCTAGCTCTACGTTGGTTCTTGTTCCCGTTGA
CATATATAGGTGTCCCTGTTGGTGAAATCATCCTCACTCTCCTGCTTTCACTGCGGTTCA
TTAATTTGGTTTTTGACGAGGTCCGAAGTGTTGCACTTGGAATTGTATCCAGAAGAGTAG
ACTGGAAGCAACTTACTGTTCTGGAGACACTTGATATTTTCGCTTCTTTCATACGCCGGA
TCTTCAAGAATATATTCCGCCACGCCGAGCAAATATCGCAGGCTATGATTGTTAGAGGGT
TCAGGGGAGAGAGCAGTAGCCACAAGATCTACTTCTTCTCAGGCTCATCAAATAAGTTTG
CAGATTTTGCTTCGGTTTTGTGTTTAATCGGTGTAATCTCAACCGCACTCTTGTCCGAAT
ACTTGTTTGTCTAAATATTATAACACTGATTCTTTCAGTTTAATATGAACATTAAACATC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1DP01TF U 38
AF RR1AF27TF U 1
AF RR1DP01JQ C 582
BS 1 599 RR1AF27TF
BS 600 600 RR1DP01TF
BS 601 607 RR1AF27TF
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BS 851 887 RR1AF27TF
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RD RR1DP01TF 668 0 0
GGG
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TCCAAACCCCGTAACCCTAATCCCCAAACTTCCAATTCGTCATCTAGCAGCTCCAATCAT
CGGCCGGAACTTCTCAAACCCTAAGCTTCTGCTTCCGGCCGCGAAAAGGGTTTTATGGGT
TAGAGCCACAGTCGACGGAGATGGTGGAAAAACCGGGAATTGGGTTAACCGGTTACCGAT
TCCGGGACTCGGAGCTGAGAATGTATTCAGATTGATTTCGAGCGCGACGGGAAGTCCAAT
TGGACAGTTCATATCGTCCCCTGTCACGTTCTTGCACTCTGTTGATCCCAGAATCAAATT
GGTATGGCTATTAACTCTGGTAGTTCTCCCAGCAAGAGCAAATATTGTTGTGCGTTTGGG
GCTTGTTCTCTGTACTGCTCTTTTGTCTATCTCTGTCCTCCCAAGACAAGTTTGGATGGA
TCAATTGGCGAGAGTTTCACTACTTTCGGGTATCCTCTTCATTACCTTGGGGCTAGGTTC
AGATGGTGCACCTCCGATGCTTCAATCAAGAACTCCACCATCTTCACTCACGGGCTTGCC
TGATCTTCCCATGTCTTTGAGCGGTTATTCGTACATGCTGCTCAAGCTCGGACCTTTGCA
GTTCA

QA 4 668 4 668
DS 

RD RR1AF27TF 887 0 0
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CCGAAATTGAACCACTCATGAATCTCTCCCATCTTGCAACTCCAAACCCCGTAACCCTAA
TCCCCAAACTTCCAATTCGTCATCTAGCAGCTCCAATCATCGGCCGGAACTTCTCAAACC
CTAAGCTTCTGCTTCCGGCCGCGAAAAGGGTTTTATGGGTTAGAGCCACAGTCGACGGAG
ATGGTGGAAAAACCGGGAATTGGGTTAACCGGTTACCGATTCCGGGACTCGGAGCTGAGA
ATGTATTCAGATTGATTTCGAGCGCGACGGGAAGTCCAATTGGACAGTTCATATCGTCCC
CTGTCACGTTCTTGCACTCTGTTGATCCCAGAATCAAATTGGTATGGCTATTAACTCTGG
TAGTTCTCCCAGCAAGAGCAAATATTGTTGTGCGTTTGGGACTTGTTCTCTGTACTGCTC
TTTTGTCTATCTCTGTCCTCCCAAGACAAGTTTGGATGGATCAATTGGCGAGAGTTTCAC
TACTTTCGGGTATCCTCTTCATTACCTTGGGGCTAGGTTCAGATGGTGCACCTCCGATGT
TTCAATCGAGAACTCCACCATCTTCACTCACGGGCTTGCCTGATCTTCCCATGTCTTTGA
GCGGTTATTCGTACATGTTGCTCAAGCTCGGACCTTTGCAGTTCACTAGGAAAGGCTTAT
CTGTTGGAAGCACAGCTGCATGCTTAACCTTTATCATCTTCCAAAGTGCTAGCATTTGCC
TTGCAACCACTACACCGGAGCAACTTGCGCTAGCTCTACGTTGGTTCTTGTTCCCGTTGA
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QA 1 887 1 887
DS 

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GATCTTCCCATGTCTTTGAGCGGTTATTCGTACATGCTGCTCAAGCTCGGACCTTTGCAG
TTCACTAGGAAAGGCTTATCTGTTGGAAGCACAGCTGCATGCTTAACCTTTATCATCTTC
CAAAGTGCTAGCATTTGCCTTGCAACCACTACACCGGAGCAACTTGCGCTAGCTCTACGT
TGGTTCTTGTTCCCGTTGACATATATAGGTGTCCCTGTTGGTGAAATCATCCTCACTCTC
CTGCTTTCACTGCGGTTCATTAATTTGGTTTTTGACGAGGTCCGAAGTGTTGCACTTGGA
ATTGTATCCAGAAGAGTAGACTGGAAGCAACTTACTGTTCTGGAGACACTTGATATTTTC
GCTTCTTTCATACGCCGGATCTTCAAGAATATATTCCGCCACGCCGAGCAAATATCGCAG
GCTATGATTGTTAGAGGGTTCAGGGGAGAGAGCAGTAGCCACAAGATCTACTTCTTCTCA
GGCTCATCAAATAAGTTTGCAGATTTTGCTTCGGTTTTGTGTTTAATCGGTGTAATCTCA
ACCGCACTCTTGTCCGAATACTTGTTTGTCTAAATATTATAACACTGATTCTTTCAGTTT
AATATGAACATTAAACATCC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 3

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ATCACCGATTGTTTGCCCTAGTGTTCGTCCCAGACAAGTGGGTGTGTCTGCTTCACTTGT
CAACTGCACTGTTTCGAGACCTAGGCTTCTCATGAACCAGTTTTGGGGTCATCAGACCAG
AAACGTCAAGTCCCAGGTTGCTACAGTGATAGTACGGAGGGGTAAGGGTGTACAGTGTCT
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TGTGGTGAAGATGAGAGACGGTAGGCAGCTTCGTTGTGTTCACAATAATCCTCAGGGAGG
GAATCTTCCGAGTTATGCTCCACACTCTGCTATTGTGCTGAAGATGGAAGATGGAACTGG
TCTTCTTCTTCCTATTATCGTCTTGGAGATGCCAAGTGTATTACTGATGGCAGCATTGAC
TAATGTGAAAATAGCAAGGCCAACTATGTATGAAGTGGTGATGGAGATGGTAGATAAAAT
GGGTTACGAGGTTCGACTTGTTAGAGTTACCACCAGAGTTCACGAGGCTTATTACGCACA
GTTATTCCTTTCAAAGGTGGGTGATAAGTCGGACTGTGTCAGCTTCGATCTTCGTCCTTC
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TTATAGCGATGGAATGAGAGTCATCGAGTCTGGAAAGCTATCAAAGCAAACACCTGCTTC
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AGAGTTTGATCTCTTGAACAACATGATGCGAGCCGTTAATGAAGAACGGTATGATGAAGC
AGCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCCAGTTTCAAGCGAAACGCAAACTAAGGAAATACAC
ATGATCGACAGAGCAGTTCCGAGACAAATGTATTTATAAAAGTAGTAGTATTATTATTGT
AAATAATAAAGAAGCCATTGCTTAGAAGCTGCGATCAAAGTGATGGACATGGACGCTTCC
AACCTTGCAAAAGAAATAATATATCTCGCGTGATGGAGAATACTCGTCTATCATACACAT
GTGCACGTTGTTAGTAAGTTCCTCGAAGATAAAAGACATAAAATCTTGTATGTAGTGTTA
TCGTGTGAAACCAATCAGTGATGTGTACATACATAATCATACATTGATCATCTCTCGTAA
TTAGATTAATAAATTATAGTGGAAAGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GW68TF U 1
AF RR1AX75TF U 582
AF RR1AX75JQ C 711
BS 1 676 RR1GW68TF
BS 677 677 RR1AX75TF
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BS 731 731 RR1AX75JQ
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RD RR1GW68TF 687 0 0
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AAACGTCAAGTCCCAGGTTGCTACAGTGATAGTACGGAGGGGTAAGGGTGTACAGTGTCT
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TGTGGTGAAGATGAGAGACGGTAGGCAGCTTCGTTGTGTTCACAATAATCCTCAGGGAGG
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TCTTCTTCTTCCTATTATCGTCTTGGAGATGCCAAGTGTATTACTGATGGCAGCATTGAC
TAATGTGAAAATAGCAAGGCCAACTATGTATGAAGTGGTGATGGAGATGGTAGATAAAAT
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GTTATTCCTTTCAAAG*TGGGTGATAA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1AX75TF 769 0 0
G
GGAGATGGTAGATAAAATGGGTTACGAGGTT*GACTTGTTAGAGTTACCACCAGAGTTCA
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AAAGCAAACACCTGCTTCTGATGGTTTATTACATACTGAACTAGACCGGCCAAATGGTCA
GCCTTGTCTTGATACAAAAGAGTTTGATCTCTTGAACAACATGATGCGAGCCGTTAATGA
AGAACGGTATGATGAAGCAGCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCCAGTTTCAAGCGAAACG
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TAGTAGTATTATTATTGTAAATAATAAAGAAGCCATTGCTTAGAAGCTGCGATCAAAGTG
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ATCTTGTATGTAGTGTTATCGTGTGAAACCAATCAGTGATGTGTACATACATAATCATAC
ATTGATCATCTCTCGTAATTAGATTAATAAATTATAGTGGAAAGTATT

QA 2 769 2 769
DS 

RD RR1AX75JQ 640 0 0
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AGTTTCTAGCTTATAGCGATGGAATGAGAGTCATCGAGTCTGGAAAGCTATCAAAGCAAA
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TTGATACAAAAGAGTTTGATCTCTTGAACAACATGATGCGAGCCGTTAATGAAGAACGGT
ATGATGAAGCAGCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCCAGTTTCAAGCGAAACGCAAACTAA
GGAAATACACATGATCGACAGAGCAGTTCCGAGACAAATGTATTTATAAAAGTAGTAGTA
TTATTATTGTAAATAATAAAGAAGCCATTGCTTAGAAGCTGCGATCAAAGTGATGGACAT
GGACGCTTCCAACCTTGCAAAAGAAATAATATATCTCGCGTGATGGAGAATACTCGTCTA
TCATACACATGTGCACGTTGTTAGTAAGTTCCTCGAAGATAAAAGACATAAAATCTTGTA
TGTAGTGTTATCGTGTGAAACCAATCAGTGATGTGTACATACATAATCATACATTGATCA
TCTCTCGTAATTAGATTAATAAATTATAGTGGAAAGTATT

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 3

CO CL3681Contig1 964 3 7 U
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ATCTATCTTTGTGTGATCTCTACTTTACAGCATGGCTATGAAGGCTGTCTTTGTTGTTTC
TATGCTTCTCCTTGCCGTCTATTTGCAAACAACACTTGGGAACGATGTCAAGTGCGAGAA
TTTGGACAAAGATACGTGCGCATTTGCGATCTCCTCGACCGGAAAACGGTGCGTTCTGGA
ACAGAGCATTAAGAGGAGTGGAATCGAGACGTACACGTGTCGCTCATCGGAGATAGAAGC
AGACAAGGTCACAAACATTATCGAATCAGACGAGTGCATCAAAGCGTGTGGTCTAGACCG
GAAATCTTTGGGTATATCCTCGGACGCACTATTGGAATCCCGGTTTACTCAGAAACTATG
CTCAGTTAAATGCTTAACCCAATGCCCTAACGTCGTCGATCTCTTCTTCAACCTTGCTGC
TGGCGAAGGTGTATATTTGCCAAAGTTATGTGAATCACAGGAAGGACAATCAAGAAGAGC
AATGTCGGAACTTCGGAGCTCGGGAATTACGATGGACACCCTTGGACCGGTTGGACCTGT
CAGGTTGGGCGAGATGGCACCAGAGCCAGCTACTTCAATGGACTACATGCCTTACGCGCC
GGCACCAGAGCCAGCAACTCCAACGGGCCACATGTCGTACGCGCCCGCCCCTGCATCGTA
TTAATTAATGCAAGCCAGCATGGAGAGAAGACGTACCATGTCTCTCATGAGAGATCCGAA
GAGAATAATAAAGAACTTTATGTTTAGTTTTGATGGTTTTATTACATCGTCTAATGTTTG
CTTTTTATGTATTTCATAACACACACCATGACGCATAAGGAGACTGTCAGAGAGTTGTGC
TCAATCTGGTGAATTTATACTTGTAATATCGTATTATATGCTAGTAATGAGTTTGAGGTT
ACTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1D504TF U 1
AF RR1DM23TF U 1
AF RR1DM23JQ C 267
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TTTGGACAAAGATACGTGCGCATTTGCGGTCTCCTCGACCGGAAAACGGTGCGTTCTGGA
ACAGAGCATTAAGAGGAGTGGAATCGAGACGTACACGTGTCGCTCATCGGAGATAGAAGC
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GAAATCTTTGGGTATATCCTCGGACGCACTATTGGAATCCCGGTTTACTCAGAAACTATG
CTCAGTTAAATGCTTAACCCAATGCCCTAACGTCGTCGATCTCTTCTTCAACCTTGCTGC
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CACTATTGGAATCCCGGTTTACTCAGAAACTATGCTCAGTTAAATGCTTAACCCAATGCC
CTAACGTCGTCGATCTCTTCTTCAACCTTGCTGCTGGCGAAGGTGTATATTTGCCAAAGT
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GCCACATGTCGTACGCGCCCGCCCCTGCATCGTATTAATTAATGCAAGCCAGCATGGAGA
GAAGACGTACCATGTCTCTCATGAGAGATCCGAAGAGAATAATAAAGAACTTTATGTTTA
GTTTTGATGGTTTTATTACATCGTCTAATGTTTGCTTTTTATGTATTTCATAACACACAC
CATGACGCATAAGGAGACTGTCAGAGAGTTGTGCTCAATCTGGTGAATTTATACTTGTAA
TATCGTATTATATGCTAGTAATGAGTTTGAGGTTACTG

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 3

CO CL3682Contig1 853 3 10 U
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GTAACAAAGCAATACAACTCACAGTGACCAACTTAACAACATCAAACCAACACAAATCTT
TATACTGTACCTCCTTTCTTGGTATTTCTAACTCCAACTAAATAAGAAAAAAGAACTGAT
AAATAATCCAAAGTGAATCAAATCAAATGAATTCAAAATCCTATAACAGATGTAATTCTC
AGCCCCCCCTTAGTCTTTTTTTTT*GTTTTGTCAATACGCAGAGCTACTCTCACTAGCAG
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CTTGCAACCGTCCGTTCTGCAGAAACTCCGACACGCTCTGAGAATTCGACACCTCCATCG
GACGGTTTTGATTGAACCCTCGCATCTGCTGCATCATATCTTGGCCGTTGTTGATCGAGC
CATGATGATACGGTGGTATGGCCATGAACGTTGAAGGAGAATACTGAACCTGCTGCATTC
CCATATCGTAAGAATCTGAATTACAAGAGATCTCTCCCGTCTCCATCTTCATCCTCTCCA
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ATCCTTTTGGCGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H022JQ U 5
AF RR1EH53JQ U 1
AF RR1H022TF C 139
BS 1 148 RR1EH53JQ
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CAAAGCAATACAACTCACAGTGACCAACTTAACAACATCAAACCAACACAAATCTTTATA
CTGTACCTCCTTTCTTGGTATTTCTAACTCCAACTAAATAAGAAAAAAGAACTGATAAAT
AATCCAAAGTGAATCAAATCAAATGAATTCAAAATCCTATAACAGATGTAATTCTCAGCC
CCCCCTTAGTCTTTTTTTTT*GTTTTGTCAATACGCAGAGCTACTCTCACTAGCAAAGAG
CGAAGGTCCTTCAAATTTAACCAAGCTCGAGCTATTATTGCTACTTATCTCTAGACCTTG
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GTTTTGATTGAACCCTCGCATCTGCTGCATCATATCTTGGCCGTTGTTGATCGAGCCATG
ATGATACGGTGGTATGGCCATGAACGTTGAA

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1EH53JQ 627 0 0
GGATCAAATCAAACGAATTTATTAAGAATCTCCGTGTTCCTTGAACAACAAACAATGGAA
GTAACAAAGCAATACAACTCACAGTGACCAACTTAACAACATCAAACCAACACAAATCTT
TATACTGTACCTCCTTTCTTGGTATTTCCAACTCCAACTAAATAAGAAAAAAGAACTGAT
AAATAATCCAAAGTGAATCAAATCAAATGAATTCAAAATCCTATAACAGATGTAATTCTC
AGCCCCCCCTTAGTCTTTTTTTTTTGTTTTGTCAATACGCAGAGCTACTCTCACTAGCAG
AAAGCGAAGGTCCTTCAGATTTAACCAAGCTCGAGCTATTATTGCCACTTATCTCTAGAC
CTTGCAACCGTCCGTTCTGCAGAAACTCCGACACGCTCTGAGAATTCGACACCTCCATCG
GACGGTTTTGATTGAACCCTCGCATCTGCTGCATCATATCTTGGCCGTTGTTGATCGAGC
CATGATGATACGGTGGTATGGCCATGAACGTTGAAGGAGAATACTGAACCTGCTGCATTC
CCATATCGTAAGAATCTGAATTACAAGAGATCTCTCCCGTCTCCATCTTCATCCTCTCCA
CTTCCTTCCTCAATGCTTCGTTTAAAG

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1H022TF 715 0 0
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CAAATCAAATGAATTCAAAATC*TATAACAGATGTAATTCTCAGCCCCCC*TTAGTCTTT
TTTTTT*GTTTTGTCAATACGCAGAGCTACTCTCACTAGCAGAGAGCGAAGGTCCTTCAG
ATTTAACCAAGCTCGAGCTATTATTGCTACTTATCTCTAGACCTTGCAACCGTCCGTTCT
GCAGAAACTCCGACACGCTCTGAGAATTCGACACCTCCATCGGACGGTTTTGATTGAACC
CTCGCATCTGCTGCATCATATCTTGGCCGTTGTTGATCGAGCCATGATGATACGGTGGTA
TGGCCATGAACGTTGAAGGAGAATACTGAACCTGCTGCATTCCCATATCGTAAGAATCTG
AATTACAAGAGATCTCTCCCGTCTCCATCTTCATCCTCTCCACTTCCTTCCTCAATGCTT
CGTTTAAAGCATTACGAAGGTGAGCTTGTTGCTCCATTGCTTGTAGCCTGAGCTTTAGCT
CTGTGTTCTCGTTTGCTAGTATTTGTATCTCTCTGGAAGAGAGTGAGCTGAGCAGAGAGA
GTGGTGGCTTCGGTTTGAAGCGATTGGACTCTACGCTCAAGCTCTTGAATGTATCGTGCT
TTTCTCTCCTTGGAGCGAGCTGCAGACTGACGATTCGCTAAGATCCTTTTGGCGC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 3

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AAGTTGGGAAGTGGAAAAGGCAAAAGCAGTCCAAGTTTTACAGAGAGAACGACGTCGTCT
ATATCTGGTGAACCATCGCCGTCGGCTCTTTCTATCTCAGTTACCGACAAGATTAACGCT
GCCAAGAAGAAGTACGCACTCATACCTGACCGGTTCACGTCCCTGGACCAGGGAAAACTT
CTTTCAATGGAAAATCTCTTCACGCTCTCGGAAGAACTCAGAATCCATATGAGAAGGCAA
TCTTTGTTATCGGCCAAACGTTAGCTCCCTTCGACGAAGACAACCTCATCCCCTGTTTCG
GCTTTGGCGACTCAACGACCCATGACGAGGAAGTGTTCAGTTTCCACAGCGACAACTCCC
CATGCCATGGCTTTGAAGAGGTCTTAGCATGTTACAGAAGAATCACACCTAACTTGACTT
TATCAGGGCCAACGTCTTACGGACCGCTCATTGATGCTGCTGTCGACATTGTTGAAAAGA
GCAACGGACAGTTTCACGTTCTGGTGATTGTCGCTGATGGGCAGGTGACGAGAGGTTTCG
ATAAGGACGATGGAGAACTCAGTAAACAAGAGAGAACAACTATCGACGCCATTGTTAACG
CCAGCTCATATGCTTTGTCGATTGTTTTAATCGGTGTTGGAGACGGTCCATGGGAAGACA
TGAGGAAGTTCGATGACAAGATCCCTAAGCGTGAGTTCGATAACTTTCAGTTTGTGAATT
TCACAGAGATCATGAAGAGAGATTCATCAGAGTCAGCCAAAGAAACTGCCTTTGCTCTTG
CTGCTCTCATGGAGATTCCCTTTCAGTATCAAGCAGCTACTGAACTCAGCTTACTCGGGA
AAACAACGGGCTTAGCTAAGAAAATAAACCCGAGGCCACCACCTATTCCTTACACGCCTA
CTATTCGTACTGACCTACCATCACCTGCATCAGACGAACATACACAGAATTGCCCAATTT
GTCTGACTAGCCGGAAAGACGTGGCTTTTGGCTGTGGTCACATGACGTGTAGAGATTGCG
GATCCAGGATATCAAACTGTCCCATCTGCAGAGTACCGATCACAAGCCGGCTAAGGCTTT
ACACGTGACCGGTGCCTTTGCACACAACAAAACACTTGCACATACTGTCTTTCTCCATCT
TAGAATCTCCGGCTTGGTGTTTATCAAGTGTCTCTTACATTGTTCCAGAATCAGCTCGTA
CCATTCAGTTTCCTATGTACTATAAATATTAGTTAGCTTTGCAAGCAAGAATGATGAAGA
TTAGCAATGTAACATTTTTATTCACTGTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DF94TF U 1
AF RR1FB31TF U 273
AF RR1FB31JQ C 568
BS 1 477 RR1DF94TF
BS 478 478 RR1FB31TF
BS 479 580 RR1DF94TF
BS 581 856 RR1FB31TF
BS 857 1350 RR1FB31JQ

RD RR1DF94TF 580 0 0
GAGCCTTCCAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAGATGTCTATGGGTATGGGGAATCTCATGCGG
AAGTTGGGAAGTGGAAAAGGCAAAAGCAGTCCAAGTTTTACAGAGAGAACGACGTCGTCT
ATATCTGGTGAACCATCGCCGTCGGCTCTTTCTATCTCAGTTACCGACAAGATTAACGCT
GCCAAGAAGAAGTACGCACTCATACCTGACCGGTTCACGTCCCTGGACCAGGGAAAACTT
CTTTCAATGGAAAATCTCTTCACGCTCTCGGAAGAACTCAGAATCCATATGAGAAGGCAA
TCTTTGTTATCGGCCAAACGTTAGCTCCCTTCGACGAAGACAACCTCATCCCCTGTTTCG
GCTTTGGCGACTCAACGACCCATGACGAGGAAGTGTTCAGTTTCCACAGCGACAACTCCC
CATGCCATGGCTTTGAAGAGGTCTTAGCATGTTACAGAAGAATCACACCTAACTTGATTT
TATCAGGGCCAACGTCTTACGGACCGCTCATTGATGCTGCTGTCGACATTGTTGAAAAGA
GCAACGGACAGTTTCACGTTCTGGTGATTGTCGCTGATGG

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1FB31TF 584 0 0
G
GAACTCAGAATCCATATGAGAAGGCAATCTTTGTTATCGGCCAAACGTTAGCTCCCTTCG
ACGAAGACAACCTCATCCCCTGTTTCGGCTTTGGCGACTCAACGACCCATGACGAGGAAG
TGTTCAGTTTCCACAGCGACAACTCCCCATGTCATGGCTTTGAAGAGGTCTTAGCATGTT
ACAGAAGAATCACACCTAACTTGACTTTATCAGGGCCAACGTCTTACGGACCGCTCATTG
ATGCTGCTGTCGACATTGTTGAAAAGAGCAACGGACAGTTTCACGTTCTGGTGATTGTCG
CTGATGGGCAGGTGACGAGAGGTTTCGATAAGGACGATGGAGAACTCAGTAAACAAGAGA
GAACAACTATCGACGCCATTGTTAACGCCAGCTCATATGCTTTGTCGATTGTTTTAATCG
GTGTTGGAGACGGTCCATGGGAAGACATGAGGAAGTTCGATGACAAGATCCCTAAGCGTG
AGTTCGATAACTTTCAGTTTGTGAATTTCACAGAGATCATGAAGAGAGATTCATCAGAGT
CAGCCAAAGAAACTGCCTTTGCTCTTGCTGCTCTCATGGAGAT

QA 2 584 2 584
DS 

RD RR1FB31JQ 783 0 0
A
TGTCGCTGATGGGCAG*TGACGAGAGGTTTCGATAAGGACGATGGAGAACTCAGTAAACA
AGAGAGAACAACTATCGACGCCATTGTTAACGCCAGCTCATATGCTTTGTCGATTGTTTT
AATCGGTGTTGGAGACGGTCCATGGGAAGACATGAGGAAGTTCGATGACAAGATCCCTAA
GCGTGAGTTCGATAACTTTCAGTTTGTGAATTTCACAGAGATCATGAAGAGAGATTCATC
AGAGTCAGCCAAAGAAACTGCCTTTGCTCTTGCTGCTCTCATGGAGATTCCCTTTCAGTA
TCAAGCAGCTACTGAACTCAGCTTACTCGGGAAAACAACGGGCTTAGCTAAGAAAATAAA
CCCGAGGCCACCACCTATTCCTTACACGCCTACTATTCGTACTGACCTACCATCACCTGC
ATCAGACGAACATACACAGAATTGCCCAATTTGTCTGACTAGCCGGAAAGACGTGGCTTT
TGGCTGTGGTCACATGACGTGTAGAGATTGCGGATCCAGGATATCAAACTGTCCCATCTG
CAGAGTACCGATCACAAGCCGGCTAAGGCTTTACACGTGACCGGTGCCTTTGCACACAAC
AAAACACTTGCACATACTGTCTTTCTCCATCTTAGAATCTCCGGCTTGGTGTTTATCAAG
TGTCTCTTACATTGTTCCAGAATCAGCTCGTACCATTCAGTTTCCTATGTACTATAAATA
TTAGTTAGCTTTGCAAGCAAGAATGATGAAGATTAGCAATGTAACATTTTTATTCACTGT
CG

QA 2 783 2 783
DS 



AS 1 3

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AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAAAAGAAGAATGATGAAGAAGCAA
GTGACAATAGTGGCGGCTCTTCTGATTCTGATGGCTTTATCTTCCAACTTGGATATGGTT
GCTGAGGCTCAGTTAGGCCCTGGAGACTGCTACGACGGTTGCTCCACCGCCTGCGTCCAG
CGCGACTCGAGAAAGACGGCCCGATGCGATCGCAAGTGCTCCATTCGGTGTGGCCCAGAT
GCTAAAAAGGCAAGACAGACTGGTGCTTGAACTTTTATATTTACTAAGACCCATTTTAGA
TTTTATTATGTTGTAATCTTCGTTTAATAGTTTTATCTCTGCAAAACAAATTATGTTTTT
ATGTTGCTGTAGTAGCCAGTAACCAATAATTACAGCTACAGTGTTCGATTTAACTACTAG
TATCGTAATGATAATGTAATAAACTTTGAAATCTAATAAAAACGTGACCAGCTGGTCTAT
GTAATATCCAGCGATCCC


BQ
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AF RR1AE95JQ C 1
AF RR1AE95TF U 1
AF RR1G823TF U 9
BS 1 498 RR1AE95TF

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DS 

RD RR1AE95TF 498 0 0
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAAAAGAAGAATGATGAAGAAGCAA
GTGACAATAGTGGCGGCTCTTCTGATTCTGATGGCTTTATCTTCCAACTTGGATATGGTT
GCTGAGGCTCAGTTAGGCCCTGGAGACTGCTACGACGGTTGCTCCACCGCCTGCGTCCAG
CGCGACTCGAGAAAGACGGCCCGATGCGATCGCAAGTGCTCCATTCGGTGTGGCCCAGAT
GCTAAAAAGGCAAGACAGACTGGTGCTTGAACTTTTATATTTACTAAGACCCATTTTAGA
TTTTATTATGTTGTAATCTTCGTTTAATAGTTTTATCTCTGCAAAACAAATTATGTTTTT
ATGTTGCTGTAGTAGCCAGTAACCAATAATTACAGCTACAGTGTTCGATTTAACTACTAG
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GTAATATCCAGCGATCCC

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1G823TF 474 0 0
G
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA*AAAAAAAAGAAGAATGATGAAGAAGCAAGTGACAATA
GTGGCGGCTCTTCTGATTCTGATGGCTTTATCTTCCAACTTGGATATGGTTGCTGAGGCT
CAGTTAGGCCCTGGAGACTGCTACGACGGTTGCTCCACCGCCTGCGTCCAGCGCGACTCG
AGAAAGACGGCCCGATGCGATCGCAAGTGCTCCATTCGGTGTGGCCCAGATGCTAAAAAG
GCAAGACAGACTGGTGCTTGAACTTTTATATTTACTAAGACCCATTTTAGATTTTATTAT
GTTGTAATCTTCGTTTAATAGTTTTATCTCTGCAAAACAAATTATGTTTTTATGTTGCTG
TAGTAGCCAGTAACCAATAATTACAGCTACAGTGTTCGATTTAACTACTAGTATCGTAAT
GATAATGTAATAAACTTTGAAATCTAATAAAAACGTGACCAGCTGGTCTATGT

QA 2 474 2 474
DS 



AS 1 3

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GTATTATACATTTCTCATTATTTTCAGAACCCTTCATTGTTGCATTTATTCATCGAGAAA
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TCGATCTTTCTTGTCATCTTCTTTGCAAGATCAAACATCTCTTCTTCAAAGCCCATCTCC
AGAACCAATCTCTCTCAAGAGAAAGAAGAGCAAAACCAGGCTACACCAGAAGGATGTCCA
ACAACACAACAATGCACGAAGATGCCAATTTCTTTATCCGACGCGTTGGTTCACTACGCC
ACCAGTAACGTCACTCCACAACAGACATTCGACGAAATCTCTGTCTCAAAGAGAGTCTTG
GACAAGAAGTCACCATGTAACTTCCTCGTCTTTGGTTTAGGTCACGATAGCCCGATGTGG
GCTTCTCTCAACCATGGTGGTCGTACCTTGTTTATTGAGGAAGACAAGGCCTGGGATCGA
GATAGTGACCAAGAAATTCCCAAGCTTGGAAGCTTACCACGTCGTTTACGACACGAAAGT
GAAACATTCAGACAAACTGATGGAGCTAGGAAGATCAGAGGAGTGCAGATCCGTGACCGA
TCCAAGAAACTCGAAATGTGAACTATCGTTGAAAGATTTCCCGGCCGATTTTTACGAGAC
GAAATGGGATCTGATCATGGTCGATGCTCCGACTGGTTACCACGAGGAAGCTCCGGGGAG
GATGAGTGCTATTTACACGGCGGGGCTTTTGGCTCGTAACCGCGAAGACGGAGAGACAGA
CGTTTTTGTTCACGACGTTAACCGTCCTGTGGAAGATGAGTTCTCGGCGACTTTCTTGTG
TAAAGGTTACATGAGGGAGCAAAACGGGAGGCTAAGGCATTTCACAATCCCTAGCCATCG
GGCTCGTGCTGGCAGACCGTTTTGTCCGGTGGATGTTAATCGCCGCCGTTGATTTTGTGC
CGGGAAATATCTCTGTGTTGTGGACCAAGAGTGACTATGCTTAGCTGGCTTTTTGTTTGT
TTGTTTTTGCTTTTATCTTGATGATTACGTTTTTTTATGGATTCAGTGCATTTACTGAAA
CGCCATAGTAAAATAGTATTCTTCATATAATTATTTGAATACAAAATAATGAATTACCAG
AT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 

AF RR1FO93TF U 1
AF RR1FO93JQ C 516
AF RR1CB30TF U 769
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RD RR1FO93TF 752 0 0
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GTATTATACATTTCTCATTATTTTCAGAACCCTTCATTGTTGCATTTATTCATCGAGAAA
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TCGATCTTTCTTGTCATCTTCTTTGCAAGATCAAACATCTCTTCTTCAAAGCCCATCTCC
AGAACCAATCTCTCTCAAGAGAAAGAAGAGCAAAACCAGGCTACACCAGAAGGATGTCCA
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ACCAGTAACGTCACTCCACAACAGACATTCGACGAAATCTCTGTCTCAAAGAGAGTCTTG
GACAAGAAGTCACCATGTAACTTCCTCGTCTTTGGTTTAGGTCACGATAGCCCGATGTGG
GCTTCTCTCAACCATGGTGGTCGTACCTTGTTTATTGAGGAAGACAAGGCCTGGGATCGA
GATAGTGACCAAGAAATTCCCAAGCTTGGAAGCTTACCACGTCGTTTACGACACGAAAGT
GAAACATTCAGACAAACTGATGGAGCTAGGAAGATCAGAGGAGTGCAGATCCGTGACCGA
TCCAAGAA*CTCGAAATGTGA*CTATCGTTGA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1FO93JQ 745 0 0
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TGAGGAAGACAAGGCCTGG*ATCGAGATAGTGACCAAGAAATTCCCAAGCTTGGAAGCTT
ACCACGTCGTTTACGACACGAAAGTGAAACATTCAGACAAACTGATGGAGCTAGGAAGAT
CAGAGGAGTGCAGATCCGTGACCGATCCAAGAAACTCGAAATGTGAACTATCGTTGAAAG
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GTTACCACGAGGAAGCTCCGGGGAGGATGAGTGCTATTTACACGGCGGGGCTTTTGGCTC
GTAACCGCGAAGACGGAGAGACAGACGTTTTTGTTCACGACGTTAACCGTCCTGTGGAAG
ATGAGTTCTCGGCGACTTTCTTGTGTAAAGGTTACATGAGGGAGCAAAACGGGAGGCTAA
GGCATTTCACAATCCCTAGCCATCGGGCTCGTGCTGGCAGACCGTTTTGTCCGGTGGATG
TTAATCGCCGCCGTTGATTTTGTGCCGGGAAATATCTTTGTGTTGTGGACCAAGAGTGAC
TATGCTTAGCTGGCTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGCTTTTATCTTGATGATTACGTTTTTT
TATGGATTCAGTGCATTTACTGAAACGCTATAGTAAAATAGTATTCTTCATATAATTATT
TGAATACAAAATAATGAATTACCAG

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1CB30TF 494 0 0
TTTTTACGAGACGAAATGGGATCTGATCATGGTCGATGCTCCGACTGGTTACCACGAGGA
AGCTCCGGGGAGGATGAGTGCTATTTACACGGCGGGGCTTTTGGCTCGTAACCGCGAAGA
CGGAGAGACAGACGTTTTTGTTCACGACGTTAACCGTCCTGTGGAAGATGAGTTCTCGGC
GACTTTCTTGTGTAAAGGTTACATGAGGGAGCAAAACGGGAGGCTAAGGCATTTCACAAT
CCCTAGCCATCGGGCTCGTGCTGGCAGACCGTTTTGTCCGGTGGATGTTAATCGCCGCCG
TTGATTTTGTGCCGGGAAATATCTCTGTGTTGTGGACCAAGAGTGACTATGCTTAGCTGG
CTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGCTTTTATCTTGATGATTACGTTTTTTTATGGATTCAGTG
CATTTACTGAAACGCCATAGTAAAATAGTATTCTTCATATAATTATTTGAATACAAAATA
ATGAATTACCAGAT

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 2

CO CL3686Contig1 735 2 3 U
GGGGAACAGCTTTAAATGTGACGTCACTGTAGTCTCCACACCATTAGACGAGGTGGATAT
TCAGTTCTCACCCGCCATCTCGATTCCCAAGAGGGAGTTGCAGCACACACACGCGACATT
CGTGAGGGGGCTTTTGAACCCTGGATATTTTGGGATGAAATCGGTTTCGGATGTTCCAGC
TTTGGTGGGAGCTCTTGAAGATCCTCTAATCCCATTCTCATCCATCTCGATACTAAGGAA
ATATAGTGCAACAGATATGACATACAAGATATTTACACGACAAGCAGCATCAGATTCATT
GCTTGATGAGCTCTTCAGTTCAAGAACTGAAACCGTTCGCATAGACTGGGGTGCGTATCC
AAAGTACCACGCGCCTGAAGTTTTTGCACCGTTCATATTAGATGATCATCATTTGTACTA
TGTTAATGCTTTTGAAAACGCGGCTAGCACGATGGAGACAAGTGCAGTGGCTGGTGAGAA
TATGGCGAGGCTCATAATTTCCCGATTCAAGGCAAAAGAATCATCATCACCACCTTCATC
CGACACAAGAAGCTGTAGTTCTGGCCTGCACTCAGACGTGTGAACAAACTTATCAGCTAA
GGGTGAACGAAGGTTTTTGACTGTGCTCTTTGAAGAATAATATGCTTTGATGTATATATA
AAGAAACCATAAAGTTGTAAAAACTATAAACTATGCTCTGTTTGTTCAGTTATTGATTGA
GAGACCATTATCATG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A319TF U 1
AF RR1A319JQ C 1
BS 1 1 RR1A319JQ
BS 2 636 RR1A319TF
BS 637 735 RR1A319JQ

RD RR1A319TF 636 0 0
G
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TTGGTGGGAGCTCTTGAAGATCCTCTAATCCCATTCTCATCCATCTCGATACTAAGGAAA
TATAGTGCAACAGATATGACATACAAGATATTTACACGACAAGCAGCATCAGATTCATTG
CTTGATGAGCTCTTCAGTTCAAGAACTGAAACCGTTCGCATAGACTGGGGTGCGTATCCA
AAGTACCACGCGCCTGAAGTTTTTGCACCGTTCATATTAGATGATCATCATTTGTACTAT
GTTAATGCTTTTGAAAACGCGGCTAGCACGATGGAGACAAGTGCAGTGGCTGGTGAGAAT
ATGGCGAGGCTCATAATTTCCCGATTCAAGGCAAAAGAATCATCATCACCACCTTCATCC
GACACAAGAAGCTGTAGTTCTGGCCTGCACTCAGACGTGTGAACAAACTTATCAGCTAAG
GGTGAACGAAGGTTTTTGACTGTGCTCTTTGAAGA

QA 2 636 2 636
DS 

RD RR1A319JQ 735 0 0
GGGGAACAGCTTTAAATGTGACGTCACTGTAGTCTCCACACCATTAGACGAGGTGGATAT
TCAGTTCTCACCCGCCATCTCGATTCCCAAGAGGGAGTTGCAGCACACACACGCGACATT
CGTGAGGGGGCTTTTGAACCCTGGATATTTTGGGATGAAATCGGTTTCGGATGTTCCAGC
TTTGGTGGGAGCTCTTGAAGATCCTCTAATCCCATTCTCATCCATCTCGATACTAAGGAA
ATATAGTGCAACAGATATGACATACAAGATATTTACACGACAAGCAGCATCAGATTCATT
GCTTGATGAGCTTTTCAGTTCAAGAACTGAAACCGTTCGCATAGACTGGGGTGCGTATCC
AAAGTACCACGCGCCTGAAGTTTTTGCACCGTTCATATTAGATGATCATCATTTGTACTA
TGTTAATGCTTTTGAAAACGCGGCTAGCACGATGGAGACAAGTGCAGTGGCTGGTGAGAA
TATGGCGAGGCTCATAATTTCCCGATTCAAGGCAAAAGAATCATCATCACCACCTTCATC
CGACACAAGAAGCTGTAGTTTTGGCCTGCACTCAGACGTGTGAACAAACTTATCAGCTAA
GGGTGAACGAAGGTTTTTGACTGTGCTCTTTGAAGAATAATATGCTTTGATGTATATATA
AAGAAACCATAAAGTTGTAAAAACTATAAACTATGCTCTGTTTGTTCAGTTATTGATTGA
GAGACCATTATCATG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 3

CO CL3687Contig1 848 3 13 U
GAATTCCAATGTAAATGATATACGTGTGCTTTTGTTTGAAAGCACACACACATGTTCTTG
GGTTAAAACTTTCTCCTGCTTTACAGAAGTCAAAGCTTAAAAAAGAAGAAGAAGAAGCAA
AAATGGAGAATCTACCTCCTGGTTACCGTCCCAATGTTGGTGTGTGTCTAATCAATTCGG
ATAATCTGGTATTTGTAGCTTCAAGATTGAATGTTCCTGGAGCATGGCAGATGCCACAGG
GAGGCATTGAAGATGGAGAGGATCCAAAGTCAGCAGCCATGAGAGAGTTACAAGAAGAAA
CTGGGGTCGTTTCAGCTGCAATCATCGCTGAGGTTCCAAATTGGTTGACATATGATTTCC
CACCTGCAGTAAAGGCAAAGGTTAACCGTCTCTGGGGTGGTGAATGGCATGGCCAAGCGC
AGAAATGGTTCCTAGTGCGACTGATAAAGGATGAGGACGAAAGAGAGATCAATCTAGCAA
ACAACGAAGCGGATTCAGAGTTTGCAGAGTGGAAATGGGCGAGACCTGAAGAAGTGGTAG
ATCAAGCAGTTGATTACAAAAGGCCAACCTACGAACAAGTCATCAAGACTTTTGGTTCTT
ACTTGAATGATCCAGGAAGAGCTGCTAAATGTAAATCAGCCAAGTGGTAATAAGAAAA*C
CTAAAATAATTGTTTGTCTTTTTATAAAGTTTATAATTATATTTTGGGTTCTTTTTAGTT
GAACCCTTTTGGAATGCAAAAGGTTTGTTTAGGTGTTTGTTTGTGTTCATTTTTGTAAAT
TGGTTACTGGTACTAGAAGGTTTTGGTTTACTTGGGGGTTATTGTAATAAAAGTCTTTGT
TTGGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H589TF U 1
AF RR1BR21TF U 45
AF RR1H589JQ C 106
BS 1 691 RR1H589TF
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BS 754 778 RR1BR21TF
BS 779 848 RR1H589JQ

RD RR1H589TF 736 0 0
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GGTTAAAACTTTCTCCTGCTTTACAGAAGTCAAAGCTTAAAAAAGAAGAAGAAGAAGCAA
AAATGGAGAATCTACCTCCTGGTTACCGTCCCAATGTTGGTGTGTGTCTAATCAATTCGG
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AGAAATGGTTCCTAGTGCGACTGATAAAGGATGAGGACGAAAGAGAGATCAATCTAGCAA
ACAACGAAGCGGATTCAGAGTTTGCAGAGTGGAAATGGGCGAGACCTGAAGAAGTGGTAG
ATCAAGCAGTTGATTACAAAAGGCCAACCTACGAACAAGTCATCAAGACTTTTGGTTCTT
ACTTGAATGATCCAGGAAGAGCTGCTAAATGTAAATCAGCCAAGTGGTAATAAGAAAA*C
CTAAAATAATTGTTTGTCTTTTTATAAAGTT*ATA*TTATATTTTGGGTTCTTTT*AGTT
GAACCCTTTTGGA
TGC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1BR21TF 749 0 0
G
ACACACATGTTCTTGGGTTAAAACTTTCTCCTGCTTTACAGAAGTCAAAGCTTAAAAAAG
AAGAAGAAGAAGCAAAAATGGAGAATCTACCTCCTGGTTACCGTCCCAATGTTGGTGTGT
GTCTAATCAATTCGGATAATCTGGTATTTGTAGCTTCAAGATTGAATGTTCCTGGAGCAT
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AGTTACAAGAAGAAACTGGGGTCGTTTCAGCTGCAATCATCGCTGAGGTTCCAAATTGGT
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GGCATGGTCAAGCGCAGAAATGGTTCCTAGTGCGACTGATAAAGGATGAGGACGAAAGAG
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AGACTTTTGGTTCTTACTTGAATGATCCAGGAAGAGCTGCTAAATGTAAATCAGCCAAGT
GGTAATAATAAAAACCTAAAATAATTGTTTGTCTTTTTATAAAGTTTATAATTATATTTT
GGGTTCTTTTTAGTGGAACCCTTTTGGAATGCAAAAG*TTTGTTTAG*TGTTTGTTTGTG
TTCATTTTTGTAA
TTGGTACTGGTACTA

QA 2 734 2 734
DS 

RD RR1H589JQ 743 0 0
AAGAAGAAGAAGCAAAAATGGAGAATCTACCTCCTGGTTACCGTCCCAATGTTGGTGTGT
GTCTAATCAATTCGGATAATCTGGTATTTGTAGCTTCAAGATTGAATGTTCCTGGAGCAT
GGCAGATGCCACAGGGAGGCATTGAAGATGGAGAGGATCCAAAGTCAGCAGCCATGAGAG
AGTTACAAGAAGAAACTGGGGTCGTTTCAGCTGCAATCATCGCTGAGGTTCCAAATTGGT
TGACATATGATTTCCCACCTGCAGTAAAGGCAAAGGTTAACCGTCTCTGGGGTGGTGAAT
GGCATGGCCAAGCGCAGAAATGGTTCCTAGTGCGACTGATAAAGGATGAGGACGAAAGAG
AGATCAATCTAGCAAACAACGAAGCGGATTCAGAGTTTGCAGAGTGGAAATGGGCGAGAC
CTGAAGAAGTGGTAGATCAAGCAGTTGATTACAAAAGGCCAACCTACGAACAAGTCATCA
AGACTTTTGGTTCTTACTTGAATGATCCAGGAAGAGCTGCTAAATGTAAATCAGCCAAGT
GGTAATAAGAAAA*CCTAAAATAATTGTTTGTCTTTTTATAAAGTTTATAATTATATTTT
GGGTTCTTTTTAGTTGAACCCTTTTGGAATGCAAAAGGTTTGTTTAGGTGTTTGTTTGTG
TTCATTTTTGTAAATTGGTTACTGGTACTAGAAGGTTTTGGTTTACTTGGGGGTTATTGT
AATAAAAGTCTTTGTTTGGATTC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 3

CO CL3688Contig1 890 3 8 U
GGTGATCGAGGGCCTGCGTGAACTCACTCGGCTTCGAGTGTTAGACCTGCGTTACAACAA
AATACTGAGACTTGGTCATGGTTTGGCTTCTTGCTCCTCCCTGAAAGAACTATACCTTGC
TGGGAACAAGTTAAGCGAAATTGAGGGTCTCCATCGTCTCTTGAAGCTCACGGTCTTGGA
TTTACGCTTCAATAAGTTTTCAACCACCAAATGTCTAGGCCTGCTCGCTGCAAATTACAG
TTCTCTCCAGGCTATAAGCTTGGAAGGCAACCCTGCACAGAAGAACGTTGGTGATGAACA
ACTGAGAAAGTACCTTTTGGGACTCCTGCCACATTTGGTGTACTATAACAGACAAGGCGC
TAAAGATGCTAGGTTGGGGACAAGCACGCTTCAGTTGGAACGAGGTCTCAGATCAGAGCT
CAAGAACAACAGCCGGAAGAGTAGCCATGGTGCATCGAGTACCCACAAAGCAGGATCATC
CAACACTGCTCGTAAAGCTTCGGGTGCGCAGAAAAGATCATCAAAGGAGAGAAGCAGCAG
CCGTCTTCCACCTGTGGGACACAAAGTATCACCAGCTGCTTACGAGAATTATTACGTTGC
AAATGGTGATAGATTGACTACTTTGAGATCAGAGCTCTCTATGCGCAGAACTCGTAGCGA
AGGCAATCTTGAACCTATCTGAGAGGTAATGATGAAGAAGAAGAAGATGTTCCTTTCTTC
ACCATCCTCTCTTACATGTTTCATCTATATGTTTTTTCTTTGTTGTTGTGCATTAAAAGT
TACATCAGAGAAGCTTTGTTTCTTTCTTATAGCTTCATAATAATGTCTGAAACTGGAAAC
CATGTTATACATTCATTTCAGCACAATTTGAGATTATATGTTGCACTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1BH81TF U 1
AF RR1BH81JQ C 114
AF RR1BI77TF U 221
BS 1 661 RR1BH81TF
BS 662 662 RR1BI77TF
BS 663 699 RR1BH81TF
BS 700 733 RR1BI77TF
BS 734 734 RR1BH81JQ
BS 735 742 RR1BI77TF
BS 743 743 RR1BH81JQ
BS 744 890 RR1BI77TF

RD RR1BH81TF 699 0 0
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AATACTGAGACTTGGTCATGGTTTGGCTTCTTGCTCCTCCCTGAAAGAACTATACCTTGC
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TTTACGCTTCAATAAGTTTTCAACCACCAAATGTCTAGGCCTGCTCGCTGCAAATTACAG
TTCTCTCCAGGCTATAAGCTTGGAAGGCAACCCTGCACAGAAGAACGTTGGTGATGAACA
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CAACACTGCTCGTAAAGCTTCGGGTGCGCAGAAAAGATCATCAAAGGAGAGAAGCAGCAG
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AAGCAATCTTGAACCTATCTGAGAGGTAATGATGAAGAA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1BH81JQ 693 0 0
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TCTTGGATTTACGCTTCAATAAGTTTTCAACCACCAAATGTCTAGGCCTGCTCGCTGCAA
ATTACAGTTCTCTCCAGGCTATAAGCTTGGAAGGCAACCCTGCACAGAAGAACGTTGGTG
ATGAACAACTGAGAAAGTACCTTTTGGGACTCCTGCCACATTTGGTGTACTATAACAGAC
AAGGCGCTAAAGATGCTAGGTTGGGGACAAGCACGCTTCAGTTGGAACGAGGTCTCAGAT
CAGAGCTCAAGAACAACAGCCGGAAGAGTAGCCATGGTGCATCGAGTACCCACAAAGCAG
GATCATCCAACACTGCTCGTAAAGCTTCGGGTGCGCAGAAAAGATCATCAAAGGAGAGAA
GCAGCAGCCGTCTTCCACCTGTGGGACACAAAGTATCACCAGCTGCTTACGAGAATTATT
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TTTCTTCACCATCTTTTCTTACATGTTTCATCTATATGTTTTTTCTTTGTTGTTGTGCAT
TAAAAGTTACATCAGAGAAGCTTTGTTTCTT
CC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1BI77TF 670 0 0
G
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ACTATAACAGACAAGGCGCCAAAGATGCTAGGCTGGGGACAAGCACGCTTCAATTAGAAC
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CCCACAAACCAGGATCATCAAACACTGCTCGTAAAGCTTCGGGTGCGCAGAAAAGATCAT
CAAAGGAGAGAAGCAGCAGCCGTCTTCCACCTGTGGGACACAAAGTAACGCCAGCTGCTT
ACGAGAATTATTACGTTGCAAATGGTGATAGATTGGCTACTTTGAGATCAGAGCTCTCTA
TGCGCAGAACTCGTAGCGAAGGCAATCTTGAACCTATCTGAGAGGTAATGATGAAGAAGA
AGAAGATGTTCCTTTCTTCACCATCCTCTCTTGCATGTTTCCTCTATATGTTTTTTCTTT
GTTGTTGTGCATTAAAAGTTACATCAGAGAAGCTTTGTTTCTTTCTTATAGCTTCATAAT
AATGTCTGAAACTGGAAACCATGTTATACATTCATTTCAGCACAATTTGAGATTATATGT
TGCACTGAG

QA 2 670 2 670
DS 



AS 1 2

CO CL3689Contig1 856 2 11 U
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ACACGCTACATTCTACGGCGGTGGTGATGCATCCGGCACCATGGGTGGTGCTTGTGGGTA
CGGAAACCTTTATAGCCAAGGCTATGGAACCAACACTGCAGCACTGAGCACGGCTCTATT
TAACAACGGGCTGAGCTGTGGCGCTTGCTTCGAGATAAGATGTCAGAACGACGGGAAATG
GTGTCTCCCTGGCTCAATCGTCGTCACAGCGACTAACTTTTGCCCTCCAAACAACGCTTT
ACCTAACAACGCGGGAGGCTGGTGTAACCCTCCTCAGCAGCATTTCGATCTCTCCCAGCC
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TGTTCTGATTACGAACGTAGGAGGAGCCGGGGATGTTCACTCCGCGTGGGTTAAAGGGTC
GAGAACAGGATGGCAAGCCATGTCTAGAAACTGGGGACAAAACTGGCAGAGCAACTCTTA
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TAACAACGTAGCTTCCGCAGCGGGTCCTTCGGCAGACCTTCACCGGAGCACAGATATAGA
TTTGACTACGTGAAAC


BQ
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AF RR1FI82TF U 1
AF RR1AO53TF U 1
BS 1 37 RR1AO53TF
BS 38 38 RR1FI82TF
BS 39 206 RR1AO53TF
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BS 439 439 RR1FI82TF
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BS 535 652 RR1AO53TF
BS 653 653 RR1FI82TF
BS 654 856 RR1AO53TF

RD RR1FI82TF 769 0 0
GGAATTCTAAACCAAACAACAGATTCACATAATCATCCCTCTATCTTTCCTCTTTAAGAA
AGGAACAAGATCAAAGCTTCCAAGTTATAACAAGATGGGTCTTGTCGGCTTCTTGTTTAT
AGTTATTGTCGGAGTAATGACATCAACTGTGAATGGCTACGATGGCGGTTGGGTGAACGC
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QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1AO53TF 856 0 0
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AGGAACAAGATCAAAGCTTCCAAGTTATAACAAGATGGGTCTTGTCGGCTTCTTGTTTAT
AGTTATTGTCGGAGTAATGACATCAACTGTGAATGGCTACGATGGCGGTTGGGTGAACGC
ACACGCTACATTCTACGGCGGTGGTGGTGCATCCGGCACCATGGGTGGTGCTTGTGGGTA
CGGAAACCTTTATAGCCAAGGCTATGGAACCAACACTGCAGCACTGAGCACGGCTCTATT
TAACAACGGGCTGAGCTGTGGCGCTTGCTTCGAGATAAGATGTCAGAACGACGGGAAATG
GTGTCTCCCTGGCTCAATCGTCGTCACAGCGACTAACTTTTGCCCTCCAAACAACGCTTT
ACCTAACAACGCGGGAGGTTGGTGTAACCCTCCTCAGCAGCATTTCGATCTCTCCCAGCC
CGTATTTCAACGCATCGCTCAATACAAAGCTGGCATTGTCCCCGTCGCGTACATAAGAGT
GCCATGCGTGAGAAGGGGAGGAATAAGGTTTACGATAAACGGACATTCTTACTTCAACCT
TGTTCTGATTACGAACGTAGGAGGAGCCGGGGATGTTCACTCCGCGTGGGTTGAAGGGTC
GAGAACAGGATGGCAAGCCATGTCTAGAAACTGGGGACAAAACTGGCAGAGCAACTCTTA
CCTAAACGGACAAGCCCTCTCTTTCAAAGTCACAACGAGCGATGGTCGCACCATCGTATC
TAACAACGTAGCTTCCGCAGCGGGTCCTTCGGCAGACCTTCACCGGAGCACAGATATAGA
TTTGACTACGTGAAAC

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 2

CO CL3690Contig1 686 2 2 U
GGTCTCTTCAGCGTTGATGGCGTTAAGCTCTCAGACATCAGAGCCATTGACCGATTCTGT
GAGTCTCCTGAGGAAGGATTGATGTGTGAGCTGTTGTGGAGTGGTCCTCAACCCCTCCCT
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TTTTTGGAAGACAACAATCTAGATTTGGTGGTGCGCTCACATGAAGTAAAAGATGAAGGA
TACGAGGTTGATCATGATGGTAAACTCATCACTGTCTTCTCTGCACCAAACTACTGTGAT
CAGATGGGTAACAAGGGAGCCTTCATTCGCTTTGAAGCTCCAGATATGAAGCCAAACATT
GTTACATTCACAGCAGTGCCTCACCCTGATGTGAAGCCAATGGCCTATGCAAGCAATTTT
ATGAGGATGTTCAACTAACTAAGCAGAAAGCTTCTTTAAGGGAAATGCTAAGCAGACTCG
AGACCAAAAGTGTTTCAGAAACATAATCATATTAGTCTACTTTTTTTTTGATTTTCTATA
ATCTTCTTCTGCAGTTTTTTTCATGTTGTTTCAGTAAAGGGAGCCCATGATAATTAAAAG
GTACAGTATCCAGATTTAATCGGTTTTCTTCTTTTTGATAAAGATGTTCCCTCTCCTCTA
AAGCTTCTACAGTAACTTTTGTCTCC


BQ
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CAGATGGGTAACAAGGGAGCCTTCATTCGCTTTGAAGCTCCAGATATGAAGCCAAACATT
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ATGAGGATGTTCAACTAACTAAGCAGAAAGCTTCTTTAAGGGAAATGCTAAGCAGACTCG
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AAGCTTCTACAGTAACTTTTGTCTC

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DS 



AS 1 3

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CTTCAAGGAAGAAGAAGAAACCAGGAGTGATGAATACTGAAGCAACCACAGAGGACGCAT
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GTAATATTGTACCGACTGAACTAGAACATATTTTTGCCTTTTTAAGTTTTATACGTCACA
AGAGATGCTTCGGTTCCATATATAATCCATTGATGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1G184TF U 1
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AF RR1G184JQ C 506
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GG
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ACACGATGGGGACATATGGACAGTTGATACGGGCGTTGGATATGGATCGTAGAGTG

QA 3 658 3 658
DS 

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CCCC
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AAGAAAATAGGGAATGATCTGCACTCCGTGCCCTGGCAATTATGCTTACAAATGCTTCGC
ATATATTTCCGGAACAATATGTTACAAGAACTTGTTAAGCTGTTTAAGGATCTAGAGAGT
TATGGACGTAAGCCTACAGATAAAAAGATTGTGCAGTCAGTGGCGGACGCATACGAGCTT
TTAGGAATGCTTGAGGAGAAAGAAAGAGTATTGACTAAATATGGCAATCTGTTTCTCGGT
ACAGCATCGGATGATAAATCGAGAAGAAGTTCTTCAAGGAAGAAGAAGAAACCAGGAGTG
ATGAATACTGAAGCAACCACAGAGGACGCATCAGAAGATGCGTTACAAATAGGGATCGAA
GAAAATGTGGAGAATCACCAAGAATCAGAAGCTGCCACTGAGAAATGATCCGAACATGGA
GCAAAAGTTGTGTACGCACTAGTATACTATAGTAATATTGTACCGACTGAACTAGAACAT
ATTTTTGCCTTTTTAAGTTTTATACGTCACAAGAGATGCTTCGGTTCCATATATAATCCA
TTGATGGCC

QA 5 733 5 733
DS 



AS 1 3

CO CL3692Contig1 1355 3 7 U
AGGGTCTCAACGAGCTGAAGCATCTCGTCCGAGACGCTCTCGACAACCACCAGTTCGGTT
CAGTCGCTAAACCGGAAGAAACCGCCGGCAACGCACCGGAAGAAGTCACGATCTGGGGAG
TCCCGCTCCTCGAAGACGATCGAAGCGACGTCGTTTTGCTGAAGTTCCTGCGAGCTAGGG
ACTTCAAGGTGAAAGACTCGTTGACCATGCTCAAGAACACGGTCAAGTGGAGGAGGGAGT
TCAAGATCGACGAGCTGGTCGATGAAGACCTCGTGGATGATCTTGACAAGGTCGTGTTCA
TGCACGGACACGACAGGGAAGGCCACCCGGTGTGTTACAATGTCTACGGTGAGTTCCAGA
ACAAGGAGCTTTACAACAAGACGTTCTCCGATGAGGAGAAGAGGAAGCATTTCTTGAGGA
CGAGGATTCAGTTCTTGGAGAGGAGTATAAGGAAGCTAGACTTCAGCTCCGGTGGTGTTT
CCACCATTTTTCAGATTAACGATATGAAGAACTCTCCCGGGTTGGGTAAGAAAGAGCTTA
GATCCGCCACCAAGCAAGCCGTGCAGTTGCTTCAGGACAACTACCACTGAGTTTGTGTTC
AAACAGGCATTCATCAATGTTCCCTTGGTGGTACCTTGTGTTTTACACTGTGATTGGTCC
GTTTATGACACCAAGGTCAAAGAGCAAGTTGGTGTTTGCTGGTCCTTCGAGATCAGCCGA
AACCCTTTTCAAATACATATCACCAGAACAAGTCCCTGTGCAATACGGAGGATTAAGTGT
AGATCCTTGCGACTGCAACCCAGACTTCTCATTGGATGATCCAGCCTCTGAAGTCATTGT
TAAGCCCGGAACAAAGCAAACTGTGGAGATCATAATCTATGAGAAATGTGAGATTGTGTG
GGAGATAAGGGTGATTGGATGGGAAGTGAGTTACAAGGCAGAGTTTGTGCCAGAAGAGAA
AGATGCTTATACGGTGGTGGTTCAGAAACCGAGGAAGATGAAACCAGCTGATGAACCGGT
GTTAACCCAAAGCTTCAAAGTGAATGAGCTTGGCAAGGTTTTGCTCACAGTGGACAACCC
AGCCTTTAAGAAGAAGAAGCTTGTTTACAGGTTTAATGTCAAACCCCTTTGATATTTACA
AAGAAATGAAAGTTTTTTAAACCTTTTTATAAAAGTTTTACAATGTGGTTTTTGGTATGC
TTGTGTTTGTATATGTGATAGTGTGTACTTTTCATATTGTTATCATTTTGTGTGGTTTAT
ACGATGGAGCTTTTTACATTTTTTGCTCTTTGGGGAGAATATGTTTTACACAACTTTTTG
TAATAAAAATTCGTTAATAAATCTCTTTTCCCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G917TF U 1
AF RR1GC96TF U 422
AF RR1G917JQ C 639
BS 1 585 RR1G917TF
BS 586 586 RR1GC96TF
BS 587 674 RR1G917TF
BS 675 675 RR1GC96TF
BS 676 722 RR1G917TF
BS 723 948 RR1GC96TF
BS 949 1355 RR1G917JQ

RD RR1G917TF 723 0 0
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CAGTCGCTAAACCGGAAGAAACCGCCGGCAACGCACCGGAAGAAGTCACGATCTGGGGAG
TCCCGCTCCTCGAAGACGATCGAAGCGACGTCGTTTTGCTGAAGTTCCTGCGAGCTAGGG
ACTTCAAGGTGAAAGACTCGTTGACCATGCTCAAGAACACGGTCAAGTGGAGGAGGGAGT
TCAAGATCGACGAGCTGGTCGATGAAGACCTCGTGGATGATCTTGACAAGGTCGTGTTCA
TGCACGGACACGACAGGGAAGGCCACCCGGTGTGTTACAATGTCTACGGTGAGTTCCAGA
ACAAGGAGCTTTACAACAAGACGTTCTCCGATGAGGAGAAGAGGAAGCATTTCTTGAGGA
CGAGGATTCAGTTCTTGGAGAGGAGTATAAGGAAGCTAGACTTCAGCTCCGGTGGTGTTT
CCACCATTTTTCAGATTAACGATATGAAGAACTCTCCCGGGTTGGGTAAGAAAGAGCTTA
GATCCGCCACCAAGCAAGCCGTGCAGTTGCTTCAGGACAACTACCCCTGAGTTTGTGTTC
AAACAGGCATTCATCAATGTTCCCTTGGTGGTACCTTGTGTTTTACACTGTGATTGGTCC
GTTTATGACACCAAAGTCAAAGAGCAAGTTGGTGTTTGCTGGTCCTTCGAGATCAGCCGA
AA
T

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1GC96TF 527 0 0
GAGGATTCAGTTCTTGGAGAGGAGTATAAGGAAGCTAGACTTCAGCTCCGGTGGTGTTTC
CACCATTTTTCAGATTAACGATATGAAGAACTCTCCCGGGTTGGGTAAGAAAGAGCTTAG
ATCCGCCACCAAGCAAGCCGTGCAGTTGCTTCAGGACAACTACCA*TGAGTTTGTGTTCA
AACAGGCATTCATCAATGTTCC*TTGGTGGTACCTTGTGTTTTACACTGTGATTGGTCCG
TTTATGACACCAAGGTCAAAGAGCAAGTTGGTGTTTGCTGGTCCTTCGAGATCAGCCGAA
ACCCTTTTCAAATACATATCACCAGAACAAGTCCCTGTGCAATACGGAGGATTAAGTGTA
GATCCTTGCGACTGCAACCCAGACTTCTCATTGGATGATCCAGCCTCTGAAGTCATTGTT
AAGCCCGGAACAAAGCAAACTGTGGAGATCATAATCTATGAGAAATGTGAGATTGTGTGG
GAGATAAGGGTGATTGGATGGGAAGTGAGTTACAAGGCAGAGTTTGT

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1G917JQ 717 0 0
TGTTTTACACTGTGATTGGTCCGTTTATGACACCAAGGTCAAAGAGCAAGTTGGTGTTTG
CTGGTCCTTCGAGATCAGCCGAAACCCTTTTCAAATACATATCACCAGAACAAGTCCCTG
TGCAATACGGAGGATTAAGTGTAGATCCTTGGGACTGCAACCCAGACTTTTCATTGGATG
ATCCAGCCTTTGAAGTCATTGTTAAGCCCGGAACAAAGCAAACTGTGGAGATCATAATTT
ATGAGAAATGTGAGATTGTGTGGGAGATAAGGGTGATTGGATGGGAAGTGAGTTACAAGG
CAGAGTTTGTGCCAGAAGAGAAAGATGCTTATACGGTGGTGGTTCAGAAACCGAGGAAGA
TGAAACCAGCTGATGAACCGGTGTTAACCCAAAGCTTCAAAGTGAATGAGCTTGGCAAGG
TTTTGCTCACAGTGGACAACCCAGCCTTTAAGAAGAAGAAGCTTGTTTACAGGTTTAATG
TCAAACCCCTTTGATATTTACAAAGAAATGAAAGTTTTTTAAACCTTTTTATAAAAGTTT
TACAATGTGGTTTTTGGTATGCTTGTGTTTGTATATGTGATAGTGTGTACTTTTCATATT
GTTATCATTTTGTGTGGTTTATACGATGGAGCTTTTTACATTTTTTGCTCTTTGGGGAGA
ATATGTTTTACACAACTTTTTGTAATAAAAATTCGTTAATAAATCTCTTTTCCCTTG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 3

CO CL3693Contig1 293 3 4 U
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GTTTTGTTGGTTTTTCTATCTGAATTTGAATGTTTTTGTTGGACCATTCTATCTTTTCAG
TCTGAATACTTATCTTTACTACATGAAAGAATCCACGACTGGGTTCTCGATTT


BQ
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AF RR1B922JQ C 1
AF RR1E112TF U 136
AF RR1B922TF U 1
BS 1 135 RR1B922TF
BS 136 181 RR1E112TF
BS 182 182 RR1B922TF
BS 183 293 RR1E112TF

RD RR1B922JQ 293 0 0
GGAGATCTAAAACACCAACCAGAGGAGGGAAAGGGTTGAATCTTCAGCGAAAGCCAACAT
GAGAGCTAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAG
ACAGCGATCTAAGTAGTTTCGGAACCCGTTTTGTTTCTCTTTAAACTGACATTTGTGAGA
GTTTTGTTGGTTTTTCTATCTGAATTTGAATGTTTTTGTTGGACCATTCTATCTTTTCAG
TCTGAATACTTATCTTTACTACATGAAAGAATCCACGACTGGGTTCTCGATTT

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR1E112TF 158 0 0
GTTTCGGAACCCGTTTTGTTTCTCTTTAAACTGACATTTGTGAGAGCTTTGTTGGTTTTT
CTATCTGAATTTGAATGTTTTTGTTGGACCATTCTATCTTTTCAGTCTGAATACTTATCT
TTACTACATGAAAGAATCCACGACTGGGTTCTCGATTT

QA 1 158 1 158
DS 

RD RR1B922TF 293 0 0
GGAGATCTAAAACACCAACCAGAGGAGGGAAAGGGTTGAATCTTCAGCGAAAGCCAACAT
GAGAGCTAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAG
ACAGCGATCTAAGTAGTTTCGGAACCCGTTTTGTTTCTCTTTAAACTGACATTTGTGAGA
GTTTTGTTGGTTTTTCTATCTGAATTTGAATGTTTTTGTTGGACCATTCTATCTTTTCAG
TCTGAATACTTATCTTTACTACATGAAAGAATCCACGACTGGGTTCTCGATTT

QA 1 293 1 293
DS 



AS 1 3

CO CL3694Contig1 717 3 15 U
GTATAGTCATACACCAGCTCTCAATGCATAAAACACAAAGGCTTCCGATAAAGATGCGTG
GACTTCCAGTCCGTACACTTTTCCATCCAACCCACCGTGGAATGTTCATCATCGCGACGA
AAAAGAACGTGCGTGTTTTCAATCTTCAGAAGAAAGAGCTGGCCATCAAAAAGCTCGAGA
CAGGGTTGAGAGAGAACTCGTCGATGGCGATTCATCCTGGTGGCGATAATCTGATAGTAG
GAAGCAAAGAAGGGAAGATGTGTTGGTTTGACATGGACCTGTCTTCCAAACCTTACAAGA
CTCTCAAGAACCATCCCAAAGACATTACGAATGTGGCGTTTCACCGCTCGTACCCGCTGT
TCGCTTCGTGCTCGGAGGATTCAACGGCTTATGTGTTCCATGGAAAGGTGTATAGTGATC
TGAACGAGAATCCTCTTATTGTGCCATTGGAGATTCTAAGAGGCCATTCTACTTCTTCGA
ATAGAGGAGTCTTGGACTGCAAGTTTCATCCGAGGCAACCATGGCTATTCACTGCAGGCG
CTGACTCAATTATAAAACTTTATTGCCACTAAATTTCTGCTTAAACCCTATTTTTGACAA
TTTTCATCTCTTTATTTTTTGCTGTTTATCACATTGCTCGACCGTTTCTTATTTTGAATA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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G
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ATTGTGCCATTGGAGATTCTAAGAGGCCATTCTACTTCTTCGAATAGAGGAGTTTTGGAC
TGCAAGTTTCATCCGAGGCAACCATGGCTATTCACTGCAGGCGCTGACTCAATTATAAAA
CTTTATTGCCACTAAATTTCTGCTTAAACCCTATTTT*GACAATTTTCATCTCTTT***T
TTTGCTGTTTATCACATTGCTCGACCGTTTCTTATTTTGAATATTTTCGTCGAATTACTG
ATGTATTTCTACTGCGTTTTAGTTGGGTCCCTAGCCTCCC

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 3

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ACAACATTAAAAAAGTTTTCACATCTTCTACAGCGTCACATCTTACAAAGATTCTATGCT
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CGGATCATCCTCATTCTCCAAGTTTAGATAAGCAGTCCCACCCAATTGATGCGTATTACT
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AAATAGCTCATACCTCTTCTGCTTAACAGCATTGTATGCATCCGCTACTTGTTTCTCCTC
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GAGTTTGGTTATGCTTGTTGTCGCTTGAGAAGCCTGCTTTTTCCAATCCAGAATTTCTTT
TTCATACTCTTCTGCTTTTTGTTTGCACTCTCCCATTTCCTTTTTCCAATTGTTGATTTC
ATTAGTAGCTTTTTCTGTTAACTCCC


BQ
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AF RR1EP38JQ U 1
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CTAGGTGGGGGGTCGTTGAACCAATCACGACTCTGCATAGTTCCTAAGGTCAAAAGACAT
CGTACTCGAGCAACTCTTATCGACGTCTCTGTAAACTCCAACCAGAGCTTCAGCCTTGTC
ATAGAAGCTGTCCTTGAGAGATATTACAATGCTTTGAAAGCCATGCCCGTCCTCTGCATC
CTGGTTGTCACGTGCGGCTTGGCAGGATTTGCTACGTATAAACTGAGCGACTTTTGCAAC
GTTTAAATTATCGAGCGCAGCATCCACTTCATCCAGTATGAAGAAAGGCGAAGGCCTATA
GCTATGGATGGAGAAGAGCAAAGCCAAAGCCGCAACTGTTTTCTCTCCTCCAGAGAGCTG
TTCCATGTCACGGAAACGCTTTGTCGGGGGCATTGTAGTATACTTCATACCATGTAGAAA
CGGATCATCCTCATTCTCCAAGTTTAGATAAGCAGTCCCACCCAATTGATGCGTATTACT
CTTGGTTAGCTGCTTGTAGATCTTGTCAATGATATTAGAAATGTGGTTGAACGCTTCCAT
AAATAGCTCATACCTCTTCTGCTTAACAGCATTGTATGCATCCGCTACTTGTTTCTC
TCTT

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR1EB27JQ 781 0 0
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GCGTCACATCTTACAAAGATTCTATGCTTGGATGAACCCCATTTAAAGGCACCATACAGC
AGTTGCATGCCTAAACCCTAAACAACCCCTAGGTGGGGGGTCGTTGAACCAATCACGACT
CTGAGTAGTTCCTAAGGTCAAAAGACATCGTACTCGAGCAACTCTTATCGACGTCTCTGT
AAACTCCAACCAGAGCTTCAGCCTTGTCATAGAAGCTGTCCTTGAGAGATATTACAATGC
TTTGGAAGGCATGCCCGTCCTCTGCATCCTGGTTGTCACGTGCGGCTTGGCAGGATTTGC
TACGTATAAACTGAGCGACTTTTGCAACGTTTAAATTATCGAGCGCAGCATCCACTTCAT
CCAGTATGAAGAAAGGCGAAGGCCTATAGCTATGGATGGAGAAGAGCAAAGCCAAAGCCG
CAACTGTTTTCTCTCCTCCAGAGAGCTGTTCCATGTCACGGAAACGCTTTGTCGGGGGCA
TTGTAGTATACTTTATACCATGTAGAAACGGATCATCCTCATTCTCCAAGTTTAGATAAG
CAGTCCCACCCAATTGATGCGTATTACTCCTGGTTAGCTGCTTGTAGATCTTATCAATGA
TATTAGAAATGTGGTTGAACGCTTCCATAAATAGCTCATACCTCTTCTGCTTAACAGCAT
TGTATGCATCCGCTACTTGTTTCTCCTCTTTCCTGGCAGCTTCAAACTCTTGGCTAACTT
G

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1EP38TF 734 0 0
GAGCGCAGCATCCACTTCATCCAGTATGAA*AAAGGCGAAGGCCTATAGCTATGGATGGA
GAAGAGCAAAGCCAAAGCCGCAACTGTTTTCTCTCCTCCAGAGAGCTGTTCCATGTCACG
GAAACGCTTTGTCGGGGGCATTGTAGTATACTTCATACCATGTAGAAACGGATCATCCTC
ATTCTCCAAGTTTAGATAAGCAGTCCCACCCAATTGATGCGTATTACTCTTGGTTAGCTG
CTTGTAGATCTTGTCAATGATATTAGAAATGTGGTTGAACGCTTCCATAAATAGCTCATA
CCTCTTCTGCTTAACAGCATTGTATGCATCCGCTACTTGTTTCTCCTCTTTCCTGGCAGC
TTCAAACTCTTGGCTAACTTGTTTTTCTTTCTCTTGTATAGCCTCATACTGGTCAAGAGC
TCTATCCAACTCACTAAAGTCAAACTGTGGCCCATCTGAGTCGTCTTCCTCCGCAGCATC
TGATAAAACAGGAAGCGCAATACGTTCAAGCTCACACTGCTCAACTATTTCCTGTTTTTG
CGAGATCAGCTGCTCAATTTGCGTTTCCTTAGAATTTATCTGACGATTGAGTTTGGTTAT
GCTTGTTGTCGCTTGAGAAGCCTGCTTTTTCCAATCCAGAATTTCTTTTTCATACTCTTC
TGCTTTTTGTTTGCACTCTCCCATTTCCTTTTTCCAATTGTTGATTTCATTAGTAGCTTT
TTCTGTTAACTCCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 3

CO CL3696Contig1 925 3 10 U
GGGGCTCTCTAACCAGTCACCGATTATCTCTCTCTCTATCTATCTCTTCTCTCCTTTAAT
CATGGTGGTTGAACTATGGGAGACGGTCAAGGAAACAATCACAGCATACACCGGACTCTC
TCCGGCTGCCTTTTTCACCGTCTTGGCTCTCGCTTTCGCCGTCTACCAAGTCGTCTCCGG
CTTCTTCGTCTCCCCCGAGGAACACCGTCCTCGCTCCACGGAGGATTACCCTCAGCCTGA
GCCCCTCCCGCCTCCGGTTCAGCTCGGAGAAATCACGGAGGAGGAGCTCAAGCAGTACGA
CGGCTCCGATCCCAAAAACCCCCTTCTCATGGCCATCAAAGGCCAGATCTACGATGTTTC
CCAGAGCAGGATGTTCTATGGACCAGGTGGACCATACGCTCTGTTTGCAGGGAAAGATGC
AAGCCGAGCTCTTGCTAAGATGTCCTTCGAGGAATCCGATTTGACCGGAGACATCTCGGG
TCTAGGTCCATTTGAGCTAGATGCGTTACAAGACTGGGAGTACAAGTTCATGAGCAAGTA
TGTCAAAGTCGGGACCATTCAGAAGAGTGATGGAGAAGGCAAAGAAAGTGCAGCAGACTC
GGAACCTGCTACAAACACCGGAGAAGAAGCAGAAGAAGCT*CCGCGGTTGCCCACGGTGA
GACTTCTACAAGCATAGAAGAGAAAACGGAAGAAACCACGGAGAAGAAGGATGTTGCAAA
TGGTGATGCTGCAAAGGAGGACTAAAGGCAATGAAGCAGCGTTTTCTCGGTGAAGATTTT
TTTCAGGGTTTTATGAGAGTCGTATATATAGCTTTAAGTTGGAAGAAGCAAACTCAATCA
AATAAAAAAAAATGTGTAAGACTGTTTTACCTTTGTGGATCTTATGACATCTAAATCTCG
TTTTGAAAAGCTTCCAATTACATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI83TF U 1
AF RR1C886TF U 9
AF RR1GI83JQ C 437
BS 1 34 RR1GI83TF
BS 35 36 RR1C886TF
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BS 284 284 RR1C886TF
BS 285 319 RR1GI83TF
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BS 321 694 RR1GI83TF
BS 695 695 RR1GI83JQ
BS 696 704 RR1GI83TF
BS 705 925 RR1GI83JQ

RD RR1GI83TF 704 0 0
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CATGGTGGTTGAACTATGGGAGACGGTCAAGGAAACAATCACAGCATACACCGGACTCTC
TCCGGCTGCCTTTTTCACCGTCTTGGCTCTCGCTTTCGCCGTCTACCAAGTCGTCTCCGG
CTTCTTCGTCTCCCCCGAGGAACACCGTCCTCGCTCCACGGAGGATTACCCTCAGCCTGA
GCCCCTCCCGCCTCCGGTTCAGCTCGGAGAAATCACGGAGGAGTAGCTCAAGCAGTACGA
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CCAGAGCAGGATGTTCTATGGACCAGGTGGACCATACGCTCTGTTTGCAGGGAAAGATGC
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TCTAGGTCCATTTGAGCTAGATGCGTTACAAGACTGGGAGTACAAGTTCATGAGCAAGTA
TGTCAAAGTCGGGACCATTCAGAAGAGTGATGGAGAAGGCAAAGAAAGTGCAGCAGACTC
GGAACCTGCTACAAACACCGGAGAAGAAGCAGAAGAAGCT*CCGCGGTTGCCCACGGTGA
GACTTCTACAAGCATAGAAGAGAAAACGGAAGAA*CCACGGAGA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1C886TF 677 0 0
GG
AACCAGTCACCGATTATCTCTCTCTCTATCTATCTCTTCTCTCCTTTAATCATGGTGGTT
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TTTTTCACCGTCTTGGCTCTCGCTTTCGCCGTCTACCAAGTCGTCTCCGGCTTCTTCGTC
TCCCCCGAGGAACACCGTCCTCGCTCCACGGAGGATTACCCTCAGCCTGAGCCCCTCCCG
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CCCAAAAACCCCCTTCTCATGGCCATCAAAGGCCAGATCTACGATGTTTCCCAGAGCAGG
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CTTGCTAAGATGTCCTTCGAGGAATCCGATTTGACCGGAGACATCTCGGGTCTAGGTCCA
TTTGAGCTAGATGCGTTACAAGACTGGGAGTACAAGTTCATGAGCAAGTATGTCAAAGTC
GGGACCATTCAGAAGAGTGATGGAGAAGGCAAAGAAAGTGCAGCAGACTCGGAACCTGCT
ACAAACACCGGAGAAGAAGCAGAAGAAGCTTCCGCGGTTGCCCACGGTGAGACTTCTACA
AGCATAGAAGAGAAA

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR1GI83JQ 489 0 0
AAGATGTCCTTCGAGGAATCCGATTTGACCGGAGACATCTCGGGTCTAGGTCCATTTGAG
CTAGATGCGTTACAAGACTGGGAGTACAAGTTCATGAGCAAGTATGTCAAAGTCGGGACC
ATTCAGAAGAGTGATGGAGAAGGCAAAGAAAGTGCAGCAGACTCGGAACCTGCTACAAAC
ACCGGAGAAGAAGCAGAAGAAGCT*CCGCGGTTGCCCACGGTGAGACTTCTACAAGCATA
GAAGAGAAAACGGAAGAAACCACGGAGAAGAAGGATGTTGCAAATGGTGATGCTGCAAAG
GAGGACTAAAGGCAATGAAGCAGCGTTTTCTCGGTGAAGATTTTTTTCAGGGTTTTATGA
GAGTCGTATATATAGCTTTAAGTTGGAAGAAGCAAACTCAATCAAATAAAAAAAAATGTG
TAAGACTGTTTTACCTTTGTGGATCTTATGACATCTAAATCTCGTTTTGAAAAGCTTCCA
ATTACATTG

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 2

CO CL3697Contig1 1049 2 2 U
GAGGATTCCACGGTTCCTAAATCTTCGAATCGCGACAAGTTTTAAATCAACAACCTCCAC
GTATCATCCTCGGAGTCTAACGTCTCCACTCGCTGCCCTAATGTTTCCGGAAAACTCAGT
GCTCTCAGATGTCTGCGCCACCGGAATCTCCGGCGTCGTCGCTTTCTCGTGCCTCGGTTT
CTGGGGAGAGATTGGCAAGCGCGGCATCTTCGACCAGAAACTCATCAGGAAGCTTGTGCA
CATAAACATTGGCCTTGTTTTTATGCTTTGCTGGCCGCTCTTCAGTTCTGGACTCCAAGG
AGCGCTTTTCGCTTCTCTTATACCTGGACTTAATATAATAAGGATGCTGCTCCTGGGCCT
TGGTGTCTACCAAGACGAAGGAACTATCAAGTCTATGAGCAGACACGGTGATCGCAGGGA
ACTACTCAAGGGACCGCTTTATTATGCACTCTCCATCACATCGGCGTGTATCTTCTATTG
GAAGACATCTCCAATAGCCATTGCAGTGATATGCAACCTCTGTGCTGGAGATGGCATGGC
TGACATTGTTGGGAGACGACTTGGAACAGAGAAGCTTCCTTACAACGGAAACAAATCTGT
AGCTGGTAGCATCGCTATGGCAATCGCAGGGTTCTCAGCATCTGTTGCGTATATGTACTA
CTTTGCTTGGTTTGGTTACATCCAGAATAGCGGGTGGGATATGGTTATTCGCTTCTTCAT
TATCTCTATAGCATCAGCTCTTGTGGAATCACTCCCGATAAGCACCGATATTGATGACAA
TCTTACCGTTTCCTTAACCTCTGCCTTGCTCGGTACTCTACTCTTCTAATAGTAGCACTG
AGTCTCTTCCCCTGTATCATCATTTTTAGTTCCCACTTGTTAGTGAATAATCTTATATTG
TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTATGTAGACGATCTTATTTTTTCAGCTGTAACTGCAG
TTGGGTGCAATGTTGTAATGTAGTGAGAAATATAGTGTGACTATGCATCTACAATTTTTA
CTAGAAACTCAATAAATGCTTTTTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BV03TF U 1
AF RR1BV03JQ C 471
BS 1 752 RR1BV03TF
BS 753 1049 RR1BV03JQ

RD RR1BV03TF 752 0 0
GAGGATTCCACGGTTCCTAAATCTTCGAATCGCGACAAGTTTTAAATCAACAACCTCCAC
GTATCATCCTCGGAGTCTAACGTCTCCACTCGCTGCCCTAATGTTTCCGGAAAACTCAGT
GCTCTCAGATGTCTGCGCCACCGGAATCTCCGGCGTCGTCGCTTTCTCGTGCCTCGGTTT
CTGGGGAGAGATTGGCAAGCGCGGCATCTTCGACCAGAAACTCATCAGGAAGCTTGTGCA
CATAAACATTGGCCTTGTTTTTATGCTTTGCTGGCCGCTCTTCAGTTCTGGACTCCAAGG
AGCGCTTTTCGCTTCTCTTATACCTGGACTTAATATAATAAGGATGCTGCTCCTGGGCCT
TGGTGTCTACCAAGACGAAGGAACTATCAAGTCTATGAGCAGACACGGTGATCGCAGGGA
ACTACTCAAGGGACCGCTTTATTATGCACTCTCCATCACATCGGCGTGTATCTTCTATTG
GAAGACATCTCCAATAGCCATTGCAGTGATATGCAACCTCTGTGCTGGAGATGGCATGGC
TGACATTGTTGGGAGACGACTTGGAACAGAGAAGCTTCCTTACAACGGAAACAAATCTGT
AGCTGGTAGCATCGCTATGGCAATCGCAGGGTTCTCAGCATCTGTTGCGTATATGTACTA
CTTTGCTTGGTTTGGTTACATCCAGAATAGCGGGTGGGATATGGTTATTCGCTTCTTCAT
TATCTCTATAGCATCAGCTCTTGTGGAATCAC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1BV03JQ 579 0 0
TCTTTTATTGGAAGACATCTCCAATAGCCATTGCAGTGATATGCAACCTCTGTGCTGGAG
ATGGCATGGCTGACATTGTTGGGAGACGACTTGGAACAGAGAAGCTTCCTTACAACGGAA
ACAAATCTGTAGCTGGTAGCATCGCTATGGCAATCGCAGGGTTTTCAGCATCTGTTGCGT
ATATGTACTACTTTGCTTGGTTTGGTTACATCCAGAATAGCGGGTGGGATATGGTTATTC
GCTTTTTCATTATCTCTATAGCATCAGCTCTTGTGGAATCACTCCCGATAAGCACCGATA
TTGATGACAATCTTACCGTTTCCTTAACCTCTGCCTTGCTCGGTACTCTACTCTTCTAAT
AGTAGCACTGAGTCTCTTCCCCTGTATCATCATTTTTAGTTCCCACTTGTTAGTGAATAA
TCTTATATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTATGTAGACGATCTTATTTTTTCAGCT
GTAACTGCAGTTGGGTGCAATGTTGTAATGTAGTGAGAAATATAGTGTGACTATGCATCT
ACAATTTTTACTAGAAACTCAATAAATGCTTTTTTTGTT

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 3

CO CL3698Contig1 819 3 4 U
GGGTACTAAAATTCTCAAGGAGATAGCATTTCATGACTATTTTACAAATAATCAAAGGCT
CAAGATACGTTTCAAGCATACAATAGATTCCAGAATCAATTATTGTCTCAAATGGGATAC
CAGACACACAACTCTTCATCAAACTCCAAGTTCTCACACACACACATACCTCTTCTTTTA
TTAGATGACATTTAATACATTCAATCACAAACAGAAGACACTTCAGATTAACACACACCA
TTCATCTTCTTCCTCTCTTTCACAAACTTCCTCCATCCAACAATGACTTCCATCAGAATG
TCCCTTTCCACCTTCTTCCCTTTCACATTTCCGAAATCCTCTGCCCCCATCTTCTTGGAT
ATCTTGGATGGCAAG*TGTCAAGCTCGTGAAGCACCTTCACGATATCAGCCACAAGTCTC
TCCACAAGTGTTCTTGAGAAATCTTCCCTTATGACAACACGGAGAACCGTGATGTGTTGC
GCATCCGCAGGCATGGTGTAAGCCGGGACAATCCAGCCAAAGCGGCGTAGCATCTCTGAG
ATCTCGAACTCGTTGTGGAAACTGTGGTCCTTGAGAGAGAAGGCAACGAGTGGTACTCCT
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TGATCAGCACCAAGATAGTTGATATGAAAGATGAGCTCA


BQ
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AF RR1EN55JQ U 1
AF RR1AP88JQ U 67
AF RR1EN55TF C 214
BS 1 628 RR1EN55JQ
BS 629 646 RR1AP88JQ
BS 647 647 RR1EN55TF
BS 648 819 RR1AP88JQ

RD RR1EN55JQ 628 0 0
GGGTACTAAAATTCTCAAGGAGATAGCATTTCATGACTATTTTACAAATAATCAAAGGCT
CAAGATACGTTTCAAGCATACAATAGATTCCAGAATCAATTATTGTCTCAAATGGGATAC
CAGACACACAACTCTTCATCAAACTCCAAGTTCTCACACACACACATACCTCTTCTTTTA
TTAGATGACATTTAATACATTCAATCACAAACAGAAGACACTTCAGATTAACACACACCA
TTCATCTTCTTCCTCTCTTTCACAAACTTCCTCCATCCAACAATGACTTCCATCAGAATG
TCCCTTTCCACCTTCTTCCCTTTCACATTTCCGAAATCCTCTGCCCCCATCTTCTTGGAT
ATCTTGGATGGCAAG*TGTCAAGCTCGTGAAGCACCTTCACGATATCAGCCACAAGTCTC
TCCACAAGTGTTCTTGAGAAATCTTCCCTTATGACAACACGGAGAACCGTGATGTGTTGC
GCATCCGCAGGCATGGTGTAAGCCGGGACAATCCAGCCAAAGCGGCGTAGCATCTCTGAG
ATCTCGAACTCGTTGTGGAAACTGTGGTCCTTGAGAGAGAAGGCAACGAGTGGTACTCCT
ATCTCCTTTGAGACTATGTTGAAACGCT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1AP88JQ 753 0 0
G
CGTTTCAAGCATACAATAGATTCCAGAATCAATTATTGTCTCAAATGGGATACCAGACAC
ACAACTCTTCATCAAACTCCAAGTTCTCACACACACACATACCTCTTCTTTTATTAGATG
ACATTTAATACATTCAATCACAAACAGAAGACACTTCAGATTAACACACACCATTCATCT
TCTTCCTCTCTTTCACAAACTTCCTCCATCCAACAATGACTTCCATCAGAATGTCCCTTT
CCACCTTCTTCCCTTTCACATTTCCGAAATCCTCTGCCCCCATCTTCTTGGATATCTTGG
ATGGCAAGGTGTCAAGCTCGTGAAGCACCTTCACGATATCAGCCACAAGTCTCTCCGCAA
GTGTTCTTGAGAAATCTTCCCTTATGACAACACGGAGAACCGTGATGTGTTGCGCATCCG
CAGGCATGGTATAAGCCGGGACAATCCAGCCAAAGCGGCGTAGCATCTCTGAGATCTCGA
ACTCGTTGTGGAAACTGTGGTCCTTGAGAGAGAAGGCAACGAGTGGTACTCCTATCTCCT
TTGAGACTATGTTGAAACGCTCTGTTTTCTCTATCCCTTTTCTTAGAACCACCATGTTCT
CTCTGCAGTTCTCCATCACGTTCTTGTAGCCCTCGAAGCCAAGACGAATGAGCTGATAGT
ATTGAGCAATAATTTGGCTCGATCCCTTGGAGAAATTGAGAGTGAAAGTGGGTTGATCAG
CACCAAGATAGTTGATATGAAAGATGAGCTCA

QA 2 753 2 753
DS 

RD RR1EN55TF 597 0 0
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CATCCAACAATGACTTCCATCAGAATGTCCCTTTCCACCTTCTTCCCTTTCACATTTCCG
AAATCCTCTGCCCCCATCTTCTTGGATATCTTGGATGGCAAG*TGTCAAGCTCGTGAAGC
ACCTTCACGATATCAGCCACAAGTCTCTCCACAAGTGTTCTTGAGAAATCTTCCCTTATG
ACAACACGGAGAACCGTGATGTGTTGCGCATCCGCAGGCATGGTGTAAGCCGGGACAATC
CAGCCAAAGCGGCGTAGCATCTCTGAGATCTCGAACTCGTTGTGGAAACTGTGGTCCTTG
AGAGAGAAGGCAACGAGTGGTACTCCTATCTCCTTTGAGACTATGTTGAAACGCTCTGTT
TTCTCTATCCCTTCTCTTAGAACCACCATGTTCTCTCTGCAGTTCTCCATCACGTTCTTG
TAGCCCTCGAAGCCAAGACGAATGAGCTGATAGTATTGAGCAATAATTTGGCTCGATCCC
TTGGAGAAATTGAGAGTGAAAGTGGGTTGATCAGCACCAAGATAGTTGATATGAAA
C

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 3

CO CL3699Contig1 821 3 9 U
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CTACTCGCGAAAGGAAAAGTGTCCAACTTTCTCTCGGCGATGGGGAAGAACCAAGGTTAC
AAGGCTATGCAGAGAGCCAGAGTTGGCTCTAGCTCCGGCTCCGCCGCGCCGGACGAGATC
GAAGATGGCATGGTGGATGGTTCATATCATACACCAGAGTGGCATGCTGCTCGTTTGGCT
GGTCTCCATACTACCCACACTATTACTTGGGAAGAGTATAAGAAGAAGCAAAAGGATGAA
GAAATGAAAAAGGGGGAACTTGAAGCAGATACTGATAAATTGATGCGTGAGTATAGAGCT
CAGCTGGATGCTGAAAGGGCAATGAAGCTCTCTAAGGGAAGGAACTTCTCCAGCGATAAA
TCCAGAAAAGATAGGAAGGAGAGAGATGTCACAGATAAAAAAGACAGAGATTCGAGAAGA
AAGAAAAGCAAAAAGAGAAAGCGTTCGAGAAGGCATTCGTCTGACTCGAGCTCCTCCTCC
TCAAGCTCATCCTCCGAGTCATCAAGCAGCGATGAAGAGGAATCTAGAAGGTCAAGGTCA
AGTTCTAAAAGATCTAAAAGGGAGAAGAAACACAAATCTAAAGGCAGCAGACACTCGAGC
AAAAGTAAGGTTGAGGATGATGGTCCAGTGCCTTTGTCGAAATTCTTTGGCAGTCTTAAG
AAGAGTTAGACACCCATTTGAAAGGTTTTGTGTTCATCATATTACTCAATTTGTTGAACT
GGATTAAAAAAACTGCAATAATTGCATAATCTTCAGACACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CD92TF U 1
AF RR1AR12TF U 52
AF RR1AR12JQ C 69
BS 1 80 RR1CD92TF
BS 81 81 RR1AR12TF
BS 82 140 RR1CD92TF
BS 141 141 RR1AR12TF
BS 142 248 RR1CD92TF
BS 249 249 RR1AR12TF
BS 250 663 RR1CD92TF
BS 664 786 RR1AR12TF
BS 787 821 RR1AR12JQ

RD RR1CD92TF 663 0 0
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CTACTCGCGAAAGGAAAAGTCTCCAACTTTCTCTCGGCGATGGGGAAGAACCAAGGTTAC
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GGTCTCCAGACTACCCACACTATTACTTGGGAAGAGTATAAGAAGAAGCAAAAGGATGAA
GAAATGAAAAAGGGGGAACTTGAAGCAGATACTGATAAATTGATGCGTGAGTATAGAGCT
CAGCTGGATGCTGAAAGGGCAATGAAGCTCTCTAAGGGAAGGAACTTCTCCAGCGATAAA
TCCAGAAAAGATAGGAAGGAGAGAGATGTCACAGATAAAAAAGACAGAGATTCGAGAAGA
AAGAAAAGCAAAAAGAGAAAGCGTTCGAGAAGGCATTCGTCTGACTCGAGCTCCTCCTCC
TCAAGCTCATCCTCCGAGTCATCAAGCAGCGATGAAGAGGAATCTAGAAGGTCAAGGTCA
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AAA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1AR12TF 735 0 0
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CAAGGTTACAAGGCTATGCAGAGAGCCAGAGTTGGCTCTAGCTCCGGCTCCGCCGCGCCG
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CGTTTGGCTGGTCTCCATACTACCCACACTATTACTTGGGAAGAGTATAAGAAGAAGCAA
AAGGATGAAGAAATGAAAAAGGGGGAACTTGAAGCAGATACTGATAAATTGATGCGTGAG
TATAGAGCTCAGCTGGATGCTGAAAGGGCAATGAAGCTCTCTAAGGGAAGGAACTTCTCC
AGCGATAAATCCAGAAAAGATAGGAAGGAGAGAGATGTCACAGATAAAAAAGACAGAGAT
TCGAGAAGAAAGAAAAGCAAAAAGAGAAAGCGTTCGAGAAGGCATTCGTCTGACTCGAGC
TCCTCCTCCTCAAGCTCATCCTCCGAGTCATCAAGCAGCGATGAAGAGGAATCTAGAAGG
TCAAGGTCAAGTTCTAAAAGATCTAAAAGGGAGAAGAAACACAAATCTAAAGGCAGCAGA
CACTCGAGCAAAAGTAAGGTTGAGGATGATGGTCCAGTGCCTTTGTCGAAATTCTTTGGC
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TGTTGAACTGGATTA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1AR12JQ 753 0 0
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GCAGAGAGCCAGAGTTGGCTCTAGCTCCGGCTCCGCCGCGCCGGACGAGATCGAAGATGG
CATGGTGGATGGTTCATATCATACACCAGAGTGGCATGCTGCTCGTTTGGCTGGTCTCCA
TACTACCCACACTATTACTTGGGAAGAGTATAAGAAGAAGCAAAAGGATGAAGAAATGAA
AAAGGGGGAACTTGAAGCAGATACTGATAAATTGATGCGTGAGTATAGAGCTCAGCTGGA
TGCTGAAAGGGCAATGAAGCTCTCTAAGGGAAGGAACTTCTCCAGCGATAAATCCAGAAA
AGATAGGAAGGAGAGAGATGTCACAGATAAAAAAGACAGAGATTCGAGAAGAAAGAAAAG
CAAAAAGAGAAAGCGTTCGAGAAGGCATTCGTTTGACTCGAGCTCCTCCTCCTCAAGCTC
ATCCTCCGAGTCATCAAGCAGCGATGAAGAGGAATCTAGAAGGTCAAGGTCAAGTTCTAA
AAGATCTAAAAGGGAGAAGAAACACAAATCTAAAGGCAGCAGACACTCGAGCAAAAGTAA
GGTTGAGGATGATGGTCCAGTGCCTTTGTCGAAATTCTTTGGCAGTCTTAAGAAGAGTTA
GACACCCATTTGAA*GGTTTTGTGTTCATCATATTACTCAATTTGTTGAACTGGATTAAA
AAAACTGCAATAATTGCATAATCTTCAGACACG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 3

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CTATCTCTCAACCCTCCAAGTGTAGCTCTGCTGGGAAAGGAATAACAAGAGGGAAACATG
TTTCTAGCCCTGAACTTATGCGTCAGTTTGCTACAATTTTTCGTCAGATTGCTCAACAAA
AATGGACGTGGCCATTTCTGCAACCTGTTGATGTTAAAGGGCTTGGACTCGATGATTATC
ACAAGGTTATAGAGAAGCCAATGGATTTGGGAACTATCAGAACTAAAATGGAGGCTTCGG
AGTACAGCAATGTCCGGGAGATATATGCTGATGTTAGGCTAGTTTTCAAGAACGCTATGA
GATATAACGAAGAGAAAGATGATGTCTATGTGATGGCCGAATCTCTTTTGGAGAAGTTTG
AGGAGAAATGGCTTACCATTATGCCTAGACTCGTCGAAGAGGAAAAAAAACAAGCAGAGG
AAGAGGCTCAGGATCGTGCGAGTAGGCAGCTTGCTGTGGAGGCTGCTCAAGCAGAGAAGG
CTAGAGATTTAAGCAACGAACTGTATGAGATCGATCAGGAGCTTGAGAAACTTCGGGAGG
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TAGGTCGTCTCTCTCCTGAGGATCTGTCTAAGACTCTAAAAATGGTTTCAGAGGGCAACC
CGCAGTTCCCGGCCGGAGCACCAGAAGTGGAGCTTGACATCGATCTTCAGACTGATGTAA
CTTTGTGGAGGCTGAAGGTGTTTGTGCAAGAAGCATTGAAAGCAGCTAACAAGAGCTCTG
GTGGAACAAACGCCCAAAACAACAACAATGGTGGAGAGATGAACAAGACCACTGCGAAAA
GAAGGAGAGCGATCTTTGATGCAATTAAAAAGGGCCATCAGTAGCAGCAGCTATGACGAG
GAAGAGGATAGGAAGGAAGCTAAGACTTTGGGAGAAAGAGAGGATCTGACAGTCACAGTG
AAGCTACTCTATTAATAAAGAGAGAGTGAGTGAAAGAGATCTTTATCGATGTATTAACTT
ATTTTATTGTGAGAGATACAGTGATTTGTGTGTGTTATTGGATCAATCTAGAGTTGGTTC
CTAACATTAAACTAGTCCATTATGCTTTGCTTATTTTGTGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E389TF U 1
AF RR1E224TF U 298
AF RR1E389JQ C 472
BS 1 365 RR1E389TF
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CTATCTCTCAACCCTCCAAGTGTAGCTCTGCTGGGAAAGGAATAACAAGAGGGAAACATG
TTTCTAGCCCTGAACTTATGCGTCAGTTTGCTACAATTTTTCGTCAGATTGCTCAACAAA
AATGGACGTGGCCATTTCTGCAACCTGTTGATGTTAAAGGGCTTGGACTCGATGATTATC
ACAAGGTTATAGAGAAGCCAATGGATTTGGGAACTATCAGAACTAAAATGGAGGCTTCGG
AGTACAGCAATGTCCGGGAGATATATGCTGATGTTAGGCTAGTTTTCAAGAACGCTATGA
GATAT

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR1E224TF 755 0 0
G
GGAGTACAGCAATGTCCGGGAGATATATGCTGATGTTAGGCTAGTTTTCAAGAACGCTAT
GAGATATAACGAAGAGAAAGATGATGTCTATGTGATGGCCGAATCTCTTTTGGAGAAGTT
TGAGGAGAAATGGCTTACCATTATGCCTAGACTCGTCGAAGAGGAAAAAAAACAAGCAGA
GGAAGAGGCTCAGGATCGTGCGAGTAGGCAGCTTGCTGTGGAGGCTGCTCAAGCAGAGAA
GGCTAGAGATTTAAGCAACGAACTGTATGAGATCGATCAGGAGCTTGAGAAACTTCGGGA
GGTAGTGGTCCAGAAGTGCAGAAAGCTGTCCACTCAAGAAAAGAAGGGACTTTCTACAGC
TTTAGGTCGTCTCTCTCCTGAGGATCTGTCTAAGACTCTAAAAATGGTTTCAGAGGGCAA
CCCGCAGTTCCCGGCCGGAGCACCAGAAGTGGAGCTTGACATCGATCTTCAGACTGATGT
AACTTTGTGGAGGCTGAAGGTGTTTGTGCAAGAAGCATTGAAAGCAGCTAACAAGTGCTC
TGGTGGAACAAACGCCCAAAACAACAACAATGGTGGAGAGATGAACAAGACCACTGCGAA
AAGAAGGAGAGCGATCTTTGATGCAATTAAAAAGGGCCATCAGTAGCAGCAGCTATGACG
AGGAAGAGGATAGGAAGGAAGCTAAGACTTTGGGAGAAAGAGAGGATCTGACAGTCACAG
TGAAGCTACTCTATTAATAAAGAGAGAGTGAGTG

QA 2 755 2 755
DS 

RD RR1E389JQ 713 0 0
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CTGCAGCTTTAGGTCGTCTCTCTCCTGAGGATCTGTCTAAGGCTCTGAAAATGGTTTCAG
AGGGCAACCCGCAGTTCCCGGCCGGAGCACCAGAAGTGGAGCTTGACATCGATCTTCAGA
CTGATGTAACTTTGTGGAGGCTGAAGGTGTTTGTGCAAGAAGCATTGAAAGCAGCTAACA
AGAGCTCTGGTGGAACAAACGCCCAAAACAACAACAATGGTGGAGAGATGAACAAGACCA
CTGCGAAAAGAAGGAGAGCGATCTTTGATGCAATTAAAAAGGGCCATCAGTAGCAGCAGC
TATGACGAGGAAGAGGATAGGAAGGAAGCTAAGACTTTGGGAGAAAGAGAGGATCTGACA
GTCACAGTGAAGCTACTCTATTAATAAAGAGAGAGTGAGTGAAAGAGATCTTTATCGATG
TATTAACTTATTTTATTGTGAGAGATACAGTGATTTGTGTGTGTTATTGGATCAATCTAG
AGTTGGTTCCTAACATTAAACTAGTCCATTATGCTTTGCTTATTTTGTGATTC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 3

CO CL3701Contig1 818 3 5 U
CCTCTCGTCGACGCCGTCCACAAACATCCGACGTATCCTCGCCGCAAATTTCAGCTAAGA
GTTGACAAAGAATGGAGCACGTAAACCCTGAAGGTCTTCGGTTAGATGGTCGCCGATTCA
ATGAGATGAGGCAAATCGTAGCTGAAGTTGGAGTGGTTTCCAAGGCTGACGGCTCTGCTG
TTTTCGAGATGGGTAACACAAAAGTAATAGCAGCTGTTTATGGCCCTAGAGAGATTCAAA
ACAAGAGCCAACAAAAGAATGGTCATGCATTGGTGCTTTGTGAGTATAGTATGGCTCATT
TTAGTACTGGTGATCGTAGAAGACAGAAAAACGACAGGCGATCAACAGAGCTATCTCTTG
TCATCCGTCAGACAATGGAAGCTTGCATATTAACCGAACTGTTGCCTCATTCTCAGATTG
ACATTTTCCTTCAGGTCCTACAAGCTGATGGAGGAACAAGGTCAGCTTGTATCAACGCCG
CGACTCTAGCTCTTGCAGACGCTGGAATTCCGATGCGTGATCTCGCTGTTTCCTGCAGTG
CTGGATACTTGAACAGTACTCCACTTCTTGATCTGAACTACGTCGAAGATAGCGCTGGAG
GAGCTGATGTAACTGTCGGCATTCTACCTAAACTAGACAAAGTGACACTCCTTCAGATGG
ATGCAAAGTTACCGATGGAAACATTTGAAACGGTGTTTGCGTTGGCTTCTGAAGGCTGCA
AGGCGATTGCAGAGAGAGTACGCGAGGCTCTTCAAGAAAACACCAAACAGCTAGAGTATC
GTCGTGCTTCATAAACTTCAGAGCTAGCTAGCTAGAGC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW28TF U 1
AF RR1AZ96TF U 3
AF RR1CW28JQ C 92
BS 1 77 RR1CW28TF
BS 78 78 RR1AZ96TF
BS 79 431 RR1CW28TF
BS 432 656 RR1AZ96TF
BS 657 818 RR1CW28JQ

RD RR1CW28TF 431 0 0
CCTCTCGTCGACGCCGTCCACAAACATCCGACGTATCCTCGCCGCAAATTTCAGCTAAGA
GTTGACAAAGAATGGAGTACGTAAACCCTGAAGGTCTTCGGTTAGATGGTCGCCGATTCA
ATGAGATGAGGCAAATCGTAGCTGAAGTTGGAGTGGTTTCCAAGGCTGACGGCTCTGCTG
TTTTCGAGATGGGTAACACAAAAGTAATAGCAGCTGTTTATGGCCCTAGAGAGATTCAAA
ACAAGAGCCAACAAAAGAATGGTCATGCATTGGTGCTTTGTGAGTATAGTATGGCTCATT
TTAGTACTGGTGATCGTAGAAGACAGAAAAACGACAGGCGATCAACAGAGCTATCTCTTG
TCATCCGTCAGACAATGGAAGCTTGCATATTAACCGAACTGTTGCCTCATTCTCAGATTG
ACATTTTCCTT

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR1AZ96TF 654 0 0
GG
TCGTCGACGCCGTCCACAAACATCCGACGTATCCTCGCCGCAAATTTCAGCTAAGAGTTG
ACAAAGAATGGAGCACGTAAACCCTGAAGGTCTTCGGTTAGATGGTCGCCGATTCAATGA
GATGAGGCAAATCGTAGCTGAAGTTGGAGTGGTTTCCAAGGCTGATGGCTCTGCTGTTTT
CGAGATGGGTAACACAAAAGTAATAGCAGCTGTTTATGGCCCTAGAGAGATTCAAAACAA
GAGCCAACAAAAGAATGGTCATGCATTGGTGCTTTGTGAGTATAGTATGGCTCATTTTAG
TACTGGTGATCGTAGAAGACAGAAAAACGACAGGCGATCAACAGAGCTATCTCTTGTCAT
CCGTCAGACAATGGAAGCTTGCATATTAACCGAACTGTTGCCTCATTCTCAGATTGACAT
TTTCCTTCAGGTCCTACAAGCTGATGGAGGAACAAGGTCAGCTTGTATCAACGCCGCGAC
TCTAGCTCTTGCAGACGCTGGAATTCCGATGCGTGATCTCGCTGTTTCCTGCAGTGCTGG
ATACTTGAACAGTACTCCACTTCTTGATCTGAACTACGTCGAAGATAGCGCTGGAGGAGC
TGATGTAACTGTCGGCATTCTACCTAAACTAGACAAAGTGACACTCCTTCAG

QA 3 654 3 654
DS 

RD RR1CW28JQ 727 0 0
AGGTCTTCGGTTAGATGGTCGCCGATTCAATGAGATGAGGCAAATCGTAGCTGAAGTTGG
AGTGGTTTCCAAGGCTGACGGCTCTGCTGTTTTCGAGATGGGTAACACAAAAGTAATAGC
AGCTGTTTATGGCCCTAGAGAGATTCAAAACAAGAGCCAACAAAAGAATGGTCATGCATT
GGTGCTTTGTGAGTATAGTATGGCTCATTTTAGTACTGGTGATCGTAGAAGACAGAAAAA
CGACAGGCGATCAACAGAGCTATCTCTTGTCATCCGTCAGACAATGGAAGCTTGCATATT
AACCGAACTGTTGCCTCATTCTCAGATTGACATTTTCCTTCAGGTCCTACAAGCTGATGG
AGGAACAAGGTCAGCTTGTATCAACGCCGCGACTCTAGCTCTTGCAGACGCTGGAATTCC
GATGCGTGATCTCGCTGTTTCCTGCAGTGCTGGATACTTGAACAGTACTCCACTTCTTGA
TCTGAACTACGTCGAAGATAGCGCTGGAGGAGCTGATGTAACTGTCGGCATTCTACCTAA
ACTAGACAAAGTGACACTCCTTCAGATGGATGCAAAGTTACCGATGGAAACATTTGAAAC
GGTGTTTGCGTTGGCTTCTGAAGGCTGCAAGGCGATTGCAGAGAGAGTACGCGAGGCTCT
TCAAGAAAACACCAAACAGCTAGAGTATCGTCGTGCTTCATAAACTTCAGAGCTAGCTAG
CTAGAGC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL3702Contig1 845 2 9 U
CTCTATGATTTGGAAAAGGAAACATACACTGTGAAGGTATCGCATAATACTCGCCCCACT
GAAACTATCAACTGTAAGTGTACCTTTAAGGAAAATGGAAGGCTAAGTATGTACAAGGCC
GAGCTTGACGTTGTAAGGCATTTGGTTGTTGATATGTCATGCATTGATAAGAGTGTCGAC
ATGAGGCTGATGCTTGCTGCCAAAAGGAAAATGACTGCTCTCACCGAGAAAGAGATAAGT
GACATTAAAGAGCTACTGGATTCAGCAACTGTTGATCCAAATGTGAAAGGCGGTTTAAGG
TGGCCGTTTGGTAAAGCTTCATCTGGAGATGAATACAGAATATTTGAAGTTTGCCACGTT
AGAGCTACTATCTACAAGAACCAGACCCTCAGGCTTAGGGTTAGAGAGACTGATAGGTTC
AATGAAAGGACTGGAACAGGAGCAGTCAAGAGGGAGGTGACTCTAGTACTTAAAGATGTC
AACACTAAGTTACAGGAGCAGAACATTGAGAGGGGTTGTGTTTTGGAAATGCTTCGAGTT
ACTCTTGGAACCTTATGGGACTTCATGCATTGTGATGCATCTCTTACATAATATTAAAGA
ACCGTGTGGTGTTGCTAATACTATTGGGTTTCTCTTTTACTTTCTCCTGCTTTTAGTACA
ATAACAATGTTAAGGGGTATTAAGGGTTGAGCTTGCGTGTGAAAGAAGAAATAAAATAAG
TAGAAGTTGTGCGTTTGCTGCACCTAATTTCATGTATGCATGACTCAGTTAATCAGTTTC
AAACTACAAACAAAGATTGCATTGTATTTGCATTAGACATGAAATATAAGAAAATAAGGT
TGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DQ44TF U 184
AF RR1C135JQ C 1
BS 1 184 RR1C135JQ
BS 185 353 RR1DQ44TF
BS 354 354 RR1C135JQ
BS 355 355 RR1DQ44TF
BS 356 356 RR1C135JQ
BS 357 681 RR1DQ44TF
BS 682 682 RR1C135JQ
BS 683 733 RR1DQ44TF
BS 734 845 RR1C135JQ

RD RR1DQ44TF 550 0 0
G
GGCTGATGCTTGCTGCCAAAAGGAAAATGACTGCTCTCACCGAGAAAGAGATAAGTGACA
TTAAAGAGCTACTGGATTCAGCAACTGTTGATCCAAATGTGAAAGGCGGTTTAAGGTGGC
CGTTTGGTAAAGCTTCATCTGGAGATGAATACAGAATATTTGAAGTTTGTCGCGTTAGAG
CTACTATCTACAAGAACCAGACCCTCAGGCTTAGGGTTAGAGAGACTGATAGGTTCAATG
AAAGGACTGGAACAGGAGCAGTCAAGAGGGAGGTGACTCTAGTACTTAAAGATGTCAACA
CTAAGTTACAGGAGCAGAACATTGAGAGGGGTTGTGTTTTGGAAATGCTTCGAGTTACTC
TTGGAACCTTATGGGACTTCATGCATTGTGATGCATCTCTTACATAATATTAAAGAACCG
TGTGGTGTTGCTAATACTATTGGGTTTCTCTTTTACTTTCTCCTGCTTTTAGTACAATAA
CAATGTTAAGGGGTATTGAGGGTTGAGCTTGCGTGTGAAAGAAGAAATAAAATAAGTAGA
AGTTGTGCG

QA 2 550 2 550
DS 

RD RR1C135JQ 845 0 0
CTCTATGATTTGGAAAAGGAAACATACACTGTGAAGGTATCGCATAATACTCGCCCCACT
GAAACTATCAACTGTAAGTGTACCTTTAAGGAAAATGGAAGGCTAAGTATGTACAAGGCC
GAGCTTGACGTTGTAAGGCATTTGGTTGTTGATATGTCATGCATTGATAAGAGTGTCGAC
ATGAGGCTGATGCTTGCTGCCAAAAGGAAAATGACTGCTCTCACCGAGAAAGAGATAAGT
GACATTAAAGAGCTACTGGATTCAGCAACTGTTGATCCAAATGTGAAAGGCGGTTTAAGG
TGGCCGTTTGGTAAAGCTTCATCTGGAGATGAATACAGAATATTTGAAGTTTGCCACGTT
AGAGCTACTATCTACAAGAACCAGACTCTCAGGCTTAGGGTTAGAGAGACTGATAGGTTC
AATGAAAGGACTGGAACAGGAGCAGTCAAGAGGGAGGTGACTCTAGTACTTAAAGATGTC
AACACTAAGTTACAGGAGCAGAACATTGTGAGGGGTTGTGTTTTGGAAATGCTTCGAGTT
ACTCTTGGAACCTTATGGGACTTCATGCATTGTGATGCATCTCTTACATAATATTAAATA
ACCGTGTGGTGTTGCTAATACTATTGGGTTTCTCTTTTACTTTCTCCTGCTTTTAGTACA
ATAACAATGTTAAGGGGTATTAAGGGTTGAGCTTGCGTGTGAAAGAAGAAATAAAATAAG
TAGAAGTTGTGCGTTTGCTGCACCTAATTTCATGTATGCATGACTCAGTTAATCAGTTTC
AAACTACAAACAAAGATTGCATTGTATTTGCATTAGACATGAAATATAAGAAAATAAGGT
TGTAT

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 3

CO CL3703Contig1 790 3 8 U
AAAGAACTTTGTCTTCATTTTCTTGCTGTTCATGCCAAGCCAAAAACTATATGCATCACC
TAAACATTAAACTCCCTCAAGTACTTCACAAACGTTACACTCTGCCTAAGTGAGTAGTTG
CAAAACCAAAACCAAAGAACACAAGAAGAGAATAAACAGACATACAAGAGATAACAATGC
ACAAGAGAAGAGAGGAGATTCTTGGGGAGTAAGAAAGGAAGTTAAGAACAGGCAAACCAT
CTTCTGAAAGAGAGAAATCCAGATGGTTCCGGGATATGATCCGGAAAAATTGGTTGTGTA
CTGGGAAGATGTTTGAAGAAAGCCTTCACAGCTCCAGCCACACCATCCTCATCCTTCATC
GCCTTTGCTAACGTCTCTGCACTGCTCTTCACCTCATCGTCCAGCATAAAATTGATGGCA
TCTTCAAGCTTATGGAGTGAGAATTCGTCCACTGGGATTGGTGCAGGACCTACTCCTCTA
GCGTGAACTCGTTCTCCCCAAAAAGGTTGGTCTCCAAAGAAAGGCACTATTGTAGTTGGA
CACGCTGCTTTAAGACCTGCAGCCGTTGTTCCAGAACCACCATGATGAACCACTGCTTTG
CATCTTGGGAACAACCAGTCATGTGGGACATTATCCAACAAGTAAACGAAGTCCTTGGGT
TCTTTCAAGTTTCCAAGACCACCCCAGCCTTTGTTGATGATCCCTCTCTGTTTAGTTCTT
TGAAGTGCTTCCACAATGATCTCAGTCATTTTCTCTGGTTCTTGGACAGGAAGACTACCA
AAGCCGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DD93JQ U 39
AF RR1EX68JQ U 1
AF RR1DD93TF C 150
BS 1 186 RR1EX68JQ
BS 187 187 RR1DD93JQ
BS 188 293 RR1EX68JQ
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BS 295 520 RR1EX68JQ
BS 521 521 RR1DD93JQ
BS 522 731 RR1EX68JQ
BS 732 790 RR1DD93TF

RD RR1DD93JQ 513 0 0
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ACTCTGCCTAAGTGAGTAGTTGCAAAACCAAAACCAAAGAACACAAGAAGAGAATAAACA
GACATACAAGAGATAACAATGCACAAGAGAAGAGAGGAGATTCTTGGGGAGTAAGAAAGG
AAGTTAAGAACAGGCAAACCATCTTCTGAAAGAAAGAAATCCAGATGGTTCCGGGATATG
ATCCGGAAAAATTGGTTGTGTACTGGGAAGATGTTTGAAGAAAGCCTTCACAGCTCCAGC
CACACCATCCTCATCCTTCATCGCCTTTGCTAACGTCTCTGCACTGCTCTTCACCTCATC
GTCCAGCATAAAATTGATGGCATCTTCAAGCTTATGGAGTGAGAATTCGTCCACTGGGAT
TGGTGCAGGACCTACTCCTCTAGCGTGAACTCGTTCTCCCCAAAAAGGTTGGTCTCCAAA
GAAAGGCACTATTGTAGTTGGACACGCTGCTTT

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DS 

RD RR1EX68JQ 731 0 0
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TAAACATTAAACTCCCTCAAGTACTTCACAAACGTTACACTCTGCCTAAGTGAGTAGTTG
CAAAACCAAAACCAAAGAACACAAGAAGAGAATAAACAGACATACAAGAGATAACAATGC
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CTTCTGAAAGAGAGAAATCCAGATGGTTCCGGGATATGATCCGGAAAAATTGGCTGTGTA
CTGGGAAGATGTTTGAAGAAAGCCTTCACAGCTCCAGCCACACCATCCTCATCCTTCATC
GCCTTTGCTAACGTCTCTGCACTGCTCTTCACCTCATCGTCCAGCATAAAATTGATGGCA
TCTTCAAGCTTATGGAGTGAGAATTCGTCCACTGGGATTGGTGCAGGACCTACTCCTCTA
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CACGCTGCTTTAAGACCTGCAGCCGTTGTTCCAGAACCACCATGATGAACCACTGCTTTG
CATCTTGGGAACAACCAGTCATGTGGGACATTATCCAACAAGTAAACGAAGTCCTTGGGT
TCTTTCAAGTTTCCAAGACCACCCCAGCCTTTGTTGATGATCCCTCTCTGTTTAGTTCTT
TGAAGTGCTTC

QA 1 731 1 731
DS 

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TAAGAAAGGAAGTTAAGAACAGGCAAACCATCTTCTGAAAGAGAGAAATCCAGATGGTTC
CGGGATATGATCCGGAGAAATTGGTTGTGTACTGGGAAGATGTTTGAAGAAAGCCTTCAC
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CACCTCATCGTCCAGCATAAAATTGATGGCATCTTCAAGCTTATGGAGTGAGAATTCGTC
CACTGGGATTGGTGCAGGACCTACTCCTCTAGCGTGAACTCGTTCTCCCCAAAAAGGTTG
GTCTCCAAAGAAAGGCACTATTGTAGTTGGACACGCTGCTTTAAGACCTGCAGCCGTTGT
TCCAGCACCACCATGATGAACCACTGCTTTGCATCTTGGGAACAACCAGTCATGTGGGAC
ATTATCCAACAAGTAAACGAAGTCCTTGGGTTCTTTCAAGTTTCCAAGACCACCCCAGCC
TTTGTTGATGATCCCTCTCTGTTTAGTTCTTTGAAGTGCTTCCACAATGATCTCAGTCAT
TTTCTCTGGTTCTTGGACAGGAAGACTACCAAAGCCGATAC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 3

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TACAAAACACCAGAGTACTTCTCCATCGAACCAATGAAGAAATTCTCCTGCAGCTTCCTG
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TCCGCGA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1ED14JQ U 1
AF RR1ED14TF C 1
AF RR1FV78JQ U 1
BS 1 427 RR1ED14JQ

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QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1ED14TF 427 0 0
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TACAAAACACCAGAGTACTTCTCCATCGAACCAATGAAGAAATTCTCCTGCAGCTTCCTG
AATGTACACGAAGTCAACAAACTATCCGACCCCGCCTGGTGACAAATCCCAACTCGCTCA
ACCTCAAGCAGCTCCGCCAACTTGTTCAGACCCCCGTGGAGACTATTACAAAACTTCATC
AAGTGCTTAATATCGTAAACCCTCGGGAAATAAACTCTGATCATCTCAAAGAACCCGCCC
TGCGTCTCCGGCAGATCCTGACACGTCAGCAGCTTCAGCAAGTACCCGAAATCGTACCCG
CTGTGAAACGTAACCCAGTGAACGTTCCCGTTCAATACAATCCCCGAAGACATCAGAAGC
TCCGCGA

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1FV78JQ 427 0 0
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TACAAAACACCAGAGTACTTCTCCATCGAACCAATGAAGAAATTCTCCTGCAGCTTCCTG
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ACCTCAAGCAGCTCCGCCAACTTGTTCAGACCCCCGTGGAGACTATTACAAAACTTCATC
AAGTGCTTAATATCGTAAACCCTCGGGAAATAAACTCTGATCATCTCAAAGAACCCGCCC
TGCGTCTCCGGCAGATCCTGACACGTCAGCAGCTTCAGCAAGTACCCGAAATCGTACCCG
CTGTGAAACGTAACCCAGTGAACGTTCCCGTTCAATACAATCCCCGAAGACATCAGAAGC
TCCGCGA

QA 1 427 1 427
DS 



AS 1 3

CO CL3705Contig1 242 3 4 U
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TCTCTATCGTGTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTCTTTCAAGAATTTTATGTTTGATAATCTC
TTTGGGCAATGGGAGGTTAGTTTTCGTGTGTGAGACCTTTAATCACTTGTTTTAATGTAC
AATAAATGGGTATGTTTGGGTTTTGTTGATTTAATTTTAAGAAGAAGAAAACTGTAAAAC
GG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1E375TF U 1
AF RR1EW67JQ C 96
AF RR1EW67TF U 96
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TCTCTATCGTGTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTCTTTCAAGAATTTTATGTTTGATAATCTC
TTTGGGCAATGGGAGGTTAGTTTTCGTGTGTGAGACCTTTAATCACTTGTTTTAACGTAC
AATAAATGGGTATGTTTGGGTTT

QA 1 203 1 203
DS 

RD RR1EW67JQ 147 0 0
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TAATCACTTGTTTTAATGTACAATAAATGGGTATGTTTGGGTTTTGTTGATTTAATTTTA
AGAAGAAGAAAACTGTAAAACGG

QA 5 147 5 147
DS 

RD RR1EW67TF 147 0 0
CAAT
AATTTTATGTTTGATAATCTCTTTGGGCAATGGGAGGTTAGTTTTCGTGTGTGAGACCTT
TAATCACTTGTTTTAATGTACAATAAATGGGTATGTTTGGGTTTTGTTGATTTAATTTTA
AGAAGAAGAAAACTGTAAAACGG

QA 5 147 5 147
DS 



AS 1 3

CO CL3706Contig1 1074 3 2 U
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AATCTCTCCTCAGGAGCAACGGAGCATGATATCAGAGAGTTCTTCTCTTTCTCTGGTGAA
GTTGAAACCATTGACATCCAATTTAACGAGCATAGTGCTTATGTCACATTCAAAGATCCT
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ATCGAGATGGCTCCTAACTACACTCCACCTGCTGCCCCTCACACTGAAACACAGAGCGGT
GGTGTCGGAGGAGCTGCGGAATCCGTTGTTCAGAAGGCAGAAGATGTAGTGAGCAGCATG
TTAGCAAAGGGTTTCATCCTCGGGAAAGACGCGGTCGGCAAAGCAAAAGCTTTCGACGAA
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CTAAGCCAAAAATTCACAGCTGGTACGAGCTTGGTGAACGACAAGATCAAAGAGGTGGAC
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CCGGAAGGGTATGCTCAGATTCATTAGTCTGAATACTCCAAGAACTAAAAATCTCATTAC
ACTGAGAAGGTTTCGTTTTTGTATACTTTATGGTTGGTTTCTTTGATATGAAAAAACGTA
AACTTGGTTTTATGTCTTTTGGATGTAACATAAAATGTATGTTTGGATCTTCCC


BQ
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AF RR1H103TF U 3
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AF RR1BC18JQ C 242
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CAAAGAAAA

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GTGTCGGAGGAGCTGCGGAATCCGTTGTTCAGAAGGCAGAAGATGTAGTGAGCAGCATGT
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AACTCGGTTTCACTTCAACCTCAACCGCAGGAGTCGCTTCCATAGACCAAAAAATCGGCC
TAAGCCAAAAATTCACAGCTGGTACGAGCTTGGTGAACGACAAGATCAAAGAGGTGGACC
AGAGCTTCCAGGTCACGGAGAGGACCAAGTCTGCATTTGCCTCTGCGGAACAGACTGTGA
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CTGAGAAGGTTTCGTTTTTGTATACTTTATGGTTGGTTTCTTTGATATGAAAAAACGTAA
ACTTGGTTTTATGTCTTTTGGATGTAACATAAAATGTATGTTTGGATCTTCCC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 3

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GTAGCGAGCTCATCACGAAGTAGCGAAAGGATGCAAGCTTGTTGTGGAGGTACTTCAATG
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CTGAGAAAAAGCTTAGTCTTTGAGAGGAGAGCCTCTTCAGTCTCAGTACCTGATGTGGAG
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AATGTTCAGCCCTTGTCAGGTTCACCTGCAAACTTTGCTGTCTACACCGCCATTCTTAAG
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TCGTTTGAATCTAGTGGATATTCTCCTTTGGTTACACTTATGGGAGGTTTGTACTTTCAC
TATATGAGATTCCATTTCTCAAGAGAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C847TF U 1
AF RR1CC09TF U 480
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G
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AATGTTCAGCCCTTGTCAGGTTCACCTGCAAACTTTGCTGTCTACACCGCCATTCTTAAG
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DS 



AS 1 3

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA55JQ U 1
AF RR1FA55TF C 1
AF RR1C350JQ U 1
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QA 1 580 1 580
DS 

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QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO60TF C 1
AF RR1A917JQ U 203
BS 1 202 RR1FO60TF
BS 203 474 RR1A917JQ

RD RR1FO60TF 426 0 0
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GGTGG
C

QA 1 425 1 425
DS 

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GAGGGGGAGGAGACTGGTAAACTGGAGGAGGA

QA 1 272 1 272
DS 



AS 1 3

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CAACGGCAGTGCTTCTGGAAAGAGAGGTGGCTGAGCTCGCAGGAAAAGAAGCGGCCATGT
TTGTTCCGTCAGGGACAATGGGGAATCTGATAAGCGTTTTAGTCCATTGTGATGAGAGAG
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CTAGCCTCGGTGGAGTGCACCCAAGAACAGTGAAGAATGAAGAGGATAGGACGATGGAGA
TTAGTTCTATTGAAGCTGCTATGAGGAGTCCCAAAGGAGATCTCCATTATCCGGTTACTA
AGCTTATATGTCTTGAGAACACTCAAGCAAATTGTGGAGGTAAATGCTTGCCTATAGAAT
ATATAGACAAGGTTGGAGAGTTAGCCAAGAAACATGGATTGAAGCTTCACATTGATGGAG
CTCGTATCTTCAACGCTTCTGTTGCACTCGGAGTACCAGTGGAGAGGATTGTTCAAGCCG
CTGACTCTGTATCGATTTGTTTGTCGAAAGGCATAGGTGCACCGGTCGGTTCGGTAATCG
TGGGAAGCAAAAGTTTCATCACCAAAGCAAGGTGGTTAAAGAAAACCTTGGGTGGAGGAA
TGAGACAGATAGGTGTGCTCTGTGCCGCCGCATTGGTGGCTCTCCGTGATAACGTCGCTA
AGCTCGACGATGACCACAAGAAAGCCAAGATCTTGGCAGAAGGACTGAACCGGATTGAAC
GGTTAAGAGTGAACGTCGCGGCAGTGGAAACCAACATCATATACGTAGATCTACCAAAAG
ATCCCAAGTTTGGAGCTGAAGACGCATGTAAGAGTTTGGAAGTTCTAGGTGTGCTTGTCA
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TGGAATATGCGCTCTCTTGTTTTGAGAAACTGTTAAGCTCGGTGCCAGAAGAGAAGGTTT
GATTTGAAGTTATTCACGTGTTGGACTATGTCATAGTACTTGAATCTATTTTCTTGCTTT
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TTGACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1H914TF U 1
AF RR1AJ14TF U 104
AF RR1AJ14JQ C 580
BS 1 218 RR1H914TF
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AGTCAATGCGTTCAGCTATGGCGAACGCGGAAGTAGACTACGACGTTTTGGGGAGCGATC
CAACGGCAGTGCTTTTGGAAAGAGAGGTGGCTGAGCTCGCAGGAAAAGAAGCGGCCATGT
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CTAGCCTCGGTGGAGTGCACCCAAGAACAGTGAAGAATGAAGAGGATAGGACGATGGAGA
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AGCTTATATGTCTTGAGAACACTCAAGCAAATTGTGGAGGTAAATGCTTGCCTATAGAAT
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CTCGTATCTTCAACGCTTCTGTTGCACTCGGAGTAC
AGTGA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1AJ14TF 793 0 0
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GCATCAAGATGGTAACGCCAGTTATAAGAACCGTTGATCTCCGGTCCGACACGGTGACCA
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GGAGCGATCCAACGGCAGT*CTTCTGGAAAGAGAGGTGGCTGAGCTCGCAGGAAAAGAAG
CGGCCATGTTTGTTCCGTCATGGACAATGGGGAATCTGATAAGCGTTTTAGTCCATTGTG
ATGAGAGAGGGAGCGAAGTGATTCTTGGAGATGATTCTCACATTCATATTTATGAAAACG
GTGG*GTTTCTAGCCTCGGTGGAGTGCACCCAAGAACAGTGAAGAATGAAGAGGATAGGA
CGATGGAGATTAGTTCTATTGAAGCTGCTATGAGGAGTCCCAAAGGAGATCTCCATTATC
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CGGTAATCGTGGGAAGCAAAAGTTTCATCACCAAAGCAAGGTGGTTAAAGAAAACCTTGG
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ACGTC

QA 9 793 9 793
DS 

RD RR1AJ14JQ 807 0 0
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TGGAGAGGATTGTTCAAGCCGCTGACTCTGTATCGATTTGTTTGTCGAAAGGCATAGGTG
CACCGGTCGGTTCGGTAATCGTGGGAAGCAAAAGTTTCATCACCAAAGCAAGGTGGTTAA
GGAAAACCTTGGGTGGAGGAATGAGACAGATAGGTGTGCTCTGTGCCGCCGCATTGGTGG
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TATACGTAGATCTACCAAAAGATCCCAAGTTTGGAGCTGAAGACGCATGTAAGAGTTTGG
AAGTTCTAGGTGTGCTTGTCATACCTCAAACTACATTCAGAATCAGGATTGTTTTGCACC
ACCAAATCTCAGATAGCGACTTGGAATATGCGCTCTCTTGTTTTGAGAAACTGTTAAGCT
CGGTGCCAGAAGAGAAGGTTTGATTTGAAGTTATTCACGTGTTGGACTATGTCATAGTAC
TTGAATCTATTTTCTTGCTTTACAAATTGAAATAGTTTGGTCAAGCAATAGACAACTATC
TTTGTTATAATCCAAGTTATTGAACAATTTGTGAAGTAAATTACTTTTACCTCGTTCTCT
AATAAATTCGAAATGTTAAGATTGACG

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

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CAATTATTTCTATATATCGTCAGTGGGCATGATCTTCAACAGCTTGACCAGATCATATGA
CTTGAAATCTCTTCCAAAGCACAGAGCCATGTCCAATGCTATTTTTCCATCCTTTGTTCT
TCTTGTCTTATCAGCACCATTGGTCAACAAGATCTTTGTAATGTCTCGATTCCTGCTTTG
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CTTAACAAGTAGCTTTACAGTCTGCAAGGCTCCAACTTGAACTGCATAGTGAAGCGCAGA
TGCACCGTCCCTATCTTGAACGTGAGGATTTGCTCCTTTCCTCAAAAGATGGCTAATCAC
TGCTTCTTTTTTACCAATAACTGCCTTGTGAAGAGCGGTTTGCCCCTCCTTGTCAACATC
ATCAATGTCTAGTCCATTGTCCATCAGGTTGTCCATTAATTGAATCTGCATTGACAGAGC
AAGAGTCTGAAGCGGTTTCCACTTAGTCGATATCATTTGAAGGTTTGGTTTATCGTTATG
CTGAAGAATCGCTCTTTCTTCAGGTTAAAGAAGTTGCTCAACCTCTCTCGCAAGCTGTTC
CTCGTAGTTGTTGTCTGTAGTAAGCTTCTTCTGGGCTCTAGAGTCTCCTTCTTCCCAATC
ACTCTCGAAATCTAAATCATTCCCGATACCTTCTTCTTCATCTTCTCCTTCGTCCTCACT
GTCGCTACCATCGTCTGGGTCTTCCCAGAACTCACGTTTGGATTGCACGGAAGGTGTTCG
ACGCTTTGTCTCTGAGAAACAACGACTCTTCACCGCCGATTGTCTCTTGC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB73JQ U 1
AF RR1GD22TF C 306
BS 1 414 RR1HB73JQ
BS 415 415 RR1GD22TF
BS 416 504 RR1HB73JQ
BS 505 505 RR1GD22TF
BS 506 507 RR1HB73JQ
BS 508 508 RR1GD22TF
BS 509 558 RR1HB73JQ
BS 559 559 RR1GD22TF
BS 560 624 RR1HB73JQ
BS 625 625 RR1GD22TF
BS 626 653 RR1HB73JQ
BS 654 1010 RR1GD22TF

RD RR1HB73JQ 653 0 0
CGGGGAAAATGTATTTATTTCTGATTTTCTTCAATGGTTTTTGATTATACAACAAAAAAA
ATCTAGTTTAATACAAACTAAACCAGGTTTCTTATACCACTTTAAGCGGATTAAATTACA
AACAAACCAGGCAATTGCAACCTCGGTTTACTACTGTCAAACTGATCTTCAAAAACTCAC
CAATTATTTCTATATATCGTCAGTGGGCATGATCTTCAACAGCTTGACCAGATCATATGA
CTTGAAATCTCTTCCAAAGCACAGAGCCATGTCCAATGCTATTTTTCCATCCTTTGTTCT
TCTTGTCTTATCAGCACCATTGGTCAACAAGATCTTTGTAATGTCTCGATTCCTGCTTTG
CACAGCGATATGTAAAGGAGTCCATCCTTCATTATCTGTAACATTGACGTCTACGTTGTA
CTTAACAAGTAGCTTTACAGTCTGCAAGGCTCCAACTTGAACTGCATAGTGAAGCGCAGA
TGCACCGTCCCTATCTTGAACGTGTGGGTTTGCTCCTTTCCTCAAAAGATGGCTAATCAC
TGCTTCTTTTTTACCAATGACTGCCTTGTGAAGAGCGGTTTGCCCCTCCTTGTCAACATC
ATCAATGTCTAGTCCATTGTCCATGAGGTTGTCCATTAATTGAATCTGCATTG

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1GD22TF 705 0 0
GTC
TATCAGCACCATTGGTCAACAAGATCTTTGTAATGTCTCGATTCCTGCTTTGTACAGCGA
TATGTAAAGGAGTCCATCTTTCATTATCTGTAACATTGACGTCTACATTGTACTTAACAA
GTAGCTTTACAGTCTGCAAGGCTCCAACTTGAACTGCATAGTGAAGCGCAGATGCACCGT
CCCTATCTTGAACGTGAGGATTTGCTCCTTTTCTCAAAAGATGGCTAATCACTGCTTCTT
TTTTACCAATAACTGCCTTGTGAAGAGCGGTTTGGCCGTCCTTGTCAACATCATCAATGT
CTAGTCCATTGTCCATCAGGTTGTCCATTAATTGAATCTGCATTGACAGAGCAAGAGTCT
GAAGCGGTTTCCACTTAGTCGATATCATTTGAAGGTTTGGTTTATCGTTATGCTGAAGAA
TCGCTCTTTCTTCAGGTTAAAGAAGTTGCTCAACCTCTCTCGCAAGCTGTTCCTCGTAGT
TGTTGTCTGTAGTAAGCTTCTTCTGGGCTCTAGAGTCTCCTTCTTCCCAATCACTCTCGA
AATCTAAATCATTCCCGATACCTTCTTCTTCATCTTCTCCTTCGTCCTCACTGTCGCTAC
CATCGTCTGGGTCTTCCCAGAACTCACGTTTGGATTGCACGGAAGGTGTTCGACGCTTTG
TCTCTGAGAAACAACGACTCTTCACCGCCGATTGTCTCTTGC

QA 4 705 4 705
DS 



AS 1 3

CO CL3712Contig1 976 3 2 U
GACGCTATTTTAATTACTTCTGGTTTGCCCTTTTCCTCTCCCCCACACAACAACACCAAA
GTTTTCAGGATCCAAGAACTGAAGAGGCGAGAAGAACCCAGATTCACACGATCATCCCTG
AGCGAAAGCAAAGACTAATAAGAGTTTAGAGAAGGTGTTTGTATGGGGTGCGCTCCGTCG
AAGAAGAAGACCAATGCAATACGACCGCCAGGATACGAGGATCCTGACCTTCTTGCCTCC
GTTACGCCATTTACGGTGGAAGAAGTGGAAGCCCTGTATGAACTCTTCAAGAAGCTAAGC
AGCTCGATTATTGACGATGGTCTTATCCATAAGGAAGAGTTTCAGCTGGCGTTATTCAGG
AATAGGAACCGGAAGAACCTTTTCGCTGATCGGATATTTGATGTATTTGATGTGAAGCGA
AATGGAGTTATCGAGTTTGGAGAATTTGTCAGGTCTTTAGGCGTCTTCCATCCAAGTGCA
CCTGTCCACGAGAAAATAAAATTTGCTTTCAAATTGTATGATTTACGGCAAACTGGATTC
ATCGAGCGAGAAGAATTAAAAGAGATGGTAATCGCGCTTCTTCACGAATCTGAGCTTGTT
CTTTCCGAAGATCTGATAGAAGTAATGGTGGATAAGGCGTTTATTGAAGCAGATCGCAAG
AAGGACGGGAAAATTGATATAGATGAATGGAAAGATTTTGTGTCCAAGAATCCATCGCTC
ATCAAGAACATGACTTTACCGTATCTAAAGGACATACACGGGACGTTTCCAAGTTTCATT
TCATCTTGTGAGGACGAAGAAATGGAGTTGCAGAACCTATACTTCTAAGTGATCCATGCA
GATTGCTGAGAATAGACAAAATCCCCAAATTCTTGCCTTTCTCCTTCTCTGCCTTTTGTT
TCTAAGTACTCTTTCTTGTATAGAAATAGTGAAGAGAACGACAGAGATGTATGCTAGGAT
TTTGAGAAATGGCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO65TF U 43
AF RR1E522TF U 1
AF RR1EO65JQ C 331
BS 1 692 RR1E522TF
BS 693 976 RR1EO65JQ

RD RR1EO65TF 590 0 0
GG
ACACAACAACACCAAAGTTTTCAGGATCCAAGAACTGAAGAGGCGAGAAGAACCCAGATT
CACACGATCATTCCTGAGCGAAAGCAAAGACTAATAAGAGTTTAGAGAAGGTGTTTGTAT
GGGGTGCGCTCCGTCGAAGAAGAAGACCAATGCAATACGACCGCCAGGATGCGAGGATCC
TGACCTTCTTGCCTCCGTTACGCCATTTACGGTGGAAGAAGTGGAAGCCCTGTATGAACT
CTTCAAGAAGCTAAGCAGCTCGATTATTGACGATGGTCTTATCCATAAGGAAGAGTTTCA
GCTGGCGTTATTCAGGAATAGGAACCGGAAGAACCTTTTCGCTGATCGGATATTTGATGT
ATTTGATGTGAAGCGAAATGGAGTTATCGAGTTTGGAGAATTTGTCAGGTCTTTAGGCGT
CTTCCATCCAAGTGCACCTGTCCACGAGAAAATAAAATTTGCTTTCAAATTGTATGATTT
ACGGCAAACTGGATTCATCGAGCGAGAAGAATTAAAAGAGATGGTAATCGCGCTTCTTCA
CGAATCTGAGCTTGTTCTTTCCGAAGATCTGATAGAAGTAATGGTGGA

QA 3 590 3 590
DS 

RD RR1E522TF 695 0 0
GACGCTATTTTAATTACTTCTGGTTTGCCCTTTTCCTCTCCCCCACACAACAACACCAAA
GTTTTCAGGATCCAAGAACTGAAGAGGCGAGAAGAACCCAGATTCACACGATCATCCCTG
AGCGAAAGCAAAGACTAATAAGAGTTTAGAGAAGGTGTTTGTATGGGGTGCGCTCCGTCG
AAGAAGAAGACCAATGCAATACGACCGCCAGGATACGAGGATCCTGACCTTCTTGCCTCC
GTTACGCCATTTACGGTGGAAGAAGTGGAAGCCCTGTATGAACTCTTCAAGAAGCTAAGC
AGCTCGATTATTGACGATGGTCTTATCCATAAGGAAGAGTTTCAGCTGGCGTTATTCAGG
AATAGGAACCGGAAGAACCTTTTCGCTGATCGGATATTTGATGTATTTGATGTGAAGCGA
AATGGAGTTATCGAGTTTGGAGAATTTGTCAGGTCTTTAGGCGTCTTCCATCCAAGTGCA
CCTGTCCACGAGAAAATAAAATTTGCTTTCAAATTGTATGATTTACGGCAAACTGGATTC
ATCGAGCGAGAAGAATTAAAAGAGATGGTAATCGCGCTTCTTCACGAATCTGAGCTTGTT
CTTTCCGAAGATCTGATAGAAGTAATGGTGGATAAGGCGTTTATTGAAGCAGATCGCAAG
AAGGACGGGAAAATTGATATAGATGAATGGAA
GAT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1EO65JQ 646 0 0
AAGGAAGAGTTTCAGCTGGCGTTATTCAGGAATAGGAACCGGAAGAACCTTTTCGCTGAT
CGGATATTTGATGTATTTGATGTGAAGCGAAATGGAGTTATCGAGTTTGGAGAATTTGTC
AGGTCTTTAGGCGTCTTCCATCCAAGTGCACCTGTCCACGAGAAAATAAAATTTGCTTTC
AAATTGTATGATTTACGGCAAACTGGATTCATCGAGCGAGAAGAATTAAAAGAGATGGTA
ATCGCGCTTCTTCACGAATCTGAGCTTGTTCTTTCCGAAGATCTGATAGAAGTAATGGTG
GATAAGGCGTTTATTGAAGCAGATCGCAAGAAGGACGGGAAAATTGATATAGATGAATGG
AAAGATTTTGTGTCCAAGAATCCATCGCTCATCAAGAACATGACTTTACCGTATCTAAAG
GACATACACGGGACGTTTCCAAGTTTCATTTCATCTTGTGAGGACGAAGAAATGGAGTTG
CAGAACCTATACTTCTAAGTGATCCATGCAGATTGCTGAGAATAGACAAAATCCCCAAAT
TCTTGCCTTTCTCCTTCTCTGCCTTTTGTTTCTAAGTACTCTTTCTTGTATAGAAATAGT
GAAGAGAACGACAGAGATGTATGCTAGGATTTTGAGAAATGGCTGC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 3

CO CL3713Contig1 739 3 2 U
TTTGCCTCTTATTAGCATTAAGATGAGAAGAGCGTTGAAAGATTACAACTGCTAAGTCCT
TTTTCAACAAAACTAGATCCTTGATTGCATTTGCACTTAACAAAATCTGATTGTGTTTTA
CCAGATGAAACAAAAAGGAAAGGAGTTGAAAGCTGTCCTAGTTTGCGCGTTCCTCTTCCA
CCGCAGCAAAATCGAGGCCGGTGATCTTCATTGGTCCAATGTTAATAACAGCATCAAGTC
CAGCTAACTTGGGCATAAACTGTTTTATATGGTCCTCTGCTGCTTGATCGGCCTTTAATG
TCTCACACTCGAAGGAAACAGATACTTTCTTCTTTCCGTGCTTCTCTTCGACTAATCCTA
TCACATCTTCCTCCCAACCATGAGCATGCTCAACATCATTAATCCGAGCAGCATCGTGGC
CTTTGCATTCCACCACAACTGTTTGTTCCTTCTTCCTATTGAAGTCTATGATGGTGAGAT
TCATCAACCGATAATCCTCACCGCGGCTGCACTCAGTCTCACAAGCCAGTTCAGTGCCAT
GGAGGCCATAACAGATGGAGAGAGGCATCTGGATGAAATGGCCGGAGATAGAACCACATG
GCAGTAAAGCTATTGAAGCTACTCCTTCCTTCACTTCTCCTTCTTCTTCCTCTCCTTCTC
TTTCCTCATCCATTGTTGATAGAGAAACCGATGTCTCTCTCTCTGCTTCTACCAAACCCA
ATGTTCAAAATCTTCTCCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1BE66TF C 1
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QA 1 736 1 736
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AS 1 3

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B373TF U 5
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AS 1 3

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BQ
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BQ
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BQ
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AF RR1GE72TF U 1
AF RR1F022TF U 20
AF RR1F022JQ C 123
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BS 372 577 RR1GE72TF
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BS 589 688 RR1F022TF
BS 689 838 RR1F022JQ

RD RR1GE72TF 577 0 0
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TTTCAACTGTCACTATCTACTGTAATCGAAAATTTCGGAATCTGAAGAAAATGAATTTCT
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CTGCTTACGGTGGCAGTGGCATTTCCGATTGTTCTTCAAGTGGGTTGAGTTTGGTCTTTA
AGCGTTGGGCTACTAAGAAAACCGCTGGTTCCACCAAGAACGGTCGTGACTCCAAACCCA
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GTCAACGCGGGACTAGGTTTCATCCGGGAGACTATGTCGGGATCGGGAAGGACCATACGC
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CCGCCAAGTCGACTGAGCTAGAGACAGCTTCTTCGTC

QA 1 577 1 577
DS 

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AGGG
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AATCGAAAATTTCGGAATCTGAAGAAAATGAATTTCTTCAACTCAGCAGCGTCCTTATGC
AGAAGAGTTAGTCTGAGGGAACTCATCACCGAGGTTCCTGCTTACGGTGGCAGTGGCATT
TCCGATTGTTCTTCAAGTGGGTTGAGTTTGGTCTTTAAGCGTTGGGCTACTAAGAAAACC
GCTGGTTCCACCAAGAACGGTCGTGACTCCAAACCCAAGAATCTCGGC*TCAAGAAGTTC
GGAGGAGAGAATGTGATACCTGGAAACATAATAGTGCGTCAACGCGGAACTAGGTTTCAT
CCGGGAGACTATGTCGGGATCGGGAAGGACCATACGCTGTTTGCATTGAAAGAAGGACGA
GTCAGGTTCGAGAAAAACAAGATAACTGGACGTAAATGGATTCATGTTGATCCTAAGGGA
GGTCATGTTCTTCACCCTATCTACACTAGAGCTGCAGCCGCCAAGTCGACTGAGCTAGAG
ACAGCTTCTTCGTCGTGAAAAAAA*CAAAGCTAAAAGTGTCTTCTTTTGTTAGATCATAC
GATCACTTTTGACTACAAAGCTGGTTGTGTCTTAGAACAGCAACACTAAGTTGAATAACA
TATGC

QA 5 669 5 669
DS 

RD RR1F022JQ 716 0 0
AACTCAGCAGCGTCCTTATGCAGAAGAGTTAGTCTGAGGGAACTCATCACCGAGGTTCCT
GCTTACGGTGGCAGTGGCATTTCCGATTGTTCTTCAAGTGGGTTGAGTTTGGTCTTTAAG
CGTTGGGCTACTAAGAAAACCGCTGGTTCCACCAAGAACGGTCGTGACTCCAAACCCAAG
AATCTCGGC*TCAAGAAGTTCGGAGGAGAGAATGTGATACCTGGAAACATAATAGTGCGT
CAACGCGGAACTAGGTTTCATCCGGGAGACTATGTCGGGATCGGGAAGGACCATACGCTG
TTTGCATTGAAAGAAGGACGAGTCAGGTTCGAGAAAAACAAGATAACTGGACGTAAATGG
ATTCATGTTGATCCTAAGGGAGGTCATGTTCTTCACCCTATCTACACTAGAGCTGCAGCC
GCCAAGTCGACTGAGCTAGAGACAGCTTCTTCGTCGTGAAAAAAAACAAAGCTAAAAGTG
TCTTCTTTTGTTAGATCATACGATCACTTTTGACTACAAAGCTGGTTGTGTCTTAGAACA
GCAACACTAAGTTGAATAACATATGCTGTTTTGTTTTTGTCTTTGTCTGGAGACTCCGGA
TACTGATCATTCAAAGCAAAATAAGTTCTCCAGAAGATTGTCAGCTTTTTTTTTTCTCTC
TTGTTTTTATTTAATGTCTCAAACTTCTAAAAAATCTTGCAATTAGATGTTTTTAT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 3

CO CL3718Contig1 1061 3 6 U
GGAATCACTAACTGCCTCTCTTCTTCCTTTTCAAAAATGTCGCCGTCGTTTTGCTCCGTC
GCTCTCTTCCTCGTTATCTCCGCCGTTCCCATAGCTTACCTCATTTGCCTAGAGCGAGCC
GCTCCCTCGACGCACATCTTCTCATACCACAGCTCAGGCTTCTTCCGCGAGTGTGCTAAA
TGGGACGGCATAGGTCGGAGATTCCTCGTCTCCTTCATGGACGGAGGCGGAATCGGAGAG
CTTGTTCCTCCTAGAGACGGTAACAGCGACGTTCTCCAAGAAGTCACTGTAGTCAAAGAC
CTTGACCTCGCCGGAAACGCTTCTCTGGGAATCGCTATCGACCGAGACAGGAACCGTCTC
CTCGTCGCTGTCGCCGATTTGCTTGGAAACCGCTACAGCGCTTTAGCTGCCTATGATATG
TCAACGTGGCGTCGTGTCTTCCTCGCTGAGCTCAGCGGCCAGAGTAAGGAGAAATCATTT
GCGGACGATGTAGCTATTGATGCACGTGGCAATGCTTATGTTACGGATGCAAAAGGCAGT
AAAATATGGAAAGTTGATGTCAATGGAGAGCTTGTGTCGACCATTGAGAGCCCTCTCTTC
ACTCCACCTGGATGGTTCAATAACCTCGTCGCTCTTAACGGCATTGTTTATCACCCTGAC
GGTTTCCTCATCGTCATCCACACTTTCTCCGGTCTCTTATACAAAATCGACCTGACTACC
CATGGGGATGATAGTAGTAACAAGGTCAGTGTCATTGAAGTTGGTGGTGACACTTTGAGG
TTTGGTGATGGGCTTGAGTTGTTGTCTCCTACCAAGATTGTTGTCGCAGGTAGCCCTTCA
GCGAAGTTGGTGGAGAGCTCAGACGGGTGGAGGACGGCTTCAGTGACAGGATGGTTCAAC
ACCGGTATGGTTCATCGGTTAGTCTCGTCAGCTACTGTGAAGGAAGGAAGAGTTTATCTA
AACCACATTGTTGGGTTTGGCTCTAAGAAGAGACACATACTTGTTGAAGCTGTGTTTTAG
ACTCTTTTTTAGTGTATAATAAGTCTCTTCCAGTATGCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1C435TF U 1
AF RR1CY48TF U 33
AF RR1CY48JQ C 309
BS 1 362 RR1C435TF
BS 363 363 RR1CY48TF
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RD RR1C435TF 738 0 0
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GCTCTCTTCCTCGTTATCTCCGCCGTTCCCATAGCTTACCTCATTTGCCTAGAGCGAGCC
GCTCCCTCGACGCACATCTTCTCATACCACAGCTCAGGCTTCTTCCGCGAGTGTGCTAAA
TGGGACGGCATAGGTCGGAGATTCCTCGTCTCCTTCATGGACGGAGGCGGAATCGGAGAG
CTTGTTCCTCCTAGAGACGGTAACAGCGACGTTCTCCAAGAAGTCACTGTAGTCAAAGAC
CTTGACCTCGCCGGAAACGCTTCTCTGGGAATCGCTATCGACCGAGACAGGAACCGTCTC
CTTGTCGCTGTCGCCGATTTGCTTGGAAACCGCTACAGCGCTTTAGCTGCCTATGATATG
TCAACGTGGCGTCGTGTCTTCCTCGCTGAGCTCAGCGGCCAGAGTAAGGAGAAATCATTT
GCGGACGATGTAGCTATTGATGCACGTGGCAATGCTTATGTTACGGATGCAAAAGGCAGT
AAAATATGGAAAGTTGATGTCAATGGAGAGCTTGTGTCGACCATTGAGAGCCCTCTCTTC
ACTCCACCTGGATGGTTCAATAACCTCGTCGCTCTTAACGGCATTGTTTATCACCCTGAC
GGTTTCCTCATCGTCATCCACACTTTCTCCGGTCTCTTATACAAAATCGACCTGACTACC
CATGGGAATGATAGTAGT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1CY48TF 707 0 0
AAAAATGTCGCCGTCGTTTTGCTCCGTCGCTCTCTTCCTCGTTATCTCCGCCGTTCCCAT
AGCTTACCTCATTTGCCTAGAGCGAGCCGTTCCCTCGACGCACGTCTTCTCATACCACAG
CTCAGGCTTCTTCCGCGAGTGTGCTAAATGGGACGGCATAGGTCGGAGATTCCTCGTCTC
CTTCATGGACGGAGGCGGAATCGGAGAGCTTGTTCCTCCTAGAGACGGTAACAGCGACGT
TCTCCAAGAAGTCACTGTAGTCAAAGACCTTGACCTCGCCGGAAACGCTTCTCTGGGAAT
CGCTATCGACCGAGACAGGAACCGTCTCCTCGTCGCTGTCGCCGATTTGCTTGGAAACCG
CTACAGCGCTTTAGCTGCCTATGATATGTCAACGTGGCGTCGTGTCTTCCTCGCTGAGCT
CAGCGGCCAGAGTAAGGAGAAATCATTTGCGGACGATGTAGCTATTGATGCACGTGGCAA
TGCTTATGTTACGGATGCAAAAGGCAGTAAAATATGGAAAGTTGATGTCAATGGAGAGCT
TGTGTCGACCATTGAGAGCCCTCTCTTCACTCCACCTGGATGGTTCAATAACCTCGTCGC
TCTTAACGGCATTGTTTATCACCCTGACG*TTTCCTCATCGTCATCCACACTTTCTCCGG
TCTCTTATACAAA*TCGACCTGACTACCCATGGGGATGATAGTAGT
A

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1CY48JQ 753 0 0
CGCG
GGAAACGCTTTTCTGGGAATCGCTATCGACCGAGACAGGAACCGTCTCCTCGTCGCTGTC
GCCGATTTGCTTGGAAACCGCTACAGCGCTTTAGCTGCCTATGATATGTCAACGTGGCGT
CGTGTCTTCCTCGCTGAGCTCAGCGGCCAGAGTAAGGAGAAATCATTTGCGGACGATGTA
GCTATTGATGCACGTGGCAATGCTTATGTTACGGATGCAAAAGGCAGTAAAATATGGAAA
GTTGATGTCAATGGAGAGCTTGTGTCGACCATTGAGAGCCCTCTCTTCACTCCACCTGGA
TGGTTCAATAACCTCGTCGCTCTTAACGGCATTGTTTATCACCCTGACGGTTTCCTCATC
GTCATCCACACTTTCTCCGGTCTCTTATACAAAATCGACCTGACTACCCATGGGGATGAT
AGTAGTAACAAGGTCAGTGTCATTGAAGTTGGTGGTGACACTTTGAGGTTTGGTGATGGG
CTTGAGTTGTTGTCTCCTACCAAGATTGTTGTCGCAGGTAGCCCTTCAGCGAAGTTGGTG
GAGAGCTCAGACGGGTGGAGGACGGCTTCAGTGACAGGATGGTTCAACACCGGTATGGTT
CATCGGTTAGTCTCGTCAGCTACTGTGAAGGAAGGAAGAGTTTATCTAAACCACATTGTT
GGGTTTGGCTCTAAGAAGAGACACATACTTGTTGAAGCTGTGTTTTAGACTCTTTTTTAG
TGTATAATAAGTCTCTTCCAGTATGCTTT

QA 5 753 5 753
DS 



AS 1 3

CO CL3719Contig1 740 3 1 U
GGACTTTTCGCCGAAGAAGAAGAGAGATTCCCTCTCTACCTACGTCGATAAATCTACGAG
GGAGCTTGACCTTGAGAACAAGAGAAAGATATGGGTTTCTTCTCGTTTCTTGGAAAAGTT
CTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCATGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGAT
GGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCT
TCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTAGCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTT
GCGTTGAAAGGAGTTGGAGGCTTACTCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTT
CTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGTCAGTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCT
GAGGAGCGTCATTTCTCTCCATTGTTGACCGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGA
GCATTACTCTTCTTTATTGGAATGAAGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGG
ACTCCTAAGCCGAAAGCTGCTTAGTATCTTCTGGATTGCCACACTTAATACCTTTCAGTT
TTGTTTTTGTTTTGTTCGGACAAATTCGTTTCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGT
ATTATTCTTAGATTGGCTCATGATATCATATTATTATCTTTTCCTTCATTTGATATTGGG
AATTCTTGGACTAAAAAAAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D259TF U 81
AF RR1EG80TF U 1
AF RR1EG80JQ C 75
BS 1 740 RR1EG80TF

RD RR1D259TF 635 0 0
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ATGGGTTTCTTCTCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCA
TGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCA
AAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTAGCGTA
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GAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATTGGAATGAAGAAC
TCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCTTAGTATCTT
CTGGATTGCCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTCGGACAAATTCGTT
TCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGCTCATGATATCATA
TTATTATCTTTTCCTTCATTTGA
AA

QA 11 633 11 633
DS 

RD RR1EG80TF 740 0 0
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GGAGCTTGACCTTGAGAACAAGAGAAAGATATGGGTTTCTTCTCGTTTCTTGGAAAAGTT
CTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCATGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGAT
GGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCT
TCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTAGCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTT
GCGTTGAAAGGAGTTGGAGGCTTACTCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTT
CTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGTCAGTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCT
GAGGAGCGTCATTTCTCTCCATTGTTGACCGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGA
GCATTACTCTTCTTTATTGGAATGAAGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGG
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TTGTTTTTGTTTTGTTCGGACAAATTCGTTTCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGT
ATTATTCTTAGATTGGCTCATGATATCATATTATTATCTTTTCCTTCATTTGATATTGGG
AATTCTTGGACTAAAAAAAA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1EG80JQ 658 0 0
AGAACAAGAGAAAGAT
ATGGGTTTCTTCTCGTTTCTTGGAAAAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCA
TGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCA
AAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTAGCGTA
GAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGGAGGCTTACTCTTT
GTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGTCAGTCCT
ATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTCTCCATTGTTGACC
GAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATTGGAATGAAGAAC
TCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCTTAGTATCTT
CTGGATTGCCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTCGGACAAATTCGTT
TCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGCTCATGATATCATA
TTATTATCTTTTCCTTCATTTGATATTGGGAATTCTTGGACT

QA 17 658 17 658
DS 



AS 1 2

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TATGGGCAAGAAGTGAAAGTGGGGATGGAGGAAAAAGAAGAGGTTGATGAATCACATGTT
TATAAAATTAGTCCTATCTTGGTGGGGCACTTGTATGGAGATTGGATCATGCCCTTGACA
AAAGAAGTTCAAGTGGAGTACTTGCTCAGAAGACTAGACTGATAAAAAAAAACAAAATGG
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TTAAATAGATGATTTATCGTGT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DL72JQ C 1
AF RR1DL72TF U 1
BS 1 1 RR1DL72JQ
BS 2 681 RR1DL72TF
BS 682 682 RR1DL72JQ

RD RR1DL72JQ 682 0 0
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CTGACATTCCCGACGGTGGAGGAGGCGGTGAAGAAGAGAGTTGAGATGAAAACCAGAACA
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TATAAAATTAGTCCTATCTTGGTGGGGCACTTGTATGGAGATTGGATCATGCCCTTGACA
AAAGAAGTTCAAGTGGAGTACTTGCTCAGAAGACTAGACTGATAAAAAAAAACAAAATGG
CTTTGGTTTGTTTGGTAGTAACGTTTTATTTTTTTTAGGAATGTTGTTTGGTTGTTTTAT
CCTTAACAAATCTCTCTCAACGTTGTTGTTACATACTATATTATGCCATGTTTAGTTCCA
CTGTACAAAAGTTGCTTGTGGTTTTCAGTGTTGGTTTATGTAACACTCATAATTGTAAAA
TTAAATAGATGATTTATCGTGT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1DL72TF 681 0 0
G
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CGCCTGAGGCTTACGAGTCTGCCATCAAAGCACAAGATAAGGATGCGTTGATGGATATGC
TGACATTCCCGACGGTGGAGGAGGCGGTGAAGAAGAGAGTTGAGATGAAAACCAGAACAT
ATGGGCAAGAAGTGAAAGTGGGGATGGAGGAAAAAGAAGAGGTTGATGAATCACATGTTT
ATAAAATTAGTCCTATCTTGGTGGGGCACTTGTATGGAGATTGGATCATGCCCTTGACAA
AAGAAGTTCAAGTGGAGTACTTGCTCAGAAGACTAGACTGATAAAAAAAAACAAAATGGC
TTTGGTTTGTTTGGTAGTAACGTTTTATTTTTTTTAGGAATGTTGTTTGGTTGTTTTATC
CTTAACAAATCTCTCTCAACGTTGTTGTTACATACTATATTATGCCATGTTTAGTTCCAC
TGTACAAAAGTTGCTTGTGGTTTTCAGTGTTGGTTTATGTAACACTCATAATTGTAAAAT
TAAATAGATGATTTATCGTG

QA 2 681 2 681
DS 



AS 1 2

CO CL3721Contig1 1076 2 8 U
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CACCAGCATGCCAATTCTTGTCAAGGGTGTCCTTACAGGAGAGGATGCAAGGATAGCGAT
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AGGATTTGTTTTTTTTTGCTGTAATTGAAACACACAAAAACAATGACCGGAGACTCTATG
TAATGCTATTTGGCTACTTCTATACCCTCAGTCCATTCTTCTTCCTTGTAGCAATGCTAC
TTGGAGATTCTATGTAATGCTATTTGAATTTTAGAACATTCTAAGGGTATTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CR03TF U 1
AF RR1CR03JQ C 270
BS 1 606 RR1CR03TF
BS 607 607 RR1CR03JQ
BS 608 695 RR1CR03TF
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BS 728 751 RR1CR03TF
BS 752 1076 RR1CR03JQ

RD RR1CR03TF 758 0 0
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RD RR1CR03JQ 807 0 0
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ATGAGTTCGAGCTAACCATGGCGTTAAGTGGGTGCAGGTCTTTCAGCGAGATCACACGTA
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QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 3

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TGAATCAAAGATGGGGAGGTTGTTTGTGGTTCACCTTGAAGGGAAGATCTATAGCTGCAA
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AAGTCTGATTCTGTGTAATGATCATGCTTCATCAAAACCTATGCTTTTCATATTGCAATA
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BQ
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AF RR1D963TF U 1
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AF RR1CH37TF U 2
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A

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DS 

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TACT

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DS 

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ATCAAAGATGGGGAGGTTGTTTGTGGTTCACCTTGAAGGGAAGATCTATAGCTGCAAACA
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TGGAAAAGCTTATCTTTTCAACAAAGTTTCCAATGTTACAATTGGAGAAACAGAAGACAG
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AGTTGGTTGGAGATATGAGACTGCTCATGAGAAAAGCCAGAAGTACAAAGAAGGAAAGTC
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ATTTGACATCCCCTGTAAATGTAAATTCGTCAATCTCCACTCCAACTTGGCCTTATAAGT
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QA 3 773 3 773
DS 



AS 1 3

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CAACTTCTAAATTTTATATCTTCTCTACC


BQ
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1C359TF U 1
AF RR1H673TF U 1
AF RR1C359JQ C 117
BS 1 629 RR1C359TF

RD RR1C359TF 629 0 0
GGGTCGGAAGAAACAGTAAGAAGCAACAGAAAAGAAAAAAAACTCTACAGATGGCGATGA
TGTCAGCATCTTCGGTGTTTCTTTTGCCGGCCAACGTCACAGTGGCCGCTGGATCTTCGT
CGTCCAGAAACTCCGTGTCTTTCTTACCGATGAGAAACGCCGGTTCTAGGCTCGTAGTCA
GAGCAGCCGATGAGGCGGCTCCAGAACCAGCTGCGCCAGAAGGTTCTCCGGCAGCTGTAG
CGGCGCCAGCTGCAGCTCCTGCCGCGAAACCCAAGCCGCCTCCTATTGGCCCTAAGAGAG
GGACCAAGGTCAAGATTCTAAGGAAAGAATCCTACTGGTTCAAGAGCACTGGATCGGTTG
TGGCCGTTGATCAGGACCCGAAGACCCGGTACCCTGTTGTGGTCAGGTTTGCGAAAGTGA
ATTACGCAAACATATCGACCAACAACTATGCATTGGACGAGATTGAAGAAGTTAAAGCTT
AAAAATGAGAGAGACCTAAAAAGAAGTGTTGTGTATTTGCTTTAATCTTCATACCGGTCT
TATCTGTTTGTAGCTTGACCAGAATCGTTATGTACCAAAATATTTTACCATTATTTCTCT
CAACTTCTAAATTTTATATCTTCTCTACC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1H673TF 606 0 0
GGGTCGGAAGAAACAGTAAGAAGCAACAGAAAAGAAAAAAAACTCTACAGATGGCGATGA
TGTCAGCATCTTCGGTGTTTCTTTTGCCGGCCAACGTCACAGTGGCCGCTGGATCTTCGT
CGTCCAGAAACTCCGTGTCTTTCTTACCGATGAGAAACGCCGGTTCTAGGCTCGTAGTCA
GAGCAGCCGATGAGGCGGCTCCAGAACCAGCTGCGCCAGAAGGTGCTCCGGCAGCTGTAG
CGGCGCCAGCTGCAGCTCCTGCCGCGAAACCCAAGCCGCCTCCTATTTGCCCTAAGAGAG
GGGCCAAGGTCAAGATTCTAAGGAAAGAATCCTACTGGTTCAAGAGCACTGGATCGGTTG
TGGCCGTTGATCAGGACCCGAAGACCCGGTACCCTGTTGTGGTCAGGTTTGCGAAAGTGA
ATTACGCAAACATATCGACCAACAACTATGCATTGGACGAGATTGAAGAAGTTAAAGCTT
AAAAATGAGAGAGACCTAAAAAGAAGTGTTGTGTATTTGCTTTAATCTTCATACCGGTCT
TATCTGTTTGTAGCTTGACCAGAATCGTTATGTACCAAAATATTTTACCATTATTTCTCT
CAACTT

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1C359JQ 513 0 0
TCGTCGTCCAGAAACTCCGTGTCTTTCTTACCGATGAGAAACGCCGGTTCTAGGCTCGTA
GTCAGAGCAGCCGATGAGGCGGCTCCAGAACCAGCTGCGCCAGAAGGTTTTCCGGCAGCT
GTAGCGGCGCCAGCTGCAGCTCCTGCCGCGAAACCCAAGCCGCCTCCTATTGGCCCTAAG
AGAGGGACCAAGGTCAAGATTTTAAGGAAAGAATCCTACTGGTTCAAGAGCACTGGATCG
GTTGTGGCCGTTGATCAGGACCCGAAGACCCGGTACCCTGTTGTGGTCAGGTTTGCGAAA
GTGAATTACGCAAACATATCGACCAACAACTATGCATTGGACGAGATTGAAGAAGTTAAA
GCTTAAAAATGAGAGAGACCTAAAAAGAAGTGTTGTGTATTTGCTTTAATCTTCATACCG
GTTTTATCTGTTTGTAGCTTGACCAGAATCGTTATGTACCAAAATATTTTACCATTATTT
CTCTCAACTTCTAAATTTTATATCTTCTCTACC

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 3

CO CL3724Contig1 899 3 10 U
ATGATCGTGTCGGAGAACGAGGACGGTGCAAGAAGGTAGCTAAACAATGGGGAAAGGCAA
AGCTCTTGCCTAATTCAAGTTTCATTCCGGCTTCTGCAGATTTTCAGTGGTCCCCGGTTT
CTGCGGCCATTATGCACCGCAGAAGCCAATTTGGCGGTGGTGCGTTTCAGAACGCGAATC
CGCTTTTACTTGGCGGATCAGTTCCCTTAACTAATCATCCTTCTCTCCGTCCTGTCTTTA
ACTCATCCACGGATCCACGAGTGGCTTCCTCAGGATCATCTCCTCAGCTCACAATCTTAT
GTGCCGGAACTGTTACCGTCTTTAATGACATATCACCTGATAAGGCTCGAGCCATTATGT
TATGTGCTGGGAATGGTTTGAAAGGAGAATTTGGAGAGAGCAGTTTGAAGAAACCAGTTC
GAGAAACTGAGGGAGTCGTCTATGGAAAACAAATCCATAAAGCAACTGCTGCTGCATCTT
CAAGCTCTGCCACTAACGCTGATAGTTTCTCTAGGTGTAAAGACAAACACGTTGGTGCGA
CTACTGCAATGACCATGATCGAAACATTTAATGCAGGTCCTAGCAATATGATTCCTTCAG
TTCCACAAGCTCGTAAAGCATCGCTGGCTCGGTTCTTGGAGAAGCGCAAAGAGAGGATCA
TGAGTTCAATGCCATACAAGAAGATGCTTCTTGATTTGTCGACTGCAGAATCTAGTGCTG
CTTCTCATACCTAAAACCTTCTTCTTCTCGGTGGTTTTTTAAACCTGTCTGAGGTTTTTC
TCACGATGGTAATTTGAAATATAATCAATAGATGATTATTGTTATAGCTACCATTTAGTA
TGTTACGAGCAGGAGAAGGCGTTAGGCGTATGTCTACTATTTGATCATCGTTTCCTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B408TF U 1
AF RR1DX70TF U 117
AF RR1DX70JQ C 212
BS 1 234 RR1B408TF
BS 235 235 RR1DX70TF
BS 236 300 RR1B408TF
BS 301 301 RR1DX70TF
BS 302 530 RR1B408TF
BS 531 531 RR1DX70TF
BS 532 576 RR1B408TF
BS 577 577 RR1DX70JQ
BS 578 597 RR1B408TF
BS 598 899 RR1DX70JQ

RD RR1B408TF 597 0 0
ATGATCGTGTCGGAGAACGAGGACGGTGCAAGAAGGTAGCTAAACAATGGGGAAAGGCAA
AGCTCTTGCCTAATTCAAGTTTCATTCCGGCTTCTGCAGATTTTCAGTGGTCCCCGGTTT
CTGCGGCCATTATGCACCGCAGAAGCCAATTTGGCGGTGGTGCGTTTCAGAACGCGAATC
CGCTTTTACTTGGCGGATCAGTTCCCTTAACTAATCATCCTTCTCTCCGTCCTGCCTTTA
ACTCATCCACGGATCCACGAGTGGCTTCCTCAGGATCATCTCCTCAGCTCACAATCTTAT
ATGCCGGAACTGTTACCGTCTTTAATGACATATCACCTGATAAGGCTCGAGCCATTATGT
TATGTGCTGGGAATGGTTTGAAAGGAGAATTTGGAGAGAGCAGTTTGAAGAAACCAGTTC
GAGAAACTGAGGGAGTCGTCTATGGAAAACAAATCCATAAAGCAACTGCTGCTGCATCTT
CAAGCTCTGCCACTAACGCTGATAGTTTCTCTAGGTGTAAAGACAAACACATTGGTGCGA
CTACTGCAATGACCATGATCGAAACATTTAATGCAG*TCCTAGCAATATGATTCCTT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1DX70TF 456 0 0
GG
TTCTGCGGCCATTATGCACCGCAGAAGCCAATTTGGCGGTGGTGCGTTTCAGAACGCGAA
TCCGCTTTTACTTGGCGGATCAGTTCCCTTAACTAATCATCCTTCTCTCCGTCCTGTCTT
TAACTCATCCACGGATCCACGAGTGGCTTCCTCAGGATCATCTCCTCAGCTCACAATCTT
ATGTGCCGGAACTGTTACCGTCTTTAATGACATATCACCTGATAAGGCTCGAGCCATTAT
GTTATGTGCTGGGAATGGTTTGAAAGGAGAATTTGGAGAGAGCAGTTTGAAGAAACCAGT
TCGAGAAACTGAGGGAGTCGTCTATGGAAAACAAATCCATAAAGCAACTGCTGCTGCATC
TTCAAGCTCTGCCACTAACGCTGATAGTTTCTCTAGGTGTAAAGACAAACACGTTGGTGC
GACTACTGCAATGACCATGATCGAAACATTTAAT

QA 3 456 3 456
DS 

RD RR1DX70JQ 688 0 0
TAATCATCCTTCTCTCCGTCCTGTCTTTAACTCATCCACGGATCCACGAGTGGCTTCCTC
AGGATCATCTCCTCAGCTCACAATCTTATGTGCCGGAACTGTTACCGTCTTTAATGACAT
ATCACCTGATAAGGCTCGAGCCATTATGTTATGTGCTGGGAATGGTTTGAAAGGAGAATT
TGGAGAGAGCAGTTTGAAGAAACCAGTTCGAGAAACTGAGGGAGTCGTCTATGGAAAACA
AATCCATAAAGCAACTGCTGCTGCATCTTCAAGCTCTGCCACTAACGCTGATAGTTTCTC
TAGGTGTAAAGACAAACACGTTGGTGCGACTACTGCAATGACCATGATCGAAACATTTAA
TGCAGGTCCTAGCAATATGATTCCTTCAGTTCCACAAGCTCGTAAAGCATCGCTGGCTCG
GTTCTTGGAGAAGCGCAAAGAGAGGATCATGAGTTCAATGCCATACAAGAAGATGCTTCT
TGATTTGTCGACTGCAGAATCTAGTGCTGCTTCTCATACCTAAAACCTTCTTCTTCTCGG
TGGTTTTTTAAACCTGTCTGAGGTTTTTCTCACGATGGTAATTTGAAATATAATCAATAG
ATGATTATTGTTATAGCTACCATTTAGTATGTTACGAGCAGGAGAAGGCGTTAGGCGTAT
GTCTACTATTTGATCATCGTTTCCTTGG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 3

CO CL3725Contig1 994 3 2 U
GGGTGAAGACGAAACGAACAGAGCAATGGCAGCCGCAGCTATCTCCGCCGGACCAAACCG
CCTTATCAGCGATGTTCCTCTCCATCTTCCGACCAAATTCAATTCCTTCTTCTTTCCTTC
CGGAAAGACTCAGCAGCAGCTGTGGCGCTCCTCGGCGATTCTCTTGCCTACGCGGCGGCG
ATGCGCGGCGCCGGCGCCTCCTAGAGCCAGTTCTCGAGCTGACGATTCCCCGCCGTTCGA
CATGTCTGTGGAGGCGGCTATGAAGGTTCTCGGTGTCTCTGAAGGAGCTTCCTTCGACGA
AATACTCCGTGCCAAGAAATCGATTCTTGCCTCCCGTAAGGACGACCCCAACGCCGTCTC
CCAGGCGGAGGCTGCATATGACATGCTGCTGATGCAGAGCCTCAACCAACGCCGAGCAGG
CAAAGTTGTAAGCAACAACATCCGCTACGCCGACGTTAAATCCACCAGCCCTCTGGGTAC
AGGGAGGGTGTCTCAGTGGATGAAGAATCCACCTGTATCTGTTGATATGCCATCCACTAG
CAATTTGGGAATTCAAGCCGGAGTTTATGGAGCAATGATGGCACTGACTTATTTTAACGG
CAGTTCCATAGACTCTTATGCCCGTGCTGATGTGCCAGGACTTATATTGGCCACCAGCTT
TGGAGCTTCCCTCTACTTCATGACCAAACGAAACGTCAAGCTAGGGAAAGCGGCTGCAAT
AACGGCAGGAGGACTAGTGGTAGGTGCAGTGGTGGGATCGACCATTGAGAGCTGGCTCCA
TGTTGACGTGGTCCCATTTTTGGGTATCCACTCTCCAGCCGCAGTCGTGAGTGAATTTAT
AGTCTTCTCTCAGTTCTTGGTGTCTCTATGCTTAAGGTAGAACTATTTTAGACATTGGCT
TTAGCTCAAACCCTGTGACATTGGTATATGTACGTCTTTTATATGTATTTTGTACAGAAC
ACCCAAAGCAAACAACAGTTCATCGTTTCCTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DH31TF U 1
AF RR1DH31JQ C 339
AF RR1A748TF U 476
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BS 697 994 RR1A748TF

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TGGAGCTTCCCTCTACTTCATGACCAAACGAAACGT

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TTATATG

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AGAACACCCAAAGCAAACAACAGTTCATCGTTTCCTTGG

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DS 



AS 1 3

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ACCTTAGCAGCATCTTCATCAGTAATTCCAGCAAATACATCGATCGGTACCTTGATAATC
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CAACGGTCCAGCAGATT


BQ
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AF RR1EF85JQ U 1
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AF RR1AV09JQ U 26
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C

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AGCATTCACAATTCCACTAGCAATCACATCACATTTCATTATTCCACCGAATATGTTCAC
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CTCAGAAGCGTTTCCGCCAAC
C

QA 1 501 1 501
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CG
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ATGCGATTGCGTCGACCATAAAGATGGTTGAGAACCATAGAAAAAAAAACCTCTTAAAAA
AAGCTTCTTGTATGAAGAGGGGCAGAGAGAGAGTAAACAATCTCCTCAATAAGCTTAATT
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CATTCCACTTTCCTTGAGGATTCTCTTACCCTGTTCAACGTTTGTTCCTTCTAGACGAAC
CACCACTGGTACTTTCAGTGACACCTCTTTAGCAGCATTCACAATTCCACTAGCAATCAC
ATCACATTTCATTATTCCACCGAATATGTTCACCAATATTGCTTTCACTTTATCGTCCGA
CGTCAGTATCTTAAACGCCTCCACCACCTGGTGCTCAGAAGCGTTTCCGCCAACATCAAG
GAAATTTGCGGGAGTACCACCGTGCAGTTTAATGATGTCCATGGTTGCCATGGCCAATCC
AGCACAATTCACCATGCAGCCAATCTCTCCATCTAATCCGATATAGTTCAGGTCAACTTG
GCATCGGCAGCTACCAATTGATTAGTGGATGTCTCAGCGAGTGGGTCGATTTCCAACATT
GTGCAGTCAGTTTTGCGGAAGAGTTCGTATAGTTTCTTCACTTGTTCAATCGAATCTTTT
CTGTCAGCGGCTTTTGGAGCCAGACCATCGACAACCTTAGCAGCATCTTCATCAGTAATT
CCAGCAAATACATCGATCGGTACCTTGATAATCATGTCAGAAACTTCTCAGCAAGATCTT
CAATGCTGGTACCACCTTTTTTTCAGCAATTATCAACGGTCCAGCAGATT

QA 3 892 3 892
DS 



AS 1 3

CO CL3727Contig1 812 3 2 U
GTGAAACTGTTTGGAATTGAAAGAAACAAGTACACAACAGTTGTTCTTTTAAACAGACAC
AATTTACACAAAGAAAAGAGCCAAACCTTGAATGTAATGAAAGGAGAGATAAAAACAAAA
ACACCATCATTACTAGGGCGCCTTCTTCTGCTTATACCTAGCGGCAGAGAAAAAGTAAAC
CGCCATGTTCACGAGGCTAAGCCCAGCCAAAAGCCAGAAGTAGTAATCAAGATGACCAGA
GTTCAGATTATCCGAGATCCAACCTTGTTCATCGTTCCTCGTCGTGAAATAAGTCACCAG
CGTGAGGATCAACGAGCTCAAGTAGTTCCCAACAGCATTGGTCAAAAGAGCCAAAGCACT
GCACAAGCTTTGCATTGCATCTGGAGACTGGTCATAGAAAAACTCCAGCTGCCCTATGAA
ATAGAACACTTCCGCAGCACCGAGGATGAAGTACTGTGGGATCTGCCATAACACAGATAT
AGGAACCGGTGCACCTGACTCCACCAGTCCAAGCTCGTTGGCCATATGGAGCCTGATGAT
TTCAACGATGGCTGCAGCTGCCATGCAAAGAACAGACACGAACAAACCTACCCCCATTCT
CTGTATCTCAGTGAACCCTTTGTCTACTCCAGTGAACCGTCTAGCCAAAGGGACGATGAA
CCTGTCGTAGAGTGGAACCCAGATGATGACGCTAGCTGTATCAAACGTTCCAAGCGCTGC
TGGAGGAAGATGGAAGGATCCTATTTTGCAGTCCATGGCTCTGCCTTGCTGAACAAACGT
CGTGAACATTTGTGCGTATACAGCTGAGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EU65JQ U 1
AF RR1C882JQ U 145
AF RR1EU65TF C 148
BS 1 741 RR1EU65JQ
BS 742 812 RR1EU65TF

RD RR1EU65JQ 741 0 0
GTGAAACTGTTTGGAATTGAAAGAAACAAGTACACAACAGTTGTTCTTTTAAACAGACAC
AATTTACACAAAGAAAAGAGCCAAACCTTGAATGTAATGAAAGGAGAGATAAAAACAAAA
ACACCATCATTACTAGGGCGCCTTCTTCTGCTTATACCTAGCGGCAGAGAAAAAGTAAAC
CGCCATGTTCACGAGGCTAAGCCCAGCCAAAAGCCAGAAGTAGTAATCAAGATGACCAGA
GTTCAGATTATCCGAGATCCAACCTTGTTCATCGTTCCTCGTCGTGAAATAAGTCACCAG
CGTGAGGATCAACGAGCTCAAGTAGTTCCCAACAGCATTGGTCAAAAGAGCCAAAGCACT
GCACAAGCTTTGCATTGCATCTGGAGACTGGTCATAGAAAAACTCCAGCTGCCCTATGAA
ATAGAACACTTCCGCAGCACCGAGGATGAAGTACTGTGGGATCTGCCATAACACAGATAT
AGGAACCGGTGCACCTGACTCCACCAGTCCAAGCTCGTTGGCCATATGGAGCCTGATGAT
TTCAACGATGGCTGCAGCTGCCATGCAAAGAACAGACACGAACAAACCTACCCCCATTCT
CTGTATCTCAGTGAACCCTTTGTCTACTCCAGTGAACCGTCTAGCCAAAGGGACGATGAA
CCTGTCGTAGAGTGGAACCCAGATGATGACGCTAGCTGTATCAAACGTTCCAAGCGCTGC
TGGAGGAAGATGGAAGGATCC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1C882JQ 579 0 0
CTT
CTGCTTATACCTAGCGGCAGAAAAAAAGTAAACCGCCATGTTCACGAGGCTAAGCCCAGC
CAAAAGCCAGAAGTAGTAATCAAGATGACCAGAGTTCAGATTATCCGAGATCCAACCTTG
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CCCAAGAGCATTGGTCAAAAGAGCCAAAGCACTGCACAAGCTTCGCATTGCATCTGGAGA
CTGGTCATAGAAAAACTCCAGCTGCCCTATGAAATAGAACACTTCCGCAGCACCGAGGAT
GAAGTACTGTGGGATCTGCCATAACACAGATATAGGAACCGGTGCACCTGACTCCACCAG
TCCAAGCTCGTTGGCCATATGGAGCCTGATGATTTCAACGATGGCTGCAGCTGCCATGCA
AAGAGCAGACACGAACAAACCTACCCCCATTCTCTGTATCTCAGCGAACCCTTTGTCTAC
TCCAGTGAACCGTCTAGCCAAAGGGACGATGAACCTGTCGTAGAGTGGAACCCAGATGAT
GACGCTAGCTGTATCAAACGTTCCAAGCGCTGCTGG

QA 4 579 4 579
DS 

RD RR1EU65TF 665 0 0
CTGCTTATACCTAGCGGCAGAGAAAAAGTAAACCGCCATGTTCACGAGGCTAAGCCCAGC
CAAAAGCCAGAAGTAGTAATCAAGATGACCAGAGTTCAGATTATCCGAGATCCAACCTTG
TTCATCGTTCCTCGTCGTGAAATAAGTCACCAGCGTGAGGATCAACGAGCTCAAGTAGTT
CCCAACAGCATTGGTCAAAAGAGCCAAAGCACTGCACAAGCTTTGCATTGCATCTGGAGA
CTGGTCATAGAAAAACTCCAGCTGCCCTATGAAATAGAACACTTCCGCAGCACCGAGGAT
GAAGTACTGTGGGATCTGCCATAACACAGATATAGGAACCGGTGCACCTGACTCCACCAG
TCCAAGCTCGTTGGCCATATGGAGCCTGATGATTTCAACGATGGCTGCAGCTGCCATGCA
AAGAACAGACACGAACAAACCTACCCCCATTCTCTGTATCTCAGTGAACCCTTTGTCTAC
TCCAGTGAACCGTCTAGCCAAAGGGACGATGAACCTGTCGTAGAGTGGAACCCAGATGAT
GACGCTAGCTGTATCAAACGTTCCAAGCGCTGCTGGAGGAAGATGGAAGGATCCTATTTT
GCAGTCCATGGCTCTGCCTTGCTGAACAAACGTCGTGAACATTTGTGCGTATACAGCTGA
GAAGC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL3728Contig1 284 2 4 U
TTTAATGGCGAGCTTCGATGTGAAGACGATAGTCAAGGACAAGAGATTCTGGGCAGCTTC
CTTCCTTATCGCCTGGGCTGCTGGTCTCCAGGGGCACATGATGTGGCTGCAGAGGCAAGA
TTCATTTAAGCAGAAATTCGGAACAATCGATGAAGAAGACCAGAAATGATTCACCCCTTG
TAGTTGTTTTTTTGGTGTGTGTGTGTCTTAAAGAATGTTTTGAGATCTGTTTTGAAATAT
TTCATCAAATGTCATATGGTTAATAAGCAAACATCAAAAAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU18JQ C 1
AF RR1CU18TF U 1
BS 1 174 RR1CU18TF
BS 175 175 RR1CU18JQ
BS 176 268 RR1CU18TF
BS 269 284 RR1CU18JQ

RD RR1CU18JQ 284 0 0
TTTAATGGCGAGCTTCGATGTGAAGACGATAGTCAAGGACAAGAGATTCTGGGCAGCTTC
CTTCCTTATCGCCTGGGCTGCTGGTCTCCAGGGGCACATGATGTGGCTGCAGAGGCAAGA
TTCATTTAAGCAGAAATTCGGAACAATCGATGAAGAAGACCAGAAATGATTCACCCCTTG
TAGTTGTTTTTTTGGTGTGTGTGTGTTTTAAAGAATGTTTTGAGATCTGTTTTGAAATAT
TTCATCAAATGTCATATGGTTAATAAGCAAACATCAAAAAAAAA

QA 1 284 1 284
DS 

RD RR1CU18TF 275 0 0
TTTAATGGCGAGCTTCGATGTGAAGACGATAGTCAAGGACAAGAGATTCTGGGCAGCTTC
CTTCCTTATCGCCTGGGCTGCTGGTCTCCAGGGGCACATGATGTGGCTGCAGAGGCAAGA
TTCATTTAAGCAGAAATTCGGAACAATCGATGAAGAAGACCAGAAATGATTCACGCCTTG
TAGTTGTTTTTTTGGTGTGTGTGTGTCTTAAAGAATGTTTTGAGATCTGTTTTGAAATAT
TTCATCAAATGTCATATGGTTAATAAGC
AAACATC

QA 1 268 1 268
DS 



AS 1 3

CO CL3729Contig1 799 3 1 U
CAGTCTCTCTCAATCTCTTTATTATTTCAAACTCAAAACATCAAAAGTTTAACAATGTTT
GAAACTAAGAAGTTCAACAGCAAAGTACGAAAATACATACATATAGTTCACAATGCTCAT
CGTTTTAGCTCTCTCTTGATTCAGCATTTAGGTTTGTTTTTGGACAAAGCTATCTTACTG
CAAGAACTCTCTTGGGTCGGTGACATGACCGGTCAGAGCCGAGGCTGCAGCGGTGTAAGG
CGAAGCCAAGTAAATCTGCCCTTCTTTGTGTCCCATCCGACCAGGAAAGTTTCTGTTTGT
TGTCGAGACACACACTTGAGGTTCATTCAAGCGAGCATAGGTATCTGCTGGGCCACCAAG
GCAGGCACCACAACTAGGACTAGTTGGTGTGTCGCAGCCAGCTTCTTCGAATATCTGTGC
ACACGTTTTTCCACCTGTTCCAGGCACAGGGAGGGCATACACATCCATCCACACCTTCTG
GGTAGCGGGGACAAGGAAAGTTGGGACTTTGACTTGCTTTCCTGCTGCATGGAGAAGTTT
AGCTGCAGCCATAAAATCCTCAGTCTTCCCACCAGTACAAGAACCAATGTATACTCTGTC
AATTTTCACATCTTTGCATTCTCTTGCTAGAGCCCGGTTGTCAGGAGAATGAGGCTTAGC
CACCACAGGCTCCAGCTTTGACACGTCAAATCGATAATCTGCAGCAAAGCTTGCATTTTC
ATCACTATATACGGCTTCAAAGGGTACAGATGTCCTGTTCTCACGTAGTTAAATGTCGTC
GCATCAGAGGGATAACACC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY34JQ U 1
AF RR1EQ10JQ U 3
AF RR1E657JQ U 1
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TCACATCTTTGCATTCTCTTGCTAGAGCCCGGTT

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TAGCTCTCT**TGATTCAGCATTTAGGTTTGTTTTTGGACAAAGCTATCTTACTGCAAGA
ACTCTCTTGGGTCGGTGACATGACCGGTCAGAGCCGAGGCTGCAGCGGTGTAAGGCGAAG
TCAAGTAAATCTGCCCTTCTTTGTGTCCCATCCGACCAGGAAAGTTTCTGTTTGTTGTCG
AGACACACACTTGAGGTTCATTCAAGCGAGCATAGGTATCTGCTGGGCCACCAAGGCAGG
CACCACAACTAGGACTAGTTGGTGTGTCGCAGCCAGCTTCTTCGAATATCTGTGCACACG
TTTTTCCACCTGCTCCAGGCACAGGGAGGGCATACACATCCATCCACACCTTCTGGGTAG
CGGGGACAAGGAAAGTTGGGACTTTGACTTGCTTTCCTGCTGCATGGAGAAGTTTAGCTG
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TCACATCTTTGCATTCTCTTGCTAGAGCCCGGTTGTCAGGAGAATGAGGCTTAGCCACCA
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DS 

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CGTTTTAGCTCTCTCTTGATTCAGCATTTAGGTTTGTTTTTGGACAAAGCTATCTTACTG
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CGAAGCCAAGTAAATCTGCCCTTCTTTGTGTCCCATCCGACCAGGAAAGTTTCTGTTTGT
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AGCTGCAGCCATAAAATCCTCAGTCTTCCCACCAGTACAAGAACCAATGTATACTCTGTC
AATTTTCACATCTTTGCATTCTCTTGCTAGAGCCCGGTTGTCAGGAGAATGAGGCTTAGC
CACCACAGGCTCCAGCTTTGACACGTCAAATCGATAATCTGCAGCAAAGCTTGCATTTTC
ATCACTATATACGGCTTCAAAGGGTACAGATGTCCTGTTCTCACGTAGTTAAATGTCGTC
GCATCAGAGGGATAACACC

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 3

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TTATTTTCTATCCTTTTCTTTTATTTTGATATTAATTTCTTAAATACCTGTTTGGGTTAA
TAGCTAG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM57TF U 1
AF RR1FB79TF U 19
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DS 

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G
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QA 2 472 2 472
DS 

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GG
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AATGTTTCCCGACCAAACAAAGATGTACAGGTTGGTGTGCATAAACTATCTCGAGAAGCT
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TTTTCTATCCTTTTCTTTTATTTTGATATTAATTTCTTAAATACCTGTTTGGGTTAATAG
CTAG

QA 3 546 3 546
DS 



AS 1 3

CO CL3731Contig1 862 3 3 U
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G540JQ U 234
AF RR1GM10JQ U 2
AF RR1EU76JQ U 1
BS 1 82 RR1EU76JQ
BS 83 83 RR1GM10JQ
BS 84 862 RR1EU76JQ

RD RR1G540JQ 296 0 0
CCAATGGAGATACCAAGAAGGCTGCTGCATTCCCAACTTCATCTGCGGTCAATGTTTTCT
GAACAGGCGCATTATTGTATGAATACTCAATCATGGTGTCTATGAACCCAATTGCTTTTG
CTGCTCGGCTTCCCAAAGGACCTGCAAAAATGGTGTTGACCCTAATGTTTTGTTTCCTTC
CAGCTTCAAATGCAAGCACCCGTGTATCACTCTCTAGTGCGGCTTTCGCCGAACTCATAC
CTCCACCATACCCAGGAATGATCCTTTCAGAAGCAATGTAAGTAAGCGATATAGA
A

QA 1 295 1 295
DS 

RD RR1GM10JQ 527 0 0
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AAAAAAAA**CATTCTCAATAAAAACAAAAAAACAAATGCAACACAAGAAAAAGAGTTTC
CGCAGTTACTTAAGTCTCTATTTGAGGTCTTTGAAAACTGGACTGTCGATGGCAACACCC
ATTGAATTCAAGCCATTGTCAACATAGATGGTTGCACCAGTTATGGCAGAGGCCAATGGA
GATACCAAGAAGGCTGCTGCATTCCCAACTTCATCTGCGGTCAATGTTTTCTGAACAGGC
GCATTATTGTATGAATACTCAATCATGGTGTCTATGAACCCAATTGCTTTTGCTGCTCGG
CTTCCCAAAGGACCTGCAGAGATGGTGTTGACCCTAATGTTTTGTTTCCTTCCAGCTTCA
AATGCAAGCACCCGTGTATCACTCTCTAGTGCGGCTTTCGCCGAACTCATACCTCCACCA
TACCCAGGAATGGTCCTTTCAGAAGCAATGTAAGTAAGCGACATAGA

QA 1 527 1 527
DS 

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GAAAAAAAAAACATTCTCAATAGAAACAAAAAAACAAATGCAACACAAGAAAAAGAGTTT
CCGCAGTTACTTAAGTCTCTATTTGAGGTCTTTGAAAACTGGACTGTCGATGGCAACACC
CATTGAATTCAAGCCATTGTCAACATAGATGGTTGCACCAGTTATGGCAGAGGCCAATGG
AGATACCAAGAAGGCTGCTGCATTCCCAACTTCATCTGCGGTCAATGTTTTCTGAACAGG
CGCATTATTGTATGAATACTCAATCATGGTGTCTATGAACCCAATTGCTTTTGCTGCTCG
GCTTCCCAAAGGACCTGCAGAGATGGTGTTGACCCTAATGTTTTGTTTCCTTCCAGCTTC
AAATGCAAGCACCCGTGTATCACTCTCTAGTGCGGCTTTCGCCGAACTCATACCTCCACC
ATACCCAGGAATGATCCTTTCAGAAGCAATGTAAGTAAGCGATATAGAAGCACCTCCTGG
GTTCATAATTGGCAGGAAATGCCTGAGGGGGGAAACAAAAGAGTAACTCGAAGCAGAGAT
AGCAGCGAGGTAGCCTTTTCTTGATGTCTCCAGAAGAGGTTTGCTAACCTCTGGTCCATT
TGCAAGTGAGTGGACAAGAATGTCAATGGTTCCGAAATCTTTTCTCACACATTCAGCAGC
TTCCTGTACTGTCCAGTTTGATGATCCAGCATATCGCTTATTCGCTTTCACATCCTCAGC
ACATCTTCAGATTGTCAAACACAGCATCCAAAGGATAGACCTTTTTATCTCATCAATGAC
CCGTCAGCAGCACGCGTGACTG

QA 1 862 1 862
DS 



AS 1 2

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GCGGAGGGTCGTATTGACATTGATGTTGGTGATGAAGAATGTTGTGCTTCTGATTTGAAC
GACTCGGGGGTTGATGAACCAGAGGGAGGCTTAAGCATGCTTTCTGGTAGTAGAGATGTT
AACGAGTACCAGAAGCTAAGCAAGATAAACGAAGGAACATATGGTGTTGTGTACAAAGCC
AAGGACAGAAAGACAGAGGAGATTGTGGCACTTAAAATGATCAAGATGAACATGGAAGAC
GAATATGGATTCCCAGTGACATCTTTGAGGGAGATCAACATTCTTTTGTCTTGCAACCAC
CCGTCTATTGTGAACGTCAAGGAAGTTGTGGTGGGAAACAGTGATAGTGTTTTCATGGTC
ATGGAACACTTGGAACATAACTTGAGGGGCGTAATGGACAGGATGAAACAACCTTTCAGC
ACCAGTGAGGTCAAATGCTTGATGATTCAGCTGTTGGAGGGTTTGAAGTACCTTCATAGC
AACTGGATCATCCACAGGGATCTGAAGCCATCGAATCTACTACTGAACAACAGCGGGGAA
CTGAAAATATGCGATTTTGGAATGGCTAGGCAATATGGAAGTCCTATCAAGCCCTACACG
CAGTTGGTTGTAACACAGTGGTACAGGTCCCCGGAGCTTCTTCTAGGAACAAAGGAGTAC
TCAACCGCAGTGGATATGTGGTCGATCGGTTGCATTATGGGTGAGTTGCTGTCTCTTAAA
CCTCTTTTCAGAGGAAAAAGTCAGAATGATATTGACCAGCTTCAACAGATCTTTGCGGTT
CTTGGAACACCGAGTGAGACAACATGGCCTGGATTCACTTCGCTGCCAGGTTCCAAAGCC
AAGTTTCGTAAGCAACCGTACAATTTACTACGTTATTGAGTGTTGACCCTGAGAAGCGCC
TTACAGTTGACGAGGCTCTTAACCATGCCTGGTTCAATGAAGTACCTCTCCAGAAATCCA
AGGAGTTGATGCCTACATTTCCCTCAAAGCGTAACTGAAAGATCTAAATCTTTTGTATCT
TTTCGTGATTACTCTTTTACTTTGTGATTCTTGCCATGGATTTTCAAGATAGAGGAGATT
GGGAAGCGTTGATGAAGTTGCATCCATGTATATATATGAATGTTCCATGAAACTGCAAGG
TGTGTGGGTCTTCCTCTCTTATTGTCTCTCTCTTCTCCTTGACTTTCATTTAGTTCCCTG
TGTGTCATACAGTCTTAAAATTAATCAAGAGATGTTGACTTTTAAATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM75TF U 1
AF RR1DE55JQ C 561
BS 1 646 RR1DM75TF
BS 647 647 RR1DE55JQ
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BS 729 738 RR1DM75TF
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RD RR1DM75TF 743 0 0
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GACTCGGGGGTTGATGAACCAGAGGGAGGCTTAAGCATGCTTTCTGGTAGTAGAGATGTT
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GAATATGGATTCCCAGTGACATCTTTGAGGGAGATCAACATTCTTTTGTCTTGCAACCAC
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TCAACCGCAGTGGATATGTGGTCGATCGGTTGCATTATGGGTGAGTTGCTGTCTCTTAAA
CCTCTTT*CAGAGGAAAA
GTCAG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1DE55JQ 690 0 0
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GTACAGGTCCCCGGAGCTTCTTCTAGGAACAAAGGAGTACTCAACCGCAGTGGATATGTG
GTCGATCGGTTGCATTATGGGTGAGTTGCTGTCTCTTAAACCTCTTTTCAGAGGAAAAAG
TCAGAATGATATTGACCAGCTTCAACAGATCTTTGCGGTTCTTGGAACACCGAGTGAGAC
AACATGGCCTGGATTCACTTCGCTGCCAGGTTCCAAAGCCAAGTTTCGTAAGCAACCGTA
CAATTTACTACGTTATTGAGTGTTGACCCTGAGAAGCGCCTTACAGTTGACGAGGCTCTT
AACCATGCCTGGTTCAATGAAGTACCTCTCCAGAAATCCAAGGAGTTGATGCCTACATTT
CCCTCAAAGCGTAACTGAAAGATCTAAATCTTTTGTATCTTTTCGTGATTACTCTTTTAC
TTTGTGATTCTTGCCATGGATTTTCAAGATAGAGGAGATTGGGAAGCGTTGATGAAGTTG
CATCCATGTATATATATGAATGTTCCATGAAACTGCAAGGTGTGTGGGTCTTCCTCTCTT
ATTGTCTCTCTCTTCTCCTTGACTTTCATTTAGTTCCCTGTGTGTCATACAGTCTTAAAA
TTAATCAAGAGATGTTGACTTTTAAATTTC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 3

CO CL3733Contig1 458 3 6 U
GCAATATAGTTTTCATTCTCTGAATAGTCTTGTCTTGTGTTTATTGCTCCGGCGAGACAC
ACTTATTGTTAACAAACATTTGAAGAAGATTTGATTATGTTTTTTTACATTGTACTAGAA
GGAAGTAAAGAGAGAAGATGATGGATCCCTTGACTTGAGTGATGAGAGGCCAACATCTAA
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TGAAACCTAAGGCTTATCATTGTTTATCTTTTCTCTCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D455JQ U 1
AF RR1EY93JQ U 1
AF RR1EY93TF C 1
BS 1 56 RR1D455JQ
BS 57 57 RR1EY93JQ
BS 58 87 RR1D455JQ
BS 88 88 RR1EY93JQ
BS 89 111 RR1D455JQ
BS 112 458 RR1EY93JQ

RD RR1D455JQ 111 0 0
GCAATATAGTTTTCATTCTCTGAATAGTCTTGTCTTGTGTTTATTGCTCCGGCGAGGCAC
ACTTATTGTTAACAAACATTTGAAGAAAATTTGATTATGTTTTTTTACATT

QA 1 111 1 111
DS 

RD RR1EY93JQ 458 0 0
GCAATATAGTTTTCATTCTCTGAATAGTCTTGTCTTGTGTTTATTGCTCCGGCGAGACAC
ACTTATTGTTAACAAACATTTGAAGAAGATTTGATTATGTTTTTTTACATTGTACTAGAA
GGAAGTAAAGAGAGAAGATGATGGATCCCTTGACTTGAGTGATGAGAGGCCAACATCTAA
AACCTTTTCATGTCATAAGGTACATGCTTCTCCTCCATAGTCAACAACACCCTTTGGCAA
AAAGGGCAGTCTCCGAGCTTGTTGGGTGTGGTGATGGAAGCTTTGACGCAGATTTCGAGA
GGAGCAGCCGCCATAGCCATCGTTCCGAACCGGGCGGTTCTTCTCAGTTTAGTCAAACCG
CACCGCTTGATGAATCCCGCGCGGCTGACCGACGCCGACAGAACACCGGCGGTGCTTGGT
TGAAACCTAAGGCTTATCATTGTTTATCTTTTCTCTCC

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR1EY93TF 458 0 0
GCAATATAGTTTTCATTCTCTGAATAGTCTTGTCTTGTGTTTATTGCTCCGGCGAGACAC
ACTTATTGTTAACAAACATTTGAAGAAGATTTGATTATGTTTTTTTACATTGTACTAGAA
GGAAGTAAAGAGAGAAGATGATGGATCCCTTGACTTGAGTGATGAGAGGCCAACATCTAA
AACCTTTTCATGTCATAAGGTACATGCTTCTCCTCCATAGTCAACAACACCCTTTGGCAA
AAAGGGCAGTCTCCGAGCTTGTTGGGTGTGGTGATGGAAGCTTTGACGCAGATTTCGAGA
GGAGCAGCCGCCATAGCCATCGTTCCGAACCGGGCGGTTCTTCTCAGTTTAGTCAAACCG
CACCGCTTGATGAATCCCGCGCGGCTGACCGACGCCGACAGAACACCGGCGGTGCTTGGT
TGAAACCTAAGGCTTATCATTGTTTATCTTTTCTCTCC

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 3

CO CL3734Contig1 467 3 2 U
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TAAAGAAAAAGAATGGCGTCCCTGAAATTTCCATTGGAGATTCTCGCCGTCTTTGTCATC
ATCTCCGTGATTCTCTTGCCGATTGCTCATGCGCAATCACCTTCGCCTGCTCCTGCACCC
ACCAGCGATGGAACATCGATAGATCAGGGGGTAGCGTATGTTCTAATGATGGTGGCTTTG
GCGTTGACTTATTTCATCCATTAAACTCGATGTATCATCCATTTCTTCTTCCTTCACAGT
TGTTTTGTGTTCTTAATTCTTTTGACCTTCTTTTGTTTATTTTTTGTTCTTGTGACGTGG
GATTTGTAGAAAATGAAATGATAGCTAGGTTTTGGACATCATGCTTTTGTTCTGTTTTTG
TTGTTTGGATGATTCGTTTAATTTATTTTCTCTTTCTTTAATAAAAA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BE69JQ C 1
AF RR1BE69TF U 1
AF RR1FD58TF U 1
BS 1 459 RR1BE69TF
BS 460 467 RR1FD58TF

RD RR1BE69JQ 459 0 0
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ATCTCCGTGATTCTCTTGCCGATTGCTCATGCGCAATCACCTTCGCCTGCTCCTGCACCC
ACCAGCGATGGAACATCGATAGATCAGGGGGTAGCGTATGTTCTAATGATGGTGGCTTTG
GCGTTGACTTATTTCATCCATTAAACTCGATGTATCATCCATTTCTTCTTCCTTCACAGT
TGTTTTGTGTTCTTAATTCTTTTGACCTTCTTTTGTTTATTTTTTGTTCTTGTGACGTGG
GATTTGTAGAAAATGAAATGATAGCTAGGTTTTGGACATCATGCTTTTGTTCTGTTTTTG
TTGTTTGGATGATTCGTTTAATTTATTTTCTCTTTCTTT

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1BE69TF 459 0 0
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ATCTCCGTGATTCTCTTGCCGATTGCTCATGCGCAATCACCTTCGCCTGCTCCTGCACCC
ACCAGCGATGGAACATCGATAGATCAGGGGGTAGCGTATGTTCTAATGATGGTGGCTTTG
GCGTTGACTTATTTCATCCATTAAACTCGATGTATCATCCATTTCTTCTTCCTTCACAGT
TGTTTTGTGTTCTTAATTCTTTTGACCTTCTTTTGTTTATTTTTTGTTCTTGTGACGTGG
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TTGTTTGGATGATTCGTTTAATTTATTTTCTCTTTCTTT

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1FD58TF 467 0 0
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TAAAGAAAAAGAATGGTGTCCCTGAAATTTCCATTGGAGATTCTCGCCGTCTTCGTCATC
ATCTCCGTGATTTTCTTGCCGATTGCTCATGCGCAATCACCTTCGCCTGCTCCTGCACCC
ACCAGCGATGGAACATCGATAGATTAGGGGGTAGCGTATGTTCTAATGGTGGTGGCTTTG
GCGTTGACTTATTTCATCCATTAAACTCGATGTATCATCCATTTCTTCTTCCTTCACAGT
TGTTTTGTGTTCTTAATTCTTTTGACCTTCTTTTGTTTATTTTTTGTTCTTGTGACGTGG
GATTTGTAGAAAATGAAATGATAGCTAGGTTTTGGACATCATGCTTTTGTTCTGTTTTTG
TTGTTTGGATGATTCGTTTAATTTATTTTCTCTTTCTTTAATAAAAA

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 3

CO CL3735Contig1 1083 3 7 U
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GAGACTCATCTAGTCTCTTTTGAGGTTAACATGAGAAAACAAAAGTTTCTGCTTGCATTC
CAGGCTGTCAAGCAAATGCTTAAATTGGATGCGGAGAACCCTGATTCACATCGTTCCCTG
ATCAAATTCTTGCTCAAGACAGAATCGACAAGTGCTCCAACGACCGAAGCTGAGAAACTT
CGTTGGAGTGTCCTTGAGGCTGAGCGCCCATCAATCAGTCAATTGCAGAATAAATCACTA
ACGGAGGTAAACGAAGAGTTTCTTGGTAGACACAAAGACTCTTTGGTGCACAGAGCTGCA
TACGCCGAAATGCTGGGCCTTTTAAATCCAAGCAAGAAAACTGAGGCTATCAAAATAATT
GAAGACTCGACCAATAAAGTGGTTCAAACAAATGGAGCTCAAATAGAGTGGAAACTCAAA
GATTGTATAACAGTTCATAAGCTTCTAGACACAGCTCTCCTTGACTCAGAAGCTGCCTCC
AGATGGAAATCACGCTGTGCCGAGTATTTTCCCTGGTCTACTTACTTTGAAGGCAAGCGT
AGCTCTGTGATGCCTGATTCAGTGTATAACTCGTCTCGCAAGACCAATGAGAATGGCGAC
ACACCAAACCATCCATTGGGCCAGACCGAATTGAGCGATGGACAAGTGGAAGCATTCAAG
AGCCTCTCCGTCTCAACCTGAAGCTCTTCTTTAATAAGAGGCAAATCTACCCGGGAGATA
ATTTGCAGACCTGGATCAAACTTGAGATTTAATGAATCTTTGGCAGAGGTGCGTGGATCA
AAAGATGCCAAATGTGTATAATTGTTTCTTTCTATATAAAGGCTAGGTTTCAAGTTTGAT
GGCACAGAGAAAGCAAAGGGTCTTTTGTCTCTTTTCCTTTTGGTTTCCCTTACGACACTT
TACCAGGATGTTTTAAGCTTTTTTTGATGTTGTACCCTTTTTAACTTCTTCATTTTCCCA
TTACATTATCTGTTTTATGTATACTTATTGACAATCTCTGGGAAATTTTTGATTTGGTGA
ACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1EP86TF U 1
AF RR1G325TF U 312
AF RR1EP86JQ C 384
BS 1 338 RR1EP86TF
BS 339 339 RR1G325TF
BS 340 375 RR1EP86TF
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BS 377 709 RR1EP86TF
BS 710 779 RR1G325TF
BS 780 1083 RR1EP86JQ

RD RR1EP86TF 709 0 0
GCAATGGCAGAGGCTTCAAAGTACTTGAGACTTCTCCAGAAGCATTCACCTAATTCTTTG
GAGACTCATCTAGTCTCTTTTGAGGTTAACATGAGAAAACAAAAGTTTCTGCTTGCATTC
CAGGCTGTCAAGCAAATGCTTAAATTGGATGCGGAGAACCCTGATTCACATCGTTCCCTG
ATCAAATTCTTGCTCAAGACAGAATCGACAAGTGCTCCAACGACCGAAGCTGAGAAACTT
CGTTGGAGTGTCCTTGAGGCTGAGCGCCCATCAATCAGTCAATTGCAGAATAAATCACTA
ACGGAGGTAAACGAAGAGTTTCTTGGTAGACACAAAGATTCTTTGGTGCACAGAGCTGCA
TACGCCGAAATGCTGTGCCTTTTAAATCCAAGCAAGAAAACTGAGGCTATCAAAATAATT
GAAGACTCGACCAATAAAGTGGTTCAAACAAATGGAGCTCAAATAGAGTGGAAACTCAAA
GATTGTATAACAGTTCATAAGCTTCTAGACACAGCTCTCCTTGACTCAGAAGCTGCCTCC
AGATGGAAATCACGCTGTGCCGAGTATTTTCCCTGGTCTACTTACTTTGAAGGCAAGCGT
AGCTCTGTGATGCCTGATTCAGTGTATAACTCGTCTCGCAAGACCAATGAGAATGGCGAC
ACACCAAACCATCCATTGGGCCAGACCGAATTGAGCGATGGACAAGTGG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1G325TF 468 0 0
G
GAAGAGTTTCTTGGTAGACACAAAGACTCTTTGGTGCACAGAGCTGCATACGCCGAAATG
CTGGGCCTTTTAAATCCAAGCAAGAAAACTGAGGCTATCAAAATAATTGAAGACTCGACC
AATAAAGTGGTTCAAACAAATGGAGCTCAAATAGAGTGGAAACTCAAAGACTGTATAACA
GTTCATAAGCTTCTAGACACAGCTCTCCTTGACTCAGAAGCTGCCTCCAGATGGAAATCA
CGCTGTGCCGAGTATTTTCCCTGGTCTACTTACTTTGAAGGCAAGCGTAGCTCTGTGATG
CCTGATTCAGTGTATAACTCGTCTCGCAAGACCAATGAGAATGGCGACACACCAAACCAT
CCATTGGGCCAGATCGAATTGAGCGATGGACAAGTGGAAGCATTCAAGAGCCTCTCCGTC
TCAACCTGAAGCTCTTCTTTAATAAGAGGCAAATCTACCCGGGAGAT

QA 2 468 2 468
DS 

RD RR1EP86JQ 700 0 0
AAATCCAAGCAAGAAAACTGAGGCTATCAAAATAATTGAAGACTCGACCAATAAAGTGGT
TCAAACAAATGGAGCTCAAATAGAGTGGAAACTCAAAGATTGTATAACAGTTCATAAGCT
TCTAGACACAGCTCTCCTTGACTCAGAAGCTGCCTCCAGATGGAAATCACGCTGTGCCGA
GTATTTTCCCTGGTCTACTTACTTTGAAGGCAAGCGTAGCTCTGTGATGCCTGATTCAGT
GTATAACTCGTCTCGCAAGACCAATGAGAATGGCGACACACCAAACCATCCATTGGGCCA
GACCGAATTGAGCGATGGACAAGTGGAAGCATTCAAGAGCCTCTCCGTCTCAACCTGAAG
CTCTTCTTTAATAAGAGGCAAATCTACCCGGGAGATAATTTGCAGACCTGGATCAAACTT
GAGATTTAATGAATCTTTGGCAGAGGTGCGTGGATCAAAAGATGCCAAATGTGTATAATT
GTTTCTTTCTATATAAAGGCTAGGTTTCAAGTTTGATGGCACAGAGAAAGCAAAGGGTCT
TTTGTCTCTTTTCCTTTTGGTTTCCCTTACGACACTTTACCAGGATGTTTTAAGCTTTTT
TTGATGTTGTACCCTTTTTAACTTCTTCATTTTCCCATTACATTATCTGTTTTATGTATA
CTTATTGACAATCTCTGGGAAATTTTTGATTTGGTGAACC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 3

CO CL3736Contig1 1364 3 12 U
GGAGGAACACGTTTGTTGTTTCATCTCCACAAGAGAATGGAGTCTGCCTTGGCGACATCG
AGTTTCATGGGTACCCAAGTGATGGTTCCCGCCACTCTGTTTTGCAGACGAGCTCGAGTA
GCGTCTCTCACCGTCACGGCAAGTAGCACTACTAAGATTTACACGAGGCTGGACTCTTGT
CTCGTGATTCCTCCTCCCCCCATTTTCAAGAAACCGCGTGCCATTATCAAGTTCTTGGGA
GGCGCCTTCGTCGGAGCTGTCCCTGAACTCACCTACAGTTACCTAAAGGAGCTACTGGCT
AAAGAAGGGTATTTGATTGTATCTGTGCCGTACAACGTCACTTTTGATCACGAACAAGCT
GCAAAGCAGGTTTACCAGAGGTTCAACTCATGCTTGGACACGATTGTCTTATCTGGAGTT
CCAAATGCCAATTTTAACCCTCGAGATCTAGCCAACCTTCCTGTTTTCTCTGTTGGTCAC
AGTAACGGTGCGCTGCTCCAAGTCTTGACCGGAAGTTATTTTTCTGACAAGATACCAAAG
GTTAATGCCATCATTTCATTCAACAACAAATCAGCCACAGAGGCTGTTCCATATTTTGAG
CAGTTTGGTCCTCTCATGCAGCAGATGATGCCAGTCGTGGAAGCTTCTCCGTTATATGAA
ATAGCTCGAAATGCTTCAGGTGATGCATTGAAAGTACTACTGGATGCCGCTGGGACAACG
ATTCTGAACAATGATCAAGAAGCTCTTAAGTCGTTTACTAATTTGGTGGATCAGTTGCCC
TCAGTATTTGGTGAGGTTGGACAAGGGGTGTCGGAATTCAGACCATCACCACTTGAGAAT
CGTACTTGCTTCAAATGCTCCTACAGCGTTCCACACACTTTACTGGTACAATTCAGCTCT
GATGCAATCGACGAGACTGATTTACTGGAAGAAACCCTAAAGCCTCGGATAGAATCTTTT
GGTGGTACACTTGAAAAGGTTCGGCTGAACGGGAACCGTCTCACACCTTGCGTACAGGAC
CCGAAGTGGCAAATTGGGTCTGTCTACACGCCAGCAGACGCTGTGGCTCAGGCGTTGAAG
ACAATACCTCTGAGGGACACCCGTGTTCTTTCAAGGACAATCGTCGATTGGTTTACAAGG
TTTGAGAATTGAGCCAGGCTCGTGGTGTATTGTTAAAGAAATGGTCAAATATGCATGTAT
ATGTACATGGTTCATGGTATTTGAAATAAAAATATTTATGTGTATATTTCGATAAATGAC
ATAGATAGGTCATATATTCTCTGATTTTCCATGGAAGAGGGTTTGTCCAGCTGCAAAAAT
GTTGTAATTTGGGAGTTTCATTGCAAAATGCATCTGCTTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DI46TF U 58
AF RR1C131TF U 1
AF RR1C131JQ C 570
BS 1 338 RR1C131TF
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BS 732 747 RR1C131TF
BS 748 1364 RR1C131JQ

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GG
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TCCAAATGCCAATTTTAACCCTCGAGATCTAGCCAACCTTCCTGTTTT*TCTGTTGGTCA
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AATAGCTCGAAATGCT

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DS 

RD RR1C131TF 747 0 0
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AGTTTCATGGGTACCCAAGTGATGGTTCCCGCCACTCTGTTTTGCAGACGAGCTCGAGTA
GCGTCTCTCACCGTCACGGCAAGTAGCACTACTAAGATTTACACGAGGCTGGACTCTTGT
CTCGTGATTCCTCCTCCCCCCATTTTCAAGAAACCGCGTGCCATTATCAAGTTCTTGGGA
GGCGCCTTCGTCGGAGCTGTCCCTGAACTCACCTACAGTTACCTAAAGGAGCTACTGGCT
AAAGAAGGGTATTTGATTGTATCTGTGCCGTACAACGT*ACTTTTGATCACGAACAAGCT
GCAAAGCAGGTTTACCAGAGGTTCAACTCATGCTTGGACACGATTGTCTTATCTGGAGTT
CCAAATGCCAATTTTAACCCTCGAGATCTAGCCAACCTTCCTGTTTTCTCTGTTGGTCAC
AGTAATGGTGCGCTGCTCCAAGTCTTGACCGGAAGTTATTTTTCTGACAAGATACCAAAG
GTTAATGCCATCATTTCGTTCAACAACAAATCAGCCACAGAGGCTGTTCCATATTTTGAG
CAGTTTGGTCCTCTCATGCAGCAGATGATGCCAGTCGTGGAAGCTTCTCCGTTATATGAA
ATAGCTCGAAATGCTTCAG*TGATGCATTGAAAGTACTACTGGATGCCGCTGGGACAACG
ATTCTGAACA*TGATCAAGAAGCTCTT

QA 1 747 1 747
DS 

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GTCGTTTACTAATTTGGTGGATCAGTTGCCCTCAGTATTTGGTGAGGTTGGACAAGGGGT
GTCGGAATTCAGACCATCACCACTTGAGAATCGTACTTGCTTCAAATGCTCCTACAGCGT
TCCACACACTTTACTGGTACAATTCAGCTCTGATGCAATCGACGAGACTGATTTACTGGA
AGAAACCCTAAAGCCTCGGATAGAATCTTTTGGTGGTACACTTGAAAAGGTTCGGCTGAA
CGGGAACCGTCTCACACCTTGCGTACAGGACCCGAAGTGGCAAATTGGGTCTGTCTACAC
GCCAGCAGACGCTGTGGCTCAGGCGTTGAAGACAATACCTCTGAGGGACACCCGTGTTCT
TTCAAGGACAATCGTCGATTGGTTTACAAGGTTTGAGAATTGAGCCAGGCTCGTGGTGTA
TTGTTAAAGAAATGGTCAAATATGCATGTATATGTACATGGTTCATGGTATTTGAAATAA
AAATATTTATGTGTATATTTCGATAAATGACATAGATAGGTCATATATTCTCTGATTTTC
CATGGAAGAGGGTTTGTCCAGCTGCAAAAATGTTGTAATTTGGGAGTTTCATTGCAAAAT
GCATCTGCTTTTCCC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 3

CO CL3737Contig1 537 3 2 U
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AAGCCGGCGGGTTCAATTTGTAAAGATCAATATCAAATTTATTTAGATCGCTTTGTTATG
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CTCAAATATCAGTGGTATAAAGATGTAATTATCGAAGAAAATTCAGGGTTAAATTAAAAA
TGTACGCATGTATAAATAGATTAGATTCTAGATTTTTAATGTAACTTTTTATACATT


BQ
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AF RR1A973JQ C 1
AF RR1A973TF U 1
AF RR1DR85TF U 59
BS 1 473 RR1A973TF
BS 474 537 RR1DR85TF

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TTTTGTTTTGCTTAACTCTTTCTCCCTTATCTTCTCCGTCCAATCTCCATCGCCTTTTTC
TCACTTTACATCAGATTCACAAATTGTTGGTATCCTCATTGCCGGATTCAAGCTCACCGC
CAGTCTTGTCACCAGATTCAAAGCTCACCGCCAGTCTCGCCACCAGATCAAGCTCTCCGC
CCTAGACGCGCCGGAGGTGGCCGGAGGAGACCATAGAGGAGGCTGAAGATGGATGTGCTG
AAGCCGGCGGGTTCAATTTGTAAAGATCAATATCAAATTTATTTAGATCGCTTTGTTATG
TTATGGTTTAGTAATGATTTTGTAGTTTTACGGTTTAGTAACAAACCCAAACGTCTGTGT
CTCAAATATCAGTGGTATAAAGATGTAATTATCGAAGAAAATTCAGGGTTAAA
CG

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1A973TF 475 0 0
GGACAAATATATCTGTTCATCACAGACTTACATCAGATTCACAAATTATAATAATACATT
TTTTGTTTTGCTTAACTCTTTCTCCCTTATCTTCTCCGTCCAATCTCCATCGCCTTTTTC
TCACTTTACATCAGATTCACAAATTGTTGGTATCCTCATTGCCGGATTCAAGCTCACCGC
CAGTCTTGTCACCAGATTCAAAGCTCACCGCCAGTCTCGCCACCAGATCAAGCTCTCCGC
CCTAGACGCGCCGGAGGTGGCCGGAGGAGACCATAGAGGAGGCTGAAGATGGATGTGCTG
AAGCCGGCGGGTTCAATTTGTAAAGATCAATATCAAATTTATTTAGATCGCTTTGTTATG
TTATGGTTTAGTAATGATTTTGTAGTTTTACGGTTTAGTAACAAACCCAAACGTCTGTGT
CTCAAATATCAGTGGTATAAAGATGTAATTATCGAAGAAAATTCAGGGTTAAA
CG

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1DR85TF 479 0 0
TTTTTTGTTTTGCTTATCTCTTTCTCCCTTATCTTCTCCGTCCAATCTCCATCGCCCTTT
TCTCACTTTACATCAGATTCACAAATTGTTGGTATCCTCATTGCCGGATTCAAGCTCACC
GCCAGTCTTGTCACCAGATTCAAAGCTCACCGCCAGTCTCGCCACCAGATCAAGCTCTCC
GCCCTAGACGCGCCGGAGGTGGCCGGAGGAGACCATAGAGGAGGCTGAAGATGGATGTGC
TGAAGCCGGCGGGTTCAATTTGTAAAGATCAATATCAAATTTATTTAGATCGCTTTGTTA
TGTTATGGTTTAGTAATGATTTTGTAGTTTTACGGTTTAGTAACAAACCCAAACGTCTGT
GTCTCAAATATCAGTGGTATAAAGATGTAATTATCGAAGAAAATTCAGGGTTAAATTAAA
AATGTACGCATGTATAAATAGATTAGATTCTAGATTTTTAATGTAACTTTTTATACATT

QA 1 479 1 479
DS 



AS 1 2

CO CL3738Contig1 623 2 15 U
CTGATTTTCTTATGGCTCATACAAAAAAAACCATCAAACAAATAACATTTACATGTAGTT
TTCCTTCAAAAAAAAAAGGAAAGAATCTGAAAGCTAAATAGAAACATAGTAACAAAGCCT
CAAAAATAAAAAAACAGATAGAGTGTGGTAATGTGTATTATAAACCTTACAATAAACCTT
GGTCTAAGGATGGCTTCCAAAAAAAATGGCTAATCATTCTACATGGTTCCTCTTCTCTTG
ATTTCTTCTGTTGCTTCTCTCTCTTCTAAAAGCATGAAACAGATCAATCCCAAGACCCAC
ATTGAGGATGTTCATTCCAGCCATACCAAACAGAGCGAGCGGCCACTCCACGCCTCTCCC
AAACTTGTGCGCGTCTTTGATCAGCTTGACAGTGATGAAAATGTGAGGAATGCATCTCGC
AAACACAAAGGCCGTCCAGTTTAGTACCCACTCCAGTTTCACCAACGCCGTGCCGCTGTC
ACGGATTCCCGCCATCCTCCTTAGCTTCCTCACGTGCAAAAAGATCGAATGCATCTCGCA
AATGAAAGTAAGGATGAGGTAGTTGATGGTGACGTTCCGGTACAGAGCCAAAGTGAAGCA
AACGAGGAGGAAGAGATGGTGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1FM23JQ U 1
AF RR1GO44JQ U 54
BS 1 122 RR1FM23JQ
BS 123 123 RR1GO44JQ
BS 124 277 RR1FM23JQ
BS 278 278 RR1GO44JQ
BS 279 285 RR1FM23JQ
BS 286 286 RR1GO44JQ
BS 287 318 RR1FM23JQ
BS 319 319 RR1GO44JQ
BS 320 398 RR1FM23JQ
BS 399 399 RR1GO44JQ
BS 400 545 RR1FM23JQ
BS 546 546 RR1GO44JQ
BS 547 611 RR1FM23JQ
BS 612 612 RR1GO44JQ
BS 613 623 RR1FM23JQ

RD RR1FM23JQ 623 0 0
CTGATTTTCTTATGGCTCATACAAAAAAAACCATCAAACAAATAACATTTACATGTAGTT
TTCCTTCAAAAAAAAAAGGAAAGAATCTGAAAGCTAAATAGAAACATAGTAACAAAGCCT
CAGAAATAAAAAAACAGATAGAGTGTGGTAATGTGTATTATAAACCTTACAATAAACCTT
GGTCTAAGGATGGCTTCCAAAAAAAATGGCTAATCATTCTACATGGTTCCTCTTCTCTTG
ATTTCTTCTGTTGCTTCTCTCTCTTCTAAAAGCATGAGACAGATCCATCCCAAGACCCAC
ATTGAGGATGTTCATTCCCGCCATACCAAACAGAGCGAGCGGCCACTCCACGCCTCTCCC
AAACTTGTGCGCGTCTTTGATCAGCTTGACAGTGATGAGAATGTGAGGAATGCATCTCGC
AAACACAAAGGCCGTCCAGTTTAGTACCCACTCCAGTTTCACCAACGCCGTGCCGCTGTC
ACGGATTCCCGCCATCCTCCTTAGCTTCCTCACGTGCAAAAAGATCGAATGCATCTCGCA
AATGAGAGTAAGGATGAGGTAGTTGATGGTGACGTTCCGGTACAGAGCCAAAGTGAAGCA
AACGAGGAGGACGAGATGGTGGA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1GO44JQ 566 0 0
C
GTAGTTTTCCTTCAAAAAAAA**GGAAAGAATCTGAAAGCTAAATAGAAACATAGTAACA
AAGCCTCAAAAATAAAAAAACAGATAGAGTGTGGTAATGTGTATTATAAACCTTACAATA
AACCTTGGTCTAAGGATGGCTTCCAAAAAAA*TGGCTAATCATTCTACATGGTTCCTCTT
CTCTT**TTTCTTCTGTTGCTTCTCTCTCTTCTAAAAGCATGAAACAGATCAATCCCAAG
ACCCACATTGAGGATGTTCATTCCAGCCATACCAAACAGAGCGAGCGGCCACTCCACGCC
TCTCCCAAACTTGTGCGCGTCTTTGATCAGCTTGACAGTGATGAAAATGTGGGGAATGCA
TCTCGCAAACACAAAGGCCGTCCAGTTTAGTACCCACTCCAGTTTCACCAACGCCGTGCC
GCTGTCACGGATTCCCGCCATCCTCCTTAGCTTCCTCACGTGCAGAAAGATCGAATGCAT
CTCGCAAATGAAAGTAAGGATGAGGTAGTTGATGGTGACGTTCCGGTACAGAGCCAAAGT
GAAGCAAACGAGGAGGAAGAGATGG

QA 2 566 2 566
DS 



AS 1 3

CO CL3739Contig1 813 3 10 U
GGAAACCAAAGCAGAGAACTACGCAAACGACACCGTCTTACAGCAAAAAGATGCTTTCTT
CTTCTCCAACCTCCTTCGCTAGTCCATTCCTCTCCACGTCTCCCCCTCTCTCCCCCGTAT
CTCCTCCGTCTCGCTCCGCCCGTATCTCGCCTCCTCCCGTCTCCGCCTCTTGCTCATACA
CCTGCACGGAGGACGCCCCGCGGCTGCACCAGATCCCGCTGCGTTTGACGACGACGGCGA
ACGCTTCTCTCTACGAGATCCTGGAGGTTCCTCTCGGCGCGACGAGCCAGGATATCAAAT
CTGCTTACCGGAGACTGACCAGGATCTGCCATCCAGACGTGGCGGCGGGAACCGATCGGA
CGAGTTCTTCTTCTTCTTCTGCGTCATCGGCCGATGAGTTCATGAAGATTCACGCGGCTT
ACTGTACGCTTTCTGATCCCGAGAAACGATCTGTATACGATCGGAGGATGCTTCGTCGGA
GCAGGCCTTTGACCGTTGGTAACTCGGGGATAGGCGGTTACGTTGGCCGGAACTGGGAAA
CAGATCAGTGCTGGTAGCGAGTTCACTCGGTGACCGAGTTAACCCGCGTTAATTTGAATT
TAAGAAAAAGATGAATCGGATTTGTATAAATTAAAATAGGAAACGATAAATCTGGAGCTT
GCTTGACGTTGTAATTAGTAGTAAGTCATTAAGCTAACACGGACGAGGATTTTAGTGTGT
GCTAACATATGCTATACGGCGCCGCTTGGTTCGTGTTACGTAGGATCTACGTGTGTTTTT
TTTACCTTGTGAATCCTATACTAGTCATCAATG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP65TF U 1
AF RR1AP47TF U 1
AF RR1GP65JQ C 377
BS 1 317 RR1AP47TF
BS 318 318 RR1GP65TF
BS 319 385 RR1AP47TF
BS 386 386 RR1GP65TF
BS 387 511 RR1AP47TF
BS 512 512 RR1GP65TF
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BS 764 764 RR1GP65JQ
BS 765 783 RR1AP47TF
BS 784 813 RR1GP65JQ

RD RR1GP65TF 609 0 0
GGAAACCAAAGCAGAGAACTACGCAAACGACACCGTCTTACAGCAAAAAGATGCTTTCTT
CTTCTCCAACCTCCTTCGCTAGTCCATTCCTCTCCACGTCTCCCCCTCTCTCCCCCGTAT
CTCCTCCGTCTCGCTCCGCCCGTATCTCGCCTCCTCCCGTCTCCGCCTCTTGCTCATACA
CCTGCACGGAGGACGCCCCGCGGCTGCACCAGATCCCGTTGCGTTTGACGACGACGGCGA
ACGCTTCTCTCTACGAGATCCTGGAGGTTCCTCTCGGCGCGACGAGCCAGGATATCAAAT
CTGCTTACCGGAGACTGACCAGGATCTGCCATCCAGACGTGGCGGCGGGAACCGATCGGA
CGAGTTCTTCTTCTTCTTCTGCGTCATCGGCCGATGAGTTCATGAAGATTCACGCGGCTT
ACTGTACGCTTTCTGATCCCGAGAAACGATCTGTATACGATCGGAGGATGCTTCGTCGGA
GCAGGCCTTTGACCGTTGGTAACTCGGGGATAGGCGGTTACGTTGGCCGGAACTGGGAAA
CAGATCAGTGCTGGTAGCGAGTTCACTCGGTGACCGAGTTAACCCGCGTTAATTTGAATT
TAAGAAAAA

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1AP47TF 783 0 0
GGAAACCAAAGCAGAGAACTACGCAAACGACACCGTCTTACAGCAAAAAGATGCTTTCTT
CTTCTCCAACCTCCTTCGCTAGTCCATTCCTCTCCACGTCTCCCCCTCTCTCCCCCGTAT
CTCCTCCGTCTCGCTCCGCCCGTATCTCGCCTCCTCCCGTCTCCGCCTCTTGCTCATACA
CCTGCACGGAGGACGCCCCGCGGCTGCACCAGATCCCGCTGCGTTTGACGACGACGGCGA
ACGCTTCTCTCTACGAGATCCTGGAGGTTCCTCTCGGCGCGACGAGCCAGGATATCAAAT
CTGCTTACCGGAGACTGGCCAGGATCTGCCATCCAGACGTGGCGGCGGGAACCGATCGGA
CGAGTTCTTCTTCTTCTTCTGCGTCGTCGGCCGATGAGTTCATGAAGATTCACGCGGCTT
ACTGTACGCTTTCTGATCCCGAGAAACGATCTGTATACGATCGGAGGATGCTTCGTCGGA
GCAGGCCTTTGACCGTTGGTAACTCGGGGATGGGCGGTTACGTTGGCCGGAACTGGGAAA
CAGATCAGTGCTGGTAGCGAGTTCACTCGGTGACCGAGTTAACCCGCGTTAATTTGAATT
TAAGAAAAAGATGAATCGGATTTGTATAAATTAAAATAGGAAACGATAAATCTGGAGCTT
GCTTGACGTTGTAATTAGTAGTAAGTCATTAAGCTAACACGGACGAGGATTTTAGTGTGT
GCTAACATATGCTATACGGCGCCGCTTGGTTCGTGTTACGTAG*ATCTACGTGTGTTTTT
TTT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1GP65JQ 437 0 0
TTCTGCGTCATCGGCCGATGAGTTCATGAAGATTCACGCGGCTTACTGTACGCTTTCTGA
TCCCGAGAAACGATCTGTATACGATCGGAGGATGCTTCGTCGGAGCAGGCCTTTGACCGT
TGGTAACTCGGGGATAGGCGGTTACGTTGGCCGGAACTGGGAAACAGATCAGTGCTGGTA
GCGAGTTCACTCGGTGACCGAGTTAACCCGCGTTAATTTGAATTTAAGAAAAAGATGAAT
CGGATTTGTATAAATTAAAATAGGAAACGATAAATCTGGTGCTTGCTTGACGTTGTAATT
AGTAGTAAGTCATTAAGCTAACACGGACGAGGATTTTAGTGTGTGCTAACATATGCTATA
CGGCGCCGCTTGGTTCGTGTTACGTAGGATCTACGTGTGTTTTTTTTACCTTGTGAATCC
TATACTAGTCATCAATG

QA 1 437 1 437
DS 



AS 1 3

CO CL3740Contig1 751 3 7 U
CTTAATACAAAACTTTTATTATGCAATCAGAACGATCCTTACTCAAAAAAAGATAATTAT
TTCTCATTTAAACAAAGCTACTCATTGAGTCATTTCCCCAAGAGAAGAAAATAACTTAAA
AACATCGCAAATAGATAGATGGGGGACAAGAGATACACATGTGACATGTGCAACTTCATT
ACACCATGAGGCCCTCAGGTGCAGCAGCAGCAGCAGCCTTAGGTTTAGGCTTATCAACAA
CGATAGCCTGAGTGGTCAGCACCATCCCTGCAACCGAAGCAGCGTTCTGAAGCGCACATC
TGGTCACTTTAGCCGGATCAATCACTCCAGCTTCCAACAGATTCTCATAGGTATCAGTCA
TGGC***GTACCCTAGCTCCCATTCACTGAACATAATCTTCTCCACCACAACTTCTCCTT
CAATCCCAGCGTTCTGCGCAATAAGTGCTGCTGGTGCCACCAATGCCTTCTGTACTATAT
CAGCTCCAAGACGTTCATCAGCGTCCTCAAACGTCTCCTTAATGGCAGGGATAACAGTGG
AGAGATGCACCAGAGCCGCACCACCACCGGGGACTATCCCTTCCTCGATAGCAGCAAAGG
TCGCGTTCTTTGCGTCCTCGATACGAAGCTTACGGTCCTCCAGCTCGGTTTCAGTCGCTG
CTCCGACTTTAATGACGGCAACACCACCAGAGAGTTTGGCTATTCTCTCAGCGAGCTTCT
CCGAGTCGTACACAGAGTCAGTCTCGAACAC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BI17JQ U 1
AF RR1DT33JQ U 43
AF RR1BI17TF C 3
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BS 107 107 RR1DT33JQ
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BS 630 663 RR1DT33JQ
BS 664 751 RR1BI17TF

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AGAGATGCACCAGA

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CA
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AAGAAAATAACTTAAAAACATCGCAAATAGATAGATGGGGGACAAGAGATACACATGTGA
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TCGGTTTCAGTCGCTGCTC

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DS 

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CATCGCAGATAGATAGATGGGGGACAAGAGATACACATGTGACATGTGCAACTTCATTAC
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GC***GTACCCTAGCTCCCATTCACTGAACATAATCTTCTCCACCACAACTTCTCCTTCA
ATCCCAGCGTTCTGCGCAATAAGTGCTGCTGGTGCCACCAATGCCTTCTGTACTATATCA
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AGATGCACCAGAGTCGCACCACCACCGGGGACTATCCCTTCCTCGATAGCAGCAAAGGTC
GCGTTCTTTGCGTCCTCGATACGAAGCTTACGGTCCTCCAGCTCGGTTTCAGTCGCTGCT
CCGACTTTAATGACGGCAACACCACCAGAGAGTTTGGCTATTCTCTCAGCGAGCTTCTCC
GAGTCGTACACAGAGTCAGTCTCGAACAC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 3

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GCTTGATCATGGTTCACCATTTAATTATATTTTAGGTCTTCATAATCATACATTATATTT
CTTAAGTTTGTTTCTTTTTTTTCTGGCATTGATTCTTCTGTATTTGTTATAATTTGATTT
TATCTTTCTTTTTCCTCCCTTTAATGAGATAAATTATGATCTGAACCATGCGATTCTAGT
CATTTTCATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT31JQ C 1
AF RR1GT31TF U 1
AF RR1E641TF U 5
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BS 7 461 RR1GT31TF
BS 462 490 RR1E641TF

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TTGTATTATTGATCGATGGCTGCATCTAGAGAATTTATCAT**GTTGCCTATTAACACTT
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TGCGGCGGAGGCGACGGCAGTCTCGGGGACGATAATGAGCGGTGTGTGGAGGCGGTCAAA
GAACATGACGACAATGACGTGGATGATGTTTTTAAAGTAATTAACAAGCTGAGGATATAT
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CTTAAGTTTGTTTCTTTTTTTTCTGGCATTGATTCTTCTGTATTTGTTATAATTTGATTT
TATCTTTCTTTTTCCTCCCTTTAATGAGATAAATTATGATC
C

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DS 

RD RR1GT31TF 462 0 0
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GACGACAATGACGTGGATGATGTTTTTAAAGTAATTAACAAGCTGAGGATATATGCTTGA
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TTTGTTTCTTTTTTTTCTGGCATTGATTCTTCTGTATTTGTTATAATTTGATTTTATCTT
TCTTTTTCCTCCCTTTAATGAGATAAATTATGATC
C

QA 7 461 7 461
DS 

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GG
AAAGAACACAAAAGAAAATAACCAAAGCTTTAAAAGCAGTTTTTGATTGACCTATTGTAT
TATTGATCGATGGCTGCATCTAGAGAATTTATCATATGTTGCCTATTAACACTTCTCTTG
TGCACTTTCTTCATGAGAATCGAGTCTGGTGCTGCTGACATCACCAGAAAAGGATGTGGC
GGAGGCGACGGCAGTCTCGGGGACGATAATGAGCGGTGTGTGGAGGCGGTCAAAGAACAT
GACGACAATGACGTGGATGATGTTTTTAAAGTAATTAACAAGCTGAGGATATATGCTTGA
TCATGGTTCACCATTTAATTATATTTTAGGTCTTCATAATCATACATTATATTTCTTAAG
TTTGTTTCTTTTTTTTCTGGCATTGATTCTTCTGTATTTGTTATAATTTGATTTTATCTT
TCTTTTTCCTCCCTTTAATGAGATAAATTATGATCTGAACCATGCGATTCTAGTCATTTT
CATT

QA 3 486 3 486
DS 



AS 1 3

CO CL3742Contig1 996 3 8 U
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TCTTGTGGCTTCACGGGTTAGGAGACTCTGGACCCGCCAACGAAAACATCAAGACAGTTT
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TTACCTGCAACCAGGGCCGGGTGATGCCTTCTTGGTTTGATGTCCCTGAGCTTCCTTTTA
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AAGCTGGTCAAGCTGCTCTTCCTTTTCTTGAACAAGCCGGTGTCACCTGTGAATTCAAGG
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TCAAGTCACGGATGCAAAGTTCCTCGTCGTCTTCGTCCTGAATGTCTAAAAGCAATGTTT
TCATTCAATACGAATATCATGTTAAAAGACAAAAGAACATTGATTACTACTTAAGCAAAA
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TAATATGAGAACTATAATGTTTGTATAATGTCTCAAAGACTGCAAAACATTGAATCATAT
ATTGCCTGCACGTCATGAAAAGAACAAAACATAGCC


BQ
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AF RR1EI95TF U 1
AF RR1AL08TF U 29
AF RR1EI95JQ C 462
BS 1 770 RR1EI95TF
BS 771 771 RR1AL08TF
BS 772 787 RR1EI95TF
BS 788 788 RR1AL08TF
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BS 795 806 RR1EI95TF
BS 807 996 RR1EI95JQ

RD RR1EI95TF 806 0 0
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GCTTCCTTTGTATCTCTTCTTGCTCAGGGAACTCAGACGCCATGGCTCGACGACCCTTCA
TCTTGTGGCTTCACGGGTTAGGAGACTCTGGACCCGCCAACGAAAACATCAAGACAGTTT
TCAAGTCCCCGGAGCTGAGTGACGCTAAGTGGCTCTTCCCTTCTGCTCCATACAATCCCG
TTACCTGCAACCAGGGCCGGGTGATGCCTTCTTGGTTTGATGTCCCTGAGCTTCCTTTTA
GAGCGGGATCTCGAATTGATGAGACCAGCATTCTTGAAGCAGTTAAGAAGGTTCATGCTA
TTATAGACGAGGAGATTGCAAGAGGAACAAGACCAGAAAATGTGTTTATCTGTGGTTTAA
GCCAAGGAGGTGCTTTAACATTGGCTAGTGTTCTTCTCTATCCCAAAACACTTGGAGGAG
GAGCTGTCCTTAGTGGTTGGGTTCCATTAAGTTCTTCAATGATCAATCAGTTTCCTGAAC
AAGCTAAAAAGACACCAATATTGTGGTCTCATGGGACTGATGACGAGCTTGTGCTCTTTG
AAGCTGGTCAAGCTGCTCTTCCTTTTCTTGAACAAGCCGGTGTCACCTGTGAATTCAAGG
CGTATCCAGGTCTTGCGCACTGGATGAACGACGAGGAGCTACAGTATATAGAGTCATGGA
TCAAGTCACGGATGCAAAGTTCCTCGTCGTCTTCGTCCTGAATGTCTAAA*GCAATGTTT
TCATTCA*TACGA*TATCATGTTAAA

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DS 

RD RR1AL08TF 780 0 0
GG
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GACCCGCCAACGAAAACATCAAGACAGTTTTCAAGTCCCCGGCGCTGAGTGACGCTAAGT
GGCTCTTCCCTTCTGCTCCATACAATCCCGTTACCTGCAACCAGGGTCGGGTGATGCCTT
CTTGGTTTGATGTCCCTGAGCTTCCTTTTAGAGCGGGATCTCGAATTGATGAGACCAGCA
TTCTTGAAGCAGTTAAGAAGGTTCATGCTATTATAGACGAGGAGATTGCAAGAGGAACAA
GACCAGAAAATGTGTTTATCTGTGGTTTAAGCCAAGGAGGTGCTTTAACATTGGCTAGTG
TTCTTCTCTATCCCAAAACACTTGGAGGAGGAGCTGTCCTTAGTGGTCGGGTTCCATTAA
GTTCTTCAATGATCAATCAGTTTCCTGAACAAGCTAAAAAGACACCAATATTGTGGTCTC
ATGGGACTGATGACGAGCTTGTGCTCTTTGAAGCTGGTCAAGCTGCTCTTCCTTTTCTTG
AACAAGCCGGTGTCACCTGTGAATTCAAGGCGTATCCAGGTCTTGCGCACTGGATGAACG
ACGAGGAGCTACAGTATATAGAGTCATGGATCAAGTCACGGATGCAAAGTTCCTCGTCGT
CTTCGTCCTGAATGTCTAAAAGCAATGTTTTCATTCAATACGAATATCATGTTAAA
AG

QA 3 778 3 778
DS 

RD RR1EI95JQ 535 0 0
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ATCAATCAGTTTCCTGAACAAGCTAAAAAGACACCAATATTGTGGTCTCATGGGACTGAT
GACGAGCTTGTGCTCTTTGAAGCTGGTCAAGCTGCTCTTCCTTTTCTTGAACAAGCCGGT
GTCACCTGTGAATTCAAGGCGTATCCAGGTCTTGCGCACTGGATGAACGACGAGGAGCTA
CAGTATATAGAGTCATGGATCAAGTCACGGATGCAAAGTTCCTCGTCGTCTTCGTCCTGA
ATGTCTAAAAGCAATGTTTTCATTCAATACGAATATCATGTTAAAAGACAAAAGAACATT
GATTACTACTTAAGCAAAAGATAAAACATTGTTCATCAAGTATCTTTGGTTTTTCTGTTA
CTTTATTTTATTTGGTAATTAATATGAGAACTATAATGTTTGTATAATGTCTCAAAGACT
GCAAAACATTGAATCATATATTGCCTGCACGTCATGAAAAGAACAAAACATAGCC

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 2

CO CL3743Contig1 1167 2 2 U
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AGAAGCTTAAATGGACGGAGGAGGAAGAGGAGGCGTTGCTCGCCGGCGTTGAGAAGCATG
GTCCCGGAGAGTGGAAGCATATCCTCCGAGATCCTCAATTCGCTCATCCGCTCTCTAATC
GCTCCAACGTCGACCTCAAGGATAAATGGCGTAACTTGAGTGTTCCCCCTGACATTCAAG
GCTCAAATGATAAGGTACGGACACCAAAAATCAAAGCCGCCGCTTTGAATCTTGCTGCCG
CCGCCACCACTACTTCCATCCCTTCTCCAGTTGCTCCCCCCCTTCCCCTTACTGGATCTT
CTGTCTTGAATCTTGATGATTGTTGGAATACTATGATGGTCGATGCAAAGAATGCTCCCA
GGTATGATGGGATGATATTCGAAGCTCTTTCAGCGTTGACGGATCCTAATGGATCTGATG
TCACTACCATTTTTAACTTCATCGAGCAAGAAAAACATCAAATGCCAGCAACTTTTAAAA
GGGTCTTGGGTTCAAGATTAAGGAGGCTTGCTGCTCAGGGCAAAATTGAAAAGGTTAACC
AGTTGAAAGCAGGAACGCAGAACTTCTATAAGATGAATGGTAATAGCTTCTCGGGAATGA
GAACGCCAGTTGTAGCGAGACCTAAAGAGGCGAATGTGAAACCCCGTCAACAAGTACCCA
CTGTTTCCCAGGGGAAGGTTAGTCACGCATCAGGAACCGCAGCTTTTAAGCTCGTGGAGG
TTGAAAAAAAATTGGAAATGGTCAAAGCAGCTGCAGCGGAGATAGATAAGATGATACAAC
TGACAGAAAAAGCTGAGACTATTCTACTACTAGCGGAAGAGTTGCACGAAGCATGTTCTC
AGGGAAAGATTGTGGAACTGAACTGAGGTTTGTGGAACAAAAGAAGCAGGAAGCACAGTG
TTTTGGTGTATAGATACTAATAGTATAATAGGCTATTAGCTCTTGCATTCTTTTTGTTTC
GTATGATAACAACTTAGGAGGAATGGTTTGCACAAATAACTTTTGAAGTTCTTTCATTTA
CTAAAAAAAGAGAAATGGGTAGTTGAGGGTAATTAGCCAAAAACAGAAAATGTATTGTGT
GTCTTGGAAAGTACAGTATTAAACTCT


BQ
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AF RR1CT27TF U 1
AF RR1CT27JQ C 516
BS 1 689 RR1CT27TF
BS 690 1167 RR1CT27JQ

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GGGGGAACAAGATTTTACACAGACGAAGGTGGAAAGAAGGGAGCGGAGAGATGGGAAACC
AGAAGCTTAAATGGACGGAGGAGGAAGAGGAGGCGTTGCTCGCCGGCGTTGAGAAGCATG
GTCCCGGAGAGTGGAAGCATATCCTCCGAGATCCTCAATTCGCTCATCCGCTCTCTAATC
GCTCCAACGTCGACCTCAAGGATAAATGGCGTAACTTGAGTGTTCCCCCTGACATTCAAG
GCTCAAATGATAAGGTACGGACACCAAAAATCAAAGCCGCCGCTTTGAATCTTGCTGCCG
CCGCCACCACTACTTCCATCCCTTCTCCAGTTGCTCCCCCCCTTCCCCTTACTGGATCTT
CTGTCTTGAATCTTGATGATTGTTGGAATACTATGATGGTCGATGCAAAGAATGCTCCCA
GGTATGATGGGATGATATTCGAAGCTCTTTCAGCGTTGACGGATCCTAATGGATCTGATG
TCACTACCATTTTTAACTTCATCGAGCAAGAAAAACATCAAATGCCAGCAACTTTTAAAA
GGGTCTTGGGTTCAAGATTAAGGAGGCTTGCTGCTCAGGGCAAAATTGAAAAGGTTAACC
AGTTGAAAGCAGGAACGCAGAACTTCTATAAGATGAATGGTAATAGCTTCTCGGGAATGA
GAACGCCAGTTGTAGCGAGACCTAAAGAG
CGATGTGAAACCCG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1CT27JQ 652 0 0
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CAGGGCAAAATTGAAAAGGTTAACCAGTTGAAAGCAGGAACGCAGAACTTCTATAAGATG
AATGGTAATAGCTTCTCGGGAATGAGAACGCCAGTTGTAGCGAGACCTAAAGAGGCGAAT
GTGAAACCCCGTCAACAAGTACCCACTGTTTCCCAGGGGAAGGTTAGTCACGCATCAGGA
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GCGGAGATAGATAAGATGATACAACTGACAGAAAAAGCTGAGACTATTCTACTACTAGCG
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AACAAAAGAAGCAGGAAGCACAGTGTTTTGGTGTATAGATACTAATAGTATAATAGGCTA
TTAGCTCTTGCATTCTTTTTGTTTCGTATGATAACAACTTAGGAGGAATGGTTTGCACAA
ATAACTTTTGAAGTTCTTTCATTTACTAAAAAAAGAGAAATGGGTAGTTGAGGGTAATTA
GCCAAAAACAGAAAATGTATTGTGTGTCTTGGAAAGTACAGTATTAAACTCT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 3

CO CL3744Contig1 809 3 8 U
GGACAGGGGGGCAAACCAGATTAAACCAAACCAGAAATCTGGAGAATCCTTCCTTCCTTC
TTCCCCCAAAAAAAGAGAGAGAGTTTTGCGAATCAGGCGAAAGTAGAAGAAGAAAGGGAG
AAACGAATAAGATCGGATCGGGATAGATGGCGAATCTGTATGTGAAAGCGGCACCACCGC
CGGACATGAACAGGAACACGGAGTGGTTCATGTATCCAGGGGTGTGGACGACTTATATAC
TAATCCTCTTCTTCGGGTGGCTCGTTGTTCTCTCCCTCTCTGGCTGTTCCCCTGGAATGG
CTTGGACTGTTGTTAATCTCGCTCACTTCGTTGTAACGTATCACTCCTTTCACTGGATGA
AAGGAACTCCTTTTGCAGACGACCAAGGTGTCTACAATGCTCTCACCTGGTGGGAACAGA
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TGTACTTGATAGCATCACATACAACAGATTACAGACATCCATGGCTATTCCTCAACACAC
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TGAGTTGTCGGATATTTTGTAAGTAACTTTGAAACTTTGAATTTCTTCTCTCTTTTTAAA
AAAACATAGACACGAAATTGATAATTTCC


BQ
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AF RR1GQ01TF U 54
AF RR1CQ68TF U 1
AF RR1CQ68JQ C 249
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GG
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ATGGTTCTAGTTGTGGCCAAGTTCCCTAACATGCACAAGGTACGCATCTTCGGGATCAAC
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QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR1CC92TF U 1
AF RR1DP79TF U 262
AF RR1CC92JQ C 488
BS 1 296 RR1CC92TF
BS 297 297 RR1DP79TF
BS 298 705 RR1CC92TF
BS 706 706 RR1DP79TF
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CCTTGGTCATGATGTCAATCTCCAAGAGCTTGCTGCTCGAACAAAAAATTACAGTGGTGC
GGAGCTTGAAGGTGTTGTTAAAAGTGCTACCTCATATGCGTTAAACAGACAATTAAGCAT
GGATGATCTTACAAAGCCAGTGGAAGAAGAGAATATCAAGATCACTATGGAGGATTTTCT
CCATGCAATCCATGAAGTTCAGCCTGCCTTTGGAGCCTCCACAGATGACCTGGAGCTCTG
CAGACTTAACGGGATGGTGGATTCTGGTGATCGGCATAATCACATTTACAAAAGAGCGAT
GCTTCTAGTCGAGCAAGTTAAAGTTAGTAGTAGAAGTCCTCTTGTCACTTGTCTTCTAGA
GGGGCCAAGTGGAAGTGGAAAAACTGCTTTAGCTGCAACTGTTGGTATCGATAGTGACTT
CCCCTATGTTAAGATCGTCTCTGCTGAAACTATGATTGGTCTTCAGGAGAGCACCAAATG
TGCTCACATTGTCAAGGTCTTTGAGGATGCATATAAATCACCAATGAGCATCATTATCCT
TGATGATATCGAAAGATTGTTGGAGTACGTAGCAATCGGTCCTCGTTTCTCAAACATTAT
TTCTCAGACGTTGATGGTTCTTCTCAAACGACTTCCTCCGAAGGG*AAGAAACTTCTCGT
GTTTGGGACA
CAGTC

QA 1 730 1 730
DS 

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TTCTGGTGATCGGCATAATCACATTTACAAAAGAGCGATGCTTCTAGTCGAGCAAGTTAA
AGTTAGTAGTAGAAGTCCTCTTGTCACTTGTCTTCTAGAGGGGCCAAGTGGAAGTGGAAA
AACTGCTTTAGCTGCAACTGTTGGTATCGATAGTGACTTCCCCTATGTTAAGATCGTCTC
TGCTGAAACTATGATTGGTCTTCAGGAGAGCACCAAATGTGCTCACATTGTCAAGGTCTT
TGAGGATGCATATAAATCACCAATGAGCATCATTATCCTTGATGATATCGAAAGATTGTT
GGAGTACGTAGCAATCGGTCCTCGTTTCTCAAACATTATTTCTCAGACGTTGATGGTTCT
TCTCAAACGACTTCCTCCGAAGGGGAAGAAACTTCTCGTGTTTGGGACAACAAGTCAACT
AACCTTCTTAGACTCTGTTGGTATCTGTGATGCCTTCTCTATCACTTACTCTGCTCCAAC
ATTGAGAACAGAGGATGCAAAGAAGGTGCTGAAGCAGCTTAATGTCTTCTCGGAGGATGA
TATCGATGCAGCTGCCGAGGCTCTCGATGATATGCCGATCAAGAAGCTGTACATGCTAAT
TGAGATGGCCGCGCAAGGAGA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1CC92JQ 725 0 0
GTTAAGATCGTCTCTGCTGAAACTATGATTGGTCTTCAGGAGAGCACCAAATGTGCTCAC
ATTGTCAAGGTCTTTGAGGATGCATATAAATCACCAATGAGCATCATTATCCTTGATGAT
ATCGAAAGATTGTTGGAGTACGTAGCAATCGGTCCTCGTTTCTCAAACATTATTTCTCAG
ACGTTGATGGTTCTTCTCAAACGACTTCCTCCGAAGGGGAAGAAACTTCTCGTGTTTGGG
ACAACAAGTCAACTAACCTTCTTAGACTCTGTTGGTATCTGTGATGCCTTCTCTATCACT
TACTCTGTTCCAACATTGAGAACAGAGGATGCAAAGAAGGTGCTGAAGCAGCTTAATGTC
TTCTCGGAGGATGATATCGATGCAGCTGCCGAGGCTCTCGATGATATGCCGATCAAGAAG
CTGTACATGCTAATTGAGATGGCCGCGCAAGGAGAAGACGGTGGATCCGCAGAAGCTATC
TATGCTGGGAGAGAGAAAATCAAGATCACTCATTTCTTCGATTGCCTACAAGACGTTGTC
CGATTCTAAAAACTTCCCAGGCAAATTATATTTTCTTCTTCATAAAGCTTTTGAAACAAT
TGGTTTGGTTATTAACTCTTTGGATTTTATTTTATTTGGTGGATGAATGGAACTGAGAGG
GCTTTCTTGTGCTGCATTGTTCTTTTGGTGAATGAAACAATATTGCTTTTGGCTTTTTAG
TTACG

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 3

CO CL3746Contig1 857 3 2 U
GGAAAAACAGAGTGGTCTGGTCTGATTCGTAAAGAACGATGCCACTGTCCGCATCAATAT
CATCGCCGTCTTCTCTCGCTCTTCTCTCAACCCGATCACGATCGTGCCTCTCCTTCTTCG
TCTCCACTCCCAGAACCCTAATCATCTCCAGAACCCCTGATCCTCCTCCTCTTTCTACTT
CTCTTTTCGCTTCCCGACGACCCCGAGATTTCATCAACGGGAGGAGGGATGGTTTCGTAG
ACGGTGATCGGAGCTGGAACCGGAAGATCAGACCGGAGTATGGGATCGATGATGATTATG
GAGAAGACGAAGACGAACAGGAAGAGGATGAAGAGGAAGAAGACAGAAGCTTGGATCTTT
TACTTAGGTTCGTCGAGAATGTCTTCAGAAAAGTCTCCAAGAGAGCTAGGAAAGCCGTTC
GGTCTGTTTTGCCTGTTTCCATCTCCACCAAGCTGGTGGGATTCTCAGTGAACGGTGTAC
TTATACTTGCATTTCTGTGGATCTTGAAGGCCTTTCTCGAGGTAGCTTGTACGCTTGGGA
CTATTGTATTTACGAGCATTCTACTTATACGAGGACTTTGGGCTGGTGTAGCATACGTAC
AAGAAAGCCGCAACAACCGGATCAATGAACTTTCTGACGACCCACGTGCATGGAACGGGG
TGCAACCAGCGTCATGATTAATTCACTATGTGCTTCAAAAAAACAAGTTTCTGACTTCTG
AAAGCCAAAATTGATTTAGGTTCTTGGAAGACAATAAAACCACAGATGATTATAGGAGTG
AGTTACACTGGATATGATGTGCATTGGCATTGTCTGATGATTTAGTAAGTAAAAGAATGT
AATGTTTGTAGCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FF78TF U 1
AF RR1F973TF U 6
AF RR1FF78JQ C 173
BS 1 701 RR1FF78TF
BS 702 857 RR1FF78JQ

RD RR1FF78TF 701 0 0
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TCTCCACTCCCAGAACCCTAATCATCTCCAGAACCCCTGATCCTCCTCCTCTTTCTACTT
CTCTTTTCGCTTCCCGACGACCCCGAGATTTCATCAACGGGAGGAGGGATGGTTTCGTAG
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GAGAAGACGAAGACGAACAGGAAGAGGATGAAGAGGAAGAAGACAGAAGCTTGGATCTTT
TACTTAGGTTCGTCGAGAATGTCTTCAGAAAAGTCTCCAAGAGAGCTAGGAAAGCCGTTC
GGTCTGTTTTGCCTGTTTCCATCTCCACCAAGCTGGTGGGATTCTCAGTGAACGGTGTAC
TTATACTTGCATTTCTGTGGATCTTGAAGGCCTTTCTCGAGGTAGCTTGTACGCTTGGGA
CTATTGTATTTACGAGCATTCTACTTATACGAGGACTTTGGGCTGGTGTAGCATACGTAC
AAGAAAGCCGCAACAACCGGATCAATGAACTTTCTGACGACCCACGTGCATGGAACGGGG
TGCAACCAGCGTCATGATTAATTCACTATGTGCTTCAAAAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1F973TF 697 0 0
GGG
AGAGTGGTCTGGTCTGATTCGTAAAGAACGATGCCACTGTCCGCATCAATATCATCGCCG
TCTTCTCTCGCTCTTCTCTCAACCCGATCACGATCGTGCCTCTCCTTCTTCGTCTCCACT
CCCAGAACCCTAATCATCTCCAGAACCCCTGATCCTCCTCCTCTTTCTACTTCTCTTTTC
GCTTCCCGACGACCCCGAGATTTCATCGACGGGAGGAGGGATGGTTTCGTAGACGGTGAT
CGGAGCTGGAACCGGAAGATCAGACCGGAGTATGGGATCGATGATGATTATGGAGAAGAC
GAAGACGAACAGGAAGAGGATGAAGAGGAAGAAGACAGAAGCTTGGATCTTTTACTTAGG
TTCGTCGAGAATGTCTTCAGAAAAGTCTCCAAGAGAGCTAGGAAAGCCGTTCGGTCTGTT
TTGCCTGTTTCCATCTCCACCAAGCTGGTGGGATTCTCAGTGAACGGTGTACTTATACTT
GCATTTCTGTGGATCTTGAAGGCCTTTCTCGAGGTAGCTTGTACGCTTGGTACTATTGTA
TTTACGAGCATTCTACTTATACGAGGACTTTGGGCTGGTGTAGCATACGTACAAGAAAGC
CGCAACAACCGGATCAATGAACTTGCTGACGACCCACGTGCATGGAACGGGGTGCAACCA
GCGTCATGATTAATTCACTATGTGCTTCAAAAA
A

QA 4 696 4 696
DS 

RD RR1FF78JQ 685 0 0
TTCTACTTCTCTTTTCGCTTCCCGACGACCCCGAGATTTCATCAACGGGAGGAGGGATGG
TTTCGTAGACGGTGATCGGAGCTGGAACCGGAAGATCAGACCGGAGTATGGGATCGATGA
TGATTATGGAGAAGACGAAGACGAACAGGAAGAGGATGAAGAGGAAGAAGACAGAAGCTT
GGATCTTTTACTTAGGTTCGTCGAGAATGTCTTCAGAAAAGTCTCCAAGAGAGCTAGGAA
AGCCGTTCGGTCTGTTTTGCCTGTTTCCATCTCCACCAAGCTGGTGGGATTCTCAGTGAA
CGGTGTACTTATACTTGCATTTCTGTGGATCTTGAAGGCCTTTCTCGAGGTAGCTTGTAC
GCTTGGGACTATTGTATTTACGAGCATTCTACTTATACGAGGACTTTGGGCTGGTGTAGC
ATACGTACAAGAAAGCCGCAACAACCGGATCAATGAACTTTCTGACGACCCACGTGCATG
GAACGGGGTGCAACCAGCGTCATGATTAATTCACTATGTGCTTCAAAAAAACAAGTTTCT
GACTTCTGAAAGCCAAAATTGATTTAGGTTCTTGGAAGACAATAAAACCACAGATGATTA
TAGGAGTGAGTTACACTGGATATGATGTGCATTGGCATTGTCTGATGATTTAGTAAGTAA
AAGAATGTAATGTTTGTAGCATTCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL3747Contig1 697 2 3 U
TTTTATGTGGTCTTTTCTTTAAAGCTCAAATTCCTTATAGACACATTTTTATGTTTGCTC
ACTGTTAGCCGACTCCCCACATTCAGACACCGAGTCAATGCTGGTTCAATGTTCATATTC
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ATTCGGTTTAGTGACTCAACCAACTTTGATGCGTTAACGGAACCGGCTTCTCCAATTCTG
GTAGAGCGTTTCAGGTTCCGTGATCTGGATTCTCTACTTGACCTAGCCAACACCAGCACA
CAACTTCCAGGTATATCCTCTTATTAGCTTTTTAGTCTCAGGCTTATCATAGTAACCAAT
AAATATCTAAGCTGTACACAACCTCCTAGACTTTATTTGTGAGCTGACTGCTGCTATGAA
GTTATTCTCTACTTCATATGAAGCCATTCAGTACTTTCAGAAATAATGTAACTTTAACAT
TTGAATAGAGACGTTGATCCTTTATTTTCTGTTTTCCCATATGCAGTGATGGTCGTGACT
TTGAGTTTGTTTGAGTCACAAGCTGTGTCGTTTCACAACAAACTGGAATCTGGTCTTTTA
GACATACGACGTTGAGAAACGTTGATGCATATCGTGAGACTGTAAAATTGCTGAATGTTA
CTCTTGCACCAAACCGAGTAGAAGCTCTTTGGAGGAG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS93TF C 1
AF RR1DS93JQ U 5
BS 1 4 RR1DS93TF
BS 5 690 RR1DS93JQ
BS 691 697 RR1DS93TF

RD RR1DS93TF 697 0 0
TTTTATGTGGTCTTTTCTTTAAAGCTCAGATTCTTTATAGACACATTTTTATGTTTGCTC
ACTGTTAGCCGACTCCCCACATTCAGACACCGAGTCAATGCTGGTTCAATGTTCATATTC
AGCGGATTTGATGTGGTTAGTTGCAATCAGAACTTCAGGCTGTCTGACTCTCTTCTGGTT
ATTCGGTTTAGTGACTCAACCAACTTTGATGCGTTAACGGAACCGGCTTCTCCAATTCTG
GTAGAGCGTTTCAGGTTCCGTGATCTGGATTCTCTACTTGACCTAGCCAACACCAGCACA
CAACTTCCAGGTATATCCTCTTATTAGCTTTTTAGTCTCAGGCTTATCATAGTAACCAAT
AAATATCTAAGCTGTACACAACCTCCTAGACTTTATTTGTGAGCTGACTGCTGCTATGAA
GTTATTCTCTACTTCATATGAAGCCATTCAGTACTTTCAGAAATAATGTAACTTTAACAT
TTGAATAGAGACGTTGATCCTTTATTTTCTGTTTTCCCATATGCAGTGATGGTCGTGACT
TTGAGTTTGTTTGAGTCACAAGCTGTGTCGTTTCACAACAAACTGGAATCTGGTCTTTTA
GACATACGACGTTGAGAAACGTTGATGCATATCGTGAGACTGTAAAATTGCTGAATGTTA
CTCTTGCACCAAACCGAGTAGAAGCTCTTTGGAGGAG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1DS93JQ 686 0 0
ATGTGGTCTTTTCTTTAAAGCTCAAATTCCTTATAGACACATTTTTATGTTTGCTCACTG
TTAGCCGACTCCCCACATTCAGACACCGAGTCAATGCTGGTTCAATGTTCATATTCAGCG
GATTTGATGTGGTTAGTTGCAATCAGAACTTCAGGCTGTCTGACTCTCTTCTGGTTATTC
GGTTTAGTGACTCAACCAACTTTGATGCGTTAACGGAACCGGCTTCTCCAATTCTGGTAG
AGCGTTTCAGGTTCCGTGATCTGGATTCTCTACTTGACCTAGCCAACACCAGCACACAAC
TTCCAGGTATATCCTCTTATTAGCTTTTTAGTCTCAGGCTTATCATAGTAACCAATAAAT
ATCTAAGCTGTACACAACCTCCTAGACTTTATTTGTGAGCTGACTGCTGCTATGAAGTTA
TTCTCTACTTCATATGAAGCCATTCAGTACTTTCAGAAATAATGTAACTTTAACATTTGA
ATAGAGACGTTGATCCTTTATTTTCTGTTTTCCCATATGCAGTGATGGTCGTGACTTTGA
GTTTGTTTGAGTCACAAGCTGTGTCGTTTCACAACAAACTGGAATCTGGTCTTTTAGACA
TACGACGTTGAGAAACGTTGATGCATATCGTGAGACTGTAAAATTGCTGAATGTTACTCT
TGCACCAAACCGAGTAGAAGCTCTTT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 3

CO CL3748Contig1 966 3 9 U
GGTTCCAGTCAGTAATGTATCTGAATGTCTTACCGAAGGGGCCAAAAAACCTATTGAAGC
TATATATGTATCGTCTTCAAAGCCTAAGGAGAATGGGAAATGTGATCCATTAGTTGTTGT
TATCCATGGAGGCCCTCATTCAGTTGCAACATGCAGCTTTTCCAAGACTTTGACTTACCT
CTCCTCTGTTGGATACAGTCTGCTGAATGTTAATTACAGGGGTTCGTTGGGATTTGGGAA
AGAAGCTTTGCAGTCTCTATCTGGAAACGTTGGATCACAGGACGTGAACGATGTGCTCTC
TGCTGTAGATCATGCCATCGAAATGGGACTTGCAGACCCGTCTAGAATAACCCTGATAGG
TGGTTCTCATGGTGGGTTTCTAGCCACACACTTGATTGGCCAGGCGCCAGATAAATTTGT
GGCAGCAGCTGTAAGGAATCCTGTATGCAACATTGCATCATTGGTTGGGATTACAGATAC
ACCTGATTGGGG*TTTCTTTCAAGCCTATGGTGGTAAGAATCACTTTACAGAAGCCCCCT
CACCTGAAGATATGTCTCGGTTTCATCAAGTGTCTCCTATATCACACATCTCAAAGGTGA
AAACACCCACTTTGTTTATATTGGGAACTATGGATCTCCGTGTTCCCATTTCAAACGGAC
TTCAATACATGAGGGCGTTAAAGGAGAAAGGAGTTGAGGTTAAAGTTCTTGTCTTTCCCA
ACGACAATCATCCCCTAGACAGACCGCAGACGGATTATGAAAGTTTTCTCAACGTTGCTG
TCTGGTTCAACAAGTACTGCAAGCTGTGAACACATGAGTTTGTTTTCGTATCTAAGTAAT
TTGAAAATAAAGGTTATTTAAAATTAGGGGGAGTCTTCTCTCTGGGCTTTACAGAAAGGA
ACTATTTCAGACGGTTTTGGGTTCTTGTATTTTTTTGGTAAACATTTATTAAAATATGAC
TTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR1A890TF U 1
AF RR1DH43TF U 258
AF RR1A890JQ C 219
BS 1 492 RR1A890TF
BS 493 493 RR1DH43TF
BS 494 683 RR1A890TF
BS 684 684 RR1DH43TF
BS 685 752 RR1A890TF
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BS 754 799 RR1A890TF
BS 800 864 RR1DH43TF
BS 865 966 RR1A890JQ

RD RR1A890TF 799 0 0
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TATATATGTATCGTCTTCAAAGCCTAAGGAGAATGGGAAATGTGATCCATTAGTTGTTGT
TATCCATGGAGGCCCTCATTCAGTTGCAACATGCAGCTTTTCCAAGACTTTGACTTACCT
CTCCTCTGTTGGATACAGTCTGCTGAATGTTAATTACAGGGGTTCGTTGGGATTTGGGAA
AGAAGCTTTGCAGTCTCTATCTGGAAACGTTGGATCACAGGACGTGAACGATGTGCTCTC
TGCTGTAGATCATGCCATCGAAATGGGACTTGCAGACCCGTCTAGAATAACCCTGATAGG
TGGTTCTCATGGTGGGTTTCTAGCCACACACTTGATTGGCCAGGCGCCAGATAAATTTGT
GGCAGCAGCTGTAAGGAATCCTGTATGCAACATTGCATCATTGGTTGGGATTACAGATAC
ACCTGATTGGGGGTTTCTTTCAAGCCTATGGTGGTAAGAATCACTTTACAGAAGCCCCCT
CACCTGAAGATATGTCTCGGTTTCATCAAGTGTCTCCTATATCACACATCTCAAAGGTGA
AAACACCCACTTTGTTTATATTGGGAACTATGGATCTCCGTGTTCCCATTTCAAACGGAC
TTCAATACATGAGGGCGTTAAAG*AGAAAGGAGTTGAGGTTAAAGTTCTTGTCTTTCCCA
ACGACAATCATCCCCTAGACAGACCGCAGACG*ATTATGAAAGTTTTCTCAACGTTGCTG
TCTGGTTCAACAAGTACTG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1DH43TF 607 0 0
G
ATCTGGAAACGTTGGATCACAGGACGTGAACGATGTGCTCTCTGCTGTAGATCATGCCAT
CGAAATGGGACTTGCAGACCCGTCTAGAATAACCCTGATAGGTGGTCCTCATGGTGGGTT
TCTAGCCACACACTTGATTGGCCAGGCGCCAGATAAATTTGTGGCAGCAGCTGTAAGGAA
TCCTGTATGCAACATTGCATCATTGGTTGGGATTACAGATACACCTGATTGGGG*TTTCT
TTCAAGCCTATGGTGATAAGAATCACTTTACAGAAGCCCCCTCACCTGAAGATATGTCTC
GGTTCCATCAAGTGTCTCCTATATCACACATCTCAAAGGTGAAAACACCCACTTTGTTTA
TATTGGGAACTATGGATCTCCGTGTTCCCATTTCAAACGGACTTCAATACATGAGGGCGT
TAAAGGAGAAAGGAGTTGAGGTTAAAGTTCTTGTCTTTCCCAACGACAATCATCCCCTAG
ACAGACCGCAGACGGATTATGAAAGTTTTCTCAACGTTGCTGTCTGGTTCAACAAGTACT
GCAAGCTGTGAACACATGAGTTTGTTTTCGTATCTAAGTAATTTGAAAATAAAGGTTATT
TAAAAT

QA 2 607 2 607
DS 

RD RR1A890JQ 748 0 0
GGGGTTCGTTGGGATTTGGGAAAGAAGCTTTGCAGTCTCTATCTGGAAACGTTGGATCAC
AGGACGTGAACGATGTGCTCTCTGCTGTAGATCATGCCATCGAAATGGGACTTGCAGACC
CGTCTAGAATAACCCTGATAGGTGGTTCTCATGGTGGGTTTCTAGCCACACACTTGATTG
GCCAGGCGCCAGATAAATTTGTGGCAGCAGCTGTAAGGAATCCTGTATGCAACATTGCAT
CATTGGTTGGGATTACAGATACACCTGATTGGGG*TTTCTTTCAAGCCTATGGTGGTAAG
AATCACTTTACAGAAGCCCCCTCACCTGAAGATATGTCTCGGTTTCATCAAGTGTCTCCT
ATATCACACATCTCAAAGGTGAAAACACCCACTTTGTTTATATTGGGAACTATGGATCTC
CGTGTTCCCATTTCAAACGGACTTCAATACATGAGGGCGTTAAAGGAGAAAGGAGTTGAG
GTTAAAGTTCTTGTCTTTCCCAACGACAATCATCCCCTAGACAGACCGCAGACGGATTAT
GAAAGTTTTCTCAACGTTGCTGTCTGGTTCAACAAGTACTGCAAGCTGTGAACACATGAG
TTTGTTTTCGTATCTAAGTAATTTGAAAATAAAGGTTATTTAAAATTAGGGGGAGTCTTC
TCTCTGGGCTTTACAGAAAGGAACTATTTCAGACGGTTTTGGGTTCTTGTATTTTTTTGG
TAAACATTTATTAAAATATGACTTCACC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 3

CO CL3749Contig1 885 3 5 U
GACTCTGTCAAACGACGAAAACCTCGTCGTCTCTTCGGAGGATTCTTCTTCTCCGACAGA
GAACGGTCTCGAGCTTCGTCTTACGTTGAGCCTTGGTCGTAAGGGGTATCGAGAGTGTAG
AGTTTCTCACGCTGATGATTCTTCATCTTCATCTTCTTCCTCAGCACCTTCTTCCTTGAG
CAGAGCTAGCGTCACTGCTGGGATCAAACGAACAGCTGATTCCATGGCACCTACTAGTGG
GCAAGTTGTGGGATGGCCACCAATAAGGACGTACAGGATGAACCGTTTGGTTAACCAAGC
CAAGACATTGGCTGTGGAAGAAGATCCACAGGGAGTAGTAAACAGGAATATAAGCGATGC
AACAAAGGTGAGAAGTTCCATGTTTGTGAAGGTGACTATGGATGGTATTCCCATTGGAAG
GAAAATCGATCTAAATGCTCATAACTGCTATGAATCCTTGTCCAGTACTCTCGAAGATAT
GTTTCTTAAACCCAGAACAATATCAAGCACACAAGAAACAGATGGTCACTTGGAAACAAG
GCTTAAGATACTACCAGATGGGTCTTCTGGATTAGTACTAACATACGAAGACAAGGAAGG
AGATTGGATGCTTGTTGGTGATGTTCCGTGGAGGATGTTTATTGGTTCTGTGAAAAGGCT
CCGGATAATGAAAACATCAGAAGCTACTGGTGCGGCTAAAATGAACTTATAAAGCATATA
AATAAACTACAAGAACCATTTATGTTTGAAGCAAATAATAAGACAGATCAAAGAGAAGAC
AACAACAATGTAAGAATATTTTTGCCTTGGCTCTGCCATTTTATTTAGTTAGCTATGTTG
TTCAAGTTTGTAAATCACCAAACGTTTCAGAGCAATGCACAAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D272TF U 1
AF RR1EM30TF U 225
AF RR1EM30JQ C 249
BS 1 283 RR1D272TF
BS 284 284 RR1EM30TF
BS 285 652 RR1D272TF
BS 653 841 RR1EM30TF
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RD RR1D272TF 652 0 0
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GCAAGTTGTGGGATGGCCACCAATAAGGACGTACAGGATGAACAGTTTGGTTAACCAAGC
CAAGACATTGGCTGTGGAAGAAGATCCACAGGGAGTAGTAAACAGGAATATAAGCGATGC
AACAAAGGTGAGAAGTTCCATGTTTGTGAAGGTGACTATGGATGGTATTCCCATTGGAAG
GAAAATCGATCTAAATGCTCATAACTGCTATGAATCCTTGTCCAGTACTCTCGAAGATAT
GTTTCTTAAACCCAGAACAATATCAAGCACACAAGAAACAGATGGTCACTTGGAAACAAG
GCTTAAGATACTACCAGATGGGTCTTCTGGATTAGTACTAACATACGAAGACAAGGAAGG
AGATTGGATGCTTGTTGGTGATGTTCCGTGGAGGATGTTTATTGGTTCTGTG

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1EM30TF 617 0 0
G
GGCACCTACTAGTGGGCAAGTTGTGGGATGGCCACCAATAAGGACGTACAGGATGAACCG
TTTGGTTAACCAAGCCAAGACATTGGCTGTGGAAGAAGATCCACAGGGAGTAGTAAACAG
GAATATAAGCGATGCAACAAAGGTGAGAAGTTCCATGTTTGTGAAGGTGACTATGGATGG
TATTCCCATTGGAAGGAAAATCGATCTAAATGCTCATAACTGCTATGAATCCTTGTCCAG
TACTCTCGAAGATATGTTTCTTAAACCCAGAACAATATCAAGCACACAAGAAACAGATGG
TCACTTGGAAACAAGGCTTAAGATACTACCAGATGGGTCTTCTGGATTAGTACTAACATA
CGAAGACAAGGAAGGAGATTGGATGCTTGTTGGTGATGTTCCGTGGAGGATGTTTATTGG
TTCTGTGAAAAGGCTCCGGATAATGAAAACATCAGAAGCTACTGGTGCGGCTAAAATGAA
CTTATAAAGCATATAAATAAACTACAAGAACCATTTATGTTTGAAGCAAATAATAAGACA
GATCAAAGAGAAGACAACAACAATGTAAGAATATTTTTGCCTTGGCTCTGCCATTTTATT
TAGTTAGCTATGTTGT

QA 2 617 2 617
DS 

RD RR1EM30JQ 637 0 0
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TGGCTGTGGAAGAAGATCCACAGGGAGTAGTAAACAGGAATATAAGCGATGCAACAAAGG
TGAGAAGTTCCATGTTTGTGAAGGTGACTATGGATGGTATTCCCATTGGAAGGAAAATCG
ATCTAAATGCTCATAACTGCTATGAATCCTTGTCCAGTACTCTCGAAGATATGTTTCTTA
AACCCAGAACAATATCAAGCACACAAGAAACAGATGGTCACTTGGAAACAAGGCTTAAGA
TACTACCAGATGGGTCTTCTGGATTAGTACTAACATACGAAGACAAGGAAGGAGATTGGA
TGCTTGTTGGTGATGTTCCGTGGAGGATGTTTATTGGTTCTGTGAAAAGGCTCCGGATAA
TGAAAACATCAGAAGCTACTGGTGCGGCTAAAATGAACTTATAAAGCATATAAATAAACT
ACAAGAACCATTTATGTTTGAAGCAAATAATAAGACAGATCAAAGAGAAGACAACAACAA
TGTAAGAATATTTTTGCCTTGGCTCTGCCATTTTATTTAGTTAGCTATGTTGTTCAAGTT
TGTAAATCACCAAACGTTTCAGAGCAATGCACAAGTT

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 3

CO CL3750Contig1 672 3 12 U
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TAAAATACGACAATCGAAAGGTTTATCATCATTCCACGAAGTCAAATGTCCCACACCAAC
AAACAACAATCAAAACGAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTCCTAGTGATCACACACACCACG
TCCAATTATTCGCATATATAAATAGAAAGAAAGATATCACACGATCTAATTCGAATCGGG
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AGTGAGACACCTTCTTCCTCTGATCACCCTGAAGCTGAATGATCTTGCCTAGCTCCTTGT
CCTGCACCACGTTGCCGTTGCAGCAAAAGTCCTTCTTCAGATCCTTGAGAATCTTCTCGT
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GGATCCGGACGTGGATGTACTCTTTTGTCCCTGGTGCATCTGATTCCTGAGCTTCTGCGA
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CGAAAACGGAAGCTGTTCGATTCTCTCTTGAAGATGATCGAAGCTTTTGAGTTTAGTTTT
TTTTAATGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG96JQ U 1
AF RR1CU94TF C 62
AF RR1CU94JQ U 67
BS 1 138 RR1EG96JQ
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BS 501 587 RR1EG96JQ
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BS 635 663 RR1EG96JQ
BS 664 672 RR1CU94JQ

RD RR1EG96JQ 671 0 0
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TAAAATACGACAATCGAAAGGTTTATCATCATTCCACGAAGTCAAATGTCCCACACCAAC
AAACAACAATCAAAACGAGAAAAAAAAAAAAA***CTTCCTAGTGATCACACACACCACG
TCCAATTATTCGCATATATAAATAGAAAGAAAGATATCACACGATCTAATTCGAATCGGG
GATCTTAGAACCCGTGGATCTTGATCTGCTCCTTCTTAGCAATCCCAGTCTGAACCAAGA
AGTGAGACACCTTCTTCCTCTGATCACCCTGAAGCTGAATGATCTTGCCTAGCTCCTTGT
CCTGCACCACGTTGCCGTTGCAGCAAAAGTCCTTCTTCAGATCCTTGAGAATCTTCTCGT
AGCTGTACGCTTTCTTCAGACCCTGAACAGTCGTCAAGCTCTTTTTCCCATTCCTCTGCT
GGATCCGGACGTGGATGTAATCTTTTGTCCCTGGTGCATCTGATTCCTGAGCTTCTGCGA
ACGGGTCGAATGCTGATGGAACTTGGATGTCTAGCTCAACCATGTAAGCTTGGTTTACTT
CGAAAACGGAAGCTGTTCGATTCTCTCTTGAAGGTGATCGAAGCTTTTGAGTTTAGTTTT
TTT
AATGATCC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1CU94TF 611 0 0
TTTTTACA
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TCGCATATATAAATAGAAAGAAAGATATCACACGATCTAATTCGAATCGGGGATCTTAGA
ACCCGTGGATCTTGATCTGCTCCTTCTTAGCAATCCCAGTCTGAACCAAGAAGTGAGACA
CCTTCTTCCTCTGATCACCCTGAAGCTGAATGATCTTGCCTAGCTCCTTGTCCTGCACCA
CGTTGCCGTTGCAGCAGAAGTCCTTCTTCAGATCCTTGAGAATCTTCTCGTAGCTGTACG
CTTTCTTCAGACCCTGAACAGTCGTCAAGCTCTTTTTCCCATTCCTCTGCTGGATCCGGA
CGTGGATGTACTCTTTTGTCCCTGGTGCATCTGATTCCTGAGCTTCTGCGAACGGGTCGA
ATGCTGATGGAACTTGGATGTCTAGCTCAACCATGTAAACTTGGTTTACTTCGAAAACGG
AAGCTGTTCGATTCTCTCTTGAAGATGATCGAAGCTTTTGAGTTTAGTTTTTTT
TAATGATCC

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DS 

RD RR1CU94JQ 606 0 0
ACA
ACAATCGAAAGGTTTATCATCATTCCACGAAGTCAAATGTCCCACACCAACAAACAACAA
TCAAAACGAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTCCTAGTGATCACACACACCACGTCCAATTAT
TCGCATATATAAATAGAAAGAAAGATATCACACGATCTAATTCGAATCGGGGATCTTAAA
ACCCGTGGATCTTGATCTGCTCCTTCTTAGCAATCCCAGTCTGAACCAAGAAGTGAGACA
CCTTCTTCCTCTGATCACCCTGAAGCTGAATGATCTTGCCTAGCTCCTTGTCCTGCACCA
CGTTGCCGTTGCAGCAAAAGTCCTTCTTCAAATCCTTGAGAATCTTCTCGTAGCTGTACG
CTTTCTTCAGACCCTGAACAGTCGTCAAGCTCTTTTTCCCATTCCTCTGCTGGATCCGGA
CGTGGATGTACTCTTTTGTCCCTGGTGCATCTGATTCCTGAGCTTCTGCGAACGGGTCGA
ATGCTGATGGAACTTGGATGTCTAGCTCAACCATGTAAACTTGGTTTACTTCGAAAACGG
AAGCTGTTCGATTCTCTCTTGAAGATGATCGAAGCTTTTGAGTTTAGTTTTTTTTAATGA
TCC

QA 4 606 4 606
DS 



AS 1 3

CO CL3751Contig1 969 3 18 U
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GTGGTGATCGGAGGCGGAGCGTCTCGATACGCGCTGAAGCCAACGCGTATAAACAGCGAG
GACATACTGATCTGCGTAGACGTAGATGCGGAATCGATGGTGGAGATGAAGACGACGGGA
ACTAACGGGAGGCCATTGACGAGGATGGAGTGCGTCAAGCAAGCCGTCATCCTATTCATC
CACAATAAGGTCTCCATCAACCCGGATCATCGCTTTGCTTTCGCTACCCTCTCCAAATCA
GCCGCTTGGCTTAAAAAGGATTTCACAAGTGATGCCGCATCTGCTGTTGCTTCATTAAGA
GGATTGTCAGCTACTAAATCCTCGGGTCGAGCTGATCTCACACAACTGTTCCGTGTAGCT
GCTCAGGAAGCCAAATGTTCCAGAGCTCAGAACCGGATCTTGAGGGTGATTCTCATATAC
TGCCGGTCATCCGTGAGGCCAACTCACGAGTGGCCGACAAAGCAGAAGCTCTTCACTCTG
GATGTTATGTACCTTCACGACAAACCGAGTCCTGATAACTGTCCTCAAGATGTGTACGAC
TCTCTTGTTGATGCTGTAGAACATATTTCAGAGTATGAAGGTTACATCTTTGAGAGCGGT
CAA*GGGCTTGCAAGATCTGTTTTCAAACCCATGTCAATGCTGTTATCCCATCCTCAACA
AAGATGTGCTCAAGAAGATCTCGACATCCCCAAGTCTCTTGCAAAGAAGGTGCCTGTGGT
TGAGGCAGCGAGTGCTGATGATAATCACAATCCTCAGGCCATGAGCCAATAAGAACACTT
GTTTTTTTCAGTTTTTGTATCTTTAGCGCTGACATTGTCCTAAGTTCCAAATGTGGAAAG
TTCAAAGATCCAATCAAGGAAGAAACACAAATGTTCAAATGAATATAAATGGCTTCTTTT
CTTAACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW33TF U 11
AF RR1B705TF U 1
AF RR1BW33JQ C 237
BS 1 44 RR1B705TF
BS 45 45 RR1BW33TF
BS 46 77 RR1B705TF
BS 78 78 RR1BW33TF
BS 79 249 RR1B705TF
BS 250 250 RR1BW33TF
BS 251 263 RR1B705TF
BS 264 264 RR1BW33TF
BS 265 663 RR1B705TF
BS 664 664 RR1BW33TF
BS 665 699 RR1B705TF
BS 700 700 RR1BW33TF
BS 701 769 RR1B705TF
BS 770 770 RR1BW33JQ
BS 771 817 RR1B705TF
BS 818 818 RR1BW33JQ
BS 819 828 RR1B705TF
BS 829 969 RR1BW33JQ

RD RR1BW33TF 754 0 0
GGGAA
TTCTGTCGGAACCCAATCGAACGGCGAATAGAGGCAGACAGAGATGTGGTGATCGGAGGC
GGAGCGTCTCGATACGCGCTGAAGCCAACGCGTATAAACAGCGAGGACATACTGATCTGC
GTAGACGTGGATGCGGAATCGATGGTGGAGATGAAGACGACGGGAACTAACGGGAGGCCA
TTGACGAGGATGGAGTGCGTCAAGCAAGCCGTCATCCTATTCATCCACAATAAGGTCTCC
ATCAACCCGGATCATCGCTTTGCTTTCGCTACCCTCTCCAAATCAGCCGCTTGGCTTAAA
AAGGATTTCACAAGTGATGCCGCATCTGCTGTTGCTTCATTAAGAGGATTGTCAGCTACT
AAATCCTCGGGTCGAGCTGATCTCACACAACTGTTCCGTGTAGCTGCTCAGGAAGCCAAA
TGTTCCAGAGCTCAGAACCGGATCTTGAGGGTGATTCTCATATACTGCCGGTCATCCGTG
AGGCCAACTCACGAGTGGCCGACAAAGCAGAAGCTCTTCACTCTGGATGTTATGTACCTT
CACGACAAACCGAGTCCTGATAACTGTCCTCAAGATGTGTACGACTCTCTTGTTGATGCT
GTAGAACATATTTCAGAGTATGAAGGTTACATCTTTGAGAGCGGTCAA*GGGCTTGCAAG
ATCTGTTTTCAA*CCCATGTCAATGCTGTTATCCCATCCTCAACAAAGATGTGCTCAAGA
AGATCTCGACATCCCCAAGTCTCTTGCAA

QA 6 754 6 754
DS 

RD RR1B705TF 838 0 0
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GTGGTGATCGGAGGCGGGGCGTCTCGATACGCGCTGAAGCCAACGCGTATAAACAGCGAG
GACATACTGATCTGCGTAGACGTAGATGCGGAATCGATGGTGGAGATGAAGACGACGGGA
ACTAACGGGAGGCCATTGACGAGGATGGAGTGCGTCAAGCAAGCCGTCATCCTATTCATC
CACAATAAGCTCTCCATCAACCCTGATCATCGCTTTGCTTTCGCTACCCTCTCCAAATCA
GCCGCTTGGCTTAAAAAGGATTTCACAAGTGATGCCGCATCTGCTGTTGCTTCATTAAGA
GGATTGTCAGCTACTAAATCCTCGGGTCGAGCTGATCTCACACAACTGTTCCGTGTAGCT
GCTCAGGAAGCCAAATGTTCCAGAGCTCAGAACCGGATCTTGAGGGTGATTCTCATATAC
TGCCGGTCATCCGTGAGGCCAACTCACGAGTGGCCGACAAAGCAGAAGCTCTTCACTCTG
GATGTTATGTACCTTCACGACAAACCGAGTCCTGATAACTGTCCTCAAGATGTGTACGAC
TCTCTTGTTGATGCTGTAGAACATATTTCAGAGTATGAAGGTTACATCTTTGAGAGCGGT
CAAAGGGCTTGCAAGATCTGTTTTCAAACCCATGTCAATACTGTTATCCCATCCTCAACA
AAGATGTGCTCAAGAAGATCTCGACATCCCCAAGTCTCTTGCAAAGAAG*TGCCTGTGGT
TGAGGCAGCGAGTGCTGATGATAATCACAATCCTCAG*CCATGAGCCA
TAGAACACTG

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1BW33JQ 733 0 0
CATCCACAATAAGGTCTCCATCAACCCGGATCATCGCTTTGCTTTCGCTACCCTCTCCAA
ATCAGCCGCTTGGCTTAAAAAGGATTTCACAAGTGATGCCGCATCTGCTGTTGCTTCATT
AAGAGGATTGTCAGCTACTAAATCCTCGGGTCGAGCTGATCTCACACAACTGTTCCGTGT
AGCTGCTCAGGAAGCCAAATGTTCCAGAGCTCAGAACCGGATCTTGAGGGTGATTTTCAT
ATACTGCCGGTCATCCGTGAGGCCAACTCACGAGTGGCCGACAAAGCAGAAGCTCTTCAC
TCTGGATGTTATGTACCTTCACGACAAACCGAGTCCTGATAACTGTCCTCAAGATGTGTA
CGACTCTCTTGTTGATGCTGTAGAACATATTTCAGAGTATGAAGGTTACATCTTTGAGAG
CGGTCAA*GGGCTTGCAAGATCTGTTTTCAAACCCATGTCAATGCTGTTATCCCATCCTC
AACAAAGATGTGCTCAAGAAGATCTCGACATCCCCAAGTCTCTTGCAAAGAAGGTGCCTG
TGGTTGAGGCAGCGAGTGCTGATGATAATCACAATCCTCAGGCCATGAGCCAATAAGAAC
ACTTGTTTTTTTCAGTTTTTGTATCTTTAGCGCTGACATTGTCCTAAGTTCCAAATGTGG
AAAGTTCAAAGATCCAATCAAGGAAGAAACACAAATGTTCAAATGAATATAAATGGCTTC
TTTTCTTAACATT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 3

CO CL3752Contig1 872 3 4 U
GGAATCTGGCGGCATTCGAGAGGGTGATTCCTTGATTGTTATGCCAAACAAGGAACCGGT
GAAAGTTGTTGCTATATATTGCGATGAAGATAAAGTTAAGCGTGCTGGGCCGGGTGAGAA
TCTGAGAGTCCGTATAACTGGCATTGAAGACGAGGATATCCTTGCAGGTTTTGTTTTATC
CAGCACGGTAAAGCCTGTACCTGCCGTTACTGAGTTCGTTGCCCAATTACAAATCCTTGA
GCTGCTTGACAATGCGATTTTTACAGCTGGTTACAAGGCTATTCTCCACATTCATGCGGT
TGTTGAGGAATGTGAGATAATTGAATTGATAAGCCAAATTGATATGAAGACGAGGAAACC
CATGAAAAAGAAAATTCTATTTGTGAAGAATGGTGCTGCTGTTGTCTGCCGTATACAGGT
TAGCAATTCAATCTGTATGGAAAAATTCTCAGATTTCCCACAACTTGGAAGATTCACTCT
ACGAACTGAAGGGAAAACAATTGCTGTTGGGAAAGTGACTGCGCTCTCAGGTGCTTCCTC
AAGCGCATGATCCCAATTTTGTGAGAAAAAAGGAGACGGCTTTCGAGTTACACCGAGAGG
GGGCTTCAGGAAAATGCTTCTGACGAAGGAATCTGGAGTTCCATAACTCAAATCTTAGTT
CCATCTGTATGGTGAGGTTTGAGAGTTACTGCTACAGAGGTGTAACCTGAGACCATTTTC
TGAAAAATTTTAAAAGCTAGAAAGAGTATTATGATGAACATGAGTGAGAGTTTTTACTTC
TTTTAAAGCTAAATTTTACAATTACTACTATTGTTATTACCCTTTTGGATGCTTAGCCTG
TCTTCCGGCTCATTGGAGTTTGCTGTTTAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BF21TF U 1
AF RR1GC40TF U 180
AF RR1BF21JQ C 282
BS 1 627 RR1BF21TF
BS 628 628 RR1GC40TF
BS 629 811 RR1BF21TF
BS 812 872 RR1BF21JQ

RD RR1BF21TF 811 0 0
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GAAAGTTGTTGCTATATATTGCGATGAAGATAAAGTTAAGCGTGCTGGGCCGGGTGAGAA
TCTGAGAGTCCGTATAACTGGCATTGAAGACGAGGATATCCTTGCAGGTTTTGTTTTATC
CAGCACGGTAAAGCCTGTACCTGCCGTTACTGAGTTCGTTGCCCAATTACAAATCCTTGA
GCTGCTTGACAATGCGATTTTTACAGCTGGTTACAAGGCTATTCTCCACATTCATGCGGT
TGTTGAGGAATGTGAGATAATTGAATTGATAAGCCAAATTGATATGAAGACGAGGAAACC
CATGAAAAAGAAAATTCTATTTGTGAAGAATGGTGCTGCTGTTGTCTGCCGTATACAGGT
TAGCAATTCAATCTGTATGGAAAAATTCTCAGATTTCCCACAACTTGGAAGATTCACTCT
ACGAACTGAAGGGAAAACAATTGCTGTTGGGAAAGTGACTGCGCTCTCAGGTGCTTCCTC
AAGCGCATGATCCCAATTTTGTGAGAAAAAAGGAGACGGCTTTCGAGTTACACCGAGAGG
GGGCTTCAGGAAAATGCTTCTGACGAAAGAATCTGGAGTTCCATAACTCAAATCTTAGTT
CCATCTGTATGGTGAGGTTTGAGAGTTACTGCTACAGAGGTGTAACCTGAGACCATTTTC
TGAAAAATTTTAAAAGCTAGAAAGAGTATTATGATGAACATGAGTGAGAGTTTTTACTTC
TTTTAAAGCTAAATTTTACAATTACTACTAT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR1GC40TF 621 0 0
G
CAGCACGGTAAAGCCTGTACCTGCCGTTACTGAGTTCGTTGCCCAATTACAAATCCTTGA
GCTGCTTGACAATGCGATTTTTACAGCTGGTTACAAGGCTATTCTCCACATTCATGCGGT
TGTTGAGGAATGTGAGATAATTGAATTGATAAGCCAAATTGATATGAAGACGAGGAAACC
CATGAAAAAGAAAATTCTATTTGTGAAGAATGGTGTTGCT*TTGTCTGCCGTATACAGGT
TAGCAATTCAATCTGTGTGGAAAAATTCTCAGATTTCCCACAACTTGGAAGATTCACTCT
ACGAACTGAAGGGAAAACAATTGCTGTTGGGAAAGTGACTGCGCTCTCAGGTGCTTCCTC
AAGCGCATGATCCCAATTTTGTGAGAAAAA*GGAGACGGCTTTCGAGTTACACCGAGAGG
GGGCTTCAGGAAAATGCTTCTGACGAAGGAATCTGGAGTTCCATAACTCAAATCTTAGTT
CCATCTGTATGGTGAGGTTTGAGAGTTACTGCTACAGAGGTGTAACCTGAGACCATTTTC
TGAAAAATTT*AAAAGCTAGAAAGAGTATTATGATGAACATGAGTGAGAGTTTTTACTTC
TTTTAAAGCTAAATTTTACA

QA 2 621 2 621
DS 

RD RR1BF21JQ 591 0 0
TTCTCCACATTCATGCGGTTGTTGAGGAATGTGAGATAATTGAATTGATAAGCCAAATTG
ATATGAAGACGAGGAAACCCATGAAAAAGAAAATTCTATTTGTGAAGAATGGTGCTGCTG
TTGTTTGCCGTATACAGGTTAGCAATTCAATCTGTATGGAAAAATTTTCAGATTTCCCAC
AACTTGGAAGATTCACTTTACGAACTGAAGGGAAAACAATTGCTGTTGGGAAAGTGACTG
CGCTTTCAGGTGCTTCCTCAAGCGCATGATCCCAATTTTGTGAGAAAAAAGGAGACGGCT
TTCGAGTTACACCGAGAGGGGGCTTCAGGAAAATGCTTTTGACGAAGGAATCTGGAGTTC
CATAACTCAAATTTTAGTTCCATCTGTATGGTGAGGTTTGAGAGTTACTGCTACAGAGGT
GTAACCTGAGACCATTTTTTGAAAAATTTTAAAAGCTAGAAAGAGTATTATGATGAACAT
GAGTGAGAGTTTTTACTTCTTTTAAAGCTAAATTTTACAATTACTACTATTGTTATTACC
CTTTTGGATGCTTAGCCTGTCTTCCGGCTCATTGGAGTTTGCTGTTTAAAG

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 3

CO CL3753Contig1 1208 3 25 U
GTCCGCTCCTGCTATAAGTTCGCATTCACGTTGCAATGACACTGAAGAACAAAGCGACTC
TGAGGTCCTTGTTCAAGAAGCATCAGAGTCACATGACACCTCCGAATCTAATTCAGATGA
AGTGGTCAACTTGCCTATAGCAGGGATTAACAAGACACTAGATTCAAGTCTTGTGGACAA
CAGCAGGAATCTAGTGAACTTTAGACAGTTTGATATGGTTACTGACTGCTCAGATCATCA
TTTCTTTTCTTCGGCGAAAGAGTTGGCACAACCTCCGGTCACAAAGAGTTGGATGAAGAA
AGTCCAGCAAGAATGGAGCAATTTGGAGGCAGATCTTCCCAACACAATCTACGTGCGTGT
GTATGAAGAAAGGATGGACCTTCTCCGTGCAGCCCTAGTTGGTGCCCCTGGAACACCATA
CCATGATGGACTTTTCTTTTTCGACATAATGCTTCCACCACAGTATCCTCATGAGCCTCC
AATGGTGCACTATCATTCAGGTGGGATGCGATTGAATCCTAACCTGTACGAGTCAGGAAG
AGTCTGCCTGAGTCTGCTGAACACATGGAATGGCTCTGGCACTGAGGTGTGGAATCCAGG
GACCTCCTCCATCCTTCAAGTCCTTCTCTCGTTTCAGGCTCTTGTTCTGAATGAGAAGCC
TTACTTCAACGAAGCTGGCTACGATAAGCAGTTGGGCCGAGCTGAGGGAGAGAAAAACTC
TGTGAGTTACAATGAGAATGCATTCCTCATCACCTGCAAATCCATGATCTCGTTGCTTCG
CAAGCCTCCAAAGCATTTTGAGGTGCTTGTGAAGGACCACTTCACGCAACGGGCTCACCA
TGTTCTGGCTGCGTGCAAGGCTTACATGGAAGGCGTCCCTGTAGGATCATCATCGAAACT
GCAGGAGAGCTCAACCACAAACTCCACCGGTTTCAAGATCATGCTTACTAAACTCTACCC
AAAACTTGTCGAAGCATTCTCAGAGATTGGAGTTGATTGCAGCCAAGGGGTTGCACTGGA
ACCATGAAGGTTGACACTATTAGTAACATCTCCCCTAACATCCAATAACTACTGTATAAT
ATTGGTTTGCGAGGTTGGTAAGTCTCCTTCCTGTGTAGAATATGTTTTTGTACTAAAATG
TGTGAGAATAAAGAAGGCTGTAACATAGGCTCTCATCTTGTATAATACCAAAAGGTTTGT
AGTTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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G
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TGAAGAAAGTCCAGCAAGAATGGAGCAATTTGGAGGCAGATCTTCCCAACACAATCTACG
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ATCCAGGGACCTCCTCCATCCTTCAAGTCCTTCTCTCGTTTCAGGCTCTTGTTCTGAATG
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ACCATGATGGACTTTC
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TGAACACATGGAATGGCTCTGGCACTGAGGTGTGGAATCCAGGGACCTCCTCCATCCTTC
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AGGCTTACATGGAAGGCGTCCCTGTAGGATCATCATCGAAACTGCAGGAGAGCTCAACCA
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DS 



AS 1 3

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AACAAGGGAGAGTGATCTGATTGAACACTCGCTCTGGACCAACGATCTATCTAACCGCCA
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ATTAGTGTGCAACTCTAGAACCAAAGCCAAAGTTTTAAGCTTTTATATAATAAGAGTGTG
ATCTATCAATCTCCTTTTGAATACAGAGAGAG


BQ
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AF RR1ED77TF U 1
AF RR1C323TF U 23
AF RR1ED77JQ C 380
BS 1 132 RR1ED77TF
BS 133 133 RR1C323TF
BS 134 143 RR1ED77TF
BS 144 144 RR1C323TF
BS 145 636 RR1ED77TF
BS 637 678 RR1C323TF
BS 679 679 RR1ED77JQ
BS 680 715 RR1C323TF
BS 716 1052 RR1ED77JQ

RD RR1ED77TF 636 0 0
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ACGTGTAGTCCATTTCTCTGAGAAACCAACTGGCATCGATCTGAAATCAATGCAAAGTGA
TACGACAATGGTTGGACTGTCTCGACAAGAAGCAGTGAAATCTCCATACATTGCATCAAT
GGGAGTCTACTGTTTCAAAACCGAAGCTTTGCTGAAGCTTCTGACACGGCACTATCCCAG
TTCCAATGACTTTGGTTCTGAGATCATTCCTGCTGCTATAAGAGATCACAATGTTCAAGG
GTATATCTACAGAGACTATTGGGAAGATATTGGAACAATAAAGAGCTTCTATGAAGCTAA
TCTTGCTCTTGTCGAGGAGCATCCCAAGTTTGAGTTTTATGATCAGGATACACCTTTCTA
CACTTCTCCTCGGTTTCTACCTCCCACCAAAACCGAGAAATGCCGCATATTGGATTCGAT
AATATCACACGGATGTTTCTTGGGAGAATGCGGCATCCAACGCTCCATCATTGGTGAAAG
ATCACGCCTTGACTATGGTGTTGAGCTTCAGGATACTTTAATGTTGGGAGCGGATAGTTA
CCAGACGGAATCTGAGATAGCGTCTCTGCTGGCGGA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1C323TF 693 0 0
GCATCGGATTATGGACTAGTAAACATTGATCGAAGCGGACGTGTAGTCCATTTCTCTGAG
AAACCAACTGGCATCGATCTGAAATCAATGCAAAGTGATACGACAATGGTCGGACTGTCT
CAACAAGAAGCAGTGAAATCTCCATACATTGCATCAATGGGAGTCTACTGTTTCAAAACC
GAAGCTTTGCTGAAGCTTCTGACACGGCACTATCCCAGTTCCAATGACTTTGGTTCTGAG
ATCATTCCTGCTGCTATAAGAGATCACAATGTTCAAGGGTATATCTACAGAGACTATTGG
GAAGATATTGGAACAATAAAGAGCTTCTATGAAGCTAATCTTGCTCTTGTCGAGGAGCAT
CCCAAGTTTGAGTTTTATGATCAGGATACACCTTTCTACACTTCTCCTCGGTTTCTACCT
CCCACCAAAACCGAGAAATGCCGCATAGTGGATTCGATAATATCACACGGATGTTTCTTG
GGAGAATGCAGCATCCAACGCTCCATCATTGGTGAAAGGTCACGCCTTGACTATGGTGTT
GAGCTTCAGGATACTTTAATGTTGGGAGCGGATAGTTACCAGACGGAATCTGAGATAGCG
TCTCTGCTGGCGGAAGGCAATGTTCCAATTGGGATTGGCAGAGATACAAAGATCAG*AAA
TGCATCATTGACAAGAATGCAAAGATCGGGAAG

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1ED77JQ 673 0 0
CATCCCAAGTTTGAGTTTTATGATCAGGATACACCTTTCTACACTTCTCCTCGGTTTCTA
CCTCCCACCAAAACCGAGAAATGCCGCATATTGGATTCGATAATATCACACGGATGTTTC
TTGGGAGAATGCGGCATCCAACGCTCCATCATTGGTGAAAGATCACGCCTTGACTATGGT
GTTGAGCTTCAGGATACTTTAATGTTGGGAGCGGATAGTTACCAGACGGAATCTGAGATA
GCGTTTCTGCTGGCGGAAGGCAATGTTCCAATTGGGATTGGCAGAGATACAAAGATCAGG
AAATGCATCATTGACAAGAATGCAAAGATTGGGAAGAACGTGATGATCTTGAACAAAGAG
GATGTGCAAGAAGCTGATAGGCCAGAGGAGGGATTCTACATTCGATCTGGTATCACTGTG
GTTGTGGAAAAGGCAACCATTAAAGACGGAACTGTCATATGAACAAGGGAGAGTGATCTG
ATTGAACACTCGCTCTGGACCAACGATCTATCTAACCGCCATTTGGCTCGTACTTATTTC
GGGAAAACAGAGATGGTTGTGAGATATTGCTATTAATGTAAATTAGTGTGCAACTCTAGA
ACCAAAGCCAAAGTTTTAAGCTTTTATATAATAAGAGTGTGATCTATCAATCTCCTTTTG
AATACAGAGAGAG

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL3755Contig1 1106 2 4 U
TGACACTCATCTTTCTTCTCCCTGCTTGCCTGCCTGCCTTAAGATCTCTTTCTCAATCAA
TATATCCATTTGCCTGTTTCTTCTACAAGCTCAGAAAGACAGAAGAAGCTTTCATCTTCT
TTTTTTGTTGAAGAATGGAGAATGGTGGGCAGTATGCAAATGGGTCTGATTACTTAAAAG
GAGCAAACTCTATGTGGAATATGCTGCCTCACCATCAGATCAAAGAGCAACACAATGCCT
TGGTCATGAACAAAAAGATCATGTCCATCCTCGCCGAAAGAGACGCCGCTGTTCACGAAC
GCAACCAAGCTGTCTCCGCCAAATTGGAAGCCGTCGCAGCTCGAGACCAAGCCCTTCAGC
AACGGGACAAAGCCCTGGCCGAAAGAGACAAAGCTTTGATCGAGAGGGACAATGCTCTTG
CTGCCCTCCAGCACCATGAAAACAGTCTCAACTTTGCTTTGTCAGGTGGGAAACGCTATC
AAGGGGATGGTGATGATGATAATGATGGTTTCACTCTTGATGATGTCTGCCCTACTACTA
CTACAACATCAACTAACACGACCAAGGCAATCAAAAGGAAAAAAGGAAAGAAAGTGGGTG
AAGATCTGAACCTTCTAGTTGCTGCTCCTGGAAAGAAATGTAAAAAAGATTGGGACACTA
ACCACTTCGGCCTAAACTTGGTCACCTTTGATGAGAAGACTATGCCCGTGCCGGTTTGCA
CGTGCACAGGCTTTGCGCATCAGTGTTACAAATGGGGGAACGGTGGTTGGCAATCGTCTT
GCTGCACGACCACCTTGTCGCAGTACCCATTACCGCAGATGCCAAACAAGAGGCATTTTC
GGGTGGGCGGTAGGAAAATGAGCGGGAACGTTTTCTCCAGATTATTAAGCCATTCAGCAG
CAGAAGGATATGATCTTTCGTCTCATGTCGACCTAAAAGACTATTGGGCTAGGCATGGGA
CCAACCGCTACATCACTATCAAGTAACTAGCCTCAACGGTCTGCAGCTCTTAGTTCTTAT
TATTAAGTTTAGGTGTTGTCTTTGTTTTTGTGTATGGTAAAAAACAAATATGTTTAAAAA
ATATGTTTAGAATCTGTTTCGGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY22TF U 1
AF RR1CY22JQ C 617
BS 1 696 RR1CY22TF
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BS 711 1106 RR1CY22JQ

RD RR1CY22TF 710 0 0
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TATATCCATTTGCCTGTTTCTTCTACAAGCTCAGAAAGACAGAAGAAGCTTTCATCTTCT
TTTTTTGTTGAAGAATGGAGAATGGTGGGCAGTATGCAAATGGGTCTGATTACTTAAAAG
GAGCAAACTCTATGTGGAATATGCTGCCTCACCATCAGATCAAAGAGCAACACAATGCCT
TGGTCATGAACAAAAAGATCATGTCCATCCTCGCCGAAAGAGACGCCGCTGTTCACGAAC
GCAACCAAGCTGTCTCCGCCAAATTGGAAGCCGTCGCAGCTCGAGACCAAGCCCTTCAGC
AACGGGACAAAGCCCTGGCCGAAAGAGACAAAGCTTTGATCGAGAGGGACAATGCTCTTG
CTGCCCTCCAGCACCATGAAAACAGTCTCAACTTTGCTTTGTCAGGTGGGAAACGCTATC
AAGGGGATGGTGATGATGATAATGATGGTTTCACTCTTGATGATGTCTGCCCTACTACTA
CTACAACATCAACTAACACGACCAAGGCAATCAAAAGGAAAAAAGGAAAGAAAGTGGGTG
AAGATCTGAACCTTCTAGTTGCTGCTCCTGGAAAGAAATGTAAAAAAGATTGGGACACTA
ACCACTTCGGCCTAAACTTGGTCACCTTTGATGAGA*GACTATGCCCGTG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1CY22JQ 490 0 0
AGTTGCTGCTCCTGGAAAGAAATGTAAAAAAGATTGGGACACTAACCACTTCGGCCTAAA
CTTGGTCACCTTTGATGAGAAGACTATGCCCGTGCCGGTTTGCACGTGCACAGGCTTTGC
GCATCAGTGTTACAAATGGGGGAACGGTGGTTGGCAATCGTCTTGCTGCACGACCACCTT
GTCGCAGTACCCATTACCGCAGATGCCAAACAAGAGGCATTTTCGGGTGGGCGGTAGGAA
AATGAGCGGGAACGTTTTCTCCAGATTATTAAGCCATTCAGCAGCAGAAGGATATGATCT
TTCGTCTCATGTCGACCTAAAAGACTATTGGGCTAGGCATGGGACCAACCGCTACATCAC
TATCAAGTAACTAGCCTCAACGGTCTGCAGCTCTTAGTTCTTATTATTAAGTTTAGGTGT
TGTCTTTGTTTTTGTGTATGGTAAAAAACAAATATGTTTAAAAAATATGTTTAGAATCTG
TTTCGGTTTT

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 3

CO CL3756Contig1 904 3 10 U
GGGCTGTGGCATTCGAATAGAGGTTCCTCCTTTCGAAGAGAAGCACGGTTTGTGGCCGTG
TATGGTAGCACCGACAAAGATCATAGCAGGACTTGGTATGTCCCTCGGTATCGACATTCT
AGAAGCTCCAGGAGCCACTGGAGATTACAGGACGCTTCTCACGTCCAAAGCAGTTGCTAT
AGCCAACGCCCTCTCAGCTCCTTTGAACCCTTGTCCCAATGTCTTTGTCCCGGGAGAGGA
CGGGCACAAACAGGGAAGGTCGGAGGGTTATGACTTCGGGTTCCTTCACATAAAGGCTAT
AGATGATGCTGGTCACGATAAGGCGACGATGTTCAAAGTCAAAGGCTTGGAGGCTGTTGA
TAAGGCGATACGTCAGCTAGCTAAGTTTCTGTGGCAAGCTGAGTCTTGTAGTAACTACCA
GTATTTCTTGTGTGTGACCGGTGATCACTCTACTCCGGTTGAGTATGGAGACCACAGCTT
CGAGCCGGTCCCATTCACTATGTGCAGGTTAAGAGAGTTTGTGAGTGCTGTTGGAGGAGA
ATCAGTGCTGTTGGAGACGTCTTTGGAGCCTTTTCCACTTCCAAAGGTGGTGGAGTCTGA
TGGAGATGTCACCGGAAAAGAAGGTGGGAGAAAGGAGACTCATCAAGCCATTGGTGGTGA
TTCAGTTGCAGAGTTGAGTGAGATTGCAGCTGCGAGAGGGTGTCTTGGTCGTTTCCATGG
TGGTGAAATGATGGGAGTCATCACTAAGTTTCTTAAGCTTGAGGTATGAGTTTCCTAAAC
TTTTTTGCAATTTTATTTGGAAGTGTAATAAAAGTATCAAAAGATTAAAATACAAAACTT
TTTTACTAATCATTTTACCAATGTGTCTTATGGTTTCTCACTTGTATACATAAATCTTTA
AACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR1FM42TF U 1
AF RR1FM42JQ C 76
AF RR1EH25TF U 482
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TATGGTAGCACCGACAAAGATCATAGCAGGACTTGGTATGTCCCTCGGTATCGACATTCT
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T*CAGTTGCAGAGTTGAGTGAGAT*GCAGCTGCGAGAGG
TGTCTGGTCG

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DS 

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AGCTCCTTTGAACCCTTGTCCCAATGTCTTTGTCCCGGGAGAGGACGGGCACAAACAGGG
AAGGTCGGAGGGTTATGACTTCGGGTTCCTTCACATAAAGGCTATAGATGATGCTGGTCA
CGATAAGGGGACGATGTTCAAAGTCAAAGGCTTGGAGGCTGTTGATAAGGCGATACGTCA
GCTAGCTAAGTTTTTGTGGCAAGCTGAGTCTTGTAGTAACTACCAGTATTTTTTGTGTGT
GACCGGTGATCACTTTACTCCGGTTGAGTATGGAGACCACAGCTTCGAGCCGGTCCCATT
CACTATGTGCAGGTTAAGAGAGTTTGTGAGTGCTGTTGGAGGAGAATCAGTGCTGTTGGA
GACGTCTTTGGAGCCTTTTCCACTTCCAAAGGTGGTGGAGTTTGATGGAGATGTCACCGG
AAAAGAAGGTGGGAGAAAGGAGACTCATCAAGCCATTGGTGGTGATTCAGTTGCAGAGTT
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AGTCATCACTAAGTTTCTTAAGCTTGAGGTATGAGTTTCCTAAACTTTTTTGCAATTTTA
TTTGGAAGTGTAATAAAAGTATCAAAAGATTAAAATACAAAACTTTTTTAC

QA 1 771 1 771
DS 

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GGAGATGTCACCGGAAAAGAAGGTGGGAGAAAGGAGACTCATCAAGCCATTGGTGGTGAT
TCAGTTGCGGAGTTGATTGAGATTGCAGCTGCGAGAGGGTGTCTTGGTCGTTTCCATGGT
GGTGAAATGATGGGAGTCATCACTAAGTTTCTTAAGCTTGAGGTATGAGTTTCCTAAACT
TTTTTGCAATTTTATTTGGAAGTGTAATAAAAGTATCAAAAGATTACAATACAAAACTTT
TTTACTAATCATTTTACCAATGTGTCTTATGGTTTCTCACTTGTATACATAAATCTTTAA
ACT

QA 1 423 1 423
DS 



AS 1 2

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CTTACATCTACAAAGCGAAGACAAAGAAGAACGGTTCCCACTACCGTTGCATCTGGGGCA
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ATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 

AF RR1DK52TF U 1
AF RR1DK52JQ C 13
BS 1 605 RR1DK52TF

RD RR1DK52TF 605 0 0
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GCGGAACAGTCCTCGGCTACAAGAGGTTGAAGTCGAACCAATACCCCAACACTTCTCTGA
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CTTACATCTACAAAGCGAAGACAAAGAAGAACGGTTCCCACTACCGTTGCATCTGGGGCA
AAGTCGCTAGGCCTCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAGTTCACTTCAAACCTTC
CACCAAAGTCAATGGGAGCTAGAGTCAGAGTGTTCATGTACCCCAGCAACATATGAGGAG
GGTAGATTCAGGACCTGGGATTCATTTCACAAGTATCAGAAGGAAGCTCCTATCATCATT
TCTCAGAAGCTATAGTTTATCTTTTTTATTCTCATTTTGTTTTAAACTCTCGGTCGGTTT
TGTTCATCTCTAGACGAATTAAAACATTATTTTTGATGGAATTCGAGCAGAAATATAATT
ATCCT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1DK52JQ 593 0 0
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GAGTTAACACTACCGAGGAGGTGACGTGGTACAAGGGAAAGAGGATGGCTTACATCTACA
AAGCGAAGACAAAGAAGAACGGTTCCCACTACCGTTGCATCTGGGGCAAAGTCGCTAGGC
CTCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAGTTCACTTCAAACCTTCCACCAAAGTCAA
TGGGAGCTAGAGTCAGAGTGTTCATGTACCCCAGCAACATATGAGGAGGGTAGATTCAGG
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TAGTTTATCTTTTTTATTCTCATTTTGTTTTAAACTCTCGGTCGGTTTTGTTCATCTCTA
GACGAATTAAAACATTATTTTTGATGGAATTCGAGCAGAAATATAATTATCCT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL3759Contig1 736 2 3 U
GGAGACACGGATAACGCAAAACCTCTCGTCTTCCCAAATTCCACCACCTCACAACGACGA
CTACGACGACGATGGCTCTTTCTACTGGAATCTTCTCTACCTCCTTCTTCTGCGCCAAAA
CGGCGCCGTTCCGCAGCTCACCGTCTCTCCGCGTTTCCCCTCATCCGGCTAACCTGCGCT
TGGTGCGAGCCGTGACCTCCGCGACGGCGGCGTCGTCCTCCGAGCCGTCAACCACCAAGA
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TCGGTGAGCCTGTGATTCCTCGCACGCAGGCTCTCAAACGCATTTGGGCCTACATCAAGG
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GATGCATCGTTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FF04TF U 1
AF RR1FF04JQ C 74
BS 1 703 RR1FF04TF
BS 704 704 RR1FF04JQ
BS 705 736 RR1FF04TF

RD RR1FF04TF 736 0 0
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CTACGACGACGATGGCTCTTTCTACTGGAATCTTCTCTACCTCCTTCTTCTGCGCCAAAA
CGGCGCCGTTCCGCAGCTCACCGTCTCTCCGCGTTTCCCCTCATCCGGCTAACCTGCGCT
TGGTGCGAGCCGTGACCTCCGCGACGGCGGCGTCGTCCTCCGAGCCGTCAACCACCAAGA
CTCGTGAGCCGCGCGGAATCATGAAGCCTCGCCCAGTGTCCCCCGAGATGCAGGACGTCG
TCGGTGAGCCTGTGATTCCTCGCACGCAGGCTCTCAAACGCATTTGGGCCTACATCAAGG
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AGATATTTGCAGGCAAAGACCGTGTCGGCTTCTTGGAGATTGCAAAGCTCATCGGTCCTC
ACTTCCTCTGAATGAAAATTCGGCTGAGAGATGACTATCAATCACTAGCGTATGGTTCGG
TGTGAGCTATCAAGATATCATATTATATATTATTAGTAACGTTAGGTTTAAGAACTTTTA
TGCAACAAAGTAGTAGTCAATGCCTTCGGACAATATCTTTTGCTTTTGCTCGTTATGTCT
TATTGCTTCCGACGGCAGTTCAAATTTTTCTTTGTTGTCTTAG*ACTTGAACAGCTCTTT
GATGCATCGTTTCTCC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1FF04JQ 663 0 0
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CAGCTCACCGTCTCTCCGCGTTTCCCCTCATCCGGCTAACCTGCGCTTGGTGCGAGCCGT
GACCTCCGCGACGGCGGCGTCGTCCTCCGAGCCGTCAACCACCAAGACTCGTGAGCCGCG
CGGAATCATGAAGCCTCGCCCAGTGTCCCCCGAGATGCAGGACGTCGTCGGTGAGCCTGT
GATTCCTCGCACGCAGGCTCTCAAACGCATTTGGGCCTACATCAAGGAGCGCGACCTTCA
AGATCCACAAGACAAGAAGGTTATAATCTGCGACGAGAAGCTGAAGAAGATATTTGCAGG
CAAAGACCGTGTCGGCTTCTTGGAGATTGCAAAGCTCATCGGTCCTCACTTCCTCTGAAT
GAAAATTCGGCTGAGAGATGACTATCAATCACTAGCGTATGGTTCGGTGTGAGCTATCAA
GATATCATATTATATATTATTAGTAACGTTAGGTTTAAGAACTTTTATGCAACAAAGTAG
TAGTCAATGCCTTCGGACAATATCTTTTGCTTTTGCTCGTTATGTCTTATTGCTTCCGAC
GGCAGTTCAAATTTTTCTTTGTTGTCTTAGGACTTGAACAGCTCTTTGATGCATCGTTTC
TCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 3

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CAACAAGTTTTTCTTCCTTCTTCCAGTTGTGTGCATGGCCGTGTTCAGTACAGCTCAAAC
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TGGACATTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGGTATCAGTACCGAATGTGCCACTCATGTGTT
TGTCTTCGCTCCCTTCTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCACTGTTCCCGACAACATTAGTG
CCAAACTCCTTTGGAAGGGGTTTCTTATTATCAGTCTACATGTTCTAAGGCCATACATAC
TAATGTGATAACAAACTTTGCTATGTTTCGCTTAATAAAAAAACATCTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CR50TF U 1
AF RR1BP02JQ C 62
AF RR1BP02TF U 62
BS 1 86 RR1CR50TF
BS 87 87 RR1BP02TF
BS 88 522 RR1CR50TF
BS 523 532 RR1BP02TF

RD RR1CR50TF 522 0 0
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TATTCCCGACTGCATCCCAGAGATATTGAGATCGATAATAAGTGGACAAATCGGGAGTAT
TGGACATTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGGTATCAGTACCGAATGTGCCACTCATGTGTT
TGTCTTCGCTCCCTTCTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCACTGTTCCCGACAACATTAGTG
CCAAACTCCTTTGGAAGGGGTTTCTTATTATCAGTCTACATGTTCTAAGGCCATACATAC
TAATGTGATAACAAACTTTGCTATGTTTCGCTTAATAAAAAA

QA 1 522 1 522
DS 

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GG
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TCCCGACTGCATCCCAGAGATATTGAGATCGATAATAAGTGGACAAATCGGGAGTATTGG
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CTTCGCTCCCTTCTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCACTGTTCCCGACAACATTAGTGCCA
AACTCCTTTGGAAGGGGTTTCTTATTATCAGTCTACATGTTCTAAGGCCATACATACTAA
TGTGATAACAAACTTTGCTATGTTTCGCTTAATAAAAAAACATCTCTCT

QA 3 471 3 471
DS 

RD RR1BP02TF 471 0 0
GG
ATATTCAGATAGACAAACTCAACGACTCATTTTCAATTGTCTTATCAAAATGTGGATCAA
CAAGTTTTTCTTCCTTCTTCCAGTTGTGTGCATGGCCGTGTTCAGTACAGCTCAAACGGT
TCCTTCGCAACCTCCAGCTACACAGGGCCCATCAGATTGTTTGTCATCGCTGGAAGATAT
TCCCGACTGCATCCCAGAGATATTGAGATCGATAATAAGTGGACAAATCGGGAGTATTGG
ACATTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGGTATCAGTACCGAATGTGCCACTCATGTGTTTGT
CTTCGCTCCCTTCTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCACTGTTCCCGACAACATTAGTGCCA
AACTCCTTTGGAAGGGGTTTCTTATTATCAGTCTACATGTTCTAAGGCCATACATACTAA
TGTGATAACAAACTTTGCTATGTTTCGCTTAATAAAAAAACATCTCTCT

QA 3 471 3 471
DS 



AS 1 3

CO CL3761Contig1 456 3 1 U
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CTTTTCCCTCATGTGGAACCGAAAAAAGTTCCACGGCCAATAGCGTCGGCGTTTGCGTCT
CCCAAAGCGGCCTCGTTAAGGTATTGGTCAGCAAGTTGGACTCTCTTGACGTTCTCTTGC
TCCATCACAAGCATGTTACCGTACTCCATAAGCTTGGCAAGAGTCATCTCTGGTTGCTCG
AACACTGGAGGAGCTTCCCTTGAGTTCACCAGCCCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1FX36JQ U 1
AF RR1G062TF C 1
AF RR1G062JQ U 1
BS 1 456 RR1FX36JQ

RD RR1FX36JQ 456 0 0
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CCCAAAGCGGCCTCGTTAAGGTATTGGTCAGCAAGTTGGACTCTCTTGACGTTCTCTTGC
TCCATCACAAGCATGTTACCGTACTCCATAAGCTTGGCAAGAGTCATCTCTGGTTGCTCG
AACACTGGAGGAGCTTCCCTTGAGTTCACCAGCCCC

QA 1 456 1 456
DS 

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CTTTTCCCTCATGTGGAACCGAAGAAAGTTCCACGGCCAATAGCGTCGGCGTTTGCGTCT
CCCAAAGCGGCCTCGTTAAGGTATTGGTCAGCAAGTTGGACTCTCTTGACGTTCTCTTGC
TCCATCACAAGCATGTTACCGTACTCCATAAGCTTGGCAAGAGTCATCTCTGGTTGCTCG
AACACTGGAGGAGCTTCCCTTGAGTTCACCAGCCCC

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1G062JQ 456 0 0
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CTTTTCCCTCATGTGGAACCGAAAAAAGTTCCACGGCCAATAGCGTCGGCGTTTGCGTCT
CCCAAAGCGGCCTCGTTAAGGTATTGGTCAGCAAGTTGGACTCTCTTGACGTTCTCTTGC
TCCATCACAAGCATGTTACCGTACTCCATAAGCTTGGCAAGAGTCATCTCTGGTTGCTCG
AACACTGGAGGAGCTTCCCTTGAGTTCACCAGCCCC

QA 1 456 1 456
DS 



AS 1 3

CO CL3762Contig1 800 3 7 U
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TCCGTGGCCTCTCTTTCTTATCACCCTCATCCTCCTCTCTTTTTTCAGTTCCGGCGAATC
CTCACCGTTCGGAGAGAAAAGTAAACTCGACACCGGCGGTCTAAGTAGACAGAGTTTTCC
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AGATGGTCGTGGCCCAAGCATTTGGGACGCCTTCGTCAAGATTCCTGGGACTATCGCCAA
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TTTGGAAAAGAAGTATCATGGCTTGCTTGGTAGACAAGTTGTGAATGATTTTGCGGATTA
TGCTGAGTTTTGTTTCAATCTATTTGGAGATAGAGTGAAAAACTGGATGACGTTTAATGA
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AACATATGGAAACTGCACACAAGGAACTCAGCTACTGAGCCATACATTGTTTCCCATCAC
CTTATCTTGGCCACGCAGCA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA82TF U 188
AF RR1GM07TF U 4
AF RR1CM50TF U 1
BS 1 210 RR1CM50TF
BS 211 211 RR1GM07TF
BS 212 655 RR1CM50TF
BS 656 657 RR1GM07TF
BS 658 741 RR1CM50TF
BS 742 742 RR1GM07TF
BS 743 800 RR1CM50TF

RD RR1HA82TF 493 0 0
TTTTTGTTCGGAACCGCCACCTCAGCTTATCAGGTTGAAGGCGAAACTCATCAAGATGGT
CGTGGCCCAAGCATTTGGGACGCCTTCGTCAAGATTCCTGGGACTATCGCCAAAAATGCC
ACTGCCGAGATAACAGTGGATCAGTATCACCGTTACAAGGAAGATGTGGATTTAATGAAG
AATCTGAACTTCGATGCTTACAGATTTTCCATTTCATGGTCCAGAATATTCCCTGAGGGA
ACCGGTAAAATCAACTGGAAAGGAGTTGCTTATTACAACAGATTGATCGATTACTTGGTC
CAAAAAGGGATTACACCGTATGCAAATCTGTACCACTATGATCTTCCATTGGCTTTGGAA
AAGAAGTATCATGGCTTGCTTGGTAGACAAGTTGTGAATGATTTTGCGGATTATGCTGAG
TTTTGTTTCAATCTATTTGGAGATAGAGTGAAAAACTGGATGACGTTTAATGAACCGCGT
GTGGTAGCTGCTC

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR1GM07TF 774 0 0
GG
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GGCCTCTCTTTCTTATCACCCTCATCCTCCTCTCTTTTTTCAGTTCCGGCGAATCCTCAC
CGTTCGGAGAGAAAAGTAAACTCGACACCGGCGGTCTAAGTAGACAGAGTTTTCCAAAGG
ACTTTTTGTTCGGAACCGCCACCTCAGCTTATCAGGTTGAAGGCGAAACTCATCAAGATG
GTCGTGGCCCAAGCATTTGGGACGCCTTCGTCAAGATTCCTGGGACTATCGCCAAAAATG
CCACTGCCGAGATAACAGTGGATCAGTATCACCGTTACAAGGAAGATGTGGATTTAATGA
AGAATCTGAACTTCGATGCTTACAGATTTTCCATTTCATGGTCCAGAATATTCCCTGAGG
GAACCGGTAAAATCAACTGGAAAGGAGTTGCTTATTACAACAGATTGATCGATTACTTGG
TCCAAAAAGGGATTACACCGTATGCAAATCTGTACCACTATGATCTTCCATTGGCTTTGG
AAAAGAAGTATCATGGCTTGCTTGGTAGACAAGTTGTGAATGATTTTGCGGATTATGCTG
AGTTTTGTTTCAATCTATTTGGAGATAGAGTGAAAAACTGGATGACGTTTAATGAACCGC
GTGTGGTAGCTGCTCTAGCTATGATAATGGTATATTTGCACCGGGTAGTGCTCTAAACAT
ATGGAAACTGCACACAAGGAACTCAGCTACTGAGC*ATACATTGTT
CCCATC

QA 3 768 3 768
DS 

RD RR1CM50TF 800 0 0
GGATCCTCCTCAAACTAACATTCAGAACTCACTCACCACCATGAGACACCTCATTGCGCC
TCCGTGGCCTCTCTTTCTTATCACCCTCATCCTCCTCTCTTTTTTCAGTTCCGGCGAATC
CTCACCGTTCGGAGAGAAAAGTAAACTCGACACCGGCGGTCTAAGTAGACAGAGTTTTCC
AAAGGACTTTTTGTTCGGAACCGCCACCTCGGCTTATCAGGTTGAAGGCGAAACTCATCA
AGATGGTCGTGGCCCAAGCATTTGGGACGCCTTCGTCAAGATTCCTGGGACTATCGCCAA
AAATGCCACTGCCGAGATAACAGTGGATCAGTATCACCGTTACAAGGAAGATGTGGATTT
AATGAAGAATCTGAACTTCGATGCTTACAGATTTTCCATTTCATGGTCCAGAATATTCCC
TGAGGGAACCGGTAAAATCAACTGGAAAGGAGTTGCTTATTACAACAGATTGATCGATTA
CTTGGTCCAAAAAGGGATTACACCGTATGCAAATCTGTACCACTATGATCTTCCATTGGC
TTTGGAAAAGAAGTATCATGGCTTGCTTGGTAGACAAGTTGTGAATGATTTTGCGGATTA
TGCTGAGTTTTGTTTCAATCTATTTGGAGATAGAGTGAAAAACTGGATGACGTTTT*TGA
ACCGCGTGTGGTAGCTGCTCTAGCTATGATAATGGTATATTTGCACCGGGTAGTGCTCTA
AACATATGGAAACTGCACACAGGGAACTCAGCTACTGAGCCATACATTGTTTCCCATCAC
CTTATCTTGGCCACGCAGCA

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 3

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TGGTGATCCGTAAGAGAGCCCCTAACTCTGCCGCCAAGCGCGACGAGAAAACTGTCAACG
CCGCTCGTCGTGCCGGCGCCGATATCGAAACCGTCCGAAAATACAATGCTGGAACCAACA
AGGCAGCTTCAAGCAGCACTTCCCTCAACACAAAGACGCTTGATGACGACACTGAGAACC
TTACTCATGAGCGTGTCCCTACTGAGCTAAAGAAAGCCATTATGCAAGCCCGCACTGAGA
AGAAGCTAACTCAGTCCCAACTTGCTCAACTCATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAAG
AGTATGAGTCTGGTAAAGCTATCCCCAACCAGCAGATCCTTTCTAAGCTCGAGAGAGCTC
TTGGTGCTAAACTCCGTGGTAAGAAGTGATATATGATCATCAACTCCTCAATCTCAATTT
GCAGTTTCACCTTTCCTAACGACATTCACTGCTTTCATGCTTCCTTTCTTGTAATGTCGT
GAACTCTGTCAAGAGTAATCTTTTTTTTTCATGTAAGAAAGATCAACAATTGAACCTTTG
CTTGATGTATCACTCTTTCCAGAAACATATATATCATTATAAAAAAATAACACACTGTTT
GGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1GG75TF U 1
AF RR1GG75JQ C 133
AF RR1CA32TF U 351
BS 1 640 RR1GG75TF
BS 641 663 RR1CA32TF

RD RR1GG75TF 642 0 0
TTTTTGATTGCACAAGGAGCATGGCAGGAACTGGACCGATGAGTCAGGACTGGGAGCCGG
TGGTGATCCGTAAGAGAGCCCCTAACTCTGCCGCCAAGCGCGACGAGAAAACTGTCAACG
CCGCTCGTCGTGCCGGCGCCGATATCGAAACCGTCCGAAAATACAATGCTGGAACCAACA
AGGCAGCTTCAAGCAGCACTTCCCTCAACACAAAGACGCTTGATGACGACACTGAGAACC
TTACTCATGAGCGTGTCCCTACTGAGCTAAAGAAAGCCATTATGCAAGCCCGCACTGAGA
AGAAGCTAACTCAGTCCCAACTTGCTCAACTCATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAAG
AGTATGAGTCTGGTAAAGCTATCCCCAACCAGCAGATCCTTTCTAAGCTCGAGAGAGCTC
TTGGTGCTAAACTCCGTGGTAAGAAGTGATATATGATCATCAACTCCTCAATCTCAATTT
GCAGTTTCACCTTTCCTAACGACATTCACTGCTTTCATGCTTCCTTTCTTGTAATGTCGT
GAACTCTGTCAAGAGTAATCTTTTTTTTTCATGTAAGAAAGATCAACAATTGAACCTTTG
CTTGATGTATCACTCTTTCCAGAAACATATATATCATTAT
AA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1GG75JQ 508 0 0
CCGGCGCCGATATCGAAACCGTCCGAAAATACAATGCTGGAACCAACAAGGCAGCTTCAA
GCAGCACTTCCCTCAACACAAAGACGCTTGATGACGACACTGAGAACCTTACTCATGAGC
GTGTCCCTACTGAGCTAAAGAAAGCCATTATGCAAGCCCGCACTGAGAAGAAGCTAACTC
AGTCCCAACTTGCTCAACTCATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAAGAGTATGAGTCTG
GTAAAGCTATCCCCAACCAGCAGATCCTTTTTAAGCTCGAGAGAGCTCTTGGTGCTAAAC
TCCGTGGTAAGAAGTGATATATGATCATCAACTCCTCAATCTCAATTTGCAGTTTCACCT
TTCCTAACGACATTCACTGCTTTCATGCTTCCTTTCTTGTAATGTCGTGAACTCTGTCAA
GAGTAATCTTTTTTTTTCATGTAAGAAAGATCAACAATTGAACCTTTGCTTGATGTATCA
CTCTTTCCAGAAACATATATATCATTAT

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1CA32TF 313 0 0
GTGATCCAAGAGTATGAGTCTGGTAAAGCTATCCCCAACCAGCAGATCCTTTCTAAGCTC
GAGAGAGCTCTTG*TGCTAAACTCCGTGGTAAGAAGTGATATATGATCATCAACTCCTCA
ATCTCAATTTGCAGTTTCACCTTTCCTAACGACATTCACTGCTTTCATGCTTCCTTTCTT
GTAATGTCGTGAACTCTGTCAAGAGTAATCTTTTTTTTTCATGTAAGAAAGATCAACAAT
TGAACCTTTGCTTGATGTATCACTCTTTCCAGAAACATATATATCATTATAAAAAAATAA
CACACTGTTTGGT

QA 1 313 1 313
DS 



AS 1 3

CO CL3764Contig1 646 3 14 U
TTTTTTTGGTTTAAAAAAATGATGAAGAATCTTATATTTTTTGTATCAGTTACTGCTATG
TATGCTGGATTGAGTGAGGCGCTACCACCAACAAAAAATTGCAACATAGGCATGATAGAA
GTTCAAAACAAACTCGGTTCTGGTCAGAATCTGGGATATATGTGTGATAAGTATGTAGGA
GGTCGTACTTTTCCTATAAATGGAACCTTAAAATTTAATGAAAAATATGTAAATCGTGAC
GGAGCGAACGTTCCAAAATGGAATTGTATTCTGCTTAAAGGACTTTATATTTATCCATTG
GTAGTAGAATTATCAGCTCCGACACCTCCATGTAAAAATGGATTGCGCTCATGGATTGCT
AAAAACGATGGAATTTATTTTGAGAGAAATGGAAAAAAACCTATGAAACTAGTTGGTCGA
TGGCAAAACAATGGTGGCGATTAACGTGATTTTTTTTTTCCTTCTGTTTTCCCTTAAAAC
TAATTAATGTTTATGAAACTTGAGTTTTTTTCTTCTTGTCATTTCAGCCAAGTTATCTTT
CGAGCTTGGTATTAGAAGCTATACATATACACCAGATTATTGTAATAAGATATGAGTCTC
ATGTATATTTATGTATACTATATTTGATTCTTTAAAGAAGAAAGTC


BQ
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AF RR1BS95TF U 8
AF RR1BS95JQ C 1
AF RR1AS36TF U 44
BS 1 7 RR1BS95JQ
BS 8 43 RR1BS95TF
BS 44 174 RR1AS36TF
BS 175 175 RR1BS95TF
BS 176 245 RR1AS36TF
BS 246 246 RR1BS95TF
BS 247 410 RR1AS36TF
BS 411 411 RR1BS95TF
BS 412 458 RR1AS36TF
BS 459 459 RR1BS95TF
BS 460 526 RR1AS36TF
BS 527 527 RR1BS95TF
BS 528 631 RR1AS36TF
BS 632 646 RR1BS95JQ

RD RR1BS95TF 588 0 0
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GATTGAGTGAGGCGCTACCACCAACAAAAAATTGCAACATAGGCATGATAGAAGTTCAAA
ACAAACTCGGTTCTGGTCAGAATCTGGGATATATGTGTGATAAGTATGTAGGAGGTCGTA
CTTTTCCTATAAATGGAACCTTAAAATTTAATGAAAAATATGTAAATCGTGACGGAGCGA
ACGTTCCAAAATGGAATTGTATTCTGCTTAAAGGACTTTATATTTATCCATTGGTAGTAG
AATTATCAGCTCCGACACCTCCATGTAAAAATGGATTGCGCTCATGGATTGCTAAAAACG
ATGGAATTTATTTTGAGAGAAATGGAAAAAAACCTATGAAACTAGTTGGTCGATGGCAAA
ACAATGGTGGCGATTAACGTGATTTTTTTTTTCCTTCTGTTTTCCCTTAAAACTAATTAA
TGTTTATGAAACTTGAGTTTTTTTCTTCTTGTCATTTCAGCCAAGTTATCTTTCGAGCTT
GGTATTAGAAGCTATACATATACACCAGATTATTGTAATAAGATATGA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1BS95JQ 646 0 0
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TATGCTGGATTGAGTGAGGCGCTACCACCAACAAAAAATTGCAACATAGGCATGATAGAA
GTTCAAAACAAACTCGGTTCTGGTCAGAATCTGGGATATATGTGTGATAAGTATGTAGGA
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GGAGCGAACGTTCCAAAATGGAATTGTATTCTGCTTAAAGGACTTTATATTTATCCATTG
GTAGTAGAATTATCAGCTCCGACACCTCCATGTAAAAATGGATTGCGCTCATGGATTGCT
AAAAACGATGGAATTTATTTTGAGAGAAATGGAAAAAAACCTATGAAACTAGTTGGTCGA
TGGCAAAACAATGGTGGCGATTAACGTGATTTTTTTTTTCCTTCTGTTTTCCCTTAAAAC
TAATTAATGTTTATGAAACTTGAGTTTTTTTCTTCTTGTCATTTCAGCCAAGTTATCTTT
CGAGCTTGGTATTAGAAGCTATACATATACACCAGATTATTGTAATAAGATATGAGTCTC
ATGTATATTTATGTATACTATATTTGATTCTTTAAAGAAGAAAGTC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1AS36TF 588 0 0
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GTGATAAGTATATAGGAGGTCGTACTTTTCCTATAAATGGAACCTTAAAATTTAATGAAA
AATATGTAAATCGTGACGGAGCCAACGTTCCAAAATGGAATTGTATTCTGCTTAAAGGAC
TTTATATTTATCCATTGGTAGTAGAATTATCAGCTCCGACACCTCCATGTAAAAATGGAT
TGCGCTCATGGATTGCTAAAAACGATGGAATTTATTTTGAGAGAAATGGAAAAAAACCTA
TGAAACTCGTTGGTCGATGGCAAAACAATGGTGGCGATTAACGTGATTTTTTTTT*CCTT
CTGTTTTCCCTTAAAACTAATTAATGTTTATGAAACTTGAGTTTTTTTCTTCTTGTCATT
TCATCCAAGTTATCTTTCGAGCTTGGTATTAGAAGCTATACATATACACCAGATTATTGT
AATAAGATATGAGTCTCATGTATATTTATGTATACTATATTTGATTCT

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 3

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TCCTCTAACCAAGAGATATCATCTTTATAGAACTCGC


BQ
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AF RR1AS71JQ U 1
AF RR1BH19JQ U 1
AF RR1BH19TF C 1
BS 1 457 RR1AS71JQ

RD RR1AS71JQ 457 0 0
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CAGGCCGTGAAACTCATGTAGAAAATTGCATTCTTTGACCTGAGCTTCATACTCGACTCT
ACATCTTCCCTCGTTCGTACCACTACTTTCTTCATCTTCACCGGCAAATAAGCGCTAAGG
TCAATTTCCCACTTGGAGAACAATACAACTTCAGCATACAGATGAAGCCATTCGTTGTCT
CGCAGATCCGATTCCTTCACCTCATAGTATTGTAGCTTATGACTTCCTGTAAGAGCATCA
TCCTCTAACCAAGAGATATCATCTTTATAGAACTCGC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1BH19JQ 457 0 0
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ATGTGTTGTGGTCTTCCATCAGTCGTCCGCGTTATTATGCCTCTGCACTCAAGACCCCCG
CAGGCCGTGAAACTCATGTAGAAAATTGCATTCTTTGACCTGAGCTTCATACTCGACTCT
ACATCTTCCCTCGTTCGTACCACTACTTTCTTCATCTTCACCGGCAAATAAGCGCTAAGG
TCAATTTCCCACTTGGAGAACAATACAACTTCAGCATACAGATGAAGCCATTCGTTGTCT
CGCAGATCCGATTCCTTCACCTCATAGTATTGTAGCTTATGACTTCCTGTAAGAGCATCA
TCCTCTAACCAAGAGATATCATCTTTATAGAACTCGC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1BH19TF 457 0 0
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CAGGCCGTGAAACTCATGTAGAAAATTGCATTCTTTGACCTGAGCTTCATACTCGACTCT
ACATCTTCCCTCGTTCGTACCACTACTTTCTTCATCTTCACCGGCAAATAAGCGCTAAGG
TCAATTTCCCACTTGGAGAACAATACAACTTCAGCATACAGATGAAGCCATTCGTTGTCT
CGCAGATCCGATTCCTTCACCTCATAGTATTGTAGCTTATGACTTCCTGTAAGAGCATCA
TCCTCTAACCAAGAGATATCATCTTTATAGAACTCGC

QA 1 457 1 457
DS 



AS 1 3

CO CL3766Contig1 1184 3 8 U
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AATCTTCCCCTCGTTTCACAACACCGCCTTCACCTCCCTCCCATCTCCGCCGCGCACCTC
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TCAATTCATCAAAAGCCACAACCTTTCGCCCACCCACCTTCTCAAAATCTCCTATCGCTT
GCAGGTTCAGCCAATCCGACATAACGCCACAGCTTGAGCTTAGTAAAGGAGGAGATAAAC
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TTCCAGCGTGGTACCAGTTTGTCACTGCAACGTTCTGTCATGCTAGCTGGAACCATCTCT
CCAGCAACCTTTTCTTCCTCTACATCTTTGGAAAGCTCGTTGAAGAAGAGGAAGGGAGCT
TTGGTTTGTGGCTGTCTTACTTGTTCACTGGTGTTGGAGCTAACCTTGTTTCTTGGTTAG
TTTTGCCGAGAAATGCTGTTTCCGTTGGAGCCTCTGGAGCTGTTTTTGGGTTGTTTGCTA
TTAGCGTCCTCGTCAAGATGTCTTGGGATTGGAGGAAGATCCTTGAAGTTCTTATATTGG
GTCAGTTCGTTATTGAGAGGGTAATGGAAGCAGCTCAGGCTTCAGCTGGAGTATCAGGAA
CTATATATGGTGGCTATTCTTTGCAGACTGTTAACCACATTGCGCATCTCTCTGGTGCTC
TTGTCGGTGTTGTGTTGGTTTGGCTACTCAGCAAATTTCCCTCGGAAACTGTGGATCAAG
AGGTTCAAAAGTCCTCCAAAAAGTGATGAAATATAATCAGTGTAACATTACTATCTCAGG
TACATAGTAGCTGTCAGATGAAGTTATAAGACTGATGAAGTTACTTGTATAAACTGAAAG
ACAGGCTCTAGTACAAGTTTATGTTTATACCAATTCTTTTGCAGCAGAATTTATATGCAA
TGGATTTGTTCATCTTTTAAGCACATGAGAAAGTTTTTTCTCACCGTGTGTGAGTCTGAC
AGAAACTGTACAATAGATTTTATAAGATCATTCTGTTGTAATGT


BQ
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AF RR1DW66TF U 2
AF RR1H353TF U 1
AF RR1H353JQ C 562
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ATCTTCCCCTCGTTTCACAACACCGCCTTCACCTCCCTCCCATCTCCGCCGCGCACCTCC
GTCGCCGATTCCACTCACCAACAACATCAAAAGCTTCCAACTTTCCTCACTCTCCGAGCT
CAATTCATCAAAAGCCACAACCTTTCGCCCACCCACCTTCTCAAAATCTCCTATC

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DS 

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AATCTTCCCCTCGTTTCACAACACCGCCTTCACCTCCCTCCCATCTCCGCCGCGCACCTC
CGTCGCCGATTCCACTCACCAACAACATCAAAAGCTTCCAACTTTCCTCACTTTCCGAGC
TCAATTCATCAAAAGCCACAACCTTTCGCCCACCCACCTTCTCAAGATCTCCTATCGCTT
GCAGGTTCAGCCAATCCGACATAACGCCACAGCTTGAGCTTAGTAAAGGAGGAGATAAAC
AGAAGCCACAAAAGAGAGCCAATGGCATATTCTGGATCATACTCATCAATCTTGGCATCT
ATGTAGCAGATCACTTCTTTCAGGTTCGCAGCATCAAGTCTCTCTATCTCTATCACAATT
TTCCAGCGTGGTACCAGTTTGTCACTGCAACGTTCTGTCATGCTAGCTGGAACCATCTCT
CCAGCAACCTTTTCTTCCTCTACATCTTTGGAAAGCTCGTTGAAGAAGAGGAAGGGAGCT
TTGGTTTGTGGCTGTCTTACTTGTTCACTGGTGTTGGAGCTAACCTTGTTTCTTGGTTAG
TTTTGCCGAGAAATGCTGTTTCCGTTGGAGCCTCTGGAGCTGTTTTTGGGTTGTTTGCTA
TTAGCGTCCTCGTCAAGATGTCTTGGGATTGGAG**AGATCCTTGAAGTTCTTATATTGG

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DS 

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CTTGGGATTGGAGGAAGATCCTTGAAGTTCTTATATTGGGTCAGTTCGTTATTGAGAGGG
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TGCAGACTGTTAACCACATTGCGCATCTCTCTGGTGCTCTTGTCGGTGTTGTGTTGGTTT
GGCTACTCAGCAAATTTCCCTCGGAAACTGTGGATCAAGAGGTTCAAAAGTCCTCCAAAA
AGTGATGAAATATAATCAGTGTAACATTACTATCTCAGGTACATAGTAGCTGTCAGATGA
AGTTATAAGACTGATGAAGTTACTTGTATAAACTGAAAGACAGGCTCTAGTACAAGTTTA
TGTTTATACCAATTCTTTTGCAGCAGAATTTATATGCAATGGATTTGTTCATCTTTTAAG
CACATGAGAAAGTTTTTTCTCACCGTGTGTGAGTCTGACAGAAACTGTACAATAGATTTT
ATAAGATCATTCTGTTGTAATGT

QA 1 623 1 623
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3768Contig1 1560 3 3 U
GGAATAACGTTTTATTGTCTTTTCCAGAGTTTCTCTTCCACAATCCAATTTCGATCTCTT
CACAGATAATCGCAGTCCGATCTTCTCGATCATCTCGTCTCTTCGTGCCACTCCAAGAGA
GCTGAGATGGAGATTGAATTCAAGGCAATGCTCGACGATCTCGATGTTCTCGAGAAATCT
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TCCAAGTGTAACCCTCACCGGCGTTCTAAAGTCAAGGAATTAAGTTCGGAAGTGGTAGAT
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CTAGCTAACATGAACAGACTCTTTTTCCGACCTGATCAGGTTGGTATGACAAAGACTGAT
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AACATAACAACAGTGCAAGGCTTTGAAACCTTCACGTCCAGCTTGAAGAACAAGTCTTTT
TGTCCTACCAAGGAGGGAAGTGGTGTGGATCTTGTTTTGAGTTGCGTCGATAATTATGAA
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GTTTCTGAAGATGCCGTTTCAGGTCACATACAGCTTCTGGTTCCCGGAGAAACTGCTTGT
TTTGCTTGTGCACCTCCTCTGGTCGTGGCATCTGGAATAGATGAACGGACACTAAAGAGA
GAAGGAGTCTGTGCTGCTTCTCTGCCTACTACTATGGGTGTTGTTGCGGGGCTTTTGGTT
CAAAACTCTCTCAAGTTCTTACTAAATTTTGGTGAAGTTTCTCCATACTTGGGTTACAAT
TCACTGAAGGATTTTTTCCCAACCATGCAAATGAGACCAAATCCACAGTGCTCGAATGTA
GCTTGTATGGAACGGCAGAAAGAATACATGCTTGCAAAACCAGCAAGGGACGCTGCTGCC
GAAGCCAAGATGGAAGCTGATGCGTTAACAGCTATTGATGATGGCCCACTCCATGATGAT
AATGAGTGGAACATAAGTGTGGTTGACGATGAAAATGAGAAGGATACCGCAAAAGCTTCC
TCAAGTTCAGATACATTACCAGAAGGGCTTACTAGGGAGCTGCCAGTCGCAGATGAGTAT
GAGAAGGCAATAGCTATAGGGTCTGGAGAGGCAGAGGAGGAAGAGGACGACCTTGAAGAT
CTCAAAAAGCAGCTCGAAGCTCTTAATGCTGCTTGAAGGTCTTTATGGGGTAACAGACAG
ACTAAAGTTCCTTAGCAGTTTTTTTTTTACTTGAAAGAGGCGACAAATGCAATTGTGTGA
AAAGCAAAGTGTTTGATGTTTGATAAATTGGGATCTCATAGGCATATATAAACTATAAAC


BQ
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AF RR1C284TF U 1
AF RR1DY73TF U 514
AF RR1DY73JQ C 876
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GCTGAGATGGAGATTGAATTCAAGGCAATGCTCGACGATCTCGATGTTCTCGAGAAATCT
CTCTCCGATCCTGCTCCCATCCACAAGCTGCGATCACATGTTGAGAATCTAGCGGCTCTG
TCCAAGTGTAACCCTCACCGGCGTTCTAAAGTCAAGGAATTAAGTTCGGAAGTGGTAGAT
AGTAATCCTTACAGCAGGCTTATGGCACTTCAGCGGATGGGTATTGTGGAGAACTATGAG
AGGATCAGAGAGTTCTCAGTCGCCATTGTTGGGATTGGTGGTGTTGGAAGTGTTGCTGCT
GAAATGCTGACAAGATGTGGTATAGGTCGTCTTTTGTTGTATGACTATGACACTGTCGAG
CTAGCTAACATGAACAGACTCTTTTTCCGACCTGATCAGGTTGGTATGACAAAGACTGAT
GCTGCTGTTCAGACGCTTGCTGAAATTAACCCTGACGTAGTACTTGAGAGTTTCACAATG
AACATAACAACAGT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1DY73TF 610 0 0
GATCAGGTTGGTATGACAAAGACTGATGCTGCTGTTCAGACTCTTGCTGAAATTAACCCT
GACGTAGTACTTGAGAGTTTCACAATGAACATAACGACAGTGCAAGGCTTTGAAACCTTC
ACGTCCAGCTTGAAGAACAAGTCTTTTTGTCCTACCAAGGAGGGAAGTGGTGTGGATCTT
GTTTTGAGTTGCGTCGATAATTATGAAGCAAGGATGGCTGTCAACCAGGCATACAATGAG
TTAAGTCAAACTTGGATGGAGTCAGGTGTTTCTGAAGATGCCGTTTCAGGTCACATACAG
CTTCTGGTTCCCGGAGAAACTGCTTGTTTTGCTTGTGCACCTCCTCTGGTCGTGGCATCT
GGAATAGATGAACGGACACTAAAGAGAGAAGGAGTCTGTGCTGCTTCTCTGCCTACTACT
ATGGGTGTTGTTGCGGGGCTTTTGGTTCAAAACTCTCTCAAGTTCTTACTAAATTTTGGT
GAAGTTTCTCCATACTTGGGTTACAATTCACTGAAGGATTTTTTCCCAACCATGCAAATG
AGACCAAATCCACAGTGCTCGAATGTAGCTTGTATGGAACGGCAGAAAGAATACATGCTT
GCAAAACCAG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1DY73JQ 685 0 0
AATAGATGAACGGACACTAAAGAGAGAAGGAGTCTGTGCTGCTTCTCTGCCTACTACTAT
GGGTGTTGTTGCGGGGCTTTTGGTTCAAAACTCTCTCAAGTTCTTACTAAATTTTGGTGA
AGTTTCTCCATACTTGGGTTACAATTCACTGAAGGATTTTTTCCCAACCATGCAAATGAG
ACCAAATCCACAGTGCTCGAATGTAGCTTGTATGGAACGGCAGAAAGAATACATGCTTGC
AAAACCAGCAAGGGACGCTGCTGCCGAAGCCAAGATGGAAGCTGATGCGTTAACAGCTAT
TGATGATGGCCCACTCCATGATGATAATGAGTGGAACATAAGTGTGGTTGACGATGAAAA
TGAGAAGGATACCGCAAAAGCTTCCTCAAGTTCAGATACATTACCAGAAGGGCTTACTAG
GGAGCTGCCAGTCGCAGATGAGTATGAGAAGGCAATAGCTATAGGGTCTGGAGAGGCAGA
GGAGGAAGAGGACGACCTTGAAGATCTCAAAAAGCAGCTCGAAGCTCTTAATGCTGCTTG
AAGGTCTTTATGGGGTAACAGACAGACTAAAGTTCCTTAGCAGTTTTTTTTTTACTTGAA
AGAGGCGACAAATGCAATTGTGTGAAAAGCAAAGTGTTTGATGTTTGATAAATTGGGATC
TCATAGGCATATATAAACTATAAAC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 3

CO CL3769Contig1 776 3 3 U
GGAGGAGAAGTCGAAACACTATAGAGCTCCGCTCCCAGTAATGGCGGCGACATGGACTTC
TTTTGTAACCTCCTTTTGTATTTCTTCACCTTCTAATAAACCCTCATACTCATCGTTGAG
CGGTCTGTCTTTCCGGAGGCAAACAGTGCTCCCAACGAACAGATTTCCCAGGATATATGC
GTTGTCTAGCAACGACATCAAAGTCGGGACAAACATAGAAGTCGATAGTGCTCCGTGGCG
TGTTCTGGAGTTTCTTCATGTGAAGCCAGGCAAAGGTGCTGCTTTTGTCAGAACCAAAAT
CAGGAATTACGTCAATGGTAGCACCGTCGAGAGAACCTTTCGTGCCGGAATTACTATGGA
AGAGGCAAATGTCTTCAAGGAGACCAAGCAATTCACTTATAAAGACGGCTCTCAGTTTGT
TTTCATGGACTTGAGCAGTTATGAGGAAACACGTTTAAACGAGGCTGATATGGGCGACAA
GACCAAATGGCTTAAAGAGGGAATGGACTGCAATTTACTCTACTGGAAGGACAAGGTCAT
CGATTTTGAACTTCCCATTACAGTTCAGCTTAAAATTGTTGACGTTGATCCTGGTCTCCG
AGGTGACACTGCACAAAGTGGAACAAAACCTGCCACCCTCGAGACTGGTGCAGTTGTCAA
TGTACCCCTCTTTGTCAATGTTGGTGAAGATATTATGGTGGACACGAGAACCGGTACCTA
CATGAGCCGGGTCTGACACATCTTCCTTATTGCTACGACTAGACGCGAGATTTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ29TF U 11
AF RR1DM45TF U 18
AF RR1GI79TF U 1
BS 1 158 RR1GI79TF
BS 159 159 RR1DJ29TF
BS 160 776 RR1GI79TF

RD RR1DJ29TF 603 0 0
GGGAAACACT
ATAGAGCTCCGCTCCCAGTAATGGCGGCGACATGGACTTCTTTTGTAACCTCCTTTTGTA
TTTCTTCACCTTCTAATAAACCCTCATACTCATCGTTGAGCGGTCTGTCTTTCCGGAGGC
AAACAGTGCTCCCAACGAACAGATTTCCCAGGATATATGCGTTGTCTAGCAACGACATCA
AAGTCGGGACAAACATAGAAGTCGATAGTGCTCCGTGGCGTGTTCTGGAGTTTCTTCATG
TGAAGCCAGGCAAAGGTGCTGCTTTTGTCAGAACCAAAATCAGGAATTACGTCAATGGTA
GCACCGTCGAGAGAACCTTTCGTGCCGGAATTACTATGGAAGAGGCAAATGTCTTCAAGG
AGACCAAGCAATTCACTTATAAAGACGGCTCTCAGTTTGTTTTCATGGACTTGAGCAGTT
ATGAGGAAACACGTTTAAACGAGGCTGATATGGGCGACAAGACCAAATGGCTTAAAGAGG
GAATGGACTGCAATTTACTCTACTGGAAGGACAAGGTCATCGATTTTGAACTTCCCATTA
CAGTTCAGCTTAAAATTGTTGACGTTGATCCTGGTCTCCGAGGTGACACTGC
A

QA 11 602 11 602
DS 

RD RR1DM45TF 595 0 0
GGG
ATAGAGCTCCGCTCCCAGTAATGGCGGCGACATGGACTTCTTTTGTAACCTCCTTTTGTA
TTTCTTCACCTTCTAATAAACCCTCATACTCATCGTTGAGCGGTCTGTCTTTCCGGAGGC
AAACAGTGCTCCCAACGAACAGATTTCCCAGGATATATGCGTTGTCTAGCAACGACATCA
AAGTCGGGACAAACATAGAAGTCGATAGTGCTCCGTGGCGTGTTCTGGAGTTTCTTCATG
TGAAGCCAGGCAAAGGTGCTGCTTTTGTCAGAACCAAAATCAGGAATTACGTCAATGGTA
GCACCGTCGAGAGAACCTTTCGTGCCGGAATTACTATGGAAGAGGCAAATGTCTTCAAGG
AGACCAAGCAATTCACTTATAAAGACGGCTCTCAGTTTGTTTTCATGGACTTGAGCAGTT
ATGAGGAAACACGTTTAAACGAGGCTGATATGGGCGACAAGACCAAATGGCTTAAAGAGG
GAATGGACTGCAATTTACTCTACTGGAAGGACAAGGTCATCGATTTTGAACTTCCCATTA
CAGTTCAGCTTAAAATTGTTGGCGTTGATCCTGGTCTCCGAGGTGACACTGC

QA 4 595 4 595
DS 

RD RR1GI79TF 776 0 0
GGAGGAGAAGTCGAAACACTATAGAGCTCCGCTCCCAGTAATGGCGGCGACATGGACTTC
TTTTGTAACCTCCTTTTGTATTTCTTCACCTTCTAATAAACCCTCATACTCATCGTTGAG
CGGTCTGTCTTTCCGGAGGCAAACAGTGCTCCCAACGAGCAGATTTCCCAGGATATATGC
GTTGTCTAGCAACGACATCAAAGTCGGGACAAACATAGAAGTCGATAGTGCTCCGTGGCG
TGTTCTGGAGTTTCTTCATGTGAAGCCAGGCAAAGGTGCTGCTTTTGTCAGAACCAAAAT
CAGGAATTACGTCAATGGTAGCACCGTCGAGAGAACCTTTCGTGCCGGAATTACTATGGA
AGAGGCAAATGTCTTCAAGGAGACCAAGCAATTCACTTATAAAGACGGCTCTCAGTTTGT
TTTCATGGACTTGAGCAGTTATGAGGAAACACGTTTAAACGAGGCTGATATGGGCGACAA
GACCAAATGGCTTAAAGAGGGAATGGACTGCAATTTACTCTACTGGAAGGACAAGGTCAT
CGATTTTGAACTTCCCATTACAGTTCAGCTTAAAATTGTTGACGTTGATCCTGGTCTCCG
AGGTGACACTGCACAAAGTGGAACAAAACCTGCCACCCTCGAGACTGGTGCAGTTGTCAA
TGTACCCCTCTTTGTCAATGTTGGTGAAGATATTATGGTGGACACGAGAACCGGTACCTA
CATGAGCCGGGTCTGACACATCTTCCTTATTGCTACGACTAGACGCGAGATTTATG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 3

CO CL3770Contig1 1285 3 8 U
GGGACGAGGACGCTTTTGGACGCGCTTGCACCTAGGTGGAACGAGCAGTATACTTGGGAA
GTTCATGATCCTTGCACGGTCATAACGATTGGAGTCTTTGACAATGGTCAGATCAACGAC
GGTGGTGATACCAAGGACCAGAGGATTGGGAAAGTTAGAGTGAGGCTGTCTACGCTCGAG
ACGGACCGGGTTTACACTCATTACTACCCGTTGCTGGTTCTCACTCCCGGTGGTCTGAAG
AAGAACGGTGAGCTTCAGCTAGCTCTGAGGTACACTTGCACCTCCTTTGTTAACATGATG
GCTCAGTACGGAAGACCGTTGCTGCCCAAAATGCATTATGTTCAACCGATACCAGTCAGG
CACATCGACTTGCTGAGGCATCAGGCGATGCACATAGTTGCAACGAGACTATCAAGGTCC
AAGCCACCGCTGAGACGAGAGGTTGTGGAGTACATGCTTGATGTGGACTACCATATGTTC
AGCCTAAGGAGAAGCAAAGCCAATTTCAGCAGAATCATGTCGCTTCTCTCCTCGGTCACT
CTGGTCTGCAAGTGGTTCAACGATATCTGCACGTGGAGAAACCCAATCACAACCTGTCTT
GTCCATGTTCTGTTCCTGATTCTCGTCTGCTACCCAGAACTGATTCTACCCACAATCTTC
CTCTACCTCTTTGTGATAGGCATGTGGAACTACCGGTACAGACCGAGACACCCGCCTCAC
ATGGACTCTCGTGTGTCCCAAGCAGACAACACCCACCCAGACGAGCTTGACGAGGAGTTT
GACACTTTCCCGACTAGCAGACCAGCAGACATTGTCAGAATGAGGTATGACAGGCTTAGG
AGTGTCGGTGGAAGAGTCCAGACGGTGGTGGGGGACCTGGCTACACAAGGAGAGAGGATT
CAAGCCTGGAGGGACCCGAGAGCAACTGCTTTATTCATCGTCTTGTCGTTGATATGGGCT
GTGTTTATATACATAACACCGTTCCAGGTGATTGCCATCTTGCTCGGACTGTTCATGCTG
CGTCATCCACGGTTCAGGAGCAGAATGCCTTCAGTACCTGCCAACTTCTTCAAGAGATTA
CCAGCCAGGTCAGATATGCTACTTTAGGTAAACGAAAAAAAAACATCATTGTATTTGTAA
TAGTGTGTATGAACATATAAGTTGGAGAAACTTGTAGAGTGAAGCCAAGGAAACTAGTTT
TGCCTGAATGTGTGTACTCCCCAATATTATGTATGATGTTCCAATATTCTACCGCTAGTG
AAATAAAATGAGCCAAATTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AE51TF U 84
AF RR1BE22TF U 1
AF RR1BE22JQ C 534
BS 1 292 RR1BE22TF
BS 293 293 RR1AE51TF
BS 294 392 RR1BE22TF
BS 393 393 RR1AE51TF
BS 394 420 RR1BE22TF
BS 421 421 RR1AE51TF
BS 422 793 RR1BE22TF
BS 794 1285 RR1BE22JQ

RD RR1AE51TF 695 0 0
G
ACGATTGGAGTCTTTGACAATGGTCAGATCAACGACGGTGGTGATACCAAGGACCAGAGG
ATTGGGAAAGTTAGAGTGAGGCTGTCTACGCTCGAGACGGACCGGGTTTACACTCATTAC
TACCCGTTGCTGGTTCTCACTCCCGGTGGTCTGAAGAAGAACGGTGAGCTTCAGCTAGCT
CTGAGGTACACTTGCACCTCCTTTGTTAACATGATGGCTCAGTACGGAAGACCGTTGCTG
CCCAAAATGCATTATGTTCAACCGATACCAGTCAGGCACATCGACTTGCTGAGGCATCAG
GCGATGCACATAGTTGCAACGAGACTATCAAGGTCCAAGCCACCGCTGAGACGAGAGGTT
GTGGAGTACATGCTTGATGTGGACTACCATATGTTCAGCCTAAGGAGAAGCAAAGCCAAT
TTCAGCAGAATCATGTCGCTTCTCTCCTCGGTCACTCTGGTCTGCAAGTGGTTCAACGAT
ATCTGCACGTGGAGAAACCCAATCACAACCTGTCTTGTCCATGTTCTGTTCCTGATTCTC
GTCTGCTACCCAGAACTGATTCTACCCACAATCTTCCTCTACCTCTTTGTGATAGGCATG
TGGAACTACCGGTACAGACCGAGACACCCGCCTCACATGGACGCTCGTGTGTCCCAAGCA
GACAACACCCACCCAGACGAGCTTGACGAGGAGT

QA 2 695 2 695
DS 

RD RR1BE22TF 793 0 0
GGGACGAGGACGCTTTTGGACGCGCTTGCACCTAGGTGGAACGAGCAGTATACTTGGGAA
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GGTGGTGATACCAAGGACCAGAGGATTGGGAAAGTTAGAGTGAGGCTGTCTACGCTCGAG
ACGGACCGGGTTTACACTCATTACTACCCGTTGCTGGTTCTCACTCCCGGTGGTCTGAAG
AAGAACGGTGAGCTTCAGCTAGCTCTGAGGTACACTTGCACCTCCTTTGTTAGCATGATG
GCTCAGTACGGAAGACCGTTGCTGCCCAAAATGCATTATGTTCAACCGATACCAGTCAGG
CACATCGACTTGCTGAGGCATCAGGCGATGCAGATAGTTGCAACGAGACTATCAAGGTCC
GAGCCACCGCTGAGACGAGAGGTTGTGGAGTACATGCTTGATGTGGACTACCATATGTTC
AGCCTAAGGAGAAGCAAAGCCAATTTCAGCAGAATCATGTCGCTTCTCTCCTCGGTCACT
CTGGTCTGCAAGTGGTTCAACGATATCTGCACGTGGAGAAACCCAATCACAACCTGTCTT
GTCCATGTTCTGTTCCTGATTCTCGTCTGCTACCCAGAACTGATTCTACCCACAATCTTC
CTCTACCTCTTTGTGATAGGCATGTGGAACTACCGGTACAGACCGAGACACCCGCCTCAC
ATGGACTCTCGTGTGTCCCAAGCAGACAACACCCACCCAGACGAGCTTGACGAGGAGTTT
GACACTTTCCCGA

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1BE22JQ 752 0 0
GGTCACTCTGGTCTGCAAGTGGTTCAACGATATCTGCACGTGGAGAAACCCAATCACAAC
CTGTCTTGTCCATGTTCTGTTCCTGATTCTCGTCTGCTACCCAGAACTGATTCTACCCAC
AATCTTCCTCTACCTCTTTGTGATAGGCATGTGGAACTACCGGTACAGACCGAGACACCC
GCCTCACATGGACTCTCGTGTGTCCCAAGCAGACAACACCCACCCAGACGAGCTTGACGA
GGAGTTTGACACTTTCCCGACTAGCAGACCAGCAGACATTGTCAGAATGAGGTATGACAG
GCTTAGGAGTGTCGGTGGAAGAGTCCAGACGGTGGTGGGGGACCTGGCTACACAAGGAGA
GAGGATTCAAGCCTGGAGGGACCCGAGAGCAACTGCTTTATTCATCGTCTTGTCGTTGAT
ATGGGCTGTGTTTATATACATAACACCGTTCCAGGTGATTGCCATCTTGCTCGGACTGTT
CATGCTGCGTCATCCACGGTTCAGGAGCAGAATGCCTTCAGTACCTGCCAACTTCTTCAA
GAGATTACCAGCCAGGTCAGATATGCTACTTTAGGTAAACGAAAAAAAAACATCATTGTA
TTTGTAATAGTGTGTATGAACATATAAGTTGGAGAAACTTGTAGAGTGAAGCCAAGGAAA
CTAGTTTTGCCTGAATGTGTGTACTCCCCAATATTATGTATGATGTTCCAATATTCTACC
GCTAGTGAAATAAAATGAGCCAAATTTTTTCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

CO CL3771Contig1 1006 3 8 U
CTCTGGAACTGCCATTCCTTTTTTTTTGTTATTGGATGAAATGGAAAAAGACCTTTGAAG
TGTATTTTGCGCAAATTTTAATGTTTCTTTCTCATGTAAAGAACACACATCTTGATAGCT
CTGGGAACATGCTACTTATTGGTTTTGGTAATGATTGATGTGTTGGTGGTGATGGTGAGC
GCTCTGGTGATTCATCTGATGATCATGTAGTTGATGAACAACGCCTTGATGGTGGTGATC
GTTATAGTGTTGATAGTCAACTTCGTTCTTTTCGTTTTGCATGGAACCAGTTGCCATCTG
ATCATCATGCCATCCTCTAGATGTGTTCCTGGTTATTTCCAGCAACGAGTTCCTCACATG
TTCAGCTGGCACCATCTCGCTATCGTTTTTCTCGACTTTAAAGACATTGGAGACAAGACT
GAGGAAACGAGTCGTGTTAGCATTTGTGACCTCAAGTCCCAGAGAATCAAGTGCCTCCAT
TAGCCTTGTGAAGCCTCCTGGTTTGTATTCACAAATCACCTTTACGAAGAACTCTCTTCC
ATCTAGCTGAGCCACGTCCACTTGCGGCTCCATCTCTTGTCCTTTATCATTGCAGTTCTC
AAGATCAACATCTTGTTTCATGTCAGGAAGATTCGAGTTACACGAAAGCCCCTGGTGAAA
CCCAGTGAGCACTGTCCCGTTCAGACTCATCCCTCCTTGCTGCCTATTAGATCCATCCTC
GGTCTCTGAATTCTCTTCAAGCTCGTCTTGAAGCTCCTTTGCCTCGTTCTGCAACTCCTT
AACGTAGTTGATAGCATCGCCTAGAATTGATGCCCTATCCAACTTAGTTATCCTGGGAAC
AAGCGACCTGAGAGCGTAAAGCCTATCGTTTAGCTTCTTTCTCCTCCGTCTCTCAGCATG
CAGGTTCTTAGCTTGAGTATGTTTTCCTGTCTTTTTCTTACACTTTGGATCATCTTCATC
ATCAATCTGGTCGCTACATTCTGAACCAGTTGCGTTCTCATGATTC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT56JQ U 3
AF RR1CL10JQ U 1
AF RR1CT56TF C 234
BS 1 26 RR1CL10JQ
BS 27 27 RR1CT56JQ
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BS 74 74 RR1CT56JQ
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BS 135 778 RR1CL10JQ
BS 779 1006 RR1CT56TF

RD RR1CT56JQ 631 0 0
CTGGAACTGTCATTCCTTTTTTTTTGTTATTGGATGAAATGGAAAAAGACCTTTGAAGTG
TATTTTGCGCAAATTTTAATGTTTCTTTCTCATGTAAAGAACACACATCTTGATAGCTCT
GGGAACATGCTACTTATTGGTTTTGGTAATGATTGATGTGTTGGTGGTGATGGTGAGCGC
TCTGGTGATTCATCTGATGATCATGTAGTTGATGAACAACGCCTTGATGGTGGTGATCGT
TATAGTGTTGATAGTCAACTTCGTTCTTTTCGTTTTGCATGGAACCAGTTGCCATCTGAT
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CAGCTGGCACCATCTCGCTATCGTTTTTCTCGACTTTAAAGACATTGGAAACAAGACTGA
GGAAACGAGTCGTGTTAGCATTTGTGACCTCAAGTCCCAAAAAATCAAGTGCCTCCATTA
GCCTTGTGAAGCCTCCTGGTTTGTATTCACAAATCACCTTTACGAAGAACTCTCTTCCAT
CTAGCTGAGCCACGTCCACTTGCGGCTCCATCTCTTGTCCTTTATCATTGCAGTTCTCAA
GATCAACATCTTGTTTCATGTCAGGAAGATT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1CL10JQ 778 0 0
CTCTGGAACTGCCATTCCTTTTTTTT*GTTATTGGATGAAATGGAAAAAGACCTTTGAAG
TGTATTTTGCGCAGATTTTAATGTTTCTTTCTCATGTAAAGAACACACATCTTGATAGCT
CTGGGAACATGCTCCTTATTGGTTTTGGTAATGATTGATGTGTTGGTGGTGATGGTGAGC
GCTCTGGTGATTCATCTGATGATCATGTAGTTGATGAACAACGCCTTGATGGTGGTGATC
GTTATAGTGTTGATAGTCAACTTCGTTCTTTTCGTTTTGCATGGAACCAGTTGCCATCTG
ATCATCATGCCATCCTCTAGATGTGTTCCTGGTTATTTCCAGCAACGAGTTCCTCACATG
TTCAGCTGGCACCATCTCGCTATCGTTTTTCTCGACTTTAAAGACATTGGAGACAAGACT
GAGGAAACGAGTCGTGTTAGCATTTGTGACCTCAAGTCCCAGAGAATCAAGTGCCTCCAT
TAGCCTTGTGAAGCCTCCTGGTTTGTATTCACAAATCACCTTTACGAAGAACTCTCTTCC
ATCTAGCTGAGCCACGTCCACTTGCGGCTCCATCTCTTGTCCTTTATCATTGCAGTTCTC
AAGATCAACATCTTGTTTCATGTCAGGAAGATTCGAGTTACACGAAAGCCCCTGGTGAAA
CCCAGTGAGCACTGTCCCGTTCAGACTCATCCCTCCTTGCTGCCTATTAGATCCATCCTC
GGTCTCTGAATTCTCTTCAAGCTCGTCTTGAAGCTCCTTTGCCTCGTTCTGCAACTCC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1CT56TF 773 0 0
TGTGTGATCGTATAGTG
TGATAGTCAACTTCGTTCTTTTCGTTT*GCATGGAACCAGTTGCCATCTGATCATCATGC
CA*CCTCTAGATGTGTTCCTGGTTATTTCCAGCAACGAGTTCCTCACATGTTCAGCTGGC
ACCATCTCGCTATCGTTTTTCTCGACTTTAAAGACATTGGAGACAAGACTGAGGAAACGA
GTCGTGTTAGCATTTGTGACCTCAAGTCCCAGAGAATCAAGTGCCTCCATTAGCCTTGTG
AAGCCTCCTGGTTTGTATTCACAAATCACCTTTACGAAGAACTCTCTTCCATCTAGCTGA
GCCACGTCCACTTGCGGCTCCATCTCTTGTCCTTTATCATTGCAGTTCTCAAGATCAACA
TCTTGTTTCATGTCAGGAAGATTCGAGTTACACGAAAGCCCCTGGTGAAACCCAGTGAGC
ACTGTCCCGTTCAGACTCATCCCTCCTTGCTGCCTATTAGATCCATCCTCGGTCTCTGAA
TTCTCTTCAAGCTCGTCTTGAAGCTCCTTTGCCTCGTTCTGCAACTCCTTAACGTAGTTG
ATAGCATCGCCTAGAATTGATGCCCTATCCAACTTAGTTATCCTGGGAACAAGCGACCTG
AGAGCGTAAAGCCTATCGTTTAGCTTCTTTCTCCTCCGTCTCTCAGCATGCAGGTTCTTA
GCTTGAGTATGTTTTCCTGTCTTTTTCTTACACTTTGGATCATCTTCATCATCAATCTGG
TCGCTACATTCTGAACCAGTTGCGTTCTCATGATTC

QA 18 773 18 773
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3773Contig1 653 3 5 U
GGGTATGATAATCAAATAATAATAGCTTTTTAATGTTTTTTCAAGCTTTGTCCCTTCTTC
AAGAGTCACACTCCTTAGGTTGAACACACCATTGGTCAGGGACGCATAAGAAATGAGTCT
TCATGAATTTCCTGAACCTCGTCTTGTAATCAATAGGGCTGATCACTGTCGGCTGCACAT
TCTTTGGAACCACCAAAGACGATTTCACCCACGTCTCTAACTGCTTGTCCCATGTGTATT
GCCTCAAGTAGTCTATTATCCCACACACTAGCTCATGACTCTCATCATCTACTCCAACCA
GCAACGAGTAGTCCATCACGTTTATACTGGTTAGGAAGGCTGTGTCGTTGTAAACCGCTC
TTTGGAGATTTTGCTTTGATGTTTTGCTAACGTAAAGCGGGGATTTGTTCATGTCGTTGA
CAAAGTTCTGATCCAACAGAACATCTTCCGAGCCATTAGCAGAAGTAGCCGTAAACCGAG
CGTGTAGAGCGCCTTTGAGATCGTATTGGCGAGTAATGTTTCTGCCAAAACTGAGATTCT
CCATTACCATCAGGTCGTGCCTTGTCTCTTTCCCGCTCTTCGGCTGCCTTACAGTTACCT
GATAGATCCCAAGAACTTTGGCAAGACAAGTCTGGTTGCCTAGATCATACGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EU11JQ U 27
AF RR1EU11TF C 204
AF RR1DS01JQ U 1
BS 1 189 RR1DS01JQ
BS 190 190 RR1EU11JQ
BS 191 298 RR1DS01JQ
BS 299 299 RR1EU11JQ
BS 300 653 RR1DS01JQ

RD RR1EU11JQ 281 0 0
TTTTTAATGTTTTTTCAAGCTTTGTCCCTTCTTCAAGAGTCACACTCCTTAGGTTGAACA
CACCATTGGTCAGGGACGCATAAGAAATGAGTCTTCATGAATTTCCTGAACCTCGTCTTG
TAATCAATAGGGCTGATCACTGTCGGCTGCACATTCTTTGGAACCACCAAAGACGATTTC
ACCCACGTCTCTAACTGCTTGTCCCATGTGTATTGCCTCAAGTAGTCTATTATCCCACAC
ACTAGCTCATGACTCTCATCATCTACTCCAACCAGCAACGA

QA 1 281 1 281
DS 

RD RR1EU11TF 160 0 0
TTCACCCACGTCTCTAACTGCTTGTCCCATGTGTATTGCCTCAAGTAGTCTATTATCCCA
CACACTAGCTCATGACTCTCATCATCTACTCCAACCAGCAACGAGTAGTCCATCACGTTT
ATACTGGTTAGGAAGGCTGTGTCGTTGTAAACCGCTCTT
A

QA 1 159 1 159
DS 

RD RR1DS01JQ 653 0 0
GGGTATGATAATCAAATAATAATAGCTTTTTAATGTTTTTTCAAGCTTTGTCCCTTCTTC
AAGAGTCACACTCCTTAGGTTGAACACACCATTGGTCAGGGACGCATAAGAAATGAGTCT
TCATGAATTTCCTGAACCTCGTCTTGTAATCAATAGGGCTGATCACTGTCGGCTGCACAT
TCTTTGGAATCACCAAAGACGATTTCACCCACGTCTCTAACTGCTTGTCCCATGTGTATT
GCCTCAAGTAGTCTATTATCCCACACACTAGCTCATGACTCTCATCATCTACTCCAACTA
GCAACGAGTAGTCCATCACGTTTATACTGGTTAGGAAGGCTGTGTCGTTGTAAACCGCTC
TTTGGAGATTTTGCTTTGATGTTTTGCTAACGTAAAGCGGGGATTTGTTCATGTCGTTGA
CAAAGTTCTGATCCAACAGAACATCTTCCGAGCCATTAGCAGAAGTAGCCGTAAACCGAG
CGTGTAGAGCGCCTTTGAGATCGTATTGGCGAGTAATGTTTCTGCCAAAACTGAGATTCT
CCATTACCATCAGGTCGTGCCTTGTCTCTTTCCCGCTCTTCGGCTGCCTTACAGTTACCT
GATAGATCCCAAGAACTTTGGCAAGACAAGTCTGGTTGCCTAGATCATACGAA

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 3

CO CL3774Contig1 669 3 10 U
GGACCGATTAGAAGGCGAACCTCAAAAAGATGCAGATCTTCGTGAAGACCCTAACCGGCA
AGACCATCACTCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACACCATCGACAATGTCAAAGCCAAGATCC
AAGACAAAGAAGGTATCCCTCCGGATCAGCAGCGTCTGATCTTCGCCGGTAAACAGCTCG
AAGATGGCCGCACTTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAATCGACGCTTCATCTTGTGT
TGAGGCTTAGGGGAGGTATCATTGAGCCTTCTTTGATGGCGTTGGCTCGTAAGTACAACC
AAGATAAGATGATTTGCCGCAAATGCTATGCTCGTCTTCATCCAAGAGCTGTGAACTGCA
GGAAGAAGAAGTGTGGCCATAGCAACCAGTTGAGGCCTAAGAAGAAGATCAAGTAGACTC
GTTTCAAGAATCTATCTTGTTTGCCTCTTTTTAATTATCTTTCCCTTGACTACGTCGTTT
TTATGTTATGTGAACAGATTATATCAGTAAAATGATTGGTTTTCAATATTGGTTTCCTTT
ATTCCTTTATCTATATGTTTGTTTTTGATTTTTATTTTATGTACTCTAGACGTTTAGATG
ATTGTCTTCTTCCGAAATATGGTTGCAGTAATTTACAAGTGTAAAATCATTAATTAGAAG
AGGGAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AG84TF U 1
AF RR1FL52JQ C 2
AF RR1FL52TF U 2
BS 1 14 RR1AG84TF
BS 15 15 RR1FL52TF
BS 16 46 RR1AG84TF
BS 47 47 RR1FL52TF
BS 48 64 RR1AG84TF
BS 65 65 RR1FL52TF
BS 66 332 RR1AG84TF
BS 333 333 RR1FL52TF
BS 334 522 RR1AG84TF
BS 523 669 RR1FL52TF

RD RR1AG84TF 522 0 0
GGACCGATTAGAAGACGAACCTCAAAAAGATGCAGATCTTCGTGAAAACCCTAACCGGCA
AGACTATCACTCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACACCATCGACAATGTCAAAGCCAAGATCC
AAGACAAAGAAGGTATCCCTCCGGATCAGCAGCGTCTGATCTTCGCCGGTAAACAGCTCG
AAGATGGCCGCACTTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAATCGACGCTTCATCTTGTGT
TGAGGCTTAGGGGAGGTATCATTGAGCCTTCTTTGATGGCGTTGGCTCGTAAGTACAACC
AAGATAAGATGATTTGCCGCAAATGCTATGCTTGTCTTCATCCAAGAGCTGTGAACTGCA
GGAAGAAGAAGTGTGGCCATAGCAACCAGTTGAGGCCTAAGAAGAAGATCAAGTAGACTC
GTTTCAAGAATCTATCTTGTTTGCCTCTTTTTAATTATCTTTCCCTTGACTACGTCGTTT
TTATGTTATGTGAACAGATTATATCAGTAAAATGATTGGTTT

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1FL52JQ 603 0 0
GGACC
ATTAGAAGGCGAACCTCAAAAAGATGCAGATCTTCGTGAAGACCCTAACCGGCAAGACCA
TCACTCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACACCATCGACAATGTCAAAGCCAAGATCCAAGACA
AAGAAGGTATCCCTCCGGATCAGCAGCGTCTGATCTTCGCCGGTAAACAGCTCGAAGATG
GCCGCACTTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAATCGACGCTTCATCTTGTGTTGAGGC
TTAGGGGAGGTATCATTGAGCCTTCTTTGATGGCGTTGGCTCGTAAGTACAACCAAGATA
AGATGATTTGCCGCAAATGCTATGCTCGTCTTCATCCAAGAGCTGTGAACTGCAGGAAGA
AGAAGTGTGGCCATAGCAACCAGTTGAGGCCTAAGAAGAAGATCAAGTAGACTCGTTTCA
AGAATCTATCTTGTTTGCCTCTTTTTAATTATCTTTCCCTTGACTACGTCGTTTTTATGT
TATGTGAACAGATTATATCAGTAAAATGATTGGTTTTCAATATTGGTTTCCTTTATTCCT
TTATCTATATGTTTGTTTTTGATTTTTATTTTAT*TACTCTAGACGTTTAGATGATTG

QA 6 603 6 603
DS 

RD RR1FL52TF 668 0 0
GGACC
ATTAGAAGGCGAACCTCAAAAAGATGCAGATCTTCGTGAAGACCCTAACCGGCAAGACCA
TCACTCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACACCATCGACAATGTCAAAGCCAAGATCCAAGACA
AAGAAGGTATCCCTCCGGATCAGCAGCGTCTGATCTTCGCCGGTAAACAGCTCGAAGATG
GCCGCACTTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAATCGACGCTTCATCTTGTGTTGAGGC
TTAGGGGAGGTATCATTGAGCCTTCTTTGATGGCGTTGGCTCGTAAGTACAACCAAGATA
AGATGATTTGCCGCAAATGCTATGCTCGTCTTCATCCAAGAGCTGTGAACTGCAGGAAGA
AGAAGTGTGGCCATAGCAACCAGTTGAGGCCTAAGAAGAAGATCAAGTAGACTCGTTTCA
AGAATCTATCTTGTTTGCCTCTTTTTAATTATCTTTCCCTTGACTACGTCGTTTTTATGT
TATGTGAACAGATTATATCAGTAAAATGATTGGTTTTCAATATTGGTTTCCTTTATTCCT
TTATCTATATGTTTGTTTTTGATTTTTATTTTATGTACTCTAGACGTTTAGATGATTGTC
TTCTTCCGAAATATGGTTGCAGTAATTTACAAGTGTAAAATCATTAATTAGAAGAGGGAA
ATT

QA 6 668 6 668
DS 



AS 1 3

CO CL3775Contig1 277 3 2 U
GGGCCTCTCTTCTCATCTGAAATCTTAACACAACCCGAGGAGAGGAAGGTTTGATCTTCT
GCGAAACCCAGCATAAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAG
AGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGTTTCCTGAACCTGTTTAGACCGACATTTGT
GAGAGTTTTGTTGGTTTTCTGTTTGAGTTTCAATGTTTTTTTCAGTCAGAACTATGTTTT
ATTACATGAAAGGATCCTCTTTGGTTCTCGGTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1D286JQ C 1
AF RR1D286TF U 1
AF RR1DH95TF U 6
BS 1 5 RR1D286JQ
BS 6 277 RR1D286TF

RD RR1D286JQ 277 0 0
GGGCCTCTCTTCTCATCTGAAATCTTAACACAACCCGAGGAGAGGAAGGTTTGATCTTTT
GCGAAACCCAGCATAAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAG
AGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGTTTCCTGAACCTGTTTAGACCGACATTTGT
GAGAGTTTTGTTGGTTTTCTGTTTGAGTTTCAATGTTTTTTTCAGTCAGAACTATGTTTT
ATTACATGAAAGGATCCTCTTTGGTTCTCGGTTTATT

QA 1 277 1 277
DS 

RD RR1D286TF 277 0 0
GGGCC
TCTCTTCTCATCTGAAATCTTAACACAACCCGAGGAGAGGAAGGTTTGATCTTCTGCGAA
ACCCAGCATAAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGAGACG
AAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGTTTCCTGAACCTGTTTAGACCGACATTTGTGAGAG
TTTTGTTGGTTTTCTGTTTGAGTTTCAATGTTTTTTTCAGTCAGAACTATGTTTTATTAC
ATGAAAGGATCCTCTTTGGTTCTCGGTTTATT

QA 6 277 6 277
DS 

RD RR1DH95TF 272 0 0
TCTCTTCTCATCTGAAATCTTAACACAACTCGAGGAGAGGAAGGTTTGATCTTCTGCGAA
ACCCAGCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGAGACG
AAAGATGAGACATCGATCTAAGTAGTTTCCTGAACCTGTTTAGACCGACATTTGTGAGAG
TTTTGTTGGTTTTCTGTTTGAGTTTCAATGTTTTTTTCAGTCAGAACTATGTTTTATTAC
ATGAAAGGATCCTCTTTGGTTCTCGGTTTATT

QA 1 272 1 272
DS 



AS 1 3

CO CL3776Contig1 791 3 13 U
GGACAGTTATTCTGGCGACCAAACACCTTAAGAGAGAGAGAGAGAGACGCGTTCTTCTTC
TTCGTCTTCCTTCGAGAATTTAGCCGGCGTCAACGATATTGACTTGTCGTTAGGTTTTAA
AGAGACAGCAAAGATGAGTGACAATCTCATGGACAAAGTTACCGCCTTCGGCGAGCGCCT
CAAGATCGGAGGATCTGAAGTGAGCAACAAGATCACAGCTGGCATGACCTCGATGAGCTT
CAAAGTGAAGGAGCTTTTCCAAAGTCCGAACCCGACCGATAAAATAGTCGAGGATGCTAC
TTCTGAGAATCTAGAGGAGCCTGACTGGGATATGAATCTGGAGATATGCGACATGATTAA
TCAGGAGAGTATTAACAGCGTTGATCTGATCCGTGGGATAAAGAAGAGGATAATGATGAA
GCAACAGCCCAGGATTCAGTACCTTGCCTTGGTTTTGCTTGAGACGTGTGTTAAGAACTG
TGAGAAGGCGTTCTCGGAGGTGGCAGCTGAGAGAGTGCTTGATGAAATGGTTAAGCTTGT
TGATGATCCCCAGACGGTTGTGAATAATCGGAACAAGGCTTTGATACTGATTGAAGCTTG
GGGAGAATCGACCAGTGAACTCCGCTACCTACCAGTTTTCGAAGAAACTTACAAGAGCTT
AAAAGCGAGAGGTATCCGTTTCCCTGGACGAGACAACGAGAGCTTGGCACCTATCTTCAC
ACCTGCTCGGTCAGCCCCAGCACCAGAACTGAATGCTGAGCCTCCTCAGCATGCGCGTGA
GCCTGAACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D210TF U 17
AF RR1GO94TF U 1
AF RR1DJ26TF U 17
BS 1 149 RR1GO94TF
BS 150 150 RR1D210TF
BS 151 216 RR1GO94TF
BS 217 217 RR1D210TF
BS 218 423 RR1GO94TF
BS 424 424 RR1D210TF
BS 425 714 RR1GO94TF
BS 715 715 RR1DJ26TF
BS 716 735 RR1GO94TF
BS 736 736 RR1DJ26TF
BS 737 759 RR1GO94TF
BS 760 760 RR1DJ26TF
BS 761 791 RR1GO94TF

RD RR1D210TF 491 0 0
GGGA
AAACACCTTAAGAGAGAGAGAGAGAGACGCGTTCTTCTTCTTCGTCTTCCTTCGAGAATT
TAGCCGGCGTCAACGATATTGACTTGTCGTTAGGTTTTAAAGAGACAGCAAAGATGAGTG
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TGAGCAACAAGATCACAGCTGGCATGACCTCGATGAGCTTCAAAGTGAAGGAGCTTTTCC
AAAGTCCGAACCCGACCGATAAAATAGTCGAGGATGCTACTTCTGAGAATCTAGAGGAGC
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TTGATCTGATCCGTGGGATAAAGAAGAGGATAATGATGAAGCAACAGCCCAGGATTCAGT
ACCTTGCCTTGGTTTTGCTTGAGACGTGTGTTAAGAACTGTGAGAAGGCGTTCTCGGAGG
TGGCAGC

QA 5 491 5 491
DS 

RD RR1GO94TF 791 0 0
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TTCGTCTTCCTTCGAGAATTTAGCCGGCGTCAACGATATTGACTTGTCGTTAGGTTTTAA
AGAGACAGCAAAGATGAGTGACAATCTCAAGGACAAAGTTACCGCCTTCGGCGAGCGCCT
CAAGATCGGAGGATCTGAAGTGAGCAACAAGATCACCGCTGGCATGACCTCGATGAGCTT
CAAAGTGAAGGAGCTTTTCCAAAGTCCGAACCCGACCGATAAAATAGTCGAGGATGCTAC
TTCTGAGAATCTAGAGGAGCCTGACTGGGATATGAATCTGGAGATATGCGACATGATTAA
TCAGGAGAGTATTAACAGCGTTGATCTGATCCGTGGGATAAAGAAGAGGATAATGATGAA
GCAGCAGCCCAGGATTCAGTACCTTGCCTTGGTTTTGCTTGAGACGTGTGTTAAGAACTG
TGAGAAGGCGTTCTCGGAGGTGGCAGCTGAGAGAGTGCTTGATGAAATGGTTAAGCTTGT
TGATGATCCCCAGACGGTTGTGAATAATCGGAACAAGGCTTTGATACTGATTGAAGCTTG
GGGAGAATCGACCAGTGAACTCCGCTACCTACCAGTTTTCGAAGAAACTTACAAGAGCTT
AAAAGCGAGAGGTATCCGTTTCCCTGGACGAGACAACGAGAGCTTGGCACCTATTTTCAC
ACCTGCTCGGTCAGCTCCAGCACCAGAACTGAATGCTGATCCTCCTCAGCATGCGCGTGA
GCCTGAACATG

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1DJ26TF 765 0 0
GGGA
AAACACCTTAAGAGAGAGAGAGAGAGACGCGTTCTTCTTCTTCGTCTTCCTTCGAGAATT
TAGCCGGCGTCAACGATATTGACTTGTCGTTAGGTTTTAAAGAGACAGCAAAGATGAGTG
ACAATCTCATGGACAAAGTTACCGCCTTCGGCGAGCGCCTCAAGATCGGAGGATCTGAAG
TGAGCAACAAGATCACAGCTGGCATGACCTCGATGAGCTTCAAAGTGAAGGAGCTTTTCC
AAAGTCCGAACCCGACCGATAAAATAGTCGAGGATGCTACTTCTGAGAATCTAGAGGAGC
CTGACTGGGATATGAATCTGGAGATATGCGACATGATTAATCAGGAGAGTATTAACAGCG
TTGATCTGATCCGTGGGATAAAGAAGAGGATAATGATGAAGCAACAGCCCAGGATTCAGT
ACCTTGCCTTGGTTTTGCTTGAGACGTGTGTTAAGAACTGTGAGAAGGCGTTCTCGGAGG
TGGCAGCTGAGAGAGTGCTTGATGAAATGGTTAAGCTTGTTGATGATCCCCAGACGGTTG
TGAATAATCGGAACAAGGCTTTGATACTGATTGAAGCTTGGGGAGAATCGACCAGTGAAC
TCCGCTACCTACCAGTTTTCGAAGAAACTTACAAGAGCTTAAAAGCGAGAGGTATCCGTT
TCCCTGGACGAGACAACGAGAGCTTGGCACCTATCTTCACACCTGCTCGGTCAGCCCCAG
CAC*AGAATTGAATGCTGAGCCTCCTCAGCATGCGCGTGAG

QA 5 765 5 765
DS 



AS 1 3

CO CL3777Contig1 625 3 7 U
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CAACGGTAATAAGTTGGCTAGGTGGACCGCGCAGGCGCTTTTGGCTAACGCGGATATGAT
GAAGATTGGTTTTGTGTCTAGGGTTCATCCTCGTGACCATTTTAACCATGTGATACTGTC
GGTGTTGGGGTATAAGCCGAAGGATTTCGCTGGGCAGATTAATCTGAACACTTTGAACAT
GTGGGGGATTGTGAAGTCGATTGTTGATCTGTGTATGAAGCTGAGTGAAGGGAAGTATGT
TCTTGTTAAGGATCCGTCGAAGCCGCAAGTTAGGATTTACGAGGTTCCGGCTGATGCTTT
TGAGAATGATTATGTGGAAGAGCCTCTACCTGAGGATGAGCAGGTTCAGCCACCTGAAGA
GAGCACTGAAGCAGGAGCAGAAACTAATGGAGCTTCAGAGGATAAGAAACCCGCTGATGA
GGCCTGATTATGGTAAATGTCAAGAGTTGTTTTGAGTTTCTTTACCTTTTAAATGTTCTA
AAGTTCTGCTCTTTTTTTTAAGAGCTAAAACGGTTAATTTTGCTGGTTTATGCTTTATCT
TAGAGAAATATTATCTCAATTGTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY03TF U 366
AF RR1AF01TF U 1
AF RR1AF01JQ C 1
BS 1 367 RR1AF01TF
BS 368 554 RR1GY03TF
BS 555 555 RR1AF01TF
BS 556 558 RR1GY03TF
BS 559 559 RR1AF01TF
BS 560 598 RR1GY03TF
BS 599 625 RR1AF01JQ

RD RR1GY03TF 238 0 0
GG
GATTATGTGGAAGAGCCTCTACCTGAGGATGAGCAGGTTCAGCCACCTGAAGAGAGCACT
GAAGCAGGAGCAGAAACTAATGGAGCTTCAGAGGATAAGAAACCCGCTGATGAGGCCTGA
TTATGGTAAATGTCAAGAGTTGTTTTGAGTTTCTTTACCTTTTAAATGTTCTAAAGTTCT
GCTCTTTCTTT*AAGAGCTAAAACGGTTAATTTTGCTGGTTTATGCTTTAT
CTTAG

QA 3 233 3 233
DS 

RD RR1AF01TF 598 0 0
GGACTGGAGGCAGAAGCTCGAGACTCAGAGAGGTGCGGTTTTGGCTAATGAGCTGAAGAA
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GAAGATTGGTTTTGTGTCTAGGGTTCATCCTCGTGACCATTTTAACCATGTGATACTGTC
GGTGTTGGGGTATAAGCCGAAGGATTTCGCTGGGCAGATTAATCTGAACACTTTGAACAT
GTGGGGGATTGTGAAGTCGATTGTTGATCTGTGTATGAAGCTGAGTGAAGGGAAGTATGT
TCTTGTTAAGGATCCGTCGAAGCCGCAAGTTAGGATTTACGAGGTTCCGGCTGATGCTTT
TGAGAATGATTATGTGGAAGAGCCTCTACCTGAGGATGAGCAGGTTCAGCCACCTGAAGA
GAGCACTGAAGCAGGAGCAGAAACTAATGGAGCTTCAGAGGATAAGAAACCCGCTGATGA
GGCCTGATTATGGTAAATGTCAAGAGTTGTTTTGAGTTTCTTTACCTTTTAAATGTTCTA
AAGTTCTGCTCTTTTTTTTAAGAGCTAAAACGGTTAATTTTGCTGGTTTATGCTTTAT

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1AF01JQ 625 0 0
GGACTGGAGGCAGAAGCTCGAGACTCAGAGAGGTGCGGTTTTGGCTAATGAGCTGAAGAA
CAACGGTAATAAGTTGGCTAGGTGGACCGCGCAGGCGCTTTTGGCTAACGCGGATATGAT
GAAGATTGGTTTTGTGTCTAGGGTTCATCCTCGTGACCATTTTAACCATGTGATACTGTC
GGTGTTGGGGTATAAGCCGAAGGATTTCGCTGGGCAGATTAATCTGAACACTTTGAACAT
GTGGGGGATTGTGAAGTCGATTGTTGATCTGTGTATGAAGCTGAGTGAAGGGAAGTATGT
TCTTGTTAAGGATCCGTCGAAGCCGCAAGTTAGGATTTACGAGGTTCCGGCTGATGCTTT
TGAGAATGATTATGTGGAAGAGCCTCTACCTGAGGATGAGCAGGTTCAGCCACCTGAAGA
GAGCACTGAAGCAGGAGCAGAAACTAATGGAGCTTCAGAGGATAAGAAACCCGCTGATGA
GGCCTGATTATGGTAAATGTCAAGAGTTGTTTTGAGTTTCTTTACCTTTTAAATGTTCTA
AAGTTCTGCTCTTTTTTTTAAGAGCTAAAACGGTTAATTTTGCTGGTTTATGCTTTATCT
TAGAGAAATATTATCTCAATTGTGC

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL3778Contig1 809 2 8 U
TTCACTTTCTTGCATGCCTCTTCAAAATTGTTTGGCAATAACTGATCAGGGAAAAACTGG
TCGTTTTCTCCCTAATCAATAAAAATAGTGGCAGACAGATTGTTGAACTTTGAAATAAGA
CAAGTGGCATCATATTCCTCCCAAGCAGACTTGTTGTCACCTAGATAATTGGTGAATGCT
TTCTGTCCCCACTGGCAGTTAATGGGATTGGCAATTGGTGCAAATGCTGACACAGACTTA
TACTTGTCTAGGTTCTTCAGGTAAATAGTAAGAGCTCCATGTCCACCCATTGAATGTCCA
GAGATAGATGCCATTGTTGTGTCAAGCTGTGAAAAGTTCTCAGTCAGTAGTTTCGGCAAC
TCTGAGACAATATAGTCATACATACGCCAGTTCTTCCACTTCTCCTGAGTAGCATTCAGG
TAAAACCCAGCTCCTACACCAAAGTCATAACTGTCTGCCTCCCCTTCAATATTCAATCCT
CTTGGAGAAGTATCCGGAACAACAAGAGCGATGCCGCGAGTAGAAGCAGCACGCTGAGCT
CCGGACTTGATGATGAAGTTCTCGTCTGTGCAGGTGAGTCCAGAGAGCCAGTAAAGCACA
GGGAATCTACGGGAAGATGAAGAAGAAGGAGGGAAGTAGATGGAGAAAGTCATGGAACAG
CCAAGTGTCTCACTGTAGTGTTTGTATCTTTTGTTGAATCCATCGAACATCTTCGTGCTT
CCGATCTCGCTTAGCCCTGACTCCATTTCCTCTTTCTCTCTCACGAACTCACTCTCACAG
ATGCAGCGAAGAAGAAGAAGACGCAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1ES08JQ U 1
AF RR1AV46TF C 74
BS 1 86 RR1ES08JQ
BS 87 88 RR1AV46TF
BS 89 148 RR1ES08JQ
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BS 150 200 RR1ES08JQ
BS 201 201 RR1AV46TF
BS 202 230 RR1ES08JQ
BS 231 809 RR1AV46TF

RD RR1ES08JQ 230 0 0
TTCACTTTCTTGCATGCCTCTTCAAAATTGTTTGGCAATAACTGATCAGGGAAAAACTGG
TCGTTTTCTCCCTAATCAATAAAAATTTTGGCAGACAGATTGTTGAACTTTGAAATAAGA
CAAGTGGCATCATATTCCTCCCAAGCAGCCTTGTTGTCACCTAGATAATTGGTGAATGCT
TTCTGTCCCCACTGGCAGTTTATGGGATTGGCAATTGGTGCAAATGCTGA

QA 1 230 1 230
DS 

RD RR1AV46TF 736 0 0
GAT
CAATAAGAATAGTGGCAGACAGATTGTTGAACTTTGAAATAAGACAAGTGGCTTCATATT
CCTCCCAAGCAGACTTGTTGTCACCTAGATAATTGGTGAATGCTTTCTGTCCCCACTGGC
AGTTAATGGGATTGGCAATTGGTGCAAATGCTGACACAGACTTATACTTGTCTAGGTTCT
TCAGGTAAATAGTAAGAGCTCCATGTCCACCCATTGAATGTCCAGAGATAGATGCCATTG
TTGTGTCAAGCTGTGAAAAGTTCTCAGTCAGTAGTTTCGGCAACTCTGAGACAATATAGT
CATACATACGCCAGTTCTTCCACTTCTCCTGAGTAGCATTCAGGTAAAACCCAGCTCCTA
CACCAAAGTCATAACTGTCTGCCTCCCCTTCAATATTCAATCCTCTTGGAGAAGTATCCG
GAACAACAAGAGCGATGCCGCGAGTAGAAGCAGCACGCTGAGCTCCGGACTTGATGATGA
AGTTCTCGTCTGTGCAGGTGAGTCCAGAGAGCCAGTAAAGCACAGGGAATCTACGGGAAG
ATGAAGAAGAAGGAGGGAAGTAGATGGAGAAAGTCATGGAACAGCCAAGTGTCTCACTGT
AGTGTTTGTATCTTTTGTTGAATCCATCGAACATCTTCGTGCTTCCGATCTCGCTTAGCC
CTGACTCCATTTCCTCTTTCTCTCTCACGAACTCACTCTCACAGATGCAGCGAAGAAGAA
GAAGACGCAACCC

QA 4 736 4 736
DS 



AS 1 2

CO CL3779Contig1 1158 2 4 U
GGACGTAAGCTCGCTCATCTTCTCTCTACGGATTAGATCTCCCTCTCCCCATATTCTTAT
GCGTTAGGGTTCTTCGTATAATTAGGCTTTCCCATTTTTATCGAAATTCAGAGATTTTAG
GAGGGAGGTCATGATTGTTTGATTTTGGATTTGTATTGGGAAGAGAGACAGTGATTGTTT
GGTGGATCTGTGTAAAATGCGTGTGCTTGGATTGAGCTCAAGCTTATGCTCATCTGAGGA
GAAGGAGGTTGAAGAGATGGTTGTAGACGCCAGCTTAACACCCGTGTACCTCAACGTCTA
TGATCTAACACCTGTCAACAATTATCTCTATTGGTTTGGTCTTGGCATCCTTCACTCTGG
TATTGAAGCTCATGGTTTCGAATATGGATATGGTGCTCACGAGTACTCAAGCAGTGGGGT
GTTTGAAGTTGAACCTAGGAACTGTCCAGGTTTCATCTTTAGGCGGTCAGTTTTGTTGGG
AACCACAAGCATGTCTCCCTCAGATTTCCGCTCGTTCATGGAGAAGCTTTCGAGGAAGTA
TCATGGGGACACATACCATTTGATTGCCAAGAACTGTAACCATTTCACTGAGGAAGTGTG
CTTGCAGGTAACAGGAAAGCCTATTCCCGGATGGATTAACCGGGATGGCTCGTGCAGGTT
CGTTCTGTAACTGTATCCTTCCAGAAAGCATACAGCTCTCGACTGTTGGACAGCCAGAAG
CCCTTGAGTTCTCTGATGATGAAGATGGATCAGAAGAATCAGCTGCATCTTCTCTCTCAG
ACGAGACAGACGGAGAAGGACAAGATCATCATCTCATAACAGCACCAAACAGCGACATTG
CGTATCTTCAAGACAGACCAGTGCGACTTGCTCGAGAGCTCCTACAAGAACCAACCGAGG
GGTCTCCTATGTTGAGGCGGTCTTGAGCTCTCTGAAGCATCCATCTCCCCCCATGGAAAT
ATCACTATTGAAGCAAAAGCAGAGTATTTGCTTGAAAATTTCCATCTTTTGAGTAATATT
CTTTGGGTCTAGAAATGTAAAAAGATTTGAATTTAAAGTGAGAGCCCATGGTAGTGAGTT
TTAACATTATGATGTGAACTTGTTGACAATATTTGTGTTCCCTTTTCTCCTGAAGGCAAC
TCTTATCCTCTCTGAGTC


BQ
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AF RR1D149TF U 1
AF RR1D149JQ C 420
BS 1 657 RR1D149TF
BS 658 658 RR1D149JQ
BS 659 716 RR1D149TF
BS 717 1158 RR1D149JQ

RD RR1D149TF 716 0 0
GGACGTAAGCTCGCTCATCTTCTCTCTACGGATTAGATCTCCCTCTCCCCATATTCTTAT
GCGTTAGGGTTCTTCGTATAATTAGGCTTTCCCATTTTTATCGAAATTCAGAGATTTTAG
GAGGGAGGTCATGATTGTTTGATTTTGGATTTGTATTGGGAAGAGAGACAGTGATTGTTT
GGTGGATCTGTGTAAAATGCGTGTGCTTGGATTGAGCTCAAGCTTATGCTCATCTGAGGA
GAAGGAGGTTGAAGAGATGGTTGTAGACGCCAGCTTAACACCCGTGTACCTCAACGTCTA
TGATCTAACACCTGTCAACAATTATCTCTATTGGTTTGGTCTTGGCATCCTTCACTCTGG
TATTGAAGCTCATGGTTTCGAATATGGATATGGTGCTCACGAGTACTCAAGCAGTGGGGT
GTTTGAAGTTGAACCTAGGAACTGTCCAGGTTTCATCTTTAGGCGGTCAGTTTTGTTGGG
AACCACAAGCATGTCTCCCTCAGATTTCCGCTCGTTCATGGAGAAGCTTTCGAGGAAGTA
TCATGGGGACACATACCATTTGATTGCCAAGAACTGTAACCATTTCACTGAGGAAGTGTG
CTTGCAGGTAACAGGAAAGCCTATTCCCGGATGGATTAACCGGGATGGCTCGTGCAG*TT
CGTTCTGTAACTGTATCCTTCCAGAAAGCATACAGCTCTCGACTGTTGGACAGCCA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1D149JQ 739 0 0
TGTTTGAAGTTGAACCTAGGAACTGTCCAGGTTTCATCTTTAGGCGGTCAGTTTTGTTGG
GAACCACAAGCATGTCTCCCTCAGATTTCCGCTCGTTCATGGAGAAGCTTTCGAGGAAGT
ATCATGGGGACACATACCATTTGATTGCCAAGAACTGTAACCATTTCACTGAGGAAGTGT
GCTTGCAGGTAACAGGAAAGCCTATTCCCGGATGGATTAACCGG*ATGGCTCGTGCAGGT
TCGTTCTGTAACTGTATCCTTCCAGAAAGCATACAGCTCTCGACTGTTGGACAGCCAGAA
GCCCTTGAGTTCTCTGATGATGAAGATGGATCAGAAGAATCAGCTGCATCTTCTCTCTCA
GACGAGACAGACGGAGAAGGACAAGATCATCATCTCATAACAGCACCAAACAGCGACATT
GCGTATCTTCAAGACAGACCAGTGCGACTTGCTCGAGAGCTCCTACAAGAACCAACCGAG
GGGTCTCCTATGTTGAGGCGGTCTTGAGCTCTCTGAAGCATCCATCTCCCCCCATGGAAA
TATCACTATTGAAGCAAAAGCAGAGTATTTGCTTGAAAATTTCCATCTTTTGAGTAATAT
TCTTTGGGTCTAGAAATGTAAAAAGATTTGAATTTAAAGTGAGAGCCCATGGTAGTGAGT
TTTAACATTATGATGTGAACTTGTTGACAATATTTGTGTTCCCTTTTCTCCTGAAGGCAA
CTCTTATCCTCTCTGAGTC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 3

CO CL3780Contig1 518 3 1 U
ACTGATAAGCGGGTGGTGTTTATTGAAGTAGCAAAACCAACAATAAAACTCGGCTTTAGA
CCAAAATGGTATTATGATTGTTGTCCAGACAAAATGTTTTGTTATTCGAGAAAAGAAAAA
CTGAAAAAAAA**ATGTCACAGAGGGAGATATAGCTTACGAAGAAACAAGTAACATTTGG
AGAGGAGAGTCACTTGGGCTTCATCTTCTTATTTTGAATAAAGAGAAAGATGTTTGGTGC
TTAGTGATGAGCCTTGGCTTCTGCTTTAATCTGTGAGTTCTTCTTAATCTTCAAAGCCTT
GAGCTTGACGTTCCCGTAGATGAGACCCAGCCCGAAAGCTGAAGCACGAGCGACCAAAGC
AAGAGTGCTGGCACCGGAGTAAAGACCTGGAGGCGGCGTCATTGATCAGAGTATTATTAG
CAGAGAAAAACCCTAAACCCCCCTCCCTAAATCGATCGAAACTTCCGAATTCTCAGATTC
GCGAGGAAAGGTATGAAATGAACAGTATGGCCGACCCC


BQ
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AF RR1G742JQ U 1
AF RR1G742TF C 1
AF RR1EN52JQ U 25
BS 1 518 RR1G742JQ

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QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1G742TF 518 0 0
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CCAAAATGGTATTATGATTGTTGTCCAGACAAAATGTTTTGTTATTCGAGAAAAGAAAAA
CTGAAAAAAAA**ATGTCACAGAGGGAGATATAGCTTACGAAGAAACAAGTAACATTTGG
AGAGGAGAGTCACTTGGGCTTCATCTTCTTATTTTGAATAAAGAGAAAGATGTTTGGTGC
TTAGTGATGAGCCTTGGCTTCTGCTTTAATCTGTGAGTTCTTCTTAATCTTCAAAGCCTT
GAGCTTGACGTTCCCGTAGATGAGACCCAGCCCGAAAGCTGAAGCACGAGCGACCAAAGC
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CAGAGAAAAACCCTAAACCCCCCTCCCTAAATCGATCGAAACTTCCGAATTCTCAGATTC
GCGAGGAAAGGTATGAAATGAACAGTATGGCCGACCCC

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1EN52JQ 471 0 0
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GGAGATATAGCTTACGAAGAAACAAGTAACATTTGGAGAGGAGAGTCACTTGGGCTTCAT
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CCCTAAATCGATCGAAACTTCCGAATTCTCAGATTCGCGAGGAAAGGTAT
C

QA 1 470 1 470
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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BQ
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AF RR1FT87TF U 1
AF RR1FT87JQ C 27
AF RR1DS09TF U 361
BS 1 704 RR1FT87TF

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CGGCCGGAGAAATCACGGGTCGAGTCTAAGGACCCGGCTAGCATGCACGTGTTCAGGCCG
GCCTGGCTCGGCTCGGTGCGTTCGGCACGGTTATATTGTTCCCAGCAGAGAGAGGCTGAT
AAGGAGAGCAAGCGACGGAAACAGAGAGATACTGAAGCGAGCCTTGATGCCGTCTAGTCA
CCATCGGATGAGTCAGCGACGGTGGAATTTCCGGCCGACTCCAAGCCGACTCTGTAATAT
GTCTTCTGCTTGATTTATCTTTTATCTTCTTTTCTTGGAAAATCATTATTGGTTTTGCTC
AAAGGTACCCATACAAAACCTTTTTTTACTTCATGTTATATAAGTACAATTTTTTGATGG
TTTGATGTATCGGGAAGACTTTTTATTTCTAGATCCAATCAGATAACAATGTGATCTGCT
TTCTGAAGTTATGATATTTAAGTATTTAATAAAGATGTTTCAGT

QA 1 704 1 704
DS 

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GCCTAGAGATGCCGGCAGCAGAACCGAACCGTTCCGGCCGGAGAAATCACGGGTCGAGTC
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AGATACTGAAGCGAGCCTTGATGCCGTCTAGTCACCATCGGATGAGTCAGCGACGGTGGA
ATTTCCGGCCGACTCCAAGCCGACTCTGTAATATGTCTTCTGCTTGATTTATCTTTTATC
TTCTTTTCTTGGAAAATCATTATTGGTTTTGCTCAAAGGTACCCATACAAAACCTTTTTT
TACTTCATGTTATATAAGTACAATTTTTTGATGGTTTGATGTATCGGGAAGACTTTTTAT
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TAATAAAGATGTTTCAGT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1DS09TF 327 0 0
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AAAGGTACCCATACAAAACCTTTTTTTACTTCATGTTATATAAGTACAATTTTTTGATGG
TTTGATGTATCGGGAAGACTTTTTATTTCTAGATCCAATCAGATAACAATGTGATCTGCT
TTCTGAAGTTATGATATTTAAGTATTT

QA 1 327 1 327
DS 



AS 1 2

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AGTACCAGCGATTTGCAGCAGCAAAAGCTAGAGTTTCAGATCAAAGGTTCATGGAGATAT
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GACAAACCTAAGATCGTCTCTCAAAGCCAACAAAAAAAATGAAGAGATTATTCTAATCAC
ATAAGTGTTCCAGAGGATTCATTCTTCTGTTTCTTTTCCTTTCTCTGGAATCAATAATTT
ATATTTCAAGATAATTTCTGATTATGATTTTACCCTTTTTCTGCTCATTGCAACCCCATT
TAGGTAGATAAATACGTATACTAATACGTATATATGTATACGGATAAAATATATAGGAGT
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TTATAATAAATCA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ55TF U 1
AF RR1EZ55JQ C 322
BS 1 646 RR1EZ55TF
BS 647 647 RR1EZ55JQ
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AAGATGTTGTCTGCCGCACGATCGAGGTCGTTGAGAGAAACGTGTTCCAGCAGGCTCAAT
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CGTTTCTCCAGACTCTGGGACTCCGCTCAATCATATATCTCTGTCCGGAGCCGTACCCGG
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GCAATAAGGAACCATTTGTGATTATTCCAGACCAGAAAATCCGCAAGGCACTCAACATCC
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GTTGTCTTGTGGGGTGCTTGAGGAAACTTCAGAAATGGTGTTTGACATCGATATTTGACG
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TTGACGTCTCGAGCTTCAGCCACATTCCTATGACTTTCTCTTGTTCCAGCAGT**AAACA
GACAAACCTAAGATCGTCTCTCAAAGCCA
CAAAAAAA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1EZ55JQ 712 0 0
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CAAAAGCTAGAGTTTCAGATCAAAGGTTCATGGAGATATTTGACGTCTCGAGCTTCAGCC
ACATTCCTATGACTTTCTCTTGTTCCAGCAGGTAAAACAGACAAACCTAAGATCGTCTCT
CAAAGCCAACAAAAAAAATGAAGAGATTATTCTAATCACATAAGTGTTCCAGAGGATTCA
TTCTTCTGTTTCTTTTCCTTTCTCTGGAATCAATAATTTATATTTCAAGATAATTTCTGA
TTATGATTTTACCCTTTTTCTGCTCATTGCAACCCCATTTAGGTAGATAAATACGTATAC
TAATACGTATATATGTATACGGATAAAATATATAGGAGTTTGTTTTGAATATAGCTCTTC
TTGGGTATCAATTGTAGTATTGTAACAATTCTCTTCATTTTATAATAAATCA

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 3

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CGAGGATGCAAATGGAAACAGCTTAGAACTCAGTCAATACAAAGACAAAGTTCTTCTAAT
TGTCAATGTCGCTTCCAAATGTGGGATGACGAACTCTAACTACACTGAATTGAATGAGCT
TTACAACAAGTACAAAGACAAAGGTCTGGAGATTCTAGCATTTCCTTGTAATCAATTTGG
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BQ
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AF RR1H834TF U 68
AF RR1B971JQ C 1
AF RR1B971TF U 1
BS 1 67 RR1B971TF
BS 68 138 RR1H834TF
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QA 1 750 1 750
DS 

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TCTCATTTCTCGTGCTTCTATGGCGACGAAAGACCCAGAATCTGTTTACGATATAAGCAT
CGAGGATGCAAATGGAAACAGCTTAGAACTCAGTCAATACAAAGACAAAGTTCTTCTAAT
TGTCAATGTCGCTTCCAAATGTGGGATGACGAACTCTAACTACACTGAATTGAATGAGCT
TTACAACAAGTACAAAGACAAAGGTCTGGAGATTCTAGCATTTCCTTGTAATCAATTTGG
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TGAGTTCCCCATTTTCAACAAGATTGAAGTGAACGGAGAGAATGCTTCTCCTCTTTATAA
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TACACTAGAGCATGACATCAAGAAGCTTCTGAACCTCTCATGAATGGTGGTGTTATCCGA
TTCACTCTGTTGATAACTCTACTTTGATCTTGAACTTGTCATGTAATAAAGCAAAATCAG
TTTGACTTTGGTTCGAATTTGTTCTGTTTT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

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AATGGCCCTGTCTATGTCGTTTCTTTAAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL56TF U 1
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BS 812 869 RR1AL56JQ

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TATTATTTTATATCTGAGTAACATTAGGTTGATGGTTACGATGGTTGTTGATTACTTTTC
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AATGATGAACGTGTAATGCGGCTAAAAGAAGGGTATATCAAAGAAGGAAGCACGGTGAGT
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TATTTTATATCTGAGTAACATTAGGTTGATGGTTACGATGGTTGTTGATTACTTTTCGAT
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QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR1HA16JQ U 1
AF RR1HA16TF C 1
AF RR1DX75JQ U 75
BS 1 397 RR1HA16JQ
BS 398 701 RR1DX75JQ

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QA 1 397 1 397
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GTGCTTCACCGGAACTTTATTACTTCATACAGAATCACAGCCCGGTGAGAGATCAGATTC
TGTCTCCTAGATCTTCTGCTTAAGGACATGCTTCAACTGAACTTTTTGGCTTTCAATTCT
TGCTTCAACGAGTTTTGCCTTCAAACTATGCTTCTGTGCACCTCTAGGCCATTCTATGCA
ACCTTTCATTCCTCCACGGTTCACATGAGGATGGCTTGCAGATTCCGGTGAAGAGCTCCA
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C

QA 1 476 1 476
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TCTGCTTAAGGACATGCTTCAACTGAACTTTTTGGCTTTCAATTCTTGCTTCAATGAGTT
TTGCCTTCAAACTATGCTTCTGTGCACCTCTAGGCCATTCTATGCAACCTTTCATTCCTC
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TGAAGCTGTTACTGTCTCTATCTCCTCCATTGTTGCTTGCACCTGATGATCTCCACAGTT
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QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 3

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AATGTTGT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1D213JQ C 1
AF RR1D213TF U 1
AF RR1CY32TF U 288
BS 1 488 RR1D213TF

RD RR1D213JQ 488 0 0
GGCACTTAGCTCAATCGGAGAGAACATGGAGAGAGAAGGAAGAAAAGAAGGCGAAGGAGC
TTTTTACTATCTTTGGATTCCGTTTAAGTTCATCTACCAAACTCTCCGATCTCTCTTATT
CAAGCTTTTCGGTCTGCGAACTCCTTCTAACCATACTTTTCAGGAAGAAGAAGTTGAGGT
TGTGGAAGTATCATCGAGGGGGCTCCGGGCGAAACCGAAACTACAGCAGAAGTCGAAAGC
AACTTCCGGCAAGCCCGGAAGTGTTAACAAGAAGCCTTCCTAGGTTATGTATAATTTACG
GAAAGATTCTTGCTTACATGCTCTGCTAATTACGAAAATGTGATTTCTCTTCTCCTTTTG
CACTGTGTTTTTCTTTTTACTGATTTTGCATTGTATATTTCTCGAAGCTTGCAAGTTCAC
CGAGACCTTTTGTTTCATAGTAATAAAAGACGGTGAGAATCCTGTGTGATTCTTGGCGAG
AATGTTGT

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1D213TF 488 0 0
GGCACTTAGCTCAATCGGAGAGAACATGGAGAGAGAAGGAAGAAAAGAAGGCGAAGGAGC
TTTTTACTATCTTTGGATTCCGTTTAAGTTCATCTACCAAACTCTCCGATCTCTCTTATT
CAAGCTTTTCGGTCTGCGAACTCCTTCTAACCATACTTTTCAGGAAGAAGAAGTTGAGGT
TGTGGAAGTATCATCGAGGGGGCTCCGGGCGAAACCGAAACTACAGCAGAAGTCGAAAGC
AACTTCCGGCAAGCCCGGAAGTGTTAACAAGAAGCCTTCCTAGGTTATGTATAATTTACG
GAAAGATTCTTGCTTACATGCTCTGCTAATTACGAAAATGTGATTTCTCTTCTCCTTTTG
CACTGTGTTTTTCTTTTTACTGATTTTGCATTGTATATTTCTCGAAGCTTGCAAGTTCAC
CGAGACCTTTTGTTTCATAGTAATAAAAGACGGTGAGAATCCTGTGTGATTCTTGGCGAG
AATGTTGT

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1CY32TF 201 0 0
G
GTATAATTTACGGAAAGATTCTTGCTTACATGCTCTGCTAATTACGAAAATGTGATTTCT
CTTCTCCTTTTGCACTGTATTTTTCTTTTTACTGATTTTGCATTGTATATTTCTCGAAGC
TTGCAAGTTCACCGAGACCTTTTGTTTCATAATAATAAAAGACGGTGAGAATCCTGTGTG
ATTCTTGGCGAGAATGTTGT

QA 2 201 2 201
DS 



AS 1 3

CO CL3788Contig1 889 3 4 U
AAATCAAATATCAACTACAAGGATTCGTTTTTACAAGTTTTTATTAAGGCTGGTGAAACT
TGAAATCCTGAAACTTAGAAACCTTAAATAAATAGTAGCTCCAAAAAACCCAAGTCTCAG
TCAAACGAGAATGTGTACAGTGTAAGAGAGACAATGACATAACTAAAGTAAACTCAAAAG
AGCTCGAAAACTGTTAGCCCAGGCATATCACATGAGCAGCGATCCATCTGAATTGTTAAG
AGCTTCTTTGGCTTTCCTGAATTTCCCATAGATCGCCTTATTAGATTTCACAACGTACTC
CTTCATGAAGAACTTGATGCCATCCCTTAGAGCTTCATAGTCCGGATTCACAGCTATGCG
AGTGAACAAGTTCCACACAAGTTTCTCAGTGTGCTCAAAGATGGCCTCGAACAGCATCCG
AAAGTGCATGATTCTCTTTGGAGTCAACTGC*CTGGATTCGCCAAGTCTACACATTTGAG
AACCGCAAGAGAAAGATTGAAGGATACAATCATCTCCGCCACAAATTTCGCCAGATGCAT
TGATCTCTGAAGTGACATTGACTCTAGTTCTTTGAAATGGTCCCAGATGCAATACTGTAG
TGTAAACTTATGATTCTTGTCGTGCTCACGCAACTTTAAAGCGAGAACTGGGTAGTACTT
GTTAAACACTTTCTCCTGTAAACAGCATTCAACTAGGACCCTCATGATCTCTCTGTCCTG
CTTTCCTGGCAGATCCAATCTAAGTAGTTTCTCAAATGCATCAATGTAGTCTTCACTACT
CATGATCACGCAAAATATAGCTTTTCTGGAATCTGTATTCATCCTCTGTGCATCGGCTAG
CTTTAACATTTTCTGGGCCTCAACAACCTCAGCGTCCATTGTTTGTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
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AF RR1FM64JQ U 1
AF RR1FM64TF C 119
AF RR1ET06JQ U 141
BS 1 863 RR1FM64JQ
BS 864 864 RR1ET06JQ
BS 865 876 RR1FM64JQ
BS 877 889 RR1ET06JQ

RD RR1FM64JQ 876 0 0
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TGAAATCCTGAAACTTAGAAACCTTAAATAAATAGTAGCTCCAAAAAACCCAAGTCTCAG
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AGCTTCTTTGGCTTTCCTGAATTTCCCATAGATCGCCTTATTAGATTTCACAACGTACTC
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AAAGTGCATGATTCTCTTTGGAGTCAACTGC*CTGGATTCGCCAAGTCTACACATTTGAG
AACCGCAAGAGAAAGATTGAAGGATACAATCATCTCCGCCACAAATTTCGCCAGATGCAT
TGATCTCTGAAGTGACATTGACTCTAGTTCTTTGAAATGGTCCCAGATGCAATACTGTAG
TGTAAACTTATGATTCTTGTCGTGCTCACGCAACTTTAAAGCGAGAACTGGGTAGTACTT
GTTAAACACTTTCTCCTGTAAACAGCATTCAACTAGGACCCTCATGATCTCTCTGTCCTG
CTTTCCTGGCAGATCCAATCTAAGTAGTTTCTCAAATGCATCAATGTAGTCTTCACTACT
CATGATCACGCAAAATATAGCTTTTCTGGAATCTGTATTCATCCTCTGTGCATCGGCTAG
CTTTAACATTTTCTGGGCCTCAA*AACCTCAGCGTC

QA 1 876 1 876
DS 

RD RR1FM64TF 760 0 0
AGTCAAACGAGAATGTGTACAGTGTAAGAGAGACAATGACATAACTAAAGTAAACTCAAA
*GAGCTCGAAAACTGTTAGCCCAGGCATATCACATGAGCAGCGATCCATCTGAATTGTTA
AGAGCTTCTTTGGCTTTCCTGAATTTCCCATAGATCGCCTTATTAGATTTCACAACGTAC
TCCTTCATGAAGAACTTGATGCCATCCCTTAGAGCTTCATAGTCCGGATTCACAGCTATG
CGAGTGAACAAGTTCCACACAAGTTTCTCAGTGTGCTCAAAGATGGCCTCGAACAGCATC
CGAAAGTGCATGATTCTCTTTGGAGTCAACTGC*CTGGATTCGCCAAGTCTACACATTTG
AGAACCGCAAGAGAAAGATTGAAGGATACAATCATCTCCGCCACAAATTTCGCCAGATGC
ATTGATCTCTGAAGTGACATTGACTCTAGTTCTTTGAAATGGTCCCAGATGCAATACTGT
AGTGTAAACTTATGATTCTTGTCGTGCTCACGCAACTTTAAAGCGAGAACTGGGTAGTAC
TTGTTAAACACTTTCTCCTGTAAACAGCATTCAACTAGGACCCTCATGATCTCTCTGTCC
TGCTTTCCTGGCAGATCCAATCTAAGTAGTTTCTCAAATGCATCAATGTAGTCTTCACTA
CTCATGATCACGCAAAATATAGCTTTTCTGGAATCTGTATTCATCCTCTGTGCATCGGCT
AGCTTTAACATTTTCTGGGCCTCAACAACCTCAGCGTC
CC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1ET06JQ 749 0 0
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AGGCATATCACATGAGCAGCGATCCATCTGAATTGTTAAGAGCTTCTTTGGCTTTCCTGA
ATTTCCCATAGATCGCCTTATTAGATTTCACAACGTACTCCTTCATGAAGAACTTGATGC
CATCCCTTAGAGCTTCATAGTCCGGATTCACAGCTATGCGAGTGAACAAGTTCCACACAA
GTTTCTCAGTGTGCTCAAAGATGGCCTCGAACAGCATCCGAAAGTGCATGATTCTCTTTG
GAGTCAACTGCACTGGATTCGCCAAGTCTACACATTTGAGAACCGCAAGAGAAAGATTGA
AGGATACAATCATCTCCGCCACAAATTTCGCCAGATGCATTGATCTCTGAAGTGACATTG
ACTCTAGTTCTTTGAAATGGTCCCAGATGCAATACTGTAGTGTAAACTTATGATTCTTGT
CGTGCTCACACAACTTTAAAGCGAGAACTGGGTAGTACTTGTTAAACACTTTCTCCTGTA
AACAGCATTCAACTAGGACCCTCATGATCTCTCTGTCCTACTTTCCTGGCAGATCCAATC
TAAGTAGTTTCTCAAATGCATCAATGTAGTCTTCACTACTCATGATCACGCAAAATATAG
CTTTTCTGGAATCTGTATTCATCCTCTGTGCATCGGCTAGCTTTAACATTTTCTGGGCCT
CAACAACCTCAGCGTCCATTGTTTGTGCT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL3789Contig1 1101 2 2 U
GGAAACAACAACAAACAAACAGATCCAACAGAGCAAATCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAT
GGTGACGAAGACGGAGGAGAGAGAGCTAAACCAACTGGAGAACCAAGTGGAGAACGGAGG
CGGAGGCGTTTGGGAGTATCTCTGCCTCGTTCGTAAGCTCAAGGTTCGCCGATCAGAGAT
GGTGCTCAAGCACGGTCTCTCGATCCTGAACGATCCGGGGAAGCGATCCTCTCTTGGTCC
AGATGAATGGACGCTATATGAGCAGGTAGCAGTTGCAGCTATGGACTGTCGGTCTCTTTC
TGTTGCACAGAATTGCATCAAGGTTCTCCAGAAGAAGTTTCCGGAGAGTAAACGTGTGGG
AAAGCTGGAAGCTTTGCTTATAGAAGCTAAAGGAATGTGGGAGGAGGCTGAAAAGGCCTA
TTCAATCCTTTTGGAGGATAATCCACTCGATCAAGTGATACACAAAAGAAAGGTGGCTAT
GGCCAAGGCACAGGGCAAACCTTCCCTAGCCATTGAACATCTTAACAAATATCTTGAAGT
ATTCATGGCTGATCATGATGCGTGGAGAGAACTTGCAGAAATTTATGTTTCCTTGCAAAT
GTACAAACAAGCAGCTTTCTGCTACGAGGAGCTCATTTTATCTCAGCCTACTCTTCCATT
GTACCACTTAGCATACGCTGATGTTCTCTATACGATTGGTGGACTTGAAAACCTCATCGC
AGCAAGAAAGTACTATGCAGCAACCATAGACTTAACAGGTGGTAAAAGCACAAGAGCCCT
CCTCGGAATATGCTTGTGCGGATCAGCGATCGCACAGCTCTCAAGAGGCAGGAACAAAGA
GGACAAGGACATGGCTGCACCAGAGCTTCAGACTCTAGCTGCAACTGCATTGGAGAAAGA
GTACAAGCAAAAATCTCCAGCCAAACTCAACCTCCTCACGTTTGCTTTAAGAAGCTTGAA
AATGTCTTAAGTTCATCAGAGACCACAAGAGTAAAGTCAACGCAGGCTCACATTTCTTGG
TTCTAAGTTTTTGTCGTCTTTGTTCACTCTCAATATAATGTTCATCATTTTAGCTCTTGG
TTTATTATATACACTGACCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GQ48TF U 1
AF RR1GQ48JQ C 412
BS 1 483 RR1GQ48TF
BS 484 1101 RR1GQ48JQ

RD RR1GQ48TF 483 0 0
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GGTGACGAAGACGGAGGAGAGAGAGCTAAACCAACTGGAGAACCAAGTGGAGAACGGAGG
CGGAGGCGTTTGGGAGTATCTCTGCCTCGTTCGTAAGCTCAAGGTTCGCCGATCAGAGAT
GGTGCTCAAGCACGGTCTCTCGATCCTGAACGATCCGGGGAAGCGATCCTCTCTTGGTCC
AGATGAATGGACGCTATATGAGCAGGTAGCAGTTGCAGCTATGGACTGTCGGTCTCTTTC
TGTTGCACAGAATTGCATCAAGGTTCTCCAGAAGAAGTTTCCGGAGAGTAAACGTGTGGG
AAAGCTGGAAGCTTTGCTTATAGAAGCTAAAGGAATGTGGGAGGAGGCTGAAAAGGCCTA
TTCAATCCTTTTGGAGGATAATCCACTCGATCAAGTGATACACAAAAGAAAGGTGGCTAT
GGC

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR1GQ48JQ 690 0 0
AAAG
GCCTATTCAATCCTTTTGGAGGATAATCCACTCGATCAAGTGATACACAAAAGAAAGGTG
GCTATGGCCAAGGCACAGGGCAAACCTTCCCTAGCCATTGAACATCTTAACAAATATCTT
GAAGTATTCATGGCTGATCATGATGCGTGGAGAGAACTTGCAGAAATTTATGTTTCCTTG
CAAATGTACAAACAAGCAGCTTTCTGCTACGAGGAGCTCATTTTATCTCAGCCTACTCTT
CCATTGTACCACTTAGCATACGCTGATGTTCTCTATACGATTGGTGGACTTGAAAACCTC
ATCGCAGCAAGAAAGTACTATGCAGCAACCATAGACTTAACAGGTGGTAAAAGCACAAGA
GCCCTCCTCGGAATATGCTTGTGCGGATCAGCGATCGCACAGCTCTCAAGAGGCAGGAAC
AAAGAGGACAAGGACATGGCTGCACCAGAGCTTCAGACTCTAGCTGCAACTGCATTGGAG
AAAGAGTACAAGCAAAAATCTCCAGCCAAACTCAACCTCCTCACGTTTGCTTTAAGAAGC
TTGAAAATGTCTTAAGTTCATCAGAGACCACAAGAGTAAAGTCAACGCAGGCTCACATTT
CTTGGTTCTAAGTTTTTGTCGTCTTTGTTCACTCTCAATATAATGTTCATCATTTTAGCT
CTTGGTTTATTATATACACTGACCCG

QA 5 690 5 690
DS 



AS 1 2

CO CL3790Contig1 1168 2 4 U
GGATTGAAACATAACCCAAAACGAAAGACAATGTCTACTCCAATCACATTTACGACCCTA
GCCCTCGTGACCCTCTCGGTGTTACTAGCTTCCTCCTCTCTCGGCGGCGTCACGGCAAAG
GTGGACCATCGGAACTCTGAGGAAGTGAAGATGTTCGAGCGGTGGCTTGTGGAGAATCAC
AAGAACTACAATGGTCTAGGAGAGACGGATAAACGGTTCGAGATCTTCATGGACAACTTG
AAGTTCGTGCAAGAGCACAACTCTGTCCCGAACCAGAGTTACGAGCTCGGGTTGACCAGG
TTCGCCGATCTGACCAACGAAGAGTTTCGAGCCATCTACTTGAGGAGGAAGATGGAGAGG
ACTAGAGATTCGGTGAAGACAGAGAGGTATCTACATAACGTTGGAGACAAGTTGCCTGAA
GAAGTTGACTGGAGAGCCAAAGGCGCCGTTGTTCCGGTCAAAAATCAAGGATCATGTGGA
AGTTGTTGGACGTTTTCGGCGATTGGAGCGGTTGAAGGGATAAACCAGATCAAAACAGGG
GAGTTGATATCTCTGTCGGAGCAAGAACTTGTTGATTGTGACACAAGTTACAATAGTGGA
TGTAATGGTGGTCTCATGGACTATGCTTTTCAGTTCATTATTAACAACGGTGGTATTGAT
ACAGAGGAAGATTATCCTTATACCGCTACTGATGATAACATATGCAATACCGATAAGAAG
AACACTCGTGTTGTTACCATCGATGGTTATGAGGATGTTCCTGAAAACGAGAATTCATTG
AAGAAAGCTGTTGCTAATCAACCTATTAGTGTTGCCATCGAAGCTGGTGGCCGAGCCTTC
CAGCTTTACAAATCCGGTGTGTTCACTGGAACATGTGGAACAGCTTTGGACCATGGTGTT
GTAGCCGTGGGATATGGAACCTCAGGAGGCCAAGACTATTGGATTATTCGTAACTCATGG
GGATCAAACTGGGGGAGAGAGTGGATATGTTAAGCTCGAACGTAACATTAAAGATTCGTC
AGGGAAATGTGGTGTGGCGATGATGGCTTCGTACCCAACCAAATCATCGAGCTCAAACCC
ACCAAAACCGCCACCACCTGCACCAGTTATTTGTGACAAAGCTTACACTTGTCCAGCCAA
GTCCACTTGTTGTTGTCTCTATGAGTAT


BQ
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AF RR1EM74TF U 1
AF RR1BE73TF U 388
BS 1 649 RR1EM74TF
BS 650 650 RR1BE73TF
BS 651 662 RR1EM74TF
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RD RR1EM74TF 662 0 0
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GTGGACCATCGGAACTCTGAGGAAGTGAAGATGTTCGAGCGGTGGCTTGTGGAGAATCAC
AAGAACTACAATGGTCTAGGAGAGACGGATAAACGGTTCGAGATCTTCATGGACAACTTG
AAGTTCGTGCAAGAGCACAACTCTGTCCCGAACCAGAGTTACGAGCTCGGGTTGACCAGG
TTCGCCGATCTGACCAACGAAGAGTTTCGAGCCATCTACTTGAGGAGGAAGATGGAGAGG
ACTAGAGATTCGGTGAAGACAGAGAGGTATCTACATAACGTTGGAGACAAGTTGCCTGAA
GAAGTTGACTGGAGAGCCAAAGGCGCCGTTGTTCCGGTCAAAAATCAAGGATCATGTGGA
AGTTGTTGGACGTTTTCGGCGATTGGAGCGGTTGAAGGGATAAACCAGATCAAAACAGGG
GAGTTGATATCTCTGTCGGAGCAAGAACTTGTTGATTGTGACACAAGTTACAATAGTGGA
TGTAATGGTGGTCTCATGGACTATGCTTTTCAGTTCATTATTAACAACG*TGGTATTGAT
AC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1BE73TF 781 0 0
G
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TTGTTCCGGTCAAAAATCAAGGATCATGTGGAAGTTGTTGGGCGTTTTCGGCGATTGGAG
CGGTTGAAGGGATAAACCAGATCAAAACAGGGGAGTTGATATCTCTGTCGGAGCAAGAAC
TTGTTGATTGTGACACAAGTTACAATAGTGGATGTAATGGTGGTCTCATGGACTATGCTT
TTCAGTTCATTATTAACAACGGTGGTATTGATACAGAGGAAGATTATCCTTATACCGCTA
CTGATGATAACATATGCAATACCGATAAGAAGAACACTCGTGTTGTTACCATCGATGGTT
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GAACATGTGGAACAGCTTTGGACCATGGTGTTGTAGCCGTGGGATATGGAACCTCAGGAG
GCCAAGACTATTGGATTATTCGTAACTCATGGGGATCAAACTGGGGGAGAGAGTGGATAT
GTTAAGCTCGAACGTAACATTAAAGATTCGTCAGGGAAATGTGGTGTGGCGATGATGGCT
TCGTACCCAACCAAATCATCGAGCTCAAACCCACCAAAACCGCCACCACCTGCACCAGTT
ATTTGTGACAAAGCTTACACTTGTCCAGCCAAGTCCACTTGTTGTTGTCTCTATGAGTAT

QA 2 781 2 781
DS 



AS 1 3

CO CL3791Contig1 1695 3 7 U
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CAGCGATTGATCAAGAGAACGTCGCTCCTATGGAGGGAGTCAACACGTCGGTGAGCGAGA
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AGAAGAAGAAGACTGTGAAGAAAGCTGTCTCAACTCATCCTACTTACGAAGAGATGATCA
AGGATGCGATCGTTACGCTGAAGGAGAGAACCGGATCGAGCCAATACGCGATTCAGAAGT
TCATCGAGGAGAAGCATAAGGTGCTCTCGCCTTCGTTCAGGAAGCTGCTGCTTCTCAATC
TGAAGAGACTCGTCGCTTCCGAGAAGCTTGTCAAGGTCAAGGCCTCGTTTAAGATTCCGT
CGGCTAAACCATCATCATCCCCCAAAGCGGCGGCTGCGACATCTGCTCCGGTGGAGAAGA
AGAAGAAGAAACCTGCCACTGCCGCGGCGGCTTCCAAGCCGAAGGGGAAGAAGGTAACCT
CAGCTTCCAAATCTAAGGGAGCAAAGGTGTCTAAGAAACAAACTGCTCATAAGGCCACTG
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CGAAGGTAACATCTCCCGGGAAAAAGGCTGTTCCTGCTAAGAAGAAGGCTCCCGTGATGG
CAACGAAGAAGAAGACTCCAGTGAAGAAGAGTGTCAAGCCAAAGACGGTGAAGTCTCCAG
TGAAGAGGGCTTCAAGGATGGTCAAGAAGTGAAATTAGGGCTTAGTGTTGACGAGACTCT
CTAGGCGACAATCTTGTATATTGATATCATGAAGTGTTTTCTTTGCTTTTATATCTAAAA
GTTCTTGTTGTTCATATATAAAAATCCTTTTCAAGAATGTTACATTTCATCAAATGGTAC
AAGAAGCAAACTCGCAGCTACTGAACGTTGAGGGTTATACACAATCAACAAATGTTCTCT
TCTACTTTTACATTCCATGTACTCTATTATCACGTCTCTTTGTCTTTTTCTAAGCATTAC
CTTTTGAGCTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTAGCTCTTTCAACTTTCTGAATTGAGTAT
TTGAGCTCCTGTTGAATGTTAAACCTTGAAGGAGAAAGCACAATGTCTTTCCAGATTGAT
CCGGCTTCACAAGCTGGGTTTGGTTGGTTATAGAGCTGGTATATTGAGTCTGCGTTCTCG
TTCAACCCTCCCACATGTTTCAGACAGTCTATCTCCTCTGGATCCACCAGCAACGTCTTC
TCTTTCTCTTTCCAACCTATCAGCTTTGGTGAGCCTTCGAGAGCGTTGATGCAGTAAAGC
CTAGCACCATCAACAAGGCTGCAATACGTAGGAAACGCATCCGCAAACCTTTTGTGGGAT
CTCAGCTGCGATCTCACCCTAACCGCTCTTCTACATATGATAGCCCTCCTAATGCCTCTT
ATAACAGCTAAATAAGCATCACACACGACTCCAACTAGCTCTATCCTATACGGTTTTCTC
CTACGCCCATCCTCCTGCAGCTGTTGTCTTTCGCCAATCCGTTCCCAGTAGTCCTCTGTG
ATGGTCCCATCATCATCAACCTTGTATCCAGCTCCCATTCTGTAATGGTGACGTGCACGT
TCCTCGCCATTGTTA


BQ
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AF RR1E956TF U 1
AF RR1E956JQ C 249
AF RR1F429JQ U 894
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AGAAGAAGAAGACTGTGAAGAAAGCTGTCTCAACTCATCCTACTTACGAAGAGATGATCA
AGGATGCGATCGTTACGCTGAAGGAGAGAACCGGATCGAGCCAATACGCGATTCAGAAGT
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TGAAGAGACTCGTCGCTTCCGAGAAGCTTGTCAAGGTCAAGGCCTCGTTTAAGATTCCGT
CGGCTAAACCATCATCATCCCCCAAAGCGGCGGCTGCGACATCTGCTCCGGTGGAGAAGA
AGAAGAAGAAACCTGCCACTGCCGCGGCGGCTTCCAAGCCGAAGGGGAAGAAGGTAACCT
CAGCTTCCAAATCTAAGGGAGCAAAGGTGTCTAAGAAACAAACTGCTCATAAGGCCACTG
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CGAAGGTAACATCTCCCGGGAAAAAGGCTGTTCCTGCTA*GAAGAAG*CTCCCGTGATGG
CA
CG

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DS 

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GATCG
TACGCTGAAGGAGAGAACCGGATCGAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAA
GCATAAGGTGCTCTCGCCTTCGTTCAGGAAGCTGCTGCTTCTCAATCTGAAGAGACTCGT
CGCTTCCGAGAAGCTTGTCAAGGTCAAGGCCTCGTTTAAGATTCCGTCGGCTAAACCATC
ATCATCCCCCAAAGCGGCGGCTGCGACATCTGCTCCGGTGGAGAAGAAGAAGAAGAAACC
TGCCACTGCCGCGGCGGCTTCCAAGCCGAAGGGGAAGAAGGTAACCTCAGCTTCCAAATC
TAAGGGAGCAAAGGTGTCTAAGAAACAAACTGCTCATAAGGCCACTGTTGCGCCCAAGAA
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TCCGGGGAAAAAGGCTGTTCCTGCTAAGAAGAAGGCTCCCGTGATGGCAACGAAGAAGAA
GACTCCAGTGAAGAAGAGTGTCAAGCCAAAGACGGTGAAGTCTCCAGTGAAGAGGGCTTC
AAGGATGGTCAAGAAGTGAAATTAGGGCTTAGTGTTGACGAGACTCTCTAGGCGACAATC
TTGTATATTGATATCATGAAGTGTTTTCTTTGCTTTTATATCTAAAAGTTCTTGTTGTTC
ATATATAAAAATCCTTTTCAAGAATGTTACATTTC
CCC

QA 6 700 6 700
DS 

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A
CTAAAAGTTCTTGTTGTTCATATATAAAAATCCTTTTCAAGAATGTTACATTTCATCAAA
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TTCTCTTCTACTTTTACATTCCATGTACTCTATTATCACGTCTCTTTGTCTTTTTCTAAG
CATTACCTTTTGAGCTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTAGCTCTTTCAACTTTCTGAATT
GAGTATTTGAGCTCCTGTTGAATGTTAAACCTTGAAGGAGAAAGCACAATGTCTTTCCAG
ATTGATCCGGCTTCACAAGCTGGGTTTGGTTGGTTATAGAGCTGGTATATTGAGTCTGCG
TTCTCGTTCAACCCTCCCACATGTTTCAGACAGTCTATCTCCTCTGGATCCACCAGCAAC
GTCTTCTCTTTCTCTTTCCAACCTATCAGCTTTGGTGAGCCTTCGAGAGCGTTGATGCAG
TAAAGCCTAGCACCATCAACAAGGCTGCAATACGTAGGAAACGCATCCGCAAACCTTTTG
TGGGATCTCAGCTGCGATCTCACCCTAACCGCTCTTCTACATATGATAGCCCTCCTAATG
CCTCTTATAACAGCTAAATAAGCATCACACACGACTCCAACTAGCTCTATCCTATACGGT
TTTCTCCTACGCCCATCCTCCTGCAGCTGTTGTCTTTCGCCAATCCGTTCCCAGTAGTCC
TCTGTGATGGTCCCATCATCATCAACCTTGTATCCAGCTCCCATTCTGTAATGGTGACGT
GCACGTTCCTCGCCATTGTTA

QA 2 802 2 802
DS 



AS 1 3

CO CL3792Contig1 999 3 4 U
GGAGAATTTTCAATCTTCCTCCGATATCGAGAGAGAAACCACACAAAAAAAAAATGAGAC
ACAACTGCTGCCATCTCTCCTTCGCTTCCGTCCTGAAGATCCTCAATTTCCTCCAAGCCT
TCATCGGTATCTCCATCATAATCTACTCTATATGGATGCTCGATCAATACAATCGTCACG
TCCCCGTCGACCCTCCTCCTCCTTCTCAGCCTCCCTCGGCTTCTTATCCCTTCTCTAGCT
CAGGAATCGCTATCAACAGTCTCTCTGACTCCCTGAACAAACCCATCGGTCTCCTTCTCC
GAGATTCGGGTTTCCACCTCCGTTCCCTAGATCTTCCTGCTCCCTGGTTTATCTACTCTT
TCATGGCGATTGGGATCTTGGTCTGTATTGTCACTGTCATCGGTTTCATTGCAGCTGAAG
CTATCAATGGCTGCTGCTTGTGTTTCTATTCAATCCTCAAAACTCTTGTCATCATACTTG
AAGCAGCTCTCGTTGGATTCATTGCCATTGACCGTCACTGGGAGAAGGATCTTCCTTATG
ATCCAACTGGAGAACTCACTGGCCTTCGAGCTTTCATTGAAGCAAACATCGATATTTGCA
AATGGGTTGGGGTTGGGTGTGGTAGCTATCCAGCTACTGTCTTTGCTACTGGCTATGGTT
CTAAGAGCTATGGTTTCTCCTAGGCAATCAGAGCTTGATGACGAAGATGATTATGAGAAT
CCGATTAACAGAGCGCGGGAGAATCTTCTTGCTCCACAGACTAACCAGACATCTTCTGGA
TCAAGCAATATTGACAACTGGAGGTCCAGAATCAGAGAGAAGTACGGATTGAACAACGGC
CAGAGCCAGAGCCCCTCAGTCTAACTCAAAAGATTTGAGTTCGTGTGTGTGTGTTTGGTA
TCACTACTTTCGTTTTGTTCCTCTCTTGCTACCTTTGTAACTTTCATAGTGTGCATAAGT
ATTACACAACTTCTTAGATTGGAATATTGGTTTCTCCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H255TF U 1
AF RR1AJ58TF U 1
AF RR1AJ58JQ C 234
BS 1 40 RR1AJ58TF
BS 41 41 RR1H255TF
BS 42 742 RR1AJ58TF
BS 743 999 RR1AJ58JQ

RD RR1H255TF 703 0 0
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ACAACTGCTGCCATCTCTCCTTCGCTTCCGTCCTGAAGATCCTCAATTTCCTCCAAGCCT
TCATCTGTATCTCCATCATAATCTACTCTATATGGATGCTCGATCAATACAATCGTCACG
TCCCCGTCGACCCTCCTCCTCCTTCTCAGCCTCCCTCGGCTTCTTATCCCTTCTCTAGCT
CAGGAATCGCTATCAACAGTCTCTCTGACTCCCTGAACAAACCCATCGGTCTCCTTCTCC
GAGATTCGGGTTTCCACCTCCGTTCCCTAGATCTTCCTGCTCCCTGGTTTATCTACTCTT
TCATGGCGATTGGGATCTTGGTCTGTATTGTCACTGTCATCGGTTTCATTGCAGCTGAAG
CTATCAATGGCTGCTGCTTGTGTTTCTATTCAATCCTCAAAACTCTTGTCATCATACTTG
AAGCAGCTCTCGTTGGATTCATTGCCATTGACCGTCACTGGGAGAAGGATCTTCCTTATG
ATCCAACTGGAGAACTCACTAGCCTTCGAGCTTTCATTGAAGCAAACATCGATATTTGCA
AATGGGTTGGGGTTGGGGGTGGTAGCTATCCAGCTACTGTCTTTGCTACTGGCTATGGTT
CTAAGAGCTATGGTTTCTCCTAG*CAATCAGAGCTTGATGACG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1AJ58TF 742 0 0
GGAGAATTTTCAATCTTCCTCCGATATCGAGAGAGAAACCGCACAAAAAAAAAATGAGAC
ACAACTGCTGCCATCTCTCCTTCGCTTCCGTCCTGAAGATCCTCAATTTCCTCCAAGCCT
TCATCGGTATCTCCATCATAATCTACTCTATATGGATGCTCGATCAATACAATCGTCACG
TCCCCGTCGACCCTCCTCCTCCTTCTCAGCCTCCCTCGGCTTCTTATCCCTTCTCTAGCT
CAGGAATCGCTATCAACAGTCTCTCTGACTCCCTGAACAAACCCATCGGTCTCCTTCTCC
GAGATTCGGGTTTCCACCTCCGTTCCCTAGATCTTCCTGCTCCCTGGTTTATCTACTCTT
TCATGGCGATTGGGATCTTGGTCTGTATTGTCACTGTCATCGGTTTCATTGCAGCTGAAG
CTATCAATGGCTGCTGCTTGTGTTTCTATTCAATCCTCAAAACTCTTGTCATCATACTTG
AAGCAGCTCTCGTTGGATTCATTGCCATTGACCGTCACTGGGAGAAGGATCTTCCTTATG
ATCCAACTGGAGAACTCACTGGCCTTCGAGCTTTCATTGAAGCAAACATCGATATTTGCA
AATGGGTTGGGGTTGGGTGTGGTAGCTATCCAGCTACTGTCTTTGCTACTGGCTATGGTT
CTAAGAGCTATGGTTTCTCCTAGGCAATCAGAGCTTGATGACGAAGATGATTATGAGAAT
CCGATTAACAGAGCGCGGGAGA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1AJ58JQ 766 0 0
TCTAGCTCAGGAATCGCTATCAACAGTCTCTCTGACTCCCTGAACAAACCCATCGGTCTC
CTTCTCCGAGATTCGGGTTTCCACCTCCGTTCCCTAGATCTTCCTGCTCCCTGGTTTATC
TACTCTTTCATGGCGATTGGGATCTTGGTCTGTATTGTCACTGTCATCGGTTTCATTGCA
GCTGAAGCTATCAATGGCTGCTGCTTGTGTTTCTATTCAATCCTCAAAACTCTTGTCATC
ATACTTGAAGCAGCTCTCGTTGGATTCATTGCCATTGACCGTCACTGGGAGAAGGATCTT
CCTTATGATCCAACTGGAGAACTCACTGCCCTTCGAGCTTTCATTGAAGCAAACATCGAT
ATTTGCAAATGGGTTGGGGTTGG*TGTGGTAGCTATCCAGCTACTGTCTTTGCTACTGGC
TATGGTTCTAAGAGCTATGGTTTCTCCTAGGCAATCAGAGCTTGATGACGAAGATGATTA
TGAGAATCCGATTAACAGAGCGCGGGAGAATCTTCTTGCTCCACAGACTAACCAGACATC
TTCTGGATCAAGCAATATTGACAACTGGAGGTCCAGAATCAGAGAGAAGTACGGATTGAA
CAACGGCCAGAGCCAGAGCCCCTCAGTCTAACTCAAAAGATTTGAGTTCGTGTGTGTGTG
TTTGGTATCACTACTTTCGTTTTGTTCCTCTCTTGCTACCTTTGTAACTTTCATAGTGTG
CATAAGTATTACACAACTTCTTAGATTGGAATATTGGTTTCTCCCC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 3

CO CL3793Contig1 540 3 3 U
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TGCTAAGTTCAAAGATGACGTCACCCCAGAGAAGATCGATGAACTTATCAAAGGTTACGC
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AGAGAATCTGCATCAAGGTTTCACACACATCTTTGAATCCACGTTTGAGAGCAAAGAAGC
TGTAGCTGAGTACGTTGCTCATCCTATTCACGTTGAGTTCGCCACCATGTTCCTAGGCAG
CTTGGATAAAGTGTTGATCATAGACTACAAGCCTACCTCTGTTTAAATTCGTCTTCTTTG
TGTGATCTTTGTTTGTAATAAAGTATGTTCCTTTTGATGTATTTGACATTGGTTAATTTG
TCTGCCTTCTTACAATGTTTCTGTCAATCTCTTTATTTTTCTTTGTATCAGACAATGTGT
GTCTAAAAGATCATTAGTGTTTTGCTTGTTTTCTTTTATGGTTTGAGTGCTTTGTCGTCT


BQ
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AF RR1CS20TF U 1
AF RR1F078JQ C 2
AF RR1F078TF U 2
BS 1 71 RR1CS20TF
BS 72 72 RR1F078TF
BS 73 540 RR1CS20TF

RD RR1CS20TF 540 0 0
GGGTGAGCATCGCAGGGAGAAAATGGAGGAAGCAAAGGGACCTGTGAAGCACGTTCTGCT
TGCTAAGTTCAGAGATGACGTCACCCCAGAGAAGATCGATGAACTTATCAAAGGTTACGC
TAATCTCGTCAATCTCATCGAACCTATGAAAGCTTTCCACTGGGGAAAAGATGTGAGCAT
AGAGAATCTGCATCAAGGTTTCACACACATCTTTGAATCCACGTTTGAGAGCAAAGAAGC
TGTAGCTGAGTACGTTGCTCATCCTATTCACGTTGAGTTCGCCACCATGTTCCTAGGCAG
CTTGGATAAAGTGTTGATCATAGACTACAAGCCTACCTCTGTTTAAATTCGTCTTCTTTG
TGTGATCTTTGTTTGTAATAAAGTATGTTCCTTTTGATGTATTTGACATTGGTTAATTTG
TCTGCCTTCTTACAATGTTTCTGTCAATCTCTTTATTTTTCTTTGTATCAGACAATGTGT
GTCTAAAAGATCATTAGTGTTTTGCTTGTTTTCTTTTATGGTTTGAGTGCTTTGTCGTCT

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1F078JQ 505 0 0
GGGAGCA
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TCAAAGATGACGTCACCCCAGAGAAGATCGATGAACTTATCAAAGGTTACGCTAATCTCG
TCAATCTCATCGAACCTATGAAAGCTTTCCACTGGGGAAAAGATGTGAGCATAGAGAATC
TGCATCAAGGTTTCACACACATCTTTGAATCCACGTTTGAGAGCAAAGAAGCTGTAGCTG
AGTACGTTGCTCATCCTATTCACGTTGAGTTCGCCACCATGTTCCTAGGCAGCTTGGATA
AAGTGTTGATCATAGACTACAAGCCTACCTCTGTTTAAATTCGTCTTCTTTGTGTGATCT
TTGTTTGTAATAAAGTATGTTCCTTTTGATGTATTTGACATTGGTTAATTTGTCTGCCTT
CTTACAATGTTTCTGTCAATCTCTTTATTTTTCTTTGTATCAGACAATGTGTGTCTAAAA
GATCATTAGTGTTTTGC
C

QA 8 504 8 504
DS 

RD RR1F078TF 505 0 0
GGGAGCA
ATCGCAGGGAGAAAATGGAGGAAGCAAAGGGACCTGTGAAGCACGTTCTGCTTGCTAAGT
TCAAAGATGACGTCACCCCAGAGAAGATCGATGAACTTATCAAAGGTTACGCTAATCTCG
TCAATCTCATCGAACCTATGAAAGCTTTCCACTGGGGAAAAGATGTGAGCATAGAGAATC
TGCATCAAGGTTTCACACACATCTTTGAATCCACGTTTGAGAGCAAAGAAGCTGTAGCTG
AGTACGTTGCTCATCCTATTCACGTTGAGTTCGCCACCATGTTCCTAGGCAGCTTGGATA
AAGTGTTGATCATAGACTACAAGCCTACCTCTGTTTAAATTCGTCTTCTTTGTGTGATCT
TTGTTTGTAATAAAGTATGTTCCTTTTGATGTATTTGACATTGGTTAATTTGTCTGCCTT
CTTACAATGTTTCTGTCAATCTCTTTATTTTTCTTTGTATCAGACAATGTGTGTCTAAAA
GATCATTAGTGTTTTGC
C

QA 8 504 8 504
DS 



AS 1 3

CO CL3794Contig1 806 3 18 U
GGAAGCACACACTGACTTGTTCTTCTTCCCTCACAGCCACAGCTCTCGCGGACGATCTCT
CTCATTCATCCTGAATCCAAAATCTGGGATAGAGCTTCCTTCACTGCTGATGGGTTTCAC
TTCTGTTTATCGATCTCTTACTGAGATATTTCCTCAGATTGATGCACGAATGTTGAGAGC
TGTTGCAATTGAACACCCCAAGGATGCTGATGAGGCTGCTTCAGTGGTTCTCTCTGAGAT
CCTTCCCTCTCTTTCTACTCACTCTCGGAACAACAAGTCATCCCCAAGTGTTTCAGAGCG
TCAAGTAGAACGTGGTTTGCTTGCCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCAGAAACTATCCCCTT
GGTTATTGGTCCTGGCCACGGTACCAGTGCTCCAAGTACTAGATTGGTCTCTGATAGGAT
CTCGCCACCAATTGTTGGTCCTGGTGTTTTCCGGAAAGACGTTGAAAGTGAGGAGCAAGT
CCAGTCTTTAGAAAAGGCTCCTGACTATGATTTCTTTGGCAAGTCTTTTGATGTTCCCAT
CCTCCCAGAGGATGATCTTACCTCAGTGGTCCACGCTGTCCCACAAGAAAACCTCAAGTC
TACTAGAGATTTTTGGCAAGAGCTTGGTTTTCATACGACTTGGAATCAAGCTGATTCAGT
CACAAGCGTTGGTTCACTGACTGCTGCACAGAAGGGATCATGTTTTGAAGTTGGGACTGG
GAGTACAAATGACAGCCGTCAAAGGGTCATTTGCCAGTGAAACGTGATACTGAATCAAAG
CGATCATGGCTAGTGAAATGGTGATA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB11TF U 1
AF RR1DU78TF U 1
AF RR1GO31TF U 1
BS 1 75 RR1DU78TF
BS 76 76 RR1GO31TF
BS 77 105 RR1DU78TF
BS 106 106 RR1GO31TF
BS 107 206 RR1DU78TF
BS 207 207 RR1GO31TF
BS 208 284 RR1DU78TF
BS 285 285 RR1GO31TF
BS 286 304 RR1DU78TF
BS 305 307 RR1GO31TF
BS 308 362 RR1DU78TF
BS 363 363 RR1GO31TF
BS 364 590 RR1DU78TF
BS 591 591 RR1GO31TF
BS 592 778 RR1DU78TF
BS 779 779 RR1GO31TF
BS 780 799 RR1DU78TF
BS 800 806 RR1GO31TF

RD RR1HB11TF 690 0 0
GGAAGCACACACTGACTTGTTCTTCTTCCCTCACAGCCACAGCTCTCGCGGACGATCTCT
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TTCTGTTTATCGATCTCTTACTGAGATATTTCCTCAGATTGATGCACGAATGTTGAGAGC
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CCTTCCCTCTCTTTCTACTCACTCTCGGAACAACAAGTCATCCCCAAGTGTTTCAGAGCG
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CCTCCCAGAGGATGATCTTACCTCAGTGGTCCACGCTGTCCCACAAGAAAACCTCAAGTC
TACTAGAGATTTTTGGCAAGAGCTTGGTTTTCATACGACTTGGAATCAAGCTGATTCAGT
CACAAGCGTTGGTTCACTGACTGCTGCACA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1DU78TF 799 0 0
GGAAGCACACACTGACTTGTTCTTCTTCCCTCACAGCCACAGCTCTCGCGGACGATCTCT
CTCATTCATCCTGAACCCAAAATCTGGGATAGAGCTTCCTTCACTTCTGATGGGTTTCAC
TTCTGTTTATCGATCTCTTACTGAGATATTTCCTCAGATTGATGCACGAATGTTGAGAGC
TGTTGCAATTGAACACCCCAAGGATGTTGATGAGGCTGCTTCAGTGGTTCTCTCTGAGAT
CCTTCCCTCTCTTTCTACTCACTCTCGGAACAACAAGTCATCCC*AAGTGTTTCAGAGCG
TCAA***GAACGTGGTTTGCTTGCCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCAGAAACTATCCCCTT
GGCTATTGGTCCTGGCCACGGTACCAGTGCTCCAAGTACTAGATTGGTCTCTGATAGGAT
CTCGCCACCAATTGTTGGTCCTGGTGTTTTCCGGAAAGACGTTGAAAGTGAGGAGCAAGT
CCAGTCTTTAGAAAAGGCTCCTGACTATGATTTCTTTGGCAAGTCTTTTGATGTTCCCAT
CCTCCCAGAGGATGATCTTACCTCAGTGGTCCACGCTGTCCCACAAGAAA*CCTCAAGTC
TACTAGAGATTTTTGGCAAGAGCTTGGTTTTCATACGACTTGGAATCAAGCTGATTCAGT
CACAAGCGTTGGTTCACTGACTGCTGCACAGAAGGGATCATGTTTTGAAGTTGGGACTGG
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CGATCATGGCTAGTGAAAT

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1GO31TF 806 0 0
GGAAGCACACACTGACTTGTTCTTCTTCCCTCACAGCCACAGCTCTCGCGGACGATCTCT
CTCATTCATCCTGAATCCAAAATCTGGGATAGAGCTTCCTTCACTGCTGATGGGTTTCAC
TTCTGTTTATCGATCTCTTACTGAGATATTTCCTCAGATTGATGCACGAATGTTGAGAGC
TGTTGCAATTGAACACCCCAAGGATGCTGATGAGGCTGCTTCAGTGGTTCTCTCTGAGAT
CCTTCCCTCTCTTTCTACTCACTCTCGGAACAACAAGTCATCCCCAAGTGTTTCAGAGCG
TCAAGTAGAACGTGGTTTGCTTGCCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCAGAAACTATCCCCTT
GGTTATTGGTCCTGGCCACGGTACCAGTGCTCCAAGTACTAGATTGGTCTCTGATAGGAT
CTCGCCACCAATTGTTGGTCCTGGTGTTTTCCGGAAAGACGTTGAAAGTGAGGAGCAAGT
CCAGTCTTTAGAAAAGGCTCCTGACTATGATTTCTTTGGCAAGTCTTTTGATGTTCCCAT
CCTCCCAGAGGATGATCTTACCTCAGTGGTCCACGCTGTCCCACAAGAAAACCTCAAGTC
TACTAGAGATTTTTGGCAAGAGCTTGGTTTTCATACGACTTGGAATCAAGCTGATTCAGT
CACAAGCGTTGGTTCACTGACTGCTGCACAGAAGG*ATCATGTTTTGAAGTTGGGACTGG
GAGTACAAATGACAGCCGTCAAAGGTTCATTTGCCAGTGAAACGTGATACTGAATCAAAG
CGATCATGGCTAGTGAAATGGTGATA

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL3795Contig1 734 2 8 U
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CAAACACTCGTTCCTTGAATCGGGAAAGTTTCCCTAATCAGGGTTTAACAGGCAAAATTG
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GACATTTAGGGCAGTTGCAGGCGAAACCGTAATCTGCAAGTAATGCTTGTCTCTCTTTGT
ACGGAAGCTCCTCGTCTACATATGAAATTGTCACCTCTTCGTTCTTACTGATGCGTCTTA
ACGCAATAATAACTGCTTGTCCGTCTCTGTCCTCTTCTCTTTTGAAGGCTTTTGCATTAG
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CTGAATACTCATCACCAAGAGCATCTAGAAAGGGTCTTGTGATTTCCTCAGCTTCTTCCT
TTTCAGCGTCTGGAAGATCATCTATGTAAAAGAAATAGTCCTCTACTGGTGATGCTACCA
CCAAGTCTAGGTTATTAAGCTCAAACATGCCGATGATGTTCCCATATATTTCAAGCGAGA
ACAGTGGTTCACATTCTTTGTCAAATATGGCTGTCTTCAGAAGCTCCAAAGACGTGCATG
CAAGATCCTTTATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY26JQ U 1
AF RR1EA74TF C 86
BS 1 261 RR1GY26JQ
BS 262 262 RR1EA74TF
BS 263 568 RR1GY26JQ
BS 569 569 RR1EA74TF
BS 570 612 RR1GY26JQ
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BS 614 702 RR1GY26JQ
BS 703 734 RR1EA74TF

RD RR1GY26JQ 702 0 0
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GACATTTAGGGCAGTTGCAGGTGAAACCGTAATCTGCAAGTAATGCTTGTCTCTCTTTGT
ACGGAAGCTCCTCGTCTACATATGAAATTGTCACCTCTTCGTTCTTACTGATGCGTCTTA
ACGCAATAATAACTGCTTGTCCGTCTCTGTCCTCTTCTCTTTTGAAGGCTTTTGCATTAG
GGCAACATGAATGGTTCATACAGCTCTGCAGAGGGAAGAACGCCGTTCCTTGGCAACAGT
CTGAATACTCATCACCAAGAGCATCTAGAAAGGGTCTTGTGATTTCCTCAGCTTCTTCCT
TTTCAGCGTCTGGAAGATCATCTATGTACAAGAAATAGTCCTCTACTGGTGATGCTACCA
CCAAGTCTAGGT*ATTAAGCTCAAACATGCCGATGATGTTCCCATATATTTCAAGCGAGA
ACAGTGGTTCACATTCTTTGTCAAATATGGCTGTCTTCAGAA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1EA74TF 649 0 0
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AAAAACATAGAACTAGGCAACTGATGAATCTTCCAGACATTTAGGGCAGTTGCAGGCGAA
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AATTGTCACCTCTTCGTTCTTACTGATGCGTCTTAACGCAATAATAACTGCTTGTCCGTC
TCTGTCCTCTTCTCTTTTGAAGGCTTTTGCATTAGGGCAACATGAATGGTTCATACAGCT
CTGCAGAGGGAAGAACGCCGTTCCTTGGCAACAGTCTGAATACTCATCACCAAGAGCATC
TAGAAAGGGTCTTGTGATTTCCTCAGCTTCTTCCTTTTCAGCGTCTGGAAGATCATCTAT
GTAAAAGAAATAGTCCTCTACTGGTGATGCTACCACCAAGTCTAGGTTATTAAGCTCAAA
CATGCCGATGATGTTCCCATATATTTCAAGCGAGAACAGTGGTTCACATTCTTTGTCAAA
TATGGCTGTCTTCAGAAGCTCCAAAGACGTGCATGCAAGATCCTTTATC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL3796Contig1 1227 2 2 U
GGGTGTCTGCAACATTACCAAAACGAAACCTTCCCATTGGATTCCCACTACTTTTTCCTG
TTTTAAATTAATTCTTTTTTTGTCAGAAACAGAGAAATAAAATTGTTTAGTATTGTTCCT
TGTTTTGGTGTGAGATGGAAAGAGATTTTCTTGGTTTGAGCGACAAGCAGTATCTCAGCA
ACGTTAAACGCGAGGCTGGCGATGATCGTGTCGGAGAACTAGGGTTGAGCAAGAAGGCAG
CTAGACAATGGGGAAAGGCAAAGTTCTTGCCTAGTTCAAGTTTCATGCCTGCTGCTGCAG
ATTTTCAGGCGGGATCGTACCACTGGGGCCCAGTTTCTGCGGCCAGCAATCTCCGCATAA
GCCAATTAAGCGGTGGTGCGTTTCAGAACGCGAATCCGCTTTTACTTGGCGGATCAGTTC
CGTTAGCAAATCATTCTTCTTTCCATCCTGCCTTGAACTCGTCGGCTGATGCACGAGTGA
CTTCCTCAGGATCACTACCTCAGCTCACGATCTTCTATGGTGGAACTGTTAGCGTCTTTA
ATGATATATCTCCTGATAAGGCTCAAGCTATTATGTCATGTGCCCGGAACGGTTTGAAAG
GAAAAACTGGAGAGAGCAGCTTGAAGAAACCAGTTAGAGAAACTGAAAGAGTTTATGGAA
AACAAATCCATAACGCTACTGCTGCTGCAGCATCATCGAGCTCTGCCAGTTACGCTGAAA
GTTTCTCTAGGTGTAGAGACAGACCCGTTGGTACGACTAATGCAATGTGTATGATTGAAT
CATTCAACGCAGCAGGTCCTGGAAATATGATTCCTTCAGTTCCTCAAGCTCGTAAAGCAT
CGTTGGCTCGGTTCTTGGAGAAGCGCAAAGAGAGGCTCATGAGTGCACTACCGTACAAGA
AGATGCTTCTTGATTTGTCGACCGGAGAATCCAGTGGAATGAATTACTCTTCTGCTTCGC
ATACCTAAAACCTTTCTTATTCTTCCTTTTCTAAAACCACTCGGAGGTTTTATTACGATG
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GGATCACTTTATTATTTCAAACACTAACATATATTTTATATGTTTTCATGTCTGTTAAGA
ATAAAAACCACCATTGTTATTAATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FO35TF U 1
AF RR1FO35JQ C 557
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BS 719 1227 RR1FO35JQ

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A

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DS 

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TCAAACACTAACATATATTTTATATGTTTTCATGTCTGTTAAGAATAAAAACCACCATTG
TTATTAATGTT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 3

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CGCATGTGTTTGCACTGCAGCTTGGGTTTTCGTGTACCTCAAGGTACCGGAGACGAAGGG
AATGCCCCTTGAAGTTATCTCTGAGTTCTACTCTGTTGGTGCAAAACACCAAGACGCTGC
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AAAGGATGGATGCT


BQ
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AF RR1D935TF U 1
AF RR1D935JQ C 1
AF RR1BW19TF U 320
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CGCATGTGTTTGCACTGCAGCTTGG

QA 1 505 1 505
DS 

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TGTGCGTGGCCTCTGCATCACAATATGTGCGCTCACTTTCTGGATCTGCAACATCATCGT
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CGCATGTGTTTGCACTGCAGCTTGGGTTTTCGTGTACCTCAAGGTACCGGAGACGAAGGG
AATGCCCCTTGAAGTTATCTCTGAGTTCTACTCTGTTGGTGCAAAACACCAAGACGCTGC
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ATTAATAATACAACAAACCCTACCGCT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1BW19TF 715 0 0
GCCATCCCAAACATCCTCTGTTCAGAGATTTTCCCCACCTCTGTGCGTGGCCTCTGCATC
ACAATATGTGCGCTCACTTTCTGGATCTGCAACATCATCGTAACTTACACTCTCCCTGTC
ATGCTCAAGTCTCTAGGCCTTGCGGGAGTCTTTGGAATTTACGCATGTGTTTGCACTGCA
GCTTGGGTTTTCGTGTACCTCAAGGTACCGGAGACGAAGGGAATGCCCCTTGAAGTTATC
TCTGAGTTCTTCTCTGTTGGTGCAAAACACCAAGACGCTGCTAGCTTCGTTTCTCTCTGA
TGGGTTACTTTCTTTTCCAACTTTCTTGCTGTATGTTGAACATTAATAATACAACAAACC
CTACCGCTAGCTTGTGGCTCCATAATGCAGGCTACATAGAGGCTTTCTTGGATTGTTGAT
CTGTAGCCGAAAATGGGGAGATGTTCTCTTTAATAACAATGGATGAGATTCAGAGTTTTT
TTATTTTAGTGTTGTACATCTTTAAAATCACCCATAAAATTAAATACAAATAGGTTTGAT
CTCAAGTGAATCATCAAAGAGGGGATAAGTACATACTAGAGCCACTATGAGGTCTCTCTG
GTGCATAGGAAACACTTAACCAATTAGTTTAGATATCTTCAAGCTGCCTTTCTCTAGAGG
ACGAGCCTTGACGTCTTCTTCTTTCTCTTTCACAAAGAGAGAAAGGATGGATGCT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL3798Contig1 690 2 10 U
GGGGATTTGGTAAAAGAGGAATTGAGCGAATAGGTTGATTGATTGATTGAGAAAGTAGTA
ATGGGAAGCGCACCAGCACAGATTCCGACTAGCTTCGGCCATGAGCTTAGGGCTTGTCTT
CGCTGCCGACTCGTCAAGACCTATGACCAGTTCAGGGACGCAGGGTGCGAGAATTGTCCG
TTCTTCAAGATGGAAGAGGATCACGAGCGTATCGTCGAAGTCACTACTCCTAATTTCAAT
GGCATAATATCTGTGATGGATCCAAGTAGAAGCTGGGCGGCTAGGTGGTTAAGAATCGGG
AAGTTTGCTCCCGGTTGCTACACTCTCGCTGTCTCCGAGCCACTCACAGAGGAAATGCAG
CACATATGCCAAGAAGAGCGTGTACAATACGTTCCTCCGAAACGCATGTAAAAGCAAATA
CATCAAGACAAAGAACGCAAGTAGTACTCTTTCTTATGTTTAGCTTCATGTTAACAATAC
CAGGTGCTTATATGTGTCTTCATGTTGACAGTTTCCAAGATGTCGTTGCTTCTTTGAGTA
CCTTAGGTTTCCATCTATGTAAGGTCGTTATGTATAACTTTTGAACTTCCCGACCAAATG
CTTCTCTGAGAGAACGTTTTGTTAGGAAAAGTGTAAAAACATCAGTACGAAAGCCAACTC
TAAGCTTCTTGGATTATAAAACGTTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CL83TF U 1
AF RR1D242TF U 158
BS 1 311 RR1CL83TF
BS 312 312 RR1D242TF
BS 313 338 RR1CL83TF
BS 339 339 RR1D242TF
BS 340 419 RR1CL83TF
BS 420 420 RR1D242TF
BS 421 638 RR1CL83TF
BS 639 639 RR1D242TF
BS 640 666 RR1CL83TF
BS 667 690 RR1D242TF

RD RR1CL83TF 672 0 0
GGGGATTTGGTAAAAGAGGAATTGAGCGAATAGGTTGATTGATTGATTGAGAAAGTAGTA
ATGGGAAGCGCACCAGCACAGATTCCGACTAGCTTCGGCCATGAGCTTAGGGCTTGTCTT
CGCTGCCGACTCGTCAAGACCTATGACCAGTTCAGGGACGCAGGGTGCGAGAATTGTCCG
TTCTTCAAGATGGAAGAGGATCACGAGCGTATCGTCGAAGTCACTACTCCTAATTTCAAT
GGCATAATATCTGTGATGGATCCAAGTAGAAGCTGGGCGGCTAGGTGGTTAAGAATCGGG
AAGTTTGCTCCTGGTTGCTACACTCTCGCTGTCTCCGATCCACTCACAGAGGAAATGCAG
CACATATGCCAAGAAGAGCGTGTACAATACGTTCCTCCGAAACGCATGTAAAAGCAAATC
CATCAAGACAAAGAACGCAAGTAGTACTCTTTCTTATGTTTAGCTTCATGTTAACAATAC
CAGGTGCTTATATGTGTCTTCATGTTGACAGTTTCCAAGATGTCGTTGCTTCTTTGAGTA
CCTTAGGTTTCCATCTATGTAAGGTCGTTATGTATAACTTTTGAACTTCCCGACCAAATG
CTTCTCTGAGAGAACGTTTTGTTAGGAAAAGTGTAAAA*CATCAGTACGAAAGCCAACTC
TAAGCT
TCTTGG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1D242TF 533 0 0
ACGCAGGGTGCGAGAATTGTCCGTTCTTCAAGATGGAAGAGGATCACGAGCGTATCGTCG
AAGTCACTACTCCTAATTTCAATGGCATAATATCTGTGATGGATCCAAGTAGAAGCTGGG
CGGCTAGGTGGTTAAGAATCGGGAAGTTTGCTCCCGGTTGCTACACTCTCGCTGTCTCCG
AGCCACTCACAGAGGAAATGCAGCACATATGCCAAGAAGAGCGTGTACAATACGTTCCTC
CGAAACGCATGTAAAAGCAAATACATCAAGACATAGAACGCAAGTAGTACTCTTTCTTAT
GTTTAGCTTCATGTTAACAATACCAGGTGCTTATATGTGTCTTCATGTTGACAGTTTCCA
AGATGTCGTTGCTTCTTTGAGTACCTTAGGTTTCCATCTATGTAAGGTCGTTATGTATAA
CTTTTGAACTTCCCGACCAAATGCTTCTCTGAGAGAACGTTTTGTTAGGAAAAGTGTAAA
AACATCAGTACGAAAGCCAACTCTAAGCTTCTTGGATTATAAAACGTTTTGCC

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 3

CO CL3799Contig1 617 3 4 U
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AGGTTACACATAGATTGAGAAGCAACAAGTCACGAGTTATAAAAAGAGAAAACGAGACTA
GAAACAAAGTGTGTAATCATGCTTCAACCTTCTGAGATTTGTTCCAGCGACCACCGGGGG
AATCAGATCCCCTCTTTCTCCCGAATCTTCCTCCTCGTTTTCCTCCCCTTCCTCCACGGC
CACCCTTGTCAAACCTGTCTTTGCTGCGAAGAAGACCCCAGTACTCCTTTTCAGCTTCGC
CTGTAAGAGGTTCTAGGACAGCTATAAAATTCTTCACGGCTAGTCCGCCTTCTTTAGCTA
ATACTGCAGCAGCACGGGCTTTCTGGGATGCTTCTGGTTCATCAAACCTTAGGTAACCCG
TCTCAGATCCCATCTTGAAATCAACAAACTTGACATCACCGAATTTTCCAAAAACGGCCT
TAAGATCCTCACGCAAGACAACATCTTTATTATCCTTATGGGTAGCTAGAGCACCACCCT
TTTCTTCTTTCTCACCATCATCATCTTCCCCCTCTGTTCCTTGTCCCCGTGACTTGTCAG
TGTTTTCTTTATCCGCA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DE71JQ U 1
AF RR1DG32JQ U 1
AF RR1E331JQ U 1
BS 1 308 RR1DE71JQ
BS 309 587 RR1DG32JQ
BS 588 588 RR1E331JQ
BS 589 617 RR1DG32JQ

RD RR1DE71JQ 308 0 0
GACTTAATAGTTATAGCATCACAACATGTAACAAGTAGATGATAAAAGGTTTCGGCTGTG
AGGTTACACATAGATTGAGAAGCAACAAGTCACGAGTTATAAAAAGAGAAAACGAGACTA
GAAACAAAGTGTGTAATCATGCTTCAACCTTCTGAGATTTGTTCCAGCGACCACCGGGGG
AATCAGATCCCCTCTTTCTCCCGAATCTTCCTCCTCGTTTTCCTCCCCTTCCTCCACGGC
CACCCTTGTCAAACCTGTCTTTGCTGCGAAGAAGACCCCAGTACTCCTTTTCAGCTTCGC
CTGTAAGA

QA 1 308 1 308
DS 

RD RR1DG32JQ 617 0 0
GACTTAATAGTTATAGCATCACAACATGTAACAAGTAGATGATAAAAGGTTTCGGCTGTG
AGGTTACACATAGATTGAGAAGCAACAAGTCACGAGTTATAAAAAGAGAAAACGAGACTA
GAAACAAAGTGTGTAATCATGCTTCAACCTTCTGAGATTTGTTCCAGCGACCACCGGGGG
AATCAGATCCCCTCTTTCTCCCGAATCTTCCTCCTCGTTTTCCTCCCCTTCCTCCACGGC
CACCCTTGTCAAACCTGTCTTTGCTGCGAAGAAGACCCCAGTACTCCTTTTCAGCTTCGC
CTGTAAGAGGTTCTAGGACAGCTATAAAATTCTTCACGGCTAGTCCGCCTTCTTTAGCTA
ATACTGCAGCAGCACGGGCTTTCTGGGATGCTTCTGGTTCATCAAACCTTAGGTAACCCG
TCTCAGATCCCATCTTGAAATCAACAAACTTGACATCACCGAATTTTCCAAAAACGGCCT
TAAGATCCTCACGCAAGACAACATCTTTATTATCCTTATGGGTAGCTAGAGCACCACCCT
TTTCTTCTTTCTCACCATCATCATCTTCCCCCTCTGTTCCTTGTCCCTGTGACTTGTCAG
TGTTTTCTTTATCCGCA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1E331JQ 617 0 0
GACTTAATAGTTATAGCATCACAACATGTAACAAGTAGATGATAAAAGGTTTCGGCTGTG
AGGTTACACATAGATTGAGAAGCAACAAGTCACGAGTTATAAAAAGAGAAAACGAGACTA
GAAACAAAGTGTGTAATCATGCTTCAACCTTCTGAGATTTGTTCCAGCGACCACCGGGGG
AATCAGATCCCCTCTTTCTCCCGAATCTTCCTCCTCGTTTTCCTCCCCTTCCTCCACGGC
CACCCTTGTCAAACCTGCCTTTGCTGCGAAGAAGGCCCCAGTACTCCTTTTCAGCTTCGC
CTGTAAGAGGTTCTAGGACAGCTATAAAATTCTTCACGGCTAGTCCGCCTTCTTTAGCTA
ATACTGCAGCAGCA**GGCTTTCTGGGATGCTTCTGGTTCATCAAACCTTAGGTAACCCG
TCTCAGATCCCATCTTGAAATCAACAAACTTGACATCACCGAATTTTCCAAAAACGGCCT
TAAGATCCTCACGCAAGACAACATCTTTATTATCCTTATGGGTAGCTAGAGCACCACCCT
TTTCTTCTTTCTCACCATCATCATCTTCCCCCTCTGTTCCTTGTCCCCGTGACTTGTCAG
TGTTTTCTTTATCCGCA

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 3

CO CL3800Contig1 660 3 1 U
CCGAAACTAGATTAAGAACATAATAATATCCAAGGAAACAAAATTGAAAATTCTAAAACT
TCAACGAACAGAAGACGATAACAAAAAAGAAAGAAACAGTTTGATAGATGTCTAAAGAGT
GATCCAAAGGACAGGAAAAGGAAAGGAGAATGACACTTATTGAAGTGGGGAGGAAACTTG
CATTCATTCTTGGACGACTTCTTCAGTGACGTCAATAACATCCTCAAACTCAACTTCTTT
GACTTCTTTGGCTTCATCCTCTTCTTCTTCCTCATCACTGATTTCTCCATCCCTGAGGTT
TTGCCTCGCAAGTTTCTCCTCTTCCTGCAGCGACTTCCACTGCTTCACCCATTTCTCCCA
CTCTTCCTTCAACGCCTTCCTCTTCTCCCTGTCTTGTTCACTCAAGAGCAACGACACGTC
CTGATCCTCTAACTCGTACTTCTTGCTGTACTTCTTCAGGTTCTTTGCTATCTCTTCTTC
CTTCTCTGGAGACAAGAATGATGGAGGTCTTGGGCGCCATGCCAACTGGAAGAAATGATC
CTTCAGATTCCGGTAAAGCAATTTATGACGCAAAGAAGCAGAAGCACAATGAAAGCTTGA
CTTAGCCGTGCCTGTGAAGAACTCATCTCTCATCTCTTTTTTCTCTCTCTCTCTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1DG26JQ U 151
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CGACTTCCACTGCTTCACCCATTTCTCCCACTCTTCCTTCAACGCCTTCCTCTTCTCCCT
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CTTCTTCAGGTTCTTTGCGATCTCTTCTTCCTTCTCTGGAGAC

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DS 

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GATCCAAAGGACAGGAAAAGGAAAGGAGAATGACACTTATTGAAGTGGGGAGGAAACTTG
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GACTTCTTTGGCTTCATCCTCTTCTTCTTCCTCATCACTGATTTCTCCATCCCTGAGGTT
TTGCCTCGCAAGTTTCTCCTCTTCCTGCAGCGACTTCCACTGCTTCACCCATTTCTCCCA
CTCTTCCTTCAACGCCTTCCTCTTCTCCCTGTCTTGTTCACTCAAGAGCAACGACACGTC
CTGATCCTCTAACTCGTACTTCTTGCTGTACTTCTTCAGGTTCTTTGCTATCTCTTCTTC
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CTTAGCCGTGCCTGTGAAGAACTCATCTCTCATCTCTTTTTTCTCTCTCTCTCTTTTTCC

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CATTCTTGGACGACTTCTTCAGTGACGTCAATAACATCCTCAAACTCAACTTCTTTGACT
TCTTTGGCTTCATCCTCTTCTTCTTCCTCATCACTGATTTCTCCATCCCTGAGGTTTTGC
CTCGCAAGTTTCTCCTCTTCCTGCAGCGACTTCCACTGCTTCACCCATTTCTCCCACTCT
TCCTTCAACGCCTTCCTCTTCTCCCTGTCTTGTTCACTCAAGAGCAACGACACGTCCTGA
TCCTCTAACTCGTACTTCTTGCTGTACTTCTTCAGGTTCTTTGCTATCTCTTCTTCCTTC
TCTGGAGACAAGAATGATGGAGGTCTTGGGCGCCATGCCAACTGGAAGAAATGATCCTTC
AGATTCCGGTAAAGCAATTTATGACGCAAAGAAGCAGAAGCACAATGAAAGCTTGACTTA
GCCGTGCCTGTGAAGAACTCATCTCTCATCTCTTTTTTCTCTCTCTCTCTTTTTCC

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

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TCTTCTTACAATATCCAATTTCTTTTAGGATCACAGAAGATACTTGGCGGAGCGCGAGTT
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TAAGTTCTCTGATGGGATAGAAGATAGAGTTGTGGTGGGGAGCCTTGACCTCAACCAATG
CCGTTGGCTTCCTGATGAAATCGCTGGTACAAAACCAGAGGGGATTAGTGTGGATTTTGC
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TATTTCAAGGTTGTAATGTTTTCTTTCTTGTCTTAAAATCAATTCCTTGCAC


BQ
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AF RR1BY25TF U 1
AF RR1BY25JQ C 227
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AGAGAGTGCTGAGCCG

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DS 

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GACCTCAACCAATGCCGTTGGCTTCCTGATGAAATCGCTGGTACAAAACCAGAGGGGATT
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TTGCAC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 3

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AGTAAGGCTCGTAAAGCTCAACGAGTCGCATAGCTAGCTTGAGTTTGCGGCTAAGGTCAT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR53JQ U 59
AF RR1GR53TF C 59
AF RR1D325JQ U 1
BS 1 63 RR1D325JQ
BS 64 64 RR1GR53JQ
BS 65 110 RR1D325JQ
BS 111 111 RR1GR53JQ
BS 112 249 RR1D325JQ
BS 250 250 RR1GR53JQ
BS 251 326 RR1D325JQ
BS 327 327 RR1GR53JQ
BS 328 766 RR1D325JQ

RD RR1GR53JQ 469 0 0
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GAACTCCTTTCAATACTTCATCACAATACGATTTTATTAGTATTCAAGCACATACTTATT
ATAAATTTATTGTTTAAGGACATAGGTGATGAGACCAGGAATGTGTATGTTTGCGATATA
ATCGTCCCAGTCGATGGACTTGGGATCAAATTCAAACGATCCATCCATCTCTTTGATGTT
CTCTTTTCTTCTTATTCGCAGTCTTTCGATATTTAAATCATCAAATATGCCCTTGAAGAG
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ATTGTATTTATCTCCTTCACTCCATGGATAAATTATATTAATCAATCGAAGTATCTGTAG
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C

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR1GR53TF 469 0 0
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GAACTCCTTTCAATACTTCATCACAATACGATTTTATTAGTATTCAAGCACATACTTATT
ATAAATTTATTGTTTAAGGACATAGGTGATGAGACCAGGAATGTGTATGTTTGCGATATA
ATCGTCCCAGTCGATGGACTTGGGATCAAATTCAAACGATCCATCCATCTCTTTGATGTT
CTCTTTTCTTCTTATTCGCAGTCTTTCGATATTTAAATCATCAAATATGCCCTTGAAGAG
TAAGTAAGGCTCGTAAAGCTCAACGAGTCGCATAGCTAGCTTGAGTTTGCGGCTAAGGTC
ATTGTATTTATCTCCTTCACTCCATGGATAAATTATATTAATCAATCGAAGTATCTGTAG
AGGAAGCTTGTAACGAAGGGTCATGTAGAGGCTGAATTGAGCCATGGT
C

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR1D325JQ 766 0 0
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GACGTATAATCATATTCATACAATGCGTTGGTATATAAACATATTACACACGAGTTTCGA
ACTCCTTTCAATACTTCATCACAATACGATTTTATTAGTATTCAAGCACATACTTATTAT
AAATTTATTGTTTAAGGACATAGGTGATGAGACCAGGAATGTGTATGTTTGCGATATAAT
CGTCCCAGTTGATGGACTTGGGATCAAATTCAAACGATCCATCCATCTCTTTGATGTTCT
CTTTTCTTCTTATTCGCAGTCTTTCGGTATTTAAATCATCAAATATGCCCTTGAAGAGTA
AGTAAGGCTCGTAAAGCTCAACGAGTCGCATAGCTAGCTTGAGTTTGCGGCTAAGGTCAT
TGTATTTATCTCCTTCACTCCATGGATAAATTATATTAATCAATCGAAGTATCTGTAGAG
GAAGCTTGTAACGAAGGGTCATGTAGAGGCTGAATTGAGCCATGGTGGGTAGAATCGTTC
CTTTTGACACTATGATTGGTGAGCCATTGCGAGCAACCAGAGGCTTTTTAGTGAAGTAAC
GAGCCGCGTTCTCATGGGGTTGTCCAAACGTGATGGGATTCTGAAAAGAAGAGCCGACAT
GGTATATGGTCTGGATCCCGGTTTCTCCAGAGTGAGCTGTTGCGGTTGCGATCATCGCGT
TTACCACCATGTCTGCTGGTATAAGGTCAAAGAATGAGTTTGAATC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL3803Contig1 700 2 4 U
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TGTGATGAGACCAGAGCTTGTGATGAAATCGATTGTTCCGGTGGTCATGGCTGGTGTGTT
AGGTATTTACGGTCTCATCATAGCTGTCATCATCAGTACCGGAATCAACCCGAAGGCCAA
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CGGTCTCTCCGCCGGTATGGCTATCGGAATCGTCGGCGATGCCGGTGTCAGAGCGAATGC
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GCTTTACGGTCTTATTGTTGGTATCATCCTTTCTTCTCGTGCTGGTCAGTCTAGAGCCGT
GTGAACCAACCCCAGAAAATCTCTTTTCTCATGTGCTAAATTCCCTGTAATGTTTTTTGA
TATATTTTCACTTCCAATATTCCTGGCATTGCGAGTTTCTCATGTAAAAACAAGCTAAAT
CACTTGATTTTGGTTCTAAATGTTATTTTTTTCCTTTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CI05TF U 1
AF RR1CI05JQ C 98
BS 1 649 RR1CI05TF
BS 650 650 RR1CI05JQ
BS 651 685 RR1CI05TF
BS 686 700 RR1CI05JQ

RD RR1CI05TF 685 0 0
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CTCCTGCATGGGAGCAGCGTACGGGACGGCAAAGAGCGGGGTTGGCGTGGCGTCGATGGG
TGTGATGAGACCAGAGCTTGTGATGAAATCGATTGTTCCGGTGGTCATGGCTGGTGTGTT
AGGTATTTACGGTCTCATCATAGCTGTCATCATCAGTACCGGAATCAACCCGAAGGCCAA
GTCTTACTATCTCTTCGATGGCTATGCTCATCTCTCTTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTCGC
CGGTCTCTCCGCCGGTATGGCTATCGGAATCGTCGGCGATGCCGGTGTCAGAGCGAATGC
GCAACAACCAAAGCTGTTTGTGGGAATGATTCTGATTCTCATCTTTGCTGAAGCACTTGC
GCTTTACGGTCTTATTGTTGGTATCATCCTTTCTTCTCGTGCTGGTCAGTCTAGAGCCGT
GTGAACCAACCCCAGAAAATCTCTTTTCTCATGTGCTAAATTCCCTGTAATGTTTTTTGA
TATATTTTCACTTCCAATATTCCTGGCATTGCGAGTTTCTCATGTAAAA*CAAGCTAAAT
CACTTGATTTTGGTTCTAAATGTTA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1CI05JQ 603 0 0
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GGGGTTGGCGTGGCGTCGATGGGTGTGATGAGACCAGAGCTTGTGATGAAATCGATTGTT
CCGGTGGTCATGGCTGGTGTGTTAGGTATTTACGGTCTCATCATAGCTGTCATCATCAGT
ACCGGAATCAACCCGAAGGCCAAGTCTTACTATTTCTTCGATGGCTATGCTCATCTTTCT
TCCGGTCTCGCTTGTGGTCTCGCCGGTCTCTCCGCCGGTATGGCTATCGGAATCGTCGGC
GATGCCGGTGTCAGAGCGAATGCGCAACAACCAAAGCTGTTTGTGGGAATGATTCTGATT
TTCATCTTTGCTGAAGCACTTGCGCTTTACGGTCTTATTGTTGGTATCATCCTTTCTTCT
CGTGCTGGTCAGTCTAGAGCCGTGTGAACCAACCCCAGAAAATCTCTTTTTTCATGTGCT
AAATTCCCTGTAATGTTTTTTGATATATTTTCACTTCCAATATTCCTGGCATTGCGAGTT
TCTCATGTAAAAACAAGCTAAATCACTTGATTTTGGTTCTAAATGTTATTTTTTTCCTTT
AAT

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 3

CO CL3804Contig1 469 3 5 U
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AAATACTTTCATACTTCTATTATCTAACGTTAAATAATGAATAACAATCTCTACTCCATG
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CCCTTATTATTAATAGAGGAGCAAATAATAAGAACAACCTTAAAAGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1C092TF U 1
AF RR1GM29JQ C 7
AF RR1GM29TF U 7
BS 1 24 RR1C092TF
BS 25 25 RR1GM29TF
BS 26 146 RR1C092TF
BS 147 147 RR1GM29TF
BS 148 469 RR1C092TF

RD RR1C092TF 469 0 0
GGATAAACACACTGAACATTTATCGAAAAAACACACTAAACATTTATTTACAGAAAATTG
TTACAATGTCAACATCTAAAATTACTATTTTTTGTATTGTCTTACTTTTTTTCACTAGTT
TTCATGAATGTGCCAACCTGAAAAAA*CTACTGCAGCATGCCTCTCTAGACCACAACATA
AAGATTGGTGCTGCAACGTGGGACATAAGCAGTGCCGAATCGCCAAATCTGAATGCGAGA
GAATTTGTATCCAGGGGCGCACTTGAATTTTCAGAAGAGTATTTTTATAATTATATATTC
AAATACTTTCATACTTCTATTATCTAACGTTAAATAATGAATAACAATCTCTACTCCATG
TGAGGAGCTAGTATTAAGTGTAAGAAAATTTTTTTTCCAAGAGCGCTCTCTCTCTATATC
CCCTTATTATTAATAGAGGAGCAAATAATAAGAACAACCTTAAAAGAGT

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR1GM29JQ 463 0 0
GG
ACACTGAACATTTATCAAAAAAACACACTAAACATTTATTTACAGAAAATTGTTACAATG
TCAACATCTAAAATTACTATTTTTTGTATTGTCTTACTTTTTTTCACTAGTTTTCATGAA
TGTGCCAACCTGAAAAAAACTACTGCAGCATGCCTCTCTAGACCACAACATAAAGATTGG
TGCTGCAACGTGGGACATAAGCAGTGCCGAATCGCCAAATCTGAATGCGAGAGAATTTGT
ATCCAGGGGCGCACTTGAATTTTCAGAAGAGTATTTTTATAATTATATATTCAAATACTT
TCATACTTCTATTATCTAACGTTAAATAATGAATAACAATCTCTACTCCATGTGAGGAGC
TAGTATTAAGTGTAAGAAAATTTTTTTTCCAAGAGCGCTCTCTCTCTATATCCCCTTATT
ATTAATAGAGGAGCAAATAATAAGAACAACCTTAAAAGAG
C

QA 3 462 3 462
DS 

RD RR1GM29TF 463 0 0
GG
ACACTGAACATTTATCAAAAAAACACACTAAACATTTATTTACAGAAAATTGTTACAATG
TCAACATCTAAAATTACTATTTTTTGTATTGTCTTACTTTTTTTCACTAGTTTTCATGAA
TGTGCCAACCTGAAAAAAACTACTGCAGCATGCCTCTCTAGACCACAACATAAAGATTGG
TGCTGCAACGTGGGACATAAGCAGTGCCGAATCGCCAAATCTGAATGCGAGAGAATTTGT
ATCCAGGGGCGCACTTGAATTTTCAGAAGAGTATTTTTATAATTATATATTCAAATACTT
TCATACTTCTATTATCTAACGTTAAATAATGAATAACAATCTCTACTCCATGTGAGGAGC
TAGTATTAAGTGTAAGAAAATTTTTTTTCCAAGAGCGCTCTCTCTCTATATCCCCTTATT
ATTAATAGAGGAGCAAATAATAAGAACAACCTTAAAAGAG
C

QA 3 462 3 462
DS 



AS 1 3

CO CL3805Contig1 652 3 8 U
GGAACGAACACGATCTAAAACATTTGAGTCATTCATCAAAGCATCTCTCTCTCTTCTCTT
TCTCTCCAATCTCGCAAAACCAGAAGACAGATCTTAAAACATGGAGTCAACGGGTAATCA
TGGAGGGATCCAGCAACTGCTTGCTGCTGAACAGGAAGCTCAGCAAATTGTTAATGCTGC
TAGGACCGCAAAAATGGCGAGACTGAAGCAAGCCAAGGAAGAAGCTGAAACAGAGATTGC
TGAGCACAAAACCAGTACTGAGCATGGTTTCCAGAGGAAACTCGAAGAGACCAGTGGAGA
TTCAGGTGCAAACGTGAAGAGGCTTGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAGCAGTTGAA
GAACGAAGCTTCCAGGATTTCCAGAGATGTTGTGGACATGCTTCTCAAACATGTCACCAC
TGTCAACAACTGATGATATATATACACCATCATCGTCTTTAAGATGGTGTGAATTGTTAT
TTTGAGTGGATTTATTCATTCGTTTCTTTTACTTGTTTGGTGAATTCCGGGCTTCATTCA
ACTGTTGTTGCTATTGATTTTCAGTTTCAGCCTTGAGTTGTTGTATTCATCTCTCCAGAA
GACTTGACTTTTTGTGTTTGTAATATTCAGAATAAAGGGAACCCCATTGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CC39TF U 1
AF RR1G730TF U 24
AF RR1G730JQ C 57
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BS 278 278 RR1G730TF
BS 279 522 RR1CC39TF
BS 523 523 RR1G730TF
BS 524 531 RR1CC39TF
BS 532 532 RR1G730TF
BS 533 612 RR1CC39TF
BS 613 652 RR1G730TF

RD RR1CC39TF 618 0 0
GGAACGAACACGATCTAAAACATTTGAGTCATTCATCAAAGCATCTCTCTCTCTTCTCTT
TCTCTCCAATCTCGCAAAACCAGAAGACAGATCTTAAAACATGGAGTCAACGGGTAATCA
TGGAGGGATCCAGCAACTGCTTGCTGCTGAACAGGAAGCTCAGCAAATTGTTAATGCTGC
TAGGACCGCAAAAATGGCGAGACTGAAGCAAGCCAAGGAAGAAGCTGAAACAGAGATTGC
TGAGCACAAAACCAGTACTGAGCATGGTTTCCAGAGGGAACTCGAAGAGACCAGTGGAGA
TTCAGGTGCAAACGTGAAGAGGCTTGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAGCAGTTGAA
GAACGAAGCTTCCAGGATTTCCAGAGATGTTGTGGACATGCTTCTCAAACATGTCACCAC
TGTCAACAACTGATGATATATATACACCATCATCGTCTTTAAGATGGTGTGAATTGTTAT
TTTGAGTGGATTTATTCATTCGTTTCTTTTACTTGTTTGGTGGATTCCGGGTTTCATTCA
ACTGTTGTTGCTATTGATTTTCAGTTTCAGCCTTGAGTTGTTGTATTCATCTCTCCAGAA
GACTTGACTTTT
GTGTTT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1G730TF 629 0 0
GG
GAGTCATTCATCAAAGCATCTCTCTCTCTTCTCTTTCTCTCCAATCTCGCAAAACCAGAA
GACAGATCTTAAAACATGGAGTCAACGGGTAATCATGGAGGGATCCAGCAACTGCTTGCT
GCTGAACAGGAAGCTCAGCAAATTGTTAATGCTGCTAGGACCGCAAAAATGGCGAGACTG
AAGCAAGCCAAGGAAGAAGCTGAAACAGAGATTGCTGAGCACAAAACCAGTACTGAGCAT
GGTTTCCAGAGGAAACTCGAAGAGACCAGTGGAGATTCAGGTGCAAACGTGAAGAGGCTT
GAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAGCAGTTGAAGAACGAAGCTTCCAGGATTTCCAGA
GATGTTGTGGACATGCTTCTCAAACATGTCACCACTGTCAACAACTGATGATATATATAC
ACCATCATCGTCTTTAAGATGGTGTGAATTGTTATTTTGAGTGGATTTATTCATTCGTTT
CTTTTACTTGTTTGGTGAATTCCGGGCTTCATTCAACTGTTGTTGCTATTGATTTTCAGT
TTCAGCCTTGAGTTGTTGTATTCATCTCTCCAGAAGACTTGACTTTTTGTGTTTGTAATA
TTCAGAATAAAGGGAACCCCATTGGAT

QA 3 629 3 629
DS 

RD RR1G730JQ 596 0 0
TCTTTCTCTCCAATCTCGCAAAACCAGAAGACAGATCTTAAAACATGGAGTCAACGGGTA
ATCATGGAGGGATCCAGCAACTGCTTGCTGCTGAACAGGAAGCTCAGCAAATTGTTAATG
CTGCTAGGACCGCAAAAATGGCGAGACTGAAGCAAGCCAAGGAAGAAGCTGAAACAGAGA
TTGCTGAGCACAAAACCAGTACTGAGCATGGTTTCCAGAGGAAACTCGAAGAGACCAGTG
GAGATTCAGGTGCAAACGTGAAGAGGCTTGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAGCAGT
TGAAGAACGAAGCTTCCAGGATTTCCAGAGATGTTGTGGACATGCTTTTCAAACATGTCA
CCACTGTCAACAACTGATGATATATATACACCATCATCGTCTTTAAGATGGTGTGAATTG
TTATTTTGAGTGGATTTATTCATTCGTTTCTTTTACTTGTTTGGTGAATTCCGGGCTTCA
TTCAACTGTTGTTGCTATTGATTTTCAGTTTCAGCCTTGAGTTGTTGTATTCATCTCTCC
AGAAGACTTGACTTTT*GTGTTTGTAATATTCAGAATAAAGGGAACCCCATTGGAT

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 3

CO CL3806Contig1 1066 3 11 U
GGATTTAGAATTGAGATCCGACCCCAAAGGTTTCTTTCTTTTTAGCAATACACAAAAGCT
ATGCTCATCTTAAAAAGGGTCTCTTCTTCTTCGGTTATACTTCTCAGATCTCCATCTCTC
TCTCTCCCCTTTCACGGATCCTCTGTTTTGGTAGAAGATGGGTGTTGAGGTTGTAACTTC
CGGTGGATTCGAGGTTGCTCCAGCTCCTTTCGAGGGAAAGCCTGAGACGAACGGGAAGGT
GGAAAAGGTCTCCTTCAAGTTTGGTTCACACGGTGAGCCGCCAAAGAAGGCTGAAGAGAC
TAGCAGTAGTACTAGTACTAGTAGCAACAAGATCATCTCCTCTGATGTACCGAAAGATGC
AGCAGAAGAGTGGCCTGCTGCTAAGCAGATCCGCTCCTTCTACTTTGTCAAGTACCGTCA
CTTCGACGACCCCAAGATCAAGGCTAAGCTTGAGGTGGCTGATAAGGAGTTTGAGAAGCT
GAAAAAGGCTCGAAGTGCAGTCATTGAAGACTTGAAAGCTAAGAAGGCGGAGAGATCCAA
GTTGTTTGACATGTTGGACCCGTTGAAGTCAGAGCGTCAAAGGTTCAACAACAAGTTCGA
TGAAAAACGAAAAGAGATGGAACCGTTGCAGCAAGCACTTGGGAAGCTAAGAGGCAATGA
TGGTGGGAGTTCCCGTGGGCCTGTTATCTGTTCTTCCCAGGAAGAGCTCAACAGTATGAT
ATACAGCTACGAGTACAGGATTCAACACGAGAGCATTCCGTCGACAGAGGAGAAGAAGAT
TCTTAAAGAGATCAGGCTGCTTGAAGGGACAAGAGATAAAGTCATTGCTAATGAGGCTGT
GAGAGCCAAGATCAAAGAAGCTATGGGTCATAAAGATGATATCCAAGATCAAGTTAAGGT
AATAAGAGAAGTCATGGGATTGGAGTGGGAGTACTACTCTTGGCTTATCTTGTTAGTTTC
ATATGTGATGCTTCAATACTATTAAAGTTGCAGTATGACCAGTTGATAAAAGGTTGTGTC
CAACTATTATTATTCTCTTTATATAAAGGTATCTAATTTTATTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GL53TF U 1
AF RR1A959TF U 118
AF RR1GL53JQ C 476
BS 1 303 RR1GL53TF
BS 304 304 RR1A959TF
BS 305 697 RR1GL53TF
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BS 699 702 RR1GL53TF
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BS 704 710 RR1GL53TF
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BS 712 734 RR1GL53TF
BS 735 920 RR1A959TF
BS 921 1066 RR1GL53JQ

RD RR1GL53TF 734 0 0
GGATTTAGAATTGAGATCCGACCCCAAAGGTTTCTTTCTTTTTAGCAATACACAAAAGCT
ATGCTCATCTTAAAAAGGGTCTCTTCTTCTTCGGTTATACTTCTCAGATCTCCATCTCTC
TCTCTCCCCTTTCACGGATCCTCTGTTTTGGTAGAAGATGGGTGTTGAGGTTGTAACTTC
CGGTGGATTCGAGGTTGCTCCAGCTCCTTTCGAGGGAAAGCCTGAGACGAACGGGAAGGT
GGAAAAGGTCTCCTTCAAGTTTGGTTCACACGGTGAGCCGCCAAAGAAGGCTGAAGAGAC
TAGTAGTAGTACTAGTACTAGTAGCAACAAGATCATCTCCTCTGATGTACCGAAAGATGC
AGCAGAAGAGTGGCCTGCTGCTAAGCAGATCCGCTCCTTCTACTTTGTCAAGTACCGTCA
CTTCGACGACCCCAAGATCAAGGCTAAGCTTGAGGTGGCTGATAAGGAGTTTGAGAAGCT
GAAAAAGGCTCGAAGTGCAGTCATTGAAGACTTGAAAGCTAAGAAGGCGGAGAGATCCAA
GTTGTTTGACATGTTGGACCCGTTGAAGTCAGAGCGTCAAAGGTTCAACAACAAGTTCGA
TGAAAAACGAAAAGAGATGGAACCGTTGCAGCAAGCACTTGGGAAGCTAAGAGGCAATGA
TGGTGGGAGTTCCCGTGGGCCTGTTATCTGTTCTTCC*AGGA*GAGCTCA*CAGTATGAT
ATACAGCTACGAGT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1A959TF 803 0 0
CTCTCTCTCCCCTTTCACGGATCCTCTGTTTTGGTAGAAGATGGGTGTTGAGGTTGTAAC
TTCCGGTGGATTCGAGGTTGCTCCGGCTCCTTTCGAGGGAAAGCCTGAGACGAACGGGAA
GGTGGAAAAGGTCTCCTTCAAGTTTGGTTCACACGGTGAGCCGCCAAAGAAGGCTGAAGA
GACTAGCAGTAGTACTAGTACTAGTAGCAACAAGATCATCTCCTCTGATGTACCGAAAGA
TGCAGCAGAAGAGTGGCCTGCTGCTAAGCAGATCCGCTCCTTCTACTTTGTCAAGTACCG
TCACTTCGACGACCCCAAGATCAAGGCTAAGCTTGAGGTGGCTGATAAGGAGTTTGAGAA
GCTGAAAAAGGCTCGAAGTGCAGTCATTGAAGACTTGAAAGCTAAGAAGGCGGAGAGATC
CAAGTTGTTTGACATGTTGGACCCGTTGAAGTCAGAGCGTCAAGGGTTCAACAACAAGTT
CGATGAGAAACGAAAAGAGATGGAACCGTTGCAGCAAGCACTTGGGAAGCTAAGAGGCAA
TGATGGTGGGAGTTCCCGTGGGCCTGTTATCTGTTCTTCCCAGGAAGAGCTCAACAGTAT
GATATACAGCTACGAGTACAGGATTCAACACGAGAGCATTCCGTCGACAGAGGAGAAGAA
GATTCTTAAAGAGATCAGGCTGCTTGAAGGGACAAGAGATAAAGTCATTGCTAATGAGGC
TGTGAGAGCCAAGATCAAAGAAGCTATGGGTCATAAAGATGATATCCAAGATCAAGTTAA
GGTAATAAGAGAAGTCATGGGAT

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1GL53JQ 591 0 0
AAGCTGAAAAAGGCTCGAAGTGCAGTCATTGAAGACTTGAAAGCTAAGAAGGCGGAGAGA
TCCAAGTTGTTTGACATGTTGGACCCGTTGAAGTCAGAGCGTCAAAGGTTCAACAACAAG
TTGGATGAAAAACGAAAAGAGATGGAACCGTTGCAGCAAGCACTTGGGAAGTTAAGAGGC
AATGATGGTGGGAGTTCCCGTGGGCCTGTTATCTGTTCTTCCCAGGAAGAGCTCAACAGT
ATGATATACAGCTACGAGTACAGGATTCAACACGAGAGCATTCCGTTGACAGAGGAGAAG
AAGATTCTTAAAGAGATCAGGCTGCTTGAAGGGACAAGAGATAAGGTCATTGCTAATGAG
GCTGTGAGAGCCAAGATCAAAGAAGCTATGGGTCATAAAGATGATATCCAAGATCAATTT
AAGGTAATAAGAGAAGTCATGGGATTGGAGTGGGAGTACTACTCTTGGCTTATCTTGTTA
GTTTCATATGTGATGCTTCAATACTATTAAAGTTGCAGTATGACCAGTTGATAAAAGGTT
GTGTCCAACTATTATTATTCTCTTTATATAAAGGTATCTAATTTTATTTAC

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 3

CO CL3807Contig1 697 3 31 U
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TGAAACAGCGAGAAGACAAGGCGGTGGGCGGCCATTGCCGCCTCTTCCGAGAGGCGTCAA
TCAACCTCCTCGCGTTAAATCCGAACCTGTCGATCGTGAGAAGACATGTCCCCTGCTTCT
TCGCGTTTTTACGAAGAGTGGTGGTCATCATACGAAGGAAGATTATGCTGTGAGAGGCAA
AGAACCAAAGGATGAAGTTCAAATTTACACTTGGAAAGATGCTAATCTTCGCGAGTTAAC
TGATTTGGTCAAAGAAGTCTCTGTAGCAGCTAGGAGAAGAGACGCAAGGTTGTCTTTTGC
GTTTGTTTATCCAGACAAGAATGGCCGTTTCATTGTGAGACAGGTTGGTCAGACGATGTC
TTATCCAAACCGAAAACAACCAGACGACAGTAAAACACTCGCTGACCTTCATTTCGAGAT
TGGAGATTATCTGGATGTAGCAATCTACTAGGAGGAGGTTTCTGTTTCTCGTCAAATGAG
ATTTTAGGTGTATGTGTGGACAAAGGAAAAAACACATTCATGGTTTTTCCCGTTTCAAAA
CTTAGTTCAGACGACATTTTATGTCTAATATATGTGGTGTAATGAGTTTAAACGAGATTT
AAACAATTCAAATGATGTTTTGTTTAAATGGGTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1H725TF U 1
AF RR1F811TF U 32
AF RR1F811JQ C 100
BS 1 104 RR1H725TF
BS 105 105 RR1F811TF
BS 106 116 RR1H725TF
BS 117 117 RR1F811TF
BS 118 192 RR1H725TF
BS 193 193 RR1F811TF
BS 194 212 RR1H725TF
BS 213 214 RR1F811TF
BS 215 260 RR1H725TF
BS 261 261 RR1F811TF
BS 262 267 RR1H725TF
BS 268 268 RR1F811TF
BS 269 324 RR1H725TF
BS 325 325 RR1F811TF
BS 326 342 RR1H725TF
BS 343 343 RR1F811TF
BS 344 372 RR1H725TF
BS 373 373 RR1F811TF
BS 374 378 RR1H725TF
BS 379 380 RR1F811TF
BS 381 430 RR1H725TF
BS 431 431 RR1F811TF
BS 432 595 RR1H725TF
BS 596 596 RR1F811TF
BS 597 660 RR1H725TF
BS 661 661 RR1F811TF
BS 662 662 RR1H725TF
BS 663 664 RR1F811TF
BS 665 681 RR1H725TF
BS 682 693 RR1F811TF
BS 694 697 RR1F811JQ

RD RR1H725TF 681 0 0
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AGAACCAAAGGATGAAGTTCGAATTTATACTTGGAAAGATGCTAATCTTCGCGAGTTAAC
TGATTTGGTCAAAGAAGTCTCTGTTGCAGCTAGGAGAAGAGATGCAAGGTTGTCTTTTGC
GTTTGTTTATCCCGACAA**ATGGCCGTTTCATTGTGAGACAGGTTGGTCAGACGATGTC
TTATCCAAACAGAAAACAACCAGACGACAGTAAAACACTCGCTGACCTTCATTTCGAGAT
TGGAGATTATCTGGATGTAGCAATCTACTAGGAGGAGGTTTCTGTTTCTCGTCAAATGAG
ATTTTAGGTGTATGTGTGGACAAAGGAAAAAACACATTCATGGTTTTTCCCGTTTAAAAA
CTTAGTTCAGACGACATTTTATGTCTAATATATGTGGTGTAATGAGTTTAAACGAGATTT
TACGAATTCAAATGATGTTTT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1F811TF 662 0 0
GGAGCGAGAGACTGAGAGA
GAGAGATGGCTGAAACAGCGAGAAGACAAGGCGGTGGGCGGCCATTGCCGCCTCTTCCGA
GAGGCGTCAATCAACCTCCTCGCGTTAAATCCGAACCTGTCGATCGTGAGAAGACATGTC
CCCTGCTTCTTCGCGTTTTTACGAAGAGTGGTGGTCATCATACGAAGGAAGATTATGCTG
TGAGAGGCAAAGAACCAAAGGATGAAGTTCAAATTTACACTTGGAAAGATGCTAATCTTC
GCGAGTTAACTGATTTGGTCAAAGAAGTCTCTGTAGCAGCTAGGAGAAGAGACGCAAGGT
TGTCTTTTGCGTTTGTTTATCCAGACAAGAATGGCCGTTTCATTGTGAGACAGGTTGGTC
AGACGATGTCTTATCCAAACCGAAAACAACCAGACGACAGTAAAACACTCGCTGACCTTC
ATTTCGAGATTGGAGATTATCTGGATGTAGCAATCTACTAGGAGGAGGTTTCTGTTTCTC
GTCAAATGAGATTTTAGGTGTATGTGTGGACAAAGGAAAAAACACATTCATGGTTTTTCC
CGTTTCAAAACTTAGTTCAGACGACATTTTATGTCTAATATATGTGGTGTAATGAGTTTA
AACGAGATTTAAACAATTCAAATGATGTTTTGTTTAAATGGGT

QA 20 662 20 662
DS 

RD RR1F811JQ 598 0 0
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GAAGACATGTCCCCTGCTTCTTCGCGTTTTTACGAAGAGTGGTGGTCATCATACGAAGGA
AGATTATGCTGTGAGAGGCAAAGAACCAAAGGATGAAGTTCAAATTTACACTTGGAAAGA
TGCTAATCTTCGCGAGTTAACTGATTTGGTCAAAGAAGTCTCTGTAGCAGCTAGGAGAAG
AGACGCAAGGTTGTCTTTTGCGTTTGTTTATCCAGACAAGAATGGCCGTTTCATTGTGAG
ACAGGTTGGTCAGACGATGTTTTATCCAAACCGAAAACAACCAGACGACAGTAAAACACT
CGCTGACCTTCATTTCGAGATTGGAGATTATCTGGATGTAGCAATCTACTAGGAGGAGGT
TTCTGTTTTTCGTCAAATGAGATTTTAGGTGTATGTGTGGACAAAGGAAAAAACACATTC
ATGGTTTTTCCCGTTTCAAAACTTAGTTCAGACGACATTTTATGTCTAATATATGTGGTG
TAATGAGTTTAAACGAGATTTAAACAATTCAAATGATGTTTTGTTTAAATGGGTAACC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 3

CO CL3808Contig1 831 3 12 U
GGACACCACATCCATATCTCTAGTACATAGCCTTTTTTATTCTCCTTTTCAGTTTAAGAA
AAATGGTTTGGAACCTAAAGAACATGATGCTTCGTGGGTTCGGCCTCGTGTGTCTGTTCA
TGACTATTATTAACAAAGCCTACGCTAGAGAGTTTGCGGTCGGTGGTGCAAAAGGTTGGA
CCGTCCCTTCAGGTTCTCAAGTTTATAGTCAATGGGCAGAACAGAGCAGGTTCCAAATCG
GTGACTCTCTACTGTTTGTCTACCAATCAAACCAAGACTCAGTTCTCCAAGTCACAAGAG
ACGCTTACGACAGCTGCAACACCGATGCACCAACCGCTAAATTCACCGACGGTAAAACTT
CCTTCGCACTAACCCAATCTGGTCCATACTATTTCATCAGCGGAAACAAAGACCATTGCA
ACAAGAACGAGAAGCTAGTGGTCATCGTCATGGCTGACAGAAGTGGCAACAAAAACAACA
ACACCACATCATCATCGCCTCCGTCTCCAGCCCCGGCTCCTTCAGGCGAATACGCTCCTT
CTCCGCCTATGGAGGGAGCCCTTGAGCCTCCAGCAGCTACGCCTACTCCATCTCAAGAAA
CTCCAAACAACTCAGCTTCTCCATCTTCTTCCTTTGTTGCCGCTGCTGCTTTTCTCGGAG
CTGCTCTTGCTTCAACTCTATTCCTACACTAATAAGTTTCTGTTTTGTCTTGTGTTTTTC
ACTTATGCAACAAGTTTCTGTTTTATCCCTCTCTCTCTTTTCACCCCATTTGTGTTTGTT
GTTTGATTCTTTCCCATTTGTTTTTTTCATGTAAATGAAATAATATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F644TF U 1
AF RR1GN18JQ C 112
AF RR1GN18TF U 112
BS 1 256 RR1F644TF
BS 257 257 RR1GN18TF
BS 258 319 RR1F644TF
BS 320 320 RR1GN18TF
BS 321 547 RR1F644TF
BS 548 548 RR1GN18TF
BS 549 743 RR1F644TF
BS 744 744 RR1GN18TF
BS 745 758 RR1F644TF
BS 759 806 RR1GN18TF
BS 807 807 RR1GN18JQ
BS 808 831 RR1GN18TF

RD RR1F644TF 758 0 0
GGACACCACATCCATATCTCTAGTACATAGCCTTTTTTATTCTCCTTTTCAGTTTAAGAA
AAATGGTTTGGAACCTAAAGAACATGATGCTTCGTGGGTTCGGCCTCGTGTGTCTGTTCA
TGACTATTATTAACAAAGCCTACGCTAGAGAGTTTGCGGTCGGTGGTGCAAAAGGTTGGA
CCGTCCCTTCAGGTTCTCAAGTTTATAGTCAATGGGCAGAACAGAGCAGGTTCCAAATCG
GTGACTCTCTACTGTTCGTCTACCAATCAAACCAAGACTCAGTTCTCCAAGTCACAAGAG
ACGCTTACGACAGCTGCAATACCGATGCACCAACCGCTAAATTCACCGACGGTAAAACTT
CCTTCGCACTAACCCAATCTGGTCCATACTATTTCATCAGCGGAAACAAAGACCATTGCA
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DS 

RD RR1GN18TF 720 0 0
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QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 3

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GGTATGTTATGGGGAGATTGGGCGCTTTCAATACATCCAACTTGCAGCTAGCAAACTCAT
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TCCATGACATCAGCGACGTTGAATTTCAGGACAACTGGGGTCGTGTCTGGGTTGATCTAG
GCACTTCTGATATATTCGCCCTGGATGTGCTTCTCAACAGTTTGACTGTCATGAGTTCAG
AGTACTTGGGCATTCAGCAAGTAGTATTGGTGGTAAACGAATGGGAGATTGGGAAGAGGG
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GAAAACAGTTTTGTAATAATAATATAGGCTTTTCTATTGTGCTCTAGAAAACATAACTAA
AACAGTGTTAATGAAAAGATTTGAGCTTAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 1 665 1 665
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GG
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DS 

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GCTAGCAAACTCATCTATGGAATATGATCCTCTCTACGACGTAGAGAAGGGCTTCAAAGT
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CTGGGTTGATCTAGGCACTTCTGATATATTCGCCCTGGATGTGCTTCTCAACAGTTTGAC
TGTCATGAGTTCAGAGTACTTGGGCATTCAGCAAGTAGTATTGGTGGTAAACGAATGGGA
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ATTCTACATCTTCTGAAAACAGTTTTGTAATAATAATATAGGCTTTTCTATTGTGCTCTA
GAAAACATAACTAAAACAGTGTTAATGAAAAGATTTGAGCTTAGAC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 3

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GGAAGAATTGACGTTGGATGAAAGGCTCGCGGAATCGAGGGAGATCATCGCCAAGTACCC
TACTCGGATTCCTGTCATTGCTGAGAAGTATTCTAAAACCGATCTGCCTGCAATCGAGAA
AAAGAAGTTTCTGGTTCCACGAGATATGTCGGTTGGACAATTCATATACATCTTGAGTGC
TAGGTTACACTTGTCTCCTGGCAAAGCCTTGTTCGTCTTCGTCAACAACACTCTCCCTCA
AACTGCTGCTCTGATGGACTCCGTCTACGAAACTTACAAAGACGAAGATGGATTCGTTTA
CATGTGCTACAGCAGTGAGAAAACCTTTGGTTGATTTGATACACCAAACCATGCTTTGTA
CATATACACTTCTTTCTTCATAAGCTGTTGTTGTTCACTACTTCACTTGTAAGCTTATGT
TGAGTACTGCTTGTTTTTACCCTTGAGACTTGGTTCATCTGTAAACAATTTCTACCATAA
TCGCAATTCCATTACGTATTAAAAAA


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO84TF U 3
AF RR1DX78JQ C 1
AF RR1DX78TF U 1
BS 1 3 RR1DX78JQ
BS 4 566 RR1DX78TF

RD RR1GO84TF 536 0 0
G
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GAAGTTTCTGGTTCCACGAGATATGTCGGTTGGACAATTCATATACATCTTGAGTGCTAG
GTTACACTTGTCTCCTGGCAAAGCCTTGTTCGTCTTCGTCAACAACACTCTCCCTCAAAC
TGCTGCTCTGATGGACTCCGTCTACGAAACTTACAAAGACGAAGATGGATTCGTTTACAT
GTGCTACAGCAGTGAGAAAACCTTTGGTTGATTTGATACACCAAACCATGCTTTGTACAT
ATACACTTCTTTCTTCATAAGCTGTTGTTGTTCACTACTTCACTTGTAAGCTTATGTTGA
GTACTGCTTGTTTTTACCCTTGAGACTTGGTTCATCTGTAAACAATTTCTACCAT

QA 2 536 2 536
DS 

RD RR1DX78JQ 560 0 0
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GGAAGAATTGACGTTGGATGAAAGGCTCGCGGAATCGAGGGAGATCATCGCCAAGTACCC
TACTCGGATTCCTGTCATTGCTGAGAAGTATTCTAAAACCGATCTGCCTGCAATCGAGAA
AAAGAAGTTTCTGGTTCCACGAGATATGTCGGTTGGACAATTCATATACATCTTGAGTGC
TAGGTTACACTTGTCTCCTGGCAAAGCCTTGTTTGTTTTCGTCAACAACACTCTCCCTCA
AACTGCTGCTTTGATGGACTCCGTTTACGAAACTTACAAAGACGAAGATGGATTCGTTTA
CATGTGCTACAGCAGTGAGAAAACCTTTGGTTGATTTGATACACCAAACCATGCTTTGTA
CATATACACTTCTTTCTTCATAAGCTGTTGTTGTTCACTACTTCACTTGTAAGCTTATGT
TGAGTACTGCTTGTTTTTACCCTTGAGACTTGGTTCATCTGTAAACAATTTCTACCATAA
TCGCAATTCCATTACGTATT

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1DX78TF 566 0 0
GGA
GGAAGAAATCGGTGTCCGCGGTGGTGTAGAATGGAAGATGAAGATGAAATCATTCAAGGA
AGAATTGACGTTGGATGAAAGGCTCGCGGAATCGAGGGAGATCATCGCCAAGTACCCTAC
TCGGATTCCTGTCATTGCTGAGAAGTATTCTAAAACCGATCTGCCTGCAATCGAGAAAAA
GAAGTTTCTGGTTCCACGAGATATGTCGGTTGGACAATTCATATACATCTTGAGTGCTAG
GTTACACTTGTCTCCTGGCAAAGCCTTGTTCGTCTTCGTCAACAACACTCTCCCTCAAAC
TGCTGCTCTGATGGACTCCGTCTACGAAACTTACAAAGACGAAGATGGATTCGTTTACAT
GTGCTACAGCAGTGAGAAAACCTTTGGTTGATTTGATACACCAAACCATGCTTTGTACAT
ATACACTTCTTTCTTCATAAGCTGTTGTTGTTCACTACTTCACTTGTAAGCTTATGTTGA
GTACTGCTTGTTTTTACCCTTGAGACTTGGTTCATCTGTAAACAATTTCTACCATAATCG
CAATTCCATTACGTATTAAAAAA

QA 4 566 4 566
DS 



AS 1 2

CO CL3811Contig1 972 2 2 U
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AAGAGAAGATCCAAGTAAATTAAAGGAATCCCAAGGAAGAGGAAGGTGATGTTTTCTCTA
ATGCATGGACTCTGGACTTACATGTTCAGCAAGACTGAGTTCCATGTCCTCATTCTTGGT
ATCGACAAAGCTGGCAAAACGACGTTTTTGGAGAAACTGAAGACGATTTACTCAATCTCT
GAAGGTCTTCCACATGATCGTATTGTTCCTACTGTTGGCCTTAACATCGGTCGTATTGAA
GTCGCCAATGCTAAAATCGTCTTCTGGGACCTTGGTGGTCAGCCTGGTTTGCGTTCGATT
TGGGAGAAGTATTATGAAGAAGCACACGCATTGATATATTTGATCGACGCAGCTTGCCCA
TCTCGCTTTGAAGACTCAAAATCTGCTCTAGAGAAAGCCCTGCGGCATGAGGATTTGCAA
GGAGCGCCTCTTTTGATATTGGCAAACAAGCAAGATCTCCCAAATGCTGTCTCGGCTGAG
GAGCTAGACCGATACCTGGATCTCAAGAAACTAGACGAAAGGGTGTACATGTTTGAAGCA
GCTTCTGGATATGATGGGCGAGGAATCAAAGAGAGCATAGAATGGCTGGGGGGGAGTGAT
GGAGAGAAGCAAAAGAACCGAAACATTAAGAGCCCGTGCAGGATATGTTCCTGTCCCAAC
TTCCTAGACTTGAAAGGAGTGTTCGCAAACTCAATTCTCAAACCAACTGTTTTCTGTCAG
AAACATTTGTAGATAAAAAAAAAAAGTGGACCAGAATCGTGCATTGTTTTGTGTTAGCAC
ATGATAAGTAGGGCTAGTAATATCCTTATTATATTTGCCTTTACATCCTTTCTAATGCTA
TGATTCAGATTGAGACTTGAGGTAAGAACCTCCCAAGTTGTACTGAAAACAATAACGTAA
TCAAGTTTCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC85TF U 1
AF RR1CC85JQ C 214
BS 1 665 RR1CC85TF
BS 666 972 RR1CC85JQ

RD RR1CC85TF 665 0 0
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AAGAGAAGATCCAAGTAAATTAAAGGAATCCCAAGGAAGAGGAAGGTGATGTTTTCTCTA
ATGCATGGACTCTGGACTTACATGTTCAGCAAGACTGAGTTCCATGTCCTCATTCTTGGT
ATCGACAAAGCTGGCAAAACGACGTTTTTGGAGAAACTGAAGACGATTTACTCAATCTCT
GAAGGTCTTCCACATGATCGTATTGTTCCTACTGTTGGCCTTAACATCGGTCGTATTGAA
GTCGCCAATGCTAAAATCGTCTTCTGGGACCTTGGTGGTCAGCCTGGTTTGCGTTCGATT
TGGGAGAAGTATTATGAAGAAGCACACGCATTGATATATTTGATCGACGCAGCTTGCCCA
TCTCGCTTTGAAGACTCAAAATCTGCTCTAGAGAAAGCCCTGCGGCATGAGGATTTGCAA
GGAGCGCCTCTTTTGATATTGGCAAACAAGCAAGATCTCCCAAATGCTGTCTCGGCTGAG
GAGCTAGACCGATACCTGGATCTCAAGAAACTAGACGAAAGGGTGTACATGTTTGAAGCA
GCTTCTGGATATGATGGGCGAGGAATCAAAGAGAGCATAGAATGGCTGGGGGGGAGTGAT
GGAGA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1CC85JQ 759 0 0
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GGTGGTCAGCCTGGTTTGCGTTCGATTTGGGAGAAGTATTATGAAGAAGCACACGCATTG
ATATATTTGATCGACGCAGCTTGCCCATCTCGCTTTGAAGACTCAAAATCTGCTCTAGAG
AAAGCCCTGCGGCATGAGGATTTGCAAGGAGCGCCTCTTTTGATATTGGCAAACAAGCAA
GATCTCCCAAATGCTGTCTCGGCTGAGGAGCTAGACCGATACCTGGATCTCAAGAAACTA
GACGAAAGGGTGTACATGTTTGAAGCAGCTTCTGGATATGATGGGCGAGGAATCAAAGAG
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CCGTGCAGGATATGTTCCTGTCCCAACTTCCTAGACTTGAAAGGAGTGTTCGCAAACTCA
ATTCTCAAACCAACTGTTTTCTGTCAGAAACATTTGTAGATAAAAAAAAAAAGTGGACCA
GAATCGTGCATTGTTTTGTGTTAGCACATGATAAGTAGGGCTAGTAATATCCTTATTATA
TTTGCCTTTACATCCTTTCTAATGCTATGATTCAGATTGAGACTTGAGGTAAGAACCTCC
CAAGTTGTACTGAAAACAATAACGTAATCAAGTTTCTCG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 3

CO CL3812Contig1 844 3 9 U
GGATCACCATATCTCACAATCTCTCTCTCTCCTTCTCTCAAGATCAAGATTCAAGATCAC
TACTCAATCCTCCAAAATGACAATGAGCACACTCCACAGACAAGTTCTTGCACTTCCAGC
AGCCAAGACTGCTCCATCAGATTACTTGTCTGACCTAGCTTCCATCAACAAGCTCCAAAT
CCCAACTTCTTCCAAAAAATCTGAACAAATGAAGAAAACATCAATCCTTAGAAAGAAGAA
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AACAGTCAAGAGAAAGCTATCCTTAGGAGCTAAGATCATTCAAATGGGAGGCTTAGAGAA
GATTTACAAACGGCTCTTCAAAGTCTACGATGAAGAGAAACTCTTCAAGGCGTACCAGTG
TTACCTATCCACAACCGCAGGTCCCATCGCAGGCTTACTCTTCATCTCATCAAAGAAGAT
TGCTTTCTGTAGCGAAAGATCGATCGAAGTGGCTTCTCCTCAGGGAGATCTAACCAGGGT
TCACTACAAAGTGTCAATCCCATTGTCCAAGATCAATGGAGTGAACCAGAGTGTAGACAC
GAAGAAGCCATCTCAGAAATACCTAGAAGTAGTCACTGTGGATGGCTTTGAGTTCTGGTT
CATGGGTTTCTTGAACAACAAGAAAACTTTCAACTGTCTTCAGCAAGCGCTTTCTATGAG
CATGGAGCAATAACAAGCCTAAAGCTGAAGAAGAAGTATTTTATTTCTATTTCTAATTAG
GATAGAGCCTAGAAAAGTCAGACAATATTGTACAAACTCTTTTTATTTTAGCTTTTAACC
CTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1DA12TF U 1
AF RR1EO09TF U 73
AF RR1DA12JQ C 529
BS 1 139 RR1DA12TF
BS 140 140 RR1EO09TF
BS 141 219 RR1DA12TF
BS 220 221 RR1EO09TF
BS 222 263 RR1DA12TF
BS 264 264 RR1EO09TF
BS 265 674 RR1DA12TF
BS 675 800 RR1EO09TF
BS 801 844 RR1DA12JQ

RD RR1DA12TF 674 0 0
GGATCACCATATCTCACAATCTCTCTCTCTCCTTCTCTCAAGATCAAGATTCAAGATCAC
TACTCAATCCTCCAAAATGACAATGAGCACACTCCACAGACAAGTTCTTGCACTTCCAGC
AGCCAAGACTGCTCCATCATATTACTTGTCTGACCTAGCTTCCATCAACAAGCTCCAAAT
CCCAACTTCTTCCAAAAAATCTGAACAAATGAAGAAAAC**CAATCCTTAGAAAGAAGAA
AACCGATAGCTTCACAAACGGAAGGAGAGATCAGAGTAAGTTAGGGCCCAAGTTGACTGA
AACAGTCAAGAGAAAGCTATCCTTAGGAGCTAAGATCATTCAAATGGGAGGCTTAGAGAA
GATTTACAAACGGCTCTTCAAAGTCTACGATGAAGAGAAACTCTTCAAGGCGTACCAGTG
TTACCTATCCACAACCGCAGGTCCCATCGCAGGCTTACTCTTCATCTCATCAAAGAAGAT
TGCTTTCTGTAGCGAAAGATCGATCGAAGTGGCTTCTCCTCAGGGAGATCTAACCAGGGT
TCACTACAAAGTGTCAATCCCATTGTCCAAGATCAATGGAGTGAACCAGAGTGTAGACAC
GAAGAAGCCATCTCAGAAATACCTAGAAGTAGTCACTGTGGATGGCTTTGAGTTCTGGTT
CATGGGTTTCTTGA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1EO09TF 728 0 0
G
AAAATGACAATGAGCACACTCCACAGACAAGTTCTTGCACTTCCAGCAGCCAAGACTGCT
CCATCAGATTACTTGTCTGACCTAGCTTCCATCAACAAGCTCCAAATCCCAACTTCTTCC
AAAAAATCTGAACAAATGAAGAAAACATCAATCCTTAGAAAGAAGAAAACCGATAGCTTC
ACAAACGGAACGAGAGATCAGAGTAAGTTAGGGCCCAAGTTGACTGAAACAGTCAAGAGA
AAGCTATCCTTAGGAGCTAAGATCATTCAAATGGGAGGCTTAGAGAAGATTTACAAACGG
CTCTTCAAAGTCTACGATGAAGAGAAACTCTTCAAGGCGTACCAGTGTTACCTATCCACA
ACCGCAGGTCCCATCGCAGGCTTACTCTTCATCTCATCAAAGAAGATTGCTTTCTGTAGC
GAAAGATCGATCGAAGTGGCTTCTCCTCAGGGAGATCTAACCAGGGTTCACTACAAAGTG
TCAATCCCATTGTCCAAGATCAATGGAGTGAACCAGAGTGTAGACACGAAGAAGCCATCT
CAGAAATACCTAGAAGTAGTCACTGTGGATGGCTTTGAGTTCTGGTTCATGGGTTTCTTG
AACAACAAGAAAACTTTCAACTGTCTTCAGCAAGCGCTTTCTATGAGCATGGAGCAATAA
CAAGCCTAAAGCTGAAGAAGAAGTATTTTATTTCTATTTCTAATTAGGATAGAGCCTAGA
AAAGTCA

QA 2 728 2 728
DS 

RD RR1DA12JQ 316 0 0
TCTAACCAGGGTTCACTACAAAGTGTCAATCCCATTGTCCAAGATCAATGGAGTGAACCA
GAGTGTAGACACGAAGAAGCCATCTCAGAAATACCTAGAAGTAGTCACTGTGGATGGCTT
TGAGTTCTGGTTCATGGGTTTCTTGAACAACAAGAAAACTTTCAACTGTCTTCAGCAAGC
GCTTTCTATGAGCATGGAGCAATAACAAGCCTAAGGCTGAAGAAGAAGTATTTTATTTCT
ATTTCTAATTAGGATAGAGCCTAGAAAAGTCAGACAATATTGTACAAACTCTTTTTATTT
TAGCTTTTAACCCTTT

QA 1 316 1 316
DS 



AS 1 2

CO CL3813Contig1 750 2 19 U
TTTTTTGAGATTAGAGAGAAAATGCAGAGGATGAGATCTTCTCGGTCACCGGTGAAGCCT
CTCCTGGCGAGCAGCAGGCTTCGAGGGTATTATTGCACGAGCTCCTCAGAAAAGATCGTA
GCTTCGGTGCTTTTCGAGAGACTACGCGTTGTGATTCCCAAACCAGATCCTGCCGTCTAC
GCCTTTCAGGAGTTCAAATTCAATTGGCAACAGCAGTTTCGTCGTAGATACCCAGATGAG
TTCTTGGACATTGCTAAGAACAGAGCCAAGGGTGAATATCAAATGGACTATGTGCCTGCT
CCCAGAATCACAGAGGCTGACAAGAATAACGATAGGAAGTCATTATATAGAGCTCTTGAC
AAGAAATTGTATCTACTCATCTTCGGCAAGCCATTTGGAGCTACTAGTGACCAACCTGTC
TGGCATTTCCCTGAAAAAGTCTACGATTCTGAGCCTACTCTTCGCAAGTGCGCTGAATCT
GCTTTGAAGGGAGTCTTGGGAGACCTAACTAACACTTACTTTGTTGGGAATGCTCCAATG
GCTCACATGGCTATTCAACCTACGGAAGAAACACCTGATTTGCCATCTTACAAGAGGTTC
TTCTTCAAATGCAGTGTAGTAGCAGCATCGAAGTACAACATAAGTAACTGCGAGGATTTT
GTGTGGGTAACCAAAGATGAGCCTCTGGAGTTCTTCCCTGAGCAAGCTGATTTCTTCAAC
AAGATGATCATTAGCTGAGACTAGTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY40TF U 1
AF RR1EY85TF U 13
BS 1 43 RR1EY40TF
BS 44 44 RR1EY85TF
BS 45 49 RR1EY40TF
BS 50 50 RR1EY85TF
BS 51 141 RR1EY40TF
BS 142 142 RR1EY85TF
BS 143 494 RR1EY40TF
BS 495 495 RR1EY85TF
BS 496 561 RR1EY40TF
BS 562 562 RR1EY85TF
BS 563 563 RR1EY40TF
BS 564 564 RR1EY85TF
BS 565 570 RR1EY40TF
BS 571 571 RR1EY85TF
BS 572 682 RR1EY40TF
BS 683 683 RR1EY85TF
BS 684 732 RR1EY40TF
BS 733 733 RR1EY85TF
BS 734 750 RR1EY40TF

RD RR1EY40TF 750 0 0
TTTTTTGAGATTAGAGAGAAAATGCAGAGGATGAGATCTTCTCTGTCACTGGTGAAGCCT
CTCCTGGCGAGCAGCAGGCTTCGAGGGTATTATTGCACGAGCTCCTCAGAAAAGATCGTA
GCTTCGGTGCTTTTCGAGAGATTACGCGTTGTGATTCCCAAACCAGATCCTGCCGTCTAC
GCCTTTCAGGAGTTCAAATTCAATTGGCAACAGCAGTTTCGTCGTAGATACCCAGATGAG
TTCTTGGACATTGCTAAGAACAGAGCCAAGGGTGAATATCAAATGGACTATGTGCCTGCT
CCCAGAATCACAGAGGCTGACAAGAATAACGATAGGAAGTCATTATATAGAGCTCTTGAC
AAGAAATTGTATCTACTCATCTTCGGCAAGCCATTTGGAGCTACTAGTGACCAACCTGTC
TGGCATTTCCCTGAAAAAGTCTACGATTCTGAGCCTACTCTTCGCAAGTGCGCTGAATCT
GCTTTGAAGGGAGTGTTGGGAGACCTAACTAACACTTACTTTGTTGGGAATGCTCCAATG
GCTCACATGGCTATTCAACCTTCTGAAGAAGCACCTGATTTGCCATCTTACAAGAGGTTC
TTCTTCAAATGCAGTGTAGTAGCAGCATCGAAGTACAACATAAGTAACTGCGAGGATTTT
GTGTGGGTAACCAAAGATGAGCTTCTGGAGTTCTTCCCTGAGCAAGCTGATTTCTTCAAC
AAGATGATCATTGGCTGAGACTAGTCTCCC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1EY85TF 733 0 0
G
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GCAGGCTTCGAGGGTATTATTGCACGAGCTCCTCCGAAAAGATCGTAGCTTCGGTGCTTT
TCGAGAGACTACGCGTTGTGATTCCCAAACCAGATCCTGCCGTCTACGCCTTTCAGGAGT
TCAAATTCAATTGGCAACAGCAGTTTCGTCGTAGATACCCAGATGAGTTCTTGGACATTG
CTAAGAACAGAGCCAAGGGTGAATATCAAATGGACTATGTGCCTGCTCCCAGAATCACAG
AGGCTGACAAGAATAACGATAGGAAGTCATTATATAGAGCTCTTGACAAGAAATTGTATC
TACTCATCTTCGGCAAGCCATTTGGAGCTACTAGTGACCAACCTGTCTGGCATTTCCCTG
AAAAAGTCTACGATTCTGAGCCTACTCTTCGCAAGTGCGCTGAGTCTGCTTTGAAGGGAG
TCTTGGGAGACTTAACTCACACTTACTTTGTTGGGAATGCTCCAATGGCTCATATGGCTA
TTCAACCTACGGACGAAACACCTGATTTGCCATCTTACAAGAGGTTCTTCTTCAAATGCA
GTGTAGTAGCAGCATCGAAGTACAACATAAGTAACTGCGAGGATTTTGTGTGGGTAACCA
AAGATGAGCCTCTGGAGTTCTTCCCTGAGCAAGCTGATTTCTTCAACAAGATGATCATTA
GCTGAGA
GACTA

QA 2 728 2 728
DS 



AS 1 3

CO CL3814Contig1 710 3 5 U
AAACATTCGAATACTGGTACTTCCCGTTGCATTGCTTATAGATGTAACATCGCAAAAAGC
AGACACAAAAAGACTTAAAGCAACCCAGTTTAAAATACATAGAGAAAACGTGACAAAATA
GGCAGACAACTAAAACATTAAAGCAAACTTGATAACATGAGAGGTTAGGAACTTAATCGA
CTTCTTCAATCTTAGGTCCAGCACCGCCACTACCACCAGCAGGAGCATCATCATCCATGC
CACCAGGGCCACCCATGTCAGCACCAGCGCCGCCTTGGTACATTCTCGCAATGATTGGGT
TGCAGAGAGACTCGAGCTCCTTCATCTTATCCTCAAACTCATCAGCCTCCGCCAGCTGAT
TACCCTCCAACCACTCAATAGCCTGGTCGATTGCATCCTCGATCTTCTTCTTGTCACCTG
CGTCAAACTTAGACGCAATCTTCTCATCCTTGATCGTGTTCCTCATGTTGTACGCATAGT
TCTCCAGAGCATTCTTCGCATCCACCTTCTTCTTGTGTTCCTCATCCTCTGCTTTGTACT
TCTCCGCTTCTTGTACCATCTTCTCGATCTCTTCCTTCGACAGCCTTCCCTTGTCATTAG
TAATGGTAATCTTGTTCTTCTGACCGGTGGTCTTGTCTTCAGCCGACACGTTCAAGATAC
CATTGGCGTCGATGTCAAAACATACAGTGATCTGAGGAACACCTCGAGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR04JQ U 13
AF RR1DR04TF C 13
AF RR1ED75JQ U 1
BS 1 168 RR1ED75JQ
BS 169 169 RR1DR04JQ
BS 170 426 RR1ED75JQ
BS 427 427 RR1DR04JQ
BS 428 710 RR1ED75JQ

RD RR1DR04JQ 588 0 0
G
CTGGTACTTCCCGTTGCATTGCTTATAGATGTAACATCGCAAAAAGCAGACACAAAAAGA
CTTAAAGCAACCCAGTTTAAAATACATAGAGAAAACGTGACAAAATAGGCAGACAACTAA
AACATTAAAGCAAACTTGATAACATGAGAGGTTAGGAACTTAATCGACTTCTTCAATCTT
AGGTCCAGCACCGCCACTACCACCAGCAGGAGCATCATCATCCATGCCACCAGGGCCACC
CATGTCAGCACCAGCGCCGCCTTGGTACATTCTCGCAATGATTGGGTTGCAGAGAGACTC
GAGCTCCTTCATCTTATCCTCAAACTCATCAGCCTCCGCCAGCTGATTACCCTCCAACCA
CTCAATAGCCTGGTCGATTGCATCCTCGATCTTCTTCTTGTCACCTGCGTCAAACTTAGA
CGCAATCTTCTCATCCTTGATCGTGTTCCTCATGTTGTACGCATAGTTCTCCAGAGCATT
CTTCGCATCCACCTTCTTCTTGTGTTCCTCATCCTCTGCTTTGTACTTCTCCGCTTCTTG
TACCATCTTCTCGATCTCTTCCTTCGACAGCCTTCCCTTGTCATTA
C

QA 2 587 2 587
DS 

RD RR1DR04TF 588 0 0
G
CTGGTACTTCCCGTTGCATTGCTTATAGATGTAACATCGCAAAAAGCAGACACAAAAAGA
CTTAAAGCAACCCAGTTTAAAATACATAGAGAAAACGTGACAAAATAGGCAGACAACTAA
AACATTAAAGCAAACTTGATAACATGAGAGGTTAGGAACTTAATCGACTTCTTCAATCTT
AGGTCCAGCACCGCCACTACCACCAGCAGGAGCATCATCATCCATGCCACCAGGGCCACC
CATGTCAGCACCAGCGCCGCCTTGGTACATTCTCGCAATGATTGGGTTGCAGAGAGACTC
GAGCTCCTTCATCTTATCCTCAAACTCATCAGCCTCCGCCAGCTGATTACCCTCCAACCA
CTCAATAGCCTGGTCGATTGCATCCTCGATCTTCTTCTTGTCACCTGCGTCAAACTTAGA
CGCAATCTTCTCATCCTTGATCGTGTTCCTCATGTTGTACGCATAGTTCTCCAGAGCATT
CTTCGCATCCACCTTCTTCTTGTGTTCCTCATCCTCTGCTTTGTACTTCTCCGCTTCTTG
TACCATCTTCTCGATCTCTTCCTTCGACAGCCTTCCCTTGTCATTA
C

QA 2 587 2 587
DS 

RD RR1ED75JQ 710 0 0
AAACATTCGAATACTGGTACTTCCCGTTGCATTGCTTATAGATGTAACATCGCAAAAAGC
AGACACAAAAAGACTTAAAGCAACCCAGTTTAAAATACATAGAGAAAACGTGACAAAATA
GGCAGACAACTAAAACATTAAAGCAAACTTGATAACATGAGAGGTTAGAAACTTAATCGA
CTTCTTCAATCTTAGGTCCAGCACCGCCACTACCACCAGCAGGAGCATCATCATCCATGC
CACCAGGGCCACCCATGTCAGCACCAGCGCCGCCTTGGTACATTCTCGCAATGATTGGGT
TGCAGAGAGACTCGAGCTCCTTCATCTTATCCTCAAACTCATCAGCCTCCGCCAGCTGAT
TACCCTCCAACCACTCAATAGCCTGGTCGATTGCATCCTCGATCTTCTTCTTGTCACCTG
CGTCAAGCTTAGACGCAATCTTCTCATCCTTGATCGTGTTCCTCATGTTGTACGCATAGT
TCTCCAGAGCATTCTTCGCATCCACCTTCTTCTTGTGTTCCTCATCCTCTGCTTTGTACT
TCTCCGCTTCTTGTACCATCTTCTCGATCTCTTCCTTCGACAGCCTTCCCTTGTCATTAG
TAATGGTAATCTTGTTCTTCTGACCGGTGGTCTTGTCTTCAGCCGACACGTTCAAGATAC
CATTGGCGTCGATGTCAAAACATACAGTGATCTGAGGAACACCTCGAGGT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 3

CO CL3815Contig1 642 3 2 U
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ACTCTCTTCCTCAATTCCAAAGCTTTTCGATTAGCAGATGGCTTCGTATTACTCTGCGTT
TTTCGGCAATGAAGAGCCGCACTTTTTGGAATCATGCTCTCTTTGCAGTAAACACCTTGG
TCTTAACTCCGACATCTTCATGTACAGAGGAGACACAGCGTTTTGTAGCACAGAGTGTAG
AGAAGAACAGATTGAATCTGATGAAGCCAAGGAGAGAAGCTGGAAACTTTCTGCTAGATC
TCTCCGTAAAAAATCTTCTGAAGCTGCAAAAGATTCAGCCGCCGGAAAAACCGTTCGGAC
AGGAACACTCGTGGTCGCCTAGTATAATATTTTTATTACATAAGAAAACCAAAGCATGTA
GCTTTTGTGTATACCCTTTTTGTCTAAAAGCTATATATATATATATATCATTCACCCCTC
TTTTAAGAAAAAAACATGCAAAATTTTGTTCTGTTTCTATCTATCTTGCTCTTGATCGGG
GATCTGAGGAGTTGTAAGATCTTGTTAAGTTGGAGTTCGGGAGAGTGAGAGGTATTGATC
TCTTGGGGGTTTAATTTTTGATCGATGTTCCAATAAAAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY76TF U 1
AF RR1DY76JQ C 1
AF RR1EV70TF U 18
BS 1 588 RR1DY76TF
BS 589 642 RR1EV70TF

RD RR1DY76TF 588 0 0
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TCTTAACTCCGACATCTTCATGTACAGAGGAGACACAGCGTTTTGTAGCACAGAGTGTAG
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TCTCCGTAAAAAATCTTCTGAAGCTGCAAAAGATTCAGCCGCCGGAAAAACCGTTCGGAC
AGGAACACTCGTGGTCGCCTAGTATAATATTTTTATTACATAAGAAAACCAAAGCATGTA
GCTTTTGTGTATACCCTTTTTGTCTAAAAGCTATATATATATATATATCATTCACCCCTC
TTTTAAGAAAAAAACATGCAAAATTTTGTTCTGTTTCTATCTATCTTGCTCTTGATCGGG
GATCTGAGGAGTTGTAAGATCTTGTTAAGTTGGAGTTCGGGAGAGTGA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1DY76JQ 601 0 0
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TTTCGGCAATGAAGAGCCGCACTTTTTGGAATCATGCTCTCTTTGCAGTAAACACCTTGG
TCTTAACTCCGACATCTTCATGTACAGAGGAGACACAGCGTTTTGTAGCACAGAGTGTAG
AGAAGAACAGATTGAATCTGATGAAGCCAAGGAGAGAAGCTGGAAACTTTCTGCTAGATC
TCTCCGTAAAAAATCTTCTGAAGCTGCAAAAGATTCAGCCGCCGGAAAAACCGTTCGGAC
AGGAACACTCGTGGTCGCCTAGTATAATATTTTTATTACATAAGAAAACCAAAGCATGTA
GCTTTTGTGTATACCCTTTTTGTCTAAAAGCTATATATATATATATATCATTCACCCCTC
TTTTAAGAAAAAAACATGCAAAATTTTGTTCTGTTTCTATCTATCTTGCTCTTGATCGGG
GATCTGAGGAGTTGTAAGATCTTGTTAAGTTGGAGTTCGGGAGAGTGAGAGGTATTGATC
T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1EV70TF 625 0 0
GG
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AAGCTTTTCGATTAGCAGATGGCTTCGTATTACTCTGCGTTTTTCGGCAATGAAGAGCCG
CACTTTTTGGAATCATGCTCTCTTTGCAGCAAACACCTTGGTCTTAACTCCGACATCTTC
ATGTACAGAGGAGACACAGCGTTTTGTAGCATAGAGTGTAGAGAAGAACAGATTGAATCT
GATGAAGCCAAGGAGAGAAGCTGGAAACTTTCTGCTAGATCTCTCCGTAAAAAATCTTCT
GAAGCTGCAAAAGATTCAGCCGCCGGAAAAACCGTTCGGACAGGAACACTCTTGGTCGCC
TAGTATAATATTTTTATTACATAAGAAAACCAAAGCATGTAGCTTTTGTGTATACCCTTT
TTGTCTAAAAGCTATATATATATATATATCATTCACCCCTCTTTTAAGAAAAAAACATGC
AAAATTTTGTTCTGTTTCTATCTATCTTGCTCTTGATCGGGGATCTGAGGAGTTGTAAGA
TCTTGTTAAGCTGGAGTTCGGGAGAGTGAGAGGTATTGATCTCTTGGGGGTTTAATTTTT
GATCGATGTTCCAATAAAAAAAA

QA 3 625 3 625
DS 



AS 1 3

CO CL3816Contig1 635 3 3 U
GGAGTAGTCACACACTTCTCCTTCCGTTTGCTTCCGTTAGATCTGATCGCCAATTTCACC
CCCCTCCCCAAAGGTTTATAAAGTGTGTCACTTTATTATACAAAATGGGTCGTGGGAACA
GCTGTGGTGGAGGTCAAAGCTCACTTAATTATCTCTTTGGCGGTGGCGGTGGCGGTGATG
CTCCTCCTCCTAAGCCCGCTCCAGCTTCCACTGCTGCGCCTGCACCTGCACCAGCAGCTG
TGACAACAGCTACGACAACTACTACTGTTGAACCGGCAGTACGGATCAACAAGGAGATCC
CTGCTGGTATCAAAACTCCTGTCAACAACTACGCCCGAGCTGAAGGACAAAACACCGGAA
ACTTCCTCACTGACCGTCCTTCCACCAAGGTTCATGCAGCTCCTGGAGGTGGATCATCTC
TTGATTATCTCTTCACTGGTGGCAAGTAAAACCAACATACATACATTCTGTGTGTTAGTA
ATGCAAATTCGTATCCATTCTGTTTCTCTTCTCAAATTTTAAACTGTTTCATGTCATGAT
GGTTTCTTGTCAACCCTCGTTTTATCTTGTAATATTCTGCTGAAAAAAATGTTCATAGCA
TTTGAATCAAAGACACTTCATTCACGTTCTCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AH80JQ C 1
AF RR1AH80TF U 1
AF RR1GF55TF U 4
BS 1 5 RR1AH80JQ
BS 6 588 RR1AH80TF
BS 589 635 RR1GF55TF

RD RR1AH80JQ 588 0 0
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CCCCTCCCCAAAGGTTTATAAAGTGTGTCACTTTATTATACAAAATGGGTCGTGGGAACA
GCTGTGGTGGAGGTCAAAGCTCACTTAATTATCTCTTTGGCGGTGGCGGTGGCGGTGATG
CTCCTCCTCCTAAGCCCGCTCCAGCTTCCACTGCTGCGCCTGCACCTGCACCAGCAGCTG
TGACAACAGCTACGACAACTACTACTGTTGAACCGGCAGTACGGATCAACAAGGAGATCC
CTGCTGGTATCAAAACTCCTGTCAACAACTACGCCCGAGCTGAAGGACAAAACACCGGAA
ACTTCCTCACTGACCGTCCTTCCACCAAGGTTCATGCAGCTCCTGGAGGTGGATCATCTC
TTGATTATCTCTTCACTGGTGGCAAGTAAAACCAACATACATACATTCTGTGTGTTAGTA
ATGCAAATTCGTATCCATTCTGTTTCTCTTCTCAAATTTTAAACTGTTTCATGTCATGAT
GGTTTCTTGTCAACCCTCGTTTTATCTTGTAATATTCTGCTGAAAAAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1AH80TF 588 0 0
GGAGT
AGTCACACACTTCTCCTTCCGTTTGCTTCCGTTAGATCTGATCGCCAATTTCACCCCCCT
CCCCAAAGGTTTATAAAGTGTGTCACTTTATTATACAAAATGGGTCGTGGGAACAGCTGT
GGTGGAGGTCAAAGCTCACTTAATTATCTCTTTGGCGGTGGCGGTGGCGGTGATGCTCCT
CCTCCTAAGCCCGCTCCAGCTTCCACTGCTGCGCCTGCACCTGCACCAGCAGCTGTGACA
ACAGCTACGACAACTACTACTGTTGAACCGGCAGTACGGATCAACAAGGAGATCCCTGCT
GGTATCAAAACTCCTGTCAACAACTACGCCCGAGCTGAAGGACAAAACACCGGAAACTTC
CTCACTGACCGTCCTTCCACCAAGGTTCATGCAGCTCCTGGAGGTGGATCATCTCTTGAT
TATCTCTTCACTGGTGGCAAGTAAAACCAACATACATACATTCTGTGTGTTAGTAATGCA
AATTCGTATCCATTCTGTTTCTCTTCTCAAATTTTAAACTGTTTCATGTCATGATGGTTT
CTTGTCAACCCTCGTTTTATCTTGTAATATTCTGCTGAAAAAA

QA 6 588 6 588
DS 

RD RR1GF55TF 632 0 0
GG
AGTCACACACTTCTCCTTCCTTTTGCTTCCGTTAGATCTGATCGCCAATTTCACCCCCCT
CCCCAAAGGTTTATAAAGTGTGTCACTTTATTATACAAAATGGGTCGTGGGAACAGCTGT
GGTGGAGGTCAAAGCTCACTTAATTATCTCTTTGGCGGTGGCGGTGGCGGTGATGCTCCT
CCTCCTAAGCCCGCTCCAGCTTCCACTGCTGCGCCTGCACCTGCACCAGCAGCTGTGACA
ACAGCTACGACAACTACTACTGTTGAACCAGCAGTACAGATCAACAAGGAGATCCCTGCT
GGTATCAAAACTCCTGTCAACAACTACGCCCGAGCTGAAGGACAAAACACCGGAAACTTC
CTCACTGACCGTCCTTCCACCAAGGTTCATGCAGCTCCTGGAGGTGGATCATCTCTTGAT
TATCTCTTCACTGGTGGCAAGTAAAACCAACATACATACATTCTGTGTGTTAGTAATGCA
AATTCGTATCCATTCTGTTTCTCTTCTCAAATTTTAAACTGTTTCATGTCATGATGGTTT
CTTGTCAACCCTCGTTTTATCTTGTAATATTCTGCTGAAAAAAATGTTCATAGCATTTGA
ATCAAAGACACTTCATTCACGTTCTCAAAA

QA 3 632 3 632
DS 



AS 1 3

CO CL3817Contig1 584 3 9 U
GGATATAACATTCAATTAATTAAAAAAAATCGTAAAGAAAGAAGAAAAAAAGCATGTATA
AAAGAGAAAAAGTAGTTTCCTTCTCTATTATTCTTCTGATACCTTTGTTAATTTTCACAG
AAAGAATAAATGCTTATAGTCATAAAGATTTCGAGCGCCGTTGTCGTGGAAGTCCACTCA
AAAATGCACCGCCGGATATGTGTACGAAACTAAATACTCGTGCTGAATGTGTGCGTCGTT
GCAAGGCGCCATCCGGAAAAACCGGATTTGTAAGAGGTGAGTGTGTTGTTAGGAACAATG
TTCACTATTGCCACTGCTACATGTTTATATGCGCTCCACCAGCACCACCCATGCTTCCTG
GCAAGAACGGAAAATAAATATATATACATCTATATTTGTTTATTCCAATAACTTCTCATT
AATACTATTTTTAATATGAAACTATAAAATAAGATCTTTTGGTTTTTAAACAAGAAATAA
TAACTATATATTTATATTATCTCCATCTATTTATAGATCAGCGGGAAAAATATAATTTAT
AATTTGTTGTAAAACTTAATGTGTTTCTATAGATCAGCAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1DJ90JQ C 5
AF RR1DJ90TF U 5
AF RR1HA33TF U 1
BS 1 28 RR1HA33TF
BS 29 29 RR1DJ90TF
BS 30 50 RR1HA33TF
BS 51 51 RR1DJ90TF
BS 52 215 RR1HA33TF
BS 216 216 RR1DJ90TF
BS 217 248 RR1HA33TF
BS 249 249 RR1DJ90TF
BS 250 584 RR1HA33TF

RD RR1DJ90JQ 463 0 0
GG
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AAAAAGTAGTTTCCTTCTCTATTATTCTTCTGATACCTTTGTTAATTTTCACAGAAAGAA
TAAATGCTTATAGTCATAAAGATTTCGAGCGCCGTTGTCGTGGAAGTCCACTCAAAAATG
CACCGCCGGATATGTGTACGAAACTAAATACTCGTGCTGAATGTGTGCGTCGTTGCAAGG
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ATTGCCACTGCTACATGTTTATATGCGCTCCACCAGCACCACCCATGCTTCCTGGCAAGA
ACGGAAAATAAATATATATACATCTATATTTGTTTATTCCAATAACTTCTCATTAATACT
ATTTTTAATATGAAACTATAAAATAAGATCTTTTGGTTTTT

QA 3 463 3 463
DS 

RD RR1DJ90TF 463 0 0
GG
AACATTCAATTAATTAAAAAAAATCGTAAAGAAAGAAGAAAAAAAGCATGTATAAAAGAG
AAAAAGTAGTTTCCTTCTCTATTATTCTTCTGATACCTTTGTTAATTTTCACAGAAAGAA
TAAATGCTTATAGTCATAAAGATTTCGAGCGCCGTTGTCGTGGAAGTCCACTCAAAAATG
CACCGCCGGATATGTGTACGAAACTAAATACTCGTGCTGAATGTGTGCGTCGTTGCAAGG
CGCCATCCGGAAAAACCGGATTTGTAAGAGGTGAGTGTGTTGTTAGGAACAATGTTCACT
ATTGCCACTGCTACATGTTTATATGCGCTCCACCAGCACCACCCATGCTTCCTGGCAAGA
ACGGAAAATAAATATATATACATCTATATTTGTTTATTCCAATAACTTCTCATTAATACT
ATTTTTAATATGAAACTATAAAATAAGATCTTTTGGTTTTT

QA 3 463 3 463
DS 

RD RR1HA33TF 584 0 0
GGATATAACATTCAATTAATTAAAAAAA*TCGTAAAGAAAGAAGAAAAAA*GCATGTATA
AAAGAGAAAAAGTAGTTTCCTTCTCTATTATTCTTCTGATACCTTTGTTAATTTTCACAG
AAAGAATAAATGCTTATAGTCATAAAGATTTCGAGCGCCGTTGTCGTGGAAGTCCACTCA
AAAATGCACCGCCGGATATGTGTACGAAACTAAATGCTCGTGCTGAATGTGTGCGTCGTT
GCAAGGCGTCATCCGGAAAAACCGGATTTGTAAGAGGTGAGTGTGTTGTTAGGAACAATG
TTCACTATTGCCACTGCTACATGTTTATATGCGCTCCACCAGCACCACCCATGCTTCCTG
GCAAGAACGGAAAATAAATATATATACATCTATATTTGTTTATTCCAATAACTTCTCATT
AATACTATTTTTAATATGAAACTATAAAATAAGATCTTTTGGTTTTTAAACAAGAAATAA
TAACTATATATTTATATTATCTCCATCTATTTATAGATCAGCGGGAAAAATATAATTTAT
AATTTGTTGTAAAACTTAATGTGTTTCTATAGATCAGCAAAAAA

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 3

CO CL3818Contig1 869 3 14 U
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TTGATTTATCAATCAACTCTTCTTCTGAGATCTCATACCCCTCTCTCTCTTCTTCTTCTC
TCTGTGATGTTGTGAGGTCTTCGTATCATCAAACTTAGATCAGCTGCGACCCCACCAAAA
AGCAAAGAAGCAAAAGGAGGTATATAGACTTTTTCTTGCCCTTGTTAAGTCATTTGGTGA
GAGTAGAGATTGGCTCTTTGGAGATATATATATATATATA**CATGGCAGAGGTGAAGAA
GGATCACTCAGAGATTAAGTTCCGTCTAAACGATGGTTCAGATATCGGTCCTAAATCGTT
TCCAGATGCTACAACCGTTGCTGCATTGAAAGAAACTGTGGTTGCTCAATGGCCTCGAGA
GAAGGAGAATGGGCCAAAGACAGTGAAAGATGTGAAACTGATAAGCGCGGGTAGAATATT
AGAGAACAACAAGACGGTTGGAGACTGCAGGAGTCCTGTCTCCAATCTCTCAGATGCTGT
CACCACTATGCGTGTCCTCATTCAACCTCAGCTTACTGTAAAAGCAGAAAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGTCTAAAGGTGATCTGAAACAGAACAAATGTGTCTGCTTATGTTTTGGACG
CCGGTTATGAAAGACGAGTAGAGTTCAAAGCTTTGGCAAATTCACATTCTCTTCTTCTTC
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TGTAATTCTGATTCTTAACACAGTGGAATCATAGATAACATTTCAAATTTGCAGACTAGA
GTGAATCTTTAAGAAATTTTACAGTATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1ED19TF U 1
AF RR1BX87TF U 32
AF RR1BX87JQ C 103
BS 1 280 RR1ED19TF
BS 281 282 RR1BX87TF
BS 283 308 RR1ED19TF
BS 309 309 RR1BX87TF
BS 310 551 RR1ED19TF
BS 552 552 RR1BX87TF
BS 553 578 RR1ED19TF
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BS 580 688 RR1ED19TF
BS 689 689 RR1BX87TF
BS 690 722 RR1ED19TF
BS 723 723 RR1BX87TF
BS 724 740 RR1ED19TF
BS 741 869 RR1BX87JQ

RD RR1ED19TF 747 0 0
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TTGATTTATCAATCAACTCTTCTTCTGAGATCTCATACCCCTCTCTCTCTTCTTCTTCTC
TCTGTGATGTTGTGAGGTCTTCGTATCATCAAACTTAGATCAGCTGCGACCCCACCAAAA
AGCAAAGAAGCAAAAGGAGGTATATAGACTTTTTCTTGCCCTTGTTAAGTCATTTGGTGA
GAGTAGAGATTGGCTCTTTGGAGATATATATATATATATATACATGGCAGAGGTGAAGAA
GGATCACTTAGAGATTAAGTTCCGTCTAAACGATGGTTCAGATATCGGTCCTAAATCGTT
TCCAGATGCTACAACCGTTGCTGCATTGAAAGAAACTGTGGTTGCTCAATGGCCTCGAGA
GAAGGAGAATGGGCCAAAGACAGTGAAAGATGTGAAACTGATAAGCGCGGGTAGAATATT
AGAGAACAACAAGACGGTTGGAGACTGCAGGAGTCCTGTCTCCAATCTCTCAGATGCTGT
CACCACTATGCATGTCCTCATTCAACCTCAGCTTACTGAAAAAGCAGAAAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGTCTAAAGGTGATCTGAAACAGAACAAATGTGTCTGCTTATGTTTTGGACG
CCGGTTATGAAAGACGAGTAGAGTTCAA*GCTTTGGCAAATTCACATTCTCTTCTTCTTC
AGCCTCTTTGTGTGCGTGTG
CACATTG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1BX87TF 720 0 0
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CTCATACCCCTCTCTCTCTTCTTCTTCTCTCTGTGATGTTGTGAGGTCTTCGTATCATCA
AACTTAGATCAGCTGCGACCCCACCAAAAAGCAAAGAAGCAAAAGGAGGTATATAGACTT
TTTCTTGCCCTTGTTAAGTCATTTGGTGAGAGTAGAGATTGGCTCTTTGGAGATATATAT
ATATATATA**CATGGCAGAGGTGAAGAAGGATCACTCAGAGATTAAGTTCCGTCTAAAC
GATGGTTCAGATATCGGTCCTAAATCGTTTCCAGATGCTACAACCGTTGCTGCATTGAAA
GAAACTGTGGTTGCTCAATGGCCTCGAGAGAAGGAGAATGGGCCAAAGACAGTGAAAGAT
GTGAAACTGATAAGCGCGGGTAGAATATTAGAGAACAACAAGACGGTTGGAGACTGCAGG
AGTCCTGTCTCCAATCTCTCAGATGCTGTCACCACTATGCGTGTCCTCATTCAACCTCAG
CTTACTGTAAAAGCAGAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTCTAAAGGTGATCTGAAACAG
AACAAATGTGTCTGCTTATGTTTTGGACGCCGGTTATGAAAGACGAGTAGAGTTCAAAGC
TTTGGCAAATTCACATTCTCTTCTTCTTCAGTCTCTTTGTGTGCGTGTG
GCAACATTGGC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1BX87JQ 767 0 0
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GCTGCGACCCCACCAAAAAGCAAAGAAGCAAAAGGAGGTATATAGACTTTTTCTTGCCCT
TGTTAAGTCATTTGGTGAGAGTAGAGATTGGCTCTTTGGAGATATATATATATATATA**
CATGGCAGAGGTGAAGAAGGATCACTCAGAGATTAAGTTCCGTCTAAACGATGGTTCAGA
TATCGGTCCTAAATCGTTTCCAGATGCTACAACCGTTGCTGCATTGAAAGAAACTGTGGT
TGCTCAATGGCCTCGAGAGAAGGAGAATGGGCCAAAGACAGTGAAAGATGTGAAACTGAT
AAGCGCGGGTAGAATATTAGAGAACAACAAGACGGTTGGAGACTGCAGGAGTCCTGTCTC
CAATCTCTCAGATGCTGTCACCACTATGCGTGTCCTCATTCAACCTCAGCTTACTGTAAA
AGCAGAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTCTAAAGGTGATCTGAAACAGAACAAATGTGT
CTGCTTATGTTTTGGACGCCGGTTATGAAAGACGAGTAGAGTTCAAAGCTTTGGCAAATT
CACATTCTCTTCTTCTTCAGTCTCTTTGTGTGCGTGTGGCAACATTGGCTTTTTGGTCGC
TTGAGATTTGGTTTCTAATGTAATTCTGATTCTTAACACAGTGGAATCATAGATAACATT
TCAAATTTGCAGACTAGAGTGAATCTTTAAGAAATTTTACAGTATTC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 3

CO CL3819Contig1 1140 3 8 U
AGGGGTTGAAACCTAAGCTTCTCTCTTCTTCTCGATCAAAGGATGGGGAATACGAATTGC
ATACTGGGAGGTTGCGTCGATCAAGCGAGCGTCGGAGTGGTAGAACGCTGGGGACGATTC
GAGCACATAGCGGAGCCTGGATGCCACTTCTTCAACCCTCTCGCCGGTCAGTGGCTCGCC
GGTGTCCTCTCCACCAGGATCAACTCTCTCGACGTCAAAATCGAGACCAAAACCAAGGAT
AATGTGTTTGTGCAGCTGATATGCTCGATTCAGTACCGTGTGGTGAAAGCAAACGCTGAT
GATGCTTTTTACGAGCTTCAGAACCCTCGAGAGCAGATCCAAGCTTACGTTTTTGATGTG
GTTAGAGCTTTGGTTCCAATGATGACGCTAGACGCTCTTTTTGAACAAAAGGGAGAAGTC
GCCAAGTCTGTTCTTGAAGAACTCGACAAGGTGATGGGTGCTTATGGATACAGCATTGAA
CACATTCTCATGGTTGACATTATTCCTGATCCTTCTGTTCGCAAGGCCATGAATGAGATC
AATGCAGCACAAAGGCTCCAGCTCGCGAGTGTTTACAAAGGAGAAGCAGAGAAGATTCTC
CAAGTGAAGAGAGCCGAAGCAGAGGCGGAAGCCAAGTACCTGGGCGGTGTGGGTGTCGCC
AGACAGAGGCAAGCCATCACAGACGGGTTGAGGGAGAACATTATGAACTTCTCTAGCAAA
GTAGAAGGCACTTCGTCCAAAGATATCATGGACTTGATCATGATCACGCAGTACTTTGAC
ACCATGAGAGACCTCGGAAGCTCATCTAAGAACACAACCGTGTTTCTTCCTCACGGTCCG
GGGCACGTGAGGGATATCAGCGACCAGATTCGTAACGGTTTGATGGAGGCGTCCAGTGCT
CGTGTCGGCGACGAGGTTTAAAGTGAGATTCACTTGGGGTTGTGAATCTATCTATATTCG
TGGGTTTGGGGTTCTTTGATTATGGTTTTAATTACGGTTTAGCACTTGGGGGTGTGTGAA
TTTATTTGGATGTTGCTTCCTTTTTTATGTTTATGGTTTTATTAATGATATAAATAATAA
CCCAAAGTACTTTGAACTCTTTATGTAATATATTCTGATCTCTTAAAAACGGTGATGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG23TF U 1
AF RR1FC12TF U 30
AF RR1FC12JQ C 350
BS 1 276 RR1FG23TF
BS 277 277 RR1FC12TF
BS 278 526 RR1FG23TF
BS 527 527 RR1FC12TF
BS 528 637 RR1FG23TF
BS 638 638 RR1FC12TF
BS 639 722 RR1FG23TF
BS 723 1140 RR1FC12JQ

RD RR1FG23TF 722 0 0
AGGGGTTGAAACCTAAGCTTCTCTCTTCTTCTCGATCAAAGGATGGGGAATACGAATTGC
ATACTGGGAGGTTGCGTCGATCAAGCGAGCGTCGGAGTGGTAGAACGCTGGGGACGATTC
GAGCACATAGCGGAGCCTGGATGCCACTTCTTCAACCCTCTCGCCGGTCAGTGGCTCGCC
GGTGTCCTCTCCACCAGGATCAACTCTCTCGACGTCAAAATCGAGACCAAAACCAAGGAT
AATGTGTTTGTGCAGCTGATATGCTCGATTCAGTACTGTGTGGTGAAAGCAAACGCTGAT
GATGCTTTTTACGAGCTTCAGAACCCTCGAGAGCAGATCCAAGCTTACGTTTTTGATGTG
GTTAGAGCTTTGGTTCCAATGATGACGCTAGACGCTCTTTTTGAACAAAAGGGAGAAGTC
GCCAAGTCTGTTCTTGAAGAACTCGACAAGGTGATGGGTGCTTATGGATACAGCATTGAA
CACATTCTCATGGTTGACATTATTCCTGATCCTTCTGTTCGCAAGGTCATGAATGAGATC
AATGCAGCACAAAGGCTCCAGCTCGCGAGTGTTTACAAAGGAGAAGCAGAGAAGATTCTC
CAAGTGAAGAGAGCCGAAGCAGAGGCGGAAGCCAAGTGCCTGGGCGGTGTGGGTGTCGCC
AGACAGAGGCAAGCCATCACAGACGGGTTGAGGGAGAACATTATGAACTTCTCTAGCAAA
GT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1FC12TF 693 0 0
GG
TCGATCAAAGGATGGGGAATACGAATTGCATACTGGGAGGTTGCGTCGATCAAGCGAGCG
TCGGAGTGGTAGAACGCTGGGGACGATTCGAGCACATAGCGGAGCCTGGATGCCACTTCT
TCAACCCTCTCGCCGGTCAGTGGCTCGCCGGTGTCCTCTCCACCAGGATCAACTCTCTCG
ACGTCAAAATCGAGACCAAAACCAAGGATAATGTGTTTGTGCAGCTGATATGCTCGATTC
AGTACCGTGTGGTGAAAGCAAACGCTGATGATGCTTTTTACGAGCTTCAGAACCCTCGAG
AGCAGATCCAAGCTTACGTTTTTGATGTGGTTAGAGCTTTGGTTCCAATGATGACGCTAG
ACGCTCTTTTTGAACAAAAGGGAGAAGTCGCCAAGTCTGTTCTTGAAGAACTCGACAAGG
TGATGGGTGCTTATGGATACAGCATTGAACACATTCTCATGGTTGACATTATTCCTGATC
CTTCTGTTCGCAAGGCCATGAATGAGATCAATGCAGCACAAAGGCTCCAGCTCGCGAGTG
TTTACAAAGGAGAAGCAGAGAAGATTCTCCAAGTGAAGAGAGCCGAAGCAGAGGCGGAAG
CCAAGTACCTGGGCGGTGTGGGTGTCGCCAGACAGAGGCAAGCCATCACAGACGGGTTGA
GGGAGAACATTATGAACTTCTCTAGCAAAGT

QA 3 693 3 693
DS 

RD RR1FC12JQ 791 0 0
TTTTTGATGTGGTTAGAGCTTTGGTTCCAATGATGACGCTAGACGCTCTTTTTGAACAAA
AGGGAGAAGTCGCCAAGTCTGTTCTTGAAGAACTCGACAAGGTGATGGGTGCTTATGGAT
ACAGCATTGAACACATTCTCATGGTTGACATTATTCCTGATCCTTCTGTTCGCAAGGCCA
TGAATGAGATCAATGCAGCACAAAGGCTCCAGCTCGCGAGTGTTTACAAAGGAGAAGCAG
AGAAGATTCTCCAAGTGAAGAGAGCCGAAGCAGAGGCGGAAGCCAAGTACCTGGGCGGTG
TGGGTGTCGCCAGACAGAGGCAAGCCATCACAGACGGGTTGAGGGAGAACATTATGAACT
TCTCTAGCAAAGTAGAAGGCACTTCGTCCAAAGATATCATGGACTTGATCATGATCACGC
AGTACTTTGACACCATGAGAGACCTCGGAAGCTCATCTAAGAACACAACCGTGTTTCTTC
CTCACGGTCCGGGGCACGTGAGGGATATCAGCGACCAGATTCGTAACGGTTTGATGGAGG
CGTCCAGTGCTCGTGTCGGCGACGAGGTTTAAAGTGAGATTCACTTGGGGTTGTGAATCT
ATCTATATTCGTGGGTTTGGGGTTCTTTGATTATGGTTTTAATTACGGTTTAGCACTTGG
GGGTGTGTGAATTTATTTGGATGTTGCTTCCTTTTTTATGTTTATGGTTTTATTAATGAT
ATAAATAATAACCCAAAGTACTTTGAACTCTTTATGTAATATATTCTGATCTCTTAAAAA
CGGTGATGCAC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 3

CO CL3820Contig1 753 3 5 U
TTTTTGTGTGTAATAATCCAATGAATGTGTTTTTACAAAGATGTATTTTGCCTTATATAA
CAACAATCTACCTGAACTTTCTGATTGGTAAAGCTTTTCCGAATAACTTCTCAACCTCGT
TAGCTTCCATTTTGAGCTCATCCAAAAGCTCCATCTCCTCTTTACTCAACCCTCTCAAGA
AATTCTCCTCGTCTTGCTTTAGCTCCTCGAACCCTTCGGCTAATCTCTGGAACAGAGTCA
TCTCAGTCTTACCCACTTTCTCCACTTCCTTCTCTACCTCCTCCTCTATCTCTTCCACCT
CTTTCACGATGATCTTCTCCCCTTCCTCCACCGTCTTCTCGAGTCTCTCCACAAGAGGAG
GTTCGGGACCGCAGGTGTTATCAGTTTTTATGAATGTGCTGAAGTCTCTTCCTATGGTTT
TAGCTGCTTTCTCGAGCTCCGGTACAATGCTGCATCGGCAGATGGAACTATGAGAAACGC
GCAGGCAACAACGCCTACGAGCTTTAGCACCAGTTGAGTGTTGAGCTCTTTGAGTGCATT
TCTCGATGTCAACGCCACAATATCAAATACTCCCTTAGAGATTCTTGACCTGAATCCAGA
TAAGGGTGGTGGGGATTTCGCAGTTACTCTTAGACTAGAGTTTTGGGAAGAAGAAGGTAA
GATCTTGACCAAGAAAGTGCCTTTGATTCTCTTTCTTAGAAGTTTATTATTACCATCGTC
GCTTGAGAGGAATCTCGCACGGTTGTGACAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX96JQ U 1
AF RR1GF27JQ U 6
AF RR1GF27TF C 8
BS 1 100 RR1GX96JQ
BS 101 101 RR1GF27JQ
BS 102 202 RR1GX96JQ
BS 203 747 RR1GF27JQ
BS 748 753 RR1GF27TF

RD RR1GX96JQ 211 0 0
TTTTTGTGTGTAATAATCCAATGAATGTGTTTTTACAAAGATGTATTTTGCCTTATATAA
CAACAATCTACCTGAACTTTCTGATTGGTAAAGCTTTTCCCAATAACTTCTCAACCTCGT
TAGCTTCCATTTTGAGCTCATCCAAAAGCTCCATCTCCTCTTTACTCAACCCTCTCAAGA
AATTCTCCTCGTCTTGCTTTAG
GTGTTATCA

QA 1 202 1 202
DS 

RD RR1GF27JQ 742 0 0
GTGTGTAATAATCCA
ATGAATGTGTTTTTACAAAGATGTATTTTGCCTTATATAACAACAATCTACCTGAACTTT
CTGATTGGTAAAGCTTTTCCGAATAACTTCTCAACCTCGTTAGCTTCCATTTTGAGCTCA
TCCAAAAGCTCCATCTCCTCTTTACTCAACCCTCTCAAGAAATTCTCCTCGTCTTGCTTT
AGCTCCTCGAACCCTTCGGCTAATCTCTGGAACAGAGTCATCTCAGTCTTACCCACTTTC
TCCACTTCCTTCTCTACCTCCTCCTCTATCTCTTCCACCTCTTTCACGATGATCTTCTCC
CCTTCCTCCACCGTCTTCTCGAGTCTCTCCACAAGAGGAGGTTCGGGACCGCAGGTGTTA
TCAGTTTTTATGAATGTGCTGAAGTCTCTTCCTATGGTTTTAGCTGCTTTCTCGAGCTCC
GGTACAATGCTGCATCGGCAGATGGAACTATGAGAAACGCGCAGGCAACAACGCCTACGA
GCTTTAGCACCAGTTGAGTGTTGAGCTCTTTGAGTGCATTTCTCGATGTCAACGCCACAA
TATCAAATACTCCCTTAGAGATTCTTGACCTGAATCCAGATAAGGGTGGTGGGGATTTCG
CAGTTACTCTTAGACTAGAGTTTTGGGAAGAAGAAGGTAAGATCTTGACCAAGAAAGTGC
CTTTGATTCTCTTTCTTAGAAGTTTATTATTACCATCGTCGCTTGAGAGGAATCTCGCAC
GGTTGTG

QA 16 742 16 742
DS 

RD RR1GF27TF 746 0 0
TGTGTGTATATCC
ATGAATGTGTTTT*ACAAAGATGTATTTG**CTTATATAACAACAATCTACC*GAACTTT
CTGATTGGTAAAGCTTTTCCGAATA*CTTCTCAACCTCGTTAGCTTCCATTTTGAGCTCA
TCCAAAAGCTCCATCTCCTCTTTACTCAACCCTCTCAAGAAATTCTCCTCGTCTTGCTTT
AGCTCCTCGAACCCTTCGGCTAATCTCTGGAACAGAGTCATCTCAGTCTTACCCACTTTC
TCCACTTCCTTCTCTACCTCCTCCTCTATCTCTTCCACCTCTTTCACGATGATCTTCTCC
CCTTCCTCCACCGTCTTCTCGAGTCTCTCCACAAGAGGAGGTTCGGGACCGCAGGTGTTA
TCAGTTTTTATGAATGTGCTGAAGTCTCTTCCTATGGTTTTAGCTGCTTTCTCGAGCTCC
GGTACAATGCTGCATCGGCAGATGGAACTATGAGAAACGCGCAGGCAACAACGCCTACGA
GCTTTAGCACCAGTTGAGTGTTGAGCTCTTTGAGTGCATTTCTCGATGTCAACGCCACAA
TATCAAATACTCCCTTAGAGATTCTTGACCTGAATCCAGATAAGGGTGGTGGGGATTTCG
CAGTTACTCTTAGACTAGAGTTTTGGGAAGAAGAAGGTAAGATCTTGACCAAGAAAGTGC
CTTTGATTCTCTTTCTTAGAAGTTTATTATTACCATCGTCGCTTGAGAGGAATCTCGCAC
GGTTGTGACAGGC

QA 14 746 14 746
DS 



AS 1 3

CO CL3821Contig1 911 3 8 U
TTTTTCTTCGCCGTCGACGCCGTGGCTATGGTTACCTCTTCACATATGCAACAGAAACGT
CTCACAACTCCTTTAATTCGGCATTAGAAATTAGGGTTTGTCGGTCGTCGTCCTCTCGCC
CCATGTCTACTCGACACTCATCGACGGCGAGTGGAGAGAGCCCATCTTGAAGAATCACAT
CCCCATCGTCAATCCAGCTACCCAAGATGTCATTGGTGATATCCCCGCGGCTACAAAGGA
GGATGTGGAAGCTGCAGTCAACGCTGCTCGAAGAGCTTTCTCAGCTCGAAGAGCTTTCTC
AAGGAACATAGGCAAAGACTGGGCCACAGAACCTGGAGCTCTTCGTGCTAAGTATCTACG
TGCTATTATTACTAAGGTGACTGAAAGGAAGTCGCATCTGGCAACGCCTGAGTCGGTTGA
CTGTGGTAAACCATTGGATGAAACAGTTTGGGATATGGAGGATGTTGCTGGGTGTTTTAC
GGGTGTTTGATGTTGCTAGATGCTAAGCAGAAAGCGCCTGTTTCTCTTTCCATGGAGAGT
TTTAAGAGTTACGTTCTCAGGCAACTTCTTTGAGTTGTGGGACTCATCACACCTTGGAAC
TATCAGTTTCCTTTTTTTTGGTGGTGGGTGATCCCTTATGCTTTTAAACTTGGTTTGATC
TTGTAGGAATTACCCCCCTTCTGATGGCTCCTTCACTTGCTGCTGGATGTACTGCGGTTC
TCAAGCCATCAGAGCTCCCATCAGTGAAACCGCAAGTAACTACTTACGTACCAAGAGACA
CAGTTGATCAGTTGACTCATTCACCATTCCTTTTGTAATTTGAAACATGGACACTCATAA
CGGTTTCTATATATGACTAATTGATAAAGTATTTTCTGTAACTACTACTGAATCACAACT
TCATGATTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY25TF U 55
AF RR1EC42TF U 1
AF RR1DY25JQ C 156
BS 1 559 RR1EC42TF
BS 560 560 RR1DY25TF
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BS 725 736 RR1EC42TF
BS 737 911 RR1DY25JQ

RD RR1DY25TF 588 0 0
G
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TCGCCCCATGTCTACTCGACACTCATCGACGGCGAGTGGAGAGAGCCCATCTTGAAGAAT
CACATCCCCATCGTCAATCCAGCTACCCAAGATGTCATTGGTGATATCCCCGCGGCTACA
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TTCTCAAGGAACATAGGCAAAGACTGGGCCACAGAACCTGGAGCTCTTCGTGCTAAGTAT
CTACGTGCTATTATTACTAAGGTGACTGAAAGGAAGTCGCATCTGGCAACGCCTGAGTCG
GTTGACTGTGGTAAACCATTGGATGAAACAGTTTGGGATATGGAGGATGTTGCTGGGTGT
TTTACGGGTGTTTGATGTTGCTAGATGCTAAGCAGAAAGCGCCTGTTTCTCTTTCCATGG
AGAGTTTTAAGAGTTACGTTCTCAGGCAACTTCTTTGAGTTGTGGGACTCATCACACCTT
GGAACTATCAGTTTCCTTTTTTTTGGTGGTGGGTGATCCCTTATGCT

QA 2 588 2 588
DS 

RD RR1EC42TF 736 0 0
TTTTTCTTCGCCGTCGACGCCGTGGCTATGGTTACCTCTTCACATATGCAACAGAAACGT
CTCACAACTCCTTTAATTCGGCATTAGAAATTAGGGTTTGTCGGTCGTCGTCCTCTCGCC
CCATGTCTACTCGACACTCATCGACGGCGAGTGGAGAGAGCCCATCTTGAAGAATCACAT
CCCCATCGTCAATCCAGCTACCCAAGATGTCATTGGTGATATCCCCGCGGCTACAAAGGA
GGATGTGGAAGCTGCAGTCAACGCTGCTCGAAGAGCTTTCTCAGCTCGAAGAGCTTTCTC
AAGGAACATAGGCAAAGACTGGGCCACAGAACCTGGAGCTCTTCGTGCTAAGTATCTACG
TGCTATTATTACTAAGGTGACTGAAAGGAAGTCGCATCTGGCAACGCCTGAGTCGGTTGA
CTGTGGTAAACCATTGGATGAAACAGTTTGGGATATGGAGGATGTTGCTGGGTGTTTTAC
GGGTGTTTGATGTTGCTAGATGCTAAGCAGAAAGCGCCTGTTTCTCTTTCCATGGAGAGT
TTTAAGAGTTACGTTCTCACGCAACTTCTTTGAGTTGTGGGACTCATCACACCTTGGAAC
TATCAGTTTCCTTTTTTTTGGTGGTGGGTGATCCCTTATGCTTTTAAACTTGGTTTGATC
TTGTAG*AATTACCCCCCTTCTGATGGCTCCTTCACTTGCTGCTGGATGTACTGCGGTTC
TCA*GCCATCAGAGCT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1DY25JQ 756 0 0
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GTGATATCCCCGCGGCTACAAAGGAGGATGTGGAAGCTGCAGTCAACGCTGCTCGAAGAG
CTTTCTCAGCTCGAAGAGCTTTCTCAAGGAACATAGGCAAAGACTGGGCCACAGAACCTG
GAGCTCTTCGTGCTAAGTATCTACGTGCTATTATTACTAAGGTGACTGAAAGGAAGTCGC
ATCTGGCAACGCCTGAGTCGGTTGACTGTGGTAAACCATTGGATGAAACAGTTTGGGATA
TGGAGGATGTTGCTGGGTGTTTTACGGGTGTTTGATGTTGCTAGATGCTAAGCAGAAAGC
GCCTGTTTCTCTTTCCATGGAGAGTTTTAAGAGTTACGTTCTCAGGCAACTTCTTTGAGT
TGTGGGACTCATCACACCTTGGAACTATCAGTTTCCTTTTTTTTGGTGGTGGGTGATCCC
TTATGCTTTTAAACTTGGTTTGATCTTGTAGGAATTACCCCCCTTCTGATGGCTCCTTCA
CTTGCTGCTGGATGTACTGCGGTTCTCAAGCCATCAGAGCTCCCATCAGTGAAACCGCAA
GTAACTACTTACGTACCAAGAGACACAGTTGATCAGTTGACTCATTCACCATTCCTTTTG
TAATTTGAAACATGGACACTCATAACGGTTTCTATATATGACTAATTGATAAAGTATTTT
CTGTAACTACTACTGAATCACAACTTCATGATTCTC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL3822Contig1 519 2 7 U
AAATCACATTAAAAATTAAAAAAAAAAAGTGATTTCTTGAATGAAATGTTACATAATTTG
AATACATGAAATCAAATATCCGGACAAAGTGTTAAAGCTTATCATAATATCAAAATGTTA
CCCACGGTCGAGTAGTATCATCATCAAGCCTCTCTTTATCTCCTCATCACACGGTTACCC
TCTCTCTTGCGGAACCGTTCCATCATTATCTGATCAGTTGCAGCTTGTCTGGTATTCCCT
GAATCCGTACCATTATTGTTACTAATAAACGGCTTAGGTCTTTCCCCATCACCTTGAGGT
CCCCCTTTATCTTTGTATAACTCAGGATGTTCTCTTCTAAGCTTTTCACCATAATCTTTC
CCGCGTTGGAAATAATCGGCACTGTAACTAAACGGAATGTTGAACTCTGATTTGGGCCGA
CCCATTACCCTCTTCTCTTGCAAAAGCTTCTTGGCCCCTTCTGTTTCTTCAATGTTCTTC
ACCTTGTATTCAATAGGGAGTTGCACTTCTGCTATTCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CT69JQ U 253
AF RR1FL49JQ U 1
BS 1 264 RR1FL49JQ
BS 265 265 RR1CT69JQ
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BS 304 348 RR1FL49JQ
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BS 350 519 RR1FL49JQ

RD RR1CT69JQ 191 0 0
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TTGTATAACTCAGGATGTTCTCTTCTAAGCTTTTCACCATAATCTTTCCCGCGTTGGAAA
TAATCGGTACTGTAACTAAACGGAATGTTGAACTCTGATTTGGGCCGACCCATTACCCTC
TTCTCTTGCA
A

QA 1 190 1 190
DS 

RD RR1FL49JQ 519 0 0
AAATCACATTAAAAATTAAAAAAAAAAAGTGATTTCTTGAATGAAATGTTACATAATTTG
AATACATGAAATCAAATATCCGGACAAAGTGTTAAAGCTTATCATAATATCAAAATGTTA
CCCACGGTCGAGTAGTATCATCATCAAGCCTCTCTTTATCTCCTCATCACACGGTTACCC
TCTCTCTTGCGGAACCGTTCCATCATTATCTGATCAGTTGCAGCTTGTCTGGTATTCCCT
GAATCCGTACCATTATTGTTACTAGTAAACGGCTTAGGTCTTTCCCCATCACCTTGAGGT
CCTCCTTTATCTTTGTATAACTCAGGATGTTCTCTTCTAAGCTTTTCAGCATAATCTTTC
CCGCGTTGGAAATAATCGGCACTGTAACTAAACGGAATGTTGAACTCTGATTTGGGCCGA
CCCATTACCCTCTTCTCTTGCAAAAGCTTCTTGGCCCCTTCTGTTTCTTCAATGTTCTTC
ACCTTGTATTCAATAGGGAGTTGCACTTCTGCTATTCCA

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 3

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AAGCAACTCGTCTTGCTTGCATCTGTTTGTTCCGGCATCCTCATGTGCAAAATCGTTTAT
GACTTGACTGGTTTCATAAGTCCTTTGCTCTTCAGTGCTTATGGGAAACTCGACGGCAAA
GTTAGAATGGAATGGAACAACAGGGGATTCTCAACGTTCCATGCTGTTTTTGTTTCTGTG
GCATCAATCTATCTCCTGGTGATTTCAGATCAGTTTGATGAGAGTGTTCATGGTGATTCA
GTCATCAATAGTACAACGAGGTTGTCGGAATCTGTAATGGGGATCTCCTTAGGCTATTTT
GTAGCAGACTTAATGATGATCTTTTGGCATTTTCCTACTCTTGGTGGTGTTGAATACGTT
TTCCATCACTGCTTATCGATGTTCTCCATCATTCTTTCTGTCACAAGTGGACAAGCACAG
TTCTACATATTCATGGTTCTCTTGTCTGAGGCCACTGCCCCGTTTGTCAACCTACGGTGG
TACTTGGATGCTAGTGGTCAAAAAGGCTCTAAGGCGTACACTCTCAATGGGATTGCCCTG
TTCTTGGGTTGGCTGGTCGCGAGGATCCTTTTGTTTATCTACTTCTTTGTACACATGTAC
TCCCATTTCCACCAGGTGAAACAAGTGTTTCCACTGGGATTTTACAGCCTTATTGCGGTT
GGACCGGTTCTGTCAGCGATGAATCTTCTTTGGTTCTGGAAAATCACCAAAGGATCGATC
AAAACAATCTCCAAGGCGACGGGAAAGAAAAAACAGTGATGGTCTCTGCTTGACTTGGAA
AAAAAAGATTGGGGATTGCATTGACTTTGGTCTGTTCATGAAAAAAAGATCCATTGATAT
CATATTTGTGACTCGTCTTTGAAGCCTTTTCGGTTTATAGGACTGCCTTTCTATGGGAAT
TGTATATTCACAACCTTTCAGCTGTTTCTTAGGTATTCAACGTGTAAAGTTTTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CK94TF U 1
AF RR1E090TF U 63
AF RR1CK94JQ C 386
BS 1 630 RR1CK94TF
BS 631 631 RR1E090TF
BS 632 656 RR1CK94TF
BS 657 657 RR1E090TF
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BS 671 789 RR1E090TF
BS 790 1137 RR1CK94JQ

RD RR1CK94TF 670 0 0
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CTTTGACGATTTCGACATCTAAAGGATTGTAATTGACCGCAAGAAAAAGATTCCTCCCTC
CTTCCCTCGGCTCAAAGCAAGAATCTTTCATTCATGACGACCAATTTCGATGACTCTTCA
AAGCAACTCGTCTTGCTTGCATCTGTTTGTTCCGGCATCCTCATGTGCAAAATCGTTTAT
GACTTGACTGGTTTCATAAGTCCTTTGCTCTTCAGTGCTTATGGGAAACTCGACGGCAAA
GTTAGAATGGAATGGAACAACAGGGGATTCTCAACGTTCCATGCTGTTTTTGTTTCTGTG
GCATCAATCTATCTCCTGGTGATTTCAGATCAGTTTGATGAGAGTGTTCATGGTGATTCA
GTCATCAATAGTACAACGAGGTTGTCGGAATCTGTAATGGGGATCTCCTTAGGCTATTTT
GTAGCAGACTTAATGATGATCTTTTGGCATTTTCCTACTCTTGGTGGTGTTGAATACGTT
TTCCATCACTGCTTATCGATGTTCTCCATCATTCTTTCTGTCACAAGTGGACAAGCACAG
TTCTACATATTCATGGTTCTCTTGTCTGAG*CCACTGCCCCGTTTGTCAACCTACG*TGG
TACTTGGATG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1E090TF 728 0 0
GG
GACGATTTCGACATTTAAAGGATTGTAATTGACCGCAAGAAAAAGATTCCTCCCTCCTTC
CCTCGGCTCAAAGCAAGAATCTTTCATTCATGACGACCAATTTCGATGACTCTTCAAAGC
AACTCGTCTTGCTTGCATCTGTTTGTTCCGGCATCCTCATGTGCAAAATCGTTTATGACT
TGACTGGTTTCATAAGTCCTTTGCTCTTCAGTGCTTATGGGAAACTCGACGGCAAAGTTA
GAATGGAATGGAACAACAGGGGATTCTCAACGTTCCATGCTGTTTTTGTTTCTGTGGCAT
CAATCTATCTCCTGGTGATTTCAGATCAGTTTGATGAGAGTGTTCATGGTGATTCAGTCA
TCAATAGTACAACGAGGTTGTCGGAATCTGTAATGGGGATCTCCTTAGGCTATTTTGTAG
CAGACTTAATGATGATCTTTTGGCATTTTCCTACTCTTGGTGGTGTTGAATATGTTTTCC
ATCACTGCTTATCGATGTTCTCCATCATTCTTTCTGTCACAAGTGGACAAGCACAGTTCT
ACATATTCATGGTTCTCTTGTCTGAGGCCACTACCCCGTTTGTCAACCTACGGTGGTACT
TGGATGCTAGTGGTCAAAAAGGCTCTAAGGCGTACACTCTCAATGGGATTGCCCTGTTCT
TGGGTTGGCTGGTCGCGAGGATCCTTTTGTTTATCTACTTCTTTGTACACATGTACTCCC
ATTTC
A

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR1CK94JQ 752 0 0
CAGATCAGTTTGATGAGAGTGTTCATGGTGATTCAGTCATCAATAGTACAACGAGGTTGT
CGGAATCTGTAATGGGGATCTCCTTAGGCTATTTTGTAGCAGACTTAATGATGATCTTTT
GGCATTTTCCTACTCTTGGTGGTGTTGAATACGTTTTCCATCACTGCTTATCGATGTTCT
CCATCATTCTTTCTGTCACAAGTGGACAAGCACAGTTCTACATATTCATGGTTCTCTTGT
CTGAGGCCACTGCCCCGTTTGTCAACCTACGGTGGTACTTGGATGCTAGTGGTCAAAAAG
GCTTTAAGGCGTACACTCTCAATGGGATTGCCCTGTTCTTGGGTTGGCTGGTCGCGAGGA
TCCTTTTGTTTATCTACTTCTTTGTACACATGTACTCCCATTTCCACCAGGTGAAACAAG
TGTTTCCACTGGGATTTTACAGCCTTATTGCGGTTGGACCGGTTCTGTCAGCGATGAATC
TTCTTTGGTTCTGGAAAATCACCAAAGGATCGATCAAAACAATCTCCAAGGCGACGGGAA
AGAAAAAACAGTGATGGTCTCTGCTTGACTTGGAAAAAAAAGATTGGGGATTGCATTGAC
TTTGGTCTGTTCATGAAAAAAAGATCCATTGATATCATATTTGTGACTCGTCTTTGAAGC
CTTTTCGGTTTATAGGACTGCCTTTCTATGGGAATTGTATATTCACAACCTTTCAGCTGT
TTCTTAGGTATTCAACGTGTAAAGTTTTAAGC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

CO CL3824Contig1 689 3 12 U
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AATTGGAGAGAAAAGATTAGTTGGGTTCCACGGTACCGGACTATCAATTGCACCTGAAAT
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CCAAGCTCTATACAAGTCGGTGGATGAACAATACAAGACTCTAAACACTGCAATCAATCA
CCGAAGAGGAATAGAAGCATCAACTTCAACAGTCTCTTTGTCACAACCCTGGAATTAATC
TCTCAAGTTGTTAGGGATACACAATCACGTGCAGATATAATCACACGTTGTCGTAGGGGA
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ATAGGTACTATCTTGGTTTCTAACGTGGGAACAAAAGTTGGGTTTGTGTACATATGAAGA
GTGAGAGACGACATACACTCTTTCTAGGCTCCTTTTAGATCATCACAATACTCTCTTCAT
TTGTAATATTCCTTTTTTCTGCTCTCTACTATATTGAGCCAGATGAATAATTCAATTTTT
CTTTTTTTGCTTCCTACTCTAAGCGTTATGATTTTATTCCAATTTAAAATCTGTACAGAT
ATCTGGGCTTTTGAAGTGATCTGTAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BA67TF U 1
AF RR1EP40JQ C 261
AF RR1EP40TF U 306
BS 1 327 RR1BA67TF
BS 328 329 RR1EP40TF
BS 330 393 RR1BA67TF
BS 394 394 RR1EP40TF
BS 395 398 RR1BA67TF
BS 399 399 RR1EP40TF
BS 400 423 RR1BA67TF
BS 424 424 RR1EP40TF
BS 425 562 RR1BA67TF
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BS 564 605 RR1BA67TF
BS 606 689 RR1EP40TF

RD RR1BA67TF 605 0 0
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AATTGGAGAGAAAAGATTAGTTGGGTTCCACGGTACCGGACTATCAATTGCACCTGAAAT
CAGCTTCTCAGATGTAACGGCAGACTGCAGCAACCCGAATGAGGCGAAAGAAGCATACAG
CCAAGCTCTATACAAGTCGGTGGATGAACAATACAAGACTCTAAACACTGCAATCAATCA
CCGAAGAGGAATAGAAGCATCAACTTCAACAGTCTCTTTGTCACAACCCTGGAATTAATC
TCTCAAGTTGTTAGGGATACACAATCAAATGCAGATATAATCACACGTTGTCGTAGGGGA
GTTACTTCACTATCTTCAGAAAATATATTACAAGGCCTTTCTCCCTGATGAAACAAAGAA
ATAAGTACTATCTTGGTTTCTAACGTGGGAACAAAAGTTGGGTTTGTGTACATATGAAGA
GTGAGAGACGACATACACTCTTTCTAGGCTCCTTTTAGATCATCACAATACTCTCTTCAT
TTGTAATATTCCTTTTTTCTGCCCTCTACTATATTGAGCCAGATGAATAATTCAATTTTT
CTTTT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1EP40JQ 429 0 0
G
AACTTCAACAGTCTCTTTGTCACAACCCTGGAATTAATCTCTCAAGTTGTTAGGGATACA
CAATCACGTGCAGATATAATCACACGTTGTCGTAGGGGAGTTACTTCACTATCTTCAGAA
AATATATTACAAAGCCTCTCTCCCTGATGAAACAAAGAAATAGGTACTATCTTGGTTTCT
AACGTGGGAACAAAAGTTGGGTTTGTGTACATATGAAGAGTGAGAGACGACATACACTCT
TTCTAGGCTCCTTTTAGATCATCACAATACTCTCTTCATTTGTAATATTCCTTTTTTCTG
CTCTCTACTATATTGAGCCAGATGAATAATTCAATTTTTCTTTTTTTGCTTCCTACTCTA
AGCGTTATGATTTTATTCCAATTTAAAATCTGTACAGATATCTGGGCTTTTGAAGTGATC
TGTAAACT

QA 2 429 2 429
DS 

RD RR1EP40TF 384 0 0
AGTTGTTAGGGATACACAATCACGTGCAGATATAATCACACGTTGTCGTAGGGGAGTTAC
TTCACTATCTTCAGAAAATATATTACAAAGCCTCTCTCCCTGATGAAACAAAGAAATAGG
TACTATCTTGGTTTCTAACGTGGGAACAAAAGTTGGGTTTGTGTACATATGAAGAGTGAG
AGACGACATACACTCTTTCTAGGCTCCTTTTAGATCATCACAATACTCTCTTCATTTGTA
ATATTCCTTTTTTCTGCTCTCTACTATATTGAGCCAGATGAATAATTCAATTTTTCTTTT
TTTGCTTCCTACTCTAAGCGTTATGATTTTATTCCAATTTAAAATCTGTACAGATATCTG
GGCTTTTGAAGTGATCTGTAAACT

QA 1 384 1 384
DS 



AS 1 3

CO CL3825Contig1 808 3 5 U
GCAAACAAACAAAATGGCTAGACAATTTGCCATTGTTGCGATCTGCATCGTCCTCATCGC
CGGCGTCGGAGGCCAAGCTCCGTCGTCACCACCAACCACCACACCAGCACCACCAACTAC
AACAACTCCACCACCAGCAGCGACCCCTCCTCCAGTCTCAGCTCCTCCACCAGTCACAAC
TTCTCCTCCTCCAGCCACTCCTCCTCCGGTCGCAACTCCTCCTCCAGTCGCAACTCCTCC
CCCCGTCGCAACTCCTCCTCCAGCAACTCCCCCTCCCGTCGCATCTCCTCCTCCAGCAAC
TCCTCCACCCGTCGCAACTCCTCCTCCAGCAACGCCTCCTCCAGCTCCTCTTGCATCTCC
TCCAGCTCAGGTTCCAGCTCTTGCTCCTACTAAGCCAGACGCTCCCACTGTATCTCCGAC
GTCTAGCCCTCCTTCCCCAGCGACTGATGGTCCTGGACCAAGCACCAGTGAGCTCTCTCC
AGGACCTTCCACAGGTCCCAATGACCAGAGTGGAGCAAGCAAGACGGTTTCAAGCTTGGT
ACTTGGATCTGTTCTCGTTTGGTTTATGATCTAAGCGCGGGAGCCTTTCGCTCGGTGTTC
GTTGCATTTATTTTCATGTTGATGTTTGTTTGTTCCATTGTTATTATACTTTCGGAACCG
TATTCTTTTGGATTATTATCTTTTGGAGAGGATATTGTTGAGAGTTGAAATGGAGATATC
AGGATATTTCGTTTGGAGATAATTTGTGGCTTTCCTTCTCATTCTATTTGATTATTAGTG
TACTACATTTGCTTTCTTCCGTGTTTAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1C536TF U 1
AF RR1AT73JQ C 450
AF RR1AT73TF U 573
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AACAACTCCACCACCAGCAGCGACCCCTCCTCCAGTCTCAGCTCCTCCACCAGTCACAAC
TTCTCCTCCTCCAGCCACTCCTCCTCCGGTCGCAACTCCTCCTCCAGTCGCAACTCCTCC
CCCCGTCGCAACTCCTCCTCCAGCAACTCCCCCTCCCGTCGCATCTCCTCCTCCAGCAAC
TCCTCCACCCGTCGCAACTCCTCCTCCAGCAACGCCTCCTCCAGCTCCTCTTGCATCTCC
TCCAGCTCAGGTTCCAGCTCTTGCTCCTACTAAGCCAGACGCTCCCACTGTATCTCCGAC
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CTTTCCTTCTCATTTTATTTGATTATTAGTGTACTACATT*GCTTTTTTCCGTGTTTAG

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DS 

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TTCCATTGTTATTATACTTTCGGAACCGTATTCTTTTGGATTATTATCTTTTGGAGAGGA
TATTGTTGAGAGTTGAAATGGAGATATCAGGATATTTCGTTTGGAGATAATTTGTGGCTT
TCCTTCTCATTCTATTTGATTATTAGTGTACTACATTTGCTTTCTTCCGTGT
CTAG

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DS 



AS 1 3

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CTTTTAGGTGGGTTGAAAGATCACTTAAAGACCATTAGACGCAGCAGGCGTATAGTTTTC
ATTGGGTGTGGGACAAGTTACAACGCCGCTCTTGCATCTAGACCTATCCTTGAAGAACTC
TCTGGTATACCAGTCAGCATGGAGATTGCTAGTGATCTCTGGGACAGGCAAGGTCCGATA
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ATAGTGCCATTACAGTTATTGGCTTATCATCTGACTGTTTTGAGAGGTCACAATGTTGAT
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TATAGCGGTATAGGTATGCGTTTGGATGTTCATGTTAGTCTCGCTAACGTCATCGTATTA
TCATTACTTTTGAGTTCTTTTAATTTGAATACATTTCTCATTTTTG


BQ
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CH58TF U 1
AF RR1BP12TF U 119
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CTTTTAGGTGGGTTGAAAGATCACTTAAAGACCATTAGACGCAGCAGGCGTATAGTTTTC
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TCTGGTATACCAGTCAGCATGGAGATTGCTAGTGATCTCTGGGACAGGCAAGGTCCGATA
TACAGAGAGGACACCGCGGTGTTTGTGAGTCAGTCTGGTGAAACCGCAGATACTTTACTT
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AGCTCCATAGCTAGAAAAACACACTGTGGTGTCCATATTAACGCAGGAGCTGAGATAGGT
GTAGCAAGTACAAAGGCGTACACAAGTCAGGTTGTGGTGATGGTAATGCTAGCTCTAGCT
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GACTTACCGAATAAGGTCAGGGAAGTACTAAAGCTAGACGAGGAAATGAAGGATCTAGCG
CAGCTGTTGATAGACGAGCAGTCACTGCTTGTGTTTGGGAGAGGATACAACTACGCGACA
GCTTTATAAG*AGCGTTGAAAGTAAA*GAAGTATCTCTTATGCACAGCGAAGG*ATACTT
GCAGGG
AGATGAAA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1BP12TF 711 0 0
G
CATTGGGTGTGGGACAAGTTACAACGCCGCTCTTGCATCTAGACCTATCCTTGAAGAACT
CTCTGGTATACCAGTCAGCATGGAGATTGCTAGTGATCTCTGGGACAGGCAAGGTCCGAT
ATACAGAGAGGACACCGCGGTGTTTGTGAGTCAGTCTGGTGAAACCGCAGATACTTTACT
TGCTTTGGAGTATGCTCGGGAAAACGGGGCGTTATGTGTCGGCATCACTAACACCGTTGG
GAGCTCCATAGCTAGAAAAACACACTGTGGTGTCCATATTAACGCAGGAGCTGAGATAGG
TGTAGCAAGTACAAAGGCGTACACAAGTCAGATTGTGGTGATGGTAATGCTAGCTCTAGC
TATTGGAAGTGACACAATCTCCAGCCAAACGAGACGGGAAGCTATAGTTGATGGCCTACT
TGACTTACCGAATAAGGTCAGGGAAGTACTAAAGCTAGACGAGGAAATGAAGGATCTAGC
GCAGCTGTTGATAGACGAGCAGTCACTGCTTGTGTTTGGGAGAGGATACAACTACGCGAC
AGCTTTAGAAGGAGCGTTGAAAGTAAAAGAAGTATCTCTTATGCACAGCGAAGGGATACT
TGCAGGGGAGATGAAACACGGGCCTTTAGCTTTGGTTGATGAGAATCTACCCATCGCTGT
GATAGCTACTCGGGATGCTTGTTTCAGCAAACAACAGTCCGTGATTCAGC

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR1BP12JQ 761 0 0
AAGTACAAAGGCGTACACAAGTCAGATTGTGGTGATGGTAATGCTAGCTCTAGCTATTGG
AAGTGACACAATCTCCAGCCAAACGAGACGGGAAGCTATAGTTGATGGCCTACTTGACTT
ACCGAATAAGGTCAGGGAAGTACTAAAGCTAGACGAGGAAATGAAGGATCTAGCGCAGCT
GTTGATAGACGAGCAGTCACTGCTTGTGTTTGGGAGAGGATACAACTACGCGACAGCTTT
AGAAGGAGCGTTGAAAGTAAAAGAAGTATCTCTTATGCACAGCGAAGGGATACTTGCAGG
GGAGATGAAACACGGGCCTTTAGCTTTGGTTGATGAGAATCTACCCATCGCTGTGATAGC
TACTCGGGATGCTTGTTTCAGCAAACAACAGTCCGTGATTCAGCAGCTTCACGCACGTAA
AGGGAAGTTGATAGTGATGTGCTCAAAAGGAGATGCAGCGTCTGTGAGCTCGAGTGGATC
TTGTAGAGCTATAGAGGTTCCTCAAGTGGAAGATTGTTTACAGCCTGTTGTTAATATAGT
GCCATTACAGTTATTGGCTTATCATCTGACTGTTTTGAGAGGTCACAATGTTGATCAGCC
GAGGAATCTAGCGAAGAGTGTGACCACTCAATAGAGAGCTTAGTTTGTATAGACGTATAG
CGGTATAGGTATGCGTTTGGATGTTCATGTTAGTCTCGCTAACGTCATCGTATTATCATT
ACTTTTGAGTTCTTTTAATTTGAATACATTTCTCATTTTTG

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 3

CO CL3827Contig1 950 3 10 U
CAGTTTAATAAATATTTCATAACATTTTTAAGTTTTTACATCACATTCAAGATTCAACAA
ACCGGATACACACAACACAACACGATCACATCACTTTCCAGGGACGAAGTTGGTGGCAAA
GGCCCATGCGTTGTTGTTGACTGGATCAGCCAAATGGTCAGCAAGATTCTCCAACGGTCC
CTTTCCTGTGACAATGGCCTGTACGAAGAAACCAAACATGGAGAACATAGCCAATCTTCC
ATTCTTGATCTCCTTCACCTTCAACTCTGCGAAAGCCTCTGGGTCAGTAGCGAGTCCCAA
TGGGTCGAAGCTGCCATCTGGGTATAGAAGGTCCTCCGCTTCTCCCAATGGTCCCTCTCC
GGCGACTCTGTAACCCTCAACAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTAGCCCAAATGGCTAA
GATGCTTTGAGCATGGACCAAGCTCGGGTTTCCTAAGTAGTCCAGTCCTCCCTCGCTGAA
GATCTGTGAACCGGCCTTGAACCAAACAGCTTCACCGAACTTCACTCCGTTACGAGCCAG
GAGCTCAGGGAAAACACAGCCTAGGGCTCCAAGCATTGCCCATCTGCAGTGGATAACTTC
TAGCTCACGGTTCCTGGCAAATGTCTCGGGGTCAGCGGATAGACCAGCGGTGTCCCATCC
GTAGTCGCCGGGGAACTCTCCTGTGAGGTAGCTCGGGGGCTCGCCAGAGAATGGACCCAA
GTACTTAACCCTGTCGGATCCGTACCATGGGCTTCCTGATGGACCGGAGGGTTTGACGGT
TTTGCGCATGGTGACACGGCCGGTTCCAAAGACTTCGGAGGCTCCTGGTGAGAGCTTCAC
AGCCTTTCCAGCCAAGGCAGGGGAGGACAGAGCCATTGTAGAGGCGGCCATTGTTCTAGA
GTGTGGTGCAAGTAAAAAGTTTTTAAGATAACTTGTGATGAATTGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS45JQ U 7
AF RR1FO82JQ U 1
AF RR1DS45TF C 297
BS 1 69 RR1FO82JQ
BS 70 70 RR1DS45JQ
BS 71 316 RR1FO82JQ
BS 317 317 RR1DS45JQ
BS 318 420 RR1FO82JQ
BS 421 421 RR1DS45JQ
BS 422 480 RR1FO82JQ
BS 481 481 RR1DS45JQ
BS 482 663 RR1FO82JQ
BS 664 950 RR1DS45TF

RD RR1DS45JQ 632 0 0
AG
TAAATATTTCATAACATTTTTAAGTTTTTACATCACATTCAAGATTCAACAAACCGGATA
CACACAACACAACACGATCACATCACTTTCCAGGGCCGAAGTTGGTGGCAAAGGCCCATG
CGTTGTTGTTGACTGGATCAGCCAAATGGTCAGCAAGATTCTCCAACGGTCCCTTTCCTG
TGACAATGGCCTGTACGAAGAAACCAAACATGGAGAACATAGCCAATCTTCCATTCTTGA
TCTCCTTCACCTTCAACTCTGCGAAAGCCTCTGGGTCAGTAGCGAGTCCCAATGGGTCGA
AGCTGCCATCTGGGTATAGAAGGTCCTCCGCTTCTCCCAATGGTCCCTCTCCGGCGACTC
TGTAACCCTCAACAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTAGCCCAAATGGCTAAGATGCTTT
GAGCATGGACCAAGCTCGGGTTTCCTAAGTAGTCCAGTCCTCCCTCGCTGAAGATCTGTG
AACCGGCCTTGAACCAAACAGCTTCACCGAACTTCACTCCGTTACGAGCCAGGAGCTCAG
GGAAAACACAGCCTAGGGCTCCAAGCATTGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCAC
GGTTCCTGGCAAATGTCTCGGGGTCAGCGG

QA 3 632 3 632
DS 

RD RR1FO82JQ 663 0 0
CAGTTTAATAAATATTTCATAACATTTTTAAGTTTTTACATCACATTCAAGATTCAACAA
ACCGGATACGCACAACACAACACGATCACATCACTTTCCAGGGACGAAGTTGGTGGCAAA
GGCCCATGCGTTGTTGTTGACTGGATCAGCCAAATGGTCAGCAAGATTCTCCAACGGTCC
CTTTCCTGTGACAATGGCCTGTACGAAGAAACCAAACATGGAGAACATAGCCAATCTTCC
ATTCTTGATCTCCTTCACCTTCAACTCTGCGAAAGCCTCTGGGTCAGTAGCGAGTCCCAA
TGGGTCGAAGCTGCCACCTGGGTATAGAAGGTCCTCCGCTTCTCCCAATGGTCCCTCTCC
GGCGACTCTGTAACCCTCAACAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTAGCCCAAATGGCTAA
AATGCTTTGAGCATGGACCAAGCTCGGGTTTCCTAAGTAGTCCAGTCCTCCCTCGCTGAA
AATCTGTGAACCGGCCTTGAACCAAACAGCTTCACCGAACTTCACTCCGTTACGAGCCAG
GAGCTCAGGGAAAACACAGCCTAGGGCTCCAAGCATTGCCCATCTGCAGTGGATAACTTC
TAGCTCACGGTTCCTGGCAAATGTCTCGGGGTCAGCGGATAGACCAGCGGTGTCCCATCC
GTA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1DS45TF 654 0 0
CCAATGGGTCGAAGCTGCCATCTGGGTATAGAAGGTC*TCCGCTTCTCCCAATGGTCCCT
CTCCGGCGACTCTGTAACCCTCAACAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTAGCCCAAATGG
CTAAGATGCTTTGAGCATGGACCAAGCTCGGGTTTCCTAAGTAGTCCAGTCCTCCCTCGC
TGAAGATCTGTGAACCGGCCTTGAACCAAACAGCTTCACCGAACTTCACTCCGTTACGAG
CCAGGAGCTCAGGGAAAACACAGCCTAGGGCTCCAAGCATTGCCCATCTGCAGTGGATAA
CTTCTAGCTCACGGTTCCTGGCAAATGTCTCGGGGTCAGCGGATAGACCAGCGGTGTCCC
ATCCGTAGTCGCCGGGGAACTCTCCTGTGAGGTAGCTCGGGGGCTCGCCAGAGAATGGAC
CCAAGTACTTAACCCTGTCGGATCCGTACCATGGGCTTCCTGATGGACCGGAGGGTTTGA
CGGTTTTGCGCATGGTGACACGGCCGGTTCCAAAGACTTCGGAGGCTCCTGGTGAGAGCT
TCACAGCCTTTCCAGCCAAGGCAGGGGAGGACAGAGCCATTGTAGAGGCGGCCATTGTTC
TAGAGTGTGGTGCAAGTAAAAAGTTTTTAAGATAACTTGTGATGAATTGGATCC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 3

CO CL3828Contig1 960 3 2 U
GGACAACACTCACACGATCATGGCTTTCTCCACTAGATCAAGACTCTTCTTGTTCTTAAC
ACTTATTCTTTTCTCCACTCAAAGCAATGCAAGAGACAGCTACTCATTTGGTAAGTTCCA
TAGAGAGCACCCAAAAGAACAAAACCCTAACAATCTCCAAACCAACGAGACGAGCGAGCA
AGACGACCAGAACCCTCCCTTTATGCCCCAGACCGAAAACGGATACGGCTTGTACGGTCA
AGAGACAACCTACAACAACAATGAAGATCAGTTTAAGAACAACAAATACAACGAGAACGT
TAACTACGACGACTCTTTCTCAACTCCAAGCCTAAGCCAAACCCAAGAATCTTATAAGAC
CTATGGAGAGAACTATCCTAAGACAACCGAGAGTTACGACGAAAACAACAAGGACTCGAG
CTACTACGAGAATACCAACGGTTACGGCCCGGAGAAGAGAGAGGAAGGGTACAAGGGCTA
TAACGTGGAGAGACAAAGGATGAGCGATAAGAGCTACTACGAAAACTCCAATGCTTACAG
GCCGGAGAAGAGAGAGGAGGCGTACAAGGGTTATGACAACAACGTGGAGAGACAAGGGAT
GAGCGATACGAGGTTCATGGCCAATGGTAAGTACTACTATGACCTTGACGACGACAGAAA
CCACGGACGTTTCTACCAGAAGCATTACTACAACTACAACCCCACCAGTTACAATGAGAA
GGAATCTAGCTTCAAGGATCCATACGGTTCTAAAAACATGATGAATGGACAGTCCGAGAT
GTTTGGCGAAGGGCAAGGAGATCAGTTCACTCCATGATCACGCGGAGAACAAATCATATT
TAAATATTTTAAAATTTGTTTTCTAAACTAATATAAGTTACGATGGTTGGTTTATACGTG
AAGCTATTAATCGTTTGCATATAAAGTTTGAAGAATAAAGATGTAATGCTTTTTATGTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1CU24TF U 1
AF RR1FK06JQ C 204
AF RR1FK06TF U 204
BS 1 723 RR1CU24TF
BS 724 960 RR1FK06TF

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AGAGACAACCTACAACAACAATGAAGATCAGTTTAAGAACAACAAATACAACGAGAACGT
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CTACTACGAGAATACCAACGGTTACGGCCCGGAGAAGAGAGAGGAAGGGTACAAGGGCTA
TAACGTGGAGAGACAAAGGATGAGCGATAAGAGCTACTACGAAAACTCCAATGCTTACAG
GCCGGAGAAGAGAGAGGAGGCGTACAAGGGTTATGACAACAACGTGGAGAGACAAGGGAT
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GGA
TCTAGCTT

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G
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G
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AACCGAGAGTTACGACGAAAACAACAAGGACTCGAGCTACTACGAGAATACCAACGGTTA
CGGCCCGGAGAAGAGAGAGGAAGGGTACAAGGGCTATAACGTGGAGAGACAAAGGATGAG
CGATAAGAGCTACTACGAAAACTCCAATGCTTACAGGCCGGAGAAGAGAGAGGAGGCGTA
CAAGGGTTATGACAACAACGTGGAGAGACAAGGGATGAGCGATACGAGGTTCATGGCCAA
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TTACTACAACTACAACCCCACCAGTTACAATGAGAAGGAATCTAGCTTCAAGGATCCATA
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QA 2 757 2 757
DS 



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TCTATGTGATAGGGTACTCTATGGGTGGGCAAGCTACATGGGCATGCCTTAAATACATTC
CTCACAGGTTAGCTGGAGCAGCACTTGTAACACCAGTGGTGAACTATTGGTGGAAGAGCT
TTCCATCAGAGATGTCAAAGGAAGCTTATGACAAACAACCTAGAAACGACCAATGGGCGG
TTCGTTTGCACACTACGCTCCTTGGCTCACTCATTGGTGGAACTCACAGAAGTGGTTCCT
TGGGTCGAGTGTTGTGACGAGAAACCTCGGTTTGTTGTCTAAATCTGACAAAGAGATCCT
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TGAGACGGTGATCCGTGACATGATTGTTGGGTTTGGAAAATGGGAGTTCGATCCAATGGA
ACTCGAGAACTTGTTCCCTAACAACGAGGGAACGGTTCACTTGTGGCAGGGAGATGACGA
CACTCTTGTGCCTGTGACTCTACAACGTTACGTTGCTAAGAAGCTGCCATGGGTTCGTTA
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CTGTTTGTCACACCAATATTCTTCTAAGCTATATAACTTGGAATGTGACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC34TF U 1
AF RR1FC34JQ C 450
AF RR1FO58TF U 540
BS 1 681 RR1FC34TF
BS 682 682 RR1FO58TF
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BS 1107 1107 RR1FC34JQ
BS 1108 1251 RR1FO58TF

RD RR1FC34TF 784 0 0
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CTATCACAGCACCAAGAATCAAGCTTAGAGACGGAAGATACTTGGCTTACAAAGAGCACG
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GGCACGACAATGCCTTCGCAGCTCTATTATCACCGGATATTAAGGAGGGACTAGGTGTGT
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TCTATGTGATAGGGTACTCTATGGGTGGGCAAGCTACATGGGCATGCCTTAAATACATTC
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TTCGTTTGCACACTACGCTCCTTGGCTCACTCATTGGTGGAACTCACAGAAGTGGTTCCT
TGGGTCGAGTGTTGTGACGAGAAACCTCGGTTTGTTGTCTAAATCTGACAAAGAGATCCT
CTTCAAGATTGGTGCTGCAGG*AGACCACATGAG*CAGAAATAAGACAGCAAGGAACACA
TGAGACGGTGATCCGTGACATGATTGTTGGGTTTGGAAAATGGGAGT*CGATCCAATGGA
ACTC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1FC34JQ 707 0 0
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TGTTAGTAGATCTTTTGATTACTACTAATATACTTT
GTTGGTGGCCG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1FO58TF 712 0 0
TTCGTG
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AGATTGGTGCTGCAGGGAGACCACATGAGGCAGAAATAAGACAGCAAGGAACACATGAGA
CGGTGATCCGTGACATGATTGTTGGGTTTGGAAAATGGGAGTTCGATCCAATGGAACTCG
AGAACTTGTTCCCTAACAACGAGGGAACGGTTCACTTGTGGCAGGGAGATGACGACACTC
TTGTGCCTGTGACTCTACAACGTTACGTTGCTAAGAAGCTGCCATGGGTTCGTTACCATG
AGATTCCTGGAGCAGGGCATATGTTCCCGCTTTTTCCTGGTATGGTTGATAACATCGTTA
AGACGCTATTAACCAGCGAAGAAGCCAAGAACTAAACAAAAGACTCGTGTTCTTTCTCAG
AATGATGGCTGATTTGGTTATGTGACATGATTTGCTATAAATTGTTTTGAAACGATTAGA
GAGATTTCATGAATATCTCAA*TTTGTTAGTAGATCTTTTGATTACTACTAATATACTTT
TGTTGGTGGTCTTCTTTTTTTTTTTTTTAGTGTGATTTATTGATGATACTACTTACTGTT
TGTCACACCAATATTCTTCTAAGCTATATAACTTGGAATGTGACCG

QA 7 712 7 712
DS 



AS 1 3

CO CL3830Contig1 713 3 4 U
GGATACGACACCTCCTCTTCTAGGGAGGATGTTGAAGAGGACCTGAGAAAGCACTTCGCA
TCACGTGAAATAAAGCTAATACATGCTTCTGCTCCCCAAGTTGACGACCGTCATACTATT
CTATGCAGATACGCGTTAATCTATCTAAACGAAGAAGATGAAGAAAAGGCGTTGAAGTTT
GATGGAAGTGACATGGGAGGACGTATTTTACGAGTTGCGGTTTACCCCTTTGACAGCAAT
CACCTTGAGCATTTCTTTGCTCCTACCAAAGCACAAGACAAATACCGACGGCGCTTGTTG
TATGTTGCAGGATTTGATCCTTCCCTTACTAAGGATGATACCAATGTGATGGTACGTAGG
CTTTTCCCTGGATCCGGTTGTGCTGTTTTGGGCGAAGGGCGTGTTTTCGTTAAACTCGGT
GGACAAGATGCTATTGACAAGGCTCTGCAACTTAGCGGAGATTCTGTGGGAGGCTTTACT
ATTGTAGTTATTGGTATCCACCCACTAGAAAAGCCGCGCCGCGATGGCGTATCTCGTGCA
ACTATCTCGGCTATGGTTGAGAGATATAACGCAGCTAAAAAGGCTGAGAAAGATAAAGCA
ATTCCATGCGAGGGAAATCAGGAGACGATCATGACTACGGACTAGAAATCTCTCTCTCTC
TCTCTCAAATGCTGTCTCGTGTTATTTATTAACTTGTCTTGCAATGCCACCTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS16TF U 161
AF RR1FW74TF U 1
AF RR1EO89TF U 3
BS 1 41 RR1FW74TF
BS 42 42 RR1EO89TF
BS 43 581 RR1FW74TF
BS 582 713 RR1EO89TF

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DS 

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GATGGAAGTGACATGGGAGGACGTATTTTACGAGTTGCGGTTTACCCCTTTGACAGCAAT
CACCTTGAGCATTTCTTTGCTCCTACCAAAGCACAAGACAAATACCGACGGCGCTTGTTG
TATGTTGCAGGATTTGATCCTTCCCTTACTAAGGATGATACCAATGTGATGGTACGTAGG
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QA 1 581 1 581
DS 

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GG
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GTGAAATAAAGCTAATACATGCTTCTGCTCCCCAAGTTGACGACCGTCATACTATTCTAT
GCAGATACGCGTTAATCTATCTAAACGAAGAAGATGAAGAAAAGGCGTTGAAGTTTGATG
GAAGTGACATGGGAGGACGTATTTTACGAGTTGCGGTTTACCCCTTTGACAGCAATCACC
TTGAGCATTTCTTTGCTCCTACCAAAGCACAAGACAAATACCGACGGCGCTTGTTGTATG
TTGCAGGATTTGATCCTTCCCTTACTAAGGATGATACCAATGTGATGGTACGTAGGCTTT
TCCCTGGATCCGGTTGTGCTGTTTTGGGCGAAGGGCGTGTTTTCGTTAAACTCGGTGGAC
AAGATGCTATTGACAAGGCTCTGCAACTTAGCGGAGATTCTGTGGGAGGCTTTACTATTG
TAGTTATTGGTATCCACCCACTAGAAAAGCCGCGCCGCGATGGCGTATCTCGTTCAACTA
TCTCGGCTATGGTTGAGAGATATAACGCAGCTAAAAAGGCTGAGAAAGATAAAGCAATTC
CATGCGAGGGAAATCAGGAGACGATCATGACTACGGACTAGAAATCTCTCTCTCTCTCTC
TCAAATGCTGTCTCGTGTTATTTATTAACTTGTCTTGCAATGCCACCTC

QA 3 711 3 711
DS 



AS 1 3

CO CL3831Contig1 1008 3 4 U
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AAGGGGATTGAAGAAGCATCTGAAGAGGCTCAATGCCCCCCATCATTGGGGTCTTGACAA
ACTTGGTGGTGCCTTCGCTCCCAAGCCGTCTTCTGGACCTCACAAGTCTAGGGAGTGTCT
TCCTCTTGTCCTCATCATCAGGAACAGGTTGAAGTATGCTTTGACATACCGCGAAGTCAT
CTCCATCCTCATGCAGAGGCATATCCAAGTCGATGGTAAAGTCAGGACTGACAAAACATA
CCCTGCTGGCTTCATGGATGTTGTCTCCATCCCCAAGACCAATGAGAGCTTCCGTCTTCT
TTACGACACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCACTGCATCAGAGATGAGGAAGCAAAGTTCAA
GCTTTGCAAGGTGAGGGCTATCCTGCTCGGACGAAAGGGAACCCCTTACCTCAACACTTA
CGACGGTCGCACCATCCGTTACCCCGACCCGCTCATCAAACCCAACGACACCATCAAGCT
CGACCTCGAGGAGAACAAGATTGTCGAGTTCATCAAGTTCGACGTTGGCAACGTTGTGAT
GGTGACTGGCGGTAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTCATTAAGAACCGTGAGAAGCATAA
GGGAAGCTTTGAGACGATTCACATCCAAGACTCGACGGGGCATGAGTTCGCCACGAGGTT
GGGTAATGTGTTCACTCTGGGGAAAGGAACTAAGCCGTGGGTGTCTCTTCCGAAGGGTAA
AGGTATTAAGCTGACCATCATTGAGGAAGCTAGGAAGAGGCTTTCTGCTCAGCAAGCTGC
TTAGATGTTGAATCGTTCAAGACCGTTTGTTCGCTTCTTGCTTCAGTTTTGAGTTTGTTT
TTTTCTTTCTATTACATGTTTCTTTCTTGCAAAACCCCATAAGAAAAAGAAAAACAGCTG
AACGTTTTAGAGAGTTTTGTAATATTTGTATTGATATTTTTTTATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN11TF U 18
AF RR1AP56TF U 1
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BS 1 83 RR1AP56TF
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BS 810 1008 RR1AP56JQ

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ATCTGAAGAGGCTCAATGCCCCCCATCATTGGGGTCTTGACAAACTTGGTGGTGCCTTCG
CTCCCAAGCCGTCTTCTGGACCTCACAAGTCTAGGGAGTGTCTTCCTCTTGTCCTCATCA
TCAGGAACAGGTTGAAGTATGCTTTGACATACCGCGAAGTCATCTCCATCCTCATGCAGA
GGCATATCCAAGTCGATGGTAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGCTTCATGG
ATGTTGTCTCCATCCCCAAGACCAATGAGAGCTTCCGTCTTCTTTACGACACCAAGGGAC
GTTTCCGTCTCCACTGCATCAGAGATGAGGAAGCAAAGTTCAAGCTTTGCAAGGTGAGGG
CTATCCTGCTCGGACGAAAGGGAATCCCTTACCTCAACACTTACGACGGTCGCACCATCC
GGTACCCCGACCCGCTCATCAAACCCAACGACACCATCAAGCTCGACCTCGAGGAGAACA
AGATTGTCGAGTTCATCAAGTTCGACGTTGGCAACGTTGTGATGGTGACTGGCGGTAGAA
A

QA 1 601 1 601
DS 

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GGACCGAGGAAGAAGAAGGAGAGTCGTCGTCTGCTCCGAAACAACAGCTGCAAACATGGC
AAGGGGATTGAAGAAGCATCTGAGGAGGCTCAATGCCCCCCATCATTGGGGTCTTGACAA
ACTTGGTGGTGCCTTCGCTCCCAAGCCGTCTTCTGGACCTCACAAGTCTAGGGAGTGTCT
TCCTCTTGTCCTCATCATCAGGAACAGGTTGAAGTATGCTTTGACATACCGCGAAGTCAT
CTCCATCCTCATGCAGAGGCATATCCAAGTCGATGGTAAAGTCAGGACTGACAAAACATA
CCCTGCTGGCTTCATGGATGTTGTCTCCATCCCCAAGACCAATGAGAGCTTCCGTCTTCT
TTACGACACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCACTGCATCAGAGATGAGGAAGCAAAGTTCAA
GCTTTGCAAGGTGAGGGCTATCCTGCTCGGACGAAAGGGAACCCCTTACCTCAACACTTA
CGACGGTCGCACCATCCGTTACCCCGACCCGCTCATCAAACCCAACGACACCATCAAGCT
CGACCTCGAGGAGAACAAGATTGTCGAGTTCATCAAGTTCGACGTTGGCAACGTTGTGAT
GGTGACTGGCGGTAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTCATTAAGAACCGTGAGAAGCATAA
GGGAAGCTTTGAGACGATTCACATCCAAGACTCGACGGGGCATGAGTTCGCCACGAGGTT
GGGTAATGTGTTCACTCTGGGGAAAGGAACTAAGCCGTGGGTGTCTCTTCCGAAGGGTAA
AGGTATTAAGCTGACCATCATTGAGGAAG

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1AP56JQ 547 0 0
C
CCCTTACCTCAACACTTACGACGGTCGCACCATCCGTTACCCCGACCCGCTCATCAAACC
CAACGACACCATCAAGCTCGACCTCGAGGAGAACAAGATTGTCGAGTTCATCAAGTTCGA
CGTTGGCAACGTTGTGATGGTGACTGGCGGTAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTCATTAA
GAACCGTGAGAAGCATAAGGGAAGCTTTGAGACGATTCACATCCAAGACTCGACGGGGCA
TGAGTTCGCCACGAGGTTGGGTAATGTGTTCACTCTGGGGAAAGGAACTAAGCCGTGGGT
GTTTCTTCCGAAGGGTAAAGGTATTAAGCTGACCATCATTGAGGAAGCTAGGAAGAGGCT
TTCTGCTCAGCAAGCTGCTTAGATGTTGAATCGTTCAAGACCGTTTGTTCGCTTCTTGCT
TCAGTTTTGAGTTTGTTTTTTTCTTTCTATTACATGTTTCTTTCTTGCAAAACCCCATAA
GAAAAAGAAAAACAGCTGAACGTTTTAGAGAGTTTTGTAATATTTGTATTGATATTTTTT
TATAGC

QA 2 547 2 547
DS 



AS 1 3

CO CL3832Contig1 854 3 9 U
GGACGTATCCTTATATCCAAACACATCTCATCCCTCTTTGAGACTTCTTCCTTCTTCTTC
CTCGCCGATCGCAACTTCCGTCTCCTCTCAGCAAATCCTTTAACGACAATGGATTACGAC
TTCAGGAACAAGTCAGGTCCCTCCTACGGCCGCCCTATGTACCCATCTCCTTCTCCATCA
TCTATGTACACCGGTCCTCCCGGATACCCAAAGATCGGTGGCGGCCAACCGTTTTTCCCT
CCGCCGCCAGAGAGAAACCCGTCGTTTCAACACAACCCCTCTTCATCTGGATTAGGAATC
AAGGTGACTCTCAAGCCTGACTATCTTATCACTCCTCCGCCTCCGTTGTTGCCTCGAGTT
GGAGATGTTCCTCGGAGCAGCTTTCAGTTCGATTTCGGACTAGAAAGGAAGGTTCTTGCT
GAGGCAGAGAAGGATAACCCGGATTGGAGCAAGTTTGGGTTCGACCATCCTCCTCCTCCT
CCTCCACCGGCTAACTTTTCGCAACCGCCGCCGGCTAACTTTGCACAACCACCACCCGCA
CATTCAATGGGTGTAGATCCTGTAGTGATGAAATATGCTGGGCTAAACCGAGAAGCTGTC
AACATCGCTGTTGCAAACTATGGTGATAATCCCACAAAGGTTCATGAATTTGCAAATGGG
TTCAGTGCGATAAGGGAGATGGGGTTCCCAACGAACGCTGTTGCAGATGCTCTCTTCATG
TTCGAGAACGACACTGAGAAGGCATTGTCTCATTTGCTCCATGGTTCTTCTTGAACCTTT
TTAGACTTTCAAATTATCCTCCTTCTATAGTGTGTATAAGTAAAACATCATATTTGATAA
CATAAAAGATTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW45TF U 1
AF RR1CX17TF U 76
AF RR1CX17JQ C 148
BS 1 460 RR1EW45TF
BS 461 461 RR1CX17TF
BS 462 670 RR1EW45TF
BS 671 774 RR1CX17TF
BS 775 776 RR1CX17JQ
BS 777 824 RR1CX17TF
BS 825 825 RR1CX17JQ
BS 826 839 RR1CX17TF
BS 840 854 RR1CX17JQ

RD RR1EW45TF 670 0 0
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TTCAGGAACAAGTCAGGTCCCTCCTACGGCCGCCCTATGTACCCATCTCCTTCTCCATCA
TCTATGTACACCGGTCCTCCCGGATACCCAAAGATCGGTGGCGGCCAACCGTTTTTCCCT
CCGCCGCCAGAGAGAAACCCGTCGTTTCAACACAACCCCTCTTCATCTGGATTAGGAATC
AAGGTGACTCTCAAGCCTGACTATCTTATCACTCCTCCGCCTCCGTTGTTGCCTCGAGTT
GGAGATGTTCCTCGGAGCAGCTTTCAGTTCGATTTCGGACTAGAAAGGAAGGTTCTTGCT
GAGGCAGAGAAGGATAACCCGGATTGGAGCAAGTTTGGGTCCGACCATCCTCCTCCTCCT
CCTCCACCGGCTAACTTTTCGCAACCGCCGCCGGCTAACTTTGCACAACCACCACCCGCA
CATTCAATGGGTGTAGATCCTGTAGTGATGAAATATGCTGGGCTAAACCGAGAAGCTGTC
AACATCGCTGTTGCAAACTATGGTGATAATCCCACAAAGGTTCATGAATTTGCAAATGGG
TTCAGTGCGA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1CX17TF 769 0 0
GG
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TCCCGGATACCCAAAGATCGGTGGCGGCCAACCGTTTTTCCCTCCGCCGCCAGAGAGAAA
CCCGTCGTTTCAACACAACCCCTCTTCATCTGGATTAGGAATCAAGGTGACTCTCAAGCC
TGACTATCTTATCACTCCTCCGCCTCCGTTGTTGCCTCGAGTTGGAGATGTTCCTCGGAG
CAGCTTTCAGTTCGATTTCGGACTAGAAAGGAAGGTTCTTGCTGAGGCAGAGAAGGATAA
CCCGGATTGGAGCAAGTTTGGGTTCGACCATCCTCCTCCTCCTCCTCCACCGGCTAACTT
TTCGCAACCGCCGCCGGCTAACTTTGCACAACCACCACCCGCACATTCAATGGGTGTAGA
TCCTGTAGTGATGAAATATGCTGGGCTAAACCGAGAAGCTGTCAACATCGCTGTTGCAAA
CTATGGTGATAATCCCACAAAGGTTCATGAATTTGCAAATGGGTTCAGTGCGATAAGGGA
GATGGGGTTCCCAACGAACGCTGTTGCAGATGCTCTCTTCATGTTCGAGAACGACACTGA
GAAGGCATTGTCTCATTTGCTCCATGGTTCTTCTTGA**CTTTTTAGACTTTCAAATTAT
CCTCCTTCTATAGTGTGTATAAGTAAA*CATCATATTTGATA
CATAA

QA 3 764 3 764
DS 

RD RR1CX17JQ 707 0 0
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CCAAAGATCGGTGGCGGCCAACCGTTTTTCCCTCCGCCGCCAGAGAGAAACCCGTCGTTT
CAACACAACCCCTCTTCATCTGGATTAGGAATCAAGGTGACTCTCAAGCCTGACTATCTT
ATCACTCCTCCGCCTCCGTTGTTGCCTCGAGTTGGAGATGTTCCTCGGAGCAGCTTTCAG
TTCGATTTCGGACTAGAAAGGAAGGTTCTTGCTGAGGCAGAGAAGGATAACCCGGATTGG
AGCAAGTTTGGGTTCGACCATCCTCCTCCTCCTCCTCCACCGGCTAACTTTTCGCAACCG
CCGCCGGCTAACTTTGCACAACCACCACCCGCACATTCAATGGGTGTAGATCCTGTAGTG
ATGAAATATGCTGGGCTAAACCGAGAAGCTGTCAACATCGCTGTTGCAAACTATGGTGAT
AATCCCACAAAGGTTCATGAATTTGCAAATGGGTTCAGTGCGATAAGGGAGATGGGGTTC
CCAACGAACGCTGTTGCAGATGCTCTCTTCATGTTCGAGAACGACACTGAGAAGGCATTG
TCTCATTTGCTCCATGGTTCTTCTTGAACTTTTTTAGACTTTCAAATTATCCTCCTTCTA
TAGTGTGTATAAGTAAAACATCATATTTGATAACATAAAAGATTGGC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 3

CO CL3833Contig1 587 3 2 U
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GAAGAAAACATGGTGCTTGAAAACTCCTCTAATCACAAATCTCATCATCACCGCAACTCG
ATGAAAGAGTTCCGAGTTTCCTATGCAGCTGAAGAACCAAAACAGGTCTTGGGGTGTGTG
GATATGAGGAGGACAAAGAGCGAGAAGGTGAGTAGGAGAAAGGCTATAAAAGAAGAGAAT
GTTGACAAGGAAGCAGAAGCATTCATCAGGTTTGAGCATAGCAAGTGGTTGACTGAGAGC
AGCTAGCTAGTCCATTAACTATGAGTAAGAAACAATAAGGACATACCATATCATATATAG
ATTGTATTAAATGATCTTTGTATATTTTGCACGTGTGTTTTTCTTCTTGGTGTGCAACCA
TCTTCTCGTTTTCATTTTGGTTATTTATTGTAACAAAAATGGATGTTGTTTCCCTTAAGC
TAAAAGGGTGCATGGAATAAACCATTACAAACTATTAATTGGTATATTTCTAGATTTACC
AGTTTAAATGCAATAAATAAATATGCAAGGTATATAAGTTATTTTGC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CB33TF U 1
AF RR1FH62JQ C 2
AF RR1FH62TF U 2
BS 1 551 RR1CB33TF
BS 552 587 RR1FH62TF

RD RR1CB33TF 551 0 0
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GAAGAAAACATGGTGCTTGAAAACTCCTCTAATCACAAATCTCATCATCACCGCAACTCG
ATGAAAGAGTTCCGAGTTTCCTATGCAGCTGAAGAACCAAAACAGGTCTTGGGGTGTGTG
GATATGAGGAGGACAAAGAGCGAGAAGGTGAGTAGGAGAAAGGCTATAAAAGAAGAGAAT
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AGCTAGCTAGTCCATTAACTATGAGTAAGAAACAATAAGGACATACCATATCATATATAG
ATTGTATTAAATGATCTTTGTATATTTTGCACGTGTGTTTTTCTTCTTGGTGTGCAACCA
TCTTCTCGTTTTCATTTTGGTTATTTATTGTAACAAAAATGGATGTTGTTTCCCTTAAGC
TAAAAGGGTGCATGGAATAAACCATTACAAACTATTAATTGGTATATTTCTAGATTTACC
AGTTTAAATGC

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1FH62JQ 586 0 0
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ATATGAGGAGGACAAAGAGCGAGAAGGTGAGTAGGAGAAAGGCTATAAAAGAAGAGAATG
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TTGTATTAAATGATCTTTGTATATTTTGCACGTGTGTTTTTCTTCTTGGTGTGCAACCAT
CTTCTCGTTTTCATTTTGGTTATTTATTGTAACAAAAATGGATGTTGTTTCCCTTAAGCT
AAAAGGGTGCATGGAATAAACCATTACAAACTATTAATTGGTATATTTCTAGATTTACCA
GTTTAAATGCAATAAATAAATATGCAAGGTATATAAGTTATTTTGC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1FH62TF 586 0 0
GGATCTCTAACAAAACCATACTCAGAACAAGTAAAAGAAACTAAAAGGGTTTATACTTTG
AAGAAAACATGGTGCTTGAAAACTCCTCTAATCACAAATCTCATCATCACCGCAACTCGA
TGAAAGAGTTCCGAGTTTCCTATGCAGCTGAAGAACCAAAACAGGTCTTGGGGTGTGTGG
ATATGAGGAGGACAAAGAGCGAGAAGGTGAGTAGGAGAAAGGCTATAAAAGAAGAGAATG
TTGACAAGGAAGCAGAAGCATTCATCAGGTTTGAGCATAGCAAGTGGTTGACTGAGAGCA
GCTAGCTAGTCCATTAACTATGAGTAAGAAACAATAAGGACATACCATATCATATATAGA
TTGTATTAAATGATCTTTGTATATTTTGCACGTGTGTTTTTCTTCTTGGTGTGCAACCAT
CTTCTCGTTTTCATTTTGGTTATTTATTGTAACAAAAATGGATGTTGTTTCCCTTAAGCT
AAAAGGGTGCATGGAATAAACCATTACAAACTATTAATTGGTATATTTCTAGATTTACCA
GTTTAAATGCAATAAATAAATATGCAAGGTATATAAGTTATTTTGC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 3

CO CL3834Contig1 767 3 9 U
GGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTAACTGGCCGACGTTCTTTAATCTCCGT
CGTGCATCTGTCGCCGCCCTCCACCGACTTTCGCTAGTCTTAGGCGAAAAAAACAAATGG
CGGGAGAAGGTGAAGAAGATCTGCCAAGAGACGCCAAGATTGTGAAGTCTCTGCTCAAAT
CGATGGGCGTGGAGGACTACGAGCCTCGCGTGGTGCACCAGTTTCTCGAGTTATGGTACC
GTTACGTGGTCGAAGTGTTGACCGATGCTCAGGTTTACTCGGAGCATGCTACCAAATCCA
CCATTGACTGTGACGATGTGAAGCTAGCTATTCAATCCAAAGTTAGTTTCGGCTTCTCGC
AGCCTCCTCCAAGAGAGGTACTGCTAGAGCTCGCTGCGAGCAGGAACAAGATTCCTTTGC
CTAAATCGATAGCAGGACCAGGCATTCCTCTCCCGCCTGAACATGACACATTGCTTAGCC
CAAACTACCAGCTCGTGATACCGAAGAAGACAGCTTCGACAGAACCTGAAGAAACAGAGG
ACGACGAAGAAATGACGGATCCTGCACAATCATCATCTCAAGAACAACAAACATCTGAGC
TTCCAAGCCAAACTCCTCAAAGGGTCTCTTTTCCTCTCTCTAGACGACCCAAATAAGTAG
AGAGAGACAACAGTAACAATTATGTTATGTGTATCAAGATGTAGAAAATGTTTTGTGAAT
CACCAGATTATCTTTCTTTATCTGGAAGTGAATCTCTAAATCTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL38TF U 13
AF RR1A350TF U 1
AF RR1EL38JQ C 130
BS 1 157 RR1A350TF
BS 158 158 RR1EL38TF
BS 159 175 RR1A350TF
BS 176 176 RR1EL38TF
BS 177 252 RR1A350TF
BS 253 253 RR1EL38TF
BS 254 577 RR1A350TF
BS 578 578 RR1EL38TF
BS 579 767 RR1A350TF

RD RR1EL38TF 603 0 0
G
GAGAGAGAGAGAGAGAGATTAACTGGCCGACGTTCTTTAATCTCCGTCGTGCATCTGTCG
CCGCCCTCCACCGACTTTCGCTAGTCTTAGGCGAAAAAAACAAATGGCGGGAGAAGGTGA
AGAAGATCTGCCAAGAGACGCCAAGATTGTGAAGTCTCTGCTCAAATCGATGGGCGTGGA
GGACTACGAGCCTCGCGTGGTGCACCAGTTTCTCGAGTTATGGTACCGTTACGTGGTCGA
AGTGTTGACCGATGCTCAGGTTTACTCGGAGCATGCTACCAAATCCACCATTGACTGTGA
CGATGTGAAGCTAGCTATTCAATCCAAAGTTAGTTTCGGCTTCTCGCAGCCTCCTCCAAG
AGAGGTACTGCTAGAGCTCGCTGCGAGCAGGAACAAGATTCCTTTGCCTAAATCGATAGC
AGGACCAGGCATTCCTCTCCCGCCTGAACATGACACATTGCTTAGCCCAAACTACCAGCT
CGTGATACCGAAGAAGACAGCTTCGACAGAACCTGAAGAAACAGAGGACGACGAAGAAAT
GACGGATCCTGCACAATCATCATCTCAAGAACAACAAACATCTGAGCTTCCAAGCCAAAC
TC

QA 2 603 2 603
DS 

RD RR1A350TF 767 0 0
GGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTAACTGGCCGACGTTCTTTAATCTCCGT
CGTGCATCTGTCGCCGCCCTCCACCGACTTTCGCTAGTCTTAGGCGAAAAAAACAAATGG
CGGGAGAAGGTGAAGAAGATCTGCCAAGAGACGCCAATATTGTGAAGTCTCTGCTTAAAT
CGATGGGCGTGGAGGACTACGAGCCTCGCGTGGTGCACCAGTTTCTCGAGTTATGGTACC
GTTACGTGGTCGGAGTGTTGACCGATGCTCAGGTTTACTCGGAGCATGCTACCAAATCCA
CCATTGACTGTGACGATGTGAAGCTAGCTATTCAATCCAAAGTTAGTTTCGGCTTCTCGC
AGCCTCCTCCAAGAGAGGTACTGCTAGAGCTCGCTGCGAGCAGGAACAAGATTCCTTTGC
CTAAATCGATAGCAGGACCAGGCATTCCTCTCCCGCCTGAACATGACACATTGCTTAGCC
CAAACTACCAGCTCGTGATACCGAAGAAGACAGCTTCGACAGAACCTGAAGAAACAGAGG
ACGACGAAGAAATGACGGATCCTGCACAATCATCATCCCAAGAACAACAAACATCTGAGC
TTCCAAGCCAAACTCCTCAAAGGGTCTCTTTTCCTCTCTCTAGACGACCCAAATAAGTAG
AGAGAGACAACAGTAACAATTATGTTATGTGTATCAAGATGTAGAAAATGTTTTGTGAAT
CACCAGATTATCTTTCTTTATCTGGAAGTGAATCTCTAAATCTATTT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1EL38JQ 595 0 0
GTGAAGAAGATCTGCCAAGAGACGCCAAGATTGTGAAGTCTCTGCTCAAATCGATGGGCG
TGGAGGACTACGAGCCTCGCGTGGTGCACCAGTTTCTCGAGTTATGGTACCGTTACGTGG
TCGAAGTGTTGACCGATGCTCAGGTTTACTCGGAGCATGCTACCAAATCCACCATTGACT
GTGACGATGTGAAGCTAGCTATTCAATCCAAAGTTAGTTTCGGCTTCTCGCAGCCTCCTC
CAAGAGAGGTACTGCTAGAGCTCGCTGCGAGCAGGAACAAGATTCCTTTGCCTAAATCGA
TAGCAGGACCAGGCATTCCTCTCCCGCCTGAACATGACACATTGCTTAGCCCAAACTACC
AGCTCGTGATACCGAAGAAGACAGCTTCGACAGAACCTGAAGAAACAGAGGACGACGAAG
AAATGACGGATCCTGCACAATCATCATCTCAAGAACAACAAACATCTGAGCTTCCAAGCC
AAACTCCTCAAAGGGTCTCTTTTCCTCTCTCTAGACGACCCAAATAAGTAGAGAGAGACA
ACAGTAACAATTATGTTATGTGTATCAAGATGTAGAAAATGTTTTGTGAATCACC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL3835Contig1 749 2 2 U
GGATAGACATTTTGCATTAGGGTTTTCTCTCTTGGCTGCTGCAGGTAAAGCACCGAATCT
TTCAACCCCAACCATGGCGACTCAACAAGCTAAAGCATCCGTGCAATGCTTCGGAATGAA
GAAGACGGCCGTCGCCGTCACCCACTGCAAACGCGGATGCGGCCTAATCAAGCTCAACGG
CTCTCCGATCGAGCTATTCAACCCAGAGATCCTCCGGTTCAATATCTTCGAGCCTGTCTT
TCTCCTCGGGAAGCACCGTTTCGCGGGCGTCGACATGAGGATCAGTGTCAACGGTGGTGG
TCACACTTCCCAGGTCTACGCGATTCGTCAGAGCATTGCTAAGGCGCTTGTGGCGTTCTA
CCAGAAGTATGTTGATGAGCAGTCGAAGAAGGAGGTCAAGGACATTCTGATCCGTTACGA
TAGGACTCTGCTCGTGGCGGATCCGAGGAGGTGCGAGCCGAAGAAGTTTGGAGGGCGTGA
TGCTCGCTCTCGTTTCCAGAAGAGTTACCGTTAAGCGAATCTGGTTTGTGTTTACTTTCT
GCTCTCAACCGTTTCGAGAAATGAGTTGTTGAAGTATCATCGTTTGAGTTTTGTCTTTAT
GGTTATTATGGATAATGTTTTGACAATGTCTTGATCGTTTACTTTTGAAGAACTTCTCCA
GTTTTAAATTTTGAATCTCTTATATGCTCTGTCTGGTTTATGGAGCATAAGCTTTGCTGT
TTTTGAAATGAAACAACACGAGTTTGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D114TF U 1
AF RR1D114JQ C 282
BS 1 645 RR1D114TF
BS 646 749 RR1D114JQ

RD RR1D114TF 645 0 0
GGATAGACATTTTGCATTAGGGTTTTCTCTCTTGGCTGCTGCAGGTAAAGCACCGAATCT
TTCAACCCCAACCATGGCGACTCAACAAGCTAAAGCATCCGTGCAATGCTTCGGAATGAA
GAAGACGGCCGTCGCCGTCACCCACTGCAAACGCGGATGCGGCCTAATCAAGCTCAACGG
CTCTCCGATCGAGCTATTCAACCCAGAGATCCTCCGGTTCAATATCTTCGAGCCTGTCTT
TCTCCTCGGGAAGCACCGTTTCGCGGGCGTCGACATGAGGATCAGTGTCAACGGTGGTGG
TCACACTTCCCAGGTCTACGCGATTCGTCAGAGCATTGCTAAGGCGCTTGTGGCGTTCTA
CCAGAAGTATGTTGATGAGCAGTCGAAGAAGGAGGTCAAGGACATTCTGATCCGTTACGA
TAGGACTCTGCTCGTGGCGGATCCGAGGAGGTGCGAGCCGAAGAAGTTTGGAGGGCGTGA
TGCTCGCTCTCGTTTCCAGAAGAGTTACCGTTAAGCGAATCTGGTTTGTGTTTACTTTCT
GCTCTCAACCGTTTCGAGAAATGAGTTGTTGAAGTATCATCGTTTGAGTTTTGTCTTTAT
GGTTATTATGGATAATGTTTTGACAATGTCTTGATCGTTTACTTT

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1D114JQ 468 0 0
TCAGTGTCAACGGTGGTGGTCACACTTCCCAGGTTTACGCGATTCGTCAGAGCATTGCTA
AGGCGCTTGTGGCGTTCTACCAGAAGTATGTTGATGAGCAGTCGAAGAAGGAGGTCAAGG
ACATTCTGATCCGTTACGATAGGACTCTGCTCGTGGCGGATCCGAGGAGGTGCGAGCCGA
AGAAGTTTGGAGGGCGTGATGCTCGCTCTCGTTTCCAGAAGAGTTACCGTTAAGCGAATC
TGGTTTGTGTTTACTTTCTGCTCTCAACCGTTTCGAGAAATGAGTTGTTGAAGTATCATC
GTTTGAGTTTTGTCTTTATGGTTATTATGGATAATGTTTTGACAATGTCTTGATCGTTTA
CTTTTGAAGAACTTCTCCAGTTTTAAATTTTGAATCTCTTATATGCTCTGTCTGGTTTAT
GGAGCATAAGCTTTGCTGTTTTTGAAATGAAACAACACGAGTTTGTAG

QA 1 468 1 468
DS 



AS 1 3

CO CL3836Contig1 722 3 3 U
GGGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGTCGAGCTTCGTCGAAGATGGTTGT
TTTATCAGCGAAAATGATGGTGATGATCATGATGCTCGCATTGACGATCTCAGCGAAAGA
GCAGCTGAGCACTAAGGAGTGCGAGGATCTAGGATTCACCGGTCTTGCTCTCTGCTCCGA
TTGCCACTCACTCTCTGAATACGTCAAGGACCAAGAGTTGGTATCTGACTGCTTGAAATG
CTGCGCTGATGATTCTGAGGATTCCATGAGTAAGGTTACCTATTCGGGCGCTATATTGGA
GGTGTGCATGAGAAAGCTGGTTTTCTATCCTGAGATTGTTGGTTTTATTGAAGAAGAGAA
ACAAAACTTCCCTACCCTTAAAGTTGAGTACGTTTTCAACTCACCACCCAAGTTGATCAT
GCTCGATGGAGATGATGAACGTAAGGAAACAATCAGAATCGACAACTGGAAACGCGAGCA
TCTACTCCAGTATATGCGGGAGAAGGTCAAGCCTACTTCATCAAGTTAGTCTAAATCACT
ATGTAGGACTGAACTACCTATTCCAAAGCAGCATTGTGATCTAAAAGTTAAATAACACAT
TGTGATCGACTTGTTTTTAAGCTATTTGGTCCCTCGGCATCAGTAGTCTTGTATGTTCTG
AACCTTTGTAATCTCGGTGTTAATGTCTTATATCCAATGTTTTTATAAAATGGGAACTTT
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR1H910TF U 1
AF RR1BK28TF U 3
AF RR1GO20TF U 9
BS 1 407 RR1H910TF
BS 408 705 RR1BK28TF
BS 706 722 RR1GO20TF

RD RR1H910TF 407 0 0
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GCAGCTGAGCACTAAGGAGTGCGAGGATCTAGGATTCACCGGTCTTGCTCTCTGCTCCGA
TTGCCACTCACTCTCTGAATACGTCAAGGACCAAGAGTTGGTATCTGACTGCTTGAAATG
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QA 1 407 1 407
DS 

RD RR1BK28TF 703 0 0
GGAAGAGA
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GATTCTGAGGATTCCATGAGTAAGGTTACCTATTCGGGCGCTATATTGGAGGTGTGCATG
AGAAAGCTGGTTTTCTATCCTGAGATTGTTGGTTTTATTGAAGAAGAGAAACAAAACTTC
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TATATGCGGGAGAAGGTCAAGCCTACTTCATCAAGTTAGTCTAAATCACTATGTAGGACT
GAACTACCTATTCCAAAGCAGCATTGTGATCTAAAAGTTAAATAACACATTGTGATCGAC
TTGTTTTTAAGCTATTTGGTCCCTCGGCATCAGTAGTCTTGTATGTTCTGAACCTTTGTA
ATCTCGGTGTTAATGTCTTATATCCAATGTTTTTA

QA 9 703 9 703
DS 

RD RR1GO20TF 714 0 0
GG
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGTCGAGCTTCGTCGAAGATGGTTGTTTTATCAGCG
AAAATGATGGTGATGATCATGATGCTCGCATTGACGATCTCAGCGAAAGAGCAGCTGAGC
ACTAAGGAGTGCGAGGATCTAGGATTCACCGGTCTTGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCA
CTCTCTGAATACGTCAAGGACCAAGAGTTGGTATCTGACTGCTTGAAATGCTGCGCTGAT
GATTCTGAGGATTCCATGAGTAAGGTTACCTATTCGGGCGCTATATTGGAGGTGTGCATG
AGAAAGCTGGTTTTCTATCCTGAGATTGTTGGTTTTATTGAAGAAGAGAAACAAAACTTC
CCTACCCTTAAAGTTGAGTACGTTTTCAACTCACCACCCAAGTTGATCATGCTCGATGGA
GATGATGAACGTAAGGAAACAATCAGAATCGACAACTGGAAACGCGAGCATCTACTCCAG
TATATGCGGGAGAAGGTCAAGCCTACTTCATCAAGTTAGTCTAAATCACTATGTAGGACT
GAACTACCTATTCCAAAGCAGCATTGTGATCTAAAAGTTAAATAACACATTGTGATCGAC
TTGTTTTTAAGCTATTTGGTCCCTCGGCATCAGTAGTCTTGTATGTTCTGAACCTTTGTA
ATCTCGGTGTTAATGTCTTATATCCAATGTTTTTATAAAATGGGAACTTTTT

QA 3 714 3 714
DS 



AS 1 2

CO CL3837Contig1 1175 2 2 U
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CTGGATTTTTTCAACTTCCCGGAGGGGTTTCCACCAAGACGTTGGGACTTTGGCTGGATA
CGTGTGGAATGTGGTGAAGGGCGTGTATACCCTAACTACGCCTTGGCGAATCTTTATGCC
AAGCTCGGCCTTCATCGCTACAACTGGTTAGAGGGGACAAACTTTGAGCTAGATAGCTTA
ATGAAATTCAGCATGCGTGGTGCTGCATCTCCTTACTACATGACCTTGGTTGCGCGTCTT
CCATCTACCGGTTTCCAGCAGATCTTTCAGGTTCTCGTAGAGGAAGAAGATCTTGGCATT
TTGGATTTGACATGCCCCATCTCTAGACCTCAAGGAACCGAGAGTTCAAAGAAGGAGTCA
ACTCCTTTCTTACGTCCACATTCCGAGCCAGTGTCTACAACCTTCCCAGACAGATTGGAG
GACTGGAACGGGACCAAGTCTATTCCATGGCCCTCCTCTTTCAGTGCCACAAAGCAGCGT
TTTTACATGTTGAATGAATCTGAGTTGCAATGTGATTGGATTTCTTTGTACGTGGAACTT
GCAATCTGTACTTCCCATAGGTGGATTACTGCTAGGGATCTCTCCAAGTTTGACTTGGAG
ATTGTCCAAGTAGCCATTGAGTCTCTAGATGATAAGGAGCCCCCAAGTCTCAAGTCTGAA
GCTGCGGTCATCTACATAGCATACAAGGACTTGGCCAAGGCTAGGACTTGTGAGCCTTAT
CACTACCAAACTGTTGTGAGACGAGTTATCAACCAGTCTACCGGAACATTGAGCATCCAA
GGTGATTGCTGGATTGCAGAAGAAGCAGCAACGGCGGCTTCGACAGCTTCTAAGAAGGGA
TCCCAAAAGCTTAAGCGTCGCTTAGGAATTCCTAAGCTGTGGAGGTTGTCTAGTCCTAGG
TGGTATCAGACGTACAAGAACCGTGGCCTCCGCTCTTCCCCCACGAGTTGACTTACCAAC
TCTATTTAGTAATTTAAAAGACATTTGAACATGCGTATCGGATTGTGGTAGTATTTTAAC
TATTTATTAGTGATGCTTATGTGTTGTGTGCTTTTGGTTTCTGTTTAAGACATTTGTATC
GGATGGAGTAGTATTTAACTATTATTACTTTGTAC


BQ
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AF RR1AQ63TF U 1
AF RR1AQ63JQ C 428
BS 1 690 RR1AQ63TF
BS 691 1175 RR1AQ63JQ

RD RR1AQ63TF 690 0 0
GGGGTCTTCGCTGGAGAACATACTAAGGAGATGAGTCAGAGTTGTGTACGAAGGGAAGAG
CTGGATTTTTTCAACTTCCCGGAGGGGTTTCCACCAAGACGTTGGGACTTTGGCTGGATA
CGTGTGGAATGTGGTGAAGGGCGTGTATACCCTAACTACGCCTTGGCGAATCTTTATGCC
AAGCTCGGCCTTCATCGCTACAACTGGTTAGAGGGGACAAACTTTGAGCTAGATAGCTTA
ATGAAATTCAGCATGCGTGGTGCTGCATCTCCTTACTACATGACCTTGGTTGCGCGTCTT
CCATCTACCGGTTTCCAGCAGATCTTTCAGGTTCTCGTAGAGGAAGAAGATCTTGGCATT
TTGGATTTGACATGCCCCATCTCTAGACCTCAAGGAACCGAGAGTTCAAAGAAGGAGTCA
ACTCCTTTCTTACGTCCACATTCCGAGCCAGTGTCTACAACCTTCCCAGACAGATTGGAG
GACTGGAACGGGACCAAGTCTATTCCATGGCCCTCCTCTTTCAGTGCCACAAAGCAGCGT
TTTTACATGTTGAATGAATCTGAGTTGCAATGTGATTGGATTTCTTTGTACGTGGAACTT
GCAATCTGTACTTCCCATAGGTGGATTACTGCTAGGGATCTCTCCAAGTTTGACTTGGAG
ATTGTCCAAGTAGCCATTGAGTCTCTAGAT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1AQ63JQ 748 0 0
TCTTACGTCCACATTCCGAGCCAGTGTCTACAACCTTCCCAGACAGATTGGAGGACTGGA
ACGGGACCAAGTCTATTCCATGGCCCTCCTCTTTCAGTGCCACAAAGCAGCGTTTTTACA
TGTTGAATGAATCTGAGTTGCAATGTGATTGGATTTCTTTGTACGTGGAACTTGCAATCT
GTACTTCCCATAGGTGGATTACTGCTAGGGATCTCTCCAAGTTTGACTTGGAGATTGTCC
AAGTAGCCATTGAGTCTCTAGATGATAAGGAGCCCCCAAGTCTCAAGTCTGAAGCTGCGG
TCATCTACATAGCATACAAGGACTTGGCCAAGGCTAGGACTTGTGAGCCTTATCACTACC
AAACTGTTGTGAGACGAGTTATCAACCAGTCTACCGGAACATTGAGCATCCAAGGTGATT
GCTGGATTGCAGAAGAAGCAGCAACGGCGGCTTCGACAGCTTCTAAGAAGGGATCCCAAA
AGCTTAAGCGTCGCTTAGGAATTCCTAAGCTGTGGAGGTTGTCTAGTCCTAGGTGGTATC
AGACGTACAAGAACCGTGGCCTCCGCTCTTCCCCCACGAGTTGACTTACCAACTCTATTT
AGTAATTTAAAAGACATTTGAACATGCGTATCGGATTGTGGTAGTATTTTAACTATTTAT
TAGTGATGCTTATGTGTTGTGTGCTTTTGGTTTCTGTTTAAGACATTTGTATCGGATGGA
GTAGTATTTAACTATTATTACTTTGTAC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 3

CO CL3838Contig1 1194 3 5 U
AAAAAAAAGCTGTACCGCAATCACACCTTTAATCAAACCGAAAATCAGATGTGTACAATA
CAATAAAAGGATCCCCATTTCTTACGTAACTATAAAATAACAAAACAAACATAATTTGGT
GAAAAAACTCACTCTCTTTAATGAAAATACATATATTCACTCTCACACTGAAAATGCTCA
TTACAATTTTCTTTCTTTTCCAGGAATAAATAAATAAATTTCCGAGTCATCAATCAACAA
AGCAACATACATTTTTCGACTGAAAAATATGTGTTTTATCAATTAAATTGGCACCTTTCA
TGTGATTCTCTCCCAAAAAAGAATTGTTGGTATTCTATTTTTTATTGCTTCAAAAGCGGC
TCCCGGCTCTCTTCCCATTGGTCCAATCGGCTCGAAGCTTTCTCCACCTCTTTATCCCAA
TCAGTTCTAAAGGTAACAATAACTAAGATTATGGTTTGCATTAATGTGCCACCAATCATC
CCTGTCCATATTCCCTTTGCTCCCATATCATAGGTGAAACCAAGTACGAACCCAATCGGA
ATTCCCACAACGTAGTAACAACCAATGTTAACGTACGCCACAAATGCTTGCCATCCACAC
CCAACAGCCACACCTGACAAAACAGGCTGAACTCCATTGAGGACAATGGTGATGGCTAAA
AAGGGAGATAAATCCGAAACCGCCTCAGCCACCGCAGGACTATCAGTAAACGCATAGCTG
ATGACATTTCGCCATGACATGACCACAACGGCTTCAAAAATCGCTAGCAATAATGATACT
CCTGTCGTTACAAACGTTGAAAACGCAGCCGCTCTTGGGTTTCCAGCTCCTAACTCATTG
CTTACTCTCACACTGGCTGCTGCGTTGAATCCAACGGAGACCATGAACGAGATTGCAGAA
ATTGACATGCATATAGCTAAAGAATCCAAAGCAAGCTCAGGGTTCTTGAGAAGTCCGGCG
AGTAAAACAAGAATCTGCGAATACCACGACTCGAGGCAGAGCATGACGGCGGACGCCGCC
GATAACCGGAAAAAGCTCCAAAGACCTTCAAAAGCTTTCCAGCTAAAACCTTCCCAAGTC
CGGCGACACCTCGGGCTCATCTTGATGTACACAATCTGAGCCGCGACTATGATCCACCAC
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BQ
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AF RR1GO37JQ U 1
AF RR1AW78JQ U 138
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TTACAATTTTCTTTCTTTTCCAGGAATAAATAAATAAATTTCCGAGTCATCAATCAACAA
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TCCCGGCTCTCTTCCCATTGGTCCAATCGGCTCGAAGCTTTCTCCACCTCTTTATCCCAA
TCAGTTCTAAAGGTAACAATAACTAAAATTATGGTTTGCATTAATGTGCCACCAATCATC
CCTGTCCATATTCCCTTTGCTCCCATATCATAGGTGAAACCAAGTACGAACCCAATCGGA
ATTCCCACAACGTAGTAACAACCAATGTTAACGTACGCCACAAATGCTTGCCATCCACAC
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AAGGGAGATAAATCCGAAACCGCCTCAGCCACCGCAGGACTATCAGTAAACGCATAGCTG
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1AW78JQ 799 0 0
C
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TCCAGGAATAAATAAATAAATTTCCGAGTCATCAATCAACAAAGCAACATACATTTTTCG
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AAGAATTGTTGGTATTCTATTTTTTATTGCTTCAGAAGCGGCTCCCGGCTCTCTTCCCAT
TGGTCCAATCGGCTCGAAGCTTTCTCCACCTCTTTATCCCAATCAGTTCTAAAGGTAACA
ATAACTAAGATTATGGTTTGCATTAATGTGCCACCAATCATCCCTGTCCATATTCCCTTT
GCTCCCATATCATAGGTGAAACCAAGTACGAACCCAATCGGAATTCCCACAACGTAGTAA
CAACCAATGTTAACGTACGCCACAAATGCTTGCCATCCACACCCAACAGCCACACCTGAC
AAAACAGGCTGAACTCCATTGAGGACAATGGTGATGGCTAAAAAGGGAGATAAATCCGAA
ACCGCCTCAGCCACCGCAGGACTATCAGTAAACGCATAGCTGATGACATTTCGCCATGAC
ATGACCACAACGGCTTCAAAAATCGCTAGCAATAATGATACTCCTGTCGTTACAAACGTT
GAAAACGCAGCCGCTCTTGGGTTTCCAGCTCCTAACTCATTGCTTACTCTCACACTGGCT
GCTGCGTTGAATCCAACGGAGACCATGAACGAGATTGCAGAAATTGACATGCATATAGCT
AAAGAATCCAAAGCAAGC

QA 2 799 2 799
DS 

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TAAAGGTAACAATAACTAAGATTATGGTTTGCATTAATGTGCCACCAATCATCCCTGTCC
ATATTCCCTTTGCTCCCATATCATAGGTGAAACCAAGTACGAACCCAATCGGAATTCCCA
CAACGTAGTAACAACCAATGTTAACGTACGCCACAAATGCTTGCCATCCACACCCAACAG
CCACACCTGACAAAACAGGCTGAACTCCATTGAGGACAATGGTGATGGCTAAAAAGGGAG
ATAAATCCGAAACCGCCTCAGCCACCGCAGGACTATCAGTAAACGCATAGCTGATGACAT
TTCGCCATGACATGACCACAACGGCTTCAAAAATCGCTAGCAATAATGATACTCCTGTCG
TTACAAACGTTGAAAACGCAGCCGCTCTTGGGTTTCCAGCTCCTAACTCATTGCTTACTC
TCACACTGGCTGCTGCGTTGAATCCAACGGAGACCATGAACGAGATTGCAGAAATTGACA
TGCATATAGCTAAAGAATCCAAAGCAAGCTCAGGGTTCTTGAGAAGTCCGGCGAGTAAAA
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ACCTCGGGCTCATCTTGATGTACACAATCTGAGCCGCGACTATGATCCACCACGACAAGC
TGTGGATCAAAGACAAGGCCAAGAGACCGTACCCTAGTCTATAGACC

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 3

CO CL3839Contig1 783 3 8 U
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AGAGTTCAAAGCCGCAGCTTCTCCATCTGGTGCAAGTCTAGACGAATGCAGGCGAGTAGC
TCTTAACTCACTCAAAGTCAATGATTCACTGTGTACACACTTGAAATGCACATTCGGTGG
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ATATACTCTCCTCGTTGATGGATTCGGATTGAAGCCATCACAGACAATAACGTTAGTGAA
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ATTTTGGATTTCTCCCAGAATCTCCCCCAATCTTTTCTTCTACTTCAAAATTTTGTTAAT
CATCATAATCCCTAATTGCTTACTATCGATTCGTATTAATATACTTTGGCTTACTATTTT
TTTTTGTAAACTAAACTGCAAACGTGTCGTCGGTTTCGTATAAATGATTCACTTTTTGAA
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20 20 20 

AF RR1H060TF U 1
AF RR1AT18JQ C 238
AF RR1AT18TF U 444
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TCTTAACTCACTCAAAGTCAATGATTCACTGTGTACACACTTGAAATGCACATTCGGTGG
AGTATGGAACGGTGGAGGCGGTGGTGGCCAAAAGAACATGTTTGTTGCATCCTTTTTCTT
TGATAGAGCCGCAGAGGCTGGTTTTGTTGACCGGACACAACCTGTGGCTACGGTTCATCC
AGCCGACTTTGAGAAAGCAGCCAGCCAAGCTTGTACCATGAAATTGGGAGATGGGAAAAC
GAAGTTCCCACTTGTGGAGGAAGACAATCTTCCTTACTTGTGCTTAGATCTCGTATACCA
ATATACTCTCCTCGTTGATGGATTCGGATTGAAGCCATCACAGACAATAACGTTAGTGAA
GAAAGTGAAGTACGGAGAACACGCCGTGGAAGCTGCGTGGCCACTAGGAAGCGCCATTGA
GGCCGTATCCTCACCATGAGTATAGTGCCAAGTTTTGGGAATTTGCACAAAACCCATATT
ATTTTGGATTTCTCCCAGAATCTCCCCCAATCTTTTCTTCTACTTCAAAATTTTGTTAAT
CCTCATAATCCCTAATTGCTTACTATCGATTCGTATTAATATACTTTGGCTTACTAT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1AT18JQ 546 0 0
CTTTGATAGAGCCGCAGAGGCTGGTTTTGTTGACCGGACACAACCTGGGGCTACGGTTCA
TCCAGCCGACTTTGAGAAAGCAGCCAGCCAAGCTTGTACCATGAAATTGGGAGATGGGAA
AACGAAGTTCCCACTTGTGGAGGAAGACAATCTTCCTTACTTGTGCTTAGATCTCGTATA
CCAATATACTCTCCTCGTTGATGGATTCGGATTGAAGCCATCACAGACAATAACGTTAGT
GAAGAAAGTGAAGTACGGAGAACATGCCGTGGAAGCTGCGTGGCCACTAGGAAGCGCCAT
TGAGGCCGTATCCTCACCATGAGTATAGTGCCAAGTTTTGGGAATTTGCACAAAACCCAT
ATTATTTTGGATTTCTCCCAGAATCTCCCCCAATCTTTTCTTTTACTTCAAAATTTTGTT
AATCATCATAATCCCTAATTGCTTACTATCGATTCGTATTAATATACTTTGGCTTACTAT
TTTTTTTTGTAAACTAAACTGCAAACGTGTCGTCGGTTTCGTATAAATGATTCACTTTTT
GAATGT

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1AT18TF 340 0 0
TCGGATTGAAGCCATCACAGACAATAACGTTAGTGAAGAAAGTGAAGTACGGAGAACATG
CCGTGGAAGCTGCGTGGCCACTAGGAAGCGCCATTGAGGCCGTATCCTCACCATGAGTAT
AGTGCCAAGTTTTGGGAATTTGCACAAAACCCATATTATTTTGGATTTCTCCCAGAATCT
CCCCCAATCTTTTCTTCTACTTCAAAATTTTGTTAATCATCATAATCCCTAATTGCTTAC
TATCGATTCGTATTAATATACTTTGGCTTACTATTTTTTTTTGTAAACTAAACTGCAAAC
GTGTCGTCGGTTTCGTATAAATGATTCACTTTTTGAATGT

QA 1 340 1 340
DS 



AS 1 3

CO CL3840Contig1 728 3 2 U
GTAATATGAAACTGATTAAAAATAAAGACGAAGGAATTACACAAATACTTCTGCAAATAG
AAGAAATGGTGAATACAGATCTCACTGATTACACAATGCCCTCATATTCACTTATTCTTC
TACCCTCCTCCTATGATATATCCCTCGACACTCATTCCTCAATACTAAATAAAATTATCA
TCACACACTATTACAATTTAAAAATAAAACCAGAAAGAAGGAATGAAAAAGACATTCTGT
AAACTAATTCCTGACAACTTTAACTAAAGTACCCCATGTGAGAAAGAACAAAAGATCATC
AAAGTAAAAATATAGTAAATAAGGAGTTTAAAAGGTGAAAAAGAGGAGAAAAACCAATAA
TTTCATGATCTCTTTTAACCTTTTTCACCACGAAGATCCTCCTGTATTAGTGAACATCCC
ACTCCAATATGTATTATTACCATGACTCTTGTCTTGGGCTGTGCTCGAAAGCTCTTTCAT
GTCTGAAAAGGGGAACAAAACCCTACTTGCTCCATTCATGTCATCAGCATGATTATTATC
TTCAGGTCTTTGGTTACTGTTGATGGTGTTATTTCCAATCCCTTGATGATGATCAATGGA
GAACGAAAGGTTATTGTTACTCTGTTTGTAATCAACCATTGTTGGAAACCCTAAAGATGA
GTAAATGACTGAGTTTGAATCCAACATTTGACCAGGCAAGAACGTGTTCATTCCTCTTGA
AGAGACTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ75JQ U 1
AF RR1CO77JQ U 277
AF RR1G185JQ U 1
BS 1 585 RR1FZ75JQ
BS 586 728 RR1G185JQ

RD RR1FZ75JQ 585 0 0
GTAATATGAAACTGATTAAAAATAAAGACGAAGGAATTACACAAATACTTCTGCAAATAG
AAGAAATGGTGAATACAGATCTCACTGATTACACAATGCCCTCATATTCACTTATTCTTC
TACCCTCCTCCTATGATATATCCCTCGACACTCATTCCTCAATACTAAATAAAATTATCA
TCACACACTATTACAATTTAAAAATAAAACCAGAAAGAAGGAATGAAAAAGACATTCTGT
AAACTAATTCCTGACAACTTTAACTAAAGTACCCCATGTGAGAAAGAACAAAAGATCATC
AAAGTAAAAATATAGTAAATAAGGAGTTTAAAAGGTGAAAAAGAGGAGAAAAACCAATAA
TTTCATGATCTCTTTTAACCTTTTTCACCACGAAGATCCTCCTGTATTAGTGAACATCCC
ACTCCAATATGTATTATTACCATGACTCTTGTCTTGGGCTGTGCTCGAAAGCTCTTTCAT
GTCTGAAAAGGGGAACAAAACCCTACTTGCTCCATTCATGTCATCAGCATGATTATTATC
TTCAGGTCTTTGGTTACTGTTGATGGTGTTATTTCCAATCCCTTG

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1CO77JQ 412 0 0
TGTGAGAAAGAACAAAAGATCATCAAAGTAAAAATATAGTAAATAAGGAGTTTAAAAGGT
GAAAAAGAGGAGAAAAACCAATAATTTCATGATCTCTTTTAACCTTTTTCACCACGAAGA
TCCTCCTGTATTAGTGAACATCCCACTCCAATATGTATTATTACCATGACTCTTGTCTTG
GGCTGTGCTCGAAAGCTCTTTCATGTCTGAAAAGGGGAACAAAACCCTACTTGCTCCATT
CATGTCATCAGCATGATTATTATCTTCAGGTCTTTGGTTACTGTTGATGGTGTTATTTCC
AATCCCTTGATGATGATCAATGGAGAACGAAAGGTTATTGTTACTCTGTTTGTAATCAAC
CATTGTTGGAAACCCTAAAGATGAGTAAATGACTGAGTTTGAATCCAACATT

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1G185JQ 728 0 0
GTAATATGAAACTGATTAAAAATAAAGACGAAGGAATTACACAAATACTTCTGCAAATAG
AAGAAATGGTGAATACAGATCTCACTGATTACACAATGCCCTCATATTCACTTATTCTTC
TACCCTCCTCCTATGATATATCCCTCGACACTCATTCCTCAATACTAAATAAAATTATCA
TCACACACTATTACAATTTAAAAATAAAACCAGAAAGAAGGAATGAAAAAGACATTCTGT
AAACTAATTCCTGACAACTTTAACTAAAGTACCCCATGTGAGAAAGAACAAAAGATCATC
AAAGTAAAAATATAGTAAATAAGGAGTTTAAAAGGTGAAAAAGAGGAGAAAAACCAATAA
TTTCATGATCTCTTTTAACCTTTTTCACCACGAAGATCCTCCTGTATTAGTGAACATCCC
ACTCCAATATGTATTATTACCATGACTCTTGTCTTGGGCTGTGCTCGAAAGCTCTTTCAT
GTCTGAAAAGGGGAACAAAACCCTACTTGCTCCATTCATGTCATCAGCATGATTATTATC
TTCAGGTCTTTGGTTACTGTTGATGGTGTTATTTCCAATCCCTTGATGATGATCAATGGA
GAACGAAAGGTTATTGTTACTCTGTTTGTAATCAACCATTGTTGGAAACCCTAAAGATGA
GTAAATGACTGAGTTTGAATCCAACATTTGACCAGGCAAGAACGTGTTCATTCCTCTTGA
AGAGACTC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 3

CO CL3841Contig1 771 3 3 U
GATCAAAAAATTAACAGGAGTTTATAAATAAATAAATATCCTCTAAACAAATGTTTCCCC
CTCCTCTAAATTCGAACAGTCAATGATCAAAAGTTTTGGGGATCATCAAGAACTAATACA
CACGACCAAATATTAACAGAAGCGGTATCTTTATAACCGAAACAATACAACATATCCTAT
TTCAACACTCGACCCGATAAAACAGAACCTGCTCCTTGTTCTGTTTCCAAAACCTGATCG
TGAAATGAGCTTTCATCTTTTAAGTGCTTGTCGGATTTTGGTCTCTTTAAGATTTGAACC
ATAGTTAGGTTTCAGCCTGGTTCAAGTGTGTCTAGACGCGTCCTCATGCAACTGTGGCGT
CCTCACATTAGGATCATCCCGGATATCGTAAGTAAAGTTGGGAGGACGGAAGAAATCTAC
TCCCTGTCCATGGATGCCTTGCTGAGCAGTGTAGTAACTATCGTAGCTTGGTGCTATTGA
GTTCAACTGTCGCAATCCTTGAATTGTTTGTTGATGATTCCCATAAAAGTTGTCGCGATT
TGGCCCCATTAAGTTCAGCTGGACCAAATTTTGCACGCTCTGCTGTGTCCCATAATAACT
TTCTAAGCCAACTGTCCTTGGACTCAACTTATCCATCGGTTGCAAGCTTTCTGGCGCTGC
AACTGGCATAACCTCCTGCTCTGAGTTCACTTTTCTTTTCTTAGTAGGATTCTTTTTCTT
GCTCGTCGTCTTGACTGCACTTCTGCTCTGGTTATCCTCCTCGACGGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DQ09JQ U 8
AF RR1DS75JQ U 1
AF RR1DS75TF C 38
BS 1 30 RR1DS75JQ
BS 31 31 RR1DQ09JQ
BS 32 771 RR1DS75JQ

RD RR1DQ09JQ 445 0 0
AAATTAACAGGAGTTTATAAATAAATAAATATCCTCTAAACAAATGTTTCCCCCTCTTCT
AAATTCAAACAGTCAATGATCAAAAGTTTTGGGGATCATCAAGAACTAATACACACGACC
AAATATTAACAGAAGCGGTATCTTTAAAACCGAAACAATACAACATATCCTATTTCAACA
CTTGACCCGATAAAACAAAACCTGCTCCTTGTTCTGTTTCCAAAACCTGATCGTGAAATG
AGCTTTCATCTTTTAAGTGCTTGTTGGATTTTGGTCTCTTTAAAATTTGAACCATGGTTA
GGTTTCAGCCTGGTTCAAGTGTGTCTAGACCCGTCCTCATGCAACTGTGGCGTCCTCACA
TTAGGATCATCCCGGATATCGTAAGTAAAGTTGGGAGGACGGAAAAAATCTACTCCCTGT
CCATGGATGCCTTGCTGAGCAGTGT

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1DS75JQ 771 0 0
GATCAAAAAATTAACAGGAGTTTATAAATAGATAAATATCCTCTAAACAAATGTTTCCCC
CTCCTCTAAATTCGAACAGTCAATGATCAAAAGTTTTGGGGATCATCAAGAACTAATACA
CACGACCAAATATTAACAGAAGCGGTATCTTTATAACCGAAACAATACAACATATCCTAT
TTCAACACTCGACCCGATAAAACAGAACCTGCTCCTTGTTCTGTTTCCAAAACCTGATCG
TGAAATGAGCTTTCATCTTTTAAGTGCTTGTCGGATTTTGGTCTCTTTAAGATTTGAACC
ATAGTTAGGTTTCAGCCTGGTTCAAGTGTGTCTAGACGCGTCCTCATGCAACTGTGGCGT
CCTCACATTAGGATCATCCCGGATATCGTAAGTAAAGTTGGGAGGACGGAAGAAATCTAC
TCCCTGTCCATGGATGCCTTGCTGAGCAGTGTAGTAACTATCGTAGCTTGGTGCTATTGA
GTTCAACTGTCGCAATCCTTGAATTGTTTGTTGATGATTCCCATAAAAGTTGTCGCGATT
TGGCCCCATTAAGTTCAGCTGGACCAAATTTTGCACGCTCTGCTGTGTCCCATAATAACT
TTCTAAGCCAACTGTCCTTGGACTCAACTTATCCATCGGTTGCAAGCTTTCTGGCGCTGC
AACTGGCATAACCTCCTGCTCTGAGTTCACTTTTCTTTTCTTAGTAGGATTCTTTTTCTT
GCTCGTCGTCTTGACTGCACTTCTGCTCTGGTTATCCTCCTCGACGGATAC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1DS75TF 734 0 0
ATCCTCTAAACAAATGTTTCCCC*TCCTCTAAATTCGAACAGTCAATGATCAAAAGTTTT
GGGGATCATCAAGAACTAATACACACGACCAAATATTAACAGAAGCGGTATCTTTATAAC
CGAAACAATACAACATATCCTATTTCAACACTCGACCCGATAAAACAGAACCTGCTCCTT
GTTCTGTTTCCAAAACCTGATCGTGAAATGAGCTTTCATCTTTTAAGTGCTTGTCGGATT
TTGGTCTCTTTAAGATTTGAACCATAGTTAGGTTTCAGCCTGGTTCAAGTGTGTCTAGAC
GCGTCCTCATGCAACTGTGGCGTCCTCACATTAGGATCATCCCGGATATCGTAAGTAAAG
TTGGGAGGACGGAAGAAATCTACTCCCTGTCCATGGATGCCTTGCTGAGCAGTGTAGTAA
CTATCGTAGCTTGGTGCTATTGAGTTCAACTGTCGCAATCCTTGAATTGTTTGTTGATGA
TTCCCATAAAAGTTGTCGCGATTTGGCCCCATTAAGTTCAGCTGGACCAAATTTTGCACG
CTCTGCTGTGTCCCATAATAACTTTCTAAGCCAACTGTCCTTGGACTCAACTTATCCATC
GGTTGCAAGCTTTCTGGCGCTGCAACTGGCATAACCTCCTGCTCTGAGTTCACTTTTCTT
TTCTTAGTAGGATTCTTTTTCTTGCTCGTCGTCTTGACTGCACTTCTGCTCTGGTTATCC
TCCTCGACGGATAC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 3

CO CL3842Contig1 712 3 9 U
GGACAAAACATTCTCTCTCAATTCCTTAATCTCTCCACGGAGACATCAAAGATCAATCTC
TTGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTCGTTCTTAC
AGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCTCGTCGTTCTCGTCACCTTTTTCTCTCGCACTC
TCTGTCTCTCTCTCCTAGTGTTCTGATTCTGGTTTTGTTTTTGTGTTCTTAGTTAAATAA
CTCGTGCTCTTTTTTTGCCAGATTTACTTTTCCAATCTCAATCTAACATGTCTGATTCAA
ATGTTTTTTCGCTTGAGATTCTTGTGATTTGTTTAAAAATTATTTATGATTTTCTGTAGA
TTTAAGAAACGAAGAAGAAGATAGCTTGAGAGAGACAGCCTCAGAACCATGGCAGAAGAA
AAAGCGACGAACATACGGCGATGGACAAACGCGGGGCTCGAGCATGAGAAACTCTGATGC
AAGGAGGAGAATGGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATTAGATTAGATTAGGTTTAGG
CTTAGGTTTTGGTTCATTAGGTTTGGTTTATTTAGGTTTTGGTTTAATATGTTGCAATGT
AAACCGGGTACTGCTTTTTTAGATTCTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAAACCGGTTT
AATTTGTAAACTGAAAATATTTGTAATCCGTGGTTTAATTTATAAACTGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1GX79TF U 1
AF RR1C327JQ C 30
AF RR1C327TF U 18
BS 1 376 RR1GX79TF
BS 377 379 RR1C327TF
BS 380 489 RR1GX79TF
BS 490 490 RR1C327TF
BS 491 625 RR1GX79TF
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BS 690 712 RR1GX79TF

RD RR1GX79TF 712 0 0
GGACAAAACATTCTCTCTCAATTCCTTAATCTCTCCACGGAGACATCAAAGATCAATCTC
TTGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTCGTTCTTAC
AGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCTCGTCGTTCTCGTCACCTTTTTCTCTCGCACTC
TCTGTCTCTCTCTCCTAGTGTTCTGATTCTGGTTTTGTTTTTGTGTTCTTAGTTAAATAA
CTCGTGCTCTTTTTTTGCCAGATTTACTTTTCCAATCTCAATCTAACATGTCTGATTCAA
ATGTTTTTTCGCTTGAGATTCTTGTGATTTGTTTAAAAATTATTTATGATTTTCTGTAGA
TTTAAGAAACGAAGAA***GATAGCTTGAGAGAGACAGCCTCAGAACCATGGCAGAAGAA
AAAGCGACGAACATACGGCGATGGACAAACGCGGGGCTCGAGCATGAGAAACTCTGATGC
AAGGAGGAGGATGGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATTAGATTAGATTAGGTTTAGG
CTTAGGTTTTGGTTCATTAGGTTTGGTTTATTTAGGTTTTGGTTTAATATGTTGCAATGT
AAACCGGGTACTGCTTTTTTAGATTTTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAAACCGGTTT
AATTTGTAAACTGAAAATATTTGTAATCTGTGGTTTAATTTATAAACTGAAA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1C327JQ 680 0 0
TCTCTCCACGGAGACATCAAAGATCAATCTCTTGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAA
CTTCGTCTCCATCATAGCTCGTCGTTCTTACAGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCTC
GTCGTTCTCGTCACCTTTTTCTCTCGCACTCTCTGTCTCTCTCTCCTAGTGTTCTGATTC
TGGTTTTGTTTTTGTGTTCTTAGTTAAATAACTCGTGCTCTTTTTTTGCCAGATTTACTT
TTCCAATCTCAATCTAACATGTCTGATTCAAATGTTTTTTCGCTTGAGATTCTTGTGATT
TGTTTAAAAATTATTTATGATTTTCTGTAGATTTAAGAAACGAAGAAGAAGATAGCTTGA
GAGAGACAGCCTCAGAACCATGGCAGAAGAAAAAGCGACGAACATACGGCGATGGACAAA
CGCGGGGCTCGAGCATGAGAAACTCTGATGCAAGGAGGAGAATGGAGAGGAAGGTGACAG
GCGGCGTAGATTAGATTAGATTAGGTTTAGGCTTAGGTTTTGGTTCATTAGGTTTGGTTT
ATTTAGGTTTTGGTTTAATATGTTGCAATGTAAACCGGGTACTGCTTTTTTAGATTCTGT
TTTTAAACCCGGTTTGTATGTAAACCGGTTTAATTTGTAAACTGAAAATATTTGTAATCC
GTGGTTTAATTTATAAACTG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1C327TF 692 0 0
GG
AATTCCTTAATCTCTCCACGGAGACATCAAAGATCAATCTCTTGTCACTTTTTTCACCGC
CAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTCGTTCTTACAGCCCTGCGTGTGTTTTTA
TTTACAGCTCGTCGTTCTCGTCACCTTTTTCTCTCGCACTCTCTGTCTCTCTCTCCTAGT
GTTCTGATTCTGGTTTTGTTTTTGTGTTCTTAGTTAAATAACTCGTGCTCTTTTTTTGCC
AGATTTACTTTTCCAATCTCAATCTAACATGTCTGATTCAAATGTTTTTTCGCTTGAGAT
TCTTGTGATTTGTTTAAAAATTATTTATGATTTTCTGTAGATTTAAGAAACGAAGAAGAA
GATAGCTTGAGAGAGACAGCCTCAGAACCATGGCAGAAGAAAAAGCGACGAACATACGGC
GATGGACAAACGCGGGGCTCGAGCATGAGAAACTCTGATGCAAGGAGGAGAATGGAGAGG
AAGGTGACAGGCGGCGTAGATTAGATTAGATTAGGTTTAGGCTTAGGTTTTGGTTCATTA
GGTTTGGTTTATTTAGGTTTTGGTTTAATATGTTGCAATGTAAACCGGGTACTGCTTTTT
TAGATTCTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAAACCGGTTTAATTTGTAAACTGAAAATA
TTTGTAATCCGTGGTTTAATTTATAAACTG

QA 3 692 3 692
DS 



AS 1 3

CO CL3843Contig1 832 3 15 U
AATCTTTAGCACCTCTCCTTCTTCTTCGTATTGCCCCATCAACGCTTCACGAAATCATGA
GAGACAATCATGATTTCAAACCGAGATCACTGAGGTTATGATGAGATTGATATCTGGGAC
GTTCCCGTCCGTCAAGCTTCGCGATTACAACCCTATCTCTAAAAA*TCTCCAAACTCCAC
AAAATCGAAAACTTGTAAAACCCAAGTCCCGATATCTTCATCCTCTTCTTCCCATGAAAA
TTCCGAGATTTCAAACCCCAAATTATGGTCTGTTTATCTCATTCTCTCGACCAACGAACC
CATCAAAACCTATGTCGGCATCACCACCGATTTCGCACGCCGATTAAAGCAGCACAATGG
TGAAATCAAAGGTGGTGCGAAAGCTTCAAGTGCAGGACGACCTTGGGTTTGTGCCTGCAT
CATCACTGGATTCACTTGCCTAAGCCAAGCTTCCTCGTTTGAATCGAAATGGAAGATCTT
CACGAGAAAGTTACCGAGGAGGAGAAAGAAAGACAAAGACGAGGAGATGAGTCAGAGTGA
AGCTTTGTTGCAACACCGGAGGAGGGCGTTGGATAAAGTCCACGACTCACTTGAATGCAG
TCACCTCGAAACTGACTGGAAAATTGAGACAAGGTAAAAACGCAACTAATTTATGTTGGG
ACTTGTGGACAACTGCAAAAACAGATTGTACGATTTGATTTGGTTTGTGTCTACAGTTTA
AGGTATTAAGATGGTGAACTTTAAATTGGTGTTTTGATATTGAGGTAATGCTAAGCGCTG
TGTAAGTAATTAATAAGTAATTAATGCTCAACCGAACTGTGCTTTTCGCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A561TF U 1
AF RR1EP68TF U 55
AF RR1EP68JQ C 134
BS 1 69 RR1A561TF
BS 70 70 RR1EP68TF
BS 71 115 RR1A561TF
BS 116 117 RR1EP68TF
BS 118 165 RR1A561TF
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BS 167 179 RR1A561TF
BS 180 180 RR1EP68TF
BS 181 438 RR1A561TF
BS 439 439 RR1EP68TF
BS 440 471 RR1A561TF
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BS 473 507 RR1A561TF
BS 508 719 RR1EP68TF
BS 720 832 RR1EP68JQ

RD RR1A561TF 507 0 0
AATCTTTAGCACCTCTCCTTCTTCTTCGTATTGCCCCATCAACGCTTCACGAAATCATGA
GAGACAATCCTGATTTCAAACCGAGATCACTGAGGTTATGATGAGATTGATATCT**GAC
GTTCCCGTCCGTCAAGCTTCGCGATTACAACCCTATCTCTAAAAAATCTCCAAACTCCAT
AAAATCGAAAACTTGTAAAACCCAAGTCCCGATATCTTCATCCTCTTCTTCCCATGAAAA
TTCCGAGATTTCAAACCCCAAATTATGGTCTGTTTATCTCATTCTCTCGACCAACGAACC
CATCAAAACCTATGTCGGCATCACCACCGATTTCGCACGCCGATTAAAGCAGCACAATGG
TGAAATCAAAGGTGGTGCGAAAGCTTCAAGTGCAGGACGACCTTGGGTTTGTGCCTGCAT
CATCACTGGATTCACTTGTCTAAGCCAAGCTTCCTCGTTTGAATCGAAATGAAAGATCTT
CACGAGAAAGTTACCGAGGAGGAGAAA

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1EP68TF 665 0 0
GG
ATGAGAGACAATCATGATTTCAAACCGAGATCACTGAGGTTATGATGAGATTGATATCTG
GGACGTTCCCGTCCGTCAAGCTTCGCGATTACAACCCTATCTCTAAAAA*TCTCCAAACT
CCACAAAATCGAAAACTTGTAAAACCCAAGTCCCGATATCTTCATCCTCTTCTTCCCATG
AAAATTCCGAGATTTCAAACCCCAAATTATGGTCTGTTTATCTCATTCTCTCGACCAACG
AACCCATCAAAACCTATGTCGGCATCACCACCGATTTCGCACGCCGATTAAAGCAGCACA
ATGGTGAAATCAAAGGTGGTGCGAAAGCTTCAAGTGCAGGACGACCTTGGGTTTGTGCCT
GCATCATCACTGGATTCACTTGCCTAAGCCAAGCTTCCTCGTTTGAATCGAAATGGAAGA
TCTTCACGAGAAAGTTACCGAGGAGGAGAAAGAAAGACAAAGACGAGGAGATGAGTCAGA
GTGAAGCTTTGTTGCAACACCGGAGGAGGGCGTTGGATAAAGTCCACGACTCACTTGAAT
GCAGTCACCTCGAAACTGACTGGAAAATTGAGACAAGGTAAAAACGCAACTAATTTATGT
TGGGACTTGTGGACAACTGCAAAAACAGATTGTACGATTTGATTTGGTTTGTGTCTACAG
TTT

QA 3 665 3 665
DS 

RD RR1EP68JQ 699 0 0
AAGCTTCGCGATTACAACCCTATCTCTAAAAA*TCTCCAAACTCCACAAAATCGAAAACT
TGTAAAACCCAAGTCCCGATATCTTCATCCTCTTCTTCCCATGAAAATTCCGAGATTTCA
AACCCCAAATTATGGTCTGTTTATCTCATTCTCTCGACCAACGAACCCATCAAAACCTAT
GTCGGCATCACCACCGATTTCGCACGCCGATTAAAGCAGCACAATGGTGAAATCAAAGGT
GGTGCGAAAGCTTCAAGTGCAGGACGACCTTGGGTTTGTGCCTGCATCATCACTGGATTC
ACTTGCCTAAGCCAAGCTTCCTCGTTTGAATCGAAATGGAAGATCTTCACGAGAAAGTTA
CCGAGGAGGAGAAAGAAAGACAAAGACGAGGAGATGAGTCAGAGTGAAGCTTTGTTGCAA
CACCGGAGGAGGGCGTTGGATAAAGTCCACGACTCACTTGAATGCAGTCACCTCGAAACT
GACTGGAAAATTGAGACAAGGTAAAAACGCAACTAATTTATGTTGGGACTTGTGGACAAC
TGCAAAAACAGATTGTACGATTTGATTTGGTTTGTGTCTACAGTTTAAGGTATTAAGATG
GTGAACTTTAAATTGGTGTTTTGATATTGAGGTAATGCTAAGCGCTGTGTAAGTAATTAA
TAAGTAATTAATGCTCAACCGAACTGTGCTTTTCGCACG

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 3

CO CL3844Contig1 594 3 2 U
GGTCTGTTACTTCCTTCCTTCCTTCCTCGCCGTCGTCGTTAGGAGCAGAAGAATAAAGAA
AGAGGTTGAAAACATGGCTTATGCAGCAATGAAGCCCACGAAGGCTGGTCTAGAAGAGCC
ACTCGAGCAAATTCATAAGATCAGGATTACTCTCTCCTCAAAGAATGTGAAGAACCTAGA
AAAAGTGTGTGCTGATTTGGTTCGTGGAGCAAAGGACAAGAGACTCAGAACCAAGGGACC
AGTGAGAATGCCCACCAAGGTTCTTAAGATCACCACCCGAAAAGCTCCTTGTGGTGAAGG
AACAAACACATGGGACAGATTCGAACTTAGGGTGCACAAGCGAGTGATTGATCTCTTCAG
CTCTCCCGATGTGGTCAAGCAAATCACTTCCATCACCATTGAACCTGGTGTTGAGGTCGA
AGTCACCATCGCCGACTCTTAGATTTTCTTTGCCTGCAAGAAACAAGAATATCTTACTTT
GTCTCTCCGGTTGATCTGGATGAAACCAATGTTTTTGTTGTAGTGAAACTTAGCTGAGAT
ATTTATCTTTCCAGAGATTTGTTATTTACACTCTATCAAAATTGAGATTATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1D190TF U 1
AF RR1EC24TF U 1
AF RR1DP40TF U 7
BS 1 591 RR1D190TF
BS 592 594 RR1DP40TF

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AGTGAGAATGCCCACCAAGGTTCTTAAGATCACCACCCGAAAAGCTCCTTGTGGTGAAGG
AACAAACACATGGGACAGATTCGAACTTAGGGTGCACAAGCGAGTGATTGATCTCTTCAG
CTCTCCCGATGTGGTCAAGCAAATCACTTCCATCACCATTGAACCTGGTGTTGAGGTCGA
AGTCACCATCGCCGACTCTTAGATTTTCTTTGCCTGCAAGAAACAAGAATATCTTACTTT
GTCTCTCCGGTTGATCTGGATGAAACCAATGTTTTTGTTGTAGTGAAACTTAGCTGAGAT
ATTTATCTTTCCAGAGATTTGTTATTTACACTCTATCAAAATTGAGATTAT
GA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1EC24TF 591 0 0
GGTCTGTT
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GTGCTGATTTGGTTCGTGGAGCAAAGGACAAGAGACTCAGAACCAAGGGACCAGTGAGAA
TGCCCACCAAGGTTCTTAAGATCACCACCCGAAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGAACAAACA
CATGGGACAGATTCGAACTTAGGGTGCACAAGCGAGTGATTGATCTCTTCAGCTCTCCCG
ATGTGGTCAAGCAAATCACTTCCATCACCATTGAACCTGGTGTTGAGGTCGAAGTCACCA
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TTCCAGAGATTTGTTATTTACACTCTATCAAAATTGAGATTAT

QA 9 591 9 591
DS 

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GG
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AAAACATGGCTTATGCAGCAATGAAGCCCACGAAC*CTGGTCTAGAAGAGCCACTCGAGC
AAATTCATAAGATCAGGATTACTCTCTCCTCAAAGAATGTGAAGAACCTAGAAAAAGTGT
GTGCTGATTTGGTTCGTGGAGCAAAGGACAAGAGACTCAGAACCAAGGGACCAGTGAGAA
TGCCCACCAAGGTTCTTAAGATCACCACCCGAAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGAACAAACA
CATGGGACAGATTCGAACTTAGGGTGCACAAGCGAGTGATTGATCTCTTCAGCTCTCCCG
ATGTGGTCAAGCAAATCACTTCCATCACCATTGAACCTGGTGTTGAGGTCGAAGTCACCA
TCGCCGACTCTTAGATTTTCTTTGCCTGCAAGAAACAAGAATATCTTACTTTGTCTCTCC
GGTTGATCTGGATGAAACCAATGTTTTTGTTGTAGTGAAACTTAGCTGAGATATTTATCT
TTCCAGAGATTTGTTATTTACACTCTATCAAAATTGAGATTATGAT

QA 3 588 3 588
DS 



AS 1 2

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TCATCCGATGACGATGTCTTACCTGCTGCGGCGGAGCACAAGGAAGCTCTGCCACAACAA
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AAGGAAAAAAGCGTAGAGCTCCTCGGCTACCAGATGCTTTACTTCTTCTGGAGTCACCGA
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1HA76JQ C 1
AF RR1HA76TF U 1
BS 1 659 RR1HA76TF

RD RR1HA76JQ 659 0 0
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AAGGAAAAAAGCGTAGAGCTCCTCGGCTACCAGATGCTTTACTTCTTCTGGAGTCACCGA
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GTCGTTCCAAGCTACCTAGAGGAAATCTGCCTCATTCCAAGAACAGTCCAGATACTTTGG
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AATGTAATGTGACTTCACTTTTGCATAAAACATATTATTAATAAAGAAAAAGAGCTCTG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1HA76TF 659 0 0
GGGACGTCGTTTGGGGGTAAAGGTGGGAGAAGAGGTATGTCACTGGTAGACTACGACGAT
TCATCCGATGACGATGTCTTACCTGCTGCGGCGGAGCACAAGGAAGCTCTGCCACAACAA
CCGCAACAGAAACAGAAACCCTCTCCAACTCCTCCAAATACACGGAGATCTATAAAGGAG
AAGGAAAAAAGCGTAGAGCTCCTCGGCTACCAGATGCTTTACTTCTTCTGGAGTCACCGA
GACTCTCACAGGTGAGTGGAGGAGATCAAGGTGGTGACCATGCTTCCCTTGATGCAGCTG
CAATGGCCGAGAGTGCATTACGGAAAAGAGAGTTCAATGGGAAGTCTTCTTCTCTTCCTC
GTCGTTCCAAGCTACCTAGAGGAAATCTGCCTCATTCCAAGAACAGTCCAGATACTTTGG
GTAATGTGCTTGTGCCTCCTCAGCTCAATGGAAGGAGCAATGTTGCCACCGAAGATATGA
GCAGGCTTTTTGTGAAAAAACGACAAGACTCCACCTCCAAGGCGAGATCTCCTAATCAGG
CATAGTTTGGTCAAATTTCTATGGTTTTGTTTCTTTCTGACTAATCTCGTACAACAGAGT
AATGTAATGTGACTTCACTTTTGCATAAAACATATTATTAATAAAGAAAAAGAGCTCTG

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL3846Contig1 658 2 5 U
AACTAAAAAACTTGGATAGATTCATCTCATTCATTCTTCATGAAAACAGGTTTATAACCA
TGAACAATTCAACAACACCGACACTGGATATATACTAGCTCTTATATATAGTTACTGTTT
TAACTGTTAATCCTGTGATTCACTTAAGTGGTTCTCAAGAATCGGCAACCTTAGGTGATT
CGCTTACTACTCGTTCTTCCTCGTTTCTTGTTGCGTCTTCTTCCTGTGGGATCAAATTGC
AGTGGATCGTGTGTGACACTGGTTTCTCTAGCTGAAACAGCGGATGCTTGCACAAGGTCG
GGCACTGAACAGTCAGTGCGTACTTGCAAGTGGATAGCTCAGTGAGAGAAGTGACCATTG
CCCTGGTTTCTGCGCAGACAAACCTCACCTCGACTTCTCGAGGCGTTCCTGTAAGATCAC
AGGTGGTCCCATTGGTGAAAATATGAGAATGATACCTCTCTTTCATAGTAGAAGCATGAG
ATACATTTTGATTGAAAGCAGCAGTTGCCTCTGGGTCATAATTACCCAAAGAAAACTCTT
GGACAATCTTGGTGCCATCCTCAAGGCGTAGCTGCCTTACTGACTTCAGATGACAAAACT
CATAGGACCACCAACCCTCTTGCCTGAGAAGGCATTGGTCGTTGAGTGGTTGAAGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BC40TF C 1
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QA 1 658 1 658
DS 

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AACACCGACACTGGATATATACTAGCTCTTATATATAGTTACTGTTTTAACTGTTAATCC
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GCAGACAAACCTCACCTCGACTTCTCGAGGCGTTCCTGTAAGATCACAGGTGGTCCCATT
GGTGAAAATATGAGAATGATACCTCTCTTTCATAGTAGAAGCATGAGATACATTTTGATT
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GCCATCCTCAAGGCGTAGCTGCCTTACTGACTTCAGATGACAAAACTCATAGGACCACCA
ACCCTCTTGCCT

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 3

CO CL3847Contig1 1069 3 3 U
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CTCCGTGAAGAGTGTGGATTATCAATCCAGTTATACATTAAGAAGGATTACAAACATAAT
GTGAATTGTATTTTGAAGTACATAGACAGAAGCTACGTACTTTGAAGCTTATGGGTGTAA
AATAAAGGTAAACTTTTATCTTTTTGGTGTGGATATATTATATTACTGATTAAAATATAT
TGGTTAATTCCTTCAAGATGATATGAACGGCATCATGTCAATATAAGCTAGGGAGCGAAG
TCGCGCCTGTGTCTGTTGGAGGCTCGACCACACAACAAAGCATTTTTAGGCAAAGGATAT
TCATCTCTGATAGAGTTTGCCGGAAAGTGAACTCGGATGTAGAATTGTTGACCTAAGTAT
TGTCTTGCCCAAAACTCAGTTCTGAAGTTCCACATACCGACGTTATCTAATGACACATAT
ACAGCTGTCCAAGATTTTGGAAAGACCTGAGTAGTGGAGCGAGAAATAGCATCCTTGAGG
TTATAATCTCGTCTGCTCGCCTGTGACCATTTAGACCATCTATTACCAATCCCGACAACC
CAGAAGTTGTGTCCATCAAGGTGGTAAGTCTGGACGATATTCTCTCGGTTTTGAAAGACG
ATCTCAATAAAATCTTTGTGGTGCACTCCCATCACTGCTGTTTCTAGTCTCATCCCTTCT
CTTCCAGGCTTATCAGGGATGCTTCCTACTTTGTAAACACCTTTGATCTTAAAGTAATCT
GCTAGCTTCAGTGGTGTATCAGCAGGAACGAATGATACGCCATTTATGCCATATCGTTGC
TTCCTATTCACAACGCCTGCTGAGCTTTCAAGTATTAATGTCCTGGAAATCTTGACTCGA
CCATAATGGGATGAGCCCTGAGCATTTTGCCTTTGCCCGGACGCAGTCAGGTTAGTCTTA
ATGGACCGAGCCTGTTTAATAGATAAGTCTATATCATTGTCGTCTTGTTCTCTATTAGGG
CCACTTTTGAGCTTTTGGAGTTGGGGCTGAAGTAGTTAAGAATTACTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H923JQ U 1
AF RR1AL02JQ U 71
AF RR1AL02TF C 311
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RD RR1H923JQ 642 0 0
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QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1AL02JQ 812 0 0
G
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QA 2 812 2 812
DS 

RD RR1AL02TF 759 0 0
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QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 3

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CTGGAAATCTCCGTTCTACGTAAACTCTCTCTTGCCAAGCCCAAGGTTTGACACAGACAT
AACTATCGAGGATATGGGCTACATTTTCAGTCCGGGGGAGAGCATAGGAATGTTGACACA
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GGCGGAGGGTAGAGTGCTGGACTTCAACGACTGCGAGTCTCCCACCAAGTAACAGAAGAA
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GAGCTTGCCCCTGCTTGGATCTAATTCTCTCTTCTTCTTTTTTCTTTCTAGTGAATCAAC
TTTGAATTTACATTCTGTGTTCAATATAGTATATATATACGTCACTCATATTGCTTG


BQ
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AF RR1AC24TF U 1
AF RR1DL12TF U 327
AF RR1DL12JQ C 826
BS 1 385 RR1AC24TF
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BS 695 811 RR1AC24TF
BS 812 887 RR1DL12TF
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GAGGGGTGAGCATACTTCACTAGTTAGTCACAGAATGCCAGAAGAAACCATGGATGTCAG
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TGAGAACTTCAGCATATTCTGTGGAACTCCATTCAGGAGAGGTCTTGAATCTCCCTCAGC
CTGGAAATCTCCGTTCTATGTAAACTCTCTCTTGCCAAGCCCAAGGTTTGACACGGACAT
AACTATCGAGGATATGGGCTACATTTTCAGTCCTGGGGAGAGCATAGGAATGTTGACACA
GAGACATGAGCATACAAGTGGATTCGCAGCATTCAATGCAATGGACATTTCACTTTCCCC
AAGTACTGATGATGCAAGGAAGATGAAGGAC

QA 1 811 1 811
DS 

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CACAAGTTTCAACACCAAGAAATCATTTGCAGAGAAGTCTCATGGCTACTTCTAACAAAG
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CCGAGGGTCATCTTGCTAATAACGAGACAAACAATGAGAACTTCAGCATATTCTGTGGAA
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CTCTCTTGCCAAGCCCAAGGTTTGACGCAGACATAACTATCGAGGATATGGGCTACATTT
TCAGTCCGGGGGAGAGCATAGGGATGTTGACACAGAGACATGAGCATACAAGTGGATTCG
CAGCATTTAATGCAATGGATATTTCACTTTCCCCAAGTACTGATGATGCAAGGAAGATGA
AGGACTTGAATAAAGAGAATAATGATCCTCTAATGGCGGAGGGTAGAGTGCTGGACTTCA
ACGACTGCGAGTCTCCCACCA

QA 1 561 1 561
DS 

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CAAGTAACAGAAGAAGTCTCATCCTACCTCTTGATGGGGATGTAGGTAAGAAGGCTTGAA
TCTCCACCTCAATACATAATATTCAATGCACATACATGATCATGTACAAACATGTATGTG
CAACTTTTATAAACAGAGCTTGCCCCTGCTTGGATCTAATTCTCTCTTCTTCTTTTTTCT
TTCTAGTGAATCAACTTTGAATTTACATTCTGTGTTCAATATAGTATATATATACGTCAC
TCATATTGCTTG

QA 1 312 1 312
DS 



AS 1 2

CO CL3849Contig1 1144 2 2 U
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TCAGGCTGTTCTCGCCGTTGACGGCGGAAAGGAATAATCTTTCTTCTTTATTGATCAGGT
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AGGAAAGACTCAGGGTTTACCACAAAATGACACAACCAGTGGAGGAGTTCTACAGGAAGC
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TTAGGGCGTTACACCTTGAAGATGATAAACAGTCTGCAATAGCCTAGTCTCTCTATATCT
TCACAACTTTTTTCCTACATTCTTTGCTCGAGCAATCCTCCTCGTGCATATGCTTAAGAT
AGTGAATAAAACATATGCGTGTCCCTATAATTTTTACATCACAATTAATGCATACATTAT
ATAGTGAAATTTTTTTTTGTGTGGATTCTAGTCGTTGACAATAATATTCTTTTTACTCTG
AACC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1EO41TF U 1
AF RR1EO41JQ C 622
BS 1 755 RR1EO41TF
BS 756 1144 RR1EO41JQ

RD RR1EO41TF 755 0 0
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TCAGGCTGTTCTCGCCGTTGACGGCGGAAAGGAATAATCTTTCTTCTTTATTGATCAGGT
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CTGCGGCGGAGCTGGAAAAGTCTTCCTCTCCTCCTTCTTCTCCTACTCCGTCCAAAGGTA
GAAACTTTCACTGGGTGTTTCTTGGATGTCCCGGTGTTGGTAAAGGCACCTACGCCTCTC
GTCTCTCTACCCTCCTCGGCGTTCCTCATATCGCCACCGGTGATCTCGTACGCGAAGAGC
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TTCCTGATGAATTCATTATAAGCTTGTTATCAAAGCGTCTCGAAGCTGGCAAGGAGAAGG
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AGGGAGTGATTAATGTGGATCTAGTGATCAACCTGAAGCTAAAGGAAGAGGCACTACTTG
CAAAATGTCTAGGGAGAAGAATATGCAGCGAGTGTGGTGCAAACTATAACGTTGCATGCA
TTGATATCAAAAGTGGTGATGATGATTCTAGTCCTAGAATGTATATGCCTCCGCTCCTTC
CTCCACCAAACTGTGAATCTAAGCTTATAACCCGA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1EO41JQ 523 0 0
TATGCAGCGAGTGTGGTGCAAACTATAACGTTGCATGCATTGATATCAAAAGTGGTGATG
ATGATTCTAGTCCTAGAATGTATATGCCTCCGCTCCTTCCTCCACCAAACTGTGAATCTA
AGCTTATAACCCGAGCTGATGACACTGAAGATGTTGTCAAGGAAAGACTCAGGGTTTACC
ACAAAATGACACAACCAGTGGAGGAGTTCTACAGGAAGCGTGGGAAGCTGTTGGAGTTTG
AATTACCAGGTGGAATCCCACAGTCATGGCCGAAACTACTTAGGGCGTTACACCTTGAAG
ATGATAAACAGTCTGCAATAGCCTAGTCTCTCTATATCTTCACAACTTTTTTCCTACATT
CTTTGCTCGAGCAATCCTCCTCGTGCATATGCTTAAGATAGTGAATAAAACATATGCGTG
TCCCTATAATTTTTACATCACAATTAATGCATACATTATATAGTGAAATTTTTTTTTGTG
TGGATTCTAGTCGTTGACAATAATATTCTTTTTACTCTGAACC

QA 1 523 1 523
DS 



AS 1 3

CO CL3850Contig1 722 3 10 U
GGATTCGCATCTATATTAATACATCCTCTCCGGCAATCAGACAAGAAAACACAAACACCA
AAAAGGTCAATCAATCGCCGATGGCTCGTCTCCTCCCTCTCCTCCTCCTTATCGCCACCG
TCTCCACCGTCGCCTTCGCCGACGATGAACCGGACTGCGTCTACACGTTCTACCTCCGAA
CCGGATCAATCTGGAAAGCCGGAACCGACTCGATCATCAGCGCAAGAATCTACGACAAGT
ACGGCGACTACATCGGGATCAAGAACCTATAGGCTTGGGGCGGACTAATGGGCCCTGACT
ACAACTACTTCGAGAGAAGCAACCTCGACATTTTCAGCGGAAGAGCGCCGTGTTTACCTA
GCCCGATCTGCTCTCTGAACCTAACCTCCGACGGCTCCGGCGATCACCATGGCTGGTACG
TTAACTACGTCGAGGTTTCGACGGCTGGAGTTCACGCTCAGTGCTCCACTCAGAATTTCG
AGATCGAGCAGTGGCTTGCAACCGATACGTCACCGTATGAGCTTACTGCCGTGAGGAACA
ATTGTCCCGTGTCGCTTAGGGATAGTGTCAGTCGGGTCGGGTCGGAGATCCGGAAACAGC
TTTCTTGGGTCATCTGAGTGATGATGAAAGTGTGTGTGATTCGTATTGTATGTTTATCAT
CGTCTTATGAGTGTAATCTGGCCTTTGATTATATGATTCGATAAATAAAACTTTTTAGTT
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
10 10 

AF RR1BR42TF U 1
AF RR1C444TF U 44
AF RR1C444JQ C 44
BS 1 120 RR1BR42TF
BS 121 121 RR1C444TF
BS 122 192 RR1BR42TF
BS 193 194 RR1C444TF
BS 195 269 RR1BR42TF
BS 270 270 RR1C444TF
BS 271 355 RR1BR42TF
BS 356 356 RR1C444TF
BS 357 718 RR1BR42TF
BS 719 722 RR1C444JQ

RD RR1BR42TF 718 0 0
GGATTCGCATCTATATTAATACATCCTCTCCGGCAATCAGACAAGAAAACACAAACACCA
AAAAGGTCAATCAATCGCCGATGGCTCGTCTCCTCCCTCTCCTCCTCCTTATCGCCACCG
CCTCCACCGTCGCCTTCGCCGACGATGAACCGGACTGCGTCTACACGTTCTACCTCCGAA
CCGGATCAATCT**AAAGCCGGAACCGACTCGATCATCAGCGCAAGAATCTACGACAAGT
ACGGCGACTACATCGGGATCAAGAACCTAGAGGCTTGGGGCGGACTAATGGGCCCTGACT
ACAACTACTTCGAGAGAAGCAACCTCGACATTTTCAGCGGAAGAGCGCCGTGTTTGCCTA
GCCCGATCTGCTCTCTGAACCTAACCTCCGACGGCTCCGGCGATCACCATGGCTGGTACG
TTAACTACGTCGAGGTTTCGACGGCTGGAGTTCACGCTCAGTGCTCCACTCAGAATTTCG
AGATCGAGCAGTGGCTTGCAACCGATACGTCACCGTATGAGCTTACTGCCGTGAGGAACA
ATTGTCCCGTGTCGCTTAGGGATAGTGTCAGTCGGGTCGGGTCGGAGATCCGGAAACAGC
TTTCTTGGGTCATCTGAGTGATGATGAAAGTGTGTGTGATTCGTATTGTATGTTTATCAT
CGTCTTATGAGTGTAATCTGGCCTTTGATTATATGATTCGATAAATAAAACTTTTTAG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1C444TF 679 0 0
G
GAAAACACAAACACCAAAAAGGTCAATCAATCGCCGATGGCTCGTCTCCTCCCTCTCCTC
CTCCTTATCGCCACCGTCTCCACCGTCGCCTTCGCCGACGATGAACCGGACTGCGTCTAC
ACGTTCTACCTCCGAACCGGATCAATCTGGAAAGCCGGAACCGACTCGATCATCAGCGCA
AGAATCTACGACAAGTACGGCGACTACATCGGGATCAAGAACCTATAGGCTTGGGGCGGA
CTAATGGGCCCTGACTACAACTACTTCGAGAGAAGCAACCTCGACATTTTCAGCGGAAGA
GCGCCGTGTTTACCTAGCCCGATCTGCTCTCTGAACCTAACCTCCGACGGCTCCGGCGAT
CACCATGGCTGGTACGTTAACTACGTCGAGGTTTCGACGGCTGGAGTTCACGCTCAGTGC
TCCACTCAGAATTTCGAGATCGAGCAGTGGCTTGCAACCGATACGTCACCGTATGAGCTT
ACTGCCGTGAGGAACAATTGTCCCGTGTCGCTTAGGGATAGTGTCAGTCGGGTCGGGTCG
GAGATCCGGAAACAGCTTTCTTGGGTCATCTGAGTGATGATGAAAGTGTGTGTGATTCGT
ATTGTATGTTTATCATCGTCTTATGAGTGTAATCTGGCCTTTGATTATATGATTCGATAA
ATAAAACTTTTTAG
TTAC

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR1C444JQ 679 0 0
G
GAAAACACAAACACCAAAAAGGTCAATCAATCGCCGATGGCTCGTCTCCTCCCTCTCCTC
CTCCTTATCGCCACCGTCTCCACCGTCGCCTTCGCCGACGATGAACCGGACTGCGTCTAC
ACGTTCTACCTCCGAACCGGATCAATCTGGAAAGCCGGAACCGACTCGATCATCAGCGCA
AGAATCTACGACAAGTACGGCGACTACATCGGGATCAAGAACCTATAGGCTTGGGGCGGA
CTAATGGGCCCTGACTACAACTACTTCGAGAGAAGCAACCTCGACATTTTCAGCGGAAGA
GCGCCGTGTTTACCTAGCCCGATCTGCTCTCTGAACCTAACCTCCGACGGCTCCGGCGAT
CACCATGGCTGGTACGTTAACTACGTCGAGGTTTCGACGGCTGGAGTTCACGCTCAGTGC
TCCACTCAGAATTTCGAGATCGAGCAGTGGCTTGCAACCGATACGTCACCGTATGAGCTT
ACTGCCGTGAGGAACAATTGTCCCGTGTCGCTTAGGGATAGTGTCAGTCGGGTCGGGTCG
GAGATCCGGAAACAGCTTTCTTGGGTCATCTGAGTGATGATGAAAGTGTGTGTGATTCGT
ATTGTATGTTTATCATCGTCTTATGAGTGTAATCTGGCCTTTGATTATATGATTCGATAA
ATAAAACTTTTTAGTTAC

QA 2 679 2 679
DS 



AS 1 3

CO CL3851Contig1 710 3 9 U
GAAGCTGTCCGTCTCTCATTAAACCCTAATACCCTCTGCTTCTTCTGCCTCTCTCTCTAA
CCTCTCAGCGAAGAAAGAATGTCGATTCCTTGTCTGACCGAAGAGACGGCCAAATCAGTG
CTACGCCAGGTGGAGTTCTACTTCAGTGATAGTAATCTCCCGATTGATGATTTCCTCAAG
AAGACTGTTAGAGAGAGTGAAGATGGATTGGTTAGTTTGGGGTTGATATGTTCCTTCAGT
AAGATGAGAGCGTATTTGAAGTTGGGTGATTCCAAAGGAGATGAGGTTCCTGAAGATACC
ATCAAAGCTGTTGCTGATACTCTTCGCACCTCCAAGGCTCTCAAGGTTTCTGAAGATGGG
AAAAAGGTTGGTAGGAGTACAGAACTGTTGAAGCTAGAAGATTTGATTGAACAGCTTAAT
GCTAGAACTGTAGCTGTTTCACCCTTCTCGTATGATGTTAAGAGGGAAGACGTGGAAGCA
TTCTTCAGTCAGTACGGAAAGGTTAATAGTGTGAGGATGCCTCGTCATGTAGCTGAGACG
AGAGTGTTTAGTGGTGTTGCCTTGGTTGAGTTCCCTACTGAAGAGGAGGCCCAGAATGTT
ATGAAGCAAAGTTTGGTCTTTGCTGGTCTCGAGTTGGAGATGAAAACAAAGAAAGAGTTT
GATGATGAAAGAGAGAAAGATGAAGAAAAGTTTGCTAACTACCGTCCTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E331TF U 1
AF RR1DE71TF U 26
AF RR1DG32TF U 134
BS 1 197 RR1E331TF
BS 198 198 RR1DE71TF
BS 199 368 RR1E331TF
BS 369 369 RR1DE71TF
BS 370 487 RR1E331TF
BS 488 488 RR1DE71TF
BS 489 497 RR1E331TF
BS 498 498 RR1DE71TF
BS 499 710 RR1E331TF

RD RR1E331TF 710 0 0
GAAGCTGTCCGTCTCTCATTAAACCCTAATACCCTCTGCTTCTTCTGCCTCTCTCTCTAA
CCTCTCAGCGAAGAAAGAATGTCGATTCCTTGTCTGACCGAAGAGACGGCCAAATCAGTG
CTACGCCAGGTGGAGTTCTACTTCAGTGATAGTAATCTCCCGATTGATGATTTCCTCAAG
AAGACTGTTAGAGAGAGCGAAGATGGATTGGTTAGTTTGGGGTTGATATGTTCCTTCAGT
AAGATGAGAGCGTATTTGAAGTTGGGTGATTCCAAAGGAGATGAGGTTCCTGAAGATACC
ATCAAAGCTGTTGCTGATACTCTTCGCACCTCCAAGGCTCTCAAGGTTTCTGAAGATGGG
AAAAAGGTGGGTAGGAGTACAGAACTGTTGAAGCTAGAAGATTTGATTGAACAGCTTAAT
GCTAGAACTGTAGCTGTTTCACCCTTCTCGTATGATGTTAAGAGGGAAGACGTGGAAGCA
TTCTTCAATCAGTACGGGAAGGTTAATAGTGTGAGGATGCCTCGTCATGTAGCTGAGACG
AGAGTGTTTAGTGGTGTTGCCTTGGTTGAGTTCCCTACTGAAGAGGAGGCCCAGAATGTT
ATGAAGCAAAGTTTGGTCTTTGCTGGTCTCGAGTTGGAGATGAAAACAAAGAAAGAGTTT
GATGATGAAAGAGAGAAAGATGAAGAAAAGTTTGCTAACTACCGTCCTCA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1DE71TF 685 0 0
GG
AATACCCTCTGCTTCTTCTGCCTCTCTCTCTAACCTCTCAGCGAAGAAAGAATGTCGATT
CCTTGTCTGACCGAAGAGACGGCCAAATCAGTGCTACGCCAGGTGGAGTTCTACTTCAGT
GATAGTAATCTCCCGATTGATTATTTCCTCAAGAAGACTGTTAGAGAGAGTGAAGATGGA
TTGGTTAGTTTGGGGTTGATATGTTCCTTCAGTAAGATGAGAGCGTATTTGAAGTTGGGT
GATTCCAAAGGAGATTAGGTTCCTGAAGATACCATCAAAGCTGTTGCTGATACTCTTCGC
ACCTCCAAGGCTCTCAAGGTTTCTGAAGATGGGAAAAAGGTTGGTAGGAGTACAGAACTG
TTGAAGCTAGAAGATTTGATTGAACAGCTTAATGCTAGAACTGTAGCTGTTTCACCCTTC
TCGTATGATGTTAAGAGGGAAGACGTGGAAGCATTCTTCAGTCAGTACGGAAAGGTTAAT
AGTGTGAGGATGCCTCGTCATGTAGCTGAGACGAGAGTGTTTAGTGGTGTTGCCTTGGTT
GAGTTCCCTACTGAAGAGGAGGCCCAGAATGTTATGAAGCAAAGTTTGGTCTTTGCTGGT
CTCGAGTTGGAGATGAAAACAAAGAAAGAGTTTGATGATGAAAGAGAGAAAGATGAAGAA
AAGTTTGCTAACTACCGTCCTCA

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR1DG32TF 577 0 0
G
GTTCTACTTCAGTGATAGTAATCTCCCGATTGATGATTTCCTCAAGAAGACTGTTAGAGA
GATTGAAGATGGATTGGTTAGTTTGGGGTTGATATGTTCCTTCAGTAAGATGAGAGCGTA
TTTGAAGTTGGGTGATTCCAAAGGAGATGAGGTTCCTGAAGATACCATCAAAGCTGTTGC
TGATACTCTTCGCACCTCCAAGGCTCTCAAGGTTTCTGAAGGTGGGAAAAAGGTTG*TGG
GAGTACAGAACTGTTGAAGCTAGAAGATTTGATTGAACAGCTTAATGCTAGAACTGTAGC
TGTTTCACCCTTCTCGTATGATGTTAAGAGGGAAGACGTGGAAACATTCTTCAGTCAGTA
CGGAAAGGTTAATAGTGTGAGGATGCCTCGTCATGTAGCTGAGACGAGAGTGTTTAGTGG
TGTTGCCTTGGTTGAGTTCCCTACTGAAGAGGAGGCCCAGAATGTTATGAAGCAAAGTTT
GGTCTTTGCTGGTCTCGAGTTGGAGATGAAAACAAAGAAAGAGTTTGATGATGAAAGAGA
GAAAGATGAAGAAAAGTTTGCTAACTACCGTCCTCA

QA 2 577 2 577
DS 



AS 1 3

CO CL3852Contig1 728 3 1 U
CGCGGTACTTGAGTGTATCTTAAGATAATGTAAAGAAATAAAAAAAAGTATTGATAGTTT
ATGTTTCTAGTAACATGAAAGATGTATTGCAACTAGAAACAAGCAAACAGCAGAAAAGAA
CAAAACTGGAAGAAAAACAAATGTATTGTTTGTGGGGGTAGGGAGAGGTTTTAAAGTCTC
TTAGATCTTGTTGAATGCAACGATGTCAACACTCTGGATGTACTCGTTGTTAGGTTCACT
GGTGAGATAGTCTTCAATGAGGTTGTCAGGGGACACGAGGTCATCAACGATTGTGAGCAT
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CCATGGCTTCACTTCCATGAGCACAGAGGACTTTCCACTCTCTTTAGGCTTCTTGGTGTC
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TTTCTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GY29JQ U 120
AF RR1AR65JQ U 1
AF RR1AR65TF C 1
BS 1 728 RR1AR65JQ

RD RR1GY29JQ 242 0 0
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GA

QA 1 242 1 242
DS 

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TTTCTCCC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1AR65TF 728 0 0
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CTTCTTAGCAGCCTCCCTCTCCTCTGCAGCTTTCTTTTCCTCCTAGGTCTCATCACCGAA
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TTTCTCCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 3

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1AJ80TF U 1
AF RR1GA32JQ C 263
AF RR1GA32TF U 263
BS 1 439 RR1AJ80TF
BS 440 440 RR1GA32TF
BS 441 706 RR1AJ80TF
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RD RR1AJ80TF 772 0 0
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TAAGTGCTTCTTTTGGGCTGACTCCTAATATTGATTCATACAATGCTTTGATATATGCTT
TCGGAAAGGTCAAGAAGACTCCGGAGGCTACAAGAGTATACTCTCATCTGGTTGGGGAAG
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AATCCTCAGTTTATTGTTACAGAGGAATCATCACCATCTCTCATCATCAAAGTGTGTTTG
GCCTTCTCTATTTTATGCAGAATCTCTTGTTTGAGGAGCGAGGTATGAAATCTCAGGCTC
ATCGACACAAAAAGAGTCCTTGATCTGATTTCTTTTCCGTTACATAGCTCGTTGTTTTAG
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QA 1 772 1 772
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RD RR1GA32JQ 513 0 0
G
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QA 2 513 2 513
DS 

RD RR1GA32TF 513 0 0
G
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GGAATCATCACCATCTCTCATCATCAAAGTGTGTTTGGCCTTCTCTATTTTATGCAGAAT
CTCTTGTTTGAGGAGCGAGGTATGAAATCTCAGGCTCATCGACACAAAAAGAGTCCTTGA
TCTGATTTCTTTTCCGTTACATAGCTCGTTGTTTTAGGACCAATAAATGTCAAAACTTTT
TGGGAAGATTCCTATTTTTTTTT***ATCTTTACAAAAGACCATTAGATTTTGTAAGATT
TTTGATTTCGGTTATAACAGCAACTTCAA
ATC

QA 2 510 2 510
DS 



AS 1 3

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BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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AF RR1FF50TF U 1
AF RR1BN73JQ C 3
AF RR1BN73TF U 3
BS 1 56 RR1FF50TF
BS 57 57 RR1BN73TF
BS 58 146 RR1FF50TF
BS 147 147 RR1BN73TF
BS 148 285 RR1FF50TF
BS 286 286 RR1BN73TF
BS 287 320 RR1FF50TF
BS 321 321 RR1BN73TF
BS 322 477 RR1FF50TF
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GAGTTCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATCTGGGGATGCAAGGAC
TGTGGCAAGGTCAAGGCCGGTGGTGCCTACACCATGAACACCGCCAGTGCCGTCACCGTC
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TCACTTTTTGGGTTCTTCGTTCTTTTTTGGAATTGTGTTTTGGAGTACTATGCTTGTGTC
TTTGATTCAAGACGTTGTTACATTTTACCGTGAATCAATGGTTTATTCGAGTTTGGT
T

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1BN73JQ 476 0 0
GG
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TTTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATCTGGGGATGCAAGGACTGTG
GCAAGGTCAAGGCCGGTGGTGCCTACACCATGAACACCGCCGGTGCCGTCACCGTCAGAA
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TTTTTGGGTTCTTCGTTCTTTTTTGGAATTGTGTTTTGGAGTACTATGCTTGTGTCTTTG
ATTCAAGACGTTGTTACATTTTACCGTGAATCAATGGTTTATTCGAGTTTGGTG

QA 3 476 3 476
DS 

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GG
GCTTCTCTTCTCAGCGTATTCACATCTTCGGCGGCAATTGTTCATCTTCGGTCTTGGAAA
TGGCGAAGAGAACGAAGAAGGTCGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGAGCGA
GTATCAGGAAGCAGATCAAGAATATGGAGGTGAGCCAACACAGCAAGTACTTCTGTGAGT
TCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATCTGGGGATGCAAGGACTGTG
GCAAGGTCAAGGCCGGTGGTGCCTACACCATGAACACCGCCGGTGCCGTCACCGTCAGAA
GCACTATCAGGAGGTTTAGAGAGCAGATCGAGGGTTAAAAACAATCTACTTTTTAATCAC
TTTTTGGGTTCTTCGTTCTTTTTTGGAATTGTGTTTTGGAGTACTATGCTTGTGTCTTTG
ATTCAAGACGTTGTTACATTTTACCGTGAATCAATGGTTTATTCGAGTTTGGT
G

QA 3 475 3 475
DS 



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BQ
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AF RR1BN53JQ C 1
AF RR1BN53TF U 1
AF RR1F047TF U 1
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QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1BN53TF 743 0 0
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GAGTCGTCAACTCCTACTGGCTCAATGAGGATTCGACGTACAAGTACTACGAGATCATCT
TGGTTGACCCGGCACACAACGCTGTGCGTAATGACCCGAGAATCAACTGGATCTGCAACC
CGGTTCACAAGCACCGTGAGCTCAGGGGACTTACGTCAGAGGGAAAGAAGAACAGAGGAC
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ACTAATACAATTGCGTTGGG
AAA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1F047TF 752 0 0
GGCTGTGCGGCTGTTCGAAAATGGGTGCGTACAAGTATGTGTCTGAGCTATGGAGGAAGA
AACAATCCGATGTGATGAGGTTTGTGCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTACAGACAGCAGC
CTTCCATTGTCCGTCTCGTCAGGCCTACTCGTCCCGACAAGGCTCGTCGTTTGGGTTACA
AGGCCAAACAGGGCTTTGTTGTGTACCGTGTCCGTGTGAGACGTGGTGGACGCAAGAGGC
CAGTGCCAAAGGGTATTGTCTATGGTAAACCCACAAACCAGGGAGTTACTCAACTCAAGT
TCCAGAGGAGCAAGCGTTCTGTTGCTGAGGAGCGTGCCGGA*GGAAACTCGGTGGTTTAA
GAGTCGTCAACTCCTACTGGCTCAATGAGGATTCGACGTACAAGTACTACGAGATCATCT
TGGTTGACCCGGCACACAATGCTGTGCGTAATGACCCGAGAATCAACTGGATCTGCAACC
CGGTTCACAAGCACCGTGAGCTCAGGGGACTTACGTCAGAGGGAAAGAAGAACAGAGGAC
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GTTTCATGTTGTCGTCCTTTTTATCGTATGTTGACTTTTATGTTTTTACAAATTTTGGAG
ACTAATACAATTGCGTTGGGATATGGTTTTAA

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

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TGTAATGAAATATTTGGCAGACAGTTGAAACACTTCAAGAAATTTTCGTAATTATCATAT
TATAGTTA


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AZ57JQ C 1
AF RR1AZ57TF U 1
AF RR1EH24TF U 24
BS 1 562 RR1AZ57TF
BS 563 608 RR1EH24TF

RD RR1AZ57JQ 562 0 0
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CTCTGCGTCGCCGCCTTCGAACACGCTTCCTCTCACTCCCTCTCCGTCATCCCTTCCTGC
TCCTACGTTTCCGACACGTTTCTTCCTAGGAACCCAACATGGAAGCCTCTGGTTTACGCA
GAGGATCTTAAGTCTAGCATTTGAATGAAGACGGTCGTTTTTTAAAATTGTTGTTAAGCT
TTGTGTTTTCAATGTCAGTTGTTGGTTGTGTAATCAAGATCTGTCGGAGACAGATGTACT
AGAAACTGTAATAAAGAAGTCTTTGAATGTCTGTATTTGACAAAATAATCGTTGATTGAT
TGTAATGAAATATTTGGCAGAC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1AZ57TF 562 0 0
GGGATGAAACTTTCCTTTGGTTCACGGCTTTCTCATTTGGCGATGGCGGCGACATCGGGA
GCGAAGACTACGGCGACTGAGCCACCGACGAAGATAGTATGGAACGCGGGGAAACACCGA
TTCGAAACCGAAGATCACGAAGCCTTCATCGACTACAAGCTGAGAAACGACGGAAAAGCA
ATGGATCTGGTCCACACCTACGTCCCTTCCTCAAAACGAGGGTTAGGTTTAGCTTCTCTC
CTCTGCGTCGCCGCCTTCGAACACGCTTCCTCTCACTCCCTCTCCGTCATCCCTTCCTGC
TCCTACGTTTCCGACACGTTTCTTCCTAGGAACCCAACATGGAAGCCTCTGGTTTACGCA
GAGGATCTTAAGTCTAGCATTTGAATGAAGACGGTCGTTTTTTAAAATTGTTGTTAAGCT
TTGTGTTTTCAATGTCAGTTGTTGGTTGTGTAATCAAGATCTGTCGGAGACAGATGTACT
AGAAACTGTAATAAAGAAGTCTTTGAATGTCTGTATTTGACAAAATAATCGTTGATTGAT
TGTAATGAAATATTTGGCAGAC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1EH24TF 585 0 0
GG
GGCTTTCTCATTTGGCGATGGCGGCGACATCGGGAGCGAAGACTACGGCGACTGAGCCAC
CGACGAAGATAGTATGGAACGCGGGGAAACACCGATTCGAAACCGAAGATCACGAAGCCT
TCATCGACTACAAGCTGAGAAACGACGGAAAAGCAATGGATCTGGTCCACACCTACGTCC
CTTCCTCAAAACGAGGGTTAGGTTTAGCTTCTCTCCTCTGCGTCGCCGCCTTCGAACACG
CTTCCTCTCACTCCCTCTCCGTCATCCCTTCCTGCTCCTACGTTTCCGACACGTTTCTTC
CTAGGAACCCAACATGGAAGCCTCTGGTTTACGCAGAGGATCTTAAGTCTAGCATTTGAA
TGAAGACGGTCGTTTTTTAAAATTGTTGTTAAGCTTTGTGTTTTCAATGTCAGTTGTTGG
TTGTGTAATCAAGATCTGTCGGAGACAGATGTACTAGAAACTGTAATAAAGAAGTCTTTG
AATGTCTGTATTTGACAAAATAATCGTTGATTGATTGTAATGAAATATTTGGCAGACAGT
TGAAACACTTCAAGAAATTTTCGTAATTATCATATTATAGTTA

QA 3 585 3 585
DS 



AS 1 2

CO CL3857Contig1 722 2 6 U
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AGATTCAGGCTCCATGGTTTTAACTACACAACGGGGAAAGCAAAGCAAGGACACAAACAA
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TAGAAACGATTCATCTCTTCATCTTCCTCATCCTCATCTATGGCATCATCACTGTCTTCT
TCAATCTTAAAGTCATCATCATCCTCTTCCTCAACCATCATCTTCTCAGCTGCGTCTCCA
TCTTTCAAGCCAGTGTTCAGAACCACAGTCCCTCCCTGAGAACTCTCCATATCCTTCCTC
AGTTTCTCCATTTCATTTTCCCTTCGCTCTTCTTCCAACTGCTCCTTCTCCGCCTTTCTC
TTGTCAAGATCAGCCTTGTAAGTTTGCATGTATTCATCAGCACTTGCTTCAATGGCTTTG
AAGAAGTCATCCATTCCAGCACCAGTGATTGCAGAAACACCAACAGATCTTATATTCCGG
TAAAACTCGTAGAGTGAGAGGGAGAGGCTGTTAGCCAAGGTCGATGTGTACGAGTTATCA
GACTGTATCGCTGCTTGAAACACCTCGAAATCTTCCATCCACTCTAAAGCAAACTTGTGA
TCTGCCACATCAGTTTTGTTGAAAGCCAAGACAAGAGGCAGCCGGGTCTTGTAGAGGATA
CT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 

AF RR1G443JQ U 1
AF RR1E678JQ U 18
BS 1 230 RR1G443JQ
BS 231 231 RR1E678JQ
BS 232 544 RR1G443JQ
BS 545 545 RR1E678JQ
BS 546 693 RR1G443JQ
BS 694 722 RR1E678JQ

RD RR1G443JQ 693 0 0
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AGATTCAGGCTCCATGGTTTTAACTACACAACGGGGAAAGCAAAGCAAGGACACAAACAA
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TAGAAACGATTCATCTCTTCATCTTCCTCATCCTCATCTATGGCATCATCGCTGTCTTCT
TCAATCTTAAAGTCATCATCATCCTCTTCCTCAACCATCATCTTCTCAGCTGCGTCTCCA
TCTTTCAAGCCAGTGTTCAGAACCACAGTCCCTCCCTGAGAACTCTCCATATCCTTCCTC
AGTTTCTCCATTTCATTTTCCCTTCGCTCTTCTTCCAACTGCTCCTTCTCCGCCTTTCTC
TTGTCAAGATCAGCCTTGTAAGTTTGCATGTATTCATCAGCACTTGCTTCAATGGCTTTG
AAGAAGTCATCCATTCCAGCACCAGTGATTGCAGAAACACCAACAGATCTTATATTCCGG
TAAA*CTCGTAGAGTGAGAGGGAGAGGCTGTTAGCCAAGGTCGATGTGTACGAGTTATCA
GACTGTATCGCTGCTTGAAACACCTCGAAATCTTCCATCCACTCTAAAGCAAACTTGTGA
TCTGCCACATCAGTTTTGTTGAAAGCCAAGACA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1E678JQ 705 0 0
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TTTTAACTACACAACGGGGAAAGCAAAGCAAGGACACAAACAAAACGAGTTGAAGCAACT
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TTCATCTTCCTCATCCTCATCTATGGCATCATCACTGTCTTCTTCAATCTTAAAGTCATC
ATCATCCTCTTCCTCAACCATCATCTTCTCAGCTGCGTCTCTATCTTTCAAGCCAGTGTT
TAGAACCACAGTCCCTCCCTGAGAACTCTCCATATCCTTCCTCAGTTTCTCCATTTCATT
TTCCCTTCGCTCTTCTTCCAACTGCTCCTTCTCCGCCTTTCTCTTGTCAAGATCAGCCTT
GTAAGTTTGCATGTATTCATCAGCACTTGCTTCAATGGCTTTGAAGAAGTCATCCATTCC
AGCACCAGTGATTGCAGAAACACCAACAGATCTTATATTCCGGTAAAACTCGTAGAGTGA
GAGGGAGAGGCTGTTAGCCAAGGTCGATGTGTACGAGTTATCAGACTGTATCGCTGCTTG
AAACACCTCGAAATCTTCCATCCACTCTAAAGCAAACTTGTGATCTGCCACATCAGTTTT
GTTGAAAGCCAAGACAAGAGGCAGCCGGGTCTTGTAGAGGATACT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL3858Contig1 1001 2 6 U
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CAGTATTCTCAATCTACCATGTCTTCTTCTCCGAGTTCTTGGAGCTCATCACAAGAATCG
TTTTTATGGAACGAGAGTTCTATTTTAGATCAATCATCTGATCATCAATCCTTCTTTTGC
CCTAATTATAATTACTCTGATGGCTTCTTCTCATTTGAGTCACCGGAGCCGACGATTAAA
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TATTGATGAAGAGAAGTCATACAGAGGAGTGAGGAAGAGGCCATGGGGGAAATTTGCTGC
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TGAGGAAGCCGCTCTTGCTTATGACCAAGCCGCTTTCGCAACAAAAGGATCTCTCGCAGT
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TCAAGATGGTGGATCTCCGATTATGGCCTTGAAGAGAAAACACTCTCTTAGAAACCGGCC
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ATCTTCATCCTCAACTTCTTGGTCTTCATCTTCAACATCAAGAAGTAACGAGCAGAGTGT
TGTGAAGCAAGAAGGTGGTACACTTGTGGTTTTTGAAGATTTAGGTGCTGAATATTTAGA
GCAACTTCTTATGAGCTCATGCTAGTTTAATCTTGAAATTGATTAAGCTTTAATTTGTGG
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TGTATCTAAATGAAATTATTGGAAGAGATGCGATGGTGATGTTGAACTGTATATAAAACT
GTATTATTGCGTTATATTGCTGGAAAGTGTGTGTGTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GG78TF U 1
AF RR1GG78JQ C 243
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BS 288 288 RR1GG78JQ
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BS 695 695 RR1GG78JQ
BS 696 729 RR1GG78TF
BS 730 1001 RR1GG78JQ

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TTTTTATGGAACGAGAGTTCTATTTTAGATCAATCATCTGATCATCAATCCTTCTTTTGC
CCTAATTATAATTACTCTGATGGCTTCTTCTCATTTGAGTCACCGGAGCCGACGATTAAA
GAAGAAGCTCAAAACGGCGACGTTTCCAACTCCGAGGAGGAAGAAAA*GATTGGTGGTGT
TATTGATGAAGAGAAGTCATACAGAGGAGTGAGGAAGAGGCCATGGGGGAAATTTGCTGC
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TGAGGAAGCCGCTCTTGCTTATGACCAAGCCGCTTTCGCAACAAAAGGATCTCTCGCAGT
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TCAAGATGGTGGATCTCCGATTATGGCCTTGAAGAGAAAACACTCTCTTAGAAACCGGCC
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ATCTTCATCCTCAACTTCTTGGTCTTCATCTTCA*CATCAAGAAGTAACGAGCAGAGTGT
TGTGAAGCA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1GG78JQ 759 0 0
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TTGATGAAGAGAAGTCATACAGAGGAGTGAGGAAGAGGCCATGGGGGAAATTTGCTGCTG
AGATAAGAGATTCGACTAGGAACGGAGTTAGGGTTTGGCTCGGGACGTTTGATGAAGCTG
AGGAAGCCGCTCTTGCTTATGACCAAGCCGCTTTCGCAACAAAAGGATCTCTCGCAGTAC
TCAATTTCCCCGTGGAAGTGGTCAGAGAGTCTCTCAAGAAAATGGAGAATGTGAATCTTC
AAGATGGTGGATCTCCGATTATGGCCTTGAAGAGAAAACACTCTCTTAGAAACCGGCCTA
GAGGGAAAAAGAGATCTACTAACTCTTCATCTTGTTCTTCTAATTCTTCTTCTCATTCAT
CTTCATCCTCAACTTCTTGGTCTTCATCTTCAACATCAAGAAGTAACGAGCAGAGTGTTG
TGAAGCAAGAAGGTGGTACACTTGTGGTTTTTGAAGATTTAGGTGCTGAATATTTAGAGC
AACTTCTTATGAGCTCATGCTAGTTTAATCTTGAAATTGATTAAGCTTTAATTTGTGGTA
GTTTTGAAATTTGTTTGTTCATTTTGCAATTGCTTTGGTTGTCTTATTTTTCATTTGTTG
TATCTAAATGAAATTATTGGAAGAGATGCGATGGTGATGTTGAACTGTATATAAAACTGT
ATTATTGCGTTATATTGCTGGAAAGTGTGTGTGTTCACC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL3859Contig1 1235 2 2 U
GGGTAAACCCTACGGATGTAATAATTCTTGAAGGGATACTTTTGTTCCATGATCCACGTG
TCCGAAGACTGATGAACATGAAGATTTTTGTTTGTACAGATTCTGACGTTCGTCTTGCAA
GAAGGATAAGAAGAGATACTGTAGAGAATGGTAGAGATATTGGCACAGTACTTGACCAGT
ACTCAAAGTTTGTAAAGCCTGCTTTTGATGACTTCATTCTTCCCACGAAGAAATATGCAG
ATATTATAATCCCTCGTGGTGGGGATAATCATGTAGCAATTGACTTAATTGTGCAACATA
TTTGCACCAAGCTGGGTCAACATGATCTCTGTAAAATATATCCCAATCTCTATGTTATAC
ACTCAACATTTCAGATAAGAGGGATGCACACCCTTATACGAGATTCTCAGACAACCAAAC
ACGATTTTGTCTTTTATTCTGATCGTTTGATTCGGCTGGTCGTAGAACATGGTCTTGGAC
ATCTTCCTTTCACTGAAAAGCAAGTAATTACTCCAACCGGATGTGTATATTCTGGTGTGG
ATTTCTGTAAACGGCTATGCGGTGTCTCTGTGATTAGGAGCGGTGAGAGCATGGAGAATG
CGCTGCGGGCATGTTGCAAAGGTATCAAGATTGGGAAGATCCTAATTCACAGAGAAGGCG
ACAATGGTCAACAGCTAATCTATGAGAAGCTTCCAAACGATATCTCGGACAGACATGTCC
TACTGTTGGATCCTATTCTCGGCACAGGAAACTCAGCAGTTGAAGCGATCAATCTCCTTA
TTAGCAAGGGTGTACCCGAGGGAAACATTGTATTTCTAAACCTTATCTCAGCACCTCAAG
GTGTTCATGTGGTGTGCAAAAAATTCCCAAGAATAAAGATAGTGACATCTGAGATCGATA
ATGGGTTAAACAAAGAATTTCGTGTTATTCCTGGAATGGGCGAGTTTGGGGACCGATATT
TTGGCACAGACGACGATTAGTGTGGTCCTGCAACCATTGTTTGTCTCTTCCATGGACTGC
AGTTCAGATTATGGATGCATTCACCATCCTATCCGCTACAACTGCTACCCAAACTATCAA
ACGAATCATCTTTAACTCTGTTGGTTTTCCCATTTAAACCCCCCTCATGTTCTTGGGAAC
AGTTTTGGTTTACTTTATATATGCCCAAGTGATGGGTTGATGCAAGTCCTGTGTACAATA
TACAGTTATCTTTGGAAAACTTGATACTTCTTCTG


BQ
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AF RR1D023TF U 1
AF RR1D023JQ C 535
BS 1 654 RR1D023TF
BS 655 1235 RR1D023JQ

RD RR1D023TF 654 0 0
GGGTAAACCCTACGGATGTAATAATTCTTGAAGGGATACTTTTGTTCCATGATCCACGTG
TCCGAAGACTGATGAACATGAAGATTTTTGTTTGTACAGATTCTGACGTTCGTCTTGCAA
GAAGGATAAGAAGAGATACTGTAGAGAATGGTAGAGATATTGGCACAGTACTTGACCAGT
ACTCAAAGTTTGTAAAGCCTGCTTTTGATGACTTCATTCTTCCCACGAAGAAATATGCAG
ATATTATAATCCCTCGTGGTGGGGATAATCATGTAGCAATTGACTTAATTGTGCAACATA
TTTGCACCAAGCTGGGTCAACATGATCTCTGTAAAATATATCCCAATCTCTATGTTATAC
ACTCAACATTTCAGATAAGAGGGATGCACACCCTTATACGAGATTCTCAGACAACCAAAC
ACGATTTTGTCTTTTATTCTGATCGTTTGATTCGGCTGGTCGTAGAACATGGTCTTGGAC
ATCTTCCTTTCACTGAAAAGCAAGTAATTACTCCAACCGGATGTGTATATTCTGGTGTGG
ATTTCTGTAAACGGCTATGCGGTGTCTCTGTGATTAGGAGCGGTGAGAGCATGGAGAATG
CGCTGCGGGCATGTTGCAAAGGTATCAAGATTGGGAAGATCCTAATTCACAGAG

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1D023JQ 701 0 0
GTGTGGATTTCTGTAAACGGCTATGCGGTGTCTCTGTGATTAGGAGCGGTGAGAGCATGG
AGAATGCGCTGCGGGCATGTTGCAAAGGTATCAAGATTGGGAAGATCCTAATTCACAGAG
AAGGCGACAATGGTCAACAGCTAATCTATGAGAAGCTTCCAAACGATATCTCGGACAGAC
ATGTCCTACTGTTGGATCCTATTCTCGGCACAGGAAACTCAGCAGTTGAAGCGATCAATC
TCCTTATTAGCAAGGGTGTACCCGAGGGAAACATTGTATTTCTAAACCTTATCTCAGCAC
CTCAAGGTGTTCATGTGGTGTGCAAAAAATTCCCAAGAATAAAGATAGTGACATCTGAGA
TCGATAATGGGTTAAACAAAGAATTTCGTGTTATTCCTGGAATGGGCGAGTTTGGGGACC
GATATTTTGGCACAGACGACGATTAGTGTGGTCCTGCAACCATTGTTTGTCTCTTCCATG
GACTGCAGTTCAGATTATGGATGCATTCACCATCCTATCCGCTACAACTGCTACCCAAAC
TATCAAACGAATCATCTTTAACTCTGTTGGTTTTCCCATTTAAACCCCCCTCATGTTCTT
GGGAACAGTTTTGGTTTACTTTATATATGCCCAAGTGATGGGTTGATGCAAGTCCTGTGT
ACAATATACAGTTATCTTTGGAAAACTTGATACTTCTTCTG

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 3

CO CL3860Contig1 766 3 6 U
GGAGATGATGTGGAAAGCGCGTTGAGAAAACATTTCTCTTCATGTGGAGAGATCACGGGT
GTTTGTGTCCACGTACTCACGGATAATTTACTCAGCGATCGTGGTTTTATTTATTTTCTG
GGAGGACAAGGCACAGTTGACAAGGCTATGCAACTTAGTGGAACTGACGTTGGTGGATGG
AATGTCATTGTTGAGCCTTATCCTTTTCTGGAATATGCAGACTGGGACCCTGTTGCCTTT
GTCCAAGGATATGACACTGGTCTTGGGAAGACTGAAATCAAGAGAATGTTGTTTAATCAT
TTCTCTTCATGTGGACAGATCATGGATATCGAGTTTCACAATAGCACCATCGGTGTAGCT
TCTGTGTATCTTTATGGAGAAGGTGCAGAAGACAAGGTGTTGGATCTTGATGGGTCCTAC
ATGGGAGGATGCAAAATACTTGTTAAGCATATTATAACGAATGGAATATACACTGTCCAC
CCTCGTCGTCGTCATTATGGCTGGCCCAGGTAACTAGGCTACTACTGCGAGAAAACCTCT
CGGATCTACTGGGAGAAGGTGAAGAGACAGACATCTATGTAGTTTGTGTTTGTGAAATAA
TGCAACGTTCTACTCTAAAACATTTAAAGCTATTTTCTATCTTCTGGATTTTAATATCGA
CTCTGATAATCATTTTCTGCTTTCAATCGAACTTTATGTATTGTTTTTTACGTTTCGATG
TTTTAAACTAAATGTTCAATAATCAAATTAAAATCAACTTTGCTCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FY50TF U 219
AF RR1BR69JQ C 1
AF RR1BR69TF U 1
BS 1 219 RR1BR69TF
BS 220 708 RR1FY50TF
BS 709 709 RR1BR69JQ
BS 710 723 RR1BR69TF
BS 724 724 RR1BR69JQ
BS 725 766 RR1BR69TF

RD RR1FY50TF 497 0 0
G
GACTGGGACCCTGTTGCCTTTGTCCAAGGATATGACACTGGTCTTGGGAAGACTGAAATC
AAGAGAATGTTGTTTAATCATTTCTCTTCATGTGGACAGATCATGGATATCGAGTTTCAC
AATAGCACCATCGGTGTAGCTTCTGTGTATCTTTATGGAGAAGGTGCAGAAGACAAGGTG
TTGGATCTTGATGGGTCCTACATGGGAGGATGCAAAATACTTGTTAAGCATATTATAACG
AATGGAATATACACTGTCCACCCTCGTCGTCGTCATTATGGCTGGCCCAGGTAACTAGGC
TACTACTGCGAGAAAACCTCTCGGATCTACTGGGAGAAGGTGAAGAGACAGACATCTATG
TAGTTTGTGTTTGTGAAATAATGCAACGTTCTACTCTAAAACATTTAAAGCTATTTTCTA
TCTTCTGGATTTTAATATCGACTCTGATAATCATTTTCTGCTTTCAATCGAACTTTATGT
ATTGTTTTT
TACGTTT

QA 2 490 2 490
DS 

RD RR1BR69JQ 766 0 0
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GTTTGTGTCCACGTACTCACGGATAATTTACTCAGCGATCGTGGTTTTATTTATTTTCTG
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AATGTCATTGTTGAGCCTTATCCTTTTCTGGAATATGCAGACTGGGACCCTGTTGCCTTT
GTCCAAGGATATGACACTGGTCTTGGGAAGACTGAAATCAAGAGAATGTTGTTTAATCAT
TTCTCTTCATGTGGACAGATCATGGATATCGAGTTTCACAATAGCACCATCGGTGTAGCT
TCTGTGTATCTTTATGGAGAAGGTGCAGAAGACAAGGTGTTGGATCTTGATGGGTCCTAC
ATGGGAGGATGCAAAATACTTGTTAAGCATATTATAACGAATGGAATATACACTGTCCAC
CCTCGTCGTCGTCATTATGGCTGGCCCAGGTAACTAGGCTACTACTGCGAGAAAACCTCT
CGGATCTACTGGGAGAAGGTGAAGAGACAGACATCTATGTAGTTTGTGTTTGTGAAATAA
TGCAACGTTCTACTCTAAAACATTTAAAGCTATTTTCTATCTTCTGGATTTTAATATCGA
CTCTGATAATCATTTTCTGCTTTCAATCGAACTTTATGTATTGTTTTTTACGTTTCGATG
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QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1BR69TF 766 0 0
GGAGATGATGTGGAAAGCGCGTTGAGAAAACATTTCTCTTCATGTGGAGAGATCACGGGT
GTTTGTGTCCACGTACTCACGGATAATTTACTCAGCGATCGTGGTTTTATTTATTTTCTG
GGAGGACAAGGCACAGTTGACAAGGCTATGCAACTTAGTGGAACTGACGTTGGTGGATGG
AATGTCATTGTTGAGCCTTATCCTTTTCTGGAATATGCAGACTGGGACCCTGTTGCCTTT
GTCCAAGGATATGACACTGGTCTTGGGAAGACTGAAATCAAGAGAATGTTGTTTAATCAT
TTCTCTTCATGTGGACAGATCATGGATATCGAGTTTCACAATAGCACCATCGGTGTAGCT
TCTGTGTATCTTTATGGAGAAGGTGCAGAAGACAAGGTGTTGGATCTTGATGGGTCCTAC
ATGGGAGGATGCAAAATACTTGTTAAGCATATTATAACGAATGGAATATACACTGTCCAC
CCTCGTCGTCGTCATTATGGCTGGCCCAGGTAACTAGGCTACTACTGCGAGAAAACCTCT
CGGATCTACTGGGAGAAGGTGAAGAGACAGACATCTATGTAGTTTGTGTTTGTGAAATAA
TGCAACGTTCTACTCTAAAACATTTAAAGCTATTTTCTATCTTCTGGATTTTAATATCGA
CTCTGATAATCATTTTCTGCTTTCAATCGAACTTTATGTATTGTTTTT*ACGTTTCGATG
TTT*AAACTAAATGTTCAATAATCAAATTAAAATCAACTTTGCTCC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 3

CO CL3861Contig1 772 3 5 U
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TGGCGTCGGAGAAGAAGCTATCGAACCCAATGAGAGATATCAAAGTGCAGAAGCTGGTGC
TCAACATTTCCGTCGGTGAGAGTGGAGATCGTCTCACCAGAGCCTCCAAGGTGCTGGAGC
AGTTGAGTGGCCAGACTCCTGTTTTCTCCAAGGCAAGATACACTGTTCGTTCTTTCGGTA
TCAGACGTAACGAGAAGATTGCTTGCTACGTGACCGTCAGGGGAGACAAAGCAATGCAAC
TCCTTGAAAGTGGACTGAAAGTTAAAGAGTATGAGCTCTTGAGAAGGAACTTCAGCGACA
CTGGTTGCTTCGGTTTCGGTATTCAGGAGCACATTGATTTGGGTATCAAGTATGACCCGT
CGACTGGAATCTACGGTATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAGCGCCCTGGTTACCGTGTGG
CGCGTCGCAGAAGGTGCAAGGCTCGTGTTGGTATCCAGCACAGAGTCACCAAAGATGATG
CCATGAAATGGTTCCAAGTGAAGTATGAAGGAGTCATCCTCAACAAGTCTCAGAACATTA
CTGGCTAAAACCATCCCTCTGAAACGGAAGGATCTATAATCATATTAATCTGTGTGTTAA
TCGTGTTTTCTTAGTTTTGCTATTTCGTTTATCAGACACTTGGGTATCATTGCCTATTCT
ACAATGATTGCACGGATTAGACTTTGTGAAATTATCCAACAAACGCGTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD79TF U 1
AF RR1DM70TF U 5
AF RR1DM70JQ C 484
BS 1 292 RR1GD79TF
BS 293 293 RR1DM70TF
BS 294 730 RR1GD79TF
BS 731 759 RR1DM70TF
BS 760 772 RR1DM70JQ

RD RR1GD79TF 730 0 0
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TGGCGTCGGAGAAGAAGCTATCGAACCCAATGAGAGATATCAAAGTGCAGAAGCTGGTGC
TCAACATTTCCGTCGGTGAGAGTGGAGATCGTCTCACCAGAGCCTCCAAGGTGCTGGAGC
AGTTGAGTGGCCAGACTCCTGTTTTCTCCAAGGCAAGATACACTGTTCGTTCTTTCGGTA
TCAGACGTAACGAGAAGATTGCTTGCTACGTGACCGTCAGGGGAGACAAAGCTATGCAAC
TCCTTGAAAGTGGACTGAAAGTTAAAGAGTATGAGCTCTTGAGAAGGAACTTCAGCGACA
CTGGTTGCTTCGGTTTCGGTATTCAGGAGCACATTGATTTGGGTATCAAGTATGACCCGT
CGACTGGAATCTACGGTATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAGCGCCCTGGTTACCGTGTGG
CGCGTCGCAGAAGGTGCAAGGCTCGTGTTGGTATCCAGCACAGAGTCACCAAAGATGATG
CCATGAAATGGTTCCAAGTGAAGTATGAAGGAGTCATCCTCAACAAGTCTCAGAACATTA
CTGGCTAAAACCATCCCTCTGAAACGGAAGGATCTATAATCATATTAATCTGTGTGTTAA
TCGTGTTTTCTTAGTTTTGCTATTTCGTTTATCAGACACTTGGGTATCATTGCCTATTCT
ACAATGATTG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1DM70TF 755 0 0
GG
CCGATTCCACTTTTCCCGTCCGTCGGAGATTTCAAGCAACCCGAATCCCAAAAATGGCGT
CGGAGAAGAAGCTATCGAACCCAATGAGAGATATCAAAGTGCAGAAGCTGGTGCTCAACA
TTTCCGTCGGTGAGAGTGGAGATCGTCTCACCAGAGCCTCCAAGGTGCTGGAGCAGTTGA
GTGGCCAGACTCCTGTTTTCTCCAAGGCAAGATACACTGTTCGTTCTTTCGGTATCAGAC
GTAACGAGAAGATTGCTTGCTACGTGACCGTCAGGGGAGACAAAGCAATGCAACTCCTTG
AAAGTGGACTGAAAGTTAAAGAGTATGAGCTCTTGAGAAGGAACTTCAGCGACACTGGTT
GCTTCGGTTTCGGTATTCAGGAGCACATTGATTTGGGTATCAAGTATGACCCGTCGACTG
GAATCTTCGGTATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAGCGCCCTGGTTACCGTGTGGCGCGTC
GCAGAAGGTGCAAGGCTCGTGTTGGTATCCAGCACAGAGTCACCAAAGATGATGCCATGA
AATGGTTCCAAGTGAAGTATGAAGGAGTCATCCTCAACAAGTCTCAGAACATTACTGGCT
AAAACCATCCCTCTGAAACGGAAGGATCTATAATCATATTAATCTGTGTGTTAATCGTGT
TTTCTTAGTTTTGCTATTTCGTTTATCAGACACTTGGGTATCATTGCCTATTCTACAATG
ATTGCACGGATTAGACTTTGTGAAATTATCCAA

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR1DM70JQ 289 0 0
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TGAAATGGTTCCAAGTGAAGTATGAAGGAGTCATCCTCAACAAGTTTCAGAACATTACTG
GCTAAAACCATCCCTTTGAAACGGAAGGATCTATAATCATATTAATCTGGGGGTTAATCG
GGTTTTTTTAGTTTTGCTATTTCGTTTATCAGACACTTGGGTATCATTGCCTATTTTACA
ATGATTGCACGGATTAGACTTTGTGAAATTATCCAACAAACGCGTTTTT

QA 1 289 1 289
DS 



AS 1 2

CO CL3862Contig1 782 2 2 U
GGATGCTTTCTGTCTCCTCATCTCTTACAGTGACTCCTCTTCAGGTTCAGCTTCAGTTTC
GAGTAGATATGGAAGTGGTTGCCGCTAGGTCAATGGAGGAGACGCAGAGAACAAGCCCAT
GTCTGCTGTCTCTGCCACTGAGACGCTTCTCATCCTCCCTGGAAGGAACCTGGCTTGTCT
CCTCCTCGCGGCGGAATCTTTGCTGATTGGGTTGATTGCTGAAGATCAGAGGCTTTCTGT
GAAGAAGGGTTACAAAAAAGGACGCCCTGATGAGGAAAACAAAGATGGCAGCGACTCTGA
CGATAACGATGACGACGATGATGAAGACGCTGACGCTGATGATGATGACGACGACGATGA
CGCTAATGATGAAAATTTCTCTGGGGATGAAGAGGGTGAGGAAGCTGATCCTGAGGACGA
CCCAGCGCCCAATGGTGGAGCAGGAAGCGATGATGATGACGATGATGATGGTGATGATGA
GAGCGATAGTGATGATGATGATGACGACGAGGATGAGGAGGACGAAGATGATGAGGAGGA
GGGAGATGACGAGGATGTTCGCCAGCCACCTGCTAAGAAGAGGAAATGAAACATGGGATT
AAGTGGGGGAGTGTTTATGTGTGGGTGGTTAAAGACTTGAAGAGGATCTCTCGTATGTGT
TGGTTTTAAGTAGTTCAGTGAAACCTCCTCCTCTTTATTCAGTTTCATCTTGTTGTGTTG
CTACCATTTGTTGTTATCTCAGACTTTTCGACCTTGGATTTTAGTTTATGTTTCCTTTTT
AG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1AA95TF U 1
AF RR1AA95JQ C 245
BS 1 747 RR1AA95TF
BS 748 782 RR1AA95JQ

RD RR1AA95TF 747 0 0
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GAGTAGATATGGAAGTGGTTGCCGCTAGGTCAATGGAGGAGACGCAGAGAACAAGCCCAT
GTCTGCTGTCTCTGCCACTGAGACGCTTCTCATCCTCCCTGGAAGGAACCTGGCTTGTCT
CCTCCTCGCGGCGGAATCTTTGCTGATTGGGTTGATTGCTGAAGATCAGAGGCTTTCTGT
GAAGAAGGGTTACAAAAAAGGACGCCCTGATGAGGAAAACAAAGATGGCAGCGACTCTGA
CGATAACGATGACGACGATGATGAAGACGCTGACGCTGATGATGATGACGACGACGATGA
CGCTAATGATGAAAATTTCTCTGGGGATGAAGAGGGTGAGGAAGCTGATCCTGAGGACGA
CCCAGCGCCCAATGGTGGAGCAGGAAGCGATGATGATGACGATGATGATGGTGATGATGA
GAGCGATAGTGATGATGATGATGACGACGAGGATGAGGAGGACGAAGATGATGAGGAGGA
GGGAGATGACGAGGATGTTCGCCAGCCACCTGCTAAGAAGAGGAAATGAAACATGGGATT
AAGTGGGGGAGTGTTTATGTGTGGGTGGTTAAAGACTTGAAGAGGATCTCTCGTATGTGT
TGGTTTTAAGTAGTTCAGTGAAACCTCCTCCTCTTTATTCAGTTTCATCTTGTTGTGTTG
CTACCATTTGTTGTTATCTCAGACTTT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1AA95JQ 538 0 0
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AACGATGACGACGATGATGAAGACGCTGACGCTGATGATGATGACGACGACGATGACGCT
AATGATGAAAATTTCTCTGGGGATGAAGAGGGTGAGGAAGCTGATCCTGAGGACGACCCA
GCGCCCAATGGTGGAGCAGGAAGCGATGATGATGACGATGATGATGGTGATGATGAGAGC
GATAGTGATGATGATGATGACGACGAGGATGAGGAGGACGAAGATGATGAGGAGGAGGGA
GATGACGAGGATGTTCGCCAGCCCCCTGCTAAGAAGAGGAAATGAAACATGGGATTAAGT
GGGGGAGTGTTTATGTGTGGGTGGTTAAAGACTTGAAGAGGATCTCTCGTATGTGTTGGT
TTTAAGTAGTTCAGTGAAACCTCCTCCTCTTTATTCAGTTTCATCTTGTTGTGTTGCTAC
CATTTGTTGTTATCTCAGACTTTTCGACCTTGGATTTTAGTTTATGTTTCCTTTTTAG

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 3

CO CL3863Contig1 759 3 11 U
GGGACTTTGTTGGCATCCTCATTGGAATCTCAGAAAGACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGT
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TCTCTCTCTCCCTCCTTTGTATTCATGGCTTCCATGGCTACTGCTTCTACTTCCCTGCAG
GCTCGTCCTCGCCAAATGGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGCCAGGGAAGCAGAAACAAT
CTTTCTTTTAAGCTTCGCCAGCTTCCTACCCGCTTGAGCGTTTCTTGCGCTGCAAAACCT
GAGACAGTGGACAAAGTGTGTGAAGTCGTCAAAAAGCAACCCTCACTTAAAGCCGGCGAC
GAAGTTACGGCTGCCACCAAATTTGCTGCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAG
ATTGTGATGGGCCTGGAGGAAGCGTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAAT
ATTGCGACAGTTGAGGAAGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGAAAAAGCTTAA
GTCCAATATCATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCT
TGTTATTGTTTGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGGGC
AAAAATTATTACAAGGCTTGTATTTGACCTTTTTTCATCTTTTTTTTTTTTTTGAAACTT
GGCTTCTTTTTTTTCATCTTAAAACCTTTTACTTCCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DA40TF U 1
AF RR1GQ24TF U 76
AF RR1GQ24JQ C 131
BS 1 164 RR1DA40TF
BS 165 165 RR1GQ24TF
BS 166 340 RR1DA40TF
BS 341 341 RR1GQ24TF
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BS 493 664 RR1DA40TF
BS 665 675 RR1GQ24TF
BS 676 676 RR1GQ24JQ
BS 677 727 RR1GQ24TF
BS 728 759 RR1GQ24JQ

RD RR1DA40TF 669 0 0
GGGACTTTGTTGGCATCCTCATTGGAATCTCAGAAAGACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGT
ATCATTTCTGCTTCACCCTCTTCACTTTGCCTTCCCCGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATA
TCTCTCTCTCCCTCCTTTGTATTCATGGCTTCCATGGCTACTGCCTCTACTTCCCTGCAG
GCTCGTCCTCGCCAAATGGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGCCAGGGAAGCAGAAACAAT
CTTTCTTTTAAGCTTCGCCAGCTTCCTACCCGCTTGAGCGTTTCTTGCGCTGCAAAACCT
GAGACAGTGGACAAAGTGTGTGAAGTCGTCAAAAAGCAACTCTCACTTAAAGCCGGCGAC
GAAGTTACGGCTGCCACCAAATTTGCTGCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAG
ATTGTGATGGGCCTGGAGGAAGCGTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAAT
ATTGCGACAGTCGAGGAAGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGAAAAAGCTTAA
GTCCAATATCATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCT
TGTTATTGTTTGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGGGC
AAAA
TTATT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1GQ24TF 652 0 0
GG
CTCTTCACTTTGCCTTCCCCGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCTCCCTCCTT
TGTATTCATGGCTTCCATGGCTACTGCTTCTACTTCCCTGCAGGCTCGTCCTCGCCAAAT
GGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGCCAGGGAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTAAGCTTCG
CCAGCTTCCTACCCGCTTGAGCGTTTCTTGCGCTGCAAAACCTGAGACAGTGGACAAAGT
GTGTGAAGTCGTCAAAAAGCAACCCTCACTTAAAGCCGGCGACGAAGTTACGGCTGCCAC
CAAATTTGCTGCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATGGGCCTGGA
GGAAGCGTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAATATTGCGACAGTTGAGGA
AGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGAAAAAGCTTAAGTCCAATATCATTTATT
ACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCTTGTTATTGTTTGGTTAG
GTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGGGCAAAAATTATTACAAG*C
TTGTATTTGACCTTTTTTCATCTTTTTTTTTTTTTTGAAACTTGGCTTCT

QA 3 652 3 652
DS 

RD RR1GQ24JQ 629 0 0
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GCCAAATGGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGCCAGGGAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTA
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ACAAAGTGTGTGAAGTCGTCAAAAAGCAACCCTCACTTAAAGCCGGCGACGAAGTTACGG
CTGCCACCAAATTTGCTGCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATGG
GCCTGGAGGAAGCGTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAATATTGCGACAG
TTGAGGAAGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGAAAAAGCTTAAGTCCAATATC
ATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCTTGTTATTGTT
TGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGGGCAAAAATTATT
ACAAGGCTTGTATTTGACCTTTTTTCATCTTTTTTTTTTTTTTGAAACTTGGCTTCTTTT
TTTTCATCTTAAAACCTTTTACTTCCATT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 3

CO CL3864Contig1 1568 3 7 U
GGAGACAAGTGAGCTTCAGCTACTACTACTTATTGCTTATTAATTCCTAAAAAGCTTTAA
AATGGCTGCAAATTACAACGAGAAGCTTCTTCTCAACTATGTTCCCGTATACGTTATGCT
TCCGTTGGGAGTGGTGAATGTGGAAAACGTATTCGTGGACCCTGAAACGCTTGAAACGCA
GCTCAGGCGTCTCAAAGAAGAAGCTGGAATCGATGGCGCTATGGTCGACGTTTGGTGGGG
AATCATTGAATCCAAAGGCCCTAAACAATATGACTGGACCGCTTACAAAACGCTTTTCCA
GCTAATCGCACGTTTAGGACTCAAAATCCAAGCAATCATGTCATTTCACCAATGCGGTGG
AAACGTTGGCGACGTCGTCACTATCCCAATCCCGAAATGGGTTCGAGAGGTTGGTGAGAG
CGATCCAGATATCTACTACACTAACCGTAGAGGAACAAGAGATATTGAGTATCTCTCACT
CGGTGTCGACAATCTTCCTCTCTTTGCTGGAAGAACTCCTGTTCAGATGTATAGTGACTA
CATGAGTAGCTTCAAGGAAAACATGTTGGAGTTACTAGAAGCTGGAACCATTGTTGACAT
TGAGGTCGGTCTTGGTCCTGCCGGTGAGCTTCGTTACCCTTCTTATCCACAAAGCCAAGG
ATGGGTGTTTCCAGGCATTGGAGAATTTCAGTGTTACGATAAGTACTTGAAGAAGGAATT
CAAGGAAGCAGCCGCGAAAGCAGGTCATCCGG*AGTGGGATCTGCCGGAGGACGCCGGAG
AATACAACGACAAGCCGGAGGAAACTGGGTTTTTCAGGACAAATGGGACCTATGTCTCCG
AGGAGGGGAAGTTTTTCTTGACATGGTACTCGACCAAACTTATCTTTCATGGAGATCAGA
TCATAGGAGAAGCCAACAAGATCTTCGCTGGACTTAAAGTTAACTTGGCTGCCAAGGTTT
CTGGAATTCACTGGTTGTACAACCACCACAGCCACGCTGCGGAGCTTACTGCCGGATATT
ATAACCTCTACGAGAGAGATGGTTATCGCCCGATCGCTCGGATGCTCTCAAAACACTACG
GCACTCTCAACTTCACTTGCCTTGAGATGAAAGATACCGACAATACTGCCGAAGCAATGA
GTGCTCCACAAGAACTTGTTCAAATGGTATTGAGCAAATCATGGAAAGAAGGCATCGAAG
TTACTGGTGAGAACGCATTAGAGACCTATGGAACCAAAGGTTACAATCAGATTCTACTTA
ATGCGAGGCCTAACGGGGTTAACCATAACGGTAAGCCGAAGCTGAGAATGTACGGCTTTA
CTTACCTTCGGTTGTCCGATACGGTCTTTCAAGAAAACAACTTTCAACTCTTCTTCGTCA
ACGAGAAGAGGAAAGCCAAGATAGAGCAGAGCAAATGAGTTGTTTACTTTGCGTAATTGG
GAAGTTGAGCAAAACCGCGTTGACTTTGAATTTATCTTTTTCTTTTATCCGCTGCTTTTG
TTTTGATGCTTACCTCTTCTTCCTTTGTACTTCTAATAATTTCAAGATCAATGTGGTTAA
TAGGAACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AZ28TF U 1
AF RR1D053TF U 339
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AATACAACGACAAGCCGGAGGAAACTGGGTTTT
C

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G
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AGATATTGAGTATCTCTCACTCGGTGTCGACAATCTTCCTCTCTTTGCTGGAAGAACTCC
TGTTCAGATGTATAGTGACTACATGAGTAGCTTCAAGGAAAACATGTTGGAGTTACTAGA
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TTCTTATCCACAAAGCCAAGGATGGGTGTTTCCAGGCATTGGAGAATTTCAGTGTTACGA
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TC

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TCATCCGG*AGTGGGATCTGCCGGAGGACGCCGGAGAATACAACGACAAGCCGGAGGAAA
CTGGGTTTTTCAGGACAAATGGGACCTATGTCTCGGAGGAGGGGAAGTTTTTCTTGACAT
GGTACTCGACCAAACTTATCTTTCATGGAGATCAGATCATAGGAGAAGCCAACAAGATCT
TCGCTGGACTTAAAGTTAACTTGGCTGCCAAGGTTTCTGGAATTCACTGGTTGTACAACC
ACCACAGCCACGCTGCGGAGCTTACTGCCGGATATTATAACCTCTACGAGAGAGATGGTT
ATCGCCCGATCGCTCGGATGCTCTCAAAACACTACGGCACTCTCAACTTCACTTGCCTTG
AGATGAAAGATACCGACAATACTGCCGAAGCAATGAGTGCTCCACAAGAACTTGTTCAAA
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ATAACGGTAAGCCGAAGCTGAGAATGTACGGCTTTACTTACCTTCGGTTGTCCGATACGG
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AGCAGAGCAAATGAGTTGTTTACTTTGCGTAATTGGGAAGTTGAGCAAAACCGCGTTGAC
TTTGAATTTATCTTTTTCTTTTATCCGCTGCTTTTGTTTTGATGCTTACCTCTTCTTCCT
TTGTACTTCTAATAATTTCAAGATCAATGTGGTTAATAGGAACG

QA 1 884 1 884
DS 



AS 1 2

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CCGACTTCTCACCGTGAAGTCAGCCTCCGGCAAGACTTACAGCCAATTAGCGGAGGAGAC
AGGTCTCACCAACGTCTACGTGGCTCAGCTGCTCCGTCGCCAAGCCCAGCTCAAACCCGA
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GGATGGTAATAACCGCGTTGTCGTGACACTTGATGGGAAGTATCTTTCTCATTCCGAACA
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TATGCCTAAAACTGTAACATTGTACGATTTATTGGGTTTGTTTATCTGTACTCTATGCAA
CTCCAGCCTCAAGCTGTTCCAGGTTGAATAAAATAAACACTATGAAACCTTTCTTAT


BQ
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AF RR1EF76TF U 1
AF RR1B401TF U 4
BS 1 69 RR1EF76TF
BS 70 70 RR1B401TF
BS 71 130 RR1EF76TF
BS 131 131 RR1B401TF
BS 132 150 RR1EF76TF
BS 151 151 RR1B401TF
BS 152 183 RR1EF76TF
BS 184 184 RR1B401TF
BS 185 207 RR1EF76TF
BS 208 208 RR1B401TF
BS 209 306 RR1EF76TF
BS 307 307 RR1B401TF
BS 308 376 RR1EF76TF
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AGGTCTCACCGACGTCTACGTGGCTCAGCTTCTCCGTCGCCAAGCCCAGCTCAAACCCGA
CACTGTCCCAAAGCTCCGTGAAGCTTTGCCTGCTCTGACCGACGAACTCATCGCCGCCAT
GATGTCTCCTCCGTGGAGATCATATGATCCAAACCTTATCCAAGAACCTACCGTCTACAG
GTTGAATGAAGCAGTGATGCATTTCGGTGAGAGTATAAAAGAGATTATCAATGAAGATTT
TGGCGATGGCATCATG

QA 1 376 1 376
DS 

RD RR1B401TF 714 0 0
G
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CTTCTCACCGTGAAGTCAGCCTCCGGCAAGACTTACAGCCAATTAGCGGAGGAGACAGGT
CTCACCAACGTCTACGTGGCTCAGCTGCTCCGTCGCCAAGCCCAGCTCAAACCCGACACA
GTCCCAAAGCTCCGTGAAGCTTTACCTGCTCTGACCGACGAACTCATCGCCGCCATGATG
TCTCCTCCGTGGAGATCATATGATCCAAACCTTATCCAAGAACCTACCGTCTACAGGTTG
AACGAAGCAGTGATGCATTTCGGTGAGAGTATAAAAGAGATTATCAATGAAGATTTTGGC
GATGGCATCATGTCGGCGATAGACTTCTATTGCTCCGTGGACAAAGTTAAAGGAGTGGAT
GGTAATAACCGCGTTGTCGTGACACTTGATGGGAAGTATCTTTCTCATTCCGAACAGAGG
ACGGAGAATATGGTCTCGAGGCTAAACCTCAAGGGAAGTACAAGCGAATGATATGTAAAA
TGTAAGAATAAAACGATTCAGATGAATGTTATGCAGCAATCCATGAAGGCTTTAATTATG
CCTAAAACTGTAACATTGTACGATTTATTGGGTTTGTTTATCTGTACTCTATGCAACTCC
AGCCTCAAGCTGTTCCAGGTTGAATAAAATAAACACTATGAAACCTTTCTTAT

QA 2 714 2 714
DS 



AS 1 3

CO CL3866Contig1 1109 3 20 U
GCGTCCTCTTCCTCCAAGGCGGCGCCACCACCCAGTTCGCCGCCCTCCCTCTCAACCTCT
GCGCATCCTCCTCCGATCCCGCCGACTACGTCGTCACCGGATCATGGGGAGACAAGGCCT
TCAAGGAGGCCCAGAAGTACTGCGACCCGAGCGTCGTATGGTCAGGTAAGTCAGAGAAGT
ACACTAAAGTCCCGTCCTTTGATGGGTTTGAGCAGAACCCGCACGCCAAGTATTTGCATA
TATGCGCCAATGAGACTATCCATGGAGTTGAGTTTAAAGACTACCCTGTTCCGAAGAACC
CTAACGGTGTTTTGATAGCCGACATGTCTTCGAACTTCTGTTCCAAGCCTGTTGATGTCT
CCAAGTTCGGTGTCATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAACGTTGGTCCTTCGGGTGTTACCA
TTGTGATTATTAGAAAAGATTTGATCGGGAAGGCTAGGGATGTTACTCCAGTGATGCTTG
ATTACAAGATCCACGACGAGAACAGTTCCTTGTACAACACGCCGCCGTCTTTCGGGATCT
ACATGTGCGGTCTCGTGTTTGACGATCTGTTGGCGCAGGGTGGGTTGGAGGAGGTGGAGA
GGAAGAATCAGAGGAAGGCTAAGGTTCTGTACGATGCGATTGATGAGAGCGGGGGGTTTT
TTCAGGTGTCCGGTTGAGAAGTCTGTGAGGTCTTTGATGAACGTTCCTTTCACGCTGGAG
AGGGCGGAGCTGGAAGGGGAGTTTATCAAGGAAGCTGCTAAGGAGAAGATGGTGCAGCTC
AAGGGGCATAGACCGGTGGGAGGTATGAGGGCTTCTATTTACAATGCGATGCCTTTGGCT
GGTGTTGAGAAGCTCGTTGCTTTCATGAAAGAGTTCCAGGCTAGGCATGCTTGATTCCAA
TCTTCTTCGTTGTTTGAGTGATTATAATAAGCGTTGAATGCTTATGATTTGAGTTTTCTT
TTTGCCAATTGTGTGCGGAACTGTTTCAGTAATAATCTTTTAGCTTATGCTAGATGTCAT
GTTTAAGCAATAATTATTTACGCGTGTTTTTATGTTACTCTCAGAAGATAGAGAGATCAA
AATCTTTGAATAAACAACTTATTATTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG67TF U 1
AF RR1FL22TF U 210
AF RR1DG67JQ C 430
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BS 993 1007 RR1FL22TF
BS 1008 1109 RR1DG67JQ

RD RR1DG67TF 622 0 0
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GCGCATCCTCCTCCGATCCCGCCGACTACGTCGTCACCGGATCATGGGGAGACAAGGCCT
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ACACTAAAGTCCCGTCCTTTGATGGGTTTGAGCAGAACCCGCACGCCAAGTATTTGCATA
TATGCGCCAATGAGACTATCCATGGCGTTGAGTTTAAAGACTACCCTGTTCCTAAGAACC
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ACATGTGCGGTCTCGTGTTTGACGATCTGTTGGCGCAGGGTGGGTTGGAGGAGGTGGAGA
GGAAGAATCAGAGG
AAAGCTAA

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1FL22TF 798 0 0
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GAGTTTAAAGACTACCCTGTTCCGGAGAACCCTAACGGTGTTTTGATAGCTGATATGTCT
TCGAACTTCTGTTCCAAGCCTGTTGATGTCTCCAAGTTCGGTGTCATCTACGCCGGCGCG
CAGAAGAACGTTGGTCCTTCGGGTGTTACCATTGTGATTATTAGAAAAGATTTGATCGGG
AAGGCTAGGGATGTTACTCCCGTGATGCTTGATTACAAGATCCACGACGAGAACAGTTCC
TTGTACAACACGCCGCCGTGTTTCGGGGTCTACATGTGCGGTCTCGTGTTTGACGATCTG
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GGAAGCTGCTAAGGAGAAGATGGTGCAGCTCAAGGGGCATAGATCGGTGGGAGGTATGAG
GGCTTCTATTTACAATGCGATGCCTTTGGCTGGTGTTGAGAAGCTCGTTGCTTTCATGAA
AGAGTTCCAGGCTAGGCATGCTTGATTCCAATCTTCTTCGTTGTTTGAGTGAT*ATAATA
AGCGTTGAATGCTTATGATTTGAGTTTTCTTTTTGCCAATTGTGTGCGGA*CTGTTTCAG
TA*TAATCTTTTAGCTTA

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1DG67JQ 680 0 0
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GTCTCGTGTTTGACGATCTGTTGGCGCAGGGTGGGTTGGAGGAGGTGGAGAGGAAGAATC
AGAGGAAGGCTAAGGTTCTGTACGATGCGATTGATGAGAGCGGGGGGTTTTTTCAGGTGT
CCGGTTGAGAAGTCTGTGAGGTCTTTGATGAATGTTCCTTTCACGCTGGAGAGGGCGGAG
CTGGAAGGGGAGTTTATCAAGGAAGCTGCTAAGGAGAAGATGGTGCAGCTCAAGGGGCAT
AGACCGGTGGGAGGTATGAGGGCTTCTATTTACAATGCGATGCCTTTGGCTGGTGTTGAG
AAGCTCGTTGCTTTCATGAAAGAGTTCCAGGCTAGGCATGCTTGATTCCAATCTTTTTCG
TTGTTTGAGTGATTATAATAAGCGTTGAATGCTTATGATTTGAGTTTTGTTTTTGCCAAT
TGTGTGCGGAACTGTTTCGGTAATAATCTTTTAGCTTATGCTAGATGTCATGTTTAAGCA
ATAATTATTTACGCGTGTTTTTATGTTACTCTCAGAAGATAGAGAGATCAAAATCTTTGA
ATAAACAACTTATTATTGAG

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 3

CO CL3867Contig1 794 3 5 U
GGGCATCTCTGCTCACCTCTTTTCCTTTAACAAACTATATATTTGAATATAATTTCAAAT
TTATTTGTTAAGGGAAAAATTAAACTGAGCTCTAGTCATGGCAAAGATCTCCTTATTGCT
TTTCGTCATGGCCCTTGTTGCCTCTCTCCACGCTTATGAAGCCCACCGCATGGGAAAATT
CGATGAAGCAATTGAAAAAGAGTTGCACAAAGCCGAGGCCCAGATCGAGGAAGACATAAA
GGCAACAAAAACGAGCATTCAAGGTTTGACAACTGAGATGAAAACCTTGAGCAAATCTGA
AGAGATGTTAAATCAACTTGGAAAAGATCACAAAACGGATATGGAGGTAGCTCCTTATGG
AAAGAAACTCAGAACATTCAGCAGGGCAGCAAAAAATGTCACGAAAGCACCACCTGCAAA
AAACAAGAAACCTGCACCACCTGCAAAAAACAAGAAACCTGCACCACCTGCAAGAAACAA
GAAACCTGCATCACCTGCAAAAGACAAGAAACCTACATCCGTAATCCAAACGATCTTGCA
GGATTTTGGGCTAAACGGAGGGAGGGATTGACAAAACATAATAATCAGGGTCTGATTAGT
GTTTTGAGTGAGTTTTAAGGAGTATTGAACTTGTTCATGGAGTTTAGCTTTACAAGTGAG
AGGAGCAAATAATTCCCCACATAGTATATAAGTTGCGTTGCTGTCATTTTGTAATTAATA
ATACAACTAAATGAAATATTATAACTACTTATGATATCATAATATGTTTTTATGCGAATT
TTTTTTTTTTTACG


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B814TF U 1
AF RR1BG44TF U 3
AF RR1BG44JQ C 3
BS 1 473 RR1B814TF
BS 474 474 RR1BG44TF
BS 475 755 RR1B814TF
BS 756 766 RR1BG44TF
BS 767 794 RR1BG44JQ

RD RR1B814TF 755 0 0
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TTATTTGTTAAGGGAAAAATTAAACTGAGCTCTAGTCATGGCAAAGATCTCCTTATTGCT
TTTCGTCATGGCCCTTGTTGCCTCTCTCCACGCTTATGAAGCCCACCGCATGGGAAAATT
CGATGAAGCAATTGAAAAAGAGTTGCACAAAGCCGAGGCCCAGATCGAGGAAGACATAAA
GGCAACAAAAACGAGCATTCAAGGTTTGACAACTGAGATGAAAACCTTGAGCAAATCTGA
AGAGATGTTAAATCAACTTGGAAAAGATCACAAAACGGATATGGAGGTAGCTCCTTATGG
AAAGAAACTCAGAACATTCAGCAGGGCAGCAAAAAATGTCACGAAAGCACCACCTGCAAA
AAACAAGAAACCTGCACCACCTGCAAAAAACAAGAAACCTGCACCACCTGCAAAAAACAA
GAAACCTGCATCACCTGCAAAAGACAAGAAACCTACATCCGTAATCCAAACGATCTTGCA
GGATTTTGGGCTAAACGGAGGGAGGGATTGACAAAACATAATAATCAGGGTCTGATTAGT
GTTTTGAGTGAGTTTTAAGGAGTATTGAACTTGTTCATGGAGTTTAGCTTTACAAGTGAG
AGGAGCAAATAATTCCCCACATAGTATATAAGTTGCGTTGCTGTCATTTTGTAATTAATA
ATACAACTAAATGAAATATTATAACTACTTATGAT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1BG44TF 764 0 0
GG
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TTGTTAAGGGAAAAATTAAACTGAGCTCTAGTCATGGCAAAGATCTCCTTATTGCTTTTC
GTCATGGCCCTTGTTGCCTCTCTCCACGCTTATGAAGCCCACCGCATGGGAAAATTCGAT
GAAGCAATTGAAAAAGAGTTGCACAAAGCCGAGGCCCAGATCGAGGAAGACATAAAGGCA
ACAAAAACGAGCATTCAAGGTTTGACAACTGAGATGAAAACCTTGAGCAAATCTGAAGAG
ATGTTAAATCAACTTGGAAAAGATCACAAAACGGATATGGAGGTAGCTCCTTATGGAAAG
AAACTCAGAACATTCAGCAGGGCAGCAAAAAATGTCACGAAAGCACCACCTGCAAAAAAC
AAGAAACCTGCACCACCTGCAAAAAACAAGAAACCTGCACCACCTGCAAGAAACAAGAAA
CCTGCATCACCTGCAAAAGACAAGAAACCTACATCCGTAATCCAAACGATCTTGCAGGAT
TTTGGGCTAAACGGAGGGAGGGATTGACAAAACATAATAATCAGGGTCTGATTAGTGTTT
TGAGTGAGTTTTAAGGAGTATTGAACTTGTTCATGGAGTTTAGCTTTACAAGTGAGAGGA
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QA 3 764 3 764
DS 

RD RR1BG44JQ 792 0 0
GG
ATCTCTGCTCACCTCTTTTCCTTTAACAAACTATATATTTGAATATAATTTCAAATTTAT
TTGTTAAGGGAAAAATTAAACTGAGCTCTAGTCATGGCAAAGATCTCCTTATTGCTTTTC
GTCATGGCCCTTGTTGCCTCTCTCCACGCTTATGAAGCCCACCGCATGGGAAAATTCGAT
GAAGCAATTGAAAAAGAGTTGCACAAAGCCGAGGCCCAGATCGAGGAAGACATAAAGGCA
ACAAAAACGAGCATTCAAGGTTTGACAACTGAGATGAAAACCTTGAGCAAATTTGAAGAG
ATGTTAAATCAACTTGGAAAAGATCACAAAACGGATATGGAGGTAGCTCCTTATGGAAAG
AAACTCAGAACATTCAGCAGGGCAGCAAAAAATGTCACGAAAGCACCACCTGCAAAAAAC
AAGAAACCTGCACCACCTGCAAAAAACAAGAAACCTGCACCACCTGCAAGAAACAAGAAA
CCTGCATCACCTGCAAAAGACAAGAAACCTACATCCGTAATCCAAACGATCTTGCAGGAT
TTTGGGCTAAACGGAGGGAGGGATTGACAAAACATAATAATCAGGGTTTGATTAGTGTTT
TGAGTGAGTTTTAAGGAGTATTGAACTTGTTCATGGAGTTTAGCTTTACAAGTGAGAGGA
GCAAATAATTCCCCACATAGTATATAAGTTGCGTTGCTGTCATTTTGTAATTAATAATAC
AACTAAATGAAATATTATAACTACTTATGATATCATAATATGTTTTTATGCGAATTTTTT
TTTTTTTACG

QA 3 792 3 792
DS 



AS 1 3

CO CL3868Contig1 889 3 6 U
GGACTCTCGCTCCTCTCTCTCTCTCTCTGTAGATTTATACACTGAAAATCAAGTTTCTGA
GTTCAAGTTTCTGACAATGGAAGCAAACCAGTTATACGGTTTGTCTACACTTGTTGTTAT
TCTGTTATTGTCGGTGACTTCGACAGTGACATCAAAGGACGATGTTGTTTCCTGTACAAT
GTGTTCTTCCTGCGACAATCCTTGTAACCCCGTCCAGTCATATCCTCCCCCTCCGCCACC
TTCTCGCCCACCACCGTCTCCATCAACCACCACCGCATGTCCTCCACCTCCTTCTCCTCC
TAGCTCCGGCGGTGGTGGTGGTGGTAGCTCTTACTATTACCCTCCTCCTTCTCAGTCCGG
TGGCGGAAAATACCCTCCTCCGTACGGTGACGGTGGTCAAGGTTATTACTATCCTCCTCC
GTATTCAGGAAACTATCCTACTCCCCCTCCGCCTAATCCGATCGTCCCTTACTTCCCGTT
TTACTATCATACGCCACCACCAGGTTCTGGAGCAGATCGGTTTAAGGGTTCTA***ACTC
TATTCTGTTTGCTCTTTTCGCTGTCTTTCTCTGTTTAGTGTGACGGAAAATAGTCAGAGT
TGGCCGGAAAATACCAAGTAATGTGGCAGATCGGTAGATCTACAATAGTCTTTGAAGGTT
TTAGATATCTGTGATGTTGGATCAAATGATTATCTCTTACTTTCTTTAACCTTTTCTTGT
GTGGACAATTTGTATTTAATTTTTCTTGTTAATTAACATTTTGATTACTAGCTATTCAGA
AATAAAGTATTGTTACTTTCTATGCATTATTTCTCTCTTTTTAATGTATTGTATGGTTGA
TGTATTGCTCTTTAAGTGGTTTACACTCGAGTTATTTGTTCATCTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS76TF U 43
AF RR1GH28TF U 1
AF RR1GH28JQ C 247
BS 1 657 RR1GH28TF
BS 658 658 RR1GH28JQ
BS 659 717 RR1GH28TF
BS 718 718 RR1GH28JQ
BS 719 727 RR1GH28TF
BS 728 889 RR1GH28JQ

RD RR1CS76TF 611 0 0
TGAAAATCAAGTTTCTGAGTTCA*GTTTCTGGCAATGGAAGCAAACCAGTTATACGGTTT
GTCTACACTTGTTGTTATTCTGTTATTGTCGGTGACTTCGACAGTGACATCAAAGGACGA
TGTTGTTTCCTGTACAATGTGTTCTTCCTGCGACAATCCTTGTAACCCCGTCCAGTCATA
TCCTCCCCCTCCGCCACCTTCTCGCCCACCACCGTCTCCATCAACCACCACCGCATGTCC
TCCACCTCCTTCTCCTCCTAGCTCCGGCGGTGGTGGTGGTGGTAGCTCTTACTATTACCC
TCCTCCTTCTCAGTCCGGTGGCGGAAAATACCCTCCTCCGTACGGTGACGGTGGTCAAGG
TTATTACTATCCTCCTCCGTATTCAGGAAACTATCCTACTCCCCCTCCGCCTAATCCGAT
CGTCCCTTGCTTCCCGTTTTACTATCATACGCCACCACCAGGTTCTGGAGCAGATCGGTT
TAAGGGTTCTACTAACTCTATTCTGTTTGCTCTTTTCGCTGTCTTTCTCTGTTTAGTGTG
ACGGAAAATAGTCAGAGTTGGCCGGAAAATACCAAGTAATGTGGCAGATCGGTAGATCTA
CAATAGTCTTT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1GH28TF 739 0 0
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GTTCAAGTTTCTGACAATGGAAGCAAACCAGTTATACGGTTTGTCTACACTTGTTGTTAT
TCTGTTATTGTCGGTGACTTCGACAGTGACATCAAAGGACGATGTTGTTTCCTGTACAAT
GTGTTCTTCCTGCGACAATCCTTGTAACCCCGTCCAGTCATATCCTCCCCCTCCGCCACC
TTCTCGCCCACCACCGTCTCCATCAACCACCACCGCATGTCCTCCACCTCCTTCTCCTCC
TAGCTCCGGCGGTGGTGGTGGTGGTAGCTCTTACTATTACCCTCCTCCTTCTCAGTCCGG
TGGCGGAAAATACCCTCCTCCGTACGGTGACGGTGGTCAAGGTTATTACTATCCTCCTCC
GTATTCAGGAAACTATCCTACTCCCCCTCCGCCTAATCCGATCGTCCCTTACTTCCCGTT
TTACTATCATACGCCACCACCAGGTTCTGGAGCAGATCGGTTTAAGGGTTCTA***ACTC
TATTCTGTTTGCTCTTTTCGCTGTCTTTCTCTGTTTAGTGTGACGGAAAATAGTCAGAGT
TGGCCGGAAAATACCAAGTAATGTGGCAGATCGGTAGATCTACAATAGTCTTTGAAG*TT
TTAGATATCTGTGATGTTGGATCAAATGATTATCTCTTACTTTCTTTAACCTTTTCT*GT
GTGGACA
TTTGTATTAATT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1GH28JQ 643 0 0
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CGGCGGTGGTGGTGGTGGTAGCTCTTACTATTACCCTCCTCCTTCTCAGTCCGGTGGCGG
AAAATACCCTCCTCCGTACGGTGACGGTGGTCAAGGTTATTACTATCCTCCTCCGTATTC
AGGAAACTATCCTACTCCCCCTCCGCCTAATCCGATCGTCCCTTACTTCCCGTTTTACTA
TCATACGCCACCACCAGGTTCTGGAGCAGATCGGTTTAAGGGTTCTA***ACTCTATTCT
GTTTGCTCTTTTCGCTGTCTTTCTCTGTTTAGTGTGACGGAAAATAGTCAGAGTTGGCCG
GAAAATACCAAGTAATGTGGCAGATCGGTAGATCTACAATAGTCTTTGAAGGTTTTAGAT
ATCTGTGATGTTGGATCAAATGATTATCTCTTACTTTCTTTAACCTTTTCTTGTGTGGAC
AATTTGTATTTAATTTTTCTTGTTAATTAACATTTTGATTACTAGCTATTCAGAAATAAA
GTATTGTTACTTTCTATGCATTATTTCTCTCTTTTTAATGTATTGTATGGTTGATGTATT
GCTCTTTAAGTGGTTTACACTCGAGTTATTTGTTCATCTCAGC

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 3

CO CL3869Contig1 947 3 17 U
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AGACTTCAGGCTCTCAGATGTTGATGTGGGTATCGATATGGGGACAAGGGTCGCTATAGT
TGGGCCTAATGGAGCTGGAAAGTCCACTCTTTTGAACCTTCTTGCTGGAGATTTAGTTCC
GAGTGAAGGTGAAGTGAGAAGAAGCCAAAAGCTGAGGATTGGGAGATACTCTCAGCACTT
TGTTGACCTGTTAACAATGGGGGAAACACCAGTTCAGTATCTGCTCCGCCTTCATCCTGA
CCAAGAGGGATTTAGCAAACAGGAAGCTGTGCGTGCTAAGCTAGGCAAGTTTGGGCTACC
GAGTCACAACCACTTGACTCCGATCATGAAACTGTCCGGTGGACAAAAAGCTAGAGTTGT
GTTCACTTCGATCTCAATGTCTAAGCCACACATTTTGCTTCTTGACGAGCCTACGAATCA
CTTAGACATGCAGAGCATAGATGCGTTGGCTGATGCGCTAGAGGAGTTCAGTGGAGGAGT
TGTGCTGGTGAGTCACGACTCTAGACTTATATCACGCGTCTGTGAGGATGAGGATAAGAG
TCAGATTTGGGTTGTGGAAGACGGAACTGTGTCTTTCTTCGATGGCACGTTTGAAGAGTA
CAAGGAAGATCTCCAAAGAGAGATCAGAGCAGAGGTCGATGAGTGAAGTCTTGTTTGTAT
TGTTGGCTTTTAAAGGTAAAACTGAAACCTCCTTTATATTCTCAGACTTGGAAACGTTTT
GGACTAAAGCTTATTTTAGACATTGTGTGTTGTGTTTTTCATCATATATACGTTACTGGC
ATGAAACCGTATACGTTTTCCCCATGTTACATAGTCGAGTGTAGTATTATGTTTTGGGGG
AAGCAAGGAGAAGATGTCTTTCATTTTTTATTTCATGAGTGTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1DU27TF U 1
AF RR1DD36TF U 191
AF RR1DD36JQ C 304
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TCAGATTTGGGTTGTGGAAG

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DS 

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CACTTGACTCCGATCATGAAACTGTCCGGTGGACAAAAAGCTAGAGTTGTGTTCACTTCG
ATCTCAATGTCTAAGCCACACATTTTGCTTCTTGACGAGCCTACGAATCACTTAGACATG
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GTTGTGGAAGACGGAACTGTGTCTTTCTTCGATGGCACGTTTGAAGAGTACAAGGAAGAT
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DS 

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CACTTCGATCTCAATGTCTAAGCCACACATTTTGCTTCTTGACGAGCCTACGAATCACTT
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GATTTGGGTTGTGGAAGACGGAACTGTGTCTTTCTTCGATGGCACGTTTGAAGAGTACAA
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TGGCTTTTAAAGGTAAAACTGAAACCTCCTTTATATTCTCAGACTTGGAAACGTTTTGGA
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AAACCGTATACGTTTTCCCCATGTTACATAGTCGAGTGTAGTATTATGTTTTGGGGGAAG
CAAGGAGAAGATGTCTTTCATTTTTTATTTCATGAGTGTGTTTC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 3

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CCAGTTTCCTCTATGCTCCAAATGGTTACGCTATGCGGGACACAGAAGGGGAGCATACCC
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CCTTCAGGATTTTTATATGTGAAACAAGTTTCATT


BQ
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AF RR1D463TF U 1
AF RR1CF58JQ C 1
AF RR1CF58TF U 75
BS 1 74 RR1D463TF
BS 75 515 RR1CF58TF

RD RR1D463TF 470 0 0
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CACTGGCGTCCATGAAGATGAAGGGATTTGGGATTCTCTTGCGCCGAATAAGGACCCTTA
CATAACCCATGTAGCCCTTCAACCTGGGAAGACATGTGGTACATGTACCGGAACTGCTAA
TGGTATAAAATTTAACGATTGTTCATTATACCATAGATGCAAACGCATGGTAATGTAACT
CCAGTTTCCTCTATGCTCCAAATGGTTACGCTATGCGGGACACAGAAGAGGAGCATACCC
AAAGTCGACTATGCATATTTACAACTTTCTTTCGTTCTGTCTCCGTACGCTCTATGAGTA
CC*AGTCGATATATATGTACTGTGCATCTATTAGAAAACCCATGTATCCT

QA 1 470 1 470
DS 

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GCTCCTCCTGCTTCATGCCGTTTCAACATCAGGGAACAAGATGTATAGTTGGCAAAATCT
CACTGGCGTCCATGAAGATGAAGGGATTTGGGATTTTCTTGCGCCGAATAAGGACCCTTA
CATAACCCATGTAGCCCTTCAACCTGGGAAGACATGTGGTACATGTACCGGAACTGCTAA
TGGTATAAAATTTAACGATTGTTCATTATACCATAGATGCAAACGCATGGTAATGTAACT
CCAGTTTCCTCTATGCTCCAAATGGTTACGCTATGCGGGACACAGAAGGGGAGCATACCC
AAAGTCGACTATGCATATTTACAACTTTCTTTCGTTCTGTCTCCGTACGCTCTATGAGTA
CCTAGTCGATATATATGTACTGTGCATCTATTAGAAAACCCATGTATCCTCTACTGTGTC
CCTTCAGGATTTTTATATGTGAAACAAGTTTCATT

QA 1 515 1 515
DS 

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AAGATGAAGGGATTTGGGATTCTCTTGCGCCGAATAAGGACCCTTACATAACCCATGTAG
CCCTTCAACCTGGGAAGACATGTGGTACATGTACCGGAACTGCTAATGGTATAAAATTTA
ACGATTGTTCATTATACCATAGATGCAAACGCATGGTAATGTAACTCCAGTTTCCTCTAT
GCTCCAAATGGTTACGCTATGCGGGACACAGAAGGGGAGCATACCCAAAGTCGACTATGC
ATATTTACAACTTTCTTTCGTTCTGTCTCCGTACGCTCTATGAGTACC*AGTCGATATAT
ATGTACTGTGCATCTATTAGAAAACCCATGTATCCTCTACTGTGTCCCTTCAGGATTTTT
ATATGTGAAACAAGTTTCATT

QA 1 441 1 441
DS 



AS 1 2

CO CL3871Contig1 1106 2 12 U
GGACAGACTGTTGTTTTGGTTCCTACTGATATTGGTGTTGTTGAGTTGGGCTCTACTTCT
TGTTTGCCTCATAGTGATGACTCTATCTCCTCTATAAGATCTTCCTTTTCCTCTCCTCCT
CCTCCTCCTCCTCCTCCGGTTAGAGTTGTTTTGCCTGTCGTTGTGGCTGATGACAACAGT
TCCTCCAAGATATTCGGCAGAAGCTCCTAGCAGGGAAGATTTCAAGTTTCTCCCTTTGCA
GCAATCATCATCATCGTCTCATAGGCTGCTTCCTCCTGCTCAGATGCAGATTGATTTCTC
CGGTGCGAGTTCAAGGGCTTCTGAGACTAATTCAGATGGTGGAGGAACTGAATGGGGTGA
CCTTGTTGGTGGTACTGATGAATCTGGTGGTGACAACAGACCGAGGAAACGAGGAAGGAG
ACCTGCCAACGGAAGAGTAGAAGCTCTCAACCACGTGGAAGCCGAGAGGCAACGGCGTGA
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GTTGGATCTTCATCCGGCATCAAGAATCTTCCATGCGTTTGAAGAGGCTAAAGTAGAAGT
GATTAACTCAAAACTGGAAGTTCCACAGGACATAGTGTTGCATACGTTTGTGATCAAATT
TGAAGAGGTGACTAAAGAGAAGCTCATCTCGGCTCTCTCTAGAGAGCAGTCCAGTTCTGT
TCAGTCGAGAACATCATCAGGTAGATAGCCTTTTGAGAGTGACAAGAAGAAGTTTGTAGT
GAAGAAGAACCCTGTAACAATCCTCCAGGCTAGGATTTTAGAAGTTTTTTTTTTTATTTA
TTTGTCAAAAGTAGACAACTCGCTTTACAAGAAAAAAAAATAGCATCTATTTATTATGTT
GAAGAAGCCTTTGGGACTTGCTTGAG


BQ
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AF RR1CG31TF U 1
AF RR1CG31JQ C 334
BS 1 601 RR1CG31TF
BS 602 602 RR1CG31JQ
BS 603 689 RR1CG31TF
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BS 764 777 RR1CG31TF
BS 778 1106 RR1CG31JQ

RD RR1CG31TF 784 0 0
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CCTCCTCCTCCTCCTCCGGTTAGAGTTGTTTTGCCTGTCGTTGTGGCTGATGACAACAGT
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G*TTATGGAAGCTGAGAGAGAGAGGTTAGGTTACAGCTCTAATCCTCATCTCTGCTTGGA
GCAGCCGGGGATTAACGTTCAGACAGCAG*TGAAGACGTGGCAGTGACTGTTAGCTGTCC
GTTGGATCT*CATCCGGCATCAAGA*TCTTCCATGCGTTTGA*GAGGCTAAAGTAGA
GTGATTA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1CG31JQ 773 0 0
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CAACAGACCGAGGAAACGAGGAAGGAGACCTGCCAACGGAAGAGTAGAAGCTCTCAACCA
CGTGGAAGCCGAGAGGCAACGGCGTGAGAAGCTTAACCAGAGGTTTTACGCCCTCAGATC
AGTTGTCCCCAACATTTCCAAGATGGACAAAGCCTCCTTTTTGGGAGACGCCGTCTCTTA
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AGACGTGGCAGTGACTGTTAGCTGTCCGTTGGATTTTCATCCGGCATCAAGAATCTTCCA
TGCGTTTGAAGAGGCTAAAGTAGAAGTGATTAACTCAAAACTGGAAGTTCCACAGGACAT
AGTGTTGCATACGTTTGTGATCAAATTTGAAGAGGTGACTAAAGAGAAGCTCATCTCGGC
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TGAGAGTGACAAGAAGAAGTTTGTAGTGAAGAAGAACCCTGTAACAATCCTCCAGGCTAG
GATTTTAGAAGTTTTTTTTTTTATTTATTTGTCAAAAGTAGACAACTCGCTTTACAAGAA
AAAAAAATAGCATCTATTTATTATGTTGAAGAAGCCTTTGGGACTTGCTTGAG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL3872Contig1 1326 2 2 U
GGAAGGCTCTCACACATACATTTACTTACATAGCAAACTATGGACCGACGTCGTTCTATT
CATCATCACATCATTTCATATCTTTTTCCCTCTTCTACGTCCATACTATTTTTGTGTATT
TCATTCCTTGTGTTTTTTACTACAACCACTAATGCTTTTTTGAGACTTCCGGAGAACACG
ACCGTTCCAGCTATAATAGTGTTCGGAGATTCAATTGTTGATGCCGGAAACAACGACGAT
TTGATAACGGAGGCTAGATGTGATTATCCTCCTTATGGTATTGATTTCGATGGTGGAGTT
CCTACCGGAAGATTCTCCAATGGAAAAGTCCCCACTGATATTCTAGCGGAAGAATTAGGG
ATTAAGCCAACTATACCAGCATATCGAGATCCTAATCTAAGACAAGAAGATCTTCTAACC
GGTGTAACATTTGCTTCGGGTGGTGCTGGTTATGTTCCTTTGACAACACAAATAGCGGGA
GGAATACCATTATCGCAACAACTGAAACTTTTTGAAGAGTATATAGAGAAATTGAATGGA
ATGGTGGGACAAGAGAGGACAACATTCATAATTAAGAATAGCTTGTTCGTTATTATATGT
GGTAGTAACGATATCGCAAACAACTTCTTTAGTCTCCCTACGACTCAGCTCCAATACAAC
GCGGCTTCTTTCACTGCTCTTATGGCCGACAATGCTCGCTCTTTTGCTATGACACTGTAC
CAATATGGTGCAAGAAGAATACTTATGTTTGGTGCACCACCAATAGGATGTGTCCCTTCG
CAGAGAACTGTGGCTGGAGGACCAACAAGGGATTGTGTTGTTCGGTTTAATGATGCGTGT
AAACTTTTCAATGCTAAACTCTCTGCAAATATTGATGGCTTGTCAAGAACCCTACAAGAC
CCGACTTTAATATATATTGACATCTATGATCCTCTTCTTGATCTCATCTTAAACCCTCAA
CAATATGGATTTAAGGTGAGTAATTTAGGATGTTGCGGAACCGGGTTAATAGAAGTGACT
GCTTTATGCAACAACTATACAGCTGCTGTATGTCCCGTAAGATCAGATTATGTGTTCTGG
GACAGTTTTCATCCCACTGAAACAGCTTACAGAAACATAGTTGCAAAGCTTCTTCAGAGA
TATCTCAACAGATTCTTCTAGTTAATTTATATATAGCACCTACTTTTTAACATGTTGGCC
ATACTTCATTTAATATTTTGAATTATCATTACAAAGGCAAAGATAAATTATGCTTTTTAA
AATCATATTTTCTCTTTTCCATAGCTTGTAATTATCTTTTATAGTTTTATGATATTTTGT
GGCTAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH44TF U 1
AF RR1CE65JQ C 576
BS 1 626 RR1DH44TF
BS 627 1326 RR1CE65JQ

RD RR1DH44TF 626 0 0
GGAAGGCTCTCACACATACATTTACTTACATAGCAAACTATGGACCGACGTCGTTCTATT
CATCATCACATCATTTCATATCTTTTTCCCTCTTCTACGTCCATACTATTTTTGTGTATT
TCATTCCTTGTGTTTTTTACTACAACCACTAATGCTTTTTTGAGACTTCCGGAGAACACG
ACCGTTCCAGCTATAATAGTGTTCGGAGATTCAATTGTTGATGCCGGAAACAACGACGAT
TTGATAACGGAGGCTAGATGTGATTATCCTCCTTATGGTATTGATTTCGATGGTGGAGTT
CCTACCGGAAGATTCTCCAATGGAAAAGTCCCCACTGATATTCTAGCGGAAGAATTAGGG
ATTAAGCCAACTATACCAGCATATCGAGATCCTAATCTAAGACAAGAAGATCTTCTAACC
GGTGTAACATTTGCTTCGGGTGGTGCTGGTTATGTTCCTTTGACAACACAAATAGCGGGA
GGAATACCATTATCGCAACAACTGAAACTTTTTGAAGAGTATATAGAGAAATTGAATGGA
ATGGTGGGACAAGAGAGGACAACATTCATAATTAAGAATAGCTTGTTCGTTATTATATGT
GGTAGTAACGATATCGCAAACAACTT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1CE65JQ 751 0 0
GAATAGCTTGTTCGTTATTATATGTGGTAGTAACGATATCGCAAACAACTTCTTTAGTCT
CCCTACGACTCAGCTCCAATACAACGCGGCTTCTTTCACTGCTCTTATGGCCGACAATGC
TCGCTCTTTTGCTATGACACTGTACCAATATGGTGCAAGAAGAATACTTATGTTTGGTGC
ACCACCAATAGGATGTGTCCCTTCGCAGAGAACTGTGGCTGGAGGACCAACAAGGGATTG
TGTTGTTCGGTTTAATGATGCGTGTAAACTTTTCAATGCTAAACTCTCTGCAAATATTGA
TGGCTTGTCAAGAACCCTACAAGACCCGACTTTAATATATATTGACATCTATGATCCTCT
TCTTGATCTCATCTTAAACCCTCAACAATATGGATTTAAGGTGAGTAATTTAGGATGTTG
CGGAACCGGGTTAATAGAAGTGACTGCTTTATGCAACAACTATACAGCTGCTGTATGTCC
CGTAAGATCAGATTATGTGTTCTGGGACAGTTTTCATCCCACTGAAACAGCTTACAGAAA
CATAGTTGCAAAGCTTCTTCAGAGATATCTCAACAGATTCTTCTAGTTAATTTATATATA
GCACCTACTTTTTAACATGTTGGCCATACTTCATTTAATATTTTGAATTATCATTACAAA
GGCAAAGATAAATTATGCTTTTTAAAATCATATTTTCTCTTTTCCATAGCTTGTAATTAT
CTTTTATAGTTTTATGATATTTTGTGGCTAT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 3

CO CL3873Contig1 632 3 2 U
GTGATGCTATCTCTTCGTTACAAGTCGAATACGATAGAAATGGACAATCTGTTTGGTCCG
TTAAACATGGTGGTAACAATGGAGTCTCCACACACAGGATTAAACTCGAGTACCCAAACG
AGATGCTCACCTGCATTTCAGGGTATTACGGACCACTGAATAACTCAGACAATACTAGTG
TGGTCAAGTCTCTGAGTTTCTACACGAGCCGTGGCAAGTACGGTCCCTACGGTGAGGAGA
CTGGGACTTATTTCACTTCAACTGCAACGGAAGGAAAAGTATTGGGTTTACATGGAAGAA
GCAGCGCTTACTTGGACGCAATTGGGGTTCATATGCAGCACTGGCTGGGCAACAACACTA
AGCCTCAATACAACAGAGCTTCCTGTTTCAAGGTGTACTGAACAATCTTGTCTGCACAAA
ACAAGAAAAAATATCTAACCTCGTATGCAGTAAAATAAACATGCGCCTAAACGCATTGAG
TTTCCTTTCCAGATAAATAACATTGTTGATACTATAAACAGATGAGTACGAAAAAAAAGC
TAGAGAAACAAAAAGAGTGTGTAAAATAAAATGTAACAACATTGGCATTTTACATGCTAA
ATTCTGTTTAATGATATAACTATTTTGTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1CK82TF U 1
AF RR1F142TF U 164
AF RR1CK82JQ C 243
BS 1 630 RR1CK82TF
BS 631 632 RR1F142TF

RD RR1CK82TF 630 0 0
GTGATGCTATCTCTTCGTTACAAGTCGAATACGATAGAAATGGACAATCTGTTTGGTCCG
TTAAACATGGTGGTAACAATGGAGTCTCCACACACAGGATTAAACTCGAGTACCCAAACG
AGATGCTCACCTGCATTTCAGGGTATTACGGACCACTGAATAACTCAGACAATACTAGTG
TGGTCAAGTCTCTGAGTTTCTACACGAGCCGTGGCAAGTACGGTCCCTACGGTGAGGAGA
CTGGGACTTATTTCACTTCAACTGCAACGGAAGGAAAAGTATTGGGTTTACATGGAAGAA
GCAGCGCTTACTTGGACGCAATTGGGGTTCATATGCAGCACTGGCTGGGCAACAACACTA
AGCCTCAATACAACAGAGCTTCCTGTTTCAAGGTGTACTGAACAATCTTGTCTGCACAAA
ACAAGAAAAAATATCTAACCTCGTATGCAGTAAAATAAACATGCGCCTAAACGCATTGAG
TTTCCTTTCCAGATAAATAACATTGTTGATACTATAAACAGATGAGTACGAAAAAAAAGC
TAGAGAAACAAAAAGAGTGTGTAAAATAAAATGTAACAACATTGGCATTTTACATGCTAA
ATTCTGTTTAATGATATAACTATTTTGTTG

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1F142TF 469 0 0
G
TCAGACAATACTAGTGTGGTCAAGTCTCTGAGTTTCTACACGAGCCGTGGCAAGTACGGT
CCCTACGGTGAGGAGACTGGGACTTATTTCACTTCAACTGCAACGGAAGGAAAAGTATTG
GGTTTACATGGAAGAAGCAGCGCTTACTTGGACGCAATTGGGGTTCATATGCAGCACTGG
CTGGGCAACAACACTAAGCCTCAATACAACAGAGCTTCCTGTTTCAAGGTGTACTGAACA
ATCTTGTCTGCACAAAACAAGAAAAAATATCTAACCTCGTATGCAGTAAAATAAACATGC
GCCTAAACGCATTGAGTTTCCTTTCCAGATAAATAACATTGTTGTTACTATAAACAGATG
AGTACGAAAAAAAAGCTAGAGAAACAAAAAGAGTGTGTAAAATAAAATGTAACAACATTG
GCATTTTACATGCTAAATTCTGTTTAATGATATAACTATTTTGTTGTT

QA 2 469 2 469
DS 

RD RR1CK82JQ 388 0 0
GGGACTTATTTCACTTCAACTGCAACGGAAGGAAAAGTATTGGGTTTACATGGAAGAAGC
AGCGCTTACTTGGACGCAATTGGGGTTCATATGCAGCACTGGCTGGGCAACAACACTAAG
CCTCAATACAACAGAGCTTCCTGTTTCAAGGTGTACTGAACAATTTTGTTTGCACAAAAC
AAGAAAAAATATTTAACCTCGTATGCAGTAAAATAAACATGCGCCTAAACGCATTGAGTT
TCCTTTCCAGATAAATAACATTGTTGATACTATAAACAGATGAGTACGAAAAAAAAGCTA
GAGAAACAAAAAGAGTGTGTAAAATAAAATGTAACAACATTGGCATTTTACATGCTAAAT
TCTGTTTAATGATATAACTATTTTGTTG

QA 1 388 1 388
DS 



AS 1 2

CO CL3874Contig1 779 2 2 U
TCTCCATCCTCACATCCTCACGATCGTTAAATAATCTTCTTTCTCTCTTACCACAAAACA
TCCTTATATCTTTTTCATTATCTTCTAGATCTCTTCATGTTCAGAGTATAACATATCTAT
AAAACCTAACAAAATGATCTCTCCTCCTCATTTAGATCTGCCACTGCTGTAAAATTTCCC
TTGCTGCTAAAATCTGCAAAGGATACTCTGGCTCAGTCAGTTTTGGCATGCCGTGATTTC
ATGGATCAGAACCCTACCAAATCGATCACGGAGGTTGGAGAACGGTCACAGAAGCAGAAC
GGAAAATTTAAGTGTGCCCTTATTGGCTCCGGATGGTATTGTAAGGTGGCTAGGTAGCTA
GTCTTCTTACAGCAACATCACATCTAAATGACCCCACTGTGCGGCCTGGAGAAAACAGAG
GGCAGCACTTTCAAAGATTAAAGCATTGAAAGAAGCAACAAAATTGGAAAGGAGACTTTT
TGATCTAGGAGAGCAACTCTTGTTAAGAAAAGAGCAGGTAGAAGACTTGCCAAGTGATTG
TGAGCCTTTAGCTCTCAGGGTTGTTTGCTATTTTAGCTTTCTAAGATTGTCCCTTCACAT
TTGAAAGATTATAGCACTGAAAGGATCAAAGTTCCGTTTCTTTTATGATAAGTTCTCATT
GTCGACAAGTAGTGTTATGTTTTATTTTAAATTTGATAATGGATAGTGAAATTGTACGTA
ATAATAGATTTGTAAACACTTACATCAAGGGTTACTTATGAATCTCGGTTATGTCGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E573TF U 1
AF RR1E573JQ C 76
BS 1 554 RR1E573TF
BS 555 779 RR1E573JQ

RD RR1E573TF 554 0 0
TCTCCATCCTCACATCCTCACGATCGTTAAATAATCTTCTTTCTCTCTTACCACAAAACA
TCCTTATATCTTTTTCATTATCTTCTAGATCTCTTCATGTTCAGAGTATAACATATCTAT
AAAACCTAACAAAATGATCTCTCCTCCTCATTTAGATCTGCCACTGCTGTAAAATTTCCC
TTGCTGCTAAAATCTGCAAAGGATACTCTGGCTCAGTCAGTTTTGGCATGCCGTGATTTC
ATGGATCAGAACCCTACCAAATCGATCACGGAGGTTGGAGAACGGTCACAGAAGCAGAAC
GGAAAATTTAAGTGTGCCCTTATTGGCTCCGGATGGTATTGTAAGGTGGCTAGGTAGCTA
GTCTTCTTACAGCAACATCACATCTAAATGACCCCACTGTGCGGCCTGGAGAAAACAGAG
GGCAGCACTTTCAAAGATTAAAGCATTGAAAGAAGCAACAAAATTGGAAAGGAGACTTTT
TGATCTAGGAGAGCAACTCTTGTTAAGAAAAGAGCAGGTAGAAGACTTGCCAAGTGATTG
TGAGCCTTTAGCTC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR1E573JQ 704 0 0
CATTATCTTCTAGATCTCTTCATGTTCAGAGTATAACATATCTATAAAACCTAACAAAAT
GATCTCTCCTCCTCATTTAGATCTGCCACTGCTGTAAAATTTCCCTTGCTGCTAAAATCT
GCAAAGGATACTCTGGCTCAGTCAGTTTTGGCATGCCGTGATTTCATGGATCAGAACCCT
ACCAAATCGATCACGGAGGTTGGAGAACGGTCACAGAAGCAGAACGGAAAATTTAAGTGT
GCCCTTATTGGCTCCGGATGGTATTGTAAGGTGGCTAGGTAGCTAGTCTTCTTACAGCAA
CATCACATCTAAATGACCCCACTGTGCGGCCTGGAGAAAACAGAGGGCAGCACTTTCAAA
GATTAAAGCATTGAAAGAAGCAACAAAATTGGAAAGGAGACTTTTTGATCTAGGAGAGCA
ACTCTTGTTAAGAAAAGAGCAGGTAGAAGACTTGCCAAGTGATTGTGAGCCTTTAGCTCT
CAGGGTTGTTTGCTATTTTAGCTTTCTAAGATTGTCCCTTCACATTTGAAAGATTATAGC
ACTGAAAGGATCAAAGTTCCGTTTCTTTTATGATAAGTTCTCATTGTCGACAAGTAGTGT
TATGTTTTATTTTAAATTTGATAATGGATAGTGAAATTGTACGTAATAATAGATTTGTAA
ACACTTACATCAAGGGTTACTTATGAATCTCGGTTATGTCGCAC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 3

CO CL3875Contig1 512 3 4 U
TTTTTCATCCATAAGTGGAAAATGAGGAACATTACTAAAAACCAGACCATGTTACTGCTT
GTTGTTACACTTTTAGTGGTGATTGCGTACCAAGAGGGAGAAGCCATACAATGTTCACAG
ATAACCATGTACTTAGCACCATGTTTGTCTTATGTAAAAGGTGGAGGAAACCCGCCTCCT
CCGTGTTGCGCCGGGCTTAATAATCTAAAAGCCTCAGCGCCGGGGAAACCCGATAAACAA
ACAGCTTGTCAATGCTTGAAGAGTGTAGCTAATGCTATATCCGGATTCAACGATGACAAT
GCCAAACAACTCCCTGGTAAATGCGGTGTTAGTGTGGGGGTCCCTTTCTCTAAGAGCGTG
GACTGTAACAGCATAAACTGAAAAGAAGGACTACCAACGGCCATGCAGCAATAATATAAA
GTGGATATCCTGAAAGAGCAAAAAGCATTATAACAAAACTGTTTGGATACTTTATACATG
TAATCATATAAATAAACTGTGGAATTCATACG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1FA50JQ C 1
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QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 3

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TATAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1FW42TF U 1
AF RR1FW42JQ C 280
AF RR1EQ77TF U 613
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GAATCCTCTCCTCCTTAGCAAAACGTGCAAAGACTCTTGAAGAAGCTCTGAACAAGTTGG
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CACAAAAGGCGATTGCAGCTGCAGAAGCTGCAAAGACAGCACCAGATGCTTTCTACTGCA
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CTGGCACATGGCATTTCAG*TGCGCTATACTTCCCCAAGAAGATAAGATTCCTGCAATCG
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GAT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1FW42JQ 748 0 0
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AGTTCCGCGACTAAGGGATTCTGATTCTTAAGACCTCTCAAAGATATGATAATAAGCAAA
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A*GAGCTTTTGTGCGAGCAAGAAGTTTTATTGAGTTCTTACAGACTGATTAAACTAAACG
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QA 1 748 1 748
DS 

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G
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QA 2 411 2 411
DS 



AS 1 3

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GACAAATCATACACAATAAAGTCATACAAGTTACTTGTTCTATAGATACCTCATTGCATC
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AAAGTACCTTTTGCATCTGTGGAG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GC48JQ U 1
AF RR1BV65JQ U 3
AF RR1FW87JQ U 34
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BS 126 128 RR1BV65JQ
BS 129 369 RR1GC48JQ
BS 370 465 RR1BV65JQ
BS 466 466 RR1FW87JQ
BS 467 564 RR1BV65JQ

RD RR1GC48JQ 369 0 0
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ATTTGTCAACAACAAAATACTCTTTTGAACAAAGAAACAGAGCTGTAGGCTCGAACTCTT
GACAA***ATACACAATAAAGTCATACAAGTTACTTGTTCTATAGATACCTCATTGCATC
AACATGAAAATAATCCTGCAAGAGCTGATAACACCGCCAAGGTCTTCAGACTCCAAAGAC
TTTGCAAAACTCTAGCTATATGAAAAACACAGTACAATATACTTGCAATACAGTGAAAAT
TGATCAGACTCTAAATGATCGTTCTTTGTATTAAATACCATTTTAACATAGATCTCACCA
AAATAACAA

QA 1 369 1 369
DS 

RD RR1BV65JQ 562 0 0
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TTGTCAACAACAAAATACTCTTTTGAACAAAGAAACAGAGCTGTAGGCTCGAACTCTTGA
CAAATCATACACAATAAAGTCATACAAGTTACTTGTTCTATAGATACCTCATTGCATCAA
CATGAAAATAATCCTGCAAGAGCTGATAACACCGCCAAGGTCTTCAGACTCCAAAGACTT
TGCAAAACTCTAGCTATATGAAAAACACAGTACAATATACTTGCAATACAGTGAAAATTG
ATCAGACTCTAAATGATCGTTCTTTGTATTAAATACCATTTTAACATAGATCTCACCAAA
ATAACAACTCACTAGACCAAATGAAAGTTAAGGCTGTTTGTTAAGCTGTTGGACGTTTCT
TTAACGAGAATAAAAATTGGAACATAAACATTACTATGCCAAAGATGACTAGAATCATTT
CTCCAGGAGCAAATTAAAACCGATGTTGAGATTGTAATACGAATAAAGACTCAAATTCAA
AGTACCTTTTGCATCTGTGGAG

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1FW87JQ 531 0 0
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GAAACAGAGCTGTAGGCTCGAACTCTTGACAAATCATACACAATAAAGTCATACAAGTTA
CTTGTTCTATAGATACCTCATTGCATCAACATGAAAATAATCCTGCAAGAGCTGATAACA
CCGCCAAGGTCTTCAAACTCCAAAGACTTTGCAAAACTCTAGCTATATGAAAAACACAGT
ACAATATACTTGCAATACAGTGAAAATTGATCAGACTCTAAATGATCGTTCTTTGTATTA
AATACCATTTTAACATAAATCTCACCAAAATAACAACTCACTAGACCAAATGAAAGTTAA
GGCTGTTTGTTAAGCTGTTGGACGTTTCTTTAACGAGAATGAAAATTGGAACATAAACAT
TACTATGCCAAAAATGACTAGAATCATTTCTCCAGGAGCAAATTAAAACCGATGTTGAGA
TTGTAATACGAATAAAGACTCAAATTCAAAGTACCTTTTGCCTCTGTGGAG

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 3

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GGATCCCATCCGGGAGACAGACCACCTCGTTGCAGATTTTGGTGAAACCGCAATTGGAAG
AGTGGCACCTGTGGATTCAGGGTTCTGGTGGATCATCCTTCTCCGTGCTTACACCAAGTC
TACCGGAGATTTGACTCTCTCGGAGACACCAGAGTGTCAAAAGGGAATGAAACTCATCCT
CTCTTTGTGCTTAGCTGAAGGGTTCGATACCTTCCCCACGCTGCTTTGTGCTGATGGATG
TTCCATGATTGATCGTAGAATGGGTGTTTATGGGTATCCAATTGAGATCCAAGCGTTGTT
CTACATGGCTCTGAGATGTGCCTTGTCGATGCTAAAGCCTGACGGAGATGGTAGAGAGGT
CATTGAGAAGATCACTAAGCGACTTCACGCCTTGAGCTTCCATATGCGTAACTACTTCTG
GCTTGATTACCAGCAACTCAATGACATTTACAGGTTCAAGACCGAGGAATACTCACACAC
GGCGGTGAACAAGTTCAATGTGATGCCAGACTCAATACCAGAGTGGGTTTTCGACTTCAT
GCCTCTTCGGGGAGGCTACTTTGTGGGTAATGTAGGACCTGCCCATATGGACTTCCGGTG
GTTTGCACTCGGCAACTGCGTCTCCATACTCTCGTCCTTGGCCACTCCAGATCAGTCCAT
GGCCATTATGGACCTTCTTGAGCACAGGTGGGCTGAGCTTGTAGGCGAGATGCCCCTCAA
AATTTGTTATCCTTGCCTCGAGGGCCACGAGTGGCGCATCATCACTGGCTGTGACCCCAA
GAACACTCGGTGGAGCTACCACAACGGTGGTTCTTGGCCAGTTTTGCTGTGGCAGCTAAC
GGCGGCGTGCATCAAAACAGGAAGACCGCAGATCGCAAGACGTGCGGTTGGCCTCATAGA
ATCGCGTCTTCACAGAGACTGCTGGCCAGAGTATTACGACGGTAAGCTTGGACGGTACGG
GGAAACAGGCTAGGAAGTACCAGACCTGGTCAATCGCTGGTTACTTAGTGGCTAAAATGT
TGCTAGAAGATCCTTCACACATCGGTATGATATCCCTCGATGAAGACAAACTTATGAAAC
CAGTTATCAAACGATCTGCGTCTTGGCCGCAACTTTGAAAAACAGGTCTCTGTTTCTGGT
CTGTTCAGTACTTGTCACTTTACAATTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGTTTGGCTGTTT
GTATGATAATGATATTAATAACTTCCGCGGAAGATGGGGTCATAGACTTTATTGATTGCT
TCTTTCTTGCCTTGCAAGAAAGAAGAAAAGAAATGGGAAAAGATCGTTTGCCGTTTTTTA
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1B795TF U 1
AF RR1DU40TF U 236
AF RR1DU40JQ C 678
BS 1 538 RR1B795TF
BS 539 539 RR1DU40TF
BS 540 566 RR1B795TF
BS 567 941 RR1DU40TF
BS 942 942 RR1DU40JQ
BS 943 964 RR1DU40TF
BS 965 1321 RR1DU40JQ

RD RR1B795TF 566 0 0
GGATCCCATCCGGGAGACAGACCACCTCGTTGCAGATTTTGGTGAAACCGCAATTGGAAG
AGTGGCACCTGTGGATTCAGGGTTCTGGTGGATCATCCTTCTCCGTGCTTACACCAAGTC
TACCGGAGATTTGACTCTCTCGGAGACACCAGAGTGTCAAAAGGGAATGAAACTCATCCT
CTCTTTGTGCTTAGCTGAAGGGTTCGATACCTTCCCCACGCTGCTTTGTGCTGATGGATG
TTCCATGATTGATCGTAGAATGGGTGTTTATGGGTATCCAATTGAGATCCAAGCGTTGTT
CTACATGGCTCTGAGATGTGCCTTGTCGATGCTAAAGCCTGACGGAGATGGTAGAGAGGT
CATTGAGAAGATCACTAAGCGACTTCACGCCTTGAGCTTCCATATGCGTAACTACTTCTG
GCTTGATTACCAGCAACTCAATGACATTTACAGGTTCAAGACCGAGGAATACTCACACAC
GGCGGTGAACAAGTTCAATGTGATGCCAGACTCAATACCAGAGTGGGTTTTCGACTTCGT
GCCTCTTCGGGGAGGCTACTTTGTGG

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1DU40TF 730 0 0
GGATGTTCCATGATTGATCGTAGAATGGGTGTTTATGGGTATCCAATTGAGATCCAAGCG
TTGTTCTACATGGCTCTGAGATGTGCCTTGTCGATGCTAAAGCCTGACGGAGATGGTAGA
GAGGTCATTGAGAAGATCACTAAGCGACTTCACGCCTTGAGCTTCCATATGCGTAACTAC
TTCTGGCTTGATTACCAGCAACTCAATGACATTTACAGGTTCAAGACCGAGGAATACTCA
CACACGGCGGTGAACAAGTTCAATGTGATGCCAGACTCAATACCAGAGTGGGTTTTCGAC
TTCATGCCTCTTCGGGGAGGCTACTTTGTGGGTAATGTAGGACCTGCCCATATGGACTTC
CGGTGGTTTGCACTCGGCAACTGCGTCTCCATACTCTCGTCCTTGGCCACTCCAGATCAG
TCCATGGCCATTATGGACCTTCTTGAGCACAGGTGGGCTGAGCTTGTAGGCGAGATGCCC
CTCAAAATTTGTTATCCTTGCCTCGAGGGCCACGAGTGGCGCATCATCACTGGCTGTGAC
CCCAAGAACACTCGGTGGAGCTACCACAACGGTGGTTCTTGGCCAGTTTTGCTGTGGCAG
CTAACGGCGGCGTGCATCAAAACAGGAAGACCGCAGATCGCAAGACGTGCGGTTGGCCTC
ATAGAATCGCGTCTTCACAGAGACTGCTGGCCAGAGTATTACGACG*TAAGCTTGGACGG
TACGGGGAA
C

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1DU40JQ 644 0 0
TTGAGCACAGGTGGGCTGAGCTTGTAGGCGAGATGCCCCTCAAAATTTGTTATCCTTGCC
TCGAGGGCCACGAGTGGCGCATCATCACTGGCTGTGACCCCAAGAACACTCGGTGGAGCT
ACCACAACGGTGGTTCTTGGCCAGTTTTGCTGTGGCAGCTAACGGCGGCGTGCATCAAAA
CAGGAAGACCGCAGATCGCAAGACGTGCGGTTGGCCTCATAGAATCGCGTCTTCACAGAG
ACTGCTGGCCAGAGTATTACGACGGTAAGCTTGGACGGTACGGGGAAACAGGCTAGGAAG
TACCAGACCTGGTCAATCGCTGGTTACTTAGTGGCTAAAATGTTGCTAGAAGATCCTTCA
CACATCGGTATGATATCCCTCGATGAAGACAAACTTATGAAACCAGTTATCAAACGATCT
GCGTCTTGGCCGCAACTTTGAAAAACAGGTCTCTGTTTCTGGTCTGTTCAGTACTTGTCA
CTTTACAATTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGTTTGGCTGTTTGTATGATAATGATATTA
ATAACTTCCGCGGAAGATGGGGTCATAGACTTTATTGATTGCTTCTTTCTTGCCTTGCAA
GAAAGAAGAAAAGAAATGGGAAAAGATCGTTTGCCGTTTTTTAC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 3

CO CL3879Contig1 1023 3 6 U
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CCT


BQ
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BQ
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CTT
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CTTTACGAGCTCGCCTCTCCCTCTCATCATACTCTTGGTTCTCTTTCTCTATCAGCCTGA
TCAGTGTTTCGCATCTCCTGGCAAGTTCCTGACTTGATCGCGATTTTACGTACCAGTCAA
AGCTGAACAATGGGGATGTCTTAAAAGCAGTCTTTAGTTCTTCCCAGTTTCCATACCCCA
GCTTATGGACCATGCATACCATGAAACGGTCACACTCTTCATTGTACAGCTTCCCTTTGT
TCTGACCATACTGAATCTTCAGTTCCAGCCACGGGTTCTTGTAGCGATCCAGTTTCTTCC
CAATTGCTTTCATGATTTCATCTTTCCTGGAGATTCGTCCTTCTC*TTTCTCTATATTCT
TGATGATTCTATCGTAATCATTCAGTTCCTTGTATCGCTCTTTGAAAACTTGGGCATATC
GTTCAACCTCTTCTTCTGTTTTCCCTTCCATCTCAGACGCAATGCTTCTAATATCGTCCC
T
GCCA

QA 4 664 4 664
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CTTATTTCCTACGTTTTCCCGAGGTTACAAAATCATCCATTGACAGCTGCATTCGTTTCT
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TCTTTGCAAGCTTCTTCTCTTTACGAGCTCGCCTCTCCCTCTCATCATACTCTTGGTTCT
CTTTCTCTATCAGCCTGATCAGTGTTTCGCATCTCCTGGCAAGTTCCTGACTTGATCGCG
ATTTTACGTACCAGTCAAAGCTGAACAATGGGGATGTCTTAAAAGCAGTCTTTAGTTCTT
CCCAGTTTCCATACCCCAGCTTATGGACCATGCATACCATGAAACGGTCACACTCTTCAT
TGTACAGCTTCCCTTTGTTCTGACCATACTGAATCTTCAGTTCCAGCCACGGGTTCTTGT
AGCGATCCAGTTTCTTCCCAATTGCTTTCATGATTTCATCTTTCCTGGAGATTCGTCCTT
CTC*TTTCTCTATATTCTTGATGATTCTATCGTAATCATTCAGTTCCTTGTATCGCTCTT
TGAAAACTTGGGCATATCGTTCAACCTCTTCTTCTGTTTTCCCTTCCATCTCAGACGCAA
TGCTTCTAATATCGTCCCT

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1C771JQ 853 0 0
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ATCAATGAGAGTAGTAGTCACAAAACAATGAGTTGTGATGTGAACACAAAATGATAGATC
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TTAGATAATAGCCAAATGGATTCAACTAAGCTCTCCTTATTTCCTACGTTTTCCCGAGGT
TACAAAATCATCCATTGACAGCTGCTTTCGTTTCTTCAAGAACGTAGGGCTCTCTATTGC
TTCCCTACCCAAAGCTCGCTTTGAAGGCGTTCCATTCTTTGCAAGCTTCTTCTCTTTACG
AGCTCGCCTCTCCCTCTCATCATACTCTTGGTTCTCTTTCTCTATCAGCCTGATCAGTGT
TTCGCGTCTCCTGGCAAGTTCCTGGCTTGATCGCGATTTTACGTACCAGTCAAAGCTGAA
CAATGGGGATGTCTTAAAAGCAGTCTTTAGTTCTTCCCAGTTTCCATACCCAAGCTTATG
GACCATGCATACCATGAAACGGTCACACTCTTCACTGTACAGCTTCCCTTTGTTCTGACC
ATACTGAATCTTCAGTTCCAGCCACGGGTTCTTGTAGCGATCCAGTTTCTTCCCAATTGC
TTTCATGATTTCATCTTTCCTGGAGATTCGTCCTTCTCCTTTCTCTATATTCTTGATGAT
TCTATCGTAATCATTCAGTTCCTTGTATCGCTCTTTGAAA*CTTGGGCATATCGTTCAAC
CTCTTCTTCTGTTTTCCCTTCCATCTCAGACGCAATGCTTCTAATATCGTCCCTGCCATA
CTTCTCACAGATC

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 3

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TATCCTTTTCCTTCTCAAGTAAAACTCAAAAAAGAAAGAACAAAAACATATTTAACGACA
AGAAGACAGAAAAAGAGTCTATAAACCCTACAATACCATATAGAACACATAGCTTTTGCT
TATTCTTCTAGATCCACAATCCCAAGATGAAATCATTCCTTCATCTCAGTTTTCTTCATT
CTTCATCACACTGTTTTAACTTCCCAATCTCCCAACTCACCGGAGAAGATTCACAAATGA
CATAAGCGAATCAACATCTCTATGCTCTGACGGGTACTTAATCGCCCGTGGAGCGCTTTT
CGGGAAGAGCAGGATGGTCGGGAAGCTTCCTAATTGAAGCTCTTGCTTAGCAAACTCCTT
CTGGTCACCATCCGCACGGAATTTCGCCACCTTAATCCCTTTCACCGCTAGTTTCTCAGC
CAATTCCACGTAAGATGCCTCCATAGCCTGGCAAAACGGACACCAAGGAGCGTAAAGCAC
AACCAACCACGGCTCTTTACGGTTATTACCAAGCTTCAACAGATTCTCAATCCCTCCTCT
GGTCAATGAAACCACATCGTTGCTCTCGAATATATCATGCACAATAGCAGGTGCTAAATC
CGTGGTGGAGTCGTCATCTTCCTTCTTAATGTTCCCTTTGTGGAGGCCACATTCTTTAGC
TTTAGCATCTTCCCACCACCACCTTCCTTCTCTCTCGTGCTGACCCGGAAGCACTGGCCT
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ATCCATCGTCCTCA


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D740JQ U 5
AF RR1EX60JQ U 1
AF RR1A362JQ U 5
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RD RR1D740JQ 642 0 0
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QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1EX60JQ 794 0 0
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CTGGTCACCATCCGCACGGAATTTCGCCACCTTAATCCCTTTCACCGCTAGTTTCTCAGC
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AACCAACCACGGCTCTTTACGGTTATTACCAAGCTTCAACAGATTCTCAATCCCTCCTCT
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QA 1 794 1 794
DS 

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GACAGAAAAAGAGTCTATAAACCCTACAATACCATATAGAACACATAGCTTTTGCTTATT
CTTCTAGATCCACAATCCCAAGATGAAATCATTCCTTCATCTCAGTTTTCTTCATTCTTC
ATCACACTGTTTTAACTTCCCAATCTCCCAACTCACCGGAGAAGATTCACAAATGACATA
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AAGAGCAGGATGGTCGGGAAGCTTCCTAATTGAAGCTCTTGCTTAGCAAACTCCTTCTGG
TCACCATCCGCACGGAATTTCGCCACCTTAATCCCTTTCACCGCTAGTTTCTCAGCCAAC
TCCACGTAAGATGCCTCCATAGCCTGGCAAAACGGACACCAAGGAGCGTAAAGCACAACC
AACCACGGCTCTTTACGGTTATTACCAAGCTTCAACAGATTCTCAATCCCTCCTCTGGTC
AATGAAACCACATCGTTGCTCTCGAATATATCATGCACAATAGCAGGTGCTAAATCCGTG
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GCATCTTCCCACCACCACCTTCCTTCTCTCTCGTGCTGACCCGGAAGCACTGGCCTAGTA
CACGGCTCACACCCAATAGAAACATATCCTTGAGCATGCAATGCATTCACAGGAACATCC
ATCGTCCTCA

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 3

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TCCATCGAAATCCCCAAATCTTTCTTCCTAGAGGAGGAAACTTTTCTTTTTGCGCGTGTC
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GAACGATAAGCGCGAGAGAGAAATGTACGAGAACTTCGCCGAGCTCTACGCCATCATCAA
AGCCACCGAGAAGCTCGAGAAGGCTTACATCCGTGACCTCATCTCCCCATCCGAGTACGA
AACCGAGTGCCAGAAGCTCATCGTCCACTTCAAGACTCTCTCCGCCGCGCTCAGGGACTT
GGTGCCTAGCATCGAGAGGTTCGCCGAGACGTACAAGATGGACTGCTCGGCCGCTGTCTA
CCGGCTCGTGACCTCTGGTGTTCCTGCTACTGTGGAGCACCGTGCTGCTGCGATGGCTTC
TACATCCAGCTCTGCTTCCGTTGTCGCTGAGTGTGTTCAGAACTTCATCACTTCGATGGA
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TCTTTCTTGTTAAACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB40TF U 1
AF RR1GB40JQ C 241
AF RR1AR80TF U 556
BS 1 643 RR1GB40TF
BS 644 644 RR1AR80TF
BS 645 698 RR1GB40TF
BS 699 699 RR1AR80TF
BS 700 715 RR1GB40TF
BS 716 1036 RR1AR80TF

RD RR1GB40TF 715 0 0
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TCCATCGAAATCCCCAAATCTTTCTTCCTAGAGGAGGAAACTTTTCTTTTTGCGCGTGTC
CCATTCTCTTCTCCATAGTTCTCTCGTTAAGTCAAAAAAAAAGATGGAGGTCAAGTTGTG
GAACGATAAGCGCGAGAGAGAAATGTACGAGAACTTCGCCGAGCTCTACGCCATCATCAA
AGCCACCGAGAAGCTCGAGAAGGCTTACATCCGTGACCTCATCTCCCCATCCGAGTACGA
AACCGAGTGCCAGAAGCTCATCGTCCACTTCAAGACTCTCTCCGCCGCGCTCAGGGACTT
GGTGCCTAGCATCGAGAGGTTCGCCGAGACGTACAAGATGGACTGCTCGGCCGCTGTCTA
CCGGCTCGTGACCTCTGGTGTTCCTGCTACTGTGGAGCACCGTGCTGCTGCGATGGCTTC
TACATCCAGCTCTGCTTCCGTTGTCGCTGAGTGTGTTCAGAACTTCATCACTTCGATGGA
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TGCTTCGCTTCAGAAACTTAGCATTTTGCCGCCGGATTTTGAAAGGGAAGATTAAGATGA
AAGAGTGGCTTTCGAGGTTGTCTAAGATGGGAGCTTCG*ATGAGCTCACTGAGCA

QA 1 715 1 715
DS 

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AAGCCA
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TAGCATCGAGAGGTTCGCCGAGACGTACAAGATGGACTGCTCGGCCGCTGTCTACCGGCT
CGTGACCTCTGGTGTTCCTGCTACTGTGGAGCACCGTGCTGCTGCGATGGCTTCTACATC
CAGCTCTGCTTCCGTTGTCGCTGAGTGTGTTCAGAACTTCATCACTTCGATGGATTCTCT
GAAGCTCAACATGGTGGCTGTTGATCAGGTGTATCCGTTGCTGTCTGATCTCTCTGCTTC
GCTTCAGAAACTTAGCATTTTGCCGCCGGATTTTGAA*GGGAAGATTAAGATGAAAGAGT
GGCTTTCGAGGTTGTCTAAGATGGGAGCTTCGGATGAGCTCACTGAGCAGCAGGCTAGGC
AGCTTCACTTTGATCTTGAGTCTTCTTATAACTCCTTCATGGCTGCTTTGCCTAACGCTG
GTAACTAACCTATGTGATGATGGTTGTGCTTTGGTTACTTTTGTTTAGTTACTACTTGGC
TTCAGGATAATGATTTTGGTTTTGGTTTTAAGACTGTTTGCTGCTACACACCCTGGAGAT
GAATGTTGTGTAAGACCTTTCTTTTGTTGTGTAAAAGATGATTCCAAACCAGAGAATTGA
TTTCTTCTGAAATTGTATGAATCTAAACTCTACTTTGTTTGTTGC
G

QA 7 771 7 771
DS 

RD RR1AR80TF 481 0 0
G
ATGGTGGCTGTTGATCAGGTGTATCCGTTGCTGTCTGATCTCTCTGCTTCGCTTCAGAAA
CTTAGCATTTTGCCGCCGGATTTTGAA*GGGAAGATTAAGATGAAAGAGTGGCTTTCGAG
GTTGTCTAAGATGGGAGCTTCGGGTGAGCTCACTGAGCAGCAGGCTAGGCAGCTTCACTT
TGATCTTGAGTCTTCTTATAACTCCTTCATGGCTGCTTTGCCTAACGCTGGTAACTAACC
TATGTGATGATGGTTGTGCTTTGGTTACTTTTGTTTAGTTACTACTTGGCTTCAGGATAA
TGATTTTGGTTTTGGTTTTAAGACTGTTTGCTGCTACACACCCTGGAGATGAATGTTGTG
TAAGACCTTTCTTTTGTTGTGTAAAAGATGATTCCAAACCAGAGAATTGATTTCTTCTGA
AATTGTATGAATCTAAACTCTACTTTGTTTGTTGCTCTTTTGGCTCTTTCTTGTTAAACT

QA 2 481 2 481
DS 



AS 1 3

CO CL3883Contig1 1223 3 11 U
GGATCTCTGTCACGAATCCTTACATAAAGATTCAATTTTTCGGTCTATAACGTGTAGTGA
TTTCATCTTCTGTTCCGTTTTGCTTCTCCTCTCCTCTCCATCCTCGGTTTCATCGTCACA
GCCTTTTAACAGAAATGGCTACTGTTGCGTCTCACCAAGCAATTACTACTTCTCACAGAC
CTTACAACTTCAAAGCTTCTCACTTTCCAAAGGAGCCTCTCAACAATGTTCCCATCAAAC
TCAGACAAAAACAATTCAAGATCCAAGCATCTTCTCAAGCCCCACTTCTTGACCCTGTCT
TGTCTCCTTCCAAGACCACCCCTCAATCATCATACAAGAAAAAATCAAGTAACGAAGCAT
CTCTGATACTGATTAGACATGGGGAGTCTTTATGGAACGAGAAGAATCTCCTCACGGGCT
GTGTTGATGTTCCGTTGACCGAGAAAGGTGTGGCTGAAGCTATCCAAGCAGGGAAGAGGA
TCAGCAACATACCTGTTGATTTGATCTTCACTTCTTCTCTTATCCGTGCTCAGATGACTG
CTATGCTTGCCATGACTCAGCATCGCTGCAAGAAGGTTCCTATCATCTTACACGATGAGA
GTGAAAAGGCGCAGACTTGGAGTCATGTCTTCAGCGAAGAAACTAGAAAACAATCTATTC
CAGTTATAGCTGCTTGGCAACTGAATGAGAGAATGTATGGAGAGCTTCAGGGTTTAAACA
AGGAAGAAACAGCAGAAAGATATGGAACACAGCAAGTTCATGAATGGCGTAGGAGCTACC
ACATCCCTCCTCCTAAAGGAGAGAGCTTAGAGATGTGTGCTGAGAGAGCAGTTGCTTATT
TTGAAGACAATATTCAACCAGAGCTTGCGTTTGGAAACAACGTGTTGATTGCTGCTCACG
GGAACTCGTTGAGGTCTATCATTATGTATCTTGACAAATTAACATCTCAGGAGGTTACGA
GTCTAGAGCTATCTACGGGGTTACCGTTGCTTTACATCTTCAAAGATAGAAAGTTCATGA
GACGAGGAAGCCCGGTTGGTCCTACAGAAGCTGGTGTCTATGCTTATACTAAGAGATTGG
CGCAATACAGACAGAAGCTTGATGAGACCCTTAACTAATAATGGGAAGATCTGTCTCTCC
TTTGCTGTATTGATGTTTCAGTTTCTGAGTTCTTATGTAATGAGACACAAGAATCATCAA
GAACAGTTTTATATTATATTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB36TF U 1
AF RR1BP41TF U 69
AF RR1BP41JQ C 360
BS 1 280 RR1EB36TF
BS 281 281 RR1BP41TF
BS 282 313 RR1EB36TF
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BS 315 603 RR1EB36TF
BS 604 722 RR1BP41TF
BS 723 723 RR1BP41JQ
BS 724 772 RR1BP41TF
BS 773 773 RR1BP41JQ
BS 774 835 RR1BP41TF
BS 836 1223 RR1BP41JQ

RD RR1EB36TF 603 0 0
GGATCTCTGTCACGAATCCTTACATAAAGATTCAATTTTTCGGTCTATAACGTGTAGTGA
TTTCATCTTCTGTTCCGTTTTGCTTCTCCTCTCCTCTCCATCCTCGGTTTCATCGTCACA
GCCTTTTAACAGAAATGGCTACTGTTGCGTCTCACCAAGCAATTACTACTTCTCACAGAC
CTTACAACTTCAAAGCTTCTCACTTTCCAAAGGAGCCTCTCAACAATGTTCCCATCAAAC
TCAGACAAAAACAATTCAAGATCCAAGCATCTTCTCAAGCTCCACTTCTTGACCCTGTCT
TGTCTCCTTCCAATACCACCCCTCAATCATCATACAAGAAAAAATCAAGTAACGAAGCAT
CTCTGATACTGATTAGACATGGGGAGTCTTTATGGAACGAGAAGAATCTCCTCACGGGCT
GTGTTGATGTTCCGTTGACCGAGAAAGGTGTGGCTGAAGCTATCCAAGCAGGGAAGAGGA
TCAGCAACATACCTGTTGATTTGATCTTCACTTCTTCTCTTATCCGTGCTCAGATGACTG
CTATGCTTGCCATGACTCAGCATCGCTGCAAGAAGGTTCCTATCATCTTACACGATGAGA
GTG

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1BP41TF 767 0 0
G
CTGTTCTGTTTTGCTTCTCCTCTCCTCTCCATCCTCGGTTTCATCGTCACAGCCTTTTAA
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TCAAAGCTTCTCACTTTCCAAAGGAGCCTCTCAACAATGTTCCCATCAAACTCAGACAAA
AACAATTCAAGATCCAAGCATCTTCTCAAGCCCCACTTCTTGACCCTGTCTTGTCTCCTT
CCAAGACCACCCCTCAATCATCATACAAGAAAAAATCAAGTAACGAAGCATCTCTGATAC
TGATTAGACATGGGGAGTCTTTATGGAACGAGAAGAATCTCTTCACGGGCTGTGTTGATG
TTCCGTTGACCGAGAAAGGTGTGGCTGAAGCTATCCAAGCAGGGAAGAGGATCAGCAACA
TACCTGTTGATTTGATCTTCACTTCTTCTCTTATCCGTGCTCAGATGACTGCTATGCTTG
CCATGACTCAGCATCGCTGCAAGAAGGTTCCTATCATCTTACACGATGAGAGTGAAAAGG
CGCAGACTTGGAGTCATGTCTTCAGCGAAGAAACTAGAAAACAATCTATTCCAGTTATAG
CTGCTTGGCAACTGAATGAGAGAATGTATGGAGAGCTTCAGGGTTTAAACAAG*AAGAAA
CAGCAGAAAGATATGGAACACAGCAAGTTCATGAATGGCGTAG*AGCTACCACATCCCTC
CTCCTAAAGGAGAGAGCTTAGAGATGTGTGCTGAGAGAGCAGTTGC

QA 2 767 2 767
DS 

RD RR1BP41JQ 864 0 0
TCTCTGATACTGAT*AGACATGGGGAGTCTTTATGGA*CGAGAAGAATCTC*TCACGGGC
TGTGTTGATGTTCCGT*GACCGAGAAAGGTGTGGCTGAAGCTATCCAAGCAGGGAAGAGG
ATCAGCAACATACCTGTTGATTTGATCTTCACTTCTTCTCTTATCCGTGCTCAGATGACT
GCTATGCTTGCCATGACTCAGCATCGCTGCAAGAAGGTTCCTATCATCTTACACGATGAG
AGTGAAAAGGCGCAGACTTGGAGTCATGTCTTCAGCGAAGAAACTAGAAAACAATCTATT
CCAGTTATAGCTGCTTGGCAACTGAATGAGAGAATGTATGGAGAGCTTCAGGGTTTAAAC
AAGGAAGAAACAGCAGAAAGATATGGAACACAGCAAGTTCATGAATGGCGTAGGAGCTAC
CACATCCCTCCTCCTAAAGGAGAGAGCTTAGAGATGTGTGCTGAGAGAGCAGTTGCTTAT
TTTGAAGACAATATTCAACCAGAGCTTGCGTTTGGAAACAACGTGTTGATTGCTGCTCAC
GGGAACTCGTTGAGGTCTATCATTATGTATCTTGACAAATTAACATCTCAGGAGGTTACG
AGTCTAGAGCTATCTACGGGGTTACCGTTGCTTTACATCTTCAAAGATAGAAAGTTCATG
AGACGAGGAAGCCCGGTTGGTCCTACAGAAGCTGGTGTCTATGCTTATACTAAGAGATTG
GCGCAATACAGACAGAAGCTTGATGAGACCCTTAACTAATAATGGGAAGATCTGTCTCTC
CTTTGCTGTATTGATGTTTCAGTTTCTGAGTTCTTATGTAATGAGACACAAGAATCATCA
AGAACAGTTTTATATTATATTATG

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 3

CO CL3884Contig1 483 3 1 U
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CTTTCACTCTGTTTACACACTTCAACCTCAGAGTTCCTAGAGTTTCAGCTCTCCACCATA
TCAGCTGCACCTTCGTTTTTGCCTGAAGCTCCTTTGAGTTTCTCAGCTTCACCTCCTCTG
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TCCTTCTCCGTCAGGATCTTTTGACATGCCGACAATCCCCTCGAGTCTTAGTCCACCAAA
TCCAGATGCAGTCTCTCCTCTTGACTCTTCTCCGGTGGGGTCTCCTCTTCCGGTTTCTTC
CTCTGTTTCTTTGGTCTCCTTGACACCACTCTCTCTGCTTCTTGTCTTCCTCGTGTTTAT
GCTACCTTACTGCAGACTCTAATAAATTATTGTGGAAAATAAGCCCTATTTGACATCTTG
TTC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1H312JQ C 1
AF RR1H312TF U 1
AF RR1GC95TF U 1
BS 1 483 RR1GC95TF

RD RR1H312JQ 467 0 0
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TCAGCTGCACCTTCGTTTTTGCCTGAAGCTCCTTTGAGTTTTTCAGCTTCACCTCCTCTG
GAGGCTATTATGTCTCCTGATATCTCTCCTCTGTTCCACTCCAGGCTCAAGCGAAATGTC
TCCTTCTCCGTCAGGATCTTTTGACATGCCGACAATCCCCTCGAGTCTTAGTCCACCAAA
TCCAGATGCAGTCTCTCCTCTTGACTCTTCTCCGGTGGGGTCTCCTCTTCCGGTTTCTTC
CTCTGTTTCTTTGGTCTCCTTGACACCACTCTCTCTGCTTCTTGTCTTCCTCGTGTTTAT
GCTACCTTACTGCAGACTCTAATAAATTATTGTGGAAAATAAGCCC
C

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1H312TF 467 0 0
GGGACTCATTCACAGGAAGAAACCATGACCGTCGTCTCTCTGTTAGTGGCCTTCACCGTT
CTTTCACTCTGTTTACACACTTCAACCTCAGAGTTCCTAGAGTTTCAGCTCTCCACCATA
TCAGCTGCACCTTCGTTTTTGCCTGAAGCTCCTTTGAGTTTCTCAGCTTCACCTCCTCTG
GAGGCTATTATGTCTCCTGATATCTCTCCTCTGTTCCACTCCAGGCTCAAGCGAAATGTC
TCCTTCTCCGTCAGGATCTTTTGACATGCCGACAATCCCCTCGAGTCTTAGTCCACCAAA
TCCAGATGCAGTCTCTCCTCTTGACTCTTCTCCGGTGGGGTCTCCTCTTCCGGTTTCTTC
CTCTGTTTCTTTGGTCTCCTTGACACCACTCTCTCTGCTTCTTGTCTTCCTCGTGTTTAT
GCTACCTTACTGCAGACTCTAATAAATTATTGTGGAAAATAAGCCC
C

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1GC95TF 483 0 0
GGGACTCATTCACAGGAAGAAACCATGACCGTCGTCTCTCTGTTAGTGGCCTTCACCGTT
CTTTCACTCTGTTTACACACTTCAACCTCAGAGTTCCTAGAGTTTCAGCTCTCCACCATA
TCAGCTGCACCTTCGTTTTTGCCTGAAGCTCCTTTGAGTTTCTCAGCTTCACCTCCTCTG
GAGGCTATTATGTCTCCTGATATCTCTCCTCTGTTCCACTCCAGGCTCAAGCGAAATGTC
TCCTTCTCCGTCAGGATCTTTTGACATGCCGACAATCCCCTCGAGTCTTAGTCCACCAAA
TCCAGATGCAGTCTCTCCTCTTGACTCTTCTCCGGTGGGGTCTCCTCTTCCGGTTTCTTC
CTCTGTTTCTTTGGTCTCCTTGACACCACTCTCTCTGCTTCTTGTCTTCCTCGTGTTTAT
GCTACCTTACTGCAGACTCTAATAAATTATTGTGGAAAATAAGCCCTATTTGACATCTTG
TTC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 3

CO CL3885Contig1 681 3 24 U
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TACATTGACACAAGGGAGTAGCAAAACGGGCAATAAAACATAAAACAAAAAAAAAAA*GG
AAAGGGTAAATCAAAAATGAAGATCCTGTCTCTACGAGATTCCTGCTGCTGCTGCAGCGG
TCATGGAGTTATAAAAGAGCTTAGACCGGGGGGGCTACTTATTCTGTTGATGAAGAAGTG
GCCTCCTGCTTTAGGTCGCCAAAGACACGCTGACGGAAATCTTTGACCATAAGAGGGAGT
CCTTGGCGGAGAGCCACCTTTGGTTCCCAACCAAGAAGCTCTTTGGCCTTTGTAATGTCA
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TCTATCGTCTCTTGAACCACCTTAGCGAGCTCGAGCATGGTGAATTCACCAGGGTTACCA
AGATTAAATGGGCCAACATGTTCTCCTTCCATCAACCTCATCAGCCCCTCCACCAGATCA
GAGACAAACTGGAAGCTCCGGGTCTGCTTACAATCGCCATAAACAGTCAGAGGCTCTTTT
CTTAAAGCCTGAGCAACGAAGTTGCTAACCACACGACCATCATCAATACACATCCGAGGC
CCATAAGTATTGAAGATCCGC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CT50JQ U 1
AF RR1A935JQ U 3
AF RR1A935TF C 3
BS 1 117 RR1CT50JQ
BS 118 118 RR1A935JQ
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BS 142 142 RR1A935JQ
BS 143 157 RR1CT50JQ
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BS 181 181 RR1A935JQ
BS 182 203 RR1CT50JQ
BS 204 204 RR1A935JQ
BS 205 234 RR1CT50JQ
BS 235 235 RR1A935JQ
BS 236 252 RR1CT50JQ
BS 253 253 RR1A935JQ
BS 254 292 RR1CT50JQ
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BS 294 310 RR1CT50JQ
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BS 446 534 RR1CT50JQ
BS 535 681 RR1A935JQ

RD RR1CT50JQ 534 0 0
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TACATTGACACAAGGGAGTAGCAAAACGGGCAATAAAACATAAAACAAAAAAAAAAAAGG
AAAGGGTAAATCAAAAATGAAAATCCTGTCTCTACGAAATTCCTGCTGCTGCTGCAGCGG
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GCCTCCTGCTTTTGGTCGCCAAAGACACGCTGACGGAAATCTTTGACCATAAAAGGGAGT
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GGTTTCCTCTTGTGCGGGTCATCCTCCGTGTTTGGTCTAAACTCGATCTTTGCGTTCGGG
TCTATCGTCTCTTGAACCACCTTAACGAGCTCGAGCATGGTGAATTCACCAGGGTTACCA
AGATTAAATGGGCCAACATGTTCTCCTTCCATCAACCTCATCAGCCCCTCCACC

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1A935JQ 679 0 0
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CATTGACACAAGGGAGTAGCAAAACGGGCAATAAAACATAAAACAAAAAAAAAAA*GGAA
AGGGTAAATCAAAAATGAAGATCCTGTCTCTACGAGATTCCTGCTGCTGCTGCAGCGGTC
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CTCCTGCTTTAGGTCGCCAAAGACACGCTGACGGAAATCTTTGACCATAAGAGGGAGTCC
TTGGCGGAGAGCCACCTTTGGTTCCCAACCAAGAAGCTCTTTGGCCTTTGTAATGTCAGG
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ATTAAATGGGCCAACATGTTCTCCTTCCATCAACCTCATCAGCCCCTCCACCAGATCAGA
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TAAAGCCTGAGCAACGAAGTTGCTAACCACACGACCATCATCAATACACATCCGAGGCCC
ATAAGTATTGAAGATCCGC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1A935TF 679 0 0
GTTCAGTAACTTGAGATTCCAGTAAAAATAACAAATGTATAAAAATCGGTGTCTCAACTA
CATTGACACAAGGGAGTAGCAAAACGGGCAATAAAACATAAAACAAAAAAAAAAA*GGAA
AGGGTAAATCAAAAATGAAGATCCTGTCTCTACGAGATTCCTGCTGCTGCTGCAGCGGTC
ATGGAGTTATAAAAGAGCTTAGACCGGGGGGGCTACTTATTCTGTTGATGAAGAAGTGGC
CTCCTGCTTTAGGTCGCCAAAGACACGCTGACGGAAATCTTTGACCATAAGAGGGAGTCC
TTGGCGGAGAGCCACCTTTGGTTCCCAACCAAGAAGCTCTTTGGCCTTTGTAATGTCAGG
TTTCCTCTTGTGCGGGTCATCCTCCGTGTTTGGTCTAAACTCGATCTTTGCGTTCGGGTC
TATCGTCTCTTGAACCACCTTAGCGAGCTCGAGCATGGTGAATTCACCAGGGTTACCAAG
ATTAAATGGGCCAACATGTTCTCCTTCCATCAACCTCATCAGCCCCTCCACCAGATCAGA
GACAAACTGGAAGCTCCGGGTCTGCTTACAATCGCCATAAACAGTCAGAGGCTCTTTTCT
TAAAGCCTGAGCAACGAAGTTGCTAACCACACGACCATCATCAATACACATCCGAGGCCC
ATAAGTATTGAAGATCCGC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 3

CO CL3886Contig1 1048 3 43 U
ACAAAAGGATCCGAAACAGAGTTTAGATCAGAACTGAAGAGAACTGAGCTGTAAGAAGAC
GAACAAAAGATTCGATCTTTTGAGTTTGACCATGGAAGACGATAAAAGTAACATTCACGA
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CAAGGCCTGGGGAAAGCAAGCTCCTTCTTCCTCTTCCTCTTCGTTCTCATCCTCTGGATT
CAATAGCTTAGGCAAGGTTGTTGAATCCTTTGATCCTCTACAGTCCCAGACCGAGTTTTT
CATGGAGATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGAGCTACGCTTTGAACATGTT
TAAAGACTTTGTTCCAATGGGAATCTTCTCCGAATCCAATCTAGGTGATCCTGCAAGTGA
AGGGAAGGTAGAACACAAGTTTGATATGAAGCCTCACGGCGAAGACATTGAAGAGTACGC
AAAGCTTTGTCGAGAGAGAACAAGCAAATCCATGGTTAAGAGTAGACAGATACAGGTTAT
TGATAACGACCGTGGGGTACATATGAGGCCTATGCCTGGAATGCTTGGTTTAGTTTCCTC
CAATTCAAAGGAGAAGAAGAAACCTGCACCAGTGAAGCAAACAGAGGTGAAGAGGACGAG
GAGAGATCGTGGGGAGCTCGAAGCTATAATGTTCAAGCTATTCGAAG*CCAACCAAACTG
GACCTTGAAGCAGCTGGTACAGGAGACAGACCAACCAGCTCAGTTTTTGAAAGAGAGACT
AAACGAGCTGTGCGTGTACAACAAGAGAGGTTCGAACCGAGGGACATATGAGCTTAAACC
AGAATACAAGAAAGCTGGCGAAGATGATGATACAGGAGAGCAGTGAAATGTAATCCCATG
TGTTGTAGCACACAATTGATTACTATACTACATGTTTCATTTGTCATAATGTTATAACCA
CGGATTCATTTTGATCAAAAGAACTTTGGCGAGAGAAGAGGGGTTACATTTTAATTTGTA
TTATTGAAAGGAAAATATGGAAGTTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP55TF U 1
AF RR1ER17TF U 32
AF RR1ER17JQ C 261
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GACTTTGAAGCAGCTGGT

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DS 

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GAAAGAGAGACT

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DS 

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GTTG
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GAGGCCTATGCCTGGAATGCTTGGTTTAGTTTCCTCCAATTCAAAGGAGAAGAAGAAACC
TGCACCAGTGAAGCAAACAGAGGTGAAGAGGACGAGGAGAGATCGTGGGGAGCTCGAAGC
TATAATGTTCAAGCTATTCGAAGGCCAACCAAACTGGACCTTGAAGCAGCTGGTACAGGA
GACGGACCAACCAGCTCAGTTTTTGAAAGAGAGACTAAACGAGCTGTGCGTGTACAACAA
GAGAGGTTCGAACCGAGGGACATATGAGCTTAAACCAGAATACAAGAAAGCTGGCGAAGA
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ATACTACATGTTTCATTTGTCATAATGTTATAACCACGGATTCATTTTGATCAAAAGAAC
TTTGGCGAGAGAAGAGGGGTTACATTTTAATTTGTATTATTGAAAGGAAAATATGGAAGT
TATG

QA 5 788 5 788
DS 



AS 1 3

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CTCTCACACTCACAATGATGGAAATCACAATACTTTATCAGTTCAGCCTAAAGCATTGCT
TTTGTCTTTTGTTTTCGTTATTGTCAACAAAAAAGAAGAGACGTATTAAGCATCTGATAC
AACAAGCCCTTAAGCAGCTGCCTCCTTGGAGATCTTCTCTGCTTTAGCAACCACCTCGTC
GATGCCACCAACCATGTAAAACGATTGTTCAGGAAGATCATCGTACTTACCATCGAGTAA
ACCCTGGAAACTGTTGATGTTTTCCTTAAGGTCAACGTATTTGCCAGGGGCGCCAGTGAA
GATCTCAGCAACATGGAAAGGCTGACTCAAGAATCTCTAGATCTTACGTGCACGGGCAAC
AGTCAGCTTGTCATCTTCACTTAGCTCATCCATTCCCAAAATGGCAATAATATCTTGCAA
GTTCTTGTAGTTCTGTAGCACTTTCTGCACACCACGAGCCGTGTTGTAGTGCTCCTCACC
CAGAATGTGAGGCGAGAGCATACGGGATGTTGAGTCCAGAGGATCCACAGCAGGATAGAT
ACCTAGCTCAGAAATCTGTCTGGAAAGCACGGTTGTGGCATCTAAGTGAGCAAAGGTTGT
GGCAGGAGCAAGATCTGTCAATGAAAAGCAACACATCTTGGCCTTCGGCATCACGGAAAT
ACTCGGCAACGGTCAAACCAGTAAGTCCAACACGGGCACGAGCACCCGGGGGCTCGTTCA
TTTGTCCATACACAAGGGCACATTTGCTCTCAGACTGCTTCTCGCCTAGCTTGATAACAC
CACTCTCAATCATTTCTCTGTACAAGTCATTGCCTTCACGAGTTCTTTCTCCCACACCAG
CAAACACGGAGAAACCACCATGAGCTTTGGCGACATCGTTAATAAGCTCCATAATGAGGA
CAGTTTTGCCAACACCAGCACCGCCAAAGAGCCCAATCTTTCCTCCTCTTTGGTAAGGAG
CAAGCAAATCAACAACCTTAATACCAGTGGCAAGGATCTCTTGTCCGGTGGCAAGATCAA
CCAAAGCCGGAGCATCTCTGTGAATAGGTAGGTAGTGTTCGGTCTTAATCTCGCCTCTCT
CGTCAATGGGTTCTCCGAGAACATTCATGATACGTCCAAGTGTTGCTCTTCCAACGGGTA
CAGTGATTGGAGCACCAGTGTTGAGAACGCGTCGTCCACGGACAAGACCCTCCGTACCAT
CGATAGCAATAGTCCTGACGACATTCTGGCCTAAGTGATGCGACACCTCAAGCACCAATC
TCGTGGGATGATCCTGCACCTCGAGAGACGTCATGATCGGAGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G148JQ U 2
AF RR1EX70JQ U 1
AF RR1EX70TF C 582
BS 1 774 RR1EX70JQ
BS 775 1364 RR1EX70TF

RD RR1G148JQ 361 0 0
G
GAAAACATAACACTTTTAGTATTATTCCAATTCAAAAAATATGTTCTCTCCGTACTATCT
CTCACACTCACAATGATGGAAATCACAATACTTTATCAGTTCAGCCTAAAGCATTGCTTT
TGTCTTTTGTTTTCGTTATTGTCAACAAAAAAGAAGAGACGTATTAAGCATCTGATACAA
CAAGCCCTTAAGCAGCTGCCTCCTTGGAGATCTTCTCTGCTTTAGCAACCACCTCGTCGA
TGCCACCAACCATGTAAAACGATTGTTCAGGAAGATCATCGTACTTACCATCGAGTAAAC
CCTGGAAACTGTTGATGTTTTTCTTAAGGTCAACGTATTTGCCAGGGGCGCCAGTGAAGA

QA 2 361 2 361
DS 

RD RR1EX70JQ 774 0 0
AAGAAAACATAACACTTTTAGTATTATTCCAATTCAAAAAATATGTTCTCTCCGTACTAT
CTCTCACACTCACAATGATGGAAATCACAATACTTTATCAGTTCAGCCTAAAGCATTGCT
TTTGTCTTTTGTTTTCGTTATTGTCAACAAAAAAGAAGAGACGTATTAAGCATCTGATAC
AACAAGCCCTTAAGCAGCTGCCTCCTTGGAGATCTTCTCTGCTTTAGCAACCACCTCGTC
GATGCCACCAACCATGTAAAACGATTGTTCAGGAAGATCATCGTACTTACCATCGAGTAA
ACCCTGGAAACTGTTGATGTTTTCCTTAAGGTCAACGTATTTGCCAGGGGCGCCAGTGAA
GATCTCAGCAACATGGAAAGGCTGACTCAAGAATCTCTAGATCTTACGTGCACGGGCAAC
AGTCAGCTTGTCATCTTCACTTAGCTCATCCATTCCCAAAATGGCAATAATATCTTGCAA
GTTCTTGTAGTTCTGTAGCACTTTCTGCACACCACGAGCCGTGTTGTAGTGCTCCTCACC
CAGAATGTGAGGCGAGAGCATACGGGATGTTGAGTCCAGAGGATCCACAGCAGGATAGAT
ACCTAGCTCAGAAATCTGTCTGGAAAGCACGGTTGTGGCATCTAAGTGAGCAAAGGTTGT
GGCAGGAGCAAGATCTGTCAATGAAAAGCAACACATCTTGGCCTTCGGCATCACGGAAAT
ACTCGGCAACGGTCAAACCAGTAAGTCCAACACGGGCACGAGCACCCGGGGGCT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1EX70TF 783 0 0
GATCCACAGCAGGATAGATACCTAGCTCAGAAATCTGTCTGGAAAGCACGGTTGTGGCAT
CTAAGTGAGCAAAGGTTGTGGCAGGAGCAAGATCTGTCAATGAAAAGCAACACATCTTGG
C*TTCGGCATCACGGAAATACTCGGCAACGGTCAAACCAGTAAGTCCAACACGGGCACGA
GCACCCGGGGGCTCGTTCATTTGTCCATACACAAGGGCACATTTGCTCTCAGACTGCTTC
TCGCCTAGCTTGATAACACCACTCTCAATCATTTCTCTGTACAAGTCATTGCCTTCACGA
GTTCTTTCTCCCACACCAGCAAACACGGAGAAACCACCATGAGCTTTGGCGACATCGTTA
ATAAGCTCCATAATGAGGACAGTTTTGCCAACACCAGCACCGCCAAAGAGCCCAATCTTT
CCTCCTCTTTGGTAAGGAGCAAGCAAATCAACAACCTTAATACCAGTGGCAAGGATCTCT
TGTCCGGTGGCAAGATCAACCAAAGCCGGAGCATCTCTGTGAATAGGTAGGTAGTGTTCG
GTCTTAATCTCGCCTCTCTCGTCAATGGGTTCTCCGAGAACATTCATGATACGTCCAAGT
GTTGCTCTTCCAACGGGTACAGTGATTGGAGCACCAGTGTTGAGAACGCGTCGTCCACGG
ACAAGACCCTCCGTACCATCGATAGCAATAGTCCTGACGACATTCTGGCCTAAGTGATGC
GACACCTCAAGCACCAATCTCGTGGGATGATCCTGCACCTCGAGAGACGTCATGATCGGA
GGC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 3

CO CL3888Contig1 927 3 6 U
CTTCTTAAGCTTTGTCTGTTTCACATATAAACTATTACATCCATATGAATGCATATCTTC
CAGCTAAAGGGTACAACACACTTTGTAGGACAAAAAAAAAAACTATCAAAATTCAAGTGG
TTTTGAGTCATTAATAAACCCTCCCCCAATGACAAAGGGGGTTGGGTTCTTACTTTTAAA
TACTGGTGTTGTGGGTGATCTGCTGGTTCAAAGGAGTAGCACGTTTGTTGAGCTTGGTCA
AGAGGTAAGCCAATGCTACTTTAGCACCCAAGGCTGAGTGACCATGAGACAAACAGATAG
CAGCACCGCCCACAAGGACCAGACCTTTTGCTATCAGTTTCTTTGACGGCTTTCTCAATA
ACTTCTTCTTCTGTTTACCTACTTGAGTCGATATTCTTTCACCACCGTTAGTTCCCATGG
AGGCTGTGACATCCACTGTCTGGCTTTCTAACTCTGATGGAACCTTTGCGATTAAGGTGA
GAGCAGATAAAACGGACCCTTGAGGTCTATGACTGATTGCAACGTAATTACGAAACGCAG
TGTCCATCTTAAAAACGTAACTCCAAATGCCTTTAGAGAAAGCGAGCTTGGCCATCTCAA
CATTTAACCCTGCATTTTCCTGGTGAAACATTTTGATCTCACAAGCATTTCTTCCCGGAA
CTCTGCTGATCCGCCAACCAGATCTAAAGTGACTGACACGGACATACTTTTTCTGTCGCG
GTACCAAATCATGATCACATTCCTTAGTGAAACAGTAGAAGTTGTCCTTGTTTCCCTGCC
ACAACTTCCAGGCAAGGACGTACTCCCTTGATGTCAACAAGGGGAACTTTTTGATAGTGC
GACCGATCTCAATTCCGGTATGGCTATCAACCTGAAGTTGGTGATGAGCAACGACAGTCT
TATCCCATTGCTTCCTAAAATCGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV78JQ U 52
AF RR1A841JQ U 1
AF RR1A841TF C 142
BS 1 321 RR1A841JQ
BS 322 322 RR1CV78JQ
BS 323 485 RR1A841JQ
BS 486 486 RR1CV78JQ
BS 487 850 RR1A841JQ
BS 851 927 RR1A841TF

RD RR1CV78JQ 686 0 0
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TTCAAGTGGTTTTGAGTCATTAATAAACCCTCCCCCAATGACAAAGGGGGTTGGGTTCTT
ACTTTTAAATACTGGTGTTGTGGGTGGTCTGCTGGTTCAAAGGAGTAGCACGTTTGTTGA
GCTTGGTCAAAAGGTAAGCCAATGCTACTTTAGCACCCAAGGCTGAGTGACCACGAGACA
AACAGATAGCAGCACCGCCCACAAGGACCAGACCTTTTGCTATCAGTTTCTTTGACGGCT
TTCTCAATAACTTCTTCTTCTGTTTACCTACTTGAGTCGATATTCTTTCACCACCGTTAG
TTCCCATGGAGGCTGTGACATCCACTGTCTGGCTTTCTAACTCTGATGGAACCTTTGCGA
TTAAGGTGAGAGCAGATAAAACGGACCCTTGAGGTCTATGACTGATTGCAACGTAATTAC
AAAACGCAGTGTCCATCTTAAAAACGTAACCCCAAATGCCTTTAGAGAAAGCGAGCTTGG
CCATCTCAACATTTAACCCTGCATTTTCCTGGTGAAACATTTTGATCTCACAAGCATTTC
TTCCCGGAACTCTGCTGATCCGCCAACCAGATCTAAAGTGACTGACACGGACATACTTTT
TCTGTCGCGGTACCAAATCATGATCA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1A841JQ 850 0 0
CTTCTTAAGCTTTGTCTGTTTCACATATAAACTATTACATCCATATGAATGCATATCTTC
CAGCTAAAGGGTACAACACACTTTGTAGGACAAAAAAAAAAACTATCAAAATTCAAGTGG
TTTTGAGTCATTAATAAACCCTCCCCCAATGACAAAGGGGGTTGGGTTCTTACTTTTAAA
TACTGGTGTTGTGGGTGATCTGCTGGTTCAAAGGAGTAGCACGTTTGTTGAGCTTGGTCA
AGAGGTAAGCCAATGCTACTTTAGCACCCAAGGCTGAGTGACCATGAGACAAACAGATAG
CAGCACCGCCCACAAGGACCAAACCTTTTGCTATCAGTTTCTTTGACGGCTTTCTCAATA
ACTTCTTCTTCTGTTTACCTACTTGAGTCGATATTCTTTCACCACCGTTAGTTCCCATGG
AGGCTGTGACATCCACTGTCTGGCTTTCTAACTCTGATGGAACCTTTGCGATTAAGGTGA
GAGCAAATAAAACGGACCCTTGAGGTCTATGACTGATTGCAACGTAATTACGAAACGCAG
TGTCCATCTTAAAAACGTAACTCCAAATGCCTTTAGAGAAAGCGAGCTTGGCCATCTCAA
CATTTAACCCTGCATTTTCCTGGTGAAACATTTTGATCTCACAAGCATTTCTTCCCGGAA
CTCTGCTGATCCGCCAACCAGATCTAAAGTGACTGACACGGACATACTTTTTCTGTCGCG
GTACCAAATCATGATCACATTCCTTAGTGAAACAGTAGAAGTTGTCCTTGTTTCCCTGCC
ACAACTTCCAGGCAAGGACGTACTCCCTTGATGTCAACAAGGGGAACTTTTTGATAGTGC
GACCGATCTC

QA 1 850 1 850
DS 

RD RR1A841TF 786 0 0
C
CCCCCAATGACAAAGGGGGTTGGGTTCTTACTTTTAAATACTGGTGTTGTGGGTGATCTG
CTGGTTCAGAGGAGTAGCACGTTTGTTGAGCTTGGTCAAGAGGTAAGCCAATGCTACTTT
AGCACCCAAGGCTGAGTGACCATGAGACAAACAGATAGCAGCACCGCCCACAAGGACCAG
ACCTTTTGCTATCAGTTTCTTTGACGGCTTTCTCAATAACTTCTTCTTCTGTTTACCTAC
TTGAGTCGATATTCTTTCACCACCGTTAGTTCCCATGGAGGCTGTGACATCCACTGTCTG
GCTTTCTAACTCTGATGGAACCTTTGCGATTAAGGTGAGAGCAGATAAAACGGACCCTTG
AGGTCTATGACTGATTGCAACGTAATTACGAAACGCAGTGTCCATCTTAGAAACGTAACT
CCAAATGCCTTTAGAGAAAGCGAGCTTGGCCATCTCAACATTTAACCCTGCATTTTCCTG
GTGAAACATTTTGATCTCACAAGCATTTCTTCCCGGAACTCTGCTGATCCGCCAACCAGA
TCTAAAGTGACTGACACGGACATACTTTTTCTGTCGCGGTACCAAATCATGATCACATTC
CTTAGTGAAACAGTAGAAGTTGTCCTTGTTTCCCTGCCACAACTTCCAGGCAAGGACGTA
CTCCCTTGATGTCAACAAGGGGAACTTTTTGATAGTGCGACCGATCTCAATTCCGGTATG
GCTATCAACCTGAAGTTGGTGATGAGCAACGACAGTCTTATCCCATTGCTTCCTAAAATC
GTTGC

QA 2 786 2 786
DS 



AS 1 3

CO CL3889Contig1 855 3 5 U
GGGTCGGCTTCGCTCGTCACTTTCATCATTTCTAGGTTTTTCTTTTCCAATCTGAAATGG
CGAATCTTGTGCACAGATTTCTGAGGAACCAATCCTGTTTAAGAGCGATCCCGAGGCTCA
CTCCCAGTCTTCTTACACCACATCAGAAGCCTTGCGTCGTCGTCGAGTCTGCATCTGTGG
AGTCCGATCCAGTTTCGCTTGCTAATAATCCCGTGATTACCGTCTCCTCTTCGTTTAATA
AACCCGACGAATCTCTGCGGTTTTACCCTAGTTTCCCAATCGGGTACGGATTTAACCCGA
CTATGGTTCACGGTTCGGATCTAATCGGTATGGTGCCGTCGTTCACGGAGGAGGCGGTGG
TGGAGGAGAAAGGTGAGAAGGAGGTGGTGATTTACGCTGATAGTGTGAAGAAGAAGCGGA
AGAAGAAGATGAACAAGCATAAGTACAGGAAGCTCAGGAAGGCTCAAGGTCGCAAATCTT
AAAGAGCTTCTTTGCTTCGATTCCTCCCTTTCTCCAAACATATTTGTTTGAATTAGATCG
GTAATGCTACAAAGTATTGTTTTCTGCATTTCCCGTTAAAGTGAGTTCACTCATTTCCAC
ACAGTTGCTGTGTTGTAGCTTCAATGATTTGAATCTTCAGGACTTGAAAATTGTGTTTCA
AAGTTGATGGAGACAAGTGAGTTTGCTTGCTTCAAAGTTCCTGTCTTTTTCTTTCTTGCA
TCGTCTCCTAGTATTGGTTTGTCTTTACCTAATCAGAAATCCTGAGATTTATATTGGTCT
TTTAGTTTGTGATCGTAGTCACTTTTCTGGGTTGCTTTGGAGACCTAATATTATCTAGTC
TGATTGTTTTCAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ26TF U 1
AF RR1F079TF U 37
AF RR1F079JQ C 162
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BS 598 767 RR1F079TF
BS 768 855 RR1F079JQ

RD RR1CJ26TF 597 0 0
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CGAATCTTGTGCACAGATTTCTGAGGAACCAATCGTGTTTAAGAGCGATCCCGAGGCTCA
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AGTCCGATCCAGTTTCGCTTGCTAATAATCCCGTGATTACCGTCTCCTCTTCGTTTAATA
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AAAGAGCTTCTTTGCTTCGATTCCTCCCTTTCTCCAAACATATTTGTTTGAATTAGATCG
GTAATGCTACAAAGTATTGTTTTCTGCATTTCCCGTTAAAGTGAGTTCACTCATTTC

QA 1 597 1 597
DS 

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GTTTAAGAGCGATCCCGAGGCTCACTCCCAGTCTTCTTACACCACATCAGAAGCCTTGCG
TCGTCGTCGAGTCTGCATCTGTGGAGTCCGATCCAGTTTCGCTTGCTAATAATCCCGTGA
TTACCGTCTCCTCTTCGTTTAATAAACCCGACGAATCTCTGCGGTTTTACCCTAGTTTCC
CAATCGGGTACGGATTTAACCCGACTATGGTTCACGGTTCGGATCTAATCGGTATGGTGC
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AACATATTTGTTTGAATTAGATCGGTAATGCTACAAAGTATTGTTTTCTGCATTTCCCGT
TAAAGTGAGTTCACTCATTTCCACACAGTTGCTGTGTTGTAGCTTCAATGATTTGAATCT
TCAGGACTTGAAAATTGTGTTTCAAAGTTGATGGAGACAAGTGAGTTTGCTTGCTTCAAA
GTTCCTGTCTTTTTCTTTCTTGCATCGTCTCCTAGTATTGGTTTGTCTTTACCTAATCAG
AAATCCTGAGA

QA 1 731 1 731
DS 

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GTCGAGTCTGCATCTGTGGAGTCCGATCCAGTTTCGCTTGCTAATAATCCCGTGATTACC
GTCTCCTCTTCGTTTAATAAACCCGACGAATCTCTGCGGTTTTACCCTAGTTTCCCAATC
GGGTACGGATTTAACCCGACTATGGTTCACGGTTCGGATCTAATCGGTATGGTGCCGTCG
TTCACGGAGGAGGCGGTGGTGGAGGAGAAAGGTGAGAAGGAGGTGGTGATTTACGCTGAT
AGTGTGAAGAAGAAGCGGAAGAAGAAGATGAACAAGCATAAGTACAGGAAGCTCAGGAAG
GCTCAAGGTCGCAAATCTTAAAGAGCTTCTTTGCTTCGATTCCTCCCTTTCTCCAAACAT
ATTTGTTTGAATTAGATCGGTAATGCTACAAAGTATTGTTTTCTGCATTTCCCGTTAAAG
TGAGTTCACTCATTTCCACACAGTTGCTGTGTTGTAGCTTCAATGATTTGAATCTTCAGG
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TGTCTTTTTCTTTCTTGCATCGTCTCCTAGTATTGGTTTGTCTTTACCTAATCAGAAATC
CTGAGATTTATATTGGTCTTTTAGTTTGTGATCGTAGTCACTTTTCTGGGTTGCTTTGGA
GACCTAATATTATCTAGTCTGATTGTTTTCAACT

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 3

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GTAAAGCACACTGGGAAGGAAGATCAAGCTACAAATTCACAAACCATCTTCTGGAAATGA
AACAGCAGACTCTTAAATCGCCTGAAAAACATGGAAAAGTTTGGTGGCTGGCTCTTCAGT
GTGAGCGAGACTACATATATATAATATGTGAAGTAAAGAGTAGCAAATAATGTGTCTGGT
TGATCAGACCAAAGCAAAGTCGATGGTGTCAAGAAAACATCTTTTGGTTATCACCTCATT
TGTGGCCGTTGGAGGTGAAAAACATGTAGTCAGGATGATCAACTTGCAGACGCTTAAGCC
ATTTGTCTGCAGCTTGTTGCAAAGACGAAAGCTTTTGGGACTCCTGAGCTCTGTTTTGGC
TCCACACAGATACTTTAAGCTTATAAGATGCGAGTCCAAAAGTAGGCAACGGTACCACCT
TCACGGATTACTTAGTATCACTACAACCCATAGAACTTTGAGGAGGTGGTGTTGAGAGAG
AGTGGAAAGTTAGAAAGCATGCATCGAGATTTTGTAGTGTTGGACCAACCGGTATTCTAT
ATATTGGATACCATGAGACAGAGACCCAACTTGATGGGGAAAGATCACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1DL46JQ U 7
AF RR1FD90TF C 37
AF RR1H970JQ U 1
BS 1 247 RR1H970JQ
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GG
TACAATCTTTTTCTTTACTAAAGCCTGTTGAAAAACGTTACATACGGCATGCTGTGTTTC
AGTTCAGCAATCAAAATGTATCACAAAAAGTGTAGCATCTCAACATTACAAAATTACTAT
TTAAAGCTCTCCTCAAAATCCTTATTCAGGGAAAAGCAAAAGACTAGTTTCAGTAAAGCA
CACTGGGAAGGAAGATCAAGCTACAAATTCACAAACCATCTTCTGGAAATGAAACAGCAG
ACTCTTAAATCGCCTGAAAAACATGGAAAAATTTGGTGGCTGGCTCTTCAGTGTGAGCGA
GACTACATATATATAATATGTGAAGTA
AAAA

QA 3 329 3 329
DS 

RD RR1FD90TF 643 0 0
TGAAAAACGTTACATACGGCATGCTGTGTTTCAGTTCAGCAATCAAAATGTATCACAAAA
AGTGTAGCATCTCAACATTACAAAATTACTATTTAAAGCTCTCCTCAAAATCCTTATTCA
GGGAAAAGCAAAAGACTAGTTTCAGTAAAGCACACTGGGAAGGAAGATCAAGCTACAAAT
TCACAAACCATCTTCTGGAAATGAAACAGCAGACTCTTAAATCGCCTGAAAAACATGGAA
GAGTTTGGTGGCTGGCTCTTCAGTGTGAGCGAGACTACATATATATAATATGTGAAGTAG
AGAGTAGCAGATAATGTGTCTGGTTGATCAGACCAGAGCAAAGTCGATGGTGTCAAGAAA
ACATCTTTTGGTTATCACCTCATTTGTGGCCGTTGGAGGTGAAGAACATGTAGTCAGGAT
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GGGACTCCTGAGCTCTGTTTTGGCTCCACACAGATACTTTAAGCTTATAAGATGCGAGTC
CAAAAGTAGGCAACGGTACCACCTTCACGGATTACTTAGTATCACTACAACCCATAGAAC
TTTGAGGAGGTGGTGTTGAGAGAGAGTGGAAAGTTAGAAAGC
C

QA 1 642 1 642
DS 

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ATCAAAGATACAATCTTTTTCTTTACTAAAGCCTGTTGAAAAACGTTACATACGGCATGC
TGTGTTTCAGTTCAGCAATCAAAATGTATCACAAAAAGTGTAGCATCTCAACATTACAAA
ATTACTATTTAAAGCTCTCCTCAAAATCCTTATTCAGGGAAAAGCAAAAGACTAGTTTCA
GTAAAGCACACTGGGAAGGAAGATCAAGCTACAAATTCACAAACCATCTTCTGGAAATGA
AACAGCAAACTCTTAAATCGCCTGAAAAACATGGAAAAGTTTGGTGGCTGGCTCTTCAGT
GTGAGCGAGACTACATATATATAATATGTGAAGTAAAGAGTAGCAAATAATGTGTCTGGT
TGATCAGACCAAAGCAAAGTCGATGGTGTCAAGAAAACATCTTTTGGTTATCACCTCATT
TGTGGCCGTTGGAGGTGAAAAACATGTAGTCAGGATGATCAACTTGCAGACGCTTAAGCC
ATTTGTCTGCAGCTTGTTGCAAAGACGAAAGCTTTTGGGACTCCTGAGCTCTGTTTTGGT
TCCACACAGATACTTTAAGCTTATAAGATGCGAGTCCAAAAGTAGGCAACGGTACCACCT
TCACGGATTGCTTAGTATCACTACAACCCATAGAACTTTGAGGAGGTGGTGTTGAGAGAG
AGTGGAAAGTTAGAAAGCATGCATCGAGATTTTGTAGTGTTGGACCAACCGGTATTCTAT
ATATTGGATACCATGAGACAGAGACCCAACTTGATGGGGAAAGATCACA

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 3

CO CL3891Contig1 739 3 6 U
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ATGAGGAGAGGTTTATGAGTACAGAAAGTTTAGCCAGCCTTGTCAGTGATGATACTAGCA
GCAGCAATGATCATCAAGATGATGTTCACAATTTGTTTAGCAATCCGAGGATCCATGATG
CTTTCATGGGTGCTGGAGACTACAGTGGATTAGTACTGCCTGATGGGAAGTTTGGACTTG
GTTTTAAGCGTGTCACTTCTTCACAAGATGGGTCTCTTGTTGGGTTTGGACATTCGGGGA
TGGGAGGATCAACAGGCTTCTGTGACATTGAAAACAGATTTTCTATTGCGATAACACTTA
ACAAGATGTCTCTAGGAGGTGTAACGGCTAGTATTATCAGGCTGGTTTGCTCAGAGTTGA
ATATTCCCTTTCCAAAGGACTTCTCTATTGCGAATGGTATGGGTCCAGATTTGGATATGG
GTACGCCTCTAATCAACTAAGGTTACTTCTCTATGTAAGTTTTGCCTGCTCATGTAGTCA
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AAGTATAGTGTAACGTTTTTGTTTGTTTGTTGTCAGTATGCTCAAGGATCTTGTTCGAGC
AATTCCTTATAGTTTTTATACATCTATACCACGAATTTCAATGTACCATTTTCAGAGCAA
TAAAGTATGTGTTACACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GQ54TF U 1
AF RR1FJ34TF U 93
AF RR1FJ34JQ C 493
BS 1 497 RR1GQ54TF
BS 498 498 RR1FJ34TF
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BS 550 641 RR1GQ54TF
BS 642 739 RR1FJ34TF

RD RR1GQ54TF 641 0 0
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ATGAGGAGAGGTTTATGAGTACAGAAAGTTTAGCCAGCCTTGTCAGTGATGATACTAGCA
GCAGCAATGATCATCAAGATGATGTTCACAATTTGTTTAGCAATCCGAGGATCCATGATG
CTTTCATGGGTGCTGGAGACTACAGTGGATTAGTACTGCCTGATGGGAAGTTTGGACTTG
GTTTTAAGCGTGTCACTTCTTCACAAGATGGGTCTCTTGTTGGGTTTGGACATTCGGGGA
TGGGAGGATCAACAGGCTTCTGTGACATTGAAAACAGATTTTCTATTGCGATAACACTTA
ACAAGATGTCTCTAGGAGGTGTAACGGCTAGTATTATCAGGCTGGTTTGCTCAGAGTTGA
ATATTCCCTTTCCAAAGGACTTCTCTATTGCGAATGGTATGGGTCCAGATTTGGATATGG
GTACGCCTCTAATCAACCAAGGTTACTTCTCTATGTAAGTTTTGCCTGCTCATGTAGTCA
TGTTACGATATACATAGCGGTTCTTGGAGTCGCCTCAAATAGCTAATAGACAATGCTGGA
AAGTATAGTGTAACGTTTTTGTTTGTTTGTTGTCAGTATGC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1FJ34TF 647 0 0
GG
CAGCCTTGTCAGTGATGATACTAGCAGCAGCAATGATCATCAAGATGATGTTCACAATTT
GTTTAGCAATCCGAGGATCCATGATGCTTTCATGGGTGCTGGAGACTACAGTGGATTAGT
ACTGCCTGATGGGAAGTTTGGACTTGGTTTTAAGCGTGTCACTTCTTCACAAGATGGGTC
TCTTGTTGGGTTTGGACATTCGGGGATGGGAGGATCAACAGGCTTCTGTGACATTGAAAA
CAGATTTTCTATTGCGATAACACTTAACAAGATGTCTCTAGGAGGTGTAACGGCTAGTAT
TATCAGGCTGGTTTGCTCAGAGTTGAATATTCCCTTTCCGAAGGACTTCTCTATTGCGAA
TGGTATGGGTCCAGATTTGGATATGGGTACGCCTCTAATCAACTAAGGTTACTTCTCTAT
GTAAGTTTTGCCTGCTCATGTAGTCATGTTACGAGATACATAGCGGTTCTTGGAGTCGCC
TCAAATAGCTAATAGACAATGCTGGAAAGTATAGTGTAACGTTTTTGTTTGTTTGTTGTC
AGTATGCTCAAGGATCTTGTTCGAGCAATTCCTTATAGTTTTTATACATCTATACCACGA
ATTTCAATGTACCATTTTCAGAGCAATAAAGTATGTGTTACACAC

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR1FJ34JQ 247 0 0
TCAACTAAGGTTACTTCTCTATGTAAGTTTTGCCTGCTCATGTAGTCATGTTACGAGATA
CATAGCGGTTCTTGGAGTCGCCTCAAATAGTTAATAGACAATGCTGGAAAGTATAGTGTA
ACGTTTTTGTTTGTTTGTTGTCAGTATGCTCAAGGATTTTGTTCGAGCAATTCCTTATAG
TTTTTATACATTTATACCACGAATTTCAATGTACCATTTTCAGAGCAATAAAGTATGTGT
TACACAC

QA 1 247 1 247
DS 



AS 1 3

CO CL3892Contig1 979 3 6 U
TAAGCTTATAAAATTTTGATAAAAACATTATGCGAGATATCAAATTGACACTTGCGATCC
AATACATGAAAGAACTCAAACCGTACTTCAAAATCTTACACTGAAATTGCAATACAAACA
AACCAAGAACGTTCACAATCAAGACATGTAAGTGCCAGGAAGTCACAAGTTCTTACACGC
TTAAGATGTTAAGATACACATATATGAAGGCATAAATATAATTATTTTTAGGAAGGGTTT
GCCAATAAAACAGAAGTAACTCAGGTTTCCAAATACATAATGCTCTCAAAATCATCCCAA
TAAGTCCTATGCAAAGACTGAGTCTCAAAAGGGAGGCGTTCCCGCAATTTGGACAATAGA
ACCCCTTCAATCATCTTACAAGAATGCAGATCGCATATGAGATGCAATGAAGAGTAAGCA
GTCTTAGAGAAGACCATAACCATACCCTCACGACTAGTACCCTGCACGGACAACTCACCC
GGGATGATAACCTCGATGTTTGAAATAGGCAAAACAAAAGTCTTCTTGTTTGACCATTGG
CTCTCATCCTCCAAAACCCACAGGTCCAAACTACGATCACTCGCCAGATGGGCCGGGGAG
CAGTCGAAGACAGCAAGTTTTCCTCCATAATTCATTAGATTGGTGCCAGCAGCATGAAGG
GGTAATTTGATCAAATTGAAAATCTCGGAGCTCATGTTAAAACTCACAACCACAAATGTA
TTATCACCAGTCAATGCACCATAATACAAGACACCGTCCATGGAGATACCTTGCGAGCAA
GGATGATGATGCGGAGGGACGCTTTGGGTGATTCTCCTCCAAGAAGCTCCAGGGCCAAGC
ACCAAAACGTGATACTCGGATCCCACAACTCTCTCTTGTGCCATCTCCCAAGTTAGGCTA
ATCACTTTGTATTCCTCCTGAATAGGATCATATCCAAAGTGGTTCCACATATTGGAATTA
TCTCCCGAGATGTTCGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH24JQ U 89
AF RR1BM89JQ U 1
AF RR1BM89TF C 174
BS 1 111 RR1BM89JQ
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BS 800 979 RR1BM89TF

RD RR1DH24JQ 641 0 0
CAAAATCTTACACTGAAATTGCAATACAAACAAACCAAGAACGTTCACAATCAAGACATG
TAAGTGCCAGGAAGTCACAAGTTCTTACACGCTTAAGATGTTAAGATACACATATATGAA
GGCATAAATATAATTATTTTTAGGAAGGGTTTGCCAATAAAACAGAAGTAACTCAGGTTT
CCAAATACATAATGCTCTCAAAATCATCCCAATAAGTCCTATGCAAAGACTGAGTCTCAA
AAGGGAGGCGTTCCCGCAATTTGGACAATAGAACCCCTTCAATCATCTTACAAGAATGCA
GATCGCATATGAGATGCAATGAAGAGTAAGCAGTCTTAGAGAAGACCATAACCATACCCT
CACGACTAATACCCTGCACGGACAACTCACCCGGGATGATAACCTCGATGTTTGAAATAG
GCAAAACAAAAGTCTTCTTGTTTGACCATTGGCTCTCATCCTCCAAAACCCACAGGTCCA
AACTACGATCACTCGCCAGATGGGCCGGGGAGCAGTCGAAGACAGCAAGTTTTCCTCCAT
AATTCATTAGATTGGTGCCAGCAGCATGAAGGGGTAATTTGATCAAATTGAAAATCTCGG
AGCTCATGTTAAAACTCACAACCACAAATGTATTATCACCA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1BM89JQ 799 0 0
TAAGCTTATAAAATTTTGATAAAAACATTATGCGAGATATCAAATTGACACTTGCGATCC
AATACATGAAAGAACTCAAACCGTACTTCAAAATCTTACACTGAAATTGCAGTACAAACA
AACCAAGAACGTTCACAATCAAGACATGTAAGTGCCAGGAAGTCACAAGTTCTTACACGC
TTAAGATGTTAAGATACACATATATGAAGGCATAAATATAATTATTTTTAGGAAGGGTTT
GCCAATAAAACAGAAGTAACTCAGGTTTCCAAATACATAATGCTCTCAAAATCATCCCAA
TAAGTCCTATGCAAAGACTGAGTCTCAAAAGGGAGGCGTTCCCGCAATTTGGACAATAGA
ACCCCTTCAATCATCTTACAAGAATGCAGATCGCATATGAGATGCAATGAAGAGTAAGCA
GTCTTAGAGAAGACCATAACCATACCCTCACGACTAGTACCCTGCACGGACAACTCACCC
GGGATGATAACCTCGATGTTTGAAATAGGCAAAACAAAAGTCTTCTTGTTTGACCATTGG
CTCTCATCCTCCAAAACCCACAGGTCCAAACTACGATCACTCGCCAGATGGGCCGGGGAG
CAGTCGAAGACAGCAAGTTTTCCTCCATAATTCATTAGATTGGTGCCAGCAGCATGAAGG
GGTAATTTGATCAAATTGAAAATCTCGGAGCTCATGTTAAAACTCACAACCACAAATGTA
TTATCACCAGTCAATGCACCATAATACAAGACACCGTCCATGGAGATACCTTGCGAGCAA
G*ATGATGATGCGGAGGGA

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1BM89TF 806 0 0
TACACGCTTAAGATGTTA*GATACACATATATGAAGGCATAAATATAATTATTTT*AGGA
AGGGTTTGCCAT**AAACAGAAGTAACTCAGGTTTCCAAATACATAATGCTCTCAAAATC
ATCCCAATAAGTC*TATGCAAAGACTGAGTCTCAAAAGGGAGGCGTTCCCGCAATTTGGA
CAATAGAACCCCTTCAATCATCTTACAAGAATGCAGATCGCATATGAGATGCAATGAAGA
GTAAGCAGTCTTAGAGAAGACCATAACCATACCCTCACGACTAGTACCCTGCACGGACAA
CTCACCCGGGATGATAACCTCGATGTTTGAAATAGGCAAAACAAAAGTCTTCTTGTTTGA
CCATTGGCTCTCATCCTCCAAAACCCACAGGTCCAAACTACGATCACTCGCCAGATGGGC
CGGGGAGCAGTCGAAGACAGCAAGTTTTCCTCCATAATTCATTAGATTGGTGCCAGCAGC
ATGAAGGGGTAATTTGATCAAATTGAAAATCTCGGAGCTCATGTTAAAACTCACAACCAC
AAATGTATTATCACCAGTCAATGCACCATAATACAAGACACCGTCCATGGAGATACCTTG
CGAGCAAGGATGATGATGCGGAGGGACGCTTTGGGTGATTCTCCTCCAAGAAGCTCCAGG
GCCAAGCACCAAAACGTGATACTCGGATCCCACAACTCTCTCTTGTGCCATCTCCCAAGT
TAGGCTAATCACTTTGTATTCCTCCTGAATAGGATCATATCCAAAGTGGTTCCACATATT
GGAATTATCTCCCGAGATGTTCGATC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 3

CO CL3893Contig1 1041 3 18 U
GGGCCGAACCAACTAATCCTCAGGGGACTCTTAGAAAAAAGAAAAAAAAGCCTCAAAATC
CTCTCTAGTCTTCTTCTAGAAACACCTTCTCTCTCATTTAGAGTCTTTCAAAAAAAAATG
GCGGTTACATCTTCTAGAACCAGACCAACCGGTACAGCGCTACGCTCTTCGTCAGGCTTC
GCTTCCTCCACAACCTCAACCTTCTCGTCCCGTTCTTCAGCTTTCTTCAGCAACCAACAA
CAGCAACAACAACCTCACCATAGATCCGCGTCACCTACGCGCGTGAACCTCTTCGCATCA
TCACCGTTAAAACAATCGTTCCGTTACTCGATCGATTCCAGATCCATATCCCCGAACCAC
CGATCCATCGCCGTTTCGAAGCCAAGCAGTGGTAGTAAGATCCCCGATTCGAGGAGGAGA
TGCATGTGCTCGCCGACGACTCACCCCGGTTCGTTCCGGTGCGCTTTACACAAGAACGTG
GCGAATCCGCACGGTCGAGGCGCCGCGGTGACGACGTATCCGACGAACAGTTTGAATATG
AGAAGATCGGCGATGACGAATTCTCTGGTGAGGATCGGTGGCGTCGAAGGTGAGTGGGTG
AGAAGAGCGTTGACGACGTTGATAAGGCCGTCTTCGCATCAGCAGAAGAGGAGGTCCGCG
TATCAGCCTAGGCCTAGTAGGCTATCGTCTATGTCCAAAGCGGATGATCTTTGATTTGCT
TCTTAGGGCTTGTGTCTTTGAATCGGCCTCAG*AGATATCGTTTCTGGTAGAGCTGTGGG
AGATAGATCCGGCGAAGGGAGCTGAGACTCGGGTCGGGTCTGCGCGTACGGGTTGAATCA
GGGAGTTATGTAAACGGTTCCGGAAACGACGCCGTCTTAATTTTGTGTTTTGTTTTGTTG
GGTGAAGATGAATTGTACATAGTAGTACTTCATTTGCTATTGAAGCGCACTGAATTTCCA
TAAGCTCGAAAAGTATCTAAGAACACTAGTAGTAGATTTGGTTGTTAAAATCAAATGGAA
GAAAGGGACTTTTGGTTTTAT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1BT29TF U 2
AF RR1AT26TF U 1
AF RR1BT29JQ C 304
BS 1 48 RR1AT26TF
BS 49 49 RR1BT29TF
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BS 814 826 RR1AT26TF
BS 827 1041 RR1BT29JQ

RD RR1BT29TF 779 0 0
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CGGTTACATCTTCTAGAACCAGACCAACCGGTACAGCGCTACGCTCTTCGTCAGGCTTCG
CTTCCTCCACAACCTCAACCTTCTCGTCCCGTTCTTCAGCTTTCTTCAGCAACCAACAAC
AGCAACAACAACCTCACCATAGATCCGCGTCACCTACGCGCGTGAACCTCTTCGCATCAT
CACCGTTAAAACAATCGTTCCGTTACTCGATCGATTCCAGATCCATATCCCCGAACCACC
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CGAATCCGCACGGTCGAGGCGCCGCGGTGACGACGTATCCGACGAACAGTTTGAATATGA
GAAGATCGGCGATGACGAATTCTCTGGTGAGGATCGGTGGCGTCGAAAGTGAGTGGGTGA
GAAGAGCGTTGACGACGTTGATAAG*CCGTCTTCGCATCAGCAGAAGAGGAGGTCCGCGT
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CTTAGGGCTTGTGTCTTG**ATCGGCTCAGG*AGATATCGTTTCTGGTAGAGCTGTGGG

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1AT26TF 826 0 0
GGGCCGAACCAACTAATCCTCAGGGGACTCTTAGAAAAAAGAAAAAAA*GCCTCAAAATC
CTCTCTAGTCTTCTTCTAGAAACACCTTCTCTCTCATTTAGAGTCTTTCAAAAAAAAATG
GCGGTTACATCTTCTAGAACCAGATCAACCGGTACAGCGCTACGCTCTTCGTCAGGCTTC
GCTTCTTCCACAACCTCAACCTTCTCGTCCCGTTCTTCAGCTTTCTTCAGCAACCAACAA
CAGCAACAACAACCTCACCATAGATCCGCGTCACCTACGCGCGTGAACCTCTTCGCATCA
TCACCGTTAAAACAATCGTTCCGTTACTCGATCGATTCCAGATCCATATCCCCGAACCAC
CGATCCATCGCCGTTTCTAAGCCAAGCAGTGGTAGTAAGATCCCCGATTCGAGGAGGAGA
TGCATGTGCTCGCCGACGACTCACCCCGGTTCGTTCCGGTGCGCTTTACACAAGAACGTG
GCGAATCCGCACGGTCAAGGCGCCGCGGTGACGACGTATCCGACGAACAGTTTGAATATG
AGAAGATCGGCGATGACGAATTCTCTGGTGAGGATCGGTGGCGTCGAAGGTGAGTGGGTG
AGAAGAGCGTTGACGACGTTGATAAGGCCGTCTTCGCATCAGCAGAAGAGGAGGTCCGCG
TATCAGCCTAGGCCTAGTAGGCTATCGTCTATGTCCAAAGCGGATGATCTTTGATTTGCT
TCTTAGGGCTTGTGTCTTTGAATCGGCCTCAG*AGATATCGTTTCTGGTAGAGCTGTGGG
AGATAGATCCG*CGAAGG*AGCTGAGACTCGG*TCGGGTCTGCGCG

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR1BT29JQ 738 0 0
CCGTTAAAACAATCGTTCCGTTACTCGATCGATTCCAGATCCATATCCCCGAACCACCGA
TCCATCGCCGTTTCGAAGCCAAGCAGTGGTAGTAAGATCCCCGATTCGAGGAGGAGATGC
ATGTGCTCGCCGACGACTCACCCCGGTTCGTTCCGGTGCGCTTTACACAAGAACGTGGCG
AATCCGCACGGTCGAGGCGCCGCGGTGACGACGTATCCGACGAACAGTTTGAATATGAGA
AGATCGGCGATGACGAATTCTCTGGTGAGGATCGGTGGCGTCGAAGGTGAGTGGGTGAGA
AGAGCGTTGACGACGTTGATAAGGCCGTCTTCGCATCAGCAGAAGAGGAGGTCCGCGTAT
CAGCCTAGGCCTAGTAGGCTATCGTCTATGTCCAAAGCGGATGATCTTTGATTTGCTTCT
TAGGGCTTGTGTCTTTGAATCGGCCTCAGGAGATATCGTTTCTGGTAGAGCTGTGGGAGA
TAGATCCGGCGAAGGGAGCTGAGACTCGGGTCGGGTCTGCGCGTACGGGTTGAATCAGGG
AGTTATGTAAACGGTTCCGGAAACGACGCCGTCTTAATTTTGTGTTTTGTTTTGTTGGGT
GAAGATGAATTGTACATAGTAGTACTTCATTTGCTATTGAAGCGCACTGAATTTCCATAA
GCTCGAAAAGTATCTAAGAACACTAGTAGTAGATTTGGTTGTTAAAATCAAATGGAAGAA
AGGGACTTTTGGTTTTAT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 3

CO CL3894Contig1 893 3 10 U
GGGGGGAACTAGGCATTGACTTGGTCATCGAAGGAACCGGAGTGTTTGTAGACAGAGAAG
GTGCTGGTAAGCACATTCAAGCTGGAGCCAAGAAGGTTCTCATCACTGCACCTGGTAAAG
GTGACATCCCAACTTATGTGGTTGGTGTCAATGCTGAATTTTACAGCCATGAAGACACAA
TCATCAGCAATGCTTCTTGTACTACCAACTGTCTCGCTCCATTCGTCAAGGTTCTTGACC
AGAAGTTCGGGATCATAAAGGGTACAATGACAACTACTCACTCATACACTGGCGACCAGA
GGCTGTTGGATGCTAGCCACCGTGATCTAAGGAGAGCAAGAGCAGCGGCTCTAAACATCG
TTCCGACATCTACAGGAGCAGCTAAAGCCGTAGCGCTGGTGCTCCCTAACCTGAAAGGAA
AACTCAACGGGATCGCGCTGCGTGTGCCGACTCCCAACGTCTCGGTGGTTGACTTGGTCG
TGCAGGTCTCGAAGAAGACTTTTGCCGAGGAAGTCAACGCTGCCTTCAGGGATGCGGCTG
AGAAAGAGCTTAAAGGTATACTCGATGTCTGCGATGAGCCTCTTGTCTCTGTCGACTTCA
GGTGCTCTGATGTGTCGTCCACCATTGATTCTTCTCTGACCATGGTTATGGGAGATGATA
TGGTTAAAGTGATTGCTTGGTATGATAACGAATGGGGTTACTCGCAGAGAGTCGTTGATT
TGGCTGACATTGTTGCCAATAACTGGAGGTGAACAAGATTCAACTGTTTGATGTTGTTCT
GCTCCATTTTTTATTTTACTGTTATTATTATGATTCGGAATGTATAATTGTAGTTCCTGA
GTTTATTATGTATTTGTGCTCTTCAATTTTAATAGTAATAAACTTTATATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1BO62TF U 1
AF RR1BO62JQ C 165
AF RR1E591TF U 693
BS 1 738 RR1BO62TF
BS 739 739 RR1E591TF
BS 740 748 RR1BO62TF
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BS 779 788 RR1BO62TF
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GTGCTGGTAAGCACATTCAAGCTGGAGCCAAGAAGGTTCTCATCACTGCACCTGGTAAAG
GTGACATCCCAACTTATGTGGTTGGTGTCAATGCTGAATTTTACAGCCATGAAGACACAA
TCATCAGCAATGCTTCTTGTACTACCAACTGTCTCGCTCCATTCGTCAAGGTTCTTGACC
AGAAGTTCGGGATCATAAAGGGTACAATGACAACTACTCACTCATACACTGGCGACCAGA
GGCTGTTGGATGCTAGCCACCGTGATCTAAGGAGAGCAAGAGCAGCGGCTCTAAACATCG
TTCCGACATCTACAGGAGCAGCTAAAGCCGTAGCGCTGGTGCTCCCTAACCTGAAAGGAA
AACTCAACGGGATCGCGCTGCGTGTGCCGACTCCCAACGTCTCGGTGGTTGACTTGGTCG
TGCAGGTCTCGAAGAAGACTTTTGCCGAGGAAGTCAACGCTGCCTTCAGGGATGCGGCTG
AGAAAGAGCTTAAAGGTATACTCGATGTCTGCGATGAGCCTCTTGTCTCTGTCGACTTCA
GGTGCTCTGATGTGTCGTCCACCATTGATTCTTCTCTGACCATGGTTATGGGAGATGATA
TGGTTAAAGTGATTGCTTGGTATGATAACGAATGGGGTTACTCGCAGAGAGTCGTTGATT
TGGCTGACATTGTTGCCA*TAACTGGAG*TGA*CAAGATTCAACTGTTTGATGTTGT*CT
GCTCCATT

QA 1 788 1 788
DS 

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GTCAAGGTTCTTGACCAGAAGTTCGGGATCATAAAGGGTACAATGACAACTACTCACTCA
TACACTGGCGACCAGAGGCTGTTGGATGCTAGCCACCGTGATCTAAGGAGAGCAAGAGCA
GCGGCTCTAAACATCGTTCCGACATCTACAGGAGCAGCTAAAGCCGTAGCGCTGGTGCTC
CCTAACCTGAAAGGAAAACTCAACGGGATCGCGCTGCGTGTGCCGACTCCCAACGTCTCG
GTGGTTGACTTGGTCGTGCAGGTCTCGAAGAAGACTTTTGCCGAGGAAGTCAACGCTGCC
TTCAGGGATGCGGCTGAGAAAGAGCTTAAAGGTATACTCGATGTCTGCGATGAGCCTCTT
GTCTCTGTCGACTTCAGGTGCTCTGATGTGTCGTCCACCATTGATTCTTCTCTGACCATG
GTTATGGGAGATGATATGGTTAAAGTGATTGCTTGGTATGATAACGAATGGGGTTACTCG
CAGAGAGTCGTTGATTTGGCTGACATTGTTGCCAATAACTGGAGGTGAACAAGATTCAAC
TGTTTGATGTTGTTCTGCTCCATTTTTTATTTTACTGTTATTATTATGATTCGGAATGTA
TAATTGTAGTTCCTGAGTTTATTATGTATTTGTGCTCTTCAATTTTAATAGTAATAAACT
TTATATT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1E591TF 201 0 0
G
GGGGTTACTCGCAGAGAGTCGTTGATTTGGCTGACATTGTTGCCAATAACTGGAAGTGAA
CAAGATTCAACTGTTTGATGTTGTTCTGCTCCATTTTTTATTTTACTGTTATTATTATGA
TTCGGAATGTATAATTGTAGTTCCTGAGTTTATTATGTATTTGTGCTCTTCAATTTTAAT
AGTAATAAACTTTATATTCG

QA 2 201 2 201
DS 



AS 1 3

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GGAAGAAAACCCTAAACGGATCAAATTCTGGGAAGTCGATAGAGATCGATCTCCTCTCTC
TCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCATCATCAAAGTTGCAGGAAACCCG
GATCGTTATGGCAGGAGGTGGCCATCCGTTTCATCTGGAGACGGGAGTGTGGTGGGACAT
GAACACCTGTCCGGTTCCCCCTGGTTTCGACCCTCGTCATGTCCGTGGGTGTATAAAATC
TGCGTTGGAGAAGAAGATTGGTCGTCCTTCTGTAGTCAGCATCTATGCCCTGGGCAACCT
AGAATACATCCCAAGGGACCTCTTGGAAATGATCTCTTCCTCTGGAATCACTCTTATTCA
TGGCCTCCGCAATATGATGGACTTTAATGGGTTTCTGGAAGAATGGTCTGACAACAGCAT
GGACACCACTTACACAATGGTGATAACCGATGATTATGGGATTGCTTATCCTCCTCTTCT
TGGGCTTTTTGAATTCTCTAAGCTTTGTGCATATCCAAAAGATGGTCGGCTCATTGCCCT
TGCCAATCAAAGCAATCCCAGACATAGAGTGTTGCCCTGTGACTTTGTCTGGGAAGCTTT
ATTGTCTGATAATTACGCAGATACAACAGATGAGATGAATTCGACCCGGAGTAAACCTCT
CTACGGGAGTAAACCTCTCTACGTGTGCAACATATGCGATACTTATTTCGAAGAAGAATT
CAGCCCTCATCTCAAATTCAGCACTCATCTCAAGGGTGAA*GGACACAGAACAAAGTTGT
TTGATATAGCGGCTAGAGACTCCAGCAACGGTGAGCTTAAACATTTTTGCCAAGTTTGCA
ATTATCCCGCCGACGTCGATTTTAACTTACGCCTCCATAACCAAAGTGAAGAACATAAGC
TGGCTGCGAAAAAGGCTCAAGAAGAGGACAATTGCGAGAGCAGTAACAGAGTAGGATCCG
GTTGGCGAGATAAGAAGCAATCTCTCTTGAACGAGGCAAACAGTGAAGATCATTGATCAT
TGTTGTGTTTAAGTTTACTGCATAATACTTATCTTATTATGTTTAATAGTTTGTTCGTCC
GCCACTAAAATATTTCTAAGTCTTGTTTGTTTGCTTTTTTTTTATCGGTTAAAATGAAAA
TCTTAATCCCGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AB14TF U 1
AF RR1AB14JQ C 405
AF RR1FM68TF U 446
BS 1 760 RR1AB14TF
BS 761 761 RR1FM68TF
BS 762 828 RR1AB14TF
BS 829 993 RR1FM68TF
BS 994 994 RR1AB14JQ
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BS 1123 1123 RR1AB14JQ
BS 1124 1155 RR1FM68TF

RD RR1AB14TF 828 0 0
GGAAGAAAACCCTAAACGGATCAAATTCTGGGAAGTCGATAGAGATCGATCTCCTCTCTC
TCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCATCATCAAAGTTGCAGGAAACCCG
GATCGTTATGGCAGGAGGTGGCCATCCGTTTCATCTGGAGACGGGAGTGTGGTGGGACAT
GAACACCTGTCCGGTTCCCCCTGGTTTCGACCCTCGTCATGTCCGTGGGTGTATAAAATC
TGCGTTGGAGAAGAAGATTGGTCGTCCTTCTGTAGTCAGCATCTATGCCCTGGGCAACCT
AGAATACATCCCAAGGGACCTCTTGGAAATGATCTCTTCCTCTGGAATCACTCTTATTCA
TGGCCTCCGCAATATGATGGACTTTAATGGGTTTCTGGAAGAATGGTCTGACAACAGCAT
GGACACCACTTACACAATGGTGATAACCGATGATTATGGGATTGCTTATCCTCCTCTTCT
TGGGCTTTTTGAATTCTCTAAGCTTTGTGCATATCCAAAAGATGGTCGGCTCATTGCCCT
TGCCAATCAAAGCAATCCCAGACATAGAGTGTTGCCCTGTGACTTTGTCTGGGAAGCTTT
ATTGTCTGATAATTACGCAGATACAACAGATGAGATGAATTCGACCCGGAGTAAACCTCT
CTACGGGAGTAAACCTCTCTACGTGTGCAACATATGCGATACTTATTTCGAAGAAGAATT
CAGCCCTCATCTCAAATTCAGCACTCATCTCAAGGGTGAAAGGACACAGAACAAAGTTGT
TTGATATAGCGGCTAGAGACTCCAGCAACGGTGAGCTTAAACATTTTT

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1AB14JQ 740 0 0
GGTCTGACAACAGCATGGACACCACTTACACAATGGTGATAACCGATGATTATGGGATTG
CTTATCCTCCTCTTCTTGGGCTTTTTGAATTCTCTAAGCTTTGTGCATATCCAAAAGATG
GTCGGCTCATTGCCCTTGCCAATCAAAGCAATCCCAGACATAGAGTGTTGCCCTGTGACT
TTGTCTGGGAAGCTTTATTGTCTGATAATTACGCAGATACAACAGATGAGATGAATTCGA
CCCGGAGTAAACCTCTCTACGGGAGTAAACCTCTCTACGTGTGCAACATATGCGATACTT
ATTTCGAAGAAGAATTCAGCCCTCATCTCAAATTCAGCACTCATCTCAAGGGTGAA*GGA
CACAGAACAAAGTTGTTTGATATAGCGGCTAGAGACTCCAGCAACGGTGAGCTTAAACAT
TTTTGCCAAGTTTGCAATTATCCCGCCGACGTCGATTTTAACTTACGCCTCCATAACCAA
AGTGAAGAACATAAGCTGGCTGCGAAAAAGGCTCAAGAAGAGGACAATTGCGAGAGCAGT
AACAGAGTGGGATCCGGTTGGCGAGATAAGAAGCAATCTCTCTTGAACGAGGCAAACAGT
GAAGATCATTGATCATTGTTGTGTTTAAGTTTACTGCATAATACTTATCTTATTATGTTT
AATAGTTTGTTCGTCCGCCACTAAAATATTTCTAAGTCTTGTTTGTTTGCTTTTTTTTTA
TCGGTTAAAATGAAAATCT
C

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1FM68TF 710 0 0
G
CCGATGATTATGGGATTGCTTATCCTCCTCTTCTTGGGCTTTTTGAATTCTCTAAGCTTT
GTGCATATCCAAAAGATGGTCGGCTCATTGCCCTTGCCAATCAAAGCAATCCCAGACATA
GAGTGTTGCCCTGTGACTTTGTCTGGGAAGCTTTATTGTCTGATAATTACGCAGATACAA
CAGATGAGATGAATTCGACCCGGAGTAAACCTCTCTACGGGAGTAAACCTCTCTACGTGT
GCAACATATGCGATACTTATTTCGAAGAAGAATTCAGCCCTCATCTCAAATTCAGCACTC
ATCTCAAGGGTGAA*GGACACAGAACAAAGTTGTTTGATATAGCGGCTAGAGACTCCAGC
AACGGTGAGCTTAAACATTTTTGCCAAGTTTGCAATTATCCCGCCGACGTCGATTTTAAC
TTACGCCTCCATAACCAAAGTGAAGAACATAAGCTGGCTGCGAAAAAGGCTCAAGAAGAG
GACAATTGCGAGAGCAGTAACAGAGTAGGATCCGGTTGGCGAGATAAGAAGCAATCTCTC
TTGAACGGGGCAAACAGTGAAGATCATTGATCATTGTTGTGTTTAAGTTTACTGCATAAT
ACTTATCTTATTATGTTTAATAGTTTGTTCGTCCGCCACTAAAATATTTCTAAGTCTTGT
TTGTTTGCTTTTTTTT*ATCGGTTAAAATGAAAATCTTAATCCCGTTGC

QA 2 710 2 710
DS 



AS 1 3

CO CL3896Contig1 1435 3 7 U
GGGGCTGAATTCCTCACAAGCATCCTTTGCTCTTATCTTTCTCTGCTGCATTTCCTTTTT
CTTGTCTACACTCGCTTTGTCCTCGCCTGTTTCCAACCCTGAGCTCGTAGTTGAGGAAGT
CCACAGTGGATATGGTTGATATTTTAGGAAAATAAACGAGTCCATATCACGAAGGAGCCT
AGGATACTTCTCGTGTGAGACCGGTAATCCAATCGACGATTGTTGGCGATGCGACAAAGA
CTGGGAGAAAAACCGGAAACGGTTAGCTGATTGTGGAATCGGTTTTGGAAAAAACGCAAT
TGGTGGTCGCGATGGTGAAATTTATGTGGTCACCGATCCAGGAAACGATGATCCAGTAAA
CCCTAAACCGGGAACACTAAGATACGCAGTAATTCAAGATGCACCGCTCTGGATCATATT
CAACCGAGACATGACGATCCAACTAAAAGAAGAACTCATAATGAACTCTTTCAAAACTCT
AGACGGACGAGGAGCATCAGTCCATATCTCTGGTGGGCCGTGTATAACCATACAATACGT
GACAAACATCATCATCCATGGTTTACACATACATGATTGTAAGCAAGGTGGGAACACTTA
CGTACGAGATTCTCCAGAGCACTACGGGTGGCGGACGATATCGGACGGTGACTGTTTCGA
TCTTCGGTGGGAGCCACGTGTGGGGTTGATCATTGCTCGCTCTCGAATTGTAACGATGGG
TTGATTGATGCGATCCGTGGATCGACGGCTATAACGATTTCTAATAATTACTTGACGCAT
CACAATAAGGTTATGTTATTGGGACATAGTGATACGTACGAGCAAGACAAGAATATGCAA
GTCACTATCGCTTTTAACCACTTTGGAGAAGGCCTTGTCCAAAGAATGCCAAGGTGTCGA
CATGGATATTTCCATGTGGTGAACAATGACTATACACATTGGGAAATGTATGCAATTGGA
GGAAGTGCTAATCCTACCATCAACTCCCAAGGCAACCGTTTCCTTGCTCCTGATAACTCT
TTTAGCAAAGAGGTAACAAAGCATGAGGATGCGCCAGAAAGCGAATGGAGTCATTGGAAT
TGGAGATCCGAAGGAGATCTAATGCTTAATGGTGCATTCTTTACACTTTCTGGAGCTGGA
CCAACTAAATCGTCAAGCTATTCGAGAGCCTCAAGTCTAGCTGCTAGACCGTCCTCTAAT
GTTGGTGAGATAACTATATCATCTGGTGCACTCAGCTGCAAAAAGGGTTCCCACTGCTGA
TCATGGCCCCACCAGCTTGTATGTATTTATGTATATATAATATAATGAAACCAGCAATTC
AAAGCTAGTTGTGTAATAACCTTGATGAAGAAGTGACGAGGAGTTGATTACGTTTGAGTT
TGGTCCTTGTGTCGGCAAAACTTACTAGTATCACTAAACACGTTTAACCAAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AV66TF U 1
AF RR1AX13TF U 747
AF RR1AV66JQ C 553
BS 1 684 RR1AV66TF
BS 685 685 RR1AV66JQ
BS 686 786 RR1AV66TF
BS 787 1339 RR1AX13TF
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BS 1341 1372 RR1AX13TF
BS 1373 1435 RR1AV66JQ

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CCCTAAACCGGGAACACTAAGATACGCAGTAATTCAAGATGCACCGCTCTGGATCATATT
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AGACGGACGAGGAGCATCAGTCCATATCTCTGGTGGGCCGTGTATAACCATACAATACGT
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CGTACGAGATTCTCCAGAGCACTACGGGTGGCGGACGATATCGGACGGTGACTGTTTCGA
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TTGATTGATGCGATCCGTGGATCGACGGCTATAACGATTTCTAATAATTACTTGACGCAT
CACAAT

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DS 

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TGACTATACACATTGGGAAATGTATGCAATTGGAGGAAGTGCTAATCCTACCATCAACTC
CCAAGGCAACCGTTTCCTTGCTCCTGATAACTCTTTTAGCAAAGAGGTAACAAAGCATGA
GGATGCGCCAGAAAGCGAATGGAGTCATTGGAATTGGAGATCCGAAGGAGATCTAATGCT
TAATGGTGCATTCTTTACACTTTCTGGAGCTGGACCAACTAAATCGTCAAGCTATTCGAG
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TGCACTCAGCTGCAAAAAGGGTTCCCACTGCTGATCATGGCCCCACCAGCTTGTATGTAT
TTATGTATATATAATATAATGAAACCAGCAATTCAAAGCTAGTTGTGTAATAATCTTGAT
GAAGAAGTGACGAGGAGTTGATTACG

QA 1 626 1 626
DS 

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TCATCCAT
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TGGGGTTGATCATTGCTCGCTCTCGAATTGTAACGATGGGTTGATTGATGCGATCCGTGG
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GGGTCATAGTGATACGTACGAGCAAGACAAGAATATGCAAGTCACTATCGCTTTTAACCA
CTTTGGAGAAGGCCTTGTCCGAAGAATGCCAAGGTGTCGACATGGATATTTCCATGTGGT
GAACAATGACTATACACATTGGGAAATGTATGCAATTGGAGGAAGTGCTAATCCTACCAT
CAACTCCCAAGGCAACCGTTTCCTTGCTCCTGATAACTCTTTTAGCAAAGAGGTAACAAA
GCATGAGGATGCGCCAGAAAGCGAATGGAGTCATTGGAATTGGAGATCCGAAGGAGATCT
AATGCTTAATGGTGCATTCTTTACACTTTCTGGAGCTGGACCAACTAAATCGTCAAGCTA
TTCGAGAGCCTCAAGTCTAGCTGCTCGACCGTCCTCTAATGTTGGTGAGATAACTATATC
ATCTGGTGCACTCAGCTGCAAAAAGGGTTCCCACTGCTGATCATGGCCCCACCAGCTTGT
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CTTGATGAAGAAGTGACGAGGAGTTGATTACGTTTGAGTTTGGTCCTTGTGTCGGCAAAA
CTTACTAGTATCACTAAACACGTTTAACCAAAACC

QA 9 883 9 883
DS 



AS 1 2

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TTTCAAATGTGAGAAGTAATAGTGAGACTTTCGTCTTATTCTTTTGTTCACCAAAATTAA
TATCAAAGAACAAAAAGAGAAAAATCAATCAAGCTCCATATCATCCGAGTTTCGACGTCC
GTGGGATCCATTATGTTCCGATTTTGTGGGAGGAGAGTTTGACTTCCCAATGTACTTGCA
CGTCGCGTTAAGAGCATCGGCCTTTCTCCTGATTTCACCAGATTGCAGCTCCGGATGGCT
ATGTGATTCTTGTTCCGTGGTTCTCTCGTGGAGCCACCTCTCGACTTTCTTACATTCATC
AAGAACCGCGTTCTTTCTTGGAGGAGGAAGAGACTCTGCAGCCATTCTATAATCTGCTAT
AGTTTTCGCAAGATCTTTTGATGCTTTTACTCGCTCTTCACCATCTTTAAACCGATTTTC
AATAGGATCAATGAGCTTTTTGATGTCATTCAACTTCTCGATGTAAGCATTTTCAGATTC
ATCATCACCATCTTCGTATAGCCATTCCTCTGTTTCTTGAAGATTTCTAGCGATGCATTC
CCGTTCTGACTCAGTTGCAGTGCTTCTATATGTATTTAACATCTTATCACGCATCCCATA
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GACGTTCTCAACAACTGAAATTTTCGTTCTTTTGATTGCCTTCTGATCGTTACCAGTAGA
ACCATCCTTTGTCGCAGGAGATTGATGGTTATTTTCGGATACTGTCCCTTCAGAAGTCGT
ATTCTCCTTAGGATCCTCTATTAGAAAAGCTGAATGGATGGTGACAATCCCGTGGAGATT
TAGCTGAACTCTTACTTTGACACGTGCTGCTTCTCCGTGGGAACTTTGAAAAGGACCAAT
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GGCTTCCAAATGAAACGTGTTTTCTCTACGC


BQ
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GACG
CT

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DS 

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CTTTGTCGACTCCATCTTCAGATCTTGCTCCACCAAAGAGTTTTCTCTCTGTTTGGCTTC
CGATAACTCATTCTTTGTCAATGCACCAGAGACGTTCTCAACAACTGAAATTTTCGTTCT
TTTGATTGCCTTCTGATCGTTACCAGTAGAACCATCCTTTGTCGCAGGAGATTGATGGTT
ATTTTCGGATACTGTCCCTTCAGAAGTCGTATTCTCCTTAGGATCCTCTATTAGAAAAGC
TGAATGGATGGTGACAATCCCGTGGAGATTTAGCTGAACTCTTACTTTGACACGTGCTGC
TTCTCCGTGGGAACTTTGAAAAGGACCAATCGTAAAGCTTCCTATCCGACTTGGTGAATC
TGGAGATATTTCGTTATGGTCTGCGTAAAAGGCTTCCAAATGAAACGTGTTTTCTCTACG
C

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AS 1 3

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TAAGAAGACTGAAGAAGCTTCTAAAGGACAGGGAGGAAAAGAGACTGAGACTGTGGACTC
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TTTGTTTCATTCG


BQ
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AF RR1C147TF U 1
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TTCCTGTCTGGTTCGCATCGAGAATGGAGGATATGCCGCCCCTAAGAGAATTTCATTTGT
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TCTTCTTAAGTTACTGAGGAAGCACTCAGGAGAACAGAGCAAGAAGAACGTTAGCAACTT
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QA 1 750 1 750
DS 

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G
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GTCGGAACGAAGATAGAGACGGTTTAGACGGTGGTGGCGGTGGTCTTGAAGACTCTGAGA
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GACAGGGAGGAAAAGAGACTGAGACTGTGGACTCTCTTCTTAAGTTACTGAGTAAGCACT
CAGGAGAACAGAGCAAGAAGAACGTTAGCAACTTTGATTCTGAAAAGCAGCTACAAGGAG
ATGATCATGATGGTGATGATGATGATGCTGAAAGACAGGTTCACAGTTCCAATCATTTTG
ATTCGCGAAACAGGGATCATAATGCAACACGTTTTACCAGGCCAGCCTCAAGCTTCAGGC
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ATGAGGCGTCAAGTTACAGTGTGACTTGGACTCAGAAAAAGGATCAAGTGGATTCACGTG
ATGAACCTGAATACGAGCCCGAGCCTGTTTATGAACCTGAATCTGAACCAGGACTTGGCC
TTCTCGAAT

QA 2 730 2 730
DS 

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AGCTACAAGGAGATGATCATGATGGTGATGATGATGATGCTGAAAGACAGGTTCACAGTT
CCAATCATTTTGATTCGCGAAACAGGGATCATAATGCAACACGTTTTACCAGGCCAGCCT
CAAGCTTCAGGCGCAATTCACCTGTACCGAGACATAAGCCTCAGTCCAGCTACTCTAGTG
AGGCCATTTTTGATGAGGCGTCAAGTTACAGTGTGACTTGGACTCAGAAAAAGGATCAAG
TGGATTCACGTGATGAACCTGAATACGAGCCCGAGCCTGTTTATGAACCTGAATCTGAAC
CAGGACTTGGCCTTCTCGAATCAGAGCCAGAGCTGAAACCAGAGTCATTTTACCATGAGG
AGGATGAGGATCATGATGTCATTGTAGATGAATTAGCAGTTGATGAAGATGATGATGATG
ATGATGAGTCTATCAATGCTGAGGAAGAAACTGAGAAAGATGAAGACTTGAGTGCACTGA
AGTTGATAGAACTTAGAGCCATAGCAAAATCAAGGGGTCTTAAAGGGATTTCAAAGATGA
AGAAAGCAGAGCTGTTGAATTTGCTGTGTAGTAATAAAGCATGATGATAGGAATGAACAA
GAACACTGTTTTAGTTTTTTTGATACAGCCAATCAATCTCCAAATATTTGTTTCATTCG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 3

CO CL3899Contig1 942 3 10 U
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TTTAAACGTACAATTTGTTACATTTCGAAAATGAGACACTGTTGTAATGGAATGATATTT
GCATCTATCATTCAGCGCCGAAAAGCATTGCCTTCAGCTTCGGCTCCACGCTGTGAATAA
TAGCTTCTACGGCGCACACTTTCTTCAATAGTGGAGCTTCCACCTTTCTCAACTCCATAC
ACACTTTTATTAGCGGCATCCAAAAAGCTTTTCCCTAACGAGTTTTTGTTCTTACTAGCT
TCCACTGCATCAGTTTCATCAGCTTTCTTCAACCTACTCCATCTCTGCTCCTCATGCACC
TCTGCGTCCATCTGCATTTGCTTAAATCTAGCAGCTCTCTCTTCCTCTGATAATTTAGAG
CCGCCACCCTTCCGGCGTCTATTCTGGAATCCATTGTCCTCTCTCGAGGGGGGCTTGACA
TTGCTTAAGTCCTCTGTTTTCCTTTTTCTGTCCTCTTGATCATAACTCCTGAGATTTTCC
CTTTCCAAACGGCTGCCGCGGTAAGGAGAGTGGGTCCTATAATTCTCACTGGGTCGATCT
TCTCTACGACTTTCTCTTCTTTTGGACACATCATCCACCTCTGACCTTCGCCTCTCATAG
TGCTTATCTTGACTTTCTCTTCTTTTGGACTCATCATCCAACTCCGACCTCCGTCTCTCG
TAGTGCTTATCGTGACTTTCTCCTCTCCTTTTGGACTCATCCTCTAAGTCAGACCTTCGT
CTTTCATAGTGCTTATCACGACTTTCCCTCTCGTAGAGTTTGTCATGATCCCCCGATGCT
CTGTAATGACGTGATTTTCTTCCAGTCTCTTCAACAGAATCTTCACCTGAATCAGAATGG
TGTCTGGATTGCTTACGATGCTTACGCTTTTTCTTGTGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DU23JQ U 173
AF RR1B409JQ U 1
AF RR1DU23TF C 186
BS 1 191 RR1B409JQ
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CCTTTCCAAAC

QA 8 378 8 378
DS 

RD RR1B409JQ 813 0 0
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TCCACTGCATCAGTTTCATCAGCTTTCTTCAACCTACTCCATCTCTGCTCCTCATGCACC
TCTGCGTCCATCTGCATTTGCTTAAATCTAGCAGCTCTCTCTTCCTCTGATAATTTAGAG
CCGCCACCCTTCCGGCGTCTATTCTGGAATCCATTGTCCTCTCTCGAGGGGGGCTTGACA
TTGCTTAAGTCCTCTGTTTTCCTTTTTCTGTCCTCTTGATCATAACTCCTGAGATTTTCC
CTTTCCAAACGGCTGCCGCGGTAAGGAGAGTGGGTCCTATACTTCTCACTGGGTCGATCT
TCTCTACGACTTTCTCTTCTTTTGGACTCATCATCCACCTCTGACCTTCGCCTCTCATAG
TGCTTATCTTGACTTTCTCTTCTTTTGGACTCATCATCCAACTCCGACCTCCGTCTCTCG
TAGTGCTTATCGTGACTTTCTCCTCTCCTTTTGGACTCATCCTCTAAGTCAGACCTTCGT
CTTTCATAGTGCTTATCACGACTTTCCCTCTCG

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1DU23TF 757 0 0
TCTACGGCGCACACTTTCTTCAATAGTGGAGCTTCCAC*TTTCTCAACTCCATACACACT
TTTATTAGCGGCATCCAAAAAGCTTTTCCCTAACGAGTTTTTGTTCTTACTAGCTTCCAC
TGCATCAGTTTCATCAGCTTTCTTCAACATACTCCATCTCTGCTCCTCATGCACCTCTGC
GTCCATCTGCATTTGCTTAAATCTAGCAGCTCTCTCTTCCTCTGATAATTTAGAGCCGCC
ACCCTTCCGGCGTCTATTCTGGAATCCATTGTCCTCTCTCGAGGGGGGCTTGACATTGCT
TAAGTCCTCTGTTTTCCTTTTTCTGTCCTCTTGATCATAACTCCTGAGATTTTCCCTTTC
CAAACGGCTGCCGCGGTAAGGAGAGTGGGTCCTATAATTCTCACTGGGTCGATCTTCTCT
ACGACTTTCTCTTCTTTTGGACACATCATCCACCTCTGACCTTCGCCTCTCATAGTGCTT
ATCTTGACTTTCTCTTCTTTTGGACTCATCATCCAACTCCGACCTCCGTCTCTCGTAGTG
CTTATCGTGACTTTCTCCTCTCCTTTTGGACTCATCCTCTAAGTCAGACCTTCGTCTTTC
ATAGTGCTTATCACGACTTTCCCTCTCGTAGAGTTTGTCATGATCCCCCGATGCTCTGTA
ATGACGTGATTTTCTTCCAGTCTCTTCAACAGAATCTTCACCTGAATCAGAATGGTGTCT
GGATTGCTTACGATGCTTACGCTTTTTCTTGTGCTCC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 3

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CCTTCTCAAGTGCTCAGCTGTTCTCGTCCAGCCTCTGAGCAAGCATGATCTTGATAGTTC
CGGAAGAATTGTCACTTTAGATATACCATTACCCCTGAAGAACTCTGATGGTTCCATTCC
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AACGAAGCTGGCGAACAACATGGAACTGTGGACAGTCGGTTACATTCGCCTTTTGAAACT
CTTTAAAGCAAAGGATCCAGCAGGGTACTTCTCTCCGGATGATGATGAGAAGTATGAATG
GGTGCCTTTAACCGTGGAGTTTGGGCTGCCACTTTTCAGTCCAAAGCTATGCAACCATAT
CTGCAAAAGAATCGTCTCATCACAGTTACTTCAGGCAGATTCGCTCATGGAACAACACAA
CGCAATGCAATGCATAAGGAAAAGGGTGAAAGATATATGCGCACAGTACCAAGCAACAGG
TCCAGCTGCTAAACTTCTTTACCAGAAAGAACAAGCAAAGGACGCTCCTCGTAGTAAGCT
CATGAACTATGCAAGCGGCAAATGGAACCCACTCGTGGACCCTTCCTCACCAATTTCAGG
TGCCACGAGCGAGTTTCAACGGCTGAAACTAGCTAATCGCCAACGTTGCCGGACTGAAGT
TCTTAGCTTTGATGGTAGCATCCTAAGATCCTACACTTGTCCTGTATATGAAGCTGCCAC
TAGGACCATAGACGAGAATGCACCTTCAACTGCAACAAAGGCAGATGCTGAAGAAGCAGA
TAGCCGAGAAGTGGTTCTCCCAGGACTGAACCTTGTGTATGATGGTTCAGAGTTGCACCC
TTTCGACATTGGTGCTTGCCTTCAAGCTCGTCAACCAGTTGCCCTCATTGCAGAAGCTGC
TGCTGCATCTGCAGTCCTCGCCCCCAAGTAGTAAACTCTCACGGATGCTTTATCAAAACT
TTTCACAGGACATCAAGTGAAGGGCGACTAAGAGATCCTGATTTTTATCCGTGTTTCAAA
GTTTTACTAGTCTGTCCCTTTGCAGCTGCATATATACTTTGGGGTTATTTCGGTCACTCA
AGTTCTTGACCAAATAATTTCGGTTTGGATTTGGGTTGGTTTGATGTGAATTTTGTTTAA
TTTTATGCAAATCTGCAACAGTGTTGGTGGTTTTAAGACATGCAAAGAGAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AJ16TF U 1
AF RR1D780TF U 308
AF RR1AJ16JQ C 586
BS 1 402 RR1AJ16TF
BS 403 403 RR1D780TF
BS 404 505 RR1AJ16TF
BS 506 506 RR1D780TF
BS 507 783 RR1AJ16TF
BS 784 784 RR1D780TF
BS 785 808 RR1AJ16TF
BS 809 1251 RR1AJ16JQ

RD RR1AJ16TF 813 0 0
GGGAAACAAGTTTGAAGGTAACTTGGTCAAGGGAAGTATACTGCTACACTGTTTGAATTG
CCTTCTCAAGTGCTCAGCTGTTCTCGTCCAGCCTCTGAGCAAGCATGATCTTGATAGTTC
CGGAAGAATTGTCACTTTAGATATACCATTACCCCTGAAGAACTCTGATGGTTCCATTCC
TCATTTCGCCGACGAGCTTGGCCTTCCACTTGAGGAAAACACAAAGCTGAACTCGCTCTT
AACGAAGCTGGCGAACAACATGGAACTGTGGACAGTCGGTTACATTCGCCTTTTGAAACT
CTTTAAAGCAAAGGATCCAGCAGGGTACTTCTCTCCGGATGATGATGAGAAGTATGAATG
GGTGCCTTTAACCGTGGAGTTTGGGCTGCCACTTTTCAGTCCGAAGCTATGCAACCATAT
CTGCAAAAGAATCGTCTCATCACAGTTACTTCAGGCAGATTCGCTCATGGAACAACACAA
CGCAATGCAATGCATAAGGAAAAGGTTGAAAGATATATGCGCACAGTACCAAGCAACAGG
TCCAGCTGCTAAACTTCTTTACCAGAAAGAACAAGCAAAGGACGCTCCTCGTAGTAAGCT
CATGAACTATGCAAGCGGCAAATGGAACCCACTCGTGGACCCTTCCTCACCAATTTCAGG
TGCCACGAGCGAGTTTCAACGGCTGAAACTAGCTAATCGCCAACGTTGCCGGACTGAAGT
TCTTAGCTTTGATGGTAGCATCCTAAGATCCTACACTTGTCCTGTATATGAAGCTGCCAC
TAG*ACCATAGACGAGAATGCACCTTCA
CTGCA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1D780TF 513 0 0
GCAAAGGATCCAGCAGGGTACTTCTCTCCGGATGATGATGAGAAGTATGAATGGGTGCCT
TTAACCGTGGAGTTTGGGCTGCCACTTTTCAGTCCAAAGCTATGCAACCATATCTGCAAA
AGAATCGTCTCATCACAGTTACTTCAGGCAGATTCGCTCATGGAACAACACAACGCAATG
CAATGCATAAGGAAAAGGGTGAAAGATATATGCGCACAGTACCAAGCAACAGGTCCAGCT
GCTAAACTTCTTTACCAGAAAGAACAAGCAAAGGACGCTCCTCGTAGTAAGCTCATGAAC
TATGCAAGCGGCAAATGGAACCCACTCGTCGACCCTTCCTCACCAATTTCAGGTGCCACG
AGCGAGTTTCAACGGTTGAAACTAGCTAATCGCCAACGTTGCCGGACTGAAGTTCTTAGC
TTTGATGGTAGCATCCTAAGATCCTACACTTGCCCTGTATATGAAGCTGCCACTAGGACC
ATAGACGAGAATGCACCTTCA
ACTGCATCAAAG

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR1AJ16JQ 666 0 0
TCCTCGTAGTAAGCTCATGAACTATGCAAGCGGCAAATGGAACCCACTCGTGGACCCTTC
CTCACCAATTTCAGGTGCCACGAGCGAGTTTCAACGGCTGAAACTAGCTAATCGCCAACG
TTGCCGGACTGAAGTTCTTAGCTTTGATGGTAGCATCCTAAGATCCTACACTTGTCCTGT
ATATGAAGCTGCCACTAGGACCATAGACGAGAATGCACCTTCAACTGCAACAAAGGCAGA
TGCTGAAGAAGCAGATAGCCGAGAAGTGGTTCTCCCAGGACTGAACCTTGTGTATGATGG
TTCAGAGTTGCACCCTTTCGACATTGGTGCTTGCCTTCAAGCTCGTCAACCAGTTGCCCT
CATTGCAGAAGCTGCTGCTGCATCTGCAGTCCTCGCCCCCAAGTAGTAAACTCTCACGGA
TGCTTTATCAAAACTTTTCACAGGACATCAAGTGAAGGGCGACTAAGAGATCCTGATTTT
TATCCGTGTTTCAAAGTTTTACTAGTCTGTCCCTTTGCAGCTGCATATATACTTTGGGGT
TATTTCGGTCACTCAAGTTCTTGACCAAATAATTTCGGTTTGGATTTGGGTTGGTTTGAT
GTGAATTTTGTTTAATTTTATGCAAATCTGCAACAGTGTTGGTGGTTTTAAGACATGCAA
AGAGAA

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 3

CO CL3901Contig1 686 3 3 U
GGGATCTCGTCGACGATGAAATCCGCTTTAGATTTTGCTTTACCGGCTACCTTCCCGGCG
AAATCGAGTTTTGTTGGCGGAAGAGCTCGACGCGTGATTCCTTCTCCTAGATTATTCGGT
TCCCGCGTAAGAGTGTGCTCTCTTCCTCCTCCTTCTTCCTCTCTCAAGGCCGAATCATGT
TTAAAAAGAGAAGTGAACAGACAATTAAGCAGTCTTGAGTCGATGTTCTGTTACGACAAG
CCGATACCTGAGGAGATCATCGATGAGCCTGTCGGATTATCTATGTCCGAGAAAGAGATC
GGGGATAATAACCGTTGCACTTGTTGCGAAGCTAAAGGTGCATTGCTTTGTGCCACTTGC
TCTGGAACTGGTCTTTACGTTGACTCCATTATGGAGAGCCAAGGCATCATTGTTAAAGTC
CGTTGCTTAGGTTGTGGTGGAAGTGGTAACATTATGTGTAAAAGCTGTGGCGGGCGTGGT
CACGTAGGTCATTGATGACCCCCATGTTTCACTTTGTTTTTAGTCATGTTTTTGCCACTT
TTATGTGTTGTGACTTTCTCTGATCTTATCGCAGAATCCTTCCTTTGTCAGTTCCATATA
TAGATTTGTGTTCTTGTAATGATGTAATCCACAGTTTTGTAAAAGGCTCGATTCATCTTC
TGTGGTTAAATATAAAATTGTATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DP35TF U 1
AF RR1E303TF U 44
AF RR1DP35JQ C 75
BS 1 645 RR1DP35TF
BS 646 646 RR1E303TF
BS 647 686 RR1DP35TF

RD RR1DP35TF 686 0 0
GGGATCTCGTCGACGATGAAATCCGCTTTAGATTTTGCTTTACCGGCTACCTTCCCGGCG
AAATCGAGTTTTGTTGGCGGAAGAGCTCGACGCGTGATTCCTTCTCCTAGATTATTCGGT
TCCCGCGTAAGAGTGTGCTCTCTTCCTCCTCCTTCTTCCTCTCTCAAGGCCGAATCATGT
TTAAAAAGAGAAGTGAACAGACAATTAAGCAGTCTTGAGTCGATGTTCTGTTACGACAAG
CCGATACCTGAGGAGATCATCGATGAGCCTGTCGGATTATCTATGTCCGAGAAAGAGATC
GGGGATAATAACCGTTGCACTTGTTGCGAAGCTAAAGGTGCATTGCTTTGTGCCACTTGC
TCTGGAACTGGTCTTTACGTTGACTCCATTATGGAGAGCCAAGGCATCATTGTTAAAGTC
CGTTGCTTAGGTTGTGGTGGAAGTGGTAACATTATGTGTAAAAGCTGTGGCGGGCGTGGT
CACGTAGGTCATTGATGACCCCCATGTTTCACTTTGTTTTTAGTCATGTTTTTGCCACTT
TTATGTGTTGTGACTTTCTCTGATCTTATCGCAGAATCCTTCCTTTGTCAGTTCCATATA
TAGATTTGTGTTCTTGTAATGATGTAATCCACAGTTTTGTAAAAG*CTCGATTCATCTTC
TGTGGTTAAATATAAAATTGTATCCT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1E303TF 621 0 0
G
GGCTACCTTCCCGGCGAAATCGAGTTTTGTTGGCGGAAGAGCTCGACGCGTGATTCCTTC
TCCTAGATTATTCGGTTCCCGCGTAAGAGTGTGCTCTCTTCCTCCTCCTTCTTCCTCTCT
CAAGGCCGAATCATGTTTAAAAAGAGAAGTGAACAGACAATTAAGCAGCCTTGAGTCGAT
GTTCTGTTACGACAAGCCGATACCTGAGGAGATCATCGATGAGCCTGTCGGATTATCTAT
GTCCGAGAAAGAGATCGGGGATAATAACCGTTGCACTTGTTGCGAAGCTAAAGGTGCATT
GCTTTGTGCCACTTGCTCTGGAACTGGTCTTTACGTTGACTCCATTATGGAGAGCCAAGG
CATTATTGTTAAAGTCCGTTGCTTAGGTTGTGGTGGAAGTGGTAACATTATGTGTAAAAG
CTGTGGCGGGCGTGGTCACGTAGGTCATTGATGACCCCCATGTTTCACTTTGTTTTTAGT
CATGTTTTTGCCACTTTTATGCGTTGTGACT**CTCTGATCTTATCGCAGAATCCTTCCT
TTGTCAGTTCCATATATAGATTTGTGTTCTTGTAATGATGTAATCCACAGTTTTGTAAAA
GGCTCGATTCATCTTCTGTG

QA 2 621 2 621
DS 

RD RR1DP35JQ 612 0 0
TGGCGGAAGAGCTCGACGCGTGATTCCTTCTCCTAGATTATTCGGTTCCCGCGTAAGAGT
GTGCTCTCTTCCTCCTCCTTCTTCCTCTCTCAAGGCCGAATCATGTTTAAAAAGAGAAGT
GAACAGACAATTAAGCAGTCTTGAGTCGATGTTCTGTTACGACAAGCCGATACCTGAGGA
GATCATCGATGAGCCTGTCGGATTATCTATGTCCGAGAAAGAGATCGGGGATAATAACCG
TTGCACTTGTTGCGAAGCTAAAGGTGCATTGCTTTGTGCCACTTGCTCTGGAACTGGTCT
TTACGTTGACTCCATTATGGAGAGCCAAGGCATCATTGTTAAAGTCCGTTGCTTAGGTTG
TGGTGGAAGTGGTAACATTATGTGTAAAAGCTGTGGCGGGCGTGGTCACGTAGGTCATTG
ATGACCCCCATGTTTCACTTTGTTTTTAGTCATGTTTTTGCCACTTTTATGTGTTGTGAC
TTTCTCTGATCTTATCGCAGAATCCTTCCTTTGTCAGTTCCATATATAGATTTGTGTTCT
TGTAATGATGTAATCCACAGTTTTGTAAAAGGCTCGATTCATCTTCTGTGGTTAAATATA
AAATTGTATCCT

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 3

CO CL3902Contig1 1207 3 6 U
GGGATTCATCTTCCTACTTCCGTTTCTCCTCTTTATTTCATCCATAATCAATCATGGATT
TATGGTTTCGTTTCGTCTTCTTATTTTGCTTCTTATTTATACCAAAATCCCCTTTCATTT
TCGCCACCCTAATCGAAAATCCCTTTTCCTTACCGAAGAACCATGTCGACAAAGCCAAAC
GGCAAATCAATCATCTCCTCCTCCGATGACAACGGTGATAATAAAAACAGATCTAATTCA
CTTATCTCCGCCGCGGTGAAAGCAAAGGGCAAGGCGCATGTTTCTTCCTCCAACGACAAT
CGCAGTTATGTTTTTCAACGAAGTATCCCTGGACCCTCAAGAAGCCGATTTGCGGTTTCG
TCTGATTCACTTCTGGGAGGCTCGAAACCCACTGAAGAAGACTCTGATCGGTCTTGAGAT
GCTTCTCATCGATAAACAGATGTGATTGGACACTTAAAATTGGTCAACGGCCAGAGTCTC
AATGAGAGTCCCTTCATTGACGATGCCGAGCTCGCAACCACCCGCCGTATATTGGTGCAT
GTGCAGTCTCATGAGTAAGTGTTTACGTTTACTATTTTTAAAATCACACACACTATGCTA
TTTTTTGAACATAAATGTTTATTGCTTGCATGAGACCTGTTATGACGCTCTATCTTGGGG
ACCAAGCTGCTTTTGATTTTCGCAAGAAGTTTAGATCTTCTAAGAACACTCCTTCCGTAA
TTTTGGTGACTACTGTTTACCCCAAGTGTGTAGAAGGCACACTTGCTCTCACATCCATGG
CCTCTTCACGTGTGTTTTTAGACTACGATGTCCAACCAACTAAGGAGTATATCGGCTGGT
CAGTGCAGATGTTGTTACAAAAACTGAGACGTTGACTATTGGAGAAATATTCTCCTACAT
GAAGCAGGAATCTGCAAAGCTTATAATTAAGAAGTTTTTCTTCTTATCTTATTTTATTTT
ATAATCATTGCACCAAACTTTCAATAAATAAACTCAATTTTTTATTAAATTATTTTTTTG
AAACATTATTTCTGCTCATTGCGCAGGAGTAAGGGTATTCAATCCGGATTTCGGTTCGGT
TTCACCGTTTCAGTTCATTTTATTTGGTTTTTTTATTTATACAAATTTACTACCATATTA
ACATTGTATCTACTTCGATTTGGTTCGTTTTATACACTATCAGTTAATTCAATAGACTAT
AGAATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BF38TF U 1
AF RR1BF38JQ C 361
AF RR1DO27TF U 656
BS 1 755 RR1BF38TF
BS 756 756 RR1DO27TF
BS 757 810 RR1BF38TF
BS 811 976 RR1DO27TF
BS 977 977 RR1BF38JQ
BS 978 1207 RR1DO27TF

RD RR1BF38TF 810 0 0
GGGATTCATCTTCCTACTTCCGTTTCTCCTCTTTATTTCATCCATAATCAATCATGGATT
TATGGTTTCGTTTCGTCTTCTTATTTTGCTTCTTATTTATACCAAAATCCCCTTTCATTT
TCGCCACCCTAATCGAAAATCCCTTTTCCTTACCGAAGAACCATGTCGACAAAGCCAAAC
GGCAAATCAATCATCTCCTCCTCCGATGACAACGGTGATAATAAAAACAGATCTAATTCA
CTTATCTCCGCCGCGGTGAAAGCAAAGGGCAAGGCGCATGTTTCTTCCTCCAACGACAAT
CGCAGTTATGTTTTTCAACGAAGTATCCCTGGACCCTCAAGAAGCCGATTTGCGGTTTCG
TCTGATTCACTTCTGGGAGGCTCGAAACCCACTGAAGAAGACTCTGATCGGTCTTGAGAT
GCTTCTCATCGATAAACAGATGTGATTGGACACTTAAAATTGGTCAACGGCCAGAGTCTC
AATGAGAGTCCCTTCATTGACGATGCCGAGCTCGCAACCACCCGCCGTATATTGGTGCAT
GTGCAGTCTCATGAGTAAGTGTTTACGTTTACTATTTTTAAAATCACACACACTATGCTA
TTTTTTGAACATAAATGTTTATTGCTTGCATGAGACCTGTTATGACGCTCTATCTTGGGG
ACCAAGCTGCTTTTGATTTTCGCAAGAAGTTTAGATCTTCTAAGAACACTCCTTCCGTAA
TTTTGGTGACTACTGTTTACCCCAAGTGTGTAGAAAGCACACTTGCTCTCACATCCATGG
CCTCTTCACGTGTGTTTTTAGACTACGATG

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1BF38JQ 665 0 0
TCTGATTCACTTCTGGGAGGCTCGAAACCCACTGAAGAAGACTCTGATCGGTCTTGAGAT
GCTTCTCATCGATAAACAGATGTGATTGGACACTTAAAATTGGTCAACGGCCAGAGTCTC
AATGAGAGTCCCTTCATTGACGATGCCGAGCTCGCAACCACCCGCCGTATATTGGTGCAT
GTGCAGTCTCATGAGTAAGTGTTTACGTTTACTATTTTTAAAATCACACACACTATGCTA
TTTTTTGAACATAAATGTTTATTGCTTGCATGAGACCTGTTATGACGCTCTATCTTGGGG
ACCAAGCTGCTTTTGATTTTCGCAAGAAGTTTAGATCTTCTAAGAACACTCCTTCCGTAA
TTTTGGTGACTACTGTTTACCCCAAGTGTGTAGAAGGCACACTTGCTCTCACATCCATGG
CCTCTTCACGTGTGTTTTTAGACTACGATGTCCAACCAACTAAGGAGTATATCGGCTGGT
CAGTGCAGATGTTGTTACAAAAACTGAGACGTTGGCTGTTGGAGAAATATTCTCCTACAT
GAAGCAGGAATCTGCAAAGCTTATAATTAAGAAGTTTTTCTTCTTATCTTATTTTATTTT
ATAATCATTGCACCAAACTTTTAATAAATAAACTCAATTTTTTATTAAATTATTTTTTT
TGAAAC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1DO27TF 552 0 0
G
GGGGACCAAGCTGCTTTTGATTTTCGCAAGAAGTTTAGATCTTCTAAGAACACTCCTTCC
GTAATTTTGGTGACTACTGTTTACCCCAAGTGTGTAGAAGGCACACTTGCTCTCACATCC
ATGGCCTCTTCGCGTGTGTTTTTAGACTACGATGTCCAACCAACTAAGGAGTATATCGGC
TGGTCAGTGCAGATGTTGTTACAAAAACTGAGACGTTGACTATTGGAGAAATATTCTCCT
ACATGAAGCAGGAATCTGCAAAGCTTATAATTAAGAAGTTTTTCTTCTTATCTTATTTTA
TTTTATAATCATTGCACCAAGCTTTCAATAAATAAACTCAATTTTTTATTAAATTATTTT
TTTGAAACATTATTTCTGCTCATTGCGCAGGAGTAAGGGTATTCAATCCGGATTTCGGTT
CGGTTTCACCGTTTCAGTTCATTTTATTTGGTTTTTTTATTTATACAAATTTACTACCAT
ATTAACATTGTATCTACTTCGATTTGGTTCGTTTTATACACTATCAGTTAATTCAATAGA
CTATAGAATTG

QA 2 552 2 552
DS 



AS 1 2

CO CL3903Contig1 258 2 3 U
GAAGTCAGAAGTGTTCATTAAGATAAGAGTCTTAAAAGCATTCAAAATTGATACTTAATG
TCTCATATGAATGTAATATTTAGGAGTTGAACTATGGATTGACCACAGCTTGTATCTGCT
CCAATGTCTTCCCTTTGGTTTCGGGCACCACGGCAATGACAAAAACAATGGCCAGCGCGT
TGATCACCGCATAAATAATGAAAGTTCCATAAAAGCTCCAAAACATAAGGAAGTTGAAAG
TGTAAGAAACGGCCCACC


BQ
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AF RR1BW73TF C 1
AF RR1BW73JQ U 31
BS 1 30 RR1BW73TF
BS 31 245 RR1BW73JQ
BS 246 258 RR1BW73TF

RD RR1BW73TF 258 0 0
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TCTCATATGAATGTAATATTTAGGAGTTGAACTATGGATTGACCACAGCTTGTATCTGCT
CCAATGTCTTCCCTTTGGTTTCGGGCACCACGGCAATGACAAAGACAATGGCCAGCGCGT
TGATCACCGCATAAATAATGAAAGTTCCATAAGAGCTCCAAGACATAAGGAAGTTGAAAG
TGTAAGAAACGGCCCACC

QA 1 258 1 258
DS 

RD RR1BW73JQ 219 0 0
CTTAAAAGCATTCAAAATTGATACTTAATGTCTCATATGAATGTAATATTTAGGAGTTGA
ACTATGGATTGACCACAGCTTGTATCTGCTCCAATGTCTTCCCTTTGGTTTCGGGCACCA
CGGCAATGACAAAAACAATGGCCAGCGCGTTGATCACCGCATAAATAATGAAAGTTCCAT
AAAAGCTCCAAAACATAAGGAAGTTGAAAGTGTAA
AAAA

QA 1 215 1 215
DS 



AS 1 2

CO CL3904Contig1 1163 2 4 U
GGATCGTTTCTCTTCGGAATCGGTGGATGGGACGATCCAGTTCCTGTAACGGTTTTCGTG
GTGATTAATCGTCTTAAATCCTCTTAATTCGTGAGCCCACCTCGAAGCTTTTGTTTGTGA
TGTTCGTCGGCGAGTTCTGGTATAAATAAGTTACGATCTTTTCACTGCGAATCGCGATCT
CTACATCTCAATTCTACTCATCTCACTCACATACATCTCGATCCACACACATCGCGTTGG
CTGAGATGTTCGTTCTTCCACTGTCGAGGTGCAATTGATCAGGTTTTTAGATGTAAAAGC
ATCTTCTTTTTCTTATGGGTTTCAGTGATTTGGAGCAGAATATGGTTTATTGCAGTCTAA
TGGCTGACTCATCGGTTTATCTTGCACTGGCCACTGTTCTTTCACTTGATGTGCGAGTTC
TCAGATCTGGGAGGCGAGGAACATGAAAAGCTGTGGCGAGTTAATTGGGTCTGAACATGC
TTCTTGATGTAAAGATTCTTCTTCCTTGATCAGAGAACATGGTATCTAGATCACCATAGA
ACCTGAGTCATCACCACCACGTACTGGAGAAGGATCCGGTGAGAAGATTTGGACATCAGA
CTGAACTTGGTGTGATGTTGGATGAAGATTTAGTAGACTACAATGGAAATAATATAAAGA
GATGATGTAGCTTATGGTGGAATCTGTAAGGAAACAATCCCTGGAGCTGCATGAGAAAAA
AGGATTATGATTTAAAACAGTCTTTGGAAGAACAATTAGTCTCAACGACAAAGAAATGTG
AAAAGCAAAAGAGAGAGCTTCAAGTTAGAAGGAACTTGAAGGAGAAGAACTTGAAGAAAG
AGAGGAGGAGCTTAAATGGAAGGAGGTTGAACAATCATAACTAGCTGAGAATAGAAAGAG
ATCCAAAGATGAATTTGAGCCTTCATTGCTGGCTGAGAAGGATAGAGAGATGACGATCCT
ACAAGAATAGACTCAATCAGTCAATTGTTTTTAGTTTTCTCTAGACCATAACAGAAGAAG
TTGAAAAAAAGGAAAATACAGAAGAATAAAATATTACAGAGATAAAACTACTTATGAAAT
GTTTATAATAGACAAACATACTGCTCTCTTCTCTTTCCAAATGTTTTTCTAGATATTCTA
TCAACCCTGGAATAGTGCAACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AQ01TF U 1
AF RR1AQ01JQ C 359
BS 1 789 RR1AQ01TF
BS 790 790 RR1AQ01JQ
BS 791 809 RR1AQ01TF
BS 810 1163 RR1AQ01JQ

RD RR1AQ01TF 813 0 0
GGATCGTTTCTCTTCGGAATCGGTGGATGGGACGATCCAGTTCCTGTAACGGTTTTCGTG
GTGATTAATCGTCTTAAATCCTCTTAATTCGTGAGCCCACCTCGAAGCTTTTGTTTGTGA
TGTTCGTCGGCGAGTTCTGGTATAAATAAGTTACGATCTTTTCACTGCGAATCGCGATCT
CTACATCTCAATTCTACTCATCTCACTCACATACATCTCGATCCACACACATCGCGTTGG
CTGAGATGTTCGTTCTTCCACTGTCGAGGTGCAATTGATCAGGTTTTTAGATGTAAAAGC
ATCTTCTTTTTCTTATGGGTTTCAGTGATTTGGAGCAGAATATGGTTTATTGCAGTCTAA
TGGCTGACTCATCGGTTTATCTTGCACTGGCCACTGTTCTTTCACTTGATGTGCGAGTTC
TCAGATCTGGGAGGCGAGGAACATGAAAAGCTGTGGCGAGTTAATTGGGTCTGAACATGC
TTCTTGATGTAAAGATTCTTCTTCCTTGATCAGAGAACATGGTATCTAGATCACCATAGA
ACCTGAGTCATCACCACCACGTACTGGAGAAGGATCCGGTGAGAAGATTTGGACATCAGA
CTGAACTTGGTGTGATGTTGGATGAAGATTTAGTAGACTACAATGGAAATAATATAAAGA
GATGATGTAGCTTATGGTGGAATCTGTAAGGAAACAATCCCTGGAGCTGCATGAGAAAAA
AGGATTATGATTTAAAACAGTCTTTGGAAGAACAATTAGTCTCAACGACAAAGAAATGTG
AAAAGCAAA*GAGAGAGCTTCAAGTTAGA
GACT

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1AQ01JQ 805 0 0
AATGGCTGACTCATCGGTTTATCTTGCACTGGCCACTGTTCTTTCACTTGATGTGCGAGT
TCTCAGATCTGGGAGGCGAGGAACATGAAAAGCTGTGGCGAGTTAATTGGGTCTGAACAT
GCTTCTTGATGTAAAGATTCTTCTTCCTTGATCAGAGAACATGGTATCTAGATCACCATA
GAACCTGAGTCATCACCACCACGTACTGGAGAAGGATCCGGTGAGAAGATTTGGACATCA
GACTGAACTTGGTGTGATGTTGGATGAAGATTTAGTAGACTACAATGGAAATAATATAAA
GAGATGATGTAGCTTATGGTGGAATCTGTAAGGAAACAATCCCTGGAGCTGCATGAGAAA
AAAGGATTATGATTTAAAACAGTCTTTGGAAGAACAATTAGTCTCAACGACAAAGAAATG
TGAAAAGCAAAAGAGAGAGCTTCAAGTTAGAAGGAACTTGAAGGAGAAGAACTTGAAGAA
AGAGAGGAGGAGCTTAAATGGAAGGAGGTTGAACAATCATAACTAGCTGAGAATAGAAAG
AGATCCAAAGATGAATTTGAGCCTTCATTGCTGGCTGAGAAGGATAGAGAGATGACGATC
CTACAAGAATAGACTCAATCAGTCAATTGTTTTTAGTTTTCTCTAGACCATAACAGAAGA
AGTTGAAAAAAAGGAAAATACAGAAGAATAAAATATTACAGAGATAAAACTACTTATGAA
ATGTTTATAATAGACAAACATACTGCTCTCTTCTCTTTCCAAATGTTTTTCTAGATATTC
TATCAACCCTGGAATAGTGCAACTC

QA 1 805 1 805
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL3906Contig1 740 2 19 U
GCTTTTCCGCAGAGTACGAGATGTTGATATGAAGCGCGATTACGCCTTTGTTGAATTTAG
TGATCCTCGTGACGCTGATGACGCAAGACATTACCTAGATGGGCGAGACTTTGATGGAAG
TCGCATCACTGTGGAGGCTTCCAGAGGGGCACCTCGTGGGTCTCGAGACTCTCGGGATAA
TGGTAGTAGAGGTCCACCTCCTGGTTCTGGTCGCTGTTTTAACTGTGGTGTTGATGGTCA
CTGGGCTCGGGACTGCACAGCAGGAGACTGGAAGAACAAATGTTACCGCTGTGGTGAAAG
AGGACACATTGAGAGAAACTGCAAGAACAGTCCTAGTAGTCCTAAGAAGGCCAGGGGTGG
TGGAAGCTACTCCAGGTCACCAGTTAAATCACGCTCCCCTCGCCGCAGAAGAAGCCCAAG
CCGTAGCCGTAGTTACAGCCGTGGTCGTAGCTACAGCCGATCACGGTCGCCAGTGAGAAG
AGAGAGAAGCGTGGAAGATAGATCACTCAGTCCTAAGGCAATGGAGCGATCCGTATCTCC
CAGAGGCAAAGACCAAAGCATGAGTCCAGACAGAAGGGTCGCAGATGCAAGTCCAAAACG
TGAAAAGCAAGAAAGATCAGACTATGAAGGCAGCAGCCCAAAAGAGAATGGTAATGGGAA
GAGCTCTGTGAGTCCAATTGTAGAGTGAAGAAAGCCCTGCTGGACTTGATGGTCAAGACA
GGAGTCCATTGATGAAGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D334TF U 9
AF RR1BR83TF U 1
BS 1 134 RR1BR83TF
BS 135 135 RR1D334TF
BS 136 159 RR1BR83TF
BS 160 160 RR1D334TF
BS 161 165 RR1BR83TF
BS 166 166 RR1D334TF
BS 167 240 RR1BR83TF
BS 241 241 RR1D334TF
BS 242 272 RR1BR83TF
BS 273 273 RR1D334TF
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BS 285 285 RR1D334TF
BS 286 495 RR1BR83TF
BS 496 496 RR1D334TF
BS 497 609 RR1BR83TF
BS 610 610 RR1D334TF
BS 611 628 RR1BR83TF
BS 629 631 RR1D334TF
BS 632 740 RR1BR83TF

RD RR1D334TF 671 0 0
GT
AGAGTACGAGATGTTGATATGAAGCGCGATTACGCCTTTGTTGAATTTAGTGATCCTCGT
GACGCTGATGACGCTAGACATTACCTAGATGGGCGAGACTTTGATGGAAGTCGCATCACT
GTGGAGGCTTCTAGAGGGGCACCTCGTGGGTCTCGAGACTCTCGGGATAATGGTAGTAGA
GGTCCACCTCCTGGTTCTGGTCGCTGTTTTAACTGTGGTGTTGATGGTCACTGGGCTCGG
GACTGCACAGCAGGAGACTGGAAGAACAAATGTTACCGCTGTGGTGAAAGAGGACACATT
GAGAGAAACTGCAAGAACAGTCCTAGTAGTCCTAAGAAGGCCAGGGGTGGTGGAAGCTAC
TCCAGGTCACCAGTTAAATCACGCTCTCCTCGCCGCAGAAGAAGCCCAAGCCGTAGCCGT
AGTTACAGCCGTGGTCGTAGCTACAGCCGATCACGGTCGCCAGTGAGAAGAGAGAGAAGC
GTGGAAGATAGATCACTCAGTCCTAAGGCAATGGAGCGATCCGTATCTCCCAGAGGCAAA
GACCAAAGCATGAGTCCAGACAGAAGGGTCGCAGATGCAAGTCCAAAACGTGAAAAGCAA
GAAGGATCAGACTATGAAGGCAGCAGCCCAAAAGAGAATGGTAATGGGAAGAGCTCTGTG
AGTCCAATT

QA 3 671 3 671
DS 

RD RR1BR83TF 740 0 0
GCTTTTCCGCAGAGTACGAGATGTTGATATGAAGCGCGATTACGCCTTTGTTGAATTTAG
TGATCCTCGTGACGCTGATGACGCAAGACATTACCTAGATGGGCGAGACTTTGATGGAAG
TCGCATCACTGTGGTGGCTTCCAGAGGGGCACCTCGTGGTTCTCGGGACTCTCGGGATAA
TGGTAGTAGAGGTCCACCTCCTGGTTCTGGTCGCTGTTTTAACTGTGGTGTTGATGGTCA
TTGGGCTCGGGACTGCACAGCAGGAGACTGGAGGAACAAATGTTGCCGCTGTGGTGAAAG
AGGACACATTGAGAGAAACTGCAAGAACAGTCCTAGTAGTCCTAAGAAGGCCAGGGGTGG
TGGAAGCTACTCCAGGTCACCAGTTAAATCACGCTCCCCTCGCCGCAGAAGAAGCCCAAG
CCGTAGCCGTAGTTACAGCCGTGGTCGTAGCTACAGCCGATCACGGTCGCCAGTGAGAAG
AGAGAGAAGCGTGGAGGATAGATCACTCAGTCCTAAGGCAATGGAGCGATCCGTATCTCC
CAGAGGCAAAGACCAAAGCATGAGTCCAGACAGAAGGGTCGCAGATGCAAGTCCAAAACG
TGAAAAGCATGAAAGATCAGACTATGAA***AGCAGCCCAAAAGAGAATGGTAATGGGAA
GAGCTCTGTGAGTCCAATTGTAGAGTGAAGAAAGCCCTGCTGGACTTGATGGTCAAGACA
GGAGTCCATTGATGAAGAGG

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 3

CO CL3907Contig1 1016 3 4 U
ATCACGATCGATCCGCGGCTCGACGATTACCCCCTGATCCTCGCTCCGTTTTACTCCAAG
GAGAGGAGACGAGCTCTCGAGGTTCGCCGCGAACAGGTCGAGCTCGTCGTCGGGTTCGTC
GAGAGACGACGGAGAGCGCTTCGGAATCCTGGAACCGATAAAACGGCGACGTCTTTCTCC
TACTTAGACACGCTCTTCGACTTAAAAATCGAAGGGCGTAAAACGACGCCGTCTAACGAA
GAGCTCGTGACGTTATGTTCGGAGTTTCTTAACGGCGGGACGGACACGACCGGGACGGCG
ATCGAGTGGGGCATCGCGCAGCTGATCGCCAATCCTGAGATTCAATCTCGGCTCTACGAT
GAGATTAAATCAACGGTGGGAGATCGTGCGGTTGAGGAAAAAGACGTGGACAAGATGGTC
TTTCTACAAGCCTTCGTTAAGGAGATTCTCCGGAAACATCCGCCGACGTACTTCACGCTG
ACTCACACGGTGACGGAGCCGACGACTGTCGCTGGATACGATGTTCCCGCGGGAATCAAC
GTCGAGTTCTACCTCCCGGGGATAAACGAAGATCCGAAGCTCTGGTCTAACCCGAAGAAA
TTCGATCCGGACCGGTTTGTTTCGGGTAAAGAGGATGCGGATATAACCGGAGTAACCGGA
GTGAAGATGATGCCGTTCGGTGTAGGCCGTCGGATCTGTCCCGGTTTATCGATGGCGACG
GTACACGTGCACTTGATGCTAGCGAAGATGGTTCAAGAGTTTGAGTGGAGCGCTTATCCG
GCGGGAAGCGAGATTGATTTCGCGGGGAAATTGGAGTTCACGGTGGTTATGATGAAACCG
TTAAGAGCCATGGTTAAGCCAAGGGTTTAAATTTATTACTATTATATGAAAACTACGTGT
GCAGTGTGCTTATATTAAAGGAAGCTATACTTTAAAAAATTTGTCGAGTTGTTTTGTGAA
TTCTAGCAAAAGATTACATTTGTCGTCAAACAGATCAATAAATGATTTTTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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CGCGGGGAAATTGGAGTTCACGGTGGTTATGATGAAACCGTTAAGAGCCATGGTTAAGCC
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TGTCGTCAAACAGATCAATAAATGATTTTTTTTTCC

QA 1 456 1 456
DS 



AS 1 3

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GCTTGGTTTGACCAGCGCGACCTCACGGATGACCCGCACCAGCACTCGGAAGAAGAACAC
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GAAGCACAGAAGAACAAGTTGAAAAATTCTGCTGATTTTGTAGGAATCAATTACTATAAT
TCACTATTTGCATTGCACGGCGAAGAGCCAGATCCTTCGAAACCTAGTTGGCAGAGTGAT
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AAGCATCTCTTGAGCTTGCACCAAGCAATTTGCGATGATAAAGTAAACGTTACAGGGTAT
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TACTCGAGTTTTCTCCAAGATGGACTAAAAGAGTTCGAGTATGATCAGCACGATGAGCAA
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TTTGATATTTTGAGTCATAAACTACACTCAACTGATGTATTTCTTTTAACATTTTAGATA
AAAAAAAACCTGATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FF69TF U 1
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AF RR1D477JQ C 296
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G
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DS 



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AAGATGATGCCGAGGAAGGAGGAGGAGAGGACCTTCCTCCTGGTTCTTACGAGATAAAGC
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TCAAAAGGTACTCTTGCCCATTCCCTGGCTGCAAACGCAACAAGGATCACAAAAAGTTCC
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GCTTCACCTGCAGCCGCTGCCATACCAAGAAATTCTCTGTCATTGCTGATCTCAAAACCC
ACGAGAAGCACTGCGGGAAAAACAAGTGGCTCTATTCCTGTGGTACCACATTCTCGAGGA
AAGACAAGCTGTTTGGTCACATTGCTCTGTTCCAGGGACACACTCCTGCGATCCCACTTG
AAGAGACAAAACCTTCGGTTGGTGCATCTTCTTCTCAGAGAGGGAGCTCCGGTTGCGGGA
ACAATAACAACGACGCAGGAATGGTTAGTTTCAGTCTTGGTTTTGCAACAAATGCTAATC
AAGAGACCTCACAGCCTGGTTTCATGGATGGGAAGATAAGCTTCGAGGAGGCTTTCTCAC
CGCTGAGCTTTGATACATGCAATTTTGGAGGGTTCCCGCGATCTATATTTGATGATTTTG
AGAGTTCATTTCAAATGCTTATTTCAAGTGCATGTGGTTGCTCGCCCGTGAATGGTGGTG
GTGATTGCTCTGTTTCGGATACTAGTAGTGTTTAAGGCATTATATGATTAAAAGCTATTT
TGCAAGATGCCCTAGTTTTTCTTTTAGCCTTAGGCAACTCCTTTGTATCGGTACTTTTGT
TATTTGCTAGAATAAATATCAGGAAGCAAAAGTGTACTTGCTTTTCTTAAAATCTGTTGC
TAATGTAAGAAAGTTAGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BI21TF U 1
AF RR1D671TF U 607
AF RR1BI21JQ C 1057
BS 1 839 RR1BI21TF
BS 840 840 RR1D671TF
BS 841 857 RR1BI21TF
BS 858 1113 RR1D671TF
BS 1114 1114 RR1BI21JQ
BS 1115 1274 RR1D671TF
BS 1275 1700 RR1BI21JQ

RD RR1BI21TF 857 0 0
GGGGCGCTTAATTAAACATGACTTGAGAGAGCCCCTTCGCTCAAGCTCAAGCTCTTCTTC
TCTCTATCCTTTAAAGCGGCCATTGGAGGTCCAGAAAGAACCACTTAAAGCTATATAACT
TGAGTTAGTTAGTACACAAGAAGATGGAAACAGAAGAGGATATGTGCCAGAACAATTGGG
GAAGTGCTTCCATCTTAGATTACAAGATGGCTATGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGG
CTCCTAATTTTCAAGATTTCAAAGCTTCTTCGGGCCAAGCTTTCCTGCAAGGGGTCAAGG
CTCAAGCGTGGGAACCGAGGACCATACTGAGCAACCTGTCCTTTATGGAACATAAGATTC
ACGAACTGCAGCATCTTGTTCATCTCATCATCCTTGGCCGAAACGGGCAGCAGCTTCAAG
AGGAGCAACAACAACTCATAACCGCTAATCTTACTTCCATAATCATACAGCTGATTTCAA
CTGCAGGTAGTCTTCTTCCATCTGTTAACCATAATAATAATAATATGTCGTCTACTACAG
CCCCCGGTTCAGCCTTGTTCCCTTATCCAAGGGAGGCTAATAACCTTGCTTCACAGACCA
AAGAGCTCGATTTGCCTAAGCCCATTGTTGAAGAAAGCCATATACATGAAATGAAAAACG
AAGATGATGCCGAGGAAGGAGGAGGAGAGGACCTTCCTCCTGGTTCTTACGAGATAAAGC
AGCTCGAGAAAGAGGAGATCCTCGCTCCCCATACCAACTTCTGCACTATCTGTGGCAAGG
GTTTCAAGAGAGACGCTAACCTGAGGATGCACATGAGAGGTCACGGCGACGAGTACAAA*
CTCCAGCAGCTCTAGCC

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR1D671TF 668 0 0
GG
GATTTGCCTAAGCCCATTGTTGAAGAAAGCCATATACATGAAATGAAAAACGAAGATGAT
GCCGAGGAAGGAGGAGGAGAGGACCT*CCTCCTGGTTCTTACGAGATAAAGCAGCTCGAG
AAAGAGGAGATCCTCGCTCCCCATACCAACTTCTGCACTATCTGTGGCAAGGGTTTCAAG
AGAGACGCTAACCTGAGGATGCACATGAGAGGTCACGGCGACGAGTACAAAACTCCAGCA
GCTCTAGCCAAACCCACCAAAGAAACCCAACCCGGGTCTGAGCCCATGCTGATCAAAAGG
TACTCTTGCCCATTCCCTGGCTGCAAACGCAACAAGGATCACAAAAAGTTCCAGCCTTTG
AAGACGATACTATGCGTCAAGAACCATTATAAACGCACCCACTGCGACAAAAGCTTCACC
TGCAGCCGCTGCCATACCAAGAAATTCTCTGTCATTGCTGATCTCAAAACCCACGAGAAG
CACTGCGGGAAAAACAAGTGGCTCTGTTCCTGTGGTACCACATTCTCGAGGAAAGACAAG
CTGTTTGGTCACATTGCTCTGTTCCAGGGACACACTCCTGCGATCCCACTTGAAGAGACA
AAACCTTCGGTTGGTGCATCTTCTTCTCAGAGAGGGAGCTCCGGTTGCGGGAACAATAAC
AACGAC

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR1BI21JQ 644 0 0
CTGC
CATTGCTGATCTCAAAACCCACGAGAAGCACTGCGGGAAAAACAAGTGGCTCTATTCCTG
TGGTACCACATTCTCGAGGAAAGACAAGCTGTTTGGTCACATTGCTCTGTTCCAGGGACA
CACTCCTGCGATCCCACTTGAAGAGACAAAACCTTCGGTTGGTGCATCTTCTTTTCAGAG
AGGGAGCTCCGGTTGCGGGAACAATAACAACGACGCAGGAATGGTTAGTTTCAGTCTTGG
TTTTGCAACAAATGCTAATCAAGAGACCTCACAGCCTGGTTTCATGGATGGGAAGATAAG
CTTCGAGGAGGCTTTCTCACCGCTGAGCTTTGATACATGCAATTTTGGAGGGTTCCCGCG
ATCTATATTTGATGATTTTGAGAGTTCATTTCAAATGCTTATTTCAAGTGCATGTGGTTG
CTCGCCCGTGAATGGTGGTGGTGATTGCTCTGTTTCGGATACTAGTAGTGTTTAAGGCAT
TATATGATTAAAAGCTATTTTGCAAGATGCCCTAGTTTTTCTTTTAGCCTTAGGCAACTC
CTTTGTATCGGTACTTTTGTTATTTGCTAGAATAAATATCAGGAAGCAAAAGTGTACTTG
CTTTTCTTAAAATCTGTTGCTAATGTAAGAAAGTTAGATT

QA 5 644 5 644
DS 



AS 1 3

CO CL3910Contig1 661 3 3 U
GGGTAGCATTTTGATTTTCACCAAGAAAGAAAGATAAGAAAATGCAGTCGATGAAGGAAA
CAGCTTCCAACATTGCAGCTTCTGCAAAGTCTGACACG*ACAAGACCAAAGCTACCTTGG
AGGAGAAGGCGGAAAAGATGACGACACGAGACTCGGTTCAGAAACAGATGGCCACACAGA
AGAAAGAAGCAGAGATCAATCAAGCTGAGATGCAGAAGAGAGAAGTGCGTGAGCACAACG
CTGCCATGAAAGAAGCTGCTCGAGCTGGAACTGGAACCGGTCTAGGTTTGAGGTCAGCCA
CTCACTCAACCACTGGACACGTCGGACATGGGACTGGGACCCACCAGATGTCAGCTTTGC
CTGGTCACGGAACGGGACAAGCAACCGGACACGTTGTGGAGGGAACGACCTTGACCAAAC
CGATCGGCACAAACACTGGAACTGGTCGGACCACTGCTCATAACACCCACGTCGGTGGTG
GCACCACTGGGTACGGAACTGGTGGAGGATACACTGGATAAGGCGATTTCTCATATGCTT
TTTTGTATGCTTTTTTGTGTTCATATTGCTTTTCGGGTCCTACCTTTGTTTTTTCTCGTA
AGAACTTTTTATTATTGTTTTAAGTTAATCCAATAATTAATTAAATTTAACTGCTTAAAC
C


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FC95TF U 1
AF RR1GW95TF U 34
AF RR1FC95JQ C 1
BS 1 338 RR1FC95TF
BS 339 659 RR1GW95TF
BS 660 661 RR1FC95JQ

RD RR1FC95TF 338 0 0
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AGAAAGAAGCAGAGATCAATCAAGCTGAGATGCAGAAGAGAGAAGTGCGTGAGCACAACG
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CTCACTCAACCACTGGACACGTCGGACATGGGACTGGG

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR1GW95TF 626 0 0
G
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AACCGGTCTAGGTTTGAGGTCAGCCACTCACTCAACCACTGGACACGTCGGACATGGGAC
TGGGACCCACCAGATGTCAGCTTTGCCTGGTCACGGAACGGGACAAGCAACCGGACACGT
TGTGGAGGGAACGACCTTGACCAAACCGATCGGCACAAACACTGGAACTGGTCGGACCAC
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TGGATAAGGCGATTTCTCATATGCTTTTTTGTATGCTTTTTTGTGTTCATATTGCTTTTC
GGGTCCTACCTTTGTTTTTTCTCGTAAGAACTTTTTATTATTGTTTTAAGTTAATCCAAT
AATTAATTAAATTTAACTGCTTAAA

QA 2 626 2 626
DS 

RD RR1FC95JQ 661 0 0
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CAGCTTCCAACATTGCAGCTTCTGCAAAGTCTGACACG*ACAAGACCAAAGCTACCTTGG
AGGAGAAGGCGGAAAAGATGACGACACGAGACTCGGTTCAGAAACAGATGGCCACACAGA
AGAAAGAAGCAGAGATCAATCAAGCTGAGATGCAGAAGAGAGAAGTGCGTGAGCACAACG
CTGCCATGAAAGAAGCTGCTCGAGCTGGAACTGGAACCGGTCTAGGTTTGAGGTCAGCCA
CTCACTCAACCACTGGACACGTCGGACATGGGACTGGGACCCACCAGATGTCAGCTTTGC
CTGGTCACGGAACGGGACAAGCAACCGGACACGTTGTGGAGGGAACGACCTTGACCAAAC
CGATCGGCACAAACACTGGAACTGGTCGGACCACTGCTCATAACACCCACGTCGGTGGTG
GCACCACTGGGTACGGAACTGGTGGAGGATACACTGGATAAGGCGATTTCTCATATGCTT
TTTTGTATGCTTTTTTGTGTTCATATTGCTTTTCGGGTCCTACCTTTGTTTTTTCTCGTA
AGAACTTTTTATTATTGTTTTAAGTTAATCCAATAATTAATTAAATTTAACTGCTTAAAC
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL3912Contig1 705 2 2 U
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CACGCTGAGGGACGGTCTCCACTCAGCCGCTTGTCCCGGTTGACCCGCAACTCTAACTCG
TTTCCGCCGCCTTCGCTGTTTCATCAGCGACTGCGTTTCGGTGGAAATAGAATCATCCGC
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TTTGTAATTTAAATTTTAAATCTTAGATTAATCTTTAAAACGAGCTAATATTCTGAGATG
GTTACAAATATTTTACAGAAATGTTTGAGGAAGTCACTGGAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CL62TF C 1
AF RR1CL62JQ U 10
BS 1 13 RR1CL62TF
BS 14 705 RR1CL62JQ

RD RR1CL62TF 705 0 0
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TAGTAACATACATACATTAATGCTACATCATTCCATTACTATATATTTGTCATTTTATTA
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GAATGCCGGAATTACTGGTTCGAAAGCATTTCTCCCGAAATCGTCACTGCGGAAACGAAC
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CACGCTGAGGGACGGTCTCCACTCAGCCGCTTGTCCCGGTTGACCCGCAACTCTAACTCG
TTTCCGCCGCCTTCGCTGTTTCATCAGCGACTGCGTTTCGGTGGAAATAGAATCATCCGC
GTTTGTGGAGGATTGGTGGAACTGCTGCGAACCAAAACAAGGCACGACGAGCTCCAACAA
GAATTTCATACCCTATACCACACCACACCGCACCTAATCCCTTTTCTTCCTTTTTTATTT
TTTGTAATTTAAATTTTAAATCTTAGATTAATCTTTAAAACGAGCTAATATTCTGAGATG
GTTACAAATATTTTACAGAAATGTTTGA
GGAAGTCACTGGAGTCC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1CL62JQ 696 0 0
GAGA
GTCACATATATAGGATTTATATATCGATGGCAGTAATATCAAATACATAGTAACATACAT
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CTTCAGGAAGAAACTGAAACTCATCAAAACATGAACGGAGTCGGTGAGAATGCCGGAATT
ACTGGTTCGAAAGCATTTCTCCCGAAATCGTCACTGCGGAAACGAACATGACCACCGCCT
GATCGGGACGACGCGTTTCCGCCGCCACCATCACTCTTACGACGAACTTTACTCTTCTCT
TTCACCTTTTCCGACGTCTCCCTTATCTCCGGCTTGTGCTCCGAGATCACGCTGAGGGAC
GGTCTCCACTCAGCCGCTTGTCCCGGTTGACCCGCAACTCTAACTCGTTTCCGCCGCCTT
CGCTGTTTCATCAGCGACTGCGTTTCGGTGGAAATAGAATCATCCGCGTTTGTGGAGGAT
TGGTGGAACTGCTGCGAACCAAAACAAGGCACGACGAGCTCCAACAAGAATTTCATACCC
TATACCACACCACACCGCACCTAATCCCTTTTCTTCCTTTTTTATTTTTTGTAATTTAAA
TTTTAAATCTTAGATTAATCTTTAAAACGAGCTAATATTCTGAGATGGTTACAAATATTT
TACAGAAATGTTTGAGGAAGTCACTGGAGTCC

QA 5 696 5 696
DS 



AS 1 3

CO CL3913Contig1 795 3 14 U
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TTATTTTCCTCTGCATTGATTAGCTCCAGAACTTCACAACCCCAACAGACAAACAAAATC
AACAAGTAGAAGTAACAAAGAAACAAGGACAATAAACCGGAAGATTCGTACGGTTACATC
TCTCTCTACACTTTGTTCAAGAGAGAGAGAGAGA**GTAAGGAAAGGATCCAAAAATGAA
GGAAGGAAACGACGGGTTTGTCCGAGCAGATCAGATTGATCTAAAGAGCTTAGATGAGCA
ACTAGAGAGACATTTAAGCAGAGCTTTGACTTTAGAGAAGAACAAGAAGAGAGATGAAGA
AGAATCCGCCGCCGCCGTCGCCATCGGAGCCTCCGCCTCCTCATCTCCCGCCCCTGTTCT
CAACGGCGGTTTCGTTGGGCAGAGGAAACAGAGGCTTGAGTGGGAGATCGATCCTTCTAA
GCTTATCATCAAGACTGTACTTGCACGTGGCACGTTCGGTACCGTTCATCGTGGTATCTA
CGACGGTCAAGATGTCGCCGTAAAGCTGCTTGATTGGGGGTGAGGAAGGGCATAGATCAG
AAGCTGAGATTGTGTCTTTGAGGGCAGATTTTGCTCAGAAGTTGCTGTTTGGCATAAACT
GGACCATCCAAATGTTACTAAGTTCATTGGAGCTACAATGGGTGCATCAGGTTACAACTA
CAAACAGAGAGTGGTCCACTAGCATGCCAACAATATATGTTGTGTTGTGGTGAGTATCTT
CAAGTGGTGCTTTGA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ90TF U 1
AF RR1D768TF U 1
AF RR1CC04TF U 1
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CAAACAGAGAGTGGTCCACTAGCA
A

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DS 

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AACAAGTAGAAGTAACAAAGAAACAAGGACAATAAACCGGAAGATTCGTACGGTTACATC
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GGAAGGAAACGACGGGTTTGTCCGAGCAGATCAGATTGATCTAAAGAGCTTAGATGAGCA
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AGAATCCGCCGCCGCCGTCGCCATCGGAGCCTCCGCCTCCTCATCTCCCGCCCCTGTTCT
CAACGGCGGTTTCGTTGGGCAGAGGAAACAGAGGCTTGAGTGGGAGATCGATCCTTCTAA
GCTTATCATCAAGACTGTACTTGCACGTGGCACGTTCGGTACCGTTCATCGTGGTATCTA
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QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1CC04TF 795 0 0
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TTATTTTCCTCTGCATTGATTAGCTCCAGAACTTCACAACCCCAACAGACAAACAAAATC
AACAAGTAGAAGTAACAAAGAAACAAGGACAAGAAACCGGAAGATTCGTACGGTTACATC
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CAACGGCGGTTTCGTTGGGCAGAGGAAACAGAGGCTTGAGTGGGAGATCGATCCTTCTAA
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CAAACAGAGAGTGGTCCACTAGCATGCCAACA*TATATGTTGTGTTGTGTTGAGTATCTT
CAAGTGGTGCTTTGA

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 3

CO CL3914Contig1 522 3 6 U
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ATGAATGTTTTAGCTATTTGATTACGTGAAGTTTTATTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ER37TF U 1
AF RR1CQ08JQ C 6
AF RR1CQ08TF U 6
BS 1 105 RR1ER37TF
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BS 387 387 RR1CQ08TF
BS 388 508 RR1ER37TF
BS 509 522 RR1CQ08TF

RD RR1ER37TF 508 0 0
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TATTCGCAAATAATGGAGACAGTTGGAATTGTGATATGTCTTGGATTCGTTGTGTTGATT
ATGAATGTTTTAGCTATTTGATTACGTG

QA 1 508 1 508
DS 

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QA 5 517 5 517
DS 

RD RR1CQ08TF 517 0 0
GGGA
GTCGAGACAATTTAACAATGGCGACAAACAAAATCGTCCGTCTGATCGCACCGAGCCGAT
CCGCCTCCTCTCGATTCCTGGAGCCTGTATCCCGATCTCTAAGCTCCGGTACTCCTCCTC
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TTAGCTATTTGATTACGTGAAGTTTTATTTTGT

QA 5 517 5 517
DS 



AS 1 3

CO CL3915Contig1 701 3 18 U
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GAAAAAAATGTTGTAAAATCGTGTTGTCACTTTTATTGGAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB36TF U 1
AF RR1G671TF U 1
AF RR1D774TF U 49
BS 1 41 RR1CB36TF
BS 42 42 RR1G671TF
BS 43 86 RR1CB36TF
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BS 174 176 RR1CB36TF
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BS 181 304 RR1CB36TF
BS 305 305 RR1G671TF
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BS 353 353 RR1G671TF
BS 354 435 RR1CB36TF
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BS 454 658 RR1CB36TF
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RD RR1CB36TF 665 0 0
GGAGAAAGAGAGAGAAAGAAGAAAAGTCTCTCTTTTTTTTT*CTTCGTCTCCCAGATTCT
CTCCTCCTCCTGCGAGATCAAATCTTCTTTCTCTCTCACCTTCCTTGGTTTTCTCGGCGG
CTCCATCTCTTTTTTTTCTTCTTTTCTCAGAATCGTTTGTTTCCATTTTTCTTGGGATAA
ATCTTTCTCCCTTCTGCAGAGGCCATGTCGGACAAAGGTCGTCCCTTGCCGAAGTTTGGT
GAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCTGCTGAAGGTTTCACAGTGATATTCAACAAAGCT
AGGGGTGAGAAAAAGACTGGTGGCAAACCCGGATCGCCCGGTAAATCTACTGGTGGTCAT
GCTAAGTCCGGAGGAGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCTCAGCCTAAAAAGTGGCTCTGC
TGCATGCAGTCTCCGTCTGTGGACTCTTGATTTACACTAAAAGATGGATTTGTTTGCTGC
GCAAAGAAAAAAAGAGAGAGTCACATTGCTTAGACATCTAAAAGCAATGTTCCCTTCTTT
TTTTATGTTTTATTGTCTTTCTTGAAGTACCGACGACAACAAAAGGTTACTAAGATAAGT
TGGAGCCACCCCCCTTTAGTATCACGATTATGATTCCTTCTTTGAAGTTGTTTCTTCT
TCTATGA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1G671TF 654 0 0
GGAGAAAGAGAGAGAAAGAAGAAAAGTCTCTCTTTTTTTTTTCTTCTTCTCCCAGATTCT
CTCCTCCTCCTGCGAGATCAAATCTTTTTTCTCTCTCACCTTCCTTGGTTTTCTCGGCGG
CTCCATCTCTTTTTTTTCTTCTTTTCTCAGAATCGTTTGTTTCCATTTTTCTCGGGT***
ATCTTTCTCCCTTCTGCAGAGGCCATGTCGGACGAAGGTCGTCCCTTGCCGAAGTTTGGT
GAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCTGCTGAAGGTTTCACAGTGATATTCAACAAAGCT
AGGGATGAGAAAAAGACTGGTGGCAAACCCGGATCGCCCGGTAAATCTACTGATGGTCAT
GCTAAGTCCGGAGGAGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCTCAGCCTAAAAAGTGGCTCTGC
TGCATGCAGTCTCCGGCTGTGGACTCTTGATTGACACTAAAAGATGGATTTGTTTGCTGC
GCAAAGAAAAAAAGAGAGAGTCACATTGCTTAGACATCTAAAAGCAATGTTCCCTTCTTT
TTTTATGTTTTATTGTCTTTCTTGAAGTACCGACGACAACAAAAGGTTACTAAGATAAGT
TGGAGCCACCCCCCTTTAGTATCACGATTATGATTCCTTCTTTGAAGTTGTTTC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1D774TF 653 0 0
CTCCCAGATTCTCTCCTCCTCCTGCGAGATCAAATCTTTTTTCTCTCTCACCTTCCTTGG
TTTTCTCGGCGGCTCCATCTCTTTTTTTTCTTCTTTTCTCAGAATCGTTTGTTTCCATTT
TTCTCGGGT***ATCTTTCTCCCTTCTGCAGAGGCCATGTCGGACAAAGGTCGTCCCTTG
CCGAAGTTTGGTGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCTGCTGAAGGTTTCACAGTGATA
TTCAACAAAGCTAGGGATGAGAAAAAGACTGGTGGCAAACCCGGATCGCCCGGTAAATCT
ACTGATGGTCATGCTAAGTCCGGAGGAGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCTCAGCCTAAA
AAGTGGCTCTGCTGCATGCAGTCTCCGGCTGTGGACTCTTGATTGACACTAAAAGATGGA
TTTGTTTGCTGCGCAAAGAAAAAAAGAGAGAGTCACATTGCTTAGACATCTAAAAGCAAT
GTTCCCTTCTTTTTTTATGTTTTATTGTCTTTCTTGAAGCACCGCCGACAACAAAAGGTT
ACTAAGATAAGTTGGAGCCACCCCCCTTTAGTATCACGATTATGATTCCTTCTTTGAAGT
TGTTTCTTCTATGAAAAAAATGTTGTAAAATCGTGTTGTCACTTTTATTGGAA

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 3

CO CL3916Contig1 898 3 14 U
GGGCCAGAAATTTCTCTCAATTATCAAAAAAAAAGAAGAAAAAAAAATCGAGATCTCTCT
CTCTAATGGCGGCGACGTTGAGCAGAGACCAATACGTGTACAAGAACGTGATCGGATCTC
TCAGGGCGGCGTGGAGGATCGTGTCGTCGATCGAGCAGAAGGAGGAGAGCAGGAAGAACG
AGGAGCACGTGTCGCTCGTCAAGGACTACAGATCCAAGGTGGAAGGGGAGCTCTCGGCGA
TCTGCTCGGGGATACTGAAGCTGCTCGACACGCATCTGATCCCTTCGGCTACGGCCAGCG
AGTCGAAGGTGTTTTATTTGAAGATGAAGGGGGATTACCATCGGTACATGGCTGAGTTCA
AATCTGGGGAGGAGAGGAAGACTGCTGCTGAAGATACCATGATCGCTTACAAGGCTGCTC
AGGACGTTGCGGTTGTTGATCTAGCGCCTACGCATCCGATCAGGCTGGGTCTGGCTCTTA
ACTTCTCGGTGTTTTACTACGAGATCCTTAACTCTTCTGAGAAAGCTTGTAGCATGGCCA
AACAGGCTTTTGAGGAAGCCATCGCTGAGCTGGACACGTTGGGAGAG*AGTCATACAAGG
ACAGTACTCTCATCATGCAGTTGCTAAGGGACAATCTAACCCTCTGGACCTCCGACATGC
AGGAGCAGATGTATGAGGCCTGAAGATCTCGTGGAAGAACAGACGGTTATGTAATTTCCC
CCGCAACCATGGCCGAAAATCTAGTCCAAATTCAATTACCCCCTTTGCTGTAAAACTTGT
CGAAAAAATGGTCTGTTTATGACAGTTATGTGCACAGCTTTGGTGTTATATCTGCTTCTC
TGTTCCAACTCTGTTTTTTCTTCTTCTTTTTTTTAAAAAAATTATCATCTTTTACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AX27TF U 1
AF RR1FF59JQ C 151
AF RR1FF59TF U 151
BS 1 411 RR1AX27TF
BS 412 412 RR1FF59TF
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BS 673 702 RR1AX27TF
BS 703 787 RR1FF59TF
BS 788 788 RR1FF59JQ
BS 789 873 RR1FF59TF
BS 874 875 RR1FF59JQ
BS 876 898 RR1FF59TF

RD RR1AX27TF 702 0 0
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CTCTAATGGCGGCGACGTTGAGCAGAGACCAATACGTGTACAAGAACGTGATCGGATCTC
TCAGGGCGGCGTGGAGGATCGTGTCGTCGATCGAGCAGAAGGAGGAGAGCAGGAAGAACG
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TCTGCTCGGGGATACTGAAGCTGCTCGACACGCATCTGATCCCTTCGGCTACGGCCAGCG
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AATCTGGGGAGGAGAGGAAGACTGCTGCTGAAGATACCATGATCGCTTACAGGGCTGCTC
AGGACGTTGCGGTTGCTGATCTAGCGCCTACGCATCCGATCAGGCTGGGTCTGGCTCTTA
ACTTCTCGGTGTTTTACTACGAGATCCTTAACTCTTCTGAGAAAGCTTGTAGCATGGCCA
AACAGGCTTTTGAGGAAGCCATCGCTGAGCTGGACACGTTGGGAGAGGAGTCATACAAGG
ACAGTACTCTCATCATGCAGTTGCTAAGGGACAATCTAACCCTCTGGACCTCCGACATGC
AGGAGCAGATGGATGAGGCCTGAAGATCTCGTGGAAGAACAG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1FF59JQ 748 0 0
G
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GGATTACCATCGGTACATGGCTGAGTTCAAATCTGGGGAGGAGAGGAAGACTGCTGCTGA
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GCATCCGATCAGGCTGGGTCTGGCTCTTAACTTCTCGGTGTTTTACTACGAGATCCTTAA
CTCTTCTGAGAAAGCTTGTAGCATGGCCAAACAGGCTTTTGAGGAAGCCATCGCTGAGCT
GGACACGTTGGGAGAG*AGTCATACAAGGACAGTACTCTCATCATGCAGTTGCTAAGGGA
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TGGAAGAACAGACGGTTATGTAATTTCCCCCGCAACCATGGCCGAAAATCTAGTCCAAAT
TCAATTACCCCCTTTGCTGTAAAACTTGTCGAAAAAATGGTCTGTTTATGACAGTTATGT
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TTTAAAAAAATTATCATCTTTTACTTC

QA 2 748 2 748
DS 

RD RR1FF59TF 748 0 0
G
CGAGCAGAAGGAGGAGAGCAGGAAGAACGAGGAGCACGTGTCGCTCGTCAAGGACTACAG
ATCCAAGGTGGAAGGGGAGCTCTCGGCGATCTGCTCGGGGATACTGAAGCTGCTCGACAC
GCATCTGATCCCTTCGGCTACGGCCAGCGAGTCGAAGGTGTTTTATTTGAAGATGAAGGG
GGATTACCATCGGTACATGGCTGAGTTCAAATCTGGGGAGGAGAGGAAGACTGCTGCTGA
AGATACCATGATCGCTTACAAGGCTGCTCAGGACGTTGCGGTTGTTGATCTAGCGCCTAC
GCATCCGATCAGGCTGGGTCTGGCTCTTAACTTCTCGGTGTTTTACTACGAGATCCTTAA
CTCTTCTGAGAAAGCTTGTAGCATGGCCAAACAGGCTTTTGAGGAAGCCATCGCTGAGCT
GGACACGTTGGGAGAG*AGTCATACAAGGACAGTACTCTCATCATGCAGTTGCTAAGGGA
CAATCTAACCCTCTGGACCTCCGACATGCAGGAGCAGATGTATGAGGCCTGAAGATCTCG
TGGAAGAACAGACGGTTATGTAATTTCCCCCGCAACCATGGCCGAAAATCTAGTCCAAAT
TCAATTACCCCCTTTGCTGTAAAACTTGTCGAAAAA*TGGTCTGTTTATGACAGTTATGT
GCACAGCTTTGGTGTTATATCTGCTTCTCTGTTCCAACTCTGTTTTTTCTTCTTCTTTTT
TT**AAAAAATTATCATCTTTTACTTC

QA 2 748 2 748
DS 



AS 1 3

CO CL3917Contig1 1174 3 5 U
GGATCAAAGTCCTAAACAGAAAAGCTACAAGACTTAAGGGTTTTCTCTCAAATGTCGTCT
CAACTTGAACCGGTCGCTGAGCTGGAAAGCTTAAAAACACATGTTGATCATTCAGGAAGT
CCTAGCTTGTCAAGAAGTGGCCATCGCCACGAATCTGGCGAAGCGTCAAAATTGTCACCA
AGAAAGGAAGATGAGCTTCAGGGAGAACATTCCCACCATAAGAAATCACTGTTCACCACG
TGACAAGTCCAATGATCGTAAAGTCAGAGAAGAAGGAGATCCTGAATATCTTGGAGCCCC
AATGTATGAATCAAAGAAAGCACCTGAAGAGTTAAAGGAAACTGCGAGGCAGCATCCCCG
GGAAACTCCTGTGATCACTGAGACAAATCTCTTGTCCCTTCTCCCATCCAAATACAACGT
GGAACAAGAACAGAAAGATTGTACTGGTTCCAACAAGGAGAAACATGTGATCTCTGAGAA
GAATGTTTTGTCTGATGTTAAGCAAGAGAAGCTTGCTGAATCTATTAGTCCAAGCAAGAC
AGTAACAGAAACCGTAACAGAGACGCTAGCACCTGCTTATGCTAAAGTGTCTGACGCTAC
TCACGCTATAATTAAAAAGATTCAAGACATGGCGTTCCCGGAATCAACAGACGCAGAACC
AGGGGTAAATGATGTTTCAGAAATCAACACTGCAGGAACTAACACTGAGGTACTATAACT
TGTTTATATGTGTTACCCTCTCCATCTATGTCTTCGCACTTGGATAAATGCTTCAGTTAA
TCAGAAATGTGGAAATCAGCTTGGAGCAACAAACATGGTACCTTCTCCAAATTCAAGAGA
CAACAAAGCTCCCCTTTTAGCTAACGTGAATGAAATTGTTGAGGAAGAAAATCATGGGAA
GATACTTCAACCAAACTAAAGAACAGAACAGAGAGAATTTCTTTAGTCTGTGTATCGATT
ACAAAGCCTCTATGTGAGAAAAAAGCTTTCTACTTCAGTCCTCCGTTTCCTCTGTTAATT
GTTTTAACTTATTATAGCCCAAGTCTATTGAATACATAAAAGACTTTGTATTTTATATTG
TTTCCGTCGTTCTTGCAGTTGACTTGTGTAGTAAAAAGAAAATATTGTATCTTCAGAAAA
AATATATTTTAATATTGAATTCATCCAGGGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AZ10TF U 1
AF RR1AZ10JQ C 459
AF RR1AS61TF U 783
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DS 

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CGGAATCAACAGACGCAGAACCAGGGGTAAATGATGTTTCAGAAATCAACACTGCAGGAA
CTAACACTGAGGTACTATAACTTGTTTATATGTGTTACCCTCTCCATCTATGTCTTCGCA
CTTGGATAAATGCTTCAGTTAATCAGAAATGTGGAAATCAGCTTGGAGCAACAAACATGG
TACCTTCTCCAAATTCAAGAGACAACAAAGCTCCCCTTTTAGCTAACGTGAATGAAATTG
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TTCTTTAGTCTGTGTATCGATTACAAAGCCTCTATGTGAGAGAAAAGCTTTCTACTTCAG
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DS 

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TCCGTCGTTCTTGCAGTTGACTTGTGTAGTAAAAAGAAAATATTGTATCTTCAGAAAAAA
TATATTTTAATATTGAATTCATCCAGGGGATT

QA 1 392 1 392
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR1C917JQ C 59
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AF RR1BJ94TF U 40
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CTTTGTCTGTCGATGGAAAAGTGGAGAAGATGAAGGAGAGAGTTGAAATAGACGAGGAAA
ACAAATCAATGACTGTGTTTGTGTTCGATGGAGATGTAATGGAAAACTACAGTAGCTTCA
AATGCAACCTTCAGATCATACCGAAGCTCCATGGGAGAAGTATAGCGAGATGGAGCTGGG
AATACGAGAAGCTTAACTCAGATTCTCCAGCTCCTAACAAGTATATGGACTTTACGGTCT
ATCTCACTAGAGATATCGAGTCTAATCTTCTCAAAACGTAAAGATGTAAGTTATACATAT
GTATTGCTTTGTTTATAACAATGGTTGCATCTCTTTGTGCCATGTGTGTACGTGCGAAAG
TTATATGAATAAAAGTTTGAAGGGGGTTGTGTTT
AG

QA 1 574 1 574
DS 

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G
ATGATAGAAGTGGAGATCAAAGTGTCAGCTGATAAGATTTTCCAA*GCTATCAAGACTAC
TTCCCGCAGCGTACCAAAACTATCTCCAGAGAAAATACTTAGCGTGGAGGAGCCAGTCGG
TGATGACACCAAGAACTGGACTTTGTCTGTCGATGGAAAAGTGGAGAAGATGAAGGAGAG
AGTTGAAATAGACGAGGAAAACAAATCAATGACTGTGTTTGTGTTCGATGGAGATGTAAT
GGAAAACTACAGTAGCTTCAAATGCAACCTTCAGATCATACCGAAGCTCCATGGGAGAAG
TATAGCGAGATGGAGCTGGGAATACGAGAAGCTTAACTCAGATTCTCCAGCTCCTAACAA
GTATATGGACTTTGCGGTCTATCTCACTAGAGATATCGAGTCTAATCTTCTCAAAACGTA
AAGATGTAAGTTATACATATGTATTGCTTTGTTTATAACAATGGTTGCATCTCTTTGTGC
CGTGTGTGTACGTGCGAAAGTTATATGAATAAAAGTTTGAAGGGGGTTGTGTTTTGACGT
TAG

QA 2 544 2 544
DS 



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TCATTCCTCGTGGCCAAGCTGGTGGGCTTACCTTTTTTGCCCCCAGTGAAGAAAGACTCG
AGTCTGGATTGTACAGTAGAAGCTACCTCGAGAATCAGATGGCTGTTGCACTTGGTGGAA
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AGCTTGCGCAGCTCTTGATCGAGAAAGAAACTGTTGATGGAGAAGAGTTCATGAGTCTCT
TTATTGACGGCCAAGCTGAGTTGTATGTTTCTTAGTTCATATCAAAATATTCCAAAGTTG
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CGTATATATTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1GU96TF U 1
AF RR1B973TF U 40
AF RR1GU96JQ C 369
BS 1 522 RR1GU96TF
BS 523 696 RR1B973TF
BS 697 697 RR1GU96JQ
BS 698 766 RR1B973TF
BS 767 767 RR1GU96JQ
BS 768 827 RR1B973TF
BS 828 828 RR1GU96JQ
BS 829 851 RR1B973TF

RD RR1GU96TF 522 0 0
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AGCTTAAGGAGATAAGCAAGGACGAGATCTCTGATGCGCTTGAGAGGATCATTGCTGGAC
CTGAGAAGAAGAATGCTGTTGTCTCTGATGAGAAGAAGAGGCTTGTTGCTTACCATGAGG
CTGGTCATGCTCTAGTGGGTGCTCTTATGCCAGAGTATGATCCTGTTGCCAAGATTTCCA
TCATTCCTCGTGGCCAAGCTGGTGGGCTTACCTTTTTTGCCCCCAGTGAAGAAAGACTCG
AGTCTGGATTGTACAGTAGAAGCTACCTCGAGAATCAGATGGCTGTTGCACTTGGTGGAA
GGGTTGCAGAGGAGGTGATCTTTGGGGATGACAACGTGACGACTGGAGCATCAAATGATT
TCATGCAGGTGTCTCGTGTGGCACGTCAAATGATCGAGAGGTTCGGGTTCAGCAAAAAGA
TTGGACAAGTAGCCGTTGGTGGCCCTGGTGGAAATCCCTTCA

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1B973TF 812 0 0
G
GATTCTTGCGGCGAGGCGGGAGCTTAAGGAGATAAGCAAGGACGAGATCTCTGATGCGCT
TGAGAGGATCATTGCTGGACCTGAGAAGAAGAATGCTGTTGTCTCTGATGAGAAGAAGAG
GCTTGTTGCTTACCATGAGGCTGGTCATGCTCTAGTGGGTGCTCTTATGCCAGAGTATGA
TCCTGTTGCCAAGATTTCCATCATTCCTCGTGGCCAAGCTGGTGGGCTTACCTTTTTTGC
CCCCAGTGAAGAAAGACTCGAGTCTGGATTGTACAGTAGAAGCTACCTCGAGAATCAGAT
GGCTGTTGCACTTGGTGGGAGGGTTGCAGAGGAGGTGATCTTTGGGGATGACAACGTGAC
GACTGGAGCATCAAATGATTTCATGCAGGTGTCTCGTGTGGCACGTCAAATGATCGAGAG
GTTCGGGTTCAGCAAAAAGATTGGACAAGTAGCCGTTGGTGGCCCTGGTGGAAATCCCTT
CATGGGTCAACAAATGTCTTCACAGAAAGATTACTCAATGGCAACTGCTGATATCGTAGA
TGCTGAGGTGAGAGAGCTGGTGGAGAAGGCGTACAAGAGAGCCACAGACATCATAACAAC
TCACATTGATATCTTGCACAAGCTTGCGCAGCTCTTGATCGAGAAAGAAACTGTTGTTGG
AGAAGAGTTCATGAGTCTCTTTATTGACGGCCAAGCTGAGTTGTATGTTTCTTAGTTCAT
ATCAAA*TATTCCAAAGTTGACATTTGCTTTTTAAATACCATTAGCTGTTAATGTATACT
ACTAGAC*ATTACCCATTTGCGTATATATTT

QA 2 812 2 812
DS 

RD RR1GU96JQ 480 0 0
GAGGAGGTGATCTTTGGGGATGACAACGTGACGACTGGAGCATCAAATGATTTCATGCAG
GTGTCTCGTGTGGCACGTCAAATGATCGAGAGGTTCGGGTTCAGCAAAAAGATTGGACAA
GTAGCCGTTGGTGGCCCTGGTGGAAATCCCTTCATGGGTCAACAAATGTCTTCACAGAAA
GATTACTCAATGGCAACTGCTGATATCGTAGATGCTGAGGTGAGAGAGCTGGTGGAGAAG
GCGTACAAGAGAGCCACAGACATCATAACAACTCACATTGATATCTTGCACAAGCTTGCG
CAGCTCTTGATCGAGAAAGAAACTGTTGATGGAGAAGAGTTCATGAGTCTCTTTATTGAC
GGCCAAGCTGAGTTGTATGTTTCTTAGTTTATATCAAAATATTCCAAAGTTGACATTTGC
TTTTTAAATACCATTAGCTGTTAATGTATACTACTAGACCATTACCCATTTGCGTATATA

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 3

CO CL3920Contig1 820 3 8 U
GGAATATAGATCAGAACCACGCGTATATTCTTATTTACGTCATCTTCGGCTCAAGTAAGT
CATCATCAATCTCAAAGGTGTAACTTGGCTCAACAACAATGTCAAGAGCTAATGATTCTT
GTCCTTTGGTAAAAAACATCCTTCTTCTAGACTCTGAAGGAAAACGTGTGGCTGTCAAGT
ATTACTCGGATGATTGGACAACTAATGCTGCCAAGTTAGCTTTTGAAAAGTATGTCTTCA
CGAAGACCTCTAAAACCAATGCTCGCACAGAAGCGGAGATCACACTGTTGGAGAATAACA
TTGTTGTCTATAAGTTTGCCCAGGACCTTCACTTCTTTGTTACAGGTGGTGAAGATGAAA
ACGAGCTCATCTTATCATCTGTTCTACAAGGCTTTTTTGATGCCGTTGCATTACTTCTCA
GGAACAATGTTGAAAAGATGGAAGCCCTTGAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTG
ATGAGATGGTTGATCAGGGGATGGTATTGGAAACAGATGCCAATGTCATTGCGGGAAAAG
TAGCAATGCAGAGCACAGAAGCAAGTGGTTCACTCTCTGAACAGACATTAACCCAAGCAT
TCGCAACGGCGAGAGAGCACCTGGCAAGAAGTCTTTTAACATGATTATCATCGTTGTAGC
AAAATGATCTTTAATCATGGGCTTTTAATAGCCATACCTGAAATTGTTGCTGTTCACTAG
AGATGAGTGCATGTTTACTCAAGTATCTTATGACTGATTTTCTTACAAATCGTTTACTTG
TATTGTTTCCTTTTGGAATTTAGATCAATTATTCTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H517TF U 45
AF RR1FN20TF U 1
AF RR1FN20JQ C 123
BS 1 54 RR1FN20TF
BS 55 55 RR1H517TF
BS 56 64 RR1FN20TF
BS 65 65 RR1H517TF
BS 66 663 RR1FN20TF
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BS 665 687 RR1FN20TF
BS 688 820 RR1FN20JQ

RD RR1H517TF 613 0 0
GGG
GGCTCAAGTAAGTCATCATCGATCTCAAAGGTGTAACTTGGTTCAACAGCAATGTCAAGA
GCTAATGATTCTTGTCCTTTGGTAAAAAACATCCTTCTTCTAGACTCTGAAGGAAAACGT
GTGGCTGTCAAGTATTACTCTGATGATTGGACAACTAATGCTGCCAAGTTAGCTTTTGAA
AAGTATGTCTTCACGAAGACCTCTAAAACCAATGCTCGCACAGAAGCGGAGATCACACTG
TTGGAGAATAACATTGTTGTCTATAAGTTTGCCCAGGACCTTCACTTCTTTGTTACAGGA
GGTGAAGATGAAAACGAGCTCATCTTATCATCTGTTCTACAAGGCTTTTTTGATGCCGTT
GCATTACTTCTCAGGAACAATGTTGAAAAGATGGAAGCCCTTGAAAACTTGGATCTCATC
TTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAGGGGATGGTATTGGAAACAGATGCCAATGTC
ATTGCGGGAAAAGTAGCAATGCAGAGCGCAGAAGCAATTGGTTCACTCTCTGAACAGACA
TTAACCCAAGCATTCGCAACGGCGAGAGAGCACCTGGCAAGAAGTCTTTTAACATGATTA
TCATCGTTGT

QA 4 613 4 613
DS 

RD RR1FN20TF 701 0 0
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GTCCTTTGGTAAAAAACATCCTTCTTCTAGACTCTGAAGGAAAACGTGTGGCTGTCAAGT
ATTACTCGGATGATTGGACAACTAATGCTGCCAAGTTAGCTTTTGAAAAGTATGTCTTCA
CGAAGACCTCTAAAACCAATGCTCGCACAGAAGCGGAGATCACACTGTTGGAGAATAACA
TTGTTGTCTATAAGTTTGCCCAGGACCTTCACTTCTTTGTTACAGGTGGTGAAGATGAAA
ACGAGCTCATCTTATCATCTGTTCTACAAGGCTTTTTTGATGCCGTTGCATTACTTCTCA
GGAACAATGTTGAAAAGATGGAAGCCCTTGAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTG
ATGAGATGGTTGATCAGGGGATGGTATTGGAAACAGATGCCAATGTCATTGCGGGAAAAG
TAGCAATGCAGAGCACAGAAGCAAGTGGTTCACTCTCTGAACAGACATTAACCCAAGCAT
TCGCAACGGCGAGAGAGCACCTGGCAAGAAGTCTTTTAACATGATTATCATCGTTGTAGC
AAA*TGATCTTTAATCATGGGCTTTTA
TAGCATACCTGAAA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1FN20JQ 698 0 0
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TACTCGGATGATTGGACAACTAATGCTGCCAAGTTAGCTTTTGAAAAGTATGTCTTCACG
AAGACCTCTAAAACCAATGCTCGCACAGAAGCGGAGATCACACTGTTGGAGAATAACATT
GTTGTCTATAAGTTTGCCCAGGACCTTCACTTCTTTGTTACAGGTGGTGAAGATGAAAAC
GAGCTCATCTTATCATCTGTTCTACAAGGCTTTTTTGATGCCGTTGCATTACTTCTCAGG
AACAATGTTGAAAAGATGGAAGCCCTTGAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGAT
GAGATGGTTGATCAGGGGATGGTATTGGAAACAGATGCCAATGTCATTGCGGGAAAAGTA
GCAATGCAGAGCACAGAAGCAAGTGGTTCACTCTCTGAACAGACATTAACCCAAGCATTC
GCAACGGCGAGAGAGCACCTGGCAAGAAGTCTTTTAACATGATTATCATCGTTGTAGCAA
AATGATCTTTAATCATGGGCTTTTAATAGCCATACCTGAAATTGTTGCTGTTCACTAGAG
ATGAGTGCATGTTTACTCAAGTATCTTATGACTGATTTTCTTACAAATCGTTTACTTGTA
TTGTTTCCTTTTGGAATTTAGATCAATTATTCTTTTTT

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 3

CO CL3921Contig1 879 3 4 U
GGATTTTGGGCCACTTCAAAATTTTCTATTTATCTCGTGCTTCTTTTCCCAAGTCCCTAA
ATCATTTCCGCCTCTCTCGATTCGCCGTCGTGGTCTCCGCCGCGAATCGTCCACCTTCCA
ACTTGGACTGCCCAGACAAGAGTTGTAGCATTTTGTACCATGAAGAAATGTACGATGAGA
TGGGGTGATGATGATGATGAAGAAGATGAAGACTCATCTGAGGAGTCATCATCTTCTGAC
TCTAACGCTGATACTACTGAGACTGGGAAGAAGAAGAAGAGAAAGAGCAAGAAGACTATA
GCGAGGTTTGGGAAGAAAGAGAAGAAAGCTTTTGACTATGAATCTCTGCAACAGCACGGT
TACAAAGCAGTTGGTCTTCCAGATTTGCCTCCTCCTGTGGAGGAGAAAGAGGATTGGTCA
TGGGCTACGGGGAAGGATAAAGCAAGAGGAGAGGAAGTGAAAGAGAGTTTTCGAGAACGA
GAAGCTACTAGAGCTGCGGTTTCAGGTGGGGAGACCATTGCGAATGCGCAGCTGCGGAGT
GATAGGAAGAGTCTTTCTTTTTCGCAGAAGGAGAAGAAGAAGAGAGATTTGGGGCAAGCG
AGTAGAGGGAAGAACTACGTTGAAGAAGAGAAGAGGCAGTTGAGAGAGAGTGGTGTTTAC
TCTGGCTTTGATTCTTAAGAAAAAGACTCAACTTTCAGGTAACATCTTTGTAGTGTGGTA
ATGTATGTGAAGAAACAAGAGCTTGATTTACACTATCTATTAGCCACGATATTTACATGG
AGAATCATCAATCACTTGCTTTGTTCTATTTGAAAATCTCAACTTTGAGGTAACGTCTTT
GTGTTTGATATGATTGTGAAGAAACAAGAATTTGATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1G227TF U 57
AF RR1E029TF U 1
AF RR1E029JQ C 233
BS 1 120 RR1E029TF
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BS 122 487 RR1E029TF
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GG
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CAACTTGGACTGCCCAGACAAGAGTTGTAGCATTTTGTACCATGAAGAAATGTACGATGA
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ACTCTAACGCTGATACTACTGAGACTGGGAAGAAGAAGAAGAGAAAGAGCAAGAAGACTA
TAGCGAGGTTTGGGAAGAAAGAGAAGAAAGCTTTTGACTATGAATC

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DS 

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ATCATTTCCGCCTCTCTCGATTCGCCGTCGTGGTCTCCGCCGCGAATCGTCCACCTTCCA
GCTTGGACTGCCCAGACAAGAGTTGTAGCATTTTGTACCATGAAGAAATGTACGATGAGA
TGGGGTGATGATGATGATGAAGAAGATGAAGACTCATCTGAGGAGTCATCATCTTCTGAC
TCTAACGCTGATACTACTGAGACTGGGAAGAAGAAGAAGAGAAAGAGCAAGAAGACTATA
GCGAGGTTTGGGAAGAAAGAGAAGAAAGCTTTTGACTATGAATCTCTGCAACAGCACGGT
TACAAAGCAGTTGGTCTTCCAGATTTGCCTCCTCCTGTGGAGGAGAAAGAGGATTGGTCA
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DS 

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ATTGGTCATGGGCTACGGGGAAGGATAAAGCAAGAGGAGAGGAAGTGAAAGAGAGTTTTC
GAGAACGAGAAGCTACTAGAGCTGCGGTTTCAGGTGGGGAGACCATTGCGAATGCGCAGC
TGCGGAGTGATAGGAAGAGTCTTTCTTTTTCGCAGAAGGAGAAGAAGAAGAGAGATTTGG
GGCAAGCGAGTAGAGGGAAGAACTACGTTGAAGAAGAGAAGAGGCAGTTGAGAGAGAGTG
GTGTTTACTCTGGCTTTGATTCTTAAGAAAAAGACTCAACTTTCAGGTAACATCTTTGTA
GTGTGGTAATGTATGTGAAGAAACAAGAGCTTGATTTACACTATCTATTAGCCACGATAT
TTACATGGAGAATCATCAATCACTTGCTTTGTTCTATTTGAAAATCTCAACTTTGAGGTA
ACGTCTTTGTGTTTGATATGATTGTGAAGAAACAAGAATTTGATTTC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 3

CO CL3922Contig1 1139 3 3 U
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GGAGGAGGAAGAGTGATGGCGACGGCGGCGAAGGTGGCTGGGATAGGAGTCGCGAAAGGT
GGATTCAGGGGAGGACTCGGAGTCCCCTCCGCGGCGGCGAACGATCAGTTCATCGTGAGA
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GGGGGAGAAGACGCTGCGGCGGTGGTTATGCGTAAACCGGTTTGGGAAGACGAGTGGGAA
TTCGCGGAAGTGATGGAGACGAAGACGATCCCTAGGGTTGTTTTCCACAAGCCTCCTTCT
CTCCAGGAGGCTAAAGATGCCACCCATGATCTCAAAGATGCTCTCAACATGGCGGCGTAT
ATGGAAGGGTCAAATGAAGTTGGTTCTGTTTCAAGAATGTTTTCAAGTTTTCAACCTTGT
GAGAACAATAGAGCTGTTGTTGAATCAGCTGTTCCACCGGTTGCTCTTCAGGCTTTTGCT
CTTCTCAGTGAAAACACCGCCGCGCAGTCTGTTGTTGCTTCGATTGCGTCTGACCCAAAG
GTGTGGGACGCTGTAATGGAAAACAAGGATCTCATGAAATTTCTCGAGACCAACACTGCT
TCAACTAAGGATGAAGCTGACAATGACGACAAATCTGAACTTTCAAGCGAGACTGAAAGT
GAAGAAGAGAGTGAAGCAAAGCCAAAGCCAATCCAGCTCATGGAGATTCTGCGAGACATG
AAGCTGAAAGCTGTTCAAATGATGGAAAATGTGTCTTCCTACTTTGGGGGTTTGTTCAGG
ACAGAGTCATTTACAGAGGGTGGACAAGAGAGGAAGAGGATGTTGCTCAACGACCCTACT
ACCCTCTTTGGATTAGCTGTTTGCGTTATCTTCATGGTAGTTCTGAAACGTGCTTAAGAA
GTTCCCAGTTTGCTTTCGAACTTGCCGATATAGCTTAATAACAACTACTGTGATCTTGTT
CTGCTGCTTTTATTATGGTTTATTGTTTTTCTCAAATGTTTATTTTATTTTTCTGTTGTT
TGGAATGGTTTGGAACTTGGCTTTGATATATTTTAATAAATAAAAAGTATGCTTTGGTT


BQ
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AF RR1D246TF U 1
AF RR1FA23TF U 282
AF RR1D246JQ C 359
BS 1 799 RR1D246TF
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BS 919 1139 RR1D246JQ

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GGAGGAGGAAGAGTGATGGCGACGGCGGCGAAGGTGGCTGGGATAGGAGTCGCGAAAGGT
GGATTCAGGGGAGGACTCGGAGTCCCCTCCGCGGCGGCGAACGATCAGTTCATCGTGAGA
AACACCTCCGCGTCTAACAAGCCCGTTTCGACTTCGATCTCGTCGGCGGTTCATCCTTCG
GGGGGAGAAGACGCTGCGGCGGTGGTTATGCGTAAACCGGTTTGGGAAGACGAGTGGGAA
TTCGCGGAAGTGATGGAGACGAAGACGATCCCTAGGGTTGTTTTCCACAAGCCTCCTTCT
CTCCAGGAGGCTAAAGATGCCACCCATGATCTCAAAGATGCTCTCAACATGGCGGCGTAT
ATGGAAGGGTCAAATGAAGTTGGTTCTGTTTCAAGAATGTTTTCAAGTTTTCAACCTTGT
GAGAACAATAGAGCTGTTGTTGAATCAGCTGTTCCACCGGTTGCTCTTCAGGCTTTTGCT
CTTCTCAGTGAAAACACCGCCGCGCAGTCTGTTGTTGCTTCGATTGCGTCTGACCCAAAG
GTGTGGGACGCTGTAATGGAAAACAAGGATCTCATGAAATTTCTCGAGACCAACACTGCT
TCAACTAAGGATGAAGCTGACAATGACGACAAATCTGAACTTTCAAGCGAGACTGAAAGT
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AAGCTGAAAGCTGTTCAAA

QA 1 799 1 799
DS 

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G
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TTCCACAAGCCTCCTTCTCTCCAGGAGGCTAAAGACGCCACCCATGATCTCAAAGATGCT
CTCAACATGGCGGCGTATATGGAAGGGTCAAATGAAGTTGGTTCTGTTTCAAGAATGTTT
TCAAGTTTTCAACCTTGTGAGAACAATAGAGCTGTTGTTGAATCAGCTGTTCCACCGGTT
GCTCTTCAGGCTTTTGCTTTTCTCAGTGAAAACACCGCCGCGCAGTCTGTTGTTGCTTCG
ATTGCGTCTGACCCAAAGGTGTGGGACGCTGTAATGGAAAACAAGGATCTCATGAAATTT
CTCGAGACCAACACTGCTTCAACTAAGGATGAAGCTGACAATGACGACAAATCTGAACTT
TCAAGCGAGACTGAAAGTGAAGAAGAGAGTGAAGCAAAGCCAAAGCCAATCCAGCTCATG
GAGATTCTGCGAGACATGAAGCTGAAAGCTGTTCAAATGATGGAAAATGTGTCTTCCTAC
TTTGGGGGTTTGTTCAGGACAGAGTCATTTACAGAGGGTGGACAAGAGAGGAAGAGGATG
TTGCTCAACGACCCTACTACCCTCTTTGGATTAGCT

QA 2 637 2 637
DS 

RD RR1D246JQ 781 0 0
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ATATGGAAGGGTCAAATGAAGTTGGTTCTGTTTCAAGAATGTTTTCAAGTTTTCAACCTT
GTGAGAACAATAGAGCTGTTGTTGAATCAGCTGTTCCACCGGTTGCTCTTCAGGCTTTTG
CTCTTCTCAGTGAAAACACCGCCGCGCAGTCTGTTGTTGCTTCGATTGCGTCTGACCCAA
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CTTCAACTAAGGATGAAGCTGACAATGACGACAAATCTGAACTTTCAAGCGAGACTGAAA
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TGAAGCTGAAAGCTGTTCAAATGATGGAAAATGTGTCTTCCTACTTTGGGGGTTTGTTCA
GGACAGAGTCATTTACAGAGGGTGGACAAGAGAGGAAGAGGATGTTGCTCAACGACCCTA
CTACCCTCTTTGGATTAGCTGTTTGCGTTATCTTCATGGTAGTTCTGAAACGTGCTTAAG
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TTCTGCTGCTTTTATTATGGTTTATTGTTTTTCTCAAATGTTTATTTTATTTTTCTGTTG
TTTGGAATGGTTTGGAACTTGGCTTTGATATATTTTAATAAATAAAAAGTATGCTTTGGT
T

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 3

CO CL3923Contig1 1148 3 3 U
AATCAAGCATCAACTTTTATAAATAAATCCAAACCACACACTATTTCTGAAACATCTCAG
GTTGTTTTTACAGTTGAGGTCAGTTTTTCATGGAAAGGTTTTTACTACAGAACAAAGACA
AAACAAGACCAAAATTAGATGTGTACATAAAATAATTAATGCTCATAAAAGTCTTCTTCG
ATTTGTTACTAGCAGACGAGAGACAAGGTGAGGGATGGAGCCGTGGGAATATGCGTGCAA
GATGCCCATCGGATTATCGTCTCAGTGACTGCAACATTCACCACCAACTGGTCTAGCTCA
CCTATTCCTATGGTCCTGTTTCTTTTGCTGTTCAAACCTGATATTCTTGACCAGTTTACT
CTTTCCCTTCTCGTCTCTGACTTTCCTGCTGCTGCTTCTGTCTGACTCTCACCTTCTTCC
TCACGCCTCTCAGGTTGCGAGGAAAAATCTGGTGAAGGTAGTAACCTCTTTGGGCTTGAG
TCTCTAAGTTCCTCATCTGTTTCATGAGTGTTGTTGTTCTGTGTCGTTGCCGGACTCGGA
CTAAAAAAGGTAAAGCCTGGCATAAATGGGACACCACTTGATGGAAAGCCAACAGAGGTT
GATTCAGGTTGTTCACCACCAAAAAAAAACCCACCAAAAACAGAAGTTGGCGCTACGTTG
TTGCTGTTAACCGCAGGTAAAAAAGAGGAGAATGAAGATCTACAATCGTTATCTATCGAT
TCCTCTAACTGCCCCATGCTAAAGCTATAGTCTTGTTCCCTAGAAACATACTCTGTGGAG
AAAGAACATCCACCATTCTCCAACCCTTCACATCCAAACCCATCTTGATCATGTTGTTCT
TGTCCTGACTCAGATAACTCCTCCATCCAACAGTGAGCTAACACATCATCAGCTGTTAAC
CTTTGGGAAGGATCAACACAAAGCATCCCACGGATCAAATCCTTGGCGTGTGAAGTTATA
TGGTCCCATGGCTCAGCAGAAAACCTCAAATCAGCGGCCCTGACAGCATCAAAAATCTTT
GACTTAGTCTTTCCCCAAAAGGGAGGCACTCCACTGAGAAGTATGTACAAAATAACCCCT
GCACTCCATACATCAGCAGCTTGGTTATATCCCCCTGATAACACTTCCGGTGCTATGTAA
AACGGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI35JQ U 1
AF RR1GR26JQ U 128
AF RR1DI35TF C 496
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BS 195 759 RR1GR26JQ
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RD RR1DI35JQ 203 0 0
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AAACAAGACCAAAATTAGATGTGTACATAAAATAATTAATGCTCATAAAAGTCTTCTTCG
ATTTGTTACTAGCA
AACAAAAAA

QA 1 194 1 194
DS 

RD RR1GR26JQ 632 0 0
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TTCTCGTCTCTGACTTTCCTGCTGCTGCTTCTGTCTGACTCTCACCTTCTTCCTCACGCC
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QA 1 632 1 632
DS 

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ATGCTAAAGCTATAGTCTTGTTCCCTAGAAACATACTCTGTGGAGAAAGAACATCCACCA
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AACTCCTCCATCCAACAGTGAGCTAACACATCATCAGCTGTTAACCTTTGGGAAGGATCA
ACACAAAGCATCCCACGGATCAAATCCTTGGCGTGTGAAGTTATATGGTCCCATGGCTCA
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CAAAAGGGAGGCACTCCACTGAGAAGTATGTACAAAATAACCCCTGCACTCCATACATCA
GCAGCTTGGTTATATCCCCCTGATAACACTTCCGGTGCTATGTAAAACGGACT

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BN31JQ U 1
AF RR1F646JQ U 1
BS 1 266 RR1BN31JQ
BS 267 267 RR1F646JQ
BS 268 752 RR1BN31JQ
BS 753 765 RR1F646JQ

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QA 1 752 1 752
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ATCATGATGAGCGTTCGGAAGGGAAGTATCTGCGAACGCTTGAGCTTCATCTTCATCTCT
CGCATCCCTAAACCTCGAGAGAAACGAGTTAAATCCTTCTGAGGAAGCACCGCCTAAAAT
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AATGTTGGCGTTTGCTGTGTTCACTTCTTGCTGTTGATGCTGCATTGGATTCTCGACTCC
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QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL3925Contig1 660 2 12 U
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AAATCTTTCATCGGGTCATCGTAGTGAACTCTCTTCATTCTGTAAGCTTCCATTTCTTCC
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CTCTTACGCTCATCCTCCTTTTTCAGAGCATTAGCAAGTGCCTCCTCGTTCAATTCCAAA
TCTTCAGGAACATCGGTCCCCCAAGAGGCCATCTTCTTCTCTTCAACCTTCTTTGGGCTC
TCTTCACATGCTTCTTTGCGAGCAATATTAGCCTTCATCAGATCAAGGGAAGCCTCTGCA
GCCTCAATACCAGCAGAGCCTGTGCAGTAACTATTGCGAATCGTCTGCTGGCAACATCTA
TATCCCCATTGATGGTCTTTCCACCACGAGCCCCAAACACTAGTGTGATTGTTAGTAAGA
ACATCTTCCTCGTACCTGCTCTTTGGCAGTATAACCTCCTGTCCCTTTATAATCCTCCCT
GCTCGGTCATACTCAACTTGTCTTTCGCTCTGTCCAAGCAAAAGCTCCATTGGAATTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FS15JQ U 1
AF RR1BP94TF C 3
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BS 636 660 RR1BP94TF

RD RR1FS15JQ 636 0 0
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AGTGTCACATCGTTGGTGTGTTTGACATTGTATTTGCGCTTCCTCTCATCTTTTTCTTCT
CTCTTACGCTCATCCTCCTTTTTCAGAGCATTAGCAAGTGCCTCCTCGTTCAATTCCAAA
TCTTCAGGAACATCGGTTCCCCAAGAGGCCATCTTCTTCTCTTCAACCTTCTTTGGGCTC
TCTTCACATGCTTCTTTGCGAGCAATATTAGCCTTCATCAGATCAAGGGAAGCCTCTGCA
GCCTCGATACCAGCAGAGCCTGTGCAGTAACTATTGCGAATCGTCTGCTGGCAACATCTA
TATCCCCATTGATGGTCTTTCCACCACGAGCCCCAAACACTAGTGTGATTGTTAGTAAGA
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GCTCGGTCATACTCAACTTGTCTTTCGCTCTGTCC
C

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1BP94TF 658 0 0
AGC
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TCTTCAGGCTAAAATGGTAACACAGGACAAACGAGAAACATTTTTTTTTCAGAGGAAATC
TTTCATCGGGTCATCGTAGTGAACTCTCTTCATTCTGTAAGCTTCCATTTCTTCCAGTGT
CACATCGTTGGTGTGTTTGACATTGTATTTGCGCTTCCTCTCATCTTTTTCTTCTCTCTT
ACGCTCATCCTCCTTTTTCAGAGCATTAGCAAGTGCCTCCTCGTTCAATTCCAAATCTTC
AGGAACATCGGTCCCCCAAGTGGCCATCTTCTTCTCTTCAACCTTCTTTGGGCTCTCTTC
ACATGCTTCTTTGCGAGCAATATTAGCCTTCATCAGATCAAGGGAAGCCTCTGCAGCCTC
AATACCAGCAGAGCCTGTGCAGTAACTATTGCGAATCGTCTGCTGGCAACATCTATATCC
CCATTGATGGTCTTTCCACCACGAGCCCCAAACACTAGTGTGATTGTTAGTAAGAACATC
TTCCTCGTACTTGCTCTTTGGCAGTATAACCTCCTGTCCTTTTATAATCCTCCCTGCTCG
GTCATATTCAACTTGTCTTTCGCTCTGTCCAAGCAAAAGCTCCATTGGAATTTCC

QA 4 658 4 658
DS 



AS 1 3

CO CL3926Contig1 1356 3 3 U
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CTATGGCACGATCTTTGTTTACTTCGTCCTCTGCTTCGTACTCATCGTGGAAGTTTCAAG
ATTCGCTAAACCTTATCACAGCAACCTTCAGAACCTAATGGAGACAGAAGCATTAGTAGT
AGAAGAAGGATTCGTGGACGTCCTGAACTCAGGGAAACTTCCATGTCCCTTCAAAACATC
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AGCTCGTCCTCCATCTTCGTACTGCGTGAAGTTCCAGAATTTTGCCACTATGGCGAAACT
GGTCAAAGACAACGGTGACAAGTACGAGTCACGTCCTTTCTCCGTTGGTGGATACAACTG
GACGTTACTAATCTACCCTAACGAGAACAAGCCAGTGGGCTCGGGTGGATTCGTTTCGAT
GTACGTTAGAATCGATAACTCAAGCCTCATAGCCAACCCACACGATGTGTATGCAGAGAT
CACATTCCTTACCTATAAAAGCACTATAGACAGATACCATTTTCTTCAGGAGACCGATGC
GCAGCGGTTTCATTTGTTTAAACAACAATATGGACAGCTAAACTTTCTTGAGATTGGTTA
CTACAGAGATCCAGGACATGGATTTATTTTCGACGGTGGACAAAGTGTGTTTGGTGTTGA
CATCCTCGTTGCTAACCCCTTTGAGAAGTGGGAAGTTTTCTCTTACGAAGAAAACATTCG
TGACCCTCTTTTCAACTGGAAGCTCATTAAATTCTCTACACGTAATCTTGACTCTTACAC
TTCTGATTCGTTTTCTTCTGGAGGAAGAGACTGGGTGTTGAAAGTGTATCCCAACGGAGT
TGGGCATGCAACGGGCAATTCGCTGTCACTCTTTTTGTTAAGTGCGTCAAATGAAAAGGG
TTACGTGAAAGCCAAGTTACGAGTTATTGACCAGATCCGGTCCAACCATTTGGAGAAACA
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CGCAGATCTCAAGGACTCAACCAAAGGTTTCATTGCTGATGATGCCGTCAAGTTTGAAGT
CGAGATCTTGTCCTTCTCTAAGACCGATACTCTCTAAAATGGTCACACGATCATTCTTAT
GTTGTTGTTTTCCCCTGTTTTAACCGGAGATAGTGCGTTCGTAGAAACCAACACACTAAT
CTCTGCCGCTATGTAATTCCACGGTGGCCTAGTGAATTAACGTCACTTTGGTTTACTGTT
TGTCTAATAATAACTTGTTGGAGCTTTCCTGTGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ91TF U 1
AF RR1AY46TF U 7
AF RR1AY46JQ C 456
BS 1 585 RR1GQ91TF
BS 586 734 RR1AY46TF
BS 735 1356 RR1AY46JQ

RD RR1GQ91TF 585 0 0
GGAAAACATACTCAAAAAGGAAAAAAAAATGTATACAGAGGAAAAGAAGAAAGACAAAAA
CTATGGCACGATCTTTGTTTACTTCGTCCTCTGCTTCGTACTCATCGTGGAAGTTTCAAG
ATTCGCTAAACCTTATCACAGCAACCTTCAGAACCTAATGGAGACAGAAGCATTAGTAGT
AGAAGAAGGATTCGTGGACGTCCTGAACTCAGGGAAACTTCCATGTCCCTTCAAAACATC
TAGCTCTGCCTCTGCTAGGAGTCACGAGAAGCTCTCGGGACTAATAAGACGAGAGGATAG
AGCTCGTCCTCCATCTTCGTACTGCGTGAAGTTCCAGAATTTTGCCACTATGGCGAAACT
GGTCAAAGACAACGGTGACAAGTACGAGTCACGTCCTTTCTCCGTTGGTGGATACAACTG
GACGTTACTAATCTACCCTAACGAGAACAAGCCAGTGGGCTCGGGTGGATTCGTTTCGAT
GTACGTTAGAATCGATAACTCAAGCCTCATAGCCAACCCACACGATGTGTATGCAGAGAT
CACATTCCTTACCTATAAAAGCACTATAGACAGATACCATTTTCT

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1AY46TF 728 0 0
G
ATACTCAAAAAGGAAAAAAAAATGTATACAGAGGAAACGAAGAAAGACAAAAACTATGGC
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AAACCTTATCACAGCAACCTTCAGAACCTAATGGAGACAGAAGCATTAGTAGTAGAAGAA
GGATTCGTGGACGTCCTGAACTCAGGGAAACTTCCATGTCCCTTCAAAACATCTAGCTCT
GCCTCTGCTAGGAGTCACGAGAAGCTCTCGGGACTAATAAGACGAGAGGATAGAGCTCGT
CCTCCATCTTCGTACTGCGTGAAGTTCCAGAATTTTGCCACTATGGCGAAACTGGTCAAA
GACAACGGTGACAAGTACGAGTCACGTCCTTTCTCCGTTGGTGGATACAACTGGACGTTA
CTAATCTACCCTAACGAGAACAAGCCAGTGGGCTCGGGTGGATTCGTTTCGATGTACGTT
AGAATCGATAACTCAAGCCTCATAGCCAACCCACACGATGTGTATGCAGAGATCACATTC
CTTACCTATAAAAGCACTATAGACAGATACCATTTTCTTCAGGAGACCGATGCGCAGCGG
TTTCATTTGTTTAAACAACAATATGGACAGCTAAACTTTCTTGAGATTGGTTACTACAGA
GATCCAGGACATGGATTTATTTTCGACGGTGGACAAAGTGTGTTTGGTGTTGACATCCTC
GTTGCTA

QA 2 728 2 728
DS 

RD RR1AY46JQ 901 0 0
TGGGCTCGGGTGGATTCGTTTCGATGTACGTTAGAATCGATAACTCAAGCCTCATAGCCA
ACCCACACGATGTGTATGCAGAGATCACATTCCTTACCTATAAAAGCACTATAGACAGAT
ACCATTTTCTTCAGGAGACCGATGCGCAGCGGTTTCATTTGTTTAAACAACAATATGGAC
AGCTAAACTTTCTTGAGATTGGTTACTACAGAGATCCAGGACATGGATTTATTTTCGACG
GTGGACAAAGTGTGTTTGGTGTTGACATCCTCGTTGCTAACCCCTTTGAGAAGTGGGAAG
TTTTCTCTTACGAAGAAAACATTCGTGACCCTCTTTTCAACTGGAAGCTCATTAAATTCT
CTACACGTAATCTTGACTCTTACACTTCTGATTCGTTTTCTTCTGGAGGAAGAGACTGGG
TGTTGAAAGTGTATCCCAACGGAGTTGGGCATGCAACGGGCAATTCGCTGTCACTCTTTT
TGTTAAGTGCGTCAAATGAAAAGGGTTACGTGAAAGCCAAGTTACGAGTTATTGACCAGA
TCCGGTCCAACCATTTGGAGAAACAAGTGGAGGGATGGCCTAACGCAACGGAAAATGGAT
GAGGGTTTGAGAAGTTTATTTCTTTCGCAGATCTCAAGGACTCAACCAAAGGTTTCATTG
CTGATGATGCCGTCAAGTTTGAAGTCGAGATCTTGTCCTTCTCTAAGACCGATACTCTCT
AAAATGGTCACACGATCATTCTTATGTTGTTGTTTTCCCCTGTTTTAACCGGAGATAGTG
CGTTCGTAGAAACCAACACACTAATCTCTGCCGCTATGTAATTCCACGGTGGCCTAGTGA
ATTAACGTCACTTTGGTTTACTGTTTGTCTAATAATAACTTGTTGGAGCTTTCCTGTGTC
G

QA 1 901 1 901
DS 



AS 1 2

CO CL3927Contig1 973 2 8 U
GGGAGCGAGCGAGCATTCTCGTGGTGTAAAGACCATGAGTGATCAAGACGGAGACTGGAA
TTATCATCTGAGGATCCTAAGCAATAGCGCACGTGATTCCACGGATCCTGCTTCTGATCC
ATCTGTGCTACAATCAGTTAAGAAGCTACATGGGTTCTGTAAATTGGAGAAATCAGACGA
TCTGGTGGCTAGAATTTACCCTCAGATCAATAAGGTCTTCCAACGTTCTGTAGCTTCATT
GTCTCAGTCTGAATCAGGGACCTCCAAAGGCCTTCTCTTGCTAGCCATTCTTCAGTTTTT
TCTTGATTTTGGAGATATGGTTCTGCACGATGCTGACCCGAGTTTGAGGACTTTCTTCCG
TTCGTGTCTTAGCCGTGAGTTCTCGGATGCTGCTGTTGCAGAGGCAACTTGTGAGTTCCT
TATTGAGAACAAGAGAAAACTCTTGGCGTCTTTCCCTAATTTACTCCCACAGTTTTTTCC
GTTGTTGCTTAAGCTCATTGCCTGGAACTGGGAGAAGTAAGCCGAGTCAGTCATTCTTGC
TTCTTTTTTTCTCTTCTTCATAAGTTATTTAATCAATCACGAAATCTTCAGGTTGGAAAA
GTCCTTCCTGAAGATATTTCCAGGACTGATATCACCTGGATCATTTCTTCCTCTCTTTCC
ATCCATTCTAGACTTGCCAAGTGAGTCCACCTTTCTAAAAAATGGCTACTCGAGTTCGTA
TGTTTATTTTACTGTGGTTTAGATACAAGTTAGGTGACTCACAAGCTGCTGGTTTGATAA
TTTCCATGGTTTTGGCCTGTGTAGTGTATCTGCGTTTATGCTTGAACTTATGTATTTTCT
TGTTAATATTTTTTGCTAGTGCTGGTTGTGGCACTAGAAAAAGTGGAAAGGAGCTCCGGG
TCAGGGTCAAGGGTCGGAGGTAGCATTGCTTCGATCCAGAAGAGTGCAGCTCCGGAGGTC
TTCTATTTAATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP77TF U 1
AF RR1BP77JQ C 198
BS 1 701 RR1BP77TF
BS 702 702 RR1BP77JQ
BS 703 753 RR1BP77TF
BS 754 754 RR1BP77JQ
BS 755 792 RR1BP77TF
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BS 794 816 RR1BP77TF
BS 817 973 RR1BP77JQ

RD RR1BP77TF 816 0 0
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TCTGGTGGCTAGAATTTACCCTCAGATCAATAAGGTCTTCCAACGTTCTGTAGCTTCATT
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TCTTGATTTTGGAGATATGGTTCTGCACGATGCTGACCCGAGTTTGAGGACTTTCTTCCG
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TTCTTTTTTTCTCTTCTTCATAAGTTATTTAATCAATCACGAAATCTTCAGGTTGGAAAA
GTCCTTCCTGAAGATATTTCCAGGACTGATATCACCTGGATCATTTCTTCCTCTCTTTCC
ATCCATTCTAGACTTGCCAAGTGAGTCCACCTTTCTAAAAA*TGGCTACTCGAGTTCGTA
TGTTTATTTTACTGTGGTTTAGATACAAGTTAG*TGACTCACAAGCTGCTGGTTTGATAA
TTTCCATGGTTT*GGCCTGTGTAGTGTATCTGCGTT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1BP77JQ 776 0 0
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GGACCTCCAAAGGCCTTCTCTTGCTAGCCATTCTTCAGTTTTTTCTTGATTTTGGAGATA
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AGTTCTCGGATGCTGCTGTTGCAGAGGCAACTTGTGAGTTCCTTATTGAGAACAAGAGAA
AACTCTTGGCGTCTTTCCCTAATTTACTCCCACAGTTTTTTCCGTTGTTGCTTAAGCTCA
TTGCCTGGAACTGGGAGAAGTAAGCCGAGTCAGTCATTCTTGCTTCTTTTTTTCTCTTCT
TCATAAGTTATTTAATCAATCACGAAATCTTCAGGTTGGAAAAGTCCTTCCTGAAGATAT
TTCCAGGACTGATATCACCTGGATCATTTCTTCCTCTCTTTCCATCCATTCTAGACTTGC
CAAGTGAGTCCACCTTTCTAAAAAATGGCTACTCGAGTTCGTATGTTTATTTTACTGTGG
TTTAGATACAAGTTAGGTGACTCACAAGCTGCTGGTTTGATAATTTCCATGGTTTTGGCC
TGTGTAGTGTATCTGCGTTTATGCTTGAACTTATGTATTTTCTTGTTAATATTTTTTGCT
AGTGCTGGTTGTGGCACTAGAAAAAGTGGAAAGGAGCTCCGGGTCAGGGTCAAGGGTCGG
AGGTAGCATTGCTTCGATCCAGAAGAGTGCAGCTCCGGAGGTCTTCTATTTAATTT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 3

CO CL3928Contig1 843 3 17 U
GGAGTGAAACAAATATACCATTGCAACAAACAAACAAACAAATATACGAAGTTCAGAATG
GTTACCAAATTCATAAAGAGTAGAAATGTCAGGCACTAAAGAAGAAAACAAGTCACTGGA
ATAAATAAACACACGTGCTGCGGAGAAATACAAAGGACAAAGAGAGTTTCTGAGTCTGGG
ACATGTAAAGAAATTGAAACAACCGTCATGTCTTTCTTATTAGTTGTAGACCATATACTT
GGGGGTTGCACTGAACTTCTGATAACCTTTGATGACTTTGTTCACTGCATCCAAAAAGTC
TTTCTCAGTCACAGTTTTTCTCCTAGCTCTGATTGCATACATTCCAGCTTCAGTGCACAC
ACTTCTGATATCAGCTCCAGTTGAGTTTGGGCAGAGGCGAGCAAGGAGCTCAAAACGGAT
GTCTCTCTCGCAGTTCATGGTTCTTGTGTGAATCTTGAAGATCTGGGTCCTGCTCTCCAG
ATCAGGCAAACCAAACTCAACCTTACGGTCAAGACGTCCAGGACGTAAAAGAGCAGGGTC
TAGCGTGTCAGGCCTGTTGGTTGCCATAAGAACTTTGATGTTACCACGAGCGTCAAACCC
ATCAAGCTGATTCACAATCTCAAGCATAGTACGCTGGACTTCGTTGTCACCTCCTACACC
GTCATCAAATCTTGCACCACCAATGGCATCAACTTCATCGAAGAACACAATGCAAGCTTT
TTTGGACCGTGCCATCTGAAACAGTTCACGAACCATCCTAGCTCCTTCACCCACATACTT
CTGAACAAGCTCACTGCCGATGACTCTGATAAAGCAAGCATCGGTTCTGTTGGCAACAGC
TCT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

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RD RR1GU09JQ 703 0 0
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GACCATATACTTGGGGGTTGCACTGAACTTCTGATAACCTTTGATGACTTTGTTCACTGC
ATCCAAAAAGTCTTTCTCAGTCACAGTTTTTCTCCTAGCTCTGATTGCATACATTCCAGC
TTCAGTGCACACACTTCTGATATCAGCTCCAGTTGAGTTTGGGCAGAGGCGAGCAAGGAG
CTCAAAACGGATGTCTCTCTCGCAGTTCATGGTTCTTGTGTGAATCTTGAAGATCTGGGT
CCTGCTCTCCAGATCAGGCAAACCAAACTCAACCTTACGGTCAAGACGTCCAGGACGTAA
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ACCTCCTACACCGTCATCAAATCTTGCACCACCAATGGCATCAACTTCATCGAAGAACAC
AATGCAAGCTTTTTTGGACCGAGCCATCTGAAACAGTTCACGA

QA 1 703 1 703
DS 

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GG
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ACCAAATTCATAAAGAGTAGAAATGTCAGGTACTAAAGAAGAAAACAAGTCACTGGAATA
AATAAACACACGTGCTGCGGAGAAGTACAAAGGACAAAGAGAGTTTCTGAGTCTGGGACA
TGTAAAGAAATTGAAACAACCGTCATGTCTTTCTTATTAGTTGTAGACCATATACTTGGG
GGTTGCACTGAACTTCTGATAACCTTTGATGACTTTGTTCACTGCATCCAAAAAGTCTTT
CTCAGTCACAGTTTTTCTCCTAGCTCTGATTGCATACATTCCAGCTTCAGTGCACACACT
TCTGATATCAGCTCCAGTTGAGTTTGGGCAGAGGCGAGCAAGGAGCTCAAAACGGATGCC
TCTCTCGCAGTTCATGGTTCTTGTGTGAATCTTGAAGATCTGGGTCCTGCTCTCCAGATC
AGGCAAACCAAACTCAACCTTACGGTCAAGACGTCCAGGACGTAAAAGAGCAGGGTCTAG
CGTGTCAGGCCTGTTGGTTGCCATAAGAACTTTGATGTTACCACGAGCGTCAAACCCATC
AAGCTGATTCACAATCTCAAGCATAGTACGCTGGACTTCGTTGTCACCTCCTACACCGTC
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GGACCGTGCCATCTGAAACAGTTCACGAACCATCCTAGCTCCTTCACCCACATACTTC

QA 3 780 3 780
DS 

RD RR1AG63JQ 843 0 0
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GTTACCAAATTCATAAAGAGTAGAAATGTCAGGCACTAAAGAAGAAAACAAGTCACTGGA
ATAAATAAACACACGTGCTGCGGAGAAATACAAAGGACAAAGAGAGTTTCTGAGTCTGGG
ACATGTAAAGAAATTGAAACAACCGTCATGTCTTTCTTATTAGTTGTAGACCATATACTT
GGGGGTTGCACTGAACTTCTGATAACCTTTGATGACTTTGTTCACTGCATCCAAAAAGTC
TTTCTCAGTCACAGTTTTTCTCCTAGCTCTGATTGCATACATTCCAGCTTCAGTGCACAC
ACTTCTGATATCAGCTCCAGTTGAGTTTGGGCAGAGGCGAGCAAGGAGCTCGAAACGGAC
GTCTCTCTCGCAGTTCATGGTTCTTGTGTGAATCTTGAAGATCTGGGTCTTGCTCTCCAG
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TAGCGTGTCAGGCCTGTTGGCTGCCATAAGAACTTTGATGTTACCACGAGCGTCAAACTC
ATCAAGCTGATTCACAATCTCAAGCATAGTACGCTGGACTTCGTTGTCACCTCCTACACC
GTCATCAAATCTTGCACCACCAATGGCATCAACTTCATCGAAGAACACAATGCAAGCTTT
TTTGGACCGTGCCATCTGAAATAGTTCACGAACCATCCTAGCTCCTTCACCCACATACTT
CTGAACAAGCTCACTGCCGATGACTCTGATAAAGCAAGCATCGGTTCTGTTGGCAACAGC
TCT

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 3

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TTCATCCATCCTCATCGTTTCGCCAGAATGCTCATCAGAAACAATCTCCTTTGTTTCTCC
TTGATGTCTTTTCTCTTCTAAGCTCCTCTGCGAGACAAAAAAGGCAAAACAGAGATCCAA
AAGACAGAGGAGAGAGAGATAGATAAGCTACCTATGGCCGCCGCCGCTATGACCGAGAAG
GAAGCTATGGTGGATCCTTTCCTGGTCGAGGCTCTCCAGAACCCTCGTCATCGTCTCACC
ATTTTGCGTATGGAGCTCGACATACAAAAGTTCTTTCAAAACCCTGACCAGCTTCAGTTC
GAGTTCCAACCCTTTCCAACACCATACCTGCGCCTCGCTGCGCATCGAGTCGCTCAGCAT
TACGGACTAGTAACCATGTCTTTGGAGAACGGTAACGGTGCTTTAGACGGATCCGACAAC
AGAATCCTGGTAACGAAGACAGCCGAGAGCAGGTTTCCTTCCGCCTGTTTGTCTGAAATC
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CCCAAGAGAGGCTCTGGGAGCGGAGGTAGCGGGTCGGGAGTGCAGCAGAATCTTCTGAGG
AGTGTTGAGGAGAGGAAAGAAGAGTATGATAAAGCCCGTGCTCGGATCTTTAATAGTCCC
AGCAGTTCTGACTCTGAAGATTCTTCATCGCTACTACGAGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT
CTTGAAGGTGTAAACCGGAATGAGACTGAAGTTGCGGTTAGTAATAGTTCTGTTGGTGCT
GGTTCTCGGACTTCTAGAGTAGCTATTATCAGAGATAGAGAGAAAGATCGGTATGATCCT
GATTACGACAGGAGCTATGAAAGATATGTGGTGGATCCTTCCTACAGGTACGTTAGGGTT
ATGTCACCTGGCCAAGGCTTCAGTCCGATGCCAATGCACATTCCTTTTCACGATGGAGGC
TTCCCGCAGATTCCTAGAGGTCCTCAAGCTAATCTAAACTACGGGCATCCGGCTATGAGT
CCCTTTGTTAACAACCCGACGGCTTATACACCGTGGCCAAACCTGCCGTCTATGAACTAT
GTGCAGTCGTTGAACCGTCCAGACTTCAGGCATCCTTCTGCAAGCAATCCCTGACGACAG
TTTAGTGTTTTGAGTACTTCCAATGTCTGTATTAAGTAACAGAATTTATATAGATATTAT
CTAGTCTTTAGGAGCTGAGCTCTCTGTTCTGTTCAGAACACTGGCTGCTTCCTTCTTGTA
TAACAAGACATCTACTCCCTCTCTCTTTTGAATTTCTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G691TF U 95
AF RR1AK83TF U 1
AF RR1AK83JQ C 572
BS 1 381 RR1AK83TF
BS 382 382 RR1G691TF
BS 383 498 RR1AK83TF
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RD RR1G691TF 494 0 0
GG
AGAAACAATCTCCTTTGTTTCTCCTTGATGTCTTTTCTCTTCTAAGCTCCTCTGCGAGAC
AAAAAAGGCAAAACAGAGATCCAAAAGACAGAGGAGAGAGAGATAGATAAGCTACCTATG
GCCGCCGCCGCTATGACCGAGAAGGAAGCTATGGTGGATCCTTTCCTGGTCGAGGCTCTC
CAGAACCCTCGTCATCGTCTCACCATTTTGCGTATGGAGCTCGACATACAAAAGTTCTTT
CAAAACCCTGACCAGCTTCAGTTCGAGTTCCAACCCTTTCCAACACCATACCTGCGCCTC
GCTGCGCATCGAGTCGCTCAGCATTACGGACTAGTAACCATGTCTTTGGAGAACGGTAAC
GGTGCTTTAGACGGATCCGACAACAGAATCCTGGTAACGAAGACAGCCGAGAGCAGGTTT
CCTTCCGTCTGTTTGTCTGAAATCCCTGTTAAGCAGCCTGAGAACGGTAGACCAGAGGGT
TTCAAGATCGCC

QA 3 494 3 494
DS 

RD RR1AK83TF 760 0 0
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TTCATCCATCCTCATCGTTTCGCCAGAATGCTCATCAGAAACAATCTCCTTTGTTTCTCC
TTGATGTCTTTTCTCTTCTAAGCTCCTCTGCGAGACAAAAAAGGCAAAACAGAGATCCAA
AAGACAGAGGAGAGAGAGATAGATAAGCTACCTATGGCCGCCGCCGCTATGACCGAGAAG
GAAGCTATGGTGGATCCTTTCCTGGTCGAGGCTCTCCAGAACCCTCGTCATCGTCTCACC
ATTTTGCGTATGGAGCTCGACATACAAAAGTTCTTTCAAAACCCTGACCAGCTTCAGTTC
GAGTTCCAACCCTTTCCAACATCATACCTGCGCCTCGCTGCGCATCGAGTCGCTCAGCAT
TACGGACTAGTAACCATGTCTTTGGAGAACGGTAACGGTGCTTTAGACGGATCCGACAAC
AGAATCCTGGTAACGAAGGCAGCCGAGAGCAGGTTTCCTTCCGCCTGTTTGTCTGAAATC
CCTGTTAAGCAGCCTGAGAACGGTAGACCAGAGGGTTTCAAGATCGCCATCAAGGCTAGA
CCCAAGAGAGGCTCTGGGAGCGGAGGTAGCGGGTCGGGAGTGCAGCAGA*TCTTCTGAGG
AGTGTTGAGGAGAGGAAAGAAGAGTATGATAAAGCCCGTGCTCGGATCTTTAATAGTCCC
AGCAGTTCTGACTCTGAAGATTCTTCATCGCTACTACGAG

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1AK83JQ 791 0 0
AGGGTTTCAAGATCGCCATCAAGGCTAGACCCAAGAGAGGCTCTGGGAGCGGAGGTAGCG
GGTCGGGAGTGCAGCAGAATCTTCTGAGGAGTGTTGAGGAGAGGAAAGAAGAGTATGATA
AGGCCCGTGCTCGGATCTTTAATAGTCCCAGCAGTTCTGACTCTGAAGATTCTTCATCGC
TACTACGAGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTGAAGGTGTAAACCGGAATGAGACTGAAG
TTGCGGTTAGTAATAGTTCTGTTGGTGCTGGTTCTCGGACTTCTAGAGTAGCTATTATCA
GAGATAGAGAGAAAGATCGGTATGATCCTGATTACGACAGGAGCTATGAAAGATATGTGG
TGGATCCTTCCTACAGGTACGTTAGGGTTATGTCACCTGGCCAAGGCTTCAGTCCGATGC
CAATGCACATTCCTTTTCACGATGGAGGCTTCCCGCAGATTCCTAGAGGTCCTCAAGCTA
ATCTAAACTACGGGCATCCGGCTATGAGTCCCTTTGTTAACAACCCGACGGCTTATACAC
CGTGGCCAAACCTGCCGTCTATGAACTATGTGCAGTCGTTGAACCGTCCAGACTTCAGGC
ATCCTTCTGCAAGCAATCCCTGACGACAGTTTAGTGTTTTGAGTACTTCCAATGTCTGTA
TTAAGTAACAGAATTTATATAGATATTATCTAGTCTTTAGGAGCTGAGCTCTCTGTTCTG
TTCAGAACACTGGCTGCTTCCTTCTTGTATAACAAGACATCTACTCCCTCTCTCTTTTGA
ATTTCTTTCTC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 3

CO CL3930Contig1 766 3 8 U
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ATTATATATGATTTATTTAGTTAAGAAAAGTGATCAAATTGTGACTAGTTTTTTTCTATA
TTTACTTATTGTTTTTTAATATCAACCTTTGTTGGAAAAAAAA*CCTTGTTGGAAAATAA
CAAATAAAATCAACAAGAACTTTGATCCATACAAGGAAACAAACCAGAATTATTTTTTCA
AAGGCTTTAATTAAGGAGCAAAAAAAAAACCTAAGCTTTTGTGCATGTGTATTCAACAGT
GAGTTTAATATCTTTCTTGCAGTGACTCGGACCAAACATCTCGTCCGAAATACGAATGTA
ACACATGTGTTTTCCAAGACAATTCTTTTTGACGAGCCTCAAGGTAGCTGGTGCACCGCA
CTTTCCGTGTCTACTATCTTTATTATCTTCACAATCGGTAGGATTGCCATAATCAGCGAA
ATTGATCTTTTTAATAATATCTTTAGATCCATCACATGAAACTCTCATCATGTCCATATC
TGCTTCTAGACTTATACATTGTTTATATTCCTTGCCATGTTGATGATTAGAATTAGAGAG
AAAACGTTTCAGGTTACTATCGGTTTTGATGCCTTTTGCATCACTAAAAATGTACGTACT
TGAAGCTAAATCAAGCATAGATGAATAAAATAGAACTAGAAGCAAGATGTAGTAGTCTCG
ATAACAGAAATATGAAGTATCCATTTTCTTATGTCCTCGTAATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G208JQ U 1
AF RR1AK89JQ U 138
AF RR1AK89TF C 138
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BS 165 262 RR1G208JQ
BS 263 263 RR1AK89JQ
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BS 491 491 RR1AK89JQ
BS 492 592 RR1G208JQ
BS 593 766 RR1AK89JQ

RD RR1G208JQ 592 0 0
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GAGTTTAATATCTTTCTTGCAGTGACTCGGACCAAACATCTCGTCCGAAATACGAATGTA
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QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1AK89JQ 629 0 0
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QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1AK89TF 629 0 0
AATATCAACCTTTGTTGGAAAAAAAA*CCTTGTTGGAAAATAACAAATAAAATCAACAAG
AACTTTGATCCATACAAGGAAACAAACCAGAATTATTTTTTCAAAGGCTTTAATTAAGGA
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TGCAGTGACTCGGACCAAACATCTCGTCCGAAATACGAATGTAACACATGTGTTTTCCAA
GACAATTCTTTTTGACGAGCCTCAAGGTAGCTGGTGCACCGCACTTTCCGTGTCTACTAT
CTTTATTATCTTCACAATCGGTAGGATTGCCATAATCAGCGAAATTGATCTTTTTAATAA
TATCTTTAGATCCATCACATGAAACTCTCATCATGTCCATATCTGCTTCTAGACTTATAC
ATTGTTTATATTCCTTGCCATGTTGATGATTAGAATTAGAGAGAAAACGTTTCAGGTTAC
TATCGGTTTTGATGCCTTTTGCATCACTAAAAATGTACGTACTTGAAGCTAAATCAAGCA
TAGATGAATAAAATAGAACTAGAAGCAAGATGTAGTAGTCTCGATAACAGAAATATGAAG
TATCCATTTTCTTATGTCCTCGTAATCCC

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 3

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CGAGCCCAAGACTCTTTATCTTCGAAGTGTCCAAGTTGTAATGCAGCCTATATAGTTCCT
CAAACCTCTTGGGGATAGGGAGTGATGGGTAACGTGTGGATAAGAAGGAAACCAGTTCCT
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AAAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCCACT
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E910JQ U 1
AF RR1BS18JQ U 1
AF RR1E910TF C 427
BS 1 360 RR1BS18JQ
BS 361 361 RR1E910JQ
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BS 778 1067 RR1E910TF

RD RR1E910JQ 691 0 0
TATATATAAGATCATTCATTCTTTACCTTTGTCTACACGTTTTCCACTTATACTGGTTTA
TTGTTAGTCAACATATCTTGTTCACGAGTCTAAAGAGTTAAGAAACTACATGAGATAAAT
AGCCTTGCTCCACAAGTGAGGCAATGCAGTCATCAAACATCTCTTCAAGGGACTTGAACT
CGAGCCCAAGACTCTTTATCTTCGAAGTGTCCAAGTTGTAATGCAGCCTATATAGTTCCT
CAAACCTCTTGGGGATAGGGAGTGATGGGTAACGTGTGGATAAGAAGGAAACCAGTTCCT
CTAGAGAGACAACTTTAGAGCTGCAAATGTATCTTCCATGAGCTGCTTCGTGTTCGAAAA
AAAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCCACT
GGAACTTCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGCTGTAGAGCACAGAT
CAGGAGGCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTACAAGGTCAAGGCCAT
TCTCTTCACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACCACA
CCTGGAAACGCTTGCAAAGTTAAACAGAGGTCCAAACTGATTCATCAAGAGGGATGTTAG
GATCAAAATCATCTCTGATCCTGACTGTTGA

QA 1 691 1 691
DS 

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TTGTTAATCAACATATCTTGTTCACGAGTCTAAAGAGTTAAGAAACTACATGAGATAAAT
AGCCTTGCTCCACAAGTGAGGCAATGCAGTCATCAAACATCTCTTCAAGGGACTTGAACT
CGAGCCCAAGACTCTTTATCTTCGAAGTGTCCAAGTTGTAATGCAGCCTATATAGTTCCT
CAAACCTCTTGGGGATAGGGAGTGATGGGTAACGTGTGGATAAGAAGGAAACCAGTTCCT
CTAGAGAGACAACTTTAGAGCTGCAAATGTATCTTCCATGAGCTGCTTCGTGTTCGAAAA
CAAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCCACT
GGAACTTCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGCTGTAGAGCACAGAT
CAGGAGGCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTACAAGGTCAAGGCCAT
TCTCTTCACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACCACA
CCTGGAAACGCTTGCAAAGTTCAACAGAGGTCCGAACTGATTCATCAAGAGGGATGTTAG
GATCAAAATCATCTCTGATCCTGACTGTTGAAGAGGATGAGGTGAGAACTACACGCTTCA
AAGACTGATTCTTCCCGCATGATCTCAGTACATTCAGTGTACCCTCTATAGCTGGTT

QA 1 777 1 777
DS 

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TCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGCTGTAGAGCACAGATCAGGAG
GCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTACAAGGTCAAGGCCATTCTCTT
CACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACCACACCTGGA
AACGCTTGCAAAGTTAAACAGAGGTCCAAACTGATTCATCAAGAGGGATGTTAGGATCAA
AATCATCTCTGATCCTGACTGTTGAAGAGGATGAGGTGAGAACTACACGCTTCAAAAACT
GATTCTTCCCGCATGATCTCAGTACATTCAGTGTACCCTCTATAGCTGGTTTCAAAATCT
CCTCCTCTGGATTAGAGGTAGGTTTGAGAACAGGAGAAGCAGTATGGAAAACTCCTTGGC
ATCCCATTATAGCGTTATCAAAACTTCCTTCTTCCATTAAATCAGCCTTAACCAACCCTA
GTCTCTCCTTTGCCCCTTCCAGTTTCCAAAGGTGTGCAAGCTTCTTCTCATTCCCTGGAT
CTCTGACTGTTCCTGTAACTTCATACCCCTCAAGGAGAAGCCTCTTCACAAGCCAAGAAG
CTAAGAATCCTGAAGCTCCAGTCACACAAACTTTTCCTTTG

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

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AAGGTTTTGAAACTCTCCCAAGCCAACAGCTTCTTCGATCTTCCCCGCCCGGCTCCGTTT
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CTGTTATATATTCATCAAAAAAAAATGTCTAAGAAGAAGAGTAGTACTTGTTCCATGAGG
AAGTCATCTCAAGCTGGAGACAAACCTTCGTTACAGCAAAAGAAACCAGTTCCGAAACCT
GGTAAGATAGGGAAAGAGATTGATGACATTTTTGGTGGGGGAAAGAATAAGAAGAAGCCA
TCCCAATCAGGAGTCAAACCTGCTGCAACAGTACAACAAACCAAACCTGGTAAAATAGGG
AAAGAGATTGATGATATTTTTGGTGGGAGGAAGAAGAAGAAGCTAGAAGTGGAAACGAGC
GAGAAGAAAGAGTCCCCTCCTGCGAAGAAAGCAGAGATGGTGGCAAAGAGGAAAAGGAAG
AGGAGCGATCTTGAGGGATTTAACAAGAGCCCGAAAAGCGGTGGACCGAGGAAGAGAACA
GAAGACGGGTTACTGGTGTTCACGGAAGATGAACTTGGTATCAATAAGGCCAATGCTGGT
AATACGCGTCTGTGCCCTTTTGACTGCCAGTGTTGCTTCTAGCGTCTCCTTTCTCTTTTT
TTCTCTTTTTTTGTTAAAACCAATTTTGAAAGCTTTGTTCTTACATTGAAAAGTGGATCC
AACTGGATGGAATTATCTTAGTGTGTTGTTATTAACAGTTTGAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ75TF U 1
AF RR1AA63TF U 1
BS 1 52 RR1AA63TF
BS 53 53 RR1GJ75TF
BS 54 69 RR1AA63TF
BS 70 70 RR1GJ75TF
BS 71 79 RR1AA63TF
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BS 81 204 RR1AA63TF
BS 205 205 RR1GJ75TF
BS 206 824 RR1AA63TF

RD RR1GJ75TF 728 0 0
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AAGGTTTTGAAACTCTCCCAAGCCAACAGCTTCTTCGATCTTCCCCGCCCGGCTCCGTTT
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AATACGCGTCTGTGCCCTTTTGACTGCCAGTGTTGCTTCTAGCGTCTCCTTT
CTCTTCTTTCTCTTTT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1AA63TF 824 0 0
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AAGGTTTTGGAACTCTCCCTAGCCAACAGCTTCTTCGATCTTCCCCGCCCGGCTCCGTTT
CTACATATAATACAGTGAGAAAAGTTAATGTGGTGTTGAAGGTGACCTATCTGGGGACTG
CTGTTATATATTCATCAAAAAAAA*TGTCTAAGAAGAAGAGTAGTACTTGTTCCATGAGG
AAGTCATCTCAAGCTGGAGACAAACCTTCGTTACAGCAAAAGAAACCAGTTCCGAAACCT
GGTAAGATAGGGAAAGAGATTGATGACATTTTTGGTGGGGGAAAGAATAAGAAGAAGCCA
TCCCAATCAGGAGTCAAACCTGCTGCAACAGTACAACAAACCAAACCTGGTAAAATAGGG
AAAGAGATTGATGATATTTTTGGTGGGAGGAAGAAGAAGAAGCTAGAAGTGGAAACGAGC
GAGAAGAAAGAGTCCCCTCCTGCGAAGAAAGCAGAGATGGTGGCAAAGAGGAAAAGGAAG
AGGAGCGATCTTGAGGGATTTAACAAGAGCCCGAAAAGCGGTGGACCGAGGAAGAGAACA
GAAGACGGGTTACTGGTGTTCACGGAAGATGAACTTGGTATCAATAAGGCCAATGCTGGT
AATACGCGTCTGTGCCCTTTTGACTGCCAGTGTTGCTTCTAGCGTCTCCTTTCTCTTTTT
TTCTCTTTTTTTGTTAAAACCAATTTTGAAAGCTTTGTTCTTACATTGAAAAGTGGATCC
AACTGGATGGAATTATCTTAGTGTGTTGTTATTAACAGTTTGAT

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL3933Contig1 856 2 7 U
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AGCGCTGATAAATTGTTCACGTCAAGAGAGATTTCGGTTTCCAAATGATTTTTTGGTTAG
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CCCAATGCCTATACTGGGTAAGTTCTGCGATGAGTTCAGGTTTTCGAACGCGTTTTCGAG
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GGTGTTGAGACAGGCGTATAGAGACGAGGTGTTGGTGGATAAGGATCCCTTGCTGGCTGT
TAAGGAGAAGTTTTCGAGGTTGTTGGAGGAAGGATGGCAAGAGAGGAAAGATAGTTTGAA
GATGCAGAGGGAACAGGTTGAGAAAGATAGGGAGGTTTTGTTGGCAGATAAAAAGCAGCA
GGAACCAGAGGAGCGTCTCTGTGATTAACTTGTAAACAGGCCTCACTGTAATGAGAGATA
TGTATGTATGATTATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A638TF U 274
AF RR1D238JQ C 1
BS 1 273 RR1D238JQ
BS 274 375 RR1A638TF
BS 376 376 RR1D238JQ
BS 377 531 RR1A638TF
BS 532 532 RR1D238JQ
BS 533 769 RR1A638TF
BS 770 856 RR1D238JQ

RD RR1A638TF 496 0 0
TCGCGTGCGTCCCAACTTCGATGTGAAACTTCCCTCCGGTTTTTTCTTGAGGAAGGAGAT
GAGAGAGTGGACTAGGGATTGGTTAGAGAGAGACTACATATCGCCTTACGAGGACGCGTC
TCGTTTCGACCAGGCTTCTAAGGAGATGGAGAAACGAACCGTTGGTGTTTTTCACGAGCT
GCTGTCTCTCTCGCTGTTGAAGAGAGTCCCAATGCCTATACTGGGTAAGTTCTGCGATGA
GTTCAGGTTTTCGAACGC*TTTTCGAGTGTTTTCACGAGGCATTCGGGTATATTCTACTT
GTCGTTGAAGGGAGGGATCAAGACTGCGGTGTTGAGACAGGCGTATAGAGACGAGGTGTT
GGTGGATAAGGATCCCTTGCTGGCTGTTAAGGAGAAGTTTTCGAGGTTGTTGGAGGAAGG
ATGGCAAGAGAGGAAAGATAGTTTGAAGATGCAGAGGGAACAGGTTGAGAAAGATAGGGA
GGTTTTGTTGGCAGAT

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1D238JQ 856 0 0
GACGAGGGGGTGATCGTCGCCAGCTCTGTAAGTGCTGATGATGCGAAGGATAAAGTAATC
AGCGCTGATAAATTGTTCACGTCAAGAGAGATTTCGGTTTCCAAATGATTTTTTGGTTAG
ATTGGTTAAGAAATACCCGAACTATTTCCGGTTAACCGGTTTAGTCGGAGAAGAAGGGAA
TAAGTCCTTTCTCGAGCTTGTCGATTGGAACCCTGATTTCGCCAAATCGGCGATTGAGTT
GAGAGCGGAAGAAGAGACCGTTAGAACCGGTGTTCGCGTGCGTCCCAACTTCGATGTGAA
ACTTCCCTCCGGTTTTTTCTTGAGGAAGGAGATGAGAGAGTGGACTAGGGGTTGGTTAGA
GAGAGACTACATATCCCCTTACGAGGACGCGTCTCGTTTCGACCAGGCTTCTAAGGAGAT
GGAGAAACGAACCGTTGGTGTTTTTCACGAGCTGCTGTCTCTCTCGCTGTTGAAGAGAGT
CCCAATGCCTATACTGGGTAAGTTCTGCGATGAGTTCAGGTTTTCGAACGCGTTTTCGAG
TGTTTTCACGAGGCATTCGGGTATATTCTACTTGTCGTTGAAGGGAGGGATCAAGACTGC
GGTGTTGAGACAGGCGTATAGAGACGAGGTGTTGGTGGATAAGGATCCTTTGCTGGCTGT
TAAGGAGAAGTTTTCGAGGTTGTTGGAGGAAGGATGGCAAGAGAGGAAAGATAGTTTGAA
GATGCAGAGGGAACAGGTTGAGAAAGATAGGGAGGTTTTGTTGGCAGATAAAAAGCAGCA
GGAACCAGAGGAGCGTCTCTGTGATTAACTTGTAAACAGGCCTCACTGTAATGAGAGATA
TGTATGTATGATTATC

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 3

CO CL3934Contig1 770 3 10 U
GGAAGCTCATTTCGTTGGAGCTTGATCTCTCCCTTGAAATGGTTGCTTTCCGGTTTCACC
AGTATCAAGTGGTTGGGAGAGCCCTCCCTACGGAGAAAGATGTGCAGCCTAAGATCTATA
GGATGAAGCTATGGGCTACTAATGAAGTCCGTGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCCTTC
AGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAGAGCAACGGACAGATGCTTGCCATCAATGAGATTTTC
GAGAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTGGCTGCGTTACCAGAGCCGAACT
GGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACACTCAATGGTGCGGTGGAGCAG
ATGTACACTGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTCCCCTTGCATTCAGATCATCAAG
ACCGCTACAGTCCCTGCAAGTATGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACTCC
AAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAAGCTCAAGACT
ACATACAAGGCCTCAAAGCCCAACCTTTTCATGTAAAACCAATCTTGCATGTTTGGCCTT
ATCCTTTTCCAACCAGATCAGATTAGGGTTCTTGTTCCTCAAGTCTGAACAAAAACACCA
TTGGGAGTATGTCTCTTGAAAATCTTAAGTTTGCATCTTTTGAACTTTTGTTATCTTAGG
TATGATACGAATATCAGGTTTTCGTCATTTTATAAATTATTTGTTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BJ68TF U 1
AF RR1AO70TF U 105
AF RR1AO70JQ C 111
BS 1 178 RR1BJ68TF
BS 179 180 RR1AO70TF
BS 181 286 RR1BJ68TF
BS 287 287 RR1AO70TF
BS 288 659 RR1BJ68TF
BS 660 660 RR1AO70TF
BS 661 719 RR1BJ68TF
BS 720 720 RR1AO70TF
BS 721 735 RR1BJ68TF
BS 736 770 RR1AO70TF

RD RR1BJ68TF 735 0 0
GGAAGCTCATTTCGTTGGAGCTTGATCTCTCCCTTGAAATGGTTGCTTTCCGGTTTCACC
AGTATCAAGTGGTTGGGAGAGCCCTCCCTACGGAGAAAGATGTGCAGCCTAAGATCTATA
GGATGAAGCTATGGGCTACTAATGAAGTCCGTGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCCTG*
AGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAGAGCAACGGACAGATGCTTGCCATCAATGAGATTTTC
GAGAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTGGCTGCGTTGCCAGAGCCGAACT
GGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACACTCAATGGTGCGGTGGAGCAG
ATGTACACTGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTCCCCTTGCATTCAGATCATCAAG
ACCGCTACAGTCCCTGCAAGTATGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACTCC
AAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAAGCTCAAGACT
ACATACAAGGCCTCAAAGCCCAACCTTTTCATGTAAAACCAATCTTGCATGTTTGGCCTT
ATCCTTTTCCAACCAGATCAGATTAGGGTTCTTGTTCCTCAAGTCTGAACAAAAACACCG
TTGGGAGTATGTCTCTTGAAAATCTTAAGTTTGCATCTTTTGAACTTTTGTTATCTTAG*
TATGATACGAATATC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1AO70TF 666 0 0
GAGCCT
AAGATCTATAGGATGAAGCTATGGGCTACTAATGAAGTCCGTGCCAAGTCCAAGTTCTGG
TACTTCCTTCAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAGAGCAACGGACAGATGCTTGCCATCAA
TGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTGGCTGCGTTACCA
GAGCCGAACTGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACACTCAATGGTGC
GGTGGAGCAGATGTACACTGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTCCCCTTGCATTCA
GATCATCAAGACCGCTACAGTCCCTGCAAGTATGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTT
CCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAA
GCTCAAGACTACATACAAGGCCTCAAAGCCCAACCTTTTCATGTAAAACCAATCTTGCAT
GTTTGGCCTTATCCTTTTCCAACCAGATCAGATTAGGGTTCTTGTTCCTCAAGTCTGAAC
AAAAACACCATTGGGAGTATGTCTCTTGAAAATCTTAAGTTTGCATCTTTTGAACTTTTG
TTATCTTAGGTATGATACGAATATCAGGTTTTCGTCATTTTATAAATTATTTGTTGATCC

QA 7 666 7 666
DS 

RD RR1AO70JQ 660 0 0
AAGATCTATAGGATGAAGCTATGGGCTACTAATGAAGTCCGTGCCAAGTCCAAGTTCTGG
TACTTCCTTCAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAGAGCAACGGACAGATGCTTGCCATCAA
TGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATCAAGAACTACGGTATCTGGCTGCGTTACCA
GAGCCGAACTGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACACTCAATGGTGC
GGTGGAGCAGATGTACACTGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTCCCCTTGCATTCA
GATCATCAAGACCGCTACAGTCCCTGCAAGTATGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTT
CCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAA
GCTCAAGACTACATACAAGGCCTCAAAGCCCAACCTTTTCATGTAAAACCAATCTTGCAT
GTTTGGCCTTATCCTTTTCCAACCAGATCAGATTAGGGTTCTTGTTCCTCAAGTCTGAAC
AAAAACACCATTGGGAGTATGTCTCTTGAAAATCTTAAGTTTGCATCTTTTGAACTTTTG
TTATCTTAGGTATGATACGAATATCAGGTTTTCGTCATTTTATAAATTATTTGTTGATCC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL3935Contig1 801 2 2 U
GGCAGTTCAACTTCCGCGAGTTCGACGTCGGGGAAGACATCTACGCGACCGAGTCCATCG
AGCTTCTCCGCCAGTGCGGGATCGATTTCAAGAAGAACGTCGAGAGGGGCATCGACGCTG
TCCGGTTCGGGGAGCTGATGATGTCGTCAGGGATCGTGCTTAACGATTCCATCACGTGGG
TTACGTTCCACGGAGGTTACGATTTCGGGTATCTTGTCAAGCTTCTGACTTGCAGGGAGC
TTCCTCTCGAGCAATCCGATTTCTTCAAGCTCCTGTTTGTGTATTTCCCCACGGTTTACG
ATATCAAGCACTTGATGACGTTCTGCAACGGGCTGTTCGGAGGGCTGAACAGGCTTGCGG
AGCTTATGGGGGTTGAGAGAGTTGGGGTTTGTCATCAGGCTGGGTCCGATAGCTTGCTCA
CGTTAGGCTCGTTTAGGAAGCTCAAGGAACGTTATTTCCCTAGGTCCACTGAGAAGTACA
CTGGTGTCTTGTATGGTCTAGGTGTGGAGGATTCTGCTACTGCTATTACTAATTAAAGTT
CGAGGGAGGGGGAGGACTGCATTTAGGTTTTTTTTAGTCTTTGTGAGTGTGAAGACCAAT
TAGAGACTTTGTTGTTTGTGTAAATTGGTTTTTCTAGTAAGTGATTGTTGTGTCTTTGTT
ATTTTTCAGAAAAAAAAACCTCTTTGATCAAATGAAGGAGGGGTTTGTTGTTAATGTTTT
AGCTTTGAGTTTCTGAATGTATATCATCATTTCAGCAGCTACCCCCGTTTCATTAATAAA
TAATCTTCTATTATAAATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK94TF U 1
AF RR1GK94JQ C 60
BS 1 676 RR1GK94TF
BS 677 801 RR1GK94JQ

RD RR1GK94TF 676 0 0
GGCAGTTCAACTTCCGCGAGTTCGACGTCGGGGAAGACATCTACGCGACCGAGTCCATCG
AGCTTCTCCGCCAGTGCGGGATCGATTTCAAGAAGAACGTCGAGAGGGGCATCGACGCTG
TCCGGTTCGGGGAGCTGATGATGTCGTCAGGGATCGTGCTTAACGATTCCATCACGTGGG
TTACGTTCCACGGAGGTTACGATTTCGGGTATCTTGTCAAGCTTCTGACTTGCAGGGAGC
TTCCTCTCGAGCAATCCGATTTCTTCAAGCTCCTGTTTGTGTATTTCCCCACGGTTTACG
ATATCAAGCACTTGATGACGTTCTGCAACGGGCTGTTCGGAGGGCTGAACAGGCTTGCGG
AGCTTATGGGGGTTGAGAGAGTTGGGGTTTGTCATCAGGCTGGGTCCGATAGCTTGCTCA
CGTTAGGCTCGTTTAGGAAGCTCAAGGAACGTTATTTCCCTAGGTCCACTGAGAAGTACA
CTGGTGTCTTGTATGGTCTAGGTGTGGAGGATTCTGCTACTGCTATTACTAATTAAAGTT
CGAGGGAGGGGGAGGACTGCATTTAGGTTTTTTTTAGTCTTTGTGAGTGTGAAGACCAAT
TAGAGACTTTGTTGTTTGTGTAAATTGGTTTTTCTAGTAAGTGATTGTTGTGTCTTTGTT
ATTTTTCAGAAAAAAA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1GK94JQ 742 0 0
GAGCTTCTCCGCCAGTGCGGGATCGATTTCAAGAAGAACGTCGAGAGGGGCATCGACGCT
GTCCGGTTCGGGGAGCTGATGATGTCGTCAGGGATCGTGCTTAACGATTCCATCACGTGG
GTTACGTTCCACGGAGGTTACGATTTCGGGTATCTTGTCAAGCTTCTGACTTGCAGGGAG
CTTCCTCTCGAGCAATCCGATTTCTTCAAGCTCCTGTTTGTGTATTTCCCCACGGTTTAC
GATATCAAGCACTTGATGACGTTTTGCAACGGGCTGTTCGGAGGGCTGAACAGGCTTGCG
GAGCTTATGGGGGTTGAGAGAGTTGGGGTTTGTCATCAGGCTGGGTCCGATAGCTTGCTC
ACGTTAGGCTCGTTTAGGAAGCTCAAGGAACGTTATTTCCCTAGGTCCACTGAGAAGTAC
ACTGGTGTCTTGTATGGTCTAGGTGTGGAGGATTCTGCTACTGCTATTACTAATTAAAGT
TCGAGGGAGGGGGAGGACTGCATTTAGGTTTTTTTTAGTCTTTGTGAGTGTGAAGACCAA
TTAGAGACTTTGTTGTTTGTGTAAATTGGTTTTTCTAGTAAGTGATTGTTGTGTCTTTGT
TATTTTTCAGGAAAAAAAACCTCTTTGATCAAATGAAGGAGGGGTTTGTTGTTAATGTTT
TAGCTTTGAGTTTCTGAATGTATATCATCATTTCAGCAGCTACCCCCGTTTCATTAATAA
ATAATCTTCTATTATAAATTCG

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 3

CO CL3936Contig1 862 3 10 U
CAGAGTTCACATTCAGATACCAAATGCGAAAACATAAAATATAGAATGTATAAACCAAAA
TTCTAGTAAGTGGACAAGAACAAAAACAAACGTTGGGAGTAACACACAAATAAAAGTTTA
TTGAAAATCTAGAAGACAAGCTCATGTGGCTTCATTCCTTGTTTCAGTGAAAACCTTGCG
CCAAGGTAAGTCTTCAACTCTGGAACAGACTCAATGGCTTTGATCAATGCTCCGTCCACA
GCTTTCTGGTCATCTTTCTTCCCTTGTGGGAACACCTTCTTCTCCTCTTTCTCTGCTTCG
AAGAACTCCCCTTCTCCCTTCTTGTTCTTCTTCTCAGCCACCTTTCCAAAATACTTATCA
TCGAATTTATCAAGGCTAACACCAGAGATGTCAACCTTTGTAGATGTTCCAATCACGTGG
GAACTGGTTAACACGTCTCAAAGGCACACCATTGATCTTGAACGGTCCGGACACAAGAAG
CAAACCAGAGGGAAGCTGCTTCAAGAAGACAACTCTCTTGCCCTTGAACCTCCCAGCAAG
GATGATCAGAACAGTTCCTGGGGTGATGCTGGATCTGAGCTTGGTCGGCTTTGCCTTGCG
CCTGTTGGCGAGAGGTTTCTTAACATCTTCAGCTGGATAGAACTTTGGTGGCTTCTCAGC
TACAGCATCAACCTTGGGTTTAGCATCGTGGCGAGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTT
GATAGCCCAAAGACCTCTCTTGCGGTACATCTGAGACCTCGAGTATTTGCCAACTCCCCT
GATGAGATCAGGGTTTCGGCTGACCTTCGGCGTCCTCTGTTTTGCCGGCATCGTTGCTTA
TTCCTCTTGGCGCTGATCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CM77JQ U 1
AF RR1D968JQ U 27
AF RR1D968TF C 315
BS 1 418 RR1CM77JQ
BS 419 419 RR1D968JQ
BS 420 422 RR1CM77JQ
BS 423 423 RR1D968JQ
BS 424 742 RR1CM77JQ
BS 743 743 RR1D968JQ
BS 744 772 RR1CM77JQ
BS 773 773 RR1D968JQ
BS 774 787 RR1CM77JQ
BS 788 862 RR1D968TF

RD RR1CM77JQ 787 0 0
CAGAGTTCACATTCAGATACCAAATGCGAAAACATAAAATATAGAATGTATAAACCAAAA
TTCTAGTAAGTGGACAAGAACAAAAACAAACGTTGGGAGTAACACACAAATAAAAGTTTA
TTGAAAATCTAGAAGACAAGCTCATGTGGCTTCATTCCTTGTTTCAGTGAAAACCTTGCG
CCAAGGTAAGTCTTCAACTCTGGAACAGACTCAATGGCTTTGATCAATGCTCCGTCCACA
GCTTTCTGGTCATCTTTCTTCCCTTGTGGGAACACCTTCTTCTCCTCTTTCTCTGCTTCG
AAGAACTCCCCTTCTCCCTTCTTGTTCTTCTTCTCAGCCACCTTTCCAAAATACTTATCA
TCGAATTTATCAAGGCTAACACCAGAGATGTCAACCTTTGTAGATGTTCCAATCACGTAG
GA*CTGGTTAACACGTCTCAAAGGCACACCATTGATCTTGAACGGTCCGGACACAAGAAG
CAAACCAGAGGGAAGCTGCTTCAAGAAGACAACTCTCTTGCCCTTGAACCTCCCAGCAAG
GATGATCAGAACAGTTCCTGGGGTGATGCTGGATCTGAGCTTGGTCGGCTTTGCCTTGCG
CCTGTTGGCGAGAGGTTTCTTAACATCTTCAGCTGGATAGAACTTTGGTGGCTTCTCAGC
TACAGCATCAACCTTGGGTTTAGCATCGTGGCGAGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTT
GATAGCCCAAAGACCTCTCTTGTGGTACATCTGAGACCTCGAGTATTTGCCA*CTCCCCT
GATGAGA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1D968JQ 761 0 0
CGAAAACATAAAATATAGAATGTATAAACCAAAATTCTAGTAAGTGGACAAGAACAAAAA
CAAACGTTGGGAGTAACACACAAATAAAAGTTTATTGAAAATCTAGAAGACAAGCTCATG
TGGCTTTATTCCTTGTTTCAGTGAAAACCTTGCGCCAAGGTAAGTCTTCAACTCTGGAAC
AGACTCAATGGCTTTGATCAATGCTCCGTCCACAGCTTTCTGGTCATCTTTCTTCCCTTG
TGGGAACACCTTCTTCTCCTCTTTCTCTGCTTCGAAGAACTCCCCTTCTCCCTTCTTGTT
CTTCTTCTCAGCCACCTTTCCAAAATACTTATCATCGAATTTATCAAGGCTAACACCAAA
AATGTCAACCTTTGTAGATGTTCCAATCACGTGGGAACTGGTTAACACGTCTCAAAGGCA
CACCATTGATCTTGAACGGTCCGGACACAAGAAGCAAACCAAAGGGAAGCTGCTTCAAGA
AGACAACTCTCTTGCCCTTGAACCTCCCAGCAAGGATGATCAAAACAGTTCCTGGGGTGA
TGCTGGATCTGAGCTTGGTCGGCTTTGCCTTGCGCCTGTTGGCGAGAGGTTTCTTAACAT
CTTCAGCTGGATAGAACTTTGGTGGCTTCTCAGCTACAGCATCAACCTTGGGTTTAGCAT
CGTGGCGAGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATAGCCCAAAGACCTCTCTTGCGGT
ACATCTGAGACCTCGAGTATTTGCCAACTCCCCTGATGAGA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1D968TF 548 0 0
TCCCTTCTTGTTCTTCTTCTCAGCCACCTTTCCAAAATACTTATCATCGAATTTATCAAG
GCTAACACCAGAGATGTCAACCTTTGTAGATGTTCCAATCACGTGGGAACTGGTTAACAC
GTCTCAAAGGCACACCATTGATCTTGAACGGTCCGGACACAAGAAGCAAACCAGAGGGAA
GCTGCTTCAAGAAGACAACTCTCTTGCCCTTGAACCTCCCAGCAAGGATGATCAGAACAG
TTCCTGGGGTGATGCTGGATCTGAGCTTGGTCGGCTTTGCCTTGCGCCTGTTGGCGAGAG
GTTTCTTAACATCTTCAGCTGGATAGAACTTTGGTGGCTTCTCAGCTACAGCATCAACCT
TGGGTTTAGCATCGTGGCGAGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATAGCCCAAAGAC
CTCTCTTGCGGTACATCTGAGACCTCGAGTATTTGCCAACTCCCCTGATGAGATCAGGGT
TTCGGCTGACCTTCGGCGTCCTCTGTTTTGCCGGCATCGTTGCTTATTCCTCTTGGCGCT
GATCGTCC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL3937Contig1 743 2 10 U
GGACCAACCGGTGGATTGCTCCGCGCCCCGATCAGATCCGATGTCGCTGCTAAACCAACT
CTTCAACCGTGGAGTCTTTGGCGCTAAATGCAAAACATCCTTAAACTTCGCGATTGCTCG
GATGAAATTACTACAAAACAAGAGAGACATGCATCTCAAACACATGAAGAAGGAGATCGC
TCAGTTCTTACAAGCTGGGCAAGAACCCATCGCTCGAATCCGGGTGGAGCATGTGATCAG
AGAAATGAATCTATGGGCAGCTTATGAGATCTTGGAGCTGTACTGCGAGTTTGTGCTTGC
TCGTGTTCCAATTCTTGAAAGTCAAAAGGAATGTCCGAGAGAGTTGAGAGAAGCTATTGC
TAGCATTATCTTTGCTGCTCCAAGGTGCTCTGAAGTGCCTGATCTTCTTCAGCTTAAGAA
TCTTTTTGGTACTAAATATGGAAAAGAGTTTATCATGGTTTCTTCTGAGCTCCGTCCTGA
TTCTGGTGTCAATCGTACAATCATTGAAAAGCTTTCTCCTGCAAGTCCCTCTGGAGAGGT
AAGGCTCAAGGTTTTGAAGGAAATTGCCAAGGAGTACAGTTTGAATTGGGATTCTTCTGC
CACGGAAGCTGAGTTCATGAAGAGCCATGAAGACTTACTGGGTGGAACTAAGCAAATAGA
TCGTCAAGATATTGTCTCTGAATCTAGACCGTCCCAACAGGTACACTCAATCTTTGGTCT
CTAGGGAGCTGAGTTCTGTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G359TF U 1
AF RR1CO34TF U 6
BS 1 32 RR1G359TF
BS 33 33 RR1CO34TF
BS 34 49 RR1G359TF
BS 50 50 RR1CO34TF
BS 51 140 RR1G359TF
BS 141 141 RR1CO34TF
BS 142 235 RR1G359TF
BS 236 236 RR1CO34TF
BS 237 695 RR1G359TF
BS 696 743 RR1CO34TF

RD RR1G359TF 695 0 0
GGACCAACCGGTGGATTGCTCCGCGCCCCGATTAGATCCGATGTCGCTGTTAAACCAACT
CTTCAACCGTGGAGTCTTTGGCGCTAAATGCAAAACATCCTTAAACTTCGCGATTGCTCG
GATGAAATTACTACAAAACAGGAGAGACATGCATCTCAAACACATGAAGAAGGAGATCGC
TCAGTTCTTACAAGCTGGGCAAGAACCCATCGCTCGAATCCGGGTGGAGCATGTGGTCAG
AGAAATGAATCTATGGGCAGCTTATGAGATCTTGGAGCTGTACTGCGAGTTTGTGCTTGC
TCGTGTTCCAATTCTTGAAAGTCAAAAGGAATGTCCGAGAGAGTTGAGAGAAGCTATTGC
TAGCATTATCTTTGCTGCTCCAAGGTGCTCTGAAGTGCCTGATCTTCTTCAGCTTAAGAA
TCTTTTTGGTACTAAATATGGAAAAGAGTTTATCATGGTTTCTTCTGAGCTCCGTCCTGA
TTCTGGTGTCAATCGTACAATCATTGAAAAGCTTTCTCCTGCAAGTCCCTCTGGAGAGGT
AAGGCTCAAGGTTTTGAAGGAAATTGCCAAGGAGTACAGTTTGAATTGGGATTCTTCTGC
CACGGAAGCTGAGTTCATGAAGAGCCATGAAGACTTACTGGGTGGAACTAAGCAAATAGA
TCGTCAAGATATTGTCTCTGAATCTAGACCGTCCC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1CO34TF 738 0 0
GGGT
GGTGGATTGCTCCGCGCC**GATCAGATCCGATGTCGCTGCTAAACCAACTCTTCAACCG
TGGAGTCTTTGGCGCTAAATGCAAAACATCCTTAAACTTCGCGATTGCTCGGATGAAATT
ACTACAAAACAAGAGAGACATGCATCTCAAACACATGAAGAAGGAGATCGCTCAGTTCTT
ACAAGCTGGGCAAGAACCCATCGCTCGAATCCGGGTGGAGCATGTGATCAGAGAAATGAA
TCTATGGGCAGCTTATGAGATCTTGGAGCTGTTCTGCGAGTTTGTGCTTGCTCGTGTTCC
AATTCTTGAAAGTCAAAAGGAATGTCCGAGAGAGTTGAGAGAAGCTATTGCTAGCATTAT
CTTTGCTGCTCCAAGGTGCTCTGAAGTGCCTGATCTTCTTCAGCTTAAGAATCTTTTTGG
TACTAAATATGGAAAAGAGTTTATCATGGTTTCTTCTGAGCTCCGTCCTGATTCTGGTGT
CAATCGTACAATCATTGAAAAGCTTTCTCCTGCAAGTCCCTCTGGAGAGGTAAGGCTCAA
GGTTTTGAAGGAAATTGCCAGGGAGTACAGTTTGAATTGGGATTCTTCTGCCACGGAAGC
TGAGTTCATGAAGAGCCATGAAGACTTACTGGGTGGAACTAAGCAAATAGATCGTCAAGA
TATTGTCTCTGAATCTAGACCGTCCCAACAGGTACACTCAATCTTTGGTCTCTAGGGAGC
TGAGTTCTGTCTGC

QA 5 738 5 738
DS 



AS 1 3

CO CL3938Contig1 742 3 2 U
GCTTCCGTGATGATCAAGCTTTCTCTGAAACTGATGCGTTTTTTGCATGGACGTCTGAGA
AACGGCATCCACTCTGGCAAACGCTTTTGTCTTTCTTCTGGCCTGTATTGACTCTTGCCA
TCTGTTTGTTTCCTGTTTACCCACACCGTTGCAAACTCATTGTTCTCTACTCATGTGCTG
GCATTCTTTTGATGATTCTCTCCTTGCTTTTCGTGAGAGCAGTTGCGTTCGGTGCTATGT
GGATTCTTCTTGGAAAGCGTGTCTGGTTCTTCCCCAACATTCTTGCAGAGGAAGCCACGT
TGAAGGAACTGTTCCGTTTCTGGCCAAAGAAAGACGAGGAAGAACCACCCAAGTGGACAT
CTCGGCTTTTCTACACGGTTGTGGCTGTTGTTGTTGTCATGCTGCTCAGGCGCCATGCCC
CTGATGAGGCTGCTCGGGCCAGGTACCAAAGAAGGATGTCAAACATCATTGATGATGTCC
TTGAGTGGTCACCAAAGCTAGTACTCTCTGGTTTGATGGAGAATCAGCCGCCTGTGAACA
TCACAGAGACGGCTAACAACTCTTCAGATGCACCAGGTCCCGACCATACTGAAGAGGCTG
ACCTAGTAGACGGCGAGGAGGAAGCTGAAGACTGGACCAACTCTGATATAAAAACTTGAT
AAAAA*TATATATAGAGAAACG*ACATTTCATTGTAACAATAAGTCAAGTCAGCCTGTGT
GACAAGACGAGGATAGTTCTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH21TF U 1
AF RR1CH21JQ C 57
AF RR1F626TF U 39
BS 1 736 RR1CH21TF
BS 737 742 RR1F626TF

RD RR1CH21TF 736 0 0
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TCTGTTTGTTTCCTGTTTACCCACACCGTTGCAAACTCATTGTTCTCTACTCATGTGCTG
GCATTCTTTTGATGATTCTCTCCTTGCTTTTCGTGAGAGCAGTTGCGTTCGGTGCTATGT
GGATTCTTCTTGGAAAGCGTGTCTGGTTCTTCCCCAACATTCTTGCAGAGGAAGCCACGT
TGAAGGAACTGTTCCGTTTCTGGCCAAAGAAAGACGAGGAAGAACCACCCAAGTGGACAT
CTCGGCTTTTCTACACGGTTGTGGCTGTTGTTGTTGTCATGCTGCTCAGGCGCCATGCCC
CTGATGAGGCTGCTCGGGCCAGGTACCAAAGAAGGATGTCAAACATCATTGATGATGTCC
TTGAGTGGTCACCAAAGCTAGTACTCTCTGGTTTGATGGAGAATCAGCCGCCTGTGAACA
TCACAGAGACGGCTAACAACTCTTCAGATGCACCAGGTCCCGACCATACTGAAGAGGCTG
ACCTAGTAGACGGCGAGGAGGAAGCTGAAGACTGGACCAACTCTGATATAAAAACTTGAT
AAAAA*TATATATAGAGAAACG*ACATTTCATTGTAACAATAAGTCAAGTCAGCCTGTGT
GACAAGACGAGGATAG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1CH21JQ 665 0 0
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GCCATCTGTTTGTTTCCTGTTTACCCACACCGTTGCAAACTCATTGTTCTCTACTCATGT
GCTGGCATTCTTTTGATGATTCTCTCCTTGCTTTTCGTGAGAGCAGTTGCGTTCGGTGCT
ATGTGGATTCTTCTTGGAAAGCGTGTCTGGTTCTTCCCCAACATTCTTGCAGAGGAAGCC
ACGTTGAAGGAACTGTTCCGTTTCTGGCCAAAGAAAGACGAGGAAGAACCACCCAAGTGG
ACATTTCGGCTTTTCTACACGGTTGTGGCTGTTGTTGTTGTCATGCTGCTCAGGCGCCAT
GCCCCTGATGAGGCTGCTCGGGCCAGGTACCAAAGAAGGATGTCAAACATCATTGATGAT
GTCCTTGAGTGGTCACCAAAGCTAGTACTCTCTGGTTTGATGGAGAATCAGCCGCCTGTG
AACATCACAGAGACGGCTAACAACTCTTCAGATGCACCAGGTCCCGACCATACTGAAGAG
GCTGACCTAGTAGACGGCGAGGAGGAAGCTGAAGACTGGACCAACTCTGATATAAAAACT
TGATAAAAAATATATATAGAGAAACG*ACATTTCATTGTAACAATAAGTCAAGTCACCCT
GTGTG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1F626TF 704 0 0
TTTTTTGCATGGACGTTTGAGAAACGGCATCCACTCTGGCAAACGCTTTTGTCTTTCTTC
TGGCCTGTATTGACTCTTGCCATCTGTTTGTTTCCTGTTTACCCACACCGTTGCAAACTC
ATTGTTCTCTACTCATGTGCTGGCATTCTTTTTATGATTCTCTCCTTGCTTTTCGTGAGA
GCAGTTGCGTTCGGTGATATGTGGATTCTTCTTGGAAAGCGTGTCTGGTTCTTCCCCAAC
ATTCTTGCAGAGGAAGCCACATTGAAGGAGCTGTTCCGTTTCTGGCCAAAGAAAGACGAG
GAAGAACCACCCAAGTGGACATCTCGGCTTTTCTACACGGTTGTGGCTGTTGTTGTTGTC
ATGCTGCTCAGGCGCCATGCCCCTGATGAGGCTGCTCGGGCCAGGTACCAAAGAAGGATG
TCAAACATCATTGATGATGTCCTTGAGTGGTCACCAAAGCTAGCACTCTCTGGTTTGATG
GAGAATCAGCCGCCTGTGAACATCACAGAGACGGCTAACAACTCTTCAGATGCAGCAGGT
CCCGACCATACTGAAGAGGCTGACCTAGTAGACGGCGAGGAGGAAGCTGAAGACTGGAC*
AACTCTGATATAAAAACTTGATAAAAA*TATATATAGAGAAACGGACATTTCATTGTAAC
AATAAGTCAAGTCAGCCTGTGTGACCAGACGAGGATAGTTCTTA

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL3939Contig1 1009 2 4 U
GGAAGATTAAAGCCATTCAACAACGTTACGCAGGCAATCAGGAGAGGATACAGCTAGAGA
CGTCACGCTTGTATAAACAAGCTGGTGTCAATCCATTGGCAGGTTGTTTGCCAACTTTAG
CTACCATACCAGTTCGGATTGGTTTATACCAAGCTCTCTCCAACGTGGCCAACGAGGGAC
TATTTACAGAAGGTTTCTTTTGGATTCCATCTCTTGGTGGACCAACAAGTATAGCTGCTC
GCCAGAGTGGATCTGGCGTCTCATGGCTTTTCCCTTTTGTGGACGGGCATCCACCATTGG
GATGGGGTGACACCGCCGCGTATCTTGTCTTGCTTGTTCTCCTTATTGTCTCCCAGTATG
TGTCAATGGAGATTATGAAGCCTCCTCAAACAGACGATCCTGCGCAGAAGAACACACTTC
TCGTTTTCAAGTTTCTTCCACTCATGATTGGCTACTTTGCATTGTCTGTCCCATCAGGAT
TATCTATATACTGGTTCACAAACAATGTGCTTAGCACTGCCCAACAAGTTTGGCTGCGTA
AACTAGGTGGCGCAGCGCCTGCAGTCAATGAAAACGCAAGCGGAATAATAACTGCGGGGA
CGGGCAAAGAGATCTATTGCTCAGCCTGATGATGCTGGCGAAAGATTTAGACAATTAAAA
GAGCAAGAGAAGCGTAGCAAGAAGAACAAGGCCGTTGCGAAAGATACAGTTGAACTCCTA
GAATCTCAGTCTGAATCAGAAGAAGGGTCCGACGATGAGGAAGAAGAGGTTCGTGAAGGA
GCGTTAGCTTCGAGCACAAGCAAGCCATTGCCTGACGTTGGCCAAAGGAGAAGCAAAAGA
TCGAAGCGAAAACGCACTGTATAGAAAACTTAAAACAAAACAAAGACAATTGTGAGGGAG
GTTTGGAGTCTGTCCTTTAGTTTGATCTTTGATATATTTTTGCATATACCAAAGTCCTGC
AATACCTAAACGTTTGTAAAATTAAGGCAAAGAGGTCATTCTAAAGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EH20TF U 1
AF RR1EH20JQ C 284
BS 1 690 RR1EH20TF
BS 691 691 RR1EH20JQ
BS 692 734 RR1EH20TF
BS 735 1009 RR1EH20JQ

RD RR1EH20TF 735 0 0
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CGTCACGCTTGTATAAACAAGCTGGTGTCAATCCATTGGCAGGTTGTTTGCCAACTTTAG
CTACCATACCAGTTCGGATTGGTTTATACCAAGCTCTCTCCAACGTGGCCAACGAGGGAC
TATTTACAGAAGGTTTCTTTTGGATTCCATCTCTTGGTGGACCAACAAGTATAGCTGCTC
GCCAGAGTGGATCTGGCGTCTCATGGCTTTTCCCTTTTGTGGACGGGCATCCACCATTGG
GATGGGGTGACACCGCCGCGTATCTTGTCTTGCTTGTTCTCCTTATTGTCTCCCAGTATG
TGTCAATGGAGATTATGAAGCCTCCTCAAACAGACGATCCTGCGCAGAAGAACACACTTC
TCGTTTTCAAGTTTCTTCCACTCATGATTGGCTACTTTGCATTGTCTGTCCCATCAGGAT
TATCTATATACTGGTTCACAAACAATGTGCTTAGCACTGCCCAACAAGTTTGGCTGCGTA
AACTAGGTGGCGCAGCGCCTGCAGTCAATGAAAACGCAAGCGGAATAATAACTGCGGGGA
CGGGCAAAGAGATCTATTGCTCAGCCTGATGATGCTGGCGAAAGATTTAGACAATTAAAA
GAGCAAGAGAAGCGTAGCAAGAAGAACAAG*CCGTTGCGAAAGATACAGTTGAACTCCTA
GAATCTCAGTCTGA
T

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1EH20JQ 726 0 0
CGGGCATCCACCATTGGGATGGGGTGACACCGCCGCGTATCTTGTCTTGCTTGTTCTCCT
TATTGTCTCCCAGTATGTGTCAATGGAGATTATGAAGCCTCCTCAAACAGACGATCCTGC
GCAGAAGAACACACTTCTCGTTTTCAAGTTTCTTCCACTCATGATTGGCTACTTTGCATT
GTCTGTCCCATCAGGATTATCTATATACTGGTTCACAAACAATGTGCTTAGCACTGCCCA
ACAAGTTTGGCTGCGTAAACTAGGTGGCGCAGCGCCTGCAGTCAATGAAAACGCAAGCGG
AATAATAACTGCGGG*ACGGGCAAAGAGATCTATTGCTCAGCCTGATGATGCTGGCGAAA
GATTTAGACAATTAAAAGAGCAAGAGAAGCGTAGCAAGAAGAACAAGGCCGTTGCGAAAG
ATACAGTTGAACTCCTAGAATCTCAGTCTGAATCAGAAGAAGGGTCCGACGATGAGGAAG
AAGAGGTTCGTGAAGGAGCGTTAGCTTCGAGCACAAGCAAGCCATTGCCTGACGTTGGCC
AAAGGAGAAGCAAAAGATCGAAGCGAAAACGCACTGTATAGAAAACTTAAAACAAAACAA
AGACAATTGTGAGGGAGGTTTGGAGTCTGTCCTTTAGTTTGATCTTTGATATATTTTTGC
ATATACCAAAGTCCTGCAATACCTAAACGTTTGTAAAATTAAGGCAAAGAGGTCATTCTA
AAGTTG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 3

CO CL3940Contig1 1255 3 6 U
TTTTTTAAGATTCCTAAAAAAAATGTCGGCACTTGCAGATTTGATCAATCTTGATCTCTC
CGATTCTTCCGAGAAGATCATTGCGGAGTACATATGGATTGGTGGATCAGGCTTGGATAT
GAGAAGCAAAGCAAGGACTTTGCCGGGACCTGTCAAGGATCCATCGGAGTTACCGAAATG
GAACTATGACGGTTCAAGCACTGGCCAAGCTCCCGGCGATGACAGTGAAGTCATCATTTA
CCCTCAAGCTATCTTCAAAGACCCCTTCAGAAGAGGCAACAACATCCTTGTGATGTGTGA
CGCATATACACCTGCCGGTGAACCGATCCCGACGAACAAAAGGCATGCTGCGGCCAAGAT
CTTTAGCGATCCCAGCGTTGCCGCCGAAGAAACATGGTATGGAATTGAGCAAGAGTATAC
TTTGCTACAAAAGGATATTAAATGGCCGGTAGGTTGGCCTGTCGGCGGCTTCCCAGGTTC
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AACTCTTAAAACCTGTTCTAGTTCTATATCGAATCTCTATGTTATTACAAAATGC


BQ
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AF RR1H654TF U 1
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CGATTCTTCCGAGAAGATCATTGCGGAGTACATATGGATTGGTGGATCAGGCTTGGATAT
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TCAGGGACCGTACTACTGCGGAGTTGGAGCAGACAAAGCCTTTGGAAGAGACATAGTAGA
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TCTTGACCCTAA

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DS 

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QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 3

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM33TF U 1
AF RR1FB92TF U 174
AF RR1EM33JQ C 543
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BS 920 920 RR1EM33JQ
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BS 966 983 RR1FB92TF
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ATGCTAACATCAGAATCCTGTCA
GA

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DS 

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G
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GGAGGAAGCCTAGGGTTTGCAAAAACGAAGAAGAAGCTGAGAATCAGCGAATAACTCACA
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ATTTCATCAAAGAACTTGAACATGAATTACTATCTCTTGAAGCTCAAAAGCTTCAAAAGG
ATAAACTAAACCAGACGGTTACTTCTTCAACAAGTCAAGACTCAAACTGCGAGCCTGAGA
ATCCTCATCCGTCTCTATCACAGTTCTTTCTTCACTCGTACGATCCAAGCCAGGAGAATA
GAAATGGGTCAACAAGCTCGGTGAAAACCGCTATGGAGGATCTTGAAGTGACTCTAATAG
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TGGCTACCACCGGACCACCGCAACTTTCAAAACTAGTGGCTGCTCTACAGTCACTCTCCC
TCTCCGTGCTTCACCTCAGTGTCACAACATTGGAAACTTTTGCCATTTACTCAATCAGCA
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ACATGCTAAGTATCATTGAAGAGGACC**TTTTGT*GTTCA*CAATGCCAG**TTACCCT
TTACTTTCCC*TTAAATCACACAAATGTC

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DS 

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TCAACAAGCTCGGTGAAAACCGCTATGGAGGATCTTGAAGTGCCTCTAATAGAAACTCAT
GCTAACATCAGAATCCTGTCAAGAAGAAGAGGTTTCCAATGGACCTCGGTGGTGGCAACC
ACCGGACCACCGCAACTTTCAAAACTAGTGGCTGCTCTACAGTCACTCTCCCTCTCCGTG
CTTCACCTCAGTGTCACAACATTGGAAACTTTTGCCATTTACTCAATCAGCACTAAGGTG
GAAGAGAGTTGCCAGCTAAGTTCAGTAGATGACATTGCAGGAGCAGTTCATCACATGCTA
AGTATCATTGAAGAGGAACCTTTTTGTTGTTCAACAATGCCAGAGTTACCCTTTACTTTC
CCCTTAAATCACACAAATGTCACTCATTCTCTCTGAGAATTCTCCTTTCCTTTTCAATTC
TTTTATCACATAGCACATCTTTGATAGTTTTTTCTTTCAGAATAAAGAAGGTTTATTGCT
TTCTTTTTTATTTCCTAGGTTTTTTCTGACTCTGTAAAGGCTAAATGTGAAACCATGCGG
AGTATAATGGCACGTAATATAAAAGTAGTTGTTTT

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 3

CO CL3942Contig1 1072 3 5 U
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ATTAAACTCTCTTTATTCTTTTGTTTTGTGGGGAAGACTAAATGGTTGTCTCCTCATCTC
CAGGAAATCGTATTGAATCAAATCCAATAGTGGGGATTTTCTAGTAACCAAATTAAATCA
GAACAATATATATCAAGAAAACAAAGATGGTTGTGAAAGAGGAGGAGAAGAAAGCTGAAG
AAACTTCAGAAGACCAAAAGGGACAAGGGGCGTTAAGCAGAAAGAACAGCCACAGCTCTT
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TCACCCTCAAAGAACAGCTCGAGAAAGACAAGGATGATGAAAGCTTGAGGAGATGGAAAG
AACAACTTCTAGGCAGTGTGGATATGGAGGAGGTTGGAGAGACTACGGATCCGGTGGTAA
AGATAATGTACTTAACAATTAGGTCACCGGATAGAGAAGACATGGTATTGACGGTGCCTG
AAAACGGAGACCCGACATCGAAATAACCATGGTTTACTCTCAAAGAAGGCTCTAAGTACA
CTCTTGTATTTACTTTCCGTGTGACCAACAACATTGTGTCTGGCCTCCGGTACAGTAATT
CGGTTTGGAAGACCGGACTCAAGGTGTATAGTAGAAAGGAGATGCTAGGAACGTTTAGTC
CACAGGCGGAACCGTATAACCATGTCATGTTTGAAGAATCGACACCGTCTGGTATGCTTG
TTAGGGGCTCCTATTCCGTTAAATCTAAGTTCGTGGACGACGACAATAAGTGCTACCTGG
AGAACAACTACACCTTCGACATTCGCAAGAATTGGCTGTGATCCTTCCACATAAGTTAAT
GGAATAAAAAAACATACTTCATCTGTTTCAAGAAAAATGTCACTTTAGATTTTTTATTTT
GTTTTCAAAATAAGTGTCATTCTACAATTTCAATATAATTTTGTACATTAAATATAATTT
CTACTCTTTTAAATGACTAATAGATTTTTATTTAAATCATTTTTATTTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D244TF U 1
AF RR1D895TF U 20
AF RR1D244JQ C 239
BS 1 658 RR1D244TF
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RD RR1D244TF 658 0 0
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ATTAAACTCTCTTTATTCTTTTGTTTTGTGGGGAAGACTAAATGGTTGTCTCCTCATCTC
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AAAACGGAGACCCGACATCGAAATAACCATGGTTTACTCTCAAAGAAGGCTCTAAGTACA
CTCTTGTATTTACTTTCCGTGTGACCAACAACATTGTGTCTGGCCTCCGGTACAGTAA

QA 1 658 1 658
DS 

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G
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TTGTTTTGTGGGGAAGACTAAATGGTTGTCTCCTCATCTCCAGGAAATCGTATTGAATCA
AATCCAATAGTGGGGATTTTCTAGTAACCAAATTAAATCAGAACAATATATATCAAGAAA
ACAAAGATGGTTGTGAAAGAGGAGGAGAAGAAAGCTGAAGGAACTTCAGAAGACCAAAAG
GGACAAGGGGCGTTAAGCAGAAAGAACAGCCACAGCTCTTTTTGTCCGACAGATGATGAC
GACGAAGACGAAGAGAAGAAGCTTGAACTTGGTCCCATGATCGCCCTCAAAGAACAGCTC
GAGAAAGACAAGGATGATGAAAGCTTGAGGAGATGGAAAGAACAACTTCTAGGCAGTGTG
GATATGGAGGAGGTTGGAGAGACTACGGATCCGGTGGTAAAGATGATGTACTTAACAATT
AGGTCACCGGATAGAGAAGACATGGTATTGACGGTGCCTGAAAACGGAAACCCGACATCG
AAAGAACCATGGTTTACTCTCAAAGAAAGCTCTAAGTACACTCTTGTATTTACTTTCCGT
GTGATCAACAACATTGTGTCTGGCCTCCGGTACAGTAATTCGGTTTGGAAGACCGGACTC
AAG*TGTATAGTAGAAAGGAGATG

QA 2 685 2 685
DS 

RD RR1D244JQ 834 0 0
AAGAAAC
TCAGAAGACCAAA*GGGACAAGGGGCGT*AAGCAGAAAGAACAGCCACAGCTCTTTT*GT
CCGACAGATGATGACGACGAAGACGAAGAGAAGAAGCTTGAACTTGGTCCCATGATCACC
CTCAAAGAACAGCTCGAGAAAGACAAGGATGATGAAAGCTTGAGGAGATGGAAAGAACAA
CTTCTAGGCAGTGTGGATATGGAGGAGGTTGGAGAGACTACGGATCCGGTGGTAAAGATA
ATGTACTTAACAATTAGGTCACCGGATAGAGAAGACATGGTATTGACGGTGCCTGAAAAC
GGAGACCCGACATCGAAATAACCATGGTTTACTCTCAAAGAAGGCTCTAAGTACACTCTT
GTATTTACTTTCCGTGTGACCAACAACATTGTGTCTGGCCTCCGGTACAGTAATTCGGTT
TGGAAGACCGGACTCAAGGTGTATAGTAGAAAGGAGATGCTAGGAACGTTTAGTCCACAG
GCGGAACCGTATAACCATGTCATGTTTGAAGAATCGACACCGTCTGGTATGCTTGTTAGG
GGCTCCTATTCCGTTAAATCTAAGTTCGTGGACGACGACAATAAGTGCTACCTGGAGAAC
AACTACACCTTCGACATTCGCAAGAATTGGCTGTGATCCTTCCACATAAGTTAATGGAAT
AAAAAAACATACTTCATCTGTTTCAAGAAAAATGTCACTTTAGATTTTTTATTTTGTTTT
CAAAATAAGTGTCATTCTACAATTTCAATATAATTTTGTACATTAAATATAATTTCTACT
CTTTTAAATGACTAATAGATTTTTATTTAAATCATTTTTATTTAATT

QA 8 834 8 834
DS 



AS 1 3

CO CL3943Contig1 859 3 4 U
GGGCCTAGATAATCATGCCTTTTAATGACGTTGGACCGAATTCTTGTACCGTTTTACACA
AATGAAAAAGTGAGATACTGTACTTATGAGACTCTATGTCCCTAATTATTCATACATAAA
CTTGCAGTTCAGCCACAATCTGTCTCATCTTCTCTAAACAAAAGATTTTTTTTTTTTTGC
TACGAACTGAAATACAAGATTACTTCAAATTAGTCTCACGATATATCAATAGCACTAGAG
ATCCACTTAATTTTTTTCTTCAGCCTCTGCCTCTTTTGTCTCAGCATCTTCAATCTCTCC
ATCCTCTTCCACTTTGGTATCCTCTTCCTTTTTCATCTTCTTGGTTTTCAGGAACTCAAG
GAGACCTTTTAGCGCAATATCAGCGACCTTGCTGGCCATAAGCTGCTGTGTGACTTCAGC
CGGAGTTGCACGCACTTCAAGGACAAGCTTCTCAATGGGTTCAAACAGGACGTGGTCATC
AGTCTTAAGGTACATAGCCACAAGCTTCTTGAACACAAAGGGTGTGCAATTGTCCATGAA
AATGTGAACGTCCATCCTTCCTGGCCTCAACAATGCCGGGTCGAGCTTCTCCTTGTGATT
CGTTGTGAAAATTATGATCTTTTCTTCCCCGCAGCTCGACCAAAGTCCATCCACAAAATT
CAGAAGACCGGACAACGATATACCAACTTCAAACTTCTTCTTGCGCTTTTGTGGCTCAGC
ACCATCTTCACCGCCATCATCATCATTTTTCTTGGTCTGGCGTCTACGAGAAGCATCGGC
TCCACAATCAATGTCTTCAATTAGAAGAATTGAGCGGTTCTTAGTGGAGGTGAGAATCTC
ACGCAACTCACCATCATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DF01JQ U 1
AF RR1EK06JQ U 38
AF RR1FT84JQ U 179
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BS 540 540 RR1EK06JQ
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BS 660 859 RR1FT84JQ

RD RR1DF01JQ 661 0 0
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ATCCTCTTCCACTTTGGTATCCTCTTCCTTTTTCATCTTCTTGGTTTTCAGGAACTCAAG
GAGACCTTTTAGCGCAATATCAGCGACCTTGCTGGCCATAAGCTGCTGTGTGACTTCAGC
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AATGTGAACGTCCATCCTTCCTGGCCTCAACAATGCCGGGTCGAGCTTCTCCTTGTGATT
CGTTGTGAAAATTATGATCTTTTCTTCCCCGCAGCTCGACCAAAGTCCATCCACAAAAT
CC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1EK06JQ 622 0 0
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GTCCCTAATTATTCATACATAAACTTGCAGTTCAGCCACAATTTGTCTCATCTTCTCTAA
ACAAAAGATTTTTTTTTTTTTGCTACGAACTGAAATACAAGATTACTTCAAATTAGTCTC
ACGATATATCAATAGCACTAGAGATCCACTTAATTTTTTTCTTCAGCCTCTGCCTCTTTT
GTCTCAGCATCTTCAATCTCTCCATCCTCTTCCACTTTGGTATCCTCTTCCTTTTTCATC
TTCTTGGTTTTCAGGAACTCAAGGAGACCTTTTAGCGCAATAACAGCGACCTTGCTGGCC
ATAAGCTGCTGTGTGACTTCAGCCGGAGTTGCACGCACTTCAAGGACAAGCTTCTCAATG
GGTTCAAACAGGACGTGGTCATCAGTCTTAAGGTACATAGCCACAAGCTTCTTGAACACA
AAGGGTGTGCAATTGTCCATGAAAATGTGAACGTCCATCCTTCCTGGCCTCAACAATGCC
GGGTCGAGCTTCTCCTTGTGATTCGTTGTGAAAATTATGATCTTTTCTTCCCCGCAGCTC
GACCAAAGTCCATCCACAAAAT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1FT84JQ 681 0 0
GCTACGAACTGAAATACAAGATTACTTCAAATTAGTCTCACGATATATCAATAGCACTAG
AGATCCACTTAATTTTTTTCTTCAGCCTCTGCCTCTTTTGTCTCAGCATCTTCAATCTCT
CCATCCTCTTCCACTTTGGTATCCTCTTCCTTTTTCATCTTCTTGGTTTTCAGGAACTCA
AGGAGACCTTTTAGCGCAATATCAGCGACCTTGCTGGCCATAAGCTGCTGTGTGACTTCA
GCCGGAGTTGCACGCACTTCAAGGACAAGCTTCTCAATGGGTTCAAACAGGACGTGGTCA
TCAGTCTTAAGGTACATAGCCACAAGCTTCTTGAACACAAAGGGTGTGCAATTGTCCATG
AAAATGTGAACGTCCATCCTTCCTGGCCTCAACAATGCCGGGTCGAGCTTCTCCTTGTGA
TTCGTTGTGAAAATTATGATCTTTTCTTCCCCGCAGCTCGACCAAAGTCCATCCACAAAA
TTCAGAAGACCGGACAACGATATACCAACTTCAAACTTCTTCTTGCGCTTTTGTGGCTCA
GCACCATCTTCACCGCCATCATCATCATTTTTCTTGGTCTGGCGTCTACGAGAAGCATCG
GCTCCACAATCAATGTCTTCAATTAGAAGAATTGAGCGGTTCTTAGTGGAGGTGAGAATC
TCACGCAACTCACCATCATCT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CCGATGAATCGGCTCCAGCGAATGCAACTGCTGCTGATGCGACGGAGCATACAGCTATCG
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ACTCCACCTCTCAGTTCCGCTCTATACAGGATTTCATTCCACATGCTTTGACTCAGTATC
AGACCTATGAGAATGCTTTCTTCAGCAAAGTAACTGAAGAATTAATAAACGCAAAGGAGC
ATCCAGCTGCTGCTGCTGGGATTGGTCTCGCTGCTGGTCTTGTTCTTATGCGAGGCCCTC
GGAGATTCTTGTTTCGTCGTACACTCGGCCGGTTTCAGAGCGAAGAGGCTCAGTTCTTGA
GAGCTGAGAAGCATGTCCAGGAGCTGAACATGTCTGTAGACTTGATGAAAAAGGAGAGCA
GTAAATTACTAGAGAGGTCGGCTTTAGCAGAGAAGGATATGAAGCGCGGTCTTTCTGAAC
TCATGGACTCTGGAAACAATATACATCGTCTTGCTAAGTCCGTTCACAAGGTCGAATGCC
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CCAAATCTTTATTTTGAGATAGTGTTTCTTTTCCTGATATTTGAGACCATTAGCTTATTT
GCTCGGTGATTTATGAGAAAACATATATAAAGTTACTGAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C370TF U 1
AF RR1C370JQ C 309
BS 1 644 RR1C370TF
BS 645 1002 RR1C370JQ

RD RR1C370TF 644 0 0
GGGGAGACAAAAATAAAGTTAAATCTCCGACGATGAGCGAAACGGAAGCAACCGGCGTTA
CCGATGAATCGGCTCCAGCGAATGCAACTGCTGCTGATGCGACGGAGCATACAGCTATCG
GGATGGTTGAATCAGTGGAGGAAGCCATAGGAGGAGCAGAGAAATGGGTGGATGGTTTCC
AGCGTACGGTGAAGGAATCGACGGACTCCGCCATTCGCTCTGCTCGTTTTCTCCGTGAAA
ACTCCACCTCTCAGTTCCGCTCTATACAGGATTTCATTCCACATGCTTTGACTCAGTATC
AGACCTATGAGAATGCTTTCTTCAGCAAAGTAACTGAAGAATTAATAAACGCAAAGGAGC
ATCCAGCTGCTGCTGCTGGGATTGGTCTCGCTGCTGGTCTTGTTCTTATGCGAGGCCCTC
GGAGATTCTTGTTTCGTCGTACACTCGGCCGGTTTCAGAGCGAAGAGGCTCAGTTCTTGA
GAGCTGAGAAGCATGTCCAGGAGCTGAACATGTCTGTAGACTTGATGAAAAAGGAGAGCA
GTAAATTACTAGAGAGGTCGGCTTTAGCAGAGAAGGATATGAAGCGCGGTCTTTCTGAAC
TCATGGACTCTGGAAACAATATACATCGTCTTGCTAAGTCCGTT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1C370JQ 694 0 0
GAGAATGCTTTCTTCAGCAAAGTAACTGAAGAATTAATAAACGCAAAGGAGCATCCAGCT
GCTGCTGCTGGGATTGGTCTCGCTGCTGGTCTTGTTCTTATGCGAGGCCCTCGGAGATTC
TTGTTTCGTCGTACACTCGGCCGGTTTCAGAGCGAAGAGGCTCAGTTCTTGAGAGCTGAG
AAGCATGTCCAGGAGCTGAACATGTCTGTAGACTTGATGAAAAAGGAGAGCAGTAAATTA
CTAGAGAGGTCGGCTTTAGCAGAGAAGGATATGAAGCGCGGTCTTTCTGAACTCATGGAC
TCTGGAAACAATATACATCGTCTTGCTAAGTCCGTTCACAAGGTCGAATGCCAAGCTGCA
GATTTAATGGATGGACTGCGGCAAATTCCTGGGAGGGAAGCTATCAAGCTTAGAGCCGAA
GTGGCCTCTATGACTTCGCTCTTGAGACTGAAGAGGATTGCATTGAACAAAAGAATCATG
GGGATGTCTGAGCTAGGAGTTCCCGTTTGATATACAACACAAGTCTTGATTTTTTTTCCC
AAGGTATTTCAAGCAAGATTTCTCGTCAATAAACATCTAACTCTGTCTAAATCCAAATCT
TTATTTTGAGATAGTGTTTCTTTTCCTGATATTTGAGACCATTAGCTTATTTGCTCGGTG
ATTTATGAGAAAACATATATAAAGTTACTGAATC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 3

CO CL3946Contig1 882 3 14 U
GGGCCACTTATAGCTGTTAAAGGAACCACCTAAAATGGCAAAATGTTTAGATCTTTCTCT
GATTCTCTTTGTTCTGTATGTGTCCACTGCAGCAATAGCCATGGCCAGAAACCTTGGAGA
GGACTCTAGTGAAGATACAGAATTCATTAAAGCCTCCTGTGAGACAGCAACGTACCCGAA
ACTGTGCTTTCAATCTCTGTCTTCTTACGCAAGCCAGATCAAGAAGCGGCCACTACAGCT
CGCGGAGACAGCGCTTGCCGTCAGCATGGCCCGAGCAAAGTCTGCCAAAACCTATATCTC
GGACATGACTGACTACAAGGGGATCACAAAGAGGCAGCACGAGGCTGTGTTGGACTGTGT
TGAAGAGATGGGAGATACTGTTGACAGGTTGAGCAAGTCGCTGAAGGAATTGAAGAATCT
GGAGGAAGGAGAGAGCAAAGAAGACTTCTGGTTCTGTTTGAGCAATGTCAGGACATGGAC
AAGCGCGGCGCTTACAGATGAGACCACTTGTCTTGATGGGTTTGGAGGGAAAGGCATGGA
TGGGG*AGCTGAAAAGCTTAGTCAGAGCACACATTGTGCGTGTGGCGCAAGATACCAGCA
ATACCTTGGCTTTGATCAATGTCTATGCTTCCAAGCATTGAAAAATGTTTAAGTTTGGTC
TCGAGGACTTCATGAGTTTCTTTTTATACTTTTGGATTTGGTTTGTATTGTGTTTTCAAG
AAATTGTGTTTTTTGTTTGATTCAGAGTCATACCAGTTTCTCTTTCCATCTTGTTATATC
ATCTACGGTCTATATAGTCTGAAGCTGTTGATTTTGATATAATATAGTTTTGTAAGCCAT
ATACGGTATTTTGCAATCTTCTATCTTAAACCTCTCTGATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C274TF U 1
AF RR1A268TF U 8
AF RR1A268JQ C 299
BS 1 24 RR1C274TF
BS 25 25 RR1A268TF
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BS 243 602 RR1C274TF
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BS 646 722 RR1C274TF
BS 723 787 RR1A268TF
BS 788 788 RR1A268JQ
BS 789 802 RR1A268TF
BS 803 803 RR1A268JQ
BS 804 882 RR1A268TF

RD RR1C274TF 737 0 0
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TGGGG*AGCTGAAAAGCTTAGTCAGAGCACACATTGTGCGTGTGGCGCAAGATACCAGCA
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AA
TGTGTTTTTGTTTGA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1A268TF 875 0 0
GG
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TGTTCTGTATGTGTCCACTGCAGCAATAGCCATGGCCAGAAACCTTGGAGAGGACTCTAG
TGAAGATACAGAATTCATTAAAGCCTCCTGTGAGACAGCAACGTACCCGAAACTGTGCTT
TCAATCTCTGTCTTCTTACGCAAGCCAGATCAAGAAGCGGCCACTACAGCTCGCGGAGAC
AGCGCTTGCCGTCAGCATGGCCCGAGCAAAGTCTTCCAAAACCTATATCTCGGACATGAC
TGACTACAAGGGGATCACAAAGAGGCAGCACGAGGCTGTGTTGGACTGTGTTGAAGAGAT
GGGAGATACTGTTGACAGGTTGAGCAAGTCGCTGAAGGAATTGAAGAATCTGGAGGAAGG
AGAGAGCAAAGAAGACTTCTGGTTCTGTTTGAGCAATGTCAGGACATGGACAAGCGCGGC
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TCATGAGTTTCTTTTTATACTTTTGGATTTGGTTTGTATTGTGTTTTCAAGAAATTGTGT
TTTTTGTTTGATTCAGAGTCATACCAGTTTCTCTTTCCATCTTGTTATATCATCTACG*T
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TTTGCAATCTTCTATCTTAAACCTCTCTGATGA

QA 3 875 3 875
DS 

RD RR1A268JQ 584 0 0
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GTTGAAGAGATGGGAGATACTGTTGACAGGTTGAGCAAGTCGCTGAAGGAATTGAAGAAT
CTGGAGGAAGGAGAGAGCAAAGAAGACTTCTGGTTCTGTTTGAGCAATGTCAGGACATGG
ACAAGCGCGGCGCTTACAGATGAGACCACTTGTCTTGATGGGTTTGGAGGGAAAGGCATG
GATGGGG*AGCTGAAAAGCTTAGTCAGAGCACACATTGTGCGTGTGGCGCAAGATACCAG
CAATACCTTGGCTTTGATCAATGTCTATGCTTCCAAGCATTGAAAAATGTTTAAGTTTGG
TCTCGAGGACTTCATGAGTTTCTTTTTATACTTTTGGATTTGGTTTGTATTGTGTTTTCA
AGAAAT*GTGTTTTT*GTTTGATTCAGAGTCATACCAGTTTCTCTTTCCATCTTGTTATA
TCATTTACGGTCTATATAGTCTGAAGCTGTTGATTTTGATATAATATAGTTTTGTAAGCC
ATATACGGTATTTTGCAATCTTCTATCTTAAACCTCTCTGATGA

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 3

CO CL3947Contig1 791 3 2 U
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CACTTGACAGAGACGAAAGATAAAAGAAGAAGAAGAGGAGAAGAAGATGGGAGAGTATCG
ATCGTGTGTGACGCAGGAGGGATGTTTCCGGTGTACCCCTGGGCTCCAACCATTGATTCA
CAGAGCATAGCATCGCAGCTCTTCGCGGTGTCTCTGTTTCCATACATAGGTTTCCTCTAC
TTCCTCACTAAATCCAAAACTGCTCCGAAGCTCACACTTTTCGGATTCTACTTCTTGCTT
GCCTTCGTTGGAGCTACAATACCTGCTGGGATATATGAAGCTAAGGTGCATTATGGAACA
TCATTGTCAAACGTTGATTGGTTACATGGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAAT
TTGTTCATCGTGTTGGGTCTCAGACAAGCTTTGCGCAAGTCTGAAGATAATGATGAAGAT
ACTCCAACCACAACGAGTCAACAAGAGCAAGAAAAATCTTCAGTCTAGTAAAATATGGAA
TGATATGTATTCTTCTTCCTTTTTTGTCGCCATCAGATTTTATTAATAACGAGGTGAGAT
TGATACAACACCAATGTCGAGCTTGATATGTATTCTTTTTACTTTTAGGAATTTTACTCA
AAAGTTTAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A005TF U 1
AF RR1F848TF U 26
AF RR1A005JQ C 62
BS 1 766 RR1A005TF
BS 767 791 RR1A005JQ

RD RR1A005TF 766 0 0
GGATTTTCCTTCTCTCTCACCCACACCAGTGAGAGTTCAGAGAAAGAGAAGATGATTCTG
ATGCTCTCTTACTCTCCGGCGATAATCTCAGCCGTTAAATATCTGGGCTCGTCTCCGTTC
AACACTCGACGACTTTCTCAGCCTAGTATCTCGATCTCTAGGAACAAAAGCCTCTTCTTA
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GG
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ATGTATTCTTTTTACTTTT
AGG

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DS 

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AGAGCATAGCATCGCAGCTCTTCGCGGTGTCTCTGTTTCCATACATAGGTTTCCTCTACT
TCCTCACTAAATCCAAAACTGCTCCGAAGCTCACACTTTTCGGATTCTACTTCTTGCTTG
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CATTGTCAAACGTTGATTGGTTACATGGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAATT
TGTTCATCGTGTTGGGTTTCAGACAAGCTTTGCGCAAGTCTGAAGATAATGATGAAGATA
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GATATGTATTCTTCTTCCTTTTTTGTCGCCATCAGATTTTATTAATAACGAGGTGAGATT
GATACAACACCAATGTCGAGCTTGATATGTATTCTTTTTACTTTTAGGAATTTTACTCAA
AAGTTTAATC

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DS 



AS 1 3

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AGAACACAACAACAATAAGAATGAAAAGGAACAGAACACAATAGCAGAACACAACAACAA
CAAGAACGAAGAAGACTTGTGAAAGCTGACAACTCTTTGTCTAGAGTTGCTTAGACTTGA
GGTTTATCACGCCAGATTCCGATTCCATCGCAGGGGCAGAAACTAACCTGAGGAGATTGA
TACTTGTCCAAGAACTCCAGCTTTGGAAAGAGTTCCCTCAGCTCCCTCCACTCCACTTTG
AACCTGGGAAGAAATTTCAGACGCAAGACCTTGACTTTGCACTCCTTTGTCTCCTCAGGC
TCAAACTTTCTAAATCCAGTAAGTTCAGTTCCTCCTTTAATGTAGAGTTTCTCCAGACCA
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TTATGTTCATTAATACCTCCCCAAGCCACTTTAAACTTCTCAAGACTTTTGAATTCCTCA
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CTCAGCTTCTCCAAGTGCACCAACTCAGCCAACGTGCAGACCTTCTCCTCATCATTAGCA
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ATCTTCTCCGGAAGCTTCTCCAAGTTATAGCAAGCTCTAAGGTCCAAGATGATCAGCTCA
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GTTTTTGACATTGGACCAAACTTCTTCTTCGCTGCTGGTTGATCCTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BD32JQ U 1
AF RR1BG32JQ U 8
AF RR1BD32TF C 518
BS 1 839 RR1BD32JQ
BS 840 921 RR1BG32JQ
BS 922 1310 RR1BD32TF

RD RR1BD32JQ 839 0 0
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DS 

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GAACAGAACACAATAGCAGAGAACTCTTGAATAAAAGAGCAGAACACAATAGCAGAACAC
AACAACAATAAGAATGAAAAGGAACAGAACACAATAGCAGAACACAACAACAACAAGAAC
GAAGAAGACTTGTGAAAGCTGACAACTCTTTGTCTAGAGTTGCTTAGACTTGAGGTTTAT
CACGCCAGATTCCGATTCCATCGCAGGGGCAGAAGCTAACCTGAGGAGATTGATACTTGT
CCAAGAACTCCAGCTTTGGAAAGAGTTCCCTCAGCTCCCTCCACTCCACTTTGAACCTGG
GAAGAAATTTCAGACGCAAGACCTTGACTTTGCACTCCTTTGTCTCCTCAGGCTCAAACT
TTCTAAATCCAGTAAGTTCAGTTCCTCCTTTAATGTAGAGTTTCTCCAGACCACCAAGTC
TATGTGGCTGAAGCCACGTAGGAAGCTCCCGATCAGGAAAACACTGCAGGTCAAGTTTCT
TCAGTGTCTCAGGAAGCTTGGGAAGCTTTCCTTCTAGGGATGCTGGGGCCTTAGAAACCA
TTGTCAACGTTCTTATGAGCCCTCTTACTACCCCACCAGCAGATTCAACTTTCTTATGTT
CATTAATACCTCCCCAAGCCGCTTTAAACTTCTCAAGACTTTTGAATTCCTCAACAGCCC
GGAACAGATCACTTACACTAAAATCACCTTTGTTTATTGTAATACTCAGCTTCCTCAGCT
TCTCCAAGTGCACCAACTCAGCCAACGTGCAGACCTTCTCCTCATCATTAGCATCACTCA
CAACAAACCCTTTC

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DS 

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CCCCACCAGCAGATTCAACTTTCTTATGTTCATTAATACCTCCCCAAGCCACTTTAAACT
TCTCAAGACTTTTGAATTCCTCAACAGCCCGGAACAGATCACTTACACTAAAATCACCTT
TGTTTATTGTAATACTCAGCTTCCTCAGCTTCTCCAAGTGCACCAACTCAGCCAACGTGC
AGACCTTCTCCTCATCATTAGCATCACTCACAACAAACCCTTTCAGAACCACCAAGTTAT
TCAACCACGACAACCTCTTAGGCATGCGATCTATCATGTAACAATCCGTAATGTCCAAGT
AAGTCAGTGCCTTGAGCGAATCTATCTTCTCCGGAAGCTTCTCCAAGTTATAGCAAGCTC
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TCGAGATCCCTTGGAAACTCAAAAGCCTTAGTTTAGTCATATGCTTCAAGTGTCTCATTA
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GTTGATCCTCTGC

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DS 



AS 1 2

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ACGTGGTGGTGATGCAGGAGGTGAAAAGGGTGGAGCTCCAGCTGATTACCAGCCGTCTTT
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AGCACCATCTGGTTCGGGTTTGCCTTGAAAGAGCACTTGTTATCGCTTTGATTATTGAAA
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CTATAATCTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H973TF U 1
AF RR1GK43TF U 39
BS 1 209 RR1H973TF
BS 210 210 RR1GK43TF
BS 211 288 RR1H973TF
BS 289 289 RR1GK43TF
BS 290 336 RR1H973TF
BS 337 337 RR1GK43TF
BS 338 584 RR1H973TF
BS 585 585 RR1GK43TF
BS 586 645 RR1H973TF
BS 646 646 RR1GK43TF
BS 647 663 RR1H973TF
BS 664 733 RR1GK43TF

RD RR1H973TF 678 0 0
GGACAGTGCTATAGCTTTGTGCCTCTTTTGACCATAGAAAGAAGCTTTGTGCCTCTTTTG
CAGTTAAAGCTCAACCAACAAGATGATTATCACAGAGACCAACCGCAGAGAGATCTGCAA
GTACCTTTTCAAAGAAGGAGTATTGTTCGCGAAGAAGGATTTCAATCTCCCAAAGCATCC
ATTGATTGAGTCAGTGCCCAACCTGCAAGTGATCAAGCTCATGCAGAGTTTCAAGTCCAA
GGAGTACGTCAGGGAGACGTTCGCTTGGATGCACTACTATTGGTTTCTGACCAACGAAGG
GATTGAGTTCTTGAGAACTTACCTTAACCTCCCATCGGACGTTGTTCCCGCGACTTTGAA
GAAGTCTGCTAAGCCCATTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCCGGTGATCGCCCAAGAGG
ACCTCGCTTTGAGGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGGGTACCGTGCAGGGCC
ACGTGGTGGTGATGCAGGAGGTGAAAAGGGTGGAGCTCCAGCTGATTACCAGCCGTCTTT
CCAAGGAGGTGGTGGTGGTAGGCCTGGATTTGGCCGTGGTACAG*CGGTTACAACGCAGC
AGCACCATCTGGTTCGGGTTTGCCTTGAAAGAGCACTTGTTATCGTTTTGATTATTGAAA
GAC
CCGAGTTTTGTTTTG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1GK43TF 695 0 0
GG
GAAGCTTTGTGCCTCTTTTGCAGTTAAAGCTCAACCAACAAGATGATTATCACAGAGACC
AACCGCAGAGAGATCTGCAAGTACCTTTTCAAAGAAGGAGTATTGTTCGCGAAGAAGGAT
TTCAATCTCCCAAAGCATCCGTTGATTGAGTCAGTGCCCAACCTTCAAGCGATCAAGCTC
ATGCAGAGTTTCAAGTCCAAGGAGTACGTTAGGGAGACGTTCGCTTGTATGCACTACTAT
TGGTTTCTCACCAACGAAGGGATTGAGTTCTTGAGAACTTATCTTAACCTCCCGTCAGAC
GTTGTTCCCGCGACTTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCCATTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCA
CCCGGTGATCGCCCAAGAGGACCTCGCTTTGAGGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGT
GATGGGTACCGTGCAGGGCCACGTGGTGGTGATGCAGGAGGTGAAAAGGGTGGAGCTCCA
GCTGATTACCAGCCTTCTTTCCAAGGAGGTGGTGGTGGTAGGCCTGGATTTGGCCGTGGT
GCAGGCGGTTACAACGCAGCAGCACCATCTGGTTCGGGTTTGCCTTGAAAGAGCACTTGT
TATCGCTTTGATTATTGAAAGACAAGTTTTGTTTTTGTTTTGGCTCTAGTTTTGTTTGTG
TAACGCAACAAATCCAGAATCTATAATCTATCT

QA 3 695 3 695
DS 



AS 1 3

CO CL3950Contig1 601 3 20 U
CAAAGTGCGAATCAAAATCTAGTAAAATATCAATACACACACGCTCATATCAGTTGATAA
TATTACACACACACACTCAAATTCAATCATTTATTGTTCAATAATGGATCAATGTTTACC
CAGGCCAGTGAAATTAAAGATGGTTTGAATCACCGCTGGAACTGAGACCGAAACCAAGAG
GGAACAATGGGTCATACAAATTAGAATCAGCGTTTAGGGGCAACTGTTCAACGCGTTTGA
ACCAGCTCACTGGTAACTTTCCCACAAAGTCACAATCTCCAAATATGACATCAGCCATTC
CTTGCCCTTCGCTTCCAGGAAGCCAAGCAGAGACTACAGCCTCCGTCTTTTCAAGAACTG
TCGGCTCAAGAACCACAGGCCGTCCTGAGAACAAGATCATTAGAGTTGGGACTCTCTCTG
CAACTGTAGTTACAATATCACTCCCGTTGGAAGGAATTGTGAGTTCTGAGTTATCCCCCA
TAGTCTCTGCATACGGCGATTCCCCAACCGCAACAATTGCATAAGAGAAGGCTTCACTCG
AGGCTAAGGATTCCTCCAAAGGATTTTTCTCATATATTACATCTGTTTGATCTCCAACTC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1DD24JQ U 1
AF RR1EQ13JQ U 67
AF RR1EQ13TF C 67
BS 1 150 RR1DD24JQ
BS 151 151 RR1EQ13JQ
BS 152 263 RR1DD24JQ
BS 264 264 RR1EQ13JQ
BS 265 272 RR1DD24JQ
BS 273 273 RR1EQ13JQ
BS 274 358 RR1DD24JQ
BS 359 359 RR1EQ13JQ
BS 360 449 RR1DD24JQ
BS 450 450 RR1EQ13JQ
BS 451 454 RR1DD24JQ
BS 455 455 RR1EQ13JQ
BS 456 530 RR1DD24JQ
BS 531 531 RR1EQ13JQ
BS 532 547 RR1DD24JQ
BS 548 548 RR1EQ13JQ
BS 549 557 RR1DD24JQ
BS 558 558 RR1EQ13JQ
BS 559 589 RR1DD24JQ
BS 590 601 RR1EQ13JQ

RD RR1DD24JQ 592 0 0
CAAAGTGCGAATCAAAATCTAGTAAAATATCAATACACACACGCTCATATCAGTTGATAA
TATTACACACACACACTCAAATTCAATCATTTATTGTTCAATAATGGATCAATGTTTACC
CAGGCCAGTGAAATTAAAGATGGTTTGAATTACCGCTGGAACTGAGACCGAAACCAAGAG
GGAACAATGGGTCATACAAATTAGAATCAGCGTTTAGGGGCAACTGTTCAACGCGTTTGA
ACCAGCTCACTGGTAACTTTCCCTCAAAGTCATAATCTCCAAATATGACATCAGCCATTC
CTTGCCCTTCGCTTCCAGGAAGCCAAGCAGAGACTACAGCCTCCGTCTTTTCAAGAACCG
TCGGCTCAAGAACCACAGGCCGTCCTGAGAACAAGATCATTAGAGTTGGGACTCTCTCTG
CAACTGTAGTTACAATATCACTCCCGTTGAAAGGTATTGTGAGTTCTGAGTTATCCCCCA
TAGTCTCTGCATACGGCGATTCCCCAACCGCAACAATTGCATAAGAGAAGCCTTCACTCG
AGGCTAATGATTCCTCCGAAGGATTTTTCTCATATATTACATCTGTTTG
GTC

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1EQ13JQ 535 0 0
ACC
CACACACTCAAATTCAATCATTTATTGTTCAATAATGGATCAATGTTTACCCAGGCCAGT
GAAATTAAAGATGGTTTGAATCACCGCTGGAACTGAGACCGAAACCAAGAGGGAACAATG
GGTCATACAAATTAGAATCAGCGTTTAGGGGCAACTGTTCAACGCGTTTGAACCAGCTCA
CTGGTAACTTTCCCACAAAGTCACAATCTCCAAATATGACATCAGCCATTCCTTGCCCTT
CGCTTCCAGGAAGCCAAGCAGAGACTACAGCCTCCGTCTTTTCAAGAACTGTCGGCTCAA
GAACCACAGGCCGTCCTGAGAACAAGATCATTAGAGTTGGGACTCTCTCTGCAACTGTAG
TTACAATATCACTCCCGTTGGAAGGAATTGTGAGTTCTGAGTTATCCCCCATAGTCTCTG
CATACGGCGATTCCCCAACCGCAACAATTGCATAAGAGAAGGCTTCACTCGAGGCTAAGG
ATTCCTCCAAAGGATTTTTCTCATATATTACATCTGTTTGATCTCCAACTCT

QA 4 535 4 535
DS 

RD RR1EQ13TF 535 0 0
ACA
CACACACTCAAATTCAATCATTTATTGTTCAATAATGGATCAATGTTTACCCAGGCCAGT
GAAATTAAAGATGGTTTGAATCACCGCTGGAACTGAGACCGAAACCAAGAGGGAACAATG
GGTCATACAAATTAGAATCAGCGTTTAGGGGCAACTGTTCAACGCGTTTGAACCAGCTCA
CTGGTAACTTTCCCACAAAGTCACAATCTCCAAATATGACATCAGCCATTCCTTGCCCTT
CGCTTCCAGGAAGCCAAGCAGAGACTACAGCCTCCGTCTTTTCAAGAACTGTCGGCTCAA
GAACCACAGGCCGTCCTGAGAACAAGATCATTAGAGTTGGGACTCTCTCTGCAACTGTAG
TTACAATATCACTCCCGTTGGAAGGAATTGTGAGTTCTGAGTTATCCCCCATAGTCTCTG
CATACGGCGATTCCCCAACCGCAACAATTGCATAAGAGAAGGCTTCACTCGAGGCTAAGG
ATTCCTCCAAAGGATTTTTCTCATATATTACATCTGTTTGATCTCCAACTCT

QA 4 535 4 535
DS 



AS 1 3

CO CL3951Contig1 1318 3 15 U
GTTTACTTGTGTAGGGATCGTTGGGATCAAAGATCCTGTTCGTCCTGGTGTCAAGGAGTC
TGTTGAGCTTTGTCGCCGCGCTGGAATCACTGTGAGAATGGTTACTGGAGATAACATTAA
CACTGCTAAAGCAATTGCAAGGGAGTGTGGGATTTTAACTGATGATGGTGTAGCGATTGA
AGGTCCAGTGTTCAGAGAGAAGAGTCAAGAAGAGTTACTTGAACTGATCCCAAAGATTCA
GGTGATGGCTCGTTCTTCACCAATGGATAAACATACACTAGTGAAGCAGTTAAGGACAAC
GTTTGATGAAGTTGTTGCTGTGACTGGAGATGGAACAAACGATGCACCTGCACTTCATGA
AGCTGATATTGGATTAGCTATGGGAATTGCCGGAACTGAAGTGGCCAAAGAGAGTGCTGA
TGTGATCATTCTTGACGATAACTTCAGCACAATCGTCACAGTTGCTAAATGGGGACGTTC
TGTTTACATTAACATCCAGAAGTTCGTTCAGTTTCAGCTGACTGTTAATGTTGTTGCGCT
GATTGTTAACTTCTCTTCAGCTTGCTTAACCGGAAGTGCTCCTTTAACTGCTGTTCAGTT
GCTATGGGTGAACATGATCATGGACACACTTGGAGCTCTTGCTTTAGCTACAGAGCCACC
AAACAACGAGCTGATGAAACGCTTGCCCGTTGGAAGGAGAGGAAACTTCATCACCAATGC
CATGTGGAGGAACATTCTAGGACAGTCTGTGTATCAGTTCATTGTCATTTGGTTTCTCCA
AGCCAAAGGGAAGTCTGTGTTTGGTCTTGATGGTCCTGACTCAACTCTCATGTTAAACAC
TCTTATCTTCAACTGCTTCGTCTTCTGTCAGGTGTTTAATGAGATAAGCTCAAGAGAGAT
GGAAGAGATAGATGTGTTCAAGGGAATACTTGACAACTATGTCTTTGTGGTTGTGATCGG
TGCAACGGTCTTCTTTCAGATCATAATCATTGAGTTCTTGGGAACATTTGCAAGCACCAC
ACCACTCACAATAGTCCAATGGATCTTCAGTATCATCATAGGTTTCTTGGGTATGCCAAT
AGCTGCAGGACTGAAGATGATTCCTGTCTGATCTCATCCATCAAATTTAGCGCGAAAACC
GCTCTTTAAAGAGAGCTCTCTTCTCATCTCATAGAACAATTTCTTTCAAATTTTAGAATA
GAAAGTCTTTTTACAAAGTTTTTGCCTTTTGCAATAACTCTTTTTATTTTTCATTATTAA
GGACAAGCAACTACTGATCTATGTTTTCTCTATTTTTGTAAAACACACTGTTTCTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EG83TF U 1
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G
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TCTTGACGATAACTTCAGCACAATCGTCACAGTTGCTAAATGGGGACGTTCTGTTTACAT
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CA*CTGCTTCGTCTTCTGTCAG*TGTTTAATGAGATAAGCTCA*GAGAGATGGA
GAGATAGA

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CAGTTCATTGTCATTTGGTTTCTCCAAGCCAAAGGGAAGTCTGTGTTTGGTCTTGATGGT
CCTGACTCAACTCTCATGTTAAACACTCTTATCTTCAACTGCTTCGTCTTCTGTCAGGTG
TTTAATGAGATAAGCTCAAGAGAGATGGAAGAGATAGATGTGTTCAAGGGAATACTTGAC
AACTATGTCTTTGTGGTTGTGATCGGTGCAACGGTCTTCTTTCAGATCATAATCATTGAG
TTCTTGGGAACATTTGCAAGCACCACACCACTCACAATAGTCCAATGGATCTTCAGTATC
ATCATAGGTTTCTTGGGTATGCCAATAGCTGCAGGACTGAAGATGATTCCTGTCTGATCT
CATCCATCAAATTTAGCGCGAAAACCGCTCTTTAAAGAGAGCTCTCTTCTCATCTCATAG
AACAATTTCTTTCAAATTTTAGAATAGAAAGTCTTTTTACAAAGTTTTTGCCTTTTGCAA
TAACTCTTTTTATTTTTCATTATTAAGGACAAGCAACTACTGATCTATGTTTTCTCTATT
TTTGTAAAACACACTGTTTCTTTG

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DS 



AS 1 3

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CATGAATCATGACATGTTATTTCAATCCACCCAAAAAGCAAAAGGAAGTTTCCTTACATT
ATGTTTTTTTTTAAAGATTCAAACATTAACTGTAAGAGGGAGCTCTGAGTTTCCAACGGT
TAAAAAGTACTTTCCTTCTTCAACAACCATAACACCAACTTCATTAGCTCTGCTCAAATG
CTCACAAACACCAACCTCAAACTCAACTTCACCTCTCTCTCCGTTTCTCAACACAACGCT
CTTAAACCCGACAAGCTGTTTCTCAGCTCGTGTCCCATCTTCTCCTCCTCCTCTCTCGTG
CCTCGCAAACACCAGCACCGGATGTTTCCCAGCCATCTCTCCTTGGTTCTCGACCACAAC
GCTCACCTTAGTCTTGGCTGTATCGCAGCTTTCTTTTCCCATTTCTGAGACCAGAGCGTA
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AAGAGTCTTGAACTGGTAAGAGTAAGTTGTGTAGCTAAGGCCGTGACCAAACTCAAACAC
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CCTCATGTCTGTCATCTTCACATTCACAAAGCTCTGTGGATACCAAGTCACGGGTAATCT
CCCTCCAGGATTGTGATCTCCGAACAAGATCTCAGCAAGAGCAACCCCTCCAGCTTCACC
AGGGTAACCAGCCCAAACAATGCTACCGATCTTGTCGTTATCCTTAGCAAACGAGACATC
GACAGGACCGCCACATATCAAGACAA*AAACACTGGTCTCTTCGCAGTTTTCGCA*CGCT
TGT*ATAAGCTCACGCTGCTTCCCTGGTAAACTAAGGTCGACACGGTCAAAATCTTCCTT
CTCTTGGGTCTGGTCTAGTCCCATGACCAAGACCACGCGCTCAGCGTTTCTCGCGATGGC
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AGCGTTTCGAACGTAACGTCGTATCGCGTCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BS78JQ U 1
AF RR1F554JQ U 1
AF RR1F554TF C 348
BS 1 123 RR1BS78JQ
BS 124 124 RR1F554JQ
BS 125 408 RR1BS78JQ
BS 409 409 RR1F554JQ
BS 410 482 RR1BS78JQ
BS 483 483 RR1F554JQ
BS 484 860 RR1BS78JQ
BS 861 1052 RR1F554TF

RD RR1BS78JQ 860 0 0
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AAAAGTCTTGAACTGGTAAGAGTAAGTTGTGTAGCTAAGGCCGTGACCAAACTCAAACAC
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CCTCATGTCTGTCATCTTCACATTCACAAAGCTCTGTGGATACCAAGTCACGGGTAATCT
CCCTCCAGGATTGTGATCTCCGAACAAGATCTCAGCAAGAGCAACCCCTCCAGCTTCACC
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TGT*ATAAGCTCACGCTGCT

QA 1 860 1 860
DS 

RD RR1F554JQ 865 0 0
CATGAATCATGACATGTTATTTCAATCCACCCAAAAAGCAAAAGGAAGTTTCCTTACATT
ATGTTTTTTTTTAAAGATTCAAACATTAACTGTAAGAGGGAGCTCTGAGTTTCCAACGGT
TAAAAAGTACTTTCCTTCTTCAACAACCATAACACCAACTTCATTAGCTCTGCTCAGATG
CTCACAAACACCAACCTCAAACTCAACTTCACCTCTCTCTCCGTTTCTCAACACAACGCT
CTTAAACCCGACAAGCTGTTTCTCAGCTCGTGTCCCATCTTCTCCTCCTCCTCTCTCGTG
CCTCGCAAACACCAGCACCGGATGTTTCCCAGCCATCTCTCCTTGGTTCTCGACCACAAC
GCTCACCTTAGTCTTGGCTGTATCGCAGCTTTCTTTTCCCATTTCTGAGACCAGAGCGTA
TCGAAAAGAGTCTGAGTTGGTTTGAGGTTTGGATTGGTTCAAGTATAGAGTGTTTTGAGG
AAGAGTCTTGAACTGGTAAGAGTAAGTTGTGTAGCTAAGGCCGTGACCAAACTCAAACAC
TTTAGGTCCTTTGTAGAATCTGTATGTCCTTCCTGGATATCCAGATGATGATGATCTCAT
CCTCATGTCTGTCATCTTCACATTCACAAAGCTCTGTGGATACCAAGTCACGGGTAATCT
CCCTCCAGGATTGTGATCTCCGAACAAGATCTCAGCAAGAGCAACCCCTCCAGCTTCACC
AGGGTAACCAGCCCAAACAATGCTACCGATCTTGTCGTTATCCTTAGCAA*CGAGACATC
GACAGGACCGCCACATATCAAGACAG*AAACACTGGTCTCTTCGCAGTTT*CGCA*CGCT
TGT*ATA*GCTCACGCTGCT
TCCTG

QA 1 860 1 860
DS 

RD RR1F554TF 705 0 0
TCTCGACCACAACGCTCAC*TTAGTCTTGGCTGTATCGCAGCTTTCTTTTCCCATTTCTG
AGACCAGAGCGTATCGAAGAGAGTCTGAGTTGGTTTGAGGTTTGGATTGGTTCAAGTATA
GAGTGTTTTGAGGAAGAGTCTTGAACTGGTAAGAGTAAGTTGTGTAGCTAAGGCCGTGAC
CAAACTCAAACACTTTAGGTCCTTTGTAGAATCTGTATGTCCTTCCTGGATATCCAGATG
ATGATGATCTCATCCTCATGTCTGTCATCTTCACATTCACAAAGCTCTGTGGATACCAAG
TCACGGGTAATCTCCCTCCAGGATTGTGATCTCCGAACAAGATCTCAGCAAGAGCAACCC
CTCCAGCTTCACCAGGGTAACCAGCCCAAACAATGCTACCGATCTTGTCGTTATCCTTAG
CAAACGAGACATCGACAGGACCGCCACATATCAAGACAAGAAACACTGGTCTCTTCGCAG
TTTTCGCAACGCTTGTTATAAGCTCACGCTGCTTCCCTGGTAAACTAAGGTCGACACGGT
CAAAATCTTCCTTCTCTTGGGTCTGGTCTAGTCCCATGACCAAGACCACGCGCTCAGCGT
TTCTCGCGATGGCCACCGCTTGCTCAACCGCAGCGTTAGAGCAAGCCACGGAGTCACATC
CTTTATGGTAAACAGCGTTTCGAACGTAACGTCGTATCGCGTCTC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 3

CO CL3953Contig1 881 3 12 U
GCAGCATATAATGATATAACTAAATTAAAATTAAAATATTCAAGAAGACAAGTAACAATA
ATTACAATCATCACCAAATCCTCACGCCAACACAAACAAACAAATGCAAATGCCACCAGA
CTTAACCACTAAAACCCATCTCCTTTTAGCAAGTGGGGTCAAAAACACAAGTTAAAATTT
TAAAACTGAAAGATTCTAAAACCAATAACTCATAAATTTTGCCCCCAACCATTAATTAAC
TTAAACTATTAATAATTAAAAATCCAATTATTAATTCTTAATTAATAAGCTTCATCCACT
TCATCAGGACCAGACCACCTCAAATTCTCAATCTTCCTAACCACTTCAGCCATCTCAGGC
CTCTGGTCCGGATGCTGTAACGTACACTCAATCCCTAGCTGCACCATCTCCTCCATCATT
TCTTCTTCCTCCCTTTCCAAGCTAAGCTGCTCCGAGTCAGAAACCTCTCTCCTCCACTCA
TCTCTCACCACTGACTTAACCCATCTCGGCAGATCAACTCCCTCCTCGTTCATCACCGAG
TTGGAAGGAGCTTTGCCAGTAATCAGCTCAAGAATCACCACACCGAAGCTGTACACGTCA
CCTTTTTGCGACACACGTTTAGGATCGGTTACTTCAGGCGCACGGTAACCCGTACCACGG
TTTGGAGTCGTAGTTGAGGCTGATACGAGCTGGGACAAGCCAAAGTCCGAGACTTTGGCG
TCGTATGACTTGGTTAAGAGGATGTTTGAGGATTTGACATTGCCGTGAGAGGTGGAGGTT
CCTTGTGAGTGAAGGTAGTCTAAGCCACGAGCTGCACCAAGAGCAATTCGTGAACGTACA
CCCCAAGTTAGTGGAGTCCTTCCCGCTCCTCTGTTTCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1HB96JQ U 1
AF RR1AC88JQ U 54
AF RR1AC88TF C 147
BS 1 177 RR1HB96JQ
BS 178 178 RR1AC88JQ
BS 179 294 RR1HB96JQ
BS 295 295 RR1AC88JQ
BS 296 328 RR1HB96JQ
BS 329 329 RR1AC88JQ
BS 330 447 RR1HB96JQ
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BS 449 459 RR1HB96JQ
BS 460 460 RR1AC88JQ
BS 461 532 RR1HB96JQ
BS 533 881 RR1AC88JQ

RD RR1HB96JQ 532 0 0
GCAGCATATAATGATATAACTAAATTAAAATTAAAATATTCAAGAAGACAAGTAACAATA
ATTACAATCATCACCAAATCCTCACGCCAACACAAACAAACAAATGCAAATGCCACCAGA
CTTAACCACTAAAACCCATCTCCTTTTAGCAAGTGGGGTCAAAAACACAAGTTAAAACTT
TAAAACTGAAAGATTCTAAAACCAATAACTCATAAATTTTGCCCCCAACCATTAATTAAC
TTAAACTATTAATAATTAAAAATCCAATTATTAATTCTTAATTAATAAGCTTCACCCACT
TCATCAGGACCAGACCACCTCAAATTCT*AATCTTCCTAACCACTTCAGCCATCTCAGGC
CTCTGGTCCGGATGCTGTAACGTACACTCAATCCCTAGCTGCACCATCTCCTCCATCATT
TCTTCTTCCTCCCTTTCCAAGCTAAGCAGCTCCGAGTCAAAAACCTCTCTCCTCCACTCA
TCTCTCACCACTGACTTAACCCATCTCGGCAGATCAACTCCCTCCTCGTTCA

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1AC88JQ 828 0 0
C
ACAATAATTACAATCATCACCAAATCCTCACGCCAACACAAACAAACAAATGCAAATGCC
ACCAGACTTAACCACTAAAACCCATCTCCTTTTGGCAAGTGGGGTCAAAAACACAAGTTA
AAATTTTAAAACTGAAAGATTCTAAAACCAATAACTCATAAATTTTGCCCCCAACCATTA
ATTAACTTAAACTATTAATAATTAAAAATCCAATTATTAATTCTTAATTAATAAGCTTCA
TCCACTTCATCAGGACCAGACCACCTCAAATTCTCAATCTTCCTAACCACTTCAGCCATC
TCAGGCCTCTGGTCCGGATGCTGTAACGTACACTCAATCCCTAGCTGCACCATCTCCTCC
ATCATTTCTTCTTCCTCCCTTTCCAAGCTAAGCTGCTCCGAGTCAGAAACCTCTCTCCTC
CACTCATCTCTCACCACTGACTTAACCCATCTCGGCAGATCAACTCCCTCCTCGTTCATC
ACCGAGTTGGAAGGAGCTTTGCCAGTAATCAGCTCAAGAATCACCACACCGAAGCTGTAC
ACGTCACCTTTTTGCGACACACGTTTAGGATCGGTTACTTCAGGCGCACGGTAACCCGTA
CCACGGTTTGGAGTCGTAGTTGAGGCTGATACGAGCTGGGACAAGCCAAAGTCCGAGACT
TTGGCGTCGTATGACTTGGTTAAGAGGATGTTTGAGGATTTGACATTGCCGTGAGAGGTG
GAGGTTCCTTGTGAGTGAAGGTAGTCTAAGCCACGAGCTGCACCAAGAGCAATTCGTGAA
CGTACACCCCAAGTTAGTGGAGTCCTTCCCGCTCCTCTGTTTCCATC

QA 2 828 2 828
DS 

RD RR1AC88TF 735 0 0
TG
GCAAGTGGGGTCAAAAACACAAGTTAAAATTTTAAAACTGAAAGATTCTAAAACCAATAA
CTCATAAATTTTGCCCCCAACCATTAATTAACTTAAACTATTAATAATTAAAAATCCAAT
TATTAATTCTTAATTAATAAGCTTCATCCACTTCATCAGGACCAGACCACCTCAAATTCT
CAATCTTCCTAACCACTTCAGCCATCTCAGGCCTCTGGTCCGGATGCTGTAACGTACACT
CAATCCCTAGCTGCACCATCTCCTCCATCATTTCTTCTTCCTCCCTTTCCAAGCTAAGCT
GCTCCGAGTCAGAAACCTCTCTCCTCCACTCATCTCTCACCACTGACTTAACCCATCTCG
GCAGATCAACTCCCTCCTCGTTCATCACCGAGTTGGAAGGAGCTTTGCCAGTAATCAGCT
CAAGAATCACCACACCGAAGCTGTACACGTCACCTTTTTGCGACACACGTTTAGGATCGG
TTACTTCAGGCGCACGGTAACCCGTACCACGGTTTGGAGTCGTAGTTGAGGCTGATACGA
GCTGGGACAAGCCAAAGTCCGAGACTTTGGCGTCGTATGACTTGGTTAAGAGGATGTTTG
AGGATTTGACATTGCCGTGAGAGGTGGAGGTTCCTTGTGAGTGAAGGTAGTCTAAGCCAC
GAGCTGCACCAAGAGCAATTCGTGAACGTACACCCCAAGTTAGTGGAGTCCTTCCCGCTC
CTCTGTTTCCATC

QA 3 735 3 735
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL3955Contig1 1381 2 2 U
CGGTCCTCAAGCTCAATATTATTACTAAATTATTTCACCGGCTCGCTGGTTGATACTTAT
AAAACCTAGTAACAAATTAAAAGAAATGAACTGAAAAGAATCAGTTCCCGATGTGCAGAT
TGGCGGGAGGACGAAAATGATCGACCGAGAGACCCCAAATGTTAAAATCAACTTCTTCGA
TCCTCCACTTCTCCGTCATCTGTCTCCGATGGTTCGCCGACGCTTCACCATACCTGAAAA
CCGTAACCGACGTTTTTCCACCGTGAGCGATGTTCACATCATCCACGTACCTATAATCAT
CCATCACCGATTCTGCGCTCGTCTCCCAGAAAACATCGCCTTCCTTGGTCCGCATACTCA
GAAGCCTCGAGTCCTCAAACTGTATCAACAGTCCCGATCTCTGGCTAAAATAACCCCATA
TCGTATGATGAATGATCTCGAAATCTGGACCGCTCTGAGCCTCTCTAACCGCCGGACTCG
TCTCAAGTTTCAGTATAAAGCAATCTTCGCCGTTGATAATCTTCTCTCCAATGCATGTCG
CGTCGAGGAACATATTCGCGGTCGAACGAGGATCTAAACCCTGTAAAAATCGGCGGAGAG
GTCTCGGTGTACCGGTAGACGAAGGTGTTTGCTGGTTAGAAGAATGTCGCCACGAAAGCC
GACCGTTACTACCGCATATGACTTTACATCCAGACACAACGAGCTCCAGACACCACAGGT
CTGGATCCTTCTGCCACAATATGAAGCCACCCATTTCATCCTTGTTTTTAAGATTCACCG
TTGAATCATCTCCTTGATGAAAATCTGACGCCGTCATCTTCACTTGTCCAATCACGCACA
TACTGTTCACGGCGTTTAACGCCGCCGGTCCTCCCGTCGCCGCTATGTATTGTTGCACTA
TGTATTTCGCCGTTGAGGCTTGAATGGAGGAATCTTTGACAGGCTTATGAACAGAGTGAC
CAACTTGAACCTGGAGTGGTATAAGAGGCGATCCAAGGAGATAGAGAAGAAGACGAAGCT
CGTTGATACGAGCTGCGATTAGCGGTTGCGACAGTTTATCAGACGTTTGAGCTTTCATCC
ACGTCATCATGTTTTGACACCTCAGCGCAACGCTATTTCCCATACCGGAGAACAACTCCT
CCGGTATCGGAATTTCCAAAACCGTCTCCAAACCATCGTCTCTGTCTATGTTCGGACACA
GCTTCCTCATGCACTTCCCACTCCTTCGATTCTTCTTCTTATGATTTTCTTTTGTTCTAT
GAGCGATCGATTGAACAAAACCTACAAATGGTTCGAAGATTGTCAGCACGCCTCTATTTC
ATCAAACCTCTTCTTCTTTTCTTTTTTTTTTGTTTCGGTTAAATGGTGATTCGAAACTCC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1FH82JQ U 1
AF RR1BV26TF C 602
BS 1 756 RR1FH82JQ
BS 757 1381 RR1BV26TF

RD RR1FH82JQ 756 0 0
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AAAACCTAGTAACAAATTAAAAGAAATGAACTGAAAAGAATCAGTTCCCGATGTGCAGAT
TGGCGGGAGGACGAAAATGATCGACCGAGAGACCCCAAATGTTAAAATCAACTTCTTCGA
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CCGTAACCGACGTTTTTCCACCGTGAGCGATGTTCACATCATCCACGTACCTATAATCAT
CCATCACCGATTCTGCGCTCGTCTCCCAGAAAACATCGCCTTCCTTGGTCCGCATACTCA
GAAGCCTCGAGTCCTCAAACTGTATCAACAGTCCCGATCTCTGGCTAAAATAACCCCATA
TCGTATGATGAATGATCTCGAAATCTGGACCGCTCTGAGCCTCTCTAACCGCCGGACTCG
TCTCAAGTTTCAGTATAAAGCAATCTTCGCCGTTGATAATCTTCTCTCCAATGCATGTCG
CGTCGAGGAACATATTCGCGGTCGAACGAGGATCTAAACCCTGTAAAAATCGGCGGAGAG
GTCTCGGTGTACCGGTAGACGAAGGTGTTTGCTGGTTAGAAGAATGTCGCCACGAAAGCC
GACCGTTACTACCGCATATGACTTTACATCCAGACACAACGAGCTCCAGACACCACAGGT
CTGGATCCTTCTGCCACAATATGAAGCCACCCATTT

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DS 

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ACCGTTACTACCGCATATGACTTTACATCCAGACACAACGAGCTCCAGACACCACAGGTC
TGGATC*TTCTGCCACAATATGAAGCCACCCATTTCATCCTTGTTTTTAAGATTCACCGT
TGAATCATCTCCTTGATGAAAATCTGACGCCGTCATCTTCACTTGTCCAATCACGCACAT
ACTGTTCACGGCGTTTAACGCCGCCGGTCCTCCCGTCGCCGCTATGTATTGTTGCACTAT
GTATTTCGCCGTTGAGGCTTGAATGGAGGAATCTTTGACAGGCTTATGAACAGAGTGACC
AACTTGAACCTGGAGTGGTATAAGAGGCGATCCAAGGAGATAGAGAAGAAGACGAAGCTC
GTTGATACGAGCTGCGATTAGCGGTTGCGACAGTTTATCAGACGTTTGAGCTTTCATCCA
CGTCATCATGTTTTGACACCTCAGCGCAACGCTATTTCCCATACCGGAGAACAACTCCTC
CGGTATCGGAATTTCCAAAACCGTCTCCAAACCATCGTCTCTGTCTATGTTCGGACACAG
CTTCCTCATGCACTTCCCACTCCTTCGATTCTTCTTCTTATGATTTTCTTTTGTTCTATG
AGCGATCGATTGAACAAAACCTACAAATGGTTCGAAGATTGTCAGCACGCCTCTATTTCA
TCAAACCTCTTCTTCTTTTCTTTTTTTTTTGTTTCGGTTAAATGGTGATTCGAAACTCCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 3

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AGTTTCCATCTGAGGAATCTATCAGACAGACAGAGAGAGAGGATGCCGATGATCTCCAAA
GCTTCATCCACCACCAATTCATCAATTCTCTCGTGTTCTAGGATTGGAGGCCAGCTTTGT
GTGTGGCCTAGTTTGAGACATCTCTGCCTTAGGAAAAGCTTATTATACGGAGTCATGTGG
TTATTCTCCATGCCGCTCAAAACCCTCCGTGGAGCTAGAAAAACGCTTCAGATCACCCAC
TTCTGTAGCATCTCCAACATGCCCTCTTCGTTGAAAATCGAACTGGTGCCGTGTAGTAAG
AAGGACAACTATGCTTATCTTTTGCACGATGAAGACACCGGCACTGTTGGAGTCGTTGAT
CCTTGTGAGGCTGCACCTGTTATAGAGGCGTTGAGTAGGAAAAACTGGAACTTGACTTAC
ATTTTGAATACTCATCATCATAATGATCACGTGGGTGGGAATGCTGAACTGAAAGCAAAA
TATGGCGCAAAGGTGATTGGCTCAGCTCTGGATAAGGATCGGATTCCTGGAGTTGACATA
TTTCTGAATGATAGTGATAAGTGGATGTTTGCTGGCCATGAGGTTCGAGTACTTGGCACT
CCTGGTCACACCCAAGGCCATATAAGCTTCTACTTCCCAGGGTCAGCCACAATATTCACA
GGAGACTTGATATATAGCTTATCCTGTGGTACCCTCTCAGAAGGTACCCCTGAGCAGATG
CTTTCACCATTTCAAAAGATCGTCTCTTTACCAGATGATACAACTATATACTGTGGTCGC
GAAAACACAGCAAGCAACGTCAAGTTTGCACTATCTGTAGAACCAAAGAACGAAACTCTT
CAGTCTTACGCAACCCGAGTTGCTCATCTTCGAAGCCAGGGACTTCCATCGATTCCAACG
ACTGTGAAGGTGGAGAAAGCGTGTAACCCATTCCTCAGAACATCAAGCAAAGACATACGC
AAATCTTTAAGCATTCCAGAGTCAGCAACTGATGCGGAAGCACTGCGTCGTATACAGAGA
GCCAGAGATCGTTTCTGAAACTTTGGTATCTTATCTTATTTGTATAGTTGGAAGTCATCA
GCAGCTTGCAAAGATCAATGTATTCGTACATGTTTTTTGGGGGCTTTTTCAGTTATTATT
TGAATTTGTATTCAAAACAGAAAAAAAAATCTAAGTGTTTAGTTGGGATCCAGTTTATAA
AATTATGAAGTTTTCGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DD60TF U 1
AF RR1ET23TF U 288
AF RR1DD60JQ C 653
BS 1 430 RR1DD60TF
BS 431 431 RR1ET23TF
BS 432 642 RR1DD60TF
BS 643 643 RR1ET23TF
BS 644 675 RR1DD60TF
BS 676 676 RR1ET23TF
BS 677 760 RR1DD60TF
BS 761 955 RR1ET23TF
BS 956 1278 RR1DD60JQ

RD RR1DD60TF 760 0 0
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AGTTTCCATCTGAGGAATCTATCAGACAGACAGAGAGAGAGGATGCCGATGATCTCCAAA
GCTTCATCCACCACCAATTCATCAATTCTCTCGTGTTCTAGGATTGGAGGCCAGCTTTGT
GTGTGGCCTAGTTTGAGACATCTCTGCCTTAGGAAAAGCTTATTATACGGAGTCATGTGG
TTATTCTCCATGCCGCTCAAAACCCTCCGTGGAGCTAGAAAAACGCTTCAGATCACCCAC
TTCTGTAGCATCTCCAACATGCCCTCTTCGTTGAAAATCGAACTGGTGCCGTGTAGTAAG
AAGGACAACTATGCTTATCTTTTGCACGATGAAGACACCGGCACTGTTGGAGTCGTTGAT
CCTTGTGAGGTTGCACCTGTTATAGAGGCGTTGAGTAGGAAAAACTGGAACTTGACTTAC
ATTTTGAATACTCATCATCATAATGATCACGTGGGTGGGAATGCTGAACTGAAAGCAAAA
TATGGCGCAAAGGTGATTGGCTCAGCTCTGGATAAGGATCGGATTCCTGGAGTTGACATA
TTTCTGAATGATAGTGATAAGTGGATGTTTGCTGGCCATGAG*TTCGAGTACTTGGCACT
CCTGGTCACACCCAAAGCCATATAAGCTTCTACTTCCCAGGGTCAGCCACAATATTCACA
GGAGACTTGATATATAGCTTATCCTGTGGTACCCTCTCAG

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1ET23TF 668 0 0
GG
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ACTTGACTTACATTTTGAATACTCATCATCATAATGATCACGTGGGTGGGAATGCTGAAC
TGAAAGCAAAATATGGCGCAAAGGTGATTGGCTCAGCTCTGGATAAGGATCGGATTCCTG
GAGTTGACATATTTCTGAATGATAGTGATAAGTGGATGTTTGCTGGCCATGAGGTTCGAG
TACTTGGCACTCCTGGTCACACCCAAGGCCATATAAGCTTCTACTTCCCAGGGTCAGCCG
CAATATTCACAGGAGACTTGATATATAGCTTATCCTGTGGTACCCTCTCAGAAGGTACCC
CTGAGCAGATGCTTTCACCATTTCAAAAGATCGTCTCTTTACCAGATGATACAACTATAT
ACTGTGGTCGCGAAAACACAGCAAGCAACGTCAAGTTTGCACTATCTGTAGAACCAAAGA
ACGAAACTCTTCAGTCTTACGCAACCCGAGTTGCTCATCTTCGAAGCCAGGGACTTCCAT
CGATTC

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR1DD60JQ 626 0 0
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TATTCACAGGAGACTTGATATATAGCTTATCCTGTGGTACCCTCTCAGAAGGTACCCCTG
AGCAGATGCTTTCATCATTTCAAAAGATCGTCTCTTTACCAGATGATACAACTATATACT
GTGGTCGCGAAAACACAGCAAGCAACGTCAAGTTTGCACTATCTGTAGAACCAAAGAATG
AAACTCTTCAGTCTTACGCAACCCGAGTTGCTCATCTTCGAAGCCAGGGACTTCCATCGA
TTCCAACGACTGTGAAGGTGGAGAAAGCGTGTAACCCATTCCTCAGAACATCAAGCAAAG
ACATACGCAAATCTTTAAGCATTCCAGAGTCAGCAACTGATGCGGAAGCACTGCGTCGTA
TACAGAGAGCCAGAGATCGTTTCTGAAACTTTGGTATCTTATCTTATTTGTATAGTTGGA
AGTCATCAGCAGCTTGCAAAGATCAATGTATTCGTACATGTTTTTTGGGGGCTTTTTCAG
TTATTATTTGAATTTGTATTCAAAACAGAAAAAAAAATCTAAGTGTTTAGTTGGGATCCA
GTTTATAAAATTATGAAGTTTTCGCC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 3

CO CL3957Contig1 1189 3 8 U
TTTTTCATCAATGGCTGTTGTAACACTTCAGACCAAACATACTCTATGTCGCATCCCAAC
AAGTCACCGTCCGTCGCTTCTCCGTGTACGTGTCACGTGCTCAGTTACTACCACCATCAA
GTCTCGCCCGAACCGTCAAAACCTTGTGGCTGTGAATCCTCATCCGTCCAATGACACAGC
TTTGCGATCTACATGGTCCAACCGCTCATGGGTTTCAGCTGGCTGCACCACCGTCTTTGT
CTCTTTTGCCAAATCTATCATTGGAGGGTTTGGTTCTCATCTCTGGCTCGAACCAGCTTT
AGCCGGTTTTGCCGGATACATATTAGCAGATCTAGGCTCTGGTGTGTACCACTGGGCCAC
CGATAACTACGGAGATGGGTCAACGCCTCTCGTAGGAACCCACGTCCAAGATTCTCTTGA
TCACCACGAGTGCCCTTGGACAATCACCGAACGGCAGTTTGCAGACAATCTACACTTTCT
TGCTCGTGGCACAACCTTGATGGTTCTCCCACTAGACCTTGTATTTGATGACCATGTGCT
CCACGGCTTTGTAAGCACGTTTGCATTTTGCGTATTGTTTTGCCAGCAGTTTCATGTTTG
GGCTCATGGAACCAAGAGCAAGCTTCCACCTCTTGTGGTGGCGTTGCAGGACACTGGACT
GCTCGTGTCACGGACACGGCACGTGGATCATCACCAAGCACCGTATAACAACAATTACTG
CGTGGTGAGTGGGGTATGGAATAAGTGTTTGGATGAGAGTAAGTTCTTTGAAGCGTTGGA
GATGGTGTTGTATTTCAAGCTCGGGGTGAAGCCAAGGTCGTGGACTGATCCAAACTCGGA
TCATTGATTGTTTACATATAGAGTTCAATCATTTGTTTAGTGTTTACTTTGACCAGTTTT
GGTCATGAAGGGGTCTGATAGCACCTTTTTAAAGGTGTTAGTTAGCACTCTATAAGACCC
ATCATCAACATTCCAAGAAGTCACCTGCTCTGCTACTACCACCACCAAGCCTCAGCCTAA
CCATGAGATGCCTAGCTTGTAGTTGAGAAACGCTTTGTGAATCCTCCTCTTTCTACAATG
TAGATCTATGCCGTACTTGAAAACAATTATTTATACATGGCTTGTATTTACACGCAAAAG
AATTTATTTACGAAACACACTGATAAATAACATTTCGCTATTTATATGC


BQ
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AF RR1GH51TF U 8
AF RR1DS23TF U 1
AF RR1DS23JQ C 523
BS 1 206 RR1DS23TF
BS 207 207 RR1GH51TF
BS 208 424 RR1DS23TF
BS 425 425 RR1GH51TF
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BS 650 650 RR1DS23JQ
BS 651 713 RR1DS23TF
BS 714 1189 RR1DS23JQ

RD RR1GH51TF 574 0 0
GG
AATGGCTGTTGTAACACTTCAGACCAAACATACTCTATGTCGCATCCCAACAAGTCACCG
TCCGTCGCTTCTCCGTGTACGTGTCACGTGCTCAGTTACTACCACCATCAAGTCTCGCCC
GAACCGTCAAA*CCTTGTGGCTGTGAATCCTCATCCGTCCAATGACACAGCTTTGCGATC
TACATGGTCCAACCGCTCATGGGTTTCAGCTGGCTGCACCACCGTCTTTGTCTCTTTTGC
CAAATCTATCATTGGAGGGTTTGGTTCTCATCTCTGGCTCGAACCAGCTTTAGCCGGTTT
TGCCGGATACATATTAGCAGATCTAGGCTCTGGTGTGTACCACTGGGCCACCGATAACTA
CGGAGATGGGTCAACGCCTCTCGTAGGAACCCACGTCCAAGATTCTCTTGATCACCACGA
GTGCCCTTGGACAATCACCGAACGGCAGTTTGCAGACAATCTACACTTTCTTGCTCGTGG
CACAACCTTGATGGTTCTCCCACTAGACCTTGTATTTGATGACCATGTGCTCCATGGCTT
TGTAAGCACGTTTGCATTTTGCGTATTGTTTT

QA 3 574 3 574
DS 

RD RR1DS23TF 713 0 0
TTTTTCATCAATGGCTGTTGTAACACTTCAGACCAAACATACTCTATGTCGCATCCCAAC
AAGTCACCGTCCGTCGCTTCTCCGTGTACGTGTCACGTGCTCAGTTACTACCACCATCAA
GTCTCGCCCGAACCGTCAAAACCTTGTGGCTGTGAATCCTCATCCGTCCAATGACACAGC
TTTGCGATCTACATGGTCCAACCGCTTATGGGTTTCAGCTGGCTGCACCACCGTCTTTGT
CTCTTTTGCCAAATCTATCATTGGAGGGTTTGGTTCTCATCTCTGGCTCGAACCAGCTTT
AGCCGGTTTTGCCGGATACATATTAGCAGATCTAGGCTCTGGTGTGTACCACTGGGCCAC
CGATAACTACGGAGATGGGTCAACGCCTCTCGTAGGAACCCACGTCCAAGATTCTCTTGA
TCACTACGAGTGCCCTTGGACAATCACCGAACGGCAGTTTGCAGACAATCTACACTTTCT
TGCTCGTGGCACAACCTTGATGGTTCTCCCACTAGACCTTGTATTTGATGACCATGTGCT
CCACGGCTTTGTAAGCACGTTTGCATTTTGCGTATTGTTTTGCCAGCAGTTTCATGTTTG
GGCTCATGGAACCAAGAGCAAGCTTCCACCTCTTGTGGTGGCGTTGCAG*ACACTGGACT
GCTCGTGTCACGGACACGGCACGTGGATCATCACCAAGCACCGTATAACAACA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1DS23JQ 667 0 0
ATTTGATGACCATGTGCTCCACGGCTTTGTAAGCACGTTTGCATTTTGCGTATTGTTTTG
CCAGCAGTTTCATGTTTGGGCTCATGGAACCAAGAGCAAGCTTCCACCTCTTGTGGTGGC
GTTGCAGGACACTGGACTGCTCGTGTCACGGACACGGCACGTGGATCATCACCAAGCACC
GTATAACAACAATTACTGCGTGGTGAGTGGGGTATGGAATAAGTGTTTGGATGAGAGTAA
GTTCTTTGAAGCGTTGGAGATGGTGTTGTATTTCAAGCTCGGGGTGAAGCCAAGGTCGTG
GACTGATCCAAACTCGGATCATTGATTGTTTACATATAGAGTTCAATCATTTGTTTAGTG
TTTACTTTGACCAGTTTTGGTCATGAAGGGGTCTGATAGCACCTTTTTAAAGGTGTTAGT
TAGCACTCTATAAGACCCATCATCAACATTCCAAGAAGTCACCTGCTCTGCTACTACCAC
CACCAAGCCTCAGCCTAACCATGAGATGCCTAGCTTGTAGTTGAGAAACGCTTTGTGAAT
CCTCCTCTTTCTACAATGTAGATCTATGCCGTACTTGAAAACAATTATTTATACATGGCT
TGTATTTACACGCAAAAGAATTTATTTACGAAACACACTGATAAATAACATTTCGCTATT
TATATGC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL3958Contig1 744 2 8 U
GGAGAATCCATTAAAAAAAGGCGAGAGTATGGCGTTGAACGTGGTATCACCATCTGTGCT
GCGTCTATCTTCAGCCACGTCTTTGACCTCCTCAACCACCATCAAAAAAGCCTTGGTTAC
ACCTCGATTTGCTTCCTCTCCCCCGAATCTAAACCTCCTTCGTCGAGGTTTTCGCGGTGG
TCGTCGTATCACAGCAATGGCATCTTCAGCTCCCGGATCGGTTAACAAGCCAGAGGAAGA
GTGACGTGCGATTCTCTCCCCTGAGCAATTCAGGATCCTCAGGCAGAAAGGCACTGAATA
TCCAGGGACAGGAGAATACAACAAAGTATTCGCAGACGGGATCTATAGCTGTGCAGGATG
TGGGACTCCTCTATACAAATCCGCCACCAAGTTCGACTCTGGCTGTGGCTGGCCTGCTTT
CTTTGACGGCCTCCCCGGCGCCATTAACCGAACCGCGGATCCAGATGGGAGAAGAATCGA
GATCACTTGTGCAGCTTGTGGAGGACATCTGGGCCATGTTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCC
TACTCCTACCGATGAGCGACACTGTGTCAACAGTGTCTCCCTCAAGTTCGCACCGGGGGA
TGCAACCTTGTGATAATAATAATAATAATGTATACTTGTGATGTGTGAAACTTCTCTGTC
CCTCCCTCCATCTGGGCTCGCACTTTGTTTTTGTCTTGCTATTTGAAACTAGTGTGACTG
CTAGTAGTAATAAGTGGTTGAATT


BQ
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AT

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GG
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DS 



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ATTCTTTTTGACAACCTTCATGGTGGTTGATGCACCGCAATTTCCGTGTTTATAGTGTTC
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BQ
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AF RR1GT86JQ U 53
AF RR1DB03JQ U 1
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AAAA

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CC

QA 7 535 7 535
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DQ42JQ U 1
AF RR1C925TF C 192
BS 1 584 RR1DQ42JQ
BS 585 585 RR1C925TF
BS 586 667 RR1DQ42JQ
BS 668 900 RR1C925TF

RD RR1DQ42JQ 667 0 0
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TCATGACTCGATACATTAACTAATCAAAGGTCTCCAGGATCTCCAACTACTACAAACAAA
AAACAAAAGTCATTACACCATACTTATTAGTCATTAAAGCAACTCTTAACTAGAAACTCA
AACCACCATAGCCGCTAACGCAATCAGAATCGCAGCAGACGCAACAACCAAACTCTCACC
ACCTCCACGTCCAGAGGCAGCAGATGGTGGTGGATGGGGTGGTGCATGGGGTGGTGCTGG
TGGTGGGATAGAAGGTTTGTCGAGAGGAGAATGAGGTGGGTGGGGCGGTGGGACTGTGGG
TTTAAACGGAGGAGGTTTATCCGGCGAAGGTGGTGGCAAACCGGTGTTGTTGCAATAGTT
GTGGCCGTACCAAGTGTTCTCAGGGACGTTTTTGTTGAAATCGAATTTCACGGACTTGGA
ACCTTCCTCGTAGATCTCCACGGTCTCTGGGATCCAACCGTCGGGACCGGAACGGTAGAT
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TTTCTCGAAACCTCCTCCACCACCTAACGGTTCGTCTAGTCTCGGTGCGACCACCTTGTT
ACCGTCG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1C925TF 709 0 0
GCCGCT
ACGCAATCAGAATCGCAGCAGACGCAACAACCAAACTCTCACCACCTCCACGTCCAGAGG
CAGCAGATGGTGGTGGATGGGGTGGTGCATGGGGTGGTGCTGGTGGTGGGATAGAAGGTT
TGTCGGGAGGAGAATGAGGTGGGTGGGGCGGTGGGACTGTGGGTTTAAACGGAGGAGGTT
TATCCGGCGAAGGTGGTGGCAAACCGGTGTTGTTGCAATAGTTGTGGCCGTACCAAGTGT
TCTCAGGGACGTTTTTGTTGAAATCGAATTTCACGGACTTGGAACCTTCCTCGTAGATCT
CCACGGTCTCTGGGATCCAACCGTCGGGACCGGAACGGTAGATGTAGAGAGAGCAGATAG
TGTCTAGACACTGACCTTTGACTTGGAATGTGTCAGATGAACATTTCTCGAAACCTCCTC
CACCACCTAACGGTTCGTCTAGTCTCGGTGCGACCACCTTGTTACCGTCGGCGTCACCCA
AAGCGAGAGTGATCTGATCCCTTGACAAATCAGGAGAGAAACAGCTCGTGGTGACAATCA
CGGTGTAAGGGCAGCTTTCTTCTTCATCATGAACAACAGATGAGATTAATAATGGCTGAT
CAGAGATGGAGAGAACGGGACTAGTGAAGGAGAGCCCAAGGAGAAGGAGGATGGATGAGA
GAGAGAAAAGCTCCATGGTCTTCATCAGAGAGATGAGTGTTCC

QA 7 709 7 709
DS 



AS 1 2

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GATATAATCCTCCTTAGATATTTTTCTTGATTCCATGATTCGAATCTAGGCTTTCACGGC
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TTTTATCTCCGAAGCGAAATTCGAGAATTAGGGCTTTTCCGTTGGGTTCTAGGGGTTTCG
AAGAGCATAAGATAATAATGCCTTCGGTGTCCTCTAAGCTTCTCCTCCTTCTCCTTTTGG
CTCCTTCGTTGACTCCTTATCATTCTGGTTTGTCTTCGCATCGTCTTAAACCTCTTGAAA
AGTCTGATTGGCGTGGTAATCTTAGTTAACGTTTCCATCTCCTTCTCTTTCTTATTCTCT
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TCGATCTTTGGTGTTTTTCACTTTTTTTTGGCGTTGCTTGATTCGCAAGTTTACAACCCA
CAAAGTTGGAATATGAGCTCTGTTTGTGGTAAGTTGGATTTCAAAGATGCAGACTTTGAC
ATCTCCACTTCGAGTCCTCCCACTCCCACGCAATCCTCTAATGGCTCCAAGCATCATTCC
TCTCAAGCTGGATCTGATGAGTCTCACGAGTCTGATGGAGATGAAACTGGTTATATAAAC
CAAACTGAGAATGAAGGATCAGTTACCAAGGATTTAGGCAAATCCACTTTAGCTTCTTTG
CCTCCCAAATCCTCTCATGGTGAAGACAAGGATGAGAATGTTAATATTACACCAGTTGTT
CTCATCCCGGCCATTAAAAGCAGCCGGGAGAAGCACGGCTTGACACTGAAGAAGTCTAGT
GTTTCATGGGCGGATGACGTGTACGACCCTCCTCCCTCCATAGCCTCGCACACAAGAAAC
AAGAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGAAGTCCAAGAGCAAAGACAACCACAAGAAGACCGGA
AAGAAAGGTCAGAAGAACTCTTCCTCTCGTAGTGGCAAGGACAAGAAGCAATCTGCTCGC
AAACACAGCCGCGAGAAGTTTGATTGGGTAACTCAGCTGCCTATTGTTGCAGCATCTTCT
TGAATAGCTCATTGGCTGGCTTATTACCAAAGCACATCCATGAGCTTACCTCCCTCTTTT
GTCTAATAAATAATCAAATCACGTTTGTGTGTGTTTCAGTTTGACTTCAGCTTTTTCTTT
GGGTAATGTTCAAATACTAAAACACTATTGTGAAGACTTTGTTGAAGTTTGGTTCTTGTT
TTCTTTTTCTTTTTTGTATT


BQ
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FI04TF U 1
AF RR1C560TF U 554
BS 1 604 RR1FI04TF
BS 605 605 RR1C560TF
BS 606 626 RR1FI04TF
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BS 628 714 RR1FI04TF
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RD RR1FI04TF 714 0 0
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GATATAATCCTCCTTAGATATTTTTCTTGATTCCATGATTCGAATCTAGGCTTTCACGGC
TCGTTTGGAGAATCATCACTCTCTCTCTCTTCCCGCATCAAAGTTTCTGGAAATCTCTGT
TTTTATCTCCGAAGCGAAATTCGAGAATTAGGGCTTTTCCGTTGGGTTCTAGGGGTTTCG
AAGAGCATAAGATAATAATGCCTTCGGTGTCCTCTAAGCTTCTCCTCCTTCTCCTTTTGG
CTCCTTCGTTGACTCCTTATCATTCTGGTTTGTCTTCGCATCGTCTTAAACCTCTTGAAA
AGTCTGATTGGCGTGGTAATCTTAGTTAACGTTTCCATCTCCTTCTCTTTCTTATTCTCT
GGTCTCGTTGACCCTTTTCTTCTCTCCTCTTCCTCGTCTTGTCCGTGAAATTTACCTAGC
TCGATCTTTGGTGTTTTTCACTTTTTTTTGGCGTTGCTTGATTCGCAAGTTTACAACCCA
CAAAGTTGGAATATGAGCTCTGTTTGTGGTAAGTTGGATTTCAAAGATGCAGACTTTGAC
ATCTTCACTTCGAGTCCTCCCACTCCTACGCAATCCTCTAATGGCTCCAAGCATCATTCC
TCTCAAGCTGGATCTGATGAGTCTCACGAGTCTGATGGAGATGAAACTGGTTAT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1C560TF 787 0 0
G
GAGCTCTGTTTGTGGTAAGTTGGATTTCAAAGATGCAGACTTTGACATCTCCACTTCGAG
TCCTCCCACTCCCACGCAATCCTCTAATGGCTCCAAGCATCATTCCTCTCAAGCTGGATC
TGATGAGTCTCAGGAGTCTGATGGAGATGAAACTGGTTATATAAACCAAACTGAGAATGA
AGGATCAGTTACCAAGGATTTAGGCAAATCCACTTTAGCTTCTTTGCCTCCCAAATCCTC
TCATGGTGAAGACAAGGATGAGAATGTTAATATTACACCAGTTGTTCTCATCCCGGCCAT
TAAAAGCAGCCGGGAGAAGCACGGCTTGACACTGAAGAAGTCTAGTGTTTCATGGGCGGA
TGACGTGTACGACCCTCCTCCCTCCATAGCCTCGCACACAAGAAACAAGAAGCAGCAGCA
GCAGCAGCAGAAGTCCAAGAGCAAAGACAACCACAAGAAGACCGGAAAGAAAGGTCAGAA
GAACTCTTCCTCTCGTAGTGGCAAGGACAAGAAGCAATCTGCTCGCAAACACAGCCGCGA
GAAGTTTGATTGGGTAACTCAGCTGCCTATTGTTGCAGCATCTTCTTGAATAGCTCATTG
GCTGGCTTATTACCAAAGCACATCCATGAGCTTACCTCCCTCTTTTGTCTAATAAATAAT
CAAATCACGTTTGTGTGTGTTTCAGTTTGACTTCAGCTTTTTCTTTGGGTAATGTTCAAA
TACTAAAACACTATTGTGAAGACTTTGTTGAAGTTTGGTTCTTGTTTTCTTTTTCTTTTT
TGTATT

QA 2 787 2 787
DS 



AS 1 3

CO CL3962Contig1 860 3 21 U
GGATCAGCGACGTAGATTCATCACAACCAAAATCGCCGCCATGTTGAGACAAGCTTCTCG
CCTCCTCTCCCGATCCATCACCGCCGGATCCTCCAAATCGGCGACGGCTCGTGCCTTTTC
AACGGAAGTTCCGTCGACGATCGATTCGACGTTCGTGGAGTCATGGAAGAAGGTCGCACC
GAACATGGACCCGCCGCAGACTCCTTCCTCCTTCATGAAGGCTCGTCCGTCGACTGCGTC
TTCGATTCCGACGAAGCTCACCGTCAATTTCGTCCTCCCTTACGCATCTGAGCTTTCCGG
GAAAGAGGTCGACATGGTCATCATTCCAGCGACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGG
ACACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAGCCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAAGCACTGA
CGTGAAGAAATACTTCGTGAGCAGTGGTTTCGCGTTTCTCCACGCTAATTCCGTGGCTGA
CATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATTGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGG
TTTAGCTGAGTTCACACAGAAACTTGCTTCTGCATCAACGGATCTTGAGAAAGCAGAAGC
ACAGATTGGTGTTGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCAGGCTAAGAGCAGGT
TTATTTCTTCCAAGTAAAAGAAAAAAGAAAATCATTTTGCTTTTCAAATGATTAGTGAAA
GTCCCTTGACTGCAAAGGATGGAATAAATAAGAAACTTACTTTTCCTCTTTGTTTTATTT
GGGTTGGACTTTGTTTGAATAAATGATTTTGTTGAGTACACAAACCAACATAAAGTTTAG
TATACTCATATTTTCTCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ85TF U 1
AF RR1G427TF U 7
AF RR1G427JQ C 184
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RD RR1GQ85TF 519 0 0
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CATAATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATTGA

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1G427TF 665 0 0
GG
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TTCCGTCGACGATCGATTCGACGTTCGTGGAGTCATGGAAGAAGGTCGCACCGAACATGG
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CTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATTGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTG
AGTTCACACAGAAACTTGCTTCTGCATCAACGGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATTG
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TCC

QA 3 665 3 665
DS 

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AGAGGTCGACATGGTCATCATTCCAGCGACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACA
CGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAGCCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAAGCACTGACGT
GAAGAAATACTTCGTGAGCAGTGGTTTCGCGTTTCTCCACGCTAATTCCGTGGCTGACAT
TATCGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATTGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTT
AGCTGAGTTCACACAGAAACTTGCTTCTGCATCAACGGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACA
GATTGGTGTTGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCAGGCTAAGAGCAGGTTTA
TTTCTTCCAAGTAAAAGAAAAAAGAAAATCATTTTGCTTTTCAAATGATTAGTGAAAGTC
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TTGGACTTTGTTTGAATAAATGATTTTGTTGAGTACACAAACCAACATAAAGTTTAGTAT
ACTCATATTTTCTCCTT

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 3

CO CL3963Contig1 855 3 8 U
CTAATAATTAACCACTATAGTTATCAACTGTATTAGTCTACCATTTTTCTTTACGGCAAT
AAAATAAAAAGCACATCTGCTTCAACTTGCATAGCTCAAAATACACTTGGACACATAAGA
AAATAATCTAACAAAATCGACATATATAACATATATCACATTAAACTCTTAGCCAGACAT
TACTATTTATATATATTTGGGATGGTACATGAAATAAAACATTTCTTAAGTACTAATTTG
AAAATTAGTACTTTTTACCATATGCATTAATCAAGGACAATGCGTTGCTGGTTTCCTGGC
CCATGTTAACGATTCTAGCCCGAACCGAGTTCTTGATCCGTCCATCCATAAATCGACCCG
AGAACCCATCGGAGCAAGTGATCTCATCAGTCAAAGCAGCACTAGTCCAAGTCTGAGCAT
TACTCATGTGGAACGCAAACTGTTCTTGATTCTTGGCACTACCACATAGCTTCATCTCTT
GGACCGACTTGGTCAAACGTTCGACGGTATCGTTGATCTCCTCGACGCAGTCCTTGACGG
CTTCAACCTCGCACTTTTTAAGGGTCTTGAAACGCGTCAAACGCGAGACAAAGAGCTTCG
TGGATTGGACTCGGCTTAGGGTAACGGCTAGAGCGGTCTCGGCTAAGCGTTGAGGGCTTG
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TTTTGCAAGAGGATTGGATGAAGTTTACGGCTTTTTGGGAAGCTCCGGCCGGTGAGGCTG
CGGTGAGCTCCAGCGAGAAGAAGTAGGAGATTGAGATGATTAGAAAGAGAGTTTGATATA
GTTTTGCCATTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ89JQ U 23
AF RR1G329JQ U 1
AF RR1GJ89TF C 191
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RD RR1GJ89JQ 358 0 0
ATCAACTGTATTAGTCTACCATTTTTCTTTACGGCAATAAAATAAAAAGCACATCTGTTT
CAACTTGCATAGCTCAAAATACACTTGGACACATAAGAAAATAATCTAACAAAATCGACA
TATATAACATATATCACATTAAACTCTTAGCCAGACATTACTATTTATATATATTTGGGA
TGGTACATGAAATAAAACATTTCTTAAGTACTAATTTGAAAATTAGTACTTTTTACCATA
TGCATTAATCAAGGACAATGCGTTGCTGGTTTCCTGGCCCATGTTAACGATTCTAGCCCG
AACCGAGTTCTTGATCCGTCCATCCATAAATCGACCCGAGAACCCATCGGAGCAAGTG

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1G329JQ 771 0 0
CTAATAATTAACCACTATAGTTATCAACTGTATTAGTCTACCATTTTTCTTTACGGCAAT
AAAATAAAAAGCACATCTGCTTCAACTTGCATAGCTCAAAATACACTTGGACACATAAGA
AAATAATCTAACAAAATCGACATATATAACATATATCACATTAAACTCTTAGCCAGACAT
TACTATTTATATATATTTGGGATGGTACATGAAATAAAACATTTCTTAAGTACTAATTTG
AAAATTAGTACTTTTTACCATATGCATTAATCAAGGACAATGCGTTGCTGGTTTCCTGGC
CCATGTTAACGATTCTAGCCCGAACCGAGTTCTTGATCCGTCCATCCATAAATCGACCCG
GGAACCCATCGGAGCAAGTGATCTCATCAGTCAAAGCAGCACTAGTCCAAGTCTGAGCAT
TACTCATGTGGAACGCAAACTGTTCTTGATTCTTGGCACTACCACATAGCTTCATCTCTT
GGACCGACTTGGTCAAACGTTCGACGGTATCGTTGATCTCCTCGACGCAGTCCTTGACGG
CTTCAACCTCGCGCTTTTTAAGGGTCTTGAAACGCGTCAAACGCGAGACAAAGAGCTTCG
TGGATTGGACTCGGCTTAGGGTAACGGCTAGAGCGGTCTCGGCTAAGCGTTGAGGGCTTG
TTTGGATGGCGTTTGCGTAGGCGGATAAGGAACGGAAGCACACGGTTGGGTATGTGGTCG
TTTTGCAAGAGGATTGGATGAAGTTTACGGGTTTTTGGGAAGCTCCGGC
GG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1GJ89TF 665 0 0
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CTTTTTACCATATGCATTAATCAAGGACAATGCGTTGCTGGTTTCCTGGCCCATGTTAAC
GATTCTAGCCCGAACCGAGTTCTTGATCCGTCCATCCATAAATCGACCCGAGAACCCATC
GGAGCAAGTGTTCTCATCAGTCAAAGCAGCACTAGTCCAAGTCTGAGCATTACTCATGTG
GAACGCAAACTGTTCTTGATTCTTGGCACTACCACATAGCTTCATCTCTTGGACCGACTT
GGTCAAACGTTCGACGGTATCGTTGATCTCCTCGACGCAGTCCTTGACGGCTTCAACCTC
GCACTTTTTAAGGGTCTTGAAACGCGTCAGACGCGAGACAAAGAGCTTCGTGGATTGGAC
TCGGCTTAGGGTAACGGCTAGAGCGGTCTCGGCTAAGCGTTGAGGGCTTGTTTGGATGGC
GTTTGCGTAGGCGGATAAGGAACGGAAGCACACGGTTGGGTATGTGGTCGTTTTGCAAGA
GGATTGGATGAAGTTTACGGCTTTTTGGGAAGCTCCGGCCGGTGAGGCTGCGGTGAGCTC
CAGCGAGAAGAAGTAGGAGATTGAGATGATTAGAAAGAGAGTTTGATATAGTTTTGCCAT
TGTTC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 3

CO CL3964Contig1 934 3 4 U
GGACCTTTCGTCTTCCTCACCTCATCAAAAAGATCCAAACACAAAACTCGATAGACAGAA
AGAGAGAGAGGAAGAGCTACTTACTATTCTGCAATTGATTCCTCCCGATTCTCTCTCTCA
TATTCCCCTTTCTCTGTGTTACAAGCAACCTCTGATTCCACTTTTTTCTCTCTCTCTTTT
TTTTTCCGCTGCAGATTCGAACTGTTTCAGATCTGAACGATTTGTCTTAAAAGTTTAGTC
TTTTGGGGATCAGGATTAGTAATCGGAGCTGGGTTTTGGTCTGTTTGAGAGAGAAAGTCA
ACGGATATGCCGGAGGAGGAGTCGGTGGATATCAAATTCAGGCTCTACGATGGCTCCGAC
ATCGGACCCTTCCACTATTCATCTTCATCAACCGTCGACTTTTTGAAGCAAAGGGTCGTC
TCTGATTGGCCCAAAGGCAAAACAGTTGTTCCGAAAGGGATAAACGAAGTGAAGTTGATT
AGTTCGGGTAAGATCTTGGAGAATAGCAAGACCGTTGGTCAGTGTAAGACACCTTTTGGA
GAGGTTACGGGTGGTGTCACTGTGATGCATGTTGTTGTACAGCCTTCTCTCGCCAAAACT
AAAACAGAGAAAAAGGTCGATAAAGCACCCAAGGCGGTTATATGCACATGCACCATTTTG
TGAAAGGAGCAAGACATGTATCATACATACCATTCTCAATTCTTCAAGTACAGAAGAAAA
CAAAAGAAAAACAAAAAGAAAGATGAAAAGTAAAGTATAGCTTCCCTATAAGCTGTGGAG
TATCATCATAACCTCGCAATGCAAGCTTTGAAATCTGTAGAAAATGATTTAGATTCTTTT
GAAGTACCCATCATCTGTTGTTCCTTGTTTGTTTTTGTTCACACTATCTGGTATACATTC
ATTCGTGTCGTACTGTAATAAACGGAAGTTGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F675TF U 65
AF RR1B517TF U 1
AF RR1B517JQ C 86
BS 1 823 RR1B517TF
BS 824 824 RR1B517JQ
BS 825 857 RR1B517TF
BS 858 934 RR1B517JQ

RD RR1F675TF 536 0 0
G
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CCGCTGCAGATTCGAACTGTTTCAGATCTGAACGATTTGTCTTAAAAGTTTAGTCTTTTG
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TATGCCGGAGGAGGAGTCGGTGGATATCAAATTCAGGCTCTACGATGGCTCCGACATCGG
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TACTGGTGGTGTCACTGTGATGCATGTTGTTGTACAGCCTTCTCTCGCCAAAACT

QA 2 536 2 536
DS 

RD RR1B517TF 857 0 0
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TATTCCCCTTTCTCTGTGTTACAAGCAACCTCTGATTCCACTTTTTTCTCTCTCTCTTTT
TTTTTCCGCTGCAGATTCGAACTGTTTCAGATCTGAACGATTTGTCTTAAAAGTTTAGTC
TTTTGGGGATCAGGATTAGTAATCGGAGCTGGGTTTTGGTCTGTTTGAGAGAGAAAGTCA
ACGGATATGCCGGAGGAGGAGTCGGTGGATATCAAATTCAGGCTCTACGATGGCTCCGAC
ATCGGACCCTTCCACTATTCATCTTCATCAACCGTCGACTTTTTGAAGCAAAGGGTCGTC
TCTGATTGGCCCAAAGGCAAAACAGTTGTTCCGAAAGGGATAAACGAAGTGAAGTTGATT
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GAGGTTACGGGTGGTGTCACTGTGATGCATGTTGTTGTACAGCCTTCTCTCGCCAAAACT
AAAACAGAGAAAAAGGTCGATAAAGCACCCAAGGCGGTTATATGCACATGCACCATTTTG
TGAAAGGAGCAAGACATGTATCATACATACCATTCTCAATTCTTCAAGTACAGAAGAAAA
CAAAAGAAAAACAAAAAGAAAGATGAAAAGTAAAGTATAGCTTCCCTATAAGCTGTGGAG
TATCATCATAACCTCGCAATGCAAGCTTTGAAATCTGTAGAAA*TGATTTAGATTCTTTT
GAAGTACCCATCATCTG

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR1B517JQ 849 0 0
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CAACCTCTGATTCCACTTTTTTCTCTCTCTCTTTTTTTTTCCGCTGCAGATTCGAACTGT
TTCAGATCTGAACGATTTGTCTTAAAAGTTTAGTCTTTTGGGGATCAGGATTAGTAATCG
GAGCTGGGTTTTGGTCTGTTTGAGAGAGAAAGTCAACGGATATGCCGGAGGAGGAGTCGG
TGGATATCAAATTCAGGCTCTACGATGGCTCCGACATCGGACCCTTCCACTATTCATCTT
CATCAACCGTCGACTTTTTGAAGCAAAGGGTCGTCTCTGATTGGCCCAAAGGCAAAACAG
TTGTTCCGAAAGGGATAAACGAAGTGAAGTTGATTAGTTCGGGTAAGATCTTGGAGAATA
GCAAGACCGTTGGTCAGTGTAAGACACCTTTTGGAGAGGTTACGGGTGGTGTCACTGTGA
TGCATGTTGTTGTACAGCCTTCTCTCGCCAAAACTAAAACAGAGAAAAAGGTCGATAAAG
CACCCAAGGCGGTTATATGCACATGCACCATTTTGTGAAAGGAGCAAGACATGTATCATA
CATACCATTCTCAATTCTTCAAGTACAGAAGAAAACAAAAGAAAAACAAAAAGAAAGATG
AAAAGTAAAGTATAGCTTCCCTATAAGCTGTGGAGTATCATCATAACCTCGCAATGCAAG
CTTTGAAATCTGTAGAAAATGATTTAGATTCTTTTGAAGTACCCATCATCTGTTGTTCCT
TGTTTGTTTTTGTTCACACTATCTGGTATACATTCATTCGTGTCGTACTGTAATAAACGG
AAGTTGTAT

QA 1 849 1 849
DS 



AS 1 3

CO CL3965Contig1 970 3 17 U
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AGATCATTATTGCATAGAAATGGAGTGGAGGAAAGGGTACTTAGATGCAGTTCTTGTTCC
ATGTGCTCTACTTTTGATGTTTAGTTACCACATCTACCTGTGGTATAAAGTTCGAACCGA
ACCTTTCTCTACCATCGTCGGGACTAATTCTCGTGCTCGTCGATCTTGGGTTGCCGCCAT
CATGAAGGACAACGATAAGAAGAACATCTTAGCTGTACAAACACTACGAAACACGATAAT
GGGAGCGACGCTAATGGCCACAACTTGCATCCTCCTCTGCGCAGGTCTAGCCGCCGTTTT
AAGTAGCACTTATAGCATCCAGAAACCACTAAATGACGCCGTATTTGGATCTCATGGTGA
CTTCACAGTGGCACTCAAATACGTAACCATCCTCACAATATTCCTCTTCGTCTTCTTTTC
TCATTCTCTCTCCATCCGCTTCATCAACCAAGTCAATATCCTCATTAACTCTCCTCAAGA
TCCATCCTCCGATGACTTTGGTGGAATCGGCAGCTTCGTGACTACTCCGGAGTATGTCTC
TGAGCTACTTGAGAAAGCTTTCTT*CTAAACACGGTAGGTAATAGGTTGTTCTACATGGG
CTTGCCTTTGATGTTATGGATATTTGGACCCGTGCTTGTGTTCTTGAGCTCTGCGTTGAT
GGTTCCCGTTCTTTATAACTTGGACTTTGTGTTTTCGTCGGGCAATAAGGAGAAGTGTAA
AGTGGATTGCCATGGAGATTCTGATGATCACTTCTCTCCTTGATATTATATATGTTCATG
GGGAAATATGTATATGATTAATAATAAACTTGTTGTTAATCTATAAGTCTTTCAAGTTGA
TTGTTGTTTGCTAAATGGTTTTTGGAAACCGGGTATTTTTATAACCGGATTTTCTATGAA
GAAAATTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GL81TF U 1
AF RR1D194TF U 6
AF RR1D194JQ C 196
BS 1 41 RR1GL81TF
BS 42 42 RR1D194TF
BS 43 167 RR1GL81TF
BS 168 168 RR1D194TF
BS 169 379 RR1GL81TF
BS 380 380 RR1D194TF
BS 381 470 RR1GL81TF
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BS 625 625 RR1D194TF
BS 626 644 RR1GL81TF
BS 645 645 RR1D194TF
BS 646 646 RR1D194JQ
BS 647 754 RR1D194TF
BS 755 970 RR1D194JQ

RD RR1GL81TF 647 0 0
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AGATCATTATTGCATAGAAATGGAGTGGAGGAAAGGGTACTTAGATGCAGTTCTTGTTCC
ATGTGCTCTACTTTTGATGTTTAGTTACCACATCTACCTGTGGTATAGAGTTCGAACCGA
ACCTTTCTCTACCATCGTCGGGACTAATTCTCGTGCTCGTCGATCTTGGGTTGCCGCCAT
CATGAAGGACAACGATAAGAAGAACATCTTAGCTGTACAAACACTACGAAACACGATAAT
GGGAGCGACGCTAATGGCCACAACTTGCATCCTCCTCTGCGCAGGTCTAGCCGCCGTTTT
AAGTAGCACTTATAGCATCAAGAAACCACTAAATGACGCCGTATTTGGATCTCATGGTGA
CTTCACAGTGGCACTCAAATACGTAACCATCCTCACAATATTCCTCTTCGCCTTCTTTTC
TCATTCTCTCTCCATCCGCTTCATCAACCAAGTCAACATCCTCATTAACTCTCCTCAAGA
TCCATCCTCCGATGACTTTGGTGGAATCGGCAGCTTCGTGACTACTCCGGAGTATGTCTC
TGAGCTACTTGAGAAAGCTTTCTTGCTAAACACGGTAGGTAATA
TGT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1D194TF 749 0 0
GG
AAGATTATAAGAGTGCTGAAGACAACAAAAAAAAAGAGCCAGAAAGAAAGAGAAGATCAT
TATTGCATAGAAATGGAGTGGAGGAAATGGTACTTAGATGCAGTTCTTGTTCCATGTGCT
CTACTTTTGATGTTTAGTTACCACATCTACCTGTGGTATAAAGTTCGAACCGAACCTTTC
TCTACCATCGTCGGGACTAATTCTCGTGCTCGTCGATCTTGGGTTGCCGCCATCATGAAG
GACAACGATAAGAAGAACATCTTAGCTGTACAAACACTACGAAACACGATAATGGGAGCG
ACGCTAATGGCCACAACTTGCATCCTCCTCTGCGCAGGTCTAGCCGCCGTTTTAAGTAGC
ACTTATAGCATCCAGAAACCACTAAATGACGCCGTATTTGGATCTCATGGTGACTTCACA
GTGGCACTCAAATACGTAACCATCCTCACAATATTCCTCTTCGTCTTCTTTTCTCATTCT
CTCTCCATCCGCTTCATCAACCAAGTCAATATCCTCATTAACTCTCCTCAAGATCCATCC
TCCGATGACTTTGGTGGAATCGGCAGCTTCGTGACTACTCCGGAGTATGTCTCTGAGCTA
CTTGAGAAAGCTTTCTT*CTAAACACGGTAGGTAATAG*TTGTTCTACATGGGCTTGCCT
TTGATGTTATGGATATTTGGACCCGTGCTTGTGTTCTTGAGCTCTGCGTTGATGGTTCCC
GTTCTTTATAACTTGGACTTTGTGTTT

QA 3 749 3 749
DS 

RD RR1D194JQ 775 0 0
CGTCGGGACTAATTCTCGTGCTCGTCGATCTTGGGTTGCCGCCATCATGAAGGACAACGA
TAAGAAGAACATCTTAGCTGTACAAACACTACGAAACACGATAATGGGAGCGACGCTAAT
GGCCACAACTTGCATCCTCCTCTGCGCAGGTCTAGCCGCCGTTTTAAGTAGCACTTATAG
CATCCAGAAACCACTAAATGACGCCGTATTTGGATCTCATGGTGACTTCACAGTGGCACT
CAAATACGTAACCATCCTCACAATATTCCTCTTCGTCTTCTTTTCTCATTCTCTCTCCAT
CCGCTTCATCAACCAAGTCAATATCCTCATTAACTCTCCTCAAGATCCATCCTCCGATGA
CTTTGGTGGAATCGGCAGCTTCGTGACTACTCCGGAGTATGTCTCTGAGCTACTTGAGAA
AGCTTTCTT*CTAAACACGGTAGGTAATAGGTTGTTCTACATGGGCTTGCCTTTGATGTT
ATGGATATTTGGACCCGTGCTTGTGTTCTTGAGCTCTGCGTTGATGGTTCCCGTTCTTTA
TAACTTGGACTTTGTGTTTTCGTCGGGCAATAAGGAGAAGTGTAAAGTGGATTGCCATGG
AGATTCTGATGATCACTTCTCTCCTTGATATTATATATGTTCATGGGGAAATATGTATAT
GATTAATAATAAACTTGTTGTTAATCTATAAGTCTTTCAAGTTGATTGTTGTTTGCTAAA
TGGTTTTTGGAAACCGGGTATTTTTATAACCGGATTTTCTATGAAGAAAATTTAA

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL3966Contig1 783 2 15 U
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TGAAACAAAGGATGGACGATTTTCTTTAGTTCAAACTTGACTAAACAATAAAGATTAAGA
AGTTACTCAAACGTCCACAGTGAGTTTGGTGTCAAGGTGAGTGAACTCTTGGAAGAAAGC
TTTGAAGTGGTCGTATGAATGCTTCACGTCGTCCGCAGCACACATTTCACGGATGCTATG
CATCGAGAGCTGAGGAGCTACAACATCAACCGTCCTTATCCCCACACTGCTTGCTAGGAT
TGGACCAATGGTCGATCCACAAGCCATATCATTACGTACCACGAAATCCTGAACAGGGAG
ATTATGTTTCTCTGCTATCTCTCTAAACACAAATGAAGTCACTGAATTAGTTGCGTAGCG
TTGATTTGCATTGTGTTTGATAACAAGCCCTCCATGCATCTTTGGCTGATAATTCTCATC
GTGTTTCTCCATAAAGTTTGGATGTAAAGCATGAGCCATATCAGCGGACACAAGCAAACT
TTTCTGAATAGCTTTCTTGAGCACCTTAGCGTCAGAGCTGAAGCAACTTGTGATGTGTGA
CATAGCATCAATCATGACAGGGGATCCAGCTCCTTGCGCTGAATTGGAACCAACTTCCTC
ATGATCAAATAATGCCACCATTCTTACTCCACCTTCTTCCTCTAGGTCACTTCCAGAGGA
CGTTGCATCTATAAGTGCCTTTAGAGAACAAAATGACATGCAGAGATTATCTAGCCTTCC
TGA


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1FA70JQ U 5
AF RR1FI56JQ U 1
BS 1 259 RR1FI56JQ
BS 260 260 RR1FA70JQ
BS 261 387 RR1FI56JQ
BS 388 388 RR1FA70JQ
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BS 471 471 RR1FA70JQ
BS 472 486 RR1FI56JQ
BS 487 487 RR1FA70JQ
BS 488 519 RR1FI56JQ
BS 520 520 RR1FA70JQ
BS 521 783 RR1FI56JQ

RD RR1FA70JQ 727 0 0
AA
ACCAAAGCGTCTTTATATTTATTGGAAACACCAATTTATTGTAAACACCAGTTCTGAAAC
AAAGGATGGACGATTTTCTTTAGTTCAAACTTGACTAAACAATAAAGATTAAGAAGTTAC
TCAAACGTCCACAGTGAGTTTGGTGTCAAGGTGAGTGAACTCTTGGAAGAAAGCTTTGAA
GTGGTCGTATGAATGCTTCACGTCGTCCGCAGCACACATTTCACGGATGCTATGCATCGA
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TTTCTCTGCTATCTCTCTGAACACAAATGAAGTCACTGCATTAGTTGCGTAGCGTTGATT
TGCATTGTGTTTGATAACAAGCCCTCCATGCATCTTTGGCTGATAATTCTCTTCGTGTTT
CTCCATAAAGTTTGGATGTAAAGCATGAGCCATATCAGCGGACACAAGCAAACTTTTCTG
AATCGCTTTCTTGAGCACCTTAGCGTCAGAGCTGAAGCAACTTGTGATGTGTGACATAGC
ATCAATCATGACAGGGGATCCAGCTCCTTGCGCTGAATTGGAACCAACTTCCTCATGATC
AAATAATGCCACCATTCTTATTCCACTTTCTTCCTCTAGGTCACTTCCAGAGGACGTTGC
ATCTA

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR1FI56JQ 783 0 0
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AGTTACTCAAACGTCCACAGTGAGTTTGGTGTCAAGGTGAGTGAACTCTTGGAAGAAAGC
TTTGAAGTGGTCGTATGAATGCTTCACGTCGTCCGCAGCACACATTTCACGGATGCTATG
CATCGAGAGCTGAGGAGCTCCAACATCAACCGTCCTTATCCCCACACTGCTTGCTAGGAT
TGGACCAATGGTCGATCCACAAGCCATATCATTACGTACCACGAAATCCTGAACAGGGAG
ATTATGTTTCTCTGCTATCTCTCTAAATACAAATGAAGTCACTGAATTAGTTGCGTAGCG
TTGATTTGCATTGTGTTTGATGACAAGTCCTCCATGCATCTTTGGCTGATGATTCTCATC
GTGTTTGTCCATAAAGTTTGGATGTAAAGCATGAGCCATGTCAGCGGACACAAGCAAACT
TTTCTGAATAGCTTTCTTGAGCACCTTAGCGTCAGAGCTGAAGCAACTTGTGATGTGTGA
CATAGCATCAATCATGACAGGGGATCCAGCTCCTTGCGCTGAATTGGAACCAACTTCCTC
ATGATCAAATAATGCCACCATTCTTACTCCACCTTCTTCCTCTAGGTCACTTCCAGAGGA
CGTTGCATCTATAAGTGCCTTTAGAGAACAAAATGACATGCAGAGATTATCTAGCCTTCC
TGA

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL3967Contig1 142 2 2 U
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ATAACTACTTAAATACATAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCAATTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW19JQ U 1
AF RR1A980JQ U 30
BS 1 123 RR1EW19JQ
BS 124 142 RR1A980JQ

RD RR1EW19JQ 123 0 0
GACAACGAAGAACCGAAGATATATTTGCAGAAAATGAACCAATATTTGATAATTGTAAAG
ATAACTACTTAAATACATAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCT

QA 1 123 1 123
DS 

RD RR1A980JQ 113 0 0
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CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATTAA

QA 1 113 1 113
DS 



AS 1 3

CO CL3968Contig1 1327 3 5 U
GAAAATCTTCACCTTCTTCATCGGTTGCCAAATCGGAGATGGCGACTTCTATGGTCTCTC
CTCTTACTCCACATCTCAACAACGAAGCTCTCTGTTCCAAGTCTGTGCTTCGCAACTCAC
CCTTCATGTCGGGATCTACTAAGCTCTTCTCCTCGAACATGCCTTGCTCTTCTGTCCCTC
AACGCACAAGAAGATCACACTGCTTCGCTTCTGCTAAAAACATGAGCTTTGACCACATCC
CCAAGCAGTTTCGAGGAGACAATCCCAAAGACGGAGTGATGCAAAACTTCAAGAATGTAC
CGCAATACTTCTACGGGCTTAACCCAGCTCAAATGGATATGTTCATGACCGAGGATAGCC
CTGTCCGTAGGCAAGCGGAAAAAGTTACTGAGGAAAGCATCTCGTCTAGAAGAAATTATT
TAGACAATGGAGGGACATGGAGTATGTCTGGTATGAATGTAGCAGATCCTAGAAGATATA
GCATGAGTGTCCAAATGTACAGAGGTGGAGGAGGCGGCGGTGGAGGATCTGCAAGACCAA
GAACTGCTCCTCCAGATTTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTAGGATCTGCTATCTTGGCA
TGCCTATTGTTCCTGCAGTTACTGAGTTACTCGTTGCACAGTTTATGTGGTTAGACTATG
ATAACCCAGCAAAGCCCATCTACCTATACATAAACTCACCTGGGACTCAGAATGAGAAGA
TGGAGACTGTTGGGTCAGAAACAGAGGCTTATGCCATAGCTGACACCATTTCTTATTGCA
AATCAGATGTATACACAATCAATTGTGGAATGGCTTTTGGTCAAGCAGCAATGCTTCTTT
CTCTTGGTAAAAAGGGTTATCGTGCCGTACAACCACATTCATCAACAAAACTATATCTGC
CAAAAGTAAACAGATCGAGTGGAGCTGCCATAGATATGTGGATAAAGGCCAAGGAACTTG
ATGCAAATACAGAGTATTGCATCGAGCTGTTAGCTAAGGGAACAGGTAAATCCAAAGAGC
AGATCAACGAGGACATCAAGCGACCGAAATATCTCCAAGCACAAGCAGCCATTGACTATG
GAGTCGCAGACAAGATAGCTGACTCTCAGGATAGTTCCTTTGAGAAACGGGATTACGATG
GGTCTCTTGCCCAGAGAGCCATGGGAAGACCTGGAGGAGGCAATCCAACAGCTTCAGCAG
GACTTAGATGATCAGTTAATTCACACTTACAAATGTTTGAATCTCAATTTGCTTAGTCAC
TCTGGAATATGTAGCTGTTACAGTCTGTAAGCAAACACGTGTAGTATTAACATACAAAAG
TGTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BF49TF U 1
AF RR1H467TF U 340
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G
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BQ
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AF RR1D807JQ C 1
AF RR1D970TF U 8
AF RR1D807TF U 1
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DS 

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GG
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GCACCGTCGTCTCCTTACACCAAACCCAGTTGCAAAGATGCTCTTAAACTCAAGGTATGC
GCCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGATTTCTCTACCAGAAAAGACCGAATGTTGCGCCCTT
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TAATCCGTTACATGTTTTATTGATGAAATAATAAAGGTGTTTTTGTTC

QA 10 657 10 657
DS 



AS 1 2

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GGTCCTCAGCATCAGAGAATGGACCAAAATGCTCTTAACCTCTGGCTTGATAGAGCCTCA
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CTCCAACCTGGCTACACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCA
CATCCAGGCTTCCATGATGAAGTGGACATAGAATTTTTGGGGACAACATTTGGAAAACCA
TACACACTTCAGACAAATGTGTACATTAGTGGAAGTGGTGATGGCAAAATTATTGGTCGT
GAAATGAAGTATCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCAGGTTTTCACCATTATGCTATTCTT
TGGAACCCTAAAGAAATCATATTTTTGGTAGATGATATTCCAATAAGAAGATACCCAAAG
AAGAGTGCGGCCACATTTCCTTTAAGACCAATGTGGCTTTATGGTTCCATATGGGACGCT
TCTTCTTGGGCAACGGAAGATGGTAAATACAAAGCCGACTATAAATATCAACCTTTTACT
GCCAAATACACCAACTTTAAAGCCATCGGTTGTACTGCTTATTCGTCAGTATGGTGCCAT
CCCGTGTCGGCTTCACCATACCGTTTTGGTGGGTTAACACGAAAGCAATACCAAGCTATG
AGATGGGTTCAAACACATAGCATGGTATACGACTATTGCAAAGATTATAAGCGAGACCAC
TCTCTAACGCCGGAATGTTGGCGTTAGGAAAAAATCCAGGGCAGTTTCGAAGTTCCAGAA
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TACTATATTATTGTGGTTTTTGTTTCACAAAATAAAAGTTCTTTTTTTTTGCTTATAATC
GTTGTGTAATGTGTAAATGTTTCAAATACAATGTTGTTGATCAACTTTGAATCATAAAAA
AAATTGTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DL82TF U 1
AF RR1CC05JQ C 562
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QA 1 769 1 769
DS 

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TCAAATACAATGTTGTTGATCAACTTTGAATCATAAAAAAAATTGTTCG

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

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CAGATGTGTTGAGGCTTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS71TF U 1
AF RR1FN48TF U 23
BS 1 73 RR1GS71TF
BS 74 74 RR1FN48TF
BS 75 150 RR1GS71TF
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RD RR1GS71TF 510 0 0
GGATAGCTTCCACCGAGAAAGATTGTTCCTGTCTCCGACGACAAACCAGACCTACGTGCG
ACAGATAGAGGGAGAGAAAAATGGGTTTCTTCTCGTTTCTCGGAAGAGTTCTCTTCGCTT
CTCTATTCATCCTCTCCGCTTGGCAAATGTTTAGTGACTTTGGATCTGACGGTGGTCCAG
CAGCTAAAGAGTTGACTCCAAAGCTTCACCTGACCAAAGCACATCTCCCTTCCAGATTAG
GAGTAGCATTGCCCGACATTGAGGTGAAACAAGTCGTATGGGCAATTGTTGCTCTGAAAG
GACTCGGAGGCTTACTCTTTGTTGTTGGCAACGTCTTTGGTGCCTATCTTCTGGCTTTCT
ACTTGGTGGTCGTTAGCCCCATCTTATATGATTTCTACAACTATGGACCTCAGGACCGCG
AGTTCTCTCTTCTCTTTACTGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCGCTTCTTGGGGCATTGCTGT
TTTTTATCGGAATGAAGAATGCAACGACAA

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1FN48TF 599 0 0
GG
GTTCCTGTCTCCGACGACAAACCAGACCTACGTGCGACAGATAGAGGGACAGAAAAATGG
GTTTCTTCTCGTTTCTCGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTATTCATCCTCTCCGCTTGGC
AAATGTACAGTGACTTTGGATCTGACGGTGGTCCAGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCAAAGC
TTCACCTGACCAAAGCACATCTCTCTTCCAGATTAGGAGTAGCATTGCCCGACATTGAGG
TGAAACAAGTCGTATGGGCAATTGTTGCTCTGAAAGGACTCGGAGGCTTACTCTTTGTTG
TTGGCAACGTCCTTGGTGCCTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTCGTTAGCCCCATCT
TATATGATTTCTACAACTATGGACCTCAGGACCGCGAGTTCTCTCTTCTCTTTACTGAGT
TTTTGCAGAGCGTTACGCTTCTTGGGGCATTGCTGTTTTTTATCGGAATGAAGAATGCAA
CGACAACCTCCTCCTCCTCCTCCTCCCAGAGGAACCTGAAGAAGAGGATACCCAAGCCTA
AAGCTGCTTAGAGTTCTTCTTCTAGTCTCTTCCGCACAGATGTGTTGAGGCTTTTAG

QA 3 599 3 599
DS 



AS 1 3

CO CL3972Contig1 1102 3 3 U
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AAAAAAACAATGAGCAATCTAGTTAATGCCTTAAGTGGGAGATTATGTTCAGTATGTACA
AGACCATACTCTCAAGAACTAAACATACTAGGTTAGTAAAAAGAACAAACATGTTAAATA
TATTTCTTCTTAACAGAGGAAACAGAGCTTAAAAAACCCAATATTTCTTCTTCTTCTTCC
CCTCCGGTTCAGGCAGCTCTCCTTCAGGATAGATTGAATTGTAATGAACCTCAGCCCAAA
AGCTTAAACATATAAGGCGGTTGGACTTCTGCAAATGAGGCAAGATCTCAATGTAACATG
TATTCTTGAATGAAGTTATCACAAACATCCGAACACCATACCAATCAGCAGCAGCCTGTA
AAGTAACGTGATCACCCCATTCTCCATTCCGTTTCATTGTTTTAAGATAGTCAGTGTACG
CCATTGGAACATAGCCTTCATACATCTCTCTATTATACGCAAGCTGATTGACAACTTGTT
CTCTGACAAAGTTATGGTGCTCTGGAGAGCGGTAAAGCTGATCCGATAGTGACCGAAACT
GGCAGTTTCCGTCTCCTTGAATCTTGTTCTCCACCAAGCCATAAAGCTGTAGTCTCTGAA
AAAGCCGTTCATGATCAGAAACCTGCTCATCCTCTGATGGTAACTCCCCATTGATTTTCG
GCACATGAGCAATAGGTATCATTTGGTTGAGTCGCTTCCCAACCTCCGAATCCAAAGACC
AAGATTCTTCCTCTATCTCCACAGAACAATCCGAGTCATAATCATCCTCCATGTCACTTT
CACGAGAAATATCAATAGCTTCCCCTTGATTATTATCCTGCCCTTGATGATGAGTGTGAG
GCCACTCCTGTGAAACAACAGGATTATCACTACTGAGCCTCAAATCAGATTCCTCTGCTC
GTTCAACTCTAGACAGTTCGTCTTGGTAAAACTGAGCTATAACGGCATCATTGTCTACAT
AACCAGTGAGAGGCTGGTTATAACCTTCTCTAACATAGCCTTGAGCAGCGACAGCATCAT
CCGTCGTCCCGTAAAGCGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G161JQ U 1
AF RR1BM81JQ U 36
AF RR1BM81TF C 395
BS 1 720 RR1G161JQ
BS 721 733 RR1BM81JQ
BS 734 1102 RR1BM81TF

RD RR1G161JQ 720 0 0
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AAAAAAACAATGAGCAATCTAGTTAATGCCTTAAGTGGGAGATTATGTTCAGTATGTACA
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AGCTTAAACATATAAGGCGGTTGGACTTCTGCAAATGAGGCAAGATCTCAATGTAACATG
TATTCTTGAATGAAGTTATCACAAACATCCGAACACCATACCAATCAGCAGCAGCCTGTA
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QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1BM81JQ 698 0 0
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TGGGAGATTATGTTCAGTATGTACAAGACCATACTCTCAAGAACTAAACATACTAGGTTA
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GAATTGTAATGAACCTCAGCCCAAAAGCTTAAACATATAAGGGGGTTGGACTTCTGCAAA
TGAGGCAAGATCTCAATGTAACATGTATTCTTGAATGAAGTTATCACAAACATCCGAACA
CCATACCAATCAGCAGCAGCCTGTAAAGTAACGTGATCACCCCATTCTCCATTCCGTTTC
ATTGTTTTAAGATAGTCAGTGTACGCCATTGGAACATAGCCTTCATACATCTCTCTATTA
TACGCAAGCTGATTGACAACTTGTTCTCTGACAAAGTTATGGTGCTCTGGAGAGCGGTAA
AGCTGATCCGATAGTGACCGAAACTGGCAGTTTCCGTCTCCTTGAATCTTGTTCTCCACC
AAGCCATAAAGCTGTAGTCTCTGAAAAAGCCGTTCATGATCAGAAACCTGCTCATCCTCT
GATGGTAACTCCCCATTGATTTTCGGCACATGAGCAAT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1BM81TF 708 0 0
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CATTGTTTTAAGATAGTCAGTGTACGCCATTGGAACATAGCCTTCATACATCTCTCTATT
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AAGCTGATCCGATAGTGACCGAAACTGGCAGTTTCCGTCTCCTTGAATCTTGTTCTCCAC
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TGATGGTAACTCCCCATTGATTTTCGGCACATGAGCAATAGGTATCATTTGGTTGAGTCG
CTTCCCAACCTCCGAATCCAAAGACCAAGATTCTTCCTCTATCTCCACAGAACAATCCGA
GTCATAATCATCCTCCATGTCACTTTCACGAGAAATATCAATAGCTTCCCCTTGATTATT
ATCCTGCCCTTGATGATGAGTGTGAGGCCACTCCTGTGAAACAACAGGATTATCACTACT
GAGCCTCAAATCAGATTCCTCTGCTCGTTCAACTCTAGACAGTTCGTCTTGGTAAAACTG
AGCTATAACGGCATCATTGTCTACATAACCAGTGAGAGGCTGGTTATAACCTTCTCTAAC
ATAGCCTTGAGCAGCGACAGCATCATCCGTCGTCCCGTAAAGCGTCCC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 3

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GCACTTGTCCTAGCTTTTGCAGTTCCTCTGAAAGCCCAAGACAGGCAACAAGATTACCTC
GATGTTCACAACCGTGCTCGTGCCGCTGTTGGTGTGGCTCCGATAAGATGGCATGCGGAT
GTGGCGGAATACGCCCGACGATATGCTCTGCAAAGGCGAGGGGACTGTCGTCTGACTCAC
TCAGGCGGGCGTTACGGCGAAAACT***CAGGAAGCAGTCGTGATCTGTCTGGAGCTGAC
GCAGTGAGGTTGTGGGTCAACGAGAAGAACGACTACTTCTACAATTCGAACACTTGTCGT
TCCGGAAAAGCATGTGGTCACTATACTCAAGTTGTGTGGAGAAGCTCGGTGTGGGTTGGA
TGTGCCAAAGTCAGGTGTAATAGTGGTGGAACTTTCATCGCTTGCAGCTATGATCCTCCT
GGTAATATTAGGGGCCGTAGGCCTTACTAAGAATATATATATGTACGCAAATAAATAAAA
CATGTCCATAGAGGACGTACGTGTGTGTGTTGTTTTTATCTTTCAAATAATGATTATCAT
CTACCACTACTAGGATATGGTGATTCGATAACGTTCGTGTGTTGGTTGCATAATATTTTG
TGATGGGATAATACATTGATAAATAGTTGTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DZ67TF U 1
AF RR1EN11TF U 4
AF RR1EN11JQ C 92
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BS 126 126 RR1EN11TF
BS 127 233 RR1DZ67TF
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BS 370 387 RR1DZ67TF
BS 388 694 RR1EN11TF

RD RR1DZ67TF 387 0 0
GGATCCAACCAAGAAAAAAGTATGAAGATCTCTTCTCAAACTCTAGTTTTCGTGACTATA
GCACTTGTCCTAGCTTTTGCAGTTCCTCTGAAAGCCCAAGACAGGCAACAAGATTACCTC
GATGTGCACAACCGTGCTCGTGCCGCTGTTGGTGTGGCTCCGATAAGATGGCATGCGGAT
GTGGCGGAATACGCCCGACGATATGCTCTGCAAAGGCGAGGGGACTGTCGTCTAACTCAC
TCAGGCGGGCGTTACGGCGAAAACTTGGCAGGAAGCAGTCGTGATCTGTCTGGAGCTGAC
GCA*TGAGGTTGTGGGTCAACGAGAAGAACGACTACTTCTACAATTC*AACACTTGTCGT
TCCGGAAA*GCATGTGGTCACTATACT

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR1EN11TF 691 0 0
GG
CAACCAAGAAAAAAGTATGAAGATCTCTTCTCAAACTCTAGTTTTCGTGACTATAGCACT
TGTCCTAGCTTTTGCAGTTCCTCTGAAAGCCCAAGACAGGCAACAAGATTACCTCGATGT
TCACAACCGTGCTCGTGCCGCTGTTGGTGTGGCTCCGATAAGATGGCATGCGGATGTGGC
GGAATACGCCCGACGATATGCTCTGCAAAGGCGAGGGGACTGTCGTCTGACTCACTCAGG
CGGGCGTTACGGCGAAAACT***CAGGAAGCAGTCGTGATCTGTCTGGAGCTGACGCAGT
GAGGTTGTGGGTCAACGAGAAGAACGACTACTTCTACAATTCGAACACTTGTCGTTCCGG
AAAAGCATGTGGTCACTATACTCAAGTTGTGTGGAGAAGCTCGGTGTGGGTTGGATGTGC
CAAAGTCAGGTGTAATAGTGGTGGAACTTTCATCGCTTGCAGCTATGATCCTCCTGGTAA
TATTAGGGGCCGTAGGCCTTACTAAGAATATATATATGTACGCAAATAAATAAAACATGT
CCATAGAGGACGTACGTGTGTGTGTTGTTTTTATCTTTCAAATAATGATTATCATCTACC
ACTACTAGGATATGGTGATTCGATAACGTTCGTGTGTTGGTTGCATAATATTTTGTGATG
GGATAATACATTGATAAATAGTTGTTTGC

QA 3 691 3 691
DS 

RD RR1EN11JQ 603 0 0
AAGCCCAAGACAGGCAACAAGATTACCTCGATGTTCACAACCGTGCTCGTGCCGCTGTTG
GTGTGGCTCCGATAAGATGGCATGCGGATGTGGCGGAATACGCCCGACGATATGCTCTGC
AAAGGCGAGGGGACTGTCGTCTGACTCACTCAGGCGGGCGTTACGGCGAAAACT***CAG
GAAGCAGTCGTGATCTGTCTGGAGCTGACGCAGTGAGGTTGTGGGTCAACGAGAAGAACG
ACTACTTCTACAATTCGAACACTTGTCGTTCCGGAAAAGCATGTGGTCACTATACTCAAG
TTGTGTGGAGAAGCTCGGTGTGGGTTGGATGTGCCAAAGTCAGGTGTAATAGTGGTGGAA
CTTTCATCGCTTGCAGCTATGATCCTCCTGGTAATATTAGGGGCCGTAGGCCTTACTAAG
AATATATATATGTACGCAAATAAATAAAACATGTCCATAGAGGACGTACGTGTGTGTGTT
GTTTTTATCTTTCAAATAATGATTATCATCTACCACTACTAGGATATGGTGATTCGATAA
CGTTCGTGTGTTGGTTGCATAATATTTTGTGATGGGATAATACATTGATAAATAGTTGTT
TGC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 3

CO CL3974Contig1 796 3 2 U
GGATAAAAGGACCACACAAAAAAAAGAGCACAAAGCAAAGAAATCATAAGAAAAAGATGA
AAACAGCCCGTGCAATCACAATATTCCCATTGATGATATCTTTATTGCTCATTGCAATAA
CAGCTTCTGGTGTTATTGACAGCGATGTAGTGCTTGATTCAAACGGGGATCCGGTACGGG
CCTTTGCTCCATATTTTGTCGAGGTTCGGACTCCCCAAGGAATAAAAGCAAATATTTCCG
AATACGGAAGCGATGTAAATCATGCCTTGTCATGCCCACAAAGAGTGGTAGCGTACTCTG
ATGAAGTTATGGGCATAGCCAAACCAGTTATATTTCTATTTTCAACACATTTCGTGCGTG
TATCGGCAGAGCTTAGCATCAGGTTCGCATGGGAAACTGAATGCGATGAGTCCGGAGTCT
GGAGAGTGGCAGATAGCAGAGATAGCTCATCGCCAACCAAAGAAATATTCCTGTCGGGAA
CGGATTCTAGCAGTGACAGCACCTTCATCATCAAGAAATCTGAGAACGGATCTTACAAGT
TTGCTTTTGGAAGTTCTAACAAACCACAAGATATCGGTTTAGATGAGATACGTTATGGTG
TGTGGAGGTTGATATTGTCGAACAACTCTGGATTTAGTGTTTCTTTCGTCCCGGAGTAAT
GTTCCCACTTTTACCGGCTACTCCTTGTGTCCTCTTCTTTTTTTTTTCTGTTTTTTTTTA
ACTTTAAATCAAATGAACGTTTGGGTTCCCTTTTTCTTTTGATGTGATTACGAAAAAAAC
AATAATGATAATATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV86TF U 24
AF RR1CC06TF U 1
AF RR1CC06JQ C 87
BS 1 698 RR1CC06TF
BS 699 796 RR1CC06JQ

RD RR1EV86TF 470 0 0
AAGAGCACAAAGCAAAGAAATCATAAGAAAAAGATGAAAACAGCCCGTGCAATCACAATA
TTCCCATTGATGATATCTTTATTGCTCATTGCAATAACAGCTTCTGGTGTTATTGACAGC
GATGTAGTGCTTGATTCAAACGGGGATCCGGTACGGGCCTTTGCTCCATATTTTGTCGAG
GTTCGGACTCCCCAAGGAATAAAAGCAAATATTTCCGAATACGGAAGCGATGTAAATCAT
GCCTTGTCATGCCCACAAAGAGTGGTAGCGTACTCTGATGAAGTTATGGGCATAGCCAAA
CCAGTTATATTTCTATTTTCAACACATTTCGTGCGTGTATCGGCAGAGCTTAACATCAGG
TTCGCATGGGAAACTGAATGCGATGAGTCCGGAGTCTGGAGAGTGGCAGATAGCAGAGAT
AGCTCATCGCCAACCAAAGAAATATTCCTGTCGGGAACGGATTCTAGCAG

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1CC06TF 698 0 0
GGATAAAAGGACCACACAAAAAAAAGAGCACAAAGCAAAGAAATCATAAGAAAAAGATGA
AAACAGCCCGTGCAATCACAATATTCCCATTGATGATATCTTTATTGCTCATTGCAATAA
CAGCTTCTGGTGTTATTGACAGCGATGTAGTGCTTGATTCAAACGGGGATCCGGTACGGG
CCTTTGCTCCATATTTTGTCGAGGTTCGGACTCCCCAAGGAATAAAAGCAAATATTTCCG
AATACGGAAGCGATGTAAATCATGCCTTGTCATGCCCACAAAGAGTGGTAGCGTACTCTG
ATGAAGTTATGGGCATAGCCAAACCAGTTATATTTCTATTTTCAACACATTTCGTGCGTG
TATCGGCAGAGCTTAGCATCAGGTTCGCATGGGAAACTGAATGCGATGAGTCCGGAGTCT
GGAGAGTGGCAGATAGCAGAGATAGCTCATCGCCAACCAAAGAAATATTCCTGTCGGGAA
CGGATTCTAGCAGTGACAGCACCTTCATCATCAAGAAATCTGAGAACGGATCTTACAAGT
TTGCTTTTGGAAGTTCTAACAAACCACAAGATATCGGTTTAGATGAGATACGTTATGGTG
TGTGGAGGTTGATATTGTCGAACAACTCTGGATTTAGTGTTTCTTTCGTCCCGGAGTAAT
GTTCCCACTTTTACCGGCTACTCCTTGTGTCCTCTTCT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CC06JQ 710 0 0
CCATTGATGATATCTTTATTGCTCATTGCAATAACAGCTTCTGGTGTTATTGACAGCGAT
GTAGTGCTTGATTCAAACGGGGATCCGGTACGGGCCTTTGCTCCATATTTTGTCGAGGTT
CGGACTCCCCAAGGAATAAAAGCAAATATTTCCGAATACGGAAGCGATGTAAATCATGCC
TTGTCATGCCCACAAAGAGTGGTAGCGTACTTTGATGAAGTTATGGGCATAGCCAAACCA
GTTATATTTTTATTTTCAACACATTTCGTGCGTGTATCGGCAGAGCTTAGCATCAGGTTC
GCATGGGAAACTGAATGCGATGAGTCCGGAGTTTGGAGAGTGGCAGATAGCAGAGATAGC
TCATCGCCAACCAAAGAAATATTCCTGTCGGGAACGGATTCTAGCAGTGACAGCACCTTC
ATCATCAAGAAATCTGAGAACGGATCTTACAAGTTTGCTTTTGGAAGTTCTAACAAACCA
CAAGATATCGGTTTAGATGAGATACGTTATGGTGTGTGGAGGTTGATATTGTCGAACAAC
TCTGGATTTAGTGTTTCTTTCGTCCCGGAGTAATGTTCCCACTTTTACCGGCTACTCCTT
GTGTCCTCTTCTTTTTTTTTTCTGTTTTTTTTTAACTTTAAATCAAATGAACGTTTGGGT
TCCCTTTTTCTTTTGATGTGATTACGAAAAAAACAATAATGATAATATTT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 3

CO CL3975Contig1 1180 3 9 U
GGCTCCTCTCCCTGTTTCTCATATCTTCTCTCTCAGCGTGCTCTCTCCTCTCTCGCTGAT
CTTTGCTCAGGCGTTCTTTGTGTCGATCAAGAGTGAAGGAAAAAAAGATGAATCATTGCA
ACTTCCAGCAGCAGAACGCCTTCATGTCTCGCGAGGAGATGATGGGATTCGAACGCAAGG
ATCTCGTCGTTTGTCCTAAGCCACGACGTGTTGTTGGATGCTTACTCACCAACAACCTCA
TGCGCCCTCTCAGATTACACATGAGTCAAGCTGCTGCTGATTTGTGTGATTCCAAAGCTG
GTGCTGAGCTTTTAGACATCATTCGTAGAAAGGAGGATAATAATAATAACGGACCAATAG
GGCAGTTACTATCATCATCACCTGTATCTTCATCACCGTATTTTCCCGGTTCACCTCCGA
GCAGAGCAGCGAACCCATTAGCTCAAGATGCTCGCTTTCGCGACGTCGAGAAACTCAGTC
CCGTCTCACCAAACTCTCCTTTCCTTCAGCCCAACTCAGCAACCGCGTTTCCATCTCCAT
CAGCTTCTTCTTCGTCTTCTTCGTCAGCATCATCGTCTCGTGGCTGCGTTAGGATGAAAT
TTGGGCTCAAACCACCTGCGGTTAGAGTTGAAGGATTCGAATGCTTGAACCAAAACTCGG
GCATTCCTGCCATGGCTTAAAGTAGACAAGACGAGACGGACAAGTGTGTATATAGAGATT
CCATCGTTTTTTCACCACCAGGGGGGCCTAACAGAAGAGAAGGATTTGATTACTAGTACG
ACCACCACCATTTTGAAGCAAATGAAATATTGTGAAATATTTTAGTGTTTTAATCATCAT
CTTTTCCTGAGAGAGTGAGAGGGAGGAGGAAGATGAAGATCAGTTACCGTTTGCCTGTGT
TTTGTTGACTTATTATTCAGGTTAGTCTTTTGTATATAAAGAGTCCAAATCTATGTATTC
GTTTTGGTGTTTTTTTTTTTGGCTCAGGCTGATCTTTTTAATGTTTAATTAAGGGGAAGA
TTTAGGAGAATCTGTAAAATATAATCGAATCATTTTTTCCACCATTGTATTTGTATATAG
TAATGTGTCTCTTTAACTTTGTTTGAGGGAGTTTAAGCTCTCTCACAAACACCTTTGTAT
TTGTATTTTGGTGTGTATATTAATGCCTTCTTGTTATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BK31TF U 1
AF RR1C016TF U 19
AF RR1C016JQ C 580
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BS 689 689 RR1C016TF
BS 690 697 RR1BK31TF
BS 698 698 RR1C016TF
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BS 716 727 RR1C016TF
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RD RR1BK31TF 715 0 0
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CTTTGCTCAGGCGTTCTTTGTGTCGATCAAGAGTGAAGGAAAAAAAGATGAATCATTGCA
ACTTCCAGCAGCAGAACGCCTTCATGTCTCGCGAGGAGATGATGGGATTCGAACGCAAGG
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TGCGCCCTCTCAGATTACACATGAGTCAAGCTGCTGCTGATTTGTGTGATTCCAAAGCTG
GTGCTGAGCTTTTAGACATCATTCGTAGAAAGGAGGATAATAATAATAACGGACCAATAG
GGCAGTTACTATCATCATCACCTGTATCTTCATCACCGTATTTTCCCGGTTCACCTCCGA
GCAGAGCAGCGAACCCATTAGCTCAAGATGCTCGCTTTCGCGACGTCGAGAAACTCAGTC
CCGTCTCACCAAACTCTCCTTTCCTTCAGCCCAACTCAGCAACCGCGTTTCCATCTCCAT
CAGCTTCTTCTTCGTCTTCTTCGTCAGCATCATCGTCTCGTGGCTGCGTTAGGATGAAAT
TTGGGCTCAAACCACCTGCGGTTAGAGTTGAAGGATTCGAATGCTTGAACCAAAACTCGG
GCATTCCTGCCATGGCTTAAAGTAGACA*GACGAGACAGACA*GTGTGTATATAG

QA 1 715 1 715
DS 

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GG
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TGTCGATCAAGAGTGAAGGAAAAAAAGATGAATCATTGCAACTTCCAGCAGCAGAACGCC
TTCATGTCTCGCGAGGAGATGATGGGATTCGAACGCAAG*ATCTCGTCGTTTGTCCTAAG
CCACGACGTGTTGTTGGATGCTTACTCACCAACAACCTCATGCGCCCTCTCAGATTACAC
ATGAGTCAAGCTGCTGCTGATTTGTGTGATTCCAAAGCTGGTGCTGAGCTTTTAGACATC
ATTCGTAGAAAGGAGGATAATAATAATAACGGACCAATAGGGCAGTTACTATCATCATCA
CCTGTATCTTCATCACCGTATTTTCCCGGTTCACCTCCGAGCAGAGCAGCGAACCCATTA
GCTCAAGATGCTCGCTTTCGCGACGTCGAGAAACTCAGTCCCGTCTCACCAAACTCTCCT
TTCCTTCAGCCCAACTCAGCAACCGCGTTTCCATCTCCATCAGCTTCTTCTTCGTCTTCT
TCGTCAGCATCATCGTCTCGTGGCTGCGTTAGGATGAAATTTGGGCTCAAACCACCTGCG
GTTAGAGTTGAAGGATTCGAATGCTTGAACCAAAACTCGGGCATTCCTGCCATGGCTTAA
AGTAGACAAGACGAGACGGACAAGTGTGTATATAGAGATTCCATCGT

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR1C016JQ 601 0 0
GTGGCTGCGTTAGGATGAAATTTGGGCTCAAACCACCTGCGGTTAGAGTTGAAGGATTCG
AATGCTTGAACCAAAACTCGGGCATTCCTGCCATGGCTTAAAGTAGACAAGACGAGACGG
ACAAGTGTGTATATAGAGATTCCATCGTTTTTTCACCACCAGGGGGGCCTAACAGAAGAG
AAGGATTTGATTACTAGTACGACCACCACCATTTTGAAGCAAATGAAATATTGTGAAATA
TTTTAGTGTTTTAATCATCATCTTTTCCTGAGAGAGTGAGAGGGAGGAGGAAGATGAAGA
TCAGTTACCGTTTGCCTGTGTTTTGTTGACTTATTATTCAGGTTAGTCTTTTGTATATAA
AGAGTCCAAATCTATGTATTCGTTTTGGTGTTTTTTTTTTTGGCTCAGGCTGATCTTTTT
AATGTTTAATTAAGGGGAAGATTTAGGAGAATCTGTAAAATATAATCGAATCATTTTTTC
CACCATTGTATTTGTATATAGTAATGTGTCTCTTTAACTTTGTTTGAGGGAGTTTAAGCT
CTCTCACAAACACCTTTGTATTTGTATTTTGGTGTGTATATTAATGCCTTCTTGTTATTT
G

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 3

CO CL3976Contig1 1319 3 5 U
GCACATGATAAAGAAAAGATACCAGCAAATGACGAAACAAAAAGAAAAAGATAAGGCTTT
AGTGTTACTACAACAACCTCACTGGCCTTATCTTTTTTTTTCTTCTCCTTCCTTACTCTC
TCGATCAATGGCTTCTCTTTTTTCTTTTTCTTCTCTCCTTCAACCAAAAGTCTCTGTTTC
TTCTCCCCTTAGACCAAAAGCTGTAAAGACTTCGATTTCAGCCCCTCAGACACAGACAAT
AACGGAAGGACTTGAAGAAAAATTCGGACGAAAAGGCATAAAATTCTCGGAACCAAACAT
GGTCGAGCTCAAGGTCAGAAACGGAAGCTCTTTAAAGCTGAGTCTATCGGACGCTCATGT
TGTTTCATATCAACCAAAAGTGTACTGGAAAGACGATGGGTTCGAGGAAGTCCTTTACAC
AGTAGAGGACGGTAATAAAACCAGAGGCGGGGTTGGTCTTGTCATCATAAACGAAGAAGA
AAAAGCTTCTTCAGTACTATCAGGTTGTAATTGGACTGTTAAAGACACTGATTCAGACGC
CATTGACGCTATTCAGATTGAATTGAGCTGCACGGCAGGATTTCTCGACATAACCTACAT
CGTCTCTCTCTATCCAGTAAGCATAGCAACAGCAGTGGTGGTGAAGAACAACGGTCGCAA
ACCGGTTTCCCTTAAACCGGGGATTATAAGTTCCTTGAGATTCAAGAAACGGAGTGGTGC
TGGAATTCAAGGGCTTAAAGGCTGCTCCTATTGTCCCAGTCCTCCATTATCTTCGCCTTT
CGAGCTACTGTCTCCTTCTGAGGCAATGAAGGCGGACTCTTCCGGGTGGTTCGGGTCAGA
AGATGGGGAAAAACCAGGGATTTGGGCAGTTGAAGACTCTGTTATTACACTTCTTGAGAA
GAAGATGAGTAGAGTCTATGGTGCCCATCCGGCTGAGAGACTTAAGGCCGTCTATAACAC
TCCACCTTCTAAATATGAAACCATTGATCAGGGACGAGGATTGTTCTTCAGGATGATAAG
GATGGGGTTCGAGGACATGTACGTGGGATCTCCAGGATCAATGTGGGACAAGTTTGGGAA
GCAACAATATTTTGTGTGCACGGGTCCTGCATCTATGCTCGTTTCCATTGATGTTGGTGC
CGGTGAAACCTGGAGAGGAGCAATGGTAATTGAACATGATAATTTGTAAACTTCTTTTAC
TATATATCTATCATCTTTATTTTCTTACTTATTTTTGTCATTCTGCAACAAATATGATGT
TGTTTCACATTGTATATATGAAAAGTCACAACTACAAGTGCATTCCTCATTTTCTATGC


BQ
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CR71TF U 1
AF RR1BO76TF U 93
AF RR1CR71JQ C 599
BS 1 179 RR1CR71TF
BS 180 180 RR1BO76TF
BS 181 701 RR1CR71TF
BS 702 736 RR1BO76TF
BS 737 1319 RR1CR71JQ

RD RR1CR71TF 707 0 0
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AGTGTTACTACAACAACCTCACTGGCCTTATCTTTTTTTTTCTTCTCCTTCCTTACTCTC
TCGATCAATGGCTTCTCTTTTTTCTTTTTCTTCTCTCCTTCAACCAAAAGTCTCTGTTT*
TTCTCCCCTTAGACCAAAAGCTGTAAAGACTTCGATTTCAGCCCCTCAGACACAGACAAT
AACGGAAGGACTTGAAGAAAAATTCGGACGAAAAGGCATAAAATTCTCGGAACCAAACAT
GGTCGAGCTCAAGGTCAGAAACGGAAGCTCTTTAAAGCTGAGTCTATCGGACGCTCATGT
TGTTTCATATCAACCAAAAGTGTACTGGAAAGACGATGGGTTCGAGGAAGTCCTTTACAC
AGTAGAGGACGGTAATAAAACCAGAGGCGGGGTTGGTCTTGTCATCATAAACGAAGAAGA
AAAAGCTTCTTCAGTACTATCAGGTTGTAATTGGACTGTTAAAGACACTGATTCAGACGC
CATTGACGCTATTCAGATTGAATTGAGCTGCACGGCAGGATTTCTCGACATAACCTACAT
CGTCTCTCTCTATCCAGTAAGCATAGCAACAGCAGTGGTGGTGAAGAACAACGGTCGCAA
ACCGGTTTCCCTTAAACCGGGGATTATAAGTTCCTTGAGAT
CAGAAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1BO76TF 644 0 0
TTTTTTTTTCTTCTCCTTCCTTACTCTCTCGATCAATGGCTTCTCTTTTTTCTTTTTCTT
CTCTCCTTCAACCAAAAGTCTCTGTTTCTTCTCCCCTTAGACCAAAAGCTGTAAAGACTT
CGATTTCAGCTCCTCAGACACAGACAATAACGGAAGGACTTGAAGAAAAATTCGGACGAA
AAGGCATAAAATTCTCGGAACCAAACATGGTCGAGCTCAAGGTCAGAAACGGAAGCTCTT
TAAAGCTGAGTCTATCGGACGCTCATGTTGTTTCATATCAACCAAAAGTGTACTGGAAAG
ACGATGGGTTCGAGGAAGTCCTTTACACAGTAGAGGACGGTAATAAAACCAGAGGCGGGG
TTGGTCTTGTCATCATAAACGAAGAAGAAAAAGCTTCTTCAGTACTATCAGGTTGTAATT
GGACTGTTAAAGACACTGATTCAGACGCCATTGACGCTATTCAGATTGAATTGAGCTGCA
CGGCAGGATTTCTCGACATAACCTACATCGTCTCTCTCTATCCAGTAAGCATAGCAACAG
CAGTGGTGGTGAAGAACAACGGTCGCAAACCGGTTTCCCTTAAACCGGGGATTATAAGTT
CCTTGAGATTCAAGAAACGGAGTGGTGCTGGAATTCAAGGGCTT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1CR71JQ 721 0 0
ATCGTCTCTCTCTATCCAGTAAGCATAGCAACAGCAGTGGTGGTGAAGAACAACGGTCGC
AAACCGGTTTCCCTTAAACCGGGGATTATAAGTTCCTTGAGATTCAAGAAACGGAGTGGT
GCTG*AATTCAAGGGCTTAAAGGCTGCTCCTATTGTCCCAGTCCTCCATTATCTTCGCCT
TTCGAGCTACTGTCTCCTTCTGAGGCAATGAAGGCGGACTCTTCCGGGTGGTTCGGGTCA
GAAGATGGGGAAAAACCAGGGATTTGGGCAGTTGAAGACTCTGTTATTACACTTCTTGAG
AAGAAGATGAGTAGAGTCTATGGTGCCCATCCGGCTGAGAGACTTAAGGCCGTCTATAAC
ACTCCACCTTCTAAATATGAAACCATTGATCAGGGACGAGGATTGTTCTTCAGGATGATA
AGGATGGGGTTCGAGGACATGTACGTGGGATCTCCAGGATCAATGTGGGACAAGTTTGGG
AAGCAACAATATTTTGTGTGCACGGGTCCTGCATCTATGCTCGTTTCCATTGATGTTGGT
GCCGGTGAAACCTGGAGAGGAGCAATGGTAATTGAACATGATAATTTGTAAACTTCTTTT
ACTATATATCTATCATCTTTATTTTCTTACTTATTTTTGTCATTCTGCAACAAATATGAT
GTTGTTTCACATTGTATATATGAAAAGTCACAACTACAAGTGCATTCCTCATTTTCTATG
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL3977Contig1 778 2 17 U
GGGCAGCCAGTTCAATAAATTACCTCAGTCTATTGTAACATATAAACTAGCCAATTGTAA
CATATAGATCTGATGGCATCTACTGAAAACCCCGATCCAGAAACCGGCAAATCCGAACCG
CTTCCCGCGTCGACTGAACCATTACCACCAACACCACCACCGTCCTCACCCGCAGGTTTC
CTAGATTGTCGGAAAATAGACATCATAATAAGAGTTCTGCTTTTCTCAGCCACACTGACT
GCTCTTATAGTAATGGTAACCAGCGACCAGACCGAGATTACTCAGCTCCCTGGAGCTCCG
TCTCCTGCTCCTGTCTCCGCCGAGTTCAGTGACTCGCCCGCTTTCATATACTTCGTGGTG
GCTCTTGTGGTAGCTGGTCTCTACGCCTTACTCTCAACGATCATTTCCATATCTCTACTC
TTACGACCTGAGTTCGCTGCACAATTCAACATTTACATATCCTCCATCGACATGGTGGTG
ATGGGGATTTTGGCGTCTGCGACGGGAACGGCGGGAGGAGTTGCGTACATAGCGTTGAAA
GGAAACGAAGATATTGGATGGAACAAGATTTGTAATGTCTACGACAAGTTTTGTCGTTAC
ATTGCAACTTCGCTTGCCTTATCTCTCTTTGCTTCTATTCTGCTCCTTGTTCTATCCATT
TGCTCTCTGTCCAAGAGAACAACAACATGAACAAGTACTAAACCGCAATTACAAATCCTA
TAATCCTATTCCTAACGTGTGCTTTGTTCACACGGGCGTGTTTGTGTATGTGTATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CF24TF U 6
AF RR1BW23TF U 1
BS 1 22 RR1BW23TF
BS 23 23 RR1CF24TF
BS 24 44 RR1BW23TF
BS 45 45 RR1CF24TF
BS 46 113 RR1BW23TF
BS 114 114 RR1CF24TF
BS 115 435 RR1BW23TF
BS 436 436 RR1CF24TF
BS 437 464 RR1BW23TF
BS 465 465 RR1CF24TF
BS 466 480 RR1BW23TF
BS 481 481 RR1CF24TF
BS 482 482 RR1BW23TF
BS 483 483 RR1CF24TF
BS 484 651 RR1BW23TF
BS 652 652 RR1CF24TF
BS 653 778 RR1BW23TF

RD RR1CF24TF 676 0 0
GGG
AGTTCAATAAATTACCTCAGTCTATTGTAACATATAAACTAGCCAATTGTAACATATAGA
TCTGATGGCATCTACTGAAAACCCCGATCCAGAAACCGGCAAATCCGAACCGCTTCCCGC
GTCGACTGAACCATTACCACCAACACCACCACCGTCCTCACCCGCCGGTTTCCTAGATTG
TCGGAAAATAGACATCATAATTAGAGTTCTGTTTTTCTCAGCCACACTGACTGCTCTTAT
AGTAATGGTGACCAGCGACCAGACCGAGATTACTCAGCTCCCTGGAGCTCCGTCTCCTGC
TCCTGTCTCCGCCGAGTTCAGTGACTCGCCCGCTTTCATATACTTCGTGGTGGCTCTTGT
GGTGGCTGGTTTCTACGCCTTACTCTCAACGATCATTTCCATATCTCTACTCTTACGACC
TGAGTTCGCTGCACAGTTCAACATTTACATATCCTCCATCGATATGGTGGTGATGGGGAT
TTTGGCGTCTGCGACGGGAACGGCGGGAGGAGTTGCGTACATAGCGTTGAA*GGAAACGA
AGATATTGGATGGAACAAGATTTGTAATGTCTACGACAAGTTTTGTCGTTACATTGCAAC
TTCGCTTGCCTTATCTCTCTTTGCTTCTCTTCTGCTCCTTGTTCTATCCATTTGCTCTCT
GTCCAAGAGAACA

QA 4 676 4 676
DS 

RD RR1BW23TF 778 0 0
GGGCAGCCAGTTCAATAAATTATCTCAGTCTATTGTAACATATACACTAGCCAATTGTAA
CATATAGATCTGATGGCATCTACTGAAAACCCCGATCCAGAAACCGGCAAATCTGAACCG
CTTCCCGCGTCGACTGAACCATTACCACCAACACCACCACCGTCCTCACCCGCAGGTTTC
CTAGATTGTCGGAAAATAGACATCATAATAAGAGTTCTGCTTTTCTCAGCCACACTGACT
GCTCTTATAGTAATGGTAACCAGCGACCAGACCGAGATTACTCAGCTCCCTGGAGCTCCG
TCTCCTGCTCCTGTCTCCGCCGAGTTCAGTGACTCGCCCGCTTTCATATACTTCGTGGTG
GCTCTTGTGGTAGCTGGTCTCTACGCCTTACTCTCAACGATCATTTCCATATCTCTACTC
TTACGACCTGAGTTCTCTGCACAATTCAACATTTACATATCCTCTATCGACATGGTGGTG
CTTGGGATTTTGGCGTCTGCGACGGGAACGGCGGGAGGAGTTGCGTACATAGCGTTGAAA
GGAAACGAAGATATTGGATGGAACAAGATTTGTAATGTCTACGACAAGTTTTGTCGTTAC
ATTGCAACTTCGCTTGCCTTATCTCTCTTTGCTTCTATTCTGCTCCTTGTTTTATCCATT
TGCTCTCTGTCCAAGAGAACAACAACATGAACAAGTACTAAACCGCAATTACAAATCCTA
TAATCCTATTCCTAACGTGTGCTTTGTTCACACGGGCGTGTTTGTGTATGTGTATTCT

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL3978Contig1 678 2 2 U
GCTCGTTCTGGAACCTTGACTTATGAAGCTGTTTTCCAAACAACTGCAGTTGGTCTAGGC
CAATCTACTTGTGTAGGAATTGGTGGGGATCCTTTTAACGGTACCAACTTTGTCGACTGC
TTGGAGAAGTTCTTTGTTGATCCTCAAACAGAAGGTATCGTTCTCATTGGAGAAATTGGA
GGCACTGCAGAAGAAGATGCTGCAGCTTTGATAAAGGCAAGTGGTACTGAGAAGCCTGTT
GTTGCTTTTATTGCTGGACTCACTGCACCACCTGGTCGTCGGATGGGGCATGCAGGAGCT
ATTGTTTCTGGTGGCAAAGGTACGGCTCAGGACAAGATTAAGATTCTAAATGATGCTGGA
GTGAAGGTTGTTGAATCTCCGGCCAAGATTGGAGCGGCAATGTATGATCTCTTTAAAGAA
AGAGGTCTTTTGAAGCACTGAAGTGAATTTTCACTAGCTCACGTTATCTTCCATCTTGAA
ACATTCAAGAGAACAAAAGAAAAACCCTAATTCCTCACTTCTCTTCCGAGGTTGTTTCTC
TAAATCGATATTTTTTTCAACTAAAGAGTGATTATCACAAGATTTGAAAATGAGAAAAAA
ATACAATTTTTGTTTAAGTGCTGGACTGAATAATCGAATTTGCTTGAAATTTCTTAATAT
GTGTATCTTCCATTACGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BK92TF U 1
AF RR1BK92JQ C 1
BS 1 600 RR1BK92TF
BS 601 678 RR1BK92JQ

RD RR1BK92TF 600 0 0
GCTCGTTCTGGAACCTTGACTTATGAAGCTGTTTTCCAAACAACTGCAGTTGGTCTAGGC
CAATCTACTTGTGTAGGAATTGGTGGGGATCCTTTTAACGGTACCAACTTTGTCGACTGC
TTGGAGAAGTTCTTTGTTGATCCTCAAACAGAAGGTATCGTTCTCATTGGAGAAATTGGA
GGCACTGCAGAAGAAGATGCTGCAGCTTTGATAAAGGCAAGTGGTACTGAGAAGCCTGTT
GTTGCTTTTATTGCTGGACTCACTGCACCACCTGGTCGTCGGATGGGGCATGCAGGAGCT
ATTGTTTCTGGTGGCAAAGGTACGGCTCAGGACAAGATTAAGATTCTAAATGATGCTGGA
GTGAAGGTTGTTGAATCTCCGGCCAAGATTGGAGCGGCAATGTATGATCTCTTTAAAGAA
AGAGGTCTTTTGAAGCACTGAAGTGAATTTTCACTAGCTCACGTTATCTTCCATCTTGAA
ACATTCAAGAGAACAAAAGAAAAACCCTAATTCCTCACTTCTCTTCCGAGGTTGTTTCTC
TAAATCGATATTTTTTTCAACTAAAGAGTGATTATCACAAGATTTGAAAATGAGAAAAAA

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1BK92JQ 678 0 0
GCTCGTTCTGGAACCTTGACTTATGAAGCTGTTTTCCAAACAACTGCAGTTGGTCTAGGC
CAATCTACTTGTGTAGGAATTGGTGGGGATCCTTTTAACGGTACCAACTTTGTCGACTGC
TTGGAGAAGTTCTTTGTTGATCCTCAAACAGAAGGTATCGTTCTCATTGGAGAAATTGGA
GGCACTGCAGAAGAAGATGCTGCAGCTTTGATAAAGGCAAGTGGTACTGAGAAGCCTGTT
GTTGCTTTTATTGCTGGACTCACTGCACCACCTGGTCGTCGGATGGGGCATGCAGGAGCT
ATTGTTTCTGGTGGCAAAGGTACGGCTCAGGACAAGATTAAGATTCTAAATGATGCTGGA
GTGAAGGTTGTTGAATCTCCGGCCAAGATTGGAGCGGCAATGTATGATCTCTTTAAAGAA
AGAGGTCTTTTGAAGCACTGAAGTGAATTTTCACTAGCTCACGTTATCTTCCATCTTGAA
ACATTCAAGAGAACAAAAGAAAAACCCTAATTCCTCACTTCTCTTCCGAGGTTGTTTCTC
TAAATCGATATTTTTTTCAACTAAAGAGTGATTATCACAAGATTTGAAAATGAGAAAAAA
ATACAATTTTTGTTTAAGTGCTGGACTGAATAATCGAATTTGCTTGAAATTTCTTAATAT
GTGTATCTTCCATTACGT

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 3

CO CL3979Contig1 1056 3 4 U
CTCGAAACTTGACTAGTAAAAAAAGTAAAGACGTCCTTACAAAAATAAGAGAGATTCAAA
ATCTTGAACAAAACACAAAATATTACATGAACGATATTAAAAAAAATACTGGGGCTCTGA
GATACGTTTAGTATTACCCTTAAAGAGGAATAGAAGATGGACCAGAAACAGCAACAGCTT
TCTGAGCACGCTGCGTTTCAAACCTATAAAGCTCCTTAGTCTCTTTCTTCATCTTCCTCG
CTTCCCTCTTCTCTGTTTTCACAGCAGCTTTCCTCTCTTTCTTCTCCTCTTTCGTCTCTT
CCCCGTGAGCCTTACTCTTCACCGGTTCAGCTTTCGGTTTGACACTGGTTGTTTGCTCAA
CTCTCCTACCGGGTAAAAACTCAACCGGAAGCTTCTCTTTGCCTTGGAGGGTAATGATTC
TACTACAACTCCCATTCACACTCTTTGCCTTAGCTAACGCTTCGCTCAGCTTCTTCCTAG
CTCTCTCCGGATCACAGATTCTACCAGGGTGGTTATCGAGATTCGAGTACGTCGTCACTA
TGGTCTCGCAATCCCACTTCTCGCTTTCGTCGCTGCTCTCTTCAACCACCTCCACAAACT
CATCTTCGTTGCCGTTTACCAAATCCTCACCGTACTGCACAGACCTGCGGATGATGTTCT
CAAGCTCCTCTTTGTCTTTCACATTGTCACTGTTCTTCAACAGATCCGCAGGGTTCATAT
ACTTCTCATCATCAAGCTCGTAACCTTTCGGCTTCTCGTAAATAAAATCATTACCAACGC
TCTGAGCATTGAACTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTGGTAACCATCATTGTCTTCACTCT
CACTTCCATACTCATTAAGCTCAAGCTGATCAAACATCTCATCAATCTGACGCATAACTC
TCGGCTTGCTTTCAGCCACAGGTCTCTCATCAGCAAACTTCTTCTTCCCCATGATGATTG
TCGTCTCTGTGAGCTGAGAGTTTGAGAGAGAGAGAGAGGCGCGGAGAGATGATGAATGAC
GGAAAGGAAACGCCTTTGAAGCTATTTAGGGTTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES56JQ U 1
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CATCTTCGTTGCCGTTTACCAAATCCTCACAGTACTGCACAGACCTGCGGATGATGTTCT
CAAGCTCCTCTTTGTCTTTCACATTGTCACTGTTCTT

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TTCC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR1F553JQ U 1
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QA 1 835 1 835
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G
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TCCACACCAGAAAAGCTTGTCTGGCGAAGGCCTTTTGAATTGAATGGTGACTGTCGTACA
ATCCTATGAGTTCCTTTCTCCCCTGAAAGGTAACCATAGGCATAACGCCCCTGGATCTCA
AGCGTGGCTGACTTAATCCCTGCTTCCTCTCCAGCCGACATTTCAACAATTTTAGTCTTG
TACCGCTGCTTTTCCC**C
CCATC

QA 2 800 2 800
DS 

RD RR1GA01JQ 793 0 0
GTAGGAGATGATTCGATTCTATCGAATGAGAGAAATAAAAGACAAGAAACCTATCAGTAT
GTTCTAATTGGCGACAACAGAAGCCATGGCTAAGGTGTACTTATGCTTAAGGTAAGCTTT
GATGAAAGGGTCCAAGTCACCATCCATTACAGATGTGATATCTGAAGTCTCATGACTTGT
TCGGACATCCTTAACCAGTTTGTACGGATGAAACACGTAGTTCCTGATCTGCTGTCCCCA
CTCGGCTTTCACTACATCTCCTCTTATTTCCTTGATTTCAGTTGCACGCTGCTCCTCCGC
AATCACCAACAGTTTGGCCTTTAGTCGGGCCAGACCTCTCGTCTTGTTTGCCGATTGACT
TCTCTCCTCTGAGCAACGAACCGCAACACCAGTAGGGATGTGAGTAATGCGAACAGCAGT
TTCAACCTTGTTGACATTCTGTCCTCCTTTTCCACCTGCCCTTGTAAAAGTAATCTCAAG
GTCCTCCTCTGGTATTTCAACTCCAACTGCTTCATCAGGCAGAAGCGGCATCACCTCCAC
ACCAGAAAAGCTTGTCTGGCGAAGGCCTTTTGAATTGAATGGTGACTGTCGTACAATCCT
ATGAGTTCCTTTCTCCCCTGAAAGGTAACCATAGGCATAACGCCCCTGGATCTCAAGCGT
GGTTGACTTAATCCCTGCTTCCTCTCCAGCCGACATTTCAACAATTTTAGTCTTGTACCG
CTGCTTTTCCCCCCATCTCATATACATCCTAAGCAGCATGTCGGCCCAATCCTGAGCATC
TGTTCCTCCAGCT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL3981Contig1 441 2 4 U
CATGAAAAGCCAATATATAAAAATATTAGTCTTTAATTATAAAGGAGTGAGCTTAGTGAT
CCAAAGCCTCTCCTCTGATTCAATTATTTCATTCCTCTTTATAAAGAAAAGTTTCTCTCA
AGAGTTTATATATGAGGGAGGGATAAAGTAAACAGTCAAGAAGAAGCAAGAAGTGAAGCC
ACTTCTCTCCGCAGGAATGTGGGCAATGCGAAAGCTGCTCTGTGCATATCCGAGTTGTAA
AACTTCATTTCTCGTTTATAGGTCATGGCACCGTCTAGTTTCTCGATAGGGTTGATAGGG
TTCTTGAAATCAACAGCAGGTCCTTCGGTAGAGCACAAGACAAAGCCAATCACGCCGCTA
GGATATGTTGGGACGCTGCTCCAGGCGTACTGAACGTTTTTGAATGTCTGGCGGCAAATG
GAGATCATGTCTTCCATAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E163JQ U 1
AF RR1DI69JQ U 19
BS 1 108 RR1E163JQ
BS 109 109 RR1DI69JQ
BS 110 372 RR1E163JQ
BS 373 441 RR1DI69JQ

RD RR1E163JQ 372 0 0
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CCAAAGCCTCTCCTCTGATTCAATTATTTCATTCCTCTTTATAAAGAAGAGTTTCTCTCA
AGAGTTTATATATGAGGGAGGGATAAAGTAAACAGTCAAGAAGAAGCAAGAAGTGAAGCC
ACTTCTCTCCGCAGGAATGTGGGCAATGCGAAAGCTGCTCTGTGCATATCCGAGTTGTAA
AACTTCATTTCTCGTTTATAGGTCATGGCACCGTCTAGTTTCTCGATAGGGTTGATAGGG
TTCTTGAAATCAACAGCAGGTCCTTCGGTAGAGCACAAGACAAAGCCAATCACGCCGCTA
GGATATGTTGGG

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR1DI69JQ 423 0 0
AAAAATATTAGTCTTTAATTATAAAGGAGTGAGCTTAGTGATCCAAAGCCTCTCCTCTGA
TTCAATTATTTCATTCCTCTTTATAAAGAAAAGTTTCTCTCAAGAGTTTATATATGAGGG
AGGGATAAAGTAAACAGTCAAGAAGAAGCAAGAAGTGAAGCCACTTCTCTCCGCAGGAAT
GTGGGCAATGCGAAAGCTGCTCTGTGCATATCCGAGTTGTAAAACTTCATTTCTCGTTTA
TAGGTCATGGCACCGTCTAGTTTCTCGATAGGGTTGATAGGGTTCTTGAAATCAACAGCA
GGTCCTTCGGTAGAGCACAAGACAAAGCCAATCACGCCGCTAGGATATGTTGGGACGCTG
CTCCAGGCGTACTGAACGTTTTTGAATGTCTGGCGGCAAATGGAGATCATGTCTTCCATA
AAA

QA 1 423 1 423
DS 



AS 1 3

CO CL3982Contig1 1323 3 11 U
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CCTGGATGGGTCAGTGATGAGTACAACCGAAGTGAAACTTCCGGAAGATGGCATAGGAGG
CTTAGTGTCCCTCAAGTTTTGGGAGTCTGAACCAGACAACAAAACTTTCACCTTATCCAC
AATCGTATACGAACCTCACAAGGATGCTGGTGTCTCAGCCATTGCCTTCCACCCTACCCG
TTCCATGGCTGTTAGTACATCGTCTGGTGGTGACTTCAAGATTTGGGTTTGCAAGGACAA
GGACAAGGACTCTAGCTGGATATGTCATGCAGTTGGCTCTTACAAGAAGAAGCCAATGAC
TGCTGCTGCTTTCTCTGGAGATGGCACTGTTCTGGCTGTTGCAGCTGAGAATGTCATTAC
TCTTTGGAATCCAGACAAGAACATTCTCCTCTCTGTTTTAGGAGCGACTCTTACGCCAAT
CACAAAGCTCTGTTTCGCTGGGAAGTCTGAGTTCCTTGTTGCTGCATCTCATTTTCCAAA
ACCTGAACTATCTGTTTGGAACACATCAAAGCTATCTTTATCATGGTCATATGGATTACG
TATTGAAGCTATCACTTCCACAGTGGATTCATCCACCTTTGCTGTCTTGGCTTTGGTCCC
AAAAACTTTTAAAAAGAGTAAATCTAAGAAGAATGTCTTCCGCGGTAGAGATGGTGCCAT
TCTCTTGTTTAACGGATCAGACCCTAAGCCTGTATCTATATGGACCGTGATGAAGGCTCA
GGGAGGATCAATCTCGTTTCTTGAAGGAGACAACAAGTCTCAGCTTCGTCTTGCGTACGT
AAATGGAAGCCATGAGTATGTTGTTTTCGATCCCAATAGTGATGAGACACACGAGCGTAG
CGCTATTGATTACGAGGGTCTTGTTGGTGACGAAGAGACAGGAGATTTTGGATACACATC
GCTGTACGGACAGTTGCCTGACTATGACAAGAAGAGAAAGGAGGATACTGAGTCGTTGGC
GACACCGTTTGTATCGTCAGAGAGACCGTGGGAAACGATTTTCAGCGGTTCAACACTAAA
CTTCCCGCCTCTTCAGAAGTTATGTGGTGACTTCTTTGAGTCACTAATGGAGAAAAGTAA
CTCTGTTGTGGAGTGAGAGAGACTTTACGCAAACTTAGCCACAAAAAGAAAAAGGTTTTG
TAAGGTTTTAGGATACAAACTGAACTCATTTTGCAGTTGACTTTGGTGAGCAGTCTGTGT
TTTCCCTTTTCTTAGTGCAATTAATATTTAAAGTTTGATATAAATCAAAACAAAAATTTC
TAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1BE87TF U 1
AF RR1CG76TF U 435
AF RR1BE87JQ C 516
BS 1 670 RR1BE87TF
BS 671 961 RR1CG76TF
BS 962 962 RR1BE87JQ
BS 963 985 RR1CG76TF
BS 986 986 RR1BE87JQ
BS 987 1072 RR1CG76TF
BS 1073 1073 RR1BE87JQ
BS 1074 1088 RR1CG76TF
BS 1089 1089 RR1BE87JQ
BS 1090 1136 RR1CG76TF
BS 1137 1323 RR1BE87JQ

RD RR1BE87TF 670 0 0
GGAGAGAAACCATCAACCAGGCGATGAAGTCACAGTTGTGGTGACAGCTGTTGCTCTCTC
CCTGGATGGGTCAGTGATGAGTACAACCGAAGTGAAACTTCCGGAAGATGGCATAGGAGG
CTTAGTGTCCCTCAAGTTTTGGGAGTCTGAACCAGACAACAAAACTTTCACCTTATCCAC
AATCGTATACGAACCTCACAAGGATGCTGGTGTCTCAGCCATTGCCTTCCACCCTACCCG
TTCCATGGCTGTTAGTACATCGTCTGGTGGTGACTTCAAGATTTGGGTTTGCAAGGACAA
GGACAAGGACTCTAGCTGGATATGTCATGCAGTTGGCTCTTACAAGAAGAAGCCAATGAC
TGCTGCTGCTTTCTCTGGAGATGGCACTGTTCTGGCTGTTGCAGCTGAGAATGTCATTAC
TCTTTGGAATCCAGACAAGAACATTCTCCTCTCTGTTTTAGGAGCGACTCTTACGCCAAT
CACAAAGCTCTGTTTCGCTGGGAAGTCTGAGTTCCTTGTTGCTGCATCTCATTTTCCAAA
ACCTGAACTATCTGTTTGGAACACATCAAAGCTATCTTTATCATGGTCATATGGATTACG
TATTGAAGCTATCACTTCCACAGTGGATTCATCCACCTTTGCTGTCTTGGCTTTGGTCCC
AAAAACTTTT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1CG76TF 702 0 0
G
CAAGAACATTCTCCTCTCTGTTTTAGGAGCGACTCTTACGCCAATCACAAAGCTCTGTTT
CGCTGGGAAGTCTGAGTTCCTTGTTGCTGCATCTCATTTTCCAAAACCTGAACTATCTGT
TTGGAACACATCAAAGCTATCTTTAGCATGGTCATATGGATTATGTATTGAAGCTATCAC
TTCCACAGTGGATTCATCCACTTTTGCTGTCTTGGCTTTGGTCCCAAAAACTTTTAAAAA
GAGTAAATCTAAGAAGAATGTCTTCCGCGGTAGAGATGGTGCCATTCTCTTGTTTAACGG
ATCAGACCCTAAGCCTGTATCTATATGGACCGTGATGAAGGCTCAGGGAGGATCAATCTC
GTTTCTTGAAGGAGACAACAAGTCTCAGCTTCGTCTTGCGTACGTAAATGGAAGCCATGA
GTATGTTGTTTTCGATCCCAATAGTGATGAGACACACGAGCGTAGCGCTATTGATTACGA
GGGTCTTGTTGGTGACGAAGAGACAGGAGATTTTGGATACACATCGTTGTACGGACAGTT
GCCTGACTATTACAAGAAGAGAAAGGAGGATACTGAGTCGTTGGCGACACCGTTTGTATC
GTCAGAGAGACCGTGGGAAACGATTTTCAGCGGTTCA*CACTAAACTTCCCGC*TCTTCA
GAAGTTATGTGGTGACTTCTTTGAGTCACTAATGGAGAAAA

QA 2 702 2 702
DS 

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CTTTATCATGGTCATATGGATTACGTATTGAAGCTATCACTTCCACAGTGGATTCATCCA
CCTTTGCTGTCTTGGCTTTGGTCCCAAAAACTTTTAAAAAGAGTAAATCTAAGAAGAATG
TCTTCCGCGGTAGAGATGGTGCCATTCTCTTGTTTAACGGATCAGACCCTAAGCCTGTAT
CTATTTGGACCGTGATGAAGGCTCAGGGAGGATCAATCTCGTTTCTTGAAGGAGACAACA
AGTCTCAGCTTCGTCTTGCGTATGTAAATGGAAGCCATGAGTATGTTGTTTTCGATCCCA
ATAGTGATGAGACGCACGAGCGTAGCGCTATTGATTACGAGGGTCTTGTTGGTGACGAAT
ATACAGGAGATTTTGGATACACATCGCTGTACGGACAGTTGCCTGACTATGACAAGAAGA
GAAAGGAGGATACTGAGTCGTTGGCGACACCGTTTGTATCGTCAGAGAGACCGTGGGAAA
CGATTTTCAGCGGTTCAACACTAAACTTCCCGCCTCTTCAGAAGTTATGTGGTGACTTCT
TTGAGTCACTAATGGAGAAAAGTAACTCTGTTGTGGAGTGAGAGAGACTTTACGCAAACT
TAGCCACAAAAAGAAAAAGGTTTTGTAAGGTTTTAGGATACAAACTGAACTCATTTTGCA
GTTGACTTTGGTGAGCAGTCTGTGTTTTCCCTTTTCTTAGTGCAATTAATATTTAAAGTT
TGATATAAATCAAAACAAAAATTTCTAC

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 3

CO CL3983Contig1 577 3 9 U
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CGGAATCAAAGACAAAAATCGCAGAAATCAGGGAATGGATTGTAGAACACAAGCTTCGTA
CCGTTGGTTGTTTATGGCTGAGTGGGATCTCTGGTTCAATCGCCTACAACTGGTCTAAAC
CTGGTATGAAAACCAGTGTCCGAATCATCCACGCCAGGCTACACGCTCAGGCGCTGACAT
TAGCCGCTTTAGCTGGAGCAGCTGCTGTGGAGTACTACGATCACAAAACTGGAGCCACCG
ATCGCTACCCCAAGTTTCTCAAGCCCGACAACTTGACTAAAGACTAAAAAACTCTTTTAT
CATTGATCATGCCTATTCTCTTATTCTAGGCTATATTATAGCTACTAGTGACATTTTTTT
CATGTTTTTTATATATCCTTCTTTTTACTACTTTGAATGAAATGAATTCATTCTGGTTAT
ATAATAATGCCCACTACTTGCAGATTGTTTCGGGATGCGAAAATGTAAGAGGTACCTACA
GAAAATTATATGAATAAAATTGGACTTACATCTGTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1C778JQ C 1
AF RR1B739TF U 15
AF RR1C778TF U 1
BS 1 14 RR1C778TF
BS 15 43 RR1B739TF
BS 44 46 RR1C778TF
BS 47 115 RR1B739TF
BS 116 116 RR1C778TF
BS 117 494 RR1B739TF
BS 495 495 RR1C778TF
BS 496 567 RR1B739TF
BS 568 577 RR1C778TF

RD RR1C778JQ 577 0 0
GGAATCTCTCTTTTGCTTCTTCCGAAATTTGTTGTTTTTTTTTTTTGGGTTAAGAAATGG
CGGAATCAAAGACAAAAATCGCAGAAATCAGGGAATGGATTGTAGAACACAAGCTTCGTA
CCGTTGGTTGTTTATGGCTGAGTGGGATCTCTGGTTCAATCGCCTACAACTGGTCTAAAC
CTGGTATGAAAACCAGTGTCCGAATCATCCACGCCAGGCTACACGCTCAGGCGCTGACAT
TAGCCGCTTTAGCTGGAGCAGCTGCTGTGGAGTACTACGATCACAAAACTGGAGCCACCG
ATCGCTACCCCAAGTTTCTCAAGCCCGACAACTTGACTAAAGACTAAAAAACTCTTTTAT
CATTGATCATGCCTATTCTCTTATTCTAGGCTATATTATAGCTACTAGTGACATTTTTTT
CATGTTTTTTATATATCCTTCTTTTTACTACTTTGAATGAAATGAATTCATTCTGGTTAT
ATAATAATGCCCACTACTTGCAGATTGTTTCGGGATGCGAAAATGTAAGAGGTACCTACA
GAAAATTATATGAATAAAATTGGACTTACATCTGTTT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1B739TF 553 0 0
GCTTCTTCCGAAATTTGTTGTTTTTTTTT***GGGTTAAGAAATGGCGGAATCAAAGACA
AAAATCGCAGAAATCAGGGAATGGATTGTAGAACACAAGCTCCGTACCGTTGGTTGTTTA
TGGCTGAGTGGGATCTCTGGTTCAATCGCCTACAACTGGTCTAAACCTGGTATGAAAACC
AGTGTCCGAATCATCCACGCCAGGCTACACGCTCAGGCGCTGACATTAGCCGCTTTAGCT
GGAGCAGCTGCTGTGGAGTACTACGATCACAAAACTGGAGCCACCGATCGCTACCCCAAG
TTTCTCAAGCCCGACAACTTGACTAAAGACTAAAAAACTCTTTTATCATTGATCATGCCT
ATTCTCTTATTCTAGGCTATATTATAGCTACTAGTGACATTTTTTTCATGTTTTTTATAT
ATCCTTCTTTTTACTACTTTGAATGAAATGAATTCATTCTGGTTATATAATAATGCCCAC
GACTTGCAGATTGTTTCGGGATGCGAAAATGTAAGAGGTACCTACAGAAAATTATATGAA
TAAAATTGGACTT

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1C778TF 577 0 0
GGAATCTCTCTTTTGCTTCTTCCGAAATTTGTTGTTTTTTTTTTTTGGGTTAAGAAATGG
CGGAATCAAAGACAAAAATCGCAGAAATCAGGGAATGGATTGTAGAACACAAGCTTCGTA
CCGTTGGTTGTTTATGGCTGAGTGGGATCTCTGGTTCAATCGCCTACAACTGGTCTAAAC
CTGGTATGAAAACCAGTGTCCGAATCATCCACGCCAGGCTACACGCTCAGGCGCTGACAT
TAGCCGCTTTAGCTGGAGCAGCTGCTGTGGAGTACTACGATCACAAAACTGGAGCCACCG
ATCGCTACCCCAAGTTTCTCAAGCCCGACAACTTGACTAAAGACTAAAAAACTCTTTTAT
CATTGATCATGCCTATTCTCTTATTCTAGGCTATATTATAGCTACTAGTGACATTTTTTT
CATGTTTTTTATATATCCTTCTTTTTACTACTTTGAATGAAATGAATTCATTCTGGTTAT
ATAATAATGCCCACTACTTGCAGATTGTTTCGGGATGCGAAAATGTAAGAGGTACCTACA
GAAAATTATATGAATAAAATTGGACTTACATCTGTTT

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

CO CL3984Contig1 1193 2 4 U
GGATAGAAATTAGGGCTTCTGAGCGTTTTCGTTCCGAGTGGAAGATATGGCAACTCTTGA
AGACTCTTTCCTCGCAGACCTCGACGAGTTATCTGACAATGAAGCAGAACTGGAGGAGTC
TGATGGTGATGATGCAAAAAAGGATGATGAAGATATCGACATGGACATGGCTGACTTAGA
AACCCTTAACTACGATGATCTCGATTCCGTTTCTAAGCTCCAGAAATCTCAGAGATATCT
TGACATTATGCAGAAAGTGAAAGAGGCTCTTGGAAAGGAATCTGATGGAGCGGAGAAAGG
AACTGTACTAGAAGATGATCCTGAATACAAGCTAATCGTGGATTGCAACCAGCTCTCAGT
CGACATTGAGAACGAGATTGCCATAGTCCACAACTTCATCCGTGACAAGTACAGACTCAA
GTTTCAAGAGCTTGAGTCTCTGGTGAACCACCCTATCGATTACGCCCGCGTTGTCAAAAA
AATAGGCAACGAGACGGATTTAACACTCGTCAATCTTGAAGGCCTTCTTCCCACTTCCTG
TTCCTGACTCCGAGCCTAAAAAAAGAAGAGGTGGTCGCCGTCTAAGGAGAATGAAAGAAA
GGTATGCAGTGACAGACATGAGGAAGCTTGCCAACAGGATGGCGTTTGGTACACCCGAAG
AGAGTTCTCTTGGTGATGGATTAGGTGAAGGATATGGAATGCTTGGCCAGGCTGGGAGCA
ACAGGCTGCGTATATCCAGTGTTCCCAGCAAGCTGAAGATTAATCCTACCATCGCCAAAA
AGCTGAAAGAAAGAAACTATGCAAGTGGTGCCACTACCTCTGGATTGACTTCGAGTCTGG
CTTTTACTCCTGTGCAGGGAATAGAGCTGTGTAATCCTCAACAGGCTTTAGGATTAGGCA
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CTTGTGAGAGCAAACATTTCAAAGTGTTGAAAGAAGATGAGGATATGAGTGAGACACGGT
GGTGTTTAAGTGCTTTCTATTTCTCTTCTATGTTATAAGTTTTCTCTACCGAATCACTTT
TGTGGCCTCTTTACGATAATTTAAGATTCTGAGTATAAGTATAGGTTTGCTTTGGAGTTT
AGTTTCACGGTTGTGAGATAATCTATCTGGTGAGAATCGGGCCGTTTTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E629TF U 1
AF RR1E629JQ C 528
BS 1 563 RR1E629TF
BS 564 564 RR1E629JQ
BS 565 631 RR1E629TF
BS 632 1193 RR1E629JQ

RD RR1E629TF 631 0 0
GGATAGAAATTAGGGCTTCTGAGCGTTTTCGTTCCGAGTGGAAGATATGGCAACTCTTGA
AGACTCTTTCCTCGCAGACCTCGACGAGTTATCTGACAATGAAGCAGAACTGGAGGAGTC
TGATGGTGATGATGCAAAAAAGGATGATGAAGATATCGACATGGACATGGCTGACTTAGA
AACCCTTAACTACGATGATCTCGATTCCGTTTCTAAGCTCCAGAAATCTCAGAGATATCT
TGACATTATGCAGAAAGTGAAAGAGGCTCTTGGAAAGGAATCTGATGGAGCGGAGAAAGG
AACTGTACTAGAAGATGATCCTGAATACAAGCTAATCGTGGATTGCAACCAGCTCTCAGT
CGACATTGAGAACGAGATTGCCATAGTCCACAACTTCATCCGTGACAAGTACAGACTCAA
GTTTCAAGAGCTTGAGTCTCTGGTGAACCACCCTATCGATTACGCCCGCGTTGTCAAAAA
AATAGGCAACGAGACGGATTTAACACTCGTCAATCTTGAAGGCCTTCTTCCCACTTCCTG
TTCCTGACTCCGAGCCTAAAAAA*GAAGAGGTGGTCGCCGTCTAAGGAGAATGAAAGAAA
GGTATGCAGTGACAGACATGAGGAAGCTTGC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1E629JQ 666 0 0
TTC
CCACTTCCTGTTCCTGACTCCGAGCCTAAAAAAAGAAGAGGTGGTCGCCGTCTAAGGAGA
ATGAAAGAAAGGTATGCAGTGACAGACATGAGGAAGCTTGCCAACAGGATGGCGTTTGGT
ACACCCGAAGAGAGTTCTCTTGGTGATGGATTAGGTGAAGGATATGGAATGCTTGGCCAG
GCTGGGAGCAACAGGCTGCGTATATCCAGTGTTCCCAGCAAGCTGAAGATTAATCCTACC
ATCGCCAAAAAGCTGAAAGAAAGAAACTATGCAAGTGGTGCCACTACCTCTGGATTGACT
TCGAGTCTGGCTTTTACTCCTGTGCAGGGAATAGAGCTGTGTAATCCTCAACAGGCTTTA
GGATTAGGCAGTGGGACTCAAAGCACTTACTTTTCAGAGTCAGGGACCTTCTCTAAGCTC
AAGAAATAAACTTGTGAGAGCAAACATTTCAAAGTGTTGAAAGAAGATGAGGATATGAGT
GAGACACGGTGGTGTTTAAGTGCTTTCTATTTCTCTTCTATGTTATAAGTTTTCTCTACC
GAATCACTTTTGTGGCCTCTTTACGATAATTTAAGATTCTGAGTATAAGTATAGGTTTGC
TTTGGAGTTTAGTTTCACGGTTGTGAGATAATCTATCTGGTGAGAATCGGGCCGTTTTTT
AGC

QA 4 666 4 666
DS 



AS 1 3

CO CL3985Contig1 907 3 10 U
AGATAACAAGATACATTACTTCACTGTAAACTTGTTTGTGTGGATACATGTGGGTTACGT
TACACTTGTACATAGCTCGTTGAACGATGGACAAAACAATGCTTTTTCCTCTCTCTCTCT
TAGATGAACAAAACATTATGATGACAAAAACAGATCTCGTATCTTACTTTCTATAAGTTC
TCTGTCCGAATGCATCTCAAATCTTTGTCAAAAGTAAAGAGTTTCCCTGGCGACAATGTG
GAAGCCACAGAGTTTCCTCTGTACACTATTCTGGTGGACACACTCTGTTCCGACCAAAGA
CCAAACTCCACAAGGTTCCCCTCCATCCACCTAATATTCACCGTCACACCACCCCGTGCC
CTCAGCCCTTTCACATAACCGTTAGGCCATTTATCAGCAGGAAGCGCTGGTAGTAAATAC
AGATCCTTCGTTGTGCTCTGCACTAACATCTCTGCCACAGCTGCTGAGAATCCAAAGTTG
GCGTCGATCTGGAACGGTGGGTGAGCTGTGAACAAGTTAGTATACAGTCCTCCTTCATAG
TTACGTTCGTTTAACGGATCCACCAGATCAAAAATATGAGTAACTAGTCTATACGCGTGC
TCACTGTTGTGAAGCCTTGCCCACAAGGCAGCTTTCCAAGTGGTGGACCACCCTGGTCCT
TCCTCTCCTCTTTTCTTGAGTGATACTTCCACAGCTTTAGCAAGCTCCGGAGACTTTTCA
AGTGTGATTGTGTGACCAGGGAACAGACCAAAGAGATGTGAAACATGTCTATGATGCACC
TCAGGGTCCTCAAAGTCCTCTGCCCATTCCATTATAGAACCGTCCTTTGATAGTCTAGTG
GGTGGAAGGTTTGCTTGTGCAGCAATGACTTTTCCTATCAGAGTCTCATTCGTTTTTCCC
AAAACCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG87JQ U 1
AF RR1DI52JQ U 1
AF RR1GG87TF C 332
BS 1 302 RR1DI52JQ
BS 303 303 RR1GG87JQ
BS 304 332 RR1DI52JQ
BS 333 333 RR1GG87JQ
BS 334 385 RR1DI52JQ
BS 386 386 RR1GG87JQ
BS 387 393 RR1DI52JQ
BS 394 394 RR1GG87JQ
BS 395 736 RR1DI52JQ
BS 737 907 RR1GG87TF

RD RR1GG87JQ 482 0 0
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TACACTTGTACATAGCTCGTTGAACGATGGACAAAACAATGCTTTTTCCTCTCTCTCT**
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TCTGTCCGAATGCATCTCAAATCTTTGTCAAAAGTAAAGAGTTTCCCTGGCGACAATGTG
GAAGCCACAGAGTTTCCTCTGTACACTATTCTGGTGGACACACTCTGTTCCGACCAAAGA
CCAAACTCCACAAGGTTCCCTTCCATCCACCTAATATTCACCGTCACACCACCCCGTGCC
CTCAGCCCTTTCACATAACCGTTAGGCCATTTATCAGCAGGAAGCGCTGGTAGTAAATAC
AGATCCTTCGTTGTGCTCTGCACTAACATCTCTGCCACAGCTGCTGAGAATCCAAAGTTG
GC

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1DI52JQ 736 0 0
AGATAACAAGATACATTACTTCACTGTAAACTTGTTTGTGTGGATACATGTGGGTTACGT
TACACTTGTACATAGCTCGTTGAACGATGGACAAAACAATGCTTTTTCCTCTCTCTCTCT
TAGATGAACAAAACATTATGATGACAAAAACAGATCTCGTATCTTACTTTCTATAAGTTC
TCTGTCCGAATGCATCTCAAATCTTTGTCAAAAGTAAAGAGTTTCCCTGGCGACAATGTG
GAAGCCACAGAGTTTCCTCTGTACACTATTCTGGTGGACACACTCTGTTCCGACCAAAGA
CCGAACTCCACAAGGTTCCCCTCCATCCACCTTATATTCACCGTCACACCACCCCGTGCC
CTCAGCCCTTTCACATAACCGTTAGACCATTTACCAGCAGGAAGCGCTGGTAGTAAATAC
AGATCCTTCGTTGTGCTCTGCACTAACATCTCTGCCACAGCTGCTGAGAATCCAAAGTTG
GCGTCGATCTGGAACGGTGGGTGAGCTGTGAACAAGTTAGTATACAGTCCTCCTTCATAG
TTACGTTCGTTTAACGGATCCACCAGATCAAAAATATGAGTAACTAGTCTATACGCGTGC
TCACTGTTGTGAAGCCTTGCCCACAAGGCAGCTTTCCAAGTGGTGGACCACCCTGGTCCT
TCCTCTCCTCTTTTCTTGAGTGATACTTCCACAGCTTTAGCAAGCTCCGGAGACTTTTCA
AGTGTGATTGTGTGAC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1GG87TF 576 0 0
TA
ATATTCACCGTCACACCACCCCGTGCCCTCAGCCCTTTCACATAACCGTTAGGCCATTTA
TCAGCAGGAAGCGCTGGTAGTAAATACAGATCCTTCGTTGTGCTCTGCACTAACATCTCT
GCCACAGCTGCTGAGAATCCAAAGTTGGCGTCGATCTGGAACGGTGGGTGAGCTGTGAAC
AAGTTAGTATACAGTCCTCCTTCATAGTTACGTTCGTTTAACGGATCCACCAGATCAAAA
ATATGAGTAACTAGTCTATACGCGTGCTCACTGTTGTGAAGCCTTGCCCACAAGGCAGCT
TTCCAAGTGGTGGACCACCCTGGTCCTTCCTCTCCTCTTTTCTTGAGTGATACTTCCACA
GCTTTAGCAAGCTCCGGAGACTTTTCAAGTGTGATTGTGTGACCAGGGAACAGACCAAAG
AGATGTGAAACATGTCTATGATGCACCTCAGGGTCCTCAAAGTCCTCTGCCCATTCCATT
ATAGAACCGTCCTTTGATAGTCTAGTGGGTGGAAGGTTTGCTTGTGCAGCAATGACTTTT
CCTATCAGAGTCTCATTCGTTTTTCCCAAAACCC

QA 3 576 3 576
DS 



AS 1 3

CO CL3986Contig1 776 3 10 U
GGACATATCCACACAAAAAAAAAAAGAAATGGCTCTCACCGTGAGCACCGGTGGCGGAGG
AGCTAGCCTCCGCTCCATAGACCTCACCGACTCTTCTCGTAATCCCTTCTCCACCTCCAG
ACTCCATTACCCGTCGAGAGCCCGTCTTCACATAGTCTCCGCTGCCAAGAAAACATCCTC
CCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGGACCCTCGTCCCGACAGCAACAACCAA
GGAACAGCCGGAAGAAAGCAACGGTCTCTACGACGAGAACCCGCCGTCTCAGCTCGAAAC
CGCTTACGACGACGACGACGAAGATAGGTTTGCTGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCC
AAAAGACGCGCCAAAGATTTCGGTTAAGGATCTTCCCGGGCTTGAACCGGATCCATTCGA
AGGTCCTCAATGGGGTGGTTTAGGGTTCTTCGTTCAATACCTATGGGCTTTCGGAATCCT
CTTCGCGTTAATCTCCGGTGCTATTGCGGCTGGGACGTACAACGAAGGTGCGACGGACTT
CAAGGAGACGCCAGTGTATAAGGAGGCGATGGAGTCACGTGACCTTCTTGATGAAGCAGA
GGGTTCGAACTCTGAAGATGTGTTCGAGTCTAATCCGACAGAAGTGGCGCCTAGTTTGGA
ATAGTTTTAAGTTCTGTGTGTTTTAGATGTGTTTAAAGTATATCATGAACTTCTTGTGTT
CATAAATGTCACAGAATCAAAAAGCTAAAGTGATTATTAAACCAAGAGTTCTGTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CY37TF U 1
AF RR1FD83TF U 1
AF RR1FD83JQ C 109
BS 1 24 RR1CY37TF
BS 25 25 RR1FD83TF
BS 26 434 RR1CY37TF
BS 435 435 RR1FD83TF
BS 436 729 RR1CY37TF
BS 730 730 RR1FD83TF
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BS 744 759 RR1CY37TF
BS 760 776 RR1FD83JQ

RD RR1CY37TF 759 0 0
GGACATATCCACACAAAAAAAAAA*GAAATGGCTCTCACCGTGAGCACCGGTGGCGGAGG
AGCTAGCCTCCGCTCCATAGACCTCACCGACTCTTCTCGTAATCCCTTCTCCACCTCCAG
ACTCCATTACCCGTCGAGAGCCCGTCTTCACATAGTCTCCGCTGCCAAGAAAACATCCTC
CCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGGACCCTCGTCCCGACAGCAACAACCAA
GGAACAGCCGGAAGAAAGCAACGGTCTCTACGACGAGAACCCGCCGTCTCAGCTCGAAAC
CGCTTACGACGACGACGACGAAGATAGGTTTGCTGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCC
AAAAGACGCGCCAAAGATTTCGGTTAAGGATCTTCCCGGGCTTGAACCGGATCCATTCGA
AGGTCCTCAATGGGATGGTTTAGGGTTCTTCGTTCAATACCTATGGGCTTTCGGAATCCT
CTTCGCGTTAATCTCCGGTGCTATTGCGGCTGGGACGTACAACGAAGGTGCGACGGACTT
CAAGGAGACGCCAGTGTATAAGGAGGCGATGGAGTCACGTGACCTTCTTGATGAAGCAGA
GGGTTCGAACTCTGAAGATGTGTTCGAGTCTAATCCGACAGAAGTGGCGCCTAGTTTGGA
ATAGTTTTAAGTTCTGTGTGTTTTAGATGTGTTTAAAGTATATCATGAACTTCTTGTGTT
CATAAATGTTACAGAATCAAAA*GCTAAAGTGATTATTA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1FD83TF 743 0 0
GGACATATCCACACAAAAAAAAAAAGAAATGGCTCTCACCGTGAGCACCGGTGGCGGAGG
AGCTAGCCTCCGCTCCATAGACCTCACCGACTCTTCTCGTAATCCCTTCTCCACCTCCAG
ACTCCATTACCCGTCGAGAGCCCGTCTTCACATAGTCTCCGCTGCCAAGAAAACATCCTC
CCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGGACCCTCGTCCCGACAGCAACAACCAA
GGAACAGCCGGAAGAAAGCAACGGTCTCTACGACGAGAACCCGCCGTCTCAGCTCGAAAC
CGCTTACGACGACGACGACGAAGATAGGTTTGCTGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCC
AAAAGACGCGCCAAAGATTTCGGTTAAGGATCTTCCCGGGCTTGAACCGGATCCATTCGA
AGGTCCTCAATGGGGTGGTTTAGGGTTCTTCGTTCAATACCTATGGGCTTTCGGAATCCT
CTTCGCGTTAATCTCCGGTGCTATTGCGGCTGGGACGTACAACGAAGGTGCGACGGACTT
CAAGGAGACGCCAGTGTATAAGGAGGCGATGGAGTCACGTGACCTTCTTGATGAAGCAGA
GGGTTCGAACTCTGAAGATGTGTTCGAGTCTAATCCGACAGAAGTGGCGCCTAGTTTGGA
ATAGTTTTAAGTTCTGTGTGTTTTAGATGTGTTTAAAGTATATCATGAACTTCTTGTGTT
CATAAATGTCACAGAATCAAAA
A

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1FD83JQ 668 0 0
CTCCACCTCCAGACTCCATTACCCGTCGAGAGCCCGTCTTCACATAGTCTCCGCTGCCAA
GAAAACATCCTCCCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGGACCCTCGTCCCGAC
AGCAACAACCAAGGAACAGCCGGAAGAAAGCAACGGTCTCTACGACGAGAACCCGCCGTC
TCAGCTCGAAACCGCTTACGACGACGACGACGAAGATAGGTTTGCTGTGAACACTCGCTT
CAGAGGTGATCCAAAAGACGCGCCAAAGATTTCGGTTAAGGATCTTCCCGGGCTTGAACC
GGATCCATTCGAAGGTCCTCAATGGGGTGGTTTAGGGTTCTTCGTTCAATACCTATGGGC
TTTCGGAATCCTCTTCGCGTTAATCTCCGGTGCTATTGCGGCTGGGACGTACAACGAAGG
TGCGACGGACTTCAAGGAGACGCCAGTGTATAAGGAGGCGATGGAGTCACGTGACCTTCT
TGATGAAGCAGAGGGTTCGAACTCTGAAGATGTGTTCGAGTCTAATCCGACAGAAGTGGC
GCCTAGTTTGGAATAGTTTTAAGTTCTGTGTGTTTTAGATGTGTTTAAAGTATATCATGA
ACTTCTTGTGTTCATAAATGTCACAGAATCAAAAAGCTAAAGTGATTATTAAACCAAGAG
TTCTGTTT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 3

CO CL3987Contig1 826 3 6 U
GCATCCCTTCCGCATCCCTCGCCTTGTTCGACATTCTCAGCGTCCTCTTCTGGACCCCTG
TCTATGACCAGCTTATCGTTCCCTTCGCCAGGAAGTTCACTGGCAATGAACGTGGCTTCA
CCCAGCTTCAACGCATAGGGATCGGACTTTTAATCTCTATTTTCTCAATGGTATCTGCCG
GAATCCTAGAGGTGGCAAGGTTAAGCTACGTGCGAACACACAATCTCTACGATGCGGAAG
AGGTTCCAATCTCCATATTCTGGCAAGTTCCGCAGTATTTTTTCGTAGGTTGCGCAGAGG
TGTTCACATTTGTAGGGCAGCTGGAGTTCTTCTACGACCAAGCGCCAGATGCAATGAGGA
GTCTTTGCTCGGCACTGGCGCTGACGACGGTGGCGTTAGGGAACTATCTAAGCACATTGC
TGGTGACGGTGGTTACTAAAGTGACGACGACAGGTGGAAGAGCAGGATGGATAGCTGATA
ACCTCAACAGAGGTCATCTTGATTACTACTATTGGTTATTGGCCGTTTTGAGTTTCTTGA
ATTTCTTCGTCTACCTTTGGATTGCCAAATCCTACACTTACAAGAAAGCCACAGGCCATG
CTCTCTGATGCACTTTGTCAATCACAGTACGTCGGCGGCGGCAGTAATCTTCCTTCCTTA
ATTTACTTAACAGTTACTATATTGCTTTTTTTTTTACAAACAATCTTATATTTATTTATT
TGTCAGTACCAAAGAACAGCTGCATAGCATATTGGTTTTGAACTGAAACTGCTGATTAGT
AGATTTTTTCTTGTCCTATGATTATCTGACCTGTTGTTTTTTCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G145TF U 1
AF RR1FQ95JQ C 246
AF RR1FQ95TF U 246
BS 1 353 RR1G145TF
BS 354 354 RR1FQ95TF
BS 355 527 RR1G145TF
BS 528 528 RR1FQ95TF
BS 529 695 RR1G145TF
BS 696 826 RR1FQ95TF

RD RR1G145TF 698 0 0
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ATTTCTTCGTCTACCTTTGGATTGCCAAATCCTACACTTACAAGAAAGCCACAGGCCATG
CTCTCTGATGCACTTTGTCAATCACAGTACGTCGGCGGCGGCAGTAATCTTCCTTCCTTA
ATTTACTTAACAGTTACTATATTGCTTTTTTTTTT
TTA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1FQ95JQ 581 0 0
G
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CGGTGGTTACTAAAGTGACGACGACAGGTGGAAGAGCAGGATGGATAGCTGATAACCTCA
ACAGAGGTCATCTTGATTACTACTATTGGTTATTGGCCGTTTTGAGTTTCTTGAATTTCT
TCGTCTACCTTTGGATTGCCAAATCCTACACTTACAAGAAAGCCACAGGCCATGCTCTTT
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TTAACAGTTACTATATTGCTTTTTTTTTTACAAACAATCTTATATTTATTTATTTGTCAG
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TTTCTTGTCCTATGATTATCTGACCTGTTGTTTTTTCTCG

QA 2 581 2 581
DS 

RD RR1FQ95TF 581 0 0
G
CAATCTCCATATTCTGGCAAGTTCCGCAGTATTTTTTCGTAGGTTGCGCAGAGGTGTTCA
CATTTGTAGGGCAGCTGGAGTTCTTCTACGACCAAGCGCCAGATGCAATGAGGAGTCTTT
GCTCGGCACTGGCGCTGACGACGGTGGCGTTAGGGAACTATCTAAGCACATTGCTGGTGA
CGGTGGTTACTAAAGTGACGACGACAGGTGGAAGAGCAGGATGGATAGCTGATAACCTCA
ACAGAGGTCATCTTGATTACTACTATTGGTTATTGGCCGTTTTGAGTTTCTTGAATTTCT
TCGTCTACCTTTGGATTGCCAAATCCTACACTTACAAGAAAGCCACAGGCCATGCTCTCT
GATGCACTTTGTCAATCACAGTACGTCGGCGGCGGCAGTAATCTTCCTTCCTTAATTTAC
TTAACAGTTACTATATTGCTTTTTTTTTTACAAACAATCTTATATTTATTTATTTGTCAG
TACCAAAGAACAGCTGCATAGCATATTGGTTTTGAACTGAAACTGCTGATTAGTAGATTT
TTTCTTGTCCTATGATTATCTGACCTGTTGTTTTTTCTCG

QA 2 581 2 581
DS 



AS 1 2

CO CL3988Contig1 577 2 2 U
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CACAAAAATTCGACAAATTTCAGAAGATCGAAAGGATGCCTCTGAGTGCGACGATGGTGG
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TGCGCCATCCGTGGGAGCATGTGGTGGGTATGGGACTTGGTGCTGTGTTCGCGAACCAGC
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CTGCCAATGAGCGCCGTTACTTTGATGAAGATCGGGATTAGTTATTGGGTGATCTTTAAA
AGCTCCAGTAAAGAAGTATCTTCCGCTGGAGTCATCTCAAGTGCTTGTTCTTCCCTGTAA
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TGGTTAATAATTTTGAATGAGAAACCTTTCAATGCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1D381JQ C 1
AF RR1D381TF U 1
BS 1 574 RR1D381TF
BS 575 577 RR1D381JQ

RD RR1D381JQ 577 0 0
GGGAGTAATCACTTAAGCGGAAGAGATCAGAGACAGACTCTTCGACTAAAGTAAAAAAAT
CACAAAAATTCGACAAATTTCAGAAGATCGAAAGGATGCCTCTGAGTGCGACGATGGTGG
GAGCTTTGCTGGGTCTCGGTACCCAGATGTACTCCAACGCTCTCCGCAAGCTCCCTTACA
TGCGCCATCCGTGGGAGCATGTGGTGGGTATGGGACTTGGTGCTGTGTTCGCGAACCAGC
TCGTGAAATGGGATGTTAAGCTTAAGGAAGATCTCGAGGTCATGCTCGATAAGGCCAGAG
CTGCCAATGAGCGCCGTTACTTTGATGAAGATCGGGATTAGTTATTGGGTGATCTTTAAA
AGCTCCAGTAAAGAAGTATCTTCCGCTGGAGTCATCTCAAGTGCTTGTTCTTCCCTGTAA
AAGCCTTGCATCTCCTTTTTTTTTTTTGCTTAGAGCTTGTTCTCTTTTGCTTTGGCACTG
GGAGTTCTTTTGACTCAGTTGTGGTTTTCACAATCCAAATCACATGAATCTGTGTGTACC
TGGTTAATAATTTTGAATGAGAAACCTTTCAATGCTC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1D381TF 577 0 0
GGGAGTAATCACTTAAGCGGAAGAGATCAGAGACAGACTCTTCGACTAAAGTAAAAAAAT
CACAAAAATTCGACAAATTTCAGAAGATCGAAAGGATGCCTCTGAGTGCGACGATGGTGG
GAGCTTTGCTGGGTCTCGGTACCCAGATGTACTCCAACGCTCTCCGCAAGCTCCCTTACA
TGCGCCATCCGTGGGAGCATGTGGTGGGTATGGGACTTGGTGCTGTGTTCGCGAACCAGC
TCGTGAAATGGGATGTTAAGCTTAAGGAAGATCTCGAGGTCATGCTCGATAAGGCCAGAG
CTGCCAATGAGCGCCGTTACTTTGATGAAGATCGGGATTAGTTATTGGGTGATCTTTAAA
AGCTCCAGTAAAGAAGTATCTTCCGCTGGAGTCATCTCAAGTGCTTGTTCTTCCCTGTAA
AAGCCTTGCATCTCCTTTTTTTTTTTTGCTTAGAGCTTGTTCTCTTTTGCTTTGGCACTG
GGAGTTCTTTTGACTCAGTTGTGGTTTTCACAATCCAAATCACATGAATCTGTGTGTACC
TGGTTAATAATTTTGAATGAGAAACCTTTCAATG
CTC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 3

CO CL3989Contig1 1190 3 23 U
GGGGTCTCACTAAAAACGCGAAGAAGAAGCAGGAGGAGGAGAGCTCGAACACCAAAAAAA
ATGGAGGGAACCATCTCACCGCTTTGCCTACGTCATTCCTCGAGCCTATCTTACTTCTCC
AGCAACCTTTCACTAGACTCTCGCCGTACTCTGGGTTTTACTACATCTCTCGATTCTCTC
CGGCCAACGAACTTGTTTAGACGTCTTTCTCTGCAGAGAAGCGCTCTCCGCGCGCCGAAA
CTCACCGCGGGGGAAGTGAGAGATATCCCGATGCCGAAGGTTGATAAGAACGGTCGATTA
AGCAGTCCCCGCGCTGCCCGCGAGCTCGCTCTTGTGGTACTTTATGCCGCATGCTTAGAA
GGATCTGACCCTATTCGGCTCTTTGAGAAGAGGATCAATGCAAGAAGAGAGCCTGGATAC
GAGTTTGACAAGACTTCTTTGTTGAAATATAACCACATGAGCTTTGGAGGACCTCCTGTT
AAAACTGAAACTATTGAAGAGGAAGAGGAGCTTGTGCGCCTGGATGAAAATGAGTCCAAG
ATTGAAGCAGAAGTGCTTTCAGCTCCTCCAAAGCTGGTGTACAGCAAACTTGTTTTACGG
TTTGCAAAGAAACTCTTGGCTGCAGTGGCTGATAAATGGGATACTCATGTCCTCGTCATC
GATAAAATCTCCCCTCCAGATTGGAATAGCGCACCAGCTGGAAGAATACTAGAGTTTTCC
ATTCTTCACTTAGCAATGTCTGAAATTGCAGTTATTGAAACTCGACACCCGATTATCATC
AACGAGGCTGTTGATCTCGCCAAACAGTTCTGCGATGGATCAGCGCCACGCATAATCAAC
GGATGCCTTAGGACATTTGTCAAGGATAGAGCAGCAACACCAACACCAACACCTCAAGCT
TTAGAACTGAAGCAAAAATTTTCGGTTTTAAGTTAAGAACAAACCCGCATCTACGTTTGG
AGGCAGGCAGGCAGACCTCAGATTTTGGTTCATGGGAAATAAGCTCGTTAGTAAAGTGTT
GATCCGATGATCTTAAGAGTCTAGACGAGGAGAGATTCGGTCTAAAGCTAACTGAGACTG
GAACTATCTAGTAATCCATTGCAGCTCAACATGATTATTGCTAAGAACACAACATGCCCA
GATATATGTATAATGTATTCTCCCTTATATATACTTTAAGTAGTCGCTTT


BQ
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GG
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DS 

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GCTTT

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DS 



AS 1 3

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TCACCTCATCTAAAATCCACCCCTCGTCTACTCTTACATGGTCGCTCTACTCTCTCATGT
TCAGCCGCCAGCAACAACGGACCTCCTCCCGCCGGCGACTCTGTTCCAAATAACTTCTGT
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GACAACATAAGGAGCAGACGCAACAAGATCTTTCTCCTCATGGAGGAAGTCAGGAGGTTA
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AF RR1CV65TF U 29
AF RR1G648TF U 1
AF RR1G648JQ C 447
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G
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TCACCTCATCTAAAATCCACCCCTCGTCTACTCTTACATGGTCGCTCTACTCTCTCATGT
TCAGCCGCCAGCAACAACGGACCTCCTCCCGCCGGCGACTCTGTTCCAAATAACTTCTGT
ATAATCGAGGGATCAGAGACGGTTCAAGACTTTGTGCAGATGCAGCTTCAGGAGATTCAA
GACAACATAAGGAGCAGACGCAACAAGATCTTTCTCCTCATGGAGGAAGTCAGGAGGTTA
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GCAACAGAGATGCCTGAGATCCCTTCTTCCGTTCCTTTTCTCCCCAACGTGACACCAAAG
ACTCTGAAACAACTCTACTTGACCAGCGTTGCTTTGATCTCTGGTATCATCTTCTTTGGT
GGTCTCATTGCACCTAAGCTGGAGCTGAAGGTAGGATTAGGAGGGACCTCGTACGAG*AT
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AAGCAACAAGA

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DS 

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ACAGCTAGTGAGCACGACCCACGATTTGACCCTTTCGACTAGAAAAGCGATGGCATTTAG
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DS 



AS 1 3

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AAGATTTACCTGTATATTTAGCAATCGCATCGAACTCCACTGGAGCTACTCCAAAAGACT
TATTTGAAGATGCTGTTGAGGATTTGAAAAGAAAGTACCATGAGCTCAAATCTCAGATAA
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AAGTCTCAGTTTCTGAGGGTATCGGTTTCCCATCTATTCCTGACGTCAAACTAAAGTTAG
TTTTTGATGATTTGCTGGAAAGGGCAAAGGAGAAGGAAGAGAAGGAAGCTAGAAAACAGA
CTCGGAATACTGAGAAATTGGTGGATATGCTTCGCTCCTTCAAGTATATAACTGCCTCTT
CATCCTGGGAGGATTCTAAGCATCTTGTTGAAGGTAGTGAAAAATTCCGTTCTATAGGAG
ACGAGAGCTTCCGGAAGAAGACATTCGAGGATTACCTTTCGCACCTCAAAGAGCAAGCAA
AAAGGATCAAACAGAACAAGAAGGAACATGTTAGAGAGGAACATTACAAGGGGAATGATA
AGTACGGAAGAGAGAAGGACAGAGTGCGAGAAAGAGACATTAGAGATCATCGTAAGCAAG
GTTCAGCTGATAATCACAACCATAATGTGGACGAACTCCGTGGAAAAGAAGGTAGAAGAT
CAGGAAGAGATAGCCACAGTAGACATGGAGAAAGACATACTAGCGTGAAGGAAATTGAGA
CGGACCATTACAAAGAATCTCATAAAGCTGGTGGGGGCCATAAGAAATCAAGACAAGAGC
GAGGTTTGGTGCTAGAAGCAGAGGATGAAGGCAGGGAAAAGAGGCGTAGAAAAGAGGGAG
AGAGCGAGCAACATACAAAGGGTGCGGAAAAGGAAGAGGAGCTTGAAGATGGAGAATGTG
GTAGGTATTAAAATATATATATATTTTTACTCCCATCAATTGGGGGAGATGTTAGGCTTT
TAATTTGCTTGGGTTGAATTTTTTGAAGCCATTAAATTATTTTGTCACAAAAAAA


BQ
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AF RR1H262TF U 1
AF RR1CQ33TF U 319
AF RR1H262JQ C 828
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AGGACGTATTTAAGGTGAGAAAGGTAACGTTATCCGCTGGATCGACGTTTGGTGAGTTCA
AAGTCTCAGTTTCTGAGGGTATCGGTTTCCCATCTATTCCTGACGTCAAACTAAAGTTAG
TTTTTGATGATTTGCTGGAAAGGGCAAAGGAGAAGGAAGAGAAGGAAGCTAGAAAACAGA
CTCGGAATACTGAGAAATTGGTGGATATGCTTCGCTCCTTCAAGTATATAACTGCCTCTT
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QA 1 592 1 592
DS 

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TGGTGGATATGCTTCGCTCCTTCAAGTATATAACTGCCTCTTCATCCTGGGAGGATTCTA
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AAG

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DS 

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GATGTTAGGCTTTTAATTTGCTTGGGTTGAATTTTTTGAAGCCATTAAATTATTTTGTCA
CAAAAAAA

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DS 



AS 1 3

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TAAAATTATATGTAACAGAAGCTCTCCACATTATCTAATTGGAACACACTCTTTTTAAAT
AGCCATAGAGAGACTCACAGTAACTACTAAAACATGGCTTACAGTTTTTTACCTTGTTTA
CAAAATGACTCTCACTCAACTAAGCCCACACTTGACGAAAAAGCTTGTATCTTGCATTTG
AGGTCGCAAAATCATTAAACTCGCACGTTTTGTCGACGATAGATGTAAGAGGAGAGTCCA
GCTCCTCAAGCTCCTCGTCGCTCGTGTACCCTTTCCTCTGTATCATAGACACGTTCCTCG
ACAACTTTCCTGCAGCCTCTGCAACTTTCTCCGCTACGTCCATGGTCGATGGAGGCTTGT
AAGTAACAGAAGAAGCTGCATAAGGGAAGAAGCTCGCTTCTTCTTCTTCTGATCCATTGC
TCTCAACAGCATTGAGTTCTTCTAGGACAGCTCCAGGTACATGATCTGGACAGAACTCAT
CAGGAGTGAAGTTGCATAGTACTCTCTTGATTAGTGAGAGAGTTATTGATGGACATATCT
CTTCTCTAATGGAACTTTCCATAAGCATGTCTTTAGGGAGCATAAGAAGATCACTAAGTT
CATTTAACAACAAAAAGGCGTTACTACCACTATCACTGCCTTCACTCTCAACATGATCAT
CATCATCAGAGTTCATACCGAACATTTCAGTGAGGCATCTAGACCAGTTACCAATCGCGT
TTTTGAGCTGTGCTCCTGAACCAAAGCTCAAGTCTCCAGCAGGAATAGGCAGAACTTTGG
AGTCAAGAATAGGATCAGAGACGGGATCGGTTGGGATCTGATGTTCTGACTCTCGAAGAA
TAGCATTGAACATGGCTACATCGAATCTACCAACACACTTCTCCATCACCATTCTAGCCA
GAACAGGTAAGCAGCCACACTCGTGTCCCGCCCCTCTCACAGGACAAAGCCGTTGCAGAG
CGTCCCCAAAAGCATCTTTCCATAGGCTAATAGAAAAGGTTCCTTGCTTCTCGTTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BJ96JQ U 1
AF RR1G746JQ U 217
AF RR1G746TF C 458
BS 1 292 RR1BJ96JQ
BS 293 293 RR1G746JQ
BS 294 467 RR1BJ96JQ
BS 468 468 RR1G746JQ
BS 469 690 RR1BJ96JQ
BS 691 691 RR1G746JQ
BS 692 826 RR1BJ96JQ
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BS 828 840 RR1BJ96JQ
BS 841 938 RR1G746JQ
BS 939 1198 RR1G746TF

RD RR1BJ96JQ 840 0 0
CGAAAAAGAGGCGCGTTCAAGTTTTATTTATATAGAGAGTTAAAGACAGCTAATAAATCA
AACGGCGGCGTTTTCGCTTTACGCAAATTTTAAAAACTCATCGCTCTCACTCTCTCGGTT
CCCATCGTCTGCTCAGAATCTCAATCTCCTGTTTTGACTTGTTCTCTGATTTTACATATA
TAAAATTATATGTAACAGAAGCTCTCCACATTATCTAATTGGAACACACTCTTTTTAAAT
AGCCATAGAGAGACTCACAGTAACTACTAAAACATGGCTTACAGTTTTTTACTTTGTTTA
CAAAATGACTCTCACTCAACTAAGCCCACACTTGACGAAAAAGCTTGTATCTTGCATTTG
AGGTCGCAAAATCATTAAACTCGCACGTTTTGTCGACGATAGATGTAAGAGGAGAGTCCA
GCTCCTCAAGCTCCTCGTCGCTCGTGTACCCTTTCCTCTGTATCATAAACACGTTCCTCG
ACAACTTTCCTGCAGCCTCTGCAACTTTCTCCGCTACGTCCATGGTCGATGGAGGCTTGT
AAGTAACAGAAGAAGCTGCATAAGGGAAGAAGCTCGCTTCTTCTTCTTCTGATCCATTGC
TCTCAACAGCATTGAGTTCTTCTAGGACAGCTCCAGGTACATGATCTGGACAGAACTCAT
CAGGAGTGAAGTTGCATAGTACTCTCTTGACTAGTGAGAGAGTTATTGATGGACATATCT
CTTCTCTAATGGAACTTTCCATAAGCATGTCTTTAGGGAGCATAAGAAGATCACTAAGTT
CATTTAACAACAAAAAGGCGTTACTACCACTATCACTGCCTTCACTATCAACATGATCAT

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR1G746JQ 722 0 0
C
ATTGGAACACGCTCTTTTTAAATAGCCATAGAGAGACTCACAGTAACTACTAAAACATTG
CTTACAGTTTTTTACCTTGTTTACAAAATGACTCTCACTCAACTAAGCCCACACTTGACG
AAAAAGCTTGTATCTTGCATTTGAGGTCGCAAAATCATTAAACTCGCACGTTTTGTCGAC
GATAGATGTAAGAGGAGAGTCCAGCTCCTCAAGCTCCTCGTCGCTCGTGTACCCTTTCCT
CTGTATCATAGACACGTTCCTCGACAACTTTCCTGCAGCCTCTGCAACTTTCTCCGCTAC
GTCCATGGTCGATGGAGGCTTGTAAGTAACAGAAGAAGCTGCATAAGGGAAGAAGCTCGC
TTCTTCTTCTTCTGATCCATTGCTCTCAACAGCATTGAGTTCTTCTAGGACAGCTCCAGG
TACATGATCTGGACAGAACTCATCAGGAGTGAAGTTGCATAGTACTCTCTTGATTAGTGA
GAGAGTTATTGATGGACATATCTCTTCTCTAATGGAACTTTCCATAAGCATGTCTTTAGG
GAGCATAAGAAGATCACTAAGTTCATTTAACAACAAAAAGGCGTTACTACCACTATCACT
GCCTTCACTCTCAACATGATCATCATCATCAGAGTTCATACCGAACATTTCAGTGAGGCA
TCTAGACCAGTTACCAATCGCGTTTTTGAGCTGTGCTCCTGAACCAAAGCTCAAGTCTCC
A

QA 2 722 2 722
DS 

RD RR1G746TF 741 0 0
CTGTATCATAGACACGTTCCTCGACAACTTTC*TGCAGC*TCTGCAACTTTCTCCGCTAC
GTCCATGGTCGATGGAGGCTTGTAAGTAACAGAAGAAGCTGCATAAGGGAAGAAGCTCGC
TTCTTCTTCTTCTGATCCATTGCTCTCAACAGCATTGAGTTCTTCTAGGACAGCTCCAGG
TACATGATCTGGACAGAACTCATCAGGAGTGAAGTTGCATAGTACTCTCTTGATTAGTGA
GAGAGTTATTGATGGACATATCTCTTCTCTAATGGAACTTTCCATAAGCATGTCTTTAGG
GAGCATAAGAAGATCACTAAGTTCATTTAACAACAAAAAGGCGTTACTACCACTATCACT
GCCTTCACTCTCAACATGATCATCATCATCAGAGTTCATACCGAACATTTCAGTGAGGCA
TCTAGACCAGTTACCAATCGCGTTTTTGAGCTGTGCTCCTGAACCAAAGCTCAAGTCTCC
AGCAGGAATAGGCAGAACTTTGGAGTCAAGAATAGGATCAGAGACGGGATCGGTTGGGAT
CTGATGTTCTGACTCTCGAAGAATAGCATTGAACATGGCTACATCGAATCTACCAACACA
CTTCTCCATCACCATTCTAGCCAGAACAGGTAAGCAGCCACACTCGTGTCCCGCCCCTCT
CACAGGACAAAGCCGTTGCAGAGCGTCCCCAAAAGCATCTTTCCATAGGCTAATAGAAAA
GGTTCCTTGCTTCTCGTTCGC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 3

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ACCAGAGTCACCTGAAATGACGGCACCATCTCCCTCAAGTTCGGGCACCAACCAGCTCCT
AGTTTCAACACTGACACTCTTTGCCGTTATCGTATCTACAACATACATTTCGACCTTTTC
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TAATTTCATGACTGATTCTAATATAATGTTTTTTTTTTTTTGC


BQ
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AF RR1G887TF U 1
AF RR1FX83TF U 4
AF RR1G887JQ C 4
BS 1 43 RR1G887TF
BS 44 44 RR1FX83TF
BS 45 283 RR1G887TF

RD RR1G887TF 283 0 0
AGGGCAACATCAGACGAGTCACCAACATCGCCAACATCAGACGAGGTCACCGACATCTTT
ACCAGAGTCACCTGAAATGACGGCACCATCTCCCTCAAGTTCGGGCACCAACCAGCTCCT
AGTTTCAACACTGACACTCTTTGCCGTTATCGTATCTACAACATACATTTCGACCTTTTC
TAATTAATTGTTTTTTTCACATTTCATATATTTTTTTTACTGAGCTATATTTTATGATTG
TAATTTCATGACTGATTCTAATATAATGTTTTTTTTTTTTTGC

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR1FX83TF 280 0 0
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AGAGTCACCTGAAATGACGGCACCATCTCCCTCAAGTTCGGGCACCAACCAGCTCCTAGT
TTCAACACTGACACTCTTTGCCGTTATCGTATCTACAACATACATTTCGACCTTTTCTAA
TTAATTGTTTTTTTCACATTTCATATATTTTTTTTACTGAGCTATATTTTATGATTGTAA
TTTCATGACTGATTCTAATATAATGTTTTTTTTTTTTTGC

QA 1 280 1 280
DS 

RD RR1G887JQ 280 0 0
GCAACATCAGACGAGTCACCAACATCGCCAACATCAGACG*GGTCACCGACATCTTTACC
AGAGTCACCTGAAATGACGGCACCATCTCCCTCAAGTTCGGGCACCAACCAGCTCCTAGT
TTCAACACTGACACTCTTTGCCGTTATCGTATTTACAACATACATTTCGACCTTTTCTAA
TTAATTGTTTTTTTCACATTTCATATATTTTTTTTACTGAGCTATATTTTATGATTGTAA
TTTCATGACTGATTCTAATATAATGTTTTTTTTTTTTTGC

QA 1 280 1 280
DS 



AS 1 3

CO CL3994Contig1 507 3 4 U
GGATCACTCCAAATTCAACAGAGAGTAAAGAGCAGACATAGAGATAAAATGGCCATGGCA
ACAAAATCAGTTTCTTCTTTCACCCTCATTTTCATCCTCGTTTCGGTGATTTTCGAAGTG
CCGGAGATAATAGCCCAGGATAGCGAGTGCCTGAAAGAATACGGTGGTGATGTGGGTTTT
GGCTTCTGTGCGCCTCGGATTTTTCCGACGATTTGTTATACAAGATGCCGTGAGAACAAG
GGGGCTAAAGGTGGAAGATGCATTTGGGGAGATGCCGGTGCTGGTGGTGTTAAATGCTTA
TGCGACTACTGCAACGACAGCCCTTATGATCAGATTCTAAGCGGTGGGATATGAGTCATG
CACGTGTCATGGTTTGTGTGATAATAAATGTGTAAGTGGCCAAGTGTGTCATGGTTTGTG
TAATAATAAATGTGAAAGTGGCACAAGTAACAATGTAATAACTTACAACGAATATGTGAA
ATAAAAAGCCGGAAATATCTGAGGCTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E281TF U 1
AF RR1GI46JQ C 311
AF RR1GI46TF U 1
BS 1 235 RR1E281TF
BS 236 236 RR1GI46TF
BS 237 487 RR1E281TF
BS 488 507 RR1GI46TF

RD RR1E281TF 487 0 0
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GGCTTCTGTGCGCCTCGGATTTTTCCGACGATTTGTTATACAAGATGCCGTGAGAGCAAG
GGGGCTAAAGGTGGAAGATGCATTTGGGGAGATGCCGGTGCTGGTGGTGTTAAATGCTTA
TGCGACTACTGCAACGACAGCCCTTATGATCAGATTCTAAGCGGTGGGATATGAGTCATG
CACGTGTCATGGTTTGTGTGATAATAAATGTGTAAGTGGCCAAGTGTGTCATGGTTTGTG
TAATAATAAATGTGAAAGTGGCACAAGTAACAATGTAATAACTTACAACGAATATGTGAA
ATAAAAA

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1GI46JQ 177 0 0
GCAACGACAGCCCTTATGATCAGATTTTAAGCGGTGGGATATGAGTCATGCACGTGTCAT
GGTTTGTGTGATAATAAATGTGTAAGTGGCCAAGTGTGTCATGGTTTGTGTAATAATAAA
TGTGAAAGTGGCACAAGTAACAATGTAATAACTTACAACGAATATGTGAAATAAAAA

QA 1 177 1 177
DS 

RD RR1GI46TF 507 0 0
GGATCACTCCAAATTCAACAGAGAGTAAAGAGCAGACATAGAGATAAAATGGCCATGGCA
ACAAAATCAGTTTCTTCTTTCACCCTCATTTTCATCCTCGTTTCGGTGATTTTTGAAGTG
CCGGAGATAATAGCCCAGGATAGCGAGTGCCTGAAAGAATACGGTGGTGATGTGGGTTTT
GGCTTCTGTGCGCCTCGGATTTTTCCGACGATTTGTTATACAAGATGCCGTGAGAACAAG
GGGGCTAAAGGTGGAAGATGCATTTGGGGAGATGCCGGTGCTGGTGGTGTTAAATGCTTA
TGCGACTACTGCAACGACAGCCCTTATGATCAGATTCTAAGCGGTGGGATATGAGTCATG
CACGTGTCATGGTTTGTGTGATAATAAATGTGTAAGTGGCCAAGTGTGTCATGGTTTGTG
TAATAATAAATGTGAAAGTGGCACAAGTAACAATGTAATAACTTACAACGAATATGTGAA
ATAAAAAGCCGGAAATATCTGAGGCTC

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 3

CO CL3995Contig1 867 3 2 U
GGGGGTTACAAGAAGCATCGAGATATGATCCTCATTTCGTTTGGTTCCTCTTCTTCATCT
CAGATCGCCGCCATCTTCTCAGTCACGCTTCTTCTGCTCTACTTCTCTGAAGCAACTCTA
GGATCCCCTTGTCTGATCAATGGCTTACCAATCGTGAGGAACATTAGTGAAATTCCTCAG
GATTCCTATGGAATACCAGGTCTGACCCACATGACTGTTGCTGGGTCCGTACTGCACGGA
ATGAAAGAGGTTGAAATACGGCTTCAAACGTTTGCTCCAGGTGCAGCAACACCGATTCAC
AGGCACTCCTGTGAAGAGGTTTTCGTTGTCCAAAAGGGCAGTGGTACTCTGTATCTCGCT
GAAACACATGAAAGTGTCCCTGGGAAACCAGTTGAATTTCCAATCTCTGCCAACAGTACG
TTTCATATTCCAATCAATGATGCTCATCAGGTCAAGAATACCGGTCATGAGGACCTGCAG
GTGTTGGTTATTATATCTCGGCCGCCTATCAAAATCTTCACCTACGATGACTGGTTTATG
CCACACACTGCTGCGAGGTTGAAGTTTCCTTTCTATTGGGATGAGCAATGCTTCCAAGAA
TCGCAAAAAGACGAGCTCTAGAGAAAAGTTCAAGGGCAAAACTAAGCACGATCTTTAAAT
AATGAAACCATATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACAATTGATGCT
GGTGTAAATTGGTAAGTGTTTTATATAAATGGTGCTTACCATAAAGTTAAATGAGTATTA
AATATTGTTAACTCTCAAGTCAAGTGAGTCTTTGTTCTGAAAAACCATGTAACAATGATG
AATGAGCACATCTTGATTGCAGTTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EF69TF U 6
AF RR1F315TF U 1
AF RR1F315JQ C 136
BS 1 816 RR1F315TF
BS 817 867 RR1F315JQ

RD RR1EF69TF 604 0 0
GG
ACAAGAAGCATCGAGATATGATCCTCATTTCGTTTGGTTCCTCTTCTTCATCTCAGATCG
CCGCCATCTTCTCAGTCACGCTTCTTCTGCTCTACTTCTCTGAAGCAACTCTAGGATCCC
CTTGTCTGATCAATGGCTTACCAATCGTGAGGAACATTAGTGAAATTCCTCAGGATTCCT
ATGGAATACCAGGTCTGACCCACATGACTGTTGCTGGGTCCGTACTGCACGGAATGAAAG
AGGTTGAAATATGGCTTCAAACGTTTGCTCCAGGTGCAGCAACACCGATTCACAGGCACT
CCTGTGAAGAGGTTTTCGTTGTCCGAAAGGGCAGTGGTACTCTGTATCTCGCTGAAACAC
ATGAAAGTGTCCCTGGGAAACCAGTTGAATTTCCAATCTCTGCCAACAGTACGTTTCATA
TTCCAATCAATGATGCTCATCAGGTCAAGAATACCGGTCATGAGGACCTGCAGGTGTTGG
TTATTATATCTCGGCCGCCTATCAAAATCTTCACCTACGATGACTGGTTTATGCCACACA
CTGCTGCGAGGTTGAAGTTTCCTTTCTATTGGGATGAGCAATGCTTCCAAGAATCGCAAA
GA

QA 3 602 3 602
DS 

RD RR1F315TF 816 0 0
GGGGGTTACAAGAAGCATCGAGATATGATCCTCATTTCGTTTGGTTCCTCTTCTTCATCT
CAGATCGCCGCCATCTTCTCAGTCACGCTTCTTCTGCTCTACTTCTCTGAAGCAACTCTA
GGATCCCCTTGTCTGATCAATGGCTTACCAATCGTGAGGAACATTAGTGAAATTCCTCAG
GATTCCTATGGAATACCAGGTCTGACCCACATGACTGTTGCTGGGTCCGTACTGCACGGA
ATGAAAGAGGTTGAAATACGGCTTCAAACGTTTGCTCCAGGTGCAGCAACACCGATTCAC
AGGCACTCCTGTGAAGAGGTTTTCGTTGTCCAAAAGGGCAGTGGTACTCTGTATCTCGCT
GAAACACATGAAAGTGTCCCTGGGAAACCAGTTGAATTTCCAATCTCTGCCAACAGTACG
TTTCATATTCCAATCAATGATGCTCATCAGGTCAAGAATACCGGTCATGAGGACCTGCAG
GTGTTGGTTATTATATCTCGGCCGCCTATCAAAATCTTCACCTACGATGACTGGTTTATG
CCACACACTGCTGCGAGGTTGAAGTTTCCTTTCTATTGGGATGAGCAATGCTTCCAAGAA
TCGCAAAAAGACGAGCTCTAGAGAAAAGTTCAAGGGCAAAACTAAGCACGATCTTTAAAT
AATGAAACCATATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACAATTGATGCT
GGTGTAAATTGGTAAGTGTTTTATATAAATGGTGCTTACCATAAAGTTAAATGAGTATTA
AATATTGTTAACTCTCAAGTCAAGTGAGTCTTTGTT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1F315JQ 732 0 0
ATCAATGGCTTACCAATCGTGAGGAACATTAGTGAAATTCCTCAGGATTCCTATGGAATA
CCAGGTCTGACCCACATGACTGTTGCTGGGTCCGTACTGCACGGAATGAAAGAGGTTGAA
ATACGGCTTCAAACGTTTGCTCCAGGTGCAGCAACACCGATTCACAGGCACTCCTGTGAA
GAGGTTTTCGTTGTCCAAAAGGGCAGTGGTACTCTGTATCTCGCTGAAACACATGAAAGT
GTCCCTGGGAAACCAGTTGAATTTCCAATCTCTGCCAACAGTACGTTTCATATTCCAATC
AATGATGCTCATCAGGTCAAGAATACCGGTCATGAGGACCTGCAGGTGTTGGTTATTATA
TTTCGGCCGCCTATCAAAATCTTCACCTACGATGACTGGTTTATGCCACACACTGCTGCG
AGGTTGAAGTTTCCTTTCTATTGGGATGAGCAATGCTTCCAAGAATCGCAAAAAGACGAG
CTCTAGAGAAAAGTTCAAGGGCAAAACTAAGCACGATCTTTAAATAATGAAACCATATTT
GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACAATTGATGCTGGTGTAAATTGGTAA
GTGTTTTATATAAATGGTGCTTACCATAAAGTTAAATGAGTATTAAATATTGTTAACTCT
CAAGTCAAGTGAGTCTTTGTTCTGAAAAACCATGTAACAATGATGAATGAGCACATCTTG
ATTGCAGTTGCG

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL3996Contig1 697 2 3 U
GGGTAAAAGAAAAAAAAATGCTCTCTTCCTCCCTAAGAATGGAGTTACTCTGTTTCTTCA
CTCTGCTTTTGATATCACAGTCTGTTGCATTGAATATGACAGAGGAAATGCAGACTGCAT
GTGAAATGTGCTTAGAGTGTGAGAATCCATGTGATCAGCCACCACCTCCGCAAGAGCTAC
TCTGTCCTCCACCTCTTCCACCACCTCCGCCGATAGAGATTCTCTGTCCTCCACCTCTTC
CACCGCCTCCACTAGAGATTTTCTGTCCTCCACCACCCTCACCACCACCGCCTTCTCCTC
CTCCGCCACCTCCATCACCACCACCGCCGTGTACGCACTGCCCACTACCGCTTCCACCAC
CGCAGCCGCTAGTTTGTAACGAATGCGTTCATAATAAACCGAGACCGCCGATCATTATCA
CCGCAGCAGCAGCGTCACTGGAGGTTTCAGCTTCTATAAGCTTCGCAACTGCTCTCGCCT
TCCTCGTCTCTTCTCTGCTTCGTTAATCTTCTGCTAGCGATCTTCGGCCTTTCATGTCTC
AACATTATATTATTCTTACAATCATCACTAAGTGGGGTTTTGAAGAAACTTGGTTGTATT
ATCCTCTATCCATTTTGGTTGTTTCTCGAATTATCCGTCCTCAAATAAATATATTGACTT
GTTGTTTGAAACAGAGTTAGGTTTTGCTAATTCCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF08TF U 1
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DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CE19JQ U 1
AF RR1CE19TF C 1
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C

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C

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QA 1 814 1 814
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AS 1 3

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BQ
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AF RR1AA10TF U 1
AF RR1H085JQ C 1
AF RR1H085TF U 1
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TAATCAAGACACATTGGTTAGT

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1H085JQ 562 0 0
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GAATGCCAAAAAAGTTGTCGTGAGAAACGCGGACCTAAGACGAAGAGTGTATGCTTTGGG
TCAAAAACCAGAAAACCTATGCATTGCATTTGCGCAATTTCTTGTTAACGTGCTGGTTAA
GTATGGTGAACAAATATGATGCTCAACAATAATATCTTTGAAGTATTTTTTACATTTTTG
TTCTGTTATTTTTTCTTTAACACTATAATATTTTTATCGAAAGCCTTATAATAAAGTAAT
GTAGTTGACATGTAAATAAAGTATTGAAATGTTATTTATAATAATTAATAACATAAATGT
TAATCAAGACACATTGGTTAGT

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1H085TF 567 0 0
GGACATCACCTTTCCTTTAAGAGTTTAAAACCATTATCAGTTAAGTGCTAAAAAAAAAAA
*CCATTATCAATTCACTTCTATCATATATGATGAGAAAAACTCCCCAACTCTCGTTTACA
GTCTTGACTATCTTCATCATTCTTGTGCTAGGAACGATGGCAAGTGTATTAAAAGAAGAG
AGAAAATGGTGTGATGAACAAAATCTCCCTGTAAATAAAGATGGGATGTGTGTAGAATCT
GAATGCCAAAAAAGTTGTCGTGAGAAACGCGGACCTAAGACGAAGAGTGTATGCTTTGGG
TCAAAAACCAGAAAACCTATGCATTGCATTTGCGCAATTTCTTGTTAACGTGCTGGTTAA
GTATGGTGAACAAATATGATGCTCAACAATAATATCTTTGAAGTATTTTTTACATTTTTG
TTCTGTTATTTTTTCTTTAACACTATAATATTTTTATCGAAAGCCTTATAATAAAGTAAT
GTAGTTGACATGTAAATAAAGTATTGAAATGTTATTTATAATAATTAATAACATAAATGT
TAATCAAGACACATTGGTTAGTAAAAA

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL3999Contig1 966 2 2 U
GGCTGGTGTAAGTTGTGATCTCAAGTTAGCTTGCTGTGGTAGCATAGAAGGAGAAGAAGT
GAAAGAGCAATTTGATCTTGAGGTAAAGAGTGAGGACAATGCAAGTCTGTTTGCTGTGGT
GATGAAAAGCAAACCGGAGAGATAACTCTGGCATGTGAGGAAAGGACAGACGGTTCTGAT
TGCTGCTATGAGAAGGATTGTCTGGAGAGTGAAGCTGGTGTAATTTGTGATCTCGAGTTG
GTTTGTTGTGGGAACACAGAAGAAAAAGTGAGAGAGAAATGTGATCTTGAGAAGGGCGCC
TTGCAGGTGAAGAACCAAGGAGAATGCAAGTCTGATTGCTGTGACGATGAGATAACTCTG
GCCACAGGATGCTGCGGAAGCAACAAGGAAGTGACACAAATCTGCAATGATAAGCCTGTT
AGCAAATCCCCTTGCTGTGGAACTGGTTTGAAGCAAGAAGGGTCGTCTAGTTTGGTAAAT
GTGGTGGAGAGTGGTAGCAAAGTGCGAGAGATGGTGAAGCTTTCTAGCCAAAGCTGTTGC
ACAAATCCTACTGAGCTGGTGTTATCTGACTTGAAGAAGGTAGAGACGTGTTGCAAAGTG
AAGACTCCAGAGGCTTGTGATCTAAATGTAAGGTAAAAGAGAGGCATCACATCGGTAAAA
GCTGTTGCAGGAGTTATGCCAATGCATATTGTAGCCACAGGCATCATCACCATCACCACC
ATCACGGCCACCACCATCACCACCATGTGGGGGCTGCTTGATGGAGACGTGACTGAATAG
CTTAGAATTTCAGATGCATCCATCTATTCAAGTAACCTTTCCCCTTCAACTAGTGCGGTC
GAGAAAAAAAAAAAAAATTTTATTGTTTTCAGCTAGATTTAGCAACTGTGTGATTCATTA
AGACAAATGCTAGTGATCCTTGTGTCTTCTCTATGTTTGCGATAATAATCCTAGAGTACT
TCTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD95TF U 1
AF RR1FS19JQ C 212
BS 1 596 RR1GD95TF
BS 597 966 RR1FS19JQ

RD RR1GD95TF 596 0 0
GGCTGGTGTAAGTTGTGATCTCAAGTTAGCTTGCTGTGGTAGCATAGAAGGAGAAGAAGT
GAAAGAGCAATTTGATCTTGAGGTAAAGAGTGAGGACAATGCAAGTCTGTTTGCTGTGGT
GATGAAAAGCAAACCGGAGAGATAACTCTGGCATGTGAGGAAAGGACAGACGGTTCTGAT
TGCTGCTATGAGAAGGATTGTCTGGAGAGTGAAGCTGGTGTAATTTGTGATCTCGAGTTG
GTTTGTTGTGGGAACACAGAAGAAAAAGTGAGAGAGAAATGTGATCTTGAGAAGGGCGCC
TTGCAGGTGAAGAACCAAGGAGAATGCAAGTCTGATTGCTGTGACGATGAGATAACTCTG
GCCACAGGATGCTGCGGAAGCAACAAGGAAGTGACACAAATCTGCAATGATAAGCCTGTT
AGCAAATCCCCTTGCTGTGGAACTGGTTTGAAGCAAGAAGGGTCGTCTAGTTTGGTAAAT
GTGGTGGAGAGTGGTAGCAAAGTGCGAGAGATGGTGAAGCTTTCTAGCCAAAGCTGTTGC
ACAAATCCTACTGAGCTGGTGTTATCTGACTTGAAGAAGGTAGAGACGTGTTGCAA

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1FS19JQ 755 0 0
AAGCTGGTGTAATTTGTGATCTCGAGTTGGTTTGTTGTGGGAACACAGAAGAAAAAGTGA
GAGAGAAATGTGATCTTGAGAAGGGCGCCTTGCAGGTGAAGAACCAAGGAGAATGCAAGT
CTGATTGCTGTGACGATGAGATAACTCTGGCCACAGGATGCTGCGGAAGCAACAAGGAAG
TGACACAAATCTGCAATGATAAGCCTGTTAGCAAATCCCCTTGCTGTGGAACTGGTTTGA
AGCAAGAAGGGTCGTCTAGTTTGGTAAATGTGGTGGAGAGTGGTAGCAAAGTGCGAGAGA
TGGTGAAGCTTTCTAGCCAAAGCTGTTGCACAAATCCTACTGAGCTGGTGTTATCTGACT
TGAAGAAGGTAGAGACGTGTTGCAAAGTGAAGACTCCAGAGGCTTGTGATCTAAATGTAA
GGTAAAAGAGAGGCATCACATCGGTAAAAGCTGTTGCAGGAGTTATGCCAATGCATATTG
TAGCCACAGGCATCATCACCATCACCACCATCACGGCCACCACCATCACCACCATGTGGG
GGCTGCTTGATGGAGACGTGACTGAATAGCTTAGAATTTCAGATGCATCCATCTATTCAA
GTAACCTTTCCCCTTCAACTAGTGCGGTCGAGAAAAAAAAAAAAAATTTTATTGTTTTCA
GCTAGATTTAGCAACTGTGTGATTCATTAAGACAAATGCTAGTGATCCTTGTGTCTTCTC
TATGTTTGCGATAATAATCCTAGAGTACTTCTATC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 3

CO CL4000Contig1 1010 3 8 U
TTTTTTATCTTGATCTTTAGACCATGCATTAGGGTCTGTGCTTAACAAATTTATCAATGT
AGACTCTGTTGCTCTAGTTAAAAACCTAACACTAATTTCGTTTACAGTTCTCTTTGAATA
CACATCCTTTTTTATCGATCATCACACTGATGTTCTACTGCATTTTCCATCCCTTTTTTG
TGTTATTCTGACACAGTTTCTCTTGTAAGGCTGGAGTCTCCAAGCCTGAAACTTTTTGGC
ATTATTTCAGTTATCTCAGCAGGAGTGTTGTTATCAGTTGCAAAGGAGACGGAGTTTGAG
TTTTGGGGTTTCGTTTTTGTCATGCTTGCTGCTGTCATGTCTGGTTTCCGTTGGTGTATG
ACCCAAGTTCTTTTGCAGAGAGAAACGTATGGCCTGAAAAATCCATTCACTTTTATGAGT
TGCGTGTCACCAGTTATGGCTATAGCGACTGGTCTTCTTTCTCTCCTCCTGGATCCATGG
AGTGAATTTAGAGAGAACAGATACTTTGATAGTGGAGAGCATTTTGCTCGAACTTGTTTC
TTGATGCTTTTTGGTGGAGCACTAGCTTTTTTCATGGTTTTAACAGAGTATGTTCTTGTT
TCGGTGACCAGTGCTGTAACTGTCACAATAGCGGGGGTCGTTAAAGAGGCTGTCACCATA
GTGGTTGCAGTGTTTTACTTCCATGACGAATTTACGTGGCTGAAAGGTTTTGGCCTGATG
ATTATCATGGTTGGTGTCAGTTTGTTCAACTGGTACAAATATGATAAACTTCAGAAGGGA
CACAAAACAGAAGATGAGACGCAGCTACAAGCTTCAAGTCAAAACGGAAAATATGTGATT
CTCGATGAGACGGATGATCAAGAAGAGGGTCCTTAACCGTAAGCATTTTTTTGTGTTGCA
TCATCCAGAATCTCTGGTAAAACTACTTATAAACGCTCTCATGAAACTGATTTTGCCTTC
ATGGAAACGTCAGAGATTGGCAAGTTTAAATGAATTTAAAGTTTATTCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1FR85TF U 1
AF RR1FR85JQ C 329
AF RR1BH88TF U 429
BS 1 593 RR1FR85TF
BS 594 823 RR1BH88TF
BS 824 824 RR1FR85JQ
BS 825 968 RR1BH88TF
BS 969 969 RR1FR85JQ
BS 970 979 RR1BH88TF
BS 980 980 RR1FR85JQ
BS 981 1010 RR1BH88TF

RD RR1FR85TF 593 0 0
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AGACTCTGTTGCTCTAGTTAAAAACCTAACACTAATTTCGTTTACAGTTCTCTTTGAATA
CACATCCTTTTTTATCGATCATCACACTGATGTTCTACTGCATTTTCCATCCCTTTTTTG
TGTTATTCTGACACAGTTTCTCTTGTAAGGCTGGAGTCTCCAAGCCTGAAACTTTTTGGC
ATTATTTCAGTTATCTCAGCAGGAGTGTTGTTATCAGTTGCAAAGGAGACGGAGTTTGAG
TTTTGGGGTTTCGTTTTTGTCATGCTTGCTGCTGTCATGTCTGGTTTCCGTTGGTGTATG
ACCCAAGTTCTTTTGCAGAGAGAAACGTATGGCCTGAAAAATCCATTCACTTTTATGAGT
TGCGTGTCACCAGTTATGGCTATAGCGACTGGTCTTCTTTCTCTCCTCCTGGATCCATGG
AGTGAATTTAGAGAGAACAGATACTTTGATAGTGGAGAGCATTTTGCTCGAACTTGTTTC
TTGATGCTTTTTGGTGGAGCACTAGCTTTTTTCATGGTTTTAACAGAGTATGT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1FR85JQ 680 0 0
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ATGGCCTGAAAAATCCATTCACTTTTATGAGTTGCGTGTCACCAGTTATGGCTATAGCGA
CTGGTCTTCTTTCTCTCCTCCTGGATCCATGGAGTGAATTTAGAGAGAACAGATACTTTG
ATAGTGGAGAGCATTTTGCTCGAACTTGTTTCTTGATGCTTTTTGGTGGAGCACTAGCTT
TTTTCATGGTTTTAACAGAGTATGTTCTTGTTTCGGTGACCAGTGCTGTAACTGTCACAA
TAGCGGGGGTCGTTAAAGAGGCTGTCACCATAGTGGTTGCAGTGTTTTACTTCCATGACG
AATTTACGTGGCTGAAAGGTTTTGGCCTGATGATTATCATGGTTGGTGTCAGTTTGTTCA
ACTGGTACAAATATGATAAACTTCAGAAGGGACACAAAACAGAAGATGAGACGCAGCTAC
AAGCTTCAAGTCAAAACGGAAAATATGTGATTCTCGATGAGACGGATGATCAAGAAGAGG
GTCCTTAACCGTAAGCATTTTTTTGTGTTGCATCATCCAGAATCTCTGGTAAAACTACTT
ATAACCGCTCTCATGAAACTGATTTTGCCTTCATGGAAACGTCAGAGATTGGCAAGTTTA
AATGAATTTAAAGTTTATTC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1BH88TF 582 0 0
G
CCAGTTATGGCTATAGCGACTGGTCTTCTTTCTCTCCTCCTGGATCCATGGAGTGAATTT
AGAGAGAACAGATACTTTGATAGTGGAGAGCATTTTGCTCGAACTTGTTTCTTGATGCTT
TTTGGTGGAGCACTAGCTTTTTTCATGGTTTTAACAGAGTATGTTCTTGTTTCGGTGACC
AGTGCTGTAACTGTCACAATAGCGGGGGTCGTTAAAGAGGCTGTCACCATAGTGGTTGCA
GTGTTTTACTTCCATGACGAATTTACGTGGCTGAAAGGTTTTGGCCTGATGATTATCATG
GTTGGTGTCAGTTTGTTCAACTGGTACAAATATGATAAACTTCAGAAGGGACACAAAACA
GAAGATGAGACGCAGCTACAAGCTTCAAGTCAAACCGGAAAATATGTGATTCTCGATGAG
ACGGATGATCAAGAAGAGGGTCCTTAACCGTAAGCATTTTTTTGTGTTGCATCATCCAGA
ATCTCTGGTAAAACTACTTATAAACGCTCTCATGAAACTGATTTTGCCTTCATGGAAACT
TCAGAGATTGTCAAGTTTAAATGAATTTAAAGTTTATTCTA

QA 2 582 2 582
DS 



AS 1 3

CO CL4001Contig1 770 3 5 U
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GAGTTTCTTCTTCCGCTTGTCGGATTAACACACTTCGCATGGCGACTTTTTGTTGTGTTT
TCTCGGTTCGGAACAGAGCTTTGCTTCATGTTTTCTTCCTTATCTCTGTTTATCCGAATC
GATTAATAAAACTCGTGTGTCTGGCTTTCCGCTCTGTTCTCAAATTTTATTCCGTTTAGA
TATTGAGTCAAGATCCGTTTTTACCGTTCACTTTGATTTCTTAATAGGAGAATCAGTCTT
CGTTCTTTATTACAGCTGTCTATGGCATGATACGAAGCATCTCTGAAATAAGAAAGATGA
GTTTTAAAGGTGGCTTTGAATCGTGTATGAAGGGATTCAGAAGCGCTGGCGTTTCCAAAC
GGTCCAGCAAAGGGTCTTGTTTCATCGAGATTTGAGCTTCCTCCGGTTTAACTACGGTGA
TTATGGTTTTATTTGCTCAAGTATCGGCGGTTAAAGTGGAAGGCGTTCTATATTTGGTAT
TGGAATCCTAGATTGGAGCATCTTTGTTATCTTTTGTTGGAATCATGCAGCGGAGAAATA
GAGATTGAGAGGCGTTTTCTGGGAAGCTTGCGGTGGCGATGTTTGGCGGTGCGACCGAGA
TTGCTACTCCACATGCATGAAACACGTGTCCCAGAGATGTGGTTTTGTTATAACTCGATC
TATTTAAATGGATAGTTAATAAGAAGAAAAAAACTGCAACCCATCGATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C702TF U 1
AF RR1A424JQ C 38
AF RR1A424TF U 43
BS 1 157 RR1C702TF
BS 158 158 RR1A424TF
BS 159 687 RR1C702TF
BS 688 736 RR1A424TF
BS 737 770 RR1A424JQ

RD RR1C702TF 687 0 0
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GAGTTTCTTCTTCCGCTTGTCGGATTAACACACTTCGCATGGCGACTTTTTGTTGTGTTT
TCTCGGTTCGGAACAGAGCTTTGCTTCATGTTTTCTTTCTTATCTCTGTTTATCCGAATC
GATTAATAAAACTCGTGTGTCTGGCTTTCCGCTCTGTTCTCAAATTTTATTCCGTTTAGA
TATTGAGTCAAGATCCGTTTTTACCGTTCACTTTGATTTCTTAATAGGAGAATCAGTCTT
CGTTCTTTATTACAGCTGTCTATGGCATGATACGAAGCATCTCTGAAATAAGAAAGATGA
GTTTTAAAGGTGGCTTTGAATCGTGTATGAAGGGATTCAGAAGCGCTGGCGTTTCCAAAC
GGTCCAGCAAAGGGTCTTGTTTCATCGAGATTTGAGCTTCCTCCGGTTTAACTACGGTGA
TTATGGTTTTATTTGCTCAAGTATCGGCGGTTAAAGTGGAAGGCGTTCTATATTTGGTAT
TGGAATCCTAGATTGGAGCATCTTTGTTATCTTTTGTTGGAATCATGCAGCGGAGAAATA
GAGATTGAGAGGCGTTTTCTGGGAAGCTTGCGGTGGCGATGTTTGGCGGTGCGACCGAGA
TTGCTACTCCACATGCATGAAACACGT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1A424JQ 733 0 0
GCTTG
TATATATCTTCGCTTGGCGAGTTTCTTCTTCCGCTTGTCGGATTAACACACTTCGCATGG
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AATTTTATTCCGTTTAGATATTGAGTCAAGATCCGTTTTTACCGTTCACTTTGATTTCTT
AATAGGAGAATCAGTTTTCGTTCTTTATTACAGCTGTTTATGGCATGATACGAAGCATCT
TTGAAATAAGAAAGATGAGTTTTAAAGGTGGCTTTGAATCGTGTATGAAGGGATTCAGAA
GCGCTGGCGTTTCCAAACGGTCCAGCAAAGGGTCTTGTTTCATCGAGATTTGAGCTTCCT
CCGGTTTAACTACGGTGATTATGGTTTTATTTGCTCAAGTATCGGCGGTTAAAGTGGAAG
GCGTTCTATATTTGGTATTGGAATCCTAGATTGGAGCATCTTTGTTATCTTTTGTTGGAA
TCATGCAGCGGAGAAATAGAGATTGAGAGGCGTTTTCTGGGAAGCTTGCGGTGGCGATGT
TTGGCGGTGCGACCGAGATTGCTACTCCACATGCATGAAACACGTGTCCCAGAGATGTGG
TTTTGTTATAACTCGATCTATTTAAATGGATAGTTAATAAGAAGAAAAAAACTGCAACCC
ATCGATCT

QA 6 733 6 733
DS 

RD RR1A424TF 694 0 0
TATATATCTTCGCTTGGCGAGTTTCTTCTTCCGCTTGTCGGATTAACACACTTCGCATGG
CGACTTTTTGTTGTGTTTTCTCGGTTCGGAACAGAGCTTTGCTTCATGTTTTCTTCCTTA
TCTCTGTTTATCCGAATCGATTAATAAAACTCGTGTGTCTGGCTTTCCGCTCTGTTCTCA
AATTTTATTCCGTTTAGATATTGAGTCAAGATCCGTTTTTACCGTTCACTTTGATTTCTT
AATAGGAGAATCAGTCTTCGTTCTTTATTACAGCTGTCTATGGCATGATACGAAGCATCT
CTGAAATAAGAAAGATGAGTTTTAAAGGTGGCTTTGAATCGTGTATGAAGGGATTCAGAA
GCGCTGGCGTTTCCAAACGGTCCAGCAAAGGGTCTTGTTTCATCGAGATTTGAGCTTCCT
CCGGTTTAACTACGGTGATTATGGTTTTATTTGCTCAAGTATCGGCGGTTAAAGTGGAAG
GCGTTCTATATTTGGTATTGGAATCCTAGATTGGAGCATCTTTGTTATCTTTTGTTGGAA
TCATGCAGCGGAGAAATAGAGATTGAGAGGCGTTTTCTGGGAAGCTTGCGGTGGCGATGT
TTGGCGGTGCGACCGAGATTGCTACTCCACATGCATGAAACACGTGTCCCAGAGATGTGG
TTTTGTTATAACTCGATCTATTTAAATGGATAGT

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 3

CO CL4002Contig1 701 3 8 U
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TGCTTGCTATGGCTCGTCGTGAGGATCGTTCTCTTCCCAAAGACTCATATTGTACCATCG
AGTTTGACGGTGCTTCAAGAGGAAACCCAGGAAGAGCTGGTGCAGGAGCCGTTCTCCGTG
CTCCAGATAACACTGTGATATACTCTTCTCGCGAGGGTTTGGGGGTTGCTACAAACAACG
TTGCTGAGTATCGAGCCCTCAATCTTGGCCTCGAGTCTGCTCTTAACCAAGGCTTTACAA
ATGTGCGCGTCCAGGGTGATTCACAGCTCGTCTGTAAGCAGGTTCGAGGTGAATGGGCAA
CCCGAGACCCGAAAATGACTCAGCTTTGTGGACAAGCACAGGAACTTATGAGTCAGTTTA
ACTCATGCGATGTTCAACACGTTCCCAGGGAATTCAATTCAGCGGCCGATGCTCAAGCTA
ACCGTGCGACCAATCTGGCAGAGGGTGAATATCAGCAAGATAATGCAGGCGGCCGCCATG
GAAGAAGGGGATACTAATATCGAATATGCATATTCCTGTTTTCTTGTTTTTGGGATCATG
TCTTTTTTTAGCATGTGCTATGTGTTAACATGAACACGATGCTCTTCTCTCTCTCTCTCT
CTTTTGCTTTGTCCCACGGCATGTTGACTTCCCAAGAACAT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D563TF U 4
AF RR1H107TF U 1
AF RR1D563JQ C 334
BS 1 256 RR1H107TF
BS 257 257 RR1D563TF
BS 258 380 RR1H107TF
BS 381 381 RR1D563TF
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RD RR1D563TF 593 0 0
GG
GCTACACTTGTTTACTCTCTTGAGCGGCACTCGGAATCAGGAAACCCTTTTGCTTTGCTT
GCTATGGCTCGTCGTGAGGATCGTTCTCTTCCCAAAGACTCATATTGTACCATCGAGTTT
GACGGTGCTTCAAGAGGAAACCCAGGAAGAGCTGGTGCAGGAGCCGTTCTCCGTGCTCCA
GATAACACTGTGATATACTCTTCTCGCGAGGGTTTGGGGGTTGCTACAAACAACGTTGCT
GAGTATCGAGCCCTCAATCTTGGCCTCGAGTCTGCTCTTAACCAAGGCTTTACAAATGTG
CGCGTCCAGGGTGATTCACAGCTCGTCTGTAAGCAGGTTCGAGGTGAATGGGCAACCCGA
GACCCGAAAATGACTCAGCTTTGTGGACAAGCACAGGAACTTATGAGTCAGTTTAACTCA
TGCGATGTTCAACACGTTCCCAGGGAATTCAATTCAGCGGCCGATGCTCAAGCTAACCGT
GCGACCAATCTGGCAGAGGGTGAATATCAGCAAGATAATGCAGGCGGCCGCCATGGAAGA
AGGGGATACTAATATCGAATATGCATATTCCTGTTTTCTTGTTTTTGGGAT

QA 3 593 3 593
DS 

RD RR1H107TF 687 0 0
GGACTGCTACACTTGTTTACTCTCTTGAGCGGCACTCGGAATCAGGAAACCCTTTTGCTT
TGCTTGCTATGGCTCGTCGTGAGGATCGTTCTCTTCCCAAAGACTCATATTGTACCATCG
AGTTTGACGGTGCTTCAAGAGGAAACCCAGGAAGAGCTGGTGCAGGAGCCGTTCTCCGTG
CTCCAGATAACACTGTGATATACTCTTCTCGCGAGGGTTTGGGGGTTGCTACAAACAACG
TTGCTGAGTATCGAGCTCTCAATCTTGGCCTCGAGTCTGCTCTTAACCAAGGCTTTACAA
ATGTGCGCGTCCAGGGTGATTCACAGCTCGTCTGTAAGCAGGTTCGAGGTGAATGGGCAA
CCCGAGACCCGAAAATGACT*AGCTTTGTGGACAAGCACAGGAGCTTATGAGTCAGTTTA
ACTCATGCGATGTTCAACACGTTCCCAGGGAATTCAATTCAGCGGCCGATGCTCAAGCTA
ACCGTGCGACCAATCTGGCAGAGGGTGAATATCAGCAAGATAATGCAGGCGGCCGCCATG
GAAGAAGGGGATACTAATATCGAATATGCATATTCCTGTTTTCTTGTTTTTGGGATCATG
TCTTTTTTTAGCATGTGCTATGTGTTAACATGAACACGATGCTCTTCTCTCTCTCTCTCT
CTTTTGCTTTGTCCCACGGCATGTTGA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1D563JQ 368 0 0
GTAAGCAGGTTCGAGGTGAATGGGCAACCCGAGACCCGAAAATGACTCAGCTTTGTGGAC
AAGCACAGGAACTTATGAGTCAGTTTAACTCATGCGATGTTCAACACGTTCCCAGGGAAT
TCAATTCAGCGGCCGATGCTCAAGCTAACCGTGCGACCAATCTGGCAGAGGGTGAATATC
AGCAAGATAATGCAGGCGGCCGCCATGGAAGAAGGGGATACTAATATCGAATATGCATAT
TCCTGTTTTCTTGTTTTTGGGATCATGTCTTTTTTTAGCATGTGCTATGTGTTAACATGA
ACACGATGCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTGCTTTGTCCCACGGCATGTTGACTTCCC
AAGAACAT

QA 1 368 1 368
DS 



AS 1 2

CO CL4003Contig1 1213 2 2 U
GGACAATAGCCGCCTCCTTTCTTGCGCTCATCTAAACTTCTTTTTGTCATCGATTCCTTC
AGATCTCGCTTCTATGGCGACGAATCCTTTAATTATAGCTTATGTTTGTAGTAGAGAGCC
CTTTGTTCTACACATCGGTGTTGATTTTTCAGCGATTTAACCGTTTTGAGGTCTCTCATC
GGCAGATCTGACGCAGATCTCATGAAAGCTATGCTTCCTCTACAGATCTGCGGGTGGAGT
CATCTCTTGAGGGTTTCTAAGATGTGAATCGGTTGCGTTAAAGCGCTTTTGAGGCTGAAA
CGGAGTCATGACGGACGCGAAGGGTTGTTCATGTGTGGGTTAAAGTTAAAAATTAGGATG
TAGAAGATGTTGAATTGCATCTTTTGTCATCCGACCTTTGCCATGTCGGGTGCGCTTGCA
TGGCAGGTCAAAAACTGATCCTTAATAAAAAAAATATTTTGTGGTTGGGAGAGGAGTTCG
CACTGGTGATTTTTTTTATCCCGGGTTCTCCTCTCCTTGTGTGCGTGTCTTGCTCTCTGC
TTTCTCACCCTCTATTTATTTATTATGCACCGAAACACAAAGAGACCATCATGAAACACC
AGCTAGTTGAAAGCTAGCTTATCAACCTGGAGCTGTGGCCCTCATATCTCTTCATGAACC
CAAGTTGGCGCCCGTAAGTATACTGATTTACATTTTTTAATTTCTGTCAATTATATCGCA
AACCACACAACCATACCAGAAATATAACCTGATACTTTTCAGTGCAAGAATACGGTATAA
CAGTACAGCCGCGATTTGTCATTCTAATTATATCTTAAATCCATTTTTCTAGAAGCGTTT
TTTTATGAGAAGCTTGGAAAGTCATTGAACGTACAATTCAAATTATTAGAGTGTGTAAAT
TTACCTTAATTTTATTTCAGAACATTACCTCAATTTTCTACTGTACACGTTATATCAACG
TTATATCTTGTTGGAGATGTTTGATTCTTGAATTGTTTAATTTTGTTTGCACTATAATTC
AGAATTTGTGTTTTAGGAAGTTCGGAGCCAGTGATATATGCAGGTTGTAGTGGGCAAGTA
AATGTTTGATGTTCCTCCATCTCATAAACGGTTTATTGGAAAAGGAGGTATTATCAAGCA
AATGTATGTCATTGTTGTATTACTTAAATTTGAATCTATAACTATTTATTTAATTTTGAA
AGAATGTTTACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BT36TF U 1
AF RR1BT36JQ C 548
BS 1 658 RR1BT36TF
BS 659 1213 RR1BT36JQ

RD RR1BT36TF 658 0 0
GGACAATAGCCGCCTCCTTTCTTGCGCTCATCTAAACTTCTTTTTGTCATCGATTCCTTC
AGATCTCGCTTCTATGGCGACGAATCCTTTAATTATAGCTTATGTTTGTAGTAGAGAGCC
CTTTGTTCTACACATCGGTGTTGATTTTTCAGCGATTTAACCGTTTTGAGGTCTCTCATC
GGCAGATCTGACGCAGATCTCATGAAAGCTATGCTTCCTCTACAGATCTGCGGGTGGAGT
CATCTCTTGAGGGTTTCTAAGATGTGAATCGGTTGCGTTAAAGCGCTTTTGAGGCTGAAA
CGGAGTCATGACGGACGCGAAGGGTTGTTCATGTGTGGGTTAAAGTTAAAAATTAGGATG
TAGAAGATGTTGAATTGCATCTTTTGTCATCCGACCTTTGCCATGTCGGGTGCGCTTGCA
TGGCAGGTCAAAAACTGATCCTTAATAAAAAAAATATTTTGTGGTTGGGAGAGGAGTTCG
CACTGGTGATTTTTTTTATCCCGGGTTCTCCTCTCCTTGTGTGCGTGTCTTGCTCTCTGC
TTTCTCACCCTCTATTTATTTATTATGCACCGAAACACAAAGAGACCATCATGAAACACC
AGCTAGTTGAAAGCTAGCTTATCAACCTGGAGCTGTGGCCCTCATATCTCTTCATGAA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1BT36JQ 666 0 0
CCCTCTATTTATTTATTATGCACCGAAACACAAAGAGACCATCATGAAACACCAGCTAGT
TGAAAGCTAGCTTATCAACCTGGAGCTGTGGCCCTCATATCTCTTCATGAACCCAAGTTG
GCGCCCGTAAGTATACTGATTTACATTTTTTAATTTCTGTCAATTATATCGCAAACCACA
CAACCATACCAGAAATATAACCTGATACTTTTCAGTGCAAGAATACGGTATAACAGTACA
GCCGCGATTTGTCATTCTAATTATATCTTAAATCCATTTTTCTAGAAGCGTTTTTTTATG
AGAAGCTTGGAAAGTCATTGAACGTACAATTCAAATTATTAGAGTGTGTAAATTTACCTT
AATTTTATTTCAGAACATTACCTCAATTTTCTACTGTACACGTTATATCAACGTTATATC
TTGTTGGAGATGTTTGATTCTTGAATTGTTTAATTTTGTTTGCACTATAATTCAGAATTT
GTGTTTTAGGAAGTTCGGAGCCAGTGATATATGCAGGTTGTAGTGGGCAAGTAAATGTTT
GATGTTCCTCCATCTCATAAACGGTTTATTGGAAAAGGAGGTATTATCAAGCAAATGTAT
GTCATTGTTGTATTACTTAAATTTGAATCTATAACTATTTATTTAATTTTGAAAGAATGT
TTACGC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 3

CO CL4004Contig1 1490 3 7 U
GGAAGCAGTAAGCTGACTTCTTCTTCTTCCACAGCAAACTTTCAGAAAATTAATAAAAAA
TCTGATAGGTGGATTTTACAACTTGCATTATATTCTGATTCTTTTTGTGAAGTATGTTCT
GTGCTAAGAACTCTATTATGATGTTTATCACCATATAAGCTCTAATGGTGACTATGATAA
CCCCGGATTGGTGAAATTCACTTTCTATTGAATCAAGAATATACACAACAGGAGTGTATA
TATATAGATTATCTTTAAGGTGTCACAAAAATGGAAAAGAAACTTAAAAACTCTAATAAG
ATGTCTCTAATAAGAATGTTGAGAGGTATAGCATGTCTGATGGTGTTGGTTTCAACAGCT
TTTATGATGTTGATTTTCTGGGGTTTCCTATCAGCTGTAGTGGTGAGGCTTTTCAGCTTA
CACTACAGCCGTAGATGTGTTTCTTTCTTCTTTGGCTCCTGGCTCGCCTTGTGGCCTTTC
CTCTTCGAGAAGATCAACAGAACCAAAGTTGTCTTCTCTGGAGATAAGGTTCCTTGCGAG
GAACGAGTGTTGCTCATTGCCAATCACCGAACAGAGGTCGATTGGATGTACTTCTGGGAT
CTTGCACTGCGTAAAGGACAGATTGGGAATATGAAGTATGTGCTCAAGAGCAGTTTGATG
AAGTTGCCTCTGTTTGGTTGGGCGTTTCACCTCTTTGAGTTTATCCCCGTTGAGCGGAGA
TGGAAAGTAGATGAAGCAAACTTGAGGCAGATGGTTTCCAGTTTTAAGGATCCTCGAGAT
GCTTTGTGGCTTGGTCTTTTCCCCGAGGGCACAGATTACACAGAGGCTAAATGCGAAAGG
AGCAAGAAGTTTGCAGCTGAAAATGGCCTTCCAGTACTGAACAATGTGTTGCTTCCCAAG
ACAAAAGGTTTCGTCTCCTGCTTGGAGGAGTTGAATGGCTTACTTGATACAGTTTATGAT
GTGACCATCGGTTACAAAACCCGTTGTCCGTCTTTCTTAGACAATGTCTATGGTACTGAA
CCATCAGAAGTTCACATCCACATCCGTCGTATCAGCCAAAACCAAATCCCAAATGAAGAA
AAGGAAATCAATGCTTGGTTAATGAGCACATTCGAGATCAAAGACCAGTTGCTCAGTGAC
TTCTACACTCGTGGCCATTTCCCTAACGAAGGAACAGAAAAAGAGTTCAGCACTTTAAAG
CACCTCATTTACTGCTTGGCGGTGATTGTGTTCACCATCATCTGTACGCATCTCACCTTC
TTCTCGTCGATGATCTGGTTCAAGATCTATGTCTCTTTGGTCTGTGCCTACTTGACCTAT
GCTACTCATTTCAACTTTCGTCCTGCTCCACTTGTTGAGACTGCAAAACAAGCTTTCAAA
TTAGCAAATAAATAAACCTATCTTTTAATATTTATATTTTAGTATTATATTTTGAGTGAG
ACTAGATCCAATTTCTGCTTATGGAATGTGAACTCAAGCTGCATAAATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG85TF U 1
AF RR1DE59JQ C 573
AF RR1AS45TF U 796
BS 1 774 RR1EG85TF
BS 775 795 RR1DE59JQ
BS 796 948 RR1AS45TF
BS 949 949 RR1DE59JQ
BS 950 1160 RR1AS45TF
BS 1161 1161 RR1DE59JQ
BS 1162 1490 RR1AS45TF

RD RR1EG85TF 774 0 0
GGAAGCAGTAAGCTGACTTCTTCTTCTTCCACAGCAAACTTTCAGAAAATTAATAAAAAA
TCTGATAGGTGGATTTTACAACTTGCATTATATTCTGATTCTTTTTGTGAAGTATGTTCT
GTGCTAAGAACTCTATTATGATGTTTATCACCATATAAGCTCTAATGGTGACTATGATAA
CCCCGGATTGGTGAAATTCACTTTCTATTGAATCAAGAATATACACAACAGGAGTGTATA
TATATAGATTATCTTTAAGGTGTCACAAAAATGGAAAAGAAACTTAAAAACTCTAATAAG
ATGTCTCTAATAAGAATGTTGAGAGGTATAGCATGTCTGATGGTGTTGGTTTCAACAGCT
TTTATGATGTTGATTTTCTGGGGTTTCCTATCAGCTGTAGTGGTGAGGCTTTTCAGCTTA
CACTACAGCCGTAGATGTGTTTCTTTCTTCTTTGGCTCCTGGCTCGCCTTGTGGCCTTTC
CTCTTCGAGAAGATCAACAGAACCAAAGTTGTCTTCTCTGGAGATAAGGTTCCTTGCGAG
GAACGAGTGTTGCTCATTGCCAATCACCGAACAGAGGTCGATTGGATGTACTTCTGGGAT
CTTGCACTGCGTAAAGGACAGATTGGGAATATGAAGTATGTGCTCAAGAGCAGTTTGATG
AAGTTGCCTCTGTTTGGTTGGGCGTTTCACCTCTTTGAGTTTATCCCCGTTGAGCGGAGA
TGGAAAGTAGATGAAGCAAACTTGAGGCAGATGGTTTCCAGTTTTAAGGATCCT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1DE59JQ 840 0 0
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GAAGTATGTGCTCAAGAGCAGTTTGATGAAGTTGCCTCTGTTTGGTTGGGCGTTTCACCT
CTTTGAGTTTATCCCCGTTGAGCGGAGATGGAAAGTAGATGAAGCAAACTTGAGGCAGAT
GGTTTCCAGTTTTAAGGATCCTCGAGATGCTTTGTGGCTTGGTCTTTTCCCCGAGGGCAC
GGATTACGCAGAGGCTAAATGCGAAAGGAGCAAGAAGTTTGCAGCTGAAAATGGCCTTCC
AGTACTGAACAATGTGTTGCTTCCCAAGACAAAAGGTTTCGTCTCCTGCTTGGAGGAGTT
GAATGGCTTACTTGATACAGTTTATGATGTGACCATCGGTTACAAAACCCGTTGTCCGTC
TTTCTTAGACAATGTCTATGGTACTGAACCATCAGAAGTTCACATCCACATCCGTCGTAT
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CGAGATCAAAGACCAGTTGCTCAGTGACTTCTACACTCGTGGCCATTTCCCTAACGAAGG
AACAGAAAAAGAGTTCAGCACTTTAAAGCACCTCATTTACTGCTTGGCGGTGATTGTGTT
CACCATCATCTGTACGCATCTCACCTTCTTCTCGTCGATGATCTGGTTCAAGATCTATGT
CTCTTTGGTCTGTGCCTACTTGACCTATGCTACTCATTTCAACTTTCGTCCTGCTCCACT
TGTTGAGACTGCAAAACAAGCTTTCAAATTAGCAAATAAATAAACCTATCTTTTAATAT
C

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR1AS45TF 695 0 0
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GCTGAAAATGGCCTTCCAGTACTGAACAATGTGTTGCTTCCCAAGACAAAAGGTTTCGTC
TCCTGCTTGGAGGAGTTGAATGGCTTACTTGATGCAGTTTATGATGTGACCATCGGTTAC
AAAACCCGTTGTCCGTCTTTCTTAGACAATGTCTATGGTACTGAACCATCAGAAGTTCAC
ATCCACATCCGTCGTATCAGCCAAAACCAAATCCCAAATGAAGAAAAGGAAATCAATGCT
TGGTTAATGAGCACATTCGAGATCAAAGACCAGTTGCTCAGTGACTTCTACACTCGTGGC
CATTTTCCTAACGAAGGAACAGAAAAAGAGTTCAGCACTTTAAAGCACCTCATTTACTGC
TTGGCGGTGATTGTGTTCACCATCATCTGTACGCATCTCACCTTCTTCTCGTCGATGATC
TGGTTCAAGATCTATGTCTCTTTGGTCTGTGCCTACTTGACCTATGCTACTCATTTCAAC
TTTCGTCCTGCTCCACTTGTTGAGACTGCAAAACAAGCTTTCAAATTAGCAAATAAATAA
ACCTATCTTTTAATATTTATATTTTAGTATTATATTTTGAGTGAGACTAGATCCAATTTC
TGCTTATGGAATGTGAACTCAAGCTGCATAAATGA

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 3

CO CL4005Contig1 682 3 6 U
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CGACGAGTAAGGATGCTCAGGATCTATTCCGTTCTCTTCACTCCGCTTATTCCGCTACTC
CCACTAATCTTAAGATCATCGACTTGTACGTCGTTTTCGCCGTCTTCACTGCTCTGATCC
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TGGTCCTCCACTTGGTGATCATCAACTTCCTTGGATAGGTGTCCATCTCCTAGTCCTATC
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CATTCTCATGCACTAATGTGACACTGGTCCGCTCAGGCCTGTATTGTTACACGTGTCAAT
ATTCAGAGTCTTTAAGTTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
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25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BP86TF U 1
AF RR1FN82TF U 59
AF RR1FN82JQ C 204
BS 1 185 RR1BP86TF
BS 186 186 RR1FN82TF
BS 187 353 RR1BP86TF
BS 354 354 RR1FN82TF
BS 355 612 RR1BP86TF
BS 613 682 RR1FN82TF

RD RR1BP86TF 612 0 0
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AGTAGAAGGAAGGAGAAATAGATATTTGTGTGTTTGATTTTTTGAGAAGAATGGTGAAAT
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AGGTGGCTTATATGGCTTTGGTGGGATCATTTCCGTTTAACTCATTCCTATCTGGAGTCC
TCTCTTGTATTGGAACGGCTGTTCTTGCTGTTTGCCTCCGGATTCAAGTGAACAAAGAAA
ACAAGGAATTCAAGGATTTGGCACCTGAACGAGCGTTTGCAGATTTTGTCCTCTGTAATT
TGGTCCTCCACTTGGTGATCATCAACTTCCTTGGATAGGTGTCCATCTCCTAGTCCTATC
TTAAATGTTGCTATTCATGTCATGGATCTTTTAGGTGTCACTTTGGTATCCAAATTGTAG
TTTGAGATATTTATATTTCTGTCAGAATCATACCTATTTAGACTTTTAGTCTCTCAAGAA
CATTCTCATGCA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1FN82TF 624 0 0
GG
AGTAGAAGGAAGGAGAAATAGATATTTGTGTGTTTGATTTTTTGAGAAGAATGGTGAAAT
CGACGAGTAAGGATGCTCAGGATCTATTCCGTTCTCTTCACTCCGCTTATTCCGCTACTC
CCACTAATCTTAAGATCATCGACTTGTACGTCGTTTTCGCCGTCTTCACTGCTCTGATCC
AGGTGGCTTATATGGCTTTGGTGGGATCATTTCCGTTTAACTCATTCCTATCTGGAGTCC
TCTCTTGTATTGGAACGGCTGTTCTTGCTGTTTGCCTCCGGATTCAAGTGAACCAAGAAA
ACAAGGAATTCAAGGATTTGGCACCTGAACGAGCGTTTGCAGATTTTGTCCTCTGTAATT
TGGTCCTCCACTTGGTGATCATCAACTTCCTTGGATAGGTGTCCATCTCCTAGTCCTATC
TTAAATGTTGCTATTCATGTCATGGATCTTTTAGGTGTCACTTTGGTATCCAAATTGTAG
TTTGAGATATTTATATTTCTGTCAGAATCATACCTATTTAGACTTTTAGTCTCTCAAGAA
CATTCTCATGCACTAATGTGACACTGGTCCGCTCAGGCCTGTATTGTTACACGTGTCAAT
ATTCAGAGTCTTTAAGTTGGTT

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR1FN82JQ 479 0 0
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GGATCATTTCCGTTTAACTCATTCCTATTTGGAGTCCTTTTTTGTATTGGAACGGCTGTT
TTTGCTGTTTGCCTCCGGATTCAAGTGAACCAAGAAAACAAGGAATTCAAGGATTTGGCA
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AACTTCCTTGGATAGGTGTCCATTTCCTAGTCCTATCTTAAATGTTGCTATTCATGTCAT
GGATTTTTTAGGTGTCACTTTGGTATCCAAATTGTAGTTTGAGATATTTATATTTTTGTC
AGAATCATACCTATTTAGACTTTTAGTTTTTCAAGAACATTTTCATGCACTAATGTGACA
CTGGTCCGCTCAGGCCTGTATTGTTACACGTGTCAATATTCAGAGTCTTTAAGTTGGTT

QA 1 479 1 479
DS 



AS 1 3

CO CL4006Contig1 1041 3 4 U
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TGGTATTCTTCTTCAATTATCTACCGACTGATAGATGCAGAATCTGTGAAGTTTGCTGTT
TCTGGATATAGAAGAGGGAAAAATGGTGGCGGCTGCGACGCAAATATTTCAGTTACCGTT
ACAGTACTCTGTTTCTTCCGGCCGACGGAGTTATTACGGTGTTTGCTCGCCGTCTCCGGT
TGTAGTCCGTAGGAGTAGTGGTGGTCAGAGGAAGAATCGGAGAGTGGTAGTTCATCAGGA
GAAAGGAGAGGCGGCGGAGATTCGAGTTCCGGTTCCGTTAACATTGGAGCAACAAGAGAA
GGAGAAAGAAGACAGAGACGACGAAGATGAAGACGAAGGAGAAGTGGATCCTGAAGATCT
TAAATACGTCAATGAGATCAAACGGGTGTTGGAGCTGCTCAGGAGGAACAGAGACATGAT
GTTCAATGAGGTGAAGTTGACCATAATGATTGAGGACCCAAGGGAATTGGAAAAAAGGAG
ACTTCTTGGCATAGAAGAGGAGGATGCCCCTAGTAGGGAAGACTTAGCCGATGCCTTGGA
ACTGGTCAATGAAGGGAAAATCCCTAAAGATCGTCTCACTCTCCAGATGCTATATGAGGA
AATGATCCGTTGGCCAAATTTAGAGGTTGAGGTTTCAAAGAAGCAGCGAACAAAATCATT
GTATGCAAAATCCACAGACACCGGAATCGATCCAAAAGAGGCAGCCAAGAGACTCAACCT
AGAGTGGGATTCAGCTGCTGCAATTGAAGAAGCTGATGTCGATGATGATGACACTGGAGT
AGCCAAGAAAGCCATGGGTTATGGAGCGTTGTACTTAGTCTCATCTTTTCCAGTTATCAT
CGGTATATCGGTTGTGTTAATCTTGTTTTACAATTCCCTTCAGTAGATTCGAAAACCCTT
TCGGTTTTTCACATACACCAATATTTGGCCCATCATGGATGGCTTGTAACTTTATATTAT
GAAATGAATTTCAATTTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FA52TF U 18
AF RR1BO35TF U 1
AF RR1FA52JQ C 209
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GG
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TGTAGTCCGTAGGAGTAGTGGTGGTCAGAGGAAGAATCGGAGAGTGGTAGTTCATCAGGA
GAAAGGAGAGGCGGCGGAGATTCGAGTTCCGGTTCCGTTAACATTGGAGCAACAAGAGAA
GGAGAAAGAAGACAGAGACGACGAAGATGAAGACGAAGGAGAAGTGGATCCTGAAGATCT
TAAATACGTCAATGAGATCAAACGGGTGTTGGAGCTGCTCAGGAGGAACAGAGACATGAT
GTTCAATGAGGTGAAGTTGACCATAATGATTGAGGACCCAAGGGAATTGGAAAAAAGGAG
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GTATGCAAAATCTACAGACACCGGAAT

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GAAGGAGAAGTGGATCCTGAAGATCTTAAATACGTCAATGAGATCAAACGGGTGTTGGAG
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GACCCAAGGGAATTGGAAAAAAGGAGACTTCTTGGCATAGAAGAGGAGGATGCCCCTAGT
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GATGTCGATGATGATGACACTGGAGTAGCCAAGAAAGCCATGGGTTATGGAGCGTTGTAC
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TCCCTTCAGTAGATTCGAAAACCCTTTCGGTTTTTCACATACACCAATATTTGGCCCATC
ATGGATGGCTTGTAACTTTATATTATGAAATGAATTTCAATTTATCT

QA 7 833 7 833
DS 



AS 1 2

CO CL4007Contig1 916 2 6 U
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TACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTTACAGCTACTCTTGTGAGAGAAGACGAAAAGAT
TACAGATTTGAACTTCCTTATTGGCCCGAAACTATATGAAGCTAATTGGCTAGATTTAGT
TAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTGTGCTGAAGTGTGGTGTCCTATGACCAAAGA
GTTTTTCGCAGAATATCTGAAGAAAGAGAACTCCAAGAAAAAACAGGCACTTTATGTAAT
GAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAGTTTCTTATACGTTTCCATGAACAACAACGTGG
GGATAAAATCATTGTCTTCGCAGACAATCATTTTGCACTTACGGAGTATGCAATGAAACT
CCGGAAACCGATGATTTATGGTGCAACCAGCCATATCGAACGAACCAAAATTCTAGAGGC
GTTTAAAACCAGTAAAGACGTGAACACCGTCTTCTTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCCAT
AGATATTCCTGAAGCTAATGTGATCATCCAGATTTCATCACATGCTGGTTCTAGACGTCA
AGAGGCTCAGCGTCTGGGTCGTATTCTTAGGGCCAAGGGTAAAATTGAAGATAGAATGGC
TGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTTCTACTCACTTGTTTCTACAGATACGCAGGA
AATGTATTATTCAACTAAAAGACAACAGTTCTTGATCGACCAAGGTTACAGCTTTAAAGT
TATAACAAGCCTTCCACCAGCTGATGCTGGGTCGAGCTTAAGCTACCACAGTCAAGAAGA
GCAGTTATCCCTTCTCGCTAAGGTGTTGAATGCTGGAGACGACTTGGTTGGTTTAGAGCA
ACTGGAAGAAGACACA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ72TF U 1
AF RR1BL43TF U 254
BS 1 282 RR1DZ72TF
BS 283 283 RR1BL43TF
BS 284 493 RR1DZ72TF
BS 494 494 RR1BL43TF
BS 495 626 RR1DZ72TF
BS 627 916 RR1BL43TF

RD RR1DZ72TF 626 0 0
GTTGCTCATGGACGAGGTACATGTCGTTCCGGCCCAGATGTTTAGGAAAGTCATCAGTAT
TACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTTACAGCTACTCTTGTGAGAGAAGACGAAAAGAT
TACAGATTTGAACTTCCTTATTGGCCCGAAACTATATGAAGCTAATTGGCTAGATTTAGT
TAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTGTGCTGAAGTGTGGTGTCCTATGACCAAAGA
GTTTTTCGCAGAATATCTGAAGAAAGAGAACTCCAAGAAAAAGCAGGCACTTTATGTAAT
GAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAGTTTCTTATACGTTTCCATGAACAACAACGTGG
GGATAAAATCATTGTCTTCGCAGACAATCATTTTGCACTTACGGAGTATGCAATGAAACT
CCGGAAACCGATGATTTATGGTGCAACCAGCCATATCGAACGAACCAAAATTCTAGAGGC
GTTTAAAACCAGTGAAGACGTGAACACCGTCTTCTTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCCAT
AGATATTCCTGAAGCTAATGTGATCATCCAGATTTCATCACATGCTGGTTCTAGACGTCA
AGAGGCTCAGCGTCTGGGTCGTATTC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1BL43TF 663 0 0
G
ATCTGAAGAAAGAGAACTCCAAGAAAAAACAGGCACTTTATGTAATGAACCCTAACAAGT
TCAGAGCCTGTGAGTTTCTTATACGTTTCCATGAACAACCACGTGGGGATAAAATCATTG
TCTTCGCAGACAATCTTTTTGCACTTACGGAGTATGCGATGAAACTCCGGAAACCGATGA
TTTATGGTGCAACCAGCCATATCGAACGAACCAAAATTCTAGAGGCGTTTAAAACCAGTA
AAGACGTGAACACCGTCTTCTTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCCATAGATATTCCTGAAG
CTAATGTGATCATCCAGATTTCATCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAGCGTC
TGGGTCGTATTCTTAGGGCCAAGGGTAAAATTGAAGATAGAATGGCTGGTGGAAAAGAAG
AGTACAATGCATTCTTCTACTCACTTGTTTCTACAGATACGCAGGAAATGTATTATTCAA
CTAAAAGACAACAGTTCTTGATCGACCAAGGTTACAGCTTTAAAGTTATAACAAGCCTTC
CACCAGCTGATGCTGGGTCGAGCTTAAGCTACCACAGTCAAGAAGAGCAGTTATCCCTTC
TCGCTAAGGTGTTGAATGCTGGAGACGACTTGGTTGGTTTAGAGCAACTGGAAGAAGACA
CA

QA 2 663 2 663
DS 



AS 1 2

CO CL4008Contig1 827 2 5 U
AGGCTTCGTGAAGCAAAAACAGAAGCATAAATTTCAGCAAATAGCATCTGTTATTTTGGA
GCACCAATATTATATAGAAGGAAACTATACAATTAACTCAGACAAAACCAAAGAAACAAA
TGGAAAAAGAAGAGGAAGGATCACAAAGTTTCAAGACAAGTAGAGGGGACACAACAAAAG
AACAGAACCGCAAGAAGAAAAAAATAGTAAACTAATGCTAATTAGTACTGATCATAACCT
CTTTTTGGTAAGGAAACTGCTTAGCATTACGGGTTTAATCCAATTTGATTCTATCTTTCT
CTTCTTCTTGCTTCTTTGGTGCTGCCGGAAAATATTTGATTCCGGTAAGGTCACCTGCTT
TGCTTATAACCTTTAGAGCTTTGATAAGATCTTCTCTTGAGTGAGATGCGGATATGCAAA
TACGAGCCCTGGCTAGCAATAGAGGTGTAGCTGGGAAACCAACAACCACAACTGCGACGG
TTTCTCGCAAGCATTCCCTAGAGAAGGCTGGGATTTTTGCTGGATTGTAAAGCATTATTG
GCATCACTGGGGAATCATTGTCTCCAAGAACCTCAAATCCCATCTTCTGCAACTCAGCCC
TGAAAAAGTTGCTGTTCTCCCTTATCCTTGCTAACTTTTGCGCACCTCTGTTTGATCCGT
CCTCTCCAAGGATAACTTTTATGGAAGATATGATCTGTTGCGCAGAAGGAGTTGAAATTG
AAGTTGCGTAAAGGTGAGCAGGGCAATGGTACTTCAATATTGAATGAGGTCCTTGGATCC
GCAATATAGCCCCCACAAGACCGAAAGATTGGTAAAGTCCCATCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G660JQ U 23
AF RR1EF40JQ U 1
BS 1 479 RR1EF40JQ
BS 480 480 RR1G660JQ
BS 481 494 RR1EF40JQ
BS 495 495 RR1G660JQ
BS 496 827 RR1EF40JQ

RD RR1G660JQ 681 0 0
AAGCATAAATTTCAGCAAATAGCATCTGTTATTTTGGAGCACCAATATTATATAGAAGGA
AACTATACAATTAACTCAGACAAAACCAAAGAAACAAATGGAAAAAGAAGAGGAAGGATC
ACAAAGTTTCAAGACAAGTAGAGGGGACACAACAAAAGAACAGAACCGCAAGAAGAAAAA
AATAGTAAACTAATGCTAATTAGTACTGATCATAACCTCTTTTTGGTAAGGAAACTGCTT
AGCATTACGGGTTTAATCCAATTTGATTCTATCTTTCTCTTCTTCTTGCTTCTTTGGTGC
TGCCGGAAAATATTTGATTCCGGTAAGGTCACCTGCTTTGCTTATAACCTTTAGAGCTTT
GATAAGATCTTCTCTTGAGTGGGATGCGGATATGCAAATACGAGCCCTGGCTAGCAATAG
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GAAGGCTGGGATTTTTGCTGGATTGTAAAGCATTATTGGCATCACTGGGGAATCATTGTC
TCCAAGAACCTCAAATCCCATCTTCTGCAACTCAGCCCTGAAAAAGTTGCTGTTCTCCCT
TATCCTTGCTAACTTTTGCGCACCTCTGTTTGATCCGTCCTCTCCAAGGATAACTTTTAT
GGAAGATATGATCTGTTGCGC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1EF40JQ 827 0 0
AGGCTTCGTGAAGCAAAAACAGAAGCATAAATTTCAGCAAATAGCATCTGTTATTTTGGA
GCACCAATATTATATAGAAGGAAACTATACAATTAACTCAGACAAAACCAAAGAAACAAA
TGGAAAAAGAAGAGGAAGGATCACAAAGTTTCAAGACAAGTAGAGGGGACACAACAAAAG
AACAGAACCGCAAGAAGAAAAAAATAGTAAACTAATGCTAATTAGTACTGATCATAACCT
CTTTTTGGTAAGGAAACTGCTTAGCATTACGGGTTTAATCCAATTTGATTCTATCTTTCT
CTTCTTCTTGCTTCTTTGGTGCTGCCGGAAAATATTTGATTCCGGTAAGGTCACCTGCTT
TGCTTATAACCTTTAGAGCTTTGATAAGATCTTCTCTTGAGTGAGATGCGGATATGCAAA
TACGAGCCCTGGCTAGCAATAGAGGTGTAGCTGGGAAACCAACAACCACAACTGCGACGT
TTTCTCGCAAGCAT*CCCTAGAGAAGGCTGGGATTTTTGCTGGATTGTAAAGCATTATTG
GCATCACTGGGGAATCATTGTCTCCAAGAACCTCAAATCCCATCTTCTGCAACTCAGCCC
TGAAAAAGTTGCTGTTCTCCCTTATCCTTGCTAACTTTTGCGCACCTCTGTTTGATCCGT
CCTCTCCAAGGATAACTTTTATGGAAGATATGATCTGTTGCGCAGAAGGAGTTGAAATTG
AAGTTGCGTAAAGGTGAGCAGGGCAATGGTACTTCAATATTGAATGAGGTCCTTGGATCC
GCAATATAGCCCCCACAAGACCGAAAGATTGGTAAAGTCCCATCATC

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 3

CO CL4009Contig1 721 3 6 U
AGGCCAAAATAACTCAATCATTCTCATTGGGGGAGAAAAGAATATTAAAGCAGAGATGAA
AATCTAAACAGAGTCTACTGGTAAAATCAGAGGCAGAGCAAAACAACTGCTAATCCAACA
AATCCCAAAACTCCAATTCGTCTATTCAAAGAATTAGCAGAACCGGTTGCAGGGGAAACA
GCTGGAGCTCCCGAAAGAGCATGAGAAGAAGGCGCGGGAGAAGGAGCTGAGCCGGTGAAG
AAACCACCGGTGTGGCCACCACCACGAGAAGAGGACATGACAACAATGTGAAGCTTCTCG
CCTTCCACACAGTTGCTCTTGGTGCCGCCGATGAAGGAGAAAGAACCAGATCTATCTAGC
TTCACCTTGGTGTCTCCATTGCTGTAATTGGCTGCTGGGTTTGTGGTGTTGCAATTAATG
TAGGCTTCTTTTGTCACTTGCAGGACCGAGTCTTTTTCCCCGTCGTACTTCCACACGAGA
GAATCGCCGACGTGAAACCGCAAACTCTCAGCCCATTTGTTGAAGGAATCAGAAGGTGAA
GAAGGGATTTTCCAGGCGCTGGGTTTGCCCCCGACCAGAATCTCTTTGCAACATGCGAGA
TCAGCCAACAAGAAGAAGAAGAATAACAGACAGGAAGTGTGAACTAGAGTTGTCCGAGCC
ATGAGAGTTAACTTGTCTAGAAAAGATGAGACTTGTGTGGCTTAAGTGAGATCTGTTGTC
C


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1BC13JQ U 1
AF RR1DN73JQ U 1
AF RR1DN73TF C 27
BS 1 328 RR1BC13JQ
BS 329 329 RR1DN73JQ
BS 330 336 RR1BC13JQ
BS 337 337 RR1DN73JQ
BS 338 714 RR1BC13JQ
BS 715 721 RR1DN73TF

RD RR1BC13JQ 716 0 0
AGGCCAAAATAACTCAATCATTCTCATTGGGGGAGAAAAGAATATTAAAGCAGAGATGAA
AATCTAAACAGAGTCTACTGGTAAAATCAGAGGCAGAGCAAAACAACTGCTAATCCAACA
AATCCCAAAACTCCAATTCGTCTATTCAAAGAATTAGCAGAACCGGTTGCAGGGGAAACA
GCTGGAGCTCCCGAAAGAGCATGAGAAGAAGGCGCGGGAGAAGGAGCTGAGCCGGTGAAG
AAACCACCGGTGTGGCCACCACCACGAGAAGAGGACATGACAACAATGTGAAGCTTCTCG
CCTTCCACACAGTTGCTCTTGGTGCCGCTGATGAAGAAGAAAGAACCAGATCTATCTAGC
TTCACCTTGGTGTCTCCATTGCTGTAATTGGCTGCTGGGTTTGTGGTGTTGCAATTAATG
TAGGCTTCTTTTGTCACTTGCAGGACCGAGTCTTTTTCCCCGTCGTACTTCCACACGAGA
GAATCGCCGACGTGAAACCGCAAACTCTCAGCCCATTTGTTGAAGGAATCAGAAGGTGAA
GAAGGGATTTTCCAGGCGCTGGGTTTGCCCCCGACCAGAATCTCTTTGCAACATGCGAGA
TCAGCCAACAAGAAGAAGAAGAATAACAGACAGGAAGTGTGAACTAGAGTTGTCCGAGCC
ATGAGAGTTAACTTGTCTAGAAAAGATGAGACTTGTGTGGCTTAAGTGAGATCT
CC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1DN73JQ 680 0 0
AGGCCAAAATAACTCAATCATTCTCATTGGGGGAGAAAAGAATATTAAAGCAGAGATGAA
AATCTAAACAGAGTCTACTGGTAAAATCAGAGGCAGAGCAAAACAACTGCTAATCCAACA
AATCCCAAAACTCCAATTCGTCTATTCAAAGAATTAGCAAAACCGGTTGCAGGGGAAACA
GCTGGAGCTCCCGAAAGAGCATGAAAAGAAGGCGCGGGAGAAGGAGCTGAGCCGGTGAAG
AAACCACCGGTGTGGCCACCACCACGAGAAGAGGACATGACAACAATGTGAAGCTTCTCG
CCTTCCACACAGTTGCTCTTGGTGCCGCCGATGAAGGAGAAAGAACCAGATCTATCTAGC
TTCACCTTGGTGTCTCCATTGCTGTAATTGGCTGCTGGGTTTGTGGTGTTGCAATTAATG
TAGGCTTCTTTTGTCACTTGCAGGACCGAGTCTTTTTCCCCGTCGTACTTCCACACGAGA
GAATCGCCGACGTGAAACCGCAAACTCTCAGCCCATTTGTTGAAGGAATCAGAAGGTGAA
GAAGGGATTTTCCAGGCGCTGGGTTTGCCCCCGACCAGAATCTCTTTGCAACATGCGAGA
TCAGCCAACAAGAAGAAGAAGAATAACAGACAGGAAGTGTGAACTAGAGTTGTCCGAGCC
ATGAGAGTTAACTTGTCTAG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1DN73TF 695 0 0
ATT
GGGGAGAAAAGAATATTAAAGCAGAGATGAAAATCTAAACAGAGTCTACTGGTAAAATCA
GAGGCAGAGCAAAACAACTGCTAATCCAACAAATCCCAAAACTCCAATTCGTCTATTCAA
AGAATTAGCAGAACCGGTTGCAGGGGAAACAGCTGGAGCTCCCGAAAGAGCATGAGAAGA
AGGCGCGGGAGAAGGAGCTGAGCCGGTGAAGAAACCACCGGTGTGGCCACCACCACGAGA
AGAGGACATGACAACAATGTGAAGCTTCTCGCCTTCCACACAGTTGCTCTTGGTGCCGCC
GATGAAGGAGAAAGAACCAGATCTATCTAGCTTCACCTTGGTGTCTCCATTGCTGTAATT
GGCTGCTGGGTTTGTGGTGTTGCAATTAATGTAGGCTTCTTTTGTCACTTGCAGGACCGA
GTCTTTTTCCCCGTCGTACTTCCACACGAGAGAATCGCCGACGTGAAACCGCAAACTCTC
AGCCCATTTGTTGAAGGAATCAGAAGGTGAAGAAGGGATTTTCCAGGCGCTGGGTTTGCC
CCCGACCAGAATCTCTTTGCAACATGCGAGATCAGCCAACAAGAAGAAGAAGAATAACAG
ACAGGAAGTGTGAACTAGAGTTGTCCGAGCCATGAGAGTTAACTTGTCTAGAAAAGATGA
GACTTGTGTGGCTTAAGTGAGATCTGTTGTCC

QA 4 695 4 695
DS 



AS 1 3

CO CL4010Contig1 769 3 2 U
GGAGACAGCTTCATAATGCTCAGCCATCTCCCCAATCGCTCTCCCAATCCATCTCTTGTC
TTCTCCAGAACCTTCTCCTCTACTACACTTTTCGTCAAAGGCATCTCTTTCTCAAGCACA
GAAGAAACATTAACACAAGCTTTTTCTCAATATGGTCGTGTTCTTGGTGTGAATGTTGTG
ATGGACAAAGTCAGATGCAGACCAAAAGGGTTTGCTTATGTCAAATTCTCTTCCAAAGAA
GAAGCCGACGAAGCTTTATTACAACTTAACGGACAGTTGGTAGACGGGCGGGTCGTGGTC
CTCGACACAACAAAAACCGTAAAACAGAAAGACCAACCAGACTGCAAGCCTAAGCATGCA
GTGGAAGGAGTTCCCAGCTGCCAGAACAAGGTTATTCCAGAAAATTAGGCAAGAAGGTTT
GATGTGGAGTTTGCTAGGTCTACCGGTTCTTTCTACTAAAAAGATCTCATTTCTGGAAGA
CCGCATGGGTATTTGAACAGAGTTGGCTGGTGATGGTTGCTGTAGGCAAAAAGGTCTTAC
AATTTTCTACTCTCTCTATCTCCAACTCTTGTCTCTTTGTCCTCCTTTAGATTTGTACCC
CCCTCGTAGTACCTGTGATTCTCTTTACTTTCTTTTTTGGCTGTTTTCTCTTTCGCCTTC
CAGCGACGCCATGGTTTGGATTACTTTGTCTTGTAGGCAATTCTTTTGTGTTTTTGTCCT
TTTCCCTCGGAAACAAAGCTCTTTCTTAAGTTAATTGGCAGTGCAGGCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D949TF U 3
AF RR1AN22TF U 1
AF RR1AN22JQ C 86
BS 1 694 RR1AN22TF
BS 695 769 RR1AN22JQ

RD RR1D949TF 571 0 0
AGACAGCTTCATAATGCTCAGCCATCTCCTCAATC**TCTCCCAATCCATCTCTTGTCTT
CTCCAGAACCTTCTCCTCTACTACGCTTTTCGTCAAAGGCATCTCTTTCTCAAGCACAGA
AGAAACATTAACACAAGCTTTTTCTCAATATGGTCGTGTTCTTGGTGTGAATGTTGTGAT
GGACAAAGTCAGATGCAGACCAAAAGGGTTTGCTTATGTCAAATTCTCTTCCAAAGAAGA
AGCCGACGAAGCTTTATTACAACTTAACGGACAGTTGGTAGACGGGCGGGTCGTGGTCCT
CGACACAACAAAAACCGTAAAACAGAAAGACCAACCAGACTGCAAGCCTAAGCATGCAGT
GGAAGGAGTTCCCAGCTGCCAGAACAAGGTTATTCCAGAAAATTAGGCAAGAAGGTTTGA
TGTGGAGTTTGCTAGGTCTACCGGTTCTTTCTACTAAAAAGATCTCATTTCTGGAAGACC
GCATGGGTATTTGAACAGAGTTGGCTGGTGATGGTTGCTGTAGGCAAAAAGGTCTTACAA
TTTTCTACTCTCTCTATCTCCAACTCTTGTC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1AN22TF 694 0 0
GGAGACAGCTTCATAATGCTCAGCCATCTCCCCAATCGCTCTCCCAATCCATCTCTTGTC
TTCTCCAGAACCTTCTCCTCTACTACACTTTTCGTCAAAGGCATCTCTTTCTCAAGCACA
GAAGAAACATTAACACAAGCTTTTTCTCAATATGGTCGTGTTCTTGGTGTGAATGTTGTG
ATGGACAAAGTCAGATGCAGACCAAAAGGGTTTGCTTATGTCAAATTCTCTTCCAAAGAA
GAAGCCGACGAAGCTTTATTACAACTTAACGGACAGTTGGTAGACGGGCGGGTCGTGGTC
CTCGACACAACAAAAACCGTAAAACAGAAAGACCAACCAGACTGCAAGCCTAAGCATGCA
GTGGAAGGAGTTCCCAGCTGCCAGAACAAGGTTATTCCAGAAAATTAGGCAAGAAGGTTT
GATGTGGAGTTTGCTAGGTCTACCGGTTCTTTCTACTAAAAAGATCTCATTTCTGGAAGA
CCGCATGGGTATTTGAACAGAGTTGGCTGGTGATGGTTGCTGTAGGCAAAAAGGTCTTAC
AATTTTCTACTCTCTCTATCTCCAACTCTTGTCTCTTTGTCCTCCTTTAGATTTGTACCC
CCCTCGTAGTACCTGTGATTCTCTTTACTTTCTTTTTTGGCTGTTTTCTCTTTCGCCTTC
CAGCGACGCCATGGTTTGGATTACTTTGTCTTGT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1AN22JQ 684 0 0
CA
CTTTTCGTCAAAGGCATCTCTTTCTCAAGCACAGAAGAAACATTAACACAAGCTTTTTCT
CAATATGGTCGTGTTCTTGGTGTGAATGTTGTGATGGACAAAGTCAGATGCAGACCAAAA
GGGTTTGCTTATGTCAAATTCTCTTCCAAAGAAGAAGCCGACGAAGCTTTATTACAACTT
AACGGACAGTTGGTAGACGGGCGGGTCGTGGTCCTCGACACAACAAAAACCGTAAAACAG
AAAGACCAACCAGACTGCAAGCCTAAGCATGCAGTGGAAGGAGTTCCCAGCTGCCAGAAC
AAGGTTATTCCAGAAAATTAGGCAAGAAGGTTTGATGTGGAGTTTGCTAGGTCTACCGGT
TCTTTCTACTAAAAAGATCTCATTTCTGGAAGACCGCATGGGTATTTGAACAGAGTTGGC
TGGTGATGGTTGCTGTAGGCAAAAAGGTCTTACAATTTTCTACTCTCTCTATCTCCAACT
CTTGTCTCTTTGTCCTCCTTTAGATTTGTACCCCCCTCGTAGTACCTGTGATTCTCTTTA
CTTTCTTTTT*GGCTGTTTTTTCTTTCGCCTTCCAGCGACGCCATGGTTTGGATTACTTT
GTCTTGTAGGCAATTCTTTTGTGTTTTTGTCCTTTTCCCTCGGAAACAAAGCTCTTTCTT
AAGTTAATTGGCAGTGCAGGCC

QA 3 684 3 684
DS 



AS 1 3

CO CL4011Contig1 887 3 4 U
CAGTGAATCTCACATGATTCTATTATAATCGCATCTTATCTTTGGAATCATGTTAGCATT
ATAACCTGGTTCTCAAGTATCTCTAGTACTACTTTATTTTCACACATCATAATTATTTTA
TCTGCGCTATTGCAGATTTTCATACAGAGATAAAAGGCTCTTTAAAGTTTCTAGAAAATC
TTGGACTCACTTCGTAGGATAGCTTGCAAGCATAGCAATACCACACTTACCCGTCTCTTC
ACTATAACCACGTTCCATCCTTACATACCCCTGTTCACCCCAAGCAGTTCCCCACGAATT
CTTCACAATCAAGTACTTTTGCCCATCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGTCACTCCATG
GTTGAGATGATTTCCACAGTAGCCTGTGAACACACCAGAAGAGTAAAGCTGAAAGACGAA
ACCAGCAGCGTCTATTCCAACTGATACCGGTTGTTGAGCGGTAGCGGCTTGTAAACTCGC
CTCGTTCTGTGCTACCTTTGTGTATCCTTGTATCGTAACTACCTTGTTTTTGGACTTCTC
TTGGTCGCATGTACCCTGTATGGCTGTGTAGGGATAGTCAGCCTCGGTGACTAGTCCACC
ATTAGCTATGAGGTATTCATATGCTGTTGTCATCAATCCACCGCTGCAGCCTTTGTTGAA
AGAGCCGACGTCACAGTCTATGAGCTGTTGTTCTGAGAGAGATACTAAGTTCCCTGTCTT
TATCTTGTTGATGCCTTCAATAGCTGCCACTGCAGTGAACGCCCAGCAACCTCCGCATTT
TCCTTGGTTTCTAACAGGAGTCACTGCACCTTCTTTCCTCCAGTCCACAGCGTCAGGGCA
ACGTCACCTACCGCGTCACAGACCGGCCTTTGGTCCCTGTTTAACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D670JQ U 44
AF RR1A736JQ U 1
AF RR1A736TF C 573
BS 1 65 RR1A736JQ
BS 66 66 RR1D670JQ
BS 67 759 RR1A736JQ
BS 760 887 RR1A736TF

RD RR1D670JQ 620 0 0
GGAATCATGTTAGCATTATAACCTGGTTCTCAAGTATCTCTAGTACTACTTTATTTTCAC
ACATCATAATTATTTTATCTGCGCTATTGCAGATTTTCATACAGAGATAAAAGGCTCTTT
AAAGTTTCTAGAAAATCTTGGACTCACTTCGTAGGATAGCTTGCAAGCATAGCAATACCA
CACTTACCCGTCTCTTCACTATAACCACGTTCCATCCTTACATACCCCTGTTCACCCCAA
GCAGTTCCCCACGAATTCTTCACAATCCAGTACTTTTGCCCATCTTCTTCTCCATATCCA
ACAACAGTCACTCCATGGTTGAGATGATTTCCACAGTAGCCTGTGAACACACCAGAAGAG
TGAAGCTGAAAGATGAAACCAGCAGCGTCTATTCCAACTGATACCGGTTGTTGAGCGGTA
GCGGCTTGTAAACTCGCCTCGTTCTGTGCTACCTTTGTGTATCCTTGTATCGTAACTACC
TTGTTTTTGGACTTCTCTTGGTCGCATGTACCCTGTATGGCTGTGTAGGGATAGTCAGCC
TCGGTGACTAGTCCACCATTAGCTATGAGGTATTCATATGCTGTTGTCATTAATCCACCG
CTGCAGCCTTTGTTGAAAGA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1A736JQ 759 0 0
CAGTGAATCTCACATGATTCTATTATAATCGCATCTTATCTTTGGAATCATGTTAGCATT
ATAACTTGGTTCTCAAGTATCTCTAGTACTACTTTATTTTCACACATCATAATTATTTTA
TCTGCGCTATTGCAGATTTTCATACAGAGATAAAAGGCTCTTTAAAGTTTCTAGAAAATC
TTGGACTCACTTCGTAGGATAGCTTGCAAGCATAGCAATACCACACTTACCCGTCTCTTC
ACTATAACCACGTTCCATCCTTACATACCCCTGTTCACCCCAAGCAGTTCCCCACGAATT
CTTCACAATCAAGTACTTTTGCCCATCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGTCACTCCATG
GTTGAGATGATTTCCACAGTAGCCTGTGAACACACCAGAAGAGTAAAGCTGAAAGACGAA
ACCAGCAGCGTCTATTCCAACTGATACCGGTTGTTGAGCGGTAGCGGCTTGTAAACTCGC
CTCGTTCTGTGCTACCTTTGTGTATCCTTGTATCGTAACTACCTTGTTTTTGGACTTCTC
TTGGTCGCATGTACCCTGTATGGCTGTGTAGGGATAGTCAGCCTCGGTGACTAGTCCACC
ATTAGCTATGAGGTATTCATATGCTGTTGTCATCAATCCACCGCTGCAGCCTTTGTTGAA
AGAGCCGACGTCACAGTCTATGAGCTGTTGTTCTGAGAGAGATACTAAGTTCCCTGTCTT
TATCTTGTTGATGCCTTCAATAGCTGCCACTGCAGTGAA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1A736TF 315 0 0
GATAGTCAGCCTCGGTGACTAGTCCACCATTAGCTATGAGGTATTCATATGCTGTTGTCA
TCAATCCACCGCTGCAGCCTTTGTTGAAAGAGCCGACGTCACAGTCTATGAGCTGTTGTT
CTGAGAGAGATACTAAGTTCCCTGTCTTTATCTTGTTGATGCCTTCAATAGCTGCCACTG
CAGTGAACGCCCAGCAACCTCCGCATTTTCCTTGGTTTCTAACAGGAGTCACTGCACCTT
CTTTCCTCCAGTCCACAGCGTCAGGGCAACGTCACCTACCGCGTCACAGACCGGCCTTTG
GTCCCTGTTTAACTT

QA 1 315 1 315
DS 



AS 1 3

CO CL4012Contig1 1008 3 2 U
GGACAGAGATCCTTAAGTTCCTTCTCACACTAAGTCCTACTACATCTGTGTCACATTTCT
CACACTCTATATACGTACGTCCAAATGGAAAGCATTAGAGATTTAGTAGCAGACAAACCA
GTGGTGGTTTTCAGCAAAAGCTCCTGCTGCATGAGCCACTCAATTCAAACACTCATCTCC
GGATTTGGGGCAAAGATGACATTGTACGAGCTTGATCAGTTGTCCAACGGGAAGGAGATA
GAGAAGGCGTTAATACAGATGGGGTGTAAGCCGAGTGTACCAGCTGTGTTCATAGGGGAA
CAGTTAATAGGCGGGGCTAACCAGGTAATGACCCTCCAAGTCAAGAACCAACTAGCCGCA
TTGCTAAGAAGAGCCGGAGCCATATGGGTTTAAAGTCCCAAAATACAACTAGTGAATAGA
ATAAGTAATGAGATGAGAAGTATACTTTTTCTTTTTCTGGGGTTCTACAATGCATGCACG
GTTATGTTTTATATCAAGTGCAAGTCTGTAGTCACACAAACCTAGATGCTAAGATCCAAG
AACATGTATTCTCCGATTTATATCAATCTATGTAAGCTGAAAAAAACGTATCAGTAGCAA
TGCTTATTCATAATTAAAAAGAGAAACATTTGTTTCTTCATTGACGCTTATAAGGACTGT
TCAACGAAAGGAAAGGCCTTTTATGCCATCAGCCATGAAAACAAAGGAAACAAACACTCT
CACTTTCTTCACTTAGAAATGAAATCATTCAAAACGCCACTAGCATGGTCAAGCTGAAAG
TGTCTACGCCAATTCTCGACTGCTCTGCACACTGTAGCTTTGGCCTCGCGAATCTCTTAG
CAGTGAACTTGTGTTCTATGATCCCCAAGGGGCCAGGTTGCAGAACATTGATCACTGTTT
CAGCTTCTTTCTCAAGCTGCCTGAAGAGGCCCGAGAAGGGTAAAGCTCTGGCGATTCTGT
TGATAGACATCGTCGCCGGTAGGAGAGGAAATTGAGGAGCTGCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H032TF U 1
AF RR1E970JQ U 430
AF RR1E970TF C 430
BS 1 586 RR1H032TF
BS 587 1008 RR1E970JQ

RD RR1H032TF 586 0 0
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DS 

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QA 3 579 3 579
DS 

RD RR1E970TF 579 0 0
GG
GATGAGAAGTATACTTTTTCTTTTTCTGGGGTTCTACAATGCATGCACGGTTATGTTTTA
TATCAAGTGCAAGTCTGTAGTCACACAAACCTAGATGCTAAGATCCAAGAACATGTATTC
TCCGATTTATATCAATCTATGTAAGCTGAAAAAAACGTATCAGTAGCAATGCTTATTCAT
AATTAAAAAGAGAAACATTTGTTTCTTCATTGACGCTTATAAGGACTGTTCAACGAAAGG
AAAGGCCTTTTATGCCATCAGCCATGAAAACAAAGGAAACAAACACTCTCACTTTCTTCA
CTTAGAAATGAAATCATTCAAAACGCCACTAGCATGGTCAAGCTGAGAGTGTCTACGCCA
ATTCTCGACTGCTCTGCACACTGTAGCTTTGGCCTCGCGAATCTCTTAGCAGTGAACTTG
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TCAAGCTGCCTGAAGAGGCCCGAGAAGGGTAAAGCTCTGGCGATTCTGTTGATAGACATC
GTCGCCGGTAGGAGAGGAAATTGAGGAGCTGCTTTCC

QA 3 579 3 579
DS 



AS 1 3

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TGTGTTGGATTCAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGTTCAACACAT
TGGATCCAAGACTCGCCTCTTGCGTCGAATTCTTGGCTCAGTGCAACGCGAGGAAGGCCA
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AGATCAGTGTCACTTTCGTTAATGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCAGCCACGTCGG
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TCCGTGAAGCCGGGGAGCAGTGGCCTGTCATCATCCCTGAGGAAGAGATTCACCAAGAAG
CTCCTGGTGTCAAGCCGAGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCAATGATGCTCTCTCTTGATTT
GGGTTTACCCTTGTTCTGTTGGCATGTCTAGCTTTGGGAATTTATAACTCTTGATTGGGA
TAGATACATCTTTATTGTTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTGATCA
GAAGCCATGAAGTTTAATTCATGTCTTTTCTTTTCTCAATAAGAGCTGGTGAGGCTTTGT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1BE06TF U 1
AF RR1BE06JQ C 18
AF RR1CJ83TF U 29
BS 1 620 RR1BE06TF
BS 621 661 RR1CJ83TF

RD RR1BE06TF 620 0 0
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TGTGTTGGATTCAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGTTCAACACAT
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GGGTTTACCCTTGTTCTGTTGGCATGTCTAGCTTTGGGAATTTATAACTCTTGATTGGGA
TAGATACATCTTTATTGTTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTGATCA
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QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1BE06JQ 603 0 0
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ATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGTTCAACACATTGGATCCAAGACTCGCC
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ATGATTCTTGATAAAGGTCAGTATCTCGAGACTGAACAGATGTTCCGTGAAGCCGGGGAG
CAGTGGCCTGTCATCATCCCTGAGGAAGAGATTCACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCG
AGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCAATGATGCTCTCTCTTGATTTGGGTTTACCCTTGTTCT
GTTGGCATGTCTAGCTTTGGGAATTTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTTTATTG
TTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTGATCAGAAGCCATGAAGTTTAA
TTC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1CJ83TF 633 0 0
GG
GCGATTCTCGCCGGAGAGCTCCCGTCGACCTGTGTTGGATTCAGAGGATGTTGAAGTTCC
TATCAAAAGTAAAGATTGAGTTCAACACATTGGATCCAAGACTCGCCTCTTGCGTCGAAT
TCTTGGCTCAGTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCAAACCCTAACTGTCAGGTTCTGG
TGAAACGCAGAACAGACGATCAGCCGCCGCAGATCAGTGTCACTTTCGTTAATGGTGTTG
AGGAAGCTTTCGATGCGGCAGCCACGTCGGCTCAGTCCATCAGGAAGATGATTCTTGATA
AAGGTCAGTATCTCGAGACTGAACAGATGTTCCGTGAAGCCGGGGAGCAGTGGCCTGTCA
TCACCCCTGAGGAAGAGATTCACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCGAGGAAAGCAGAAG
ACAAGAAGCAATGACGCTCTCTCTTGATTTGGGTTTACCCTTGTTCTGTTGGCATGTCTA
GCTTTGGGAATTTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTTTATTGTTTCTTTCTTTAT
GTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTGATCAGAAGCCATGAAGTTTAATTCATGTCTTTTC
TTTTCTCAATAAGAGCTGGTGAGGCTTTGTT

QA 3 633 3 633
DS 



AS 1 3

CO CL4014Contig1 957 3 8 U
GCTGGGAAAGACGTTCTTATTCATTTGAAAAACAAACACACTCAAATCCAATATACAAAC
ATTTTTATTGTTGAATTAAGGAGAAAGAAGACTCGTAAAAAAGCTGGTGACTGAGTGAAA
GCTTCTTCAAGCTTTTGAGTAATCCACCAAATCAAGAAAGGCCACGAACTTTTCCAGTGA
CAGTGTCAATGTCGATCTCATAGAAGCAAGGTCTTGTCGGAAGTCCAGGCATTGTACTCA
TCGTACCAACCAGTGGATATATGAATCCAGCACCAATGCTTCCTCTTACGTCCCTTATAG
GCAACACAAACCCTGAAGGTGCTCCTTTCTTCGATGCATCGTGCGAGAACGAGTATTGCG
TCTTAAACATGCATATAGGAAGGTTGGAGAAGCCTTGTTGAGTGTACATCTCAATCTGCT
TCTCAGCCTGGTCTGAGTATTCAACACCACTGGCTCCATACGACTTGGCTATGGCCTCAA
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GACAAGCTTTCTCAACAACAATACCAAGATCAACCGCTCCTTTGCCACCATGAGCATGGT
GGGAACAAATCACAGCATCAAAAGCACCAGCATCCATAGAAAACTTCTTTACTGCATTCA
GCTCTGCTTCTGTATCCGTTGAGAACATATTCACAGCAACAACAACATTCACACCGTACG
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TCTCGCTCACGTAGGCGCGGTCAAGAGGCCTCCCGGCAACAACATCAGGCCCACCACCAT
GCATCTTCAAGGCCCTAACAGTCGCCACAACGATCGCACACTGAGGCGTCAGCCCGCTGT
AACGGCACTTAATGTTCATGAACTTCTCCGTTCCAATGTCAGAACCAAAACCAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ11JQ U 62
AF RR1B701JQ U 1
AF RR1GZ11TFB C 290
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ATTTTTATTGTTGAATTAAGGAGAAAGAAGGCTCGTAAAAAAGCTGGTGACTGAGTGAAA
GCTTCTTCAAGCTTTTGAGTAATCCACCAAATCAAGAAAGGCCACGAACTTTTCCAGTGA
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TCTCAGCCTGGCCTGAGTATTCAACACCACTGGCTCCATACGACTTGGCTATGGCCTCAA
TCTTGTCTTTGATGCTGATCTCCAATGGGTAGAGAAACCTAAGTGGCTGAATAATGTTTT
GACAAGCTTTCTCAACAGCAATACCAAGATCAACCGCTCCTTTGCCACCATGAGCATGGT
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GCTCTGCTTCTGTATCCGTTGAGAACATATTCACAGCAACAACAACATTCACACCGTACG
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QA 1 759 1 759
DS 

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CGT
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AATGTTTTGACAAGCTTTCTCAACAACAATACCAAGATCAACCGCTCCTTTGCCACCATG
AGCATGGTGGGAACAAATCACAGCATCAAAAGCACCAGCATCCATAGAAAACTTCTTTAC
TGCATTCAGCTCTGCTTCTGTATCCGTTGAGAACATATTCACAGCAACAACAACATTCAC
ACCGTACGACTTTGTGTTCGAAATATGCTTTGCCAGATTCGCACATCCAGCTTCAACCAA
GGAAACATTCTCGCTCACGTAGGCGCGGTCAAGAGGCCTCCCGGCAACAACATCAGGCCC
ACCACCATGCATCTTCAAGGCCCTAACAGTCGCCACAACGATCGCACACTGAGGCGTCAG
CCCGCTGTAACGGCACTTAATGTTCATGAACTTCTCCGTTCCAATGTCAGAACCAAAACC
AGATC

QA 4 668 4 668
DS 



AS 1 3

CO CL4015Contig1 1306 3 6 U
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AAGATAGTTGCCTTACGACGGATGACCCCCCGAAAAGATCGTGTCTGTGCTAGAGCCACG
GCGTCGTCTAGCGCGGCGGTTTCAAGCGGAGGAGTAGTGGAAGCGGTGGAACTGGCTGAG
ATAGGAGAGAAGAGTAAGCAATGGAAGTGGAAGGGAGAGTACTCGATCAATTACTTTCTC
AAGAGTTCGCCGGAGGAAGTAACTCCGGCGAGTCAGACTGTTCTCTTAGTTCACGGCTTT
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TATGCCATTGATCTTCTTGGGTTTGGTGCTTCCGAGAAGCCACCTGGTTTTAGCTACACT
ATGGAGTCATGGGCTGAGTTGATACTAAACTTCTTGGAGGATGTGGTTCAGAAACCGACA
GTTTTGATTGGAAACTCTGTTGGAAGCCTTGCTTGCGTTATAGCTGCTTCAGAAGAATCG
CAGAGAGATCTGGTTAAAGGTCTTGTTCTGTTGAATTGTGCTGGTGGTATGAACAACAAA
GCTGTGTTTGACGACTGGAGAATCAAGCTGCTGATGCCATTGCTCTTGCTTATCGGCTTC
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GAGATTATCGCTGGACCAGCAAACAGCGAAGGTGCGCTAGATGCATTTGTTTCGATATTA
ACGGGTCCACCTGGACCAAACCCGATTACGCTGATTCCTGGAATAACAAAACCGGTTCTT
GTCTTATGGGGAGACCAGGATGGATTAACTCCACTTGACGGTCCTGTAGGTAAGTACTTC
ACGTCCCTTCCGGATCAGTTACCTAACTTCAACCTCTATGTTCTAGAAGGTGTTGGACAT
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ACATGTTTGTCTGTTGCGTCTATGCACTAGATATCCAAATTCTACCATTTTTTTGTAATA
CGTTGTATATCGAATGTATATGGTATAAAAATGGGTTTATTTATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EX14TF U 21
AF RR1CH92TF U 1
AF RR1CH92JQ C 572
BS 1 774 RR1CH92TF
BS 775 775 RR1CH92JQ
BS 776 784 RR1CH92TF
BS 785 787 RR1CH92JQ
BS 788 811 RR1CH92TF
BS 812 1306 RR1CH92JQ

RD RR1EX14TF 741 0 0
GG
GAGCAGAGCTAGAGAGAGAGACGACGATGAGAGCTCTGACATGGACAGGACTATCTCCGC
CGCCGCCGGCTATGGTGGCGCGAATGACGATGACTCCGAAGATAGTTGCCTTACGACGGA
TGACCCCCCGAAAAGATCGTGTCTGTGCTAGAGCCACGGCGTCGTCTAGCGCGGCGGTTT
CAAGCGGAGGAGTAGTGGAAGCGGTGGAACTGGCTGAGATAGGAGAGAAGAGTAAGCAAT
GGAAGTGGAAGGGAGAGTACTCGATCAATTACTTTCTCAAGAGTTCGCCGGAGGAAGTAA
CTCCGGCGAGTCAGACTGTTCTCTTAGTTCACGGCTTTGGCGCCTCTATTCCTCACTGGC
GAAGGAATATAAATGCTCTGTCCAAACACCATACAGTTTATGCCATTGATCTTCTTGGGT
TTGGTGCTTCCGAGAAGCCACCTGGTTTTAGCTACACTATGGAGTCATGGGCTGAGTTGA
TACTAAACTTCTTGGAGGATGTGGTTCAGAAACCGACAGTTTTGATTGGAAACTCTGTTG
GAAGCCTTGCTTGCGTTATAGCTGCTTCAGAA***TCGCAGAGAGATCTGGTTAAAGGTC
TTGTTCTGTTGAATTGTGCTGGTGGTATGAACAACAAAGCTGTGTTTGACGACTGGAGAA
TCAAGCTGCTGATGCCATTGCTCTTGCTTATCGACTTCTTACTCAAGCAAAGAGGAATTG
CTTCTGCACTCTTTAACCG

QA 3 741 3 741
DS 

RD RR1CH92TF 811 0 0
GGACGGATAAACTAAAGAAGCTGAGCAGAGCTAGAGAGAGAGACGACGATGAGAGCTCTG
ACATGGACAGGACTATCTCCGCCGCCGCCGGCTATGGTGGCGCGAATGACGATGACTCCG
AAGATAGTTGCCTTACGACGGATGACCCCCCGAAAAGATCGTGTCTGTGCTAGAGCCACG
GCGTCGTCTAGCGCGGCGGTTTCAAGCGGAGGAGTAGTGGAAGCGGTGGAACTGGCTGAG
ATAGGAGAGAAGAGTAAGCAATGGAAGTGGAAGGGAGAGTACTCGATCAATTACTTTCTC
AAGAGTTCGCCGGAGGAAGTAACTCCGGCGAGTCAGACTGTTCTCTTAGTTCACGGCTTT
GGCGCCTCTATTCCTCACTGGCGAAGGAATATAAATGCTCTGTCCAAACACCATACAGTT
TATGCCATTGATCTTCTTGGGTTTGGTGCTTCCGAGAAGCCACCTGGTTTTAGCTACACT
ATGGAGTCATGGGCTGAGTTGATACTAAACTTCTTGGAGGATGTGGTTCAGAAACCGACA
GTTTTGATTGGAAACTCTGTTGGAAGCCTTGCTTGCGTTATAGCTGCTTCAGAAGAATCG
CAGAGAGATCTGGTTAAAGGTCTTGTTCTGTTGAATTGTGCTGGTGGTATGAACAACAAA
GCTGTGTTTGACGACTGGAGAATCAAGCTGCTGATGCCATTGCTCTTGCTTATCGGCTTC
TTACTCAAGCAAAGAGGAATTGTTTCTGCACTCTTTAACCGTGTTAAAGACAGG*AGAAT
CTCAG**ACATCTTGACAAATGTATATAGCA

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR1CH92JQ 735 0 0
CTTGCGTTATAGCTGCTTCAGAAGAATCGCAGAGAGATCTGGTTAAAGGTCTTGTTCTGT
TGAATTGTGCTGGTGGTATGAACAACAAAGCTGTGTTTGACGACTGGAGAATCAAGCTGC
TGATGCCATTGCTCTTGCTTATCGGCTTCTTACTCAAGCAAAGAGGAATTGTTTCTGCAC
TCTTTAACCGTGTTAAAGACAGGGAGAATCTCAAGAACATCTTGACAAATGTATATAGCA
ACAAAGACAATGTAGTTGATACCCTTGTAGAGATTATCGCTGGACCAGCAAACAGCGAAG
GTGCGCTAGATGCATTTGTTTCGATATTAACGGGTCCACCTGGACCAAACCCGATTACGC
TGATTCCTGGAATAACAAAACCGGTTCTTGTCTTATGGGGAGACCAGGATGGATTAACTC
CACTTGACGGTCCTGTAGGTAAGTACTTCACGTCCCTTCCGGATCAGTTACCTAACTTCA
ACCTCTATGTTCTAGAAGGTGTTGGACATTGCCCACAAGATGATCGTCCGGATCTTGTCC
ATGAGCGTCTCCTTCCATGGCTGGCACAGCTTTCTTCCACATAGTCTCAATTTGTTTTCA
GCCATGTGTATGGTGTTTACAAATGTATAACATGTTTGTCTGTTGCGTCTATGCACTAGA
TATCCAAATTCTACCATTTTTTTGTAATACGTTGTATATCGAATGTATATGGTATAAAAA
TGGGTTTATTTATCG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL4016Contig1 755 2 16 U
GAGAGAGACCAGAGATGACCCAGTGAGTCAGCAGGAGCTCGCTGCATACTTCACTCACTG
TAACCTCCAACTACCTCACTTAAGACTCGCCCTGTTTAGTGCAATGGGTGTCTGCTACAA
GGCGAAGAACCTCGCCACTGCCTATAACTTCGCCAAAAGATTGTTGGAAACCAACCCAAT
GGAGACCCAGGCCAAGACGGCTAGACAAATTGTTCAAGCAGCCGAGCGCAACATGACTGA
TGCAACCGAGCTCAACTACGACTTCAGAAACCCGTTTGTGATATGCGGATCAACCTATGT
CCCAATCTACAGAGGTCAGAAAGACGTTTCATGTCCATACTGCACCGCCAGGTTCGTACC
AAGCCAGGAAGGAAACATATGCGGGGTCTGTGATCTTGCAGTCATTGGCGCAGACGCATC
TGGTTTGGTATGCTCTCCGTCTCAGGTCCGCTGATCAATTCATCTTATTCAAACGGGAGG
TTCTGTTGCTGTTTTGAGTCCTTCAAGTTGTTCTCTTATCTTAGTGACAAGTTGACAATG
CATGAGAGAACTTTAGCGTCTTGCTCTATATTTGGTTTTATTATATTTTTACATTCTCAG
AACATTTCAATTAGTTTTATCGGGATTTAAAAACTCGTTCACTATGATGATATAATATAG
ACGAATTTTTTTGAGTTATGTAATGTTTTTTTGTTTTGTTTCTCGTTTTATGTTGTTAAT
TTTGACATGGTTCGTAATTGTTATTCCAATTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DW22TF U 1
AF RR1CX73TF U 150
BS 1 219 RR1DW22TF
BS 220 220 RR1CX73TF
BS 221 222 RR1DW22TF
BS 223 223 RR1CX73TF
BS 224 330 RR1DW22TF
BS 331 331 RR1CX73TF
BS 332 342 RR1DW22TF
BS 343 343 RR1CX73TF
BS 344 500 RR1DW22TF
BS 501 501 RR1CX73TF
BS 502 527 RR1DW22TF
BS 528 528 RR1CX73TF
BS 529 581 RR1DW22TF
BS 582 584 RR1CX73TF
BS 585 612 RR1DW22TF
BS 613 755 RR1CX73TF

RD RR1DW22TF 612 0 0
GAGAGAGACCAGAGATGACCCAGTGAGTCAGCAGGAGCTCGCTGCATACTTCACTCACTG
TAACCTCCAACTACCTCACTTAAGACTCGCCCTGTTTAGTGCAATGGGTGTCTGCTACAA
GGCGAAGAACCTCGCCACTGCCTATAACTTCGCCAAAAGATTGTTGGAAACCAACCCAAT
GGAGACCCAGGCCAAGACGGCTAGACAAATTGTTCAAGCCGCTGAGCGCAACATGACTGA
TGCAACCGAGCTCAACTACGACTTCAGAAACCCGTTTGTGATATGCGGATCAACCTATGT
CCCAATCTACAGAGGTCAGAAAGACGTTTCGTGTCCATACTGTACCGCCAGGTTCGTACC
AAGCCAGGAAGGAAACATATGCGGGGTCTGTGATCTTGCAGTCATTGGCGCAGACGCATC
TGGTTTGGTATGCTCTCCGTCTCAGGTCCGCTGATCAATTCATCTTATTCAAACGGGAGG
TTCTGTTGCTGTTTTGAGTCTTTCAAGTTGTTCTCTTATCTTAGTGATAAGTTGACAATG
CATGAGAGAACTTTAGCGTCTTGCTCTATATTTGGTTTTAT***ATTTTTACATTCTCAG
AACATTTCAATT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1CX73TF 606 0 0
G
CGCCAAAAGATTGTTGGAAATCAACCCAATGGAGACCCAGGCCAAGACGGCTAGACAAAT
TGTTCAAGCAGCCGAGCGCAACATGACTGATGCAACCGAGCTCAACTATGACTTCAGAAA
CCCGTTTGTGATATGCGGATCAACCTATGTCCCAATCTACAGAGGTCAGAAAGACGTTTC
ATGTCCATACTGCACCGCTAGGTTTGTGCCAAGCCAGGAAGGAAACATATGCGGGGTCTG
TGATCTTGCAGTCATTGGCGCAGACGCATCTGGTTTGGTATGCTCTCCGTCTCAGGTCCG
CTGATCAATTCATCTTCTTCAAACGTGAGGTTCTGTTGCTGTTTTGAGTCCTTCAAGTTG
TTCTCTTATCTTAGTGACAAGTTGACAATGCATGAGAGAACTTTAGCGTCTTGCTCTATA
TTTGGTTTTATTATATTTTTACATTCTCAGAACATTTCAATTAGTTTTATCGGGATTTAA
AAACTCGTTCACTATGATGATATAATATAGACGAATTTTTTTGAGTTATGTAATGTTTTT
TTGTTTTGTTTCTCGTTTTATGTTGTTAATTTTGACATGGTTCGTAATTGTTATTCCAAT
TATTT

QA 2 606 2 606
DS 



AS 1 3

CO CL4017Contig1 782 3 5 U
ATTCAACAGCAAACGAATCACATTTCAAAGACTTTCTTTGTGATCAATTCAATGGCAGGT
ATCAAAGTTTTCGGACACCCTGCTTCCACTGCCACCAGGAGAGTCCTCCTCACCCTCCAC
GAGAAAAACCTCGACTTTGAGCTCGTTCATGTCGAGCTCAAAGACGGTGAGCACAAGAAA
GAGCCCTTCCTCTCCCGCAACCCTTTTGGTAAAGTTCCCGCCTTTGAAGATGGAGACCTC
AAGCTCTTCGAATCAAGAGCGATTACTCAGTACATAGCTCACCGATATGAAGAGGAAGGA
ACCAACCTTCTCCCAGCCGACTCCAAGAACATATCCCACTACGCAATCATGGCCATTGGA
ATGGAAGTAGAAGCTCACCACTTCGACCCAGTGGCTTCAAAGCTTGCCTGGGAACAAGTG
TTCAAGCTCTTCTATGGCATGACCACAGACCAAGCCGTTGTTGAAGAAGAAGAGGCTAAG
TTAGCCGCGGTCCTTGATGTGTACGAGGCTAGGCTCAAGGAGTTCAAGTATTTGGCTGGT
GAAACTTTTACTTTGACCGATCTTCACCACATTCCCGTTATTCAATACTTGCTTGGAACT
CCCACCAAAAAGCTCTTCGCCGAGCGTCCACATGTCAACGAGTGGGGTGGAAGAGATCAC
CAACAGGCCAGCTTCCCAGAAGATCCTTCAGTGAGAAATTTCTGAAGAAGGGAAAAGAAA
ATGATTCTGCTTCAGTCACCGTAATAATAATGCTCAAAGTAAATAAGTGGCTGCCTCATT
GC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1CO87TF U 1
AF RR1CS28TF U 233
AF RR1CO87JQ C 434
BS 1 326 RR1CO87TF
BS 327 328 RR1CS28TF
BS 329 642 RR1CO87TF
BS 643 695 RR1CS28TF
BS 696 782 RR1CO87JQ

RD RR1CO87TF 642 0 0
ATTCAACAGCAAACGAATCACATTTCAAAGACTTTCTTTGTGATCAATTCAATGGCAGGT
ATCAAAGTTTTCGGACACCCTGCTTCCACTGCCACCAGGAGAGTCCTCCTCACCCTCCAC
GAGAAAAACCTCGACTTTGAGCTCGTTCATGTCGAGCTCAAAGACGGTGAGCACAAGAAA
GAGCCCTTCCTCTCCCGCAACCCTTTTGGTAAAGTTCCCGCCTTTGAAGATGGAGACCTC
AAGCTCTTCGAATCAAGAGCGATTACTCAGTACATAGCTCACCGATATGAAGAGGAAGGA
ACCAACCTTCTCCCAGCCGACTCCAA**ACATATCCCACTACGCAATCATGGCCATTGGA
ATGGAAGTAGAAGCTCACCACTTCGACCCAGTGGCTTCAAAGCTTGCCTGGGAACAAGTG
TTCAAGCTCTTCTATGGCATGACCACAGACCAAGCCGTTGTTGAAGAAGAAGAGGCTAAG
TTAGCCGCGGTCCTTGATGTGTACGAGGCTAGGCTCAAGGAGTTCAAGTATTTGGCTGGT
GAAACTTTTACTTTGACCGATCTTCACCACATTCCCGTTATTCAATACTTGCTTGGAACT
CCCACCAAAAAGCTCTTCGCCGAGCGTCCACATGTCAACGAG

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1CS28TF 463 0 0
GAGACCTCAAGCTCTTCGAATCAAGAGCGATTACTCAGTACATAGCTCACCGATATGAAG
AGGAAGGAACCAACCTTCTCCCAGCCGACTCCAAGAACATATCCCACTACGCAATCATGG
CCATTGGAATGGAAGTAGAAGCTCACCACTTCGACCCAGTGGCTTCAAAGCTTGCCTGGG
AACAAGTGTTCAAGCTCTTCTATGGCATGACCACAGGCCAAGCCGTTGTTGAAGAAGAAG
AGGCTAAGTTAGCCGCGGTCCTTGATGTGTACGAGGCTAGGCTCAAGGAGTTCAAGTATT
TGGCTGGTGAAACTTTTACTTTGACCGATCTTCACCACATTCCCGTTATTCAATACTTGC
TTGGAACTCCCACCAAAAAGCTCTTCGCCGAGCGTCCACATGTCAACGAGTGGGGTGGAA
GAGATCACCAACAGGCCAGCTTCCCAGAAGATCCTTCAGTGAG

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR1CO87JQ 349 0 0
ATGGCATGACCACAGACCAAGCCGTTGTTGAAGAAGAAGAGGCTAAGTTAGCCGCGGTCC
TTGATGTGTACGAGGCTAGGCTCAAGGAGTTCAAGTATTTGGCTGGTGAAACTTTTACTT
TGACCGATTTTCACCACATTCCCGTTATTCAATACTTGCTTGGAACTCCCACCAAAAAGC
TTTTCGCCGAGCGTCCACATGTCAACGAGTGGG*TGGAAGAGATCACCAACAGGCCAGCT
TCCCAGAAGATCCTTCAGTGAGAAATTTCTGAAGAAGGGAAAAGAAAATGATTCTGCTTC
AGTCACCGTAATAATAATGCTCAAAGTAAATAAGTGGCTGCCTCATTGC

QA 1 349 1 349
DS 



AS 1 3

CO CL4018Contig1 1041 3 4 U
GGACCAAACACACAGTGACACAGATCAAGAGAAAAAAATGGGAGAGACCAAAAATGGCGA
GAAAACGCGCGTTTTGGTGGTGGGAGCGACGGGTTACTTGGGGAAGAGAATCGTGAGGGC
GTGTTTGGCTGAAGGTCACGAAACTGACGTTTTGCAGCGACCAGAGATTGGTTTTGACAT
CGAGAAAGTCCAACTCCTTCTCTCTTTCAAGAAACTCGGCGTTCGTCTCGTCGAAGCTTC
TTTCTCCGACCACCAAAGCCTCGTATCAGCAGTGAAACTCGTAGACGTCGTTGTCTCCGC
CATGTCGGGCGTTCACTTCCGTAGCCATAACATCCTTGTCCAGCTCAAGCTTCTTGAAGC
CATCAAAGAGGCTGGTAATGTTAAGCGGTTTTTACCATCTGAGTTTGGTATGGATCCACC
ACGTATGGGACATGCGTTACCACCAGGCAGAGAAACATTCGACCAGAAAATGGAAGTGCG
TCATGCTATTGAAGCTGCAGGATTACCTTACACTTACGTCGTTGGCGTTTGCTTCGCTGC
ATATATGGCAGGAAACTTATCTCAGATGAAAAATCTACTCCCTCCAAAGAAAAAAGCTAA
TATATATGGAGATGGAAACGTAAAAGTGGTGTTCGCTGATGAAGACGATATCGCAAAAAC
ACTAGACGATCCACGAACAGTGAACAAAACCGTGTATATCAGACCTCAGGACAACATTCT
CACGCAAAATGAATTGGTTAAGATTTGGGAAAGCCTAACCGGAAATGAATTAGAAAAGAA
CAATATTGCTGCAAAAGACTTCCTTGCCAACATTGAACACATGGAGATTCCACACCAAGC
AGGGATAGGACATTTTTATCATATCTTCTATGAAGGATGTCTCACTGATCACGAAGTCAG
AGAAGATGAAGAGGCGTCGAGTCTATATCCGGATGTCAAGTACAAGCGTATGGATGATTA
TTTAAGAATGTACCTCTGATTACAATTTGGTCAAAATCATATCTATGATAAATATGCATA
TCATAAGTTTGAAGTTTTTAT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AG01TF U 2
AF RR1BQ94TF U 1
AF RR1BQ94JQ C 324
BS 1 709 RR1BQ94TF
BS 710 710 RR1BQ94JQ
BS 711 751 RR1BQ94TF
BS 752 1041 RR1BQ94JQ

RD RR1AG01TF 704 0 0
GACCAAACACACAGTGACACAGATCAAGAGAAAAAAATGGGAGAGACCAAAAATGGCGAG
AAAACGCGCGTTTTGGTGGTGGGAGCGACGGGTTACTTGGGGAAGAGAATCGTGAGGGCG
TGTTTGGCTGAAGGTCACGAAACTTACGTTTTGCAGCGACCAGAGATTGGTTTTGACATC
GAGAAAGTCCAACTCCTTCTCTCTTTCAAGAAACTCGGCGTTCGTCTCGTCGAAGCTTCT
TTCTCCGACCACCAAAGCCTCGTATCAGCAGTGAAACTCGTAGACGTCGTTGTCTCCGCC
ATGTCGGGCGTTCACTTCCGTAGCCATAACATCCTTGTCCAGCTCAAGCTTCTTGAAGCC
ATCAAAGAGGCTGGTAATGTTAAGCGGTTTTTACCATCTGAGTTTGGTATGGATCCACCA
CGTATGGGACATGCGTTACCACCAGGCAGAGAAACATTCGACCAGAAAATGGAAGTGCGT
CATGCTATTGAAGCTGCAGGATTACCTTACACTTACGTCGTTGGCGCTTGCTTCGCTGCA
TATATGGCAGGAAACTTATCTCAGATGAAAAATCTACTCCCTCCAAAGAAAAAAGCTAAT
ATATATGGAGATGGAAACGTAAAAGTGGTGTTCGCTGATGAAGACGATATCGCAAAAACA
CTAGACGATCCACGAACAGTGAACAAAACCGTGTATATCAGACC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1BQ94TF 751 0 0
GGACCAAACACACAGTGACACAGATCAAGAGAAAAAAATGGGAGAGACCAAAAATGGCGA
GAAAACGCGCGTTTTGGTGGTGGGAGCGACGGGTTACTTGGGGAAGAGAATCGTGAGGGC
GTGTTTGGCTGAAGGTCACGAAACTGACGTTTTGCAGCGACCAGAGATTGGTTTTGACAT
CGAGAAAGTCCAACTCCTTCTCTCTTTCAAGAAACTCGGCGTTCGTCTCGTCGAAGCTTC
TTTCTCCGACCACCAAAGCCTCGTATCAGCAGTGAAACTCGTAGACGTCGTTGTCTCCGC
CATGTCGGGCGTTCACTTCCGTAGCCATAACATCCTTGTCCAGCTCAAGCTTCTTGAAGC
CATCAAAGAGGCTGGTAATGTTAAGCGGTTTTTACCATCTGAGTTTGGTATGGATCCACC
ACGTATGGGACATGCGTTACCACCAGGCAGAGAAACATTCGACCAGAAAATGGAAGTGCG
TCATGCTATTGAAGCTGCAGGATTACCTTACACTTACGTCGTTGGCGTTTGCTTCGCTGC
ATATATGGCAGGAAACTTATCTCAGATGAAAAATCTACTCCCTCCAAAGAAAAAAGCTAA
TATATATGGAGATGGAAACGTAAAAGTGGTGTTCGCTGATGAAGACGATATCGCAAAAAC
ACTAGACGATCCACGAACAGTGAACAAAACCGTGTATATCAGACCTCAG*ACAACATTCT
CACGCAAAATGAATTGGTTAAGATTTGGGAA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1BQ94JQ 718 0 0
GCCATAACATCCTTGTCCAGCTCAAGCTTCTTGAAGCCATCAAAGAGGCTGGTAATGTTA
AGCGGTTTTTACCATCTGAGTTTGGTATGGATCCACCACGTATGGGACATGCGTTACCAC
CAGGCAGAGAAACATTCGACCAGAAAATGGAAGTGCGTCATGCTATTGAAGCTGCAGGAT
TACCTTACACTTACGTCGTTGGCGTTTGCTTCGCTGCATATATGGCAGGAAACTTATTTC
AGATGAAAAATCTACTCCCTCCAAAGAAAAAAGCTAATATATATGGAGATGGAAACGTAA
AAGTGGTGTTCGCTGATGAAGACGATATCGCAAAAACACTAGACGATCCACGAACAGTGA
ACAAAACCGTGTATATCAGACCTCAGGACAACATTCTCACGCAAAATGAATTGGTTAAGA
TTTGGGAAAGCCTAACCGGAAATGAATTAGAAAAGAACAATATTGCTGCAAAAGACTTCC
TTGCCAACATTGAACACATGGAGATTCCACACCAAGCAGGGATAGGACATTTTTATCATA
TCTTCTATGAAGGATGTCTCACTGATCACGAAGTCAGAGAAGATGAAGAGGCGTCGAGTC
TATATCCGGATGTCAAGTACAAGCGTATGGATGATTATTTAAGAATGTACCTCTGATTAC
AATTTGGTCAAAATCATATCTATGATAAATATGCATATCATAAGTTTGAAGTTTTTAT

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 3

CO CL4019Contig1 1128 3 3 U
GAAGGTAGAAATGTTACCTGAAGATTTGAAATCGGGATCAGGTCTTAAATGGCAAGTGTT
CTCAGAGAAGCCAGGTATATGGGGAGAAGCAGACTTTGTGAAAAATGAACTCGTTGATCA
TATCAACACCACAAAGGACACAACTGACTATCTTTGGTACACAACAAGTATAACAGTCGG
TGACAATGAAGAGTTTCTGAAGAAGAAAACTCGTCCGGTTCTCTTTATTGAATCAAAGGG
GCATACTCTACATGTTTTCATTAACAAAGAGTACTTAGGAACTGCAACAGGGAATGGAAC
TCATGTGCCCTTCAAACTCAAGAAATCAGTTCCTCTCAAAGCGGGAGAAAACAATATTGA
TCTGCTTAGCATGACCGTTGGTCTTTCGAATGCAGGGTCCTTCTATGAATGGGTTCCAGC
TGGACTTACAAGCGTCTCAATTGAAGGACTCAACAGTGGCACATTGAACTTGACACATAG
CAAATGGTCCTACAAGCTCGGAGTGCAAGGAGAGCATCTAGGTCTATTCAAGCCAGGTAA
CTCTGGGGCTGTCAAATGGACTGTTACTGCAAAACCTCCAAAGAAACAACCTTTGACTTG
GTATAAAGTTATCATAGACCCCCCTTCTGGGAGTGAACCGGTTGGGCTTGATATGATCAG
TATGGGGAAAGGCATGGCTTGGCTAAACGGTGAAGAGATTGGAAGATACTGGCCTAGGAT
TGCTAGAAAGAACGCTCCAAATGATGAATGCGTTAAAGAATGTGACTACAGAGGCAAATT
TATGCCGGATAAATGCAACACTGGATGTGGAGAGCCATCTCAAAGATGGTATCATGTTCC
ACGCTCATGGTTTAAGCCTTCCGGGAATGAGCTTGTGATCTTCGAGGAGAAAGGTGGCTA
TCCCACGAAGATAAAGCTGTCTAGACGAAAAGTCACAGAGGTTTGAACAAGAAGTCAAAG
AGCAATGCATGAACCTGAGTTGCAATTGGCAAAGAAGATTGGGATTCAGATGTTACCATG
AAAGCGAAAGAAAAGATTGTATTTTTGTCTTTATTTCTCTGTTGCTGTTCCAAAATAACA
AACAAGATTTCTATTACATCATGAAGCTATAACTTAAGCATTGTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CU66TF U 1
AF RR1CU66JQ C 411
AF RR1DL60TF U 935
BS 1 621 RR1CU66TF
BS 622 935 RR1CU66JQ
BS 936 1128 RR1DL60TF

RD RR1CU66TF 622 0 0
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CTCAGAGAAGCCAGGTATATGGGGAGAAGCAGACTTTGTGAAAAATGAACTCGTTGATCA
TATCAACACCACAAAGGACACAACTGACTATCTTTGGTACACAACAAGTATAACAGTCGG
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GCATACTCTACATGTTTTCATTAACAAAGAGTACTTAGGAACTGCAACAGGGAATGGAAC
TCATGTGCCCTTCAAACTCAAGAAATCAGTTCCTCTCAAAGCGGGAGAAAACAATATTGA
TCTGCTTAGCATGACCGTTGGTCTTTCGAATGCAGGGTCCTTCTATGAATGGGTTCCAGC
TGGACTTACAAGCGTCTCAATTGAAGGACTCAACAGTGGCACATTGAACTTGACACATAG
CAAATGGTCCTACAAGCTCGGAGTGCAAGGAGAGCATCTAGGTCTATTCAAGCCAGGTAA
CTCTGGGGCTGTCAAATGGACTGTTACTGCAAAACCTCCAAAGAAACAACCTTTGACTTG
GTATAAAGTTATCATAGACCC
A

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1CU66JQ 666 0 0
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TGACACATAGCAAATGGTCCTACAAGCTCGGAGTGCAAGGAGAGCATCTAGGTCTATTCA
AGCCAGGTAACTCTGGGGCTGTCAAATGGACTGTTACTGCAAAACCTCCAAAGAAACAAC
CTTTGACTTGGTATAAGGTTATCATAGACCCCCCTTCTGGGAGTGAACCGGTTGGGCTTG
ATATGATCAGTATGGGGAAAGGCATGGCTTGGCTAAACGGTGAAGAGATTGGAAGATACT
GGCCTAGGATTGCTAGAAAGAACGCTCCAAATGATGAATGCGTTAAAGAATGTGACTACA
GAGGCAAATTTATGCCGGATAAATGCAACACTGGATGTGGAGAGCCATCTCAAAGATGGT
ATCATGTTCCACGCTCATGGTTTAAGCCTTCCGGGAATGAGCTTGTGATCTTCGAGGAGA
AAGGTGGCTATCCCACGAAGATAAAGCTGTCTAGACGAAAAGTCACAGAGGTTTGAACAA
GAAGTCAAAGAGCAATGCATGAACCTGAGTTGCAATTGGCAAAGAAGATTGGGATTCAGA
TGTTACCATGAAAGCGAAAGAAAAGATTGTATTTTTGTCTTTATTTCTCTGTTGCTGTTC
CAAAAT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1DL60TF 194 0 0
G
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AGATTGGGATTCAGATGTTACCATGAAAGCGAAAGAAAAGATTGTATTTTTGTCTTTATT
TCTCTGTTGCTGTTCCAAAATAACAAACAAGATTTCTATTACATCATGAAGCTATAACTT
AAGCATTGTTCAC

QA 2 194 2 194
DS 



AS 1 3

CO CL4020Contig1 862 3 7 U
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GAATTAAGGTGAAATACAAAGAAGGGAGCAAAGAGCAGAACGGACGAGAGAATCTGAAAG
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GTCGGGTGGGGACCTGGTTTTGGCCCTGAGGTCATTGGATACGTCGGTGCTGGCTGCGGT
GTTGGTTTCAGTGTTGGCATTACACTCGCCGGTCTCGGCATTGGTCTCCCCACAAACCTT
CTTCTCGCAGCTCCTCATAACACTGTAGAAGCAACTAGAAAGGGTGCTTTTAAGTTGTTT
GGTAATAGTCTTTCAGTTGATGGTTGGAGCCATGTTTTGCCTGGGTTGCAGAGGCAAGTG
GGCGAGATGTGTTCTGGTTTTAGCAAGAAGCCGCCTCGCTTGGATGATGCCATTGACTTA
AAAAGTTTGCCTTTGTTCATTCCACATGATTGTGGAAGATCTGGGAGCCATCTTCTCCGT
ATGCGGCGCAAAGGTATGGAGAACAAAAACCGTGGAGATTCATCAGCTATGTAATGGCAC
TAAACCACGAGGATCTCAAGCATCTGAGACACTCCTTTCGAGATTTTGATTGAATAGAGT
TACTTTCGTTTGGCATGTGTGCGTGACTATAAAATATACTCAGCACAAATCAGAACCTAT
TTCCTATCTTGTTTGGAGGGTACACACTATGAAACAATCCTGAAGAATTTGTGTGTGGGG
AGTCCATGGTACAGTTACATAG


BQ
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AF RR1F587TF U 1
AF RR1FN41TF U 53
AF RR1F587JQ C 37
BS 1 609 RR1F587TF
BS 610 741 RR1FN41TF
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RD RR1F587TF 609 0 0
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AATCCCGTTCATCCCACTTATGGAGCCTTTTGGGGAATGGGAATTGGCATTGGCTGCGGC
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GGCGAGATGTGTTCTGGTTTTAGCAAGAAGCCGCCTCGCTTGGATGATGCCATTGACTTA
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ATGCGGCGC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1FN41TF 720 0 0
G
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CTGAAAGAGTAATCCGTTAATGGTGGTGATGATCATCAAGGGTATATTCAGGAGATATGA
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CTGCGGCGTTGGTTTCAGTGTTGGCATTACACTCGCTGGTCTCGGCATTGGTCTCCCCAC
AAACCTTCTTCTCGCAGCTCCTTATAACACTGTAGAAGCAACTAGAAAGGGTGCTTTTAA
GTTGTTTGGTAATAGTCTTTCAGTTGATGGTTGGAGCCATGTTTTGCCTGGGTTGCAGAG
GCAAGTGGGCGAGATGTGTTCTGGTTTTAGCAAGAAGCCGCCTCGCTTGGATGATGCCAT
TGACTTAAAAAGTTTGCCTTTGTTCATTCCACATGATTGTGGAAGATCTGGGAGCCATCT
TCTCCGTATGCGGCGCAAAGGTATGGAGAACAAAAACCGTGGAGATTCATCAGCTATGTA
ATGGCACTAAACCACGAGGATCTCAAGCATCTGAGACACTCCTTTCGAGATTTTGATTGA
ATAGAGTTACTTTCGTTTGGCATGTGTGTGTGACTATAAA*TATACTCAGCACAAATCA

QA 2 720 2 720
DS 

RD RR1F587JQ 826 0 0
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AGAACGGACGAGAGAATCTGAAAGAGTAATCCGTTAATGGTGGTGATGATCATCAAGGGT
ATATTCAGGAGATATGAGAAATGGAATCCCGTTCATCCCACTTATGGAGCCTTTTGGGGA
ATGGGAATTGGCATTGGCTGCGGCGTCGGGTGGGGACCTGGTTTTGGCCCTGAGGTCATT
GGATACGTCGGTGCTGGCTGCGGTGTTGGTTTCAGTGTTGGCATTACACTCGCCGGTCTC
GGCATTGGTCTCCCCACAAACCTTCTTCTCGCAGCTCCTCATAACACTGTAGAAGCAACT
AGAAAGGGTGCTTTTAAGTTGTTTGGTAATAGTCTTTCAGTTGATGGTTGGAGCCATGTT
TTGCCTGGGTTGCAGAGGCAAGTGGGCGAGATGTGTTCTGGTTTTAGCAAGAAGCCGCCT
CGCTTGGATGATGCCATTGACTTAAAAAGTTTGCCTTTGTTCATTCCACATGATTGTGGA
AGATCTGGGAGCCATCTTCTCCGTATGCGGCGCAAAGGTATGGAGAACAAAAACCGTGGA
GATTCATCAGCTATGTAATGGCACTAAACCACGAGGATCTCAAGCATTTGAGACACTCCT
TTCGAGATTTTGATTGAATAGAGTTACTTTCGTTTGGCATGTGTGCGTGACTATAAAATA
TACTCAGCACAAATCAGAACCTATTTCCTATCTTGTTTGGAGGGTACACACTATGAAACA
ATCCTGAAGAATTTGTGTGTGGGGAGTCCATGGTACAGTTACATAG

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 3

CO CL4021Contig1 1117 3 3 U
GACCTCAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTAAAAGTCGTTTCCCTAGAAAAAAATGTCATCCA
AGGACAAGAAACCGGTGAGGCCATCAAGTAGCCGAGCCGGTGGAATCCGCACTCTGTCCG
ATCTCAATCGAAGGTCTGGTCTTGACTCCGACAGTGATTCCGACAGTCCTCAGGAATACT
ACACAGGCGGTGAGAAAAGTGGTATGCTTGTTCAAGATCCTTCGAAGAAAGACGATGTTG
ATGAGATATTCAATCAAGCCAGACAACTAGGAGCCGTGGAAGGACCTCTCGAGACTCCTT
CTTCGAGTTCCACGAGCTTTACCGGAACTGGGAGATTGCTTTCAGGAGAGAGTGTTTCAG
CTGGTACTCAACAGCCTGAGCCTGTGGTTCACACCATTGTTTTTTGGGCTAATGGATTCA
CCATTGATGATGGTCCTTTGAGGAAGTTGGATGATCCAGAGAACGCTTCTTTTCTCGAGA
GCATTCGAAAGTCTGAGTGCCCGAAAGAGCTTGAGCCTGCAGATAGAAGAGCCCCTGTTC
ACGTCAATCTGATGCGGAGGGAAGAGAAATGTCCAGAACGAGAGAAGCGCAAGGTTTCAT
TCCGGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGCGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGTGGCTCAT
CAATAGCTCCAGATGCCGCTGCCGCCATTCCCATCCAAACCAACCAAACCGGTTTAGCAG
CACCATCACCAACTCCAAGTCTTGTAATAGATGAAACCCTTCCGACAACATCGATCCAGA
TTAGACTAACGGATGGGACCAGGGTTGTGGGCAAGTTCAATCTTCATCACACTGTCAACG
ACATTCGAGGTTTCACCGACTCTTCTCGACCTGGAGCGCCGGTTAACTACCAGCTTCAGA
CAATGGGATTCCCACCTGCGCCTTTGACTGATCCCACTCAGACCATTGAACAAGCTGGTC
TCGCCAACTCTGTTGTTCTTCAGAAGTTCTAGGAGGTTTCTTGTCTTTCTATATGGATTA
TGATCAGAGCTTCATAACTGTTATTGTAACCATAAAAAAGGATGGTTGGCATGTCTGTAA
GTTACTTATACGCAGCATAAATGATCTCTCATGTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BS79TF U 1
AF RR1FK18TF U 307
AF RR1BS79JQ C 313
BS 1 707 RR1BS79TF
BS 708 984 RR1FK18TF
BS 985 1117 RR1BS79JQ

RD RR1BS79TF 707 0 0
GACCTCAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTAAAAGTCGTTTCCCTAGAAAAAAATGTCATCCA
AGGACAAGAAACCGGTGAGGCCATCAAGTAGCCGAGCCGGTGGAATCCGCACTCTGTCCG
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CTTCGAGTTCCACGAGCTTTACCGGAACTGGGAGATTGCTTTCAGGAGAGAGTGTTTCAG
CTGGTACTCAACAGCCTGAGCCTGTGGTTCACACCATTGTTTTTTGGGCTAATGGATTCA
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GCATTCGAAAGTCTGAGTGCCCGAAAGAGCTTGAGCCTGCAGATAGAAGAGCCCCTGTTC
ACGTCAATCTGATGCGGAGGGAAGAGAAATGTCCAGAACGAGAGAAGCGCAAGGTTTCAT
TCCGGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGCGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGTGGCTCAT
CAATAGCTCCAGATGCCGCTGCCGCCATTCCCATCCAAACCAACCAA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1FK18TF 684 0 0
GTTCCA
CGAGCTTTACCGGAACTGGGAGATTGCTTTCAGGAGAGAGTGTTTCAGCTGGTACTCAAC
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GTCCTTTGAGGAAGTTGGATGATCCAGAGAACGCTTCTTTTCTCGAGAGCATTCGAAAGT
CTGAGTGCCCGAAAGAGCTTGAGCCTGCAGATAGAAGAGCCCCTGTTCACGTCAATCTGA
TGCGGAGGGAAGAGAAATGTCCAGAACGAGAGAAGCGCAAGGTTTCATTCCGGGGTGTTG
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ATGCCGCTGCCGCCATTCCCATCCAAACCAACCAAACCGGTTTAGCAGCACCATCACCAA
CTCCAAGTCTTGTAATAGATGAAACCCTTCCGACAACATCGATCCAGATTAGACTAACGG
ATGGGACCAGGGTTGTGGGCAAGTTCAATCTTCATCACACTGTCAACGACATTCGAGGTT
TCACCGACTCTTCTCGACCTGGAGCGCCGGTTAACTACCAGCTTCAGACAATGGGATTCC
CACCTGCGCCTTTGACTGATCCCACTCAGACCATTGAACAAGCTGGTCTCGCCAACTCTG
TTGTTCTTCAGA
GTTCTA

QA 7 678 7 678
DS 

RD RR1BS79JQ 805 0 0
CGAGCTTTAC*GGAACTGGGAGAT*GCTTTCAGGAGAGAGTGTTTCAGCTGGTACTCAAC
AGC*TGAGCCTGTGGTTCACACCATTGTTTTTTGGGCTAATGGATTCACCATTGATGATG
GTCCTTTGAGGAAGTTGGATGATCCAGAGAACGCTTCTTTTCTCGAGAGCATTCGAAAGT
CTGAGTGCCCGAAAGAGCTTGAGCCTGCAGATAGAAGAGCCCCTGTTCACGTCAATCTGA
TGCGGAGGGAAGAGAAATGTCCAGAACGAGAGAAGCGCAAGGTTTCATTCCGGGGTGTTG
GGAGGACTCTAGGCGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGTGGCTCATCAATAGCTCCAG
ATGCCGCTGCCGCCATTCCCATCCAAACCAACCAAACCGGTTTAGCAGCACCATCACCAA
CTCCAAGTCTTGTAATAGATGAAACCCTTCCGACAACATCGATCCAGATTAGACTAACGG
ATGGGACCAGGGTTGTGGGCAAGTTCAATCTTCATCACACTGTCAACGACATTCGAGGTT
TCATCGACTCTTCTCGACCTGGAGCGCCGGTTAACTACCAGCTTCAGACAATGGGATTCC
CACCTGCGCCTTTGACTGATCCCACTCAGACCATTGAACAAGCTGGTCTCGCCAACTCTG
TTGTTCTTCAGAAGTTCTAGGAGGTTTCTTGTCTTTCTATATGGATTATGATCAGAGCTT
CATAACTGTTATTGTAACCATAAAAAAGGATGGTTGGCATGTCTGTAAGTTACTTATACG
CAGCATAAATGATCTCTCATGTGGG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 3

CO CL4022Contig1 737 3 8 U
GGGAAATCAGATTTGCACATCAGACAAGAAGAAACTCATCGCCATGGGACAAGTCTTCGA
CAAGCTCCGAGGCAAGCAGTGGAGGCAAAAACAGGTACAGGCGATATGTGATCGGGTTTT
CGATCGGTTCAAGCTTGAAACCGGAAGAGCCAATCTTAGTTTTGAAGAGCTATACATTGC
CGTGCTTCTCGTCTACAATGACATAAACAAGCGATTGCCTGGTCCTCATTTCGATCCGCC
TTCTAAGGATCTTGTCCGAAGCATTATGACGGAGTGTGATATGAACTTGGATGGAGAAAT
TGACCGGGAGGAGTTTGTGAAGTTTATTGAGCTGCTCACGACTGACACATTAGCGGTTGT
GAGTCAGGGTTTGATCATATCGTTGATCGTGGCTCCCACCGTGGCTATTGCTACAAAGAA
GGCCACGGAAGGTGTCCCAGGTGTTGGGAAAGTGGTGCATAAGCTGCCTACTTCAGTGTA
TGCTTCTCTTGTGACCCTCGCAGTGGTGTGGGTGAATTCCTCCGAATAACTTAGTTGAGG
AGTTGCAAAAAAGCTTGCTACAAAATAAATGTCATGTCCTTTTTAGTCTTACTATTTATT
ACAAGAACTTGTTCTTTTATCACGCAAATATAGAATAACGCAAGCAAGGGTCGAGTGAAA
ACAGTTTTATTATCCTTTGTATGTGTTGTGGGTCTTGGTTTCCCTTTGTATATCCCTGTC
CTCTCTTTCAAGGACCT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW38JQ C 1
AF RR1EP03TF U 21
AF RR1EW38TF U 2
BS 1 1 RR1EW38JQ
BS 2 20 RR1EW38TF
BS 21 369 RR1EP03TF
BS 370 370 RR1EW38TF
BS 371 700 RR1EP03TF
BS 701 701 RR1EW38TF
BS 702 727 RR1EP03TF
BS 728 737 RR1EW38JQ

RD RR1EW38JQ 737 0 0
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CAAGCTCCGAGGCAAGCAGTGGAGGCAAAAACAGGTACAGGCGATATGTGATCGGGTTTT
CGATCGGTTCAAGCTTGAAACCGGAAGAGCCAATCTTAGTTTTGAAGAGCTATACATTGC
CGTGCTTCTCGTCTACAATGACATAAACAAGCGATTGCCTGGTCCTCATTTCGATCCGCC
TTTTAAGGATCTTGTCCGAAGCATTATGACGGAGTGTGATATGAACTTGGATGGAGAAAT
TGACCGGGAGGAGTTTGTGAAGTTTATTGAGCTGCTCACGACTGACACATTAGCGGTTGT
GAGTCAGGGTTTGATCATATCGTTGATCGTGGCTCCCACCGTGGCTATTGCTACAAAGAA
GGCCACGGAAGGTGTCCCAGGTGTTGGGAAAGTGGTGCATAAGCTGCCTACTTCAGTGTA
TGCTTCTCTTGTGACCCTCGCAGTGGTGTGGGTGAATTCCTCCGAATAACTTAGTTGAGG
AGTTGCAAAAAAGCTTGCTACAAAATAAATGTCATGTCCTTTTTAGTCTTACTATTTATT
ACAAGAACTTGTTCTTTTATCACGCAAATATAGAATAACGCAAGCAAGGGTCGAGTGAAA
ACAGTTTTATTATCCTTTGTATGTGTTGTGGGTCTTGGTTTCCCTTTGTATATCCCTGTC
CTCTCTTTCAAGGACCT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1EP03TF 714 0 0
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GGAGGCAAAAACAGGTACAGGCGATATGTGATCGGGTTTTCGATCGGTTCAAGCTTGAAA
CCGGAAGAGCCAATCTTAGTTTTGAAGAGCTATACATTGCCGTGCTTCTCGTCTACAATG
ACATAAACAAGCGATTGCCTGGTCCTCATTTCGATCCGCCTTCTAAGGATCTTGTCCGAA
GCATTATGACGGAGTGTGATATGAACTTGGATGGAGAAATTGACCGGGAGGAGTTTGTGA
AGTTTATTGAGCTGCTCACGACTGACACATTAGCGGTTGTGAGTCAGGGCTTGATCATAT
CGTTGATCGTGGCTCCCACCGTGGCTATTGCTACAAAGAAGGCCACGGAAGGTGTCCCAG
GTGTTGGGAAAGTGGTGCATAAGCTGCCTACTTCAGTGTATGCTTCTCTTGTGACCCTCG
CAGTGGTGTGGGTGAATTCCTCCGAATAACTTAGTTGAGGAGTTGCAAAAAAGCTTGCTA
CAAAATAAATGTCATGTCCTTTTTAGTCTTACTATTTATTACAAGAACTTGTTCTTTTAT
CACGCAAATATAGAATAACGCAAGCAAGGGTCGAGTGAAAACAGTTTTATTATCCTTTGT
ATGTGTTGTGGGTCTTGGTT*CCCTTTGTATATCCCTGTCCTCTCTT
TCAAGGA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1EW38TF 726 0 0
GGAAATCAGATTTGCACATCAGACAAGAAGAAACTCATCGCCATGGGACAAGTCTTCGAC
AAGCTCCGAGGCAAGCAGTGGAGGCAAAAACAGGTACAGGCGATATGTGATCGGGTTTTC
GATCGGTTCAAGCTTGAAACCGGAAGAGCCAATCTTAGTTTTGAAGAGCTATACATTGCC
GTGCTTCTCGTCTACAATGACATAAACAAGCGATTGCCTGGTCCTCATTTCGATCCGCCT
TCTAAGGATCTTGTCCGAAGCATTATGACGGAGTGTGATATGAACTTGGATGGAGAAATT
GACCGGGAGGAGTTTGTGAAGTTTATTGAGCTGCTCACGACTGACACATTAGCGGTTGTG
AGTCAGGGTTTGATCATATCGTTGATCGTGGCTCCCACCGTGGCTATTGCTACAAAGAAG
GCCACGGAAGGTGTCCCAGGTGTTGGGAAAGTGGTGCATAAGCTGCCTACTTCAGTGTAT
GCTTCTCTTGTGACCCTCGCAGTGGTGTGGGTGAATTCCTCCGAATAACTTAGTTGAGGA
GTTGCAAAAAAGCTTGCTACAAAATAAATGTCATGTCCTTTTTAGTCTTACTATTTATTA
CAAGAACTTGTTCTTTTATCACGCAAATATAGAATAACGCAAGCAAGGGTCGAGTGAAAA
CAGTTTTATTATCCTTTGTATGTGTTGTGGGTCTTGGTTTCC*TTTGTATATCCCTGTCC
TCTCTT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL4023Contig1 1059 2 6 U
GGGAGGAAGAAAGATAAAGAAAGCAAGAATCTCTGTTTCAACTTCAATGGCACTCTTGAA
TGCTATCTTCTCTGTTACTCATTTTACTTCTTCTTCCGTCATCAGCTGTCAGTCTCGTTT
TCCCGCTAAAATTTCACCTCCAGATCTACCGCCTGTTTGCTTCAGTGATCGTCGTCACAA
GTTCGTCCAAGGTGTAGCGCCTCTATCAACGAGGAGCACAAGAAACCGCGTATATGCTTC
AATTAACAAAACTGATGCCACTACTCCATCCTATCTGAAATTAGAAGATGATAAGGAGGA
GGAGGACTTGGTTCCAAAGCCAATGGTTTTGATAGACCAGGATGCTGACCCTGAGGCTAC
TATTGTTCAACTCAGTTTTGGTGATCGTCTCGGGGCTCTCATCGACACAATGAAGGCGCT
GAAAGATTTGGGATTGGATGTAACAAAAGGAACTGTCACAACTGAAGGATCCGTTAAGCA
GACTAGATTTTCTATTACAAAACAAGACACTGGTCGGAAAGTGGAAGATCCTGACTCGTT
GGAGCAGATTCGGTTAACAATCATCAACAATCTCTTGAAATACCATCCGGAATGCAGCGA
GCAACTTGCAATGGGTGAGACTTTTGGAATAAAGGCTCCTGAAAAGAAGATTGATGTCGA
CATCGGGACTCACATACACGTGAAAGAAGATGGACCAAAGAGGAGCCTGCTATGCATAGA
GACAGCAGACAGGCCAGGTCTGGTCGTGGAGATGATAAAAATGATGGCAGATATCAACAT
AGAAGTGGAATCCGCAGAGATTGACACTGAAGGTCTGATTGCGAAAGACAAATTTCACGT
AAGCTACCAAGGGCAAGCGCTAAACAGTTCCTTGTCAGAGGTGTTGGTGAACTGTCTGCG
TTACTTCCTGAGAAGGCCTGAAACTGACATCGACAGCTATTGAAAAAAACTGCTCTTCCT
CCTTTTCGAAATCTCGTCTGTTGTGATCTATCAAGTCTTGTGTATTGAATATAATGTGGA
AACGCGTAATAATACCATGCTAACTCTTTTCAGTCTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H187TF U 1
AF RR1H187JQ C 417
BS 1 695 RR1H187TF
BS 696 696 RR1H187JQ
BS 697 734 RR1H187TF
BS 735 735 RR1H187JQ
BS 736 746 RR1H187TF
BS 747 1059 RR1H187JQ

RD RR1H187TF 746 0 0
GGGAGGAAGAAAGATAAAGAAAGCAAGAATCTCTGTTTCAACTTCAATGGCACTCTTGAA
TGCTATCTTCTCTGTTACTCATTTTACTTCTTCTTCCGTCATCAGCTGTCAGTCTCGTTT
TCCCGCTAAAATTTCACCTCCAGATCTACCGCCTGTTTGCTTCAGTGATCGTCGTCACAA
GTTCGTCCAAGGTGTAGCGCCTCTATCAACGAGGAGCACAAGAAACCGCGTATATGCTTC
AATTAACAAAACTGATGCCACTACTCCATCCTATCTGAAATTAGAAGATGATAAGGAGGA
GGAGGACTTGGTTCCAAAGCCAATGGTTTTGATAGACCAGGATGCTGACCCTGAGGCTAC
TATTGTTCAACTCAGTTTTGGTGATCGTCTCGGGGCTCTCATCGACACAATGAAGGCGCT
GAAAGATTTGGGATTGGATGTAACAAAAGGAACTGTCACAACTGAAGGATCCGTTAAGCA
GACTAGATTTTCTATTACAAAACAAGACACTGGTCGGAAAGTGGAAGATCCTGACTCGTT
GGAGCAGATTCGGTTAACAATCATCAACAATCTCTTGAAATACCATCCGGAATGCAGCGA
GCAACTTGCAATGGGTGAGACTTTTGGAATAAAGGCTCCTGAAAAGAAGATTGATGTCGA
CATCGGGACTCACATACACGTGAAAGAAGATGGAC*AAAGAGGAGCCTGCTATGCATAGA
GACAGCAGACAGGC*AGGTCTGGTCG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1H187JQ 643 0 0
CG
CTGAAAGATTTGGGATTGGATGTAACAAAAGGAACTGTCACAACTGAAGGATCCGTTAAG
CAGACTAGATTTTCTATTACAAAACAAGACACTGGTCGGAAAGTGGAAGATCCTGACTCG
TTGGAGCAGATTCGGTTAACAATCATCAACAATCTCTTGAAATACCATCCGGAATGCAGC
GAGCAACTTGCAATGGGTGAGACTTTTGGAATAAAGGCTCCTGAAAAGAAGATTGATGTC
GACATCGGGACTCACATACACGTGAAAGAAGATGGACCAAAGAGGAGCCTGCTATGCATA
GAGACAGCAGACAGGCCAGGTCTGGTCGTGGAGATGATAAAAATGATGGCAGATATCAAC
ATAGAAGTGGAATCCGCAGAGATTGACACTGAAGGTCTGATTGCGAAAGACAAATTTCAC
GTAAGCTACCAAGGGCAAGCGCTAAACAGTTCCTTGTCAGAGGTGTTGGTGAACTGTCTG
CGTTACTTCCTGAGAAGGCCTGAAACTGACATCGACAGCTATTGAAAAAAACTGCTCTTC
CTCCTTTTCGAAATCTCGTCTGTTGTGATCTATCAAGTCTTGTGTATTGAATATAATGTG
GAAACGCGTAATAATACCATGCTAACTCTTTTCAGTCTGAT

QA 3 643 3 643
DS 



AS 1 3

CO CL4024Contig1 691 3 2 U
GGGAGTCTTTCTTTCTTCATAAAGTTGTAAGTTTCACAATTATAGAGAGAAATGGATCAT
CATCAATGGCGTTTGAGATTATCCTTCAAGAACGCCACAATTGCTCTCACTCTCGTCAAC
CTTGTCATCTTCCTCTTCCTCCTTCAGGGCTTTTTCACTTCCTCCTCTCGCCGACTCCTT
TCAGCTCAGCTTCGGTACGTGAAGGAAGCCGAAGAGATTAGACTCTCGATGCAACCTTTA
CTGCTTATCAAAAGAGTCCGAGAAATCGAACAGGAGGCATCTGGAGGACAAGAAACAGAG
CAGGAGAAAGATGTGAAGCAGAACACAGCCGTTGATCTCTCTAAACGTCTCAAAGATTTC
CGCTCCCTTAACGATGCGTCCAGCTTAAAAGCATTGGAAGAATGGCGAAAGCGGAAAATG
GAACGAGCAAGACAACGTGATCTTGAGAAAACCGGAGGTCTCTCTTCATCCAAAACATCA
TAAGACTATCATGGCTGCTAGCCTGCTACTGTTACTGCTAATATATAACATTATACTATC
T*AGAAAACACTCGTCTAGTGTAACACACATACAAAGTGCTTTAAAAAGAAAAGATTCTA
AACATGTAATGCTTCCTACATTGTAGTACTTCACAAACTTGTTTACACTTCACACCAAAC
AACATTCAGTAATTGATTCGAAGATCACATA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN43JQ C 1
AF RR1EN43TF U 1
AF RR1EV90TF U 1
BS 1 639 RR1EN43TF
BS 640 691 RR1EV90TF

RD RR1EN43JQ 639 0 0
GGGAGTCTTTCTTTCTTCATAAAGTTGTAAGTTTCACAATTATAGAGAGAAATGGATCAT
CATCAATGGCGTTTGAGATTATCCTTCAAGAACGCCACAATTGCTCTCACTCTCGTCAAC
CTTGTCATCTTCCTCTTCCTCCTTCAGGGCTTTTTCACTTCCTCCTCTCGCCGACTCCTT
TCAGCTCAGCTTCGGTACGTGAAGGAAGCCGAAGAGATTAGACTCTCGATGCAACCTTTA
CTGCTTATCAAAAGAGTCCGAGAAATCGAACAGGAGGCATCTGGAGGACAAGAAACAGAG
CAGGAGAAAGATGTGAAGCAGAACACAGCCGTTGATCTCTCTAAACGTCTCAAAGATTTC
CGCTCCCTTAACGATGCGTCCAGCTTAAAAGCATTGGAAGAATGGCGAAAGCGGAAAATG
GAACGAGCAAGACAACGTGATCTTGAGAAAACCGGAGGTCTCTCTTCATCCAAAACATCA
TAAGACTATCATGGCTGCTAGCCTGCTACTGTTACTGCTAATATATAACATTATACTATC
T*AGAAAACACTCGTCTAGTGTAACACACATACAAAGTGCTTTAAAAAGAAAAGATTCTA
AACATGTAATGCTTCCTACATTGTAGTACTTCACAAACT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1EN43TF 639 0 0
GGGAGTCTTTCTTTCTTCATAAAGTTGTAAGTTTCACAATTATAGAGAGAAATGGATCAT
CATCAATGGCGTTTGAGATTATCCTTCAAGAACGCCACAATTGCTCTCACTCTCGTCAAC
CTTGTCATCTTCCTCTTCCTCCTTCAGGGCTTTTTCACTTCCTCCTCTCGCCGACTCCTT
TCAGCTCAGCTTCGGTACGTGAAGGAAGCCGAAGAGATTAGACTCTCGATGCAACCTTTA
CTGCTTATCAAAAGAGTCCGAGAAATCGAACAGGAGGCATCTGGAGGACAAGAAACAGAG
CAGGAGAAAGATGTGAAGCAGAACACAGCCGTTGATCTCTCTAAACGTCTCAAAGATTTC
CGCTCCCTTAACGATGCGTCCAGCTTAAAAGCATTGGAAGAATGGCGAAAGCGGAAAATG
GAACGAGCAAGACAACGTGATCTTGAGAAAACCGGAGGTCTCTCTTCATCCAAAACATCA
TAAGACTATCATGGCTGCTAGCCTGCTACTGTTACTGCTAATATATAACATTATACTATC
T*AGAAAACACTCGTCTAGTGTAACACACATACAAAGTGCTTTAAAAAGAAAAGATTCTA
AACATGTAATGCTTCCTACATTGTAGTACTTCACAAACT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1EV90TF 691 0 0
GGGAGTCTTTCTTTCTTCATAAAGTTGTAAGTTTCACAATTATAGAGAGAAATGGATCAT
CATCAATGGCGTTTGAGATTATCCTTCAAGAACGCCACAATTGCTCTCACTCTCGTCAAC
CTTGTCATCTTCCTCTTCCTCCTTCAGGGCTTTTTCACTTCCTCCTCTCGCCGACTCCTT
TCAGCTCAGCTTCGGTACGTGAAGGAAGCCGAAGAGATTAGACTCTCGATGCAACCTTTA
CTGCTTATCAAAAGAGTCCGAGAAATCGAACAGGAGGCATCTGGAGGACAAGAAACAGAG
CAGGAGAAAGATGTGAAGCAGAACACAGCCGTTGATCTCTCTAAACGTCTCAAAGATTTC
CGCTCCCTTAACGATGCGTCCAGCTTAAAAGCATTGGAAGAATGGCGAAAGCGGAAAATG
GAACGAGCAAGACAACGTGATCTTGAGAAAACCGGAGTTCTTTCTTCATCCAAAACATCA
TAAGACTATCATGGCTGCTAGCCTGCTACTGTTACTGCTAATATATAACATTATACTATC
TCAGAAAACACTCGTCTAGTGTAACACACATACAAAGTGCTTTAAAAAGAAAAGATTCTA
AACATGTAATGTTTCCTACATTGTAGTACTTCACAAACTTGTTTACACTTCACACCAAAC
AACATTCAGTAATTGATTCGAAGATCACATA

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 3

CO CL4025Contig1 424 3 6 U
GGAGCTGTGGACGAGTGCTTTCTTCGTGGTGGTCCAGATCGTGGTGACGTCTGCGGTTCT
AACGGTTCTGATGCTGTATTACGTGGCGGCGACCACCGTGATGTATATGTACTGTAAAGC
GGTTCGCGGGGAGCTTGCTTGGGAGATTGCTGAGGAGTTTGCGAGAGAGTATGTGAGTTT
GCCGTTTGATGATGGTAAAGTTCCTCACTTGGTCTCTGTGGCTTACGACAACAACAACAA
TCACGTCTGATGGATGATGAAGTGTGAAGGTGTCAGTGTTTGAAGTTTTTGTAATAAAGC
TAGTTTGTGTATTGGATCTTGTTTAGTGTTTGACTGAATCGGACAGGGTTTGTGTTTGTT
CTTGGGAATTTTTAGCTTTAGTAATGTCTATGATGGAACTATGAATGATATAAGTTTTAT
GGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 

AF RR1CG64TF U 1
AF RR1FJ71JQ C 40
AF RR1FJ71TF U 40
BS 1 108 RR1CG64TF
BS 109 109 RR1FJ71TF
BS 110 265 RR1CG64TF
BS 266 266 RR1FJ71TF
BS 267 423 RR1CG64TF
BS 424 424 RR1FJ71JQ

RD RR1CG64TF 423 0 0
GGAGCTGTGGACGAGTGCTTTCTTCGTGGTGGTCCAGATCGTGGTGACGTCTGCGGTTCT
AACGGTTCTGATGCTGTATTACGTGGCGGCGACCACCGTGATGTATATATACTGTAAAGC
GGTTCGCGGGGAGCTTGCTTGGGAGATTGCTGAGGAGTTTGCGAGAGAGTATGTGAGTTT
GCCGTTTGATGATGGTAAAGTTCCTCACTTGGTCTCTGTGGCTTACGACAACAACAACAA
TCACGTCTGATGGATGATGAAGTGTTAAGGTGTCAGTGTTTGAAGTTTTTGTAATAAAGC
TAGTTTGTGTATTGGATCTTGTTTAGTGTTTGACTGAATCGGACAGGGTTTGTGTTTGTT
CTTGGGAATTTTTAGCTTTAGTAATGTCTATGATGGAACTATGAATGATATAAGTTTTAT
GGC

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR1FJ71JQ 385 0 0
G
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ATGTATATGTACTGTAAAGCGGTTCGCGGGGAGCTTGCTTGGGAGATTGCTGAGGAGTTT
GCGAGAGAGTATGTGAGTTTGCCGTTTGATGATGGTAAAGTTCCTCACTTGGTCTCTGTG
GCTTACGACAACAACAACAATCACGTCTGATGGATGATGAAGTGTGAAGGTGTCAGTGTT
TGAAGTTTTTGTAATAAAGCTAGTTTGTGTATTGGATCTTGTTTAGTGTTTGACTGAATC
GGACAGGGTTTGTGTTTGTTCTTGGGAATTTTTAGCTTTAGTAATGTCTATGATGGAACT
ATGAATGATATAAGTTTTATGGCG

QA 2 385 2 385
DS 

RD RR1FJ71TF 385 0 0
G
GTGGTGACGTCTGCGGTTCTAACGGTTCTGATGCTGTATTACGTGGCGGCGACCACCGTG
ATGTATATGTACTGTAAAGCGGTTCGCGGGGAGCTTGCTTGGGAGATTGCTGAGGAGTTT
GCGAGAGAGTATGTGAGTTTGCCGTTTGATGATGGTAAAGTTCCTCACTTGGTCTCTGTG
GCTTACGACAACAACAACAATCACGTCTGATGGATGATGAAGTGTGAAGGTGTCAGTGTT
TGAAGTTTTTGTAATAAAGCTAGTTTGTGTATTGGATCTTGTTTAGTGTTTGACTGAATC
GGACAGGGTTTGTGTTTGTTCTTGGGAATTTTTAGCTTTAGTAATGTCTATGATGGAACT
ATGAATGATATAAGTTTTATGGC
G

QA 2 384 2 384
DS 



AS 1 3

CO CL4026Contig1 851 3 2 U
GGAATCAAAATTATCGGTAATAAAATAAATTCCAGTGTATTTCTCGCTTCATTAATTCTT
CTATTTAAAGGGGTTAAACAGCTTAGAAGGGAACAGATTCATACTCAAAACAAAAACAAA
ACCCTAAAGACACTTTTGCAATTTACCGAGAGATCAAAAATGGCAGAAGAAGCATCAAGT
TTGGTCGGGATCATTGAGACAACCGTGGAGGTAAAATCTTCGCCGGAGAAGGTGCATGGC
ATGTTTGTCGGGAAACACCGTATCCCCTCTGCTTCTCCATCCTTAGTTCAGGGCTTTGAG
CTGCACGAAGGCGAAATTGGCCAAGTTGGTGCTATCGTAACCTGGAATTACTTTCACGAT
GGGGAGGCAAGAGTAATGAAAGAGAGGATCGAGTCAATAGACCCGGAGAACAATCGGGCC
ACGTACAGGGTGTTAGAGGGTGATTTAATGAACGAGTACAAGAGTTTCTTGATCACCTTT
CAAGTGACCCCTAATGAAGGTGAACCTGGAAGTATTTTACATTGGCACTTTGAGTACGAG
AAAATTAGTGAGGAGGTGGCTCACCCTGAGACTCTCCTCCAGTTTGCCGTCGAGGTCTCC
AAAGAGATCGATGCACATCTCATGTCCGAAGAATAGAGGATGAATTCTCTTGTCTCAATC
CCATATATCCCTAATTATATTTGTGTGGTTGCCTTTAAGTTCTGTCTTTGAAATTACTAT
AAATAAAGACTAAGGAGACGCCTTGTCCGAGTTTGTAAAGAGATATGTGTGTCATGAGGA
AGTTTTTATGTTTGAGTAGCTAAGTGTAGTAGCATCAGCTATGAAGCTACTCAATATGTA
TGAAATGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN61TF U 89
AF RR1BR10TF U 1
AF RR1BR10JQ C 128
BS 1 731 RR1BR10TF
BS 732 851 RR1BR10JQ

RD RR1CN61TF 588 0 0
GGA
AACAGATTCATACTCAAAACAAAAACAAAACCCTAAAGACACTTTTGCAATTTACCGAGA
GATCAAAAATGGCAGAAGAAGCATCAAGTTTGGTCGGGATCATTGAGACAACCGTGGAGG
TAAAATCTTCTCCGGAGAAGGTGCATGGCATGTTTGTCGGGAAACACCGTACCCCCTCTG
CTTCTCCATCCTTAGTTCAGGGCTTTGAGCTGCACGAAGGCGAAATTGGCCAAGTTGGTA
CTATCGTAACCTGGAATTACTTTCACGATGGGGAGGCAAGAGTAA**AAAGAGAGGATCG
AGTCAATAGACCCGGAGAACAATCGGGCCACGTACAGGGTGTTAGAGGGTGATTTAATGA
ACGAGTACAAGAGTTTCTTGATCACCTTTCAAGTGACCCCTAATGAAGGTGAACCTGGAA
GTATTTTACATTGGCACTTTGAGTACGAGAAAATTAGTGAGGAGGTGGCTCACCCTGAGA
CTCTCCTCCAGTTTGCCGTCGAGGTCTCCAAAGAGATCGATGCGCATCTCATGTCCGAAG
AATAGAGGATGAATTCTCTTGTCTCAATCCCATATATCCCTAATT

QA 4 588 4 588
DS 

RD RR1BR10TF 731 0 0
GGAATCAAAATTATCGGTAATAAAATAAATTCCAGTGTATTTCTCGCTTCATTAATTCTT
CTATTTAAAGGGGTTAAACAGCTTAGAAGGGAACAGATTCATACTCAAAACAAAAACAAA
ACCCTAAAGACACTTTTGCAATTTACCGAGAGATCAAAAATGGCAGAAGAAGCATCAAGT
TTGGTCGGGATCATTGAGACAACCGTGGAGGTAAAATCTTCGCCGGAGAAGGTGCATGGC
ATGTTTGTCGGGAAACACCGTATCCCCTCTGCTTCTCCATCCTTAGTTCAGGGCTTTGAG
CTGCACGAAGGCGAAATTGGCCAAGTTGGTGCTATCGTAACCTGGAATTACTTTCACGAT
GGGGAGGCAAGAGTAATGAAAGAGAGGATCGAGTCAATAGACCCGGAGAACAATCGGGCC
ACGTACAGGGTGTTAGAGGGTGATTTAATGAACGAGTACAAGAGTTTCTTGATCACCTTT
CAAGTGACCCCTAATGAAGGTGAACCTGGAAGTATTTTACATTGGCACTTTGAGTACGAG
AAAATTAGTGAGGAGGTGGCTCACCCTGAGACTCTCCTCCAGTTTGCCGTCGAGGTCTCC
AAAGAGATCGATGCACATCTCATGTCCGAAGAATAGAGGATGAATTCTCTTGTCTCAATC
CCATATATCCCTAATTATATTTGTGTGGTTGCCTTTAAGTTCTGTCTTTGAAATTACTAT
AAATAAAGACT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1BR10JQ 724 0 0
AGACACTTTTGCAATTTACCGAGAGATCAAAAATGGCAGAAGAAGCATCAAGTTTGGTCG
GGATCATTGAGACAACCGTGGAGGTAAAATCTTCGCCGGAGAAGGTGCATGGCATGTTTG
TCGGGAAACACCGTATCCCCTCTGCTTCTCCATCCTTAGTTCAGGGCTTTGAGCTGCACG
AAGGCGAAATTGGCCAAGTTGGTGCTATCGTAACCTGGAATTACTTTCACGATGGGGAGG
CAAGAGTAATGAAAGAGAGGATCGAGTCAATAGACCCGGAGAACAATCGGGCCACGTACA
GGGTGTTAGAGGGTGATTTAATGAACGAGTACAAGAGTTTCTTGATCACCTTTCAAGTGA
CCCCTAATGAAGGTGAACCTGGAAGTATTTTACATTGGCACTTTGAGTACGAGAAAATTA
GTGAGGAGGTGGCTCACCCTGAGACTCTCCTCCAGTTTGCCGTCGAGGTCTCCAAAGAGA
TCGATGCACATCTCATGTCCGAAGAATAGAGGATGAATTCTCTTGTCTCAATCCCATATA
TCCCTAATTATATTTGTGTGGTTGCCTTTAAGTTCTGTCTTTGAAATTACTATAAATAAA
GACTAAGGAGACGCCTTGTCCGAGTTTGTAAAGAGATATGTGTGTCATGAGGAAGTTTTT
ATGTTTGAGTAGCTAAGTGTAGTAGCATCAGCTATGAAGCTACTCAATATGTATGAAATG
TTTG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL4027Contig1 569 2 4 U
CCAACCCAACCGTCGAGGTCGAGAAGAAGCGTCTCGTTATCGACGAGATCGTCAAAGCGT
CCTCCCTCCAGATCCACACCTCCAACTTCCTCAACCTCCTGGTCGACGCGAACCGGGTCG
ACATCGTGACGGACATCGTGAAGGAGTTCGAGATTGTATACAACAAGATAACGGACACGC
AGCTGGCGGAGGTTAGGTCGGTGGTGAAGCTGGAGCCGCCGCAGCTCGCTCAGATTGCGA
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ATACTATAATTCTCGAGTTGTTTTCAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GC35JQ C 1
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DS 

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GG
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TCCATCAATCGTCTACATATAATATATATACTGATATATACTATAATTCTCGAGTTGTTT
TCAATT

QA 3 308 3 308
DS 



AS 1 3

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ACCTCAAAACACATGCACACTTTCGTATCCCTCGCCTGTCAAGGAGGAGAATGAAGTGGC
AGAAAAAAAAGGAGATGGAAATGAACAATATAAAGCTTTACACTGAGAATCAACACATCA
TACAGGAGAACGAAAAACTTAAGAAGAAAGCTCTTCTTCTTCACCAAGAAAACAAAGCTC
TCTTCTCTCTGCTTCAGACCAAAACAAGTTCCCATGTTCTTTAAAAACCTTACCATCACC
AAGATCATAGTCTTCTACTTCTTTAGTGATTTAATAATAAATATCTAAATGGCTCTAGTT
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TTTAGCATTTCTGGGTTTACATCTAATTTTTTTTTCTTTGTTATCGTGTAATAATAATCT
CTGTACTGTATGCGTGTTCTTTTGTTTAATGGCTAATCTGTCATTT


BQ
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AF RR1G426JQ C 45
AF RR1FY09TF U 1
AF RR1G426TF U 45
BS 1 343 RR1FY09TF
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GG
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TATATCCCTTACCCACTAATCAAACACGTCTCACTTCTTTTATCTTTCTCCCTTCTTCCT
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AGAAAACAAAGCT
TTTT

QA 3 375 3 375
DS 

RD RR1FY09TF 601 0 0
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ATGCAAAACACAAACTTGCAACAAATTTTCATCTATATAACACCTCTATATCCCTTACCC
ACTAATCAAACACGTCTCACTTCTTTTATCTTTCTCCCTTCTTCCTCTCTCTATAATCTC
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ACCTCAAAACACATGCACACTTTCGTATCCCTCGCCTGTCAAGGAGGAGAATGAAGTGGC
AGAAAAAAAAGGAGATGGAAATGAACAATATAAAGCTTTACACGGAGAATCAACACATCA
TACAGGAGAACGAAAAACTTAAGAAGAAAGCTCTTCTTCTTCACCAAGAAAACAAAGCTC
TCTTCTCTCTGCTTCAGACCAAAACAAGTTCCCATGTTCTTTAAAAACCTTACCATCACC
AAGATCATAGTCTTCTACTTCTTTAGTGATTTAATAATAAATATCTAAATGGCTCTAGTT
ATCTAAGTGGTCTGTTTGTTTTGTTCAAATCTAAGTTGTCTTATAATTTACAATCAA
AGGG

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1G426TF 662 0 0
GG
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TATATCCCTTACCCACTAATCAAACACGTCTCACTTCTTTTATCTTTCTCCCTTCTTCCT
CTCTCTATAATCTCCAAAGATGTGTTTACGTTCTTCAGAACCATTCTCATACACACCCAC
GAGATTAGTTTTGTACCTCAAAACACATGCACACTTTCGTATCCCTCGCCTGTCAAGGAG
GAGAATGAAGTGGCAGAAAAAAAAGGAGATGGAAATGAACAATATAAAGCTTTACACTGA
GAATCAACACATCATACAGGAGAACGAAAAACTTAAGAAGAAAGCTCTTCTTCTTCACCA
AGAAAACAAAGCTCTCTTCTCTCTGCTTCAGACCAAAACAAGTTCCCATGTTCTTTAAAA
ACCTTACCATCACCAAGATCATAGTCTTCTACTTCTTTAGTGATTTAATAATAAATATCT
AAATGGCTCTAGTTATCTAAGTGGTCTGTTTGTTTTGTTCAAATCTAAGTTGTCTTATAA
TTTACAATCAAGGGTTTAGCATTTCTGGGTTTACATCTAATTTTTTTTTCTTTGTTATCG
TGTAATAATAATCTCTGTACTGTATGCGTGTTCTTTTGTTTAATGGCTAATCTGTCATTT

QA 3 662 3 662
DS 



AS 1 3

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AAAAATCATAGATCTTACAACAATCTTTATACAACGATAAAATGCCAGGTTTTTGTCCAC
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CTCGAAATTCTGAAAGCAAGTCAACGGCCTCATCCTCCATTGTCGTTTGTGACCCATATG
ATGAAGAATAGACTCGAGCCGTTTAATGATCTCTCTGAAAGTAGGTCGCTTGGCCGGTTT
ATCTTGCCAGCATTCTTCTATCAACGTTTTAAGTCCATGAGGGTAAAGCTTTGATGGAGC
TTTGAACAATGGCCGCTCTTTGCTGGCATACGCTTCTGAAGCTTCACTGTCTTCCTTTTC
AGCAAATGGCATTCTTCCTTCTATCATCTCTTGAACGATCAAAGCAAAGGAGAAAACATC
AGCTTTTGTGTCATATTCTTCGCTAGTGAAAACTTCAGGAGCAATATATCTACAAGAAGT
GTCAAGACATGTAAAAGGTTTGTCTTCTTTAACAGTAACAAGCTTGCTAACTCCAAAGTC
TGCAACTTTCAGATGCCCTGAATCATCCCTCAATATGTTTGAAGGTTCAAGATCGCGGTG
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BQ
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ66JQ U 56
AF RR1CR20JQ U 1
AF RR1CV06JQ U 55
BS 1 180 RR1CR20JQ
BS 181 181 RR1CV06JQ
BS 182 402 RR1CR20JQ
BS 403 403 RR1CV06JQ
BS 404 635 RR1CR20JQ
BS 636 636 RR1CV06JQ
BS 637 749 RR1CR20JQ
BS 750 833 RR1CV06JQ

RD RR1DJ66JQ 618 0 0
AACGTT
AAAATCATAGATCTTACAACAATCTTTATACAACGATAAAATGCCAGGTTTT*GTCCACA
CGAACTTCCATCAGTGAAGAACAAAATGACAAACTAAAATTCGGTTCTTTAGGGGGAAAA
CCAAACTAAACCGGAGGGAATACAAAAGAATAGTTTCTGAACCGGTTAAAGAATCACAAA
TGTGAACCGGATGATGAGCCGTCATGGCTGCTCATATCCCAATTATGTTTCTTCTTGTGC
TCGAAATTCTGAAAGCAAGTCAACGGCCTCATCCTCCATTGTCGTTTGTGACCCATATGA
TGAAGAATAGACTCAAGCCGTTTAATGATCTCTCTGAAAGTAGGTCGCTTGGCCGGTTTA
TCTTGCCAGCATTCTTCTATCAACGTTTTAAGTCCATGAGGGTAAAGCTTTGATG*AGCT
TTGAACAATGGCCGCTCTTTGCTGGCATAAGCTTCTGATGCTTCACTGTCTTCCTTTTCA
GCAAAGGGCATTCTTCCTTCTATCATCTCTTGGACGATCAAAGCAAAGGAGAAAACATCA
GCTTTTGTGTCATATTCCTCGCTAGTGAAAACTTCAGGAGCAATATATCTACAAGAAGTG
TCAAGACATGTA

QA 7 618 7 618
DS 

RD RR1CR20JQ 749 0 0
GGGGTAGAATCATACATTTTGCAGAAATTTCAGATCACAACAGCAAATATTCTTAACGTT
AAAAATCATAGATCTTACAACAATCTTTATACAACGATAAAATGCCAGGTTTTTGTCCAC
ACGGACTTCCATCAGTGAAGAACAAAATGACAAAATAAAATTCGGTTCTTTAGGGGGAAA
*CCAAACTAAACCGAAGGGAATACAAAAGAATCGTTTCTGAACCGGTTAAAGAATCACAA
ATGTGAACCGGATGATGAGCCGTCATGGCTGCTCATATCCCAATTATGTTTCTTCTTATG
CTCGAAATTCTGAAAGCAAGTCAACGGCCTCATCCTCCATTGTCGTTTGTGACCCATATG
ATGAAGAATAGACTCGAGCCGTTTAATGATCTCTCTGAAAGTGGGTCGCTTGGCCGGTTT
ATCTTGCCAGCATTCTTCTATCAACGTTTTAAGTCCATGAGGGTAAAGCTTTGATGGAGC
TTTGAACAATGGCCGCTCTTTGCTGGCATACGCTTCTGAAGCTTCACTGTCTTCCTTTTC
AGCAAATGGCATTCTTCCTTCTATCATCTCTTGAACGATCAAAGCAAAGGAGAAAACATC
AGCTTTTGTGTCATATTCTTCGCTAGTGAAAACTTAAGGAGCAATATATCTACAAGAAGT
GTCAAGACATGTAAAAGGTTTGTCTTCTTTAACAGTAACAAGCTTGCTAACTCCAAAGTC
TGCAACTTTCAGATGCCCTGAATCATCCC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1CV06JQ 779 0 0
AACGTTA
AAAATCATAGATCTTACAACAATCTTTATACAACGATAAAATGCCAGGTTTTTGTCCACA
CGGACTTCCATCAGTGAAGAACAAAATGACAAAATAAAATTCGGTTCTTTAGGGGGAAAA
CCAAACTAAACCGAAGGGAATACAAAAGAATCGTTTCTGAACCGGTTAAAGAATCACAAA
TGTGAACCGGATGATGAGCCGTCATGGCTGCTCATATCCCAATTATGTTTCTTCTTATGC
TCGAAATTCTGAAAGCAAGTCAACGGCCTCATCCTCCATTGTCGTTTGTGACCCATATGA
TGAAGAATAGACTCGAGCCGTTTAATGATCTCTCTGAAAGTAGGTCGCTTGGCCGGTTTA
TCTTGCCAGCATTCTTCTATCAACGTTTTAAGTCCATGAGGGTAAAGCTTTGATGGAGCT
TTGAACAATGGCCGCTCTTTGCTGGCATACGCTTCTGAAGCTTCACTGTCTTCCTTTTCA
GCAAATGGCATTCTTCCTTCTATCATCTCTTGAACGATCAAAGCAAAGGAGAAAACATCA
GCTTTTGTGTCATATTCTTCGCTAGTGAAAACTTCAGGAGCAATATATCTACAAGAAGTG
TCAAGACATGTAAAAGGTTTGTCTTCTTTAACAGTAACAAGCTTGCTAACTCCAAAGTCT
GCAACTTTCAGATGCCCTGAATCATCCCTCAATATGTTTGAAGGTTCAAGATCGCGGTGG
ATGATAGGGTCTCCTTTGATCTCATGAAGATAGCTCATTCCCCTTGCATGTC

QA 8 779 8 779
DS 



AS 1 3

CO CL4030Contig1 669 3 3 U
GGGCCGAACAACAACAGAGAGGAAGAAAGCAAAACAGAGTATAAACCCTACGTAGCTCTT
CTTCTTCTTCATACTAAGAAAAATGGCTGATTCAGGCCACGAGACAGACATCAGATGCCA
TCACTGCGCAGGCCCTCTTACGAAAAACTTGGAAACCAGTGAATGGACTGTATCTCCTTT
CATCAGGGATAGCTTTTCTATGATTGGATCAGCTGTTGGTGGTACTGCAAGTGCATTCAT
TGGATTTAACCATGTTATGCCAATTGTTCGCAAGTGTATAAAAGGACCCATGTGGTTACA
TTTTCTTGTTGGGGCACCGCCTGTTATAGTTGTTTCATCGGCCTGTGCTGGACTAGCAGG
CGGCACCGTACCAGCACTGGCACAGCTTGCTTCATCTTCATACCGAGCAGCAGTCCATTC
GTCTCAGCCACCAAAGGCACAAGAGAAGAACAAAATGCAAAAGTCTACAACGTCTCCTCT
GTAAAACAACATACCCACAGCTTTCACTTCTGCTCATTTTCTTTCTCCATTTTGTATGTC
AAAATCTTTATTTTAAAGAAGGGAGGTTCTTGGTGTAGTAAATACTTCTATTTTATAAAA
CTCATTAAGTTCCGTGCCAAGGATCATTCTTGTCAAGCTCGACTCACATATAGATACAGA
GGGATCATT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FV45JQ C 4
AF RR1FV45TF U 28
AF RR1BA09TF U 1
BS 1 543 RR1BA09TF
BS 544 544 RR1FV45TF
BS 545 669 RR1BA09TF

RD RR1FV45JQ 615 0 0
GG
GAACAACAACAGAGGGGAAGAAAGCAAAACAGAGTATAAACCCTACGTAGCTCTTCTTCT
TCTTCATACTAAGAAAAATGGCTGATTCAGGCCACGAGACAGACATCAGATGCCATCACT
GCGCAGGCCCTCTTACGAAAAACTTGGAAACCAGTGAATGGACTGTATCTCCTTTCATCA
GGGATAGCTTTTCTATGATTGGATCAGCTGTTGGTGGTACTGCAAGTGCATTCATTGGAT
TTAACCATGTTATGCCAATTGTTCGCAAGTGTATAAAAGGACCCATGTGGTTACATTTTC
TTGTTGGGGCACCGCCTGTTATAGTTGTTTCATCGGCCTGTGCTGGACTAGCAGGCGGCA
CCGTACCAGCACTGGCACAGCTTGCTTCATCTTCATACCGAGCAGCAGTCCATTCGTCTC
AGCCACCAAAGGCACAAGAGAAGAACAAAATGCAAAAGTCTACAACGTCTCCTCTGTAAA
ACAACATACCCACAGCTTTCACTTCTGCTCATTTTCTTTCTCCATTTTGTATGTCAAAAT
CTTTATTTTAAAGAAGGGAGGTTCTTGGTGTAGTAAATACTTCTATTTTATAAAACTCAT
TAAGTTCCGTGCC

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR1FV45TF 591 0 0
AGCAAAACAGAGTATAAACCCTACGTAGCTCTTCTTCTTCTTCATACTAAGAAAAATGGC
TGATTCAGGCCACGAGACAGACATCAGATGCCATCACTGCGCAGGCCCTCTTACGAAAAA
CTTGGAAACCAGTGAATGGACTGTATCTCCTTTCATCAGGGATAGCTTTTCTATGATTGG
ATCAGCTGTTGGTGGTACTGCAAGTGCATTCATTGGATTTAACCATGTTATGCCAATTGT
TCGCAAGTGTATAAAAGGACCCATGTGGTTACATTTTCTTGTTGGGGCACCGCCTGTTAT
AGTTGTTTCATCGGCCTGTGCTGGACTAGCAGGCGGCACCGTACCAGCACTGGCACAGCT
TGCTTCATCTTCATACCGAGCAGCAGTCCATTCGTCTCAGCCACCAAAGGCACAAGAGAA
GAACAAAATGCAAAAGTCTACAACGTCTCCTCTGTAAAACAACATACCCACAGCTTTCAC
TTCTGCTCATTTTCTTTCTCCATTTTGTATGTCAAAATCTTTATTTTAAAGAAGGGAGGT
TCTTGGTGTAGTAAATACTTCTATTTTATAAAACTCATTAAGTTCCGTGCC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1BA09TF 669 0 0
GGGCCGAACAACAACAGAGAGGAAGAAAGCAAAACAGAGTATAAACCCTACGTAGCTCTT
CTTCTTCTTCATACTAAGAAAAATGGCTGATTCAGGCCACGAGACAGACATCAGATGCCA
TCACTGCGCAGGCCCTCTTACGAAAAACTTGGAAACCAGTGAATGGACTGTATCTCCTTT
CATCAGGGATAGCTTTTCTATGATTGGATCAGCTGTTGGTGGTACTGCAAGTGCATTCAT
TGGATTTAACCATGTTATGCCAATTGTTCGCAAGTGTATAAAAGGACCCATGTGGTTACA
TTTTCTTGTTGGGGCACCGCCTGTTATAGTTGTTTCATCGGCCTGTGCTGGACTAGCAGG
CGGCACCGTACCAGCACTGGCACAGCTTGCTTCATCTTCATACCGAGCAGCAGTCCATTC
GTCTCAGCCACCAAAGGCACAAGAGAAGAACAAAATGCAAAAGTCTACAACGTCTCCTCT
GTAAAACAACATACCCACAGCTTTCACTTCTGCTCATTTTCTTTCTCCATTTTGTATGTC
AAA*TCTTTATTTTAAAGAAGGGAGGTTCTTGGTGTAGTAAATACTTCTATTTTATAAAA
CTCATTAAGTTCCGTGCCAAGGATCATTCTTGTCAAGCTCGACTCACATATAGATACAGA
GGGATCATT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL4031Contig1 814 2 2 U
GAGTAAGATGCTATGTAATACAACAATTTTGACAGAGTTTTGTATTATTCAAGCAAACAA
AGACATTCTTCCTTGCCTCCCAGGGATACCAAAGTGTGAGGCAAGTGACAACTTGAGAGC
TAAAAAATTTTAGCCGGAAAATATATTAAGAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAACA
TATGGAGATCTTTAAAACACAGACAGTGTGTGACTTGTTATGCTTTTTTAAAAAAATTCA
TCAAACAATGAGTAACTTATTCTCTTCCAAAAAGCTGTATGTTGGTACTTCCAGGTTGTA
CGGTGCCGGCCCTTTCCTGATCCTTCCAAATATATCGTAATGTGATCCGTGACACGGGCA
GAACCAACCTCCATAATCACCAGCGTTAGGCAAAGGGATGCATCCCAAGTGAGTGCAGAC
TCCAACCACCACTAACCATTCCGGATTCTTCACCCTCACAGCATCCCTGTGGGTCTCTCA
AAAAACCGAGATCCACACTGTTGGCCAGCTTGATGTCGTCCTCTGTTCTTCTCCTGATGA
ACACGGGCTTTCCACGCCACTTCACCGTGACGGTAGTTCCCGGTTCGATGCTCCCGAGGT
CGACCTCGAGGGATGCAAGTGCGAGGACGTCTTTACTCGCGGACATGCTGACGATGAGCT
TCAGAACAAGAAGGGGGAGAACAGAGGCGTAGACAAACCTCCCACCAGACAAGACGAAAT
AGGCGAAAGCACGCTTGCTAGGGTCACCAGGCGGGTAACGCTCATGGTTGTGGTCATCAT
ACACAATCTTTGAGTTGGGTGTCTTGACAGCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F286TF C 1
AF RR1CQ59JQ U 31
BS 1 30 RR1F286TF
BS 31 814 RR1CQ59JQ

RD RR1F286TF 305 0 0
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TAAAAAATTTTAGCCGGAAAATATATTAAGAAAATTAAAAAAAAAAAAAA**CAAAGACA
TATGGAGATCTTTAAGACACAGACAGTGTGTGACTTGTTGTGCTTTTTTAAAAAAATTCA
TCAACCAATGAGTAACTTATTCTCTTCCAAAAAGCTGTATGTTGGTACTTCCAGGTTGTA
CGGTG

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR1CQ59JQ 784 0 0
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AAAGTGTGAGGCAAGTGACAACTTGAGAGCTAAAAAATTTTAGCCGGAAAATATATTAAG
AAAATTAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAACATATGGAGATCTTTAAAACACAGACAGTGTG
TGACTTGTTATGCTTTTTTAAAAAAATTCATCAAACAATGAGTAACTTATTCTCTTCCAA
AAAGCTGTATGTTGGTACTTCCAGGTTGTACGGTGCCGGCCCTTTCCTGATCCTTCCAAA
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CAAAGGGATGCATCCCAAGTGAGTGCAGACTCCAACCACCACTAACCATTCCGGATTCTT
CACCCTCACAGCATCCCTGTGGGTCTCTCAAAAAACCGAGATCCACACTGTTGGCCAGCT
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CGGTAGTTCCCGGTTCGATGCTCCCGAGGTCGACCTCGAGGGATGCAAGTGCGAGGACGT
CTTTACTCGCGGACATGCTGACGATGAGCTTCAGAACAAGAAGGGGGAGAACAGAGGCGT
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GCGGGTAACGCTCATGGTTGTGGTCATCATACACAATCTTTGAGTTGGGTGTCTTGACAG
CCTC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

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TCCCCCTGCTTTGATCATCGAGTACTCCCCAGAAACTTGGTAAGCAGCAATAGGCAAGGG
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AATGTCGGCCCCTTCAGCCTCGTCTTCACGAGCCTCAATCAAAGCCTCTCTATAGTTTGC
TGGGTTCATCTGATAAGTTTTCTTGTCCCCAAAACGTGGGTTTGAGTCCAAAGCTTCACG
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AAAGCCTTCAGCATCGAGAGCTGCACGGATCGCGCCTACTCGACCATCCATCATATCACT
CGGACTCACAACATCCGCTCCAGCTCGGGCCTGAGAAACAGCTTGCTTACATAGCTGATG
AACAGTTTCATCGTTCATTATTACACCATCTTCTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ET01JQ U 1
AF RR1DO91TF C 58
BS 1 640 RR1ET01JQ
BS 641 817 RR1DO91TF

RD RR1ET01JQ 640 0 0
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QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1DO91TF 760 0 0
ATA
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GTTGCATAGGTAAGTAGCGGCTTGAAGAGCAAAGTAGGTAAGGATGATGTCAGCACCAGC
TCTGCGTAAGCACATGAGCGACTCCATCATCACTTTCTCCTCATCGATCATCTTCAGGAC
TCCCCCTGCTTTGATCATCGAGTACTCCCCAGAAACTTGGTAAGCAGCAATAGGCAAGGG
AGATTTGTCCCTGAGAAGCCGAATGATGTCCAAATATGGGAGACCTGGCTTCACCAGGAG
AATGTCGGCTCCTTCAGCCTCGTCTTCACGAGCCTCAATCAAAGCCTCTCTATAGTTTGC
TGGGTTCATCTGATAAGTTTTCTTGTCCCCAAAACGTGGGTTTGAGTCCAAAGCTTCACG
GAAGGGCCCGTAGAACGAACTTGCATACTTTGCGGTGTAAGACATGATGGAGACGTTCTG
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CGGACTCACAACATCCGCTCCAGCTCGGGCCTGAGAAACAGCTTGCTTACATAGCTGATG
AACAGTTTCATCGTTCATTATTACACCATCTTCTCGC

QA 4 760 4 760
DS 



AS 1 3

CO CL4033Contig1 747 3 7 U
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AATGGAAGAGTTCTTGTGGTGGATGGTGGAGGGAGTTTACGATGTGCTATACTTGGAGGG
AACCCGGTAGTACAAGCTCAGAATAACGGATGGG*CGGGGATCATAGTGAACGGTTGCAT
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CGAATTATCTGCTTAGAAAAACAAAGAAATGGTGGAGGAGCTTTGTCTTCTTGTTAAATG
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ATAAGTTAAATGTTTTTCATTATCTGTTTGTATTATTTTCGTGTCATGGCGTGTAACGTT
TCTGAAATAAAATGGTTCTTTATACAG


BQ
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AF RR1G867TF U 274
AF RR1A289JQ C 1
AF RR1A289TF U 1
BS 1 273 RR1A289TF
BS 274 323 RR1G867TF
BS 324 324 RR1A289TF
BS 325 334 RR1G867TF
BS 335 335 RR1A289TF
BS 336 525 RR1G867TF
BS 526 747 RR1A289TF

RD RR1G867TF 252 0 0
AGTTTACGATGTGCTATACTTGGAGGGAACCCGGTAGTACAAGCTCAGAACAACGGATGG
GGCGGGGATCATAGTGAACGGTTGCATCAGAGACGTTGATGAGATCAACGGTTGCGACAT
TGGAGTGAGAGCTTTGGCTTCTCATCCCATAAAGGCTAGTAAGAAAGGACTTGGTGAACA
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TACTGATGGTAT

QA 1 252 1 252
DS 

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TTTGTGACCACTGCGGAAGTTTGTGACGCGAATCAAGATCTGATCCGTAGTGGCCAGCTC
AGAGCTCTGCAGCCCTGTTTCCAGATTTACGGTCGTCGTCAGATATTCTCAGGTCCTGTA
GTTACTGTCAAAGTGTTTGAAGACAATGGCTTGATCCGCCAGTTTCTCGAAGAGAAAGGC
AATGGAAGAGTTCTTGTGGTGGATGGTGGAGGGAGTTTACGATGTGCTATACTTGGAGGG
AACCCGGTAGTACAAGCTCAGAATAACGGATGGG*CGGGGATCATAGTGAACGGTTGCAT
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CGAATTATCTGCTTAGAAAAACAAAGAAATGGTGGAGGAGCTTTGTCTTCTTGTTAAATG
GCTATCAAAGTAAAAATGTTAATGTCTTTGAAGGGATGCGTTTTGGGGTTTGTGGCGTTA
ATAAGTTAAATGTTTTTCATTATCTGTTTGTATTATTTTCGTGTCATGGCGTGTAACGTT
TCTGAAATAAAATGGTTCTTTATACAG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1A289TF 747 0 0
GGAGCACACACAAAGACAGAGTTTCTTATCTTCAGCAGGTGAGAAGAAAAAAGAATGGCG
TTTGTGACCACTGCGGAAGTTTGTGACGCGAATCAAGATCTGATCCGTAGTGGCCAGCTC
AGAGCTCTGCAGCCCTGTTTCCAGATTTACGGTCGTCGTCAGATATTCTCAGGTCCTGTA
GTTACTGTCAAAGTGTTTGAAGACAATGGCTTGATCCGCCAGTTTCTCGAAGAGAAAGGC
AATGGAAGAGTTCTTGTGGTGGATGGTGGAGGGAGTTTACGATGTGCTATACTTGGAGGG
AACCCGGTAGTACAAGCTCAGAATAACGGATGGG*CGGGGATCATAGTGAACGGTTGCAT
CAGAGACGTTGATGAGATCAACGGTTGCGACATTGGAGTGAGAGCTTTGGCTTCTCATCC
CATAAAGGCTAGTAAGAAAGGACTTGGTGAACAGAGAGTCCCACTCAACATAGCTGGCAC
TCGGATATGCGATGGTGAATGGCTTTACGCAGATACTGATGGTATCCTTGTTTCTCAGGT
CGAATTATCTGCTTAGAAAAACAAAGAAATGGTGGAGGAGCTTTGTCTTCTTGTTAAATG
GCTATCAAAGTAAAAATGTTAATGTCTTTGAAGGGATGCGTTTTGGGGTTTGTGGCGTTA
ATAAGTTAAATGTTTTTCATTATCTGTTTGTATTATTTTCGTGTCATGGCGTGTAACGTT
TCTGAAATAAAATGGTTCTTTATACAG

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 3

CO CL4034Contig1 905 3 7 U
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CCTCACCACTTCACTGAACAATCTCGTTCACACCCATAGACAAGAAACAACCTCAAAGGG
ACGCACAGACATTGTCTCGTCTACATCCGAGAACATAGAGAGCTTAAAGCTAACCCTAAA
GAAGCTACGCGGTCTAACCGCACGTGACCTTGTAAACCATCCCAACTTCGACGAGATTAT
CGAAGCCGGTACACGTTACGAGGTACTCAGCTCAGCTTCAATAGGTTACATCTCTTTGTT
AGCCAAATACAAAACCGTCATTAAAGAAGGGCTCGAGGCTTCACAGAGAGTTCACATTGC
TACAACACGCGCCAAGCTTCTCAAAGAAACCGCCATGGAGAAGCAGAGAGCCGTGGACGC
CGAGTTCGCATTCGCCAAGACTCTTGCTCAAGGAGGAGACGCGTTGTCTATCAAAATCTT
TGCGATCAAGAAACTGTTGGTTAAGCTTGAAGCAGAGAAACTGAACATTGATCTTAAGTT
TAAGTCTACGGAGACCAATCTAGCACGGCTTCTTAAGGAGGCTTCTCAGGCTTATGAAGA
GTATCACGTGGCTGTGCGTAAGGCGAAGGACGAGCAAGCTGCTGAGGAGTTCGCTCTTGA
GACGACCAAGAGAGCAGAACATATTTGGGTTGAGTTTCTTAGTTCACTTAATTGAACTAA
TGAGGTTCTTGATTGTGGTTAAGACATGTCTTCAACTAACTGTGGTTCTTGTCTCGTTTT
TCTTGGTCTTGTTTTGTTACAGACTTTGTTTGTTGGTTATATCAGGTGAGAGACGCTGAA
CATTTTCAAAGATACGAGTGAATGTGTGAGAGATTTGTGATCACAAATAATGTTTTAGTC
CTCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 

AF RR1E137TF U 1
AF RR1E137JQ C 278
AF RR1FL60TF U 407
BS 1 720 RR1E137TF
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BS 903 905 RR1E137JQ

RD RR1E137TF 720 0 0
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TGCGATCAAGAAACTGTTGGTTAAGCTTGAAGCAGAGAAACTGAACATTGATCTTAAGTT
TAAGTCTACGGAGACCAATCTAGCACGGCTTCTTAAGGAGGCTTCTCAGGCTTATGAAGA
GTATCACGTGGCTGTGCGTAAGGCGAAGGACGAGCAAGCTGCTGAGGAGTTCGCTCTTGA
GACGACCAAGAGAGCAGAACATATTTGGGTTGAGTTTCTTAGTTCACTTAATTGAACTAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1E137JQ 628 0 0
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GCTGCTGAGGAGTTCGCTCTTGAGACGACCAAGAGAGCAGAACATATTTGGGTTGAGTTT
CTTAGTTCACTTAATTGAACTAATGAGGTTCTTGATTGTGGTTAAGACATGTCTTCAACT
AACTGTGGTTCTTGTCTCGTTTTTCTTGGTCTTGTTTTGTTACAGACTTTGTTTGTTGGT
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QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1FL60TF 496 0 0
G
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AGGCTTATGAAGAGTATCACGTGGCTGTGCGTAAGGCGAAGGACGAGCAAGCTGCTGAGG
AGTTCGCTCTTGATACGACCAAGAGAGCAGAACATATTTGGGTTGAGTTTCTTAGTTCAC
TTAATTGAACTAATGAGGTTCTTGATTGTGGTTAAGACATGTCTTCAACTAACTGTGGTT
CTTGTCTTGTTTTTCTTGGTCTTGTTTTGTTACAGACTTTGTTTGTTGGTTATATCAGGT
GAGAGACGCTGAACATTTTCAA*GATACGAGTGAATGTGTGAGAGATTTGTGATCACAAA
TAATGTTTTAGTCCT

QA 2 496 2 496
DS 



AS 1 2

CO CL4035Contig1 974 2 2 U
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GTGATCATACACAATATCTATATCAAGCACATTGTTCCGAGCATCGGTGGTTTGATCAGA
GACTCTGAGCAACATATAGGGCTAAGGACAAGAAGTGATGGTGATGGAATCAATTTGTTT
GGAGCAACGAATGTTTGGATCGATCATGTCTCGATGGCGAGATGTTCTGATGGTATGATT
GATGCGATTTTTGGCTCCACTGCAATCACTGTCTCCAACAGCCACTTCACTGACCACCAA
GAGGTGATGCTTTTTGGGGCCAATAACAAACACGTGATCGACAAGAAGATGCAGATAACA
GTTGCATTCAACCACTTTGGTAAGAGACTGGAACAGAGAATGCCTAGGGTCAGATTCGGA
ACGATCCATGTGGTGAACAATGACTACACACATTGGGAAATGTATGCAATAGGTGGAAAC
ATGAACCCTACAATCATTAGCCATGGCAACCGTTTCATTGCTCCTCCTAACGAACGAGCC
AAACAGATCACAAAGAGAGAGTACACGCATTACGCGGATTGGAAGCTTTGGAATTGGCAA
TCAGAAGGAGATTACTTCTTGAACGGAGCTTACTTTGTGCAATCAGGAAAACCTAATGCG
TGGAGCCCTAAACCGAAAAACCCTATCCCAAACAAGTTTGCGATCCGACCTAAACCGGGA
ACGATGGTCCGTGAACTCGCCATGGACGCAGGAGTACTGGGATGCAAACGGGGTCAAGCC
TGCTGAGCGAAATTACCATTTTGTTGCCTTCCAACAAACAATGCTTGTGCTCTTTGTATT
TGCCTGTTGTCCAAGAAAAGAATGTGAGAAATAGAGGGAAAAAAGCAAATGAAAGTGGTT
TTCTATATGATCGGGGTTTTGTAATATTATTATTCTTGTCAGGATTCAGTTTCCTTTAAA
TAAAATTTTCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL04TF U 1
AF RR1EL04JQ C 341
BS 1 603 RR1EL04TF
BS 604 974 RR1EL04JQ

RD RR1EL04TF 603 0 0
GGTGGAGCTAGGGTTTACATCATGGGAGGTGCTGGATTAACGCTGCAGTTTGTGAACAAT
GTGATCATACACAATATCTATATCAAGCACATTGTTCCGAGCATCGGTGGTTTGATCAGA
GACTCTGAGCAACATATAGGGCTAAGGACAAGAAGTGATGGTGATGGAATCAATTTGTTT
GGAGCAACGAATGTTTGGATCGATCATGTCTCGATGGCGAGATGTTCTGATGGTATGATT
GATGCGATTTTTGGCTCCACTGCAATCACTGTCTCCAACAGCCACTTCACTGACCACCAA
GAGGTGATGCTTTTTGGGGCCAATAACAAACACGTGATCGACAAGAAGATGCAGATAACA
GTTGCATTCAACCACTTTGGTAAGAGACTGGAACAGAGAATGCCTAGGGTCAGATTCGGA
ACGATCCATGTGGTGAACAATGACTACACACATTGGGAAATGTATGCAATAGGTGGAAAC
ATGAACCCTACAATCATTAGCCATGGCAACCGTTTCATTGCTCCTCCTAACGAACGAGCC
AAACAGATCACAAAGAGAGAGTACACGCATTACGCGGATTGGAAGCTTTGGAATTGGCAA
TCA

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1EL04JQ 634 0 0
ACAAGAAGATGCAGATAACAGTTGCATTCAACCACTTTGGTAAGAGACTGGAACAGAGAA
TGCCTAGGGTCAGATTCGGAACGATCCATGTGGTGAACAATGACTACACACATTGGGAAA
TGTATGCAATAGGTGGAAACATGAACCCTACAATCATTAGCCATGGCAACCGTTTCATTG
CTCCTCCTAACGAACGAGCCAAACAGATCACAAAGAGAGAGTACACGCATTACGCGGATT
GGAAGCTTTGGAATTGGCAATCAGAAGGAGATTACTTCTTGAACGGAGCTTACTTTGTGC
AATCAGGAAAACCTAATGCGTGGAGCCCTAAACCGAAAAACCCTATCCCAAACAAGTTTG
CGATCCGACCTAAACCGGGAACGATGGTCCGTGAACTCGCCATGGACGCAGGAGTACTGG
GATGCAAACGGGGTCAAGCCTGCTGAGCGAAATTACCATTTTGTTGCCTTCCAACAAACA
ATGCTTGTGCTCTTTGTATTTGCCTGTTGTCCAAGAAAAGAATGTGAGAAATAGAGGGAA
AAAAGCAAATGAAAGTGGTTTTCTATATGATCGGGGTTTTGTAATATTATTATTCTTGTC
AGGATTCAGTTTCCTTTAAATAAAATTTTCCCCT

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 3

CO CL4036Contig1 682 3 1 U
GGATGAATCCAGAGATTAACTAAACAAACAATTGTGATTTTTTCTTTTGAGAGGGAGAGA
AGAAGAAGAAGGCGATCGATTAGGGTTTTTTGTTTTCGTCTGTGATCGGAAGTATGAACA
CGGCGGAGGCTCTGATAGCGTCAATCCAGGGTTTATCAGCGAGTTCCGGCGACTTATCTG
CACTCCACGGTGTTTTGAAAAAAGCTGAGGACTCGCTCCGAAACAACGGGGATGTTCAGC
TCGCTACTCTTGACGAGCTCGACCCTTCGATTCATTCTCTCGGCTACCTGTATATCCTGG
AGGCTCTTACGCGTGGTACAGTGTCGAAGGGTGTGTTTCTGCTAATGGCTCGGTTCATCA
ACTCTTGCGATGCTGGGCAGATTCGTTTAGCGAGAGAAAAGTTTGTTACTCTCTGTAAGA
GATTCAAAGACAGAGTTTTGGAGCTCAAGGATCCTTTACTAGGAGTGGCGCCACTGTTGT
CAGCTGTTCGTAAGGTTCAGGTCTCCGCTAAGTGTTTGACTGCATTGCATCCGGATTGTC
TTCAGCTATGTCTCCAGGCGAAGTTCTATAAAGCTGGTTTCTCCATTCTTAGTGATGATA
TCTTGGAGGTTGACCAGCCTAGAGATTTTTATCTCTATTGCTATTATGGAGGAATGATAT
GCATTGGACTGAAGAGATTCCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1E035TF U 1
AF RR1GL25TF U 38
AF RR1F813TF U 1
BS 1 682 RR1E035TF

RD RR1E035TF 682 0 0
GGATGAATCCAGAGATTAACTAAACAAACAATTGTGATTTTTTCTTTTGAGAGGGAGAGA
AGAAGAAGAAGGCGATCGATTAGGGTTTTTTGTTTTCGTCTGTGATCGGAAGTATGAACA
CGGCGGAGGCTCTGATAGCGTCAATCCAGGGTTTATCAGCGAGTTCCGGCGACTTATCTG
CACTCCACGGTGTTTTGAAAAAAGCTGAGGACTCGCTCCGAAACAACGGGGATGTTCAGC
TCGCTACTCTTGACGAGCTCGACCCTTCGATTCATTCTCTCGGCTACCTGTATATCCTGG
AGGCTCTTACGCGTGGTACAGTGTCGAAGGGTGTGTTTCTGCTAATGGCTCGGTTCATCA
ACTCTTGCGATGCTGGGCAGATTCGTTTAGCGAGAGAAAAGTTTGTTACTCTCTGTAAGA
GATTCAAAGACAGAGTTTTGGAGCTCAAGGATCCTTTACTAGGAGTGGCGCCACTGTTGT
CAGCTGTTCGTAAGGTTCAGGTCTCCGCTAAGTGTTTGACTGCATTGCATCCGGATTGTC
TTCAGCTATGTCTCCAGGCGAAGTTCTATAAAGCTGGTTTCTCCATTCTTAGTGATGATA
TCTTGGAGGTTGACCAGCCTAGAGATTTTTATCTCTATTGCTATTATGGAGGAATGATAT
GCATTGGACTGAAGAGATTCCA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1GL25TF 632 0 0
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GTCTGTGATCGGAAGTATGAACACGGCGGAGGCTCTGATAGCGTCAATCCAGGGTTTATC
AGCGAGTTCCGGCGACTTATCTGCATTCCACGGTGTTTTGAAAAAAGCTGAGGACTCGCT
CCGAAACAACGGGGATGTTCAGCTCGCTACTCTTGACGAGCTCGACCCTTCGATTCATTC
TCTCGGCTACCTGTATATCCTGGAGGCTCTTACGCGTGGTACAGTGTCGAAGGGTGTGGT
TCTGCTAATGGCTCGATTCATCAACTCTTGCGATGCTGGGCAGATTCGTTTAGCGAGAGA
AAAGTTTGTTACTCTCTGTAAGAGATTCAAAGACAGAGTTTTGGAGCTCAAGGATCCTTT
ACTAGGAGTGGCGCCACTGTTGTCAGCTGTTCGTAAGGTTCAGGTCTCCGCTAAGTGTTT
GACTGCATTGCATCCGGATTGTCTTCAGCCATTTCTCCAGGCGAAGTTCTATAAAGCTGG
TTTCTCCATTCTTAGTGATGATATCTTGGAGGTTGACCAGCCTAGAGATTTTTATCTCTA
TTGCTATTATGGAGGAATGATATGCATTGGAC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1F813TF 682 0 0
GGATGAATCCAGAGATTAACTAAACAAACAATTGTGATTTTTTCTTTTGAGAGGGAGAGA
AGAAGAAGAAGGCGATCGATTAGGGTTTTTTGTTTTCGTCTGTGATCGGAAGTATGAACA
CGGCGGAGGCTCTGATAGCGTCAATCCAGGGTTTATCAGCGAGTTCCGGCGACTTATCTG
CACTCCACGGTGTTTTGAAAAAAGCTGAGGACTCGCTCCGAAACAACGGGGATGTTCAGC
TCGCTACTCTTGACGAGCTCGACCCTTCGATTCATTCTCTCGGCTACCTGTATATCCTGG
AGGCTCTTACGCGTGGTACAGTGTCGAAGGGTGTGTTTCTGCTAATGGCTCGGTTCATCA
ACTCTTGCGATGCTGGGCAGATTCGTTTAGCGAGAGAAAAGTTTGTTACTCTCTGTAAGA
GATTCAAAGACAGAGTTTTGGAGCTCAAGGATCCTTTACTAGGAGTGGCGCCACTGTTGT
CAGCTGTTCGTAAGGTTCAGGTCTCCGCTAAGTGTTTGACTGCATTGCATCCGGATTGTC
TTCAGCTATGTCTCCAGGCGAAGTTCTATAAAGCTGGTTTCTCCATTCTTAGTGATGATA
TCTTGGAGGTTGACCAGCCTAGAGATTTTTATCTCTATTGCTATTATGGAGGAATGATAT
GCATTGGACTGAAGAGATTCCA

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 3

CO CL4037Contig1 1032 3 14 U
GGTCATAACCAGGAATTGGATATAGCAACTATCAAAAAGAAGATAATGTTAGTTGCAACA
GTTCCCCACCAACCGGGGAGGTTTATCTTTAAAGCATCCAAAATGTCAATGCATACTTAC
TAGTCAACTTCACCAAATGTATGCAGCTATAAAAACATAAAAAGAAGGAAAATATTCCAA
ATATTATGCGTTTTCATATTTTATTTAAAAGTGATCTCAAATATAACACCTTCCAAGTTT
CCAACGGTACATCGAGTCCCAGGAACCTCATTCATCAGCATCCCGTGCTGAGAGCCTTCT
CTCAAAATTGCTGAGTCCATCTGTCTAGCCCGTGATACGTATGCTAGTATGAACTTGCAA
TTTCCATGTCCTCTCATCCGCAGAAGCTGTTCTACACTGTCAAATAGCAACGGCACGCTA
GATTGCTGAAAGCAGATATCAGCTCCAAGAATAAGATCAAAGCCATCACTGTGTTTCTGC
AAAATTTCACCAAGATGATCACTGTTTCCCCATTCTAGCTTTGCAGCCTCCAATTCAGCT
GAGGGGTTTGGACCGCTTGAATGTTCATGAAGCTCGATGTTTTTCTTCAGTATCTTGAGC
ACTTCATCGTTGTGGTCAGTAAAAACAACTTTACGGCAAAATTTGCTACAAAGGACCCCT
GTTATACCAACGCCAGATCCAAACTCCAAAACAGAACATCCCTGGAGAATGTCAGCATTA
TCAGAGAGATAACAGTTCATAAGCATAGCGCCAGGCCAAACCAGTTGCCCTGTTAAATCA
AAATCAGTTGAAGCTGATTGGAGACAGTAGAGCTCAAGAACGTTGGACCCAAACGTAAAG
GTCGTCAACTGATAATCATCGTTGACGAAGAAGGACTCATCTAAGCAAACTATATCTTCC
TCTTCTTCTTCTCTCTCTTTCTCAATTTCGCTGCCCATCTTTGAATGAGAGAAGTGGAAG
GCGCGGCAACAATGGCGTCGATGGCTACAGCTTGCGGCGGTGGGCTCGAACTGGGAACAG
AGAAAAGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D288JQ U 51
AF RR1ED81JQ U 1
AF RR1D288TF C 237
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BS 778 829 RR1ED81JQ
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CGGCACGCTAGATTGC

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DS 

RD RR1ED81JQ 837 0 0
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TAGTCAACTTCACCAAATGTATGCAGCTATAAAAACATAAAAAGAAGGAAAATATTCCAA
ATATTATGCGTTTTCATATTTTATTTAAGAGTGATCTCAAATATAACACCTTCCAAGTTT
CCAACGGTACATCGAGTCCCAGGAACCTCATTCATCAGCATCCCGTGCTGAGAGCCTTCT
CTCAAAATTGCTGAGTCCATCTGTCTAGCCCGTGATACGTATGCTAGTATGAACTTGCAA
TTTCCATGTCCTCTCATCCGCAGAAGCTGTTCTACACTGTCAAATAGCAACGGCACGCTA
GATTGCTGAAAGCAGATATCAGCTCCAAGAATAAGATCAAAGCCATCACTGTGTTTCTGC
AAAATTTCACCAAGATGATCACTGTTTCCCCATTCTAGCTTTGCAGCCTCCAATTCAGCT
GAGGGGTTTGGACCGCTTGAATGTTCATGAAGCTCGATGTTTTTCTTCAGTATCTTGAGC
ACTTCATCGTTGTGGTCAGTAAAAACAACTTTACGGCAAAATTTGCTACAAAGGACCCCT
GTTATACCAACGCCAGATCCAAACTCCAAAACAGAACATCCCTGGAGAATGTCAGCATTA
TCAGAGAGATAACCGTTCATAAGCATAGCGCCAGGCCAAACCAGTTGCCCTGTTAA*TCA
AAATCAGTTGAAGCTGATTGGAGACAGTAGAGCTCAAGAACGTTGGACC
AAACGTAA

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DS 

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T*CTCTCAAAATTGCTGAGTCCATCTGTCTAGCCCGTGATACGTATGCTAGTATGAACTT
GCAATTTCCATGTCCTCTCATCCGCAGAAGCTGTTCTACACTGTCAAATAGCAACGGCAC
GCTAGATTGCTGAAAGCAGATATCAGCTCCAAGAATAAGATCAAAGCCATCACTGTGTTT
CTGCAAAATTTCACCAAGATGATCACTGTTTCCCCATTCTAGCTTTGCAGCCTCCAATTC
AGCTGAGGGGTTTGGACCGCTTGAATGTTCATGAAGCTCGATGTTTTTCTTCAGTATCTT
GAGCACTTCATCGTTGTGGTCAGTAAAAACAACTTTACGGCAAAATTTGCTACAAAGGAC
CCCTGTTATACCAACGCCAGATCCAAACTCCAAAACAGAACATCCCTGGAGAATGTCAGC
ATTATCAGAGAGATAACAGTTCATAAGCATAGCGCCAGGCCAAACCAGTTGCCCTGTTAA
ATCAAAATCAGTTGAAGCTGATTGGAGACAGTAGAGCTCAAGAACGTTGGACCCAAACGT
AAAGGTCGTCAACTGATAATCATCGTTGACGAAGAAGGACTCATCTAAGCAAACTATATC
TTCCTCTTCTTCTTCTCTCTCTTTCTCAATTTCGCTGCCCATCTTTGAATGAGAGAAGTG
GAAGGCGCGGCAACAATGGCGTCGATGGCTACAGCTTGCGGCGGTGGGCTCGAACTGGGA
ACAGAGAAAAGTGTCC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 3

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AGTAGAAATGGTTTTCGCCAAAGGAGACCCTGGGATCGCTGCTCTTTACGACCGTCTCCT
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CGCGCCTGGACCTGAAGACACTGTTATCCTCACCATGAAGGGTATAGCCGCCGGTATGCA
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CTCTGCTATGTAATATTATTTCTACGATGTGATAAATCTCTCTGAATCCTACTTATGCTT
TTCTATGATATGATAATGGTTATTTCT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G272TF U 1
AF RR1G272JQ C 3
AF RR1EI29TF U 58
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BS 550 611 RR1EI29TF
BS 612 612 RR1G272JQ
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AGTAGAAATGGTTTTCGCCAAAGGAGACCCTGGGATCGCTGCTCTTTACGACCGTCTCCT
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ACGCCTCCTCCTCCAGGTGGCTGGTCATAAAGACATTCTTGAAGGTGATCCTTACTTAAG
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CTACATGGA

QA 1 549 1 549
DS 

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TCAACATGCTCAAAGAGATGTACAACCAGTGGCCTTTCTTCCGTGTCACAATCGATCTAG
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TCTCTGAAGAGCTTCAGCCCTTTGGTGAACAGCTTCGTGTTAACTACCAAGAGACCAGAC
GCCTCCTCCTCCAGGTGGCTGGTCATAAAGACATTCTTGAAGGTGATCCTTACTTAAGGC
GAAGGCTGCAGCTGCGTGACCCATACATCACGACGTTGAACGTGTGCCAAGCCTATACTC
TCAAGCAGATACGTGACCCGAGCTTCCACGTCAAAGTTAGGCCACACTTGTCTAAAGACT
ACATGGAGTCTAGCAAACCAGCTGCTGAGCTAGTGAAGCTGAACCCTAAGAGTGAGTACG
CGCCTGGACCTGAAGACACTGTTATCCTCACCATGAAGGGTATAGCCGCCGGTATGCAGA
ATACCGGTTAAGGAATCTTAAGTAAAACCGGCTCTGTACCATTCCCTAAAAATCTTATCT
CTGCTATGTAATATTATTTCTACGATGTGATAAATCTCTCTGAATCCTACTTATGCTTTT
CT
TATG

QA 1 782 1 782
DS 

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G
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TTGCCTGTGTGGCTAGGCTTCGGAGCTGCATTCAAACGCGTGATCCAGAAGGACGCCAAG
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CTAGTAGAAATGGTTTTCGCCAAAGGAGACCCTGGGATCGCTGCTCTTTACGACCGTCTC
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AGACGCCTCCTCCTCCAGGTGGCTGGTCATAAAGACATTCTTGAAGGTGATCCTTACTTA
AGGCAAAGGCTGCAGCTGCGTGACCCATACATCACGACGTTGAACGTGTGCCAAGCCTAT
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TACGCGCCTGGACTTGAAGACACTGTTATCCTCACCATGAAGGGTATAGCCGCCGGTATG
CAGAATACCGGTTAAGGAATCTTAAGTAAAACCGGCTCTGTACCATTCCCTAAAAATCTT
ATCTCTGCTATGTAATATTATTTCTACGATGTGATAAATCTCTCTGAATCCTACTTATGC
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DS 



AS 1 3

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TGGAGAGACGTTTTTTTTTTCTTTTTGCGAGGGAAAACGGTGATTAAAAATATATTGCAA
AAATCAATAGTATTTTAATTAAAAAGGCTCAAAATAATATTTTTATAAAACGAAAATATT
AAATTAACTCTTTTGTTTACTCCTAATTTTATACAACTCAATCTTTTTTTTTAACACAAT
TTTATATCACTCAACCACACACATATTTTGGCATGCATATGTGAAAACACTTGGTTAACC
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GAGGCAAAATGTTAATTAGCTTGCATAATTGGTCTTAGATGTAATAAAGATTAAAGTGGA
AATGACTTTTTAATTAACTTAAGTAAGCTTTTTCTCCAAAAAGAAACAAATTAAAGAAAG
GGTTAAAAAGTGAAAGGGTGATAGGATATGCAAAAACAGAGATTCGGTGTATGTAGTTTT
CTTCAAAACGAAAGTTGTTTTATACTAAATCCTTGCTAAAGAAACTAACAATGGGGTATC
ACTGCAATAGTTTACACCATAATACCAACATGCATGGAAAAAGAAGAAAGAAAAACATTA
AAAAATAAAAAAGTTGATTGACTGTAAAGCAGCCAAATCTTATGAAATAAATAAATTGGA
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AATATACCAAAAGATCACTCACAATATAACTTGGTGACCAAATCAGACCGATTTGTTTGA
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TAAGAATGCATTTTAGAGAAACAACAAGATTTCGGACTATAGATGTAGTTAGTTCTTTCT
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GATTGGGCCTAATGTTTGAAGACTGTTAAGCCTATTTGCCAATATTTGTTGAGTGGCTTA
TCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR1H948JQ U 87
AF RR1C481JQ U 1
AF RR1H948TF C 518
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AAATTAACTCTTTTGTTTACTCCTAATTTTATACAACTCAATCTTTTTTTT*AACACAAT
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DS 

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TATAGTTCTCGGAGCTCTCAGGAGTGAAAGTCAATGACCGGTAGTTTTGTCCTAACAAAA
AAGGTGTAGCGCGTTTGTATGAAGATTGGGCCTAATGTTTGAAGACTGTTAAGCCTATTT
GCCAATATTTGTTGAGTGGCTTATCTC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 3

CO CL4040Contig1 941 3 6 U
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TTGTTGAAGTTTAATACATATATTAATAAATAGTGTTTAAG


BQ
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AF RR1BX84TF U 1
AF RR1AW71TF U 1
AF RR1AW71JQ C 139
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BS 821 821 RR1AW71JQ
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QA 1 755 1 755
DS 

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TGTTTGTTAAGAAGGTGTTGGATTTTTTCTCTGAGCTAACACTTAAAGTTGATAAAAATA
GCGAGGCTGGCGACCTCGTCATACTTTACGCAGAAGGGAAAAAGAAGCTTGGGAAAAATA
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CGAACTGTGAAGTAAGATATGAGCTATACCCTTTTATTAG*AGT*GAGCATTTTTTTGTG

QA 1 840 1 840
DS 

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AGTACGAGGACAACCTCAACATTATTTTGCGCAGTGTTCGTAATGGTAATTATTATAACA
ACGGTTTTGTGCGCACAAGCTTGGGTCGTGAACCTGCTCCTGATGCTGTTACCGTCATGT
TCCAGTGTCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATGCCGTTCATGTGCTGACACTGCAGTTG
CAGGGTTTCGTAGAAGATGTCTAAGAAACAAAGGAGGAATAATATGGTATGACCAATGTT
TTCTCTGGGTTAGTGCGATCGGTGAAGAAATGCCAATCAATACTGACTACAAGAATATTT
TTTCTATGTACAACCCAAATAACGTGAGAGGAGATGCAAAATTGTTTGTTAAGAAGGTGT
TGGATTTTTTCTCTGAGCTAACACTTAAAGTTGATAAAAATAGCGAGGCTGGCGACCTCG
TCATACTTTACGCAGAAGGGAAAAAGAAGCTTGGGAAAAATACATTGTATGCAATGGTGC
AGTGTGTAGAAGTAACAATATATTGTAAAAGTTGTTTGATATGGAGCATCGCAAAGCTTT
TCAAGAACGACAACATTAAACAAGGAGGAAGAGTTTTAGGTTCGAACTGTGAAGTAAGAT
ATGAGCTATACCCTTTTATTAGGAGTTGAGCATTTTTTTGTGGTGGTGATGAATATATCC
GCTTCGTAACTTCTAATTATGTTTTAGTTTTGTTTACTTTTTTTGTTGAAGTTTAATACA
TATATTAATAAATAGTGTTTAAG

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 3

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GGCGGGGCTGGTCGCTTAATAAAATTGTAGAATCCGAGTGGATTTTTGAGCAAGAGGAAG
GGATGGGGTACGTGTTGAGGGTAAGAACGGCGTCTTTCTTCGCCGGAGCTGCGACCGCGT
CTTTGATCGGCCTATCTGTTCTCTACAAGGATTACAAAGTCGCTCACGAATCCATTTCTC
ACCAGGCAAAGGCTTTTCATGACTCTCTGGATACAAGGATCTCTACTCTTGAGAGTTTGA
GACAGAGTGAAGCTTCTCAGCTTCCTCAGACAACAACTGATTAGTATATGTTTCATACAT
TCTGTCTTGCTGATCATGTTGTTTATTTGAGGTGCTCTTTTTTCTGCGTTTATGAATAAA
CCTTGAAAGTTCCTGTATGACTACTTTATCAAACGATTAAGTTTAGTGTAGTCTACTATG
GATTGAAAATTGCTGTAACACTTGCCAATTATAAAAATTTATGTTTCAGTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI39JQ C 1
AF RR1CI39TF U 1
AF RR1G137TF U 50
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BS 453 472 RR1G137TF

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GGATGGGGTACGTGTTGAGGGTAAGAACGGCGTCTTTCTTCGCCGGAGCTGCGACCGCGT
CTTTGATCGGCCTATCTGTTCTCTACAAGGATTACAAAGTCGCTCACGAATCCATTTCTC
ACCAGGCAAAGGCTTTTCATGACTCTCTGGATACAAGGATCTCTACTCTTGAGAGTTTGA
GACAGAGTGAAGCTTCTCAGCTTCCTCAGACAACAACTGATTAGTATATGTTTCATACAT
TCTGTCTTGCTGATCATGTTGTTTATTTGAGGTGCTCTTTTTTCTGCGTTTATGAATAAA
CCTTGAAAGTTCCTGTATGACTACTTTATCAAACGATTAAGTTTAGTGTAGTCTACTATG
GATTGAAAATTGCTGTAACACTTGCCAATTAT

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DS 

RD RR1CI39TF 452 0 0
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GGATGGGGTACGTGTTGAGGGTAAGAACGGCGTCTTTCTTCGCCGGAGCTGCGACCGCGT
CTTTGATCGGCCTATCTGTTCTCTACAAGGATTACAAAGTCGCTCACGAATCCATTTCTC
ACCAGGCAAAGGCTTTTCATGACTCTCTGGATACAAGGATCTCTACTCTTGAGAGTTTGA
GACAGAGTGAAGCTTCTCAGCTTCCTCAGACAACAACTGATTAGTATATGTTTCATACAT
TCTGTCTTGCTGATCATGTTGTTTATTTGAGGTGCTCTTTTTTCTGCGTTTATGAATAAA
CCTTGAAAGTTCCTGTATGACTACTTTATCAAACGATTAAGTTTAGTGTAGTCTACTATG
GATTGAAAATTGCTGTAACACTTGCCAATTAT

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR1G137TF 423 0 0
GG
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AGAGTTTGAGACAGAGTGAAGCTTCTCAGCTTCCTCAGACAACAACTGATTAGTATATGT
TTCATACATTCTGTCTTGCTGATCATGTTGTTTATTTGAGGTGCTCTTTTTTCTGCGTTT
ATGAATAAACCTTGAAAGTTCCTGTATGACTACTTTATCAAACGATTAAGTTTAGTGTAG
TCTACTATGGATTGAAAATTGCTGTAACACTTGCCAATTATAAAAATTTATGTTTCAGTT
T

QA 3 423 3 423
DS 



AS 1 3

CO CL4042Contig1 1228 3 6 U
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AATAACAATTAATCCAATCTTATACCTGGAGTAACTTTTTTTCTCTTCTTTTAGAAGTTT
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GGTTTAAGTGATTAACAAAGGTTTGTTCAATGTTTTTTTTTTTTTTTAGGTTTGTTCAAT
GTTATGTTACTCGGGTTTTTTTTCAGTTATTAAGTAAATGAAAAAGAAGGTATTTTGAGA
ATACCTTTTATCTGGAAATAAATTTTTTTCCCGTTGGCTTTGTCTAACATGATGTGTTTG
TGCTTCGATCGCTGGTTAATAGGAGCACTGACCCATGCTCTATCACCAACGAGCCACTTC
AACACACACGGTTATTTTCAAGTAAATTCAAACTACCATCTTGCAATAAACAATGTTCCC
AGCCACATCAAAAAATACAAATAAAAACACAACAAAATATAATTAAGAGAAACTCCAAAT
TATATTTATAAAATATGAAAACTTACATTATGTTCGTCCCCCGAGTATGGGGTGTATAAA
CTAAAAGAAGCCGACGACAAGAGAGTTTCGCCAGGGCGAGAACAAGACACACACAGTAAC
AGAGAGTTTCAGAAACTCTTACAAACACATTACAAGCGAGGAGACAGAGAGACAGACCCA
GAAAAATATTACATTGTAGAGTGAATGTAAGAAGAACACAAAGAGATAAAAATAAAGAGA
AGATGAAATCTATTCCCCCCAAGACTTAGAACCAAATGGATACATCTTGCTGCTTCTGCT
GCTGCATAGCATCCATCGTTCCCGGCATTGACATATCATCTCTGTAATCGAATGAGGCCA
TATCGAACGGTGGAGAATCAAACACAAGCTGAAACCTGTTGCTGCTGCTGTTGTTATGCG
CAGCTTCGAAGCTGTTGTTGGTGTGTGCAGTGTCGTACTTGAACCCATTGTTGTTGTTCC
CTTGGAAAAACGTTTGGTGGTTGCTAGTGTTGTTGTTGTTCCCTTGGAAGAACGCTTGGT
TGCTACCGTTGTTGTTGTTGTTAACTCTGTTTGGTATGTTCAAGTCTTCAAAGAAGCTTC
CTTCCACCATGTTTCCTTGGAACTGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW66JQ U 1
AF RR1CW66TF C 68
AF RR1GU05JQ U 603
BS 1 657 RR1CW66JQ
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RD RR1CW66JQ 657 0 0
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AATAACAATTAATCCAATCTTATACCTGGAGTAACTTTTTTTCTCTTCTTTTAGAAGTTT
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GGTTTAAGTGATTAACAAAGGTTTGTTCAATGTTTTTTTTTTTTTTTAGGTTTGTTCAAT
GTTATGTTACTCGGGTTTTTTTTCAGTTATTAAGTAAATGAAAAAGAAGGTATTTTGAGA
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AGCCACATCAAAAAATACAAATAAAAACACAACAAAATATAATTAAGAGAAACTCCAAAT
TATATTTATAAAATATGAAAACTTACATTATGTTCGTCCCCCGAGTATGGGGTGTAT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1CW66TF 683 0 0
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ATTAATCCAATCTTATACCTGGAGTAACTTTTTT*CTCTTCTTTTAGAAGTTTGTGTGTT
TGCTCGTGTTCCGTAGTCGGTGGGAGTACTGACGCATGCTCAAATATCAATGTGGTTTAA
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TACTCGGGTTTTTTTTCAGTTATTAAGTAGATGAAAAAGAAGGTATTTTGAGAATACCTT
TTATCTGGAAATAAATTTTTTTCCCGTTGGCTTTGTCTAACATGATGTGTTTGTGCTTCG
ATCGCTGGTTAATAGGAGCACTGACCCATGCTCTATCACCAACGAGCCACTTCAACACAC
ACGGTTATTTTCAAGTAAATTCAAACTACCATCTTGCAATAAACAATGTTCCCAGCCACA
TCAAAAAATACAAATAAAAACACAACAAAATATAATTAAGAGAAACTCCAAATTATATTT
ATAAAATATGAAAACTTACATTATGTTCGTCCCCCGAGTATGGGGTGTATAAACTAAAAG
AAGCCGACGACAAGAGAGTTTCGCCAGGGCGAGAACAAGACACACACAGTAACAGAG**T
TTCAGAGACTCTTACAAACACAT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1GU05JQ 626 0 0
C
ATTTATAAAATATGAAAACTTACATTATGTTCGTCCCCCGAGTATGGGGTGTATAAACTA
AAAGAAGCTGACGATAAGAGAGTTTCGCCAGGGCGAGAACAAGACACACACAGTAACAGA
GAGTTTCAGAAACTCTTACAAACACATTACAAGCGAGGAGACAGAGAGACAGACCCAGAA
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TGAAATCTATTCCCCCCAAGACTTAGAACCAAATGGATACATCTTGCTGCTTCTGCTGCT
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QA 2 626 2 626
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AS 1 3

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1AK87JQ U 1
AF RR1AK87TF C 334
AF RR1FH79TF U 991
BS 1 808 RR1AK87JQ
BS 809 992 RR1AK87TF
BS 993 1126 RR1FH79TF
BS 1127 1127 RR1AK87TF
BS 1128 1685 RR1FH79TF

RD RR1AK87JQ 808 0 0
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CATTCTCCGACTCATATTTCTCCTCGAGTTTTCAGATACAAGACACTCTTTTAGTTCGAT
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CTTTGCAATATTCCCTCCGTTGAGCTCAGACCCAACCCATTGTGTTATGTGAGAATTTCT
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TGCTTCCACAGCTATTCTTAGCCGAATA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1AK87TF 806 0 0
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AAACTCATAGATGAGGGCCAAATTGTCTCCTTCATCGCAATATCCAACCAGGCTTACCAA
ATTTGTATGGTGAACTCTCAGTAGAAGATCAACCTCTGCTTTGAACTCTTTATAGCCTTG
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CTCTGAATAAGTGAACCTTCTCTTC
C

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1FH79TF 695 0 0
GG
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AGACAACACCAAACCCCCCTTCCCCTACAACTCTTTCGAAATTGTTTGTCATTTTTATAA
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TTGTTACATTCACAGTAGGCCTACTTGGTGGCCGGCGAACAACTGTTTGATCATAACGTA
GCGGTCAGATTAAAAAAACAATTTCATGAGATTTTATGGATTCCTTATTTGATGGCATCT
CTTGAAAATTACCTTCAACAGTCGGCTGCTTTGTCTTTCTGAGAACAAGATAAAGAACCA
ATGCGGCAATAAGGATAGATACAGAACCAACAGATGCAACAATTGGCACTAAAAGGGTCT
TTTTGCGTGTTTTTTCAGGTGAACCAGATGATGGAAAAAGCCTTGGATTTCCTTCAAGAC
TACAAGAAAACAAATGTTGTTTCATCACATCAAACGTACAAAGAAAAGTTCACAACGAGC
AATGAAGGAAGTTTAGTTTCTCACGATAGCTCGATTCCTTTCCTTTGTAAAGATTGAGGA
ATTGAACCATTGAGATCATTCCCGCTTAAGTTTCTGCGTAAAAGAGCAATGAACTAGATC
CCAAGTGGAATAGAAAGCATCATAAAATAAGTT

QA 3 695 3 695
DS 



AS 1 3

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CTATATATCGAAGTCTTGTCTGGTGGGGTTTCATTTGCTCAAAAAAATTTCTACTCCATT
TTTTTGTCCTTGGTTCATCAGGTTCTCCCGTCCCTACCACCGCCGTCCTTAACGCCCCCG
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AAGTTGCGTGTGTGCCTCACATGTACAAGGTTACGGAGGATCAGTTCGTGCTTCGTTTCA
TCCCTTCAACACGTATGGGTGAGGTTCAGACGGACGCTCCTGTGATCAAGTTCGACAGAT
TCATGGTCCGACGTTATGATCATCTTCAAGTTCTTGCGAACACTAACCTAGAGCTCCCAG
ATGTTGTTGGTGAAATACGCTCCATGCAGGGTTCCGATCTGAAGAACACTGCAGCAACCA
CCAGAGTTGTGGTCCGCCTCTTAACAGATTCAATCTGTCGTTTGGGTCTCATGTTGTGCA
GCTTCTTGGTAGATCTTTATACTGTGTCGTTTAGATTAGCTGCCTGAGGCAATAGTCCAC
TCTACTGCTTCATATAAGATTTGTTCATTGTTGGGTTTTGCTTCTATGGTTATTTGAAAG
TCTCTGCTTATTGTTTCCACGACGGGAATGTGATTGTGTACTTATCAATGGTTTGCTGCA
GAGCAGATGTTTTACCGAGCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY30TF U 15
AF RR1G851TF U 1
AF RR1EY30JQ C 467
BS 1 521 RR1G851TF
BS 522 522 RR1EY30TF
BS 523 570 RR1G851TF
BS 571 571 RR1EY30TF
BS 572 632 RR1G851TF
BS 633 633 RR1EY30JQ
BS 634 751 RR1G851TF
BS 752 1042 RR1EY30JQ

RD RR1EY30TF 614 0 0
GGAT
GTGTCCCCCTACGTCTGATTAGGGTTGCCTCTCCTTCGCGATCCTTCGCTTGCGGGGCTC
TTCCTCTTCCAGCGCCCATTTCTTTAACTCGATCATTATGAACCTTAGCATGATCTCTTT
CGACGTCGCGAATCATCTTCCTGTAACGGATTTTAAATATTCCTATATATCGAGGTCTTG
TCTGGTGGGGTTTCATTTGCTCAAAAAA*TTTCTACTCCATTTTTT*GTCCTTGGTTCAT
CAGGTTCTCCCGTCCCTACCACCGCCGTCCTTAACGCCCCCGTCGCTAACGCCGCCGCCT
ACTCCACTTTCAACTCCCTTCGCCTCGGCCGAGCTGCTCAGACCGTCGTTTGTAGGCTCA
TCCGTTTCTGGGATTCCAGGAACATCACCAAGAACAATGAGATTTTGGGGATAACGATTC
TCCTCCTTGATGAATTGGACT**GTGATTCAGGGGTTCATTCCCGCTAACCGTTTCAGCC
ACTACCGGAACGATCTGAAAGTCAGTTCTATTGACCGCTTTGAAGTTGCGTGTGTGCCTC
ACATGTACAAGGTTACGGAGGATCAGTTCGTGCTTCGTTTCATCCCTTCAACACGTATGG
GTGAGGTTCA

QA 5 614 5 614
DS 

RD RR1G851TF 751 0 0
AGGGAGCCGTCCTCCTACGTGTCCCCCTACGTCTGATTAGGGTTGCCTCTCCTTCGCGAT
CCTTCGCTTGCGGGGCTCTTCCTCTTCCAGCGCCCATTTCTTTAACTCGATCATTATGAA
CCTTAGCATGATCTCTTTCGACGTCGCGAATCATCTTCCTGTAACGGATTTTAAATATTC
CTATATATCGAAGTCTTGTCTGGTGGGGTTTCATTTGCTCAAAAAAATTTCTACTCCATT
TTTTTGTCCTTGGTTCATCAGGTTCTCCCGTCCCTACCACCGCCGTCCTTAACGCCCCCG
TCGCTAACGCCGCCGCCTACTCCACTTTCAACTCCCTTCGCCTCGGCCGAGCTGCTCAGA
CCGTCGTTTGTAGGCTCATCCGTTCCTGGGATTCCAGGAACATCACCAAGAACAATGAGA
TTTTGGGGATAACGATTCTCCTCCTTGATGAATTGGACTCTGTGATTCAGGGGTTCATTC
CCGCTAACCGTTTCAGCCACTACCGGAACGATCTGAAAGTCGGTTCTATTGACCGCTTTG
AAGTTGCGTGTGTGCCTCACATGTACAAGGCTACGGAGGATCAGTTCGTGCTTCGTTTCA
TCCCTTCAACACGTATGGGTGAGGTTCAGACG*ACGCTCCTGTGATCAAGTTCGACAGAT
TCATGGTCCGACGTTATGATCATCTTCAAGTTCTTGCGAACACTAACCTAGAGCTCCCAG
ATGTTGTTGGTGAAATACGCTCCATGCAGGG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1EY30JQ 576 0 0
TCAGGGGTTCATTCCCGCTAACCGTTTCAGCCACTACCGGAACGATCTGAAAGTCAGTTC
TATTGACCGCTTTGAAGTTGCGTGTGTGCCTCACATGTACAAGGTTACGGAGGATCAGTT
CGTGCTTCGTTTCATCCCTTCAACACGTATGGGTGAGGTTCAGACGGACGCTCCTGTGAT
CAAGTTCGACAGATTCATGGTCCGACGTTATGATCATCTTCAAGTTCTTGCGAACACTAG
CTTAGAGCTCCCAGATGTTGTTGGTGAAATACGCTCCATGCAGGGTTCCGATCTGAAGAA
CACTGCAGCAACCACCAGAGTTGTGGTCCGCCTCTTAACAGATTCAATCTGTCGTTTGGG
TCTCATGTTGTGCAGCTTCTTGGTAGATCTTTATACTGTGTCGTTTAGATTAGCTGCCTG
AGGCAATAGTCCACTCTACTGCTTCATATAAGATTTGTTCATTGTTGGGTTTTGCTTCTA
TGGTTATTTGAAAGTCTCTGCTTATTGTTTCCACGACGGGAATGTGATTGTGTACTTATC
AATGGTTTGCTGCAGAGCAGATGTTTTACCGAGCGG

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 3

CO CL4045Contig1 667 3 17 U
GCTTCCCATCCCATCTTTTAGAGATGTCATCACACCTGCAGTGGAATCCTTTCCGAGAGA
CTGCTGTGTACTGGCGGAGAAGAAATTAAGAAATAGCTATGGATTCTCTCTTTTCCTTTC
TCTCTCTCTCTATTTGATTATGATATTTTTTGTTCTTGGTAAAGAAAGGTGGATGAGGCA
GAAGAAGATGATGTTTGGTGGTGAAGAGGAACCTTGCTATTTCTCCTGGTCTCGTCAATC
CGTGATGCCTCTCAGCTTCAAGCCATCTGGATTTGTGGTGTTTGTTGACCTTCACGGCCT
GCTCTGAATCCGGCTCAAGAGAATCTTTCTGACCTGAGACAATGAGACATGCTTAATAGA
ATCAAGATGTGGAAGCGTTACTATCGGACTTCTCTCCGCAGTCGCAGTGCAGTAGTGGTG
CTCGCAGTCACAGGGTTGTAATGGTGGTCGCTGTAAGTCCAAGGGAAGAGGCGGCAGTGA
AGATGCAGAGAAGAGAAGAGAACCCTTGTTTTTGGTTTAGATTTTTCTTTTGATTTGGTT
TATTTTTTAAACCAATTTAATTTGTAAACCAATTTAGTTTGTAAACAAAATTTAATTTAC
AAAACAAAATTTTTATTGGTAAAACGATTTAGCTTGTAAACTAATTTAATATTTTTTTTA
TTTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AD22JQ C 18
AF RR1AD22TF U 18
AF RR1BV64TF U 1
BS 1 129 RR1BV64TF
BS 130 131 RR1AD22TF
BS 132 135 RR1BV64TF
BS 136 136 RR1AD22TF
BS 137 197 RR1BV64TF
BS 198 198 RR1AD22TF
BS 199 307 RR1BV64TF
BS 308 308 RR1AD22TF
BS 309 333 RR1BV64TF
BS 334 334 RR1AD22TF
BS 335 356 RR1BV64TF
BS 357 357 RR1AD22TF
BS 358 379 RR1BV64TF
BS 380 380 RR1AD22TF
BS 381 475 RR1BV64TF
BS 476 476 RR1AD22TF
BS 477 667 RR1BV64TF

RD RR1AD22JQ 603 0 0
GG
AGAGATGTCATCACACCTGCAGTGGAATCCTTTCCGAGAGACTGCTGTGTACTGGCGGAG
AAGAAATTAAGAAATAGCTATGGATTCTCTCTTTTCCTTTCTCTCTCTCTCTATTTGATT
ATGATATTTTTTGTTCTTGGTAAAGAAAGGTGGATGAGGCAGAAGAAGATGATGTTTGGT
GGTGAAGAGGAACCTTGCTATTTCTCCTGGTCTCGTCAATCCGTGATGCCTCTCAGCTTC
AAGCCATCTGGATTTGTGGTGTTTGTTGACCTTCACGGCCTGCTCTGAATCCGGCTCAAG
AGAATCTTTCTGACCTGAGACAATGAGACATGCTTAATAGAATCAAGATGTGGAAGCGTT
ACTATCGGACTTCTCTCCGCAGTCGCAGTGCAGTAGTGGTGCTCGCAGTCACAGGGTTGT
AATGGTGGTCGCTGTAAGTCCAAGGGAAGAGGCGGCAGTGAAGATGCAGAGAAGAGAAGA
GAACCCTTGTTTTTGGTTTAGATTTTTCTTTTGATTTGGTTTATTTTTTAAACCAATTTA
ATTTGTAAACCAATTTAGTTTGTAAACAAAATTTAATTTACAAAACAAAATTTTTATTGG
T

QA 3 603 3 603
DS 

RD RR1AD22TF 603 0 0
GG
AGAGATGTCATCACACCTGCAGTGGAATCCTTTCCGAGAGACTGCTGTGTACTGGCGGAG
AAGAAATTAAGAAATAGCTATGGATTCTCTCTTTTCCTTTCTCTCTCTCTCTATTTGATT
ATGATATTTTTTGTTCTTGGTAAAGAAAGGTGGATGAGGCAGAAGAAGATGATGTTTGGT
GGTGAAGAGGAACCTTGCTATTTCTCCTGGTCTCGTCAATCCGTGATGCCTCTCAGCTTC
AAGCCATCTGGATTTGTGGTGTTTGTTGACCTTCACGGCCTGCTCTGAATCCGGCTCAAG
AGAATCTTTCTGACCTGAGACAATGAGACATGCTTAATAGAATCAAGATGTGGAAGCGTT
ACTATCGGACTTCTCTCCGCAGTCGCAGTGCAGTAGTGGTGCTCGCAGTCACAGGGTTGT
AATGGTGGTCGCTGTAAGTCCAAGGGAAGAGGCGGCAGTGAAGATGCAGAGAAGAGAAGA
GAACCCTTGTTTTTGGTTTAGATTTTTCTTTTGATTTGGTTTATTTTTTAAACCAATTTA
ATTTGTAAACCAATTTAGTTTGTAAACAAAATTTAATTTACAAAACAAAATTTTTATTGG
T

QA 3 603 3 603
DS 

RD RR1BV64TF 667 0 0
GCTTCCCATCCCATCTTTTAGAGATGTCATCACACCTGCAGTGGAATCCTTTCCGAGAGA
CTGCTGTGTACTGGCGGAGAAGAAATTAAGAAATAGCTATGGATTCTCTCTTTTCCTTTC
TCTCTCTCT**ATTTTATTATGATATTTTTTGTTCTTGGTAAAGAAAGGTGGATGAGGCA
GAAGAAGATGATGTTTG*TGGTGAAGAGGAACCTTGCTATTTCTCCTGGTCTCGTCAATC
CGTGATGCCTCTCAGCTTCAAGCCATCTGGATTTGTGGTGTTTGTTGACCTTCACGGCCT
GCTCTGAGTCCGGCTCAAGAGAATCTTTCTGACTTGAGACAATGAGACATGCTTAAGAGA
ATCAAGATGTGGAAGCGTTGCTATCGGACTTCTCTCCGCAGTCGCAGTGCAGTAGTGGTG
CTCGCAGTCACAGGGTTGTAATGGTGGTCGCTGTAAGTCCAAGGGAAGAGGCGGCGGTGA
AGATGCAGAGAAGAGAAGAGAACCCTTGTTTTTGGTTTAGATTTTTCTTTTGATTTGGTT
TATTTTTTAAACCAATTTAATTTGTAAACCAATTTAGTTTGTAAACAAAATTTAATTTAC
AAAACAAAATTTTTATTGGTAAAACGATTTAGCTTGTAAACTAATTTAATATTTTTTTTA
TTTTGTG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 3

CO CL4046Contig1 475 3 12 U
GGATCCACTTATCGTTTAAAACCTTCATCAAGACAAAAAACAACTTCTAGAGAAAATGTC
TTGCTGCGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCAAGTGTGTTGGTTGCGGAGGTTG
CAAAATGTACCCAGACTTGGGTTTCTCCGGCGAGATGACCACCACCGAGACTGTTGTCCT
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GTTTTGCCGGCGACATGAGTCTTGTTCTTCTGTGTGTGTGTTTATGGTTTGGTCATAAGA
TATCTCTGTAAGTTGTATCTCTGTGACTATATATATAAACCAAAATTATTATGGT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1DS02JQ C 1
AF RR1GR56TF U 1
AF RR1DS02TF U 1
BS 1 102 RR1GR56TF
BS 103 103 RR1DS02TF
BS 104 193 RR1GR56TF
BS 194 194 RR1DS02TF
BS 195 290 RR1GR56TF
BS 291 291 RR1DS02TF
BS 292 318 RR1GR56TF
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BS 320 464 RR1GR56TF
BS 465 465 RR1DS02TF
BS 466 474 RR1GR56TF
BS 475 475 RR1DS02JQ

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GTTTTGCCGGCGACATGAGTCTTGTTCTTCTGTGTGTGTGTTTATGGTTTGGTCATAAGA
TATCTCTGTAAGTTGTATCTCTGTGACTATATATATAAACCAAAATTATTATGGT

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR1GR56TF 474 0 0
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CAAAATGTACCCAGACTTGGGTTTCTCCGGCGAGATGACCACCACCGAGACTGTTGTCCT
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GAACGATGCCTGCAAATGTGGATCTGACTGCAAGTGCAACCCTTGCACCTGCAAATGAAG
AATCATATAAAACCCTAAGAGTCTGGATGTTGTGTAATAATGGCTCTGATTTCTCCGGTT
GTTTTGCCGGCGACATGAGTCTTGTTCTTCTGTGTGTGTGTTTATGGTTTGGTCATAAGA
TATCTCTGTAAGTTGTATCTCTGTGACTATATATATAAACCAAA*TTATTATGG

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR1DS02TF 475 0 0
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TTGCTGCGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCAAGTGTGTTGGTTGCGGAGGTTG
CAAAATGTACCCAGACTTGGGTTTCTCCGGCGAGATGACCACCACCGAGACTGTTGTCCT
CGGCGTTGCTCCGACGATGAACTCTCAGTACGAGGCTTCCGGTGAGACTTTCGTCTCCGA
GAACGATGCCTGCAAATGTGGATCTGACTGCAAGTGCAACCCTTGCACCTACAAATGAAG
AATCATATAAAACCCTAATAGTCTGGATGTTGTGTAATAATGGCTCTGATTTCTCCGGTT
GTTTTGCCGGCGACATGAGTCTTGTTCTTCTGTGTGTGTGTTTATGGTTTGGTCATAAGA
TATCTCTGTAAGTTGTATCTCTGTGACTATATATATAAACCAAAATTATTATGG
T

QA 1 474 1 474
DS 



AS 1 2

CO CL4047Contig1 823 2 8 U
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CTAGGGGAAGCAAAGATTGAGAACATAATCACACAGTCAGGAGTTATCCACATGCTAGCT
GAATGCGCGGGTCTTCACTGGTTTGAAGATTGGGGAGTCAAAACTCTATCTGAAGTCGGT
CTTCCCACTATGTCAAAAGATCATATCATAAAGATTTATGAAGATGAACCAGTTCTTCAG
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GAGAAGCCAGTAGGCAACATTAGCCTTAGAGATGTCCACTTTCTCCTCACTGCACCAGAG
ATCTACCATGACTACAGGTCAATCACAACGAAGAACTTCTTAGTAGCGGTTAGAGAGCAT
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GTGGTGGATGATTCAGGTAACCTGGAAGGACTCATCACTCTCAGAGACATCATAGCAAGA
CTTGTACATGAGCCACCTGGCTATTTTGGTGATTTCTTTGACGGTGTTATGCCTCTACCT
CAGAACTACCGAGTTTGAGAAATGCTTTCTTTCTTTCTTTGTGTAGACTTGTCTTTGGTT
TCGTTATGCTTGTCTGTATGTTTGTGCGAAAGTTCATGAATTTGTGTTTAAACGTTCTAA
CATAAAATAATAAATGAAGAAAGAGTCAAGTCTTTGAGTGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BZ18TF U 1
AF RR1BE55JQ C 27
BS 1 272 RR1BZ18TF
BS 273 273 RR1BE55JQ
BS 274 297 RR1BZ18TF
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BS 393 622 RR1BZ18TF
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RD RR1BZ18TF 622 0 0
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CTAGGGGAAGCAAAGATTGAGAACATAATCACACAGTCAGGAGTTATCCACATGCTAGCT
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CTTCCCACTATGTCAAAAGATCATATCATAAAGATTTATGAAGATGAACCAGTTCTTCAG
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ATCTACCATGACTACAGGTCAATCACAACGACGAACTTCTTAGTAGCGGTTAGAGAGCAT
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AACCATACGCTGAAGGAACTGATTTTGATGCTAGACGCTGAGAAGATCCATAGGATGTAT
GTGGTGGATGATTCAGGTAACCTGGAAGGACTCATCACTCTCAGAGACATCATAGCAAGA
CTTGTACATGAGCCACCTGGCT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1BE55JQ 797 0 0
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AATCACACAGTCAGGAGTTATCCATATGCTAGCTGAATGCGCGGGTCTTCACTGGTTTGA
AGATTGGGGAGTCAAAACTCTATCTGAAGTCGGTCTTCCCACTATGTCAAAAGATCATAT
CATAAAGATTTATGAAGATGAACCAGTTCTTCAGGCGTTCAAGCTGATGAGGAGAAAGAG
AATCGGAGGCTTACCCGTTGTTGAAAGACAAACTGAGAAGCCAGTAGGCAACATTAGCCT
TAGAGATGTCCACTTTCTCCTCACTGCACCAGAGATCTACCATGACTACAGGTCAATCAC
AACGAAGAACTTTTTAGTAGCGGTTAGAGAGCATCTGGAGAAGCATGGAGATACCTCAGC
ACCTATCTTGAGTGGTGTCATTGCTTGCACTAAGAACCATACGCTGAAGGAACTGATTTT
GATGCTAGACGCTGAGAAGATCCATAGGATGTATGTGGTGGATGATTCAGGTAACCTGGA
AGGACTCATCACTCTCAGAGACATCATAGCAAGACTTGTACATGAGCCACCTGGCTATTT
TGGTGATTTCTTTGACGGTGTTATGCCTCTACCTCAGAACTACCGAGTTTGAGAAATGCT
TTCTTTCTTTCTTTGTGTAGACTTGTCTTTGGTTTCGTTATGCTTGTCTGTATGTTTGTG
CGAAAGTTCATGAATTTGTGTTTAAACGTTCTAACATAAAATAATAAATGAAGAAAGAGT
CAAGTCTTTGAGTGAAT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 3

CO CL4048Contig1 450 3 1 U
GGGAAATGATGTATTCCTTTTATTTATCTAAATATAAAGATATTTTAAAAATATAAAAAT
TAACAATTCTATAAATTAATAAAATTGTTATAATATCAACATTATTAATTTATAAAGCTT
TTACTGTCTTCTTCTTTGCCTTGTCATCATCATCATCATCGGTATCATCATCAGTATCAT
CATCGGTATGATCATCATCTGTATCAGTATCATCATCGGTATGATCACCCTTCTTCTTAT
GGTCATGTTGACCTTGACCACCCATGACCTGTTGTCCTCCTTGCACTTTATGTTCACTCT
TATGATCAAGTGTGGTAGCTGTCTTACTGCTCTCCTGATGTTGCAGTGTCGACTGTGTCG
TTTCCGTGCCGTGCGCAAATGAGAAACTTACCACGACTCCTAATGTAACCAATAGAACCA
AACATAACAAAACAGAAACTCTCGCCATGC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1EH35JQ U 1
AF RR1GR44JQ U 1
AF RR1EH35TF C 1
BS 1 450 RR1EH35JQ

RD RR1EH35JQ 450 0 0
GGGAAATGATGTATTCCTTTTATTTATCTAAATATAAAGATATTTTAAAAATATAAAAAT
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DS 

RD RR1GR44JQ 450 0 0
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TTACTGTCTTCTTCTTTGCCTTGTCATCATCATCATCATCGGTATCATCATCAGTATCAT
CATCGGTATGATCATCATCTGTATCAGTATCATCATCGGTATGATCACCCTTCTTCTTAT
GGTCATGTTGACCTTGACCACCCATGACCTGTTGTCCTCCTTGCACTTTATGTTCACTCT
TATGATCAAGTGTGGTAGCTGTCTTACTGCTCTCCTGATGTTGCAGTGTCGACTGTGTCG
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AGCATAACAAAACAGAAACTCTCGCCATGC

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR1EH35TF 450 0 0
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TTACTGTCTTCTTCTTTGCCTTGTCATCATCATCATCATCGGTATCATCATCAGTATCAT
CATCGGTATGATCATCATCTGTATCAGTATCATCATCGGTATGATCACCCTTCTTCTTAT
GGTCATGTTGACCTTGACCACCCATGACCTGTTGTCCTCCTTGCACTTTATGTTCACTCT
TATGATCAAGTGTGGTAGCTGTCTTACTGCTCTCCTGATGTTGCAGTGTCGACTGTGTCG
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AACATAACAAAACAGAAACTCTCGCCATGC

QA 1 450 1 450
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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TTACTCCATAGTTGTAAAGCTATGGCGACGATCCGGAGCGCTTCAGTCTTTATTCTGGTT
CTGCTCGCTGTCTCATGCCTTGCTTTGGTTGCAAATGGGGAAGACAAAACGATTAAAGTG
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ACTGCTGTAACGAGACGATCTCTGATTACTTCCAGGTGTATCAGTTTGAGCAGCTCTTCG
CCAAAAGAAACACTCCCATTGCTCACGCTGTTGGTTTCTGGGACTACCAGTCTTTCATCA
CCGCCGCTGCTCTCTACGAGCCTCTTGGATTCGGTACCACTGGTGGAAAGCTCATGGGAC
AGAAAGAAATGGCTGCCTTCCTCGGCCATGTCGCCAGCAAAACGTCCTGTGGCTATGGAG
TTGCAACAGGAGGGCCTTTAGCTTGGGGTCTGTGCTACAACAGGGAGATGAGCCCAATGC
AGTCTTACTGTGACGAGACCTGGAAGTATAAGTACCCTTGCAGCCCTGGAGCTGAATACT
ACGGACGTGGTGCTTTACCCATTTACTGGAACTTCAACTACGGTGCAGCAGGGGAAGCAC
TAAAAGCTGATCTCTTGAACCACCCTGAGTACATCGAGCAGAACGCCACGCTTGCATTCC
AAGCAGCGATCTGGAGATGGATGACACCGATCAAGAAAGCTCAGCCTTCAGCTCACGACA
TCTTCGTTGGAAACTGGAAACCGACGAAGAACGATACTCTGTCCAAACGTGGACCGACTT
TTGGCACCACCATGAACGTCTTGTACGGAGAGTACACGTGCGGTCAAGGTGACATTGAGC
CGATGAACAACATTGTCTCTCACTACTTGTACTTCCTTGATCTCTTGGGTATTGGAAGAG
AAGACGCGGGGCCTAACGAGGAGCTCAGCTGCGCTGAGCAGAAACCGTTTAACCCTTCGA
CTGCACCTTCCTCCTCCTCCTCGTAAGTATCTCCGCATTGCTCGTTGTTCTCAAGTCTCT
TTTGCTTTTAACTCGACAAGTGTTATGTAATAAGTGAAATTGCTTGTGTGTGTGTGTGGC
TTCTTTTTGTCTAGGGCTTGGTCCCTGTAGAACAACTTATATTTTCCTGTATGTAATACC
TTATTCAATTATTATTATGTTTTGCCGAATGTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN28TF U 1
AF RR1CN28JQ C 445
AF RR1DV12TF U 979
BS 1 595 RR1CN28TF
BS 596 596 RR1CN28JQ
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BS 735 979 RR1CN28JQ
BS 980 1236 RR1DV12TF

RD RR1CN28TF 737 0 0
TTTTTGTTCCCCGTTGAAGTTTTCTCGATCTAGCTTATCGGCATTGCAGCTGATAATACT
TTACTCCATAGTTGTAAAGCTATGGCGACGATCCGGAGCGCTTCAGTCTTTATTCTGGTT
CTGCTCGCTGTCTCATGCCTTGCTTTGGTTGCAAATGGGGAAGACAAAACGATTAAAGTG
AAGAAAGTGAGGGAAAGAAGGTGTGCACTCAGGGATGGGAATGCGTCTGGTGGTCTCAGT
ACTGCTGTAACGAGACGATCTCTGATTACTTCCAGGTGTATCAGTTTGAGCAGCTCTTCG
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AGAAAGAAATGGCTGCCTTCCTCGGCCATGTCGCCAGCAAAACGTCCTGTGGCTATGGAG
TTGCAACAGGAGGGCCTTTAGCTTGGGGTCTGTGCTACAACAGGGAGATGAGCCCAATGC
AGTCTTACTGTGACGAGACCTGGAAGTATAAGTACCCTTGCAGCCCTGGAGCTGA*TACT
ACGGACGTGGTGCTTTACCCATTTACTGGA*CTTCAACTACGGTGCAGCAGGG*AAGCAC
TAAAAGCTGATCTCTTGA*CCACCCTGAGTACATCGAGCAGA*CGCCACGCTTGCAT*CC
AAGCAGCGATCTGG
GGA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1CN28JQ 783 0 0
GCCATGTCGCCAGCAAAACGTCCTGTGGCTATGGAGTTGCAACAGGAGGGCCTTTAGCTT
GGGGTCTGTGCTACAACAGGGAGATGAGCCCAATGCAGTCTTACTGTGACGAGACCTGGA
AGTATAAGTACCCTTGCAGCCCTGGAGCTGAATACTACGGACGTGGTGCTTTACCCATTT
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CTGAGTACATCGAGCAGAACGCCACGCTTGCATTCCAAGCAGCGATCTGGAGATGGATGA
CACCGATCAAGAAAGCTCAGCCTTCAGCTCACGACATCTTCGTTGGAAACTGGAAACCGA
CGAAGAACGATACTCTGTCCAAACGTGGACCGACTTTTGGCACCACCATGAACGTCTTGT
ACGGAGAGTACACGTGCGGTCAAGGTGACATTGAGCCGATGAACAACATTGTCTCTCACT
ACTTGTACTTCCTTGATCTCTTGGGTATTGGAAGAGAAGACGCGGGGCCTAACGAGGAGC
TCAGCTGCGCTGAGCAGAAACCGTTTAACCCTTCGACTGCACCTTCCTCCTCCTCCTCGT
AAGTATCTCCGCATTGCTCGTTGTTCTCAAGTCTCTTTTGCTTTTAACTCGACAAGTGTT
ATGTAATAAGTGAAATTGCTTGTGTGTGTGTGTGGCTTCTTTTTGTCTAGGGCTTGGTCC
CTGTAGAACAACTTATATTTTCCTGTATGTAATACCTTATTCAATTATTATTATGTTTTG
CCG

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1DV12TF 258 0 0
G
GGAGCTCAGCTGCGCTGAGCAGAAACCGTTTAACCCTTCGACTGCACCTTCCTCCTCCTC
CTCGTAAGTATCTCCGCATTGCTCGTTGTTCTCAAGTCTCTTTTGCTTTTAACTCGACAA
GTGTTATGTAATAAGTGAAATTGCTTGTGTGTGTGTGTGGCTTCTTTTTGTCTAGGGCTT
GGTCCCTGTAGAACAACTTATATTTTCCTGTATGTAATACCTTATTCAATTATTATTATG
TTTTGCCGAATGTTTGT

QA 2 258 2 258
DS 



AS 1 3

CO CL4051Contig1 854 3 4 U
GGACTAAAAAAAAAAAAAAAGAGTTCGTAAACATTGTCTGAAGGTATATCAACGAGACAA
AAGACGAAGAAGCTCGTTCTCTCTAAAAAAACCTAAATTCTCTGAGAGATCGATCAAATC
GGATAGCACGCAATAATGGCCAATAGTAATCTTCCACGAAGGATCATCAAGGAAACACAA
CGTCTGCTTAGTGAACCTGCTCCTGGGATAAGTGCGTCTCCATCAGAGGAAAATATGCGC
TACTTCAATGTTATGATTCTTGGTCCTACCCAGTCTCCTTATGAAGGAGGCGTTTTCAAG
TTGGAGCTCTTTTTGCCTGAAGAATATCCGATGGCAGCTCCCAAGGTTAGGTTTCTCACC
AAGATATACCATCCTAACATTGACAAGCTTGGAAGAATCTGCCTTGACATACTGAAAGAC
AAGTGGAGTCCTGCTCTACAAATAAGGACCGTGCTCTTGAGTATTCAAGCTCTTCTAAGT
GCACCAAACCCAGATGATCCCCTCTCTGAGAACATAGCTAAGCACTGGAAAAGCAATGAA
GCAGAAGCTGTGGAGACAGCTAAGGAGTGGACTCGTCTATATGCAAGTGGCGCTTGATAT
AGAGTGCAAAAAGGAGAAAGTTCCTTGTCATTTTAAATAACAATCTATCTGGTGAAACAC
TCTTATCTCAAGGTTTTATCTAGAATCCTTTTTTTCTTTAAAACAGGAAAGAAAAAGATT
TGTACTCTATGAATATGTATAACTTGGGTGGGGATTTAAGACTCGTTTGCCCATATTTGC
AAACTAACTTATGAGCTTTGTCTGTGTTGTTCTATTATCATTTGCTCACTGTAGACAATA
AGATTTCACTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H018TF U 1
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AF RR1D667TF U 383
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BS 698 699 RR1H018JQ
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AAGATATACCATCCTAACATTGACAAGCTTGGAAGAATCTGCCTTGACATACTGAAAGAC
AAGTGGAGTCCTGCTCTACAAATAAGGACCGTGCTCTTGAGTATTCAAGCTCTTCTAAGT
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TCTTATCTCAAGGTTTTATCTAGAATCCTTTTTTT
TCTAA

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G
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CTCTGAGAACATAGCTAAGCACTGGAAAAGCAATGAAGCAGAAGCTGTGGAGACAGCTAA
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CTTGTCATTTTAAATAACAATCTATCTGGTGAAACACTCTTATCTCAAGGTTTTATCTAG
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TTGGGTGGGGATTTAAGACTCGTTTGCCCATATTTGCAAACTAACTTATGAGCTTTGTCT
GTGTTGTTCTATTATCATTTGCTCACTGTAGACAATAAGATTTCACTTTTC

QA 2 472 2 472
DS 



AS 1 3

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TTCCATCGGAGAGCGAAGAGGTTATCAGAGAGATGATGGAGAAGGAGAAGGAGAAGCAGC
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GAAGAAGAGAAGCTCTTAATTGGATTTTGAAGGCTTGTGAGGAACACCAGTTTGGACCAA
TGTGTATTTGCTTATCTATGAGCTACTTGGATCGGTTCTTATCAGTTCATGATGTCCCTG
GTGGCAACGCTTGGGCAGTGCAGTTGTTGGCTGTGGCTTGTT*ATCCTTGGCAGCCAAAA
TTGAAGAAACTGAAGTCCCATTGCTAATAGATCTTCAGGCTGGACATCCTCAGTTTGTGT
TTGAGGCTAAATCAGTTCAAAGAATGGAGCTTTTGGTGTTGAACAGATTGGAATGGAGAT
TGAGAGCGATAACTCCCTGCTCATACATAAGATATTTTCTGAGGAAGATGAGTAAATGTG
ATCAAGAACCATCCAGCACATTGATATCCAGATCATTACAAGTGATAGCCAGCAAAACCA
AAGGTATTGACTTCTTGGAGTTTAGACCTTCTGAAGTTGCTGCTGCAGTTGCACTTTCTG
TTTCTGGAGAACTGTACACAGTACACTTTGACAACTCTTCCCTCTCTCCTCTTTTCTCAC
TACTTCAAAAGGAGAGAGTGAAGAAGATTGGGGAAATGATAGAGAGTGATGGGTCAGGCT
TATGTTCACAAACACCCAATGGGGTTTTAGAAGTATCAGCTTGTTGTTTCAGCTCTAAGA
CTCGTGATTCTTCTTCTTCCCATACACATCTTTCCTAAATCTCTCTGTTTCTTCTTCAAA
TAAATTATCATTATTATTATATGTGAGGAGAGTTTGAGAAACGAAATAATCATAGCAAAA
TTTTAAAATAAAAGAAGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT36TF U 30
AF RR1E139TF U 1
AF RR1E139JQ C 407
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GG
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TTTGGTGTT

QA 3 611 3 611
DS 

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QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1E139JQ 755 0 0
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TCATGATGTCCCTGGTGGCAACGCTTGGGCAGTGCAGTTGTTGGCTGTGGCTTGTT*ATC
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ATTGGAATGGAGATTGAGAGCGATAACTCCCTGCTCATACATAAGATATTTTCTGAGGAA
GATGAGTAAATGTGATCAAGAACCATCCAGCACATTGATATCCAGATCATTACAAGTGAT
AGCCAGCAAAACCAAAGGTATTGACTTCTTGGAGTTTAGACCTTCTGAAGTTGCTGCTGC
AGTTGCACTTTCTGTTTCTGGAGAACTGTACACAGTACACTTTGACAACTCTTCCCTCTC
TCCTCTTTTCTCACTACTTCAAAAGGAGAGAGTGAAGAAGATTGGGGAAATGATAGAGAG
TGATGGGTCAGGCTTATGTTCACAAACACCCAATGGGGTTTTAGAAGTATCAGCTTGTTG
TTTCAGCTCTAAGACTCGTGATTCTTCTTCTTCCCATACACATCTTTCCTAAATCTCTCT
GTTTCTTCTTCAAATAAATTATCATTATTATTATATGTGAGGAGAGTTTGAGAAACGAAA
TAATCATAGCAAAATTTTAAAATAAAAGAAGAAAC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 3

CO CL4053Contig1 1400 3 17 U
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CGTCCTTGTGGCTTATCGTAATGCGTTTGCCACAGCCGCTCTCGCACCTTTCGCCCTTCT
CTCCGATAGGAAAGCGAGGCCGAAGATGACTTTCCCAATCTTCATGCAAATATCTGTACT
GGCTCTTCTTGGGCCTGTGATTGATCAGAACCTATACTACGCTGGCCTTAAACTCACTTC
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AATTTTCAGGATGGAGAAGGTGGAAACGAGAAAAGTAAGATTCCAAGCAAAAGTGGTGGG
GACATTAGTGATAGTGGTTGGAGCCATGTTGATGATTTTATTCAAAAGTCCTTTAATCAT
CTTCCTACGATCTCACCTCATCCACGATGCTTCGTCCCTGGCGGGCGAGGATTACCTCAA
GGCCACCGTCTTCCTCCTCATCGCCTCACTTTCTTGGGCTTCTTTCTTTGTTCTTCAGGC
GGCTACGTTGAAGAGATACTCATCTCACCTTTCATTATCCACGATGGTGTGCTTCATGGG
AACGTTACAGTCCACAGCCCTATCGTTTGTGATGGAACCAAACCTTACAGCATGGAACAT
TGGCTTTGACATGAACCTTCTAGCCTCTGCTTACGCGGGTATAATGTCTTCGAGCATAGC
GTACTACGTTCAAGGAATGATGACAAAGCAAAAAAGCTCTGTCTTTGTCACTGCTTTTAA
CCCTCTTATTGTCATTATCGGATCCATCATTGGCTTCCTTATCCTCAGCCAACGATTATA
CCTTGGCGGGGTTCTTGGAATGGTGATATTAATGGTGGGAGTATGTGCGGTTCTGTGGGG
AAAGGAAGGGGATGAAGAAGAGAACAGTGATGAGGAGGTGTTTGTAGAAGTTGTCAAGCG
TTGTAAAGGCTGCGGAAACAACAGTCCCTCGATGCCAAGAATTGATGAAGAAGTAGATGT
TGAAATGCAATCTACAGTGGATGCTAAGACGGTGGTGGCTTTGTTGTACGTAGTCTCGTG
TGTAAAGAAATGTTCACGAGCTTAACTAGATGTTTAAAGTCCATTTTTTGTTAAATAGGG
GAGCAACTTTTTATATTTTATTTGTTCTATATTCTGCTCCAACCTTTTGCTTTTAATTTT
GTTTTATAATCTTCTTATTTAGTTGGAGTTTAAATAAATGTTTTAAATCTCTTAGACCAA
TCAGATTAATAATCACGACC


BQ
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AF RR1B296TF U 1
AF RR1C837TF U 317
AF RR1C837JQ C 627
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BS 825 1017 RR1C837TF
BS 1018 1400 RR1C837JQ

RD RR1B296TF 824 0 0
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CATGGGGTTAAAGTTGTCGGAATCGGCCAAGCCCTACTTTGCAATGGTATGCCTCCAATT
CGGATACGCTGGCATGAACCTCGTGACCAAGGTTGTGCTTGACCGTGGCATGAGCCATTT
CGTCCTTGTGGCTTATCGTAATGCGTTTGCCACAGCCGCTCTCGCACCTTTCGCCCTTCT
CTCCGATAGGAAAGCGAGGCCGAAGATGACTTTCCCAATCTTCATGCAAATATCTGTACT
GGCTCTTCTTGGGCCTGTGATTGATCAGAACCTATACTACGCTGGCCTTAAACTCACTTC
GCCGACTTTTGCCGGCGCCGTCACCAGCATCGTGCCTGCTTTAACCTTTATCATTTCCAT
AATTTTCAGGATGGAGAAGGTGGAAACGAGAAAAGTAAGATTCCAAGCAAAAGTGGTGGG
GACATTAGTGATAGTGGTTGGAGCCATGTTGATGATTTTATTCAAAAGTCCTTTAATCAT
CTTCCTACGATCTCACCTCATCCACGATGCTTCGTTCCTGGCGGGCGAGGATTACCTCAA
GGCCACCGTGTTCCTCCTCATCGCCTCACTTTCTTGGGCTTCTTTCTTTGTTCTTCAG*C
GGCTATGTTGAAGAGATACTCATCTCACCTTTCATTATCCACGATGGTGTGCTTCATGGG
AACGTTACAGTCCACAGCCCTATCGTTTGTGATGGAACCAAACCTTTCAGCATGGACCAT
TGGCTTTGACATGAACCTTCTAGCCTCTGCTTACGCGGGTATAA

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DS 

RD RR1C837TF 701 0 0
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GCCGTCACCAGCATCGTGCCTGCTTTAACCTTTATCATTTCCATAATTTTCAGGATGGAG
AAGGTGGAAACGAGAAAAGTAAGATTCCAAGCAAAAGTGGTGGGGACATTAGTGATAGTG
GTTGGAGCCATGTTGATGATTTTATTCAAAAGTCCTTTAATCATCTTCCTACGATCTCAC
CTCATCCACGATGCTTCGTCCCTGGCGGGCGAGGATTACCTCAAGGCCACCGTCTTCCTC
CTCATCGCCTCACTTTCTTGGGCTTCTTTCTTTGTTCTTCAGGCGGCTACGTTGAAGAGA
TACTCATCTCACCTTTCATTATCCACGATGGTGTGCTTCATGGGAACGTTACAGTCCACA
GCCCTATCGTTTGTGATGGAACCAAACCTTACAGCATGGAACATTGGCTTTGACATGAAC
CTTCTAGCCTCTGCTTACGCGGGTATAATGTCTTCGAGCATAGCGTACTACGTTCAAGGA
ATGATGACAAAGCAAAAAAGCTCTGTCTTTGTCACTGCTTTTAACCCTCTTATTGTCATT
ATCGGATCCATCATTGGCTTCCTTATCCTCAGCCAACGATTATACCTTGGCGGGGTTCTT
GGAATGGTGATATTAATGGTGGGAGTATGTGCGGTTCTGTG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1C837JQ 774 0 0
CACTTTCTTGGGCTTCTTTCTTTGTTCTTCAGGCGGCTACGTTGAAGAGATACTCATCTC
ACCTTTCATTATCCACGATGGTGTGCTTCATGGGAACGTTACAGTCCACAGCCCTATCGT
TTGTGATGGAACCAAACCTTACAGCATGGAACATTGGCTTTGACATGAACCTTCTAGCCT
CTGCTTACGCGGGTATAATGTCTTCGAGCATAGCGTACTACGTTCAAGGAATGATGACAA
AGCAAAAAAGCTCTGTCTTTGTCACTGCTTTTAACCCTCTTATTGTCATTATCGGATCCA
TCATTGGCTTCCTTATCCTCAGCCAACGATTATACCTTGGCGGGGTTCTTGGAATGGTGA
TATTAATGGTGGGAGTATGTGCGGTTCTGTGGGGAAAGGAAGGGGATGAAGAAGAGAACA
GTGATGAGGAGGTGTTTGTAGAAGTTGTCAAGCGTTGTAAAGGCTGCGGAAACAACAGTC
CCTCGATGCCAAGAATTGATGAAGAAGTAGATGTTGAAATGCAATCTACAGTGGATGCTA
AGACGGTGGTGGCTTTGTTGTACGTAGTCTCGTGTGTAAAGAAATGTTCACGAGCTTAAC
TAGATGTTTAAAGTCCATTTTTTGTTAAATAGGGGAGCAACTTTTTATATTTTATTTGTT
CTATATTCTGCTCCAACCTTTTGCTTTTAATTTTGTTTTATAATCTTCTTATTTAGTTGG
AGTTTAAATAAATGTTTTAAATCTCTTAGACCAATCAGATTAATAATCACGACC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 3

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GGGAGGGAAACCAAAGTAACTCTCTCTCTCTCTCTTCTCGCAAACGTTTCTCTCGAACCC
TCTCTTCACGTCCCTGATCGGTTGGCTAGATTCAAGCTTCGAACCCTAATTTCTGTACCG
ATCACCATCGAAATTAGCTCAATTTTAGATTTGACGAGTTTCTCAATCTGCTTCACTGAT
CAGAGATACAATGTCAGCTTTGTTCAATTTCCATTCATTTTTGACGGTGGTGCTACTTGT
GATCTGCACTTGCACATACCTCAAGATGCAGTTCCCTGCCATTTTGGAGCAGAAAACTGG
GTTTCGAGGATTCTTCTGGAAGGCTGCTAGAATAGGTGAGCGTTTGAGCCCTTGGATGTC
CGTGGGATGCTTCATGATGGGTGTCTCCATCATTTTCTTTTGAGTCTCAACTTTATCACA
ATTGTAGATTTTACTCCTGTATGCAAAAAAA*GGTTTCGATGAAACTGAAAAGAGTTGAA
TATTCTCTTTGGATGATAGGTTTTGGTCTTTGTATTTGGAACGATCTTTGTGTTGTTTTT
ATGTGAAGACTTAAGTCTATAAGCCGAATTTTAGAACG


BQ
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AF RR1F476TF U 1
AF RR1EX69TF U 13
AF RR1EX69JQ C 32
BS 1 118 RR1F476TF
BS 119 119 RR1EX69TF
BS 120 131 RR1F476TF
BS 132 132 RR1EX69TF
BS 133 145 RR1F476TF
BS 146 146 RR1EX69TF
BS 147 451 RR1F476TF
BS 452 452 RR1EX69TF
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BS 477 477 RR1EX69TF
BS 478 565 RR1F476TF
BS 566 578 RR1EX69TF

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ATCACCATCGATATTAGCTCAATTTCAGATTTGACGAGTTTCTCAATCTGCTTCACTGAT
CAGAGATACAATGTCAGCTTTGTTCAATTTCCATTCATTTTTGACGGTGGTGCTACTTGT
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GTTTCGAGGATTCTTCTGGAAGGCTGCTAGAATAGGTGAGCGTTTGAGCCCTTGGATGTC
CGTGGGATGCTTCATGATGGGTGTCTCCATCATTTTCTTTTGAGTCTCAACTTTATCACA
ATTGTAGATTTTACTCCTGTATGCAAAAAAAAGGTTTCGATGAAACTGAAAAGAGTAGAA
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ATGTGAAGACTTAAGTCTATAAGCC

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DS 

RD RR1EX69TF 566 0 0
GGAAAGTAA
CTCTCTCTCTCTCTTCTCGCAAACGTTTCTCTCGAACCCTCTCTTCACGTCCCTGATCGG
TTGGCTAGATTCAAGCTTCGAACCCTAATTTCTGTACCGATCACCATCGAAATTAGCTCA
ATTTTAGATTTGACGAGTTTCTCAATCTGCTTCACTGATCAGAGATACAATGTCAGCTTT
GTTCAATTTCCATTCATTTTTGACGGTGGTGCTACTTGTGATCTGCACTTGCACATACCT
CAAGATGCAGTTCCCTGCCATTTTGGAGCAGAAAACTGGGTTTCGAGGATTCTTCTGGAA
GGCTGCTAGAATAGGTGAGCGTTTGAGCCCTTGGATGTCCGTGGGATGCTTCATGATGGG
TGTCTCCATCATTTTCTTTTGAGTCTCAACTTTATCACAATTGTAGATTTTACTCCTGTA
TGCAAAAAAA*GGTTTCGATGAAACTGAAAAGAGTTGAATATTCTCTTTGGATGATAGGT
TTTGGTCTTTGTATTTGGAACGATCTTTGTGTTGTTTTTATGTGAAGACTTAAGTCTATA
AGCCGAATTTTAGAACG

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DS 

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TCAAGCTTCGAACCCTAATTTCTGTACCGATCACCATCGAAATTAGCTCAATTTTAGATT
TGACGAGTTTCTCAATCTGCTTCACTGATCAGAGATACAATGTCAGCTTTGTTCAATTTC
CATTCATTTTTGACGGTGGTGCTACTTGTGATCTGCACTTGCACATACCTCAAGATGCAG
TTCCCTGCCATTTTGGAGCAGAAAACTGGGTTTCGAGGATTCTTCTGGAAGGCTGCTAGA
ATAGGTGAGCGTTTGAGCCCTTGGATGTCCGTGGGATGCTTCATGATGGGTGTCTCCATC
ATTTTCTTTTGAGTCTCAACTTTATCACAATTGTAGATTTTACTCCTGTATGCAAAAAAA
*GGTTTCGATGAAACTGAAAAGAGTTGAATATTCTCTTTGGATGATAGGTTTTGGTCTTT
GTATTTGGAACGATCTTTGTGTTGTTTTTATGTGAAGACTTAAGTCTATAAGCCGAATTT
TAGAACG

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 3

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GTGTGTAACTAAACAGAACCAAAAAGGGTTTCCGTTCAACCTGACAACACCAATTATAAA
TTACAAATTACAAAATGGCTACATAAACAACTACACGCACAAAGACCCCATCTTGAGACA
TCTATGCTTGGCTTGCTTCTGTCTCCACGCTAGCAAATGCTGCCTCCTTAAACCCGTTCA
TGCACGAAGAAGGTTCTATATTTATCAATGTCTCAGCATTCTCTGGCTGATCGTTTACAC
AATGCTCGGTAGGTCCAGAAGGGATGGCACTATCTTCAAGATCCTTAGCTACTTTGCGCT
TCCCTTTCCTAGCCTTCTTCTTGAACTGAGCCTTCCTGGCTTTTGGAGTCTTGATGATGG
TTTCTTTCACTATCTCTACTGTCTTCTTTTCGCAAGGAAGCACAGTAAGCTGAGTGCTGT
AGTTGTTGGCGAGGTTGATTTTAGATTCTGACTGGATCGCTATAAGAGCCGTTCGACCCG
CGCTTATCTCTGCCTCTTTTTTAGTCTTTGCCGCGGCTCCTGTGTACTTAATGCCTCCGA
GATCTACGGTGCATGTGAACTGCGGAGCTCTCCCGAGAGTCTCGCTCCTTTGGCAGTGAT
ACAGTGGAATCGCGTAGTTCATCTTCTGAGCGTACTCTTGAAGAAGATTCTTGCATAACC
CCATTTCGTGAACAGGTAGTGAAACAGATTGGCTTAGGTCACTGGATTTAGCTAATTCCT
GGAGAGCAACCTCAGCAGCTGATTGCTCTGCAGCCTTACGGTTGAAGAATCCAGGTAAGG
AGTCATATCTGACATCATCGACTATTACTGTGGACTGAAAGACGGGTTTGTGGGAAGGGC
CTTCTTTGATAGTCTCGTATAGAGGCGTTGGTAGCTTGTATTTCTGAGCATATTCCTGCA
ACCGGCTTTTGAACACATAGCAATTTGAAACACCAGACTGAACTTCATTCGCCGTCATTA
TTCTCGAGCAGAATGTTAGCTGAAGAGATGCTGAAGAGACAAGCGAGAGGGAGATACAGA
GGCACCGCGTGCCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D296JQ U 53
AF RR1FS70JQ U 1
AF RR1FS70TF C 382
BS 1 267 RR1FS70JQ
BS 268 268 RR1D296JQ
BS 269 731 RR1FS70JQ
BS 732 1097 RR1FS70TF

RD RR1D296JQ 659 0 0
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CCCGTTCATGCACGAAGAAGGTTCTATATTTATCAATGTCTCAGCATTCTCTGGCTGATC
GTTTACACAATGCTCGGTAGGTCCAGAAGGGATGGCACTATCTTCAAGATCCTTAGCTAC
TTTGCGCTTCCCTTTCCTAGCCTTCTTCTTGAACTGAGCCTTCCTGGCTTTTGGAGTCTT
GATGATGGTTTCTTTCACTATCTCTACTGTCTTCTTTTCGCAAGGAAGCACAGTAAGCTG
AGTGCTGTAGTTGTTGGCGAGGTTGATTTTAGATTCTGACTGGATCGCTGTAAGAGCCGT
TCGACCCGCGCTTATCTCTGCCTCTTTTTTAGTCTTTGCCGCGGCTCCTGTGTACTTAAT
GCCTCCGAGATCTACGGTGCATGTGAACTGCGGAGCTCTCCCGAGAGTCTCGCTCCTTTG
GCAGTGATACAGTGGAATCGCGTAGTTCATCTTCTGAGCGTACTCTTGAAGAAGATTCT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1FS70JQ 731 0 0
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GTGTGTAACTAAACAGAACCAAAAAGGGTTTCCGTTCAACCTGACAACACCAATTATAAA
TTACAAATTACAAAATGGCTACATAAACAACTACACGCACAAAGACCCCATCTTGAGACA
TCTATGCTTGGCTTGCTTCTGTCTCCACGCTAGCAAATGCTGCCTCCTTAAACCCGTTCA
TGCACGAAGAAGGTTCTATATTTATCA*TGTCTCAGCATTCTCTGGCTGATCGTTTACAC
AATGCTCGGTAGGTCCAGAAGGGATGGCACTATCTTCAAGATCCTTAGCTACTTTGCGCT
TCCCTTTCCTAGCCTTCTTCTTGAACTGAGCCTTCCTGGCTTTTGGAGTCTTGATGATGG
TTTCTTTCACTATCTCTACTGTCTTCTTTTCGCAAGGAAGCACAGTAAGCTGAGTGCTGT
AGTTGTTGGCGAGGTTGATTTTAGATTCTGACTGGATCGCTATAAGAGCCGTTCGACCCG
CGCTTATCTCTGCCTCTTTTTTAGTCTTTGCCGCGGCTCCTGTGTACTTAATGCCTCCGA
GATCTACGGTGCATGTGAACTGCGGAGCTCTCCCGAGAGTCTCGCTCCTTTGGCAGTGAT
ACAGTGGAATCGCGTAGTTCATCTTCTGAGCGTACTCTTGAAGAAGATTCTTGCATAACC
CCATTTCGTGA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1FS70TF 716 0 0
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TCTTCTTTTCGCAAGGAAGCACAGTAAGCTGAGTGCTGTAGTTGTTGGCGAGGTTGATTT
TAGATTCTGACTGGATCGCTATAAGAGCCGTTCGACCCGCGCTTATCTCTGCCTCTTTTT
TAGTCTTTGCCGCGGCTCCTGTGTACTTAATGCCTCCGAGATCTACGGTGCATGTGAACT
GCGGAGCTCTCCCGAGAGTCTCGCTCCTTTGGCAGTGATACAGTGGAATCGCGTAGTTCA
TCTTCTGAGCGTACTCTTGAAGAAGATTCTTGCATAACCCCATTTCGTGAACAGGTAGTG
AAACAGATTGGCTTAGGTCACTGGATTTAGCTAATTCCTGGAGAGCAACCTCAGCAGCTG
ATTGCTCTGCAGCCTTACGGTTGAAGAATCCAGGTAAGGAGTCATATCTGACATCATCGA
CTATTACTGTGGACTGAAAGACGGGTTTGTGGGAAGGGCCTTCTTTGATAGTCTCGTATA
GAGGCGTTGGTAGCTTGTATTTCTGAGCATATTCCTGCAACCGGCTTTTGAACACATAGC
AATTTGAAACACCAGACTGAACTTCATTCGCCGTCATTATTCTCGAGCAGAATGTTAGCT
GAAGAGATGCTGAAGAGACAAGCGAGAGGGAGATACAGAGGCACCGCGTGCCGTCC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 3

CO CL4056Contig1 525 3 7 U
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CGTAATGACAGATCACAGCCATATTATTAAAAGCTTGCGGTAAAAAGGGGTTTCGTTCTA
ATGCCCGAAAATAATATTCTAAAGCTTTGGTATGTTCCCCATTACTTGTGTGGATAAGGC
CTATATTATAGAGTATATAACTTCGATCATAGGGGTCAATTTCTAGTCGCATAGCTTCAT
AATAATTCTGTAATGCTTCCGCATAATTTCCTTCAGATTGAGCCGACATCCCATCTCTGT
AATAAGTAAATGCCTCTTTTTCTCCGGAAGTTGTCGGAATGACTCGTAATAAGATATCGG
CTACAATTGTAAAGGTTTTATCAATAAAATTTCCATTTATACGCGATCTTGGCATAGGTA
GTAATCCATTCTATAACTCTTTTTATTTCCTTTAACTTTTCTTTTGTGAGAAAATTTTCT
CACAAACAAAGGAATTTTATAGTACGAACTAACATAAAAGCGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1B469JQ U 1
AF RR1DW18JQ U 5
AF RR1DW18TF C 5
BS 1 97 RR1B469JQ
BS 98 98 RR1DW18JQ
BS 99 328 RR1B469JQ
BS 329 329 RR1DW18JQ
BS 330 459 RR1B469JQ
BS 460 460 RR1DW18JQ
BS 461 525 RR1B469JQ

RD RR1B469JQ 525 0 0
GTTTCCAGTATTTCATTGACTAGCTGTTCGTTCTTTTTTTCTATAGTGGAGATAGTCGCA
CGTAATGACAGATCACAGCCATATTATTAAAAGCTTGTGGTAAAAAGGGGTTTCGTTCTA
ATGCCCGAAAATAATATTCTAAAGCTTTGGTATGTTCCCCATTACTTGTGTGGATAAGGC
CTATATTATAGAGTATATAACTTCGATCATAGGGGTCAATTTCTAGTCGCATAGCTTCAT
AATAATTCTGTAATGCTTCCGCATAATTTCCTTCAGATTGAGCCGACATCCCATCTCTGT
AATAAGTAAATGCCTCTTTTTCTCCGGATGTTGTCGGAATGACTCGTAATAAGATATCGG
CTACAATTGTAAAGGTTTTATCAATAAAATTTCCATTTATACGCGATCTTGGCATAGGTA
GTAATCCATTCTATAACTCTTTTTATTTCCTTTAACTTTCCTTTTGTGAGAAAATTTTCT
CACAAACAAAGGAATTTTATAGTACGAACTAACATAAAAGCGGAC

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1DW18JQ 521 0 0
CT
AGTATTTCATTGACTAGCTGTTCGTTCTTTTTTTCTATAGTGGAGATAGTCGCACGTAAT
GACAGATCACAGCCATATTATTAAAAGCTTGCGGTAAAAAGGGGTTTCGTTCTAATGCCC
GAAAATAATATTCTAAAGCTTTGGTATGTTCCCCATTACTTGTGTGGATAAGGCCTATAT
TATAGAGTATATAACTTCGATCATAGGGGTCAATTTCTAGTCGCATAGCTTCATAATAAT
TCTGTAATGCTTCCGCATAATTTCCTTCAGATTGAGCCGACATCCCATCTCTGTAATAAG
TAAATGCCTCTTTTTCTCCGGAAGTTGTCGGAATGACTCGTAATAAGATATCGGCTACAA
TTGTAAAGGTTTTATCAATAAAATTTCCATTTATACGCGATCTTGGCATAGGTAGTAATC
CATTCTATAACTCTTTTTATTTCCTTTAACTTTTCTTTTGTGAGAAAATTTTCTCACAAA
CAAAGGAATTTTATAGTACGAACTAACATAAAAGCGGAC

QA 3 521 3 521
DS 

RD RR1DW18TF 521 0 0
CT
AGTATTTCATTGACTAGCTGTTCGTTCTTTTTTTCTATAGTGGAGATAGTCGCACGTAAT
GACAGATCACAGCCATATTATTAAAAGCTTGCGGTAAAAAGGGGTTTCGTTCTAATGCCC
GAAAATAATATTCTAAAGCTTTGGTATGTTCCCCATTACTTGTGTGGATAAGGCCTATAT
TATAGAGTATATAACTTCGATCATAGGGGTCAATTTCTAGTCGCATAGCTTCATAATAAT
TCTGTAATGCTTCCGCATAATTTCCTTCAGATTGAGCCGACATCCCATCTCTGTAATAAG
TAAATGCCTCTTTTTCTCCGGAAGTTGTCGGAATGACTCGTAATAAGATATCGGCTACAA
TTGTAAAGGTTTTATCAATAAAATTTCCATTTATACGCGATCTTGGCATAGGTAGTAATC
CATTCTATAACTCTTTTTATTTCCTTTAACTTTTCTTTTGTGAGAAAATTTTCTCACAAA
CAAAGGAATTTTATAGTACGAACTAACATAAAAGCGGAC

QA 3 521 3 521
DS 



AS 1 3

CO CL4057Contig1 792 3 1 U
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TCTTCCAAAAGCGTGCTAATTATATATTTTAGAAGCTCATTATTGTCACATTCCACAAAG
CTAGTTACAAGTCGGGTATATAATGATACATATTCATATCTGGAACAAAACACGACCAAA
CAAAAATCAGAGGGAAGAAGAAGAAAGTTCTCAGGATTTGGAGAATGCACGGAGCGTAGC
ATCCAACGCCTCCCGATCATAATCTCCAGTGAAAACGCAGTTTCCCAGCGGACCTTTCAG
GAGAATCAGCCTCAGCAGTCCATCTGCCACTTTCTTGTCAACCGCCATTATGGACTTGAA
CATGCTCACGGTCATGCTCTCTGGCGGCGTGGTAGGCAATTTCGCTAGTTTTAAGATGTT
GTTCACTCTCTCCACGATTGAGTCATCTATCCAGCCAAGACGATATGACATGTCCACTGC
CATTACCGTGCCAGCTGCAACAGCTTCTCCGTGGAGCCACTCTCCATACCCGAAGCCAGT
TTCTATGGCATGGCCAAAGGTATGACCCAAATTCAGGGTAGCTCGCAAGCCGCTTTCTTT
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CGCAGCTGGATCCCTAGCAAGTAGGGCCTCAATGTTCTGCTCCTGCCATTCAAAGAAGTC
AGCATCCCTGATAAGCCCGTACTTGATAACTTCAGCAAGACCTGAAGCCATCTCCCTGTC
TGGCAGTGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK33JQ U 78
AF RR1H416JQ U 58
AF RR1AH51JQ U 1
BS 1 792 RR1AH51JQ

RD RR1DK33JQ 109 0 0
AATTATATATTTTAGAAGCTCATTATTGTCACATTCCACAAAGCTAGTTATAAGTCGGGT
ATATAATGATACATATTCATATCTGGAACAAAACACGACCAAACAAAAA

QA 1 109 1 109
DS 

RD RR1H416JQ 387 0 0
G
TGTCTTCCAAAAGCGTGCTAATTATATATTTTAGAAGCTCATTATTGTCACATTCCACAA
AGCTAGTTACAAGTCGGGTATATAATGATACATATTCATATCTGGAACAAAACACGACCA
AACAAAAATCAGAGGGAAGAAGAAGAAAGTTCTCAGGATTTGGAGAATGCACGGAGCGTA
GCATCCAACGCCTCCCGATCATAATCTCCAGTGAAAACGCAGTTTCCCAGCGGACCTTTC
AGGAGAATCAGCCTCAGCAGTCCGTCTGCCACTTTCTTGTCAACCGCCATTATGGACTTG
AACATGCTCACGGTCATGCTCTCTGGCGGCGTGGTAGGTAATTTCGCTCGTTTTAAGATG
TTGTTCACTCTCTCCACGATTGAGTC

QA 2 387 2 387
DS 

RD RR1AH51JQ 792 0 0
CTTTTCAGAGGAAAGTATCCAAATTGATCAAGAGTTGAAGCACATACATACATAAATATG
TCTTCCAAAAGCGTGCTAATTATATATTTTAGAAGCTCATTATTGTCACATTCCACAAAG
CTAGTTACAAGTCGGGTATATAATGATACATATTCATATCTGGAACAAAACACGACCAAA
CAAAAATCAGAGGGAAGAAGAAGAAAGTTCTCAGGATTTGGAGAATGCACGGAGCGTAGC
ATCCAACGCCTCCCGATCATAATCTCCAGTGAAAACGCAGTTTCCCAGCGGACCTTTCAG
GAGAATCAGCCTCAGCAGTCCATCTGCCACTTTCTTGTCAACCGCCATTATGGACTTGAA
CATGCTCACGGTCATGCTCTCTGGCGGCGTGGTAGGCAATTTCGCTAGTTTTAAGATGTT
GTTCACTCTCTCCACGATTGAGTCATCTATCCAGCCAAGACGATATGACATGTCCACTGC
CATTACCGTGCCAGCTGCAACAGCTTCTCCGTGGAGCCACTCTCCATACCCGAAGCCAGT
TTCTATGGCATGGCCAAAGGTATGACCCAAATTCAGGGTAGCTCGCAAGCCGCTTTCTTT
CTCATCCTGTGACACAACATCTGCCTTGTTTTCACATGATCGCTTTATAGCATAAGCTAA
CGCAGCTGGATCCCTAGCAAGTAGGGCCTCAATGTTCTGCTCCTGCCATTCAAAGAAGTC
AGCATCCCTGATAAGCCCGTACTTGATAACTTCAGCAAGACCTGAAGCCATCTCCCTGTC
TGGCAGTGTGTT

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL4058Contig1 994 2 4 U
GGAGAGATTATAAGCACACCCTTCTCTCCTCTCACTGTTCATCTTCCCCCTTCTCTCTAA
AAACCTAGATCCAGTTTTCTTTGCTCGCCGGCTCCGGTGGCTTCTCTAGCACCGGAGCTG
TGCTCCCCCTCTGTTTATATTTGTTCCTTTTCGCATCTGTTCTGTTTTCGTGCTTTCTTT
TGGCGGATTAAACAACGGTTCCTCCGAGTTAGATCCTATTTTGTCTCGGTGGTCCGGCTT
CTATCCGTTTGATCTATGGATGGTTTTCGATGGCTTTCAGTTCTTTTCTTTGAGACTGGT
TGAGCTGTTTGCAGGTGGCTTGTAGCGGTATGGTCTTACCATTATTTCAGATCTGACGGT
CTCTCCGTCATGTTATCCCCTCTAGCCTCTCTCTGCTTGATGGCTCTTGGATGTGCTGGT
GAAGGGTTTGTGTCCTTTGGATCCGTTTACCTTGCTCGTGGAAGCACTATCTTGAAACGG
CTGTGCTGTTCCGAGGAGAGCTTTCTCAGTTTCCTCCCCTTTGTCGTCGGTGTTTTCTGT
GGTTGGCGTTTTGAGCTTGTTAAATCGGTTTTCTGCTGTGATTATCCCCCAAAGTCTGTG
CTTCTAGTTGTTTGGATGGTTCTTTCAGAGATTGTTGGTCACCGGGACTATTTTTGCGGC
CTCGCTGGTAAGAGATCTCTGGGATGAGGGATAAGCAAATGTTCTGGTCCATAGCCATGT
TCTTAATTTCTGTTTGATCCATTCTTATTGTTTTGTTCTCTGGTCTTAGCCATCCAGTTG
GTCTTGTTTCAGTCTCTTTGGATAGTGTCTGTAGCCATGTTTGATCTGTCTCTAGGTTTA
TCTATGTTCTTAAGTTTCCCAGTTGGGCTGTAGTTTCATGAGATAGTATGTTATCTGCCT
GCTTAGTTTCTCCTATTTTCTGAAGCTCTTGTCTTCTGCTAGTGTCCCGTTGTAAAGTTT
CAGACTGAAGATCGAATGAAAGTATTGGTCAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F862TF U 1
AF RR1DV41JQ C 465
BS 1 734 RR1F862TF
BS 735 735 RR1DV41JQ
BS 736 745 RR1F862TF
BS 746 994 RR1DV41JQ

RD RR1F862TF 750 0 0
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AAACCTAGATCCAGTTTTCTTTGCTCGCCGGCTCCGGTGGCTTCTCTAGCACCGGAGCTG
TGCTCCCCCTCTGTTTATATTTGTTCCTTTTCGCATCTGTTCTGTTTTCGTGCTTTCTTT
TGGCGGATTAAACAACGGTTCCTCCGAGTTAGATCCTATTTTGTCTCGGTGGTCCGGCTT
CTATCCGTTTGATCTATGGATGGTTTTCGATGGCTTTCAGTTCTTTTCTTTGAGACTGGT
TGAGCTGTTTGCAGGTGGCTTGTAGCGGTATGGTCTTACCATTATTTCAGATCTGACGGT
CTCTCCGTCATGTTATCCCCTCTAGCCTCTCTCTGCTTGATGGCTCTTGGATGTGCTGGT
GAAGGGTTTGTGTCCTTTGGATCCGTTTACCTTGCTCGTGGAAGCACTATCTTGAAACGG
CTGTGCTGTTCCGAGGAGAGCTTTCTCAGTTTCCTCCCCTTTGTCGTCGGTGTTTTCTGT
GGTTGGCGTTTTGAGCTTGTTAAATCGGTTTTCTGCTGTGATTATCCCCCAAAGTCTGTG
CTTCTAGTTGTTTGGATGGTTCTTTCAGAGATTGTTGGTCACCGGGACTATTTTTGCGGC
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TCTTAATTTCTGTT*GATCCATTCT
TATGT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1DV41JQ 530 0 0
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CGTCGGTGTTTTCTGTGGTTGGCGTTTTGAGCTTGTTAAATCGGTTTTCTGCTGTGATTA
TCCCCCAAAGTCTGTGCTTCTAGTTGTTTGGATGGTTCTTTCAGAGATTGTTGGTCACCG
GGACTATTTTTGCGGCCTCGCTGGTAAGAGATCTCTGGGATGAGGGATAAGCAAATGTTC
TGGTCCATAGCCATGTTCTTAATTTCTGTTTGATCCATTCTTATTGTTTTGTTCTCTGGT
CTTAGCCATCCAGTTGGTCTTGTTTCAGTCTCTTTGGATAGTGTCTGTAGCCATGTTTGA
TCTGTCTCTAGGTTTATCTATGTTCTTAAGTTTCCCAGTTGGGCTGTAGTTTCATGAGAT
AGTATGTTATCTGCCTGCTTAGTTTCTCCTATTTTCTGAAGCTCTTGTCTTCTGCTAGTG
TCCCGTTGTAAAGTTTCAGACTGAAGATCGAATGAAAGTATTGGTCAGTG

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 2

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GAAAAGAAGGATATTCGGATTGGTCTTCTTGGTGCAAGTGGCTACACTGGTGCTGAGATC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BD81TF U 22
AF RR1C214TF U 1
BS 1 127 RR1C214TF
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BS 129 681 RR1C214TF

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GAGGTTGTCCGAAACCAATCAAGAATGAGTAATGTGTGTTCAATTAGCTTCGGACAAGGA
TGCTGGTTCAAGGGTGAAAGGAAGATTCGAGGAGTAGGGGATAAGCTAGTCAAGAAGCCA
TCTTCTTCGATGAGCTTCAGTGTTTCAGCCACTAGTTCTGAAAAGAAGGATATTCGGATT
GGTCTTCTTGGTGCAAGTGGCTACACTGGTGCTGAGATCGTTAGGCTACTTGCAAACCAT
CCGCATTTCGGTGTTACTCTGATGACTGCAGATAGAAAAGCTGGGCAGTCTATGGATAGC
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AAGGGACTTCCCACCGCTTTGAAAATTGTTGATCTTTCTGCGGACTTCCGGTTGCGTGAT
ATCGCTGAATATGAAGAATGGTATGGTCAGCCACACA

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1C214TF 681 0 0
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TCAATTATCTTCGAACAAGGATGCTGGTTCAAGGGTGAAAGGAAGATTCGAGGAGTAGGG
GATAAGCTAGTCAAGAAGCCATCTTCTTCGATGAGCTTCAGTGTTTCAGCCACTAGTTCT
GAAAAGAAGGATATTCGGATTGGTCTTCTTGGTGCAAGTGGCTACACTGGTGCTGAGATC
GTTAGGCTACTTGCAAACCATCCGCATTTCGGTGTTACTCTGATGACTGCAGATAGAAAA
GCTGGGCAGTCTATGGATAGCGTCTTCCCTCACCTCAGAGCTCAAAAACTACCTAGATTG
ATCTCAGTAAAGGATGCAGATTTCTCTACTGTGGATGCTGTCTTCTGCTGTTTGCCTCAC
GGAACAACTCAGGAAATCATCAAGGGACTTCCCACCGCTTTGAAAATTGTTGATCTTTCT
GCGGACTTCCGGTTGCGTGATATCGCTGAATATGAAGAATGGTATGGTCAGCCACACAAG
CAGTTGAGTTACAGAAAGAAGTTGTGTATGGCTTAACAGGTTACTAAGGGAGACATCAGA
AAGGCTCGCCTTGTGTCTAAT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL4060Contig1 565 2 11 U
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GGAGACGGAAACGACCCTTGGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G701JQ U 2
AF RR1FY49JQ U 1
BS 1 217 RR1FY49JQ
BS 218 218 RR1G701JQ
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BS 231 236 RR1FY49JQ
BS 237 237 RR1G701JQ
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BS 440 565 RR1FY49JQ

RD RR1G701JQ 446 0 0
CAAAACAAAAAGAAGCG
AAGCGAGTCTACGAAAACGTAAAACGTCTAAAAGGACATAATAAAAGAGCTGGAAACATC
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GCTTAATACCTTTACCCTTGGGAAGAGACACCCACGGCTTTGTTCCTTTGCCAAGGGTGA
ACACATTACCCAACCTCGTCGCAAACTCATGCCCCGTCCAGTCCTGGATGTGGATCGTCT
CGAAGCTTCCCTTATGCTTCTCACGGTTCTTAATCACACCAACACGCCCTCTGTTTCTTC
CTCCGGTAACCATCACAACGTTGCCGACATCAAACTTGATGAACTCAACAATCTTGTTCT
CCTCAAGATCGAGCTTGATGGTGTCGTTGGGCTTGATGAGCGGGTCAGGGTAACGGATGG
CGCGACCGT

QA 18 446 18 446
DS 

RD RR1FY49JQ 565 0 0
CAAAACAAATAATAACCAAAGCGAGTCTACGAAAACATAAAACGTCTAAAAGGACATAAT
AAAAGAGCTGGAAAAATCACAAAAATCAAGCAGCCTGTTGACCAGCAAGCCTCTTCTTGG
CTTCCTCAATGATGGTAAGCTTAATACCTTTACCCTTGGGAAGAGACACCCACGGCTTAA
TTCCTTTGCCAAGGGTGAACACATTACCCAACCTCGTGGCAAACTCATGTCCCGTCGAGT
CCTGGATGTGGATCGTCTCGAAGCTTCCCTTATGCTTCTCACGGTTCTTAATCACACCAA
CACGCCCTCTGTTTCTTCCTCCGGTAACCATCACAACGTTGCCGACATCAAACTTGGTGA
ACTCAACAATCTTATTCTCCTCAAGATCGAGCTTGATGGTGTCGTTGGGCTTGATGAGCG
GGTCAGGGTAACGGATGGTGCGACCGTCGTAGGTGTTGAGGTAAGGAATGCCCTTTTGTC
CGACCTGGATAGTTCGGACCTTGCAAAGCTTAAACTTGGCTTCCTCATCCCTGCTGGAGT
GGAGACGGAAACGACCCTTGGTGTC

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 3

CO CL4061Contig1 657 3 4 U
GGGACATTACTTTGAGAAAACAAGAAAGACATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCTTCCACA
GCAAACGCTCTCAAGCTCTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCTGCTTTCTCC
ATCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTCAAGTATGCAAACTCACATGAGTGG
GTCAAACACGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGACCATTTA
GGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGTTCAGTGAGCAAAGAAAAAAAC
TTTGGAGCAGTGGAGAGTGTAAAGGCCACAAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAA
GTCATTGAGGTTAACACAAAGCTTGCCGATTCACCTGGTTTGATCAACTCAAGCCCTTAT
GAAGAAGGTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCGGCAGAGTTGGAATCCTTGATG
GGTCCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGATGAAGACGCTGCTCACTAGAGGAATTCA
GAGCAACACAAGAAAGATCATGCCTAAAGTTTCCGTCTGTTTCACTTGTCAATGTTTCTT
TACATCTATCTCAGCTTGTATCAGGGGTGATACTAATGATCAAGAGAAATTTGATTT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU70TF U 1
AF RR1BY87TF U 2
AF RR1A113TF U 461
BS 1 626 RR1CU70TF
BS 627 627 RR1BY87TF
BS 628 647 RR1CU70TF
BS 648 657 RR1A113TF

RD RR1CU70TF 647 0 0
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GCAAACGCTCTCAAGCTCTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCTGCTTTCTCC
ATCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTCAAGTATGCAAACTCACATGAGTGG
GTCAAACACGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGACCATTTA
GGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGTTCAGTGAGCAAAGAAAAAAAC
TTTGGAGCAGTGGAGAGTGTAAAGGCCACAAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAA
GTCATTGAGGTTAACACAAAGCTTGCCGATTCACCTGGTTTGATCAACTCAAGCCCTTAT
GAAGAAGGTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCGGCAGAGTTGGAATCCTTGATG
GGTCCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGATGAAGACGCTGCTCACTAGAGGAATTCA
GAGCAACACAAGAAAGATCATGCCTAAAGTTTCCGTCTGTTTCACTTGTCAATGTTTCTT
TACATCTATCTCAGCTTGTATCAGGG*TGATACTAATGATCAAGAGA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1BY87TF 653 0 0
GGACATTACTTTGAGAAAACAAGAAAGACATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCTTCCACAG
CAAACGCTCTCAAGCTCTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCTGCTTTCTCCA
TCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTCAAGTATGCAAACTCACATGAGTGGG
TCAAACACGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGACCATTTAG
GAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGTTCAGTGAGCAAAGAAAAAAACT
TTGGAGCAGTGGAGAGTGTAAAGGCCACAAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAAG
TCATTGAGGTTAACACAAAGCTTGCCGATTCACCTGGTTTGATCAACTCAAGCCCTTATG
AAGAAGGTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCGGCAGAGTTGGAATCCTTGATGG
GTCCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGATGAAGACGCTGCTCACTAGAGGAATTCAG
AGCAACACAAGAAAGATCATGCCTAAAGTTTC*GTCTGTTTCACTTGTCAATGTTTCTTT
ACATCTATCTCAGCTTGTATCAGGGGTGATACTAATGATCAAGAGA
AATTTGA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1A113TF 197 0 0
GT
GAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGATGAAGACGCT
GCTCACTAGAGGAATTCAGAGCAACACAAGAAAGATCATGCCTAAAGTTTCCGTCTGTTT
CACTTGTCAATGTTTCTTTACATCTATCTCAGCTTGTATCAGGGGTGATACTAATGATCA
AGAGAAATTTGATTT

QA 3 197 3 197
DS 



AS 1 3

CO CL4062Contig1 1259 3 8 U
GCGATCATGGTATGTTTGTCAATTCCGTTATTCCATCCTCTCCGTATAGCTAAATCGTCA
ACACTCAAATATTTTTCCGGGTTCTCTGCTACAATCAAAAGCATTTGAATGGTGATATTT
GTGTAACAGCTAATAGAAAGACTGAGAAGAAAGCTGCAGGTTTGGTCTTTCAGTTCATGA
GAACGAGTTAAGTTGTCTTCATGTCCGGTTCTTTTATATTTTTTCCGACATAACTCATAA
GTATGTTGTTATGTATGTGTCTCTGTGACTTTTTGTGGCTGCAAGTTGCGCATTGAGGGT
TTAGCAGTGTGCAGATCGTGTAATATTTTTTTGTGAAGAACCCACATTGTATCATGAGGG
GCCCTGTATTCACTGTCGGACGCCGATGATGTGATTTATCTATCAAAGACCCTCTATATT
CAGCACCCTGTATGAAATCAAGCAGTCTTATCGTGGGCTTTCGTCCTTCGTGTGGGGATC
CTATCATGATGTTAAAGTTGTAGGCATTGTAAGGTACCGGGTGGAGATGGCAGTATCAGA
TGCATCCGACTCTGCTCTGTTTGTGGCTTTCGATGCTGAGATGAACAAGCTGACCAATGT
TCCTGCTGCATGAGTGTCTCAAGGCATGGGCGCCGGAATGGAGGATGCACATAACATTTC
CCTCCCATAGTGCCACAGAGATATACTGGGGACGGCCCTTAACATTCCTTCAGAAACTTT
CAAGGTTTAATTTCTCATCAAAGCATCAATCATTCACCATATTCACATTCTTGATCGCAT
CCAGCGCTACCCCTTCCTGATTTTGCAGAGCAGGGAGGTGATGACAACACCGGCAATGAT
ATTCCAGGAGCTGTATATAAAGATACTTCTGAAGCTCTTTAAAGAGGTGCTCCTGTCAAC
AACGGTGGATCCATTACTCATGTCATGGTGGAAGCCAACCCAGGAACAGCCACTTAACCT
ACCAAAAACCATGTTCGCAATGGTTATGCTTCAGATAATTTGACCTAATGAAATGTTGCA
GACTTTCACAGCTGCTTTTTGTCATTTTCTAAAAAAAAAAACCTTAATAAATATGTGTAC
TTCAGCTATTTGGCTAAAAAAAAGAGCCTCCTTCAACTATTTTATGTGTACTTGAGCTAT
TTCATATTTGGCTCTGTATTTCAGATGACTTAAAAAAGAGTCTCCTTCGACTATTTTATG
TGTACTTGAGCTATTTGGCTCTGTATTTCAAATGACTTAGAAAAGAGACTCTTTCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FH50TF U 1
AF RR1FC44TF U 698
AF RR1FH50JQ C 551
BS 1 693 RR1FH50TF
BS 694 697 RR1FH50JQ
BS 698 908 RR1FC44TF
BS 909 909 RR1FH50JQ
BS 910 1060 RR1FC44TF
BS 1061 1061 RR1FH50JQ
BS 1062 1095 RR1FC44TF
BS 1096 1259 RR1FH50JQ

RD RR1FH50TF 693 0 0
GCGATCATGGTATGTTTGTCAATTCCGTTATTCCATCCTCTCCGTATAGCTAAATCGTCA
ACACTCAAATATTTTTCCGGGTTCTCTGCTACAATCAAAAGCATTTGAATGGTGATATTT
GTGTAACAGCTAATAGAAAGACTGAGAAGAAAGCTGCAGGTTTGGTCTTTCAGTTCATGA
GAACGAGTTAAGTTGTCTTCATGTCCGGTTCTTTTATATTTTTTCCGACATAACTCATAA
GTATGTTGTTATGTATGTGTCTCTGTGACTTTTTGTGGCTGCAAGTTGCGCATTGAGGGT
TTAGCAGTGTGCAGATCGTGTAATATTTTTTTGTGAAGAACCCACATTGTATCATGAGGG
GCCCTGTATTCACTGTCGGACGCCGATGATGTGATTTATCTATCAAAGACCCTCTATATT
CAGCACCCTGTATGAAATCAAGCAGTCTTATCGTGGGCTTTCGTCCTTCGTGTGGGGATC
CTATCATGATGTTAAAGTTGTAGGCATTGTAAGGTACCGGGTGGAGATGGCAGTATCAGA
TGCATCCGACTCTGCTCTGTTTGTGGCTTTCGATGCTGAGATGAACAAGCTGACCAATGT
TCCTGCTGCATGAGTGTCTCAAGGCATGGGCGCCGGAATGGAGGATGCACATAACATTTC
CCTCCCATAGTGCCACAGAGATATACTGGGGAC

QA 1 693 1 693
DS 

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CATATTCACATTCTTGATCGCATCCAGCGCTACCCCTTCCTGATTTTGCAGAGCAGGGAG
GTGATGACAACACCGGCAATGATATTCCAGGAGCTGTATATAAAGATACTTCTGAAGCTC
TTTAAAGAGGTGCTCCTGTCAACAACGGTGGGTCCATTACTCATGTCATGGTGGAAGCCA
ACCCAGGAACAGCCACTTAACCTACCAAAAACCATGTTCGCAATGGTTATGCTTCAGATA
ATTTGACCTAATGAAATGTTGCAGACTTTCACAGCTGCTTTTTGTCATTTTCTAAAAAAA
AAACCCTTAATAAATATGTGTACTTCAGCTATTTGGCT

QA 1 398 1 398
DS 

RD RR1FH50JQ 709 0 0
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TGAGTGTCTCAAGGCATGGGCGCCGGAATGGAGGATGCACATAACATTTCCCTCCCATAG
TGCCACAGAGATATACTGGGGACGGCCCTTAACATTCCTTCAGAAACTTTCAAGGTTTAA
TTTCTCATCAAAGCATCAATCATTCACCATATTCACATTCTTGATCGCATCCAGCGCTAC
CCCTTCCTGATTTTGCAGAGCAGGGAGGTGATGACAACACCGGCAATGATATTCCAGGAG
CTGTATATAAAGATACTTCTGAAGCTCTTTAAAGAGGTGCTCCTGTCAACAACGGTGGAT
CCATTACTCATGTCATGGTGGAAGCCAACCCAGGAACAGCCACTTAACCTACCAAAAACC
ATGTTCGCAATGGTTATGCTTCAGATAATTTGACCTAATGAAATGTTGCAGACTTTCACA
GCTGCTTTTTGTCATTTTCTAAAAAAAAAAACCTTAATAAATATGTGTACTTCAGCTATT
TGGCTAAAAAAAAGAGCCTCCTTCAACTATTTTATGTGTACTTGAGCTATTTCATATTTG
GCTCTGTATTTCAGATGACTTAAAAAAGAGTCTCCTTCGACTATTTTATGTGTACTTGAG
CTATTTGGCTCTGTATTTCAAATGACTTAGAAAAGAGACTCTTTCAACC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL4063Contig1 1143 2 6 U
GGACGGCCGACAAGATCTAATTATCAAAGCCTTTGTTCCTCCGAATCTTGTCCGGTGCTG
CTTATCCCTGTTACCTAACAAGCTTTGCAAACAATGAGTGGTCGGTTTTCTCGGTCCATC
TATGTTGGTAACTTGCCCGGTGACATAAGGGAGTCTGAGATTGAAGATCTCTTCTACAAG
TATGGTCGCATTGTGGATATTGAATTGAAGGTTCCACCTCGTCCTCCATGTTATTGTTTT
GTTGAGTTTGAGCATCCTCGGGATGCTGAAGATGCTATCGACGGCCGTGACGGGTACAAC
TTTGACGGCTCTCGTTTGAGGGTTGAGCTTGCCCATGGTGGTCGAGGACAGTCTTCAGGT
GATCGCCGTGGCGGTGGTGGATATCGTGGTGGAGGTGGTGGTGGGGTTTGGTGTCTCACG
ACACTCTGAATTCCGAGTTATTGTACGTGGGCTCCCATCATCTGCTTCATGGCAAGATTT
GAAGGATCATATGCGGAAAGCTGGGGATGTGTGCTTTGCTGAGGTCACTCGAGACAGTGA
TGGAACTTATGGTGTTGTTGACTACACCAATTATGATGACATGAAGTATGCGATAAGGAA
ACTTGATGATACAGAGTTCAGAAACCCCTGGGCTAGAGGCTATATCCCGGGTTAAGAAGT
ATGAAAGCTCCCAGTCTAGAAGCCCAAGCAGAAGCAGGAGCCGTAGTAGAGGCCGTGGTC
GCAGCCCTAGTCGTAGCGTTAGCAGAAGCAGGAGCCCAAGAAAGGATCTGAGTAAATCAC
CCAGACGTTCTCTTTCAAGATCGTTGTCAAAATCTAGATCTCTATCTCCCGACAGGAAGA
AGAGTCCTCCTAGGGCAATGTCGAGATCGAGGTCCAGGTCTCTTTCAAAATCTCCTGCCA
AGGTTCAGGAAGGAACTGAGTGAGTGATGGCACTTCGAACCGTCCATGGCAAAGATCAAA
TCGGATAAATGGGGAGTTCTATGCAAAATTGTAATTTGTTCTTAGGCTACTAGTTCTGGA
TTCTTTCTTTTTCCTCTGCTACTACTACTTTGATCTTTAAAACATGTTATCTTTACCGGT
TCTTTAAATTTTTATGTTTACTGTTTGGGAGTTTAGACAAGCATGAGTCTTGAGATCATA
TTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1C643TF U 1
AF RR1DP33TF U 409
BS 1 468 RR1C643TF
BS 469 469 RR1DP33TF
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RD RR1C643TF 669 0 0
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CTTATCCCTGTTACCTAACAAGCTTTGCAAACAATGAGTGGTCGGTTTTCTCGGTCCATC
TATGTTGGTAACTTGCCCGGTGACATAAGGGAGTCTGAGATTGAAGATCTCTTCTACAAG
TATGGTCGCATTGTGGATATTGAATTGAAGGTTCCACCTCGTCCTCCATGTTATTGTTTT
GTTGAGTTTGAGCATCCTCGGGATGCTGAAGATGCTATCGACGGCCGTGACGGGTACAAC
TTTGACGGCTCTCGTTTGAGGGTTGAGCTTGCCCATGGTGGTCGAGGACAGTCTTCAGGT
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GAAGGATCATATGCGGAAAGCTGGTGATGTGTGCTTTGCTGAGGTCACTCGAGACAGTGA
TGGAACTTATGGTGTTGTTGACTACACCAATTATGATGACATGAAGTATGCGATAAGGAA
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ATGAAAGCT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1DP33TF 735 0 0
G
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GCGATAAGGAAACTTGATGATACAGAGTTCAGAAACCCCTGGGCTAGAGGCTATATCC*G
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AGGCCGTGGTCGCAGCCCTAGTCGTAGCGTTAGCAGAAGCAGGAGCCCAAGAAAGGATCT
GAGTAAATCACCCAGACGTTCTCTTTCAAGATCGTTGTCAAAATCTAGATCTCTATCTCC
CGACAGGAAGAAGAGTCCTCCTAGGGCAATGTCGAGATCGAGGTCCAGGTCTCTTTCAAA
ATCTCCTGCCAAGGTTCAGGAAGGAACTGAGTGAGTGATGGCACTTCGAACCGTCCATGG
CAAAGATCAAATCGGATAAATGGGGAGTTCTATGCAAAATTGTAATTTGTTCTTAGGCTA
CTAGTTCTGGATTCTTTCTTTTTCCTCTGCTACTACTACTTTGATCTTTAAAACATGTTA
TCTTTACCGGTTCTTTAAATTTTTATGTTTACTGTTTGGGAGTTTAGACAAGCATGAGTC
TTGAGATCATATTC

QA 2 735 2 735
DS 



AS 1 3

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TATTGTTTATAATATATAAATGCATTATAGTTGAAAAAACTAACTTGCGCGGATCATATA
TTACTCTCTATTTATCAAACATGAACTTAATTAAAGTGATCAAAATATATTAGGAAATAA
CCTATGATTGCCTATAAATAAATATCTCCAATTTGGTTTGACGATCCTTGGCGCTTGGGT
TGGTTGACTATGTTCGGCTCGTATCATTTACAAGTTTGTTGGTAATAATCACCTACATTG
CCTAATCCACAGGCTTTGAAAAGTTTGACGAGATCAACATATTTCTTATAATCTTTCGCT
ATTATACATGCACATTGTTTTGTCGCCGCTTGATCTCGCTTTGCACGAACGTTACAACAG
TCCTTTTCCCAGTACTTTTTATCTCTAGTAATAAGGCGCATGCAGTAATCAAGACTTTCA
AAGCAAGTATCTGCTAAACTCTTACTCTTGATTGTAGCCGGTAATGATGACATGAGTATG
ACGAAGACGATGCATATTAATTGAATGGTCTTCATTTTTTTGATCAATTAGTAGCTCTTT
ATGATAATCAATTAGCCTTGAGAAAGTTGAAACAATTTAGTTTTCC


BQ
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AF RR1FC85JQ U 50
AF RR1BK38JQ U 1
AF RR1BK38TF C 1
BS 1 646 RR1BK38JQ

RD RR1FC85JQ 314 0 0
AACAAAATAAATATTGTTTATAATATATAAATGCATTATAGTTGAAAAAACTAACTTGCG
CGGATCATATATTACTCTCTATTTATCAAACATGAACTTAATTAAAGTGATCAAAATATA
TTAGGAAATAACCTATGATTGCCTATAAATAAATATCTCCAATTTGGTTTGACGATCCTT
GGCGCTTGGGTTGGTTGACTATGTTCGGCTCGTATCATTTACAAGTTTGTTGGTGATAAT
CACCTACATTGCCTAATCCACAGGCTTTGAAAAGTTTGACGAGATCAACATATTTCTTAT
AATCTTTCCCTAT
C

QA 1 313 1 313
DS 

RD RR1BK38JQ 646 0 0
AATAAAATGATAGCCGAAAGCCCATTTTTAATGTAAAAAAATTATCGATAACAAAATAAA
TATTGTTTATAATATATAAATGCATTATAGTTGAAAAAACTAACTTGCGCGGATCATATA
TTACTCTCTATTTATCAAACATGAACTTAATTAAAGTGATCAAAATATATTAGGAAATAA
CCTATGATTGCCTATAAATAAATATCTCCAATTTGGTTTGACGATCCTTGGCGCTTGGGT
TGGTTGACTATGTTCGGCTCGTATCATTTACAAGTTTGTTGGTAATAATCACCTACATTG
CCTAATCCACAGGCTTTGAAAAGTTTGACGAGATCAACATATTTCTTATAATCTTTCGCT
ATTATACATGCACATTGTTTTGTCGCCGCTTGATCTCGCTTTGCACGAACGTTACAACAG
TCCTTTTCCCAGTACTTTTTATCTCTAGTAATAAGGCGCATGCAGTAATCAAGACTTTCA
AAGCAAGTATCTGCTAAACTCTTACTCTTGATTGTAGCCGGTAATGATGACATGAGTATG
ACGAAGACGATGCATATTAATTGAATGGTCTTCATTTTTTTGATCAATTAGTAGCTCTTT
ATGATAATCAATTAGCCTTGAGAAAGTTGAAACAATTTAGTTTTCC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1BK38TF 646 0 0
AATAAAATGATAGCCGAAAGCCCATTTTTAATGTAAAAAAATTATCGATAACAAAATAAA
TATTGTTTATAATATATAAATGCATTATAGTTGAAAAAACTAACTTGCGCGGATCATATA
TTACTCTCTATTTATCAAACATGAACTTAATTAAAGTGATCAAAATATATTAGGAAATAA
CCTATGATTGCCTATAAATAAATATCTCCAATTTGGTTTGACGATCCTTGGCGCTTGGGT
TGGTTGACTATGTTCGGCTCGTATCATTTACAAGTTTGTTGGTAATAATCACCTACATTG
CCTAATCCACAGGCTTTGAAAAGTTTGACGAGATCAACATATTTCTTATAATCTTTCGCT
ATTATACATGCACATTGTTTTGTCGCCGCTTGATCTCGCTTTGCACGAACGTTACAACAG
TCCTTTTCCCAGTACTTTTTATCTCTAGTAATAAGGCGCATGCAGTAATCAAGACTTTCA
AAGCAAGTATCTGCTAAACTCTTACTCTTGATTGTAGCCGGTAATGATGACATGAGTATG
ACGAAGACGATGCATATTAATTGAATGGTCTTCATTTTTTTGATCAATTAGTAGCTCTTT
ATGATAATCAATTAGCCTTGAGAAAGTTGAAACAATTTAGTTTTCC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL4065Contig1 752 2 2 U
GGGAGAGAAAACTAGGCAACAATGGCGGAACCTCCGGTGAAAGTCAACCTGGTCCCGACC
GAAGCTACACCTGAAAGCTTCGCAGATTATGGCCAAGTCATCGAAGCCTCCTCGGATGGT
GATCGCTTCGGTCCTAACGATGCTCAGTTAGATCTCTCCAGAGGAATCCCACGATTCTAT
ATTATGCGGCTCGAAGGTCGAACCTTGGGCTTCTCCAGGATCACGCACCACGCGAACGTG
ACACAGTGTCTGGGATCAGTAGGAGGTCGTGTTTGGTATCTTGGTGTAGCTAAGCAATCT
CTTATCGAAGATGTTGTTGATAGAGAGAGAGTTGGGGATAACGTAGAGTTAGGATCCGGT
GGTCACTTGTACGTTCCTCCTGCGGTTGAGGAGGTGCGCGTCTTCAGGTTTTCAGGACCG
AAGTTTGTTAAATTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTGGACCGCTTTTCAGTGAGAGTTCC
ATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATGAGGTGGATCACACCACACATGAT
TTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACCTTCCGGTCTGAGGATAGCACATCTTCCTAAGTCAAA
ATCCTATATTGGTGGGTGATCAGTGTGGTTCTGTTTTCATGTCTTGTAAGCAAAACAGAG
TGAGAAACGTTTTCTTGTATTATAATGTTCCAAGACTGTCTGTGTGTACAAACTGTTCAT
CTACTGACTCACACCATCCAAAAAAATCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A912TF U 1
AF RR1A912JQ C 37
BS 1 730 RR1A912TF
BS 731 752 RR1A912JQ

RD RR1A912TF 739 0 0
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GAAGCTACACCTGAAAGCTTCGCAGATTATGGCCAAGTCATCGAAGCCTCCTCGGATGGT
GATCGCTTCGGTCCTAACGATGCTCAGTTAGATCTCTCCAGAGGAATCCCACGATTCTAT
ATTATGCGGCTCGAAGGTCGAACCTTGGGCTTCTCCAGGATCACGCACCACGCGAACGTG
ACACAGTGTCTGGGATCAGTAGGAGGTCGTGTTTGGTATCTTGGTGTAGCTAAGCAATCT
CTTATCGAAGATGTTGTTGATAGAGAGAGAGTTGGGGATAACGTAGAGTTAGGATCCGGT
GGTCACTTGTACGTTCCTCCTGCGGTTGAGGAGGTGCGCGTCTTCAGGTTTTCAGGACCG
AAGTTTGTTAAATTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTGGACCGCTTTTCAGTGAGAGTTCC
ATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATGAGGTGGATCACACCACACATGAT
TTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACCTTCCGGTCTGAGGATAGCACATCTTCCTAAGTCAAA
ATCCTATATTGGTGGGTGATCAGTGTGGTTCTGTTTTCATGTCTTGTAAGCAAAACAGAG
TGAGAAACGTTTTCTTGTATTATAATGTTCCAAGACTGTCTGTGTGTACAAACTGTTCAT
CTACTGACTC
ACACCATCC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1A912JQ 716 0 0
GTGAAAGTCAACCTGGTCCCGACCGAAGCTACACCTGAAAGCTTCGCAGATTATGGCCAA
GTCATCGAAGCCTCCTCGGATGGTGATCGCTTCGGTCCTAACGATGCTCAGTTAGATCTC
TCCAGAGGAATCCCACGATTCTATATTATGCGGCTCGAAGGTCGAACCTTGGGCTTCTCC
AGGATCACGCACCACGCGAACGTGACACAGTGTCTGGGATCAGTAGGAGGTCGTGTTTGG
TATCTTGGTGTAGCTAAGCAATCTCTTATCGAAGATGTTGTTGATAGAGAGAGAGTTGGG
GATAACGTAGAGTTAGGATCCGGTGGTCACTTGTACGTTCCTCCTGCGGTTGAGGAGGTG
CGCGTCTTCAGGTTTTCAGGACCGAAGTTTGTTAAATTGAACCGTGGCACGTGGCATGCT
GGACCGCTTTTCAGTGAGAGTTCCATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAAT
GAGGTGGATCACACCACACATGATTTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACCTTCCGGTCTGAG
GATAGCACATCTTCCTAAGTCAAAATCCTATATTGGTGGGTGATCAGTGTGGTTCTGTTT
TCATGTCTTGTAAGCAAAACAGAGTGAGAAACGTTTTCTTGTATTATAATGTTCCAAGAC
TGTCTGTGTGTACAAACTGTTCATCTACTGACTCACACCATCCAAAAAAATCACCC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 3

CO CL4066Contig1 1378 3 9 U
GGGTCGGAGAAAGAGCTCTTGTTCTCTCTCTACTACTCTCTGTTCTCAATTCGTTAAACA
AAGAATCCCTTTTTTTTTGCTGAAGACGCAGAGCTCAATGACGAAGCAGCACGCGAACTG
GTCTCCATACGACAACAATGGAGGAACATGTGTGGCCATCGCTGGATCGGATTACTGCGT
CATCGCCGCCGATACTCGGATGTCTACCGGTTACAGCATTCTAACTCGCGATTACTCTAA
GATCCATAAACTAGCAGACAAGGCTGTGCTATCTTCCTCTGACTTTCAGGCTGATGTGAA
AGCACTTCAGAAAGTTCTCAAGTCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCA
GATGAGCTGTCCTGCAATGGCTCAGCTTCTCTCCAACACTCTTTACTTCAAGCGCTTTTT
CCCTTACTATGCCTTTAACGTTCTCGGTGGGCTTGATGAGCATGGGAAAGGGTGTGTCTT
TACTTATGATGCAGTGGGATCATATGAGAAGGTTGGATACAGTGCTCAAGGTTCTGGTTC
CACTCTCATCATGCCCTTCCTTGACAATCAGCTCAAGAGTCCTAGCCCGCTCTTGCTTCC
TGCCCAGGACGCTATCACACCTCTTTCCGAGCCTGAAGCAGTTGACTTGGTTAAGACTGT
GTTCGCATCTGCCACTGAGAGGGATATCTACACTGGAGACAAGCTTGAGATCATGATTCT
CAAGGCTGATGGTATCAGGACCGAAGTCATGGAGTTGAGGAAAGACTAAGCCAGTGTTGG
CAACACACACCTTTTCTATTTTCTCTTATTCGCATCTCAACACTAGGCTCCCTCTGTTAT
CTTGAACTGTGTTTTGAAGTTTCCTTGTGTGTTAAAACTGATTCTCACTCTCTTATTTAT
GACAAAAGTTCTTTTGGAAGAGTTTTTAGTAACATCGGGTCTTGAAAAATCTTTTTTTGA
ATAACAACAATAGACTAATCATAATCAGAAGCTATTCTCTGATTCCCATCCCTTCTTCTC
CAGCTCCTGTCGCAGTGCCTTGATTCGCTTTCTGTTCACATCAAAGTCGAAGTTTCCTTT
ACGTGATGCAGATCGATACTCCACTGTCGAGCTCTTCCCAGGAGAGAACAAGAATTCAAC
ATCATCTACTAAACCTAAGATAGGACTTTCATACTCAACATGAACATAGTCATCCTTCTT
CTCCACAATCCGAGGAGTAAACTTGTCAGGTTTCGTCGACTTAATCACATTGAAAAGTTC
TTTCATTGCAACTTCTCTGCTCACAGGCGTCTTCCTTCCACCATTATAGTTCCATGGTGG
AGCATAGTGAACTCGATCGCTGACACTCTCAGAAGTAGATATACAGTTGTTTGTAGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM04TF U 1
AF RR1BM04JQ C 81
AF RR1DY42JQ U 871
BS 1 724 RR1BM04TF
BS 725 725 RR1BM04JQ
BS 726 738 RR1BM04TF
BS 739 739 RR1BM04JQ
BS 740 782 RR1BM04TF
BS 783 783 RR1BM04JQ
BS 784 794 RR1BM04TF
BS 795 872 RR1BM04JQ
BS 873 1378 RR1DY42JQ

RD RR1BM04TF 794 0 0
GGGTCGGAGAAAGAGCTCTTGTTCTCTCTCTACTACTCTCTGTTCTCAATTCGTTAAACA
AAGAATCCCTTTTTTTTTGCTGAAGACGCAGAGCTCAATGACGAAGCAGCACGCGAACTG
GTCTCCATACGACAACAATGGAGGAACATGTGTGGCCATCGCTGGATCGGATTACTGCGT
CATCGCCGCCGATACTCGGATGTCTACCGGTTACAGCATTCTAACTCGCGATTACTCTAA
GATCCATAAACTAGCAGACAAGGCTGTGCTATCTTCCTCTGACTTTCAGGCTGATGTGAA
AGCACTTCAGAAAGTTCTCAAGTCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCA
GATGAGCTGTCCTGCAATGGCTCAGCTTCTCTCCAACACTCTTTACTTCAAGCGCTTTTT
CCCTTACTATGCCTTTAACGTTCTCGGTGGGCTTGATGAGCATGGGAAAGGGTGTGTCTT
TACTTATGATGCAGTGGGATCATATGAGAAGGTTGGATACAGTGCTCAAGGTTCTGGTTC
CACTCTCATCATGCCCTTCCTTGACAATCAGCTCAAGAGTCCTAGCCCGCTCTTGCTTCC
TGCCCAGGACGCTATCACACCTCTTTCCGAGCCTGAAGCAGTTGACTTGGTTAAGACTGT
GTTCGCATCTGCCACTGAGAGGGATATCTACACTGGAGACAAGCTTGAGATCATGATTCT
CAAG*CTGATGGTATCAG*ACCGAAGTCATGGAGTTGAGGAAAGACTAAGCCAGTGTTGG
CA*CACACACCTTT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1BM04JQ 844 0 0
TGAAGACGCAGAGCTCAATGACGAAGCAGCACGCGAACTGGTCTCCATACGACAACAATG
GAGGAACATGTGTGGCCATCGCTGGATCGGATTACTGCGTCATCGCCGCCGATACTCGGA
TGTCTACCGGTTACAGCATTCTAACTCGCGATTACTCTAAGATCCATAAACTAGCAGACA
AGGCTGTGCTATCTTCCTCTGACTTTCAGGCTGATGTGAAAGCACTTCAGAAAGTTCTCA
AGTCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCAGATGAGCTGTCCTGCAATGG
CTCAGCTTCTCTCCAACACTCTTTACTTCAAGCGCTTTTTCCCTTACTATGCCTTTAACG
TTCTCGGTGGGCTTGATGAGCATGGGAAAGGGTGTGTCTTTACTTATGATGCAGTGGGAT
CATATGAGAAGGTTGGATACAGTGCTCAAGGTTCTGGTTCCACTCTCATCATGCCCTTCC
TTGACAATCAGCTCAAGAGTCCTAGCCCGCTCTTGCTTCCTGCCCAGGACGCTATCACAC
CTCTTTCCGAGCCTGAAGCAGTTGACTTGGTTAAGACTGTGTTCGCATCTGCCACTGAGA
GGGATATCTACACTGGAGACAAGCTTGAGATCATGATTCTCAAGGCTGATGGTATCAGGA
CCGAAGTCATGGAGTTGAGGAAAGACTAAGCCAGTGTTGGCAACACACACCTTTTCTATT
TTCTCTTATTCGCATCTCAACACTAGGCTCCCTCTGTTATCTTGAACTGTGTTTTGAAGT
TTCCTTGTGTGTTAAAACTGATTCTCACTCTCTTATTTATGACAAAAGTTCTTTTGGAAG
AGTT

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR1DY42JQ 508 0 0
GC
TAAAACTGATTCTCACTCTCTTATTTATGACAAAAGTTCTTTTGGAAGAGTTTTTAGTAA
CATCGGGTCTTGAAAAATCTTTTTTTGAATAACAACAATAGACTAATCATAATCAGAAGC
TATTCTCTGATTCCCATCCCTTCTTCTCCAGCTCCTGTCGCAGTGCCTTGATTCGCTTTC
TGTTCACATCAAAGTCGAAGTTTCCTTTACGTGATGCAGATCGATACTCCACTGTCGAGC
TCTTCCCAGGAGAGAACAAGAATTCAACATCATCTACTAAACCTAAGATAGGACTTTCAT
ACTCAACATGAACATAGTCATCCTTCTTCTCCACAATCCGAGGAGTAAACTTGTCAGGTT
TCGTCGACTTAATCACATTGAAAAGTTCTTTCATTGCAACTTCTCTGCTCACAGGCGTCT
TCCTTCCACCATTATAGTTCCATGGTGGAGCATAGTGAACTCGATCGCTGACACTCTCAG
AAGTAGATATACAGTTGTTTGTAGCA

QA 3 508 3 508
DS 



AS 1 3

CO CL4067Contig1 688 3 3 U
GGATCCATATCATTAAAAACTAAGACAAGTATATATATAAGAAAAATGAACGGGTACGGC
CGAAAGGATCGCAGAAACAGCAGCTACATGAGCTCTGATGACTCAGACTCAGACTGCGAG
GCTCAGCCTGACCACATGGTTTCGAGGTTCGTAGGTAATGTGGCAGAGACGGTGGTGCGG
CCGTTTGAAATAGCAACAAAGATGGTGGTGAACCCATTATTCAATTTTCTCTTTTCTCCT
CCCAAGCATGAAAAGAAGACTAAGCATGGGCGGCATGAAGATGCATACTATGGCGGGCAC
AGGATGCAGCACAATGGCTCGCATGGGAAAAAGTACCAAGACAGGTTTATGGCTCCCCAG
GTTCCACCAAATTGTGACAGTGTGAATCCCAGCCATGGCAATGGCCGTGCAGTAGTGCAG
GCCAGTAACATCTGCCAGGGCCAATACTAGGGCGGATGAGTGAAAGGACGACTCTGACTG
CAGCCAAATACCTTACCGGTTTCAGTTCTTAAAAAAGTAATGATTGTGTCCCGAATAATA
AATAAGTTGCATATATGTGTGCCAAGAAACTCTTTCAGTATATCGTACCATAATCAGACA
TGGGGCTTTCACAAAAAAAAGTGTTCTTGTTTGATGAACTTAATTATGATTACTAAGTAG
TGTTGATGCTACTTGTGTTATATAAAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT13TF U 1
AF RR1CY02TF U 1
AF RR1CY02JQ C 21
BS 1 619 RR1CY02TF
BS 620 620 RR1CY02JQ
BS 621 688 RR1CY02TF

RD RR1GT13TF 611 0 0
GGATCCATATCATTAAAAACTAAGACAAGTATATATATAAGAAAAATGAACGGGTACGGC
CGAAAGGATCGCAGAAACAGCAGCTACATGAGCTCTGATGACTCAGACTCAGACTGCGAG
GCTCAGCCTGACCACATGGTTTCGAGGTTCGTAGGTAATGTGGCAGAGACGGTGGTGCAG
CCGTTTGAAATAGCAACAAAGATGGTGGTGAACCCATTATTCAATTTTCTCTTTTCTCCT
CCCAAGCATGAAAAGAAGACTAAGCATGGGCGGCATGAAGATGCATACTATGGCGGGCAC
AGGATGCAGCACAATGGCTCGCATGGGAAAAAGTACCAAGACAGGTTTATGGCTCCCCAG
GTTCCACCAAATTGTGACAGTGTGAATCCCAGCCATGGCAATGGCCGTGCAGTAGTGCAG
GCCAGTAACATCTGCCAGGGCCAGTACTAGGGCGGATGAGTGGAAGGACGACTCTGACTG
CAGCCAAATACCTTACCGGTTTCAGTTCTTAAAAAAGTAATGATTGTGTCCCGAATAATA
AATAAGTTGCATATATGTGTGCCAAGAAACTCTTTCAGTATATCGTACCATAATCAGACA
TGGGGCTTT
TA

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1CY02TF 688 0 0
GGATCCATATCATTAAAAACTAAGACAAGTATATATATAAGAAAAATGAACGGGTACGGC
CGAAAGGATCGCAGAAACAGCAGCTACATGAGCTCTGATGACTCAGACTCAGACTGCGAG
GCTCAGCCTGACCACATGGTTTCGAGGTTCGTAGGTAATGTGGCAGAGACGGTGGTGCGG
CCGTTTGAAATAGCAACAAAGATGGTGGTGAACCCATTATTCAATTTTCTCTTTTCTCCT
CCCAAGCATGAAAAGAAGACTAAGCATGGGCGGCATGAAGATGCATACTATGGCGGGCAC
AGGATGCAGCACAATGGCTCGCATGGGAAAAAGTACCAAGACAGGTTTATGGCTCCCCAG
GTTCCACCAAATTGTGACAGTGTGAATCCCAGCCATGGCAATGGCCGTGCAGTAGTGCAG
GCCAGTAACATCTGCCAGGGCCAATACTAGGGCGGATGAGTGAAAGGACGACTCTGACTG
CAGCCAAATACCTTACCGGTTTCAGTTCTTAAAAAAGTAATGATTGTGTCCCGAATAATA
AATAAGTTGCATATATGTGTGCCAAGAAACTCTTTCAGTATATCGTACCATAATCAGACA
TGGGGCTTTCACAAAAAAA*GTGTTCTTGTTTGATGAACTTAATTATGATTACTAAGTAG
TGTTGATGCTACTTGTGTTATATAAAAA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1CY02JQ 656 0 0
TAAGACAAGTATATATATAAGAAAAATGAACGGGTACGGCCGAAAGGATCGCAGAAACAG
CAGCTACATGAGCTCTGATGACTCAGACTCAGACTGCGAGGCTCAGCCTGACCACATGGT
TTCGAGGTTCGTAGGTAATGTGGCAGAGACGGTGGTGCGGCCGTTTGAAATAGCAACAAA
GATGGTGGTGAACCCATTATTCAATTTTCTCTTTTCTCCTCCCAAGCATGAAAAGAAGAC
TAAGCATGGGCGGCATGAAGATGCATACTATGGCGGGCACAGGATGCAGCACAATGGCTC
GCATGGGAAAAAGTACCAAGACAGGTTTATGGCTCCCCAGGTTCCACCAAATTGTGACAG
TGTGAATCCCAGCCATGGCAATGGCCGTGCAGTAGTGCAGGCCAGTAACATCTGCCAGGG
CCAATACTAGGGCGGATGAGTGAAAGGACGACTCTGACTGCAGCCAAATACCTTACCGGT
TTCAGTTCTTAAAAAAGTAATGATTGTGTCCCGAATAATAAATAAGTTGCATATATGTGT
GCCAAGAAACTCTTTCAGTATATCGTACCATAATCAGACATGGGGCTTTCACAAAAAAAA
GTGTTCTTGTTTGATGAACTTAATTATGATTACTAAGTAGTGTTGATGCTACTTGT

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 3

CO CL4068Contig1 478 3 3 U
GGGACGCTGTCTTCTCCAAACTCGAAGCGACAATGCCGAAGCAAATACACGAGATCAAGG
ACTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTAAAGATCAAGAGAAGCAAGG
ACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAAGTACCTCTACACACTTTGCGTTTTCGACC
AAGAGAAGGCTGATAAGCTCAAGCAGTCGCTTCCTCCAGGTTTGAGTGTTCAAGACCTTT
GAACATCTCTTCGAGTCTGAGATATCCGACCTGCGTTGAACCGGAGATAGTAGTTTTTGA
GTTATTCTCTTTTGTTTTCAAGACTTGGATTTGTATTTTGCTGTATGCTATCCATGTGGT
TAGTAGCATGTTTTATTTAGAACAAAGCATTCACATCAATTTACATGATTTTATTTTCAA
TGCATACTAAACCTCTTTGAAAAAAATTTGTCGTCTATCTTCATTTGGGATAAGATTA


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR31TF U 1
AF RR1EG31TF U 2
AF RR1DL30TF U 1
BS 1 224 RR1DL30TF
BS 225 225 RR1GR31TF
BS 226 478 RR1DL30TF

RD RR1GR31TF 375 0 0
G
GGACGCTGTCTTCTCCAA*CTCGAAGCGACAATGCCGAAGCAAATACACGAGATCAAGGA
CTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGGTGCTAGGTCTGTAAAGATCAAGAGAAGCAAGGA
CATTATCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAAGTACCTCTACACACTTTGCGTTTTCGACCA
AGAGAAGGCTGATAAGCTCAAGCAGTCGCTTCCTCCAGGTTTGAGTGTTCAAGACCTTTG
AACATCTCTTCGAGTCTGAGATATCCGACCTGCGTTGAACCGGAGATAGTA*TTTTTGAG
TTATTCTCTTTTGTTT*CAAGACTTGGATTTGTATTTTGCCGTATGCTATCCATGTGGT*
AGTAGCATGTTTTA

QA 2 375 2 375
DS 

RD RR1EG31TF 403 0 0
GGACGCTGTCTTCTCCAAACTCGAAGCGACAATGCCGAAGCAAATACACGAGATCAAGGA
CTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTAAAGATCAAGAGAAGCAAGGA
CATTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAAGTACCTCTACACACTTTGCGTTTTCGACCA
AGAGAAGGCTGATAAGCTCAAGCAGTCGCTTCCTCCAGGTTTGAGTGTTCAAGACCTTTG
AACATCTCTTCGAGTCTGAGATATCCGACCTGCGTTGAACCGGAGATAGTAGTTTTTGAG
TTATTCTCTTTTGTTTTCAAGACTTGGATTTGTATTTTGCTGTATGCTATCCATGTGGTT
AGTAGCATGTTTTATTTAGAACAAAGCATTCACATCAATTTAC

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR1DL30TF 478 0 0
GGGACGCTGTCTTCTCCAAACTCGAAGCGACAATGCCGAAGCAAATACACGAGATCAAGG
ACTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTAAAGATCAAGAGAAGCAAGG
ACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTGCTCCAAGTACCTCTACACACTTTGCGTTTTCGACC
AAGAGAAGGCTGATAAGCTCAAGCAGTCGCTTCCTCCAGGTTTGGGTGTTCAAGACCTTT
GAACATCTCTTCGAGTCTGAGATATCCGACCTGCGTTGAACCGGAGATAGTAGTTTTTGA
GTTATTCTCTTTTGTTTTCAAGACTTGGATTTGTATTTTGCTGTATGCTATCCATGTGGT
TAGTAGCATGTTTTATTTAGAACAAAGCATTCACATCAATTTACATGATTTTATTTTCAA
TGCATACTAAACCTCTTTGAAAAAAATTTGTCGTCTATCTTCATTTGGGATAAGATTA

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 3

CO CL4069Contig1 560 3 2 U
GGAGGGTTAACTTTAATATCTCTTCTCTTCTCGTGAGCGCAAACCAACGAAATCGAGATC
GAAAATGGCGATGAGGAGAGTATACAGCGAGATCAAAGGGAAGAAGGTGAAGGAGCTTCC
TTCCTACATCAAATCGTCGTTTTCGACGCAGTCCGTGAAGACGTATGCGAAGAAAGGTCT
CGATAACTACAACGACAAATACATCCAGACCAGCTCCGTCCAACCTCTCCTCCACATCTG
CTTCGGAGGCATGGCTTTCTCTTACCTCGTCGCTCTCCCTAACGAGCGTCGCCATCTCGA
GCACCAGCAGCATGCCAAGGAGCACGGTGGCCATTGATCTCCAGATGTTGGTTTCTGCGA
TGGTGTGACGGCTGAAGATTGCATGTCTTTGTTATTTCTTATTTTCCTGAATCTCCTGGA
TTGATATTATTTATTGATCTAAAGGAAAACCTTTTCTTTTTTTTTCTTTTCAAAACTGAA
GCTTGATGATATTGATGAATAATGAAACTGTTGTTTCTTTTATCGTAATATAAGCTGTGG
ATTCAGCATTTCGTTTTGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH21JQ C 1
AF RR1EH21TF U 1
AF RR1A361TF U 42
BS 1 547 RR1EH21TF
BS 548 560 RR1A361TF

RD RR1EH21JQ 547 0 0
GGAGGGTTAACTTTAATATCTCTTCTCTTCTCGTGAGCGCAAACCAACGAAATCGAGATC
GAAAATGGCGATGAGGAGAGTATACAGCGAGATCAAAGGGAAGAAGGTGAAGGAGCTTCC
TTCCTACATCAAATCGTCGTTTTCGACGCAGTCCGTGAAGACGTATGCGAAGAAAGGTCT
CGATAACTACAACGACAAATACATCCAGACCAGCTCCGTCCAACCTCTCCTCCACATCTG
CTTCGGAGGCATGGCTTTCTCTTACCTCGTCGCTCTCCCTAACGAGCGTCGCCATCTCGA
GCACCAGCAGCATGCCAAGGAGCACGGTGGCCATTGATCTCCAGATGTTGGTTTCTGCGA
TGGTGTGACGGCTGAAGATTGCATGTCTTTGTTATTTCTTATTTTCCTGAATCTCCTGGA
TTGATATTATTTATTGATCTAAAGGAAAACCTTTTCTTTTTTTTTCTTTTCAAAACTGAA
GCTTGATGATATTGATGAATAATGAAACTGTTGTTTCTTTTATCGTAATATAAGCTGTGG
ATTCAGC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1EH21TF 547 0 0
GGAGGGTTAACTTTAATATCTCTTCTCTTCTCGTGAGCGCAAACCAACGAAATCGAGATC
GAAAATGGCGATGAGGAGAGTATACAGCGAGATCAAAGGGAAGAAGGTGAAGGAGCTTCC
TTCCTACATCAAATCGTCGTTTTCGACGCAGTCCGTGAAGACGTATGCGAAGAAAGGTCT
CGATAACTACAACGACAAATACATCCAGACCAGCTCCGTCCAACCTCTCCTCCACATCTG
CTTCGGAGGCATGGCTTTCTCTTACCTCGTCGCTCTCCCTAACGAGCGTCGCCATCTCGA
GCACCAGCAGCATGCCAAGGAGCACGGTGGCCATTGATCTCCAGATGTTGGTTTCTGCGA
TGGTGTGACGGCTGAAGATTGCATGTCTTTGTTATTTCTTATTTTCCTGAATCTCCTGGA
TTGATATTATTTATTGATCTAAAGGAAAACCTTTTCTTTTTTTTTCTTTTCAAAACTGAA
GCTTGATGATATTGATGAATAATGAAACTGTTGTTTCTTTTATCGTAATATAAGCTGTGG
ATTCAGC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1A361TF 519 0 0
GGGG
AACGAAATCGAGATCGAAAATGGCGATGAGGAGAGTATACAGCGAGATCAAAGGGAAGAA
GGTGAAGGAGCTTCCTTCCTACATCAAATCGTCGTTTTCGACGCAGTCCGTGAAGACGTA
TGTGAAGAAAGGTCTCGATAACTACAACGACAAATACATCCAGACCAGCTCCGTCCAACC
TCTCCTCCACATCTGCTTCGGAGGCATGGCTTTCTCTTACCTCGTCGCTCTCCCTAACGA
GCGTCGCCATCTCGAGCACCAGCAGCATGCCAAGGAGCACGGTGGCCATTGATCTCCAGA
TGTTGGTTTCTGCGATGGTGTGACGGCTGAAGATTGCATGTCTTTGTTATTTCTTATTTT
CCTGAATCTCCTGGATTGATATTATTTATTGATCTAAAGGAAAACCTTTTCTTTTTTTTT
CTTTTCAAAACTGAAGCTTGATGATATTGATGAATAATGAAACTGTTGTTTCTTTTATCG
TAATATAAGCTGTGGATTCAGCATTTCGTTTTGTT

QA 5 519 5 519
DS 



AS 1 3

CO CL4070Contig1 920 3 6 U
GGAATCAACCATTTGTTATTGTTGAGTGTTTGTTTATCTCACTCACCTAAATTTGCAACC
AAAAAAAAATTTAGTTCTGATCAATATTGAACAGATAACTAAGAAACCCATATTTTTTTC
TTCTTCGAAAGATCTGAATATTTTATTTTCTGAAATTTCGTTGAAGAAACTTTGATATTA
AAGGAAGAAATTTCAATTGATCTGCACGTTTCTGAATTGAGAAGAAGAAAAAAAGGAACA
ACAATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCTCTGC
GACAACGGATGCGGTTTCTTCGGGTCGCCTTCCAACATGAACCTCTGTTCCAAATGTTAC
AGAAGTCTCCGAGCCGAGGAAGATCAAACCGCTGTAGCAAAAGCTGCTGTCAAGAACTCA
CTTAAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATTATCACACCAGAGCAAAAGCGGCCTCTTGAAACC
AAACCAGTCTCTGTTGTTGTAACGACGGAGTCGTCTTCAGTTCCTGTAGCCACGGGACAG
GAGGAGGTAGAGCCGTCGAAATCTGCGCGGACGAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAAG
GTTGGGGTTATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGCAGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGGTAC
CCGGAGAAGCACGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAAGTTGGACGTGATGCAATCTCAAAG
GCCAATCCTGCGATCAAGGCGGATAAAGTCGAAAGGATATGAAAAAAAAAATTAGCAAAC
CTTTTCTTTTTATTAAGTAATTTGGGGTTTCTATCTTGTCTGCATTTGATCAGCTTCTTC
TTTGGATGTTGATGTGATGTGATCATGTTGGGTTTCTATGAATCAAAATGAAAATTGCTG
CTCTTAGTTATCTCATGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D335TF U 1
AF RR1D335JQ C 255
AF RR1AW02TF U 470
BS 1 599 RR1D335TF
BS 600 600 RR1AW02TF
BS 601 652 RR1D335TF
BS 653 806 RR1AW02TF
BS 807 807 RR1D335JQ
BS 808 920 RR1AW02TF

RD RR1D335TF 652 0 0
GGAATCAACCATTTGTTATTGTTGAGTGTTTGTTTATCTCACTCACCTAAATTTGCAACC
AAAAAAAAATTTAGTTCTGATCAATATTGAACAGATAACTAAGAAACCCATATTTTTTTC
TTCTTCGAAAGATCTGAATATTTTATTTTCTGAAATTTCGTTGAAGAAACTTTGATATTA
AAGGAAGAAATTTCAATTGATCTGCACGTTTCTGAATTGAGAAGAAGAAAAAAAGGAACA
ACAATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCTCTGC
GACAACGGATGCGGTTTCTTCGGGTCGCCTTCCAACATGAACCTCTGTTCCAAATGTTAC
AGAAGTCTCCGAGCCGAGGAAGATCAAACCGCTGTAGCAAAAGCTGCTGTCAAGAACTCA
CTTAAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATTATCACACCAGAGCAAAAGCGGCCTCTTGAAACC
AAACCAGTCTCTGTTGTTGTAACGACGGAGTCGTCTTCAGTTCCTGTAGCCACGGGACAG
GAGGAGGTAGAGCCGTCGAAATCTGCGCGGACGAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAAA
GTTGGGGTTATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGCAGCACGTTTTGCGGGAGCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1D335JQ 647 0 0
GCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCTCTGCGACAACGGATGCGG
TTTCTTCGGGTCGCCTTCCAACATGAACCTCTGTTCCAAATGTTACAGAAGTCTCCGAGC
CGAGGAAGATCAAACCGCTGTAGCAAAAGCTGCTGTCAAGAACTCACTTAAGCTTCCATC
TTGCAGTCTCATTATCACACCAGAGCAAAAGCGGCCTCTTGAAACCAAACCAGTCTCTGT
TGTTGTAACGACGGAGTCGTCTTCAGTTCCTGTAGCCACGGGACAGGAGGAGGTAGAGCC
GTCGAAATCTGCGCGGACGAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAAGGTTGGGGTTATGGG
GTTTAAGTGCAAATGCGGCAGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGGTACCCGGAGAAGCACGA
GTGTAGCTTCGATTTCAAAGAAGTTGGCCGTGATGCAATCTCAAAGGCCAATCCTGTGAT
CAAGGCGGATAAAGTCGAAAGGATATGAAAAAAAAAATTAGCAAACCTTTTCTTTTTATT
AAGTAATTTGGGGTTTCTATCTTGTCTGCATTTGATCAGCTTCTTCTTTGGATGTTGATG
TGATGTGATCATGTTGGGTTTCTATGGATCAAAATGAAAATTGCTGC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1AW02TF 451 0 0
G
TCTTGAAACCAAACCAGTCTCTGTTGTTTTATCGACTGAGCCGTCTTCAGTTCCTGTAGC
CACGGGACAGGAGGAGGTAGAGCCGTCGAAACCTGCACGGACAAACAGGTGTTTCAGCTG
TAACAAGAAGGTTGGGGTTATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGCAGCACGTTTTGCGGGAG
CCATAGGTACCCGGAGAAGCACGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAAGTTGGACGTGATGC
AATCTCAAAGGCCAATCCTGCGATCAAGGCGGATAAAGTCGAAAGGATATGAAAAAAAAA
ATTAGCAAACCTTTTCTTTTTATTAAGTAATTTGGGTTTTCTATCTTGTCTGCATTTGAT
CAGCTTCTTCTTTGGATGTTGATGTGATGTGATCATGTTGGGTTTCTATGAATCAAAATG
AAAATTGCTGCTCTTAGTTATCTCATGAAA

QA 2 451 2 451
DS 



AS 1 3

CO CL4071Contig1 572 3 6 U
GGGAACATTCAAGCTACCGCCGGCGAAAATGGTTTTCAAGAGGTACGTCGAGATCGGGAG
AGTCGCTCTTGTGAACTATGGAAAAGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATCGTCGACGTCGT
CGACCAGAACAGGGCTTTAGTAGATGCCCCTGACATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAA
GAGGTTGTCTCTTACTGACATCGTGATCGAGATCAACCGAGTTCCAAAGAAGAAGGCATT
GATTGAGGCCATGGAGAAAGCTGACGCGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCCTGGGGTAG
GAAGCTCATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTTAATGATTTTGACAGATTCAAGATCAT
GTTGGCCAAGATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGGCAAGAACTTGCTAAACTCAAGAAGGA
GATCACCGCCTGATCATATTGAGGATTATCCGCAACTCTGTTTTTCTATTTCGAATTGGT
AGTTAGTGTTTTTGAAAGTGGCAAACATCATTATCTACTTTATTGTCGGATGTTAATTTC
AATTTTGAATGAAACCTTGTTTGGAAGACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI34JQ C 147
AF RR1DG64TF U 1
AF RR1CI34TF U 147
BS 1 281 RR1DG64TF
BS 282 282 RR1CI34TF
BS 283 440 RR1DG64TF
BS 441 441 RR1CI34TF
BS 442 549 RR1DG64TF
BS 550 572 RR1CI34TF

RD RR1CI34JQ 272 0 0
CCCCTGACATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAAGAGGTTGTCTCTTACTGACATCGTGA
TCGAGATCAACCGAGTTCCAAAGAAGAAGGCATTGATTGAGGCCATGGAGAAAGCTGACG
CGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCCTGGGGTAGGAAGCTCATCGTTCAGAAGCGTAGGG
CTAGCCTTAATGATTTTGACAGATTCAAGATCATGTTGGCCAAGATCAAGAAAGCTGGTG
TTGTCAGGCAAGAACTTGCTAAACTCAAGAAG

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR1DG64TF 549 0 0
GGGAACATTCAAGCTACCGCCGGCGAAAATGGTTTTCAAGAGGTACGTCGAGATCGGGAG
AGTCGCTCTTGTGAACTATGGAAAAGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATCGTCGACGTCGT
CGACCAGAACAGGGCTTTAGTAGATGCCCCTGACATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAA
GAGGTTGTCTCTTACTGACATCGTGATCGAGATCAACCGAGTTCCAAAGAAGAAGGCATT
GATTGAGGCCATGGAGAAAGCTGACGCGAAGAACAAGTGGGGGAAGAGCTCCTGGGGTAG
GAAGCTCATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTTAATGATTTTGACAGATTCAAGATCAT
GTTGGCCAAGATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGGCAAGAACTTGCTAAACTCAAGAAGGA
GATCACCGCCTGATCATATT*AGGATTATCCGCAACTCTGTTTTTCTATTTCGAATTGGT
AGTTAGTGTTTTTGAAAGTGGCAAACATCATTATCTACTTTATTGTCGGATGTTAATTTC
AATTTTGAA

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1CI34TF 426 0 0
CCCCTGACATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAAGAGGTTGTCTCTTACTGACATCGTGA
TCGAGATCAACCGAGTTCCAAAGAAGAAGGCATTGATTGAGGCCATGGAGAAAGCTGACG
CGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCCTGGGGTAGGAAGCTCATCGTTCAGAAGCGTAGGG
CTAGCCTTAATGATTTTGACAGATTCAAGATCATGTTGGCCAAGATCAAGAAAGCTGGTG
TTGTCAGGCAAGAACTTGCTAAACTCAAGAAGGAGATCACCGCCTGATCATATTGAGGAT
TATCCGCAACTCTGTTTTTCTATTTCGAATTGGTAGTTAGTGTTTTTGAAAGTGGCAAAC
ATCATTATCTACTTTATTGTCGGATGTTAATTTCAATTTTGAATGAAACCTTGTTTGGAA
GACTCC

QA 1 426 1 426
DS 



AS 1 3

CO CL4072Contig1 823 3 2 U
GGATCCATATAAAAAAACACCAAGATAAGTATATATAAAGAAAAAATGCTTGACAAACTT
ATCGGAGGGTATCGGTATGGCAACGGGTACGGCCACAAGGACCACAGAAGCAGCGGCTAT
GCCTTCCAGGAGCACAAGAAATTCATGTCTTATGAGGAGTCAGAAGGAGGATACTTTGAC
CGTCAATCCCACTACGATCACCACATGAGGCTTCCGGCCAACTACGGCCGTCCACCCGTG
GCTCACATGCCTGTCTTTGATGAAGAAGACTCAGACTCAGACGTAGAGGATTTCTATAAG
AGCAGCCAGAGCCACCGCACTACAGTGCTACCAAATCACGGCAAAAACCACCACCAACAG
CCACCTCATGTGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGGCTCAACTTCACCACAATGGAAAG
ATGAGTAATGTGTGGCAGGGGATGCATGAAGATGCATATCATGGAGGGTACGGGATGCAG
CAACACGGTGGACACGGGATAAAGCAGCACGGTACGCAAGGGATGGAGCACCAGGACAGG
CTTATGGCTCCTCAGGTTCCACCACATCATGTCTACATGAACCCCAGCCATGGCAGTGGC
AGTGGCCATGCAGTAATGTTCAAGGCTTCGGAGAACTGGCAATTCAGCAACTATAGCGGC
GGCCACCACAAAGCCGGGTGGGGGAATAA*GGGACTCTGACCCAACTATGCCGGTTTAAA
AAGAAGTAATGATTATGTATGCTAAATAATAAAATTATAATTAAGATGTGTGCGTGATAA
ACATATTTCAGTATCGTACCAAAACCAAACAAGGGACTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FL23TF U 64
AF RR1AH68TF U 1
AF RR1AH68JQ C 114
BS 1 808 RR1AH68TF
BS 809 823 RR1AH68JQ

RD RR1FL23TF 643 0 0
GGAGGGTATCGGTATGGCAACGGGTACGGCCACAAGGACCACAGAAGCAGCGGCTATGCC
TTCCAGGAGCACAAGAAATTCATGTCTTATGAGGAGTCAGAAGGAGGATACTTTGACCGT
CAATCCCACTACGATCACCACATGAGGCTTCCGGCCAACTACAGCCGTCCACTCATGGCT
CACATGCCTGTCTTTGATGAAGAAGACTCAGACTCAGACGTAGAGGATTTCTATAAGAGC
AGCCAGAGCCACCGCACTACGGTGCTGCCAAATCACGGCAAAAACCACCACCAACAGCCA
CCTCATATGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGGCTCAACTTCACCACAATGGAAAGATG
GGTAATGGATGGCAGGGGATGCATGAAGATGCATATCATGGAGGATACGGGATGCAGCAA
CACGGTGGACACGGGATAAAGCAGCACGGTGCGCAAGGGATGGAGCACCAGGACAGGCTT
ATGGCTCCTCAGGTTCCACCACATCATGTCTACATGAACCCCAGCCATGGCAGTGGCAGT
GGCCATGCAGTAATGTTCAAGGCTTCGGAGAACTGGCGATTCAGCAACTATAGCGGCGGC
CACCACAAAGCCGGGTGGGGGAATAAAGGGACTCTGACCCAAC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1AH68TF 808 0 0
GGATCCATATAAAAAAACACCAAGATAAGTATATATAAAGAAAAAATGCTTGACAAACTT
ATCGGAGGGTATCGGTATGGCAACGGGTACGGCCACAAGGACCACAGAAGCAGCGGCTAT
GCCTTCCAGGAGCACAAGAAATTCATGTCTTATGAGGAGTCAGAAGGAGGATACTTTGAC
CGTCAATCCCACTACGATCACCACATGAGGCTTCCGGCCAACTACGGCCGTCCACCCGTG
GCTCACATGCCTGTCTTTGATGAAGAAGACTCAGACTCAGACGTAGAGGATTTCTATAAG
AGCAGCCAGAGCCACCGCACTACAGTGCTACCAAATCACGGCAAAAACCACCACCAACAG
CCACCTCATGTGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGGCTCAACTTCACCACAATGGAAAG
ATGAGTAATGTGTGGCAGGGGATGCATGAAGATGCATATCATGGAGGGTACGGGATGCAG
CAACACGGTGGACACGGGATAAAGCAGCACGGTACGCAAGGGATGGAGCACCAGGACAGG
CTTATGGCTCCTCAGGTTCCACCACATCATGTCTACATGAACCCCAGCCATGGCAGTGGC
AGTGGCCATGCAGTAATGTTCAAGGCTTCGGAGAACTGGCAATTCAGCAACTATAGCGGC
GGCCACCACAAAGCCGGGTGGGGGAATAA*GGGACTCTGACCCAACTATGCCGGTTTAAA
AAGAAGTAATGATTATGTATGCTAAATAATAAAATTATAATTAAGATGTGTGCGTGATAA
ACATATTTCAGTATCGTACCAAAACCAA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1AH68JQ 710 0 0
CGGCTATGCCTTCCAGGAGCACAAGAAATTCATGTCTTATGAGGAGTCAGAAGGAGGATA
CTTTGACCGTCAATCCCACTACGATCACCACATGAGGCTTCCGGCCAACTACGGCCGTCC
ACCCGTGGCTCACATGCCTGTCTTTGATGAAGAAGACTCAGATTCAGACGTAGAGGATTT
CTATAAGAGCAGCCAGAGCCACCGCACTACAGTGCTACCAAATCACGGCAAAAACCACCA
CCAACAGCCACCTCATGTGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGGCTCAACTTCACCACAA
TGGAAAGATGAGTAATGTGTGGCAGGGGATGCATGAAGATGCATATCATGGAGGGTACGG
GATGCAGCAACACGGTGGACACGGGATAAAGCAGCACGGTACGCAAGGGATGGAGCACCA
GGACAGGCTTATGGCTCCTCAGGTTCCACCACATCATGTCTACATGAACCCCAGCCATGG
CAGTGGCAGTGGCCATGCAGTAATGTTCAAGGCTTCGGAGAACTGGCAATTCAGCAACTA
TAGCGGCGGCCACCACAAAGCCGGGTGGGGGAATAA*GGGACTCTGACCCAACTATGCCG
GTTTAAAAAGAAGTAATGATTATGTATGCTAAATAATAAAATTATAATTAAGATGTGTGC
GTGATAAACATATTTCAGTATCGTACCAAAACCAAACAAGGGACTTTAGC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 3

CO CL4073Contig1 892 3 10 U
GGTTGAACTACTTATTGATTATAATAATTATATACAATGTTTTAAGGAAATTGCATTCAA
CATACCAACGTACGAATGCAAAACTATAAGGCATGTAAATATGTAATATATTATAGTTAT
ATGTTTGTGAATTGAGTGTAATCCTGACCTCCTGAATCAGAAGGTAAGAATCTTACCGTA
AGATGGTTCATATTTGGAATCTGCATATCAGAAGGTAAAGGGTTCATATTTCGAGGACAA
GGAGTGCACTTAAGTGGCTTAGCCAAAGCCATAAAGAATCTCAATCCTGAGGCTTCTTCC
ATGTTGGCTTTATCTCCTTCAATTTCCCAGTCAAAGCCCTGCACCATCACTCCAACCGCG
GTTCCTACAAAAGTACTCCCTAGATTTGATCCAGGACATCCTCTCCTTCCAGCCCCAAAC
GCCAGGAACTTAAGTGCTTGCTCTTTTCTCTCCTCCTCTTTCCATGACCTTGAAGAAGTT
AGAAACCTCTCTGGCTTAAACTCATAAGGATCTTCCCAAGAATCAGGATCTCTCATGATA
GCATAAGAATTGACAGCAAGTGATGTTCCCTCCGGTATGTAGAACCCTCCTATCGTACAG
CCTTCTTGAAACTCTCTTGGCACCACAGATCCCACAGGGTGCAATCTTAGAGCTTCCTTG
ACCACCGCTTGCAAGTAAGGGAGTTTTGGTAGATCAGTTTCTTGAACCAACCTATTTGTC
CCCACCACAGAATCGATTTCTTCTCTCAGTCTTTCAAGGATATTAGGGTTGTTGATTATT
TCTGCCATTGCCCACCTTGTTGTTGAAGAAGAGGAGTCACCTGCTCCAACGAAAAGCTCC
GCGAATAATGCCTTGATTTGCTTCCTAGTCATCTTATACTCTGCGTTTTCGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX67JQ U 1
AF RR1CL19JQ U 1
AF RR1GX67TF C 156
BS 1 238 RR1CL19JQ
BS 239 239 RR1GX67JQ
BS 240 306 RR1CL19JQ
BS 307 307 RR1GX67JQ
BS 308 694 RR1CL19JQ
BS 695 695 RR1GX67TF
BS 696 728 RR1CL19JQ
BS 729 729 RR1GX67TF
BS 730 755 RR1CL19JQ
BS 756 892 RR1GX67TF

RD RR1GX67JQ 648 0 0
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CATACCAACGTACGAATGCAAAACTATAAGGCATGTAAATATGTAATATATTATAGTTAT
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AGATGGTTCATATTTGGAATCTGCATATCAGAAGGTAAAGGGTTCATATTTCGAGGACAA
GGAGTGCACTTAAGTGGCTTAACCAAAGCCATAAAGAATCTCAATCCTGAGGCTTCTTCC
ATGTTGGCTTTATCTCCTTCAATTTCCCAGTCAAAGCCCTGCACCATCACTCCAACCGCG
GTTCCTACAAAAGTACTCCCTAGATTTGATCCAGGACATCCTCTCCTTCCAGCCCCAAAC
GCCAGGAACTTAAGTGCTTGCTCTTTTCTCTCCTCCTCTTTCCATGACCTTGAAGAAGTT
AGAAACCTCTCTGGCTTAAACTCATAAGGATCTTCCCAAGAATCAGGATCTCTCATGATA
GCATAAGAATTGACAGCAAGTGATGTTCCCTCCGGTATGTAGAACCCTCCTATCGTACAG
CCTTCTTGAAACTCTCTTGGCACCACAGATCCCACAGGGTGCAATCTT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1CL19JQ 755 0 0
GGTTGAACTACTTATTGATTATAATAATTATATACAATGTTTTAAGGAAATTGCATTCAA
CATACCAACGTACGAATGCAAAACTATAAGGCATGTAAATATGTAATATATTATAGTTAT
ATGTTTGTGAATTGAGTGTAATCCTGACCTCCTGAATCAGAAGGTAAGAATCTTACCGTA
AGATGGTTCATATTTGGAATCTGCATATCAGAAGGTAAAGGGTTCATATTTCGAGGACGA
GGAGTGCACTTAAGTGGCTTAGCCAAAGCCATAAAGAATCTCAATCCTGAGGCTTCTTCC
ATGTTGACTTTATCTCCTTCAATTTCCCAGTCAAAGCCCTGCACCATCACTCCAACCGCG
GTTCCTACAAAAGTACTCCCTAGATTTGATCCAGGACATCCTCTCCTTCCAGCCCCAAAC
GCCAGGAACTTAAGTGCTTGCTCTTTTCTCTCCTCCTCTTTCCATGACCTTGAAGAAGTT
AGAAACCTCTCTGGCTTAAACTCATAAGGATCTTCCCAAGAATCAGGATCTCTCATGATA
GCATAAGAATTGACAGCAAGTGATGTTCCCTCCGGTATGTAGAACCCTCCTATCGTACAG
CCTTCTTGAAACTCTCTTGGCACCACAGATCCCACAGGGTGCAATCTTAGAGCTTCCTTG
ACCACCGCTTGCAAGTAAGGGAGTTTTGGTAGATTAGTTTCTTGAACCAACCTATTTGTC
CCCACCACTGAATCGATTTCTTCTCTCAGTCTTTC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1GX67TF 737 0 0
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TAAAGGGTTCATATTTCGAGGACAAGGAGTGCACTTAAGTGGCTTAGCCAAAGCCATAAA
GAATCTCAATCCTGAGGCTTCTTCCATGTTGGCTTTATCTCCTTCAATTTCCCAGTCAAA
GCCCTGCACCATCACTCCAACCGCGGTTCCTACAAAAGTACTCCCTAGATTTGATCCAGG
ACATCCTCTCCTTCCAGCCCCAAACGCCAGGAACTTAAGTGCTTGCTCTTTTCTCTCCTC
CTCTTTCCATGACCTTGAAGAAGTTAGAAACCTCTCTGGCTTAAACTCATAAGGATCTTC
CCAAGAATCAGGATCTCTCATGATAGCATAAGAATTGACAGCAAGTGATGTTCCCTCCGG
TATGTAGAACCCTCCTATCGTACAGCCTTCTTGAAACTCTCTTGGCACCACAGATCCCAC
AGGGTGCAATCTTAGAGCTTCCTTGACCACCGCTTGCAAGTAAGGGAGTTTTGGTAGATC
AGTTTCTTGAACCAACCTATTTGTCCCCACCACAGAATCGATTTCTTCTCTCAGTCTTTC
AAGGATATTAGGGTTGTTGATTATTTCTGCCATTGCCCACCTTGTTGTTGAAGAAGAGGA
GTCACCTGCTCCAACGAAAAGCTCCGCGAATAATGCCTTGATTTGCTTCCTAGTCATCTT
ATACTCTGCGTTTTCGC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 3

CO CL4074Contig1 640 3 30 U
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ATTCTTTCGATGGAGGAGCAGATCGGTGGGAGCGAGGATCGATGGAAGGGATCGTTAGAG
AACATAACGGAGATGGCTTCGAATCTAGATGCTCTACAGAAGCTTCTCCTCAAGAAAGCA
GTCTTCGTTGAAGAAGACACTTTCGCTAGAGCTTCTCTCATCTCTGAACAATCCCGAACA
ATCAAAGTTCTTGACCAAAGGGTACACACACTAGAAAGAGAACTAGATGCTGCGATTACA
GCTGCTGCTCATGCTCGCTCAGAGAAACGCCAAGCTGAGTCCTCCCAGAAGGCTGCTGAA
TCACGTGCCCAAGAGGTCACAAAAGAGCTCGAAAACACCACAAAGGTTTTCAAACTGCAT
ATGGAAGAGCTCCGAGGTATGCAAAAACAGATATCCAAACGCGATAACGAGATTAAGCTC
TTGGAGTCTATAATCCAAACGCTTGGCGGAAAAGAGCGATTGGGAAAAAGCGGTGTGAGT
GGATGATGCGGTTTTTCACTTGTATAAA*TTTTGTAACCCGAGTTTGTT*GACAGTTTAT
GTATTACACGACACTCCTCTTAGAAGATGCCCATTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1F486TF U 1
AF RR1DT63TF U 37
AF RR1DT63JQ C 227
BS 1 146 RR1F486TF
BS 147 147 RR1DT63TF
BS 148 179 RR1F486TF
BS 180 180 RR1DT63TF
BS 181 245 RR1F486TF
BS 246 246 RR1DT63TF
BS 247 266 RR1F486TF
BS 267 267 RR1DT63TF
BS 268 293 RR1F486TF
BS 294 294 RR1DT63TF
BS 295 350 RR1F486TF
BS 351 351 RR1DT63TF
BS 352 352 RR1F486TF
BS 353 353 RR1DT63TF
BS 354 413 RR1F486TF
BS 414 414 RR1DT63TF
BS 415 444 RR1F486TF
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BS 446 485 RR1F486TF
BS 486 486 RR1DT63TF
BS 487 555 RR1F486TF
BS 556 556 RR1DT63TF
BS 557 568 RR1F486TF
BS 569 569 RR1DT63TF
BS 570 579 RR1F486TF
BS 580 580 RR1DT63TF
BS 581 588 RR1F486TF
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BS 591 604 RR1F486TF
BS 605 640 RR1DT63TF

RD RR1F486TF 620 0 0
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ATTCTTTCGATGGAGGAGCAGATCGGTGGGAGCGAGGATCGATGGAAGGGATCGTTAGAG
AACATAACGGAGATGGCTTCGAATCTCGATGCTCTACAGAAGCTTCTCCTCAAGAAAGCT
GTCTTCGTTGAAGAAGACACTTTCGCTAGAGCTTCTCTCATCTCTGAACAATCCCGAACA
ATCAAGGTTCTTGACCAAAGGGTACAAACACTAGAAAGAGAACTAGATGCTGCCATTACA
GCTGCTGCTCATGCTCGCTCAGAGAAACGCCAAGCTGAGTCCTCCCAGAAAGATGCTGAA
TCACGTGCCCAAGAGGTCACAAAAGAGCTCGAAAACACCACAAAGGTTTTCAAGCTGCAT
ATGGAAGAGCTCCGAGGTATGCAAGAACAGATATCCAAACGCGATAACGAGATTAAGCTC
TTGGAATCTATAATCCAAACGCTTGGCGGAAAAGAGCGATTGGGAAAAAGCGGTGTGAGT
GGATGATGCGGTTTT*CACTTGTATAAAATTTTGTAACCTGAGTTTGTGAGACAGTTTAT
GTAT
GACAACGATACTTCTC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1DT63TF 604 0 0
GAG
AGAGAGAGTGAGATCGTTTGAATTCTTTCGATGGAGGAGCAGATCGGTGGGAGCGAGGAT
CGATGGAAGGGATCGTTAGAGAACATAACGGAGATGGCTTCGAATCTAGATTCTCTACAG
AAGCTTCTCCTCAAGAAAGCAGTCTTCGTTGAAGAAGACACTTTCGCTAGAGCTTCTCTC
ATCTCTGAACAATCCCGAACAATCAAAGTTCTTGACCAAAGGGTACACACACTAGAAAGA
GAACTAGATGCTGCGATTACAGCTGCTGCTCATGCTCGCTCAGAGAAACGCCAAGCTGAG
TCCTCCCAGAAGGCTGCTGAATCACGTGCCCAAGAGGTCACAAAAGAGCTCGAAAACACC
ACAAAGGTTTTCAAACTGCATATGGAAGAGCTCCGAGGTATGCAAAAACAGATATCCAAA
CGCGATAACGAGATTAAGCTCTTGGAGTCTATAATCCAAACGCTTGGCGGAAAAGAGCGA
TTGGGAAAAAGCGGTGTGAGTGGATGATGCGGTTTTTCACTTGTATAAA*TTTTGTAACC
CGAGTTTGTT*GACAGTTTATGTATTACACGACACTCCTCTTAGAAGATGCCCATTTTAC
C

QA 4 604 4 604
DS 

RD RR1DT63JQ 414 0 0
AACAATCCCGAACAATCAAAGTTCTTGACCAAAGGGTACACACACTAGAAAGAGAACTAG
ATGCTGCGATTACAGCTGCTGCTCATGCTCGCTCAGAGAAACGCCAAGCTGAGTCCTCCC
AGAAGGCTGCTGAATCACGTGCCCAAGAGGTCACAAAAGAGCTCGAAAACACCACAAAGG
TTTTCAAACTGCATATGGAAGAGCTCCGAGGTATGCAAAAACAGATATCCAAACGCGATA
ACGAGATTAAGCTCTTGGAGTCTATAATCCAAACGCTTGGCGGAAAAGAGCGATTGGGAA
AAAGCGGTGTGAGTGGATGATGCGGTTTTTCACTTGTATAAA*TTTTGTAACCCGAGTTT
GTT*GACAGTTTATGTATTACACGACACTCCTCTTAGAAGATGCCCATTTTACC

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 3

CO CL4075Contig1 1147 3 7 U
GGCTGGAATAAGATGTAGAAAGATGGTTTTGTACAACAAAAACACTCATTCCGTATGATT
TCAACCCAACCGAAACAAAAATTTAGCTTCAGAAACATTTCTCAATCTGAAACTTTGGAA
AAAAACTAGTTCTACTGCCTGAAGACTATTAAACTAGGTTGAAGCGAAGCACTGTTTCGA
AACCAATCTGAGACCCAATTCAGTTTAACCAAAAAAAAGATCACTTTGTGGAGGATCTAA
TAATACTCATCAGGGTTGTCTTTGCGCTGAATGAGAGGTACACCATCCTCTCTCCATTTA
ATCCGCTCTTCGCAAATGGCAGCAACCACCTCGACATACAGTTTATGTTCCTCATCAAGA
ACCCTTTTAGCCAAGTCCTCTGGTGTATCATTAGCAATCACACGAACTGCACTTTGAGCA
AGTATCCTCCCTGTGTCATACTCCTCATCCACAAAGTGAATGGTCGGACCTGAATACCTA
GCTCCAGATGCTAGAACAGCTTTATGAACTCTCATACCATAAAGCCCTTTACCTCCAAAA
GCTGGAAGTAAAGCAGGACGGATATTCAGAATCCGTTTAGGAAAAGCTTTGACCAGCTCC
ACCGGTATCAGTTTCAAATAACCAGCTAGCAGAACAAAGTCCACACCATACTCCCTGAGA
ACATGGACAAGCTCTGTAGGAGAGAGTCCATCAGATGATTCTCGTTGCGGTTTTGGGAAT
ATCAAGACAGGAATCCCATTGCTTCTTGCATACTCAGCACCTCCACAATCTTTTTTGTTA
GTGACTAATAAGACAACATCCCCCTTGACTGAACCACCAATGCATCCCTCGTGAATCTTC
TTGAAATTAGAACCACCTCCCGACACAAACACAGCAAGCTTCTTCCTTCTTCCTGCTGAA
CCATCAGCCTCTGCTACGGTTGGAGCAAAGGAAGCAGCTTTTACAAGCGGTCGAATCCAC
ATCGCGAATCGGTATACCGGACTTCGGTAGGAGAAGGAGAGGACGTTCCTGGAAGGCGTT
AACGGAGGAGAAATCGAGGTTTCTCGCGCCGGGAAGGTGAGTTGGCTTGAGAACAAAACT
CGTGATGCCATTGTGAAAGACACTAAAGTTCGGCCGTTCGCGTGAGGTTCTTTTTTGTCG
GAACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CL33JQ U 1
AF RR1G001JQ U 33
AF RR1CL33TF C 380
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GACATACAGTTTATGTTCCTCATCAAGAACCCTTTTAGCCAAGTCCTCTGGTGTATCATT
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AAAGTGAATGGTTGGACCTGAATACCTAGCTCCAGATGCTAGAACAGCTTTATGAACTCT
CATACCATAAAGCCCTTTACCTCCAAAAGCTGGAAGTAAAGCAGGATGGATATTCAGAAT
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AACCAGCTAGCAGAACAAAGTCCACACCATACTCCCTGAGAACATGGACAAGCTCTGTAG
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CCCCCTTGACTGAACCACCAATGCATCCCTCGTGAATCTTCTTGAAATTAGAACCACCTC
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QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

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TTGATCGGTTCT


BQ
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AF RR1CX75TF U 1
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CA

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DS 

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GG
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CTTTTGTTCGGACGTATGCTCTGTATTTGGACGAACGGCTTGATTTTCGGATGCAGAGAA
GGAAAGGGAAAAACATTGAAGGTGGTGATGATGATGATGAGGAAGATGATGATCATCGAG
AGACCAAAACCGATAATCGGTCGAGAGCTCTTGTGGTGACGCCTAGCCGATCACAAAGAT
GAAAACAGACAAAATTTTTATTAGAGTGCACACTTACACAGCTTCTTGATCGGTTCT

QA 3 719 3 719
DS 



AS 1 2

CO CL4077Contig1 1034 2 4 U
TTTTTGGACGATGAGCAATGTCGGTGAGAAATTGGTTGGGGAGAAGAAAGTAGCAGCAGC
GCAGCAGCCGCAACAGTTTCTGACGATGAACGCGAAGCTCTACTCTCTGGAGAGGTTCCG
AGCAGATTTTGTTGATGTCTCGGTAAAGGAGGTAGATCGGCTCAACGAGTTGGAGGTATC
CAAAGTATATCACTGCGACGGGTTGGTGTTATGCGTGGCTAAGGACAAGAAGGAGGAACC
GAAGCTGGTGTTGTGGAACCCTTATCTGTGTCAAACAAGGTGGATCGAACCGAGAGAGAC
TTTCAACAAAAATAACAGGTTCGCGATCGGATACGACGACGACGGCTCAGGCTCAGACTC
GCAGCGCAACCACAAAATCCTGAGGTTAGCGGATGCTTACACCTTTGGACCAGAACGCAA
ACACGAGTTTGTGTGCGAAATCTATGAAATTAGGTCTAATTCATGGAGGGTTCTCGATGT
GGTGAAGGATAATCCCAAGTGGTCGATAGATATGGATCAGCGAGGCGTGTCTGTCAAGGG
AAACACCTACTTTTTTGCTCATCATCTTGCAGAAAGAGTTTTTAGAGGACTCGTCCTTAA
ACAGGAGGAAATTTTCTTAATCTGTTTTGATTTTGCCAAAGAGAGGTTTGGACCACGCCT
CCCTTTTCCTTTTGACTCTTTCGATGGTTTCAATGGTGACCTTGTGACCCTCTCAAGCTT
CGTTAGTGGTGGTGGTGATGAGCAGCTTGCGGTCCTCTTTGGTGGTTATGAATCTGGCTT
TTTTGAGATTTGGGTTACCCTTACTGTCGAACCCAACCGTGCGTCCTGGAGCAAGTTTTT
GCGAATGGAACCGGGGCCCTTCTGTAGCTACGGTTTTCAGCTCTATCCATCTTCTGGTGG
GAGCTTCCTTGTTGATGAGGACAACAAACTTGCTGTCTTGTTTGAACTAGACCAAACCCA
GACCACTCACAAGCTTTTGTGTTTGGACAGACGCTCCTTCAAATCCTCCGTCAGCCTCGG
ACAGCTCTCTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D945TF U 1
AF RR1BW25TF U 275
BS 1 494 RR1D945TF
BS 495 495 RR1BW25TF
BS 496 600 RR1D945TF
BS 601 1034 RR1BW25TF

RD RR1D945TF 600 0 0
TTTTTGGACGATGAGCAATGTCGGTGAGAAATTGGTTGGGGAGAAGAAAGTAGCAGCAGC
GCAGCAGCCGCAACAGTTTCTGACGATGAACGCGAAGCTCTACTCTCTGGAGAGGTTCCG
AGCAGATTTTGTTGATGTCTCGGTAAAGGAGGTAGATCGGCTCAACGAGTTGGAGGTATC
CAAAGTATATCACTGCGACGGGTTGGTGTTATGCGTGGCTAAGGACAAGAAGGAGGAACC
GAAGCTGGTGTTGTGGAACCCTTATCTGTGTCAAACAAGGTGGATCGAACCGAGAGAGAC
TTTCAACAAAAATAACAGGTTCGCGATCGGATACGACGACGACGGCTCAGGCTCAGACTC
GCAGCGCAACCACAAAATCCTGAGGTTAGCGGATGCTTACACCTTTGGACCAGAACGCAA
ACACGAGTTTGTGTGCGAAATCTATGAAATTAGGTCTAATTCATGGAGGGTTCTCGATGT
GGTGAAGGATAATCTCAAGTGGTCGATAGATATGGATCAGCGAGGCGTGTCTGTCAAGGG
AAACACCTACTTTTTTGCTCATCATCTTGCAGAAAGAGTTTTTAGAGGACTCGTCCTTAA

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1BW25TF 760 0 0
G
CAAGGTGGATCGAACCGAGAGAGACTTTCAACAAAAATAACAGGTTCGCGATCGGATACG
ACGACGACGGCTCAGGCTCAGACTCGCAGCGCAACCACAAAATCCTGAGGTTAGCGGATG
CTTACACCTTTGGACCAGAACGCAAACACGAGTTTGTGTGCGAAATCTATGAAATTAGGT
CTAATTCATGGAGGGTTCTCGATGTGGTGAAGGATAATCCCAAGTGGTCGATAGATATGG
ATCAGCGAGGCGTGTCTGTCAAGGGAAACACCTACTTTTTTGCTCATCATCTTGCAGAAA
GAGTTTTTAGAGGACTCGTCCTTAAACAGGAGGAAATTTTCTTAATCTGTTTTGATTTTG
CCAAAGAGAGGTTTGGACCACGCCTCCCTTTTCCTTTTGACTCTTTCGATGGTTTCAATG
GTGACCTTGTGACCCTCTCAAGCTTCGTTAGTGGTGGTGGTGATGAGCAGCTTGCGGTCC
TCTTTGGTGGTTATGAATCTGGCTTTTTTGAGATTTGGGTTACCCTTACTGTCGAACCCA
ACCGTGCGTCCTGGAGCAAGTTTTTGCGAATGGAACCGGGGCCCTTCTGTAGCTACGGTT
TTCAGCTCTATCCATCTTCTGGTGGGAGCTTCCTTGTTGATGAGGACAACAAACTTGCTG
TCTTGTTTGAACTAGACCAAACCCAGACCACTCACAAGCTTTTGTGTTTGGACAGACGCT
CCTTCAAATCCTCCGTCAGCCTCGGACAGCTCTCTTACT

QA 2 760 2 760
DS 



AS 1 2

CO CL4078Contig1 740 2 1 U
GGAGAGGTAAGAGGAAGAGAGACTCAAAGGACAAAGGGAGGCGGGGACTCATTCATCTCC
CATCTCCGGCGATCTCTTCCTCTTCGCTCCGGGAACATGGAAACGGTAGAAACTCCTTCC
GTCGCCGCCGTCGTCAAATCGGAAGACGCGATTGGCTCAACCGCGGATATTTCCCAAACG
CAGCCGCCGTCGCCTGGAGTCAATTCGTTACCAGCTGCTGGATCTTCCGATGAAGTTGTG
GATTTGACCCCGTCAGATGATGATTTTGACCACGGCGATCATCCGATGGAGGTTGCCAAG
GATGAGTTGAAGAAGAAGATCATTAGACAGGTTGAATACTACTTTAGTGACGAGAATCTG
CCTACTGACAAGTTTCTTCTCAATGCTATGAAGAAGAACAAGAAAGGCTTTGTTCCCATA
TCGACCATTGCTACATTCCATAAAATGAAGAGGCTTACACGAGACCATGCTTTGATAGTA
TCCGCGTTAAAGGAGTCGTCATTTCTTGTTGTTAGTTCGGATGAGAAGAAGGTGAAGCGT
CTGAGTCCTCTTCCTGAGGTCAGGGATCCAAAGATCTTCACTGTGCTGGTAGAAAATTTG
CCAGAGGATCATTCAGCCGAGAACATTCGTATGATATTTGGTAAAGCTGGAAGTATCAAA
AGTGTATCCATATGCGATCCAAATGCTGCTGAAAATCAGAGAAAGTTGTAAGAAGACACG
TTTATCAGAACCAGGTTACA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET89TF U 3
AF RR1CV23TF U 1
BS 1 740 RR1CV23TF

RD RR1ET89TF 709 0 0
G
GAGGTAAGAGGAAGAGAGACTCAAAGGACAAAGGGAGGCGGGGACTCATTCATCTCCCAT
CTCCGGCGATCTCTTCCTCTTCGCTCCGGGAACATGGAAACGGTAGAAACTCCTTCCGTC
GCCGCCGTCGTCAAATCGGAAGACGCGATTGGCTCAACCGCGGATATTTCCCAAACGCAG
CCGCCGTCGCCTGGAGTCGATTCGTTACCAGCTGCTGGATCTTCCGATGAAGTTGTGGAT
TTGACCCCGTCAGATGATGATTTTGACCACGGCGATCATCCGATGGAGGTTGCCAAGGAT
GAGTTGAAGAAGAAGATCATTAGACAGGTTGAATACTACTTTAGTGACGAGAATCTGCCT
ACTGACAAGTTTCTTCTCAATGCTATGAAGAAGAACAAGAAAGGCTTTGTTCCCATATCG
ACCATTGCTACATTCCATAAAATGAAGAGGCTTACACGAGACCATGCTTTGATAGTATCC
GCGTTAAGGGAGTCGTCATTTCTTGTTGTTAGTTCGGATGAGAAGAAGGTGAAGCGTCTG
AGTCCTCTTCCTGAGGTCAGGGATCCAAAGATCTTCACTGTGCTGGTAGAAAATTTGCCA
GAGGATCATTCAGCCGAGAACATTCGTATGATATTTGGTAAAGCTGGAAGTATCAAAAGT
GTATCCATATGCGATCCAAATGCTGCTGAAAATCAGAGAAAG
TTGTAA

QA 2 703 2 703
DS 

RD RR1CV23TF 740 0 0
GGAGAGGTAAGAGGAAGAGAGACTCAAAGGACAAAGGGAGGCGGGGACTCATTCATCTCC
CATCTCCGGCGATCTCTTCCTCTTCGCTCCGGGAACATGGAAACGGTAGAAACTCCTTCC
GTCGCCGCCGTCGTCAAATCGGAAGACGCGATTGGCTCAACCGCGGATATTTCCCAAACG
CAGCCGCCGTCGCCTGGAGTCAATTCGTTACCAGCTGCTGGATCTTCCGATGAAGTTGTG
GATTTGACCCCGTCAGATGATGATTTTGACCACGGCGATCATCCGATGGAGGTTGCCAAG
GATGAGTTGAAGAAGAAGATCATTAGACAGGTTGAATACTACTTTAGTGACGAGAATCTG
CCTACTGACAAGTTTCTTCTCAATGCTATGAAGAAGAACAAGAAAGGCTTTGTTCCCATA
TCGACCATTGCTACATTCCATAAAATGAAGAGGCTTACACGAGACCATGCTTTGATAGTA
TCCGCGTTAAAGGAGTCGTCATTTCTTGTTGTTAGTTCGGATGAGAAGAAGGTGAAGCGT
CTGAGTCCTCTTCCTGAGGTCAGGGATCCAAAGATCTTCACTGTGCTGGTAGAAAATTTG
CCAGAGGATCATTCAGCCGAGAACATTCGTATGATATTTGGTAAAGCTGGAAGTATCAAA
AGTGTATCCATATGCGATCCAAATGCTGCTGAAAATCAGAGAAAGTTGTAAGAAGACACG
TTTATCAGAACCAGGTTACA

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL4079Contig1 1073 2 4 U
TCCCTACAACTTTCATAACTGAAAGTGAGAGAGCTATCAAGATTCTGAACCTCTCCTATC
AAACTTTTAACTACAGTTTCAAAAAGGAAGAAGCAGCAGCTTTGATGAAAAAAAGCTTTG
AGGTACAGTAAATGGAAGTATCACCAAAACCTCCATGGATCCTTGAATGGAGGAACATAA
CTATCAGTAGGAGGAAAAAGCCTAAAGGACTCAACTGCTCTTTCTAACACCGGTCCCATC
ATGTCCCATTGCTTGCCAAGGGTTGAGGCATTCATGGTGTATAAGTACCCATCCCGTTCA
GCTGTTGAAAAAATGTAGTGTCTGTACATCTTTGATGCTTCAGCGATTTTGGTAGGTGAT
TTGCGGACAAGGTACTCGTAATACCAGTAAGGCTCCCCATCAATATCAGTAGAATGTACA
TCAAGAACCGAGCTTTCTTCTAGACGCTGACTTGAAGTGACACGCAAAGCTGATTTATCA
GAGAGAACAGAGTCAGCAACGTCTTTGGCAGTCCATGTTTTCTTGTCTTTTGATGTTAGG
AAGCTTGGGTTAGGGGGACCTATCGAAATAGAAATGACTAGGTTGTCGATGAGGTCAAGT
CGTTCAGAAACAATCCTTAGACGGGCATCAGGAGAGAGTGGCGCAGCTGAAGAGTAACGT
TCAGGCTTTCTTGATTCAACCCATTTGAAGGCAAGCTTCTCAGATGGAAGCTCGAGTGGG
TAAGAATAAGAATAAGCATTGAGATCATCCACCATGGAACCCATTTTAGGTTCTTCCCCA
CCCATTTTCACTGCTTCTTCTTCTGCAGCAAAAGTGACAGGAGAAGACGACAGTGGCAAG
AGCGTAGATAAGGGAGAAGAGAGACCAATTAACACTAAATCCCTACGAGAAAGTCCCTCC
GATCTCGTGGAAACACGAGAGGGAGAAATGATCAGCTCACTTGATTCTCCTCCATGACGA
TACTTGCTCGAAATGCTGTTGCTCCTTCTGCACCTGTGAAGACGATAGCAGGGAGAGGAG
AAAGATGGAGAGAGAAGAGCCATGGATATGTATGGAGCCTTTATCTTCCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EV67JQ U 1
AF RR1AD91TF C 224
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AGGTACAGTAAATGGAAGTATCACCAAAACCTCCATGGATCCTTGAATGGAGGAACATAA
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GCTGTTGAAAAAATGTAGTGTCTGTACATCTTTGATGCTTCAGCGATTTTGGTAGGTGAT
TTGCGGACAAGGTACTCGTAATACCAGTAAGGCTCCCCATCAATATCAGTAGAATGTGCA
TCAAGAACCGAGCTTTCTTCTAGACGC

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DS 

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AGTACCCATCCCGTTCAGCTGTTGAAGAAATGTAGTGTCTGTACATCTTTGATGCTTCAG
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TATCAGTAGAATGTACATCAAGAACCGAGCTTTCTTCTAGACGCTGACTTGAAGTGACAC
GCAAAGCTGATTTATCAGAGAGAACAGAGTCAGCAACGTCTTTGGCAGTCCATGTTTTCT
TGTCTTTTGATGTTAGGAAGCTTGGGTTAGGGGGACCTATCGAAATAGAAATGACTAGGT
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CAGCTGAAGAGTAACGTTCAGGCTTTCTTGATTCAACCCATTTGAAGGCAAGCTTCTCAG
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TTTTAGGTTCTTCCCCACCCATTTTCACTGCTTCTTCTTCTGCAGCAAAAGTGACAGGAG
AAGACGACAGTGGCAAGAGCGTAGATAAGGGAGAAGAGAGACCAATTAACACTAAATCCC
TACGAGAAAGTCCCTCCGATCTCGTGGAAACACGAGAGGGAGAAATGATCAGCTCACTTG
ATTCTCCTCCATGACGATACTTGCTCGAAATGCTGTTGCTCCTTCTGCACCTGTGAAGAC
GATAGCAGGGAGAGGAGAAAGATGGAGAGAGAAGAGCCATGGATATGTATGGAGCCTTTA
TCTTCCTTCC

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 3

CO CL4080Contig1 970 3 4 U
GGACAGACAAACCCTTTCCTCCTCCCATTTCATTGCAGAGACAGAGAGAGAGAGATTCAG
ACACAAAAAAATGCTTCTCAAATCAGCTTCTGCTTTCTCCCTCGTGAACATCCATGGAGT
CGAGAAGGACATCTCTCCTCTCTCCTCCTCCTCGTCCTCGAGTCTTCCCGTTTCTTCGGG
AAAACCACGAAACCTCTCCTTCTCTGTGTCTGCCTCAAAGGCTACCACCACCACGACGCA
GACCCTAAGCGGCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGAGGAGGTGAAGAAGGAGCTCGATCTCGT
CCCTTCGAGCCCACAGCTCTCTCTTGCTCGCCATCTGTACTCTCCCGAGTGCGAAGCCGC
CGTGAATGAGCAGATCAATGTGGAGTACAACGTGTCTTACGTGTATCACGCCTTGTACGC
TTACTTTGATCGTGATAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTTTTCAAGGAGTCGAG
TGTGGAAGAACGAGACCACGCTGAGATGTTGATGGAGTATCAGAACAAACGTGGTGGGAG
AGTTAAGTTACAGCCTATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGATCACGCTGAGAAGGGAGA
TGCTCTCTATGCCATGGAGCTGGCTCTATCGTTGGAGAAGCTGGTCAATGAAAAGCTCCT
CAACGTGCACAGTGTGGCTTCGAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCAGATTTCATTGAGAG
CGAGTTTTTGAACGAACAGGTTGAAGCGATTAAGAAAATCTCTGAATATGTGGCTCAGCT
CAGAAGACTCGGCAAAGGGCATGGAACATGGCACTTCGATCAAGAGCTTCTGGAAGCTGC
TGCTGCTTAATCTCTTCTTATAAAACTAACGCTGCTTAATCTGTTTTGGTTGTAATCTCT
CTTATAAACTCTTGTTCCTTGATCTGTTTTGGTTCTTGACTATTAAGCAGTTAGTTTTGT
TTACACCTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX29TF U 1
AF RR1EQ74TF U 1
AF RR1EQ74JQ C 252
BS 1 272 RR1CX29TF
BS 273 273 RR1EQ74TF
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BS 729 970 RR1EQ74JQ

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ACACAAAAAAATGCTTCTCAAATCAGCTTCTGCTTTCTCCCTCGTGAACATCCATGGAGT
CGAGAAGGACATCTCTCCTCTCTCCTCCTCCTCGTCCTCGAGTCTTCCCGTTTCTTCGGG
AAAACCACGAAACCTCTCCTTCTCTGTGTCTGCCTCAAAGGCTACCACCACCACGACGCA
GACCCTAAGCGGCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGGGGAGGTGAAGAAGGAGCTCGATCTCGT
CCCTTCGAGCCCACAGCTCTCTCTTGCTCGCCATCTGTACTCTCCCGAGTGCGAAGCCGC
CGTGAATGAGCAGATCAATGTGGAGTACAACGTGTCTTACGTGTATCACGCCTTGTACGC
TTACTTTGATCGTGATAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTTTTCAAGGAGTCGAG
TGTGGAAGAACGAGACCACGCTGAGATGTTGATGGAGTATCAGAACAAACGTGGTGGGAG
AGTTAAGTTACAGCCTATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGATCACGCTGAGAAGGGAGA
TGCTCTCTATGCCATGGAGCTGGCTCTATCGTTGGAGAAGCTGGTCAATGAAAAGCTCCT
CAACGTGCACAGTGTGGCTTCGAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCAGATTTCATTGAGAG
CGAGTTTT
GAACGA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1EQ74TF 724 0 0
GGACAGACAAACCCTTTCCTCCTCCCATTTCATTGCAGAGACAGAGAGAGAGAGATTCAG
ACACAAAAAA*TGCTTCTCAAATCAGCTTCTGCTTTCTCCCTCGTGAACATCCATGGAGT
CGAGAAGGACATCTCTCCTCTCTCCTCCTC***GTCCTCGAGTCTTCCCGTTTCTTCGGG
AAAACCACGAAACCTCTCCTTCTCTTTGTCTGCCTCAAAGGCTACCACCACCACGACGCA
GACCCTAAGCGGCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGAGGAGGTGAAGAAGGAGCTCGATCTCGT
CCCTTCGAGCCCACAGCTCTCTCTTGCTCGCCATCTGTACTCTCCCGAGTGCGAAGCCGC
CGTGAATGAGCAGATCAATGTGGAGTACAACGTGTCTTACGTGTATCACGCCTTGTACGC
TTACTTTGATCGTGATAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTTTTCAAGGAGTCGAG
TGTGGAAGAACGAGACCACGCTGAGATGTTGATGGAGTATCAGAACAAACGTGGTGGGAG
AGTTAAGTTACAGCCTATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGATCACGCTGAGAAGGGAGA
TGCTCTCTATGCCATGGAGCTGGCTCTATCGTTGGAGAAGCTGGTCAATGAAAAGCTCCT
CAACGTGCACAGTGTGGCTTCGAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCAGATT*CATTGAGAG
CGAG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1EQ74JQ 719 0 0
GCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGAGGAGGTGAAGAAGGAGCTCGATCTCGTCCCTTCGAGCC
CACAGCTCTCTCTTGCTCGCCATCTGTACTCTCCCGAGTGCGAAGCCGCCGTGAATGAGC
AGATCAATGTGGAGTACAACGTGTCTTACGTGTATCACGCCTTGTACGCTTACTTTGATC
GTGATAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTTTTCAAGGAGTCGAGTGTGGAAGAAC
GAGACCACGCTGAGATGTTGATGGAGTATCAGAACAAACGTGGTGGGAGAGTTAAGTTAC
AGCCTATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGATCACGCTGAGAAGGGAGATGCTCTCTATG
CCATGGAGCTGGCTCTATCGTTGGAGAAGCTGGTCAATGAAAAGCTCCTCAACGTGCACA
GTGTGGCTTCGAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCAGATTTCATTGAGAGCGAGTTTTTGA
ACGAACAGGTTGAAGCGATTAAGAAAATCTCTGAATATGTGGCTCAGCTCAGAAGACTCG
GCAAAGGGCATGGAACATGGCACTTCGATCAAGAGCTTCTGGAAGCTGCTGCTGCTTAAT
CTCTTCTTATAAAACTAACGCTGCTTAATCTGTTTTGGTTGTAATCTCTCTTATAAACTC
TTGTTCCTTGATCTGTTTTGGTTCTTGACTATTAAGCAGTTAGTTTTGTTTACACCTCC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL4081Contig1 1154 2 2 U
TTTTTCTTCCTGTCTCTCTCCTCTGTTTGTATCCATGGATAAGATTAATCTTGTGAAGAA
TGGTGTTTTGAGACTGCCACCTGGTTTCAGGTTTCATCCCACTGATGAAGAACTTGTGGT
TCAGTATCTCAAGAGAAAAGTTTTTTCTTCCCCATTACCAGCTTCCATCATTCCTGATGT
CGATGTTTGCAGAGCTGATCCTTGGGACTTACCTGGTTGGTTTTATGATATTCTGTTATA
ACTCATTAATTAGTTTCCATTTATTTGGTTTCGAACCAGCGACCTTAGTCTTATGCAAGA
CAGGTTACGAGCACAAGCGGATGAAACATTCACAGCCTCTAAATTTTCAGCTAAATTTTT
AAAACATATGTTGAGTGGGTCTTCAAATTATCCGAAGATTAACATAATTATATTTACGGC
TTTTTCAAATCTCAAATTCAAGCTTAAGACTTATGAAGCCCTCTTTTTCTGTATGCAGGC
AACTTAGAAAAGGAGAGGTACTTCTTCAGCACAAGGGAAGCCAAGTACCCAAATGGGAAC
CGGTCCAATAGGGCAACTGAGTCCGGTTATTGGAAAGCTACTGGTATTGATAAACGGGTT
GTGACCTCTAGAGGAAACCAAATCGTTGGTTTAAAGAAAACTCTCGTCTTTTACAAAGGC
AAACCACCTCATGGCTCAAGAACCGATTGGATCATGCACGAATATCGGCTCTCTTCCTCT
CCTTCGAGTTCTATAGGCCCCACTCAGAATTGGGTTCTTTGTCGCATCTTCCTTAAGAAG
AGAGCCGGTGCCAAGAACGAAGACGAGGGAGATAATCGGAATTTTAGATGTAATAATGAC
CAACTTGAAATAATTACACCAAACCAAACCGAGGATAAAACCAAACCAATTTTTTTCGAC
TTCATGAGAAAAGAAAGGACTACGGATTTGAACCTTTTGCCGAGCTCTCCTTCTTCCGGT
CACGCTTCAAGTGGAGTCACGACGGAGATCTTCTCTTCTGATGAAGAGACCAGTAGTTGC
AATAGTTTAAGAAGAAATCCTTAATTAAATTTTAATGTTGACTGTCTTATATAGTAATTT
TATATTAATACGACTCTCCTTCCTTTTTCCCATGTTACTTGAAAACGAATCTGTTTCTTG
AACTAGTTGAATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EI86TF U 1
AF RR1D977JQ C 467
BS 1 734 RR1EI86TF
BS 735 1154 RR1D977JQ

RD RR1EI86TF 734 0 0
TTTTTCTTCCTGTCTCTCTCCTCTGTTTGTATCCATGGATAAGATTAATCTTGTGAAGAA
TGGTGTTTTGAGACTGCCACCTGGTTTCAGGTTTCATCCCACTGATGAAGAACTTGTGGT
TCAGTATCTCAAGAGAAAAGTTTTTTCTTCCCCATTACCAGCTTCCATCATTCCTGATGT
CGATGTTTGCAGAGCTGATCCTTGGGACTTACCTGGTTGGTTTTATGATATTCTGTTATA
ACTCATTAATTAGTTTCCATTTATTTGGTTTCGAACCAGCGACCTTAGTCTTATGCAAGA
CAGGTTACGAGCACAAGCGGATGAAACATTCACAGCCTCTAAATTTTCAGCTAAATTTTT
AAAACATATGTTGAGTGGGTCTTCAAATTATCCGAAGATTAACATAATTATATTTACGGC
TTTTTCAAATCTCAAATTCAAGCTTAAGACTTATGAAGCCCTCTTTTTCTGTATGCAGGC
AACTTAGAAAAGGAGAGGTACTTCTTCAGCACAAGGGAAGCCAAGTACCCAAATGGGAAC
CGGTCCAATAGGGCAACTGAGTCCGGTTATTGGAAAGCTACTGGTATTGATAAACGGGTT
GTGACCTCTAGAGGAAACCAAATCGTTGGTTTAAAGAAAACTCTCGTCTTTTACAAAGGC
AAACCACCTCATGGCTCAAGAACCGATTGGATCATGCACGAATATCGGCTCTCTTCCTCT
CCTTCGAGTTCTAT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1D977JQ 688 0 0
GGGACTTACCT
GGCAACTTAGAAAAGGAGAGGTACTTCTTCAGCACAAGGGAAGCCAAGTACCCAAATGGG
AACCGGTCCAATAGGGCAACTGAGTCCGGTTATTGGAAAGCTACTGGTATTGATAAACGG
GTTGTGACCTCTAGAGGAAACCAAATCGTTGGTTTAAAGAAAACTCTCGTCTTTTACAAA
GGCAAACCACCTCATGGCTCAAGAACCGATTGGATCATGCACGAATATCGGCTCTCTTCC
TCTCCTTCGAGTTCTATAGGCCCCACTCAGAATTGGGTTCTTTGTCGCATCTTCCTTAAG
AAGAGAGCCGGTGCCAAGAACGAAGACGAGGGAGATAATCGGAATTTTAGATGTAATAAT
GACCAACTTGAAATAATTACACCAAACCAAACCGAGGATAAAACCAAACCAATTTTTTTC
GACTTCATGAGAAAAGAAAGGACTACGGATTTGAACCTTTTGCCGAGCTCTCCTTCTTCC
GGTCACGCTTCAAGTGGAGTCACGACGGAGATCTTCTCTTCTGATGAAGAGACCAGTAGT
TGCAATAGTTTAAGAAGAAATCCTTAATTAAATTTTAATGTTGACTGTCTTATATAGTAA
TTTTATATTAATACGACTCTCCTTCCTTTTTCCCATGTTACTTGAAAACGAATCTGTTTC
TTGAACTAGTTGAATTT

QA 12 688 12 688
DS 



AS 1 3

CO CL4082Contig1 782 3 8 U
GGAGTCGAAGACGACGAATCGATATTTCTCTCGCAAATCTAGATTGTTCGCGTGGAGAGA
GGAAGACGGCGATGGGAAGTGGGCGAGAAGTCAGCGTGTCGCTAGATGGAGTCAGAGACA
AAAACATGATGCAGCTTAAGAAACTCAACACTGTGCTCTTCCCGGTTCGCTACAACGACA
AGTACTACGCTGATGCGATTGCATCCGGCGAGTTCACTAAGCTTGCTTATTACAGTGATA
TATGTGTTGGAGCTATTGCTTGTCGGCTGGAGAAGAAAGAAGGCGGGGCCATGAGAGTGT
ATATAATGACACTTGGTGTTCTTGCACCATACCGCGGCATTGGCATTGGTTCAAAGCTAC
TGAATCATGTTCTTGAGATGTGCTCCAAGCAGAACATGTCGGAAATATACTTGCATGTTC
AGACAAACAACGAAGATGCGATCAAGTTCTACAAGAAATTTGGTTTTGAGATCACAGATA
CCATACAAGACTATTACGTCAACATCGAGCCTAGAGATTGCTATGTTGTCACCAAGTCCT
TTGCTCAATCTGAAGCCAGCAAATGATGACAATACGTTACTTCGGGAAGCCATTCTTTCC
CGCCAGTTTGTTTGTTTCACTGAAGATTCCATTCTTGAAGTTCTGATGTTTTGGTTTCGT
GAGTTTTACTTGTTTTGATGACCCCAAAGTTATAGATACATGGTTGTCTAGTGACCCCTT
GGTTTTGGACCTCTTAGTTGGGGAGGTGTTAACTTTGCAGCTCTCATCATTATTACTACT
CA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1FO70TF U 1
AF RR1DK02TF U 5
AF RR1EI55TF U 8
BS 1 195 RR1FO70TF
BS 196 196 RR1DK02TF
BS 197 549 RR1FO70TF
BS 550 550 RR1DK02TF
BS 551 725 RR1FO70TF
BS 726 726 RR1EI55TF
BS 727 736 RR1DK02TF
BS 737 782 RR1EI55TF

RD RR1FO70TF 727 0 0
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AAAACATGATGCAGCTTAAGAAACTCAACACTGTGCTCTTCCCGGTTCGCTACAACGACA
AGTACTACGCTGATGTGATTGCATCCGGCGAGTTCACTAAGCTTGCTTATTACAGTGATA
TATGTGTTGGAGCTATTGCTTGTCGGCTGGAGAAGAAAGAAGGCGGGGCCATGAGAGTGT
ATATAATGACACTTGGTGTTCTTGCACCATACCGCGGCATTGGCATTGGTTCAAAGCTAC
TGAATCATGTTCTTGAGATGTGCTCCAAGCAGAACATGTCGGAAATATACTTGCATGTTC
AGACAAACAACGAAGATGCGATCAAGTTCTACAAGAAATTTGGTTTTGAGATCACAGATA
CCATACAAGACTATTACGTCAACATCGAGCCTAGAGATTGCTATGTTGTCACCAAGTCCT
TTGCTCAAT*TGAAGCCAGCAAATGATGACAATACGTTACTTCGGGAAGCCATTCTTTCC
CGCCAGTTTGTTTGTTTCACTGAAGATTCCATTCTTGAAGTTCTGATGTTTTGGTTTCGT
GAGTTTTACTTGTTTTGATGACCCCAAAGTTATAGATACATGGTTGTCTAGTGACCCCTT
GGTTT
TG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1DK02TF 732 0 0
GGGAA
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CGATGGGAAGTGGGCGAGAAGTCAGCGTGTCGCTAGATGGAGTCAGAGACAAAAACATGA
TGCAGCTTAAGAAACTCAACACTGTGCTCCTCCCGGTTCGCTACAACGACAAGTACTACG
CTGATGCGATTGCATCCGGCGAGTTCACTAAGCTTGCTTATTACAGTGATATATGTGTTG
GAGCTATTGCTTGTCGGCTGGAGAAGAAAGAAGGCGGGGCCATGAGAGTGTATATAATGA
CACTTGGTGTTCTTGCACCATACCGCGGCATTGGCATTGGTTCAAAGCTACTGAATCATG
TTCTTGAGATGTGCTCCAAGCAGAACATGTCGGAAATATACTTGCATGTTCAGACAAACA
ACGAAGATGCGATCAAGTTCTACAAGAAATTTGGTTTTGAGATCACAGATACCATACAAG
ACTATTACGTCAACATCGAGCCTAGAGATTGCTATGTTGTCACCAAGTCCTTTGCTCAAT
CTGAAGCCAGCAAATGATGACAATACGTTACTTCGGGAAGCCATTCTTTCCCGCCAGTTT
GTCTGTTTCACTGAAGATTCCATTCTTGAAGTTCTGATGTTTTGGTTTCGTGAGTTTTAC
TTGTTTTGATGACCCCAAAGTTATAGATACATGGTTGTCTAGTGACCCCTTGGTTT*GGA
CCTCTTA

QA 6 732 6 732
DS 

RD RR1EI55TF 775 0 0
GG
GACGACGAATCGATATTTCTCTCGCAAATCTAGATTGTTCGCGTGGAGAGAGGAAGACGG
CGATGGGAAGTGGGCGAGAAGTCAGCGTGTCGCTAGATGGAGTCAGAGACAAAAACATGA
TGCAGCTTAAGAAACTCAACACTGTGCTCTTCCCGGTTCGCTACAACGACAAGTACTACG
CTGATGCGATTGCATCCGGCGAGTTCACTAAGCTTGCTTATTACAGTGATATATGTGTTG
GAGCTATTGCTTGTCGGCTGGAGAAGAAAGAAGGCGGGGCCATGAGAGTGTATATAATGA
CACTTGGTGTTCTTGCACCATACCGCGGCATTGGCATTGGTTCAAAGCTACTGAATCATG
TTCTTGAGATGTGCTCCAAGCAGAACATGTCGGAAATATACTTGCATGTTCAGACAAACA
ACGAAGATGCGATCAAGTTCTACAAGAAATTTGGTTTTGAGATCACAGATACCATACAAG
ACTATTACGTCAACATCGAGCCTAGAGATTGCTATGTTGTCACCAAGTCCTTTGCTCAAT
CTGAAGCCAGCAAATGATGACAATACGTTACTTCGGGAAGCCATTCTTTCCCGCCAGTTT
GTTTGTTTCACTGAAGATTCCATTCTTGAAGTTCTGATGTTTTGGTTTCGTGAGTTTTAC
TTGTTTTGATGACCCCAAAGTTATAGATACATGGTTGTCTAGTGACCCCTTGGTTTTGGA
CCTCTTAGTTGGGGAGGTGTTAACTTTGCAGCTCTCATCATTATTACTACTCA

QA 3 775 3 775
DS 



AS 1 2

CO CL4083Contig1 910 2 14 U
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CTCACTACCTTCAGCCCTTCAGGAAAGCTGGTTCAGATAGAGCATGCTCTAACAGCTGTT
GGATCAGGCCAGACATCTCTGGGAATCAAAGCTTCAAATGGAGTTGTTATTGCTACTGAA
AAGAAGCTTCCCTCTATTCTTGTTGATGAAGCCTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACT
CCCAACATTGGAGTTGTATACAGTGGTATGGGCCCTGATTTCCGAGTTCTTGTGCGAAAG
AGTAGGAAGCAGGCTGAGCAATACCTCCGCTTGTACAAAGAACCTATCCCTGTCACTCAA
CTTGTGAGGGAAACGGCTACGGTCATGCAAGAGTTCACTCAATCAGGTGGTGTGAGGCCG
TTTGGAGTTTCTCTACTAGTGGCTGGGTATGATGACAAGGGCCCACAGCTGTACCAGGTG
GATCCGTCTGGTTCCTATTTCTCATGGAAAGCTTCGGCAATGGGAAAGAATGTTTCGAAT
GCCAAGACATTTCTCGAGAAGAGGTACACAGAAGATATGGAGCTTGATGATGCGATTCAT
ACGGCTATATTGACACTGAAGGAAGGTTTTGAGGGAGAAATCTCGAGCAAGAACATCGAG
ATTGGCAAGATTGGTGCTGACAAAGTCTTTAGGGTACTAACACCGGCAGAGATCGACGAT
TACTTGGCTGAGGTCGAGTAAAAACTTTCACTTTGGCCGCCCAACAAACCTCGAGTTGAA
TCTCATTACTATCTTTTACTTTTCTGCCTAGTTGGTAAAAAGACTGATGGTTCTTGCGTT
TGTAAAACTATTCCAACTTGTTAACACTCGAGACCTTGTTTAGTTTTCATTCGTTTAGAC
ATGTTCAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ58TF U 1
AF RR1DL94TF U 186
BS 1 320 RR1CZ58TF
BS 321 321 RR1DL94TF
BS 322 323 RR1CZ58TF
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BS 439 524 RR1CZ58TF
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BS 571 619 RR1CZ58TF
BS 620 910 RR1DL94TF

RD RR1CZ58TF 619 0 0
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GGATCAGGCCAGACATCTCTGGGAATCAAAGCTTCAAATGGAGTTGTTATTGCTACTGAA
AAGAAGCTTCCCTCTATTCTTGTTGATGAAGCCTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACT
CCCAACATTGGAGTTGTATACAGTGGTATGGGCCCTGATTTCCGAGTTCTTGTGCGAAAG
AGTAGGAAGCAGGCTGAGCAGTATCTCCGCTTGTACAAAGAACCTATCCCTGTCACTCAA
CTTGTGAGGGAAACGGCTACGGTCATGCAAGAGTTCACTCAATCAGGTGGTGTTAGGCCG
TTTGGAGTTTCTCTACTCGTGGCTGGGTATGATGACAAGGGCCCACAGCTGTACCAGGTG
GATCCGTCTGGTTCCTATTTCTCATGGAAAGCTTCGGCAATGGGGAAGAATGTTTCGAAT
GCCAAGACATTTCTCGAGAAGAGGTACACTGAAGATATGGAGCTTGATGATGCGATTCAT
ACGGCTATATTGACACTGA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1DL94TF 725 0 0
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GAGGGAAACTGCTACGGTCATGCAAGAGTTCACTCAATCAGGTGGTGTGAGGCCGTTTGG
AGTTTCTCTTCTAGTGGCTGGGTATGATGACAAGGGCCCACAGCTGTACCAGGTGGATCC
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TATATTGACACTGAAGGAAGGTTTTGAGGGAGAAATCTCGAGCAAGAACATCGAGATTGG
CAAGATTGGTGCTGACAAAGTCTTTAGGGTACTAACACCGGCAGAGATCGACGATTACTT
GGCTGAGGTCGAGTAAAAACTTTCACTTTGGCCGCCCAACAAACCTCGAGTTGAATCTCA
TTACTATCTTTTACTTTTCTGCCTAGTTGGTAAAAAGACTGATGGTTCTTGCGTTTGTAA
AACTATTCCAACTTGTTAACACTCGAGACCTTGTTTAGTTTTCATTCGTTTAGACATGTT
CAAAT

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL4084Contig1 787 2 2 U
GGGTGGAGAGAAAGAGAGATAGAGAGGGAGAGAGATGAATCTTCATGAGAAGGGTTTAAC
TTTTAAGTCTTCAGGCTTCCTTGCATGGCTTAGAGCATCTTCTAATTCTTCTTCTCCTTC
TGTATTATTCCCTATGAAGATGAAAGATGTTGTATCAAGATCATATCACCAAAGTCAGAT
GAACATTTTTGAACGATCTCTATTCTTATACCAACCACAAGAACCACTCAACACAAACAC
TACGTCTATTCAATGTTTGCCTCTTCTAAACAAGCTCATGGAAGATGAAAGTCGAGCATC
TGATGGCATCAAAGAAGAGATGGATGATGATGTGGTTACCCTCCAAATCGGATTGCCTAC
CTATCACCGTGGTAACTCAGTGGAGGATGACTCAGATACAACTTCCGAGCATCATCAGAA
AAAGTCCATCAAGAGAGAGAGAATAGAAGATGGTGTGGTGATGATGAAGAAGAGGATAAA
GATGACGTTTGAGCAGAAGATGATTGATGATATGGAAGTCTGTGGGAAGAGATTTTGGAT
ACCAAGTCCGGCTCAGATTCACGTCGGTCCAATGCAATTTGCTTGCTCTATTTGCAGCAA
AACCTTCACTAGGTACAATAACATGCAGGTACGTCTTCTCGCTTATCATCTCTATAATAT
ATAATTTCATACCTATTCAGTAATTCACTTACAAGCATGCTGTTCTATGGGTTGAAATCT
TGATTTATAATGTAATCAAAACATTATCACTAGATGTTATATTAACAAAGAAGGATATAT
TATCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED48TF U 1
AF RR1ED48JQ C 7
BS 1 624 RR1ED48TF
BS 625 787 RR1ED48JQ

RD RR1ED48TF 624 0 0
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TTTTAAGTCTTCAGGCTTCCTTGCATGGCTTAGAGCATCTTCTAATTCTTCTTCTCCTTC
TGTATTATTCCCTATGAAGATGAAAGATGTTGTATCAAGATCATATCACCAAAGTCAGAT
GAACATTTTTGAACGATCTCTATTCTTATACCAACCACAAGAACCACTCAACACAAACAC
TACGTCTATTCAATGTTTGCCTCTTCTAAACAAGCTCATGGAAGATGAAAGTCGAGCATC
TGATGGCATCAAAGAAGAGATGGATGATGATGTGGTTACCCTCCAAATCGGATTGCCTAC
CTATCACCGTGGTAACTCAGTGGAGGATGACTCAGATACAACTTCCGAGCATCATCAGAA
AAAGTCCATCAAGAGAGAGAGAATAGAAGATGGTGTGGTGATGATGAAGAAGAGGATAAA
GATGACGTTTGAGCAGAAGATGATTGATGATATGGAAGTCTGTGGGAAGAGATTTTGGAT
ACCAAGTCCGGCTCAGATTCACGTCGGTCCAATGCAATTTGCTTGCTCTATTTGCAGCAA
AACCTTCACTAGGTACAATAACAT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1ED48JQ 781 0 0
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GTCTTCAGGCTTCCTTGCATGGCTTAGAGCATCTTCTAATTCTTCTTCTCCTTCTGTATT
ATTCCCTATGAAGATGAAAGATGTTGTATCAAGATCATATCACCAAAGTCAGATGAACAT
TTTTGAACGATCTCTATTCTTATACCAACCACAAGAACCACTCAACACAAACACTACGTC
TATTCAATGTTTGCCTCTTCTAAACAAGCTCATGGAAGATGAAAGTCGAGCATCTGATGG
CATCAAAGAAGAGATGGATGATGATGTGGTTACCCTCCAAATCGGATTGCCTACCTATCA
CCGTGGTAACTCAGTGGAGGATGACTCAGATACAACTTCCGAGCATCATCAGAAAAAGTC
CATCAAGAGAGAGAGAATAGAAGATGGTGTGGTGATGATGAAGAAGAGGATAAAGATGAC
GTTTGAGCAGAAGATGATTGATGATATGGAAGTCTGTGGGAAGAGATTTTGGATACCAAG
TCCGGCTCAGATTCACGTCGGTCCAATGCAATTTGCTTGCTCTATTTGCAGCAAAACCTT
CACTAGGTACAATAACATGCAGGTACGTCTTCTCGCTTATCATCTCTATAATATATAATT
TCATACCTATTCAGTAATTCACTTACAAGCATGCTGTTCTATGGGTTGAAATCTTGATTT
ATAATGTAATCAAAACATTATCACTAGATGTTATATTAACAAAGAAGGATATATTATCAC
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 3

CO CL4085Contig1 704 3 5 U
GGACATCTTCTCCTCTTGTTATATCATTCATGTGAGAGGAAGAGCGAGAGAAAGAGAGTA
ATACTTTGAAGATGAGTGTGAGAAGAAGCAACGCAGACGGAAAGAGGAGTTTAAGAGAAA
TGAGTGAGGAAGAGGAAGAAGACGAGGATGCATTTGAAGAAGAAGACAACGGAGGAGAAC
AGGAACAAGAAGAGGCTATAGAGAAGAAGCAGAAAGGCAGAGCTACAAGTAGTAGCACTA
GTAGTGGAGTTTCTTGTCAGGTCGAGCGATGCACTGCGGATATGAGCAGAGCCAAACAGT
ACCACAAACGACACAAAGTCTGCGAGTTTCATGCCAAAGCTCCTGCTGTTCGGATCTCTG
GTGGTTACCAACGCTTCTGCCAACAATGTAGCAGGTTTCACGAGCTGCGTGAGTTTGATG
AAGCCAAGCGGAGTTGCAGGAGACGCTTAGCTGGACACAATGAGAGAAGGCGGAAGAGCA
CAAATGAATAAAACGGCCGTGATTCTGAATGTTAATGAAACAGGCTTTGCTTGCTCTCTT
CTGTCACTCTCTTTAATTAAGCTCCTTGTAATCTTATGTGCCTCTCTCTCTCTGTTTCTC
AATAATGTATGCAATCAAAAGCTATCTGCTAAACCTAAGACATTAATAAATGCATTGAGA
CCAAGTAAATGCTTGAAGGTGAACATGTGTAAGAAAATGTATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1B520TF U 1
AF RR1DM82JQ C 354
AF RR1DM82TF U 66
BS 1 181 RR1B520TF
BS 182 182 RR1DM82TF
BS 183 447 RR1B520TF
BS 448 449 RR1DM82TF
BS 450 704 RR1B520TF

RD RR1B520TF 704 0 0
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ATACTTTGAAGATGAGTGTGAGAAGAAGCAACGCAGACGGAAAGAGGAGTTTAAGAGAAA
TGAGTGAGGAAGAGGAAGAAGACGAGGATGCATTTGAAGAAGAAGACAACGGAGGAGAAC
ATGAACAAGAAGAGGCTATAGAGAAGAAGCAGAAAGGCAGAGCTACAAGTAGTAGCACTA
GTAGTGGAGTTTCTTGTCAGGTCGAGCGATGCACTGCGGATATGAGCAGAGCCAAACAGT
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GTGGTTACCAACGCTTCTGCCAACAATGTAGCAGGTTTCACGAGCTGCGTGAGTTTGATG
AAGCCAAGCGGAGTTGCAGGAGACGCTC*GCTGGACACAATGAGAGAAGGCGGAAGAGCA
CAAATGAATAAAACGGCCGTGATTCTGAATGTTAATGAAACAGGCTTTGCTTGCTCTCTT
CTGTCACTCTCTTTAATTAAGCTCCTTGTAATCTTATGTGCCTCTCTCTCTCTGTTTCTC
AATAATGTATGCAATCAAAAGCTATCTGCTAAACCTAAGACATTAATAAATGCATTGAGA
CCAAGTAAATGCTTGAAGGTGAACATGTGTAAGAAAATGTATTC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1DM82JQ 309 0 0
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AAGAGCACAAATGAATAAAACGGCCGTGATTCTGAATGTTAATGAAACAGGCTTTGCTTG
CTCTCTTCTGTCACTCTCTTTAATTAAGCTCCTTGTAATCTTATGTGCCTCTCTCTCTCT
GTTTCTCAATAATGTATGCAATCAAAAGCTATCTGCTAAACCTAAGACATTAATAAATGC
ATTGAGACC

QA 1 309 1 309
DS 

RD RR1DM82TF 597 0 0
GG
GAAGATGAGTGTGAGAAGAAGCAACGCAGACGGAAAGAGGAGTTTAAGAGAAATGAGTGA
GGAAGAGGAAGAAGACGAGGATGCATTTGAAGAAGAAGACAACGGAGGAGAACAGGAACA
AGAAGAGGCTATAGAGAAGAAGCAGAAAGGCAGAGCTACAAGTAGTAGCACTAGTAGTGG
AGTTTCTTGTCAGGTCGAGCGATGCACTGCGGATATGAGCAGAGCCAAACAGTACCACAA
ACGACACAAAGTCTGCGAGTTTCATGCCAAAGCTCCTGCTGTTCGGATCTCTGGTGGTTA
CCAACGCTTCTGCCAACAATGTAGCAGGTTTCACGAGCTGCGTGAGTTTGATGAAGCCAA
GCGGAGTTGCAGGAGACGCTTAGCTGGACACAATGAGAGAAGGCGGAAGAGCACAAATGA
ATAAAACGGCCGTGATTCTGAATGTTAATGAAACAGGCTTTGCTTGCTCTCTTCTGTCAC
TCTCTTTAATTAAGCTCCTTGTAATCTTATGTGCCTCTCTCTCTCTGTTTCTCAATAATG
TATGCAATCAAAAGCTATCTGCTAAACCTAAGACATTAATAAATGCATTGAGACC

QA 3 597 3 597
DS 



AS 1 3

CO CL4086Contig1 955 3 2 U
GGACCCTTCAAACGCTCCTCCCACTCAACTCTCTCGCATCCTCCGTCTCTTGCTCATACT
CTAGGGTTCTTCAGCTTCCCTACTCCGTTCCGTCTCTTCTTGTTTAATCAAATCTCAGGT
AAAAAGATGCAAGCTGCCATTCGCTCGTTTGTGTCCGGTGGAAACGTTGTGAAAGCGTCT
CTGCTGCAACATGTCCGTGTGATTAACCCGGCGATCCAGCCTTCTGTGTTTTGCAAACGC
TCCGACTCGACTCAGTCATCTCGTATGGAGGAGCATGGGTTCGAGAGCACAACCATCTCT
GACGTTATGAACGCCAAAGGCAAAAGTGCTGATGGATCTTGGCTTTGGTGTACTACTGAT
GACTCTGTTTATGACGCTGTTAAATCCATGACACAACACAATGTTGGTGCCTTGGTGGTT
GTGAAACCTGGTGAGCAACAATCCCTTGCTGGTATCATTACAGAGAGAGATTATCTGCGA
AAGATCATCGTGCAAGGGAGATCATCCAAATCAACAAAAGTAGGAGATATTATGACTGAA
GAGAATAAGCTTATCACCGTGACACCAGAGACCAAGGTGTTGCGTGCTATGCAGCTAATG
ACTGATAACCGGATTAGGCACATTCCAGTGATAAAAGACAAGGGTATGGTGGGAATGGTG
TCGATAGGAGATGTGGTTCGTGCAGTGGTGACTGAGCATCGCGAGGAGCTTAACCGCCTA
AACGCGTTTATCCAGGGAGGTTACTAACGTTGCAGACTGGTAAGGAGAAGTGTTACTTTC
CGTGTGTTATATCCACTGCTTGATGATCCTCTAAAGCTTTAAGATCGTATGTAAATATGG
AGTCTTCTCTGATGTTTGTTGTTGTCTGTCGTTTTCATTGGTTAACTTGTCAAAGACTTG
GTTTTTGAGCTACTCTCCGCAAGATAATAAAACAAATGGACTCTACTCTTTATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EU75TF U 29
AF RR1BV09TF U 1
AF RR1BV09JQ C 226
BS 1 615 RR1BV09TF
BS 616 955 RR1BV09JQ

RD RR1EU75TF 538 0 0
GG
CTCTCGCATCCTCCGTCTCTTGCTCATACTCTAGGGTTCTTCAGCTTCCCTACTCCGTTC
CGTTTCTTCTTGTTTAATCAAATCTCAGGTAAAAAGATGCAAGCTGCCATTCGCTCGTTT
GTGTCCGGTGGAAACGTTGTGAAAGCGTCTCTGCTGCAACATGTCCGTGTGATTAACCCG
GCGATCCAGCCTTCTGTGTTTTGCAAACGCTCCGACTCGACTCAGTCATCTCGTATGGAG
GAGCATGGGTTCGAGAGCACAACCATCTCTGACGTTATGAACGCCAAAGGCAAAAGTGCT
GATGGATCTTGGCTTTGGTGTACTACTGATGACTCTGTTTATGACGCTGTTAAATCCATG
ACACAACACAATGTTGGTGCCTTGGTGGTTGTGAAACCTGGTGAGCAACAATCTCTTGCT
GGTATCATTACAGAGAGAGATTATCTGCGAAAGATCATCGTGCAAGGGAGATCATCCAAA
TCAACAAAAGTAGGAGATATTAGGACTGAAGAGAATAAGCTTATCACCGTGACACC

QA 3 538 3 538
DS 

RD RR1BV09TF 615 0 0
GGACCCTTCAAACGCTCCTCCCACTCAACTCTCTCGCATCCTCCGTCTCTTGCTCATACT
CTAGGGTTCTTCAGCTTCCCTACTCCGTTCCGTCTCTTCTTGTTTAATCAAATCTCAGGT
AAAAAGATGCAAGCTGCCATTCGCTCGTTTGTGTCCGGTGGAAACGTTGTGAAAGCGTCT
CTGCTGCAACATGTCCGTGTGATTAACCCGGCGATCCAGCCTTCTGTGTTTTGCAAACGC
TCCGACTCGACTCAGTCATCTCGTATGGAGGAGCATGGGTTCGAGAGCACAACCATCTCT
GACGTTATGAACGCCAAAGGCAAAAGTGCTGATGGATCTTGGCTTTGGTGTACTACTGAT
GACTCTGTTTATGACGCTGTTAAATCCATGACACAACACAATGTTGGTGCCTTGGTGGTT
GTGAAACCTGGTGAGCAACAATCCCTTGCTGGTATCATTACAGAGAGAGATTATCTGCGA
AAGATCATCGTGCAAGGGAGATCATCCAAATCAACAAAAGTAGGAGATATTATGACTGAA
GAGAATAAGCTTATCACCGTGACACCAGAGACCAAGGTGTTGCGTGCTATGCAGCTAATG
ACTGATAACCGGATT

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1BV09JQ 730 0 0
GTGTTTTGCAAACGCTCCGACTCGACTCAGTCATCTCGTATGGAGGAGCATGGGTTCGAG
AGCACAACCATCTCTGACGTTATGAACGCCAAAGGCAAAAGTGCTGATGGATCTTGGCTT
TGGTGTACTACTGATGACTCTGTTTATGACGCTGTTAAATCCATGACACAACACAATGTT
GGTGCCTTGGTGGTTGTGAAACCTGGTGAGCAACAATCCCTTGCTGGTATCATTACAGAG
AGAGATTATCTGCGAAAGATCATCGTGCAAGGGAGATCATCCAAATCAACAAAAGTAGGA
GATATTATGACTGAAGAGAATAAGCTTATCACCGTGACACCAGAGACCAAGGTGTTGCGT
GCTATGCAGCTAATGACTGATAACCGGATTAGGCACATTCCAGTGATAAAAGACAAGGGT
ATGGTGGGAATGGTGTCGATAGGAGATGTGGTTCGTGCAGTGGTGACTGAGCATCGCGAG
GAGCTTAACCGCCTAAACGCGTTTATCCAGGGAGGTTACTAACGTTGCAGACTGGTAAGG
AGAAGTGTTACTTTCCGTGTGTTATATCCACTGCTTGATGATCCTCTAAAGCTTTAAGAT
CGTATGTAAATATGGAGTCTTCTCTGATGTTTGTTGTTGTCTGTCGTTTTCATTGGTTAA
CTTGTCAAAGACTTGGTTTTTGAGCTACTCTCCGCAAGATAATAAAACAAATGGACTCTA
CTCTTTATTG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 3

CO CL4087Contig1 841 3 6 U
TTTTTCTGGTGGGAAGCGGGTTACTGGAACACCATGGACATCGCACATGACCGAGCTGGA
TTCTATATTTGCTGGGGTTGTCTGGTGTGGGTGCCTTCTATTTATACATCTCCAGGAATG
TACCTTGTGAACCACCCCGTCCAACTTGGAACTCAGTTGGCAATATACATTTTGGTGGCG
GGGTGTCTTTGCATTTACATAAACTATGACTGCGATAGACAAAGGCAAGAGTTCAGGAGG
ACAAACGGGAAATGCTCGGTTTGGGGCAAAGCCCCATCAAAGATTGTAGCGACATATACG
ACAACAGCTGGTGAAACTAAAACCAGTCTTCTCTTAACCTCTGGATGGTGGGGATTGGCT
CGTCATTTCCATTATGTTCCTGAGATCTCAAGTGCTTTCTTCTGGACCGTACCGGCTCTC
TTTGATAACTTCTTGCCTTATTTCTACGTCATATTCCTCACCATTCTTCTCTTTGATCGA
GCCAAGAGAGACGATGACCGATGCCGATCAAAGTATGGAAAGTACTGGAAGCTCTACTGC
GAGAAAGTCAAATACAGGATCATTCCGGGAATTTATTAATGTTATTAAAGTATGTGTTCT
CTTCTTCTCTACTTTTGTTTCGTTAAATCGAACGCTGGGACTATCCAATGACCAAAAATT
GAAGAAAGGGCAAATTGATGCGTCTAGACATTTTTTTTTTTTTGCTGATTTGTAAGCTAC
ATTTGAATTTCAAGTTATGGGTTTTGATATATTTTTGTAAGATTTAGCCTAAAAGTTTGT
AATTTTACTACTATATTAGACCGTTTTAATGCATATAATAATAAATAATAAAATATTAAC
T


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 

AF RR1BN36TF U 1
AF RR1DG27TF U 1
AF RR1DG27JQ C 334
BS 1 196 RR1BN36TF
BS 197 197 RR1DG27TF
BS 198 620 RR1BN36TF
BS 621 621 RR1DG27TF
BS 622 658 RR1BN36TF
BS 659 841 RR1DG27JQ

RD RR1BN36TF 658 0 0
TTTTTCTGGTGGGAAGCGGGTTACTGGAACACCATGGACATCGCACATGACCGAGCTGGA
TTCTATATTTGCTGGGGTTGTCTGGTGTGGGTGCCTTCTATTTATACATCTCCAGGAATG
TACCTTGTGAACCACCCCGTCCAACTTGGAACTCAGTTGGCAATATACATTTTGGTGGCG
GGGTGTCTTTGCATTT*CATAAACTATGACTGCGATAGACAAAGGCAAGAGTTCAGGAGG
ACAAACGGGAAATGCTCGGTTTGGGGCAAAGCCCCATCAAAGATTGTAGCGACATATACG
ACAACAGCTGGTGAAACTAAAACCAGTCTTCTCTTAACCTCTGGATGGTGGGGATTGGCT
CGTCATTTCCATTATGTTCCTGAGATCTCAAGTGCTTTCTTCTGGACCGTACCGGCTCTC
TTTGATAACTTCTTGCCTTATTTCTACGTCATATTCCTCACCATTCTTCTCTTTGATCGA
GCCAAGAGAGACGATGACCGATGCCGATCAAAGTATGGAAAGTACTGGAAGCTCTACTGC
GAGAAAGTCAAATACAGGATCATTCCGGGAATTTATTAATGTTATTAAAGTATGTGTTCT
CTTCTTCTCTACTTTTGTTT*GTTAAATCGAACGCTGGGACTATCCAATGACCAAAAA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1DG27TF 647 0 0
TTTTTCTGGTGGGAAGCGGGTTACTGGAACACCATGGACATCGCACATGACCGAGCTGGA
TTCTATATTTGCTGGGGTTGTCTGGTGTGGGTGCCTTCTATTTATACATCTCCAGGAATG
TACCTTGTGAACCACCCCGTCCAACTTGGAACTCAGTTGGCAATATACATTTTGGTGGCG
GGGTGTCTTTGCATTTACATAAACTATGACTGCGATAGACAAAGGCAAGAGTTCAGGAGG
ACAAACGGGAAATGCTCGGTTTGGGGCAAAGCCCCATCAAAGATTGTAGCGACATATACG
ACAACAGCTGGTGAAACTAAAACCAGTCTTCTCTTAACCTCTGGATGGTGGGGATTGGCT
CGTCATTTCCATTATGTTCCTGAGATCTCAAGTGCTTTCTTCTGGACCGTACCGGCTCTC
TTTGATAACTTCTTGCCTTATTTCTACGTCATATTCCTCACCATTCTTCTCTTTGATCGA
GCCAAGAGAGACGATGACCGATGCCGATCAAAGTATGGAAAGTACTGGAAGCTCTACTGC
GAGAAAGTCAAATACAGGATCATTCCGGGAATTTATTAATGTTATTAAAGTATGTGTTCT
CTTCTTCTCTACTTTTGTTTCGTTAAATCGAACGCTGGGACTATCCA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1DG27JQ 508 0 0
TTAACCTCTGGATGGTGGGGATTGGCTCGTCATTTCCATTATGTTCCTGAGATCTCAAGT
GCTTTCTTCTGGACCGTACCGGCTCTCTTTGATAACTTCTTGCCTTATTTTTACGTCATA
TTCCTCACCATTCTTCTCTTTGATCGAGCCAAGAGAGACGATGACCGATGCCGATCAAAG
TATGGAAAGTACTGGAAGCTTTACTGCGAGAAAGTCAAATACAGGATCATTCCGGGAATT
TATTAATGTTATTAAAGTATGTGTTTTCTTTTTCTCTACTTTTGTTTCGTTAAATCGAAC
GCTGGGACTATCCAATGACCAAAAATTGAAGAAAGGGCAAATTGATGCGTCTAGACATTT
TTTTTTTTTTGCTGATTTGTAAGCTACATTTGAATTTCAAGTTATGGGTTTTGATATATT
TTTGTAAGATTTAGCCTAAAAGTTTGTAATTTTACTACTATATTAGACCGTTTTAATGCA
TATAATAATAAATAATAAAATATTAACT

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 3

CO CL4088Contig1 698 3 8 U
GGATAGATTAATGCTCTCTACGTTTTCTTTCTCTCTAATTGCCTATGATGCAAGAATTAA
GCTTAGAACTGTTCTCCAACGACGTCGTTCGCTTAGACCTAACTCCTCCCCAAACATCAC
CTACTTCTCTCTCTATAGACGAAGAAGAATCACCGGAGGCCAAGATCCGACGGCTGATAT
CGGAGCATCCAGTGATCATCTTCAGCAGATCTTCTTGTTGCATGTCCCACGTCATGAAAA
GACTCCTCACCACAATAGGAGTCGTCCCCACCGTCATCGAGCTCGATGATCACGAGGTTT
CCTCTCTCCCCATGGCTCTTGAAGAAGAATATTCCGGCGGCGGCTCCGTCGTTCTTCCGT
CTCCGGCGGTTTTCGTTGGTCGTGAGTGTGTCGGTGGTTTTGAGTCCCTCGTCGCGCTCC
ATCTAAGTGGTCACCTTGTCCCTAAGCTTGTCCAAGTTGGAGCTCTTCGGGTATGATTGT
AATCTACTTCTTGTTTTTCTTGTGTGTGTGTCAACATTTACTTCTTGCTTTTCAATAGTA
TTTTACAGTACCAAAAGCAGAATTTTAGGGTTTCTCTTTTCTGATATCCTCTCCGATGAT
CAAAGTTATATATACCCATGTAGAAAATGAATTATAAACAATAATTAAAGATGTGTAATT
ATAGTTTTATATAATTAGTAAATTTGTTTAAAAAAAAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DD83TF U 1
AF RR1BN16JQ C 1
AF RR1BN16TF U 1
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BS 134 134 RR1BN16TF
BS 135 282 RR1DD83TF
BS 283 283 RR1BN16TF
BS 284 374 RR1DD83TF
BS 375 375 RR1BN16TF
BS 376 395 RR1DD83TF
BS 396 698 RR1BN16TF

RD RR1DD83TF 395 0 0
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GACTCCTCACCACAATAGGAGTCGTCCCCACCGTCATCGAGCCCGATGATCACGAGGTTT
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CTCCGGCGGTTTTCATTGGTCGTGAGTGTGTCGGT

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR1BN16JQ 689 0 0
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GCTTAGAACTGTTCTCCAACGACGTCGTTCGCTTAGACCTAACTCCTCCCCAAACATCAC
CTACTTCTCTCTCTATAGACGAAGAAGAATCACCGGAGGCCAAGATCCGACGGCTGATAT
CGGAGCATCCAGTGATCATCTTCAGCAGATCTTCTTGTTGCATGTCCCACGTCATGAAAA
GACTCCTCACCACAATAGGAGTCGTCCCCACCGTCATCGAGCTCGATGATCACGAGGTTT
CCTCTCTCCCCATGGCTCTTGAAGAAGAATATTCCGGCGGCGGCTCCGTCGTTCTTCCGT
CTCCGGCGGTTTTCGTTGGTCGTGAGTGTGTCGGTGGTTTTGAGTCCCTCGTCGCGCTCC
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ATAGTTTTATATAATTAGTAAATTTGTTT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1BN16TF 698 0 0
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GCTTAGAACTGTTCTCCAACGACGTCGTTCGCTTAGACCTAACTCCTCCCCAAACATCAC
CTACTTCTCTCTCTATAGACGAAGAAGAATCACCGGAGGCCAAGATCCGACGGCTGATAT
CGGAGCATCCAGTGATCATCTTCAGCAGATCTTCTTGTTGCATGTCCCACGTCATGAAAA
GACTCCTCACCACAATAGGAGTCGTCCCCACCGTCATCGAGCTCGATGATCACGAGGTTT
CCTCTCTCCCCATGGCTCTTGAAGAAGAATATTCCGGCGGCGGCTCCGTCGTTCTTCCGT
CTCCGGCGGTTTTCGTTGGTCGTGAGTGTGTCGGTGGTTTTGAGTCCCTCGTCGCGCTCC
ATCTAAGTGGTCACCTTGTCCCTAAGCTTGTCCAAGTTGGAGCTCTTCGGGTATGATTGT
AATCTACTTCTTGTTTTTCTTGTGTGTGTGTCAACATTTACTTCTTGCTTTTCAATAGTA
TTTTACAGTACCAAAAGCAGAATTTTAGGGTTTCTCTTTTCTGATATCCTCTCCGATGAT
CAAAGTTATATATACCCATGTAGAAAATGAATTATAAACAATAATTAAAGATGTGTAATT
ATAGTTTTATATAATTAGTAAATTTGTTTAAAAAAAAA

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 3

CO CL4089Contig1 1340 3 7 U
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GTCATCGGATTCTCTCTTCCGCAGATCACCTCTCCTTCTCTAGCTAAATGTAGCCGAAAA
CAGAGCTCTTACGGCGTCGTAAGAGCATGTGTTGCCGTGGAACAGAAGACACGTACTGCC
ATCATCAGAATTGGCACAAGGGGAAGTCCTCTAGCACTTGCTCAAGCGTACGAGACACGA
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TTAAGACAACTGGTGATAAGATTCTCTCTCAGCCGCTTGCTGATATCGGTGGGAAAGGGC
TTTTCACCAAAGAGATCGACGAGGCCTTGATAAACGGCCATATCGACATAGCTATCCATT
CCATGAAAGATGTCCCGACGTATCTACCTGAGAAGACGGTTTTGCCGTGTAACCTTGTGC
GTGAAGATGTCAGAGATGCTTTCATTTGTCTGACTGCAGCCTCGCTGGCCGATCTTCCAG
CTGGAAGCGTTGTGGGAACAGCTTCTCTTAGGAGAAAGTCGCAGATACTCCACAAGTATC
CTTCGTTAAGTGTTGAGGAGAACTTTAGGGGTAATGTGCAGACAAGACTATCCAAGCTTC
AAGGAGGAAAAGTTCACGCTACTCTATTAGCACTTGCTGGTCTCAAGAGGTTGAGTATGA
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CGATCGGAATAGCCTGCAGAACCGATGATGATAAAATGGCAAACTACTTAGCCTCATTGA
ACCACGAGGAAACGAGACTAGCGGTTGCATGCGAGAGAGCGTTTCTTGAAACGCTGGATG
GCTCATGCCGTACTCCTATTGCTGGATACGCGGCCAAGGACGAGGAAGGCAACTGCTATT
TCAGGGGATTGGTTGCATCTCCTGACGGTACTCGAGTTCTTGAGACCTCAAGAAAAGGCC
CGTATGTGTTTGAGGACATGGTGAAGATGGGAAAAGACGCTGGTCAAGAACTGCTTTCGC
GTGCTGGTCCAGGCTTCTTTGGCAACTAAGCCATTTTGAAGAAGATGAGGAAGACATGGT
CAGAGCCAAGTGAAACTGTTGCAACTTTTTTTTGATTTTGAGAGAAATATAACCTTGTTT
TATTCTGATTGTATTCTTGTATTTAGATAAAGTAAGTCTTGCAATTGTAACTTTTTCATC
ACAGTATGAATCTCGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN23TF U 1
AF RR1DZ74TF U 370
AF RR1E721JQ C 597
BS 1 457 RR1FN23TF
BS 458 458 RR1DZ74TF
BS 459 627 RR1FN23TF
BS 628 713 RR1DZ74TF
BS 714 714 RR1E721JQ
BS 715 988 RR1DZ74TF
BS 989 1340 RR1E721JQ

RD RR1FN23TF 627 0 0
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GTCGCTCCCACGTGTCAACCTTCCCCCCCGGTCAACTCCTGCTCCCTCGGCTCGGTCTCA
GTCATCGGATTCTCTCTTCCGCAGATCACCTCTCCTTCTCTAGCTAAATGTAGCCGAAAA
CAGAGCTCTTACGGCGTCGTAAGAGCATGTGTTGCCGTGGAACAGAAGACACGTACTGCC
ATCATCAGAATTGGCACAAGGGGAAGTCCTCTAGCACTTGCTCAAGCGTACGAGACACGA
GCCAAGCTCCAGTCAAAACACCCTGAGCTCACTGAAGACGGAGCTATCCACATCGAGACA
TTAAGACAACTGGTGATAAGATTCTCTCTCAGCCGCTTGCTGATATCGGTGGGAAAGGGC
TTTTCACCAAAGAGATCGACGAGGCCTTGATAAACGGTCATATCGACATAGCTATCCATT
CCATGAAAGATGTCCCGACGTATCTACCTGAGAAGACGGTTTTGCCGTGTAACCTTGTGC
GTGAAGATGTCAGAGATGCTTTCATTTGTCTGACTGCAGCCTCGCTGGCCGATCTTCCAG
CTGGAAGCGTTGTGGGAACAGCTTCTC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1DZ74TF 619 0 0
G
TGGTGATAAGATTCTCTCTCAGCCGCTTGCTGATATCGGTGGGAAAGGGCTTTTCACCAA
AGAGATCGACGAGGCCTTGATAAACGGCCATATCGACATAGCTGTCCATTCCATGAAAGA
TGTCCCGACGTATCTACCTGAGAAGACGGTTTTGCCGTGTAACCTTGTGCGTGAAGATGT
CAGAGATGCTTTCATTTGTCTGACTGCAGCCTCGCTGGCCGATCTTCCAGCTGGAAGCGT
TGTGGGAACAGCTTCTCTTAGGAGAAAGTCGCAGATACTCCACAAGTATCCTTCGTTAAG
TGTTGAGGAGAACTTTAGGGGTAATGTGCAGACAAGACTATCCGAGCTTCAAGGAGGAAA
AGTTCACGCTACTCTATTAGCACTTGCTGGTCTCAAGAGGTTGAGTATGACAGAGAATGT
GGCCTCTATTTTATCTCTTGATGAAATGCTTCCAGCTGTTGCTCAAGGAGCGATCGGAAT
AGCCTGCAGAACCGATGATGATAAAATGGCAAACTACTTAGCCTCATTGAACCACGAGGA
AACGAGACTAGCGGTTGCATGCGAGAGAGCGTTTCTTGAAACGCTGGATGGCTCATGCCG
TACTCCTATTGCTGGATA

QA 2 619 2 619
DS 

RD RR1E721JQ 744 0 0
CCAGCTGGAAGCGTTGTGGGAACAGCTTCTCTTAGGAGAAAGTCGCAGATACTCCACAAG
TATCCTTCGTTAAGTGTTGAGGAGAACTTTAGGGGTAATGTGCAGACAAGACTATCCAAG
CTTCAAGGAGGAAAAGTTCACGCTACTCTATTAGCACTTGCTGGTCTCAAGAGGTTGAGT
ATGACAGAGAATGTGGCCTCTATTTTATCTCTTGATGAAATGCTTCCAGCTGTTGCTCAA
GGAGCGATCGGAATAGCCTGCAGAACCGATGATGATAAAATGGCAAACTACTTAGCCTCA
TTGAACCACGAGGAAACGAGACTAGCGGTTGCATGCGAGAGAGCGTTTCTTGAAACGCTG
GATGGCTCATGCCGTACTCCTATTGCTGGATACGCGGCCAAGGACGAGGAAGGCAACTGC
TATTTCAGGGGATTGGTTGCATCTCCTGACGGTACTCGAGTTCTTGAGACCTCAAGAAAA
GGCCCGTATGTGTTTGAGGACATGGTGAAGATGGGAAAAGACGCTGGTCAAGAACTGCTT
TCGCGTGCTGGTCCAGGCTTCTTTGGCAACTAAGCCATTTTGAAGAAGATGAGGAAGACA
TGGTCAGAGCCAAGTGAAACTGTTGCAACTTTTTTTTGATTTTGAGAGAAATATAACCTT
GTTTTATTCTGATTGTATTCTTGTATTTAGATAAAGTAAGTCTTGCAATTGTAACTTTTT
CATCACAGTATGAATCTCGTTCCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL4090Contig1 374 2 2 U
GGATCTATTTATCAGCAAAGGTTCCGGGAGATGTACCGTTGTTGATCGAACTCACTGCAA
TGGTGGGCCAACCAGGTCTCAAATGTGCAGTGAAAATCCCCACTCCTTAGATTGCGCCCA
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TTTTTTAAAAACATCTTCACATTCTGTTTCCTCTTTTCCTTTACTCGATTAGTGTATGTA
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TTCTTAAGATGGTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H855JQ C 1
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ATAAGACCTCTTTTTGTGTCACCTCCACCTCTTGGACACTTTGGTATCTGTGTCTTGCTT
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TTCTTAAGATGGTC

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DS 

RD RR1H855TF 374 0 0
G
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TAAGACCTCTTTTTGTGTCACCTCCACCTCTTGGACACTTTGGTATCTGTGTCTTGCTTA
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TCTTAAGATGGTC

QA 2 374 2 374
DS 



AS 1 3

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CTCTTGTTTGTTTTTTATTGTTATGTTTGGTATTTTGTGGTAATTAACAT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A968TF U 1
AF RR1AP58TF U 149
AF RR1AP58JQ C 258
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G
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*GATCGGAA****ATCAATCAAACCGGTCTGATCCGGTCCAGTTCATGAGCCAAGAAGGA
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GTCGGTAACGAATCTCCTGAGAACTCGCCGGAGTTTAAGGGTTTGGGTTTCCTCAGTTCT
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ATGACATGTATGTCTATATAAATGGTATATGGTGGAGGTGAAACAACATGAAAATTTTGG
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DS 

RD RR1AP58JQ 813 0 0
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GACAGAGATGGGTTTGAGTGCTTGGCAAGTAAGATCAACGAGGATCGTCGTGAGAGACTT
TTCATGGTCGATGTCGGTAACGAATCTCCTGAGAACTCGCCGGAGTTTAAGGGTTTGGGT
TTCCTCAGTTCTTGTTACTTATGCAGGAAGAAACTTCATGGTCACGACATATTTATTTAT
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AGGAAAGAGAGATGTATATCAAAACTTTCAGCCTCTCCTTACACCGCCGGTCAAATTTTC
TCCGCCGGAGTTCTAGTGACTTAGCCGGAGTTCTACTGAGTATACATTATATATGGGTGG
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TATATATAAATTATGACATGTATGTCTATATAAATGGTATATGGTGGAGGTGAAACAACA
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AGAAATGGACTAATGCTCTTGCTTGTTTTTTTTTGATCAAATGCTCTTGTTTGTTTTTTA
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DS 



AS 1 3

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TATCTCGCGAACATGTCCAT*TCTGATTCAGAGTCGGCATCCCATTCCCATGAGAGCATT
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TGACATCTTCATGCCTCTCATGGATTCCACCGTCCATCAATCAAACTAATCTTGCTTGCA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX60TF U 54
AF RR1CJ43TF U 1
AF RR1CJ43JQ C 269
BS 1 611 RR1CJ43TF
BS 612 612 RR1CJ43JQ
BS 613 698 RR1CJ43TF
BS 699 760 RR1CJ43JQ

RD RR1DX60TF 528 0 0
GG
ACGAATTCTAGGGTTCATGTTCTTCTTCCACTCTGAATCCAAGAGTCTTCTCCTTCGGTC
TCTGATACAACTATGGAGTTTCGAGATGATCAATCCAGTTTATTCCTTTTCAAGCCGGTG
TATCTACACCTATAAAAAGGTAAACTTCCTTCCCTTGAACATCATCTCTCAAATCTGTGA
AGACAACAAATAAAACTTAATATCTGTCTCTCTTCTTCATGGTCCTATTGCCTTCGATCC
TCATCTATCTCGCGAACATGTCCATCTCTGATTCAGAGTCGGCATCCCATTCCCATGAGA
GCATTTCAGGGTTGCTGAAAAAGTTGCTTGGATCTAGCAAAACAAGGTATTCAAAAGCTT
GGAAGGTGTTCTTACGTTTCTTCTACTTTTTCTATGACTTTCTCCATGTGGGCGAGGGAA
AAAAGAAGATTCTTTCATCACATTTGTTCATTGCCAACAACAAAGACAAATGTTGTGTAT
TTGACACCTTTTGCAAAATGACTTCCTCAGCGACTCCTCATGTTTC

QA 3 528 3 528
DS 

RD RR1CJ43TF 698 0 0
GGAAGACCAACTCATATTTGATCCCAAAAAGAAAAACGACAACAAGACCGACCACACGAA
TTCTAGGGTTCATGTTCTTCTTCCACTCTGAATCCAAGAGTCTTCTCCTTCGGTCTCTGA
TACAACTATGGAGTTTCGAGATGATCAATCCAGTTTATTCCTTTTCAAGCCGGTGTATCT
ACACCTATAAAAAGGTAAACCTCCTTCCCTTGAACATCATCTCTCAAATCTGTGAAGACA
ACAAATAAAACTTAATATCTGTCTCTCTTCTTCATGGTCCTATTGCCTTCGATCCTCATC
TATCTCGCGAACATGTCCAT*TCTGATTCAGAGTCGGCATCCCATTCCCATGAGAGCATT
TCAGGGTTGCTGAAAAAGTTGCTTGGATCTAGCAAAACAAGGTATTCAAAAGCTTGGAAG
GTGTTCTTACGTTTCTTCTACTTTTTCTATGGCTTTCTCCATGTGGGTGAAGGAAAAAAG
AAGATTCTTTCATCACATTTGTTCATTGCCAACAACAAAGACAAATGTTGTGTATTTGAC
ACCTTTTGCAAAATGACTTCCTCAGCGACTCTTCATGTTTCAGCGGCTTTCCCTTTCCTA
AACAGATACAG*TTCAATCATTCTGCATGTTTCTTTCAAGCTTGATTTGTGAGATAGATT
TGACATCTTCATGCCTCTCATGGATTCCACCGTCCATC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CJ43JQ 492 0 0
TCTTCATGGTCCTATTGCCTTCGATCCTCATCTATCTCGCGAACATGTCCAT*TTTGATT
CAGAGTCGGCATCCCATTCCCATGAGAGCATTTCAGGGTTGCTGAAAAAGTTGCTTGGAT
CTAGCAAAACAAGGTATTCAAAAGCTTGGAAGGTGTTCTTACGTTTTTTTTACTTTTTCT
ATGGCTTTCTCCATGTGGGTGAAGGAAAAAAGAAGATTCTTTCATCACATTTGTTCATTG
CCAACAACAAAGACAAATGTTGTGTATTTGACACCTTTTGCAAAATGACTTCCTCAGCGA
CTCTTCATGTTTCAGCGGCTTTCCCTTTCCTAAACAGATACAGGTTCAATCATTTTGCAT
GTTTCTTTCAAGCTTGATTTGTGAGATAGATTTGACATCTTCATGCCTCTCATGGATTCC
ACCGTCCATCAATCAAACTAATCTTGCTTGCATTCCTTTTTTTGACTATAGGAGGCCACA
ATATCTACAGAA

QA 1 492 1 492
DS 



AS 1 2

CO CL4093Contig1 1022 2 2 U
GCTTCATGTTCTTGTCTTGGAGTTTATAGGAAGGGATGGCTGGGCTGCACCGCGTCTCAA
GGATGCTGCATTATCACTAGACAAGTTACGCGAGTCCTATCTAGAGTTGATAATTCAAAT
GAGAATATTGTATCAGAAGTGCAAACTGGTGCATGGAGATCTCAGTGAGTATAACATACT
CTATTTTGAGGGACATCTTTATATAATTGATGTTTCACAATCTGTGGATCTGGACCATCC
TCTTGCCCTCAATTTTCTACGGGAAGATTGTGACCACGTCTCTGATTTTTTCAAGAAACA
TGGTGTTGCTGTGATGACCATAAGGGAGCTATTTGACTTCATAGTCGACCCGACAATCTC
TGACGAGAATGTTGATAGCTATTTGGAAGAGGTCCAACGCAAAGTGATAGAGCGAGGAGA
GATATCCGTAGAGGATGAAATAGCAGATTCAGTATTCATGAAGTCATACATACCGAAGTC
TCTGGACGATGTGAAGCACCCGGAAGCTGATGTGGAGAAGATAACAAGCGGGCAGGATAC
AGGGGACATGTTGTACCAAACAATAACGGGGCTTAAGGATGCTCTTCCTAAATTAGATGA
GCAGCAAGTAAAGGTTGATGTTGAAGAGGGAAAAGAGGAACTAAAAGAAGGAGAAGAAGA
AAGTGAGAACGAAGAAGAGGAAAGTGAAAGTGGGAGTGAAGAGGAGTTGGGTCCTGAAGA
CAAGAAAGCAGCAAGGAAAGAGCACAAGAAGAAAGTGAAAGAAGAGAAGAGGGAGGTCAG
GAAGAACAAGACACCCAAATCTGTCAAGAAGAGAAAGAAGAAAATCTCTAAACCCCCCAA
GACCCGTTAGTTTATTTATGTTCCAGATGGATTCTGTTTTCCCCCGTTCAAGAAAAAAAG
TTTACTTGTCCTTTGTTATTTATTTTATGAGTTTTTTTTTTATAATTTAATAGAGCTGTG
AGAGGTTGTGTTAAATTCTTGAATATTGACCATAAATATGGGATCGTTTTCTCTTTTCTT
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1BC16TF U 1
AF RR1BC16JQ C 362
BS 1 676 RR1BC16TF
BS 677 1022 RR1BC16JQ

RD RR1BC16TF 676 0 0
GCTTCATGTTCTTGTCTTGGAGTTTATAGGAAGGGATGGCTGGGCTGCACCGCGTCTCAA
GGATGCTGCATTATCACTAGACAAGTTACGCGAGTCCTATCTAGAGTTGATAATTCAAAT
GAGAATATTGTATCAGAAGTGCAAACTGGTGCATGGAGATCTCAGTGAGTATAACATACT
CTATTTTGAGGGACATCTTTATATAATTGATGTTTCACAATCTGTGGATCTGGACCATCC
TCTTGCCCTCAATTTTCTACGGGAAGATTGTGACCACGTCTCTGATTTTTTCAAGAAACA
TGGTGTTGCTGTGATGACCATAAGGGAGCTATTTGACTTCATAGTCGACCCGACAATCTC
TGACGAGAATGTTGATAGCTATTTGGAAGAGGTCCAACGCAAAGTGATAGAGCGAGGAGA
GATATCCGTAGAGGATGAAATAGCAGATTCAGTATTCATGAAGTCATACATACCGAAGTC
TCTGGACGATGTGAAGCACCCGGAAGCTGATGTGGAGAAGATAACAAGCGGGCAGGATAC
AGGGGACATGTTGTACCAAACAATAACGGGGCTTAAGGATGCTCTTCCTAAATTAGATGA
GCAGCAAGTAAAGGTTGATGTTGAAGAGGGAAAAGAGGAACTAAAAGAAGGAGAAGAAGA
AAGTGAGAACGAAGAA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1BC16JQ 661 0 0
GACGAGAATGTTGATAGCTATTTGGAAGAGGTCCAACGCAAAGTGATAGAGCGAGGAGAG
ATATCCGTAGAGGATGAAATAGCAGATTCAGTATTCATGAAGTCATACATACCGAAGTCT
CTGGACGATGTGAAGCACCCGGAAGCTGATGTGGAGAAGATAACAAGCGGGCAGGATACA
GGGGACATGTTGTACCAAACAATAACGGGGCTTAAGGATGCTCTTCCTAAATTAGATGAG
CAGCAAGTAAAGGTTGATGTTGAAGAGGGAAAAGAGGAACTAAAAGAAGGAGAAGAAGAA
AGTGAGAACGAAGAAGAGGAAAGTGAAAGTGGGAGTGAAGAGGAGTTGGGTCCTGAAGAC
AAGAAAGCAGCAAGGAAAGAGCACAAGAAGAAAGTGAAAGAAGAGAAGAGGGAGGTCAGG
AAGAACAAGACACCCAAATCTGTCAAGAAGAGAAAGAAGAAAATCTCTAAACCCCCCAAG
ACCCGTTAGTTTATTTATGTTCCAGATGGATTCTGTTTTCCCCCGTTCAAGAAAAAAAGT
TTACTTGTCCTTTGTTATTTATTTTATGAGTTTTTTTTTTATAATTTAATAGAGCTGTGA
GAGGTTGTGTTAAATTCTTGAATATTGACCATAAATATGGGATCGTTTTCTCTTTTCTTA
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 3

CO CL4094Contig1 904 3 7 U
GAGGAGGCTGGTGGGGATAAGGAAGAAGTGAAAGAAGGCGGTAATGATCAAGTGGTTGAG
ACTGAGAAAGAATTAGCAAGCCAAGAAGGTTCATCTGATGTCAAACAGTTAGCAGAAACT
GAGACTGAAAAGGAAGAAGAGAAACAAAAGAATATTGTTGAAGAACCTCCAAAAAAAGAA
GCCATGTGTGGAAGAAGCATCAGCAAAAGTAAACGGAAATGCTGCAGAGAAGTCCATTGA
TAAGCTTATTGATGCTGAACTAAAAGAGCTTGGTGACAAGAGCAAGAGACGGTTTATGAA
GTTAGATCCTGGTTGCAACGGTATTGTCTTCATCCAAATGAAAAGGAGAGATGGTGATCC
AAGTCCCAAAGACATTGTACAGCATGCAATGACTTCTGCTGCTGCAACAAAAAAACATAT
GTCAAGGTTCATCCTAAGAATTTTACCAATTGAAGTGGCGTTTTACCCTTCGGAGGAAGA
GATTTCAAGAGCCATCAAGCCTCTTGTAGAACAGTATTTTCCCGTTGAGACTGATAACCC
CCGGAAATTTGCTGTGTTGTATGGAGCACGTGCAAACACAGGCCTTGATAGGATGAAAAT
AATAAACACAGTTGCTAAATCTGTTCCTGCCCCTCACAAAGTTGATTTGAACAACCCGGA
GATGTCTATCGTGGTTGAAATTGTCAAG****TGTGCTTAATTGGGGTGG*TGGAGAAGT
ACAA*GGAGCTGGCAAAGTACAATCTCAGGCAGCTCACGTCAACCAAGTGATGCAACTTC
TACTATGTTTTGTTTCTCAAGACTAAAGATGCTATGTGTTTTTTTACTGGTAGTGTCATA
AGACTCTTCTGATTTAAACTTTTTCAAATGGTTGAAGTTTGTCTTTGGATCCTACATTGT
CTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AV30TF U 1
AF RR1FW11TF U 418
AF RR1AV30JQ C 45
BS 1 710 RR1AV30TF
BS 711 711 RR1FW11TF
BS 712 724 RR1AV30TF
BS 725 725 RR1FW11TF
BS 726 746 RR1AV30TF
BS 747 886 RR1FW11TF
BS 887 904 RR1AV30JQ

RD RR1AV30TF 746 0 0
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ACTGAGAAAGAATTAGCAAGCCAAGAAGGTTCATCTGATGTCAAACAGTTAGCAGAAACT
GAGACTGAAAAGGAAGAAGAGAAACAAAAGAATATTGTTGAAGAACCTCCAAAAAAAGAA
GCCATGTGTGGAAGAAGCATCAGCAAAAGTAAACGGAAATGCTGCAGAGAAGTCCATTGA
TAAGCTTATTGATGCTGAACTAAAAGAGCTTGGTGACAAGAGCAAGAGACGGTTTATGAA
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AAGTCCCAAAGACATTGTACAGCATGCAATGACTTCTGCTGCTGCAACAAAAAAACATAT
GTCAAGGTTCATCCTAAGAATTTTACCAATTGAAGTGGCGTTTTACCCTTCGGAGGAAGA
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CCGGAAATTTGCTGTGTTGTATGGAGCACGTGCAAACACAGGCCTTGATAGGATGAAAAT
AATAAACACAGTTGCTAAATCTGTTCCTGCCCCTCACAAAGTTGATTTGAACAACCCGGA
GATGTCTATCGTGGTTGAAATTGTCAAG****TGTGCTTAATTGGGGTGGGTGGAGAAGT
ACAAAGGAGCTGGCAAAGTACAATCT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1FW11TF 470 0 0
G
ATGTCAAGGTTCATCCTAAGAATTTTACCAATTGAAGTGGCGTGTTACCCTTCGGAGGAA
GAGATTTCAAGAGCCATCAAGCCTCTTGTAGAACAGTATTTTCCCGTTGAGACTGATAAC
CCCCGGAAATTTGCTGTGTTGTATGGAGCACGTGCAAACACAGGCCTTGATAGGATGAAA
ATAATAAACACGGTTGCTAAATCTGTTCCTGCCCCTCACAAAGTTGATTTGAACAACCCG
GAGATGTCTATCGTGGTTGAAATTGTCAAGACAGTGTGCTTAATTGGGGTGG*TGGAGAA
GTACAA*GGAGCTGGCAAAGTACAATCTCAGGCAGCTCACGTCAACCAAGTGATGCAACT
TCTACTATGTTTTGTTTCTCAAGACTAAAGATGCTATGTGTTTTTTTACTGGTAGTGTCA
TAAGACTCTTCTGATTTAAACTTTTTCAAATGGTTGAAGTTTGTCTTT
T

QA 2 469 2 469
DS 

RD RR1AV30JQ 860 0 0
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ACAGTTAGCAGAAACTGAGACTGAAAAGGAAGAAGAGAAACAAAAGAATATTGTTGAAGA
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CAGAGAAGTCCATTGATAAGCTTATTGATGCTGAACTAAAAGAGCTTGGTGACAAGAGCA
AGAGACGGTTTATGAAGTTAGATCCTGGTTGCAACGGTATTGTCTTCATCCAAATGAAAA
GGAGAGATGGTGATCCAAGTCCCAAAGACATTGTACAGCATGCAATGACTTCTGCTGCTG
CAACAAAAAAACATATGTCAAGGTTCATCCTAAGAATTTTACCAATTGAAGTGGCGTTTT
ACCCTTCGGAGGAAGAGATTTCAAGAGCCATCAAGCCTCTTGTAGAACAGTATTTTCCCG
TTGAGACTGATAACCCCCGGAAATTTGCTGTGTTGTATGGAGCACGTGCAAACACAGGCC
TTGATAGGATGAAAATAATAAACACAGTTGCTAAATCTGTTCCTGCCCCTCACAAAGTTG
ATTTGAACAACCCGGAGATGTCTATCGTGGTTGAAATTGTCAAG****TGTGCTTAATTG
GGGTGG*TGGAGAAGTACAA*GGAGCTGGCAAAGTACAATCTCAGGCAGCTCACGTCAAC
CAAGTGATGCAACTTCTACTATGTTTTGTTTCTCAAGACTAAAGATGCTATGTGTTTTTT
TACTGGTAGTGTCATAAGACTCTTCTGATTTAAACTTTTTCAAATGGTTGAAGTTTGTCT
TTGGATCCTACATTGTCTGA

QA 1 860 1 860
DS 



AS 1 3

CO CL4095Contig1 787 3 6 U
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AAATGACGACGGTAGTGGAAATGGATGTGCCTATGGACTGTCCTGGTTGCGAGAGAAAAG
TTAGGAAAGCTCTTGAAAACATTAAGGGAGTCCACGATGTTCAGATAGATATGAATCAGC
AGAGAGTAACGGTGACTGGTTCGGCAGAGCAGAAAAAGGTTCTTAAAGTTGCTAGGAGTA
TTACAGGGAGAGAGGTATGCCTATGGTCGTTCCCTTACCACCCTGAATCTAATGGATTTC
AAGACAAGTACTTCAAGAAGAAGTTCAACAAAAGAATCAACATGTCAAAGTATGGTGAGA
AAGTGAGTTCTTATAACTATTATATGCATGGATACCACGGACACGACCATGGTTACCATC
AGGAACGGCCTTATTCGGGTCTTATCGACGAGAATGCTACTTCTATGTTCAGTGAGGAAA
ACCCTCATTTCTGTAACATCATGTGATCGATTCCATTTTCACCAGCTACTATGGATGGAA
CAACTATAGTTTGGTTATGCTCCTTTGTAAGAAAAGCACGCAACCATGTCGAAACAAAAA
TTGAGACCTCGTCATTAGCTCAGTTGGATTTGATGATCCGGCCTCGATCAAAATGTTTAT
GCAATAGATGTTTTGGTTAAATTTAAAAAAGCACTGGTTGTTTATCATAATTTGTTAGTG
CATATAATGTGGCTTTTATTGGTTTTAATAAACTGAATCTCCTATATATTAAAATGGAAG
TATTATC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG58TF U 4
AF RR1E270TF U 1
AF RR1DG58JQ C 95
BS 1 586 RR1E270TF
BS 587 587 RR1DG58TF
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RD RR1DG58TF 648 0 0
GG
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ACGACGGTAGTGGAAATGGATGTGCCTATGGACTGTCCTGGTTGCGAGAGAAAAGTTAGG
AAAGCTCTTGAAAACATTAAGGGAGTCCACGATGTTCAGATAGATATGAATCAGCAGAGA
GTAACGGTGACTGGTTCGGCAGAGCAGAAAAAGGTTCTTAAAGTTGCTAGGAGTATTACA
GGGAGAGAGGTATGCCTATGGTCGTTCCCTTACCACCCTGAATCTAATGGATTTCAAGAC
AAGTACTTCAAGAAGAAGTTCAACAAAAGAATCAACATGTCAAAGTATGGTGAGAAAGTG
AGTTCTTATAACTATTATATGCATGGATACCACGGACACGACCATGGTTACCATCAGGAA
CGGCCTTATTCGGGTCTTATCGACGAGAATGCTACTTCTATGTTCAGTGAGGAAAACCCT
CATTTCTGTAACATCATGTGATCGATTCCATTTTCACCAGCTACTATGGATGGAACAACT
ATAGTTTGGTTATGCTCCTTTGTAAGAAAAGCACGCAACCATGTCGAAACAAAAATTGAG
ACCTCGTCATTAGCTCAGTTGGATTTGATGATCCGGCCTCGATCAA

QA 3 648 3 648
DS 

RD RR1E270TF 689 0 0
GGATCGACCAAACTGTGATAAGTCTTAAAGACCTCTCTCTTTAGTTACGCTATAACGATA
AAATGACGACGGTAGTGGAAATGGATGTGCCTATGGACTGTCCTGGTTGCGAGAGAAAAG
TTAGGAAAGCTCTTGAAAACATTAAGGGAGTCCACGATGTTCAGATAGATATGAATCAGC
AGAGAGTAACGGTGACTGGTTCGGCAGAGCAGAAAAAGGTTCTTAAAGTTGCTAGGAGTA
TTACAGGGAGAGAGGTATGCCTATGGTCGTTCCCTTACCACCCTGAATCTAATGGATTTC
AAGACAAGTACTTCAAGAAGAAGTTCAACAAAAGAATCAACATGTCAAAGTATGGTGAGA
AAGTGAGTTCTTATAACTATTATATGCATGGATACCACGGACACGACCATGGTTACCATC
AGGAACGGCCTTATTCGGGTCTTATCGACGAGAATGCTACTTCTATGTTCAGTGAGGAAA
ACCCTCATTTCTGTAACATCATGTGATCGATTCCATTTTCACCAGCTACTATGGATGGAA
CAACTATAGTTTGGTTATGCTCCTTTGTAAGAAAAGCACGCAACCAAGTCGAAACAAAAA
TTGAGACCTCGTCATCAGCTCAGTTGGATTTGATGATCCGGCCTCGATCAAAATGTTTAT
GCAATAGATGTTTTGGTTAAATTTAAAAA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1DG58JQ 693 0 0
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CGATGTTCAGATAGATATGAATCAGCAGAGAGTAACGGTGACTGGTTCGGCAGAGCAGAA
AAAGGTTCTTAAAGTTGCTAGGAGTATTACAGGGAGAGAGGTATGCCTATGGTCGTTCCC
TTACCACCCTGAATCTAATGGATTTCAAGACAAGTACTTCAAGAAGAAGTTCAACAAAAG
AATCAACATGTCAAAGTATGGTGAGAAAGTGAGTTCTTATAACTATTATATGCATGGATA
CCACGGACACGACCATGGTTACCATCAGGAACGGCCTTATTCGGGTCTTATCGACGAGAA
TGCTACTTCTATGTTCAGTGAGGAAAACCCTCATTTCTGTAACATCATGTGATCGATTCC
ATTTTCACCAGCTACTATGGATGGAACAACTATAGTTTGGTTATGCTCCTTTGTAAGAAA
AGCACGCAACCATGTCGAAACAAAAATTGAGACCTCGTCATTAGCTCAGTTGGATTTGAT
GATCCGGCCTCGATCAAAATGTTTATGTAATAGATGTTTTGGTTAAATTTAAAAAAGCAC
TGGTTGTTTATCATAATTTGTTAGTGCATATAATGTGGCTTTTATTGGTTTTAATAAACT
GAATCTCCTATATATTAAAATGGAAGTATTATC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL4096Contig1 756 2 16 U
GGACACATTCAAAACTAACTCTGAAGAACTGAACAGAGGAGAGACAGAGGAGGAGTGTGT
GTGTGTGTGTGTGAGGACTGAGCAAGCAACAAATGTCCATATCCATGGCGTTATTCTCTC
CGCCGATCTCTTCTCCACTTCTAAACCCTAACCCCATCCCCAAGATCTCGCTCTCTCTCC
TCTCCACCAAGCGCCTCTCTCTCGTCTCCCCCACTCGAGCCTCCTCCGACAACGGTACGT
CAACACCCGCTTCCGCCACAGTCTCTGCAACCACCGTGGAGGCTCCAAAACCTCCTTCGG
TCGCTGTAGAGGAAGTTCCGGTAAAATCTCCGTCTGAAAACGGCGCCGTTGGAGGCGAAG
AGACTGACTTGACGACCACCACGACGACTGAGATCAAGTTCCAAGATGCGAAGTGGGTTA
ACGGAACCTGGGATCTGAAACAGTTCGAGAAAGAAGGCAAAACAGATTGGGACTCTGTTA
TCGTTGCTGAAGCAAAGAGGAGAAAGTGACTTGAAGATAACCCGGAGACAACTACTAACG
ACGAGCCTGTCCTTTTCGATACCTCCATCATTCCATGGTGGGCATGGATGAAGAGATACC
ATCTACCCGAAGCTGAACTCCTCAATGGTCGTGCGGCGATGGTAGGGTTCTTCATGGCTT
ACTTTGTTGATAGCCTTACAGGAGTAGGACTTGTTGATCAAATGGGAAATTTCTTCTGCA
AACACTCTTGTTTGTGGCTGTTGCCGGAGTTCTTTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DJ71TF U 1
AF RR1F536TF U 15
BS 1 185 RR1DJ71TF
BS 186 186 RR1F536TF
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BS 212 254 RR1DJ71TF
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BS 312 421 RR1DJ71TF
BS 422 422 RR1F536TF
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BS 539 539 RR1F536TF
BS 540 582 RR1DJ71TF
BS 583 756 RR1F536TF

RD RR1DJ71TF 582 0 0
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GTGTGTGTGTGTGAGGACTGAGCAAGCAACAAATGTCCATATCCATGGCGTTATTCTCTC
CGCCGATCTCTTCTCCACTTCTAAACCCTAACCCCATCCCCAAGATCTCGCTCTCTCTCC
TCTCCGCCAAGCGCCTCTCTCTCGTCTCCCTCACTCGAGCCTCCTCCGACAACGGTACGT
CAACACCCGCTTCCTCCACAGTCTCTGCAACCACCGTGGAGGCTCCAAAACTTCCTTCGG
TCGCTGTAGATGAAGTTCCGGTAAAATCTCCGTCTGAAAACGGCGCCGTTGGAGGCGAAG
AGACTGACTTGACGACCACCACGACGACTGAGATCAAGTTCCAAGATGCGAAGTGGGTTA
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TCGTTGCTGAAGCAAAGAGGAGAAAGTGACTTGAAGATAACCCGGAGACAACTACTAATG
ACGAGCCTGTCCTTTTCGATACCTCCATCATTCCATGGTGGG

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1F536TF 742 0 0
GG
AACTCTGAAGAACTGAACAGAGGAGAGACAGAGGAGGAGTGTGTGTGTGTGTG****AGG
ACTGAGCAAGCAACAAATGTCCATATCCATGGCGTTATTCTCTCCGCCGATCTCTTCTCC
ACTTCTAAACCCTAATCCCATCCCCAAGATCTCGCTCTCTCTCCTCTCCACCAAGCGCCT
CTCTCTCGTCTCCCCCACTCGAGCCTCCTCCGACAACGGTACGTCAACACCCGCTTCCGC
CACAGTCTCTGCAACCACCGTGGAGGCTCCGAAGCCTGCTTCGGTCGCTGTAGAGGAAGT
TCCGGTAAAATCTCCGTCTGAAAACGGCGCCGTTGGAGGCGAAGAGACTGACTTGACGAC
CACCACGACGACTGAGATCAAGTTCCAGGATGCGAAGTGGGTTAACGGAACGTGGGATCT
GAAACAGTTCGAGAAAGAAGGCAAAACAGATTGGGACTCTGTTATCGTTGCTGAGGCAAA
GAGGAGAAAGTGGCTTGAAGATAACCCGGAGACAACTACTAACGACGAGCCTGTCCTTTT
CGATACCTCCATCATTCCATGGTGGGCATGGATGAAGAGATACCATCTACCCGAAGCTGA
ACTCCTCAATGGTCGTGCGGCGATGGTAGGGTTCTTCATGGCTTACTTTGTTGATAGCCT
TACAGGAGTAGGACTTGTTGATCAAATGGGAAATTTCTTCTGCAAACACTCTTGTTTGTG
GCTGTTGCCGGAGTTCTTTT

QA 3 742 3 742
DS 



AS 1 3

CO CL4097Contig1 1008 3 10 U
GGGCACAGAGGAGAGAATTGGCAGAGAAGCTCTTTGACAATGTTCTGGCACTTAGCTTAC
AGATGTATGGTTGTCGTGTGATCCAGAAGGCAATAGAGGTGGTTGATCTAGACCAAAAGA
TCAAGATGGAAAGAACTGGATGGACATGTGATGAGATGCGTACGTGATCAGAACGGGAAC
CACGTGGTTCAGAAGTGCATCGAGTGTGTGCCTGAAGAAAACATCGGATTCATCATTTCA
ACTTTCTTTGGTCAAGTTGTGACACTCTCCACTCACCCATACGGCTGTCGCGTTATTCAG
AGGGTATTGGAACACTGCCATGATCCTGAGACACAGAGCAAGGTTATGGAAGAGATCCTG
TCCACAGTTAGCATGTTGGCTCAAGATCGGTACGGAAACTATGTTATTCAGCATGTGCTG
GAGCACGGGAAGCCTGATGAGCGTACGGTGATAATAAAGGAGCTAGCGGGGAAGATTGTA
CAGATGAGCCAGCAGAAGTTTGCGTCGAATGTTGTTGAGAAGTGTTTGACTTTTGGAGGT
CCAGAGGAAA*GGGAGTTGCTCGTGAATGAGATGCTGGGAACAACTGATGAAAACGAGCC
TCTTCAGGCGATGATGAAGGATCAGTTTGCAAACTATGTAGTGCAGAAGGTTCTGGAGAC
GTGCGATGACCAGCGTCGTGAGCTGATTCTGACTCGTATTAAAGTGCACCTTAACGCGTT
GAAGAAGTACACTTACGGGAAGCATATTGTTGCTCGTGTTGAAAAACTTGTTGCTGCTGG
AGAGAGGAGAATGGGTTTGCAGTCGGTAAACCACCCTCAGATGGTGTAAGGGGATGCTGC
AAGCGTTGTACAGCTTAACTAGGGTGTACGGGGGTCTGTCGTTGCGTTTAGGTAAGATCT
AAAAACTGGAAATAAGAGAGAGTGAGAGAGAAGAAAGAGAGAGAGCACTTGTTATCTCTT
TTGCAAAAAAATCTTTGTAAAATCGTTGTAGTTTCTTACGGCTTTGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA42TF U 1
AF RR1GA42JQ C 168
AF RR1D120TF U 376
BS 1 550 RR1GA42TF
BS 551 551 RR1D120TF
BS 552 649 RR1GA42TF
BS 650 650 RR1D120TF
BS 651 721 RR1GA42TF
BS 722 813 RR1D120TF
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BS 844 844 RR1GA42JQ
BS 845 1008 RR1D120TF

RD RR1GA42TF 721 0 0
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AGATGTATGGTTGTCGTGTGATCCAGAAGGCAATAGAGGTGGTTGATCTAGACCAAAAGA
TCAAGATGGAAAGAACTGGATGGACATGTGATGAGATGCGTACGTGATCAGAACGGGAAC
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AGGGTATTGGAACACTGCCATGATCCTGAGACACAGAGCAAGGTTATGGAAGAGATCCTG
TCCACAGTTAGCATGTTGGCTCAAGATCGGTACGGAAACTATGTTATTCAGCATGTGCTG
GAGCACGGGAAGCCTGATGAGCGTACGGTGATAATAAAGGAGCTAGCGGGGAAGATTGTA
CAGATGAGCCAGCAGAAGTTTGCGTCGAATGTTGTTGAGAAGTGTTTGACTTTTGGAGGT
CCAGAGGAAAAGGGAGTTGCTCGTGAATGAGATGCTGGGAACAACTGATGAAAACGAGCC
TCTTCAGGCGATGATGAAGGATCAGTTTGCAAACTATGTAGTGCAGAAG*TTCTGGAGAC
GTGCGATGACCAGCGTCGTGAGCTGATTCTGACTCGTATTAAAGTGCACCTTAACGCGTT
G

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1GA42JQ 797 0 0
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TCGCGTTATTCAGAGGGTATTGGAACACTGCCATGATCCTGAGACACAGAGCAAGGTTAT
GGAAGAGATCCTGTCCACAGTTAGCATGTTGGCTCAAGATCGGTACGGAAACTATGTTAT
TCAGCATGTGCTGGAGCACGGGAAGCCTGATGAGCGTACGGTGATAATAAAGGAGCTAGC
GGGGAAGATTGTACAGATGAGCCAGCAGAAGTTTGCGTCGAATGTTGTTGAGAAGTGTTT
GACTTTTGGAGGTCCAGAGGAAA*GGGAGTTGCTCGTGAATGAGATGCTGGGAACAACTG
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AGGTTCTGGAGACGTGCGATGACCAGCGTCGTGAGCTGATTCTGACTCGTATTAAAGTGC
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TTGTTGCTGCTGGAGAGAGGAGAATGGGTTTGCAGTCGGTAAACCACCCTCAGATTGTGT
AAGGGGATGCTGCAAGCGTTGTACAGCTTAACTAGGGTGTACGGGGGTCTGTCGTTGCGT
TTAGGTAAGATCTAAAAACTGGAAATAAGAGA**GTGAGAGAGAAGAAAGAGAGAGAGCA
CTTGTTTTCTCTTTTGC

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1D120TF 633 0 0
G
TGGCTCAAGATCAGTATGGAAACTATGTTATTCAGCATGTGCTGGAGCACGGGAAGCCTG
ATGAGCGTACGGTGATAATCAAGGAGCTAGCGGGGAAGATTGTACAGATGAGCCAGCAGA
AGTTTGCGTCGAATGTTGTTGAGAAGTGTTTGACTTTTGGAGGTCCAGAGGAAA*GGGAG
TTGCTCGTGAATGAGATGCTGGGAACTACTGATGAGAACGAGCCTCTTCAGGCGATGATG
AAGGATCAGTTTTCAAACTATGTAGTGCAGAAGGTTCTGGAGACGTGCGATGACCAGCGT
CGTGAGCTGATTCTGACTCGTATTAAAGTGCACCTTAACGCGTTGAAGAAGTACACTTAC
GGGAAGCATATTGTTGCTCGTGTTGAAAAACTTGTTGCTGCTGGAGAGAGGAGAATGGGT
TTGCAGTCGGTAAACCAGCCTCAGATGGTGTAAGGGGATGCTGCAAGTGTTGTACAGCTT
AACTAGGGTGTACGGGGGTCTGTCGTTGCGTTTAGGTAAGATCTAAAAACTGGAAATAAG
AGAGAGTGAGAGAGAAGAAAGAGAGAGAGCACTTGTTATCTCTTTTGCAAAAAAATCTTT
GTAAAATCGTTGTAGTTTCTTACGGCTTTGGA

QA 2 633 2 633
DS 



AS 1 3

CO CL4098Contig1 714 3 5 U
GAACAAAATAATCCAGAATGTCATTCATATACTTGCTGAACCACGTTTTACATGAACAAA
CATTTAACTTATGCAAACATAATGAACATATAAATACGAAAAGGTTTATTACTTATTCAG
TTATGAGATTTATATAAGATATATATATTGACTTTGGAGCTGTGTGGATGTAGAGAGGCC
ATGGTAAAAGGCAGAGTCTGTTGCAACGATATAAGGAGTTAAGGAACGGGGCATGCCTCA
ATGTTCCAAATCTCTTTGGCATACTGAGCTATTGTCCGGTCGCTGCTGAACTTTCCTGAC
CCGGCTGTGCTCATTATCGACATCTTCAGCCACCTCTTCCGGTCCTTGTAAGCTTCATCA
ACTTTGGCCTGAGCATCCATGTAGCTCGCGAAGTCATACCCAACCAGGAAGTAATCACCA
CGCCCATAACCAGTGTTTCCCTCAAGAGAATCAAGGAGCGGACCATAGTCATAGGTTCCA
AACACTCCACTTTTGGCAAACTGCTTCGCCTCTTCAAATCGAGGATCCGGTTTGAAGAGT
CCGTCTTCTCTTTCTATACGCAGTCGAGGGACCTGATCGGCTGTTGCACCAAAAAGAAAG
AAATTTTCTTCGCCAATCTCCTCTCTTATCTCCACATTAGCCCCATCAAGGGTTCCTATG
ATAAGGCAACCGTTGAGAGCGAATTTCATATTGCTTGTACCACTTGCCTCCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW04TF C 1
AF RR1BN91JQ U 10
AF RR1E196JQ U 10
BS 1 11 RR1GW04TF
BS 12 236 RR1BN91JQ
BS 237 237 RR1E196JQ
BS 238 405 RR1BN91JQ
BS 406 714 RR1E196JQ

RD RR1GW04TF 283 0 0
GAACAAAATAATCCAGAATGTCATTCATATACTTGCTGAACCACGTTTTACATGAACAAA
CATTTAACTTATGCAAACATAATGAACATATAAATACGAAAAGGTTTATTACTTATTCAG
TTATGAGATTTATATAAGATATATATATTGACTTTGGAGCTGTGTGGATGTAGAGAGGCC
ATGGTAAAAGGCAGAGTCTGTTGCAACGATATAAGGAGTTAAGGAACGGGGCATGCCTCA
ATGTTCCAAATCTCTTTGGCATACTGAGCTATTGTCCGGTC
AC

QA 1 281 1 281
DS 

RD RR1BN91JQ 397 0 0
AC
TCCAGAATGTCATTCATATACTTGCTGAACCACGTTTTACATGAACAAACATTTAACTTA
TGCAAACATAATGAACATATAAATACGAAAAGGTTTATTACTTATTCAGTTATGAGATTT
ATATAAGATATATATATTGACTTTGGAGCTGTGTGGATGTAGAGAGGCCATGGTAAAAGG
CAGAGTCTGTTGCAACGATATAAGGAGTTAAGGAACGGGGCATGC*TCAATGTTCCAAAT
CTCTTTGGCATACTGAGCTATTGTCCGGTCGCTGCTGAACTTTCCTGACCCGGCTGTGCT
CATTATCGACATCTTCAGCCACCTCTTCCGGTCCTTGTAAGCTTCATCAACTTTGGCCTG
AGCATCCATGTAGCTCGCGAAGTCATACCCAACC
C

QA 3 396 3 396
DS 

RD RR1E196JQ 705 0 0
AG
TCCAGAATGTCATTCATATACTTGCTGAACCACGTTTTACATGAACAAACATTTAACTTA
TGCAAACATAATGAACATATAAATACGAAAAGGTTTATTACTTATTCAGTTATGAGATTT
ATATAAGATATATATATTGACTTTGGAGCTGTGTGGATGTAGAGAGGCCATGGTAAAAGG
CAGAGTCTGTTGCAACGATATAAGGAGTTAAGGAACGGGGCATGCCTCAATGTTCCAAAT
CTCTTTGGCATACTGAGCTATTGTCCGGTCGCTGCTGAACTTTCCTGACCCGGCTGTGCT
CATTATCGACATCTTCAGCCACCTCTTCCGGTCCTTGTAAGCTTCATCAACTTTGGCCTG
AGCATCCATGTAGCTCGCGAAGTCATACCCAACCAGGAAGTAATCACCACGCCCATAACC
AGTGTTTCCCTCAAGAGAATCAAGGAGCGGACCATAGTCATAGGTTCCAAACACTCCACT
TTTGGCAAACTGCTTCGCCTCTTCAAATCGAGGATCCGGTTTGAAGAGTCCGTCTTCTCT
TTCTATACGCAGTCGAGGGACCTGATCGGCTGTTGCACCAAAAAGAAAGAAATTTTCTTC
GCCAATCTCCTCTCTTATCTCCACATTAGCCCCATCAAGGGTTCCTATGATAAGGCAACC
GTTGAGAGCGAATTTCATATTGCTTGTACCACTTGCCTCCATG

QA 3 705 3 705
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4100Contig1 1162 3 8 U
ACCGAGCGAGCTTCCTCATTTCATTTCGGTGATTTTAGTCTGTGAAATTGATTTTGTCTT
CATTTCCCGACGAGAGGAGAGATTTGTTCCGTAATTAGAGCAGAAAGATCAGACGAGAGA
CCATGTCGTGGCTGAGAACTGCTGTGAATAAGGCGGTGGAGGTCGGAAACCGCAAACACA
TCACACGAACCGTCAAGAACTATGCCGACTCCGTCGTCCAGCAGGCTGGCCAAGCCGTCG
CTGAAGGTGCCAAATTGTTCCAAGACCGCATTCGTGTTGGGGCCTATAAGAGTGTTAATC
AGACGATTCAGAGACTGGAGGAAGCTGCGGTCTCTTTCAGGGGTCATGAAAGAGCTTTGC
TTATTACCAGGTGGTTATCTGTGCTTAAGGAGATCGATAAAGCTATTGGAACTTCTTCCC
TCAAGGATAAAGATGTGACTTCTGAGGAACATCTTACTTCTGATGAAGCAAAGAGGCGTG
AATGGGTTTTGTACTACGATCCAGATATAGGAGGTCAGCCACTAAACTTCCGTGATGTTT
TTCTACAAAGTCAAGCTCTCGAGGGCATCGTCCTGTCCATGATTATGGAGCCACCACATG
ATGAGGAAGTTACTCTACTCCTGGACATGTTTAGGCTTTGTCTAAATGGAGGAAAGGAAG
TTCATGATGCTATAGTCAGCAGTATGCAGGATCTTGCTACAGTCTTTTCGAGTTACAAGG
ATGAAGTACTGGTTAAGCAGGACGAATTAATTCAATTTGCCCAAAATGCTATCACGGGAT
TGAAGATTAATGCCGAAATGTTGAGAATTGATGCTGAAGCTTCTGATCTTAGAAAAAAGC
TCGAAAAGATGAACGCCTCTCAATCTCCACAGGAGAGTGAACACAAGGGAGGTAAAAAAG
CTCCATTAACAATAGAGGCTCTTAAAGAAACACTTGCAAAGATTCGTATTTGCTCTAGAT
TGGAAGGGCTTTTAATTAGAAAGAGGCAACTAAGCAGCGGTGATTCACCAGACATACATG
CTCAGAAAGTCGACAAGCTCAAGGTGTTATTGGAATCTTTAGCAAATTCGATTTCCAAAG
CTGAGAAACGAATATCCGAAAATAGACTTCAGAAAGAAGAGGCACTTAAAGCTCGCGTGG
TGAAATCAGATGAAACCGGTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1E236TF U 1
AF RR1E236JQ C 538
AF RR1D835TF U 611
BS 1 689 RR1E236TF
BS 690 690 RR1D835TF
BS 691 694 RR1E236TF
BS 695 695 RR1D835TF
BS 696 713 RR1E236TF
BS 714 793 RR1D835TF
BS 794 794 RR1E236JQ
BS 795 1162 RR1D835TF

RD RR1E236TF 713 0 0
ACCGAGCGAGCTTCCTCATTTCATTTCGGTGATTTTAGTCTGTGAAATTGATTTTGTCTT
CATTTCCCGACGAGAGGAGAGATTTGTTCCGTAATTAGAGCAGAAAGATCAGACGAGAGA
CCATGTCGTGGCTGAGAACTGCTGTGAATAAGGCGGTGGAGGTCGGAAACCGCAAACACA
TCACACGAACCGTCAAGAACTATGCCGACTCCGTCGTCCAGCAGGCTGGCCAAGCCGTCG
CTGAAGGTGCCAAATTGTTCCAAGACCGCATTCGTGTTGGGGCCTATAAGAGTGTTAATC
AGACGATTCAGAGACTGGAGGAAGCTGCGGTCTCTTTCAGGGGTCATGAAAGAGCTTTGC
TTATTACCAGGTGGTTATCTGTGCTTAAGGAGATCGATAAAGCTATTGGAACTTCTTCCC
TCAAGGATAAAGATGTGACTTCTGAGGAACATCTTACTTCTGATGAAGCAAAGAGGCGTG
AATGGGTTTTGTACTACGATCCAGATATAGGAGGTCAGCCACTAAACTTCCGTGATGTTT
TTCTACAAAGTCAAGCTCTCGAGGGCATCGTCCTGTCCATGATTATGGAGCCACCACATG
ATGAGGAAGTTACTCTACTCCTGGACATGTTTAGGCTTTGTCTAAATGGAGGAAAGGAAG
TTCATGATGCTATAGTCAGCAGTATGCAG*ATCT*GCTACAGTCTTTTCGAGT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1E236JQ 624 0 0
TTTTTCTACAAAGTCAAGCTCTCGAGGGCATCGTCCTGTCCATGATTATGGAGCCACCAC
ATGATGAGGAAGTTACTCTACTCCTGGACATGTTTAGGCTTTGTCTAAATGGAGGAAAGG
AAGTTCATGATGCTATAGTCAGCAGTATGCAGGATCTTGCTACAGTCTTTTCGAGTTACA
AGGATGAAGTACTGGTTAAGCAGGACGAATTAATTCAATTTGCCCAAAATGCTATCACGG
GATTGAAGATTAATGCCGAAATGTTGAGAATTGATGCTGAAGCTTCTGATCTTAGAAAAA
AGCTCGAAAAGATGAACGCCTCTCAATCTCCACAGGAGAGTGAACACAAGGGAGGTAAAG
AAGCTCCATTAACAATAGAGGCTCTTAAAGAAACACTTGCAAAGATTCGTATTTGCTCTA
GATTGGAAGGGCTTTTAATTAGAAAGAGGCAACTAAGCAGCGGTGATTCACCAGACATAC
ATGCTCAGAAAGTCGACAAGCTCAAGGTGTTATTGGAATCTTTAGCAAATTCGATTTCCA
AAGCTGAGAAACGAATATCCGAAAATAGACTTCAGAAAGAAGAGGCACTTAAAGCTCGCG
TGGTGAAATCAGATGAAACCGGTG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1D835TF 552 0 0
G
ACTCTACTCCTGGACATGTTTAGGCTTTGTCTAAATGGAGGAAAGGAAGTTCATGATGCT
ATAGTCAGCAGTATGCAGGATCTTGCTACAGTCTTTTCGAGTTACAAGGATGAAGTACTG
GTTAAGCAGGACGAATTAATTCAATTTGCCCAAAATGCTATCACGGGATTGAAGATTAAT
GCTGAAATGTTGAGAATTGATGCTGAAGCTTCTGATCTTAGAAAAAAGCTCGAAAAGATG
AACGCCTCTCAATCTCCACAGGAGAGTGAACACAAGGGAGGTAAAAAAGCTCCATTAACA
ATAGAGGCTCTTAAAGAAACACTTGCAAAGATTCGTATTTGCTCTAGATTGGAAGGGCTT
TTAATTAGAAAGAGGCAACTAAGCAGCGGTGATTCACCAGACATACATGCTCAGAAAGTC
GACAAGCTCAAGGTGTTATTGGAATCTTTAGCAAATTCGATTTCCAAAGCTGAGAAACGA
ATATCCGAAAATAGACTTCAGAAAGAAGAGGCACTTAAAGCTCGCGTGGTGAAATCAGAT
GAAACCGGTGA

QA 2 552 2 552
DS 



AS 1 2

CO CL4101Contig1 536 2 1 U
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AGTTTCAAAAAAAAATGGATCCGAGCATGATGGCTGGACTCGATGGTCTTGGTGCAGAAG
ACCAAGCGAAAATGGCCTCCATGATCGATCAGCTTCAGCTACGTGATAGCTTGAGGATGT
ACAATTCGCTGGTGGAGAGGTGTTTCGTGGACTGTGTAGATTCGTTTACGCGCAAGACTC
TGCAGAAACAAGAGGAGACTTGTGTCTTACGGTGCGCCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGA
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TCTCTACTTGTGTTGGTTTGGTTTTTTTTTAGTCCGGTTTATGTGTTGGAACCCTGAATA
AACCGGTTTTTAGTGGTTCAGACAACTGCTCAATACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCG
TGTATTTTGAAGTTATTTTTTGCGTCTGATTTTTAATATTGAAATGATTTATATTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AX39JQ C 1
AF RR1AX39TF U 1
BS 1 536 RR1AX39TF

RD RR1AX39JQ 536 0 0
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AGTTTCAAAAAAAAATGGATCCGAGCATGATGGCTGGACTCGATGGTCTTGGTGCAGAAG
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ACAATTCGCTGGTGGAGAGGTGTTTCGTGGACTGTGTAGATTCGTTTACGCGCAAGACTC
TGCAGAAACAAGAGGAGACTTGTGTCTTACGGTGCGCCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGA
TGCGTGTAGGTCAGCGTTTTGGTGAGCTCAATCAGAACGCCCCAACTCAAGACTGAAGTC
TCTCTACTTGTGTTGGTTTGGTTTTTTTTTAGTCCGGTTTATGTGTTGGAACCCTGAATA
AACCGGTTTTTAGTGGTTCAGACAACTGCTCAATACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCG
TGTATTTTGAAGTTATTTTTTGCGTCTGATTTTTAATATTGAAATGATTTATATTT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1AX39TF 536 0 0
GGAAGGAGGCGACGGACGAAGAACTGCTGTTTCTCTAGTAGACCAAGAAAGAGCGAAAAG
AGTTTCAAAAAAAAATGGATCCGAGCATGATGGCTGGACTCGATGGTCTTGGTGCAGAAG
ACCAAGCGAAAATGGCCTCCATGATCGATCAGCTTCAGCTACGTGATAGCTTGAGGATGT
ACAATTCGCTGGTGGAGAGGTGTTTCGTGGACTGTGTAGATTCGTTTACGCGCAAGACTC
TGCAGAAACAAGAGGAGACTTGTGTCTTACGGTGCGCCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGA
TGCGTGTAGGTCAGCGTTTTGGTGAGCTCAATCAGAACGCCCCAACTCAAGACTGAAGTC
TCTCTACTTGTGTTGGTTTGGTTTTTTTTTAGTCCGGTTTATGTGTTGGAACCCTGAATA
AACCGGTTTTTAGTGGTTCAGACAACTGCTCAATACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCG
TGTATTTTGAAGTTATTTTTTGCGTCTGATTTTTAATATTGAAATGATTTATATTT

QA 1 536 1 536
DS 



AS 1 3

CO CL4102Contig1 978 3 3 U
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TCTAGCTACCCAGAGCCCGTATTCGCCGATCTTCCTATTTCTGCTTCTTTCTATACACTC
GAAAGATGGGAAGCAGTCCAGCTCCGTTTCCCGATATTGGCAAGAAAGCCAAAGATCTTC
TAAACAAGGATTACATCTTCGACCAGAAGTTTACTCTGACAATGCTGAGTGCCACTGGAA
CGGAATTTGTGGCGACAGGTTTGCAGAAGGATGATTTATTTCTTGGCGACATAAGCACAC
AATATAAAGGTCAAAACACCATTGTTGATGTCAAAATCGACAGCCACTCAAGTGTGTCGA
CGAAAGTAACTGTCAAAAATCTCATGCCGTCTGCTAAAGCTGTTATCAGCTTCAAAATAC
CTGATCACAAGTCTGGCAAGCTGGATGTGCAATATGTTCATCCTCATGCTACCCTCAATT
CCAGCATTGGCCTCAACCCAACTCCTCTGCTCGATCTGTCAGCAACTATCGGAAGCCAGA
CTGTTAGCCTCGGTGGTGAAGTTGGTTTCGACACAGCTTCCTCTTCGCTAACCAAGTACA
ACGCCGGAATCAGTTTCAACAAGCCAAACTTCTCTGCTGCTCTCATGCTGGAGGATAAAG
GGGAGAGCCTAAGAGCCACTTACGTACACACGGTGAATCCAACCACATCCGTTGCTGCAG
AACTGATCCGTCGCTTATCACTCTCTCAGCTGAGTATGACTCCAAGGCTGTGAACTTTCA
CCCAGGGTTGGTCTCGCTCTCGCCCTCAAACCATAAAAGAAGCAAAGTGTTCTCTCGGTT
TGGAATACAATTTTTTTTCAACATGCCCAAAGGAATGTATTTTGGGTTTATTAAATCACT
TCTTGCACTAATCTTTTGTTTTCATTGTGTGATGTGAAAGAAAAGGCAGTGATAAGAAAA
AAAAAACCCCATTTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AS01TF U 1
AF RR1GK93JQ C 326
AF RR1GK93TF U 326
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RD RR1AS01TF 617 0 0
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TCTAGCTACCCAGAGCCCGTATTCGCCGATCTTCCTATTTCTGCTTCTTTCTATACACTC
GAAAGATGGGAAGCAGTCCAGCTCCGTTTCCCGATATTGGCAAGAAAGCCAAAGATCTTC
TAAACAAGGATTACATCTTCGACCAGAAGTTTACTCTGACAATGCTGAGTGCCACTGGAA
CGGAATTTGTGGCGACAGGTTTGCAGAAGGATGATTTATTTCTTGGCGACATAAGCACAC
AATATAAAGGTCAAAACACCATTGTTGATGTCAAAATCGACAGCCACTCAAGTGTGTCGA
CGAAAGTAACTGTCAAAAATCTCATGCCGTCTGCTAAAGCTGTTATCAGCTTCAAAATAC
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CCAGCATTGGCCTCAACCCAACTCCTCTGCTCGATCTGTCAGCAACTATCGGAAGCCAGA
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ACGCCGGAATCAGTTTC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1GK93JQ 653 0 0
G
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CCGTCTGCTAAAGCTGTTATCAGCTTCAAAATACCTGATCACAAGTTTGGCAAGCTGGAT
GTGCAATATGTTCATCCTCATGCTACCCTCAATTCCAGCATTGGCCTCAACCCAACTCCT
TTGCTCGATCTGTCAGCAACTATCGGAAGCCAGACTGTTAGCCTCGGTGGTGAAGTTGGT
TTCGACACAGCTTCCTTTTCGCTAACCAAGTACAACGCCGGAATCAGTTTCAACAAGCCA
AACTTTTTTGCTGCTTTCATGCTGGAGGATAAAGGGGAGAGCCTAAGAGCCACTTACGTA
CACACGGTGAATCCAACCACATCCGTTGCTGCAGAACTGATCCGTCGCTTATCACTCTTT
CAGCTGAGTATGACTCCAAGGCTGTGAACTTTCACCCAGGGTTGGTCTCGCTCTCGCCCT
CAAACCATAAAAGAAGCAAAGTGTTCTCTCGGTTTGGAATACAATTTTTTTTCAACATGC
CCAAAGGAATGTATTTTGGGTTTATTAAATCACTTCTTGCACTAATCTTTTGTTTTCATT
GTGTGATGTGAAAGAAAAGGCAGTGATAAGAAAAAAAAAACCCCATTTTTGG

QA 2 653 2 653
DS 

RD RR1GK93TF 640 0 0
G
GATGTCAAAATCGACAGCCACTCAAGTGTGTCGACGAAAGTAACTGTCAAAAATCTCATG
CCGTCTGCTAAAGCTGTTATCAGCTTCAAAATACCTGATCACAAGTCTGGCAAGCTGGAT
GTGCAATATGTTCATCCTCATGCTACCCTCAATTCCAGCATTGGCCTCAACCCAACTCCT
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TTCGACACAGCTTCCTCTTCGCTAACCAAGTACAACGCCGGAATCAGTTTCAACAAGCCA
AACTTCTCTGCTGCTCTCATGCTGGAGGATAAAGGGGAGAGCCTAAGAGCCACTTACGTA
CACACGGTGAATCCAACCACATCCGTTGCTGCAGAACTGATCCGTCGCTTATCACTCTCT
CAGCTGAGTATGACTCCAAGGCTGTGAACTTTCACCCAGGGTTGGTCTCGCTCTCGCCCT
CAAACCATAAAAGAAGCAAAGTGTTCTCTCGGTTTGGAATACAATTTTTTTTCAACATGC
CCAAAGGAATGTATTTTGGGTTTATTAAATCACTTCTTGCACTAATCTTTTGTTTTCATT
GTGTGATGTGAAAGAAAAGGCAGTGATAAGAAAAAAAAA

QA 2 640 2 640
DS 



AS 1 3

CO CL4103Contig1 1039 3 6 U
AGGGACCAACAAAAACATTCGAGATACAATACTACTCAAGAAATATATAATATGAAGTTT
TCTTGTGGTACAAGATTCGCGTTCTTGGTTCTCTTTCTAATTGCAGCACAATCTGTGGCC
GTATATGCGGGTAGCTTCCATAAAGACGTTCAGATACATTGGGGTGATGGCCGCGGAAAG
GTTCGCGACAGAGATGGAAAGCTTCTTTCTCTCTCGCTCGACAAATCATCTGGTTCGGGT
TTTCAGTCTAACCAGGAGTTTCTCTATGGTAAAGCCGAGGTTCAGATGAAACTTGTCGCT
GGTAACTCTGCTGGAACAGTTACAACATTCTACCTTAAAGCGCCAGGTACCATATGGGAT
GAGATCGATTTTGAGTTCTTGGGAAACATAAGTGGTCATCCGTATACTCTCCATACGAAT
GTTTACACACAAGGGTCTGGAGACAAAGAACAACAATTTCATTTGTGGTTCGACCCAACA
AAGAACTTTCACACTTACTGCATCACATGGAACCCCCAAAGAATTATTTTCACGGTTGAT
GGCATTCCTATTAGAGAGCCCAAGAACTCTGAGTCAATTGGTGTTCCATTCCCAAAGAAC
CAACCAATGAGGCTTTACGCGAGCCTTTGGGAAGCAGAGCATTGGGCCACAAGGGGAGGA
TTAGAGAAAACAGATTGGTCAAAAGCTCCTTTTACTGCTTTCTACAGAAACTACAATGTG
GAAGGATGTGTTTGGGCTAATGGAAAATCATCTTGCCCCGCAAACTCCCCATGGTTCACT
CAGAAACTCGAGCAGGGAGGTGTGGATAAGATGAAATGGGCACAGAGTAAGTACATGATC
TATAACTATTGCACCGATACAAAGAGGTTTCCTAAAGGTGTTCCTGCAGTGTGCACTTAA
ATTATCGATTCATTGGTTCGTGAATGAGTTACTTGGCATCATCTTTGTAACTCAAATGAG
TTTTATTTATTGTTTTTCATTCATTTGTTGCTCAATCATGTGTATGTGGTGTTTTGTGTA
AGAATTTGCAAGTAATAGC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ54TF U 3
AF RR1GU87TF U 1
AF RR1FJ54JQ C 286
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BS 523 574 RR1GU87TF
BS 575 1039 RR1FJ54JQ

RD RR1FJ54TF 118 0 0
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TTGTGGTACAAGATTCGCGTTCTTGGTTCTCTTTCTAATTGCAGCACA*TCTGTGGCC

QA 1 118 1 118
DS 

RD RR1GU87TF 574 0 0
AGGGACCAACAAAAACATTCGAGATACAATACTACTCAAGAAATATATAATATGAAGTTT
TCTTGTGGTACAAGATTCGCGTTCTTGGTTCTCTTTCTAATTGCAGCACAATCTGTGGCC
GTATATGCGGGTAGCTTCCATAAAGACGTTCAGATACATTGGGGTGATGGCCGCGGAAAG
GTTCGCGACAGAGATGGAAAGCTTCTTTCTCTCTCGCTCGACAAATCATCTGGTTCGGGT
TTTCAGTCTAACCAGGAGTTTCTCTATGGTAAAGCCGAGGTTCAGATGAAACTTGTCGCT
GGTAACTCTGCTGGAACAGTTACAACATTCTACCTTAAAGCGCCAGGTACCATGTGGGAT
GAGATCGATTTTGAGTTCTTGGGAAACATAAGTGGTCATCCGTATACTCTCCATACGAAT
GTTTACACACAAGGGTCTGGAGACAAAGAACAACAATTTCATTTGTGGTTCGACCCAACA
AAGAACTTTCACACTTACTGCATCACATGGAACCCCCAAAGGATTATTTTCACGGTTGAT
GGCATTCCTATTAGAGAGCCCAAGAACTCTGAGT

QA 1 574 1 574
DS 

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GGTACCATATGGGATGAGATCGATTTTGAGTTCTTGGGAAACATAAGTGGTCATCCGTAT
ACTCTCCATACGAATGTTTACACACAAGGGTCTGGAGACAAAGAACAACAATTTCATTTG
TGGTTCGACCCAACAAAGAACTTTCACACTTACTGCATCACATGGAACCCCCAAAGAATT
ATTTTCACGGTTGATGGCATTCCTATTAGAGAGTTCAAGAACTCTGAGTCAATTGGTGTT
CCATTCCCAAAGAACCAACCAATGAGGCTTTACGCGAGCCTTTGGGAAGCAGAGCATTGG
GCCACAAGGGGAGGATTAGAGAAAACAGATTGGTCAAAAGCTCCTTTTACTGCTTTCTAC
AGAAACTACAATGTGGAAGGATGTGTTTGGGCTAATGGAAAATCATCTTGCCCCGCAAAC
TCCCCATGGTTCACTCAGAAACTCGAGCAGGGAGGTGTGGATAAGATGAAATGGGCACAG
AGTAAGTACATGATCTATAACTATTGCACCGATACAAAGAGGTTTCCTAAAGGTGTTCCT
GCAGTGTGCACTTAAATTATCGATTCATTGGTTCGTGAATGAGTTACTTGGCATCATCTT
TGTAACTCAAATGAGTTTTATTTATTGTTTTTCATTCATTTGTTGCTCAATCATGTGTAT
GTGGTGTTTTGTGTAAGAATTTGCAAGTAATAGC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 3

CO CL4104Contig1 547 3 8 U
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ACAGCGTTATTGCTTCGTGTCAGCCAGAAATCACAGCTCAACAAGATGGATTCACACAGC
CTAGCTATGGAGATGGCTCCAGTGATCATGTGGAGAGAAGACAAGAGGCCTGAATCTTAT
AGGGAATACTGGAGACGCCCGTCGAGGAGTCCTAAGAAAAGCAACGACTTTGAAACTGCT
ACTCCATGGGACTTACTCTCAGATGAAGGAGAAGGTGTAGATGCATCTTCATCAATCCCT
CTGGATGATATCGTTCAAGTTGATTTTGGTGCGGTGGAGGTTGTGCAGTGCCTGATTGGA
CATCATAACGCTATTTTCACCGATGCAGATGAGACTGTTTGGAGGTGAAGAAAACAATCA
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GAAGAACATATCCATGTTGATGATGATTAACCTAACCAGTGTGGTTTAGTAAATACGCTT
TTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1FA53TF U 1
AF RR1BI20JQ C 298
AF RR1BI20TF U 298
BS 1 358 RR1FA53TF
BS 359 359 RR1BI20TF
BS 360 376 RR1FA53TF
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BS 378 536 RR1FA53TF
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BS 538 546 RR1FA53TF
BS 547 547 RR1BI20JQ

RD RR1FA53TF 546 0 0
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ACAGCGTTATTGCTTCGTGTCAGCCAGAAATCACAGCTCAACAAGATGGATTCACACAGC
CTAGCTATGGAGATGGCTCCAGTGATCATGTGGAGAGAAGACAAGAGGCCTGAATCTTAT
AGGGAATACTGGAGACGCCCGTCGAGGAGTCCTAAGAAAAGCAACGACTTTGAAACTGCT
ACTCCATGGGACTTACTCTCAGATGAAGGAGAAGGTGTAGATGCATCTTCATCAATCCCT
CTGGATGATATCGTTCAAGTTGATTTTGGTGCGGTGGAGGTTGTGCAGTGCCTGATTGAA
CATCATAACGCTATTTGCACCGATGCAGATGAGACTGTTTGGAGGTGAAGAAAACAATCA
GCTAGCCAGTCAGTCTTTCTCTAATGGTTCAGTGGTTTCTCAATTTTCCGGACTAAACCA
GAAGAACATATCCATGTTGATGATGATTAACCTAACCAGTGTGGTTTAGTAAATACACTT
TTGTTT

QA 1 546 1 546
DS 

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G
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GACATCATAACGCTATTTTCACCGATGCAGATGAGACTGTTTGGAGGTGAAGAAAACAAT
CAGCTAGCCAGTCAGTCTTTCTCTAATGGTTCAGTGGTTTCTCAATTTTCCGGACTAAAC
CAGAAGAACATATCCATGTTGATGATGATTAACCTAACCAGTGTGGTTTAGTAAATACGC
TTTTGTTTC

QA 2 250 2 250
DS 

RD RR1BI20TF 250 0 0
G
CTCTGGATGATATCGTTCAAGTTGATTTTGGTGCGGTGGAGGTTGTGCAGTGCCTGATTG
GACATCATAACGCTATTTTCACCGATGCAGATGAGACTGTTTGGAGGTGAAGAAAACAAT
CAGCTAGCCAGTCAGTCTTTCTCTAATGGTTCAGTGGTTTCTCAATTTTCCGGACTAAAC
CAGAAGAACATATCCATGTTGATGATGATTAACCTAACCAGTGTGGTTTAGTAAATACGC
TTTTGTTT
C

QA 2 249 2 249
DS 



AS 1 3

CO CL4105Contig1 404 3 3 U
AAAATAAATCTCTACATATGAAATATAAAACTAGTACATTTCATTCACATATTAATTTGA
CATATGTAAAACATTATTTGTAAGTAATAATACATCCATAACTAAGCAAATTAATAGGAA
GATGAACAAAAATGATATATAATAAAAAAAAATTAGTTAAGCCAGGCATGCTTGAAGCTC
CTAGCTAAAGCAACCATGGATTTGAAAACAACAAAGACTATATATCACTTTGGAGGAGGC
TTGATTGTGACATGTTTCCTTGCCTCGACCTCGGTCACGATCATCATTACCATCATCAAA
ACGATGATGAAGGAGGCGATCAGGGTTTTCTTTTCGATAGCTCATAATGTTTGATAAGCT
CTTAAACGGTTCTTCTTCTTTTTCTTTTGCTTTTTTCTCGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D386JQ U 10
AF RR1CT79JQ U 1
AF RR1CT79TF C 10
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DS 

RD RR1CT79JQ 404 0 0
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CTAGCTAAAGCAACCATGGATTTGAAAACAACAAAGACTATATATCACTTTGGAGGAGGC
TTGATTGTGACATGTTTCCTTGCCTCGACCTCGGTCACGATCATCATTACCATCATCAAA
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CTTAAACGGTTCTTCTTCTTTTTCTTTTGCTTTTTTCTCGCTCC

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DS 

RD RR1CT79TF 395 0 0
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AACATTATTTGTAAGTAATAATACATCCATAACTAAGCAAATTAATAGGAAGATGAACAA
AAATGATATATAATAAAAAAAAATTAGTTAAGCCAGGCATGCTTGAAGCTCCTAGCTAAA
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ACATGTTTCCTTGCCTCGACCTCGGTCACGATCATCATTACCATCATCAAAACGATGATG
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TTCTTCTTCTTTTTCTTTTGCTTTTTTCTCGCTCC

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DS 



AS 1 3

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CATACATTATTGTTGTTATTACAAACAAGGAAGGTACAAACATGCATGTACACAGCAGCA
ACCATGAAAAAAACAAGGCCCAACACACATACAGTCATACATTATTGTTGTTATTACAAA
CAAGGAAGGTACAAACATGCATGTACACAACAAGTTTTCTCCACCAAAAAAAATGTTGCA
AAGAATTCGGTTGAATGTCATCGTGACATACAATACAATCAACCGATTTGACCCGTCACT
TTATTTTAATAAACTTGCAGGATATTTAAACACACATCGATATGAAATGTGGAATGATAA
ATAGATAGATAAGTAGTGCATCAAGGGGTATTTATTCTTGTGGGTCTTGATCGAATCCAG
TAATGCATGCGTCTCAAAAATCCTCGGTAATTGAGACAAGTAAAAACTCAACACCAATAT
ATATCTGATCTCTCACCAAATATCCATTTGAAGAATCATAGAGTTCTTCCATCGGCATAA
ACTTGCTCGTGCCTTTGCCCGAAGTTTCTGATGTATCGTAGGAAAACCAACCTTGGTGCC
CAGATTCATGGTGAATGCGGTTGACTTGGTCCAACACTCGCAGTTTATAGTTGGCAAAAG
TTGGTCTCTAATTTGGACTACCAGTCACGTAATCGGAAGCAGACAAATACAACGAAAATT
TTCCTGCCTTTCCTTCTGGGTACATCAGTATTCTCCATCTCCGTGGTCCAACCGTGAACT
CGTACGAGGAATGACGTTTACCAGTGAAGGAGGAAAACCGAGTGATATGCCAGGTGAATC
TAGATTTGTTCTCGGGCACCTCAAATAGTTTAATGCATTCCGCTGTCCCCATGTTTCGAG
CGATAGGGGTAACAGGAAAGCTTGCTTCCACATTGATGATTTCGCTCATGAAAACCGCTT
TGTCGTTCACAAGAAAACAGTTCAACAGCCCCCATGGTATTGACTTTTTGTAGCTTTTCG
TGACTTCCTTGAAACGTGCCGGAAACGATTCCCGTACGTGACGATTTCCTCTCTCATCGA
CTAAGCCGAATATGCATTCGCTCTTGACACTCCAAATAGGACCGGTACACTTTTCATCGA
TGATCCGGAGATGAAGATATAAATTGTCATTTTGGGCTTTTTTCCAACTAATAATCAACC
TCCACTGGAGACCAGCAATATGGAAATCCGATGACCAAAAATGATTGCCTTTGCGAGTCA
TCAGTTTAGACATCCCATCAACCATCACGAAGTGTGTGTTTCTGCGAACCATTAGCTGTC
CTTTTATAGTGTCTTCAAATGTCGAAAGACTCGAAACCAATTTGAAAACCATTTAGAAAG
TGGCGGTTGTTTTTTTCTTTTTGGGGGTGGTTGTCCTATAGAGTGTTTTAAGCTTTGATA
TGGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS28JQ U 1
AF RR1D516JQ U 66
AF RR1DS28TF C 673
BS 1 233 RR1DS28JQ
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BS 390 609 RR1DS28JQ
BS 610 612 RR1D516JQ
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BS 659 748 RR1D516JQ
BS 749 1388 RR1DS28TF

RD RR1DS28JQ 659 0 0
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ACCATGAAAAAAACAAGGCCCAACACACATACAGTCATACATTATTGTTGTTATTACAAA
CAAGGAAGGTACAAACATGCATGTACACAACAAGTTTTCTCCACCAAAAAAAATGTTGCA
AAGAATTCGGTTGAATGTCATCGTGACATACAATACAATCAACCGATTTGACCTGTCACT
TTATTTTAATAAACTTGCAGGGTATTTAAACACACATCGATATGAAATGTGGAATGATAA
ATAGATAGATAAGTAGTGCATCAAGGGGTATTTATTCTTGTGGGTCTTGATCGAATCCAG
TAATGCATGCGTCTCAAAAATCCTCGGTGATTGAGACAAGTAAAAACTCAACACCAATAT
ATATCTGATCTCTCACCAAATATCCATTTGAAGAATCATAGAGTTCTTCCATCGGCATAA
ACTTGCTCGTGCCTTTGCCCGAAGTTTCTGATGTATCGTAGGAAAACCAACCTTGGTGCC
CAGATTCATGGTGAATGCGGTTGACTTGGTCCAACACTCGCAGTTTATAGTTGGCAAAAG
TTGGTCTCT***TTGGACTACCAGTCACGTAATCGGAAGCAGACAAATACAACGAAAA
A

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1D516JQ 683 0 0
GG
AAAAAACAAGGCCCAACACACATACAGTCATACATTATTGTTGTTATTACAAACAAGGAA
GGTACAAACATGCATGTACACAACAAGTTTTCTCCACCAGAGAAAATGTTGCAACGAATT
CGGTTGAATGTCATCGTGACATACAATACAATCAACCGATTTGACCCGTCACTTTATTTT
AATAAACTTGCAGGATATTTAAACACACATCGATATGAAATGTGGAATGATAGATAGATA
GATAAGTAGTGCATCAAGGGGTATTTATTCTTGTGGGTCTTGATCGAATCCAGTAATGCA
TGCGTCTCAGAAATCCTCGGTAATTGAGACAAGTAAGAACTCAACACCAATATATATCTG
ATCTCTCACCAGATATCCATTTGAAGAATCATAGAGTTCTTCCATCGGCATAAACTTGCT
CGTGCCTTTGCCCGAAGTTTCTGATGTATCGTAGGAAAACCAACCTTGGTGCCCAGATTC
ATGGTGATTGCGGTTGACTTGGTCCAACACTCGCAGTTTATAGTTGGCAAAAGTTGGTCT
CTAATTTGGACTACGAGTCACGTAATCGGAAGCAGACAAATACGACGAAAATTTTCCTGC
CTTTCCTTCTGGGTACATCAGTATTCTCCATCTCCGTGGTCCAACCGTGAACTCGTACGA
GGAATGACGTTTACCAGTGAA

QA 3 683 3 683
DS 

RD RR1DS28TF 716 0 0
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GACGTTTACCAGTGAAGGAGGAAAACCGAGTGATATGCCAGGTGAATCTAGATTTGTTCT
CGGGCACCTCAAATAGTTTAATGCATTCCGCTGTCCCCATGTTTCGAGCGATAGGGGTAA
CAGGAAAGCTTGCTTCCACATTGATGATTTCGCTCATGAAAACCGCTTTGTCGTTCACAA
GAAAACAGTTCAACAGCCCCCATGGTATTGACTTTTTGTAGCTTTTCGTGACTTCCTTGA
AACGTGCCGGAAACGATTCCCGTACGTGACGATTTCCTCTCTCATCGACTAAGCCGAATA
TGCATTCGCTCTTGACACTCCAAATAGGACCGGTACACTTTTCATCGATGATCCGGAGAT
GAAGATATAAATTGTCATTTTGGGCTTTTTTCCAACTAATAATCAACCTCCACTGGAGAC
CAGCAATATGGAAATCCGATGACCAAAAATGATTGCCTTTGCGAGTCATCAGTTTAGACA
TCCCATCAACCATCACGAAGTGTGTGTTTCTGCGAACCATTAGCTGTCCTTTTATAGTGT
CTTCAAATGTCGAAAGACTCGAAACCAATTTGAAAACCATTTAGAAAGTGGCGGTTGTTT
TTTTCTTTTTGGGGGTGGTTGTCCTATAGAGTGTTTTAAGCTTTGATATGGAATCC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4108Contig1 941 3 18 U
GGACTTGAGAGTTGGGGAGTTCTCGTTGACCTTATCATCCTGATCGTTGGAAGATAAGAT
AACAATGGCTGGAGAGTCTGAAACTGCATCTTGGAGAAGTGAACTCGCAAAGGTTGATGT
CTGGTATGCATCTTTCGGATCCAACATGTGGAAACCGAGGTTCCTTTGCTATATCCAAGG
AGGACAAGCGGCGGGAATGAAGAAGGCATGTGTTGGTGCAATGGATAAAACTCCACCGAA
GGAAACAACGTGGAGAACGTTTCCAAACAGGTTGTTCTTTGGCCGTGAATCCACAGTTAC
TTGGGGTAAAGGAGGATCTGCTTTCCTAAACCCTCTTACTAGTCCCAGTGATCAATCTCA
CATGTGTTTCTACAGAATCACGCTTGAGCAGTTCAACGATGTTCTGTTTCAGGAAAACGG
CATGAAAGTGGATTCTGAGACTCCCCTCTTTGATCTATCTGCTCTGCAGTTAGTACAGAA
CAATGGATCCATCCCACTTGCTAAATCTGGTTGGTATGGTAACGTTGTCTGCGTGGGAAA
AGAATCAGGCATACCTATACTTACAATGACATGCACTCTTTCTGTTCTTGAGAAGTTTAT
ATCAGGTGAGGTGCCATTAAGACCTCCTGCAAAAGCCTATGCCAACAGTTTGGTAATGGG
ACTTGTTGAAGGAGGAAGACTCTCTGAAGAAGAAGCTTGGGCTTACATAGACAATGCTGC
CTCTAAACCTCTCTAAGATTGTTTGGAGCTTTCAGGTTTTTGAGTTGTTTGTTTACTTAC
CACTAAAACCACATGGTTTAATAAAAGATTGTGTCTTTCTCTTTGAGTGTGGTGTTATGC
AAACTATGTATGTATCGTTGTTGTCATATCAGACCACAACAGTAGCTGAAACAATCTCAA
GCTACAAAATTTATTTTATGCAAAAAGCAGATTGTTTCTAC


BQ
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BI84TF U 1
AF RR1AO09TF U 47
AF RR1AO09JQ C 172
BS 1 402 RR1BI84TF
BS 403 403 RR1AO09TF
BS 404 576 RR1BI84TF
BS 577 577 RR1AO09TF
BS 578 647 RR1BI84TF
BS 648 648 RR1AO09TF
BS 649 651 RR1BI84TF
BS 652 653 RR1AO09TF
BS 654 656 RR1BI84TF
BS 657 658 RR1AO09TF
BS 659 670 RR1BI84TF
BS 671 671 RR1AO09TF
BS 672 690 RR1BI84TF
BS 691 691 RR1AO09TF
BS 692 720 RR1BI84TF
BS 721 721 RR1AO09TF
BS 722 750 RR1BI84TF
BS 751 941 RR1AO09JQ

RD RR1BI84TF 750 0 0
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AACAATGGCTGGAGAGTCTGAAACTGCATCTTGGAGAAGTGAACTCGCAAAGGTTGATGT
CTGGTATGCATCTTTCGGATCCAACATGTGGAAACCGAGGTTCCTTTGCTATATCCAAGG
AGGACAAGCGGCGGGAATGAAGAAGGCATGTGTTGGTGCAATGGATAAAACTCCACCGAA
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TTGGGGTAAAGGAGGATCTGCTTTCCTAAACCCTCTTACTAGTCCCAGTGATCAATCTCA
CATGTGTTTCTACAGAATCACGCTTGAGCAGTTCAACGATGTCCTGTTTCAGGAAAACGG
CATGAAAGTGGATTCTGAGACTCCCCTCTTTGATCTATCTGCTCTGCAGTTAGTACAGAA
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AGAATCAGGCATACCTATACTTACAATGACATGCACACTTTCTGTTCTTGAGAAGTTTAT
ATCAGGTGAGGTGCCATTAAGACCTCCTGCAAAAGCCTATGCCAACACTTTTATAAGAGG
ACTTGTTGAAAGAGGAAGACTCTCTGAAGAGGAAGCTTGGGCTTACATAGACAATGCTGC
TTCTAAACCTCTCTAAGATTGTTTGGAGCT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1AO09TF 705 0 0
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TGCTATATCCAAGGAGGACAAGCGGCGGGAATGAAGAAGGCATGTGTTGGTGCAATGGAT
AAAACTCCACCGAAGGAAACAACGTGGAGAACGTTTCCAAACAGGTTGTTCTTTGGCCGT
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GTCTGCGTGGGAAAAGAATCAGGCATACCTATACTTACAATGACATGCACTCTTTCTGTT
CTTGAGAAGTTTATATCAGGTGAGGTGCCATTAAGACCTCCTGCAAAAGCCTATGCCAAC
AGTTTGGTAATGGGACTTGTTGAAGGAGGAAGACTCTCTGAAGAAGAAGCTTGGGCTTAC
ATAGACAATGCTGCCTCTAAACCTCTCTAAGATTGTTTGGAGCT
T

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1AO09JQ 770 0 0
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TCCACCGAAGGAAACAACGTGGAGAACGTTTCCAAACAGGTTGTTCTTTGGCCGTGAATC
CACAGTTACTTGGGGTAAAGGAGGATCTGCTTTCCTAAACCCTCTTACTAGTCCCAGTGA
TCAATCTCACATGTGTTTCTACAGAATCACGCTTGAGCAGTTCAACGATGTTCTGTTTCA
GGAAAACGGCATGAAAGTGGATTCTGAGACTCCCCTCTTTGATCTATCTGCTCTGCAGTT
AGTACAGAACAATGGATCCATCCCACTTGCTAAATCTGGTTGGTATGGTAACGTTGTCTG
CGTGGGAAAAGAATCAGGCATACCTATACTTACAATGACATGCACTCTTTCTGTTCTTGA
GAAGTTTATATCAGGTGAGGTGCCATTAAGACCTCCTGCAAAAGCCTATGCCAACAGTTT
GGTAATGGGACTTGTTGAAGGAGGAAGACTCTCTGAAGAAGAAGCTTGGGCTTACATAGA
CAATGCTGCCTCTAAACCTCTCTAAGATTGTTTGGAGCTTTCAGGTTTTTGAGTTGTTTG
TTTACTTACCACTAAAACCACATGGTTTAATAAAAGATTGTGTCTTTCTCTTTGAGTGTG
GTGTTATGCAAACTATGTATGTATCGTTGTTGTCATATCAGACCACAACAGTAGCTGAAA
CAATCTCAAGCTACAAAATTTATTTTATGCAAAAAGCAGATTGTTTCTAC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 3

CO CL4109Contig1 801 3 20 U
GGATATTGGTTTCGGCGGAATTAGGGTTAGACATGGCGGCTTCATCGAGTAGAGTAGATT
ACGAAATCATCACCGATCCGTTCGATCCACGATGTGTGGTTGCATGCTTTAAGAACCTCT
TTGGAGAACTGACCAAGAAGGATAAGCTTCTGCTGAAGAGGATGCGAGGGAAAGAGGACA
AAACGAGTCCAAAGGACACCCCACAGGAGGAACGCGATCTCATCAACGAACAGATCAGGA
AGTCACAGGGATTTGACGTGGATTTTTCCAAGTTCCGATCCCTTTTTGATTTCTACGCTG
CTTTCCATGTCGATGAAAGACAATCAAACGTAATAAGAGAAACCGATAGGCAGTTTTTCA
GAAGATTGGCTCAGGAAGCCGTTGCGAATTACAACACTAGATAGGGGACCAGGTTTGAAT
TTGTTGAGGTCGAGAAAGCAAATGTGTATAGTAATAGTGGATTCATTTACTTCATCACCT
TTGTAGCCAAAGATCCTTGCGACCAGACAAAAGTGTTTCAAGCTAAGGTCACCAATGTTT
TCTGTAGAGAGATTGTGCACAGCTTCTGCAGGCTTAAACCCCGTCAACAAGAATGCGATG
AAGCTAGGAGAGTTGTGAAGAAACCGAGGTATAATACAAGATCAAGCAAGCGTGCGGGTG
TCATTACTTATGTCTCTTAGATAATGCAATTACCATTGTCCGAGATATTCTCCTGTTTGA
GGGGAATTTTATCTCTGTATCATTATGTTTATGTATGACTTTTGTGGGACAACAACTACT
AAAATATTAAAACTTTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H624TF U 24
AF RR1B216TF U 1
AF RR1H624JQ C 121
BS 1 259 RR1B216TF
BS 260 260 RR1H624TF
BS 261 279 RR1B216TF
BS 280 280 RR1H624TF
BS 281 306 RR1B216TF
BS 307 307 RR1H624TF
BS 308 322 RR1B216TF
BS 323 323 RR1H624TF
BS 324 380 RR1B216TF
BS 381 381 RR1H624TF
BS 382 401 RR1B216TF
BS 402 402 RR1H624TF
BS 403 521 RR1B216TF
BS 522 522 RR1H624TF
BS 523 531 RR1B216TF
BS 532 532 RR1H624TF
BS 533 783 RR1B216TF
BS 784 784 RR1H624JQ
BS 785 794 RR1B216TF
BS 795 801 RR1H624JQ

RD RR1H624TF 586 0 0
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GATCCACGATGTGTGGTTGCATGCTTTAAGAACCTCTTTGGAGAACTGACCAAGAAGGAT
AAGCTTCTGCTGAAGAGGATGCGAGGGAAAGAGGACAAAACGAGTCCAAAGGACACCCCA
CAGGAGGAACGCGATCTCATCAACGAACAGATCAGGAAGTCACAGGGATTTGACGTGGAT
TTTTCCAAGTTCCGATCCCTTTTTGATTTCTACGCTGCTTTCCATGTCGATGAAAGACAA
TCAAACGTAATAAGAGAAACCGATAGGCAGTTTTTCAGAAGATTGGCTCAGGAAGCCGTT
GCGAATTACAACACTAGATAGGGGACCAGGTTTGAATTTGTTGAGGTCGAGAAAGCAAAT
GTGTATAGTAATAGTGGATTCATTTACTTCATCACCTTTGTAGCCAAAGATCCTTGCGAC
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TTCTGCAGGCTTAAACCCCGTCAACAAGAATGCGATGAAGCTAGGA

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1B216TF 794 0 0
GGATATTGGTTTCGGCGGAATTAGGGTTAGACATGGCGGCTTCATCGAGTAGAGTAGATT
ACGAAATCATCACCGATCCGTTCGATCCACGATGTGTGGTTGCATGCTTTAAGAACCTCT
TTGGAGAACTGACCAAGAAGGATAAGCTTCTGCTGAAGAGGATGCGAGGGAAAGAGGACA
AAACGAGTCCAAAGGACACCCCACAGGAGGAACGCGATCTCATCAACGAACAGATCAGGA
AGTCACAGGGATTTGACGTCGATTTTTCCAAGTTCCGATGCCTTTTTGATTTCTACGCTG
CTTTCCGTGTCGATGAAAGACATTCAAACGTAATAAGAGAAACCGATAGGCAGTTTTTCA
GAAGATTGGCTCAGGAAGCCATTGCGAATTACAACACTAGAGAGGGGACCAGGTTTGAAT
TTGTTGAGGTCGAGAAAGCAAATGTGTATAGTAATAGTGGATTCATTTACTTCATCACCT
TTGTAGCCAAAGATCCTTGCGACCAGACAAAAGTGTTTCAAACTAAGGTCATCAATGTTT
TCTGTAGAGAGATTGTGCACAGCTTCTGCAGGCTTAAACCCCGTCAACAAGAATGCGATG
AAGCTAGGAGAGTTGTGAAGAAACCGAGGTATAATACAAGATCAAGCAAGCGTGCGGGTG
TCATTACTTATGTCTCTTAGATAATGCAATTACCATTGTCCGAGATATTCTCCTGTTTGA
GGGGAATTTTATCTCTGTATCATTATGTTTATGTATGACTTTTGTGGGACAACAACTACT
AAA*TATTAAAACT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1H624JQ 681 0 0
TTGGAGAACTGACCAAGAAGGATAAGCTTCTGCTGAAGAGGATGCGAGGGAAAGAGGACA
AAACGAGTCCAAAGGACACCCCACAGGAGGAACGCGATCTCATCAACGAACAGATCAGGA
AGTCACAGGGATTTGACGTGGATTTTTCCAAGTTCCGATCCCTTTTTGATTTCTACGCTG
CTTTCCATGTCGATGAAAGACAATCAAACGTAATAAGAGAAACCGATAGGCAGTTTTTCA
GAAGATTGGCTCAGGAAGCCGTTGCGAATTACAACACTAGATAGGGGACCAGGTTTGAAT
TTGTTGAGGTCGAGAAAGCAAATGTGTATAGTAATAGTGGATTCATTTACTTCATCACCT
TTGTAGCCAAAGATCCTTGCGACCAGACAAAAGTGTTTCAAGCTAAGGTCACCAATGTTT
TCTGTAGAGAGATTGTGCACAGCTTCTGCAGGCTTAAACCCCGTCAACAAGAATGCGATG
AAGCTAGGAGAGTTGTGAAGAAACCGAGGTATAATACAAGATCAAGCAAGCGTGCGGGTG
TCATTACTTATGTCTCTTAGATAATGCAATTACCATTGTCCGAGATATTCTCCTGTTTGA
GGGGAATTTTATCTCTGTATCATTATGTTTATGTATGACTTTTGTGGGACAACAACTACT
AAAATATTAAAACTTTTATCC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 3

CO CL4110Contig1 672 3 2 U
TTTTTTTTCCAACATTCGATTTTATTTAAATATAAAAGAAAAAACAGGCAGGATAGCAAT
GATACGTGCACGTTAGGGTTTAATTTTAAAATAAGGAACATCGGAAACTAAAGCATACAA
GTCTGACAAAGATCTAGAACATAAACTTTGGAGAAACCAACTGCAGAAGACGATCTGGCA
GCCCTCAAAAGTTTTACTCCTTTTTACTGGAGGAGTCTTTAAGCATACCCTTCTTCCGGA
TCTGGAGACACCTCTTAATGTTGAAGGATTCAAAAACGCTTTCGGGTAATGCAGAGACAA
CATAACCCATGAGTGCGTGAGGCCAGTAAGGTGTGCAACGTGCTTCGTACCCTACAAAAC
GCAGTGCTGCCTTTGCGTAACCCTCTGGAGATGCCACTAAGAAAGACGCTCTCCTAATCT
TAGTCATCTTTGTTGCAACATACAAGGGTACCTGGCATTGAACATCAATCCCACTCTTCT
TGTACTCAACATGGAGACACTTTGAGAACTGATCCACGTACGTTTTAGCGCCGGCATAGA
CAGAGTAGAAAGGATAAGAAGGGATAAGAGCAGCAGCACCAGAACCCATATTAACAATCG
CCCCTCGCTTCCTCTTCAGCATATTCCCCAACACAGCCTTCGTAACCTTCGTCGTCCCTT
CAACATTAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E129JQ U 50
AF RR1CQ61TF C 1
AF RR1CQ61JQ U 9
BS 1 8 RR1CQ61TF
BS 9 672 RR1CQ61JQ

RD RR1E129JQ 569 0 0
AGGATAGCAATGATACGTGCACGTTAGGGTTTAATTTTAAAATAAGGAACATCGGAAACT
AAAGCATACAAGTCTGACAAAGATCTAGAACATAAACTTTGGAGAAACCAACTGCAGAAG
ACGATCTGGCAGCCCTCAAAAGTTTTACTCCTTTTTACTGGAGGAGTCTTTAAGCATACC
CTTCTTCCGGATCTGGAGACACCTCTTAATGTTGAAGGATTCAAAAACGCTTTCGGGTAA
TGCAGAGACAACATAACCCATGAGTGCGTGAGGCCAGTAAGGTGTGCAACGTGCTTCGTA
CCCTACAAAACGCAGTGCTGCCTTTGCGTAACCCTCTGGAGATGCCACTAAGAAAGACGC
TCTCCTAATCTTAGTCATCTTTGTTGCAACATACAAGGGTACCTGGCATTGAACATCAAT
CCCACTCTTCTTGTACTCAACATGGAGACACTTTGAGAACTGATCCACGTACGTTTTAGC
GCCGGCATAAACAGAGTAGAAAGGATAAGAAGGGATAAGAGCAGCAGCACCAGAACCCAT
ATTAACAATCGCCCCTCGCTTCCTCTTCA

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1CQ61TF 672 0 0
TTTTTTTTCCAACATTCGATTTTATTTAAATATAAAAGAAAAAACAGGCAGGATAGCAAT
GATACGTGCACGTTAGGGTTTAATTTTAAAATAAGGAACATCGGAAACTAAAGCATACAA
GTCTGACAAAGATCTAGAACATAAACTTTGGAGAAACCAACTGCAGAAGACGATCTGGCA
GCCCTCAAAAGTTTTACTCCTTTTTACTGGAGGAGTCTTTAAGCATACCCTTCTTCCGGA
TCTGGAGACACCTCTTAATGTTGAAGGATTCAAAAACGCTTTCGGGTAATGCAGAGACAA
CATAACCCATGAGTGCGTGAGGCCAGTAAGGTGTGCAACGTGCTTCGTACCCTACAAAAC
GCAGTGCTGCCTTTGCGTAACCCTCTGGAGATGCCACTAAGAAAGACGCTCTCCTAATCT
TAGTCATCTTTGTTGCAACATACAAGGGTACCTGGCATTGAACATCAATCCCACTCTTCT
TGTACTCAACATGGAGACACTTTGAGAACTGATCCACGTACGTTTTAGCGCCGGCATAGA
CAGAGTAGAAAGGATAAGAAGGGATAAGAGCAGCAGCACCAGAACCCATATTAACAATCG
CCCCTCGCTTCCTCTTCAGCATATTCCCCAACACAGCCTTCGTAACCTTCGTCGTCCCTT
CAACATTAATCC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1CQ61JQ 664 0 0
CCAACATTCGATTTTATTTAAATATAAAAGAAAAAACAGGCAGGATAGCAATGATACGTG
CACGTTAGGGTTTAATTTTAAAATAAGGAACATCGGAAACTAAAGCATACAAGTCTGACA
AAGATCTAGAACATAAACTTTGGAGAAACCAACTGCAGAAGACGATCTGGCAGCCCTCAA
AAGTTTTACTCCTTTTTACTGGAGGAGTCTTTAAGCATACCCTTCTTCCGGATCTGGAGA
CACCTCTTAATGTTGAAGGATTCAAAAACGCTTTCGGGTAATGCAGAGACAACATAACCC
ATGAGTGCGTGAGGCCAGTAAGGTGTGCAACGTGCTTCGTACCCTACAAAACGCAGTGCT
GCCTTTGCGTAACCCTCTGGAGATGCCACTAAGAAAGACGCTCTCCTAATCTTAGTCATC
TTTGTTGCAACATACAAGGGTACCTGGCATTGAACATCAATCCCACTCTTCTTGTACTCA
ACATGGAGACACTTTGAGAACTGATCCACGTACGTTTTAGCGCCGGCATAGACAGAGTAG
AAAGGATAAGAAGGGATAAGAGCAGCAGCACCAGAACCCATATTAACAATCGCCCCTCGC
TTCCTCTTCAGCATATTCCCCAACACAGCCTTCGTAACCTTCGTCGTCCCTTCAACATTA
ATCC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 3

CO CL4111Contig1 651 3 7 U
GGAAATCAAAACCATCTCACAAAAGATGTCGACGAAGAAGATCGTGTTGAAAAGCTCCGA
CGGCGAGTCTTTCGAGGTGGACGAGGCCGTGGCTCTCGAGTCTCAGACCATAGCCCACAT
GGTCGAAGACGACTGCGTCGACAACGGGATCCCTCTCCCCAACGTCACGAGCAAGATCCT
CGCCAAGGTGATTGAGTACTGCAAGAAGCACGTCGACGCCGCCGCTTCCAAGACCGAGGC
CGTCGACGGTGGCGCTTCCTCCGACGATGACCTCAAGGCGTGGGACGGCGAGTTCATGAA
GATCGATCAGGCCACCCTCTTCGAGCTCATTCTGGCTGCTAACTACTTGAACATCAAGAA
CCTTCTTGACCTGACATGCCAGACGGTTGCTGATATGATCAAGGGCAAGACTCCAGAGGA
GATTCGCCAGACCTTCAACATCAAGAACGACTTTACGCCCGAGGAAGAGGAGGAGGTGCG
CAGAGAGAACCAGTGGGCTTTTGAATGATCAATGGCCTGTCATTGAAGCAAAACCCCTTT
TATGTTATTGTCCTTCTCTTTTACTCTGTGGATGATGATAGACTTGGTTTTCTTTCTATT
TTCGCTTTGCAATTCATGACTATTTTCGTCCTTATTTATTAAATATTAAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B047TF U 1
AF RR1GF02TF U 47
AF RR1GF02JQ C 138
BS 1 145 RR1B047TF
BS 146 146 RR1GF02TF
BS 147 560 RR1B047TF
BS 561 561 RR1GF02TF
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BS 566 567 RR1GF02TF
BS 568 651 RR1B047TF

RD RR1B047TF 651 0 0
GGAAATCAAAACCATCTCACAAAAGATGTCGACGAAGAAGATCGTGTTGAAAAGCTCCGA
CGGCGAGTCTTTCGAGGTGGACGAGGCCGTGGCTCTCGAGTCTCAGACCATAGCCCACAT
GGTCGAAGACGACTGCGTCGACAACTGGATCCCTCTCCCCAACGTCACGAGCAAGATCCT
CGCCAAGGTGATTGAGTACTGCAAGAAGCACGTCGACGCCGCCGCTTCCAAGACCGAGGC
CGTCGACGGTGGCGCTTCCTCCGACGATGACCTCAAGGCGTGGGACGGCGAGTTCATGAA
GATCGATCAGGCCACCCTCTTCGAGCTCATTCTGGCTGCTAACTACTTGAACATCAAGAA
CCTTCTTGACCTGACATGCCAGACGGTTGCTGATATGATCAAGGGCAAGACTCCAGAGGA
GATTCGCCAGACCTTCAACATCAAGAACGACTTTACGCCCGAGGAAGAGGAGGAGGTGCG
CAGAGAGAACCAGTGGGCTTTTGAATGATCAATGGCCTGTCATTGAAGCAAAACCCCTTT
TATGTTATTGTCCTTCTCTTCTACT**GTGGATGATGATAGACTTGGTTTTCTTTCTATT
TTCGCTTTGCAATTCATGACTATTTTCGTCCTTATTTATTAAATATTAAGA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1GF02TF 565 0 0
GG
GAAAAGCTCCGACGGCGAGTCTTTCGAGGTGGACGAGGCCGTGGCTCTCGAGTCTCAGAC
CATAGCCCACATGGTCGAAGACGACTGCGTCGACAACGGGATCCCTCTCCCCAACGTCAC
GAGCAAGATCCTCGCCAAGGTGATTGAGTACTGCAAGAAGCACGTCGACGCCGCCGCTTC
CAAGACCGAGGCCGTCGACGGTGGCGCTTCCTCCGACGATGACCTCAAGGCGTGGGACGG
CGAGTTCATGAAGATCGATCAGGCCACCCTCTTCGAGCTCATTCTGGCTGCTAACTACTT
GAACATCAAGAACCTTCTTGACCTGACATGCCAGACGGTTGCTGATATGATCAAGGGCAA
GACTCCAGAGGAGATTCGCCAGACCTTCAACATCAAGAACGACTTTACGCCCGAGGAAGA
GGAGGAGGTGCGCAGAGAGAACCAGTGGGCTTTTGAATGATCAATGGCCTGTCATTGAAG
CAAAACCCCTTTTATGTTATTGTCCTTCTCTTTTACTCTGTGGATGATGATAGACTTGGT
TTTCTTTCTATTTTCGCTTTGC
A

QA 3 564 3 564
DS 

RD RR1GF02JQ 473 0 0
TCGACAACGGGATCCCTCTCCCCAACGTCACGAGCAAGATCCTCGCCAAGGTGATTGAGT
ACTGCAAGAAGCACGTCGACGCCGCCGCTTCCAAGACCGAGGCCGTCGACGGTGGCGCTT
CCTCCGACGATGACCTCAAGGCGTGGGACGGCGAGTTCATGAAGATCGATCAGGCCACCC
TCTTCGAGCTCATTCTGGCTGCTAACTACTTGAACATCAAGAACCTTCTTGACCTGACAT
GCCAGACGGTTGCTGATATGATCAAGGGCAAGACTCCAGAGGAGATTCGCCAGACCTTCA
ACATCAAGAACGACTTTACGCCCGAGGAAGAGGAGGAGGTGCGCAGAGAGAACCAGTGGG
CTTTTGAATGATCAATGGCCTGTCATTGAAGCAAAACCCCTTTTATGTTATTGTCCTTCT
CTTTTACTCTGTGGATGATGATAGACTTGGTTTTCTTTCTATTTTCGCTTTGC

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 3

CO CL4112Contig1 967 3 6 U
GGAGCTTCGAAGTTTCTTTTGAATAATCCAAAAAAAAAATAATGGCGACGAGTGAGGGAG
GAAGCAATCGAATCGGTGGAAGAGACGGAGGCTCTCAAGAGATCGCTGGTGGATTCCTTG
TACGGCACAGACAGAGGTTTGAGCGCATCGAGCGAGACTCGAGCCGAGATCGGAGATCTA
ATCACACAGCTCGAGTCCAAGAACCCCCACGCCAGCTCCCACCGAAGCTCTCTTCCTTCT
CAACGGCAAATGGATCCTCGCGTACACATCGTTCGTTGGTTTGTTCCCGTTGCTCTCACG
AGGGATCGTGCCGTTAGTTAAAGTCGACGAGATCTCACAGACCATCGATTCAGACTTCTT
CACGGTCGAGAACTCTGTTCTGTTCGCTGGTCCGCTGGCTACGACCTCGATCAGCACCAA
CGCCAAATTCGAAATCCGGAGCCCCAAACGCGTCCAGATTAAGTTCGAGGAAGGTGTGAT
CGGGACTCCTCAGCTGACGGATTCGATCGAGATCCCTGAGTACGTTGAGTTTCTCGGTCA
GAAGATTGATCTTGCTCCGGTCAGAGGGCTGCTCACTTCGGTACAAGACACGGCTTCGTC
TGTGGCTAGAACCATATCGAGCCAGCCACCCGTTGAAGTTCTCTTTGCCAGGGGACAATG
CACAGTCGTGGCTGCTCACGACGTATCTGGACAAGGAGATTCGGATCTCTAGAGGAGATG
GTGGAAGCGTCTTTGTGCTTATCAAAGAAAGAAGCCCTCTCTTGAATCCTTGAGTTAATA
GCTCCTCATAATCTATCACTACCTTTCATGCCGAGTGTTGTCATAGTTTTTTTTACTTTA
ATTGTTTGTATTAACTTGGGTGATGTGGTAATTAAGAAATAATGTTTGTAACTGATATAA
AAGTACAAATCCTTAAGATTCTCCTGCTCTTTAATTTGGTCAAAACTCTCCTAATGATTT
ATACATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A388TF U 1
AF RR1A388JQ C 121
AF RR1GN66TF U 752
BS 1 207 RR1A388TF
BS 208 208 RR1A388JQ
BS 209 778 RR1A388TF
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BS 834 834 RR1A388JQ
BS 835 967 RR1GN66TF

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QA 1 778 1 778
DS 

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ATCACACAGCTCGAGTCCAAGAACCCCCACGCCAGCTCCCACCGAAGCTCTCTTCCTTCT
CAACGGCAAATGGATCCTCGCGTACACATCGTTCGTTGGTTTGTTCCCGTTGCTCTCACG
AGGGATCGTGCCGTTAGTTAAAGTCGACGAGATCTCACAGACCATCGATTCAGACTTCTT
CACGGTCGAGAACTCTGTTCTGTTCGCTGGTCCGCTGGCTACGACCTCGATCAGCACCAA
CGCCAAATTCGAAATCCGGAGCCCCAAACGCGTCCAGATTAAGTTCGAGGAAGGTGTGAT
CGGGACTCCTCAGCTGACGGATTCGATCGAGATCCCTGAGTACGTTGAGTTTCTCGGTCA
GAAGATTGATCTTGCTCCGGTCAGAGGGCTGCTCACTTCGGTACAAGACACGGCTTCGTC
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AAGTACAAATCCTTAAGAT

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G
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AATTTGGTCAAAACTCTCCTAATGATTTATACATT

QA 2 216 2 216
DS 



AS 1 3

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AAAACAAAGAAAAAAATGGGATTTTGTTTTTGTTTATCCTCAGGAGGATCAACAGATAGA
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TATTACTTAGTAATGAAATGATATAGAAGTTAGGAGTGGTGTGTGTCGTGAGATAAAAGC
AACAAGGACGTTGACATTTCGGACACACGTCACGGGAATCTATTTATAACTATTGGAGCT
TATGACATGAATCATTCAAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK37TF U 1
AF RR1A578TF U 1
AF RR1A578JQ C 493
BS 1 244 RR1A578TF
BS 245 245 RR1EK37TF
BS 246 597 RR1A578TF
BS 598 598 RR1EK37TF
BS 599 757 RR1A578TF
BS 758 1340 RR1A578JQ

RD RR1EK37TF 651 0 0
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AAAACAAAGAAAAAAATGGGATTTTGTTTTTGTTTATCCTCAGGAGGATCAACAGATAGA
AACCAGATCTACGAGATAAATGATTATGGACAAGAAAATGCAGTTTTATACTCGGAACAA
CACGACTTTCCTCAAGACTTTGGCTCTGTCTCGTCTTTAGCTGGAGGCAAGGGCTTTAAT
CAAGATGCTGCCATACTCCACCTGGGATATGGAACTGAAGAAGGAGCGTTATGTGGAGTA
TTTGATGGTCATGGAGAGAAGGGTGAATTGGTGAGCAAGATCGTAAGAAACCAGTTGCCA
TCTTTATTGTTAGGTCACATGAACAATCATTCAGTGACTCGAGACTGGAAACTCATCTGC
GAAAGTACGTGTTTGGCCATGGACAAAAGGATTCTTAAACTCAAGAACACTCTTGATTGC
TCCTCATCCGGAACTGCTGCTGTTTTCGCCGTTAAACATGGAAATCAAGTGATGGTGGCA
AACCTAGGAGATTCAAGGGCTATCATGATTGGAACAAGTGAGAATGGACAAATGAAGGTG
GTTCAGTTAACCAGTGACCTAAAGCCAAGTGTCCCAAGCGAAGCGGACAGA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1A578TF 757 0 0
CATTTGTTTTATATCCTCTCATTTCACATATATAGAAAACCAAAAAAAAGAGCAAAAACA
AAAACAAAGAAAAAAATGGGATTTTGTTTTTGTTTATCCTCAGGAGGATCAACAGATAGA
AACCAGATCTACGAGATAAATGATTATGGACAAGAAAATGCAGTTTTATACTCGGAACAA
CACGACTTTCCTCAAGACTTTGGCTCTGTCTCGTCTTTAGCTGGAGGCAAGGGCTTTAAT
CAAGCTGCTGCCATACTCCACCTGGGATATGGAACTGAAGAAGGAGCGTTATGTGGAGTA
TTTGATGGTCATGGAGAGAAGGGTGAATTGGTGAGCAAGATCGTAAGAAACCAGTTGCCA
TCTTTATTGTTAGGTCACATGAACAATCATTCAGTGACTCGAGACTGGAAACTCATCTGC
GAAAGTACGTGTTTGGCCATGGACAAAAGGATTCTTAAACTCAAGAACACTCTTGATTGC
TCCTCATCCGGAACTGCTGCTGTTTTCGCCGTTAAACATGGAAATCAAGTGATGGTGGCA
AACCTAGGAGATTCAAGGGCTATTATGATTGGAACAAGTGAGAATGGACAAATGAAG*TG
GTTCAGTTAACCAGTGACCTAAAGCCAAGTGTCCCAAGCGAAGCGGACAGAATAAAGAAA
CGCAACGGAAAGGGTCTTAGCTTTAGAGTCAGAGCCTCATATTCTAAGAGTATGGCTTCC
ACATGAAAACCGACCAGGCCTAGCCATGTCTAGGGCT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1A578JQ 848 0 0
ACTGCTGCTGTTTTCGCCGTTAAACATGGAAATCAAGTGATGGTGGCAAACCTAGGAGAT
TCAAGGGCTATTATGATTGGAACAAGTGAGAATGGACAAATGAAGGTGGTTCAGTTAACC
AGTGACCTAAAGCCAAGTGTCCCAAGCGAAGCGGACAGAATAAGGAAACGCAACGGAA*G
GGTCTTAGCTTTAGAGTCAGAGCCTCATATTCTAAGAGTATGGCTTCCACATGAAAACCG
ACCAGGCCTAGCCATGTCTAGGGCTTTTGGTGACTTCGTTCTTAAAAGCTATGGTGTCAT
TGCGACTCCTGAAGTCTCTTCGCATCAAATCACTTCTCGCGACCAGTTTCTGCTCCTTGC
TTCGGATGGGGTGTGGGACGTGCTTAGTAACGAAGAAGTGGCTAAGGTGGTGATGAAGTC
GGTGACTGAGACAGGAGCGGCCAACGCGGTGACAGAAGCGGCTACTAATGCGTGGAGACA
GAAATATCCAACGGCTAAGGTTGATGATATCACTGTCGTGTGTCTCTCTGTCAACAAGAG
ACATGTTCCACAGCCTCTTATATGATTAAACAAACACACTTGCGAAGAAACAAGTAAAGA
CTAATCAAAGATGGATGACAAAAAACAGCTTACTCAGAGATCTCTGCGTGTTTGCCTATG
AGTGTGAACGTATGTGTATATCTACCGTTGTATGTTACGTCGTGTGATTATTACTTAGTA
ATGAAATGATATAGAAGTTAGGAGTGGTGTGTGTCGTGAGATAAAAGCAACAAGGACGTT
GACATTTCGGACACACGTCACGGGAATCTATTTATAACTATTGGAGCTTATGACATGAAT
CATTCAAT

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 3

CO CL4114Contig1 902 3 3 U
TCGTTTAAGTACGGTTCAATCAATGTGACGGATGTCTATGTTCTCAGGAACATGCCGCCT
GTGAAGATCAAGGGCAAAAGAAGGACAACACTTAGTGGCGTATCGTTTGTGAATCCTTCT
ACACCTATAAGACTAGCTGATAAGCATAAGGTTAAAGGAGCTTATAAGCTTGATTTCCCT
AAGAGACCTTTGACTGGACCACCTAAGATGGAGACTTCAATTATCAATGGCACTTACCGC
GGTTTCATGGAAGTCATTCTTCAGAACAATGACACTAAGATGCAAAGCTACCACATGAGT
GGCTATGCCTTCTTCGCAGTCGGAATGGACTACGGAGAGTGGACGGAGAACAGTAGAGGA
ACTTACAACAAATGGGACGGTATTGCACGGTCAACTATTCAGGTGTATCCAGGGGCATGG
TCAGCGATCTTGATATCTTTGGACAATCCTGGGGCTTGGAATCTGAGAACAGAGAATCTT
GATTCTTGGTATCCTGGACAAGAAACTTATGTTAGAGTTGTTAATCCAGATGAAAACAAC
AAGACTGAGTTTGGGGCCCCTGCTAATGTCCTTTACTGTGGTGCTCTACAGAAATTACAA
AAGCCACAAAAGATATCATCATCGGCTACTAGAAGCATTGGATTCACGAGTCTTTCAATG
GTAGTGATGGCTTTGGTGATGGTTCTGCATTGAAATGTAACTTTGAGGGTTTGATTGTAA
TTTTTCTAGGGCTTTTCTTTGTTGAGATGGTGATTCTTGTTCTTACGTTTCCACAGTTCT
TCTATTTTGGGGTTGTTGGATTTTTCTGACTTGTTTTTTTTTTTTATTATCCGTTGTTAT
ATTCTTTTTCCGGGAGTCTCTTGATTATTTGAGAAAAACAGAAGATTATTCATTGAATGT
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1CV54TF U 1
AF RR1EN79TF U 89
AF RR1CV54JQ C 327
BS 1 629 RR1CV54TF
BS 630 704 RR1EN79TF
BS 705 902 RR1CV54JQ

RD RR1CV54TF 629 0 0
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GTGAAGATCAAGGGCAAAAGAAGGACAACACTTAGTGGCGTATCGTTTGTGAATCCTTCT
ACACCTATAAGACTAGCTGATAAGCATAAGGTTAAAGGAGCTTATAAGCTTGATTTCCCT
AAGAGACCTTTGACTGGACCACCTAAGATGGAGACTTCAATTATCAATGGCACTTACCGC
GGTTTCATGGAAGTCATTCTTCAGAACAATGACACTAAGATGCAAAGCTACCACATGAGT
GGCTATGCCTTCTTCGCAGTCGGAATGGACTACGGAGAGTGGACGGAGAACAGTAGAGGA
ACTTACAACAAATGGGACGGTATTGCACGGTCAACTATTCAGGTGTATCCAGGGGCATGG
TCAGCGATCTTGATATCTTTGGACAATCCTGGGGCTTGGAATCTGAGAACAGAGAATCTT
GATTCTTGGTATCCTGGACAAGAAACTTATGTTAGAGTTGTTAATCCAGATGAAAACAAC
AAGACTGAGTTTGGGGCCCCTGCTAATGTCCTTTACTGTGGTGCTCTACAGAAATTACAA
AAGCCACAAAAGATATCATCATCGGCTAC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1EN79TF 616 0 0
CACTTAGTGGCGTATCGTTTGTGAATCCTTCTACACCTATAAGACTAGCTGATAAGCATA
AGGTTAAAGGAGCTTATAAGCTTGATTTCCCTAAGAGACCTTTGACTGGACCACCTAAGA
TGGAGACTTCAATTATCAATGGCACTTACCGCGGTTTCATGGAAGTCATTCTTCAGAACA
ATGACACTAAGATGCAAAGCTACCACATGAGTGGCTATGCCTTCTTCGCAGTCGGAATGG
ACTACGGAGAGTGGACGGAGAACAGTAGAGGAACTTACAACAAATGGGACGGTATTGCAC
GGTCAACTATTCAGGTGTATCCAGGGGCATGGTCAGCGATCTTGATATCTTTGGACAATC
CTGGGGCTTGGAATCTGAGAACAGA*AATCTTGATTCTTGGTATCTTGGACAAGAAACTT
ATGTTAGAGTTGTTAATCCAGATGAAAACAACAAGACTGAGTTTGGGGCCCCTGCTAATG
TCCTTTACTGTGGTGCTCTACAGAAATTACAAAAGCCACAAAAGATATCATCATCGGCTA
CTAGAAGCATTGGATTCACGAGTCTTTCAATGGTAGTGATGGCTTTGGTGATGGTTCTGC
ATTGAAATGTAACTTT

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1CV54JQ 576 0 0
GGACTACGGAGAGTGGACGGAGAACAGTAGAGGAACTTACAACAAATGGGACGGTATTGC
ACGGTCAACTATTCAGGTGTATCCAGGGGCATGGTCAGCGATCTTGATATCTTTGGACAA
TCCTGGGGCTTGGAATTTGAGAACAGAGAATCTTGATTCTTGGTATCCTGGACAAGAAAC
TTATGTTAGAGTTGTTAATCCAGATGAAAACAACAAGACTGAGTTTGGGGCCCCTGCTAA
TGTCCTTTACTGTGGTGCTCTACAGAAATTACAAAAGCCACAAAAGATATCATCATCGGC
TACTAGAAGCATTGGATTCACGAGTCTTTCAATGGTAGTGATGGCTTTGGTGATGGTTCT
GCATTGAAATGTAACTTTGAGGGTTTGATTGTAATTTTTCTAGGGCTTTTCTTTGTTGAG
ATGGTGATTCTTGTTCTTACGTTTCCACAGTTCTTCTATTTTGGGGTTGTTGGATTTTTC
TGACTTGTTTTTTTTTTTTATTATCCGTTGTTATATTCTTTTTCCGGGAGTCTCTTGATT
ATTTGAGAAAAACAGAAGATTATTCATTGAATGTTT

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

CO CL4115Contig1 692 2 3 U
GGAACGCTTCTCAGAGTTCTCCAAAGCTCTTGATTAATATCTAGAAAGAGAGAGGGTGAT
GAAAAGAGGTGCGCTGGAGAGTTCGCCGGTTCAACAGCTGATGTTGGCTGGAAACCCTAA
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GCCGTTGCCGCCACAAATGACTCCTAACGACAGTTATCACCGACCACGAATGATGATGAC
TTCTTCTTCACCGCCTTTGCTTAATAATCCAAGTCTATCTTCTTGGCTTGAAAGCAATGA
TCTCCCTCCAGAGTCTTGGAGCCTTAGTCAACTTCTCTTGGGTGGATTGATGATGGGAGA
GGAAGAGAGGTTGGAGATAATGAACCATCATAAACATCATGATGAACACCACCAGCATAG
TTTTCAAGGGAAGATGAGATTAGAAAATTGGGAAGAACAAGTCTTACGCTACCAACAAGC
TTCCATGGGAGTTGTTGACATCAAACAAGAGAGTAACATTAACAACAATAATGGCTATCT
CATATCTTCTCCAAACTCACCTCCTAACAAATCTTGTGTCACAACTACGACCACAACAAG
CCTCAATAGCAACGACAATACCAACAATAACAATAATATGTTGGATTTCTCGAGCAATCA
CAATGGTTTAAATTTGTCTGAGGCAGACACAC


BQ
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AF RR1D453TF U 1
AF RR1BZ69TF U 11
BS 1 383 RR1D453TF
BS 384 384 RR1BZ69TF
BS 385 692 RR1D453TF

RD RR1D453TF 692 0 0
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GAAAAGAGGTGCGCTGGAGAGTTCGCCGGTTCAACAGCTGATGTTGGCTGGAAACCCTAA
TTGGTGGAACGTAAGCGGCGGCATGAGGCCACCACCACCATTGATGAGTCATCAACAGGA
GCCGTTGCCGCCACAAATGACTCCTAACGACAGTTATCACCGACCACGAATGATGATGAC
TTCTTCTTCACCGCCTTTGCTTAATAATCCAAGTCTATCTTCTTGGCTTGAAAGCAATGA
TCTCCCTCCAGAGTCTTGGAGCCTTAGTCAACTTCTCTTGGGTGGATTGATGATGGGAGA
GGAAGAGAGGTTGGAGATAATGAGCCATCATAAACATCATGATGAACACCACCAGCATAG
TTTTCAAGGGAAGATGAGATTAGAAAATTGGGAAGAACAAGTCTTACGCTACCAACAAGC
TTCCATGGGAGTTGTTGACATCAAACAAGAGAGTAACATTAACAACAATAATGGCTATCT
CATATCTTCTCCAAACTCACCTCCTAACAAATCTTGTGTCACAACTACGACCACAACAAG
CCTCAATAGCAACGACAATACCAACAATAACAATAATATGTTGGATTTCTCGAGCAATCA
CAATGGTTTAAATTTGTCTGAGGCAGACACAC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1BZ69TF 668 0 0
GG
AGAGTTCTCCAAAGCTCTTGATTAATATCTAGAAAGAGAGAGGGTGATGAAAAGAGGTGC
GCTGGAGAGTTCGCCGGTTCAACAGCTGATGTTGGCTGGAAACCCTAATTGGTGGAACGT
AAGCGGCGGCATGAGGCCACCACCACCATTGATGAGTCATCAACAGGAGCCGTTGCCGCC
ACAAATGACTCCTAACGACAGTTATCACCGACCACGAATGATGATGACTTCTTCTTCACC
GCCTTTGCTTAATAATCCAAGTCTATCTTCTTGGCTTGAAAGCAATGATCTCCCTCCAGA
GTCTTGGAGCCTTAGTCAACTTCTCTTGGGTGGATTGATGATGGGAGAGGAAGAGAGTTT
GGAGATAATGAACCATCATAAACATCATGATGAACACCACCAGCATAGTTTTCAAGGTAA
GATGAGATTAGAAAATTGGGAAGAACAAGTCTTACGCTACCAACAAGCTTCCATGGGAGT
TGTTGACATCAAACAAGAGAGTAACATTAACAACAATAATGGCTATCTCATATCTTCTCC
AAACTCACCTCCTAACAAATCTTGTGTCACAACTACGACCACAACAAGCCTCAATAGCAA
CGACAATACCAGCAATAACAATAATATGTTGGATTTCTCGAGCAATCACAATGGTTTAAA
TTTGTC

QA 3 668 3 668
DS 



AS 1 2

CO CL4116Contig1 1233 2 4 U
GGAAAATTTGCGTGATCGACCAAAATCATCATGTCTTCACCTGGACAAATACGAGCGATG
ATCCTAAAATCGGACGGAGGATTTGCACGGATGAAGGCCACTAGGAAACTAGTGGAGAAA
CACGGTGTAACTCTTTCATATCTTTACTTTTTATCTTTAAATGAACCGAATTGAATCCGG
ATTTTGTTCCCTGATTATCTGCATCTGCTAATCGGATCTTAGGTATTCGGTCTGAAATGC
TCTGTGTATGGATACGATAAAACCAAATGTACTAAAGATCATCCTTGTCCTCGCTTAGTC
ACCTTGTATGCTAAGATGGGCCTTCATCGTTACAATTTGCTCAAGGGTACAAAGTTTCAG
CTCAAATGCGTAGAGGAGTACATTGTCACAACGGGTTCTCGTGCTCCCTCTTATTACATG
ACTTCGGTTGCAATTGACGACACAGCTGGTGGTGGTGGATCTTCTTCGCTTCAAACGTTT
CAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCAGGGGCCAGTTTATTCTGACTTGCGATATTGCAAGA
ATTCGAGGGGAATCAAGGGATGAGAACGAATCGATGATCCTTGATATTGACGTGCCTGAG
TGGCCAGCAGAGAATCCTTTTGAAAAATATTGCCTGGTGAAATCAGAGCTGCAAGACAAT
GATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGCTCTTGCCATAAAAGAACCTAGGGGTGTT
GGTGTCTTTAACTTGGAGATTGTGAAAGTGGCTACAGATGTGGGTGAAGGGATCAATGCC
AAAAATGCAACCTTCTACATAAGGTACAATGACTTGTCCAAGGCTGAGGATTCTGATTGC
ATCGCTATAGTTAGAAGAAGCTTCGATGAGGATACCGGATGCTTCATCCTTGCGGGTCAG
AGACATCTAAGTTCAGAACTTATACCAAAGAAGCGTAAGATTGTTGGTGATGAGTCTGCC
GAGAGTAAAAGGATTAATACCGGACTTGGAAATCAAATCTCTTCACCACCTCTAGCTACC
CGTGAGGATGATGAAGCGGCAAATCAGAAGATTGTTAATTCTGACTCAGTAGTCAATGGA
GTAAGACATTGAGGTGTGTACATGGTTCCCATAGGATTGCAGAATCTCCAACTCTTACTG
AGGAAACGTGAAGGACACAGAGAAATTCTTCAAGTTGTTACGAAAATGTTCTTTCATTAG
TCAATTAAATAACCACTTATAAGTTATAACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BM93TF U 1
AF RR1BM93JQ C 454
BS 1 626 RR1BM93TF
BS 627 627 RR1BM93JQ
BS 628 698 RR1BM93TF
BS 699 1233 RR1BM93JQ

RD RR1BM93TF 702 0 0
GGAAAATTTGCGTGATCGACCAAAATCATCATGTCTTCACCTGGACAAATACGAGCGATG
ATCCTAAAATCGGACGGAGGATTTGCACGGATGAAGGCCACTAGGAAACTAGTGGAGAAA
CACGGTGTAACTCTTTCATATCTTTACTTTTTATCTTTAAATGAACCGAATTGAATCCGG
ATTTTGTTCCCTGATTATCTGCATCTGCTAATCGGATCTTAGGTATTCGGTCTGAAATGC
TCTGTGTATGGATACGATAAAACCAAATGTACTAAAGATCATCCTTGTCCTCGCTTAGTC
ACCTTGTATGCTAAGATGGGCCTTCATCGTTACAATTTGCTCAAGGGTACAAAGTTTCAG
CTCAAATGCGTAGAGGAGTACATTGTCACAACGGGTTCTCGTGCTCCCTCTTATTACATG
ACTTCGGTTGCAATTGACGACACAGCTGGTGGTGGTGGATCTTCTTCGCTTCAAACGTTT
CAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCAGGGGCCAGTTTATTCTGACTTGCGATATTGCAAGA
ATTCGAGGGGAATCAAGGGATGAGAACGAATCGATGATCCTTGATATTGACGTGCCTGAG
TGGCCAGCAGAGAATCCTTTTGAAAA*TATTGCCTGGTGAAATCAGAGCTGCAAGACAAT
GATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGCTCTTGC
ATAA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1BM93JQ 780 0 0
GGTGGATCTTCTTCGCTTCAAACGTTTCAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCAGGGGCCAG
TTTATTCTGACTTGCGATATTGCAAGAATTCGAGGGGAATCAAGGGATGAGAACGAATCG
ATGATCCTTGATATTGACGTGCCTGAGTGGCCAGCAGAGAATCCTTTTGAAAAATATTGC
CTGGTGAAATCAGAGCTGCAAGACAATGATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGCT
CTTGCCATAAAAGAACCTAGGGGTGTTGGTGTCTTTAACTTGGAGATTGTGAAAGTGGCT
ACAGATGTGGGTGAAGGGATCAATGCCAAAAATGCAACCTTCTACATAAGGTACAATGAC
TTGTCCAAGGCTGAGGATTCTGATTGCATCGCTATAGTTAGAAGAAGCTTCGATGAGGAT
ACCGGATGCTTCATCCTTGCGGGTCAGAGACATCTAAGTTCAGAACTTATACCAAAGAAG
CGTAAGATTGTTGGTGATGAGTCTGCCGAGAGTAAAAGGATTAATACCGGACTTGGAAAT
CAAATCTCTTCACCACCTCTAGCTACCCGTGAGGATGATGAAGCGGCAAATCAGAAGATT
GTTAATTCTGACTCAGTAGTCAATGGAGTAAGACATTGAGGTGTGTACATGGTTCCCATA
GGATTGCAGAATCTCCAACTCTTACTGAGGAAACGTGAAGGACACAGAGAAATTCTTCAA
GTTGTTACGAAAATGTTCTTTCATTAGTCAATTAAATAACCACTTATAAGTTATAACCCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 3

CO CL4117Contig1 537 3 12 U
GGCAGCTAAACCATTTCCATAATTTAAAATTTACAACTAGATTATACATATTTTTCTTTA
ATCTTCGACAACTACCAGTTTTCAAAGATGAACAGAAAAAATATGGAAAAAGGTGACAAA
GAAGCTTCACATCAAGAACATCATTTTGGTAATATCGAGACAAAGAAGGCAAATCAAACT
TCACAATATCAAGATTGGATGGAAATTAATAGAGGGAACAAAGATAAAAGAATGAGTAAC
CTGTTTACAAACTTCAAACAAAAAGAAATCCATTATATGCATTTTCTTTTAAATCATAGC
AAAAAATTGACCAACTACACAGATTTACGAACTGTTAATGGAGTTTTGTATCCAACTTTT
GAAGATGCTTATAATGCTCTTTTTTTTTGACTACTATTTTTTCTTTAGGGATTTTTTTAT
TTCTTTGTAAGCTTTCGTCCAATAATAATTTCATTTCAATGTTCAAAATAAGAAGACTAA
TCATTTTGAGAAAAAAAATACACAAGTAAAATTAGAAATAAAAATAAAGATTTGCCT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BW13TF U 1
AF RR1EE82JQ C 2
AF RR1EE82TF U 2
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BS 390 464 RR1BW13TF
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RD RR1BW13TF 464 0 0
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TCACAATATCAAGATTGGACGGAAATTAATAGAAAGAACAAAGATAAAAGAATGAGTAAC
CTGTTTACAAACTTCAAACAAAAAGAAATCCATTATATGCATTTTCTTTTAAATCATAAC
AAAAAATTGACCAACTACGCAGATTTACGAACTGTTAATGGAGTTTTGTATCCAACTTTT
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QA 1 464 1 464
DS 

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GG
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QA 3 536 3 536
DS 

RD RR1EE82TF 536 0 0
GG
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TTCGACAACTACCAGTTTTCAAAGATGAACAGAAAAAATATGGAAAAAGGTGACAAAGAA
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CAATATCAAGATTGGATGGAAATTAATAGAGGGAACAAAGATAAAAGAATGAGTAACCTG
TTTACAAACTTCAAACAAAAAGAAATCCATTATATGCATTTTCTTTTAAATCATAGCAAA
AAATTGACCAACTACACAGATTTACGAACTGTTAATGGAGTTTTGTATCCAACTTTTGAA
GATGCTTATAATGCTCTTTTTTTTTGACTACTATTTTTTCTTTAGGGATTTTTTTATTTC
TTTGTAAGCTTTCGTCCAATAATAATTTCATTTCAATGTTCAAAATAAGAAGACTAATCA
TTTTGAGAAAAAAAATACACAAGTAAAATTAGAAATAAAAATAAAGATTTGCCT

QA 3 536 3 536
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1G676JQ C 1
AF RR1C403TF U 132
BS 1 131 RR1G676JQ
BS 132 165 RR1C403TF
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BS 167 697 RR1C403TF
BS 698 698 RR1G676JQ

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CTTTTTGGGTTTCAGAAACTACACTTAAAAATAAATTATGTATCCACCTGTGATTACTCT
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QA 1 698 1 698
DS 

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GTGGCACCGTGTCCTGCTACGTCTAGGCCACTCTAACTTGTAGATCAAGTTACCACCGCT
TTTTATCTTCTTTTTCTGTAACTACTTTGTATGTTTTCCCGTTTTACCTCTTTTTGGGTT
TCAGAAACTACACTTAAAAATAAATTATGTATCCACCTGTGATTACTCTTAGCTTTTGTG
AGTTGTTTTATATCCAATCACTGTTT

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 3

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AAAATGGCAGGAAGATTGAGCGGTGTGGCCTCACGAATCATGGGTGGAAACGGCATCGTA
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GACAAAACGAATAAAAGAGACTTGCGTTTTTCATTTACATGTGCTGTCCCTATGATTAAC
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TCTGTTCGGTCGTGTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT46TF U 1
AF RR1FV49TF U 19
AF RR1DT46JQ C 149
BS 1 582 RR1DT46TF
BS 583 642 RR1FV49TF
BS 643 679 RR1DT46JQ

RD RR1DT46TF 582 0 0
GGCCCTGAGAACGAAAGAGAAACCTGAAACAACGAAAGCTTCGGCAAATAGGAAAAAAAA
AAAATGGCAGGAAGATTGAGCGGTGTGGCCTCACGAATCATGGGTGGAAACGGCATCGTA
GCCCGATCCGCCGCCTCTTCTCTCCGTCAGCGCGCTGGCATGGGTCTCCCCGTGGGCAAG
CACATCGTCCCCGATAAGCCTCTTTCGGTTAACGACGAGCTGATGTGGGACAACGGGACT
GCGTTTCCAGAGCCTTGCATAGATCGGATTGCTGACACCGTTGGGAAGTATGAAGCATTG
GGATGGTTGTGTGGCGGTTTAGGGTTCTTTGCTACTCTTGGTTTGCTCGCTGTTGTGAAC
GATAAGGCTTCCAAGGTTCCTTTTACACCACGAGTGTATCCATATGATAACCTGAGAGTG
GAGCTTGGAGGAGAGCCGTAGAAGAGACCTATCAAGTGATCTACTCAATCAAAACTCAAG
CAGTTTTTCTTCACTGCTTTGTTCTACAAAAATGTTTTAATTTCCTCCTCAGAACGTGAA
GACAAAACGAATAAAAGAGACTTGCGTTTTTCATTTACATGT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1FV49TF 624 0 0
GG
AACCTGAAACAACGAAAGCTTCGGCAAATAGGAAAAAAAAA***TGGCAGGAAGATTGAG
CGGTGTGGCCTCACGAATCATGGGTGGAAACGGCATCGTAGCCCGATCCGCCGCCTCTTC
TCTCCGTCAGCGCGCTGGCATGGGTCTCCCCGTGGGCAAGCACATCGTCCCCGATAAGCC
TCTTTCGGTTAACGACGAGCTGATGTGGGACAACGGGACTGCGTTTCCAGAGCCTTGCAT
AGATCGGATTGCTGACACCGTTGGGAAGTATGAAGCATTGGGATGGTTGTGTGGCGGTTT
AGGGTTCTTTGCTACTCTTGGTTTGCTCGCTGTTGTGAACGATAAGGCTTCCAAGGTTCC
TTTTACACCACGAGTGTATCCATATGATAACCTGAGAGTGGAGCTTGGAGGAGAGCCGTA
GAAGAGACCTATCAAGTGATCTACTCAATCAAAACTCAAGCAGTTTTTCTTCACTGCTTT
GTTCTACAAAAATGTTTTAATTTCCTCCTCAGAACGTGAAGACAAAACGAATAAAAGAGA
CTTGCGTTTTTCATTTACATGTGCTGTCCCTATGATTAACAGTGACCATGTGAGTAATTC
ATAAGACTAATAAGACATCTGT

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR1DT46JQ 531 0 0
AGCGCGCTGGCATGGGTCTCCCCGTGGGCAAGCACATCGTCCCCGATAAGCCTCTTTCGG
TTAACGACGAGCTGATGTGGGACAACGGGACTGCGTTTCCAGAGCCTTGCATAGATCGGA
TTGCTGACACCGTTGGGAAGTATGAAGCATTGGGATGGTTGTGTGGCGGTTTAGGGTTCT
TTGCTACTCTTGGTTTGCTCGCTGTTGTGAACGATAAGGCTTCCAAGGTTCCTTTTACAC
CACGAGTGTATCCATATGATAACCTGAGAGTGGAGCTTGGAGGAGAGCCGTAGAAGAGAC
CTATCAAGTGATCTACTCAATCAAAACTCAAGCAGTTTTTTTTCACTGCTTTGTTCTACA
AAAATGTTTTAATTTCCTCCTCAGAACGTGAAGACAAAACGAATAAAAGAGACTTGCGTT
TTTCATTTACATGTGCTGTCCCTATGATTAACAGTGACCATGTGAGTAATTCATAAGACT
AATAAGACATCTGTTTTCAATAAATATAAAACTCTGTTCGGTCGTGTCTAC

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 3

CO CL4120Contig1 698 3 1 U
GGTTATAACTTATAATCATTGACAGGCCAAGATGCCGCCGATACTTTTAAAAGTTCTTAT
TTAAATAAAACAATAAAGTGGTCCAAGAAAATGGCAGTAATAAGAACTGAAGAAAAGTCA
CTAAGATGCTTCTCTTATAAATAACGATGCAAGTAGTAGATGTTTCATCCAGGTTATTTA
AGGATTTGACTGCCATAATCATCGTTGAATTTGTCGTAAAGATGGGCGTGCAGATGAGCC
GATGGTCGAGTGTTACTCAGTGCTCTGTCAATGTCTTCTGGTAAGATAGGTCCCACTTTT
GGCAAATCATCTTCAGGCACAAGTTCTTCTGTGTCTTCTAATACAGCCAATGTGCGTCTC
AATGGTTGCATAGCAGCTTCCTTACAAAGTATCCTAATGTCCGAACCGGAGTATCCCTCT
GATTTCTCAACCAGCACATCATGAGGCAATGGCTCATCACTCGGCTGTGAAGGCAAGAGC
ATCTCAAACATTCCTCTTCTTGCTTCCGGATCAGGTAAAGGTACAAGAATTCTTTTCTCT
AGTCGCCGGAGCATAGCTGCATCTAGTTCCCATGGGAGGTTAGTCGCTGCTAAAACAAAC
ACAAGCTCATTCGTTTTTTGTAACCCATCCATCTGGATGAGCAGCTCAGTTTTGAGACGC
CTACTAGCTTCATGCTCGCTACGTCCTTCACCACCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H938JQ U 49
AF RR1DM08JQ U 1
AF RR1DM08TF C 48
BS 1 698 RR1DM08JQ

RD RR1H938JQ 236 0 0
AAAAGTTCTTATTTAAATAAAACAATAAAGTGGTCCAAGAAAATGGTAGTAATAAGAACT
GAAGAAAAGTCACTAAGATGCTTCTCTTATAAATAATGATGCAAGTAGTAGATGTTTCAT
CCAGGTTATTTAAGGATTTGACTGCCATAATCATCGTTGAATTTGTCGTAAAGATGGGCG
TGCAGATGAGCCGATGGTCGAGTGTTACTCAGTGCTCTGTCAATGTCTTCTGGTAA

QA 1 236 1 236
DS 

RD RR1DM08JQ 698 0 0
GGTTATAACTTATAATCATTGACAGGCCAAGATGCCGCCGATACTTTTAAAAGTTCTTAT
TTAAATAAAACAATAAAGTGGTCCAAGAAAATGGCAGTAATAAGAACTGAAGAAAAGTCA
CTAAGATGCTTCTCTTATAAATAACGATGCAAGTAGTAGATGTTTCATCCAGGTTATTTA
AGGATTTGACTGCCATAATCATCGTTGAATTTGTCGTAAAGATGGGCGTGCAGATGAGCC
GATGGTCGAGTGTTACTCAGTGCTCTGTCAATGTCTTCTGGTAAGATAGGTCCCACTTTT
GGCAAATCATCTTCAGGCACAAGTTCTTCTGTGTCTTCTAATACAGCCAATGTGCGTCTC
AATGGTTGCATAGCAGCTTCCTTACAAAGTATCCTAATGTCCGAACCGGAGTATCCCTCT
GATTTCTCAACCAGCACATCATGAGGCAATGGCTCATCACTCGGCTGTGAAGGCAAGAGC
ATCTCAAACATTCCTCTTCTTGCTTCCGGATCAGGTAAAGGTACAAGAATTCTTTTCTCT
AGTCGCCGGAGCATAGCTGCATCTAGTTCCCATGGGAGGTTAGTCGCTGCTAAAACAAAC
ACAAGCTCATTCGTTTTTTGTAACCCATCCATCTGGATGAGCAGCTCAGTTTTGAGACGC
CTACTAGCTTCATGCTCGCTACGTCCTTCACCACCACC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1DM08TF 651 0 0
T
AAAAGTTCTTATTTAAATAAAACAATAAAGTGGTCCAAGAAAATGGCAGTAATAAGAACT
GAAGAAAAGTCACTAAGATGCTTCTCTTATAAATAACGATGCAAGTAGTAGATGTTTCAT
CCAGGTTATTTAAGGATTTGACTGCCATAATCATCGTTGAATTTGTCGTAGAGATGGGCG
TGCAGATGAGCCGATGGTCGAGTGTTACTCAGTGCTCTGTCAATGTCTTCTGGTAAGATA
GGTCCCACTTTTGGCAAATCATCTTCAGGCACAAGTTCTTCTGTGTCTTCTAATACAGCC
AATGTGCGTCTCAATGGTTGCATAGCAGCTTCCTTACAAAGTATCCTAATGTCCGAACCG
GAGTATCCCTCTGATTTCTCAACCAGCACATCATGAGGCAATGGCTCATCACTCGGCTGT
GAAGGCAAGAGCATCTCAAACATTCCTCTTCTTGCTTCCGGATCAGGTAAAGGTACAAGA
ATTCTTTTCTCTAGTCGCCGGAGCATAGCTGCATCTAGTTCCCATGGGAGGTTAGTCGCT
GCTAAAACAAACACAAGCTCATTCGTTTTTTGTAACCCATCCATCTGGATGAGCAGCTCA
GTTTTGAGACGCCTACTAGCTTCATGCTCGCTACGTCCTTCACCACCACC

QA 2 651 2 651
DS 



AS 1 3

CO CL4121Contig1 1498 3 13 U
GGGAGGTTGTTGATGTGGGTACGGTGGATCCGGGTAAATACCCGATTCCTAAGACCAAGC
TTACTCTCGAGAGGTTGAGAGAGTTTCTTCATCTTCGTGCAAGGACCAACTCGATCTCTG
CTATTGCAAGAATCAGACATGCGCTTGCTATGGCTACACACACCTTCTTCGATGAAGAGG
GTTTCCTTTACGTTCAGACACCGATTATCACCACAAGTGACTGCGAAGGAGCTGGTGAGA
TGTTCCAGGTTACGACACTGATCAGTACAACCGAGAAGCTCGAGAGGGAACTCATTGAGA
ACCCTCCGCCTACGGAGGCTGACGTTGAAGCTGCCAGAGTCGTCGTCAAGGAGAGAGGCG
GAGCTGTGGCGGAGCTCAAAGCTGCTAAAGCGAGCAAGGAAGCGATCGCTGCTTCAGTGG
CTGAGCTCAATGATGCCAAGACGCATTTAGCTAGGACTGAAGATAGGTCAAGGCTCAAGC
CTGGTTTGCCTAAAGTCGATGGGAAGATTGATTACTCGCAAGATTTCTTTGGTCATCAAG
CTTTCTTGACGGTTTCTGGTCAGTTGCAAGTGGAGACTTATGCTTGTGGTCTTAGCGATG
TGTACACTTTTGGTCCCACTTTCAGGGCGGAGAACTCCCACACATCAAGGCATCTTGCTG
AGTTCTGGATGGTTGAGCCTGAGCTAGCTTTCGCTGATCTTGAGGACGATATGAACTGCG
CAGAGGCATATGTGAAATACATGTGCAAGTGGCTGCTTGAGAAGCGTTATGATGATATGG
AACTGATGGCTAAGAACTTCGACAAAGGCTGCATTGACAGGCTGAAACTCGTTGCCTCGA
CTCCGTTTGGTCGTCTAACATACACGGAAGCGATAAAGATACTTGAGGAAGCTGTCGCTA
AAGGAAAGAAATTTGATAACGATGTGGAATGGGGTATCGACTTAGCATCTGAGCACGAAA
GATACTTGACAGAGGTTGTGTTTCAGAAGCCACTTATTGTCTACAACTACCCGAAAGGAA
TCAAAGCTTTCTACATGAGACTTAACGACGATGGAAAGACTGTTGCTGCCATGGATGTCC
TCGTTCCAAAGGTTGGAGAACTCATTGGTGGAAGCCAAAGGGAAGAACGTATTGATGTCA
TCATGGAAAGGCTGGAGGAGATTGGTTTACCAGTGGAGCCATACGAGTGGTACTTGGACT
TGAGACGTTACGGAACGGCGAAGCATTCAGGATTTGGACTTGGGTTCGAGCGTATGGTTC
TGTTTGCTACAGGAATGGACAACATCAGAGACGTTATTCCCTTCCCTCGTTATCCTGGAA
GAGCTGATCTTTGAGATCACCTTTGCGCCAAAATTGCAAACATACTTTTATTGCTTTATG
TTGCTGGGTCCGGTTTATATTACCGGTTTCGGTTTGCTATACTTTTTTAAAGTTTTTGCC
TTGTAATGATTGAAATGTTACTTTATAGATCTACATATGGAACTGGTTTTGTTGGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DK22TF U 1
AF RR1F740TF U 487
AF RR1DK22JQ C 856
BS 1 534 RR1DK22TF
BS 535 535 RR1F740TF
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RD RR1DK22TF 771 0 0
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CTGGTTTGCCTAAAGTCGATGGGAAGATTGATTACTCGCAAGATTTCTTTGGTCGTCAAG
CTTTCTTGACGGTTTCTGGTCAGTTGCAAGTGGAGACTTATGCTTGTGGTCTTAGCGATG
TGTACACTTTTGGTCCCACTTTTAGGGCGGAGAACTCCCACACATCAAGGCATCTTGCTG
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GCGTATGAC

QA 1 762 1 762
DS 

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G
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GACGGTTTCTGGTCAGTTGCAAGTGGAGACTTATGCTTGTGGTCTTAGCGATGTGTACAC
TTTTGGTCCCACTTTCAGGGCGGAGAACTCTCACACATCAAGGCATCTTGCTGAGTTCTG
GATGGTTGAGCCTGAGCTAGCTTTCGCTGATCTTGAGGACGATATGAACTGCGCAGAGGC
ATATGTGAAATACATGTGCAAGTGGCTGCTTGAGAAGCGTTATGATGATATGGAACTGAT
GGCTAAGAACTTCGACAAAGGCTGCATTGACAGGCTGAAACTCGTTGCCTCGACTCCGTT
TGGTCGTCTAACATACACGGAAGCGATAAAGATACTTGAGGAAGCTGTCGCTAAAGGAAA
GAAATTTGATAACGATGTGGAATGGGGTATCGACTTAGCATCTGAGCACGAAAGATACTT
GACAGAGGTTGTGTTTCAGAAGCCACTTATTGTCTACAACTACCCGAAAGGAATCAAAGC
TTTCTACATGAGACTTAACGACGATGGAAAGACTGTTGCTGC

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DS 

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ATAACGATGTGGAATGGGGTATCGACTTAGCATCTGAGCACGAAAGATACTTGACAGAGG
TTGTGTTTCAGAAGCCACTTATTGTCTACAACTACCCGAAAGGAATCAAAGCTTTTTACA
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GAGAACTCATTGGTGGAAGCCAAAGGGAAGAACGTATTGATGTCATCATGGAAAGGCTGG
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TGGACAACATCAGAGACGTTATTCCCTTCCCTCGTTATCCTGGAAGAGCTGATCTTTGAG
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TATATTACCGGTTTCGGTTTGCTATACTTTTTTAAAGTTTTTGCCTTGTAATGATTGAAA
TGTTACTTTATAGATCTACATATGGAACTGGTTTTGTTGGGTT

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

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GATCTCATGTCGATCGGATCTATGACCTTATCTTCGTCACCATCTAGCAGCTTATATTGC
TATGGTCATTATATACAAAAGAAATTTAAGAAAAAAAAGTAAGCACATATATGATATATC
TTTAAACTAAGTCTTCCATCTTCAGTATTATTTAACGACAAAATTTTGGAAAAAAGATAG
AGAGACCGCAGAGTCCTTTCTTCTAGTCCAACTCATCGGCCTCCTCAGCCCTAATTCTTT
CTGCTGTTTTATTACGAGATTGCTCAACACCTCCTTTCTTTTTCTCTACCTTACCATACT
TGGTCTGCTGATTCTTGTTAGCATTATCACTACTTTTTCTTTTGTTTTTGCTGTTTTTAT
TATCATCACTTCCTCTTTTAGATTTAGCAGAGCCATCACGCCCTTCTTTACCGCCATTCT
TCTTCTTCTTCTTTGATTCTCCTTTTTTGTTTTTCTTATTATCGCTCCCCTTGTCAGAAT
TTTTATTACTTTTGGTGGAAGATTTTGTTTCAGCCATTATTCGTGGTCCTACAGATTTTT
CTTCCTTGCTCTCTTTCTTTGTTTCAGATATAGATGAAGATTTCATGCTAATTTCATCTG
CTTTCTTTGCGATTCGATTAATTACATTAAGCCATTCTAAGATCCCATCTTTTATTTCTT
TTTGTTGTTTTGTGGTTAGTTTTAAGGTTTCCTTCATCTCTGTTTCGTTATTCTTCCCGC
CGGTAATCTTCTCACCAATAGATTGCAACATTTTGACGGTTTCCATGGCTTCAGTTTTCT
CCTTTTGTAGCTTATTTACCTTTCCTCCTTTAGATCCATTTTCATCAGAACCTAGAGCTG
ATATGGCCTGGAAAAGGCTACCTGCCTTAGCCTTCATGTGAGACTCATGATCCTTCACTT
TAGAGACCGAGCATACGCACTTTGAAAATTCATTAACCTTTTCGAAGAAGTGCCTAACCT
TCTCTGTCTTGGCGCATTCTTTTTCGAGGTCGGCCACGAAAGTAGACACAACCTTAACAG
TATAAAGCTCGACATCACCCACATTTATTGGACCTCCGGTCTGTGGTAAAGCAAGTTTAA
TTTTTACGTGAGCTGAAGCTACATTGAAGAAGGTTACGGTTGCAAGAAGGATCGTAAAAC
ATAACAAATTTTGAAATCTTGACATTTTATGAGAAAAGTATTTTTTTTTTTTGTTTCC


BQ
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AF RR1FU42JQ U 1
AF RR1AR72TF C 610
BS 1 734 RR1FU42JQ
BS 735 1258 RR1AR72TF

RD RR1FU42JQ 734 0 0
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TTTAAACTAAGTCTTCCATCTTCAGTATTATTTAACGACAAAATTTTGGAAAAAAGATAG
AGAGACCGCAGAGTCCTTTCTTCTAGTCCAACTCATCGGCCTCCTCAGCCCTAATTCTTT
CTGCTGTTTTATTACGAGATTGCTCAACACCTCCTTTCTTTTTCTCTACCTTACCATACT
TGGTCTGCTGATTCTTGTTAGCATTATCACTACTTTTTCTTTTGTTTTTGCTGTTTTTAT
TATCATCACTTCCTCTTTTAGATTTAGCAGAGCCATCACGCCCTTCTTTACCGCCATTCT
TCTTCTTCTTCTTTGATTCTCCTTTTTTGTTTTTCTTATTATCGCTCCCCTTGTCAGAAT
TTTTATTACTTTTGGTGGAAGATTTTGTTTCAGCCATTATTCGTGGTCCTACAGATTTTT
CTTCCTTGCTCTCTTTCTTTGTTTCAGATATAGATGAAGATTTCATGCTAATTTCATCTG
CTTTCTTTGCGATTCGATTAATTACATTAAGCCATTCTAAGATCCCATCTTTTATTTCTT
TTTGTTGTTTTGTG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1AR72TF 649 0 0
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CGATTCGATTAATTACATTAAGCCATTCTAAGATCCCATCTTTTATTTCTTTTTGTTGTT
TTGTGGTTAGTTTTAAGGTTTCCTTCATCTCTGTTTCGTTATTCTTCCCGCCGGTAATCT
TCTCACCAATAGATTGCAACATTTTGACGGTTTCCATGGCTTCAGTTTTCTCCTTTTGTA
GCTTATTTACCTTTCCTCCTTTAGATCCATTTTCATCAGAACCTAGAGCTGATATGGCCT
GGAAAAGGCTACCTGCCTTAGCCTTCATGTGAGACTCATGATCCTTCACTTTAGAGACCG
AGCATACGCACTTTGAAAATTCATTAACCTTTTCGAAGAAGTGCCTAACCTTCTCTGTCT
TGGCGCATTCTTTTTCGAGGTCGGCCACGAAAGTAGACACAACCTTAACAGTATAAAGCT
CGACATCACCCACATTTATTGGACCTCCGGTCTGTGGTAAAGCAAGTTTAATTTTTACGT
GAGCTGAAGCTACATTGAAGAAGGTTACGGTTGCAAGAAGGATCGTAAAACATAACAAAT
TTTGAAATCTTGACATTTTATGAGAAAAGTATTTTTTTTTTTTGTTTCC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 3

CO CL4123Contig1 1139 3 5 U
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ATCTTGGACAGCTACTCGGAGCTATACACTAGTTCAGGTTCTGACCTTGGTCTGCACCGT
TTGATAGAAGCAATGAAACATATGTTCGCAGCTCGTATGGATCTTGGAGACCCTGAGTTT
GTCGACATAACAAACGCTATGAAGCAAATGCTATCAAAGCCTCGCGCGGAAAGTATACGA
GAGAGGATCTTGGACAACACCATGTTCCCTCCTGAGTACTACTTGAACCGTTGGAGCCAG
CTCAGGGACCAAGGGACGAGTCATTTCAGCATTGTGGATTCGGACAGAAACACCGTGTCT
ATGACAACGACAGTGAACTTTGTTTTCGGTGCTAAAGTCTTGTCTCCTTCCACGGGGATC
GTGCTGAACAACGAGATGGATGATTTCTCTGTACCGACGGAGAACACTCCTGACAATCTC
CCTCCTTCTCCTACAAACTTCATTGAACCAAACAAGAGACCTTTGTCTTCCATGACACCT
CTTGTTATCACCAAGGACGGTGAGCTGGTGGCGACGCTTGGAGGAAGTGGAGGAATGAAG
ATAATCCCGGCGGTGGTTCAAGTCTTCCTAAACTTCTTTGTGTTGAAGATGAAACCATTA
GAAGCTGTAGAGAGTGCAAGAGTTTACCACAAGTTAGTACCGAACGTTGTTCAATATGAG
AACTTCACGGCGATCAACGATGATCATATAGGAGTTACTAAAGATAGTAAGATGTTCTTA
GCAGAGAGGGGACATGAGCTTGAGGAGATATCAGGTGGAGCTATTGTTCAACTTATTGTT
CAGAGTTTGAAGGGAGATGAAGATAAAGAAAAGATTATTGAACTTGGAAGGAAGCTTGGT
AAAGACTCTACCAAGAGATTGAAACCATTCAAGGGATTGCTCACTGCAGTTAGTGATCCT
CGTAAAGATGGTAAGCCAGCTGCAGTTTGATTTATACTAATAGTTTCTTCATATTTCAAG
TATCATTTTCTATCATGTAATGTTTAATAAACCATGTATATAAACTTTATTAATTATAAA
TTGTAAAATCAAACCAAAAGTTATTACATTATTTTCACAGTTATAAACCTTACAGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU57TF U 1
AF RR1AR78TF U 354
AF RR1CU57JQ C 412
BS 1 718 RR1CU57TF
BS 719 965 RR1AR78TF
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BS 967 1089 RR1AR78TF
BS 1090 1139 RR1CU57JQ

RD RR1CU57TF 718 0 0
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ATCTTGGACAGCTACTCGGAGCTATACACTAGTTCAGGTTCTGACCTTGGTCTGCACCGT
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GTCGACATAACAAACGCTATGAAGCAAATGCTATCAAAGCCTCGCGCGGAAAGTATACGA
GAGAGGATCTTGGACAACACCATGTTCCCTCCTGAGTACTACTTGAACCGTTGGAGCCAG
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CTTGTTATCACCAAGGACGGTGAGCTGGTGGCGACGCTTGGAGGAAGTGGAGGAATGAAG
ATAATCCCGGCGGTGGTTCAAGTCTTCCTAAACTTCTTTGTGTTGAAGATGAAACCATTA
GAAGCTGTAGAGAGTGCAAGAGTTTACCACAAGTTAGTACCGAACGTTGTTCAATATG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1AR78TF 736 0 0
G
GTGTCTATGACAACGACAGTGAACTTTGTTTTCGGTGCTAAAGTCTTGTCTCCTTCCACG
GGGATCGTGCTGAACAACGAGATGGATGATTTCTCTGTACCGACGGAGAACACTCCTGAC
AATCTCCCTCCTTCTCCTACAAACTTCATTGAACCAAACAAGAGACCTTTGTCTTCCATG
ACACCTCTTGTTATCACCAAGGACGGTGAGCTGGTGGCGACGCTTGGAGGAAGTGGAGGA
ATGAAGATAATCCCGGCGGTGGTTCAAGTCTTCCTAAACTTCTTTGTGTTGAAGATGAAA
CCATTAGAAGCTGTAGAGAGTGCAAGAGTTTACCACAAGTTAGTACCGAACGTTGTTCAA
TATGAGAACTTCACGGCGATCAACGATGATCATATAGGAGTTACTAAAGATAGTAAGATG
TTCTTAGCAGAGAGGGGACATGAGCTTGAGGAGATATCAGGTGGAGCTATTGTTCAACTT
ATTGTTCAGAGTTTGAAGGGAGATGAAGATAAAGAAAAGATTATTGAACTTGGAAGGAAG
CTTGGTAAAGACTCTACCAAGAGATTGAAACCATTCAAGGGATTGCTCACTGCAGTTAGT
GATCCTCGTAA*GATGGTAAGCCAGCTGCAGTTTGATTTATACTAATAGTTTCTTCATAT
TTCAAGTATCATTTTCTATCATGTAATGTTTAATAAACCATGTATATAAACTTTATTAAT
TATAAATTGTAAAAT

QA 2 736 2 736
DS 

RD RR1CU57JQ 728 0 0
ACGGGGATCGTGCTGAACAACGAGATGGATGATTTCTCTGTACCGACGGAGAACACTCCT
GACAATCTCCCTCCTTCTCCTACAAACTTCATTGAACCAAACAAGAGACCTTTGTCTTCC
ATGACACCTCTTGTTATCACCAAGGACGGTGAGCTGGTGGCGACGCTTGGAGGAAGTGGA
GGAATGAAGATAATCCCGGCGGTGGTTCAAGTCTTCCTAAACTTCTTTGTGTTGAAGATG
AAACCATTAGAAGCTGTAGAGAGTGCAAGAGTTTACCACAAGTTAGTACCGAACGTTGTT
CAATATGAGAACTTCACGGCGATCAACGGTGATCATATAGGAGTTACTAAAGATAGTAAG
ATGTTCTTAGCAGAGAGGGGACTTGAGCTTGAGGAGATATCAGGTGGAGCTATTGTTCAA
CTTATTGTTCAGAGTTTGAAGGGAGATGAAGATAAAGAAAAGATTATTGAACTTGGAAGG
AAGCTTGGTAAAGACTCTACCAAGAGATTGAAACCATTCAAGGGATTGCTCACTGCAGTT
AGTGATCCTCGTAAAGATGGTAAGCCAGCTGCAGTTTGATTTATACTAATAGTTTCTTCA
TATTTCAAGTATCATTTTCTATCA*GTAATGTTTAATAAACCATGTATATAAACTTTATT
AATTATAAATTGTAAAATCAAACCAAAAGTTATTACATTATTTTCACAGTTATAAACCTT
ACAGTATT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 3

CO CL4124Contig1 572 3 1 U
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TACGCACTTGTACTCTCCATAAAACACGGTCTTGTCATGTGCGGCTATCTTGTTTTCTTG
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GCTCATCCATGCCCTACCCAAATAAATTCCTTGACCAACTCCAGTCACCTTGCAATGCAC
GAAAGAGTATCCGGTCTTCTCGTCTGCGGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GJ18JQ U 15
AF RR1ED45JQ U 1
AF RR1ED45TF C 1
BS 1 572 RR1ED45JQ

RD RR1GJ18JQ 364 0 0
ATAATTAATTAAAGGGAACTGGGACCCCTAGGACAAGATACAAGGGTTATGAATTATCGT
AATGAAACCAAAATTACGCAAGTCTCATCTAAAAAGAGAGGACTCTTGGAAAAATATAAC
CAACGCAAATAGCAAAAAATACACCGATATACATTCTCTCGGTGAATAAGTATATACGTA
TATAGTTTTTAGTTTTAAACTAAATTCATATTGAAGCCGCAACAGCGGGAGGTGGGAGAA
GCCACTTGGATCCTTCAATGTAGCCGAGGGTAAGGAAACGGTTAGCTACAGTAGTGTCAA
TCTTTTGTGTAAATGGAACTCTCTTATCTGTCTGTGCTCCTTCTCCCACGCACTTGTACT
CTCC

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR1ED45JQ 572 0 0
CGTAATAATAATATATAATTAATTAAAGGGAACTGGGACCCCTAGGACAAGATACAAGGG
TTATGAATTATCGTAATGAAACCAAAATTACGCAAGTCTCATCTAAAAAGAGAGGACTCT
TGGAAAAATATAACCAACGCAAATAGCAAAAAATACACCGATATACATTCTCTCGGTGAA
TAAGTATATACGTATATAGTTTTTAGTTTTAAACTAAATTCATATTGAAGCCGCAACAGC
GGGAGGTGGGAGAAGCCACTTGGATCCTTCAATGTAGCCGAGGGTAAGGAAACGGTTAGC
TACAGTAGTGTCAATCTTTTGTGTAAATGGAACTCTCTTGTCTGTCTGTGCTCCTTCTCC
TACGCACTTGTACTCTCCATAAAACACGGTCTTGTCATGTGCGGCTATCTTGTTTTCTTG
CCATCCAAATGGGTTGACTACGCTGGTCATCTCGGTGTAGGCGTAAACAACCTTAGGGTG
GCTCATCCATGCCCTACCCAAATAAATTCCTTGACCAACTCCAGTCACCTTGCAATGCAC
GAAAGAGTATCCGGTCTTCTCGTCTGCGGTCC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1ED45TF 572 0 0
CGTAATAATAATATATAATTAATTAAAGGGAACTGGGACCCCTAGGACAAGATACAAGGG
TTATGAATTATCGTAATGAAACCAAAATTACGCAAGTCTCATCTAAGAAGAGAGGACTCT
TGGAAAAATATAACCAACGCAAATAGCAAAAAATACACCGATATACATTCTCTCGGTGAA
TAAGTATATACGTATATAGTTTTTAGTTTTAAACTAGATTCATATTGAAGCCGCAACAGC
GGGAGGTGGGAGAAGCCACTTGGATCCTTCAATGTAGCCGAGGGTAAGGAAACGGTTAGC
TACAGTAGTGTCAATCTTTTGTGTAAATGGAACTCTCTTGTCTGTCTGTGCTCCTTCTCC
TACGCACTTGTACTCTCCATAGAACACGGTCTTGTCATGTGCGGCTATCTTGTTTTCTTG
CCATCCAGATGGGTTGACTACGCTGGTCATCTCGGTGTAGGCGTAGACAACCTTAGGGTG
GCTCATCCATGCCCTACCCAAATAGATTCCTTGACCAACTCCAGTCACCTTGCAATGCAC
GAAAGAGTATCCGGTCTTCTCGTCTGCGGTCC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 3

CO CL4125Contig1 583 3 5 U
GGGGAAGGAGTGAATGAGAAGAAGAACATCCAAGAGAAGACGATCCATCTTTCTCATCTG
CTACCTCTCGATCTCAGGAAAAGAAAAGGATCTGATGGGAGGAGGAGGAGAGCATGGACA
TGGACATGGACACGGAGGCGATTTCAGAGCGAAGGTTTGGAGCATGTCTGGTGGGCCTTA
CTGTAGGCCCAAACACTGGCGTCGCAACACAGCCCTTGCTATGTTCGGCGTCTTCCTTGT
CTGCATCCCCACCGCCATGAAATCTGCTGAGCTCGAGCAAAGGCCACACATGCCTGTACG
TCCGATTCCTTCACAGATGTGGTGCAAGAACTTTGGTACCAAGGATGATTACGAAAAAGC
GCATTGATTCTAAAAACCTTTTTCATTTTCGTTACTAGTGTGACATTAATCCATAATAAT
ATGTCTTTGCTGGAACCCTCTCAAACCGGTGGAATGTTTTGCACGCTTTTGTTTTTATGT
TTGCCATTCAAATAGTGGTTTTTCATCAAACATTTGAGTTTTGCTTTGATGTATCGCAAC
AACTATAAAAACAATTCTTATCAAACTCTATCTGCATCAGATA


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW35TF U 1
AF RR1F044JQ C 2
AF RR1F044TF U 2
BS 1 171 RR1AW35TF
BS 172 172 RR1F044TF
BS 173 251 RR1AW35TF
BS 252 252 RR1F044TF
BS 253 583 RR1AW35TF

RD RR1AW35TF 583 0 0
GGGGAAGGAGTGAATGAGAAGAAGAACATCCAAGAGAAGACGATCCATCTTTCTCATCTG
CTACCTCTCGATCTCAGGAAAAGAAAAGGATCTGATGGGAGGAGGAGGAGAGCATGGACA
TGGACATGGACACGGAGGCGATTTCAGAGCGAAGGTTTGGAGCATGTCTGGCGGGCCTTA
CTGTAGGCCCAAACACTGGCGTCGCAACACAGCCCTTGCTATGTTCGGCGTCTTCCTTGT
CTGCATCCCCATCGCCATGAAATCTGCTGAGCTCGAGCAAAGGCCACACATGCCTGTACG
TCCGATTCCTTCACAGATGTGGTGCAAGAACTTTGGTACCAAGGATGATTACGAAAAAGC
GCATTGATTCTAAAAACCTTTTTCATTTTCGTTACTAGTGTGACATTAATCCATAATAAT
ATGTCTTTGCTGGAACCCTCTCAAACCGGTGGAATGTTTTGCACGCTTTTGTTTTTATGT
TTGCCATTCAAATAGTGGTTTTTCATCAAACATTTGAGTTTTGCTTTGATGTATCGCAAC
AACTATAAAAACAATTCTTATCAAACTCTATCTGCATCAGATA

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1F044JQ 548 0 0
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TACCTCTCGATCTCAGGAAAAGAAAAGGATCTGATGGGAGGAGGAGGAGAGCATGGACAT
GGACATGGACACGGAGGCGATTTCAGAGCGAAGGTTTGGAGCATGTCTGGTGGGCCTTAC
TGTAGGCCCAAACACTGGCGTCGCAACACAGCCCTTGCTATGTTCGGCGTCTTCCTTGTC
TGCATCCCCACCGCCATGAAATCTGCTGAGCTCGAGCAAAGGCCACACATGCCTGTACGT
CCGATTCCTTCACAGATGTGGTGCAAGAACTTTGGTACCAAGGATGATTACGAAAAAGCG
CATTGATTCTAAAAACCTTTTTCATTTTCGTTACTAGTGTGACATTAATCCATAATAATA
TGTCTTTGCTGGAACCCTCTCAAACCGGTGGAATGTTTTGCACGCTTTTGTTTTTATGTT
TGCCATTCAAATAGTGGTTTTTCATCAAACATTTGAGTTTTGCTTTGATGTATCGCAACA
ACTATAAA

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1F044TF 548 0 0
GGGAAGGAGTGAATGAGAAGAAGAACATCCAAGAGAAGACGATCCATCTTTCTCATCTGC
TACCTCTCGATCTCAGGAAAAGAAAAGGATCTGATGGGAGGAGGAGGAGAGCATGGACAT
GGACATGGACACGGAGGCGATTTCAGAGCGAAGGTTTGGAGCATGTCTGGTGGGCCTTAC
TGTAGGCCCAAACACTGGCGTCGCAACACAGCCCTTGCTATGTTCGGCGTCTTCCTTGTC
TGCATCCCCACCGCCATGAAATCTGCTGAGCTCGAGCAAAGGCCACACATGCCTGTACGT
CCGATTCCTTCACAGATGTGGTGCAAGAACTTTGGTACCAAGGATGATTACGAAAAAGCG
CATTGATTCTAAAAACCTTTTTCATTTTCGTTACTAGTGTGACATTAATCCATAATAATA
TGTCTTTGCTGGAACCCTCTCAAACCGGTGGAATGTTTTGCACGCTTTTGTTTTTATGTT
TGCCATTCAAATAGTGGTTTTTCATCAAACATTTGAGTTTTGCTTTGATGTATCGCAACA
ACTATAAA

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 3

CO CL4126Contig1 756 3 12 U
AAACCATTGTCTCTTATCTGTACAAATAAAAATATCTCTCGTTCTCCTCTACACCTGTCT
ACAAATCTTTAAAGCTTTGTCTTTCTCTCTCTCTC**CGTTCGTTGTTGGTTATCAGAGG
AAGACAAATGGGTTGTTCTAGTTCAACAGCCAAGGCAGAAGGGAGAAAGGAAAAGATTCG
AAGACCAAAATCATGGAAACATCCTCAGCCAATATCAAGAGCTGAGCTCACACAGATGCG
AGAGGAGTTTTGGGACACAGCTCCTCACTATGGAGGCAAGAAAGAGGTCTGGGATGCGTT
AAGAGCTGCAGCAGAAGAAGAGGATTTATCTCTCGCTCAAACCATAATCGAGAGTGCTGG
TGTGATTGCTCACAACAATGACCTCACCATTTGTTACGATGAGAAAGGTTCCAAGTATGA
ATTGCCTAAATATGTTCTAAGGGATCCTTCAAACTTGATCAGAACCAAATAAATTAAGAA
GAAGATAGGAGGCAAGCTCGTTTGTGTATGATTGTTTGTCGTCCAAGGAATCACGAATCA
TGTGTGTTTTAACTTAGTTATATGGTTATCTTTGCTTGGATTTGTCGTTTGCTGCTAGAC
AATGCGTATGTGAGGAGTGACATGGATGATACTACAAACTTCCATAGAATTCTTCAAAGT
TTTTTTTT*ACATAAAGAAGCAGCTTTGATTAATAAAATAGTATGAGTATCTTTAACTTT
TATTACCATCATCTTAACAATAATTGTGATTTACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BY20TF U 1
AF RR1H614JQ C 55
AF RR1H614TF U 55
BS 1 95 RR1BY20TF
BS 96 97 RR1H614TF
BS 98 332 RR1BY20TF
BS 333 333 RR1H614TF
BS 334 334 RR1BY20TF
BS 335 335 RR1H614TF
BS 336 631 RR1BY20TF
BS 632 632 RR1H614TF
BS 633 668 RR1BY20TF
BS 669 669 RR1H614TF
BS 670 719 RR1BY20TF
BS 720 756 RR1H614TF

RD RR1BY20TF 719 0 0
AAACCATTGTCTCTTATCTGTACAAATAAAAATATCTCTCGTTCTCCTCTACACCTGTCT
ACAAATCTTTAAAGCTTTGTCTTTCTCTCTCTCTCTCCGTTCGTTGTTGGTTATCAGAGG
AAGACAAATGGGTTGTTCTAGTTCAACAGCCAAGGCAGAAGGGAGAAAGGAAAAGATTCG
AAGACCAAAATCATGGAAACATCCTCAGCCAATATCAAGAGCTGAGCTCACACAGATGCG
AGAGGAGTTTTGGGACACAGCTCCTCACTATGGAGGCAAGAAAGAGGTCTGGGATGCGTT
AAGAGCTGCAGCAGAAGAAGAGGATTTATCTCCC*CTCAAACCATAATCGAGAGTGCTGG
TGTGATTGCTCACAACAATGACCTCACCATTTGTTACGATGAGAAAGGTTCCAAGTATGA
ATTGCCTAAATATGTTCTAAGGGATCCTTCAAACTTGATCAGAACCAAATAAATTAAGAA
GAAGATAGGAGGCAAGCTCGTTTGTGTATGATTGTTTGTCGTCCAAGGAATCACGAATCA
TGTGTGTTTTAACTTAGTTATATGGTTATCTTTGCTTGGATTTGTCGTTTGCTGCTAGAC
AATGCGTATGTGAGGAGTGACATGGATGATATTACAAACTTCCATAGAATTCTTCAAAGT
TTTTTTTTTACATAAAGAAGCAGCTTTGATTAATAAAATAGTATGAGTATCTTTAACTT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1H614JQ 702 0 0
GG
GTCTACAAATCTTTAAAGCTTTGTCTTTCTCTCTCTCTC**CGTTCGTTGTTGGTTATCA
GAGGAAGACAAATGGGTTGTTCTAGTTCAACAGCCAAGGCAGAAGGGAGAAAGGAAAAGA
TTCGAAGACCAAAATCATGGAAACATCCTCAGCCAATATCAAGAGCTGAGCTCACACAGA
TGCGAGAGGAGTTTTGGGACACAGCTCCTCACTATGGAGGCAAGAAAGAGGTCTGGGATG
CGTTAAGAGCTGCAGCAGAAGAAGAGGATTTATCTCTCGCTCAAACCATAATCGAGAGTG
CTGGTGTGATTGCTCACAACAATGACCTCACCATTTGTTACGATGAGAAAGGTTCCAAGT
ATGAATTGCCTAAATATGTTCTAAGGGATCCTTCAAACTTGATCAGAACCAAATAAATTA
AGAAGAAGATAGGAGGCAAGCTCGTTTGTGTATGATTGTTTGTCGTCCAAGGAATCACGA
ATCATGTGTGTTTTAACTTAGTTATATGGTTATCTTTGCTTGGATTTGTCGTTTGCTGCT
AGACAATGCGTATGTGAGGAGTGACATGGATGATACTACAAACTTCCATAGAATTCTTCA
AAGTTTTTTTTT*ACATAAAGAAGCAGCTTTGATTAATAAAATAGTATGAGTATCTTTAA
CTTTTATTACCATCATCTTAACAATAATTGTGATTTACTT

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR1H614TF 702 0 0
GG
GTCTACAAATCTTTAAAGCTTTGTCTTTCTCTCTCTCTC**CGTTCGTTGTTGGTTATCA
GAGGAAGACAAATGGGTTGTTCTAGTTCAACAGCCAAGGCAGAAGGGAGAAAGGAAAAGA
TTCGAAGACCAAAATCATGGAAACATCCTCAGCCAATATCAAGAGCTGAGCTCACACAGA
TGCGAGAGGAGTTTTGGGACACAGCTCCTCACTATGGAGGCAAGAAAGAGGTCTGGGATG
CGTTAAGAGCTGCAGCAGAAGAAGAGGATTTATCTCTCGCTCAAACCATAATCGAGAGTG
CTGGTGTGATTGCTCACAACAATGACCTCACCATTTGTTACGATGAGAAAGGTTCCAAGT
ATGAATTGCCTAAATATGTTCTAAGGGATCCTTCAAACTTGATCAGAACCAAATAAATTA
AGAAGAAGATAGGAGGCAAGCTCGTTTGTGTATGATTGTTTGTCGTCCAAGGAATCACGA
ATCATGTGTGTTTTAACTTAGTTATATGGTTATCTTTGCTTGGATTTGTCGTTTGCTGCT
AGACAATGCGTATGTGAGGAGTGACATGGATGATACTACAAACTTCCATAGAATTCTTCA
AAGTTTTTTTTT*ACATAAAGAAGCAGCTTTGATTAATAAAATAGTATGAGTATCTTTAA
CTTTTATTACCATCATCTTAACAATAATTGTGATTTACTT

QA 3 702 3 702
DS 



AS 1 3

CO CL4127Contig1 941 3 3 U
GGACACGAAGAAGAAGAAGAGGCAGAAAAGGATGGCAGGAACTTTCCAGCTCACCTATGT
CCCTGGTTACACACTTTCAGACAGCAGCAGGGGCTTCTCTAATTCTGCTGTTGTTTTGAC
AAAAACAACAACAACTGCTAGATTTCCTTGCTCCTCCTCCTCTCTGTATCACAAACTAAA
TGTACGTCTGACATGTGCCCCCAATACTCGTCGTCCCTTTGTTTGCCGAGCGAGTTCTGG
TGAAAGAGACAGTGAAAGAGAAACCGCCTTGAGGGAACGGTTCGAGAAGTGGTGTCAAAC
CCACGGCGTCGTATACGGAGGAAAAGAGGAGTGGTTGCGACGGTTTGAGATATACAAGAC
TAATCTCCAGCATATAGACTACCACAACTCCCTCAACTTGTCCTCTAAGCTAAGCGACAA
CAAGTTTGCGGACTTGACCGAGGCTGAGTTTAGGGCACGTTATTGTGGGGCGAGGGTGAA
GACGCCTGAGGTTGTGTCTGAGTACGAGAAACATGATGAATCTGACCTTGATTCAGAACA
TGGCCCTGTGACAGCTATTCTGGAGCCAGAGTCAGAGCTGCAGTTAGACTCACACCAAGA
AGAGGAGGAGGAGGAGGAGAATGTTACGTTAGATGTTTTATCAGATGATGAAGAGGTTGG
TGATGAAGCTGTGGAGAGTGAGAATTCAAGTCTCGAAAGGCCAGCCAAATGAAATGAACG
AGTGTGGGGCGTAACTTATTGGGCGAGATTGATGCTGCTTTTTAGTTCAAATCTAGCTTG
CAGCTTATAATCTTTCCTCTCTTAGTGTTGCTTCTATCTGGGTGATTGTTGTTAGCATAT
ATATGACTTGTGGGATAACTATAATAATAATGGAGATGCATTAGAGTTGATCCAGGAAAC
CACTTAATGTTATGGTCTTTTATACAGTTGTTATTATGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GL87TF U 1
AF RR1DU73TF U 11
AF RR1GL87JQ C 412
BS 1 565 RR1GL87TF
BS 566 695 RR1DU73TF
BS 696 941 RR1GL87JQ

RD RR1GL87TF 565 0 0
GGACACGAAGAAGAAGAAGAGGCAGAAAAGGATGGCAGGAACTTTCCAGCTCACCTATGT
CCCTGGTTACACACTTTCAGACAGCAGCAGGGGCTTCTCTAATTCTGCTGTTGTTTTGAC
AAAAACAACAACAACTGCTAGATTTCCTTGCTCCTCCTCCTCTCTGTATCACAAACTAAA
TGTACGTCTGACATGTGCCCCCAATACTCGTCGTCCCTTTGTTTGCCGAGCGAGTTCTGG
TGAAAGAGACAGTGAAAGAGAAACCGCCTTGAGGGAACGGTTCGAGAAGTGGTGTCAAAC
CCACGGCGTCGTATACGGAGGAAAAGAGGAGTGGTTGCGACGGTTTGAGATATACAAGAC
TAATCTCCAGCATATAGACTACCACAACTCCCTCAACTTGTCCTCTAAGCTAAGCGACAA
CAAGTTTGCGGACTTGACCGAGGCTGAGTTTAGGGCACGTTATTGTGGGGCGAGGGTGAA
GACGCCTGAGGTTGTGTCTGAGTACGAGAAACATGATGAATCTGACCTTGATTCAGAACA
TGGCCCTGTGACAGCTATTCTGGAG

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1DU73TF 685 0 0
GG
GAAGAAGAGGCAGAAAAGGATGGCAGGAACTTTCCAGCTCACCTATGTCCCTGGTTACAC
ACTTTCAGACAGCAGCAGGGGCTTCTCTAATTCTGCTGTTGTTTTGACAAAAACAACAAC
AACTGCTAGATTTCCTTGCTCCTCCTCCTCTCTGTATCACAAACTAAATGTACGTCTGAC
ATGTGCCCCCAATACTCGTCGTCCCTTTGTTTGCCGAGCGAGTTCTGGTGAAAGAGACAG
TGAAAGAGAAACCGCCTTGAGGGAACGGTTCGAGAAGTGGTGTCAAACCCACGGCGTCGT
ATACGGAGGAAAAGAGGAGTGGTTGCGACGGTTTGAGATATACAAGACTAATCTCCAGCA
TATAGACTACCACAACTCCCTCAACTTGTCCTCTAAGCTAAGCGACAACAAGTTTGCGGA
CTTGACCGAGGCTGAGTTTAGGGCACGTTATTGTGGGGCGAGGGTGAAGACGCCTGAGGT
TGTGTCTGAGTACGAGAAACATGATGAATCTGACTTTGATTCAGAACATGGCCCTGTGAC
AGCTATTCTGGAGCCAGAGTCAGAGCTGCAGTTAGACTCACACCAAGAAGAGGAGGAGGA
GGAGGAGAATGTTACGTTAGATGTTTTATCAGATGATGAAGAGGTTGGTGATGAAGCTGT
GGAGAGTGAGAATTCAAGTCTCG

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR1GL87JQ 530 0 0
AAGCGACAACAAGTTTGCGGACTTGACCGAGGCTGAGTTTAGGGCACGTTATTGTGGGGG
GAGGGTGAAGACGCCTGAGGTTGTGTTTGAGTACGAGAAACATGATGAATTTGACCTTGA
TTCAGAACATGGCCCTGTGACAGCTATTCTGGAGCCAGAGTCAGAGCTGCAGTTAGACTC
ACACCAAGAAGAGGAGGAGGAGGAG***AGTGTTACGTTAGATGTTTTATCAGATGATGA
AGAGGTTGGTGATGAAGCTGTGGAGAGTGAGAATTCAAGTCTCGAAAGGCCAGCCAAATG
AAATGAACGAGTGTGGGGCGTAACTTATTGGGCGAGATTGATGCTGCTTTTTAGTTCAAA
TCTAGCTTGCAGCTTATAATCTTTCCTCTCTTAGTGTTGCTTCTATCTGGGTGATTGTTG
TTAGCATATATATGACTTGTGGGATAACTATAATAATAATGGAGATGCATTAGAGTTGAT
CCAGGAAACCACTTAATGTTATGGTCTTTTATACAGTTGTTATTATGTTC

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 2

CO CL4128Contig1 704 2 2 U
GGGTAGTCTCCGCCTCCACCTACCGTCTCTGTCTCTCCCTCTCCATAAAATAAAATGGCA
ACCGTTCAAGTTTCTACCACTAGCATGACCACCACAACCAAGGCGGTTCTTAGAAGCCAG
CCAACCAACAACAAGCTCACCACTAACAGAGTCTCCGTTGGATCAGTCAATAAAGTCTCG
AGATCCTTTGGCTTGAAATGCTCAGCCAGCTCTGGTGGTGCCACCATGTCAGCAGTATAC
AAGGTCAAGCTCGTCGGACCCGATGGCCAAGAAAACGAGTTTGAAGTCCCTGACGACCAA
TACATATTGGATGCTGCTGAAGAAGCTGGAGTTGACTTGCCTTACTCTTGCAGAGCCGGT
GCCTGTCCCACCTGCGCCGGTAAGATCGAGAAAGGTCAAGTTGACCAGTCTGATGGTTCG
TTTCTTGAGGATCATCACTTTGAGAAAGGTTATGTCTTGACTTGTGTGGCTTACCCGCAG
TCTGACCTTGTGATCCATACCCACAAAGAAGAGGAACTCTTCTAAGCATGGTCTCTCTGT
TTGGTGGTAATGATGCAAATCGTTATTTTCAGAGTTATTATTATCCCTTTCAAAAGGGGT
ATATGCTTTTGTATGAAAACGTCTCCTGATATGCCTTTTTTAGTGTTCATCAATCGTCAC
TGTGTTGCAACTGGTTAATAAAAGAGTTTATGGTTTCTCGTCTC


BQ
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AF RR1FR82JQ C 1
AF RR1FR82TF U 1
BS 1 702 RR1FR82TF
BS 703 704 RR1FR82JQ

RD RR1FR82JQ 704 0 0
GGGTAGTCTCCGCCTCCACCTACCGTCTCTGTCTCTCCCTCTCCATAAAATAAAATGGCA
ACCGTTCAAGTTTCTACCACTAGCATGACCACCACAACCAAGGCGGTTCTTAGAAGCCAG
CCAACCAACAACAAGCTCACCACTAACAGAGTCTCCGTTGGATCAGTCAATAAAGTCTCG
AGATCCTTTGGCTTGAAATGCTCAGCCAGCTCTGGTGGTGCCACCATGTCAGCAGTATAC
AAGGTCAAGCTCGTCGGACCCGATGGCCAAGAAAACGAGTTTGAAGTCCCTGACGACCAA
TACATATTGGATGCTGCTGAAGAAGCTGGAGTTGACTTGCCTTACTCTTGCAGAGCCGGT
GCCTGTCCCACCTGCGCCGGTAAGATCGAGAAAGGTCAAGTTGACCAGTCTGATGGTTCG
TTTCTTGAGGATCATCACTTTGAGAAAGGTTATGTCTTGACTTGTGTGGCTTACCCGCAG
TCTGACCTTGTGATCCATACCCACAAAGAAGAGGAACTCTTCTAAGCATGGTCTCTCTGT
TTGGTGGTAATGATGCAAATCGTTATTTTCAGAGTTATTATTATCCCTTTCAAAAGGGGT
ATATGCTTTTGTATGAAAACGTCTCCTGATATGCCTTTTTTAGTGTTCATCAATCGTCAC
TGTGTTGCAACTGGTTAATAAAAGAGTTTATGGTTTCTCGTCTC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1FR82TF 704 0 0
GGGTAGTCTCCGCCTCCACCTACCGTCTCTGTCTCTCCCTCTCCATAAAATAAAATGGCA
ACCGTTCAAGTTTCTACCACTAGCATGACCACCACAACCAAGGCGGTTCTTAGAAGCCAG
CCAACCAACAACAAGCTCACCACTAACAGAGTCTCCGTTGGATCAGTCAATAAAGTCTCG
AGATCCTTTGGCTTGAAATGCTCAGCCAGCTCTGGTGGTGCCACCATGTCAGCAGTATAC
AAGGTCAAGCTCGTCGGACCCGATGGCCAAGAAAACGAGTTTGAAGTCCCTGACGACCAA
TACATATTGGATGCTGCTGAAGAAGCTGGAGTTGACTTGCCTTACTCTTGCAGAGCCGGT
GCCTGTCCCACCTGCGCCGGTAAGATCGAGAAAGGTCAAGTTGACCAGTCTGATGGTTCG
TTTCTTGAGGATCATCACTTTGAGAAAGGTTATGTCTTGACTTGTGTGGCTTACCCGCAG
TCTGACCTTGTGATCCATACCCACAAAGAAGAGGAACTCTTCTAAGCATGGTCTCTCTGT
TTGGTGGTAATGATGCAAATCGTTATTTTCAGAGTTATTATTATCCCTTTCAAAAGGGGT
ATATGCTTTTGTATGAAAACGTCTCCTGATATGCCTTTTTTAGTGTTCATCAATCGTCAC
TGTGTTGCAACTGGTTAATAAAAGAGTTTATGGTTTCTCGTC
TC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL4129Contig1 897 2 8 U
GATCAATGGTCGCTGTGAAGCCTGAGTCTTCTCCTGTAATCTCCGGTGATTCTCGTAATG
GTGGTGCTTGCAACGAGGCTACTACCTCCAAGCTTGGAGATCTTGATTGGCTGTCTTTTC
CAGAGCTGGAGTCCATGACAGTGTTCTCTCCTTTACACTCTCAAGTCCAATCCGAGCTTG
GATCCTTTCTTCAGCCTAGCTCTAGTGACTTCTCCGGGAACCATAACAACAACAACTTCC
AGATTCAGACTCAGTACGGTACAAACGACGAAGAAGATACAGATGTATCCCGCTTCCTCA
ATTCGGTTCCTGATTTCCAAGACGACCAAGACTTTGTTTTTCCGTGTGAGTTCGACGGGG
AAGTGCCAGATCACATTGCACCAGCGTATCAGCAACAGCGCTCGGCAGGTGACATGAGCG
ATGATGTTTCAAGAACAGGTATCAAGTTACAGCCTCGGCGTGAACAACCTGAGGGTGTTA
CCACTGACTATGTAATCCATGAGAACGCCTCAAGAAGGTTGCGTCTGCAAACTATCAAGA
GAGAGGTTGAGGATACGGACGGGGAAGCTATAAAGAAGGGGAAGCTGATGAGATCAAAGA
GCAGAACAAGATTCTTGTTTAAGAAGATTATACCCGTGAGATGTTCATACGGAGGACTTC
TTAGGGCGGCCGTTGTTGCGGTTCTGTTCGTGATATCAGTTTGCAGTCTAACCACAGACT
TCAGAGCTTCACTGATGGTCTGAAAACCGTAGAACCTTGTTGTGTATATTTGTTGTTGGT
TTTCAGTTTTCACCTTATCCGGGGCCAGTTTATGAGGGTAACTTGTTGCGTACTGTATAA
TGTGGCTACTTCTTGACTTTGTATCGGGAGTGTTCTTATATAGATAAGGTTTTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GJ47TF U 1
AF RR1DU08JQ C 189
BS 1 309 RR1GJ47TF
BS 310 310 RR1DU08JQ
BS 311 325 RR1GJ47TF
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BS 360 455 RR1GJ47TF
BS 456 897 RR1DU08JQ

RD RR1GJ47TF 455 0 0
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GTGGTGCTTGCAACGAGGCTACTACCTCCAAGCTTGGAGATCTTGATTGGCTGTCTTTTC
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GATCCTTTCTTCAGCCTAGCTCTAGTGACTTCTCCGGGAACCATAACAACAACAACTTCC
AGATTCAGACTCAGTACGGTACAAACGACGAAGAAGATACAGATGTATCCCGCTTCCTCA
ATTCGGTTCTTGATTTCCAAGACGATCAAGACTTTGTTTTTCCGTGTGAGTTCGACGGTG
AAGTGCCAGATCACATTGCACCAGCGTATCAGCAACAGCGCTCGGCAGGTGACATGAGCG
ATGATGTTTCAAGAACAGGTATCAAGTTACAGCCT

QA 1 455 1 455
DS 

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ACTCAGTACGGTACAAACGACGAAGAAGATACAGATGTATCCCGCTTCCTCAATTCGGTT
CCTGATTTCCAAGACGACCAAGACTTTGTTTTTCCGTGTGAGTTCGACGGGGCAGTGCCA
GATCAGATTGCACCAGCGTATCAGCAACAGCGCTCGGCAGGTGACATGAGCGATGATGTT
TCAAGAACAGGTATCAAGTTACAGCCTCGGCGTGAACAACCTGAGGGTGTTACCACTGAC
TATGTAATCCATGAGAACGCCTCAAGAAGGTTGCGTCTGCAAACTATCAAGAGAGAGGTT
GAGGATACGGACGGGGAAGCTATAAAGAAGGGGAAGCTGATGAGATCAAAGAGCAGAACA
AGATTCTTGTTTAAGAAGATTATACCCGTGAGATGTTCATACGGAGGACTTCTTAGGGCG
GCCGTTGTTGCGGTTCTGTTCGTGATATCAGTTTGCAGTCTAACCACAGACTTCAGAGCT
TCACTGATGGTCTGAAAACCGTAGAACCTTGTTGTGTATATTTGTTGTTGGTTTTCAGTT
TTCACCTTATCCGGGGCCAGTTTATGAGGGTAACTTGTTGCGTACTGTATAATGTGGCTA
CTTCTTGACTTTGTATCGGGAGTGTTCTTATATAGATAAGGTTTTTGTC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL4130Contig1 1205 2 8 U
GAAGTTGAAAACAAGTTGTTTGACTTGTTCTGTCCTCTTTGGTATTCATTTCATGTGCCG
TCTTTGATTTCTCTTACGCCGACGATACAACGACGCCGTTCCGTTACCGATCAGTAGTAA
GTTGTGTAGTGTTTCCTCACTGTGTCGATCGATTGAGATAATTAATCTTCGGCCATGTCG
TGGTCGAAGGCATGTAGAGGGACTCGAATCTCTTCATATTTAGAGAATCTTCATCGGACA
TCATCGAGGACTGTGCCTCTTGTTCCTAGCTCTCGTTATTACACTCATGGAGCTTGTAAT
GGCAATCAGCATAATCTCCGAAACAAGAGAGGGCTTTTGGGAAGCTCATCTTCGTTTTTC
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GCTCATCGCCACTATTCTTCTACTCAGTCGATAACAGAAACCAAATCGAAGAAAATGCTC
TATTACCTCACTGCTGTCGTCTTTGGCATGGTTGGGCTAACTTACGCCGCTGTGCCGTTG
TATAGAACCTTCTGCCAAGCTACTGGATATGGGGGTACTGTTCAACGCAAAGAGACTGTT
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GTGAGAGTAAAGCCAGGAGAAAGCGCGCTCGCCTTTTACACTGCTGAAAACAAAAGTTCA
GCTCCAATAACCGGAGTCTCCACTTACAATGTCACTCCCATGAAGGCAGGAGTTTATTTC
AACAAGATACAATGCTTTTGCTTTGAGGAGCAGCGACTTCTTCCCGGAGAACAGATCGAC
ATGCCGGTGTTTTTCTACATTGATCCTGAGTTTGAGACTGATTCAAGAATGGACGGAATC
AACAACCTGATATTATCTTACACTTTCTTCAAGGTGTCCGAGGAAAATACTACAGATTCG
GTCGACAATACTGGCTCTGTTCCAGTTCAAGAAACCAAGTAAAATGTGTCATTTTTCTAA
AAAGAAACTCTCTCTAATCTTTGTCGAATTTTATGAGGCATCTTTGTTGTGCAATTGTCT
CTTAGTTATGTGCTTAATAACTTGAAACAGAAGATTTAGCATTAAATAAAAAGCAGAACT
TTGTT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1D690TF U 1
AF RR1D690JQ C 514
BS 1 648 RR1D690TF
BS 649 649 RR1D690JQ
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BS 754 769 RR1D690TF
BS 770 1205 RR1D690JQ

RD RR1D690TF 772 0 0
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TCTTTGATTTCTCTTACGCCGACGATACAACGACGCCGTTCCGTTACCGATCAGTAGTAA
GTTGTGTAGTGTTTCCTCACTGTGTCGATCGATTGAGATAATTAATCTTCGGCCATGTCG
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TCATCGAGGACTGTGCCTCTTGTTCCTAGCTCTCGTTATTACACTCATGGAGCTTGTAAT
GGCAATCAGCATAATCTCCGAAACAAGAGAGGGCTTTTGGGAAGCTCATCTTCGTTTTTC
ACTCTGAATTCTCATTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTAAATCGATGTTGCTTAGTACT
GCTCATCGCCACTATTCTTCTACTCAGTCGATAACAGAAACCAAATCGAAGAAAATGCTC
TATTACCTCACTGCTGTCGTCTTTGGCATGGTTGGGCTAACTTACGCCGCTGTGCCGTTG
TATAGAACCTTCTGCCAAGCTACTGGATATGGGGGTACTGTTCAACGCAAAGAGACTGTT
GAGGAGAAGATTGCTAGGCATTCAGAATCTGGTACCGTCACTGAAAGG*AGATTGTGGTG
CAGTTCAATGCTGATGTTGCTGATGGGATGCAGTGGAAGT*CACTCCTACTCAAAGAGAG
GTGAGAGTAAAGCCAGGAGAAAGCGCGCTCGC*TTTTACACTGCTGAAA
CAA

QA 1 769 1 769
DS 

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GGTACTGTTCAACGCAAAGAGACTGTTGAGGAGAAGATTGCTAGGCATTCAGAATCTGGT
ACCGTCACTGAAAGGGAGATTGTGGTGCAGTTCAATGCTGATGTTGCTGATGGGATGCAG
TGGAAGTTCACTCCTACTCAAAGAGAGGTGAGAGTAAAGCCAGGAGAAAGCGCGCTCGCC
TTTTACACTGCTGAAAACAAAAGTTCAGCTCCAATAACCGGAGTCTCCACTTACAATGTC
ACTCCCATGAAGGCAGGAGTTTATTTCAACAAGATACAATGCTTTTGCTTTGAGGAGCAG
CGACTTCTTCCCGGAGAACAGATCGACATGCCGGTGTTTTTCTACATTGATCCTGAGTTT
GAGACTGATTCAAGAATGGACGGAATCAACAACCTGATATTATCTTACACTTTCTTCAAG
GTGTCCGAGGAAAATACTACAGATTCGGTCGACAATACTGGCTCTGTTCCAGTTCAAGAA
ACCAAGTAAAATGTGTCATTTTTCTAAAAAGAAACTCTCTCTAATCTTTGTCGAATTTTA
TGAGGCATCTTTGTTGTGCAATTGTCTCTTAGTTATGTGCTTAATAACTTGAAACAGAAG
ATTTAGCATTAAATAAAAAGCAGAACTTTGTT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AATAGGATGTAAATTTATGGAAGCTGATGGGTGAGTTCAATCTCCATGGAATCACTGCGC
CAGAGGAATACGGAGGTCTAGGTCTTGGTTACTTGTATCACTGTATAGCAATGGAGGAAA
TCAGTCGGGCCTCCGGCTCAGTTGCTCTCTCTTACGGTGCCCATTCCAACCTTTGCATCA
ATCAATTGGTATTATTAGTGCGGAATGGAAATACAGAACAAAAGCACAAATATTTGCCCA
AGCTGATCAGTGGAGAGCATGTTGGTGCTCTTGCGATGAGTGAACCCAATGCCGGTTCGG
ATGTTGTCAGCATGAAATGCAAGGCTGATAAAGTTGATGGTGGCTATATAATAAATGGCA
ACAAGATGTGGTGCACTAATGGTCCCTCTGCTGAAACACTGATTGTGTACGCCAAAACTG
ATACAAAAGGGTCTAAAGGAATCACAGCTTTCGTTATAGAGAAGGGAATGGCCGGATTCA
GCACTGCTCAGAAATTGGACAAACTGGGAATGCGAGGAAGCGACACATGTGAGCTTGTTT
TTGAGAATTGCTTTGTTCCAGAAAAAAACATTCTTGGCAAGGAAGGAAAAGGAGTGTATG
TTCTGATGTCAGGTCTTGATTTGGAGAGACTTGTTTTAGCAGCTGGGCCCTTAGGGATCA
TGCAGGCATCCCTCGACATTGTACTTCCCTATATTCGCCAGAGAGAACAGTTTGGTCGTC
CAGTTGGGGAGTTCCAGTTTATACAGGGTAAAGTTGCTGACATGTACACTGCATTACAGT
CTTCAAGGTCATACGTCTACTCTGTAGCTAGGGAGTGTGACAATGGGGAAGTTGACCCAA
AGGATTGTGCCGGAACTATTCTTTGTGCAGCAGAAAGAGCAACACAGGTTGCTTTACAGG
CGATACAATGTTTAGGCGGAAACGGATACATCAACGAGTATGCAACGGGACGCCTTTTGA
GAGATGCAAAGCTATATGAGATCGGTGCTGGTACAAGCGAGATCAGAAGGATGGTCATTG
GTCGCGAGCTTTTCAAAGAACAATAGAGATAAACTTAAGTCTCTTTTTTATCTTTGCCAA
AGGTGGTAACATAACAATGCGACATTGTCATTTTGTACAAATATGTATAATGTAAAATGT
CATCAGTAGTCTCTCAATAAGAAAGCTGGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG02TF U 1
AF RR1CG02JQ C 466
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AGCTGATCAGTGGAGAGCATGTTGGTGCTCTTGCGATGAGTGAACCCAATGCCGGTTCGG
ATGTTGTCAGCATGAAATGCAAGGCTGATAAAGTTGATGGTGGCTATATAATAAATGGCA
ACAAGATGTGGTGCACTAATGGTCCCTCTGCTGAAACACTGATTGTGTACGCCAAAACTG
ATACAAAAGGGTCTAAAGGAATCACAGCTTTCGTTATAGAGAAGGGAATGGCCGGATTCA
GCACTGCTCAGAAATTGGACAAACTGGGAATGCGAGGAAGCGACACATGTGAGCTTGTTT
TTGAGAATTGCTTTGTTCCAGAAAAAA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1CG02JQ 768 0 0
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GAAAAGGAGTGTATGTTCTGATGTCAGGTCTTGATTTGGAGAGACTTGTTTTAGCAGCTG
GGCCCTTAGGGATCATGCAGGCATCCCTCGACATTGTACTTCCCTATATTCGCCAGAGAG
AACAGTTTGGTCGTCCAGTTGGGGAGTTCCAGTTTATACAGGGTAAAGTTGCTGACATGT
ACACTGCATTACAGTCTTCAAGGTCATACGTCTACTCTGTAGCTAGGGAGTGTGACAATG
GGGAAGTTGACCCAAAGGATTGTGCCGGAACTATTCTTTGTGCAGCAGAAAGAGCAACAC
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CGGGACGCCTTTTGAGAGATGCAAAGCTATATGAGATCGGTGCTGGTACAAGCGAGATCA
GAAGGATGGTCATTGGTCGCGAGCTTTTCAAAGAACAATAGAGATAAACTTAAGTCTCTT
TTTTATCTTTGCCAAAGGTGGTAACATAACAATGCGACATTGTCATTTTGTACAAATATG
TATAATGTAAAATGTCATCAGTAGTCTCTCAATAAGAAAGCTGGCTTC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 3

CO CL4133Contig1 539 3 18 U
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CTATGTGCAGACTAAGAACCCAGTGACCACCGCGATTGATCCCAAGGGCCCTTGCTGCAC
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BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GN31TF U 1
AF RR1AL79JQ C 4
AF RR1AL79TF U 4
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BS 45 62 RR1GN31TF
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BS 176 176 RR1AL79TF
BS 177 211 RR1GN31TF
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BS 347 347 RR1AL79TF
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BS 491 499 RR1GN31TF
BS 500 539 RR1AL79TF

RD RR1GN31TF 499 0 0
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AAAACCAATGGAGCCAAACACTAAGCTTGTCTTTATTACCTTGGTTCTTGCCTTGACACT
CACGGCAGCAACCGGAGAGTTCTGTGGTATGAGCGTTGGTGATCTGTACTCTTGCAAGCC
CTATGTGCAGACTAAGAACCCAGTGACCACCACGATTGATCCCAAGGGCCCTTGCTGCAC
AGCCCTGTCTAATGCTGACTTCCAGTGTCTCTGCAAGCAGAAAACCAAAACTAATCCTTT
CCTCAGTGGGATCGACCTCGACCTCGCTTCTAAACTCCCGGAGAAGCGTGGATTATCTGG
TGCACCTTGCTAAGACATGTTTCCTTTTGGAAGGTTTCGCTTTGTGTTTTGATTTTCTTC
ATGATACCATTGTTGTTGTACTGTTTCTGTTCCTGTTGTTGTTGGTTTTGTTGTTCTGTG
CTGATCTGACATTGTTTCC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1AL79JQ 536 0 0
GG
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CAATGGAGCCAAACACTAAGCTGGTCTTTATTACCTTGGTTCTTGCCTTGACACTCACGG
CAGCAACCGGAGAGTTCTGTGGTATGAGCGTTGGTGATCTGTACTCTTGCGAGCCCTATG
TGCAGACTAAGAACCCAGTGACCACCGCGATTGATCCCAAGGGCCCTTGCTGCACAGCCC
TGTCTAATGCTGACTTCCAGTGTCTCTGCAAGCAGAAAACCAAAACTAATCCTTTCCTCA
GTGGGATCGACCTCGACCTCGCTTCTAAACTCCCGGAGAAGTGTGGATTATCTGGTGCAC
CTTGTTAAGACATGTTTCCTTTTGGAAGGTTTCGCTTTGTGTTTTGATTTTCTTCATGAT
TCCATTGTTGTTGTACTGTTTCTGTTCCTGTTGTTGTTGGTTTTGTTGTTCTGTGCTGAT
CTGATATTGTTTCCATTGTTGTTGTCTTAATTGTATTGCATTGCAATTGTGTTC

QA 3 536 3 536
DS 

RD RR1AL79TF 536 0 0
GG
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CAATGGAGCCAAACACTAAGCTGGTCTTTATTACCTTGGTTCTTGCCTTGACACTCACGG
CAGCAACCGGAGAGTTCTGTGGTATGAGCGTTGGTGATCTGTACTCTTGCGAGCCCTATG
TGCAGACTAAGAACCCAGTGACCACCGCGATTGATCCCAAGGGCCCTTGCTGCACAGCCC
TGTCTAATGCTGACTTCCAGTGTCTCTGCAAGCAGAAAACCAAAACTAATCCTTTCCTCA
GTGGGATCGACCTCGACCTCGCTTCTAAACTCCCGGAGAAGTGTGGATTATCTGGTGCAC
CTTGCTAAGACATGTTTCCTTTTGGAAGGTTTCGCTTTGTGTTTTGATTTTCTTCATGAT
TCCATTGTTGTTGTACTGTTTCTGTTCCTGTTGTTGTTGGTTTTGTTGTTCTGTGCTGAT
CTGATATTGTTTCCATTGTTGTTGTCTTAATTGTATTGCATTGCAATTGTGTTC

QA 3 536 3 536
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4135Contig1 1232 3 7 U
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CGGCCTCTGTAATGAAGAAACGTTTTTTCGTCGAAACCCTAATCGGAATCCTCCCGCCGG
AGAAAGACTCCGTTCCCTGCAACTTCCTCCTCCGTCTCCTCAGGACGGCGAAGATGGTCG
GAGCGAATCCGAACTACTTGACGGAGCTCGAGAACAGAGTGGCGTGGCAGCTGGACCAGG
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TTGGGCTCGTGACTCGTCTCGTGAAGAAGTTCGTTGGATTGGATAGTGAAGGTGTTAAAA
CCGGTGCGGCTTTAGTTAAAGTGGCTAAGCTTGTTGACTCTTACTTGGCTGAAGCCGCCC
TTGACGGTGGCTTGACTCTACCGGAGTTTATTTCGCTCATCGAAGCTCTCCCTAGCTATG
CTCGTACCACGGAGGATGGCTTGTACCGTGCCATTGACACATACCTCAAGGCTCATCCTC
AGGTGTTGAAGCAAGAAAGGAAGGAACTCTGCAGACTCATTGATAGCAGAAAGCTCTCGC
CAGAAGCAGCCCTCCACGCAGCACAGAACGATCGTCTACCGGTGAGAGCAATCATCAGAG
TGTTGTTCACCGAGCAGACAAAGCTAAGCCGTCACGTTGATTGGAGCGGTAGCTTGATAA
GCAGCACAACAAGGAGTCCAACAACAAACCCTTCCGGCCCACATTACTTTGAGCAAGGCT
CTGCAGGAGGAGCGAGGTGCTTGTCCAAACGCGAGATGAATGTTCAGCAAGCAGAGATAA
AGAGGCTCAGAGAGGATGTGGCGAGGCTGCAGAGCGAGTGCAGTGCAATGCATTTGCAGG
TTGAGAGGCTTTTGGAGAAGAAGAGTGGTGGGAGTAAAGGGTTTTTCAGGTGGAAGAGGC
TAGGGTTAGCGCCTTCTATCAGAGGAAGTGTTAGCGTTGAAGAGATGAGGAACTGTGAGA
ATGGTGAAGGGTTCGAACCTCAGACTCCAGGGAATATGAAGACAAGGCTTGTCAAAGGAA
GAACACCTTCTAGGTGGAGAAAATCAATGTCTTAAAAATTGAAAACAACACAACAAGCTG
TTATTATTATTATTACACATAGAGGGAAGAAGTCTTTTTTTTTGTACACAAACCAAAATA
AATGCATGTAATGAAAAAAATGTTGGTCTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FX63TF U 1
AF RR1BE42TF U 215
AF RR1FX63JQ C 637
BS 1 655 RR1FX63TF
BS 656 758 RR1BE42TF
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BS 894 1232 RR1FX63JQ

RD RR1FX63TF 655 0 0
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GAGCGAATCCGAACTACTTGACGGAGCTCGAGAACAGAGTGGCGTGGCAGCTGGACCAGG
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TTGACGGTGGCTTGACTCTACCGGAGTTTATTTCGCTCATCGAAGCTCTCCCTAGCTATG
CTCGTACCACGGAGGATGGCTTGTACCGTGCCATTGACACATACCTCAAGGCTCATCCTC
AGGTGTTGAAGCAAGAAAGGAAGGAACTCTGCAGACTCATTGATAGCAGAAAGCTCTCGC
CAGAAGCAGCCCTCCACGCAGCACAGAACGATCGTCTACCGGTGAGAGCAATCAT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1BE42TF 681 0 0
G
AGAGTGGCGTGGCAGCTGGACCAGGCCTCGCTCAAGGAGCTCATGATACCTTCCTTCAGC
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GGATTGGATAGTGAAGGTGTTAAAACCGGTGCGGCTTTAGTTAAAGTGGCTAAGCTTGTT
GACTCTTACTTGGCTGAAGCCGCCCTTGACGGTGGCTTGACTCTACCGGAGTTTATTTCG
CTCATCGAAGCTCTCCCTAGCTATGCTCGTACCACGGAGGATGGCTTGTACCGTGCCATT
GACACATACCTCAAGGCTCATCCTCAGGTGTTGAAGCAAGAAAGGAAGGAACTCTGCAGA
CTCATTGATAGCAGAAAGCTCTCGCCAGAAGCATCCCTCCACGCAGCACAGAACGATCGT
CTACCGGTGAGAGCAATCATCAGAGTGTTGTTCACCGAGCAGACAAAGCTAAGCCGTCAC
GTTGATTGGAGCGGTAGCTTGATAAGCAGCACAACAAGGAGTCCAACAACAAACCCTTCC
GGCTCACATTACTTTGAGCAAGGCTCTGCAGGAGGAGCGAGGTGCTTGTCCAACCGCGAG
ATGAATGTTCAGCAAGCAGAGATAAAGAGGCTCAGAGAGGATGTGGCGAGGCTGCAGAGC
GAGTGCAGTGCAATGCAT
CT

QA 2 679 2 679
DS 

RD RR1FX63JQ 596 0 0
TACCGGTGAGAGCAATCATCAGAGTGTTGTTCACCGAGCAGACAAAGCTAAGCCGTCACG
TTGATTGGAGCGGTAGCTTGATAAGCAGCACAACAAGGAGTCCAACAACAAACCCTTCCG
GCCCACATTACTTTGAGCAAGGCTTTGCAGGAGGAGCGAGGTGCTTGTCCAAATGCGAGA
TGAATGTTCAGCAAGCAGAGATAAAGAGGCTCAGAGAGGATGTGGCGAGGCTGCAGAGCG
AGTGCAGTGCAATGCATTTGCAGGTTGAGAGGCTTTTGGAGAAGAAGAGTGGTGGGAGTA
AAGGGTTTTTCAGGTGGAAGAGGCTAGGGTTAGCGCCTTCTATCAGAGGAAGTGTTAGCG
TTGAAGAGATGAGGAACTGTGAGAATGGTGAAGGGTTCGAACCTCAGACTCCAGGGAATA
TGAAGACAAGGCTTGTCAAAGGAAGAACACCTTCTAGGTGGAGAAAATCAATGTCTTAAA
AATTGAAAACAACACAACAAGCTGTTATTATTATTATTACACATAGAGGGAAGAAGTCTT
TTTTTTTGTACACAAACCAAAATAAATGCATGTAATGAAAAAAATGTTGGTCTAGG

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 3

CO CL4136Contig1 1398 3 7 U
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GAATCTCGCGCTGATCAGGATGATGTGAAGAAAGGATGTGAGATGTTAGACAAGTGCGAA
GACATGGTGGGGAAGCTGGGGCTCTTCTCTTCTAACGAGACTAAAGAAGATATCAGCACC
AACAATCTCAAGTATCTTTTGGTACCTTTCTATCTGGCGGAGCTGACAGAGAAAATCAAA
CAGGAAGATCGGATTCCGATTGTCAAAGCTTCTTATGCTAAGTTGAAGGAGTTCTTTTCG
TTCTGTGAGGCAATGGAACTTGTTCCGGAAGAGGAGTTGGAGGCTTCTTCACGAGGTGGT
TCTGCTCCACCTGCTGATCGAAGAGCTCTCAAGATAGCTCGGTTCAAACGTCAAAAGGCT
GCAGAGGCGAAGCTCCTTGAGATTAAAGAGACGAAGGAGCGACGCGGGCGTTCAAAAAGG
GCTGCTGCCTTGTCTACTCCGGTTGAATCTGGAGAAGATGACATCCCAGATGATGACAGC
GAAGAAGAAAGAGACGCGTGGCTCGCCACAATTAACTTGGCTATTTGTAAGGCTATTGAT
CTGTTGGAAATGCTAAAGAGAGAAGAGGAAATGCTCTCGGCAATCAAGGAGAAACAGTTA
AAGGATGGAGAGGATGTGTTTTCTCGGGATGCGCTTGATGATCGCACAAAGAAAGCTGAA
ACATGGCACAGAGATGCTGCTGCGAGGGTACAGTACTCTAGACCGGCACAACCAATCACT
TGTGCCACATTTGCACAAGATGTGTTAGAAGGTAGAGCTTCAGTATCACAGGGTCACGAA
CACAAGCATCAACCTCTTATATTCGGTCCAGCAAGCATCGTGAATGGAGGTCTTTTTACG
GAGAGAGAGAGAATGATAGCTCAAGTTTTCCAACCAAGTCACAGGATGCCGACGATGAGC
ATAGAGGATGCTGGGTTAACAGAGATGAATATAATGAATGATTGGCAAGAGCAGACGAAA
AAAGCAATTGAAGAAGCAACCACCTCATGGCACAATGACAAACCTCTGAGAAGAAAGGAA
GAGGATGAAGAAGATGATGATGAAGGCGAAGAAGCTGTGATGAAAGCTAGAGCTTTCGAT
GATTGGAAGGACGATGATCCTCGTGGTGCAGGTAACAAGAAACTCACTCCTTGTGGCTGA
AACCTGTGATTGTGACGATACATATTTTAAACACTTCCTCTCCCTCTTTTGTTTACTTAT
TTCCGAACCCTCTTCTTTCACTTATGTCTTGTAATGTAATCGTTAGACTGAGTTAAGTAC
TATTGGAATATTATTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A933TF U 1
AF RR1AA47TF U 27
AF RR1A933JQ C 586
BS 1 780 RR1A933TF
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BS 868 1398 RR1A933JQ

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DS 

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GG
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CTTCTAACGAGACTAAAGAAGATATCAGCACCAACAATCTCAAGTATCTTTTGGTACCTT
TCTATCTGGCGGAGCTGACAGAGAAAATCAAACAGGAAGATCGGATTCCGATTGTCAGAG
CTTCTTATGCTAAGTTGAAGGAGTTCTTTTCGTTCTGTGAGGCAATGGAACTTGTTCCGG
AAGAGGAGTTGGAGGCTTCTTCACGAGGTGGTTCTGCTCCACCTGCTGATCGAAGAGCTC
TCAAGATAGCTCGGTTCAAACGTCAAAAGGCTGCAGAGGCGAAGCTCCTTGAGATTAAAG
AGACGAAGGAGCGACGCGGGCGTTCAAAAAGGGCTGCTGCCTTGTCTACTCCTGTTGAAT
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DS 

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ACAAAGAAAGCTGAAACATGGCACAGAGATGCTGCTGCGAGGGTACAGTACTCTAGACCG
GCACAACCAATCACTTGTGCCACATTTGCACAAGATGTGTTAGAAGGTAGAGCTTCAGTA
TCACAGGGTCACGAACACAAGCATCAACCTCTTATATTCGGTCCAGCAAGCATCGTGAAT
GGAGGTCTTTTTACGGAGAGAGAGAGAATGATAGCTCAAGTTTTCCAACCAAGTCACAGG
ATGCCGACGATGAGCATAGAGGATGCTGGGTTAACAGAGATGAATATAATGAATGATTGG
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CTGAGAAGAAAGGAAGAGGATGAAGAAGATGATGATGAAGGCGAAGAAGCTGTGATGAAA
GCTAGAGCTTTCGATGATTGGAAGGACGATGATCCTCGTGGTGCAGGTAACAAGAAACTC
ACTCCTTGTGGCTGAAACCTGTGATTGTGACGATACATATTTTAAACACTTCCTCTCCCT
CTTTTGTTTACTTATTTCCGAACCCTCTTCTTTCACTTATGTCTTGTAATGTAATCGTTA
GACTGAGTTAAGTACTATTGGAATATTATTTTT

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 3

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TTCAATGGAACTTTAGGTCTCTTTTCTGGATTCTCGTCGATCCGAAGAGAGAACGTCGAT
CAGTTTTCTTTTCTAGTTTCCCGGAAAATTTTGTCACCGATCGTCTCCTCGCGTCGTCTT
TGCTTTGCTTGATCAACCATGAATATCTTCAGATTCGCTGGCGATATGACTCACTTGATC
AGTATCTTAATCCTTCTTCTCAAAATCTACGCCACCAAATCTTGCGCCGGAATCTCTCTC
AAGACTCAGGAGCTATACGCGCTTGTGTTCTTGACTCGCTACATGGATCTCATCACGGAC
TATGTGTCTCTCTACAACACCGTGATGAAGATCGTCTTCATTGTCAGCTCTTTGGCTATC
GTTTGGTGTATGCGTAGGCATGCGTTGGTGCGGAGGTCGTACGATAAGGATCTTGACACG
TTTCGTCATCAATACGTTGTGTTGGCATGCTTTGTTTTGGCACTTGTTCTGAATGAGAAG
TTCACGTTTCAAGAGGTGTTCTGGGCGTTTTCTATATACTTGGAGGCAGTTGCTATCCTT
CCCCAGTTGATTCTGCTACAGAGAAGTGGGAATGTGGACAATTTGACTGGACAATATGTT
CTCTTTCTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCATCAACTGGATCTATCGATATTTCACA
GAAGATCATTTCACTAGATGGATCGCTTGTGTCTCCGGTCTTGTCCAAACAGCTCTCTAT
GCGGATTTCTACTACTACTACTACTTAAGCTGGAAAACCAACACCAAGCTTAAGCTTCCG
GCGTGAGCGGAACCAGACAAATTTTGCAACAGTGTCAAAATTCAGGAAGTTACAACGATG
GGGACACTAAAAAGACATGGTTACAATCTAACAACGAGTTGAATGATGCAGGATTGTTGT
TTAAGATGTGCTTTTAGCCTTTCAGTGAACATTGTAAGTTTGTAATTCTCACGTTGAGGT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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10 

AF RR1CA26TF U 1
AF RR1CV50TF U 55
AF RR1CA26JQ C 294
BS 1 101 RR1CA26TF
BS 102 102 RR1CV50TF
BS 103 653 RR1CA26TF
BS 654 654 RR1CV50TF
BS 655 711 RR1CA26TF
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BS 730 1021 RR1CA26JQ

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AGTATCTTAATCCTTCTTCTCAAAATCTACGCCACCAAATCTTGCGCCGGAATCTCTCTC
AAGACTCAGGAGCTATACGCGCTTGTGTTCTTGACTCGCTACATGGATCTCATCACGGAC
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GTTTGGTGTATGCGTAGGCATGCGTTGGTGCGGAGGTCGTACGATAAGGATCTTGACACG
TTTCGTCATCAATACGTTGTGTTGGCATGCTTTGTTTTGGCACTTGTTCTGAATGAGAAG
TTCACGTTTCAAGAGGTGTTCTGGGCGTTTTCTATATACTTGGAGGCAGTTGCTATCCTT
CCCCAGTTGATTCTGCTACAGAGAAGTGGGAATGTGGACAATTTGACTGGACA*TATGTT
CTCTTTCTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCATCAACTGGATCTATCGA

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DS 

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GG
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GATCAGTATCTTAATCCTTCTTCTCAAAATCTACGTCACCAAATCTTGCGCCGGAATCTC
TCTCAAGACTCAGGAGCTATACGCGCTTGTGTTCTTGACTCGCTACATGGATCTCATCAC
GGACTATGTGTCTCTCTACAACACCGTGATGAAGATCGTCCTCATTGTCAGCTCTTTGGC
TATCGTTTGGTGTATGCGTAGGCATGCGTTGGTGCGGAGGTCGTACGATAAGGATCTTGA
CACGTTTCGTCATCAATACGTTGTGTTGGCATGCTTTGTTTTGGCACTTGTTCTGAATGA
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CCTTCCCCAGTTGGTTCTGCTACAGAGAAGTGGGAATGTGGACAATTTGACTGGACAATA
TGTTCTCTTTCTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCATCAACTGGATCTATCGATATTT
CACAGAAGATCAT

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR1CA26JQ 728 0 0
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CACGGACTATGTGTCTCTCTACAACACCGTGATGAAGATCGTCTTCATTGTCAGCTCTTT
GGCTATCGTTTGGTGTATGCGTAGGCATGCGTTGGTGCGGAGGTCGTACGATAAGGATCT
TGACACGTTTCGTCATCAATACGTTGTGTTGGCATGCTTTGTTTTGGCACTTGTTCTGAA
TGAGAAGTTCACGTTTCAAGAGGTGTTCTGGGCGTTTTCTATATACTTGGAGGCAGTTGC
TATCCTTCCCCAGTTGATTCTGCTACAGAGAAGTGGGAATGTGGACAATTTGACTGGACA
ATATGTTCTCTTTCTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCATCAACTGGATCTATCGATA
TTTCACAGAAGATCATTTCACTAGATGGATCGCTTGTGTCTCCGGTCTTGTCCAAACAGC
TCTCTATGCGGATTTCTACTACTACTACTACTTAAGCTGGAAAACCAACACCAAGCTTAA
GCTTCCGGCGTGAGCGGAACCAGACAAATTTTGCAACAGTGTCAAAATTCAGGAAGTTAC
AACGATGGGGACACTAAAAAGACATGGTTACAATCTAACAACGAGTTGAATGATGCAGGA
TTGTTGTTTAAGATGTGCTTTTAGCCTTTCAGTGAACATTGTAAGTTTGTAATTCTCACG
TTGAGGTT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 3

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TCGGGGCTTACTACCAGTGGTGAAAACCCTAAGAAAATCCTGGACCTCAACACTGCGGAG
CCAGATGACATCCTGGACGAGGGAGTAGAAGTCAAGGGATTATTTTCAGATTCTACTGAT
GTTTCCGGTGAGAAGAAGGACGAAGCTGATTCTAATAAGGCTGTTGGATCGACGGCTGGG
GATGTATCATCATCTCCCGTCGATGATGTTCAGAAAAAGATTCGACGCGCTGAGAGGTTT
GGCGTTTCTGTGAAGCTGACCGAAGAGGAGAAACGCAATTCTCGTGCTGAGAGGTTCGGA
ACTGTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGTGAATGGCTCAGAGGGAACAAAGAAAGCAGAG
GAACTGAAGCGAAAGGCTAGAGCTGACAGATTTGGGGTTCCTGCATCATCATCGTCCACT
ACTAAAGCTGATAACACTGAGGAAGAGGCGAAGAAGAAAGCTAGGCTCGCACGTTTCGGG
AAAGATACTAAAGTCGATTCCGCTGAGGAAGACAAACGCAAAGCTAGGGCATTGAGGTTT
TCAAAACCTGCTTCTGATTCACCTTCAGAATTACCTGGGAACCTTAACACTGGCAAGGAG
GCAGCAGGAAACGCTGCATAAGGTTCCTGAATAAGGTTCCTTCTATCTTTGTAGTTAGGT
GGTGTTCTAGCGTTTTATGATTCCCTCTCTGGCTGCTTGATTCTCTCTTTTATATTTCTG
AATTAGAAGTCCCCCGGTATGTAGTATCTTTATTAAAGTCGAAGTTTGGTCGTGAAGCAA
GGTGGACGGAAGCTAAGTTGTCACCAGATGAGATCATGAGAAACCAACAAAGTAACCTAT
AGTTCTGATTTGTCTTAGAAAAATTCAATGTGTTAGAAGAATTCCTTTGTCATCATCTAA
GACATATCATTAGAACTATAGAAGTGCTTGTTGGTTTCCATTTCTCTGGTCTTTATGGCA
AATGGAAGTGAAAGGGACGTTGAATCTCTGTTCGTGGGACTGGGACTTCGCTGTCTTTCT
GATGCTACACATTTTCTTATGCGTCTGTAATAGTTTAGATAAAACTTTGTTGTTAACTTC
GAATCAAGCGCCAGAAAACTTTTATAAAGGGAATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW89TF U 1
AF RR1DY72TF U 365
AF RR1DY72JQ C 365
BS 1 419 RR1BW89TF
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BS 661 1068 RR1DY72TF
BS 1069 1177 RR1DY72JQ

RD RR1BW89TF 664 0 0
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GTTTCCGGTGAGAAGAAGGACGAAGCTGATTCTAATAAGGCTGTTGGATCGACGGCTGGG
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GGCGTTTCTGTGAAGCTGACCGAAGAGGAGAAACGCAATTCTCGTGCTGAGAGGTTCGGA
ACTGTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGTGAATGGCTCAGAGGGAACAAAGAAAGCAGAA
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AAAGATACTAAAGTCGATTCCGCTGAGGAAGACAAACGCAAAGCTAGGGCATTGAGGTTT
TCAAAACCTGCTTCTGATTCACCTTCAGAATTACCTGGGAACCTTAACACTGGCAAGGAG
CAGC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1DY72TF 704 0 0
G
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AAGTGAAAGGGACGTTGAATCTCTGTTCGTGGGACTGGGACTT

QA 2 704 2 704
DS 

RD RR1DY72JQ 813 0 0
G
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GAAGCGAAAGGCTAGAGCTGACAGATTTGGGGTTCCTGCATCATCATCGTCCACTACTAA
AGCTGATAACACTGAGGAAGAGGCGAAGAAGAAAGCTAGGCTCGCACGTTTCGGGAAAGA
TACTAAAGTCGATTCCGCTGAGGAAGACAAACGCAAAGCTAGGGCATTGAGGTTTTCAAA
ACCTGCTTCTGATTCACCTTCAGAATTACCTGGGAACCTTAACACTGGCAAGGAGGCAGC
AGGAAACGCTGCATAAGGTTCCTGAATAAGGTTCCTTCTATCTTTGTAGTTAGGTGGTGT
TCTAGCGTTTTATGATTCCCTCTCTGGCTGCTTGATTCTCTCTTTTATATTTCTGAATTA
GAAGTCCCCCGGTATGTAGTATCTTTATTAAAGTCGAAGTTTGGTCGTGAAGCAAGGTGG
ACGGAAGCTAAGTTGTCACCAGATGAGATCATGAGAAACCAACAAAGTAACCTATAGTTC
TGATTTGTCTTAGAAAAATTCAATGTGTTAGAAGAATTCCTTTGTCATCATCTAAGACAT
ATCATTAGAACTATAGAAGTGCTTGTTGGTTTCCATTTCTCTGGTCTTTATGGCAAATGG
AAGTGAA*GGGACGTTGAATCTCTGTTCGTGGGACTGGGACTTCGCTGTCTTTCTGATGC
TACACATTTTCTTATGCGTCTGTAATAGTTTAGATAAAACTTTGTTGTTAACTTCGAATC
AAGCGCCAGAAAACTTTTATAAAGGGAATTTT

QA 2 813 2 813
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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ATGAGACCAAAAGGAAAACACAACAAACAATCTCAAAAAACTGCCCTCGCCAAAAGACAA
AACTTCAAGCATTCATGTAATGATTCAGTTTGTAAAGCAAAACTTTTCCTCCAGCGTTTC
CCATAGCCATGAAGCCACTCCCGGGGCTGAAGTCCAAGCAGCAAGGGTTACTCATATTTT
TCTTCGGCGGTGGCCAGTTTGAGAAGACGGTTAGGGACGGAACATGGACCAGCTTCACAC
TGTTTTTATTCATCCTCGAGATTATAGCTAAAATCTGACCGTCATGGTTGAACTTCATGA
AATCTATCATGGAAGTTAGATTCTCCACCGTCTTTATCGGCTTTCTCTTCCCTCCTAAAA
ACTCATCTTTCTTGTAAATGTTCACGATTCCTCTGTCTGTCCCAGAGGCAAACAAAGCTC
CGTTCGGTGAGCTGCAAAGCGAAGTCCCGCACGTGCTGCCTTCGTCCACACCTTTGTACA
AGCACTTCATTGTTCTCAGATCCCATACGTAGACTTGCCCATCCCCTCCTGAGCTCAGCA
GCTGCTTCCCATCATCACTGAACGCTAACGACCTCACTGAACCGTTCATCTTCAACGTTC
CCGTCAGC**TTTGGTTTTTGTGGACACAAGCAAGATATAACCTTCGTTGCCGATGAACG
CTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 

AF RR1GV29JQ U 1
AF RR1FI61JQ U 24
AF RR1GV29TF C 96
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BS 672 687 RR1FI61JQ
BS 688 723 RR1GV29TF

RD RR1GV29JQ 673 0 0
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ATGAGACCAAAAGGAAAACACAACAAACAATCTCAAAAAACTGCCCTCGCCAAAAGACAA
AACTTCAAGCATTCATGTAATGATTCAGTTTGTAAAGCAAAACTTTTCCTCCAGCGTTTC
CCATAGCCATGAAGCCACTCCCGGGGCTGAAGTCCAAGCAGCAAGGGTTACTCATATTTT
TCTTCGGCGGTGGCCAGTTTGAGAAGACGGTTAGGGACGGAACATGGACCAGCTTCACAC
TGTTTTTATTCATCCTCGAGATTATAGCTAAAATCTGACCGTCATGGTTGAACTTCATGA
AATCTATCATGGAAGTTAGATTCTCCACCGTCTTTATCGGCTTTCTCTTCCCTCCTAAAA
ACTCATCTTTCTTGTAAATGTTCACGATTCCTCTGTCTGTCCCAGAGGCAAACAAAGCTC
CGTTCGGTGAGCTGCAAAGCGAAGTCCCGCACGTGCTGCCTTCGTCCACACCTTTGTACA
AGCACTTCATTGTTCTCAGATCCCATACGTAGACTTGCCCATCCCCTCCTGAGCTCAGCA
GCTGCTTCCCATCATCACTGAACGCTAACGACCTCACTGAACCGTTCATCTTCAACGTTC
CCGTCAGC**T
CT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1FI61JQ 664 0 0
GATGTAAAAATGTAGAAAAAAGATAAACTGAAGAGTAATGAGACCAAAAGGAAAACACAA
CAAACAATCTCAAAAAACTGCCCTCGCCAAAAGACAAAACTTCAAGCATTCATGTAATGA
TTCAGTTTGTAAAGCAAAACTTTTCCTCCAGCGTTTCCCATAGCCATGAAGCCACTCCCG
GGGCTGAAGTCCAAGCAGCAAGGGTTACCCATATTTTTCTTCGGCGGTGGCCAGTTTGAG
AAGACGGTTAGGGACGGAACATGGACCAGCTTCACACTGTTTTTATTCATCCTCGAGATT
ATAGCTAAAATCTGACCGTCATGGTTGAACTTCATGAAATCTATCATGGAAGTTAGATTC
TCCACCGTCTTTATCGGCTTTCTCTTCCCTCCTAAAAACTCATCTTTCTTGTAAATGTTC
ACGATCCCTCTGTCTGTCCCAGAGGCAAACAAAGCTCCGTTCGGTGAGCTGCAAAGCGAA
GTCCTGCACGTGCTGCCTTCGTCCACACCTTTGTACAAGCACTTCATTGTTCTCAGATCC
CATACGTAGACTTGCCCATCCCCTCCTGAGCTCAGCAGCTGCTTCCCATCATCACTGAAC
GCTAACGACCTCACTGAACCGTTCATCTTCAACGTTCCCGTCAGC**TTTGGTTTTTGTG
GACA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1GV29TF 628 0 0
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AGCAAAACTTTTCCTCCAGCGTTTCCCATAGCCATGAAGCCACTCCCGGGGCTGAAGTCC
AAGCAGCAAGGGTTACTCATATTTTTCTTCGGCGGTGGCCAGTTTGAGAAGACGGTTAGG
GACGGAACATGGACCAGCTTCACACTGTTTTTATTCATCCTCGAGATTATAGCTAAAATC
TGACCGTCATGGTTGAACTTCATGAAATCTATCATGGAAGTTAGATTCTCCACCGTCTTT
ATCGGCTTTCTCTTCCCTCCTAAAAACTCATCTTTCTTGTAAATGTTCACGATTCCTCTG
TCTGTCCCAGAGGCAAACAAAGCTCCGTTCGGTGAGCTGCAAAGCGAAGTCCCGCACGTG
CTGCCTTCGTCCACACCTTTGTACAAGCACTTCATTGTTCTCAGATCCCATACGTAGACT
TGCCCATCCCCTCCTGAGCTCAGCAGCTGCTTCCCATCATCACTGAACGCTAACGACCTC
ACTGAACCGTTCATCTTCAACGTTCCCGTCAGCTCTTTGGTTTTTGTGGACACAAGCAAG
ATATAACCTTCGTTGCCGATGAACGCTC

QA 1 628 1 628
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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CACGGGAGTAGAGGAGTACATGCTCCAGATGATTCCGCCGAGTTCTGAGCCGTTCGATAT
TGGTTTTGTGGCCACGCGCTCTCTGTATCGCCTCTTGGCATCTTCACCTGAACTAAATAC
CGTTTTAGCCGCTCTAAACACGGTGTTCGTAGGGATGCAAACGACGTATATTGTATGGAC
TTGGTTAATGGAAGGACGACCAAGAGCGACCATCTCGGCGTGCTTCATGTTTACTTGTCG
TGGCATTCTTGGTTACTCTACTCAACTCCCTCTTCCTCAGGATTTTCTAGGATCAGGGGT
AGATTTTCCGGTGGGAAACGTCTCGTTCTTCCTCTTTTATTCGGGTCATGTCGCCGGGTC
AATGATAGCATCCTTGGACATGAGGAGAATGCAGAGGTTGAGACTAGCCATACTTTTTGA
CATCCTCAACGTATTACAATCGATCAGGCTTCTCGGGACCAGAGGACAATACACCATCGA
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TATTATGAGCAAGAGACACAATGTAGGCAATGGTTTTAGTTTGATTTCGACTCGATAGTT
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GTTTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E763TF U 1
AF RR1CC42JQ C 320
AF RR1CC42TF U 320
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RD RR1E763TF 652 0 0
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CCCCAGCGGAGACAGAGGAAGAAGCAAGGTGTCGTTTATGACGTGGAGGATGTGCAACCC
TGTCCACGTGGTGAGAGTCCATTAGGTACCGTGTTTGTTAGCGGTAGTAGTTCTGTTCTT
CACGGGAGTAGAGGAGTACATGCTCCAGATGATTCCGCCGAGTTCTGAGCCGTTCGATAT
TGGTTTTGTGGCCACGCGCTCTCTGTATCGCCTCTTGGCATCTTCACCTGAACTAAATAC
CGTTTTAGCCGCTCTAAACACGGTGTTCGTAGGGATGCAAACGACGTATATTGTATGGAC
TTGGTTAATGGAAGGACGACCAAGAGCGACCATCTCGGCGTGCTTCATGTTTACTTGTCG
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AGATTTTCCGGTGGGAAACGTCTCGTTCTTCCTCTTTTATTCGGGTCATGTC

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DS 

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G
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DS 

RD RR1CC42TF 650 0 0
G
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CTCTGTATCGCCTCTTGGCATCTTCACCTGAACTAAATACCGTTTTAGCCGCTCTAAACA
CGGTGTTCGTAGGGATGCAAACGACGTATATTGTATGGACTTGGTTAATGGAAGGACGAC
CAAGAGCGACCATCTCGGCGTGCTTCATGTTTACTTGTCGTGGCATTCTTGGTTACTCTA
CTCAACTCCCTCTTCCTCAGGATTTTCTAGGATCAGGGGTAGATTTTCCGGTGGGAAACG
TCTCGTTCTTCCTCTTTTATTCGGGTCATGTCGCCGGGTCAATGATAGCATCCTTGGACA
TGAGGAGAATGCAGAGGTTGAGACTAGCCATACTTTTTGACATCCTCAACGTATTACAAT
CGATCAGGCTTCTCGGGACCAGAGGACAATACACCATCGATCTCGCTGTCGGAGTTGGTG
CTGGGATTCTATTTGACTCACTGGCCGGAAAATATGAAGATATTATGAGCAAGAGACACA
ATGTAGGCAATGGTTTTAGTTTGATTTCGACTCGATAGTTAATTAATTTTTGTTTTCTTT
TTAAAATGTTTTTAGCCTGGACATATTTAATTTAGTTGAAGTTTGTTCC

QA 2 650 2 650
DS 



AS 1 3

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TAACAGTTCTAAAATGACATTGAAGAATAAAGAATGACTCTTAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
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AF RR1CU42JQ C 7
AF RR1CO35TF U 8
AF RR1CU42TF U 1
BS 1 466 RR1CU42TF

RD RR1CU42JQ 152 0 0
ATC
GATCCGAGGAAGAAGAAGAAGGGAGAAAATGGGGAAACCGTTGGGAATTACGGGAGAGTT
TTTCAGGAGAAGGGATGAGTGGAGGAAGCACCCGATGCTTTTTAATCAAATGAGACACGC
GCTTCCTGGTTTCGGCATCGGCGTTGGT
C

QA 4 151 4 151
DS 

RD RR1CO35TF 409 0 0
CG
GATCCGAGGAAGAAGAAGAGGGGAGAAAATGGCGAAACCGTTGGGAACTACGGGAGAGTT
TTTCAGGAGAAGGGATGAGTGGAGGAAGCACCCGATGCTTTCTAATCAAATGAGACACGC
GCTTCCTGGTCTCGGCATCGGCGTTGGTGCCTTCTGCGTTTACCTTGTCGGCGAGCAGAT
CTATACCAAACTCATGGCTCCTTCTCAATCATCTCACCAGAAACAACCAGCTCCCTCTTC
TCACTGAGACTGATTGTTTCGATCATGATGAAACTTGCAGCAGATTAAGAGCTGTGGGAT
TCAGAATTTTCCATTTTTTCTTGGTTTATCTCAATAAGATGTTGATGAAAGACAAAAGAC
TTGTATGACATTCTGCTGTGTGGTCTTGCTATGTATTGTCCTTTTGG

QA 3 409 3 409
DS 

RD RR1CU42TF 466 0 0
GAGGAGATCGATCCGAGGAAGAAGAAGAAGGGAGAAAATGGCGAAACCGTTGGGAACTAC
GGGAGAGTTTTTCAGGAGAAGGGATGAGTGGAGGAAGCACCCGATGCTTTCTAATCAAAT
GAGACACGCGCTTCCTGGTCTCGGCATCGGCGTTGGTGCCTTCTGCGTTTACCTTGTCGG
CGAGCAGATCTATACCAAACTCATGGCTCCTTCTCAATCATCTCACCAGAAACAACCAGC
TCCCTCTTCTCACTGAGACTGATTGTTTCCATCATGATGAAACTTGCAGCAGATTAAGAG
CTGTGGGATTCAGAATTTGCCATTTTTTCTTGGTTTATCTCAATAAGATGTTGATGAAAG
ACAAAAGACTTGTATGACATTCTGCTGTGTGGTCTTGCTATGTATTGTCCTTTTGGTTAA
TAACAGTTCTAAAATGACATTGAAGAATAAAGAATGACTCTTAGAC

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 2

CO CL4144Contig1 927 2 2 U
GGCCCCTCACCTGGTTTGACTCAACAACGACTCTGCCGTTCCCTTTTAGCAGCCATGACG
ACAACTTCTCCTTGCAGGACCATAAACGCTAATAATGCTGTCACCGCGCCGCCGTCGCCT
TCGGGAATGATCTTCCACGGCTGTCGTGATTTCGTTCCGATCGATAAGAGACTTGTCAAA
TCAAGCTCACGTGGATTGAATTTGCCGACGAAGAGATTGGCTTTGAGCTTAAGTTCTCCG
GGGAGGTCGCTCTCTTCTTCTCCCGTGGCGTCTAGTTCTACATCGGCGGCTGTGACATCG
AATTCTTCGAATCGATTGGAAGCTTTAGAAGAGGGGATTGAGAAGGTCATTTATAGATGT
CGATTCATGGCGTTTCTTGGAACATTAGGATCTCTTTTCGGTTCGGTTCTGTGTTTCATC
AAGGGATGTCAGTACGTGACAGACTCGTTTGTGCAGTACACTGTGAATCGCGGGAAGGTG
ATTTTACTTCTGGTAGAAGCTATAGATACATATCTTCTAGGAACTGTGATGTTGGTCTTT
GGAATGGGACTTTACGAGCTTTTCATTAGCAACCTCACGACTTCAGAAACGATTTCACAC
GATAATGTTTCCAATAGATCGAGTCTCTTTGGCATGTTCCCCTTAAAGGAGCGACCTCAA
TGGTTAGAGGTGAAAACAGTTAGTGAGCTGAAAACGAAGCTGGGACATGTTATAGTGATG
CTCCTGTTGATTGGCTTGTTCGACAAGAGCAGGAAAGTTGCTATAACTTCTGTCGCCGAC
TTGCTATGTATCTCTGCTTCTATCTTTCTTTCTTCGGCTTGTCTCTTCTTGCTCTCTAGG
CTCAATGGCTCACACTGAGCTAACAGCGTTGCCTTTTAAACATATGAAACTTTGTATGAT
GTGTATAATGTTTTAGTAAAATTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FG77TF U 1
AF RR1FG77JQ C 315
BS 1 693 RR1FG77TF
BS 694 927 RR1FG77JQ

RD RR1FG77TF 693 0 0
GGCCCCTCACCTGGTTTGACTCAACAACGACTCTGCCGTTCCCTTTTAGCAGCCATGACG
ACAACTTCTCCTTGCAGGACCATAAACGCTAATAATGCTGTCACCGCGCCGCCGTCGCCT
TCGGGAATGATCTTCCACGGCTGTCGTGATTTCGTTCCGATCGATAAGAGACTTGTCAAA
TCAAGCTCACGTGGATTGAATTTGCCGACGAAGAGATTGGCTTTGAGCTTAAGTTCTCCG
GGGAGGTCGCTCTCTTCTTCTCCCGTGGCGTCTAGTTCTACATCGGCGGCTGTGACATCG
AATTCTTCGAATCGATTGGAAGCTTTAGAAGAGGGGATTGAGAAGGTCATTTATAGATGT
CGATTCATGGCGTTTCTTGGAACATTAGGATCTCTTTTCGGTTCGGTTCTGTGTTTCATC
AAGGGATGTCAGTACGTGACAGACTCGTTTGTGCAGTACACTGTGAATCGCGGGAAGGTG
ATTTTACTTCTGGTAGAAGCTATAGATACATATCTTCTAGGAACTGTGATGTTGGTCTTT
GGAATGGGACTTTACGAGCTTTTCATTAGCAACCTCACGACTTCAGAAACGATTTCACAC
GATAATGTTTCCAATAGATCGAGTCTCTTTGGCATGTTCCCCTTAAAGGAGCGACCTCAA
TGGTTAGAGGTGAAAACAGTTAGTGAGCTGAAA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1FG77JQ 613 0 0
ATTGGAAGCTTTAGAAGAGGGGATTGAGAAGGTCATTTATAGATGTCGATTCATGGCGTT
TCTTGGAACATTAGGATCTCTTTTCGGTTCGGTTCTGTGTTTCATCAAGGGATGTCAGTA
CGTGACAGACTCGTTTGTGCAGTACACTGTGAATCGCGGGAAGGTGATTTTACTTCTGGT
AGAAGCTATAGATACATATCTTCTAGGAACTGTGATGTTGGTCTTTGGAATGGGACTTTA
CGAGCTTTTCATTAGCAACCTCACGACTTCAGAAACGATTTCACACGATAATGTTTCCAA
TAGATCGAGTCTCTTTGGCATGTTCCCCTTAAAGGAGCGACCTCAATGGTTAGAGGTGAA
AACAGTTAGTGAGCTGAAAACGAAGCTGGGACATGTTATAGTGATGCTCCTGTTGATTGG
CTTGTTCGACAAGAGCAGGAAAGTTGCTATAACTTCTGTCGCCGACTTGCTATGTATCTC
TGCTTCTATCTTTCTTTCTTCGGCTTGTCTCTTCTTGCTCTCTAGGCTCAATGGCTCACA
CTGAGCTAACAGCGTTGCCTTTTAAACATATGAAACTTTGTATGATGTGTATAATGTTTT
AGTAAAATTTCAC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 3

CO CL4145Contig1 859 3 2 U
TAACATGTGCCTTAAGATGTCAAAAAAGTGAATAAAGTATCTCAAATGGTAACACATTCT
AAATATTTTATATTTATGAAATTGTTTGTACAAATTTATTAATTTAATATATTTAGTTCA
ATCAATTCTTGAGGAATTTCATTCTCACGGTCAACCTGCACTTGTTGTTCAAGCAATTCA
TATGCAGATTTATGGATGAGTTGTATGACTTCTCTATCAAATAATATAAAAGATGTACTT
CCAGTATGATCAGCTACTTTGACTTGCACTTTGTACCTTATACTTGTGGTGGTTTCATTC
TTGTCGCAAGTATAGCATGAATATTTGTTGGCCTCTATTTCCTCAGTCCCTGGGTTGAAA
TAGGGTGTAGCTGTTGCAAAACAGCAATTGCATCCAACATACCACCAAGGACGTTCCCTT
TTAAATGCTAAGATAGATGCAAAATTAACACAGGTGCTTTCCTCCATAGTTGATGTTAAC
TGATCGATTGTTTTCCAGGAGCTTAATGGGAATGATTCAGCGGATTTTTTAAAGGAAGTA
GGTGTGACCATTGGAGAAACGTTAAAGGAAGGCAAAGTATGGTTTTCTTCATTCCTTTTT
TAAATTCACTTATGTCATCTATATCTTCATTAAGGAAAATCTTTGTAGAGAAGCGTGAGT
TTTGAACTGATATTTTACCATTGAATTTTTTGGTCCTCATGAGACTTCCAAGCAAGATAA
CAGGACCTGTTTTGTTGTTCTTCACGTAAGAGTGCACATCCTCAGCATGTTTTTTCCATA
GAGTACATTCAATGATTGTTTCACTCAGATCACGTAGTTGATGTCCAACAGTTTTGTTAA
TTTCCAGCATAGTTTCTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI21TF C 1
AF RR1DD79JQ U 48
AF RR1BO13JQ U 39
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BS 39 859 RR1BO13JQ

RD RR1GI21TF 678 0 0
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AAATATTTTATATTTATGAAATTGTTTGTACAAATTTATTAATTTAATATATTTAGTTCA
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TATGCAGATTTATGGATGAGTTGTATGACTTCTCTATCAAATAATATAAAAGATGTACTT
CCAGTATGATCAGCTACTTTGACTTGCACTTTGTACCTTATACTTGTGGTGGTTTCATTC
TTGTCGCAAGTATAGCATGAATATTTGTTGGCCTCTATTTCCTCAGTCCCTGGGTTGAAA
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TTAAATGCTAAGATAGATGCAAAATTAACACAGGTGCTTTCCTCCATAGTTGATGTTAAC
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GGTGTGACCATTGGAGAAACGTTAAAGGAAGGCAAAGTATGGTTTTCTTCATTCCTTTTT
TAAATTCACTTATGTCATCTATATCTTCATTAAGGAAAATCTTTGTAGAGAAGCGTGAGT
TTTGAACTGATATTTTAC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1DD79JQ 651 0 0
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TATATTTAGTTCAATCAATTCTTGAGGAATTTCATTCTCACGGTCAACCTGCACTTGTTG
TTCAAGCAATTCATATGCAGATTTATGGATGAGTTGTATGACTTCTCTATCAAATAATAT
AAAAGATGTACTTCCAGTATGATCAGCTACTTTGACTTGCACTTTGTACCTTATACTTGT
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CCCTGGGTTGAAATAGGGTGTAGCTGTTGCAAAACAGCAATTGCATCAAACATACCACCA
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AGTTGATGTTAACTGATCGATTGTTTTCCAGGAGCTTAATGGGAATGATTCAGCGGATTT
TTTAAAGGAAGTAGGTGTGACCATTGGAGAAACGTTAAAGGAAGGCAAAGTATGGTTTTC
TTCATTCCTTTTTTAAATTCACTTATGTCATCTATATCTTCATTAAGGAAAATCTTTGTA
GAGAAGCGTGAGTTTTGAACTGATATTTTACCATTGAATTTTTTGGTCCTC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1BO13JQ 821 0 0
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TTAATTTAATATATTTAGTTCAATCAATTCTTGAGGAATTTCATTCTCACGGTCAACCTG
CACTTGTTGTTCAAGCAATTCATATGCAGATTTATGGATGAGTTGTATGACTTCTCTATC
AAATAATATAAAAGATGTACTTCCAGTATGATCAGCTACTTTGACTTGCACTTTGTACCT
TATACTTGTGGTGGTTTCATTCTTGTCGCAAGTATAGCATGAATATTTGTTGGCCTCTAT
TTCCTCAGTCCCTGGGTTGAAATAGGGTGTAGCTGTTGCAAAACAGCAATTGCATCCAAC
ATACCACCAAGGACGTTCCCTTTTAAATGCTAAGATAGATGCAAAATTAACACAGGTGCT
TTCCTCCATAGTTGATGTTAACTGATCGATTGTTTTCCAGGAGCTTAATGGGAATGATTC
AGCGGATTTTTTAAAGGAAGTAGGTGTGACCATTGGAGAAACGTTAAAGGAAGGCAAAGT
ATGGTTTTCTTCATTCCTTTTTTAAATTCACTTATGTCATCTATATCTTCATTAAGGAAA
ATCTTTGTAGAGAAGCGTGAGTTTTGAACTGATATTTTACCATTGAATTTTTTGGTCCTC
ATGAGACTTCCAAGCAAGATAACAGGACCTGTTTTGTTGTTCTTCACGTAAGAGTGCACA
TCCTCAGCATGTTTTTTCCATAGAGTACATTCAATGATTGTTTCACTCAGATCACGTAGT
TGATGTCCAACAGTTTTGTTAATTTCCAGCATAGTTTCTGT

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 3

CO CL4146Contig1 1281 3 7 U
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ACATTACATCTCTAGTCACATTAACATCACGGAAGAAAAATTTTAAGCATAAACGGATAA
AGGTAACATTATCTAAAAGGGTCGACCTTCCTCGGCCACACGAACTCCTGTACAATGTCC
AAGATTTGCATAGGTTATGATCACAAAGACACGATCTTAGCCTCAGCATCGGGTTTTAGT
GCCGCCTAGCGTGAGCTCGAGATCTTCTACGCCAACTTCATGAATCATTTCACCTTCCCA
TGGCTTAACAGTTCCATTCTCGAATTCAAACTCTGAACCCTTCATATTCATACCAAAAAT
CCCCCAGTCTGATCTCTTCATGTCAATAACCATAGATGTTTGGTTCACAAGATTAAACGT
TGGTGAGCTAGGAGCTGTAGATTGAAAATTAATCCACCTTCCTGAATCCTCAAACGAACT
CTCCTCGGACTCGTCACACTCAGGTATAGTAGGTGGTGTTTGGTGACCAACACGGCGTGT
AGGACTAGATGGAGCTGAGATAGCGAAAAGCGGATGTCTCAACCCATTAGTTGGCAACTG
CTGTGTCATGAGTTTCCTCTTTGAGCCACGAGAAGTAGGAGAGGACAGAGGAGGAGTAAC
AGGCGCGCTGTTTGATATTCTAAGAGGGGGAAGGTTTGCTGGAATGGAAGAAGCGATGTT
GTGTAGGAAAGGGAGGAGAAGGTACGAGGAAGGGTTGCCGTCGTAACGAGACGGGCTAGG
GAAGGAAGAGGAGACGGGACTTCCATGGTAAGAAGGTGCTGGGCTTGGGAAAGCAGATGA
TTGTGGACTTGGTTGGATTGAAGAGTTTGTGCTGAATGTTGTCGGAGTTCCTAACATGTC
TGAAGCTGGTGGCTTAGACCCCTTGCGATAAGTGGTGCCATCGTCTTCGACGATCCAACC
AGCTTCGAGACAGAGAGCTTTAAGGACCTCGTTGTTATCGCAGTGCTTAGGAAGCTTGTA
GTTACCTTGACCCCTGAGACCAGAGTAAATCTTTGCCGTGATGGCTCTTCTCCTCCTCTC
CCTCCTCTTATTGTTCTCCCTCTCCTTCCACGTTGGAGTTCTTCCAGACGATGAGCCTCC
TCCTCCTCCTACTGCCATTGAAAAAGCTCTGATCTCTCTCTATGTTTCTGTGAATCTCTC
TTTATGAAGTCTTTGTCAGTCTGGCGCACGAGGGGAGAGAGCGTTTCTTTTAATTATTAC
GGTGACTCTTAAGCTTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BF65JQ U 1
AF RR1G232JQ U 23
AF RR1BF65TF C 474
BS 1 88 RR1BF65JQ
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BS 711 811 RR1G232JQ
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RD RR1BF65JQ 710 0 0
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ACATTACATCTCTAGTCACATTAACATCGCGGAAGAAAAATTTTAAGCATAAACGGATAA
AGGTAACATTATCTAAAAGGTTCGACCTTCCTCGGCCACACGAACTCCTGTACAATGTCC
AAGATTTGCATAGGTTATGATCACAAAGACACGATCTTAGCCTCAGCATCGGGTTTTAGT
GCCGCCTAGCGTGAGCTCGAGATCTTCTACGCCAACTTCATGAATCATTTCACCTTCCCA
TGGCTTAACAGTTCCATTCTCGAATTCAAACTCTGAACCCTTCATATTCATACCAAAAAT
CCCCCAGTCTGATCTCTTCATGTCAATAACCATAGATGTTTGGTTCACAAGATTAAACGT
TGGTGAGCTAGGAGCTGTAGATTGAAAATTAATCCACCTTCCTGAATCCTCAAACGAACT
CTCCTCGGACTCGTCACACTCAGGTATAGTAGGTGGTGTTTGGTGACCAACACGGCGTGT
AGGACTAGATGGAGCTGAGATAGCGAAAAGCGGATGTCTCAACCCATTAGTTGGCAACTG
CTGTGTCATGAGTTTCCTCTTTGAGCCACGAGAAGTAGGAGAGGACAGAGGAGGAGTAAC
AGGCGCGCTGTTTGATATTCTAAGAGGGGGAAGGTTTGCTGGAATGGAAG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1G232JQ 789 0 0
C
ATATCAAAAACCCATTCATTATCCTGTGACCAAGCATACATTACATCTCTAGTCACATTA
ACATCACGGAAGAAAAATTTTAAGCATAAACGGATAAAGGTAACATTATCTAAAAGGGTC
GACCTTCCTCGGCCACACGAACTCCTGTACAATGTCCAAGATTTGCATAGGTTATGATCA
CAAAGACACGATCTTAGCCTCAGCATCGGGTTTTAGTGCCGCCTAGCGTGAGCTCGAGAT
CTTCTACGCCAACTTCATGAATCATTTCACCTTCCCATGGCTTAACAGTTCCATTCTCGA
ATTCAAACTCTGAACCCTTCATATTCATACCAGAAATCCCCCAGTCTGATCTCTTCATGT
CAATAACCATAGATGTTTGGTTCACAAGATTAAACGTTGGTGAGCTAGGAGCTGTAGATT
GAAAATTAATCCACCTTCCTGAATCCTCAAACGAACTCTCCTCGGACTCGTCACACTCAG
GTATAGTAGGTGGTGTTTGGTGACTAACACGGCGTGTAGGACTAGATGGAGCTGAAATAG
CGAAAAGCGGATGTCTCAACCCATTAGTTGGCAACTGCTGTGTCATGAGTTTCCTCTTTG
AGCCACGAGAAGTAGGAGAGGACAGAGGAGGAGTAACAGGCGCGCTGTTTGATATTCTAA
GAGGGGGAAGGTTTGCTGGAATGGAAGAAGCGATGTTGTGTAGGAAAGGGAGGAGAAGGT
ACGAGGAAGGGTTGCCGTCGTAACGAGACGGGCTAGGGAAGGAAGAGGAGACGGGACTTC
CATGGTAA

QA 2 789 2 789
DS 

RD RR1BF65TF 808 0 0
ACGAACTCTCCTCGGACTCGTCACACTCAGGTATAGTAGGTGGTGTTTGGTGACCAACAC
GGCGTGTAGGACTAGATGGAGCTGAGATAGCGAAAAGCGGATGTCTCAACCCATTAGTTG
GCAACTGCTGTGTCATGAGTTTCCTCTTTGAGCCACGAGAAGTAGGAGAGGACAGAGGAG
GAGTAACAGGCGCGCTGTTTGATATTCTAAGAGGGGGAAGGTTTGCTGGAATGGAAGAAG
CGATGTTGTGTAGGAAAGGGAGGAGAAGGTACGAGGAAGGGTTGCCGTCGTAACGAGACG
GGCTAGGGAAGGAAGAGGAGACGGGACTTCCATGGTAAGAAGGTGCTGGGCTTGGGAAAG
CAGATGATTGTGGACTTGGTTGGATTGAAGAGTTTGTGCTGAATGTTGTCGGAGTTCCTA
ACATGTCTGAAGCTGGTGGCTTAGACCCCTTGCGATAAGTGGTGCCATCGTCTTCGACGA
TCCAACCAGCTTCGAGACAGAGAGCTTTAAGGACCTCGTTGTTATCGCAGTGCTTAGGAA
GCTTGTAGTTACCTTGACCCCTGAGACCAGAGTAAATCTTTGCCGTGATGGCTCTTCTCC
TCCTCTCCCTCCTCTTATTGTTCTCCCTCTCCTTCCACGTTGGAGTTCTTCCAGACGATG
AGCCTCCTCCTCCTCCTACTGCCATTGAAAAAGCTCTGATCTCTCTCTATGTTTCTGTGA
ATCTCTCTTTATGAAGTCTTTGTCAGTCTGGCGCACGAGGGGAGAGAGCGTTTCTTTTAA
TTATTACGGTGACTCTTAAGCTTATTCC

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL4147Contig1 1136 2 2 U
GGGACCTCTCTCCATCCTTCGATAATGGCTCAGGTTGTTGCTACTAGGTCGATTCAAGGG
TCGATGCTGTCTCCCAACGGAGGATCTCTGTCTACGAGATCCAACAAGTTCTTGAAACCG
GCAAGTTTCGCGGTGAAGGTTATGGGAAACGAAGCGAAGAGAGTCTCTCTGAAAAGCAGC
AGTAGTTGATACCACAGTGAGATCCTCCTCCGCTCGTGTGGAGACTGAAGTCATTCCCGT
CTCTCCCGAAGATGTGCCTAACAGGGAGGAGCAATTTGAGCGGTTGTTGGAAATGCAGAA
GTTTAGTGACACATCTGTAGGAGGGATGTGGTCGAAACCGACAGCGAGGAGGAAGACAAA
GATTGTCTGCACGGTTGGTCCTTCAACGAACACGAGAGAAATGATATGAAAACTGGCGGA
AGCTGGGATGAATGTTGCTAGGATGAACATGTCTCATGGGGATCATGCTTCTCATAAGAA
GGTTATTGATCTGGTCAAAGAGTACAATGCACAGTCTAAGGACAACACTATTGCTATCAT
GCTTGATACCAAGGGTCCAGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCACAACCGATTATGTTAGA
GCCTGGTCAAGAGTTTACTTTTACAATTGAGAGAGGAGTCAGCACACCAAGTTGTGTCAG
TGTTAACTATGATGACTTTGTCAACGATGTTGAAGCGGGAGACATGCTCCTTGTTGATGG
TGGTATGATGTCGTTTAAGGTGAAGTCGAAGACCAAAGACTCTGTCAAATGTGAAGTTGT
TGATGGTGGAGAACTTAAGTCAAGGAGACACCTGAATGTCCGAGGGAAGAGTGCAACGTT
ACCTTCAATCACTGAGAAGGATTGGGAGGATATTAAGTTTGGAGTGGAGAACAAAGTTGA
CTTTTATGCAGTTTCTTTTGTCAAAGATGCACAAGTGGTACATGAACTCAAGAATTACCT
TAAAGGTTGTGGTGCTGATATTCACGTGATAGTTAAAATTGAAAGCGCAGACTCCATCCC
TAACTTGCATTCCATTATCACCGCATCAGATGGGGCATGGTTGCAAGAGTGATCTTGGTG
CAGAGCTCCTATTGAGAGTACCCATACTTCAGGAAGATCATAACCTATGCGTAGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG63TF U 1
AF RR1EU64TF U 387
BS 1 687 RR1DG63TF
BS 688 1136 RR1EU64TF

RD RR1DG63TF 687 0 0
GGGACCTCTCTCCATCCTTCGATAATGGCTCAGGTTGTTGCTACTAGGTCGATTCAAGGG
TCGATGCTGTCTCCCAACGGAGGATCTCTGTCTACGAGATCCAACAAGTTCTTGAAACCG
GCAAGTTTCGCGGTGAAGGTTATGGGAAACGAAGCGAAGAGAGTCTCTCTGAAAAGCAGC
AGTAGTTGATACCACAGTGAGATCCTCCTCCGCTCGTGTGGAGACTGAAGTCATTCCCGT
CTCTCCCGAAGATGTGCCTAACAGGGAGGAGCAATTTGAGCGGTTGTTGGAAATGCAGAA
GTTTAGTGACACATCTGTAGGAGGGATGTGGTCGAAACCGACAGCGAGGAGGAAGACAAA
GATTGTCTGCACGGTTGGTCCTTCAACGAACACGAGAGAAATGATATGAAAACTGGCGGA
AGCTGGGATGAATGTTGCTAGGATGAACATGTCTCATGGGGATCATGCTTCTCATAAGAA
GGTTATTGATCTGGTCAAAGAGTACAATGCACAGTCTAAGGACAACACTATTGCTATCAT
GCTTGATACCAAGGGTCCAGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCACAACCGATTATGTTAGA
GCCTGGTCAAGAGTTTACTTTTACAATTGAGAGAGGAGTCAGCACACCAAGTTGTGTCAG
TGTTAACTATGATGACTTTGTCAACGA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1EU64TF 750 0 0
GG
AACACGAGAGAAATGATATGGAAACTGGCGGAAGCTGGGATGAATGTTGCTAGGATGAAC
ATGTCTCATGGGGATCATGCTTCTCATAAGAAGGTTATTGATCTGGTCAAAGAGTACAAT
GCACAGTCTAAGGACAACACTATTGCTATCATGCTTGATACCAAGGGTCCAGAAGTTAGG
AGTGGAGATTTACCACAACCGATTATGTTAGAGCCTGGTCAAGAGTTTACTTTTACAATT
GAGAGAGGAGTCAGCACACCAAGTTGTGTCAGTGTTAACTATGATGACTTTGTCAACGAT
GTTGAAGCGGGAGACATGCTCCTTGTTGATGGTGGTATGATGTCGTTTAAGGTGAAGTCG
AAGACCAAAGACTCTGTCAAATGTGAAGTTGTTGATGGTGGAGAACTTAAGTCAAGGAGA
CACCTGAATGTCCGAGGGAAGAGTGCAACGTTACCTTCAATCACTGAGAAGGATTGGGAG
GATATTAAGTTTGGAGTGGAGAACAAAGTTGACTTTTATGCAGTTTCTTTTGTCAAAGAT
GCACAAGTGGTACATGAACTCAAGAATTACCTTAAAGGTTGTGGTGCTGATATTCACGTG
ATAGTTAAAATTGAAAGCGCAGACTCCATCCCTAACTTGCATTCCATTATCACCGCATCA
GATGGGGCATGGTTGCAAGAGTGATCTTGGTGCAGAGCTCCTATTGAGAGTACCCATACT
TCAGGAAGATCATAACCTATGCGTAGCA

QA 3 750 3 750
DS 



AS 1 2

CO CL4148Contig1 854 2 2 U
GTGGTCACTGGGCTGTATCATGGCAGAACTATTAGCAAAGGCGCCATTATTCAATGGTAA
AACTGAGTTTGATCAACTTGACAAGATTTTCAGAGTCCTGGGTACTCCCAATGAATCAAT
TTGGCCTGGATTCTCCAAGCTGCCTGGAGTCAAGGTCAACTTCGTCAAGCATCAGTATAA
CCTATTGCGTAAGAAATTTCCAGCCACTTCATTTACTGGTTCACCAGTTCTGTCCGACGC
TGGCTTTGACTTGCTGAACAAGCTCCTGACATACGATCCTGAGAGGAGAATAACTGTGGA
TGCTGCTCTTAAGCATGAATGGTTCAGTGAAGTCCCTCTGCCAAAATCCAAAGATTTCAT
GCCTACTTTCCCTGCTCAACATGCCCAAGACAGGCGTGGGAGGAGGATGATAAAGAGCCC
TGATCCTTTAGAAGAGCAACGTAGGAAGGATCTAACACAAACCGAACTAGGGTCTGGTGG
TCTGTTTGGCTGAAGTATGGCTCACGATTGATGATGCTCTCTGATACCTTGGAATTACCA
CATTAAGGCGAGGGCTGCTGCTTAAGCGGAGGTTGGAACGTTTGTATCTCAGATTATAAT
TTGTACTTTCTTTACTCATTTCAAGGGTCCATGGTGATTTGTGAAGATGATTTTCCTCCT
ATCGCCAGCTGGATTCCTTGCAGGTTTTAATGTGTTGATGACAAGCTAGGCTGGTCAGTT
AGTAGTGCTGCAGCTTTCTGACAATGCTTGTTCTGCAAGGTGTGACAATCACAATAAAAA
CTCATTCCCTACTGAAACTTATGTATGTAGCCACAGTGTTATTGAATAGTGAGCTTTTCT
TGCTTTATTACCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BZ73TF U 1
AF RR1BZ73JQ C 103
BS 1 232 RR1BZ73TF
BS 233 854 RR1BZ73JQ

RD RR1BZ73TF 232 0 0
GTGGTCACTGGGCTGTATCATGGCAGAACTATTAGCAAAGGCGCCATTATTCAATGGTAA
AACTGAGTTTGATCAACTTGACAAGATTTTCAGAGTCCTGGGTACTCCCAATGAATCAAT
TTGGCCTGGATTCTCCAAGCTGCCTGGAGTCAAGGTCAACTTCGTCAAGCATCAGTATAA
CCTATTGCGTAAGAAATTTCCAGCCACTTCATTTACTGGTTCACCAGTTCTG

QA 1 232 1 232
DS 

RD RR1BZ73JQ 752 0 0
TACTCCCAATGAATCAATTTGGCCTGGATTCTCCAAGCTGCCTGGAGTCAAGGTCAACTT
CGTCAAGCATCAGTATAACCTATTGCGTAAGAAATTTCCAGCCACTTCATTTACTGGTTC
ACCAGTTCTGTCCGACGCTGGCTTTGACTTGCTGAACAAGCTCCTGACATACGATCCTGA
GAGGAGAATAACTGTGGATGCTGCTCTTAAGCATGAATGGTTCAGTGAAGTCCCTCTGCC
AAAATCCAAAGATTTCATGCCTACTTTCCCTGCTCAACATGCCCAAGACAGGCGTGGGAG
GAGGATGATAAAGAGCCCTGATCCTTTAGAAGAGCAACGTAGGAAGGATCTAACACAAAC
CGAACTAGGGTCTGGTGGTCTGTTTGGCTGAAGTATGGCTCACGATTGATGATGCTCTCT
GATACCTTGGAATTACCACATTAAGGCGAGGGCTGCTGCTTAAGCGGAGGTTGGAACGTT
TGTATCTCAGATTATAATTTGTACTTTCTTTACTCATTTCAAGGGTCCATGGTGATTTGT
GAAGATGATTTTCCTCCTATCGCCAGCTGGATTCCTTGCAGGTTTTAATGTGTTGATGAC
AAGCTAGGCTGGTCAGTTAGTAGTGCTGCAGCTTTCTGACAATGCTTGTTCTGCAAGGTG
TGACAATCACAATAAAAACTCATTCCCTACTGAAACTTATGTATGTAGCCACAGTGTTAT
TGAATAGTGAGCTTTTCTTGCTTTATTACCAC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

CO CL4149Contig1 753 3 2 U
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BQ
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C

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C

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DS 

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GT
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GCGCAATCATCTCTGTTTCTTGCTTGTCTCTGGTTACAGTGTTCTGCTTTCTTCCGATTG
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DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR1F841TF U 1
AF RR1DE22TF U 1
AF RR1F841JQ C 528
BS 1 57 RR1DE22TF
BS 58 58 RR1F841TF
BS 59 574 RR1DE22TF
BS 575 575 RR1F841TF
BS 576 681 RR1DE22TF
BS 682 682 RR1F841JQ
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BS 772 772 RR1F841JQ
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BS 784 801 RR1DE22TF
BS 802 1281 RR1F841JQ

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TAACGGCGGCGATATCGACGGCTTTCTAGCGTCGGCCGGTTTGGATCTTCCGGCGGTTTA
TGGATATACGACGGTGCACGGTGACGCGAGAATCTCAGTTGCTCCGGGAAATATTACAAC
CGAGTCTGGAAATTTCAAGAAAAGGAAGTTTGGTTGCGTCGAGACAGAGACTAAGGTTTG
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CGACAAGATCA

QA 1 671 1 671
DS 

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CGGAGAAGCTACAGAAGCTGAGCTTTTCCTCAACTGTGCCGACATGTCTGTCTTAGAGCA
CCAAAGGGCTCACCTCAACTACCACCACTATCCCGGCTTCTTCTCCAATTCTTCCACGAT
TAACGGCGGCGATATCGACGGCTTTCTAGCGTCGGCCGGTTTGGATCTTCCGGCGGTTTA
TGGATATACGACGGTGCACGGTGACGCGAGAATCTCAGTTGCTCCGGGAAATATTACAAC
CGAGTCTGGAAATTTCAAGAAAAGGAAGTTTGGTTGCGTCGAGACAGAGACTAAGGTTTG
TAATGAGAAGAAGAAGATAATGACAGCAGTTGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAGAAGTCGAA
AGTAACAGAGCAGAGCCATAAAAGCATCATGATGATGAAGATGAAGAATAAAGCGAAGAA
AGAACAGAACAGCTGCTCTAACGATTCATCAAAAGTGACGAAAGACTCGCAGAGAACGGA
TTATATTCATGTTCGTGCACGGAGAGGCCAAGCCGCCGATAGCCACAGCATTGCAGAACG
AGCTAGAAGAGAAAAGATCAGTGAGAGAATGAAGTTTCTACAAGATTTAGTTCCTGGATG
CGACAAGATCACAGGCAAAGC*GGGATGCTTGATGAGATCATTAACTATGTTCAGTCTCT
TCAGCGACAAGTCGAGTTCCTATCGATGAAGCTAGCAACTGTTAGTCCAAG*CTGGATTT
CA*CATCGATGACATTTTTGC

QA 1 801 1 801
DS 

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GCATTGCAGAACGAGCTAGAAGAGAAAAGATCAGTGAGAGAATGAAGTTTCTACAAGATT
TAGTTCCTGGATGCGACAAGATCACAGGCAAAGCAGGGATGCTTGATGAGATCATTAACT
ATGTTCAGTCTCTTCAGCGACAAGTCGAGTTCCTATCGATGAAGCTAGCAACTGTTAGTC
CAAGGCTGGATTTCAACATCGATGACATTTTTGCCAAAGAGGTTGTCTCAGCTCCAATGA
CGAACTTACCAAACACTGTGATGCCACCTCACATGATGGTGAATTCCGGTTATCCTCATG
ATATGGTTGATTCCGGTTATGTTCATTTCAATCCAATGCAACAAGTGGTTGCTAGTTCTG
ATCCACTGTCATGTTTCAACAATGGTCAATCAGCTGCTACTGTGTGGGACTCTGATGTGC
AGAATCTTTATAGCAGTCTAGGTGTTTGATTTAAAAGCGTTCCTTAGTTCTAGACCATTG
TCAGGTTCTCTGGATACATGCAGCTTATTTTTTTCAAGTGGGAAGATCAAACTCATATTA
TTTTCATCAGAAAAGAGAGCAAAGTTAGCAGTTATTTACTAATTTCAGTAAATTAACTTA
AGATTTTCAGCCCATCATTGTAGTATCAGAGACAAGAGTGTGTATACAGTATTGTGTGTA
TAGATGCCAAACAATAATATCTATTTTTCTTATC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 3

CO CL4151Contig1 836 3 4 U
CAAATCGAGTTTTAAGATAATAATTAACGAGTTTAGGTAGAAAAAGTTTCCATCACGATC
GCAATTTTTTTGTACATCGTGCAAAACCTTTTTCCAAATACTGTAAAATAAAATTCCAAG
TATAAAAAGCTTTGCCGAAGAAGCTAAAGCATTTATTTTTCTTGTACTTGCAAAGTAAAA
CCTGAAGTTGTGATGCTCTCTTTGAATCCCAAAGAGAAGCTATCTCAGTTTTCACGACGT
TGCTCCAAAGATATGAATGCGCTGCTGAACCACAGCTCTGCAGCAAGGACAGGTGACTTT
GCCTCCGCCACTGTTGTTGCTCGAGAAGAAATTATCGCTGCAACTACCACACACTACTTG
ATGCGCACAAGGAAGAAACACCACCGAGACTTCATCTTTCATACAGACTATGCATTCTCT
ATCACTGTTTGCTTCACTCTCATAAGACCCTTCAAGCTTATCGAGTTCTTCAAGCAGCTT
AGCGATGTTTTCTCCTTGAGATTTTGCAGGTTCCCAAACATTGTTGGATAAGTGGCTTGA
GTCGTTATCTGAAGAGGCTTTGAGCCGAGACAGCTCTTGCTCAAGTCTTTGGTGATCGTC
TTTGTGTCGTTGGAAGTCTAGTTCGATTTTTAACCTGAGAGTCTCCAGCTTTCTCTTGTT
GTGTGCCTCAGCTGCTTCTTTTGAGCGTTGTTCTTCCTCCACTTGTGCCAAAGCTTGCTC
CTTTGCTTTCTGTTCCTCCACCCTTTTCGCCTCAATTTCCTTTTCGTCATCTGTTATCTG
AGCTAAAGCCTTATAAAGGGCTTTAATCTTTTCTTTCTCAGCTGTAATCTCATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ70JQ U 36
AF RR1D523JQ U 1
AF RR1D523TF C 234
BS 1 154 RR1D523JQ
BS 155 155 RR1DJ70JQ
BS 156 808 RR1D523JQ
BS 809 836 RR1D523TF

RD RR1DJ70JQ 714 0 0
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GAATACTGTAAAATAAAATTCCAAGTATAAAAAGCTTTGCCGAAGAAGCTAAAGCATTTA
TTTTTCTTGTACTTGCAAAGTAAAACCTGAAGTTGTGATGCTCTCTTTGAATCCCAAAGA
GAAGCTATCTCAGTTTTCACGACGTTGCTCCAAAGATATGAATGCGCTGCTGAACCACAG
CTCTGCAGCAAGGACAGGTGACTTTGCCTCCGCCACTGTTGTTGCTCGAGAAGAAATTAT
CGCTGCAACTACCACACACTACTTGATGCACACAAGGAAGAAACACCACCGAGACTTCAT
CTTTCATACAGACTATGCATTCTCTATCACTGTTTGCTTCACTCTCATAAGACCCTTCAA
GCTTATCGAGTTCTTCAAGCAGCTTAGCGATGTTTTCTCCTTGAGATTTTGCAGGTTCCC
AAACATTGTTGGATAAGTGGCTTGAGTCGTTATCTGAAGAGGCTTTGAGCCGAGACAGCT
CTTGCTCAAGTCTTTGGTGATCGTCTTTGTGTCGTTGGAAGTCTAGTTCGATTTTTAACC
TGAGAGTCTCCAGCTTTCTCTTGTTGTGTGCCTCAGCTGCTTCTTTTGAGCGTTGTTCTT
CCTCCACTTGTGCCACAGCTTGCTCCTTTGCTTTCTGTTCCTCCACCCTTTTCG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1D523JQ 808 0 0
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GCAATTTTTTTGTACATCGTGCAAAACCTTTTTCCAAATACTGTAAAATAAAATTCCAAG
TATAAAAAGCTTTGCCGAAGAAGCTAAAGCATTT*TTTTTCTTGTACTTGCAAAGTAAAA
CCTGAAGTTGTGATGCTCTCTTTGAATCCCAAAGAGAAGCTATCTCAGTTTTCACGACGT
TGCTCCAAAGATATGAATGCGCTGCTGAACCACAGCTCTGCAGCAAGGACAGGTGACTTT
GCCTCCGCCACTGTTGTTGCTCGAGAAGAAATTATCGCTGCAACTACCACACACTACTTG
ATGCGCACAAGGAAGAAACACCACCGAGACTTCATCTTTCATACAGACTATGCATTCTCT
ATCACTGTTTGCTTCACTCTCATAAGACCCTTCAAGCTTATCGAGTTCTTCAAGCAGCTT
AGCGATGTTTTCTCCTTGAGATTTTGCAGGTTCCCAAACATTGTTGGATAAGTGGCTTGA
GTCGTTATCTGAAGAGGCTTTGAGCCGAGACAGCTCTTGCTCAAGTCTTTGGTGATCGTC
TTTGTGTCGTTGGAAGTCTAGTTCGATTTTTAACCTGAGAGTCTCCAGCTTTCTCTTGTT
GTGTGCCTCAGCTGCTTCTTTTGAGCGTTGTTCTTCCTCCACTTGTGCCAAAGCTTGCTC
CTTTGCTTTCTGTTCCTCCACCCTTTTCGCCTCAATTTCCTTTTCGTCATCTGTTATCTG
AGCTAAAGCCTTATAAAGGGCTTTAATC

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1D523TF 603 0 0
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TGACTTTGCCTCCGCCACTGTTGTTGCTCGAGAAGAAATTATCGCTGCAACTACCACACA
CTACTTGATGCGCACAAGGAAGAAACACCACCGAGACTTCATCTTTCATACAGACTATGC
ATTCTCTATCACTGTTTGCTTCACTCTCATAAGACCCTTCAAGCTTATCGAGTTCTTCAA
GCAGCTTAGCGATGTTTTCTCCTTGAGATTTTGCAGGTTCCCAAACATTGTTGGATAAGT
GGCTTGAGTCGTTATCTGAAGAGGCTTTGAGCCGAGACAGCTCTTGCTCAAGTCTTTGGT
GATCGTCTTTGTGTCGTTGGAAGTCTAGTTCGATTTTTAACCTGAGAGTCTCCAGCTTTC
TCTTGTTGTGTGCCTCAGCTGCTTCTTTTGAGCGTTGTTCTTCCTCCACTTGTGCCAAAG
CTTGCTCCTTTGCTTTCTGTTCCTCCACCCTTTTCGCCTCAATTTCCTTTTCGTCATCTG
TTATCTGAGCTAAAGCCTTATAAAGGGCTTTAATCTTTTCTTTCTCAGCTGTAATCTCAT
CCC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 3

CO CL4152Contig1 961 3 10 U
AATCTTAAAAGAGGACACAGTTACACTAACAGGTTCTCATAAAACTCCATGGATCACAAA
GCATAAAGCCAAGGTTCGACCCTACATAGATGATAGATCTCATCTTTTCAAATCATCACA
AATGTCTTAAGCTAAGAAAAAGAGAGACAACCATAACACAGAGATGGATATCCAAAGAGT
GAAGACAATCAATCACTGGCTTGGTGAACGGTCTTCGTATTGCTCCCCACGCGGTGGGCT
GCGGCTTCTGGCCTGTTCAGGTGTGTAACTCCTGCTTCTCCTGGGGCTTGGACTCCTGTT
TCCTCTCGGGCTATGGCTTATGCTTCTCCTAGGGCTCGGGCTCCTGTTTCCCCTCGGGCT
ACGGCTACGGCTTATGCTTCTTCTCGGACTACGGCTTATGCTTCTCCTTGGGCTACGGCT
TATGCTTCTTCTTGGGCTACGGCTTATGCTGCGGCTCTTACCTCTGGCTGGAGTTACACT
GCGACCCTTTGAGCCATTGTAGGCGGGTGAGCGCGAGTATGATCTCCCCCTGTCATATCG
TCCTTCCCTGGGAGAGATAGACCTTGGGTGATGTCTTCGGGGAGGAGAATAATAATCACC
ACTCCTTGAGCGTGATCTACCACGTCGACGAGGAGGAGAACGAGAATACCTAGGGGGGCT
GCGCCTCCTTACTCCACCACGCTCCCTAGCTCTCATTTCAGTAGGTTTCTTCCTGTTCTC
TTCCGCAAACACAACAGTCAACTCACGGCCATGAAGAACATAACCATCCATGTGATATTT
CGCCTCAGCAGCATCGGCAGGATCCACAAACTGAACAAAACTAAACCCTCGCGGATTTCC
AGTATAATAGTCCCTTGGTAAGTAAATGTCCTTGAGGGGGCCGAACTGCTCAAATGCCCT
CCTCAGATCATCTTGCCTGCAATCATGGCGGAGATTGCGAACCAAAAGACTGGTGGGAAG
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1D153JQ U 189
AF RR1FS79JQ U 1
AF RR1FS79TF C 260
BS 1 728 RR1FS79JQ
BS 729 729 RR1FS79TF
BS 730 804 RR1FS79JQ
BS 805 805 RR1FS79TF
BS 806 815 RR1FS79JQ
BS 816 817 RR1FS79TF
BS 818 837 RR1FS79JQ
BS 838 838 RR1FS79TF
BS 839 857 RR1FS79JQ
BS 858 961 RR1FS79TF

RD RR1D153JQ 138 0 0
TCAATCACTGGCTTGGTGAACGGTCTTCGTATTGCTCCCCACGCGGTGGGCTGCGGCTTC
TGGCCTGTTCAGGTGTGTAACTCCTGCTTCTCCTGGGGCTTGGACTCCTGTTTCCTCTCG
GGCTATGGCTTATGCTTC

QA 1 138 1 138
DS 

RD RR1FS79JQ 857 0 0
AATCTTAAAAGAGGACACAGTTACACTAACAGGTTCTCATAAAACTCCATGGATCACAAA
GCATAAAGCCAAGGTTCGACCCTACATAGATGATAGATCTCATCTTTTCAAATCATCACA
AATGTCTTAAGCTAAGAAAAAGAGAGACAACCATAACACAGAGATGGATATCCAAAGAGT
GAAGACAATCAATCACTGGCTTGGTGAACGGTCTTCGTATTGCTCCCCACGCGGTGGGCT
GCGGCTTCTGGCCTGTTCAGGTGTGTAACTCCTGCTTCTCCTGGGGCTTGGACTCCTGTT
TCCTCTCGGGCTATGGCTTATGCTTCTCCTAGGGCTCGGGCTCCTGTTTCCCCTCGGGCT
ACGGCTACGGCTTATGCTTCTTCTCGGACTACGGCTTATGCTTCTCCTTGGGCTACGGCT
TATGCTTCTTCTTGGGCTACGGCTTATGCTGCGGCTCTTACCTCTGGCTGGAGTTACACT
GCGACCCTTTGAGCCATTGTAGGCGGGTGAGCGCGAGTATGATCTCCCCCTGTCATATCG
TCCTTCCCTGGGAGAGATAGACCTTGGGTGATGTCTTCGGGGAGGAGAATAATAATCACC
ACTCCTTGAGCGTGATCTACCACGTCGACGAGGAGGAGAACGAGAATACCTAGGGGGGCT
GCGCCTCCTTACTCCACCACGCTCCCTAGCTCTCATTTCAGTAGGTTTCTTCCTGTTCTC
TTCCGCAA*CACAACAGTCAACTCACGGCCATGAAGAACATAACCATCCATGTGATATTT
CGCCTCAGCAGCATCGGCAGGATC*ACAAACTGAA**AAACTAAACCCTCGCGGATT*CC
AGTATAATAGTCCCTTG

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR1FS79TF 702 0 0
CAGGTGTGTACT
CTGCTTCTCCTGGGGCTTGGACTC*TGTTTCCTCTCGGGCTATGGCTTATGCTTCTCCTA
GGGCTCGGGCTCCTGTTTCCCCTCGGGCTACGGCTACGGCTTATGCTTCTTCTCGGACTA
CGGCTTATGCTTCTCCTTGGGCTACGGCTTATGCTTCTTCTTGGGCTACGGCTTATGCTG
CGGCTCTTACCTCTGGCTGGAGTTACACTGCGACCCTTTGAGCCATTGTAGGCGGGTGAG
CGCGAGTATGATCTCCCCCTGTCATATCGTCCTTCCCTGGGAGAGATAGACCTTGGGTGA
TGTCTTCGGGGAGGAGAATAATAATCACCACTCCTTGAGCGTGATCTACCACGTCGACGA
GGAGGAGAACGAGAATACCTAGGGGGGCTGCGCCTCCTTACTCCACCACGCTCCCTAGCT
CTCATTTCAGTAGGTTTCTTCCTGTTCTCTTCCGCAAACACAACAGTCAACTCACGGCCA
TGAAGAACATAACCATCCATGTGATATTTCGCCTCAGCAGCATCGGCAGGATCCACAAAC
TGAACAAAACTAAACCCTCGCGGATTTCCAGTATAATAGTCCCTTGGTAAGTAAATGTCC
TTGAGGGGGCCGAACTGCTCAAATGCCCTCCTCAGATCATCTTGCCTGCAATCATGGCGG
AGATTGCGAACCAAAAGACTGGTGGGAAGC

QA 13 702 13 702
DS 



AS 1 3

CO CL4153Contig1 1034 3 4 U
GGAAGAATACCTAAGCCCACTTGGCTCCAATAATTCAAAAGATCTCATTTCCTCAAACTA
ATGTCAAACAAATAAAATCTTCCCTTCTCTCTAGAACTTGAGAAACCCTGATGGAAGAAG
CTTCAATGAGATCATCTCAAGGAGTAATGGATCTTGAGGAGTGGGAGTTACTCCCCAAAA
GCTGTTTCAAGGATCTTGATCTTGATCACGACGAGGATGATCACCATGGAGCCATGATGA
TGGATTGCTTCCTCTCCCCATCTACTCAAGATCCTCTCCACAAGATAGAGTCTCCTCCAA
GCTCTAGAGTTGTCCCCACAAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCTTGGGAGCCCGTATTGG
ATCTTGATCCGGATCCAAAACAAACCCTTTTGATGGACTCTGTTCCGTCACCAAGAGTAT
CCTTCAAGAAAACGAAGGGAACTGAATTTGCCGACATGAAAGTTGACCCACCAGCGAGGA
TCACGAGTCCTGTGCCTTTGATAGATGCTGAGAAGCCCTCCGATTGTGAAGGAAACGATG
ACTTGCAAGTGAAGAAAGAAAGTGATGATGTGACTAGTGAACATGGTGGTGAGAAACTGA
ACTTCTGGAAGATTGGTCTTAATGGGATCGGAGCTGTCTGCTCTTTTGGCGTTGCAGCTG
CTGCTGCTACAGTATGTGTCATATTCCTCGGACACAACAACATCAAAGTCTGTAAGAACA
AAAACCAGAAGCTTAGGTTTCAGATTTACTCTGATGATCATAAGAGGATGAATGAAGCTG
TGAATCATGCAACAAAGGTTAATGAAGCAATCTTTGCAATGAAAGGTGTTCCTGTCGTGA
GAGCTCAGATATCTTTTGGAGGTTACTACGATGGACTTTGAATCTCAAACCGTCCATAAT
TCTCTATGAAATCAAAGGGATCAGATCAAGTCTATCCTCATACCAGCTTTCATAAGTTCA
ATAGTTTATAGCGTGCATGCATGGTCCTTGTCAATACATTTTGTAAATTTTGTTAAAATC
CGATCTCTTGATAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G263TF U 1
AF RR1BI06TF U 1
AF RR1DO66TF U 511
BS 1 735 RR1BI06TF
BS 736 736 RR1DO66TF
BS 737 771 RR1BI06TF
BS 772 1034 RR1DO66TF

RD RR1G263TF 645 0 0
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ATGTCAAACAAATAAAATCTTCCCTTCTCTCTAGAACTTGAGAAACCCTGATGGAAGAAG
CTTCAATGAGATCATCTCAAGGAGTAATGGATCTTGAGGAGTGGGAGTTACTCCCCAAAA
GCTGTTTCAAGGAT*TTGATCTTGATCACGACGAGGATGATCACCATGGAGCCATGATGA
TGGATTGCTTCCTCTCCCCATCTACTCAAGATCCTCTCCACAAGATAGAGTCTCCTCCAA
GCTCTAGAGTTGTCCCCACCAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCTTGGGAGCCCGTATTGG
ATCTTGATCCGGATCCAAAACAAACCCTTTTGATGGACTCTGTTCCGTCACCAAGAGTAT
CCTTCAAGAAAACGAAGGGAACTGAATTTGCCGACATGAAAGTTGACCCACCAGCGAGGA
TCACGAGTCCTGTGCCTTTGATAGATGCTGAGAAGCCCTCCGATTGTGAAGGAAACGATG
ACTTGCAAGTGAAGAAAGAAAGTGATGATGTGACTAGTGAACATGGTGGTGAGAAACTGA
ACTTCTGGAAGATTGGTCTTAATGGGATCGGAGCTGTCTGCTCTT

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1BI06TF 771 0 0
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ATGTCAAACAAATAAAATCTTCCCTTCTCTCTAGAACTTGAGAAACCCTGATGGAAGAAG
CTTCAATGAGATCATCTCAAGGAGTAATGGATCTTGAGGAGTGGGAGTTACTCCCCAAAA
GCTGTTTCAAGGATCTTGATCTTGATCACGACGAGGATGATCACCATGGAGCCATGATGA
TGGATTGCTTCCTCTCCCCATCTACTCAAGATCCTCTCCACAAGATAGAGTCTCCTCCAA
GCTCTAGAGTTGTCCCCACAAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCTTGGGAGCCCGTATTGG
ATCTTGATCCGGATCCAAAACAAACCCTTTTGATGGACTCTGTTCCGTCACCAAGAGTAT
CCTTCAAGAAAACGAAGGGAACTGAATTTGCCGACATGAAAGTTGACCCACCAGCGAGGA
TCACGAGTCCTGTGCCTTTGATAGATGCTGAGAAGCCCTCCGATTGTGAAGGAAACGATG
ACTTGCAAGTGAAGAAAGAAAGTGATGATGTGACTAGTGAACATGGTGGTGAGAAACTGA
ACTTCTGGAAGATTGGTCTTAATGGGATCGGAGCTGTCTGCTCTTTTGGCGTTGCAGCTG
CTGCTGCTACAGTATGTGTCATATTCCTCGGACACAACAACATCAAAGTCTGTAAGAACA
AAAACCAGAAGCTTATGTTTCAGATTTACTCTGATGATCATAAGAGGATGA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1DO66TF 524 0 0
G
GAAGCCCTCCGATTGTGAAGGAAACGATGACTTGCAAGTGAAGAAAGAAAGTGATGATGT
GACTAGTGAACATGGTGGTGAGAAACTGAACTTCTGGAAGATTGGTCTTAATGGGATCGG
AGCTGTCTGCTCTTTTGGCGTTGCAGCTGCTGCTGCTACAGTATGTGTCTTATTCCTCGG
ACACAACAACATCAAAGTCTGTAAGAACAAAAACCAGAAGCTTAGGTTTCAGATTTACTC
TGATGATCATAAGAGGATGAATGAAGCTGTGAATCATGCAACAAAGGTTAATGAAGCAAT
CTTTGCAATGAAAGGTGTTCCTGTCGTGAGAGCTCAGATATCTTTTGGAGGTTACTACGA
TGGACTTTGAATCTCAAACCGTCCATAATTCTCTATGAAATCAAAGGGATCAGATCAAGT
CTATCCTCATACCAGCTTTCATAAGTTCAATAGTTTATAGCGTGCATGCATGGTCCTTGT
CAATACATTTTGTAAATTTTGTTAAAATCCGATCTCTTGATAT

QA 2 524 2 524
DS 



AS 1 3

CO CL4154Contig1 737 3 8 U
GGCAGATCACCTGAATCTTCATGACATACACACAATGCCTTGACTTGACCCTCACCCGAT
AGTTTCAAACCTAGATTGAGAGAAGGAGAAATCGGAAGAAGGATCAAAATCATATGAATC
TTCATTCCTTCTTACAATATGTAATTTTGTGTCATCTGTACTCTCTAGATTGTATTAGGA
GTGACAAAAAAACTTATGATTAATTCTTGTATCGCCTCTAAAACTTTGATGCTGTATTAT
GATATAAACAATCTGCCCGGTGTCTGAGCTTCCTCAAGGTTTTGTGTATTTGAATTATGA
TAGGTTGCAAGAAGCAAGAGAAAACTGCGACCAGGGTGATGTCTGTTGAGTCTGGTATCC
CTGACCTACCGAGCAAGAGAATCCGCTCAAGCCTAAGCGTTGGTCAAGATTTTGGACATT
TTGTGAAATGTGCAGAGTTGTGAGTGGAGTTACTGATGAGGGATTGAGCCAATGATCTTT
GGGTGGAACAATCTTATATTCTTATGCTATATAGCGTGTGAAGTAAATTCATAAGATCAT
TCAATCTTTTCACTCAATTTTCAGAGAATGTTCGACCCAAAGATAATTGACTCAGTGAAG
TAAATTCATAAAGGAATGAACTGAGAACACTCATGGTAAAGATGACAATAGCATACATCA
ACACAACATTTTCAGAGTCTCTTTTTCCACCAAAACCTTAAGAGTTAAAGACATGATCAT
CATCTCCCAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ63TF U 1
AF RR1H013TF U 2
AF RR1H013JQ C 266
BS 1 116 RR1FQ63TF
BS 117 117 RR1H013TF
BS 118 212 RR1FQ63TF
BS 213 213 RR1H013TF
BS 214 553 RR1FQ63TF
BS 554 700 RR1H013TF
BS 701 701 RR1H013JQ
BS 702 737 RR1H013TF

RD RR1FQ63TF 553 0 0
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TTCATTCCTTCTTACAATATGTAATTTTGTGTCATCTGTACTCTCTAGATTGTATTAGGA
GTGACAAAAAAACTTATGATTAATTCTTGTATTGCCTCTAAAACTTTGATGCTGTATTAT
GATATAAACAATCTGCCCGGTGTCTGAGCTTCCTCAAGGTTTTGTGTATTTGAATTATGA
TAGGTTGCAAGAAGCAAGAGAAAACTGCGACCAGGGTGATGTCTGTTGAGTCTGGTATCC
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TTGTGAAATGTGCAGAGTTGTGAGTGGAGTTACTGATGAGGGATTGAGCCAATGATCTTT
GGGTGGAACAATCTTATATTCTTATGCTATATAGCGTGTGAAGTAAATTCATAAGATCAT
TCAATCTTTTCAC

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1H013TF 736 0 0
GG
AGATCACCTGAATCTTCATGACATACACACAATGCCTTGACTTGACCCTCACCCGATAGT
TTCAAACCTAGATTGAGAGAAGGAGAAATCGGAAGAAGGATCAAAATCATATGAATCTTC
ATTCCTTCTTACAATATGTAATTTTGTGTCATCTGTACTCTCTAGATTGTATTAGGAGTG
ACAAAAAAACTTATGATTAATTCTTGTATCGCCTCTAAA*CTTTGATGCTGTATTGTGAT
ATAAACAATCTGCCCGGTGTCTGAGCTTCCTCAAGGTTTTGTGTATTTGAATTATGATAG
GTTGCAAGAAGCAAGAGAAAACTGCGACCAGGGTGATGTCTGTTGAGTCTGGTATCCCTG
ACCTACCGAGCAAGAGAATCCGCTCAAGCCTAAGCGTTGGTCAAGATTTTGGACATTTTG
TGAAATGTGCAGAGTTGTGAGTGGAGTTACTGATGAGGGATTGAGCCAATGATCTTTGGG
TGGAACAATCTTATATTCTTATGCTATATAGCGTGTGAAGTAAATTCATAAGATCATTCA
ATCTTTTCACTCAATTTTCAGAGAATGTTCGACCCAAAGATAATTGACTCAGTGAAGTAA
ATTCATAAAGGAATGAACTGAGAACACTCATGGTAAAGATGACAATAGCATACATCAACA
CAACATTTTCAGAGTCTCTTTTTCCACCAAAACCTTA*GAGTTAAAGACATGATCATCAT
CTCCCAAAAAAAAA

QA 3 736 3 736
DS 

RD RR1H013JQ 463 0 0
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TGCGACCAGGGTGATGTCTGTTGAGTCTGGTATCCCTGACCTACCGAGCAAGAGAATCCG
CTCAAGCCTAAGCGTTGGTCAAGATTTTGGACATTTTGTGAAATGTGCAGAGTTGTGAGT
GGAGTTACTGATGAGGGATTGAGCCAATGATCTTTGGGTGGAACAATCTTATATTCTTAT
GCTATATAGCGTGTGAAGTAAATTCATAAGATCATTCAATCTTTTCACTCAATTTTCAGA
GAATGTTCGACCCAAAGATAATTGACTCAGTGAAGTAAATTCATAAAGGAATGAACTGAG
AACACTCATGGTAAAGATGACAATAGCATACATCAACACAACATTTTCAGAGTCTCTTTT
TCCACCAAAACCTTAAGAGTTAAAGACATGATCATCATCTCCC

QA 1 463 1 463
DS 



AS 1 3

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AAGCTTCCACAGCTTCTAAAGTCAAATCCGCAATCGGAGCCTTAATTACTCCTATTACAT
GTCGATTCAAACTAAGAACTTCAAACATAACTAATTTCAAAAAAAAAAAACTTCAGACAT
AACTACCGTAGTATTACACATACACGCTCGAGTCGACACACACCACAACATATACCTTTT
ACCAAACTCTGAAACTCGGACACGGCACATTATTTATTGCAGCTTTAAAGACTTAAAGAC
CCACACACGAAGAGTAATCCTCTATTCTTCTGTCAAGAGATATTCATCGATGTCTTTTAT
TATTTCAATACTAAGCTGGAGGATAGTTTCAGGGGGATCAACATCTTCGCTTACTTTCTC
GTACTCAATGTGCAAGTTCACAACACTACCAGACCCTCCATGCTTAGGGGTCACCTGGAT
TGTAGATACAAAACTCTTGTAGTCTTTCATCACATCACCTTCGATAACCCTGAACGTGAT
CAGGTTTTTCTCCGGCTCCACCGCCTCGACCCTCTCCTTGGACATTGCTGCCTCACCATC
TTGAACGTAGTTCCAGATGACCACTAAACCGACTTTGCCCCAGTCGCCTTCTTGTAGCTC
ACAACTCTTGATTTTGCCTGGAGTTGCTTTGGGCATGTCCTGTAGTCTCCCTGCGAACAT
TTGATAGAACTTTCCAGCAGAAGCTTTGAGCTCCGCATCTGCCTCAAGCTTTCCCACCAA
ACTAGTCGCTCCTGCCATGATTATTGTTTACTTTACGAAGACGTTAGGATTTTTGAAGAG
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 

AF RR1GC67JQ U 1
AF RR1F722JQ U 40
AF RR1F722TF C 40
BS 1 169 RR1GC67JQ
BS 170 170 RR1F722JQ
BS 171 339 RR1GC67JQ
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RD RR1GC67JQ 742 0 0
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AAGCTTCCACAGCTTCTAAAGTCAAATCCGCAATCGGAGCCTTAATTACTCCTATTACAT
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AACTACCGTAGTATTACACATACACGCTCGAGTCGACACACACCACAACATATACCTTTT
ACCAAACTCTGAAACTCGGACACGGCACATTATTTATTGCAGCTTTAAAGACTTAAAGAC
CCACACACGAAGAGTAATCCTCTATTCTTCTGTCAAGAGGTATTCATCGATGTCTTTTAT
TATTTCAATACTAAGCTGGAGGATAGTTTCAGGGGGATCAACATCTTCGCTTACTTTCTC
GTACTCAATGTGCAAGTTCACAACACTACCAGACCCTCCATGCTTAGGGGTCACCTGGAT
TGTAAATACAAAACTCTTGTAGTCTTTCATCACATCACCTTCTATAACCCTGAACGTGAC
CAGGTTTTTCTCCGGCTCCACCGCCTCGACCCTCTCCTTGGACATTGCTGCCTCACCATA
TTGAACGTAGTTCCAGATGACCACTAAACCGACTTTGCCCCAGTCGCCTTCTTGTAGCTC
ACAACTCTTGATTTTGCCTGGAGTTGCTTTGGGCATGTCCTGTAGTCTCCCTGCGAACAT
TTGATAGAACTTTCCAGCAGAA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1F722JQ 774 0 0
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ATGCTTAGGGGTCACCTGGATTGTAGATACAAAACTCTTGTAGTCTTTCATCACATCACC
TTCGATAACCCTGAACGTGATCAGGTTTTTCTCCGGCTCCACCGCCTCGACCCTCTCCTT
GGACATTGCTGCCTCACCATCTTGAACGTAGTTCCAGATGACCACTAAACCGACTTTGCC
CCAGTCGCCTTCTTGTAGCTCACAACTCTTGATTTTGCCTGGAGTTGCTTTGGGCATGTC
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QA 1 774 1 774
DS 

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CAAAGACTTTAGATTAACTTAAAGCTTCCACAGCTTCTAAAGTCAAATCCGCAATCGGAG
C*TTAATTACTCCTATTACATGTCGATTCAAACTAAGAACTTCAAACATAACTAATTTCA
AAAAAAAAAAACTTCAGACATAACTACCGTAGTATTACACATACACGCTCGAGTCGACAC
ACACCACAACATATACCTTTTACCAAACTCTGAAACTCGGACACGGCACATTATTTATTG
CAGCTTTAAAGACTTAAAGACCCACACACGAAGAGTAATCCTCTATTCTTCTGTCAAGAG
ATATTCATCGATGTCTTTTATTATTTCAATACTAAGCTGGAGGATAGTTTCAGGGGGATC
AACATCTTCGCTTACTTTCTCGTACTCAATGTGCAAGTTCACAACACTACCAGACCCTCC
ATGCTTAGGGGTCACCTGGATTGTAGATACAAAACTCTTGTAGTCTTTCATCACATCACC
TTCGATAACCCTGAACGTGATCAGGTTTTTCTCCGGCTCCACCGCCTCGACCCTCTCCTT
GGACATTGCTGCCTCACCATCTTGAACGTAGTTCCAGATGACCACTAAACCGACTTTGCC
CCAGTCGCCTTCTTGTAGCTCACAACTCTTGATTTTGCCTGGAGTTGCTTTGGGCATGTC
CTGTAGTCTCCCTGCGAACATTTGATAGAACTTTCCAGCAGAAGCTTTGAGCTCCGCATC
TGCCTCAAGCTTTCCCACCAAACTAGTCGCTCCTGCCATGATTATTGTTTACTTTACGAA
GACGTTAGGATTTTTGAAGAGTC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 3

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GGCACATTCAAGTCCAAACCCCAACCAAGACAGACCCAGAAACCAAAGGTTACTAAAAGT
ATAAAAAAGATTCATTGTGTCAACAAAAGGAGAACCACAAAGGTAGGTAGAGCAGCTTCC
TTTTGATATTCGTCATCATCGTATCACCCATCCCAATTTACTTTACAAAGCACCTCCACC
TGCATGGTCTCTCATGCTTCCAGGAATCTCCTTTAACTTGTGCTGGTTTTCAAGAGCTGT
TAAGGTTGATCTAAGCAGATCATCTCCTACAACCCCCCGCAGTTTCCTTATAAACTCTGC
TCGCGTCATCTTTTTTTCCCTCAGTTGTTGGTAATCAGCGATGATGAAAGGCTTGTCTTT
CTCTGGAACCTTATGTGAGATTAATGCAAACAGAGTAGGAAAAGGCATCCATGGAGATTT
GGGTTTTGTCGTGCTTAAACAGACACTGCTTGCACTCCCTGAACACCCTTCAGGTCCGTT
TGAGTCTAACTGAGGAAGAAGATCCTTGGGTCCTTCCAAAGTGACGCCTGAGTTATCATG
CTTAGCAACCAAATTACCTTCAGCATTCGTTGGATCAGACAGCTTGAACCTAACAACATA
TTCCGGGAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AK75JQ U 14
AF RR1AK75TF C 14
AF RR1AU66JQ U 1
BS 1 670 RR1AU66JQ

RD RR1AK75JQ 175 0 0
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CCAAACCCCAACCAAGACAGACCCAGAAACCAAAGGTTACTAAAAGTATAAAAAAGATTC
ATTGTGTCAACAAAAGGAGAACCACAAAGGTAGGTAGAGCAGCTTCCTTTTGAT
C

QA 1 174 1 174
DS 

RD RR1AK75TF 175 0 0
GCAGCTAATAATAGTAAATAAGTAGGATCTTTCACGACAGAATAGTCGGCACATTCAAGT
CCAAACCCCAACCAAGACAGACCCAGAAACCAAAGGTTACTAAAAGTATAAAAAAGATTC
ATTGTGTCAACAAAAGGAGAACCACAAAGGTAGGTAGAGCAGCTTCCTTTTGAT
C

QA 1 174 1 174
DS 

RD RR1AU66JQ 670 0 0
GCAACAATGTTTTGCAGCTAATAATAGTAAATAAGTAGGATCTTTCACGACAGAATAGTC
GGCACATTCAAGTCCAAACCCCAACCAAGACAGACCCAGAAACCAAAGGTTACTAAAAGT
ATAAAAAAGATTCATTGTGTCAACAAAAGGAGAACCACAAAGGTAGGTAGAGCAGCTTCC
TTTTGATATTCGTCATCATCGTATCACCCATCCCAATTTACTTTACAAAGCACCTCCACC
TGCATGGTCTCTCATGCTTCCAGGAATCTCCTTTAACTTGTGCTGGTTTTCAAGAGCTGT
TAAGGTTGATCTAAGCAGATCATCTCCTACAACCCCCCGCAGTTTCCTTATAAACTCTGC
TCGCGTCATCTTTTTTTCCCTCAGTTGTTGGTAATCAGCGATGATGAAAGGCTTGTCTTT
CTCTGGAACCTTATGTGAGATTAATGCAAACAGAGTAGGAAAAGGCATCCATGGAGATTT
GGGTTTTGTCGTGCTTAAACAGACACTGCTTGCACTCCCTGAACACCCTTCAGGTCCGTT
TGAGTCTAACTGAGGAAGAAGATCCTTGGGTCCTTCCAAAGTGACGCCTGAGTTATCATG
CTTAGCAACCAAATTACCTTCAGCATTCGTTGGATCAGACAGCTTGAACCTAACAACATA
TTCCGGGAAA

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 3

CO CL4157Contig1 969 3 8 U
GGGTGACGTGGACGCCATCATTGATTCACAAGACTGAAACTCCGTTTACCATAGAGAAGA
GAGATTGAAATTTTGAAAGGAAGTCGTCATGGATGTCTCGGGAAGCTTGACGTGCGTCGT
CGTGGCGGTAGATGGAAGCGAGGTGAGCATGGAAGCTCTGAAGTGGGCGCTAGACAACCT
CAAGCTCTCATCGTCTTCTCCCGATTCATCATCATCATTCGTCGTCCTACACGTCCAGCC
TTCGCCTTCTATCGCCGCCGGAGTCAACCCCGGCGCAATCCCCTTCGGTGGTCCCAGTGA
TGTGGAGGTTCCTGCTTTCGCAGCTGCGATCGAGCAACACCAGAAGAGGATCACGGATAC
TATACTCGAGCACGCTCGTCAAATCTATGCTGATAGATCGGTGAATGCGAAAACGCAAGT
GGTTGTTGGAGATCCCAAGGATAAGATCTGCGAGACTGTTGAGAATTTGAACGCTGATCT
ACTTGT*TTGGGTTCTCGTGCTTATGGCCCTATTAAGAGGATGTTTTTGGGAAGTGTAAG
CAACTACTGCACCAACCACGCTCAGTGTCCTGTTGTGATAATTAAACCCAAGGAGGATTC
TCCTGAATGATCAGGAGATATGTGTGCATATGCAAAGGGGATATCAAGCCCATCTTTGTA
TGTTTGTGAAGCTATGGAAGCAAAGCGAAGTATCCGAGGTGTTTTTACATGTTAAAGCAT
TGGTGTGTGAATGTAAAATTTAATATCTACAGAAACATTGGGTGCATCATCAGTCTCAGT
CTCAGAATATGTGTTGTACTCAAATACGTGTGTTGTATTCATATTGGTTGGATCATCAGT
CTCTCGGGCTCAGAATTTGTGTTGTACTCAAATATGTGCTGTACTCATATTCATCGTTTC
TATTGACATATGGTGAAAGTTAAATGATGTGAGTTGCCGTCGCATCCATCATTTTAAGGG
CTATTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CL01TF U 1
AF RR1A173TF U 27
AF RR1CL01JQ C 249
BS 1 698 RR1CL01TF
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BS 815 828 RR1A173TF
BS 829 969 RR1CL01JQ

RD RR1CL01TF 703 0 0
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GAGATTGAAATTTTGAAAGGAAGTCGTCATGGATGTCTCGGGAAGCTTGACGTGCGTCGT
CGTGGCGGTAGATGGAAGCGAGGTGAGCATGGAAGCTCTGAAGTGGGCGCTAGACAACCT
CAAGCTCTCATCGTCTTCTCCCGATTCATCATCATCATTCGTCGTCCTACACGTCCAGCC
TTCGCCTTCTATCGCCGCCGGAGTCAACCCCGGCGCAATCCCCTTCGGTGGTCCCAGTGA
TGTGGAGGTTCCTGCTTTCGCAGCTGCGATCGAGCAACACCAGAAGAGGATCACGGATAC
TATACTCGAGCACGCTCGTCAAATCTATGCTGATAGATCGGTGAATGCGAAAACGCAAGT
GGTTGTTGGAGATCCCAAGGATAAGATCTGCGAGACTGTTGAGAATTTGAACGCTGATCT
ACTTGT*TTGGGTTCTCGTGCTTATGGCCCTATTAAGAGGATGTTTTTGGGAAGTGTAAG
CAACTACTGCACCAACCACGCTCAGTGTCCTGTTGTGATAATTAAACCCAAGGAGGATTC
TCCTGAATGATCAGGAGATATGTGTGCATATGCAAAGGGGATATCAAGCCCATCTTTGTA
TGTTTGTGAAGCTATGGAAGCAAAGCGAAGTATCCGAG
TGTTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1A173TF 802 0 0
G
ACAAGACTGAAACTCCGTTTACCATAGAGAAGAGAGATTGAAATTTTGAAAGGAAGTCGT
CATGGATGTCTCGGGAAGCTTGACGTGCGTCGTCGTGGCGGTAGATGGAAGCGAGGTGAG
CATGGAAGCTCTGAAGTGGGCGCTAGACAACCTCAAGCTCTCATCGTCTTCTCCCGATTC
ATCATCATCATTCGTCGTCCTACACGTCCAGCCTTCGCCTTCTATCGCCGCCGGAGTCAA
CCCCGGCGCAATCCCCTTCGGTGGTCCCAGTGATGTGGAGGTTCCTGCTTTCGCAGCTGC
GATCGAGCAACACCAGAAGAGGATCACGGATGCTATACTCGAGCACGCTCGTCAAATCTA
TGCTGATAGATCGGTGAATGTGAAAACGCAAGTGGTTGTTGGAGATCCCAAGGATAAGAT
CTGCGAGACTGTTGAGAATTTGAACGCTGATCTACTTGTCTTGGGTTCTCGTGCTTATGG
CCCTATTAAGAGGATGTTTTTGGGAAGTGTAAGCAACTACTGCACCAACCACGCTCAGTG
TCCTGTTGTGATAATTAAACCCAAGGAGGATTCTCCTGAATGATCAGGAGATATGTGTGC
ATATGCAAAGGGGATATCAA*CCCATCTTTGTATGTTTTTGAAGCTATGGAAGCAAAGCG
AAGTATCCAAG*TGTTTTTACATGTTAAAGCATTGGTGTGTGAATGTAAAATTTAATATC
TACAGAAACATTGGGTGCATCATCAGTCTCAGTCTCAGAATATTTGTTGTACTCAAATAC
GTGTGT*GTATTCATATTGGT

QA 2 802 2 802
DS 

RD RR1CL01JQ 721 0 0
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TTCCTGCTTTCGCAGCTGCGATCGAGCAACACCAGAAGAGGATCACGGATACTATACTCG
AGCACGCTCGTCAAATCTATGCTGATAGATCGGTGAATGCGAAAACGCAAGTGGTTGTTG
GAGATCCCAAGGATAAGATCTGCGAGACTGTTGAGAATTTGAACGCTGATCTACTTGT*T
TGGGTTCTCGTGCTTATGGCCCTATTAAGAGGATGTTTTTGGGAAGTGTAAGCAACTACT
GCACCAACCACGCTCAGTGTCCTGTTGTGATAATTAAACCCAAGGAGGATTCTCCTGAAT
GATCAGGAGATATGTGTGCATATGCAAAGGGGATATCAAGCCCATCTTTGTATGTTTGTG
AAGCTATGGAAGCAAAGCGAAGTATCCGAGGTGTTTTTACATGTTAAGGCATTGGTGTGT
GAATGTAAAATTTAATATCTACAGAAACATTGGGTGCATCATCAGTCTCAGTCTCAGAAT
ATGTGTTGTACTCAAATACGTGTGTTGTATTCATATTGGTTGGATCATCAGTCTCTCGGG
CTCAGAATTTGTGTTGTACTCAAATATGTGCTGTACTCATATTCATCGTTTCTATTGACA
TATGGTGAAAGTTAAATGATGTGAGTTGCCGTCGCATCCATCATTTTAAGGGCTATTTTG
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL4158Contig1 556 2 2 U
GGCCGGCAGCATCTCGTCTCCACCACAGCCGTCACGGCCACAGACTACTCCTCCCATCAT
CCTCCCAGTTCCACAAACTAATCGCAGGGCAATTGTGGTGGGATTAGGTAGTGTACTATG
GAGTTGGAACGCTCTGAACGGTAACGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCTCCACC
ACCACCAGCCGTTGAGAAGAAGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTAAGGTATTAGC
GAGCAAGAAGCGTAAAGAGGCAATGAAGGCTTCCATGTCTAAGCTTAGAGAGAGAGGCAA
ATCTGTTGTTGATGAAGAAAAACCATCTCCATCTGCTCCTGTTGTTGTTAAAGATGAACC
AACTCCTCCTTCTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTGAACAATCTCTTTCTTCTGCTTC
TGATCAATAGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTCTATTTATCCTCTCTACCAAATT
TTATCCTATCATGTTAATTCACACTACTGTACTTCAATTTATTATTTTGGTGATTGTATG
GTATCAATCCATCAGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AX64JQ C 1
AF RR1AX64TF U 1
BS 1 1 RR1AX64JQ
BS 2 556 RR1AX64TF

RD RR1AX64JQ 556 0 0
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CCTCCCAGTTCCACAAACTAATCGCAGGGCAATTGTGGTGGGATTAGGTAGTGTACTATG
GAGTTGGAACGCTCTGAACGGTAACGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCTCCACC
ACCACCAGCCGTTGAGAAGAAGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTAAGGTATTAGC
GAGCAAGAAGCGTAAAGAGGCAATGAAGGCTTCCATGTTTAAGCTTAGAGAGAGAGGCAA
ATCTGTTGTTGATGAAGAAAAACCATCTCCATCTGCTCCTGTTGTTGTTAAAGATGAACC
AACTCCTCCTTTTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTGAACAATCTCTTTCTTCTGCTTC
TGATCAATAGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTCTATTTATCCTCTCTACCAAATT
TTATCCTATCATGTTAATTCACACTACTGTACTTCAATTTATTATTTTGGTGATTGTATG
GTATCAATCCATCAGG

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1AX64TF 556 0 0
G
GCCGGCAGCATCTCGTCTCCACCACAGCCGTCACGGCCACAGACTACTCCTCCCATCATC
CTCCCAGTTCCACAAACTAATCGCAGGGCAATTGTGGTGGGATTAGGTAGTGTACTATGG
AGTTGGAACGCTCTGAACGGTAACGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCTCCACCA
CCACCAGCCGTTGAGAAGAAGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTAAGGTATTAGCG
AGCAAGAAGCGTAAAGAGGCAATGAAGGCTTCCATGTCTAAGCTTAGAGAGAGAGGCAAA
TCTGTTGTTGATGAAGAAAAACCATCTCCATCTGCTCCTGTTGTTGTTAAAGATGAACCA
ACTCCTCCTTCTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTGAACAATCTCTTTCTTCTGCTTCT
GATCAATAGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTCTATTTATCCTCTCTACCAAATTT
TATCCTATCATGTTAATTCACACTACTGTACTTCAATTTATTATTTTGGTGATTGTATGG
TATCAATCCATCAGG

QA 2 556 2 556
DS 



AS 1 3

CO CL4159Contig1 756 3 3 U
GGACTCGGATCCTGACGAGTCGCTGCTCTCTCGAGTCTCTGAAAAATGACGGCGAGACCT
GAAGGAAGTCCCCCGGAGGTTACACTGGAAACCTCCATGGGTCCGTTCACCGTCGAGATG
TATTACAAACACTCCCCGAGAACTTGCCGTAACTTCGTGGAGCTATCACGGAGAGGTTAC
TATGACAACGTTCTCTTCCACAGAATCATCAAGGATTTCATCGTGCAAGGTGGTGATCCT
ACTGGAACTGGAAGAGGTGGCCAATCCATTTACGGTTCCAAGTTTGAGGACGAGATAAAG
CCAGAGTTGAAGCACACGGGAGCTGGGATCTTGTCAATGGCAAACGCTGGTCCTAACACA
AATGGGAGTCAGTTCTTCATCACTTTAGCTCCAGCACCCTCCTTGGATGGAAAGCATACG
ATATTTGGCAGAGTCTGCCGTGGTATGGAGGTGATCAAGAGGCTCGGTAGTGTCCAAACC
GATAACACCGACAGGCCAATCCATGAAGTGAAGATTCTGAGGACCAAAGTGATTGATTAG
AAGCAACATTAGTAAACGATGTTGACATGAAGAATTGTAACCTATTCTATACTGATCCTT
GCTACTACTATGGGGACTGGTTTTGGTCAGGTTTTTACTCTTCCTGACCAAAAAAATGTT
TCAAGGTTGATTTTTATCAGCTCACTATCTATGTTTCTGTAATACGGATCGTTTCTATCA
AAAACCATCTATCCTAATTTCTCTATACATTATGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D701TF U 1
AF RR1CU52TF U 233
AF RR1D701JQ C 67
BS 1 296 RR1D701TF
BS 297 611 RR1CU52TF
BS 612 756 RR1D701JQ

RD RR1D701TF 296 0 0
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GAAGGAAGTCCCCCGGAGGTTACACTGGAAACCTCCATGGGTCCGTTCACCGTCGAGATG
TATTACAAACACTCCCCGAGAACTTGCCGTAACTTCGTGGAGCTATCACGGAGAGGTTAC
TATGACAACGTTCTCTTCCACAGAATCATCAAGGATTTCATCGTGCAAGGTGGTGATCCT
ACTGGAACTGGAAGAGGTGGCCAATCCATTTACGGTTCCAAGTTTGAGGACGAGAT

QA 1 296 1 296
DS 

RD RR1CU52TF 379 0 0
GTGATCCTACTGGAACTAGAAGAGGTGGCCAATCCATTTACGGTTCCAAGTTTGAGGACG
AGATAAAGCCAGAGTTGAAGCACACGGGAGCTGGGATCTTGTCAATGGCAAACGCTGGTC
CTAACACAAATGGGAGTCAGTTCTTCATCACTTTAGCTCCAGCACCCTCCTTGGATGGAA
AGCATACGATATTTGGCAGAGTCTGCCGTGGTATGGAGGTGATCAAGAGGCTCGGTAGTG
TCCAAACCGATAACACCGACAGGCCAATCCATGAAGTGAAGATTCTGAGGACCAAAGTGA
TTGATTAGAAGCAACATTAGTAAACGATGTTGACATGAAGAATTGTAACCTATTCTATAC
TGATCCTTGCTACTACTAT

QA 1 379 1 379
DS 

RD RR1D701JQ 690 0 0
AGTCCCCCGGAGGTTACACTGGAAACCTCCATGGGTCCGTTCACCGTCGAGATGTATTAC
AAACACTCCCCGAGAACTTGCCGTAACTTCGTGGAGCTATCACGGAGAGGTTACTATGAC
AACGTTCTCTTCCACAGAATCATCAAGGATTTCATCGTGCAAGGTGGTGATCCTACTGGA
ACTGGAAGAGGTGGCCAATCCATTTACGGTTCCAAGTTTGAGGACGAGATAAAGCCAGAG
TTGAAGCACACGGGAGCTGGGATCTTGTCAATGGCAAACGCTGGTCCTAACACAAATGGG
AGTCAGTTCTTCATCACTTTAGCTCCAGCACCCTCCTTGGATGGAAAGCATACGATATTT
GGCAGAGTCTGCCGTGGTATGGAGGTGATCAAGAGGCTCGGTAGTGTCCAAACCGATAAC
ACCGACAGGCCAATCCATGAAGTGAAGATTTTGAGGACCAAAGTGATTGATTAGAAGCAA
CATTAGTAAACGATGTTGACATGAAGAATTGTAACCTATTCTATACTGATCCTTGCTACT
ACTATGGGGACTGGTTTTGGTCAGGTTTTTACTCTTCCTGACCAAAAAAATGTTTCAAGG
TTGATTTTTATCAGCTCACTATCTATGTTTCTGTAATACGGATCGTTTCTATCAAAAACC
ATCTATCCTAATTTCTCTATACATTATGGG

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 3

CO CL4160Contig1 805 3 4 U
GGAGAAAAGGTTTTCAGAAATTACAAGACATGTCTTAAAATCCATACATCGAATGCTTAC
TTCAAGCTGAAAAAGTACCAAGAAATGTCTTAAAATCCATCCATCTAATGCTACTTGAAG
CTAAAACAGTGCAGGTTACAGATTGCAAGATACCCTTTTAAGTTTAGAGGTATCTCATTC
TAGAGATAACAGAAAACTGAAGGCTACTTCCTAATAATCTAGTTCGTTGATCATCTACTT
CAACTACATTTTAAAAATCTTAAGATGAGAATCTATCTCCCATTTCGTTACATACTTCGT
CTAGAGTAGACAGGAAGTCTCTCACAGCCATGAAAACTCTCTGTGTGTGGCCTTCTTCCT
TGACAGATCCTCCATGGAATAGCTCTGTGACCTCTTCCAATGCAGACAGCGTTGTGCTCT
CTTGTGCTTTGATCGTCAGAATCTCCCCTGCAGCGGTTTCCAAGAACCGAGCCATCTTAG
CCTCGAACTTCAGCCACTGCTCTCCACAAGATCCACTCTCTTCGCTCAGCATCAGAAGCT
CCTTGATGTTCTTGATTCCTTGACAAAGCTTCAACACACCGCTTGTTAGAACACCATACT
CAACGTCAGCCGACTTCTTCACCGTGTCCATCTCTGAGCTCAGGTTTCTAATGCGGTCCA
AAACTTTCACAGAGCATTCTGACTTTATCATCTCCTGAACAACGAAATGCAAGACAGTGC
TTCTACCATCTAGCCCCTTGACCTCAGTGAGCTTGAGGAGCGTGTCGAACTTGAAAGCAT
GGGAGTTTGTTCCAACACTCATCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE11JQ U 32
AF RR1BU22JQ U 1
AF RR1DE11TF C 279
BS 1 349 RR1BU22JQ
BS 350 350 RR1DE11JQ
BS 351 753 RR1BU22JQ
BS 754 805 RR1DE11TF

RD RR1DE11JQ 542 0 0
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ACCCTTTTAAGTTTAGAGGTATCTCATTCTAGAGATAACAGAAAACTGAAGGCTACTTCC
TAATAATCTAGTTCGTTGATCATCTACTTCAACTACATTTTAAAAATCTTAAGATGAGAA
TCTATCTCCCATTTCGTTACATACTTCGTCTAGAGTAGACAGGAAGTCTCTCACAGCCAT
GAAAACTCTCTGTGTGTGGCCTTCTTCCTTGACAGATCCTCCATGGAATAGCTCTGTGAC
CTCTTCCAATGCAGACAGCGTTGTGCTCTCTTGTGCTTTGATCGTCAGAATCTCCCCTGC
AGCGGTTTCCAAGAACCGAGCCATCTTAGCCTCGAACTTCAGCCACTGCTCTCCACAAGA
TCCACTCTCTTCGCTCAGCATCAGAAGCTCCTTGATGTTCTTGATTCCTTGACAAAGCTT
CA

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1BU22JQ 753 0 0
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CAACTACATTTTAAAAATCTTAAGATGAGAATCTATCTCCCATTTCGTTACATACTTCGT
CTAGAGTAGACAGGAAGTCTCTCACAGCCATGAAAACTCTCTGTGTGTGACCTTCTTCCT
TGACAGATCCTCCATGGAATAGCTCTGTGACCTCTTCCAATGCAGACAGCGTTGTGCTCT
CTTGTGCTTTGATCGTCAGAATCTCCCCTGCAGCGGTTTCCAAGAACCGAGCCATCTTAG
CCTCGAACTTCAGCCACTGCTCTCCACAAGATCCACTCTCTTCGCTCAGCATCAGAAGCT
CCTTGATGTTCTTGATTCCTTGACAAAGCTTCAACACACCGCTTGTTAGAACACCATACT
CAACGTCAGCCGACTTCTTCACCGTGTCCATCTCTGAGCTCAGGTTTCTAATGCGGTCCA
AAACTTTCACAGAGCATTCTGACTTTATCATCTCCTGAACAACGAAATGCAAGACAGTGC
TTCTACCATCTAGCCCCTTGACCTCAGTGAGCT

QA 1 753 1 753
DS 

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CTCTGTGTGTGGCCTTCTTCCTTGACAGATCCTCCATGGAATAGCTCTGTGACCTCTTCC
AATGCAGACAGCGTTGTGCTCTCTTGTGCTTTGATCGTCAGAATCTCCCCTGCAGCGGTT
TCCAAGAACCGAGCCATCTTAGCCTCGAACTTCAGCCACTGCTCTCCACAAGATCCACTC
TCTTCGCTCAGCATCAGAAGCTCCTTGATGTTCTTGATTCCTTGACAAAGCTTCAACACA
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CTCAGGTTTCTAATGCGGTCCAAAACTTTCACAGAGCCTTCTGACTTTATCATCTCCTGA
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AGCGTGTCGAACTTGAAAGCATGGGAGTTTGTTCCAACACTCATCTC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

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ACCGTGAGGGATGAACTAGATTTTGAGTTCTTGGGAAACCGAAGTGGCCAACCTTACTCG
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ACCAATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A136TF U 1
AF RR1BA56TF U 1
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BS 59 59 RR1BA56TF
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BS 434 672 RR1A136TF
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ACACGTGGAGGA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1BA56TF 907 0 0
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CTCGTTCCTGGCGACTCTGCCGGTACGGTCACCGCCTTCTACATGAACTCGGATACCGAC
ACCGTGAGGGATGAACTAGATTTTGAGTTCTTGGGAAACCGAAGTGGCCAACCTTACTCG
GTGCAGACAAACATATTTGCTCATGGCAAAGGAGATAGAGAGCAAAGGGTTAATCTTTGG
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TTTTACGTGGACGATGTACCAATAAGAGAATACAAAAACAACCAAGCCAAGAACATAGCC
TACCCAACATCACAACCCATGGGAGTTTACTCAACACTATGGGAAGCCGATGATTGGGCG
ACACGTGGAGGATTAGAGAAAATTGATTGGAGCAAAGCTCCTTTTTATGCTTATTACAAA
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TGGGTTAGAGTAAACCATATGGTATATGATACTGTACCGACAGTCAAGGTATCCTGTCCC
ACCAATC

QA 1 907 1 907
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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TTCATCAAGTGTGAGCTGATTGTGAAGACAGCAGTTTTGAATGGTTATGCTCGCCTTCGT
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TCTGACCATACTTCCTCCATGAATACTCATCTGGAGGTATATCTGCAATCTTGTTACTTA
TTGCAGGTACCTTGATCGATCGTTTCACTCTAAGTTTCCTTTTCTTGGAACAATGACATT
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CACGTGACAATCCACTTAGATGAAACGAGCTCCTATCGTAATCCACCACACTAGTATCCA
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TGAAGAGGCTCTGGTGCGAGAACTTGAGTGTATCACTAGTGACATCATTACC


BQ
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AF RR1H994JQ U 1
AF RR1H994TF C 1
AF RR1F627JQ U 102
BS 1 257 RR1H994JQ
BS 258 952 RR1F627JQ

RD RR1H994JQ 259 0 0
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TTATAACTCATGTCAAAGTGGAATATACAATTACAAAACACAGCTATGAAGACCAGTTTC
TTGAATGTTCTTCAAATCCAAGAGTCGACGCAAAAAGCCCCAGACAGTGACTGACTCTAT
TTCATCAAGTGTGAGCT
CC

QA 1 257 1 257
DS 

RD RR1H994TF 259 0 0
GTAGCTAACATTGTATTGAAAGTTAGCTGAATATATTTTTGCATACATCTATAAAAGCTC
TTATAACGTCTTGTTAATGCTTGTTGGTACTGCCAGAGAAACTGAGTTCACAAAATGCTC
TTATAACTCATGTCAAAGTGGAATATACAATTACAAAACACAGCTATGAAGACCAGTTTC
TTGAATGTTCTTCAAATCCAAGAGTCGACGCAAAAAGCCCCAGACAGTGACTGACTCTAT
TTCATCAAGTGTGAGCT
CC

QA 1 257 1 257
DS 

RD RR1F627JQ 851 0 0
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AGCTATGAAGACCAGTTTCTTGAATGTTCTTCAAATCCAAGAGTCGACGCAAAAAGCCCC
AGACAGTGACTGACTCTATTTCATCAAGTGTGAGCTGATTGTGAAGACAGCAGTTTTGAA
TGGTTATGCTCGCCTTCGTAAGTCACAATTAACATCGAAGTTTCATCTACACATCGCTCC
ACATGCTTCCTTGCAGGACAGCCTCTCACACTGCTGCACTTGTAGTATCCCCGTGGATGT
GGTGAGCCCTTGATCGGTTTCTGACCATACTTCCTCCATGAATACTCATCTGGAGGTATA
TCTGCAATCTTGTTACTTATTGCAGGTACCTTGATCGATCGTTTCACTCTAAGTTTCCTT
TTCTTGGAACAATGACATTTGCTTCGACTTCCACACTTCGAACTACCGGAGCACATCTTC
TTAGATATCTGGTCAGACCCACGTGACAATCCACTTAGATGAAACGAGCTCCTATCGTAA
TCCACCACACTAGTATCCATGCTAAGAGACGATACAAATGATCTTGATCCGTTAGACACA
CTCGGAGTATAGCAACTGCTACTACCAGCTCCATCAAACTTCAGGTTTACACCGCTATTG
CTCCTAGAGTAAGCTATCTGCTGGTGGTTGTGGATTAACTGATAAGAAGGAGACCGAAAG
GCGGTGGCGGCGGCTTTAACTCCAGAAACGACTTCTCCAAACACATTTTGTGGCTAAGCA
TCAACGGAGCTGGAACATCTGAAGAGGCTCTGGTGCGAGAACTTGAGTGTATCACTAGTG
ACATCATTACC

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 3

CO CL4164Contig1 1090 3 15 U
GGGCGCTAGTTCCTAACATGGCGCCAATCCGGTCTCGACTTGTTTGTTTCTCTATCTGAC
TTTTCATCTTTTTGTACACCAACTGTTGGATGATATGTCTCAAAGAAACCTCGTCCTGAT
TCATTCGCCTCACTAGTTGCGTGCCTTCTTACCTTCATCACGATTCTTTCGATTTTGGTT
TGCTAAAGCTTATAGATAAAAATTTGATAAAATGAGTTGTACTGTTTGGTGGGAAGGAGC
TGAGAAGACAAGGGTTCTCATTGCCTCAGAAGGTTCAGGATGTGGCGGAAACAAACCTGG
AGAATTCTTAACTCTTCGCCATCCAAAATCAGAAAAGGGAACATGCTACCTTTTTACTAG
TAATGGAGTGCTTCAAGAAATTCAATGGTTTAAGCAATCATATGGTTCTTGGTTCCTGGG
AGATTACATTTCTCAAGATGGAAGCTTATATATGGCCACTCCCGTTGATCCTGTTTTCAT
CTTGTTGCCTATTTTCGACGAAGCAAGAATGAAGAAAGGTGAAGATGCTGGAAAGTTCAG
GCAACTGGATGGGATTTTGTTTGTGGAAGGATATCCTGAATATCAACATCTGTTGTCACT
TGCAGAGAAGTGTATGGAGATCGTTTGTCAAACTCAAAAGGTTGGATCTATGAATTTCTA
TCGGCTTGATAACTCGAAAGTTTTAGCTTGGTTAACTTGTAAGGTGCGCTGTCTAAAGAA
GACTCTTCCGGAACTGGACAAGAACTATGCAGCTCAAGATGAGAAACAAACATTGGTGGA
TGCAGTTTCAATTGTGGGAGAGTACCTGAAGACAGAGCCTTGGTTGAAGCTTCTCTATGA
TCATCTTGGACTGGAGTTTGTCGACCCAACGATGAAAGAAACCAATACAGAGAATCTTCC
AAATGCAAATGAGAATACGATGGAATACTCAAATTCATTACAGGAGAAAGCAACTAAGAA
GACAGGAAAACCTGGAAAGCAGACAAAGCAAGCAAAGGTAGAGACTGGATCAAAGAACAT
AAGAGATCTGTTTTCAAGGGCTTGTAAAAAAATGCTGAAATGTTTGAAACTATCCAACTA
TTTATGATTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DO13TF U 1
AF RR1DD86TF U 300
AF RR1DD86JQ C 496
BS 1 455 RR1DO13TF
BS 456 456 RR1DD86TF
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BS 552 552 RR1DD86TF
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BS 638 787 RR1DD86TF
BS 788 1090 RR1DD86JQ

RD RR1DO13TF 637 0 0
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TTTTCATCTTTTTGTACACCAACTGTTGGATGATATGTCTCAAAGAAACCTCGTCCTGAT
TCATTCGCCTCACTAGTTGCGTGCCTTCTTACCTTCATCACGATTCTTTCGATTTTGGTT
TGCTAAAGCTTATAGATAAAAATTTGATAAAATGAGTTGTACTGTTTGGTGGGAAGGAGC
TGAGAAGACAAGGGTTCTCATTGCCTCAGAAGGTTCAGGATGTGGCGGAAACAAACCTGG
AGAATTCTTAACTCTTCGCCATCCAAAATCAGAAAAGGGAACATGCTACCTTTTTACTAG
TAATGGAGTGCTTCAAGAAATTCAATGGTTTAAGCAATCATATGGTTCTTGGTTCCTGGG
AGATTACATTTCTCAAGATGGAAGCTTATATATGGTCACTCCCGTTGATCCTGTTTTCAT
CTTGTTGCCTATTTTCGACGAAGCAAGAATGGAGAAAGGTGAAGATGCTGGAAAGTTCAG
GCAACTGGATGAGATTTTGTTTGTGGAAGGATATCCTGAATATCAACATCTGTTGTCACT
TGCAGACAA*TTTATGGAGATCGTTTGTCAAACTCAA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1DD86TF 488 0 0
GAGAACTG
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GTGCTTCAAGAAATTCAATGGTTTAAGCAATCATATGGTTCTTGGTTCCTGGGAGATTAC
ATTTCTCAAGATGGAAGCTTATATATGGCCACTCCCGTTGATCCTGTTTTCATCTTGTTG
CCTATTTTCGACGAAGCAAGAATGAAGAAAGGTGAAGATGCTGGAAAGTTCAGGCAACTG
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AAGTGTATGGAGATCGTTTGTCAAACTCAAAAGGTTGGATCTATGAATTTCTATCGGCTT
GATAACTCGAAAGTTTTAGCTTGGTTAACTTGTAAGGTGCGCTGTCTAAAGAAGACTCTT
CCGGAACTGGACAAGAACTATGCAGCTCAAGATGAGAAACAAACATTGGTGGATGCAGTT

QA 9 488 9 488
DS 

RD RR1DD86JQ 595 0 0
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TTTGTTTGTGGAAGGATATCCTGAATATCAACATCTGTTGTCACTTGCAGAGAAGTGTAT
GGAGATCGTTTGTCAAACTCAAAAGGTTGGATCTATGAATTTCTATCGGCTTGATAACTC
GAAAGTTTTAGCTTGGTTAACTTGTAAGGTGCGCTGTCTAAAGAAGACTCTTCCGGAACT
GGACAAGAACTATGCAGCTCAAGATGAGAAACAAACATTGGTGGATGCAGTTTCAATTGT
GGGAGAGTACCTGAAGACAGAGCCTTGGTTGAAGCTTCTCTATGATCATCTTGGACTGGA
GTTTGTCGACCCAACGATGAAAGAAACCAATACAGAGAATCTTCCAAATGCAAATGAGAA
TACGATGGAATACTCAAATTCATTACAGGAGAAAGCAACTAAGAAGACAGGAAAACCTGG
AAAGCAGACAAAGCAAGCAAAGGTAGAGACTGGATCAAAGAACATAAGAGATCTGTTTTC
AAGGGCTTGTAAAAAAATGCTGAAATGTTTGAAACTATCCAACTATTTATGATTA

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 3

CO CL4165Contig1 727 3 2 U
GCAAATAAATCTCAGAACTCATATTCGATTCGACTCCAGGAGTAAGGGGGCAGGGTTTTA
CGATCACTCCGACAAAAATATGAAAGAAAGGAAATCTGCCAAGTTGAATCATCAAGACAA
CGATGAACAACTGATCCACCACGAAAACAGTCACCTGGGTTCCTTCAAATTCGCCAAATT
GTTCGACTCGGAAGCTTCCTGGGATAAGGATCAACTAGGAGATGTGTTGCATTGGATCAG
ACAATTTGTTGGATTGCTCTGCGGATTGATTTGGGGTGCTATACCTTTGGTTGGTGGCAT
TTGGTTACTCCTGTTTCTGGCGATCTCCTCAGGAATAGTATATGGTTACTATGCGTTGAT
TCTAAAGGTTGATGAAGAAGACTATGGGGGTCATGCAGCTCTGCTCCAAGATGGTTTATT
TGCTTCTCTAAGTGTATTCCTGCTTGCGTGGATTCTGGTGTATAGCTTGTCTAGCTTCTG
ATAGAGACACTACTGTCTTGCGCTTAAGTGTTGCTTTAGCTTCTGCTCCGAAGAAGTATA
GAAGAATGTGCCTTTGATGGTTTCTCCGATTACAGTCTTCTTTACGCTGCTCTTGATGCT
TTTTGTGTTTCTTAAGATGGCAACTAGCATTGGTAGATCTTGTGGGTTTGCTTTAGTTTT
GTCTACTATTTTCTTTTTTATTTTGTTTAAAAAACTAAGTATTTTGTGTTTATGCTACAA
AATGGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW15TF U 1
AF RR1G220TF U 25
AF RR1G220JQ C 25
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TTTTGTGTTTCTTAAGATGGCAACTAGCATTGGTAGATCTTGTGGGTTTGCTTTAGTTTT
GTCTACTATTTTCTTTTTTATTTTGTTT

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DS 

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GG
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CGATTACAGTCTTCTTTACGCTGCTCTTGATGCTTTTTGTGTTTCTTAAGATGGCAACTA
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TT
AAAAA

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DS 

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GG
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TGATTTGGGGTGCTATACCTTTGGTTGGTGGCATTTGGTTACTCCTGTTTCTGGCGATCT
CCTCAGGAATAGTATATGGTTACTATGCGTTGATTCTAAAGGTTGATGAAGAAGACTATG
GGGGTCATGCAGCTTTGCTCCAAGATGGTTTATTTGCTTCTCTAAGTGTATTCCTGCTTG
CGTGGATTCTGGTGTATAGCTTGTCTAGCTTCTGATAGAGACACTACTGTCTTGCGCTTA
AGTGTTGCTTTAGCTTCTGCTCCGAAGAAGTATAGAAGAATGTGCCTTTGATGGTTTCTC
CGATTACAGTCTTCTTTACGCTGCTCTTGATGCTTTTTGTGTTTCTTAAGATGGCAACTA
GCATTGGTAGATCTTGTGGGTTTGCTTTAGTTTTGTCTACTATTTTCTTTTTTATTTTGT
TTAAAAAACTAAGTATTTTGTGTTTATGCTACAAAATGGTA

QA 3 703 3 703
DS 



AS 1 3

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GGATGAATCGGTTTCTGATTCTCTACCTCTACGTCTTCCATCTTTACTCCGTCCAGCATT
GATTGACGGACCCGTTCGTGGTTGTGTCGCTTGAGTCCAGCCTGGACCCGTTCGTTATAC
CTCCTCCACTCCGCCTTATATATCTTACCAGAGTGTGAAACGATATCATCAAGGTTCAGT
TCATCAATGTGTGAATCTGCGTTTTATTGCGTTTTGAGATAATTGGGCGCATCACATACT
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GCGGACCTTTGATCAAGAAGCAAAGAGAATGGTGTCTCGAAAGTTTTTTGAGTCACTACG
GTTAGTTCTATTGCATTCTGAATGTTGAAGAAAAGGTAATGTTTTTTTTATTAGAATGAA
AACTATAGTAATAGATTAGAGACTTTAAAAACCAAAAGCAAATAAGAGATGTCTACTAAA
AACCCACAAAGTAGACAGTGTTAGTAGGAGGAGGATGCCTGGTTTCAAGCACAGTGATGA
TGCAACTCGGATGCTTTCTCCCTCCGTCGTCAGAGAGCCGTTGCGTCTGAACAAGCGGCC
GCCAATATGAATGGAAAAAGACAAAGCTATGGTTGCATCTGGGGATGGATTGCTGGAACT
CCGTCGCCAAAACATGAGCCCCGCATGAAGTTATGTGTTTTCTGTGTTTTCTGGCACTTC
TCTTTTTTTTTGCACAACAAACCGGCAGTTCTTTTTCTTCTTACAGTCTCATCTTTTATA
TGAGTATTTAATTTTTGAAAAGAAATAAAGATTACACATCACACAGAAATTTCGTCAGAG
TCGGTTCGTCCGAGTGATTTTATGCTGTTTAATCCACTAACGGTTTGTGACTGCTATTTG
TATTCAATATTAAAAGTACCAGATTATATT


BQ
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AF RR1DU79TF U 1
AF RR1GT62TF U 332
AF RR1GT62JQ C 578
BS 1 595 RR1DU79TF
BS 596 971 RR1GT62TF
BS 972 1230 RR1GT62JQ

RD RR1DU79TF 595 0 0
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TCATCAATGTGTGAATCTGCGTTTTATTGCGTTTTGAGATAATTGGGCGCATCACATACT
ACTAAGTGTATATAAATCGATAGATTGAAGGAAAAAGCGAGTGTGTAATCACATCCCTCA
AATCCGAGAATGAAGAACTGGAAGCATGACTCAGCAAGGAGAATATATAAACTCTGCAAA
TGAAGGAAGAGTTAACAGAGACCGATACGCAAAACACAAAGACCATGAACTTCAGTCTGT
GCGGAATCAACTTGCAGCGGAACTGTCGAGATGTTTCAAACTAGAGGTTGAGGTTGCAGA
GGTAAGACAAAAGCTTCAGACAATGGAAACACTTGAAAAGGAACTGGAAATCCTCCTCCA
AAAGATGGAGACGAAGAAGATGACTTCTAGAGGAGGAAGAACTCTATAAGGCAGT

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1GT62TF 641 0 0
G
AGCAAGGAGAATATATAAACTCTGCAAATGAAGGAAGAGTTAACAGAGACCGATACGCAA
AACACAAAGACCATGAACTTCAGTCTGTGCGGAATCAACTTGCAGCGGAACTGTCGAGAT
GTTTCAAACTAGAGGTTGAGGTTGCAGAGGTAAGACAAAAGCTTCAGACAATGGAAACAC
TTGAAAAGGAACTGGAAATCCTCCTCCAAAAGATGGAGACGAAGAAGATGACTTCTAGAG
GAGGAAGAACTCTATAAGGCAGTCTAAGGCGGACCTTTGATCAAGAAGCAAAGAGAATGG
TGTCTCGAAAGTTTTTTGAGTCACTACGGTTAGTTCTATTGCATTCTGAATGTTGAAGAA
AAGGTAATGTTTTTTTTATTAGAATGAAAACTATAGTAATAGATTAGAGACTTTAAAAAC
CAAAAGCAAATAAGAGATGTCTACTAAAAACCCACAAAGTAGACAGTGTTAGTAGGAGGA
GGATGCCTGGTTTCAAGCACAGTGATGATGCAACTCGGATGCTTTCTCCCTCCGTCGTCA
GAGAGCCGTTGCGTCTGAACAAGCGGCCGCCAATATGAATGGAAAAAGACAAAGCTATGG
TTGCATCTGGGGATGGATTGCTGGAACTCCGTCGCCAAA
C

QA 2 640 2 640
DS 

RD RR1GT62JQ 653 0 0
AGAACTCTATAAGGCAGTCTAAGGCGGACCTTTGATCAAGAAGCAAAGAGAATGGTGTCT
CGAAAGTTTTTTGAGTCACTACGGTTAGTTCTATTGCATTCTGAATGTTGAAGAAAAGGT
AATGTTTTTTTTATTAGAATGAAAACTATAGTAATAGATTAGAGACTTTAAAAACCAAAA
GCAAATAAGAGATGTCTACTAAAAACCCACAAAGTAGACAGTGTTAGTAGGAGGAGGATG
CCTGGTTTCAAGCACAGTGATGATGCAACTCGGATGCTTTCTCCCTCCGTCGTCAGAGAG
CCGTTGCGTCTGAACAAGCGGCCGCCAATATGAATGGAAAAAGACAAAGCTATGGTTGCA
TCTGGGGATGGATTGCTGGAACTCCGTCGCCAAAACATGAGCCCCGCATGAAGTTATGTG
TTTTCTGTGTTTTCTGGCACTTCTCTTTTTTTTTGCACAACAAACCGGCAGTTCTTTTTC
TTCTTACAGTCTCATCTTTTATATGAGTATTTAATTTTTGAAAAGAAATAAAGATTACAC
ATCACACAGAAATTTCGTCAGAGTCGGTTCGTCCGAGTGATTTTATGCTGTTTAATCCAC
TAACGGTTTGTGACTGCTATTTGTATTCAATATTAAAAGTACCAGATTATATT

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 3

CO CL4167Contig1 921 3 2 U
TTTTTTTCTAGTCGTTACAAAACTCCATAAGTTCCAGCGGTATTTCTCAATTCTGTTCCA
TTTGGATCTCTTTCTTATAAAAAAAAATTCCAATTGAATCTAGTCTCCGTTCATACGGAT
TTCATACATTCCATATATCTTGGAGTTAGATAAAATTTCGTGTGATTCAGTAAACAGAAT
AGAAATTCCATTATTGCTAGATCGAATTCTATCGATATGATTCGGTGAAGAATGAGAGAT
GGGATGGGATTTTTTCAATAAACGGATAAATGATAAATTCAAAAAAGATGCTCGGGGATG
GAAAAGAGGGAACATCTACAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTTGAAGGGTTTTATC
GGTTTATTGATCAGGGTTTAATCGAAGAACTTTCGCAATTTCCAAAAATTGAAGATATAG
ATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTAGAACCTCTGATAA
AAGAACGAGATGCTGTCTATGAATTACTTACATATTCTTCTGAATTATATGTATCCGCGG
GATTAATTTGGAAAACCAATAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTTATTGGAAACATTC
CTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTTTATAGTAAACGGAATATACCGAGTTGTGATCAATC
AAATATTACAAAGTCCTGGTATCTATTACCAGTCAGAATTGGATCATAACGGGATTTCGG
TCTATACTGGCACCATAATATCAGATTGGGGGGGCAGGCTAGAATTAGAGATTGATAAAA
AAGCAAGAATATGGGCTCGTGTGAGTAGGAAACAGAAAATATCTATTCTAGTTCTACTAT
CAGCTATGGGTTTGAATCTAAGAGAAATTCTAGAGAATGTTTGCTACCCTGAAATTTTCT
TATCTTTCTTAACCGATAAGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E406TF U 1
AF RR1EP95TF U 1
AF RR1E406JQ C 114
BS 1 678 RR1E406TF
BS 679 921 RR1E406JQ

RD RR1E406TF 678 0 0
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TTTGGATCTCTTTCTTATAAAAAAAAATTCCAATTGAATCTAGTCTCCGTTCATACGGAT
TTCATACATTCCATATATCTTGGAGTTAGATAAAATTTCGTGTGATTCAGTAAACAGAAT
AGAAATTCCATTATTGCTAGATCGAATTCTATCGATATGATTCGGTGAAGAATGAGAGAT
GGGATGGGATTTTTTCAATAAACGGATAAATGATAAATTCAAAAAAGATGCTCGGGGATG
GAAAAGAGGGAACATCTACAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTTGAAGGGTTTTATC
GGTTTATTGATCAGGGTTTAATCGAAGAACTTTCGCAATTTCCAAAAATTGAAGATATAG
ATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTAGAACCTCTGATAA
AAGAACGAGATGCTGTCTATGAATTACTTACATATTCTTCTGAATTATATGTATCCGCGG
GATTAATTTGGAAAACCAATAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTTATTGGAAACATTC
CTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTTTATAGTAAACGGAATATACCGAGTTGTGATCAATC
AAATATTACAAAGTCCTG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1EP95TF 683 0 0
TTTTTTTCTAGTCGTTACAAAACTCCATAAGTTCCAGCGGTATTTCTCAATTCTGTTCCA
TTTGGATCTCTTTCTTATAAAAAAAAATTCCAATTGAATCTAGTCTCCGTTCATACGGAT
TTCATACATTCCATATATCTTGGAGTTAGATAAAATTTCATGTGATTCAGTAAACAGAAT
AGAAATTCCATTATTGCTAGATCGAATTCTATCGATAAGATTCGGTGAAGAATGAGAGAT
GGGATGGGATTTTTTCAATAAACGGATAAATGATAAATTCAAAAAAGATGCTCGGGGATG
GAAAAGAGGGAACATCTACAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTTGAAGGGTTTTATC
GGTTTATTGATCAGGGTTTAATCGAAGAACTTTCGCAATTTCCAAAAATTGAAGATATAG
ATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTAGAACCTCTGATAA
AAGAACGAGATGCTGTCTATGAATTACTTACATATTCTTCTGAATTATATGTATCCGCGG
GATTAATTTGGAAA*CCAATAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTTATTGGAAACATTC
CTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTCTATAGTAAACGGAATATACCGAGTTGTGATCAATC
AAATATTACAAAGTCCTG
GTATC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1E406JQ 808 0 0
TACGGATTTCATACATTCCATATATCTTGGAGTTAGATAAAATTTCGTGTGATTCAGTAA
ACAGAATAGAAATTCCATTATTGCTAGATCGAATTCTATCGATATGATTCGGTGAAGAAT
GAGAGATGGGATGGGATTTTTTCAATAAACGGATAAATGATAAATTCAAAAAAGATGCTC
GGGGATGGAAAAGAGGGAACATCTACAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTTGAAGGG
TTTTATCGGTTTATTGATCAGGGTTTAATCGAAGAACTTTCGCAATTTCCAAAAATTGAA
GATATAGATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTAGAACCT
CTGATAAAAGAACGAGATGCTGTCTATGAATTACTTACATATTCTTCTGAATTATATGTA
TCCGCGGGATTAATTTGGAAAACCAATAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTTATTGGA
AACATTCCTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTTTATAGTAAACGGAATATACCGAGTTGTG
ATCAATCAAATATTACAAAGTCCTGGTATCTATTACCAGTCAGAATTGGATCATAACGGG
ATTTCGGTCTATACTGGCACCATAATATCAGATTGGGGGGGCAGGCTAGAATTAGAGATT
GATAAAAAAGCAAGAATATGGGCTCGTGTGAGTAGGAAACAGAAAATATCTATTCTAGTT
CTACTATCAGCTATGGGTTTGAATCTAAGAGAAATTCTAGAGAATGTTTGCTACCCTGAA
ATTTTCTTATCTTTCTTAACCGATAAGG

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 3

CO CL4168Contig1 1239 3 9 U
GAGACACGAGCTGGCTAGAGACCTGACAAGAGAAACTGCGTGGGAATCCGTTATGCGAAT
AAGATGTGGAAAAGGAATTCGATTCTCGTCCTACCATGGGAATTTCATGCTAAGGTCTAC
TGACCTGCTTGCTCTTCCTGCTGTCGACTGTGACAAAGCATATGCAATGCAGCTAACACT
GGAAGAGATATTGCTTACAACTCCGACGGTGTATTTCCAAGTCGCTTTACTATACACTGC
TTCTTGCGGAGAGAGGCGTATAAGGGTACACACAGCTGCTGCACCAGTGGTTACAGATCT
TGGAGAGATGTATAGACAAGCAGACACCGGTTCCATTGTCTCTGTATATTCTTGATTAGC
AATTGAGAAAACCTTATCCTCAAAATTGGACGATGCACGGAATGTCATACAGCAAAAGAT
TGTTAAAGCTCTCAGAGAATATCGTAATCTTCACGCGGTGCAGCATCGGTTGGGGTCTAG
ATTAATATACCCGGAGTCTCTGAAGTTATTGCCACTGTACGGATTGGCAATTTGTAAGTC
CACTCCTCTTCAAAGTGGACCTGCTGACGCTTCACTTGACGAGCGCTGTGCGGCAGGCTT
CACCATGATGGCTCTGCCTGTCAAAAAGCTATTAAAGCTGTTATATCCCAGTTTATTCCG
TGTT*GATGAGTGGCTCTTAAAGCCATCAGCAGACATTGATGACCTTAAAGACGTACTAA
GGAGATTGCCTCTGGCTGCAGAGAGTTTGGATTCTAGAGGCCTTTACATATATGATGATG
GTTTTCGATTGGTTTTGTGGTTTGGCCGTATGCTTTCACCTGACATTGCTAAAAATATTC
TTGGGGCTGACTTTGCAGCAGAGCTCTCAAGGGTTACACTGGAAGAGCAAGAGAATGGGA
TGTCGAAGAAGCTAATGAGGCTGATAAAGAAAGTGAGGGAGAATGATCCGTCATATCATC
CCATGTGTTTCCTAGTGAGGCAAGGAGAACAACCCCGAGAAGGCTTCCTTCTCCTCCGAC
ATCTCATTGAAGACCAGATGGGCGGTTCGACTAGTTATGTTGACTGGATTCTGCAACTTC
ACCGCCAGATCCAACAAAATGCATAATAGTTCACAATGGTTAGAAACCTTTATTCCATTC
CATGTCATAGCAATACATGCTGTACTTAAGAGTCTCAAGGTCACATGTTCAACGCTTCCT
TATTTTTTCCAGACAACTTGGGTGACAAATGCGCCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW45TF U 1
AF RR1EY84TF U 454
AF RR1FE84TF U 454
BS 1 664 RR1AW45TF
BS 665 665 RR1EY84TF
BS 666 695 RR1AW45TF
BS 696 696 RR1EY84TF
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RD RR1AW45TF 755 0 0
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CACTCCTCTTCAAAGTGGACCTGCTGACGCTTCACTTGACGAGCGCTGTGCGGCAGGCTT
CACCATGATGGCTCTGCCTGTCAAAAAGCTATTAAAGCTGTTATATCCCAGTTTATTCCG
TGTTTGATGAGTGGCTCTTAAAGCCATCAGCAGACGTTGATGACCTTAAAGACGTACTAA
AGAGATTGCCTCTGGCTGCAGAGAGTTTGGATTCT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1EY84TF 715 0 0
G
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AAGCTGTTATATCCCAGTTTATTCCGTGTT*GATGAGTGGCTCTTAAAGCCATCAGCAGA
CATTGATGACCTTAAAGACGTACTAAGGAGATTGCCTCTGGCTGCAGAGAGTTTGGATTC
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AATGGTTAGAAACCTTTATTCCATTCCATGTCATAGCAATACATGCTGTACTTA

QA 2 715 2 715
DS 

RD RR1FE84TF 786 0 0
G
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CTGTACGGATTGGCAATTTGTAAGTCCACTCCTCTTCAAAGTGGACCTGCTGACGCTTCA
CTTGACGAGCGCTGTGCGGCAGGCTTCACCATGATGGCTCTGCCTGTCAAAAAGCTATTA
AAGCTGTTATATCCCAGTTTATTCCGTGTT*GATGAGTGGCTCTTAAAGCCATCAGCAGA
CATTGATGACCTTAAAGACGTACTAAGGAGATTGCCTCTGGCTGCAGAGAGTTTGGATTC
TAGAGGCCTTTACATATATGATGATGGTTTTCGATTGGTTTTGTGGTTTGGCCGTATGCT
TTCACCTGACATTGCTAAAAATATTCTTGGGGCTGACTTTGCAGCAGAGCTCTCAAGGGT
TACACTGGAAGAGCAAGAGAATGGGATGTCGAAGAAGCTAATGAGGCTGATAAAGAAAGT
GAGGGAGAATGATCCGTCATATCATCCCATGTGTTTCCTAGTGAGGCAAGGAGAACAACC
CCGAGAAGGCTTCCTTCTCCTCCGACATCTCATTGAAGACCAGATGGGCGGTTCGACTAG
TTATGTTGACTGGATTCTGCAACTTCACCGCCAGATCCAACAAAATGCATAATAGTTCAC
AATGGTTAGAAACCTTTATTCCATTCCATGTCATAGCAATACATGCTGTACTTAAGAGTC
TCAAGGTCACATGTTCAACGCTTCCTTATTTTTTCCAGACAACTTGGGTGACAAATGCGC
CTCTC

QA 2 786 2 786
DS 



AS 1 3

CO CL4169Contig1 1069 3 7 U
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ACCGGCTTCGATGGCTCTGTCAGCATCGGGGTCGGTCTCTTCTTCTTTCCTTCTCTTCTA
TTCTATCTTTGTTTATGCAATTTTGCTTCGGTTTATGCTCTTGGTGGTTTGAACGGTAGA
TTTGAAGCATCTCAGATATCAGCGAGGTGCATGGTTTCAGATCTGACCGCTCTTTCCCTC
TGTTTGAAACCGGAGATCCGGATCTACTTGATTGACGGTGGGATTTGCTCCCTTCTCTTG
GTATCGTTAAGCGCGGATGAAGGTTTTTGTGACGAGTCGGTATTAGCTTGAAGTCGTGGG
ATTGATGCTTATGTTCGGTTCTTGCTGTCATGGTTTCTTTGTCTCAACCTAAGCTCGTTA
TTTGGGTTCATCTTTGTGATTTGTATTCACTATGGAGGTATGTACTAGATCTTTCCTTGA
TCCTCTGTGGATATGGGATATGGTTTCTAAACGAAGCAGCTGACTTGTTCTTCAGTTATT
CTCTTGCGAGGAGGTGGACAGTCTTTGTTCTATAGGTCACTTGGCTATTTTACGAGTGTC
CGCGTGTAAAAACTAGTAGCCTTTTTTGACGTTTTCTTAAGTGGCGTTTTAAGTTCTTTG
ATCCTTGTACCTTAGGTTTAGTGAGGGATTTTGGTCATGCAAGTTTCGGATGGATAGTAG
CTGCTGGAGTTGATGTAGATTTGACTTTGCGATTGTTTCTTATGTTGCTGTACTAGTTTG
GCTTGGTGATGTTCCCTTCAGGGTTGGGATCGCTCAAGACTTTTATTTCTTAGTTCAGCT
TCAATGTTACCGTGTTCTATGGAAAGGTGGTGAATAATTATTTGATTATCAGTCTCAGTT
CTAGTTCTGTTGTCTCTCTCTATATTATTACTTGTCTAAATCTATCGGTTGTTTTGGTTA
GTATCATGTCTCTCTCTTTAGGACTATTGTCTCCGGGAATTTATTCATGTTCTGCTGGCT
TGTGTTATTCCCCTTGTATTTTTCAGTCAATGAAATAAATTTTCGAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN21TF U 1
AF RR1D623TF U 324
AF RR1DN21JQ C 328
BS 1 575 RR1DN21TF
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RD RR1DN21TF 612 0 0
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TTCTATCTTTGTTTATGCAATTTTGCTTCGGTTTATGCTCTTGGTGGTTTGAACGGTAGA
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TGTTTGAAACCGGAGATCCGGATCTACTTGATTGACGGTGGGATTTGCTCCCTTCTCTTG
GTATCGTTAAGCGCGGATGAAGGTTTTTGTGACGAGTCGGTATTAGCTTGAAGTCGTGGG
ATTGATGCTTATGTTCGGTTCTTGCTGTCATGGTTTCTTTGTCTCAACCTAAGCTCGTTA
TTTGGGTTCATCTTTGTGATTTGTATTCACTATGGAGGTATGTACTAGATCTTTCCTTGA
TCCTCTGTGGATATGGGATATGGTTTCTAAACGAAGCAGCTGACTTGTTCTTCAGTTATT
CTCTTGCGAGGAGGTGGACAGTCTTTGTTCTATAG*TCACTTGGCTATTTTACGAGTGTC
CGCGTGTAAAAA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1D623TF 663 0 0
TTTT
TGTGACGAGTCGGTATTAGCTTGAAGTCGTGGGATTGATGCTAATGTTCGGTTCTTGCTG
TCATGGTTTCTTTGTCTCAACCTAAGCTCGTTATTTGGGTTCATCTTTGTGATTTGTATT
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ATTTTGGTCATGCAAGTTTCGGATGGATAGTAGCTGCTGGAGTTGATGTAGATTTGACTT
TGCGATTGTTTCTTATGTTGCTGTACTAGTTTGGCTTGGTGATGTTCCCTTCAGGGTTGG
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TGGTGAATAATTATTTGATTATCAGTCTCAGTTCTAGTTCTGTTGTCTCTCTCTATATTA
TTACTTGTCTAAATCTATCGGTTGTTTTGGTTAGTATCATGTCTCTCTCTTTAG
ACTAT

QA 5 658 5 658
DS 

RD RR1DN21JQ 742 0 0
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TCATGGTTTCTTTGTCTCAACCTAAGCTCGTTATTTGGGTTCATCTTTGTGATTTGTATT
CACTATGGAGGTATGTACTAGATCTTTCCTTGATCCTCTGTGGATATGGGATATGGTTTC
TAAACGAAGCAGCTGACTTGTTCTTCAGTTATTCTCTTGCGAGGAGGTGGACAGTCTTTG
TTCTATAGGTCACTTGGCTATTTTACGAGTGTCCGCGTGTAAAAACTAGTAGCCTTTTTT
GACGTTTTCTTAAGTGGCGTTTTAAGTTCTTTGATCCTTGTACCTTAGGTTTAGTGAGGG
ATTTTGGTCATGCAAGTTTCGGATGGATAGTAGCTGCTGGAGTTGATGTAGATTTGACTT
TGCGATTGTTTCTTATGTTGCTGTACTAGTTTGGCTTGGTGATGTTCCCTTCAGGGTTGG
GATCGCTCAAGACTTTTATTTCTTAGTTCAGCTTCAATGTTACCGTGTTCTATGGAAAGG
TGGTGAATAATTATTTGATTATCAGTCTCAGTTCTAGTTCTGTTGTCTCTCTCTATATTA
TTACTTGTCTAAATCTATCGGTTGTTTTGGTTAGTATCATGTCTCTCTCTTTAGGACTAT
TGTCTCCGGGAATTTATTCATGTTCTGCTGGCTTGTGTTATTCCCCTTGTATTTTTCAGT
CAATGAAATAAATTTTCGAGTT

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 3

CO CL4170Contig1 828 3 12 U
GGGGATTCTGAATAGAGTAGCATTCTTCTCCAAATCACTCTCTCTCACTCCTCCCCAAAT
CTTCCATCGCTCCGCCGCCGCCGCAGCTTACCGAGCGATTCACTGCATGGCAAAGGACTC
CCCACTCTCTCAACCGGATCGAAGCGGAGATGGTTCCGTCTCCGTTCCCCCTGCTTCTTC
CGCTTCCTCCGCCATAGATTTTCTCTCCCTCTGCTCTCGCCTCAAGACAACTCCAAGAGC
AGGATGGGTTAAAAGAGAAGTGAAGAATCCAGAATCAATAGCGGATCACATGTATCGGAT
GGGTCTTATGGCCTTAGTTTCTTCTGATATTCCCGGTGTTAACAGAGACAAATGTATGAA
AATGGCAATTGTTCATGACATTGCAGAAGCCATTGTAGGGGATATCACACCTACTTGCGG
TGTCTCTAAAGAAGAGAAAAACCGTAGAGAAACTGAAGCGCTTCAACACATGTGCGAACT
CTTGGGTGGAGGAGAAAGAGCTGAAGAAATCGCTGATCTGTGGAGAGAATATGAAGCTAA
CGAATCACCTGAAGCCAAAGTTGTTAAAGATTTCGATAAGCTTGAGATGATTCTACAAGC
TTTGGAATATGAACAAGAGCAAGGTAAAGATTTAGATGAGTTTTTCCAATCCACTGCAGG
GAAGTTTCAGACTGATATAGGCAAAGCTTGGGCGTTGGAGATTGCTTCAAGAAGACCAAA
GCGACAGTAGTCAGTTCTCCCTTGAGCTAAATACACTCTTTGCGCTCAACTTTAATCATT
TTCAAGACTTATTGTGGATCTAGAACTTAAGGGTAACTCTTGTAGCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FL47TF U 8
AF RR1H622TF U 1
AF RR1FL47JQ C 148
BS 1 475 RR1H622TF
BS 476 476 RR1FL47TF
BS 477 680 RR1H622TF
BS 681 681 RR1FL47JQ
BS 682 709 RR1H622TF
BS 710 712 RR1FL47JQ
BS 713 750 RR1H622TF
BS 751 751 RR1FL47JQ
BS 752 768 RR1H622TF
BS 769 769 RR1FL47JQ
BS 770 781 RR1H622TF
BS 782 828 RR1FL47JQ

RD RR1FL47TF 669 0 0
GG
GAATAGAGTAGCATTCTTCTCCAAATCACTCTCTCTCACTCCTCCCCAAATCTTCCATCG
CTCCGCCGCCGCCGCAGCTTACCGAGCGATTCACTGCATGGCAAAGGACTCCCCACTCTC
TCAACCGGATCGAAGCGGAGATGGTTCCGTCTCCGTTCCCCCTGCTTCTTCCGCTTCCTC
CGCCATAGATTTTCTCTCCCTCTGCTCTCGCCTCAAGACAACTCCAAGAGCAGGATGGGT
TAAAAGAGAAGTGAAGAATCCAGAATCAATAGCGGATCACATGTATCGGATGGGTCTTAT
GGCCTTAGTTTCTTCTGATATTCCCGGTGTTAACAGAGACAAATGTATGAAAATGGCAAT
TGTTCATGACATTGCAGAAGCCATTGTAGGGGATATCACACCTACTTGCGGTGTCTCTAA
AGAAGAGAAAAACCGTAGAGAAACTGAAGCGCTTCAACACATGTGCGAACTCTTGGGTGG
AGGAGAAAGAGCTGAAGAAATCGCTGATCTGTGGAGAGAATATGAAGCTAACGAATCACC
TGAAGCCAAAGTTGTTAAAGATTTCGATAAGCTTGAGATGATTCTACAAGCTTTGGAATA
TGAACAAGAGCAAGGTAAAGATTTAGATGAGTTTTTCCAATCCACTGCAGGGAAGTTTCA
GACTGAT

QA 3 669 3 669
DS 

RD RR1H622TF 785 0 0
GGGGATTCTGAATAGAGTAGCATTCTTCTCCAAATCACTCTCTCTCACTCCTCCCCAAAT
CTTCCATCGCTCCGCCGCCGCCGCAGCTTACCGAGCGATTCACTGCATGGCAAAGGACTC
CCCACTCTCTCAACCGGATCGAAGCGGAGATGGTTCCGTCTCCGTTCCCCCTGCTTCTTC
CGCTTCCTCCGCCATAGATTTTCTCTCCCTCTGCTCTCGCCTCAAGACAACTCCAAGAGC
AGGATGGGTTAAAAGAGAAGTGAAGAATCCAGAATCAATAGCGGATCACATGTATCGGAT
GGGTCTTATGGCCTTAGTTTCTTCTGATATTCCCGGTGTTAACAGAGACAAATGTATGAA
AATGGCAATTGTTCATGACATTGCAGAAGCCATTGTAGGGGATATCACACCTACTTGCGG
TGTCTCTAAAGAAGAGAAAAACCGTAGAGAAACTGAAGCGCTTCAACACATGTGCAAACT
CTTGGGTGGAGGAGAAAGAGCTGAAGAAATCGCTGATCTGTGGAGAGAATATGAAGCTAA
CGAATCACCTGAAGCCAAAGTTGTTAAAGATTTCGATAAGCTTGAGATGATTCTACAAGC
TTTGGAATATGAACAAGAGCAAGGTAAAGATTTAGATGAGTTTTTCCAATCCACTGCAGG
GAAGTTTCAGACTGATATAG*CAAAGCTTGGGCGTTGGAGATTGCTTCA**GAGACCAAA
GCGACAGTAGTCAGTTCTCCCTTGAGCTAA*TACACTCTTTGCGCTCA*CTTTAATCATT
T
CAGA

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1FL47JQ 681 0 0
AGATGGTTCCGTCTCCGTTCCCCCTGCTTCTTCCGCTTCCTCCGCCATAGATTTTCTCTC
CCTCTGCTCTCGCCTCAAGACAACTCCAAGAGCAGGATGGGTTAAAAGAGAAGTGAAGAA
TCCAGAATCAATAGCGGATCACATGTATCGGATGGGTCTTATGGCCTTAGTTTCTTTTGA
TATTCCCGGTGTTAACAGAGACAAATGTATGAAAATGGCAATTGTTCATGACATTGCAGA
AGCCATTGTAGGGGATATCACACCTACTTGCGGTGTCTCTAAAGAAGAGAAAAACCGTAG
AGAAACTGAAGCGCTTCAACACATGTGCGAACTCTTGGGTGGAGGAGAAAGAGCTGAAGA
AATCGCTGATCTGTGGAGAGAATATGAAGCTAACGAATCACCTGAAGCCAAAGTTGTTAA
AGATTTCGATAAGCTTGAGATGATTTTACAAGCTTTGGAATATGAACAAGAGCAAGGTAA
AGATTTAGATGAGTTTTTCCAATCCACTGCAGGGAAGTTTCAGACTGATATAGGCAAAGC
TTGGGCGTTGGAGATTGCTTCAAGAAGACCAAAGCGACAGTAGTCAGTTCTCCCTTGAGC
TAAATACACTCTTTGCGCTCAACTTTAATCATTTTCAAGACTTATTGTGGATCTAGAACT
TAAGGGTAACTCTTGTAGCTA

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 3

CO CL4171Contig1 448 3 3 U
GGATGGGTGATCATAGCAGCTCACAAGCATCTTACATCCATTTGGTGCATCATTTGATAG
AAGAATGTATAGTCTTCAACATGGGCAAAGAAGAGTGTATGGATGCTCTGTTCAAGCATG
CTAATATCAACCCTATCATCACTTCCACGGTGTGGAAGGAGCTAGAGAAAGAGAACAAAG
AGTTCTTCGAGGCATACGAGAGAAGAAGAGAAGAAATACTGACCGAGAAAGAGACCGCTC
GAAGAATCCGAGATTTGCTTTCACGAACTACAATCTAAGATCACAACACCTACTTACTTA
TGCATACACATATATTCATGTGTGTATGTGTGTATGAATAAACCGAATTCTATAATATAG
TCAATATGGAAGTGATGATTATGTACTGTAATTTCCAGTAAGGAATGAATAATCTCATTA
ATGGGGAAAATGACTTTTTTTTGTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
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AF RR1CU21JQ C 47
AF RR1HB71TF U 1
AF RR1CU21TF U 47
BS 1 219 RR1HB71TF
BS 220 220 RR1CU21TF
BS 221 448 RR1HB71TF

RD RR1CU21JQ 373 0 0
GG
ATCATTTGATAGAAGAATGTATAGTCTTCAACATGGGCAAAGAAGAGTGTATGGATGCTC
TGTTCAAGCATGCTAATATCAACCCTATCATCACTTCCACGGTGTGGAAGGAGCTAGAGA
AAGAGAACAAAGAGTTCTTCGAGGCATACGAGAGAAGAAGAGAAGAAATACTGACCGAGA
AAGAGACCGCTCGAAGAATCCGAGATTTGCTTTCACGAACTACAATCTAAGATCACAACA
CCTACTTACTTATGCATACACATATATTCATGTGTGTATGTGTGTATGAATAAACCGAAT
TCTATAATATAGTCAATATGGAAGTGATGATTATGTACTGTAATTTCCAGTAAGGAATGA
ATAATCTCATT

QA 3 373 3 373
DS 

RD RR1HB71TF 448 0 0
GGATGGGTGATCATAGCAGCTCACAAGCATCTTACATCCATTTGGTGCATCATTTGATAG
AAGAATGTATAGTCTTCAACATGGGCAAAGAAGAGTGTATGGATGCTCTGTTCAAGCATG
CTAATATCAACCCTATCATCACTTCCACGGTGTGGAAGGAGCTAGAGAAAGAGAACAAAG
AGTTCTTCGAGGCATACGAGAGAAGAAGAGAAGAAATACCGACCGAGAAAGAGACCGCTC
GAAGAATCCGAGATTTGCTTTCACGAACTACAATCTAAGATCACAACACCTACTTACTTA
TGCATACACATATATTCATGTGTGTATGTGTGTATGAATAAACCGAATTCTATAATATAG
TCAATATGGAAGTGATGATTATGTACTGTAATTTCCAGTAAGGAATGAATAATCTCATTA
ATGGGGAAAATGACTTTTTTTTGTTGCT

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR1CU21TF 401 0 0
GG
ATCATTTGATAGAAGAATGTATAGTCTTCAACATGGGCAAAGAAGAGTGTATGGATGCTC
TGTTCAAGCATGCTAATATCAACCCTATCATCACTTCCACGGTGTGGAAGGAGCTAGAGA
AAGAGAACAAAGAGTTCTTCGAGGCATACGAGAGAAGAAGAGAAGAAATACTGACCGAGA
AAGAGACCGCTCGAAGAATCCGAGATTTGCTTTCACGAACTACAATCTAAGATCACAACA
CCTACTTACTTATGCATACACATATATTCATGTGTGTATGTGTGTATGAATAAACCGAAT
TCTATAATATAGTCAATATGGAAGTGATGATTATGTACTGTAATTTCCAGTAAGGAATGA
ATAATCTCATTAATGGGGAAAATGACTTTTTTTTGTTGC

QA 3 401 3 401
DS 



AS 1 3

CO CL4172Contig1 650 3 2 U
GGGGATGATCGGAGATACCGGACTCATGTCCCAACCGATGAATCCAGGTTCCACTCAGTT
GCATATGTTCAACAGATATGGTGGTTTGAAGTAGGAGGAGAGTTTGAGATCCAGTTCCCA
TCTGGAACATACAGTCTCTTCTTCCGTATCCAGCTCGGCAAAACATCAAAGAGACTCGGA
AGGAGAATGTGCAACTCCGAGCACGTTCACGGATGGGACATAAAGCCCGTTAGGTTCCAG
CTGGCAACTTCAGACAACCAACAAGCTGTTTCGCTGCGTTATCTGAACAACAACCCTGGA
CACTGGAGTCACTATCACGTCGGGGATTTCAAAGTGGTGAATCCAAATATATCGACAGGA
GTCAAGTTCTCGATGACTCAGATTGATTGCACTCACACAAAAGGTGGCCTGTGCATAGAC
TCTGTTCTTATAGTACCTAAAGAAAATGCAAGGAAGGTCGTTGAATCAGAATAGTTATTT
TATTTTATTTTTTTGTAGATATTGAGTGAGATTGTTGTAAATGGTGAGAAGAATCTTTTT
TTTTTCCTTGATCTGGAACTTGTTGTACACATGGTTGGGTTGTCTCTGGTTTTGTCTGTA
GTTACAGTGATTGTAAGAGACTAAAGGTATTGAACTTGAACATAAAAAAA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1DP83TF U 1
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AF RR1FH61TF U 1
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AT

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DS 

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GTTACAGTGATTGTAAGAGACTAAAGGTATTGAACTTGAACATAAAAAAA

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DS 



AS 1 3

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ACTTTGACAACAACTTGGTTGGAACTATCAATCTTTACGAGACCATGGCCAAGCACAACT
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GTATGGAAGACTTTGAGTTGAAGGCTATGAACCCTTATGGTCGTACTAAGCTCTTTCTTG
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TATGGAGTGGACGAGATGTGCAGAGACCAGTGGAATTGGGCAAACAACAATCCATGGGGT
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CTTCTATGAATAACACAGAAGATTTATTTCTAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CN66TF U 1
AF RR1FA57TF U 1
AF RR1CN66JQ C 578
BS 1 153 RR1CN66TF
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RD RR1CN66TF 706 0 0
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QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1FA57TF 707 0 0
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CCGTCGATAGGGTTAGGGAGCTCGTTGGTCCTCATCTCTCCAAGAAGCTCGACTTTACTC
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CTGTGATCCATTTCGCGGGTCTTAAAGCTGTGGGTGAGAGTGTTGCCAACCCTCGCCGCT
ACTTTGACAACAACTTGGTTGGAACTATCAATCTTTACGAGACCATGGCCAAGCACAACT
GCAAAAACATGGTGTTCTCATCATCTGCAACTGTGTATGGACAACCTGAGAAGATTCCAT
GTATGGAAGACTTTGAGTTGGAGGCTATGAACCCTTATGGTCGTACTAAGCTCTTTCTTG
AAGAGATAGCTAGAGATATCCAGGCGGCTGAACCAGAGTGGAGAATTGTGCTGCTGAG*T
ACTTCAATCCCGTGGGAGCGCACGAGAGTGGCAGAATTGGAGAGGA
T

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1CN66JQ 716 0 0
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TGGAGAGGATCCAAAGGGTATCCCCAATAACCTCATGCCTTACATACAGCAAGTAGCTGT
CGGACGTCTACCTGAACTCAACGTCTATGGATGACTATCCTACAGAGGATGGTAGTGCGG
TGAGGGACTACATCCATGTGATGGATTTGGCAGATGGACATATCGCTGCGCTAAGGAAGC
TATTTGATGATCCAAAGATTGGCTCTACTGCTTACAATCTATGGACTGGACGAGGAACGT
CTGTGTTAGAAATGGTTACTGCTTTTGAGAAAGCTTCTGGCAAGAAAATACCAATCAAGC
TTTGTCCGAGAAGGCCAGGAGATGCAACGGCAGTTTATGCTTCGACAGGGAGAGCTGAGA
AAGAACTTGGCTGGAAGGCAAAGTATGGAGTGGACGAGATGTGCAGAGACCAGTGGAATT
GGGCAAACAACAATCCATGGGGTTACCAGAAGAAGCATTGACTTTTCACTCTTTCTCTGA
TTCACTCAATATACAAAGAAAAGTGTTACATACACACATCATATAGTTTGCTTTGCTTCC
CATGTAACGAACGGGTCTTGTTACTTCTATGAATAACACAGAAGATTTATTTCTAT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 3

CO CL4174Contig1 1162 3 14 U
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ATATAATATTGTATCATTCTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E329TF U 1
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AF RR1H470TF U 718
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DS 

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T

QA 1 652 1 652
DS 

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G
TACCCTTATGTAGTTTACTATTGCCATGGTCACAAAAGTGGAGCCAGAGTCTTTGAGATT
AGTCTGGTCACAGATGATGGGAGACAATGGGTAGTGGGACCTGCTGTCTGTCATATGAAC
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TGATATAATATTGTATCATTCTGT

QA 2 445 2 445
DS 



AS 1 3

CO CL4175Contig1 750 3 17 U
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CGAACAGAGATTCAACGTCCCTTCACTTCCATTTGCCATAAAGACCAGAGAAATGGAAAC
CAACAAGCACTTCTATAGTTCTAATGATATGTCTTAGATGATGACAAAGGAATTCTGAAG
TAGCGGCTTGACAAGTCATTATGAATATGCAAACCAAACAAGACACATGGTAATGGAATC
CGTTTTGCATGCAATATACTTTTGATAGATAATCTAGGCATTGGCACAACTCAAAAGCAA
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TATAAAAATCTCTATTGATGCCTATGCAGTGCTAAAAGGACCATCCACATTTCCATATAG
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GAACTATAGGTTACTTTGTTGGTTTCTCATGATCTCATCTGGTGACAACTTAGCTTCCGT
CCACCTTGCTTCACGACCAAACTTCGACTT


BQ
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AF RR1BJ03JQ U 64
AF RR1BJ03TF C 64
AF RR1BW89JQ U 1
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BS 93 93 RR1BJ03JQ
BS 94 138 RR1BW89JQ
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BS 229 229 RR1BW89JQ
BS 230 230 RR1BJ03JQ
BS 231 276 RR1BW89JQ
BS 277 277 RR1BJ03JQ
BS 278 461 RR1BW89JQ
BS 462 462 RR1BJ03JQ
BS 463 470 RR1BW89JQ
BS 471 471 RR1BJ03JQ
BS 472 526 RR1BW89JQ
BS 527 527 RR1BJ03JQ
BS 528 750 RR1BW89JQ

RD RR1BJ03JQ 643 0 0
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ATTACAGACGCATAAGAAAATGTGTAGCATCAGAAAGACAGCGAAGTCCCAGTCCCACGA
ACAGAGATTCAACGTCCCTTCACTTCCATTTGCCATAAAGACCAGAGAAATGGAAACCAA
CAAGCACTTCTATAGTTCTAATGATATGTCTTAGATGATGACAAAGGAATTCTGAAGTAG
CGGCTTGACAAGTCATTATGAATATGCAAACCAAACAAGACACATGGTAATGGAATCCGT
TTTGCATGCAATATACTTTTGATAGATAATCTAGGCATTGGCACAACTCAAAAGCAATCA
ACAGATTCAACATTACTAATTTCCAACTAGCAAAGGAATACAATCTCCAAAACATCGTAT
AAAAATCTCTATTGATGCCTATGCAGTGCTAAAAGGACCATCCACATTTCCATATAGTTT
AACGAAATAAAGGCGTTACTCAATCTAAACTTACCAGTTCAAGCACCTGCAACATTGAAA
ACGAGCCACTTCAGAATCCCTAGGTCCTAACACATTGAATTTTTCTAAGACAAATCAGAA
CTATAGGTTACTTTGTTGGTTTCTCATGATCTCATCTG
ATGCC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1BJ03TF 643 0 0
CCCTTTATAAAAGTTTTCTGGCGCTTGATTCGAAGTTAACAACAAAGTTTTATCTAAACT
ATTACAGACGCATAAGAAAATGTGTAGCATCAGAAAGACAGCGAAGTCCCAGTCCCACGA
ACAGAGATTCAACGTCCCTTCACTTCCATTTGCCATAAAGACCAGAGAAATGGAAACCAA
CAAGCACTTCTATAGTTCTAATGATATGTCTTAGATGATGACAAAGGAATTCTGAAGTAG
CGGCTTGACAAGTCATTATGAATATGCAAACCAAACAAGACACATGGTAATGGAATCCGT
TTTGCATGCAATATACTTTTGATAGATAATCTAGGCATTGGCACAACTCAAAAGCAATCA
ACAGATTCAACATTACTAATTTCCAACTAGCAAAGGAATACAATCTCCAAAACATCGTAT
AAAAATCTCTATTGATGCCTATGCAGTGCTAAAAGGACCATCCACATTTCCATATAGTTT
AACGAAATAAAGGCGTTACTCAATCTAAACTTACCAGTTCAAGCACCTGCAACATTGAAA
ACGAGCCACTTCAGAATCCCTAGGTCCTAACACATTGAATTTTTCTAAGACAAATCAGAA
CTATAGGTTACTTTGTTGGTTTCTCATGATCTCATCTG
ATGCC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1BW89JQ 750 0 0
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ATTCCCTTTATAAAAGTTTTCTGGCGCTTGATCCGAAGTTAACAACAAAGTTTTATCTAA
ACTATTACAGACGCATAAAAAAATGTGTAGCATCAGAAAGACAGCGAAGTCCCAGTCCCA
CGAACAGAGATTCAACGTCCCTTCACTTCCATTTGCCATAAAGACCAAAAAAATGGAAAC
CAACAAGCACTTCTATAGTTCTAATGATATGTCTTAAATGATGACAAAGGAATTCTGAAG
TAGCGGCTTGACAAGTCATTATGAATATGCAAACCAAACAAGACACATGGTAATGGAATC
CGTTTTGCATGCAATATACTTTTGATAGATAATCTAGGCATTGGCACAACTCAAAAGCAA
TCAACAGATTCAACATTACTAATTTCCAACTAGCAAAGGAACACAATCTCAAAAACATCG
TATAAAAATCTCTATTGATGCCTATGCAGTGCTAAAAGGACCATCCGCATTTCCATATAG
TTTAACGAAATAAAGGCGTTACTCAATCTAAACTTACCAGTTCAAGCACCTGCAACATTG
AAAACGAGCCACTTCAGAATCCCTAGGTCCTAACACATTGAATTTTTCTAAGACAAATCA
GAACTATAGGTTACTTTGTTGGTTTCTCATGATCTCATCTGGTGACAACTTAGCTTCCGT
CCACCTTGCTTCACGACCAAACTTCGACTT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 3

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TCTCCAGTGTAGCGGGATCGCCAAAGACTAGCCGGCCTAGACCGACCTCCTCACTCTCCG
ATGACTTCCACGGCAAAAGAAGATCGAACATACGTCTCGACTTAGAGGCTGGCGGTGATG
GAGACTGATTTGTCGTTTTGTGGCTAATCAGAGGATGCGAAAGTATGAGCATTGCAGCTG
ATGGCGCCATTGATGAGGGCTCAGAAAATCTTTGAACTATAAAGAATTGGTGATTGTTTT
TGATCTGTGGATTATGGGGAATGCATGTGTGCGTCAATATATAATCAATAATTGTTGGGA
ACAGATAGACATAAAAATGGTGGAGGAGAGTAGTTTTCTGTGGGAGCCGCTGAATTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H321JQ U 281
AF RR1AJ08JQ U 1
AF RR1AJ08TF C 1
BS 1 538 RR1AJ08JQ

RD RR1H321JQ 152 0 0
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AAAGAATTGGTGATTGTTTTTGATCTGTGG
CC

QA 1 150 1 150
DS 

RD RR1AJ08JQ 538 0 0
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QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1AJ08TF 538 0 0
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TCTCCAGTGTAGCGGGATCGCCAAAGACTAGCCGGCCTAGACCGACCTCCTCACTCTCCG
ATGACTTCCACGGCAAAAGAAGATCGAACATACGTCTCGACTTAGAGGCTGGCGGTGATG
GAGACTGATTTGTCGTTTTGTGGCTAATCAGAGGATGCGAAAGTATGAGCATTGCAGCTG
ATGGCGCCATTGATGAGGGCTCAGAAAATCTTTGAACTATAAAGAATTGGTGATTGTTTT
TGATCTGTGGATTATGGGGAATGCATGTGTGCGTCAATATATAATCAATAATTGTTGGGA
ACAGATAGACATAAAAATGGTGGAGGAGAGTAGTTTTCTGTGGGAGCCGCTGAATTCC

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 3

CO CL4177Contig1 916 3 8 U
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AAACGCGGTGTGGGGTAACGACTTCCTTTTGGCTGTCGCTGGTTCTTCTTTTGTTGGATA
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TTATATTCGGAAATGTGTGTTTTACGTCACGAGAAGTTTTTGCATTTGATTAGAACAAAC
AAATTTAAAACTGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ09TF U 19
AF RR1AI58TF U 1
AF RR1AI58JQ C 103
BS 1 639 RR1AI58TF
BS 640 640 RR1FQ09TF
BS 641 808 RR1AI58TF
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BS 860 916 RR1AI58JQ

RD RR1FQ09TF 732 0 0
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AGCTCCATCTCCTGGATTCACGCTTGGACCGTATCGCATGGGATAATCACTCAGGTGAGG
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GCGGAGATTGCGCCGTCGCACTGTCCATCAGTGTGGGAAAGTCAGTTCTCGGGTCGGGCT
GGAAAATCCGTACCGGGTCTGGTTCTGGCGATTTGAGGATTTGGTTGGTATGTTGGTTAA
GTAACAGTCACGTCAGGGAATAATAATAACTAAATAAAGGCTGCTTACGTGTTGTTTTCT
GGTTGGTTTGTTGTTTATGGG*TTGAAGGATTTGTGTGGTTGAAACGCGGTGTGGGGTAA
CGACTTCCTTTTGGCTGTCGCTGGTTCTTCTTTTGTTGGATATTTGTGCTTAATCGTGAG
TTTTGTGTTTTA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1AI58TF 859 0 0
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CAAGAACTGGATACTCTGGCGGATTCAGAGACCAAGAACCGAGACGTGGTTCTGAAACTG
TATGACGCCCTGAGATCTCAAGACGTCGACTCAGTGCACCGGATCCTAACCCCTGATCTC
GACTACTGGTTTCACGGCCCACCGCCTCACCAGTTCTTGATGCGCACACTCACCGGAGTC
TCTCCACCGTTTGATTTCTTGCCTCTCTCCGTCGTCTCATTCGGATCCACCGTCATCGCC
GAGGGCTGCGACGTTGCTAGCTCCATCTCCTGGATTCACGCTTGGACCGTATCGCATGGG
ATAATCACTCAGGTGAGGGAGTACTCCAACACTTCTCTGACGGTTACATGGGTCGGTGAC
GTTGTTGCTGGACGGTCTGCGGAGATTGCGCCGTCGCACTGTCCATCAGTGTGGGAAAGT
CAGTTCTCGGGTCGGGCTGGAAAATCCGTACCGGGTCTGGTTCTGG*GATTTGAGGATTT
GGTTGGTATGTTGGTTAAGTAACAGTCACGTCAGGGAATAATAATAACTAAATAAAGGCT
GCTTACGTGTTGTTTTCTGGTTGGTTTGTTGTTTATGGGGTTGAAGGATTTGTGTGGTTG
AAACGCGGTGTGGGGTAACGACTTCCTTTTGGCTGTCGCTGGTTCTTCTTTTGTTGGATA
TTTGTGCTTAATCGTGAGTTTTGTGTTTTAGTGGGTCAAGCATGGGGAAACTCAACTTGA
CTTGTGCGGTTGTGTCGGATGGTCATGT*ATAATTGAAATAAAA*TGTGCTGTTGGGATA
TTATATTCGGAAATGTGTG

QA 1 859 1 859
DS 

RD RR1AI58JQ 814 0 0
GACGTGGTTCTGAAACTGTATGACGCCCTGAGATCTCAAGACGTCGACTCAGTGCACCGG
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CGCACACTCACCGGAGTCTCTCCACCGTTTGATTTCTTGCCTCTCTCCGTCGTCTCATTC
GGATCCACCGTCATCGCCGAGGGCTGCGACGTTGCTAGCTCCATCTCCTGGATTCACGCT
TGGACCGTATCGCATGGGATAATCACTCAGGTGAGGGAGTACTCCAACACTTCTCTGACG
GTTACATGGGTCGGTGACGTTGTTGCTGGACGGTCTGCGGAGATTGCGCCGTCGCACTGT
CCATCAGTGTGGGAAAGTCAGTTCTCGGGTCGGGCTGGAAAATCCGTACCGGGTCTGGTT
CTGG*GATTTGAGGATTTGGTTGGTATGTTGGTTAAGTAACAGTCACGTCAGGGAATAAT
AATAACTAAATAAAGGCTGCTTACGTGTTGTTTTCTGGTTGGTTTGTTGTTTATGGG*TT
GAAGGATTTGTGTGGTTGAAACGCGGTGTGGGGTAACGACTTCCTTTTGGCTGTCGCTGG
TTCTTCTTTTGTTGGATATTTGTGCTTAATCGTGAGTTTTGTGTTTTAGTGGGTCAAGCA
TGGGGAAACTCAACTTGACTTGTGCGGTTGTGTCGGATGGTCATGTTATAATTGAAATAA
AAATGTGCTGTTGGGATATTATATTCGGAAATGTGTGTTTTACGTCACGAGAAGTTTTTG
CATTTGATTAGAACAAACAAATTTAAAACTGCAC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 3

CO CL4178Contig1 1169 3 5 U
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TCAAATGGTTACGAAGGTCATCACCATGAGTACCAGAACAGATGGGCTGAGACAGAGGAG
ACTCATGGTATCGAGCTCTTTGAGTGTCGAAATGAAAATGATCAGGACGAAGATAAGAGC
TCTGGTAATGTTGATATAACCATTAAAGGTAAGAGAAGAGATGACGGTGGCTTGTTCTTG
CGTCTTAGGATCACTGACAAAGAAGGTCGTGTCCGAAACATTTACTTCCCGTTTGACATA
GAGACAGACACAGCACTGAGCGTTGCAACAGAGATGGTAGTTGAGCTGACATGGACGATC
ATGGAGTCACAAAGATAGCCAACATGATAGACGGTGAGATATCTAGGCTTGTGCCTAGTT
GGAGACCAGGTCCTGAGTTTGAAGAATCTCTTGCGGCTGCTGCTGCAGCGGCTGCAAATG
CAAACATCTGCAGCAACTGCGTGTCGAACCGTACCTCAATGGGGTCCGTGATGGATTTCT
TGAGGACAAACCCTGGAGCAAACGTTGCACAATGTTGCAGAAACGGGTGCGGTGAGACTC
ATGGTAGGTTTGAGGAGATTACAATAAGAGAAACCGAGGTTCGTCTTAGAGAGATATGGA
GGCTGCAGCAACAGCAGGAAAGCAGAGAGCTTAGCTCGATAGATTCAGGGCAAAACCATT
CAGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAGTATATGAAAACCCTGAAATCACGTTTCCGTGTGAAG
CAAGTAACACGCTTAACCATTTAACTGGCTCTGGATCGTTCTCGTTTTTGCCTTCTTTAT
ACTGCGATGATGAGGTAGCTGAGAAGACTGAACATCAGGTTCAGCAAGAGTTAAGATGGC
TTAAAGCCAAGTGCCAAATCGAGGTCAGAGATGAGCAGTTAAAATCTAGTTGGCGGCCGG
GACAAAACCACTCGGAAGATGAGGTGAAAGAGAAGATGTGTGGGGAGAGATTGCTACCAA
AATGTCTTAAAAGGCCAACTTCTCTTCATGTTGATGACATTGAATCTTGATTACGTTGTG
TTTTTTGTCTATGTATACATATTGTTTCGTGTTACAAGACTGTTACAGGGTAACCAGATG
AGCATACTTAAGAGAGAGCCTCGTTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF07TF U 1
AF RR1DL84TF U 584
AF RR1DL84JQ C 584
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RD RR1EF07TF 675 0 0
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TCTGGTAATGTTGATATAACCATTAAAGGTAAGAGAAGAGATGACGGTGGCTTGTTCTTG
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GGCTGCAGCAACAGC

QA 1 675 1 675
DS 

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CGTTGTGTTTTTTGTCTATGTATACATATTGTTTCGTGTTACAAGACTGTTA

QA 11 542 11 542
DS 

RD RR1DL84JQ 586 0 0
GGGGTGTGGG
GAGACTCATGGTAGGTTTGAGGAGATTACAATAAGAGAAACCGAGGTTCGTCTTAGAGAG
ATATGGAGGCTGCAGCAACAGCAGGAAAGCAGAGAGCTTAGCTCGATAGATTCAGGGCAA
AACCATTCAGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAGTATATGAAAACCCTGAAATCACGTTTCCG
TGTGAAGCAAGTAACACGCTTAACCATTTAACTGGCTCTGGATCGTTCTCGTTTTTGCCT
TCTTTATACTGCGATGATGAGGTAGCTGAGAAGACTGAACATCAGGTTCAGCAAGAGTTA
AGATGGCTTAAAGCCAAGTGCCAAATCGAGGTCAGAGATGAGCAGTTAAAATCTAGTTGG
CGGCCGGGACAAAACCACTCGGAAGATGAGGTGAAAGAGAAGATGTGTGGGGAGAGATTG
CTACCAAAATGTCTTAAAAGGCCAACTTCTCTTCATGTTGATGACATTGAATCTTGATTA
CGTTGTGTTTTTTGTCTATGTATACATATTGTTTCGTGTTACAAGACTGTTACAGGGTAA
CCAGATGAGCATACTTAAGAGAGAGCCTCGTTAATT

QA 11 586 11 586
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AGAGAAAACAACACTTTGTGTTAGTTCACAACGCTTATCATGGAGCTTGGATCTGGTACA
AGCTCAAACCCCTCCTTGAATCCGCCGGTCACCGCGTCACTGCCGTCGAACTCGCCGCCT
CCGGGATCGATCCACGACCAATCCAAGCCGTTGAATCTTTGGAGGAATACTCCCAACCGT
TGATCGAAACCCTCGAATCTCTCCCTGAGAACGAAGAGGTGATTCTCGTTGGGTTAAGCT
TCGGAGGCATCAATATTGCGTACGCCGCCGATAAGTTCCCGGCGAAAATTAAGGTTCTTG
TGTTTGTCAACGCTTTCTTGCCCGACACAACTCACGTGCCCTCTCACGTGCTCGATAAGT
ATATGGAAATGCCTGGTGATTTTGAAGATTGTGAGTTGTCGTCTCATGAAACAAAAAATG
GAACAATGAGTTTGTTGAAGATGGGACCTAAGTTCATGAAGAACCGTCTTTACCAAGAGT
GTCCTGTCCAGGATTACGAGCTGGCTAAAATGTTGCATAGACAAGGCTCATTTTTCAAAG
AAGATTTAGCAAAGAAAGAAAAGTTTAGCGAGGAAAGGTATGGCTCGGTCCGACGAGTTT
ACATAATGGGTAGTGAAGACAAAACTATTCCGTGCGATTTTATTCGCTGGATGATTGATA
ATTTCAACGTCTCAAAGTGTACGAGATCGACGTGGAGATCACATGGTGATGCTCTCAAAC
CCACAACTCTTTGAGTGTCTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH82TF U 1
AF RR1FN78TF U 23
BS 1 149 RR1EH82TF
BS 150 150 RR1FN78TF
BS 151 398 RR1EH82TF
BS 399 399 RR1FN78TF
BS 400 583 RR1EH82TF
BS 584 584 RR1FN78TF
BS 585 683 RR1EH82TF
BS 684 684 RR1FN78TF
BS 685 775 RR1EH82TF
BS 776 804 RR1FN78TF

RD RR1EH82TF 775 0 0
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AGAGAAAACAACACTTTGTGTTAGTTCACAACGCTTATCATGGAGCTTGGATCTGGTACA
AGCTCAAACCCCTCCTTGAATCCGCCGGTTACCGCGTCACTGCCGTCGAACTCGCCGCCT
CCGGGATCGATCCACGACCAATCCAAGCCGTTGAATCTTTGGAGGAATACTCCCAACCGT
TGATCGAAACCCTCGAATCTCTCCCTGAGAACGAAGAGGTGATTCTCGTTGGGTTAAGCT
TCGGAGGCATCAATATTGCGTACGCCGCCGATAAGTTCCCGGCGAAAATTAAGGTTCTTG
TGTTTGTCAACGCTTTCTTGCCCGACACAACTCACGTGTCCTCTCACGTGCTCGATAAGT
ATATGGAAATGCCTGGTGATTTTGAAGATTGTGAGTTGTCGTCTCATGAAACAAAAAATG
GAACAATGAGTTTGTTGAAGATGGGACCTAAGTTCATGAAGAACCGTCTTTACCAAGAGT
GTCCTGTCCAGGATTACGAGCTGGCTAAAATGTTGCATAGACACGGCTCATTTTTCAAAG
AAGATTTAGCAAAGAAAGAAAAGTTTAGCGAGGAAAGGTATGGCTCGGTCCGACGAGTTT
ACATAATGGGTAGTGAAGACAAAGCTATTCCGTGCGATTTTATTCGCTGGATGATTGATA
ATTTCAACGTCTCAAAGTGTACGAGATCGACGTGGAGATCACATGGTGATGCTCT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1FN78TF 782 0 0
GGGA
CACACAAACAAGAATCGTCGATCCAGGGTTATGGAGAGAAAACAACACTTTGTGTTAGTT
CACAACGCTTATCATGGAGCTTGGATCTGGTACAAGCTCAAACCCCTCCTTGAATCCGCC
GGTCACCGCGTCACTGCCGTCGAACTCGCCGCCTCCGGGATCGATCCACGACCAATCCAA
GCCGTTGAATCTTTGGAGGAATACTCCCAACCGTTGATCGAAACCCTCGAATCTCTCCCT
GAGAACGAAGAGGTGATTCTCGTTGGGTTAAGCTTCGGAGGCATCAATATTGCGTACGCC
GCCGATAAGTTCCCGGCGAAAATTAAGGTTCTTGTGTTTGTCAACGCTTTCTTGCCCGAC
ACAACTCACGTGCCCTCTCACGTGCTCGATAAGTATATGGAAATGCCTGGTGATTTTGAA
GATTGTGAGTTGTCGTCTCATGAAACAAAAAATGGAACAATGAGTTTGTTGAAGATGGGA
CCTAAGTTCATGAAGAACCGTCTTTACCAAGAGTGTCCTGTCCAGGATTACGAGCTGGCT
AAAATGTTGCATAGACAAGGCTCATTTTTCAAAGAAGATTTAGCAAAGAAAGAAAAGTTT
AGCGAGGAAGGGTATGGCTCGGTCCGACGAGTTTACATAATGGGTAGTGAAGACAAAACT
ATTCCGTGCGATTTTATTCGCTGGATGATTGATAATTTCA*CGTCTCAAAGTGTACGAGA
TCGACGTGGAGATCACATGGTGATGCTCTCAAACCCACAACTCTTTGAGTGTCTCTCT

QA 5 782 5 782
DS 



AS 1 2

CO CL4181Contig1 760 2 2 U
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TGGGTCCAGCAAATCAAACTTTCCAAAGAACACCTTTGTTTCTGACGCATGTGAGGATGC
ATCTGAGGACTTAGAAGTAAAGAACACAAGGAAAGAGAGTGACAATCGTCCTACTACTTC
GGGGGTTAAGCGCCACCGAGAAGAACATGCTAGGGATACAAATGCATCTTCTGCAGGTGG
CAAAGGGACGAAGCAGAAGAAGAGCAAAACTAGTGAAGCAACAGATAAACCAGCTACCAA
GAAAAAACCTTTCCTTTCTGGCGAGATGATTGGAAAGAATCGGCACTCAAATAAATTTAG
ATTTTGAAGGGCTGGAGCCGCTCCTTGGGATTCTTCGGAAACTGTCTTTTTCACCTCGTA
GAGAATCCTCCTTCATCTCCTTGTTTATGTTCAAATCTCTTACAGTTTTACTTGAAGCTA
CATCCATGGAAGCTGGCACCATCTGACGACTCTCTACGTGATTCTTGCTGCTATACAAAA
CTAGAAGTAGCAGAATCAGAGCTGCTGAAATCGAAACAGGTGTATGGGATCTCTTCATTG
TGAATTCTCTTTTTGATCTGTTTTTTTTTATCTTGGAGCTGTTAGAGGCTCTTCAGTTCC
TTGAGACTGCAACTGAGAAAACTGTTTTTGAGTTTAAAAGAAGGGAGAGACTGAAACACT
TGTAGGTTATATTATTGTTCTAAGTTGCTTTTTTGGATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BM36TF U 1
AF RR1BM36JQ C 1
BS 1 643 RR1BM36TF
BS 644 760 RR1BM36JQ

RD RR1BM36TF 643 0 0
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ATCTGAGGACTTAGAAGTAAAGAACACAAGGAAAGAGAGTGACAATCGTCCTACTACTTC
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GAAAAAACCTTTCCTTTCTGGCGAGATGATTGGAAAGAATCGGCACTCAAATAAATTTAG
ATTTTGAAGGGCTGGAGCCGCTCCTTGGGATTCTTCGGAAACTGTCTTTTTCACCTCGTA
GAGAATCCTCCTTCATCTCCTTGTTTATGTTCAAATCTCTTACAGTTTTACTTGAAGCTA
CATCCATGGAAGCTGGCACCATCTGACGACTCTCTACGTGATTCTTGCTGCTATACAAAA
CTAGAAGTAGCAGAATCAGAGCTGCTGAAATCGAAACAGGTGTATGGGATCTCTTCATTG
TGAATTCTCTTTTTGATCTGTTTTTTTTTATCTTGGAGCTGTT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1BM36JQ 760 0 0
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ATCTGAGGACTTAGAAGTAAAGAACACAAGGAAAGAGAGTGACAATCGTCCTACTACTTC
GGGGGTTAAGCGCCACCGAGAAGAACATGCTAGGGATACAAATGCATCTTCTGCAGGTGG
CAAAGGGACGAAGCAGAAGAAGAGCAAAACTAGTGAAGCAACAGATAAACCAGCTACCAA
GAAAAAACCTTTCCTTTCTGGCGAGATGATTGGAAAGAATCGGCACTCAAATAAATTTAG
ATTTTGAAGGGCTGGAGCCGCTCCTTGGGATTCTTCGGAAACTGTCTTTTTCACCTCGTA
GAGAATCCTCCTTCATCTCCTTGTTTATGTTCAAATCTCTTACAGTTTTACTTGAAGCTA
CATCCATGGAAGCTGGCACCATCTGACGACTCTCTACGTGATTCTTGCTGCTATACAAAA
CTAGAAGTAGCAGAATCAGAGCTGCTGAAATCGAAACAGGTGTATGGGATCTCTTCATTG
TGAATTCTCTTTTTGATCTGTTTTTTTTTATCTTGGAGCTGTTAGAGGCTCTTCAGTTCC
TTGAGACTGCAACTGAGAAAACTGTTTTTGAGTTTAAAAGAAGGGAGAGACTGAAACACT
TGTAGGTTATATTATTGTTCTAAGTTGCTTTTTTGGATCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL4182Contig1 361 2 4 U
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GCTGCTTTAGAAAGCCCGCATGCTCTAAACAAGACATTCGAGGTTAAAAGCACGGTTCCG
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TACTTCAAGAATCTGAAAGATGGAATCACTGGCAAAGAAGCTTTGGAACAGAGCACTGTC
TCTGTTTAAAAAAAATCAGGTCGCTTTCTGTTTCTGTTTTCTTTTTAAACTACAAAACAA
AATAAAGGTTGTATATTCCCATATGTATACGGTTTGGTACATTGAAGAGTGGCTTACACA
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 

AF RR1GI75JQ C 1
AF RR1BU80TF U 89
BS 1 89 RR1GI75JQ
BS 90 356 RR1BU80TF
BS 357 357 RR1GI75JQ
BS 358 361 RR1BU80TF

RD RR1GI75JQ 361 0 0
GATCAAGGAGACAACATTACGGGGAAGGTCTCGAGAGACGAGGTAGCACGTATATGCATC
GCTGCTTTAGAAAGCCCGCATGCTCTAAACAAGACATTCGAGGTTAAAAGCACGGTTCCG
TTTAGCGAACCGTTCACGGTAGATCCTGCTAATCCTCCACCAGAGAAAGACTACAATGAG
TACTTCAAGAATCTGAAAGATGGAATCACTGGCAAAGAAGCTTTGGAACAGAGCACTGTC
TCTGTTTAAAAAAAATCAGGTCGCTTTCTGTTTCTGTTTTCTTTTTAAACTACAAAACAA
AATAAAGGTTGTATATTCCCATATGTATACGGTTTGGTACATTGAAGAGTGGCTTACACA
G

QA 1 361 1 361
DS 

RD RR1BU80TF 273 0 0
G
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TAATCCTCCACCAGAGAAAGACTACAATGAGTACTTCAAGAATCTGAAAGATGGAATCAC
TGGCAAAGAAGCTTTGGAACAGAGCACTGTCTCTGTTTAAAAAAAATCAGGTCGCTTTCT
GTTTCTGTTTTCTTTTTAAACTACAAAACAAAATAAAGGTTGTATATTCCCATATGTATA
CGGTTTGGTACATTGAAGAGTGGCTTATACAG

QA 2 273 2 273
DS 



AS 1 3

CO CL4183Contig1 856 3 4 U
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CTATAAAACTCGCCTTTCTCATTCTTTGTATCGCCCTAACCGCAACCGCGTTCGTAGTCC
CAGCCAAACGTGACGCTGTTACACCAGAACATGAGAAAGCCGTCGCAGGAATATGCAGCG
TCGTCGAAGACAAAAGTCTTTGTAGCATAACCTTGAAAACTGTCCCAAGCAATGATCCCA
ACATTTTGGTCCGTCACTTAGCCACAGGTGCAGAAACCTCCGTTAAAAAGGGATTGAAGT
TCCTCTCCGGAATTAAACCCAAGTACAAAGGAAACGCTTTCGCCACAGCTTGCATAACTA
GTTGCGAGAAACAGCTAAACAACGCCTTGGAAGACTTTTCAGATTTCTGGAAAGCCGCCG
GAAAAGACATAAAGAGCATGGCTAATAACTACTTCACATGTAAGAAGAAGATGACTTCAA
TCTTTAACTACCAGTCGAGTTGTCTCGATGACATTTACGACAAAACATTGTTGAAAGAGG
TTCAAGGAGGGATAGGGCTTGGGAAAAGAATGAGTGGCGAGTCAGTGGATGTGTTCGCTG
GAATGGACAAAGTCTTTAACACTCTCAACATTAAGACCAAACTCAACCAGAAAGATACCG
ATTCGTTGCTCCCACCACCTTTGTCCTTTTACTACTATTGATTTATTGTCGTTGTGCAAT
GGTGATGAAAGAAAGGTTCCTTTTGATGTATGTTTGTAACTAATATGTGTTGTAGATAAT
CATGTATGTACCTCGTGATTGGAAAGGATGTGGAAAATATGATTATCTAATAATAATAAA
CTTAATTGATATAACG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G192TF U 1
AF RR1EW58TF U 1
AF RR1G192JQ C 143
BS 1 334 RR1EW58TF
BS 335 335 RR1G192TF
BS 336 728 RR1EW58TF
BS 729 856 RR1G192JQ

RD RR1G192TF 691 0 0
GGAATCCTTTCCAATCCACGTTGAAGTTACCTAAAAAAAAACCAAAAAAAATGAACACTC
CTATAAAACTCGCCTTTCTCATTCTTTGTATCGCCCTAACCGCAACCGCGTTCGTAGTCC
CAGCCAAACGTGACGCTGTTACACCAGAACATGAGAAAGCCGTCGCAGGAATATGCAGCG
TCGTCGAAGACAAAAGTCTTTGTAGCATAACCTTGAAAACTGTCCCAAGCAATGATCCCA
ACATTTTGGTCCGTCACTTAGCCACAGGTGCAGAAACCTCCGTTAAAAAGGGATTGAAGT
TCCTCTCCGGAATTAAACCCAAGTACAAAGGAAACGCTTTCGCCACAGCTTGCATAACTA
GTTGCGAGAAACAGCTAAACAACGCCTTGGAAGACTTTTCAGATTTCTGGAAAGCCGCCG
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TCTTTAACTACCAGTCGAGTTGTCTCGATGACATTTACGACAAAACATTGTTGAAAGAGG
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GAATGGACAAAGTCTTTAACACTCTCAACATTAAGACCAAACTCAACCAGAAAGATACCG
ATTCGTTGCTCCCACCACCTTTGTCCTTTTA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1EW58TF 728 0 0
GGAATCCTTTCCAATCCACGTTGAAGTTACCTAAAAAAAAACCAAAAAAAATGAACACTC
CTATAAAACTCGCCTTTCTCATTCTTTGTATCGCCCTAACCGCAACCGCGTTCGTAGTCC
CAGCCAAACGTGACGCTGTTACACCAGAACATGAGAAAGCCGTCGCAGGAATATGCAGCG
TCGTCGAAGACAAAAGTCTTTGTAGCATAACCTTGAAAACTGTCCCAAGCAATGATCCCA
ACATTTTGGTCCGTCACTTAGCCACAGGTGCAGAAACCTCCGTTAAAAAGGGATTGAAGT
TCCTCTCCGGAATTAAACCCAAGTACAAAGGAAATGCTTTCGCCACAGCTTGCATAACTA
GTTGCGAGAAACAGCTAAACAACGCCTTGGAAGACTTTTCAGATTTCTGGAAAGCCGCCG
GAAAAGACATAAAGAGCATGGCTAATAACTACTTCACATGTAAGAAGAAGATGACTTCAA
TCTTTAACTACCAGTCGAGTTGTCTCGATGACATTTACGACAAAACATTGTTGAAAGAGG
TTCAAGGAGGGATAGGGCTTGGGAAAAGAATGAGTGGCGAGTCAGTGGATGTGTTCGCTG
GAATGGACAAAGTCTTTAACACTCTCAACATTAAGACCAAACTCAACCAGAAAGATACCG
ATTCGTTGCTCCCACCACCTTTGTCCTTTTACTACTATTGATTTATTGTCGTTGTGCAAT
GGTGATGA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1G192JQ 714 0 0
ACCAGAACATGAGAAAGCCGTCGCAGGAATATGCAGCGTCGTCGAAGACAAAAGTCTTTG
TAGCATAACCTTGAAAACTGTCCCAAGCAATGATCCCAACATTTTGGTCCGTCACTTAGC
CACAGGTGCAGAAACCTCCGTTAAAAAGGGATTGAAGTTCCTCTCCGGAATTAAACCCAA
GTACAAAGGAAACGCTTTCGCCACAGCTTGCATAACTAGTTGCGAGAAACAGCTAAACAA
CGCCTTGGAAGACTTTTCAGATTTTTGGAAAGCCGCCGGAAAAGACATAAAGAGCATGGC
TAATAACTACTTCACATGTAAGAAGAAGATGACTTCAATCTTTAACTACCAGTCGAGTTG
TCTCGATGACATTTACGACAAAACATTGTTGAAAGAGGTTCAAGGAGGGATAGGGCTTGG
GAAAAGAATGAGTGGCGAGTCAGTGGATGTGTTCGCTGGAATGGACAAAGTCTTTAACAC
TCTCAACATTAAGACCAAACTCAACCAGAAAGATACCGATTCGTTGCTCCCACCACCTTT
GTCCTTTTACTACTATTGATTTATTGTCGTTGTGCAATGGTGATGAAAGAAAGGTTCCTT
TTGATGTATGTTTGTAACTAATATGTGTTGTAGATAATCATGTATGTACCTCGTGATTGG
AAAGGATGTGGAAAATATGATTATCTAATAATAATAAACTTAATTGATATAACG

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 3

CO CL4184Contig1 1023 3 8 U
GACTGACACTAGATCCCGCAACAGTAAGATGACTCTGATGCACTATCTCTGTAAGGTGCT
CGCTGAAAAACTTCCTGAGCTACTTGATTTTCCTAAAGACCTGGTGAGCTTGGAGGCTGC
AACGAAGATTCAACTAAAATATCTAGCAGAGGAGATGCAAGCAATTAGGAAAGGGTTGGA
GAAAGTTGTACAAGAATTCACTACATCTGAAACTGATGGTCCAGTATCAAAACACTTTCG
CATGAACTTGAAAGAGTTTCTTAGTTTTGCCGAAGGAGAAGTTAGGTCCTTGGCTTCTCT
TTATTCAACTGTGGGTGGAAGTGCTGATGCTTTGGCGTTATATTTCGGAGAGGATCCAGC
TCGTGTCCCATTTGAACAAGTTGTATCCACCCTGCAAAACTTTGTTAGAATATTTGTACG
GTCACACGAGGAAAACTGCAAGCAAGTTGAGTTTGAAAAGAGAAGAGTACAGAAGGAAGC
AGAGAGCGAGAAACTTAAGAAAGGTGTGTGCAGTGAGAACTGATTCACAACGTCAGAAGG
TTCATGTTCTCTACTCGCTCGACCTCCTTGAGTTGTTGCATTTGGCAGTCCTGAGAACCA
GAAACTACATGTTACGGCTCCTAGTTCGGGACTTTACCCATTCTTTGACATATAGAGTTA
GAGAACTTTCCATTTAGTTCATCATCAGACAAGACAGTGCGTTGGGGAATCAGTCTTTTA
GCTTAGGAGAGGGAACTTTGTTCCTCTGATAGGTTACAAAAGCATATGGAATCTGGCGTT
ATATCTACTGAAGAAGAAGACATGAAGATTAAGCTCTGTGATATGATGGAAATAGTATTA
GATAGACTTAAGCAGTAGCTGTTGAGTTCTTCCCTGGTTTAATGCAGAAAATGTTATAAC
TTTTTTTGTGTATAAGTTTTGGGAGGAAGAAATGGATGTGTAAATATTGAGTGTGTTTGT
GTCTGTGTGCTCGTCTTATCAACACTTGCCATCTTACATCCAATGAAATATTTAGGCTTT
CCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1GU76TF U 124
AF RR1FB84TF U 1
AF RR1FB84JQ C 293
BS 1 161 RR1FB84TF
BS 162 162 RR1GU76TF
BS 163 222 RR1FB84TF
BS 223 223 RR1GU76TF
BS 224 252 RR1FB84TF
BS 253 253 RR1GU76TF
BS 254 600 RR1FB84TF
BS 601 1023 RR1FB84JQ

RD RR1GU76TF 376 0 0
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AGTTGTACAAGAATTCACTACATCTGAAACTGATGGTCCAGTATCAAA*CACTTTCGCAT
GAACTTGAAAGAGTTTCTTAGTTTTGCCGAAGGAGAAGTTAGGTCCTTGGCTTCTCTTTA
TTCAACTGTGGGTGGACGTGCTGATGCTTTGGCGTTATATTTCGGAGAGGATCCAGCTCG
TGTCCCATTTGAACAAGTTGTATCCACCCTGCAAAACTTTGTTAGAATATTTGTACGGTC
ACACGAGGAAAACTGCAAGCAAGTCGAGTTTGAAAAGAGAAGA*TACAGAAGGAAGCAGA
GAGCGAGAAACTTAAG

QA 1 376 1 376
DS 

RD RR1FB84TF 600 0 0
GACTGACACTAGATCCCGCAACAGTAAGATGACTCTGATGCACTATCTCTGTAAGGTGCT
CGCTGAAAAACTTCCTGAGCTACTTGATTTTCCTAAAGACCTGGTGAGCTTGGAGGCTGC
AACGAAGATTCAACTAAAATATCTAGCAGAGGAGATGCAAGTAATTAGGAAAGGGTTGGA
GAAAGTTGTACAAGAATTCACTACATCTGAAACTGATGGTCCCGTATCAAAACACTTTCG
CATGAACTTGAA*GAGTTTCTTAGTTTTGCCGAAGGAGAAGTTAGGTCCTTGGCTTCTCT
TTATTCAACTGTGGGTGGAAGTGCTGATGCTTTGGCGTTATATTTCGGAGAGGATCCAGC
TCGTGTCCCATTTGAACAAGTTGTATCCACCCTGCAAAACTTTGTTAGAATATTTGTACG
GTCACACGAGGAAAACTGCAAGCAAGTTGAGTTTGAAAAGAGAAGAGTACAGAAGGAAGC
AGAGAGCGAGAAACTTAAGAAAGGTGTGTGCAGTGAGAACTGATTCACAACGTCAGAAGG
TTCATGTTCTCTACTCGCTCGACCTCCTTGAGTTGTTGCATTTGGCAGTCCTGAGAACCA

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1FB84JQ 731 0 0
GCTTCTCTTTATTCAACTGTGGGTGGAAGTGCTGATGCTTTGGCGTTATATTTCGGAGAG
GATCCAGCTCGTGTCCCATTTGAACAAGTTGTATCCACCCTGCAAAACTTTGTTAGAATA
TTTGTACGGTCACACGAGGAAAACTGCAAGCAAGTTGAGTTTGAAAAGAGAAGAGTACAG
AAGGAAGCAGAGAGCGAGAAACTTAAGAAAGGTGTGTGCAGTGAGAACTGATTCACAACG
TCAGAAGGTTCATGTTCTCTACTCGCTCGACCTCCTTGAGTTGTTGCATTTGGCAGTCCT
GAGAACCAGAAACTACATGTTACGGCTCCTAGTTCGGGACTTTACCCATTCTTTGACATA
TAGAGTTAGAGAACTTTCCATTTAGTTCATCATCAGACAAGACAGTGCGTTGGGGAATCA
GTCTTTTAGCTTAGGAGAGGGAACTTTGTTCCTCTGATAGGTTACAAAAGCATATGGAAT
CTGGCGTTATATCTACTGAAGAAGAAGACATGAAGATTAAGCTCTGTGATATGATGGAAA
TAGTATTAGATAGACTTAAGCAGTAGCTGTTGAGTTCTTCCCTGGTTTAATGCAGAAAAT
GTTATAACTTTTTTTGTGTATAAGTTTTGGGAGGAAGAAATGGATGTGTAAATATTGAGT
GTGTTTGTGTCTGTGTGCTCGTCTTATCAACACTTGCCATCTTACATCCAATGAAATATT
TAGGCTTTCCT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 3

CO CL4185Contig1 1422 3 5 U
GGACCCTAAAAATCTCTCAAATCGAAACACAAAAATGGCGTCTCTTCTCCACGCTCAATC
TTCACATAGATTACCGGCGGCGGATCTCCGGCGATCTTTTCCTCTGATTCATCGTCGTCC
TCCTACTTCCGTTCGTTTTCCTCTTGTTAGGTGTAAGGCGGTGGATTCGTTCGGCGGGAA
CTCCGACGATTTGTATCTGCTCACAGGCGACACCGTTCCCGAGAGCGCTCTTCTCTCGAG
GACGCGGCTGGAAGACGTGATTAACAAGAACACTACTCGCCTCCGTATCTTCTCCGGTAC
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CAAGATTAAACGGTTTGCTGATGGGGAGATCTATGTTCAGCTTCAAGAGAGTGTTAGGGG
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BQ
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AF RR1F432TF U 857
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CAAGATTAAACGGTTTGCTGATGGGGAGATCTATGTTCAGCTTCAAGAGAGTGTTAGGGG
ATGCGATGTGTTCCTTGTACAGCCTACGTGTCCACCTGCTAATGAGAACCTTATGGAACT
GCTCGTTATGATTGACGCTTGTCGTAGAGCATCTGCCAAAACCATCACCGCTGTGATTCC
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GATACTTGATTA

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QA 1 777 1 777
DS 

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G
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TGTTACACCAAGAAGGAGCAAGAGAAGTCTACGCATGTACTACTCATGCCGTTTTCAGCC
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TTCCACTGTCGGAGCAAAACTACTTTCCTCAGCTTACAGTTCTCTCAGTAGCAAACCTTC
TCGCGGAGACCATATGGCGTGCTCATGATGATTGTTCTGGAGACATTGAGCCATTTTCGA
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QA 2 566 2 566
DS 



AS 1 3

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ATTAAGACCAGGCTTCAGCAAATCCTTGTCTGTTTGTTCCCTCAGGTTCATGTCTGATCT
TGAAGTTCAAGTCCCCACTGCCTTTGATCCGTTTGCTGATGCAAATGCTGAGGACGCTGG
AGCTGGAACAAAGGAATACGTGCACATACGTGTTCAGCAGCGTAATGGTAGAAAAAGCCT
GACCACTGTCCAGGGCCTTAAGAAAGAGTACAGCTATACCAAGATCCTTAAAGACCTCAA
GAAAGAATTCTGTTGCAATGGCACTGTCGTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCA
GCTACAAGGTGATCAGAGGAAGAACGTCTCTACCTTCCTTATTCAGGCTGGTCTGGTAAA
GAAGGATAACATCAAGATCCATGGTTTTTGAGCAAATTCTACATACTTGGTTGTTAGTTC
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TAATGGTTTGTTTATGAGCGAATGTAACACAAATGTATGAACTTTTGATTTGCTATTGTA
CCGTGAGATTATCAATAAAACTTTTAT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G922TF U 1
AF RR1EW09JQ C 1
AF RR1EW09TF U 1
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DS 

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DS 

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CCGTGAGATTATCAATAAAACTTTTAT

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 3

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TAAAAGTTAGTTTTTCTGTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ26TF U 1
AF RR1DJ86TF U 387
AF RR1E702TF U 462
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AGAGCTTGACTGGGCTCTCGGGTGAAGGGAACAAAGCGCAAGAGTATTTATGTGGGTTGA
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CTCTCCGTTCCTCATTTGAACTGTCTGTTCTTGAAGTTGGTGTAGATTACTATGGTTTCT
TATAATGTTCGTGGGTCTCTAGTTACAAAGTTGAGAGGCAGTGATTTAGAAACTTGTGCT
TTTTT*CTTTCCAGTCACTATATGTTTTGTGTTTGGTCCTTTAGCAAAACTTGTAGTAGT
TAAAAAA*CAGTTGAACGTCTGGTCTGTACTCAGTTT*CACTGTGGAGTTT*GTTTCAGT
TAAA
GTAGTTTTTCT

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DS 

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GT
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QA 3 335 3 335
DS 

RD RR1E702TF 282 0 0
G
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AGCAAGACTTGTAGTAGTTAAAAAAACAGTTGAACGTCTGGTCTGTACTCAGTTTTCACT
GTGGAGTTTTGTTTCAGTTAAAAGTTAGTTTTTCTGTGTTC

QA 2 282 2 282
DS 



AS 1 3

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1A870TF U 1
AF RR1DD17JQ C 161
AF RR1DD17TF U 52
BS 1 180 RR1A870TF
BS 181 181 RR1DD17TF
BS 182 280 RR1A870TF
BS 281 281 RR1DD17TF
BS 282 583 RR1A870TF

RD RR1A870TF 583 0 0
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GGGAACAAGGGGAGATGTTACGATTTCTGGATGGATTTCAGCGAGTGTATGTCACACTGC
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GAAGAGTTCCAACGAAGAAACAGGATATACAAAGAAGAACAGCGTAAACTAAGAGCAGCT
TCAAGGAAAGGTGAAGAAACTGGCGATGCTTCTCATACTCATCACTAATCAAAATATTTT
TCTCCTTCTACTCCAAGTATGCATCTCTCGCATTGGAGAAGAAAGAATAAGGAAAAGTTT
CGTCAAGTTTCTGTATCTTGTGTGTCAAACTCCCTTTTGATTGTTTCCAGTTTGCTTCTG
CAATCAATGTTTTGTCTTTTTTTGCTTTTCCTCTATTTTACCTTTGGATTGAGTTGTAAT
ATGGGCCTTTAGCCTGTTCATCTCACACAAACTTGTTTCTTCATGGCAATAATTTTATAA
TAGACAGAGTGGATGAAATAATGAAATGATACATTTGACTCTC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1DD17JQ 423 0 0
TCGAGTGTCTCCACCATTCCAAAGAGTTCCAACGAAGAAACAGGATATACAAAGAAGAAC
AGCGTAAACTAAGAGCAGCTTCAAGGAAAGGTGAAGAAACTGGCGATGCTTCTCATACTC
GTCACTAATCAAAATATTTTTCTCCTTCTACTCCAAGTATGCATCTCTCGCATTGGAGAA
GAAAGAATAAGGAAAAGTTTCGTCAAGTTTCTGTATCTTGTGTGTCAAACTCCCTTTTGA
TTGTTTCCAGTTTGCTTCTGCAATCAATGTTTTGTCTTTTTTTGCTTTTCCTCTATTTTA
CCTTTGGATTGAGTTGTAATATGGGCCTTTAGCCTGTTCATCTCACACAAACTTGTTTCT
TCATGGCAATAATTTTATAATAGACAGAGTGGATGAAATAATGAAATGATACATTTGACT
C
CC

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1DD17TF 532 0 0
GGGGATCAAATCGGGAACA
GGAGATGTTACGATTTCTGGATGGATTTCAGCGAGTGTATGTCACACTGCAGAGAGCCCA
AGGATTGTTCTCTTCTTCGTGAAGACTACCTCGAGTGTCTCCACCATTCCAAAGAGTTCC
AACGAAGAAACAGGATATACAAAGAAGAACAGCGTAAACTAAGAGCAGCTTCAAGGAAAG
GTGAAGAAACTGGCGATGCTTCTCATACTCGTCACTAATCAAAATATTTTTCTCCTTCTA
CTCCAAGTATGCATCTCTCGCATTGGAGAAGAAAGAATAAGGAAAAGTTTCGTCAAGTTT
CTGTATCTTGTGTGTCAAACTCCCTTTTGATTGTTTCCAGTTTGCTTCTGCAATCAATGT
TTTGTCTTTTTTTGCTTTTCCTCTATTTTACCTTTGGATTGAGTTGTAATATGGGCCTTT
AGCCTGTTCATCTCACACAAACTTGTTTCTTCATGGCAATAATTTTATAATAGACAGAGT
GGATGAAATAATGAAATGATACATTTGACTC
CC

QA 20 530 20 530
DS 



AS 1 2

CO CL4189Contig1 1147 2 4 U
GGAGAAATGCAGCGAAATCGATTTTGAAGGTTTTGGTAAAGCAGAGATGGTGGTAAGAAA
AGTAGGAAAGTATGAGCTAGGTAGAACAATCGGCGAAGGCACCTTCGCTAAATTCAAGTT
CGCTCAGAACACTGAGACCGGCGAGAGCGTCGCCATGAAGATCGTGGATCGTAGCACCAT
CCTCAAACGCAAGATGGTTGATCAGATAAAGAGGGAGATCTCGATCATGAAACTCGTTCG
TCATCCATAGTAAAGGCGTCTACCACAGAGATCTAAAGCCAGAGAATCTTCTGCTGGATT
CTCAAGGAAATCTCAAGATATCTGATTTGGGCTTAGTGCATTACCTGAGCAAGGAGTTAC
CATCCTAAAGACAACGTGTGGGACTCCCAATTACGTTGCTCCTGAGGTTCTGAGTCATAT
TTTGCCTTGGGAGCAAAGGCCTTGATCCGTAGAATTTTGGATCCAAATCCTGAAACTCGA
ATTACAATTGCTGAAATCAGGAAAGATGAGTGGTTCGTAAGAGATTACACTCCTGTACAA
GTTATAGATTACGAACATGTAAACCTGGATGATGTATATGCTGCTTTTGATGACCCTGAG
GAACAGAAAGATACACGTCATGGAACAGGAGACACGGGTCCACTTGCTCTAAATGCATTT
GACCTAATCATTCTCTCTCAAGGCCTGAACCTTGCAACTCTTTTTGACCGTGGAAAGGAC
TTTATGAAGCATCAGACAAGGTTCATATCGCACAAGCCAGCAAACGTGGTTTTTTCAAGC
ATAGAAGTTGTGTCGCAGTCCATGGGATTTAAGACGCACATTCGCAATTACAAAATGAGA
GTAGAAGGACTATTTGCAAATAAGTCGTCTCATTTTTCCGTCATTCTAGAAGTTTTCAAA
GTTGCACCAACATTTTTCATGGTAGACATCCAAAATGCAGCAGGAGATGCAGAAGAATTT
TTCAAGTTTTACAAGACGTTTTGTGGCAAGCTTGATGACATCATTTGGAAGCCGCCAGAT
GCATCCGTGAGAAATCGAGTCACCAAGACTAAGAGTAAAAGACGTTGAAATCCATGTTTT
ATTTAAAGCAGAGCTCTCTGTGTTTTTAACTGCTTTTTAGTCTATATGAATATGTACAAG
CTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H928TF U 1
AF RR1H928JQ C 521
BS 1 600 RR1H928TF
BS 601 601 RR1H928JQ
BS 602 620 RR1H928TF
BS 621 1147 RR1H928JQ

RD RR1H928TF 620 0 0
GGAGAAATGCAGCGAAATCGATTTTGAAGGTTTTGGTAAAGCAGAGATGGTGGTAAGAAA
AGTAGGAAAGTATGAGCTAGGTAGAACAATCGGCGAAGGCACCTTCGCTAAATTCAAGTT
CGCTCAGAACACTGAGACCGGCGAGAGCGTCGCCATGAAGATCGTGGATCGTAGCACCAT
CCTCAAACGCAAGATGGTTGATCAGATAAAGAGGGAGATCTCGATCATGAAACTCGTTCG
TCATCCATAGTAAAGGCGTCTACCACAGAGATCTAAAGCCAGAGAATCTTCTGCTGGATT
CTCAAGGAAATCTCAAGATATCTGATTTGGGCTTAGTGCATTACCTGAGCAAGGAGTTAC
CATCCTAAAGACAACGTGTGGGACTCCCAATTACGTTGCTCCTGAGGTTCTGAGTCATAT
TTTGCCTTGGGAGCAAAGGCCTTGATCCGTAGAATTTTGGATCCAAATCCTGAAACTCGA
ATTACAATTGCTGAAATCAGGAAAGATGAGTGGTTCGTAAGAGATTACACTCCTGTACAA
GTTATAGATTACGAACATGTAAACCTGGATGATGTATATGCTGCTTTTGATGACCCTGAG
*AACAGAAAGATACACGTCA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1H928JQ 627 0 0
GAGATTACACTCCTGTACAAGTTATAGATTACGAACATGTAAACCTGGATGATGTATATG
CTGCTTTTGATGACCCTGAGGAACAGAAAGATACACGTCATGGAACAGGAGACACGGGTC
CACTTGCTCTAAATGCATTTGACCTAATCATTCTCTCTCAAGGCCTGAACCTTGCAACTC
TTTTTGACCGTGGAAAGGACTTTATGAAGCATCAGACAAGGTTCATATCGCACAAGCCAG
CAAACGTGGTTTTTTCAAGCATAGAAGTTGTGTCGCAGTCCATGGGATTTAAGACGCACA
TTCGCAATTACAAAATGAGAGTAGAAGGACTATTTGCAAATAAGTCGTCTCATTTTTCCG
TCATTCTAGAAGTTTTCAAAGTTGCACCAACATTTTTCATGGTAGACATCCAAAATGCAG
CAGGAGATGCAGAAGAATTTTTCAAGTTTTACAAGACGTTTTGTGGCAAGCTTGATGACA
TCATTTGGAAGCCGCCAGATGCATCCGTGAGAAATCGAGTCACCAAGACTAAGAGTAAAA
GACGTTGAAATCCATGTTTTATTTAAAGCAGAGCTCTCTGTGTTTTTAACTGCTTTTTAG
TCTATATGAATATGTACAAGCTTGTTG

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 3

CO CL4190Contig1 554 3 2 U
ACGACAATCATTAACATTAACGATATTCTAGAAGCTATAATAAAAGTTGAAACCATACAG
AGACCAGAGTTGTCGTAACATAATAGCTTCTGCTTCAAAGTAACATCCGATTACGTACGT
GTACAACAAAGCTAACCAAAGAACTGTCCCCTACTACTACTATACAATAGGTTTCAAATA
TTTCTCTATCCCCCCACCAAAAAAAAAGGAAACAATTCTCCGTAACCAAGATTTTTTGGT
CAGCGGAAAAGATCTTGGAATGACCACATAATGAATCTTGCAAAGATATCAGACTCCAGG
AACTCGATGTGAGCAGCTCGACCGATGAACGAGTTGAGGTTACGACCGTACAAGGTTGTG
TCGAAGTTGACGTCACAGCGCATGAACACCCTCTGGTGGTGAGGAGGAGTTTCCGGTGTT
GGCCCACGTATTTGGTCCATACAGTTATTAAGCATCTCCAAGAAAGCGACGCCTCTTTTT
GAGTTGTCGGAAGAAGCTGGTTGGCACGACTCGATCCGTGCTGAGTGATACGGTACATAC
CCATCCTGAGGTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ38JQ U 1
AF RR1GZ38TFB C 9
AF RR1BJ01JQ U 93
BS 1 546 RR1GZ38JQ
BS 547 554 RR1BJ01JQ

RD RR1GZ38JQ 546 0 0
ACGACAATCATTAACATTAACGATATTCTAGAAGCTATAATAAAAGTTGAAACCATACAG
AGACCAGAGTTGTCGTAACATAATAGCTTCTGCTTCAAAGTAACATCCGATTACGTACGT
GTACAACAAAGCTAACCAAAGAACTGTCCCCTACTACTACTATACAATAGGTTTCAAATA
TTTCTCTATCCCCCCACCAAAAAAAAAGGAAACAATTCTCCGTAACCAAGATTTTTTGGT
CAGCGGAAAAGATCTTGGAATGACCACATAATGAATCTTGCAAAGATATCAGACTCCAGG
AACTCGATGTGAGCAGCTCGACCGATGAACGAGTTGAGGTTACGACCGTACAAGGTTGTG
TCGAAGTTGACGTCACAGCGCATGAACACCCTCTGGTGGTGAGGAGGAGTTTCCGGTGTT
GGCCCACGTATTTGGTCCATACAGTTATTAAGCATCTCCAAGAAAGCGACGCCTCTTTTT
GAGTTGTCGGAAGAAGCTGGTTGGCACGACTCGATCCGTGCTGAGTGATACGGTACATAC
CCATCC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1GZ38TFB 538 0 0
CATTAACATTAACGATATTCTAGAAGCTATAATAAAAGTTGAAACCATACAGAGACCAGA
GTTGTCGTAACATAATAGCTTCTGCTTCAAAGTAACATCCGATTACGTACGTGTACAACA
AAGCTAACCAAAGAACTGTCCCCTACTACTACTATACAATAGGTTTCAAATATTTCTCTA
TCCCCCCACCAAAAAAAAAGGAAACAATTCTCCGTAACCAAGATTTTTTGGTCAGCGGAA
AAGATCTTGGAATGACCACATAATGAATCTTGCAAAGATATCAGACTCCAGGAACTCGAT
GTGAGCAGCTCGACCGATGAACGAGTTGAGGTTACGACCGTACAAGGTTGTGTCGAAGTT
GACGTCACAGCGCATGAACACCCTCTGGTGGTGAGGAGGAGTTTCCGGTGTTGGCCCACG
TATTTGGTCCATACAGTTATTAAGCATCTCCAAGAAAGCGACGCCTCTTTTTGAGTTGTC
GGAAGAAGCTGGTTGGCACGACTCGATCCGTGCTGAGTGATACGGTACATACCCATCC

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1BJ01JQ 462 0 0
CTTCAAAGTAACATCCGATTACGTACGTGTACAACAAAGCTAACCAAAGAACTGTCCCCT
ACTACTACTATACAATAGGTTTCAAATATTTCTCTATCCCCCCACCAAAAAAAAAGGAAA
CAATTCTCCGTAACCAAAATTTTTTGGTCAGCGGAAAAAATCTTGGAATGACCACATAAT
GAATCTTGCAAAGATATCAAACTCCAGGAACTCGATGTGAGCAGCTCGACCGATGAACGA
GTTGAGGTTACGACCGTACAAGGTTGTGTCGAAGTTGACGTCCCAGCGCATGAACACTCT
CTGGTGGTGAGGAGGAGTTTCCGGGGTTGGCCCACGTATTTGGTCCATACAGTTATTAAG
CATCTCCAAAAAAGCGACCCCTCTTTTTGAGTTGTCGGAAAAAGCTGGTTGGCACGACTC
GATCCGTGCTGAGTGATACGGTACATACCCATCCTGAGGTGA

QA 1 462 1 462
DS 



AS 1 3

CO CL4191Contig1 662 3 3 U
GGACAATGGTTGTGTTTGAGACAAAGAAAACGTATCATAATGAAATTTCTCCTTTTGTTA
GGAGTCAGCGATGTAGAACTAGCCAATGGCGAACGGAAGCCTCGTCTCTCTCCCCCTTTT
CTCTTTTCCATCTCTAAGACCAAAACCCTAGATCTAGATCTATTGTGTCTGGGTGGCCGG
CGGCCTCCTTTCCGTCTCCGGCTGCCCCCCCCC*TTTTTTGCTTATCTTCTTTTTCGCCC
TTCCTCATTCTCTTTCATCTGTGTTTCCTTTCTTGCAGTTCTAAGCTTTTTCGCCACCGC
GGTTTCAGATCTGGCGGTTCTTAGCTCGGAGTTTCGGTGAAGCATGGAGGCGGGTTTGAC
GAACGGTTTCTTTGGTTGAGTAAGTGATATGCTGCGAAGAGTATATGTGAGGAAGGGAAA
CGGAAGGGTAGGAGAAAATGAAGCTGCAGCGGATGAACTGGCAGTGGAGTAAAGGTTGTT
AGTTGATTTGATTGTACTTGGGCCCTCAGTATATAAAGGGACCTAAGGGATAATAATAGA
GTTAGTTAGTTGGTTAGCCTCTGGGCAGTTACAGAGTGCAAGTTGTATTTGGCTTAGACT
CCGATCTGTGGAGCTAAGAGAGGGTGGTTGGGCGGATCTTATTCAATATACTTCTCAGTT
CT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 

AF RR1EA59TF U 1
AF RR1H405TF U 10
AF RR1EA59JQ C 1
BS 1 636 RR1EA59TF
BS 637 656 RR1H405TF
BS 657 662 RR1EA59JQ

RD RR1EA59TF 636 0 0
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GGAGTCAGCGATGTAGAACTAGCCAATGGCGAACGGAAGCCTCGTCTCTCTCCCCCTTTT
CTCTTTTCCATCTCTAAGACCAAAACCCTAGATCTAGATCTATTGTGTCTGGGTGGCCGG
CGGCCTCCTTTCCGTCTCCGGCTGCCCCCCCCC*TTTTTTGCTTATCTTCTTTTTCGCCC
TTCCTCATTCTCTTTCATCTGTGTTTCCTTTCTTGCAGTTCTAAGCTTTTTCGCCACCGC
GGTTTCAGATCTGGCGGTTCTTAGCTCGGAGTTTCGGTGAAGCATGGAGGCGGGTTTGAC
GAACGGTTTCTTTGGTTGAGTAAGTGATATGCTGCGAAGAGTATATGTGAGGAAGGGAAA
CGGAAGGGTAGGAGAAAATGAAGCTGCAGCGGATGAACTGGCAGTGGAGTAAAGGTTGTT
AGTTGATTTGATTGTACTTGGGCCCTCAGTATATAAAGGGACCTAAGGGATAATAATAGA
GTTAGTTAGTTGGTTAGCCTCTGGGCAGTTACAGAGTGCAAGTTGTATTTGGCTTAGACT
CCGATCTGTGGAGCTAAGAGAGGGTGGTTGGGCGGA

QA 1 636 1 636
DS 

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GG
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TGTAGAACTAGCCAATGGCGAACGGAAGCCTCGTCTCTCTCCCCCTTTTCTCTTTTCCAT
CTCTAAGACCAAAACCCTAGATCTAGATCTATTGTGTCTGGGTGGCCGGCGGCCTCCTTT
CCGTCTCCGGCTGCCCCCCCCCCTTTTTTGCTTATCTTCTTTTTCGCCCTTCCTCATTCT
CTTTCATCTGTGTTTCCTTTCTTGCAGTTCTAAGCTTTTTCGCCACCGCGGTTTCAGATC
TGGCGGTTCTTAGCTCGGAGTTTCGGTGAAGCATGGAGGCGGGTTTGACGAACGGTTTCT
TTGGTTGAGTAAGTGATATGCTGCGAAGAGTATATGTGAGGAAGGGAAACGGAAGGGTAG
GAGAAAATGAAGCTGCAGCGGATGAACTGGCAGTGGAGTAAAGGTTGTTAGTTGATTTGA
TTGTACTTGGGCCCTCAGTATATAAAGGGACCTAAGGGATAATAATAGAGTTAGTTAGTT
GGTTAGCCTCTGGGCAGTTACAGAGTGCAAGTTGTATTTGGCTTAGACTCCGATCTGTGG
AGCTAAGAGAGGGTGGTTGGGCGGATCTTATTCAATATACTTCTC

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR1EA59JQ 662 0 0
GGACAATGGTTGTGTTTGAGACAAAGAAAACGTATCATAATGAAATTTCTCCTTTTGTTA
GGAGTCAGCGATGTAGAACTAGCCAATGGCGAACGGAAGCCTCGTCTCTCTCCCCCTTTT
CTCTTTTCCATCTCTAAGACCAAAACCCTAGATCTAGATCTATTGTGTCTGGGTGGCCGG
CGGCCTCCTTTCCGTCTCCGGCTGCCCCCCCCC*TTTTTTGCTTATCTTCTTTTTCGCCC
TTCCTCATTCTCTTTCATCTGTGTTTCCTTTCTTGCAGTTCTAAGCTTTTTCGCCACCGC
GGTTTCAGATCTGGCGGTTCTTAGCTCGGAGTTTCGGTGAAGCATGGAGGCGGGTTTGAC
GAACGGTTTCTTTGGTTGAGTAAGTGATATGCTGCGAAGAGTATATGTGAGGAAGGGAAA
CGGAAGGGTAGGAGAAAATGAAGCTGCAGCGGATGAACTGGCAGTGGAGTAAAGGTTGTT
AGTTGATTTGATTGTACTTGGGCCCTCAGTATATAAAGGGACCTAAGGGATAATAATAGA
GTTAGTTAGTTGGTTAGCCTCTGGGCAGTTACAGAGTGCAAGTTGTATTTGGCTTAGACT
CCGATCTGTGGAGCTAAGAGAGGGTGGTTGGGCGGATCTTATTCAATATACTTCTCAGTT
CT

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 3

CO CL4192Contig1 413 3 1 U
GACATAAGAAAGCAAATAGTTTCAAGTCAACAACTGAATCTAAATCATTACAAGCCTGTT
CTGAAGCATCATCGACTCATCATACTCTAAGCCTAGATAGTTAGCTAGAGAGTACAAAGT
ACAAACCCAATATCTCAAGGATAAGATTACACACTACTAGTACTACACACACATTTTTCT
ACATGAGAGACTTGATATCATCATCTGAGTTAACTGAATCATCTTCCAGCTCCTGCTGCT
TTGAGGAAATTGTCAAATGGACTAGCTGGAGGTAGACTCATCATGGACCACGTATCCCGA
AACACACCACATTCTCTCCCATAGATGCTCCCATCTTCTTTTACCTTTTCAAGTGCAGAA
GACTCCTCTGATGAGTTTCTGTAGAGACCATTCACTTGGCGGTTCTCGGTGGC


BQ
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AF RR1H044JQ U 1
AF RR1EG20JQ U 1
AF RR1EG20TF C 1
BS 1 413 RR1EG20JQ

RD RR1H044JQ 185 0 0
GG
CATAAGAAAGCAAATAGTTTCAAGTCAACAACTGAATCTAAATCATTACAAGCCTGTTCT
GAAGCATCATCGATTCATCATACTCTAAGCCTAGATAGTTAGCTAGAGAGTACAAAGTAC
AAACCCAATATCTCAAGGATAAGATTACACACTACTAGTACTACACACACATTTTTCTAC
ATG

QA 3 185 3 185
DS 

RD RR1EG20JQ 413 0 0
GACATAAGAAAGCAAATAGTTTCAAGTCAACAACTGAATCTAAATCATTACAAGCCTGTT
CTGAAGCATCATCGACTCATCATACTCTAAGCCTAGATAGTTAGCTAGAGAGTACAAAGT
ACAAACCCAATATCTCAAGGATAAGATTACACACTACTAGTACTACACACACATTTTTCT
ACATGAGAGACTTGATATCATCATCTGAGTTAACTGAATCATCTTCCAGCTCCTGCTGCT
TTGAGGAAATTGTCAAATGGACTAGCTGGAGGTAGACTCATCATGGACCACGTATCCCGA
AACACACCACATTCTCTCCCATAGATGCTCCCATCTTCTTTTACCTTTTCAAGTGCAGAA
GACTCCTCTGATGAGTTTCTGTAGAGACCATTCACTTGGCGGTTCTCGGTGGC

QA 1 413 1 413
DS 

RD RR1EG20TF 384 0 0
GA
CATAAGAAAGCAAATAGTTTCAAGTCAACAACTGAATCTAAATCATTACAAGCCTGTTCT
GAAGCATCATCGACTCATCATACTCTAAGCCTAGATAGTTAGCTAGAGAGTACAAAGTAC
AAACCCAATATCTCAAGGATAAGATTACACACTACTAGTACTACACACACATTTTTCTAC
ATGAGAGACTTGATATCATCATCTGAGTTAACTGAATCATCTTCCAGCTCCTGCTGCTTT
GAGGAAATTGTCAAATGGACTAGCTGGAGGTAGACTCATCATGGACCACGTATCCCGAAA
CACACCACATTCTCTCCCATAGATGCTCCCATCTTCTTTTACCTTTTCAAGTGCAGAAGA
CTCCTCTGATGAGTTTCTGTAG

QA 3 384 3 384
DS 



AS 1 2

CO CL4193Contig1 801 2 2 U
TTACAGCCAAGACAGATAGCGATTTGGTTTCAGAACAGAAGAGCTCGCTGGAAAACAAAG
CAGCTTGAGAAAGATTATGATACACTTAAACGACAGTTTGATTCTCTTAAAGCTGAAAAC
GATCTTCTTCAAACTCACAACCAGAAACTCCAAACTGAGATAATGAGTTTAAAGAACAGA
GAACAAACAGAATCAATAAATTTGAACAAAGAAACAGAAGGATCTTGCAGTAACAGAAGC
GACAACAGTTCCGATAATCTCAGGCTGGACATCTCTACAGCTCCGCCATCAATAGACAGC
ACAATAACAGGCGGCCATCCACCAGCGCCGCAGACTATTGGTCGACACTTCTTTCCACCG
TCCCCAGCGACCGCAACAACCACCACAACGACGATGCAATTCTTTCAAAACCCGTTTTCT
GGTCAGAGTATGGTTAAAGAAGAGAACAGTATCAGTAACATGTTCTGTGCAATGGATGAC
CACTCTGGTTTTTGGCCATGGCTTGATCAGCAACAGTACAACTGAAACCGGTCGACCTGT
TTTTATTTCTTTTAATTTTTAATATATTTTTTGTTTTGGTATCAGAAAGAACCCATGCAT
GTTTCAAAAACTTGGAATCTATCATTAGCTCACTTTGAGTTTCTTTTTCTCCCCTTTTTG
ATCAATGAGATGTAAAAAAGATGGGTAAAAGTTTTAATTATATATACTTCTTTATAATCA
TAAAACTTTTTTTTTTTGTTATGAATGCTTTTTCAAAAAAAAAAGTTTTATAATTATAAA
GAAGTACTCCCTCCGTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC76JQ C 1
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GACAACAGTTCCGATAATCTCAGGCTGGACATCTCTACAGCTCCGCCATCAATAGACAGC
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TCCCCAGCGACCGCAACAACCACCACAACGACGATGCAATTCTTTCAAAACCCGTTTTCT
GGTCAGAGTATGGTTAAAGAAGAGAACAGTATCAGTAACATGTTCTGTGCAATGGATGAC
CACTCTGGTTTTTGGCCATGGCTTGATCAGCAACAGTACAACTGAAACCGGTCGACCTGT
TTTTATTTCTTTTAATTTTTAATATATTTTTTGTTTTGGTATCAGAAAGAACCCATGCAT
GTTTCAAAAACTTGGAATCTATCATTAGCTCACTTTGAGTTTCTTTTTCTCCCCTTTTTG
ATCAATGAGATGTAAAAAAGATGGGTAAAAGTTTTAATTAT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1DT88TF 209 0 0
G
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CTTTTTGATCAATGAGATGTAAAAAAGATGGGTAAAAGTTTTAATTATATATACTTCTTT
ATAATCATAAAACTTTTTTTTTTTGTTATGAATGCTTTTTCAAAAAAAAAAGTTTTATAA
TTATAAAGAAGTACTCCCTCCGTTTTTT

QA 2 209 2 209
DS 



AS 1 3

CO CL4194Contig1 896 3 5 U
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TTCTCCTTAGGAGCCACCACTATCTCACTCGGATTAGGGTTTAGGTTTAGACCTGAAGGA
GTAAGAAATGGCTCCTCCATTTCAGCATCAGAATGTGGCTCGCTTTCCCCTGAGTCACCG
CTTGAATCCCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTCTTCTTCTTCTTCAGCTTCT
TCCATTGGAACTTCAGCAATCTCTACGTTTTGCTCAGGAAGCCTCTGCTGCAATGGAACA
GCATTGCTTATAAGCTGTCCTGTCCTAAGCTTCTCTCTGTAGTCTTCCATTTCAGTTCGA
TACCTCTCTTTGTCCTCCATTGCCTTCCCTTGGTAAACCAATCTCTCTTGTTCATTAAGC
TTGTTCCAGAGCTCACCAATCATCCTGCTGATCTCCCTATCCTTACCGGGATGCAGCGGT
TTCAGCCTTGCGTGCTGCTCAGCGAAAAAGAAGTTATAACCGCTTCTGTTAGGTTTAGGA
TGGGCAGGATCACGTCTTTTGATCTCTGACTTCTTCCTTATCCTGCGGCGTTTCCTCACT
CCTCCAGTAACAACCCCCTGAGGATAAGGACCATTGTTGTTCCAAGTGTTTGGGAAACCA
CCATGATGACTCTGTTGTGGAGTTTGATGAGCAGCAACTGTGTTCTCTGGAACAAGCTGG
CAGAGAACTCCTTTAAGCTTTTCTGATCCCATTGTCACAGTTACAAGGTAACCGTCTTCG
AATTTCCCATCCACAACTCCAATCACACTTGCACCATTTAAAACTCCTCCAATGTTGATC
CTTGGTTGTGGTGTAAAGGCTAAAGCTTGAAGTTCTTGTGGAGGTCTTATGCCCCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C053JQ U 1
AF RR1EJ61JQ U 1
AF RR1C053TF C 197
BS 1 676 RR1C053JQ
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RD RR1C053JQ 676 0 0
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CTTGAATCCCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTCTTCTTCTTCTTCAGCTTCT
TCCATTGGAACTTCAGCAATCTCTACGTTTTGCTCAGGAAGCCTCTGCTGCAATGGAACA
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TACCTCTCTTTGTCCTCCATTGCCTTCCCTTGGTAAACCAATCTCTCTTGTTCATTAAGC
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TGGGCAGGATCACGTCTTTTGATCTCTGACTTCTTCCTTATCCTGCGGCGTTTCCTCACT
CCTCCAGTAACAACCCCCTGAGGATAAGGACCATTGTTGTTCCAAGTGTTTGGGAAACCA
CCATGATGACTCTGTT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1EJ61JQ 754 0 0
GT
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AAGAGATGGCTCCTCCATTTCAGCATCAGAATGTGGCTCGCTTTCCCCTGAGTCACCGCT
TGAATCCCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC***GTCTTCTTCTTCTTCAGCTTCTTC
CATTGGAACTTCAGCAATCTCTACGTTTTGCTCAGGAAGCCTCTGCTGCAATGGAACAGC
ATTGCTTATAAGCTGTCCTGTCCTAAGCTTCTCTCTGTAGTCTTCCATTTCAGTTCGATA
CCTCTCTTTGTCCTCCATTGCCTTCCCTTGGTAAACCAATCTCTCTTGTTCATTAAGCTT
GTTCCAGAGCTCACCAATCATCCTGCTGATCTCCCTATCCTTACCGGGATGCAGCGGTTT
CAGCCTTGCGTGCTGCTCAGCGAAAAAGAAGTTATAACCGCTTCTGTTAGGTTTAGGATG
AGCAGGATCACGTCTTTTGATCTCTGACTTCTTCCTTCTCCTGCGGCGTTTCCTCACTCC
TCCAGTAACAACCCCCTGAGGATAAGGACCATTGTTGTTCCAAGTGTTTGGGAAACCACC
ATGATGACTCTGTTGTGGAGTTTGATGAGCAGCAACTGTGTTCTCTGGAACAAGCTGGTA
GAGAACTCCTTTAAGCTTTTCTGATCCCATTG

QA 3 754 3 754
DS 

RD RR1C053TF 700 0 0
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GTCCTGTCCTAAGCTTCTCTCTGTAGTCTTCCATTTCAGTTCGATACCTCTCTTTGTCCT
CCATTGCCTTCCCTTGGTAAACCAATCTCTCTTGTTCATTAAGCTTGTTCCAGAGCTCAC
CAATCATCCTGCTGATCTCCCTATCCTTACCGGGATGCAGCGGTTTCAGCCTTGCGTGCT
GCTCAGCGAAAAAGAAGTTATAACCGCTTCTGTTAGGTTTAGGATGGGCAGGATCACGTC
TTTTGATCTCTGACTTCTTCCTTATCCTGCGGCGTTTCCTCACTCCTCCAGTAACAACCC
CCTGAGGATAAGGACCATTGTTGTTCCAAGTGTTTGGGAAACCACCATGATGACTCTGTT
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GCTTTTCTGATCCCATTGTCACAGTTACAAGGTAACCGTCTTCGAATTTCCCATCCACAA
CTCCAATCACACTTGCACCATTTAAAACTCCTCCAATGTTGATCCTTGGTTGTGGTGTAA
AGGCTAAAGCTTGAAGTTCTTGTGGAGGTCTTATGCCCCC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 3

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CAAGCCAATTTTGGAGCTGCTTTGTGATAATGGAACCAACCAGCAAAAAGCATTAAGGCT
GCGAAGACCAATGCGCCAATTGCGGTACAATAAAGTTGTAATTCACTAGTTATTCCAGAT
GCCCGCCAAAGCTGAAAAAAGCCGGAGGTTATTTGTATTCCTCGGAAGCCTCCGCCCACA
TCTCCATTCAGGATTTCTTGGCCCACTATTGGCCAAACCACCTGAGCACTAGGTCCAATG
TGAGTAGGATCACTCAGCCATGCTTCATAATTGGAAAAACGAGCACCGTGGAAATACATG
CCACTCAGCCAAAGAAAGATGATAGAGAGTTGGCCAAAATGGGCACTAAATACTTTTCGA
GAGATTTCCTCCAAATCACTGGTATGACTATCAAAATCGTGAGCATCAGCATGTAGGTTC
CAGATCCAAGTGGTAGTATCAGGTCCCTTAC


BQ
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AF RR1FC50JQ U 1
AF RR1FC50TF C 1
AF RR1D947TF U 69
BS 1 664 RR1FC50JQ
BS 665 678 RR1D947TF
BS 679 691 RR1FC50TF

RD RR1FC50JQ 664 0 0
GACCAATTCAAAGTAAAAAAGGGGGGTGCTCCTTCAGCAAAACTTGGATAAAGTTGAGCC
AAAAGATCCCGATTCAAGATAAATTCATGAGGAAGTGGTATTTCATTAGGATCTACTCCA
GCATTTAGAAATTGGTTAATCGGTAAAGATACATGTACTTGATGTCCTGCCCACGAAAGG
GACCCAAGTCCTAGTAGCCCTGCTAAATGGTGATTCAACATAGATTCTACATCTTGGAAC
CAAGCCAATTTTGGAGCTGCTTTGTGATAATGGAACCAACCAGCAAAAAGCATTAAGGCT
GCGAAGACCAATGCGCCAATTGCGGTACAATAAAGTTGTAATTCACTAGTTATTCCAGAT
GCCCGCCAAAGCTGAAAAAAGCCGGAGGTTATTTGTATTCCTCGGAAGCCTCCGCCCACA
TCTCCATTCAGGATTTCTTGGCCCACTATTGGCCAAACCACCTGAGCACTAGGTCCAATG
TGAGTAGGATCACTCAGCCATGCTTCATAATTGGAAAAACGAGCACCGTGGAAATACATG
CCACTCAGCCAAAGAAAGATGATAGAGAGTTGGCCAAAATGGGCACTAAATACTTTTCGA
GAGATTTCCTCCAAATCACTGGTATGACTATCAAAATCGTGAGCATCAGCATGTAGGTTC
CAGA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1FC50TF 691 0 0
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AAAAGATCCCGATTCAAGATAAATTCATGAGGAAGTGGTATTTCATTAGGATCTACTCCA
GCATTTAGAAATTGGTTAATCGGTAAAGATACATGTACTTGATGTCCTGCCCACGAAAGG
GACCCAAGTCCTAGTAGCCCTGCTAAATGGTGATTCAACATAGATTCTACATCTTGGAAC
CAAGCCAATTTTGGAGCTGCTTTGTGATAATGGAACCAACCAGCAAAAAGCATTAAGGCT
GCGAAGACCAATGCGCCAATTGCGGTACAATAAAGTTGTAATTCACTAGTTATTCCAGAT
GCCCGCCAAAGCTGAAAAAAGCCGGAGGTTATTTGTATTCCTCGGAAGCCTCCGCCCACA
TCTCCATTCAGGATTTCTTGGCCCACTATTGGCCAAACCACCTGAGCACTAGGTCCAATG
TGAGTAGGATCACTCAGCCATGCTTCATAATTGGAAAAACGAGCACCGTGGAAATACATG
CCACTCAGCCAAAGAAAGATGATAGAGAGTTGGCCAAAATGGGCACTAAATACTTTTCGA
GAGATTTCCTCCAAATCACTGGTATGACTATCAAAATCGTGAGCATCAGCATGTAGGTTC
CAGATCCAAGTGGTAGTATCAGGTCCCTTAC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1D947TF 610 0 0
CCGATTCAAGGTAAATTCATGAGGAAGTGGTATTTCTTTAGGATCTACTCCAGCATTTAG
AAATTGGTTAATCGGTAAAGATACATGTACTTGATGTCCTGCCCACGAAAGGGACCCAAG
TCCTAGTAGCCCTGCTAAATGGTGATTCAACATAGATTCTACATCTTGGAACCAAGCCAA
TTTTGGAGCTGCTTTGTGATAATGGAACCAACCAGCAAAAAGCATTAAGGCTGCGAAGAC
CAATGCGCCAATTGCGGTACAATAAAGTTGTAATTCACTAGTTATTCCAGATGCTCGCCA
AAGCTGAAAAAAGCCGGAGGTTATTTGTATTCCTCGGAAGCCTCCGCCCACATCTCCATT
CAGGATTTCTTGGCCCACTATTGGCCAAACCACCTGAGCACTAGGTCCAATGTGAGTAGG
ATCACTCAGCCATGCTTCATAATTGGAAAAACGAGCACCGTGGAAATACATGCCACTCAG
CCAAAGAAAGATGATAGAGAGTTGGCCAAAATGGGCACTAAATACTTTTCGAGAGATTTC
CTCCAAATCACTGGTATGACTATCAAAATCGTGAGCATCAGCATGTATGTTCCAGATCCA
AGTGGTAGTA

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 3

CO CL4196Contig1 846 3 13 U
GGCTCCACCAAGCAAGTGTGTATCTTTCTCCGCCTATCTCTTTCTTTCTCTCTCTCTCTG
AGGAATCTCTTCTTCTCATTTCGAGTCCGTAAGATCCCCTCGAAAACAAAAAAGAGATGG
CGGAGGAGAAGAAAGTCGCCCCGATTGGTGTCTGGACCGCCGTGAAGCCCTTCGTCAATG
GCGGAGCCTCCGGTATGCTCGCGACTTGCGTCATCCAGCCGATTGACATGATCAAGGTGA
GGATTCAACTAGGTCAGGGATCTGCAGCCAGTGTGACCAAGAACATGTTGAAGAATGATG
GTATTGGTGCTTTCTACAAGGGATTGTCTGCTGGTTTGTTGAGGCAAGCAACTTACACCA
CAGCCCGTCTTGGATCCTTCAAGATGCTGACTGCAAAAGCCATTGAGGCCAACGACGGGA
AGCCGCTACCTCTGTATCAGAAGGCTCTGTGTGGTCTGACGGCCGGTGCCATTGGTGCTT
GCGTCGGTAGTCCGGCCGATCTGGCGCTTATCAGAATGCAAGCCGACAACACCTTGCCGT
TGGCTCAGCGCAGGAACTACACCAATGCGTTCCACGCGCTGTACCGTATCAGCGCCGATG
AAGGAGTTTTGGCGCTCTGGAAAGGTTGCGGTCCCACTGTGGTTAGAGCCATGGCTTTGA
ACATGGGGATGCTTGCTTCTTATGATCAGAGTGCTGAGTACACGAGAGATAATCTCGGTC
TCGGGGAGACTTCTACCGTCGTTGGAGCAATGCTGTTTCAGGGTTCTGCGCTGCGGCTTG
CAGTCTTCCATTTGACTTTGTCAAACTCAGATCCAGAAATGCACCGACGCGCAGGGAGTA
TCCATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS56TF U 1
AF RR1CD49TF U 9
AF RR1AT77TF U 549
BS 1 57 RR1DS56TF
BS 58 59 RR1CD49TF
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BS 748 846 RR1AT77TF

RD RR1DS56TF 677 0 0
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GGATTCAACTAGGTCAGGGATCTGCAGCCAGTGTGACCAAGAACATGTTGAAGAATGATG
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AGCCGCTACCTCTGTATCAGAAGGCTCTGTGTGGTCTGACGGCCGGTGCCATTGGTGCTT
GCGTCGGTAGTCCTGCCGATCTGGCGCTTATCAGAATGCAAGCCGACAACACCTTGCCGT
TGGCTCAGCGCAGGAACTACACCAATGCGTTCCACGCGCTGTACCGTATCAGCGCCGATG
AAGGAGTTTTGGCGCTCTGGAAAG*TTGCGGTCCCACTGTGGTTAGAGCCATGGCTTTGA
ACATGGGGATGCTTGCT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1CD49TF 739 0 0
G
AAGCAAGTGTGTATCTTTCTCCGCCTATCTCTTTCTTTCTCTCTCTCTCTGAGGAATCTC
TTCTTCTCATTTCGAGTCCGTAAGATCCCCTCGAAAACAAAAAAGAGATGGCGGAGGAGA
AGAAAGTCGCCCCGATTGGTGTCTGGACCGCCGTGAAGCCCTTCGTCAATGGCGGAGCCT
CCGGTATGCTCGCGACTTGCGTCATCCAGCCGATTGACATGATCAAGGTGAGGATTCAAC
TAGGTCAGGGATCTGCAGCCAGTGTGACCAAGAACATGTTGAAGAATGATGGTATTGGTG
CTTTCTACAAGGGATTGTCTGCTGGTTTGTTGAGGCAAGCAACTTACACCACAGCCCGTC
TTGGATCCTTCAAGATGCTGACTGCAAAAGCCATTGAGGCCAACGACGGGAAGCCGCTAC
CTCTGTATCAGAAGGCTCTGTGTGGTCTGACGGCCGGTGCCATTGGTGCTTGCGTCGGTA
GTCCGGCCGATCTGGCGCTTATCAGAATGCAAGCCGACAACACCTTGCCGTTGGCTCAGC
GCAGGAACTACACCAATGCGTTCCACGCGCTGTACCGTATCAGCGCCGATGAAGGAGTTT
*GGCGCTCTGGAAAGGTTGCGGTCCCACTGTGGTTAGAGCCATGGCTTTGA*CATGGGGA
TGCTTGCTTCTTATGATCAGAGTGCTGAGTACATGAGAGATA*TCTCGGTCTCGGGGAGA
CTTCTACCGTCGTTGGAG

QA 2 739 2 739
DS 

RD RR1AT77TF 298 0 0
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TTGGCGCTCTGGAAAGGTTGCGGTCCCACTGTGGTTAGAGCCATGGCTTTGAACATGGGG
ATGCTTGCTTCTTATGATCAGAGTGCTGAGTACACGAGAGATAATCTCGGTCTCGGGGAG
ACTTCTACCGTCGTTGGAGCAATGCTGTTTCAGGGTTCTGCGCTGCGGCTTGCAGTCTTC
CATTTGACTTTGTCAAACTCAGATCCAGAAATGCACCGACGCGCAGGGAGTATCCATA

QA 1 298 1 298
DS 



AS 1 2

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AACGTCATTTGAAAAAAAGATTGAAAATGACAGTGGATGAAAATTAGGTACAACGGTGAA
ACAGTCCTACGCTGTGACAGGTGTCTCAACGGCGACCTTGCCTGAATATCCAACATCAGC
TAATTTTCTGTCCGATTTCCATAACTCAGGTAACGCCTCCTTCATGTTGTGAATGTTTTC
GAAGGCGTAATCTGCTCCTTTGACTTTGTTTGATGCACCAACCAGAACCGTGTCGAGACC
AACGCGTTTTCCAGCTTGTACATTTCAGACACTGTCCTCAAAGAACTGCGTTCGGTTAGG
GTCAATATTGGCGATTTCGAGAGCTTTCTCAATAGCGGCTTCTGACGGTTTACACACGAT
AGGCGTTTTCGGAAGCAAACTAACCGGTTCAGACCGGTCGAAATGTCCAACGATATCAAA
AATATCTGTATTTCCAGACACTGCGTTTGTGTGCGTCGGGTTAAGCGTTTCGAAACATAT
GATCCCTTCGAAACAATCCTCTAATCCCAGCCTCTTCAACGCCTTGACCGCGTGAACTCT
ATCCGCGTTCGTGAATATGACTTTGCGGAGAGGAAGGCTAAGCAAGAGGCTTCGAAGAAC
AGGGTCAGGTTTTATGTTGTCGTACGGTAAACGACCGTGGACGAAGCTATGATATTCATC
GTAGTCAAAGTCATATCCGATCGCTCTAAGACCGGCCATTGTTGTTCCATAGTTCTTGTA
GAGAAGATTAGACAATTCAACGATTTTGTCCTTCGGAATACCGAGTTCCTCGACCATATA
ATCTTTGATGTTCTGCCCACACTCTCTTGCGATTCCCGTGCTAAGAGGATAAAGAGTATC
GTCCAAATCGAATAAGAGACAGTCGTACTTCTGCGTCGTTGTAAGTCCGTACCGGTTTTG
GGACTCCATTCTCTTAAGCTTAGAACAGAAGCTGGCGGATGTAGAGAGAGAAAGAGCAGA
GTATGTTAAGACTTAAGAGAGAGAAGGTGTGGGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CP26JQ U 1
AF RR1B796TF C 404
BS 1 784 RR1CP26JQ
BS 785 1057 RR1B796TF

RD RR1CP26JQ 784 0 0
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AACGTCATTTGAAAAAAAGATTGAAAATGACAGTGGATGAAAATTAGGTACAACGGTGAA
ACAGTCCTACGCTGTGACAGGTGTCTCAACGGCGACCTTGCCTGAATATCCAACATCAGC
TAATTTTCTGTCCGATTTCCATAACTCAGGTAACGCCTCCTTCATGTTGTGAATGTTTTC
GAAGGCGTAATCTGCTCCTTTGACTTTGTTTGATGCACCAACCAGAACCGTGTCGAGACC
AACGCGTTTTCCAGCTTGTACATTTCAGACACTGTCCTCAAAGAACTGCGTTCGGTTAGG
GTCAATATTGGCGATTTCGAGAGCTTTCTCAATAGCGGCTTCTGACGGTTTACACACGAT
AGGCGTTTTCGGAAGCAAACTAACCGGTTCAGACCGGTCGAAATGTCCAACGATATCAAA
AATATCTGTATTTCCAGACACTGCGTTTGTGTGCGTCGGGTTAAGCGTTTCGAAACATAT
GATCCCTTCGAAACAATCCTCTAATCCCAGCCTCTTCAACGCCTTGACCGCGTGAACTCT
ATCCGCGTTCGTGAATATGACTTTGCGGAGAGGAAGGCTAAGCAAGAGGCTTCGAAGAAC
AGGGTCAGGTTTTATGTTGTCGTACGGTAAACGACCGTGGACGAAGCTATGATATTCATC
GTAGTCAAAGTCATATCCGATCGCTCTAAGACCGGCCATTGTTGTTCCATAGTTCTTGTA
GAGA

QA 1 784 1 784
DS 

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AGCGTTTCGAAACATATGATCCCTTCGAAACAATCCTCTAATCCCAGCCTCTTCAACGCC
TTGACCGCGTGAACTCTATCCGCGTTCGTGAATATGACTTTGCGGAGAGGAAGGCTAAGC
AAGAGGCTTCGAAGAACAGGGTCAGGTTTTATGTTGTCGTACGGTAAACGACCGTGGACG
AAGCTATGATATTCATCGTAGTCAAAGTCATATCCGATCGCTCTAAGACCGGCCATTGTT
GTTCCATAGTTCTTGTAGAGAAGATTAGACAATTCAACGATTTTGTCCTTCGGAATACCG
AGTTCCTCGACCATATAATCTTTGATGTTCTGCCCACACTCTCTTGCGATTCCCGTGCTA
AGAGGATAAAGAGTATCGTCCAAATCGAATAAGAGACAGTCGTACTTCTGCGTCGTTGTA
AGTCCGTACCGGTTTTGGGACTCCATTCTCTTAAGCTTAGAACAGAAGCTGGCGGATGTA
GAGAGAGAAAGAGCAGAGTATGTTAAGACTTAAGAGAGAGAAGGTGTGGGGGCC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 3

CO CL4198Contig1 1283 3 11 U
ATGTTCTTCCACCGCGTGCCTAATCCTTTCCTCTTTGGATGATAAAACCCCAACCTGCCA
GCGAACAAACAAGCTTTCTCAAATCGATTAAGGCGATCGTAATTGGAACATAGATTAGGG
CTTCGAAGATGTGCTCGTTAACGATTCAGTTCTCGCTCTTACAATCACTGTCTCGCCCCT
CCTCGTTATTTTCATCCAACCTTGAACCTAAACTGTCTACTTCCTCTGTGAGCTTCCCAT
TGAAGATGAAGCCGAGAATTTGCAGTAAAAATTTGGTTCTGAGAGTTAAGGCCCATGGTT
CGTCAAATAATCATCAGCCCTCTGAAGAGTTCACACCTCCCAGTGGCAATCTGCCCAAAA
CCCGGAGGGACATTTTACTCGAGTATGTTCAGAATGCGAAACCGGAGTTTATGGAGTTGT
TCGTTAAACGCGCGCCTAAACATGTGGTTGATGCAATGCGACATACTGTGACTAATATGA
TTGGAACGCTACCTCCGCAGTTTTTCTCCGTTACAGTCACCTCTGTTGCTGAAAACCTTG
CACAGTTGATGATGAGCGTATTGATGACCGGATACATGTTCAGAAACGCTCAATATCGTC
TTGAATTGCAACAAAGTTTAGAGCAGGTTGCTCTTCCTGAACCACGTCATAAAAGGGGGG
ATGATCAAGACTATGCACCTGGAACGCAAAAGAATGTATCAGGCGAAGTGATCAGATGGA
ATAACATTTCTGGTCCCGAGAAAATTGATGCGAAAAAGTATATCGAGCTTCTGGAAGCAG
AGATCGAAGAACTGAACCGTCAAGTAGGGAGAAAATCTGCGAATGAGCAGAACGAGATTC
TGGAGTATCTAAAATCTCTCGAGCCTCAAAATCTTAAGGAGCTTACAAGCACTGCAGGCA
AAGATGTTGCTGTGGCTATGAATGCACTTATCAACCGGCTTCTAGCTGTATCAGACACAG
ATCCAAAGCAAATGAAGACGAATGTGACAGAGACAAGCGCAACGGACCTTGCAAAATTGT
TGTATTGGCCAATGGTGGTTGGTTATAGCATTCGCAATATTGAGGTCCGTTTTGATATGG
AACGTATGCTTGGTACTCATGCGAAGCTCGCAGAGTTGCCTCCTGGTGAAATTATTTGAA
AACCCAGAGCTTTTTCTCTCCAAAAGAACTCAGATTTCGTGATTGCTATTTTTAAATTGA
TCAAACTGAATTTTCGGATAAGAACAATTGTGTAACATCCGATTTGTAGTATACAGAAAA
ATTTAAAATTTTGATTTGGTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GK52TF U 1
AF RR1EO55TF U 110
AF RR1GK52JQ C 498
BS 1 120 RR1GK52TF
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BS 876 1283 RR1GK52JQ

RD RR1GK52TF 656 0 0
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GCGAACAAACAAGCTTTCTCAAATCGATTAAGGCGATCGTAATTGGAACATAGATTAGGG
TTTCGAAGATGTGCTCGTTAACGATTCAGTTCTCGCTCTTACAATCACTGTCTCGCCCCT
CCTCGTTATTTTCATCCAACCTTGAACCTAAACTGTCTACTTCCTCTGTGAGCTTCCCAT
TGAAGATGAAGCCGAGAATTTGCAGTAAAAATTTGGTTCTGAGAGTTAAGGCCCATGGTT
CGTCAAATAATCATCAGCCCTCTGAAGAGTTTACACCTCCCAGTGGCAATCTGCCCAAAA
CCCGGAGGGACATTTTACTCGAGTATGTTCAGAATGTGAAACCGGAGTTTATGGAGTTGT
TCGTTAAACGCGCGCCTAAACATGTGGTTGATGCAATGCGACATACTGTGACTAATATGA
TTGGAACGCTACCTCCGCAGTTTTTCTCCGTTACAGTCACCTCTGTTGCTGAAAACCTTG
CACAGTTGATGATGAGCGTATTGATGACCGGATACATGTTCAGAAACGCTCAATATCGTC
TTGAATTGCAACAAAGTTTAGAGCAG*TTGCTCTTCCTGAACCACGTCATAAAAGG

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1EO55TF 766 0 0
GG
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CTCGCCCCTCCTCGTTATTTTCATCCAACCTTGAACCTAAACTGTCTACTTCCTCTGTGA
GCTTCCCATTGAAGATGAAGCCGAGATTTTGCAGTAAAAATTTGGTTCTGAGAGTTAAGG
CTCATGGTTCGTCAAATAATCA***GCCCTCTGAAGAGTTCACACCTCCCAGTGGCAATC
TGCCCAAAACCCGGAGGGACATTTTACTCGAGTATGTTCAGAATGCGAAACCGGAGTTTA
TGGAGTTGTTCGTTAAACGCGCGCCTAAACATGTGGTTGATGCAATGCGACATACTGTGA
CTAATATGATTGGAACGCTACCTCCGCAGTTTTTCTCCGTTACAGTCACCTCTGTTGCTG
AAAACCTTGCACAGTTGATGATGAGCGTATTGATGACCGGGTACATGTTCAGAAACGCTC
AATATCGTCTTGAATTGCAACAAAGTTTAGAGCAGGTTGCTCTTCCTGAACCACGTCATA
AAAGGGGGGATGATCAAGACTATGCACCTGGAACGCAAAAGAATGTATCAGGCGAAGTGA
TCAGATGGAATAACATTTCTGGTCCCGAGAAAATTGATGCGAAAAAGTATATCGAGCTTC
TGGAAGCAGAGATCGAAGAACTGAACCGTCAAGTAGGGAGAAAATCTGCGAATGAGCAGA
ACGAGATTCTGGAGTATCTAAAATCTCTCGAGCCTCAAAATCTT

QA 3 766 3 766
DS 

RD RR1GK52JQ 786 0 0
GCAG
TTTTCTCCGTTACAGTCAC*TCTGTTGCTGAAAACCTTGCACAGTTGATGATGAGCGTAT
TGATGACCGGATACATGTTCAGAAACGCTCAATATCGTCTTGAATTGCAACAAAGTTTAG
AGCAGGTTGCTCTTCCTGAACCACGTCATAAAAGGGGGGATGATCAAGACTATGCACCTG
GAACGCAAAAGAATGTATCAGGGGAAGTGATCAGATGGAATAACATTTCTGGTCCCGAGA
AAATTGATGCGAAAAAGTATATCGAGCTTCTGGAAGCAGAGATCGAAGAACTGAACCGTC
AAGTAGGGAGAAAATTTGCGAATGAGCAGAACGAGATTCTGGAGTATCTAAAATCTCTCG
AGCCTCAAAATCTTAAGGAGCTTACAAGCACTGCAGGCAAAGATGTTGCTGTGGCTATGA
ATGCACTTATCAACCGGCTTCTAGCTGTATCAGACACAGATCCAAAGCAAATGAAGACGA
ATGTGACAGAGACAAGCGCAACGGACCTTGCAAAATTGTTGTATTGGCCAATGGTGGTTG
GTTATAGCATTCGCAATATTGAGGTCCGTTTTGATATGGAACGTATGCTTGGTACTCATG
CGAAGCTCGCAGAGTTGCCTCCTGGTGAAATTATTTGAAAACCCAGAGCTTTTTCTCTCC
AAAAGAACTCAGATTTCGTGATTGCTATTTTTAAATTGATCAAACTGAATTTTCGGATAA
GAACAATTGTGTAACATCCGATTTGTAGTATACAGAAAAATTTAAAATTTTGATTTGGTT
GG

QA 5 786 5 786
DS 



AS 1 3

CO CL4199Contig1 1377 3 12 U
ATCACGCATGAATCATCTATAAAAGTCTCATTATTTCTTTTTCTTTTTATTTTCCACAAA
CAAAACGAAAATACTGAATGAAAATGTCTTGCTCAGCTTATTTTACAGCAAGCAAATTTT
TATTCCTTTTGGTTCTTTACAACACAAAATGTTTATCTCCCCTTGTCTCTTTTTCTTATC
TACGAAAGCTACAAATTTGCATCCCACACAGCTCGGTCACCTTCTCCACACACGGCATGA
ACCAACCACATTCTATCGACTGATTTGCATACCCCACTGCACTTCCAGTCGAATGACGCC
ACACACACTTCTCCATCGTCAGCTTTCATTTCACAAACTGGAGGAGTACCACAACAGAAA
TTACGATCATCTATATGATCAACCTCAAGACCGAGGAACCATGAGCCGAGTGTCACATCT
TCATTTGCATATTTGTGCAAAATTGGCTGGTTGTTAGATATGTATGTCGCAAGATCCTTT
GAGATGGCATAAATCTGTCCTGTAGCATGTCGAAAATAGTTGTTCCCTTCCTCTCCAAAC
TTCCAAAACTCAGGCTCACGATATTTGGCCGTCTTCTTAGTAAGAACTTGTCCTGATTTC
ATGCATCCAATGTAGACCCTCGGCTTGTGACGGTGAAAAGCTAATGTGGAAGCAAGCATA
CCAAGATTAACATGAACATCATCATCAATCTTAACGTAGAACTCAGCATCCCATGTTGCA
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TCCAGCCTAAAGAAATCTTTGTATTGAGCATCTTCTGAGTCAATTTCCTTATCCAATATA
CTATGTGGTGTCGCACTGTGTCCGATCATGAACTTGACGACAATACCCTTCTCTTTCTCC
AATTTCTCAAGCTTTTCTCCCTGAGGCATCCAAGTTTCTCTAAGAGAATCACGACGTTGT
CTACTGCTAAATGCAGTGTTGATACCAATCACCATGAAAAATTTCTTCGTTTGGTTTCCT
TTTGTTGAAGTATTTGTTGTTGAGACATCCACAATATGTTGATGGTCGTGTCTAACAGAT
AGCTGCTTCTGAATCATAGACACTGACTTATCCAATGATTCTATTGCTTTATGGGTTTTT
AGAACCTCTTGAATTACATCCTTTTCTTGTGATTTTTTTTTCTCATGAGCATATTCCTCG
GTAGCCACGTTAACTTCCTGATCTCGCCGGTGCTTTAGAATGAACTGGCTACCGGAATCC
GACCCACGAAATCTGGAGGTGAACATTGCTCCGACAAAAAAGCAGGAGATGCAGAGAAGC
GAAACCCATGTCAGTGATAGTCTGCTCGAGACTTTGGTCTTCATTGGTGTGAAGAGA


BQ
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AF RR1C640JQ U 1
AF RR1CL86JQ U 54
AF RR1C640TF C 791
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BS 873 879 RR1C640JQ
BS 880 1377 RR1C640TF

RD RR1C640JQ 879 0 0
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CAAAACGAAAATACTGAATGAAAATGTCTTGCTCAGCTTATTTTACAGCAAGCAAATTTT
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ACACACACTTCTCCATCGTCAGCTTTCATTTCACAAACTGGAGGAGTACCACAACAGAAA
TTACGATCATCTATATGATCAACCTCAAGACCGAGGAACCATGAGCCGAGTGTCACATCT
TCATTTGCATATTTGTGCAAAATTGGCTGGTTGTTAGATATGTATGTCGCAAGATCCTTT
GAGATGGCATAAATCTGTCCTGTAGCATGTCGAAAATAGTTGTTCCCTTCCTCTCCAAAC
TTCCAAAACTCAGGCTCACGATATTTGGCCGTCTTCTTAGTAAGAACTTGTCCTGATTTC
ATGCATCCAATGTAGACCCTCGGCTTGTGACGGTGAAAAGCTAATGTGGAAGCAAGCATA
CCAAGATTAACATGAACATCATCATCAATCTTAACGTAGAACTCAGCATCCCATGTTGCA
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CTATGTGGTGTCGCACTGTGTCCGATCATGA*CTTGACG

QA 1 879 1 879
DS 

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AAATTTTTATTCCTTTTGGTTCTTTACAACACAAAATGTTTATCTCCCCTTGTCTCTTTT
TCTTATCTACGAAAGCTACAAATTTGCATCCCACACAGCTCGGTCACCTTCTCCACACAC
GGCATGAACCAACCACATTCTATCGACTGATTTGCATACCCCACTGCACTTCCAGTCGAA
TGACGCCACACACACTTCTCCATCGTCAGCTTTCATTTCACAAACTGGAGGAGTACCACA
ACAGAAATTACGATCATCTATATGCTCAACCTCAAGACCGAGGAACCATGAGCCGAGTGT
CACATCTTCATTTGCATATTTGTGCAAAATTGGCTGGTTGTTAGATATGTATGTCGCAAG
ATCCTTTGAGATGGCATAGATCTGTCCTGTAGCATGTCGAAAATAGTTGTTCCCTTCCTC
TCCAAACTTCCAAAACTCAGGCTCACGATATTTGGCCGTCTTCTTAGTAAGAACTTGTCC
TGATTTCATGCATCCAATGTAGACCCTCGGCTTGTGACGGTGAAGAGCTAATGTGGAAGC
AAGCATACCAAGATTAACATGAACATCATCATCAATCTTAACGTAGAACTCAGCATCCCA
TGTTGCAACTGCACTTGAAAAGAAGGATTTGGTTTTCGCAGAAAGATTATAATATCCCTC
CACATGATCCAGCCTAAAGAAATCTTTGTATTGAGCATCTTCTGAGTCAATTTCCTTATC
CAATATACTATGTGGTGTCGCACTGTGTCCGA

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1C640TF 587 0 0
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GCTTTTCTCCCTGAGGCATCCAAGTTTCTCTAAGAGAATCACGACGTTGTCTACTGCTAA
ATGCAGTGTTGATACCAATCACCATGAAAAATTTCTTCGTTTGGTTTCCTTTTGTTGAAG
TATTTGTTGTTGAGACATCCACAATATGTTGATGGTCGTGTCTAACAGATAGCTGCTTCT
GAATCATAGACACTGACTTATCCAATGATTCTATTGCTTTATGGGTTTTTAGAACCTCTT
GAATTACATCCTTTTCTTGTGATTTTTTTTTCTCATGAGCATATTCCTCGGTAGCCACGT
TAACTTCCTGATCTCGCCGGTGCTTTAGAATGAACTGGCTACCGGAATCCGACCCACGAA
ATCTGGAGGTGAACATTGCTCCGACAAAAAAGCAGGAGATGCAGAGAAGCGAAACCCATG
TCAGTGATAGTCTGCTCGAGACTTTGGTCTTCATTGGTGTGAAGAGA

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 3

CO CL4200Contig1 679 3 11 U
CCTTCTAATAACTATTATTAAATCGAGGTAGGTGGTAAATCCAACACCTAAGTACATGTT
CTCTTACAAGCAAACCCCATTATAACGTACTGTAGGAAATGTATTTTTGTATCAAGAAAC
ACAGATATCATTTTAGTTCCCTTCTTGGCTGAAGTGTTGCTGCTCTGTTTCTTCTTGGAT
CTCTGTGATCGGCAAGTTTCCTGATCCATCACCACCAGATTCTGAGAACTTAGTGATCTT
CTGCAACTCGTCGCTCACACCTGACTGGTCATCACTAGCAGCTGCTTCTTGGTCTATCTT
AGCTTGTGGCGGCTTAGGACGGCGAATGGCCTCCGCTGCTTCTGGCATAACAACTGGAGG
TGGTTGTGGAGGAACCCATGATCGCTGCCTTGGGAGAGCTGCTGGTTCCATTGTGTTTGT
TTCGTTTTGGATAACGATGGACCTGGACGCTGTTGTCTCATAGCCAAAGTCCGTGGAGCT
AGGGTTTTTCTGTTGCCACCATGGACCATTCGAACTCTCGTCTTGGGGAGCTTGACCATA
GTCCCATGGCTTATTTTTAGGAGCGATGCGAGGATTTGATAGCTGTTGGTTCGGATTGGG
TGGCATGTCGTTAATCTCCTGAATGTTTGAAGGCTTCTCTCCTCTCTGAATCATAGACAT
TATATCCATATATGACTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DU42JQ U 1
AF RR1DU42TF C 1
AF RR1DH18JQ U 1
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BS 384 433 RR1DH18JQ
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BS 435 679 RR1DH18JQ

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CTCTTACAAGCAAACCCCATTATAACGTACTGTAGGAAATGTATTTTTGTATCAAGAAAC
ACAGATATCATTTTAGTTCCCTTCTTGGCTGAAGTGTTGCTGCTCTGTTTCTTCTTGGAT
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CTGCAACTCGTCGCTCACACCTGACTGGTCATCACTAGCAGCTGCTTCTTGGTCTATCTT
AGCTTGTGGCGGCTTAGGACGGCGAATGGCCTCCGCTGCTTCTGGCATAACAACTGGAGG
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TTCGTTTTGGATAACGATGGACCTGGACGCTGTTGTCTCATAGCCAAAGTCCGTGGAGCT
A
C

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1DU42TF 482 0 0
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CTCTTACAAGCAAACCCCATTATAACGTACTGTAGGAAATGTATTTTTGTATCAAGAAAC
ACAGATATCATTTTAGTTCCCTTCTTGGCTGAAGTGTTGCTGCTCTGTTTCTTCTTGGAT
CTCTGTGATCGGCAAGTTTCCTGATCCATCACCACCAGATTCTGAGAACTTAGTGATCTT
CTGCAACTCGTCGCTCACACCTGACTGGTCATCACTAGCAGCTGCTTCTTGGTCTATCTT
AGCTTGTGGCGGCTTAGGACGGCGAATGGCCTCCGCTGCTTCTGGCATAACAACTGGAGG
TGGTTGTGGAGGAACCCATGATCGCTGCCTTGGGAGAGCTGCTGGTTCCATTGTGTTTGT
TTCGTTTTGGATAACGATGGACCTGGACGCTGTTGTCTCATAGCCAAAGTCCGTGGAGCT
A
C

QA 1 481 1 481
DS 

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CTCTTACAAGCAAACCCCATTATAACGTAATGTAGGAAATGTATTTTTGTATCAAGAAAC
ACAGATATCATTTTAGTTCCCTTCTTGGCTGAAGTGTTGCTGCTCTGTT*CTTCTTGGAT
CTCTGTGATCGGCAAGTTTCCAGATCCATCACCACCAGATTCTGAGAACTTAGTGATCTT
CTGCAACTCGTCGCTCACACCTGACTGGTCATCACTAGCAGCTGCTTCTTGGTCTATCTT
AGCTTGTGGCGGCTTAGGACGGCGAATGGCCTCCGCTGCTTCTGGCATAACAACTGGAGG
TGGTTGTGGAGGAACCCATGATAGCTGCCTTGGGAGAGCTGCTGGTTCCATTGTGTTTGT
TTCGTTTTGGATACCGATGGACCTGGACGCTGTTGTCTCATAGCCAAAGTCCGTGGAGCT
AGGGTTTTTCTGTTGCCACCATGGACCATTCGAACTCTCGTCTTGGGGAGCTTGACCATA
GTCCCATGGCTTATTTTTAGGAGCGATGCGAGGATTTGATAGCTGTTGGTTCGGATTGGG
TGGCATGTCGTTAATCTCCTGAATGTTTGAAGGCTTCTCTCCTCTCTGAATCATAGACAT
TATATCCATATATGACTTT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 3

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AAGATCTTACTACACTCACAACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCAGGTTCATCCATACAGTCG
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TATGTATTCAAAATTATGGTAAATTATTGTTTATCTTGTCGGTGGGTAAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1AY34TF U 23
AF RR1FM39JQ C 1
AF RR1FM39TF U 1
BS 1 653 RR1FM39TF

RD RR1AY34TF 236 0 0
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GGCCGATTCTCTCACGGCGACGCATTCGACAACATCGACGGAGGAGAAAGTTCTGA

QA 1 236 1 236
DS 

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TATGTATTCAAAATTATGGTAAATTATTGTTTATCTTGTCGGTGGGT

QA 1 647 1 647
DS 

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CTCTTCTCCTCATTTCACTCCCGAGATTTGAACCTCTCCCTGAGAATCCATCCATGATTC
TTCTAGGCGACGGATTCGACTGG*CCGAT*CTCTCACGGCGACGCATTCGACAACATCGA
CGGAGGAGAAAGCTCTGAAGATGTCGCAGATCGACGGTCGTTGTACTGGCAGAGGAAGAG
ATACTACATATCCTACGGTGCATTGTCGGCGAACAGAGTACCGTGTCCTCCCAGATCTGG
AAGATCTTACTACACTCACAACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCAGGTTCATCCATACAGTCG
AGGCTGCTCCTCCATCACTCGATGCCGGAGATAGAAAATGGCATTTTTCAATCACGGACT
CCTGTTTGTATTTTGCTCGTTCGATTTCCATGTTTTGTGTTGTGTGTAGTAGTAACCGTG
ATTAATTACTTTTGTTAAATTAATAAAGCCCGCGTCATTTTTATTCGAGTGATGATATCT
TATGTATTCAAAATTATGGTAAATTATTGTTTATCTTGTCGGTGGGTAAAAAA

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 3

CO CL4202Contig1 1073 3 15 U
GGGATCCCGATAAAGTCCTTATAACATAGAAGCACTCTGTCTGAATCTCCGGTAAACATA
AACTCGTTCCTCCCCCTCCGTATCTTTTTCTTAATTACAGTGAAATAAATCCAATGCTTA
TTCTGCTCTTCTTCTCTCTCCCTCACAAATTCTTTTCTTCGTCGCCATCCCCATCATACC
TCCTTGTTCCGCCTCCTCTCCTGTTAAGCCATGGCTTCTCCACTTCCTCCTTGCTTCATC
ATCTCTGTTTTTCGTTTGGATTACTGCCGGATCCAGCAATTTGAATCGGGTTTCTAGGTG
TGTATCTAACTTCTATGGAGTGATGGAGAGGTCGTGGAAGGTTGGATCTTTGCAGGAGGC
GCCGCCGTGATTGTAGATCGAGGGTTTGCTATAGCCAAATCTGGATCAGATCTGCTTCGG
AGGGTCTGCCGGAGTGGCAGAGCGTCGCTGCCTCCACTGCCTTCTCTTGTCTCTTCCGTC
GGGGGCCCTTGTAAGAACTTCCCCGTCTAGTACCTTTGGTCTATGATGAAAAGATGATGT
AGAGGCTTTCGCTGGGGAACTCCTCCCGTTCTGATTTCACAGCAGTCACCAAGGCGTCTT
CTTTGGCTTCAGTTCTGTCTTTGGTTTGAGATGTCTCAGGGTTCGTGCCGTTCCTCTGCT
CTGTTTTCCCTTGGTTTGACGGGTCCTTCCTCTGTATTAGGGAGTTTTTTATTTTTTTAA
GACTCAGAATTTCTGAGACACCACTGCTTTGATTAGCTATTCAATATAGGTGGTTTCTTG
TTCGATGGTCTGTTCCCGAGTTTGGCTCCATCGTCTTTAAACGCAAAGTCTCTCTGTTAT
TGCTGACACACAAGTTGTTCTCTATAGTTTGGGTTTATTTTAGTCAATCATTATTTGCTC
TAGTTTGTGTACGTCTCTGTTTCAATTGTCTATGTTTTTTCCTCTCGTTTTCCATTTGTG
GGCATCTGTCTCTGGAGACTATTGTTTAGTCTGCCGGCTTTGTTTCCGGGATTATTTTAA
TCGCCGGCATTGTAATATGTTGTCTATGTTAATATAAAAATCCTCTAGTGTTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A156TF U 1
AF RR1F137TF U 91
AF RR1F137JQ C 209
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AGAGGCTTTCGCTGGGGAACTCCTCCCGTTCTGATTTCACAGCAGTCACCAAGGCGTCTT
CTTTGGCTTCAGTTCTGTCTTTGGTTTGAGATGTCTCAGGGTTCGTGCCGTTCCTCTGCT
CTGTTTTCCCTTGGTTTGACGGGTCCTTCCTCTGTA

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DS 

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GG
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CCAGCAATTTGAATCGGGTTTCTAGGTGTGTATCTAACTTCTATGGAGTGATGGAGAGGT
CGTGGAAGGTTGGATCTTTGCAGGAGGCGCCGCCGTGATTGTAGATCGAGGGTTTGCTAT
AGCCAAATCTGGATCAGATCTGCTTCGGAGGGTCTGCCGGAGTGGCAGAGCGTCGCTGCC
TCCACTGCCTTCTCTTGTCTCTTCCGTCGGGGGCCCTTGTAAGAACTTCCCCGTCTAGTA
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GATTTCACAGCAGTCACCAAGGCGTCTTCTTTGGCTTCAGTTCTGTCTTTGGTTTGAGAT
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GTTT*TTTTAGTCAATCATTATTTGCTCTAGTTTGTGT

QA 3 820 3 820
DS 

RD RR1F137JQ 865 0 0
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GGATCCAGCAATTTGAATCGGGTTTCTAGGTGTGTATCTAACTTCTATGGAGTGATGGAG
AGGTCGTGGAAGGTTGGATCTTTGCAGGAGGCGCCGCCGTGATTGTAGATCGAGGGTTTG
CTATAGCCAAATCTGGATCAGATCTGCTTCGGAGGGTCTGCCGGAGTGGCAGAGCGTCGC
TGCCTCCACTGCCTTCTCTTGTCTCTTCCGTCGGGGGCCCTTGTAAGAACTTCCCCGTCT
AGTACCTTTGGTCTATGATGAAAAGATGATGTAGAGGCTTTCGCTGGGGAACTCCTCCCG
TTCTGATTTCACAGCAGTCACCAAGGCGTCTTCTTTGGCTTCAGTTCTGTCTTTGGTTTG
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CCTCTGTATTAGGGAGTTTTTTATTTTTTTAAGACTCAGAATTTCTGAGACACCACTGCT
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CATCGTCTTTAAACGCAAAGTCTCTCTGTTATTGCTGACACACAAGTTGTTCTCTATAGT
TTGGGTTTATTTTAGTCAATCATTATTTGCTCTAGTTTGTGTACGTCTCTGTTTCAATTG
TCTATGTTTTTTCCTCTCGTTTTCCATTTGTGGGCATCTGTCTCTGGAGACTATTGTTTA
GTCTGCCGGCTTTGTTTCCGGGATTATTTTAATCGCCGGCATTGTAATATGTTGTCTATG
TTAATATAAAAATCCTCTAGTGTTC

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DS 



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CAGCAAGCTGTTGAATGGCCTATCAAACACTCAGCTGCATTTACAAGAATGGGAATATCT
CCTATGCGTGGAATACTCCTCCATGGTCCTCCAGGTTGCTCAAAGACAACTCTTGCCAAA
GCCGCTGCAAACGCTGCTCAAGCCTCCTTCTTTTCCTTAAGCTGTGCGGAGCTGTTCTCT
ATGTATGTTGGAGAAGGTGAAGCGTTATTGAGGAACACGTTTCAAAGAGCTAGACTTGCG
TCTCCTAGTATAATATTCTTTGATGAAGCTGATGTTGTTGCATGTAAAAGAGGTGAAGAG
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ATGGATGGTCTTGAAGAAGCAAAGGGAATTCTTGTCCTGGCTGCTACGAACCGTCCCTAT
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CCTGATGTAGAAGCTCGGTTAGAGATACTGCAAGTGCACACACGCAGCATGAGACTAGGA
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GAAGGTCTATGCAGAAAAGCGGGACTGTGTCGCTCAGAGAAAACATTGCAGCGAGCTGTG
TGTTGGACCGCCATTTCCAAACCGCGAAGAAGTCGCTTAAACCTGCGTTGACGGTTGAAG
AAGTCGAGAGTTATGCATCGTTCAGGAAGTCGAAGAGTTCGGCGGATTCGAGAAGGGTTC
CTGTTGAGAGAAAGAAGAAGGTGGTGGTGCTGAATCACTCCAGTGTTTTGGGGTTAGGGT
CGTCGTCGTGGAAGTTTGGTGTGTTGAGCTTGATGTTGCTTGCTGGTGGAAACTATTGGT
TGAACCAGTCTAAACATGGTGAACTAGCTGCTCCTGCTGCTACATGAATTTTAAGTCTCT
TTTTTTTTCCGATAAGTATCTTTTTGTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B436TF U 1
AF RR1GP08TF U 185
AF RR1GP08JQ C 655
BS 1 197 RR1B436TF
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RD RR1B436TF 737 0 0
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CAGCAAGCTGTTGAATGTCCTATCAAACACTCAGCTGCATTTACAATAATGGGAATATCT
CCTATGCGTGGAATACTCCTCCATGGTCCTCCAGGTTGCTCAAAGACAACTCTTGCCAAA
GCCGCTGCAAACGCTGCTCAAGCCTCCTTCTTTTCCTTAAGCTGTGCGGAGCTGTTCTCT
ATGTATGTTGGAGAAGGTGAAGCGTTATTGAGGAACACGTTTCAAAGAGCTAGACTTGCG
TCTCCTAGTATAATATTCTTTGATGAAGCTGATGTTGTTGCATGTAAAAGAGGTGAAGAG
GGCTCAAACAATAATAGTTCAACAGTTGGAGAAAGACTTCTGTCTACACTCTTAACCGAA
ATGGATGGTCTTGAAGAAGCAAAGGGAATTCTTGTCCTGGCTGCTACGAACCGTCCCTAT
GCAATAGATGCAGCTCTTATGCGACCTGGTCGGTTCGATTTAGTGCTGTACGTGCCACCG
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GACGACGTTGACCTCAG

QA 1 737 1 737
DS 

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G
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GCGTGGAATACTCCTCCATGGTCCTCCAGGTTGCTCAAAGACAACTCTTGCCAAAGCCGC
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TGTTGGAGAAGGTGAAGCGTTATTGAGGAACACGTTTCAAAGAGCTAGACTTGCGTCTCC
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AAACAATAATAGTTCAACAGTTGGAGAAAGACTTCTGTCTACACTCTTAACCGAAATGGA
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GACCGCCATTTCCAAACCGCGAAGAAGTCGCTTAAACCTGCGTTGACGGT
GAGA

QA 2 711 2 711
DS 

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CTAGGAGACGACGTTGACCTCAGAAAAATAGCAGAGGAGACTGATCTTTTCACAGGCGCA
GAGCTTGAAGGTCTATGCAGAAAAGCGGGACTGTGTCGCTCAGAGAAAACATTGCAGCGA
GCTGTGTGTTGGACCGCCATTTCCAAACCGCGAAGAAGTCGCTTAAACCTGCGTTGACGG
TTGAAGAAGTCGAGAGTTATGCATCGTTCAGGAAGTCGAAGAGTTCGGCGGATTCGAGAA
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TAGGGTCGTCGTCGTGGAAGTTTGGTGTGTTGAGCTTGATGTTGCTTGCTGGTGGAAACT
ATTGGTTGAACCAGTCTAAACATGGTGAACTAGCTGCTCCTGCTGCTACATGAATTTTAA
GTCTCTTTTTTTTTCCGATAAGTATCTTTTTGTTTCG

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 3

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GTCGTCTACATGCTACACTGATATATAACACCGTCACACTTGCCACTATTGTCTGGAACT
CTCTCTCTCTCGCTCGCTCTCCTCAAAGACACCGTCTCAAATCTCTAAAAACAAAGAAGC
AAAGTTCGATCTCAGGTCCCCGCCCCCCCCTAAAGATTATCTCTCTCCCGCAGTAGATCT
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TACCTATTCAAATGCTGCGTATTGTGTGTGCAAAGACGGGAACGAGCAAGCGCTTCAGAA
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BQ
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AF RR1H708JQ C 562
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G
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DS 



AS 1 3

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TATTTGGAGGAAAGAAAAA

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BQ
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AAACTCTTACTGCCGGTGAGACACCAACAATCGTCGACACAGATGTGGGGCGTATTGGAA
TAG*CATCTGCTATGACATCCGGTTCCAGGAGTTGGCTATGATATATGCTGCAAGAGGGG
CTCATTTGCTGTGCTATCCAGGAGCGTTTAACATGACA
CTGGACTCTGCA

QA 1 818 1 818
DS 

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AGTTTCTAAACGTCTCGGGATCACTATCATTGGTGGCTCCATACCCGAAAGAGTCGGGGA
TCGTTTGTATAACACTTGCTGTGTCTTTGGCTCTGATGGTGAGCTCAAAGCTAAGCACCG
AAAGATACATTTATTTGATATAGACATTCCCGGGAAGATTACTTTCATGGAATCAAAAAC
TCTTACTGCCGGTGAGACACCAACAATCGTCGACACAGATGTGGGGCGTATTGGAATAGG
CATCTGCTATGACATCCGGTTCCAGGAGTTGGCTATGATATATGCTGCAAGAGGGGCTCA
TTTGCTGTGCTATCCAGGAGCGTTTAACATGACAACTGGACCTCTGCATTGGGAATTACT
ACAAAGGGCAAGGGCTACGGATAATCAGTTATATGTAGCCACATGCTCACCTGCTAGAGA
TTCAGGAGCTGGCTACACTGCTTGGGGACATTCTACACTCATCGGGCCATTTGGAGAAAT
TCTAGCGACGACTGAGCATGAGGAAGCAATCATCATAGCAGAGACTGATTACTCTATCCT
TGAACAACGAAGGACAAGTCTTCCATTGAATAAACAGCGTCGGGGAGATCTCTACCAGCT
TGTAGACGTGCAGCGCCTGAACTCTAAATGAGTGCAACAGAGAGAGAGAGTGAGAGTGAG
ATGTTGTCTTTAGCTTTTGTTGAGTCTGAGAACAGTTTGGTTACTTGCAACTTCTTGACA
TGTCAGAGATGC

QA 1 732 1 732
DS 

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GG
GCATCTGCTATGACATCCGGTTCCAGGAGTTGGCTATGATATATGCTGCAAGAGGGGCTC
ATTTGCTGTGCTATCCAGGGGCATTTAACATGACAACTGGACCTCTGCATTGGGAATTAC
TACAAAGGGCAAGGGCTACGGATAATCAGTTATATGTAGCCACATGCTCACCTGCTAGAG
ATTCAGGAGCTGGCTACACTGCTTGGGGACATTCTACACTCATCGGGCCATTTGGAGAAA
TTCTAGCGACGACTGAGCATGAGGAAGCAATCATCATAGCAGAGATTGATTACTCTATCC
TTGAACAACGAAGGACAAGTCTTCCATTGAATAAACAGCGTCGGGGAGATCTCTACCAGC
TTTTAGACGTGCAGCGCCTGAACTCTAAATGAGTGCAACAGAGAGAGAGAGTGAGAGTGA
GATGTTGTCTTTAGCTTTTGTTGAGTCTGAGAACAGTTTGGTTACTTGCAACTTCTTGAC
ATGTCAGAGATGCAATAAAAAAAAAAAAAAACTTCTTGACATGTCAGAGATGCAATAAAT
AAAAACTTGATGTTTGAGAACAAAATAAATAAACTTCTGCTCAAAGTTATT

QA 3 593 3 593
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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CTAGAGAACATTAATACTCATGGCCCTCTCTTCCTTGACTCAGAAGACATGTTTATTGCA
AAAAAACAAAGAGACCATATCCTTTCTCTTTAGGTGAACAATATGTCCAAAGTTTCTACT
TCTTCTTCTAGATGCCAACAACATATAAATATGAAGTACCCCAAAAACACTGGGAGCGAA
ACATAGAAATCAATAAGACCATTATAACTACCAATTGACCCATATCAGGCTATGGATCCA
TAAGCCACATTACTTTCTTCCGCGGGTTAGCCTCTGCAAATGGTAGTTAATGTTTCCCCA
CGACTTGGACTTCTCCGCATGTCCGTTCATACAAACGCTCAGGAGGTTCTTCTGTTTCTC
GCAGTTATCATCTTTGCATTTGTTGAGAGCCATGCAGTTGAGGAACGACACCATCTCCTT
CATACATGGTTTCGCTATACCGCCTAGCTTTTTCGGGTTTATGTACAAATTTCCAGCCTT
TCTTCCCATTGCTCACTTAAAGATTTAAAAAAACACCAAAGTGTTAGTAAAAGCGGAATC
AAGGATTGATTTTTGACAAGACGCTGGAGAAATGGAGAAGAATCGCAGGTGGGGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DL34JQ U 1
AF RR1DL34TF C 10
AF RR1EC90JQ U 37
BS 1 42 RR1DL34JQ
BS 43 43 RR1EC90JQ
BS 44 553 RR1DL34JQ
BS 554 572 RR1EC90JQ
BS 573 597 RR1DL34TF

RD RR1DL34JQ 553 0 0
CTAGAGAACATTAATACTCATGGCCCTCTCTTCCTTGACTCAAAAGACATGTTTATTGCA
AAAAAACAAAGAGACCATATCCTTTCTCTTTAGGTGAACAATATGTCCAAAGTTTCTACT
TCTTCTTCTAGATGCCAACAACATATAAATATGAAGTACCCCAAAAACACTGGGAGCGAA
ACATAGAAATCAATAAGACCATTATAACTACCAATTGACCCATATCAGGCTATGGATCCA
TAAGCCACATTACTTTCTTCCGCGGGTTAGCCTCTGCAAATGGTAGTTAATGTTTCCCCA
CGACTTGGACTTCTCCGCATGTCCGTTCATACAAACGCTCAGGAGGTTCTTCTGTTTCTC
GCAGTTATCATCTTTGCATTTGTTGAGAGCCATGCAGTTGAGGAACGACACCATCTCCTT
CATACATGGTTTCGCTATACCGCCTAGCTTTTTCGGGTTTATGTACAAATTTCCAGCCTT
TCTTCCCATTGCTCACTTAAAGATTTAAAAAAACACCAAAGTGTTAGTAAAAGCGGAATC
AAGGATTGATTTT

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1DL34TF 588 0 0
ATTAATACTCATGGCCCTCTCTTCCTTGACTCAGAAGACATGTTTATTGCAAAAAAACAA
AGAGACCATATCCTTTCTCTTTAGGTGAACAATATGTCCAAAGTTTCTACTTCTTCTTCT
AGATGCCAACAACATATAAATATGAAGTACCCCAAAAACACTGGGAGCGAAACATAGAAA
TCAATAAGACCATTATAACTACCAATTGACCCATATCAGGCTATGGATCCATAAGCCACA
TTACTTTCTTCCGCGGGTTAGCCTCTGCAAATGGTAGTTAATGTTTCCCCACGACTTGGA
CTTCTCCGCATGTCCGTTCATACAAACGCTCAGGAGGTTCTTCTGTTTCTCGCAGTTATC
ATCTTTGCATTTGTTGAGAGCCATGCAGTTGAGGAACGACACCATCTCCTTCATACATGG
TTTCGCTATACCGCCTAGCTTTTTCGGGTTTATGTACAAATTTCCAGCCTTTCTTCCCAT
TGCTCACTTAAAGATTTAAAAAAACACCAAAGTGTTAGTAAAAGCGGAATCAAGGATTGA
TTTTTGACAAGACGCTGGAGAAATGGAGAAGAATCGCAGGTGGGGACC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1EC90JQ 540 0 0
GACTCAGAAGACATGTTTATTGCAAAAAAACAAAGAGACCATATCCTTTCTCTTTAGGTG
AACAATATGTCCAAAGTTTCTACTTCTTCTTCTAGATGCCAACAACATATAAATATGAAG
TACCCCAAAAACACTGGGAGCGAAACATAGAAATCAATAAGACCATTATAACTACCAATT
GACCCATATCAGGCTATGGATCCATAAGCCACATTACTTTCTTCCGCGGGTTAGCCTCTG
CAAATGGTAGTTAATGTTTCCCCACGACTTGGACTTCTCCGCATGTCCGTTCATACAAAC
GCTCAGGAGGTTCTTCTGTTTCTCGCAGTTATCATCTTTGCATTTGTTGAGAGCCATGCA
GTTGAGGAACGACACCATCTCCTTCATACATGGTTTCGCTATACCGCCTAGCTTTTTCGG
GTTTATGTACAAATTTCCAGCCTTTCTTCCCATTGCTCACTTAAAGATTTAAAAAAACAC
CAAAGTGTTGGTAAAAGCGGAATCAAGGATTGATTTTTGACAAGACGCTGGAGAAA
ATCC

QA 1 536 1 536
DS 



AS 1 3

CO CL4209Contig1 1048 3 5 U
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TATTCTCATAGTCTACTGCTTCATTACAGTGTGGTTTGTTGGTGGACTCACTATATTTCA
TTCCTATCTCATCTGCACTAACCAGACTACTTATGAGAATTTTCGATACCGATATGATAA
GAAGGAGAATCCATACAACAGAGGAGTTTTGGGGAACATATGGGAGATATTTCTCTCTAA
GGTTCCTCCATCTATGAACAAGTTTAGATCATTTGTGAAGGAAGAAGACTATATGATGGT
TGAAACTCCTACTTCAAATCCAGGCCAAAATCTAGTTACTTCAAAAGAGAAGACGGATAT
TGAAATGGGAGGTGGAAGGGTTGTTGAAGAAGATAGAAAAAGTTACTCACTCCCTGAGCT
TCTCCGGAATCTAAACTATGAAGACCTTGAAGATGATTGCGAAGAAGATGACTTGAAGGC
TAAAGATCATCATCAGAATGAGGGAATCCTCCCTTCTTTTGACCCTTTTTTAACCAGTGA
GAGTGGCGTTAACAAGGATGAGGAAAATGGACAAAAATTAAGAGGATCTTCAAGTGATTA
TGATGATGGAGATGCAGGGAAACACGCTCGGGTCTCTATTGATAATCAAGAAAAGGTTGA
AGGGTATGACCAAAAATGGAGTCCCGGGAGTATGAATACAAACGCAAAATCTGAAGATGG
AACAAGCTCTCCTCAATCTACTTCACCTATGCTTCGTAGATAGAGAGAAGGGCCTTGAAG
CTGGAGAAGTGGAAATTGTTCTTTATCATTCTTTTAACTGTGTTTTATATAATTGTGGGA
AAAAAAATCCAGAGAAATAAATAAACATTGTAGGTTTTGTGAGCTTGAGCCTTAGATTCT
TTTTTTCTTTTTCATTTTTAGTTGTATTTATATTACTACAATGACTCGTCTGGATATCAC
CAGCTCCACATATTTTCTCACATGTTTGTTATTAAAATGATTTGGACCACAAATTTGTAA
TTTATAATGATACAAATTGTATTTCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA73TF U 1
AF RR1AG40TF U 452
AF RR1EA73JQ C 418
BS 1 643 RR1EA73TF
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RD RR1EA73TF 645 0 0
GAGACATATGGATGAAAGGATTAGCATCTGGAAAGCTATATCTAAAGATATTTTATCGGA
TATTCTCATAGTCTACTGCTTCATTACAGTGTGGTTTGTTGGTGGACTCACTATATTTCA
TTCCTATCTCATCTGCACTAACCAGACTACTTATGAGAATTTTCGATACCGATATGATAA
GAAGGAGAATCCATACAACAGAGGAGTTTTGGGGAACATATGGGAGATATTTCTCTCTAA
GGTTCCTCCATCTATGAACAAGTTTAGATCATTTGTGAAGGAAGAAGACTATATGATGGT
TGAAACTCCTACTTCAAATCCAGGCCAAAATCTAGTTACTTCAAAAGAGAAGACGGATAT
TGAAATGGGAGGTGGAAGGGTTGTTGAAGAAGATAGAAAAAGTTACTCACTCCCTGAGCT
TCTCCGGAATCTAAACTATGAAGACCTTGAAGATGATTGCGAAGAAGATGACTTGAAGGC
TAAAGATCATCATCAGAATGAGGGAATCCTCCCTTCTTTTGACCCTTTTTTAACCAGTGA
GAGTGGCGTTAACAAGGATGAGGAAAATGGACAAAAATTAAGAGGATCTTCAAGTGATTA
TGATGATGGAGATGCAGGGAAACACGCTCGGGTCTCTATTGAT
GA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1AG40TF 561 0 0
GATGATTGCGAAGAAGATGACTTGAAGGCTAAAGATCATCATCAGAATGAGGGGATCCTC
CCTTCTTTTGACCCTTTTTTAACCAGTGAGAGTGGCGTTAACAAGGATGAGGAAAATGGA
CAAAAATTAAGAGGATCTTCAAGTGATTATGATGATGGAGATGCAGGGAAACACGCTCGG
GTCTCTATTGATAGTCAAGAAAAGGTTGAAGGGTATGACCAAAAATGGAGTCCCGGGAGT
ATGAATACAAACGCAAAATCTGAAGATGGAACAAGCTCTCCTCAATCTACTTCACCTATG
CTTCGTAGATAGAGAGAAGGGCCTTGAAGCTGGAGAAGTGGAAATTGTTCTTTATCATTC
TTTTAACTGTGTTTTATATAATTGTGGGAAAAAAAATCCAGAGAAATAAATAAACATTGT
AGGTTTTGTGAGCTTGAGCCTTAGATTCTTTTTTTCTTTTTCATTTTTAGTTGTATTTAT
ATTACTACAATGACTCGTCTGGATATCACCAGCTCCACATATTTTCTCACATGTTTGTTA
TTAAAATGATTTGGACCACA
C

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1EA73JQ 631 0 0
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GGCTAAAGATCATCATCAGAATGAGGGAATCCTCCCTTCTTTTGACCCTTTTTTAACCAG
TGAGAGTGGCGTTAACAAGGATGAGGAAAATGGACAAAAATTAAGAGGATCTTCAAGTGA
TTATGATGATGGAGATGCAGGGAAACACGCTCGGGTCTCTATTGATGATCAAGAAAAGGT
TGAAGGGTATGACCAAAAATGGAGTCCCGGGAGTATGAATACAAACGCAAAATCTGAAGA
TGGAACAAGCTCTCCTCAATCTACTTCACCTATGCTTCGTAGATAGAGAGAAGGGCCTTT
AAGCTGGAGAAGTGGAGATTGTTCTTTATCATTCTTTTAACTGTGTTTTATATAATTGTG
GGAAAAAAAATCCAGAGAAATAAATAAACATTGTAGGTTTTGTGAGCTTGAGCCTTAGAT
TCTTTTTTTCTTTTTCATTTTTAGTTGTATTTATATTACTACAATGACTCGTCTGGATAT
CACCAGCTCCACATATTTTCTCACATGTTTGTTATTAAAATGATTTGGACCACAAATTTG
TAATTTATAATGATACAAATTGTATTTCTGT

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 3

CO CL4210Contig1 995 3 2 U
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AGTCAAAACAAGCAAGATGATGTAATGTTTTTTATATTACAACAGTCTTGGTCTGTCCCA
TTACGACAAGAAAGTTCCCAGCCATATCAACCATACATGGTCTATATAACCTTCATAACC
AGATCCTTGGATCACAAACATAATGACTACAGCTGGATCAATTTCTTGAAACAATACGTT
CCCATGATGAACCAACCCGTAAGCAAAAACGCTAGAACACAACAGGAAGCTATGAATGTC
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ATCGCCGTTTTGCTCACCCAACGTCCCTTGAGGAACACTAGCGCCGCGAGGTTCACCACG
TTCCATCCACCTGATCTTATCGCTAGACGGTTCAGGTTGTTGGCCACAAAGGAATGACAG
TTGCATGTCAATATGTTATAAGCATAGTGTTGGTACTCTTGTGTGCCTTTTCTCAGTGCA
TCATCCCATGTTGGCTCTTTCTCATGAGTGTCTCCTTCCTCATTGAACAAACATGAGCCG
GAAGAAAGAGATGATTCCTTAGCCTTGTTGATCTGGATGTAACGAGAGACAGCTCCAAAA
GCAAAATTGTCAACACAAACGAAGTTAGGTCCAGCGAAGTCGAGAATGACACCGTCTTCT
CTGCAGATACCAGCGTGGCCGATGAAGGGAACCAGCCATGTAACGAAGGGGAGAGGCGTC
CAGACGAGCAGCATGGGAAACGATCTCTTCCGGGATCAATCCTCATGGGATCTTCAAAAC
CGAGCATGATGCCACCATGTTCTGAATCCGTAGTTGTATCTCCCATTTTCCAAGTCCAAG
TGCGCTTCGTTACTCAGATCCTCTGTTCTGAACTACACAAAAGATTCTCCTTCGTTGAGG
CGAGAAACGGCGACCAGTGATTCGTCACTGCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE62JQ U 131
AF RR1F325JQ U 1
AF RR1F325TF C 175
BS 1 736 RR1F325JQ
BS 737 995 RR1F325TF

RD RR1DE62JQ 177 0 0
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DS 

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AGATCCTTGGATCACAAACATAATGACTACAGCTGGATCAATTTCTTGAAACAATACGTT
CCCATGATGAACCAACCCGTAAGCAAAAACGCTAGAACACAACAGGAAGCTATGAATGTC
CAGCCACCCAGTAACATTCCAATAGCGTAGATTATGACTGTAGGCAGCAAGGACTTGACC
ATCGCCGTTTTGCTCACCCAACGTCCCTTGAGGAACACTAGCGCCGCGAGGTTCACCACG
TTCCATCCACCTGATCTTATCGCTAGACGGTTCAGGTTGTTGGCCACAAAGGAATGACAG
TTGCATGTCAATATGTTATAAGCATAGTGTTGGTACTCTTGTGTGCCTTTTCTCAGTGCA
TCATCCCATGTTGGCTCTTTCTCATGAGTGTCTCCTTCCTCATTGAACAAACATGAGCCG
GAAGAAAGAGATGATTCCTTAGCCTTGTTGATCTGGATGTAACGAGAGACAGCTCCAAAA
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CTGCAGATACCAGCGT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1F325TF 821 0 0
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AATGTCCAGCCACCCAGTAACATTCCAATAGCGTAGATTATGACTGTAGGCAGCAAGGAC
TTGACCATCGCCGTTTTGCTCACCCAACGTCCCTTGAGGAACACTAGCGCCGCGAGGTTC
ACCACGTTCCATCCACCTGATCTTATCGCTAGACGGTTCAGGTTGTTGGCCACAAAGGAA
TGACAGTTGCATGTCAATATGTTATAAGCATAGTGTTGGTACTCTTGTGTGCCTTTTCTC
AGTGCATCATCCCATGTTGGCTCTTTCTCATGAGTGTCTCCTTCCTCATTGAACAAACAT
GAGCCGGAAGAAAGAGATGATTCCTTAGCCTTGTTGATCTGGATGTAACGAGAGACAGCT
CCAAAAGCAAAATTGTCAACACAAACGAAGTTAGGTCCAGCGAAGTCGAGAATGACACCG
TCTTCTCTGCAGATACCAGCGTGGCCGATGAAGGGAACCAGCCATGTAACGAAGGGGAGA
GGCGTCCAGACGAGCAGCATGGGAAACGATCTCTTCCGGGATCAATCCTCATGGGATCTT
CAAAACCGAGCATGATGCCACCATGTTCTGAATCCGTAGTTGTATCTCCCATTTTCCAAG
TCCAAGTGCGCTTCGTTACTCAGATCCTCTGTTCTGAACTACACAAAAGATTCTCCTTCG
TTGAGGCGAGAAACGGCGACCAGTGATTCGTCACTGCCTCC

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 3

CO CL4211Contig1 386 3 4 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CM92TF U 1
AF RR1ER53JQ C 6
AF RR1ER53TF U 6
BS 1 161 RR1CM92TF
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TTTTGTTATGCTCACAATTCTTCTGCTCGGAGAAACGGTGATTGCTAAGAAAGGAACTTA
CCCATGTTATACATCTTATCCGATGATAACGGGAAAATGTATGGAACCGGCCTGCACAGC
CCAGTGTAGAAAAAAGTTTAATTTTGAAGCGTCTGGTAGGTGCATTCGTCCAGACAAAGG
AAAACTGGACTGCGAATGTGTACATCGTTGCGCTCGTTGATTCTTTTTTGTCTACACTAG
AACTCAAATAATATTTATAATAATACTACAATTTTGTCAAAAAATACTAATAATTTTAAT
AAATTTTTGCTGGTT

QA 1 375 1 375
DS 

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GG
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TATACATCTTATCCGATGATAACGGGAAAATGTACGGAACCGGCCTGCACAGCCCAGTGT
AGAAAAAAGTTTAATTTTGAAGCGTCTGGTAGGTGCATTCGTCCAGACAAAGGAAAACTG
GACTGCGAATGTGTACATCGTTGCGCTCGTTGATTCTTTTTTGTCTACACTAGAACTCAA
ATAATATTTATAATAATACTACAATTTTGTCAAAAAATACTAATAATTTTAATAAATTTT
TGCTGGTTTTTTTTGACCT

QA 3 381 3 381
DS 

RD RR1ER53TF 381 0 0
GG
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ATGCTCACAATTCTTCTGCTCGGAGAAACGGTGATTGCTAAGAAAGGAACTTACCCATGT
TATACATCTTATCCGATGATAACGGGAAAATGTACGGAACCGGCCTGCACAGCCCAGTGT
AGAAAAAAGTTTAATTTTGAAGCGTCTGGTAGGTGCATTCGTCCAGACAAAGGAAAACTG
GACTGCGAATGTGTACATCGTTGCGCTCGTTGATTCTTTTTTGTCTACACTAGAACTCAA
ATAATATTTATAATAATACTACAATTTTGTCAAAAAATACTAATAATTTTAATAAATTTT
TGCTGGTTTTTTTTGACCT

QA 3 381 3 381
DS 



AS 1 3

CO CL4212Contig1 769 3 7 U
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AGTGAGAAATAGAGGTCTTGGGGAGCGTCGCATAACCGTACTTCCCTCTTCGGGAGCGAT
CACTGCAGATCTCCGCCGTCCTTCCTCGCGTGTGGCAGCTGCAATTCATGACCAGACTCG
GACCACAGAACGACGTTCTTCGGCAACGATAACTACACATCGTTCCTCGCGTGTGGTCAG
TGCCGTTCGCGAGAATTTTCAGACGACAACAACACGTCGTTCCTCGGGAGCTATCACTTC
ACGAGAGTTGTCTGAGCACCGTTCCTCAAGAAGGATCTCTTCCTCGGGAACGATCACCAC
GAGTCGTCAGCAGGTCCGGACGTCGGAGACTCGTTCTTCGGGAACGGTCACTATAAGTAG
TCAAGACGTTCGGACTGAGGCACGTCGATCTTCATCAGGAACAATCACTACAAGTCATCA
GAAGGTTAGGACGAGGACGACAGAGCGTCGAACGATCACTGCAAGTCATGAAGCGGTTCG
AACGGCGGTGCGTCGCTCATCAGGAACAATCCCTGCACATCGTGCCTCCAGAACGATCAC
AGCAGTTCCCCACCGCCGCTCCTCTTGAGGAAGGAGACAGATTCAAGACGCAGCGTTACA
AGTTTTCTGTGTTTGAAACTTATTTGCTTCAGTTATTTATCTCTAGTTATTGTCCTTCTA
TGACTTTGCTTTCGTTGTTCTGAATAAGAGTCCCAAACAAGTGTAATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BT87TF U 1
AF RR1B443TF U 35
AF RR1BT87JQ C 143
BS 1 633 RR1BT87TF
BS 634 634 RR1B443TF
BS 635 677 RR1BT87TF
BS 678 678 RR1B443TF
BS 679 714 RR1BT87TF
BS 715 766 RR1B443TF
BS 767 769 RR1BT87JQ

RD RR1BT87TF 714 0 0
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AGTGAGAAATAGAGGTCTTGGGGAGCGTCGCATAACCGTACTTCCCTCTTCGGGAGCGAT
CACTGCAGATCTCCGCCGTCCTTCCTCGCGTGTGGCAGCTGCAATTCATGACCAGACTCG
GACCACAGAACGACGTTCTTCGGCAACGATAACTACACATCGTTCCTCGCGTGTGGTCAG
TGCCGTTCGCGAGAATTTTCAGACGACAACAACACGTCGTTCCTCGGGAGCTATCACTTC
ACGAGAGTTGTCTGAGCACCGTTCCTCAAGAAGGATCTCTTCCTCGGGAACGATCACCAC
GAGTCGTCAGCAGGTCCGGACGTCGGAGACTCGTTCTTCGGGAACGGTCACTATAAGTAG
TCAAGACGTTCGGACTGAGGCACGTCGATCTTCATCAGGAACAATCACTACAAGTCATCA
GAAGGTTAGGACGAGGACGACAGAGCGTCGAACGATCACTGCAAGTCATGAAGCGGTTCG
AACGGCGGTGCGTCGCTCATCAGGAACAATCCCTGCACATCGTGCCTCCAGAACGATCAC
AGCAGTTCCCCACCGCCGCTCCTCTTGAGGAAG*AGACAGATTCAAGACGCAGCGTTACA
AGTTTTCTGTGTTTGAA*CTTATTTGCTTCAGTTATTTATCTCTAGTTATTGTC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1B443TF 732 0 0
GG
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CGTACTTCCCTCTTCGGGAGCGATCACTGCAGATCTCCGCCGTCCTTCCTCGCGTGTGGC
AGCTGCAAGTCATGACCAGACTCGGACCACAGAACGACGTTCTTCGGCAACGATAACTAC
ACATCGTTCCTCGCGTGTGGTCAGTGCCGTTCGCGAGAATTTTCAGACGACAACAACACG
TCGTTCCTCGGGAGCTATCACTTCACGAGAGTTGTCTGAGCACCGTTCCTCAAGAAGGAT
CTCTTCCTCGGGAACGATCACCACGAGTCGTCAGCAGGTCCGGACGTCGGAGACTCGTTC
TTCGGGAACGGTCACTATAAGTAGTCAAGACGTTCGGACTGAGGCACGTCGATCTTCATC
AGGAACAATCACTACAAGTCATCAGAAGGTTAGGACGAGGACGACAGAGCGTCGAACGAT
CACTGCAAGTCATGAAGCGGTTCGAACGGCGGTGCGTCGCTCATCAGGAACAATCCCTGC
ACATCGTGCCTCCAGAACGATCACAGCAGTTCCCCACCGCCGCTCCTCTTGAGGAAGGAG
ACAGATTCAAGACGCAGCGTTACAAGTTTTCTGTGTTTGAAACTTATTTGCTTCAGTTAT
TTATCTCTAGTTATTGTCCTTCTATGACTTTGCTTTCGTTGTTCTGAATAAGAGTCCCAA
ACAAGTGTAA

QA 3 732 3 732
DS 

RD RR1BT87JQ 627 0 0
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GCAACGATAACTACACATCGTTCCTCGCGTGTGGTCAGTGCCGTTCGCGAGAATTTTCAG
ACGACAACAACACGTCGTTCCTCGGGAGCTATCACTTCACGAGAGTTGTCTGAGCACCGT
TCCTCAAGAAGGATCTCTTCCTCGGGAACGATCACCACGAGTCGTCAGCAGGTCCGGACG
TCGGAGACTCGTTCTTCGGGAACGGTCACTATAAGTAGTCAAGACGTTCGGACTGAGGCA
CGTCGATCTTCATCAGGAACAATCACTACAAGTCATCAGAAGGTTAGGACGAGGACGACA
GAGCGTCGAACGATCACTGCAAGTCATGAAGCGGTTCGAACGGCGGTGCGTCGCTCATCA
GGAACAATCCCTGCACATCGTGCCTCCAGAACGATCACAGCAGTTCCCCACCGCCGCTCC
TCTTGAGGAAGGAGACAGATTCAAGACGCAGCGTTACAAGTTTTCTGTGTTTGAAACTTA
TTTGCTTCAGTTATTTATCTCTAGTTATTGTCCTTCTATGACTTTGCTTTCGTTGTTCTG
AATAAGAGTCCCAAACAAGTGTAATTC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

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TTTTTAATATCATCTCCATATCGAGTATTCTATCTATTACAAGTACAACAAATGGAAGGA
GGTTTGGGAACGATGTTTATGAAGGTGGTCTTGTTCGCTCTTGTACAGTGTTTGGTGTAT
CTCATCCTCACTAAATCGTCGAGGGTTTTCTCCAAATCAAAATCCTTTAAGAGGGCTTAC
AGTTTCAGGCCGTCGAGGTCCGTCAGCATCCGCCGGATTCTTGCGGCGCTTCAGGATATG
CCTGCCGGCGGCGAGATGTCTCCTTCCTCTAATGGCTCATCTTCTTCTCTTGCCTCGTCT
TCTTTACAAGATGATGCAGCAACAACAGCAGCTACATCATCATCACCATCTTAGAGACCT
ATATATGATCATTTTTATATTAGAGACATATGTCTAATTTGTTAGCCTTATTTTATTATT
ATCTTTTGGAACATTTGTTTCGTATTTTTTTTTCAGTTTGATTCGTTATATTGATGTAAA
ATTGGTCAGTACTCTATGTATGTACAGTTTAAGCTGTAGCATGTACACATTGAAAACAAT
TTATTATGTTTATTTGGTATTCATTGATATTAGTTTTTTTTGGTGGGC


BQ
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AF RR1FN55TF U 1
AF RR1FN55JQ C 1
BS 1 245 RR1FN55TF
BS 246 648 RR1FN55JQ

RD RR1FN55TF 257 0 0
GGACAAATCTAAGGTTCATCTTCAAATCTTGACACGCATCCAAGAAAGAAGAGAAGCGTT
TTTTTAATATCATCTCCATATCGAGTATTCTATCTATTACAAGTACAACAAATGGAAGGA
GGTTTGGGAACGATGTTTATGAAGGTGGTCTTGTTCGCTCTTGTACAGTGTTTGGTGTAT
CTCATCCTCACTAAATCGTCGAGGGTTTTCTCCAAATCAAAATCCTTTAAGAGGGCTTAC
AGTTT
CCGGCCGTCGAG

QA 1 245 1 245
DS 

RD RR1FN55JQ 648 0 0
GGACAAATCTAAGGTTCATCTTCAAATCTTGACACGCATCCAAGAAAGAAGAGAAGCGTT
TTTTTAATATCATCTCCATATCGAGTATTCTATCTATTACAAGTACAACAAATGGAAGGA
GGTTTGGGAACGATGTTTATGAAGGTGGTCTTGTTCGCTCTTGTACAGTGTTTGGTGTAT
CTCATCCTCACTAAGTCGTCGAGGGTTTTCTCCAAATCAAAATCCTTTAAGAGGGCTTAC
AGTTTCAGGCCGTCGAGGTCCGTCAGCATCCGCCGGATTCTTGCGGCGCTTCAGGATATG
CCTGCCGGCGGCGAGATGTCTCCTTCCTCTAATGGCTCATCTTCTTCTCTTGCCTCGTCT
TCTTTACAAGATGATGCAGCAACAACAGCAGCTACATCATCATCACCATCTTAGAGACCT
ATATATGATCATTTTTATATTAGAGACATATGTCTAATTTGTTAGCCTTATTTTATTATT
ATCTTTTGGAACATTTGTTTCGTATTTTTTTTTCAGTTTGATTCGTTATATTGATGTAAA
ATTGGTCAGTACTCTATGTATGTACAGTTTAAGCTGTAGCATGTACACATTGAAAACAAT
TTATTATGTTTATTTGGTATTCATTGATATTAGTTTTTTTTGGTGGGC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 3

CO CL4214Contig1 1153 3 12 U
AACTCAACGACAACTTTTCATTAGCCAAAAGTGAATACAGGATTACAACCTCAAGAGATT
TTAAACCCAACATACAACCGATGAAATCTAGTATCGCCTAGGAACACGGAGTCGAAACTG
GAATGGATCCTAAACTACCCAATCTAATTCGTCGGGGTATTTTTCACCACAATGAATCGA
ATCCATCCCACGACCCGAGATGAACCGATTCTTAACCCCTAAAATAGACCAAATGAGATG
ACAACAATGAACCCAAAAGCAACTGAAAACAAAACCAGACGAAAAAATAAGACCCACTAC
ATTGGGCTTCTAAAGATCAGATTTCAGGACAGGCCCAATGACTCTTCACCTTCCGGTGTG
CATCTGGTCAGAGTCGGTCGCCGTCGGGGCACTGTTCACTCCTTAGCCAAACCCGGGAGA
ATCCCGTAATGAAAGCGGGAGAATCCCGTAGTGAAAAGCGGGTCTGACAACGTCGCCATG
GCCGGAACAGATATATGGTTTTTGACGACGTGAGGCTCCACCGTCGAACAAAACAAACGC
CGTCGACGTTGGGATGTGAACCCCCACCGCGTGCTTGCTGTAGAGATCCTTCCACGGTAG
ACTCTCTCCGGTGAAGGGGCTCCCTACGACGCGCCATCTACGAGAACCGCAGAACAGATG
CATCTTCCACCGCCTGTCTCGTCGCTCCTCCGGTTGATTCACCGCACTCGGGCCTGTAGA
TCCAAGGTGGAGAAGGTCTCCCACTGAGCCACGCGCAGTCGTCGTGAGGGAGCAAACGAG
GTCTAAAAATTGAAAATTGACCCGTTTACTCCAGCTCAACCCTAAACGCCGACCTGTCCT
CACCTCCGCCTTCCTGAGCCTCACCGCTCCTCCAAGATCACCACAAGTTACGCCTTTGAC
ACAAAGTCTCCGGGATCCCTCCAATGAACCAGAACAGCGAGTATATTGACTAAGGGAGAT
GACAGAGAGGAGGAAGGCAAAGAGAAAAGAAGAAAGGAAAAGGAAAAGGGGCCCTCCGGT
ACCGACCACTCGCCGGACCAGAGGCAGCACCAATTTTTTTTTAAGATCTAGAGATGGAAC
AGAGCTTTTCTAGAGAGAGAGGAGCGTTTTTTACTTTTTTTCTTTTCCTCTCTGCTTTTT
ATTAAACCCTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E863JQ U 1
AF RR1CF83JQ U 1
AF RR1CF83TF C 504
BS 1 28 RR1CF83JQ
BS 29 29 RR1E863JQ
BS 30 84 RR1CF83JQ
BS 85 85 RR1E863JQ
BS 86 132 RR1CF83JQ
BS 133 133 RR1E863JQ
BS 134 155 RR1CF83JQ
BS 156 156 RR1E863JQ
BS 157 282 RR1CF83JQ
BS 283 283 RR1E863JQ
BS 284 727 RR1CF83JQ
BS 728 1153 RR1CF83TF

RD RR1E863JQ 333 0 0
AACTCAACGACAACTTTTCATTAGCCAAAAGTGAATACAGGATTACAACCTCAAGAGATT
TTAAACCCAACATACAACCGATGAAATCTAGTATCGCCTAGGAACACGGAGTCGAAACTG
GAATGGATCCTAAACTACCCAATCTAATTCGTCGGGGTATTTTTCACCACAATGAATCGA
ATCCATCCCACGACCCGAGATGAACCGATTCTTAACCCCTAAAATAGACCAAATGAGATG
ACAACAATGAACCCAAAAGCAACTGAAAACAAAACCAGACGAAAAAATAAGACCCACTAC
ATTGGGCTTCTAAAGATCAGATTTCAGGACAGG

QA 1 333 1 333
DS 

RD RR1CF83JQ 733 0 0
AACTCAACGACAACTTTTCATTAGCCAAGAGTGAATACAGGATTACAACCTCAAGAGATT
TTAAACCCAACATACAACCGATGAGATCTAGTATCGCCTAGGAACACGGAGTCGAAACTG
GAATGGATCCTAGACTACCCAATCTAATTCGTCGGTGTATTTTTCACCACAATGAATCGA
ATCCATCCCACGACCCGAGATGAACCGATTCTTAACCCCTAAAATAGACCAAATGAGATG
ACAACAATGAACCCAAAAGCAACTGAAAACAAAACCAGACGAGAAAATAAGACCCACTAC
ATTGGGCTTCTAAAGATCAGATTTCAGGACAGGCCCAATGACTCTTCACCTTCCGGTGTG
CATCTGGTCAGAGTCGGTCGCCGTCGGGGCACTGTTCACTCCTTAGCCAAACCCGGGAGA
ATCCCGTAATGAAAGCGGGAGAATCCCGTAGTGAAAAGCGGGTCTGACAACGTCGCCATG
GCCGGAACAGATATATGGTTTTTGACGACGTGAGGCTCCACCGTCGAACAAAACAAACGC
CGTCGACGTTGGGATGTGAACCCCCACCGCGTGCTTGCTGTAGAGATCCTTCCACGGTAG
ACTCTCTCCGGTGAAGGGGCTCCCTACGACGCGCCATCTACGAGAACCGCAGAACAGATG
CATCTTCCACCGCCTGTCTCGTCGCTCCTCCGGTTGATTCACCGCACTCGGGCCTGTAGA
TCCAAGG
GGGGAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1CF83TF 650 0 0
GACGACGTGAGGCTCCACCGTCGAACAAAACAAACGCCGTCGACGTTGGGATGTGAACCC
CCACCGCGTGCTTGCTGTAGAGATCCTTCCACGGTAGACTCTCTCCGGTGAAGGGGCTCC
CTACGACGCGCCATCTACGAGAACCGCAGAACAGATGCATCTTCCACCGCCTGTCTCGTC
GCTCCTCCGGTTGATTCACCGCACTCGGGCCTGTAGATCCAAGGTGGAGAAGGTCTCCCA
CTGAGCCACGCGCAGTCGTCGTGAGGGAGCAAACGAGGTCTAAAAATTGAAAATTGACCC
GTTTACTCCAGCTCAACCCTAAACGCCGACCTGTCCTCACCTCCGCCTTCCTGAGCCTCA
CCGCTCCTCCAAGATCACCACAAGTTACGCCTTTGACACAAAGTCTCCGGGATCCCTCCA
ATGAACCAGAACAGCGAGTATATTGACTAAGGGAGATGACAGAGAGGAGGAAGGCAAAGA
GAAAAGAAGAAAGGAAAAGGAAAAGGGGCCCTCCGGTACCGACCACTCGCCGGACCAGAG
GCAGCACCAATTTTTTTTTAAGATCTAGAGATGGAACAGAGCTTTTCTAGAGAGAGAGGA
GCGTTTTTTACTTTTTTTCTTTTCCTCTCTGCTTTTTATTAAACCCTTCC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 3

CO CL4215Contig1 653 3 3 U
TGAAAAATATGTAAACGTATCAATCGCAAACATAATTATAAACAGTTAACAACTCTTTTT
TATTTGGGAAAGAAATTAAATCATCATTGTGAAAGTTAAATTTCCAAATCTACCCCTGGA
AACTCACTGGACACACTTCTTCTTCGCGAACCCAAACCTGTCATTCTCCAAATCGTATTC
CACGTGATAGTTCTGTTGCTGAAAACTCCCGAGGATAATCGCCGGACCACTCCTTCCACC
GGTGTTATCGGAAACAACCGTTAAACATACGTTATCAACGCTTCCAACAAGCGTGAAGTA
ATTAGACAAAGGCAGTTCCATTTTAGCTCCACCTTTGAACTCGAAGATCAACTCGGGCAC
CGTAACTGATCCCTTGCCGGAGATATTGAAACACGGACCAAGTCCCGTGATCTTCTCCAA
CTCCTTTTCTCTGCTGTAGCTCGACATCTGCGCCGCGAACTCTTCAGCAACGAGCTCGAA
AACGGGTCGATCCATGGAAGTGAATGTGGATCCGGAATCCACGATGGTTCCTCCGTTTCC
GTCGGGCCCCGGCGCGAGGAACTTGTAAGGGATCTTCACGCGCTTGCTCCCGACGTAGAT
TCGCCTGAGGTTGAGGTAGTAGTACTCGAGAAAAGCTGCGTTGGAGACGTTGG


BQ
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AF RR1GD60JQ U 1
AF RR1GD60TF C 1
AF RR1DD05JQ U 1
BS 1 158 RR1DD05JQ
BS 159 159 RR1GD60JQ
BS 160 653 RR1DD05JQ

RD RR1GD60JQ 247 0 0
TGAAAAATATGTAAACGTATCAATCGCAAACATAATTATAAACAGTTAACAACTCTTTTT
TATTTGGGAAAGAAATTAAATCATCATTGTGAAAGTTAAATTTCCAAATCTACCCCTGGA
AACTCACTGGACACACTTCTTCTTCGCGAACCCAAACCTGTCATTCTCCAAATCGTATTC
CACGTGATAGTTCTGTTGCTGAAAACTCCCGAGGATAATCGCCGGACCACTCCTTCCACC
GGTGTT
C

QA 1 246 1 246
DS 

RD RR1GD60TF 247 0 0
TGAAAAATATGTAAACGTATCAATCGCAAACATAATTATAAACAGTTAACAACTCTTTTT
TATTTGGGAAAGAAATTAAATCATCATTGTGAAAGTTAAATTTCCAAATCTACCCCTGGA
AACTCACTGGACACACTTCTTCTTCGCGAACCCAAACCTGTCATTCTCCAAATCGTATTC
CACGTGATAGTTCTGTTGCTGAAAACTCCCGAGGATAATCGCCGGACCACTCCTTCCACC
GGTGTT
C

QA 1 246 1 246
DS 

RD RR1DD05JQ 653 0 0
TGAAAAATATGTAAACGTATCAATCGCAAACATAATTATAAACAGTTAACAACTCTTTTT
TATTTGGGAAAGAAATTAAATCATCATTGTGAAAGTTAAATTTCCAAATCTACCCCTGGA
AACTCACTGGACACACTTCTTCTTCGCGAACCCAAACCGGTCATTCTCCAAATCGTATTC
CACGTGATAGTTCTGTTGCTGAAAACTCCCGAGGATAATCGCCGGACCACTCCTTCCACC
GGTGTTATCGGAAACAACCGTTAAACATACGTTATCAACGCTTCCAACAAGCGTGAAGTA
ATTAGACAAAGGCAGTTCCATTTTAGCTCCACCTTTGAACTCGAAGATCAACTCGGGCAC
CGTAACTGATCCCTTGCCGGAGATATTGAAACACGGACCAAGTCCCGTGATCTTCTCCAA
CTCCTTTTCTCTGCTGTAGCTCGACATCTGCGCCGCGAACTCTTCAGCAACGAGCTCGAA
AACGGGTCGATCCATGGAAGTGAATGTGGATCCGGAATCCACGATGGTTCCTCCGTTTCC
GTCGGGCCCCGGCGCGAGGAACTTGTAAGGGATCTTCACGCGCTTGCTCCCGACGTAGAT
TCGCCTGAGGTTGAGGTAGTAGTACTCGAGAAAAGCTGCGTTGGAGACGTTGG

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 3

CO CL4216Contig1 779 3 2 U
TTTTTTTTACAAAAACAAATCCCAAGTAGCACAATAACACACAACTGAGAAAATAAATTA
CAACAACAGGTTTTTAGTTTCTTGAAAATAAACTGGTCAACGTAGAGATTACATATAAAG
CACAACCAAGAAGAGAAGCACTATACAAATGAAGCTCCACAAGAAGAAGAAACCACCACA
AAAGACTTACTTACTTCTTCTGGGAAACTCTTAGTTTTTGAACCTACTCGTCCTCATCGA
GTTGAACAATCTGCGCACGTCTCTGAGCAGCTTTCCTCCTGATGAAGAAGCCCCATCTCA
TAGCTGCCTTAATCTTTAGCCATCCAACAACAGGCTTACCAGACTGTGAACGTTCCTCTC
CATAATCACCCATTGAAGACTGGCCAAAAGAGTGAAACCCAAACCCGTCTTCCTGCATAT
TCATTGGAGTTTGAGGACCACCACCACCACCATTCATGCTAAAGAGTCTCAACAGATGCT
GCATATCATCGTTCTCAAGCATTGCGTTACTTCTAGCCCTTATCTCTTCCTCTGATAAAA
ACCCATCAACTCCTCTGTTTCCCGTGTTAGACCAATCACTAAAAGGGTTCATCTCAGTAT
GAGGCTGAACCAAGTGTTGGTTTTGGGGTGGACCTAGTGCTAATCTCCCACCACCATTTA
CCACTCATCATGCCCTGCGACTCATGAGTGTTGCTAACTAGCTGGTCTTGAGGTGCAAAT
GAAGTGTTCCCATAGTGCATGTAAGAGGTAGTATCAGCCTGAATCTGATTGTACACTGA


BQ
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AF RR1CX74JQ U 1
AF RR1CX74TF C 20
AF RR1CD80JQ U 28
BS 1 708 RR1CX74JQ
BS 709 779 RR1CD80JQ

RD RR1CX74JQ 708 0 0
TTTTTTTTACAAAAACAAATCCCAAGTAGCACAATAACACACAACTGAGAAAATAAATTA
CAACAACAGGTTTTTAGTTTCTTGAAAATAAACTGGTCAACGTAGAGATTACATATAAAG
CACAACCAAGAAGAGAAGCACTATACAAATGAAGCTCCACAAGAAGAAGAAACCACCACA
AAAGACTTACTTACTTCTTCTGGGAAACTCTTAGTTTTTGAACCTACTCGTCCTCATCGA
GTTGAACAATCTGCGCACGTCTCTGAGCAGCTTTCCTCCTGATGAAGAAGCCCCATCTCA
TAGCTGCCTTAATCTTTAGCCATCCAACAACAGGCTTACCAGACTGTGAACGTTCCTCTC
CATAATCACCCATTGAAGACTGGCCAAAAGAGTGAAACCCAAACCCGTCTTCCTGCATAT
TCATTGGAGTTTGAGGACCACCACCACCACCATTCATGCTAAAGAGTCTCAACAGATGCT
GCATATCATCGTTCTCAAGCATTGCGTTACTTCTAGCCCTTATCTCTTCCTCTGATAAAA
ACCCATCAACTCCTCTGTTTCCCGTGTTAGACCAATCACTAAAAGGGTTCATCTCAGTAT
GAGGCTGAACCAAGTGTTGGTTTTGGGGTGGACCTAGTGCTAATCTCCCACCACCATTTA
CCACTCATCATGCCCTGCGACTCATGAGTGTTGCTAACTAGCTGGTCT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1CX74TF 694 0 0
TCCCAAGTAGCACAATAACACACAACTGAGAAAATAAATTACAACAACAGGTTTTTAGTT
TCTTGAAAATAAACTGGTCAACGTAGAGATTACATATAAAGCACAACCAAGAAGAGAAGC
ACTATACAAATGAAGCTCCACAAGAAGAAGAAACCACCACAAAAGACTTACTTACTTCTT
CTGGGAAACTCTTAGTTTTTGAACCTACTCGTCCTCATCGAGTTGAACAATCTGCGCACG
TCTCTGAGCAGCTTTCCTCCTGATGAAGAAGCCCCATCTCATAGCTGCCTTAATCTTTAG
CCATCCAACAACAGGCTTACCAGACTGTGAACGTTCCTCTCCATAATCACCCATTGAAGA
CTGGCCAAAAGAGTGAAACCCAAACCCGTCTTCCTGCATATTCATTGGAGTTTGAGGACC
ACCACCACCACCATTCATGCTAAAGAGTCTCAACAGATGCTGCATATCATCGTTCTCAAG
CATTGCGTTACTTCTAGCCCTTATCTCTTCCTCTGATAAAAACCCATCAACTCCTCTGTT
TCCCGTGTTAGACCAATCACTAAAAGGGTTCATCTCAGTATGAGGCTGAACCAAGTGTTG
GTTTTGGGGTGGACCTAGTGCTAATCTCCCACCACCATTTACCACTCATCATGCCCTGCG
ACTCATGAGTGTTGCTAACTAGCTGGTCT
TGAGG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1CD80JQ 752 0 0
G
GCACAATAACACACAACTGAGAAAATAAACTACAACAACAGGTTTTTAGTTTCTTGAAAA
TAAACTGGTCAACGTAGAGATTACATATAAAGCACAACCAAGAAGAGAAGCACTATACAA
ATGAAGCTCCACAAGAAGAAGAAACCACCACAAAAGACTTACTTACTTCTTCTGGGAAAC
TCTTAGTTTTTGAACCTACTCGTCCTCATCGAGTTGAACAATCTGCGCACGTCTCTGAGC
AGCTTTCCTCCTGATGAAGAAGCCCCATCTCATAGCTGCCTTAATCTTTAGCCATCCAAC
AACAGGCTTACCAGACTGTGAACGTTCCTCTCCATAATCACCCATTGAAGACTGGCCAAA
AGAGTGAAACCCAAACCCGTCTTCCTGCATATTCATTGGAGTTTGCGGACCACCACCACC
A***TTCATGCTAAAGAGTCTCAACAGATGCTGCATATCATCGTTCTCAAGCATTTCGTT
ACTTCTAGCCCTTATCTCTTCCTCTGATAAAAACCCATCACCTCCTCTGTTTCCCGTGTT
AGACCAATCACTAAAAGGGTTCATCTCAGTATGAGGCTGAACCAAGTGTTGGTTTTGGGG
TGGACCTAGTGCTAATCTCCCACCACCATT*ACCACTCATCATGCCTTGTGACTCATGAG
TGTTGCTAACTAGCTGGTCTTGAGGTGCAAATGAAGTGTTCCCATAGTGCATGTAAGAGG
TAGTATCAGCCTGAATCTGATTGTACACTGA

QA 2 752 2 752
DS 



AS 1 3

CO CL4217Contig1 1153 3 7 U
GTGGTACTGGTTCCCTGAGAGTTGGAGGGGAGTTTTTGGCTAGGCATTATCATCAGAAAA
CAATTTATATTCCTCAGCCAACATGGGGAAACCATCCGAAAATTTTCACCTTGGCTGGTT
TGTCAGTGAAAACTTACCGCTACTACGATCCATCAACACGTGGGTTGAACTTTCAAGGGT
TGTTAGAAGACCTTGGTGCTGCCCCACAGGGTTCTATAGTACTTCTCCATGCCTGTGCTC
ACAACCCAACTGGTGTTGATCCAACCCTTGAACAATGGGAGCAAATCAGGAAGTTGATGC
GTTCCAAAGGATTGATGCCATTCTTTGATAGTGCTTATCAGGGCTTTGCGAGTGGAAGTT
TGGATACAGATGCGAAACCGATTAGGATGTTTGTTGCTGATGGAGGAGAATTGCTCGTTG
CTCAGAGTTATGCAAAGAACATGGGACTCTATGGAGAACGTGTTGGAGCTCTCAGCATTG
TATGCAAAGCAGCAGATGTGGCGGGAAGAGTTGAAAGCCAAGTGAAACTTGTAATAAGGC
CAATGTACTCAAATCCTCCGATCCATGGTGCATCCATCGTCGCTGTAATCCTCCGTGACA
GGAACTTGCTCAACGAATGGACTTTGGAACTGAAAGCCATGGCTGATCGTATCATCAGCA
TGAGAAAGCAGCTCTTCGAGGCATTACGTGCTCGGGGGACCCCTGGAGACTGGACTCACA
TCATCAAACAGATCGGCATGTTCACCTTCACAGGGTTGAACCCAGCTCAAGTCTCCTACA
TGACTAAAGAGTACCACATCTACATGACATCCGACGGGAGGATAAGCATGGCTGGTCTGA
GCTCCAAGACTGTACCGCACCTTGCAGACGCTATCCACGCCGTTGTTACCAAAGCCCTCT
GAAAACATCTCACCACCACCACTACGGTTACATGGTGACATAATAAAGGATCTCACTTTC
GTTTTTCTCAGCATTTCCTGCAGTGACAAGTTATAAATGTCATTGTTATTATTTGTTATT
TCATCTCAGTGGTTAATAAAGTAGGCAAGAGAGTTTTGAGCCTCTTCTACTATTTACATT
CTCAATGTAGTAACTTTGTAGACAGTAACCAACTTTAAAGTTTTGGTTCTATCTTTTAAG
GGTTCTAGCTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F791TF U 1
AF RR1EH90TF U 400
AF RR1EH90JQ C 400
BS 1 573 RR1F791TF
BS 574 574 RR1EH90TF
BS 575 608 RR1F791TF
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BS 610 699 RR1F791TF
BS 700 1041 RR1EH90TF
BS 1042 1153 RR1EH90JQ

RD RR1F791TF 699 0 0
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CAATTTATATTCCTCAGCCAACATGGGGAAACCATCCGAAAATTTTCACCTTGGCTGGTT
TGTCAGTGAAAACTTACCGCTACTACGATCCATCAACACGTGGGTTGAACTTTCAAGGGT
TGTTAGAAGACCTTGGTGCTGCCCCACAGGGTTCTATAGTACTTCTCCATGCCTGTGCTC
ACAACCCAACTGGTGTTGATCCAACCCTTGAACAATGGGAGCAAATCAGGAAGTTGATGC
GTTCCAAAGGATTGATGCCATTCTTTGATAGTGCTTATCAGGGCTTTGCGAGTGGAAGTT
TGGATACAGATGCGAAACCGATTAGGATGTTTGTTGCTGATGGAGGAGAATTGCTCGTTG
CTCAGAGTTATGCAAAGAACATGGGACTCTATGGAGAACGTGTTGGAGCTCTCAGCATTG
TATGCAAAGCAGCAGATGTGGCGGGAAGAGTTGAAAGCCAAGTGAAACTTGTAATAAGGC
CAATGTACTCAAATCCTCCGATCCATGGTGCATTCATCGTCGCTGTAATCCTCCGTGACA
GGAACTTGTTCAACGAATGGACTTTGGAACTGAAAGCCATGGCTGATCGTATCATCAGCA
TGAGAAAGCAGCTCTTCGAGGCATTACGTGCTCGGGGGA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1EH90TF 642 0 0
G
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AGTGAAACTTGTAATAAGGCCAATGTACTCAAATCCTCCGATCCATGGTGCATCCATCGT
CGCTGTAATCCTCCGTGACAGGAACTTGCTCAACGAATGGACTTTGGAACTGAAAGCCAT
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CGTTGTTACCAAAGCCCTCTGAAAACATCTCACCACCACCACTACGGTTACATGGTGACA
TAATAAAGGATCTCACTTTCGTTTTTCTCAGCATTTCCTGCAGTGACAAGTTATAAATGT
CATTGTTATTATTTGTTATTTCATCTCAGTGGTTAATAAAG

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR1EH90JQ 754 0 0
G
TGGAGGAGAATTGCTCGTTGCTCAGAGTTATGCAAAGAACATGGGACTCTATGGAGAACG
TGTTGGAGCTCTCAGCATTGTATGCAAAGCAGCAGATGTGGCGGGAAGAGTTGAAAGCCA
AGTGAAACTTGTAATAAGGCCAATGTACTCAAATCCTCCGATCCATGGTGCATCCATCGT
CGCTGTAATCCTCCGTGACAGGAACTTGCTCAACGAATGGACTTTGGAACTGAAAGCCAT
GGCTGATCGTATCATCAGCATGAGAAAGCAGCTCTTCGAGGCATTACGTGCTCGGGGGAC
CCCTGGAGACTGGACTCACATCATCAAACAGATCGGCATGTTCACCTTCACAGGGTTGAA
CCCAGCTCAAGTCTCCTACATGACTAAAGAGTACCACATCTACATGACATCCGACGGGAG
GATAAGCATGGCTGGTCTGAGCTCCAAGACTGTACCGCACCTTGCAGACGCTATCCACGC
CGTTGTTACCAAAGCCCTCTGAAAACATCTCACCACCACCACTACGGTTACATGGTGACA
TAATAAAGGATCTCACTTTCGTTTTTCTCAGCATTTCCTGCAGTGACAAGTTATAAATGT
CATTGTTATTATTTGTTATTTCATCTCAGTGGTTAATAAAGTAGGCAAGAGAGTTTTGAG
CCTCTTCTACTATTTACATTCTCAATGTAGTAACTTTGTAGACAGTAACCAACTTTAAAG
TTTTGGTTCTATCTTTTAAGGGTTCTAGCTTAT

QA 2 754 2 754
DS 



AS 1 3

CO CL4218Contig1 782 3 1 U
CCACTATTCTAATATTTTATTTGATCTCAGGCCAACCAATTATTCAGCAACAAATGATAT
GATCTAATTCAATGTAAGATGGTAACTGCAAACAGTTCAAATTGAGAAAGACTTGAATAA
ATTAAAACAAAAGAAGAGTGGAAAAGGCAATGTTTAGAGGTTGAAGATGGCAGCACCACT
TGAAGGCTTGGAAGCAAAAAGGTAAAGCTCCATGTCTTCTTCCTTCACCACTCCTTTCTC
TATCCTCTTCCTGTAGTATTTTTCCTTAACATCAGCGATGAACTGAGAGACACCAAATTC
TTTAACCAATGACACAGTGCAACCGCCCCATCCAGCTCCTGTCAGCCTTGCTCCAAGTGC
TCCATTCTCTCTGCTCACTTTAACTAGTTCTTCCAACTCCGGGCAACTGCACTCGTATAG
GACACTGCAGCTGTAATGGCTCTCGTTCATGAAATCACCAAGTTTCTTTAACTTCTCTTC
GTCACTTAGGTTTGAATCAACTGTGTCCT*GAAACCATGAACTCTCCGTGCTTCGGAGTA
AACATGTGCAGCTCTCTGATGCAGTTTGAAATGCGTTGCAGCATTAAGTACAGCTAAAGA
TGTTGGATCGTTGTTCAAGATCGATGGTAGTTTCTCCTGGACGATTTTCTCAATCTCCTC
AGCCGTGTATGGTTCTTCTTTCAGATATTCCTTAACAGCTAGAACAGGATCAGATGAGCC
ACGATCACCAGCAAATGAAACACATAATCCTTCCACGTCAGAGAGAGTCTTAACTTTTGA
TC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1DF84JQ U 45
AF RR1AU75JQ U 1
AF RR1AU75TF C 4
BS 1 782 RR1AU75JQ

RD RR1DF84JQ 520 0 0
CAGCAACAAATGATATGATCTAATTCAATGTAAGATGGCAACTGCAAACAGTTCAAATTG
AGAAAGACTTGAATAAATTAAAACAAAAGAAAAGTGGAAAAGGCAATGTTTAGAGGTTGA
AAATGGCAGCACCACTTGAAGGCTTGGAAGCAAAAAGGTAAAGCTCCATGTCTTCTTCCT
TCACCACTCCTTTCTCTATCCTCTTCCTGTAGTATTTTTCCTTAACATCAGCGATGAACT
GAGAGACACCAAATTCTTTAACCAATGACACAGTGCAACCGCCCCATCCAGCTCCTGTCA
GCCTTGCTCCAAGTGCTCCATTCTCTCTGCTCACTTTAACTAGTTCTTCCAACTCCGGGC
AACTGCACTCGTATAGGACACTGCAGCTGTAATGGCTCTCGTTCATGAAATCACCAAGTT
TCTTTAACTTCTCTTCGTCACTTAGGTTTGAATCAACTGTGTCCTTGAAACCATGAACTC
TCCGTGCTTCGGAGTAAACATGTGCAGCTCTCTGATGCAG

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR1AU75JQ 782 0 0
CCACTATTCTAATATTTTATTTGATCTCAGGCCAACCAATTATTCAGCAACAAATGATAT
GATCTAATTCAATGTAAGATGGTAACTGCAAACAGTTCAAATTGAGAAAGACTTGAATAA
ATTAAAACAAAAGAAGAGTGGAAAAGGCAATGTTTAGAGGTTGAAGATGGCAGCACCACT
TGAAGGCTTGGAAGCAAAAAGGTAAAGCTCCATGTCTTCTTCCTTCACCACTCCTTTCTC
TATCCTCTTCCTGTAGTATTTTTCCTTAACATCAGCGATGAACTGAGAGACACCAAATTC
TTTAACCAATGACACAGTGCAACCGCCCCATCCAGCTCCTGTCAGCCTTGCTCCAAGTGC
TCCATTCTCTCTGCTCACTTTAACTAGTTCTTCCAACTCCGGGCAACTGCACTCGTATAG
GACACTGCAGCTGTAATGGCTCTCGTTCATGAAATCACCAAGTTTCTTTAACTTCTCTTC
GTCACTTAGGTTTGAATCAACTGTGTCCT*GAAACCATGAACTCTCCGTGCTTCGGAGTA
AACATGTGCAGCTCTCTGATGCAGTTTGAAATGCGTTGCAGCATTAAGTACAGCTAAAGA
TGTTGGATCGTTGTTCAAGATCGATGGTAGTTTCTCCTGGACGATTTTCTCAATCTCCTC
AGCCGTGTATGGTTCTTCTTTCAGATATTCCTTAACAGCTAGAACAGGATCAGATGAGCC
ACGATCACCAGCAAATGAAACACATAATCCTTCCACGTCAGAGAGAGTCTTAACTTTTGA
TC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1AU75TF 779 0 0
CTATTCTAATATTTTATTTGATCTCAGGCCAACCAATTATTCAGCAACAAATGATATGAT
CTAATTCAATGTAAGATGGTAACTGCAAACAGTTCAAATTGAGAAAGACTTGAATAAATT
AAAACAAAAGAAGAGTGGAAGAGGCAATGTTTAGAGGTTGAAGATGGCAGCACCACTTGA
AGGCTTGGAAGCAAAAAGGTAAAGCTCCATGTCTTCTTCCTTCACCACTCCTTTCTCTAT
CCTCTTCCTGTAGTATTTTTCCTTAACATCAGCGATGAACTGAGAGACACCAGATTCTTT
AACCAATGACACAGTGCAACCGCCCCATCCAGCTCCTGTCAGCCTTGCTCCAAGTGCTCC
ATTCTCTCTGCTCACTTTAACTAGTTCTTCCAACTCCGGGCAACTGCACTCGTATAGGAC
ACTGCAGCTGTAATGGCTCTCGTTCATGAGATCACCAAGTTTCTTTAACTTCTCTTCGTC
ACTTAGGTTTGAATCAACTGTGTCCT*GAAACCATGAACTCTCCGTGCTTCGGAGTAAAC
ATGTGCAGCTCTCTGATGCAGTTTGAAATGCGTTGCAGCATTAAGTACAGCTAAAGATGT
TGGATCGTTGTTCAAGATCGATGGTAGTTTCTCCTGGACGATTTTCTCAATCTCCTCAGC
CGTGTATGGTTCTTCTTTCAGATATTCCTTAACAGCTAGAACAGGATCAGATGAGCCACG
ATCACCAGCAAATGAAACACATAATCCTTCCACGTCAGAGAGAGTCTTAACTTTTGATC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 3

CO CL4219Contig1 1114 3 14 U
GGAAATAAATCAGAACGAATAAAAGAAAACTAAAACTTTAAAACAAAATGGGAAACACCA
AAGAAAGAAGAAGCTTGTTGGTTTCAACAATAACGGTGCTGTTCTTCTTCAACACTCATT
ATCTTCAGGTTATGAGTTGCCCCGAGCAAAAGACGAACTGTACGGATCAAGACAGAAAAT
TATTGGAGTTTCCTTTAAACTTGGAGTATCTTGAAGCTGAATTTTTCTTGTTCGGGGCAT
TAGGGTTTGGTCTTGACAAAGTCGGTCCAAATTTAACTATGGGAGGGCCAAGTCCTATTG
GAGCTCAGAAAGCTAAACTCGATCCTTTGACAAGAGATATTGTATTGCAATTTGCTTGGC
AAGAGGTTGGCCACTTGAGGGCAATCAAGAAAACGGTGACAGGGTTTGCAAGGCCGCTAC
TTGATTTGAGTATAAAATCATTTGCGAAAGTGATGGATGATGCATTCGGACGAAAATTTG
TGCCACCATTTAACCCCTATGCCAATTCTTACAATTACCTCATTGCTTCTTATTTGGTCC
CGTATGTTGGCCTCACCGGCTACGTTGGCGCGGACCCCAAACTGCAATGTCCCGCATCAA
GAAAGTTAGTAGCAGGACTTTTAGGAGTAGAATCAGGTCAGGACGCTGTGATAAGAACAA
TGCTATATGCGAGGGCGACACATATAGTCCATCCTTATGGTATCACGGTTGCGGCTTTCA
CTGATAGGATCTCGTGTCTAAGGAACAAATTGGGGAAAATGGGTGTGAAAGATGAGGGGT
TAGTAGTGCCTAAAGCCATGGGTGCGGAGGGACATGTGGCCGGGAATGTATTGGTTGGTG
ACGAGTTATCGCTTGCGTTTGATCGAACTCCGGAGGAAATTCTGCGGATTGTGTATGGAA
GTGGAAATGAAAGGGTGCCCGGTGGATTTTACCCTAAAGGAGCTGATGGAGAAATTGCTA
AGTCTTATTTGGCTTAGTAATGATGTTGTTGACAATGAGGTTTAGTGTTAGTTGGAGTTT
AACTTCCTTTGTAGTTGTTAGCTTTTTCGGTTTATAGAGCAAAATAATTTTCATGTTAAT
GTAATAAATCCTATGGAAATATTTCACAGTGTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH33TF U 1
AF RR1EH33JQ C 402
AF RR1G275TF U 369
BS 1 633 RR1EH33TF
BS 634 688 RR1G275TF
BS 689 689 RR1EH33JQ
BS 690 950 RR1G275TF
BS 951 951 RR1EH33JQ
BS 952 1021 RR1G275TF
BS 1022 1022 RR1EH33JQ
BS 1023 1038 RR1G275TF
BS 1039 1039 RR1EH33JQ
BS 1040 1052 RR1G275TF
BS 1053 1053 RR1EH33JQ
BS 1054 1063 RR1G275TF
BS 1064 1064 RR1EH33JQ
BS 1065 1114 RR1G275TF

RD RR1EH33TF 633 0 0
GGAAATAAATCAGAACGAATAAAAGAAAACTAAAACTTTAAAACAAAATGGGAAACACCA
AAGAAAGAAGAAGCTTGTTGGTTTCAACAATAACGGTGCTGTTCTTCTTCAACACTCATT
ATCTTCAGGTTATGAGTTGCCCCGAGCAAAAGACGAACTGTACGGATCAAGACAGAAAAT
TATTGGAGTTTCCTTTAAACTTGGAGTATCTTGAAGCTGAATTTTTCTTGTTCGGGGCAT
TAGGGTTTGGTCTTGACAAAGTCGGTCCAAATTTAACTATGGGAGGGCCAAGTCCTATTG
GAGCTCAGAAAGCTAAACTCGATCCTTTGACAAGAGATATTGTATTGCAATTTGCTTGGC
AAGAGGTTGGCCACTTGAGGGCAATCAAGAAAACGGTGACAGGGTTTGCAAGGCCGCTAC
TTGATTTGAGTATAAAATCATTTGCGAAAGTGATGGATGATGCATTCGGACGAAAATTTG
TGCCACCATTTAACCCCTATGCCAATTCTTACAATTACCTCATTGCTTCTTATTTGGTCC
CGTATGTTGGCCTCACCGGCTACGTTGGCGCGGACCCCAAACTGCAATGTCCCGCATCAA
GAAAGTTAGTAGCAGGACTTTTAGGAGTAGAAT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1EH33JQ 676 0 0
GGGTTTGCAAGGCCGCTACTTGATTTGAGTATAAAATCATTTGCGAAAGTGATGGATGAT
GCATTCGGACGAAAATTTGTGCCACCATTTAACCCCTATGCCAATTCTTACAATTACCTC
ATTGCTTCTTATTTGGTCCCGTATGTTGGCCTCACCGGCTACGTTGGCGCGGACCCCAAA
CTGCAATGTCCCGCATCAAGAAAGTTAGTAGCAGGACTTTTAGGAGTAGAATCAGGTCAG
GACGCTGTGATAAGAACAATGCTATATGCGAGGGCGACACATATAGTCCATCCTTATGGT
ATCACGGTTGCGGCTTTCACTGATAGGATCTCGTGTCTAAGGAACAAATTGGGGAAAATG
GGTGTGAAAGATGAGGGGTTAGTAGTGCCTAAAGCCATGGGTGCGGAGGGACATGTGGCC
GGGAATGTATTGGTTGGTGACGAGTTATCGCTTGCGTTTGATCGAACTCCGGAGGAAATT
CTGCGGATTGTGTATGGAAGTGGAAATGAAAGGGTGCCCGGTGGATTTTACCCTAAAGGA
GCTGATGGAGAAATTGCTAAGTCTTATTTGGCTTAGTAATGATGTTGTTGACAATGAGGT
TTAGTGTTAGTTGGAGTTTAACTTCCTTTGTAGTTGTTAGCTTTTTCGGTTTATAGAGCA
AAATAATTTTCATGTT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1G275TF 746 0 0
GAAAATCAGAACGAATAA
AAGAAAACGGTGACAGGGTTTGCAAGGCCGCTACTTGATTTGAGTATAAAATCATTTGCG
AAAGTGATGGATGATGCATTCGGACGAAAATTTGCGCCACCATTTAACCCCTATGCCAAT
TCTTACAATTACCTCATTGCTTCTTATTTGGTCCCGTATGTTGGCCTCACCGGCTACGTT
GGCGCGAACCCCAAACTGCAATGTCCCGCATCAAGAAAGTTAGTAGCAGGACTTTTAGGA
GTAGAATCAGGTCAGGACGCTGTGATAAGAACAATGCTATATGCGAGGGCGACACATATA
GTTCATCCTTATGGTATCACGGTTGCGGCTTTCACTGATAGGATCTCGTGTCTAAGGAAC
AAATTGGGGAAAATGGGTGTGAAAGATGAGGGGTTAGTAGTGCCTAAAGCCATGGGTGCG
GAGGGACATGTGGCCGGGAATGTATTGGTTGGTGACGAGTTATCGCTTGCGTTTGATCGA
ACTCCGGAGGAAATTCTGCGGATTGTGTATGGAAGTGGAAATGAAAGGGTGCCCGGTGGA
TTTTACCCTAAAGGAGCTGATGGA*AAATTGCTAAGTCTTATTTGGCTTAGTAATGATGT
TGTTGACAATGAGGTTTAGTGTTAGTTGGAGTTTA*CTTCCTTTGTAGTTGT*AGCTTTT
TCGGTT*ATAGAGCAAA*TAATTTTCATGTTAATGTAATAAATCCTATGGAAATATTTCA
CAGTGTAA

QA 19 746 19 746
DS 



AS 1 3

CO CL4220Contig1 781 3 5 U
GTCTCGTAGCGTTATCTTATTACCATAACCTTAAAAGAGATCCCACATTATGTTTTTTTT
TTCTAGTCTAGTTTCTTCTCTACTTCGACTACAACAACAGGGTTTGATATCAGCTTTTAT
ACTCAAATTCTCATCTCAAATCTACATCAACCATCAAAGATTCTCTGTCCCTATCCTCTT
TATCTTCTTCTTTTCTTTTTAACTTTAAAAAAAAAAAGTGGAAGCAGATGGACCTATGAG
AAACAAAGAAAGATGGCGTGTCACTCAAGTTAGAGGAGGAGCAAGGATGTTTCTTCATTT
GTAAAATCTGTTATTTCTCACTGTATGTGCAGAAGTTTGGAGCTGTATTTATGCAAAATT
CAGCAAGAAAATGTTCGCTTATGGTTTTTATTCTAACAAAACAATCTTCTTCTGTGAAGC
TGCGAGTCTCGTAAACTTTCCAGCATTTCAGTTATTTCCATCTGTTTCATCACTGTTGCG
TGCAAAACCCCCTTTGTTTTTACGAGATCAAACTCAACCGATTTGATTCTGTCCAGAAAA
TCCATCAGCATTCTCTCCTTCTCTACCGGAATTTCAACCGGTCTGTTCCTGATTTCCTCG
TACACTTTCTCCAGTTTCTGTATACGTTCCAAACAGGGACGAATCTTGTCTTTCATTGTG
GTCTCTGCATGTGTTGGGTTGAGTTCAAGTTGCGTTGGACTTGAAGGAGTAATGGTATTC
TTCCTCCTCAGAAGCTGAAACGGGATACAACGGAAAACTGCTGCTAGTTTCAGCAACAAC
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1DK72JQ U 1
AF RR1CZ66JQ U 63
AF RR1CZ66TF C 108
BS 1 186 RR1DK72JQ
BS 187 187 RR1CZ66JQ
BS 188 366 RR1DK72JQ
BS 367 655 RR1CZ66JQ
BS 656 781 RR1CZ66TF

RD RR1DK72JQ 366 0 0
GTCTCGTAGCGTTATCTTATTACCATAACCTTAAAAGAGATCCCACATTATGTTTTTTTT
TTCTAGTCTAGTTTCTTCTCTACTTCGACTACAACAACAGGGTTTGATATCAGCTTTTAT
ACTCAAATTCTCATCTCAAATCTACATCAACCATCAAAGATTCTCTGTCCCTATCCTCTT
TATCTTATTCTTTTCTTTTTAACTTTAAAAAAAAAAAGTGGAAGCAGATGGACCTATGAG
AAACAAAGAAAGATGGCGTGTCACTCAAGTTAGAGGAGGAGCAAGGATGTTTCTTCATTT
GTAAAATCTGTTATTTCTCACTGTATGTGCAGAAGTTTGGAGCTGTATTTATGCAAAATT
CAGCAA

QA 1 366 1 366
DS 

RD RR1CZ66JQ 593 0 0
CTAGTCTAGTTTCTTCTCTACTTCGACTACAACAACAGGGTTTGATATCAGCTTTTATAC
TCAAATTCTCATCTCAAATCTACATCAACCATCAAAGATTCTCTGTCCCTATCCTCTTTA
TCTTCTTCTTTTCTTTTTAACTTTAAAAAAAAAAAGTGGAAGCAGATGGACCTATGAAAA
ACAAAGAAAGATGGCGTGTCACTCAAGTTAGAGGAGGAGCAAGGATGTTTCTTCATTTGT
AAAATCTGTTATTTCTCACTGTATGTGCAAAAGTTTGGAGCTGTATTTATGCAAAATTCA
GCAAGAAAATGTTCGCTTATGGTTTTTATTCTAACAAAACAATCTTCTTCTGTGAAGCTG
CGAGTCTCGTAAACTTTCCAGCATTTCAGTTATTTCCATCTGTTTCATCACTGTTGCGTG
CAAAACCCCCTTTGTTTTTACGAGATCAAACTCAACCGATTTGATTCTGTCCAGAAAATC
CATCAGCATTCTCTCCTTCTCTACCGGAATTTCAACCGGTCTGTTCCTGATTTCCTCGTA
CACTTTCTCCAGTTTCTGTATACGTTCCAAACAGGGACGAATCTTGTCTTTCA

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1CZ66TF 674 0 0
TATCAGCTTTTATACTCAAATTCTCATCTCAAATCTACATCAACCATCAAAGAT*CTCTG
TCCCTATCCTCTTTATCTTCTTCTTTTCTTTTTAACTTTAAAAAAAAAAAGTGGAAGCAG
ATGGACCTATGAGAAACAAAGAAAGATGGCGTGTCACTCAAGTTAGAGGAGGAGCAAGGA
TGTTTCTTCATTTGTAAAATCTGTTATTTCTCACTGTATGTGCAGAAGTTTGGAGCTGTA
TTTATGCAAAATTCAGCAAGAAGATGTTCGCTTATGGTTTTTATTCTAACAGAACAATCT
TCTTCTGTGAAGCTGCGAGTCTCGTAAACTTTCCAGCATTTCAGTTATTTCCATCTGTTT
CATCACTGTTGCGTGCAAAACCCCCTTTGTTTTTACGAGATCAAACTCAACCGATTTGAT
TCTGTCCAGAGAATCCATCAGCATTCTCTCCTTCTCTACCGGAATTTCAACCGGTCTGTT
CCTGATTTCCTCGTACACTTTCTCCAGTTTCTGTATACGTTCCAAACAGGGACGAATCTT
GTCTTTCATTGTGGTCTCTGCATGTGTTGGGTTGAGTTCAAGTTGCGTTGGACTTGAAGG
AGTAATGGTATTCTTCCTCCTCAGAAGCTGAAACGGGATACAACGGAAAACTGCTGCTAG
TTTCAGCAACAACG

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 3

CO CL4221Contig1 433 3 2 U
CTGTGAGATTGAGATTTGAGATCATCGAAAGCAAAGCAAAACCATGGATGCTATTGATTC
CGTCGTCGATCCTCTCAGAGACTTCGCTAAGGATAGCATTCGTCTCGTCAAGCGTTGTCA
CAAACCAGATCACAAAGAATTT*CGAAAGTTGCTGTTCGTACAGCGATTGGGTTCGTTGT
GATGGGATTCGTGGGCTTCTTTGTGAAGCTCATCTTTATTCCAATCAACAACATTATCGT
CGGTGCCACTTAGGGAGCAAAGGACAGAATGGGAGAAAGGCAAAAAA*CTAGTTTTGAGA
TCGTTTTCAACAATTCGCACTTATGTTTATGTAATCGAATTTCATTTGTTTCTATCTTTT
TTTTT*CTTTAATTTTGTTCACGACTGAAAAGATTGGGCTCATCTTGAATGCAGATCAAA
CTAATTAGAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B895TF U 1
AF RR1B895JQ C 110
AF RR1BZ74TF U 22
BS 1 425 RR1B895TF
BS 426 433 RR1BZ74TF

RD RR1B895TF 428 0 0
CTGTGAGATTGAGATTTGAGATCATCGAAAGCAAAGCAAAACCATGGATGCTATTGATTC
CGTCGTCGATCCTCTCAGAGACTTCGCTAAGGATAGCATTCGTCTCGTCAAGCGTTGTCA
CAAACCAGATCACAAAGAATTT*CGAAAGTTGCTGTTCGTACAGCGATTGGGTTCGTTGT
GATGGGATTCGTGGGCTTCTTTGTGAAGCTCATCTTTATTCCAATCAACAACATTATCGT
CGGTGCCACTTAGGGAGCAAAGGACAGAATGGGAGAAAGGCAAAAAA*CTAGTTTTGAGA
TCGTTTTCAACAATTCGCACTTATGTTTATGTAATCGAATTTCATTTGTTTCTATCTTTT
TTTTT*CTTTAATTTTGTTCACGACTGAAAAGATTGGGCTCATCTTGAATGCAGATCAAA
CTAAT
TAG

QA 1 425 1 425
DS 

RD RR1B895JQ 316 0 0
AAGG
GTTGTCCCAAACCAGATCACAAAGAATTT*CGAAAGTTGCTGTTCGTACAGCGATTGGGT
TCGTTGTGATGGGATTCGTGGGCTTTTTTGTGAAGCTCATTTTTATTCCAATCAACAACA
TTTTTGTCGGTGCCCCTTAGGGGGCAAAGGACAGAATGGGGGAAAGGCAAAAAA*CTAGT
TTTGAGATCGTTTTCAACAATTCGCACTTATGTTTATGTAATCGAATTTCATTTGTTTCT
ATCTTTTTTTTT*CTTTAATTTTGTTCCCGACTGAAAAGATTGGGCTCATTTTGAATGCA
GATCAAACTAAT

QA 5 316 5 316
DS 

RD RR1BZ74TF 412 0 0
GG
ATCGAAAGCAAAGCAAAACCATGGATGCTATTGATTCCGTCGTCGATCCTCTCAGAGACT
TCGCTAAGGATAGCATTCGTCTCGTCAAGCGTTGTCACAAACCAGATCGCAAAGAATTCA
CGAAAGTTGCTGTTCGTACAGCGATTGGGTTCGTTGTGATGGGATTCGTGGGCTTCTTTG
TGAAGCTCATCTTTATTCCAATCAACAACATTATCGTCGGTGCCACTTAGGGAGCAAAGG
ACAGAATGGGAGAAAGGCAAAAAAACTAGTTTTGAGATCGTTTTCAACAATTCGCACTTA
TGTTTATGTAATCGAATTTCATTTGTTTCTATCTTTTTTTTTTCTTTAATTTTGTTCACG
ACTGAAAAGATTGGGCTCATCTTGAATGCAGATCAAACTAATTAGAAACT

QA 3 412 3 412
DS 



AS 1 3

CO CL4222Contig1 842 3 1 U
GAGAGATACCATGGCTGTTGAAAGATTCTAAAGGACAAAACTTGGGTCGTTTTCATGGAG
TGGTTGCATCTGATAAAAACATTGTTTCTCCAAGGTTTACTCAACTAACTGGACTCCCAC
CTCCTCTTGACTTGAATCTTGTCCCGGAGTTGGCCACTACTAAGCTCCAAGATATTCCTG
TTTTGCCATGCTTTTCTCTTATGCTTGCTTTTAAAGAACCATTGTCTTTGATGCCAGCAA
AATGCTTATCTTTCAAGAATTCTGAGATTTTGAGCTGGGCTCACTGTGATAGCACTAAGC
CAGGGCGGTCTACTGATAGTGAAAGATGGATACTGCATTCTACTCCAGGCTATGCCAGCA
GTGTTATTGCCAAAACCGGCCTCCAAAAGCTATCGAGCGAAACACTCAACAAAATAGCTG
AAGAGATGTTCAAAGAGTTTCAGTGCTCAGGGCTTGTTAATTCTCTACCCTTTTTCATGA
AAGCCCACAGATGGGGAAGTGCGTTCCCAGCCAAAAGCATTGCCGTAGAGGAGAGGTGTC
TCTGGGATAGAAACAGGAATCTGGCAATCTGTGGAGATTTCTGTGTCAGTCCAAACGTCG
AAGGTGCCATACTCAGTGGCTTAGCTGCAGCCTCAAAGCTTTTGCAGGCTTCCAGCTGCC
GCTTATAGGTAAGGTACCCCTACTCAGTGTACCTCACAACAGAGTTAATATATTCTTATT
ATAAGTATTCTACTAGAATCATGTAATAGTGTACTGTAACAGTCTTCCTCGTAAACTCTA
TCCGCCGATGAAGCAGACATATCATGTGATCTTCCTAAATTTTTATACTTTGTTTCTTGA
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1CM96TF U 20
AF RR1AD29TF U 1
AF RR1AD29JQ C 213
BS 1 842 RR1AD29TF

RD RR1CM96TF 793 0 0
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CATTGTTTCTCCAAGGTTTACTCAACTAACTGGACTCCCACCTCCTCTTGACTTGAATCT
TGTCCCGGAGTTGGCCACTACTAAGCTCCAAGATATTCCTGTTTTGCCATGCTTTTCTCT
TATGCTTGCTTTTAAAGAACCATTGTCTTTGATGCCAGCAAAAGGCTTATCTTTCAAGAA
TTCTGAGATTTTGAGCTGGGCTCACTGTGATAGCACTAAGCCAGGGCGGTCTACTGATAG
TGAAAGATGGATACTGCATTCTACTCCAGGCTATGCCAGCAGTGTTATTGCCAAAACCGG
CCTCCAAAAGCTATCGAGCGAAACACTCAACAAAATAGCTGAAGAGATGTTCAAAGAGTT
TCAGTGCTCAGGGCTTGTTAATTCTCTACCCTTTTTCATGAAAGCCCACAGATGGGGAAG
TGCGTTCCCAGCCAAAAGCATTGCCGTAGAGGAGAGGTGTCTCTGGGATAGAAACAGGAA
TCTGGCAATCTGTGGAGATTTCTGTGTCAGTCCAAACGTCGAAGGTGCCATACTCAGTGG
CTTAGCTGCAGCCTCAAAGCTTTTGCAGGCTTCCAGCTGCCGCTTATAGGTAAGGTACCC
CTACTCAGTGTACCTCACAACAGAGTTAATATATTCTTATTATAAGTATTCTACTAGAAT
CATGTAATAGTGTACTGTAACAGTCTTCCTCGTAAACTCTATCCGCCGATGA*GCAGACA
TATCATGTGATCT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1AD29TF 842 0 0
GAGAGATACCATGGCTGTTGAAAGATTCTAAAGGACAAAACTTGGGTCGTTTTCATGGAG
TGGTTGCATCTGATAAAAACATTGTTTCTCCAAGGTTTACTCAACTAACTGGACTCCCAC
CTCCTCTTGACTTGAATCTTGTCCCGGAGTTGGCCACTACTAAGCTCCAAGATATTCCTG
TTTTGCCATGCTTTTCTCTTATGCTTGCTTTTAAAGAACCATTGTCTTTGATGCCAGCAA
AATGCTTATCTTTCAAGAATTCTGAGATTTTGAGCTGGGCTCACTGTGATAGCACTAAGC
CAGGGCGGTCTACTGATAGTGAAAGATGGATACTGCATTCTACTCCAGGCTATGCCAGCA
GTGTTATTGCCAAAACCGGCCTCCAAAAGCTATCGAGCGAAACACTCAACAAAATAGCTG
AAGAGATGTTCAAAGAGTTTCAGTGCTCAGGGCTTGTTAATTCTCTACCCTTTTTCATGA
AAGCCCACAGATGGGGAAGTGCGTTCCCAGCCAAAAGCATTGCCGTAGAGGAGAGGTGTC
TCTGGGATAGAAACAGGAATCTGGCAATCTGTGGAGATTTCTGTGTCAGTCCAAACGTCG
AAGGTGCCATACTCAGTGGCTTAGCTGCAGCCTCAAAGCTTTTGCAGGCTTCCAGCTGCC
GCTTATAGGTAAGGTACCCCTACTCAGTGTACCTCACAACAGAGTTAATATATTCTTATT
ATAAGTATTCTACTAGAATCATGTAATAGTGTACTGTAACAGTCTTCCTCGTAAACTCTA
TCCGCCGATGAAGCAGACATATCATGTGATCTTCCTAAATTTTTATACTTTGTTTCTTGA
TG

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR1AD29JQ 630 0 0
AAAGAACCATTGTCTTTGATGCCAGCAAAATGCTTATCTTTCAAGAATTCTGAGATTTTG
AGCTGGGCTCACTGTGATAGCACTAAGCCAGGGCGGTCTACTGATAGTGAAAGATGGATA
CTGCATTCTACTCCAGGCTATGCCAGCAGTGTTATTGCCAAAACCGGCCTCCAAAAGCTA
TCGAGCGAAACACTCAACAAAATAGCTGAAGAGATGTTCAAAGAGTTTCAGTGCTCAGGG
CTTGTTAATTCTCTACCCTTTTTCATGAAAGCCCACAGATGGGGAAGTGCGTTCCCAGCC
AAAAGCATTGCCGTAGAGGAGAGGTGTCTTTGGGATAGAAACAGGAATCTGGCAATCTGT
GGAGATTTCTGTGTCAGTCCAAACGTCGAAGGTGCCATACTCAGTGGCTTAGCTGCAGCC
TCAAAGCTTTTGCAGGCTTCCAGCTGCCGCTTATAGGTAAGGTACCCCTACTCAGTGTAC
CTCACAACAGAGTTAATATATTCTTATTATAAGTATTTTACTAGAATCATGTAATAGTGT
ACTGTAACAGTCTTCCTCGTAAACTCTATCCGCCGATGAAGCAGACATATCATGTGATCT
TCCTAAATTTTTATACTTTGTTTCTTGATG

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 3

CO CL4223Contig1 828 3 8 U
GGAAAAAGGGTTTTCTCTCACTCAACCTTGGTTTGTTTCCATCGCCGTGGAGATAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGACATGGAGGCGGAGAAGATGGAACTGAAGCTCTACAACACGATGAC
GCAGCAGAAGGAAGTTTTCACTCCGATCAACCCCGGCAAAGTCGGATTGTACGTCTGCGG
AATCACTGCTTACGATTTCAGCCACATCGGCCATGCTCGCGCCGCCGTTTCCTTCGACGT
TCTCTACAGATACTTGAAGCATCTGTCTTATGAAGTTAATTTCGTCAGGAATTTCACAGA
TGTTGATGACAAGATAATAATACGTGCTAATGAGAATGGAGAGGAACCGTTGGAGTTGAG
TAACCGCTTTTGCGAGGAGTATTTGGTAGATATGGGTGCTCTTCAGTGCCTCCTCCCCAC
CCACCAGCCTCGTGTCAGCGACCATATGGATCACATTGTAGACATGATTCAAAAGATTAT
TGAGAAAGATTGTGGGTATGCTGTGGACGGCGATGTGTTCTTCTCTGTCGACAAATCACC
AAACTATGGTAAGTTGTCGGGTCAGTTGCTGGAACATACACGGGCTGGTGAGAGAGTTGC
GGTTGATTCCAGAAAGCGTAACCCTGCTGATTTTGCATTATGGAAGGCTGTAAAACCTGG
TGAGCCGAGTTGGGATAGCCCGTGGGGTCGAGGAAGACCGGGATGGCACATCGAGTGCAG
TGCCATGAGTGCTCACTATCTGTCTCCCAAGTTCGACATTCATGGTGGTGGTGCAGATTT
GAAATTCCCACACCATGAGAATGAGCTTGCTCAGACATGTGCTGCGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 
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20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
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AF RR1FB17TF U 8
AF RR1BC27TF U 1
AF RR1BE14TF U 43
BS 1 64 RR1BC27TF
BS 65 70 RR1FB17TF
BS 71 554 RR1BC27TF
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BS 556 560 RR1BC27TF
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BS 562 770 RR1BC27TF
BS 771 828 RR1BE14TF

RD RR1FB17TF 684 0 0
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GAGAGAGACATGGAGGCGG*GAAGATGGAACTGAAGCTCTACAACACGATGACGCAGCAG
AAGGAAGTTTTCACTCCGATCAACCCCGGCAAAGTCGGATTGTACGTCTGCGGAATCACT
GCTTACGATTTCAGCCACATCGGCCATGCTCGCGCCGCCGTTTCCTTCGACGTTCTCTAC
AGATACTTGAAGCATCTGTCTTATGAAGTTAATTTCGTCAGGAATTTCACAGATGTTGAT
GACAAGATAATAATACGTGCTAATGAGAATGGAGAGGAACCGTTGGAGTTGAGTAACCGC
TTTTGTGAGGAGTATTTGGTAGATATGGGTGCTCTTCAGTGCCTCCTCCCCACCCACCAG
CCTCGTGTCAGCGACCATATGGATCACATTGTAGACATGATTCAAAAGATTATTGAGAAA
GATTGTGGGTATGCTGTGGACGGCGATGTGTTCTTCTCTGTCGTCAAATCACCAAACTAT
GGTAAGTTGTCGGGTCAGTTGCTGGAACATACACGGGCTGGTGAGAGAGTTGCGGTTGAT
TCCAGAAAGCGTAACCCTGCTGATTTTGCATTATGGAAG*CTGTAAAACCTG*TGAGCCG
AGTTGGGATAGCCCGTGGGGTCGA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1BC27TF 770 0 0
GGAAAAAGGGTTTTCTCTCACTCAACCTTGGTTTGTTTCCATCGCCGTGGAGATAGAGAG
AGAG******AGAGACATGGAGGCGGAGAAGATGGAACTGAAGCTCTACAACACGATGAC
GCAGCAGAAGGAAGTTTTCACTCCGATCAACCCCGGCAAAGTCGGATTGTACGTCTGCGG
AATCACTGCTTACGATTTCAGCCACATCGGCCATGCTCGCGCCGCCGTTTCCTTCGACGT
TCTCTACAGATACTTGAAGCATCTGTCTTATGAAGTTAATTTCGTCAGGAATTTCACAGA
TGTTGATGACAAGATAATAATACGTGCTAATGAGAATGGAGAGGAACCGTTGGAGTTGAG
TAACCGCTTTTGCGAGGAGTATTTGGTAGATATGGGTGCTCTTCAGTGCCTCCTCCCCAC
CCACCAGCCTCGTGTCAGCGACCATATGGATCACATTGTAGACATGATTCAAAAGATTAT
TGAGAAAGATTGTGGGTATGCTGTGGACGGCGATGTGTTCTTCTCTGTCGACAAATCACC
AAACTATGGTAAGTCGTCGG*TCAGTTGCTGGAACATACACGGGCTGGTGAGAGAGTTGC
GGTTGATTCCAGAAAGCGTAACCCTGCTGATTTTGCATTATGGAAGGCTGTAAAACCTGG
TGAGCCGAGTTGGGATAGCCCGTGGGGTCGAGGAAGACCGGGATGGCACATCGAGTGCAG
TGCCATGAGTGCTCACTATCTGTCTCCCAAGTTCGACATTCATGGTGGTG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1BE14TF 786 0 0
GGATCGCCGTGGAGAT
AGAGAGAGAGAGAGAGACATGGAGGCGGAGAAGATGGAACTGAAGCTCTACAACACGATG
ACGCAGCAGAAGGAAGTTTTCACTCCGATCAACCCCGGCAAAGTCGGATTGTACGTCTGC
GGAATCACTGCTTACGATTTCAGCCACATCGGCCATGCTCGCGCCGCCGTTTCCTTCGAC
GTTCTCTACAGATACTTGAAGCATCTGTCTTATGAAGTTAATTTCGTCAGGAATTTCACA
GATGTTGATGACAAGATAATAATACGTGCTAATGAGAATGGAGAGGAACCGTTGGAGTTG
AGTAATCGGTTTTGCGAGGAGTATTTGGTAGATATGGGTGCTCTTCAGTGCCTCCTCCCC
ACCCACCAGCCTCGTGTCAGCGACCATATGGATCACATTGTAGACATGATTCAAAAGATC
ATTGAGAAAGACTGTGGGTATGCTGTGGACGGTGATGTGTTCTTCTCTGTCGACAAATCA
CCAAACTATGGTAAGTTGTCGGGTCAGTTGCTGGAACATACACGGGCTGGTGAGAGAGTT
GCGGTTGATTCCAGAAAGCGTAACCCTGCTGATTTTGCATTATGGAAGGCTGTAAAACCT
GGTGAGCCGAGTTGGGATAGCCCGTGGGGTCGAGGAAGACCGGGATGGCACATCGAGTGC
AGTGCCATGAGTGCTCACTATCTGTCTCCCAAGTTCGACATTCATGGTGGTGGTGCAGAT
TTGAAATTCCCACACCATGAGAATGAGCTTGCTCAGACATGTGCTGCGTG

QA 17 786 17 786
DS 



AS 1 3

CO CL4224Contig1 678 3 12 U
GGACGAAAACCGAGTAGCGATTCTCTCTTCT*ACTTATCGCCCGTCATGGCTTCAGAGAA
AGAGGCTGCTTTAGCCGCCACTCCTTCCGATGATTCCCCCACCATATTTGACAAGATCAT
CAGTAAAGAAATTCCATCCACCGTTGTTTTTGAGGATGACAAGGTCTTGGCTTTTAGGGA
CATAACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTGAGGGATGGCTTAAC
TGGTCTCTCTAAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTATACACTGC
CAAGCTTGTAGCAAAACAAGAAGGCCTAGATGAGGGTTTCAGAATTGTGATCAATGATGG
TCCTCAAGACTGTCAGTCGGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATCGGAGGACGCCAAAT
GAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAGATATCATCATCTACTAGTGATTCTTGTCCTGGTTATA
AGAGGAACCCTACCCTGAGTTGCTATTGTCTTCTTCTGTCTTTATGAATAAAAGGCTTGG
GACATAACTTTTTATGATTGAAATCTAAACCTTAGTCTATGGTATGAAGAGAATATTCGA
CTGTTCTCTTTTGTAGAATCCTCTTTTTTATTGTTGACTTTGTAAAACATTTCAATGGTA
AAAAGCTTTGAACAAAAA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV70JQ C 1
AF RR1ED09TF U 1
AF RR1BV70TF U 1
BS 1 31 RR1ED09TF
BS 32 32 RR1BV70TF
BS 33 43 RR1ED09TF
BS 44 44 RR1BV70TF
BS 45 243 RR1ED09TF
BS 244 244 RR1BV70TF
BS 245 368 RR1ED09TF
BS 369 369 RR1BV70TF
BS 370 523 RR1ED09TF
BS 524 524 RR1BV70TF
BS 525 664 RR1ED09TF
BS 665 678 RR1BV70TF

RD RR1BV70JQ 671 0 0
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AAAA
AGCTTTG

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DS 

RD RR1ED09TF 664 0 0
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CAAGCTTGTAGCAAAACAAGAAGGCCTAGATGAGGGTTTCAGAATTGTGATCAATGATGG
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GAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAGATATCATCATCTACTAGTGATTCTTGTCCTGGTTATA
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AAAA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1BV70TF 678 0 0
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CAGTAAAGAAATTCCATCCACCGTTGTTTTTGAGGATGACAAGGTCTTGGCTTTTAGGGA
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TGGTCTCTCTAAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTATACACTGC
CAAGCTTGTAGCAAAACAAGAAGGCCTAGATGAGGGTTTCAGAATTGTGATCAATGATGG
TCCTCAAGACTGTCAGTCGGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATCGGAGGACGCCAAAT
GAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAGATATCATCATCTACTAGTGATTCTTGTCCTGGTTATA
AGAGGAACCCTACCCTGAGTTGCTATTGTCTTCTTCTGTCTTTATGAATAAAAGGCTTGG
GACATAACTTTTTATGATTGAAATCTAAACCTTAGTCTATGGTATGAAGAGAATATTCGA
CTGTTCTCTTTTGTAGAATCCTCTTTTTTATTGTTGACTTTGTAAAACATTTCAATGGTA
AAAAGCTTTGAACAAAAA

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 3

CO CL4225Contig1 893 3 7 U
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AACCTGAGAGTCTGAGACTGAGAGAGAAGTTAAAGCGAGATGCTGGCGTATATCAAAGTC
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TAATCCCCAGAAAAGATGGTATAAAAAGCAATTTA*AAAAAAAAAGAAAAACAAGAGGCT
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GCACAAACCTTGGAGTCACACCACCACCACCTCCTCTCAGAGGAATCATTCCCGTCACCT
TCAATCCACTGTATGTATTGGTTGCTGCAAACTGAACAGAGATGGGGAAGAACACCGATG
AATCAACTGGTGGCACTGCAAACTCCATTGACCCACTGCGGTTTGAGTTGTCGATAAGAA
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CAAACATGGACGAGGCTTCATACTCTATGCTGACATACGTCTCGTTTCCAGAAACCGAAG
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CTAGAATACTCTCGCTATTAAAGAGCTCTCTGTTGATGTTGGGATGGGTCTTGAAAAGAA
TTTCAGGGTTTCCACCTGTTTCAATCTGAACTTGGACAAATCCATCATCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV75JQ U 1
AF RR1B672JQ U 88
AF RR1BV75TF C 173
BS 1 171 RR1BV75JQ
BS 172 172 RR1B672JQ
BS 173 215 RR1BV75JQ
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BS 217 784 RR1BV75JQ
BS 785 842 RR1B672JQ
BS 843 893 RR1BV75TF

RD RR1BV75JQ 784 0 0
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TAATCCCCAGAAAAGATGGTATAAAAAGCAATTTAAAAAAAAAAAGAAAAACAAGAGGCT
CCAAGTCTTAAGACCCTTCTCACACGACTTCGTAATTCTGTGCAACCAGCTGCGTCCTCT
GCACAAACCTTGGAGTCACACCACCACCACCTCCTCTCAGAGGAATCATTCCCGTCACCT
TCAATCCACTGTATGTATTGGTTGCTGCAAACTGAACAGAGATGGGGAAGAACACCGATG
AATCAACTGGTGGCACTGCAAACTCCATTGACCCACTGCGGTTTGAGTTGTCGATAAGAA
GTATAGACCATTCCAAAACTGAATTCCTTGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATCACATTGTT
TAACCATTGGTGCATCTCTCAGAGCAGGAAGAGGTACGGAGATGATAACATTAGTTAGAT
CAAACATGGACGAGGCTTCATACTCTATGCTGACATACGTCTCGTTTCCAGAAACCGAAG
GCCAGCAGTTGATTGTTAGAGGCACCATGGACTCGTCTGCTCTCTGCATTCTCCACCTCA
GAAGACCAACACCATCTCCACCTTGACCAGTGGGAAATGGCTGATCCGGTCTCTTCAGCC
CTAG

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR1B672JQ 755 0 0
G
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AAACTTAGCAAAAGCCCAGAAAACGAAAGATTTAATCCCCAGAAAAGATAGTATAAAAAG
CAATT***AAAAAAAAAGAAAAACAAGAGGCTCCAAGTCTTAAGACCCTTCTCACACGAC
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ACCTCCTCTCAGAGGAATCATTCCCGTCACCTTCAATCCACTGTATGGATTGGTTGCTGC
AAACTGAACAGAGATGGGGAAGAACACCGATGAATCAACTGGTGGCACTACAAACTCCAT
TGACCCACTGCGGTTTGAGTTGTCGATAAGAAGTATAGACCATTCCAAAACTGAATTCTT
TGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATCACATTGTTTAACCATTGGTGCATCTCTCAGAGCAGG
AAGAGGTACGGAGATGATAACATTAGTTAGATCAAACATGGACGACGCTTCATACTCTAT
GCTGACGTACGTCTCGTTTCCAGAAACCGAAGGCCAGCAGTTGATTGTTAGAGGCACCAT
GGACTCGTCTGCTCTTTGCATTCTCCACCTCAGAAGACCAACACCATCTCCGCCTTGACC
AGTGGGAAATGGCTGATCCGGTCTCTTCAGCCCTAGAATACTCTCGCTATTAAAGAGCTC
TCTGTTGATGTTGGGATGGGTCTTGAAAAGAATT

QA 2 755 2 755
DS 

RD RR1BV75TF 721 0 0
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AAGAGGCTCCAAGTCTTAAGACCCTTCTCACACGACTTCGTAATTCTGTGCAACCAGCTG
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AGTTAGATCAAACATGGACGAGGCTTCATACTCTATGCTGACATACGTCTCGTTTCCAGA
AACCGAAGGCCAGCAGTTGATTGTTAGAGGCACCATGGACTCGTCTGCTCTCTGCATTCT
CCACCTCAGAAGACCAACACCATCTCCACCTTGACCAGTGGGAAATGGCTGATCCGGTCT
CTTCAGCCCTAGAATACTCTCGCTATTAAAGAGCTCTCTGTTGATGTTGGGATGGGTCTT
GAAAAGAATTTCAGGGTTTCCACCTGTTTCAATCTGAACTTGGACAAATCCATCATCTTG
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL4226Contig1 1178 2 2 U
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GGAGGAAGCAACCCTGTTGCTGCTTCCTCAGGTGCTTCTATTGCTCCTGCTCAGCATTCC
AACTCTGAGCATACTCAGAAGAAGATCTATGTCAGTAACGTTGGAGCAGAGCTCGATCTT
CAGAAGCTGCTAGCGTTTTTCTCGAAGTTCGGTGAGATTGAGGAAGGTCCTTTGGGTCTT
GATAAGTATACGGGGAGACCTAAAGGCTTCTGTCTCTTTGTTTATAAGTCAGCTGAGAGC
GCCAAGAGGGCTTTAGAAGAGCCGCACAAGACCTTCGAGGGCCACGTCTTGCATTGCCAG
AAGGCCATAGATGGTCCTAAACCTGGCAAGCAGCAGCAACAGTTTAACAGCAATCCTCGT
TTCCCGAGGAATGATAACAATGGTGGTTACGGTACCCCTACTAGTCATGGACATCTCATG
GCTGGTAACCAAGGCGGGATGGGTACTCCAGTTCAAGCGATGAACCCAGCCTTTGGACAG
GCCTCGACAGCTTTGTTAGCAACGCAGGGAGGTTTGGCGTTTAACCCAGCACTTGGGCAG
GCTTTGTTGGGTTCGCTGGGGACAGCTGCAGGTGTAAACCCAGGGGCTGGAGTTGGAATG
CCAACTGGTTATGGAACTCAACCTATGACACCTGGGAGTATTCCTGGGGTACGGTGGACA
ACCTGGGTTGCAAGGTGGCTATCAGACCCCTCCACCTGGTCAGGGTGGTACAGGAAGAGG
GCAACATGGTGTCGGGCATTATCCTTACATGGGCCAGTAGATGTATCATGTAGCAACTCA
GATATCAGAAATCAGTGTTTTTATATTGGCCTGGTGATTCTTCTGAAGTTTATAAGGAGC
CTGATGCAAATGAAGTCTTTATGAAATGTTTACTCTTTGGTCGCTCATAAGGCCAAACTC
ATAAAACCTTTTAAGGAGTTTTAGTTTTCATCTACTTGTTTTTTTTTCTCTCTGTTTTCA
CCAACTACTCTCTTTATGCTATTCCTTAAAAAAACAATGTACTGTTTTCGGATTTATGTC
TATGTTTTCAGTTTTCTGAAACATGTTAAGAGCTTTCGTTTGTAAAACTAAAAACACAAC
TATGCTACTCCTTGCTTTATCAGATTCTAAGTTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AP08TF U 1
AF RR1AP08JQ C 272
BS 1 769 RR1AP08TF
BS 770 1178 RR1AP08JQ

RD RR1AP08TF 769 0 0
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GGAGGAAGCAACCCTGTTGCTGCTTCCTCAGGTGCTTCTATTGCTCCTGCTCAGCATTCC
AACTCTGAGCATACTCAGAAGAAGATCTATGTCAGTAACGTTGGAGCAGAGCTCGATCTT
CAGAAGCTGCTAGCGTTTTTCTCGAAGTTCGGTGAGATTGAGGAAGGTCCTTTGGGTCTT
GATAAGTATACGGGGAGACCTAAAGGCTTCTGTCTCTTTGTTTATAAGTCAGCTGAGAGC
GCCAAGAGGGCTTTAGAAGAGCCGCACAAGACCTTCGAGGGCCACGTCTTGCATTGCCAG
AAGGCCATAGATGGTCCTAAACCTGGCAAGCAGCAGCAACAGTTTAACAGCAATCCTCGT
TTCCCGAGGAATGATAACAATGGTGGTTACGGTACCCCTACTAGTCATGGACATCTCATG
GCTGGTAACCAAGGCGGGATGGGTACTCCAGTTCAAGCGATGAACCCAGCCTTTGGACAG
GCCTCGACAGCTTTGTTAGCAACGCAGGGAGGTTTGGCGTTTAACCCAGCACTTGGGCAG
GCTTTGTTGGGTTCGCTGGGGACAGCTGCAGGTGTAAACCCAGGGGCTGGAGTTGGAATG
CCAACTGGTTATGGAACTCAACCTATGACACCTGGGAGTATTCCTGGGGTACGGTGGACA
ACCTGGGTTGCAAGGTGGCTATCAGACCCCTCCACCTGGTCAGGGTGGT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1AP08JQ 907 0 0
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CCTTCGAGGGCCACGTCTTGCATTGCCAGAAGGCCATAGATGGTCCTAAACCTGGCAAGC
AGCAGCAACAGTTTAACAGCAATCCTCGTTTCCCGAGGAATGATAACAATGGTGGTTACG
GTACCCCTACTAGTCATGGACATCTCATGGCTGGTAACCAAGGCGGGATGGGTACTCCAG
TTCAAGCGATGAACCCAGCCTTTGGACAGGCCTCGACAGCTTTGTTAGCAACGCAGGGAG
GTTTGGCGTTTAACCCAGCACTTGGGCAGGCTTTGTTGGGTTCGCTGGGGACAGCTGCAG
GTGTAAACCCAGGGGCTGGAGTTGGAATGCCAACTGGTTATGGAACTCAACCTATGACAC
CTGGGAGTATTCCTGGG*TACGGTGGACAACCTGGGTTGCAAGGTGGCTATCAGACCCCT
CCACCTGGTCAGGGTGGTACAGGAAGAGGGCAACATGGTGTCGGGCATTATCCTTACATG
GGCCAGTAGATGTATCATGTAGCAACTCAGATATCAGAAATCAGTGTTTTTATATTGGCC
TGGTGATTCTTCTGAAGTTTATAAGGAGCCTGATGCAAATGAAGTCTTTATGAAATGTTT
ACTCTTTGGTCGCTCATAAGGCCAAACTCATAAAACCTTTTAAGGAGTTTTAGTTTTCAT
CTACTTGTTTTTTTTTCTCTCTGTTTTCACCAACTACTCTCTTTATGCTATTCCTTAAAA
AAACAATGTACTGTTTTCGGATTTATGTCTATGTTTTCAGTTTTCTGAAACATGTTAAGA
GCTTTCGTTTGTAAAACTAAAAACACAACTATGCTACTCCTTGCTTTATCAGATTCTAAG
TTTTTTC

QA 1 907 1 907
DS 



AS 1 2

CO CL4227Contig1 682 2 3 U
GGGAATATTCATTCAATGGCTTCACTGTCAAGAAAGCTGAACATGTAGTAAATATTATGA
TGGAAAGAGGTTACGCTGTCGGCAAAGACGCAATGGAGAAAGCCAAAGCCTTTGACGACA
AACACAACTTGGTCTCGAACGCTTCGGCAACCATCGCCTCCCTCGACAACAAGATTGGTC
TGAGCGAGAAGCTAAGCATGGGAACAACCGTGGTGAACGAGAAGCTGAGAGAGGTGGACG
AGCGGTATCAAGTGAGGGAGATCACTAAATCCGCTCTAGCAGCTGCTGAGGAGAGAGCGA
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CAAACGCGTTCGGTGCAGTGACAAAGGCCGTTAGAGCTGAGAATGGAGGAGAGGGGAGGA
AAGAGATTATTCAGCTTGACGACACTTCACCTAAAGCTCCTGCTGTTGTTCCTGTTAGCT
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TCTCATTCTTTGTGCATATATAAATGCTTTTACATATTCATTTGTCTTCTTTTCATTGCA
CAAACATAAACCTTATTGTTGTTTTGTTGGTTCTCATTGTTTAGAACTTTTTGCCTTGAA
AGTTTAATAATATAATCCAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CZ69TF U 65
AF RR1CZ69JQ C 1
BS 1 71 RR1CZ69JQ
BS 72 258 RR1CZ69TF
BS 259 682 RR1CZ69JQ

RD RR1CZ69TF 194 0 0
AAAGAGG
TACGCTGTCGGCAAAGACGCAATGGAGAAAGCCAAAGCCTTTGACGACAAACACAACTTG
GTCTCGAACGCTTCGGCAACCATCGCCTCCCTCGACAACAAGATTGGTCTGAGCGAGAAG
CTAAGCATGGGAACAACCGTGGTGAACGAGAAGCTGAGAGAGGTGGACGAGCGGTATCAA
GTGAGGG

QA 8 194 8 194
DS 

RD RR1CZ69JQ 682 0 0
GGGAATATTCATTCAATGGCTTCACTGTCAAGAAAGCTGAACATGTAGTAAATATTATGA
TGGAAAGAGGTTACGCTGTCGGCAAAGACGCAATGGAGAAAGCCAAAGCCTTTGACGACA
AACACAACTTGGTCTCGAACGCTTCGGCAACCATCGCCTCCCTCGACAACAAGATTGGTC
TGAGCGAGAAGCTAAGCATGGGAACAACCGTGGTGAACGAGAAGCTGAGAGAGGTGGACG
AGCGGTATCAAGTGAGGGAGATCACTAAATCCGCTCTAGCAGCTGCTGAGGAGAGAGCGA
TCAGCGCAGGCACAGCTCTGATGGCGAACCCTTATGTTTCGAGCGGAGCTTCTTGGTTAT
CAAACGCGTTCGGTGCAGTGACAAAGGCCGTTAGAGCTGAGAATGGAGGAGAGGGGAGGA
AAGAGATTATTCAGCTTGACGACACTTCACCTAAAGCTCCTGCTGTTGTTCCTGTTAGCT
CAGTTGATACAGCAGACTTCATCAACAAACCAAGTTTCAAAAGATTGCATTGTCTCAAAC
TCTCATTCTTTGTGCATATATAAATGCTTTTACATATTCATTTGTCTTCTTTTCATTGCA
CAAACATAAACCTTATTGTTGTTTTGTTGGTTCTCATTGTTTAGAACTTTTTGCCTTGAA
AGTTTAATAATATAATCCAGCG

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 3

CO CL4228Contig1 662 3 2 U
GGGAGAAAAAAAATCAATGGCTGCCTCCTTATCCACCTCCGTTGTTGTAGCTTCGGCTTC
GTCGCGTTTGTGGAACCCTGCTTCCAACGCCGGGAAGATTAGCGTCCCTTCTGCTTCGCT
TTCTCTCCGCTCTGGTTCGAGACGGAGTCAGTTTTCTCTCGGCTCTTCCGCCTCAGCTTC
TTCTCAGCTGCTCCATTGCTCCTTCCTCTCTTCATCTCTCTCCCTATCCTCTACATTTTC
TGGTCTGTCCATAGCATTTGATGTCAGCAGTGGAACGAGTGGGTTGAACGGGCAGAAGAA
ACGAAGAGGGCTTGTTGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTGTGTCAAACAAAGAGAAGCAG
GTCAAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTCTGAGGATGAGAACCACTAGTGG
TCGAGCCACCATCAAGCGCAGACGTGCCAAGGGACGTTGGAATCTCTGTCCTAAGTCCAA
CCCTAGCAGCGGCAAACGGGCTTGAAGTCTCTTTCCTTTCCCTCCTCCTTCTCTCTCTCT
CTCTCTCT**GTATTCTTGCTTTTTTCCGCCAGATGGTACAATGACGAACAGATGAGCTA
TTTTCTGTATTTTAACTCCTTATGTATTCTTGATTCGTTTATAGAATCAATGTTCTTGAG
GT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR1ET42TF U 1
AF RR1DW96TF U 432
AF RR1ET42JQ C 13
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BS 659 662 RR1ET42JQ

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CTCTCTCT**GTATTCTTGCTTTTTTCCGCCAGATGGTACAATGACGAACAGATGAGCTA
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DS 

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G
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DS 

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TGGTTCGAGACGGAGTCAGTTTTCTCTCGGCTCTTCCGCCTCAGCTTCTTTTCAGCTGCT
CCATTGCTCCTTCCTCTCTTCATCTCTCTCCCTATCCTCTACATTTTCTGGTCTGTCCAT
AGCATTTGATGTCAGCAGTGGAACGAGTGGGTTGAACGGGCAGAAGAAACGAAGAGGGCT
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TCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTCTGAGGATGAGAACCACTAGTGGTCGAGCCACCAT
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TAACTCCTTATGTATTCTTGATTCGTTTATAGAATCAATGTTCTTGAGGT

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 3

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TACTACTCTACATGGTTCACCATCAAAACCACATGCCCTTCTCATCAAAGTTGCAACAAA
GAATAATTTTTCCGTTATATGTATACGTTCTCTCTTTTTCGGTCAAGGGACCAATAGAAA
TAATAATAACAACACGACAATTCACCGGCGAGCAAGTCTCTGACCAGCTCCAGCAAGTAA
CGCTTTACCAATGACCCCAGTGTGAAGGCCACAAGCCAATGCAACACCTCCTACAACGAC
CCATTTCCAGTCCATCCTCAAATGGTCCCGTTGCCTTCTTGCATATCCCATTGCTCTGCT
CCTGTCTTCATCACTTGTAGATGTTTCTGAAGAATCCATGTCAAGCACTGTGGTGATTCT
TGCCATATGGGCGATCCGGGATAGACTCGAGTCTGACTTTCTACCGGTTTGGTAGGCTCG
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CTGTCCATCTCCTTTTCGAGACTCAACTGCTCTGATAACCCAACTTGAGAAATAAAGCTC
AACACGCCTTGGCTTATCACGCTTTGGTAAAGCTGGATAAGGAACTCACTTTGTAACACA
GTAGTACTTGTTTCCAGACTCCCATATTCTCCGGCCAATGATATACTCCCGGTCACTACA
GAAAAAAGGAAACTTTTTTCTCCACTGGACAATCATAGTTCCTGTCTGAGTGTCCTCTTC
CAAAGTTCTGAACTTGGCAAGCATAAAATCCCATTTAGGTCGAAACTCATCATCCCAGAA
GAAATCCCTAACAATATCTGGAGTTGCATCTTCAAACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DZ33JQ U 1
AF RR1AF54JQ U 21
AF RR1AF54TF C 132
BS 1 107 RR1DZ33JQ
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RD RR1DZ33JQ 697 0 0
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GAATAATTTTTCCGTTATATGTATACGTTCTCTCTTTTTCGGTCAAGGGACCAATAGAAA
TAATAATAACAACACGACAATTCACCGGCGAGCAAGTCTCTGACCAGCTCCAGCAAGTAA
CGCTTTACCAATGACCCCAGTGTGAAGGCCACAAGCCAATGCAACACCTCCTACAACGAC
CCATTTCCAGTCCATCCTCAAATGGTCCCGTTGCCTTCTTGCATATCCCATTGCTCTGCT
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CTGTCCATCTCCTTTTCGAGACTCAACTGCTCTGATAACCCAACTTGAGAAATAAAGCTC
AACACGCCTTGGCTTATCACGCTTTGGTAAAGCTGGA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1AF54JQ 765 0 0
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GTATACGTTCTCTCTTTTTCGGTCAAGGGACCAATAAAAATAATAATAACAACACGACAA
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AATGGTCCCGTTGCCTTCTTGCATATCCCATTGCTCTGCTCCTGTCTTCATCACTTGTAA
ATGTTTCTGAAAAATCCATGTCAAGCACTGTGGTGATTCTTGCCATATGGGCGATCCGGG
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TGACGGCTCCCCACATGCCATGACGGACGCCTAACTTCGCCACGTCTTTAGGGATCCCCA
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QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1AF54TF 809 0 0
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CACTTGTAGATGTTTCTGAAGAATCCATGTCAAGCACTGTGGTGATTCTTGCCATATGGG
CGATCCGGGATAGACTCGAGTCTGACTTTCTACCGGTTTGGTAGGCTCGTAAACCGGAGT
TTAGCTTCTTGACGGCTCCCCACATGCCATGACGGACGCCTAACTTCGCCACGTCTTTAG
GGATCCCCATGTCTTCGTAGTGGACTAGAGATACTTCACAAGCCGTTGGCTGTCCATCTC
CTTTTCGAGACTCAACTGCTCTGATAACCCAACTTGAGAAATAAAGCTCAACACGCCTTG
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ACTTGGCAAGCATAAAATCCCATTTAGGTCGAAACTCATCATCCCAGAAGAAATCCCTAA
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QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 3

CO CL4230Contig1 985 3 6 U
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TAACTTAGGAGATTCCTGACCTGCGTAGCTCCGCTTCCCCGTGTGCAAAGTGACATCTAT
CACCAAATGTACAGCTTCCTTTAGAGAATCCCTCGCACATCTTCGTCTTGAAGTTGCTCC
CTGGATGCGGTTTCCCTTCAGAACCAATCCCACCACCACCAGGTGGTCTCCTAGCTGCCG
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TTCCTTCAAGCTCAATGTTCTTCAGGTTCGGGTCTCTCTCGTGATCTTGAATCGTTAACT
TCGCCCCTGTTTGACGATATATCTGTTTAGAACTGACTCCACCTTTTCCAATGATCGCGC
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GACCAGGACCAGAGAATCTCCCTAAACCACCACCAGGTCCTTGCATGTTTCTTGAAACTT
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AATGCAAGAAATGGCAGTTCTCGCCAAAAGGACAGCCAGAAGTGCTGAAAAATTTAGTGC
ATGGCTTCGATTTGCTTCCTAAACCAGTTGATTCCATCTCTAGCTTAGACTTCTTAAACC
CGCCGCCGCCATTGGAGCCAGCTTCAGGCGGTCCTCTCTTACGACTAGTATCCATGGCAA
AAGTAGAGAATCCGAAATTGAAAGCGTTTCTATTGCGTGTCTAGAGAGCGAATCGGAGAA
GAAGAGAAATCGAGATCGAAATCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EM85JQ U 100
AF RR1EM86JQ U 1
AF RR1EM86TF C 277
BS 1 143 RR1EM86JQ
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RD RR1EM85JQ 185 0 0
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GTAAACTAACTCCAGCAATAATAACTTAGGAGATTCCTGACCTGCGTAGCTCCGCTTCCC
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TCTTC

QA 1 185 1 185
DS 

RD RR1EM86JQ 659 0 0
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GACGTGACTCTAACAATAAAGAAGAGACTTGTTTTGCAAGTAAACTAACTCCAGCAATAA
TAACTTAGGAGATTCCTGACCTGCGTAGCTCCGCTTCCCCGTGTGCAAAGTGACATCTAT
CACCAAATGTACAGCTTCCTTTAGAGAATCTCTCGCACATCTTCGTCTTGAAGTTGCTCC
CTGGATGCGGTTTCCCTTCAGAACCAATCCCACCACCACCAGGTGGTCTCCTAGCTGCCG
AGTTGAGCCTTCCGATCAGCTCTCTAACCATCACGCTGGCTTCGTTTATCTGCTCAAACG
TTCCTTCAAGCTCAATGTTCTTCAGGTTCGGGTCTCTCTCGTGATCTTGAATCGTTAACT
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CAGCCAATGAAGCATCAACGCTGATTTTCGCAGTGGCAGAGGCACCAAAGCTGGAGACGT
GACCAGGACCAGAGAATCTCCCTAAACCACCACCAGGTCCTTGCATGTTTCTTGAAACT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1EM86TF 709 0 0
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CACCAGGTGGTCTCCTAGCTGCCGAGTTGAGCCTTCCGATCAGCTCTCTAACCATCACGC
TGGCTTCGTTTATCTGCTCAAACGTTCCTTCAAGCTCAATGTTCTTCAGGTTCGGGTCTC
TCTCGTGATCTTGAATCGTTAACTTCGCCCCTGTTTGACGATATATCTGTTTAGAACTGA
CTCCACCTTTTCCAATGATCGCGCCAGCCAATGAAGCATCAACGCTGATTTTCGCAGTGG
CAGAGGCACCAAAGCTGGAGACGTGACCAGGACCAGAGAATCTCCCTAAACCACCACCAG
GTCCTTGCATGTTTCTTGAAACTTGAGGCATGGGTGGTGCCATGTTTGTCAGCTGTGCTA
CAGCATTGTATCCTCCGGGAACATAATGCAAGAAATGGCAGTTCTCGCCAAAAGGACAGC
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TCTTACGACTAGTATCCATGGCAAAAGTAGAGAATCCGAAATTGAAAGCGTTTCTATTGC
GTGTCTAGAGAGCGAATCGGAGAAGAAGAGAAATCGAGATCGAAATCCC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 3

CO CL4231Contig1 889 3 2 U
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AACGCTATACAGACATTAGATAAGACCATTTCAAGCTTAGAGATGGAGCTAGCCGCAGCA
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BQ
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AF RR1DI38TF U 1
AF RR1DI38JQ C 138
AF RR1EU73TF U 157
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BS 609 889 RR1EU73TF

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GTCTTGTTGAAGGAAAAAAAAAA**CAATGTCTCCAAAGATCAAAGGAGAGAATCTTTAC
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QA 1 608 1 608
DS 

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AAAAAA**CAATGTCTCCAAAGATCAAAGGAGAGAATCTTTACTCTAGAAGCTGTGTATC
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AAGAAGATATTTGATGGTTGTAGGGATTAATACTGCTTTTAGTAGCCG

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1EU73TF 733 0 0
G
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TCTGTTTTGCGAGTTTCTGCTTCGGTATTTTCTTCACCGATAGGATGTGGAATATTCCGG
AGTCTAACGACATGGCTCGACCATCCGTGACAGAAGCTGAAAGGTTGAAGCTTATCTCCG
AAGGCTGTGGTCCTAAAACC*********AAAGAAGTGAAACGCGATCCCCAGGCTTTGT
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TAGAGATGGAGCTAGCCGCAGCAAGATCAGCTCAGGAGTCTCTAACGAACGGTGCTCCTG
TATCGAATGATGTGGAGAATAAGCAATTGGTGGTGAAGAAAAGAAGATATTTGATGGTTG
TAGGGATTAATACTGCTTTTAGTAGCCGAAAGAGAAGAGATTCTATTCGAACTACTTGGA
TGCCTCAAGGTGAAAAAAGAAAGAAGTTGGAAGAAGAAAAGGGCATCATTATCCGGTTTG
TGATTGGTCATAGTGCCACAGCTGGGGGGATTCTAGACCGATCCATTGAAGCAGAGGACA
AGAAGCATGGAG

QA 2 733 2 733
DS 



AS 1 3

CO CL4232Contig1 1260 3 7 U
GGCCTCCAATCGCGCGACTTGTCCTCCGTCTCCAATCAAGCTGATGAGCTCTTCGTCTTC
CTCGTCCTCCCAGATGGGTGAGCTTGTAGCTGACAAGCATGTACGTTACATTCTTATGGC
AGAAAAGAAAGAGAGTTTTGAGTCGGTGGTGATGGATCATCTAAGAATGAATGGTGCCTA
CTGGGGACTCACCACTCTAGACTTACTCGACAAGCTTCCCTCTGTTTCCGTTGATGAAGT
CGTTTCATGGCTCTTGACCTGCCAGCACGAATCTGGTGGCTTTGCCGGAAATACTGGACA
TGATCCACATGTTTTATATACACTGAGTGCTGTACAAATCTTGGCCCTCTTTGACAAACT
AGACATTCTTGACGTTGCAAAAGTATCAAGCTATATTGCTGGTTTGCAGAACGAAGATGG
ATCCTTCTCTGGAGATATGTGGGGCGAAGTAGACACGAGGTTTTCCTACATTGCCATATG
CTGTCTCTCAATTTTGAAATGTCTTGACAAAATCAATGTAGAGAAGGCCGTTGATTACAT
TGTTAGCTGCAAAAACCTTGATGGTGGTTTTGGGTGCACACCCGGAGCAGAATCACATGC
AGGACAGATTTTCTGTTGCGTGGGTGCTCTTGCTATCACCGGGAGTCTCCATCATGTCGA
TAAGGACTTACTCGGGTGGTGGTTATGTGAAAGACAAGCCAAGTCAGGGGGTTTAAATGG
ACGACCCGAGAAACTTCCTGATGTTTGCTATTCTTGGTGGGTCCTATCTAGCCTAATCAT
GATAGATAGAGTTCACTGGATCAACGAAGCAAAGCTTGTCAAGTTCATCTTGGATTGTCA
GGTTTGTCTCCAAGATTGTCAAGACAAGTCTTATGGTTGTTAATATTTACTTCAAAGCTC
TCGCATTTCCTGATTTTTTGTAGGATTTGGAGAACGGAGGTATTTCAGACAGACCTGACG
ATGCTGTTGATATCTTCCACACCTACTTTGGAGTTGCAGGGCTATCCCTCCTTGAGTATC
CTGGAGTCAAACCAATTGATCCAGCCTACGCTTTGCCTGTTGATGTCATCAATCGAATTC
TCCTAACCAAATAAAGGCAATGGCAGTTCTTTGCGTTGTTCATTGGTTGGTTTACTTAGA
CGGTTTTAGAAGTACGGTTTTAGAAGTTCATTTGAATGCATGCTCAATTGTAATTTGGGA
ATATTAAACGAACCATGTGGATTCAAGTGATCTACTAATGGAAGATGTGATGATTGCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AX56TF U 1
AF RR1BG36TF U 164
AF RR1BG36JQ C 501
BS 1 524 RR1AX56TF
BS 525 525 RR1BG36TF
BS 526 605 RR1AX56TF
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BS 607 678 RR1AX56TF
BS 679 821 RR1BG36TF
BS 822 1260 RR1BG36JQ

RD RR1AX56TF 678 0 0
GGCCTCCAATCGCGCGACTTGTCCTCCGTCTCCAATCAAGCTGATGAGCTCTTCGTCTTC
CTCGTCCTCCCAGATGGGTGAGCTTGTAGCTGACAAGCATGTACGTTACATTCTTATGGC
AGAAAAGAAAGAGAGTTTTGAGTCGGTGGTGATGGATCATCTAAGAATGAATGGTGCCTA
CTGGGGACTCACCACTCTAGACTTACTCGACAAGCTTCCCTCTGTTTCCGTTGATGAAGT
CGTTTCATGGCTCTTGACCTGCCAGCACGAATCTGGTGGCTTTGCCGGAAATACTGGACA
TGATCCACATGTTTTATATACACTGAGTGCTGTACAAATCTTGGCCCTCTTTGACAAACT
AGACATTCTTGACGTTGCAAAAGTATCAAGCTATATTGCTGGTTTGCAGAACGAAGATGG
ATCCTTCTCTGGAGATATGTGGGGCGAAGTAGACACGAGGTTTTCCTACATTGCCATATG
CTGTCTCTCAATTTTGAAATGTCTTGACAAAATCAATGTAGAGAGGGCCGTTGATTACAT
TGTTAGCTGCAAAAACCTTGATGGTGGTTTTGGGTGCACACCCGGAGCAGAATCACATGC
AGGACGGATTTTCTGTTGCGTGGGTGCTCTTGCTATCACCGGGAGTCTCCATCATGTCGA
TAAGGACTTACTCGGGTG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1BG36TF 658 0 0
G
GAATGAATGGTGCCTACTGGGGACTCACCACTCTAGACTTACTCGACAAGCTTCCCTCTG
TTTCCGTTGATGAAGTCGTTTCATGGCTCTTGACCTGCCAGCACGAATCTGGTGGCTTTG
CCGGAAATACTGGACATGATCCACATGTTTTATATACACTGAGTGCTGTACAAATCTTGG
CCCTCTTTGACAAACTAGACATTCTTGACGTTGCAAAAGTATCAAGCTATATTGCTGGTT
TGCAGAACGGAGATGGATCCTTCTCTGGAGATATGTGGGGCGAAGTAGACACGAGGTTTT
CCTACATTGCCATATGCTGTCTCTCAATTTTGAAATGTCTTGACAAAATCAATGTAGAGA
AGGCCGTTGATTACATTGTTAGCTGCAAAAACCTTGATGGTGGTTTTGGGTGCACACCCG
GAGCAGAATCACATGCAGGACAGATTTTCTGTTGCGTGGGTGCTCTTGCTATCACCGGGA
GTCTCCATCATGTCGATAAGGACTTACTCGGGTGGTGGTTATGTGAAAGACAAGCCAAGT
CAGGGGGTTTAAATGGACGACCCGAGAAACTTCCTGATGTTTGCTATTCTTGGTGGGTCC
TATCTAGCCTAATCATGATAGATAGAGTTCACTGGATCAACGAAGCAAAGCTTGTCA

QA 2 658 2 658
DS 

RD RR1BG36JQ 760 0 0
GTCTTGACAAAATCAATGTAGAGAAGGCCGTTGATTACATTGTTAGCTGCAAAAACCTTG
ATGGTGGTTTTGGGTGCACACCCGGAGCAGAATCACATGCAGGACAGATTTTCTGTTGCG
TGGGTGCTCTTGCTATCACCGGGAGTCTCCATCATGTCGATAAGGACTTACTCGGGTGGT
GGTTATGTGAAAGACAAGCCAAGTCAGGGGGTTTAAATGGACGACCCGAGAAACTTCCTG
ATGTTTGCTATTCTTGGTGGGTCCTATCTAGCCTAATCATGATAGATAGAGTTCACTGGA
TCAACGAAGCAAAGCTTGTCAAGTTCATCTTGGATTGTCAGGTTTGTCTCCAAGATTGTC
AAGACAAGTCTTATGGTTGTTAATATTTACTTCAAAGCTCTCGCATTTCCTGATTTTTTG
TAGGATTTGGAGAACGGAGGTATTTCAGACAGACCTGACGATGCTGTTGATATCTTCCAC
ACCTACTTTGGAGTTGCAGGGCTATCCCTCCTTGAGTATCCTGGAGTCAAACCAATTGAT
CCAGCCTACGCTTTGCCTGTTGATGTCATCAATCGAATTCTCCTAACCAAATAAAGGCAA
TGGCAGTTCTTTGCGTTGTTCATTGGTTGGTTTACTTAGACGGTTTTAGAAGTACGGTTT
TAGAAGTTCATTTGAATGCATGCTCAATTGTAATTTGGGAATATTAAACGAACCATGTGG
ATTCAAGTGATCTACTAATGGAAGATGTGATGATTGCAAC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 3

CO CL4233Contig1 1215 3 6 U
TGACAGGAGCTTCAGGTTACATTGCTTCGTGGATCGTCAAGCTTCTCCTTCTCCGTGGCT
ACACCGTTAAAGCCTCTGTTCGTGATCCAAATGATCCGAGGAAAACAGAGCATTTACTTG
CGTTAGAAGGTGCATAGGAAAGAGCTTCAATTATTCAAAGCAAACTTGTTAGAAGAAGGC
TCCTTCGACTCAGCAATCGACGGTTGCCAAGGAGTTTTCCACACTGCATCACCATTCTAT
CACGATGTCAAAGATCCTCAGGCTGAGTTACTTGATCCAGCAGTGAAAGGAACAATTAAT
GTTCTAAGCACTTGCTTGAAGACTCCCTCTGTTAAGAGAGTCGTCTTAACCTCATCTATA
GCAGCTGTTGCTTTCAATGGAATGCCTCGAACACCCGATACCATAGTTGATGAAACTTGG
TTCGCCGATCCTGAATATTGCAGAGCTGCCAAGCTATGGTATGTACTCTCCAAGACATTA
GCTGAAAATGCAGCGTGGAAGTTCGCGAAAGAAAACGATATGCAGCTGGTTTCGATAAAT
GCAGCAATGGGTGATTGGTCCTCTTTTACAGCCAACTCTCAACACTAGTGCTGCTGCAGT
ACTAAGCTTGATCAAAGGAGCACAGACGTTTCCTAATGCGACATTCGGGTGGGTTAACGT
TAAAGATGTAGCAAACGCTCATATTCAAGCGTTTGAGAATCCAGAAGCTAATGGAAGATA
CTGTTTAGTGGAGAGAGTTGCTCATTACTCTGAGGTTGTTAACATTTTGCATGATCTTTA
CCCTGATTTTCAACTCCCTGAGAAGTGTGCAGATGAAAAGATATTTATTCCAACCTACAA
AGTGTCAAAAGAGAAAGCAGAGTCTCTTGGGGTTGAGTTTGTGCCATTGGAGGTTAGCAT
AAAGGAGACTGTTGAGAGTTTGCAAGACAAAGGGTTCATCAGATTCTGAGTTTCATGCCA
GAACCAGACTTGGATGTGTTTGTGTTTCCTTCCTTCCCATGTTTCTACTTTTTAATTTGG
CTGTGGTTATTTTCCTTAATTTAATTCTGGAGTGCATGTGTTGTTGCCTATGACATTTTG
AAAGTTTGTTTTTGCAGAATTAAACTATTTTGTTCTCATTGGAATTTGTATTTGCATGTA
ATTTGGTGTATAATTATTGCCTAATAAGTAATGAGTCTATATGTCAACAAGTGATATTTG
CCTCATTTTATCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G834TF U 1
AF RR1AS23TF U 977
AF RR1G834JQ C 449
BS 1 617 RR1G834TF
BS 618 618 RR1G834JQ
BS 619 635 RR1G834TF
BS 636 976 RR1G834JQ
BS 977 1095 RR1AS23TF
BS 1096 1215 RR1G834JQ

RD RR1G834TF 639 0 0
TGACAGGAGCTTCAGGTTACATTGCTTCGTGGATCGTCAAGCTTCTCCTTCTCCGTGGCT
ACACCGTTAAAGCCTCTGTTCGTGATCCAAATGATCCGAGGAAAACAGAGCATTTACTTG
CGTTAGAAGGTGCATAGGAAAGAGCTTCAATTATTCAAAGCAAACTTGTTAGAAGAAGGC
TCCTTCGACTCAGCAATCGACGGTTGCCAAGGAGTTTTCCACACTGCATCACCATTCTAT
CACGATGTCAAAGATCCTCAGGCTGAGTTACTTGATCCAGCAGTGAAAGGAACAATTAAT
GTTCTAAGCACTTGCTTGAAGACTCCCTCTGTTAAGAGAGTCGTCTTAACCTCATCTATA
GCAGCTGTTGCTTTCAATGGAATGCCTCGAACACCCGATACCATAGTTGATGAAACTTGG
TTCGCCGATCCTGAATATTGCAGAGCTGCCAAGCTATGGTATGTACTCTCCAAGACATTA
GCTGAAAATGCAGCGTGGAAGTTCGCGAAAGAAAACGATATGCAGCTGGTTTCGATAAAT
GCAGCAATGGGTGATTGGTCCTCTTTTACAGCCAACTCTCAACACTAGTGCTGCTGCAGT
ACTAAGCTTGATCAAAG*AGCACAGACGTTTCCTA
TGCG

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1AS23TF 126 0 0
TGTTTGTGTTTCCTTCCTTCCCATGTTTCTACTTTTTAATTTGGCTGTGGTTATTTTCCT
TAATTTAATTCTGGAGTGCATGTGTTGTTGCCTATGACATTTTGAAAGTTTGTTTTTGC
TCAATTA

QA 1 119 1 119
DS 

RD RR1G834JQ 767 0 0
CCAAGCTATGGTATGTACTCTCCAAGACATTAGCTGAAAATGCAGCGTGGAAGTTCGCGA
AAGAAAACGATATGCAGCTGGTTTCGATAAATGCAGCAATGG*TGATTGGTCCTCTTTTA
CAGCCAACTCTCAACACTAGTGCTGCTGCAGTACTAAGCTTGATCAAAGGAGCACAGACG
TTTCCTAATGCGACATTCGGGTGGGTTAACGTTAAAGATGTAGCAAACGCTCATATTCAA
GCGTTTGAGAATCCAGAAGCTAATGGAAGATACTGTTTAGTGGAGAGAGTTGCTCATTAC
TCTGAGGTTGTTAACATTTTGCATGATCTTTACCCTGATTTTCAACTCCCTGAGAAGTGT
GCAGATGAAAAGATATTTATTCCAACCTACAAAGTGTCAAAAGAGAAAGCAGAGTCTCTT
GGGGTTGAGTTTGTGCCATTGGAGGTTAGCATAAAGGAGACTGTTGAGAGTTTGCAAGAC
AAAGGGTTCATCAGATTCTGAGTTTCATGCCAGAACCAGACTTGGATGTGTTTGTGTTTC
CTTCCTTCCCATGTTTCTACTTTTTAATTTGGCTGTGGTTATTTTCCTTAATTTAATTCT
GGAGTGCATGTGTTGTTGCCTATGACATTTTGAAAGTTTGTTTTTGCAGAATTAAACTAT
TTTGTTCTCATTGGAATTTGTATTTGCATGTAATTTGGTGTATAATTATTGCCTAATAAG
TAATGAGTCTATATGTCAACAAGTGATATTTGCCTCATTTTATCACG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL4234Contig1 810 2 6 U
AAGCAAAACTGGACGAGCCAGCAAATTTAGAGCTCTATTTATTGAAGAAAATAGAAATAA
AACTTACTGTAAAGGTCTTATGGAAATACAATGTTTCCCAGTGTCATCTTACGGAACAAC
GGTTTCAACAGCATAATAAGAATCAAAGGTTACCGTCCATTGTAAGAAGCACCTTGTACA
AATCCGGACGGCGGTCACGAAACACTCCCCCAGCTTTGCCTCTTCGACTTGATCTTGTCA
AGATCAAACTGCGCCACGAGAACAGCTTCCGTTTTGTCATCGGCCTCGGCCACAATTTCA
CCCGTCAGTCCGGTAATGAAGGAGTTTCCATAGAAAGTGATCTGACTCGGTCCATGCTCG
GTTTCAATTACTTCCTTCCCTATGCGGTTCGAAGCTACTAGAGGCACCACATTAGCTCCA
GCATGCCCTTGCATGACTCTCTTCCAATGATCACGCGAATCCAACCCCTGGTCTTGAGGC
TCAGAGCCAATGGCAGTTGGATAAAAGAGTATTTCAGCACCCTGTAGAACCATAGCTCGA
GCTGCCTCAGGAAACCATTGATCCCAACATATAGCAACTCCGATTTTTGCAAACTTTGTC
TGGAAAACCTTAAAGCCAGTGTCTCCAGGATTGAAATAAAATTTCTCTTGATACCCTGGT
CCATCAGGAATATGGGACTTCCTATAAATCCCGAGATCAGTTCCATCAGCGTCAATAATG
GCAATAGAGTTGTAATGCGCATTGTTTGCCTCCTCAAAGAAGCTAACGGGTATCACAACA
CCCAGCTCCTTTGCCAGCTTCTGCATCCCC


BQ
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AF RR1H068JQ U 1
AF RR1C871TF C 158
BS 1 210 RR1H068JQ
BS 211 211 RR1C871TF
BS 212 306 RR1H068JQ
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BS 308 703 RR1H068JQ
BS 704 810 RR1C871TF

RD RR1H068JQ 703 0 0
AAGCAAAACTGGACGAGCCAGCAAATTTAGAGCTCTATTTATTGAAGAAAATAGAAATAA
AACTTACTGTAAAGGTCTTATGGAAATACAATGTTTCCCAGTGTCATCTTACGGAACAAC
GGTTTCAACAGCATAATAAGAATCAAAGGTTACCGTCCATTGTAAGAAGCACCTTGTACA
AATCCGGACGGCGGTCACGAAACACTCCCC*AGCTTTGCCTCTTCGACTTGATCTTGTCA
AGATCAAACTGCGCCACGAGAACAGCTTCCGTTTTGTCATCGGCCTCGGCCACAATTTCA
CCCGTCGGTCCGGTAATGAAGGAGTTTCCATAGAAAGTGATCTGACTCGGTCCATGCTCG
GTTTCAATTACTTCCTTCCCTATGCGGTTCGAAGCTACTAGAGGCACCACATTAGCTCCA
GCATGCCCTTGCATGACTCTCTTCCAATGATCACGCGAATCCAACCCCTGGTCTTGAGGC
TCAGAGCCAATGGCAGTTGGATAAAAGAGTATTTCAGCACCCTGTAGAACCATAGCTCGA
GCTGCCTCAGGAAACCATTGATCCCAACATATAGCAACTCCGATTTTTGCAAACTTTGTC
TGGAAAACCTTAAAGCCAGTGTCTCCAGGATTGAAATAAAATTTCTCTTGATACCCTGGT
CCATCAGGAATATGGGACTTCCTATAAATCCCGAGATCAGTTC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1C871TF 653 0 0
CATTGTAAGAAGCACCTTGTACAAATCCGGACGGCGGTCACGAAACACTCCCCCAGCTTT
GCCTCTTCGACTTGATCTTGTCAAGATCAAACTGCGCCACGAGAACAGCTTCCGTTTTGT
CATCGGCCTCGGCCACAATTTCACCCGTCAGTCCGGTAATGAAGGAGTTTCCATAGAAAG
TGATCTGACTCGGTCCATGCTCGGTTTCAATTACTTCCTTCCCTATGCGGTTCGAAGCTA
CTAGAGGCACCACATTAGCTCCAGCATGCCCTTGCATGACTCTCTTCCAATGATCACGCG
AATCCAACCCCTGGTCTTGAGGCTCAGAGCCAATGGCAGTTGGATAAAAGAGTATTTCAG
CACCCTGTAGAACCATAGCTCGAGCTGCCTCAGGAAACCATTGATCCCAACATATAGCAA
CTCCGATTTTTGCAAACTTTGTCTGGAAAACCTTAAAGCCAGTGTCTCCAGGATTGAAAT
AAAATTTCTCTTGATACCCTGGTCCATCAGGAATATGGGACTTCCTATAAATCCCGAGAT
CAGTTCCATCAGCGTCAATAATGGCAATAGAGTTGTAATGCGCATTGTTTGCCTCCTCAA
AGAAGCTAACGGGTATCACAACACCCAGCTCCTTTGCCAGCTTCTGCATCCCC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL4235Contig1 1016 2 2 U
GGGATAATGGGTCCAACGGTTCATCCCAAGATCCCCTCTTCCTCTTTTTTTTAACACCAA
ATCCCCTCTTCCTCTCGTCTCTTTTTTTTCAGAAACTCTCAACTTCTTCACATGGAAATC
AATTCCCTCTAGTACCACATATCCTATTACTGTTAAGATAGCAGCTAAGCGAAAACAGAG
AAGATCTCCTTCCACTTTCCCTCCAGAGAAACACAATTCATATTAAAAGAGGAGTTCTTT
AATTATTTCGCAGGAAGAAAAATGGCATCTTCATCAACGAACTCACCATGCGCAGCCTGC
AAATTCCTCCGTCGAAAATGCCAACCGGAGTGCGTATTCGCTCCATATTTCCCACCTGAC
CAACCACAAAAATTCGCAAACGTTCACAAAGTCTTTGGAGCAAGCAACGTCACAAAGCTC
CTCAACGAGCTCCACCCTTCGCAACGTGAAGACGCAGTGAACTCTTTAGCTTATGAAGCC
GACATGCGTCTCCGTGATCCGGTCTACAGCTGCGTGGGAGTCATCTCTCTCCTCCAACAT
CAGCTTCGCCAGCTTCAGATCGATCTCAGCTGTGCCAAATCTGAGCTTTCCAAGTACCAA
AGCCTCGGTATACTCGCCGCCACGCATCAGAGCCTTGGAATCAACTTACTCGCAGGCGCC
AACGCAGATGGATCGACGACGGCCACAGTGAGAGACCATCATTATCATCACCACCAGTTT
TTCCCTAGAGAACAGATGTTTGGTGGGTTAGATGTTCCTGCCGGTAACAACTACGACGGA
GGGATTCTTGCGATTGGACAGATCAGTCAGTTTCAGCAGCCGAGAGCAGTCGCTGGAGAT
GATGGTCGCCGTACTGTTGATCCGTCTTGAGATTTTAGGGTTTTTGGCGGTTCATCGTCG
TTGATCCGGGCTTGATGATTACTGATGAATTATGGTTTCAGATAATATATTAATGTGGAA
GGAAAATCAAAATAATATTTTTAATCGAACGGTCCAGTCCGTCTCTCTTGATGACC


BQ
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AS 1 3

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BQ
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BQ
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AF RR1GN58TF U 1
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DS 

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TTCTACAGAGTTTAGCGAAAATAGAATGAGATTTTCC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 3

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AATTACCCGTTGTGCAAGTCTGTAGTACAAGATCCCCATTGTTGCCATACAAGCTATGAT
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AGTATGGGGAGGAAAACTCTTGATAAGAGAAACCAAGCAACTTGTGTGTATAGCATGCAA
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TGCGACCTTAGGGTCTCGAGCAGAAGCGATTGATTTCC


BQ
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25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DD64JQ U 1
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TCC

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DS 



AS 1 3

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CTTGCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

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TG
C

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CAGCCTCACTTCTCATAGGCGAGTTCAGTCCATTTCTCAAAGTTGTCCGGTGGTTTCCTC
CACCGGGCGACTTAGGTGTTGGAGACTTAGTCCTAGGAGAGTTAGCTGTTGGCGATGATC
GATGATGATTGTTTTCTCGATGATGATGACTCTTACGAGGCTTATTACTTTCCCTAACAC
GACCTTCGTCTTCTCTATTATCGGAAACAGACTTCTCGGGAGTGTTCGGAACCGTGTAAG
TG
C

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1FC72JQ 711 0 0
TTG
AGAGATGAAAAACAATAAACTATTTAATTATTTACATAAGACTTTTTTATAATAATAATT
TGAAGAGTAGGTGAGACCAGAAAACTTAGTACCGTTCGCCACCAGCCTCACTTCTCATAG
GCGAGTTCAGTCCATT*CTCAAAGTTGTCCGGTGGTTTCCTCCACCGGGCGACTTAGGTG
TTGGAGACTTAGTCCTAGGAGAGTTAGCTGTTGGCGATGATCGATGATGATTGTTTTCTC
GATGATGATGACTCTTACGAGGCTTATTACTTTCCCTAACACGACCTTCGTCTTCTCTAT
TATCGGAAACAGACTTCTCGGGAGTGTTCGGAACCGTGTAAGTGAATGTCCCCATGGGAA
TATCATTATAGTCCTTAAGATCGTTGAGGATAGAGACGACCGTGCTCATACAAGGAAGGT
TCTTGGGTCGATGGCTTAAGCACAGGTAAGCCAAAGCCGCTGCTTTCTTTGCACCTGTCT
CTGAGTATTGACCTTCAAGCCTCGGGTCCATGATCCTCTCAAGTTTACGAGCGTCCTTGA
GCATTGGACGAGCCCAATCCACAAGATTTTGTTCCCTTGAAGATCTTTTCTTGTCTACTG
ATCTCCTACCGGTCAAAAGCTCGAGTAACACAACTCCGAAGCTGTAGACGTCACTCCTCG
CTGTTAGATGACCGGTCATGATGTATTCAGGTGCTGCGTAACCTTGCG

QA 4 711 4 711
DS 



AS 1 3

CO CL4240Contig1 793 3 4 U
ATACAACTCGCAAAATGTTATTTAGTAAAAGCATATAATATAAGATCAAAGCCTCTTAGT
GAAAATATGACAAAAAAAGCAAGTTATATCATATCCTATAACAAAATTATTACAGAACAC
AGAGTGAATACTGTGGCAAAAGCTCTAAACTTTCAGATGAAACCAGAACGTTTATGACAA
AAGAAAAATGATCCGGAGTTTCATCAGTTATCTTCTTCGTGATCCCGGTTCCGTGAGTCC
TGAGAGCCTGCCTGAAGGTTAATGAACTGAGAGACCAGTAGCTTCGAGATTCCACTTATA
GCTGCTTCCACTTCATCTGGTTCCTTTGACCCTCTCAACCCACAGTACTCCCCTGCTGCA
ACTTGCGTCTTTTTCGACGTTGCAAGAACTTT*TCCAAATCCAGCTGTGACAACGGCCTA
GGGACAGGACATGGTCTCCCTTTTCTCTCTTCCTCTAGGATCTCTCTGATAGGGAAGTAA
GCCGCTTTCTTGCAGAGCTCAAAGATGTCTGATCCCGTGTAGCCTTCGCATAAACGAGCT
ACGTGGTCATAGTCAATATCGGGCTCCACCCTCTCTCCTTTCAGTGTCACTTTAAGTATC
TCTGCTCTCTCCTTGCGATCAGGCATTCCAATCTCAAAGGCTTGAGGAAGACGCCTCAAT
ATTGCTTCATCGAGCTCTGATGGTCTGTTAGTTGCAGCAAGAACCATCACCCTCGCATTC
GGATCAGTAGAGAAACCATCCCATAAAGCCATAAACTCAGTCTTCATGTTTGCCATGGCT
TCATGATCTGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT50JQ U 1
AF RR1GT50TF C 39
AF RR1F545JQ U 3
BS 1 428 RR1GT50JQ
BS 429 529 RR1F545JQ
BS 530 530 RR1GT50TF
BS 531 793 RR1F545JQ

RD RR1GT50JQ 428 0 0
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GAAAATATGACAAAAAAAGCAAGTTATATCATATCCTATAACAAAATTATTACAGAACAC
AGAGTGAATACTGTGGCAAAAGCTCTAAACTTTCAGATGAAACCAGAACGTTTATGACAA
AAGAAAAATGATCCGGAGTTTCATCAGTTATCTTCTTCGTGATCCCGGTTCCGTGAGTCC
TGAGAGCCTGCCTGAAGGTTAATGAACTGAGAGACCAGTAGCTTCGAGATTCCACTTATA
GCTGCTTCCACTTCATCTGGTTCCTTTGACCCTCTCAACCCACAGTACTCCCCTGCTGCA
ACTTGCGTCTTTTTCGACGTTGCAAGAACTTT*TCCAAATCCAGCTGTGACAACGGCCTA
GGGACAGG

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR1GT50TF 558 0 0
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GAAACCAGAACGTTTATGACAAAAGAAAAATGATCCGGAGTTTCATCAGTTATCTTCTTC
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TAGCTTCGAGATTCCACTTATAGCTGCTTCCACTTCATCTGGTTCCTTTGACCCTCTCAA
CCCACAGTACTCCCCTGCTGCAACTTGCGTCTTTTTCGACGTTGCAAGAACTTT*TCCAA
ATCCAGCTGTGACAACGGCCTAGGGACAGGACATGGTCTCCCTTTTCTCTCTTCCTCTAG
GATCTCTCTGATAGGGAAGTAAGCCGCTTTCTTGCAGAGCTCAAAGATGTCTGATCCCGT
GTAGCCTTCGCATAAACGAGCTACGTGGTCATAGTCAATATCGGGCTCCACCCTCTCTCC
TTTCAGTGTCACTTT
CAG

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1F545JQ 791 0 0
GCAG
CTCGCAAAATGTTATTTAGTAAAAGCATATAATATAAGATCAAAGCCTCTTAGTGAAAAT
ATGACAAAAAAAGCAAGTTATATCATATCCTATAACAAAATTATTACAGAACACAGAGTG
AATACTGTGGCAAAAGCTCTAAACTTTCAGATGAAACCAGAACGTTTATGACAAAAGAAA
AATGATCCGGAGTTTCATCAGTTATCTTCTTCGTGATCCCGGT*CCGTGAGTCCTGAGAG
CCTGCCTGAAGGTTAATGAACTGAGAGACCAGTAGCTTCGAGATTCCACTTATAGCTGCT
TCCACTTCATCTGGTTCCTTTGACCCTCTCAACCCACAGTACTCCCCTGCTGCAACTTGC
GTCTTTTTCGACGTTGCAAGAACTTTCTCCAAATCCAGCTGTGACAACGGCCTAGGGACA
GGACATGGTCTCCCTTTTCTCTCTTCCTCTAGGATCTCTCTGATAGGGAAGTAAGCCGCT
TTCTTGCAGAGCTCAAAGATGTCTGATCCCGTGTAGCCTTCGCGTAAACGAGCTACGTGG
TCATAGTCAATATCGGGCTCCACCCTCTCTCCTTTCAGTGTCACTTTAAGTATCTCTGCT
CTCTCCTTGCGATCAGGCATTCCAATCTCAAAGGCTTGAGGAAGACGCCTCAATATTGCT
TCATCGAGCTCTGATGGTCTGTTAGTTGCAGCAAGAACCATCACCCTCGCATTCGGATCA
GTAGAGAAACCATCCCATAAAGCCATAAACTCAGTCTTCATGTTTGCCATGGCTTCATGA
TCTGTAG

QA 5 791 5 791
DS 



AS 1 3

CO CL4241Contig1 1114 3 9 U
GGAGTTTTCTCTGACCAAAAGATTAAACCTCATCTCAGAAAAGAACAACAATGTCCAAAT
ATAATCTCATCTTCTTCATCGTTTTCTTATGTCTGGGGTTAAGACCATCAGCGTTTACGA
ATCTCAACACCTTAAGCTTCGAAGAATCACTTTCTCCTCTCTTTGGCGATGGCAATCTCG
TCCGTTCACCTGACGATCTCTCCGTGCGCCTCCTCCTGGATAAATACACCGGTTCTGGTT
TCATATCATCGAATATGTATCAACATGGATTTTACAGCTCTATGATCAAGCTTCCCGCCG
ATTATACTGCCGGCGTCGTCGTCGCCTTTTATACATCAAACGGAGACGTGTTCGAGAAAA
CACATGACGAATTAGACATAGAGTTTCTAGGGAACATAAAAGGGAAACCATGGAGGTTTC
AGACAAACCTTTACGGAAATGGAAGTACACATAGAGGTCGTGAAGAAAGATATCGTCTAT
GGTTTGATCCTTCTAAAGAATTTCATCGTTACAGCATCCTCTGGACTCCTCACAAGATCA
TATTTTGGGTAGACGATGTTCCAATAAGGGAAGTGATAAGAAGTGAAGCAATGGGAGCAG
ATTATCCAGCGAAGCCAATGTCTCTCTATGCCACCATTTGGGATGCTTCTGACTGGGCTA
CTTCTGGCGGAAAATACAAAGCTAATTACAAGTATGCTCCTTTCGTCGCCGAGTTCAAAT
CCTTCTCCCTTGATGGCTGCTCCGTTGATCCCATCCAAGAAGTCCCCACCGATTGCTCTG
ACTCCGTTGACTTCCTCGAATCACAAGACTACTTCTCCATCAACTCACGTCAACATGCTG
CCATGAGAAGATTCCGACAACGGTTTATGTACTATTCATATTGTTATGATACTGTTAGGT
ATCCAGAACCACTGCCTGAGTGTGTGATTGTTCCAGCGGAAAAGGATAGGTTTAAGGAGA
CAGGGAGGTTGAAGTTTGGTGGTACAGAAGCACGTGGACGGCGTAGGAGTCGTCGTCAAC
AAAGGTCGGAGATTGAGAGTGACCCTGACGAAAGAAGACGATTTTAAACATAAAATTTCT
GTCATTTTTTCATTTGTTATATTCGTTTGTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP31TF U 1
AF RR1F350TF U 256
AF RR1CP31JQ C 316
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BS 758 944 RR1F350TF
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RD RR1CP31TF 762 0 0
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ATAATCTCATCTTCTTCATCGTTTTCTTATGTCTGGGGTTAAGACCATCAGCGTTTACGA
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TCCGTTCACCTGACGATCTCTCCGTGCGCCTCCTCCTGGATAAATACACCGGTTCTGGTT
TCATATCATCGAATATGTATCAACATGGATTTTACAGCTCTATGATCAAGCTTCCCGCCG
ATTATACTGCCGGCGTCGTCGTCGCCTTTTATACATCAAACGGAGACGTGTTCGAGAAAA
CACATGACGAATTAGACATAGAGTTTCTAGGGAACATAAAAGGGAAACCATGGAGGTTTC
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GGTTTGATCCTTCTAAAGAATTTCATCGTTACAGCATCCTCTGGACTCCTCACAAGATCA
TATTTTGGGTAGACGATGTTCCAATAAGGGAAGTGATAAGAAGTGAAGCAATGGGAGCAG
ATTATCCAGCGAAGCCAATGTCTCTCTATGCCACCATTTGGGATGCTTCTGACTGGGCTA
CTTCTGGCGGAAA*TACAAAGCTAATTACAAGTATGCTCCTTTCGTCGCCGAGTTCAA*T
CCT*CTCCCTTGATGGCTGCTCCGTTGATCCCATCCA
GAGTC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1F350TF 689 0 0
G
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CGTCGTCGCCTTTTATACATCAAACGGAGACGTGTTCGAGAAAACACATGACGAATTAGA
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AAATGGAAGTACACATAGAGGTCGTGAAGAAAGATATCGTCTATGGTTTGATCCTTCTAA
AGAATTTCATCGTTACAGCATCCTCTGGACTCCTCACAAGATCATATTTTGGGTAGACGA
TGTTCCAATAAGAGAAGTGATAAGAAGTGAAGCAATGGGAGCAGATTCTCCAGCGAAGCC
AATGTCTCTCTATGCCACCATTTGGGATGCTTCTGACTGGGCTACTTCTGGCGGAAAATA
CAAAGCTAATTACAAGTATGCTCCTTTCGTCGCCGAGTTCAAATCCTTCTCCCTTGATGG
CTGCTCCGTTGATCCCATCCAAGAAGTCCCCACCGATTGCTCTGACTCCGTTGACTTCCT
CGAATCACAAGACTACTTCTCCATCAACTCACGTCAACATGCTGCCATGAGAAGATTCCG
ACAACGGTTTATGTACTATTCATATTGTTATGATACTGTTAGGTATCCAGAACCACTGCC
TGAGTGTGTGATTGTTCCAGCGGAAAAG

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DS 

RD RR1CP31JQ 799 0 0
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ACATAGAGTTTCTAGGGAACATAAAAGGGAAACCATGGAGGTTTCAGACAAACCTTTACG
GAAATGGAAGTACACATAGAGGTCGTGAAGAAAGATATCGTCTATGGTTTGATCCTTCTA
AAGAATTTCATCGTTACAGCATCCTCTGGACTCCTCACAAGATCATATTTTGGGTAGACG
ATGTTCCAATAAGGGAAGTGATAAGAAGTGAAGCAATGGGAGCAGATTATCCAGCGAAGC
CAATGTCTCTCTATGCCACCATTTGGGATGCTTCTGACTGGGCTACTTCTGGCGGAAAAT
ACAAAGCTAATTACAAGTATGCTCCTTTCGTCGCCGAGTTCAAATCCTTCTCCCTTGATG
GCTGCTCCGTTGATCCCATCCAAGAAGTCCCCACCGATTGCTCTGACTCCGTTGACTTCC
TCGAATCACAAGACTACTTCTCCATCAACTCACGTCAACATGCTGCCATGAGAAGATTCC
GACAACGGTTTATGTACTATTCATATTGTTATGATACTGTTAGGTATCCAGAACCACTGC
CTGAGTGTGTGATTGTTCCAGCGGAAAAGGATAGGTTTAAGGAGACAGGGAGGTTGAAGT
TTGGTGGTACAGAAGCACGTGGACGGCGTAGGAGTCGTCGTCAACAAAGGTCGGAGATTG
AGAGTGACCCTGACGAAAGAAGACGATTTTAAACATAAAATTTCTGTCATTTTTTCATTT
GTTATATTCGTTTGTGAGT

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 3

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GAGGAGTGGGACTCGCCGTACGTGTTGCATTACACGGAGTATGATGGGAAGACGGGAGCT
ACGGGACAGAAGAAGACGATGGAGGTTGACGCCGTTATCGGAGCTGACGGAGCTAACTCT
AGAGTTGCCAAGTCTATTGGTGCTGGAGACTACGACTACGCCATCGCTTTTCAGGAGAGA
ATCAGAATCCCAGATGATAAGATGACGTACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTGGGT
GATGACGTGTCGCCGGACTTTTACGGATGGGTGTTCCCTAAATGCGACCACGTGGCTGTC
GGGACAGGCACCGTTACGCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACGAGAAAC
AGAGCCAAGGACAAGATTCTAGGAGGGAAGATCATCCGCGTGGAGGCTCACCCTATTCCT
GAACACCCGCGACCGCGCAGGCTCTCCAAGCGTGTGGCTCTTGTTGGTGATGCTGCAGGG
TACGTGACTAAATGCTCCGGCGAAGGGATCTACTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGGATGTGT
GCTGAAGCCATCGTTGAAGGTTCACAGAACGGTAAGAAGATGATTGATGAAAGTGATTTG
AGGAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACGTACTTGCCTACGTACAGGGTGCTTGATGTG
TTGCAGAAAGTGTTTTACAGATCCAATCCTGCTAGAGAAGCTTTTGTGGAGATGTGTGGA
GATGAGTACGCTCAGAAGATGACGTTTGATAGCTATCTGTACAAGAGGGTCGCACCGGGG
TAGTCCTTTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCCAA
TGCTCTAAAGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGCTTTAATGTTTGTCCTTAAAAA
AAATAATCAGTTTCTTATTTATGTTTCGGTTTATTGAATGATCAGTGGCTTTTAAAAAAA
ATACCAAATCCTTAAGATTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BB43TF U 1
AF RR1BI34TF U 244
AF RR1BB43JQ C 202
BS 1 758 RR1BB43TF
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RD RR1BB43TF 762 0 0
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AGAGTTGCCAAGTCTATTGGTGCTGGAGACTACGACTACGCCATCGCTTTTCAGGAGAGA
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TACGTGACTAAATGCTCCGGCGAAGGGATCTACTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGGATGTGT
GCTGAAGCCATCGTTGAAGGTTCACAGAACGGTAAGAAGATGATTGATGAAAGTGATTTG
AGGAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACGTACTTGCCTACGTACAGGGTGCTTGATGTG
TTGCAGAAAGTGTTTTACAGATCCAATCCTGCTAGAGA
GGCT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1BI34TF 761 0 0
G
GAATCCCAGATGATAAGATGACGTACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTGGGTGATG
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CAGGCACCGTTACGCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACGAGAAACAGAG
CCAAGGACAAGATTCTAGGAGGGAAGATCATCCGCGTGGAGGCTCACCCTATTCCTGAAC
ACCCGCGACCGCGCAGGCTCTCCAAGCGTGTGGCTCTTGTTGGTGATGCTGCAGGGTACG
TGACTAAATGCTCCGGCGAAGGGATCTACTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGGATGTGTGCTG
AAGCCATCGTTGAAGGTTCACAGAACGGTAAGAAGATGATTGATGAAAGTGATTTGAGGA
AGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACGTACTTGCCTACGTACAGGGTGCTTGATGTGTTGC
AGAAAGTGTTTTACAGATCCAATCCTGCTAGAGAAGCTTTTGTGGAGATGTGTGGAGATG
AGTACGTTCAGAAGATGACGTTTGATAGCTATCTGTACAAGAGGGTCGCACCGGGGTAGT
CCTTTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCCAATGCT
CTAAAGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGCTTTAATGTTTGTCCTTAAAAAAA*T
AATCAGTTTCTTATTTATGTTTCGGTTTATTGAATGATCA

QA 2 761 2 761
DS 

RD RR1BB43JQ 840 0 0
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ATGACGTACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTGGGTGATGACGTGTCGCCGGACTTT
TACGGATGGGTGTTCCCTAAATGCGACCACGTGGCTGTCGGGACAGGCACCGTTACGCAC
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GGAGGGAAGATCATCCGCGTGGAGGCTCACCCTATTCCTGAACACCCGCGACCGCGCAGG
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TCACAGAACGGTAAGAAGATGATTGATGAAAGTGATTTGAGGAAGTACTTGGAGAAATGG
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ACGTTTGATAGCTATCTGTACAAGAGGGTCGCACCGGG*TAGTCCTTTGGAGGATTTGAA
GTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTCTAAGGAGAGAGATTGA
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TGTTTCGGTTTATTGAATGATCAGTGGCTTTTAAAAAAAATACCAAATCCTTAAGATTAG

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 3

CO CL4243Contig1 719 3 4 U
TTTTTTTTCGGACTCAAATCTTTATTCAACGTAAAACAAAACATAGAACTTATCTTGACA
ATGTAATGCATTACAAAACCATACACATATAAAGAGTGTTTTTAGTTTTCCTCTTCCTTT
CTACAACGGAAAAAAAAAACAAAAGTAGGAAAGGAGAAAAACTAGGAGGAGCAAGAAAGC
ATGCAGACGCCTGGCCTATAAGCCCAAGCTGGAGGCAACCGAGCATATTTCTCCATCCCT
GGCTGTTCCTCGTAAGGATTTTTCATGAGACGGATCAAGTTGTTGACCTCTGAAAAGTCC
CCTTGTTCAGCTGCATCTATCGCGCTTTGGCAAAAATAGTTCCTTAAAATGTACTTTGGG
TTCACTGAATCCATCCTTGCCTTTCTTTCTTCATCTGATGTGTCATCACCGCTCACCTCC
TGTATATACGCTTGCACCCATTTGATCCAAGCTTCTTTTCTCTCCTTTCCAATGTCCAAG
AGCGCAGCTTTCAAGGGCTTCAACAACTCATTTTCAGGTGTGTCGGGGTTTGCTTTGACA
TTTGAAAGAAGCCGGAAGAAGTTTGTGTAATCGACTTTATCAACAGCCATATTGTTCAGA
AGTTTACTGATGATGTCCTTGTTATACTTGGAAAGACCAAGCTTCTTTGACATTATGGCT
TGATACTCGTCCATGAATTTCTCACCGTACCTCTCCATGGCGTAATTAGCCTCCTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A386JQ U 126
AF RR1BN83TF C 1
AF RR1BN83JQ U 9
BS 1 8 RR1BN83TF
BS 9 268 RR1BN83JQ
BS 269 269 RR1A386JQ
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RD RR1A386JQ 421 0 0
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TTCAGCTGCATCTATCGCGCTTTGGCAAAAATAGTTCCTTAAAATGTACTTTGGGTTCAC
TGAATCCATCCTTGCCTTTCTTTCTTCATCTGATGTGTCATCACCGCTCACCTCCTGTAT
ATACGCTTGCACCCATTTGATCCAAGCTTCTTTTCTCTCCTTTCCAATGTCCAAAAGCGC
AGCTTTCAAGGGCTTCAACAACTCATTTTCAGGTGTGTCGGGGTTTGCTTTGACATTTGA
A

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1BN83TF 719 0 0
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ATGTAATGCATTACAAAACCATACACATATAAAGAGTGTTTTTAGTTTTCCTCTTCCTTT
CTACAACGGAAAAAAAAAACAAAAGTAGGAAAGGAGAAGAACTAGGAGGAGCAAGAAAGC
ATGCAGACGCCTGGCCTATAAGCCCAAGCTGGAGGCAACCGAGCATATTTCTCCATCCCT
GGCTGTTCCTCGTAAGGATTTTTCATGAGACGGATCAAGTTGTTGACCTCTGAGAAGTCC
CCTTGTTCAGCTGCATCTATCGCGCTTTGGCAGAGATAGTTCCTTAGAATGTACTTTGGG
TTCACTGAATCCATCCTTGCCTTTCTTTCTTCATCTGATGTGTCATCACCGCTCACCTCC
TGTATATACGCTTGCACCCATTTGATCCAAGCTTCTTTTCTCTCCTTTCCAATGTCCAAG
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AGTTTACTGATGATGTCCTTGTTATACTTGGAAAGACCAAGCTTCTTTGACATTATGGCT
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QA 1 719 1 719
DS 

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CATTACAAAACCATACACATATAAAGAGTGTTTTTAGTTTTCCTCTTCCTTTCTACAACG
GAAAAAAAAAACAAAAGTAGGAAAGGAGAAAAACTAGGAGGAGCAAGAAAGCATGCAGAC
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AGCTGCATCTATCGCGCTTTGGCAAAAATAGTTCCTTAAAATGTACTTTGGGTTCACTGA
ATCCATCCTTGCCTTTCTTTCTTCATCTGATGTGTCATCACCGCTCACCTCCTGTATATA
CGCTTGCACCCATTTGATCCAAGCTTCTTTTCTCTCCTTTCCAATGTCCAAGAGCGCAGC
TTTCAAGGGCTTCAACAACTCATTTTCAGGTGTGTCGGGGTTTGCTTTGACATTTGAAAG
AAGCCGGAAGAAGTTTGTGTAATCGACTTTATCAACAGCCATATTGTTCAGAAGTTTACT
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GTCCATGAATTTCTCACCGTACCTCTCCATGGCGTAATTAGCCTCCTTTTC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 3

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CATTATCCGGCTCTTGAAGATTGGTATGAGCTGTACGGCTCAGTACCCCGATAGTCGTCC
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TTATTCTAAATTCGAAATTTCGGAAAATGTTTATAAACAAATATTGTTTCTGCTATTTTT
TGTATAATATTATATTATTGGTTGTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1G476TF U 1
AF RR1A895TF U 86
AF RR1G476JQ C 94
BS 1 642 RR1G476TF
BS 643 749 RR1A895TF

RD RR1G476TF 642 0 0
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ATCACCGACTGATGTGTTTGATCCAGAGCTCACAAGGTACCAAACCGAGGGCAATGAGAA
CATTATCCGGCTCTTGAAGATTGGTATGAGCTGTACGGCTCAGTACCCCGATAGTCGTCC
CACCATGGCCGATGTCACCAGACTCATCGAGGAGGTTTCGCATTCATCATCAGGCTCCCC
AAATCCGGTATCTGACTGAGTGTTTCTGTTGGCGGGTCTTAATTGATCGATTTTCAAAAA
TTGTTTGGGGTTGAAATAGCTTTTTACGTCTTCCCCGCCCTTTTTTCTACTTCTTTGTTT
GTGCCTCTAGTTTGTTCGCTAATTCTTGAGCCTCAAATTGAG

QA 1 642 1 642
DS 

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ATGAGCTGTACGGCTCAGTACCCCGATAGTCGTCCCACCATGGCCGATGTCACCAGACTC
ATCGAGGAGGTTTCGCATTCATCATCAGGCTCCCCAAATCCGGTATCTGACTGAGTGTTT
CTGTTGGCGGGTCTTAATTGATCGATTTTCAAAAATTGTTTGGGGTTGAAATAGCTTTTT
ACGTCTTCCCCGCCCTTTTTTCTACTTCTTTGTTTGTGCCTCTAGTTTGTTCGTTAATTC
TTGAGCCTCAAATTGAGATGAGACTTTGAAGTTCTTTATTCTAAATTCGAAATTTCGGAA
AATGTTTATAAACAAATATTGTTTCTGCTATTTTTTGTATAATATTATATTATTGGTTGT
GTGT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1G476JQ 656 0 0
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TGCTCGCAAAATCTCTCAAAAAGCTGATGTTTACAGCTTCGGTGTCCTAATCCTTGAACT
CCTCACAGGGAAGTCACCAACACATCAGCAACTGAACGAAGAAGGTGTGGATTTGCCAAG
ATGGGTCCAATCTATTACCGGTCAACAATCACCGACTGATGTGTTTGATCCAGAGCTCAC
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TACGGCTCAGTACCCCGATAGTCGTCCCACCATGGCCGATGTCACCAGACTCATCGAGGA
GGTTTCGCATTCATCATCAGGCTCCCCAAATCCGGTATCTGACTGAGTGTTTCTGTTGGC
GGGTCTTAATTGATCGATTTTCAAAAATTGTTTGGGGTTGAAATAGCTTTTTACGTCTTC
CCCGCCCTTTTTTCTACTTCTTTGTTTGTGCCTCTAGTTTGTTCGCTAATTCTTGAGCCT
CAAATTGAGATGAGACTTTGAAGTTCTTTATTCTAAATTCGAAATTTCGGAAAATGTTTA
TAAACAAATATTGTTTCTGCTATTTTTTGTATAATATTATATTATTGGTTGTGTG
C

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 3

CO CL4245Contig1 720 3 6 U
GGACAAATCAGATCATCAAATTCGGCACCACGATCCATAAACATTTCTTTCATTCATTCC
CCACTTTTCCCGGAAAATAAAAAGAATAAAAAAGCTCGAGAAAATGCATGATTTCTGCTT
CACAATCCCGTACGGGCTACTCCTGATCGGCGGTGGGTTAATCGGGTACATGAAGAAAGG
AAGCATCACATCATTCGCCGGAGGTGCAGGCACTGGTCTATTACTCATCCTCGCTGGATA
TCTCAGTCTCAATGCTTTCCATAAGAAGAAGACTTCCCCTATCGCTGTTGTTCTTCAGAC
AGTCATTGCAGCTGCTCTGACACTAGTCATGGGACAGCGTTACTTGCTCACTCAGAAGAT
TATGCCTGCTGGTTTAGTTACTGTGATCAGTGCTCTCATGACCTGTTTTTACGTATACAA
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CTCTGTTGGATGCAGACGATACTCTCCTTTGTTTGAATTTGTCGATTAGAAATCTCTTGT
GTGTCTCTGAGATTAGTTTGTATGGTTAAAGAACTTTCATATGGTCTTGTGTTGTGTGTT
TCTGAGATTAGTTTCATTGGTCTTGTGTGTCTCTGACTCTGAGAATAGAAATCATGTTTC
TGTTAACCACAAACGTTTTGGAGCCACATTAATATGAAGATATCCATGTTTCTGTTAAAC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1G728TF U 1
AF RR1AG28JQ C 3
AF RR1AG28TF U 3
BS 1 281 RR1G728TF
BS 282 282 RR1AG28TF
BS 283 691 RR1G728TF
BS 692 692 RR1AG28TF
BS 693 715 RR1G728TF
BS 716 720 RR1AG28JQ

RD RR1G728TF 715 0 0
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CCACTTTTCCCGGAAAATAAAAAGAATAAAAAAGCTCGAGAAAATGCATGATTTCTGCTT
CACAATCCCGTACGGGCTACTCCTGATCGGCGGTGGGTTAATCGGGTACATGAAGAAAGG
AAGCATCACATCATTCGCCGGAGGTGCAGGCACTGGTCTATTACTCATCCTCGCTGGATA
TCTCAGTCTCAATGCTTTCCATAAGAAGAAGACTTCCCCTAACGCTGTTGTTCTTCAGAC
AGTCATTGCAGCTGCTCTGACACTAGTCATGGGACAGCGTTACTTGCTCACTCAGAAGAT
TATGCCTGCTGGTTTAGTTACTGTGATCAGTGCTCTCATGACCTGTTTTTACGTATACAA
GATCGCTACTGGTGGCAATAAAATCCCATTAAAAGCTGCAGAGTGATGATGATTATGCAA
CTCTGTTGGATGCAGACGATACTCTCCTTTGTTTGAATTTGTCGATTAGAAATCTCTTGT
GTGTCTCTGAGATTAGTTTGTATGGTTAAAGAACTTTCATATGGTCTTGTGTTGTGTGTT
TCTGAGATTAGTTTCATTGGTCTTGTGTGTCTCTGACTCTGAGAATAGAAATCATGTTTC
TGTTAACCACAAACGTTTTGGAGCCACATTAGTATGAAGATATCCATGTTTCTGT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1AG28JQ 718 0 0
GG
AAATCAGATCATCAAATTCGGCACCACGATCCATAAACATTTCTTTCATTCATTCCCCAC
TTTTCCCGGAAAATAAAAAGAATAAAAAAGCTCGAGAAAATGCATGATTTCTGCTTCACA
ATCCCGTACGGGCTACTCCTGATCGGCGGTGGGTTAATCGGGTACATGAAGAAAGGAAGC
ATCACATCATTCGCCGGAGGTGCAGGCACTGGTCTATTACTCATCCTCGCTGGATATCTC
AGTCTCAATGCTTTCCATAAGAAGAAGACTTCCCCTATCGCTGTTGTTCTTCAGACAGTC
ATTGCAGCTGTTCTGACACTAGTCATGGGACAGCGTTACTTGCTCACTCAGAAGATTATG
CCTGCTGGTTTAGTTACTGTGATCAGTGCTCTCATGACCTGTTTTTACGTATACAAGATC
GCTACTGGTGGCAATAAAATCCCATTAAAAGCTGCAGAGTGATGATGATTATGCAACTCT
GTTGGATGCAGACGATACTCTCCTTTGTTTGAATTTGTCGATTAGAAATCTCTTGTGTGT
CTCTGAGATTAGTTTGTATGGTTAAAGAACTTTCATATGGTCTTGTGTTGTGTGTTTCTG
AGATTAGTTTCATTGGTCTTGTGTGTCTCTGACTCTGAGAATAGAAATCATGTTTCTGTT
AACCACAAACGTTTTGGAGCCACATTAATATGAAGATATCCATGTTTCTGTTAAAC

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR1AG28TF 718 0 0
GG
AAATCAGATCATCAAATTCGGCACCACGATCCATAAACATTTCTTTCATTCATTCCCCAC
TTTTCCCGGAAAATAAAAAGAATAAAAAAGCTCGAGAAAATGCATGATTTCTGCTTCACA
ATCCCGTACGGGCTACTCCTGATCGGCGGTGGGTTAATCGGGTACATGAAGAAAGGAAGC
ATCACATCATTCGCCGGAGGTGCAGGCACTGGTCTATTACTCATCCTCGCTGGATATCTC
AGTCTCAATGCTTTCCATAAGAAGAAGACTTCCCCTATCGCTGTTGTTCTTCAGACAGTC
ATTGCAGCTGCTCTGACACTAGTCATGGGACAGCGTTACTTGCTCACTCAGAAGATTATG
CCTGCTGGTTTAGTTACTGTGATCAGTGCTCTCATGACCTGTTTTTACGTATACAAGATC
GCTACTGGTGGCAATAAAATCCCATTAAAAGCTGCAGAGTGATGATGATTATGCAACTCT
GTTGGATGCAGACGATACTCTCCTTTGTTTGAATTTGTCGATTAGAAATCTCTTGTGTGT
CTCTGAGATTAGTTTGTATGGTTAAAGAACTTTCATATGGTCTTGTGTTGTGTGTTTCTG
AGATTAGTTTCATTGGTCTTGTGTGTCTCTGACTCTGAGAATAGAAATCATGTTTCTGTT
AACCACAAACGTTTTGGAGCCACATTAATATGAAGATATCCATGTTTCTGT
TAAAC

QA 3 713 3 713
DS 



AS 1 3

CO CL4246Contig1 382 3 2 U
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AGAAGATGATATACCGAAAGTGGAGTCTGCTTTCCGGTCCACCGCTTATCCTCGGCGGAG
CTGTAGTTGCCGGGATCGCGGTCGGCATCGTCTTACAGAACGTTACGAAAGGAGAGCAGA
AGAAGAATGTTGAAAACAAGTGAAATATGGATGCTACGATATACTGTGGTGTTTGTTAAT
CGTGTGAGTTGAAAACATTTTAGTTCAATGGATTGTGTTGTAAGCTTAATATAATGCTTT
TTTGGAAGCTTTTGAATTCTACACTTGTGTATCTTTTTTTTTCAGTTTCTTGTTGCTGCT
AATAATGATAAATTCATTTCTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1ES28TF U 1
AF RR1B624TF U 1
AF RR1ET95TF U 40
BS 1 377 RR1B624TF
BS 378 382 RR1ET95TF

RD RR1ES28TF 107 0 0
GGAGAGTAAATCCTCAGAGATCCATCGCCGGAGAAGACAACAAGAGAAGCTAAACGAAGA
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QA 1 107 1 107
DS 

RD RR1B624TF 377 0 0
GGAGAGTAAATCCTCAGAGATCCATCGCCGGAGAAGACAACAAGAGAAGCTAAACGAAGA
AGAAGATGATATACCGAAAGTGGAGTCTGCTTTCCGGTCCACCGCTTATCCTCGGCGGAG
CTGTAGTTGCCGGGATCGCGGTCGGCATCGTCTTACAGAACGTTACGAAAGGAGAGCAGA
AGAAGAATGTTGAAAACAAGTGAAATATGGATGCTACGATATACTGTGGTGTTTGTTAAT
CGTGTGAGTTGAAAACATTTTAGTTCAATGGATTGTGTTGTAAGCTTAATATAATGCTTT
TTTGGAAGCTTTTGAATTCTACACTTGTGTATCTTTTTTTTTCAGTTTCTTGTTGCTGCT
AATAATGATAAATTCAT

QA 1 377 1 377
DS 

RD RR1ET95TF 343 0 0
GG
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CCGCTTATCCTCGGCGGAGCTGTAGTTGCCGGGATCGCGGTCGGCATCGTCTTACAGAAC
GTTACGAAAGGAGAGCAGAAGAAGAATGTTGAAAACAAGTGAAATATGGATGCTACGATA
TACTGTGGTGTTTGTTAATCGTGTGAGTTGAAAACATTTTAGTTCAATGGATTGTGTTGT
AAGCTTAATATAATGCTTTTTTGGAAGCTTTTGAATTCTACACTTGTGTATCTTTTTTTT
TCAGTTTCTTGTTGCTGCTAATAATGATAAATTCATTTCTC

QA 3 343 3 343
DS 



AS 1 2

CO CL4247Contig1 1054 2 4 U
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TCTCTCTCTCTCTCAATCTCTCAGCTTAAGCGCAGAACCATGGCAGCGAAACAGGGAGCC
GCAGCTACAACGTATTCACCCAAAATCATGGCGAGAACTAGGCCTCCTATCTTCAAAGGC
TCTGACCTCGATTGGACCCGTCCTGATGGCCGTGGCTTCCACCAATGCCGACCGGCCTTA
CTTCAAACGGGTGCTGTGAGTGCTGCTTCTGGTTCTGCTTATGCTGAGTTTGGGAACACC
AAAGTCATTGTTTCAGTATTTGGACCAAGGGAGAGTAAGAAAGCAACGAGTTATAGTGAT
GTTGGTAGATTGAATTGCAATGTTAGCTACACTACTTTTGCTTCCCCGACCCTTGGTAGT
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ATGATGGAGACGTTCCCAAAGACAACTGTTGATGTTTTTGCGCTGGTTCTTGAATCTGGA
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ATGATGTATGACCTTATCACAGCTGTCTCAGTGTCTTGCATAGGGAAAAGCCTTATGATT
GACCCGGTTACAGAAGAGGAAGGATGCGAAGATGGAAGCTTCATGATGACGTGCATGCCT
TCTCGGAGTGAAATCACTCAGCTGACCATCACTGGTGAATGGACAACGCCTAACATTAAC
GAGGCAATGCAGCTTTGCGTGGATGCTTGTTCCAAACTTGGAGAAATCATGCGTGATTGT
CTGAAACAGGCTGCCTCAGCTTCAGATGAATGAACATACAACTCAAGAAACTATAGCTAT
GATTGTACCTCAGCCATTGGTATGAAACCGGTTAAGCTGTTGGGTTAGGTAAAATTGAAT
TTATACTGAACCGGTGTGATGGAGTTTAAAACAGATGTACTGTGTTACGTCAAAATTTGA
TGGAACTAGATCTTTAAAGAGCGTCATTTGCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO76TF U 1
AF RR1GH18JQ C 432
BS 1 680 RR1GO76TF
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BS 683 758 RR1GO76TF
BS 759 1054 RR1GH18JQ

RD RR1GO76TF 763 0 0
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TCTCTCTCTCTCTCAATCTCTCAGCTTAAGCGCAGAACCATGGCAGCGAAACAGGGAGCC
GCAGCTACAACGTATTCACCCAAAATCATGGCGAGAACTAGGCCTCCTATCTTCAAAGGC
TCTGACCTCGATTGGACCCGTCCTGATGGCCGTGGCTTCCACCAATGCCGACCGGCCTTA
CTTCAAACGGGTGCTGTGAGTGCTGCTTCTGGTTCTGCTTATGCTGAGTTTGGGAACACC
AAAGTCATTGTTTCAGTATTTGGACCAAGGGAGAGTAAGAAAGCAACGAGTTATAGTGAT
GTTGGTAGATTGAATTGCAATGTTAGCTACACTACTTTTGCTTCCCCGACCCTTGGTAGT
CAGGGGACTGATCACAAAGAGTACTCATCAATGCTTCACAAAGCGTTGGAAGGCGTAATC
ATGATGGAGACGTTCCCAAAGACAACTGTTGATGTTTTTGCGCTGGTTCTTGAATCTGGA
GGCAGTGACCTCCCGGTTGTGATATCATGTGCTGGTCTTGCTCTAGCAGACGCCGGGATT
ATGATGTATGACCTTATCACAGCTGTCTCAGTGTCTTGCATAGGGAAAAGCCTTATGATT
GACCCGGTTACAGAAGAGGA**GATGCGAAGATGGAAGCTTCATGATGACGTGCATGCCT
TCTCGGAGTGAAATCACTCAGCTGACCATCACTGGTGA
ATGGA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1GH18JQ 623 0 0
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GTTCCCAAAGACAACTGTTGATGTTTTTGCGCTGGTTCTTGAATCTGGAGGCAGTGACCT
CCCGGTTGTGATATCATGTGCTGGTCTTGCTCTAGCAGACGCCGGGATTATGATGTATGA
CCTTATCACAGCTGTCTCAGTGTCTTGCATAGGGAAAAGCCTTATGATTGACCCGGTTAC
AGAAGAGGAAGGATTCGAAGATGGAAGCTTCATGATGACGTGCATGCCTTCTCGGAGTGA
AATCACTCAGCTGACCATCACTGGTGAATGGACAACGCCTAACATTAACGAGGCAATGCA
GCTTTGCGTGGATGCTTGTTCCAAACTTGGAGAAATCATGCGTGATTGTCTGAAACAGGC
TGCCTCAGCTTCAGATGAATGAACATACAACTCAAGAAACTATAGCTATGATTGTACCTC
AGCCATTGGTATGAAACCGGTTAAGCTGTTGGGTTAGGTAAAATTGAATTTATACTGAAC
CGGTGTGATGGAGTTTAAAACAGATGTACTGTGTTACGTCAAAATTTGATGGAACTAGAT
CTTTAAAGAGCGTCATTTGCTGT

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 3

CO CL4248Contig1 954 3 2 U
AGAATCATCTTAAACTCAAACCTAAAAACAAACAAAAGACAAGAAAAAAAAACCCGAGTA
ACTCGAGCAACAAACGTCGCTTGTGGCTCAAAACTTATTCTTCATCATCTCTATAACTTC
ATCTTTTATTTTCTCCCTCTCTCTCCCTCTCCTTCCAGCGCCGTAAGAAATGTCTTCGGA
CACGTTGGACAAGCTGGTGGTGTTCTTGGCTAAGAGAGATGGAATAGACAAGCTTGTGAA
AACATTCCAATACGTCTCCAAGCTCGCCTGCTGGCACGTTGAAGCCACACGACCCGAGGC
TGCCGAAAAATTCAAGAAATGGGAGGTCGCGTCTGGTCTCAGCCGCAAAGCATTCAGGAC
CGGGAGGTCTCTCACGGGTTTCAATGCCTTGAGACGAAACCCTGGTGCAACACCTGTGAT
ACGTTTCTTGGCGGTCCTAGCCAATTCAGGAGAGATGGTTTACTTTTTCTTCGATCATTT
CCTTTGGTTATCAAGAATCGGTACACTAGATCCTAAGATCGCTAAGAAAATGAGTTTCAT
CTCGGCTTTTGGTGAATCTTTTGGCTACGTTTTCTTTATCATCATCGATTGCATTTTCAT
AAGGCAGAGACTCAGATCCTTGAAAAGACTCAAGACAAATGATGAACCGAAAGAAGAAAC
CAGCGGGAAAGTTAGTGAGATTCAAGGAGATATAGTGATGAGATTGATGGGAATTTCAGC
TAACGTTGCGGATTTGATTATCGCATTGGCGGAAATTCAACCGAACCCGTTTTGTAACCA
CACGGTTACACTCGGTATAAGCGGTTTAGTTTCGGCTTGGGCTGGTTGGTATAGGAATTG
GCCATCGTGAGAGATATACTAAGATCAAATGAACGTATCTATATGTATGTATGTTGTAAC
TTGTAAGTGTGACCAATGCGTAACTTACTTGAATATATATATATGCACACTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GC39TF U 1
AF RR1GG07TF U 531
AF RR1GG07JQ C 594
BS 1 599 RR1GC39TF
BS 600 954 RR1GG07TF

RD RR1GC39TF 599 0 0
AGAATCATCTTAAACTCAAACCTAAAAACAAACAAAAGACAAGAAAAAAAAACCCGAGTA
ACTCGAGCAACAAACGTCGCTTGTGGCTCAAAACTTATTCTTCATCATCTCTATAACTTC
ATCTTTTATTTTCTCCCTCTCTCTCCCTCTCCTTCCAGCGCCGTAAGAAATGTCTTCGGA
CACGTTGGACAAGCTGGTGGTGTTCTTGGCTAAGAGAGATGGAATAGACAAGCTTGTGAA
AACATTCCAATACGTCTCCAAGCTCGCCTGCTGGCACGTTGAAGCCACACGACCCGAGGC
TGCCGAAAAATTCAAGAAATGGGAGGTCGCGTCTGGTCTCAGCCGCAAAGCATTCAGGAC
CGGGAGGTCTCTCACGGGTTTCAATGCCTTGAGACGAAACCCTGGTGCAACACCTGTGAT
ACGTTTCTTGGCGGTCCTAGCCAATTCAGGAGAGATGGTTTACTTTTTCTTCGATCATTT
CCTTTGGTTATCAAGAATCGGTACACTAGATCCTAAGATCGCTAAGAAAATGAGTTTCAT
CTCGGCTTTTGGTGAATCTTTTGGCTACGTTTTCTTTATCATCATCGATTGCATTTTCA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1GG07TF 424 0 0
G
GAGTTTCATCTCGGCTTTTGGTGAATCTTTTGGCTACGTTTTCTTTATCATCATCGATTG
CATTTTCATAAGGCAGAGACTCAGATCCTTGAAAAGACTCAAGACAAATGATGAACCGAA
AGAAGAAACCAGCGGGAAAGTTAGTGAGATTCAAGGAGATATAGTGATGAGATTGATGGG
AATTTCAGCTAACGTTGCGGATTTGATTATCGCATTGGCGGAAATTCAACCGAACCCGTT
TTGTAACCACACGGTTACACTCGGTATAAGCGGTTTAGTTTCGGCTTGGGCTGGTTGGTA
TAGGAATTGGCCATCGTGAGAGATATACTAAGATCAAATGAACGTATCTATATGTATGTA
TGTTGTAACTTGTAAGTGTGACCAATGCGTAACTTACTTGAATATATATATATGCACACT
TCC

QA 2 424 2 424
DS 

RD RR1GG07JQ 361 0 0
TTTTCATAAGGCAGAGACTCAGATCCTTGAAAAGACTCAAGACAAATGATGAACCGAAAG
AAGAAACCAGCGGGAAAGTTAGTGAGATTCAAGGAGATATAGTGATGAGATTGATGGGAA
TTTCAGCTAACGTTGCGGATTTGATTATCGCATTGGCGGAAATTCAACCGAACCCGTTTT
GTAACCACACGGTTACACTCGGTATAAGCGGTTTAGTTTCGGCTTGGGCTGGTTGGTATA
GGAATTGGCCATCGTGAGAGATATACTAAGATCAAATGAACGTATCTATATGTATGTATG
TTGTAACTTGTAAGTGTGACCAATGCGTAACTTACTTGAATATATATATATGCACACTTC
C

QA 1 361 1 361
DS 



AS 1 3

CO CL4249Contig1 557 3 2 U
GGCGCATACCTACAAATGTCCGAATTTGGGAATCACAAGCTGGGTCAGATTGCCTATTTA
CGATGCAGACTTTGGTTGGGGACGTCCCATATTTATGGGACCTGGTGGAATTCCATACGA
GGGTTTGTCGTTTGTGCTACCAAGTCCTACAAATGATGGCAGCTTATCTGTGGCCATTGC
TCTCCAAACCGAACACATGAAACTGTTTGAGAAGTATTTGTACGATATATGACAGAGACA
AGCAGCAGCAGAACAAGAAGAAGATGATGATTCCTCCTTTCCCCCCCCCCCCCACTTAAG
TGGGGCTTTTTTGTTGCTTGATGTCGAAGATGATTCGTTATCCTGTATTTTAGAGGGTAC
AATAAAGTTATGTCAACACATAAGTGTTTCTTATGGTCTGTGTAACATTTGGATCGGTCA
TGTAGGAACTTTTGCTTTTATGTTTATACTGATGATGATAAGTGTTGTCCTATGACACAT
TACCTTCATAGTTTGGTTATGTCAATGCTTCATCCCCTCTCTTGTCAGTTTTCCTGTAAT
AACAACTGTTTTGTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GM56TF U 1
AF RR1GM56JQ C 320
AF RR1E645TF U 327
BS 1 501 RR1GM56TF
BS 502 557 RR1E645TF

RD RR1GM56TF 503 0 0
GGCGCATACCTACAAATGTCCGAATTTGGGAATCACAAGCTGGGTCAGATTGCCTATTTA
CGATGCAGACTTTGGTTGGGGACGTCCCATATTTATGGGACCTGGTGGAATTCCATACGA
GGGTTTGTCGTTTGTGCTACCAAGTCCTACAAATGATGGCAGCTTATCTGTGGCCATTGC
TCTCCAAACCGAACACATGAAACTGTTTGAGAAGTATTTGTACGATATATGACAGAGACA
AGCAGCAGCAGAACAAGAAGAAGATGATGATTCCTCCTTTCCCCCCCCCCCCCACTTAAG
TGGGGCTTTTTTGTTGCTTGATGTCGAAGATGATTCGTTATCCTGTATTTTAGAGGGTAC
AATAAAGTTATGTCAACACATAAGTGTTTCTTATGGTCTGTGTAACATTTGGATCGGTCA
TGTAGGAACTTTTGCTTTTATGTTTATACTGATGATGATAAGTGTTGTCCTATGACACAT
TACCTTCATAGTTTGGTTATG
CC

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR1GM56JQ 184 0 0
GATGTCGA
AGATGATTCGTTATCCTGTATTTTAGAGGGTACAATAAAGTTATGTCAACACATAAGTGT
TTCTTATGGTCTGTGTAACATTTGGATCGGTCATGTAGGAACTTTTGCTTTTATGTTTAT
ACTGATGATGATAAGTGTTGTCCTATGACACATTACCTTCATAGTTTGGTTATG
CC

QA 9 182 9 182
DS 

RD RR1E645TF 231 0 0
G
AGATGATTCGTTATCCTGTATTTTAGAGGGTACAATAAAGTTATGTCAACACATAAGTGT
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CTTCATCCCCTCTCTTGTCAGTTTTCCTGTAATAACAACTGTTTTGTACT

QA 2 231 2 231
DS 



AS 1 3

CO CL4250Contig1 1360 3 19 U
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TCACTCTCCCCGTTAGCACAATGTCCAGGTCGACAGAGATGACACGCGGTCGTTTTACCC
AAAGATACGCAGCGGCCAACGTGGGTGCCAACGTGGGTGTATTCTGGGACATCAATGATT
TCCCCATTCCCGATTATCTTGATTCATGTGCCTTTTATGAAGATGTGAAAACAAGTCTTC
AGGAGAAGGGTTTTACTGGTAGCTTTTCATTACATCTATACGCAGATGGCGATCCCTACA
TGCCTGCCAGATTGGTAAACCGATTTCGGTGTCTCGAACTTGGAGTCAGTTACATACCTT
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ATCCATCTTCAAATGTCATGATCCTTGCCAAGAATTTCAAAGAAGAAGCGGCAGTCAATA
TTTCCTACCTGGGTATTAGTCACGACCTCTTCTTAGCGTATGATCTTCGTACCGAAAGCC
CTGAATGGCTTTGCTCTCTCTCTATTAGACCTCTCTCTATGAGACCTCGAAGTGCACATC
TGACGAAGACTAAGATCGAATTCGAGTCTTTTCTCTCCCTTTTCAGGAAATTTGACACCT
CTTTCCGTTTTTTTCCCAAGGCCATACAGACTTCACACAAAGGTCGTCGTACACAAGTCT
TCTGGGATGTCTCGGATTCCTCAAAACTTGAAGTTTTGGATCCCCAAGGGGTTGCTGCCC
ATATCAGTGGAGCGCTTGTTGGTAATGGTTACTCTCTTCCTCTTTGTAGTACTCTCGTCT
ACATTGACGAGAACACTGTCTCACCTGATATCTTATCAAGATATGCCCATGCTAATCTAC
TTTTGCATCCAGTCCCCAAAGGAAACAAGTTTGCTAGAATGCATAGTATTGCACTCGACT
TGCTTTTCCATGCAAGGATTTGTAGTAAACCATCAACTCTTCTCTTACTCTCAGAAGACA
TCGATGAGGATCCTCTGTTCTCAACAGTTCTTGATTTCCTTCAAAGGAAAGGTTTCAATA
TTGTTGTTCAAAATCCTAACCCAATAGTAGAACTTCCTTTTGATCCAAATGATTATGTAT
TTGATGACATTAGCCCGAAATTCTGAATTAATTATGTATTGTGCTTTTTTTTATTGTTAA
GGAGAACAATTATTATTATAATAAATAATGTCTCTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F982TF U 1
AF RR1C635TF U 7
AF RR1C635JQ C 568
BS 1 189 RR1F982TF
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RD RR1F982TF 684 0 0
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TCCCCATTCTCGATTATCTTGATTCATGTGCCTTTTATGAAGATGTGAAAACAAGTCTTC
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TGCCTGCCAGATTGGTAAACCGATTTCGGTGTCTCGAACTTGGAGTCAGTTACATACCTT
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ATTTTCTTTAAACACTTTTTTTAATGTTCTTGCTAGTTTCTCTGCATTATCTTTTGTCAG
GTGGTGAATTTTGTAGAGATTCTTGGATCTTGTTAGACATCCTTAAGTGGTCAATTGAGA
ATCCATCTTCAAATGTCATGATCCTTGCCAAGAATTTCAAAGAAGAAGCGGCAGTCAATA
TTTCCTACCTGGGTATTAGTCACGACCTCTTCTTAGCGTGTGATCTTCGTACCGAAAGCC
CTGAATGGCTTTGCTCTTTCTCTA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1C635TF 788 0 0
GG
GTAGCCGCAAGCCACAGATTACTCCCTCTCTCCTTTTTCCGGTGCCGTTCTCTCACTCTC
CCCGTTAGCACAATGTCCAGGTCGACAGAGATGACACGCGGTCGTTTTACCCAAAGATAC
GCAGCGGCCAACGTGGGTGCCAACGTGGGTGTATTCTGGGACATCAATGATTTCCCCATT
CCCGATTATCTTGATTCATGTGCCTTTTATGAAGATGTGAAAACAAGTCTTCAGGAGAAG
GGTTTTACTGGTAGCTTTTCATTACATCTATACGCAGATGGCGATCCCTACATGCCTGCC
AGATTGGTAAACCGATTTCGGTGTCTCGAACTTGGAGTCAGTTACATACCTTCAGGTGTG
AACTTCTGTTACTTAAACACTTTTTTTTTAATGTTCTTGCTAATTTCTCTGCATTTTCTT
TAAACACTTTTTTTAATGTTCTTGCTAGTTTCTCTGCACTATCTTTTGTCAGGTGGTGAA
TTTTGTAGAGATTCTTGGATCTTGTTAGACATCCTTAAGTGGTCAATTGAGAATCCATCT
TCAAATGTCATGATCCTTGCCAAGAATTTCAAAGAAGAAGCGGCAGTCAATATTTCCTAC
CTGGGTATTAGTCACGACCTCTTCTTAGCGTATGATCTTCGTACCGAAAGCCCTGAATGG
CTTTGCTCTCTCTCTATTAGACCTCTCTCTATGAGACCTCGAAGTGCACATCTGACGAAG
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TTTTT
C

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR1C635JQ 793 0 0
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TCTTCTTAGCGTATGATCTTCGTACCGAAAGCCCTGAATGGCTTTGCTCTCTCTCTATTA
GACCTCTCTCTATGAGACCTCGAAGTGCACATCTGACGAAGACTAAGATCGAATTCGAGT
CTTTTCTCTCCCTTTTCAGGAAATTTGACACCTCTTTCCGTTTTTTTCCCAAGGCCATAC
AGACTTCACACAAAGGTCGTCGTACACAAGTCTTCTGGGATGTCTCGGATTCCTCAAAAC
TTGAAGTTTTGGATCCCCAAGGGGTTGCTGCCCATATCAGTGGAGCGCTTGTTGGTAATG
GTTACTCTCTTCCTCTTTGTAGTACTCTCGTCTACATTGACGAGAACACTGTCTCACCTG
ATATCTTATCAAGATATGCCCATGCTAATCTACTTTTGCATCCAGTCCCCAAAGGAAACA
AGTTTGCTAGAATGCATAGTATTGCACTCGACTTGCTTTTCCATGCAAGGATTTGTAGTA
AACCATCAACTCTTCTCTTACTCTCAGAAGACATCGATGAGGATCCTCTGTTCTCAACAG
TTCTTGATTTCCTTCAAAGGAAAGGTTTCAATATTGTTGTTCAAAATCCTAACCCAATAG
TAGAACTTCCTTTTGATCCAAATGATTATGTATTTGATGACATTAGCCCGAAATTCTGAA
TTAATTATGTATTGTGCTTTTTTTTATTGTTAAGGAGAACAATTATTATTATAATAAATA
ATGTCTCTTTTTT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

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CTTATATGATGGAGTGTTTCGAAAGACAAGACACTTATATACAAGAGATTATCGATGAGA
CACTTGACCCCAATAGGGTCAAGCCAGAAACTGAGAGCATGATCGATCTCTTGATGGATA
TCTATAGAGATCAACCTTTCGCCTCCAAGTTCACTTTAGAGATGTCAAAGGCGTGATTCT
GAATATAGTGGTGGCGGGAACTGATACGGCCGCTGCGGCGGTTGTGTGGGGAATGACGTA
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TATTCAAGACACCAAGATCGCTGGTTACGACATCCCTGCGGGAACTACTGTCAACGTCAA
CGCATGGGCCGTTTCCCGCGACGAGAAGGAGTGGGGCCCTAACCCTGACGAGTTCAGACC
AGAGAGGTTTCTTGAAAAGGACGTTGACTTCAAAGGCACGGACTACGAGTTTATACCGTT
CGGGTCAGGCAGGAGAATGTGCCCTGGAATGCGTCTTGGTGCCGCGATGCTTGAGGTTCC
ATTTGCGAACCTTCTCCTCAAGTTCGACTTCAAACTTCCGAATGGAATGAAAGCAGAAGA
GATCAACATGGATGTCATGACTGGTCTTGCTATGCACAAGTCATTCATCTGAAGCTTGTT
CCGGAGAAGTGAGCAAGTGATAGTTTCTAATGGTCAAATAAATGTATCACTCTGGTTGTA
TATTTATATATATGTTCCTGTAGTGTACTATGCTCTTTGGTTTGGTTTCCTTTTAAATCA
AACAACATTTCTATTACTTTTGAGAACGTACAAACAAGAAATAGAGATAGACGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CC61TF U 1
AF RR1CQ62TF U 288
BS 1 361 RR1CC61TF
BS 362 362 RR1CQ62TF
BS 363 546 RR1CC61TF
BS 547 547 RR1CQ62TF
BS 548 631 RR1CC61TF
BS 632 1015 RR1CQ62TF

RD RR1CC61TF 631 0 0
TTTTTTTCTCTGATTTTTTCCCGTTTTTAGGATTTCTAGATGATTGGACAGGTCTCACGG
CTTATATGATGGAGTGTTTCGAAAGACAAGACACTTATATACAAGAGATTATCGATGAGA
CACTTGACCCCAATAGGGTCAAGCCAGAAACTGAGAGCATGATCGATCTCTTGATGGATA
TCTATAGAGATCAACCTTTCGCCTCCAAGTTCACTTTAGAGATGTCAAAGGCGTGATTCT
GAATATAGTGGTGGCGGGAACTGATACGGCCGCTGCGGCGGTTGTGTGGGGAATGACGTA
TTTGATGAAGTACCCTCAAGTGATGAAGAAAGCTGAAGCAGAAGTGAGGGAGTATGCAAC
G*AGAAAGGCTCAACGTTCATTACTGAAGACGACGTGAAGAACCTTCCTTACTTCAGAGC
CCTAGTTAAAGAAACCTTAAGGATCGAACCTGTGATTCCTCTCCTTATCCCTCGTGCTTG
TATTCAAGACACCAAGATCGCTGGTTACGACATCCCTGCGGGAACTACTGTCAACGTCAA
CGCATGTGCCGTTTCCCGCGACGAGAAGGAGTGGGGCCCTAACCCTGACGAGTTCAGACC
AGAGAGGTTTCTTGAAAAGGACGTTGACTTC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1CQ62TF 728 0 0
GGGGAATGACGTATTTGATGAAGTACCCTCAAGTGATGAAGAAAGCTGAAGCAGAAGTGA
GGGAGTATGCAAGGGAGAAAGGCTCAACGTTCATTACTGAAGACGACGTGAAGAACCTTC
CTTACTTCAGAGCCCTAGTTAAAGAAACCTTAAGGATCGAACCTGTGATTCCTCTCCTTA
TCCCTCGTGCTTGTATTCAAGACACCAAGATCGCTGGTTACGACATCCCTGCGGGAACTA
CTGTCAACGTCAACGCATGGGCCGTTTCCCGCGACGAGAAGGAGTGGGGCCCTAACCCTG
ACGAGTTCAGACCAGAGAGGTTTCTTGAAAAGGACGTTGACTTCAAAGGCACGGACTACG
AGTTTATACCGTTCGGGTCAGGCAGGAGAATGTGCCCTGGAATGCGTCTTGGTGCCGCGA
TGCTTGAGGTTCCATTTGCGAACCTTCTCCTCAAGTTCGACTTCAAACTTCCGAATGGAA
TGAAAGCAGAAGAGATCAACATGGATGTCATGACTGGTCTTGCTATGCACAAGTCATTCA
TCTGAAGCTTGTTCCGGAGAAGTGAGCAAGTGATAGTTTCTAATGGTCAAATAAATGTAT
CACTCTGGTTGTATATTTATATATATGTTCCTGTAGTGTACTATGCTCTTTGGTTTGGTT
TCCTTTTAAATCAAACAACATTTCTATTACTTTTGAGAACGTACAAACAAGAAATAGAGA
TAGACGAG

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 3

CO CL4252Contig1 1520 3 9 U
GCATCGATGAGCGGACTTACCATTTCAACTCGTTGCTCCTGAACTTAGGAAACACATTCT
TGTACATGGTCAACACATATATCATTGTCCCTACAGCAGATGACTATTCCATGAGCCTTG
GAGCTGCTGCAACGGTTTGTGGTATCGTCATTGGATCTATGGCCGTGGCTCAAGTTTTCT
CCTCGGTTTATTTCAGCGCCTGGTCCAACAAGTCTTACTTCAAACCTCTTGTGTTCAGCA
GCATTGCTCTCTTTATAGGGAACCTAATGTACGCGTTGGCTTATGATGCCAATTCCATGT
GGCTTCTCTTACTCGGCCGTCTCTGTTGTGGGCTGGGATCAGCAAGAGCTGTGAACAGGA
GATACATCAGCGATTGTGTGCCTTTAAGAATCCGAATGCAGGCGTCAGCAGGTTTTGTGA
GTGCTAGTGCTCTTGGAATGGCTTGTGGTCCTGCACTCGCCGGTTTGCTCCAAATCAAAT
TCAAGATCTACAAGCTGACATTTAACCAGTCTACTTTGCCTGGGTGGGTTATGGCTGTGG
CTTGGCTGTTCTATCTGGTATGGCTATGCATTTCATTCAAGGAGCCGTTGCGTGATACAG
AGGATCAAGAAAGAAGCAATCCGAATGAAACAACTTCAGCGACAGAGAGAGAAGAGAATA
GTAGAGTCGTGGAGGAAAGTCTTCGAAAGCCGTTGCTGATTACTTCAGGACTCAAGCTCG
AAGACGACGAAGATGAAGAGGATTGCGATGAAAGCGAAGAGTCTGCAGAAGATTCTCGCA
GACCTGCAAATTCTTTCGGTGATGCATACCGACTTCTTACTCCATCTGTTAAGGTTCGAC
TGTTGATCTACTTCATGCTCAAATACGCCATGGAGATATTAATGTCGGAGTCTAGTGTGG
TTACTTCATACTATTTTGGCTGGACAACAAGCTCAGTTGCCATCTTTCTGGCCTGCCTTG
GCCTCACGGTGCTACCAATCAACATTCTTGTGGGAAGTTACATCAGTAACATGTTTGAAG
ACAGGCAAATCCTTTTGACATCTGAGATCATCGTCTTTATCGGGATTCTCTTCAGTTTTA
ATCTGTTTGTTCCATACACCGTACCTCAATACGTAATCTCTGGTCTAGTAATGTTTGTCG
CTGCTGAAGTACTCGAAGGTGTGAACCTATCGTTGTTATCGAGGGTAATGTCATCGAGGC
TATCAAAAGGAACATACAACGGAGGATTGCTGTCGACGGAAGCTGGAACGTTGGCTAGGG
TTGTGGCAGATGCAACCATAACATTGGGAGGATACTTGGGAAGAAACCACCTCTTGAATG
CAACTCTTCTACCATCACTTGTCATCTGCGTTGGCTCCATTGTTGCTACTTGTTGTACTT
ATAACCCTCTCTATTGATATGTTTTTAAGAGATTTTGCTACCAAATTTTACAAAAATAGA
ATAAAAAAAGGGACAGTGTGTGTGTATGATCCTCTCTTTATTTGATTATATTTGTGATCA
TCTACTATGTGATGGTTGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B071TF U 1
AF RR1H868TF U 556
AF RR1H868JQ C 696
BS 1 613 RR1B071TF
BS 614 614 RR1H868TF
BS 615 707 RR1B071TF
BS 708 708 RR1H868TF
BS 709 798 RR1B071TF
BS 799 799 RR1H868TF
BS 800 824 RR1B071TF
BS 825 1198 RR1H868TF
BS 1199 1520 RR1H868JQ

RD RR1B071TF 824 0 0
GCATCGATGAGCGGACTTACCATTTCAACTCGTTGCTCCTGAACTTAGGAAACACATTCT
TGTACATGGTCAACACATATATCATTGTCCCTACAGCAGATGACTATTCCATGAGCCTTG
GAGCTGCTGCAACGGTTTGTGGTATCGTCATTGGATCTATGGCCGTGGCTCAAGTTTTCT
CCTCGGTTTATTTCAGCGCCTGGTCCAACAAGTCTTACTTCAAACCTCTTGTGTTCAGCA
GCATTGCTCTCTTTATAGGGAACCTAATGTACGCGTTGGCTTATGATGCCAATTCCATGT
GGCTTCTCTTACTCGGCCGTCTCTGTTGTGGGCTGGGATCAGCAAGAGCTGTGAACAGGA
GATACATCAGCGATTGTGTGCCTTTAAGAATCCGAATGCAGGCGTCAGCAGGTTTTGTGA
GTGCTAGTGCTCTTGGAATGGCTTGTGGTCCTGCACTCGCCGGTTTGCTCCAAATCAAAT
TCAAGATCTACAAGCTGACATTTAACCAGTCTACTTTGCCTGGGTGGGTTATGGCTGTGG
CTTGGCTGTTCTATCTGGTATGGCTATGCATTTCATTCAAGGAGCCGTTGCGTGATACAG
AGGATCAAGAAAGGAGCAATCCGAATGAAACAACTTCAGCGACAGAGAGAGAAGAGAATA
GTAGAGTCGTGGAGGAAAGTCTTCGAAAGCCGTTGCTGATTACTTCACGACTCAAGCTCG
AAGACGACGAAGATGAAGAGGATTGCGATGAAAGCGAAGAGTCTGCAGAAGATTCTCGCA
GACCTGCAAATTCTTTCG*TGATGCATACCGACTTCTTACTCCA

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1H868TF 648 0 0
G
GGTATGGCTATGCATTTCATTCAAGGAGCCGTTGCGTGATACAGAGGATCAAGAAAGAAG
CAATCCGAATGAAACAACTTCAGCGACAGAGAGAGAAGAGAATAGTAGAGTCGTGGAGGA
AGGTCTTCGAAAGCCGTTGCTGATTACTTCAGGACTCAAGCTCGAAGACGACGAAGATGA
AGAGGATTGCGATGAAAGCGAAGAGTCTGCAGAAGATTCTCGCAGACCTGCAAATTCTTT
CGGTGATGCATACCGACTTCTTACTCCATCTGTTAAGGTTCGACTGTTGATCTACTTCAT
GCTCAAATACGCCATGGAGATATTAATGTCGGAGTCTAGTGTGGTTACTTCATACTATTT
TGGCTGGACAACAAGCTCAGTTGCCATCTTTCTGGCCTGCCTTGGCCTCACGGTGCTACC
AATCAACATTCTTGTGGGAAGTTACATCAGTAACATGTTTGAAGACAGGCAAATCCTTTT
GACATCTGAGATCATCGTCTTTATCGGGATTCTCTTCAGTTTTAATCTGTTTGTTCCATA
CACCGTACCTCAATACGTAATCTCTGGTCTAGTAATGTTTGTCGCTGCTGAAGTACTCGA
AGGTGTGAACCTATCGTTGTTATCGAGGGTAATGTCATCGAG
CTATC

QA 2 643 2 643
DS 

RD RR1H868JQ 825 0 0
GCTGA
TACTTCAGGACTCAAGCTCGAAGACGACGAAGATGAAGAGGATTGCGATGAAAGCGAAGA
GTCTGCAGAAGATTCTCGCAGACCTGCAAATTCTTTCGGTGATGCATACCGACTTCTTAC
TCCATCTGTTAAGGTTCGACTGTTGATCTACTTCATGCTCAAATACGCCATGGAGATATT
AATGTCGGAGTCTAGTGTGGTTACTTCATACTATTTTGGCTGGACAACAAGCTCAGTTGC
CATCTTTCTGGCCTGCCTTGGCCTCACGGTGCTACCAATCAACATTCTTGTGGGAAGTTA
CATCAGTAACATGTTTGAAGACAGGCAAATCCTTTTGACATCTGAGATCATCGTCTTTAT
CGGGATTCTCTTCAGTTTTAATCTGTTTGTTCCATACACCGTACCTCAATACGTAATCTC
TGGTCTAGTAATGTTTGTCGCTGCTGAAGTACTCGAAGGTGTGAACCTATCGTTGTTATC
GAGGGTAATGTCATCGAGGCTATCAAAAGGAACATACAACGGAGGATTGCTGTCGACGGA
AGCTGGAACGTTGGCTAGGGTTGTGGCAGATGCAACCATAACATTGGGAGGATACTTGGG
AAGAAACCACCTCTTGAATGCAACTCTTCTACCATCACTTGTCATCTGCGTTGGCTCCAT
TGTTGCTACTTGTTGTACTTATAACCCTCTCTATTGATATGTTTTTAAGAGATTTTGCTA
CCAAATTTTACAAAAATAGAATAAAAAAAGGGACAGTGTGTGTGTATGATCCTCTCTTTA
TTTGATTATATTTGTGATCATCTACTATGTGATGGTTGAG

QA 6 825 6 825
DS 



AS 1 3

CO CL4253Contig1 665 3 1 U
GCGGAGAAAAAAAATGGATACGATGAAAACAACAAAAGTGAAGTTCACAAAAGAGATGCT
AGACTCTATCAAAGATAAGCTCCCAAGGCTCAGCCTTCTCCTCCTCTTCCTCCGACAATG
CTACGGCGGTTGCGGAGACCGGACTCACCTACTTCCTTGCTCCATCACCACTTCATCCAC
CCGCTTCTGGAACCTCTCTGATCGTCCCGTGGAGCTTCAGATTCGAGTCGGGTCGATCCT
TAAACGCGTCCACACTCTCAAACCGGGACGTTCCAAAAAGCTCAGACACAGTAACCTCCA
CAGAGCCTACGTTCCTGACCAGTAAGGACGTCGATGGTTGTACTACGATGACACGTGTTT
GCCGTACGTATGGGTTCACGAGACGGGTACAGACTTGTCGAAGATGGTGAAGCAACAGTA
CGTGAGTCTTGATGATCTGAGAGATTGCTCGGAGATTAGGATTTTTAAGGATTTACAGAG
AGGTTGTGTCTCTGTTGAGAAGAGAGACAGAGCTTCTGCTTTGTGTTGATTGTGAAATTT
TTCCTTATTGATTACTTCATCTATATAATTATGAGTACTACATATAAGCTAAATATGCAT
TTCATTGTGTGAAACATGATGCATGTATCCATCTATATGCAACTCCATCTCCAGTATTGA
AAAAA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1C379JQ C 199
AF RR1CV03TF U 2
AF RR1C379TF U 1
BS 1 665 RR1C379TF

RD RR1C379JQ 461 0 0
TGATCGTCCCGTGGAGCTTCAGATTCGAGTCGGGTCGATCCTTAAACGCGTCCACACTCT
CAAACCGGGACGTTCCAAAAAGTTCAGACACAGTAACCTCCACAGAGCCTACGTTCCTGA
CCAGTAAGGACGTCGATGGTTGTACTACGATGACACGTGTTTGCCGTACGTATGGGTTCA
CGAGACGGGTACAGACTTGTCGAAGATGGTGAAGCAACAGTACGTGAGTCTTGATGATTT
GAGAGATTGCTCGGAGATTAGGATTTTTAAGGATTTACAGAGAGGTTGTGTTTTTGTTGA
GAAGAGAGACAGAGCTTTTGCTTTGTGTTGATTGTGAAATTTTTCCTTATTGATTACTTC
ATCTATATAATTATGAGTACTACATATAAGCTAAATATGCATTTCATTGTGTGAAACATG
ATGCATGTATCCATCTATATGCAACTCCATTTCCAGTATTG

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR1CV03TF 650 0 0
G
GGAGAAAAAAAATGGATACGATGAAAACAACAAAAGTGAAGTTCACAAAAGAGATGCTAG
ACTCTATCAAAGATAAGCTCCCAAGGCTCAGCCTTCTCCTCCTCTTCCTCCGACAATGCT
ACGGCGGTTGCGGAGACCGGACTCACCTACTTCCTTGCTCCATCACCACTTCATCCACCC
GCTTCTGGAACCTCTCTGATCGTCCCGTGGAGCTTCAGATTCGAGTCGGGTCGATCCTTA
AACGCGTCCACACTCTCAAACCGGGACGTTCCAAAAAGCTCAGACACAGTAACCTCCACA
GAGCCTACGTTCCTGACCAGGAAGGACGTCGATGGTTGTACTACGATGACACGTGTTTGC
CGTACGTATGGGTTCACGAGACGGGTACAGACTTGTCGAAGATGGTGAAGCAACAGTACG
TGAGTCTTGATGATCTGAGAGATTGCTCGGAGATTAGGATTTTTAAGGATTTACAGAGAG
GTTGTGTCTCTGTTGAGAAGAGAGACAGAGCTTCTGCTTTGTGTTGATTGTGAAATTTTT
CCTTATTGATTACTTCATCTATATAATTATGAGTACTACATATAAGCTAAATATGCATTT
CATTGTGTGAAACATGATGCATGTATCCATCTATATGCAACTCCAT
CTC

QA 2 647 2 647
DS 

RD RR1C379TF 665 0 0
GCGGAGAAAAAAAATGGATACGATGAAAACAACAAAAGTGAAGTTCACAAAAGAGATGCT
AGACTCTATCAAAGATAAGCTCCCAAGGCTCAGCCTTCTCCTCCTCTTCCTCCGACAATG
CTACGGCGGTTGCGGAGACCGGACTCACCTACTTCCTTGCTCCATCACCACTTCATCCAC
CCGCTTCTGGAACCTCTCTGATCGTCCCGTGGAGCTTCAGATTCGAGTCGGGTCGATCCT
TAAACGCGTCCACACTCTCAAACCGGGACGTTCCAAAAAGCTCAGACACAGTAACCTCCA
CAGAGCCTACGTTCCTGACCAGTAAGGACGTCGATGGTTGTACTACGATGACACGTGTTT
GCCGTACGTATGGGTTCACGAGACGGGTACAGACTTGTCGAAGATGGTGAAGCAACAGTA
CGTGAGTCTTGATGATCTGAGAGATTGCTCGGAGATTAGGATTTTTAAGGATTTACAGAG
AGGTTGTGTCTCTGTTGAGAAGAGAGACAGAGCTTCTGCTTTGTGTTGATTGTGAAATTT
TTCCTTATTGATTACTTCATCTATATAATTATGAGTACTACATATAAGCTAAATATGCAT
TTCATTGTGTGAAACATGATGCATGTATCCATCTATATGCAACTCCATCTCCAGTATTGA
AAAAA

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 3

CO CL4254Contig1 665 3 8 U
GGATAAATACAAGCTTAGTGTTTTCTCTACATTTAGTGATCAAACAAGTAATATCAATCA
AAAGATGGAAGGCAAAACTGTGATATTAAGTGTTCTCATAATAGGTCTTGTCATGGCGCA
AATTCAAGTAGAAGCAGAAAAGATCTGTTGCCGTAACACTAGAGCTAGAAATACGTTTAA
TTCTTGCACTGCTCAAGGTATCCCCGTGAGCTTCTGTGTACGAATCGTTGATTGCATAAT
ACTTCCTTATAATACATGCCCACCAGAATTTCCCGCGGATCGTCTGGAAAACTCAGCTGA
TGTTGTCAATGAATACTGCAAGTTGGGATGTACGTCCTCTGTGTGCGGTCCTTTGACCAC
TCTCCAAAATTCGGGTGCAAGTGAAATTGGAGATGGAGCCGTTGAAGATTGTGCCAAAGT
ATGTTCTACTTTTTGCACTAATGGCTCTACTAAGCTTGCAATTGAAACTGCCTAAACAAT
CGTACCCTCGAAGATATACCACGTCTAAGTTTGAGAGTGTTGGTCTTGGTCTTTAGAAAG
CGGTCTGCTTGCATTTTAATAAGTTGTTTTTTTGTTGAGAAAAGTGTTTTAATAAGTTTG
TTTCTCGTTTGCATATGTATCGTAGAAGGTTTTAATAATATCATGGAACTAAAGTTTGGT
TAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1GG60TF U 1
AF RR1AN76JQ C 30
AF RR1AN76TF U 5
BS 1 164 RR1GG60TF
BS 165 165 RR1AN76TF
BS 166 218 RR1GG60TF
BS 219 219 RR1AN76TF
BS 220 612 RR1GG60TF
BS 613 613 RR1AN76TF
BS 614 656 RR1GG60TF
BS 657 665 RR1AN76TF

RD RR1GG60TF 656 0 0
GGATAAATACAAGCTTAGTGTTTTCTCTACATTTAGTGATCAAACAAGTAATATCAATCA
AAAGATGGAAGGCAAAACTGTGATATTAAGTGTTCTCATAATAGGTCTTGTCATGGCGCA
AATTCAAGTAGAAGCAGAAAAGATCTGTTGCCGTAACACTAGAGTTAGAAATACGTTTAA
TTCTTGCACTGCTCAAGGTATCCCCGTGAGCTTCTGTGAACGAATCGTTGATTGCATAAT
ACTTCCTTATAATACATGCCCACCAGAATTTCCCGCGGATCGTCTGGAAAACTCAGCTGA
TGTTGTCAATGAATACTGCAAGTTGGGATGTACGTCCTCTGTGTGCGGTCCTTTGACCAC
TCTCCAAAATTCGGGTGCAAGTGAAATTGGAGATGGAGCCGTTGAAGATTGTGCCAAAGT
ATGTTCTACTTTTTGCACTAATGGCTCTACTAAGCTTGCAATTGAAACTGCCTAAACAAT
CGTACCCTCGAAGATATACCACGTCTAAGTTTGAGAGTGTTGGTCTTGGTCTTTAGAAAG
CGGTCTGCTTGCATTTTAATAAGTTGTTTTTTTGTTGAGAAAAGTGTTTTAATAAGTTTG
TTTCTCGTTTGCGTATGTATCGTAGAAGGTTTTAATAATATCATGGAACTAAAGTT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1AN76JQ 632 0 0
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GTGTTCTCATAATAGGTCTTGTCATGGCGCAAATTCAAGTAGAAGCAGAAAAGATCTGTT
GCCGTAACACTAGAGCTAGAAATACGTTTAATTCTTGCACTGCTCAAGGTATCCCCGTGA
GCTTCTGTGTACGAATCGTTGATTGCATAATACTTCCTTATAATACATGCCCACCAGAAT
TTCCCGCGGATCGTTTGGAAAACTCAGCTGATGTTGTCAATGAATACTGCAAGTTGGGAT
GTACGTCCTCTGTGTGCGGTCCTTTGACCACTCTCCAAAATTCGGGTGCAAGTGAAATTG
GAGATGGAGCCGTTGAAGATTGTGCCAAAGTATGTTTTACTTTTTGCACTAATGGCTCTA
CTAAGCTTGCAATTGAAACTGCCTAAACAATCGTACCCTCGAAGATATACCACGTCTAAG
TTTGAGAGTGTTGGTCTTGGTCTTTAGAAAGCGGTCTGCTTGCATTTTAATAAGTTGTTT
TTTTGTTGAGAAAAGTGTTTTAATAAGTTTGTTTTTCGTTTGCATATGTATCGTAGAAGG
TTTTAATAATATCATGGAACTAAAGTT
TGGTT

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1AN76TF 661 0 0
GG
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GGAAGGCAAAACTGTGATATTAAGTGTTCTCATAATAGGTCTTGTCATGGCGCAAATTCA
AGTAGAAGCAGAAAAGATCTGTTGCCGTAACACTAGAGCTAGAAATACGTTTAATTCTTG
CACTGCTCAAGGTATCCCCGTGAGCTTCTGTGTACGAATCGTTGATTGCATAATACTTCC
TTATAATACATGCCCACCAGAATTTCCCGCGGATCGTCTGGAAAACTCAGCTGATGTTGT
CAATGAATACTGCAAGTTGGGATGTACGTCCTCTGTGTGCGGTCCTTTGACCACTCTCCA
AAATTCGGGTGCAAGTGAAATTGGAGATGGAGCCGTTGAAGATTGTGCCAAAGTATGTTC
TACTTTTTGCACTAATGGCTCTACTAAGCTTGCAATTGAAACTGCCTAAACAATCGTACC
CTCGAAGATATACCACGTCTAAGTTTGAGAGTGTTGGTCTTGGTCTTTAGAAAGCGGTCT
GCTTGCATTTTAATAAGTTGTTTTTTTGTTGAGAAAAGTGTTTTAATAAGTTTGTTTCTC
GTTTGCATATGTATCGTAGAAGGTTTTAATAATATCATGGAACTAAAGTTTGGTTAAAA

QA 3 661 3 661
DS 



AS 1 2

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CTGGCAATCTCATGGGATTCGCCAAGAAATGCAAGAAACTCAAGCTTTTCTTGCAAGTAT
CCACAGCTTATGTGAATGGACAAAGACAAGGAATGATCATGGAGAAGCCCTTCTCGATGG
GAGATTGTATAGCAACAGAAAACTTCATGGAAGGTAACAGGAAAGCATTAGACGTGGATA
GAGAAATGAAGCTAGCTCTTGATGCGTCAAGAAAAGGAACTCAAGATCAAGATGAGGCGC
AGAAGATGAAAGATCTCGGTCTAGAGAGGGCAAGATCATATGGATGGCAAGACACGTATG
TTTTCACCAAAGCAATGGGAGAGATGATGATCAATAGCACTAGAGGGGACGTACCTGTGG
TTATCATAAGGCCTAGCGTCATTGAAAGCACCTACAAAGATCCTTTCCCTGGATGGATGG
AAGGAAACAGGATGATGGATCCTATAGTGCTGTGTTATGGAAAGGGACAGCTCACGGGGT
TCTTGGTGGATCCAAAAGGAGTTCTTGATGTGGTTCCTGCTGATATGGTCGTTAATGCGA
CATTAGCTGCTATAGCAAAGCATGGAATGGCTAAGGCAGATCCAGAACCTGAGATAAACG
TGTATCAGATCGCTTCTTCAGCGATAAATCCTCTTGTTTTCAAGGACTTAGCTGAGCTTC
TTTATAACCATTACAAATCCACGCCGTGCATGGACTCGAAAGTGTTCCTATCAGGTGCCT
TTGATGAAGCTTTTCGACTCAGTTGATGATTTCTCGGATCATTTGTGGAGAGATGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E059TF U 1
AF RR1ER67TF U 164
BS 1 244 RR1E059TF
BS 245 245 RR1ER67TF
BS 246 436 RR1E059TF
BS 437 437 RR1ER67TF
BS 438 733 RR1E059TF
BS 734 838 RR1ER67TF

RD RR1E059TF 733 0 0
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TGTATCAGATCGCTTCTTCAGCGATAAATCCTCTTGTTTTCAAGGACTTAGCTGAGCTTC
TTTATAACCATTA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1ER67TF 675 0 0
GG
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GGCAAGACACGTATGTTTTCACCAAAGCAATGTGAGAGATGATGATCAATAGCACTAGAG
GGGACGTACCTGTGGTTATTATAAGGCCTAGCGTCATTGAAAGCACCTACAAAGATCCTT
TCCCTGGATGGATGGAAGGAAACAGGATGATGGATCCTATAGTGCTGTGTTATGGAAAGG
GACAGCTCACGGGGTTCTTGGTGGATCCAAAAGGAGTTCTTGATGTGGTTCCTGCTGATA
TGGTCGTTAATGCGACATTAGCTGCTATAGCAAAGCATGGAATGGCTAAGGCAGATCCAG
AACCTGAGATAAACGTGTATCAGATCGCTTCTTCAGCGATAAATCCTCTTGTTTTCAAGG
ACTTAGCTGAGCTTCTTTATAACCATTACAAATCCACGCCGTGCATGGACTCGAAAGTGT
TCCTATCAGGTGCCTTTGATGAAGCTTTTCGACTCAGTTGATGATTTCTCGGATCATTTG
TGGAGAGATGCTC

QA 3 675 3 675
DS 



AS 1 3

CO CL4256Contig1 1151 3 10 U
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AGAGCTTTCAGCTCCGGTGGTCGGAGGAGGTTCTGTAATCCGACACCGGAGGCTTTCTTC
TTTATATCTCATGTTTTATCTTTGCTTCTTCTCCTCACTATCCCTCTGTCGGTGATATAC
TGAGGATTGTGGTTAGGCTCAACGGTGGGTTTCTTCGGATTGGTTTCGGAGCGGTTTAGA
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GAAGTCGGCTTTTGGGTGAAAGTTTCAATAGATCACGTCTTTCCCCTTTCTAGATCTACT
CGGTTTCGTTGGATGTGAAGGCGCGTGAGGGTAAGGGACTTCCTCTCTCCTTTGTTCTTT
CTCGGTGTTGATTATCCGGAGCTGTTGCTTCGTTGTGGAGTGGAGCGTAGAGGTTACTTT
CAGGTCGGGGCTTGGTGTCTTGCGTTGATGGAAAGGCATGTTCTTGCACAAGGGAGACTT
GAGTTTTGCGAGCTCATCTCTAGTTTTGATAGGAGCGGAAGGAGATAGATGTTTATTGGA
GCTAATGTGTCATTGTTGGTCGTTTGTTGTGAT**TGCTGGATTTGGAGTGGTTATTAAC
TGGTTACTGGCTGTGTGAATAAGACGTCGGAAAGTTTTTATAGGCTTTGCCGTGGTGGAG
TGATGGTGCGTATGAGGCGCGTGGAAAGCCCATTCAAGGTCCAACGGCGAGTTTTAGTTG
GGATTGGAGGGTTTCACAGCGACGGTTAAAGGATTCTAACCCTCTCGATTCAGTTTATGT
GTTGGTGATGTTCATATGCTTCCAATCTATCGCGTTGCTCTTCTCAACTGGTGTTAATTG
CTTATGAGTTCTCGTTTGGTAAGTTCGTCTTTGAGAGCAGGGTTGTGCTTTCTTCTTCTG
ATGTTCTGTTTTACCTCCATGTCTCTTGACATCCTTTTTCTTCTTTGTCTTTGTTAGCTT
TAAAAGTTTGTGTTACGTCTGTTTCATGGCTCCGGGTGGTATATGTTACCTCGCCGGCTC
TTGGCTCTGTTTAGGGTATGCAAACCCGATGTGTAAATGCTGTTGGATCTAATATTAATC
TACCAGATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CM29TF U 1
AF RR1EM25TF U 170
AF RR1CM29JQ C 416
BS 1 334 RR1CM29TF
BS 335 335 RR1EM25TF
BS 336 688 RR1CM29TF
BS 689 689 RR1CM29JQ
BS 690 764 RR1EM25TF
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BS 790 794 RR1EM25TF
BS 795 1151 RR1CM29JQ

RD RR1CM29TF 697 0 0
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AGAGCTTTCAGCTCCGGTGGTCGGAGGAGGTTCTGTAATCCGACACCGGAGGCTTTCTTC
TTTATATCTCATGTTTTATCTTTGCTTCTTCTCCTCACTATCCCTCTGTCGGTGATATAC
TGAGGATTGTGGTTAGGCTCAACGGTGGGTTTCTTCGGATTGGTTTCGGAGCGGTTTAGA
TCCACCGCCAGTGACCTTGTTCTGGAGTCCAGTGAGTCGGCGAGGGTTCTGTTGGCAGAA
GAAGTCGGCTTTTGGGTGAAAGTTTCAATAGATCTCGTCTTTCCCCTTTCTAGATCTACT
CGGTTTCGTTGGATGTGAAGGCGCGTGAGGGTAAGGGACTTCCTCTCTCCTTTGTTCTTT
CTCGGTGTTGATTATCCGGAGCTGTTGCTTCGTTGTGGAGTGGAGCGTAGAGGTTACTTT
CAGGTCGGGGCTTGGTGTCTTGCGTTGATGGAAAGGCATGTTCTTGCACAAGGGAGACTT
GAGTTTTGCGAGCTCATCTCTAGTTTTGATAGGAGCGGAAGGAGATAGATGTTTATTGGA
GCTAATGTGTCATTGTTGGTCGTTTGTTGTGAT**TGCTGGATTTGGAGTGGTTATTAAC
TGGTTACTGGCTGTGTGAATAAGACGTC
GAAGTTTTT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1EM25TF 625 0 0
G
GGTGATATACTGAGGATTGTGGTTAGGCTCAACGGTGGGTTTCTTCGGATTGGTTTCGGA
GCGGTTTAGATCCACCGCCAGTGACCTTGTTCTGGAGTCCAGTGAGTCGGCGAGGGTTCT
GTTGGCAGAAGAAGTCGGCTTT*GGGTGAAAGTTTCAATAGATCACGTCTTTCCCCTTTC
TAGATCTACTCGGTTTCGTTGGATGTGAAGGCGCGTGAGGGTAAGGGACTTCCTCTCTCC
TTTGTTCTTTCTCGGTGTTGATTATCCGGAGCTGTTGCTTCGTTGTGGAGTGGAGCGTAG
AGGTTACTTTCAGGTCGGGGCTTGGTGTCTTGCGTTGATGGAAAGGCATGTTCTTGCACA
AGGGAGACTTGAGTTTTGCGAGCTCATCTCTAGTTTTGATAGGAGCGGAAGGAGATAGAT
GTTTATTGGAGCTAATGTGTCATTGTTGGTCGTTTGTTGTGATAGTGCTGGATTTGGAGT
GGTTATTAACTGGTTACTGGCTGTGTGAATAAGACGTCTGAAAGTTTTTATAGGCTTTGC
CGTGGTGGAGTGATGGTGCGTATGAGGCGCGTGGAAAGCCCATTCAAGGTCCAATGGCGA
GTTTTAGTTGGGATTGGATGGTTT

QA 2 625 2 625
DS 

RD RR1CM29JQ 736 0 0
TCTTTCTCGGTGTTGATTATCCGGAGCTGTTGCTTCGTTGTGGAGTGGAGCGTAGAGGTT
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GACTTGAGTTTTGCGAGCTCATCTCTAGTTTTGATAGGAGCGGAAGGAGATAGATGTTTA
TTGGAGCTAATGTGTCATTGTTGGTCGTTTGTTGTGAT**TGCTGGATTTGGAGTGGTTA
TTAACTGGTTACTGGCTGTGTGAATAAGACGTCGGAAAGTTTTTATAGGTTTTGCCGTGG
TGGAGTGATGGTGCGTATGAGGCGCGTGGAAAGCCCATTCAAGGTCCAACGGCGAGTTTT
AGTTGGGATTGGAGGGTTTCACAGCGACGGTTAAAGGATTCTAACCCTCTCGATTCAGTT
TATGTGTTGGTGATGTTCATATGCTTCCAATCTATCGCGTTGCTCTTCTCAACTGGTGTT
AATTGCTTATGAGTTCTCGTTTGGTAAGTTCGTCTTTGAGAGCAGGGTTGTGCTTTCTTC
TTCTGATGTTCTGTTTTACCTCCATGTCTCTTGACATCCTTTTTCTTCTTTGTCTTTGTT
AGCTTTAAAAGTTTGTGTTACGTCTGTTTCATGGCTCCGGGTGGTATATGTTACCTCGCC
GGCTCTTGGCTCTGTTTAGGGTATGCAAACCCGATGTGTAAATGCTGTTGGATCTAATAT
TAATCTACCAGATGAC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 3

CO CL4257Contig1 859 3 5 U
TTGTTTTCTGAGCCCTGAAATACTGAATCCATAATAGAATATTAATTTCACAAAACGGTC
TCAACTTTAATCAGAACTGATTTACACTTGGTTCCATTTTTTTCTATGTAAAGTGATGAT
CAATAAATCATTATAAAAAAACTGTAAAAACTTCATTACAAGATTCTTCTTCTTTCAGCT
AATTTTCAACGATCAGCATCAGTGATGTTCTTGTTGTTCCTCGTTGTTGTCCAATGCAGA
CTTATCCATCTCATCATCAGAATCAATCACGTTTTCAAAGTCATAAAACGGATTCGCCTT
TGGTCGTGGAGTAACTGCTTCAAAACTTCTAAACTGAGGATCAGAGAAGTCAGGAGCTTG
CAGTATAATATAAGCTCCTTTGTTTCTATACCTATCTTTCGTCGCCTGGAACTGTGGATA
GTCTGGAGCACTGAAGATAGTGATAAGCTTTCCAGATTCAACATTGTGATCTATTGTATA
TCCTATGTCCATTCCACCTAAGCCATCTCTCTTCTCTCTAGCATCTGGACCTTCATGTGA
TCTTATGATTAACTTTAGTTCATACTTCTTCAAAAACTCCTCTGTACAATCAGGACCCCA
AAGAAGACCAATGCCTCTTTGTTCATTCGGCGCAAGTCCAGGACTCATGGAAGGATCAGA
CCACAGAACATCTCCGGGGATCAAGTTAGAACCCTCCCAAGGAGGATCAAGAACCGATCT
TCTCGCTTGCATCAAATCTTCCAAAGTACCGAGTTTCAAAGAGCTCGTCTCAGGCTCAAG
AAGACGCACCCGGCGGTTCTTTTTGCCCCTCGTTCTCTTGGGCAACACCGGGCTGCGGAA
AAGTCCTCCGTGTGCAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C850TF C 1
AF RR1C850JQ U 7
AF RR1FD50JQ U 108
BS 1 6 RR1C850TF
BS 7 105 RR1C850JQ
BS 106 106 RR1C850TF
BS 107 664 RR1C850JQ
BS 665 859 RR1FD50JQ

RD RR1C850TF 664 0 0
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TCAACTTTAATCAGAACTGATTTACACTTGGTTCCATTTTTTTCTATGTAAAGTGATGAT
CAATAAATCATTATAAAAAAACTGTAAAAACTTCATTACAAGATTCTTCTTCTTTCAGCT
AATTTTCAACGATCAGCATCAGTGATGTTCTTGTTGTTCCTCGTTGTTGTCCAATGCAGA
CTTATCCATCTCATCATCAGAATCAATCACGTTTTCAAAGTCATAAAACGGATTCGCCTT
TGGTCGTGGAGTAACTGCTTCAAAACTTCTAAACTGAGGATCAGAGAAGTCAGGAGCTTG
CAGTATAATATAAGCTCCTTTGTTTCTATACCTATCTTTCGTCGCCTGGAACTGTGGATA
GTCTGGAGCACTGAAGATAGTGATAAGCTTTCCAGATTCAACATTGTGATCTATTGTATA
TCCTATGTCCATTCCACCTAAGCCATCTCTCTTCTCTCTAGCATCTGGACCTTCATGTGA
TCTTATGATTAACTTTAGTTCATACTTCTTCAAAAACTCCTCTGTACAATCAGGACCCCA
AAGAAGACCAATGCCTCTTTGTTCATTCGGCGCAAGTCCAGGACTCATGGAAGGATCAGA
CCAC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1C850JQ 658 0 0
TCTGAGCCCTGAAATACTGAATCCATAATAGAATATTAATTTCACAAAACGGTCTCAACT
TTAATCAGAACTGATTTACACTTGGTTCCATTTTTTTCTTTGTAAAGTGATGATCAATAA
ATCATTATAAAAAAACTGTAAAAACTTCATTACAAGATTCTTCTTCTTTCAGCTAATTTT
CAACGATCAGCATCAGTGATGTTCTTGTTGTTCCTCGTTGTTGTCCAATGCAGACTTATC
CATCTCATCATCAGAATCAATCACGTTTTCAAAGTCATAAAACGGATTCGCCTTTGGTCG
TGGAGTAACTGCTTCAAAACTTCTAAACTGAGGATCAGAGAAGTCAGGAGCTTGCAGTAT
AATATAAGCTCCTTTGTTTCTATACCTATCTTTCGTCGCCTGGAACTGTGGATAGTCTGG
AGCACTGAAGATAGTGATAAGCTTTCCAGATTCAACATTGTGATCTATTGTATATCCTAT
GTCCATTCCACCTAAGCCATCTCTCTTCTCTCTAGCATCTGGACCTTCATGTGATCTTAT
GATTAACTTTAGTTCATACTTCTTCAAAAACTCCTCTGTACAATCAGGACCCCAAAGAAG
ACCAATGCCTCTTTGTTCATTCGGCGCAAGTCCAGGACTCATGGAAGGATCAGACCAC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1FD50JQ 752 0 0
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TCTTCTTTCAGCTAATTTTCAACGGTCAGCATCAGTGATGTTCTTGTTGTTCCTCGTTGT
TGTCCAATGCAGACTTATCCATCTCATCATCGGAATCAATCACGTTTTCAAAGTCATAAA
ACGGATTCGCCTTTGGTCGTGGAGTAACTGCTTCAAAACTTCTAAACTGAGGATCAGAGA
AGTCAGGAGCTTGCAGTATAATATAAGCTCCTTTGTTTCTATACCTATCTTTCGTCGCCT
GGAACTGTGGATAGTCTGGAGCACTGAAGATAGTGATAAGCTTTCCAGATTCAACATTGT
GATCTATTGTATATCCTATGTCCATTCCACCTAAGCCATCTCTCTTCTCTCTAGCATCTG
GACCTTCATGTGATCTTATGATTAACTTTAGTTAATACTTCTTCAAAAACTCCTCTGTAC
AATCAGGACCCCAAAGAAGACCAATGCCTCTTTGTTCATTCGGCGCAAGTCCAGGACTCA
TGGAAGGATCAGACCACAGAACATCTCCGGGGATCAAGTTAGAACCCTCCCAAGGAGGAT
CAAGAACCGATCTTCTCGCTTGCATCAAATCTTCCAAAGTACCGAGTTTCAAAGAGCTCG
TCTCAGGCTCAAGAAGACGCACCCGGCGGTTCTTTTTGCCCCTCGTTCTCTTGGGCAACA
CCGGGCTGCGGAAAAGTCCTCCGTGTGCAGTG

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

CO CL4258Contig1 815 3 4 U
GGATATAACTCAAGCTTTTGTACTTTACTTTATCATCTGTCTCTTAGTTACGGAACCAAC
AATGAATTTATTAAACACCAAATGCATCTTCTTCTTACAACAACCAAAGCAGAGTATCAT
AACTTTCTCTTCTTCCTTATCTTTCAATGCAAAGCTTAGTTTAGATTCTTCTAGAACCAA
TTTTCAGATGTCTTGCCTAATCTCCGGCCAGTCCTTTCGCCGTCCGGGGAAACGTTTCAT
AGTCTCCAATGCTGCTTCTCCTTCTCTCTCTGGCTCCCCAGATCAATTTATTGATGGTGG
AGCCAAGACCAAAGAGGAGACGATAGCTGAAACAGAGCAGGATCCAGTGAACTTAGCTGA
TCCAGACAGCTGTTTCTGTGAGTTTCAAGGTGTTAGCATACACCACAAAGTGTTCGATCC
ACAGTCACTCTCTGATGAAGCTCCACCAGTCACAAGCGTCGGTGCTCAAGTCGAGTTCCC
AATGATCCTGTTGCACGGCTTTGGCGCTTCTGTGTTCTCCTGGAACAGAGTCATGAAGCC
TTTAGCTCGCCTCGTCCGTTCGAAAGTTCTCGCCTTTGACCGACCCGCGTTTGGATTGAC
TTCTCGGATCCTTCACCCGTTCAGTGGTGGTGCCACCAACGACGCAAAACCGTTGAATCC
CTACTCCATGGTGTATTCCGTGCTAACCACGTTGTATTTCATCGATGTTCTTGCAGCCGA
GAAGCCATTCTTGTAGGGATTCTGCAGTTGCCTTGTAGCTGTTGATCTTACTTTGAGCTC
CAGAGCGTGTTGCTGCACTCATCTCATCGCTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DT30TF U 1
AF RR1C832TF U 97
AF RR1CM45TF U 35
BS 1 402 RR1DT30TF
BS 403 403 RR1CM45TF
BS 404 682 RR1DT30TF
BS 683 815 RR1CM45TF

RD RR1DT30TF 682 0 0
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AATGAATTTATTAAACACCAAATGCATCTTCTTCTTACAACAACCAAAGCAGAGTATCAT
AACTTTCTCTTCTTCCTTATCTTTCAATGCAAAGCTTAGTTTAGATTCTTCTAGAACCAA
TTTTCAGATGTCTTGCCTAATCTCCGGCCAGTCCTTTCGCCGTCCGGGGAAACGTTTCAT
AGTCTCCAATGCTGCTTCTCCTTCTCTCTCTGGCTCCCCAGATCAATTTATTGATGGTGG
AGCCAAGACCAAAGAGGAGACGATAGCTGAAACAGAGCAGGATCCAGTGAACTTAGCTGA
TCCAGACAGCTGTTTCTGTGAGTTTCAAGGTGTTAGCATACATCACAAAGTGTTCGATCC
ACAGTCACTCTCTGATGAAGCTCCACCAGTCACAAGCGTCGGTGCTCAAGTCGAGTTCCC
AATGATCCTGTTGCACGGCTTTGGCGCTTCTGTGTTCTCCTGGAACAGAGTCATGAAGCC
TTTAGCTCGCCTCGTCCGTTCGAAAGTTCTCGCCTTTGACCGACCCGCGTTTGGATTGAC
TTCTCGGATCCTTCACCCGTTCAGTGGTGGTGCCACCAACGACGCAAAACCGTTGAATCC
CTACTCCATGGTGTATTCCGTG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1C832TF 623 0 0
GG
AACAACCAAAGCAGAGTATCATAACTTTCTCTTCTTCCTTATCTTTCAATGCAAAGCTTA
GTTTAGATTCTTCTAGAACCAATTTTCAGATGTCTTGCCTAATCTCCGGCCAGTCCTTTC
GCCGTCCGGGGAAATGTTTCATAGTCTCCAATGCTGCTTCTCCTTCTCTCTCTGGCTCCC
CAGATCAATTTATTGATGGTGGAGCCAAGACCAAAGAGGAGACGATAGCTGAAACAGAGC
AGGATCCAGTGAACTTAGCTGATCCAGACAGCTGTTTCTGTGAGTTTCAAGGTGTTAGCA
TACACCACAAAGTGTTCGATCCACAGTCACTCTCTGATGAAGCTCCACCAGTCACAAGCG
TCGGTGCTCAAGTCGAGTTCCCAATGATCCTGTTGCACGGCTTTGGCGCTTCTGTGTTCT
CCTGGAACAGAGTCATGAAGCCTTTAGCTCGCCTCGTCCGTTCGAAAGTTCTCGCCTTTG
ACCGACCCGCGTTTGGATTGACTTCTCGGATCCTTCACCCGTTCAGTGGTGGTGCCACCA
ACGACGCAAA*CCGTTGAATCCCTACTCCATGGTGTATTCCGTGCTAACCACGTTGTATT
TCATCGATGTTCTTGCAGCCG

QA 3 623 3 623
DS 

RD RR1CM45TF 781 0 0
GG
CTGTCTCTTAGTTACGGAACCAACAATGAATTTATTAAACACCAAATGCATCTTCTTCTT
ACAACAACCAAAGCAGAGTATCATAACTTTCTCTTCTTCCTTATCTTTCAATGCAAAGCT
TAGTTTAGATTCTTCTAGAACCAATTTTCAGATGTCTTGCCTAATCTCCGGCCAGTCCTT
TCGCCGTCCGGGGAAACGTTTCATAGTCTCCAATGCTGCTTCTCCTTCTCTCTCTGTCTC
CCCAGATCAATTTATTGATGGTGGAGCCAAGACCAAAGAGGAGACGATAGCTGAAACAGA
GCAGGATCCAGTGAACTTAGCTGATCCAGACAGCTGTTTCTGTGAGTTTCAAGGTGTTAG
CATACACCACAAAGTGTTCGATCCACAGTCACTCTCTGATGAAGCTCCACCAGTCACAAG
CGTCGGTGCTCAAGTCGAGTTCCCAATGATCCTGTTGCACGGCTTTGGCGCTTCTGTGTT
CTCCTGGAACAGAGTCATGAAGCCTTTAGCTCGCCTCGTCCGTTCGAAAGTTCTCGCCTT
TGACCGACCCGCGTTTGGATTGACTTCTCGGATCCTTCACCCGTTCAGTGGTGGTGCCAC
CAACGACGCAAAACCGTTGAATCCCTACTCCATGGTGTATTCCGTGCTAACCACGTTGTA
TTTCATCGATGTTCTTGCAGCCGAGAAGCCATTCTTGTAGGGATTCTGCAGTTGCCTTGT
AGCTGTTGATCTTACTTTGAGCTCCAGAGCGTGTTGCTGCACTCATCTCATCGCTCAGC

QA 3 781 3 781
DS 



AS 1 3

CO CL4259Contig1 497 3 2 U
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GGTTTAACATCAACTCACAGCTTGAACATCTTCAAGCCAAGTATGTTGGTACTGGCCATG
CTGATTTGAGCAGATTTGAATGGGCTGTGAACATTCAGCGTGACAGTTATGCTTCCTACA
TTGGTCACTACCCCATGCTTGCTTACTTTGCTATCGCTGAGAACGAGTCCATTGGACGTG
AACGCTACAACTTCATGCAGAAAATGCTTCTACCTTGTGGCCTTCCTCCAGAAAGAGAAG
ACGACTAAAGAGAGAGAGCTTGCAAGTGCTGTGTCGCAACTCTAATCAGAACCAAAAATA
AATAAAAAGACTATCTTTCTACTGCATTCTGTCCTAATGCATTCATGTATTGAACCGTAT
AAAACTCTCTCTCTCTCTGGCTCTCCCATTGTGTAAACCAAATTGTTTTTAATTCAATGA
AAAATTCTATGCTTTTT


BQ
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AF RR1EO28JQ C 1
AF RR1EO28TF U 1
AF RR1EP12TF U 24
BS 1 494 RR1EO28TF
BS 495 497 RR1EO28JQ

RD RR1EO28JQ 497 0 0
GGGAATCAACTTCAGAAGAGCTCTTGCGAACTTAGGATCTGAAGATGCAGGCAAGTGATA
GGTTTAACATCAACTCACAGCTTGAACATTTTCAAGCCAAGTATGTTGGTACTGGCCATG
CTGATTTGAGCAGATTTGAATGGGCTGTGAACATTCAGCGTGACAGTTATGCTTCCTACA
TTGGTCACTACCCCATGCTTGCTTACTTTGCTATCGCTGAGAACGAGTCCATTGGACGTG
AACGCTACAACTTCATGCAGAAAATGCTTTTACCTTGTGGCCTTCCTCCAGAAAGAGAAG
ACGACTAAAGAGAGAGAGCTTGCAAGTGCTGTGTCGCAACTCTAATCAGAACCAAAAATA
AATAAAAAGACTATCTTTTTACTGCATTCTGTCCTAATGCATTCATGTATTGAACCGTAT
AAAACTCTCTCTCTCTCTGGCTCTCCCATTGTGTAAACCAAATTGTTTTTAATTCAATGA
AAAATTCTATGCTTTTT

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1EO28TF 497 0 0
GGGAATCAACTTCAGAAGAGCTCTTGCGAACTTAGGATCTGAAGATGCAGGCAAGTGATA
GGTTTAACATCAACTCACAGCTTGAACATCTTCAAGCCAAGTATGTTGGTACTGGCCATG
CTGATTTGAGCAGATTTGAATGGGCTGTGAACATTCAGCGTGACAGTTATGCTTCCTACA
TTGGTCACTACCCCATGCTTGCTTACTTTGCTATCGCTGAGAACGAGTCCATTGGACGTG
AACGCTACAACTTCATGCAGAAAATGCTTCTACCTTGTGGCCTTCCTCCAGAAAGAGAAG
ACGACTAAAGAGAGAGAGCTTGCAAGTGCTGTGTCGCAACTCTAATCAGAACCAAAAATA
AATAAAAAGACTATCTTTCTACTGCATTCTGTCCTAATGCATTCATGTATTGAACCGTAT
AAAACTCTCTCTCTCTCTGGCTCTCCCATTGTGTAAACCAAATTGTTTTTAATTCAATGA
AAAATTCTATGCTT
TTT

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1EP12TF 471 0 0
GG
GCGAACTTAGGATCTGAAGATGCAGGCAAGTGATGGGTTTAACATCAACTCACAGCTTGA
ACATCTTCAAGCCAAGTATGTTGGTACTGGCCATGCTGATTTGAGCAGATTTGAATGGGC
TGTGAACATTCAGCGTGACAGTTATGCTTCCTACATTGGTCACTACCCCATGCTTGCTTA
CTTTGCTATCGCTGAGAACGAGTCCATTGGACGTGAACGCTACAACTTCATGCAGAAAAT
GCTTCTACCTTGTGGCCTTCCTCCAGAAAGAGAAGACGACTAAAGAGAGAGAGCTTGCAA
GCGCTGTGTCGCAACTCTAATCAGAACCAAAAATAAATAAAAAGACTATCTTTCTACTGC
ATTCTGTCCTAATGCATTCATGTAT*GAACCGTATAAAACTCTCTCTCTCT**GGCCCTC
CCATTGTGTAAACCAAATTGTTTTTAATTCAATGAAAAATTCTATGCTT

QA 3 471 3 471
DS 



AS 1 3

CO CL4260Contig1 816 3 9 U
GGGCGTTCAATCTGTAAAAACCAATTGGTTCTGTCCTCTCTCGCGCTCACCCTCGCCACT
CGCCGTCACCTTCACCGTCACCGTGACTCACGGGCAAGGTTATGAACTTATGATACAGTT
CTGGACACGACCGACCGAGTAATGGAGGAGGGACGTCAAAAGGAGTTGCAGTTTTTGGAA
GAAATCATCGATAAAGGTTTAAAACAGAAGCTTTTACAGACTATTGCTTCTCGTGACAAC
ATCTTTGAAGATCAAAAAGCACTCTCTGGTTTGCGGAAAAACCTTGAAACTCTGGAGAAA
AATGGTGTAAACAGTCTCAAAACGAAGGTCAACCTCGGTTCAGAAGTTTACATGCAAGCT
GAAGTGCCAGATACAAGGCACATATTCATGGATGTAGGGCTCGGCTTTTATGTGGAGTTT
ACCCGGCAAGAAGCTCTTGACTATATTCCACAAAGGGAGGAAAGAGTTCAAAAACAATTA
GAAGAGGTAACTGGTGTAATTGCGCAGATCAAAGGGCGCATCAAGCTGGCTCATCACCAG
ATTCAGCTAATACTAAATCTTACAGACGAGAATCCATCATCATACAGGCAACATGCGTTT
CGGTACTGATCATGGGG*AGAGAAAAACAAAAGAAGATTGTTATTGCCCTCTCTCTGTTG
ATTGGGTTTTGCAAACCCCCTGTTTTGTCTTTTTTTCTGTAAACATGAGATGTTCTAGTG
AATGAAACTCATCGAGCGTATACTATATAACGAGTTAGATACATACACTTGCGTATATAT
ATATGATCGTTGTTTAGAGTGAAATACTATTTAAAC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW19JQ C 312
AF RR1GW19TF U 38
AF RR1B885TF U 1
BS 1 439 RR1B885TF
BS 440 440 RR1GW19TF
BS 441 617 RR1B885TF
BS 618 618 RR1GW19TF
BS 619 651 RR1B885TF
BS 652 652 RR1GW19TF
BS 653 680 RR1B885TF
BS 681 681 RR1GW19TF
BS 682 816 RR1B885TF

RD RR1GW19JQ 451 0 0
CAGTCTCAAAACGAAGGTCAACCTCGGTTCAGAAGTTTACATGCAAGCTGAAGTGCCAGA
TACAAGGCACATATTCATGGATGTAGGGTTCGGCTTTTATGTGGAGTTTACCCGGCAAGA
AGCTCTTGACTATATTCCACAAAGGGAGGAAAGAGTTCAAAAACAATTAGAAGAGGTAAC
TGGTGTAATTGCGCAGATCAAAGGGCGCATCAAGCTGGCTCATCACCAGATTCAGCTAAT
ACTAAATCTTACAGACGAGAATCCATCATCATACAGGCAACATGCGTTTCGGTACTGATC
ATGGGG*AGAGAAAAACAAAAGAAGATTGTTATTGCCCTCTCTCTGTTGATTGGGTTTTG
CAAACCCCCTGTTTTGTCTTTTTTTCTGTAAACATGAGATGTTCTAGTGAATGAAACTCA
TCGAGCGTATACTATATAACGAGTTAGATAC

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1GW19TF 725 0 0
GG
CTCGCGCTCACCCTCGCCACTCGCCGTCACCTTCACCGTCACCGTGACTCACGGGCAAGG
TTATGAACTTATGATACAGTTCTGGACACGACCGACCGAGTAATGGAGGAGGGACGTCAA
AAGGAGTTGCAGTTTTTGGAAGAAATCATCGATAAAGGTTTAAAACAGAAGCTTTTACAG
ACTATTGCTTCTCGTGACAACATCTTTGAAGATCAAAAAGCACTCTCTGGTTTGCGGAAA
AACCTTGAAACTCTGGAGAAAAATGGTGTAAACAGTCTCAAAACGAAGGTCAACCTCGGT
TCAGAAGTTTACATGCAAGCTGAAGTGCCAGATACAAGGCACATATTCATGGATGTAGGG
CTCGGCTTTTATGTGGAGTTTACCCGGCAAGAAGCTCTTGACTATATTCCACAAAGGGAG
GAAAGAGTTCAAAAACAATTAGAAGAGGTAACTGGTGTAATTGCGCAGATCAAAGGGCGC
ATCAAGCTGGCTCATCACCAGATTCAGCTAATACTAAATCTTACAGACGAGAATCCATCA
TCATACAGGCAACATGCGTTTCGGTACTGATCATGGGG*AGAGAAAAACAAAAGAAGATT
GTTATTGCCCTCTCTCTGTTGATTGGGTTTTGCAA*CCCCCTGTTTTGTCTTTTTTTCTG
TAAACATGAGATGTTCTAGTGAATGAAACTCATCGAGCGTATACTATATAACGAGTTAGA
TAC

QA 3 725 3 725
DS 

RD RR1B885TF 816 0 0
GGGCGTTCAATCTGTAAAAACCAATTGGTTCTGTCCTCTCTCGCGCTCACCCTCGCCACT
CGCCGTCACCTTCACCGTCACCGTGACTCACGGGCAAGGTTATGAACTTATGATACAGTT
CTGGACACGACCGACCGAGTAATGGAGGAGGGACGTCAAAAGGAGTTGCAGTTTTTGGAA
GAAATCATCGATAAAGGTTTAAAACAGAAGCTTTTACAGACTATTGCTTCTCGTGACAAC
ATCTTTGAAGATCAAAAAGCACTCTCTGGTTTGCGGAAAAACCTTGAAACTCTGGAGAAA
AATGGTGTAAACAGTCTCAAAACGAAGGTCAACCTCGGTTCAGAAGTTTACATGCAAGCT
GAAGTGCCAGATACAAGGCACATATTCATGGATGTAGGGCTCGGCTTTTATGTGGAGTTT
ACCCGGCAAGAAGCTCTTGTCTATATTCCACAAAGGGAGGAAAGAGTTCAAAAACAATTA
GAAGAGGTAACTGGTGTAATTGCGCAGATCAAAGGGCGCATCAAGCTGGCTCATCACCAG
ATTCAGCTAATACTAAATCTTACAGACGAGAATCCATCATCATACAGGCAACATGCGTTT
CGGTACTGATCATGGGGGAGAGAAAAACAAAAGAAGATTGTTATTGCCCTCCCTCTGTTG
ATTGGGTTTTGCAAACCCCCCGTTTTGTCTTTTTTTCTGTAAACATGAGATGTTCTAGTG
AATGAAACTCATCGAGCGTATACTATATAACGAGTTAGATACATACACTTGCGTATATAT
ATATGATCGTTGTTTAGAGTGAAATACTATTTAAAC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 3

CO CL4261Contig1 678 3 7 U
GGGCAAACTGTAAATAGGATGGCCGCGTCGCTTCCTACCACTTTATGTCTTAGCCATGGC
GATGAGTGTTGCAGACGTTCACCCAACCAAGGCTATGCCCTTGCCGTGAAGAGGAACCTA
ATGGGTCACTCGCTGCACTACGAGCGTAATACAGTGAGGAGATTGGTCGTGACGGCTGCG
ACTGAAGGATCTAGAAAATCTAAAGAGAGTCAACCATCGTGGGCGAATCCTGACTCAGAT
GAGCCACCTCCTTGGGCCAGAGAGGAAGGTCGTTCTTCTACGTCCCCAGAGAGCATTGAG
GTTCCCTTCTATGTTTATCTGCTAGCCTCAGCAATCACTGCCATTGCTGCTATCGGTTCT
GTATTTGAGTACTCGAGTAAGAATCCAGTGTTCGGGGTGTTGGACTCTGACAGTATCTTT
TATACTCCTGTGCTTGGGTTCTTTGCATTTACTGGAATCCCCACTTCTGTATTCTTATGG
TTCAAATCCGTTGAAGCTGCTAATAAGGAAGCTGCAGAACAAGATAAAAGAGATGGATAC
CGTTAAAACTCTTTGTGCTTTTTGCAACTTATACAGTGATTGTTGTTGTCCTCCTCCCTC
CACATACTTATGAAGATCATTCTGCATTTGTTTAAAGGACCTTGCTTCTGTTTCATACAC
TTGACTATATAATACCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP80TF U 165
AF RR1FR09TF U 1
AF RR1FR09JQ C 1
BS 1 164 RR1FR09TF
BS 165 236 RR1BP80TF
BS 237 237 RR1FR09TF
BS 238 296 RR1BP80TF
BS 297 297 RR1FR09TF
BS 298 633 RR1BP80TF
BS 634 678 RR1FR09JQ

RD RR1BP80TF 474 0 0
GGTCGTGACGGCTGCGACTGAAGGATCTAGAAAATCTAAAGAGAGTCAACCATCGTGGGC
GAATCCTGACTCGGATGAGCCACCTCCTTGGGCCAGAGAGGAAGGTCGTTCTTCTACGTC
CCCAGAGAGCATCGAGGTTCCCTTCTATGTTTATCTGCTAGCCTCAGCAATCACTGCCAT
TGCTGCTATCGGTTCTGTATTTGAGTACTCGAGTAAGAATCCAGTGTTCGGGGTGTTGGA
CTCTGACAGTATCTTTTATACTCCTGTGCTTGGGTTCTTTGCATTTACTGGAATCCCCAC
TTCTGTATTCTTATGGTTCAAATCCGTTGAAGCTGCTAATAAGGAAGCTGCAGAACAAGA
TAAAAGAGATGGATACCGTTAAAACTCTTTGTGCTTTTTGCAACTTATACAGTGATTGTT
GTTGTCCTCCTCCCTCCACATACTTATGAAGATCATTCTGCATTTGTTT
AAAGG

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR1FR09TF 633 0 0
GGGCAAACTGTAAATAGGATGGCCGCGTCGCTTCCTACCACTTTATGTCTTAGCCATGGC
GATGAGTGTTGCAGACGTTCACCCAACCAAGGCTATGCCCTTGCCGTGAAGAGGAACCTA
ATGGGTCACTCGCTGCACTACGAGCGTAATACAGTGAGGAGATTGGTCGTGACGGCTGCG
ACTGAAGGATCTAGAAAATCTAAAGAGAGTCAACCATCGTGGGCGAATCCTGACTCAGAT
GAGCCACCTCCTTGGGCCAGAGAGGAAGGTCGTTCTTCTACGTCCCCAGAGAGCATTGAG
GTTCCCTTCTATGTTTATCTGCTAGCCTCAGCAATCACTGCCATTGCTGCTATCGGTTCT
GTATTTGAGTACTCGAGTAAGAATCCAGTGTTCGGGGTGTTGGACTCTGACAGTATCTTT
TATACTCCTGTGCTTGGGTTCTTTGCATTTACTGGAATCCCCACTTCTGTATTCTTATGG
TTCAAATCCGTTGAAGCTGCTAATAAGGAAGCTGCAGAACAAGATAAAAGAGATGGATAC
CGTTAAAACTCTTTGTGCTTTTTGCAACTTATACAGTGATTGTTGTTGTCCTCCTCCCTC
CACATACTTATGAAGATCATTCTGCATTTGTTT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1FR09JQ 678 0 0
GGGCAAACTGTAAATAGGATGGCCGCGTCGCTTCCTACCACTTTATGTCTTAGCCATGGC
GATGAGTGTTGCAGACGTTCACCCAACCAAGGCTATGCCCTTGCCGTGAAGAGGAACCTA
ATGGGTCACTCGCTGCACTACGAGCGTAATACAGTGAGGAGATTGGTCGTGACGGCTGCG
ACTGAAGGATCTAGAAAATCTAAAGAGAGTCAACCATCGTGGGCGAATCCTGACTCAGAT
GAGCCACCTCCTTGGGCCAGAGAGGAAGGTCGTTTTTCTACGTCCCCAGAGAGCATTGAG
GTTCCCTTCTATGTTTATCTGCTAGCCTCAGCAATCACTGCCATTGCTGCTATCGGTTCT
GTATTTGAGTACTCGAGTAAGAATCCAGTGTTCGGGGTGTTGGACTCTGACAGTATCTTT
TATACTCCTGTGCTTGGGTTCTTTGCATTTACTGGAATCCCCACTTCTGTATTCTTATGG
TTCAAATCCGTTGAAGCTGCTAATAAGGAAGCTGCAGAACAAGATAAAAGAGATGGATAC
CGTTAAAACTCTTTGTGCTTTTTGCAACTTATACAGTGATTGTTGTTGTCCTCCTCCCTC
CACATACTTATGAAGATCATTCTGCATTTGTTTAAAGGACCTTGCTTCTGTTTCATACAC
TTGACTATATAATACCCC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL4262Contig1 1231 2 2 U
GGAGATCACAGAAAATGGGTAGTCAACAAAGGAGTTTAGCTTTCATTTCTCTAGCTTTTC
TCTTCATCACTTGCTCTTCTGTTGAGTTCCTGATTCAACAGGTCACGCAAGGGACAGGGA
CTGAGAACAACAGTTCTTACATCCTCGAAGCAAATCTTGGAGTGACAAGAGTGTTGAGAG
ACGAGCGACCATCGAGTAAGATAGTGACAATAGCCGGCTACTCCGTGATTAAGGGAAGAG
GCGAGCCCTACGAGTCCTCTGTTTTCGAAGCTGCTGGTTACAAATGGAGATTAGTTTTGT
ACGTGGTTGGTAATGCTAACGATGGTGGAGCTGGCTATATATCCCTTTACGCGAGAATCG
AAGAGACTGAATCTCTTCCCAGTGGCTGGGAAGTCAATGTTGATCTCAAACTCTTTGTCC
ACAATCCAAAGCTGAACAAGTACTTGATCGTCACAGATGGAGCGGTGAAGCGATACAACG
CAGGGAAAAAAGAGTGGGGATTCGGACAATTGATTGCTCTCTCAACATTCGAGAACACCA
ACGAAGGATACATTGTGCAAGACACTTGTTCTTTTGGTGCAGAAATTCTCATCGTTAAAC
CGGCCCTGGTACAAGAGAAAGTCACATTCATATCAAACCCTCCAGACAATGTGTTTACTT
GGAAGATACTTCATTTCTCCAACTTGGAAGATAAATTCTACTATTCTGCCGATTTTCTCG
TTGGAGACAGATACTGGAGATTAGGGTTTAATCCGAAAGGAGACGGAGGAGGAAGACCAT
ATGCACTTCCAATCTTCTTATTTGCTCAAGGCCATGGGCCAAACGCAGTCGCTACAAACA
CTTGGGGAGCGGTTAATCTGCGGTTAAAGAATCAGCGAAGCACCAACCATAGACAAATAT
ATTCTGCAGCTTGGTACCCTATTCGAAGCGATTATGGTGTGGGAGTAAACAATATCATAT
TGTTAGCAGATTTAAACGATGCATCCAAAGGGTATTTGGTGAATGATGCTATTATCTTTG
AAGCTGAAATGGTTAAGGTCTCTGTGGCCAACATCGTCTCTGTTTAATAATCTATAACTT
GTTTTGTCATGGATCAAACAAACTCTATGAATAAAGAGAGGCGTGTAATGAGTTTGTAGT
AAGATGAAGTTGTCAATGCTTGTGATGTAATCTTCATTTATGTTCTTCGTGTTTTGTTGT
GTACTTTTTTATCAATTGAAATGAAACTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E980TF U 1
AF RR1CB37JQ C 492
BS 1 740 RR1E980TF
BS 741 1231 RR1CB37JQ

RD RR1E980TF 740 0 0
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TCTTCATCACTTGCTCTTCTGTTGAGTTCCTGATTCAACAGGTCACGCAAGGGACAGGGA
CTGAGAACAACAGTTCTTACATCCTCGAAGCAAATCTTGGAGTGACAAGAGTGTTGAGAG
ACGAGCGACCATCGAGTAAGATAGTGACAATAGCCGGCTACTCCGTGATTAAGGGAAGAG
GCGAGCCCTACGAGTCCTCTGTTTTCGAAGCTGCTGGTTACAAATGGAGATTAGTTTTGT
ACGTGGTTGGTAATGCTAACGATGGTGGAGCTGGCTATATATCCCTTTACGCGAGAATCG
AAGAGACTGAATCTCTTCCCAGTGGCTGGGAAGTCAATGTTGATCTCAAACTCTTTGTCC
ACAATCCAAAGCTGAACAAGTACTTGATCGTCACAGATGGAGCGGTGAAGCGATACAACG
CAGGGAAAAAAGAGTGGGGATTCGGACAATTGATTGCTCTCTCAACATTCGAGAACACCA
ACGAAGGATACATTGTGCAAGACACTTGTTCTTTTGGTGCAGAAATTCTCATCGTTAAAC
CGGCCCTGGTACAAGAGAAAGTCACATTCATATCAAACCCTCCAGACAATGTGTTTACTT
GGAAGATACTTCATTTCTCCAACTTGGAAGATAAATTCTACTATTCTGCCGATTTTCTCG
TTGGAGACAGATACTGGAGA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1CB37JQ 740 0 0
GAGTGGGGATTCGGACAATTGATTGCTCTTTCAACATTCGAGAACACCAACGAAGGATAC
ATTGTGCAAGACACTTGTTCTTTTGGTGCAGAAATTCTCATCGTTAAACCGGCCCTGGTA
CAAGAGAAAGTCACATTCATATCAAACCCTCCAGACAATGTGTTTACTTGGAAGATACTT
CATTTCTCCAACTTGGAAGATAAATTCTACTATTCTGCCGATTTTCTCGTTGGAGATAGA
TACTGGAGATTAGGGTTTAATCCGAAAGGAGACGGAGGAGGAAGACCATATGCACTTCCA
ATCTTCTTATTTGCTCAAGGCCATGGGCCAAACGCAGTCGCTACAAACACTTGGGGAGCG
GTTAATCTGCGGTTAAAGAATCAGCGAAGCACCAACCATAGACAAATATATTCTGCAGCT
TGGTACCCTATTCGAAGCGATTATGGTGTGGGAGTAAACAATATCATATTGTTAGCAGAT
TTAAACGATGCATCCAAAGGGTATTTGGTGAATGATGCTATTATCTTTGAAGCTGAAATG
GTTAAGGTCTCTGTGGCCAACATCGTCTCTGTTTAATAATCTATAACTTGTTTTGTCATG
GATCAAACAAACTCTATGAATAAAGAGAGGCGTGTAATGAGTTTGTAGTAAGATGAAGTT
GTCAATGCTTGTGATGTAATCTTCATTTATGTTCTTCGTGTTTTGTTGTGTACTTTTTTA
TCAATTGAAATGAAACTATC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 3

CO CL4263Contig1 851 3 7 U
GAGACGCGGAGGACGTCCAGCTGAAGAGGAGAAGTGGACCCCAGTGACCAAGCTCGGGCG
TCTCGTGAAAGACGGAAAGATCCAGAAGCTCGAGCAGATCTACCTCCACTCACTTCCCGT
CAATGAGTACCAGATCATCGACCTCCTCGTGGGCCCCACTTTAAAAGACGAGGTGATGAA
GATCATGCCGGTTCAGAAGCAGACCAGAGCCGGGCAGAGGACGAGGTTCAAGGCCTTTGT
TGTTGTCGGAGACACTAACGGCCACGTCGGGTTGGGTGTGAAGTGCTCCAAGGAGGTGGC
GACGGCTATTAGAGGTGGGATCATACTGGCGAAGCTGTCTGTGATTCCAGTGAGGAGAGG
GTACTGGGGGAACAAGATTGGGAAGCCTCACACGGTTCCTTGCAAGGTTACGGGGAAGTG
TGGGTCCGTTACGGTGAGGATGGTGCCTGCTCCGAGAGGTGCTGGGATTGTGGCGGCTAG
GGTTCCTAAGAAGGTGCTTCAGTTCGCTGGGATTGATGACGTGTTCACTTCCTCCAGGGG
TTCGACAAAGACTCTTGGAAACTTCGTAAAGGCTACATTTGATTGCCTCCAGAAGACTTA
TGGATTCCTGACACCAGAGTTCTGGAAAGAGACGAGCTTTAAGAAATCACCATACCAAGA
GTACACTGATTTGCTCGCCAGTAA*GGGAACTACGACCAAAGTCATCACCGATGTCGAAG
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GTTTATTTTGTTCGAACCTTTAGTATATGTTTGTTGCTGGATTGCATCTTTTATATTCCA
TCATCTTTCCG


BQ
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AF RR1B791TF U 1
AF RR1B791JQ C 9
AF RR1DC30TF U 375
BS 1 684 RR1B791TF
BS 685 685 RR1DC30TF
BS 686 788 RR1B791TF
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BS 790 800 RR1B791TF
BS 801 850 RR1DC30TF
BS 851 851 RR1B791JQ

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CAATGAGTACCAGATCATCGACCTCCTCGTGGGCCCCACTTTAAAAGACGAGGTGATGAA
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TGTTGTCGGAGACACTAACGGCCACGTCGGGTTGGGTGTGAAGTGCTCCAAGGAGGTGGC
GACGGCTATTAGAGGTGGGATCATACTGGCGAAGCTGTCTGTGATTCCAGTGAGGAGAGG
GTACTGGGGGAACAAGATTGGGAAGCCTCACACGGTTCCTTGCAAGGTTACGGGGAAGTG
TGGGTCCGTTACGGTGAGGATGGTGCCTGCTCCGAGAGGTGCTGGGATTGTGGCGGCTAG
GGTTCCTAAGAAGGTGCTTCAGTTCGCTGGGATTGATGACGTGTTCACTTCCTCCAGGGG
TTCGACAAAGACTCTTGGAAACTTCGTAAAGGCTACATTTGATTGCCTCCAGAAGACTTA
TGGATTCCTGACACCAGAGTTCTGGAAAGAGACGAGCTTTAAGAAATCACCATACCAAGA
GTACACTGATTTGCTCGCCAGTAAAGGGAACTACGACCAAAGTCATCACCGATGTCGAAG
ACCAAGCCTCCTAAACAATGTCTGCCCTTGTTTTGTTTTTGGATCATCATCCTTTCATGA
GTTTATTT*GTTCGAACCTT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1B791JQ 843 0 0
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ACCAGATCATCGACCTCCTCGTGGGCCCCACTTTAAAAGACGAGGTGATGAAGATCATGC
CGGTTCAGAAGCAGACCAGAGCCGGGCAGAGGACGAGGTTCAAGGCCTTTGTTGTTGTCG
GAGACACTAACGGCCACGTCGGGTTGGGTGTGAAGTGCTCCAAGGAGGTGGCGACGGCTA
TTAGAGGTGGGATCATACTGGCGAAGCTGTCTGTGATTCCAGTGAGGAGAGGGTACTGGG
GGAACAAGATTGGGAAGCCTCACACGGTTCCTTGCAAGGTTACGGGGAAGTGTGGGTCCG
TTACGGTGAGGATGGTGCCTGCTCCGAGAGGTGCTGGGATTGTGGCGGCTAGGGTTCCTA
AGAAGGTGCTTCAGTTCGCTGGGATTGATGACGTGTTCACTTCCTCCAGGGGTTCGACAA
AGACTCTTGGAAACTTCGTAAAGGCTACATTTGATTGCCTCCAGAAGACTTATGGATTCC
TGACACCAGAGTTCTGGAAAGAGACGAGCTTTAAGAAATCACCATACCAAGAGTACACTG
ATTTGCTCGCCAGTAA*GGGAACTACGACCAAAGTCATCACCGATGTCGAAGACCAAGCC
TCCTAAACAATGTCTGCCCTTGTTTTGTTTTTGGATCATCATCCTTTCATGAGTTTATTT
TGTTCGAACCTTTAGTATATGTTTGTTGCTGGATTGCATCTTTTATATTCCATCATCTTT
CCG

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR1DC30TF 477 0 0
G
GATTGGGAAGCCTCACACGGTTCCTTGCAAGGTTACGGGGAAGTGTGGGTCCGTTACGGT
GAGGATGGTGCCTGCTCCGAGAGGTGCTGGGATTGTGGCGGCTAGGGTTCCTAAGAAGGT
GCTTCAGTTCGCTGGGATTGATGACGTGTTCACTTCCTCCAGGGGGTCGACAAAGACTCT
TGGAAACTTCGTAAAGGCTACATTTGATTGCCTCCAGAAGACTTATGGATTCCTGACACC
AGAGTTCTGGAAAGAGACGAGCTTTAAGAAATCACCATACCAAGAGTACACTGATTTGCT
CGCCAGTAA*GGGAACTACGACCAAAGTCATCACCGAGGTCGAAGACCAAGCCTCCTAAA
CAATGTCTGCCCTTGTTTTGTTTTTGGATCATCATCCTTTCATGAGTTTATTTTGTTCGA
ACCTTTAGTATATGTTTGTTGCTGGATTGCATCTTTTATATTCCATCATCTTTCC
A

QA 2 476 2 476
DS 



AS 1 2

CO CL4264Contig1 506 2 1 U
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CCCAATCTTAGAGAAGCGAAGAAAGAAGACGAAGCCATGTTTCCTGGAATGTTCATGGAG
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TGGGTTGTCGTTATCCGCGCTGTTCCATACGTCCTCTCCTATTTCTCCGATTCGAAAGAT
GAGCTCAAGCTCGACTTCTAAGACGGAGACTCCTTCCCTCTTTTCCGTTTTCAGTGTTGA
AGCGGTGGTGATATAACAACAGATGCACTATGAGGCTGTGGAAGACATTTTTTTCCTACT
TTTGTCTATTTCTTAGGACCTGAAATAACACCAAGTTGTGAGGCATGATGTTATATTATA
GTGATGTTCTTTTGTTTGCTATTCGTTTTTTAAATGTACTCTTAAAGCCTTTCTACTCAC
GCCTCTCTATATTTGGCTCTTCTCTG


BQ
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AF RR1H676JQ C 1
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QA 1 506 1 506
DS 

RD RR1H676TF 506 0 0
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CCCAATCTTAGAGAAGCGAAGAAAGAAGACGAAGCCATGTTTCCTGGAATGTTCATGGAG
AAGCCAGACAAAGGCTTGGCCCTGAAGCAGCTACGGACCCATGTTGCTTTGTTCGGAAGC
TGGGTTGTCGTTATCCGCGCTGTTCCATACGTCCTCTCCTATTTCTCCGATTCGAAAGAT
GAGCTCAAGCTCGACTTCTAAGACGGAGACTCCTTCCCTCTTTTCCGTTTTCAGTGTTGA
AGCGGTGGTGATATAACAACAGATGCACTATGAGGCTGTGGAAGACATTTTTTTCCTACT
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GTGATGTTCTTTTGTTTGCTATTCGTTTTTTAAATGTACTCTTAAAGCCTTTCTACTCAC
GCCTCTCTATATTTGGCTCTTCTCTG

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 3

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TTCTTCTTCCTCTTCATCATCATCATCATCATCACTGTTATCAAAAGATGTTTTCTTCCC
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BQ
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AF RR1CJ35JQ U 6
AF RR1EP64JQ U 1
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AGATTTAAGCTGTTTCAGCTTCATTGATCCGCTACTACCAGCGACCTTTTTAAGAATCTG
TTTGCATAGGTTCTTCAACTTGATTTTGGGTTCAATGATTTCATCACGCTTCCTTTTCGT
TGGGAGAGAGTTTCCAATAACAGAGTCCTTGTCGTCTTCTTCTTCACTCTCTTCTCGCTT
CCTTTTTGCTGGGAGAGAATTTTCGGTAACAGAGTCCTTGTCATCATCCTCTTCACTCTC
TTCTTCTTCCTCTTCATCATCATCATCATCATCACTGTTATCAAAAGATGTTTTCTTCCC
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TTAGA

QA 1 789 1 789
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TTCATCATCATCATCATCATCACTGTTATCAAAAGATGTTTTCTTCCCTTGGTAACGAAC
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AGACTTGGATGATTTCTTTTTGCCGGACTTGGCTCCAAGAAGACCGCCCGAGACAAACCC
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QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 3

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AACACAACGGGGACAAGCAAACGTC


BQ
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AF RR1HA89JQ U 1
AF RR1FW58JQ U 1
AF RR1FW58TF C 1
BS 1 385 RR1FW58JQ

RD RR1HA89JQ 303 0 0
GGAGAAGAAATCATAGAAATGATTATCTTATGAACTTATGATATCTCTTGGTAATTTGCT
GCTACAATATTAGTTTATTAGTATGAATACATTTTCTTACAACACTGACTTTGACCTACT
CACCGGCCTTTATCTGGAAATGATGAACACATAACAATCTAACTTGTTTATATAGACACT
GAAGCTGGGTGGCTTTAGATATCGGCCTTTTGAGTAAAAATGGAGATGGCTTCTTCTATG
GCTTGAAAGAATGTAGCAATTTTGTAAGTAAAGAACCCAACCAACATTGGTATCAACTCC
AAG

QA 1 303 1 303
DS 

RD RR1FW58JQ 385 0 0
GGAGAAGAAATCATAGAAATGATTATCTTATGAACTTATGATATCTCTTGGTAATTTGCT
GCTACAATATTAGTTTATTAGTATGAATACATTTTCTTACAACACTGACTTTGACCTACT
CACCGGCCTTTATCTGGAAATGATGAACACATAACAATCTAACTTGTTTATATAGACACT
GAAGCTGGGTGGCTTTAGATATCGGCCTTTTGAGTAGAAATGGAGATGGCTTCTTATATG
GCTTGAAAGAATGTAGCAATTTTGTAAGTAAAGAACCCAACCAACATTGGTATCAACTCC
AAGTGCATGAATCCATACTCAGGAACACGTATTGCGTTCCATCTATTGAATATCATAACC
AACACAACGGGGACAAGCAAACGTC

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR1FW58TF 385 0 0
GGAGAAGAAATCATAGAAATGATTATCTTATGAACTTATGATATCTCTTGGTAATTTGCT
GCTACAATATTAGTTTATTAGTATGAATACATTTTCTTACAACACTGACTTTGACCTACT
CACCGGCCTTTATCTGGAAATGATGAACACATAACAATCTAACTTGTTTATATAGACACT
GAAGCTGGGTGGCTTTAGATATCGGCCTTTTGAGTAGAAATGGAGATGGCTTCTTATATG
GCTTGAAAGAATGTAGCAATTTTGTAAGTAAAGAACCCAACCAACATTGGTATCAACTCC
AAGTGCATGAATCCATACTCAGGAACACGTATTGCGTTCCATCTATTGAATATCATAACC
AACACAACGGGGACAAGCAAACGTC

QA 1 385 1 385
DS 



AS 1 3

CO CL4267Contig1 692 3 13 U
CTCCATAAGAGTTTCAAACCGATACCTAAACCGGTGAAAAATAGGAAATTTGCAACGAAC
AACATACATACATAGTAGACATGGAGATATGTACATCAACACCAACGAATTATTACTACT
CTGTTTGAACAAAAACACAACTAAGATCCATCTCTGTCTCTCCCTCTCTCTCTACCTACC
AAGGATTCTTCTAAAAATCTTCTCACATACACTCCTCGCTGATTAGATCTTGTAAGTCAC
TTGGAACCGCTAATCCAAGCCGAACCGACTCCATGATGCGCTCGAAGACAAGAACGTGGC
ATGGGATTTGAAGAACTCCTTTCTGTTCGTATCCATACTCCTGAGCCGACCGCTTCAGCA
AACCGATGGAAACCGGGTGGTTAAGCACCTCCGCGCTAACCAAGAACCTCTCCATCTCGT
CTCCCACGTAGACCGGTACGTGTCCTTGAGGAACAGAGGATGTATGTTTCTTCAAGCGGC
GAGCCATCGAAGACCGGAGGGAAAACTCAGAGCGGCGGCTCCGTCGTTGCGAATCTGACC
GGAGGAGATTGTAGTGAGTGGAGTCAGCCACGCGGGAGAGACGGCGGACCAGATGCTTCA
TCTTCTTGTTGTGAGGTAGAGAGAGGAAGCTTTTGCCAGAGTGATGAAACTGAATGAGCT
GTAAGAATGAATGAATGACTCGGTGGTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR1H162JQ U 1
AF RR1AG37JQ U 52
AF RR1AG37TF C 52
BS 1 70 RR1H162JQ
BS 71 71 RR1AG37JQ
BS 72 98 RR1H162JQ
BS 99 99 RR1AG37JQ
BS 100 162 RR1H162JQ
BS 163 163 RR1AG37JQ
BS 164 232 RR1H162JQ
BS 233 233 RR1AG37JQ
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BS 369 369 RR1AG37JQ
BS 370 588 RR1H162JQ
BS 589 589 RR1AG37JQ
BS 590 692 RR1H162JQ

RD RR1H162JQ 692 0 0
CTCCATAAGAGTTTCAAACCGATACCTAAACCGGTGAAAAATAGGAAATTTGCAACGAAC
AACATACATATATAGTAGACATGGAGATATGTACATCAGCACCAACGAATTATTACTACT
CTGTTTGAACAAAAACACAACTAAGATCCATCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTACCTACC
AAGGATTCTTCTAAAAATCTTCTCACATACACTCCTCGCTGATTAGATCTTGCAAGTCAC
TTGGAACCGCTAATCCAAGCCGAACCGACTCCATGATGCGCTCGAAGACAAGAACGTGGC
ATGGGATTTGAAGAACTCCTTTCTGTTCGTATCCATACTCCTGAGCCGACCGCTTCAGCA
AACCGATGAAAACCGGGTGGTTAAGCACCTCCGCGCTAACCAAGAACCTCTCCATCTCGT
CTCCCACGTAGACCGGTACGTGTCCTTGAGGAACAGAGGATGTATGTTTCTTCAAGCGGC
GAGCCATCGAAGACCGGAGGGAAAACTCAGAGCGGCGGCTCCGTCGTTGCGAATCTGACC
GGAGGAGATTGTAGTGAGTGGAGTCAGCCACGCGGGAGAGACGGCGGATCAGATGCTTCA
TCTTCTTGTTGTGAGGTAGAGAGAGGAAGCTTTTGCCAGAGTGATGAAACTGAATGAGCT
GTAAGAATGAATGAATGACTCGGTGGTGTTCC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1AG37JQ 640 0 0
GCAACGAACAACATACATACATAGTAGACATGGAGATATGTACATCAACACCAACGAATT
ATTACTACTCTGTTTGAACAAAAACACAACTAAGATCCATCTCTGTCTCTCCCTCTCTCT
CTACCTACCAAGGATTCTTCTAAAAATCTTCTCACATACACTCCTCGCTGATTAGATCTT
GTAAGTCACTTGGAACCGCTAATCCAAGCCGAACCGACTCCATGATGCGCTCGAAGACAA
GAACGTGGCATGGGATTTGAAGAACTCCTTTCTGTTCGTATCCATACTCCTGAGCCGACC
GCTTCAGCAAACCGATGGAAACCGGGTGGTTAAGCACCTCCGCGCTAACCAAGAACCTCT
CCATCTCGTCTCCCACGTAGACCGGTACGTGTCCTTGAGGAACAGAGGATGTATGTTTCT
TCAAGCGGCGAGCCATCGAAGACCGGAGGGAAAACTCAGAGCGGCGGCTCCGTCGTTGCG
AATCTGACCGGAGGAGATTGTAGTGAGTGGAGTCAGCCACGCGGGAGAGACGGCGGACCA
GATGCTTCATCTTCTTGTTGTGAGGTAGAGAGAGGAAGCTTTTGCCAGAGTGATGAAACT
GAATGAGCTGTAAGAATGAATGAATGACTCGGTGGTGTTC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1AG37TF 640 0 0
GCAACGAACAACATACATACATAGTAGACATGGAGATATGTACATCAACACCAACGAATT
ATTACTACTCTGTTTGAACAAAAACACAACTAAGATCCATCTCTGTCTCTCCCTCTCTCT
CTACCTACCAAGGATTCTTCTAAAAATCTTCTCACATACACTCCTCGCTGATTAGATCTT
GTAAGTCACTTGGAACCGCTAATCCAAGCCGAACCGACTCCATGATGCGCTCGAAGACAA
GAACGTGGCATGGGATTTGAAGAACTCCTTTCTGTTCGTATCCATACTCCTGAGCCGACC
GCTTCAGCAAACCGATGGAAACCGGGTGGTTAAGCACCTCCGCGCTAACCAAGAACCTCT
CCATCTCGTCTCCCACGTAGACCGGTACGTGTCCTTGAGGAACAGAGGATGTATGTTTCT
TCAAGCGGCGAGCCATCGAAGACCGGAGGGAAAACTCAGAGCGGCGGCTCCGTCGTTGCG
AATCTGACCGGAGGAGATTGTAGTGAGTGGAGTCAGCCACGCGGGAGAGACGGCGGACCA
GATGCTTCATCTTCTTGTTGTGAGGTAGAGAGAGGAAGCTTTTGCCAGAGTGATGAAACT
GAATGAGCTGTAAGAATGAATGAATGACTCGGTGGTGTTC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4269Contig1 845 3 14 U
GGGAACAGAGTAAAAAGATAAGGTTTCGAGAGTGAAGCGGAAGTGTGCAAAATGGCTTCT
CTAGACGCGGCTCTCTGCTCTACTCGGCTTCAATTCCATTCATCAATCCGTTGTGCTCTT
CCAACAATCTTCAATCTTTCTTCACGAGCCGGGAGTTCGTGCGCAATCAAACCGACCCAG
TTTCTTCACCGGCGTTTGACAGCCAAATCCACGAACTTTTCTCTTTCTTCTTTGCCACGG
AGAGGGTTCTTATGCAGAGCTGCGGAGTACAAGTTCCCGGATCCCATACCTGAATTCGCC
GAAGCTGAGACGAAGAAATTCAAGGACCATATGACAAAGAAACTATCAAAGAGGGATCTT
TTTGAAGACTCTGTTGATGAGATTGTGGGAGTTTGCACTGAGATCTTCGAGACGTTCTTG
CGCAGCGAGTATGGAGGACCTGGAACACTTTTGGTCATACCCTTCATCGACATGGCTGAT
ACACTCAATGAAAGGGAACTGCCTGGAGGTCCACAAGCCGCACGTGTAGCTATCAAATGG
GCTCAGGATCATGTAGACAAGGATTGGAAAGAATGGACTGGCACTGATTAGTAACACCAC
CCGAACCTCAAATCATCAAAATATAGTTCAGTACTCATGTATCAGATGATAGATTGTCTT
TGTAAAACTCTGAATTTTGCAGATTTCGGTATTCTGTTAGCTCTGTTGTTATACAATCGC
ATGGTCTCATCAGCTTTTTTCCTAGTTGATTCATGTATGGTTCAGTAGATTAGCTTGAAC
ATGTGGAGTGTAACGATGGCCGACAACTAACTCGGTACATCTTGAATAAATCGGTTTTAT
CGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1FI51TF U 1
AF RR1CL75TF U 35
AF RR1CL75JQ C 44
BS 1 526 RR1FI51TF
BS 527 527 RR1CL75TF
BS 528 666 RR1FI51TF
BS 667 667 RR1CL75TF
BS 668 709 RR1FI51TF
BS 710 710 RR1CL75JQ
BS 711 739 RR1CL75TF
BS 740 740 RR1CL75JQ
BS 741 770 RR1CL75TF
BS 771 771 RR1CL75JQ
BS 772 775 RR1CL75TF
BS 776 776 RR1CL75JQ
BS 777 792 RR1CL75TF
BS 793 845 RR1CL75JQ

RD RR1FI51TF 711 0 0
GGGAACAGAGTAAAAAGATAAGGTTTCGAGAGTGAAGCGGAAGTGTGCAAAATGGCTTCT
CTAGACGCGGCTCTCTGCTCTACTCGGCTTCAATTCCATTCATCAATCCGTTGTGCTCTT
CCAACAATCTTCAATCTTTCTTCACGAGCCGGGAGTTCGTGCGCAATCAAACCGACCCAG
TTTCTTCACCGGCGTTTGACAGCCAAATCCACGAACTTTTCTCTTTCTTCTTTGCCACGG
AGAGGGTTCTTATGCAGAGCTGCGGAGTACAAGTTCCCGGATCCCATACCTGAATTCGCC
GAAGCTGAGACGAAGAAATTCAAGGACCATATGACAAAGAAACTATCAAAGAGGGATCTT
TTTGAAGACTCTGTTGATGAGATTGTGGGAGTTTGCACTGAGATCTTCGAGACGTTCTTG
CGCAGCGAGTATGGAGGACCTGGAACACTTTTGGTCATACCCTTCATCGACATGGCTGAT
ACACTCAATGAAAGGGAACTGCCTGGAGGTCCACAAGCCGCACGTGCAGCTATCAAATGG
GCTCAGGATCATGTAGACAAGGATTGGAAAGAATGGACTGGCACTGATTAGTAACACCAC
CCGAACCTCAAATCATCAAAATATAGTTCAGTACTCATGTATCAGATGATAGATTGTCTT
TGTAAA*CTCTGAATTTTGCAGATTTCGGTATTCTGTTAGCTCTGTTGT
TA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CL75TF 764 0 0
AAGCGGAAGTGTGCAAAATGGCTTCTCTAGACGCGGCTCTCTGCTCTACTCGGCTTCAAT
TCCATTCATCAATCCGTTGTGCTCTTCCAACAATCTTCAATCTTTCTTCACGAGCCGGGA
GTTCGTGCGCAATCAAACCGACCCAGTTTCTTCACCGGCGTTTGACAGCCAAATCCACGA
ACTTTTCTCTTTCTTCTTTGCCACGGAGAGGGTTCTTATGCAGAGCTGCGGAGTACAAGT
TCCCGGATCCCATACCTGAATTCGCCGAAGCTGAGACGAAGAAATTCAAGGACCATATGA
CAAAGAAACTATCAAAGAGGGATCTTTTTGAAGACTCTGTTGATGAGATTGTGGGAGTTT
GCACTGAGATCTTCGAGACGTTCTTGCGCAGCGAGTATGGAGGACCTGGAACACTTTTGG
TCATACCCTTCATCGACATGGCTGATACACTCAATGAAAGGGAACTGCCTGGAGGTCCAC
AAGCCGCACGTGTAGCTATCAAATGGGCTCAGGATCATGTAGACAAGGATTGGAAAGAAT
GGACTGGCACTGATTAGTAACACCACCCGAACCTCAAATCATCAAAATATAGTTCAGTAC
TCATGTATCAGATGATAGATTGTCTTTGTAAAACTCTGAATTTTGCAGATTTCGGTAT*C
TGTTAGCTCTGTTGT*ATACAATCGCATGGTCTCATCAGCTTTTT*CCTAGTTGATTCAT
GTATGGTTCAGTAGAT*AGCT*GAACATGTGGAGTGTA
CGATGG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1CL75JQ 802 0 0
TGTGCAAAATG*CTTCTCTAGACGCGGCTCTCTGCTCTACTCGGCTTCAATTCCATTCAT
CAATCCGTTGTGCTCTTCCAACAATCTTCAATCTTTCTTCACGAGCCGGGAGTTCGTGCG
CAATCAAACCGACCCAGTTTCTTCACCGGCGTTTGACAGCCAAATCCACGAACTTTTCTC
TTTCTTCTTTGCCACGGAGAGGGTTCTTATGCAGAGCTGCGGAGTACAAGTTCCCGGATC
CCATACCTGAATTCGCCGAAGCTGAGACGAAGAAATTCAAGGACCATATGACAAAGAAAC
TATCAAAGAGGGATCTTTTTGAAGACTCTGTTGATGAGATTGTGGGAGTTTGCACTGAGA
TCTTCGAGACGTTCTTGCGCAGCGAGTATGGAGGACCTGGAACACTTTTGGTCATACCCT
TCATCGACATGGCTGATACACTCAATGAAAGGGAACTGCCTGGAGGTCCACAAGCCGCAC
GTGTAGCTATCAAATGGGCTCAGGATCATGTAGACAAGGATTGGAAAGAATGGACTGGCA
CTGATTAGTAACACCACCCGAACCTCAAATCATCAAAATATAGTTCAGTACTCATGTATC
AGATGATAGATTGTCTTTGTAAAACTCTGAATTTTGCAGATTTCGGTATTCTGTTAGCTC
TGTTGTTATACAATCGCATGGTCTCATCAGCTTTTTTCCTAGTTGATTCATGTATGGTTC
AGTAGATTAGCTTGAACATGTGGAGTGTAACGATGGCCGACAACTAACTCGGTACATCTT
GAATAAATCGGTTTTATCGGTT

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 3

CO CL4270Contig1 1022 3 4 U
GGAAAGCAGAGAGGACAACTAGGGTTTACGTTTTGTGAAGAAAAAAGTGAAAGAAGCTTA
AGGAGCCAAGCCGTTATCTTTCGTTGCGCTTTAACTTTTCGCTTCATCCCCTAGAACGAC
ATGCCTAAATCAAAGAGAGACAGACCAGTTACTTTGTCAAAGACAAAGAAGAAAGGAAGA
GCGCACAAGGAGGTTATTGTAAATGGAATCAGAGATGCTGTCTAGAAGTATTGATCCGTC
TATGTTTTCTCTTTTGAGAACATGAGAAACATCAAGTTCAAGGAGTTCAGACAGCAGTTT
AGGCAGAACGGAAAGTTCTTCCTCGGTTCGAACAAGGTGATGCAGGTTGCTCTAGGTCGT
TCTGCTTCTGATGAAATGCGTCCTGGTATCTTCAAAGCCTCCAAGATGCTTCATGGTGAT
GCTGGACTTCTTGTTACGTATATGCCAAAGGAAGAGGTCGAGAGCTTATTTAACGCTTAT
GAGGATTCATATTTTTCAAGAACCGGAAGCACTGCTGTAGAAACGGTTGAGCTGAAGGAA
GGACCTCTAGAACGGTTCACACATGAGATGGAACCCTTTCTTAGGAAGCAGGGTATGCCT
GTTCGTCTTAACAAAGGTACGGTGGAGTTACTCTCCGACTTTGTAGTTTGTGAAGAAAGC
AAACCTCTTTCACCAGAATCTTCTCGCATTCTGCGTCTGTTGGAAATCAAGTTGGCTACT
TTCAAACTCAACTTGGTCTGCAGATGGAGCCCTAGTGACTTTGAGCTTTACAGAGAAGGC
TTGGATCTCTCAGACGTTGAAACCTCTTGAAAAAGCCAAGATTTTGATGATCAACTCTTT
TAAAGTTTCTGAATATCGTATTATTCACCTGCGTTCTGCTTTGTTCTATTTGGTTCTTTG
GTTTGCACTTGGATGTTTTATGTCAAAGTTTTGTTGCTTTAATGTCTGTAGTATATCAAA
TTATCTTCATGACTTCACCTATTCTAGTATTCTTAACTGAAATACAATATCAAGCTTAAT
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1FZ12TF U 43
AF RR1FZ11TF U 1
AF RR1FZ11JQ C 699
BS 1 703 RR1FZ11TF
BS 704 704 RR1FZ11JQ
BS 705 773 RR1FZ11TF
BS 774 1022 RR1FZ11JQ

RD RR1FZ12TF 503 0 0
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TTCATCCCCTAGAACGACATGCCTAAATCAAAGAGAGACAGACCAGTTACTTTGTCAAAG
ACAAAGAAGAAAGGAAGAGCGCACAAGGAGGTTATTGTAAATGGAATCAGAGATGCTGTC
TAGAAGTATTGATCCGTCTATGTTTTCTCTTTTGAGAACATGAGAAACATCAAGTTCAAG
GAGTTCAGACAGCAGTTTAGGCAGAACGGAAAGTTCTTCCTCGGTTCGAACAAGGTGATG
CAGGTTGCTCTAGGTCGTTCTGCTTCTGATGAAATGCGTCCTGGTATCTTCAAAGCCTCC
AAGATGCTTCATGGTGATGCTGGACTTCTTGTTACGTATATGCCAAAGGAAGAGGTCGAG
AGCTTATTTAACGCTTATGAGGATTCATATTTTTCAAGAACCGGAAGCACTGCTGTAGAA
ACGGTTGAGCTGAAGGAAGGACC

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR1FZ11TF 773 0 0
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AGGAGCCAAGCCGTTATCTTTCGTTGCGCTTTAACTTTTCGCTTCATCCCCTAGAACGAC
ATGCCTAAATCAAAGAGAGACAGACCAGTTACTTTGTCAAAGACAAAGAAGAAAGGAAGA
GCGCACAAGGAGGTTATTGTAAATGGAATCAGAGATGCTGTCTAGAAGTATTGATCCGTC
TATGTTTTCTCTTTTGAGAACATGAGAAACATCAAGTTCAAGGAGTTCAGACAGCAGTTT
AGGCAGAACGGAAAGTTCTTCCTCGGTTCGAACAAGGTGATGCAGGTTGCTCTAGGTCGT
TCTGCTTCTGATGAAATGCGTCCTGGTATCTTCAAAGCCTCCAAGATGCTTCATGGTGAT
GCTGGACTTCTTGTTACGTATATGCCAAAGGAAGAGGTCGAGAGCTTATTTAACGCTTAT
GAGGATTCATATTTTTCAAGAACCGGAAGCACTGCTGTAGAAACGGTTGAGCTGAAGGAA
GGACCTCTAGAACGGTTCACACATGAGATGGAACCCTTTCTTAGGAAGCAGGGTATGCCT
GTTCGTCTTAACAAAGGTACGGTGGAGTTACTCTCCGACTTTGTAGTTTGTGAAGAAAGC
AAACCTCTTTCACCAGAATCTTCTCGCATTCTGCGTCTGTTGGGAATCAAGTTGGCTACT
TTCAAACTCAACTTGGTCTGCAGATGGAGCCCTAGTGACTTTGAGCTTTACAG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1FZ11JQ 324 0 0
GTTGGAAATCAAGTTGGCTACTTTCAAACTCAACTTGGTCTGCAGATGGAGCCCTAGTGA
CTTTGAGCTTTACAGAGAAGGCTTGGATCTCTCAGACGTTGAAACCTCTTGAAAAAGCCA
AGATTTTGATGATCAACTCTTTTAAAGTTTCTGAATATCGTATTATTCACCTGCGTTCTG
CTTTGTTCTATTTGGTTCTTTGGTTTGCACTTGGATGTTTTATGTCAAAGTTTTGTTGCT
TTAATGTCTGTAGTATATCAAATTATCTTCATGACTTCACCTATTCTAGTATTCTTAACT
GAAATACAATATCAAGCTTAATAC

QA 1 324 1 324
DS 



AS 1 3

CO CL4271Contig1 700 3 2 U
GAGAGTTGAAACACAGAACGTATTATTAAAGCTCATATTAAGTGATCTGGTTTGGGTTTC
AAACACACAAGAGAATCAAAAGCTCATACAATCCCTGGTCGCAAATCCATTTTATTCTCT
AGGTTATAGCGTTTTCTTTTTCAATACGAGCACTTTATGTACATTCCTTCCTTCATCACC
AAGCGACCAACCGCCACCTTAAAGTTCAATATCCTTCTCAAAGATATCCCAACCATCTTC
AAGAAGCTCTCTACGATCATTTTTCTCTTTGTTCATGTACGAAGATGCTTCTTCTTCTTC
TGGGCTCTTGTTCTTGCTTGAGGTTTCAAAAATTCCATTCAACGGCTCAGCAGGATTCTC
AAGCACCAAGCTCCTCATAGATGATGATCCACTTGAACTAGTCAGGCTTGAGGTAACTGA
TTTTGTTGTTGACACACTCTTGTCAAATTCTTCTTTCAATAGCTTCACATCTTGACATAT
GACAAATATTTCTCCTTGTAAGGAATCAACGACCTGACCACGATCCATAAGAAACTCTCG
AAGTTTAGAGTTTTGCTCTGCCTCTTGCTGAAGAAGCTTTGATTCTTGGGCTACTTTCTC
CATGATGGCCTCTTGTTCAGCAAGTGCCTTAATTGCAGAGACTTCTTTTGCTTTCTTTTC
TTGCTCACCAGCCTTTTTCATCTCCAATGCTGCCGCTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB11JQ U 1
AF RR1GO31JQ U 1
AF RR1DU78JQ U 8
BS 1 667 RR1GO31JQ
BS 668 700 RR1DU78JQ

RD RR1HB11JQ 546 0 0
GAGAGTT
GAAACACAGAACGTATTATTAAAGCTCATATTAAGTGATCTGGTTTGGGTTTCAAACACA
CAAGAGAATCAAAAGCTCATACAATCCCTGGTCGCAAATCCATTTTATTCTCTAGGTTAT
AGCGTTTTCTTTTTCAATACGAGCACTTTATGTACATTCCTTCCTTCATCACCAAGCGAC
CAACCGCCACCTTAAAGTTCAATATCCTTCTCAAAGATATCCCAACCATCTTCAAGAAGC
TCTCTACGATCATTTTTCTCTTTGTTCATGTACGAAGATGCTTCTTCTTCTTCTGGGCTC
TTGTTCTTGCTTGAGGTTTCAAAAATTCCATTCAACGGCTCAGCAGGATTCTCAAGCACC
AAGCTCCTCATAGATGATGATCCACTTGAACTAGTCAGGCTTGAGGTAACTGATTTTGTT
GTTGACACACTCTTGTCAAATTCTTCTTTCAATAGCTTCACATCTTGACATATGACAAAT
ATTTCTCCTTGTAAGGAATCAACGACCTGACCACGATCCATAAGAAACTCTCGAAGTTT

QA 8 546 8 546
DS 

RD RR1GO31JQ 667 0 0
GAGAGTTGAAACACAGAACGTATTATTAAAGCTCATATTAAGTGATCTGGTTTGGGTTTC
AAACACACAAGAGAATCAAAAGCTCATACAATCCCTGGTCGCAAATCCATTTTATTCTCT
AGGTTATAGCGTTTTCTTTTTCAATACGAGCACTTTATGTACATTCCTTCCTTCATCACC
AAGCGACCAACCGCCACCTTAAAGTTCAATATCCTTCTCAAAGATATCCCAACCATCTTC
AAGAAGCTCTCTACGATCATTTTTCTCTTTGTTCATGTACGAAGATGCTTCTTCTTCTTC
TGGGCTCTTGTTCTTGCTTGAGGTTTCAAAAATTCCATTCAACGGCTCAGCAGGATTCTC
AAGCACCAAGCTCCTCATAGATGATGATCCACTTGAACTAGTCAGGCTTGAGGTAACTGA
TTTTGTTGTTGACACACTCTTGTCAAATTCTTCTTTCAATAGCTTCACATCTTGACATAT
GACAAATATTTCTCCTTGTAAGGAATCAACGACCTGACCACGATCCATAAGAAACTCTCG
AAGTTTAGAGTTTTGCTCTGCCTCTTGCTGAAGAAGCTTTGATTCTTGGGCTACTTTCTC
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TTGCTCA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1DU78JQ 693 0 0
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CAAGAGAATCAAAAGCTCATACAATCCCTGGTCGCAAATCCATTTTATTCTCTAGGTTAT
AGCGTTTTCTTTTTCAATACGAGCACTTTGTGTACATTCCTTCCTTCATCACCAAGCGAC
CAACCGCCACCTTAAAGTTCAATATCCTTCTCAAAGATATCCCAACCATCTTCAAGAAGC
TCTCTACGATCATTTTTCTCTTTGTTCATGTACGAAGATGCTGCTTCTTCTTCTGGGCTC
TTGTTCTTGCTTGAGGTTTCAAGAATTCCATTCAACGGCTCAGCAGGATTCTCAAGCACC
AAGCTCCTCATAGATGATGATCCACTTGAACTAGTCAGGCTTGAGGTAACTGATTTTGTT
GTTGACACACTCTTGTCAAATTTTTCTTTCAATAGCTTCACATCTTGACATATGACAAAT
ATTTCTCCTTGTAAGGAACCAACGACCTGACCACGATCCATAAGAAACTCTCGAAGTTTA
GAGTTTTGCTCTGCCTCTTGCTGAAGAAGCTTTGATTCTTGGGCTACTTTCTCCATGATG
GCCTCTTGTTCAGCAAGTGCCTTAATTGCAGAGACTTCTTTTGCTTTCTTTTCTTGCTCA
CCAGCCTTTTTCATCTCCAATGCTGCCGCTAGT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 3

CO CL4272Contig1 1020 3 2 U
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GCCCGGTGTGTCGCTACTCCCCCATGGCGTCACCTCCTCTGCTGCCTCTCGGTCTGCTAT
GCCTATCGGCTTCTCGAGGCATAATAGTGGGGGCAGGGGAGTGGTGGTTGCGTCCTCGAC
GGTAGATACAAACAATATGCCGATGACGGGAGTGGTGTTCCAGCCGTTCGAGGAGGTGAA
GAAAGCGGATCTGGCCATTCCAATCACATCTCACGCCTCCCTCGCTCGCCAGAGGCATGC
CGACGCTAGCGAGGCTGCCATTAACGAGCAAATCAATGTGGAATACAACGTGTCGTATGT
GTACCATTCAATGTACGCCTACTTCGACAGAGACAACGTTGCTCTCAAGGGTCTTGCCAA
ATTTTTCAAGGAATCAAGTGATGAAGAAAGAGAGCACGCAGAGAAGTTTATGGAGTACCA
GAACAAAAGAGGAGGAAGAGTGAAACTCCACCCGATCGTCTCCCCTGTCTCTGATTTCGA
ACATGCTGAAAAAGGAGATGCTTTATATGCAATGGAGTTGGCCCTTTCTCTGGAGAAACT
TACCAACGAGAAGCTTCTAAACCTTCACAGAGTGGCATCAGAGAACAATGATCCCCAGTT
AGCTGATTTCGTTGAGAGTGAGTTTCTTGGAGAGCAGATTGAAGCAATCAAGAAGATCTC
AGACTTCATCACCCAGCTAAGGATGGTTGGCAAAGGACACGGAGTGTGGCACTTCGACCA
GATGCTTCTGAACTAGACTGGGACCTCACTTTATGCTCTGTGGGAGATTATTAAAAGAGA
ATGAAACCGAAGAAGATTCTGTAAAAGTTTCTAGAGTGGAAGTTATTATTTGGAGCAAAA
ATAAGATTGTAGTAGTAATAGTAGTAAGCTTTTGTGTGTTAAGATGATGGTTTTTGTAAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR96TF U 1
AF RR1B501TF U 1
AF RR1B501JQ C 188
BS 1 712 RR1B501TF
BS 713 1020 RR1B501JQ

RD RR1DR96TF 652 0 0
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QA 1 652 1 652
DS 

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GCCCGGTGTGTCGCTACTCCCCCATGGCGTCACCTCCTCTGCTGCCTCTCGGTCTGCTAT
GCCTATCGGCTTCTCGAGGCATAATAGTGGGGGCAGGGGAGTGGTGGTTGCGTCCTCGAC
GGTAGATACAAACAATATGCCGATGACGGGAGTGGTGTTCCAGCCGTTCGAGGAGGTGAA
GAAAGCGGATCTGGCCATTCCAATCACATCTCACGCCTCCCTCGCTCGCCAGAGGCATGC
CGACGCTAGCGAGGCTGCCATTAACGAGCAAATCAATGTGGAATACAACGTGTCGTATGT
GTACCATTCAATGTACGCCTACTTCGACAGAGACAACGTTGCTCTCAAGGGTCTTGCCAA
ATTTTTCAAGGAATCAAGTGATGAAGAAAGAGAGCACGCAGAGAAGTTTATGGAGTACCA
GAACAAAAGAGGAGGAAGAGTGAAACTCCACCCGATCGTCTCCCCTGTCTCTGATTTCGA
ACATGCTGAAAAAGGAGATGCTTTATATGCAATGGAGTTGGCCCTTTCTCTGGAGAAACT
TACCAACGAGAAGCTTCTAAACCTTCACAGAGTGGCATCAGAGAACAATGAT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1B501JQ 833 0 0
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GAAAAAGGAGATGCTTTATATGCAATGGAGTTGGCCCTTTCTCTGGAGAAACTTACCAAC
GAGAAGCTTCTAAACCTTCACAGAGTGGCATCAGAGAACAATGATCCCCAGTTAGCTGAT
TTCGTTGAGAGTGAGTTTCTTGGAGAGCAGATTGAAGCAATCAAGAAGATCTCAGACTTC
ATCACCCAGCTAAGGATGGTTGGCAAAGGACACGGAGTGTGGCACTTCGACCAGATGCTT
CTGAACTAGACTGGGACCTCACTTTATGCTCTGTGGGAGATTATTAAAAGAGAATGAAAC
CGAAGAAGATTCTGTAAAAGTTTCTAGAGTGGAAGTTATTATTTGGAGCAAAAATAAGAT
TGTAGTAGTAATAGTAGTAAGCTTTTGTGTGTTAAGATGATGGTTTTTGTAAT

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 3

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CAATGAGTTCAGCACGGAGATCCCCGTAATCTCTCTTGCCGGAATCGACGATGTTGGTGG
GAAAAGAGGAGAGATCTGTTGTCAGATCGTTGAAGCTTGTGAGAACTGGGGTGTTTTTCA
GGTGGTCGATCATGGAGTTGATACTAGTTTGGTGGCGGATATGACTCGTCTCGCTCGTGA
CTTCTTCGCTCTAACTCCTGATGAGAAACTGAAGTTCGACATGTCCGGTGGTAAAAAGGG
AGGATTCATTGTCTCTAGTCATCTTCAGGGAGAGTCTGTTCAAGATTGGAGAGAGATCAT
GACGTATTTCTCGTACCCGGTGAGAAACAGAGACTACTCACGGTGGCCGACTAAGCCGGA
AGGGTGGGTGAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGAGTTTGGCTTGTAAACT
TCTTGAGGTTTTGTCTGAAGCTATGGGACTTGAGAAAGAGGCACTTACCAATGCATGCGT
CGATATGGACCAGAAAATAGTTGTTAACTATTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGATCTAAC
CCTCGGACTCAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTGCTCCAGGACCAAGT
CGGTGGTTTACAAGCCACACGAGACGATGGGAAGACATGGATCACGGTTCAGCCTGTTGA
AGGAGCTTTTGTTGTTAATCTCGGCGACCATGGCCACTATCTGAGCAACGGGAGGTTCAA
GAACGCGGATCACCAGGCGGTGGTGAACTCCAACTCGAGCAGATTATCAATAGCCACGTT
CCAGAATCCGGCGCCGGAAGCAACCGTGTATCCTCTTAAAGTGAGAGAAGGAGAGAAGCC
GATCCTGGAGGAGCCTATTACGTTTGCGGAGATGTATAAGAGAAAGATGAGTAGAGATAT
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GCCTCTCGACCAAATCATCGCTTAGACTCCTTGTGTTGGCCCCTTGCTATTGTGTTGGTT
CGGTTGTGTAAGTTGGTACTGAATTTAAGTTATGTCATGTTGGGTGAATTTGTGTTGTAT
CTCTTTTCTATCATATATAAATAATGATAATAATGTCTATGACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN72TF U 1
AF RR1A555TF U 376
AF RR1BH25JQ C 430
BS 1 418 RR1CN72TF
BS 419 419 RR1A555TF
BS 420 647 RR1CN72TF
BS 648 851 RR1A555TF
BS 852 852 RR1BH25JQ
BS 853 1122 RR1A555TF
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BS 1188 1188 RR1BH25JQ
BS 1189 1219 RR1A555TF
BS 1220 1245 RR1BH25JQ

RD RR1CN72TF 647 0 0
TTTTTACCGTTTTGTAATTTAATTATAAATGGCTCCAGGAACTCTAACTGAGCTTGCCGG
AGAGACTAAGCTCAACTCTAAGTTCGTCCGGGACGAGGATGAACGTCCCAAGGTTGCCTA
CAATGAGTTCAGCACGGAGATCCCCGTAATCTCTCTTGCCGGAATCGACGATGTTGGTGG
GAAAAGAGGAGAGATCTGTTGTCAGATCGTTGAAGCTTGTGAGAACTGGGGTGTTTTTCA
GGTGGTCGATCATGGAGTTGATACTAGTTTGGTGGCGGATATGACTCGTCTCGCTCGTGA
CTTCTTCGCTCTAACTCCTGATGAGAAACTGAAGTTCGACATGTCCGGTGGTAAAAAGGG
AGGATTCATTGTCTCTAGTCATCTTCAGGGAGAGTCTGTTCAAGATTGGAGAGAGATCGT
GACGTATTTCTCGTACCCGGTGAGAAACAGAGACTACTCACGGTGGCCGACTAAGCCGGA
AGGGTGGGTGAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGAGTTTGGCTTGTAAACT
TCTTGAGGTTTTGTCTGAAGCTATGGGACTTGAGAAAGAGGCACTTACCAATGCATGCGT
CGATATGGACCAGAAAATAGTTGTTAACTATTACCCAAAATGCCCTC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1A555TF 857 0 0
G
AGTCATCTTCAGGGAGAGTCTGTTCAAGATTGGAGAGAGATCATGACGTATTTCTCGTAC
CCGGTGAGAAACAGAGACTACTCACGGTGGCCGACTAAGCCGGAAGGGTGGGTGAAAGTG
ACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGAGTTTGGCTTGTAAACTTCTTGAGGTTTTGTCT
GAAGCTATGGGACTTGAGAAAGAGGCACTTACCAATGCATGCGTCGATATGGACCAGAAA
ATAGTTGTTAACTATTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGATCTAACCCTCGGACTCAAGCGT
CACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTGCTCCAGGACCAAGTCGGTGGTTTACAAGCC
ACACGAGACGATGGGAAGACATGGATCACGGTTCAGCCTGTTGAAGGAGCTTTTGTTGTT
AATCTCGGCGACCATGGCCACTATCTGAGCAACGGGAGGTTCAAGAACGCGGATCCCCAG
GCGGTGGTGAACTCCAACTCGAGCAGATTATCAATAGCCACGTTCCAGAATCCGGCGCCG
GAAGCAACCGTGTATCCTCTTAAAGTGAGAGAAGGAGAGAAGCCGATCCTGGAGGAGCCT
ATTACGTTTGCGGAGATGTATAAGAGAAAGATGAGTAGAGATATTGAGCTGGCTCGCCTC
AAGAAGCTGGCGAAAGAAGAACATGACCACAAAGAAGCTGCCAAGCCTCTCGACCAAATC
ATCGCTTAGACTCCTTGTGTTGGCCC*TTGCTATTGTGTTGGTTCGGTTGTGTAAGTTGG
TACTGAATTTAAGTTATGTCATGTTGGGTGA*TTTGTGTTGTATCTCTTTTCTATCATAT
ATA
CTATGATATAAAA

QA 2 844 2 844
DS 

RD RR1BH25JQ 816 0 0
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GAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGAGTTTGGCTTGTAAACTTCTTGAGGT
TTTGTCTGAAGCTATGGGACTTGAGAAAGAGGCACTTACCAATGCATGCGTCGATATGGA
CCAGAAAATAGTTGTTAACTATTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGATCTAACCCTCGGACT
CAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTGCTCCAGGACCAAGTCGGTGGTTT
ACAAGCCACACGAGACGATGGGAAGACATGGATCACGGTTCAGCCTGTTGAAGGAGCTTT
TGTTGTTAATCTCGGCGACCATGGCCACTATCTGAGCAACGGGAGGTTCAAGAACGCGGA
TCACCAGGCGGTGGTGAACTCCAACTCGAGCAGATTATCAATAGCCACGTTCCAGAATCC
GGCGCCGGAAGCAACCGTGTATCCTCTTAAAGTGAGAGAAGGAGAGAAGCCGATCCTGGA
GGAGCCTATTACGTTTGCGGAGATGTATAAGAGAAAGATGAGTAGAGATATTGAGCTGGC
TCGCCTCAAGAAGCTGGCGAAAGAAGAACATGACCACAAGGAAGCTGCCAAGCCTCTCGA
CCAAATCATCGCTTAGACTCCTTGTGTTGGCCCCTTGCTATTGTGTTGGTTCGGTTGTGT
AAGTTGGTACTGAATTTAAGTTATGTCATGTTGGGTGAATTTGTGTTGTATCTCTTTTCT
ATCATATATAAATAATGATAATAATGTCTATGACGC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 3

CO CL4274Contig1 528 3 3 U
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GATTATTAACTCTGATGAGGTTCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGCGAAGAG
AGCTGTGCTTAAGAAGAACCCGTTGAAGAACCTTAACGTGATGCTTAAGTTGAATCCGTA
TTCTAAGACGGCAAAGAGGATGTCTCTGTTGGCTGAAGCGCAGAGGGTTAAGTCGAAGAA
GGAGAAGCTCGAGAAGAAGAGGAAACCCGTCACGAAGGAGGAGTCACAAGCTATTAAAGC
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CTTCACCAAGTGGCTTGGAGCCAGTCAGTAGTTCTATCCGGTTTAGGCAAAGATTTTTGG
TTATTACTTTATGTTATTCATTTTTCTTGGATTTCATCTCTGGAGTTGTTATTTCTTTGA
ATTTAAAGAGTATGAGCATGTTTTTAACTCAGTTCGGTTATTAGTCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FB58JQ C 1
AF RR1EB15TF U 265
AF RR1FB58TF U 1
BS 1 264 RR1FB58TF
BS 265 510 RR1EB15TF
BS 511 528 RR1FB58TF

RD RR1FB58JQ 528 0 0
GGAGATGAAGAAGGGTTATGTTTTGCCTCGTGCGAAGATGGTGAACGCTGATTTGGCTAG
GATTATTAACTCTGATGAGGTTCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGCGAAGAG
AGCTGTGCTTAAGAAGAACCCGTTGAAGAACCTTAACGTGATGCTTAAGTTGAATCCGTA
TTCTAAGACGGCAAAGAGGATGTCTCTGTTGGCTGAAGCGCAGAGGGTTAAGTCGAAGAA
GGAGAAGCTCGAGAAGAAGAGGAAACCCGTCACGAAGGAGGAGTCACAAGCTATTAAAGC
TGCAGGCAAGGCGTGGTACAAGACTATGATCTCAGACAGTGATTACACAGAGTTTGATAA
CTTCACCAAGTGGCTTGGAGCCAGTCAGTAGTTCTATCCGGTTTAGGCAAAGATTTTTGG
TTATTACTTTATGTTATTCATTTTTCTTGGATTTCATCTCTGGAGTTGTTATTTCTTTGA
ATTTAAAGAGTATGAGCATGTTTTTAACTCAGTTCGGTTATTAGTCCT

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1EB15TF 246 0 0
ACCCGTCACGAAGGAGGAGTCACAAGCTATTAAAGCTGCAGGCAAGGCGTGGTACAAGAC
TATGATCTCAGACAGTGATTACACAGAGTTTGATAACTTCACCAAGTGGCTTGGAGCCAG
TCAGTAGTTCTATCCGGTTTAGGCAAAGATTTTTGGTTATTACTTTATGTTATTCATTTT
TCTTGGATTTCATCTCTGGAGTTGTTATTTCTTTGAATTTAAAGAGTATGAGCATGTTTT
TAACTC

QA 1 246 1 246
DS 

RD RR1FB58TF 528 0 0
GGAGATGAAGAAGGGTTATGTTTTGCCTCGTGCGAAGATGGTGAACGCTGATTTGGCTAG
GATTATTAACTCTGATGAGGTTCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGCGAAGAG
AGCTGTGCTTAAGAAGAACCCGTTGAAGAACCTTAACGTGATGCTTAAGTTGAATCCGTA
TTCTAAGACGGCAAAGAGGATGTCTCTGTTGGCTGAAGCGCAGAGGGTTAAGTCGAAGAA
GGAGAAGCTCGAGAAGAAGAGGAAACCCGTCACGAAGGAGGAGTCACAAGCTATTAAAGC
TGCAGGCAAGGCGTGGTACAAGACTATGATCTCAGACAGTGATTACACAGAGTTTGATAA
CTTCACCAAGTGGCTTGGAGCCAGTCAGTAGTTCTATCCGGTTTAGGCAAAGATTTTTGG
TTATTACTTTATGTTATTCATTTTTCTTGGATTTCATCTCTGGAGTTGTTATTTCTTTGA
ATTTAAAGAGTATGAGCATGTTTTTAACTCAGTTCGGTTATTAGTCCT

QA 1 528 1 528
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4276Contig1 786 2 4 U
GACCACCATACCAGACTCGTTATTCTTTATTTCTTTTGCTCTCCTTCTCTAAGTCTTACC
AAATTCTATTCAGATTCTTTGTTCTCTACTCTAAACCGAGAAAAGGTGAAGAGGAGGAAA
CGATCAAAGAGGAGACATGTCTTGTAATAATGGCTTAGCTTTCTTCCCTGCAAATTTCAG
TCTCCAAAACCATCACCAAGAAGAAGAAGAAGATCATCCCCAATATCTTCTTCCTTCTTG
CACTCCACCTCAAGACTACCATGGGTTTCTTGGTAAGAGATCTCCAATGCCGAACGTAGA
AGGGTTTTGTAACTTAGAGATGAACGGAGAGGAAGATTTTTCAGACGACGGATCTAAGAT
GGGAGAGAAGAAGAGGAGACTGAACATGGAGCAGTTAAAGACGCTAGAGAAGAACTTCGA
GCTTGGTAATAAACTCGACTCGGATAGAAAACTAGAGCTGGCTCGTGTCTTGGGGTTACA
ACCAAGACAAATCGCGATTTGGTTCCAAAACAGAAGGGCACGATCCAAAACAAAGCAGCT
CGAGAGAGACTACGATGCCCTCAAGCGTCAGTTCGAGAGTCTCAAAGACGAGAACGATCT
CCTTCAAACTCAAAACCAGAAGCTTCAGGCTCAGGTAATAGCATTAAAAAGCAAAGAACC
AATAGAATCAATCAATCTGACAAAGAGAAGTTCATGTAGTAACAGAAGTGAGAACATATC
CGTGAAATCAGACGGGCCATCCACCGTCTTCACGACAGCTACAACGATGCAGTTTTCATA
ACTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1D572TF U 1
AF RR1C264TF U 6
BS 1 233 RR1D572TF
BS 234 234 RR1C264TF
BS 235 513 RR1D572TF
BS 514 786 RR1C264TF

RD RR1D572TF 513 0 0
GACCACCATACCAGACTCGTTATTCTTTATTTCTTTTGCTCTCCTTCTCTAAGTCTTACC
AAATTCTATTCAGATTCTTTGTTCTCTACTCTAAACCGAGAAAAGGTGAAGAGGAGGAAA
CGATCAAAGAGGAGACATGTCTTGTAATAATGGCTTAGCTTTCTTCCCTGCAAATTTCAG
TCTCCAAAACCATCACCAAGAAGAAGAAGAAGATCATCCCCAATATCTTCTTCTTTCTTG
CACTCCACCTCAAGACTACCATGGGTTTCTTGGTAAGAGATCTCCAATGCCGAACGTAGA
AGGGTTTTGTAACTTAGAGATGAACGGAGAGGAAGATTTTTCAGACGACGGATCTAAGAT
GGGAGAGAAGAAGAGGAGACTGAACATGGAGCAGTTAAAGACGCTAGAGAAGAACTTCGA
GCTTGGTAATAAACTCGACTCGGATAGAAAACTAGAGCTGGCTCGTGTCTTGGGGTTACA
ACCAAGACAAATCGCGATTTGGTTCCAAAACAG

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1C264TF 781 0 0
GG
ATACCAGACTCGTTATTCTTTATTTCTTTTGCTCTCCTTCTCTAAGTCTTACCAAATTCT
ATTCAGATTCTTTGTTCTCTACTCTAAACCGAGAAAAGGTGAAGAGGAGGAAACGATCAA
AGAGGAGACATGTCTTGTAATAATGGCTTAGCTTTCTTCCCTGCAAATTTCAGTCTCCAA
AACCATCACCAAGAAGAAGAAGAAGATCATCCCCAATATCTTCTTCCTTCTTGCACTCCA
CCTCAAGACTACCATGGGTTTCTTGGTAAGAGATCTCCAATGCCGAACGTAGAAGGGTTT
TGTAACTTAGAGATGAACGGAGAGGAAGATTTTTCAGACGACGGATCTAAGATGGGAGAG
AAGAAGAGGAGACTGAACATGGAGCAGTTAAAGACGCTAGAGAAGAACTTCGAGCTTGGT
AATAAACTCGACTTGGATAGAAAACTAGAGCTGGCTCGTGTCTTGGGGTTACAACCAAGA
CAAATCGCGATTTGGTTCCAAAACAGAAGGGCACGATCCAAAACAAAGCAGCTCGAGAGA
GACTACGATGCCCTCAAGCGTCAGTTCGAGAGTCTCAAAGACGAGAACGATCTCCTTCAA
ACTCAAAACCAGAAGCTTCAGGCTCAGGTAATAGCATTAAAAAGCAAAGAACCAATAGAA
TCAATCAATCTGACAAAGAGAAGTTCATGTAGTAACAGAAGTGAGAACATATCCGTGAAA
TCAGACGGGCCATCCACCGTCTTCACGACAGCTACAACGATGCAGTTTTCATAACTCGT

QA 3 781 3 781
DS 



AS 1 2

CO CL4277Contig1 874 2 2 U
GCAGCCGAAGCAGATTCCGCCCTAAAAGAGTTTCTCCAAAACTCCCATCAGGAAGCTACA
ACATTGCTCAAATCACCTACGAGCTCAACGTGTTAGGCACGCGCGGGCCAAGGAGAATGC
ACTGCATCATGAACTCCATCCCAACCTCATCTCTCGAACCGGGCGGCTCGGTTCCTAACC
AGCCTGAGAAGCTCCTCCCGCCGCCGCCACGGCGCTCTCTCGACGAGTCGTTCCGCAGCA
ACATCTCCTTCTCCAAGTCATCGCTAGACCACCGCTCCCTAGACTTCAGCAGCTCTAGAT
TCTCCGATATCGGAGGAGGAGTATCGTGCGAGGAAGACCGAGAAGAAGAGACGAGTTTCA
GACCGTTGGTTCTGAAGAACAAGCAGCCGAGGTGGCACGAACAGCTGCAGTGCTGGTGTT
TGAATTTCCGCGGACGCGTGACGGTTGCGTCCGTTAAGAACTTCCAGCTTGTGGCGGTGA
GACAGCCGCCCCAGACGCAGGGGACAGGCGGCGGCGGAGTTGCACCAGTGCAGGGGGCTC
ATGGAGAGCAGCAAGACAAGGTGATTCTGCAGTTTGGTAAAGTGGGGAAAGATATGTTCA
CGATGGATTATAGGTATCCGTTGTCTACGTTTCAGGCGTTTGCGATTTGCTTAAGCAGCT
TTGACACCAAGCTCGCTTGTGAATAAAAAGAAGCAACATTCATCGTCTACTTATCCTAGA
CAATTCATACTAATCGGTATTTGTGTTTCTTTATCTATGGTCTTGTCTATCAATTTGTCT
CAGTACACGAGTGTTTACTGTGAGAGTCGGACGTCTATTATTAACCTCTTCTCTGTCAAT
TGAAAATTTAATGGGCAATCTTCACGAACTTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FJ91TF U 1
AF RR1FJ91JQ C 48
BS 1 625 RR1FJ91TF
BS 626 874 RR1FJ91JQ

RD RR1FJ91TF 632 0 0
GCAGCCGAAGCAGATTCCGCCCTAAAAGAGTTTCTCCAAAACTCCCATCAGGAAGCTACA
ACATTGCTCAAATCACCTACGAGCTCAACGTGTTAGGCACGCGCGGGCCAAGGAGAATGC
ACTGCATCATGAACTCCATCCCAACCTCATCTCTCGAACCGGGCGGCTCGGTTCCTAACC
AGCCTGAGAAGCTCCTCCCGCCGCCGCCACGGCGCTCTCTCGACGAGTCGTTCCGCAGCA
ACATCTCCTTCTCCAAGTCATCGCTAGACCACCGCTCCCTAGACTTCAGCAGCTCTAGAT
TCTCCGATATCGGAGGAGGAGTATCGTGCGAGGAAGACCGAGAAGAAGAGACGAGTTTCA
GACCGTTGGTTCTGAAGAACAAGCAGCCGAGGTGGCACGAACAGCTGCAGTGCTGGTGTT
TGAATTTCCGCGGACGCGTGACGGTTGCGTCCGTTAAGAACTTCCAGCTTGTGGCGGTGA
GACAGCCGCCCCAGACGCAGGGGACAGGCGGCGGCGGAGTTGCACCAGTGCAGGGGGCTC
ATGGAGAGCAGCAAGACAAGGTGATTCTGCAGTTTGGTAAAGTGGGGAAAGATATGTTCA
CGATGGATTATAGGTATCCGTTGTC
TACGTTT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1FJ91JQ 827 0 0
ATCAGG
AGCTACAACAT*GCTCAAATCAC*TACGAGCTCAACGTGT*AGGCACGCGCGGGCCAAGG
AGAATGCACTGCATCATGAACTCCATCCCAAC*TCATCTCTCGAACCGGGCGGCTCGGTT
CCTAACCAGCCTGAGAAGCTCCTCCCGCCGCCGCCACGGCGCTCTCTCGACGAGTCGTTC
CGCAGCAACATCTCCTTCTCCAAGTCATCGCTAGACCACCGCTCCCTAGACTTCAGCAGC
TCTAGATTCTCCGATATCGGAGGAGGAGTATCGTGCGAGGAAGACCGAGAAGAAGAGACG
AGTTTCAGACCGTTGGTTCTGAAGAACAAGCAGCCGAGGTGGCACGAACAGCTGCAGTGC
TGGTGTTTGAATTTCCGCGGACGCGTGACGGTTGCGTCCGTTAAGAACTTCCAGCTTGTG
GCGGTGAGACAGCCGCCCCAGACGCAGGGGACAGGCGGCGGCGGAGTTGCACCAGTGCAG
GGGGCTCATGGAGAGCAGCAAGACAAGGTGATTCTGCAGTTTGGTAAAGTGGGGAAAGAT
ATGTTCACGATGGATTATAGGTATCCGTTGTCTACGTTTCAGGCGTTTGCGATTTGCTTA
AGCAGCTTTGACACCAAGCTCGCTTGTGAATAAAAAGAAGCAACATTCATCGTCTACTTA
TCCTAGACAATTCATACTAATCGGTATTTGTGTTTCTTTATCTATGGTCTTGTCTATCAA
TTTGTCTCAGTACACGAGTGTTTACTGTGAGAGTCGGACGTCTATTATTAACCTCTTCTC
TGTCAATTGAAAATTTAATGGGCAATCTTCACGAACTTAGT

QA 7 827 7 827
DS 



AS 1 3

CO CL4278Contig1 808 3 19 U
GGAGAAAACAAAAACAAAAAGAGGATAAACATAAAAAGAAGCTACAAAAAAATATTATAA
GTATCAATAAGGTAAACTACAATAAAAATGGTGGGCATGCGTAAACCAAAGGCGTTGTTT
GTTGTACTACTAGTGGTTTTGGCCATCTCAGTAGCAAAGGCTGCCAAGGATCTCAAAGAA
AAAGATGCTGGAGTCCCAAGAAACTTAAGTGAAGACGATAATCCTAAAAAAGATGGAAAA
GATGGAAAAGATGCAAAAGATGCAAAAGATGGAAAAGATGGAAAAGATGCAGAAGATGCA
AAAGATGGAAAAGATGCAAAAGATGCAAAAGATGGAAAAGATTCAAAAGATGCAAAAGAT
GGAAAAGATTCAAAAGATGCAAAAGATGAAAAAGATGCATCTATCGGTTCCAAAATAAAA
GACAAAGTCAAAGGAGCTGCTGCGTCGGTTGCATCAGCCGCATCTAACGCATCTTCTGCC
TCAGCTGCATCTGTCGCTTCTGCTGCCTCGGCTGCATCAGGTAAAATCAAAGGAGCTGTT
GCACCTATTGGTGATAAGTTGGGAATCAAAGGAGGCGCGCCAAGCGGTCCATCAATGGAT
GTTAAAGCAAGTGGAGCTAAAGGAGATGGCAAAACTGACGACAGTGCGGCATTTATGGAT
GTATGGAAAAAAGCAATTGCAGCAACAACACCAACAACGATTTTAGTGCCAAAGGGTGAC
TACTTGGTGGAAACCTTAGAACTCGATGGTCCAAGCAAAGTCCCATCACTTTCGAAATGC
AAGCAATCTTAAGCTCCATCTGCTGTCA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G182TF U 1
AF RR1GD58TF U 1
AF RR1CG75TF U 68
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BS 591 620 RR1G182TF
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DS 

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GTTGTACTACTAGTGGTTTTGGCCATCTCAGTAGCAAAGGCTGCCAAGGATCTCAAAGAA
AAAGATGCTGGAGTCCCAAGAAACTTAAGTGAAGACGATAATCCTAAAAAAGATGGAAAA
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AAAGATGGAAAAGATGCAAAAGATGCAAAAGATGGAAAAGATTCAAAAGATGCAAAAGAT
GGAAAAGATTCAAAAGATGCAAAAGATGAAAAAGATGCATCTATCGGTTCCAAAATAAAA
GACAAAGTCAAAGGAGCTGCTGCGTCGGTTGCATCAGCCGCATCTAACGCATCTTCTGCC
TCAGCTGCATCTGTCGCTTCTGCTGCCTCGGCTGCATCAGGTAAAATCAAAGGAGCTGTT
GCACCTATTGGTGATAAGTTGGGAATCAAAGGAGGCGCGCCAAGCGGTCCATCAATGGAT
GTTAAAGCAAGTGGAGCTAAAGGAGATGGCAAAACTGACGACAGTGCGGCATTTATGGAT
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TG

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DS 

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G
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TGGAGTCCCAAGAAACTTAAGTAAAGACGATAATCCTAAAAAAGATGGAAAAGATGGAAA
AGATGCAAAAGATGCAAAAGATGGAAAAGATGGAAAAGATGCAGAAGATGCAAAAGATGG
AAAAGATGCAAAAGATGCAAAAGATGGAAAAGATTCAAAAGATGCAAAAGATGGAAAAGA
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TGGTGATAAGTTGGGAATCAAAGGAGGCGCGCCAAGCGGTCCATCAATGGATGTTAAAGC
AAGTGGAGCTAAAGGAGATGGCAAAACTGATGACAGTGCGGCATTTATGGATGTATGGAA
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GGAAACCTTAGAACTCGATGGTCCAAGCAAAGTCCCATCACTTTCGAAATGCAAGCAATC
TTAAGCTCCATCTGCTGTCA

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DS 



AS 1 3

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CATCAGAATCAAGAACGAAACTAAGCATTTTAGTACGAAAGAAATATAAAAAAAAGATAG
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TGTGGAAGCTTGGCGCAATCTCAAACACCTCCGCTTCCACCCCTGCACCCTCTTTTCTAC
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CTACCTCCATCAGCTTCTCCGTGATCTCTGACGCCTCTCGGTTGGACGTAAACCTCATCT
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AACCGGCAAGGAGCACGTAAAGAACGACACCACAAGACCACACATCGGCTTTAAACCCGT
CATACC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET08JQ U 1
AF RR1AF14JQ U 1
AF RR1AF14TF C 34
BS 1 832 RR1AF14JQ
BS 833 846 RR1AF14TF

RD RR1ET08JQ 721 0 0
G
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ATCAGAATCAAGAACGAAACTAAACATTTTAGTACGAAAGAAATATAAAAAAAAGATAGT
AGTAGTTTAACAGTTTCAATGCCAAGCCAATGCAATGTCCATCAAAGCTGGCCTTATACT
CTCCTTCATCAATCTCTTATACTCCGCAGTATCTCCACCGTTCTTCTTCATCACCACCAT
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TTCCATCTTCACCCTCCATCCTTCTTCCTTCTTCTTCACTTTCATCTTAAGTTCCCTCCC
TACCTCCATCAGCTTCTCCGTGATCTCTGACGCCTCTCGGTTGGACGTAAACCTCATCTC
CTCCTTCTCTTCGCCTTTCTCAAACAGTCCCGAGAGATCAAACCCGGTGGACAGCGAAAT
GATCTCAAAAGCATTCAGGTTGATACACTGCTTCTTTGCCTTGTCACAGTCCTCATGCAC
CGTTGACTCTGCGTCGTCGGTCTCTGCATCATCAGCATCGTCTTTCTCCTTTTCTAGGCC
TTTCCTGAACCAAGAACTCTGCATGATCTTCTCAGTAGATATCCTCGTGTTGGGGTTAGG
ATCCAAGATCTTCTTGAGCAATCTCCTAGCCCCGGGAGCAAACCAGTTGGGGAACTTGAA

QA 2 721 2 721
DS 

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CATCAGAATCAAGAACGAAACTAAGCATTTTAGTACGAAAGAAATATAAAAAAAAGATAG
TAGTAGTTTAACAGTTTCAATGCCAAGCCAATGCAATGTCCATCAAAGCTGGCCTTATAC
TCTCCTTCATCAATCTCTTATACTCCGCAGTATCTCCACCGTTCTTCTTCATCACCACCA
TGTGGAAGCTTGGCGCAATCTCAAACACCTCCGCTTCCACCCCTGCACCCTCTTTTCTAC
CTTCCATCTTCACCCTCCATCCTTCTTCCTTCTTCTTCACTTTCATCTTAAGTTCCCTCC
CTACCTCCATCAGCTTCTCCGTGATCTCTGACGCCTCTCGGTTGGACGTAAACCTCATCT
CCTCCTTCTCTTCGCCTTTCTCAAACAGTCCCGAGAGATCAAACCCGGTGGACAGCGAAA
TGATCTCAAAAGCATTCAGGTTGATACACTGCTTCTTTGCCTTGTCACAGTCCTCATGCA
CCGTTGACTCTGCGTCGTCGGTCTCTGCATCATCAGCATCGTCTTTCTCCTTTTCTAGGC
CTTTCCTGAACCAAGAACTCTGCATGATCTTCTCAGTAGATATCCTCGTGTTGGGGTTAG
GATCCAAGATCTTCTTGAGCAATCTCCTAGCCCCGGGAGCAAACCAGTTGGGGAACTTGA
ACTCGGCTTTACCAATCTTCTTATACAAGTCAATGAGGTTGGAGTCACGGAAAGGGAGAT
AACCGGCAAGGAGCACGTAAAGAACGACACCACAAGACCACACATCGGCTTT

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR1AF14TF 813 0 0
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CTCCACCGTTCTTCTTCATCACCACCATGTGGAAGCTTGGCGCAATCTCAAACACCTCCG
CTTCCACCCCTGCACCCTCTTTTCTACCTTCCATCTTCACCCTCCATCCTTCTTCCTTCT
TCTTCACTTTCATCTTAAGTTCCCTCCCTACCTCCATCAGCTTCTCCGTGATCTCTGACG
CCTCTCGGTTGGACGTAAACCTCATCTCCTCCTTCTCTTCGCCTTTCTCAAACAGTCCCG
AGAGATCAAACCCGGTGGACAGCGAAATGATCTCAAAAGCATTCAGGTTGATACACTGCT
TCTTTGCCTTGTCACAGTCCTCATGCACCGTTGACTCTGCGTCGTCGGTCTCTGCATCAT
CAGCATCGTCTTTCTCCTTTTCTAGGCCTTTCCTGAACCAAGAACTCTGCATGATCTTCT
CAGTAGATATCCTCGTGTTGGGGTTAGGATCCAAGATCTTCTTGAGCAATCTCCTAGCCC
CGGGAGCAAACCAGTTGGGGAACTTGAACTCGGCTTTACCAATCTTCTTATACAAGTCAA
TGAGGTTGGAGTCACGGAAAGGGAGATAACCGGCAAGGAGCACGTAAAGAACGACACCAC
AAGACCACACATCGGCTTTAAACCCGTCATACC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 3

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ACCGCAGGGTTATCCTCATCAATCTCCTCCTTATGCACCGCAATATGCACAGCAGCATCA
GCAGCAACAACAGAGTAAGCCTGGGTGTCTAGACGGATGTCTTGCTGTTCTCTGCTGTTG
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TGCAAGAGAGTGTTTGGCAACACAAGATCATTTGTTGTGTAATGGGCATTAAAATGAATT
TCTGGATACAATCTCTTGTATATCCTCTGTCGTATTATCTTTTATGTTTTCGATTCATAA
ATAACATATTGTCTATCGACTTTCTGGCTTGGTTTGGATTTGAGACTAGCGGGAATGTAA
ATTGGTGTGGTTGTGGAGACACTATTCCTTTTATTTACTTCCGTATGTCATTGGATTTTG
TTTTAATAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1H282TF U 44
AF RR1D682TF U 1
AF RR1D682JQ C 2
BS 1 665 RR1D682TF
BS 666 669 RR1D682JQ

RD RR1H282TF 577 0 0
GG
ACTGTTAGTCATCTCCTTTCGTCGTCTCTCTAGCTACACGTTCCACAGGAGATCAGAAAC
AACAATGAGTCAATACAATCAACATCCCGTTGGTGTTCCTCCTCCTCAAGGTTATCCGCC
TGAGGGGTATCCACCGCAAGGATATCCTCCTCAGGGATATCCGCCTCAAGGCTACCCACA
GCAGGGCTATCCACCACCGCAGGGTTATCCTCATCAATCTCCTCCTTATGCACCGCAATA
TGCACAGCAGCATCAGCAGCAACAACAGAGCAAGCCTGGGTGTCTAGACGGATGTCTTGC
TGTTCTCTGCTGTTGTTGTCTCTGTGATCTTTGCATCTTCTGATTGGAGTACCTGCTCGG
AGCTGCTGATTTAATTGCAAGAGAGTGTTTGGCAACACAAGATCATTTGTTGTGTAATGG
GCATTAAAATGAATTTCTGGATACAATCTCTTGTATATCCTCTGTCGTATTATCTTTTAT
GTTTTCGATTCATAAATAACATATTGTCTATCGACTTTCTGGCTTGGTTTGGATTTGAGA
CTAGCGGGAATGTAAATTGGTGTGGTTGTGGAGAC

QA 3 577 3 577
DS 

RD RR1D682TF 668 0 0
GGATGGCTCCTATAACTTCTCTAGCTCTCAGGACCTAGGATTTGCACTGTTAGTCATCTC
CTTTCGTCGTCTCTCTAGCTACACGTTCCACAGGAGATCAGAAACAACAATGAGTCAATA
CAATCAACATCCCGTTGGTGTTCCTCCTCCTCAAGGTTATCCGCCTGAGGGGTATCCACC
GCAAGGATATCCTCCTCAGGGATATCCGCCTCAAGGCTACCCACAGCAGGGCTATCCACC
ACCGCAGGGTTATCCTCATCAATCTCCTCCTTATGCACCGCAATATGCACAGCAGCATCA
GCAGCAACAACAGAGTAAGCCTGGGTGTCTAGACGGATGTCTTGCTGTTCTCTGCTGTTG
TTGTCTCTGTGATCTTTGCATCTTCTGATTGGAGTACCTGCTCGGAGCTGCTGATTTAAT
TGCAAGAGAGTGTTTGGCAACACAAGATCATTTGTTGTGTAATGGGCATTAAAATGAATT
TCTGGATACAATCTCTTGTATATCCTCTGTCGTATTATCTTTTATGTTTTCGATTCATAA
ATAACATATTGTCTATCGACTTTCTGGCTTGGTTTGGATTTGAGACTAGCGGGAATGTAA
ATTGGTGTGGTTGTGGAGACACTATTCCTTTTATTTACTTCCGTATGTCATTGGATTTTG
TTTTA
TAC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1D682JQ 668 0 0
GATGGCTCCTATAACTTCTCTAGCTCTCAGGACCTAGGATTTGCACTGTTAGTCATCTCC
TTTCGTCGTCTCTCTAGCTACACGTTCCACAGGAGATCAGAAACAACAATGAGTCAATAC
AATCAACATCCCGTTGGTGTTCCTCCTCCTCAAGGTTATCCGCCTGAGGGGTATCCACCG
CAAGGATATCCTCCTCAGGGATATCCGCCTCAAGGCTACCCACAGCAGGGCTATCCACCA
CCGCAGGGTTATCCTCATCAATCTCCTCCTTATGCACCGCAATATGCACAGCAGCATCAG
CAGCAACAACAGAGTAAGCCTGGGTGTCTAGACGGATGTCTTGCTGTTCTCTGCTGTTGT
TGTCTCTGTGATCTTTGCATCTTCTGATTGGAGTACCTGCTCGGAGCTGCTGATTTAATT
GCAAGAGAGTGTTTGGCAACACAAGATCATTTGTTGTGTAATGGGCATTAAAATGAATTT
CTGGATACAATCTCTTGTATATCCTCTGTCGTATTATCTTTTATGTTTTCGATTCATAAA
TAACATATTGTCTATCGACTTTCTGGCTTGGTTTGGATTTGAGACTAGCGGGAATGTAAA
TTGGTGTGGTTGTGGAGACACTATTCCTTTTATTTACTTCCGTATGTCATTGGATTTTGT
TTTAATAC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 3

CO CL4281Contig1 1065 3 4 U
GGGTTGCAGAAGAAGTGGACTAACAATGGCGGTCCTCGAAGCTGCTCTCTCCATCCTCTC
TTTCTCCTCATCCTCCTCCTCTTCTTCTTCCTCCTCATCCTCAAAACCTCATCTCTTCTC
TAGGCAAACTAAACCCATCTCCTTAAGTATTCGAACTCCCACTAACCTCTCTCCCGTCTC
CCCTCTCAGTATTCCTCTTCGTGCTCGGCGACTCGTCTCTCTATTCTCTTCCGTCGCAGA
GGAAGAAACTTCCCTTACGGATGAGAAGACCGAAGAAACCACCCAGACGACGAATCTCAA
AAGGAAGCTCTTTGTGTTCAATCTCCCCTGGTCTATGAGTGTCAACGACATCTCCAACCT
CTTCGGACAATGCGGAACTGTCTTAAGCGTCGAGATAATAAAGCAAAAAGATGGGAAAAA
CAGAGGCTTTGCCTTCGTAACCATGTCCTCTGGTGAAGAAGCTCAATCCGCTGTTGAAAA
GTTCGATTCTTTCCAAGTCTCAGGGAGGATCATAAGGGTTAACTTTGCAAGAAAGTTCAA
GAAGCCTCCTAAGCCCCTTCCTCCTTCTGCTTCTTCTTCTTCCCCTGGAGAAACACGTCA
CAAACTCTATGTGTCTAACCTCGCTTGGAAAGCGAGATCGACTCATCTCCGTGAGTTCTT
CACTGCTGCTGACTTCAACTTGGTTTCAGCTCTTGTTGTTTTCGCTGACCCTGGAGGTAG
AGCTTCTGGCTATGGCTTTGTCTCGTTCCTTACTAGAGAAGAAGCTGAGGATGCAATCTC
TAAACTCGACGGGAAGGAGCTTATGGGCAGACCTATCAGTCTTAAGTTTAGTTTGAGAAG
CGCTGGTGAATCTGAAGATAGTAACACAATACAAGACAACAATACTTCTGAAGAAGAACC
TGAAGTGGCTAGTGACACAACAGAAGCCTCTGAAGAAAAAACTGTGGAGTGATGATGACT
CTTATTCTTTCTCAGTTTATTCTTCACTACACATCTTTATTACAAAGTTTTGAATATGTA
AGAACACAAAAATTAGAATTTATTGGCAAACTAAGACTTAATGAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F601TF U 1
AF RR1AG27TF U 1
AF RR1AG27JQ C 360
BS 1 220 RR1AG27TF
BS 221 221 RR1F601TF
BS 222 756 RR1AG27TF
BS 757 1065 RR1AG27JQ

RD RR1F601TF 656 0 0
GGGTTGCAGAAGAAGTGGACTAACAATGGCGGTCCTCGAAGCTGCTCTCTCCATCCTCTC
TTTCTCCTCATCCTCCTCCTCTTCTTCTTCCTCCTCATCCTCAAAACCTCATCTCTTCTC
TAGGCAAACTAAACCCATCTCCTTAAGTATTCGAACTCCCACTAACCTCTCTCCCGTCTC
CCCTCTCAGTATTCCTCTTCGTGCTCGGCGACTCGTCTCTCT***CTCTTCCGTCGCAGA
GGAAGAAACTTCCCTTACGGATGAGAAGACCGAAGAAACCACCCAGACGACGAATCTCAA
AAGGAAGCTCTTTGTGTTCAATCTCCCCTGGTCTATGAGTGTCAACGACATCTCCAACCT
CTTCGGACAATGCGGAACTGTCTTAAGCGTCGAGATAATAAAGCAAAAAGATGGGAAAAA
CAGAGGCTTTGCTTTCGTAACCATGTCCTCTGGTGAAGAAGCTCAATCCGCTGTTGAAAA
GTTCGATTCTTTCCAAGTCTCAGGGAGGATCATAAGGGTTAACTTTGCAAGAAAGTTCAA
GAAGCCTCCTAAGCCCCTTCCTCCTTCTGCTTCTTCTTCTTCCCCTGGAGAAACGCGTCA
CAAACTCTATGTGTCTAACCTCGCTTGGAAAGCGAGATCGACTCATCTCCGTGAGT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1AG27TF 756 0 0
GGGTTGCAGAAGAAGTGGACTAACAATGGCGGTCCTCGAAGCTGCTCTCTCCATCCTCTC
TTTCTCCTCATCCTCCTCCTCTTCTTCTTCCTCCTCATCCTCAAAACCTCATCTCTTCTC
TAGGCAAACTAAACCCATCTCCTTAAGTATTCGAACTCCCACTAACCTCTCTCCCGTCTC
CCCTCTCAGTATTCCTCTTCGTGCTCGGCGACTCGTCTCTGTATTCTCTTCCGTCGCAGA
GGAAGAAACTTCCCTTACGGATGAGAAGACCGAAGAAACCACCCAGACGACGAATCTCAA
AAGGAAGCTCTTTGTGTTCAATCTCCCCTGGTCTATGAGTGTCAACGACATCTCCAACCT
CTTCGGACAATGCGGAACTGTCTTAAGCGTCGAGATAATAAAGCAAAAAGATGGGAAAAA
CAGAGGCTTTGCCTTCGTAACCATGTCCTCTGGTGAAGAAGCTCAATCCGCTGTTGAAAA
GTTCGATTCTTTCCAAGTCTCAGGGAGGATCATAAGGGTTAACTTTGCAAGAAAGTTCAA
GAAGCCTCCTAAGCCCCTTCCTCCTTCTGCTTCTTCTTCTTCCCCTGGAGAAACACGTCA
CAAACTCTATGTGTCTAACCTCGCTTGGAAAGCGAGATCGACTCATCTCCGTGAGTTCTT
CACTGCTGCTGACTTCAACTTGGTTTCAGCTCTTGTTGTTTTCGCTGACCCTGGAGGTAG
AGCTTCTGGCTATGGCTTTGTCTCGTTCCTTACTAG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1AG27JQ 706 0 0
TCTTCGGACAATGCGGAACTGTCTTAAGCGTCGAGATAATAAAGCAAAAAGATGGGAAAA
ACAGAGGCTTTGCCTTCGTAACCATGTCCTCTGGTGAAGAAGCTCAATCCGCTGTTGAAA
AGTTCGATTCTTTCCAAGTCTCAGGGAGGATCATAAGGGTTAACTTTGCAAGAAAGTTCA
AGAAGCCTCCTAAGCCCCTTCCTCCTTCTGCTTCTTCTTCTTCCCCTGGAGAAACACGTC
ACAAACTCTATGTGTCTAACCTCGCTTGGAAAGCGAGATCGACTCATCTCCGTGAGTTCT
TCACTGCTGCTGACTTCAACTTGGTTTCAGCTCTTGTTGTTTTCGCTGACCCTGGAGGTA
GAGCTTCTGGCTATGGCTTTGTCTCGTTCCTTACTAGAGAAGAAGCTGAGGATGCAATCT
CTAAACTCGACGGGAAGGAGCTTATGGGCAGACCTATCAGTCTTAAGTTTAGTTTGAGAA
GCGCTGGTGAATCTGAAGATAGTAACACAATACAAGACAACAATACTTCTGAAGAAGAAC
CTGAAGTGGCTAGTGACACAACAGAAGCCTCTGAAGAAAAAACTGTGGAGTGATGATGAC
TCTTATTCTTTCTCAGTTTATTCTTCACTACACATCTTTATTACAAAGTTTTGAATATGT
AAGAACACAAAAATTAGAATTTATTGGCAAACTAAGACTTAATGAC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 3

CO CL4282Contig1 528 3 9 U
GGGCATATGATATACTGATACTTTGTGTATGTTTATCTTCTTCTTACAGCTTATAAAAAT
GTTGACATTCCCACTTTGTGGTTGCGAGTTATCTTCAGAATCCAAGACTCTAGCGTTTGC
TGCTCCATTGGTTTCTATCTCGCATACCAAAAGACAGATTGTGCTGGGACGGCGCGATTC
CGTCAAAGTTTCTGCAGCAAAATCCGGAAATTTCTCGCTTGGTTCGATATTCAAAAGCTG
TGACACTTGTGGAGCCAAAGGAGCAATTGAACGCCCCGGTTGCAAGGGAACAGGTAGAAA
TAAGAAGAATGGGAATATTTTCGAGAGGTGGAAATGTTTTGATTGCCAAGGATTCGGTAT
GAAGAGCTGTCCTAAATGTGGGAAGGGAGGTTTGACGCCAGAACAAAGAGGGGAAAGATA
GAAGAACTATACTACTTGTTTTTAATAAACATGTACCTATTTCCATTACTTTTTAGTTGT
ATAACTTGCAAGATATACTAAAAATTACTGATAATTTATCTTCTGGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1DQ60JQ C 1
AF RR1DR78TF U 44
AF RR1DQ60TF U 1
BS 1 45 RR1DQ60TF
BS 46 53 RR1DR78TF
BS 54 54 RR1DQ60TF
BS 55 237 RR1DR78TF
BS 238 238 RR1DQ60TF
BS 239 271 RR1DR78TF
BS 272 272 RR1DQ60TF
BS 273 517 RR1DR78TF
BS 518 528 RR1DQ60TF

RD RR1DQ60JQ 528 0 0
GGGCATATGATATACTGATACTTTGTGTATGTTTATCTTCTTCTTACAGCTTATAAAAAT
GTTGACATTCCCACTTTGTGGTTGCGAGTTATCTTCAGAATCCAAGACTCTAGCGTTTGC
TGCTCCATTGGTTTCTATCTCGCATACCAAAAGACAGATTGTGCTGGGACGGCGCGATTC
CGTCAAAGTTTCTGCAGCAAAATCCGGAAATTTCTCGCTTGGTTCGATATTCAAAAGCTG
TGACACTTGTGGAGCCAAAGGAGCAATTGAACGCCCCGGTTGCAAGGGAACAGGTAGAAA
TAAGAAGAATGGGAATATTTTCGAGAGGTGGAAATGTTTTGATTGCCAAGGATTCGGTAT
GAAGAGCTGTCCTAAATGTGGGAAGGGAGGTTTGACGCCAGAACAAAGAGGGGAAAGATA
GAAGAACTATACTACTTGTTTTTAATAAACATGTACCTATTTCCATTACTTTTTAGTTGT
ATAACTTGCAAGATATACTAAAAATTACTGATAATTTATCTTCTGGAC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1DR78TF 474 0 0
GG
ACAGCTTACAAAAATGTTGACATTCCCACTTTGTGGTTGCGAGTTATCTTCAGAATCCAA
GACTCTAGCGTTTGCTGCTCCATTGGTTTCTATCTCGCATACCAAAAGACAGATTGTGCT
GGGACGGCGCGATTCCGTCAAAGTTTCTGCAGCAAAATCCGGAAATTTCTCGCTTGGTTC
GATATTCAAAAGTTGTGACACTTGTGGAGCCAAAGGAGCAATTGAATGCCCCGGTTGCAA
GGGAACAGGTAGAAATAAGAAGAATGGGAATATTTTCGAGAGGTGGAAATGTTTTGATTG
CCAAGGATTCGGTATGAAGAGCTGTCCTAAATGTGGGAAGGGAGGTTTGACGCCAGAACA
AAGAGGGGAAAGATAGAAGAACTATACTACTTGTTTTTAATAAACATGTACCTATTTCCA
TTACTTTTTAGTTGTATAACTTGCAAGATATACTAAAAATTACTGATAATTT

QA 3 474 3 474
DS 

RD RR1DQ60TF 528 0 0
GGGCATATGATATACTGATACTTTGTGTATGTTTATCTTCTTCTTACAGCTTATAAAAAT
GTTGACATTCCCACTTTGTGGTTGCGAGTTATCTTCAGAATCCAAGACTCTAGCGTTTGC
TGCTCCATTGGTTTCTATCTCGCATACCAAAAGACAGATTGTGCTGGGACGGCGCGATTC
CGTCAAAGTTTCTGCAGCAAAATCCGGAAATTTCTCGCTTGGTTCGATATTCAAAAGCTG
TGACACTTGTGGAGCCAAAGGAGCAATTGAACGCCCCGGTTGCAAGGGAACAGGTAGAAA
TAAGAAGAATGGGAATATTTTCGAGAGGTGGAAATGTTTTGATTGCCAAGGATTCGGTAT
GAAGAGCTGTCCTAAATGTGGGAAGGGAGGTTTGACGCCAGAACAAAGAGGGGAAAGATA
GAAGAACTATACTACTTGTTTTTAATAAACATGTACCTATTTCCATTACTTTTTAGTTGT
ATAACTTGCAAGATATACTAAAAATTACTGATAATTTATCTTCTGGAC

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 3

CO CL4283Contig1 516 3 4 U
GGGATCGTCTTCAATCCTACTTTCGAAGTCCAGGCGGAGAATACTCGACGAGACAAAACC
CAGCAAATCGAGAAGGGAAAGAGAACAACTTTACAGGCAAGACATGAATCTAGGTTTCGT
AATTGGAGTTCTCGGCGTCCTGATTCTTTCCCACGCCGCCTATTCAACAATCCAATATAG
AGGATTGTTGAAGATCACGGAGGAAGAGTTCACCGGACCTCCGTTGAATGTTGTTGTGGA
GTTGATCGTGGGACTAGCTCTCTGTATGTGGGCTGCTTTGACTTTCCCTGGCAAGTTTCT
CTCCATTCACCCCGACTCCGATGAAAACAGGGCGGTGTCTTTACCAGATAACTCGGATTT
CATGATATTCAATCACCGTGGCCGCCTTTTCCCACCGGAGATTACCATGAAGTTTTGATT
CCTCTTTTTTTCTTTATCGTACTGCTTAGTCAAACACTCTTCTGTCCAATGTAATGAGAT
GTTGTTTCCATTGATATTCTACCCTGTTTTCCCATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D331TF U 1
AF RR1D331JQ C 129
AF RR1FV52TF U 133
BS 1 448 RR1D331TF
BS 449 449 RR1FV52TF
BS 450 514 RR1D331TF
BS 515 516 RR1FV52TF

RD RR1D331TF 515 0 0
GGGATCGTCTTCAATCCTACTTTCGAAGTCCAGGCGGAGAATACTCGACGAGACAAAACC
CAGCAAATCGAGAAGGGAAAGAGAACAACTTTACAGGCAAGACATGAATCTAGGTTTCGT
AATTGGAGTTCTCGGCGTCCTGATTCTTTCCCACGCCGCCTATTCAACAATCCAATATAG
AGGATTGTTGAAGATCACGGAGGAAGAGTTCACCGGACCTCCGTTGAATGTTGTTGTGGA
GTTGATCGTGGGACTAGCTCTCTGTATGTGGGCTGCTTTGACTTTCCCTGGCAAGTTTCT
CTCCATTCACCCCGACTCCGATGAAAACAGGGCGGTGTCTTTACCAGATAACTCGGATTT
CATGATATTCAATCACCGTGGCCGCCTTTTCCCACCGGAGATTACCATGAAGTTTTGATT
CCTCTTTTTTTCTTTATCGTACTGCTTACTCAAACACTCTTCTGTCCAATGTAATGAGAT
GTTGTTTCCATTGATATTCTACCCTGTTTTCCCA
C

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1D331JQ 368 0 0
TTCT
CGGCGTCCTGATTCTTTCCCACGCCGCCTATTCAACAATCCAATATAGAGGATTGTTGAA
GATCACGGAGGAAGAGTTCACCGGACCTCCGTTGAATGTTGTTGTGGAGTTGATCGTGGG
ACTAGCTCTCTGTATGTGGGCTGCTTTGACTTTCCCTGGCAAGTTTCTCTCCATTCACCC
CGACTCCGATGAAAACAGGGCGGTGTCTTTACCAGATAACTGGGATTTCATGATATTCAA
TCACCGTGGCCGCCTTTTCCCACCGGAGATTACCATGAAGTTTTGATTCCTCTTTTTTTC
TTTATCGTACTGCTTAGTCAAACACTCTTCTGTCCAATGTAATGAGATGTTGTTTCCATT
GATA

QA 5 368 5 368
DS 

RD RR1FV52TF 384 0 0
CGGCGTCCTTATTCTTTCCCACGCCGCCTATTCAACAATCCAATATAGAGGATTGTTGAA
GATCACGGAGGAAGAGTTCACCGGACCTCCGTTGAATGTTGTTCTGGAGCTGATCGTGGG
ACTAGCTCTCCGTATGTGGGCTGCTTTGACTTTCCCTGGCAAGTTTCTCTCCATTCACCC
CGACTCCGATGAAAACAGGGCGGTGTCTTTACCAGATAACTCGGATTTCATGATATTCAA
TCACCGTGGCCGCCTTTTCCCACCGGAGATTACCATGAAGTTTTGATTCCTCTTTTTTTC
TTTATCGTACTGCTTAGTCAAACACTCTTCTGTCCAATGTAATGAGATGTTGTTTCCATT
GATATTCTACCCTGTTTTCCCATA

QA 1 384 1 384
DS 



AS 1 2

CO CL4284Contig1 1002 2 4 U
GGAAACCAACGCAAACCAGAACAGAGAATTAAAAATATCTCCGGCGATTCTCTCGTCTCC
CCCGACTGCTGTCGCTTCGTCAGAGTCGCCTTGAGATCCGGCATTCTCATCAGTTCAGTA
AAAGGTCTGCAAAATGGTTGCTCAGGGATTCACTGTGGATCTTAACAAGCCCCTTGTATT
TCAGGTTGGCCATCTTGGTGAAGAGTACGAGGAATGGGTTCACCAACCTATTGTGTCAAA
GGAAGGCCCTCGGTTTTTCCACAGTGACTTTTGGGAGTTCTTGACCCTTACAAGATGGTG
GGTGGTTCCTGTAATTTGGTTGCCAGTTTCACTCTGGTGCATCTCCATGTCAGTAAGCAG
GGGCCTTTCACTTCCAGAGATCGTCCCATTGATACCCTTGGGAATATTTATCTGGACGTT
TATAGAATACACTCTCCACCGGTTCCTTTTCCACATAAAGACCAAGAGTTACTGGGGAAA
CACGGCACACTATCTTCTTCACGGATGCCATCACAAGCACCCCATGGACCATCTCCGTCT
CGTCTTTCCTCCTACTGCAACAGCAATTTTATGCTTTCCTTTCTGGAACCTTGTGAAGCT
ATTCACTACTCCTGCAGTCACACCAGCGTTGTTTGGAGGCGGCATGCTCGGGTACGTGAT
GTACGATGTTACTCACTACTACCTTCATCATGCCCAACCAACTAAAGCAGTGACCAAAAA
CCTCAAGAAATACCATTTGAACCATCACTTCAGGATTCAGGACAAGGGTTTTGGTATAAC
ATCGTCGCTATGGGACATAGTGTTTGGGACACTTCCCACCACAAAAGCCCCTAAAAGATA
GCAATAGTAGTGTACTAAAACGCAAAACGAAAAGGATTATTTGCAATACAGTTGAATCTT
AAATTTATTAATCATCATCCCTCATGAGTTTTGAGATGTTTGTCTGGGGTTTCATTTGAA
CCACTGTCTTTGTAAATCAATGCTTTTATGTCATGTTTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EX31TF U 1
AF RR1EX31JQ C 535
BS 1 719 RR1EX31TF
BS 720 720 RR1EX31JQ
BS 721 740 RR1EX31TF
BS 741 1002 RR1EX31JQ

RD RR1EX31TF 748 0 0
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CCCGACTGCTGTCGCTTCGTCAGAGTCGCCTTGAGATCCGGCATTCTCATCAGTTCAGTA
AAAGGTCTGCAAAATGGTTGCTCAGGGATTCACTGTGGATCTTAACAAGCCCCTTGTATT
TCAGGTTGGCCATCTTGGTGAAGAGTACGAGGAATGGGTTCACCAACCTATTGTGTCAAA
GGAAGGCCCTCGGTTTTTCCACAGTGACTTTTGGGAGTTCTTGACCCTTACAAGATGGTG
GGTGGTTCCTGTAATTTGGTTGCCAGTTTCACTCTGGTGCATCTCCATGTCAGTAAGCAG
GGGCCTTTCACTTCCAGAGATCGTCCCATTGATACCCTTGGGAATATTTATCTGGACGTT
TATAGAATACACTCTCCACCGGTTCCTTTTCCACATAAAGACCAAGAGTTACTGGGGAAA
CACGGCACACTATCTTCTTCACGGATGCCATCACAAGCACCCCATGGACCATCTCCGTCT
CGTCTTTCCTCCTACTGCAACAGCAATTTTATGCTTTCCTTTCTGGAACCTTGTGAAGCT
ATTCACTACTCCTGCAGTCACACCAGCGTTGTTTGGAGGCGGCATGCTCGGGTACGTGAT
GTACGATGTTACTCACTACTACCTTCATCATGCCCAACCAACTAAAGCAGTGACCAAAA*
CCTCAAGAAATACCATTTGA
ACCATCAC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1EX31JQ 468 0 0
CCGTT
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TATTCACTACTCCTGCAGTCACACCAGCGTTGTTTGGAGGCGGCATGCTCGGGTACGTGA
TGTACGATGTTACTCACTACTACCTTCATCATGCCCAACCAACTAAAGCAGTGACCAAAA
ACCTCAAGAAATACCATTTGAACCATCACTTCAGGATTCAGGACAAGGGTTTTGGTATAA
CATCGTCGCTATGGGACATAGTGTTTGGGACACTTCCCACCACAAAAGCCCCTAAAAGAT
AGCAATAGTAGTGTACTAAAACGCAAAACGAAAAGGATTATTTGCAATACAGTTGAATCT
TAAATTTATTAATCATCATCCCTCATGAGTTTTGAGATGTTTGTCTGGGGTTTCATTTGA
ACCACTGTCTTTGTAAATCAATGCTTTTATGTCATGTTTTACT

QA 6 468 6 468
DS 



AS 1 3

CO CL4285Contig1 930 3 9 U
GGATCAGAGTTTAGATCTAAATCACACAGGAACCGGAGAAGCTTACTTGGAACGATGGCT
ACAAGATTATCACCGGTCTTTATTTGCGTGTCGTTGGTTCTCATTTCTGGACTCGGCCAG
CTTGTGATCTGTAGTCAAGAAAAAGGAAGGTACAACGACGTCATAAGGATGAAGCTTGGT
GCGTTTAACGATTCTTCCAATAATCAGAACGGTGGAGGAGATCAGATCGAGGATATAGCA
CTCTTTGCTATTCAAGAACACAATAAGCGAGAGAATGGTGTTCTTGAGCTTGGTAGAGTG
TTGAAAGCAACAGAGCAGGTGGTTGCTGGCAAACTATACAGTCTAACTCTTGAAGTGTTA
GAAGCTGGTGAGAAGAAGATTTATGAAGCTAGAGTTTGGGTGAAGCCGTGGATGAAGAAC
TTCAAGCAGCTTCAGGAGTTCAAGAGTGTTGTCCCTTCCTTCACTGTTTCCGACCTTGGC
TTGAAATCAGATGGGAATGGATTTGAGTGGAGATCGGTATCAAAAAATGACCCTGAGGTC
CAAGAGGCAGCAAAACACGCGGTGAAGTCGATTCAACAGAGATCAAACTCGTTGTTTCCT
TATAAACTCATAGACATAATCCTAGCTAGAGCAAAGGTGGTTGAAGACCGTGTGAAATTC
GAACTGCTTTTGAAGCTAGAGAAGGGAAACAAAGCACAGAAGCTCATTGTTGAAGTGATG
AAGTACCAAAACGGCAAGTTTCACTAGAGTTGTTGTTTGGACAGGTTGTGTCTTAGTCTG
ACTGAATAAAAGACCGAATCTTGTGATGAAAATAAACTATTTTGCCCTGTAAAAAAAGGT
TTGCTTGTAAGTAAATAAATTGTTTACAAAAAACACTAAACATTGGAAAGAAAGGATGTT
AATTTCTAGTGAATATGTGTTCAAAACTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E560TF U 1
AF RR1AE43TF U 22
AF RR1E560JQ C 419
BS 1 215 RR1E560TF
BS 216 216 RR1AE43TF
BS 217 396 RR1E560TF
BS 397 397 RR1AE43TF
BS 398 632 RR1E560TF
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GCGTTTAACGATTCTTCCAATAATCAGAACGGTGGTGGAGATCAGATCGAGGATATAGCA
CTCTTTGCTATTCAAGAACACAATAAGCGAGAGAATGGTGTTCTTGAGCTTGGTAGAGTG
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GAAGCTGGTGAGAAGAAGATTTATGAAGCTAGAGTT*GGGTGAAGCCGTGGATGAAGAAC
TTCAAGCAGCTTCAGGAGTTCAAGAGTGTTGTCCCTTCCTTCACTGTTTCCGACCTTGGC
TTGAAATCAGATGGGAATGGATTTGAGTGGAGATCGGTATCAAAAAATGACCCTGAGGTC
CAAGAGGCAGCAAAACACGCGGTGAAGTCGATTCAACAGAGATCAAACTCGTTGTTTCCT
TATAAACTCATAGACATAATCCTAGCTAGAGC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1AE43TF 799 0 0
GG
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TTGCGTGTCGTTGGTTCTCATTTCTGGACTCGGCCAGCTTGTGATCTGTAGTCAAGAAAA
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GAGTGTTGTCCCTTCCTTCACTGTTTCCGACCTTGGCTTGAAATCAGATGGGAATGGATT
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AGCTAGAGCAAAGGTGGTTGAAGACCGTGTGAAATTCGAACTGCTTTTGAAGCTAGAGAA
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TGATGAAAATAAACTAT

QA 3 799 3 799
DS 

RD RR1E560JQ 512 0 0
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TCCAAGAGGCAGCAAAACACGCGGTGAAGTCGATTCAACAGAGATCAAACTCGTTGTTTC
CTTATAAACTCATAGACATAATCCTAGCTAGAGCAAAGGTGGTTGAAGACCGTGTGAAAT
TCGAACTGCTTTTGAAGCTAGAGAAGGGAAACAAAGCACAGAAGCTCATTGTTGAAGTGA
TGAAGTACCAAAACGGCAAGTTTCACTAGAGTTGTTGTTTGGACAGGTTGTGTCTTAGTC
TGACTGAATAAAAGACCGAATCTTGTGATGAAAATAAACTATTTTGCCCTGTAAAAAAAG
GTTTGCTTGTAAGTAAATAAATTGTTTACAAAAAACACTAAACATTGGAAAGAAAGGATG
TTAATTTCTAGTGAATATGTGTTCAAAACTGG

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 2

CO CL4286Contig1 873 2 14 U
GAAGATCCTGAGGATCTCTTCCAACGAAGAACACGTTTTAGGGTTCGAACTCTACGAGTT
TAGCTCGAGTTCTTGGAAGGTTCTTGATGATGTCACAAGCGAACACGTTTTATGGTCTCA
TGCACACGGCGGCGTCTCTTTGAAGGGAAACACTTATTTTCGTGCGAGCCCTGTAGCTTC
CTTCCTCTGTTTCGATTTCACAGCAGAGAGCTTTGGACCGCTTCTCCCTCTCCCGCCGTC
TCATTCTTACGATGGATTGCATTTTCTGTCTTTCTCTTGCGTTAGAGAGGAGCAGCAGCT
CGCCGTACTGTATCAACACTGGAAGACACGTCAGACGATCGAGATTAGCGTCACGGATAA
GATTGGTCCTGACGTTGTGTCTTGGACGAAGTTTTTGAGAGTGGTCACTGACTATTGGGT
TGACCCTTCTGCTGGGAGTTTTCTCGTTGACGAGGAGAAGAAAATTGCTGTGGTTTTCGT
TCTAGAAAGGGTCAGTGCCAGTCGATGTCTCTACCAAACTGCTCACGTCTTCGGACAAGA
TGGTTACTTCAAATCTGTGAGAATCCGAGAAGCTCATGAACTCGAAAACAAGGTTTCTTC
TCCGAATACGATTACGGGACGTTTTGCCCCAGTGGTGTGCTCTTCGTATCTTCCAAGCTT
ACTGCAACTCAACCAACCAGGCTAATGTGGAAAGAATGCGATTGTAGTACATTTGCATCA
TCTTCTCTCGGATAAATTGTTAATTATGTGCGTTTATATTTTGAATGTTTTGGCCTCTCT
TTTGAGACTGTTCATGTCTCTCTCGTGATATGTAATCAGATTCATCCTCTACTCACCTTT
AAAACTGATATATATGATTATGTTTGGTTCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB43TF U 1
AF RR1EA28JQ C 274
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BS 307 307 RR1EA28JQ
BS 308 322 RR1FB43TF
BS 323 323 RR1EA28JQ
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BS 337 337 RR1EA28JQ
BS 338 430 RR1FB43TF
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BS 495 588 RR1FB43TF
BS 589 873 RR1EA28JQ

RD RR1FB43TF 588 0 0
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TAGCTCGAGTTCTTGGAAGGTTCTTGATGATGTCACAAGCGAACACGTTTTATGGTCTCA
TGCACACGGCGGCGTCTCTTTGAAGGGAAACACTTATTTTCGTGCGAGCCCTGTAGCTTC
CTTCCTCTGTTTCGATTTCACAGCAGAGAGCTTTGGACCGCTTCTCCCTCTCCCGCCGTC
TCATTCTTACGATGGATTGCATTTTCTGTCTTTCTCTTGCGTTAGAGAGGAGCAGCAGCT
CGCCGTGCTGTATCAACACTGGCAGGCACGTCAGACTATCGAGATTAGCGTCACGGATAA
GATTGGTCCTGACGTTGTGTCTTGGACGAAGTTTTTGAGAGTGGTCACTGACTATTGGGT
TGACCCTTCTTCTGGGAGTTTTCTCGTTGACGAGGAGAAGAAAATTGCTGTGGTTTTCGT
TCTAGAAAGGGTCGGTGCCAGTCGATGTCTCTACCAAACTGCTCACGTCTTCGGACAAGA
TGGTTACTTCAAATCTGTGAGAATCCGAGAAGCTCATGAACTCGAAAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1EA28JQ 600 0 0
CTCTTGCGTTAGAGAG
GAGCAGCAGCTCGCCGTACTGTATCAACACTGGAAGACACGTCAGACGATCGAGATTAGC
GTCACGGATAAGATTGGTCCTGACGTTGTGTCTTGGACGAAGTTTTTGAGAGTGGTCACT
GACTATTGGGTTGACCCTTCTGCTGGGAGTTTTCTCGTTGACGAGGAGAAGAAAATTGCT
GTGGTTTTCGTTCTAGAAAGGGTCAGTGCCAGTCGATGTCTCTACCAAACTGCTCTCGTC
TTCGGACAAGATGGTTACTTCAAATCTGTGAGAATCCGAGAAGCTCATGAACTCGAAAAC
AAGGTTTCTTCTCCGAATACGATTACGGGACGTTTTGCCCCAGTGGTGTGCTCTTCGTAT
CTTCCAAGCTTACTGCAACTCAACCAACCAGGCTAATGTGGAAAGAATGCGATTGTAGTA
CATTTGCATCATCTTCTCTCGGATAAATTGTTAATTATGTGCGTTTATATTTTGAATGTT
TTGGCCTCTCTTTTGAGACTGTTCATGTCTCTCTCGTGATATGTAATCAGATTCATCCTC
TACTCACCTTTAAAACTGATATATATGATTATGTTTGGTTCTGT

QA 17 600 17 600
DS 



AS 1 3

CO CL4287Contig1 1087 3 15 U
GGAAGTTGGTGGTTGAGGGAGTGCGAGCCGAGAGCTTGGAGAAGGAAGAAGAAGCCATGA
TGGGCGTGGCTATTGCTTCCTCTAAAGCTTGTTCCTCAGTCTTATATACTTTAATAACTC
CATTCAATAGGTCGAAGTCAATGTTAGCTTGCTCCGGTTCGAGCCCTGGTCGGAAAAGAA
GAAGCTTGAACTTCGGTGGTTCGAGTCTGGTGCTCGCGTCGACTCTGCTTGGCTCCTCCA
ATCAACCGAAGTTCCCAGTTGAATCTGCGATCGCACTAGAACAAATGAAAGAAATAAAAG
AAGAAGAAGAGGTCGAGGAAGAAGAAGAGAGAAATGTCAATCTCTTCCAGAAAACTTCGG
CGTCTGTTGTGTATATCGAAGACATTGAGCTTCCCAAAACTTCATCTGATGAATCCAATG
TTGAGGATAATGCAAAGATCGAAGGGACGGGTTCTGGCTTCGTTTGGGACAAGCTTGGTC
ACATTGTGACAAATTACCATGTCATTGCCAAGTTAGCTACAGATCAGAGTGGATTACAAC
GTTGTAAGGTATCTCTAGTTGATGCCACGGGGACAAAGTTTACCAAGGAAGGGAAAATTG
TGGGTCTTGATCCAGACAATGATCTTGCTGTTTTGAAGATCGAAACGGAGGGACGTGAGT
TGAAACCTGTTGCTCTTGGTACCTCCAGTGATCTACGCGTAGGTCAGAGTTGCTTCGCTA
TTGGGAATCCATATGGATATGAAAACACTTTGACAATAGGGGTAGTGAGTGGGTTGGGAA
GAGAGATACCTTCACCTAACGGGAAGAGTATTCGAGAAGCTATCCAAACAGATGCTGACA
TTAACTCAGGCAATTCTGGAGGGCCATTGCTTGATTCTTATGGCCATACCATAGGCGTCA
ACACTGCCACATTCACCCGCAAAGGGGCGGGTATGTCTTCGGGTGTGAACTTTGCCATTC
CCATTGACACAGTTGTTCGGACAGTACCCTATCTCATTGTGTATGGAACAGCTTATAGAG
ACAGATTCTAAAGAAAACAAAACATCTCTTCTTTAAATCTAAATACAAAATTCCGAAAAG
GGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN07TF U 1
AF RR1AZ44TF U 5
AF RR1AZ44JQ C 266
BS 1 190 RR1EN07TF
BS 191 191 RR1AZ44TF
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BS 813 845 RR1AZ44TF
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RD RR1EN07TF 812 0 0
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TGGGCGTGGCTATTGCTTCCTCTAAAGCTTGTTCCTCAGTCTTATATACTTTAATAACTC
CATTCAATAGGTCGAAGTCAATGTTAGCTTGCTCCGGTTCGAGCCCTGGTCGGAAAAGAA
GAAGCTTGAAGTT*GGTGGTTCGAGTCTGGTGCTCGCGTCGACTCTGCTTGGCTCCTCCA
ATCAACCGAAGTTCCCAGTTGAATCTGCGATCGCACTAGAACAAATGAAAGAAATAAAAG
AAGAAGAAGAGGTCGAGGAAGAAGAAGAGAGAAATGTCAATCTCTTCCAGAAAACTTCGG
CGTCTGTTGTGTATATCGAAGACATTGAGCTTCCCAAAACTTCATCTGATGAATCCAATG
TTGAGGATAATGCAAAGATCGAAGGGACGGGTTCTGGCTTCGTTTGGGACAAGCTTGGTC
ACATTGTGACAAATTACCATGTCATTGCCAAGTTAGCTACAGATCAGAGTGGATTACAAC
GTTGTAAGGTATCTCTAGTTGATGCCACGGGGACAAAGTTTACCAAGGAAGGGAAAATTG
TGGGTCTTGATCCAGACAATGATCTTGCTGTTTTGAAGATCGAAACGGAGGGACGTGAGT
TGAAACCTTTTGCTCTTGGTACCTCCAGTGATCTACGCGTAG*TCAGAGTTGCTTCGCTA
TTGGGAATCCATATGGATATGAAAACACTTTGACA*TAGGGGTAGTGAGTGGGTTGGGA*
GAGAGATACCTTCACCTAACGGGAAGAGTATT

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1AZ44TF 841 0 0
GGG
GGTGGTTGAGGGAGTGCGAGCCGAGAGCTTGGAGAAGGAAGAAGAAGCCATGATGGGCGT
GGCTATTGCTTCCTCTAAAGCTTGTTCCTCAGTCTTATATACTTTAATAACTCCATTCAA
TAGGTCGAAGTCAATGTTAGCTTGCTCCGGTTCGAGCCCTGGTCGGAAAAGAAGAAGCTT
GATCTTCGGTGGTTCGAGTCTGGTGCTCGCGTCGACTCTGCTTGGCTCCTCCAATCAACC
GAAGTTCCCAGTTGAATCTGCGATCGCACTAGAACAAATGAAAGAAATAAAAGAAGAAGA
AGAGGTCGAGGAAGAAGAAGAGAGAAATGTCAATCTCTTCCAGAAAACTTCGGCGTCTGT
TGTGTATATCGAAGACATTGAGCTTCCCAAAACTTCATCTGATGAATCCAATGTTGAGGA
TAATGCAAAGATCGAAGGGACGGGTTCTGGCTTCGTTTGGGACAAGCTTGGTCACATTGT
GACAAATTACCATGTCATTGCCAAGTTAGCTACAGATCAGAGTGGATTACAACGTTGTAA
GGTATCTCTAGTTGATGCCACGGGGACAAAGTTTACCAAGGAAGGGAAAATTGTGGGTCT
TGATCCAGACAATGATCTTGCTGTTTTGAAGATCGAAACGGAGGGACGTGAGTTGAAACC
TGTTGCTCTTGGTACCTCCAGTGATCTACGCGTAGGTCAGAGTTGCTTCGCTATTGGGAA
TCCATATGGATATGAAAACACTTTGACAATAGGGGTAGTGAGTGGGTTGGGAAGAGAGAT
ACCTTCACCTAACGGGAAGAGTATTCGAGAAGCTATCCAAACAGATGCTGACATTAAC

QA 4 841 4 841
DS 

RD RR1AZ44JQ 822 0 0
TGCGATCGCACTAGAACAAATGAAAGAAATAAAAGAAGAAGAAGAGGTCGAGGAAGAAGA
AGAGAGAAATGTCAATCTCTTCCAGAAAACTTCGGCGTCTGTTGTGTATATCGAAGACAT
TGAGCTTCCCAAAACTTCATCTGATGAATCCAATGTTGAGGATAATGCAAAGATCGAAGG
GACGGGTTCTGGCTTCGTTTGGGACAAGCTTGGTCACATTGTGACAAATTACCATGTCAT
TGCCAAGTTAGCTACAGATCAGAGTGGATTACAACGTTGTAAGGTATCTCTAGTTGATGC
CACGGGGACAAAGTTTACCAAGGAAGGGAAAATTGTGGGTCTTGATCCAGACAATGATCT
TGCTGTTTTGAAGATCGAAACGGAGGGACGTGAGTTGAAACCTGTTGCTCTTGGTACCTC
CAGTGATCTACGCGTAGGTCAGAGTTGCTTCGCTATTGGGAATCCATATGGATATGAAAA
CACTTTGACAATAGGGGTAGTGAGTGGGTTGGGAAGAGAGATACCTTCACCTAACGGGAA
GAGTATTCGAGAAGCTATCCAAACAGATGCTGACATTAACTCAGGCAATTCTGGAGGGCC
ATTGCTTGATTCTTATGGCCATACCATAGGCGTCAACACTGCCACATTCACCCGCAAAGG
GGCGGGTATGTCTTCGGGTGTGAACTTTGCCATTCCCATTGACACAGTTGTTCGGACAGT
ACCCTATCTCATTGTGTATGGAACAGCTTATAGAGACAGATTCTAAAGAAAACAAAACAT
CTCTTCTTTAAATCTAAATACAAAATTCCGAAAAGGGCTTCC

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

CO CL4288Contig1 1184 2 2 U
GCATCTAATATTTGATTTATTATCTACGAAAATTTTAGAGGTCGCTATACATTTAATTAG
TATCCGAATTAGAAGGAACAAAAAAAGGATTAGGATCAACAACGACCAGCTGAATGAGTC
AAATCTGGACGGTGTATCTTCTGTAGCTTGGTAAACCTGTCGATATCGAAGTCAAGCGTT
TTAATCAAACGTCTCTGCTTGGTCTCGAAACGGCTCTTGTAAAACCCTTCGAAGGAAGGT
TCCTTGGCGGTACGGAGGAAGAAGGCGTAACCAGCCATGAAATACGTCGAAGTTACGAAG
AAACATATGGGCTCCATCACGTCCCACGACAGCTCCCAAAACGTTAGTCTAAAAAACCCA
ATCGTTTGGGCTATTACAAGGCCCAATCCGGCCTGTAATTCTCGCCGTACCAGATCATCG
GCTTTTTTGTCGATGTCTGATTTTACCATCTCGAGTTGTTCGAACTCTTGTCTCGTCGCG
GCGTTGCGAGTGGGTTCGTGTGTCGGAATTAGACCAGCCACGGCTTTTGTTAGCTCTTCC
GGTTTAAGGCAGACGAAGTTTCCTAAAACGATGACGTTTCCGGCTTTGTCAAGCATATTC
GCGACCCGGCTACCATGTTCGGGATCCGAGTTGTTTTCTCCGCATACCCGAACGAACTCC
GAATAGGGAACCCAGTTTTTTCCGATGTCTCTCAGCCTCGATTTCACCATCTCCATTTCC
GCTGCTCTCATGAGCTTCTTCACGTCTTCCACCGTAACCGCGGGGAAAGTCCCCGGAGAC
GTCTTCTCCGGCGTCGGCGGCGGTAGCATCTCGTCAAGGCGAAGCCGATTGTTTGATAAA
CTCATCTCCTTGAGTTTCTCCATCAGATTGCCTCCTCTTGGAACTATCTCCGGCGAGAAA
AATGCCCTTTTGTGGAGAAATCTCCGGCGGATTCCAGAATCTCCGGCGTCTGGAGTAATG
CCGGGTTTGGTCGGAGGTCGCATTCGGGTAAGACCCGAATTCCGGAAATAAGTTTTGGAA
ATGTTGAAGATATTTCGAACTAGTGTTTTCTTTGACGACATCGTCGATCTCTAAAGCTAT
GTTAGAAAAATAAAGGAAAACGAATGAGAAAAAAAAAAGAATTGATTTGCTTTTAGGAAG
GGAGAGACAGAACAGAGAACACGCTTTGTATTTTTGGTCCGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F454JQ U 1
AF RR1AL51TF C 466
BS 1 771 RR1F454JQ
BS 772 1184 RR1AL51TF

RD RR1F454JQ 771 0 0
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TATCCGAATTAGAAGGAACAAAAAAAGGATTAGGATCAACAACGACCAGCTGAATGAGTC
AAATCTGGACGGTGTATCTTCTGTAGCTTGGTAAACCTGTCGATATCGAAGTCAAGCGTT
TTAATCAAACGTCTCTGCTTGGTCTCGAAACGGCTCTTGTAAAACCCTTCGAAGGAAGGT
TCCTTGGCGGTACGGAGGAAGAAGGCGTAACCAGCCATGAAATACGTCGAAGTTACGAAG
AAACATATGGGCTCCATCACGTCCCACGACAGCTCCCAAAACGTTAGTCTAAAAAACCCA
ATCGTTTGGGCTATTACAAGGCCCAATCCGGCCTGTAATTCTCGCCGTACCAGATCATCG
GCTTTTTTGTCGATGTCTGATTTTACCATCTCGAGTTGTTCGAACTCTTGTCTCGTCGCG
GCGTTGCGAGTGGGTTCGTGTGTCGGAATTAGACCAGCCACGGCTTTTGTTAGCTCTTCC
GGTTTAAGGCAGACGAAGTTTCCTAAAACGATGACGTTTCCGGCTTTGTCAAGCATATTC
GCGACCCGGCTACCATGTTCGGGATCCGAGTTGTTTTCTCCGCATACCCGAACGAACTCC
GAATAGGGAACCCAGTTTTTTCCGATGTCTCTCAGCCTCGATTTCACCATCTCCATTTCC
GCTGCTCTCATGAGCTTCTTCACGTCTTCCACCGTAACCGCGGGGAAAGTC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1AL51TF 719 0 0
TCT
TGTCTCGTCGCGGCGTTGCGAGTGGGTTCGTGTGTCGGAATTAGACCAGCCACGGCTTTT
GTTAGCTCTTCCGGTTTAAGGCAGACGAAGTTTCCTAAAACGATGACGTTTCCGGCTTTG
TCAAGCATATTCGCGACCCGGTTACCATGTTCGGGATCCGAGTTGTTTTCTCCGCATACC
CGAACGAACTCCGAATAGGGAACCCAGTTTTTTCCGATGTCTCTCAGCCTCGATTTCACC
ATCTCCATTTCCGCTGCTCTCATGAGCTTCTTCACGTCTTCCACCGTAACCGCGGGGAAA
GTCCCCGGAGACGTCTTCTCCGGCGTCGGCGGCGGTAGCATCTCGTCAAGGCGAAGCCGA
TTGTTTGATAAACTCATCTCCTTGAGTTTCTCCATCAGATTGCCTCCTCTTGGAACTATC
TCCGGCGAGAAAAATGCCCTTTTGTGGAGAAATCTCCGGCGGATTCCAGAATCTCCGGCG
TCTGGAGTAATGCCGGGTTTGGTCGGAGGTCGCATTCGGGTAAGACCCGAATTCCGGAAA
TAAGTTTTGGAAATGTTGAAGATATTTCGAACTAGTGTTTTCTTTGACGACATCGTCGAT
CTCTAAAGCTATGTTAGAAAAATAAAGGAAAACGAATGAGAAAAAAAAAAGAATTGATTT
GCTTTTAGGAAGGGAGAGACAGAACAGAGAACACGCTTTGTATTTTTGGTCCGATC

QA 4 719 4 719
DS 



AS 1 3

CO CL4289Contig1 771 3 3 U
GGTAAGACATTAACTTGTTAATACCTTAACCCTTCCTTTTAGGTTCATTAACAAAGAGAA
CTAAATGTCTACTACCATAGACTTTTATAAATAAGTTGCTTCATCAACTACCCTTGTTAC
AACTTACATGCATGACGTACTAAACTGTATCAAACGAAGATAGGAGTTTTCTCATCTTTA
TCTTCATTACAGAAACCATAAGGCTCATGTCTATCAATTATTGGTATTATATATAACATA
ATAATCAATATTAGCGCACACACCTCATCGCAACAATTTCAGATTTTCTCTGACGCCAAT
TTTCGGTACATCTCGTCGACGTGTACCTGATAATACTTGAGCAGGTTGTTCCTCCGGTTC
TTGAGCGTTGCAGTCACTAAGTCTCTCGCTACATCGAAAGGTTTTGTCTCCACCGTCACT
GCTTTGATGTACTCAAACTTTCTTAGCTTGTTCTTCTCTGCCGTGGACTTCAGTTCTGAA
ATGATGTGCTCTTGTAACTCAGAGAGAGAACATAGTTCTTCGAATGGTTTAGTAAAACCA
AGTTCTCTAGCCCAACGTTTTACGGTTTCTTGGTTTGGAACAATCACCGCAACAAGCATC
GATTTGAAGCTGTCTCCATAAACCCATATATCTTGGACAAGAGAGTTTTGACCGTAGATA
TTTTCCAAGTTCTCAAGAGCAACGTATTCTCCTTGAGAGAGTTTGATAAGATTCTTTTTA
CGATCAATTATCTTAAGTACTCCATTTGATTGAATCTCACCAATATCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 
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AF RR1DX79JQ U 1
AF RR1DO23JQ U 56
AF RR1DO23TF C 56
BS 1 494 RR1DX79JQ
BS 495 688 RR1DO23JQ
BS 689 771 RR1DO23TF

RD RR1DX79JQ 494 0 0
GGTAAGACATTAACTTGTTAATACCTTAACCCTTCCTTTTAGGTTCATTAACAAAGAGAA
CTAAATGTCTACTACCATAGACTTTTATAAATAAGTTGCTTCATCAACTACCCTTGTTAC
AACTTACATGCATGACGTACTAAACTGTATCAAACGAAGATAGGAGTTTTCTCATCTTTA
TCTTCATTACAGAAACCATAAGGCTCATGTCTATCAATTATTGGTATTATATATAACATA
ATAATCAATATTAGCGCACACACCTCATCGCAACAATTTCAGATTTTCTCTGACGCCAAT
TTTCGGTACATCTCGTCGACGTGTACCTGATAATACTTGAGCAGGTTGTTCCTCCGGTTC
TTGAGCGTTGCAGTCACTAAGTCTCTCGCTACATCGAAAGGTTTTGTCTCCACCGTCACT
GCTTTGATGTACTCAAACTTTCTTAGCTTGTTCTTCTCTGCCGTGGACTTCAGTTCTGAA
ATGATGTGCTCTTG

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1DO23JQ 633 0 0
GG
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TACAACTTACATGCATGACGTACTAAACTGTATCAAACGAAGATAGGAGTTTTCTCATCT
TTATCTTCATTACAGAAACCATAAGGCTCATGTCTATCAATTATTGGTATTATATATAAC
ATAATAATCAATATTAGCGCACACACCTCATCGCAACAATTTCAGATTTTCTCTGACGCC
AATTTTCGGTACATCTCGTCGACGTGTACCTGATAATACTTGAGCAGGTTGTTCCTCCGG
TTCTTGAGCGTTGCAGTCACTAAGTCTCTCGCTACATCGAAAGGTTTTGTCTCCACCGTC
ACTGCTTTGATGTACTCAAACTTTCTTAGCTTGTTCTTCTCTGCCGTGGACTTCAGTTCT
GAAATGATGTGCTCTTGTAACTCAGAGAGAGAACATAGTTCTTCGAATGGTTTAGTAAAA
CCAAGTTCTCTAGCCCAACGTTTTACGGTTTCTTGGTTTGGAACAATCACCGCAACAAGC
ATCGATTTGAAGCTGTCTCCATAAACCCATATATCTTGGACAAGAGAGTTTTGACCGTAG
ATATTTTCCAAGTTCTCAAGAGCAACGTATT

QA 3 633 3 633
DS 

RD RR1DO23TF 716 0 0
GG
GAACTAAATGTCTACTACCATAGACTTTTATAAATAAGTTGCTTCATCAACTACCCTTGT
TACAACTTACATGCATGACGTACTAAACTGTATCAAACGAAGATAGGAGTTTTCTCATCT
TTATCTTCATTACAGAAACCATAAGGCTCATGTCTATCAATTATTGGTATTATATATAAC
ATAATAATCAATATTAGCGCACACACCTCATCGCAACAATTTCAGATTTTCTCTGACGCC
AATTTTCGGTACATCTCGTCGACGTGTACCTGATAATACTTGAGCAGGTTGTTCCTCCGG
TTCTTGAGCGTTGCAGTCACTAAGTCTCTCGCTACATCGAAAGGTTTTGTCTCCACCGTC
ACTGCTTTGATGTACTCAAACTTTCTTAGCTTGTTCTTCTCTGCCGTGGACTTCAGTTCT
GAAATGATGTGCTCTTGTAACTCAGAGAGAGAACATAGTTCTTCGAATGGTTTAGTAAAA
CCAAGTTCTCTAGCCCAACGTTTTACGGTTTCTTGGTTTGGAACAATCACCGCAACAAGC
ATCGATTTGAAGCTGTCTCCATAAACCCATATATCTTGGACAAGAGAGTTTTGACCGTAG
ATATTTTCCAAGTTCTCAAGAGCAACGTATTCTCCTTGAGAGAGTTTGATAAGATTCTTT
TTACGATCAATTATCTTAAGTACTCCATTTGATTGAATCTCACCAATATCTCCC

QA 3 716 3 716
DS 



AS 1 2

CO CL4290Contig1 404 2 4 U
CCGTCTAAATTTGATTGATGAAACTAAAAAACATACAAGGATATTCAACAACCAGAGGAT
ACATATTACCCTCCCCGGAACCATAACCCATACACGGAAATCTCGAGTCCAAACAGAAGG
CAACACATACAACAACTAGCACAATCCCTTAAATAAACCTTACATTCATACATCTGAAAC
TGAAATCCCTCCTGGGGGAAAATAAAAGTAAGTCAACCAATCCTAAAACTGCCGGCACTC
TTGCCAAAAACCGACCAAGCCCAAAAAAAAGTAAGCAATGCAGTGGCCAACACAACAACA
CAAGTCCAAACATACCTGAATCCCCCGTTCACAGTACCAAGCCAAAACCAAAACACCTAA
ACTCCACAAAGTGAAGTAACCAACACCTGAAACTAAAGCCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR1E769JQ U 1
AF RR1BK57JQ U 244
BS 1 332 RR1E769JQ
BS 333 333 RR1BK57JQ
BS 334 401 RR1E769JQ
BS 402 404 RR1BK57JQ

RD RR1E769JQ 401 0 0
CCGTCTAAATTTGATTGATGAAACTAAAAAACATACAAGGATATTCAACAACCAGAGGAT
ACATATTACCCTCCCCGGAACCATAACCCATACACGGAAATCTCGAGTCCAAACAGAAGG
CAACACATACAACAACTAGCACAATCCCTTAAATAAACCTTACATTCATACATCTGAAAC
TGAAATCCCTCCTGGGGGAAAATAAAAGTAAGTCAACCAATCCTAAAACTGCCGGCACTC
TTGCCAAAAACCGACCAAGCCCAAAAAAAAGTAAGCAATGCAGTGGCCAACACAACAACA
CAAGTCCAAACATACCTGAATCCCCCGTTCACGGTACCAAGCCAAAACCAAAACACCTAA
ACTCCACAAAGTGAAGTAACCAACACCTGAAACTAAAGCCC

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1BK57JQ 161 0 0
CCAAAAACCGACCAAGCCCAAAAAAAAGTAAGCAATGCAGTGGCCAACACAACAACACAA
GTCCAAACATACCTGAATCCCCCGTTCACAGTACCAAGCCAGAACCAAAACACCTAAACT
CCACAAAGTGAAGTAACCAACACCTGAAACTAAAGCCCCCT

QA 1 161 1 161
DS 



AS 1 3

CO CL4291Contig1 502 3 2 U
GGAAACGCAAATTTACCGAAAGCAAAATGGCTATATCCAAGAAAACAATTGTTCTATCAT
TGGCTCTTGTAGCCATTATCTGTATCGTCATGACTACAACTGAAGCACACACAGGGAGTG
AAGCTAAGGACAAAGATCACAAGAGTTGTGCCTCAGGAACATGCAAAACAGGAAGTGATG
AAGAACCATTTAACCCGGGTTGTGAACCCGGTAGTGGTAGAAGATGTCGTGCGGGTTGAG
ATTAAGAGATTTTTTCACTCTTGGGAAATGAGTAAGAACTAAATTTTCAATTACTTCTAA
AACTACTAAATACATAATAACTGTAACTACATTTATGAGAATAAATTTTGTAAGCAATAA
CTAGCGGATATAAACATTGTAAGCGTATATCGGCTAACTTGGTATTAAAATGTTTGTATA
GCTATACCCCAACCATTTGTTATAATATGGCTTTGGATGTAATAAGTTCAAATATATAAA
TTAAATGATGTTTTTGTTGTAT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AJ94TF U 3
AF RR1DH92JQ C 1
AF RR1DH92TF U 1
BS 1 4 RR1DH92JQ
BS 5 502 RR1DH92TF

RD RR1AJ94TF 477 0 0
GG
ACGCAAATTTACCGAAAGCAAAATGGTTATATCCAAGAAAACAATTGTTCTATCATTGGC
TCTTGTAGCCATTATCTGTATCGTCATGACTACAACTGAAGCACACACAGGGAGTGAAGC
TAAGGACAAAGATCACAAGAGTTGTGCCTCAGGAACATGCAAAACAGGAAGTGATGAAGA
ACCATTTAACCCGGGTTGTGAACCTGGTAGTGGTAGAAGATGTCGTGCGGGTTGAGATTA
AGAGATTTTTTCACTCTTGGGAAATGAGTAAGAACTAAATTTTCAATTACTTCTAAAACT
ACTAAATACATAATAACTGTAACTACATTTATGAGAATAAATTTTGTAAGCAATAACTAG
CGGATATAAACATTGTAAGCGTATATCGGCTAACTTGGTATTAAAATGTTTGTATAGCTA
TACCCCAACCATTTGTTATAATATGGCTTTGGATGTAATAAGTTCAAATATATAA

QA 3 477 3 477
DS 

RD RR1DH92JQ 502 0 0
GGAAACGCAAATTTACCGAAAGCAAAATGGCTATATCCAAGAAAACAATTGTTCTATCAT
TGGCTCTTGTAGCCATTATCTGTATCGTCATGACTACAACTGAAGCACACACAGGGAGTG
AAGCTAAGGACAAAGATCACAAGAGTTGTGCCTCAGGAACATGCAAAACAGGAAGTGATG
AAGAACCATTTAACCCGGGTTGTGAACCCGGTAGTGGTAGAAGATGTCGTGCGGGTTGAG
ATTAAGAGATTTTTTCACTCTTGGGAAATGAGTAAGAACTAAATTTTCAATTACTTTTAA
AACTACTAAATACATAATAACTGTAACTACATTTATGAGAATAAATTTTGTAAGCAATAA
CTAGCGGATATAAACATTGTAAGCGTATATCGGCTAACTTGGTATTAAAATGTTTGTATA
GCTATACCCCAACCATTTGTTATAATATGGCTTTGGATGTAATAAGTTCAAATATATAAA
TTAAATGATGTTTTTGTTGTAT

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR1DH92TF 502 0 0
GGAA
ACGCAAATTTACCGAAAGCAAAATGGCTATATCCAAGAAAACAATTGTTCTATCATTGGC
TCTTGTAGCCATTATCTGTATCGTCATGACTACAACTGAAGCACACACAGGGAGTGAAGC
TAAGGACAAAGATCACAAGAGTTGTGCCTCAGGAACATGCAAAACAGGAAGTGATGAAGA
ACCATTTAACCCGGGTTGTGAACCCGGTAGTGGTAGAAGATGTCGTGCGGGTTGAGATTA
AGAGATTTTTTCACTCTTGGGAAATGAGTAAGAACTAAATTTTCAATTACTTCTAAAACT
ACTAAATACATAATAACTGTAACTACATTTATGAGAATAAATTTTGTAAGCAATAACTAG
CGGATATAAACATTGTAAGCGTATATCGGCTAACTTGGTATTAAAATGTTTGTATAGCTA
TACCCCAACCATTTGTTATAATATGGCTTTGGATGTAATAAGTTCAAATATATAAATTAA
ATGATGTTTTTGTTGTAT

QA 5 502 5 502
DS 



AS 1 3

CO CL4292Contig1 900 3 9 U
GGGAGATCGGACGAATGAGCTTGAAGATGAGCTAGAACATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGGACAAGTTGGAAAGCGATCAAGAAGGAAGAATGAGCGAAGGGTCAAGCGGAGAAGTGA
AGAATAGGAGGGTAATGGAAGAGAAATCGGAAGAGAGAGGGGTGGCGAAAGGAAGATCGT
GCAAAGGATACCTTTACTACTCTTCCACTCTCAAATCCAAGGATAAGAATCCTCGCTGCG
TCGGCATCCCTCGTACTCTCCGTCAAGTTCCTGATTACGTTGTAGGACAATCTGAAGCTG
AAGCTTCTAAAGAAGGGCGTACCTTAGCTGATTTTTACTACGGATGTTTGGGTTATTCTG
TTTACATGACTGACAAAGACTCGTCTACTGCCATGAAGCAACAAACCAAGACCCAACTTC
CCGTTTGTCTCGGCCTTGAGATACTAGCAGATAGAAGAGCAGCTTCAAGCAGCAACACTT
CATCTATTCCTGCCCGCGCTCAAAACAGAAATGATTCTCGGGAGTTGCCTCAGCACCAGA
ACCATAGACCAACTTCAATCCCAAAACCAACCCCAACCCCAGCCACTGCTACAAACACTG
AAAACGGCTTCATAACGAGGTTCACAAGAAATGCAAACCTGGTAGCAGCAGGGGTGATGA
AGAACCTGAAGAGAGTGGGTAATTATGTCAAAGAGCATTTGGACGACTCCTTGGATGATC
ATCGAAAGCGGCCTAAATAAATAAAATCTCTGTGGTGAGAAATCAAAAAAAAAAAAGAAA
AACAAAAAAACACATGTGACAGTCAACAAGATATGAATGATTTGACACTTTTTGAAAACT
CCTTTTGGATTCTCATAATAATAAAAAAATGGATGTATTGATATATATCTTTTTACGAGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E168TF U 1
AF RR1GF92TF U 1
AF RR1E168JQ C 387
BS 1 59 RR1E168TF
BS 60 61 RR1GF92TF
BS 62 647 RR1E168TF
BS 648 691 RR1GF92TF
BS 692 692 RR1E168JQ
BS 693 740 RR1GF92TF
BS 741 743 RR1E168JQ
BS 744 761 RR1GF92TF
BS 762 900 RR1E168JQ

RD RR1E168TF 647 0 0
GGGAGATCGGACGAATGAGCTTGAAGATGAGCTAGAACATAGAGAGAGAGAGAGAGAGA*
*GGACAAGTTGGAAAGCGATCAAGAAGGAAGAATGAGCGAAGGGTCAAGCGGAGAAGTGA
AGAATAGGAGGGTAATGGAAGAGAAATCGGAAGAGAGAGGGGTGGCGAAAGGAAGATCGT
GCAAAGGATACCTTTACTACTCTTCCACTCTCAAATCCAAGGATAAGAATCCTCGCTGCG
TCGGCATCCCTCGTACTCTCCGTCAAGTTCCTGATTACGTTGTAGGACAATCTGAAGCTG
AAGCTTCTAAAGAAGGGCGTACCTTAGCTGATTTTTACTACGGATGTTTGGGTTATTCTG
TTTACATGACTGACAAAGACTCGTCTACTGCCATGAAGCAACAAACCAAGACCCAACTTC
CCGTTTGTCTCGGCCTTGAGATACTAGCAGATAGAAGAGCAGCTTCAAGCAGCAACACTT
CATCTATTCCTGCCCGCGCTCAAAACAGAAATGATTCTCGGGAGTTGCCTCAGCACCAGA
ACCATAGACCAACTTCAATCCCAAAACCAACCCCAACCCCAGCCACTGCTACAAACACTG
AAAACGGCTTCATAACGAGGTTCACAAGAAATGCAAACCTGGTAGCA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1GF92TF 761 0 0
GGGAGATCGGACGAATGAGCTTGAAGATGAGCTAGAACATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGGACAAGTTGGAAAGCGATCAAGAAGGAAGAATGAGCGAAGGGTCAAGCGGAGAAGTGA
AGAATAGGAGGGTAATGGAAGAGAAATCGGAAGAGAGAGGGGTGGCGAAAGGAAGATCGT
GCAAAGGATACCTTTACTACTCTTCCACTCTCAAATCCAAG*ATAAGAATCCTCGCTGCG
TCGGCATCCCTCGTACTCTCCGTCAAGTTCCTGATTACGTTGTAGGACAATCTGAAGCTG
AAGCTTCTAAAGAAGGGCGTACCTTAGCTGATTTTTACTACGGATGTTTGGGTTATTCTG
TTTACATGACTGACAAAGACTCGTCTACTGCCATGAAGCAACAAACCAAGACCCAACTTC
CCGTTTGTCTCGGCCTTGAGATACTAGCAGATAGAAGAGCAGCTTCAAGCAGCAACACTT
CATCTATTCCTGCCCGCGCTCAAAACAGAAATGATTCTCGGGAGTTGCCTCAGCACCAGA
ACCATAGACCAACTTCAATCCCAAAACCAACCCCAACCCCAGCCACTGCTACAAACACTG
AAAACGGCTTCATAACGAGGTTCACAAGAAATGCAAACCTGGTAGCAGCAGGGGTGATGA
AGAACCTGAAGAGAGTGGGTAATTATGTCAA*GAGCATTTGGACGACTCCTTGGATGATC
ATCGAAAGCGGCCTAAATAAT**AAATCTCTGTGGTGAGAA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1E168JQ 514 0 0
ACTGCCATGAAGCAACAAACCAAGACCCAACTTCCCGTTTGTTTCGCCCTTGAGATACTA
GCAGATAGAAGAGCAGCTTCAAGCAGCAACACTTCATTTATTCCTGCCCGCGCTCAAAAC
AGAAATGATTTTCGGGAGTTGCCTCAGCCCCAGAACCATAGACCAACTTCAATCCCAAAA
CCAACCCCAACCCCAGCCACTGCTACAAACACTGAAAACGGCTTCATAACGAGGTTCACA
AGAAATGCAAACCTGGTAGCAGCAGGGGTGATGAAGAACCTGAAGAGAGTGGGTAATTAT
GTCAAAGATCATTTGGACGACTCCTTGGATGATCATCGAAAGCGGCCTAAATAAATAAAA
TCTCTGTGGTGAGAAATCAAAAAAAAAAAAGAAAAACAAAAAAACACATGTGACAGTCAA
CAAGATATGAATGATTTGACACTTTTTGAAAACTCCTTTTGGATTCTCATAATAATAAAA
AAATGGATGTATTGATATATATCTTTTTACGAGC

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 3

CO CL4293Contig1 498 3 1 U
TAATGTTTTATTTCAATAGCAAAGCGTAAAGATCAACAAAGAGAACAAGAACCGGTCCAG
GATAAAACACAAGAAGAAAAGCAAACCCTACGTACTCCCGGGAGTCACAAGCAAAGAAAA
AACAAGGGAAGAAACTAAAGACAAAGCTGGTTCTTGTTCTCCTCTCTGCGCCTTATTCAG
TTGGAAGGAGGGAAGAAAATGGCGTCCGCAGTTCTCTTTGAACGGAAGGACTGCTCCACC
TCAGGATCAACCTTAAACGCCGCCTGCAAAACCTCTGGAGACAATGCCTTCCAAACCGAT
GTCCTCCCAGCCAAATGCGTGAAGATTGGATCGGGAGTAGTCACAATGGAGAACCAAGAC
ATGCCCTCAGGATCAGCAATCTTGGAAACCACAAAGAACCTCGGAACAATAAAGAGAGAA
CCAGCCTTGATATGAGTCTCAAGAACCCTCTTCCCATCAGCACCAACAACCTGAACTCTC
CCACTACCGGCAGCAATC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR1B113JQ U 1
AF RR1BC62JQ U 1
AF RR1BC62TF C 1
BS 1 498 RR1B113JQ

RD RR1B113JQ 498 0 0
TAATGTTTTATTTCAATAGCAAAGCGTAAAGATCAACAAAGAGAACAAGAACCGGTCCAG
GATAAAACACAAGAAGAAAAGCAAACCCTACGTACTCCCGGGAGTCACAAGCAAAGAAAA
AACAAGGGAAGAAACTAAAGACAAAGCTGGTTCTTGTTCTCCTCTCTGCGCCTTATTCAG
TTGGAAGGAGGGAAGAAAATGGCGTCCGCAGTTCTCTTTGAACGGAAGGACTGCTCCACC
TCAGGATCAACCTTAAACGCCGCCTGCAAAACCTCTGGAGACAATGCCTTCCAAACCGAT
GTCCTCCCAGCCAAATGCGTGAAGATTGGATCGGGAGTAGTCACAATGGAGAACCAAGAC
ATGCCCTCAGGATCAGCAATCTTGGAAACCACAAAGAACCTCGGAACAATAAAGAGAGAA
CCAGCCTTGATATGAGTCTCAAGAACCCTCTTCCCATCAGCACCAACAACCTGAACTCTC
CCACTACCGGCAGCAATC

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1BC62JQ 498 0 0
TAATGTTTTATTTCAATAGCAAAGCGTAAAGATCAACAAAGAGAACAAGAACCGGTCCAG
GATAAAACACAAGAAGAAAAGCAAACCCTACGTACTCCCGGGAGTCACAAGCAAAGAAAA
AACAAGGGAAGAAACTAAAGACAAAGCTGGTTCTTGTTCTCCTCTCTGCGCCTTATTCAG
TTGGAAGGAGGGAAGAAAATGGCGTCCGCAGTTCTCTTTGAACGGAAGGACTGCTCCACC
TCAGGATCAACCTTAAACGCCGCCTGCAAAACCTCTGGAGACAATGCCTTCCAAACCGAT
GTCCTCCCAGCCAAATGCGTGAAGATTGGATCGGGAGTAGTCACAATGGAGAACCAAGAC
ATGCCCTCAGGATCAGCAATCTTGGAAACCACAAAGAACCTCGGAACAATAAAGAGAGAA
CCAGCCTTGATATGAGTCTCAAGAACCCTCTTCCCATCAGCACCAACAACCTGAACTCTC
CCACTACCGGCAGCAATC

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1BC62TF 498 0 0
TAATGTTTTATTTCAATAGCAAAGCGTAAAGATCAACAAAGAGAACAAGAACCGGTCCAG
GATAAAACACAAGAAGAAAAGCAAACCCTACGTACTCCCGGGAGTCACAAGCAAAGAAAA
AACAAGGGAAGAAACTAAAGACAAAGCTGGTTCTTGTTCTCCTCTCTGCGCCTTATTCAG
TTGGAAGGAGGGAAGAAAATGGCGTCCGCAGTTCTCTTTGAACGGAAGGACTGCTCCACC
TCAGGATCAACCTTAAACGCCGCCTGCAAAACCTCTGGAGACAATGCCTTCCAAACCGAT
GTCCTCCCAGCCAAATGCGTGAAGATTGGATCGGGAGTAGTCACAATGGAGAACCAAGAC
ATGCCCTCAGGATCAGCAATCTTGGAAACCACAAAGAACCTCGGAACAATAAAGAGAGAA
CCAGCCTTGATATGAGTCTCAAGAACCCTCTTCCCATCAGCACCAACAACCTGAACTCTC
CCACTACCGGCAGCAATC

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 3

CO CL4294Contig1 673 3 3 U
GCGGAGGTTGGGGTTCGTCGATGCAAGAGAACATGCACCATCACCATCAGAGGCCACTTT
CAAACAGAGGTAGACAGAAGCCAAATCTGCATTACGAGTACAAGCCTTTTGGGTCACATG
CTTATGAAGGAGAACATAGTCGAGAACAATTGAAAGAGAGTTCAGAAGGTCCAAGATACA
GGGAGAAGGGGCAGGGAAACCAGAGGCATGATGGACAAAAGTCGTACCAACAGCAAAGGG
GTTAGTGCTGG*AGAAACACCGGTCGATAAGAGAAACTGAGATTGTCCTGTTTGTGATTA
GGTAGTTGAGCTGTGTTGGCGAGGCTTTGCCAAAGGAGTAGCATCTGATGAGGACGTATT
TGGCAACAAAGTCTTTGCTCTGGAAGGGTTTTCATGTATTTCAGTGGATTATTTGAATAT
GGATCTTAACTTTAGCATTTTGTATTACATTTGGTGGCAGGTTGGACTTTACCTGTTCTG
TTAAGCCTTTGCTCTGTTGCTTGTTTTTTTCTTTGTTTTCGGAGTGTGGGAATCATCTTA
TCTAACATGAACTTTTTCTTTTTCTGTTTACTTAGAAGCTGAAACAGAACTATGTATCTG
AAAATCTGCCATCCCAACTTTTTTGAGATTATTGTCTAGGATATACAGTATATAATCTCA
GTTAAACTCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ36JQ C 228
AF RR1DJ36TF U 228
AF RR1CJ89TF U 1
BS 1 251 RR1CJ89TF
BS 252 252 RR1DJ36TF
BS 253 673 RR1CJ89TF

RD RR1DJ36JQ 368 0 0
G
AACAGCAAAGGGGTTAGTGCTGG*AGAAACACCGGTCGATAAGAGAAACTGAGATTGTCC
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TGAGGACGTATTTGGCAACAAAGTCTTTGCTCTGGAAGGGTTTTCATGTATTTCAGTGGA
TTATTTGAATATGGATCTTAACTTTAGCATTTTGTATTACATTTGGTGGCAGGTTGGACT
TTACCTGTTCTGTTAAGCCTTTGCTCTGTTGCTTGTTTTTTTCTTTGTTTTCGGAGTGTG
GGAATCATCTTATCTAACATGAACTTTTTCTTTTTCTGTTTACTTAGAAGCTGAAACAGA
ACTATG
C

QA 2 367 2 367
DS 

RD RR1DJ36TF 368 0 0
G
AACAGCAAAGGGGTTAGTGCTGG*AGAAACACCGGTCGATAAGAGAAACTGAGATTGTCC
TGTTTGTGATTAGGTAGTTGAGCTGTGTTGGCGAGGCTTTGCCAAAGGAGTAGCATCTGA
TGAGGACGTATTTGGCAACAAAGTCTTTGCTCTGGAAGGGTTTTCATGTATTTCAGTGGA
TTATTTGAATATGGATCTTAACTTTAGCATTTTGTATTACATTTGGTGGCAGGTTGGACT
TTACCTGTTCTGTTAAGCCTTTGCTCTGTTGCTTGTTTTTTTCTTTGTTTTCGGAGTGTG
GGAATCATCTTATCTAACATGAACTTTTTCTTTTTCTGTTTACTTAGAAGCTGAAACAGA
ACTATG
C

QA 2 367 2 367
DS 

RD RR1CJ89TF 673 0 0
GCGGAGGTTGGGGTTCGTCGATGCAAGAGAACATGCACCATCACCATCAGAGGCCACTTT
CAAACAGAGGTAGACAGAAGCCAAATCTGCATTACGAGTACAAGCCTTTTGGGTCACATG
CTTATGAAGGAGAACATAGTCGAGAACAATTGAAAGAGAGTTCAGAAGGTCCAAGATACA
GGGAGAAGGGGCAGGGAAACCAGAGGCATGATGGACAAAAGTCGTACCAACAGCAAAGGG
GTTAGTGCTGGGAGAAACACCGGTCGATAAGAGAAACTGAGATTGTCCTGTTTGTGATTA
GGTAGTTGAGCTGTGTTGGCGAGGCTTTGCCAAAGGAGTAGCATCTGATGAGGACGTATT
TGGCAACAAAGTCTTTGCTCTGGAAGGGTTTTCATGTATTTCAGTGGATTATTTGAATAT
GGATCTTAACTTTAGCATTTTGTATTACATTTGGTGGCAGGTTGGACTTTACCTGTTCTG
TTAAGCCTTTGCTCTGTTGCTTGTTTTTTTCTTTGTTTTCGGAGTGTGGGAATCATCTTA
TCTAACATGAACTTTTTCTTTTTCTGTTTACTTAGAAGCTGAAACAGAACTATGTATCTG
AAAATCTGCCATCCCAACTTTTTTGAGATTATTGTCTAGGATATACAGTATATAATCTCA
GTTAAACTCTTCT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL4295Contig1 412 2 2 U
GGGGCTCTCTCTCTGTGTGAAAGGCGGCCAAGCTAAAACAACAGTTCCGACAATGCCTAA
GCAAATCCACGAGATAAAGGACTTCCTCCTGACAGCAAGAAGGAAAGATGCTCGATCAGT
GAAGATCAAGAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCCAAGTACCTCTA
CACTCTCTGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTCAAGCAGTCTCTTCCTCCAGG
TTTGAGTGTGCAAGATCTTTGAAGATAAGATGATGAAGCCCCTTGTTATGATGAATCCTG
CTGAGAATATGTTTTTTGTTTAGCTAAACTATGTTCGAACTTTTTCTATGAGTACCTTTT
TGGAATTTTTTGGTTCTAATTCTGTTTTTTCTGAAAGAATTAAATTAGTTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FN07JQ C 1
AF RR1FN07TF U 1
BS 1 3 RR1FN07JQ
BS 4 412 RR1FN07TF

RD RR1FN07JQ 412 0 0
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GCAAATCCACGAGATAAAGGACTTCCTCCTGACAGCAAGAAGGAAAGATGCTCGATCAGT
GAAGATCAAGAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCCAAGTACCTCTA
CACTCTCTGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTCAAGCAGTCTCTTCCTCCAGG
TTTGAGTGTGCAAGATCTTTGAAGATAAGATGATGAAGCCCCTTGTTATGATGAATCCTG
CTGAGAATATGTTTTTTGTTTAGTTAAACTATGTTCGAACTTTTTCTATGAGTACCTTTT
TGGAATTTTTTGGTTCTAATTCTGTTTTTTCTGAAAGAATTAAATTAGTTCC

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1FN07TF 412 0 0
GGG
GCTCTCTCTCTGTGTGAAAGGCGGCCAAGCTAAAACAACAGTTCCGACAATGCCTAAGCA
AATCCACGAGATAAAGGACTTCCTCCTGACAGCAAGAAGGAAAGATGCTCGATCAGTGAA
GATCAAGAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCCAAGTACCTCTACAC
TCTCTGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTCAAGCAGTCTCTTCCTCCAGGTTT
GAGTGTGCAAGATCTTTGAAGATAAGATGATGAAGCCCCTTGTTATGATGAATCCTGCTG
AGAATATGTTTTTTGTTTAGCTAAACTATGTTCGAACTTTTTCTATGAGTACCTTTTTGG
AATTTTTTGGTTCTAATTCTGTTTTTTCTGAAAGAATTAAATTAGTTCC

QA 4 412 4 412
DS 



AS 1 2

CO CL4296Contig1 604 2 4 U
GGACTTTGCCAAAATCCCAGAGAGAAAGCTTGGATCTTTCGCGGCCCAGAATCTCCTGGA
AGAGAATCAGAATCGTATGCATTTTTGGAGTCATGAAGGTCGGAGGAGGAGTTGGCTATT
ACTAGAATCTGTTATCCACCCCTGAAGATACTAGAAAAAATGTGGAATCTAGCCTCGAGT
TATCTCACCGGACCTAGAAACGAAGCAAGAAGGCCACCACCAGTCCATCCTCACGTAGAC
TCTTGTTCTGATGACGACGATGCTTCATCTCTAGGCAGCAAAGAAGAAGGTCTCGAGTGT
CCTATCTGCTGGGAATCATTCAACATCGTCGAAAACGTTCCTTACGTGCTATGGTGCGGC
CACACCATGTGCAAAAACTGCATCCTCGGACTCCAGTGGGCTATCGTCAAACTACCTACT
CACCCTGTTCAGCTCCCTCTCTTCATCTCCTGCCCCTGGTGCAACCTCCTCTCCTTCCGT
CTCGTCTTCAGAGGTGCTCTTAGGTTCCCTCGCAAGAACTACTTTGTGCTTTGGATGGTC
GAGAGGATGAATGGGGAGAGACGCAGTTCTCCTGGGACAGATCAAACCGATGGAAGCAGG
GAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1D683TF U 1
AF RR1GX59TF U 39
BS 1 560 RR1D683TF
BS 561 561 RR1GX59TF
BS 562 595 RR1D683TF
BS 596 604 RR1GX59TF

RD RR1D683TF 595 0 0
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ACTAGAATCTGTTATCCACCCCTGAAGATACTAGAAAAAATGTGGAATCTAGCCTCGAGT
TATCTCACCGGACCTAGAAACGAAGCAAGAAGGCCACCACCAGTCCATCCTCACGTAGAC
TCTTGTTCTGATGACGACGATGCTTCATCTCTAGGCAGCAAAGAAGAAGGTCTCGAGTGT
CCTATCTGCTGGGAATCATTCAACATCGTCGAAAACGTTCCTTACGTGCTATGGTGCGGC
CACACCATGTGCAAAAACTGCATCCTCGGACTCCAGTGGGCTATCGTCAAACTACCTACT
CACCCTGTTCAGCTCCCTCTCTTCATCTCCTGCCCCTGGTGCAACCTCCTCTCCTTCCGT
CTCGTCTTCAGAGGTGCTCTTAGGTTCCCTCGCAAGAACTACTTTGTGCTTTGGATGGTC
GAGAGGATGAATGGGGAGAGGCGCAGTTCTCCTGGGACAGATCAAACCGATGGAA

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1GX59TF 566 0 0
GG
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CGGAGGAGGAGTTGGCTATTACTAGAATCTGTTATCCACCCCTGAAGATACTAGAAAAAA
TGTGGAATCTAGCCTCGAGTTATCTCACCGGACCTAGAAACGAAGCAAGAAGGCCACCAC
CAGTCCATCCTCACGTAGACTCTTGTTCTGATGACGACGATGCTTCATCTCTAGGCAGCA
AAGAAGAAGGTCTCGAGTGTCCTATCTGCTGGGAATCATTCAACATCGTCGAAAACGTTC
CTTACGTGCTATGGTGCGGCCACACCATGTGCAAAAACTGCATCCTCGGACTCCAGTGGG
CTATCGTCAAACTACCTACTCACCCTGTTCAGCTCCCTCTCTTCATCTCCTGCCCCTGGT
GCAACCTCCTCTCCTTCCGTCTCGTCTTCAGAGGTGCTCTTAGGTTCCCTCGCAAGAACT
ACTTTGTGCTTTGGATGGTCGAGAGGATGAATGGGGAGAGACGCAGTTCTCCTGGGACAG
ATCAAACCGATGGAAGCAGGGAGC

QA 3 566 3 566
DS 



AS 1 3

CO CL4297Contig1 1119 3 6 U
CAGCCACACACACCACACATATGAACACACCCTGATAGTTTCAGTGCATTTTAGCAAAAA
CATGCAGTGTTTATGCTAAAATACGCACTGAGAGCTAAATGTGAGATAACTTTCACCCCT
TTTCTCTCACCACTTGAATATTCCGACACAGTTCTCTCCATTCTCTCCGAGGAAAAAAAA
TCGAATCTTTCTGTCTGAATTAGTGAGAGCTTCCTTCTTAGTTATTCTGCGAGCGGCGTT
TCTCTGGAACATTATTAGAAAATCGAGTAGAAAAGGAAAAAAAAAAACGAAAGATGGCTT
CGTCTCTCGAGATCATTAGACTCTGTGCTTCTCCAGTGTCTATTTCCCGCCATAAATTTC
CAGTAAAATCGGAATTTAGAAAAAGGGTTTTCAGATTAGCAGATTCTGGTAGTTGGGTTC
GTCTTGGTCGATGTGTTCGGGTTCATTCATCTGCTCTGAACAACGGCGATAACCAGTCAA
AAGGGGAAGAACCTCCAGAATCATTGTTTATGAAAGAGTTGAAGAGACGAGGCATGACTC
CTACTTCGTTGCTTCAAGACTATGAAGTCGATGTAGATGAGATCAAAACTGGTGGTAAAG
AAACTAGAAACAGCTCTAAGACGACTGCAACTACTACTCCTGCGTTTGACCAAAGCTTGT
TAAACCAGAGGGAGAGATCACTTGCTTTAAACAGTGAAGGGCTTGAGGGATTGATCCCAC
GTGCTAGGATCTTGCTGACGATTGGAGGGACTTTCTTCTTGGGTTTTTGGCCCTTGATAG
TCTTAACTCTTGGCGCCTTTTCTGCCCTTTACCTTTACTTTGGAGCAGATTTCATTCATG
ATGGAAGCAGGACTCCGGTTTCACCACCCCCTTACATCGATCCATATACTCTGTTGGAGG
ATGAGAGGATCTCTGGGATCAATCCTCGTCTAAATTAGCACCAACAATGTGTTCTCGCTG
CTCCACAGAAGTAGTAGTTAATTATATTGTTGCACTAAGTATATATATCTTCTTTTATCC
GTTCCTTACGGCTGTTAAAATAATGTTACTTCTGTATTGTTTGCGTGCACCTTTTAAAAA
AGTGTTCACTATAAAGTATAAAAAGTCATCTTCTCATGC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT22TF U 4
AF RR1AE36TF U 1
AF RR1GT22JQ C 475
BS 1 514 RR1AE36TF
BS 515 516 RR1GT22TF
BS 517 715 RR1AE36TF
BS 716 716 RR1GT22JQ
BS 717 723 RR1AE36TF
BS 724 1119 RR1GT22JQ

RD RR1GT22TF 663 0 0
GG
ACACACACCACACATATGAACACACCCTGATAGTTTCAGTGCATTTTAGCAAAAACATGC
AGTGTTTATGCTAAAATACTCACTGAGAGCTAAATGTGAGATAACTTTCACCCCTTTTCT
CTCACCACTTGAATATTCCGACACAGTTCTCTCCATTCTCTCCGAGGAAAAAAAATCGAA
TCTTTCTGTCTGAATTAGTGAGAGCTTCCTTCTTAGTTATTCTGCGAGCGGCGTTTCTCT
GGAACATTATTAGAAAATCGAGTAGAAAAGGAAAAAAAAAA*CGAAAGATGGCTTCGTCT
CTCGAGATCGTTAGACTCTGTGCTTCTCCAGTGTCTATTTCCCGCCATAAATTTCCAGTA
AAATCGGAATTTAGAAAAAGGGTTTTCAGATTGGCAGATTCTGGTAGTTGGGTTCGTCTT
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AGAAACAGCTCTAAGACGACTGCAACTACTACTCCTGCGTTTGACCAAAGCTTGTTAAAC
C

QA 3 663 3 663
DS 

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CGTCTCTCGAGATCATTAGACTCTGTGCTTCTCCAGTGTCTATTTCCCGCCATAAATTTC
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GTCTTGGTCGATGTGTTCGGGTTCATTCATCTGCTCTGAACAACGGCGATAACCAGTCAA
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TAAACCAGAGGGAGAGATCACTTGCTTTAAACAGTGAAGGGCTTGAGGGATTGATTCCAC
GTG

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1GT22JQ 645 0 0
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TGACTCCTACTTCGTTGCTTCAAGACTATGAAGTCGATGTAGATGAGATCAAAACTGGTG
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TCCCACGTGCTAGGATCTTGCTGACGATTGGAGGGACTTTCTTCTTGGGTTTTTGGCCCT
TGATAGTCTTAACTCTTGGCGCCTTTTCTGCCCTTTACCTTTACTTTGGAGCAGATTTCA
TTCATGATGGAAGCAGGACTCCGGTTTCACCACCCCCTTACATCGATCCATATACTCTGT
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TCGCTGCTCCACAGAAGTAGTAGTTAATTATATTGTTGCACTAAGTATATATATCTTCTT
TTATCCGTTCCTTACGGCTGTTAAAATAATGTTACTTCTGTATTGTTTGCGTGCACCTTT
TAAAAAAGTGTTCACTATAAAGTATAAAAAGTCATCTTCTCATGC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 3

CO CL4298Contig1 1212 3 5 U
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ATCAGATTCGAAATTCTTCATTACAGAGGAGGAGAGAGTTCTTCTCATCGTGTTTACTAA
CAGAATCTAATACCGAAGACAAGAGATCAAAGCTTTATTACATACAGGTTCAACAGAGCA
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ATTCTTCATCTGCGCGATCTTCGTCTTAACGTCTCTGTTTCTATCTTCTTTCCTTATTTG
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CATCTCTGGTAATGCTATTGCTGATGGAGCTGGCATCTTCATCTTCTACACCCAATGGAC
TTTCACATTGGTCACAATCTACTTCGGGGTCGCAGCCTTGGTGTCCATAAACAGATTTAG
ATCTGGTGATAACTATCAGAATGGAGTCTATACAGTAGATGAAGAGCAAGGGTCGTATAG
ACCTCCTCCCCATTCATGGCGAAAACTCTAATTTGTTTAAAGCTTCTAACGGACACGAAA
GACACAATAGGTCTACACGTCAAGTAGCTTCTACATTGGGTTACATCCATCAGATTCTTT
TTCAAACTTGTGCAGGAGCTGTATTGCTTACAGATGGTGTGTTTTGGTTCATCATCTACC
CTTTTCTCACATCCAAAGATTTCAATCTCGACTTTTTCATTGTGATTATGCACTCGGTCA
ACGCTGTTTTCCTCCTTGGCGAAACTTTCTTGAACTCTCTGCGGTTCCCATTGTTCAGGA
TATCATACTTTGTGGTATGGACCGGAGTATTCGTGCTATTCCAATGGATTGTTCATGCTT
GTGTCTCCTTCTGGTGGCCATACCCATTCTTGGACTTGTCATCATCCTACGCCCCTTTAT
GGTATGCCGCCGTTGGGTTGATGCATGTACCGTGCTTTGGATTCTTTGCTTTGATAGTGA
AGTTGAAATACATGTGGCTTTCAAAATGTTTCTCAGAAGAACCATAGTAACAAATAGCAT
ATATTTACTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN01TF U 1
AF RR1G603TF U 505
AF RR1CN01JQ C 516
BS 1 646 RR1CN01TF
BS 647 670 RR1G603TF
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AAGAGAAGGAGGAACAGGAATTGTGTACGATGATGAGACTTGGAATACTTGTGTGGCAAG
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ATCTGGTGATAACTATCAGAATGGAGTCTATACAGTAGATGAAGAG

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1G603TF 670 0 0
G
GGAGCTGGCATCTTCATCTTCTACACCCAATGGACTTTCACATTGGTCACAATCTACTTC
GGGGTCGCAGCCTTGGTGTCCATAAACAGATTTAGATCTGGTGATAACTATCAGAATGGA
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CTCTAATTTGTTTAAAGCTTCTAACGGACACGAAAGACACAATAGGTCTACACGTCAAGT
AGCTTCTACATTGGGTTACATCCATCAGATTCTTTTTCAAACTTGTGCAGGAGCTGTATT
GCTTACAGATGGTGTGTTTTGGTTCATCATCTACCCTTTTCTCACATCCAAAGATTTCAA
TCTCGACTTTTTCATTGTGATTATGCACTCGGTCAACGCTGTTTTCCTCCTTGGCGAAAC
TTTCTTGAACTCTCTGCGGTTCCCATTGTTCAGGATATCATACTTTGTGGTATGGACCGG
AGTATTCGTGCTATTCCAATGGATTGTTCATGCTTGTGTCTCCTTCTGGTGGCCATACCC
ATTCTTGGACTTGTCATCATCCTACGCCCCTTTATGGTATGCCGCCGTTGGGTTGATGCA
TGTACCGTGCTTTGGATTCTTTGCTTTGATAGTGAAGTTGAAATACATGTGGCTTTCAAA
ATGTTTCTC

QA 2 670 2 670
DS 

RD RR1CN01JQ 697 0 0
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CCTTGGTGTCCATAAACAGATTTAGATCTGGTGATAACTATCAGAATGGAGTCTATACAG
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TTTAAAGCTTCTAACGGACACGAAAGACACAATAGGTCTACACGTCAAGTAGCTTCTACA
TTGGGTTACATCCATCAGATTCTTTTTCAAACTTGTGCAGGAGCTGTATTGCTTACAGAT
GGTGTGTTTTGGTTCATCATCTACCCTTTTCTCACATCCAAAGATTTCAATCTCGACTTT
TTCATTGTGATTATGCACTCGGTCAACGCTGTTTTCCTCCTTGGCGAAACTTTCTTGAAC
TCTCTGCGGTTCCCATTGTTCAGGATATCATACTTTGTGGTATGGACCGGAGTATTCGTG
CTATTCCAATGGATTGTTCATGCTTGTGTCTCCTTCTGGTGGCCATACCCATTCTTGGAC
TTGTCATCATCCTACGCCCCTTTATGGTATGCCGCCGTTGGGTTGATGCATGTACCGTGC
TTTGGATTCTTTGCTTTGATAGTGAAGTTGAAATACATGTGGCTTTCAAAATGTTTCTCA
GAAGAACCATAGTAACAAATAGCATATATTTACTCGC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 3

CO CL4299Contig1 405 3 3 U
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AAATCAAGTCATCAAAATCCAGCATCCTCCTATACGTTCTTGTTCTTGCGCTGGTCCTGT
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TGGCACCGTCACCACTTCGCATGTGTCCACAGTGTGTGTGTTGCGCACCGGCTCCACCTG
GCCAATGCTGCCCATGTCGCTGTCCCGGTGGTCCCTAAATATTGTGAAGTTTGTTATTAT
CAGAGGGGATATTGTGAAGGGTTTGATATATGTGTGATATTTTGCACGTATGAATAAGTA
AACAAGAACTGTACTCTTCGTGTTTATAATAAGAAACTTTTGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1GE07TF U 1
AF RR1CM52JQ C 39
AF RR1CM52TF U 39
BS 1 134 RR1GE07TF
BS 135 135 RR1CM52TF
BS 136 405 RR1GE07TF

RD RR1GE07TF 405 0 0
GGAAATCAACAACATATTCACCAAAAGAATTCACCAATTCACATCAGAAAGCAGCGATGG
AAATCAAGTCATCAAAATCCAGCATCCTCCTATACGTTCTTGTTCTTGCGCTGGTCCTGT
CTCCAATACTCCCATGTCAAGCAGCTAGGGTGCATCTAGGAGTTTCAGGGCGTAAGCTGA
TGGCACCGTCACCACTTCGCATGTGTCCACAGTGTGTGTGTTGCGCACCGGCTCCACCTG
GCCAATGCTGCCCATGTCGCTGTCCCGGTGGTCCCTAAATATTGTGAAGTTTGTTATTAT
CAGAGGGGATATTGTGAAGGGTTTGATATATGTGTGATATTTTGCACGTATGAATAAGTA
AACAAGAACTGTACTCTTCGTGTTTATAATAAGAAACTTTTGGGT

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR1CM52JQ 367 0 0
GG
ACATCAGAAAGCAGCGATGGAAATCAAGTCATCAAAATCCAGCATCCTCCTATACGTTCT
TGTTCTTGCGCTGGTCCTGTCTCCAATACTCCCACGTCAAGCAGCTAGGGTGCATCTAGG
AGTTTCAGGGCGTAAGCTGATGGCACCGTCACCACTTCGCATGTGTCCACAGTGTGTGTG
TTGCGCACCGGCTCCACCTGGCCAATGCTGCCCATGTCGCTGTCCCGGTGGTCCCTAAAT
ATTGTGAAGTTTGTTATTATCAGAGGGGATATTGTGAAGGGTTTGATATATGTGTGATAT
TTTGCACGTATGAATAAGTAAACAAGAACTGTACTCTTCGTGTTTATAATAAGAAACTTT
TGGGT

QA 3 367 3 367
DS 

RD RR1CM52TF 367 0 0
GG
ACATCAGAAAGCAGCGATGGAAATCAAGTCATCAAAATCCAGCATCCTCCTATACGTTCT
TGTTCTTGCGCTGGTCCTGTCTCCAATACTCCCACGTCAAGCAGCTAGGGTGCATCTAGG
AGTTTCAGGGCGTAAGCTGATGGCACCGTCACCACTTCGCATGTGTCCACAGTGTGTGTG
TTGCGCACCGGCTCCACCTGGCCAATGCTGCCCATGTCGCTGTCCCGGTGGTCCCTAAAT
ATTGTGAAGTTTGTTATTATCAGAGGGGATATTGTGAAGGGTTTGATATATGTGTGATAT
TTTGCACGTATGAATAAGTAAACAAGAACTGTACTCTTCGTGTTTATAATAAGAAACTTT
TGGGT

QA 3 367 3 367
DS 



AS 1 3

CO CL4300Contig1 961 3 7 U
GGAAGACAGATCAGGAACAGCTTAGACTCTCCACCAGGGTAGAGAGACTCGAAAAACACC
GTCTACAGTTCCGATTCGATGCCGTCCCGCAGGCGTACCCTCCTCAAGGTCATCATCCTC
GGCGATAGCGGGGTGGGGAAAACCTCTTTGATGAATCAATATGTTAATAAAAAGTTCAGC
AACCAGTACAAGGCCACCATTGGAGCTGACTTTTTGACTAAGGAAGTCCAGTTTGAAGAT
CGACTTTTCACTTTACAGATCTGGGATACAGCTGGACAGGAAAGGTTTCAGAGCCTTGGT
GTAGCTTTCTACAGGGGTACTGATTGCTGCGTTCTTGTATATGATGTCAACTCCATGAAA
TCTTTTGGAAATCTCAATAACTGGAGAGAAGGGTTTCTGATCCAGGCGAGTCCATCGGAT
CCAGAGAACTTTCCATTTGTTCTTATCGGAAACAAGGTGGACGTGGATGGTGGAAACAGC
AGAGTGGCTTCAGAGAAGAAGGCTAAAGCTTGGTGTGCGTCAAAGGGAAACATTCCCTAC
TTTGAAACCTCTGCTAAGGAAGGCACCAATGTTGAGGAAGCTTTCCAATGCATTGCCAAG
AACGCTCTGAAGAGCGGGGAAGAGGAAGAGCTATACTTGCCGGACACAATCGATGTCGGG
ACAAGCAATCAGCAGAGGTCTACAGGGTGTGAATGCTAAGGAGAGTATCTCTCCCAGAAG
AATGCTTTTGAGTTCAAACAACGGGGGGAACGTGTCTCTCCTCCTATCACCTCTCTTCTT
CGCCAGTTATCTCTAAACTTTTATTATATTACATCGCTGTAAATTTGTTCTTTTGTGGGC
TAAGATAATCCTTCAAAATGATTTGACTTGTCTAGCAAGTATTTGTGTTTTAGTTATATT
ATAAAAACATATTTCCTCCAAGTTCTATAAGAGACACAAAGACCTCACTATTTGTTTGGG
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 

AF RR1DM02TF U 1
AF RR1GD42TF U 211
AF RR1DM02JQ C 247
BS 1 673 RR1DM02TF
BS 674 676 RR1GD42TF
BS 677 677 RR1DM02JQ
BS 678 857 RR1GD42TF
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BS 859 907 RR1GD42TF
BS 908 961 RR1DM02JQ

RD RR1DM02TF 673 0 0
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GGCGATAGCGGGGTGGGGAAAACCTCTTTGATGAATCAATATGTTAATAAAAAGTTCAGC
AACCAGTACAAGGCCACCATTGGAGCTGACTTTTTGACTAAGGAAGTCCAGTTTGAAGAT
CGACTTTTCACTTTACAGATCTGGGATACAGCTGGACAGGAAAGGTTTCAGAGCCTTGGT
GTAGCTTTCTACAGGGGTACTGATTGCTGCGTTCTTGTATATGATGTCAACTCCATGAAA
TCTTTTGGAAATCTCAATAACTGGAGAGAAGGGTTTCTGATCCAGGCGAGTCCATCGGAT
CCAGAGAACTTTCCATTTGTTCTTATCGGAAACAAGGTGGACGTGGATGGTGGAAACAGC
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TTTGAAACCTCTGCTAAGGAAGGCACCAATGTTGAGGAAGCTTTCCAATGCATTGCCAAG
AACGCTCTGAAGAGCGGGGAAGAGGAAGAGCTATACTTGCCGGACACAATCGATGTCGGG
ACAAGCAATCAGC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1GD42TF 697 0 0
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GCTGGACAGGAAAGGTTTCAGATCCTTGGTGTAGCTTTCTACAGGGGTGCTGATTGCTGC
GTTCTTGTATATGATGTCAACTCCATGAAATCTTTTGAAAATCTCAATAACTGGAGAGAA
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TGGTGTGCGTCAAAGGGAAACATTCCCTACTTTGAAACCTCTGCTAAGGAAGGCACCAAT
GTTGAGGAAGCTTTCCAATGCATTGCCAAGAACGCTCTGAAGAGCGGGGAAGAGGAAGAG
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CGTGTCTCTCCTCCTATCACCTCTCTTCTTCGCCAGTTATCTCTAAACTTTTATTATATT
ACATCGCTGTAAATTTGTTCTTTTGTGGGCTAAGATAATCCTTCAAA*TGATTTGACTTG
TCTAGCAAGTATTTGTGTTTTAGTTATATTATAAAAA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1DM02JQ 715 0 0
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TTCTACAGGGGTACTGATTGCTGCGTTCTTGTATATGATGTCAACTCCATGAAATCTTTT
GGAAATCTCAATAACTGGAGAGAAGGGTTTCTGATCCAGGCGAGTCCATCGGATCCAGAG
AACTTTCCATTTGTTCTTATCGGAAACAAGGTGGACGTGGATGGTGGAAACAGCAGAGTG
GCTTCAGAGAAGAAGGCTAAAGCTTGGTGTGCGTCAAAGGGAAACATTCCCTACTTTGAA
ACCTCTGCTAAGGAAGGCACCAATGTTGAGGAAGCTTTCCAATGCATTGCCAAGAACGCT
CTGAAGAGCGGGGAAGAGGAAGAGCTATACTTGCCGGACACAATCGATGTCGGGACAAGC
AATCAGCAGAGGTCTACAGGGTGTGAATGCTAAGGAGAGTATCTCTCCCAGAAGAATGCT
TTTGAGTTCAAACAACGGGGGGAACGTGTCTCTCCTCCTATCACCTCTCTTCTTCGCCAG
TTATCTCTAAACTTTTATTATATTACATCGCTGTAAATTTGTTCTTTTGTGGGCTAAGAT
AATCCTTCAAAATGATTTGACTTGTCTAGCAAGTATTTGTGTTTTAGTTATATTATAAAA
ACATATTTCCTCCAAGTTCTATAAGAGACACAAAGACCTCACTATTTGTTTGGGC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 3

CO CL4301Contig1 1514 3 11 U
GGCTGCGTGAAACAACAAAAACCAAATTAGAAAAAAAAAGAAAGAAAGAGAGAATTGTTC
TCATCCGTCCGAGAAACCGATCACAGTACGAAGGATTACTCAAAGATCGGCGGTAATGCA
GAGAACAAGAAGACGATGCGAAGGCACCGCCATGGGCGCCACCGTCTTCGATCTCCGTCC
CGGCGTCGGCATCGGACCTTTCTCTATCGGAATGCCAATTTGTGATGCGTTTGCGCAAAT
AGAGCAGCAGCCTAACATATATGATGTTGTTCATGTTAAATACCACGACGAGGATCCTCT
GAAGCTGGATATTGTTATTAGCTTTCCCGATCATGGTTTTCATCTTCGCTTTGATCCATG
GTCTCAGAGGTTACGCCTTGTTGAGATATATGATGTCAAGCGGCTTCAGATGCGTTACGC
CACTTCTACTATCGGGGGTCCATCAACTCTGGCGACGTTTGTGGCTGTTTATGCACTTTT
TGGACCGACCTTTCCTGGGATTTATGATAAAGAAAGAGGGGTTTATTCTCTCTTCTACCC
GGGACTATCCTTTCAGTTTCCAACTCCTAACCAGTACACGGACTGCTGCCATGATGGAGA
AGCGGCGCTACCATTGGAGTTTCCAGATGGCACCACGCCAGTAGCATGCCGGGTCTCTAT
CTATGACAACTCAAGCGACAAAAAAGTTGGTGTAGGAAAGCTGATGGATAGAGCTTCTGT
CCCTCCTTTGCCTCCTGGCAGCCTTTATATGGAGGAGGTTCATGTCAAGCTTGGCATGGA
GTTATACTTTACTGTTGGAGGCCAGCATATGGCTTTTGGTGCATCGCCACAGGATGTATG
GACCGATTTAGGACGACCATGTGGGATACACCCAAAGCAGGTAGATCAAATGGTTATTCA
TTCTGCATCAGATCCACGACCAAAAACAACTCTTTGTGGTGATTACTTTTACAACTATTT
TACTCGTGGCATGGACATCCTGTTTACGGCGAGACTCACAGAGCTAAGAAGTTTGTTCTT
CACACCAACTATCCTGGTCATGCTGATTTCAACTCGTACATAAAGTGCAACTTTGTGATC
TCTGTTGGAGAGAGTGAGGCAGAAGCAAACGAAGGTGGAAACAAGATCACTCCAAGAACG
AATTGGGAGCAAGTTAAGGAAATACTTGGGGAGTGTGGACCAGCAGCTATACAGACACAA
GGCTCAACGAGCAATCCTTTTGGATCGACATACGTGTATGGCTATCAGAATGTTGCTTTT
GAGGTGATGAAGAACGGTCATATAGCCACTATAACTTTGTTCCAGTCATGATGTGTCTAC
CGTCCGAGTCTTTGTAGGGGGCTTCTTATGCTTTGGGTGGAGAGGCTATCTTCAACAACA
GTGTCTGTAAATCTAACGTCATGATATTAAACTACAAATGTAAATGCTGTACAGTCATTT
GTTAAGTCGATATCAAACTTTGTAACGACAGATGCTTACCTTTTATTGTCTAATTGGTGT
GATGAAGAATAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ16TF U 1
AF RR1FF29TF U 247
AF RR1FQ16JQ C 747
BS 1 543 RR1FQ16TF
BS 544 544 RR1FF29TF
BS 545 563 RR1FQ16TF
BS 564 564 RR1FF29TF
BS 565 684 RR1FQ16TF
BS 685 685 RR1FF29TF
BS 686 759 RR1FQ16TF
BS 760 832 RR1FF29TF
BS 833 833 RR1FQ16JQ
BS 834 847 RR1FF29TF
BS 848 1514 RR1FQ16JQ

RD RR1FQ16TF 759 0 0
GGCTGCGTGAAACAACAAAAACCAAATTAGAAAAAAAAAGAAAGAAAGAGAGAATTGTTC
TCATCCGTCCGAGAAACCGATCACAGTACGAAGGATTACTCAAAGATCGGCGGTAATGCA
GAGAACAAGAAGACGATGCGAAGGCACCGCCATGGGCGCCACCGTCTTCGATCTCCGTCC
CGGCGTCGGCATCGGACCTTTCTCTATCGGAATGCCAATTTGTGATGCGTTTGCGCAAAT
AGAGCAGCAGCCTAACATATATGATGTTGTTCATGTTAAATACCACGACGAGGATCCTCT
GAAGCTGGATATTGTTATTAGCTTTCCCGATCATGGTTTTCATCTTCGCTTTGATCCATG
GTCTCAGAGGTTACGCCTTGTTGAGATATATGATGTCAAGCGGCTTCAGATGCGTTACGC
CACTTCTACTATCGGGGGTCCATCAACTCTGGCGACGTTTGTGGCTGTTTATGCACTTTT
TGGACCGACCTTTCCTGGGATTTATGATAAAGAAAGAGGGGTTTATTCTCTCTTCTACCC
GGGGCTATCCTTTCAGTTTCCAATTCCTAACCAGTACACGGACTGCTGCCATGATGGAGA
AGCGGCGCTACCATTGGAGTTTCCAGATGGCACCACGCCAGTAGCATGCCGGGTCTCTAT
CTATGACAACTCAAGCGACAAAAA*GTTGGTGTAGGAAAGCTGATGGATAGAGCTTCTGT
CCCTCCTTTGCCTCCTGGCAGCCTTTATATGGAGGAGGT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1FF29TF 601 0 0
GG
AGCCTAACATATATGATGTTGTTCATGTTAAATACCACGACGAGGATCCTCTGAAGCTGG
ATATTGTTATTAGCTTTCCCGATCATGGTTTTCATCTTCGCTTTGATCCATGGTCTCAGA
GGTTACGCCTTGTTGAGATATATGATGTCAAGCGGCTTCAGATGCGTTACGCCACTTCTA
CTATCGGGGGTCCATCAACTCTGGCGACGTTTGTGGCTGTTTATGCACTTTTTGGACCGA
CCTTTCCTGGGATTTATGATAAAGAAAGAGGGGTTTATTCTCTCTTCTACCCGGGACTAT
CCTTTCAGTTTCCAACTCCTAACCAGTACACGGACTGCTGCCATGATGGAGAAGCGGCGC
TACCATTGGAGTTTCCAGATGGCACCACGCCAGTAGCATGCCGGGTCTCTATCTATGACA
ACTCAAGCGACAAAAAAGTTGGTGTAGGAAAGCTGATGGATAGAGCTTCTGTCCCTCCTT
TGCCTCCTGGCAGCCTTTATATGGAGGAGGTTCATGTCAAGCTTGGCATGGAGTTATACT
TTACTGTTGGAGGCCAGCATATGGCTTTTGGTGCATCGCCACAG*ATGTATGGACCGAT

QA 3 601 3 601
DS 

RD RR1FQ16JQ 768 0 0
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ATATGGCTTTTGGTGCATCGCCACAGGATGTATGGACCGATTTAGGACGACCATGTGGGA
TACACCCAAAGCAGGTAGATCAAATGGTTATTCATTCTGCATCAGATCCACGACCAAAAA
CAACTCTTTGTGGTGATTACTTTTACAACTATTTTACTCGTGGCATGGACATCCTGTTTA
CGGCGAGACTCACAGAGCTAAGAAGTTTGTTCTTCACACCAACTATCCTGGTCATGCTGA
TTTCAACTCGTACATAAAGTGCAACTTTGTGATCTCTGTTGGAGAGAGTGAGGCAGAAGC
AAACGAAGGTGGAAACAAGATCACTCCAAGAACGAATTGGGAGCAAGTTAAGGAAATACT
TGGGGAGTGTGGACCAGCAGCTATACAGACACAAGGCTCAACGAGCAATCCTTTTGGATC
GACATACGTGTATGGCTATCAGAATGTTGCTTTTGAGGTGATGAAGAACGGTCATATAGC
CACTATAACTTTGTTCCAGTCATGATGTGTCTACCGTCCGAGTCTTTGTAGGGGGCTTCT
TATGCTTTGGGTGGAGAGGCTATCTTCAACAACAGTGTCTGTAAATCTAACGTCATGATA
TTAAACTACAAATGTAAATGCTGTACAGTCATTTGTTAAGTCGATATCAAACTTTGTAAC
GACAGATGCTTACCTTTTATTGTCTAATTGGTGTGATGAAGAATAATA

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL4302Contig1 702 2 2 U
GACTCACTGATCTGATTTTGTGTAACGAATCTGATTTTGTGTAACGAATCTTCAAACTTT
TGATTGTAGACATGGCAGCAGCTTTAGCTTCAAGAATCTCCCGTGGAGGACGTTCATTAC
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ATGAAAGTATCCTCCTTTCTCAGCAACAGAGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTC
TCAAAGTCGTGGACAACTCTGGAGCCAAGAAAGTGATGTGTATTCAAGCTCTCAAGGGTA
AGAAAGGAGCTAGGCTTGGCGATACGATCGTTGCTTCGGTGAAAGAGGCGATGCCAAACG
GTAAAGTGAAAAGGAGCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTTAGAGCTGCCATGCAGAGAGGT
CGTGTTGATGGAAGTGAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTTGTTGATAATAAA
GACAAGAAGACTAAAACTGATCGCCAGCCGATTGGGACTAGAGTGTTTGGTCCTGTTCCT
CACGAGCTTCGCAAGAATAAACATCTCAAGATTGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGAC
AACCAACATAAAACCCTTAACCACGTAGTGTCTTTTTTTTTAATGTTATTCTCTTCCGTA
AACTCTCATCCATAACTTTTTTTTCTTAAGTTCAAGAGGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FX19TF U 1
AF RR1FX19JQ C 147
BS 1 536 RR1FX19TF
BS 537 702 RR1FX19JQ

RD RR1FX19TF 536 0 0
GACTCACTGATCTGATTTTGTGTAACGAATCTGATTTTGTGTAACGAATCTTCAAACTTT
TGATTGTAGACATGGCAGCAGCTTTAGCTTCAAGAATCTCCCGTGGAGGACGTTCATTAC
TTGGAAGTCTTAAGAAGAATGAGTTCTCTGGATCTATTACTTCTTCCAATGGAATAATGA
ATGAAAGTATCCTCCTTTCTCAGCAACAGAGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTC
TCAAAGTCGTGGACAACTCTGGAGCCAAGAAAGTGATGTGTATTCAAGCTCTCAAGGGTA
AGAAAGGAGCTAGGCTTGGCGATACGATCGTTGCTTCGGTGAAAGAGGCGATGCCAAACG
GTAAAGTGAAAAGGAGCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTTAGAGCTGCCATGCAGAGAGGT
CGTGTTGATGGAAGTGAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTTGTTGATAATAAA
GACAAGAAGACTAAAACTGATCGCCAGCCGATTGGGACTAGAGTGTTTGGTCCTGT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1FX19JQ 556 0 0
TCTGGATCTATTACTTCTTCCAATGGAATAATGAATGAAAGTATCCTCCTTTTTCAGCAA
CAGAGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTCAAAGTCGTGGACAACTCTGGAGCC
AAGAAAGTGATGTGTATTCAAGCTCTCAAGGGTAAGAAAGGAGCTAGGCTTGGCGATACG
ATCGTTGCTTCGGTGAAAGAGGCGATGCCAAACGGTAAAGTGAAAAGGAGCGGTTGTGTA
TGGTGTGGTTGTTAGAGCTGCCATGCAGAGAGGTCGTGTTGATGGAAGTGAAGTTAGGTT
CGATGATAACGCCGTTGTTCTTGTTGATAATAAAGACAAGAAGACTAAAACTGATCGCCA
GCCGATTGGGACTAGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCACGAGCTTCGCAAGAATAAACATCT
CAAGATTGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACAACCAACATAAAACCCTTAACCACGT
AGTGTCTTTTTTTTTAATGTTATTCTCTTCCGTAAACTCTCATCCATAACTTTTTTTTCT
TAAGTTCAAGAGGCAC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 3

CO CL4303Contig1 961 3 12 U
GGATGAAATATCTCAAATTAATTGAAAATGGAAAGACGTCTCATTAGTTCTAAACAACAA
CTAGAAAGATCGATCCAAAAGTGCAGATTATTAGAAACATAAGAACCAACTCATCTGTCT
AACTAACAACGATACTCCCCCAAAACATACATCCATTGTTCCACCTAACCAACCAAGAAC
TTTAAAGAAGAAAAAAAAAAGAAATGAAAATAAATAATGGTACAACAATCATGCATTATG
CCCTTCGCAACTATCATCATCATCATCAACCATCATGCATCTTGTCTCTGATGCCACCAC
CATCATCATCTTCAGCATTCCTACCCCAACCCATTCTCATTCTCCCCTCTTTAAGCTCTC
TCAGCAACACACGAAAAGGCTCCTCTTTCCTATAAAATTGTGACAAACTGTGGTGCATCT
TTCCTTGGACCACCAAGAGACCGATACATGTATAAGGTCTCAACAAACTCCCTATTCTCA
TCATCATCATCCGAACCAATTACTTCCACAACAAGATTTGGCATTGCACGTGCAACATCC
TTGCAACATCCCATAGACAGCTTGCACGCCGACATCCAAACAAACCTCATGTTGTAATAC
CGATGCATACCAGAGCGTAACGCAACATCCCCAAACGGACTGTCTCTTATCTCGAGTTTC
TGTAGTCTAGGGCAACCTTCGAGGACATGTCTCAGAGCCATGTCACTGTCCCCTGCAA**
GCTACTGACAGAGTACGGATCAGTTTCCCATACTCACCCATATACCTAAAAGCTTGATCC
GTAAGCAACCCGGAGACGGCGAGCCGAGTTAGTTTCTTGCAGTTTTTAACAATGGCACCA
AAACCCTCGTCCATAGCCTTTCCTGTCACATGGTCAGGCCTATGTCGACCCATTATGCAG
AGCCTGAACACAGTAAGCTCAGGACAGTTATGTGACATGGCTATCAGGGCGGCATTAGTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B529JQ U 1
AF RR1CD10JQ U 73
AF RR1CD10TF C 184
BS 1 291 RR1B529JQ
BS 292 292 RR1CD10JQ
BS 293 432 RR1B529JQ
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BS 457 602 RR1B529JQ
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BS 719 720 RR1CD10JQ
BS 721 860 RR1B529JQ
BS 861 961 RR1CD10TF

RD RR1B529JQ 860 0 0
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CTAGAAAGATCGATCCAAAAGTGCAGATTATTAGAAACATAAGAACCAACTCATCTGTCT
AACTAACAACGATACTCCCCCAAAACATACATCCATTGTTCCACCTAACCAACCAAGAAC
TTTAAAGAAGAAAAAAAAAAGAAATGAAAATAAATAATGGTACAACAATCATGCATTATG
CCCTTCGCAACTATCATCATCATCATCAACCATCATGCATCTTGTCTCTGACGCCACCAC
CATCATCATCTTCAGCATTCCTACCCCAACCCATTCTCATTCTCCCCTCTTTAAGCTCTC
TCAGCAACACACGAAAAGGCTCCTCTTTCCTATAAAATTGTGACAAACTGTGGTGCATCT
TTCCTTGGACCATCAAGAGACCGATACATGTATAAAGTCTCAACAAACTCCCTATTCTCA
TCATCATCATCCGAACCAATTACTTCCACAACAAGATTTGGCATTGCACGTGCAACATCC
TTGCAACATCCCATAGACAGCTTGCACGCCGACATCCAAACAAACCTCATGTTGTAATAC
CGGTGCATACCAGAGCGTAACGCAACATCCCCAAACGGACTGTCTCTTATCTCGAGTTTC
TGTAGTCTAGGGCAACCTTCGAGGACATGTCTCAGAGCCATGTCACTGTCCCCTGCAAAA
GCTACTGACAGAGTACGGATCAGTTTCCCATACTCACCCATATACCTAAAAGCTTGATCC
GTAAGCAACCCGGAGACGGCGAGCCGAGTTAGTTTCTTGCAGTTTTTAACAATGGCACCA
AAACCCTCGTCCATAGCCTT

QA 1 860 1 860
DS 

RD RR1CD10JQ 777 0 0
G
TCCAAAAGTGCAGCTTATTAGAAGCATAAGAACCAACTCATCTGTCTAACTAACAACGAT
ACTCCCCCAAAACATACATCCATTGTTCCACCTAACCAACCAAGAACTTTAAAGAAGAAA
AAAAAAAGAAATGAAAATAAATAATGGTACAACAATCATGCATTATGCCCTTCGCAACTA
TCATCATCATCATCAACCATCATGCATTTTGTCTCTGATGCCACCACCATCATCATCTTC
AGCATTCCTACCCCAACCCATTCTCATTCTCCCCTCTTTAAGCTCTCTCAGCAACACACG
AAAAGGCTCCTCTTTCCTATAAAATTGTGACAAACTGTGGTGCATCTTTCCTTGGACCAC
CAAGAGACCGATACATGTATAAGGTCTCAACAAACTCCCTATTCTCATCATCATCATCCG
AACCAATTACTTCCACAACAAGATTTGGCATTGCACGTGCAACATCCTTGCAACATCCCA
TAGACAGCTTGCACGCCGACATCCAAACAAACCTCATGTTGTAATACCGATGCATACCAG
AGCGTAACGCAACATCCCCAAACGGACTGTCTCTTATCTCGAGTTTCTGTAGTCTAGGGC
AACCTTCGAGGACATGTCTCAGAGCCATGTCACTGTCCCCTGCAA**GCTACTGACAGAG
TACGGATCAGTTTCCCATACTCACCCATATACCTAAAAGCTTGATCCGTAAGCAACCCGG
AGACGGCGAGCCGAGTTAGTTTCTTGCAGTTTTTAACAATGGCACCAAAACCCTCG

QA 2 777 2 777
DS 

RD RR1CD10TF 778 0 0
TTAAAGAAG
AAAAAAAAGAAATGAAA*TAAATAATGGTACAACAATCATGCATTATGCC*TTCGCAACT
ATCATCATCATCATCAACCATCATGCAT*TTGTCTCTGATGCCACCACCATCATCATCTT
CAGCATTCCTACCCCAACCCATTCTCATTCTCCCCTCTTTAAGCTCTCTCAGCAACACAC
GAAAAGGCTCCTCTTTCCTATAAAATTGTGACAAACTGTGGTGCATCTTTCCTTGGACCA
CCAAGAGACCGATACATGTATAAGGTCTCAACAAACTCCCTATTCTCATCATCATCATCC
GAACCAATTACTTCCACAACAAGATTTGGCATTGCACGTGCAACATCCTTGCAACATCCC
ATAGACAGCTTGCACGCCGACATCCAAACAAACCTCATGTTGTAATACCGATGCATACCA
GAGCGTAACGCAACATCCCCAAACGGACTGTCTCTTATCTCGAGTTTCTGTAGTCTAGGG
CAACCTTCGAGGACATGTCTCAGAGCCATGTCACTGTCCCCTGCAA**GCTACTGACAGA
GTACGGATCAGTTTCCCATACTCACCCATATACCTAAAAGCTTGATCCGTAAGCAACCCG
GAGACGGCGAGCCGAGTTAGTTTCTTGCAGTTTTTAACAATGGCACCAAAACCCTCGTCC
ATAGCCTTTCCTGTCACATGGTCAGGCCTATGTCGACCCATTATGCAGAGCCTGAACACA
GTAAGCTCAGGACAGTTATGTGACATGGCTATCAGGGCGGCATTAGTCC

QA 10 778 10 778
DS 



AS 1 3

CO CL4304Contig1 597 3 15 U
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GGCCAAGCGCGAGATAACAGCAACACACGAGACTCTATTTATTATAGTCGAATGATATAA
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TAGTAAATTTTATTAAGCTCAAAACTCACGGTCAGGGAAAAAAATGGGAGCAACGAGTGA
CCAGATGAAGAGACCAGCAGTGGTCCAGCTGGTCACAACACGAACCCACACAGACGGCCA
CCCAACATCGACCAGTTTACCACTTTCACCAACTGAAGTTGACCAGCCAGTTAAGAGCAT
TGCAGAGTACATGCTCGCGAGGGAGAAGATAATGTGGAAGAATGCGTATGAGTATGTCAC
TGCCTGTTGAAACAGCTTTGGAGTGTTTGTGGAGACCATTGCATTCGTAATCTCGGGGCT
CACTTGCAAGTCCACTGTAGCAGAGGTACATGCAGTAGAAAGATATAACTGACGCTGGCA
AAATGCTTCCACCGACAGCGGGATGCAAAACCACAACAGCAAAGACAAATACAAATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GR08JQ U 1
AF RR1EM70JQ U 1
AF RR1EM70TF C 238
BS 1 24 RR1EM70JQ
BS 25 25 RR1GR08JQ
BS 26 119 RR1EM70JQ
BS 120 120 RR1GR08JQ
BS 121 173 RR1EM70JQ
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BS 175 185 RR1EM70JQ
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BS 187 201 RR1EM70JQ
BS 202 202 RR1GR08JQ
BS 203 219 RR1EM70JQ
BS 220 220 RR1GR08JQ
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BS 222 222 RR1GR08JQ
BS 223 597 RR1EM70JQ

RD RR1GR08JQ 338 0 0
ACACAAGATAGTTGGAATTTAGGAAAACTGAAATATTTATATTACAAATAGACCGACAAA
GGCCAAGCGCGAGATAACAGCAACACACGGGACTCTATTTATTATAGTCGAATGATATAA
ATCTGTTTCTTGTTTTTCTTTTTACATATTCAAGATTCATGAAAAGTTTTTCAAAATCAT
TAGTAAATTTTATTAAGCTCAAAACTCACGGTCAGGGAAAAAAATGGGAGCAACGAGTGA
CCAGATGAAAAGACCAGCAGTGGCCCAGCTGGTCACAACACGAACCCACACAGACGGCCA
CCCAACATCGACCAGTTTACCACTTTCACCAACTGAAG

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR1EM70JQ 597 0 0
ACACAAGATAGTTGGAATTTAGGAGAACTGAAATATTTATATTACAAATAGACCGACAAA
GGCCAAGCGCGAGATAACAGCAACACACGAGACTCTATTTATTATAGTCGAATGATATAG
ATCTGTTTCTTGTTTTTCTTTTTACATATTCAAGATTCATGAAAAGTTTTTCAGAATCAT
TAGTAGATTTTATTAAGCTCAGAACTCACGGTCAGGGAAGAGAATGGGAGCAACGAGTGA
CCAGATGAAGAGACCAGCAGTGGTCCAGCTGGTCACAACACGAACCCACACAGACGGCCA
CCCAACATCGACCAGTTTACCACTTTCACCAACTGAAGTTGACCAGCCAGTTAAGAGCAT
TGCAGAGTACATGCTCGCGAGGGAGAAGATAATGTGGAAGAATGCGTATGAGTATGTCAC
TGCCTGTTGAAACAGCTTTGGAGTGTTTGTGGAGACCATTGCATTCGTAATCTCGGGGCT
CACTTGCAAGTCCACTGTAGCAGAGGTACATGCAGTAGAAAGATATAACTGACGCTGGCA
AAATGCTTCCACCGACAGCGGGATGCAAAACCACAACAGCAAAGACAAATACAAATC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1EM70TF 360 0 0
TGACCAGATGAAGAGACCAGCAGTGGTCCAGCTGGTCACAACACGAACCCACACAGACGG
CCACCCAACATCGACCAGTTTACCACTTTCACCAACTGAAGTTGACCAGCCAGTTAAGAG
CATTGCAGAGTACATGCTCGCGAGGGAGAAGATAATGTGGAAGAATGCGTATGAGTATGT
CACTGCCTGTTGAAACAGCTTTGGAGTGTTTGTGGAGACCATTGCATTCGTAATCTCGGG
GCTCACTTGCAAGTCCACTGTAGCAGAGGTACATGCAGTAGAAAGATATAACTGACGCTG
GCAAAATGCTTCCACCGACAGCGGGATGCAAAACCACAACAGCAAAGACAAATACAAATC

QA 1 360 1 360
DS 



AS 1 2

CO CL4305Contig1 961 2 2 U
GGATTTATCTATTTGATATTGAATTCAAGGGGTGTGATAATAAACTCATCACTCAGAAGC
TAAAGAACAATGTTTAAACTATGTCTCTCAAGCCGACCAGTTTGGATGGACTCAAACAAC
TTGAACTCCAAAATAAAAAAAAAATAAAAACGGAACCAAATAACACCAAAAGGCAGCTCT
GCATTTTCTCTGTTTTGCTGATGAAGGAAGCATATCAAGATTCAAGCAGAGGAACCAAAA
AGACCCCAGTCATTGACTTTGAAAGTAGAGAGTGACTGTTTAATGACATCACACATTGGC
ATTATCCCAGACTGTGAAGCCGGTACAGCTAAACCAGATCCTACCGCGTTAGCACTTTCA
CTCAGAGGGTTGATGAAAATAGGTTCATAAGCAGTCACTAAGACATCTGTTTCAACTCCC
TTAAGACGAATATTAGCCACATAAACCCTCAATAGGTTTTGTGCTTCTCTTCCTTGTCTT
CCTTTGGATATAGCCATCTCTCCAATAGAAGTTGTGGCAACGGAAGGGATGTTTCTATAA
GACAATCCAGGCACATCAATGACATGTGACTGCTCAATCAACTTGAAACCTTCGGCATCT
TGCTCACGAGCAAGATCATGAAGGAACCAAGAAGCACTGCCAATGTCCCCAACGTCAGAC
TTGAAATCCAAAAGCTCAAAAATCAAACTCTCATCCCTTGAAGGATCAACAAACACTTCA
TGATGATCTGGAACTTGTCGGATATTACTAGCATCCTGGAATCTTTGAGGGAAGGCGCTG
GAGATTGCGCCGCCAAACAATGGCCGCTCCGGACACAACTCAGTAGACATGTTTCAAGGC
TACATTCAAAAAGAAAAATTACTTTCAGGAACAATACATTCTAAACTTGATACAGGACTT
AGCAGCAACCTAAAAAAAACCCACAACTATTATGTCTAAACTCAAACACTGATCGTCTAA
C


BQ
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10 

AF RR1D419JQ U 1
AF RR1C436TF C 212
BS 1 548 RR1D419JQ
BS 549 961 RR1C436TF

RD RR1D419JQ 548 0 0
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CCTTTGGATATAGCCATCTCTCCAATAGAAGTTGTGGCAACGGAAGGGATGTTTCTATAA
GACAATCC

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DS 

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GTGACTGTTTAATGACATCACACATTGGCATTATCCCAGACTGTGAAGCCGGTACAGCTA
AACCAGATCCTACCGCGTTCGCACTTTCACTCAGAGGGTTGATGAGAATAGGTTCATAAG
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GCTCAATCAACTTGAAACCTTCGGCATCTTGCTCACGAGCAAGATCATGAAGGAACCAAG
AAGCACTGCCAATGTCCCCAACGTCAGACTTGAAATCCAAAAGCTCAAAAATCAAACTCT
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CATCCTGGAATCTTTGAGGGAAGGCGCTGGAGATTGCGCCGCCAAACAATGGCCGCTCCG
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ATGTCTAAACTCAAACACTGATCGTCTAAC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 3

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TTTCTTTTTTTCGCTTCCTTAAAAAAGGTTTGCACTCAGGTTCACTTGAATTCCTTGAAA
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ATGCGAA


BQ
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AF RR1FJ73TF U 18
AF RR1DO50TF U 1
AF RR1DO50JQ C 356
BS 1 607 RR1DO50TF

RD RR1FJ73TF 497 0 0
G
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CTCACCCTCCCCCTCGTCTCCGCCAGCTCCGACTCCAAACATGTCTCCTGACGAAGGAAG
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TACTCTTCTGTTTCATATTACACTTAAAAGGCTCGTTTCGTTTTTCTTTTTTTCGCTTCC
TTAAAAAAGGTTTGCACTCAGGTTCACTTGAATTCCTTGAAAAGGACTTTTGATGAATAT
AATTTAAAATTCATTC

QA 2 497 2 497
DS 

RD RR1DO50TF 607 0 0
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TGGTGGCGCCCCCGCAAAGTCCCCGACATCTTCGTCAGCCAAAACTCCGTCTCCAAGCCC
CGACTCAAGCTCCGGAGGTCCTACCAGCTCGTCTGAAGGTCCTACAAGCTCGTCTGAAGG
TCCTTCCAGCTCGTCCGACTCACCCTCCCCCTCGTCTCCGCCAGCTCCGACTCCAAACAT
GTCTCCTGACGAAGGAAGCCCTAGCGAGGGCCCTGAAGCTTCAGCTCCCACGGGAAGAGC
CTCATCATCGCTAGGGATCTCTATCTCCGGATCTGTTCTCGGTGCAGTTGCATGGTTCTT
CTGCATATGATCAAATGTTACTCTTCTGTTTCATATTACACTTAAAAGGCTCGTTTCGTT
TTTCTTTTTTTCGCTTCCTTAAAAAAGGTTTGCACTCAGGTTCACTTGAATTCCTTGAAA
AGGACTTTTGATGAATATAATTTAAAATTCATTCAAAAAGAAAAAAAGAATTCGTGCATA
TTACGAAGGTTAGGATTTGATGTTTGTAATAAATGTTTAGCTCGTGTTAATTTATGATTA
ATGCGAA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1DO50JQ 250 0 0
TTT
TTCTGCATATGATCAAATGTTACTTTTTTGTTTCATATTACACTTAAAAGGCTCGTTTCG
TTTTTTTTTTTTTCGCTTCCTTAAAAAAGGTTTGCACTCAGGTTCACTTGAATTCCTTGA
AAAGGACTTTTGATGAATATAATTTAAAATTCATTCAAAAAGAAAAAAAGAATTCGTGCA
TATTACGAAGGTTAGGATTTGATGTTTGTAATAAATGTTTAGCTCGTGTTAATTTATGAT
TAATG
GG

QA 4 248 4 248
DS 



AS 1 3

CO CL4307Contig1 723 3 2 U
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CTCCTTCTGCGAGCTCCTTCTTCTCTACAACCAAACCTTTCAACAGTTCTTCTCCTTCCT
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GACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAAGAACGGCGTCGATG
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AAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1G223TF U 1
AF RR1CJ02JQ C 1
AF RR1CJ02TF U 1
BS 1 553 RR1G223TF
BS 554 723 RR1CJ02TF

RD RR1G223TF 553 0 0
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GATCCATCACTCA

QA 1 553 1 553
DS 

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CAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGTGAAGCTCAGTATCCGACTCG
GACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAAGAACGGCGTCGATG
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GATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAAAAATCTTCACTACTAGCTTCTTATTACATAGAAG
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TTTGAATTTGGTCCA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1CJ02TF 723 0 0
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CTCCTTCTGCGAGCTCCTTCTTCTCTACAACCAAACCTTTCAACAGTTCTTCTCCTTCCT
CAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGTGAAGCTCAGTATCCGACTCG
GACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAAGAACGGCGTCGATG
CTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGCCAGTCACGGGATGATTTCGACAGAGACGATGTCG
AACAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTTGAAGGAACCTATGATAAGATGGAGG
CTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCTGTAGATATCCTTTTGATGTTAGCAGCATCAGAAG
GAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTCCTCAGAGCCGGTGCTGACTACACTGTCAAGGACG
CTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGAGCCAACAGCGAGGAGATCCGTGATTTGATCCTTG
GATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAAAAATCTTCACTACTAGCTTCTTATTACATAGAAA
GTGATATCTGTTTTTGGTACCTGTAGTTGAAACCTCAGTCGTCTCAATGTGTTGTTAACT
TTTGAATTTGGTCCAAAGCCTAAGTGAGCTGCAACTTTAAAAGTATAGATTGATTCAAAA
AAA

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 3

CO CL4308Contig1 1011 3 5 U
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CATCGCTCGAGAGAGAAAGAGAGAGAGTATGAAGAGAAAAGTATCGCCGGAGAGCGAAAT
CCACGAAAACCAGGCCAAGAAGACTACCTTCTCCAAGTCTCTTTCTCCAGGACAAAACTG
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TGAGCACAGAGTGGTGTTCACTGTTCCATGGAAGAACTCCTGGCAGCTCTGGCTCCAGCG
AGACAA***TTGTCTGTTCATGATAAAAGAAGATTGGGATGAGTTCGTCGACGACAACCT
TTTGGGTTCGGATGATACTTTGGTCTTCACGCATCAAGGAACTATGTATTTCCAAGTGCG
TATCTTTAAGAAAGATGGGAAAGAGGTCGTCTCCGCTCCTCTTAAAGTTACTGAACCGGA
AACTAAACCGGTTCTTCTTCATCCTAAGCCCGAGAGTTCTCACCAGGAGCTGACAACCTC
TGCCTCTGCAAGTGGAGGGAGGGAGAGTTTTGCTGAGCGATGCCTCTTAAATCCCAACAT
CCCTTACTTTGAGAAGACGCTGAGTAAAACTAATAAAATTCTGTATGTGAGTCCTTTGGT
GATTAAGAAGTATGACTTGGAGTTTGGTCCCCATAATTCCTCCATGGACTTCCTTCTCCC
CGATGGAGACAAACTCGAGGGCTTCACTAAGAGTTACAGCGGTTTGTATGCTTTCTCTGG
CTGGGAAGATGTCTGTCAAAAGTACAACCTCAAACAAGGAGACACTGTGGTTTGTGAATT
TGAACTCTCTGGACGTGTGGTTACTGCTGTTAGAGTGCATTTGGTGAGTGAGTGAATGAG
TCATTGTTTCTGAACATAGTCTTTACCAACCTATTATTTTAATGCTAGATGTGACCTCTA
TGTTGATTTAACAAATTTGTAGCAAAAAAGGTGAGTTTATGTTGGTTTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FS29TF U 1
AF RR1E783TF U 22
AF RR1FS29JQ C 265
BS 1 688 RR1FS29TF
BS 689 720 RR1E783TF
BS 721 721 RR1FS29JQ
BS 722 799 RR1E783TF
BS 800 1011 RR1FS29JQ

RD RR1FS29TF 688 0 0
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CATCGCTCGAGAGAGAAAGAGAGAGAGTATGAAGAGAAAAGTATCGCCGGAGAGCGAAAT
CCACGAAAACCAGGCCAAGAAGACTACCTTCTCCAAGTCTCTTTCTCCAGGACAAAACTG
GAAGTCTAAATCAATGAGGATTATTCCTCAAGAGATTGCGAGAAGCAACAACGCGGCTTT
TGAGCACAGAGTGGTGTTCACTGTTCCATGGAAGAACTCCTGGCAGCTCTGGCTCCAGCG
AGACAA***TTGTCTGTTCATGATAAAAGAAGATTGGGATGAGTTCGTCGACGACAACCT
TTTGGGTTCGGATGATACTTTGGTCTTCACGCATCAAGGAACTATGTATTTCCAAGTGCG
TATCTTTAAGAAAGATGGGAAAGAGGTCGTCTCCGCTCCTCTTAAAGTTACTGAACCGGA
AACTAAACCGGTTCTTCTTCATCCTAAGCCCGAGAGTTCTCACCAGGAGCTGACAACCTC
TGCCTCTGCAAGTGGAGGGAGGGAGAGTTTTGCTGAGCGATGCCTCTTAAATCCCAACAT
CCCTTACTTTGAGAAGACGCTGAGTAAAACTAATAAAATTCTGTATGTGAGTCCTTTGGT
GATTAAGAAGTATGACTTGGAGTTTGGT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1E783TF 778 0 0
GG
ATCTCCCTCCAAATCACAATCCCTAATCTGCAGAATCCATCGCTCGAGAGAGAAAGAGAG
AGAGTATGAAGAGAAAAGTATCGCCGGAGAGCGAAATCCACGAAAACCAGGCCAAGAAGA
CTACCTTCTTCAAGTCTCTTTCTCCAGGACAAAACTGGAAGTCTAAATCAATGAGGATTA
TTCCTCAAGAGATTGCGAGAAGCAACAACGCGGCTTTTGAGCACAGAGTGGTGTTCACTG
TTCCATGGAAGAACTCCTGGCAGCTCTGGCTCCGGCGAGACAAGAATTGTCTGTTCATGA
TAAAAGAAGGTTGGGATGAGTTCGTCGACGACAACCTTTTGGGTTCGGATGATACTTTGG
TCTTCACGCATCAAGGAACTATGTATTTCCAAGTGCGTATCTTTAAGAAAGATGGGAAAG
AGGTCGTCTCCGCTCCTCTTAAAGTTACTGAACCGGAAACTGAACCGGTTATTCTTCATC
CTAAGCCCGAGAGTTCTCACCAGGAGCTGACAACGCCTGCCTCTGCAAGTGGAGGGAGGG
AGAGTTTTGCTGAGCGATGCCTCTTAAATCCCAACATCCCTTACTTTGAGAAGACGCTGA
GTAAAACTAATAAAATTCTGTATGTGAGTCCTTTGGTGATTAAGAAGTATGACTTGGAGT
TTGGTCCCCATAATTCCTCCATGGACTTCCTTCTCCC*GATGGAGACAAACTCGAGGGCT
TCACTAAGAGTTACAGCGGTTTGTATGCTTTCTCTGGCTGGGAAGATGTCTGTCAA

QA 3 778 3 778
DS 

RD RR1FS29JQ 747 0 0
TCCATGGAAGAACTCCTGGCAGCTCTGGCTCCAGCGAGACAA***TTGTCTGTTCATGAT
AAAAGAAGATTGGGATGAGTTCGTCGACGACAACCTTTTGGGTTCGGATGATACTTTGGT
CTTCACGCATCAAGGAACTATGTATTTCCAAGTGCGTATCTTTAAGAAAGATGGGAAAGA
GGTCGTCTCCGCTCCTCTTAAAGTTACTGAACCGGAAACTAAACCGGTTCTTCTTCATCC
TAAGCCCGAGAGTTCTCACCAGGAGCTGACAACCTCTGCCTCTGCAAGTGGAGGGAGGGA
GAGTTTTGCTGAGCGATGCCTCTTAAATCCCAACATCCCTTACTTTGAGAAGACGCTGAG
TAAAACTAATAAAATTCTGTATGTGAGTCCTTTGGTGATTAAGAAGTATGACTTGGAGTT
TGGTCCCCATAATTCCTCCATGGACTTCCTTCTCCCCGATGGAGACAAACTCGAGGGCTT
CACTAAGAGTTACAGCGGTTTGTATGCTTTCTCTGGCTGGGAAGATGTCTGTCAAAAGTA
CAACCTCAAACAAGGAGACACTGTGGTTTGTGAATTTGAACTCTCTGGACGTGTGGTTAC
TGCTGTTAGAGTGCATTTGGTGAGTGAGTGAATGAGTCATTGTTTCTGAACATAGTCTTT
ACCAACCTATTATTTTAATGCTAGATGTGACCTCTATGTTGATTTAACAAATTTGTAGCA
AAAAAGGTGAGTTTATGTTGGTTTCGT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL4309Contig1 1121 2 12 U
GAGGCTCCGTCAGAAAATCCAGTAGAAAGCCCAAGAGAATGTTCGGAAACCGCATTCACC
ACTTGTTCAAACTCCACCCGATCCTCGTCTCCATCCTCCTCGTCTCCTTCGGGATCACGG
TTCTGATCTTCGTATCGTCGATATACGAGAGCCAGTTTCGACCATCCGTTGCTTACAAGA
AGAACGATCTGGACGACGATGTTCATCCGTTTGCTAATCTGAAGAACCTCGTGATGGTCG
CTGGACATTCTGTTTACACGAGCAGTAACTGCGGGAAGATCGATAGAGAGGAGTCGTGGT
TCTTGGAGTCTTATCAGAAGCATCCGGGTCAGGCCGCGACGTTTCTGAGTCATATAGAGG
AAGGTGTTGAGGCTGCGGGGAGAGATGATGAGGCTTTGCTTCTGTTCAGTGGAGGTGAGA
CTCGTAAAGAAGCTGGACCCCGCAGTGAAGCTCAGAGTTATTGGGCTGTCGCTGAGTCTA
AAGGATGGTTCGGCAAAGATGATGTGAGGTCAAGGGCATTGACGGAAGAGCATGCGAGAG
ACAGCTTTGAGAACCTTCTCTTTAGTGTTTGTAGATTCAGAGAGCTCACTGGCTCTTACC
CACACAACATAACAGTAGTGAGCTACGATTTTAAGGAGGAGAGATTTGCGCATTTACATC
GTTCAGCAATGGGGTTTCCGGAATCAAGATTCAAATACTTGGGAACGCCAGTCTCGCTCG
AGTCCAAAGAAGGCGCTCTGAAAGGGGAGGCTATGGTGAGAGCTCAGTTTCAAGAAGATC
CGTACGGGTGCTTTGGTTCGCTTTGGCGTAAGAAGCTGAAGCGTGACCCTTTCCACAGGA
CTATACCTTACCCTAATGGATGCCCTGAGATTAGAGGATTGTTCAGGTACTGTGGTTCAG
CTCCTTTCCCTGGCTCTCTCCCGTGGGACTGATCTTTTTGTCAGACCTATATAAACTAGA
CTTTTGCTTAGAGGAGGAACCAATACTTGATCTAGAGCTTGGTCTCTTTTTGTTTTTTTG
TTTTTTTTTGTTTTTTTGGCTTATGTTCATTAATGTAAAAGAAAAACTTCAGAAGAGAAC
TTTAAACTGTATTGAAATGAAGATTACCTGGAATATATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GZ05TFB U 1
AF RR1CI01JQ C 427
BS 1 453 RR1GZ05TFB
BS 454 454 RR1CI01JQ
BS 455 464 RR1GZ05TFB
BS 465 465 RR1CI01JQ
BS 466 521 RR1GZ05TFB
BS 522 522 RR1CI01JQ
BS 523 553 RR1GZ05TFB
BS 554 554 RR1CI01JQ
BS 555 635 RR1GZ05TFB
BS 636 636 RR1CI01JQ
BS 637 676 RR1GZ05TFB
BS 677 1121 RR1CI01JQ

RD RR1GZ05TFB 676 0 0
GAGGCTCCGTCAGAAAATCCAGTAGAAAGCCCAAGAGAATGTTCGGAAACCGCATTCACC
ACTTGTTCAAACTCCACCCGATCCTCGTCTCCATCCTCCTCGTCTCCTTCGGGATCACGG
TTCTGATCTTCGTATCGTCGATATACGAGAGCCAGTTTCGACCATCCGTTGCTTACAAGA
AGAACGATCTGGACGACGATGTTCATCCGTTTGCTAATCTGAAGAACCTCGTGATGGTCG
CTGGACATTCTGTTTACACGAGCAGTAACTGCGGGAAGATCGATAGAGAGGAGTCGTGGT
TCTTGGAGTCTTATCAGAAGCATCCGGGTCAGGCCGCGACGTTTCTGAGTCATATAGAGG
AAGGTGTTGAGGCTGCGGGGAGAGATGATGAGGCTTTGCTTCTGTTCAGTGGAGGTGAGA
CTCGTAAAGAAGCTGGACCCCGCAGTGAAGCTCGGAGTTATTGGTCTGTCGCTGAGTCTA
AAGGATGGTTCGGCAAAGATGATGTGAGGTCAAGGGCATTGGCGGAAGAGCATGCGAGAG
ACAGCTTTGAGAATCTTCTCTTTAGTGTTTGTAGATTCAGAGAGCTCACTGGCTCTTACC
CACACAACATAACAGTAGTGAGCTACGATTTTAAG*AGGAGAGATTTGCGCATTTACATC
GTTCAGCAATGGGGTT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1CI01JQ 695 0 0
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GGTTCGGCAAAGATGATGTGAGGTCGAGGGCATTGACGGAAGAGCATGCGAGAGACAGCT
TTGAGAACCTTCTCTTTAGTGTTTGTAGATTCAGAGAGCTCACTGGCTCTTACCCACACA
ACATAACAGTAGTGAGCTATGATTTTAAGGAGGAGAGATTTGCGCATTTACATCGTTCAG
CAATGGGGTTTCCGGAATCAAGATTCAAATACTTGGGAACGCCAGTCTCGCTCGAGTCCA
AAGAAGGCGCTCTGAAAGGGGAGGCTATGGTGAGAGCTCAGTTTCAAGAAGATCCGTACG
GGTGCTTTGGTTCGCTTTGGCGTAAGAAGCTGAAGCGTGACCCTTTCCACAGGACTATAC
CTTACCCTAATGGATGCCCTGAGATTAGAGGATTGTTCAGGTACTGTGGTTCAGCTCCTT
TCCCTGGCTCTCTCCCGTGGGACTGATCTTTTTGTCAGACCTATATAAACTAGACTTTTG
CTTAGAGGAGGAACCAATACTTGATCTAGAGCTTGGTCTCTTTTTGTTTTTTTGTTTTTT
TTTGTTTTTTTGGCTTATGTTCATTAATGTAAAAGAAAAACTTCAGAAGAGAACTTTAAA
CTGTATTGAAATGAAGATTACCTGGAATATATTAC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 3

CO CL4310Contig1 729 3 7 U
GGAGTGAATCGAAGCAACCACGGTGTTGAGTGAGAACTAGAAATCTCAAACGGGGAAGAT
GAGTTCATCTATGGCTCTTCGAGATTTGCAGAGAGACCTCGAGTCCAAGGCCAATGATCT
CGCCAAAATCCAGAAAGATATCGCCAAGGATCACCAGCTGAGGAAGAAGTATACGATCCA
ACTCGGAGAGAACGAACTCGTGCTTAAGGAGTTGGATATGCTAGAAGAAGAAGCAAACGT
CTACAAGTTGATTGGTCCAGTGCTTGTGAAACAGGATTTGGCAGAAGCTAATGCGAATGT
TCGCAAACGTATTGAGTACATCTCTGCTGAGTTGAAACGGGTTGATGCATCTATCCAAGA
TAATGAAGGACAACAGAACAGCAAGAGAGAAGCAATGATGAAGCTACAACAACGGTTACA
ATCTATCCAGGCAGGAAAAGCAAAGGCTTGATTGTCCAAGTCCTTCACTCGTGCACGCCC
CTGTCATAGTGGTTTCATATTCAGTTATTGAGTGTTCGTGTGGTTTCAGTTTTGTGGTGA
TTAATGTCTCTGTATCCCTCATCTTCTTTTTGTTGACAACTGCACTTGAATGTGTGTAAA
CTTATACAAATCTTCTCGCCCTTTTACAAATTATGAATTTGGAGATTTACACCACAGTAT
CTTTCGGTGTGCTTAATTTGATTTGTTACATTATTTCAAATCGTTTATATAAAAGAAAAC
TAAACGTAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D630JQ C 245
AF RR1D630TF U 1
AF RR1CG45TF U 1
BS 1 342 RR1CG45TF
BS 343 343 RR1D630TF
BS 344 534 RR1CG45TF
BS 535 535 RR1D630TF
BS 536 625 RR1CG45TF
BS 626 626 RR1D630TF
BS 627 729 RR1CG45TF

RD RR1D630JQ 404 0 0
AAGTTGATTGGTCCAGTGCTTGTGAAACAGGATTTG*CAGAAGCTAATGCGAAT*TTCGC
AAACGTATTGAGTACATCTCTGCTGAGT*GAAACGGGTTGATGCATCTATCCAAGATAAT
GAAGGACAACAGAACAGCAAGAGAGAAGCAATGATGAAGCTACAACAACGGTTACAATCT
ATCCAGGCAGGAAAAGCAAAGGCTTGATTGTCCAAGTCCTTCACTCGTGCACGCCCCTGT
CATAGTGGTTTCATATTCAGTTATTGAGTGTTCGTGTGGTTTCAGTTTTGTGGTGATTAA
TGTCTCTGTATCCCTCATCTTCTTTTTGTTGACAACTGCACTTGAATGTGTGTAAACTTA
TACAAATCTTCTCGCCCTTTTACAAATTATGAATTTGGAGATT
C

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR1D630TF 648 0 0
GGAGTGAATCGAAGCAACCACGGTGTTGAGTGAGAACTAGAAATCTCAAACGGGGAAGAT
GAGTTCATCTATGGCTCTTCGAGATTTGCAGAGAGACCTCGAGTCCAAGGCCAATGATCT
CGCCAAAATCCAGAAAGATATCGCCAAGGATCACCAGCTGAGGAAGAAGTATACGATCCA
ACTCGGAGAGAACGAGCTCGTGCTTAAGGAGTTGGATATGCTAGAAGAAGAAGCAAACGT
CTACAAGTTGATTGGTCCAGTGCTTGTGAAACAGGATTTGGCAGAAGCTAATGCGAATGT
TCGCAAACGTATTGAGTACATCTCTGCTGAGTTGAAACGGGTTGATGCATCTATCCAAGA
TAATGAAGGACAACAGAACAGCAAGAGAGAAGCAATGATGAAGCTACAACAACGGTTACA
ATCTATCCAGGCAGGAAAAGCAAAGGCTTGATTGTCCAAGTCCTTCACTCGTGCACGCCC
CTGTCATAGTGGTTTCATATTCAGTTATTGAGTGTTCGTGTGGTTTCAGTTTTGTGGTGA
TTAATGTCTCTGTATCCCTCATCTTCTTTTTGTTGACAACTGCACTTGAATGTGTGTAAA
CTTATACAAATCTTCTCGCCCTTTTACAAATTATGAATTTGGAGATT
C

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1CG45TF 729 0 0
GGAGTGAATCGAAGCAACCACGGTGTTGAGTGAGAACTAGAAATCTCAAACGGGGAAGAT
GAGTTCATCTATGGCTCTTCGAGATTTGCAGAGAGACCTCGAGTCCAAGGCCAATGATCT
CGCCAAAATCCAGAAAGATATCGCCAAGGATCACCAGCTGAGGAAGAAGTATACGATCCA
ACTCGGAGAGAACGAACTCGTGCTTAAGGAGTTGGATATGCTAGAAGAAGAAGCAAACGT
CTACAAGTTGATTGGTCCAGTGCTTGTGAAACAGGATTTGGCAGAAGCTAATGCGAATGT
TCGCAAACGTATTGAGTACATCTCTGCTGAGTTGAAACGGGTCGATGCATCTATCCAAGA
TAATGAAGGACAACAGAACAGCAAGAGAGAAGCAATGATGAAGCTACAACAACGGTTACA
ATCTATCCAGGCAGGAAAAGCAAAGGCTTGATTGTCCAAGTCCTTCACTCGTGCACGCCC
CTGTCATAGTGGTTTCATATTCAGTTATTGAGTGTTCGTGTGGTTTCAGTTTTGCGGTGA
TTAATGTCTCTGTATCCCTCATCTTCTTTTTGTTGACAACTGCACTTGAATGTGTGTAAA
CTTATACAAATCTTCTCGCCCTTTTTCAAATTATGAATTTGGAGATTTACACCACAGTAT
CTTTCGGTGTGCTTAATTTGATTTGTTACATTATTTCAAATCGTTTATATAAAAGAAAAC
TAAACGTAA

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 3

CO CL4311Contig1 938 3 14 U
GGCTGGTTAACTCGTCAGTAAGGAAATGGAGCTCTCCACAGTTTCAACTACCATCACTCA
CCTCCCTTCCAGCACCAACCGCCACGTATATCCCGCCGGAAACGATGTGCGTAGGATCTC
GCTCCCTCGACAGGGCAACCTTGCATCTCTCCGTCTTCAATCCCGCACGTTGCGATGTAC
GAGAAAGTTTCCAGGAGAAACAGTGTCTGAAGAAGACACATCAACGGGAGTCAATGAGTT
TGGTTTTGAGAAGAAGCCAGAAGTAGTTGCAGACAAAGAGGATAACTTTACTAGTGAAGC
TCAAGATGCAGTCGAAGAGAGAATCTTCACTAGTGAAGCTCAATCTGAAGACGAGCAAAC
TCAAGCCTCCTTAGAGTTCTTCAACGATATCAAGCTGGACTCAGACAACACGTATTCGAT
CCTGCTCTATGGGTTTGGTGCGGTACTTGCTGTCTACTTGACTTCTGCAATCGTTGGTTC
TCTCGAATCAGTTCCCCTGTTACCTAAGCTGATGGAAGTGGTTGGTCTCGGATACACACT
CTGGTTCACTACACGTTATTTACTCTTTAAGAGTAATAGAGAAGAACTCAAGATGAAGAT
TAGTGACATCAAGAAGCAAGTTCTTGGCTCTGATAGTGATTGAGTAGTTGGTGTCTCTTT
TTTTTT*GTTGCGTGTGTAGAATGGAAAAAAGAATAACATGTTTCCCTTCCCACTGAACT
GTTCTTAGGAAAAAAAAATAGTTGGTCGTTTTTTTTGGTTCAGAGTGTTGAAGAACATCT
TTTGATATATAGAAGAATTTTTAGAAAAGGTTCCACTAGTAAGTCTCTTAAATTCTAAGT
GTGTTTTGTTCCAAGTAGTTACTTTCAAGTTGGTGGAGTGAGGAGAGAGGTGCAACCGTT
TTTATTCATATAATAATAGACTGTGTAAGTGTGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AS30TF U 1
AF RR1EB38TF U 467
AF RR1EB38JQ C 516
BS 1 483 RR1AS30TF
BS 484 484 RR1EB38TF
BS 485 578 RR1AS30TF
BS 579 579 RR1EB38TF
BS 580 666 RR1AS30TF
BS 667 667 RR1EB38TF
BS 668 694 RR1AS30TF
BS 695 695 RR1EB38TF
BS 696 717 RR1AS30TF
BS 718 718 RR1EB38TF
BS 719 755 RR1AS30TF
BS 756 756 RR1EB38TF
BS 757 768 RR1AS30TF
BS 769 938 RR1EB38TF

RD RR1AS30TF 787 0 0
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GCTCCCTCGACAGGGCAACCTTGCATCTCTCCGTCTTCAATCCCGCACGTTGCGATGTAC
GAGAAAGTTTCCAGGAGAAACAGTGTCTGAAGAAGACACATCAACGGGAGTCAATGAGTT
TGGTTTTGAGAAGAAGCCAGAAGTAGTTGCAGACAAAGAGGATAACTTTACTAGTGAAGC
TCAAGATGCAGTCGAAGAGAGAATCTTCACTAGTGAAGCTCAATCTGAAGACGAGCAAAC
TCAAGCCTCCTTAGAGTTCTTCAACGATATCAAGCTGGACTCAGACAACACGTATTCGAT
CCTGCTCTATGGGTTTGGTGCGGTACTTGCTGTCTACTTGACTTCTGCAATCGTTGGTTC
TCTTGAATCAGTTCCCCTGTTACCTAAGCTGATGGAAGTGGTTGGTCTCGGATACACACT
CTGGTTCACTACACGTTATTTACTCTTTAAGAGTAATATAGAAGAACTCAAGATGAAGAT
TAGTGACATCAAGAAGCAAGTTCTTGGCTCTGATAGTGATTGAGTAGTTGGTGTCTCTTT
TTTTTTTGTTGCGTGTGTAGAATGGAAAAAAGAAAAACATGTTTCCCTTCCCACTGAGCT
GTTCTTAGGAAAAAAAAATAGTTGGTCGTTTTTTT*GGTTCAGAGTGT
GAGACATCTTTGATATATA

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1EB38TF 472 0 0
GCAATCGTTGGTTCTCTCGAATCAGTTCCCCTGT*ACCTAAGCTGATGGAAGTGGTTGGT
CTCGGATACACACTCTGGTTCACTACACGTTATTTACTCTTTAAGAGTAATAGAGAAGAA
CTCAAGATGAAGATTAGTGACATCAAGAAGCAAGTTCTTGGCTCTGATAGTGATTGAGTA
GTTGGTGTCTCTTTTTTTTT*GTTGCGTGTGTAGAATGGAAAAAAGAATAACATGTTTCC
CTTCCCACTGAACTGTTCTTAGGAAAAAAAAATAGTTGGTCGTTTTTTTTGGTTCAGAGT
GTTGAAGAACATCTTTTGATATATAGAAGAATTTTTAGAAAAGGTTCCACTAGTAAGTCT
CTTAAATTCTAAGTGTGTTTTGTTCCAAGTAGTTACTTTCAAGTTGGTGGAGTGAGGAGA
GAGGTGCAACCGTTTTTATTCATATAATAATAGACTGTGTAAGTGTGTGTCC

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1EB38JQ 423 0 0
AAGTGGTTGGTTTCGGATACACACTCTGGTTCACTACACGTTATTTACTCTTTAAGAGTA
ATAGAGAAGAACTCAAGATGAAGATTAGTGACATCAAGAAGCAAGTTCTTGGCTCTGATA
GTGATTGAGTAGTTGGTGTCTCTTTTTTTTT*GTTGCGTGTGTAGAATGGAAAAAAGAAT
AACATGTTTCCCTTCCCACTGAACTGTTTTTAGGAAAAAAAAATAGTTGGTCGTTTTTTT
TGGTTCAGAGTGTTGAAGAACATCTTTTGATATATAGAAGAATTTTTAGAAAAGGTTCCA
CTAGTAAGTTTCTTAAATTCTAAGTGTGTTTTGTTCCAAGTAGTTACTTTCAAGTTGGTG
GAGTGAGGAGAGAGGTGCAACCGTTTTTATTCATATAATAATAGACTGTGTAAGTGTGTG
TCC

QA 1 423 1 423
DS 



AS 1 3

CO CL4312Contig1 644 3 6 U
GGGATTTTGATTGTGTCTCTCTCTGTCTCTCTCTATCTCTGTCGGAACAAGCCAAAAGCA
AAGGATAAAAGAGAGAGAGATGGAGTCTAGCAGAGGTCAAGGTGGGATCCAGCAGTTGCT
TGCTGCCGAACAAGAAGCTCAACACATCGTCAATGCTGCAAGGACCGCAAAGATGGGAAG
GCTGAAGCAAGCAAAGGAAGAGGCTGAGAAGGAGATAGCTGAATACAAAGCGAAAACAGA
GCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGAGACAAGTGGAGACTCGGGTGCGAATGTGAAGAG
GCTGGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAGCAGCTCAAAAGCGAAGCATCCAGGATTTC
CAACGATGTTGTGGAGATGCTCCTGAAACATGTCACCACTGTCAAGAACTGAGAGAGAGA
TTCCTGTAATAATAATAAAAAAAATGTCATTTATGAGTGTTTATGCTCCTCCTATGTTTC
TCTTTCTTTTTCATTCACGCGTGTGGTGTTACTGGATGGGGATCTCAGTGGACTCAATGT
GTTGTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAATTTATTCTCTACCATCTTCTTCTG
GTTGTTGTTGTGGTTGTATTCATCATTTCCCTTTTGAGGATTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT77TF U 33
AF RR1GI41TF U 1
AF RR1CT77JQ C 275
BS 1 126 RR1GI41TF
BS 127 127 RR1CT77TF
BS 128 316 RR1GI41TF
BS 317 317 RR1CT77TF
BS 318 567 RR1GI41TF
BS 568 644 RR1CT77JQ

RD RR1CT77TF 411 0 0
GG
ATCTCTGTCGGAACAAGCCAAAAGCAAAGGATAAAAGAGAGAGAGATGGAGTCTAGCAGA
GGTCAAGGTGGGATCCAGCAGTTGCTTGCTGCCGAACAAGAAGCTCAACACATCGTCAAT
GCTGCAAGGACCGCAAAGATGGGAAGGCTGAAGCAAGCAAAGGAAGAGGCTGAGAAGGAG
ATAGCTGAATACAAAGCGAAAACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGAGACAAGT
GGAGACTCGGGTGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAGCAG
CTCAAAAGCGAAGCATCCAGGATTTCCAACGATGTTGTGGAGATGCTCCTGAAACATGTC
ACCACTGTCAAGAACTGAGAGAGAGATTCCTGTAATAATAATAAAAAAA

QA 3 411 3 411
DS 

RD RR1GI41TF 567 0 0
GGGATTTTGATTGTGTCTCTCTCTGTCTCTCTCTATCTCTGTCGGAACAAGCCAAAAGCA
AAGGATAAAAGAGAGAGAGATGGAGTCTAGCAGAGGTCAAGGTGGGATCCAGCAGTTGCT
TGCTGCTGAACAAGAAGCTCAACACATCGTCAATGCTGCAAGGACCGCAAAGATGGGAAG
GCTGAAGCAAGCAAAGGAAGAGGCTGAGAAGGAGATAGCTGAATACAAAGCGAAAACAGA
GCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGAGACAAGTGGAGACTCGGGTGCGAATGTGAAGAG
GCTGGAGCAAGAGACTAATGAGAAGATCGAGCAGCTCAAAAGCGAAGCATCCAGGATTTC
CAACGATGTTGTGGAGATGCTCCTGAAACATGTCACCACTGTCAAGAACTGAGAGAGAGA
TTCCTGTAATAATAATAAAAAAAATGTCATTTATGAGTGTTTATGCTCCTCCTATGTTTC
TCTTTCTTTTTCATTCACGCGTGTGGTGTTACTGGATGGGGATCTCAGTGGACTCAATGT
GTTGTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1CT77JQ 370 0 0
GGAGACTCGGGTGGGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAGCAG
CTCAAAAGGGAAGCATCCAGGATTTCCAACGATGTTGTGGAGATGCTCCTGAAACATGTC
ACCACTGTCAAGAACTGAGAGAGAGATTCCTGTAATAATAATAAAAAAAATGTCATTTAT
GAGTGTTTATGCTCCTCCTATGTTTTTCTTTTTTTTTCATTCACGCGTGTGGTGTTACTG
GATGGGGATTTCAGTGGACTCAATGTGTTGTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGT
AATTTATTCTCTACCATCTTCTTCTGGTTGTTGTTGTGGTTGTATTCATCATTTCCCTTT
TGAGGATTGT

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 3

CO CL4313Contig1 685 3 4 U
GGGCAGCCAATTCTTCCGTTTAGCAGCCATGGTGAAGTACTCGCAAGAACCCGACAATCA
GACCAAGTCTTGCAAGGCTAGAGGTTCCGACCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACCCGTGA
AACAGCGCACGCCATCAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCGAAGAGATACCTTGAAGATGT
GATAGCTCACAAGCAAGCCATTCCCTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGC
CCAAGCTAAGAACAGGCACTCTAACGGTCAGGGACGTTGGCCTGCGAAATCTGCTCAGTT
CGTTCTCGATTTGCTTAAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGA
TGCACTCTTCATATCTCACATCCAAGTTAGCCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTA
CCGTGCCCACGGAAGAATCAATCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTT
GTCTGAGCAGGAAGAGTCTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAA
GAAATCAGCAGCTTAAAAGCTTTCTGTGTTTTTTT****AGTCTCTCCTTTTTGTGTTGT
TGAAAGAGATTTTGTTACATTTTTCTCCATCTTTGCAAGACTAGAGATATATTTTCTTGG
ATCTTTTGTTCAACGTTGCTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1B862TF U 1
AF RR1AK49TF U 16
AF RR1B862JQ C 16
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ATCTTTTGTTCAACGTTGCTGTTT

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DS 

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DS 

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TAAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCACTTTTCATATT
TCACATCCAAGTTAGCCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTACCGTGCCCACGGAAG
AATCAATCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTTTGAGCAGGAAGA
GTTTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAAGAAATCAGCAGCTTA
AAAGCTTTCTGTGTTTTTTT****AGTCTCTCCTTTTTGTGTTGTTGAAAGAGATTTTGT
TACATTTTT*TCCATTTTTGCAAGACTAGAGATATATTTTCTTGGATTTTTTGTTCAACG
TTGCTGTTTC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 3

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AGCATCTGGAAGAAGATAAGAAACATTGTTAAGGATCTTATTCAAGAACTCTCTCTTCGG
TTCGGTTTAAATGAAAACTCGGAAGCAAGGTCTTCCTCCGCCGCAGGAATCCAGTCGTTT
GTCGCCGGGTTGCTTCTGTAAACCGCCTTTTCTCCTCCGTCGTCGAGTGCAGCTACGGCT
GTAACGGTCTCTTCACCGCCATCTTCCTTCACCACATTTATAAACCCACTTCCGGTCGTG
TGGTGTTGCTTATCAATGGCGGTGAGGTTCGTGTAGTACTCTGTCTCTAAGAACTCATCT
TGAATAACGGATGAACCTCCTTCATGCAGAATATTACCATGAGTTTGTGACTGGAGAGTT
TGGAACTTGTCAGTCTCTGGGTGGTCTGTGGTTTGCTCCGAAGTAGAGAAGCATATGAGA
TGTTCTGGCTCGCTCCTGGTGGGTTTAGTGGGTCACTTAGGTGCCAAGGAATCGAAACCG
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CTTGGCTTCGTCGTACTCATCCTCGCCTTCTCTGTCTTTTGCTTTTAAGTTTTAAGTTTA
CAACC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1CV27TF C 1
AF RR1CV27JQ U 9
AF RR1AV03JQ U 12
BS 1 11 RR1CV27TF
BS 12 465 RR1CV27JQ
BS 466 466 RR1AV03JQ
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BS 480 646 RR1CV27JQ
BS 647 665 RR1AV03JQ

RD RR1CV27TF 655 0 0
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TTCGGTTTAGATGAAAACTCGGAAGCAAGGTCTTCCTCCGCCGCAGGAATCCAGTCGTTT
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GTAACGGTCTCTTCACCGCCATCTTCCTTCACCACATTTATAAACCCACTTCCGGTCGTG
TGGTGTTGCTTATCAATGGCGGTGAGGTTCGTGTAGTACTCTGTCTCTAAGAACTCATCT
TGAATAACGGATGAACCTCCTTCATGCAGAATATTACCATGAGTTTGTGACTGGAGAGTT
TGGAACTTGTCAGTCTCTGGGTGGTCTGTGGTTTGCTCCGAAGTAGAGAAGCATATGAGA
TGTTCTGGCTCGCTCCTGGTGGGTTTAGTGGGTCACTTAGGTGCCAAGGAATCGAAACCG
GCTCTGATCACGTTCGAGTTTTTGATCTGCTGATCTGGGTCGGATACTTCGTCGCTCCGG
CTTGGCTTCGTCGTACTCATCCTCGCCTTCTCTGTCTTTTGCTTTTAAGTTTT
CC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1CV27JQ 638 0 0
GCT
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TTCACCGCCATCTTCCTTCACCACATTTATAAACCCACTTCCGGTCGTGTGGTGTTGCTT
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TGAACCTCCTTCATGCAGAATATTACCATGAGTTTGTGACTGGAGAGTTTGGAACTTGTC
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GCTCCTGGTGGGTTTAGTGGGTCACTTAGGTGCCAAGGAATCGAAACCGGCTCTGATCAC
GTTCGAGTTTTTGATCTGCTGATCTGGGTCGGATACTTCGTCGCTCCGGCTTGGCTTCGT
CGTACTCATCCTCGCCTTCTCTGTCTTTTGCTTTT

QA 4 638 4 638
DS 

RD RR1AV03JQ 654 0 0
GACAAAACATTTAATTCTTTTATTTCAACTTTTATTACAAGAAACACACAGCATCTGGAA
GAAGATAAGAAACATTGTTAAGGATCTTATTCAAGAACTCTCTCTTCGGTTCGGTTTAAA
TGAAAACTCGGAAGCAAGGTCTTCCTCCGCCGCAGGAATCCAGTCGTTTGTCGCCGGGTT
GCTTCTGTAAACCGCCTTTTTTCCTCCGTCGTCGAGTGCAGCTGCGGCTGTAACGGTCTC
TTCACCGCCATCTTCCTTCACCACATTTATAAACCCACTTCCGGTCGTGTGGTGTTGCTT
ATCAATGGCGGTGAGGTTCGTGTAGTACTCTGTCTCTAAGAACTCATCTTGAATAACGGA
TGAACCTCCTTCATGCAGAATATTACCATGAGTTTGTGACTGGAGAGTTTGGAACTTGTC
AGCCTCTGGGTGGTCTGTGGTTTGCTCCGAAGTAGAGAAGCATATGAGATGTTCTGGCTC
GCTCCTGGTGGGTTTAGTGGGTCGCTTAGGTGCCAAGGAATCGAAACCGGCTCTGATCAC
GTTCGAGTTTTTGATCTGCTGATCTGGGTCGGATACTTCGTCGCTCCGGCTTGGCTTCGT
CGTACTCATCCTCGCCTTCTCTGTCTTTTGCTTTTAAGTTTTAAGTTTACAACC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 3

CO CL4315Contig1 779 3 4 U
GGATGTCAAAGAGAGAGATACAAATAAAAACAGAACCCGTTAGCCCTAATTTAGAACCAT
ACCGTCTCCATCTTTGCATCTGTTCTGTTCTTCGATTCAAAGTTTGTAATTTTCCTTCAG
GATTAAGGAGAGATTTTCGATAATGGGTTCAGAGCAAAACGACAGCTTCTGTCCATCAGA
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TTCCAAGTGCTACCGAGACATCCGAGCCACGGAGGAGCAAGCCGCCTCGGCTAGATCCGC
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GATAGCTGATAAGGTTAAGAAGATATGATTATTGAAGATGAAAATCTGTCTTGTCTCTCT
TTTCTTGGTGTTTGCTTCTTTTTTTTCTCTTCTTTGGTTTGCTTTTTTAAGTGTTTCTTA
TTAGGAAAAAGAAGTGTTTAGGATTCTGCTTTTGTGATTTCATGATTTATTGTTCTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G653TF U 144
AF RR1FP87TF U 1
AF RR1FP87JQ C 149
BS 1 685 RR1FP87TF
BS 686 686 RR1G653TF
BS 687 729 RR1FP87TF
BS 730 779 RR1FP87JQ

RD RR1G653TF 577 0 0
GGGGT
TCAGAGCAAAACGACAGCTTCTGTCCATCAGAGCCAAAGCTCTGCGTCAACGGATGTGGC
TTCTTCGGAACACCATCGAACATGAACCTCTGCTCCAAGTGCTACCGAGACATCCGAGCC
ACGGAGGAGCAAGCCGCCTCGGCTAGATCCGCCGTCGACAGATCTCTAAACCCTAGCAAA
CCCGAAACCAAACCACCGAAGCAGAGCCTTGAAACCGCTTCCCGCGAGCCATCCACCAGC
GTTGGAGTTGGAGAAGATTCCTCCTCCTCCGTAGCTTCCTCAGCAGGTCCGCGGAGATGC
TTGAGCTGTAACAAGAAAGTGGGCGTGACGGGGTTCAAGTGCAGGTGCGGGAGTACTTTC
TGTGGAGCCCACAGGTACCCGGAGAGCCACGACTGCGAGTTTGATTTCAAAGGAGCGGCT
AGAGAAGCTATTGCTAAGGCCAATCCTGTGGTGATAGCTGATAAGGTTAAGAAGATAAGA
TTATTGAAGATGAAAATCTGTCTTGTCTCTCTTTTCTTGGTGTTTGCTTCTTTTTTTTCT
CTTCTTTGGTTTGCTTTTTTAAGTGTTTCTTA

QA 6 577 6 577
DS 

RD RR1FP87TF 739 0 0
GGATGTCAAAGAGAGAGATACAAATAAAAACAGAACCCGTTAGCCCTAATTTAGAACCAT
ACCGTCTCCATCTTTGCATCTGTTCTGTTCTTCGATTCAAAGTTTGTAATTTTCCTTCAG
GATTAAGGAGAGATTTTCGATAATGGGTTCAGAGCAAAACGACAGCTTCTGTCCATCAGA
GCCAAAGCTCTGCGTCAACGGATGTGGCTTCTTCGGAACACCATCGAACATGAACCTCTG
TTCCAAGTGCTACCGAGACATCCGAGCCACGGAGGAGCAAGCCGCCTCGGCTAGATCCGC
CGTCGACAGATCTCTAAACCCTAGCAAACCCGAAACCAAACCACCGAAGCAGAGCCTTGA
AACCGCTTCCCACGAGCCATCCACCAGCGTTGGAGTTGGAGAAGATTCCTCCTCCTCCGT
AGCTTCCTCAGCAGGTCCGCGGAGATGCTTGAGCTGTAACAAGAAAGTGGGCGTGACGGG
GTTCAAGTGCAGGTGCGGGAGTACTTTCTGTGGAGCCCACAGGTACCCGGAGAGCCACGA
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GATAGCTGATAAGGTTAAGAAGATATGATTATTGAAGATGAAAATCTGTCTTGTCTCTCT
TTTCTTGGTGTTTGCTTCTTTTTTT*CTCTTCTTTGGTTTGCTTTTTTAAGTGTTTCTTA
TTAGGAAAA
GATGTTAGAT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1FP87JQ 631 0 0
TCAGAGCAAAACGACAGCTTCTGTCCATCAGAGCCAAAGCTCTGCGTCAACGGATGTGGC
TTCTTCGGAACACCATCGAACATGAACCTCTGTTCCAAGTGCTACCGAGACATCCGAGCC
ACGGAGGAGCAAGCCGCCTCGGCTAGATCCGCCGTCGACAGATCTCTAAACCCTAGCAAA
CCCGAAACCAAACCACCGAAGCAGAGCCTTGAAACCGCTTCCCACGAGCCATCCACCAGC
GTTGGAGTTGGAGAAGATTCCTCCTCCTCCGTAGCTTCCTCAGCAGGTCCGCGGAGATGC
TTGAGCTGTAACAAGAAAGTGGGCGTGACGGGGTTCAAGTGCAGGTGCGGGAGTACTTTC
TGTGGAGCCCACAGGTACCCGGAGAGCCACGACTGCGAGTTTGATTTCAAAGGAGCGGCT
AGAGAAGCTATTGCTAAGGCCAATCCTGTGGTGATAGCTGATAAGGTTAAGAAGATATGA
TTATTGAAGATGAAAATCTGTCTTGTCTCTCTTTTCTTGGTGTTTGCTTCTTTTTTTTCT
CTTCTTTGGTTTGCTTTTTTAAGTGTTTCTTATTAGGAAAAAGAAGTGTTTAGGATTCTG
CTTTTGTGATTTCATGATTTATTGTTCTTGT

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 3

CO CL4316Contig1 658 3 2 U
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AGAAAGTTAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
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***TCTACTATTGTGAAACCAGTGTTTTTGTCACTTGCTTGTAGACTCCAGTTTTGTATT
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BQ
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AF RR1AQ25JQ C 1
AF RR1AQ25TF U 1
AF RR1F191TF U 1
BS 1 634 RR1AQ25TF
BS 635 658 RR1F191TF

RD RR1AQ25JQ 635 0 0
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CAATGTCTCCGGCTAAAGTTGATACCACTAAGAAGGCCGACCCAAAGGCCAAGGCCTTGA
AGGCTGCGAAGGCAGTGAAGTCTGGCCAGGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAGGATCAGGA
CAAAGGTCACCTTCCACAGGCCAAAGACCTTGACCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCGA
GAATCAGTGCTACTCCAAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCA
CCACTGAGTCTGCGATGAAGAAGATCGAGGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACA
TTCGTGCCGACAAGAAGAAGATCAAAGATGCTGTTAAAAAGATGTACGACATTCAGACCA
AGAAAGTTAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
CGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTTTATCTACC*
***TCTACTATTGTGAAACCAGTGTTTTTGTCACTTGCTTGTAGACTCCAGTTTTGTATT
GAGATATT*ATTATCTACCATCATCGTTTAATGT
C

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1AQ25TF 635 0 0
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CAATGTCTCCGGCTAAAGTTGATACCACTAAGAAGGCCGACCCAAAGGCCAAGGCCTTGA
AGGCTGCGAAGGCAGTGAAGTCTGGCCAGGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAGGATCAGGA
CAAAGGTCACCTTCCACAGGCCAAAGACCTTGACCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCGA
GAATCAGTGCTACTCCAAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCA
CCACTGAGTCTGCGATGAAGAAGATCGAGGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACA
TTCGTGCCGACAAGAAGAAGATCAAAGATGCTGTTAAAAAGATGTACGACATTCAGACCA
AGAAAGTTAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
CGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTTTATCTACC*
***TCTACTATTGTGAAACCAGTGTTTTTGTCACTTGCTTGTAGACTCCAGTTTTGTATT
GAGATATT*ATTATCTACCATCATCGTTTAATGT
C

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1F191TF 658 0 0
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GAATCAGTGCTACTCCAAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCA
CCACTGAGTCTGCGATGAAGAAGATCGAGGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACA
TTCGTGCCGATAAGAAGAAGATCAAAGATGCTGTTAAGAAAATGTACGACATTCAGACCA
AGAAAGTTAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
CGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTTTATCTACCT
CTCTCTACTATTGTGAAAC*AGTGTTTTTGTCACTTTCTTGTAGACTCCAGTTTTGCATT
GAGATATTTATTATCTACCATCGTCGTTTAATGTTGAATTCAAGTTCTATGTTAAAAA

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 3

CO CL4317Contig1 1147 3 11 U
TTTTTCTTTGGTCTTACTTTCCAAGCGTCTCAAGAAAAAAAAAAAGGGAAGGATGTGGGT
TGAGATCATCTGTGGTCTAATCTACAAATTCGTCCGCCGTCTCTTCCACGACGACGAGCT
TTCCGATGACGAAACCTCCGGTTCCACTGCTATCTTCTCCGTCGGTCACAGAGTTGAGAA
GGTTTATGGTGGAAAAGCTTATGTAGGGCTTCGTATTCCAGATGCTGACACTTCTTCTAG
ACAGGACATTGATCTTGTCCTCCTCACTAAAGGACAAGTTGTGGTGATCAATGTCAAGGA
TCTATCTGGGGTTGTTATGGTAACCAGCGATGGAAGCTGGGTTTGTCAATCTGGAAAGCA
TCAGACTTACCCTGATCCTCTGGTTGAGGTGAAAAAACAAGCTTCGGTTCATGAATCATA
TCTTGAACAAAGGGGGCTTACTCTACTAGAAGGAAATCTGTCTTGCAAAGTTGTAATTCC
CAATCCCAACTTTCGTACAATGCATGCGTTTCCGAGTGAGGTAATTACCTACGAAGAGTG
GAAACATATGAAACCAGTATCAAGGAACATTCTTTCTGGTTGGGTGAAAGGCGCATTGTG
CACGGGCAAAGAGATGCATGAATCTTCGCATCGAAAACTCAACTTCATCCTTGGCACTGC
ACCAATGTGGGATAGGGTGGAGCTTAAAAGTAGCAAGATTGTGTTTGGAGAGTTCCTTGA
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CCGTATCTCTATTCAGCATACAAGCATGTTTGGATTCGCACCGTCGAGGCTGCAGGTTGT
TTACTCCTATAGAGACTACAGAAATGAAGGGAGATCAGGATCAGAGTCGAAGGAAGTGAC
TGTAAGGTCGTGCACCGAGGTTGTGTTCCAGCCACGAGACTCCACGAAGATTAAGAAATT
TCAGCTCTCGTCCCTCCGCTCCATTTCACTAAGTGCCTAATAAATGTTCCATTTAAAAGA
ACAGCAGAGAAAAGCTGTTTGCTATGTATATATAAATTACATATGAATTCAGTTTTATTA
TTAAGCGATATAACAACCTCTGTCGCGATATAACAAACTCTGTTTGTGGAAAGGATATTT
TCTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EX20TF U 1
AF RR1DT62TF U 341
AF RR1DT62JQ C 561
BS 1 505 RR1EX20TF
BS 506 506 RR1DT62TF
BS 507 688 RR1EX20TF
BS 689 689 RR1DT62TF
BS 690 738 RR1EX20TF
BS 739 739 RR1DT62TF
BS 740 752 RR1EX20TF
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BS 754 775 RR1EX20TF
BS 776 952 RR1DT62TF
BS 953 1147 RR1DT62JQ

RD RR1EX20TF 775 0 0
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TTCCGATGACGAAACCTCCGGTTCCACTGCTATCTTCTCCGTCGGTCACAGAGTTGAGAA
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TCAGACTTACCCTGATCCTCTGGTTGAGGTGAAAAAACAAGCTTCGGTTCATGAATCATA
TCTTGAACAAAGGGGGCTTACTCTACTAGAAGGAAATCTGTCTTGCAAAGTTGTAATTCC
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CACGGGCAAAGAGATGCATGAATCTTCGCATCGAAAACTCAACTTCATCCTTGGCACTGC
ACCAATGTGGGATAGGGTGGAGCTTAAA*GTAGCAAGATTGTGTTTGGAGAGTTCCTTGA
GTTCAAAGGAAAGCGGGATGATACTTTGGCTCCGAAACAAATCAAGAGATCAAAA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1DT62TF 612 0 0
GGGTT
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GGTTCTTGAATCATATCTTGAACAAAGGGGGCTTACTCTACTAGAAGGAAATCTGTCTTG
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TACCTACGAAGAGTGGAAACATATGAAACCAGTATCAAGGAACATTCTTTCTGGTTGGGT
GAAAGGCGCATTGTGCACGGGCAAAGAGATGCATGAATCTTCGCATCGAAAACTCAACTT
CATCCTTGGCACTGCACCAATGTGGGATAGGGTGGAGCTTAAAAGTAGCAAGATTGTGTT
TGGAGAGTTCCTTGAGTTCAAAGGAAAGCGGGAAGATACTTTGGCTCTGAAACAAATCAA
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GAAGATT

QA 6 612 6 612
DS 

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ATACTTTGGCTCTGAAACAAATCAAGAGATCAAAAGTTGACCGTATCTCTATTCAGCATA
CAAGCATGTTTGGATTCGCACCGTCGAGGCTGCAGGTTGTTTACTCCTATAGAGACTACA
GAAATGAAGGGAGATCAGGATCAGAGTCGAAGGAAGTGACTGTAAGGTCGTGCACCGAGG
TTGTGTTCCAGCCACGAGACTCCACGAAGATTAAGAAATTTCAGCTCTCGTCCCTCCGCT
CCATTTCACTAAGTGCCTAATAAATGTTCCATTTAAAAGAACAGCAGAGAAAAGCTGTTT
GCTATGTATATATAAATTACATATGAATTCAGTTTTATTATTAAGCGATATAACAACCTC
TGTCGCGATATAACAAACTCTGTTTGTGGAAAGGATATTTTCTGGTT

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 3

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AATCAGTTTCTGCTCAAACTCCGTCGCTCTCCGAGCAATATCATTTGGAGAAAGAAGTGA
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CTGCGGCCATTGAAGAAAACAATGAGGAGAACACTAGTGAAGATGTTGCTGAGGAGACTC
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CTAGGCACTGTTTCACACGTTACATTGAATATCACAGATGTGTAGCTGCCAAGGGTGACG
AAGCTCCCGAGTGCGATAAGTTTTCAAAGTTTTATCGATCTCTTTGCCCCGGCGAATGGG
TTGATAGGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAACTTTCCCTGGTCCTCTTTAAGACAACT
CCTGCCTCAAAAGAAGAATCATCATATCCTCTCTTGCTCTGGTTACACTTCATAATAGTC
ACCCGAATTATGCTGATAAGATTTTTACAAAACCAGCATATCTGGTTGGTTCCTCATCAT
AAAAATGTGAGAATTTAACACTTATAGTCTCAAATTTTTTCCTTACATTTTATGTTCAAC
TCAAGTTTTGAGGATCATCCTGTTCTGACATTTTATGGATAGTGAATAATAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1EK38TF U 1
AF RR1EK38JQ C 41
AF RR1CP71TF U 43
BS 1 699 RR1EK38TF
BS 700 700 RR1CP71TF
BS 701 710 RR1EK38TF
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BS 712 775 RR1EK38TF

RD RR1EK38TF 775 0 0
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AATCAGTTTCTGCTCAAACTCCGTCGCTCTCCGAGCAATATCATTTGGAGAAAGAAGTGA
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CTGCGGCCATTGAAGAAAACAATGAGGAGAACACTAGTGAAGATGTTGCTGAGGAGACTC
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CTAGGCACTGTTTCACACGTTACATTGAATATCACAGATGTGTAGCTGCCAAGGGTGACG
AAGCTCCCGAGTGCGATAAGTTTTCAAAGTTTTATCGATCTCTTTGCCCCGGCGAATGGG
TTGATAGGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAACTTTCCCTGGTCCTCTTTAAGACAACT
CCTGCCTCAAAAGAAGAATCATCATATCCTCTCTTGCTCTGGTTACACTTCATAATAGTC
ACCCGAATTATGCTGATAAGATTTTTACAAAACCAGCATATCTGGTTGGTTCCTCATCAT
AAAAATGTGAGAATTTAACACTTATAGTCTCAAATTTTT*CCTTACATTT*ATGTTCAAC
TCAAGTTTTGAGGATCATCCTGTTCTGACATTTTATGGATAGTGAATAATAGTTC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1EK38JQ 735 0 0
TCAT
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TTGGAGAAAGAAGTGAAGCCTGTTGAAGTTCAAGCTGAAGAGGTTGAAGCCAAGGAAGAT
TCTCCTCCCGAGGAAGCTGTTGAAGACAAGTCTGAGTCTCCTGCTTCCACGGAAGTCACT
TCTCAAGAGGCTCCTCCTGCGGCCATTGAAGAAAACAATGAGGAGAACACTAGTGAAGAT
GTTGCTGAGGAGACTCCCGATGAGATCAAGCTTGAGACAGCTCCTGCTGATTTCCGTTTC
CCGACAACAAACCAAACTAGGCACTGTTTCACACGTTACATTGAATATCACAGATGTGTA
GCTGCCAAGGGTGACGAAGCTCCCGAGTGCGATAAGTTTTCAAAGTTTTATCGATCTCTT
TGCCCCGGCGAATGGGTTGATAGGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAACTTTCCCTGGT
CCTCTTTAAGACAACTCCTGCCTCAAAAGAAGAATCATCATATCCTCTCTTGCTCTGGTT
ACACTTCATAATAGTCACCCGAATTATGCTGATAAGATTTTTACAAAACCAGCATATCTG
GTTGGTTCCTCATCATAAAAATGTGAGAATTTAACACTTATAGTCTCAAATTTTTTCCTT
ACATTTTATGTTCAACTCAAGTTTTGAGGATCATCCTGTTCTGACATTTTATGGATAGTG
AATAATAGTTC

QA 5 735 5 735
DS 

RD RR1CP71TF 723 0 0
GG
ACACTTCAAATGGCGGAATCAGTTTCTGCTCAAACTCCGTCGCTCTCCGAGCAATATCAT
TTGGAGAAAGAAGTGAAGCCTGTTGAAGTTCAAGCTGAAGAGGTTGAAGCCAAGGAAGAT
TCTCCTCCCGAGGAAGCTGTTGAAGACAAGTCTGAGTCTCCTGCTTCCACGGAAGTCACT
TCTCAAGAGGCTCCTCCTGCGGCCATTGAAGAAAACAATGAGGAGAACACTAGTGAAGAT
GTTGCTGAGGAGACTCCCGATGAGATCAAGCTTGAGACAGCTCCTGCTGATTTCCGTTTC
CCGACAACAAACCAAACTAGGCACTTTTTCACACGTTACATTGAATATCACAGATGTGTA
GCTGCCAAGGGTGACGAAGCTCCCGAGTGCGATAAGTTTTCAAAGTTTTATCGATCTCTT
TGCCCCGGCGAATGGGTTGATAGGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAACTTTCCCTGGT
CCTCTTTAAGACAACTCCTGCCTCAAAAGAAGAATCATCATATCCTCTCTTGCTCTGGTT
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ACATTTTATGTTCGACTCAAGTTTTGAG*ATCATCCTGTTCTGACATTTTATGGATAGTG
A

QA 3 723 3 723
DS 



AS 1 3

CO CL4319Contig1 807 3 5 U
GGGAACAGAACATCTTACATAAAAAAAAAACTGAGTATCTCTTCCCTAGCCAAAAATTGT
ATAAACCCTTACTTAACCAGAGAAATGGGAATCTCAAGATCTAAAGGAAACACACACAAC
ATCTTCCTACTCTGCAACTACATCCTCTTAGGCTCCGCCTCAAGTTGCATCTTCCTCACA
ATCTCCCTCCGTCTCTTCCCTTCTCTCTCCGGCCTCTCTCTCATCTTCCTCCACACTCTC
ACCATCGCCACTGCTGTCACCGGCTGCTCCGTTTTCGCCTCTTCAACCGCTGCAACCACA
AGCGACAGATTGTACGGTGCACACATGGTGGCCACAGTCCTCGCTGCCATTTTCCAAGGG
GCAGTCTCTGTTCTGATATTCACGAGAACAGGGGATTTCCTTAGGGTTCTTAAATCGTAT
GTTCTTGTAGAAGACGGAGCGGTGATTCTTAAACTGGCAGGTGGTTTGTGTGTAGTAATG
TTCTGCTTAGAGTGGGTTGTTCTTGTGTTAGCGTTCTTGTTGAAGTATAGTGACTATTTG
GATGAGAGCGTTGTAGATGACGGAGGTAAGTTCCAGAGGCAAGAAGAAGATCTCAAGGAT
TGGCCTTCTTACCCATTCCAACTCAAGCTTTGATTTCAGTTCCACGTTTCTTTTTTTGGT
ACTTTGGATACATTCTTTGGCTGATTTATATAAATTAGATGGCAAAAGCTATATTTTGTG
TATGGTTTTGATGCTTGTTACTTGAGAGTTGTGTGATTTTGTCACGCTTAAATAAGATTA
GTGTATATTTTAAATTAATGTATTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB46TF U 1
AF RR1BN61TF U 5
AF RR1FB46JQ C 67
BS 1 29 RR1FB46TF
BS 30 30 RR1BN61TF
BS 31 296 RR1FB46TF
BS 297 693 RR1BN61TF
BS 694 807 RR1FB46JQ

RD RR1FB46TF 296 0 0
GGGAACAGAACATCTTACATAAAAAAAAA*CTGAGTATCTCTTCCCTAGCCAAAAATTGT
ATAAACCCTTACTTAACCAGAGAAATGGGAATCTCAAGATCTAAAGGAAACACACACAAC
ATCTTCCTACTCTGCAACTACATCCTCTTAGGCTCCGCCTCAAGTTGCATCTTCCTCACA
ATCTCCCTCCGTCTCTTCCCTTCTCTCTCCGGCCTCTCTCTCATCTTCCTCCACACTCTC
ACCATCGCCACTGCTGTCACCGGCTGCTCCGTTTTCGCCTCTTCAACCGCTGCAAC

QA 1 296 1 296
DS 

RD RR1BN61TF 689 0 0
GG
AGAACATCTTACATAAAAAAAAAACTGAGTATCTCTTCCCTAGCCAAAAATTGTATAAAC
CCTTACTTAACCAGAGAAATGGGAATCTCAAGATCTAAAGGAAACACACACAACATCTTC
CTACTCTGCAACTACATCCTCTTAGGCTCCGCCTCAAGTTGCATCTTCCTCACAATCTCC
CTCCGTCTCTTCCCTTCTCTCTCCGGCCTCTCTCTCATCTTCCTCCACACTCTCACCATC
GCCACTGCTGTCACCGGCTGCTCCGTTTTCGCCTCTTCAACCGCTGCAACCACAAGCGAC
AGATTGTACGGTGCACACATGGTGGCCACAGTCCTCGCTGCCATTTTCCAAGGGGCAGTC
TCTGTTCTGATATTCACGAGAACAGGGGATTTCCTTAGGGTTCTTAAATCGTATGTTCTT
GTAGAAGACGGAGCGGTGATTCTTAAACTGGCAGGTGGTTTGTGTGTAGTAATGTTCTGC
TTAGAGTGGGTTGTTCTTGTGTTAGCGTTCTTGTTGAAGTATAGTGACTATTTGGATGAG
AGCGTTGTAGATGACGGAGGTAAGTTCCAGAGGCAAGAAGAAGATCTCAAGGATTGGCCT
TCTTACCCATTCCAACTCAAGCTTTGATTTCAGTTCCACGTTTCTTTTTTTGGTACTTTG
GATACATTCTTTGGCTGATTTATATAA

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR1FB46JQ 741 0 0
CCTTACTTAACCAGAGAAATGGGAATCTCAAGATCTAAAGGAAACACACACAACATCTTC
CTACTCTGCAACTACATCCTCTTAGGCTCCGCCTCAAGTTGCATCTTCCTCACAATCTCC
CTCCGTCTCTTCCCTTCTCTCTCCGGCCTCTCTCTCATCTTCCTCCACACTCTCACCATC
GCCACTGCTGTCACCGGCTGCTCCGTTTTCGCCTCTTCAACCGCTGCAACCACAAGCGAC
AGATTGTACGGTGTACACATGGTGGCCACAGTCCTCGCTGCCATTTTCCAAGGGGCAGTC
TCTGTTCTGATATTCACGAGAACAGGGGATTTCCTTAGGGTTCTTAAATCGTATGTTCTT
GTAGAAGACGGAGCGGTGATTCTTAAACTGGCAGGTGGTTTGTGTGTAGTAATGTTCTGC
TTAGAGTGGGTTGTTCTTGTGTTAGCGTTCTTGTTGAAGTATAGTGACTATTTGGATGAG
AGCGTTGTAGATGACGGAGGTAAGTTCCAGAGGCAAGAAGAAGATCTCAAGGATTGGCCT
TCTTACCCATTCCAACTCAAGCTTTGATTTCAGTTCCACGTTTCTTTTTTTGGTACTTTG
GATACATTCTTTGGCTGATTTATATAAATTAGATGGCAAAAGCTATATTTTGTGTATGGT
TTTGATGCTTGTTACTTGAGAGTTGTGTGATTTTGTCACGCTTAAATAAGATTAGTGTAT
ATTTTAAATTAATGTATTTTG

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 3

CO CL4320Contig1 541 3 2 U
GACAGGAGCACCTCAAAGTATTGAGATTGCGAGAGGGGATCGATTTGGAGAAGAGTAAAT
CGAAGAAGGAAGGATGGGTGGGGGAATGGAGACGAACAAGAACAAGTTCATAGAGGATTG
GGGATCCGCGAGGGAGAATCTGGAGCATAACTTCCGATGGACACGTCGCAACTTCGCTCT
CATCGGCATCTTCGGCATCGCCCTCCCCATCCTCGTCTACAAGGGCATCGTCAAAGATTT
CCATATGCAAGACGAAGATGCAGGCAGACCACATAGAAAGTTCCTCTGAGATTGTTTGCG
ACAACACTCTCTTCTGCAAAAGGTCTCAGCATTGTGAAAGTTTCAATAAGCTGATGTTAC
TATAACTATCCTGTTTTGCATTTTATTCATAATAAGAACATCTCCAAGGATTATAACTTC
TGTCTGGAAAAGTTTGTTTTAATTTTCACCTTAGCTGAATTTAGCATATCCAGCATTAAA
ACATTCTGTAAGTGGTTGAGAGCTTTGATGTAAACCAAACAAAAGAAATGGTTATTTTTG
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 

AF RR1FD32TF U 1
AF RR1ET85TF U 361
AF RR1FD32JQ C 427
BS 1 536 RR1FD32TF
BS 537 541 RR1FD32JQ

RD RR1FD32TF 541 0 0
GACAGGAGCACCTCAAAGTATTGAGATTGCGAGAGGGGATCGATTTGGAGAAGAGTAAAT
CGAAGAAGGAAGGATGGGTGGGGGAATGGAGACGAACAAGAACAAGTTCATAGAGGATTG
GGGATCCGCGAGGGAGAATCTGGAGCATAACTTCCGATGGACACGTCGCAACTTCGCTCT
CATCGGCATCTTCGGCATCGCCCTCCCCATCCTCGTCTACAAGGGCATCGTCAAAGATTT
CCATATGCAAGACGAAGATGCAGGCAGACCACATAGAAAGTTCCTCTGAGATTGTTTGCG
ACAACACTCTCTTCTGCAAAAGGTCTCAGCATTGTGAAAGTTTCAATAAGCTGATGTTAC
TATAACTATCCTGTTTTGCATTTTATTCATAATAAGAACATCTCCAAGGATTATAACTTC
TGTCTGGAAAAGTTTGTTTTAATTTTCACCTTAGCTGAATTTAGCATATCCAGCATTAAA
ACATTCTGTAAGTGGTTGAGAGCTTTGATGTAAACCAAACAAAAGAAATGGTTATT
CTTGA

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1ET85TF 176 0 0
G
ATAACTATCCTGTTTTGCATTTTATTCATAATAAGAACATCTCCAAGGATTATAACTTCT
GTCTGGAAAAGTTTGTTTTAATTTTCACCTTAGCTGAATTTAGCATATCCAGCATTAAAA
CATTCTGTAAGTGGTTGAGAGCTTTGATGTGAACCAAACAAAAGAAATGGTTATT

QA 2 176 2 176
DS 

RD RR1FD32JQ 115 0 0
GAAAAGTTTGTTTTAATTTTCACCTTAGGTGAATTTAGCATATCCAGCATTAAAACATTT
TGTAAGGGGTTGAGAGCTTTGATGTAAACCAAACAAAAGAAATGGTTATTTTTGA

QA 1 115 1 115
DS 



AS 1 2

CO CL4321Contig1 777 2 4 U
GGGGCTGATGAGTGAAGCTTGACTTTCTCACTCAAAAATATGTAGCACTAAGTCAGAGGA
TCCAAAGCATAGCTTGTATATGCTTGTCTTGTGTGTTAACATGTCTCTTGTCTCTTTAAA
CTTGATTTTCTCCAGAGAGCGAAGCAAAAGAAAAGATGGGCTTCTTCTGTCATCCACATA
AGAAGAATTGCTAGCTCATCCTTTTCCTGATAGCGACAATAACTCTTTCTTTGGTGGGTT
TTATTTATATTCCCTTGTACAAGGAGACGACACTGTTATGGCTTCTCTGTCTGAAATCGT
GGAGCCAGAGCTTGGAGCATCACCGAGGAGCAAGCTTTCAATAACAAGTGCAAGCAGTCT
AGCTACAGTCGCATCCTTATCCATGCCTCTTATTCAGGAGATTGTTTTATCAGCAGATAT
CAGATGTAGTGACGGCCAAGAGAAGATCGCCGACATAATGTCAAGGATGATCGAAACATA
TTCAATATTGGTGAGTGTGTTGGAGAAGAAAGTGACGTTGACATGCACATATTCCGGTGA
CCGGAGAGTCTCCAAGTCATATGGTGAAGCTCTTCTCTGCAAAATCTCCATCTTCAAGCG
CAGAATATTCCCTTCTTCCAGGAAACAACAACTCAATAGCTCTTAGCTTAGTTTTTTCCT
TTTTTGCTTTTATTATCAACTTGAAAACATTTTCAATTATGTAATATTTGTTTAGATATG
ATTGTAAAAAAAATAACTCTCAATAGACAAAGATTATTGGGAAGTTAAGTTGCCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1ER18TF U 1
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AGCTACAGTCGCATCCTTATCCATGCCTCTTATTCAGGAGATTGTTTTATCAGCAGATAT
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ATCCATGCCTCTTATTCAGGAGATTGTTTTATCAGCAGATATCAGATGTAGTGACGGCCA
AGAGAAGATCGCCGACATAATGTCAAGGATGATCGAAACATATTCAATATTGGTGAGTGT
GTTGGAGAAGAAAGTGACGTTGACATGCACATATTCCGGTGACCGGAGAGTCTCCAAGTC
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CTCAATAGACAAAGATTATTGGGAAGTTAAGTTGCCGCC

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DS 



AS 1 3

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CD32JQ U 23
AF RR1FQ79JQ U 1
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GGTGCAGATTTTGGTGGAGGAGGGAGCTTCTCTACTTTAACAGCGAGCTTCATGCCTCCG
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ACATAAGCCAGTACCACCGCAGCAATCAGCACC

QA 1 753 1 753
DS 

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CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGACTTGTGGGTTTAGTTGCGCCC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 3

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GCCTACTCTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G382JQ C 1
AF RR1G382TF U 1
AF RR1AC03JQ U 277
BS 1 495 RR1G382TF
BS 496 1091 RR1AC03JQ

RD RR1G382JQ 497 0 0
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TGACCCAAAAATATATAATTCGAACCATTTGAATAAAAGATATAACACATCTTCTTGCCG
ATTCAGGGCACATCAAGCCTCCTCCACAAGACCAGAAGTTCGAGAATCTTATTATTGTAG
CTATGTTTTGTAATGGCATTTTCACAGTTGAATAAAATAAGCAAATGCTTTGTTTCATAT
ATTTGATTATAGTTCCTATCAGTTAATTCTTGCGAAGCGTGGTTGGATTTTCCTTTTTAT
TAATTGTTGTTATGTTCATTACATTGGTCCTACACATCAATCGAACTGAATACATTTGGT
CTCTGACCCAGTGAGTTTCTTCTATCAACAATACAGAGGAAAAAAA*CAAAAGGAAGCAC
CAAGAAACCCAAATCAGAGGAAGAGCTCTTGTGGCACTGAGGTGGGGCAAAACTTCTTTG
CTGCAAACTTGTACT
GC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1G382TF 497 0 0
GATCATAGATGAATGCATGGTTGGATTTTGAAAAATAATATTCATAATTAACGTCAAATT
TGACCCAAAAATATATAATTCGAACCATTTGAATAAAAGATATAACACATCTTCTTGCCG
ATTCAGGGCACATCAAGCCTCCTCCACAAGACCAGAAGTTCGAGAATCTTATTATTGTAG
CTATGTTTTGTAATGGCATTTTCACAGTTGAATAAAATAAGCAAATGCTTTGTTTCATAT
ATTTGATTATAGTTCCTATCAGTTAATTCTTGCGAAGCGTGGTTGGATTTTCCTTTTTAT
TAATTGTTGTTATGTTCATTACATTGGTCCTACACATCAATCGAACTGAATACATTTGGT
CTCTGACCCAGTGAGTTTCTTCTATCAACAATACAGAGGAAAAAAA*CAAAAGGAAGCAC
CAAGAAACCCAAATCAGAGGAAGAGCTCTTGTGGCACTGAGGTGGGGCAAAACTTCTTTG
CTGCAAACTTGTACT
GC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1AC03JQ 815 0 0
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TCAATCGAACTGAATACATTTGGTCTCTGACCCAATGAGTTTCTTCTATCAACAATACAG
AGGAAAAAAAACAAAAGGAAGCACCAAGAAACCCAAATCAGAGGAAGAGCTCTTGTGGCA
GTGAGGTGGGGCAAAACTTCTTTGCTGCAAACTTGTACTTGTCTTGACTGTACTTCTTTC
TGACTGCAACTACATCGGCTGAGGGACTCTCATGACATAGCTGAAGAAGATTCGTAACGC
ATGCTTCCAAATGTTTAGCCCTGTACGATGTGTAATGCTCTAACGTAGAGCTCCATGGTT
TTCTTGAAGGGTGCAATATGTATCGTGCCAAGAAAACAGCAGAGGCTGCGACAAGTGATG
GAGCGTAGCGAAGCATAGCGTAATCTAAGAGAGACAATTCGCTGAGGTAGCTCGCTAGTG
ACTCAAACAGCAGTGATGGTACCTCAGTTTTGCCTTTAGCAGCACGAACAAAGCGCCTCA
AGAAACATTTTGCTGTTGGAGTTGTTAGTTCGAACTTCAAGTAATTCAGAACAGAAGACT
CCATCTCCAGAAGCTCGTTTCTTAAGTATGTGTTATCCGTGATGTAACAGAAACTCTCCA
CTTGAGGCGCACACACTTCTTCATATTTTGATGCAATCATCATGCATGAAACACCAAGCA
ACTGCAGGTTCTGCTTGGTAATCACATTCCCTGAAAGATACCGGTCCAAACAGTTCACCG
CCAGATACAACGTCTCAGGCAAAAGCCTACTCTTC

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 3

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ACGAAAATGTTATTGGTGGGAAGCTAAAGCTGAAAGGGAAGGCTTTAGATGTGAAAGCAG
GTGGAGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAACAGGAAGAGCAAGCTCTTAAAATTA
CTGAACATGAACACATAGAAGGAGGAAACGAAGAAGCATTGGGTAAATTGATTGAAGGAG
GAGAAGAAGAAGATGAGGAGGGTAGGAGTGAAAAGGAGGATGGAAAAGTGCAACCTGATG
ATGATGATCTGTTAACGCCTGCGGAAAGACGGTACATAGAGCAGAAGCAGAAACTGGATG
TGCAGAAACTAGCCAAGGAAGCGAACAAGTCTCACCGTAACAGGATTGAGGATTTCAATC
AGTATCTGGCTAACATGAGTGAGCATTACGATATCCCTAAAGTCGGACCTGGTTAAATCA
ACTTCTTCCTTGTCTCTCTCTGCTTATTTCAGTTTGGCATTGTCGAACAGCTACTGTTGT
TGGATCTCTCGTGTTATTCCCATAACTTTGCTATTATATGGCCTCTGCTCTTTT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO01TF U 1
AF RR1B764TF U 2
AF RR1AO01JQ C 173
BS 1 191 RR1AO01TF
BS 192 594 RR1B764TF

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GTGGAGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAACAGGAAGAGCAAGCTCTTAAAATTA
CTGAACATGAA

QA 1 191 1 191
DS 

RD RR1B764TF 593 0 0
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TGATGATCTGTTAACGCCTGCGGAAAGACGGTACATAGAGCAGAAGCAGAAACTGGATGT
GCAGAAACTAGCCAAGGAAGCGAACAAGTCTCACCGTAACAGGATTGAGGATTTCAATCA
GTATCTGGCTAACATGAGTGAGCATTACGATATCCCTAAAGTCGGACCTGGTTAAATCAA
CTTCTTCCTTGTCTCTCTCTGCTTATTTCAGTTTGGCATTGTCGAACAGCTACTGTTGTT
GGATCTCTCGTGTTATTCCCATAACTTTGCTATTATATGGCCTCTGCTCTTTT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1AO01JQ 409 0 0
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TGAAGGAGGAGAAGAAGAAGATGAGGAGGGTAGGAGTGAAAAGGAGGATGGAAAAGTGCA
ACCTGATGATGATGATTTGTTAACGCCTGGGGAAAGACGGTACATAGAGCAGAAGCAGAA
ACTGGATGTGCAGAAACTAGCCAAGGAAGGGAACAAGTCTCCCCGTAACAGGATTGAGGA
TTTCAATCAGTATTTGGCTAACATGAGTGAGCATTACGATATCCCTAAAGTCGGACCTGG
TTAAATCAACTTTTTCCTTGTCTCTTTTTGCTTATTTCAGTTTGGCATTGTCGAACAGCT
ACTGTTGTTGGATCTCTCGTGTTATTCCCATAACTTTGCTATTATATGG

QA 1 409 1 409
DS 



AS 1 3

CO CL4325Contig1 513 3 1 U
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TACTCTGTTTGGGATCAGGATCAGGATCAGGATCAGGATCAGACATGGCTTTTCTAGTAA
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ACCAAGGCCCCTCCACCAATCTGCTACATTTTACATTGGTCATTACAGCCACTGTCTGCT
GTTGGATGATGTGGGCAATCGTATACATTGCGCAGATGAAGCCTCTCATTGTTCCCATCC
TAAGCGAGGTAGAGTAGACACACTCATCTCTATTCAAACTCAACCAAATGCACAAACTTG
AGTCACTACTCTTTCTATCTATCTTCTTCGCTTTTGTAATTCTTGTTTGCTGCGGTGTGG
AACAACAATACCTTTCCCCCACTCTTTACTGTTGAGTCTTTTGTCTCTCACTCATTTCTG
AAACATCCTATATTATATTCAAAAAGGTTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1A349TF U 1
AF RR1HB89TF U 45
AF RR1A349JQ C 203
BS 1 513 RR1A349TF

RD RR1A349TF 513 0 0
GGCTGGACCTTATACGATCGGCCGGCCATTGGCGATCAGGAGCTTCAATTTGAATCTGAT
TACTCTGTTTGGGATCAGGATCAGGATCAGGATCAGGATCAGACATGGCTTTTCTAGTAA
CATCTGTAATATTCGCTGTGGTCGGCATCATTGCTTCGATTTTCACAAGAATCTGTTTCA
ACCAAGGCCCCTCCACCAATCTGCTACATTTTACATTGGTCATTACAGCCACTGTCTGCT
GTTGGATGATGTGGGCAATCGTATACATTGCGCAGATGAAGCCTCTCATTGTTCCCATCC
TAAGCGAGGTAGAGTAGACACACTCATCTCTATTCAAACTCAACCAAATGCACAAACTTG
AGTCACTACTCTTTCTATCTATCTTCTTCGCTTTTGTAATTCTTGTTTGCTGCGGTGTGG
AACAACAATACCTTTCCCCCACTCTTTACTGTTGAGTCTTTTGTCTCTCACTCATTTCTG
AAACATCCTATATTATATTCAAAAAGGTTATGC

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1HB89TF 461 0 0
GG
AATTTGAATCTGATTACTCTGTTTGGGATCAGGATCAGGATCAGGATCAGGATCAGACAT
GGCTTTTCTAGTAACATCTGTAATATTCGCTGTGGTCGGCATCATTGCTTCGATTTTCAC
AAGAATCTGTTTCAACCAAGGCCCCTCCACCAATCTGCTACATTTTACATTGGTCATTAC
AGCCACTGTCTGCTGTTGGATGATGCGGGCAATCGTATACATTGCGCAGATGAAGCCTCT
CATTGTTCCCATCCTAAGCGAGGTAGAGTAGACACACTCATCTCTATTCAAACTCAACCA
AATGCACAAACTTGAGTCACTACTCTTTCTATCTATCTTCTTCGCTTTTGTAATTCTTGT
TTGCTGCGGTGTGGAACAACAATACCTTTCCCCCACTCTTTACTGTTGAGTCTTTTGTCT
CTCACTCATTTCTGAAACATCCTATATTATATTCAAAAA

QA 3 461 3 461
DS 

RD RR1A349JQ 311 0 0
GCTACATTTTACATTGGTCATTACAGCCACTGTTTGTTGTTGGATGATGTGGGCAATGGT
ATACATTGCGCAGATGAAGCCTCTCATTGTTCCCATCTTAAGCGAGGTAGAGTAGACACA
CTCATCTCTATTCAAACTCAACCAAATGCACAAACTTGAGTCACTACTCTTTCTATCTAT
CTTCTTCGCTTTTGTAATTCTTGTTTGCTGCGGTGTGGAACAACAATACCTTTCCCCCAC
TCTTTACTGTTGAGTCTTTTGTCTCTCACTCATTTCTGAAACATCCTATATTATATTCAA
AAAGGTTATGC

QA 1 311 1 311
DS 



AS 1 3

CO CL4326Contig1 775 3 2 U
GCTTGAACCGAACATATCACCCAAGCAAGGCATAGTTCTAAAGGGGTGAAATATATGAAT
TCAAGTTCCAAGAGAAACCATTACACAACACAACATGACACCAGAGCAACGACAATGAAG
AAGAGAGAGAGAGAGAGGAGTAACAGTTAAGTGAAAACTCATACAGTAACGCACAACAAT
CAATGGTTTGCTGCTAACAACTTGAAATCATTTTTTGTTTGTTTAACTAAGAAACTGCAG
AGGAAACGCCGATACACCTGGAAGCACAGATACTATCACTCCTCACTAGACAAGCAGACC
GTTTCGCTGCTGCATTGCCTACTTGTGTTGTCTTCTGTGTTGTTGTTGATGATGATGATA
ACCCAGTCTCCTTGTTTGGAGTCTGTGGAGGTGTAAACACCACAGAGGACGAAGACGGTT
GGGCATGAACCAAATCAGCACCCTCGTCCTCTGATGAACACACCCGTTCTCTGGGGAGTG
AAGTGTACTTTCTCTGGACAGGTGGGGAGTTACGTTCCTCTTCATCTTCCTTGTGATCTT
CAAGTCTGGCAAACTCTTGTTTGAACTGTTCAACTCCGCTTGGGTAAAGAAAATGAGAGT
TGATGTTCTCTTCTCCTTGTAGATACTCTTGCAACATTTGTGGATGGTACTCCAAAATCT
CTCTATACATGAGCTCTCTCACATCATCCCGAGTCAACTTCCTCTGGCTACTAAGATGTT
TCAGTTCGCCAGGTTGTCTCTTGCCTGCCCATGGATTCAGCAGCAGTTCAAAAGC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB48JQ U 454
AF RR1FV28JQ U 1
AF RR1FV28TF C 4
BS 1 742 RR1FV28JQ
BS 743 775 RR1FV28TF

RD RR1DB48JQ 117 0 0
ATGAACACACCCGTTCTCTGGGGAGTGAAATGTACTTTCTCTGGACAGGGGGGGAGTTAC
CTTCCTCTTCATCTTCCTTGTGATCTTCAAGTCTGGGAAACTCTTGTTTGAACTGTT

QA 1 117 1 117
DS 

RD RR1FV28JQ 742 0 0
GCTTGAACCGAACATATCACCCAAGCAAGGCATAGTTCTAAAGGGGTGAAATATATGAAT
TCAAGTTCCAAGAGAAACCATTACACAACACAACATGACACCAGAGCAACGACAATGAAG
AAGAGAGAGAGAGAGAGGAGTAACAGTTAAGTGAAAACTCATACAGTAACGCACAACAAT
CAATGGTTTGCTGCTAACAACTTGAAATCATTTTTTGTTTGTTTAACTAAGAAACTGCAG
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GTTTCGCTGCTGCATTGCCTACTTGTGTTGTCTTCTGTGTTGTTGTTGATGATGATGATA
ACCCAGTCTCCTTGTTTGGAGTCTGTGGAGGTGTAAACACCACAGAGGACGAAGACGGTT
GGGCATGAACCAAATCAGCACCCTCGTCCTCTGATGAACACACCCGTTCTCTGGGGAGTG
AAGTGTACTTTCTCTGGACAGGTGGGGAGTTACGTTCCTCTTCATCTTCCTTGTGATCTT
CAAGTCTGGCAAACTCTTGTTTGAACTGTTCAACTCCGCTTGGGTAAAGAAAATGAGAGT
TGATGTTCTCTTCTCCTTGTAGATACTCTTGCAACATTTGTGGATGGTACTCCAAAATCT
CTCTATACATGAGCTCTCTCACATCATCCCGAGTCAACTTCCTCTGGCTACTAAGATGTT
TCAGTTCGCCAGGTTGTCTCTT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1FV28TF 772 0 0
TGAACCGAACATATCACCCAAGCAAGGCATAGTTCTAAAGGGGTGAAATATATGAATTCA
AGTTCCAAGAGAAACCATTACACAACACAACATGACACCAGAGCAACGACAATGAAGAAG
AGAGAGAGAGAGAGGAGTAACAGTTAAGTGAAAACTCATACAGTAACGCACAACAATCAA
TGGTTTGCTGCTAACAACTTGAAATCATTTTTTGTTTGTTTAACTAAGAAACTGCAGAGG
AAACGCCGATACACCTGGAAGCACAGATACTATCACTCCTCACTAGACAAGCAGACCGTT
TCGCTGCTGCATTGCCTACTTGTGTTGTCTTCTGTGTTGTTGTTGATGATGATGATAACC
CAGTCTCCTTGTTTGGAGTCTGTGGAGGTGTAAACACCACAGAGGACGAAGACGGTTGGG
CATGAACCAAATCAGCACCCTCGTCCTCTGATGAACACACCCGTTCTCTGGGGAGTGAAG
TGTACTTTCTCTGGACAGGTGGGGAGTTACGTTCCTCTTCATCTTCCTTGTGATCTTCAA
GTCTGGCAAACTCTTGTTTGAACTGTTCAACTCCGCTTGGGTAAAGAAAATGAGAGTTGA
TGTTCTCTTCTCCTTGTAGATACTCTTGCAACATTTGTGGATGGTACTCCAAAATCTCTC
TATACATGAGCTCTCTCACATCATCCCGAGTCAACTTCCTCTGGCTACTAAGATGTTTCA
GTTCGCCAGGTTGTCTCTTGCCTGCCCATGGATTCAGCAGCAGTTCAAAAGC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 3

CO CL4327Contig1 684 3 4 U
GGCTCCTCAACACTTTCCGTGCAGCCGTCTTCGTCTTTGAGATAACAAGGGATTTTTTTT
AAAAGGCATTTGAAAGAGACAAAACATGTCTGGTGAAGAGGCTGCTGCTCCAGTTGTTGT
TCCTCCCGTTGCTGAGCCAGCGGTTATCCCAGAGGACATGGACTTGTTGACTGCATTGGA
GTTGACTCTCAGGAAATCTCGTGTTTATGGTGGTGTTGTTCGTGGTCTCCACGAAAGCGC
TAAGCTTATTGAGAAGCGTGTGGCTCAGCTTTGCGTCTTGGCTGAAGACTGTAACCAGCC
TGATTACGTCAAGCTTGTTAAGGCTCTCTGCGCTGATCACAACATCAACTTGCTTACTGT
TCCAAGTGCCAAGACCCTCGGCGAATGGGCTGGTCTCTGTAAGATTGACTCTGAGGGTAA
TGCTAGAAAGGTTGTTGGATGCTCCTGTCTTGTGGTCAAGGACTACGGCGAGGACACGAC
TGCTCTCAACATCGTCAAGAAGCACATCGAATCTAACTAAGTCTTAAGAAGAATTTGAAA
TCTCGATTTACAAATGTTTTCGTTCTCAAATTCTCAATGCTGTTTTCTACTGGTTTTGAT
ATTTACCATGTAAGCAGACACCTCTCCAGATTTGTTTGGAATATAAACAAGTTTTGCTGT
TATGTAGGATCTACTCTTCCGGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A052JQ C 1
AF RR1B917TF U 370
AF RR1A052TF U 136
BS 1 135 RR1A052JQ
BS 136 371 RR1A052TF
BS 372 661 RR1B917TF
BS 662 684 RR1A052JQ

RD RR1A052JQ 684 0 0
GGCTCCTCAACACTTTCCGTGCAGCCGTCTTCGTCTTTGAGATAACAAGGGATTTTTTTT
AAAAGGCATTTGAAAGAGACAAAACATGTCTGGTGAAGAGGCTGCTGCTCCAGTTGTTGT
TCCTCCCGTTGCTGAGCCAGCGGTTATCCCAGAGGACATGGACTTGTTGACTGCATTGGA
GTTGACTCTCAGGAAATCTCGTGTTTATGGTGGTGTTGTTCGTGGTCTCCACGAAAGCGC
TAAGCTTATTGAGAAGCGTGTGGCTCAGCTTTGCGTCTTGGCTGAAGACTGTAACCAGCC
TGATTACGTCAAGCTTGTTAAGGCTCTTTGCGCTGATCACAACATCAACTTGCTTACTGT
TCCAAGTGCCAAGACCCTCGGCGAATGGGCTGGTCTCTGTAAGATTGACTCTGAGGGTAA
TGCTAGAAAGGTTGTTGGATGCTCCTGTCTTGTGGTCAAGGACTACGGCGAGGACACGAC
TGCTCTCAACATCGTCAAGAAGCACATCGAATCTAACTAAGTCTTAAGAAGAATTTGAAA
TCTCGATTTACAAATGTTTTCGTTCTCAAATTCTCAATGCTGTTTTCTACTGGTTTTGAT
ATTTACCATGTAAGCAGACACCTCTCCAGATTTGTTTGGAATATAAACAAGTTTTGCTGT
TATGTAGGATCTACTCTTCCGGTG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1B917TF 292 0 0
GG
AGACCCTCGGCGAATGGGCTGGTCTCTGTAAGATTGACTCTGAGGGTAATGCTAGAAAGG
TTGTTGGATGCTCCTGTCTTGTGGTCAAGGACTACGGCGAGGACACGACTGCTCTCAACA
TCGTCAAGAAGCACATCGAATCTAACTAAGTCTTAAGAAGAATTTGAAATCTCGATTTAC
AAATGTTTTCGTTCTCAAATTCTCAATGCTGTTTTCTACTGGTTTTGATATTTACCATGT
AAGCAGACACCTCTCCAGATTTGTTTGGAATATAAACAAGTTTTGCTGTT

QA 3 292 3 292
DS 

RD RR1A052TF 530 0 0
GCCAGCGGTTATCCCAGAGGACATGGACTTGTTGACTGCATTGGAGTTGACTCTCAGGAA
ATCTCGTGTTTATGGTGGTGTTGTTCGTGGTCTCCACGAAAGCGCTAAGCTTATTGAGAA
GCGTGTGGCTCAGCTTTGCGTCTTGGCTGAAGACTGTAACCAGCCTGATTACGTCAAGCT
TGTTAAGGCTCTCTGCGCTGATCACAACATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAGAC
CCTCGGCGAATGGGCTGGTCTCTGTAAGATTGACTCTGAGGGTAATGCTAGAAAGGTTGT
TGGATGCTCCTGTCTTGTGGTCAAGGACTACGGCGAGGACACGACTGCTCTCAACATCGT
CAAGAAGCACATCGAATCTAACTAAGTCTTAAGAAGAATTTGAAATCTCGATTTACAAAT
GTTTTCGTTCTCAAATTCTCAATGCTGTTTTCTACTGGTTTTGATATTTACCATGTAAGC
AGACACCTCTCCAGATTTGTTTGGAATATAAACAAGTTTTGCTGTT
ATGT

QA 1 526 1 526
DS 



AS 1 3

CO CL4328Contig1 818 3 7 U
GGCAGCTGCATTCGCGCAGCCTTAGCTCCCGTGAGTTTGGATCCAATCTTCCACGCGATG
TGATGCAGGGTGGTGGTGGTGACTCTGGTTCGCCGCTGAGTCCGTGGTCGAGTTGGGACC
AGAACCATGGAAACAAGGTGGACTGGTCTGTGCAATCAGATGAGTTAGGACGGTTGAGAA
AATCACATTCCTTGGCTAATAATAGTAACTCGAACAGGGAAGCAGATGTGACATGGGTTC
AGCAGCTGGTGAAAGAGACTGCATCACCTAGGAACAGCAGCAGCAACCTATCCATGAACA
TGAATGGTGGCGCAAGGCCATTGGTTCAAGGTGGTGGTTCGAGTGGGAACATTCACAGCG
ACGGTCGTGAGAGTGACATTCTTGATGCGTGGCTCGACCAGCTGCAGCTTGATCGCTAAC
TCAGTGAGAGAGAAAGAGAGAGAGGTTGAAGTATCTGTGAAGATGTGAAACTGATGATGA
TTTGTTTATTTTTATTGTTCAAGAAAAGCACAACGGAAAGTCACACAAAAAGGTCCTGGT
AAGTGCTTTTTTCGAATTACTAATAACACCAAAAGACTCAGTTTTTT*GTTTTCAGACTT
CTTTCTGAAATTCCATTACTTT*GTTGTTGTAATTTTTACCTCATTAAATTGATTATTAT
CTCCTGTTGTAGCAAAGGGGAAAGTGTTCCTCTTTGTCTCTTATTATTCTCGTTTTTTTT
TTAATTTGTATTCTCGTTTCTCAGTTGTTTCTAATAATATCTCAAGTCATATTGTCGATG
AACGATGTATGAGAAAATAATAACATATTGTTTCAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FW96TF U 1
AF RR1FW96JQ C 130
AF RR1C874TF U 143
BS 1 587 RR1FW96TF
BS 588 588 RR1C874TF
BS 589 622 RR1FW96TF
BS 623 623 RR1C874TF
BS 624 673 RR1FW96TF
BS 674 791 RR1C874TF
BS 792 818 RR1FW96JQ

RD RR1FW96TF 673 0 0
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AATCACATTCCTTGGCTAATAATAGTAACTCGAACAGGGAAGCAGATGTGACATGGGTTC
AGCAGCTGGTGAAAGAGACTGCATCACCTAGGAACAGCAGCAGCAACCTATCCATGAACA
TGAATGGTGGCGCAAGGCCATTGGTTCAAGGTGGTGGTTCGAGTGGGAACATTCACAGCG
ACGGTCGTGAGAGTGACATTCTTGATGCGTGGCTCGACCAGCTGCAGCTTGATCGCTAAC
TCAGTGAGAGAGAAAGAGAGAGAGGTTGAAGTATCTGTGAAGATGTGAAACTGATGATGA
TTTGTTTATTTTTATTGTTCAAGAAAAGCACAACGGAAAGTCACACAAAAAGGTCCTGGT
AAGTGCTTTTTTCGAATTACTAATAACACCAAAAGACTCAGTTTTTTTGTTTTCAGACTT
CTTTCTGAAATTCCATTACTTTTGTTGTTGTAATTTTTACCTCATTAAATTGATTATTAT
CTCCTGTTGTAGC

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DS 

RD RR1FW96JQ 689 0 0
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CCTTGGCTAATAATAGTAACTCGAACAGGGAAGCAGATGTGACATGGGTTCAGCAGCTGG
TGAAAGAGACTGCATCACCTAGGAACAGCAGCAGCAACCTATCCATGAACATGAATGGTG
GCGCAAGGCCATTGGTTCAAGGTGGTGGTTCGAGTGGGAACATTCACAGCGACGGTCGTG
AGAGTGACATTCTTGATGCGTGGCTCGACCAGCTGCAGCTTGATCGCTAACTCAGTGAGA
GAGAAAGAGAGAGAGGTTGAAGTATCTGTGAAGATGTGAAACTGATGATGATTTGTTTAT
TTTTATTGTTCAAGAAAAGCACAACGGAAAGTCACACAAAAAGGTCCTGGTAAGTGCTTT
TTTCGAATTACTAATAACACCAAAAGACTCAGTTTTTT*GTTTTCAGACTTCTTTCTGAA
ATTCCATTACTTT*GTTGTTGTAATTTTTACCTCATTAAATTGATTATTATCTCCTGTTG
TAGCAAAGGGGAAAGTGTTCCTCTTTGTCTCTTATTATTCTCGTTTTTTTTTTAATTTGT
ATTCTCGTTTCTCAGTTGTTTCTAATAATATCTCAAGTCATATTGTCGATGAACGATGTA
TGAGAAAATAATAACATATTGTTTCAGCT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1C874TF 649 0 0
GG
GGTCGGTGCAATCAGATGAGTTAGGGCGGTTGAGAAAATCACATTCCTTGGCTAATAATA
GTAACTCGAACAGGGAAGCAGATGTGACATGGGTTCAGCAGCTGGTGAAAGAGACTGCAT
CACCTAGGAACAGCAGCAGCAACCTATCCATGAACATGAATGGTGGCGCAAGGCCATTGG
TTCAAGGTGGTGGTTCGAGTGGGAACATTCACAGCGACGGTCGTGAGAGTGACATTCTTG
ATGCGTGGCTCGACCAGCTGCAGCTTGATCGCTAACTCAGTGAGAGAGAAAGAGAGAGAG
GTTGAAGTATCTGTGAAGATGTGAAACTGATGATGATTTGTTTATTTTTATTGTTCAAGA
AAAGCACAACGGAAAGTCACACAAAAAGGTCCTGGTAAGTGCTTTTTTCGAATTACTAAT
AACACCAAAAGGCTCAGTTTTTT*GTTTTCAGACTTCTTTCTGAAATTCCATTACTTT*G
TTGTTGTAATTTTTACCTCATTAAATTGATTATTATCTCCTGTTGTAGCAAAGGGGAAAG
TGTTCCTCTTTGTCTCTTATTATTCTCGTTTTTTTTTTAATTTGTATTCTCGTTTCTCAG
TTGTTTCTAATAATATCTCAAGTCATATTGTCGATGAACGATGTATG

QA 3 649 3 649
DS 



AS 1 3

CO CL4329Contig1 1143 3 4 U
GGATCCACAAACCAACGAACTCAAAACATCCAATCAAATCTAAAACACATATTCTCTCGA
AAAAATTCTTAGACATGGCTTACAATAGCAACAACAAGAACAACATTGTCGTTGTGTTCG
ACTTCGACAAGACAATCATCGACGTCGATAGCGACAATTGGGTGGTTGATGGACTTGGCT
TCACTGATATGTTCAATCAACTTCTCCCTACCATGCCTTGGAACACACTCATGGACCGTA
TGATGAAAGAGCTTCATGATCAAGGCAAAACCATTGAAGAGATCAAAGAAGTTCTAAAAA
CAATCCCTATCCATCCACGAGTCGTCCCTGCCATCAAATCTGCCCATGCTTTAGGGTGTG
AGCTTAGGATAGTAAGCGACGCCAACATGTTCTTCATCGAAACCATCGTTGAGCATCTCG
GGATTAGTGAATACTTCTCTGAGATCAACTCGAACCCAGGGTTCGTCGATGAGCATGACA
CGTTGAGAATTTCTCCTTACCATGATTTCACCAACTCATCTCATGGTTGCTCTCATCGCA
CGTGCCCTCCTAACATGTGCAAGGGATTGATCATTGAGAGGATTCAAGAATCACTAGCTA
AAGAAGGAAAGAAGAAGATGATCTACCTTGGAGATGGAGCTGGTGATTACTGTCCAACTT
TAAAACTAAAGTCTGAAGATTACGCGATGCCACGTAAGAATTTCCCGGTTTGGGATCTGA
TTAGTCAAAACCCGATGCTGGTTAAAGCAGCTATTAGAGAATGGACCGATGGTGAAAGCT
TGGAGAGGATCTTAATAGGAACCATCGAGGAGATTCTATTGGAGGAAGAGAACGAGAAGA
AGATGTTGACTAATGCGGAGAATAACTGCAAGATGCAGAACATCTCTGTCGGGATTAATG
TTCATCATGAGCCAATAATGCCCCGTGCTCTCCGAGTTTCTCAGTCCGGTTAATTAGATG
GTTTGATATAACGGAGGAAGAGTAATATTATCTGTGGTGACTCTTTTCCTCGTCATAGTA
TACCAAAATATTGGACTTTATCCTAAGTAAAGATAAGATGCAACGATGAAGTTGTATGAT
TGTGATTTTTGTTCTTTTAACAAGTACTTGTTTGGCTGATATATATATTTTCGATTTAAC
CGC


BQ
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10 10 10 

AF RR1D775TF U 2
AF RR1FE88TF U 1
AF RR1FE88JQ C 339
BS 1 278 RR1FE88TF
BS 279 279 RR1D775TF
BS 280 726 RR1FE88TF
BS 727 1143 RR1FE88JQ

RD RR1D775TF 558 0 0
GATCCACAAACCAACGAACTCAAAACATCCAATCAAATCTAAAACACATATTCTCTCGAA
AAAATTCTTAGACATGGCTTACAATAGCAACAACAAGAACAACATTGTCGTTGTGTTCGA
CTTCGACAAGACAATCATCGACGTCGATAGCGACAATTGGGTGGTTGATGGACTTGGCTT
CACTGATATGTTCAATCAACTTCTCCCTACCATGCCTTGGAACACACTCATGGACCGTAT
GATGAAAGAGCTTCATGATCAAGGCAAAACCATTGAAGAGATCAAAGAAGTTCTAAAAGC
AATCCCTATCCATCCACGAGTCGTCCCTGCCATCAAATCTGCCCATGCTTTAGGGTGTGA
GCTTAGGATAGTAAGCGACGCCAACATGTTCTTCATCGAAACCATCGTTGAGCATCTCGG
GATTAGTGAATACTTCTCTGAGATCAACTCGAACCCAGGGTTCGTCGATGAGCATGACAC
GTTGAGAATTTCTCCTTACCATGATTTCACCAACTCATCTCATGGTTGCTCTCATCGCAC
GTGCCCTCCTAACATGTG

QA 1 558 1 558
DS 

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GGATCCACAAACCAACGAACTCAAAACATCCAATCAAATCTAAAACACATATTCTCTCGA
AAAAATTCTTAGACATGGCTTACAATAGCAACAACAAGAACAACATTGTCGTTGTGTTCG
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AAGAAGGAAAGAAGAAGATGATCTACCTTGGAGATGGAGCTGGTGATTACTGTCCAACTT
TAAAACTAAAGTCTGAAGATTACGCGATGCCACGTAAGAATTTCCCGGTTTGGGATCTGA
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DS 

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AGGATTCAAGAATCACTAGCTAAAGAAGGAAAGAAGAAGATGATCTACCTTGGAGATGGA
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GAATGGACCGATGGTGAAAGCTTGGAGAGGATCTTAATAGGAACCATCGAGGAGATTCTA
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TCTCAGTCCGGTTAATTAGATGGTTTGATATAACGGAGGAAGAGTAATATTATCTGTGGT
GACTCTTTTCCTCGTCATAGTATACCAAAATATTGGACTTTATCCTAAGTAAAGATAAGA
TGCAACGATGAAGTTGTATGATTGTGATTTTTGTTCTTTTAACAAGTACTTGTTTGGCTG
ATATATATATTTTCGATTTAACCGC

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DS 



AS 0 0

AS 1 3

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CTCTGGGGATTATTATTTATATAAGATCCTCTAGAATTGAAAAAAAAAGGTTGGGTCTTT
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ATCGCAAGGCGTCCAAGAAAGCTCTAGAGCACAAGAAAGAAATCTCCAAGCGTCTCGGCC
GTCCTCTTATCCACACCAATCCATACGAGGATGTAATAGCATGCGATGTGATAAATCCAG
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GACCTCGGAAGGGTGTCTTGCTCTACGGTCCTCCTGGTACCGGGAAGACGATGCTTGCCA
AGGCTATTGCTAAAGAATCAGGAGCTGTTTTTATTAACGTCAAGGTTTCTAATCTCATGA
GCAAGCGGTTTGGTGATGCTCAGAAGCTTGTTGCTGCTGTGTTTAGCTTGGCGTACAAAC
TCCAGCCTGCTATCATTTTCATCGATGAGGTTGACAGCTTTCTTGGTCAGCGCCGTTCGA
CGGATCATGAAGCTATGGCGAATATGAAGACTGAGTTTATGGCTTTATGGGATGGATTCT
CCACTGATCCGAATGCGAGGGTTATGGTTCTTGCAGCAACTAACAGACCGTCAGAGCTTG
ATGAAGCGATACTGAGGCGTCTTCCTCAGGCGTTTGAGATTGGAATGCCTGATCGCAAGG
AGAGAGCAGAGATACTAAAAGTGACGCTGAAGGGAGAGAGGGTTGAGCCTGGTATTGACT
TTGATCGTGTAGCTCGTTTATGCGAAGGGTATACTGGATCAGACATCTTTGAGCTTTGCA
AGAAAGCAGCTTACTTCCCTATCAGAGAGGTCCTAGAAGAAGAGAGAAAGGGGAGACCTT
GTCCGGTCCCTAGGGCGTTATCACAGCTTGATCTGGAGAAAGTTCTAGCCACGTCAAAGA
AGACACAAGTTGCAGCGGGGGAGTACTCTGGACTGAGAGTGTCAAGGGAACCAGATGAGG
TGGAAGCAGCGTTAAGTGGAATCTCGAAGCTACTAGTCTCTCAGTTCATTAACCTTCAGT
CAGATTCTCAGGGTTCATGGCAGCGCGACCCTGAAGAAGAAGAAGACTCCTGAATGAAAT
TCCAGATCAACTTTTATTACAAAACGTTCTGGTTTTCAAAAGGGGAAAGTTTTAGAGCTT
TCAAACAATTTCACTCTGTTATGTAATAGTGTCTTTTATAGAATGCTTCTAATTTGGTTT
TGGCTGCTGTTTACCAAAGAGGCTTTGATCTTATTACTGAATTTATCTTGTTCATAATTT
GATCATGTAAGTGTCAAATCTTTCTTCACTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX86TF U 1
AF RR1CG94TF U 568
AF RR1GX86JQ C 1115
BS 1 689 RR1GX86TF
BS 690 690 RR1CG94TF
BS 691 741 RR1GX86TF
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BS 1291 1532 RR1GX86JQ

RD RR1GX86TF 767 0 0
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CTCTGGGGATTATTATTTATATAAGATCCTCTAGAATTGAAAAAAAAAGGTTGGGTCTTT
GAATGAGACAAATGGGTGGTTCTTCAGAGACGAAGATCTTGCAAGAACTCATACTCTACG
CAGCAAGCGCTGCTCTCAGCTGCTTGGTTCTGTTCGCCGGGCTCAAACACCTCGACCCTA
ATCGCAAGGCGTCCAAGAAAGCTCTAGAGCACAAGAAAGAAATCTCCAAGCGTCTCGGCC
GTCCTCTTATCCACACCAATCCATACGAGGATGTAATAGCATGCGATGTGATAAATCCAG
ACCACATCGATGTGGAGTTCGGTTCTATCGGAGGATTGGAGACGATCAAGCAGTCATTGT
ACGAGCTTGTGATCTTACCCTTGAAAAGACCTGAGCTTTTTGCTTACGGGAAGCTGCTTG
GACCTCGGAAGGGTGTCTTGCTCTACGGTCCTCCTGGTACCGGGAAGACGATGCTTGCCA
AGGCTATTGCTAAAGAATCAGGAGCTGTTTTTATTAACGTCAAGGTTTCTAATCTCATGA
GCAAGCGGTTTGGTGATGCTCAGAAGCTTGTTGCTGCTGTGTTTAGCTTGGCGTACAAAC
TCCAGCCTGCTATCATTTTCATCGATGAG*TTGACAGCTTTCTTGGTCAGCGCCGTTCGA
CGGATCATGAAGCTATGGCGA*TATGAAGACTGAGTTTATGGCTTTA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1CG94TF 723 0 0
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TTGTTGCTGCTGTGTTTAGCTTGGCGTACAAACTCCAGCCTGCTATCATTTTCATCGATG
AGGTTGACAGCTTTCTTGGTCAGCGCCGTTCGACGGATCATGAAGCTATGGCGAATATGA
AGACTGAGTTTATGGCTTTATGGGATGGATTCTCCACTGATCCGAATGCGAGGGTTATGG
TTCTTGCAGCAACTAACAGACCGTCAGAGCTTGATGAAGCGATACTGAGGCGTCTTCCTC
AGGCGTTTGAGATTGGAATGCCTGATCGCAAGGAGAGAGCAGAGATACTAAAAGTGACGC
TGAAGGGAGAGAGGGTTGAGCCTGGTATTGACTTTGATCGTGTAGCTCGTTTATGCGAAG
GGTATACTGGATCAGACATCTTTGAGCTTTGCAAGAAAGCAGCTTACTTCCCTATCAGAG
AGGTCCTAGAAGAAGAGAGAAAGGGGAGACCTTGTCCGGTCCCTAGGGCGTTATCACAGC
TTGATCTGGAGAAAGTTCTAGCCACGTCAAAGACGACACAAGTTGCAGCGGGGGAGTACT
CTGGACTGAGAGTGTCAAGGGAACCAGATGAG*TGGAAGCAGCGTTAAGTGGAATCTCGA
AGCTACTAGTCTCTCAGTTCATTAACCTTCAGTCAGATTCTCAGG*TTCATGGCAGCGCG
ACC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1GX86JQ 418 0 0
GGGA
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GTGTCAAGGGAACCAGATGAGGTGGAAGCAGCGTTAAGTGGAATCTCGAAGCTACTAGTC
TCTCAGTTCATTAACCTTCAGTCAGATTCTCAGGGTTCATGGCAGCGCGACCCTGAAGAA
GAAGAAGACTCCTGAATGAAATTCCAGATCAACTTTTATTACAAAACGTTCTGGTTTTCA
AAAGGGGAAAGTTTTAGAGCTTTCAAACAATTTCACTCTGTTATGTAATAGTGTCTTTTA
TAGAATGCTTCTAATTTGGTTTTGGCTGCTGTTTACCAAAGAGGCTTTGATCTTATTACT
GAATTTATCTTGTTCATAATTTGATCATGTAAGTGTCAAATCTTTCTTCACTAC

QA 5 418 5 418
DS 



AS 1 3

CO CL4332Contig1 877 3 11 U
GGGTTCTCCGCCACACTAATCTCTCAGGAAGAGGAGCGAGCAGCCAAAAAAAAAAAAAGG
AGGAAATGGTAGCGCTGAAGCAACAGAAACGGCTCGCCGCATCGGTGATGAAGTGCGGGA
AGGGCAAAGTTTGGCTCGATCCAAATGAAACCGCCGATATCTCCATGGCTAACTCCCGCC
AAAACATCAGGAAGTTGGTGAATGATGGTTTCATTATCAAGAAGCCAACCAAGATCCACT
CTCGCTCCCGGGCCCGCCGCATGAAGATTGCCAAGATGAAGGGTCGTCACTCTGGATATG
GTAAGAGGAAGGGTACGCGTGAGGCTAGGTTGCCAACAAAGGTACTGTGGATGCGTAGGA
TGCGTGTGCTAAGGCGTCTCCTGAAGAAGTACAGAGAGTCGAAGAAGATTGACAAGCACA
TGTACCACGACATGTACATGCGTGTCAAGGGTAACGTGTTCAAGAACAAGCGTGTCTTGA
TGGAGAGCATCCACAAGTCCAAGGCCGAGAAAGCCAGAGAGGAGACTTTGTCTGATCAGT
TTGAGGCTAAGAGGGCTAAGAACAAGGCTAGCCGTGAAAGGAAACATGCTAGGAGAGAAG
AGCGTCTCGCTAAGGGTCCTGGTGGAGATGTCGAGCCTGCGACTGCACCACCAGCTGCTG
CTGCTGCTACTACTGCTCAAACCGCAGATGTACCGAAGAAGAAGTCTAAGAAGTGAAGAG
GATAGTCATCAAGCCTCAGTTCATTTACTTGACTTGAAGAAGTTTTTTGAATGTTTTATG
AAGTTGCTTTTGTTGAAATACTTTCTTGGCTCAGAAAAACATAATTGTTATGCTTTTAAA
GATTTTTTAGCTTATCAGTTTACTTTCTTTTCGAGAC


BQ
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AF RR1DV77TF U 1
AF RR1DT41TF U 8
AF RR1DV77JQ C 381
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BS 698 877 RR1DV77JQ

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QA 1 528 1 528
DS 

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GG
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TTTGGCTCGATCCAAATGAAACCGCCGATATCTCCATGGCTAACTCCCGCCAAAACATCA
GGAAGTTGGTGAATGATGGTTTCATTATCAAGAAGCCAACCAAGATCCACTCTCGCTCCC
GGGCCCGCCGCATGAAGATTGCCAAGATGAAGGGTCGTCACTCTGGATATGGTAAGAGGA
AGGGTACGCGTGAGGCTAGGTTGCCAACAAAGGTACTGTGGATGCGTAGGATGCGTGTGC
TAAGGCGTCTCCTGAAGAAGTACAGAGAGTCGAAGAAGATTGACAAGCACATGTACCACG
ACATGTACATGCGTGTCAAGGGTAACGTGTTCAAGAACAAGCGTGTCTTGATGGAGAGCA
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AGAGGGCTAAGAACAAGGCTAGCCGTGAAAGGAAACATGCTAGGAGAGAAGAGCGTCTCG
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CTACTGCTCAA*CCGCAGATGTACCGAA

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DS 

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AACAAGGCTAGCCGTGAAAGGAAACATGCTAGGAGAGAAGAGCGTCTCGCTAAGGGTCCT
GGTGGAGATGTCGAGCCTGCGACTGCACCACCAGCTGCTGCTGCTGCTACTACTGCTCAA
ACCGCAGATGTACCGAAGAAGAAGTCTAAGAAGTGAAGAGGATAGTCATCAAGCCTCAGT
TCATTTACTTGACTTGAAGAAGTTTTTTGAATGTTTTATGAAGTTGCTTTTGTTGAAATA
CTTTCTTGGCTCAGAAAAACATAATTGTTATGCTTTTAAAGATTTTTTAGCTTATCAGTT
TACTTTCTTTTCGAGAC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 3

CO CL4333Contig1 1263 3 2 U
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GAAAGAATGCTGTCTTCCATGGCGGTTCCGATTAATGGGTTTTCTTTAAACCTTCAGAAA
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AATAGATTCGTAATTCCAGCAAACGCACCTGGATGGGTTTACTTTTGGTTGCTAATGGCG
GCTGGATTCGGGCTTTTTATCAGCGAAGAGGCGCTAAATATTTGGGTTGGAATAACATTG
GCTCGAATGTTAACTCTGGATGGGACGTGGCAATCTTTTGCTGAGTCTTTCTCTCGGAAT
GCTCCTTATATAATGTCTACTGTGTCTTGGGTTTACTGGGGAGTTTGTATAAGCGATATG
ATACCGTTTTACCTAGGGAAGCTCTTCAGAGAAAGTGGAGCATCAGATGATGTTTGTTCA
AAGCTGGGTATAGGTAAAGAGAAAGCGATGGGCATTACCCAGGCCGTCCAAAAATATGGA
AACCTGTCAGGTTTTGTGGAAAGATTTTCGCTGGGAGTGAGGAATCCTACAGCATTCTTT
GCCGGAGCACTTGGAATATCTCCAGAATGTTTCTTTGCAGGAGTTTGCTGCGGCGGTTTG
ATTACTCTTCCAATTCAGCTTGTGATTGGGTTTCTTCTTCGAGAACGCCCTATGTTTGCT
ATTGCAACAGTAGCAACTGTAGTGGGAATATGGACAATCTTCCCCTATATGGTGGCTGCA
GCCACGGCTTTGTACCTCTATATTCGCAGTCGCTACTCACCTAAGATTTAGCTGTCCACG
CTACTTAAATAAAGTATTGATAGATTCATAGACAGAAAGGTGTAAGATATACACTACTCA
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CCT


BQ
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10 10 10 

AF RR1E926TF U 32
AF RR1FS04TF U 1
AF RR1E926JQ C 478
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GG
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AATGGGTTTTCTTTAAACCTTCAGAAACCAAACCTTATCGCTGTCTTGAGGAGCAGAGTT
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TACTGGGGAG

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ATTACAGCAATATGTGTAACCTTGAAAGGCTCTGCAGCTAGTGGTGGTGCACCTTTTGAG
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GCTGGATTCGGGCTTTTTATCAGCGAAGAGGCGCTAAATATTTGGGTTGGAATAACATTG
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ATACCGTTTTACCTAGGGAAGCTCTTCAGAGA

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DS 

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GCTATTGCAACAGTAGCAACTGTAGTGGGAATATGGACAATCTTCCCCTATATGGTGGCT
GCAGCCACGGCTTTGTACCTCTATATTCGCAGTCGCTACTCACCTAAGATTTAGCTGTCC
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TCAGCAACCCCAAACAAATAAGGTTGTATACGTATAACAAGTTTCACTTAAAACTAATTT
GTTCCT

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 3

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ATCTCTGCTTCTTCTAAGCGGGAGAAGCTCATTATCGATACAGACCCAGGAATCGATGAT
AGCATGGCGATAATGATGGCGTTTCAAACACCAGAGCTGGAGATATTAGGACTCACCACC
GTCTTTGGTAATGTTTCCACACAAGATGCTACTCGCAACGCCTTACTCCTGTGTGAGATT
GCTGGCTTCCCTGATCTTCCTGTGGCTGAAGGAAGCTCCGAACCCTTAAAGGGTGGGATC
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CCTAGTGGAAACAAATGTGACAAAAGTGCAGCTGAGTTTCTAGTGGAGAAAGTCTCTGAG
CATCCTGGTGAAGTCACCATTCTCGCCCTCGGACCTCTAACCAACCCTGCAATTGCCATC
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GCTGATGTTGTGTTCACTTGTGGTGCTGATATCACTGTTGTTGGGATTAACATCACTACC
CAACTTCAACTAACTGATGAAGACCTCTTAGCCCTGCGTGACTCCAAGGGGAAACACGCC
AAGTTATTAAGTGACATGTGCAAGTTCTACAGAGATTGGCACGTCAAATCTGATGGTGTT
TACGGAGTTTACCTCCATGACCCGGTCAGCTTTGTGGCTGTAGTACGGCCTGATCTGTTC
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GTTCTAACTCAGATTCTCAACTCAAGATCTGTATTTAAACTGTATAAATGCTAGAATTTG
ATTTTAAAAAAAAATAATGAATCAAAATTATCTCCCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EM84TF U 1
AF RR1AH79TF U 1
AF RR1AH79JQ C 417
BS 1 17 RR1AH79TF
BS 18 18 RR1EM84TF
BS 19 77 RR1AH79TF
BS 78 78 RR1EM84TF
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BS 201 236 RR1AH79TF
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BS 382 840 RR1AH79TF
BS 841 1237 RR1AH79JQ

RD RR1EM84TF 708 0 0
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GCTGATGTTGTGTTCACTTGTGGTGCTGATATCACTGTTGTTGGGATT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1AH79TF 840 0 0
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GTCTTTGGTAATGTTTCCACACAAGATGCTACTCGCAACGCCTTACTCCTGTGTGAGATT
GCTGGCTTCCCTGATCTTCCTGTGGCTGAAGGAAGCTCCGAACCCTTAAAGGGTGGGATC
CCACGTGTTGCTGATTTTGTTCACGGTAAAAATGGACTAGGAGATGTCTCTGTTCCTCTT
CCTAGTGGAAACAAATGTGACAAAAGTGCAGCTGAGTTTCTAGTGGAGAAAGTCTCTGAG
CATCCTGGTGAAGTCACCATTCTCGCCCTCGGACCTCTAACCAACCCTGCAATTGCCATC
AAACGAGATAGTTCATTTGCTAGTAAGGTGAAGAAGATTGTTATACTTGGTGGAGCTTTC
TTTGCTTTGGGGAATGTCAATCCTGCAGCTGAAGCCAATATATATGGTGACCCGGAAGCA
GCTGATGTTGTGTTCACTTGTGGTGCTGATATCACTGTTGTTGGGATTAACATCACTACC
CAACTTCAACTAACTGATGAAGACCTCTTAGCCCTGCGTGACTCCAAGGGGAAACACGCC
AAGTTATTAAGTGACATGTGCAAGTTCTACAGAGATTGGCACGTCAAATCTGATGGTGTT

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR1AH79JQ 821 0 0
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TGAGCATCCTGGTGAAGTCACCATTCTCGCCCTCGGACCTCTAACCAACCCTGCAATTGC
CATCAAACGAGATAGTTCATTTGCTAGTAAGGTGAAGAAGATTGTTATACTTGGTGGAGC
TTTCTTTGCTTTGGGGAATGTCAATCCTGCAGCTGAAGCCAATATATATGGTGACCCGGA
AGCAGCTGATGTTGTGTTCACTTGTGGTGCTGATATCACTGTTGTTGGGATTAACATCAC
TACCCAACTTCAACTAACTGATGAAGACCTCTTAGCCCTGCGTGACTCCAAGGGGAAACA
CGCCAAGTTATTAAGTGACATGTGCAAGTTCTACAGAGATTGGCACGTCAAATCTGATGG
TGTTTACGGAGTTTACCTCCATGACCCGGTCAGCTTTGTGGCTGTAGTACGGCCTGATCT
GTTCACATATAAGAAAGGCGTTGTTCGGGTGGAAACACAAGGAATATGTGTTGGCCACAC
TCTCATGGATCAAGGCCTCAAGAGATGGAATGGGAGCAATCCATGGGTGGGATATTCACC
AGTATCAGTGGCGTGGACGGTAGATGTGGATGGAGTTTTGGAATATATCAAAGGGATGCT
GATGAAGCCATAAAATATGTGAATGATTCATTGTAAATGGCGTCATCACATTCATCTTAT
TCTGGTTCTAACTCAGATTCTCAACTCAAGATCTGTATTTAAACTGTATAAATGCTAGAA
TTTGATTTTAAAAAAAAATAATGAATCAAAATTATCTCCCG

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 3

CO CL4335Contig1 584 3 11 U
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AGCACAAGGCATTTAACCATCTCAAGCGACTTGCCAATGGAGGTAGGTAGATGACCAAGA
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GTGTTTAAAGAGTTCCTTATGTAACAAGATGTGTTTAAAGAGTTGG*AGGGTGGTCCTTG
G*ATTTGTAATAACACAAAGTGTAACTTTGAACACAAATATTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1A053TF U 1
AF RR1AW75JQ C 35
AF RR1AW75TF U 35
BS 1 106 RR1A053TF
BS 107 107 RR1AW75TF
BS 108 274 RR1A053TF
BS 275 275 RR1AW75TF
BS 276 360 RR1A053TF
BS 361 361 RR1AW75TF
BS 362 526 RR1A053TF
BS 527 527 RR1AW75TF
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BS 542 542 RR1AW75TF
BS 543 584 RR1A053TF

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GGATTTGTAATAACACAAAGTGTAACTTTGAACACAAATATTGT

QA 1 584 1 584
DS 

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G
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ATGGACTATGATTCTATAGGCCAAGCTATGGATGGTATTTGCGGCTTGTACGAAAGGAAG
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QA 2 550 2 550
DS 

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G
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AACGGTAGGCACACCATAATCTTGTTGCAAAACTCACCAAGCAGAGCTACGAGGACGTTT
ATGGACTATGATTCTATAGGCCAAGCTATGGATGGTATTTGCGGCTTGTACGAAAGGAAG
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TTTATGGATGGTTTTACTGACATGAGCGCTTTGGTGTATGAACACTCTATGAATGCTTAT
CTGCCATATGACAGGCAGTGGATTAAGCACAAGGCATTTAACCATCTCAAGCGACTTGCC
AATGGAGGTAGGTAGATGACCAAGATATAAGAAAAACTTAAAGAGGCCTACCCATTATAT
CATATAATTCCTTATGTAACAAGATGTGTTTAAAGAGTTCCTTATGTAACAAGATGTGTT
TAAAGAGTTGG*AGGGTGGTCCTTGG*ATTTGTAATAACACAAAGTGTAACTTTGAACAC
AAATATTGT

QA 2 550 2 550
DS 



AS 1 3

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AAAGCACAATTAACATT


BQ
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB38TF U 1
AF RR1GL68TF U 1
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RD RR1GB38TF 715 0 0
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GCCGTTCTGCCTAGTACTCTGTTTGGTTCTATGCCTGAGATTCCAAACGCGGTTTTGACC
AAAACGTTTAG*ACTGATGATGTAACTGTGAACAATCTCAAGTCCAAGTTTGCTGTTTGA
ATTTTTATTTATTTTATGTTTTCTACTAATATGATATTTCTCAATTCTATTT
ATG

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CCAGCCAACGTCCTGACCTTTCCGGGTCTAAACACTTTAGGACTCTCGATGAACAACGTC
GAGTTCGCTCCAGGCGGTGTGAACCCTCCTCACTCGCACCCTCGTGCAACCGAAGCAGGA
GTTGTGATCGAAGGCTCTGTTTTCGTCGGTTTCTTGACCACGAACAACACTTTGTTCTCG
AAGGTTATACATGCCGGAGAAATGTTTGTTGTCCCTAGAGGGTTGGTTCATTTCCAGTGG
AACGTTGGTAAAGGGAAAGCATGTTTGGTAACTTCCTTTAACAGCCAGCTTCCAGGATCG
GCTGTTCTGCCTAGTACTCTGTTTGGTTCTATGCCTGAGATTCCAAACGCGGTTTTGACC
AAAACGTTTAGGACTGATGATGTAACTGTGAACAATCTCAAGTCCAAGTTTGCTGTTTGA
ATTTTTATTTATTTTATGTTTTCTACTAATATGATATTTCTCAATTCTATTTTATTGCAG
TAATGATGTACATTTA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1GB38JQ 752 0 0
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ATGACCAAAAGTTATAAAGCACAATTAACATT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

CO CL4337Contig1 805 3 5 U
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TTGCTTGAGTCTGGCCGTTTTATCAGAAATTCAATTCCTGATACGTGGATGAAATCATAC
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GTCGTAAACCACGTCAAGAGTTAAAGGTTTCCGAGCTGGGATGACATTCATAACCCACAC
AGACTCAGATGCAAGGGTTGCAGCAAATCCTCCAAAGAATGCGTTCATGTCCATGATATT
GCGGACAGCTGGAGATTTCAGCTCCAAGCTCAGGGAATCCCTGTAATAAGCAACTCGTCT
TGCCCACCTCCTTGCATCTGCTTCAAACACATCGAACCCGTTTTTCATGGCAATGGCTCT
GGAAGGAACTTTAGTAAGCCTTTCCGGCCACTTGGGAATAGTTCCCAAAGCATTATCTCC
TTTGACGGATGATGGTCTAGTAACACACCTCTTTAACTTATAATACCATGCATCACTTGG
TGGCTCAGACTCATCACACAACTCAAGGCCGAACTCGTTTTGGCTGGGGAGACATGAATC
TCCAATAGGCTTCTTCCAGATGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DL96JQ U 1
AF RR1BD10JQ U 108
AF RR1BD10TF C 231
BS 1 321 RR1DL96JQ
BS 322 322 RR1BD10JQ
BS 323 643 RR1DL96JQ
BS 644 693 RR1BD10JQ
BS 694 805 RR1BD10TF

RD RR1DL96JQ 643 0 0
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ATCTTCTCTCTTCCATGGGATTCAGGTTCTTTGTCATGTATTGAAGAAGACCATCTTACA
GCATGAGCCATTCTTGCTACTTTGTCTAGCACCTCTGGAGAGTCTCGAATCAAAACCTTT
CCTTCTGGACGCAATATTCTGTCCATCTCTACCATCAGATCTACTAGGCTACACCTCGAT
TTGCTTGAGTCTGGCCGTTTTATCAGAAATTCAATTCCTGATACGTGGATGAAATCATAC
GTACGAGGATATGTTGAAAAAAGGCTCACACCAATCATGGTAAACACCGATGAAACCTCT
GTCGTAAACCACGTCAAGAGTTAAAGGTTTCCGAGCTGGGATGACATTCATAACCCACAC
AGACTCAGATGCAAGGGTTGCAGCAAATCCTCCAAAGAATGCGTTCATGTCCATGATATT
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TGCCCACCTCCTTGCATCTGCTTCAAACACATCGAACCCGTTTTTCATGGCAATGGCTCT
GGAAGGAACTTTAGTAAGCCTTTCCGGCCACTTGGGAATAGTT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1BD10JQ 586 0 0
AA
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TCAAAACCTTTCCTTCTGGACGCAATATTCTGTCCATCTCTACCATCAGATCTACTAGGC
TACACCTCGATTTGCTTGAGTCTGGCCGTTTTATCAGAAATTCAATTCCTGATACGTGGA
TGAAATCATACGTACGAGGATATGTTGAAAAA*GGCTCACACCAATCATGGTAAACACCG
ATGAAACCTCTGTCGTAAACCACGTCAAGAGTTAAAGGTTTCCGAGCTGGGATGACATTC
ATAACCCACACAGACTCAGATGCAAGGGTTGCAGCAAATCCTCCAAAGAATGCGTTCATG
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GCAATGGCTCTGGAAGGAACTTTAGTAAGCCTTTCCGGCCACTTGGGAATAGTTCCCAAA
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QA 3 586 3 586
DS 

RD RR1BD10TF 575 0 0
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GAAATCATACGTACGAGGATATGTTGAAAAA*GGCTCACACCAATCATGGTAAACACCGA
TGAGACCTCTGTCGTAAACCACGTCAAGAGTTAAAGGTTTCCGAGCTGGGATGACATTCA
TAACCCACACAGACTCAGATGCAAGGGTTGCAGCAAATCCTCCAAAGAATGCGTTCATGT
CCATGATATTGCGGACAGCTGGAGATTTCAGCTCCAAGCTCAGGGAATCCCTGTAATAAG
CAACTCGTCTTGCCCACCTCCTTGCATCTGCTTCAAACACATCGAACCCGTTTTTCATGG
CAATGGCTCTGGAAGGAACTTTAGTAAGCCTTTCCGGCCACTTGGGAATAGTTCCCAAAG
CATTATCTCCTTTGACGGATGATGGTCTAGTAACACACCTCTTTAACTTATAATACCATG
CATCACTTGGTGGCTCAGACTCATCACACAACTCAAGGCCGAACTCGTTTTGGCTGGGGA
GACATGAATCTCCAATAGGCTTCTTCCAGATGACC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 3

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TGAGGGGCGCAGGAACCGTTCTGGTGATGATGAGGAAGGGAGCTATGGCCGCAAGAAATA
TGGTGGCAATAACTCTGATGATGATGATGAGGAGAAGAAACAGCATCGTTACAAGCATCA
CCACCACCAGAGGCGTCGTGATGAAGACGATGACTAAAACACTCTCCCATGATGGAGAGT
CTTGTTCTGCTTAGCTTTATCTTACTAAATAAAAAAAGCTAAGGCATTTATCTTTGGATG
TTGCTGTTGTGTTTGTTTGATTCTCTTTAGATACAGCTGAGTCTGTGTCTGACTTTGTTT
CTGGTTTATAATAAGACCTTGAACTGGTATCGGGTCATCATCATCATGTAAACTGTTGCT
ACTCTGTGTTTCGTTTTTATGTTATGGAACTTTCCGCTTTTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1B609TF U 1
AF RR1B609JQ C 1
AF RR1D604TF U 235
BS 1 216 RR1B609TF
BS 217 235 RR1B609JQ
BS 236 388 RR1D604TF
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BS 390 640 RR1D604TF
BS 641 643 RR1B609JQ

RD RR1B609TF 216 0 0
GGAGCGTAAGCCTAGCTATGGGAGGTCTGAGGAGGAAGATGGAGGAGGTTACAGGAAGCC
TAGCTATGGGAGATCTGAGGATCAGGTTGAGAGCTACATAAAGCCCAGCAGCTACGGAAG
ATCTGAGGAAGAGGAAGAGGGAGGCTATAGGAAGCCTAGCTATGGAAGATCTGAGGAACA
GGAGGAAGGGAGTTACAGGAAGCCTAGCCATGGCCG

QA 1 216 1 216
DS 

RD RR1B609JQ 643 0 0
GGAGCGTAAGCCTAGCTATGGGAGGTCTGAGGAGGAAGATGGAGGAGGTTACAGGAAGCC
TAGCTATGGGAGATCTGAGGATCAGGTTGAGAGCTACATAAAGCCCAGCAGCTACGGAAG
ATCTGAGGAAGAGGAAGAGGGAGGCTATAGGAAGCCTAGCTATGGAAGATCTGAGGAACA
GGAGGAAGGGAGTTACAGGAAGCCTAGCCATGGCCGTCGCAATGATGATGATGATGATGA
TGAGGGGCGCAGGAACCGTTCTGGTGATGATGAGGAAGGGAGCTATGGCCGCAAGAAATA
TGGTGGCAATAACTCTGATGATGATGATGAGGAGAAGAAACAGCATCGTTACAAGCATCA
CCACCACCAGAGGCGTCGTGATGAAGACGATGACTAAAACACTCTCCCATGATGGAGAGT
CTTGTTCTGCTTAGCTTTATCTTACTAAATAAAAAAAGCTAAGGCATTTATCTTTGGATG
TTGCTGTTGTGTTTGTTTGATTCTCTTTAGATACAGCTGAGTCTGTGTCTGACTTTGTTT
CTGGTTTATAATAAGACCTTGAACTGGTATCGGGTCATCATCATCATGTAAACTGTTGCT
ACTCTGTGTTTCGTTTTTATGTTATGGAACTTTCCGCTTTTAC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1D604TF 406 0 0
G
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AAATATGGTGGCAATAACTCTGATGATGATGATGAGGAGAAGAAACAGCATCGTTACAAG
CATCACCACCACCAGAGGCGTCGTGATGAAGACTATGACTAAAACACTCTCCCATGATGG
AGAGTCTTGTTCTGCTTAGCTTTATCTTACTAAATAAAAAAAGCTAAGGCATTTATCTTT
GGATGTTGCTGTTGTGTTTGTTTGATTCTCTTTAGATACAGCTGAGTCTGTGTCTGACTT
TGTTTCTGGTTTATAATAAGACCTTGAACTGGTATCGGGTCATCATCATCATGTAAACTG
TTGCTACTCTGTGTTTCGTTTTTATGTTATGGAACTTTCCGCTTT

QA 2 406 2 406
DS 



AS 1 3

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GGAAGGAAAGGGAATGGAGGAAATGGAAAAATTGACGGAGGAGGTGGAGGAGGAGGAGGA
GGTGGTGGTGGATTTAAACCTGGAAATATAGGCGGCAGCGGAGGAAATGGGTTTGGAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B588TF C 16
AF RR1CV46JQ U 11
AF RR1A577JQ U 1
BS 1 300 RR1A577JQ

RD RR1B588TF 191 0 0
ATTCCTTACCCTTGTATAAACACATAAATGCCATATACAACATAGTGCATTGCTCAAATA
AAAAGCTTGGTTTTATATATATGAATGATAGTCTTGTCCGCTTAAGTAGGTTGTTTGTTT
GCTGAAGAAGATAAAACAGGAGGAGGGCCAGGGTTGCGTGGTGGTGGAAGGAAAGGGAAT
GGAGGAAATGG

QA 1 191 1 191
DS 

RD RR1CV46JQ 201 0 0
TCTTT
ATTCCTTACCCTTGTATAAACACATAAATGCCATATACAACATAGTGCATTGCTCAAATA
AAAAGCTTGGTTTTATATATATGAATGATAGTCTTGTCCGCTTAAGTAGGTTGTTTGTTT
GCTGAAAAAAATAAAACAGGAGGAGGGCCAGGGTTGAGTGGTGGTGGAAGGAAAGGGAAT
GGAGGAAATGG
AAAAA

QA 6 196 6 196
DS 

RD RR1A577JQ 300 0 0
AAAAAATATATCTTTATTCCTTACCCTTGTATAAACACATAAATGCCATATACAACATAG
TGCATTGCTCAAATAAAAAGCTTGGTTTTATATATATGAATGATAGTCTTGTCCGCTTAA
GTAGGTTGTTTGTTTGCTGAAAAAAATAAAACAGGAGGAGGGCCAGGGTTGCGTGGTGGT
GGAAGGAAAGGGAATGGAGGAAATGGAAAAATTGACGGAGGAGGTGGAGGAGGAGGAGGA
GGTGGTGGTGGATTTAAACCTGGAAATATAGGCGGCAGCGGAGGAAATGGGTTTGGAGGG

QA 1 300 1 300
DS 



AS 1 3

CO CL4340Contig1 653 3 3 U
AATGAAACTAAAATATTTTATTAATCCAGTTAATAACACAATGTTTCAAAAAAAAA*CGA
AGCTCAAGAACTTACACATTCATACATCAAAGATAACACTCTAGCAAAACGCTTCCACCT
AGTTGCTTAAACTGCAAATCTTCCACAGCCTTTGACTCTAACCAGTTCATCGATAACGCT
ACCTGTCTCTCGTCATTTTTGACGCACCATTCAGGCAAAACCTCAACCACTATCTTCTGC
AACAGCTTCTGCTCAAATCCATCCTTAAGAAGCACTTCAAGGTCTTTGATATCTCCCCTC
AAATCCAACAACACACTGCATAGTCCACGGCGATAGCAGTAATCCAAGATGGACTCCAAA
TTTATATTTTCTAATACAACTGTTTCAACCCCGCTACAGCTGGTTCCGGATCCTGCAACC
ATGTCCTCTTTGGTGAACACTACAACTTTCGGACCAGATTCTTCCACCATGTTGGAAGAA
GCAAGTATAGGAGATTGTTGTGCATTACTACTAGCTACTATGATTTGAATAGGCTGGATC
GAAACATTAGGTTCTTCTTGTGAAGAAATGCTCGAGAGTTTATCAAATAACGAGGAAGAG
AGTATTATCCCATCATATTCTTGCAATAGCTTTGAGTAGTATCCACCACTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1DG13JQ U 1
AF RR1B105JQ U 13
AF RR1EY12JQ U 13
BS 1 544 RR1DG13JQ
BS 545 652 RR1B105JQ
BS 653 653 RR1EY12JQ

RD RR1DG13JQ 544 0 0
AATGAAACTAAAATATTTTATTAATCCAGTTAATAACACAATGTTTCAAAAAAAAA*CGA
AGCTCAAGAACTTACACATTCATACATCAAAGATAACACTCTAGCAAAACGCTTCCACCT
AGTTGCTTAAACTGCAAATCTTCCACAGCCTTTGACTCTAACCAGTTCATCGATAACGCT
ACCTGTCTCTCGTCATTTTTGACGCACCATTCAGGCAAAACCTCAACCACTATCTTCTGC
AACAGCTTCTGCTCAAATCCATCCTTAAGAAGCACTTCAAGGTCTTTGATATCTCCCCTC
AAATCCAACAACACACTGCATAGTCCACGGCGATAGCAGTAATCCAAGATGGACTCCAAA
TTTATATTTTCTAATACAACTGTTTCAACCCCGCTACAGCTGGTTCCGGATCCTGCAACC
ATGTCCTCTTTGGTGAACACTACAACTTTCGGACCAGATTCTTCCACCATGTTGGAAGAA
GCAAGTATAGGAGATTGTTGTGCATTACTACTAGCTACTATGATTTGAATAGGCTGGATC
GAAA

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1B105JQ 640 0 0
ATATTTTATTAATCCAGTTAATAACACAATGTTTCAAAAAAAAA*CGAAGCTCAAGAACT
TACACATTCATACATCAAAGATAACACTCTAGCAAAACGCTTCCACCTAGTTGCTTAAAC
TGCAAATCTTCCACAGCCTTTGACTCTAACCAGTTCATCGATAACGCTACCTGTCTCTCG
TCATTTTTGACGCACCATTCAGGCAAAACCTCAACCACTATCTTCTGCAACAGCTTCTGC
TCAAATCCATCCTTAAAAAGCACTTCAAGGTCTTTGATATCTCCCCTCAAATCCAACAAC
ACACTGCATAGTCCACGGCGATAGCAGTAATCCAAGATGGACTCCAAATTTATATTTTCT
AATACAACTGTTTCAACCCCGCTACAGCTGGTTCCGGATCCTGCAACCATGTCCTCTTTG
GTGAACACTACAACTTTCGGACCAAATTCTTCCACCATGTTGGAAGAAGCAAGTATAGGA
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TCTTCTTGTGAAGAAATGCTCGAGAGTTTATCAAATAACGAGGAAGAGAGTATTATCCCA
TCATATTCTTGCAATAGCTTTGAGTAGTATCCACCACTAT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1EY12JQ 641 0 0
ATATTTTATTAATCCAGTTAATAACACAATGTTTCAAAAAAAAAACGAAGCTCAAGAACT
TACACATTCATACATCAAAGATAACACTCTAGCAAAACGCTTCCACCTAGTTGCTTAAAC
TGCAAATCTTCCACAGCCTTTGACTCTAACCAGTTCATCGATAACGCTACCTGTCTCTCG
TCATTTTTGACGCACCATTCAGGCAAAACCTCAACCACTATCTTCTGCAACAGCTTCTGC
TCAAATCCATCCTTAAGAAGCACTTCAAGGTCTTTGATATCTCCCCTCAAATCCAACAAC
ACACTGCATAGTCCACGGCGATAGCAGTAATCCAAGATGGACTCCAAATTTATATTTTCT
AATACAACTGTTTCAACCCCGCTACAGCTGGTTCCGGATCCTGCAACCATGTCCTCTTTG
GTGAACACTACAACTTTCGGACCAGATTCTTCCACCATGTTGGAAGAAGCAAGTATAGGA
GATTGTTGTGCATTACTACTAGCTACTATGATTTGAATAGGCTGGATCGAAACATTAGGT
TCTTCTTGTGAAGAAATGCTCGAGAGTTTATCAGATAACGAGGAAGAGAGTATTATCCCA
TCATATTCTTGCAATAGCTTTGAGTAGTATCCACCACTATC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 3

CO CL4341Contig1 920 3 10 U
GGGAACAAGAACCTCTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGTTACTACGAAAAAGAT
GACTTTTACTATTCCGATTGATAACGGAGATGCCGTGAAGAACGCAGAAGCTGATTCACA
AAGAACACTGTACCCATATGTCACTGGGACATCGATTGTCGCAATCAAGTACAAAGATGG
GGTTCTAATGGCTTCCGACATGGGAGGTTCATATGGATCGACCTTAAGATACAAGAACAT
TGAGAGAGTGAAGGCTATTGGCAAGCATTCTCTTCTCGGTGCCAGTGGAGAAATCAGCGA
CTTTCAGGAGATTCTTCGTTATCTTGATGAGCTCGTCTTGAATGATAACATGTGGGATGA
TGGTAACTCTTTGGGACCAAAAGAGGTTCACAACTATCTGACTCGTGTCATGTACAACCG
CCGCAACAAGTTTAACCCTCTCTGGAACACTCTCGTCCTTGGAGGTGTTAAAAATGGTGA
AAGCTACCTTGGCATGGTGTCAATGATTGGTGTTAGTTTCGAGGACAATCATGTTGCCAC
TGGATTTGGAAACCACCTAGCTAGGCCAATTCTTCGTGATGAGTGGCATGCGGATCTGAG
CTTCGAAGAAGGTGTCAAGCTCCTTGAGAAGTGTATGCGTGTGCTTCTTTACCGTGACAG
ATCTGCTATTAACAAGCTTCAGATTGCGAAGATCACGGAGGAAGGGGTGCCGGTCTTTCA
GCCCTACTCGTTGAAGACGTTTTGGGAGTTCCAGGCTTTCCACAACCCAACTGCTGGTGC
TCAAGGCTCCTGGTAAGAAGCCTATTTATCAATCTTGAGATCAAGCTCTGCCTCTTTATT
TTTATTTCATGTGATGTTGTTAACATACTATGTACTGGAGTGGATTTCCTGTTGGGTTAT
ATCTCAATGAAAGTTTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA34TF U 3
AF RR1CQ53TF U 1
AF RR1CQ53JQ C 197
BS 1 49 RR1CQ53TF
BS 50 50 RR1FA34TF
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BS 181 181 RR1FA34TF
BS 182 611 RR1CQ53TF
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BS 690 920 RR1CQ53JQ

RD RR1FA34TF 604 0 0
GGGAACAAGAA
TCTAATCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTGTTACTACGAAAAAGATGACTTTTACTATT
CCGATTGATAACGGAGATGCCGTGAAGAACGCAGAAGCTGATTCACAAAGAACACTGTAC
CCATATGTCACTGGGACATCTATTGTCGCAATCAAGTACAAAGATGGGGTTCTAATGGCT
TCCGACATGGGAGGTTCATATGGATCCACCTTAAGATACAAGAACATTGAGAGAGTGAAG
GCTATTGGCAAGCATTCTCTCCTCGGTGCCAGCGGAGAAATCAGCGACTTTCAGGAGATT
CTTCGTTATCTTGATGAGCTCGTCTTGAATGATAACATGTGGGATGATGGTAACTCTTTG
GGACCAAAAGAGGTTCACAACTATCTGACTCGTGTCATGTACAACCGCCGCAACAAGTTT
AACCCTCTCTGGAACACTCTCGTCCTTGGAGGTGTTAAAAATGGTGAAAGCTACCTCGGC
ATGGTGTCAATGATTGGTGTTAGTTTCGAGGACAATCATGTTGCCACTGGATTTGGGAAC
CACCTAGCTAGGCCAATTCTTCGTGATGAGTGGCGTGCGGATCTGAGCTTCGA

QA 12 604 12 604
DS 

RD RR1CQ53TF 692 0 0
GGGAACAAGAACCTCTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGTTACTTCGAAAAAGAT
GACTTTTACTATTCCGATTGATAACGGAGATGCCGTGAAGAACGCAGAAGCTGATTCACA
AAGAACACTGTACCCATATGTCACTGGGACATCGATTGTCGCAATCAAGTACAAAGATGG
TGTTCTAATGGCTTCCGACATGGGAGGTTCATATGGATCGACCTTAAGATACAAGAACAT
TGAGAGAGTGAAGGCTATTGGCAAGCATTCTCTTCTCGGTGCCAGTGGAGAAATCAGCGA
CTTTCAGGAGATTCTTCGTTATCTTGATGAGCTCGTCTTGAATGATAACATGTGGGATGA
TGGTAACTCTTTGGGACCAAAAGAGGTTCACAACTATCTGACTCGTGTCATGTACAACCG
CCGCAACAAGTTTAACCCTCTCTGGAACACTCTCGTCCTTGGAGGTGTTAAAAATGGTGA
AAGCTACCTTGGCATGGTGTCAATGATTGGTGTTAGTTTCGAGGACAATCATGTTGCCAC
TGGATTTGGAAACCACCTAGCTAGGCCAATTCTTCGTGATGAGTGGCATGCGGATCTGAG
CTTCGAAGAAG*TGTCAAGCTCCTTGAGA*GTGTATGCGTGTGCTTCTTTACCGTGACAG
ATCTGCTATTAACAAGCTTCAGATTGCGA
GAT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1CQ53JQ 724 0 0
GACATGGGAGGTTCATATGGATCGACCTTAAGATACAAGAACATTGAGAGAGTGAAGGCT
ATTGGCAAGCATTCTCTTCTCGGTGCCAGTGGAGAAATCAGCGACTTTCAGGAGATTCTT
CGTTATCTTGATGAGCTCGTCTTGAATGATAACATGTGGGATGATGGTAACTCTTTGGGA
CCAAAAGAGGTTCACAACTATTTGACTCGTGTCATGTACAACCGCCGCAACAAGTTTAAC
CCTCTTTGGAACACTCTCGTCCTTGGAGGTGTTAAAAATGGTGAAAGCTACCTTGGCATG
GTGTCAATGATTGGTGTTAGTTTCGAGGACAATCATGTTGCCACTGGATTTGGAAACCAC
CTAGCTAGGCCAATTTTTCGTGATGAGTGGCATGCGGATTTGAGCTTCGAAGAAGGTGTC
AAGCTCCTTGAGAAGTGTATGCGTGTGCTTCTTTACCGTGACAGATCTGCTATTAACAAG
CTTCAGATTGCGAAGATCACGGAGGAAGGGGTGCCGGTCTTTCAGCCCTACTCGTTGAAG
ACGTTTTGGGAGTTCCAGGCTTTCCACAACCCAACTGCTGGTGCTCAAGGCTCCTGGTAA
GAAGCCTATTTATCAATCTTGAGATCAAGCTCTGCCTCTTTATTTTTATTTCATGTGATG
TTGTTAACATACTATGTACTGGAGTGGATTTCCTGTTGGGTTATATCTCAATGAAAGTTT
TTTG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 3

CO CL4342Contig1 1031 3 13 U
GCCTCATTGTAAATAGCCTAGTACGAAAGCTCAAATCAACATTCATACACAATTTTTACC
AATGTAAAGCATTGGAGATCATTAGGCGTGGATTGTTGATTCGGTGCCTAGACCAGTTCT
TTGAGCTTCCAAAAATCAGTCTAGAAAAATCGTTTCTTTTAAAACTTTATAAAAAGAAAA
CAAGAGGAAGTTTCTCTCTAATTCTTGAATTGTTGTACCATACAACAAAAACATGCATAT
CCATCTCTTTGATCACCATCATTGGTCCCAAAATCAAGTCATCTCACTATATAGGTTTTA
AGGTAATTTAGTTGTCTCCGTTGATCCATAAGCAGCATCAGCTGAAGAAGTATCGATGTC
GTTGAGACCCAACTCCTCGTTCTGCTCCCATGACCTCTCGAACTCTTCATATGTGAGCTG
ATGATCATCTTTGATATCATCTGTTAGTGGTGAAATAAAGGAATTTGCTAATTCATCATC
AAGAATCAACGTCCATGGCTGTTCTAAGCTTAGGAGCTTAGTTAGCCTGGATCCAAATTC
TCTCCACTTGTTCTTCTTACTCTCATCTAGACTGTCACCAAAAGTGAATCCGTGAACTCT
CGCTAGGCTTTCTCTGATCTGCGTGACCAACCCTTCAACT**TGTTACCATTCCACCAAG
TGTACCA**AGCTAGCTCCAGATCAAGTTCCGGGATTATCACTCCTGCCGTGTCCGACTT
GATAACGTCTCGGCTAAGATCAGTGATGTTCTTCACAGAGAGAGTAATTTTCTTTCCCTT
CTCAGGAATAGCACCACCAGGCTTCAACTCAGAATTGCGATAGCCACAATCCTCACATGT
GGATGCCATGACAATAACCTCCTGGAAGTACGGGATTTTAGTCACGAACATCCGTGTCTC
ACATTGCTTCGTACATGCTCCACAGGTTGAAGGGAAAATCATCACCTCTTCAGGCGCAGA
GTATCTAAACAAGTTATCGGAAATATCACTGCTATTACTCTGAGCAATCGCTCGACGACC
AGCTGTTGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1E915JQ U 1
AF RR1FJ43JQ U 159
AF RR1FJ43TF C 277
BS 1 373 RR1E915JQ
BS 374 374 RR1FJ43JQ
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BS 670 764 RR1E915JQ
BS 765 919 RR1FJ43JQ
BS 920 1031 RR1FJ43TF

RD RR1E915JQ 764 0 0
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TTGAGCTTCCAAAAATCAGTCTAGAAAAATCGTTTCTTTTAAAACTTTATAAAAAGAAAA
CAAGAGGAAGTTTCTCTCTAATTCTTGAATTGTTGTACCATACAACAAAAACATGCATAT
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TCTCCACTTGTTCTTCTTACTCTCATCTAGACTGTCACCAAAAGTGAATCCGTGAAATCT
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DS 

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TTAG
AACTTTATAAAAAGAAAACAAGAGGAAGTTTCTCTCTAATTCTTGAATTGTTGTACCATA
CAACAAAAACATGCATATCCATCTCTTTGATCACCATCATTGGTCCCAAAATCAAGTCAT
CTCACTATATAGGTTTTAAGGTAATTTAGTTGTCTCCGTTGATCCATAAGCAGCATCAGC
TGAAGAAGTATCGATGTCGTTGAGACCCAACTCCTCGTTCTGCTCCCATGACCTCTCGAA
CTCTTCATATGTGAGCTGATGATCATCTTTGATATCATCTGTTAGTGGTGAAATAAAGGA
ATTTGCTAATTCATCATCAAGAATCAACGTCCATGGCTGTTCTAAGCTTAGGAGCTTAGT
TAGCCTGGATCCAAATTCTCTCCACTTGTTCTTCTTACTCTCATCTAGACTGTCACCAAA
AGTGAATCCGTGAACTCTCGCTAGGCTTTCTCTGATCTGCGTGACCAACCCTTCAACT**
TGTTACCATTCCACCAAGTGTACCA**AGCTAGCTCCAGATCAAGTTCCGGGATTATCAC
TCCTGCCGTGTCCGACTTGATAACGTCTCGGCTAAGATCAGTGATGTTCTTCACAGAGAG
AGTAATTTTCTTTCCCTTCTCAGGAATAGCACCACCAGGCTTCAACTCAGAATTGCGATA
GCCACAATCCTCACATGTGGATGCCATGACAATAACCTCCTGGAAGTACGGGATTTTAGT
CACGAACATCCGTGTCTCACATTGCTTCGTACATGCT

QA 5 761 5 761
DS 

RD RR1FJ43TF 755 0 0
AGTCATCTCACTATATAGGTTT*AAGGTAATTTAGT*GTCTCCGTTGATCCATAAGCAGC
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CTCGAACTCTTCATATGTGAGCTGATGATCATCTTTGATATCATCTGTTAGTGGTGAAAT
AAAGGAATTTGCTAATTCATCATCAAGAATCAACGTCCATGGCTGTTCTAAGCTTAGGAG
CTTAGTTAGCCTGGATCCAAATTCTCTCCACTTGTTCTTCTTACTCTCATCTAGACTGTC
ACCAAAAGTGAATCCGTGAACTCTCGCTAGGCTTTCTCTGATCTGCGTGACCAACCCTTC
AACT**TGTTACCATTCCACCAAGTGTACCA**AGCTAGCTCCAGATCAAGTTCCGGGAT
TATCACTCCTGCCGTGTCCGACTTGATAACGTCTCGGCTAAGATCAGTGATGTTCTTCAC
AGAGAGAGTAATTTTCTTTCCCTTCTCAGGAATAGCACCACCAGGCTTCAACTCAGAATT
GCGATAGCCACAATCCTCACATGTGGATGCCATGACAATAACCTCCTGGAAGTACGGGAT
TTTAGTCACGAACATCCGTGTCTCACATTGCTTCGTACATGCTCCACAGGTTGAAGGGAA
AATCATCACCTCTTCAGGCGCAGAGTATCTAAACAAGTTATCGGAAATATCACTGCTATT
ACTCTGAGCAATCGCTCGACGACCAGCTGTTGCTC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 3

CO CL4343Contig1 1314 3 2 U
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GCCAGAGTTTATTTGATCCACGTCCTGTGAAACTCGAATTCAGCTTCTGGGTGAAAAGAT
GGGTAACAAGATCATCTCCATGATGAAGAAAGATAGAAAAGATGGGTCCAAGAGCATGAG
AATGAATCGTTCACAGAGAAAATTGCTGGCTGATGAAGAGATGTTGCATCGACGAGCTCT
GTCTATGGCCATTCGTCAAACTCAGCTCTCTCAGAGATTCGACGGATCCATGTCTAAACG
GGTCGGGTCTACAAGCACCAGGAAACAACAACAACGCACCCTCTCTGACCCTTTTTCAAA
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GCATGGTGAAGGCTTTGGGGCATGGTGTTGGTACAAAATTGTTGCGTCATTGGAAGAGTC
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CACTGTCTCTACCTTGGAGGAATATTCAAAACCACTGATCGAGTACCTTGAAAATCTCCC
TGAAAAAGAAAAGGTTATACTGGTGGGTCATAGTACTGGAGGTGCGTCCATTTCGTACGC
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TGATGGCCAAAGACCCTTTGATGTTTTCTCTGAACAGCTTGGTTCTGCAGAGAGGTTCAT
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GTTTGAGAAACAACACATGAAAGGCTTGTATTTCAATCAATCACCCAACAAGGATATCGC
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GACCGCAGAAAGATACGGGAAAGGAAGAAGATTCTATGTTCAGACGCTGGACGACCTTGC
GCTCTCACCAGACGTTCAAGAGAAGCTAGTGAGAGAGAACAGCCCTGAAGGAGTTTTCAA
GATCAAAGGAAGTGATCATTCTCCTTTCTTCTCAAAGCCTCAATCTCTCCACAAAATCCT
CCTCGAGATTGCACAGATTCCTTAAGAAACATCTTTTCTTTAGAGGAGGAGAGGATATTG
AAATATAATCTGGACTGAGAATACTTGTTCATTGGGATCATTCCAGTTGTATACTTTTTT
TTTTAAGAATCGCTCTACAGTTCATATTTATATGATTGAATACACAAATGTCCA


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B277TF U 1
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CACTGTCTCTACCTTGGAGGAATATTCAAAACCACTGATCGAGTACCTTGAAAATCTCCC
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T

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G
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GTACGCTTTAGAGCGTTTTCCAGAGAAAATCTCGAAAGCTATATTCCTATGTGCAACCAT
GGTTTCTGATGGCCAAAGACCCTTTGATGTTTTCTCTGAACAGCTTGGTTCTGCAGAGAG
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TATCGCATTGGCTATGATCTCGATGAGACCTGTACCGCTTGGACCAACGATGGAGAAGGT
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CCTTGCGCTCTCACCAGACGTTCAAGAGAAGCTAGTGAGAGAGAACAGCCCTGAAGGAGT
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TTTTTTTTTTAAGAATCGCTCTACAGTTCATATTTATATGATTGAATACACAAATGTCCA

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AACAAGGATATCGCATTGGCTATGATCTCGATGAGACCTGTACCGCTTGGACCAATGATG
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CTGGACGACCTTGCGCTCTCACCAGACGTTCAAGAGAAGCTAGTGAGAGAGAACAGCCCT
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CTCCACAAAATCCTTCTCGAGATTGCACAGATTCCTTAAGAAACATTTTTTCTTTAGAGG
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DS 



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CAAAAA


BQ
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20 10 10 10 10 10 

AF RR1AL26TF U 48
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AF RR1E793TF U 1
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GG
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QA 3 577 3 577
DS 

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GATTTGATAGTTTGATCTTCTTGGTGATGAAGATTGTACATTCGTTTTCCCCCTCTAGCT
TCTTTTCTTCTGATTGGTCGACCTTAATAATGTCTTTTACTTTGTGGTTTTATCTTCTGA
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C

QA 1 661 1 661
DS 

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CATTGACAAGAAGAAGTATCTTGTGCCAGCTGATCTAACCGCTGGACAATTTGTGTACGT
TGTGCGCAAAAGAATTAGGCTCGGAGCCGAGAAAGCAATCTTTGTCTTTGTCAAGAACAC
GTTACCCCCAGCTGCTGCATTGATGTCTGCAATCTGTGAAGAACACAAAGACGAAGATGG
GTTTCTCTACATGACATACAGTGGTGAGAACACGTTTGGATCTTCCTGCTAATATGCTCT
GATTTGATAGTTTGATCTTCTTGGTGATGAAGATTGTACATTCGTTTTCCCCCTCTAGCT
TCTTTTCTTCTGATTGGTCGACCTTAATAATGTCTTTTACTTTGTGGTTTTATCTTCTGA
GAACTCCCTTTCTCAATGGATTTGAAAAATATATCTTCAGTTAATTTGAGACTCTGTTTA
CAAAAA

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 3

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CTTTTACGACTCAACAAAGGCTAGCCTTAACATATACCAGGTGGCGAGTGTAACATTCGA
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ACTCATCACATTTGTCTGGTGAGTCGTTAGAATCTGAATCATGAAGAGAAGAAGAGAAGA
AGACAACGAAATGAGTTTTGTTCCTGCCTTAACTATTTCTTCTGTTGTATGCCTCTGTTT
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TTTTTTGTTTTGTTTGGTTAAAATGAGTTTTTTTTTCTTCTTTCTCCCAGCAATTTTGCT
CTAGAAATTTGCGTTGTTGTACTCTTCCTATCCTTATTTGGCATTTCTGGTCGATTTTCC
TTTCAGAATTTTTGTAACAAGGGTTGACTCGCTTAACCAAACC


BQ
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15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG83TF U 1
AF RR1BT79TF U 233
AF RR1GG83JQ C 470
BS 1 311 RR1GG83TF
BS 312 312 RR1BT79TF
BS 313 361 RR1GG83TF
BS 362 649 RR1BT79TF
BS 650 650 RR1GG83JQ
BS 651 920 RR1BT79TF
BS 921 921 RR1GG83JQ
BS 922 957 RR1BT79TF
BS 958 1003 RR1GG83JQ

RD RR1GG83TF 361 0 0
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ATCCACTCTATCCGGACTTCCGACTCCACCCGAGTTACTGGAAAGTGCTGGAAGTCTGTC
GGACACAAGGCAACTTGTGGGTGAAGATGCTATCATTAAGGGTGTCAAATTGGTGGCTGA
AAGCCTTGCTAGACATATCTATGGTCACCAAAGAAAAGACATCAAGATTTTTGCAGATGA
CAGTAGTTTGGCTGTAAATCCCTTCAATGTGAGATCATGGTTGGATCTTTTGTCACAAAC
TCCTCGGGTGGTACCGTTTCTCTCAAAGGGTGAACCATTAATCATGGCTCTGAAGAAGGA
A

QA 1 361 1 361
DS 

RD RR1BT79TF 725 0 0
GCAGATGACAGTAGTTTGGCTGTAAATCCCTTCAATGTGAGATCATGGTTGGATCTTTTG
TCACAAACTCCTCGGGTGGCACCGTTTCTCTCAAAGGGTGAACCATTAATCATGGCTCTG
AAGAAGGAACTAGAGGATTATACTGCTGAAGTGAGTGTTAAACATGAATCTTTAGATGGA
ATTTTCACCTTTTACGACTCAACAAAGGCTAGCCTTAACATATACCAGGTGGCGAGTGTA
ACATTCGACTTGCTCTTACTTCTAGTGCTAGGATCATACTTGATAGTGCTTTTCAGCTTC
CTCGTCATCACAACTCGGGGTGTGGATGACTTGATAAGCTTATTCCGCCGGCCTCCTTCC
CGGAAAGTGAAAATGGTTTGATCTTTCCCTGCCGGAATGTTACTTTACATTCTTCTCGTC
GGCGATTCACTCATCACATTTGTCTGGTGAGTCGTTAGAATCTGAATCATGAAGAGAAGA
AGAGAAGAAGACAACGAAATGAGTTTTGTTCCTGCCTTAACTATTTCTTCTGTTGTATGC
CTCTGTTTACGTGGCTTTATTGCTTTTCTTTCCATGATCTGCAAAGAAAATAAGATCAAA
CGTTGTAGTTTTTTGTTTTGTTTGGTTAAAATGAGTTTTTTTTTCTTCTTTCTCCCAGCA
ATTTTGCTCTAGAAATTTGCGTTGTTGTGCTCTTCCTATCCTTATTTGGCATTTCTGGTC
GATTT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1GG83JQ 534 0 0
GTAACATTCGACTTGCTCTTACTTCTAGTGCTAGGATCATACTTGATAGTGCTTTTCAGC
TTCCTCGTCATCACAACTCGGGGTGTGGATGACTTGATAAGCTTATTCCGCCGGCCTCCT
TCCCGGAAAGTGAAAATGGTTTGATCTTTCCCTGCCGGAATGTTACTTTACATTCTTCTC
ATCGGCGATTCACTCATCACATTTGTCTGGTGAGTCGTTAGAATCTGAATCATGAAGAGA
AGAAGAGAAGAAGACAACGAAATGAGTTTTGTTCCTGCCTTAACTATTTCTTCTGTTGTA
TGCCTCTGTTTACGTGGCTTTATTGCTTTTCTTTCCATGATCTGCAAAGAAAATAAGATC
AAACGTTGTAGTTTTTTGTTTTGTTTGGTTAAAATGAGTTTTTTTTTCTTCTTTCTCCCA
GCAATTTTGCTCTAGAAATTTGCGTTGTTGTACTCTTCCTATCCTTATTTGGCATTTCTG
GTCGATTTTCCTTTCAGAATTTTTGTAACAAGGGTTGACTCGCTTAACCAAACC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4347Contig1 1119 3 7 U
TTTTTATATATTTTATCTCACTAAGTCAGAGCAGCTCGGATCCACACACACACATAGAGG
GTTAGAGATTCATCAATGGCGGTTTCTTGCAGCTACTCATCGATTCTCTTCCCCCGATCC
ACCGCGGGTACCTCCTCCATTGGCTTCAACCGCTTCCCTTGTCTCCAAACTCTGCGTTTC
AAATCAAGAAGCGTTTATCCAAAATCTCGTGCTTCTTCAGTCTCGGCATCATCAGCTTCA
CGGTCCCTCGAAGCTCTGATCTTCGACTGCGACGGTGTGATACTCGAATCGGAGAACTTA
CATCGTCAAGCTTACAACGACGCATTCTCGCATTTCGACGTTCGATGTCCTCCTTCCTCA
TCCGAGTCTCTCAACTGGAGCCTCGAGTTCTACGACAAGTTCCAGAATCTTGTCGGAGGT
GGAAAGCCTAAAATGAGATGGTACTTTAGAGAGAATGGATGGCCGACTTCGACCCTTTTC
GAGATACCTCCAGAGAGTGACGATGATCGAGCCAAGTTGATCGATACTCTTCAGGATTGG
AAGACAGAGAGGTACAAAGAGATCATTAAATCAGGAAGTGTAGAAGCAAGACCTGGTGTA
ATAAGACTAATGGATGAAGCAAGAGCTGCTGGGAAGAAACTAGCTGTGTGTTCTGCAGCT
ACAAAGAGTTCAGTTGTCTTATGTCTTGAGAATCTAATCCAAATCGAGCGATTCCAAGGA
CTTGATTGCTTCCTTGCAGGAGATGATGTTAAGGAGAAGAAACCTGATCCTTCTATATAT
ATAACAGCTGCCGAGAAGCTAGGTGTTTCAGTGAAAGACTGTTTGGTCATAGAGGACAGT
GTGATTGGCCTGCAGGCTGCTACAAAAGCAGGCATGTCATGTGTGATCACATACACTTCT
TCAACCTCTGATCAGGACTTCAAAGAGGCGATTGCTGTATACCCTGATCTCAGTAATGTG
AGCTTGAAAGAGCTTGGAACTCTGCTTCAAACCATTGTCACTGCAGCTTAATACACACAT
TTGCCTCTTTTTCATTTTTTGTTTCTTCTTCTGGAACTGTACATCTGTTTTTGTTTATTA
TCATTTTTTTCATTAATCATATAAATAGCAGCACAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CF75TF U 1
AF RR1BT84TF U 35
AF RR1CF75JQ C 429
BS 1 180 RR1CF75TF
BS 181 181 RR1BT84TF
BS 182 634 RR1CF75TF
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BS 638 690 RR1CF75TF
BS 691 725 RR1BT84TF
BS 726 1119 RR1CF75JQ

RD RR1CF75TF 690 0 0
TTTTTATATATTTTATCTCACTAAGTCAGAGCAGCTCGGATCCACACACACACATAGAGG
GTTAGAGATTCATCAATGGCGGTTTCTTGCAGCTACTCATCGATTCTCTTCCCCCGATCC
ACCGCGGGTACCTCCTCCATTGGCTTCAACCGCTTCCCTTGTCTCCAAACTCTGCGTTTC
GAATCAAGAAGCGTTTATCCAAAATCTCGTGCTTCTTCAGTCTCGGCATCATCAGCTTCA
CGGTCCCTCGAAGCTCTGATCTTCGACTGCGACGGTGTGATACTCGAATCGGAGAACTTA
CATCGTCAAGCTTACAACGACGCATTCTCGCATTTCGACGTTCGATGTCCTCCTTCCTCA
TCCGAGTCTCTCAACTGGAGCCTCGAGTTCTACGACAAGTTCCAGAATCTTGTCGGAGGT
GGAAAGCCTAAAATGAGATGGTACTTTAGAGAGAATGGATGGCCGACTTCGACCCTTTTC
GAGATACCTCCAGAGAGTGACGATGATCGAGCCAAGTTGATCGATACTCTTCAGGATTGG
AAGACAGAGAGGTACAAAGAGATCATTAAATCAGGAAGTGTAGAAGCAAGACCTGGTGTA
ATAAGACTAATGGATGAAGCAAGAGCTGCTGGGA**GAACTAGCTGTGTGTTCTGCAGCT
ACAAAGAGTTCAGTTGTCTTATGTCTTGAG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1BT84TF 691 0 0
GGG
GGATCCACACACACACATAGAGGGTTAGAGATTCGTCAATGGCGGTTTCTTGCAGCTACT
CATCGATTCTCTTCCCCCGATCCACCGCGGGTACCTCCTCCATTGGCTTCAACCGCTTCC
CTTGTCTCCAAACTCTGCGTTTCAAATCAAGAAGCGTTTATCCAAAATCTCGTGCTTCTT
CAGTCTCGGCATCATCAGCTTCACGGTCTCTCGAAGCTCTGATCTTCGACTGCGACGGTG
TGATACTCGAATCGGAGAACTTACATCGTCAAGCTTACAACGACGCATTCTCGCATTTCG
ACGTTCGATGTCCTCCTTCCTCATCCGAGTCTCTCAACTGGAGCCTCGAGTTCTACGACA
AGTTCCAGAATCTTGTCGGAGGTGGAAAGCCTAAAATGAGATGGTACTTTAGAGAGAATG
GATGGCCGACTTCGACCCTTTTCGAGATACCTCCAGAGAGTGACGATGATCGAGCCAAGT
TGATCGATACTCTTCAGGATTGGAAGACAGAGAGGTACAAAGAGATCATTAAATCAGGAA
GTGTAGAAGCAAGACCTGGTGTAATAAGACTAATGGATGAAGCAAGAGCTGCTGGGAAGA
AACTAGCTGTGTGTTCTGCAGCTACAAAGAGTTCAGTTGTCTTATGTCTTGAGAATCTAA
TCCAAATCGAGCGATTCCAAGGACTTGA

QA 4 691 4 691
DS 

RD RR1CF75JQ 691 0 0
TAAAATGAGATGGTACTTTAGAGAGAATGGATGGCCGACTTCGACCCTTTTCGAGATACC
TCCAGAGAGTGACGATGATCGAGCCAAGTTGATCGATACTCTTCAGGATTGGAAGACAGA
GAGGTACAAAGAGATCATTAAATCAGGAAGTGTAGAAGCAAGACCTGGTGTAATAAGACT
AATGGATGAAGCAAGAGCTGCTGGGAAGAAACTAGCTGTGTGTTCTGCAGCTACAAAGAG
TTCAGTTGTCTTATGTCTTGAGAATTTAATCCAAATCGAGCGATTCCAAGGACTTGATTG
CTTCCTTGCAGGAGATGATGTTAAGGAGAAGAAACCTGATCCTTCTATATATATAACAGC
TGCCGAGAAGCTAGGTGTTTCAGTGAAAGACTGTTTGGTCATAGAGGACAGTGTGATTGG
CCTGCAGGCTGCTACAAAAGCAGGCATGTCATGTGTGATCACATACACTTCTTCAACCTC
TGATCAGGACTTCAAAGAGGCGATTGCTGTATACCCTGATCTCAGTAATGTGAGCTTGAA
AGAGCTTGGAACTCTGCTTCAAACCATTGTCACTGCAGCTTAATACACACATTTGCCTCT
TTTTCATTTTTTGTTTCTTCTTCTGGAACTGTACATCTGTTTTTGTTTATTATCATTTTT
TTCATTAATCATATAAATAGCAGCACAGTTC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 3

CO CL4348Contig1 1542 3 9 U
GGGAAGAAAGTTTCTTCAATGGCTGCTCCGATGGTCGCCGTGAACATGTCTCAGTTTCTT
CTTCAAGCAACTTCTACCATGATCGTCGGTCACAGGAACGAACTCTCCCTCGCCGGAATC
GCTCTTGGAAGCTCATTTGCTAACGTCACCGGCTTTGGTATCCTCTTCGGTCTTTCGGGT
GCGTTAGAAACGCTATGTGGCCAAGCATTTGGAGCAGAACAGTATCACAAGCTCGGATCC
TACACTTTCACTTCAATGGTCTATCTCTTGATCATCGCTTTCCCGACTTCGATTCTTTGG
ATATTCATGAACCAGATCTTGATTCTGCTTCACCAAGACCCTCAAGTCGCCGAGTTAGCA
TCTGTTTACTGCCTCTGGCTCATACCGGCATTATTCGGCTACTCGGTTCTCGAGTCGCTG
GTTCGATACTTCCAGTCGCAGAGCTTGATATTTCCTATGGTGCTGAGCTCTCTAGCTGCT
CTCGCTTTCCATGTTCCTCTCTGCTGGCTAATGGTTCACAGATTTGAGTTTGGAGTCAGA
GGAGCTGCTGTGTCTATCGGTATCTCCTACTGGCTTAACGCGGTTTTCCTTTGGGTTTAC
ATGAAACGCTCTCAGACCTGCTTCAAAACGCGGATTTATATGTCCAAGGATGCGTTTCTT
CACACGAAAATCTTCTTTGAGTTTGCGGTTCCTTCTGCGATGATGTGTTGCCTTGAGTGG
TTAGCTTTCGAGGTGATAACTTTGCTGTCCGGTCTTCTTCCCAACCCAGGGCTCGAAACT
TCGGTTATCTCGATTTGTCTAACGACCTCTACTTTGCACTACAATTTGGTAAATGGAATC
GGAGATGCAGCGAGTACCAACGTGGCGAATGAGCTAGGAGCTGGGAATCCACGAGGGGCT
CATGATTCTGCTTCAGCCGCGGTTATAATTGCAGCGGTTGAATCAGTCATTGTGAGCTCT
ACTCTCTTCTTATCTCGCAATGTATGGCCTTATGCTTATAGCAATGTGGAGGAAGTAACT
CGCTATGTCACCAAGATGACTCCCATTCTTTGCGTTTCAATCCTCATGGACAGCTTCGTT
ATCGTCCTCTCCGGGATTGTGAGAGGGACAGGGTGGCAGAAAATTGGGGCTTATGTAAAC
GTAGCTTCTTATTATATCATTGGTATTCCTATTGGACTTCTATTGTGTTTCATCTTCACT
TCAATGGGAAAGGACTTTGGGCCGGTTTAGTTTCAGGATCAACACTACAAACTTTAATCC
TCTTTCTTGTTGTTGGATTCACCAATTGGACAAAAGAGGCAAACAAAGCTAGGGAGAGAA
TACTTGATGAGAAAGTTTGGAGAGATGACTCATTTGTTAATTAAAGAAGAGCTTGTATGG
TTGACAAAAAAAAAAAGAAGAGCTTGTATGGAATGCTATGAGTGAACATTGACTGCCCAC
TGAAAGAACTTGTTCAAGAAACTTCAAGGTTGTGAAATTTAGTTTTGTCTGTACTCAATC
TAAAAGGATGTTTAATATTAATCCCATGTCGAAGTTGTATGG


BQ
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AF RR1GF35TF U 1
AF RR1AG42TF U 272
AF RR1GF35JQ C 974
BS 1 286 RR1GF35TF
BS 287 287 RR1AG42TF
BS 288 536 RR1GF35TF
BS 537 1013 RR1AG42TF
BS 1014 1014 RR1GF35JQ
BS 1015 1086 RR1AG42TF
BS 1087 1087 RR1GF35JQ
BS 1088 1101 RR1AG42TF
BS 1102 1542 RR1GF35JQ

RD RR1GF35TF 536 0 0
GGGAAGAAAGTTTCTTCAATGGCTGCTCCGATGGTCGCCGTGAACATGTCTCAGTTTCTT
CTTCAAGCAACTTCTACCATGATCGTCGGTCACAGGAACGAACTCTCCCTCGCCGGAATC
GCTCTTGGAAGCTCATTTGCTAACGTCACCGGCTTTGGTATCCTCTTCGGTCTTTCGGGT
GCGTTAGAAACGCTATGTGGCCAAGCATTTGGAGCAGAACAGTATCACAAGCTCGGATCC
TACACTTTCACTTCAATGGTCTATCTCTTGATCATCGCTTTCCCGATTTCGATTCTTTGG
ATATTCATGAACCAGATCTTGATTCTGCTTCACCAAGACCCTCAAGTCGCCGAGTTAGCA
TCTGTTTACTGCCTCTGGCTCATACCGGCATTATTCGGCTACTCGGTTCTCGAGTCGCTG
GTTCGATACTTCCAGTCGCAGAGCTTGATATTTCCTATGGTGCTGAGCTCTCTAGCTGCT
CTCGCTTTCCATGTTCCTCTCTGCTGGCTAATGGTTCACAGATTTGAGTTTGGAGT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1AG42TF 830 0 0
G
CATCGCTTTCCCGACTTCGATTCT**GGATATTCATGAACCAGATCTTGATTCTGCTTCA
CCAAGACCCTCAAGTCGCCGAGTTAGCATCTGTTTACTGCCTCTGGCTCATACCGGCATT
ATTCGGCTACTCGGTTCTCGAGTCGCTGGTTCGATACTTCCAGTCGCAGAGCTTGATATT
TCCTATGGTGCTGAGCTCTCTAGCTGCTCTCGCTTTCCATGTTCCTCTCTGCTGGCTAAT
GGTTCACAGATTTGAGTTTGGAGTCAGAGGAGCTGCTGTGTCTATCGGTATCTCCTACTG
GCTTAACGCGGTTTTCCTTTGGGTTTACATGAAACGCTCTCAGACCTGCTTCAAAACGCG
GATTTATATGTCCAAGGATGCGTTTCTTCACACGAAAATCTTCTTTGAGTTTGCGGTTCC
TTCTGCGATGATGTGTTGCCTTGAGTGGTTAGCTTTCGAGGTGATAACTTTGCTGTCCGG
TCTTCTTCCCAACCCAGGGCTCGAAACTTCGGTTATCTCGATTTGTCTAACGACCTCTAC
TTTGCACTACAATTTGGTAAATGGAATCGGAGATGCAGCGAGTACCAACGTGGCGAATGA
GCTAGGAGCTGGGAATCCACGAGGGGCTCATGATTCTGCTTCAGCCGCGGTTATAATTGC
AGCGGTTGAATCAGTCATTGTGAGCTCTACTCTCTTCTTATCTCGCAATGTATGGCCTTA
TGCTTATAGCAATGTGGAGGAGGTAACTCGCTATGTCACCAAGATGACTCCCATTCTTTG
CGTTTCAATCCTCATGGACAGCTTCGTTATCGTC*TCTCCGGGATTGTG

QA 2 830 2 830
DS 

RD RR1GF35JQ 569 0 0
CTCGCAATGTATGGCCTTATGCTTATAGCAATGTGGAGGGAGTAACTCGCTATGTCACCA
AGATGACTCCCATTCTTTGCGTTTCAATCCTCATGGACAGCTTCGTTATCGTCCTCTCCG
GGATTGTGAGAGGGACAGGGTGGCAGAAAATTGGGGCTTATGTAAACGTAGCTTCTTATT
ATATCATTGGTATTCCTATTGGACTTCTATTGTGTTTCATCTTCACTTCAATGGGAAAGG
ACTTTGGGCCGGTTTAGTTTCAGGATCAACACTACAAACTTTAATCCTCTTTCTTGTTGT
TGGATTCACCAATTGGACAAAAGAGGCAAACAAAGCTAGGGAGAGAATACTTGATGAGAA
AGTTTGGAGAGATGACTCATTTGTTAATTAAAGAAGAGCTTGTATGGTTGACAAAAAAAA
AAAGAAGAGCTTGTATGGAATGCTATGAGTGAACATTGACTGCCCACTGAAAGAACTTGT
TCAAGAAACTTCAAGGTTGTGAAATTTAGTTTTGTCTGTACTCAATCTAAAAGGATGTTT
AATATTAATCCCATGTCGAAGTTGTATGG

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 3

CO CL4349Contig1 679 3 2 U
GGAGATTTGGAGAAACAGCAGAAAGGAATAATGTCGATGGAGGTCACAGTTCTCCGTCCT
CTCGTTATAGCCGGCAAACCCACTCTTCCTCTTCCCCTCTCGAAGAATCTCCATCTTCTT
CGTCTCTCACTTCCGCTTCGTCTCCCCCATCTATCTTCTTCTTCCACCTCTCGTCTCACT
TCTCCCATATTATTCGCTACACAGGAGAGTAACCTGAGCGAAAGTGATACGAGTGAGTGG
GTGATGCAAGATTTTTATACATTGAGGAAGGATGTAGAAATAGCATCAGCTCGTGTTGAA
GAGATTAGAGCTTCTGTTGGGTTGCAGCAATTACAAGACGAAATTGCACTTTTGGAGTCA
AAAGCTACTGATAACTCCTTCTGGGATGATCGTGCCAAAGCTCAAGAAACGCTTTCCGCC
TTGAACGATCTCAAAGACCGGTTCCGATTGCTCTCTGAATTCAAATCTATGGTTGAAGAT
GCGGATACGATTGTTAAGCTAACAGAAGAGATGGATTCTACTGATGTTAGCCTGCTTGAA
GAAGCCATGGGAATCATCAAAGAGTTGAACAAATCCGTTGATCGATTTGAGCTAACACAG
CTTCTATCAGGACCTTATGATAAAGAAGGCGCTGTAGTCACCATTACTGCTGGAGCTGGA
GGAACAGATGCTCAGATTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA18TF U 62
AF RR1F553TF U 1
AF RR1GA01TF U 6
BS 1 504 RR1F553TF
BS 505 679 RR1GA01TF

RD RR1GA18TF 383 0 0
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GTCTCTCACTTCCGCTTCGTCTCCCCCATCTATCTTCTTCTTCCACCTCTCGTCTCACTT
CTCCCATATTATTCGCTACACAGGAGAGTAACCTGAGCGAAAGTGATACGAGTGAGTGGG
TGATGCAAGATTTTTATACATTGAGGAAGGATGTAGAAATAGCATCAGCTCGTGTTGAAG
AGATTAGAGCTTCTGTTGGGTTGCAGCAATTACAAGACGAAATTGCACTTTTGGAGTCAA
AAGCTACTGATAACTCCTTCTGGGATGATCGTGCCAAAGCTCAAGAAACGCTTTTCGCCT
TGAACGATCTCAAAGACCGGTTC

QA 1 383 1 383
DS 

RD RR1F553TF 504 0 0
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CTCGTTATAGCCGGCAAACCCACTCTTCCTCTTCCCCTCTCGAAGAATCTCCATCTTCTT
CGTCTCTCACTTCCGCTTCGTCTCCCCCATCTATCTTCTTCTTCCACCTCTCGTCTCACT
TCTCCCATATTATTCGCTACACAGGAGAGTAACCTGAGCGAAAGTGATACGAGTGAGTGG
GTGATGCAAGATTTTTATACATTGAGGAAGGATGTAGAAATAGCATCAGCTCGTGTTGAA
GAGATTAGAGCTTCTGTTGGGTTGCAGCAATTACAAGACGAAATTGCACTTTTGGAGTCA
AAAGCTACTGATAACTCCTTCTGGGATGATCGTGCCAAAGCTCAAGAAACGCTTTCCGCC
TTGAACGATCTCAAAGACCGGTTCCGATTGCTCTCTGAATTCAAATCTATGGTTGAAGAT
GCGGATACGATTGTTAAGCTAACA

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DS 

RD RR1GA01TF 674 0 0
GGG
GGAGAAACAGCAGAAAGGAATAATGTCGATGGAGGTCACAGTTCTCCGTCCTCTCGTTAT
AGCCGGCAAACCCACTCTTCCTCTTCCCCTCTCGAAGAATCTCCATCTTCTTCGTCTCTC
ACTTCCGCTTCGTCTCCCCCATCTATCTTCTTCTTCCACCTCTCGTCTCACTTCTCCCAT
ATTATTCGCTACACAGGAGAGTAACCTGAGCGAAAGTGATACGAGTGAGTGGGTGATGCA
AGATTTTTATACATTGAGGAAGGATGTAGAAATAGCATCAGCTCGTGTTGAAGAGATTAG
AGCTTCTGTTGGGTTGCAGCAATTACAAGACGAAATTGCACTTTTGGAGTCAAAAGCTAC
TGATAACTCCTTCTGGGATGATCGTGCCAAAGCTCAAGAAACGCTTTCCGCCTTGAACGA
TCTCAAAGACCGGTTCCGATTGCTCTCTGAATTCAAATCTATGGTTGAAGATGCGGATAC
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GGGAATCATCAAAGAGTTGAACAAATCCGTTGATCGATTTGAGCTAACACAGCTTCTATC
AGGACCTTATGATAAAGAAGGCGCTGTAGTCACCATTACTGCTGGAGCTGGAGGAACAGA
TGCTCAGATTG

QA 4 674 4 674
DS 



AS 1 3

CO CL4350Contig1 1110 3 12 U
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AAAACAAGAAGAATTAAAAAACGTTAATTCTGGAAAATAAAAAAAAAACGAGAGTTGTTG
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TTTTTTTTTGGTTTTGTGTTGAAATCTTTTGTTGCAGATTCATCAATGTCCATTATATCA
TCTCGGACAGGACGAGATCGTCAACGTTACGACAACAACTTTCGCCTCGTTTCTGGATGC
ATTCCGTATAGGCTGATCAAAGAAGAGGGAAGTGAAGAAGACACAAGTGTTGACTTTGTA
AACAAGTTTCAAGTTCTCATGGTCTCATCTCCTAATCGTCATGATCTTGTCTTCCCAAAG
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TTTTCTATTTTGGTTGTGTATGTTACTACTATCAAGGGAGGATGGGAAGATGATGAGACA
GTTCTTGAAGCTGCTTCTCGTGAAGCCATGGAAGAAGCTGGAGTTAAAGGAAGCCTTAGA
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TGTCGGTATGTATGGATGCAGAGAGCACTTGAAGAGTTTTTAAGAGTAATGCAAGAAGAT
GAAGAAAGAAAATTGACAACAGAGGAAGAGACAGTGCAGGATGATTCTTCAAAGCTAGAG
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TTTTTTAGCTTTTGGGTTCAGTTGAAAAAGCTGCTTCTAATACTAATGTAAACAAGTTGA
AACATAAGAAGCAAACAATGACTTCAGTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1H465TF U 1
AF RR1DQ62TF U 1
AF RR1H465JQ C 482
BS 1 44 RR1DQ62TF
BS 45 45 RR1H465TF
BS 46 344 RR1DQ62TF
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BS 346 424 RR1DQ62TF
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BS 426 706 RR1DQ62TF
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BS 708 715 RR1DQ62TF
BS 716 716 RR1H465JQ
BS 717 754 RR1DQ62TF
BS 755 1110 RR1H465JQ

RD RR1H465TF 713 0 0
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AAAACAAGAAGAATTAAAAAACGTTAATTCTGGAAAATAAAAAAAAA*CGAGAGTTGTTG
TTTCTCACGAAGATGAAGATGAAATGATATCCCATGAATATGATCATGTTTCTTACTAAC
CCTAATAATCAAGAAGAGGGCTTTTCAAGAACGTAGCAACAGACAGCATTCTCTGTTCCA
TTTTTTTTTGGTTTTGTGTTGAAATCTTTTGTTGCAGATTCATCAATGTCCATTATATCA
TCTCGGACAGGACGAGATCGTCAACGTTACGACAACAACTTTCGCCTCGTTTCTGGATGC
ATTCCGTATAGGCTGATCAAAGAAGAGGGAAGTGAAGAAGACACAAGTGTTGACTTTGTA
AACAAGTTTCAAGTTCTCATGGTCTCATCTCCTAATCGTCATGATCTTGTCTTCCCAAAG
GTTTTTTAAAAAAAAAAATCTTCTGAAAATCTCCCTTTCTTACTGTCTTTATGAAAACTC
TTTTCTATTTTGGTTGTGTATGTTACTACTATCAAGGGAGGATGGGAAGATGATGAGACA
GTTCTTGAAGCTGCTTCTCGTGAAGCCATGGAAGAAGCTGGAGTTAAAGGAAGCCTTAGA
GAAGT*CCTTTAG*AGTTTGGGAATTTAGAAGCAAA*GTAGTTGTA
CGAGGAG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1DQ62TF 764 0 0
GGAATGAATGCTCGTTGGTATACACTCCTCATTCTTCTCCCTAAGAATAGAGAGAACTTA
AAAACAAGAAGAATTAAAAAACGTTAATTCTGGAAAATAAAAAAAAAACGAGAGTTGTTG
TTTCTCACGAAGATGAAGATGAAATGATATCCCATGAATATGATCATGTTTCTTACTAAC
CCTAATAATCAAGAAGAGGGCTTTTCAAGAACGTAGCAACAGACAGCATTCTCTGTTCCA
TTTTTTTTTGGTTTTGTGTTGAAATCTTTTGTTGCAGATTCATCAATGTCCATTATATCA
TCTCGGACAGGACGAGATCGTCAACGTTACGACAACAACTTTCGTCTCGTTTCTGGATGC
ATTCCGTATAGGCTGATCAAAGAAGAGGGAAGTGAAGAAGACACAAGTGTTGACTTTGTA
AACAGGTTTCAAGTTCTCATGGTCTCATCTCCTAATCGTCATGATCTTGTCTTCCCAAAG
GTTTTTTAAAAAAAAAAATCTTCTGAAAATCTCCCTTTCTTACTGTCTTTATGAAAACTC
TTTTCTATTTTGGTTGTGTATGTTACTACTATCAAGGGAGGATGGGAAGATGATGAGACA
GTTCTTGAAGCTGCTTCTCGTGAAGCCATGGAAGAAGCTGGAGTTAAAGGAAGCCTTAGA
GAAGT*CCTTTAGGAGTTTGGGAATTTAGAAGCAAAAGTAGTTGTA*CGAGGAGA*TGAA
TGTTTTGGTGGATGCAAAGGATATATGTTTGCAT
AGAGTACCGA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1H465JQ 629 0 0
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TTTCTATTTTGGTTGTGTATGTTACTACTATCAAGGGAGGATGGGAAGATGATGAGACAG
TTCTTGAAGCTGCTTCTCGTGAAGCCATGGAAGAAGCTGGAGTTAAAGGAAGCCTTAGAG
AAGTTCCTTTAGGAGTTTGGGAATTTAGAAGCAAAAGTAGTTGTAACGAGGAGAATGAAT
GTTTTGGTGGATGCAAAGGATATATGTTTGCATTAGAGGTAACCGAAGAACTCCAGGAAT
GGCCAGAACGTGAGAATCGTGAGAGGAAATGGTTGAATGTTAAAGAAGCATTGGAGCTGT
GTCGGTATGTATGGATGCAGAGAGCACTTGAAGAGTTTTTAAGAGTAATGCAAGAAGATG
AAGAAAGAAAATTGACAACAGAGGAAGAGACAGTGCAGGATGATTCTTCAAAGCTAGAGG
AGTGTCAAATAGATCCTTGTTACTGTTTTATAGTTAATTAGTTCTTTTTTCAATCTTTAT
TTTTTAGCTTTTGGGTTCAGTTGAAAAAGCTGCTTCTAATACTAATGTAAACAAGTTGAA
ACATAAGAAGCAAACAATGACTTCAGTTG

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 3

CO CL4351Contig1 1100 3 21 U
AAATTAACGACTAGCAACTCTCTTGACTTTTAAATTTACATTTTCAAATGGCATTGAGAA
GTAACAGACAGAGTTCATAAGCTTAATCAGAGATCTACATATTAAAAGTCTAAAACAAGA
GTTATATAAATAACCAAAAAACTATAAGAAAAAGAAAAATAATAATTAGTCAGTCTATGA
CTCACGAATCCTCAGGGAGATTTATATAGTCAAACACCCTTTTTGCCCTGTCACATCATT
TGGACAAAACACAAACAAAAAAGGGATTTTGAGTTTGAGCTTCAGTTCGCTTCAGCTCAG
TTCTGGTCGATGAAATCAGCAGGCAAGTTCAAGTCCAACAAAGTGACTTTGCTGTTCCTG
AAACTACCCTCTCTTCTGGGACGTTTATGTGGAGAAGGGTAAACCATTTCTTCAAAGTCC
CCTGATCCTGAAGCTCTCTCAGGCCTCGATGTCTCTCCGCTTGTACCACTACTCTCCAAA
GGACGTTTGGAACTACTCCAGGAAGCATGAAACTCAGCTGCTTGCTCGATCCCCTTTGAG
CTGTAAGGCGCGATGTTGTGGATACCAGACTGGAGCGAACCGAGCAAGTCATTCTCGATG
CACTCGTACATCTTCTTGCAGAGGCTATCCACCGCAACAGACAAGTTGATGACGTGGATC
CTCACATCCATGACTTTCTCATCGCTAAAGTCGTCAAAGGGCTCCTCCAACAGCTGAGAG
AGCTTCTCAACGTTACCCTCGAGCTGCTGCTGCTGATCCTCGAACAGATTCTTCTTCATC
TCCCTCTCCTCGGAGCTCATCTCGTCTTTGAACACCTCCTCGCCAAACATGTAATACGCG
AAAGCGTACGAATACGAAAGGATCCGCCTCGATCTGAATAGCCTGTTGAGTCCGTTGGTG
ACCCAGGTGAAGTCTTTGAGCTTCAGCTCCTTCTTCTCTGACTTCGACACTTTCTTGAGG
ATCTTACCCCTGAGTTTATCTTCCAGCTTCGATGAATCGGTATGTGCTTTGTAGCGGTGA
TGGTAGTGTGTGTACCTGTCTAAATCCCTTTTGGCTCTTTCCATCTGCCTTTCCTTGTCA
TCTTCGTACCGACCACAGCC


BQ
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AF RR1CF27JQ U 1
AF RR1GU92JQ U 25
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GG
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FS82JQ U 1
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CTGTGAAGGTAAACCTCGTAATCTGGCTCACCAGTGTCATACTTAGTAGGCAGATTATAA
TTGACAACCAGATTCACTCGCTGTTGGTCAAAACCTCTGGCAAGGACATCGGTTGCAATG
AGGACTTGAGTTAGGCAGTCTTTGAACTCCTTCACTATCTTATCTCTCTCCTCCTGAGTC
AAATTACCATGAACACTGGTGACATCATACCCCATTTCCGCAAGGGCTTTGTGCACTTTG
CCTGCCGACACCTTTGTCCTCACGAATATTATGGTCTGGCCAATATCCCCAAGCTCCATA
ATCTGATCTTTGATGACTTCAATCTTGTTCTGCTCCCTTGGGCAGACCACCTTATACTGC
TTTACTGAGTCCAACTTCAGATCCTCTCTTTTTACAAATAGTTGGTTCGGGTCCTCGACT
GTCTTTTGAACAAAATCTTTGACTATTTCGTTAAAGTTGCCGAGA

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 3

CO CL4353Contig1 891 3 6 U
GGCGAAGAACATAATAAGATATAATGCATAGTTGGTTTTGCGAATTACAAGCCCAAATGA
TCCAAAGCATAATAAGCATATAACAATTAACAAGTGTGTTGCCAAGGATTTGTACAAATC
TGATCTCTACTTTTTTTTTCATTCCGTAAAATGTGCAGTGTGCGCTTTACTTAATGATGC
TGTTTATATGAAATGGGGCCAGATCTAGAGACAGCAAACCTTGGAAGTGGACTAGGACCT
GTGCTGTTTGATCCTGACCCTCCTTTATGGCTCGTGCTGTAATCTAACGGTCCAGAACGA
CGAGAACTACCTCTTTGTTTGCTCTTGTTGTTTTCATTGCTCCTCGAGTTTCCAGTCTCC
GGTTCGTTGTAGTGTTCCTGACTGTAGACTGAGGATGATGAGCCTTTGAAGTACCCTGAA
TCTGCAGCTGCTGCACTGCTACTTCCGCTACCACTACCACGGGGAGTGGTCGAGGTTTTC
ATGGAGGGAGAAGCGTGGATGAGCGATACAGATGGGGAATGGTGTGGGGATGCAGTTGCG
ACCGGTGTGGACGGTGTGTTGGAGTAGTACTGAGTGTAGATTGACCTGAGGATTGTGTAT
GGAACATGTGATTCCAGGGAGCTTCTTGGGAGGTACGGTGAGCTCTCGCAGAGTTGATCT
AGGAAGATAAGCTTAGCCACAAGATGAGATCTGTTTGCTTCGTTCCATGAATCTAGCACG
ATCGACGCCGCAAATTTTACAAAGAGTAACATTGAAGATTTGATGCTTGCTTCCGCGGTT
ACACGAGATTGAAACTCTGCGTCGAGGTTTTCACTAGACTGATGATGACCGTTGGAGAGG
GACTGATGCTGCTGCTGGTATTCACGTTGTAACCTCACATACTCGCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP72JQ U 1
AF RR1H650JQ U 16
AF RR1FP72TF C 241
BS 1 92 RR1FP72JQ
BS 93 93 RR1H650JQ
BS 94 115 RR1FP72JQ
BS 116 116 RR1H650JQ
BS 117 698 RR1FP72JQ
BS 699 891 RR1FP72TF

RD RR1FP72JQ 698 0 0
GGCGAAGAACATAATAAGATATAATGCATAGTTGGTTTTGCGAATTACAAGCCCAAATGA
TCCAAAGCATAATAAGCATATAACAATTAACAGGTGTGTTGCCAAGGATTTGTACGAATC
TGATCTCTACTTTTTTTTTCATTCCGTAAAATGTGCAGTGTGCGCTTTACTTAATGATGC
TGTTTATATGAAATGGGGCCAGATCTAGAGACAGCAAACCTTGGAAGTGGACTAGGACCT
GTGCTGTTTGATCCTGACCCTCCTTTATGGCTCGTGCTGTAATCTAACGGTCCAGAACGA
CGAGAACTACCTCTTTGTTTGCTCTTGTTGTTTTCATTGCTCCTCGAGTTTCCAGTCTCC
GGTTCGTTGTAGTGTTCCTGACTGTAGACTGAGGATGATGAGCCTTTGAAGTACCCTGAA
TCTGCAGCTGCTGCACTGCTACTTCCGCTACCACTACCACGGGGAGTGGTCGAGGTTTTC
ATGGAGGGAGAAGCGTGGATGAGCGATACAGATGGGGAATGGTGTGGGGATGCAGTTGCG
ACCGGTGTGGACGGTGTGTTGGAGTAGTACTGAGTGTAGATTGACCTGAGGATTGTGTAT
GGAACATGTGATTCCAGGGAGCTTCTTGGGAGGTACGGTGAGCTCTCGCAGAGTTGATCT
AGGAAGATAAGCTTAGCCACAAGATGAGATCTGTTTGC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1H650JQ 659 0 0
AAGATATAATGCATAGTTGGTTTTGCGAATTACAAGCCCAAATGATCCAAAGCATAATAA
GCATATAACAATTAACAAGTGTGTTGCCAAGGATTTGTACAAATCTGATCTCTACTTTTT
TTTTCATTCCGTAAAATGTGCAGTGTGCGCTTTACTTAATGATGCTGTTTATATGAAATG
GGGCCAGATCTAGAGACAGCAAACCTTGGAAGTGGATTAGGACCTGTGCTGTTTGATCCT
GACCCTCCTTTATGGCTCGTGCTGTAATCTAACGGTCCAGAACGACGAGAACTACCTCTT
TGTTTGCTCTTGTTGTTTTCATTGCTCCTCGAGTTTCCAGTCTCCGGTTCGTTGTAGTGT
TCCTGACTGTAGACTGAGGATGATGAGCCTTTGAAGTACCCTGAATCTGCAGCTGCTGCA
CTGCTACTTCCGCTACCGCTACCGCGGGGAGTGGTCGAGGTTTTCATTGAGGGAGAAGCG
TGGATGAGCGATACAGATGGGGAATGGTGTGGGGATGCAGTTGCGAGCGGTGTGGACGGT
GTGTTGGAGTAGTACTGAGTGTAGATTGACCTGAGGATTGTGTATGGAACATGTGATTCC
AGGGAGCTTCTTGGGAGGTACGGTGAGCTCTCGCAGAGTTGATCTAGGAAGATAAGCTT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1FP72TF 651 0 0
GTGCTGTTTGATCCTGACCCTCCTTTATGGCTCGTGCTGTAATCTAACGGTCCAGAACGA
CGAGAACTACCTCTTTGTTTGCTCTTGTTGTTTTCATTGCTCCTCGAGTTTCCAGTCTCC
GGTTCGTTGTAGTGTTCCTGACTGTAGACTGAGGATGATGAGCCTTTGAAGTACCCTGAA
TCTGCAGCTGCTGCACTGCTACTTCCGCTACCACTACCACGGGGAGTGGTCGAGGTTTTC
ATGGAGGGAGAAGCGTGGATGAGCGATACAGATGGGGAATGGTGTGGGGATGCAGTTGCG
ACCGGTGTGGACGGTGTGTTGGAGTAGTACTGAGTGTAGATTGACCTGAGGATTGTGTAT
GGAACATGTGATTCCAGGGAGCTTCTTGGGAGGTACGGTGAGCTCTCGCAGAGTTGATCT
AGGAAGATAAGCTTAGCCACAAGATGAGATCTGTTTGCTTCGTTCCATGAATCTAGCACG
ATCGACGCCGCAAATTTTACAAAGAGTAACATTGAAGATTTGATGCTTGCTTCCGCGGTT
ACACGAGATTGAAACTCTGCGTCGAGGTTTTCACTAGACTGATGATGACCGTTGGAGAGG
GACTGATGCTGCTGCTGGTATTCACGTTGTAACCTCACATACTCGCTTCCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL4354Contig1 824 2 4 U
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GGTGCCAATGCTATTGTTGCACGCAACATTCCTCCTCACAACGCCTCCGCCACGAATCCG
AGAGACGCTTATCCTATAGAACAGATTATCGAAAAGGGAGAGTGGGGCTCCCTTCAGGAT
GTTTACCGGCTTCTTCAACAAGAAGCTGGAGCAGCGGCAGCGACCGAGGCTTACCCTGCT
TTTGTCCGTAACCGGTTGTTCAGGTTGCGTGACAACAAGGATGAGACTGAGAAGGAGACG
GTTGCTGGTATCTTGACGTTGCTAACGCATCTGATAAAGTTCAAGGACGTGAACTCGATG
GTGGGTGTTGATTCGGCTAGGAAGCACCATTTTCCGGGGATGATCCGTGATAAATGTAAT
AGGTTGTTCAAGGATTCTGACACGGGCGACAGGAGGATACCTGATGACAAGGTCAACCTT
CTGATAAGCTACGTTCTCGTGCTCAGCCTTCACGTGGATAAGTTCAAGACCGACTTTGAA
GACATTGCAAAGGATCTGAGGATGAGCTCGATGGATGTGAGGAGGCATTTTGAGAACCTT
GGGTGTAAATTCTCGGTTGAGAACTCGATTCGTTTTGCGACGTTGCCGGTTCCTCTCCAG
TTCCCGCAGATAACGCGGAGGAGGAAGAGACAACGATAGATGGAGAGAGAGAAGAGTTGT
GCTGTTTGCCCGTTTTTTTGATGTGGAGGATGTGATTTTAAGTTATGTTTCTTATGTTTT
AATGACTTTGGTCGTACTGATAAGTGTTTAACCATTGCCTACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY36TF U 1
AF RR1CH66JQ C 96
BS 1 448 RR1EY36TF
BS 449 449 RR1CH66JQ
BS 450 657 RR1EY36TF
BS 658 824 RR1CH66JQ

RD RR1EY36TF 657 0 0
GCACAGAAGACGCTTGAAAATAAACTTGACAAATTGGATGTCAACATTAGTGCTCTCGAA
GGTGCCAATGCTATTGTTGCACGCAACATTCCTCCTCACAACGCCTCCGCCACGAATCCG
AGAGACGCTTATCCTATAGAACAGATTATCGAAAAGGGAGAGTGGGGCTCCCTTCAGGAT
GTTTACCGGCTTCTTCAACAAGAAGCTGGAGCAGCGGCAGCGACCGAGGCTTACCCTGCT
TTTGTCCGTAACCGGTTGTTCAGGTTGCGTGACAACAAGGATGAGACTGAGAAGGAGACG
GTTGCTGGTATCTTGACGTTGCTAACGCATCTGATAAAGTTCAAGGACGTGAACTCGATG
GTGGGTGTTGATTCGGCTAGGAAGCACCATTTTCCGGGGATGATCCGTGATAAATGTAAT
AGGTTGTTCAAGGATTCTGACACGGGCGGCAGGAGGATACCTGATGACAAGGTCAACCTT
CTGATAAGCTACGTTCTCGTGCTCAGCCTTCACGTGGATAAGTTCAAGACCGACTTTGAA
GACATTGCAAAGGATCTGAGGATGAGCTCGATGGATGTGAGGAGGCATTTTGAGAACCTT
GGGTGTAAATTCTCGGTTGAGAACTCGATTCGTTTTGCGACGTTGCCGGTTCCTCTC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1CH66JQ 729 0 0
TCACAACGCCTCCGCCACGAATCCGAGAGACGCTTATCCTATAGAACAGATTATCGAAAA
GGGAGAGTGGGGCTCCCTTCAGGATGTTTACCGGCTTCTTCAACAAGAAGCTGGAGCAGC
GGCAGCGACCGAGGCTTACCCTGCTTTTGTCCGTAACCGGTTGTTCAGGTTGCGTGACAA
CAAGGATGAGACTGAGAAGGAGACGGTTGCTGGTATCTTGACGTTGCTAACGCATTTGAT
AAAGTTCAAGGACGTGAACTCGATGGTGGGTGTTGATTCGGCTAGGAAGCACCATTTTCC
GGGGATGATCCGTGATAAATGTAATAGGTTGTTCAAGGATTCTGACACGGGCGACAGGAG
GATACCTGATGACAAGGTCAACCTTTTGATAAGCTACGTTCTCGTGCTCAGCCTTCACGT
GGATAAGTTCAAGACCGACTTTGAAGACATTGCAAAGGATCTGAGGATGAGCTCGATGGA
TGTGAGGAGGCATTTTGAGAACCTTGGGTGTAAATTCTCGGTTGAGAACTCGATTCGTTT
TGCGACGTTGCCGGTTCCTCTCCAGTTCCCGCAGATAACGCGGAGGAGGAAGAGACAACG
ATAGATGGAGAGAGAGAAGAGTTGTGCTGTTTGCCCGTTTTTTTGATGTGGAGGATGTGA
TTTTAAGTTATGTTTCTTATGTTTTAATGACTTTGGTCGTACTGATAAGTGTTTAACCAT
TGCCTACCG

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL4355Contig1 638 2 3 U
GGAGATCTATCTTGAATCGCCATTGAGATCGACGGAGGGGAGAGAGAGAGAGAGGTGGGT
GATTACTAGTAAGAAGAGGAACACATAGATAGGGAGGGAGATAATGGATTTGGATAAATG
GATATCGAAAGTTAAAGAAGAAAGTCAGCATCTCTCCGAGGACGAGCTTCAGCTTCTCTG
CGAATACGTGAAAGAGATTCTGATTGAGGAGTCGAATGTACAGCCTGTCAACAGCCCTGT
CACCGTCTGTGGTGACATTCATGGCCAGTTTCATGATCTCATGAAGCTTTTTCAGACCGG
TGGTCATGTTCCCGACACCAACTACATATTTATGGGGGACTTCGTTGATAGAGATTACAA
CAGCCTTGAAGTCTTCACTATTCTTTTGCTTCTTAAAGCTAGACATCCAGCCAATATTAC
ACTTCTGCGTGGAAATCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGGTGTATGGTTTTTATGACGA
ATGCCAAAGGAAGTATGGTAACGCTAATGCATGGCGATATTGCACAGATGTTTTTGACTA
TCTTACCATATCTGCTATTATAGATAGCACTGTTCTATGTGTTCATGGTGGTCTTTCCCC
GGATGTCCCGGACAATTGATCAGATAAGAGTAGTCGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ82TF U 1
AF RR1DW07TF U 55
BS 1 450 RR1FZ82TF
BS 451 451 RR1DW07TF
BS 452 638 RR1FZ82TF

RD RR1FZ82TF 638 0 0
GGAGATCTATCTTGAATCGCCATTGAGATCGACGGAGGGGAGAGAGAGAGAGAGGTGGGT
GATTACTAGTAAGAAGAGGAACACATAGATAGGGAGGGAGATAATGGATTTGGATAAATG
GATATCGAAAGTTAAAGAAGAAAGTCAGCATCTCTCCGAGGACGAGCTTCAGCTTCTCTG
CGAATACGTGAAAGAGATTCTGATTGAGGAGTCGAATGTACAGCCTGTCAACAGCCCTGT
CACCGTCTGTGGTGACATTCATGGCCAGTTTCATGATCTCATGAAGCTTTTTCAGACCGG
TGGTCATGTTCCCGACACCAACTACATATTTATGGGGGACTTCGTTGATAGAGATTACAA
CAGCCTTGAAGTCTTCACTATTCTTTTGCTTCTTAAAGCTAGACATCCAGCCAATATTAC
ACTTCTGCGTGGAAATCATGAAAGTAGACAGCTAACGCAGGTGTATGGTTTTTATGACGA
ATGCCAAAGGAAGTATGGTAACGCTAATGCATGGCGATATTGCACAGATGTTTTTGACTA
TCTTACCATATCTGCTATTATAGATAGCACTGTTCTATGTGTTCATGGTGGTCTTTCCCC
GGATGTCCCGGACAATTGATCAGATAAGAGTAGTCGAT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1DW07TF 552 0 0
GG
GGGTGATTACTAGTAAGAAGAGGAACACATAGATAGGGAGGGAGATAATGGATTTGGATA
AATGGATATCGAAGGTTAAAGAAGAAGGTCAGCATCTCTCCGAGGACGAGCTTCAGCTTC
TCTGCGAATACGTGAAAGAGATTCTGATTGAGGAGTCGAATGTACAGCCTGTCAACAGCC
CTGTCACCGTCTGTGGTGACATTCATGGCCAGTTTCATGATCTCATGAAGCTTTTTCAGA
CCGGTGGTCATGTTCCCGACACCAACTACATATTTATGGGGGAGTTCGTTGATAGAGGTT
ACAACAGCCTTGAAGTCTTCACTATTCTTTTGCTTCTTAAAGCTAGACATCCAGCCAATA
TTACACTTCTGCGTGGAAATCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGGTGTATGGTTTTTATG
ACGAATGCCAAAGGAAGTATGGTAACGCTAATGCATGGCGATATTGCACAGATGTTTTTG
ACTATCTTACCATATCTGCTATTATAGATAGCACTGTTCTATGTGTTCATGGTGGTCTTT
CCCCGGATGT

QA 3 552 3 552
DS 



AS 1 2

CO CL4356Contig1 631 2 1 U
TCTTTGCAGGTAAGTAGCAGATAACCGAAAAGATGGGACGTGTCAGAACCAAGACCGTGA
AGAAATCATCTCGTCAAGTCATCGAGAAGTACTACTCTCGCATGACACTCGACTTCCACA
CGAACAAGAAGATCCTCGAAGAAGTCGCAATCATCCCTTCGAAGCGTCTCCGCAACAAGA
TCGCTGGATTCTCCACCCATTTGATGAAACGTATCCAGAAGGGACCGGTCCGTGGCATCT
CGCTCAAGCTTCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTTCCCGATGAGTCTG
CCATCAAGACCGATGTGATCAAGGTCGATAAAGAGACTCTGGAGATGCTTGCTTCCCTTG
GAATGTCTGACGCTCATGGCTTCTCTGAAGTCGAGGCACAGGCCGCACCTTCTTTCAGCA
GGCCACCAAGAAGGTTCTGAGGAGGAGGCTGTTGTTGTTGTTATCAGTCGAATCAAGAGA
GAAATCTTTAGATTGACTGTTTTTGTTTTGAAGTTAGAGACGAAAGACTTGGATTCGAGA
TTGCTGTTCTTGAAATGTTTATTGCTTGTTTTGATTCTAGATTTATGTCCTAAACTGAAA
GTTATACACTTTTTCTATTCCATGGTTTTAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GB03JQ C 1
AF RR1GB03TF U 1
BS 1 631 RR1GB03TF

RD RR1GB03JQ 631 0 0
TCTTTGCAGGTAAGTAGCAGATAACCGAAAAGATGGGACGTGTCAGAACCAAGACCGTGA
AGAAATCATCTCGTCAAGTCATCGAGAAGTACTACTCTCGCATGACACTCGACTTCCACA
CGAACAAGAAGATCCTCGAAGAAGTCGCAATCATCCCTTCGAAGCGTCTCCGCAACAAGA
TCGCTGGATTCTCCACCCATTTGATGAAACGTATCCAGAAGGGACCGGTCCGTGGCATCT
CGCTCAAGCTTCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTTCCCGATGAGTCTG
CCATCAAGACCGATGTGATCAAGGTCGATAAAGAGACTCTGGAGATGCTTGCTTCCCTTG
GAATGTCTGACGCTCATGGCTTCTCTGAAGTCGAGGCACAGGCCGCACCTTCTTTCAGCA
GGCCACCAAGAAGGTTCTGAGGAGGAGGCTGTTGTTGTTGTTATCAGTCGAATCAAGAGA
GAAATCTTTAGATTGACTGTTTTTGTTTTGAAGTTAGAGACGAAAGACTTGGATTCGAGA
TTGCTGTTCTTGAAATGTTTATTGCTTGTTTTGATTCTAGATTTATGTCCTAAACTGAAA
GTTATACACTTTTTCTATTCCATGGTTTTAA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1GB03TF 631 0 0
TCTTTGCAGGTAAGTAGCAGATAACCGAAAAGATGGGACGTGTCAGAACCAAGACCGTGA
AGAAATCATCTCGTCAAGTCATCGAGAAGTACTACTCTCGCATGACACTCGACTTCCACA
CGAACAAGAAGATCCTCGAAGAAGTCGCAATCATCCCTTCGAAGCGTCTCCGCAACAAGA
TCGCTGGATTCTCCACCCATTTGATGAAACGTATCCAGAAGGGACCGGTCCGTGGCATCT
CGCTCAAGCTTCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTTCCCGATGAGTCTG
CCATCAAGACCGATGTGATCAAGGTCGATAAAGAGACTCTGGAGATGCTTGCTTCCCTTG
GAATGTCTGACGCTCATGGCTTCTCTGAAGTCGAGGCACAGGCCGCACCTTCTTTCAGCA
GGCCACCAAGAAGGTTCTGAGGAGGAGGCTGTTGTTGTTGTTATCAGTCGAATCAAGAGA
GAAATCTTTAGATTGACTGTTTTTGTTTTGAAGTTAGAGACGAAAGACTTGGATTCGAGA
TTGCTGTTCTTGAAATGTTTATTGCTTGTTTTGATTCTAGATTTATGTCCTAAACTGAAA
GTTATACACTTTTTCTATTCCATGGTTTTAA

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 3

CO CL4357Contig1 792 3 3 U
GGGATTTCGAGAAGCACTGAAAAAATGATGTCAACACGTCGTCTCTTTACTCTCCTCTGC
TTCTTCTTCCTCTTCTCAACCTTACTCGCTCTTTCCGAATCCAAACTCTTGGAGCCTCAA
GCCGCTGAGTCTTTCAATGTCAGCCTCATCCAGAAATTTGCGGCTAGTTGTTCTTACACA
GTGATCATCTCTACGAGCTGTTCGTCATCGAGGTACACTCGCGATCAAATTAGCGTCGCT
TTTGGAGATGCATACGGAAATCAGATATACGCACCAAGGCTTGACGACCCGTCTATTAAG
ACCTTTGAGCAGTGCTCATCAGACCCATTTGAGATTAACGGACCATGCACATACCAAATA
TGCTATGTGTATCTCTACAGGTCTGGTCCCGACGGTTGGATTCCAGAGAGTGTCAAGATA
TACAGCCATGGCTCCAGAGCTGTCACCTTCCCGTATAACACGAACGTCCCTGAGAGTATA
TGGTACGGTTTCAACTACTGCAACAGCGCCTCGGGTTCTAATGTCCTACCCATTGGTCTC
CGAAGGATTGTGCTCATACTGCTTGGCTTTATTCTGGCCGGTTCAACATTGCTATTGTAA
GATGTTGTGGTTCTGGTTTTAATGTCGGGTTTGTGTGAACATAATATGAGTAGGAACTTA
TGCAGAATAATATGTACTGTTATTGGAAAATTGGGTGTATTGATATCCCTTCAGAAGATT
TCTGTAATAACTATGAAGTTACTTACTACTGCTAATTTACAGTGTAGATTTTATAAACGT
AATGTATTGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT90TF U 1
AF RR1G536TF U 7
AF RR1DT90JQ C 207
BS 1 546 RR1DT90TF
BS 547 623 RR1G536TF
BS 624 792 RR1DT90JQ

RD RR1DT90TF 546 0 0
GGGATTTCGAGAAGCACTGAAAAAATGATGTCAACACGTCGTCTCTTTACTCTCCTCTGC
TTCTTCTTCCTCTTCTCAACCTTACTCGCTCTTTCCGAATCCAAACTCTTGGAGCCTCAA
GCCGCTGAGTCTTTCAATGTCAGCCTCATCCAGAAATTTGCGGCTAGTTGTTCTTACACA
GTGATCATCTCTACGAGCTGTTCGTCATCGAGGTACACTCGCGATCAAATTAGCGTCGCT
TTTGGAGATGCATACGGAAATCAGATATACGCACCAAGGCTTGACGACCCGTCTATTAAG
ACCTTTGAGCAGTGCTCATCAGACCCATTTGAGATTAACGGACCATGCACATACCAAATA
TGCTATGTGTATCTCTACAGGTCTGGTCCCGACGGTTGGATTCCAGAGAGTGTCAAGATA
TACAGCCATGGCTCCAGAGCTGTCACCTTCCCGTATAACACGAACGTCCCTGAGAGTATA
TGGTACGGTTTCAACTACTGCAACAGCGCCTCGGGTTCTAATGTCCTACCCATTGGTCTC
CGAAGG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1G536TF 617 0 0
GG
GAGAAGCACTGAAAAAATGATGTCAACACGTCGTCTCTTTACTCTCCTCTGCTTCTTCTT
CCTCTTCTCAACCTTACTCGCTCTTTCCGAATCCAAACTCTTGGAGCCTCAAGCCGCTGA
GTCTTTCAATGTCAGCCTCATCCAGAAATTTGGGGCTAGTTGTTCTTACACAGTGATCAT
CTCTACGAGCTGTTCGTCATCGAGGTACACTCGCGATCAAATTAGCGTCGCTTTTGGAGA
TGCATACGGAAATCAGATATACGCACCAAGGCTTGACGACCCGTCTATTAAGACCTTTGA
GCAGTGCTCATCAGACACATTTGAGATTAACGGACCATGCACATACCAAATATGCTATGT
GTATCTCTACAGGTCTGGTCCCGACGGTTGGATTCCAGAGAGTGTCAAGATATACAGCCA
TGGCTCCAGAGCTGTCACCTTCCCGTATAACACGAACGTCCCTGAGAGTATATGGTACGG
TTTCAACTACTGCAACAGCGCCTCGGGTTCTAATGTCCTACCCATTGGTCTCCGAAGGAT
TGTGCTCATACTGCTTGGCTTTATTCTGGCCGGTTCAACATTGCTATTGTAAGATGTTGT
GGTTCTGGTTTTAAT

QA 3 617 3 617
DS 

RD RR1DT90JQ 586 0 0
ATCGAGGTACACTCGCGATCAAATTAGCGTCGCTTTTGGAGATGCATACGGAAATCAGAT
ATACGCACCAAGGCTTGACGACCCGTCTATTAAGACCTTTGAGCAGTGCTCATCAGACCC
ATTTGAGATTAACGGACCATGCACATACCAAATATGCTATGTGTATCTCTACAGGTCTGG
TCCCGACGGTTGGATTCCAGAGAGTGTCAAGATATACAGCCATGGCTCCAGAGCTGTCAC
CTTCCCGTATAACACGAACGTCCCTGAGAGTATATGGTACGGTTTCAACTACTGCAACAG
CGCCTCGGGTTCTAATGTCCTACCCATTGGTCTCCGAAGGATTGTGCTCATACTGCTTGG
CTTTATTCTGGCCGGTTCAACATTGCTATTGTAAGATGTTGTGGTTCTGGTTTTAATGTC
GGGTTTGTGTGAACATAATATGAGTAGGAACTTATGCAGAATAATATGTACTGTTATTGG
AAAATTGGGTGTATTGATATCCCTTCAGAAGATTTCTGTAATAACTATGAAGTTACTTAC
TACTGCTAATTTACAGTGTAGATTTTATAAACGTAATGTATTGGGT

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 3

CO CL4358Contig1 795 3 2 U
CCATTGTCAAAACATGATTCAAATTAAAATCTGTGTGTATCTTTTCAACAACCAAATAAA
AACGGATTTCAAAACAGATAATAAAAGCATATTTATAGAAGTACTCAAAAAAACATTGTA
AAATACATAAACCACATATGTAATATTGCATACTTCTAAGATGTGATTTAATAGATTACA
GATCACAATGTCACAAACTCAAGTCTTACAGCCACAACAACAGTTTTGTTTATTTATTAT
TCATTAAACACATAACCACTTTTTACCACTCCCACCCGCCAATTTTCAGAAAGGAAAGAT
CTTCCAAAGCTGGTTGTCTCCTT*GTTCCAGTCCCAGAGAACAATAGTTGTGCCATCACG
AACACCACCAGATTTGCTGTCACCGTGAAACGCATCAACGTTTAACCCCACATTGTTTAC
CATCCTTATGGTCCGATACCCATCACCCATATCCTTGCTCTCAGTCCACAGCACAGACTC
ATCAAGCGTATCAGGATCATATCTGACTAGATTAACGGGTTGTGTAGCTCCCACAGAATG
CTTCATGGCTTCACCAGTGGCCTTGTTAACCAAAGCAAAACAAGGATGACCCTCTGCGTC
CTTCACACGAGTACTGTACTTCTCGTCTTTGTACCAGTGCTGAGCTTCATCAAAAGGATC
GGCTGGGGCGAGAATGACCTGACCGTCTCTGATCGTCAGATAATAGTTAGGCTCTGCTTT
AGAATACACCTTCACCGTTCGTCTTCCAGCGAGTCCGGCGAGATTATCAGGAAGAAGGCG
GTTCTCATCATCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ17JQ U 1
AF RR1FZ17TF C 172
AF RR1G986JQ U 79
BS 1 651 RR1FZ17JQ
BS 652 795 RR1G986JQ

RD RR1FZ17JQ 651 0 0
CCATTGTCAAAACATGATTCAAATTAAAATCTGTGTGTATCTTTTCAACAACCAAATAAA
AACGGATTTCAAAACAGATAATAAAAGCATATTTATAGAAGTACTCAAAAAAACATTGTA
AAATACATAAACCACATATGTAATATTGCATACTTCTAAGATGTGATTTAATAGATTACA
GATCACAATGTCACAAACTCAAGTCTTACAGCCACAACAACAGTTTTGTTTATTTATTAT
TCATTAAACACATAACCACTTTTTACCACTCCCACCCGCCAATTTTCAGAAAGGAAAGAT
CTTCCAAAGCTGGTTGTCTCCTT*GTTCCAGTCCCAGAGAACAATAGTTGTGCCATCACG
AACACCACCAGATTTGCTGTCACCGTGAAACGCATCAACGTTTAACCCCACATTGTTTAC
CATCCTTATGGTCCGATACCCATCACCCATATCCTTGCTCTCAGTCCACAGCACAGACTC
ATCAAGCGTATCAGGATCATATCTGACTAGATTAACGGGTTGTGTAGCTCCCACAGAATG
CTTCATGGCTTCACCAGTGGCCTTGTTAACCAAAGCAAAACAAGGATGACCCTCTGCGTC
CTTCACACGAGTACTGTACTTCTCGTCTTTGTACCAGTGCTGAGCTTCATC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1FZ17TF 581 0 0
TAGATTACAGATCACAATGTCACAAACTCAAGTCTTACAGCCACAACAACAGTTTTGTTT
ATTTATTATTCATTAAACACATAACCACTTTTTACCACTCCCACCCGCCAATTTTCAGAA
AGGAAAGATCTTCCAAAGCTGGTTGTCTCCTT*GTTCCAGTCCCAGAGAACAATAGTTGT
GCCATCACGAACACCACCAGATTTGCTGTCACCGTGAAACGCATCAACGTTTAACCCCAC
ATTGTTTACCATCCTTATGGTCCGATACCCATCACCCATATCCTTGCTCTCAGTCCACAG
CACAGACTCATCAAGCGTATCAGGATCATATCTGACTAGATTAACGGGTTGTGTAGCTCC
CACAGAATGCTTCATGGCTTCACCAGTGGCCTTGTTAACCAAAGCAAAACAAGGATGACC
CTCTGCGTCCTTCACACGAGTACTGTACTTCTCGTCTTTGTACCAGTGCTGAGCTTCATC
AGAAGGATCGGCTGGGGCGAGAATGACCTGACCGTCTCTGATCGTCAGATAATAGTTAGG
CTCTGCTTTAGAATACACCTTCACCGTTCGTCTTCC
GGCGC

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1G986JQ 717 0 0
C
AATAAAAGCATATTTATAGAAGTACTCAAAAAAACATTGTAAAATACATAAACCACATAT
GTAATATTGCATACTTCTAAGATGTGATTTAATAGATTACAGATCACAATGTCACAAACT
CAAGTCTTACAGCCACAACAACAGTTTTGTTTATTTATTATTCATTAAACACATAACCAC
TTTTTACCACTCCCACCCGCCAATTTTCAGAAAGGAAAGATCTTCCAAAGCTGGTTGTCT
CCTTTGTTCCAGTCCCAGAGAACAATAGTTGTGCCATCACGAACACCACCAGATTTGCTG
TCACCGTGAAACGCATCAACGTTTAACCCCACATTGTTTACCATCCCTATGGTCCGATAC
CCATCACCCATATCCTTGCTCTCAGTCCACAGCACAAACTCATCAAGCGTATCAGGATCA
TATCTGACTAGATTAACGGGTTGTGTAGCTCCCACGGAATGCTTCATGGCTTCACCAGTG
GCCTTGTTAACCAAAGCAAAACAAGGATGACCCTCTGCGTCCTCCACACGAGTACTGTAC
TTCTCGTCTTTGTACCAGTGCTGAGCTTCATCAAAAGGATCGGCTGGGGCGAGAATGACC
TGACCGTCTCTGATCGTCAGATAATAGTTAGGCTCTGCTTTAGAATACACCTTCACCGTT
CGTCTTCCAGCGAGTCCGGCGAGATTATCAGGAAGAAGGCGGTTCTCATCATCATG

QA 2 717 2 717
DS 



AS 1 3

CO CL4359Contig1 1219 3 11 U
GGCCACAGATCAAGTAGAGATCCAAGTCCCACTGAAAGTCGAAAAGGAGGAAGATTCCAG
TCTCTCGTTATAAATAGGGAGAGAAGAGGAAGATTTTCCAACTTCGAGGGTCCTGTTTCT
AATTTTCCGGCTGGAAGTGTGGCGGCTCCTAACATCCACCCTTCAAATATGTTCAAGCAG
AGAGGAAACCATATGCCAGTTGAACAAGGGATCGAGTCTCCTTCTGAAGATAATATTGTT
GAAGACATAATGGGGAAACACGATCAATTTGTCAGCTCTATGCAGTCTCGTTTGGCTAAG
TTACAGGTAATTCGTAGATATTGGGAAAGAAATGATGTAAAGAACACGATAGGTTCAATG
GAGAAGATGGCTGATAATGCTGTTACAGCGGATGTACTGAGTATAATAACGGAGAGAAAT
GAGATTATGACACTGGATACTTGTACCTCCCTTCTCCCCATTCTAACAGCTCTTCTAGGA
AGTGACATGGATCAGCATTTGAGCGTTTCCCTGGATATGCTGCTTAAGCTGGTTAGAATG
TACGGATCACCAATTTACTCATCGCTGTCAGCTCCAGCATCTGTTGGTGTAGATATCGAA
GCCGAGCAAAGAATCGAGCGCTACAGTCGTTGCTTTGTGGAGCTAGAGAAAGTTAAAGCT
TGCCTTCCCTCGCTGTCAAGAAGAGGAGGTTTGGTGGCCAAGTCTGTGATTGAACTCAAC
TTAGCATTTCAGGAAGTTTCATCATAATCAATTCCGAATCCTAGAAAAGCACAGAGCAAA
GCCCGTCTTCTTAGTGGCATCTTCCCAATCCTGTGCTTGTTTTCTTTTTTTAATGTGGAT
TTGGTTCCAAAGGGAGTCTAACAAAAAGAGAAAAAAAAAACTAAAGCTGATGATGATACG
CTTACTAAGTTAACCAAAAGAGTTTGGAAGGCTATAATCACTCCCGAGTTAGCTGCATCT
GTGACCACTCCATGACTTTTTTATCATCCAGCTACTAATCTTTGTCTTTGCTTTGGGGGA
AGTGTATTGCTCTAACTGCGGTGTGTGTAGAAACAGAGTGAGAGAGAAAGCCATATGGGC
TGTGTATTGCTCTCCTAGCTAATATTACATGAATACTAAGAATTTCAGTGTTCTTTTCTC
AACTCTGCTAGAGAGTATTTTCATGTTTTCTCTTGGATTTGATCTCATTATCATCAATCT
TATGTTCTACTCATTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C656TF U 1
AF RR1G679TF U 351
AF RR1G679JQ C 492
BS 1 659 RR1C656TF
BS 660 660 RR1G679TF
BS 661 678 RR1C656TF
BS 679 1040 RR1G679TF
BS 1041 1041 RR1G679JQ
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BS 1096 1101 RR1G679TF
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RD RR1C656TF 680 0 0
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TGCCTTCCCTCGCTGTCA
GA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1G679TF 784 0 0
G
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AATGTGGATTTGGTTCCAAAGGGAGTCTAACAAAAAGAGAAAAAAAAAACTAAAGCTGAT
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GCTGCATCTGTGACCACTCCATGACTTTTTTATCATCCAGCTACTAATCTTTGTCTTTGC
TTTGGGGGAAGTGTATTGCTCTAACTGCG*TGTGTGTAGAAACAGAGTGAGAGAGAAAGC
CATATGGGCTGTGTATTGCTCTC*TAGCTA*TATTACATGAATACTAAGAATTTCAGTGT
TCT

QA 2 784 2 784
DS 

RD RR1G679JQ 728 0 0
TCAGCATTTGAGCGTTTCCCTGGATATGCTGCTTAAGCTGGTTAGAATGTACGGATCACC
AATTTACTCATCGCTGTCAGCTCCAGCATCTGTTGGTGTAGATATCGAAGCCGAGCAAAG
AATCGAGCGCTACAGTCGTTGCTTTGTGGAGCTAGAGAAAGTTAAAGCTTGCCTTCCCTC
GCTGTCAAGAAGAGGAGGTTTGGTGGCCAAGTCTGTGATTGAACTCAACTTAGCATTTCA
GGAAGTTTCATCATAATCAATTCCGAATCCTAGAAAAGCACAGAGCAAAGCCCGTCTTCT
TAGTGGCATCTTCCCAATCCTGTGCTTGTTTTCTTTTTTTAATGTGGATTTGGTTCCAAA
GGGAGTCTAACAAAAAGAGAAAAAAAAAACTAAAGCTGATGATGATACGCTTACTAAGTT
AACCAAAAGAGTTTGGAAGGCTATAATCACTCCCGAGTTAGCTGCATCTGTGACCACTCC
ATGACTTTTTTATCATCCAGCTACTAATCTTTGTCTTTGCTTTGGGGGAAGTGTATTGCT
CTAACTGCGGTGTGTGTAGAAACAGAGTGAGAGAGAAAGCCATATGGGCTGTGTATTGCT
CTCCTAGCTAATATTACATGAATACTAAGAATTTCAGTGTTCTTTTCTCAACTCTGCTAG
AGAGTATTTTCATGTTTTCTCTTGGATTTGATCTCATTATCATCAATCTTATGTTCTACT
CATTTTTT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 3

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AAATTACATAAAAGGTAAATAACGCTTAAAATAGATTGGAACTTCTTCTTCAGAAGCGAG
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ATCTTCTGCTATCGATTTAGCTCTGTATGCTGAAATTCTTCCTGATGGGACAGGGTATTC
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GAAGTACCACCCGATACGATTGGCGATAAGGCCGAATGAGGATGGGACTATCAACTCGTC
ATCACCTACTAGCGAATCGTCTCCTAATGTATGACATATCTTGGGACCTCGTCCTAAAAT
TAGTCTGTATAGATACTCAATCCTGAGTCTATTAACAATAGATCCGACTAGTGAAGTGTA
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TGCATCAAACTGTTTCCAATCTAATGAATATATCCAGTCACTTGTTTCCGCGATGTGCGA
TAATAACTGTGGCACGCTTAGTGTTGGATCTCGTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D948JQ U 1
AF RR1F392JQ U 1
AF RR1D948TF C 83
BS 1 53 RR1D948JQ
BS 54 54 RR1F392JQ
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RD RR1D948JQ 653 0 0
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QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1F392JQ 739 0 0
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ATCACCTACTAGTGAATCGTCTCCTAATGTATGACATATCTTGGGACCTCGTCCTAAAAT
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ATAACTTCCTGATGGAATTCCTTTGTGTGCGAAGTAAATTTTACCGTCTGGAGCGGCGAC
TTTCTTATGAATGAATAACTGTTTAGTTATCTCAAAAGCATCTTCCGTTTCTCTGTCTGG
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QA 1 739 1 739
DS 

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CGT
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TATGCTGAAATTCTTCCTGATGGGACAGGGTATTCAGGAAAGACTAGTAACCTTAAACAT
CGTTTAAGATCTCGTACGTTGAGACCTCCTTTGTAGGATCGACCTAGAAATGAAACCATC
TCTGGTATTCTCGAGTACTCCGTCTTTTCAATATTGAAGTACCACCCGATACGATTGGCG
ATAAGGCCGAATGAGGATGGGACTATCAACTCGTCATCACCTACTAGCGAATCGTCTCCT
AATGTATGACATATCTTGGGACCTCGTCCTAAAATTAGTCTGTATAGATACTCAATCCTG
AGTCTATTAACAATAGATCCGACTAGTGAAGTGTAATAACTTCCTGATGGAATTCCTTTG
TGTGCGAAGTAAATTTTACCGTCTGGAGCGGCGACTTTCTTATGAATGAATAACTGTTTA
GTTATCTCAAAAGCATCTTCCGTTTCTCTGTCTGGGAAGATCGTCTTGGACTTGATAATA
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GAATATATCCAGTCACTTGTTTCCGCGATGTGCGATAATAACTGTGGCACGCTTAGTGTT
GGATCTCGTC

QA 4 733 4 733
DS 



AS 1 3

CO CL4361Contig1 1368 3 11 U
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GGAAGAATCTTTTCGCTTCCGAGTCCCAAGATGCACGGCAAAACAGATTCCGAGGTGACG
AGCATCGCCGCCTCGTCACCAGCCAGATCTCCACGCCGACCAGTCTACTACGTCCAATCG
CCGTCACGCGACTCACACGACGGAGAGAAAACAGCAACCTCCTTCCACTCAACTCCTGTC
CTCAGCCCGATGGGATCTCCCCCGCACTCTCAGTCCTCCATGGGCCGCCACTCACGAGAA
TCCTCCTCAACCAGGTTCTCCGGGTCCTTAAACCCGGCTCGCGGAAAGTCAACGACAGCT
CGACGAAGCGGAAAGGACACGGACACGGAGAGAAGCAGTTCGCGATGATCGAAGAGGAAG
GGTTGTTAGACGACGGAGAGAGAGATCGTGATACGCTTCCTCGTCGGTGCTATGTCTTAG
CCTTCGTCGTTGGATTCTTCGTACTCTTTGGTCTCTTCTCTTTGATTCTTTACGGTGCTG
CTAAACCTCAGAAGCCAAAGATAACCGTCAAGAGTATAACATTCGAGACGCTCAAGGTCC
AAGCTGGTCAAGATGCTGGTGGTGTAGGAACCGATATGATCACCATGAACGCGACTCTGA
GAATGTTGTATCGAAACACCGGAACTTTCTTTGGTGTCCATGTAACTTCAACTCCTGTCG
ATCTCAGTTTCTCTCAGATGAAAATCGGCTCCGGTTCTATTAAGAAGTTTTATCAGTCAA
GGAAGAGCGAGAGAACGGTATTGGTACACGTGATTGGGGAGAAAATTCCTTTGTACGGAA
GTGGCGCGACATTGATGCCGCCCGCGCCTCCAGCTCCACTTCCGAAACCTAAGAAGAAGA
AGAAAGGAGCTCCGGTTGTTATTCCCGACCCGCCCGCACCTCCTGCACCGGTTCCTATGA
GACTCAGTTTCGTTGTTCGATCACGAGCTTACGTGCTGGGGAGGTTAGTGAAGCCCAAGT
TCCTCAAGAAAATCGAGTGTGACATCAACTTCGAACACAAGAAGCTCAATAAGCATATAC
CTATCACCAAGAACTGCACCGTCACTACTGTTTGAAGAAAGAAAGAATAAAAAACATTTT
TAGTGAGGAAAAAAAGATGTCGTATAAGGGTAACGTGATTACAGCTCTACGGTCAGTATT
TTGGGTTGTCTGGGCAGCGCGTTGAAGATAACGAATGAAAAACTGTCGGTGGCTTTAGTT
TACTTGAGTGGTTGGTTTTGGACCTTTGTGGTTAGTTATTTTATTTTATCTGTGAAAAAA
ATTTAAAATTGTGTGGAGAATTTATTAATTCATTTGTTTCCTTTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G696TF U 1
AF RR1B740TF U 330
AF RR1B740JQ C 499
BS 1 376 RR1G696TF
BS 377 377 RR1B740TF
BS 378 553 RR1G696TF
BS 554 554 RR1B740TF
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BS 598 697 RR1G696TF
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BS 744 1106 RR1B740TF
BS 1107 1368 RR1B740JQ

RD RR1G696TF 743 0 0
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GGAAGAATCTTTTCGCTTCCGAGTCCCAAGATGCACGGCAAAACAGATTCCGAGGTGACG
AGCATCGCCGCCTCGTCACCAGCCAGATCTCCACGCCGACCAGTCTACTACGTCCAATCG
CCGTCACGCGACTCACACGACGGAGAGAAAACAGCAACCTCCTTCCACTCAACTCCTGTC
CTCAGCCCGATGGGATCTCCCCCGCACTCTCAGTCCTCCATGGGCCGCCACTCACGAGAA
TCCTCCTCAACCAGGTTCTCCGGGTCCTTAAACCCGGCTCGCGGAAAGTCAACGACAGCT
CGACGAAGCGGAAAGGGCACGGACACGGAGAGAAGCAGTTCGCGATGATCGAAGAGGAAG
GGTTGTTAGACGACGGAGAGAGAGATCGTGATACGCTTCCTCGTCGGTGCTATGTCTTAG
CCTTCGTCGTTGGATTCTTCGTACTCTTTGGTCTCTTCTCTTTGATTCTTTACGGTGCTG
CTAAACCTCAGAAACCAAAGATAACCGTCAAGAGTATAACATTCGAGACGCTCAAG*TCC
AAGCTGGTCAAGATGCTGGTGGTGTAGGAACCGATATGATCACCATGAACGCGACTCTGA
GAATGTTGTATCGAAACACCGGAACTTTCTTTGGTGTTCATGTAACTTCAACTCCTGTCG
ATCTCAGTTTCTCTCAGATGAAA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1B740TF 777 0 0
G
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AGAAGCAGTTCGCGATGATCGAAGAGGAAGGGTTGTTAGACGATGGAGAGAGAGATCGTG
ATACGCTTCCTCGTCGGTGCTATGTCTTAGCCTTCGTCGTTGGATTCTTCGTACTCTTTG
GTCTCTTCTCTTTGATTCTTTACGGTGCTGCTAAACCTCAGAAGCCAAAGATAACCGTCA
AGAGTATAACATTCGAGACGCTCAAGGTCCAAGCTGGTCAAGATGCTGGTGGTGTAGGAA
CCGATATGATCACCATGAACGCGACTCTGAGAATGTTGTATCGAAACACCGGAACTTTCT
TTGGTGTCCATGTAACTTCAACTCCTGTCGATCTCAGTTTCTCTCAGATGAAAATCGGCT
CCGGTTCTATTAAGAAGTTTTATCAGTCAAGGAAGAGCGAGAGAACGGTATTGGTACACG
TGATTGGGGAGAAAATTCCTTTGTACGGAAGTGGCGCGACATTGATGCCGCCCGCGCCTC
CAGCTCCACTTCCGAAACCTAAGAAGAAGAAGAAAGGAGCTCCGGTTGTTATTCCCGACC
CGCCCGCACCTCCTGCACCGGTTCCTATGAGACTCAGTTTCGTTGTTCGATCACGAGCTT
ACGTGCTGGGGAGGTTAGTGAAGCCCAAGTTCCTCAAGAAAATCGAGTGTGACATCAACT
TCGAACACAAGAAGCTCAATAAGCATATACCTATCACCAAGAACTGCACCGTCACT

QA 2 777 2 777
DS 

RD RR1B740JQ 870 0 0
TCGTACTCTTTGGTCTCTTCTCTTTGATTCTTTACGGTGCTGCTAAACCTCAGAAGCCAA
AGATAACCGTCAAGAGTATAACATTCGAGACGCTCAAGGTCCAAGCTGGTCAAGATGCTG
GTGGTGTAGGAACCGATATGATCACCATGAACGCGACTCTGAGAATGTTGTATCGAAACA
CCGGAACTTTCTTTGGTGTCCATGTAACTTCAACTCCTGTCGATCTCAGTTTCTCTCAGA
TGAAAATCGGCTCCGGTTCTATTAAGAAGTTTTATCAGTCAAGGAAGAGCGAGAGAACGG
TATTGGTACACGTGATTGGGGAGAAAATTCCTTTGTACGGAAGTGGCGCGACATTGATGC
CGCCCGCGCCTCCAGCTCCACTTCCGAAACCTAAGAAGAAGAAGAAAGGAGCTCCGGTTG
TTATTCCCGACCCGCCCGCACCTCCTGCACCGGTTCCTATGAGACTCAGTTTCGTTGTTC
GATCACGAGCTTACGTGCTGGGGAGGTTAGTGAAGCCCAAGTTCCTCAAGAAAATCGAGT
GTGACATCAACTTCGAACACAAGAAGCTCAATAAGCATATACCTATCACCAAGAACTGCA
CCGTCACTACTGTTTGAAGAAAGAAAGAATAAAAAACATTTTTAGTGAGGAAAAAAAGAT
GTCGTATAAGGGTAACGTGATTACAGCTCTACGGTCAGTATTTTGGGTTGTCTGGGCAGC
GCGTTGAAGATAACGAATGAAAAACTGTCGGTGGCTTTAGTTTACTTGAGTGGTTGGTTT
TGGACCTTTGTGGTTAGTTATTTTATTTTATCTGTGAAAAAAATTTAAAATTGTGTGGAG
AATTTATTAATTCATTTGTTTCCTTTTTCG

QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 3

CO CL4362Contig1 918 3 2 U
GGATCCACGCATAAACTCAAACTTCAAACACACAATGGCAACCATTCATCTAACGCTAGC
TCCTCTCCTCCTCCTCCTCGCCGCCATCTTCCTCTCCACGGAGGTAACTGCTCAGCCCGC
CGCTCCTGCTCCTGGCCCTACCGGTCCCATCAACATCACAGCGATCCTAGAAAAA*GGCG
GTCAGTTTGTTACTTTTATCCGTCTTCTAAACACAACTCAAATCGGAAGCCAAATCAACA
TCCAAATCAACAGTTCATCAGAAGGCATGACCGTATTCGCACCAACGGACAACGCTTTCC
AGAACCTTAAACCGGGAGCCCTAAACAAGTTAAGCCCGGACGACCAAGTCAAGCTCATTC
TTTACCATGTTAGTCCCAAGTTCTACACAATGGATGATCTTCTCTCCGTAAGCAACCCTG
TCAGAACACAAGCTACTGGTCGAGACGGTGGAGCGGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTC
AAGGGAACCAAGTGAACGTGTCGACAGGCGTCATCGAGACACGTGTCAGTAATGCACTAA
GAAAAGAACGTCCACTTGCGGTTTACGTGGTGGACATGGTATTGTTGCCTGAAGAGATGT
TTGGAGACCGCAAGAAGATCTCACCGGTGGCGCCTGCTCCAAAATCCAAATCTCCTGCTG
TCTCTGATGACTCATCAGACGACTCCTCTAAGAAAGCGGCGGTTCCGTCCCAGAAGTCTG
GCTCCGGTGAGATGAACGCTGGATTAGGCTTTGGTCTAGGATTTATTCTCTTGTGTTTAA
AATTCATTGTTTAATTGTGCTGCTTTATTTTTTTATTTAATTGTGTGGGTTGTGTAATAA
GAAACTTGTGTATTGAATATGATGTATCATGCTGCATGGATTGAAAACTGAAATAAAATT
TTTTTTTTTTTTAAATAT


BQ
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25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GTCAGTTTGTTACTTTTATCCGTCTTCTAAACACAACTCAAATCGGAAGCCAAATCAACA
TCCAAATCAACAGTTCATCAGAAGGCATGACCGTATTCGCACCAACGGACAACGCTTTCC
AGAACCTTAAACCGGGAGCCCTAAACAAGTTAAGCCCGGACGACCAAGTCAAGCTCATTC
TTTACCATGTTAGTCCCAAGTTCTACACAATGGATGATCTTCTCTCCGTAAGCAACCCTG
TCAGAACACAAGCTACTGGTCGAGACGGTGGAGCGGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTC
AAGGGAACCAAGTGAACGTGTCGACAGGCGTCATCGAGACACGTGTCAGTAATGCACTAA
GAAAAGAACGTCCACTTGCGGTTTACGTGGTGGACATGGTATTGTTGCCTGAAGAGATGT
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GCTCCGGTGAGATGAACGCTGGA

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TTTAAATAT

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BQ
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AF RR1F623JQ U 41
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TAAGTTTTAGTGGAATTACACAGCAAAATCAGATACTGCCGCCAAAAAATTAAAGCCCGC
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DS 

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TTTTTTTTTTTTTTGTAAACTAAGTTTTAGTGGAATTACACAGCAAAATCAAATACTGCC
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AAACC

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TTTTTTTTTTTTTTGTAAACTAAGTTTTAGTGGAATTACACAGCAAAATCAGATACTGCC
GCCAGAAAATTAAAGCCCGCCGTTAGTACGTAATGGTACTCTCCCATTCATCACTATACC
AAACC

QA 1 185 1 185
DS 



AS 1 2

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TTCTTTCATACAAACCCTCTCTCTTCCTAAACAGACAAGAGTGAAAACTACACATGTTTT
GCCTTTAATATCTTCAGGGTGAAGCAGAAACATGATCTGCAGCACCAGAAACCGGAGAAG
AAGCAGCAGCTTCCTCTTTCGAAATGGCAACGTAGTTTGTAGGAGCAGCCGGCCTGTCTA
TAGTCTCCCTTCTCCCTCCTCCTTTTGCAATTGACCTGCTTCCGTTCTGGCTTGCATTCA
AAGATAAACGCCCGCTCGGTGCTCCGTTAGCTCCTCCGTTGATAGCTCGTGCCCCCACCG
GTTTCTTAGCACTAACTGGTCTTGCAGGGCTTGGCCTGGTGCTGAAGGCAGTGTCTTGCT
CTATGTGAGGCTGTTCTTGAACCTTCTTTTGTTCCCTGAGCCTCCGTTTCTCATCTTCTC
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CCTCACAAGCTGACATCCATTTTTCGACACGGTCCAAAATATCCTTCCTGCTAAACGCTT
CTTCTTTAGCCTTAGCAATCTGGCTATCCATGTCCGCCAATAACTCAGTAGGCTCAACGT
T


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1FQ77JQ U 7
AF RR1AR53JQ U 1
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RD RR1FQ77JQ 744 0 0
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ATTCTACTCCTCAAATGTCTTTTTTTTTGTTTGTTGGTCTTCTCTCATG*TGTTTTCTTT
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DS 

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GCCTTTAATATCTTCAGGGTGAAGCTGAAACATGATCTGCAGCACCAGAAACCGGAGATG
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TAGTCTCCCTTCTCCCTCCTCCTTTTGCAATTGACCTGCTTCCGTTCTGGCTTGCATTCA
AAGATAAGCGCCCGCTTGGTGCTCCGTTAGCTCCTCCGTTGATAGCTCGTGCCCCCACCG
GTTTCTTAGCACTAACTGGTCTTGCAGGGCTTGGCCTGGTGCTGAAGGCAGTGTCTTGCT
CTATGTGAGGCTGTTCTTGAACCTTCTTTTGTTCCCTGAGCCTCCGTTTCTCATCTTCTC
GTTCTTGCCTAAGCATACCGTACTCATCTAACATAGCTAGCAGAGGAACCCCATCGTATG
CAAAGGACATGCTGTGCTCCTCTTCCCAAGCTCGGGTCTTAGCGACCAATGTGTCAACCA
TGGCAGGAATCTTGCTGACCAGAATCCGAGCTTTCTCAGCTCTCTTGAGGTTCAAATGTG
CGCCTCTGCTTGCACTGTACCTGTTCTGATCCCGGTTGTAGTCTTCTAGCCAGCTCTCTT
CCTCACAAGCTGACATCCATTTTTCGACACGGTCCAAAATATCCTTCCTGCTAAACGCTT
CTTCTTTAGCCTTAGCAATCTGGCTATCCATGTCCGCCAATAACTCAGTAGGCTCAACGT
T

QA 1 901 1 901
DS 



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TTGCCAGGAGGAAGATATCACTAACAACTTGGAGGCTCCTTGTGCTTGCAATGGCAGTTT
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CGAAATATGCCACCAGCCTTATCAATCTGGATATACAGCACCTCCACCTCCTCCTCCTGA
TGAAACTATAATTCACATTGGTGAGGATTGGGAGACTGGAGTTCACTTGGACTTGAGCGA
CCCGCGCCTTCTAGCAATGGCTGCAGCAGAACGCCATTTCTTGGAAGCTGACTATGACGA
GTACTCTGAGTCTAATTCAAGCGGTGCTGCCTTCTGTCGCTCTGCTGCTCTCATCCTGAT
GGCACTTTTACTGTTACGAGATGCACTAAACCTCACAACTAACCCAGATGACGAGGATGA
TCCCACTGCCTTCTTCTCTCTTTTTCTTCTTCGTGCCGCTGGTTTTCTCCTGCCATGTTA
CATCATGGCATGGGCCATTGGAATTCCCCAGCGCCGGAGGCAAAGACAGGAAGCTGCTGC
TCTAGCTGCCGCCGAAGTTGCCTTCATGATACACGGTGGTGTGCCTCAACGCAGGGGACT
TCATTTTGCTTTATCGCCAGAGCAGCCGCCAGTATCCAACCCAACACCAGTCTGATCCTT
CTCCCAGCAATGATTCCCCGGTAAGACTGTTAAGACAAAACCCTGAACTTTGTTGTAAGA
ACTTTCCACCTACTTATGCTTCTTCTTCTTCACATGTTTTATCATTTTGCTCGTATGTTT
ATGTTCTCTGAATCTGTTAAATGTTACTTCTCTACTTTTAAATGTTGTCAAAGCTCTCGG
GGCATTATGTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW19TF U 1
AF RR1AR96JQ C 668
BS 1 804 RR1AW19TF
BS 805 805 RR1AR96JQ
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RD RR1AW19TF 847 0 0
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CATCATG

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1AR96JQ 545 0 0
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GCCGCCGAAGTTGCCTTCATGATACACGGTGGTGTGCCTCAACGCAGGGGACTTCATTTT
GCTTTATCGCCAGAGCAGCCGCCAGTATCCAACCCAACACCAGTCTGATCCTTCTCCCAG
CAATGATTCCCCGGTAAGACTGTTAAGACAAAACCCTGAACTTTGTTGTAAGAACTTTCC
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TGTGC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

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AGCAAGAAAGTTAACAGTTTTGACAGCCACGGAGACAATTCGCTACAAGTAGATCCTGTG
GAAAGGAAGCAAGATCGCAGCAGCGGGAATATTGTCAAGTCATGGACCAAAGATCATAAT
GCATCATCATCCTTTACCAGGCCAGCGTCAAGCTTCAGAAGAAAGTCGCCGGTACCAAGA
TTTGAATCGCTTCCGACTTATTCTAACGAGGCAACTTTTGATGAGGCGTCGAGTTACAGC
GTGACTTGGACTCATAAGAAGGATACAGCAGAGTCGCATGACGAACCTCAGTCTGAGGTT
GAGCCAGAGTACGACGAACATGCACCTGAATATGAGTTAGATCCTGAGCCTGTGACAGCT
ATTCTCGAACCAGAGTCTGAGCTGGAGGTAAACACATCATCATTTTACCAAGTGGAGGAT
GATAATGTTACTTTAGATGCCTTATCAGATGCTGATGATGAGGAGTCTCTGGATGATGCT
GACGATGAAGAGGTTGATGAAGCTGAGGAAGAACCTGTGAAAGACTTGAGTACATTGAAG
CTGATGGAACTGAGAGGCATAGCAAAATCAAGGGGACTAAAAGGGTTTTCAAAGATGAAG
AAAGCCGAACTCATGGAGTTGCTTGGTAGACACTCCAGCTGATTTTGACGGTGAATGAGA
CTCAACAAATAATCTGAACACTTGCTCTCGTTGATGACAATGTTGAAGTGAGTTATTTTC
TGTTGTTTTGCTCTCGTTAATGACAATGTTGAAGTGAGTTATTTTCTGTTGTTTTGTTTA
CACAGATTTTTAATCTTTGCTGTTTAAAAGGTCATTAAAACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

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AA
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AATGTTACTTTAGATGCCTTATCAGATGCTGATGATGAGGAGTCTCTGGATGATGCTGAC
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GCCGAACTCATGGAGTTGCTTGGTAGACACTCCAGCTGATTTTGACGGTGAATGAGACTC
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AGATTTTTAATCTTTGCTGTTTAAAAGGTCATTAAAACCC

QA 3 762 3 762
DS 



AS 1 3

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CATAAACCCAGCCCTCTTAGCTCTCACGCCTCGCCAAGTGTTGATCTCTAGACCCGTTAT
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GAAAAAGAAGAAGAAGAAGGTTAAAGAGACTGATGGTGAGATTGAAGATGGGATTAAAGA
GAAGAAGAAGAACAAGAAGGAACCGAAAGTGGAGGTAGCTAAGGAGGAGAAGACTGATGG
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GAAGAAGGCAGGAGAAGAAGAAGATATGGATGTTCAAGAAACCCCTGTTAAGCAAACTGA
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CACTGACGATAGGCTTAAAGACAACTCTTATTGGGCGAAGGGTGGTGCTGATTCGGGCTA
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GACGAAGAAGAAGAGAGGAAGCTACAGAGGAGGAGAGATTGATCTTCAATCACATTCAGT
TAAGTTTGAGTACTCAGACGATGAATGATGATCATTTATCAACACTTTCTTATTCTCATT
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ATTCATGTTTTGTCTGTGTTAATGTTCCCATCTGGAACTTGCGGGAAGAAGATTCTGTTT
CAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1B972TF U 1
AF RR1AQ58TF U 4
AF RR1AQ58JQ C 338
BS 1 49 RR1B972TF
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BS 51 266 RR1B972TF
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BS 646 1266 RR1AQ58JQ

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TTCGATTGCTCAGTACTTGGAGCGATGCGGGTTTTCTAAATGCTTCAAGAAGCTGCTCTC
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DS 

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GG
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AGAAGAATGCATCTGATGATCAAAAGAAAGAAGCTGCGGAGGAAGTAAAGAAGGAGAAAA
AGAAGAAGAAGAAGGTTAAAGAGACTGATGGTGAGATTGAAGATGGGATTAAAGAGAAGA
AGAAGAACAAGAAGGAACCGAAAGTGGAGGTAGCTAAGGAGGAGAAGACTGATGGTGAGA
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CTGAGACTTTGGGTGATGAGGAGAGAGTTTCCAAGAAGAG

QA 3 642 3 642
DS 

RD RR1AQ58JQ 929 0 0
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GCTGCGGAGGAAGTAAAGAAGGAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGGTTAAAGAGACTGATGGT
GAGATTGAAGATGGGATTAAAGAGAAGAAGAAGAACAAGAAGGAACCGAAAGTGGAGGTA
GCTAAGGAGGAGAAGACTGATGGTGAGATCGAAGTTGGAGTGAAAGAGAAAAAGAAGAAG
AAGAAGACCAAGTCGAAAGCTGCCGAGGCTGAGACTTTGGGTGATGAGGAGAGAGTTTCC
AAGAAGAGAAAAAGATCAGAGCCTGAAGAAGAGACAAAAGAACAGACAGAGGATGATGAT
GATGATGAGGACTCTAAACAGAGGAAGAAGGCAGGAGAAGAAGAAGATATGGATGTTCAA
GAAACCCCTGTTAAGCAAACTGATGTCCAGGAGAACGGTAACGTTGAAACAAAATCAACT
AATAAGAAGTCTGGAAAGGGGCTTTCCGACTCAAAAGAGCCGAAGAAACCGTTTCAGAGA
GTGAACGTTGAGGAAGTTGTGTTCACTGACGATAGGCTTAAAGACAACTCTTATTGGGCG
AAGGGTGGTGCTGATTCGGGCTATGGTGCTAAAGCTCAAGAGGTTCTAGGGCAAGTCAGA
GGAAGGGGTTTCCGACGTGAGAAGACGAAGAAGAAGAGAGGAAGCTACAGAGGAGGAGAG
ATTGATCTTCAATCACATTCAGTTAAGTTTGAGTACTCAGACGATGAATGATGATCATTT
ATCAACACTTTCTTATTCTCATTGTTTCCTTTGCTTCTCTTTTTGATTCTCATTTTGTTT
TGCTTATTTCAATATGTAAAACTATTCATGTTTTGTCTGTGTTAATGTTCCCATCTGGAA
CTTGCGGGAAGAAGATTCTGTTTCAGTTC

QA 1 929 1 929
DS 



AS 1 3

CO CL4368Contig1 1315 3 6 U
CCCTAGTCGTCGTCGTCGTCGTCGGCTCTGTTACTCCGCCGTCCTCGTGTAGGAAACCCA
GGTTCTTCAGCTAACGACCAATCAAACTTGTGATGGCTTCAGCTTCACCGACGGAGAACG
GCGGCGTAAGTAAATTGGAGAAGTTTCTGTGCGAGCGATTGTTGGATCAGTCGCAGCCGA
TCTCAGAGCGGTTTAGAGCTCTCTTCTCTCTTCGCAACTTGAAAGGCCCTGCTCCTCGCA
ACGCTCTAATCCTCGCATCCAGAGACTCATCCAACTTGTTGGCACATGAAGCTGCTTTTG
CGTCGGGACAGATGCAAGATGCTGAAGCTGTTCCTGCTCTTGAGTCTGTTCTTAATGATA
TGTCTTTGCATCCTATAGTACGCCATGAGGCAGCAGAAGCTCTTGGAGCCATTGGTTTAG
CTGGTAATGCTGAGATATTGAAGAAAAGCTTGATCTTGGATCCTGCTCAGGAGGTTCGGG
AGACATGTGAGTTAGCTCTCAAAAGGATCGAAGAGCTGAGTAGTGTTGTTGATGCGGAGA
AGAACCAGTCAGACACGACAGAGAGATCACCTTTCATGTCTGTTGACCCAGCGGCTCCGG
CTGCTGCTTTCTCCTCTGTCCACCAACTGAGAGAGATTCTTATGGATGAAACAAAAGGCA
TGTATGAGAGATATGCTGCTCTTTTCGCTCTAAGGAATCATGGTGGAGAGGAGGCTGTTT
CTGCTATTGTTGATTCTTTGAGTGCTGATAGTGCCCTTCTACGTCATGAGGTTGCTTATG
TCTTGGGGCAATTGCAAAACAAAGCTGCTTTAGCTACTCCAAGCAAAATACTTAGAGATT
TGAAAGAGCACCCAATGGTTAGACACGAGGCTGCAGAAGCGCTTGGTTCTATTGCAGATG
AGCAGAGCATCGCATTGCTACAGGAATTCTCAAGGGACCCTGAGCCGATTGTTTCGCAAA
GCTGTGAAGTTGCATTGAGCATGCTGGAATTTGAAAATTCCGGCAAATCATTTGAGTTCT
TTTTCACTCAAGACCCGCTTGTTCATTAAGAATGCGTAAGGATCTTAACCATTCTTCGAT
CATTTACCAACAAGGGAAGGAACATAAGCTTTTGCAGCCTTTTGTTGCCTTTTGTTATAC
AGAGAGATTGGATTGCTTGCTACTTAGCATCTTATTTATGTACGATTGTTACAATAACTA
TCTATATTGAGTTTAAGTTTAAGATACCATTGTCTTAGTCGGTACGGAAGCTTTCCATTG
TTAAAGAAAGGGAATGATTTTGCATGTCTTCTAATTTCTACCATTTCGTTGATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F435TF U 4
AF RR1G038TF U 1
AF RR1G038JQ C 573
BS 1 290 RR1G038TF
BS 291 291 RR1F435TF
BS 292 657 RR1G038TF
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BS 695 1315 RR1G038JQ

RD RR1F435TF 646 0 0
CCCTA
GTCGTCGTCGTCGTCGGCTCTGTTACTCCGCCGTCCTCGTGTAGGAAACCCAGGTTCTTC
AGCTAACGACCAATCAAACTTGTGATGGCTTCAGCTTCACCGACGGAGAACGGCGGCGTA
AGTAAATTGGAGAAGTTTCTGTGCGAGCGATTGTTGGATCAGTCGCAGCCGATCTCAGAG
CGGTTTAGAGCTCTCTTCTCTCTTCGCAACTTGAAAGGCCCTGCTCCTCGCAACGCTCTA
ATCCTCGCATCCAGAGACTCATCCAACTTGTTGGCACATGAAGCTGCTTTTGCGTTGGGA
CAGATGCAAGATGCTGAAGCTGTTCCTGCTCTTGAGTCTGTTCTTAATGATATGTCTTTG
CATCCTATAGTACGCCATGAGGCAGCAGAAGCTCTTGGAGCCATTGGTTTAGCTGGTAAT
GCTGAGATATTGAAGAAAAGCTTGATCTTGGATCCTGCTCAGGAGGTTCGGGAGACATGT
GAGTTAGCTCTCAAGAGGATCGAAGAGCTGAGTAGTGTTGTTGATGCGGAGAAGAACCAG
TCAGACACGACAGAGAGATCACCTTTCATGTCTGTTGACCCAGCGGCTCCGGCTGCTGCT
TTCTCCTCTGTCCACCAACTGAGAGAGATTCTTATGGATGA

QA 6 646 6 646
DS 

RD RR1G038TF 694 0 0
CCCTAGTCGTCGTCGTCGTCGTCGGCTCTGTTACTCCGCCGTCCTCGTGTAGGAAACCCA
GGTTCTTCAGCTAACGACCAATCAAACTTGTGATGGCTTCAGCTTCACCGACGGAGAACG
GCGGCGTAAGTAAATTGGAGAAGTTTCTGTGCGAGCGATTGTTGGATCAGTCGCAGCCGA
TCTCAGAGCGGTTTAGAGCTCTCTTCTCTCTTCGCAACTTGAAAGGCCCTGCTCCTCGCA
ACGCTCTAATCCTCGCATCCAGAGACTCATCCAACTTGTTGGCACATGAATCTGCTTTTG
CGTCGGGACAGATGCAAGATGCTGAAGCTGTTCCTGCTCTTGAGTCTGTTCTTAATGATA
TGTCTTTGCATCCTATAGTACGCCATGAGGCAGCAGAAGCTCTTGGAGCCATTGGTTTAG
CTGGTAATGCTGAGATATTGAAGAAAAGCTTGATCTTGGATCCTGCTCAGGAGGTTCGGG
AGACATGTGAGTTAGCTCTCAAAAGGATCGAAGAGCTGAGTAGTGTTGTTGATGCGGAGA
AGAACCAGTCAGACACGACAGAGAGATCACCTTTCATGTCTGTTGACCCAGCGGCTCCGG
CTGCTGCTTTCTCCTCTGTCCACCAACTGAGAGAGATTCTTATGGATGAAACAAAAG*CA
TGTATGAGAGATATGCTGCTCTTTTCGCTCTAAG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1G038JQ 743 0 0
TTCATGTCTGTTGACCCAGCGGCTCCGGCTGCTGCTTTCTCCTCTGTCCACCAACTGAGA
GAGATTCTTATGGATGAAACAAAAGGCATGTATGAGAGATATGCTGCTCTTTTCGCTCTA
AGGAATCATGGTGGAGAGGAGGCTGTTTCTGCTATTGTTGATTCTTTGAGTGCTGATAGT
GCCCTTCTACGTCATGAGGTTGCTTATGTCTTGGGGCAATTGCAAAACAAAGCTGCTTTA
GCTACTCCAAGCAAAATACTTAGAGATTTGAAAGAGCACCCAATGGTTAGACACGAGGCT
GCAGAAGCGCTTGGTTCTATTGCAGATGAGCAGAGCATCGCATTGCTACAGGAATTCTCA
AGGGACCCTGAGCCGATTGTTTCGCAAAGCTGTGAAGTTGCATTGAGCATGCTGGAATTT
GAAAATTCCGGCAAATCATTTGAGTTCTTTTTCACTCAAGACCCGCTTGTTCATTAAGAA
TGCGTAAGGATCTTAACCATTCTTCGATCATTTACCAACAAGGGAAGGAACATAAGCTTT
TGCAGCCTTTTGTTGCCTTTTGTTATACAGAGAGATTGGATTGCTTGCTACTTAGCATCT
TATTTATGTACGATTGTTACAATAACTATCTATATTGAGTTTAAGTTTAAGATACCATTG
TCTTAGTCGGTACGGAAGCTTTCCATTGTTAAAGAAAGGGAATGATTTTGCATGTCTTCT
AATTTCTACCATTTCGTTGATGC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 3

CO CL4369Contig1 680 3 4 U
GTAGATACTGTATGTATGTAATAAGGAGGAAGAGGAGTTTACAGTAGTAGCATTCATACA
GTTAAAACATTAAATTGAAACAACAAAGACGTGAGATTGTCTGGGGCACAGCAAAACGGA
ACAGGGTTCAAAGCAAGGTTTGCTCCCTCCTAAAGAGGCAGGTCATAAAGACACCAAACT
CACAAAACAAAAGAGAGAAAAGACGGCACGGCACTTAAGATAGACGCTGAGTAGCGGTTC
TTCTCTTCCTGAGCCGTCCAGCAACAATGAAGGCCAGTTCAAGAGACTGAGACGCGTTGA
GCCTTGGGTCACAGTGGGTGTGGTAGCGAGAGCTTAAGTCATCGTAAGTCACAGTACGGG
ACCCTCCAATGCACTCTGTCACATTCTGTCCTGTCATCTCTAGATGGATACCTCCCGCGT
GGCTTCCTTCTTGCTCGTGCACATCTAGGAAGGCTCTCACTTCAGCCAGGATAGAGTCAA
AGGCTCTTGTTTTGAGACCGCAAGGTGCTTTGATGGTGTTTCCATGCATTGGATCGCAGA
CCCATGTCACAATCTGGCCTGACCTGCGCACTGCTCTGATCAGGTGAGGAAGCTTAACTC
TCATGTTCTCCGCACCCATTCTAACAATCACAGTGATTCTTCCAGGTTTGTTGTTAGGAT
TCAGGATTTCCACAAGCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE27JQ U 1
AF RR1DE27TF C 80
AF RR1C249JQ U 55
BS 1 66 RR1DE27JQ
BS 67 67 RR1C249JQ
BS 68 576 RR1DE27JQ
BS 577 680 RR1C249JQ

RD RR1DE27JQ 576 0 0
GTAGATACTGTATGTATGTAATAAGGAGGAAGAGGAGTTTACAGTAGTAGCATTCATACA
GTTAAA*CATTAAATTGAAACAACAAAGACGTGAGATTGTCTGGGGCACAGCAAAACGGA
ACAGGGTTCAAAGCAAGGTTTGCTCCCTCCTAAAGAGGCAGGTCATAAAGACACCAAACT
CACAAAACAAAAGAGAGAAAAGACGGCACGGCACTTAAGATAGACGCTGAGTAGCGGTTC
TTCTCTTCCTGAGCCGTCCAGCAACAATGAAGGCCAGTTCAAGAGACTGAGACGCGTTGA
GCCTTGGGTCACAGTGGGTGTGGTAGCGAGAGCTTAAGTCATCGTAAGTCACAGTACGGG
ACCCTCCAATGCACTCTGTCACATTCTGTCCTGTCATCTCTAGATGGATACCTCCCGCGT
GGCTTCCTTCTTGCTCGTGCACATCTAGGAAGGCTCTCACTTCAGCCAGGATAGAGTCAA
AGGCTCTTGTTTTGAGACCGCAAGGTGCTTTGATGGTGTTTCCATGCATTGGATCGCAGA
CCCATGTCACAATCTGGCCTGACCTGCGCACTGCTC

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1DE27TF 551 0 0
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TTGCTCCCTCCTAAAGAGGCAGGTCATAAAGACACCAAACTCACAAAACAAAAGAGAGAA
AAGACGGCACGGCACTTAAGATAGACGCTGAGTAGCGGTTCTTCTCTTCCTGAGCCGTCC
AGCAACAATGAAGGCCAGTTCAAGAGACTGAGACGCGTTGAGCCTTGGGTCACAGTGGGT
GTGGTAGCGAGAGCTTAAGTCATCGTAAGTCACAGTACGGGACCCTCCAATGCACTCTGT
CACATTCTGTCCTGTCATCTCTAGATGGATACCTCCCGCGTGGCTTCCTTCTTGCTCGTG
CACATCTAGGAAGGCTCTCACTTCAGCCAGGATAGAGTCAAAGGCTCTTGTTTTGAGACC
GCAAGGTGCTTTGATGGTGTTTCCATGCATTGGATCGCAGACCCATGTCACAATCTGGCC
TGACCTGCGCACTGCTCTGATCAGGTGAGGAAGCTTAACTCTCATGTTCTCCGCACCCAT
TCTAACAATC
C

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1C249JQ 626 0 0
CATACAGTTAAAACATTAAATTGAAACAACAAAGACGTGAGATTGTCTGGGGCACAGCAA
AACGGAACAGGGTTCAAAGCAAGGTTTGCTCCCTCCTAAAGAGGTAGGTCATAAAGACAC
CAAACTCACAAAACAAAAGAGAGAAAAGACGGA***GCACTTAAAATAGACGCTGAGTAG
CGGTTCTTCTCTTCCTGAGCCGTTCAGCAACAATGAAGGCCAGTTCAAGAGACTGAGACG
CGTTGAGCCTTGGGTCACAGTGTGTGTGGTAGCGAGAGCTCAAGTCATCGTAAGTCACAG
TACGGGACCCTCCAATGCACTCTGTCACATTCTGTCCTGTCATCTCTAGATGGATACCTC
CCGCGTGGCTTCCTTCTTGCTCGTGCACATCTGGGAAGGCTCTCACTTCAGCCAGGATAG
AGTCAAAGGCTCTTGTTTTGAGACCGCAAGGTGCTTTGATGGTGTTTCCATGCATTGGAT
CGCAAACCCATGTCACAATCTGGCCTGACCTGCGCACTGCTCTGATCAGGTGAGGAAGCT
TAACTCTCATGTTCTCCGCACCCATTCTAACAATCACAGTGATTCTTCCAGGTTTGTTGT
TAGGATTCAGGATTTCCACAAGCTTT

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 3

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ACAGAAAAAAAACATTGTACGTCGGATCCAGAACGCGCTTTGCATAAACGCTTTACTACT
TCCGTGAATCTTTCTGCTCCCGCCATTGCTCCGAACTCGCGTCTTCGGGCAATGTGCAGA
AACTGAGTCATCCTCCGAGTTAACAAACCGAAACTTGGAGGTTCAGACTAATCCCATGTT
GGGTTTTGTGAGAAACCGCGTTTCCAAAATGTTCAACTTCAAGCAATGGTTGGTTCTTGT
GGTATGTTTGTTAGCAATCTTTAAAGCAGAAGGATTGTTTGTCAATATCACATTTGTTAG
AAACGCCGTCGCAAGAGGGGCCGTTTGTTTGGATGGCAGTCCACCAGCTTATCATTTACA
CAGAGGTTCTGGAACTGGAATCAACAGCTGGTTGATACAGCTTGAGGGAGGAGGATGGTG
TAATAATGTAACAAACTGCCTTAGTCGGATGCATACTCGATTAGGTTCATCCAAGAAAAT
GGTGGAGAATCTTGCCTTCTCAGCTATTCTTTAAAAAAAGAAAAAAAAATACTTATAAAT
GACTCATTTGTCATATTATAGTGAAATATTTGTAGGGTTAAGCTATAGAAAAAGAAAAAG
TGGTGATTGATTCTTGATTGTTGAGAATACGCAAAAGGAGTAATTTTCTTCAGCACATGT
GTGTGTGCTAAAGTTGCTCTGTTTTCTCTTCCATTCTTATTCTTATGTAAAATGCAAATT
TGTTACTTGTATTCGAATAAATAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BE94TF U 1
AF RR1BE94JQ C 47
AF RR1AB22TF U 632
BS 1 742 RR1BE94TF
BS 743 806 RR1AB22TF

RD RR1BE94TF 742 0 0
CTTTTAGCAAAAAAACGAACGAATCAGTGTCGGCTCTCGGGTTCCGGAAAACACACACAC
ACAGAAAAAAAACATTGTACGTCGGATCCAGAACGCGCTTTGCATAAACGCTTTACTACT
TCCGTGAATCTTTCTGCTCCCGCCATTGCTCCGAACTCGCGTCTTCGGGCAATGTGCAGA
AACTGAGTCATCCTCCGAGTTAACAAACCGAAACTTGGAGGTTCAGACTAATCCCATGTT
GGGTTTTGTGAGAAACCGCGTTTCCAAAATGTTCAACTTCAAGCAATGGTTGGTTCTTGT
GGTATGTTTGTTAGCAATCTTTAAAGCAGAAGGATTGTTTGTCAATATCACATTTGTTAG
AAACGCCGTCGCAAGAGGGGCCGTTTGTTTGGATGGCAGTCCACCAGCTTATCATTTACA
CAGAGGTTCTGGAACTGGAATCAACAGCTGGTTGATACAGCTTGAGGGAGGAGGATGGTG
TAATAATGTAACAAACTGCCTTAGTCGGATGCATACTCGATTAGGTTCATCCAAGAAAAT
GGTGGAGAATCTTGCCTTCTCAGCTATTCTTTAAAAAAAGAAAAAAAAATACTTATAAAT
GACTCATTTGTCATATTATAGTGAAATATTTGTAGGGTTAAGCTATAGAAAAAGAAAAAG
TGGTGATTGATTCTTGATTGTTGAGAATACGCAAAAGGAGTAATTTTCTTCAGCACATGT
GTGTGTGCTAAAGTTGCTCTGT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1BE94JQ 760 0 0
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AACGCTTTACTACTTCCGTGAATCTTTCTGCTCCCGCCATTGCTCCGAACTCGCGTCTTC
GGGCAATGTGCAGAAACTGAGTCATCCTCCGAGTTAACAAACCGAAACTTGGAGGTTCAG
ACTAATCCCATGTTGGGTTTTGTGAGAAACCGCGTTTCCAAAATGTTCAACTTCAAGCAA
TGGTTGGTTCTTGTGGTATGTTTGTTAGCAATCTTTAAAGCAGAAGGATTGTTTGTCAAT
ATCACATTTGTTAGAAACGCCGTCGCAAGAGGGGCCGTTTGTTTGGATGGCAGTCCACCA
GCTTATCATTTACACAGAGGTTCTGGAACTGGAATCAACAGCTGGTTGATACAGCTTGAG
GGAGGAGGATGGTGTAATAATGTAACAAACTGCCTTAGTCGGATGCATACTCGATTAGGT
TCATCCAAGAAAATGGTGGAGAATCTTGCCTTTTCAGCTATTCTTTAAAAAAAGAAAAAA
AAATACTTATAAATGACTCATTTGTCATATTATAGTGAAATATTTGTAGGGTTAAGCTAT
AGAAAAAGAAAAAGTGGTGATTGATTCTTGATTGTTGAGAATACGCAAAAGGAGTAATTT
TCTTCAGCACATGTGTGTGTGCTAAAGTTGCTCTGTTTTCTCTTCCATTCTTATTCTTAT
GTAAAATGCAAATTTGTTACTTGTATTCGAATAAATAAAG

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1AB22TF 175 0 0
GTAGGGTTAAGCTATAGAAAAAGAAAAAGTGGTGATTGATTCTTGATTGTTGAGAATACG
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CATTCTTATTCTTATGTAAAATGCAAATTTGTTACTTGTATTCGAATAAATAAAG

QA 1 175 1 175
DS 



AS 1 2

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GGGTCCTTAGGTTTCTTTAGTAGTACTCGCAATTTAAAAGAACGAACCAGATTAAAAAAG
CATCTTATCCTCTCGTCCGATAAACTAGCTTCTCCTCCGTTCAACTTTGCGATCTCCACC
GGCCGGCGCGTGGTGGCTCTGTTAGCGCCACCGTCGGTCGGGTTTGCTTCTTTTGCTTAG
TATTTTGTAGATCTGGTGTTTATTCCGTTTGTGTTATGCTTTTTTAGTTTCTGTGTGGTT
TGGGATGTGGCTTGTCTTCCTTTGAAGGTTAGTGGTGGGTGAAGTGCTTTCTCAACGGGT
TAGGATATGGGGAGGCTATATGTTCCAGACTTGGTGTCTTTATACCGCTCCTCCTTCTTG
GTCGTATCTTTTGGATCAGGTGTGCTCCTGCTTCTCCTCGTTCTCGTGAGCCATTGGTAA
TCTGTGTTTGTCAAGGTCTCTTTTGTTGGGTTCGTCTCTTGGATGGTAATCTGTTGTGTA
GGCATCTACTTGCTTCTTCTCTATGGTGTGAGGCATCAAGACGAAGCAATGGGTTCGATC
TTCGGCTCTTCTCTTGCGAGGACGTGACCACTCTCTTGCTTTGTAGATGGTTGAGTTTGG
GTACACGAGGGTCCGCGTGCAAGAGCTGCTGATCCTTTTAGACGTTTTCCCCGCTTGGAG
TTTCAAGGTTCGACCTTGTGCCTTTCCTCTCTTGGGTTGCCTGTAGTTTTAGTGCAGACG
CGGTAGTGGTTGTTATTGGCTCTGTTTGCGCCTCGGTTTTTGATCGTTCCTGCCGATTTG
TTTCTTGTGAGGTTGTGGTTGTGACCTGATGGATTGTGGTCTTCTCAAGTCTCTGTTTCT
GAGTTCAACTCGTGCGTCTTCAGGTTCTTGGTTATGATTAGCGACCTGGTGCTGTTATGG
AGTTTGGTTTGAGTTCCTTGATCTTTTAAGTATTTCAAGTCATTTTTCCTTTGTGTTAAA
TCTCTAGAGTAAGATTTCTTTTATGTTTTTAATTTGGGTCTCTGGGATGTTCGATATGTG
AAATCGCCAGCCATGGTCTTCGGAAGAGTTGCGACTCTTGCCGACCTTGGTCATGTAATG
ATGGTACTTCCTTTTAAG


BQ
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AF RR1FX92TF U 1
AF RR1FX92JQ C 488
BS 1 663 RR1FX92TF
BS 664 1098 RR1FX92JQ

RD RR1FX92TF 663 0 0
GGGTCCTTAGGTTTCTTTAGTAGTACTCGCAATTTAAAAGAACGAACCAGATTAAAAAAG
CATCTTATCCTCTCGTCCGATAAACTAGCTTCTCCTCCGTTCAACTTTGCGATCTCCACC
GGCCGGCGCGTGGTGGCTCTGTTAGCGCCACCGTCGGTCGGGTTTGCTTCTTTTGCTTAG
TATTTTGTAGATCTGGTGTTTATTCCGTTTGTGTTATGCTTTTTTAGTTTCTGTGTGGTT
TGGGATGTGGCTTGTCTTCCTTTGAAGGTTAGTGGTGGGTGAAGTGCTTTCTCAACGGGT
TAGGATATGGGGAGGCTATATGTTCCAGACTTGGTGTCTTTATACCGCTCCTCCTTCTTG
GTCGTATCTTTTGGATCAGGTGTGCTCCTGCTTCTCCTCGTTCTCGTGAGCCATTGGTAA
TCTGTGTTTGTCAAGGTCTCTTTTGTTGGGTTCGTCTCTTGGATGGTAATCTGTTGTGTA
GGCATCTACTTGCTTCTTCTCTATGGTGTGAGGCATCAAGACGAAGCAATGGGTTCGATC
TTCGGCTCTTCTCTTGCGAGGACGTGACCACTCTCTTGCTTTGTAGATGGTTGAGTTTGG
GTACACGAGGGTCCGCGTGCAAGAGCTGCTGATCCTTTTAGACGTTTTCCCCGCTTGGAG
TTT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1FX92JQ 611 0 0
ACTTGCTTCTTCTCTATGGTGTGAGGCATCAAGACGAAGCAATGGGTTCGATCTTCGGCT
CTTCTCTTGCGAGGACGTGACCACTCTCTTGCTTTGTAGATGGTTGAGTTTGGGTACACG
AGGGTCCGCGTGCAAGAGCTGCTGATCCTTTTAGACGTTTTCCCCGCTTGGAGTTTCAAG
GTTCGACCTTGTGCCTTTCCTCTCTTGGGTTGCCTGTAGTTTTAGTGCAGACGCGGTAGT
GGTTGTTATTGGCTCTGTTTGCGCCTCGGTTTTTGATCGTTCCTGCCGATTTGTTTCTTG
TGAGGTTGTGGTTGTGACCTGATGGATTGTGGTCTTCTCAAGTCTCTGTTTCTGAGTTCA
ACTCGTGCGTCTTCAGGTTCTTGGTTATGATTAGCGACCTGGTGCTGTTATGGAGTTTGG
TTTGAGTTCCTTGATCTTTTAAGTATTTCAAGTCATTTTTCCTTTGTGTTAAATCTCTAG
AGTAAGATTTCTTTTATGTTTTTAATTTGGGTCTCTGGGATGTTCGATATGTGAAATCGC
CAGCCATGGTCTTCGGAAGAGTTGCGACTCTTGCCGACCTTGGTCATGTAATGATGGTAC
TTCCTTTTAAG

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL4372Contig1 994 2 2 U
GGAAGAACGATCCAGAGTTCGCTAAGAAGCTTGCTTCACTAGCTGACCTCTACGTCAACG
ATGCTTTTGGAACTGCTCACAGAGCTCATGCTTCCACTGAGGGAGTCACAAAGTTCTTGA
AGCCTTCTGTTGCTGGTTTCCTTCTCCAAAAGGAGCTTGATTACCTTGTGGGAGCTGTTT
CAAGCCCAAAGAGACCGTTTGCAGCTATCGTTGGTGGTTCTAAAGTCTCGTCCAAGATTG
GAGTTATTGAATCGCTTCTTGAGAAGTGTGATATCCTTCTTCTTGGTGGTGGAATGATCT
TTACGTTCTACAAGGCGCAGGGTCTTTCTGTTGGCTCGTCTCTAGTTGAAGAAGACAAGC
TTGAGTTGGCTACTTCACTCCTCGCCAAAGCTAAGGCTAAAGGAGTCTCTCTTTTGTTGC
CAACTGATGTTGTGGTTGCTGACAAGTTCGCTCCTGATGCCAATAGTAAGGTTGTGTCTG
CATCAGGCATTGAGGACGGGTGGATGGGACTGGACATTGGTCCAGACTCGATTAAAACAT
TCAACGAAGCTTTGGACACAACACAGACAGTCATTTGGAATGGGCCTATGGGAGTTTTCG
AGATGGAGAAGTTTGCTGCTGGAACAGAGGCCATTGCGAATAAACTAGCAGAGCTAAGTG
AGAAAGGAGTGACGACGATAATAGGAGGAGGAGACTCGGTGGCTGCAGTCGAGAAAGTGG
GAGTTGCGGGAGTCATGAGTCACATCTCAACTGGTGGTGGAGCCAGCTTGGAGCTCTTGG
AAGGTAAAGTACTTCCCGGTGTGATCGCTCTCGATGAAGCAATCGCAGTCGCCGTTCAGA
AGAAGCTCACTCTTCTGATGAGGCGAACGAATGTATACTCTCATATGAGTTTTTTTTTTA
CTTTCTTTTGCTGTAAATCTACCTATTCAACAGTTTGACTTTTATTCACTACCTCCAAGT
CAGAGACTTATTATTATCAATAAAAGTTACTTGC


BQ
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AF RR1GT34TF U 1
AF RR1GT34JQ C 277
BS 1 579 RR1GT34TF
BS 580 994 RR1GT34JQ

RD RR1GT34TF 579 0 0
GGAAGAACGATCCAGAGTTCGCTAAGAAGCTTGCTTCACTAGCTGACCTCTACGTCAACG
ATGCTTTTGGAACTGCTCACAGAGCTCATGCTTCCACTGAGGGAGTCACAAAGTTCTTGA
AGCCTTCTGTTGCTGGTTTCCTTCTCCAAAAGGAGCTTGATTACCTTGTGGGAGCTGTTT
CAAGCCCAAAGAGACCGTTTGCAGCTATCGTTGGTGGTTCTAAAGTCTCGTCCAAGATTG
GAGTTATTGAATCGCTTCTTGAGAAGTGTGATATCCTTCTTCTTGGTGGTGGAATGATCT
TTACGTTCTACAAGGCGCAGGGTCTTTCTGTTGGCTCGTCTCTAGTTGAAGAAGACAAGC
TTGAGTTGGCTACTTCACTCCTCGCCAAAGCTAAGGCTAAAGGAGTCTCTCTTTTGTTGC
CAACTGATGTTGTGGTTGCTGACAAGTTCGCTCCTGATGCCAATAGTAAGGTTGTGTCTG
CATCAGGCATTGAGGACGGGTGGATGGGACTGGACATTGGTCCAGACTCGATTAAAACAT
TCAACGAAGCTTTGGACACAACACAGACAGTCATTTGGA

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1GT34JQ 718 0 0
TTCTTCTTGGTGGTGGAATGATCTTTACGTTCTACAAGGCGCAGGGTCTTTCTGTTGGCT
CGTCTCTAGTTGAAGAAGACAAGCTTGAGTTGGCTACTTCACTCCTCGCCAAAGCTAAGG
CTAAAGGAGTCTCTCTTTTGTTGCCAACTGATGTTGTGGTTGCTGACAAGTTCGCTCCTG
ATGCCAATAGTAAGGTTGTGTCTGCATCAGGCATTGAGGACGGGTGGATGGGACTGGACA
TTGGTCCAGACTCGATTAAAACATTCAACGAAGCTTTGGACACAACACAGACAGTCATTT
GGAATGGGCCTATGGGAGTTTTCGAGATGGAGAAGTTTGCTGCTGGAACAGAGGCCATTG
CGAATAAACTAGCAGAGCTAAGTGAGAAAGGAGTGACGACGATAATAGGAGGAGGAGACT
CGGTGGCTGCAGTCGAGAAAGTGGGAGTTGCGGGAGTCATGAGTCACATCTCAACTGGTG
GTGGAGCCAGCTTGGAGCTCTTGGAAGGTAAAGTACTTCCCGGTGTGATCGCTCTCGATG
AAGCAATCGCAGTCGCCGTTCAGAAGAAGCTCACTCTTCTGATGAGGCGAACGAATGTAT
ACTCTCATATGAGTTTTTTTTTTACTTTCTTTTGCTGTAAATCTACCTATTCAACAGTTT
GACTTTTATTCACTACCTCCAAGTCAGAGACTTATTATTATCAATAAAAGTTACTTGC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 3

CO CL4373Contig1 887 3 9 U
ATTTGGAAGATTAGGTAGAAAAGAAAGAAAGCGAAGGAAACAAACTGTATCTCCCCAGGC
TTCAGCTTCAGCTATGGCGGCCGAGAATCCTCCTTCAAGCGCTGTAGACTTCGACACGAG
TCTCGATTCCGGTTCAAACCACAACCCAAACGCTAGTGATTTGACCAATCAAGACTCTTC
CAACGCACTGACACTCCCTTCTACCGCCGTTTGTCTCGGCCGTTTCGCCGGAGATACTGC
TGGCGGCGCCGTCATGGGCTCTATATTCGGCTATGGTTCTGGATTGTTTAAGAAGAAAGG
ATTTAAGGGATCATTTGCTGATGCGGGTCAGTCTGCAAAGAATTTTGCAATTTTATCTGG
AGTGCACAGTTTGGTTGTCTGTCTTCTCAAGAAACTGCGAGGGAAAGATGATGCCATTAA
CGTTGGAATTGCTGGACGCTGCACTGGCCTTGCTCTTAGTTACCCCGGTGCACCACAAGC
AATGCTACAGAGCTGTGTCACTTTTGGTGCCTTTTCTTTCATCCTCGAAGGACTTAACAA
AAGGGAAACAGCTTTAGCTCAGTCTGTCTACTTGAGACATGGTGATCATACCAGAAGTCT
GAGAGATGATTTACCACTCTCTTTGGCTCTCCCCATCCATGAAGAGATCAAAGGAGCTTT
CTCTTCTTTCTGCAAATCTTTAACTAAGCCCAAGAAGCTCGGCTTTCCCAGCTCACGTTG
ATTCAAGTTTTTGTTTTAATCCAACTACTTCCTTTTTGTAGATGTTAAAAGAACAAATGA
AAACAAGAATCATGTTTCAAAAGTTTTCCATTCTATGTGCTCCCTCCAATGTGTTTTAGA
ATGGCCTTTGTCAATTACCTAACAAATGAACTTCTGGATCACGTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ75TF U 1
AF RR1CY06TF U 568
AF RR1DJ75JQ C 233
BS 1 690 RR1DJ75TF
BS 691 691 RR1CY06TF
BS 692 729 RR1DJ75TF
BS 730 746 RR1CY06TF
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BS 823 823 RR1DJ75JQ
BS 824 827 RR1CY06TF
BS 828 887 RR1DJ75JQ

RD RR1DJ75TF 729 0 0
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TCTCGATTCCGGTTCAAACCACAACCCAAACGCTAGTGATTTGACCAATCAAGACTCTTC
CAACGCACTGACACTCCCTTCTACCGCCGTTTGTCTCGGCCGTTTCGCCGGAGATACTGC
TGGCGGCGCCGTCATGGGCTCTATATTCGGCTATGGTTCTGGATTGTTTAAGAAGAAAGG
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AGTGCACAGTTTGGTTGTCTGTCTTCTCAAGAAACTGCGAGGGAAAGATGATGCCATTAA
CGTTGGAATTGCTGGACGCTGCACTGGCCTTGCTCTTAGTTACCCCGGTGCACCACAAGC
AATGCTACAGAGCTGTGTCACTTTTGGTGCCTTTTCTTTCATCCTCGAAGGACTTAACAA
AAGGGAAACAGCTTTAGCTCAGTCTGTCTACTTGAGACATGGTGATCATACCAGAAGTCT
GAGAGATGATTTACCACTCTCTTTGGCTCTCCCCATCCATGAAGAGATCAAAGGAGCTTT
CTCTTCTTTCTGCAAATCTTTAACTAAGCC*AAGAAGCTCGGCTTTCCCAGCTCACGTTG
ATTCAAGTT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1CY06TF 260 0 0
G
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CTCCCCATCCATGAAGAGATCAAAGGAGCTTTCTCTTCTTTCTGCAAATCTTTAACTAAG
CCCAAGAAGCTCGGCTTTCCCAGCTCACGTTGATTCAAGTTTTTGTTTTAATCCAACTGC
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CATTCTATGTGCTCTCTCC

QA 2 260 2 260
DS 

RD RR1DJ75JQ 655 0 0
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AAGAAAGGATTTAAGGGATCATTTGCTGATGCGGGTCAGTCTGCAAAGAATTTTGCAATT
TTATCTGGAGTGCACAGTTTGGTTGTCTGTCTTCTCAAGAAACTGCGAGGGAAAGATGAT
GCCATTAACGTTGGAATTGCTGGACGCTGCACTGGCCTTGCTCTTAGTTACCCCGGTGCA
CCACAAGCAATGCTACAGAGCTGTGTCACTTTTGGTGCCTTTTCTTTCATCCTCGAAGGA
CTTAACAAAAGGGAAACAGCTTTAGCTCAGTCTGTCTACTTGAGACATGGTGATCATACC
AGAAGTCTGAGAGATGATTTACCACTCTCTTTGGCTCTCCCCATCCATGAAGAGATCAAA
GGAGCTTTCTCTTCTTTCTGCAAATCTTTAACTAAGCCCAAGAAGCTCGGCTTTCCCAGC
TCACGTTGATTCAAGTTTTTGTTTTAATCCAACTACTTCCTTTTTGTAGATGTTAAAAGA
ACAGATGAAAACAAGAATCATGTTTCAAAAGTTTTCCATTCTATGTGCTCCCTCCAATGT
GTTTTAGAATGGCCTTTGTCAATTACCTAACAAATGAACTTCTGGATCACGTTCC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 3

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TATATTTCTCCCTCTCCTTACATAAGGAAAGGTCGTAGAAGAAACCAAAAACTAACGAAA
AGGGGTTTTAATATAACTCATCTGTAAAAAAACAAATATATATACAAAATGGGTGGTGTC
AAGTTGTTAATCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTACAACCGTCAATGCG
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CTAGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGACGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTAC
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TATATAAGCTTTTGATTCTTCGATATATCGGCTATTTTCTTTCGTTGTTGTCCTTTTTCG
TTTCGTTCATATATTAAGTTCCGTTTGTCTATATATTATATACATCATGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
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AF RR1B721TF U 1
AF RR1B721JQ C 145
AF RR1DE38TF U 33
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BS 557 677 RR1B721TF
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RD RR1B721TF 681 0 0
GGATCCTCAACAAAACCAATTCTCTCATTAATTTGTTCTTCTGCACAATCTCTATCACTT
TATATTTCTCCCTCTCCTTACATAAGGAAAGGTCGTAGAAGAAACCAAAAACTAACGAAA
AGGGGTTTTAATATAACTCATCTGTAAAAAAACAAATATATATACAAAATGGGTGGTGTC
AAGTTGTTAATCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTACAACCGTCAATGCG
ACGTACCCTTTGACTAAATCTTGCTTCAACGGGCAAGGTTGTATCGGAGATGATGATGAA
CTAGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGACGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTAC
ATTGGCTACGATGCTCTTAAAAAGAATAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTAC
TACGATTGCAAGAAGAGGAGAAGGAATAATCCTTATAGGCGTGGATGCAGCGCGATCACG
CATTGCTATAGATACGCTAAGTGATAACAAAATGATAGAGAAGAGGATTGGATTCAACAA
CGTTCAATCTTCATTCTTGATCGTTAATGATTTTTCTTCCGTAACGTACCCTATGATTCT
AACTTTACAATTATTTTTGTTGTATTTACTTTCTTTATATAATCATATCATCATGATGCA
TATATAAGCTTTTGATT
CTTC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1B721JQ 540 0 0
TAAAAAAACAAATATATATACAAAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTAATCATCTTTGGTTTC
TTGATTTTAGCTATGGTAGCTACAACCGTCAATGGGACGTACCCTTTGACTAAATCTTGC
TTCAACGGGCAAGGTTGTATTGGAGATGATGATGAACTAGAATTTTTAATGGATTCAGAG
ACAAACCGACGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGGTACGATGTTTTTAAAAAG
AATAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTTTTATTACGATTGCAAGAAGAGGGGAAGG
AATAATCCTTATAGGGGTGGATGCAGGGCGATCACGCATTGCTATAGATACGCTAAGTGA
TAACAAAATGATAGAGAAGAGGATTGGATTCAACAACGTTCAATTTTCATTTTTGATCGT
TAATGATTTTTTTTCCGTAACGTACCCTATGATTTTAACTTTACAATTATTTTTGTTGTA
TTTACTTTCTTTATATAATCATATCATCATGATGCATATATAAGCTTTTGATT
TTTCGAT

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1DE38TF 740 0 0
GG
GTTCTTCTGCACAATCTCTATCACTTTATATTTCTCCCTCTCCTTACATAAGGAAAGGTC
GTAGAAGAAACCAAAAACTAACGAAAAGGGGTTTTAATATAACTCATCTGTAAAAAAACA
AATATATATACAAAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTAATCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAG
CTATGGTTGCTACAACCGTCAATGCGACGTACCCTTTGACTAAATCTTGCTTCAACGGGC
AAGGTTGTATCGGAGATGATGATGAACTAGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGAC
GTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTACGATGCTCTTAAAAAGAATAATGTGC
CTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCAAGAAGAGGAGAAGGAATAATCCTT
ATAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGCTATAGATACGCTAAGTGATAACAAAATG
ATAGAGAAGAGGACTGGATTCAACACCGTTCAATCTTCATTATTGATCGTTAATGATTTT
TCTTCTGTAACGTACCCTATGATTCTAACTTTACAATTATTTTTGTTGTATTTACTTTCT
TTATATAATCATATCATCATGATGCATATATAAGCTTTTGATTCTTCGATATATCGGCTA
TTTTCTTTCGTTGTTGTCCTTTTTCGTTTCGTTCATATATTAAGTTCCGTTTGTCTATAT
ATTATATACATCATGATG

QA 3 740 3 740
DS 



AS 1 3

CO CL4375Contig1 461 3 5 U
GGACAGGAATCAACAAGAAGAATGGCAAAAGCTATGGAGCTCTGGGTTGGAGAGATGAAA
AAGATGGGTGATAAGATGAACCATAGAAACCCGTTGATGCAAAACAAGAAGAGTACATCT
TCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGTGAGA
GAAAAGGATACAACTATGTCTGAGCTCACTGTCCGTCTTCTCATGGACCGTTTTGTTCCA
TGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTCTATATAT
CCAGAGTTATATGTATATAGATGTTGTATATGCAGTCCATGATCTTAAATTTCCATGTAA
ATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTATAATTTGTTTTATTATTTTTTTTTTTTGAA
TGGATGTAAAATTTTATTCAATCAAAACCTTTTTTACAACT


BQ
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AF RR1BT10JQ C 116
AF RR1BT10TF U 116
AF RR1A032TF U 1
BS 1 213 RR1A032TF
BS 214 214 RR1BT10TF
BS 215 292 RR1A032TF
BS 293 293 RR1BT10TF
BS 294 461 RR1A032TF

RD RR1BT10JQ 276 0 0
G
ATCTTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGT
GAGAGAAAAGGATACAACTATGTCTGAGCTCACTGTCCGTCTTCTCATGGACCGTTTTGT
TCCATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTCTAT
ATATCCAGAGTTATATGTATATAGATGTTGTATATGCAGTCCATGATCTTAAATTTCCAT
GTAAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTAT

QA 2 276 2 276
DS 

RD RR1BT10TF 276 0 0
G
ATCTTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGT
GAGAGAAAAGGATACAACTATGTCTGAGCTCACTGTCCGTCTTCTCATGGACCGTTTTGT
TCCATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTCTAT
ATATCCAGAGTTATATGTATATAGATGTTGTATATGCAGTCCATGATCTTAAATTTCCAT
GTAAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTAT

QA 2 276 2 276
DS 

RD RR1A032TF 461 0 0
GGACAGGAATCAACAAGAAGAATGGCAAAAGCTATGGAGCTCTGGGTTGGAGAGATGAAA
AAGATGGGTGATAAGATGAACCATAGAAACCCGTTGATGCAAAACAAGAAGAGTACATCT
TCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGTGAGA
GAAAAGGATACAACTATGTCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCATGGACCGTTTTGTTCCA
TGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTTTATATAT
CCAGAGTTATATGTATATAGATGTTGTATATGCAGTCCATGATCTTAAATTTCCATGTAA
ATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTATAATTTGTTTTATTATTTTTTTTTTTTGAA
TGGATGTAAAATTTTATTCAATCAAAACCTTTTTTACAACT

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 3

CO CL4376Contig1 828 3 4 U
GGTTTCTGATGCCAGTTGTATGCAACTTATGACAAACACAATAATAATATCTGTTACAGA
AAGATCTCTTGCTTATCTTGGTATAAACCCAATTATTATATCTTTCAAGGAAACATTAAG
AAGTATAGTGTTTTTGACTCAAAGCTTGGAAGGAGGTTTGTACCATCCCCATGGTTCATT
AGAGATATACTGTGTCACCTGCTTCACACTCAAGTAGTTCTCAAGTCCCCATTCTCCTAG
TTCACGGCCAAAACCACTGCGTTTGGTTCCACCCCATGGAGCCTGACAGAAACATGGCTG
AGGGCAGTTGACCCACACAATACCCGCCTCGAATGCCTTACTAACGCGATCACACCTCTC
CAGATCATTTGATAATACAGCGCCTGCTAATCCATATTGGGAGTCATTTGCCAGCTGTAT
TGCCTCATCCTCAGTGGAGAATGTTTTAACACAGAGAACAGGACCAAAAACTTCGTCTCT
CCAGATTTCCATTGAAGTAGTCACATTTGATATTATAGCAGGTTCAACAAAATACCCCTT
CTTCAGATGCTCAGGACGAGCTCCTCCGCAGAGGACAGTTGCACCTTCCTTCCTAGCGTT
TGATACAAACTTCACTACTCTCTCGTACTGTCCTTTGCTGACAACAGGACCAAGCCTACA
GCCTTCTTCAAAAGGATCTGAAATCTTAATGTTCTTTGTCCACTTTACCAACTTGTCCAA
AAATTCGTCAGCAATCTTTTCATGCACAAGAAGTCGAGATGTCGCACTGCAAATCTGACC
ATTAGTCCAGAAACAACCAAACATAGTCCACTCCACAGCTTTGTCAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1E106JQ U 1
AF RR1E106TF C 33
AF RR1GK53JQ U 6
BS 1 181 RR1E106JQ
BS 182 182 RR1GK53JQ
BS 183 564 RR1E106JQ
BS 565 828 RR1GK53JQ

RD RR1E106JQ 565 0 0
GGTTTCTGATGCCAGTTGTATGCAACTTATGACAAACACAATAATAATATCTGTTACAGA
AAGATCTCTTGCTTATCTTGGTATAAACCCAATTATTATATCTTTCAAGGAAACATTAAG
AAGTATAGTGTTTTTGACTCAAAGCTTGGAAGGAGGTTTGTACCATCCCCATGGTTCATT
AAAGATATACTGTGTCACCTGCTTCACACTCAAGTAGTTCTCAAGTCCCCATTCTCCTAG
TTCACGGCCAAAACCACTGCGTTTGGTTCCACCCCATGGAGCCTGACAGAAACATGGCTG
AGGGCAGTTGACCCACACAATACCCGCCTCGAATGCCTTACTAACGCGATCACACCTCTC
CAGATCATTTGATAATACAGCGCCTGCTAATCCATATTGGGAGTCATTTGCCAGCTGTAT
TGCCTCATCCTCAGTGGAGAATGTTTTAACACAGAGAACAGGACCAAAAACTTCGTCTCT
CCAGATTTCCATTGAAGTAGTCACATTTGATATTATAGCAGGTTCAACAAAATACCCCTT
CTTCAGATGCTCAGGACGAGCTCC
C

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1E106TF 533 0 0
CAAACACAATAATAATATCTGTTACAGAAAGATCTCTTGCTTATCTTGGTATAAACCCAA
TTATTATATCTTTCAAGGAAACATTAAGAAGTATAGTGTTTTTGACTCAAAGCTTGGAAG
GAGGTTTGTACCATCCCCATGGTTCATTAGAGATATACTGTGTCACCTGCTTCACACTCA
AGTAGTTCTCAAGTCCCCATTCTCCTAGTTCACGGCCAAAACCACTGCGTTTGGTTCCAC
CCCATGGAGCCTGACAGAAACATGGCTGAGGGCAGTTGACCCACACAATACCCGCCTCGA
ATGCCTTACTAACGCGATCACACCTCTCCAGATCATTTGATAATACAGCGCCTGCTAATC
CATATTGGGAGTCATTTGCCAGCTGTATTGCCTCATCCTCAGTGGAGAATGTTTTAACAC
AGAGAACAGGACCAAAAACTTCGTCTCTCCAGATTTCCATTGAAGTAGTCACATTTGATA
TTATAGCAGGTTCAACAAAATACCCCTTCTTCAGATGCTCAGGACGAGCTCC
C

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1GK53JQ 823 0 0
G
TGATGCCAGTTGTATGCAACTTATGACAAACACAATAATAATATCTGTTACAGAAAGATC
TCTTGCTTATCTTGGTATAAACCCAAGTATTATATCTTTCAAGGAAACATTAAGAAGTAT
AGTGTTTTTGACTCAAAGCTTGGAAGGAGGTTTGTACCACCCCCATGGTTCATTAGAGAT
ATACTGTGTCACCTGCTTCACACTCAAGTAGTTCTCAAGTCCCCATTCTCCTAGTTCACG
GCCAAAACCACTGCGTTTGGTTCCACCCCATGGAGCCTGACAGAAACATGGCTGAAAGCA
GTTGACCCACACAATACCCGCCTCGAATGCCTTACTAACGCGATCACACCTCTCCAGATC
ATTTGATAATACAGCGCCTGCTAATCCATATTGGGAGTCATTTGCCAGCTGTATTGCCTC
ATCCTCAGTGGAGAATGTTTTGACACAGAGAACAGGACCAAAAACTTCGTCTCTCCAGAT
TTCCATTGGAGTAGTCAAATTTGATATTATAGCAGGTTCAACAAAATACCCCTTCTTCAG
ATGCTCAGGACGAGCTCCTCCGCAGAGGACAGTTGCACCTTCCTTCCTAGCGTTTGATAC
AAACTTCACTACTCTCTCGTACTGTCCTTTGCTGACAACAGGACCAAGCCTACAGCCTTC
TTCAAAAGGATCTGAAATCTTAATGTTCTTTGTCCACTTTACCAACTTGTCCAAAAATTC
GTCAGCAATCTTTTCATGCACAAGAAGTCGAGATGTCGCACTGCAAATCTGACCATTAGT
CCAGAAACAACCAAACATAGTCCACTCCACAGCTTTGTCAAT

QA 2 823 2 823
DS 



AS 1 2

CO CL4377Contig1 739 2 6 U
GCACGATATTGAGAAATGTGCTTACGTCACGGAACGTGTCCTCGCAGCTTGTTACAAGGC
TCTTAATGATCACCATGTGATCTTAGAAGGAACACTCTTGAAGCCGAACATGGTTACTCC
AGGTTCGGACAGCAAGTCTAGGGCTGAACCCAAAGTGATCGCAGAGCATACGGTCCGTGC
TTTACAGCGTACTGTCCCCGCTGCGGTTCCAGCCGTTGTGTTCTTGTCTGGAGGACAGAG
TGAGGAACAAGCAACTGTGAATTTAAACGCTATTAATCAGTTCAAAGGTAAGAAACCATG
GAGCTTGACGTTTTCGTATGGACGTGCCCTTCAGCAGAGTACGCTCAAGGCTTGGGGAGG
TAAAGAGGAGAATGTTGAGAAGGCTCAAAAGGCGTTCTTGGCTAGAGCCAAGGCTAACTC
GGAGGCAACTACTGGTTCCTACAAAGGTGATGCTCAGCTCGGTGAAGGTGCTTCTGAGAG
CCTTCACGTTAAAGACTACAAATACTAAAAAAAGTATTTTGGGGATTTAATTAATTTGTT
GAAAATTTTGGTATTTACGTAATATTATTTAATCATAACCTAACCGTCTTTAATTAATTG
TTTTTTCGGCTTTTTGGGTGGTATATATATTATCCTGGTGTACATAATTTTTTGACATTT
TCACTATTTTGTAATGCTGAAAAATCCTCTCTAGGGGAAATTTTGTTGTAATAATGATAT
GCTTTGTAAACTTAATTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A985TF U 1
AF RR1AV11TF U 46
BS 1 300 RR1A985TF
BS 301 301 RR1AV11TF
BS 302 340 RR1A985TF
BS 341 341 RR1AV11TF
BS 342 674 RR1A985TF
BS 675 739 RR1AV11TF

RD RR1A985TF 679 0 0
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TCTTAATGATCACCATGTGATCTTAGAAGGAACACTCTTGAAGCCGAACATGGTTACTCC
AGGTTCGGACAGCAAGTCTAGGGCTGAACCCAAAGTGATCGCAGAGCATACGGTCCGTGC
TTTACAGCGTACTGTCCCCGCTGCGGTTCCAGCCGTTGTGTTCTTGTCTGGAGGACAGAG
TGAGGAACAAGCAACTGTGAATTTAAACGCTATTAATCAGTTCAAAGGTAAGAAACCATG
TAGCTTGACGTTTTCGTATGGACGTGCCCTTCAGCAGAGTGCGCTCAAGGCTTGGGGAGG
TAAAGAGGAGAATGTTGAGAAGGCTCAAAAGGCGTTCTTGGCTAGAGCCAAGGCTAACTC
GGAGGCAACTACTGGTTCCTACAAAGGTGATGCTCAGCTCGGTGAAGGTGCTTCTGAGAG
CCTTCACGTTAAAGACTACAAATACTAAAAAAAGTATTTTGGGGATTTAATTAATTTGTT
GAAAATTTTGGTATTTACGTAATATTATTTAATCATAACCTAACCGTCTTTAATTAATTG
TTTTTTCGGCTTTTTGGGTGGTATATATATTATCCTGGTGTACATAATTTTTTGACATTT
TCACTATTTTGTAA
TGCTG

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1AV11TF 694 0 0
G
GCTTGTTACAAGGCTCTTAATGATCACCATGTGATCTTAGAAGGAACACTCTTGAAGCCG
AACATGGTTACTCCAGGTTCGGACAGCAAGTCTAGGGCTGAACCCAAAGTGATCGCAGAG
CATACGGTCCGTGCTTTACAGCGTACTGTCCCCGCTGCGGTTCCAGCCGTTGTGTTCTTG
TCTGGAGGACAGAGTGAGGAACAAGCAACTGTGAATTTAAACGCTATTAATCAGTTCAAA
GGTAAGAAACCATGGAGCTTGACGTTTTCGTATGGACGTGCCCTTCAGCAGAGTACGCTC
AAGGCTTGGGGAGGTAAAGAGGAGAATGTTGAGAAGGCTCAAAAGGCGTTCTTGGCTAGA
GCCAAGGCTAACTCGGAGGCAACTACTGGTTCCTACAAAGGTGATTCTCAGCTCGGTGAA
GGTGCTTCTGAGAGCCTTCACGTTAAAGACTACAAATACTAAAAAAAGTATTTTGGGGAT
TTAATTAATTTGTTGAAAATTTTGGTATTTACGTAATATTATTTAATCATAACCTAACCG
TCTTTAATTAATTGTTTTTTCGGCTTTTTGGGTGGTATATATATTATCCTGGTGTACATA
ATTTTTTGACATTTTCACTATTTTGTAATGCTGAAAAATCCTCTCTAGGGGAAATTTTGT
TGTAATAATGATATGCTTTGTAAACTTAATTTA

QA 2 694 2 694
DS 



AS 1 3

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TATTCACATTCGTCTGCAAAAGCAAAGGCGGAGAATGGACCGCTAAGCAATACGAGGGAG
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TCTCCGCCGATTCCTCCGGTGGCGTTCAGTCTTCCTTCTCCCTCGTGTGCCCTACCTCCG
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CAGCAGCTGGAGGCGGTGGTGGAGGTGAGGCCGCCGCAGCAGCAAAGGAGGAAGAGAAGA
AGAAGGAAGAATCTGAGGAGGAGGAAGGAGACTTTGGTTTTGATCTCTTTGGTTAAGAGT
CGAAACAACAAACACTTTTCGAAGGTGTTAGTTTTTGAGGTGTTCTGCTTCTCTTATCGA
AATTGTTTTTTTTAGATTGAACTTTTTGCAAGAAGACTATAATGTTATGTCAAGGAATAC
ATGTTTGGTTTCT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR1BO30JQ C 1
AF RR1BT13TF U 1
AF RR1BO30TF U 1
BS 1 49 RR1BT13TF
BS 50 50 RR1BO30TF
BS 51 130 RR1BT13TF
BS 131 131 RR1BO30TF
BS 132 502 RR1BT13TF
BS 503 503 RR1BO30TF
BS 504 551 RR1BT13TF
BS 552 553 RR1BO30JQ

RD RR1BO30JQ 553 0 0
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TATTCACATTCGTCTGCAAAAGCAAAGGCGGAGAATGGACCGCTAAGCAATACGAGGGAG
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TCTCCGCCGATTCCTCCGGTGGCGTTCAGTCTTCCTTCTCCCTCGTGTGCCCTACCTCCG
CCGTCTGCCAGGTGACCATTGGTGGTGGTTCCGGAGGAGGATTTGCTGCCGGTGGAGGTG
CAGCAGCTGGAGGCGGTGGTGGAGGTGAGGCCGCCGCAGCAGCAAAGGAGGAAGAGAAGA
AGAAGGAAGAATCTGAGGAGGAGGAAGGAGACTTTGGTTTTGATCTCTTTGGTTAAGAGT
CGAAACAACAAACACTTTTCGAAGGTGTTAGTTTTTGAGGTGTTCTGCTTCTCTTATCGA
AATTGTTTTTTTTAGATTGAACTTTTTGCAAGAAGACTATAATGTTATGTCAAGGAATAC
ATGTTTGGTTTCT

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1BT13TF 551 0 0
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TATTCACATTCGTCTGCAAAAGCAAAGGCGGAGAATGGACCGCTAAGCAATACGAGGGAG
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TCTCCGCCGATTCCTCCGGTGGCGTTCAGTCTTCCTTCTCCCTCGTGTGCCCTACCTCCG
CCGTCTGCCAGGTGACCATTGGTGGTGGTTCCGGAGGAGGATTTGCTGCCGGTGGAGGTG
CAGCAGCTGGAGGCGGTGGTGGAGGTGAGGCCGCCGCAGCAGCAAAGGAGGAAGAGAAGA
AGAAGGAAGAATCTGAGGAGGAGGAAGGAGACTTTGGTTTTGATCTCTTTGGTTAAGAGT
CGAAACAACAAACACTTTTCGAAGGTGTTAGTTTTTGAGGTGTTCTGCTTCTCTTATCGA
AATTGTTTTTTTTAGATTGAACCTTTTGCAAGAAGACTATAATGTTATGTCAAGGAATAC
ATGTTTGGTTT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1BO30TF 553 0 0
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TATTCACATTCGTCTGCAAAAGCAAAGGCGGAGAATGGACCGCTAAGCAATACGAGGGAG
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TCTCCGCCGATTCCTCCGGTGGCGTTCAGTCTTCCTTCTCCCTCGTGTGCCCTACCTCCG
CCGTCTGCCAGGTGACCATTGGTGGTGGTTCCGGAGGAGGATTTGCTGCCGGTGGAGGTG
CAGCAGCTGGAGGCGGTGGTGGAGGTGAGGCCGCCGCAGCAGCAAAGGAGGAAGAGAAGA
AGAAGGAAGAATCTGAGGAGGAGGAAGGAGACTTTGGTTTTGATCTCTTTGGTTAAGAGT
CGAAACAACAAACACTTTTCGAAGGTGTTAGTTTTTGAGGTGTTCTGCTTCTCTTATCGA
AATTGTTTTTTTTAGATTGAACTTTTTGCAAGAAGACTATAATGTTATGTCAAGGAATAC
ATGTTTGGTTT
CT

QA 1 551 1 551
DS 



AS 1 3

CO CL4379Contig1 1294 3 14 U
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CCATGGCTGACAAGAAGATTAAGATCGGAATCAACGGTTTCGGAAGAATCGGTCGTTTGG
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ATGAGCATGAGTACAAGTCTGATCTCAACATTGTTTCCAACGCTAGTTGCACCACTAACT
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CTACCGTCCACTCGATCACTGCTACCCAGAAGACTGTTGATGGTCCATCAATGAAGGACT
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ACACCGAGGATGATGTTGTCTCAACTGACTTCGTTGGTGACAACAGGTCTAGCATTTTTG
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ACGAATGGGGTTACAGCACCCGTGTGGTCGACTTGATCCTTCACATGTCCAAAGCCTAGA
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ATAAATTTTCTCAGAGATCTAAAAACTCATCTTTTCTTTTTTGGTTTTAGCGATTCTCCT
TCACGTGACGTGATAGGAAGTTTGTAAACCTTGTTTATTTCTACACTGGAAACCCTTTGA
TACAAGTTTACTTTTATTGCAATCCATTCAAGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FI78TF U 1
AF RR1B367TF U 832
AF RR1FI78JQ C 450
BS 1 656 RR1FI78TF
BS 657 657 RR1FI78JQ
BS 658 719 RR1FI78TF
BS 720 832 RR1FI78JQ
BS 833 1048 RR1B367TF
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BS 1050 1074 RR1B367TF
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BS 1076 1085 RR1B367TF
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BS 1089 1161 RR1B367TF
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BS 1163 1242 RR1B367TF
BS 1243 1294 RR1FI78JQ

RD RR1FI78TF 722 0 0
GGACTCACTTGACTATTCTCACATTCAGAACTTTGCTATCTCTCTCTCTCGACCACATCG
CCATGGCTGACAAGAAGATTAAGATCGGAATCAACGGTTTCGGAAGAATCGGTCGTTTGG
TGGCGAGAGTTATCCTTCAGAGGAACGATGTTGAGCTCGTCGCTGTTAACGATCCTTTCA
TCACCACCGAGTACATGACATACATGTTTAAGTACGACAGTGTTCACGGACAGTGGAAGC
ACAATGAGCTTAAGATAAAGGATGAGAAAACCCTTCTCTTTGGTGAGAAGCCAGTCACTG
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TTGAGTCTACTGGTGTCTTCACTGACAAGGACAAGGCCGCTGCTCACTTGAAGGGTGGTG
CCAAGAAAGTTGTCATCTCTGCCCCAAGCAAAGATGCTCCCATGTTTGTTGTTGGTGTCA
ATGAGCATGAGTACAAGTCTGATCTCAACATTGTTTCCAACGCTAGTTGCACCACTAACT
GCCTTGCTCCTCTTGCCAAGGTTATCAACGACAGGTTTGGAATCGTTGAGGGACTCATGA
CTACCGTCCACTCGATCACTGCTACCCAGAAGACTGTTGATGGTCCATCAATGAAG*ACT
GGAGAGGTGGAAGGGCTGCTTCCTTCAACATCATTCCAAGCAGCACCGGAGCTGCCAAG
CTG

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DS 

RD RR1B367TF 421 0 0
G
AACCTACGACGAGATCAAGAAGGCTATCAAGGAGGAATCTGAAGGCAAACTAAAGGGAAT
CCTTGGTTACACCGAGGATGATGTTGTCTCAACTGACTTCGTTGGTGACAACAGGTCTAG
CATTTTTGATGCAAAGGCTGGAATTGCATTGAGTGACAACTTCGTGAAACTGGTGTCGTG
GTATGACAACGAATGGGGTTACAGCACCCGTGTGGTGGACTTGATCCTTCACATGTCCAA
AGTCTAGAGCGCC***CAAGAGAAAACAAGATCTCAAACGATGTAATGGTGTCTGTCAGT
TTTTTCGAATAAATTTTCTCAGAGATCTATAAACTCATCTTTTCTTTTTTGGTTTTAGCG
ATTCTCCTTCACGTGACGTGATAGGAAGTTTGTAAACCTTGTTTATTTCT
TTCTACACTG

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DS 

RD RR1FI78JQ 845 0 0
AAAGATGCTCCCATGTTTGTT*TTGGTGTCAATGAGCATGAGTACAAGTCTGATCTCAAC
ATTGTTTCCAACGCTAGTTGCACCACTAACTGCCTTGCTCCTCTTGCCAAGGTTATCAAC
GACAGGTTTGGAATCGTTGAGGGACTCATGACTACCGTCCACTCGATCACTGCTACCCAG
AAGACTGTTGATGGTCCATCAATGAAGGACTGGAGAGGTGGAAGGGCTGCTTCCTTCAAC
ATCATTCCAAGCAGCACCGGAGCTGCCAAGGCTGTCGGAAAGGTGCTTCCACAGCTCAAC
GGAAAGTTGACCGGAATGTCCTTCCGTGTTCCCACCGTTGATGTTTCAGTTGTTGACCTC
ACGGTCAGACTCGAGAAAGCTGCAACCTACGACGAGATCAAGAAGGCTATCAAGGAGGAA
TCTGAAGGCAAGCTAAAGGGAATCCTTGGTTACACCGAGGATGATGTTGTCTCAACTGAC
TTCGTTGGTGACAACAGGTCTAGCATTTTTGATGCAAAGGCTGGAATTGCATTGAGTGAC
AACTTCGTGAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAATGGGGTTACAGCACCCGTGTGGTC
GACTTGATCCTTCACATGTCCAAAGCCTAGAGCGCCGCCCAAGAGAGA*CAAGATCTCAA
ACGATGTAATGGTGTCTTTCAGTTTTTTCGAATAAATTTTCTCAGAGATCTAAAAACTCA
TCTTTTCTTTTTTGGTTTTAGCGATTCTCCTTCACGTGACGTGATAGGAAGTTTGTAAAC
CTTGTTTATTTCTACACTGGAAACCCTTTGATACAAGTTTACTTTTATTGCAATCCATTC
AAGAT

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 3

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TCTTCTCTCCTCTCTCGTGACTCCTCGAGGACACCGATCAATTCTCTCTGGTGATCTCTC
GTCGAAGACGATCTCTTCTCGACGGAATCTCTCGTCGACTGAATCACCCGGCGTCTCTCT
CGGTGGAATCGTCGTTTCTATCGGTCTCCTCGACGACTCTGCTTTTCTCTCGGTCTCCTC
GTCTCTCTCGCTATCTCTCTATCAAATCAAAAGGTAAAGCTATGTATTTGTCCTTTTATG
TTTGAATCCTTCTTTGTTATTTTGATTTGTTTGTTGTGTTGCATGCGTGTCTTTGTGTTC
GTTTATGTCTCTATATTTGGACGGACGGATCCAAAAGACACGAAGGTTCTTCAAAGAAGA
CGACGATTGCAATACAGTGGAATGGACACAGTCGCTCGTGGACTGAAAAATGCAGTCAAG
ATCTTGGAGATCTGCACAAGTTGGAGGTTTTGGAATAGCTTGAAGCAAAGCTTAAGGCTG
AAGGGAAGGAAGAAGAGAATGAAAAAGGAGAAGGTGATGATGAAGCTGATGAATCTGAGG
GACACTATCTTTTCCAAGAAACAGCACCCCCATTTCCTAACACATCCTCTCTGCACCTCC
TCCACTGCCGCCAAACACTTGACTCCACACAAACACATCATCTAGAAGAAGCTCTGGTGC
ATTCTCTCTTACGCAAGAGATCATCTTTTCCGTCACGTCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE46JQ C 223
AF RR1CK92TF U 1
AF RR1EE46TF U 57
BS 1 459 RR1CK92TF
BS 460 460 RR1EE46TF
BS 461 475 RR1CK92TF
BS 476 476 RR1EE46TF
BS 477 577 RR1CK92TF
BS 578 578 RR1EE46TF
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BS 629 722 RR1CK92TF
BS 723 762 RR1EE46TF

RD RR1EE46JQ 425 0 0
TTTTCTCTCGGTCTCCTCGTCTCTCTCGCTATCTCTCTATCAAATCAAAAGGTAAAGCTA
TGTATTTGTCCTTTTATGTTTGAATCCTTCTTTGTTATTTTGATTTGTTTGTTGTGTTGC
ATGCGTGTCTTTGTGTTCGTTTATGTCTCTATATTTGGACGGACGGATCCAAAAGACACG
AAGGTTCTTCAAAGAAGACGACGATTGCAATACAGTGGAATGGACACAGTCGCTCGTGGA
CTGAAAAATGCAGTCAAGATCTTGGAGATCTGCACAAGTTGGAGGTTTTGGAATAGCTTG
AAGCAAAGCTTAAGGCTGAAGGGAAGGAAGAAGAGAATGAAAAAGGAGAAGGTGATGATG
AAGCTGATGAATTTGAGGGACACTATCTTTTCCAAGAAACAGCACCCCCATTTCCTAACA
CATCC

QA 1 425 1 425
DS 

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TCTTCTCTCCTCTCTCGTGACTCCTCGAGGACACCGATCAATTCTCTCTGGTGATCTCTC
GTCGAAGACGATCTCTTCTCGACGGAATCTCTCGTCGACTGAATCACCCGGCGTCTCTCT
CGGTGGAATCGTCGTTTCTATCGGTCTCCTCGACGACTCTGCTTTTCTCTCGGTCTCCTC
GTCTCTCTCGCTATCTCTCTATCAAATCAAAAGGTAAAGCTATGTATTTGTCCTTTTATG
TTTGAATCCTTCTTTGTTATTTTGATTTGTTTGTTGTGTTGCATGCGTGTCTTTGTGTTC
GTTTATGTCTCTATATTTGGACGGACGGATCCAAAAGACACGAAGGTTCTTCAAAGAAGA
CGACGATTGCAATACAGTGGAATGGACACAGTCGCTCGTCGACTGAAAAATGCAGCCAAG
ATCTTGGAGATCTGCACAAGTTGGAGGTTTTGGAATAGCTTGAAGCAAAGCTTAAGGCTG
AAGGGAAGGAAGAAGAGAATGAAAAAGGAGAAGGTGACGATGAAGCTGATGAATCTGAGG
GACACTATCTTTTCCAAGAAACAGCACTCCCATTTCCTAACACATCCTCTCTGCACCTCC
TCCACTGCCGCCAAACACTTGACTCCACACAAACACATCATCTAGAAGAAGCTCTGGTGC
AT
CTCTCTACGCAGAGATCAT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1EE46TF 706 0 0
GG
GATCTTCTCTCCTCTCTCGTGACTCCTCGAGGACACCGATCAATTCTCTCTGGTGATCTC
TCGTCGAAGACGATCTCTTCTCGACGGAATCTCTCGTCGACTGAATCACCCGGCGTCTCT
CTCGGTGGAATCGTCGTTTCTATCGGTCTCCTCGACGACTCTGCTTTTCTCTCGGTCTCC
TCGTCTCTCTCGCTATCTCTCTATCAAATCAAAAGGTAAAGCTATGTATTTGTCCTTTTA
TGTTTGAATCCTTCTTTGTTATTTTGATTTGTTTGTTGTGTTGCATGCGTGTCTTTGTGT
TCGTTTATGTCTCTATATTTGGACGGACGGATCCAAAAGACACGAAGGTTCTTCAAAGAA
GACGACGATTGCAATACAGTGGAATGGACACAGTCGCTCGTGGACTGAAAAATGCAGTCA
AGATCTTGGAGATCTGCACAAGTTGGAGGTTTTGGAATAGCTTGAAGCAAAGCTTAAGGC
TGAAGGGAAGGAAGAAGAGAATGAAAAAGGAGAAGGTGATGATGAAGCTGATGAATCTGA
GGGACACTATCTTTTCCAAGAAACAGCACCCCCATTTCCTAACACATCCTCTCTGCACCT
CCTCCACTGCCGCCAAACACTTGACTCCACACAAACACATCATCTAGAAGAAGCTCTGGT
GCATTCTCTCTTACGCAAGAGATCATCTTTTCCGTCACGTCCAC

QA 3 706 3 706
DS 



AS 1 3

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AAAGGACAAACAATGTTCGAGTTCTCACTCTCACTCTCAAACTAGTTGTAGACCATGTAC
TTGGGAGTTGCACTGAACTTCTGATAACCCTTGATGACTTTGTTCACTGCATCCAAAAAG
TCTTTCTCAGTAACAGTCTTTCTCCTAGCTCTGATTGCATACATCCCAGCTTCAGTGCAC
ACACTCCTGATATCAGCTCCGGTTGAGTTTGGGCAGAGGCGAGCAAGGAGTTCAAAACGG
ATGTCTCTCTCGCAGTTCATGGTTCTTGTGTGAATCTTGAAGATCTGAGTTCTGCTCTCC
AGGTCAGGCAAACCAAACTCAACCTTACGGTCAAGACGTCCAGGACGTAAAAGAGCAGGG
TCCAGTGTGTCGGGCCTATTTGTTGCCATAAGAACCTTGATGTTACCACGTGCATCGAAC
CCATCAAGCTGATTCACAATCTCAAGCATAGTACGCTGTACTTCGTTATCACCTCCTACA
CCGTCGTCAAATCTTGCACCACCGATGGCATCAACTTCATCAAAGAAGACAATGCAGGCT
TTTTTGGACCGTGCCATCTGAAATAGTTCACGAACCATCCTAGCTCCCTCACCGACATAC
TTCTGAACAAGCTCACTGCCCGATAACCCTGATAAAGCAAGCACCGGTTCTGTTGGCAAC
AGCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC19TF C 10
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C

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QA 6 722 6 722
DS 



AS 1 3

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ATTATGTGCTCCGGATGATATTGGATCTCTTTACCTTTTATAATAAACACTACTTTTTC


BQ
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AF RR1FJ01JQ C 1
AF RR1F162TF U 18
AF RR1FJ01TF U 1
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DS 

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G
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QA 2 737 2 737
DS 

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AATGCTGCAGTCAGTTGGGTAACGTAGTCCGGTCTTCGCCTGACTGTTTGTGTCAGGTCC
TCAACGGTGGTGGCTCTCAGCTCGGTATCAACGTTAACCAAACACAGGCTCTTGCTTTGC
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ATTATGTGCTCCGGATGATATTGGATCTCTTTACCTTTTATA
T

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 3

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ATTTGGATCTAATGATAATAATTTGGATTCGAAGTTTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CK78TF U 142
AF RR1AJ60TF U 1
AF RR1CK78JQ C 59
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BS 544 544 RR1CK78JQ
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BS 555 776 RR1AJ60TF
BS 777 822 RR1CK78JQ

RD RR1CK78TF 194 0 0
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ATGGATCCGTATAAGACCCTTAGGATACGACCCGATTCATCTGAGTACGAGGTCAAGCAA
GCTTTCAGACAACT

QA 1 194 1 194
DS 

RD RR1AJ60TF 776 0 0
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AGAACTCAAATTATTTTCAAGTTCTCTGTTTGATTATCGAGAAACATGACTATTGCTTTA
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TCGCTCCGATTGAAGAACAGCAGACGAAAGGACACGAAGATGCTGAACAGGAAAGGAGTC
ATCTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCGTATAAGACCCTTAGGATACGACCCGATTCA
TCTGAGTACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGATGTT
TGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTGCAGTTTCAGACAATCAACGAAGCTTACGATATTGTG
TTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTCAGCCATTCGATGTCTAT
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TGGGAAGGTGCAGGAACCAGAGACTACTCCTCTCACGTGAATCCTTACGCGTGAAGACGA
CGGTGACCGACTTGGCAATGATTGTATGCAGATAAATAACAACAGAGAGAGAGAGAGACT
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GTCATTTCTATGTTATGTAAACTCTCAAAGATTCAGTGATTAGCTTAAAAGCTTTC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1CK78JQ 764 0 0
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TAACGATCGGAGGAAGTGGGTTCTCTGGTCTACCCGGATCTTCGTTTTCCTCATCTTCTT
CATCGCTCCGATTGAAGAACAGCAGACGAAAGGACACGAAGATGCTGAACAGGAAAGGAG
TCATCTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCGTATAAGACCCTTAGGATACGACCCGATT
CATCTGAGTACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGATG
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ATGAAGAGGGATTCAACGGAATGAACGATCCAGATTGTGACACGTGGGAGGAATGGATGG
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GACGGTGACCGACTTGGCAATGATTGTATGCAGATAAATAACAACAGAGAGAGAGAGAGA
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AAGTCATTTCTATGTTATGTAAACTCTCAAAGATTCAGTGATTAGCTTAAAAGCTTTCCT
GAATTTGGATCTAATGATAATAATTTGGATTCGAAGTTTGTTCC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 3

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GCTTGAACCAAAAAAGAAGCTATGAATAGTGAACCACCGATGGAGATCGATGATTCAGGC
GATGTTCTCGATCTCACTAGCTGCCAGCTCCACAGTCTCGACGGAGTCGAGTTACCGCCG
ACGCTAACCGAGCTCGACCTTACGGCGAACCGCCTATCGGAATTAGACTCGAGGATCGCT
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GAGCCTCTCTCTCGCTGGGACGCCTTGTCCGATCTCGAGGAGCTGATTCTTAGAGATAAC
AAACTAGCAAAAGTACCAGATGTAAGCATATTCTCAAAGCTTTTGGTGTTTGACGTATCG
TTCAATGAAATCACTTCGTTGGAAGGATTATCAAAGGCCTCCAGCGCATTGAAGGAACTC
TATGTGTCTAAGAATGAGGTTAATAAGATTATGGAGATTGAACATTTGCATGACTTGCAG
ATTCTTGAGCTGGGGTCTAATAGATTGCGGGTAATGGAGAATATGGAGAACTTGGCAAAG
TTAGAAGAACTGTGGCTTGGAAGAAACCGTATCAAAGTTGTGAACTTGTGTGGGCTCAAT
TGTATTAGAAAGATTAGCTTGCAGAGCAATCGTTTGACCTCTATGAAAGGATTTGAGGAC
TGTGTTGCTCTTGAAGAATTATATTTGAGCCATAATGGTATCTCAAAAATGGAAAGTTTG
AGTGCATTGGTTAACCTGCGGGTATTGGACGTGTCGAACAACAAGCTCACATCAGTTGAT
GACATTCAGAGCCTCACAAAGCTGGAAGATTTATGGCTTAATGACAACCAGATAGAATCA
CTTGAAGCAATCACAGAAGCTGTTGCAGGCTCTAAAGATAAGCTTACCACTATCTACCTC
GAAAATAACCCTTGTGCCAAGTCTTCTGATTACGTTGCTGTGCTCAGACAAATCTTCCCA
AACGTGGAGCAAATAGACTCTAACTTATCTGCTTAAGAAGTTGGATATTCCTCGTTTGCT
CGTTTTTAGAGAGCCTGCTTCCTCATGGTTTAGACTTCAGAGAACATACATGTCTCTGCT
GCTGATCATAAAGAAGTGAAAACAAACAAATGAAACCGTTCAGTTGAGCGATATTTTATC
AAAACGGTTATAGTGTTCGCTTGCAAGCAAAATCAATACTTGTGTTTTGGTCTGTAAGCA
GTAGTATCTAGACCTTGTCTGTAAAAGGGAACCCCGGTTGTCTTTGTTTCGACAAACAGT
AACTTGAATACCTTGACTTTTTCCTATC


BQ
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AF RR1GH32TF U 46
AF RR1AS63TF U 1
AF RR1AS63JQ C 461
BS 1 449 RR1AS63TF
BS 450 450 RR1GH32TF
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BS 887 1348 RR1AS63JQ

RD RR1GH32TF 724 0 0
GG
ATCGCCCTGAGGAGCTTGAACCAAAAAAGAAGCTATGAATAGTGAACCACCGATGGAGAT
CGATGATTCAGGCGATGTTCTCGATCTCACTGGCTGCCAGCTCCACAGTCTCGACGGAGT
CGAGTTACCGCCGACGCTAACCGAGCTCGACCTTACGGCGAACCGCCTATCGGAATTAGA
CTCGAGGATCGCTCACCTCTCTACGCTCAAGAAGCTTTCTCTTCGCCAAAACCTAATCGA
AGATCCCGCCGTCGAGCCTCTCTCTCGCTGGGACGCCTTGTCCGATCTCGAGGAGCTGAT
TCTTAGAGATAACAAGCTAGCAAAAGTACCAGATGTAAGCATATTCTCAAAGCTTTTGGT
GTTTGACGTATCGTTCAATGAAATCACTTCGTTGGAAGGATTATCAAAGGCCTCCAGCGC
ATTGAAGGAACTCTATGTGTCTAAGAATGAGGTTAATAAGATTATGGAGATTGAACATTT
GCATGACTTGCAGATTCTTGAGCTGGGGTCTAATAGATTGCGGGTAATGGAGAATATGGA
GAACTTGGCAAAGTTAGAAGAACTGTGGCTTGGAAGAAACCGTATCAAAGTTGTGAACTT
GTGTGGGCTCAATTGTATTAGAAAGATTAGCTTGCAGAGCAATCGTTTGACCTCTATGAA
AGGATTTGAGGACTGTGTTGCTCTTGAAGAGTTGTATCTGAGCCATAATGGTATCTCAAA
A
T

QA 3 723 3 723
DS 

RD RR1AS63TF 891 0 0
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GCTTGAACCAAAAAAGAAGCTATGAATAGTGAACCACCGATGGAGATCGATGATTCAGGC
GATGTTCTCGATCTCACTAGCTGCCAGCTCCACAGTCTCGACGGAGTCGAGTTACCGCCG
ACGCTAACCGAGCTCGACCTTACGGCGAACCGCCTATCGGAATTAGACTCGAGGATCGCT
CACCTCTCTACGCTCAAGAAGCTTTCTCTTCGCCAAAACCTAATCGAAGATCCCGCCGTC
GAGCCTCTCTCTCGCTGGGACGCCTTGTCCGATCTCGAGGAGCTGATTCTTAGAGATAAC
AAACTAGCAAAAGTACCAGATGTAAGCATATTCTCAAAGCTTTTGGTGTTTGACGTATCG
TTCAATGAAATCACTTCGTTGGAAGGATTGTCAAAGGCCTCTAGCGCATTGAAGGAACTC
TATGTGTCTAAGAATGAGGTTAATAAGATTATGGAGATTGAACATTTGCATGACTTGCAG
ATTCTTGAGCTGGGGTCTAATAGATTGCGGGTAATGGAGAATATGGAGAACTTGGCAAAG
TTAGAAGAACTGTGGCTTGGAAGAAACCGTATCAAAGTTGTGAACTTGTGTGGGCTCAAT
TGTATTAGAAAGATTAGCTTGCAGAGCAATCGTTTGACCTCTATGAAAGGATTTGAGGAC
TGTGTTGCTCTTGAAGAATTATATTTGAGCCATAATGGTATCTCAAAAATGGAAAGTTTG
AGTGCATTGGTTAACCTGCGGGTATTGGACGTGTCGAACAACAAGCTCACATCAGTTGAT
GACATTCAGAGCCTCACAAAGCTGGA*GATTTATGGCTTAATGACA
CCAGA

QA 1 886 1 886
DS 

RD RR1AS63JQ 888 0 0
CT
AGCGCATTGAAGGAACTCTATGTGTCTAAGAATGAGGTTAATAAGATTATGGAGATTGAA
CATTTGCATGACTTGCAGATTCTTGAGCTGGGGTCTAATAGATTGCGGGTAATGGAGAAT
ATGGAGAACTTGGCAAAGTTAGAAGAACTGTGGCTTGGAAGAAACCGTATCAAAGTTGTG
AACTTGTGTGGGCTCAATTGTATTAGAAAGATTAGCTTGCAGAGCAATCGTTTGACCTCT
ATGAAAGGATTTGAGGACTGTGTTGCTCTTGAAGAATTATATTTGAGCCATAATGGTATC
TCAAAAATGGAAGGTTTGAGTGCATTGGTTAACCTGCGGGTATTGGACGTGTCGAACAAC
AAGCTCACATCAGTTGATGACATTCAGAGCCTCACAAAGCTGGAAGATTTATGGCTTAAT
GACAACCAGATAGAATCACTTGAAGCAATCACAGAAGCTGTTGCAGGCTCTAAAGATAAG
CTTACCACTATCTACCTCGAAAATAACCCTTGTGCCAAGTCTTCTGATTACGTTGCTGTG
CTCAGACAAATCTTCCCAAACGTGGAGCAAATAGACTCTAACTTATCTGCTTAAGAAGTT
GGATATTCCTCGTTTGCTCGTTTTTAGAGAGCCTGCTTCCTCATGGTTTAGACTTCAGAG
AACATACATGTCTCTGCTGCTGATCATAAAGAAGTGAAAACAAACAAATGAAACCGTTCA
GTTGAGCGATATTTTATCAAAACGGTTATAGTGTTCGCTTGCAAGCAAAATCAATACTTG
TGTTTTGGTCTGTAAGCAGTAGTATCTAGACCTTGTCTGTAAAAGGGAACCCCGGTTGTC
TTTGTTTCGACAAACAGTAACTTGAATACCTTGACTTTTTCCTATC

QA 3 888 3 888
DS 



AS 1 3

CO CL4385Contig1 823 3 2 U
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CTCCATAATTAACTTTTCAAAAGATTGAAGAGGGGACTCTATTTCATGGATTCTTCTCAT
GAGAAAAAGACTTGAACGCTAGAAGCTTTCAAAGACTGACAAACAGGACAAACACCAGTG
AACGCATCACAGTCTTTACACAAACTCAAGTGCCTACACGGTACGAGCAACACAGAAACC
TCCTTTACCTTACACGACTTGCATCTCATCCCAGTGTTTGGTACCCGCGGGATGTTCATG
TGGTTGTATGAAGCTGCTCCATCATCAATCTCGCTATCCCCGAACCCTTCTTTCACTTGG
TGCTGATGATGATGATGATCAGCTAATACACCGCTTGCATTGATGTTGTTTCCATGTGAC
ATCATCACTTGTTGCAGATTTACCTTTAAGGCATTAACCACAGATTCATTGTACTTTGCC
CTGTAATGCCAGTTCTGAGATTCCACCGCCACTTGTTTTATCTTCTCCACGAGTTCCCGG
TTCTTCTTGTTCATGTTTTTGATCTCCTCGTCTTTCTCTTGCAGCTTCTTGCTCACCTCC
TTCTCTAAGGCCGCGACAAAAGACGTGATATGTCTCTGTTTTATATCTCTCACACCCCTC
GCCAGTTGGTCCCCCTGGAATTTGATAAACTGATCAAGCTCTTCTTTCTGTCTATCAAAG
TCCAATCTGATACCGTCACCGAGTGACTGAAACATTGGAGTTGTGATGTTTCCATTTGCA
GAAGTTACAGAAGAGTTTCGCTCATCGTCGTCATAAGATAGTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AC53JQ U 1
AF RR1AC53TF C 1
AF RR1E071JQ U 105
BS 1 628 RR1AC53JQ
BS 629 823 RR1E071JQ

RD RR1AC53JQ 629 0 0
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TGGTTGTATGAAGCTGCTCCATCATCAATCTCGCTATCCCCGAACCCTTCTTTCACTTGG
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TTCTCTAAGGCCGCGACAAAAGACGTGA
C

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1AC53TF 629 0 0
CGAGCAACTTTTTTTATCTTGAACTCATCATCAAAATCACATACAAATATGATCATCTTT
CTCCATAATTAACTTTTCAAAAGATTGAAGAGGGGACTCTATTTCATGGATTCTTCTCAT
GAGAAAAAGACTTGAACGCTAGAAGCTTTCAAAGACTGACAAACAGGACAAACACCAGTG
AACGCATCACAGTCTTTACACAAACTCAAGTGCCTACACGGTACGAGCAACACAGAAACC
TCCTTTACCTTACACGACTTGCATCTCATCCCAGTGTTTGGTACCCGCGGGATGTTCATG
TGGTTGTATGAAGCTGCTCCATCATCAATCTCGCTATCCCCGAACCCTTCTTTCACTTGG
TGCTGATGATGATGATGATCAGCTAATACACCGCTTGCATTGATGTTGTTTCCATGTGAC
ATCATCACTTGTTGCAGATTTACCTTTAAGGCATTAACCACAGATTCATTGTACTTTGCC
CTGTAATGCCAGTTCTGAGATTCCACCGCCACTTGTTTTATCTTCTCCACGAGTTCCCGG
TTCTTCTTGTTCATGTTTTTGATCTCCTCGTCTTTCTCTTGCAGCTTCTTGCTCACCTCC
TTCTCTAAGGCCGCGACAAAAGACGTGA
C

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1E071JQ 719 0 0
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GTTGTTTCCATGTGACATCATCACTTGTTGCAAATTTACCTTTAAGGCATTAACCACAGA
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CTCCACGAGTTCCCGGTTCTTCTTGTTCATGTTTTTGATCTCCTCGTCTTTCTCTTGCAG
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ATCTCTCACACCCCTCGCCAGTTGGTCCCCCTGGAATTTGATAAACTGATCAAGCTCTTC
TTTCTGTCTATCAAAGTCCAATCTGATACCGTCACCGAGTGACTGAAACATTGGAGTTGT
GATGTTTCCATTTGCAGAAGTTACAGAAGAGTTTCGCTCATCGTCGTCATAAGATAGTC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 3

CO CL4386Contig1 496 3 3 U
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GAGCATAACATACGGGGGCATTTTTAGTTGCACTCTTCTTGCCGCCTATGTTCTATCCAA
GGGTCATCTTCACGGCGACGATCCTCCTGCGTATCCTTATATGCACATCCGTAACAAGGA
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TGCGTCTTTACAATGCTTATCGTCTTTGTTTTTTTAACTTTGTTAGCTATTTGGTATTCC
AATCCTCCTTTCTTGTGCTGGGAATTAAGAATGCTACTTTTTTTTGTCATCATTAAAGAC
TCTTGTCTTTTCTCAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR1FB47JQ C 1
AF RR1DT59TF U 111
AF RR1FB47TF U 1
BS 1 111 RR1FB47TF
BS 112 493 RR1DT59TF
BS 494 496 RR1FB47JQ

RD RR1FB47JQ 496 0 0
GGGAGGAGTCACATTGAGAAACGAGAGAGAGAGAGAGATCAGGAGAATGGCGACGGCGAT
AATACGTTCAGCTCTATCCCGAGCAGCTATCCGCGCAGCTCCGAGGACATCCCTTGCTCC
AAACCGGAGATTTTCATCTTCTGCCGGCCTTGACGATGCTTTCGAAGCTGGAAAGTGGGA
GAGCATAACATACGGGGGCATTTTTAGTTGCACTCTTCTTGCCGCCTATGTTCTATCCAA
GGGTCATCTTCACGGCGACGATCCTCCTGCGTATCCTTATATGCACATCCGTAACAAGGA
GTTTCCTTGGGGTCCAGACGGTCTGTTTGAGGTGAAGCACAACGATGGGCACTGAGATGT
TGCGTCTTTACAATGCTTATCGTCTTTGTTTTTTTAACTTTGTTAGCTATTTGGTATTCC
AATCCTCCTTTCTTGTGCTGGGAATTAAGAATGCTACTTTTTTTTGTCATCATTAAAGAC
TCTTGTCTTTTCTCAG

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1DT59TF 385 0 0
G
CCTTGCTCCAAACCGGAGATTTTCATCTTCTGCCGGCCTTGACGATGCTTTCGAAGCTGG
AAAGTGGGAGAGCATAACATACGGGGGCATTTTTAGTTGCACTCTTCTTGCCGCCTATGT
TCTATCCAAGGGTCATCTTCACGGCGACGATCCTCCTGCGTATCCTTATATGCACATCCG
TAACAAGGAGTTTCCTTGGGGTCCAGACGGTCTGTTTGAGGTGAAGCACAACGATGGGCA
CTGAGATGTTGCGTCTTTACAATGCTTATCGTCTTTGTTTTTTTAACTTTGTTAGCTATT
TGGTATTCCAATCCTCCTTTCTTGTGCTGGGAATTAAGAATGCTACTTTTTTTTGTCATC
ATTAAAGACTCTTGTCTTTTCT
TC

QA 2 383 2 383
DS 

RD RR1FB47TF 496 0 0
GGGAGGAGTCACATTGAGAAACGAGAGAGAGAGAGAGATCAGGAGAATGGCGACGGCGAT
AATACGTTCAGCTCTATCCCGAGCAGCTATCCGCGCAGCTCCGAGGACATCCCTTGCTCC
AAACCGGAGATTTTCATCTTCTGCCGGCCTTGACGATGCTTTCGAAGCTGGAAAGTGGGA
GAGCATAACATACGGGGGCATTTTTAGTTGCACTCTTCTTGCCGCCTATGTTCTATCCAA
GGGTCATCTTCACGGCGACGATCCTCCTGCGTATCCTTATATGCACATCCGTAACAAGGA
GTTTCCTTGGGGTCCAGACGGTCTGTTTGAGGTGAAGCACAACGATGGGCACTGAGATGT
TGCGTCTTTACAATGCTTATCGTCTTTGTTTTTTTAACTTTGTTAGCTATTTGGTATTCC
AATCCTCCTTTCTTGTGCTGGGAATTAAGAATGCTACTTTTTTTTGTCATCATTAAAGAC
TCTTGTCTTTTCT
CAG

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 3

CO CL4387Contig1 1318 3 17 U
GGAATCGGATGAGGATATACATCTAGTTTACTCTAGAAGAAAAAACCTAAAGAGGGTTAC
TTGTCCGATTCTCGTCTTCTCTCATCCCGTTCGCTCGTTGACACTTGAAAATTCGAAAAA
CCGATAATATAGCAGATGATTGCAAAATTGAAGCAGGTGATGCTGCTTTGGCTCGAGGGT
TTCCTAGAAGCTTGTTCTCTCCACCGCGTTGTAATTCTCTGTCACAGGTCGCGAAAGCTC
CTATTACGAACGGGGCAGTGTTTTCTTTTGAATGGTTTGATTTTCTTAGGAAGTTTAGGC
GTCTTTAAGTGGTTTGTTAATCCAGCCCTTCAGTGGATATTACCTAACCCATGCGCTCCT
ATCACGTCTCAAGACTTCTGTTCGTATAATGGATCTTATGCCTTTCTACGAGGTGGTCTT
TTGCAGCTATTTTACGTTCTTTGGTTCTATCCTCTGTATATGCTCAGCTTCATCTTAAGT
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AGCTCGGCAGAAACATTCAGGCAATGTGAAGTTCCTGCGTCAGTGGTCATGACAAATGCT
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AAGATACTGAATTTCTTACTTCTTTCATGGATGTATGCCTACTATTGTTACGAATATAAG
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TTCTTTGCTGGTTTTGGAAGCCCCTGCGTGTTAGCCATATTCTTTTCCTCGCCTCTTGTG
AGCGGAGCGCTTATGGCCATCCTGTTTCCATTGTTTGTTTTAACTGCTACAGGGTCAGGA
CCTGAAAAATCTATCGTTACCCCAAGTTTATTGAGGCTTCCAATATTCTACGTAGCTGAC
AGACTCTCGATGCTGGCATTGTCCATCTTCCGGTTGGAGTCCCTGCAACATGAGAAGACA
AGCTGAAGCTGAAATATTTTCTCTGGATCTGTTAATCTCTTGTCAACACTGCCGTCTCGG
TGATTTCATGTGGCCGTGCTTTAGAAGTGTAGTTGTGGCTTTGACGCATAGTTATCTGAT
ATCAGTGCTCATGATAAGATATTATGCTGCAAACTGCAAAACAACGAATATGAAAGCAGG
CGTGTCATGTCGGAAGTAGAGTTTGATTGTTAATTAATAGAATCCACAAATTTAAAGC


BQ
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AF RR1B251TF U 47
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GTCACGTCTCAAGACTTCTGTTCGTATAATGGATCTTATGCCTTTCTACGAGGTGGTCTT
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DS 

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GG
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AAATTCGAAAAACCGATAATATAGCAGATGATTGCAGAATTGAAGCAGGTGATGCTGCTT
TGGCTCGAGGGTTTCCTAGAAGCTTGTTCTCTCCACCGCGTTGTAATTCTCTGTCACAGG
TCGCGAAAGCTCCTATTACGAACGGGGCAGTGTTTTCTTTTGAATGGTTTGATTTTCTTA
GGAAGTTTAGGCGTCTTTAAGTGGTTTGTTAATCCAGCCCTTCAGTGGATATTACCTAAT
CCATGCGCTCCTATCACGTCTCAAGACTTCTGTTCGTATAATGGATCTTATGCGTTTCTA
CGGGGTGGTCTTTTGCAGCTATTTTACGTTCTTTGGTTCTATCCTCTGTATATGCTCAGC
TTCATCTTAAGTAACATCTGGTATAACGATGTTGCAAAATATGGATTCGAGGCAATTGGA
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ATGACAAATGCTTAAAGACCTTCTGGTCTTGGAGGGGTGATGATTGGTATTGGAGTGCAT
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CCATACATTGGGAAGATACTGAATTTCTTACTTCTTTCATGGATGTATGCCTACTATTGT
TACGAATATAAGTGGAACTTCTTGGAG
GTCCCTCTCGAG

QA 3 749 3 749
DS 

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TGCG
AAATATGGATTCGAGGCAATTGGAAAATCTGACATAAGCTCGGCAGAAACATTCAGGCAA
TGTGAAGTTCCTGCGTCAGTGGTCATGACAAATGCTGAAAGACCTTCTGGCCTTGGAGGG
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GAGGTTTATGTTGTTGGCGTTATACCATACATTGGGAAGATACTGAATTTCTTACTTCTT
TCATGGATGTATGCCTACTATTGTTACGAATATAAGTGGAACTTCTTGGAGATTCCTCTG
GAGAAAAGGCTTGAGTTCTTTGAATCCAACTGGGCCTTCTTTGCTGGTTTTGGAAGCCCC
TGCGTGTTAGCCATATTCTTTTCCTCGCCTCTTGTGAGCGGAGCGCTTATGGCCATCCTG
TTTCCATTGTTTGTTTTAACTGCTACAGGGTCAGGACCTGAAAAATCTATCGTTACCCCA
AGTTTATTGAGGCTTCCAATATTCTACGTAGCTGACAGACTCTCGATGCTGGCATTGTCC
ATCTTCCGGTTGGAGTCCCTGCAACATGAGAAGACAAGCTGAAGCTGAAATATTTTCTCT
GGATCTGTTAATCTCTTGTCAACACTGCCGTCTCGGTGATTTCATGTGGCCGTGCTTTAG
AAGTGTAGTTGTGGCTTTGACGCATAGTTATCTGATATCAGTGCTCATGATAAGATATTA
TGCTGCAAACTGCAAAACAACGAATATGAAAGCAGGCGTGTCATGTCGGAAGTAGAGTTT
GATTGTTAATTAATAGAATCCACAAATTTAAAGC

QA 5 818 5 818
DS 



AS 1 2

CO CL4388Contig1 805 2 2 U
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CTCCTTTCTTTCTTCTGTTTCTCTCTCCCTCTCGCTCACAATCATCGCACAAACTGAGAC
GAATTCATCTTTGTGAATCGAAATCGAAAGGCCCTGGCTTTGTTTCCCTGGGTTCTCTAT
CTCTCTCTCGCTCTCGGTAAAGCCGTCGGAGACGATCGGCTTTTCAAAGGATCTGCCAAA
GAAGGACAAGGTTCCACCGCCGTCATCTAAGCCAGCGAAATCCGGAGGCGGGAAGCAGAA
GAAGAAGAAGTGGAGCAAGGGAAAGCAAAAGGAGAAGGTGAACAACATGGTGTTGTTTGA
TCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCACCGAAGCTCCCAAGTTCAAGCTCATCACCCCTTC
CATCAACAGGAGAGGATACTGTTTGTTCATCTTGAACTAAATGATGGAGACTTGGAAAGT
TTGTATAAACTCTTGGTTACTTAAAAAAAGATGGGTCTATGATTAAGCAGAAGACAAGTG
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GTATAAAGAGTGCGATTGCTTGTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BA88TF U 1
AF RR1BA88JQ C 43
BS 1 779 RR1BA88TF
BS 780 805 RR1BA88JQ

RD RR1BA88TF 782 0 0
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CTCCTTTCTTTCTTCTGTTTCTCTCTCCCTCTCGCTCACAATCATCGCACAAACTGAGAC
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CTCTCTCTCGCTCTCGGTAAAGCCGTCGGAGACGATCGGCTTTTCAAAGGATCTGCCAAA
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TTGTATAAACTCTTGGTTACTTAAAAAAAGATGGGTCTATGATTAAGCAGAAGACAAGTG
ATTCGTCTCTTGTTTTTGATCCAACTCGTGTCATTCAGATCTCTTGGACTCCTAGAGTGT
TTCTACAGGGAGTTTTTGTCTGAAGTTTATGTGTGTTTGCTTGTGTAAAAGCTTTGATGG
CTCATGGTCTCGGTTTCTATGTTGTAGTGAGCAGAGTACATGACGAGTTGTTACTTGGTT
TTGATGGCTCATGGTCTCGGTTTGTCTATGTTGTAGTGAGTTGTTAACATTGTGTTTTT
TGT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1BA88JQ 763 0 0
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CATCGCACAAACTGAGACGAATTCATCTTTGTGAATCGAAATCGAAAGGCCCTGGCTTTG
TTTCCCTGGGTTCTCTATCTCTCTCTCGCTCTCGGTAAAGCCGTCGGAGACGATCGGCTT
TTCAAAGGATCTGCCAAAGAAGGACAAGGTTCCACCGCCGTCATCTAAGCCAGCGAAATC
CGGAGGCGGGAAGCAGAAGAAGAAGAAGTGGAGCAAGGGAAAGCAAAAGGAGAAGGTGAA
CAACATGGTGTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCACCGAAGCTCCCAAGTT
CAAGCTCATCACCCCTTCCATCAACAGGAGAGGATACTGTTTGTTCATCTTGAACTAAAT
GATGGAGACTTGGAAAGTTTGTATAAACTCTTGGTTACTTAAAAAAAGATGGGTCTATGA
TTAAGCAGAAGACAAGTGATTCGTCTCTTGTTTTTGATCCAACTCGTGTCATTCAGATCT
CTTGGACTCCTAGAGTGTTTCTACAGGGAGTTTTTGTCTGAAGTTTATGTGTGTTTGCTT
GTGTAAAAGCTTTGATGGCTCATGGTCTCGGTTTCTATGTTGTAGTGAGCAGAGTACATG
ACGAGTTGTTACTTGGTTTTGATGGCTCATGGTCTCGGTTTGTCTATGTTGTAGTGAGTT
GTTAACATTGTGTTTTTTGTATAAAGAGTGCGATTGCTTGTGT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 3

CO CL4389Contig1 1009 3 21 U
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GAACCTATCTTCTGACTTCTGCATTCCTTCCTTCTTCTTTTATAGTTTATATTTTTCCCT
TCAATCGATCGAGAGTGAAAATGGCTCAATCCTGCGTTAAAGTCGCTCGAACCAACAATC
TCAAGAACCTAGTGAACCGTCGTGTTTTGATTCTCCGTCGATTCACGCGCATTCTCCTGA
ACAGAATCATCCCTTGCACTCCCGGCAAATCTCAGAGTTATCTCTTGTTGTCACGCGCCG
CCACTCCCTCTCCGAGTGTCTCTCGTTCTCTCCCTCCTCCGGTCGTGGACAGTGATGTCG
CACGCCGCACATCGGTACACGACCACGACAGCAGCAACCGGAGATCTGACTCTGATCTTG
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CCATGTTCGATCTCACCAGTCGTTGCACACTCAACAATGTGATTAGCTG*TATCAACAAG
CTAGAAAGTCTAACCAGACGGCGATTCCAGTTATGGTAGGAACAAAGTTTGATGAGTTTA
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CGCTAAACGCGACGCTCTTCTTCTCGAGTGCTTCATACAACATAAACGTAAATAAGATCT
TCAAGTTTGCGACCGCGAAGCTCTTCGACTTACCATGGACTGTGGAGAGAAATCTCACCG
TCGGAGAACCTATCATCGACTACTAGCATCTCTTCCAAAACGTATTTGT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EY22TF U 1
AF RR1FK34TF U 1
AF RR1FK34JQ C 265
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RD RR1EY22TF 730 0 0
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GAACCTATCTTCTGACTTCTGCATTCCTTCCTTCTTCTTTTATAGTTTATATTTTTCCCT
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GCGCTGAGAAATCACGTGATCTAATCCCCACGGCTTGCAAGGACTCTGTAGCCATTCTCT
TCATGTTCGATCTCACCAGTCGTTGCACACTCAACAATGTGATTAGCTGGTATCAACAAG
CTAGAAAGTC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1FK34TF 768 0 0
GGAT
GGCCAAAATGGAATCAATCAGCTTCTCTCTGGCCATCACCACATCTTATTCTTCCTGAAC
CTATCTTCTGACTTCTGCATTCCTTCCTTCTTCTTTTATAGTTTATATTTTTCCCTTCAA
TCGATCGAGAGTGAAAATGGCTCAATCCTGCGTTAAAGTCGCTCGAACCAACAATCTCAA
GAACCTAGTGAACCGTCGTGTTTTGATTCTCCGTCGATTCACGCGCATTCTCCTGAACAG
AATCATCCCTTGCACTCCCGGCAAATCTCAGAGTTATCTCTTGTTGTCACGCGCCGCCAC
TCCCTCTCCGAGTGTCTCTCGTTCTCTCCCTCCTCCGGTCGTGGACAGTGATGTCGCACG
CCGCACATCGGTACACGACCACGACAGCAGCAACCGGAGATCTGACTCTGATCTTGTTTC
TCTGAAAATCAGCCTCTTAGGAGATCCCGACACCGGAAAGACTTGCTTCCTGGCGAAGTA
TGTTGGTGGAGAGAAACAAGTTGAGATGAGAGAGTTGGAGAAAGGGATCCATTGTACGGA
CAAGACGTTTTCCATGGGAGGAGCTCGCATTTCCTACAGCATCTGCGAGTTACAAGGCGC
TGAGAAATCACGTGATCTAATCCCCACGGCTTGCAAGGACTCTGTAGCCATTCTCTCCAT
GTTCGATCTCACCAGTCGTTGCACACTCAACAATGTGATTAGCTG*TATCAACAAGCTAG
AAAGTCTA*CCAGACG*CGATTCCAGTTATGGTAGGAACAA
GTT

QA 5 765 5 765
DS 

RD RR1FK34JQ 745 0 0
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GTTCTCTCCCTCCTCCGGTCGTGGACAGTGATGTCGCACGCCGCACATCGGTACACGACC
ACGACAGCAGCAACCGGAGATCTGACTCTGATCTTGTTTCTCTGAAAATCAGCCTCTTAG
GAGATCCCGACACCGGAAAGACTTGCTTCCTGGCGAAGTATGTTGGTGGAGAGAAACAAG
TTGAGATGAGAGAGTTGGAGAAAGGGATCCATTGTACGGACAAGACGTTTTCCATGGGAG
GAGCTCGCATTTCCTACAGCATTTGCGAGTTACAAGGCGCTGAGAAATCACGTGATCTAA
TCCCCACGGCTTGCAAGGACTCTGTAGCCATTCTCTCCATGTTCGATCTCACCAGTCGTT
GCACACTCAACAATGTGATTAGCTG*TATCAACAAGCTAGAAAGTCTAACCAGACGGCGA
TTCCAGTTATGGTAGGAACAAAGTTTGATGAGTTTATTCAGCTTCCTATTGATCTGCAAT
GGACTATTGCTAGCCAGGCGAGGACCTACGCCAAGGCGCTAAACGCGACGCTCTTCTTCT
CGAGTGCTTCATACAACATAAACGTAAATAAGATCTTCAAGTTTGCGACCGCGAAGCTCT
TCGACTTACCATGGACTGTGGAGAGAAATCTCACCGTCGGAGAACCTATCATCGACTACT
AGCATCTCTTCCAAAACGTATTTGT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 3

CO CL4390Contig1 946 3 4 U
GGATTACTTATTGATTCGTTTTCCCTCTCAACAAATTCAATCGGAGAGTTAATTACACCT
TTCACCTACAATTTGAGTAATTAACTCTCCTACAAAAGAATAATATTATTATACGCTCTT
TTGTTTATTTTTTATAGAGAAAAATGGAGCTTTGTAGGCGGGAATTACGAGCTCCGTTTC
CCATATTAGTCGCCGTTACGTTGTTCCTCCTTCAGCTCTGTGCCGCGACGTCCCAAATTA
ATCACAGCGAGTCGTCTACACAAACACCCGTTAACTCTCCATCAGCGCCAAACACTCGAT
TTCTGTCGTCATCAGCACTGTCGTTAACCGGAAAACATTCCTCCTTCAGGTGGGGGAGAA
GACGACATCGTTACAAAATAAGCAGAGCGAGCATTGAGTTCCTATTCGCACATAACCTCG
TACGAGCGCGCGTGGGAGAACCGCCGTTACAATGGGATGGAAGACTGGCGGCGTATGCAC
GTGCGTGGGCGAGACAGCGCGTTGGGGACTGCAGGCTTGTTCACTCCAATGGTCCGTTCG
GAGAAAACATATTT*GGGCCGGACAGAATAACTGGACGCCCATGGATGTTGTCAAAGTGT
GGGCCGATGAGAATAAGTTCTACGACGTTAGGGGTAACACGTGTGAGTCGGGGCAAATGT
GTGGACACTATACACAGATCGTGTGGAGAGATAGCACGAAAGTTGGGTGCGCACGTGTGG
ATTGTTCAAACGGCGGCCTCTATGCGATTTGTGTTTATAACCCACCGGGAAATTTTGAAG
GTGAAAACCCTTTTGTAAGTTATCACGACCAGGTTGGTCTTCTCCGAGAAGAGCCCCCAG
CGGTTGTCGTTAATCCATTTTAACTTTAAATGGCTCGAAAGCTGAGCCTGAGGAGGACCC
GATGGATGGTTGTGCATTTTTAGTTTATTAATTTTGTCCTTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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AF RR1B162TF U 1
AF RR1GJ13TF U 28
AF RR1B162JQ C 85
BS 1 102 RR1B162TF
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TTCACCTACAATTTGAGTAATTAACTCTCCTACAAAAGAATA***TTATTATACGCTCTT
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TTCTGTCGTCATCAGCACTGTCGTTAACCGGAAAACATTCCTCCTTCAGGTGGGGGAGAA
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GG
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CTACAAAAGAATAATATTATTATACGCTCTTTTGTTTATTTTTTATAGAGAAAAATGGAG
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CTTCAGCTCTGTGCCGCGACGTCCCAAATTAATCACAGCGAGTCGTCTACACAAACATCC
GTTAACTCTCCATCAGCGCCAAACACTCGATTTCTGTCGTCATCAGCACTGTCGTTAACC
GGAAAACATTCCTCCTTCAGGTGGGGGAGAAGACGACATCGTTACAAAATAAGCAGAGCG
AGCATTGAGTTCCTATTCGCACATAACCTCGTACGAGCGCGCGTGTGAGAACCGCCGTTA
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*GTGTTTATAAC

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DS 

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TTAACTCTCTACAAAAG
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CTATTCGCACATAACCTCGTACGAGCGCGCGTGGGAGAACCGCCGTTACAATGGGATGGA
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CTCCGAGAAGAGCCCCCAGCGGTTGTCGTTAATCCATTTTAACTTTAAATGGCTCGAAAG
CTGAGCCTGAGGAGGACCCGATGGATGGTTGTGCATTTTTAGTTTATTAATTTTGTCCTT
TTATT

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DS 



AS 1 3

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CGACGCCACGATCACCTGCTCTTTCCCTCTCCTCTTCACCGTCCACCACTCTCACTCGCT
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AGAGGGAGGAGACTCGCGACGTTGCTCGTGTTCTGTCGGGATATAATGACATCATTATGG
CCCGTGTCTTTGCTCATCAGGACATTCTTGATTTGGCTAACTACTCGAGTGTGCCTGTTG
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TGGTTCACTCATGGTTAGAATTGGCATCAGTTATTCCTTTCCACTTCGTCTGCGCTTGCC
CAAAAGGGTTTGAGCCAGACAAAGAGAGAGTTCTAAAGGCAGAACAAGCTGGTTTAAGTA
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TTGTCTTCCCACAGGCTGAGAATCGTATGCATGCTCAAAATGCTATAATGCTTCATTTGC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB01TF U 1
AF RR1DQ72TF U 61
AF RR1DQ72JQ C 611
BS 1 617 RR1FB01TF
BS 618 683 RR1DQ72TF
BS 684 1326 RR1DQ72JQ

RD RR1FB01TF 617 0 0
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CGACGCCACGATCACCTGCTCTTTCCCTCTCCTCTTCACCGTCCACCACTCTCACTCGCT
TCTCCGCCGTATCACTCTCTTCTCCGGCGACCTTCTCCTCCCTCCGCCTTCGTGTCTCCT
GCCAAGCCTCCTCCGTCACTTCCCCCACAACTTCCGATTTGAAAGGAAGTTGTGACCTCA
AAGACTTTCTGGCCATAGATGATTTTGACACAGAGACCATCAAAAAGATTCTCGACAAGG
CCTCAGAGGTCAAGGCCCTGTTGAAATCAGGTGAGAGGAACTATCTGCCTTTCAAAGGCA
AGTCTATGTCTATGATCTTCGCAAAGCCCTCCATGAGGACTCGTGTTTCCTTCGAGACTG
GCTTCTTCTTGCTCGGTGGACATGCCTTGTATCTTGGTCCCGATGACATCCAGATGGGCA
AGAGGGAGGAGACTCGCGACGTTGCTCGTGTTCTGTCGGGATATAATGACATCATTATGG
CCCGTGTCTTTGCTCATCAGGACATTCTTGATTTGGCTAACTACTCGAGTGTGCCTGTTG
TCAATGGTCTGACAGAT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1DQ72TF 629 0 0
G
GACGCCACGATCACCTGCTCTTTCCCTCTCCTCTTCACCGTCCACCACTCTCACTCGCTT
CTCCGCCGTATCACTCTCTTCTCCGGCGACCTTCTCCTCCCTCCGCCTTCGTGTCTCCTG
CCAAGCCTCCTCCGTCACTTCCCCCACAACTTCCGATTTGAAAGGAAGTTGTGACCTCAA
AGACTTTCTGGCCATAGATGATTTTGACACAGAGACCATCAAAAAGATTCTCGACAAGGC
CTCAGAGGTCAAGGCCCTGTTGAAATCAGGTGAGAGGAACTATCTGCCTTTCAAAGGCAA
GTCTATGTCTATGATCTTCGCAAAGCCCTCCATGAGGACTCGTGTTTCCTTCGAGACTGG
CTTCTTCTTGCTCGGTGGACATGCCTTGTATCTTGGTCCCGATGACATCCAGATGGGCAA
GAGGGAGGAGACTCGCGACGTTGCTCGTGTTCTGTCGGGATATAATGACATCATTATGGC
CCGTGTCTTTGCTCATCAGGACATTCTTGATTTGGCTAACTACTCGAGTGTGCCTGTTGT
CAATGGTCTGACAGATCATAACCATCCTTGTCAGATTATGGCTGATGCCCTCACAATCAT
TGAGCACATTGGTCAAGTCGAA
AGGGAC

QA 2 623 2 623
DS 

RD RR1DQ72JQ 716 0 0
GACAGATCATAACCATCCTTGTCAGATTATGGCTGATGCCCTCACAATCATTGAGCACAT
TGGTCAAGTCGAAGGGACAAAGGTTGTTTATGTTGGAGATGGGAACAATATGGTTCACTC
ATGGTTAGAATTGGCATCAGTTATTCCTTTCCACTTCGTCTGCGCTTGCCCAAAAGGGTT
TGAGCCAGACAAAGAGAGAGTTCTAAAGGCAGAACAAGCTGGTTTAAGTAAGATAGAGAT
CGTGCATGATGCTAAAGAAGCTGTGATAGGAGCTGATGTTGTGTACTCAGACGTATGGGC
CAGTATGGGCCAAAAGGATGAAGCTGAATACCGCCGAAAAACATTCATAGGATTCCAGGT
GGATGAAGCTCTTATGAAGTTGGCTGGACCAAAAGCCTATTTCATGCATTGTTTGCCTGC
AGAAAGAGGAGTTGAGGTGACCAATGGAGTCGTGGAAGCTCCTTATTCCATTGTCTTCCC
ACAGGCTGAGAATCGTATGCATGCTCAAAATGCTATAATGCTTCATTTGCTTGGCTTTTA
AACCCCTGTTTGTTATCTTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCACGTGTTTACTGGTGTGCCATT
GACTTTGTGTTGTTGTTAACCTTTGTTTGAGGAACCTTGATGAATAATATTGTGGATGGT
GTAGCTGGGAATAAGAATGATGAGCTTCTTTTTATATAATATGACATGGTTACAGG

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 3

CO CL4392Contig1 1132 3 5 U
ATCAAAAAGTTGTTTTATTATACTTTTCTTAAGCTTTCTTCTACAGGAAAATGAAACAGT
CGAAGTAAAAACCAAAACTCCAAACACTAAAAAAAAATAACAAAATCCATTGCAGTTGTC
TAAAAATAACAAAATCCATTTCAGTCTTTTATGAGGACACTTAAGCAATCACCAACAGTT
GTTTCCCCAATCTTCACTGCTCATCAACATCCTCCACAGGGCTACGGTCCTCTCTAGGAC
TAGGACTTCGGTCTTGCTCATTGGTTCCAATACCGCCATCATCGTTTCCTCTCGGGCTCA
ATTCATTCTCCTTGGGGCTGTTCTTCTCACGCATTGGGCTGCCTTCTTCAGGAGTCAAAC
TTCGCTTCCTATCTTTGGATGGAGGAAAGTTGTCCGCCATTGGTTCAGGGCTTCTGCTCC
TTGCAGCTTCGGGGCTTCTGCTCCTTGCAGTTTCAGGGCTTCTGCTTCTTGCAGCTTCAG
GACTATGATCCTTTTCCTTCCTAACCGGCGACCTGGAGCGACTGTAGCTACGGTCGCGGC
TATAGCTTCTGCTGGGGCTTCTTCTTCTGCGACGAGGAGACCTAGACCGAGACCTAACCG
GCGATCTTGAGTAACTTGCGTCCCGCCTGAGCTTCTTAGGACTGTTCTTGCAGTTCCTCT
CGATGTGACCCCTATCTCCACATCGATAACATTTGTTCTTCCAGTCACCAGCAGAGCAAT
CTCGAGCCCAGTGACCTTCAAGACCACAGTTGAAGCAACGACCACTCCCTGGAGGAGGGC
CTCTGCTCGAGGAAAATTCTCGGGAACCGCGAGGTGTCCCTCTGGCAAACTCGACAGTGA
TACGGCTTCCATCAAAGTCTCTTCCGTCCAGTCTGTACCTCGCATCATCAGCATCTCTAG
GATCACTGAATTCAATGAAGGCATAGTCTCGCTTCATGTCCAAATCTCGAATTCTTCCGT
ATTTGCTGAAGAGGTGTTCAAGATCTCGTTCCCTTGTTCGAGAGGAGAGGTGTCCCACAT
AGAGACGTGCGCCGCCGTATCGGTCATTGCTGCTGTAACGATCATCGTAGCGAGGCATCT
TAAAGTCTCGTGATCAAATAGTTCGCCGCGCTCCGCGGAAGCTTTAACCTCC


BQ
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AF RR1DW01JQ U 1
AF RR1H619JQ U 1
AF RR1DW01TF C 635
BS 1 229 RR1DW01JQ
BS 230 230 RR1H619JQ
BS 231 576 RR1DW01JQ
BS 577 769 RR1H619JQ
BS 770 1132 RR1DW01TF

RD RR1DW01JQ 576 0 0
ATCAAAAAGTTGTTTTATTATACTTTTCTTAAGCTTTCTTCTACAGGAAAATGAAACAGT
CGAAGTAAAAACCAAAACTCCAAACACTAAAAAAAAATAACAAAATCCATTGCAGTTGTC
TAAAAATAACAAAATCCATTTCAGTCTTTTATGAGGACACTTAAGCAATCACCAACAGTT
GTTTCCCCAATCTTCACTGCTCATCAACATCCTCCACAGGGCTACGGTCTTCTCTAGGAC
TAGGACTTCGGTCTTGCTCATTGGTTCCAATACCGCCATCATCGTTTCCTCTCGGGCTCA
ATTCATTCTCCTTGGGGCTGTTCTTCTCACGCATTGGGCTGCCTTCTTCAGGAGTCAAAC
TTCGCTTCCTATCTTTGGATGGAGGAAAGTTGTCCGCCATTGGTTCAGGGCTTCTGCTCC
TTGCAGCTTCGGGGCTTCTGCTCCTTGCAGTTTCAGGGCTTCTGCTTCTTGCAGCTTCAG
GACTATGATCCTTTTCCTTCCTAACCGGCGACCTGGAGCGACTGTAGCTACGGTCGCGGC
TATAGCTTCTGCTGGGGCTTCTTCTTCTGCGACGAG

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1H619JQ 769 0 0
C
TCAAAAAGTTGTTTTATTATACTTTTCTTAAGCTTTCTTCTACAGGAAAATGAAACAGTC
GAAGTAAAAACCAAGACTCCAAACACTAAAGAAAAATAACAGAATCCATTGCAGTTGTCT
AAAAATAACAGAATCCATTTCAGTCTTTTATGAGGACACTTAAGCAATCACCAACAGTTG
TTTCCCCAATCTTCACTGCTCATCAACATCCTCCACAGGGCTACGGTCCTCTCTAGGACT
AGGACTTCGGTCTTGCTCATTGGTTCCAATACCGCCATCATCGTTTCCTCTCGGGCTCAA
TTCATTCTCCTTGGGGCTGTTCTTCTCACGCATTGGGCTGCCTTCTTCAGGAGTCAGACT
TCGCTTCCTATCTTTGGATGGAGGAAAGTTGTCCGCCATTGGTTCAGGGCTTCTGCTCCT
TGCAGCTTCGGGGCTTCTGCTCCTTGCAGTTTCAGGGCTTCTGCTTCTTGCAGCTTCAGG
ACTATGATCCTTTTCCTTCCTAACCGGCGACCTGGAGCGACTGTAGCTACGGTCGCGGCT
ATAGCTTCTGCTGGGGCTTCTTCTTCTGCGACGAGGAGACCTAGACCGAGACCTAACCGG
CGATCTTGAGTAACTTGCGTCCCGCCTGAGCTTCTTAGGACTGTTCTTGCAGTTCCTCTC
GATGTGACCCCTATCTCCACATCGATAACATTTGTTCTTCCAGTCACCAGCAGAGCAATC
TCGAGCCCAGTGACCTTCAAGACCACAGTTGAAGCAACGACCACTCCC

QA 2 769 2 769
DS 

RD RR1DW01TF 498 0 0
CTTAGGACTGTTCTTGCAGTTCCTCTCGATGTGACCCCTATCTCCACATCGATAACATTT
GTTCTTCCAGTCACCAGCAGAGCAATCTCGAGCCCAGTGACCTTCAAGACCACAGTTGAA
GCAACGACCACTCCCTGGAGGAGGGCCTCTGCTCGAGGAAAATTCTCGGGAACCGCGAGG
TGTCCCTCTGGCAAACTCGACAGTGATACGGCTTCCATCAAAGTCTCTTCCGTCCAGTCT
GTACCTCGCATCATCAGCATCTCTAGGATCACTGAATTCAATGAAGGCATAGTCTCGCTT
CATGTCCAAATCTCGAATTCTTCCGTATTTGCTGAAGAGGTGTTCAAGATCTCGTTCCCT
TGTTCGAGAGGAGAGGTGTCCCACATAGAGACGTGCGCCGCCGTATCGGTCATTGCTGCT
GTAACGATCATCGTAGCGAGGCATCTTAAAGTCTCGTGATCAAATAGTTCGCCGCGCTCC
GCGGAAGCTTTAACCTCC

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 2

CO CL4393Contig1 678 2 2 U
GGGAAACAATATTCCATCTTTGTCCATCTCTCCCTAGAAGAAAAACCTAGAAAGAAGAAG
AGAAACCATGGCAGGTGTTGGACCGATGACTCAGGATTGGGAACCAGTTGTGATCCGTAA
GAGAGCTCCCAACTCCGCCGCCAAGCGCGACGAGAAGACTGTCAACGCCGCTCGTCGTAG
CGGCGCCGATATCGAAACCGTCCGAAAATACAATGCTGCGACGAACAAGGCGGCTTCGAG
CAGCACCTCCTTGAACACAAAGATGCTTGATGATGATACTGAGAACTTAGCTCATGAACG
TGTGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCCATCATGCAAGCCCGAGGGGAGAAGAAGCTCACCCA
GTCCCAGCTCGCTCAACTGATCAACGAGAAGCCACAAGTGATCCAAGAATACGAGTCTGG
GAAAGCAATACCCAGCCAGCAGATCCTTTCTAAGCTGGAGAGAGCACTTGGAGCTAAACT
CCGTGGAAAGAAGTAGTAATCAACAAAACCTCCTTTAATGTTTTAAAACTGAAAAAGCTA
ATCACGGTTCTGTCTCCAGTTCATAAACTATCTTATATAAAGCCTACTGCTCTATGCGAT
AAGTCTCTTTTATGGTGTAAGAACGAAACAAAAGCGGTTTGTAACCGTTTGTCATTTATA
AATAATCCCATTGTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H709TF U 1
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CCGTGGAAAGAAGTAGTAATCAACAAAACCTCCTTTAATGTTTTAAAACTGAAAAAGCTA
ATCACGGTTCTGTCTCCAGTTCATAAACTATCTTATATAAAGCCTACTGCT
CTATGCGATAAGTC

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DS 

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ATATCGAAACCGTCCGAAAATACAATGCTGCGACGAACAAGGCGGCTTCGAGCAGCACCT
CCTTGAACACAAAGATGCTTGATGATGATACTGAGAACTTAGCTCATGAACGTGTGCCTA
CTGAGTTGAAGAAAGCCATCATGCAAGCCCGAGGGGAGAAGAAGCTCACCCAGTCCCAGC
TCGCTCAACTGATCAACGAGAAGCCACAAGTGATCCAAGAATACGAGTCTGGGAAAGCAA
TACCCAGCCAGCAGATCCTTTTTAAGCTGGAGAGAGCACTTGGAGCTAAACTCCGTGGAA
AGAAGTAGTAATCAACAAAACCTCCTTTAATGTTTTAAAACTGAAAAAGCTAATCACGGT
TCTGTCTCCAGTTCATAAACTATCTTATATAAAGCCTACTGCTCTATGCGATAAGTCTCT
TTTATGGTGTAAGAACGAAACAAAAGCGGTTTGTAACCGTTTGTCATTTATAAATAATCC
CATTGTTCTC

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DS 



AS 1 3

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TAATTACTGGATTGTCTCTGGCCGTCGGATTCTGGGTGGCCCGGAACAAATTCTCCGTGG
ATCTCGTCTCTGATCCATCTCTCACTCTCTTTCTCCTCTGGAGTATCGAGTTTCCGGTTG
TGGTAATCATCTACAGCTTTTTCCGAAAAGCCCCAGAGAAACATTCGTGTTTTAGAGCCG
TTGGGCGAAGCATACTAGGACTAATTTCTGGGGCTTTTCTGAATGCTTTGGGAGCAATTT
CTTTGGGTGCACCTATCGGAACGCAATATCTACCGAAAACAGTTCACTGGTCTTTTCTAA
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ATCGTCTATTCGCTTCCATGAAACCAAGTGGAAATGTAGAATATATGATCTTTATTCCAG
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GACAAATTGTCTCCTTGTGTTTGATGTTTTTCCTCAGGAAAGGCAAGCATCTGAAGGTAG
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CTTTTTTCTCCCAATGAAGCAAGCAAGTGTTTCAGAATTGCAAAATTCTTTTAAGTGAAT
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BQ
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AF RR1D070TF U 1
AF RR1EQ59TF U 26
AF RR1EQ59JQ C 223
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CTAAGAAGCCAGAAACCTCCGTTGGTTCGATATCAGTTCTTGGGGCAGTTTTCGTTTACT
TAATTACTGGATTGTCTCTGGCCGTCGGATTCTGGGTGGCCCGGAACAAATTCTCCGTGG
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TGGTAATCATCTACAGCTTTTTCCGAAAAGCCCCAGAGAAACATTCGTGTTTTAGAGCCG
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ATCGTCTATTCGCTTCCATGAAACCAAGTGGAAATGTAGAATATATGATCTTTATTCCAG
CATATGGATCAATTATTGGAGGATGGTTTGGAGCTTGGCCC

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DS 

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GG
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GATTCTGGGTGGCCCGGAACAAATTCTCCGTGGATCTCGTCTCTGATCCATCTCTCACTC
TCTTTCTCCTCTGGAGTATCGAGTTTCCGGTTGTGGTAATCATCTACAGCTTTTTCCGAA
AAGCCCCAGAGAAACATTCGTGTTTTAGAGCCGTTGGGCGAAGCATACTAGGACTAATTT
CTGGGGCTTTTCTGAATGCTTTGGGAGCAATTTCTTTGGGTGCACCTATCGGAACGCAAT
ATCTACCGAAAACAGTTCACTGGTCTTTTCTAATGTCTGTTTTCACGTTTGTACCAGCCA
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GTGGAAATGTAGAATATATGATCTTTATTCCAGCATATGGATCAATTATTGGAGGATGGT
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TGTGTTATGGAGCTATAGGAGGCTATATTGGTGGACAAATTGTCTCCTTGTGTTTGATGT
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GCAGGATGAGTTTCAGTT
GT

QA 3 740 3 740
DS 

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ATGCTTTGGGAGCAATTTCTTTGGGTGCACCTATCGGAACGCAATATCTACCGAAAACAG
TTCACTGGTCTTTTCTAATGTCTGTTTTCACGTTTGTACCAGCCACTGCAGTTTTTGGTG
CATCATGGACAGATTGGCATCGTCTATTCGCTTCCATGAAACCAAGTGGAAATGTAGAAT
ATATGATCTTTATTCCAGCATATGGATCAATTATTGGAGGATGGTTTGGAGCTTGGCCCA
TGCCGCTCGACTGGGAAAGGCCATGGCAGGAGTGGCCTATATGTGTGTGTTATGGAGCTA
TAGGAGGCTATATTGGTGGACAAATTGTCTCCTTGTGTTTGATGTTTTTCCTCAGGAAAG
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GTTTGTTTCCACTTGATTGCTAGATTGAGATGTAACTATAGGGCAATGTTTTTGTTAGTT
TGAACAGAAGTTTTATACCTTTTTTCTCCCAATGAAGCAAGCAAGTGTTTCAGAATTGCA
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QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 3

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CACTGAATCTCCAGTTGTTGTTGTTCTCTCTGGAAGCATGGAACCTGGCTTTCAGCGAGG
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TATACTCATTGGTGCATTGGGTCTGCTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAACAATAC
ATAAAGACGGGTCTATGGTGTGGGGAAGTGGCTCCTCTGCAAGTGCAACCCTCATCATCT
TTTCAAGTCATTCCTTAAACCAAAGAAACAAAACCAATTTTATAATTGAATTTTAGAATC
TTATAATCCAAATTTAATAAATGTATAAGTTTTGGTAAATTAGCAATGCTTTTTATAACA
ATTCTTTTTAACAACATTGCCTGTGACTTCCTTCCACTCAGTGCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A117TF U 1
AF RR1A579TF U 41
AF RR1A579JQ C 315
BS 1 500 RR1A117TF
BS 501 501 RR1A579TF
BS 502 526 RR1A117TF
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BS 682 848 RR1A579TF
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RD RR1A117TF 681 0 0
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ATAAAGACGGGTCTATGGTGT

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DS 

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GG
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TCTCACTCAGGCCGTCACCCTCGGTATGATAGTGACGTCGGCATTGATAATATGGAAGGG
GTTGATGTGTGTGACTGGCACTGAATCTCCAGTTGTTGTTGTTCTCTCTGGAGGCATGGA
ACCTGGCTTTCAGCGAGGGGATATATTGTTCTTGACCATGACCAAAGATCCCATTAGAAC
AGGCGAGATTGTTGTTTTCAAAATTGATGGTCGTGATATACCCATCGTCCATCGTGCAAT
CGAAGTTCATGAGAGGAAAACTACTGGAGCAGTTGATGTTCTAACAAAAGGTGACAACAA
CGAGGTGGATGACATCGGCCTCTATGCTGATGGACAAACGTGGCTTCATCGTCACCATAT
AATGGGCAGAGCTGTTGCGTTCTTTCCTTATGTTGGATGGGTGACAATTATCATGACAGA
AAAGCCTATCATCAAGTATATACTCATTGGTGCATTGGGTCTGCTCGTTATAACATCCAA
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TAATTGAATTTTAGAATCTTATAATCCAAATTTAATAAATGTATAAGTTTTGGTAAATTA
GCAATGCTTTTTATAACAATTCTTTT
ACACATTGCCTGTGAC

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DS 

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GTGATATACCCATCGTCCATCGTGCAATCGAAGTTCATGAGAGGAAAACTACTGGAGCAG
TTGATGTTTTAACAAAAGGTGACAACAACGAGGTGGATGACATCGGCCTTTATGCTGATG
GACAAACGTGGCTTCATCGTCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGCGTTTTTTCCTTATG
TTGGATGGGTGACAATTATCATGACAGAAAAGCCTATCATCAAGTATATACTCATTGGTG
CATTGGGTTTGCTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAACAATACATAAAGACGGGTTT
ATGGTGTGGGGAAGTGGCTCCTTTGCAAGTGCAACCCTCATCATTTTTTCAAGTCATTCC
TTAAACCAAAGAAACAAAACCAATTTTATAATTGAATTTTAGAATCTTATAATCCAAATT
TAATAAATGTATAAGTTTTGGTAAATTAGCAATGCTTTTTATAACAATTTTTTTTAACAA
CATTGCCTGTGACTTCCTTCCACTCAGTGCCC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 3

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TGTTCGGACATTGGTAGGACGAGTGGTCCCAGAGTTGTTATGTTTGTCTTGAGTGCTTCT
CCGGCTATTGCCATTAGGTTTTTGGAGAGGGAGACTCCGACCTTGCCGGTTTCTTCAGCG
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AGTACGGCGGCTCCACCCATACGGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AQ80JQ U 1
AF RR1EE05JQ U 4
AF RR1EE05TF C 200
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TACGCAAGCTCATACCAAAGCGAGCTACTCGAGGTATTACCAAACCGGTTCAACGTCATC
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GGCTTGATCTTCTTGACTTTGAAGACTTTGCGTGCCACGAGGGTTGCGAAAAAGAAAAGC
TGTTCGGACATTGGTAGGACGAGTGGTCCCAGAGTTGTGATGTTTGTCTTGAGCGCTTCT
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CGGACGGTGTGGATGAGCTGATATTTTGAACGGCTGCGATCGGAAGAG

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DS 

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TCAACCGGATCAATTGTTCTCAAAGCTTTCCAAACTGCACTATTACACTTGAAACCGGAC
CCAAAAGCAATCTGCCAAGTTCTGTCTCCTCTCTTAATCCTTCCTTTAGCTTCACTATAC
GCAAGCTCATACCAAAGCGAGCTACTCGAGGTATTACCAAACCGGTTCAACGTCATCCTC
GATGGCTCCATATGCCATTCGGACAAATCGAGATTCTTCTCTATCTCGTCAAGCACGGCT
CTACCTCCAGCATGAATGCAGAAATGCTCGAACGCTAACTTGAAATCGGGAATGTAAGGC
TTGATCTTCTTGACTTTGAAGACTTTGCGTGCCACGAGGGTTGCGAAAAAGAGAAGCTGT
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GCTATTGCCATTAGGTTTTTGGAGAGGGAGACTCCGACCTTGCCGGTTTCTTCAGCGTTG
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TACGGC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 3

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ATCGTTTTTGCATATCATCAACCTCCGCCATGGCAGCTCCGTTTTTCTCAACTCCGTTTC
AGCCTTATGTCTATCAGAGTCAAGAAGATACAGTTACACCTTTCCAAATTCTGGGTGGTG
AAGCACAGGTTGTTCAGATAATGTTAAAACCACAGGAGAAAGTCATTGCTAAGCCTGGTT
CAATGTGCTACATGTCTGGTTCCATTGAGATGGAGAATACTTATACCCC*GAACAAGAAG
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GCCAAAACGATGGTTTTGTCGGTATCGCTGCACCTTCTTTGGCTAGGATTCTCCCAGTTG
ATTTGGCAATGTTTGGTGGGGACATCCTTTGCCAGCCAGATTCATTTCTCTGTTCTGTCC
ATGATGTGAAAGTCGTAAACTCTGTTTACCAGAGACATAGAGCTAGAAACATTGCTGCGG
CTGGCGCTGAGGTGTTTCTGAGACAAAGGCTATCCGGCCAGGGACTTGCTTTTATTACTG
CCGGTGGCTCTGTTGTACAGAAAAACCTGGAGGTGGG*AGAAGTTCTTACCATTGACGTT
TCTTGCATTGCCGCTCTCACTCCTTCCATCGATTTCAGAATCAATTACCCTGCTGCACCT
GTAAGACGGGTAGTGTTCGGGGGTGATAACGTAGTAACAGCGACCCTGACGGGACCAGGC
ATTGTGTTCATCCAAAGTTTACCGTTTCATCGGCTTTCCCAGCGAATCGCAAGGTCTGTG
ACTTCCCCTAACATGAGGGAAAATCCAAGATTTTTAGTTCAAATAGGATTATTCTTGTTC
CTTGCGTACGTTGTAATTGCATCTTCTTTAATCCTTACCGAAATGTGAAACATAGAGAGA
CTTCCTTTTTTTTCCTGCTAGTGTTGTTGCGTAGATTGGACATGTAAGAACATACTTTTA
AAACCAAACAAACCACACAGCATGAAGATTTCATGAGTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GK04TF U 1
AF RR1AH34TF U 1
AF RR1AH34JQ C 264
BS 1 637 RR1AH34TF
BS 638 638 RR1GK04TF
BS 639 744 RR1AH34TF
BS 745 1060 RR1AH34JQ

RD RR1GK04TF 719 0 0
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ATCGTTTTTGCATATCATCAACCTCCGCCATGGCAGCTCCGTTTTTCTCAACTCCGTTTC
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AAGCA**GGTTGTTCAGATAATGTTAAAACCACAGGAGAAAGTCATTGCTAAGCCTGGTT
CAATGTGCTACATGTCTGGTTCCATTGAGATGGAGAATACTTATACCCCCGAACAAGAAG
TTGGCGTTGTGCAGTGGGTTTTGGGTAAGAGTGTTAGCAGTGTGCTTCTTCGAAACACCG
GCCAAAACGATGGTTTTGTCGGTATCGCTGCACCTTCTTTGGCTAGGATTCTCCCAGTTG
ATTTGGCAATGTTTGGTGGGGACATCCTTTGCCAGCCAGATTCATTTCTCTGTTCTGTCC
ATGATGTGAAAGTCGTAAACTCTGTTTACCAGAGACATAGAGCTAGAAACATTGCTGCGG
CTGGCGCTGAGGTGTTTCTGAGACAAAGGCTATCCGGCCAGGGACTTGCTTTTATTACTG
CCGGTGGCTCTGTTGTACAGAAAAACCTGGAGGTGGG*AGAAGTTCTTACCATTGACGTT
TCTTGCATTGCCGCTCTCACTCCTTCCATCGATTTCAGAATCAATTACCCTGCTGCACC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1AH34TF 744 0 0
GGACATCCACCGGGGAAGAGTTGGACCGGAGTGTGGTTGTTATTTTGGATCTGCGATCTG
ATCGTTTTTGCATATCATCAACCTCCGCCATGGCAGCTCCGTTTTTCTCAACTCCGTTTC
AGCCTTATGTCTATCAGAGTCAAGAAGATACAGTTACACCTTTCCAAATTCTGGGTGGTG
AAGCACAGGTTGTTCAGATAATGTTAAAACCACAGGAGAAAGTCATTGCTAAGCCTGGTT
CAATGTGCTACATGTCTGGTTCCATTGAGATGGAGAATACTTATACCCC*GAACAAGAAG
TTGGCGTTGTGCAGTGGGTTTTGGGTAAGAGTGTTAGCAGTGTGCTCCTTCGAAACACCG
GCCAAAACGATGGTTTTGTCGGTATCGCTGCACCTTCTTTGGCTAGGATTCTCCCAGTTG
ATTTGGCAATGTTTGGTGGGGACATCCTTTGCCAGCCAGATTCATTTCTCTGTTCTGTCC
ATGATGTGAAAGTCGTAAACTCTGTTTACCAGAGACATAGAGCTAGAAACATTGCTGCGG
CTGGCGCTGAGGTGTTTCTGAGACAAAGGCTATCCGGCCAGGGACTTGCTTTTATTACTG
CCGGTGGCTCTGTTGTACAGAAAAACCTGGAGGTGGGGAGAAGTTCTTACCATTGACGTT
TCTTGCATTGCCGCTCTCACTCCTTCCATCGATTTCAGAATCAATTACCCTGCTGCACCT
GTAAGACGGGTAGTGTTCGGGGGT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1AH34JQ 797 0 0
ATTGAGATGGAGAATACTTATACCCC*GAACAAGAAGTTGGCGTTGTGCAGTGGGTTTTG
GGTAAGAGTGTTAGCAGTGTGCTCCTTCGAAACACCGGCCAAAACGATGGTTTTGTCGGT
ATCGCTGCACCTTCTTTGGCTAGGATTCTCCCAGTTGATTTGGCAATGTTTGGTGGGGAC
ATCCTTTGCCAGCCAGATTCATTTCTCTGTTCTGTCCATGATGTGAAAGTCGTAAACTCT
GTTTACCAGAGACATAGAGCTAGAAACATTGCTGCGGCTGGCGCTGAGGTGTTTCTGAGA
CAAAGGCTATCCGGCCAGGGACTTGCTTTTATTACTGCCGGTGGCTCTGTTGTACAGAAA
AACCTGGAGGTGGG*AGAAGTTCTTACCATTGACGTTTCTTGCATTGCCGCTCTCACTCC
TTCCATCGATTTCAGAATCAATTACCCTGCTGCACCTGTAAGACGGGTAGTGTTCGGGGG
TGATAACGTAGTAACAGCGACCCTGACGGGACCAGGCATTGTGTTCATCCAAAGTTTACC
GTTTCATCGGCTTTCCCAGCGAATCGCAAGGTCTGTGACTTCCCCTAACATGAGGGAAAA
TCCAAGATTTTTAGTTCAAATAGGATTATTCTTGTTCCTTGCGTACGTTGTAATTGCATC
TTCTTTAATCCTTACCGAAATGTGAAACATAGAGAGACTTCCTTTTTTTTCCTGCTAGTG
TTGTTGCGTAGATTGGACATGTAAGAACATACTTTTAAAACCAAACAAACCACACAGCAT
GAAGATTTCATGAGTTC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 3

CO CL4398Contig1 786 3 1 U
ATTTTCCTCAATTTATTTATTTTTATTTATTTAAAAAGGAAATCAACAAACAAAAATTGA
CACCAACAACAAAAATCGACACAGAATAAAAACATCTGTATCAGCAAAGACCAAACCAAA
GAATAAAGAAGCTAAGAGCATGATCATACAATACATAGATACAAAACAAATGAACAGATC
ATCAGGTGCGAGTCTTGCCATAGAGATGAGTGTAAACAGGTTTGGTACGACGCACCAGAA
TCAAACTCAAGATGCAAGCGACGATGCAGAAACCAGACATTATGAGTGACGTCAAGAAGT
AACATATGTAACCATCGCATTTAAGAACATCATCCGGATTAAAAACGGACCCGTGCGCTT
GTCTCTCTGCTTCCATGTCGTATATAGTGCTTGCAATCATACCAGAGAAGACCAGGGACC
CAGCCGGATTGGCTAGAGTCAAGAAGTTGTATAAAGCTCCAAAGTTTTTCAGACCAAAGA
GCTCAGAGGCAGTAGCTGGTACAATAGCCCAGTGAGCACCGTACCCTAGTCCTATCAAGA
GTGTGCCAATGTACATTGCTCCAGGCCATCCAAACGCAAAGAAGACGTTTCCTATCGCCA
TTACCACCTGAGCCACTGCTAATGCTACTGGCCTTGGGTACGCGTAGTCTCTGACAACGA
GCTCAGAGAAATAACCGCCGGAGATACGTCCAAGGAAGTTCCAAATACTAATCATAGACA
CAAACACATGAGTGTTGTTATAACCAAGAGACTGACTCATCTGACCAAATTGTCAATCAC
AGTCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB05JQ U 33
AF RR1HB05TF C 33
AF RR1AE86JQ U 1
BS 1 786 RR1AE86JQ

RD RR1HB05JQ 240 0 0
AAAAAGGAAATCAACAAACAAAAATTGACACCAACAACAAAAATCGACACAGAATAAAAA
CATCTGTATCAGCAAAGACCAAACCAAAGAATAAAGAAGCTAAGAGCATGATCATACAAT
ACATAGATACAAAACAAATGAACAGATCATCAGGTGCGAGTCTTGCCATAGAGATGAGTG
TAAACAGGTTTGGTACGACGCACCAGAATCAAACTCAAGATGCAAGCGACGATGCA
AAAA

QA 1 236 1 236
DS 

RD RR1HB05TF 243 0 0
AAAAAGGAAATCAACAAACAAAAATTGACACCAACAACAAAAATCGACACAGAATAAAAA
CATCTGTATCAGCAAAGACCAAACCAAAGAATAAAGAAGCTAAGAGCATGATCATACAAT
ACATAGATACAAAACAAATGAACAGATCATCAGGTGCGAGTCTTGCCATAGAGATGAGTG
TAAACAGGTTTGGTACGACGCACCAGAATCAAACTCAAGATGCAAGCGACGATGCA
GAAACCC

QA 1 236 1 236
DS 

RD RR1AE86JQ 786 0 0
ATTTTCCTCAATTTATTTATTTTTATTTATTTAAAAAGGAAATCAACAAACAAAAATTGA
CACCAACAACAAAAATCGACACAGAATAAAAACATCTGTATCAGCAAAGACCAAACCAAA
GAATAAAGAAGCTAAGAGCATGATCATACAATACATAGATACAAAACAAATGAACAGATC
ATCAGGTGCGAGTCTTGCCATAGAGATGAGTGTAAACAGGTTTGGTACGACGCACCAGAA
TCAAACTCAAGATGCAAGCGACGATGCAGAAACCAGACATTATGAGTGACGTCAAGAAGT
AACATATGTAACCATCGCATTTAAGAACATCATCCGGATTAAAAACGGACCCGTGCGCTT
GTCTCTCTGCTTCCATGTCGTATATAGTGCTTGCAATCATACCAGAGAAGACCAGGGACC
CAGCCGGATTGGCTAGAGTCAAGAAGTTGTATAAAGCTCCAAAGTTTTTCAGACCAAAGA
GCTCAGAGGCAGTAGCTGGTACAATAGCCCAGTGAGCACCGTACCCTAGTCCTATCAAGA
GTGTGCCAATGTACATTGCTCCAGGCCATCCAAACGCAAAGAAGACGTTTCCTATCGCCA
TTACCACCTGAGCCACTGCTAATGCTACTGGCCTTGGGTACGCGTAGTCTCTGACAACGA
GCTCAGAGAAATAACCGCCGGAGATACGTCCAAGGAAGTTCCAAATACTAATCATAGACA
CAAACACATGAGTGTTGTTATAACCAAGAGACTGACTCATCTGACCAAATTGTCAATCAC
AGTCAA

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 3

CO CL4399Contig1 1337 3 3 U
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BQ
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G
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QA 2 294 2 294
DS 



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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW01JQ U 5
AF RR1AD02JQ U 1
AF RR1AD02TF C 575
BS 1 102 RR1AD02JQ
BS 103 103 RR1EW01JQ
BS 104 348 RR1AD02JQ
BS 349 349 RR1EW01JQ
BS 350 839 RR1AD02JQ
BS 840 1278 RR1AD02TF

RD RR1EW01JQ 352 0 0
GGCATTAATCTAATCTCTTGGGTAATAATATGTTCTCAAAGCCAAACGAACTACAAAGCA
TTGTCTTTACTTCTACTACTTTATACACTCAGACAAAAAAAAAAATAAAACCTCAGACAT
ACTTTCAGTATCTATGGGGCACTCTTACTAAAGACGAAAACCAACTTGTGTTGAGGACCA
GCTTCTGTGTTTCTTCCTTACTATGCCGCAGGATTTGGATATGCTTTAGGTTTGGGTTTC
ACTTCGATTTCGTTAACGTTTCTTACAAAGATGGCTTCTGGCTCGTGCGATTTCTCCCCC
TCTTCAAAAGTGTAACTTGAAGCAACAGCTAGTAGCTGCCCATCCCGACTG
C

QA 1 351 1 351
DS 

RD RR1AD02JQ 839 0 0
CTCTGGCATTAATCTAATCTCTTGGGTAATAATATGTTCTCAAAGCCAAACGAACTACAA
AGCATTGTCTTTACTTCTACTACTTTATACACTCAGACAAAAGAAAAAATAAAACCTCAG
ACATACTTTCAGTATCTATGGGGCACTCTTACTAAAGACGAAAACCAACTTGTGTTGAGG
ACCAGCTTCTGTGTTTCTTCCTTACTATGCCGCAGGATTTGGATATGCTTTAGGTTTGGG
TTTCACTTCGATTTCGTTAACGTTTCTTACAAAGATGGCTTCTGGCTCGTGCGATTTCTC
CCCCTCTTCAAAAGTGTAACTTGAAGCAACAGCTAGTAGCTGCCCATCTCGACTGAATGA
CAGTGCTGCTATACTTGATGGGTACTTTGAGTACTGATACAGCCTCTTCTTGTTGTTCCC
ATCCCAAATGTTGACGAACCCGTCACAGCCTCCGGTTGCAAAAGTGCCATAAATTGGATG
GAAAGCAATGGCATTTACAGGGTAAACAATGTCTCTTCCAGCCTCTGATTTCCGATGACA
CTTAAAAGCATATTTCTTAGCTTGAGCAGCCTCTGACAGATCAAAGAACTCCATCGCAAC
TCTTCCTTCAACAGAGCTAAGAGCATACCCTGTTCCATTAGGATAACTACGAGCACATCT
GGTCTGGTATTTGAGGGAAGACTCCCTTCTTTGCTCAGGCTGAGACATATTCCTTAGATC
GTAGATGTTGACATGCCTTCCTGCTGTCGCCACAACCAGACGGTTTCCAACGAGAGACAG
AGAGTAAACACGCTCTGGTTGCACGTATGTCCCCACCTGAATCCGTTCCGGCCCACTTG

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR1AD02TF 704 0 0
GACAGATCAAAGAACTCCATCGCAACTCTTCTTTCAACAGAGCTAAGAGCATACCCTGTT
CCATTAGGATAACTACGAGCACATCTGGTCTGGTATT*GAGGGAAGACTCCCTTCTTTGC
TCAGGCTGAGACATATTCCTTAGATCGTAGATGTTGACATGCCTTCCTGCTGTCGCCACA
ACCAGACGGTTTCCAACGAGAGACAGAGAGTAAACACGCTCTGGTTGCACGTATGTCCCC
ACCTGAATCCGTTCCGGCCCACTTGCACCTCTCGGATCCCAACACTTGACTGTTTTATCC
CAAGATCCCGTAATCACTTGCCCTGCAGCATAAGAATACTCAACACACCGCACAGGCTTT
TCATGCGTCCCCAGAACATCCTCTTTGCCAACATTGAATACAATCCGTCTGACTTTGTTG
TCGCTGCCAACGCTGAAACCAGAGGAATCGTCGTGGAAACAGCAATCGAGTACTGCGCCG
CCGTGTAGGAACTCTCCTTTCAACGAATTGGTGCTCACATCGTACAACCTCACACTCTTA
TCCCAGGAAGAGACGAGGAGATGGTCACTTGTGTTGGAGAATCTGAGATTCGAAATGCCG
TCGGACGGTGGGTTCGCTAGCTCGCGGCCGGCGGACGGAGGAGGCCGCTGACTCATGTTC
CGATTCCTCCTACCGTTGAAGATCACAAATTCTAGGGTTTCCCC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL4401Contig1 677 2 3 U
GGATAATAATTTCAACAGTTGTTAAGTTACAACTCTCTGCAAAAAACACAGACACACGTC
TCTCCCAAGTCTCAACAACCAATCATCGATCATCTCAGTTCAAATTCTCTTTATTGGGTG
GGTATCTTCAAGTCCGTTGGTTAAAGATACGTCATGCACATGTCTAATGGCACCTTTGCG
ATCGCGACCGCCATGGTTTTCTCAAGCACTGCTCTGTTTCTCGCGACGGCTCGCCAGTTC
TATGGGAACCAAACCTCGAAGGTTCATGATCAGACCGTTCCACCAATCCTCCGTTCTTGT
CTATCTTCTTCAGAGGCAATGAAGAAACAGAGGAGTAAGAAGAAGAAAGTTAGGTTCGCG
GAGAATGTGAAAGATACTAAAGGGAACGGCAAAGAGTACCGGAGGAGGATGACATTGAGT
GGGAGAACCGTACCGGAGCCATGGACTAAACCGGGGAAGACCGGTTCAATTTGTGTAATA
TCCACTATGCCGGCGAACCGGATGGCTCTGTACCATGGGATTCTCAGAGACCGAGTTCAC
AGAACTCAATGTTCGTATTGACTACTTTTCTTCTGGAACAAACAAGTCAAATAGATTTAG
GTTTGCTAATTGTAGTAGGAGGTTTTCTTCTTCCTTGATTCACACATGTAGTTGTAGTGG
TAGAATGTGGACTTCCG


BQ
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AF RR1F328TF U 20
AF RR1F328JQ C 1
BS 1 19 RR1F328JQ
BS 20 606 RR1F328TF
BS 607 677 RR1F328JQ

RD RR1F328TF 595 0 0
TGTTAAGTTACAACTCTCTGCAAAAAACACAGACACACGTCTCTCCCAAGTCTCAACAAC
CAATCATCGATCATCTCAGTTCAAATTCTCTTTATTGGGTGGGTATCTTCAAGTCCGTTG
GTTAAAGATACGTCATGCACATGTCTAATGGCACCTTTGCGATCGCGACCGCCATGGTTT
TCTCAAGCACTGCTCTGTTTCTCGCGACGGCTCGCCAGTTCTATGGGAACCAAACCTCGA
AGGTTCATGATCAGACCGTTCCACCAATCCTCCGTTCTTGTCTATCTTCTTCAGAGGCAA
TGAAGAAACAGAGGAGTAAGAAGAAGAAAGTTAGGTTCGCGGAGAATGTGAAAGATACTA
AAGGGAACGGCAAAGAGTACCGGAGGAGGATGACATTGAGTGGGAGAACCGTACCGGAGC
CATGGACTAAACCGGGGAAGACCGGTTCAATTTGTGTAATATCCACTATGCCGGCGAACC
GGATGGCTCTGTACCATGGGATTCTCAGAGACCGAGTTCACAGAACTCAATGTTCGTATT
GACTACTTTTCTTCTGGAACAAACAAGTCAAATAGATTTAGGTTTGC
TAATTGTA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1F328JQ 677 0 0
GGATAATAATTTCAACAGTTGTTAAGTTACAACTCTCTGCAAAAAACACAGACACACGTC
TCTCCCAAGTCTCAACAACCAATCATCGATCATCTCAGTTCAAATTCTCTTTATTGGGTG
GGTATCTTCAAGTCCGTTGGTTAAAGATACGTCATGCACATGTCTAATGGCACCTTTGCG
ATCGCGACCGCCATGGTTTTCTCAAGCACTGCTCTGTTTCTCGCGACGGCTCGCCAGTTC
TATGGGAACCAAACCTCGAAGGTTCATGATCAGACCGTTCCACCAATCCTCCGTTCTTGT
CTATCTTCTTCAGAGGCAATGAAGAAACAGAGGAGTAAGAAGAAGAAAGTTAGGTTCGCG
GAGAATGTGAAAGATACTAAAGGGAACGGCAAAGAGTACCGGAGGAGGATGACATTGAGT
GGGAGAACCGTACCGGAGCCATGGACTAAACCGGGGAAGACCGGTTCAATTTGTGTAATA
TCCACTATGCCGGCGAACCGGATGGCTCTGTACCATGGGATTCTCAGAGACCGAGTTCAC
AGAACTCAATGTTCGTATTGACTACTTTTCTTCTGGAACAAACAAGTCAAATAGATTTAG
GTTTGCTAATTGTAGTAGGAGGTTTTCTTCTTCCTTGATTCACACATGTAGTTGTAGTGG
TAGAATGTGGACTTCCG

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL4402Contig1 1020 2 6 U
GGACACTCTGTTTCGATCTTTCTCGGTATCGCGCGAGTTCGAAAAAGAGTAGTGAAAGAA
TGGAGACGGCTCTGCTCCGGTTCTGCGTTAGTTTCTCCGGCCATCCCCACCACAATAAAA
TCGCCGCTGCTCATCACAGAGTCAGTTGTGAGATTCCGGGAGGATCATCCGAAGACGAGT
TGTCTGCTAAGGTTTTGAGTAGAAGATCGGTACTTGCGACGGTTTCTGGACTCTCATTGG
TCTCTTCGACGTCTTTAGCGTTTCCAGGGGAAGGATTAGCTGTCGTGAAACAAGGTCTTC
TCGCCGGGAGAGTTCCTGGTCTATCCGAACCCGATGACGAAGGTTGGAGAACATACCGAA
GACCAGACGAGAAGTCAGGAGGGCATGGGGTTGGTTGGAGTCCTATTATCCCTTACGCCT
TCTCTGTTCCTCAAGATTGGAACGAGGTACCTGTGTCGATAGCTGATCTCGGTGGCACTG
AGATTGACTTGAGATTCGCTAGTCCTAAAGAAGGCCGCTTGTCTGTAATTGTCGCTCCCG
TTCTTAGATTTGCAGATAACCTTGGGGACAACGTGAAGATTGAAAACATTGGAACACCAG
CGAAGGTGATCAACGCCTTTGGACCAGAAGTTATCGGAGAAAACGTTGAAAGGGAAAGTG
TTAAGTTCAAACGTAGCGGAACACGAGGGTAGGCTCTATTACCAGTTCGAGCTAGAGCCA
CCTCATGTACTCATCACTGCGACAGCTGCTGGAAACCGCCTTTACTTGTTCAGTGTCACC
GGAAACGGGCTTCAATGGAAGAGATACTACAAGGATCTGAAGAAGATAGCTACTTCTTTC
CGTGTTGTTTAGAGACATTTGCAAAAAAAGTTTTCTTTTTGATTCATGCATGGGTTCTTC
TACAAGTGATTCAAATAGTTTATGGATGACCCACCAGTCTCGTACGTCATATATTTGTAT
AAAGTTGAGAATCCTGTGACTTTACAGTAAACCAAATCCAAGCAGTACATTAAGTCTGGC


BQ
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AF RR1EZ54TF U 1
AF RR1EZ54JQ C 271
BS 1 680 RR1EZ54TF
BS 681 681 RR1EZ54JQ
BS 682 692 RR1EZ54TF
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BS 694 777 RR1EZ54TF
BS 778 1020 RR1EZ54JQ

RD RR1EZ54TF 777 0 0
GGACACTCTGTTTCGATCTTTCTCGGTATCGCGCGAGTTCGAAAAAGAGTAGTGAAAGAA
TGGAGACGGCTCTGCTCCGGTTCTGCGTTAGTTTCTCCGGCCATCCCCACCACAATAAAA
TCGCCGCTGCTCATCACAGAGTCAGTTGTGAGATTCCGGGAGGATCATCCGAAGACGAGT
TGTCTGCTAAGGTTTTGAGTAGAAGATCGGTACTTGCGACGGTTTCTGGACTCTCATTGG
TCTCTTCGACGTCTTTAGCGTTTCCAGGGGAAGGATTAGCTGTCGTGAAACAAGGTCTTC
TCGCCGGGAGAGTTCCTGGTCTATCCGAACCCGATGACGAAGGTTGGAGAACATACCGAA
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TCTCTGTTCCTCAAGATTGGAACGAGGTACCTGTGTCGATAGCTGATCTCGGTGGCACTG
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CGAAGGTGATCAACGCCTTTGGACCAGAAGTTATCGGAGAAAACGTTGAAAGGGAAAGTG
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CCTCATGTACTCATCACTGCGACAGCTGCTGGAAACCGCCTTTACTTGTTCAGTGTC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1EZ54JQ 750 0 0
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CCGATGACGAAGGTTGGAGAACATACCGAAGACCAGACGAGAAGTCAGGAGGGCATGGGG
TTGGTTGGAGTCCTATTATCCCTTACGCCTTCTCTGTTCCTCAAGATTGGAACGAGGTAC
CTGTGTCGATAGCTGATCTCGGTGGCACTGAGATTGACTTGAGATTCGCTAGTCCTAAAG
AAGGCCGCTTGTCTGTAATTGTCGCTCCCGTTCTTAGATTTGCAGATAACCTTGGGGACA
ACGTGAAGATTGAAAACATTGGAACACCAGCGAAGGTGATCAACGCCTTTGGACCAGAAG
TTATCGGAGAAAACGTTGAA*GGGAAAGTGTTAAGTTCAAACGTAGCGGAACACGAGGGT
AGGCTCTATTACCAGTTCGAGCTAGAGCCACCTCATGTACTCATCACTGCGACAGCTGCT
GGAAACCGCCTTTACTTGTTCAGTGTCACCGGAAACGGGCTTCAATGGAAGAGATACTAC
AAGGATCTGAAGAAGATAGCTACTTCTTTCCGTGTTGTTTAGAGACATTTGCAAAAAAAG
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CCACCAGTCTCGTACGTCATATATTTGTATAAAGTTGAGAATCCTGTGACTTTACAGTAA
ACCAAATCCAAGCAGTACATTAAGTCTGGC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 3

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TACAACTCTGTCTCAAGTCAACTCTAATGAGTCAGAGAGAAATATTTGAACCCCCTTGTA
CTTCTTTGATATCAACATTTTCTCATGCTCTCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EJ51JQ C 1
AF RR1EJ51TF U 1
AF RR1B892TF U 290
BS 1 654 RR1EJ51TF
BS 655 655 RR1B892TF
BS 656 701 RR1EJ51TF
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BS 703 714 RR1EJ51TF
BS 715 715 RR1B892TF
BS 716 753 RR1EJ51TF

RD RR1EJ51JQ 708 0 0
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CTCTCTCCTTTCTCCAATGGGAACGTGGCGCAACGAGGAGGTAGTAGACAGAACAATAAC
GTGGTATGGTTGAATCGGAAGAGCCCTAACAGGTCTCTTCGTGTTAATGGATTGTTCGGA
GGTGGAAAGAAGGACAATAACGATGATGGCCAATCAAAGGCAGGGATACTTGGTAATATG
CAGAATCTTTATGAGACTGTGAAGAAAGCTCAAATGGTTGTCCAAGTTGAGGCTGTTCGT
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GTTACGTTATCGGGTAACCAGCAACCAATCCGCACTGATATCACTGATGCAGCAATGGAA
TTAGGTTCCGAGAAACTATCACTACTGGTTACAGAAGCATACAAGGACGCACATGCAAAG
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GGTCTAAGTGATGGATTAAAGTAACAGAAACCAGATCTTTTTTTTTTGTCTTTATACTCG
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TACAACTCTGTCTCAAGTCAACTCTAATGAGTCAGAGAGAA
ATATTTG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1EJ51TF 753 0 0
CGGAGGAAGAACAGAGCAATGGCTTCGACGGCGACGACAACTGATTTATTCAAGCCTTTC
CTCTCTCCTTTCTCCAATGGGAACGTGGCGCAACGAGGAGGTAGTAGACAGAACAATAAC
GTGGTATGGTTGAATCGGAAGAGCCCTAACAGGTCTCTTCGTGTTAATGGATTGTTCGGA
GGTGGAAAGAAGGACAATAACGATGATGGCCAATCAAAGGCAGGGATACTTGGTAATATG
CAGAATCTTTATGAGACTGTGAAGAAAGCTCAAATGGTTGTCCAAGTTGAGGCTGTTCGT
GTCCAGAAGGAGTTAGCTGTTGCTGAGTTTGATGGTTATTGTGAAGGCGAGCTTGTCAAG
GTTACGTTATCGGGTAACCAGCAACCAATCCGCACTGATATCACTGATGCAGCAATGGAA
TTAGGTTCCGAGAAACTATCACTACTGGTTACAGAAGCATACAAGGACGCACATGCAAAG
AGTGTTCTGGCTATGAAAGAAAGAATGAGTGATCTTGCCCAGAGCTTAGGCATGCCACCA
GGTCTAAGTGATGGATTAAAGTAACAGAAACCAGATCTTTTTTTTTTGTCTTTATACTCG
AACTTCAGGTATGAGAAGTCCAGTTTGTTTGTTTTGTCTTTATACCGGCAAAAA*GAAAC
TACAACTCTGTCTCAAGTCAACTCTAATGAGTCAGAGAGAA*TATTTGAACCCC*TTGTA
CTTCTTTGATATCAACATTTTCTCATGCTCTCT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1B892TF 449 0 0
G
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GCTTGTCAAGGTTACGTTATCGGGTAACCAGCAACCAATCCGCACTGATATCACTGATGC
AGCAATGGAATTAGGTTCCGAGAAACTATCACTACTGGTTACAGAAGCATACAAGGACGC
ACATGCAAAGAGTGTTCTGGCTATGAAAGAAAGAATGAGTGATCTTGCCCAGAGCTTAGG
CATGCCACCAGGTCTAAGTGATGGATTAAAGTAACAGAAACCAGATCTTTTTTTTTTGTC
TTTATACTCGAACTTCAGGTATGAGAAGTCCAGTTTGTTTGTTTTGTCTTTATACCGGCA
AAAAAGAAACTACAACTCTGTCTCAAGTCAACTCTAATGAGTCAGAGAGAAATATTTGAA
CCCCCTTGTACTTCTTTGA
ATATCAACA

QA 2 440 2 440
DS 



AS 1 3

CO CL4404Contig1 746 3 3 U
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GCTTCTGTGCTCAGAGGCCTCTGTAGTAACACACACTTGCAAAGCGAATTATACAGCTCT
TTGTTGTCCCTAATGAATTTGAAATT


BQ
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25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG74JQ C 1
AF RR1FG74TF U 1
AF RR1A974TF U 2
BS 1 3 RR1FG74JQ
BS 4 724 RR1FG74TF
BS 725 746 RR1A974TF

RD RR1FG74JQ 730 0 0
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TTGT
TGTCCC

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DS 

RD RR1FG74TF 724 0 0
GTC
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T

QA 4 724 4 724
DS 

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GG
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TAGCTCATCTTACTCTCTCAGGTTGGTCTCAATCTCATCTTGTGAAAGCAAATGGACTGT
CTACTACAAAGCTCAATTCCATTTGTAGCACTTCGGCGTTGACTCTTCCGAAGAAATCAA
ACCGGAGTCGCAGGTTTACAGTTTCTGCACGGTATGGAGACGAAGGGAGTAGGAGAGGAA
GTGGTGGTGGTGATTTCATAGCTGGTTTTATTCTAGGAGGTGCTGTGTTTGGCGCTGTTG
CCTATATCTTTGCTCCACAGATCAGAAGATCGATAATGAGTGAAGAAGATGAGTATGGAT
TCAAGAAGCCACAAGAACCAACGTACTACGATGAAGGTTTGGAGAAAACAAGAGAGACGT
TGAATAAGAAAATCGAACAGCTTAACTCAGCAATTGACAATGTTTCTTCACGGTTAAGAG
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QA 3 745 3 745
DS 



AS 1 3

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GTTGACGTGCTTTATAGTCATTTAACAATTAATGTGTTTACACAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR1E264TF U 1
AF RR1FS75JQ C 48
AF RR1FS75TF U 48
BS 1 163 RR1E264TF
BS 164 164 RR1FS75TF
BS 165 523 RR1E264TF
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RD RR1E264TF 802 0 0
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CGAAGCGAGAGTGCAAAGAATGCGTAAATAAATAAAGATCACATGTTTCCTCTACGTACG
ATTCTGAACTTTGTTTTTCTTGATATGATCTTTAATTTTTATTTTCCCTTTTATTATGCT
CATGATGCATATACGCTCAGTTTATCTGTTGTTATCCTTTTATATTTCTCAACACTGTGT
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GTTGACGTGCTTTATAGTCATT

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1FS75JQ 776 0 0
GG
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QA 3 776 3 776
DS 

RD RR1FS75TF 780 0 0
GG
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AGCTAAATGGGTATCAAGTTCTTGTTGATCCTTTGTCTCTTGACCCTGGCAGTAGTCGCT
GAATCAGCCAATGTCACATGGTCCTTGACCAAATCTTGTGTCAATGGACAAGGATGCATT
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CGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCACGAAGAGGAAAAGGGCTAACCCTTACAGGCGTGGG
TGCAGCATCATCACGCATTGCTACAGGCTAACTTCTTAATCTGAATCAGCACATGCAAAC
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CTCTACGTACGATTCTGAACTTTGTTTTTCTTGATATGATCTTTAATTTTTATTTTCCCT
TTTATTATGCTCATGATGCATATACGCTCAGTTTATCTGTTGTTATCCTTTTATATTTCT
CAACACTGTGTTTCGTTTATGTCTATATGTAAGCAATACCTTGTGATCTACATCGATTTC
AATTTGAGTGTGTTGACGTGCTTTATAGTCATTTAACAATTAATGTGTTTACACAAAA

QA 3 780 3 780
DS 



AS 1 2

CO CL4406Contig1 1053 2 6 U
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AGGGGGAAACCCTAGATTCGATTTGGCTCGCTTCTCGAATCGAAGGCGATGGTGTTCTAC
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AACGAGGAGCTCATCAAGTACGGCTTCCCCGAAGACGTCTGGTTTCACGTTGATAAAATG
TCGTCAGCTCACGTTTACTTGAGGCTTCACAAAGGTCAAGGCTTTGATGACATTAGTGAA
GGTGTGCTGGAGGATTGTGCTCAGCTTGTGAAAGCTAACTCCATTCAAGGCAATAAGGTG
AACAACGTTGATGTTGTGTACACTCCGTGGTCCAACTTGAAGAAGACTGCCCCCATGGAT
GTTGGTCAAGTTGGCTTCCACAATTCCAAGATGGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGA
GTCAATGAAATAATTAACAGATTGAACAAAACAAAAGTTGAGAAAACCCCTGATCTTAGA
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AAGAAGAAACGTGAAGATATAGAGAGGCTTGAGAAGGAGAGGCAAGCAGATATGAGGAGT
TACAAGGGGTTAATGGTAACTGATAAAATGACGTCAAACAAAGATATTGCTTCAAGCAAC
AAGTCTATTCAAGAACTCGAAGATGATTTCATGTAAGAAATGCGGGAAAAAAACCCCAAG
TTGGTAAACATTCTGGTGGTGCTGTCCTTCAAAGAAGGTTTATCATGTTGTTTCTACTAG
CCTTGGATATAATGATGATTGATTTCATCTTTTGTTTCAAAGTCTTTGATGAACCTAATA
CCTTAGTTTTGTTCTTAGACTCTCTCTCCAGTCCGATGAAATGTTTCAGAGGATTGAATC
TGAGTTGGGAGAAAAACAGAGAGCATTATATGATATATGATGTGTAACACAGGCGAGCCA
GTGATCTGGTGCGATCATGGTTTACTCTATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1ER64TF U 1
AF RR1ER64JQ C 345
BS 1 697 RR1ER64TF
BS 698 698 RR1ER64JQ
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BS 730 755 RR1ER64TF
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RD RR1ER64TF 766 0 0
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AGGGGGAAACCCTAGATTCGATTTGGCTCGCTTCTCGAATCGAAGGCGATGGTGTTCTAC
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AACAACGTTGATGTTGTGTACACTCCGTGGTCCAACTTGAAGAAGACTGCCCCCATGGAT
GTTGGTCAAGTTGGCTTCCACAATTCCAAGATGGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGA
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AAGTCTAT*CAAGAACTCGAAGATGATTTCATGTA
GAATGCGGGAA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1ER64JQ 709 0 0
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CAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAATTAACAGATTGAACAAAACAAAAGTTGAGAA
AACCCCTGATCTTAGAGCCGAGAGAGAAGCAGTGAATGCTGCAGAAAGAGCTGAGAGGAA
ACAACACCTGAGGGAGAAGAAGAAACGTGAAGATATAGAGAGGCTTGAGAAGGAGAGGCA
AGCAGATATGAGGAGTTACAAGGGGTTAATGGTAACTGATAAAATGACGTCAAACAAAGA
TATTGCTTCAAGCAACAAGTCTATTCAAGAACTCGAAGATGATTTCATGTAAGAAATGCG
GGAAAAAAACCCCAAGTTGGTAAACATTCTGGTGGTGCTGTCCTTCAAAGAAGGTTTATC
ATGTTGTTTCTACTAGCCTTGGATATAATGATGATTGATTTCATCTTTTGTTTCAAAGTC
TTTGATGAACCTAATACCTTAGTTTTGTTCTTAGACTCTCTCTCCAGTCCGATGAAATGT
TTCAGAGGATTGAATCTGAGTTGGGAGAAAAACAGAGAGCATTATATGATATATGATGTG
TAACACAGGCGAGCCAGTGATCTGGTGCGATCATGGTTTACTCTATCCT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 3

CO CL4407Contig1 854 3 2 U
GGGCTTCTGCTACTGTCTTCTTCTTCTTCTTCCATCTCTGTCAATGTCTCGCCTCGTCAG
ATGTCTGAGAAGAACAGTGATATCTACTAACTTATCACCTTCGTTTTCTTGCCGAAACCA
TAGGGTATGTGTTCAGCCAATTCAAAACCCTAGTTTGTTAATTGTTCCCAAGTTTCTAAG
CTCGGGAAGTTACGCGTCGGAAATGCGGAAGTCAGCGTTCGAGGGTAACATTCTCCGATT
AATTCGTTCGGAGATTCAGTCCGAGCTCGATCACTCTCCTCCTCTCCAGCCTGAGGAAAA
GTTTGGCCCATTCACGGTGGATGAGCGGCCAGGAGAGCAGTGGGTTAGTTTGAGAAGAAA
ATATGGGGACAAGGAAGATATCAAGATCGAAGCAACCATGTTTGATGGATCAGTTCCATC
TTCAAAGTCTGCAGCAGTGACCCTGAAGATGTTCAGCTTCACATTACCTTCGTTGTCAAC
ATCTCTAAGGACGGTGATGGTCAGACCTTAGAGGTCATGTGTTCTGCTTGGCCCGATACT
ATACAGATCTCCAAGTTCTTTGTTCGTAAAAGCAGCAAGAACTCACCTAATGCCTATGTT
GGACCGGAATTCGAGGAAATGGAAGATGAACTTCAAGACTCGGTGTATCAATTTTTGGAG
GAAAGAGGTATAAGCGATGATCTTGCTGTGTTCTTGCATCAGTACATGAAGAACAAAGAT
AAAGCCGAGTATATTCGATGGATGGAGACTGTTAAATCTTATGTTGAGCAAAAATAAATT
TCTTCTTCATACAACATTCTCAAGCATCAGATGAATGTGTGACATGTATTGATACGTAGT
TAATTATTTATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AN71TF U 1
AF RR1AN71JQ C 37
AF RR1BC91TF U 429
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ATGTCTGAGAAGAACAGTGATATCTACTAACTTATCACCTTCGTTTTCTTGCCGAAACCA
TAGGGTATGTGTTCAGCCAATTCAAAACCCTAGTTTGTTAATTGTTCCCAAGTTTCTAAG
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AATTCGTTCGGAGATTCAGTCCGAGCTCGATCACTCTCCTCCTCTCCAGCCTGAGGAAAA
GTTTGGCCCATTCACGGTGGATGAGCGGCCAGGAGAGCAGTGGGTTAGTTTGAGAAGAAA
ATATGGGGACAAGGAAGATATCAAGATCGAAGCAACCATGTTTGATGGATCAGTTCCATC
TTCAAAGTCTGCAGCAGTGACCCTGAAGATGTTCAGCTTCACATTACCTTCGTTGTCAAC
ATCTCTAAGGACGGTGATGGTCAGACCTTAGAGGTCATGTGTTCTGCTTGGCCCGATACT
ATACAGATCTCCAAGTTCTTTGTTCGTAAAAGCAGCAAGAACTCACCTAATGCCTATGTT
GGACCGGAATTCGAGGAAATGGAAGATGAACTTCAAGACTCGGTGTATCAATTTTTGGAG
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AAAGCCGAGTATATTCGATGG

QA 1 741 1 741
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RD RR1AN71JQ 818 0 0
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ACCTTCGTTTTCTTGCCGAAACCATAGGGTATGTGTTCAGCCAATTCAAAACCCTAGTTT
GTTAATTGTTCCCAAGTTTCTAAGCTCGGGAAGTTACGCGTCGGAAATGCGGAAGTCAGC
GTTCGAGGGTAACATTCTCCGATTAATTCGTTCGGAGATTCAGTCCGAGCTCGATCACTC
TCCTCCTCTCCAGCCTGAGGAAAAGTTTGGCCCATTCACGGTGGATGAGCGGCCAGGAGA
GCAGTGGGTTAGTTTGAGAAGAAAATATGGGGACAAGGAAGATATCAAGATCGAAGCAAC
CATGTTTGATGGATCAGTTCCATCTTCAAAGTCTGCAGCAGTGACCCTGAAGATGTTCAG
CTTCACATTACCTTCGTTGTCAACATCTCTAAGGACGGTGATGGTCAGACCTTAGAGGTC
ATGTGTTCTGCTTGGCCCGATACTATACAGATCTCCAAGTTCTTTGTTCGTAAAAGCAGC
AAGAACTCACCTAATGCCTATGTTGGACCGGAATTCGAGGAAATGGAAGATGAACTTCAA
GACTCGGTGTATCAATTTTTGGAGGAAAGAGGTATAAGCGATGATCTTGCTGTGTTCTTG
CATCAGTACATGAAGAACAAAGATAAAGCCGAGTATATTCGATGGATGGAGACTGTTAAA
TCTTATGTTGAGCAAAAATAAATTTCTTCTTCATACAACATTCTCAAGCATCAGATGAAT
GTGTGACATGTATTGATACGTAGTTAATTATTTATGAT

QA 1 818 1 818
DS 

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GGCA
AGCAGTGACCCTGAAGATGTTCAGCTTCACATTACCTTCGTTGTCAACATCTCTAAGGAC
GGTGATGGTCAGACCTTAGAGGTCATGTGTTCTGCTTGGCCCGATACTATACAGATCTCC
AAGTTCTTTGTTCGTAAAAGCAGCAAGAACTCACCTAATGCCTATGTTGGACCAGAATTC
GAGGAAATGGAAGATGAACTTCAAGACTCGGTGTATCAATTTTTGGAGGAAAGAGGTATA
AGCGACGATCTTGCTGTGTTCTTGCATCAGTACATGAAGAACAAAGATAAAGCCGAGTAT
ATTCGATGGATGGAGACTGTTAAATCTTATGTTGAGCAAAAATAAATTTCTTCTTCATAC
AACATTCTCAAGCATCAGATGAATGTGTGACATGTATTGATACGTAGTTAATTATTTATG
AT

QA 5 426 5 426
DS 



AS 1 3

CO CL4408Contig1 571 3 4 U
GGAAAACAATTAATTCAAAACAATAAAAACAAAATGGTGTTCCCTTCAAAGATCATCACA
TGCCTCCTCGTCCTAACCGTCTGCATGGCAGCCCCGTCAGAGTCAGCCATAACGTGTGGG
ACAGTGACAAGCACACTGGCACGGTGTGTGGGCTACTTGACCAACAGTGGTCCATTGCCA
TCAGACTGCTGCGTGGGAGTCAAATCATTGAACCAAATGACTCAGACCACACCGGACCGC
CGACAAGTCTGTGAGTGCCTTAAATCTGCGGCTAGGGATATCACTGGCCTCAACACCGAC
CTTGTGACCACACTCCCTACAACTTGTGGTGTTTCAGTTCCCTACCCCATTCGTTTTAGC
ACCAATTGTGACACTATATCGGCTACCGTGTGAGGGAGGCTGGAGATGAACGACTAATCA
AAGTTGCAAGCTTTTAACCTAAATAATAATATTATGCCCTTTTCAAAAAATAACTAATAA
TATTATGCT*TTATTTCCCATTTTATGAGTTCATTCTCTTATTATGTAATCATCCATTAC
ATATGGCAATAACGACAAAGGAACTCTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR1EM31TF U 1
AF RR1F968TF U 10
AF RR1EM31JQ C 84
BS 1 59 RR1EM31TF
BS 60 60 RR1F968TF
BS 61 566 RR1EM31TF
BS 567 571 RR1F968TF

RD RR1EM31TF 566 0 0
GGAAAACAATTAATTCAAAACAATAAAAACAAAATGGTGTTCCCTTCAAAGATCATCACG
TGCCTCCTCGTCCTAACCGTCTGCATGGCAGCCCCGTCAGAGTCAGCCATAACGTGTGGG
ACAGTGACAAGCACACTGGCACGGTGTGTGGGCTACTTGACCAACAGTGGTCCATTGCCA
TCAGACTGCTGCGTGGGAGTCAAATCATTGAACCAAATGACTCAGACCACACCGGACCGC
CGACAAGTCTGTGAGTGCCTTAAATCTGCGGCTAGGGATATCACTGGCCTCAACACCGAC
CTTGTGACCACACTCCCTACAACTTGTGGTGTTTCAGTTCCCTACCCCATTCGTTTTAGC
ACCAATTGTGACACTATATCGGCTACCGTGTGAGGGAGGCTGGAGATGAACGACTAATCA
AAGTTGCAAGCTTTTAACCTAAATAATAATATTATGCCCTTTTCAAAAAATAACTAATAA
TATTATGCT*TTATTTCCCATTTTATGAGTTCATTCTCTTATTATGTAATCATCCATTAC
ATATGGCAATAACGACAAAGGAACTC

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1F968TF 562 0 0
GG
AATTCAAAACAATAAAAACAAAATGGTGTTCCCTTCAAAGATCATCACATGCTTCCTCGT
CCTAACCGTCTGCATGGCAGCCCCATCAGAGTCAGCCATAACGTGTGGGACAGTGACAAG
CACACTGGCACGGTGTGTGGGCTACTTGACCAACAGTGGTCCATTGCCATCAGACTGCTG
CGTGGGAGTCAAATCATTGAACCAAATGACTCAGACCACACCGGACCGCCGACAAGTCTG
TGAGTGCCTTAAATCTGCGGCTAGGGATATCACTGGCCTCAACACCGACCTTGTGACCAC
ACTCCCTACAACTTGTGGTGTTTCAGTTCCCTACCCCATTCGTTTTAGCACCAATTGTGA
CACTATATCGGCTACCGTGTGAAGGAGGCTGGAGATGAACGACTAATCAAAGTTGCAAGC
TTTTAACCTAAATAATAATATTATGCCCTTTTCAAAAAATAAATAATAATATTATGCTGT
TATTTCCCATTTTATGAGTTCATTCTCTTATTATGTAATCATCCATTACATATGGCAATA
ACGACAAAGGAACTCTTTCT

QA 3 562 3 562
DS 

RD RR1EM31JQ 483 0 0
CATGGCAGCCCCGTCAGAGTCAGCCATAACGTGTGGGACAGTGACAAGCACACTGGCACG
GTGTGTGGGCTACTTGACCAACAGTGGTCCATTGCCATCAGACTGCTGCGTGGGAGTCAA
ATCATTGAACCAAATGACTCAGACCACACCGGACCGCCGACAAGTCTGTGAGTGCCTTAA
ATCTGCGGCTAGGGATATCACTGGCCTCAACACCGACCTTGTGACCACACTCCCTACAAC
TTGTGGTGTTTCAGTTCCCTACCCCATTCGTTTTAGCACCAATTGTGACACTATATCGGC
TACCGTGTGAGGGAGGCTGGAGATGAACGACTAATCAAAGTTGCAAGCTTTTAACCTAAA
TAATAATATTATGCCCTTTTCAAAAAATAACTAATAATATTATGCT*TTATTTCCCATTT
TATGAGTTCATTCTCTTATTATGTAATCATCCATTACATATGGCAATAACGACAAAGGAA
CTC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 3

CO CL4409Contig1 998 3 13 U
AAATGAAAGTCTATCATTGACATATATTATAAATCTAGTTTATTGTTATTAATACAAATT
TTATTTGGAGTTTTATTAATACAAATCTTATTTGGAGCTAAACTTGCAAGTGTCACGGTA
CATCTACCACACCAATGGAGCTTTCCTGCCGCTAAACTCTGCAAGGAGAAAGAGGAAAAC
CGCAAAAACAGTCGTTCCCTGCAAACGCACTGGCTGGAAACTTCGTCGTCGGAAGCTTTC
CGCAAAGGGGATTCTGACTCACGTTCAGTGTCTGCAGCCCAGCAACCGCGGCCGGCACCT
TCCCGAACACCAAGTTTCTCGACAGATCCAGCGTTTTCAGCGTCTTCGCAAACGTTAGCT
TCCCCATATCAAACCGTAGCTTGTTCCCGGCCGCCC*GGAACTCCGCCAGATACTCCGTC
TGGTTCAGAAACCTCGCCGGACTCCCTGATATCTCGTTTTCAGACAGATCAATGAAATCA
TAAAAGTAATATTCCGCTGGCTTCCAGTCGTCTAAGCTCATCTTGATCCCGCATCTCGCA
AGCTTCAACGAGAAGATGATCGGCGACGACGTCACCCACTTCGGAATGGTTTTGAGATGG
AACTTATTGTACGATAGGTCCAAAGACTCGATTCCCTTAACGTACAAAGCAGGGAACGGA
TCGGTGAGAAGATTGTGCGAGAGATCAAGATTAAAGATCTTGGTGAGATTCGCGAAGCTC
TTCGGCACGACTCCGGAGAACTTGTTCCGTGAGAGATCCAACGTGTCAAGCGCCTTGAAC
CTTGATAGATACTCTGGAATCTTCCCGGGAGAGTTTGTTATGGCCTACTTCGAGAAACCT
GAGGAATGGCGCGAGCGACGCGATAGACGGAGGAAGGTTCCCGGAGAATCCGTTGCGAGA
GAGAACGAGGGATCGGAGCTCCGGCATGGATTTGAAAATATCCGGGATGATTCCGGAGAG
ACGGTTACCGCCGAGATTCAGATACGACATGAGCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH72JQ U 1
AF RR1A316JQ U 28
AF RR1A316TF C 302
BS 1 248 RR1DH72JQ
BS 249 249 RR1A316JQ
BS 250 277 RR1DH72JQ
BS 278 278 RR1A316JQ
BS 279 311 RR1DH72JQ
BS 312 312 RR1A316JQ
BS 313 405 RR1DH72JQ
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BS 411 464 RR1DH72JQ
BS 465 864 RR1A316JQ
BS 865 998 RR1A316TF

RD RR1DH72JQ 464 0 0
AAATGAAAGTCTATCATTGACATATATTATAAATCTAGTTTATTGTTATTAATACAAATT
TTATTTGGAGTTTTATTAATACAAATCTTATTTGGAGCTAAACTTGCAAGTGTCACGGTA
CATCTACCACACCAATGGAGCTTTCCTGCCGCTAAACTCTGCAAGGAGAAAGAGGAAAAC
CGCAAAAACAGTCGTTCCCTGCAAACGCACTGGCTGGAAACTTCGTCGTCGGAAGCTTTC
CGCAAAGGTGATTCTGACTCACGTTCAGTGTCTGCAGTCCAGCAACCGCGGCCGGCACCT
TCCCGAACACCTAGTTTCTCGACAGATCCAGCGTTTTCAGCGTCTTCGCAAACGTTAGCT
TCCCCATATCAAACCGTAGCTTGTTCCCGGCCGCCC*GGAACTCCACCAAATACTCCGTC
TGGTTCAGAAACCTCGCCGGACTCCCTGATATCTCGTTTTCAGA

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1A316JQ 837 0 0
TATAAATCTAGTTTATTGTTATTAATACAAATTTTATTTGGAGTTTTATTAATACAAATC
TTATTTGGAGCTAAACTTGCAAGTGTCACGGTACATCTACCACACCAATGGAGCTTTCCT
GCCGCTAAACTTTGCAAGGAGAAAGAGGAAGACCGCAAAGACAGTCGTTCCCTGCAAACG
CACTGGCTGGAAACTTCGTCGTCGGAAGCTTTCCGCAAAGGGGATTCTGACTCACGTTCA
GTGTCTGCAGCCCAGCAACCGCGGCCGGCACCTTCCCGAACACCAAGTTTCTCGACAGAT
CCAGCGTTTTCAGCGTCTTCGCAAACGTTAGCTTCCCCATATCAAACCGTAGCTTGTTCC
CGGCCGCCC*GGAACTCCGCCAGATACTCCGTCTGGTTCAAAAACCTCGCCGGACTCCCT
GATATCTCGTTTTCAGACAGATCAATGAAATCATAAAAGTAATATTCCGCTGGCTTCCAG
TCGTCTAAGCTCATCTTGATCCCGCATCTCGCAAGCTTCAACGAGAAGATGATCGGCGAC
GACGTCACCCACTTCGGAATGGTTTTGAGATGGAACTTATTGTACGATAGGTCCAAAGAC
TCGATTCCCTTAACGTACAAAGCAGGGAACGGATCGGTGAGAAGATTGTGCGAGAGATCA
AGATTAAAGATCTTGGTGAGATTCGCGAAGCTCTTCGGCACGACTCCGGAGAACTTGTTC
CGTGAGAGATCCAACGTGTCAAGCGCCTTGAACCTTGATAGATACTCTGGAATCTTCCCG
GGAGAGTTTGTTATGGCCTACTTCGAGAAACCTGAGGAATGGCGCGAGCGACGCGAT

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR1A316TF 697 0 0
CCCGAACACCAAGTTTCTCGACAGATCCAGCGTTTTCAGCGTCTTCGCAAACGTTAGCTT
CCCCATATCAAACCGTAGCTTGTTCCCGGCCGCCCCGGAACTCCGCCAGATACTCCGTCT
GGTTCAGAAACCTCGCCGGACTCCCTGATATCTCGTTTTCAGACAGATCAATGAAATCAT
AAAAGTAATATTCCGCTGGCTTCCAGTCGTCTAAGCTCATCTTGATCCCGCATCTCGCAA
GCTTCAACGAGAAGATGATCGGCGACGACGTCACCCACTTCGGAATGGTTTTGAGATGGA
ACTTATTGTACGATAGGTCCAAAGACTCGATTCCCTTAACGTACAAAGCAGGGAACGGAT
CGGTGAGAAGATTGTGCGAGAGATCAAGATTAAAGATCTTGGTGAGATTCGCGAAGCTCT
TCGGCACGACTCCGGAGAACTTGTTCCGTGAGAGATCCAACGTGTCAAGCGCCTTGAACC
TTGATAGATACTCTGGAATCTTCCCGG*AGAGTTTGTTATGGCCTACTTCGAGAAACCTG
AGGAATGGCGCGAGCGACGCGATAGACGGAGGAAGGTTCCCGGAGAATCCGTTGCGAGAG
AGAACGAGGGATCGGAGCTCCGGCATGGATTTGAAAATATCCGGGATGATTCCGGAGAGA
CGGTTACCGCCGAGATTCAGATACGACATGAGCTTGC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 3

CO CL4410Contig1 1050 3 6 U
GGGGAAAAAGTGCGTCTCCCATATGGGACGGGTTGGTATTTAATAAGATAAAAGACAGAC
TTGGAGGACGGGTTCGTTTTATGACGTCCGGGGCTTCACCTCTGTCTCCTGAAGTGTTGG
AGTTTTTGAAGATATGCTTTGGAGGAAGGGTATCAGAGGGATATGGAATGACAGAAACAT
CTTGTGTTATAAGTGGCATGGACGAGGGTGATAACCTCACTGGACATGTTGGCTCTCCTA
ATCCAGCTTGTGAAGTAAAGCTTGTGGATGTCCCGGAAAAACTATACATCAGCAGATGAG
CCCCATCCTCGTGGCGAGATATGTGTTAGGGGTCCCATCATCTTCAGAGGCTATTACAAG
GATGAAGTTCAAACGAGAGAGGTAATTGATGAAGATGGATGGCTTCACACTGGAGATATA
GGTCTTTGGCTACCGGGAGGACGTCTAAAAATCATTGACAGGAAAAAGAACATCTTCAAA
TTGGCGCAAGGGGAGTATATAGCTCCAGAGAAAATTGAAAACGTTTATGCCAAATGCAGA
TTTGTCGGCCAATGCTTCATATATGGTGATAGCTTTAATTCATCATTGGTGGCTGTTGTA
TCGGTTGATCCAGATGTGCTTAAAAGCTGGGCTGCTTCAGAAGGCATAAAGGGAGATCTG
AGAGAGCTGTGCAATAACCCGAGAGTGAAAGCAGCAGTACTATCAGACATGGACGCTGTT
GCGAGAGAAGCTCAGTTGAGAGGCTTTGAGTTTGCAAAAGCTGTAACACTGGTGCTAGAG
CCATTTACGCTAGAAAATGGCTTGTTGACACCAACATTCAAGATTAAGAGACCACAAGCA
AAGGAATACTTCGCCGAAGCAATAACAAACATGTACAAGGAGCTTGCTAAATAAAGCTTT
GTGATTCGGGTGTAATTCGAGTAATTAATAAAAAATCCTAAAATTGTAATTCTTTTTTAT
TTTTTTCTTCTTGCTATATGTTTCATTGAATGTTCGCTAAGGTAATAAAGGTGCTATAGT
ATAGATACTAAAACGTTTGCCTTGTGTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F458TF U 1
AF RR1F458JQ C 444
AF RR1FH47TF U 657
BS 1 742 RR1F458TF
BS 743 743 RR1FH47TF
BS 744 758 RR1F458TF
BS 759 759 RR1FH47TF
BS 760 776 RR1F458TF
BS 777 1050 RR1FH47TF

RD RR1F458TF 779 0 0
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AGTTTTTGAAGATATGCTTTGGAGGAAGGGTATCAGAGGGATATGGAATGACAGAAACAT
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ATCCAGCTTGTGAAGTAAAGCTTGTGGATGTCCCGGAAAAACTATACATCAGCAGATGAG
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GCGAGAGAAGCTCAGTTGAGAG*CTTTGAGTTTGCAAA*GCTGTAACACTGGTGCT
GGA

QA 1 776 1 776
DS 

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TGGTGATAGCTTTAATTCATCATTGGTGGCTGTTGTATCGGTTGATCCAGATGTGCTTAA
AAGCTGGGCTGCTTCAGAAGGCATAAAGGGAGATCTGAGAGAGCTGTGCAATAACCCGAG
AGTGAAAGCAGCAGTACTATCAGACATGGACGCTGTTGCGAGAGAAGCTCAGTTGAGAGG
CTTTGAGTTTGCAAAAGCTGTAACACTGGTGCTGGAGCCATTTACGCTAGAAAATGGCTT
GTTGACACCAACATTCAAGATTAAGAGACCACAAGCAAAGGAATACTTCGCCGAAGCAAT
AACAAACATGTACAAGGAGCTTGCTAAATAAAGCTTTGTGATTCGGGTGTAATTCGAGTG
ATTAATAAAAAATCCTAAAATTGTAATTCTTTTT*ATTTTTTTCTTCTTGCTATATGTTT
CATTGAATGTTCGCTAAGGTAATAAAGGTGCTATAGTATAGATACTAAAACGTTTGCCTT
GTGTAAT

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1FH47TF 394 0 0
G
CTGAGAGAGTTGTGCAATAACCCGAGAGTGAAAGCAGCAGTATT**CAGACATGGACGCT
GTTGCGAGAGAAGCTCAGTTGAGAGGCTTTGAGTTTGCAAAAGCTGTAACACTGGTGCTA
GAGCCATTTACGCTAGAAAATGGCTTGTTGACACCAACATTCAAGATTAAGAGACCACAA
GCAAAGGAATACTTCGCCGAAGCAATAACAAACATGTACAAGGAGCTTGCTAAATAAAGC
TTTGTGATTCGGGTGTAATTCGAGTAATTAATAAAAAATCCTAAAATTGTAATTCTTTTT
TATTTTTTTCTTCTTGCTATATGTTTCATTGAATGTTCGCTAAGGTAATAAAGGTGCTAT
AGTATAGATACTAAAACGTTTGCCTTGTGTAAT

QA 2 394 2 394
DS 



AS 1 2

CO CL4411Contig1 849 2 12 U
GCCTCATGAACATTGCTGATAACCCAACCAACGTCCAGCTCCCAGGAATGTACAACAAGG
AAGAGAACGCGCGTGTCCCCATCATCGTCACCGGTAACGATTTCTCCACTCTCTACGCTC
CTCTCATCCGTGATGGACGTATGGAGAAGTTCTACTGGGCCCCGACACGTGAAGACCGTA
TTGGTGTCTGCAAGGGTATCTTCAGGACAGATAATGTCCCGGATGAAGACGTTGTCACGC
TTGTTGACAAGTTCCCTGGACAATCCATCGATTTCTTTGGTGCATTGAGGGCGAGAGTGT
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TGGTGAACTCAAGGGAAGCTCCTCCAGTGTTCGAGCAACCAAAGATGACTCTTGAGAAGC
TTATGGAGTATGGAAACATGCTTGTGATGGAGCAAGAGAACGTCAAGAGAGTCCAACTTG
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GAACTTTCTATGGGAAAGCAGCACAGCAAGTGAACGTTCCTGTTCCAGAAGGGTGTACTG
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AGTTTTGAGTTTCCTCCTTGTTAAGTTGCTGTGTTTCTAATGTTGTTTGTCTCTCTCTTT
TTTTTTTTTTTTTTGCCTTTTGTGTTACTGTGGATTGGTTCATGTCCTCTTTTTTTTTTG
TGATCATGTGCAAACATTAATATTGTAAGATTGCATTGTCATAAACCATTTCTCAACTTT
TTGTTTGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ61TF U 1
AF RR1GX36TF U 208
BS 1 259 RR1DQ61TF
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RD RR1DQ61TF 621 0 0
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AAGAGAACGCGCGTGTCCCCATCATCGTCACCGGTAACGATTTCTCCACTCTCTACGCTC
CTCTCATCCGTGATGGACGTATGGAGAAGTTCTACTGGGCCCCGACACGTGAAGACCGTA
TTGGTGTCTGCAAGGGTATCTTCAGGACAGATAATGTCCCGGATGAAGACGTTGTCACGC
TTGTTGACAAGTTCCCTGGCCAATCCATCGATTTCTTTGGTGCATTGAGGGCTAGAGTGT
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CTGACCAATACCTTAACGAGGCTGCGTTGGGAGACGTAAACGCTGACGCCATTGGCCGCG
GAACTTTCTATGGGAAAGCAGCACAGCAAGTGAACGTTCCTGTTCCAGAAGGGTGTACTG
ATCCTCAAGCCGAAAACTTTG

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1GX36TF 642 0 0
GAGAC
AATGTCCCGGATGAAGACGTTGTCACGCTTGTTGACAAGTTCCCTGGACAATCTATCGAT
TTCTTTGGTGCCTTGAGGGCGAGAGTGTACGATGATGAAGTGAGGAAGTTCGTTGAGGGA
CTTGGAGTGGAGAAGATAAGCAAGAGGCTGGTGAACTCAAGGGAAGCTCCTCCAGTGTTT
GAGCAACCAAAGATGACTCTTGAGAAGCTTATGGAGTATGGAAACATGCTTGTGATGGAG
CAAGAGGACGTCAAGAGAGTCCAACTTGCTGACCAATACCTTAACGAGGCTGCGTTGGGA
GACGCAAACGCTGACGCCATTGGCCGCGGAACTTTCTATGGGAAAGCAGCATAGCAAGTG
AACGTTCCTGTTCCAGAAGGGTGTACTGATCCTCAAGCCGATAACTTTGATCCAACAGCT
AGAAGTGACGATGGAACTTGTGTCTACAAGTTTTGAGTTTCCTCCTTGTTAAGTTGCTGT
GTTTCTAATGTTGTTTGTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTTGTGTTACTGTG
GATTGGTTCATGTCCTCTTTTTTTTTTGTGATCATGTGCAAACATTAATATTGTAAGATT
GCATTGTCATAAACCATTTCTCAACTTTTTGTTTGCT

QA 6 642 6 642
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4413Contig1 894 2 2 U
GGCCGTCGGTACGGATTCGAGAATCGGTCCCAAGTTCTTGAACGCTAGTGTCGGATTCGG
AGGCTCTTGTTTCCAGAAGGACATTTTGAACCTTGTCTACATCTGTCAGTGCAATGGTCT
TCCGGAAGTGGCGGAGTACTGGAAACAGGTGATCAAGATCAACGATTACCAGAAGAACCG
GTTTGTGAACAGAATCGTATCTTCTATGTTCAACACCGTCTCCAACAAGAAGGTTGCGAT
CCTCGGTTTCGCCTTCAAGAAAGACACCGGCGACACTAGGGAAACACCAGCCATTGATGT
GTGCAAAGGTTTGTTAGGAGACAAGGCGCAGATCAGCATCTACGATCCTCAAGTCACTGA
GGAACAGATTCAGAGAGACCTTGCGATGAAAAAGTTCGATTGGGACCATCCGCTTCACTT
GCAGCCAATGAGCCCGACCACGGTGAAACAAGTGAGTGTGAAATGGGATGCGTATGAAGC
TACAAAAGATGCACACGCGGTCTGCGTTCTGACCGAGTGGGATGAGTTCAAGTCATTGGA
TTACCAGAAGATCTTTTACAACATGCAGAAACCAGCTTTTATCTTCGACGGGAGAAACGT
TTTGAATGTGGACAAGTTGAGAGAGATTGGTTTCATCGTTTACTCCATTGGTAAGCCACT
TGATGCATGGCTTAAGGACATGCCTGCTTTTGTCTGAACGAGAACAAGGTAATAATAATG
ATAATCTGGCTCATTCTTTTTCCTTCTACCTTTGATTGTTTCTGTTTTTGCGTTTTTGCT
TCTTACAACGTCTACCTTTGTTGTTTGTTTTCTTATATAAGCTCTCGTAATTTTTGTGTT
TCAAATTTTGTTGAACAGACTACTACTTTGTATTCGATACATTTGCATCATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV40TF U 1
AF RR1EV40JQ C 255
BS 1 582 RR1EV40TF
BS 583 894 RR1EV40JQ

RD RR1EV40TF 582 0 0
GGCCGTCGGTACGGATTCGAGAATCGGTCCCAAGTTCTTGAACGCTAGTGTCGGATTCGG
AGGCTCTTGTTTCCAGAAGGACATTTTGAACCTTGTCTACATCTGTCAGTGCAATGGTCT
TCCGGAAGTGGCGGAGTACTGGAAACAGGTGATCAAGATCAACGATTACCAGAAGAACCG
GTTTGTGAACAGAATCGTATCTTCTATGTTCAACACCGTCTCCAACAAGAAGGTTGCGAT
CCTCGGTTTCGCCTTCAAGAAAGACACCGGCGACACTAGGGAAACACCAGCCATTGATGT
GTGCAAAGGTTTGTTAGGAGACAAGGCGCAGATCAGCATCTACGATCCTCAAGTCACTGA
GGAACAGATTCAGAGAGACCTTGCGATGAAAAAGTTCGATTGGGACCATCCGCTTCACTT
GCAGCCAATGAGCCCGACCACGGTGAAACAAGTGAGTGTGAAATGGGATGCGTATGAAGC
TACAAAAGATGCACACGCGGTCTGCGTTCTGACCGAGTGGGATGAGTTCAAGTCATTGGA
TTACCAGAAGATCTTTTACAACATGCAGAAACCAGCTTTTAT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1EV40JQ 640 0 0
TCAAGAAAGACACCGGCGACACTAGGGAAACACCAGCCATTGATGTGTGCAAAGGTTTGT
TAGGAGACAAGGCGCAGATCAGCATCTACGATCCTCAAGTCACTGAGGAACAGATTCAGA
GAGACCTTGCGATGAAAAAGTTCGATTGGGACCATCCGCTTCACTTGCAGCCAATGAGCC
CGACCACGGTGAAACAAGTGAGTGTGAAATGGGATGCGTATGAAGCTACAAAAGATGCAC
ACGCGGTCTGCGTTCTGACCGAGTGGGATGAGTTCAAGTCATTGGATTACCAGAAGATCT
TTTACAACATGCAGAAACCAGCTTTTATCTTCGACGGGAGAAACGTTTTGAATGTGGACA
AGTTGAGAGAGATTGGTTTCATCGTTTACTCCATTGGTAAGCCACTTGATGCATGGCTTA
AGGACATGCCTGCTTTTGTCTGAACGAGAACAAGGTAATAATAATGATAATCTGGCTCAT
TCTTTTTCCTTCTACCTTTGATTGTTTCTGTTTTTGCGTTTTTGCTTCTTACAACGTCTA
CCTTTGTTGTTTGTTTTCTTATATAAGCTCTCGTAATTTTTGTGTTTCAAATTTTGTTGA
ACAGACTACTACTTTGTATTCGATACATTTGCATCATTTT

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL4414Contig1 715 2 3 U
GGCCGTGGAGAACATATGTAACACGGACTTGCTCCCAGTGGGTAGTCCATGGACTTGTCC
TGGAGATGAAGTGTTCTACAATGCATCCATCATATGGGGAGTGATCGGTCCGAGGAGAAT
GTTCACCAAAGAAGGTATCTACCCCGGGATGAACTGGTTCTTCCTCATCGGTATCCTGGC
ACCAGTTCCCTTCTGGTACCTGTCCAAGAAGTTCCCAGAGAAGAAATGGCTCAAGCTTAT
CCACATTCCATTGATCTTCTCTGCAGTGAGCCCAATGCCACAAGCCAAGGCTGTGCATTA
CTGGTCGTGGACCATTGTTGGGGTTGTGTTCAACTACTACATTTTCAGGAAGTTTAAAAC
TTGGTGGGCGAGGCACAACTACATCCTCTCTGCGGCGCTTGATGCAGGTACTGCGATCAT
GGGAGTGTTGATATTCTTTGCGTTTCAGAACAATGATATAAGCATACCTGATTGGTGGGG
GCTTGAGAACTCGGACCATTGCCCTCTAGCGCATTGTCCCACAGCTAAAGGTGTTGTTGT
TGAAGGCTGTCCTGTGTTTTAAGGTTTGATGCAGATCAAAGTGTTGTTGTTGCCCCAAAA
GGGTTAATGTTGATATTTAAAAAAATGTAAAGCATTATATTTGGTTTCATGTTCTTTAGG
TTTTTAACCATGTACTTTTCATGCTTAAGAGCAAATCAAGCATAGCTTTCGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EV45TF U 1
AF RR1EV45JQ C 394
BS 1 659 RR1EV45TF
BS 660 660 RR1EV45JQ
BS 661 715 RR1EV45TF

RD RR1EV45TF 715 0 0
GGCCGTGGAGAACATATGTAACACGGACTTGCTCCCAGTGGGTAGTCCATGGACTTGTCC
TGGAGATGAAGTGTTCTACAATGCATCCATCATATGGGGAGTGATCGGTCCGAGGAGAAT
GTTCACCAAAGAAGGTATCTACCCCGGGATGAACTGGTTCTTCCTCATCGGTATCCTGGC
ACCAGTTCCCTTCTGGTACCTGTCCAAGAAGTTCCCAGAGAAGAAATGGCTCAAGCTTAT
CCACATTCCATTGATCTTCTCTGCAGTGAGCCCAATGCCACAAGCCAAGGCTGTGCATTA
CTGGTCGTGGACCATTGTTGGGGTTGTGTTCAACTACTACATTTTCAGGAAGTTTAAAAC
TTGGTGGGCGAGGCACAACTACATCCTCTCTGCGGCGCTTGATGCAGGTACTGCGATCAT
GGGAGTGTTGATATTCTTTGCGTTTCAGAACAATGATATAAGCATACCTGATTGGTGGGG
GCTTGAGAACTCGGACCATTGCCCTCTAGCGCATTGTCCCACAGCTAAAGGTGTTGTTGT
TGAAGGCTGTCCTGTGTTTTAAGGTTTGATGCAGATCAAAGTGTTGTTGTTGCCCCAAAA
GGGTTAATGTTGATATTTAAAAAAATGTAAAGCATTATATTTGGTTTCATGTTCTTTAG*
TTTTTAACCATGTACTTTTCATGCTTAAGAGCAAATCAAGCATAGCTTTCGTTCC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1EV45JQ 322 0 0
GGCGCTTGATGCAGGTACTGCGATCATGGGAGTGTTGATATTCTTTGCGTTTCAGAACAA
TGATATAAGCATACCTGATTGGTGGGGGCTTGAGAACTCGGACCATTGCCCTCTAGCGCA
TTGTCCCACAGCTAAAGGTGTTGTTGTTGAAGGCTGTCCTGTGTTTTAAGGTTTGATGCA
GATCAAAGTGTTGTTGTTGCCCCAAAAGGGTTAATGTTGATATTTAAAAAAATGTAAAGC
ATTATATTTGGTTTCATGTTCTTTAGGTTTTTAACCATGTACTTTTCATGCTTAAGAGCA
AATCAAGCATAGCTTTCGTTCC

QA 1 322 1 322
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4416Contig1 961 2 2 U
GCTCCTCCGCCGTCGCAGCAAAAGGTCCATCCGTCGCTTCGTGGTGGAAGACGACGGAGA
AGTACAAAGGCGGCTCGTCGAATATCGTCGTCGGGAAACAGCTCCTCCTCGAGAGCTACC
CTCTCGGAAAATCCTTGAAAACTCCTTACCTCAGAGCTCTGTCGGGGAAGCTCAACGGAG
GCGGAGGCGTTCGGTCGATAACCGTCGTTCTAACGGCGAAAGACGTCGCCGTCGAGGGGT
TCTGCATGAACCGGTGCGGGACTCACGGCGCGAAAGCCAGCTCCGTTAACAGCGGAGCTT
ACGTCTGGGTGGGGAACTCTGAGACGCAGTGTGCTGGCTACTGCGCGTGGCCGTTTCGTC
AGCCTATCTACGGACCTCAGTCTCCGCCGTTGATCGCGCCTAACGGAGACGTCGGAGTCG
ACGGAATGATTATAAACTTCGCGACGCTACTGGTTAACACCGTCACGAACCCGTTTAAAA
CAGGTTACTTTGATGCCGGGAATCAAGAAGCCGTCTCGGTCTGTACCGGGAAGTTCGGGT
CCGGTGCTTACCCGGGCTACGCGGGTCGGGTTCTCGTGGACAAGACCACCGGAGCGAGTT
ACAACGCTCTGGGACTCGCCGGGAGGAAATATCTTTTGCCAGCGATGTGGGACCCGCAGA
CTTCGAAGTGTAAGACTTTGGTTTGAGTTTAGACTGTCTGGAAATTGACACGTGGCAATA
AATCAATGGAGATGGCGAGTTGAAGCTTATCGGAGCCAAAGAAAAGCTGTGTAGATATCT
ATCTTGTCTGATTGTACGGAGGAGTTTGGGGAAGGGGATGTGTTTCCTTTGTCGTTTTGT
GTGACGTGTACATTCGATCCTGGAGATGTGTGAAATGATGGTTTATATATCTAATTTAAT
GCCGATAATAAAATCGATTTGTAGTTTCCCCTAAAGCTTATTTTAATAACTTCGTTTTAC
C


BQ
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DS 

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GTTTAAAACAGGTTACTTTGATGCCGGGAATCAAGAAGCCGTCTCGGTCTGTACCGGGAA
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AATTTAATGCCGATAATAAAATCGATTTGTAGTTTCCCCTAAAGCTTATTTTAATAACTT
CGTTTTACC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

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AAAGACTACAAGTGCCAAAAATCATGAATGCCACAGGAGCTAAGAGTCGCACAAGCAACG
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TTGCTTCTGCTATCTCTCTCTATGCAAATATTCTTGTAGCCAAGCTTCATGAGTTTGGGG
GCAAAAGACACATTCGCTATAGAGATCTTGCTGGATTCATTTACGGTAGAAAGGCTTATT
GTGTTACATGGGGCTTGCAATATGTCAATCTTTTCATGATTAATTGTGGATTTATCATCC
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TACCTTACTTTATAGCTATCGCTGGTCTAGTATGTGCGGTTTTCGCAATTGGTGTTCCAC
ACTTATCGGCTCTAGGGATCTGGCTTGGAGTTTCGACCATCCTTAGTCTCATCTACATCA
TTATCGCAATGGTCCTATCAGCTAAAGATGGAGTGAAAACACCACATTCAAGAGATTACG
AGATAAAAGGATCATCATTAAGCAAACTATTTACCATCACCGCTGGTGCCGCAAATCTTG
TTTTTGTATTCAACACAGGGATGCTTCCAGAAATTCAGGCGACAGTGAAGCAACCTGTTG
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CGGTTATGTTCATTGGATATTGGGCTTACGGATCCTCAACCTCGGCCTATTTGCTAAACA
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TTATCTGTTTGCACATTTTTGCTAGTCCATCATATGAGTATATGGACACAAAGTTTGGGA
TCAAAGGAGGTACATTTGTGTTAAAGAACTTGATGTTCAGGATCATGGCTCGAGGCGGGT
ACTTAGCGGTTAGCACGCTTCTCTTTGCGCTCTTGCCGTTCTTAGGGGACTTCATGAGCC
TCACTGGTGCAGTGAGCACAATACCTCTTACATTCATTCTAGCCAACCACATGTACTATA
AGGCTAAGAACGATAAGCTCAATACTATGCAAAAGCTATGGCATTGGCTTAACGTAGTCT
TCTTCAGTTTGATGTCTGTTGCTGCCACCATTGCAGCTATCAGGCTCATCGTCGTTGACT
CCAAGAATTTCCACGTTTTTGCAGATTTATAATTCATGTATTCTTTATATTCTTCTCCTA
CCATATTTTGTATTCCGTAAAAAAGCTATTATAGGGTAAATAAAAGGGTAAATTCCT


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TAAATGGTGGAGAACATTTTGATATCGAAGTCCCTGACACTGCTCATCAGATTAGCAGCG
ATTCATGGTTTCAAGTGGCGTTCGTTCTTACAGCCGGTATAAACAACGCGTATGTGTTGG
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GCAAAAGACACATTCGCTATAGAGATCTTGCTGGATTCATTTACGGTAGAAAGGCTTATT
GTGTTACATGGGGCTTGCAATATGTCAATCTTTTCATGATTAATTGTGGATTTATCATCC
TAGCTGGTTCTGCTTTGAAGGCTGTTTATGTGCTTTTTAGGGATGATCATACCATGAAAC
TACCTTACTTTATAGCTATCGCTGGTCTAGTATGTGCGGTTTTCGCAATTGGTGTTCCAC
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TTATCGCAATGGTCCTATCAGCTAAAGATGGAGTGAAAACACCACATTCAAGAGATTACG
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TTTTTGTATTCAAC

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DS 

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TGGTGCCGCAAATCTTGTTTTTGTATTCAACACAGGGATGCTTCCAGAAATTCAGGCGAC
AGTGAAGCAACCTGTTGTGAAAAATATGGTGAAGGCTCTATACTTTCAGTTCACACTAGG
TCTTTTACCAATGTACGCGGTTATGTTCATTGGATATTGGGCTTACGGATCCTCAACCTC
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AGCTTTCCTTCAGACCGTTATCTGTTTGCACATTTTTGCTAGTCCATCATATGAGTATAT
GGACACAAAGTTTGGGATCAAAGGAGGTACATTTGTGTTAAAGAACTTGATGTTCAGGAT
CATGGCTCGAGGCGGGTACTTAGCGGTTAGCACGCTTCTCTTTGCGCTCTTGCCGTTCTT
AGGGGACTTCATGAGCCTCACTGGTGCAGTGAGCACAATACCTCTTACATTCATTCTAGC
CAACCACATGTACTATAAGGCTAAGAACGATAAGCTCAATACTATGCAAAAGCTATGGCA
TTGGCTTAACGTAGTCTTCTTCAGTTTGATGTCTGTTGCTGCCACCATTGCAGCTATCAG
GCTCATCGTCGTTGACTCCAAGAATTTCCACGTTTTTGCAGATTTATAATTCATGTATTC
TTTATATTCTTCTCCTACCATATTTTGTATTCCGTAAAAAAGCTATTATAGGGTAAATAA
AAGGGTAAATTCCT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

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TAGAAAGAAAAGACCTGTGGGGGTTTGTTACTTGACATCATCGACGAAGATGCAACTAAC
TCTCGAATTCGGGGGTGGTTTAGAGCTTCTCTGTGATTCTGAGAAGATCCATAAAGTTAA
CGTCGATTTGCCCCATGGAGCAGATGAGTTAACAATGAAGCATTTGCTTTCGTGGGTTCG
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TGTTCTTGTGCTTGTGAATGACTGTGATTGGGAGCTTAGCGGTCAGCTCGAGACCACCAT
TGAAGACAAAGATGTTATCGTTTTCATCTCCACATTGCACGGTGGATAAAAGTAAATCAT
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CACTATTTGTGGCAAGCAGACCCAAGAAGTTGATATGAGCAAAACATTTTGTGAGACC


BQ
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AF RR1GX51TF U 1
AF RR1GX51JQ C 126
BS 1 598 RR1GX51TF

RD RR1GX51TF 598 0 0
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TGTTCTTGTGCTTGTGAATGACTGTGATTGGGAGCTTAGCGGTCAGCTCGAGACCACCAT
TGAAGACAAAGATGTTATCGTTTTCATCTCCACATTGCACGGTGGATAAAAGTAAATCAT
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CACTATTTGTGGCAAGCAGACCCAAGAAGTTGATATGAGCAAAACATTTTGTGAGACC

QA 1 598 1 598
DS 

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TTTGTGGCAAGCAGACCCAAGAAGTTGATATGAGCAAAACATTTTGTGAGACC

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 2

CO CL4419Contig1 928 2 4 U
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AATTCTTACCATCATCAGAACTGAAGGGTTATGCGCATCCAGTCAAAAACTATTGTGTTG
AACTACTTGTGATACACTCTTAGTTGTT


BQ
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AF RR1E626TF U 1
AF RR1E626JQ C 116
BS 1 599 RR1E626TF
BS 600 600 RR1E626JQ
BS 601 649 RR1E626TF
BS 650 928 RR1E626JQ

RD RR1E626TF 657 0 0
GGAATTCGAGACAAAATCTTAGAACTCTTACTCGCATCAGATGCACTTTTGGTTCTATTC
ATACCAAAATGCAGATTTTCAGCTGCTTTTTGAATCCAAATGGATTGCAAGAAGTTCATG
CAGATGGTGGAGGAAAAGAAAAGGCAGATTCTTGAGAAGAAAGAAGCTCCTTTGAAATGG
GAGCAGAAGCTTGAAGCCGCTGCCAAGGCTGCTGAAACCAAAGAGAAGAGGTCAAAAGTC
GAGAAGAACTCACAGTAAGCACCCAAGGAATGCACACTCTGATTCTGATGACACTGATAG
GAGGAAAGATAAGAGATCCAGAAGGCATAAGAGGAGGTCCACAAGTTCAAGGGATGATAA
CAGTGATGAGTACGAAAGCGGGTCAAAGGACGAGCACAGGGTGAAGATAAGGCACCACCG
GAGGCGCAAGTCGCATAGCTCAAGACAGACTTCTGATGATGACATTAACGAAGATGCGAG
AAGAAGACATGCTAAGCATCACAGGTATGGTGAGGTGGTTACTTCAAGTGATAGCGAGGA
AGAGAGAGGAGGAAGAAGAAGTCATGGGAGATATCACAGGCACAACATAGGTTCAGCTGT
CTCCAGCGACTCAGACTCAGAAGCTAGACGGAAGAATAGAAAGAGAAGG
AACATAAA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1E626JQ 813 0 0
TCATGCAGATGGTG*AGGAAAAGAAAAGGCAGAT*CTTGAGAAGAAAGAAGCTC*TTTGA
AATGG*AGCAGAAGCTTGAAGCCGCTGCCAAGGCTGCTGAAACCAAAGAGAAGAGGTCAA
AAGTCGAGAAGAACTCACAGTAAGCACCCAAGGAATGCACACTCTGATTCTGATGACACT
GATAGGAGGAAAGATAAGAGATCCAGAAGGCATAAGAGGAGGTCCACAAGTTCAAGGGAT
GATAACAGTGATGAGTACGAAAGCGGGTCAAAGGACGAGCACAGGGTGAAGATAAGGCAC
CACCGGAGGCGCAAGTCGCATAGCTCAAGACAGACTTCTGATGATGACATTAACGAAGAT
GCGAGAAGAAGACATGCTAAGCATCACAGGTATGGTGAGGTGGTTACTTCAAGTGATAGC
GAGGAAGAGAGAGGAGGAAGAAGAAGTCATGGGAGATATCACAGGCACAACATAGGTTCA
GCTGCCTCCAGCGACTCAGACTCAGAAGCTAGACGGAAGAATAGAAAGAGAAGGGAACAT
AAAAGGTATCGTTGGGCAGAGTCTTCAAGTGAGGATGATGGAGCAACGCGAAGGAGAAGG
CATAATCATAAACATGACAGAGAGTCAGCAGCATCCGAAACTGATGAAAGGGTGTCAGAT
GAGAACAGAGAGCACAACAGCATAGACAAGTGAAAATGTGAACGGGGATTAAAAAAGTGA
AGTTTAATTCTTACCATCATCAGAACTGAAGGGTTATGCGCATCCAGTCAAAAACTATTG
TGTTGAACTACTTGTGATACACTCTTAGTTGTT

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL4420Contig1 658 2 2 U
GGGAGTAGCTCTGTGTCTGATTTTCTCGGCCTGGATGATGTACCTGGTTTTGCACACCCA
TACAATGCTAGATTCACTCATGCAGATGAAATGTTTGAACTTTGCAGCTCCGTGTCGTCA
GATAACATGTTTACGGACATGGACGAATCCATCACTTCTACAACTAATACGAACATTCTT
GAGTTTCATAGCGGTTCGAATCAACCAGGACGTTTCATTGAATATCCTTTAGTCGATGGA
TACTCAAATGAATTCACTCAGTGGGTTCTACACGAAAAATCATCATTGTCAAGGGTTCCG
AGATGAAACTTGTCCCTTGCAACGGAAGTTAACGCTGGTTACTTATCACGTAAGGCAGGG
TTGGACAGGCATGATAACAGGAAAACACACACAATAACAGCCACATCTTTGTAAATACCA
GGCTCAGCTTTGCAAAGGTCCCCGCTTCTTGTATTTCTTTTTTTTATCCTACCAAGGTTG
ATTTCTTTCTCTCTGTTTTTTTCATCACACACAAAATTTGATTTTGTTTGTTTTTGGTGT
ATAGAGGGTTTGGTTTGGTTTGATTTTTCTAGTAATTTGTTGCGGCCCAATGGGCAATGG
CTGAACCGCAATGAATTCTTTGATTAAAAGTTGGAAGCAACACACCATATTGCAGTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H151TF U 1
AF RR1H151JQ C 1
BS 1 268 RR1H151TF
BS 269 658 RR1H151JQ

RD RR1H151TF 268 0 0
GGGAGTAGCTCTGTGTCTGATTTTCTCGGCCTGGATGATGTACCTGGTTTTGCACACCCA
TACAATGCTAGATTCACTCATGCAGATGAAATGTTTGAACTTTGCAGCTCCGTGTCGTCA
GATAACATGTTTACGGACATGGACGAATCCATCACTTCTACAACTAATACGAACATTCTT
GAGTTTCATAGCGGTTCGAATCAACCAGGACGTTTCATTGAATATCCTTTAGTCGATGGA
TACTCAAATGAATTCACTCAGTGGGTTC

QA 1 268 1 268
DS 

RD RR1H151JQ 658 0 0
GGGAGTAGCTCTGTGTCTGATTTTCTCGGCCTGGATGATGTACCTGGTTTTGCACACCCA
TACAATGCTAGATTCACTCATGCAGATGAAATGTTTGAACTTTGCAGCTCCGTGTCGTCA
GATAACATGTTTACGGACATGGACGAATCCATCACTTCTACAACTAATACGAACATTCTT
GAGTTTCATAGCGGTTCGAATCAACCAGGACGTTTCATTGAATATCCTTTAGTCGATGGA
TACTCAAATGAATTCACTCAGTGGGTTCTACACGAAAAATCATCATTGTCAAGGGTTCCG
AGATGAAACTTGTCCCTTGCAACGGAAGTTAACGCTGGTTACTTATCACGTAAGGCAGGG
TTGGACAGGCATGATAACAGGAAAACACACACAATAACAGCCACATCTTTGTAAATACCA
GGCTCAGCTTTGCAAAGGTCCCCGCTTCTTGTATTTCTTTTTTTTATCCTACCAAGGTTG
ATTTCTTTCTCTCTGTTTTTTTCATCACACACAAAATTTGATTTTGTTTGTTTTTGGTGT
ATAGAGGGTTTGGTTTGGTTTGATTTTTCTAGTAATTTGTTGCGGCCCAATGGGCAATGG
CTGAACCGCAATGAATTCTTTGATTAAAAGTTGGAAGCAACACACCATATTGCAGTTC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL4421Contig1 909 2 4 U
GGGGTTGATTACTACAACGTACTGAACGTGACTCCAAGCGCAAGCGAAGACGATCTGAAG
AAGTCGTACAGAAGACTAGCGATGAAATGGCATCCGGACAAGAACCCTTCGACCAAGAAA
GAAGCTGAAGCTAAATTCAAACAGATCTCCGAAGCTTACGATGTCCTCAGCGATCCTCAC
AAGCGTCAGATCTACGATCAATACGGCGAGGACGGACTCAAGTCTTCCGACTTACCAACG
CCGCCTACGCAGCGGAGTTACAACAACAACAACAACAACGACGACGCTGGGTTTAGGTAT
TATCCGCGAGACGAGTAGGAAGACGCCGGCGGCGAATAATAGGAAAGCTCCGGCGATCGA
GAGCAAGTTGGCTTGTAGTCTTGAGGAGTTGTATAAAGGTGGGAGGAGGAAGATGCGAAT
CTCGCGCGTTGTCCCTGATGGTCTCGGGAAGCCAAAGACGGTGGAAGAGATCTTGAAGAT
AGACATAGCACCAGGATGGAAGAAAGGAACAAAGATCACATTCCCAGAGAAAGGAAACCA
TGAACCAGGAGTCACTCCTGCTGATCTCATCTTCATCATCGATGAGAAACCGCACGCCGT
CTACAAAAGAGATGGAAACGATCTGATTGTAGACAAGAAAGTGAGATCTTAGGATCAACT
TTGATATATGTTTCCCTTCGAGGCTAACATCGGAACAGAAGACAGATCTTAAGAGAGTTC
TTGGTGGAAATGGAGTTGACAACTAGTTTCCAAGTATGGTTATTGAATGTTGAGAGAATG
TACATAACACAATGTGTTCACAAAATCTTGATCTCATCTGTTGATGGATACTTTTTGGTC
AGAAAAAGCTCTCTTTGATGTCATGATATGTATTCTCAATCTGATTCCATAATACAGAAA
ATGTTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY56TF U 1
AF RR1EY56JQ C 193
BS 1 652 RR1EY56TF
BS 653 653 RR1EY56JQ
BS 654 671 RR1EY56TF
BS 672 909 RR1EY56JQ

RD RR1EY56TF 671 0 0
GGGGTTGATTACTACAACGTACTGAACGTGACTCCAAGCGCAAGCGAAGACGATCTGAAG
AAGTCGTACAGAAGACTAGCGATGAAATGGCATCCGGACAAGAACCCTTCGACCAAGAAA
GAAGCTGAAGCTAAATTCAAACAGATCTCCGAAGCTTACGATGTCCTCAGCGATCCTCAC
AAGCGTCAGATCTACGATCAATACGGCGAGGACGGACTCAAGTCTTCCGACTTACCAACG
CCGCCTACGCAGCGGAGTTACAACAACAACAACAACAACGACGACGCTGGGTTTAGGTAT
TATCCGCGAGACGAGTAGGAAGACGCCGGCGGCGAATAATAGGAAAGCTCCGGCGATCGA
GAGCAAGTTGGCTTGTAGTCTTGAGGAGTTGTATAAAGGTGGGAGGAGGAAGATGCGAAT
CTCGCGCGTTGTCCCTGATGGTCTCGGGAAGCCAAAGACGGTGGAAGAGATCTTGAAGAT
AGACATAGCACCAGGATGGAAGAAAGGAACAAAGATCACATTCCCAGAGAAAGGAAACCA
TGAACCAGGAGTCACTCCTGCTGATCTCATCTTCATCATCGATGAGAAACCGCACGCCGT
CTACAAAAGAGATGGAAACGATCTGATTGTAGACAAGAAAGTGAGATCTTAG*ATCAACT
TTGATATATGT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1EY56JQ 717 0 0
TACGATCAATACGGCGAGGACGGACTCAAGTCTTCCGACTTACCAACGCCGCCTACGCAG
CGGAGTTACAACAACAACAACAACAACGACGACGCTGGGTTTAGGTATTATCCGCGAGAC
GAGTAGGAAGACGCCGGCGGCGAATAATAGGAAAGCTCCGGCGATCGAGAGCAAGTTGGC
TTGTAGTCTTGAGGAGTTGTATAAAGGTGGGAGGAGGAAGATGCGAATCTCGCGCGTTGT
CCCTGATGGTCTCGGGAAGCCAAAGACGGTGGAAGAGATCTTGAAGATAGACATAGCACC
AGGATGGAAGAAAGGAACAAAGATCACATTCCCAGAGAAAGGAAACCATGAACCAGGAGT
CACTCCTGCTGATCTCATCTTCATCATCGATGAGAAACCGCACGCCGTCTACAAAAGAGA
TGGAAACGATCTGATTGTAGACAAGAAAGTGAGATCTTAGGATCAACTTTGATATATGTT
TCCCTTCGAGGCTAACATCGGAACAGAAGACAGATCTTAAGAGAGTTCTTGGTGGAAATG
GAGTTGACAACTAGTTTCCAAGTATGGTTATTGAATGTTGAGAGAATGTACATAACACAA
TGTGTTCACAAAATCTTGATCTCATCTGTTGATGGATACTTTTTGGTCAGAAAAAGCTCT
CTTTGATGTCATGATATGTATTCTCAATCTGATTCCATAATACAGAAAATGTTTTGT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL4422Contig1 1108 2 2 U
GGACAAAGAACACCAAAAAGAATAAAAAGTATGAGAATGCTCTTTCTCTTCTCTCTCTTG
TTCTTCCTCTTCCTCCACTCATCATCCTCCTCAAGATCATCATCAGAATCTCACATCTTC
ATCTACGGTGGATGTTCTCCGGAAAAATACACACCAAACACTCCTTTCGAATCAAACCGC
GACACTTTCCTCTCTTCCGTCGTCACTTCCTCCTCCGAAGGATCCTTCAACAGCTTCGCC
GTCGGCAACGACTCTTCCTCCTCCTCCTCGGCAGCTGTCTTCGGTCTTTATCAATGCCGT
GAAGATCTCCGACCATCTGACTGCTCAAAATGTATCCAAAACTCCGTCGACCAGATCACT
CTCCTTTGCCCTTACTCTTACGGTGCATCTCTCCAGCTCGAAGGCTGCTTCTTGCGTTAC
GAGACAAACGACTTTCTTGGGAGACAAGACACGAGTCTTAGGTACAAGAAGTGTAGTTCC
AAGAGCGTTGAGAATGACTATGACTTTTTAAAAAGGAGAGACGATGTGTTGTCGGATCTT
GAGTCCACTCAGCTCCGTTACAAAATTAGCCGGTCTGGTTTGGTCGAAGGTTATGCTCAA
TGTGTTGGTGACTTGAGTCCTAGTGACTGTACGGCTTGTCTTGCGGAATCTGTTGGGAAG
TTAAAGAATCTTTGTGGCTCGGCGGTTGCAGCTGAGGTCTACTTGGCTCAGTGCTATGCT
CATTATTGGGGTTCTGGTTACTATGACTTCTCTTCAGATCCAACGAACGGAGATAACGTG
GGGAAATCAATCGCGATCATCGTCGGAGTTATTGCTGGATTCGCAATTCTTGTTATCCTC
CTCTCCCTCTGCAGAAACAACATGCATTGATATAAAGAAGACACGATTCGAGATAAAAGA
TTCTAGTGGGACTTCTTTTTTTTTTTTAATAAAAAAAATCTCTTATTCTGTAGGAACATA
TCCGTTACCTTGTTGATTATTTTTGGTTCATCAAAAGGAAGAAAAAAAATTCGAAGTGGC
CAACAGTCTCTCATCTAGCTATGATGTATAATTAACAATTTGATTAGTGGCCCGTATTGT
CTGCCTCGAAAGATGATAACATTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FH92TF U 1
AF RR1FH92JQ C 376
BS 1 692 RR1FH92TF
BS 693 1108 RR1FH92JQ

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TTCTTCCTCTTCCTCCACTCATCATCCTCCTCAAGATCATCATCAGAATCTCACATCTTC
ATCTACGGTGGATGTTCTCCGGAAAAATACACACCAAACACTCCTTTCGAATCAAACCGC
GACACTTTCCTCTCTTCCGTCGTCACTTCCTCCTCCGAAGGATCCTTCAACAGCTTCGCC
GTCGGCAACGACTCTTCCTCCTCCTCCTCGGCAGCTGTCTTCGGTCTTTATCAATGCCGT
GAAGATCTCCGACCATCTGACTGCTCAAAATGTATCCAAAACTCCGTCGACCAGATCACT
CTCCTTTGCCCTTACTCTTACGGTGCATCTCTCCAGCTCGAAGGCTGCTTCTTGCGTTAC
GAGACAAACGACTTTCTTGGGAGACAAGACACGAGTCTTAGGTACAAGAAGTGTAGTTCC
AAGAGCGTTGAGAATGACTATGACTTTTTAAAAAGGAGAGACGATGTGTTGTCGGATCTT
GAGTCCACTCAGCTCCGTTACAAAATTAGCCGGTCTGGTTTGGTCGAAGGTTATGCTCAA
TGTGTTGGTGACTTGAGTCCTAGTGACTGTACGGCTTGTCTTGCGGAATCTGTTGGGAAG
TTAAAGAATCTTTGTGGCTCGGCGGTTGCAGC

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DS 

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CTTGGGAGACAAGACACGAGTCTTAGGTACAAGAAGTGTAGTTCCAAGAGCGTTGAGAAT
GACTATGACTTTTTAAAAAGGAGAGACGATGTGTTGTCGGATCTTGAGTCCACTCAGCTC
CGTTACAAAATTAGCCGGTCTGGTTTGGTCGAAGGTTATGCTCAATGTGTTGGTGACTTG
AGTCCTAGTGACTGTACGGCTTGTCTTGCGGAATCTGTTGGGAAGTTAAAGAATCTTTGT
GGCTCGGCGGTTGCAGCTGAGGTCTACTTGGCTCAGTGCTATGCTCATTATTGGGGTTCT
GGTTACTATGACTTCTCTTCAGATCCAACGAACGGAGATAACGTGGGGAAATCAATCGCG
ATCATCGTCGGAGTTATTGCTGGATTCGCAATTCTTGTTATCCTCCTCTCCCTCTGCAGA
AACAACATGCATTGATATAAAGAAGACACGATTCGAGATAAAAGATTCTAGTGGGACTTC
TTTTTTTTTTTTAATAAAAAAAATCTCTTATTCTGTAGGAACATATCCGTTACCTTGTTG
ATTATTTTTGGTTCATCAAAAGGAAGAAAAAAAATTCGAAGTGGCCAACAGTCTCTCATC
TAGCTATGATGTATAATTAACAATTTGATTAGTGGCCCGTATTGTCTGCCTCGAAAGATG
ATAACATTATTCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL4423Contig1 914 2 2 U
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CGATGGATGGAGTCGATTAGGGCTTTTTATAGAGGGATGGTGAGACCAAAGGCGACTTGG
TGGAGGCGAGAGTGGACGTTTAGGGTTCATCTTTGCCAGATCCAATTTCCCCCTTTTGAG
ATCCCCGACTAAAGCTTCTTGACGACGGCGCGTGACTAGACGTGACAGCTCCTTCGCCTA
GGATCCACATGTCCTTAGCGGCGGTGTGTCTGTAGGAGGAGGTATTAGACTGGCGCTGAA
AAGAGGATCGGTCTTCGATTCTCGAGATCGAAGCACGGCACTGACAACGGACTTACCCTC
CGAAGAAAAGGTCCCTGCCGGATTTTACGTGGTGGAGAAGTACTTACCGGTGCTGGATTG
AGCATGAGGTTGATCTTATATTTCTACCTCCACACTTTTTCAAACTACTATTTGGAGTCC
TAGTTTCTTTGGCCGATGTCAAGGCCCAACTTTTATTCCAGAAAGTCTTGTTTGGCTCAT
GGCTATGTGCCTTACGCGAGGTCATATTAGTCCACAAGCTAAAGGCACACTTTGTGGAAA
CTAATAGTGTTGAAGTAACTTTAGAAATGACTGAGTCTTCGCTGTTAACAGTTCAATACC
ATCTTCGGGTTTCAAGGTAATATTTGTCTTGATCCCTGCTTTCCAGTACGGAGCTGTTCT
GTTGTTTAGGTTTAGGAGCAGAGCAGTTAACACGGTAGGTAGGCATTTATTCAAAAAATG
TTCCAAAAAGTGGAAAGTATTTGTTCTGAATTTTATTCTTATTCTCGTCTCATGCGGTTA
AATTAGTAGGTTTAAGAATAGGTTTTTCTGAATTTTAGAAGAAGTTTGTATTTAACTATT
TATTGGGGTGAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW28TF U 1
AF RR1BW28JQ C 178
BS 1 655 RR1BW28TF
BS 656 914 RR1BW28JQ

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CGATGGATGGAGTCGATTAGGGCTTTTTATAGAGGGATGGTGAGACCAAAGGCGACTTGG
TGGAGGCGAGAGTGGACGTTTAGGGTTCATCTTTGCCAGATCCAATTTCCCCCTTTTGAG
ATCCCCGACTAAAGCTTCTTGACGACGGCGCGTGACTAGACGTGACAGCTCCTTCGCCTA
GGATCCACATGTCCTTAGCGGCGGTGTGTCTGTAGGAGGAGGTATTAGACTGGCGCTGAA
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CGAAGAAAAGGTCCCTGCCGGATTTTACGTGGTGGAGAAGTACTTACCGGTGCTGGATTG
AGCATGAGGTTGATCTTATATTTCTACCTCCACACTTTTTCAAACTACTATTTGGAGTCC
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GGCTATGTGCCTTACGCGAGGTCATATTAGTCCACAAGCTAAAGGCACACTTTGTGGAAA
CTAATAGTGTTGAAGTAACTTTAGAAATGACTGAGTCTTCGCTGTTAACAGTTCA
TACC

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DS 

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CTAGGATCCACATGTCCTTAGCGGCGGTGTGTCTGTAGGAGGAGGTATTAGACTGGCGCT
GAAAAGAGGATCGGTCTTCGATTCTCGAGATCGAAGCACGGCACTGACAACGGACTTACC
CTCCGAAGAAAAGGTCCCTGCCGGATTTTACGTGGTGGAGAAGTACTTACCGGTGCTGGA
TTGAGCATGAGGTTGATCTTATATTTCTACCTCCACACTTTTTCAAACTACTATTTGGAG
TCCTAGTTTCTTTGGCCGATGTCAAGGCCCAACTTTTATTCCAGAAAGTCTTGTTTGGCT
CATGGCTATGTGCCTTAGGCGAGGTCATATTAGTCCACAAGCTAAAGGCACACTTTGTGG
AAACTAATAGTGTTGAAGTAACTTTAGAAATGACTGAGTCTTCGCTGTTAACAGTTCAAT
ACCATCTTCGGGTTTCAAGGTAATATTTGTCTTGATCCCTGCTTTCCAGTACGGAGCTGT
TCTGTTGTTTAGGTTTAGGAGCAGAGCAGTTAACACGGTAGGTAGGCATTTATTCAAAAA
ATGTTCCAAAAAGTGGAAAGTATTTGTTCTGAATTTTATTCTTATTCTCGTCTCATGCGG
TTAAATTAGTAGGTTTAAGAATAGGTTTTTCTGAATTTTAGAAGAAGTTTGTATTTAACT
ATTTATTGGGGTGAAAT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL4424Contig1 825 2 2 U
GGATAAAAATCATCACTATTTATCTCAAAGGAAAAAAAATATCTATAACAATGAAATTTT
CATATTCTTTCCCTATTTTGGCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGA
ACCTTACTAATGAATATCTCAACCACAAATGTCTCTTTAATCAAGGGAAATATAATTCTG
GAAGTGAGTACGAGAAAAACCTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTG
AGAATGTCGGTTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCC
TTCTCCAATGCCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACAT
GCCTTGACACCGCAATTTTAGGGTTTCGTAAGAAATGTCCGAGTATCAAAGGAGGAATGA
TATGGGGATGCAAAACTATTTGCCAAGAGAGCATTGGATTTTTTCTCTGAGCTAACACTT
AAGGTCGAGAAAACCACCAGAGACGGCCTTCGCGTCATATTTTACGCCGCAGGAGAAGAA
AAGCTCGGGAAAAATACATTATATGCAATGGTGCAATGTATAGAATCAACAATAGATTGT
AAAACTTGTTTGACATGGAGTATCACAAACCTTTTCAAAAATGACGTTATTAAACAAGGA
GCGAGAGTTTTCGGTTCGAACTGTGATGTAAGGTATGAACTATACCCTTTTCTTAGATTT
GTTAAGCACTATTAAGGTCGTCTTGAATACATCCTCTTCATAATTTCTCATTATATTTTA
ATTATGTTGATTTTTCTTTTTGCTGAAATGTAATATCTATATATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DJ65TF U 1
AF RR1DJ65JQ C 212
BS 1 528 RR1DJ65TF
BS 529 825 RR1DJ65JQ

RD RR1DJ65TF 528 0 0
GGATAAAAATCATCACTATTTATCTCAAAGGAAAAAAAATATCTATAACAATGAAATTTT
CATATTCTTTCCCTATTTTGGCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGA
ACCTTACTAATGAATATCTCAACCACAAATGTCTCTTTAATCAAGGGAAATATAATTCTG
GAAGTGAGTACGAGAAAAACCTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTG
AGAATGTCGGTTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCC
TTCTCCAATGCCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACAT
GCCTTGACACCGCAATTTTAGGGTTTCGTAAGAAATGTCCGAGTATCAAAGGAGGAATGA
TATGGGGATGCAAAACTATTTGCCAAGAGAGCATTGGATTTTTTCTCTGAGCTAACACTT
AAGGTCGAGAAAACCACCAGAGACGGCCTTCGCGTCATATTTTACGCC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1DJ65JQ 614 0 0
CTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTGAGAATGTCGGTTTCTCACAAAGTGGTAATGG
AACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCCTTCTCCAATGCCGTGGTGACTCTTATGGGTC
TAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACATGCCTTGACACCGCAATTTTAGGGTTTCGTAA
GAAATGTCCGAGTATCAAAGGAGGAATGATATGGGGATGCAAAACTATTTGCCAAGAGAG
CATTGGATTTTTTCTCTGAGCTAACACTTAAGGTCGAGAAAACCACCAGAGACGGCCTTC
GCGTCATATTTTACGCCGCAGGAGAAGAAAAGCTCGGGAAAAATACATTATATGCAATGG
TGCAATGTATAGAATCAACAATAGATTGTAAAACTTGTTTGACATGGAGTATCACAAACC
TTTTCAAAAATGACGTTATTAAACAAGGAGCGAGAGTTTTCGGTTCGAACTGTGATGTAA
GGTATGAACTATACCCTTTTCTTAGATTTGTTAAGCACTATTAAGGTCGTCTTGAATACA
TCCTCTTCATAATTTCTCATTATATTTTAATTATGTTGATTTTTCTTTTTGCTGAAATGT
AATATCTATATATC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL4425Contig1 1218 2 4 U
GGGAGAGTGAAGACGAAGATAGAATGCAGACTCACCTTCTGGTGGGTCCCACCCCAATCA
AAAGCTGCCGTGGATTCTCATCCTCCATCTCCGGCGACCTCCTCCCTCCTTCGTTCAGTT
TGGTCGGTCGAGACATCAACCACCACCGCCGAAGGCAACGCGACGGCAGATCTCGGTACC
AGCGCAGCAGTCGTCGGAAGACTACTGTTATATCTGCGGCGTCTTCTTCTTCTTCTTGGT
CTTCGGCTTCTAACAGGGGCGAGCAGAACCATTACGTCGCTTTGGGAATCGCTCGCAACG
CCACGCAGGCTGGCGTCAAGAGAGCTTATCGCTTGCTCGCTCGAAAGTTTCATCCTGATG
TAAACAAGGATTGTAAAGCAGGAGAGCTATTCAAGAGCATTCGTTGTTCCTACGAGGTTC
TATCTAATGAAGCAACAAGGACTCAGTACGACCGATCACTTAAACATCAGGAAAACTCGA
GGTTCTCTAGAGTGAAAAGGCACTACTACAGCACCCCTGACTCTGAGGTTGAAGATGCCA
TGAAGTATTGCTACAACTGGTCCGAGAAAAAGACGCGGGTCCAGATACCGGAGAGCCTAC
GGACACTACTCCACATATCCAAACTCGCATTTCTACAGCGAGCCGCCACACGAAAAAGAA
GAAAAAGAAGAAGAGACGGCTCAAGAACAGAGAGACACTTTCTCCAAAGTTCTCAAAACC
GCTTTCCTCTCCATGTTTCTCCTATACACGCTCGGATACCTCGCATCCCTCACGTTCACC
ACGTTCGCGGCTTTGCTAGACAAGGAGCTAGACATGGGTTACAAATCCGGGTTTATGATA
GCTTGGATACTCGGAGGAAAAGGCGGTATCCTTCTCACGCTCTGCCTGACGTTTGCAAGC
TGGCTATGCGGGAAAGCGAGCAGCAGCGTGGTGGTTGTGACGGGAGTGGCGATGTGGGTT
GGATCGAATTTAGCAAGACATGCTCCTCTTCCGCAAGGAGCTCTCCTCACACTCCTCTAC
ATGTCAATCAAGCTTCAAGTCGACTCAAGTTGAATCTTTTTTAATCTGAGTTCACTTGCA
TCGGTTTAATCTCAAAGTTAGATTGTAAATAATTTAGACGCAATTGTATAACTTGTCTAT
TGCAATGTCTCTCCTATGATACTTATGATTTTGGGTGTCAAAGAAAACAGAGTAATAGTA
AAGAGAAGAGATTGCTCG


BQ
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AF RR1DG41TF U 1
AF RR1DG41JQ C 522
BS 1 570 RR1DG41TF
BS 571 571 RR1DG41JQ
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BS 652 1218 RR1DG41JQ

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AAAGCTGCCGTGGATTCTCATCCTCCATCTCCGGCGACCTCCTCCCTCCTTCGTTCAGTT
TGGTCGGTCGAGACATCAACCACCACCGCCGAAGGCAACGCGACGGCAGATCTCGGTACC
AGCGCAGCAGTCGTCGGAAGACTACTGTTATATCTGCGGCGTCTTCTTCTTCTTCTTGGT
CTTCGGCTTCTAACAGGGGCGAGCAGAACCATTACGTCGCTTTGGGAATCGCTCGCAACG
CCACGCAGGCTGGCGTCAAGAGAGCTTATCGCTTGCTCGCTCGAAAGTTTCATCCTGATG
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TATCTAATGAAGCAACAAGGACTCAGTACGACCGATCACTTAAACATCAGGAAAACTCGA
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TGAAGTATTGCTACAACTGGTCCGAGAAAA*GACGCGGGTCCAGATACCGGAGAGCCTAC
GGACACTACTCCACATATCCAAACTCGCATTTCTACAGCGAGCCGCCACAC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1DG41JQ 697 0 0
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GCCGCCACACGAAAAAGAAGAAAAAGAAGAAGAGACGGCTCAAGAACAGAGAGACACTTT
CTCCAAAGTTCTCAAAACCGCTTTCCTCTCCATGTTTCTCCTATACACGCTCGGATACCT
CGCATCCCTCACGTTCACCACGTTCGCGGCTTTGCTAGACAAGGAGCTAGACATGGGTTA
CAAATCCGGGTTTATGATAGCTTGGATACTCGGAGGAAAAGGCGGTATCCTTCTCACGCT
CTGCCTGACGTTTGCAAGCTGGCTATGCGGGAAAGCGAGCAGCAGCGTGGTGGTTGTGAC
GGGAGTGGCGATGTGGGTTGGATCGAATTTAGCAAGACATGCTCCTCTTCCGCAAGGAGC
TCTCCTCACACTCCTCTACATGTCAATCAAGCTTCAAGTCGACTCAAGTTGAATCTTTTT
TAATCTGAGTTCACTTGCATCGGTTTAATCTCAAAGTTAGATTGTAAATAATTTAGACGC
AATTGTATAACTTGTCTATTGCAATGTCTCTCCTATGATACTTATGATTTTGGGTGTCAA
AGAAAACAGAGTAATAGTAAAGAGAAGAGATTGCTCG

QA 1 697 1 697
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4427Contig1 1149 2 2 U
GACCAAACATTATCAGTAACCCACATGATAATCAGTATCAACAATCGTACACAAATTCTT
ATGGTGGAGAATATGTGCCCACAGCTTCACATCCACCCATGCAACAAGCAACCATGTTTA
TGCCTCACCAAGCTCAGCCAGCACCGCAACCATCATATCCTCCGTCACATGCAAGCAATG
CTCAACCATCCATGAGAACTACTTTTGTTCCTTCAACTCCCCCTGCACTGAAGAACGCAG
ACCAATATCAGCAGCCAACCATTGGTTCTCATTCATTCACCGGACCATCTAACAATGCAT
ACCCCGCTCCTCCTGGTCCTGGTTCATATGTATCTTCTGGCCCTTCACAAATTGGGCAAT
ATCCTAACCCCAGAATGCCCCAAGGAGTTGGTCCAGGAGCTGGACCCATAGGATTTACAC
CTATGTCAACTCCAGGGGTTGCTCCAAGATCTGTTATAGGTTCTGTGCAACCAGCAAGTC
CTCCAACACATCAGGCAGCTGCGCAGGCAGCCCCTGCTCCTGCAGCTCCTTCACCAACTG
TTCAGACTGCAGATACTTCCAACGTCCCAGCCCACCAGAAACCTGTGATAGCAACACTGA
CAAGGCTTTTCAATGAGACATCGGAAGCACTGGGAGGGGCACGTGCAAATCCTACCAAGA
AGCGCGAGATAGAAGACAACTCAAGAAAATTAGGTGCTCTGTTTGTGAGACTGAATAGCG
GAGACATTTCCAAGAATGCTGCCGATAAACTCGCACAGTTTTGCCATGCTCTGGACAATC
ATGACCTCGGTGCAGCCCTTCAGATACAGGTACTTTTGACGACCAGCGAATGGGATGAAT
GCAACTTCTGGCTTTCCACATTGAAGCGGATGATCAAAAGCAGGCAAAATGTGCGGTGAT
TGGTTTTTTTTTTTTTTTTGGTCTTCATTTCTGGGGGTCGGTAAAATTATAAATCCACAG
GAGAGACGTGTGTATCAAACTCCTTTGGCTTTCTTACTTCTCTCTTAGAACGCCGCTGTT
GCTGCTTTCCAGTCTTTTTTTTCTCTCTTTTATATATACGTTTATGAACTCAATTACCCA
AATTTGTTTGAGATAAGATAGAATCAGATTGCTTCATGTTCTGGATGTTACTTTTCCGGA
CGAGTTTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV91TF U 1
AF RR1CV91JQ C 425
BS 1 688 RR1CV91TF
BS 689 1149 RR1CV91JQ

RD RR1CV91TF 688 0 0
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CTCAACCATCCATGAGAACTACTTTTGTTCCTTCAACTCCCCCTGCACTGAAGAACGCAG
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CTATGTCAACTCCAGGGGTTGCTCCAAGATCTGTTATAGGTTCTGTGCAACCAGCAAGTC
CTCCAACACATCAGGCAGCTGCGCAGGCAGCCCCTGCTCCTGCAGCTCCTTCACCAACTG
TTCAGACTGCAGATACTTCCAACGTCCCAGCCCACCAGAAACCTGTGATAGCAACACTGA
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AGCGCGAGATAGAAGACAACTCAAGAAA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1CV91JQ 725 0 0
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GACTGCAGATACTTCCAACGTCCCAGCCCACCAGAAACCTGTGATAGCAACACTGACAAG
GCTTTTCAATGAGACATCGGAAGCACTGGGAGGGGCACGTGCAAATCCTACCAAGAAGCG
CGAGATAGAAGACAACTCAAGAAAATTAGGTGCTCTGTTTGTGAGACTGAATAGCGGAGA
CATTTCCAAGAATGCTGCCGATAAACTCGCACAGTTTTGCCATGCTCTGGACAATCATGA
CCTCGGTGCAGCCCTTCAGATACAGGTACTTTTGACGACCAGCGAATGGGATGAATGCAA
CTTCTGGCTTTCCACATTGAAGCGGATGATCAAAAGCAGGCAAAATGTGCGGTGATTGGT
TTTTTTTTTTTTTTTGGTCTTCATTTCTGGGGGTCGGTAAAATTATAAATCCACAGGAGA
GACGTGTGTATCAAACTCCTTTGGCTTTCTTACTTCTCTCTTAGAACGCCGCTGTTGCTG
CTTTCCAGTCTTTTTTTTCTCTCTTTTATATATACGTTTATGAACTCAATTACCCAAATT
TGTTTGAGATAAGATAGAATCAGATTGCTTCATGTTCTGGATGTTACTTTTCCGGACGAG
TTTGT

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL4428Contig1 1115 2 2 U
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TTACAAGTTACCAAAACCCTGAAGGTCAAACATTGCTCAGGGTTACAACAATAACCAGAC
AGTGGGTAGATACTGCTTTGAGCACAGAGGAACTTGTGCAAGGCTTTGATCAAGAAACTG
CTGCTGTTGTCATGGCAAGATTAGCTTCCTTTAAAATGGAAACAGAGGAAGGATTTGATG
CTGCTCGATGGCTAGATCGGACTCTCATTCGTCTGTGTTCAAAATTCGGTGACTATAGAA
AGGATGACCCAACATCGTTTACGCTGAATCCATATTTTTCGTTGTTCCCTCAATTCATGT
TTAACCTGCGGAGGTCGCAGTTTGTCCAGGTCTTTAACAATAGTCCAGATGAAACTGCAT
ACTTCCGCATGTTGCTAAACAGGGAGAATATTTCGAATGCAACGGTCATGATCCAACCAT
CGCTGACATCATATACATTCAGTTCACCACCTCAGCCAGCTTTGCTGGATGTGGCTTCTA
TTGCAGCCGACAGAATTCTTCTGTTAGATGCATATTTTAGTGTTGTTGTCTTCCATGGAA
TGACTATAGCACAGTGGCGAAACATGGGTTATCATGAGCAGCCTGAGCATGAGGCCTTTG
CTCAGCTATTGCAAGCTCCCCAAGAGGATTCCCAGATGATAGTGCGGGAGCGTTTCCCTG
TCCCGAGATTAGTTGTGTGTGATCAACATGGATCTCAGGCAAGGTTTTTATTGGCAAAGC
TGAATCCATCAGCGACTTATAACAGTGCAAACGAGATGTCAGCTGGGTTTGATGTAATCT
TCACTGACGACGTGAGCCTGCAAGTCTTTTTTGAGCATCTCCAGAAACTGGCCGTGCAAT
CCTGAGTCACAGTCAGTCCCGGTTTTCGTTTAAATTATACATGTCTTCCTTACTATCCGC
TTGTACCAATTTAGATCTCTTTTGTTTTTTTTTTCTGTTCTTATATCAACTCGTTTGATT
TTCTGTCATCTTGGTCTCATCTAAAATACATCTTTGGAACACATAGTTATTTGCATTGGG
ATTTGTCTGGAGTAAAAAGAATGACTGTTTACTGT


BQ
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ACTTCCGCATGTTGCTAAACAGGGAGAATATTTCGAATGCAACGGTCATGATCCAACCAT
CGCTGACATCATATACATTCAGTTCACCACCTCAGCCAGCTTTGCTGGATGTGGCTTCTA
TTGCAGCCGACAGAATTCTTCTGTTAGATGCATATTTTAGTGTTGTTGTCTTCCATGGAA
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TATACATGTCTTCCTTACTATCCGCTTGTACCAATTTAGATCTCTTTTGTTTTTTTTTTC
TGTTCTTATATCAACTCGTTTGATTTTCTGTCATCTTGGTCTCATCTAAAATACATCTTT
GGAACACATAGTTATTTGCATTGGGATTTGTCTGGAGTAAAAAGAATGACTGTTTACTGT

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL4429Contig1 1556 2 2 U
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AGTTGGACAACCGCCCGACTACCATCAAAGTTGTTCCTCCTTTGCCAACCGGGTTAGCTG
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AAGAGGATGCATCGACTGATGGTGGCAAGGATCAGGGAAACAGATAAAGAAAACCGTAAC
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AAATGCTGGCAAGAAAACACGTTGCAGCTCAAGTGGGTAACACGTCAAAGCAACAGAGAG
AATAATAGCAGCAGCAACAACAACAATCATCTCTCTGTTACTGCTGACCACCTTAGCAGC
AAAAACAAGTTCACTGCTTCCGTCTCTAATGACCCAAAACCAAAAGATGAAGAAGTCAAA
GCCTCGTTTACAGAAGAACCAGGGAACACAAATGTTTCTGGAGACGACAAGACGTTGGAT
GAACGGGAGACCAAAGAAAGCGATAACGGCAACAATAAAAGTAACAGCGAAGGAGATTCT
GAAGCGGTTGGAGTGTCTGAAAAAGATGAAGAACAGATAAATGGTTAAGTTGGGTGAAGA
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GGCATTAGTGATCTTTTCTCCGTTTTAGGCTTTTTAGCCAATCCGTGAGGCGTTAATATT
TGTTGGTAGCAAAATATATCTAAGTTTTTTCCCCTTTTTTGGATAGTAGAATGTGAAAAA
GAGAGAAAAGAGAAGACAAGAAACAAGTGTATTGTTACATTTGGCCTTCCAAGAACAATG
GTTGGGTCTTTGGTTTTCAGTTATTAGTTTCTATAACAATTTCAAGTTACTGTTGT


BQ
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AF RR1AJ33TF U 1
AF RR1AJ33JQ C 680
BS 1 801 RR1AJ33TF
BS 802 1556 RR1AJ33JQ

RD RR1AJ33TF 801 0 0
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GGCTGCTTCCGGAGGGCAGAACCAACTTCCCATTGCTGCAGCATCGAAAAACAACCATGT
AACTAACACTGCAAAGGGTCCTGCCTTCCGCGCCGGTGGAGCTCCATCATCATCTGAACA
GCCTAAGCCTGTGGGGGTCACAAGTGGTCCCAAGGTTACGCCGCTTCAGCAGAAAAAAAC
AGACGATCTTGAGCGGTTGAAGGAGACACTTCGGAAAAAACAGGAAATGCTGGAGCAAAA
GCGTGAGGAGTTCCGCAAAAAGTTGGAGAAGCTTGAAAAAGGTACGGTTGTCAAGGGCGA
GGAAGCAGATGAGCCAGATGCTAAGCGCGTTAAAGTAGACACAGCCTCTAACTCCGGTGC
TGCAACCTCGTCACCAAAAACAGAGTCATCCACAGATAAGAAGAAAGTGCCTATCCAGAA
ACCACTTTATTCTGCTAAAATAAGCACTGAAACGCCATCTCCCGATCCCAAAAAAACACT
TAAAGCAAAGACCGTATCCGTTCACCACAAGTTTGAACACTCCTATGGTAAATAGGTATA
AGTTGGACAACCGCCCGACTACCATCAAAGTTGTTCCTCCTTTGCCAACCGGGTTAGCTG
ATGTTACTGTCCTAAAGGAACATTTTTCTTCTTATGGCGAAGTCTCAAAAGTGGAACTCG
AAGAGGATGCATCGACTGATG

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1AJ33JQ 877 0 0
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ACATTTTTCTTCTTATGGCGAAGTCTCAAAAGTGGAACTCGAAGAGGATGCATCGACTGA
TGGTGGCAAGGATCAGGGAAACAGATAAAGAAAACCGTAACCGTGCAGCTTGTATCACAT
TTGTGAAACGCAGTGCAGCCGAGAAAGCGTTTGCTAATGCAAAATGCTGGCAAGAAAACA
CGTTGCAGCTCAAGTGGGTAACACGTCAAAGCAACAGAGAGAATAATAGCAGCAGCAACA
ACAACAATCATCTCTCTGTTACTGCTGACCACCTTAGCAGCAAAAACAAGTTCACTGCTT
CCGTCTCTAATGACCCAAAACCAAAAGATGAAGAAGTCAAAGCCTCGTTTACAGAAGAAC
CAGGGAACACAAATGTTTCTGGAGACGACAAGACGTTGGATGAACGGGAGACCAAAGAAA
GCGATAACGGCAACAATAAAAGTAACAGCGAAGGAGATTCTGAAGCGGTTGGAGTGTCTG
AAAAAGATGAAGAACAGATAAATGGTTAAGTTGGGTGAAGAAGATTCAAGTCAGTGAGGT
AAATCTTGTCTGAGAAACATAAATCATTATTTGTTGAACCTGGCATTAGTGATCTTTTCT
CCGTTTTAGGCTTTTTAGCCAATCCGTGAGGCGTTAATATTTGTTGGTAGCAAAATATAT
CTAAGTTTTTTCCCCTTTTTTGGATAGTAGAATGTGAAAAAGAGAGAAAAGAGAAGACAA
GAAACAAGTGTATTGTTACATTTGGCCTTCCAAGAACAATGGTTGGGTCTTTGGTTTTCA
GTTATTAGTTTCTATAACAATTTCAAGTTACTGTTGT

QA 1 877 1 877
DS 



AS 1 2

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GGGCCGCGCCGCTACCTCTCGTCGTGCTTTTCGTCTCTGCTCTAAACGTTTTGAACGTTG
ACAAATGGAGCTAGCGGATCGAGCAGTCGGGCTTCTATTATCTTCGATCAGCTTATCCAT
ATTCACCTACTATACTTTCTGGGTCATCATCCTGCCATTTGTAGATAGTGATCACTTCAT
CCACAAGTACTTCTTGCCTCAAGACTATGCGATTCTCGTACCTGTCTTCGCTGGCGTAAC
TCTCCTCTCTCTTCTTTGCGTATTCATTGGCATGGTCATGCTCAAATCCAAAAAGAAGAA
GGCTTGATTTGGTTTTTCATTTCTTCAGCTGTTGTGCACACTTTGTTTTGGACTTTTTGG
TCTTCTGAGAGGTTTAGGCCTGCCTGAACTTTAATTGGTGTAGTTGAACCGTACGAGACT
ACTGTCTTAAAGTTGAATACGTAAGGACATGTTATTAACTAAATAAAATGTTTTGTTTGG
GGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 

AF RR1AT11JQ C 1
AF RR1AT11TF U 1
BS 1 482 RR1AT11TF
BS 483 483 RR1AT11JQ

RD RR1AT11JQ 483 0 0
GGGCCGCGCCGCTACCTCTCGTCGTGCTTTTCGTCTCTGCTCTAAACGTTTTGAACGTTG
ACAAATGGAGCTAGCGGATCGAGCAGTCGGGCTTCTATTATCTTCGATCAGCTTATCCAT
ATTCACCTACTATACTTTTTGGGTCATCATCCTGCCATTTGTAGATAGTGATCACTTCAT
CCACAAGTACTTCTTGCCTCAAGACTATGCGATTCTCGTACCTGTCTTCGCTGGCGTAAC
TCTCCTCTCTCTTCTTTGCGTATTCATTGGCATGGTCATGCTCAAATCCAAAAAGAAGAA
GGCTTGATTTGGTTTTTCATTTCTTCAGCTGTTGTGCACACTTTGTTTTGGACTTTTTGG
TCTTTTGAGAGGTTTAGGCCTGCCTGAACTTTAATTGGTGTAGTTGAACCGTACGAGACT
ACTGTCTTAAAGTTGAATACGTAAGGACATGTTATTAACTAAATAAAATGTTTTGTTTGG
GGG

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR1AT11TF 482 0 0
GGGCCGCGCCGCTACCTCTCGTCGTGCTTTTCGTCTCTGCTCTAAACGTTTTGAACGTTG
ACAAATGGAGCTAGCGGATCGAGCAGTCGGGCTTCTATTATCTTCGATCAGCTTATCCAT
ATTCACCTACTATACTTTCTGGGTCATCATCCTGCCATTTGTAGATAGTGATCACTTCAT
CCACAAGTACTTCTTGCCTCAAGACTATGCGATTCTCGTACCTGTCTTCGCTGGCGTAAC
TCTCCTCTCTCTTCTTTGCGTATTCATTGGCATGGTCATGCTCAAATCCAAAAAGAAGAA
GGCTTGATTTGGTTTTTCATTTCTTCAGCTGTTGTGCACACTTTGTTTTGGACTTTTTGG
TCTTCTGAGAGGTTTAGGCCTGCCTGAACTTTAATTGGTGTAGTTGAACCGTACGAGACT
ACTGTCTTAAAGTTGAATACGTAAGGACATGTTATTAACTAAATAAAATGTTTTGTTTGG
GG

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 2

CO CL4431Contig1 819 2 2 U
TTAGTGGACACGTGCTTGCTCCGTCTTCCTCCTCTCCGAGTTCTTCTTCCTCGTTCGAAA
CGGAGATGGCGTTTCGACCTTCTCGGCTTCTGCAAACATCATCCATGGCTGCTGCTCCTC
ACACATTCCTCTCCTTCTCATCGCCTCCGCGCCTCCTCGCTTCTCCTTCATCCACTCTCC
CCCGTTCCTCATTCGGCGGCATCTCCCTCAACCTCCACCATCGCCAATCTGTGAAAACCA
ATAACCCAGTCAAGAATATTCACAACATGGTGATGTCACTGAACTTCTCTGCTATCGAAG
TGAAGACAATCAATTCAGTTGAGTCTTGGGAAGATGGTGTCCTCGTGGCTGTTTCAGGAT
CTGTGAAAACAAAGGAGTTCAGCAACATGTGTGGTTAAGAGCTTGGAGAGACGTTACTGG
ATCTGTCACGTGCCTGGGGAGAACTCGCAGATTGCTAAAGCGATGATTACAACTGAAGAG
GTCTTATCTGAAAATACATCACCAGCCTCAGTCGGTAATGAATCCAAGTCAAATACGAGG
ATGTTTAAGGTAATGCTTGATAACTAATATGATTTCTCCTCTACGTTCACTGGAGCTACT
TTTTACAGATGACTTTTTTTTTTTTTTGTTTGAAACCTCATATTGCTTGCTACTGAGTTT
GATAGTATCCATTGGTCTGATCAGAATATACACTTGTTAGAATTTGCGAATAGGTGATAG
ATGTTATTACCTTTGAAACGAGAAATCATGCTCCTCCCTGATTCTTATATACTCAACTAA
ACTCTTGTAAGGTTGATGTTAGTGTTGGATTTGGGATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D828TF U 1
AF RR1D828JQ C 291
BS 1 620 RR1D828TF
BS 621 819 RR1D828JQ

RD RR1D828TF 620 0 0
TTAGTGGACACGTGCTTGCTCCGTCTTCCTCCTCTCCGAGTTCTTCTTCCTCGTTCGAAA
CGGAGATGGCGTTTCGACCTTCTCGGCTTCTGCAAACATCATCCATGGCTGCTGCTCCTC
ACACATTCCTCTCCTTCTCATCGCCTCCGCGCCTCCTCGCTTCTCCTTCATCCACTCTCC
CCCGTTCCTCATTCGGCGGCATCTCCCTCAACCTCCACCATCGCCAATCTGTGAAAACCA
ATAACCCAGTCAAGAATATTCACAACATGGTGATGTCACTGAACTTCTCTGCTATCGAAG
TGAAGACAATCAATTCAGTTGAGTCTTGGGAAGATGGTGTCCTCGTGGCTGTTTCAGGAT
CTGTGAAAACAAAGGAGTTCAGCAACATGTGTGGTTAAGAGCTTGGAGAGACGTTACTGG
ATCTGTCACGTGCCTGGGGAGAACTCGCAGATTGCTAAAGCGATGATTACAACTGAAGAG
GTCTTATCTGAAAATACATCACCAGCCTCAGTCGGTAATGAATCCAAGTCAAATACGAGG
ATGTTTAAGGTAATGCTTGATAACTAATATGATTTCTCCTCTACGTTCACTGGAGCTACT
TTTTACAGATGACTTTTTTT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1D828JQ 529 0 0
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GTTTCAGGATCTGTGAAAACAAAGGAGTTCAGCAACATGTGTGGTTAAGAGCTTGGAGAG
ACGTTACTGGATCTGTCACGTGCCTGGGGAGAACTCGCAGATTGCTAAAGCGATGATTAC
AACTGAAGAGGTTTTATTTGAAAATACATCACCAGCCTCAGTCGGTAATGAATCCAAGTC
AAATACGAGGATGTTTAAGGTAATGCTTGATAACTAATATGATTTTTCCTCTACGTTCAC
TGGAGCTACTTTTTACAGATGACTTTTTTTTTTTTTTGTTTGAAACCTCATATTGCTTGC
TACTGAGTTTGATAGTATCCATTGGTCTGATCAGAATATACACTTGTTAGAATTTGCGAA
TAGGTGATAGATGTTATTACCTTTGAAACGAGAAATCATGCTCCTCCCTGATTCTTATAT
ACTCAACTAAACTCTTGTAAGGTTGATGTTAGTGTTGGATTTGGGATGT

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

CO CL4432Contig1 563 2 2 U
CTTCCCAGTGTAAATGGATCATCGAGCAGGAAAGAAGATGATTTGCTAGGAGTGACTGAT
GAATTAATCGATCACGTCAGGTCCTTCACCATTGACACGTTTAAGAACTTCTCTCTCTAC
GACGAAGAAGCGTGTGTATATCCTTTGGCAGAAGTGAAGAAGGATTTGTCTGATTGGCAG
CAGAGACACGCGGTTCTTGTACTATCCAAATCCAAGGAACTCTCACACCTGAGATTTAAG
TTATGCCCACGTCTCTTAAAGGAAGATCAGTTTTGGAAGATATACTTCAAACTTGTCAGG
AACCTTGTTGCCAAATATGAGGTGCTAGCAATCCAACAGGCTTTAGTCAGGACGATAGCC
ATGGAAGCTTCTGAAACCAAGGGTGTTAATGAAGTTGAAATGTCAGAAACCAGGCCACAA
GCTTGAGTAGTACTCGACCTGCAACTCCATGAAATCTTAGTAGCTTAGGACATGTATTGT
AACTTTTTCAGACTAGTAAACTATTGTTGTAATCTAACTAACTATGGCTGCAATTATCTT
TAAAACATTTAGATTTTTCTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DJ60TF U 1
AF RR1DJ60JQ C 62
BS 1 123 RR1DJ60TF
BS 124 563 RR1DJ60JQ

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GAC

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DS 

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TATGCCCACGTCTCTTAAAGGAAGATCAGTTTTGGAAGATATACTTCAAACTTGTCAGGA
ACCTTGTTGCCAAATATGAGGTGCTAGCAATCCAACAGGCTTTAGTCAGGACGATAGCCA
TGGAAGCTTCTGAAACCAAGGGTGTTAATGAAGTTGAAATGTCAGAAACCAGGCCACAAG
CTTGAGTAGTACTCGACCTGCAACTCCATGAAATCTTAGTAGCTTAGGACATGTATTGTA
ACTTTTTCAGACTAGTAAACTATTGTTGTAATCTAACTAACTATGGCTGCAATTATCTTT
AAAACATTTAGATTTTTCTTAT

QA 1 502 1 502
DS 



AS 1 2

CO CL4433Contig1 1284 2 2 U
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ATGGGTTTCTTAACATTGATGTGATAATGGGAGCAGCTGAAGTAAGAGCACTCTGGCAAA
GAAGAGCAAGCCGTTGCTTTCTTGTTCATGAGGATGCTACAATGCCTCCTCCGAGGTTAG
CTTGTTGCCACCATCAACAACAACAACATTCTTCTTCTTCCTCTTCAGGCAAAAACAGCT
TTTCTTCTGCAAGTTTTGGAGATTCCTTTGATTTCTCTTCTGATACCAAATGGTGGCTTA
AAGGATCATCTGGTTTTGATGAGGAGATTGCAAACTCTTTCCTCCAAGATTCCAAATTCC
ATGAATTCGTCGACTTGACCGGGATAAGTAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGACTATAGCT
TTGTTAGCAAGAAAGATACAGCTACAACTCCATGGTGGAGAAGCACAACGGATCAAGATG
AATTAGCTCTCTTGGTGTCCACTAGATCAGTTGATCATCATATTCAAAACTGTGATCTTC
CTCCGCCCCAGAAGCTCCACAAGAGCATTCACTGCACTACTACTAGTAGCGAAAAAGGGT
TTCAGACAGCAGTTATTAAATCACCATGGAACAAAGGTGCTTGGAGCGATCGGTTTGAGA
GATCTTCGAGTTACAGCAGCAGTAATAGCAGAGATAGCAAGAACGCCAGCCCAAAGTCTT
CTCCTAAGAGCGATGATCTAAGCAAAGCTCAGCTTTTAGAAGCACTGAGACATTCTCAAA
CCAGAGCAAGAGAAGCAGAGCAAGCGGCTAAAGAAGCTTGCGCCGAGAAAGACCGTTTGA
TAACTATCTTGATGAGGCAAGCGAGTCAGATTTTAGCTTACAAGCAATGGATAAAGCTTC
TTGAAATGGAATCTCTTTATCTGCAGATGAAGAGGGAAGAAGAACAAGGGCAGGTCGAAG
GAATGAATCTCAAGAAGAGGAAGCAAAGAGGAGAGAAGAAGAATAAGAAGTTGGGTGAGA
TTGGGAGATATATGATGGCTTTTGCGTTGGGGTTTAGTCTCATTGGTGCTGGTCTGCTCT
TAGGTTGGACTGTTGGATGGTTGTTTCCCTTCTAGAGTCTTGAAAAAAACACGTCTTTTG
TTTGATCACTCACTGATCTTTGCAGGAAGTTAGGGTTTTAACTTTCACTTTTCCTCTAAA
ATTGTGTGCATGTGTGTTGTCTTCATGTATATATATGTGTGTGATATTCCCTTCCTATAT
TTAAGTTTAATATTAGTTTAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EV81TF U 1
AF RR1EV81JQ C 487
BS 1 724 RR1EV81TF
BS 725 1284 RR1EV81JQ

RD RR1EV81TF 724 0 0
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ATGGGTTTCTTAACATTGATGTGATAATGGGAGCAGCTGAAGTAAGAGCACTCTGGCAAA
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CTTGTTGCCACCATCAACAACAACAACATTCTTCTTCTTCCTCTTCAGGCAAAAACAGCT
TTTCTTCTGCAAGTTTTGGAGATTCCTTTGATTTCTCTTCTGATACCAAATGGTGGCTTA
AAGGATCATCTGGTTTTGATGAGGAGATTGCAAACTCTTTCCTCCAAGATTCCAAATTCC
ATGAATTCGTCGACTTGACCGGGATAAGTAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGACTATAGCT
TTGTTAGCAAGAAAGATACAGCTACAACTCCATGGTGGAGAAGCACAACGGATCAAGATG
AATTAGCTCTCTTGGTGTCCACTAGATCAGTTGATCATCATATTCAAAACTGTGATCTTC
CTCCGCCCCAGAAGCTCCACAAGAGCATTCACTGCACTACTACTAGTAGCGAAAAAGGGT
TTCAGACAGCAGTTATTAAATCACCATGGAACAAAGGTGCTTGGAGCGATCGGTTTGAGA
GATCTTCGAGTTACAGCAGCAGTAATAGCAGAGATAGCAAGAACGCCAGCCCAAAGTCTT
CTCC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1EV81JQ 798 0 0
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CCCAGAAGCTCCACAAGAGCATTCACTGCACTACTACTAGTAGCGAAAAAGGGTTTCAGA
CAGCAGTTATTAAATCACCATGGAACAAAGGTGCTTGGAGCGATCGGTTTGAGAGATCTT
CGAGTTACAGCAGCAGTAATAGCAGAGATAGCAAGAACGCCAGCCCAAAGTCTTCTCCTA
AGAGCGATGATCTAAGCAAAGCTCAGCTTTTAGAAGCACTGAGACATTCTCAAACCAGAG
CAAGAGAAGCAGAGCAAGCGGCTAAAGAAGCTTGCGCCGAGAAAGACCGTTTGATAACTA
TCTTGATGAGGCAAGCGAGTCAGATTTTAGCTTACAAGCAATGGATAAAGCTTCTTGAAA
TGGAATCTCTTTATCTGCAGATGAAGAGGGAAGAAGAACAAGGGCAGGTCGAAGGAATGA
ATCTCAAGAAGAGGAAGCAAAGAGGAGAGAAGAAGAATAAGAAGTTGGGTGAGATTGGGA
GATATATGATGGCTTTTGCGTTGGGGTTTAGTCTCATTGGTGCTGGTCTGCTCTTAGGTT
GGACTGTTGGATGGTTGTTTCCCTTCTAGAGTCTTGAAAAAAACACGTCTTTTGTTTGAT
CACTCACTGATCTTTGCAGGAAGTTAGGGTTTTAACTTTCACTTTTCCTCTAAAATTGTG
TGCATGTGTGTTGTCTTCATGTATATATATGTGTGTGATATTCCCTTCCTATATTTAAGT
TTAATATTAGTTTAGACC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

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GGATTATCATATATAGACAAAAAAGAGAGAGAAAGAAAGACTTACGCTCCTGGTTTTCTC
CGATTGATTTGCGGTGGTTCCGGCGGTGGCGTGTCTTCACCGTTGCCGTCGGAACAGTCT
GTCTAGTTTTAATCATTTGTTGTTGTTTCTTTTGGTTTACTCAACCCTTCTCTTTCCTTT
TGTGCGACCCTCTGTAGTTTTTGATAGCTTGGTTTTGCTATTGTTTGCTACTGTTAAGGA
GCTCTGATGAAAGATCTGTGATTTTATCTCGGGCTTATTATCAAATTCCTGGTTAGATCT
GGGTTTCGTGGTGTTGCAGGTTTGGTTGGTTTTCAGATCTGCTTTTCTCGTGCTCAGATC
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CTTTAGTGTCTCCGCAAGGATAACTCTCAAGCTCCGTTTCCGTTGTCCTCCATGGTGTGG
ACTTCCGGCCGAGGGTTTTAATCCGGATAATCTCTCTTGGTTTCTGAGCTTGTCTTAGTT
GGTGCTTGATTCAGCAACGGTGTAGCATTTCGTGGTGATGTGTGGTGAGCATATGAGGGT
TTTGGTTCTTGAGAAGTAGGTGGTTTCAGATCACTTATTCGTCTCTCAGGTTTGTTGGAG
GCCTTCTCCTGCCTAATGTTTTAGTGTTTATCCTGGTCTTCCTTTGGTCTCTGTTTTCCT
CGTGGCTTCGTCTGGTTGAGGCAATATAAAGAGGTTGAGGCGTGGAGGCTTATGGTTTTA
AGGTGCGGTTGAGTATGGTGCTCTCGCGGATGTTGTTACATCCTGGTTTATGTGTTGAGT
TCGTGGCAGTAGTTTGGTGGGTTTCATCGTGAACAGGTGGTTCAGATGAGGTTTATGCTC
TTCATGAAATAGTCATCCGTGGTGCTTGATCTCTTGCGCAGTTCGTTGCAAGATAACCGG
CTAGTTGTAGCGTCCTAAATCATTTTTCTTTTATCTCTGGTTGATTGTTTCTGGATTTCT
TAAAGGGAGAATAGGGGTTTAGTTTAATTTCTGGAGGTTTGTTTGTAGCCCGTGTGTTTG
GGTTCTAGATTCCCGATTTTGGGCTTAGTTTCCGGGGATATCTTTGTATTCCGCCGGCTT
TAGTATCTCAACCTTGTATCTTTCTTATGTTATTAATAAAATCAGATGGGG


BQ
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AF RR1G573TF U 1
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CTTTAGTGTCTCCGCAAGGATAACTCTCAAGCTCCGTTTCCGTTGTCCTCCATGGTGTGG
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GGTGCTTGATTCAGCAACGGTGTAGCATTTCGTGGTGATGTGTGGTGAGCATATGAGGGT
TTTGGTTCTTGAGAAGTAGGTGGTTTCAGATCACTTATTCGTCTCTCAG
TTTGTT

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DS 

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GGTTTCTGAGCTTGTCTTAGTTGGTGCTTGATTCAGCAACGGTGTAGCATTTCGTGGTGA
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TCGTCTCTCAGGTTTGTTGGAGGCCTTCTCCTGCCTAATGTTTTAGTGTTTATCCTGGTC
TTCCTTTGGTCTCTGTTTTCCTCGTGGCTTCGTCTGGTTGAGGCAATATAAAGAGGTTGA
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CATCCTGGTTTATGTGTTGAGTTCGTGGCAGTAGTTTGGTGGGTTTCATCGTGAACAGGT
GGTTCAGATGAGGTTTATGCTCTTCATGAAATAGTCATCCGTGGTGCTTGATCTCTTGCG
CAGTTCGTTGCAAGATAACCGGCTAGTTGTAGCGTCCTAAATCATTTTTCTTTTATCTCT
GGTTGATTGTTTCTGGATTTCTTAAAGGGAGAATAGGGGTTTAGTTTAATTTCTGGAGGT
TTGTTTGTAGCCCGTGTGTTTGGGTTCTAGATTCCCGATTTTGGGCTTAGTTTCCGGGGA
TATCTTTGTATTCCGCCGGCTTTAGTATCTCAACCTTGTATCTTTCTTATGTTATTAATA
AAATCAGATGGGG

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

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GAGGTCTCGGATCCATCATGATCTTACTAGTTCTCGGCGTTGTCGGTGTTACCTATTACG
CCGTCGTTTTGTCTAATTATGGACCTGCTCTGTCTCAAGGAGGCGTTGATTCCTTTGTCG
CTCTTACCATCATTGTCCTCTTCCATGTTCTCCTGGCGATGCTTTTGTGGAGCTACTTCT
CTGTTGTATTCACTGATCCTGGTTCTGTGCCACCTAATTGGAGACCAGCTGCTGATGAAG
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CAAACCCTAGAGTTAGGTTTTGTAGGAAGTGCAATCAACCAAAACCTCCACGCTGCCATC
ATTGTTCTGTTTGTGGTAGGTGTGTGTTGAAGATGGATCACCATTGCGTTTGGGTCGTTA
ACTGTGTTGGAGCATTGAATTATAAGTACTTCCTTCCTTTCTTGTTCTACACGTTTCTAG
AGACGACTCTTGTGACTTTGGTTCTCATGCCGCACTTCATAGCCTTCTTTAGTGATGAAG
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CATTTGCTTTGAGTGTGATGGGTTTCTTGATCATGCACATTTCTTTGGTTGCTGGCAATA
CCACAACCATAGAGGCATATGAGAAGAAAACAAGTGCAAGATGGCGGTATGACCTCGGCA
GAAAGAAAAACTTTGAACAGGTATTTGGAATGGATAAGAGATACTGGTTCATCCCAGGAT
ACACAGAAGAAGATCTAAGGAGAATGCCAGAGCTGTATGGACTTGAATACCCTTCCAAGC
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ACGTAGAAGACAGAGAGACCTCTACTAACTTGAAGAATGATGCTTTCACTTGCCGGCAGT
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GATTACAACTTAGCTTTGTTTGTTTACACATATGTTCAATCTTATTCAATAGTTGATAAC
TTCATA


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1A054TF U 1
AF RR1A054JQ C 411
BS 1 705 RR1A054TF
BS 706 706 RR1A054JQ
BS 707 717 RR1A054TF
BS 718 718 RR1A054JQ
BS 719 725 RR1A054TF
BS 726 726 RR1A054JQ
BS 727 743 RR1A054TF
BS 744 1146 RR1A054JQ

RD RR1A054TF 743 0 0
CTATGCATAGATCTGGTACTGCAATGGCGTGGAATGTGTTCAAGTTCTGTACAGCCTTAC
GAGGTCTCGGATCCATCATGATCTTACTAGTTCTCGGCGTTGTCGGTGTTACCTATTACG
CCGTCGTTTTGTCTAATTATGGACCTGCTCTGTCTCAAGGAGGCGTTGATTCCTTTGTCG
CTCTTACCATCATTGTCCTCTTCCATGTTCTCCTGGCGATGCTTTTGTGGAGCTACTTCT
CTGTTGTATTCACTGATCCTGGTTCTGTGCCACCTAATTGGAGACCAGCTGCTGATGAAG
AGAGAGGTGAATCTGATCCGTTAACTAGTCTTGAGTTCGTCGGGTTACAGACAGATTCTT
CAAACCCTAGAGTTAGGTTTTGTAGGAAGTGCAATCAACCAAAACCTCCACGCTGCCATC
ATTGTTCTGTTTGTGGTAGGTGTGTGTTGAAGATGGATCACCATTGCGTTTGGGTCGTTA
ACTGTGTTGGAGCATTGAATTATAAGTACTTCCTTCCTTTCTTGTTCTACACGTTTCTAG
AGACGACTCTTGTGACTTTGGTTCTCATGCCGCACTTCATAGCCTTCTTTAGTGATGAAG
AGATACCTGGAACGCCTGGCACTCTTGCTACTACTTTTCTTGCATTTATTTTGAACTTGG
CATTTGCTTTGAGTGTGATGGGTTTCTTGATCATGCACATTTCTT*GGTTGCTGGCA*TA
CCACA*CCATAGAGGCATATGAG

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1A054JQ 736 0 0
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TGGGTCGTTAACTGTGTTGGAGCATTGAATTATAAGTACTTCCTTCCTTTCTTGTTCTAC
ACGTTTCTAGAGACGACTCTTGTGACTTTGGTTCTCATGCCGCACTTCATAGCCTTCTTT
AGTGATGAAGAGATACCTGGAACGCCTGGCACTCTTGCTACTACTTTTCTTGCATTTATT
TTGAACTTGGCATTTGCTTTGAGTGTGATGGGTTTCTTGATCATGCACATTTCTTTGGTT
GCTGGCAATACCACAACCATAGAGGCATATGAGAAGAAAACAAGTGCAAGATGGCGGTAT
GACCTCGGCAGAAAGAAAAACTTTGAACAGGTATTTGGAATGGATAAGAGATACTGGTTC
ATCCCAGGATACACAGAAGAAGATCTAAGGAGAATGCCAGAGCTGTATGGACTTGAATAC
CCTTCCAAGCCTGACTTTGATTCCCAGTAATGCTTTGGCTTTGATCATCATCATCATGTA
AAACAACAATACGTAGAAGACAGAGAGACCTCTACTAACTTGAAGAATGATGCTTTCACT
TGCCGGCAGTGTAGTGTCTTCATATAAAGGCCAGAAAAGTCATTAGATTATGGGTTTTGT
AATGGAGGGAGATTACAACTTAGCTTTGTTTGTTTACACATATGTTCAATCTTATTCAAT
AGTTGATAACTTCATA

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL4436Contig1 1063 2 2 U
GGTCAACAAAGACTCCTTTCGTCAAGAGAGAAGAAATTGATGATCTCTTCTCGGCTTATA
TGAATCTTGAAAACATCGATGCCTTGAACTCCTCCGAAGCTGATGATGATGACAATAATA
ACAGCAAGAACGGTGAGAGCAGTAGAGCAAGCGGGACGACCAAGACTATCGACGACACAG
AGGAGGGAGAGAGCAGCAGTGTCAATTACGAGAGCGATCGTAACAATAGCTTGAAGAGAA
GAGCAGCGGGAGGAGGAGTAGGAGGAGGAGACGTTGCTCCTACGACAAGACATTACAGGA
GTGTTTCGGTGGACAGCTGTTTCATGGAGAAACTGTCTTTCGGTGAAGAAGTCTCTCCTA
CCAACTCTGTTAGCATCGAGTTTAAGAAGGGTGAGTTCACTGCGGTTGAGATGAAGAAGA
TCATGGCTAATGATAAACTAGCTGAGATGGCCTTGTCTGACCCTAAGCGTGTCAAAAGGA
TATTGGCGAACCGACAGTCTGCAGCGAGGTCAAAGTAGAGGAAGATGAGGTACATTGTGG
AATTGGAACATAAAGTGCAGACTCTTCAGACCGAGGCTACTACATTGTCTGCTCAGTTCA
CGCTTTTGCAGAGAGATATGATGGGGTTGACAAACCAGAACAATGAGCTCAAGTTTCGTC
TTCAAGCTATGGAGCAGCAAGCTCAGCTTCGCGATGCTTTGAATGAAGCACTGAGTGGGG
AAGTCCAGAGACTGAGACTGGCAATTGGTGAGACCAGCCACAACGAAGCTGATAGATCAA
AGATGCAATCACTCAACGCCGACATGTTCCAGCAACTCCACATCAGCCAGTTAACACAGC
AGCCACAGCCACAGTCTCAGCAGAACCAGAATGGAACCATGTCACCAAAACCTGAATCAA
ATGAATTATAGTGCAGATAAGTTGTTCAGTTGGTGGCTGGATCAAAGGGATTTGGAGTCT
TTAGTTTTCACGTTACATATCAATCAATCAAACATTATATTTTTATTTATTTATGTGCAG
TCTGTTGGAATTACATATATCATATTATATGGCGCAAGTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED73TF U 1
AF RR1ED73JQ C 290
BS 1 754 RR1ED73TF
BS 755 1063 RR1ED73JQ

RD RR1ED73TF 754 0 0
GGTCAACAAAGACTCCTTTCGTCAAGAGAGAAGAAATTGATGATCTCTTCTCGGCTTATA
TGAATCTTGAAAACATCGATGCCTTGAACTCCTCCGAAGCTGATGATGATGACAATAATA
ACAGCAAGAACGGTGAGAGCAGTAGAGCAAGCGGGACGACCAAGACTATCGACGACACAG
AGGAGGGAGAGAGCAGCAGTGTCAATTACGAGAGCGATCGTAACAATAGCTTGAAGAGAA
GAGCAGCGGGAGGAGGAGTAGGAGGAGGAGACGTTGCTCCTACGACAAGACATTACAGGA
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CCAACTCTGTTAGCATCGAGTTTAAGAAGGGTGAGTTCACTGCGGTTGAGATGAAGAAGA
TCATGGCTAATGATAAACTAGCTGAGATGGCCTTGTCTGACCCTAAGCGTGTCAAAAGGA
TATTGGCGAACCGACAGTCTGCAGCGAGGTCAAAGTAGAGGAAGATGAGGTACATTGTGG
AATTGGAACATAAAGTGCAGACTCTTCAGACCGAGGCTACTACATTGTCTGCTCAGTTCA
CGCTTTTGCAGAGAGATATGATGGGGTTGACAAACCAGAACAATGAGCTCAAGTTTCGTC
TTCAAGCTATGGAGCAGCAAGCTCAGCTTCGCGATGCTTTGAATGAAGCACTGAGTGGGG
AAGTCCAGAGACTGAGACTGGCAATTGGTGAGAC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1ED73JQ 774 0 0
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AGTCTCTCCTACCAACTCTGTTAGCATCGAGTTTAAGAAGGGTGAGTTCACTGCGGTTGA
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TGTCAAAAGGATATTGGCGAACCGACAGTCTGCAGCGAGGTCAAAGTAGAGGAAGATGAG
GTACATTGTGGAATTGGAACATAAAGTGCAGACTCTTCAGACCGAGGCTACTACATTGTC
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CAAGTTTCGTCTTCAAGCTATGGAGCAGCAAGCTCAGCTTCGCGATGCTTTGAATGAAGC
ACTGAGTGGGGAAGTCCAGAGACTGAGACTGGCAATTGGTGAGACCAGCCACAACGAAGC
TGATAGATCAAAGATGCAATCACTCAACGCCGACATGTTCCAGCAACTCCACATCAGCCA
GTTAACACAGCAGCCACAGCCACAGTCTCAGCAGAACCAGAATGGAACCATGTCACCAAA
ACCTGAATCAAATGAATTATAGTGCAGATAAGTTGTTCAGTTGGTGGCTGGATCAAAGGG
ATTTGGAGTCTTTAGTTTTCACGTTACATATCAATCAATCAAACATTATATTTTTATTTA
TTTATGTGCAGTCTGTTGGAATTACATATATCATATTATATGGCGCAAGTTCAG

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL4437Contig1 1057 2 6 U
GGATAGCATAGAGAAGAGACTTGAGAGAAAGAAAACTGGCTAAAACAAGCACACTCTACT
CTATGAATACCTCCCAAGAAAAGGCGGTACAAGCTATACTTCATGGCCATAGCTGTGCCA
AGCGGTTGAAGCTGCGGCTCGACCATCCAATGGCTAACGACAGATCGGTTTCAAACTATG
ATCTTGCTAAATCGATCGTCCATTGTTTTTCCAGTGCTATCTCAATCTTTTCTGATACAC
CAAAATCTGAGGATGGTCTGTTTTCTCATTTATCTTCAATGGATTCTTCTTCTTCTCCTC
CTCTTCCCCAGAGAAGCCACTCCAAGAAAAGAAAGAATAATGATACAAATTCAAGTGAGA
ATTGGAGTCACGATTCACCGGATCCGAACTACTACGACGGGTTTCTTTGGAGGAAATACG
GCCAAAAGACAATAAAAAAATCTAAACACCAAAGGAGCTACTATAGATGTTCTTACAACA
TAGATCGTGCCTGTGGAGCAAGAAAGCATGAACAAAAGATCAAAGACAATCCTCCGGTTA
CCGAACCACTTACTTTGGTCACCACACTTGCAATATCAACCAAAACCAAGATGCCGGTTT
TGCTACCGTTGGAGTTGGAGACCCGATAGATAATTTGGAAAATTCCCGAATGATCCGGTT
CGGACAAGATCTTGATCAGGACACGAGCGGTTTATCTGTATCGGTTAAGCATGAAGAAGG
TATCATCAGAGAGGAAACTATGGATCAGTACCGTGGGATAACCGGTAATGATAAAGATTG
TCAAATTGAAATTAAAGAGAATCATCAGTCATCACCATCAGGTTTTTATACTCCTCCGTC
GTCATCTGGCAGTGAAATTGACATGTTTGATTCAGATCTGCTGGTGGAAGACTTAGATTT
ATGGGATCGTTATGATCTGTATGACTTTGGACTGCGTTAGCTTTTTCAGCCAAGAATGTT
AGAGATTTCCCTTTTCCGAGAATAATATTTGAGGATTGCGATTTTGTATATTATATTACT
GAAAGTGTTTCAAAAAAATAAAATTATGTTACTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H934TF U 1
AF RR1H934JQ C 390
BS 1 679 RR1H934TF
BS 680 680 RR1H934JQ
BS 681 705 RR1H934TF
BS 706 706 RR1H934JQ
BS 707 716 RR1H934TF
BS 717 1057 RR1H934JQ

RD RR1H934TF 716 0 0
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CTATGAATACCTCCCAAGAAAAGGCGGTACAAGCTATACTTCATGGCCATAGCTGTGCCA
AGCGGTTGAAGCTGCGGCTCGACCATCCAATGGCTAACGACAGATCGGTTTCAAACTATG
ATCTTGCTAAATCGATCGTCCATTGTTTTTCCAGTGCTATCTCAATCTTTTCTGATACAC
CAAAATCTGAGGATGGTCTGTTTTCTCATTTATCTTCAATGGATTCTTCTTCTTCTCCTC
CTCTTCCCCAGAGAAGCCACTCCAAGAAAAGAAAGAATAATGATACAAATTCAAGTGAGA
ATTGGAGTCACGATTCACCGGATCCGAACTACTACGACGGGTTTCTTTGGAGGAAATACG
GCCAAAAGACAATAAAAAAATCTAAACACCAAAGGAGCTACTATAGATGTTCTTACAACA
TAGATCGTGCCTGTGGAGCAAGAAAGCATGAACAAAAGATCAAAGACAATCCTCCGGTTA
CCGAACCACTTACTTTGGTCACCACACTTGCAATATCAACCAAAACCAAGATGCCGGTTT
TGCTACCGTTGGAGTTGGAGACCCGATAGATAATTTGGAAAATTCCCGAATGATCCGGTT
CGGACAAGATCTTGATCAG*ACACGAGCGGTTTATCTGTATCGGT*AAGCATGAAG

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1H934JQ 668 0 0
TACTACGACGGGTTTCTTTGGAGGAAATACGGCCAAAAGACAATAAAAAAATCTAAACAC
CAAAGGAGCTACTATAGATGTTCTTACAACATAGATCGTGCCTGTGGAGCAAGAAAGCAT
GAACAAAAGATCAAAGACAATCCTCCGGTTACCGAACCACTTACTTTGGTCACCACACTT
GCAATATCAACCAAAACCAAGATGCCGGTTTTGCTACCGTTGGAGTTGGAGACCCGATAG
ATAATTTGGAAAATTCCCGAATGATCCGGTTCGGACAAGATCTTGATCAGGACACGAGCG
GTTTATCTGTATCGGTTAAGCATGAAGAAGGTATCATCAGAGAGGAAACTATGGATCAGT
ACCGTGGGATAACCGGTAATGATAAAGATTGTCAAATTGAAATTAAAGAGAATCATCAGT
CATCACCATCAGGTTTTTATACTCCTCCGTCGTCATCTGGCAGTGAAATTGACATGTTTG
ATTCAGATCTGCTGGTGGAAGACTTAGATTTATGGGATCGTTATGATCTGTATGACTTTG
GACTGCGTTAGCTTTTTCAGCCAAGAATGTTAGAGATTTCCCTTTTCCGAGAATAATATT
TGAGGATTGCGATTTTGTATATTATATTACTGAAAGTGTTTCAAAAAAATAAAATTATGT
TACTGAGT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAGCATAGCGAGGCAGAAGCGGCGGCGCCGGTGAAGGACGATTCTGCTCCGGAGAGACCT
AAAAGAACGCTTTTGGGTTGGAAAGATAAGAAAGAAGATGTGGAGGAAGCTAAGGAAGCG
GCTGCGTCTGTGTCTGTGCCTGGATTCAGGAATAAAGAGAAGGTTCTCGTTACTTGTTCC
CGTCGGATTAGTTTCAGGTACCGACATCTGATGTTGAACATAGTGTCACTTCTGCCTCAT
TGTAAGAAGGATAGTAAGGTTGAAGCTAAGAGCAGTAAAGGCGCGACCCTTAATGAGCTT
GTTGAGCTTAAGGGCTCTTCTTCCTGCTTGTTCTTCGAGTGTAGGAAGCATAAAGATCTT
TACATGTGGATGGTCAAGTCTCCTAGTGGACCCTCTGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGTT
CACACAATGGAGGAGCTGAAACTCGCTGGAAATCATCTGAAAGGGTCACGTCCTCTCTTG
ACCTTCTCATCTAACTTCGATAAAGATGTACACTGGAAACTCTTGAAAGAGATGTTAACA
CAGGTTTTTGGAATCCCCAAGGAGCACAGGAAGTCTAAACCTTACCATGACCATGTTTTT
GCTTTCTCTATCGTCGATGACCATATCTGGTTCCGTAATTACCAGATATCAGTACCTCAT
AATGAGGCAGACAAGGTTGCTCGTGGTGGTCTTGATAAAATGACCCTTGTCGAGGTTGGT
CCAAGGTTTTGTTTAAACCCGATTAAGATCTTTGGAGGAAGCTTTGGAGGTCCAACCCTT
TACGAGAACCCATTCTACGTATCTCCAAACCAGATCCGAGCCTTGGAGAAAAGAAATAAA
GCAGGGAAATTTGCAAAGAAGATCAAAGCAAAAACAAGAAGAAAGATGCATGAGCTTTCA
AACCCGTTGGAGCCTGATGAATTTGCAGACATGTGGAAGGATGATGAATGATAAAGTTCC
ATTGAGTTTTTCTTGTTGTAAACCCCTTCCAAATTCACAGAACGCTCACATTTTTATCTT
TGTACTACTGTTCTCGACTCTGTTTTTCTCTCTCTTTTATGGATCAAAAGGTAATATTTT
TCTTGCAAATTAAAGAATTTTTA


BQ
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AF RR1D290TF U 1
AF RR1D290JQ C 388
BS 1 615 RR1D290TF
BS 616 1163 RR1D290JQ

RD RR1D290TF 615 0 0
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AAGCATAGCGAGGCAGAAGCGGCGGCGCCGGTGAAGGACGATTCTGCTCCGGAGAGACCT
AAAAGAACGCTTTTGGGTTGGAAAGATAAGAAAGAAGATGTGGAGGAAGCTAAGGAAGCG
GCTGCGTCTGTGTCTGTGCCTGGATTCAGGAATAAAGAGAAGGTTCTCGTTACTTGTTCC
CGTCGGATTAGTTTCAGGTACCGACATCTGATGTTGAACATAGTGTCACTTCTGCCTCAT
TGTAAGAAGGATAGTAAGGTTGAAGCTAAGAGCAGTAAAGGCGCGACCCTTAATGAGCTT
GTTGAGCTTAAGGGCTCTTCTTCCTGCTTGTTCTTCGAGTGTAGGAAGCATAAAGATCTT
TACATGTGGATGGTCAAGTCTCCTAGTGGACCCTCTGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGTT
CACACAATGGAGGAGCTGAAACTCGCTGGAAATCATCTGAAAGGGTCACGTCCTCTCTTG
ACCTTCTCATCTAACTTCGATAAAGATGTACACTGGAAACTCTTGAAAGAGATGTTAACA
CAGGTTTTTGGAATC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1D290JQ 776 0 0
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GGACCCTCTGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCGCT
GGAAATCATCTGAAAGGGTCACGTCCTCTCTTGACCTTCTCATCTAACTTCGATAAAGAT
GTACACTGGAAACTCTTGAAAGAGATGTTAACACAGGTTTTTGGAATCCCCAAGGAGCAC
AGGAAGTCTAAACCTTACCATGACCATGTTTTTGCTTTCTCTATCGTCGATGACCATATC
TGGTTCCGTAATTACCAGATATCAGTACCTCATAATGAGGCAGACAAGGTTGCTCGTGGT
GGTCTTGATAAAATGACCCTTGTCGAGGTTGGTCCAAGGTTTTGTTTAAACCCGATTAAG
ATCTTTGGAGGAAGCTTTGGAGGTCCAACCCTTTACGAGAACCCATTCTACGTATCTCCA
AACCAGATCCGAGCCTTGGAGAAAAGAAATAAAGCAGGGAAATTTGCAAAGAAGATCAAA
GCAAAAACAAGAAGAAAGATGCATGAGCTTTCAAACCCGTTGGAGCCTGATGAATTTGCA
GACATGTGGAAGGATGATGAATGATAAAGTTCCATTGAGTTTTTCTTGTTGTAAACCCCT
TCCAAATTCACAGAACGCTCACATTTTTATCTTTGTACTACTGTTCTCGACTCTGTTTTT
CTCTCTCTTTTATGGATCAAAAGGTAATATTTTTCTTGCAAATTAAAGAATTTTTA

QA 1 776 1 776
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4441Contig1 322 2 3 U
GCTTCTGCTTCCAGCTGCCGTTTGGAAGGGAATGTTGAATGCACAAGCCTTGATGACAGT
GGCCAGAGAACGGCCGGTAATGCATCATCCAATGTCCCGATCCTGGTAGCGATTTTCGTG
CTTTTACTCTCGGTTGTATTAGGACTCTTGCTTTACCAGAGGGATTAGCAAAAGGTTCAC
AGGTCATTCGTTTCTCATCAAACCACAAAATGAGTTGTGTTTTGTTTCTTTGGGTTGAGT
TATTAGATAATGAACTTGCAGTGCGCGACCTTTTCCTTCTTTTTGGAAACTACTACTATA
ACATAAACATTTCATTGACCTC


BQ
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AF RR1D787JQ C 1
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CTTTTACTCTCGGTTGTATTAGGACTCTTGCTTTACCAGAGGGATTAGCAAAAGGTTCAC
AGGTCATTCGTTTCTCATCAAACCACAAAATGAGTTGTGTTTTGTTTCTTTGGGTTGAGT
TATTAGATAATGAACTTGCAGTGCGCGACCTTTTCCTTCTTTTTGGGAACTACTACTATA
ACATAAACATTTCATTGACCTC

QA 1 322 1 322
DS 



AS 1 2

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TATGTGTGTGGATGGAGCAATCCAAAATTTCACGTCTCAGCTTCAGCATTACGGTGAAGC
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CATCGCTTGTCCACACAAGTATGCTTCGGAGAGTATAAAGTTAGCTTGTAAATATGGCTA
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TTTTTATATAGATGTGTTTAGGATTAGGTCATATGCTAATTTCGTGTGCTTGTAGCTTAT
ATACTATGAAATTTTAAAATAAATAAGAAATCTAAAAGAAGGTAATATACTATT


BQ
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AF RR1CV49TF U 1
AF RR1CV49JQ C 519
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BS 738 738 RR1CV49JQ
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TGTATTTGGTGTACTAGTTTTGTGTTTGGTTTCTCCTGTCCGAAGTTGGAGTAAAGAAGG
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AGATATTCATCAGCCTATGCATGTCGGATTCACAAGTGATGAAGGAGGAAACACGATAGA
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QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1CV49JQ 736 0 0
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CAATGATACTAAACCGGGTTTTTAGTGATACTCATACTGAAGTTGCTGCCACTTGAACCA
AAACCGGACCAGACCGGATCACCAAAGCATTTGATTAGGAGATTATTTGCTTATTCCACA
AAGTTAATTAATAAGACTGATCGGATATTCTTTTCTTTGTACCTATTTCCATTTGACAGC
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ATTTCGTGTGCTTGTAGCTTATATACTATGAAATTTTAAAATAAATAAGAAATCTAAAAG
AAGGTAATATACTATT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

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AAAGAAAAACAAGTTATAGTATTCTGCAAGTACGTAGAACATTGTTCAACCATGAGATCT
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TTCTTTTTTCTCTCTCTCTGTGGTTGGTTGATATATAACACAATAGAAGATGCGGTGTGT
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TGTAGAAGCCGATATGAAGCATGTGCTTTAGGGCTGGAAAACATTATATATTTTTATGGA
CCAAAATAACAATAATATCTTGTAGCT


BQ
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AF RR1DY30TF U 1
AF RR1DY30JQ C 1
BS 1 208 RR1DY30TF
BS 209 209 RR1DY30JQ
BS 210 273 RR1DY30TF
BS 274 507 RR1DY30JQ

RD RR1DY30TF 273 0 0
AAAGAAAAACAAGTTATAGTATTCTGCAAGTACGTAGAACATTGTTCAACCATGAGATCT
GCTACTTGGTTTATAGGTTTCTGTGTTCTTATCTTTCTCCTAATGTGTGATGGTAAAGGA
CCTAAAGATGGGGCTTGTACTGCAATTGTTTATGTAGATATCACCAACCACAAGCTAACA
TTCTTTTTTCTCTCTCTCTGTGGTTGGT*GATATATAACACAATAGAAGATGCGGTGTGT
CCAAGAATAGAAGATATCGAAGGAAACTGCGAA

QA 1 273 1 273
DS 

RD RR1DY30JQ 507 0 0
AAAGAAAAACAAGTTATAGTATTCTGCAAGTACGTAGAACATTGTTCAACCATGAGATCT
GCTACTTGGTTTATAGGTTTCTGTGTTCTTATCTTTCTCCTAATGTGTGATGGTAAAGGA
CCTAAAGATGGGGCTTGTACTGCAATTGTTTATGTAGATATCACCAACCACAAGCTAACA
TTCTTTTTTCTCTCTCTCTGTGGTTGGTTGATATATAACACAATAGAAGATGCGGTGTGT
CCAAGAATAGAAGATATCGAAGGAAACTGCGAAGATGATGGACCGAAAGTGTGTGAGAAG
CATATGACAAAAGTTTATAACGAAAAATATTTTAACTGCACATGTGATAATATGTTCATG
TTACATAAGATCAAGCGTTTTTGCGAATGTAACATAAAATGTAAAGACCAGACCTAGGAC
TGTAGAAGCCGATATGAAGCATGTGCTTTAGGGCTGGAAAACATTATATATTTTTATGGA
CCAAAATAACAATAATATCTTGTAGCT

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 2

CO CL4444Contig1 1064 2 2 U
GGAGCATAGAGATGAAATATAAAGAGATGCCCTAAACCACCTTTGCCCTCCACAATACAG
AACAGAGCCCGTGAAGTCAGAGAGAGATAGATACACACACACAAAGAGAATTTCGCCAGA
CTCACCGGAGAAATTAGCGGTTACGGTGGTCTTACTCAGTAACAAGACATCAGAATCTCC
AGTCCCTTCTTCCCCCAGGAAAAATAATCGATCTCTTATTATACAATCGGAGAAAGAAGC
TCGAGAAATGTCGTCGTTAGAACAAGAAATGTTCTTACAGTGGGGAAACAAGAAGAGAAT
GAGACGCCTAAGAGCCGCCAACAAGGACAAACACATCTCACGCCGCGAATCTAATTCCTC
ATCAGCTCCTCAAGAGCCCTTCCTCTTCCAGTCCTCAAGGTTCTCCAGAGGATCACAAGG
GGCAATACTCAGATCTGGAGGACTAGCAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGGAGAG
GTATTACACTACGAGAGGTGTAGTTGATACAATTGGGAAAGCTTGCTTATTAGATGGAGA
AGACAGCAATAGCAAGGGAGAGGAGAGTAATATGTGGCCGAAGCTGTTTGTGACTCTGTC
GAGCAAAGAGAAGGAAGAAGATTTCATGGCTATGAAAGGTTGCAAACCTTCGCACAGGCC
TAAGAAGAGAGCCAAACTCATCCAGAAAAGCTTACTTTTGGTGAGTCCTGGAACATGGTT
GGCTGATATGTGTCCTGATAGATATGATGTCCGGGTCAAGAAGAGCTCCAAGAAGAGGCG
AGCAAGAGGATTAAAAGCAATGGGGAATGTTGAGAGCGATTCAGATTAAGGAGGAGCTTG
AAACATTATCTAGAAAATCCTTGCATATTGACTTTTTAGATTAACTTTTGCTTTGTGGTG
TTCACTTAAGCAATCTTATAAAAGTAGTTTCTTTCAGTTGATCATTTTGAACTACAAAGG
AAACATTTATTTCTTTGTGGGCAATGTATGCGCTTGTGGTTGTTGTAACTTGCACACAAT
CTTGTTGTAACTTACTGTTTCAAATAATGGATTTTTGGTCCCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AG87TF U 1
AF RR1AG87JQ C 192
BS 1 707 RR1AG87TF
BS 708 1064 RR1AG87JQ

RD RR1AG87TF 707 0 0
GGAGCATAGAGATGAAATATAAAGAGATGCCCTAAACCACCTTTGCCCTCCACAATACAG
AACAGAGCCCGTGAAGTCAGAGAGAGATAGATACACACACACAAAGAGAATTTCGCCAGA
CTCACCGGAGAAATTAGCGGTTACGGTGGTCTTACTCAGTAACAAGACATCAGAATCTCC
AGTCCCTTCTTCCCCCAGGAAAAATAATCGATCTCTTATTATACAATCGGAGAAAGAAGC
TCGAGAAATGTCGTCGTTAGAACAAGAAATGTTCTTACAGTGGGGAAACAAGAAGAGAAT
GAGACGCCTAAGAGCCGCCAACAAGGACAAACACATCTCACGCCGCGAATCTAATTCCTC
ATCAGCTCCTCAAGAGCCCTTCCTCTTCCAGTCCTCAAGGTTCTCCAGAGGATCACAAGG
GGCAATACTCAGATCTGGAGGACTAGCAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGGAGAG
GTATTACACTACGAGAGGTGTAGTTGATACAATTGGGAAAGCTTGCTTATTAGATGGAGA
AGACAGCAATAGCAAGGGAGAGGAGAGTAATATGTGGCCGAAGCTGTTTGTGACTCTGTC
GAGCAAAGAGAAGGAAGAAGATTTCATGGCTATGAAAGGTTGCAAACCTTCGCACAGGCC
TAAGAAGAGAGCCAAACTCATCCAGAAAAGCTTACTTTTGGTGAGTC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1AG87JQ 873 0 0
CCCCCAGGAAAAATAATCGATCTCTTATTATACAATCGGAGAAAGAAGCTCGAGAAATGT
CGTCGTTAGAACAAGAAATGTTCTTACAGTGGGGAAACAAGAAGAGAATGAGACGCCTAA
GAGCCGCCAACAAGGACAAACACATCTCACGCCGCGAATCTAATTCCTCATCAGCTCCTC
AAGAGCCCTTCCTCTTCCAGTCCTCAAGGTTCTCCAGAGGATCACAAGGGGCAATACTCA
GATCTGGAGGACTAGCAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGGAGAGGTATTACACTA
CGAGAGGTGTAGTTGATACAATTGGGAAAGCTTGCTTATTAGATGGAGAAGACAGCAATA
GCAAGGGAGAGGAGAGTAATATGTGGCCGAAGCTGTTTGTGACTCTGTCGAGCAAAGAGA
AGGAAGAAGATTTCATGGCTATGAAAGGTTGCAAACCTTCGCACAGGCCTAAGAAGAGAG
CCAAACTCATCCAGAAAAGCTTACTTTTGGTGAGTCCTGGAACATGGTTGGCTGATATGT
GTCCTGATAGATATGATGTCCGGGTCAAGAAGAGCTCCAAGAAGAGGCGAGCAAGAGGAT
TAAAAGCAATGGGGAATGTTGAGAGCGATTCAGATTAAGGAGGAGCTTGAAACATTATCT
AGAAAATCCTTGCATATTGACTTTTTAGATTAACTTTTGCTTTGTGGTGTTCACTTAAGC
AATCTTATAAAAGTAGTTTCTTTCAGTTGATCATTTTGAACTACAAAGGAAACATTTATT
TCTTTGTGGGCAATGTATGCGCTTGTGGTTGTTGTAACTTGCACACAATCTTGTTGTAAC
TTACTGTTTCAAATAATGGATTTTTGGTCCCGT

QA 1 873 1 873
DS 



AS 1 2

CO CL4445Contig1 817 2 2 U
GGACTACCACCAATATCCTTCACTTTTCTCACACATTGTCTATTTCAGATTCGTCGACCC
TTTTTCGGAAGCAGCCGCCGTGTTTTTGGTTTGGGTTTGTAGAAATGGTCTTTCCGGAGA
ACACCAACTGGCTCAGTGATTACCCTTTGATTGATGGTGTTTTCTCTCATCATCAGAGTC
CCACTTTCCCTTGGCAGATCCATGGCTCAGCAGCTACTACTGTCAGTGTTGAGGAAGTTG
ATGGCTTCCTTTGTGATTCAGATGTTATCAAAGAACCTGGCTCAAAGAAAAGAATCAAAC
CGGAATCTTGCGCTGGTTCTAGCTCGAAAGCCTGTAGGGAGAAACAAAGACGTGATAGGC
TAAATGACAAGTTTACGGACTTGAGTTCCGTATTGGAACCTGGGAGAGCTCCAAAAACAG
ACAAGGTTGCTATCATCAGTGACGCCATTCGCATGGTGAATCAAGCAAGAGACGAAGCAC
GGAGATTGAAAGACTTGAACTCAAGCCTCCAGGAGAAAATCAAGGAGTTGAAGGATGAGA
AGAACGAGCTGCGTGATGAGAAACAGAAGCTGAAGATTGAGAAAGAGAGAATCGAGCAGC
AACTCAAAGCAGCCATTAACACGTCACAGCCTTGTTTCTTACCAAACCCGCCAACACTCT
CTCAAGCTCAAACTCCTGGAAGCAAGCTTGTGCCTTACACAACTTACCCCGGCTTTGCCA
TGTGGCAGTTCATGCCTCCTGCTGCTGTTGATACCTCACAGGACCATGTCCTTCGTCCTC
CGTTGCTTAGAAAAGCTGCCCTCTTTGTTCACTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GU35TF U 1
AF RR1F379TF U 130
BS 1 463 RR1GU35TF
BS 464 817 RR1F379TF

RD RR1GU35TF 463 0 0
GGACTACCACCAATATCCTTCACTTTTCTCACACATTGTCTATTTCAGATTCGTCGACCC
TTTTTCGGAAGCAGCCGCCGTGTTTTTGGTTTGGGTTTGTAGAAATGGTCTTTCCGGAGA
ACACCAACTGGCTCAGTGATTACCCTTTGATTGATGGTGTTTTCTCTCATCATCAGAGTC
CCACTTTCCCTTGGCAGATCCATGGCTCAGCAGCTACTACTGTCAGTGTTGAGGAAGTTG
ATGGCTTCCTTTGTGATTCAGATGTTATCAAAGAACCTGGCTCAAAGAAAAGAATCAAAC
CGGAATCTTGCGCTGGTTCTAGCTCGAAAGCCTGTAGGGAGAAACAAAGACGTGATAGGC
TAAATGACAAGTTTACGGACTTGAGTTCCGTATTGGAACCTGGGAGAGCTCCAAAAACAG
ACAAGGTTGCTATCATCAGTGACGCCATTCGCATGGTGAATCA

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DS 

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CTTGGCAGATCCATGGCTCAGCAGCTACTACTGTCAGTGTTGAGGAAGTTGATGGCTTCC
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GCGCTGGTTCTAGCTCGAAAGCCTGTAGGGAGAAACAAAGACGTGATAGGCTAAATGACA
AGTTTACGGACTTGAGTTCCGTATTGGAACCTGGGAGAGCTCCAAAAACAGACAGGGTTG
CTATCATCAGTGACGCCATTCGCATGGTGAATCAAGCAAGAGACGAAGCACGGAGATTGA
AAGACTTGAACTCAAGCCTCCAGGAGAAAATCAAGGAGTTGAAGGATGAGAAGAACGAGC
TGCGTGATGAGAAACAGAAGCTGAAGATTGAGAAAGAGAGAATCGAGCAGCAACTCAAAG
CAGCCATTAACACGTCACAGCCTTGTTTCTTACCAAACCCGCCAACACTCTCTCAAGCTC
AAACTCCTGGAAGCAAGCTTGTGCCTTACACAACTTACCCCGGCTTTGCCATGTGGCAGT
TCATGCCTCCTGCTGCTGTTGATACCTCACAGGACCATGTCCTTCGTCCTCCGTTGCTTA
GAAAAGCTGCCCTCTTTGTTCACTTTTT

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DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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TTAAATCACAGATCGAAGTTAGTTATCTGATTGATTAGGGAGCTCGAAAGTATCGATCTT
TAGGGGTTTTCTTGGATCTCTCTACTCAATTACTGATCGAACTGCTCTCGGATTACTGTT
GAAATTAGGGTTTCGACTGATTCGTAAGCTCGAAAGTATTGATTTTTATTTTAGGGCTTT
TCAATTACAGATCGAATTGTCGCGAAATTAGCGATTAGCTTTGATTCGGGTGCTCTAGAT
TTCACTCGCTTAGCTAGAAAGTACCCAACTTGGTGGTGATCATTGTGCTCCGTTAATATG
GAAGACGGCGAGCTCGAGTTCTCGAACAACGTGTTCTCATCTTCCGACATGGGAGTGTTG
TTACCACCACCACCAACCACCACCACTTGCTCAATGGACACTTTCTTCAACGACCTTCTC
ATGATGGACTCCTCCAACGCCGCCTGCACCCACACCCACACATGCAACCCCACAGGCCCA
GAGAACAACGCCCACACCCACACCTGCTTCCACGTCCACACCAAGATCCTCCCCGAGGAC
AACGAGCGACGACAAGGTCTTCTCCACCGACGACACTGCCGAGTCGTGCGGGAAGAAGGG
AGACAACAAGAGGCCGTCCTCAGGGAACAGGGAAGCCGTTAGGAAGTACAGGGAGAAGAA
GAAGGCGAAAGCCGCTTCCTTGGAGGACGAGGTGGCGAGGCTTACGGCTGTGAATCACCA
GCTGTTGAAGAGGCTGCAGAGTCAGAGTGCCTTGGAGGCTGAGGTCTCGAGGCTCAAGTG
TTTGCTTGTGGATTTGAGAGGGAGGATTGATGGGGAGATTGGGTCTTTTCCTTACCAGAA
ACCTAATATTCCTTCTTTCTCTCATATGATGATGAACCCTTGTAATGTGGAGTGTGGTGA
TGAGGTTTATTGCCTTCAGGATGGGTTCAATGAGCAAGGTTTGAGTGGTTGTGAGTTTGA
CCAGTTGCAGCAGTGTGCGGTGGCTGATCAGAACTTAGGAAACGGATCGCTTAACAGTGC
CAATGTATCTGCATCCAGTAAGAGGAAAGGTGGGCATCGTGCAAGAAAAGCAGCTTGAAT
CACCCACCATGAAGCTTGTACCATCTATTTACATAAGGATATACATGTTGTATTCCAAAT
AAGCTGTAGAGTTTCAGCTGCATCGTCAGCTTTACTCAGCCTATTTTTGCTTTTTTTTTG
TTGAATCTATTTTGCTTCCATTGTATTTTTCTTATTGAGTTTTGCGGTGCTAGAAGGATA
TATGATTTTGTCAATACAAACTGTGTTACTGCCATTTGTTTCTAAGTTGATTGATATTTA
TGTCTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP26TF U 1
AF RR1BP26JQ C 575
BS 1 684 RR1BP26TF
BS 685 1388 RR1BP26JQ

RD RR1BP26TF 703 0 0
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TTAAATCACAGATCGAAGTTAGTTATCTGATTGATTAGGGAGCTCGAAAGTATCGATCTT
TAGGGGTTTTCTTGGATCTCTCTACTCAATTACTGATCGAACTGCTCTCGGATTACTGTT
GAAATTAGGGTTTCGACTGATTCGTAAGCTCGAAAGTATTGATTTTTATTTTAGGGCTTT
TCAATTACAGATCGAATTGTCGCGAAATTAGCGATTAGCTTTGATTCGGGTGCTCTAGAT
TTCACTCGCTTAGCTAGAAAGTACCCAACTTGGTGGTGATCATTGTGCTCCGTTAATATG
GAAGACGGCGAGCTCGAGTTCTCGAACAACGTGTTCTCATCTTCCGACATGGGAGTGTTG
TTACCACCACCACCAACCACCACCACTTGCTCAATGGACACTTTCTTCAACGACCTTCTC
ATGATGGACTCCTCCAACGCCGCCTGCACCCACACCCACACATGCAACCCCACAGGCCCA
GAGAACAACGCCCACACCCACACCTGCTTCCACGTCCACACCAAGATCCTCCCCGAGGAC
AACGAGCGACGACAAGGTCTTCTCCACCGACGACACTGCCGAGTCGTGCGGGAAGAAGGG
AGACAACAAGAGGCCGTCCTCAGG
ACAGGAAGCCGTTAGGAGT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1BP26JQ 814 0 0
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ACTGCCGAGTCGTGCGGGAAGAAGGGAGACAACAAGAGGCCGTCCTCAGGGAACAGGGAA
GCCGTTAGGAAGTACAGGGAGAAGAAGAAGGCGAAAGCCGCTTCCTTGGAGGACGAGGTG
GCGAGGCTTACGGCTGTGAATCACCAGCTGTTGAAGAGGCTGCAGAGTCAGAGTGCCTTG
GAGGCTGAGGTCTCGAGGCTCAAGTGTTTGCTTGTGGATTTGAGAGGGAGGATTGATGGG
GAGATTGGGTCTTTTCCTTACCAGAAACCTAATATTCCTTCTTTCTCTCATATGATGATG
AACCCTTGTAATGTGGAGTGTGGTGATGAGGTTTATTGCCTTCAGGATGGGTTCAATGAG
CAAGGTTTGAGTGGTTGTGAGTTTGACCAGTTGCAGCAGTGTGCGGTGGCTGATCAGAAC
TTAGGAAACGGATCGCTTAACAGTGCCAATGTATCTGCATCCAGTAAGAGGAAAGGTGGG
CATCGTGCAAGAAAAGCAGCTTGAATCACCCACCATGAAGCTTGTACCATCTATTTACAT
AAGGATATACATGTTGTATTCCAAATAAGCTGTAGAGTTTCAGCTGCATCGTCAGCTTTA
CTCAGCCTATTTTTGCTTTTTTTTTGTTGAATCTATTTTGCTTCCATTGTATTTTTCTTA
TTGAGTTTTGCGGTGCTAGAAGGATATATGATTTTGTCAATACAAACTGTGTTACTGCCA
TTTGTTTCTAAGTTGATTGATATTTATGTCTGTC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGGATTACTTGCGTTTGTGCTGCTTTTGCCATCGAAATCTGATGCGAAGATAGTTTCTTT
CCAGCGAATTTGATCTCTCTGATTTGAGATTATCGTTTCATCGGGAATTTTAATGAGTTA
CCTTAGGGTCCTCATCATCCTCCTATGTGCGATAGCAGCTGGGTCATGCTTACCTTTCGG
CTCCTCCGTTGTCGTTCGCGATCATCATCATTATGATAAATTGGAGGGGGTGTTCCGATG
CGGAATCGGGAGAAAGTGTCATCATCATTCTCTGTTTCCCAGACCTCCTCCTTTACAGGT
GGATGGGGACTTGCTAGACAGACTCATCGATGCACATAACCATCAAAATGCTTTTACTTC
CATTCTATTTTATGCCTCCCGTTGCCCCTTTTCTCGTTCACTACGCCCCAAGTTTGATCT
TCTGAGTTCAATGTTCCCCCACATAAGGCACCTTGTTGTTGAGCAGTCTCAGGCTTTACC
ATCTGTCTTTTCTAGGTATGGTATCCACAGCTTGCCTTCAATCCTCGTGGTGAATCAAAC
ATTCAGGATGCGATACCATGGTCAAAAGGATCTTGCATCCCTTTTTCAGTTTTACCAACT
AACAACAGGTCTTAAACCTGTCCAGTATGTGGATGAAGGTGAACAAACAAGCCTGGACAA
CGATGGTAACCTGATCACATGGCTACGCAACGGGTCATCTATCAGAGAAATCGCGGAAAG
AGATCCATATTTGCTACTTTCACTCATGTTTCTGTCTTTGAAACTGGCAATTTTGATATT
CCCCATCATGGGAGCGCGCTTGAAAACGTTATGGGCATCTTATGCTCCGCATCTGAGCTT
GGGAATACTCGGTGAGACTAGCCAACTGTTTGGCCGTGCCATGCACATGATCGATGCGAG
GAGGCTGTGGATTAAACTGAGACTCACCAAAACAAGGAACTTCCAAGAGAGAGCAAAGAA
TGCACTTGCATCGGTCTCGCTAGGAAAATCTACTTCACAATCAGCCTAGATTAGAGGGTG
GTTCAGAAATCCTTCATTACCGATGAGCTTAGTTAGATTACATTACCTTTTGTCGACGTG
TCTTAACTTTGGAGTTCTTGTCTCTGTATGTAAATCATGTTTTTTGCTTATTTGTGAATA
TTTTTCTTCGTTTCTTGAATATTCTTGTTCTGTGATTAATCAACGGTTTGGTTTAATTGG
TGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1BS49TF U 1
AF RR1BS49JQ C 459
BS 1 579 RR1BS49TF
BS 580 580 RR1BS49JQ
BS 581 707 RR1BS49TF
BS 708 1203 RR1BS49JQ

RD RR1BS49TF 707 0 0
GGGATTACTTGCGTTTGTGCTGCTTTTGCCATCGAAATCTGATGCGAAGATAGTTTCTTT
CCAGCGAATTTGATCTCTCTGATTTGAGATTATCGTTTCATCGGGAATTTTAATGAGTTA
CCTTAGGGTCCTCATCATCCTCCTATGTGCGATAGCAGCTGGGTCATGCTTACCTTTCGG
CTCCTCCGTTGTCGTTCGCGATCATCATCATTATGATAAATTGGAGGGGGTGTTCCGATG
CGGAATCGGGAGAAAGTGTCATCATCATTCTCTGTTTCCCAGACCTCCTCCTTTACAGGT
GGATGGGGACTTGCTAGACAGACTCATCGATGCACATAACCATCAAAATGCTTTTACTTC
CATTCTATTTTATGCCTCCCGTTGCCCCTTTTCTCGTTCACTACGCCCCAAGTTTGATCT
TCTGAGTTCAATGTTCCCCCACATAAGGCACCTTGTTGTTGAGCAGTCTCAGGCTTTACC
ATCTGTCTTTTCTAGGTATGGTATCCACAGCTTGCCTTCAATCCTCGTGGTGAATCAAAC
ATTCAGGATGCGATACCATGGTCAAAAGGATCTTGCATCTCTTTTTCAGTTTTACCAACT
AACAACAGGTCTTAAACCTGTCCAGTATGTGGATGAAGGTGAACAAACAAGCCTGGACAA
CGATGGTAACCTGATCACATGGCTACGCAACGGGTCATCTATCAGAG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1BS49JQ 745 0 0
TTGAGCAGTCTCAGGCTTTACCATCTGTCTTTTCTAGGTATGGTATCCACAGCTTGCCTT
CAATCCTCGTGGTGAATCAAACATTCAGGATGCGATACCATGGTCAAAAGGATCTTGCAT
CCCTTTTTCAGTTTTACCAACTAACAACAGGTCTTAAACCTGTCCAGTATGTGGATGAAG
GTGAACAAACAAGCCTGGACAACGATGGTAACCTGATCACATGGCTACGCAACGGGTCAT
CTATCAGAGAAATCGCGGAAAGAGATCCATATTTGCTACTTTCACTCATGTTTCTGTCTT
TGAAACTGGCAATTTTGATATTCCCCATCATGGGAGCGCGCTTGAAAACGTTATGGGCAT
CTTATGCTCCGCATCTGAGCTTGGGAATACTCGGTGAGACTAGCCAACTGTTTGGCCGTG
CCATGCACATGATCGATGCGAGGAGGCTGTGGATTAAACTGAGACTCACCAAAACAAGGA
ACTTCCAAGAGAGAGCAAAGAATGCACTTGCATCGGTCTCGCTAGGAAAATCTACTTCAC
AATCAGCCTAGATTAGAGGGTGGTTCAGAAATCCTTCATTACCGATGAGCTTAGTTAGAT
TACATTACCTTTTGTCGACGTGTCTTAACTTTGGAGTTCTTGTCTCTGTATGTAAATCAT
GTTTTTTGCTTATTTGTGAATATTTTTCTTCGTTTCTTGAATATTCTTGTTCTGTGATTA
ATCAACGGTTTGGTTTAATTGGTGC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL4451Contig1 823 2 10 U
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AATCATAAATCCTCTCAGGTTAGATGACAGAAGGAGAGGAATATTCTCAGGGGAGGATGT
CAGTAAATCCTTTCATGACCATGAAGAAGAGCAATCACAACAAGAACAATCAGAGAAGGT
TTAGTGACGAGCAGATCAAATCACTTGAGATGATGTTCGAGTCTGAGACAAAGCTTGAGC
CAAGGAAGAAGGTTCAGTTAGCCAGAGAGCTTGGCTTGCAGCCTAGGCAAGTGGCTATAT
GGTTCCAGAACAAGAGGGCTCGTTGGAAATCGAAGCAGCTCGAGACAGAGTTCAACATTC
TCAGACAAAACTATAACGACTTGGCTTCTCAGTTTGAGTCACTCAAGAAAGAAAAGCAAG
CTTTAGTCTCTGAGTTGCATAGACTAAACGAAGAGGTGCAGAAAACGCAGGAGGAAGAAA
GACTGTGTTGTGGTAATCAAGCAGCGGTGGTGGCTCTAAGCAGCACAGATCATGAATCAG
AAAACGAAGAGATCACAAAGCGTAAACAGGAGAAGGAGGAGGAGGTTAGGCCAGAGATGG
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GAGGTTTCAAATCAGATGCTAATCTCTTGGATCAATCCAGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F732TF U 1
AF RR1F896TF U 73
BS 1 159 RR1F732TF
BS 160 160 RR1F896TF
BS 161 190 RR1F732TF
BS 191 191 RR1F896TF
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BS 570 823 RR1F896TF

RD RR1F732TF 572 0 0
GGATAGAGAGCCAGCATATCAAAAACAGAGATTCAAAAAATATATAAAGAATACATCATA
AATCATAAATCCTCTCAGGTTAGATGACAGAAGGAGAGGAATATTCTCAGGGGAGGATGT
CAGTAAATCCTTTCATGACCATGAAGAAGAGCAATCACA*CAAGAACAATCAGAGAAGGT
TTAGTGACGATCAGATCAAATCACTTGAGATGATGTTCGAGTCTGAGACAAAGCTTGAGC
CAAGGAAGAAGGTTCAGTTAGCCAGAGAGCTTGGCTTGCAGCCTAGGCAAGTGGCTATAT
GGTTCCAGAACAAGAGGGCTCGTTGGAAATCGAAGCAGCTCGAGACAGAGTTCAACATTC
TCAGACAAAACTATAACGACTTGGCTTCTCAGTTTGAGTCACTCAAGAAAGAAAATCAAG
CTTTAGTCTCTGAGTTGCATAGACTAAACGAAGAGGTGCAGAAAACGCAGGAGGAAGAAA
GACTGTGTTGTGGTAATCAAGCAGCGGTGGTGGCTCTAAGCAGCACAGATCATGAATCAG
AAAACGAAGAGATCATAAAGCGTAAACAG
AGA

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1F896TF 751 0 0
GG
TCAGGTTAGATGACAGAAGGAGAGGAATATTCTCAGGGGAGGATGTCAGTAAATCCTTTC
ATGACCATGAAGAAGAGCAATCACAACAAGAACAATCAGAGAAGGTTTAGTGACGAGCAG
ATCAAATCACTTGAGATGATGTTCGAGTCTGAGACAAAGCTTGAGCCAAGGAAGAAGGTT
CAGTTAGCCAGAGAGCTTGGCTTGCAGCCTAGGCAAGTGGCTATATGGTTCCAGAACAAG
AGGGCTCGTTGGAAATCGAAGCAGCTCGAGACAGAGTTCAACATTCTCAGACAAAACTAT
AACGACTTGGCTTCTCAGTTTGAGTCACTCAAGAAAGAAAAGCAAGCTTTAGTCTCTGAG
TTGCATAGACTAAACGAAGAGGTGCAGAAAACGCAGGAGGAAGAAAGACTGTGTTGTGGT
AATCAAGCAGCGGTGGTGGCTCTAAGCAGCACAGATCATGAATCAGAAAACGAAGAGATC
ACAAGGCGTAAACAGGAGAAGGAGGAGGAGGTTAGGCCAGAGATGGAAGTGTGTGAGAAG
GGTGATGATGGGGGTTCTGTGTGGTCATCACAATGATGATTAGCTGATGGTGGGTACAAT
AACAACATCAAGAGAGAGTATTTTGGTGGGTTTGAGGAAGAAGCAGATCAGCTGATGAAC
ATTGTGGAGCCGGCTGATAGTTGCTTAACATCATCTGATGACTGGGGAGGTTTCAAATCA
GATGCTAATCTCTTGGATCAATCCAGCAG

QA 3 751 3 751
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4453Contig1 1423 2 4 U
GGGTGAAGTTTCCATCTTAAGAAGCTGGTCTGCCAGAAGGAAAAGAGAATATGGATTTGC
TTGACTCCATGGAGCTGATGTTACCTTTCTTCAAAGCTATTGACATGCTGGAAGAACCGG
TCCAGAAACTCATAGAAGAGATGAATCCTCCCCCAAGCTGTCTAATCTCTGATTTTTGTG
TTCCTTATACAAGCAAACTCTCAAAGAAGTTCAATATACCAAAGATCCTCTTCCATGGCA
TGTCTAGCTTCTCTCTTCTATGTATGCATGTTTTGCGCAAGAACCTTGAGATTTTAGAGA
ATCTAAAGTCAGACGAAGAGTACTTCACCGTCCCTTATTTTCCTGATAAAGTTGAGTTCA
GAAGACCTCAAGTTCCTATAGAAACTTATGTTCCTACAGGAGAGTTGAAGCAGTTGGCAG
ATGATATAATAGAAGCAGATAATACATCCCATGGTGTGATAGTCAACACATTTCAAGAAC
TCGAGCCTGCTTATGTCAAAGACTACAAGGAGGCAAGGTCAGGTAAAGCATGGGCCATTG
GACCAGTTTCCTTGTGCAATAAGGTAGGAGAAGACAAAGCTGAGAGGGGAAACAAATCAG
ACATTGATAAGGATGAGTGCCTTAAATGGCTTGATTCTAAGGAACAAAGCTCTGTGCTCT
ACGTCTGCCTTGGAAGCATCTGTAATCTCCCTCTGGCTCAGCTCAAGGAGCTTGGCCTAG
GCCTAGAGGAGTCCCAAAGACCTTTCATTTGGGTCATAAGAAGTTGGGAGAAGTATAAAG
AATTGGTTGAGTGGTTCTTGGAGAGCGGATTTGAAGAAAGAATAAAAGACAGAGGACCTC
TCATCAAAGGATGGTCTCCACAAATGATTATCCTCTCACATGGTTCTGTAGGAGGGTTCT
TAGCGCACTGCGGATGGAACTCAACTCTTGAGTGGATTACCTTTGGTCTACCTCTGCTTA
CATGGCCACTATTTGCAGATCAATTTTGCAATGAGAAACTGGTTGTGCAAGTACTAAAAA
CCGGTGTAAAATCTGGGGTTGAGCAGCCTATGAAATGGGGGGAAGAGGAGAAGATAGGAG
TGTTGGTGGATAAGGAAGGAGTGAAGAAGGCAGTGGAGGAATTAATGGGTGAGGGTGATG
ATGCAAAAGAGAGAAGAAGAAAAGCCAAAGAGCTTGGAAATTAGCTCACAAGGCTGTAGA
AGAAGGAGGCTCTTCTCATTCTAACATCACTTTACTCTTAGAAGACATTATGCGACTAGC
ACAATCCAATAATTGATTACGTCATTGTTAAAGAAACGTAAACATTTAAACAATCTTTAT
TTGCTTTTATTGGAGCACCAGTGACTTAGAGCAAGTGCAACGCAGAGCTTTACCAAATCC
TTAACGCAGATTTTTAGAAAAAAAATATTAAAATATTGTTGCG


BQ
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AATATTGTTGCG

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C650TF U 1
AF RR1C650JQ C 235
BS 1 738 RR1C650TF
BS 739 739 RR1C650JQ
BS 740 752 RR1C650TF
BS 753 753 RR1C650JQ
BS 754 766 RR1C650TF
BS 767 1003 RR1C650JQ

RD RR1C650TF 777 0 0
GGTACTTGTATTGATTGCGATACTTGTCGTTGGATGGTTCCGGAAGTGTTCACCAGAGTG
GATAACATGTCTGCGGTTATTAAACAACCAACCTGTAAGGAAGAAAGGCCGAACGCTCTT
CAGGCCTTGTTGTCTTGTCCCACGGGATCTAGCCGCACTGAAACTCCACCTACTGACATA
GGGGAAGCTCAAGAGACCTTTCCACTTGCACTGGACGAAGACAAACTACCTGGCGTTTTT
CATTGTGGGTTTCATTCCAAGAAATCTTTCGGAGCAACTTCCTACTTGATACTTCATCAT
GAGGGGAATATACTTGTTGATAGTCCCAGGTTCGTAGAGAAACTTGCTGGGAAGATTGAG
AAGATGGGTGGTGTTCGCTACATGTTTTTGACACACAGGGATGATGTTGCGGATCACAAG
AAATGGGCAGACGATTCAAGTGTACCAGAATTCTGCATTCTGGAGATGTCCAACCTTCGA
CCACTGATGTGGAGTTAAAGCTGGAAGGAAGTGGACCATGGAAACTCTATGAAGATGTCG
AGCTTATACACACTCCTGGTCACACTGAAGGATCAGTGTGCCTGTTCCATAAACCCCTCA
AGGCATTATTCACTGGAGACCATCTAACTAAGTACGAATCTGGAATGAGCATTATAGAGA
AGTACAATCATTGTTCAGTGCCTCTCCAGCTCGAGAGCGTAGAAAGATTGATCAAGCTGG
ATTTCAATTGGGTGATAC*AGGACATGGAAGA*GAGTACATTTCAA
GATGGAGAGAG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1C650JQ 769 0 0
CG
TTTTCATTGTGGGTT*CATTCCAAGAAATCTTTCGGAGCAACTTC*TACTTGATACTTCA
TCATGAGGGGAATATACTTGTTGATAGTCCCAGGTTCGTAGAGAAACTTGCTGGGAAGAT
TGAGAAGATGGGTGGTGTTCGCTACATGTTTTTGACACACAGGGATGATGTTGCGGATCA
CAAGAAATGGGCAGACGATTCAAGTGTACCAGAATTCTGCATTCTGGAGATGTCCAACCT
TCGACCACTGATGTGGAGTTAAAGCTGGAAGGAAGTGGACCATGGAAACTCTATGAAGAT
GTCGAGCTTATACACACTCCTGGTCACACTGAAGGATCAGTGTGCCTGTTCCATAAACCC
CTCAAGGCATTATTCACTGGAGACCATCTAACTAAGTACGAATCTGGAATGAGCATTATA
GAGAAGTACAATCATTGTTCAGTGCCTCTCCAGCTCGAGAGCGTAGAAAGATTGATCAAG
CTGGATTTCAATTGGGTGATACCAGGACATGGAAGAAGAGTACATTTCAAAGATGGAGAA
GAGAAGGCAAAGAAGCTGGAAGCACTTGTTCAGAAGCACAGAGAGGAACAACTTGTTTCT
TCTAGCAAATTCGGTTAATGCTTGAGAGACCTTTGTATGCTGATTATAATAAACCAGTGA
ATCAAACTAAACCAAGATGTTCTTCACTCTGTACTTTGCTTAATTCAAATTATGAATCTT
TGACGATAGCAATATTCCCTAAAAGGAAAGGAATCATGTTTAAACCG

QA 3 769 3 769
DS 



AS 1 2

CO CL4456Contig1 904 2 2 U
GACCCCTATTTTGTATCGGTTATTCACTTGTTCGTTGGAGTTGTCTACTGCTTGCTGAGT
TGGTCCGTGGGACTTCCTAAACGGGCACCAATTAACTCGAACATCCTCAAGGTATTGATA
CCAGTTGCAGTCTGTCACGCCATAGGCCATGTCACTAGCAACGTTTCCTTCGCCGCTGTC
GCTGTCTCCTTCACTCACACCATCAAAGCGCTGGAGCCATTCTTCAATGCGTCTGCTTCT
CAGTTTCTTCTTGGACAACCAATCCCCATAACACTATGGTTGTCTTTAGCTCCTGTTGTA
CTCGGAGTTGCAATGGCTTCGCTCACTGAGTTGTCGTTCAACTGGCTTGGTTTCATCAGC
GCGATGATATCAAACATCTCTTTCACTTACCGAAGCATCTTCTCCAAGAAAGCCATGACT
GATATGGACAGTACGAATGTATACGCTTACATCTCCATTATCGCTCTCTTCGGATTTTAC
TTCAAATTCGATGCCAAGGGTATATGGACGGGAATGATATTTGGTACGCTTATACAAACC
GTTATTTTAGCGTGGGTCACGTTTAGAACGGACTGGACAAAAGAGGTGGAAGAAGCTTTT
AAAAGGTTGGACAAATGGAACAACATAAAACTAGAAGTGGTTCCCGAATAATGCAAGTCG
ATGGAATTTGATGACCAATGAACCGATTGGATCCATTGGTTTAATGAAAATCGATTCAAA
TGCTCAAGATAACCGATGAGCTGGTACCTTTATTTTTTGTTTGGGCAACGGGTGGGATGT
ACTATATATAGGACATGTCTTTTGTCTTTGATTAATAATTTAATATCTGTGCATGCTTGC
TTTAAAGTTAAAACTAAATAATAAGTTGGTAAGGTATGCCAAATTAAAATGGCCATTGCT
TTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1FB19TF U 1
AF RR1FB19JQ C 264
BS 1 581 RR1FB19TF
BS 582 904 RR1FB19JQ

RD RR1FB19TF 581 0 0
GACCCCTATTTTGTATCGGTTATTCACTTGTTCGTTGGAGTTGTCTACTGCTTGCTGAGT
TGGTCCGTGGGACTTCCTAAACGGGCACCAATTAACTCGAACATCCTCAAGGTATTGATA
CCAGTTGCAGTCTGTCACGCCATAGGCCATGTCACTAGCAACGTTTCCTTCGCCGCTGTC
GCTGTCTCCTTCACTCACACCATCAAAGCGCTGGAGCCATTCTTCAATGCGTCTGCTTCT
CAGTTTCTTCTTGGACAACCAATCCCCATAACACTATGGTTGTCTTTAGCTCCTGTTGTA
CTCGGAGTTGCAATGGCTTCGCTCACTGAGTTGTCGTTCAACTGGCTTGGTTTCATCAGC
GCGATGATATCAAACATCTCTTTCACTTACCGAAGCATCTTCTCCAAGAAAGCCATGACT
GATATGGACAGTACGAATGTATACGCTTACATCTCCATTATCGCTCTCTTCGGATTTTAC
TTCAAATTCGATGCCAAGGGTATATGGACGGGAATGATATTTGGTACGCTTATACAAACC
GTTATTTTAGCGTGGGTCACGTTTAGAACGGACTGGACAAA

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1FB19JQ 641 0 0
CCCCATAACACTATGGTTGTCTTTAGCTCCTGTTGTACTCGGAGTTGCAATGGCTTCGCT
CACTGAGTTGTCGTTCAACTGGCTTGGTTTCATCAGCGCGATGATATCAAACATCTCTTT
CACTTACCGAAGCATCTTCTCCAAGAAAGCCATGACTGATATGGACAGTACGAATGTATA
CGCTTACATCTCCATTATCGCTCTCTTCGGATTTTACTTCAAATTCGATGCCAAGGGTAT
ATGGACGGGAATGATATTTGGTACGCTTATACAAACCGTTATTTTAGCGTGGGTCACGTT
TAGAACGGACTGGACAAAAGAGGTGGAAGAAGCTTTTAAAAGGTTGGACAAATGGAACAA
CATAAAACTAGAAGTGGTTCCCGAATAATGCAAGTCGATGGAATTTGATGACCAATGAAC
CGATTGGATCCATTGGTTTAATGAAAATCGATTCAAATGCTCAAGATAACCGATGAGCTG
GTACCTTTATTTTTTGTTTGGGCAACGGGTGGGATGTACTATATATAGGACATGTCTTTT
GTCTTTGATTAATAATTTAATATCTGTGCATGCTTGCTTTAAAGTTAAAACTAAATAATA
AGTTGGTAAGGTATGCCAAATTAAAATGGCCATTGCTTTAT

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL4457Contig1 1020 2 2 U
GGGTTAGCCACTGATGCAGCGGATGTTAAATCTGCCATAGCTGAGAGAATCTCAGTGATA
CTGCAAAACATGACTTCACTTCTCACATCCTTCATTGTTGCCTTCATAGTAGAATGGAGA
GTTTCTCTTCTCATCTTAGCCACGTTCCCACTTCTAGTTCTTGCCAACTTTGCTCAGCAA
CTATCTCTGAAGGGTTTTGCGGGAGATACAGCCAAGGCTCATGCAAAGACTTCAATGATT
GCTGGTGAAGGAGTCAGCAACATTAGAACCGTAGCAGCCTTCAATGCACAAAGCAAGATC
CTCTCTCTGTTCTGTCACGAACTCCGTGTCCCTCAGAAAAGAAGCTTCTACAGAAGTCAA
ACCTCGGGTTTCCTCTTTGGCCTCTCTCAGCTTGCTCTCTATGGATCCGAGGCTCTAATC
CTCTGGTACGGTGCCCACCTTGTGAGTGAAGGCAAGTCAACATTCTCCAGAGTGATTAAA
GTCTTTGTGGTTTTGGTCATTACGGCAAACTCTGTTGCTGAAACCGTCAGTCTTGCTCCT
GAAATCATCCGTGGAGGTGAAGCTGTTGGTTCTGTTTTCTCGGTCTTGGATAGGCAAACC
AGGATTGACCCGGACGACGCAGATGCTGACCCGGTGGAGACAATCCGTGGAGACATTGAT
TTTAGGCATGTGGACTTTGCTTACCCTTCAAGACCGGACGTCATGGTGTTCAGAGATTTT
AACCTCAGAATCAGAGCTGGACATAGCCAAGCCCTTGTCGGGGCCAGTGGCTCGGGGAAA
AGTTCTGTGATCGCAATGATCGAGCGGTTTTATGATCCCCTTTCCGGAAAAGTCATGATT
GACGGCAAAGACATCCGCAGGCTAAACCTAAAATCTCTGAGGCTCAAAATAGGTCTTGTT
CAGCAAGAGCCAGCTCTTTTCGCAGCAACCATCTTCGACAACATTGCATATGGGAAAGAT
GGTGCGACTGAATCCGAGTTATTGAGCTGCTCGAGCAGCAACGCTCATGGTTTCATCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GL95TF U 1
AF RR1HA51TF U 323
BS 1 645 RR1GL95TF
BS 646 1020 RR1HA51TF

RD RR1GL95TF 645 0 0
GGGTTAGCCACTGATGCAGCGGATGTTAAATCTGCCATAGCTGAGAGAATCTCAGTGATA
CTGCAAAACATGACTTCACTTCTCACATCCTTCATTGTTGCCTTCATAGTAGAATGGAGA
GTTTCTCTTCTCATCTTAGCCACGTTCCCACTTCTAGTTCTTGCCAACTTTGCTCAGCAA
CTATCTCTGAAGGGTTTTGCGGGAGATACAGCCAAGGCTCATGCAAAGACTTCAATGATT
GCTGGTGAAGGAGTCAGCAACATTAGAACCGTAGCAGCCTTCAATGCACAAAGCAAGATC
CTCTCTCTGTTCTGTCACGAACTCCGTGTCCCTCAGAAAAGAAGCTTCTACAGAAGTCAA
ACCTCGGGTTTCCTCTTTGGCCTCTCTCAGCTTGCTCTCTATGGATCCGAGGCTCTAATC
CTCTGGTACGGTGCCCACCTTGTGAGTGAAGGCAAGTCAACATTCTCCAGAGTGATTAAA
GTCTTTGTGGTTTTGGTCATTACGGCAAACTCTGTTGCTGAAACCGTCAGTCTTGCTCCT
GAAATCATCCGTGGAGGTGAAGCTGTTGGTTCTGTTTTCTCGGTCTTGGATAGGCAAACC
AGGATTGACCCGGACGACGCAGATGCTGACCCGGTGGAGACAATC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1HA51TF 698 0 0
G
CCGTGTCCCTCAGAAAAGAAGCTTCTACAGAAGTCAAACCTCGGGTTTCCTCTTTGGCCT
CTCTCAGCTTGCTCTCTATGGATCCGAGGCTCTAATCCTCTGGTACGGTGCCCACCTTGT
GAGTGAAGGCAAGTCAACATTCTCCAGAGTGATTAAAGTCTTTGTGGTTTTGGTCATTAC
GGTAAACTCTGTTGCTGAAACCGTCAGTCTTGCTCCTGAAATCATCCGTGGAGGTGAAGC
TGTTGGTTCTGTTTTCTCGGTCTTGGATAGGCAAACCAGGATTGACCCGGACGACGCAGA
TGCTGACCCGGTGGAGACAATCCGTGGAGACATTGATTTTAGGCATGTGGACTTTGCTTA
CCCTTCAAGACCGGACGTCATGGTGTTCAGAGATTTTAACCTCAGAATCAGAGCTGGACA
TAGCCAAGCCCTTGTCGGGGCCAGTGGCTCGGGGAAAAGTTCTGTGATCGCAATGATCGA
GCGGTTTTATGATCCCCTTTCCGGAAAAGTCATGATTGACGGCAAAGACATCCGCAGGCT
AAACCTAAAATCTCTGAGGCTCAAAATAGGTCTTGTTCAGCAAGAGCCAGCTCTTTTCGC
AGCAACCATCTTCGACAACATTGCATATGGGAAAGATGGTGCGACTGAATCCGAGTTATT
GAGCTGCTCGAGCAGCAACGCTCATGGTTTCATCAGT

QA 2 698 2 698
DS 



AS 1 2

CO CL4458Contig1 1051 2 4 U
GAGGGTGAAAAAACTGATATGATCTAAAGAGCTATAATGTCATTCTAGTGTAGTTAGTCT
CATGCTCATTATGCGCAATGTGACTTTACCACGAAATATATCTTTTTTTCTTCACCCAAC
TGTATTTTTATAACTCCCACAGAGTTAAGTAAACAAACCTGGAAGTTTTGTGGAACAAAT
CTGAAGTTAAGAAACTGAAAAGGAATCCAAAGCTGCCAATTTGCTAGCACTGCACCAGTC
CACTCCTACACAACCAGCAATTCATCATGGATTCAAAACAGAATACCGATAAAATAAAAC
AAAAGTAACAAACTCTGGATTCCTGCAACATGTTTTCCCACTCTGCGTTGATACCACTGC
TTACGGCCGGGGGACTTGCATACTAATCAGAATTTGAAAATCTCGTTCATCTATATATAA
TATAAGCGAGCCTTCTCTTCAACATTCTCTCCTCATTTTTCGTATATATAACTCGATCTT
TGAAAATGGTTAAGGGAATCCCCAAGGCATTGTGGATTGTTGTGGCCACCGTGTTTGCAG
TAGCCGCGGCGGTCGCACGAGTGGCTTGTGGACAACAAGCACCGTGTTACTTCGTGTTCG
GAGACTCTCAATTCGACAACGGTAACAACAATGTCTTAGACACCATTGCAAAGGTCAACT
ATTTACCTTATGGTAAAGATTTTCCGGAAGGTCCAACCGGTCGCTTTAGCAACGGACGCA
ACATTCCAGACGTTATCGGTTAGATTCTAAACCGGTTTTCTTAATCTTGTTCAATCCAAA
TTTTTATTCGATTGTTACATGTTGTGTAATTACCTCTTACGTAATATACCGGATGATCAT
GCGAGATTCTTTAAAATAAATCTAGTTTACAAATTAAGTTTTCAAAACGTGTTTTTTTTA
AGAAAAAAAAAAGGTTTTCAAAACGTGTTATGCATAATATACAGTATATGTTTAATTTTC
TTGATTTTAGTCAATGTTTTGAAAACCAGGACATGACATTAGTTCGTTATTATTACTGGT
TGATTAATAAGACCAGTTCATCGAAACTTTC


BQ
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AF RR1GL04TF U 1
AF RR1GL04JQ C 456
BS 1 688 RR1GL04TF
BS 689 689 RR1GL04JQ
BS 690 720 RR1GL04TF
BS 721 1051 RR1GL04JQ

RD RR1GL04TF 721 0 0
GAGGGTGAAAAAACTGATATGATCTAAAGAGCTATAATGTCATTCTAGTGTAGTTAGTCT
CATGCTCATTATGCGCAATGTGACTTTACCACGAAATATATCTTTTTTTCTTCACCCAAC
TGTATTTTTATAACTCCCACAGAGTTAAGTAAACAAACCTGGAAGTTTTGTGGAACAAAT
CTGAAGTTAAGAAACTGAAAAGGAATCCAAAGCTGCCAATTTGCTAGCACTGCACCAGTC
CACTCCTACACAACCAGCAATTCATCATGGATTCAAAACAGAATACCGATAAAATAAAAC
AAAAGTAACAAACTCTGGATTCCTGCAACATGTTTTCCCACTCTGCGTTGATACCACTGC
TTACGGCCGGGGGACTTGCATACTAATCAGAATTTGAAAATCTCGTTCATCTATATATAA
TATAAGCGAGCCTTCTCTTCAACATTCTCTCCTCATTTTTCGTATATATAACTCGATCTT
TGAAAATGGTTAAGGGAATCCCCAAGGCATTGTGGATTGTTGTGGCCACCGTGTTTGCAG
TAGCCGCGGCGGTCGCACGAGTGGCTTGTGGACAACAAGCACCGTGTTACTTCGTGTTCG
GAGACTCTCAATTCGACAACGGTAACAACAATGTCTTAGACACCATTGCAAAGGTCAACT
ATTTACCTTATGGTAAAGATTTTCCGGA*GGTCCAACCGGTCGCTTTAGCAACGGACGCA
C

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1GL04JQ 596 0 0
TTTTTCGTATATATAACTCGATCTTTGAAAATGGTTAAGGGAATCCCCAAGGCATTGTGG
ATTGTTGTGGCCACCGTGTTTGCAGTAGCCGCGGCGGTCGCACGAGTGGCTTGTGGACAA
CAAGCACCGTGTTACTTCGTGTTCGGAGACTCTCAATTCGACAACGGTAACAACAATGTC
TTAGACACCATTGCAAAGGTCAACTATTTACCTTATGGTAAAGATTTTCCGGAAGGTCCA
ACCGGTCGCTTTAGCAACGGACGCAACATTCCAGACGTTATCGGTTAGATTCTAAACCGG
TTTTCTTAATCTTGTTCAATCCAAATTTTTATTCGATTGTTACATGTTGTGTAATTACCT
CTTACGTAATATACCGGATGATCATGCGAGATTCTTTAAAATAAATCTAGTTTACAAATT
AAGTTTTCAAAACGTGTTTTTTTTAAGAAAAAAAAAAGGTTTTCAAAACGTGTTATGCAT
AATATACAGTATATGTTTAATTTTCTTGATTTTAGTCAATGTTTTGAAAACCAGGACATG
ACATTAGTTCGTTATTATTACTGGTTGATTAATAAGACCAGTTCATCGAAACTTTC

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

CO CL4459Contig1 480 2 2 U
GGATAACAAAATAAGAAAGTAAAGAAAGAACCAAAGCTTTTTAAGCAGTTCTGTTAATCT
ATTATAATTTGATTTAGACAAAGTGTCTGATCCATGGCTGCATCCAGAGAATTTATCATA
TGTTGCCTCTTAACACTTCTTTTGTGCACTTCCTTCATGAGAGTCCAGTCTGGTGCTGCA
GACATCAGAGGAGGATGTGGTGGCGGCGATGGCAGTTTTCAGGAAGATAATGAGCGGTGT
GTAGAGAAGGTCAAAGATGACGACGACGATGATGTGGATGATGTTTTCAAAGTGATCAAC
AAGATGAGGATATATGCTTGATCATGGTTCTTCATTTATATTTAAACATTTTGTTCGGTT
TAATCTTATTTTCTCAAGTTTGTTGCTCATTTTTTTTTGTTACTGGCGTCGATTTTCTGT
ATTTGTGTTAATTTAATTTTATCTTTCCCTTTCCCGATTAATGAGAGAAATTGTGATTTG


BQ
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AF RR1AO75JQ C 1
AF RR1AO75TF U 1
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BS 478 480 RR1AO75JQ

RD RR1AO75JQ 480 0 0
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ATTTGTGTTAATTTAATTTTATCTTTCCCTTTCCCGATTAATGAGAGAAATTGTGATTTG

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR1AO75TF 480 0 0
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ATTATAATTTGATTTAGACAAAGTGTCTGATCCATGGCTGCATCCAGAGAATTTATCATA
TGTTGCCTCTTAACACTTCTTTTGTGCACTTCCTTCATGAGAGTCCAGTCTGGTGCTGCA
GACATCAGAGGAGGATGTGGTGGCGGCGATGGCAGTTTTCAGGAAGATAATGAGCGGTGT
GTAGAGAAGGTCAAAGATGACGACGACGATGATGTGGATGATGTTTTCAAAGTGATCAAC
AAGATGAGGATATATGCTTGATCATGGTTCTTCATTTATATTTAAACATTTTGTTCGGTT
TAATCTTATTTTCTCAAGTTTGTTGCTCATTTTTTTTTGTTACTGGCGTCGATTTTCTGT
ATTTGTGTTAATTTAATTTTATCTTTCCCTTTCCCGATTAATGAGAGAAATTGTGAT
CTG

QA 1 477 1 477
DS 



AS 1 2

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TGGGGAGATCGGTGTCACAAGGTGAGAGTTTTGGAGCGGTTGAGAGTGTGAAAGCTACTA
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GGTACAAGATAATAAGCTTTGGCAGTTGCATTGGTTTTATCTTTCATGAGGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F577TF U 1
AF RR1F577JQ C 1
BS 1 465 RR1F577TF
BS 466 712 RR1F577JQ

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TGGGGAGATCGGTGTCACAAGGTGAGAGTTTTGGAGCGGTTGAGAGTGTGAAAGCTACTA
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CCCCTGGATTGGTGAACACGAGCCCGTATGAAGAAGGATGGATCATAAAGGTGGAGCTGA
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QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1F577JQ 712 0 0
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TGGGGAGATCGGTGTCACAAGGTGAGAGTTTTGGAGCGGTTGAGAGTGTGAAAGCTACTA
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CCCCTGGATTGGTGAACACGAGCCCGTATGAAGAAGGATGGATCATAAAGGTGGAGCTGA
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GGTACAAGATAATAAGCTTTGGCAGTTGCATTGGTTTTATCTTTCATGAGGT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CACAATTGGGGCAAGTATAATATGTAGTCTGTCCTTCGTCTGCTGATCTTGTCTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BS85JQ C 1
AF RR1BS85TF U 1
BS 1 476 RR1BS85TF

RD RR1BS85JQ 476 0 0
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CACAATTGGGGCAAGTATAATATGTAGTCTGTCCTTCGTCTGCTGATCTTGTCTGC

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR1BS85TF 476 0 0
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GAAGTAGGGTTGGAACAAAAACTACTTCAAAATGAAGCAAAAAGTGAAAAATGAAGTGGA
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AATCAATAATACATAAAGGTTTGATCGACATAGAACACTGAGTTCGTAACATAAATGTAA
GAACACACAAAACTGGCTGGAGAATGTAGTAGTAATCTCAACCTTCTGTGAATCTATGTC
CACAATTGGGGCAAGTATAATATGTAGTCTGTCCTTCGTCTGCTGATCTTGTCTGC

QA 1 476 1 476
DS 



AS 1 2

CO CL4463Contig1 1101 2 8 U
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AAATTACACACATTATATTTCTTTGTTTGAATAAAAACATACTATTTTGGGAGACATATA
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CGCAGCACACAGAACTGTTGGGCAACGAAGCAAGTCCAGAGATCGGACAGTGATCCAACG
GTTTTCGAACTGACGTACAGAGGGAGACACACTTGTCAGCAGGGGACAGCTCATCCTCCA
CCAGCCTCGCCCGAGAAGCGAAACACAAGACCTAAGCTCACCACTACTACTGCTGAAAAG
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GACGCTGACAACGTTTTCTCGTTCCCTAACACGCCGCCGCCGTTTTATGATTACGGGACC
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TTTCCCACGTTTTTACCAGAGTCGATCTATTATTAAAGTTAAAAATGTAATAGAGAATAA
AACCTAGTAATCTTTTTATAG


BQ
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AF RR1H004TF U 1
AF RR1H004JQ C 294
BS 1 724 RR1H004TF
BS 725 725 RR1H004JQ
BS 726 728 RR1H004TF
BS 729 729 RR1H004JQ
BS 730 764 RR1H004TF
BS 765 765 RR1H004JQ
BS 766 783 RR1H004TF
BS 784 1101 RR1H004JQ

RD RR1H004TF 783 0 0
GGAGTCTATTCTCATCATAGAATTCAGATAATATAGCTTATTACTTTAGAGCCTAGTTAT
AAATTACACACATTATATTTCTTTGTTTGAATAAAAACATACTATTTTGGGAGACATATA
TTCAAAATGGAAGGTCAAAAAGCTATGTTAGCTTGGGAGCAAAAGAAACTACAAAGCGAG
GTCAGTCTTGGACTAGAGGCGGCGAGGAAGCTTCAGGCACGAATTAGTGAATCATCGCCG
TCATCGTCATCTTCTTATCCGGCGGCTGAGACTAACGAGATTCTCATGGAGCAAATACTC
TCTTCATACGAGAAAGTTCTTGTCATGCTAAACAGGTCTTCCTCTCCGTCCGTCCAGCCT
TTTCCGGCGACTGTTGCTGTAGTTCCGGTAGTGAATTCCGGCGGAGTTCCTGAATCTCCG
GCGTCGATCAACGGAAGTCCGAGAAGTGAAGATGGAGGAGGTTCCAGTGAGAGTCATCGC
CAAGATAACATTTTCAATTCTAGGAAAAGGAAGATGTTACCAAAGTGGACAGAGAAAGTG
AGAATAAGTCCAGAAAGAGGCTTAGAAGGACCTCAAGATGATGTGTTTAGCTGGAGAAAG
TATGGTCAGAAAGACATTCTGGGCGCCAAGTTCCCCAGGAGTTACTACAGATGCACACAC
CGCAGCACACAGAACTGTTGGGCAACGAAGCAAGTCCAGAGATCGGACAGTGATCCAACG
GTTT*CGA*CTGACGTACAGAGGGAGACACACTTGTCAGCAGGG*ACAGCTCATCCTCCA
CCA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1H004JQ 808 0 0
AATACTCTCTTCATACGAGAAAGTTCTTGTCATGCTAAACAGGTCTTCCTCTCCGTCCGT
CCAGCCTTTTCCGGCGACTGTTGCTGTAGTTCCGGTAGTGAATTCCGGCGGAGTTCCTGA
ATCTCCGGCGTCGATCAACGGAAGTCCGAGAAGTGAAGATGGAGGAGGTTCCAGTGAGAG
TCATCGCCAAGATAACATTTTCAATTCTAGGAAAAGGAAGATGTTACCAAAGTGGACAGA
GAAAGTGAGAATAAGTCCAGAAAGAGGCTTAGAAGGACCTCAAGATGATGTGTTTAGCTG
GAGAAAGTATGGTCAGAAAGACATTCTGGGCGCCAAGTTCCCCAGGAGTTACTACAGATG
CACACACCGCAGCACACAGAACTGTTGGGCAACGAAGCAAGTCCAGAGATCGGACAGTGA
TCCAACGGTTTTCGAACTGACGTACAGAGGGAGACACACTTGTCAGCAGGGGACAGCTCA
TCCTCCACCAGCCTCGCCCGAGAAGCGAAACACAAGACCTAAGCTCACCACTACTACTGC
TGAAAAGCCTAACGACCTTCTCGAGAGTCTTAAAACCAGCTTAACGGTTCGAGCCGAGGG
ACTCGACGACGCTGACAACGTTTTCTCGTTCCCTAACACGCCGCCGCCGTTTTATGATTA
CGGGACCATCAACGACGAGTTCAGTTCTCCTATCTTCTATGTTGTTGATTGGTTAAATCC
AACGGCCTTTCCCACGTTTTTACCAGAGTCGATCTATTATTAAAGTTAAAAATGTAATAG
AGAATAAAACCTAGTAATCTTTTTATAG

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL4464Contig1 703 2 3 U
TACAGCGTTCCTGTCGGATCAACCACACCATTTGGCGCAAAGGATCAAGAATATGATCAA
GAACACAAGCGAAGCAAGTCCAATGGCAACACCAAGCACAACCTTATTAGGACCACGACT
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ATCCTCCTTCTGCGGCGGCGGAGACAAAGGCAAACCATGTTTATCAAACTGAGCAATACC
TAGCTTCATCTTCGAAGACAGCACAGTGTGGTTGTAACAGAGACCACTGTTCCCTCCCAC
TCTAAACACCTCGAGCTTCTTCAGGAAGCTCGCATTGAAAGGAAGGACTCCACGGAAGTC
GTTGTTCGCGAGGTTCAAGTGCTTGAGGCTCTTCATCTTGGTTATGAACCTCGGAACGGT
GCCGTTTAGCTGGTTACCGCTCAGATCTAAGTGGGTTAGGCCCGGAATGGAGGAGATCGA
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GTCGCCGATGCTGTCGGGTATCTCGCCGGAGATGGAGTTTGAAGACAGGTTTAGAGATTT
GAGGGTGGAGAGTTGAGTGATGGAAGTGGGGATGGAGCCTTTGATGAGGTTGTGTGATAA
GTCGATGGATGTGAGATCCGAGTGGAGGGACTTGGGGATGTTC


BQ
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AF RR1C979JQ U 132
AF RR1C979TF C 1
BS 1 131 RR1C979TF
BS 132 246 RR1C979JQ
BS 247 703 RR1C979TF

RD RR1C979JQ 115 0 0
TCTTCACACTAGTCTCATCCTCACTACCATAATCATAATCAGAACTCGAATCCTCCTTCT
GCGGCGGCGGAGACAAAGGCAAACCATGTTTATCAAACTGAGCAATACCTAGCTT

QA 1 115 1 115
DS 

RD RR1C979TF 703 0 0
TACAGCGTTCCTGTCGGATCAACCACACCATTTGGCGCAAAGGATCAAGAATATGATCAA
GAACACAAGCGAAGCAAGTCCAATGGCAACACCAAGCACAACCTTATTAGGACCACGACT
CTCTTCCTTCTTCTTCACACTAGTCTCATCCTCACTACCATAATCATAATCAGAACTCGA
ATCCTCCTTCTGCGGCGGCGGAGACAAAGGCAAACCATGTTTATCAAACTGAGCAATACC
TAGCTTCATCTTCGAAGACAGCACAGTGTGGTTGTAACAGAGACCACTGTTCCCTCCCAC
TCTAAACACCTCGAGCTTCTTCAGGAAGCTCGCATTGAAAGGAAGGACTCCACGGAAGTC
GTTGTTCGCGAGGTTCAAGTGCTTGAGGCTCTTCATCTTGGTTATGAACCTCGGAACGGT
GCCGTTTAGCTGGTTACCGCTCAGATCTAAGTGGGTTAGGCCCGGAATGGAGGAGATCGA
GTCAGGGATTGGTCCGGAGAGCTTGTTTGAGGATAGAGACAGGTTCTTTAGGGAGATTAG
GTCGCCGATGCTGTCGGGTATCTCGCCGGAGATGGAGTTTGAAGACAGGTTTAGAGATTT
GAGGGTGGAGAGTTGAGTGATGGAAGTGGGGATGGAGCCTTTGATGAGGTTGTGTGATAA
GTCGATGGATGTGAGATCCGAGTGGAGGGACTTGGGGATGTTC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL4465Contig1 711 2 3 U
GGCAAAAAAATTATATAATAACAAGAAGGAGATGCTTAGGGTTCGTTCTTTCAAAGTAAA
ACAGATATGCTTTTATTCATTGAAGACAGACGCACTAATTCCCCTTGTTAGCAAGATCTA
GGCTGGGATAGATAAGAACTAAATTCTTCAGAGAGGATTTATCTTCAATATCAATGAGCC
TTTCCACGAGCTTCATGTGGGCAGGCCAATTCTTGGGATTAGGTTCCCACTCTTTGAATG
TTGGATCCACTTTGCGAAAGTAGGCATGAGCAGCTGGATATCCTTTAACCTCGGCTATGA
AATCAACATACACGGCGAGTTCCGAGGGAGAAAATTCCATCTTCTTTTTATCCATCCACC
TAAAGATCTCGAGTGCGTTTTCAGATTTGTTTTTGTTCTTTGCAAGACGTTTGGCCCAAC
TGACAAGATCCGTTTGAGTGACGTAAACGCCCTTCTTCTCTTCTTCCCTTAAGATGAAAT
CTATTGTCTCAACCGTAAGTGACTTCAGCTTCTGAAATACTTTCCTCTTCTCCACCTTCC
CCTTCTCTGCCTTGCTAGGAGCTGAACTCTCCTTCTCAACCTTGATCGGAGCTGACCTCT
CCACACCAGATGAAAACGTCCTACAATCCATCTTCCACATACGACCATTCGAAGCCATCG
GAGCAGCAACTCTCCTCCAGAGATTAAGAGAAGCCATGATAAATGCGGCCC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A048JQ U 122
AF RR1A048TF C 1
BS 1 121 RR1A048TF
BS 122 649 RR1A048JQ
BS 650 711 RR1A048TF

RD RR1A048JQ 528 0 0
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TTCCACGAGCTTCATGTGGGCAGGCCAATTCTTGGGATTAGGTTCCCACTCTTTGAATGT
TGGATCCACTTTGCGAAAGTAGGCATGAGCAGCTGGATATCCTTTAACCTCGGCTATGAA
ATCAACATACACGGCGAGTTCCGAGGGAGAAAATTCCATCTTCTTTTTATCCATCCACCT
AAAGATCTCGAGTGCGTTTTCAGATTTGTTTTTGTTCTTTGCAAGACGTTTGGCCCAACT
GACAAGATCCGTTTGAGTGACGTAAACGCCCTTCTTCTCTTCTTCCCTTAAGATGAAATC
TATTGTCTCAACCGTAAGTGACTTCAGCTTCTGAAATACTTTCCTCTTCTCCACCTTCCC
CTTCTCTGCCTTGCTAGGAGCTGAACTCTCCTTCTCAACCTTGATCGGAGCTGACCTCTC
CACACCAGATGAAAACGTCCTACAATCCATCTTCCACATACGACCATT

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1A048TF 711 0 0
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ACAGATATGCTTTTATTCATTGAAGACAGACGCACTAATTCCCCTTGTTAGCAAGATCTA
GGCTGGGATAGATAAGAACTAAATTCTTCAGAGAGGATTTATCTTCAATATCAATGAGCC
TTTCCACGAGCTTCATGTGGGCAGGCCAATTCTTGGGATTAGGTTCCCACTCTTTGAATG
TTGGATCCACTTTGCGAAAGTAGGCATGAGCAGCTGGATATCCTTTAACCTCGGCTATGA
GATCAACATACACGGCGAGTTCCGAGGGAGAAAATTCCATCTTCTTTTTATCCATCCACC
TAAAGATCTCGAGTGCGTTTTCAGATTTGTTTTTGTTCTTTGCAAGACGTTTGGCCCAAC
TGACAAGATCCGTTTGAGTGACGTAAACGCCCTTCTTCTCTTCTTCCCTTAAGATGAGAT
CTATTGTCTCAACCGTAAGTGACTTCAGCTTCTGAAATACTTTCCTCTTCTCCACCTTCC
CCTTCTCTGCCTTGCTAGGAGCTGAGCTCTCCTTCTCAACCTTGATCGGAGCTGACCTCT
CCACACCAGATGAAAACGTCCTACAATCCATCTTCCACATACGACCATTCGAAGCCATCG
GAGCAGCAACTCTCCTCCAGAGATTAAGAGAAGCCATGATAAATGCGGCCC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL4466Contig1 853 2 2 U
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ACCCTCAATTTTGCACTCTGTATATCAATCATCTTCGTCTCCACCAAACCCTAAACCTTG
ATCTCTCCTTGAACGACAATTACGTCTCATAATCATCTCCGCAAGACCTCGCAAACCCCT
CAATTTCACTCCTTCATGCGTCTCCTCAGATCCCAACGCCTCTGATTCGATAAAGAGAGA
CGGATGCACCAGTAGCCATGGCTGAACAGACTGAGACAGCTTTTCTTAAGCAACCCGAGG
TCGTCTTAAGCTAGAAGAAATCTGGGAAAGAAAAGAAACATGTTAAAGGTGGAAACCGTT
TCTGGAAGAACATTGGTTTGGGTTTCCAGACTCCCCATGACGCCATTGAAGGAACTGATG
TTCAAAGAAGAGGTCACAGTTACGCTTGTGTGCGATTCAATAGATAAAGACTCCAACTTT
TCTTTTTTGTTCAGCTGCATTTCTTCCTGCAACTTTTGCGTCCAGTATGAGCTTAAGGCA
GTTGGAGTTGATGGAGTGGTTCTGGCCACCAATTACCAACCAGAAGTGATGCTTAACTTT
TTGAAAGACTTTGAAGCAAAGCTAGAAATCAATCACTTGCTCACAAAAGACTGAGCGTAT
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TATATTTGTTAGCTTATGAATTATTTTGGTTTTATGTATATTTTGGATGGTAGTTAGTGG
ATGTAGTGGTTGCCTTGGAGATGCAGGGGAAGTCTCGATTGCCATTGATATTATTATGGC
ATTAGTAGTTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BA23TF U 1
AF RR1BA23JQ C 162
BS 1 670 RR1BA23TF
BS 671 853 RR1BA23JQ

RD RR1BA23TF 670 0 0
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ACCCTCAATTTTGCACTCTGTATATCAATCATCTTCGTCTCCACCAAACCCTAAACCTTG
ATCTCTCCTTGAACGACAATTACGTCTCATAATCATCTCCGCAAGACCTCGCAAACCCCT
CAATTTCACTCCTTCATGCGTCTCCTCAGATCCCAACGCCTCTGATTCGATAAAGAGAGA
CGGATGCACCAGTAGCCATGGCTGAACAGACTGAGACAGCTTTTCTTAAGCAACCCGAGG
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TCTGGAAGAACATTGGTTTGGGTTTCCAGACTCCCCATGACGCCATTGAAGGAACTGATG
TTCAAAGAAGAGGTCACAGTTACGCTTGTGTGCGATTCAATAGATAAAGACTCCAACTTT
TCTTTTTTGTTCAGCTGCATTTCTTCCTGCAACTTTTGCGTCCAGTATGAGCTTAAGGCA
GTTGGAGTTGATGGAGTGGTTCTGGCCACCAATTACCAACCAGAAGTGATGCTTAACTTT
TTGAAAGACTTTGAAGCAAAGCTAGAAATCAATCACTTGCTCACAAAAGACTGAGCGTAT
GGGTACAATT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1BA23JQ 692 0 0
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TTGATTCGATAAAGAGAGACGGATGCACCAGTAGCCATGGCTGAACAGACTGAGACAGCT
TTTTTTAAGCAACCCGAGGTCGTTTTAAGCTAGAAGAAATTTGGGAAAGAAAAGAAACAT
GTTAAAGGTGGAAACCGTTTTTGGAAGAACATTGGTTTGGGTTTCCAGACTCCCCATGAC
GCCATTGAAGGAACTGATGTTCAAAGAAGAGGTCACAGTTACGCTTGTGTGCGATTCAAT
AGATAAAGACTCCAACTTTTTTTTTTTGTTCAGCTGCATTTTTTCCTGCAACTTTTGCGT
CCAGTATGAGCTTAAGGCAGTTGGAGTTGATGGAGTGGTTCTGGCCACCAATTACCAACC
AGAAGTGATGCTTAACTTTTTGAAAGACTTTGAAGCAAAGCTAGAAATCAATCACTTGCT
CACAAAAGACTGAGGGTATGGGTACAATTGAGTCCAGCTTGGGAAATATTAAGGAAGTTA
TTAGTTTTATATATGTTGGTATATTTGTTAGCTTATGAATTATTTTGGTTTTATGTATAT
TTTGGATGGTAGTTAGTGGATGTAGTGGTTGCCTTGGAGATGCAGGGGAAGTCTCGATTG
CCATTGATATTATTATGGCATTAGTAGTTTTT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL4467Contig1 1165 2 4 U
GATTCCATCCTTATGTCCCTAATTAATCAGCTCGAAAAGGATAAGAAATCATTGACTCTG
TCCCCAGATGACAGTATGCATGTGGAGGGGTTTGCCCTAAATGTCTTTGCAAAGGCAGAC
AAGCAGGATCGTGCAGGACGAGCAGACTTAGGCACTGCCAAAACATTTTATGCTGCAAAC
ATCTTCTTTGAGATTCTGAGCCAGTTTGGCCCCGTTCCTCCTGATATAGAGCAGAAACAG
AAGCATGCCGCTTGGAAAGCTGCTGACATAAGGAAAGCGATTAAAGAAGGAAGGAAGCCC
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CTCAAGCCACCACCATTTCCCTGAAGTGCCACAACATCATCTACCTCCTCCAAGGTTTCA
TGACAATCCTAACAACAATTATCCAACAGATGTCCCGCCTCCACCACCATCTTCTTACCC
TTCCAACGATTTCAATGCGCCTCCCACGGGACCCTCAGACTCCCCTTACCCTCATACTTA
CAACCATCAATCATACCACCAAGATCCACCACAACACATGCCGCCACCACCACAAAACTA
CCCATCTCATGAGCCTTCGCCAAGCTCTCTCCCTAATTTCCAGTCTTACCCTAGCTTCAG
TGAGAGCACCCTCCCAGCCACTCCTTCCCACTACCCTTCTCACTTCCAGAACCCTGAACC
TTACTATTCCTCTCCGCATTCCGCACCTGCTCCTTCTTCCTCAAGCTTCGCCTCTGCTCC
CTCTCCTCCTCCTTATTCATCATCAAACGGGCGTGTCAATGTTGCTCCTGTTATAGATCC
TCCAGCTCAGAAGTACCATTACGACAGCAGCTACCAGCCAGGGCCAGAGAAGATAGCAGA
GGCACACAAGGCTGCTAGGTTCGCTGTTGGAGCTTTGGCTTTTGATGAAGTCTCTACCGC
TGTAGAACATCTGAAGAAGTCACTCGAGTTGCTTACGAATCCATCAGCGGGTCACTGATA
TTTCATTATGTTTTAATCTATGAACCTTGGGTTTGATGTGTGTATGAGCTCACAATCACA
CCATTGATTTGTTGTCAACTTTTCTGGCTCAGACTTTTGTGTACAAAACAAAAAATATTG
TGTGAACTAAACTAGTGTTTTTTGC


BQ
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AAGCATGCCGCTTGGAAAGCTGCTGACATAAGGAAAGCGATTAAAGAAGGAAGGAAGCCC
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CAACCATCAATCATACCACCAAGATCCACCACAACACATGCCGCCACCACCACAAAACTA
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TGAGAGCACCCTC

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DS 

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ATCATCTACCTCCTCCAAGGTTTCATGACAATCCTAACAACAATTATCCAACAGATGTCC
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CAGACTCCCCTTACCCTCATACTTACAACCATCAATCATACCACCAAGATCCACCACAAC
ACATGCCGCCACCACCACAAAACTACCCATCTCATGAGCCTTCGCCAAGCTCTCTCCCTA
ATTTCCAGTCTTACCCTAGCTTCAGTGAGAGCACCCTCCCAGCCACTCCTTCCCACTACC
CTTCTCACTTCCAGAACCCTGAACCTTACTATTCCTCTCCGCATTCCGCACCTGCTCCTT
CTTCCTCAAGCTTCGCCTCTGCTCCCTCTCCTCCTCCTTATTCATCATCAAACGGGCGTG
TCAATGTTGCTCCTGTTATAGATCCTCCAGCTCAGAAGTACCATTACGACAGCAGCTACC
AGCCAGGGCCAGAGAAGATAGCAGAGGCACACAAGGCTGCTAGGTTCGCTGTTGGAGCTT
TGGCTTTTGATGAAGTCTCTACCGCTGTAGAACATCTGAAGAAGTCACTCGAGTTGCTTA
CGAATCCATCAGCGGGTCACTGATATTTCATTATGTTTTAATCTATGAACCTTGGGTTTG
ATGTGTGTATGAGCTCACAATCACACCATTGATTTGTTGTCAACTTTTCTGGCTCAGACT
TTTGTGTACAAAACAAAAAATATTGTGTGAACTAAACTAGTGTTTTTTGC

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

CO CL4468Contig1 1127 2 4 U
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ATCGATCTCGAGAGGTGGAGAGAAGGAGACTACACGAGAAAGATCGAAAACTGGATGAAG
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GCTCCTTATGATCTACATAAGTCACAAAGACAGTATCTTCAATATAATCAAGAGTTAGAG
ATTCTTTGATTCATTTATTTTATTTTCATTGGATTCCATTTTTTGTTTCTTCGTAAAAAA
TTTTGCTCTTCTTTTGATGTATATATAAAACGGAAATACATTGAGGA


BQ
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AF RR1B361TF U 1
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AAAACATTTTCTTCCACTTCATTGCTTCAGGGTCAAGCCATGTAAAGACTCTCTCCTCTG
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TCAGAGATTCTATCATCGTGTGTTCACCGAGTGATTTACCTAGACTCAGATGTGATCGTT
GTCGACGATATCAAGAAGCTATGGAAGACTTCTTTAACCGGGTCAAGAACTATTGGCGCA
CCAGAGTATTGCCACGCAAACTTCACCAAGTACTTCTCAGATCGTTTCTGGTCAGATCGA
GAACTCTCTCAAGTCTTTGACTCCAAGACCCCTTGCTACTTCAAC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1B361JQ 792 0 0
GATGAAACCCTTTGTGAAAGATCTGATCTCTTCTTCCATAAGACAAGCTCTAGATAGTCC
CTTGAACTATGCAAGAAGCTACCTGTCAGAGATTCTATCATCGTGTGTTCACCGAGTGAT
TTACCTAGACTCAGATGTGATCGTTGTCGACGATATCAAGAAGCTATGGAAGACTTCTTT
AACCGGGTCAAGAACTATTGGCGCACCAGAGTATTGCCACGCAAACTTCACCAAGTACTT
CTCAGATCGTTTCTGGTCAGATCGAGAACTCTCTCAAGTCTTTGACTCCAAGACCCCTTG
CTACTTCAACACGGGAGTGATGGTGATCGATCTCGAGAGGTGGAGAGAAGGAGACTACAC
GAGAAAGATCGAAAACTGGATGAAGATTCAGAAAGAAGAGAGGATTTACGAGTTGGGTTC
ATTGCCGCCGTTTCTTCTTGTGTTTTCCGGGGAGATCGAAGCTATTGATCACCAATGGAA
CCAGCATGGTCTAGGTGGAGACAACGTTGTGAGTAGTTGCAGATCTTTGCATCCTGGTCC
GGTGAGTTTGATACATTGGAGTGGAAAAGGGAAGCCATGGGTGGGGCTTGATGATGGTAA
GCCTTGTCCTGTTGATTATCTATGGGCTCCTTATGATCTACATAAGTCACAAAGACAGTA
TCTTCAATATAATCAAGAGTTAGAGATTCTTTGATTCATTTATTTTATTTTCATTGGATT
CCATTTTTTGTTTCTTCGTAAAAAATTTTGCTCTTCTTTTGATGTATATATAAAACGGAA
ATACATTGAGGA

QA 1 792 1 792
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4470Contig1 794 2 2 U
GGGTTGCTCAGAGGCCACACCAACTTCGTCTTCTGCGTCAACTTCAACCCTCCCTCGAAT
CTGATCGTGTCTGGCTCCTTCGACGAGACGATTCGGATCTGGGAGGTGAAGACGGGGAGG
TGCGTGCGCGTGATTAAGGCTCACTCCATGCCTCTCACGAGCGTGCATTTCAATCGCGAC
GGGTCCTTGATTGTTTCGGGGAGTCACGATGGTTCTTGTAAGATATGGGATGCTAAGGAA
GGGACTTGCTTGAAGACTTTGATTGATGACAAATCTCCTGCTGTTTCTTTCGCTAAGTTC
TCTCCTAATGGCAAGTTCATCCTCGTTGCCACTCTTGATAGTACTCTCAAGCTGTCTAAC
TATGCAACTGGCAAGTTTATAAAGGTATACACCGGACATACCAACAAAGTATTCTGCATC
ACATCCGCGTTTTCTGTGACCAACGGCAAGTACATTGTGAGCGGATCTGAAGACAACTCT
GTGTATCTGTGGGATCTTCAGCATAAAACTATACTGCAGAGACTACAAGGCCACACAGAC
GCTGTGATCTCTGTGAGTTGCCATCCCCTTCACAACGAGATTGCTTCATCCGCAAATCAT
TTAGATAAAACCATCATGATATGGAAACAAGAGGCTTAGACACATGAGTTTGATTATAAT
GTAATTTGCTTTTGTGAGATTTGATTGTTATACACCTTCAGGTGTGATTGCAATATCTGC
TGCATGCTGGTCAACATATCCATCACACATGAAAGCATACTATGAGATGTTATTAATATC
CATGTTTATTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE40TF U 1
AF RR1GE40JQ C 318
BS 1 631 RR1GE40TF
BS 632 794 RR1GE40JQ

RD RR1GE40TF 631 0 0
GGGTTGCTCAGAGGCCACACCAACTTCGTCTTCTGCGTCAACTTCAACCCTCCCTCGAAT
CTGATCGTGTCTGGCTCCTTCGACGAGACGATTCGGATCTGGGAGGTGAAGACGGGGAGG
TGCGTGCGCGTGATTAAGGCTCACTCCATGCCTCTCACGAGCGTGCATTTCAATCGCGAC
GGGTCCTTGATTGTTTCGGGGAGTCACGATGGTTCTTGTAAGATATGGGATGCTAAGGAA
GGGACTTGCTTGAAGACTTTGATTGATGACAAATCTCCTGCTGTTTCTTTCGCTAAGTTC
TCTCCTAATGGCAAGTTCATCCTCGTTGCCACTCTTGATAGTACTCTCAAGCTGTCTAAC
TATGCAACTGGCAAGTTTATAAAGGTATACACCGGACATACCAACAAAGTATTCTGCATC
ACATCCGCGTTTTCTGTGACCAACGGCAAGTACATTGTGAGCGGATCTGAAGACAACTCT
GTGTATCTGTGGGATCTTCAGCATAAAACTATACTGCAGAGACTACAAGGCCACACAGAC
GCTGTGATCTCTGTGAGTTGCCATCCCCTTCACAACGAGATTGCTTCATCCGCAAATCAT
TTAGATAAAACCATCATGATATGGAAACAAG

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1GE40JQ 477 0 0
CATCCTCGTTGCCACTCTTGATAGTACTCTCAAGCTGTCTAACTATGCAACTGGCAAGTT
TATAAAGGTATACACCGGACATACCAACAAAGTATTCTGCATCACATCCGCGTTTTCTGT
GACCAACGGCAAGTACATTGTGAGCGGATCTGAAGACAACTCTGTGTATCTGTGGGATCT
TCAGCATAAAACTATACTGCAGAGACTACAAGGCCACACAGACGCTGTGATCTCTGTGAG
TTGCCATCCCCTTCACAACGAGATTGCTTCATCCGCAAATCATTTAGATAAAACCATCAT
GATATGGAAACAAGAGGCTTAGACACATGAGTTTGATTATAATGTAATTTGCTTTTGTGA
GATTTGATTGTTATACACCTTCAGGTGTGATTGCAATATCTGCTGCATGCTGGTCAACAT
ATCCATCACACATGAAAGCATACTATGAGATGTTATTAATATCCATGTTTATTTACC

QA 1 477 1 477
DS 



AS 1 2

CO CL4471Contig1 783 2 4 U
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AACTCCACAAAATGGCAGAAACAGCAACATCATCGCTATTGAAACGCCAAAGAGACGAGC
AAGAACAAGAAACCAAGCCCCGCGAAGATTCAAAAAAACAAAAGGCTTCTTCATCTTCTA
CCTCGTACAATGAAGTTCAATGTCTCTTAGATAATGTAGAAGCACAGAATGAAGCAGACA
GTGAACTAACTTCCCTAATCACCACACTTCAGCAAGAAATCTCAACCGAAGAGCAAAACG
CTGCTGTTTTTGAGAATCCTCCTCTCTCTTATTCTTCTCGCTCCTCTTCGTCGTCTTCGT
GCGTTCCAAAGGAAGAAGAATACGAAATCGACAAAGAGAAAGAGAAAGTGATGAAGCATC
TTTTAGAAGCTTCCGACGACGAACTCGGGATACCTAACACTAAAACTGAGATGAGTAATT
ACGAGATAGTTAACAGTGAGACTAATCAGGATTACATTAATGGGTTTAGTTTATTAGATG
GGTTTGGTGATGGGCTTTGGGAGCTTGAGGATGAAGTTGCTAATTATTATACGTTGCTGC
AGTCTCAACTGTTCATGTAAATGTCCAAAAGAGAAAAATAGGGAAACATTTTGATGGGTA
GAAATAGAAAGGAAAATTAAAGAAAGGATATATGATAAAGAAGAGAAAAAGAGAAGAACT
GAATATTTTCTTTTATGTTTCATCATTGCGTTTTTTTGTTTTTCTTTCCATGTGAATTTG
ACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1BP71TF U 1
AF RR1BP71JQ C 205
BS 1 709 RR1BP71TF
BS 710 710 RR1BP71JQ
BS 711 749 RR1BP71TF
BS 750 783 RR1BP71JQ

RD RR1BP71TF 749 0 0
GGAAATCACACGATTTCAAAAGCTAGAACAAACCTTTCAATAGTAAAATCTCTCTCTCAA
AACTCCACAAAATGGCAGAAACAGCAACATCATCGCTATTGAAACGCCAAAGAGACGAGC
AAGAACAAGAAACCAAGCCCCGCGAAGATTCAAAAAAACAAAAGGCTTCTTCATCTTCTA
CCTCGTACAATGAAGTTCAATGTCTCTTAGATAATGTAGAAGCACAGAATGAAGCAGACA
GTGAACTAACTTCCCTAATCACCACACTTCAGCAAGAAATCTCAACCGAAGAGCAAAACG
CTGCTGTTTTTGAGAATCCTCCTCTCTCTTATTCTTCTCGCTCCTCTTCGTCGTCTTCGT
GCGTTCCAAAGGAAGAAGAATACGAAATCGACAAAGAGAAAGAGAAAGTGATGAAGCATC
TTTTAGAAGCTTCCGACGACGAACTCGGGATACCTAACACTAAAACTGAGATGAGTAATT
ACGAGATAGTTAACAGTGAGACTAATCAGGATTACATTAATGGGTTTAGTTTATTAGATG
GGTTTGGTGATGGGCTTTGGGAGCTTGAGGATGAAGTTGCTAATTATTATACGTTGCTGC
AGTCTCAACTGTTCATGTAAATGTCCAAAAGAGAAAAATAGGGAAACATTTTGATGGGTA
GAAATAGAAAGGAAAATTAAAGAAAGGATATATGATAAAGAAGAGAAAA*GAGAAGAACT
GAATATTTTCTTTTATGTTTCATCATTGC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1BP71JQ 579 0 0
TCTTAGATAATGTAGAAGCACAGAATGAAGCAGACAGTGAACTAACTTCCCTAATCACCA
CACTTCAGCAAGAAATTTCAACCGAAGAGCAAAACGCTGCTGTTTTTGAGAATCCTCCTC
TTTCTTATTTTTCTCGCTCCTTTTCGTCGTCTTCGTGCGTTCCAAAGGAAGAAGAATACG
AAATCGACAAAGAGAAAGAGAAAGTGATGAAGCATCTTTTAGAAGCTTCCGACGACGAAC
TCGGGATACCTAACACTAAAACTGAGATGAGTAATTACGAGATAGTTAACAGTGAGACTA
ATCAGGATTACATTAATGGGTTTAGTTTATTAGATGGGTTTGGTGATGGGCTTTGGGAGC
TTGAGGATGAAGTTGCTAATTATTATACGTTGCTGCAGTTTCAACTGTTCATGTAAATGT
CCAAAAGAGAAAAATAGGGAAACATTTTGATGGGTAGAAATAGAAAGGAAAATTAAAGAA
AGGATATATGATAAAGAAGAGAAAAAGAGAAGAACTGAATATTTTTTTTTATGTTTCATC
ATTGCGTTTTTTTGTTTTTCTTTCCATGTGAATTTGACA

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 2

CO CL4472Contig1 855 2 2 U
TTTTTAGGATCGTGGGACCATGGGCTTTGAGAAATATTATGAATTTTTATTTATATTGAA
AAGTAGAAAACACGAAACAGTTTATTGCATTTAAATGTTTTTGAAATTTATTTTTTCTTT
AATTTATCCAGCATATTCCATGTGTCAAAATCTGATTGGCAAGATGACTTGTGCTTTAGT
ATATAGGGATGTGCATTGTTCTCTTTTGTTGATAAACTCATTATTATTTGATATGCAATT
TACTTGCACCTGTTCCATATTGCAGTGTTTCAGTGCCAATGGTCCTTATCAACAAAGCTT
TGATTATGCAATATCCACAGTTGGTGACTTTTCTAACACTTCGGATACTGAAGATTTTCA
ACACCAAAGGTATCTCCTTCTGTCAATCCAAATTTATTATTACTCATTTTCCCTCAAAAT
TCTTATTATGAATGGGTCATGTTGTTTTCTTCTTTGGATTTTGTTAGCAACTGGCTAATT
CATCGCTTATACATTGTGGCAGACAAATGGAACACAGTAGAACTAACGTAATCGTTTTGG
CCTCCGAAAGTTGGCTTCTCAAACCACTATTTTTCATCTTTGGAAACAAAAGAACAACCT
AATGCATAACCAGACCGCTATCCCGCCAGATTCGGTCTTTTATGCCATTGATAAAGAGAT
GAGAAATATTATTTCAGCAAGGAGAAGTAGAAAGTGTTTTCATTCTCTCATGGAGTTGTG
GTTGAGATAATCTTTTTATCTTCTTTGTAGTGAGAAAATCCATGGTCCACTTTGTTTTTA
ACTTTTTTGCCAAGTGGTTCATCTTAGATCTTCCTTGTAAAATCTACTTTCATTATATGA
TATTTACATTTTAGC


BQ
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ACATTTTAGC

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DS 



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ACTTTTAAGGGGGAATGTAAAGTTATGGAAATATTTTTTTAACTCG


BQ
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DS 



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TCATAAGGATATGTTCCTATACCAACTTCTCCTACAAAGGGAACAAGCACTCCTCGACTC
TCATTGCAACACCTTCGAGAGCTTGGATAGATCTCTGATCCGAGAAGTTTCAAAACATTG
GTTTGGTCTGGTCCAAATACTGCATTAGAAGCAAGCTACACCCGGGAAACCAAGTTCACA
AGAGTAAATTATTAGTAAGTAATCATATTCTATGTAACAGTATTGGAAAATGAGTAAATC
ACTTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TTTTATGTTTGGATATTAACCACCCCTGTTTTATAGGTCACTCTTTTTGGAAATGATTAC
ACC

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DS 

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AATCACTTTGACC

QA 1 793 1 793
DS 



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ACATAGCTCCAGAATATGCGTATACGTTGAAGGTAGATGAGAAGAGCGATGTGTACAGTT
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TTGCTATGCTCTGTGTCGAAGAACAAGCCGTTGAGAGACCTACGATGAGAGAAGTCGTTC
AGATTCTCACTGAGGTGCCGAAGATGCCACCGTCTAAGGATCAGCCTGCGACGGAATCAA
CAGCCGGAGAGGAGAAAACAACGACGCCAGAGGGCGGTCAAGGTCAGCCGGATCTACTCG
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GAGATTTGGTTGTTAATCACTTATTTTCCCATGTTTAGTCCGGTTTGTGCTTTTGTCCGG
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TCGCATTTATCGTAATTTGGTTCAGTTTAGTTTGTAGTTTGTATGAATCAAGGTGTACAG
TTGGGTTTAATTTAAAAGTTTTGTCTT


BQ
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AF RR1CP77TF U 1
AF RR1GH24TF U 354
BS 1 442 RR1CP77TF
BS 443 443 RR1GH24TF
BS 444 671 RR1CP77TF
BS 672 927 RR1GH24TF

RD RR1CP77TF 688 0 0
GGAAGAAAGGAGGACACTTGCATTGGGACACGCGTTACAAGATTGCTCTCGAAGCTGCGA
AAGGACTCTGTTATCTCCATCACGATTGTTCTCCGCTGATTGTTCATCGAGATGTTAAGT
CGAACAACATCCTCCTCGATTCCAGCTTCGAAGCTCATGTCGCTGACTTTGGTCTCGCCA
AGTTCTTACAAGACTCCGGTACTTCTGAATGCATGTCTGCCATCGCTGGATCTTACGGCT
ACATAGCTCCAGAATATGCGTATACGTTGAAGGTAGATGAGAAGAGCGATGTGTACAGTT
TCGGTTTGGTTCTTTTAGAGCTAGTCACCGGGAGAAAACCCGTCGGTGAGTTCGGCGACG
GTGTCGATATCGTGCAGTGGGTTCGTAAAATGACTGATTCGAACAAGGACTCTGTTCTCA
AAGTGTTGGATCCGAGGCTTTCTTCGATTCCTATTCACGAAGTGACGCACGTTTTCTACG
TTGCTATGCTCTGTGTCGAAGAACAAGCCGTTGAGAGACCTACGATGAGAGAAGTCGTTC
AGATTCTCACTGAGGTGCCGAAGATGCCACCGTCTAAGGATCAGCCTGCGACGGAATCAA
CAGCCGGAGAGGAGAAAACAACGACGCCAGAGGGCGGTCAAGGTCAGCCGGATCTACTCG
ATCTCTGAGAG
CAGTAAAAAACTAAAAA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1GH24TF 574 0 0
GGT
GACGGTGTCGATATCGTGCAGTGGGTTCGTAAAATGACTGATTCGAACAAGGACTCTGTT
CTCAAAGTGTTGGATCCGAGGCTTTCCTCGATTCCTATTCACGAAGTGACGCACGTTTTC
TACGTTGCTATGCTCTGTGTCGAAGAACAAGCCGTTGAGAGACCTACGATGAGAGAAGTC
GTTCAGATTCTCACTGAGGTGCCGAAGATGCCACCGTCTAAGGATCAGCCTGCGACGGAA
TCAACAGCCGGAGAGGAGAAAACAACGACGCCAGAGGGTGGTCAAGGTCAGCCGGATCTA
CTCGATCTCTGAGAGTGGTAAAAATTAGGGTTGGTTCCGGTAAGAGAAGATGGTATTAGG
AGATGAGATTTGGTTGTTAATCACTTATTTTCCCATGTTTAGTCCGGTTTGTGCTTTTGT
CCGGTTAAGTGGTATTTTATTTTGACTCCTTTTGATTTTAAGTGTGTTTCATTTTACTCG
GCTTTCGCATTTATCGTAATTTGGTTCAGTTTAGTTTGTAGTTTGTATGAATCAAGGTGT
ACAGTTGGGTTTAATTTAAAAGTTTTGTCTT

QA 4 574 4 574
DS 



AS 1 2

CO CL4476Contig1 269 2 2 U
GTCGACAAGTAATGATGGTGCGGTGATCGTTGTTTCCTCTGAAAGAGTCCCACTTGAGCT
TCTCTATATGATTCTGTTTACGTTTCTTTTTCTTTTTCCTCGTGCTCTTTCTTTCTTTAA
TAAGGCCCTTTGATTTTTGAGGTGGCGATAGTTTAGTCTCGCCACCATCAGCTGTCGTTG
TGGGTCAAGTTAAGAACTGCATTTGGTTGTTTTGTTTGGCACAAACTGACTTTGATTCTG
AAGGTTTAATAATAATTAAACGAATTCCG


BQ
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AF RR1AT10JQ C 1
AF RR1AT10TF U 29
BS 1 28 RR1AT10JQ
BS 29 269 RR1AT10TF

RD RR1AT10JQ 269 0 0
GTCGACAAGTAATGATGGTGCGGTGATCGTTGTTTCCTCTGAAAGAGTCCCACTTGAGCT
TCTCTATATGATTCTGTTTACGTTTCTTTTTCTTTTTCCTCGTGCTCTTTCTTTCTTTAA
TAAGGCCCTTTGATTTTTGAGGTGGCGATAGTTTAGTCTCGCCACCATCAGCTGTCGTTG
TGGGTCAAGTTAAGAACTGCATTTGGTTGTTTTGTTTGGCACAAACTGACTTTGATTCTG
AAGGTTTAATAATAATTAAACGAATTCCG

QA 1 269 1 269
DS 

RD RR1AT10TF 241 0 0
GTTGTTTCCTCTGAAAGAGTCCCACTTGAGCTTCTCTATATGATTCTGTTTACGTTTCTT
TTTCTTTTTCCTCGTGCTCTTTCTTTCTTTAATAAGGCCCTTTGATTTTTGAGGTGGCGA
TAGTTTAGTCTCGCCACCATCAGCTGTCGTTGTGGGTCAAGTTAAGAACTGCATTTGGTT
GTTTTGTTTGGCACAAACTGACTTTGATTCTGAAGGTTTAATAATAATTAAACGAATTCC
G

QA 1 241 1 241
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4478Contig1 1418 2 4 U
GGGAATCTCTGCTAGATCTATCTTGATTCCATTTTCAAATCGCCCTTGAAATCGGGACGC
AAGGTGTGTGGGATTGATTCTTACTAGTGCCAGAGAGATAGAGAGTAATGGATTTGGATC
AATGGATTTCGAAGGTTAAAGACGGTCAGCATCTCTCCGAGGACGAGCTTCAGCTTCTCT
GCGAATACGTGAAAGAGATTCTGATTGAGGAGTCGAACGTTCAGCCTGTGAACAGTCCAG
TCACCGTCTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTCATGACCTCATGAAGCTTTTTCAGACCG
GTGGTCATGTTCCCGACACTAACTACATATTTATGGGGGACTTTGTGGATAGAGGTTACA
ACAGCCTTGAAGTCTTCACTATTCTTTTGCTTCTTAAAGCTAGACATCCAGCCAATATTA
CACTTCTGCGTGGAAATCATGAAAGTCGGCAGCTAACGCAGGTATATGGTTTCTATGACG
AATGCCAGAGGAAGTATGGTAACGCCAATGCGTGGCGATATTGCACAGATGTTTTTGACT
ATCTTACCCTATCAGCTATTATAGATGGCACAGTTCTATGTGTTCATGGCGGCCTGTCAC
CTGATGTCCGGACAATTGATCAGATAAGACTGGTCGATCGAAATTGTGGAATTCCCCACG
AAAGGGCCCTTTTGCGATCTTATGTGGAGCGATCCTGAGACATTGAAACATGGGCTGTTA
GTCCACGTGGAGCTGGTTGGCTTTTCGGATCCAGGGTCACCACTGAGTTTAACCATATCA
ACAAGCTTGATCTAGTATGCCGGGCACACCAGCTTGTACAAGAAGGTCTTAAGTACATGT
TCCAAGATAAAGGCCTTGTAACTGTATGGTCTGCGCCTAATTACTGCTACCGCTGTGGGA
ATGTAGCTTCTATATTGAGTTTCGATGACAACATGGAAAAATCAGTGAAGTACTTCACAG
AGACGGAAGAGAACAATCAAATGAGAGGGCCAAGGACTGGAGTTCCATATTTCCTATGAT
GATTACGCTTATATTATATTTGTGCCTCCTTACATTGCTGTGATGATGATGATGAAGCCA
TTGCTGCTACCATTGGCAATATGTTCAGTCTCAGAAGGTGTTATTATGTAGATATATAAT
ATTATCTACTAATGGGTTTCACTTACTTCCATTATCTATATGTCCTCCTCTACGTTAAAA
CATTTTTTGCCTTGTGAAATTCAAAAAAGGTGAACACTTTGGTAACAGTTTGTAGTAGTT
TTTGAGTCTACTCGTGGATTCTCTCTACTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTCCCACAATCTTT
TCTTCTGTATTTGTTCACTTACAATGTGTTTTCTCAACTCTTTTGCTTTTGTTAAAATGA
CATTAATTCCTATTTGAATTCAGATATTGCATGCTTAT


BQ
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AF RR1EI25TF U 1
AF RR1EI25JQ C 700
BS 1 803 RR1EI25TF
BS 804 804 RR1EI25JQ
BS 805 820 RR1EI25TF
BS 821 1418 RR1EI25JQ

RD RR1EI25TF 820 0 0
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AAGGTGTGTGGGATTGATTCTTACTAGTGCCAGAGAGATAGAGAGTAATGGATTTGGATC
AATGGATTTCGAAGGTTAAAGACGGTCAGCATCTCTCCGAGGACGAGCTTCAGCTTCTCT
GCGAATACGTGAAAGAGATTCTGATTGAGGAGTCGAACGTTCAGCCTGTGAACAGTCCAG
TCACCGTCTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTCATGACCTCATGAAGCTTTTTCAGACCG
GTGGTCATGTTCCCGACACTAACTACATATTTATGGGGGACTTTGTGGATAGAGGTTACA
ACAGCCTTGAAGTCTTCACTATTCTTTTGCTTCTTAAAGCTAGACATCCAGCCAATATTA
CACTTCTGCGTGGAAATCATGAAAGTCGGCAGCTAACGCAGGTATATGGTTTCTATGACG
AATGCCAGAGGAAGTATGGTAACGCCAATGCGTGGCGATATTGCACAGATGTTTTTGACT
ATCTTACCCTATCAGCTATTATAGATGGCACAGTTCTATGTGTTCATGGCGGCCTGTCAC
CTGATGTCCGGACAATTGATCAGATAAGACTGGTCGATCGAAATTGTGGAATTCCCCACG
AAAGGGCCCTTTTGCGATCTTATGTGGAGCGATCCTGAGACATTGAAACATGGGCTGTTA
GTCCACGTGGAGCTGGTTGGCTTTTCGGATCCAGGGTCACCACTGAGTTTAACCATATCA
ACAAGCTTGATCTAGTATGCCGG*CACACCAGCTTGTACA

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1EI25JQ 719 0 0
ACATTGAAACATGGGCTGTTAGTCCACGTGGAGCTGGTTGGCTTTTCGGATCCAGGGTCA
CCACTGAGTTTAACCATATCAACAAGCTTGATCTAGTATGCCGGGCACACCAGCTTGTAC
AAGAAGGTCTTAAGTACATGTTCCAAGATAAAGGCCTTGTAACTGTATGGTCTGCGCCTA
ATTACTGCTACCGCTGTGGGAATGTAGCTTCTATATTGAGTTTCGATGACAACATGGAAA
AATCAGTGAAGTACTTCACAGAGACGGAAGAGAACAATCAAATGAGAGGGCCAAGGACTG
GAGTTCCATATTTCCTATGATGATTACGCTTATATTATATTTGTGCCTCCTTACATTGCT
GTGATGATGATGATGAAGCCATTGCTGCTACCATTGGCAATATGTTCAGTCTCAGAAGGT
GTTATTATGTAGATATATAATATTATCTACTAATGGGTTTCACTTACTTCCATTATCTAT
ATGTCCTCCTCTACGTTAAAACATTTTTTGCCTTGTGAAATTCAAAAAAGGTGAACACTT
TGGTAACAGTTTGTAGTAGTTTTTGAGTCTACTCGTGGATTCTCTCTACTTTGTTTTTGT
TTTTGTTTTCCCACAATCTTTTCTTCTGTATTTGTTCACTTACAATGTGTTTTCTCAACT
CTTTTGCTTTTGTTAAAATGACATTAATTCCTATTTGAATTCAGATATTGCATGCTTAT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL4479Contig1 619 2 1 U
GGGTACTTCAAGGAAGTGATTGGCGTAGATGAAATCCCTCCAAGTCAGTGCGTTCCAGAG
ATAACCCATTTCATTCTGAGGCAACATGTTGAAGCTCCATCCATGTGGGCTATTTTTCCA
CTTCAGGATATGTTGGCTCTGAAAGAAGAGTACACTGCTCGTCCTGCAAAAGAAGAGACG
ATCAATGACCCCACCAACCCCAAACATTACTGGAGATACCGGGTACACGTGAAGTTGGAC
TCGCTTATGAAGGACATAGACTTGAAATCAACCATCAAGAACCTCGTTGCAGGCAGCGGA
AGATCTGCTCCGGTTTCTGGTGAAGATGATAACAACAAGAAAGGAGTTATGGCCAACGGT
TCAACAAAGCCAAACCCATGAAAAAAAAAAACAAGTCTTCTGATATATGGCTACCAAATC
TTTGTTACATAAATGTTTGCTTATTCGTTATTACCGCTCAAGATAGTATTTAAACTTTCA
ACTTCGTTATGTATTTGTAATTTGTTGTTACCTATCCAAAATAAAGTCTTGTGTTAAAGA
CCATAACTTTAAACAAGAGCGAAGCTTCATAAGTTAAACTAGGTGACAAAGAAGCTGGTT
TCTTTGCTTATCCTTGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY77TF U 414
AF RR1AQ66TF U 1
BS 1 619 RR1AQ66TF

RD RR1GY77TF 128 0 0
G
CAAATCTTTGTTACATAAATGTTTGCTTATTCGTTATTACCGCTCAAGATAGTATTTAAA
CTTTCAACTTCGTTATGTATTTGTAATTTGTTGTTACCTATCCAAAATAAAGTC
GTGTTAAAAGACC

QA 2 115 2 115
DS 

RD RR1AQ66TF 619 0 0
GGGTACTTCAAGGAAGTGATTGGCGTAGATGAAATCCCTCCAAGTCAGTGCGTTCCAGAG
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CTTCAGGATATGTTGGCTCTGAAAGAAGAGTACACTGCTCGTCCTGCAAAAGAAGAGACG
ATCAATGACCCCACCAACCCCAAACATTACTGGAGATACCGGGTACACGTGAAGTTGGAC
TCGCTTATGAAGGACATAGACTTGAAATCAACCATCAAGAACCTCGTTGCAGGCAGCGGA
AGATCTGCTCCGGTTTCTGGTGAAGATGATAACAACAAGAAAGGAGTTATGGCCAACGGT
TCAACAAAGCCAAACCCATGAAAAAAAAAAACAAGTCTTCTGATATATGGCTACCAAATC
TTTGTTACATAAATGTTTGCTTATTCGTTATTACCGCTCAAGATAGTATTTAAACTTTCA
ACTTCGTTATGTATTTGTAATTTGTTGTTACCTATCCAAAATAAAGTCTTGTGTTAAAGA
CCATAACTTTAAACAAGAGCGAAGCTTCATAAGTTAAACTAGGTGACAAAGAAGCTGGTT
TCTTTGCTTATCCTTGATA

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

CO CL4480Contig1 977 2 8 U
GGTATTCGTCTTCTTCGGAGAAACACGGACCATCTTCGTCCACCCAACGATCAAGCCTCG
CGGGTCAAGAAGACGCAGTCACGGCGGCTCAGAACAGCTTCAACGGTCATAGCCACCTTG
ATGGAGACGACAACTCTTCACCGCAGCAACCCTCTTCCAAAGTTCTTACATTACCCACCG
TTTTAACCATCGCTCGTGTGGCTGCCGTGCCACTTCTCGTCGCAACCTTCTACGCTGATA
GTTCCTGGGGAACGACTGCGACTACAAGCATCTTCATTGCAGCAGCCGTTACAGACTGGC
TTGACGGCTATCTTGCACGAAAGATGAAGTTAGGTTCTGCGTTTGGTGCCTTTCTGGATC
CAGTTGCTGATAAGCTTATGGTTGCAGCTACTCTGATCTTACTCTGTACAAAACCTATAG
ACGTTGCTGTATTAGGATCAGTTCCATGGTTATTGACGGTTCCTTCTATTGCAATCATTG
GTCGGGAGATTACAATGTCTGCAGTAAGAGAATGGGCTGCATCTCAAAATGGGAAGCTTT
TAGAGGCCGTTGCTGTAAATAACTTGGGCAAGTGGAAAACCGCTACGCAGATGACAGCAC
TAACCATACTTCTCGCAGGCCGTGATAGCAGTGTTGGATGGTTTGTAGCTTCTGGTGCTG
GCTTGCTCTATGTATCAGCAGGACTATCGGTTTGGTCTTTAGTCGTTTATATGAGGAAGA
TATGGAAAGTACTACTCAAGTAATCATATACCTATCGGTTTTGTTTTTTTTTGCCTTAAC
CTGCATTTGGATATAGAGAGGGTTTCAGTCATCACCTGCACAAACTTGAATGCTGAAACG
GTTGGTTGTCCGAGAATATGTAGATGGTTCTGCTTTTTCCCAACATAATGTAAAGTATGG
TATAGTCTTGGTTCACAATCCTAATCATGGTGTATCGTAGATTGGTTTTGTACTGGTTCC
AGTAAAACTTTCAGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN13TF U 1
AF RR1CN13JQ C 422
BS 1 681 RR1CN13TF
BS 682 682 RR1CN13JQ
BS 683 715 RR1CN13TF
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BS 717 742 RR1CN13TF
BS 743 743 RR1CN13JQ
BS 744 765 RR1CN13TF
BS 766 977 RR1CN13JQ

RD RR1CN13TF 765 0 0
GGTATTCGTCTTCTTCGGAGAAACACGGACCATCTTCGTCCACCCAACGATCAAGCCTCG
CGGGTCAAGAAGACGCAGTCACGGCGGCTCAGAACAGCTTCAACGGTCATAGCCACCTTG
ATGGAGACGACAACTCTTCACCGCAGCAACCCTCTTCCAAAGTTCTTACATTACCCACCG
TTTTAACCATCGCTCGTGTGGCTGCCGTGCCACTTCTCGTCGCAACCTTCTACGCTGATA
GTTCCTGGGGAACGACTGCGACTACAAGCATCTTCATTGCAGCAGCCGTTACAGACTGGC
TTGACGGCTATCTTGCACGAAAGATGAAGTTAGGTTCTGCGTTTGGTGCCTTTCTGGATC
CAGTTGCTGATAAGCTTATGGTTGCAGCTACTCTGATCTTACTCTGTACAAAACCTATAG
ACGTTGCTGTATTAGGATCAGTTCCATGGTTATTGACGGTTCCTTCTATTGCAATCATTG
GTCGGGAGATTACAATGTCTGCAGTAAGAGAATGGGCTGCATCTCAAAATGGGAAGCTTT
TAGAGGCCGTTGCTGTAAATAACTTGGGCAAGTGGAAAACCGCTACGCAGATGACAGCAC
TAACCATACTTCTCGCAGGCCGTGATAGCAGTGTTGGATGGTTTGTAGCTTCTGGTGCTG
GCTTGCTCTATGTATCAGCAG*ACTATCGGTTTGGTCTTTAGTCGTTTATATGAG*AAGA
TATGGAAAGTACTACTCAAGTA*TCATATACCTATCGGTTTTGTT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1CN13JQ 556 0 0
CGTTGCTGTATTAGGATCAGTTCCATGGTTATTGACGGTTCCTTCTATTGCAATCATTGG
TCGGGAGATTACAATGTCTGCAGTAAGAGAATGGGCTGCATCTCAAAATGGGAAGCTTTT
AGAGGCCGTTGCTGTAAATAACTTGGGCAAGTGGAAAACCGCTACGCAGATGACAGCACT
AACCATACTTCTCGCAGGCCGTGATAGCAGTGTTGGATGGTTTGTAGCTTCTGGTGCTGG
CTTGCTCTATGTATCAGCAGGACTATCGGTTTGGTCTTTAGTCGTTTATATGAGGAAGAT
ATGGAAAGTACTACTCAAGTAATCATATACCTATCGGTTTTGTTTTTTTTTGCCTTAACC
TGCATTTGGATATAGAGAGGGTTTCAGTCATCACCTGCACAAACTTGAATGCTGAAACGG
TTGGTTGTCCGAGAATATGTAGATGGTTCTGCTTTTTCCCAACATAATGTAAAGTATGGT
ATAGTCTTGGTTCACAATCCTAATCATGGTGTATCGTAGATTGGTTTTGTACTGGTTCCA
GTAAAACTTTCAGATT

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL4481Contig1 842 2 2 U
GGTGAAGATCATGTGGCTAAAGTTCGACAAATATTGGGATGACTATAGTGATATACTGGC
AATTGCTGCGGTCATGGATCCGAGATTGAAGTTCAAGTGTTTAGAGTACTGCTATACCAC
TTTAAACCCCTCAACAAGCAAAGCTAAGATGGATCACATCCGTAAGAAGCTCGAGAAGCT
GTTTGGAGCGTATAAGAAGAGTACTAGGACCGCTGCTGCAACCAGTTCAGACACCACTTC
TGCAACTAGTCTACCAACTGGATATGATGGGTTCTATGCATTCATTACTCAAAATGCAGG
TGAAGGCAAATCAGCCTTAGATGTGTACTTGGATGAAGCGCCCATGGATTACTCTGCCTT
TCCGAAGCTAGACGTCTTAAAGTACTGGAGAAACAACAAAGCTCGGTTTAAGGAGTTGTC
TCATACGGCGTTTGATGTGCTTTGTATTCCCATCACTACTGTATCCTCGGAGTCGTCTTT
TAGTGCCGGAAGTCGGGTCCTTACCAAGTACAGAAGCCGGCTACTACCATCCAATATCCA
AGCGCTCATATGTACAAGAAACTGGATCCGTGGGTTTGAACCAATGAGTGATTCTGAAGA
TGAACATGAAGCGAAAGAAGAGGAGAGTGAAGGCGGAAATGAAGAAGGTGAAGAAGAAGA
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTAGAAGAAGGTGGTGGTGGAAAGAAGAAGAAGAAGGTGGT
GACAAAGAGAAGAAATGCAACATGATGAATTGATGATTGATGATTAGAATTTGTGTGTTT
TCATTTTTCAGTGTTGTGAGTTTTGTGACAATCTTTAAAACTTGTGAACTTTTCCAGCTT
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1DC37TF U 1
AF RR1DC37JQ C 532
BS 1 647 RR1DC37TF
BS 648 842 RR1DC37JQ

RD RR1DC37TF 654 0 0
GGTGAAGATCATGTGGCTAAAGTTCGACAAATATTGGGATGACTATAGTGATATACTGGC
AATTGCTGCGGTCATGGATCCGAGATTGAAGTTCAAGTGTTTAGAGTACTGCTATACCAC
TTTAAACCCCTCAACAAGCAAAGCTAAGATGGATCACATCCGTAAGAAGCTCGAGAAGCT
GTTTGGAGCGTATAAGAAGAGTACTAGGACCGCTGCTGCAACCAGTTCAGACACCACTTC
TGCAACTAGTCTACCAACTGGATATGATGGGTTCTATGCATTCATTACTCAAAATGCAGG
TGAAGGCAAATCAGCCTTAGATGTGTACTTGGATGAAGCGCCCATGGATTACTCTGCCTT
TCCGAAGCTAGACGTCTTAAAGTACTGGAGAAACAACAAAGCTCGGTTTAAGGAGTTGTC
TCATACGGCGTTTGATGTGCTTTGTATTCCCATCACTACTGTATCCTCGGAGTCGTCTTT
TAGTGCCGGAAGTCGGGTCCTTACCAAGTACAGAAGCCGGCTACTACCATCCAATATCCA
AGCGCTCATATGTACAAGAAACTGGATCCGTGGGTTTGAACCAATGAGTGATTCTGAAGA
TGAACATGAAGCGAAAGAAGAGGAGAGTGAAGGCGGAAATGAAGAAG
TGAAGAA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1DC37JQ 311 0 0
CAATATCCAAGCGCTCATATGTACAAGAAACTGGATCCGTGGGTTTGAACCAATGAGTGA
TTTTGAAGATGAACATGAAGCGAAAGAAGAGGGGAGTGAAGGCGGAAATGAAGAAGGTGA
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTAGAAGAAGGTGGTGGTGGAAAGAAGAAGAA
GAAGGTGGTGACAAAGAGAAGAAATGCAACATGATGAATTGATGATTGATGATTAGAATT
TGTGTGTTTTCATTTTTCAGTGTTGTGAGTTTTGTGACAATCTTTAAAACTTGTGAACTT
TTCCAGCTTTT

QA 1 311 1 311
DS 



AS 1 2

CO CL4482Contig1 903 2 6 U
GGTGTCGAAAGCTCTAACCGATGAGAAACCAGCTGAGATCCAACCGCTGAAGTTAGAAGA
TCAGATGGACTTGGAGAAAGAAGAAGAAACAGAGAAGTGTGAAAAGAAAGAAGTAGAAGA
ACATAAAGTCAAGCTAGAAAGTGACGTTGTCCTAGATAATGGAGAAGGGCAGTTTTGGAA
AGAACCGACAAAAGAAGAATCCAAGGCTCAAAAAGTAGATCTTGTCGGAGATTGTGATGA
TGAAAGCTATGATCTCCCAAGACTGAGCGACTTTCTCGGAGAAGAGAAGAAAAGCAAAGT
GAATGATCAGAAAGAAGAAGAAGAAGATGTTTCTCTAAGGAGCTTTGGGTCAATGAGGAA
AGAGAAAGAGTGGAGGAGAACATTGGCATGCAAGCTGTTCGAGGAACGTCACAACGCTGA
CGTAGGACAAGGGATGGATCAGCTTTGGGAGACTTACGAGACCGAAACAGAGAAGAAGCA
AACCGACGAAGAGAAGAAGAAGGAAAACAAGAAGAAGCCAAAGAAGTCGATGATGATGAA
GATGAAGAGCATAGAGAAGAAGGAAGTCGTAGTGGAAGAGGAAGATGATGACGATGGGAT
TGATCAGCAGCAACTGTGTTGCTTGCAGGCACTGAAGTTCTCAACTGGGAAAATGCATTT
GGGAATTGCGAGGCCTAACCTTGTGAAGCTATCTAAGGCCTTCAAAGGATTTGGAAGGTT
TTACAATGCCAACAAGCATCCCAAGAAAGCATGAAGGAAAAATTTATAAACTTTGTATTA
ATGTTGATCTTTATATTATAAGTAGTCCGAGGTAGTTGTGCTTTTGTAGTTTCCATAGTT
TTTGGCAAGCATGTAATTTGTATGCATAAGTTTTTTCATTTCTTTACTGGGTTTTATCCC
ATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1FE80TF U 1
AF RR1FE80JQ C 502
BS 1 697 RR1FE80TF
BS 698 698 RR1FE80JQ
BS 699 705 RR1FE80TF
BS 706 706 RR1FE80JQ
BS 707 756 RR1FE80TF
BS 757 903 RR1FE80JQ

RD RR1FE80TF 756 0 0
GGTGTCGAAAGCTCTAACCGATGAGAAACCAGCTGAGATCCAACCGCTGAAGTTAGAAGA
TCAGATGGACTTGGAGAAAGAAGAAGAAACAGAGAAGTGTGAAAAGAAAGAAGTAGAAGA
ACATAAAGTCAAGCTAGAAAGTGACGTTGTCCTAGATAATGGAGAAGGGCAGTTTTGGAA
AGAACCGACAAAAGAAGAATCCAAGGCTCAAAAAGTAGATCTTGTCGGAGATTGTGATGA
TGAAAGCTATGATCTCCCAAGACTGAGCGACTTTCTCGGAGAAGAGAAGAAAAGCAAAGT
GAATGATCAGAAAGAAGAAGAAGAAGATGTTTCTCTAAGGAGCTTTGGGTCAATGAGGAA
AGAGAAAGAGTGGAGGAGAACATTGGCATGCAAGCTGTTCGAGGAACGTCACAACGCTGA
CGTAGGACAAGGGATGGATCAGCTTTGGGAGACTTACGAGACCGAAACAGAGAAGAAGCA
AACCGACGAAGAGAAGAAGAAGGAAAACAAGAAGAAGCCAAAGAAGTCGATGATGATGAA
GATGAAGAGCATAGAGAAGAAGGAAGTCGTAGTGGAAGAGGAAGATGATGACGATGGGAT
TGATCAGCAGCAACTGTGTTGCTTGCAGGCACTGAAGTTCTCAACTGGGAAAATGCATTT
GGGAATTGCGAGGCCTAACCTTGTGAAGCTATCTAAG*CCTTCAA*GGATTTGGAAGGTT
TTACAATGCCAACAAGCATCCCAAGAAAGCATGAAG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1FE80JQ 402 0 0
GGAAAACAAGAAGAAGCCAAAGAAGTCGATGATGATGAAGATGAAGAGCATAGAGAAGAA
GGAAGTCGTAGTGGAAGAGGAAGATGATGACGATGGGATTGATCAGCAGCAACTGTGTTG
CTTGCAGGCACTGAAGTTTTCAACTGGGAAAATGCATTTGGGAATTGCGAGGCCTAACCT
TGTGAAGCTATTTAAGGCCTTCAAAGGATTTGGAAGGTTTTACAATGCCAACAAGCATCC
CAAGAAAGCATGAAGGAAAAATTTATAAACTTTGTATTAATGTTGATCTTTATATTATAA
GTAGTCCGAGGTAGTTGTGCTTTTGTAGTTTCCATAGTTTTTGGCAAGCATGTAATTTGT
ATGCATAAGTTTTTTCATTTCTTTACTGGGTTTTATCCCATT

QA 1 402 1 402
DS 



AS 1 2

CO CL4483Contig1 1141 2 4 U
GGGAGGTCTTGACCAGAGAAAACACACACAAAAAGAATAAGTCAGATCTGAGATCAAGAT
GAGCAACTTAATACCACCGGAGAAACGATGGATCATCACCACCGTACTACTAGCCGGTCT
AGTAGGCGGCGCTCTACTCTTCACAAGCTTCCTACGAACCGCAGACGACGCTCTCTTCCT
CTGCTCCACCGCGAGCGCCAAAAGCCGAGCGGTAGCCGCGGCGGCCGATTACGAAGCGAC
ACCGATCCAGCTCCAAGCCATCGTCCACTACGCGACCTCCACCGTGGTCCCGCAGCAGAA
CATGGCCGAGATCTCGATCTCTTTCAACGTCCTGAAACAGCTGGCTCCTGCCAACTTCCT
CGTCTTCGGACTGGGCCGCGACTCCCTCATGTGGGCCTCTCTCAACCCGCGAGGCAAAAC
GCTCTTCCTCGAGGAAGATCTCGAGTGGTTCCAGAAAGTGACCAAAGACTCCCCCTTCCT
CCGTGCGCATCACGTGCGCTACAGGACGCAGCTACAAGAAGCCGACAAGCTTCTCCGCTC
TTACAAAACGGAGCCGAGCTGTTTCCCCGCGAAGTCTTACCTCCGAGGGAACGAGCGTTG
CAAGCTCGCGCTCACGGGACTCCCCGACGAGTTCTACGACACCGAGTGGGATCTGATCAT
GGTCGACGCTCCTAAAGGCTACTTCGCCGAAGCTCCGGGAAGAATGGCGGCGATTTACTC
GGCGGCGGTTATGGCTAGGAACAGGAAGAAGCCTGGAGTGACTCACGTGTTCTTGCACGA
TGTTAACCGGAGGGTGGAGAAGACTTTCGCCAACGAGTTTTTGTGCCGGAAGTATAGAGC
TCACGCCGCCGGGAGGTTGTGGCATTTCGTGATTCCTCCGGTGGCTGCGAACGCTACGAT
CGACGGTGGAGATTACAGGTTTTGTTAAGATCGTGACACGTTTCATATACTTTCCTCTTT
TGCCCTTTCTGTTATCTTTTTTTTTCGTTTCTTGAGGGGATTTGATTTACACAGGGTTCA
CTTATTATTTGATTTAGTTCCGACAGTTTTGGATCTACATCTCGTGTTTTGGCTTATGTT
ACATATTGCCTAGGGCATTATTTACATCATACTATATATGATAATGTGACACTTATATCT
T


BQ
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10 

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QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 2

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GTGGACTTCGCTCTTAGGTGCTTGTTGCAGATCTCGTGGAGATCATGTCTTTTGTGGCTT
CATACCTAGGCTTTCAATGGTCTGTTTGACTCAGCCGCTTTCGGGAGTGATTAGTGGAAT
CAAAAGGATTCTCACTTGCCGGTTTATGAAGTTCTTGTTACTTGGTTCTGGAGGTGTATC
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TAACCATGGATAGTAACTTCATCCATTGGTCTTGTATCTTTCTTTGGTAATAATAAACTT
TGAGGG


BQ
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CATACCTAGGCTTTCAATGGTCTGTTTGACTCAGCCGCTTTCGGGAGTGATTAGTGGAAT
CAAAAGGATTCTCACTTGCCGGTTTATGAAGTTCTTGTTACTTGGTTCTGGAGGTGTATC
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DS 

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GATTTGGTGGACTTCGCTCTTAGGTGCTTGTTGCAGATCTCGTGGAGATCATGTCTTTTG
TGGCTTCATACCTAGGCTTTCAATGGTCTGTTTGACTCAGCCGCTTTCGGGAGTGATTAG
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CTTTTAGGCTAATGCATCCCCTTTGTGGGATCTAGTTTCCGGGGTTTGTCTGTTGTCCGG
CCTAGTTAACCATGGATAGTAACTTCATCCATTGGTCTTGTATCTTTCTTTGGTAATAAT
AAACTTTGAGGG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

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AAACCCGGGATCGTCATGGCTAACCGAGATCGGGAGCTTCTGATTCCTGTCGGCGAAGAT
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GTTATCTTGCTTCCAATGGCCATCACTTTCTATATCACCTGGTGGTTTATTCATTTCGTT
GATGGCTTCTTCTCCCCTATATATGCTCACCTCGGAATTAACATTTTTGGACTTGGGTTT
ATCACATCCATTACATTTATCTTCTTGGTTGGAGTGTTCATGTCCTCATGGTTGGGAACT
TCGGTTCTTAATTTGGGAGAGTGGTTTATCAAGCGGATGCCATTTGTTCGCCACATCTAC
AACGCCTCCAAGCAAATCAGTACTGCCATTTCACCAGATCAAAACACGCAGGCTTTCAAA
GAAGTCGCCATCATAAGACATCCACGTATTGGTGAATACGCTATTGGGTTTATCACATCC
ACCCTTGTCCTCCAGACTTACTCGGATGAAGAGGAACTTTGCTGTGTATATGTTCCGACA
AATCACCTTTACCGGGGATGTGTTCCTTGTAAGTACAAAGGATGTGATCAGACCAAATCT
CTCAGTTAGGGAAGGCATAGAGATCGTAGTGTCAGGAGGAATGTCAATGCCGCAAGTTCT
GTCAACACTTGATATGAGATTGCCTTCAGAAAGAAGCAGAAGTACTAGAGTTGAAAGAAA
CTGAAGATTAGTCCTTTGCAGAAAACAAACCGATTCTCAAATTTTTTCTTTTTTTTTCGT
GTCTTCTCCTGTTGGATTCAGTTAATTTCACATTTGATGTTAAAGCATTAGAAAGCATTG
GTGTTTTAGCTGTTCCCGAGACGAAGTCCATTTGTGCTAACACTGTTTCTGTCTATATCA
TAGATTTTGCTACACCTCCAAGTTAGCTGTAAAATGTATTTATTTCCTTTAAAGGCATCT
CATGAACATGGTGTTCCTTTGATTG


BQ
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BS 649 1225 RR1DJ50JQ

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AAACCCGGGATCGTCATGGCTAACCGAGATCGGGAGCTTCTGATTCCTGTCGGCGAAGAT
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CAGGAGACGTTTGCCAAGTTGATAAGAAGCTGGGCATCAAAGAAGTTCATGACTGGATGT
GTTATCTTGCTTCCAATGGCCATCACTTTCTATATCACCTGGTGGTTTATTCATTTCGTT
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ATCACATCCATTACATTTATCTTCTTGGTTGGAGTGTTCATGTCCTCATGGTTGGGAACT
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DS 

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GATGTTAAAGCATTAGAAAGCATTGGTGTTTTAGCTGTTCCCGAGACGAAGTCCATTTGT
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GTATTTATTTCCTTTAAAGGCATCTCATGAACATGGTGTTCCTTTGATTG

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

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TTCTCAGTAGTCCCCTAGGGTTTTCAAGTTTCTGGCCGCCGCTCCTCGCCTCCGGTGGCT
TCCATAGCACCGGAGGTGGATCTCTGTGTTTTGTCTTTGATTAAGCTTATCCGTGTCTTG
CTCTTTTTGCGTTAAAGATCTTTCTTGGTCCGGGGTGGGGGAGTTCTTGTGCTTGGAGGC
GAGTGGAGGCCAGTGTGGAGCGTTGAGAGTTTATCCTTCGTGTGGTGGTGTTGAATCGTC
GGTGTTCAAAGTTTCAGATGTGCTTTGGTCTGTATTAGGTCGTCTTAGATCTGGTTGTTT
TGCTGGCTTTTGGATCTGAGTTTCTTCCCCTATATGTCTGTTTGTTTTTGTGTTAGACTC
TCTGTTATCCTTATTGGTCAATATCCTCTGTTTTGCCTTGCCTTTCCCACCCTACGGAGA
GGTTGAATCCTCTGAATCCTTTATTGTCTTTTTGATTTCTCTATGGTCTCCTATAATCAT
CAGTGCGGCAGTGGTGTTTTGGCGAGTGCGTGAGCATACCAGGATTAGCATCCTTGCTGT
GTAGAAGTTGGTTGGTGTTACCTCTCCTTGCGAAGGAGTCATCGCTACATTTTTTAATAG
TGTTCGTCTCGTTCCCGGTTGTTCATCAACCTCATAATTCCTCGATGGCTTCTTAGTAGA
TGTTTGAAGCAGTATAATGAGGTTGGGGTTTGGTCCATTCGGATTAAGATGTGGCTGTTG
AAGGGTTTGTCCCAGGTGTTTTCGGTTCGACTCCGGGAGTCCGGGTTGGTGTGTATGATT
GATGCTATTCAGCGTGGTTCTGGCTCTTCATCGTGAATAGGAAGTTCAGATGAGTTTCGG
CTCCGCTTTGGTCTTTCGCCTACATGTTCGCTTGGCTATCTATGGTCTTTCGTTAGACCT
ACGGTTTTGTAGGCCTTGACTATTTTATCTCTGAGCTTTGAAGGATTGTAAAAATGTCTT
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TGTGGGCTTTAGTTTTCCTTCTTATGGGACATGTTTCAGGGGATTTCACTATGTTCCGCC
TGTTGTGTATTACAAACTTGGTTTTCAATATAAATCGATTGAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX16TF U 1
AF RR1CX16JQ C 509
BS 1 757 RR1CX16TF
BS 758 1183 RR1CX16JQ

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TTCTCAGTAGTCCCCTAGGGTTTTCAAGTTTCTGGCCGCCGCTCCTCGCCTCCGGTGGCT
TCCATAGCACCGGAGGTGGATCTCTGTGTTTTGTCTTTGATTAAGCTTATCCGTGTCTTG
CTCTTTTTGCGTTAAAGATCTTTCTTGGTCCGGGGTGGGGGAGTTCTTGTGCTTGGAGGC
GAGTGGAGGCCAGTGTGGAGCGTTGAGAGTTTATCCTTCGTGTGGTGGTGTTGAATCGTC
GGTGTTCAAAGTTTCAGATGTGCTTTGGTCTGTATTAGGTCGTCTTAGATCTGGTTGTTT
TGCTGGCTTTTGGATCTGAGTTTCTTCCCCTATATGTCTGTTTGTTTTTGTGTTAGACTC
TCTGTTATCCTTATTGGTCAATATCCTCTGTTTTGCCTTGCCTTTCCCACCCTACGGAGA
GGTTGAATCCTCTGAATCCTTTATTGTCTTTTTGATTTCTCTATGGTCTCCTATAATCAT
CAGTGCGGCAGTGGTGTTTTGGCGAGTGCGTGAGCATACCAGGATTAGCATCCTTGCTGT
GTAGAAGTTGGTTGGTGTTACCTCTCCTTGCGAAGGAGTCATCGCTACATTTTTTAATAG
TGTTCGTCTCGTTCCCGGTTGTTCATCAACCTCATAATTCCTCGATGGCTTCTTAGTAGA
TGTTTGAAGCAGTATAATGAGGTTGGGGTTTGGTCCA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1CX16JQ 675 0 0
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CGTGAGCATACCAGGATTAGCATCCTTGCTGTGTAGAAGTTGGTTGGTGTTACCTCTCCT
TGCGAAGGAGTCATCGCTACATTTTTTAATAGTGTTCGTCTCGTTCCCGGTTGTTCATCA
ACCTCATAATTCCTCGATGGCTTCTTAGTAGATGTTTGAAGCAGTATAATGAGGTTGGGG
TTTGGTCCATTCGGATTAAGATGTGGCTGTTGAAGGGTTTGTCCCAGGTGTTTTCGGTTC
GACTCCGGGAGTCCGGGTTGGTGTGTATGATTGATGCTATTCAGCGTGGTTCTGGCTCTT
CATCGTGAATAGGAAGTTCAGATGAGTTTCGGCTCCGCTTTGGTCTTTCGCCTACATGTT
CGCTTGGCTATCTATGGTCTTTCGTTAGACCTACGGTTTTGTAGGCCTTGACTATTTTAT
CTCTGAGCTTTGAAGGATTGTAAAAATGTCTTTAGTTGTAGAAATTTGTGTTAGTCTTTA
AGTTATGTTTCAGGTTTTTTTTGATGCCCATGTGTGGGCTTTAGTTTTCCTTCTTATGGG
ACATGTTTCAGGGGATTTCACTATGTTCCGCCTGTTGTGTATTACAAACTTGGTTTTCAA
TATAAATCGATTGAC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL4487Contig1 634 2 4 U
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CTTATCTACGCTTCTTCATGCCATCATCATCATCATCGGCGTTGTTGCCTGATTCATGCT
CGTGGCGTCGACAACACCGTTCTCTGTATAAGCCATTTCGATGCGCTCCACTTCAGCAAC
AAGAACGCCAGCTCGAGCAGGGAGGCGAAGAAGGTGTGATAATGTGTGAGGAGTGTGAGG
GGAAAGGATGGTTGCTCTGCGATTTCTGTAAAGGGCAGAAAACTAATGTCAAATCTGAGA
ACAATCGAATCTATCGTCGCTGTCCCACTTGTAGAGCTGTGGGGTATGTGCTGTGCAAAA
GATGTAAAGTGTTCAAGTGTGTCACGTTTCCTAATCCTGAAGACGGTGAGGAGCTTTTGT
TCTAAGCTCCTCTTCTTCAGTGACCCTTTTTGAGTTTCATTTTCAGGTTCCTTTCCATTT
TTCCCATTTCGTGTTTATATGTAACTCCAGTTTAGCCATATTTGTATAAGCACAGTTTGT
AATTTTTATCTTCATGTGTAAAGCTGAGTTTTTTGAACCTCTCCCTGTTCATTTTTTTTT
TGTCTTCAATGTGTCTCTGTAATTACAATGGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS63TF U 1
AF RR1A665TF U 24
BS 1 350 RR1GS63TF
BS 351 351 RR1A665TF
BS 352 511 RR1GS63TF
BS 512 634 RR1A665TF

RD RR1GS63TF 511 0 0
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CTTATCTACGCTTCTTCATGCCATCATCATCATCATCGGCGTTGTTGCCTGATTCATGCT
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AAGAACGCCAGCTCGAGCAGGGAGGCGAAGAAGGTGTGATAATGTGTGAGGAGTGTGAGG
GGAAAGGATGGTTGCTCTGCGATTTCTGTAAAGGGCAGAAAACTAATGTCAAATCTGAGA
ACAATCGAATCTATCGTCGCTGTCCCACTTGTAGAGCTGTGGGGTATGTGTTGTGCAAAA
GATGTAAAGTGTTCAAGTGTGTCACGTTTCCTAATCCTGAAGACGGTGAGGAGCTTTTGT
TCTAAGCTCCTCTTCTTCAGTGACCCTTTTTGAGTTTCATTTTCAGGTTCCTTTCCATTT
TTCCCATTTCGTGTTTATATGTAACTCCAGT

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1A665TF 611 0 0
GG
AAGCAAAATGGCGACTTGGATAAGGTTACATCCTCCTTATCTACGCTTCTTCATGCCGTC
ATCATCATCATCGGCGTTGTTGCCTGATTCATGCTCGTGGCGTCGACAACACCGTTCTCT
GTATAAGCCATTTCGATGCGCTCCACTTCAGCAACAAGAACGCCAGCTCGAGCAGGGAGG
CGAAGAAGGTGTGATAATGTGTGAGGAGTGTGAGGGGAAAGGATGGTTGCTCTGCGATTT
CTGTAAAGGGCAGAAAACTAATGTCAAATCTGAGAACAATCGAATCTATCGTCGCTGTCC
CACTTGTAGAGCTGTGGGGTATGTGCTGTGCAAAAGATGTAAAGTGTTCAAGTGTGTCAC
GTTTCCTAATCCTGAAGACGGTGAGGAGCTTTTGTTCTAAGCTCCTCTTCTTCAGTGACC
CTTTTTGAGTTTCATTTTCAGGTTCCTTTCCATTTTTCCCATTTCGTGTTTATATGTAAC
TCCAGTTTAGCCATATTTGTATAAGCACAGTTTGTAATTTTTATCTTCATGTGTAAAGCT
GAGTTTTTTGAACCTCTCCCTGTTCATTTTTTTTTTGTCTTCAATGTGTCTCTGTAATTA
CAATGGCTT

QA 3 611 3 611
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4489Contig1 558 2 1 U
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CATCATCGCCACCGCCGCCGATGGGAGCTTCAGCATCTCCTGAAGCACTGATGGAACAAA
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GCTTTGATAAATGCATAACGAAGCCAGGATCGAGCCTTAGCAGTGGCGAGAGCAGCTGCA
TCTCCCGATGCGTCGACCGTTACATGGAAGCTACTGGTATCATCAGCCGTCCTCTCTTCT
CTCAACAACGTTGACCAATTACAATACACTATATTGCTCTCTCTTGTCGGTTTTTTTCTG
AGTCGTCTTTTGTCATTACGAAAAATTATCATCAGATTTGTTCTTGAAGAATGTTATTAT
ATTACAACAACAGTCTTGTCGTTATTTGTCTGATGACATACATTGCCTGAAAAGTTTGTT
TACTCTAGAAACTTTTAATTTGATTAGTTTTATTTTCCCATGTGGTGTGTTTTTCAATCA
ATTGATAATGAGATAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AR44TF U 201
AF RR1A792TF U 1
BS 1 558 RR1A792TF

RD RR1AR44TF 252 0 0
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TACATGGAAGCTACTGGTATCATCAGCCGTTCTCTCTTCTCTCAACAACGTTGACCAATT
ACAATACACTATATTGCTCTCTCTTGTCGGTTTTTTTCTGAGTCGTCTTTTGTCATTACG
AAAAATTATCATCAGATTTGTTCTTGAAGAATGTTATTATATTACAACAACAGTCTTGTT
GTTATTTGTCTG

QA 1 252 1 252
DS 

RD RR1A792TF 558 0 0
GGGTCCCTCCCTCGGTCTCACTGAATCATATACGTAGGAAAAATAAAATGGACTCGTACT
CATCATCGCCACCGCCGCCGATGGGAGCTTCAGCATCTCCTGAAGCACTGATGGAACAAA
TACAGGCGGAGCTAGCCACAGCTTACGCGAAGGAGTTCATAGAGACGCTGAGAGAAAAAT
GCTTTGATAAATGCATAACGAAGCCAGGATCGAGCCTTAGCAGTGGCGAGAGCAGCTGCA
TCTCCCGATGCGTCGACCGTTACATGGAAGCTACTGGTATCATCAGCCGTCCTCTCTTCT
CTCAACAACGTTGACCAATTACAATACACTATATTGCTCTCTCTTGTCGGTTTTTTTCTG
AGTCGTCTTTTGTCATTACGAAAAATTATCATCAGATTTGTTCTTGAAGAATGTTATTAT
ATTACAACAACAGTCTTGTCGTTATTTGTCTGATGACATACATTGCCTGAAAAGTTTGTT
TACTCTAGAAACTTTTAATTTGATTAGTTTTATTTTCCCATGTGGTGTGTTTTTCAATCA
ATTGATAATGAGATAATA

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 2

CO CL4490Contig1 1084 2 2 U
GGTTCTCACGCCGTCGTTCACTCTAAAAACCCCTCTCAATCAAAGTTATTCAATCTTCTT
CGCTTCGCTGTAAACCATGTCATTCGAAGATGATTTTGTGGAAGATGATGAAATGAGCAT
GATTGATGAAGACGTAGCATCTGACTCCGAAGCAGGATCTTTGTCAGATTCGGATTCAGA
TAACGAGATCACTGAGAAGCTAGCTGAGCCGACAAAGACTGCTGTCTACAACAGAGATGG
GCTTCTTGATAAGCTTCAAGACATAAGCTGGCCAGAAGATGTCGACTGGACTCATAAGCT
CACCGTTGAGATCGAGCAAGGACAAGCCGTTGATGTAAACGACGACCTCGCTAGAGAGAT
GGCGTTCTACACTCAAGCCCTCGAAGGGACGAGGCAGGCTTTCGAGAAGCTCCAGGAGAT
GGGACTGCCTTTCCTCAGGCCGGCTGATTACTACGCGGAGATGGTGAAATCAGACACGCA
CATGGAGAAGGTAAAGTCTAAGCTTCTGTACGAGAAGGAACAGATGGAGGAGGCTGAAGA
GAGGAGGAAAGCTAGGGACAACAAGAAGATGGCTAAGGAAGTACAGTCTCAGAAGATGAA
GGAGAGGGCTAAGCAGAAGAAGGATGAGATTGAGTCTGTCAAGAAGTGGAGGAAACAGAG
GCAGCAGAGTGGGTTTAGTGAGAAAGGAGCTGGAGAGCTTGATCTTGAGTTTGGACCCGA
AAAGAGTTTCCAGAGAGGAGGTGGTAAGAAAAGACCAGGTGTGTCTCCTGGTGATCGATC
AGGAGGTAAAGGAAAGCCTACTTCGAGGATGAACAATAAGAAGAGGGAGTTTAGGGACTC
CAAGTTTGGTCATGGTGGAAGGAAAGGGTTGAGCAAGCAGAACACTGCAGAGACCACGAA
TGATTTCAAAGGTGGGTTTCGTGGTGGCAAAGCAGGTGGAAACAAGAGACAGAAGAGATA
AACAAAGTTTGGTTATTTAAGCCTATCTACAGTTTCAACACTATAAACTATTATGTCATC
CTGGATTATGTTTTTGAGAGAATGTTTCTTTAGTTACAATGTTGTAGTAATGACTACTTG
GATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1CB12TF U 1
AF RR1CB12JQ C 245
BS 1 574 RR1CB12TF
BS 575 1084 RR1CB12JQ

RD RR1CB12TF 574 0 0
GGTTCTCACGCCGTCGTTCACTCTAAAAACCCCTCTCAATCAAAGTTATTCAATCTTCTT
CGCTTCGCTGTAAACCATGTCATTCGAAGATGATTTTGTGGAAGATGATGAAATGAGCAT
GATTGATGAAGACGTAGCATCTGACTCCGAAGCAGGATCTTTGTCAGATTCGGATTCAGA
TAACGAGATCACTGAGAAGCTAGCTGAGCCGACAAAGACTGCTGTCTACAACAGAGATGG
GCTTCTTGATAAGCTTCAAGACATAAGCTGGCCAGAAGATGTCGACTGGACTCATAAGCT
CACCGTTGAGATCGAGCAAGGACAAGCCGTTGATGTAAACGACGACCTCGCTAGAGAGAT
GGCGTTCTACACTCAAGCCCTCGAAGGGACGAGGCAGGCTTTCGAGAAGCTCCAGGAGAT
GGGACTGCCTTTCCTCAGGCCGGCTGATTACTACGCGGAGATGGTGAAATCAGACACGCA
CATGGAGAAGGTAAAGTCTAAGCTTCTGTACGAGAAGGAACAGATGGAGGAGGCTGAAGA
GAGGAGGAAAGCTAGGGACAACAAGAAGATGGCT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1CB12JQ 840 0 0
CTTGATAAGCTTCAAGACATAAGCTGGCCAGAAGATGTCGACTGGACTCATAAGCTCACC
GTTGAGATCGAGCAAGGACAAGCCGTTGATGTAAACGACGACCTCGCTAGAGAGATGGCG
TTCTACACTCAAGCCCTCGAAGGGACGAGGCAGGCTTTCGAGAAGCTCCAGGAGATGGGA
CTGCCTTTCCTCAGGCCGGCTGATTACTACGCGGAGATGGTGAAATCAGACACGCACATG
GAGAAGGTAAAGTCTAAGCTTCTGTACGAGAAGGAACAGATGGAGGAGGCTGAAGAGAGG
AGGAAAGCTAGGGACAACAAGAAGATGGCTAAGGAAGTACAGTCTCAGAAGATGAAGGAG
AGGGCTAAGCAGAAGAAGGATGAGATTGAGTCTGTCAAGAAGTGGAGGAAACAGAGGCAG
CAGAGTGGGTTTAGTGAGAAAGGAGCTGGAGAGCTTGATCTTGAGTTTGGACCCGAAAAG
AGTTTCCAGAGAGGAGGTGGTAAGAAAAGACCAGGTGTGTCTCCTGGTGATCGATCAGGA
GGTAAAGGAAAGCCTACTTCGAGGATGAACAATAAGAAGAGGGAGTTTAGGGACTCCAAG
TTTGGTCATGGTGGAAGGAAAGGGTTGAGCAAGCAGAACACTGCAGAGACCACGAATGAT
TTCAAAGGTGGGTTTCGTGGTGGCAAAGCAGGTGGAAACAAGAGACAGAAGAGATAAACA
AAGTTTGGTTATTTAAGCCTATCTACAGTTTCAACACTATAAACTATTATGTCATCCTGG
ATTATGTTTTTGAGAGAATGTTTCTTTAGTTACAATGTTGTAGTAATGACTACTTGGATT

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

CO CL4491Contig1 662 2 3 U
GCGATCAAAAGGTTTCATCATTCATCAATATCAAACTTCAGTTTTGAAAAAAAAAGTTTC
ATAACAATAATATCTTTCAGCCATTTAGTCTGATCATTACATAAAGAAAGGAAAATATGA
AATCAACATCTCCACTCAGTCTGTCACCATCGCAGAAACCAACATCACTACACATCTTAG
TCTTCCTCTCCACCTGCACCAGCTACTGCGTCTCTTCTTGGTCCATCTTTAGATGGAGGA
TGAGACTGAGAAGAACCTCTGGAGAGAGCTATGAGAGTGCACCACAGGGTCTGAGAGTGA
GTCGTCGAGAGAGATCGATGGAGAGACTCTGAGAGGAGAGAGGCTGAGACCCAAATCAGA
GGAGATAAGCTTCAACGCAGTCAAGAGACTCTGAGAGAGACGAGAGTGGGTCGTCGAGAG
GGTCTGAGAGAGATGAGAGAGAGATGAGATGGGTCGTCGAGAGAATCGATGAAGACGAGT
TGAGAGAGAGATCGATGGATCGATGAAGACGAGTTGAGAGAAGAGAGAGATCGGCGTCGG
AGAAGAGAGAGGTCGAAACCCAAATCGGAGGAGATGAGAGATCGAGCCGGAGAAGATGGA
TCGCGAGAGATGGAGAAGAGAGAGATCGAGCTCGGACGGCGAATGTCGATGAGAAGAGCC
CT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1BQ03JQ U 37
AF RR1BQ03TF C 1
BS 1 36 RR1BQ03TF
BS 37 144 RR1BQ03JQ
BS 145 662 RR1BQ03TF

RD RR1BQ03JQ 108 0 0
TTCAGTTTTGAAAAAAAAAGTTTCATAACAATAATATCTTTCAGCCATTTAGTCTGATCA
TTACATAAAGAAAGGAAAATATGAAATCAACATCTCCACTCAGTCTGT

QA 1 108 1 108
DS 

RD RR1BQ03TF 662 0 0
GCGATCAAAAGGTTTCATCATTCATCAATATCAAACTTCAGTTTTGAAAAAAAAAGTTTC
ATAACAATAATATCTTTCAGCCATTTAGTCTGATCATTACATAAAGAAAGGAAAATATGA
AATCAACATCTCCACTCAGTCTGTCACCATCGCAGAAACCAACATCACTACACATCTTAG
TCTTCCTCTCCACCTGCACCAGCTACTGCGTCTCTTCTTGGTCCATCTTTAGATGGAGGA
TGAGACTGAGAAGAACCTCTGGAGAGAGCTATGAGAGTGCACCACAGGGTCTGAGAGTGA
GTCGTCGAGAGAGATCGATGGAGAGACTCTGAGAGGAGAGAGGCTGAGACCCAAATCAGA
GGAGATAAGCTTCAACGCAGTCAAGAGACTCTGAGAGAGACGAGAGTGGGTCGTCGAGAG
GGTCTGAGAGAGATGAGAGAGAGATGAGATGGGTCGTCGAGAGAATCGATGAAGACGAGT
TGAGAGAGAGATCGATGGATCGATGAAGACGAGTTGAGAGAAGAGAGAGATCGGCGTCGG
AGAAGAGAGAGGTCGAAACCCAAATCGGAGGAGATGAGAGATCGAGCCGGAGAAGATGGA
TCGCGAGAGATGGAGAAGAGAGAGATCGAGCTCGGACGGCGAATGTCGATGAGAAGAGCC
CT

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL4492Contig1 1256 2 2 U
ATTATTGATCTCTCTCTCTCTCTCTCGATTCCGATCGCGAAAATATAATTTGATTGATTA
TTCAAACGAGGTGAAGATATTATGATGAAGATGCAAATCGGTATGCTCGCGCTTCTGGTG
GCTCTCTCTGCGATTGAAATCGGATTGGCTTCTTCTCCCAACACCGTCCCTGCTTTCCTC
TGGTCTCCGCATCTCCTCCAGGATGGGAATGAGGCTGTGAATTATAAGGTCATGTCTGCG
AAGGATCTAGTTGACTCTGTTTTCACTCAAGGAGGATGGTCCAACATTCTTTGCTCTGAG
AAGAAAGCTGAGCAGCCTGTTGTTGATGTTGCACTTGTCTTCATCGGCAGAGAGTTACTG
TCTTCTGATGTTTCTTCCAAAAGTAGTTCCCTTGTCAACACATTGAGTGGTCTCTTTACA
TTTTCCAACTTCTCATTGGCATTCCCATACATTGCTGCCCCAGAGGAAGAAAGGATGGAG
AGTTTGTTGCTTTCAGGGCTTAAACAAGCTTGCCCTCACAATGTAGGACACAGCAGCAAT
ATTGTGTTCTCTGATTCTTGCTTTGTTGAGGATGGAACGATTCAGAAACTATCAGATCTT
CAGTCTTTCAAAGATCATTTGCTTGCTAGAAAAGAAACAAGGAAAGAACGAGAAACTGAC
TTGGTTGTGCTCTGTTCCGAGGGTTCTGAATCAAAGGGTCAATCGCACTCAGAGCATGAA
AGCATCTCCGAGCTTGTTAGTTCTGTAGAACAATCTGGCAGTAAATATACAGCTCTTTAT
GTATCTGATCCTTATTGGTACACATCTTACAAAACTCTCCAAAGGTTTCTAGCTGAAAGT
GGTACAGGAAACAGCACTGTTGGTGTTGCTACAGCCTGTGATGAACTCTGCAAATTTAAG
TCATCACTTTTGGAGGGCATACTAGTGGGAATCGTTTTCCTTCTCATCTTGATCAGTGGA
CTTTGTTGTGTGGCGGGTATCGATACACCAACTAGATTCGAGACTCTTCAAGATTCTTGA
GCTTGTTGTTGACCCCTTAAAAGAGTCATCCCCCCCTTTTACTTTGCTTTGCCTTTTTGA
TTGTGACGGGTCTTTTCTTCTGCATAGTGCGTATGGTGAAAAAGGTACTTATTACACTAC
TTTTAAAAACAAAAATTTGCATATGCGATTACAAAGTCCCCTTGTAACATTTTATTCATC
TTGTTTGCGTCTTTCTTAAACGTTAATAAGTCAATAATGGAGAACGAGTGAAAACC


BQ
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AF RR1AL30TF U 1
AF RR1AL30JQ C 410
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BS 677 1256 RR1AL30JQ

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TTCAAACGAGGTGAAGATATTATGATGAAGATGCAAATCGGTATGCTCGCGCTTCTGGTG
GCTCTCTCTGCGATTGAAATCGGATTGGCTTCTTCTCCCAACACCGTCCCTGCTTTCCTC
TGGTCTCCGCATCTCCTCCAGGATGGGAATGAGGCTGTGAATTATAAGGTCATGTCTGCG
AAGGATCTAGTTGACTCTGTTTTCACTCAAGGAGGATGGTCCAACATTCTTTGCTCTGAG
AAGAAAGCTGAGCAGCCTGTTGTTGATGTTGCACTTGTCTTCATCGGCAGAGAGTTACTG
TCTTCTGATGTTTCTTCCAAAAGTAGTTCCCTTGTCAACACATTGAGTGGTCTCTTTACA
TTTTCCAACTTCTCATTGGCATTCCCATACATTGCTGCCCCAGAGGAAGAAAGGATGGAG
AGTTTGTTGCTTTCAGGGCTTAAACAAGCTTGCCCTCACAATGTAGGACACAGCAGCAAT
ATTGTGTTCTCTGATTCTTGCTTTGTTGAGGATGGAACGATTCAGAAACTATCAGATCTT
CAGTCTTTCAAAGATCATTTGCTTGCTAGAAAAGAAACAAGGAAAGAACGAGAAACTGAC
TTGGTTGTGCTCTGTT

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DS 

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AAAGGATGGAGAGTTTGTTGCTTTCAGGGCTTAAACAAGCTTGCCCTCACAATGTAGGAC
ACAGCAGCAATATTGTGTTCTCTGATTCTTGCTTTGTTGAGGATGGAACGATTCAGAAAC
TATCAGATCTTCAGTCTTTCAAAGATCATTTGCTTGCTAGAAAAGAAACAAGGAAAGAAG
GAGAAACTGACTTGGTTGTGCTCTGTTCCGAGGGTTCTGAATCAAAGGGTCAATCGCACT
CAGAGCATGAAAGCATCTCCGAGCTTGTTAGTTCTGTAGAACAATCTGGCAGTAAATATA
CAGCTCTTTATGTATCTGATCCTTATTGGTACACATCTTACAAAACTCTCCAAAGGTTTC
TAGCTGAAAGTGGTACAGGAAACAGCACTGTTGGTGTTGCTACAGCCTGTGATGAACTCT
GCAAATTTAAGTCATCACTTTTGGAGGGCATACTAGTGGGAATCGTTTTCCTTCTCATCT
TGATCAGTGGACTTTGTTGTGTGGCGGGTATCGATACACCAACTAGATTCGAGACTCTTC
AAGATTCTTGAGCTTGTTGTTGACCCCTTAAAAGAGTCATCCCCCCCTTTTACTTTGCTT
TGCCTTTTTGATTGTGACGGGTCTTTTCTTCTGCATAGTGCGTATGGTGAAAAAGGTACT
TATTACACTACTTTTAAAAACAAAAATTTGCATATGCGATTACAAAGTCCCCTTGTAACA
TTTTATTCATCTTGTTTGCGTCTTTCTTAAACGTTAATAAGTCAATAATGGAGAACGAGT
GAAAACC

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 2

CO CL4493Contig1 852 2 4 U
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TTACCCTTCTCAGAGAAGCCGTAGAAACATGGCGCATTGAGAAGCTGAAGGAAGCTAAAG
AGCAGCTGATTCAAGAGAAAAATGGAGTAAACTCCACCATGATACAGGAGGAAGCAGGGA
TGCTTGTAAGAGCTTTGGAGTTGGAGTGGGATGTGCTGTCAGAAGAGATTGGTCTTTGGT
TACCTGCTGAGGTTAACAATGAAGTGCACGATGATAAACCTGAAGGAGAGGAAGAGCCTG
AGGAGATATTAGCAGGAAGACCAGTGCCATCTGTATGTAATGCAGAGCTTCACACAGATT
ATGGTGTTGCTGCAGTGAGTTGGGGACTTACACATCATAAAGAGAGTGCAGCTGATTGTT
GCCAAGCTTGCTTAGACCAGGCAAAGCGCGCAAGACCTGGAGAAATGAGATGCAACATTT
GGGTTTATTGCCCATCTGAGTTTGGTTGCTATTCTCCAGATATTTATCAGCATAAACATC
AGGAATGTTGGCTCAAATACGCAGAGCAGCCAAAAGAGAATTTTAAAGACAGATATTCAG
AGACATACAGAAATAACCACCCAAAGGCGCCTACTATCGTTCCATGGGTTTCAGGTGTTA
TAACGGCTCGACAATAAACCTTTTGCGGACAGGACTGTTTGATGGGACGATAGGAGAGAG
ATAGTTTTTGGTTATTTCATGTTTGTGTTACCATTTTTTTCTGAGTCTTGAAAGATAAAG
TTACCGGACCAAGATGCTAACATCTTTTGGTCAGTTGTATACACGAGAATAGAATGTTTA
TCTTGGTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX44TF U 1
AF RR1DX44JQ C 284
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QA 1 360 1 360
DS 

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AGAGCTTCACACAGATTATGGTGTTGCTGCAGTGAGTTGGGGACTTACACATCATAAAGA
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AATGAGATGCAACATTTGGGTTTATTGCCCATCTGAGTTTGGTTGCTATTCTCCAGATAT
TTATCAGCATAAACATCAGGAATGTTGGCTCAAATACGCAGAGCAGCCAAAAGAGAATTT
TAAAGACAGATATTCAGAGACATACAGAAATAACCACCCAAAGGCGCCTACTATCGTTCC
ATGGGTTTCAGGTGTTATAACGGCTCGACAATAAACCTTTTGCGGACAGGACTGTTTGAT
GGGACGATAGGAGAGAGATAGTTTTTGGTTATTTCATGTTTGTGTTACCATTTTTTTCTG
AGTCTTGAAAGATAAAGTTACCGGACCAAGATGCTAACATCTTTTGGTCAGTTGTATACA
CGAGAATAGAATGTTTATCTTGGTTTCTT

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL4494Contig1 603 2 3 U
GGATAAAAGAAGAGGAGAAGAACAAAAAAGAAAGATAGCACAAACAGAGAAACTTATCAA
AGCTAAAATCACTTGATACAATGAAGCTAATTATAGTCTCCTGCTTGCTTTGTGTATTGG
CCTTTTTATTGTTTATAACTCCAACATCTTCTCTGCAACTCCACACTAGCTACTCATCTC
CGAGCCAAGGTGTAAGCGAAAAGATTGTTATTAAGATGGCGCCACGGAAGCTCATGATCA
TCTCTAGTGAACATGAAAATGTGATGAAGTCAGGAACTCATGAAGGTTCAAGCCAACAAC
CTCGAATTACTTCTTCTTCTGGAAAATCTATGGACGAAAAGAAGAGGTTAGGTGACGAAG
AAGAGGAGAAAGCTCTATCGAAATATCTATCGATGGATTATCCAAGGTTTAGAAGAAGAC
GGCCAGTTCACAACAAGTCTCTACGTCCATGATTTTTTTTTTTAATTTCAATACAACTAT
TAATTTAAGCTATAGATTTATCAATTAACTGGCTAAGTGGTTGGTATAAGAAGTTTTGGC
GATATTTTGTAATTAAGGGACTATGTTCATGTTAATTCTTTTTATTTTATGATAGTGGCC
GAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1AI05TF U 146
AF RR1AI05JQ C 1
BS 1 145 RR1AI05JQ
BS 146 408 RR1AI05TF
BS 409 603 RR1AI05JQ

RD RR1AI05TF 263 0 0
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TGTTATTAAGATGGCGCCACGGAAGCTCATGATCATCTCTAGTGAACATGAAAATGTGAT
GAAGTCAGGAACTCATGAAGGTTCAAGCCAACAACCTCGAATTACTTCTTCTTCTGGAAA
ATCTATGGACGAAAAGAAGAGGTTAGGTGACGAAGAAGAGGAGAAAGCTCTATCGAAATA
TCTATCGATGGATTATCCAAGGT

QA 1 263 1 263
DS 

RD RR1AI05JQ 603 0 0
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AGCTAAAATCACTTGATACAATGAAGCTAATTATAGTCTCCTGCTTGCTTTGTGTATTGG
CCTTTTTATTGTTTATAACTCCAACATCTTCTCTGCAACTCCACACTAGCTACTCATCTC
CGAGCCAAGGTGTAAGCGAAAAGATTGTTATTAAGATGGCGCCACGGAAGCTCATGATCA
TCTCTAGTGAACATGAAAATGTGATGAAGTCAGGAACTCATGAAGGTTCAAGCCAACAAC
CTCGAATTACTTCTTCTTCTGGAAAATCTATGGACGAAAAGAAGAGGTTAGGTGACGAAG
AAGAGGAGAAAGCTCTATCGAAATATCTATCGATGGATTATCCAAGGTTTAGAAGAAGAC
GGCCAGTTCACAACAAGTCTCTACGTCCATGATTTTTTTTTTTAATTTCAATACAACTAT
TAATTTAAGCTATAGATTTATCAATTAACTGGCTAAGTGGTTGGTATAAGAAGTTTTGGC
GATATTTTGTAATTAAGGGACTATGTTCATGTTAATTCTTTTTATTTTATGATAGTGGCC
GAC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL4495Contig1 653 2 5 U
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CGACAACAACGAGGGCAAGGCGGTTACTCATACGAGGGATACTCACGAGATCAAACTCAA
AGAAGGTCTCCAGATGCTCTCGATATTCAAGAAGTTTTCTGCTGTGACGTCTTTGTTAGA
TGACATGGACTTTTACGAAGAACGAGAGAAGTCTTTTCGCTTGACCAAGGAGCATAAGCC
AGCCACTTTTCGCATGGAACTCTTCAAAGAGAAAGACTATGATTACGAGAATGGAGGCAA
CAGGAGAATGAATCAAGAGAGAGGATATAACTGGAGCAGAAGTAGCAGTAGTAATACACA
GCAACGATCTCTTGTCAATCTAACCAAGAATCTCTCCATAAGAGGAGGCTACCACTCTGT
GTCCAAGAATAACATCCGCAATCCGAGATGAGACACATTCTTTTTAGTTCATTTTCTATT
TATTAGTGAAATTGGTTTTACTTAGTTCAGGTCTTTTTCTTCTGCATTCTTGTTATGTTT
CTCTTTGTTAGGGCGTGTTCTGTTTTTACTTCTTCTTTAGATGTCTTTTGAGAGCTTGCA
GATTTAATTTTCACAATCTAATAAACAAATCAACCATTCATGATATTGTGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E659JQ C 1
AF RR1DK81TF U 317
BS 1 316 RR1E659JQ
BS 317 435 RR1DK81TF
BS 436 436 RR1E659JQ
BS 437 642 RR1DK81TF
BS 643 653 RR1E659JQ

RD RR1E659JQ 653 0 0
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CGACAACAACGAGGGCAAGGCGGTTACTCATACGAGGGATACTCACGAGATCAAACTCAA
AGAAGGTCTCCAGATGCTCTCGATATTCAAGAAGTTTTCTGCTGTGACGTCTTTGTTAGA
TGACATGGACTTTTACGAAGAACGAGAGAAGTCTTTTCGCTTGACCAAGGAGCATAAGCC
AGCCACTTTTCGCATGGAACTCTTCAAAGAGAAAGACTATGATTACGAGAATGGAGGCAA
CAGGAGAATGAATCAAGAGAGAGGATATAACTGGAGCAGAAGTAGCAGTAGTAATACACA
GCAACGATCTCTTGTCAATCTAACCAAGAATCTCTCCATAAGAGGAGGCTACCACTCTGT
GTCCAAGAATAACATCCGCAATCCGAGATGAGACACATTCTTTTTAGTTCATTTTCTATT
TATTAGTGAAATTGGTTTTACTTAGTTCAGGTCTTTTTTTTTTGCATTCTTGTTATGTTT
CTCTTTGTTAGGGCGTGTTCTGTTTTTACTTCTTCTTTAGATGTCTTTTGAGAGCTTGCA
GATTTAATTTTCACAATCTAATAAACAAATCAACCATTCATGATATTGTGACT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1DK81TF 326 0 0
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AATCTAACCAAGAATCTCTCCATAAGAGGAGGCTACCACTCTGTGTCCAAGAATAACATT
CGCAATCCGAGATGAGACACATTCTTTTTAGTTCATTTTCTATTTATTAGTGAAATTGGT
TTTACTTAGTTCAGGTCTTTTTCTTCTGCATTCTTGTTATGTTTCTCTTTGTTAGGGCGT
GTTCTGTTTTTACTTCTTCTTTAGATGTCTTTTGAGAGCTTGCAGATTTAATTTTCACAA
TCTAATAAACAAATCAACCATTCATG

QA 1 326 1 326
DS 



AS 1 2

CO CL4496Contig1 849 2 2 U
GGACCCAGTTCAGAAAATCGGTTGAGAAACTCTCTTCTTCCATAGAGGGATATGAAGTGC
CGACATTGATGAGGTTCTTGGTTGCAAGATCAATGAATCCAGACAAGGCAGCAAAGATGT
TTGTAGATTGGCAAAAATGGAGAGCCTCCATGGTCCCTCCAAATGGGATCCCAGACTCAG
AAGTGAAGGATGAATTGGAATTCAAAAGGATCTATCTTCAGGGTCTTACCAAATCCGGAC
AACCTTTGGTACTTTGTCAGGTCTCCAAGCATTTTCCTGCCAAGGATCCAGTTACCTTCA
AGAAGTTCGTTGTTCATGTGCTAGACAAAACAATAGCAAGTGGCATCAAAGGCAAAGAAG
TAGGAGATGAGAAGTTAGTAGCCGTTATCGATCTGTCAAACATTACTTACAAAAACCTTG
ATGCTCGTGGATTTATCACCGGCTTTCAGTTCTTACAATCTTACTACCCGGAACGCCTTG
CCAAATGTTACATCTTGCATATGCCTGGATTCTTCTTGACCGTTTGGAGATTCATCTGCC
GTTTTCTAGAGAAAGCTACTCAGGAAAAGATTGTAATAGTAACGGACGAAGAAGAAGAGA
GAAAGTTCAAGGAGGAGATCGGAGTAGATGTGTTGCCAGACGAATATGGTGGCCAAGCTA
AGCTCACACTAATCCAAGATGTTTTTCTTTCCTCAGACGTCTCCATAAATGTTAATAATT
TTAATGTTTGACTATTGTAACACTAAACCCTGCAGTAATCCCTATTATTAACTTCTCTAT
TGTTTTGTTGTTCTTGTTCTGTAATGACTATAACAAAACTCTCGTTAGTGAAGCTGGCAA
TGAATTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DU11TF U 1
AF RR1H019TF U 568
BS 1 640 RR1DU11TF
BS 641 849 RR1H019TF

RD RR1DU11TF 640 0 0
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CGACATTGATGAGGTTCTTGGTTGCAAGATCAATGAATCCAGACAAGGCAGCAAAGATGT
TTGTAGATTGGCAAAAATGGAGAGCCTCCATGGTCCCTCCAAATGGGATCCCAGACTCAG
AAGTGAAGGATGAATTGGAATTCAAAAGGATCTATCTTCAGGGTCTTACCAAATCCGGAC
AACCTTTGGTACTTTGTCAGGTCTCCAAGCATTTTCCTGCCAAGGATCCAGTTACCTTCA
AGAAGTTCGTTGTTCATGTGCTAGACAAAACAATAGCAAGTGGCATCAAAGGCAAAGAAG
TAGGAGATGAGAAGTTAGTAGCCGTTATCGATCTGTCAAACATTACTTACAAAAACCTTG
ATGCTCGTGGATTTATCACCGGCTTTCAGTTCTTACAATCTTACTACCCGGAACGCCTTG
CCAAATGTTACATCTTGCATATGCCTGGATTCTTCTTGACCGTTTGGAGATTCATCTGCC
GTTTTCTAGAGAAAGCTACTCAGGAAAAGATTGTAATAGTAACGGACGAAGAAGAAGAGA
GAAAGTTCAAGGAGGAGATCGGAGTAGATGTGTTGCCAGA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1H019TF 282 0 0
G
GATTGTAATAGTAACGGACGAAGAAGAAGAGAGAAAGTTCAAGGAGGAGATCGGAGTAGA
TGTGTTGCCAGACGAATATGGTGGCCAAGCTAAGCTCACACTAATCCAAGATGTTTTTCT
TTCCTCAGACGTCTCCATAAATGTTAATAATTTTAATGTTTGACTATTGTAACACTAAAC
CCTGCAGTAATCCCTATTATTAACTTCTCTATTGTTTTGTTGTTCTTGTTCTGTAATGAC
TATAACAAAACTCTCGTTAGTGAAGCTGGCAATGAATTGAC

QA 2 282 2 282
DS 



AS 1 2

CO CL4497Contig1 785 2 12 U
TTTTTGAGCTTTCGATCACTCAAGCTAGTTATGGAGGGGGCTCTTCAATTTTCCAGCCGT
TTCTCGGTGAATAGTAGAGTTCCGTGTACACAGAATAGGACGAGGAGTGGAGCAAGTAGG
GCTGCTACGTTTCGTTCTGCGTTCACCGGAACCACCAATTCAGCTTCTCTCTCTTCCAAG
GATACCTCCACGAGGGAGATATGGAGTTGGGTGAAAACGAAGACAGTTGGGCATGGAAGA
AGACACAGGAGGAGTCAAGTGAGGGCGGAGATGTTAGGTCAATTGACTAGTGGACTCGAG
GCTGCTTGGACCAAACTCAAAGGAGAAGATGTCATGACTAAGGAGAATATTGCTGAGCCA
ATGAAAGATATCAGAAGAGCTCTCCTTGAAGCAGATGTGAGCCTTCCAGTTGTTAGAAGG
TTTGTTCAATCAGTAAGTGACCAAGCCGTTGGAATGGGTGTCATTCGTGGAGTCAAACCA
GATCAGCAGTTAGTCAAGATTGTACATGATGAGCTAGTGAAGGTGATGGGTGGAGAAGTA
TCTGAGATACAATTTGCTAAGTCAGGCCCTACAGTTATATTGCTTGCTGGGCTCCAAGGA
GTTGGGAAGACTACAGTTTGCGCTAAACTAGCTTATTACCTAAAGAAGCGGGGAAAATCT
TGTATGCTTATTGCTGGAGATGTGTACCGACCTGCTGCCATTGATCAACTCGTCATCTTA
GGTGAAAAGATTGGTGTGCCGGTTTATACAGCAGGGACTGAAGTAAAACCTGCAGACATA
GCTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1DG40TF U 1
AF RR1FH77TF U 148
BS 1 268 RR1DG40TF
BS 269 269 RR1FH77TF
BS 270 275 RR1DG40TF
BS 276 276 RR1FH77TF
BS 277 432 RR1DG40TF
BS 433 433 RR1FH77TF
BS 434 566 RR1DG40TF
BS 567 567 RR1FH77TF
BS 568 598 RR1DG40TF
BS 599 599 RR1FH77TF
BS 600 629 RR1DG40TF
BS 630 785 RR1FH77TF

RD RR1DG40TF 629 0 0
TTTTTGAGCTTTCGATCACTCAAGCTAGTTATGGAGGGGGCTCTTCAATTTTCCAGCCGT
TTCTCGGTGAATAGTAGAGTTCCGTGTACACAGAATAGGACGAGGAGTGGAGCAAGTAGG
GCTGCTACGTTTCGTTCTGCGTTCACCGGAACCACCAATTCAGCTTCTCTCTCTTCCAAG
GATACCTCCACGAGGGAGATATGGAGTTGGGTGAAAACGAAGACAGTTGGGCATGGAAGA
AGACACAGGAGGAGTCAAGTGAGGGCGGGGATGTTTGGTCAATTGACTAGTGGACTCGAG
GCTGCTTGGACCAAACTCAAAGGAGAAGATGTCATGACTAAGGAGAATATTGCTGAGCCA
ATGAAAGATATCAGAAGAGCTCTCCTTGAAGCAGATGTGAGCCTTCCAGTTGTTAGAAGG
TTTGTTCAATCATTAAGTGACCAAGCCGTTGGAATGGGTGTCATTCGTGGAGTCAAACCA
GATCAGCAGTTAGTCAAGATTGTACATGATGAGCTAGTGAAGGTGATGGGTGGAGAAGTA
TCTGAGATACAATTTGCTAAGTCAGGTCCTACAGTTATATTGCTTGCTGGGCTCCAAG*A
GTTGGGAAGACTACAGTTTGCGCTAAACT

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1FH77TF 638 0 0
GGAACCACCAATTCAGCTTCTCTCTCTTCCAAGGATACCTCCACGAGGGAGATATGGAGT
TGGGTGAAAACGAAGACAGTTGGGCATGGAAGAAGACACAGGAGGAGTCAAGTGAGGGCG
GAGATGTTAGGTCAATTGACTAGTGGACTCGAGGCTGCTTGGGCCAAACTCAAAGGAGAA
GATGTCATGACTAAGGAGAATATTGCTGAGCCAATGAAAGATATCAGAAGAGCTCTCCTT
GAAGCAGATGTGAGCCTTCCAGTTGTTAGAAGGTTTGTTCAATCAGTAAGTGACCAAGCC
GTTGGAATGGGTGTCATTCGTGGAGTCAAACCAGATCAGCAGTTAGTCAAGATTGTACAT
GATGAGCTAGTGAAGGTGATGGGTGGAGAAGTATCTGAGATACAATTTGCTAAGTCAGGC
CCTACAGTTATATTGCTTGCTGGGCTCCAAGGAGTTGGGAAGACTACAGTTTGCGCTAAA
CTAGCTTATTACCTAAAGAAGCGGGGAAAATCTTGTATGCTTATTGCTGGAGATGTGTAC
CGACCTGCTGCCATTGATCAACTCGTCATCTTAGGTGAAAAGATTGGTGTGCCGGTTTAT
ACAGCAGGGACTGAAGTAAAACCTGCAGACATAGCTAA

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

CO CL4498Contig1 409 2 2 U
GGATATAAGCTCATCCCATCTTAAGCCATCACCTCTCTCTCGATATATTTGATCTGATCT
GCTTCATATTTATAACAGAAGTCGTATAGTACTTAGTCATATCATAAAATGGCTAAGTTC
ACAACTTCCTTCTTCATCATTGCTTTCCTCCTCTGCTCCACGGTAGCGAACGCATCAGCC
CGGCCTACTCCTACGTCCGTTTATCCAGGAGAAATCTCCGTTGAGAAATTAGAAGAAGGA
GAGGAGAACTGCGAAGGTGTTGGAGAAGAAGAATGCGTCTTGATACGAAGAACTTTGGCT
GCTCATACTGATTACATTTACACACAAAACCACAATCCCTAAATGATTAATTAGCTTATA
GTCATTCATTGGAATATTTTGGTAAATGATATATTGTGTCATTGTACTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F951TF U 1
AF RR1F951JQ C 1
BS 1 318 RR1F951TF
BS 319 409 RR1F951JQ

RD RR1F951TF 318 0 0
GGATATAAGCTCATCCCATCTTAAGCCATCACCTCTCTCTCGATATATTTGATCTGATCT
GCTTCATATTTATAACAGAAGTCGTATAGTACTTAGTCATATCATAAAATGGCTAAGTTC
ACAACTTCCTTCTTCATCATTGCTTTCCTCCTCTGCTCCACGGTAGCGAACGCATCAGCC
CGGCCTACTCCTACGTCCGTTTATCCAGGAGAAATCTCCGTTGAGAAATTAGAAGAAGGA
GAGGAGAACTGCGAAGGTGTTGGAGAAGAAGAATGCGTCTTGATACGAAGAACTTTGGCT
GCTCATACTGATTACATT

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR1F951JQ 409 0 0
GGATATAAGCTCATCCCATCTTAAGCCATCACCTCTCTCTCGATATATTTGATCTGATCT
GCTTCATATTTATAACAGAAGTCGTATAGTACTTAGTCATATCATAAAATGGCTAAGTTC
ACAACTTCCTTCTTCATCATTGCTTTCCTCCTTTGCTCCACGGTAGCGAACGCATCAGCC
CGGCCTACTCCTACGTCCGTTTATCCAGGAGAAATCTCCGTTGAGAAATTAGAAGAAGGA
GAGGAGAACTGCGAAGGTGTTGGAGAAGAAGAATGCGTCTTGATACGAAGAACTTTGGCT
GCTCATACTGATTACATTTACACACAAAACCACAATCCCTAAATGATTAATTAGCTTATA
GTCATTCATTGGAATATTTTGGTAAATGATATATTGTGTCATTGTACTG

QA 1 409 1 409
DS 



AS 1 2

CO CL4499Contig1 1204 2 8 U
GGCTCGCTTCCTCCTCTTTACTCTGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTTCTTCTTGTGGAA
CAAACCTAATAATTTTTTCCATAGATTTCTCTTCAGTTTCTCCTTAGATCATCCAATTTT
TTCACTCTCTCGCAATGCATGATCTTCGATCTTGTATGTAGCAGTGTGGAGAGCTGAAAT
TCAGAAATCTTTTTTGTTTCCCCCTGAGACTAAATCGAATTAGAAAAATGCTGGAGACTG
TGGATAGCTCGGGAGTCGTTAATGGCGGATTTCGTCAAGTACAGAGCTTCTGCGTAGACA
GCGGCAGCGAAGAAGAGTTAACGGTGCTGCCACGTCATACGAAAGTGGTGGTGACCGGAA
ACAACCGGACGAAATCGGTGCTTGTTGGTCTTCAAGGTGTTGTCAAGAAAGCTGTCGGTC
TCGGTGGTTGGCATTGGCTGGTGTTGACAAATGGAATAGAAGTAAAGTTGCAGAGGAATG
CACTCAGTGTCCTTGAAGCTCCTACTGGAAACGAAGTTGACGATGATCTTGATTTCGAAA
ACACACTGAGGAATGGTTCTGATATGACATCTGAGGACACACTGAAGCCTCATAAGTCGA
AGCTAAGAAGGCAGAGATCATCTCGGTCATCTCACAAGACCCTGAGCAGGTCTTTATCAT
CTGACTCCCAGTCTAAAAGCTCTGCTTTTACTCCCCCTCAGAACCTGATGGTTGATCTTA
GCAAACTGGAGATGCCTGCTTTACTGAAATATTGGCAACATTTCAACCTTGTGGATGCAA
TTCCAAATCCATCAAAGGAGCAACTAATTGACATTGTTCAGAAACACTTTATGTTTCAGA
AAATGGATGAGCTTCAAGTTATTATGGGGTTTGTCCAAGCTGCAAAGAGAGTGAAGAGAG
CGTGCAAGTTGCAATCAAAAGAAGAGGCCAGAAACACTGATTTTAACTGCATCAGCTAAA
AAGAAACAAGCCCTGACTTTTATAACACATCCTGTAAGTACAGTGATGCCAAACTTGTTT
AACCAATTTGTGGCTTGCTGCAGCTAGTTTTAGCTCGTTCCTTCCGGAGATGTTTGGGTA
AGGAGTAGAATGTTGTTTCTTCTTGCTTCTTTGTTTAGCCGTGTAAAAAAAACCACTAAA
TGACCCTGATTCCAAGAAACATGACTCTCTAAAGCTCCCAATTCAAATTAATCTATGTTC
TGAT


BQ
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AF RR1H543TF U 1
AF RR1H543JQ C 626
BS 1 649 RR1H543TF
BS 650 650 RR1H543JQ
BS 651 696 RR1H543TF
BS 697 697 RR1H543JQ
BS 698 724 RR1H543TF
BS 725 725 RR1H543JQ
BS 726 748 RR1H543TF
BS 749 1204 RR1H543JQ

RD RR1H543TF 759 0 0
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TTCACTCTCTCGCAATGCATGATCTTCGATCTTGTATGTAGCAGTGTGGAGAGCTGAAAT
TCAGAAATCTTTTTTGTTTCCCCCTGAGACTAAATCGAATTAGAAAAATGCTGGAGACTG
TGGATAGCTCGGGAGTCGTTAATGGCGGATTTCGTCAAGTACAGAGCTTCTGCGTAGACA
GCGGCAGCGAAGAAGAGTTAACGGTGCTGCCACGTCATACGAAAGTGGTGGTGACCGGAA
ACAACCGGACGAAATCGGTGCTTGTTGGTCTTCAAGGTGTTGTCAAGAAAGCTGTCGGTC
TCGGTGGTTGGCATTGGCTGGTGTTGACAAATGGAATAGAAGTAAAGTTGCAGAGGAATG
CACTCAGTGTCCTTGAAGCTCCTACTGGAAACGAAGTTGACGATGATCTTGATTTCGAAA
ACACACTGAGGAATGGTTCTGATATGACATCTGAGGACACACTGAAGCCTCATAAGTCGA
AGCTAAGAAGGCAGAGATCATCTCGGTCATCTCACAAGACCCTGAGCAG*TCTTTATCAT
CTGACTCCCAGTCTAAAAGCTCTGCTTTTACTCCCC*TCAGAACCTGATGGTTGATCTTA
GCAA*CTGGAGATGCCTGCTTTACTGAA
TATTGGCACAT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1H543JQ 579 0 0
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TTTTACTCCCCCTCAGAACCTGATGGTTGATCTTAGCAAACTGGAGATGCCTGCTTTACT
GAAATATTGGCAACATTTCAACCTTGTGGATGCAATTCCAAATCCATCAAAGGAGCAACT
AATTGACATTGTTCAGAAACACTTTATGTTTCAGAAAATGGATGAGCTTCAAGTTATTAT
GGGGTTTGTCCAAGCTGCAAAGAGAGTGAAGAGAGCGTGCAAGTTGCAATCAAAAGAAGA
GGCCAGAAACACTGATTTTAACTGCATCAGCTAAAAAGAAACAAGCCCTGACTTTTATAA
CACATCCTGTAAGTACAGTGATGCCAAACTTGTTTAACCAATTTGTGGCTTGCTGCAGCT
AGTTTTAGCTCGTTCCTTCCGGAGATGTTTGGGTAAGGAGTAGAATGTTGTTTCTTCTTG
CTTCTTTGTTTAGCCGTGTAAAAAAAACCACTAAATGACCCTGATTCCAAGAAACATGAC
TCTCTAAAGCTCCCAATTCAAATTAATCTATGTTCTGAT

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 2

CO CL4500Contig1 1174 2 2 U
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GGAGGGTGCATATAGGTCGCTCTCGCTCTGTGCCTGTTAATGACAAGGAAGCAAGCCTAA
AGGGAATGGATTCTTTCTTCAGAGTGATCCCTTCAACTCCTCGTGTAAAGGAAGGAGACG
TTTTCTCAAATGCATCAGAGGCTGTTAATACTGAAACATGTGAAGCTGATGGAGAAGACA
TACCTGAGGAGGAAGCAGTTTGTAGGATTTGCTTGGTGGATCTCTGTGAAGGAGGAGAAA
CTTTAAAAATGGAGTGTAGTTGCAAAGGAGAGCTTGCTCTTGCGCACAAAGACTGTGCTC
TCAAATGGTTCACCATAAAAGGTAACAAAACCTGTGAGGTTTGTAAACAAGAAGTTAAGA
ACTTACCTGTCACACTCTTACGGATCCAAAGCATTCGAAACTCTGGTGTTCCTCAGATAG
GTGTCACTGGGTACAGGGTTTGGCAGGAGGTCCCCGTTCTAGTAATCATCAGTATGCTTG
CTTACTTTTGTTTCCTGGAGCAGCTCCTGGTTGAGAAAATGGGGACGGGTGCAATTGCTA
TATCACTGCCGTTTTCTTGTATTCTTGGTCTTCTTGCATCCATGACTGCATCAACCATGG
TAATGAGAAGATTTGTGTGGATTTACGCATCTGTACAGTTTGCTTTGGTGGTTCTCTTCG
CCCATGTATTTTATTCCGTGGTGGAGTTGCAACCGGTTCTGTCAGTTCTTCTGTCAACAT
TTGCTGGATTTGGTGTATGCATATGCGGTAGTTCAGTGATGGTTGAGTTTGTGAGATGGA
GACGTAGATGGCTAGCCAGAAGGCTGGAGCAGCAGCTGAACAATGCTCAGACGCTGCCCC
AAACGCTGGATGCAACAACCTCTCAGCATCATCCAAATGCAGCTTAGAGCCAGGAAAAGT
GGAATGATGATTTTACATTTATACAGTAGTTGTTGGTTAATGTTATGTGATGAAGGAATG
CTTAAAATGAATTGTTATTTTCTTTGTTTTGCTTCGTTTACATACACCATTGTATTGTTT
GTAAGTTTGTAACTTTGACTGCTCAATCTCTGCAAATGTATTGTTTGTAGTAGCATTGCT
TGTAAAGTTCTCATGTATAATAAAATTGTTATGG


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AF RR1GQ64TF U 1
AF RR1GQ64JQ C 470
BS 1 583 RR1GQ64TF
BS 584 1174 RR1GQ64JQ

RD RR1GQ64TF 583 0 0
GAGAGTCAGCTCACGGAGGAGGAAGCAGTTGTGCTGCTCCTCAAACTCCAACCAGCAAAG
GGAGGGTGCATATAGGTCGCTCTCGCTCTGTGCCTGTTAATGACAAGGAAGCAAGCCTAA
AGGGAATGGATTCTTTCTTCAGAGTGATCCCTTCAACTCCTCGTGTAAAGGAAGGAGACG
TTTTCTCAAATGCATCAGAGGCTGTTAATACTGAAACATGTGAAGCTGATGGAGAAGACA
TACCTGAGGAGGAAGCAGTTTGTAGGATTTGCTTGGTGGATCTCTGTGAAGGAGGAGAAA
CTTTAAAAATGGAGTGTAGTTGCAAAGGAGAGCTTGCTCTTGCGCACAAAGACTGTGCTC
TCAAATGGTTCACCATAAAAGGTAACAAAACCTGTGAGGTTTGTAAACAAGAAGTTAAGA
ACTTACCTGTCACACTCTTACGGATCCAAAGCATTCGAAACTCTGGTGTTCCTCAGATAG
GTGTCACTGGGTACAGGGTTTGGCAGGAGGTCCCCGTTCTAGTAATCATCAGTATGCTTG
CTTACTTTTGTTTCCTGGAGCAGCTCCTGGTTGAGAAAATGGG

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1GQ64JQ 705 0 0
TCCTCAGATAGGTGTCACTGGGTACAGGGTTTGGCAGGAGGTCCCCGTTCTAGTAATCAT
CAGTATGCTTGCTTACTTTTGTTTCCTGGAGCAGCTCCTGGTTGAGAAAATGGGGACGGG
TGCAATTGCTATATCACTGCCGTTTTCTTGTATTCTTGGTCTTCTTGCATCCATGACTGC
ATCAACCATGGTAATGAGAAGATTTGTGTGGATTTACGCATCTGTACAGTTTGCTTTGGT
GGTTCTCTTCGCCCATGTATTTTATTCCGTGGTGGAGTTGCAACCGGTTCTGTCAGTTCT
TCTGTCAACATTTGCTGGATTTGGTGTATGCATATGCGGTAGTTCAGTGATGGTTGAGTT
TGTGAGATGGAGACGTAGATGGCTAGCCAGAAGGCTGGAGCAGCAGCTGAACAATGCTCA
GACGCTGCCCCAAACGCTGGATGCAACAACCTCTCAGCATCATCCAAATGCAGCTTAGAG
CCAGGAAAAGTGGAATGATGATTTTACATTTATACAGTAGTTGTTGGTTAATGTTATGTG
ATGAAGGAATGCTTAAAATGAATTGTTATTTTCTTTGTTTTGCTTCGTTTACATACACCA
TTGTATTGTTTGTAAGTTTGTAACTTTGACTGCTCAATCTCTGCAAATGTATTGTTTGTA
GTAGCATTGCTTGTAAAGTTCTCATGTATAATAAAATTGTTATGG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL4501Contig1 477 2 1 U
GATTGACCCTATGGATAGTACAGAGAAGGGGGTCTGTCATCTTTATCAAGATGGTTTTAC
TTCGTCGGATATTCATTCGAGTATCTGGAGCACGAAATAGATCAAATAGATCACAAAGTT
TTCGAACTATGATTCATACTTAATACTTAGACCTCGTAGCCGGACTTCTTTCCGTTCTAT
CTTATAAATTTTCATAAATCAAACTTTTTTCTGCTTTTAAACTCTTATTTAGATCAAAGG
ACAAACGCTTCTTTGTATTTTATGTTTTTAATCATTATAGCTCCTTTTTTGATTGAATAA
GTGATGATCCAATGGTTCTCACTCAGTGAACTTTGGACTTTGAAGGTTTCATTGAATTAT
CGTGGTTCTCGTATGAACCTGAGGTTTCAATTAATTAAGTAGGGTCTTAACAAGAAAATT
CCTATCAATAATAAAGAAAACAAGAAGAAATACGTATTCCCATTCCATACAAATACC


BQ
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AF RR1DR09JQ C 1
AF RR1DR09TF U 1
BS 1 477 RR1DR09TF

RD RR1DR09JQ 477 0 0
GATTGACCCTATGGATAGTACAGAGAAGGGGGTCTGTCATCTTTATCAAGATGGTTTTAC
TTCGTCGGATATTCATTCGAGTATCTGGAGCACGAAATAGATCAAATAGATCACAAAGTT
TTCGAACTATGATTCATACTTAATACTTAGACCTCGTAGCCGGACTTCTTTCCGTTCTAT
CTTATAAATTTTCATAAATCAAACTTTTTTCTGCTTTTAAACTCTTATTTAGATCAAAGG
ACAAACGCTTCTTTGTATTTTATGTTTTTAATCATTATAGCTCCTTTTTTGATTGAATAA
GTGATGATCCAATGGTTCTCACTCAGTGAACTTTGGACTTTGAAGGTTTCATTGAATTAT
CGTGGTTCTCGTATGAACCTGAGGTTTCAATTAATTAAGTAGGGTCTTAACAAGAAAATT
CCTATCAATAATAAAGAAAACAAGAAGAAATACGTATTCCCATTCCATACAAATACC

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1DR09TF 477 0 0
GATTGACCCTATGGATAGTACAGAGAAGGGGGTCTGTCATCTTTATCAAGATGGTTTTAC
TTCGTCGGATATTCATTCGAGTATCTGGAGCACGAAATAGATCAAATAGATCACAAAGTT
TTCGAACTATGATTCATACTTAATACTTAGACCTCGTAGCCGGACTTCTTTCCGTTCTAT
CTTATAAATTTTCATAAATCAAACTTTTTTCTGCTTTTAAACTCTTATTTAGATCAAAGG
ACAAACGCTTCTTTGTATTTTATGTTTTTAATCATTATAGCTCCTTTTTTGATTGAATAA
GTGATGATCCAATGGTTCTCACTCAGTGAACTTTGGACTTTGAAGGTTTCATTGAATTAT
CGTGGTTCTCGTATGAACCTGAGGTTTCAATTAATTAAGTAGGGTCTTAACAAGAAAATT
CCTATCAATAATAAAGAAAACAAGAAGAAATACGTATTCCCATTCCATACAAATACC

QA 1 477 1 477
DS 



AS 1 2

CO CL4502Contig1 1257 2 2 U
GGGGCTCAGACGGAGAGGGAGATACTTCAGTCGCTGAGATCATCCGTTCTTGCCTACTCT
CTACTCTCATTTCGAAACGGAGAATCACTCGTGTCTGGTTATGGAGTTTTGTCCCGGTGG
TGATTTGCATTCTCTCCGGCAGAAACAGCCCGGAAAGTACTTCCCGGAACATGCTGCTAG
ATTCTATGTTGCTGAAGTGCTTCTAGCGATGGAGTATCTACACATGCTAGGGATCATATA
CAGAGACCTAAAGCCAGAGAATGTATTAGTACGTGAAGATGGACACATAATGCTGTCAGA
CTTTGATCTCTCCCTGAGATGTTCAGTCTCTCCAACACTAGTTCGATTCGCAGCAACCAC
CACACTCGAATCCAAACCCTCAAGCTACTGCATCCAGCCGAGCTGCGTAGACAGCCAGAG
CTGCATCGTTCAACCAGACTGCATCCAGCCAGTGTGTTTCACTCCACGGTTCTTGTCCAA
AAGCAAGAACAAGAAGAAACTAAACGAGACAGCACGTCAAGTCAGACCACTCCCGGAGCT
GATGGCTGAGCCGACAAGCGCGAGATCCATGTCCTTTGTCGGGACACACGAGTACTTAGC
GCCAGAAATCATCAAAGGAGAAGGACACGGAAGCGCGGTTGACTGGTGGACGTTTGGGAT
ATTCCTATACGAGCTTCTGTTCGGGAAGACACCGTTTAGAGGGGACGCGAACAGAGCGAC
GCTTTTCAATGTGGTTGGACAGCCGTTGAGGTTCCCGGAGCATCCTAGTGTGAGCTTTGC
GGCTAGGGACTTGATCAGAGGGTTGCTTGTGAAAGAGCCTCAGCATAGGTTGGCTTATAG
GAGAGGAGCTACTGAGATTAAGCAGCATCCGTTTTTTCAGAGTATTAACTGGGCTTTGAT
CAGATGCACCAACCCACCTCAAGTTCCACAGCCGGTGAAGATCGTGGATAATGCTGCTCA
GAGTCAAGGACATGGTTGTAGCCGTAGTCAAGGAGATCGTAAGCCGCCAACTGTTGATGT
GGAACCTTCTGGTAATTATTTGGAGATTGATTTCTTCTGAATTTGTCTGTGTTTCTCATT
CTTGATTCTATGACGGCATGCATGTATGGTAGTCGATTGTATAATGATCTTTGCTTTTGG
GGATTGTCTAGACTGTTTGTGATGTGTTTTTATCTTAGTGGATGATTTGATGACTATTGT
TGTGTCCTTCACATTATGGTGAAGTTGTAAATACTCGAAACAAGTCTCGTTTAATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G842TF U 1
AF RR1G842JQ C 549
BS 1 679 RR1G842TF
BS 680 1257 RR1G842JQ

RD RR1G842TF 679 0 0
GGGGCTCAGACGGAGAGGGAGATACTTCAGTCGCTGAGATCATCCGTTCTTGCCTACTCT
CTACTCTCATTTCGAAACGGAGAATCACTCGTGTCTGGTTATGGAGTTTTGTCCCGGTGG
TGATTTGCATTCTCTCCGGCAGAAACAGCCCGGAAAGTACTTCCCGGAACATGCTGCTAG
ATTCTATGTTGCTGAAGTGCTTCTAGCGATGGAGTATCTACACATGCTAGGGATCATATA
CAGAGACCTAAAGCCAGAGAATGTATTAGTACGTGAAGATGGACACATAATGCTGTCAGA
CTTTGATCTCTCCCTGAGATGTTCAGTCTCTCCAACACTAGTTCGATTCGCAGCAACCAC
CACACTCGAATCCAAACCCTCAAGCTACTGCATCCAGCCGAGCTGCGTAGACAGCCAGAG
CTGCATCGTTCAACCAGACTGCATCCAGCCAGTGTGTTTCACTCCACGGTTCTTGTCCAA
AAGCAAGAACAAGAAGAAACTAAACGAGACAGCACGTCAAGTCAGACCACTCCCGGAGCT
GATGGCTGAGCCGACAAGCGCGAGATCCATGTCCTTTGTCGGGACACACGAGTACTTAGC
GCCAGAAATCATCAAAGGAGAAGGACACGGAAGCGCGGTTGACTGGTGGACGTTTGGGAT
ATTCCTATACGAGCTTCTG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1G842JQ 709 0 0
AGCCGACAAGCGCGAGATCCATGTCCTTTGTCGGGACACACGAGTACTTAGCGCCAGAAA
TCATCAAAGGAGAAGGACACGGAAGCGCGGTTGACTGGTGGACGTTTGGGATATTCCTAT
ACGAGCTTCTGTTCGGGAAGACACCGTTTAGAGGGGACGCGAACAGAGCGACGCTTTTCA
ATGTGGTTGGACAGCCGTTGAGGTTCCCGGAGCATCCTAGTGTGAGCTTTGCGGCTAGGG
ACTTGATCAGAGGGTTGCTTGTGAAAGAGCCTCAGCATAGGTTGGCTTATAGGAGAGGAG
CTACTGAGATTAAGCAGCATCCGTTTTTTCAGAGTATTAACTGGGCTTTGATCAGATGCA
CCAACCCACCTCAAGTTCCACAGCCGGTGAAGATCGTGGATAATGCTGCTCAGAGTCAAG
GACATGGTTGTAGCCGTAGTCAAGGAGATCGTAAGCCGCCAACTGTTGATGTGGAACCTT
CTGGTAATTATTTGGAGATTGATTTCTTCTGAATTTGTCTGTGTTTCTCATTCTTGATTC
TATGACGGCATGCATGTATGGTAGTCGATTGTATAATGATCTTTGCTTTTGGGGATTGTC
TAGACTGTTTGTGATGTGTTTTTATCTTAGTGGATGATTTGATGACTATTGTTGTGTCCT
TCACATTATGGTGAAGTTGTAAATACTCGAAACAAGTCTCGTTTAATCC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4504Contig1 843 2 2 U
GAGTTCTAGATGATGGGATGCAGCATTGGAGTTTGTGTCGTGACCTCGAGATGGTGATGA
TTAACGGGATGAATCCGTGGGGAAACGGTAACTTAGTTCCGCTTGGACCATTACGGGAGC
CTCTTCCAGCGCTTGAGCGGGCAGATATAGCTGTAGTACACCACGTGGACATGATAACTG
AACAAAGCCTCGGAGATATTGAGAAGACAATACATGGATTCAAAAACTCGATCCCTGTTT
TCTACTCCAAGATGTTGCCTAAACACTTGTTCCACGTTAAAAATGATAGGTCACATGTAG
CTTTAGAAGCATTGCACGATGCAACTGTGCTATGTGTTTCTGCAATAGGATCAGCTGACG
CATTTGTTAAGAGCATTGGGATGATTGGAGCACGTTATGTTGATAGACTTGATTTCAGTG
ATCATTATTTATTTGGAGCACAGGATGTTGAAACTATGAGGAGGAGAGCAAAGGGTCTAG
AGAACAGATCTGATTCCAAGCCTATTATTGTGGTGACCGAAAAGGATTATAACAGGGACC
CGGAGGTTCTCAAAAGTCTGGACCCATACACAGTCTTGGTTCTGTGTTCTAGGTTGCAAA
TAACTCCTTTTAGAGACACTAATGTGGATGATGGCTTTAAATCTACACTTAGTAGAATTC
TGGCGGCTAAGTTTCGTGTTTCTAATTAGGTTCAGTGTTAACTTACTGCATTCCTTTGAT
TTTTTTTTGTTGTTTTTTCTTGAATACCAAGAAGTTTTGTTTTTCGACCCGAAACCACTA
TCATTGTAATATTAGTTTTGTTCTAATGGTCACTCAAAGTGTAATACTAGTTTTTTCCCA
ACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1DJ94TF U 1
AF RR1DJ94JQ C 338
BS 1 685 RR1DJ94TF
BS 686 843 RR1DJ94JQ

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TCTACTCCAAGATGTTGCCTAAACACTTGTTCCACGTTAAAAATGATAGGTCACATGTAG
CTTTAGAAGCATTGCACGATGCAACTGTGCTATGTGTTTCTGCAATAGGATCAGCTGACG
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ATCATTATTTATTTGGAGCACAGGATGTTGAAACTATGAGGAGGAGAGCAAAGGGTCTAG
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CGGAGGTTCTCAAAAGTCTGGACCCATACACAGTCTTGGTTCTGTGTTCTAGGTTGCAAA
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TGGCGGCTAAGTTTCGTGTTTCTAA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1DJ94JQ 506 0 0
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GAGGAGGAGAGCAAAGGGTCTAGAGAACAGATCTGATTCCAAGCCTATTATTGTGGTGAC
CGAAAAGGATTATAACAGGGACCCGGAGGTTTTCAAAAGTCTGGACCCATACACAGTTTT
GGTTTTGTGTTTTAGGTTGCAAATAACTCCTTTTAGAGACACTAATGTGGATGATGGCTT
TAAATTTACACTTAGTAGAATTCTGGCGGCTAAGTTTCGTGTTTCTAATTAGGTTCAGTG
TTAACTTACTGCATTCCTTTGATTTTTTTTTGTTGTTTTTTCTTGAATACCAAGAAGTTT
TGTTTTTCGACCCGAAACCACTATCATTGTAATATTAGTTTTGTTCTAATGGTCACTCAA
AGTGTAATACTAGTTTTTTCCCAACC

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 2

CO CL4505Contig1 1264 2 2 U
GATTGATAATAATAGTAATAATAATATTGAAAGTTCTAAATCCCCTTTCTTGTTCTTTAC
AGAATGGCGTCTTCAAGCCACATCATAGAGGTTAAAGAAGGCACAGCAAGCCTGGCAAGC
AAAGCCTGTGGAGAAGCACCCTGCGGCTTCTCAGATCTCAACAACGCTTCCGGTGACGCC
CAGGAACGCAACACTTCCATGAGAAAGCTCTGCATCGCAGTGGTGCTGTGTCTTCTCTTC
ATGACCGTTGAAATCTTTGGTGGCATCAAAGCTAATAGCTTGGCTATACTCACCGACGCA
GCTCATCTTCTCTCTGACGTTGCTGCTTTCGCCATCTCCTTGTTCTCCTTGTGGGCTGCT
GGCTGGGAAGCGACTCCTAGGCAGACTTATGGGTTTTTCAGGGTTGAGATTCTTGGTGCT
CTTGTCTCTATCCAGCTCATTTGGCTTCTCACTGGTATTCTTGTCTATGAAGCTATCATC
AGACTTCTTAGTGAGACCAGTGAGGTTAATGGGTTCCTTATGTTTCTTGTTGCTGCGTTT
GGGCTGCTGGTGAATATTATAATGGCTGTTCTGTTAGGTCATGATCATGGTCATGGCCAC
GGTCATAGTCACGGTCATGACCATCACAGTCATGGGGTGACGGTTACCACTCATCACCAT
GGTCATAGTCATGGAGAGGACAAGCACCATCACGCTCACGAGGATGTGACTGAGCAGTTG
CTGGACAAATCAGAGAAGAGAAAGAGGAACATCAACGTCCAAGGAGCTTATCTTCATGTC
ATCGGAGACTCCATCCAGAGCGTTGGCGTTATGATCGGTGGAGCTGTCATCTGGTACAAA
CCGGAGTGGAAGATAGTTGATCTCATCTGCACGCTTGTCTTTTCGGTTATTGTCTTGGGG
ACCACCATCAACATGATCAGAAGCATTCTTGAGGTGTTGATGGAGAGTACACCTAGAGAG
ATTGACGTTGCGAAGCTGGAAAAGGGTTTGCTGGAGATGGAAGAGGTGGTGGCTGTTCAT
GAGCTTCGCATTTGGGCTATCACGGTGGGGAAAATGCTGCTTGCTTGCCATGTCAATATC
ACACCAGAGGCAGATGCTGATATGGTGCTCAACAAGGTCATTGATTACATCCGCAGGGAG
TATAATATCAGTCACGTCACTATACAAATCGAGCGTTAAAAGTAAAAACATGTGAAGAGT
ATTTTGTATAAGCACTCTCATTGACATGATGATAAGATCAATAAAGTTTCTTCCCTTTTT
GTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1AF52TF U 1
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BS 760 1264 RR1AF52JQ

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CTTGTCTCTATCCAGCTCATTTGGCTTCTCACTGGTATTCTTGTCTATGAAGCTATCATC
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GGGCTGCTGGTGAATATTATAATGGCTGTTCTGTTAGGTCATGATCATGGTCATGGCCAC
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CTGGACAAATCAGAGAAGAGAAAGAGGAACATCAACGTC

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DS 

RD RR1AF52JQ 744 0 0
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TGGAGAGTACACCTAGAGAGATTGACGTTGCGAAGCTGGAAAAGGGTTTGCTGGAGATGG
AAGAGGTGGTGGCTGTTCATGAGCTTCGCATTTGGGCTATCACGGTGGGGAAAATGCTGC
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ATAAAGTTTCTTCCCTTTTTGTCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

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AGATTGTAATTTACAAGCTGAAGAGTTGGGTGTTCTGCTAGATAGGGTCAAATCAGCTGC
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AACTAGCGAGAAGAACCAAGACTCCTTGGTTATACGGGATGGAGCTTCTACTTTGAAGAT
GATCCAGTTCATACAGATGGTCGCTGATGTGCTGGAGTCTCTTCTGAGGAGGGTCACAGC
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AAAGAAGACAGTCGAAATCGAGCATTTGTTATCGAGTGTGGATGGGATGAAACAGATAGT
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GGAGTTTGAATCACTTAGAAATTACGTCAATACTTCCGCCAATGCTGTTGAGACACTTCG
TTCATCGGAAAGGCAGTTCAAAACTATCGAAGCACGGCTGGTTGCTAAGTCTGCACAGCT
GGAAGGCGAGAAAGCGCAGAAAGAGGTAGAAATTCAAAAGCTGATGGAGGAGAACGTGAA
GCTAACTGCTCTTCTTGACAAGAAAGAAGCGCAGATTCTGGCCTTGAATGAACAATGCAA
ATTCATGGCTTTGAATGCTTCAAACATCTGATCCTACATCATTCATCTCTTGGCAAAAAG
AGAGGATCATTCGACATAGTAGCCGTACTTAATTTGCTATGGCCTATGTAATTTTTTATG
TTTTTCAGATTTGATATTCTGGCAACTCTGTAAAAATCATGGCTTTGAATAAGCAAATAA
AGTAGTCTTTGGTAC


BQ
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AF RR1D071TF U 1
AF RR1D071JQ C 343
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CAGTAG
AGAG

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DS 

RD RR1D071JQ 813 0 0
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TCTGAGGAGGGTCACAGCGGCAGAATCCGAAGCGTCGTTCCATAAGGAGAGGGTGATTAT
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CAAGACGTTGGTTGAAGCCAGTAGGAGAGATAGGGAGGAAGCTGTTAAGAAAGAAGAGGA
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CTTTGAATAAGCAAATAAAGTAGTCTTTGGTAC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4508Contig1 846 2 7 U
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AGGGGGGTGGGAAAAGTTTGAGAACTCGTACCAGTTCATGACATATACAAACGGAGACAA
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GCTTATGAATGTGGATGAACCAAGTCGTTGCGAATATGCGGCAGTATTATCTACTCCAGC
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AGTCAGATTTGTGTCAATTAGACTACTAATCTTGCTCAATCTTAAAACGTCAAAGAGGAC
AAAAAGGTAAAAGTATAAACAGAGACGTCTTTTTTGCTCAGGAAGAGAATGATAGGCTCA
CGTTTTGCCTCATTGAACAATGGAGGTTCTCTCCTATTTATCAACAGTACTTTTAGACAA
TGTTCAACTTTTGGTTAAGAGAAAAGAACAGTTGATAACATGTTATAAAATCCCAAATTC
GTTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA54TF U 312
AF RR1BC38JQ C 1
BS 1 311 RR1BC38JQ
BS 312 716 RR1DA54TF
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BS 771 816 RR1DA54TF
BS 817 846 RR1BC38JQ

RD RR1DA54TF 505 0 0
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GTCCCGATAGAAGCCTAAAGATTAAGCTAAGATGTGGTTTGAAAAATGAGCTTATGAATG
TGGATGAACCAAGTCGTTGCGAATATGCGGCAGTATTATCTACTCCAGCTAGGTGTCTGG
AAGATAAACTTAAAGAACTACAAGAAAAGTTCGAGAAGATGATGAACCAAGACCCAACTC
AGAAGCACGACGAACTCTGATCATATTCCTTAGATTTGTGTCAATTAGTAGTCAGATTTG
TGTCAATTAGACTACTAATCTTGCTCAATCTTAAAACGTCAAAGAGGACAAAAAGGTAAA
AGTATAAACAGAGACGTCTTTTTTGCTCAGGAAGAGAATGATAGGTTCACGTTTTGCCTC
ATTGAACAATGGAGGTTCTCTCCTATTTATCAACAGT**TTTTAGACAATGTTCAACTTT
TGGTTAAGAGAAAAGAACAGTTGAT

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1BC38JQ 846 0 0
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CCAGTGGACAAATCAGAGGCTGATCGGGTACGCAAGGAATACGATGAGTCGAGCTCAAAA
CTTAAAAATACAGTCAAGGGTATCAAGCTTAGAAAAGAAGCTAAAACAAGACTTTGGACC
GGAGAAAGAGTTCTATTCATTCCATGGTCGTTGTTTTGAGAGCAAACAGGGCAAGTATAC
TTACAAAGTCTGCGCATATAAAGAAGCAACACAAGAGGAGGGCTATTCGAAAACTCGGCT
AGGGGGGTGGGAAAAGTTTGAGAACTCGTACCAGTTCATGACATATACAAACGGAGACAA
GTGTTGGAACGGTCCCGATAGAAGCCTAAAGATTAAGCTAAGATGTGGTTTGAAAAATGA
GCTTATGGATGTGGATGAACCAAGTCGTTGCGAATATGCGGCAGTATTATCTACTCCAGC
TAGGTGTCTGGAAGATAAACTTAAAGAACTACAAGAAAAGTTCGAGAAGATGATGAACCA
AGACCCAACTCAGAAGCACGACGAACTCTGATCATATTCCTTAGATTTGTGTCAATTAGT
AGTCAGATTTGTGTCAATTAGACTACTAATCTTGTTCAATCTTAAAACGTCAAAGAGGAC
AAAA*GGTAAAAGTATAAACAGAGACGTCTTTTT*GCTCAGGAAGAGAATGATAGGCTCA
CGTTTTGCCTCATTGAACAATGGAGGTTCTCTCCTATTTATCAACAGTACTTTTAGACAA
TGTTCAACTTTTGGTTAAGAGAAAAGAACAGTTGATAACATGTTATAAAATCCCAAATTC
GTTAGG

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 2

CO CL4509Contig1 962 2 2 U
GGATTGTATTGGAACATCTATCCGTCATGGTTGCACCAACATTGTAAACCTAGAGCTTCT
TCCTCAGCCACCTTCAACGAGAGCTCCTGGAAACCCTTGGCCACAGGTTTGTTTCTTATT
AATCCTACACAATCAGATTTATGGATTCTTAGATTAAATAGCTATTGACTAAGTACCCTT
GTATTGTTGTGAATACAGTGGCCCCGTGTCTTCCGTATTGATTACGGACACCAAGAAGCT
GCGACCAAGTTTGGAAAAGATCCTAGAACATATGAAGTCTTGACCAAGCGGTTCATAGGA
GATGACAATGGAAACGTGAAAGGGCTTGAACTTGTGCGTGTGAGTTGGGAGAAGGATGAA
TCCGGAAGGTTCCAGTTCAAGGAGATTGAAGGCTCTGAGGAGATAATCGAAGCGGATCTT
GTTTTCTTGGCCATGGGATTCCTTGGACCTGAGCCAACACTTGCTGAGAAGCTAGGACTA
GAATGTGACAACAGGTCGAACTTCAAGGCGGAGTACGGCAGATTCTCCACAACTGTGGAA
GGTGTTTTTGCAGCGGGGGATTGTCGGAGAGGCCAGTCTTTGGTGGTATGGGCCATCTCA
GAAGGACGTCAAGCTGCATCTCAGGTGGACAAATTCCTCAGCAAAGACGAGGATGACCTA
GTTGGCGCAAAGCTCGAACAAAATCTCAACGAGATGAAGCACCGACACTAGGGAGAAAGC
CTTGAATCTGAAGCAAAAGTCGAGAAGAATCGAAGAAGTGCTTTTTAGGGTTTCTTTTGT
CTTTTGTTTATTATCGTTCATATAGTAATAATGAATATGGATTACATTTTTCTTGGTAGG
GTTTCTTCCTTAGCTTTATTTTGTTAATGCTTTTGGAATTGAATTTCTTTTGTTTTTCTC
TATGACTTTGCTTTGGATTTGAACATAAGGAATGGCAATGCATAGTTCCTGGTTGTTCAG
GC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1AH08TF U 1
AF RR1AH08JQ C 443
BS 1 748 RR1AH08TF
BS 749 962 RR1AH08JQ

RD RR1AH08TF 755 0 0
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TCCTCAGCCACCTTCAACGAGAGCTCCTGGAAACCCTTGGCCACAGGTTTGTTTCTTATT
AATCCTACACAATCAGATTTATGGATTCTTAGATTAAATAGCTATTGACTAAGTACCCTT
GTATTGTTGTGAATACAGTGGCCCCGTGTCTTCCGTATTGATTACGGACACCAAGAAGCT
GCGACCAAGTTTGGAAAAGATCCTAGAACATATGAAGTCTTGACCAAGCGGTTCATAGGA
GATGACAATGGAAACGTGAAAGGGCTTGAACTTGTGCGTGTGAGTTGGGAGAAGGATGAA
TCCGGAAGGTTCCAGTTCAAGGAGATTGAAGGCTCTGAGGAGATAATCGAAGCGGATCTT
GTTTTCTTGGCCATGGGATTCCTTGGACCTGAGCCAACACTTGCTGAGAAGCTAGGACTA
GAATGTGACAACAGGTCGAACTTCAAGGCGGAGTACGGCAGATTCTCCACAACTGTGGAA
GGTGTTTTTGCAGCGGGGGATTGTCGGAGAGGCCAGTCTTTGGTGGTATGGGCCATCTCA
GAAGGACGTCAAGCTGCATCTCAGGTGGACAAATTCCTCAGCAAAGACGAGGATGACCTA
GTTGGCGCAAAGCTCGAACAAAATCTCAACGAGATGAAGCACCGACACTAGGGAGAAAGC
CTTGAATCTGAAGCAAAAGTCGAGAAGA
TCGAAGA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1AH08JQ 520 0 0
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GTCGGAGAGGCCAGTCTTTGGTGGTATGGGCCATCTCAGAAGGACGTCAAGCTGCATCTC
AGGTGGACAAATTCCTCAGCAAAGACGAGGATGACCTAGTTGGCGCAAAGCTCGAACAAA
ATCTCAACGAGATGAAGCACCGACACTAGGGAGAAAGCCTTGAATCTGAAGCAAAAGTCG
AGAAGAATCGAAGAAGTGCTTTTTAGGGTTTCTTTTGTCTTTTGTTTATTATCGTTCATA
TAGTAATAATGAATATGGATTACATTTTTCTTGGTAGGGTTTCTTCCTTAGCTTTATTTT
GTTAATGCTTTTGGAATTGAATTTCTTTTGTTTTTCTCTATGACTTTGCTTTGGATTTGA
ACATAAGGAATGGCAATGCATAGTTCCTGGTTGTTCAGGC

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 2

CO CL4510Contig1 760 2 6 U
GGACCAAAGCTCTTCATCACCTTCCTTCAAACAAAAAAAAAGAAAAGAAAATGGCGACCC
TCTATAATCAAGTTCCTTCTGTATCTGCAATTTTCTCTCTCTACACATCTTTCTCCGCCA
TCACGATGCTCTTTCGTACAATCCTTAACGAGATCGTTCCCAAGCGAATCCGAGAATACG
TCGCTCTGAAAGCTATGGACTTCTTCTCATCTTACTTTCAGTCGAATTTCACGTTCGTGA
TCGAGCAACGGTGGGAGTTTGTCGAGAACCAGACTTTCCGTGCGGCTGAAGTTTACTTAC
CGACACGTCTCACCGGACTCTCCACCGGCAAACTCCTCGTGGGTTCGAGCAATCTCAAGA
ATCCAGCGGCTGAGCCAAAACTTGGAATCCCTGTGAATACTAAAATCATAGATGAGTTTG
AAGGGATTCATCTTGAGTGGACTCTTCACTCTGTTGAGACTAAGAAGTATCTCCCAGAGA
AACGGTACTTTCACTTGACATGTAAGAAAGAGTTTCGTGAGAAGATAATGACAGATTACT
TCACATACTTGGCGAAATCAGCAGAGAAGATAATGAGCCATAGAGAGAATCTCAAGATCT
ACACTTACAACCAAGACCGGTCCAAATGGGAATCCACCATTTTCGAGCACCACACGACCT
TCGAGACCCTGGCCGTTGAGCCTCAACTTAAGAACACCTTGATCGAAGATCTTGATGCTT
TCTCTAAAGGAAAAGACTTCTTCAAGAGTGTTGGACGAGC


BQ
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AF RR1EK06TF U 1
AF RR1FT84TF U 14
BS 1 522 RR1EK06TF
BS 523 523 RR1FT84TF
BS 524 527 RR1EK06TF
BS 528 528 RR1FT84TF
BS 529 553 RR1EK06TF
BS 554 760 RR1FT84TF

RD RR1EK06TF 553 0 0
GGACCAAAGCTCTTCATCACCTTCCTTCAAACAAAAAAAAAGAAAAGAAAATGGCGACCC
TCTATAATCAAGTTCCTTCTGTATCTGCAATTTTCTCTCTCTACACATCTTTCTCCGCCA
TCACGATGCTCTTTCGTACAATCCTTAACGAGATCGTTCCCAAGCGAATCCGAGAATACG
TCGCTCTGAAAGCTATGGACTTCTTCTCATCTTACTTTCAGTCGAATTTCACGTTCGTGA
TCGAGCAACGGTGGGAGTTTGTCGAGAACCAGACTTTCCGTGCGGCTGAAGTTTACTTAC
CGACACGTCTCACCGGACTCTCCACCGGCAAACTCCTCGTGGGTTCGAGCAATCTCAAGA
ATCCAGCGGCTGAGCCAAAACTTGGAATCCCTGTGAATACTAAAATCATAGATGAGTTTG
AAGGGATTCATCTTGAGTGGACTCTTCACTCTGTTGAGACTAAGAAGTATCTCCCAGAGA
AACGGTACTTTCACTTGACATGTAAGAAAGAGTTTCGTGAGA*GATA*TGACAGATTACT
TCACATACTTGGC

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1FT84TF 747 0 0
GG
ATCACCTTCCTTCAAACAAAAAAAA*GAAAAGAAAATGGCGACCCTCTATAATCAAGTTC
CTTCTGTATCTGCAATTTTCTCTCTCTACACATCTTTCTCCGCCATCACGATGCTCTTTC
GTACAATCCTTAACTAGATCGTTCCCAAGCGAATCCGAGAATACGTCGCTCTGAAAGCTA
TGGACTTCTTCTCATCTTACTTTCAGTCGAATTTCACGTTCGTGATCGAGCAACGGTGGG
AGTTTGTCGAGAACCAGACTTTCCGTGCGGCTGAAGTTTACTTACCGACACGTCTCGCCG
GACTCTCCACCGGCAAACTCCTCGTGGGTTCGAGCAATCTCAAGAATCCAGCGGCTGAGC
CAAAACTTGGAATCCCTGTGAATACTAAAATCATAGATGAGTTTGAAGGGATTCATCTTG
AGTGGACTCTTCACTCTGTTGAGACTAAGAAGTATCTCCCAGAGAAACGGTACTTTCACT
TGACATGTAAGAAAGAGTTTCGTGAGAAGATAATGACAGATTACTTCACATACTTGGCGA
AATCAGCAGAGAAGATAATGAGCCATAGAGAGAATCTCAAGATCTACACTTACAACCAAG
ACCGGTCCAAATGGGAATCCACCATTTTCGAGCACCACACGACCTTCGAGACCCTGGCCG
TTGAGCCTCAACTTAAGAACACCTTGATCGAAGATCTTGATGCTTTCTCTAAAGGAAAAG
ACTTCTTCAAGAGTGTTGGACGAGC

QA 3 747 3 747
DS 



AS 1 2

CO CL4511Contig1 963 2 2 U
GGAATTGAAACTAAATTTGACAATGAAATGGCAGCAATGACACGTGTTCCATGGGGAACA
CTTGACAGTGTGGGTGACCAGTCTGGGTACGTGAATGGAATAAATACAATTCTAAGCGGC
AGTATTCCTGTCCTTGGGAACCTCTTAACACCAGTTTACTTCCAGTTTTTCCTCGACAAG
CTGGCATCATCTCTTGGACCACGGTTCTATGCTAATATTTTCAGATGTAAGCAACTATCC
GAGACTGGAGCTCAACAGATGTTACTAGATACGCAAGCCATGAAGACAATTCTCCTAGAA
ATTCCTTCCCTTGCTAGACAGACTTCAACTGCTGCCAGCTATTCCAAATTTGTGAGCCGT
GAAATGAGCAGAGCTGAAGCACTCCTTAAGGTCATACTCTCCCCAATCGATTCAGTGGCT
GACACTTACCGTGCACTGTTTCCAGAAGGAACTCCCATGGAGTTTCAGCGCATCTTGGAA
CTTAAGGGCCTTAAGAAAGCTGATCAGCAGAGCATACTTGATGATTTCAACAAGCATGGC
CCAGGACTTACACAGCCCTCTGTTTCAGCGGCAATGCGACAACCGGTTCCAACCACACCT
GCGCCGCCAATGGCAATCACTAATCAGGCTACGGCCGCTGGGTTCATAGCAAACAGCGAG
GATGTGTTGACCAGAGCAGCGGCTCTTGGCAGAGGAGCTGCAACCACAGGCTTTAAGAAG
TTCATTGCTCTTACTGAAGCTGCCAAAGACCGCAAAGATGGGCCTTTAAGGAGACTCTTC
AACGCTTGATTTGTTTCTTTTCTACCTCCATCTCTTTTTTTTTGTCTATCTTTTTTCCAC
CTCCACTCAACTTTTGATTTTTTGCAATTCCCTTCGTATTTTCACTTTTATGTGTTTCCG
TGTTAGGTATAAATCAGAGATTCATGTACCATGTGGAGAAATAAAAGTTTTAGAATTTAA
ATT


BQ
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10 10 10 

AF RR1DV42TF U 1
AF RR1DV42JQ C 309
BS 1 623 RR1DV42TF
BS 624 963 RR1DV42JQ

RD RR1DV42TF 623 0 0
GGAATTGAAACTAAATTTGACAATGAAATGGCAGCAATGACACGTGTTCCATGGGGAACA
CTTGACAGTGTGGGTGACCAGTCTGGGTACGTGAATGGAATAAATACAATTCTAAGCGGC
AGTATTCCTGTCCTTGGGAACCTCTTAACACCAGTTTACTTCCAGTTTTTCCTCGACAAG
CTGGCATCATCTCTTGGACCACGGTTCTATGCTAATATTTTCAGATGTAAGCAACTATCC
GAGACTGGAGCTCAACAGATGTTACTAGATACGCAAGCCATGAAGACAATTCTCCTAGAA
ATTCCTTCCCTTGCTAGACAGACTTCAACTGCTGCCAGCTATTCCAAATTTGTGAGCCGT
GAAATGAGCAGAGCTGAAGCACTCCTTAAGGTCATACTCTCCCCAATCGATTCAGTGGCT
GACACTTACCGTGCACTGTTTCCAGAAGGAACTCCCATGGAGTTTCAGCGCATCTTGGAA
CTTAAGGGCCTTAAGAAAGCTGATCAGCAGAGCATACTTGATGATTTCAACAAGCATGGC
CCAGGACTTACACAGCCCTCTGTTTCAGCGGCAATGCGACAACCGGTTCCAACCACACCT
GCGCCGCCAATGGCAATCACTAA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1DV42JQ 655 0 0
CCTTGCTAGACAGACTTCAACTGCTGCCAGCTATTCCAAATTTGTGAGCCGTGAAATGAG
CAGAGCTGAAGCACTCCTTAAGGTCATACTCTCCCCAATCGATTCAGTGGCTGACACTTA
CCGTGCACTGTTTCCAGAAGGAACTCCCATGGAGTTTCAGCGCATCTTGGAACTTAAGGG
CCTTAAGAAAGCTGATCAGCAGAGCATACTTGATGATTTCAACAAGCATGGCCCAGGACT
TACACAGCCCTCTGTTTCAGCGGCAATGCGACAACCGGTTCCAACCACACCTGCGCCGCC
AATGGCAATCACTAATCAGGCTACGGCCGCTGGGTTCATAGCAAACAGCGAGGATGTGTT
GACCAGAGCAGCGGCTCTTGGCAGAGGAGCTGCAACCACAGGCTTTAAGAAGTTCATTGC
TCTTACTGAAGCTGCCAAAGACCGCAAAGATGGGCCTTTAAGGAGACTCTTCAACGCTTG
ATTTGTTTCTTTTCTACCTCCATCTCTTTTTTTTTGTCTATCTTTTTTCCACCTCCACTC
AACTTTTGATTTTTTGCAATTCCCTTCGTATTTTCACTTTTATGTGTTTCCGTGTTAGGT
ATAAATCAGAGATTCATGTACCATGTGGAGAAATAAAAGTTTTAGAATTTAAATT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL4512Contig1 777 2 4 U
GGGCTTATAAATTAAAACCTACCCAATAACCAAGTGTTTCTCATATTGTTCATTTCAATG
GCAAATTTCAAGTTTCCTCTGCTTATACTGTTCGTTCTATATTTTTCCCAGCTTCATCTA
CTTCAGTTTCACCATGACTTCTTCTCTTCTTTTCCGGTCAAGATCGGTCTACTCATCATA
TCCATCCTCCTCTATGCTAAACTCTACACCGAAGAAACAATCCAATTCATGACGAGGATA
CTAAACCGGTCCGGTTTAGGAGATGATACGTACGCCCCACGTTGCATGTTGACCTCTCCA
CCAACACCATCAATGTTTGAGGCCAGACATGAAGCCGAATTAGTCATATTCGGAGCTCTT
AACTCGCTATTCAAGAAAACAGGAGTTGAACCGAGAGAAGTTGGAATCTTCATTGTAAAT
TGCAGCTTGTTTAACCCTAACCCATCTCTCTCTTCCATGATCGTAAACCGGTACAAGCTC
AAAACCGACGTGAAAACATACAATCTCTCCGGTATGGGATGCAGCGCCGGCGCAATCTCG
GTAGATCTCGCCACGCATCTTCTTAAAGCAAACCCTAATACCTATGCAGTCATTGTTAGC
ACGGAGAACATGACTCTTAGCATGTATCGAGGCAACGACCGGTCCATGCTGGTCCCTAAC
TGTCTATTTCGAGTAGAGTGCGGCGGTTTTGCTCTCAACCGGAGCCAAGACAGAGTTCGG
TCTAAGTATGAGTTGACTCAACTCGTTAGGACCCACAAAGGCGCTAGCGACAAACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1E380TF U 1
AF RR1EV85TF U 41
BS 1 62 RR1E380TF
BS 63 63 RR1EV85TF
BS 64 162 RR1E380TF
BS 163 777 RR1EV85TF

RD RR1E380TF 162 0 0
GGGCTTATAAATTAAAACCTACCCAATAACCAAGTGTTTCTCATATTGTTCATTTCAATG
GCTAATTTCAAGTTTCCTCTGCTTATACTGTTCGTTCTATATTTTTCCCAGCTTCATCTA
CTTCAGTTTCACCATGACTTCTTCTCTTCTTTTCCGGTCAAG

QA 1 162 1 162
DS 

RD RR1EV85TF 737 0 0
GG
ATATTGTTCATTTCAATGGCAAATTTCAAGTTTCCTCTGCTTATACTGTTCGTTCTATAT
TTTTCCCAGCTTCATCTACTTCAGTTTCACCATGACTTCTTCTCTTCTTTTCCGGTCAAG
ATCGGTCTACTCATCATATCCATCCTCCTCTATGCTAAACTCTACACCGAAGAAACAATC
CAATTCATGACGAGGATACTAAACCGGTCCGGTTTAGGAGATGATACGTACGCCCCACGT
TGCATGTTGACCTCTCCACCAACACCATCAATGTTTGAGGCCAGACATGAAGCCGAATTA
GTCATATTCGGAGCTCTTAACTCGCTATTCAAGAAAACAGGAGTTGAACCGAGAGAAGTT
GGAATCTTCATTGTAAATTGCAGCTTGTTTAACCCTAACCCATCTCTCTCTTCCATGATC
GTAAACCGGTACAAGCTCAAAACCGACGTGAAAACATACAATCTCTCCGGTATGGGATGC
AGCGCCGGCGCAATCTCGGTAGATCTCGCCACGCATCTTCTTAAAGCAAACCCTAATACC
TATGCAGTCATTGTTAGCACGGAGAACATGACTCTTAGCATGTATCGAGGCAACGACCGG
TCCATGCTGGTCCCTAACTGTCTATTTCGAGTAGAGTGCGGCGGTTTTGCTCTCAACCGG
AGCCAAGACAGAGTTCGGTCTAAGTATGAGTTGACTCAACTCGTTAGGACCCACAAAGGC
GCTAGCGACAAACAT

QA 3 737 3 737
DS 



AS 1 2

CO CL4513Contig1 876 2 8 U
GGGCACCTCTATCTCCCACTAATTTCGATATTGCCACTGAGCATCAAAAAATTTCACCGA
ACAAACAAAAAACGTAACTGACATTCTATGGCGGAGGAGACGCTAACTCGGACCGACTCA
GTTGAGTCGACCGGTAAAAAGCGGGTCAGGGACGAGTCGTACGACGCGGTTCTCGACTCG
CCGGAGGTCAAGAGGCTGAGAGATGATTTATTCGATGTTTTCGATGACTCGGATCCTGAA
CCGGTGAGTCAAGATCTCGACTCGGTTATGAAGAGTTTCGAGAACGAGCTGTCTTCGACC
GTTGCGACGTCGCAGGATCCCGGCGAAACTCAGCCGGATCTCGGTTACCTTCTAGAGGCT
TCCGATGATGAGCTCGGTTTGCCACCACCGCCTCCACTCAATTCTCCGATTCCCGTCGCG
AAGGAGGTGGAGACGACGACGGAGACGGTGGCGGATTTGTTACGAGCGTCGTCGGATTCG
TCGGGAATCGACGAGTTATGGGGGTTCGAGGATCACGTGTCGGATTACGGCTCTTTAGAT
TTCGGCTCCGGCGTCGGAGATGGTGGAGATTACGTCCCCGTTGAGGGACTATTTGATTTT
TCCGACGAATATTTTGGTTCCGGCGATATATTCTCGGGGCGGTCGGAGTCTTTACCGGCG
GAGTAAAACAAACTTTTTATATTTTTTTCCTTAGGTGGGAAATGTAGAAAACGGTTGACG
TTTTCTAGAAGCGTTTGGCCCCCCCCCCGTTTTTTTAACCCTATGTACGATAGACGGTTA
GTTTTTATTAATTATAATAGGATTAGGAAAGTTTAATATTTTGTTACTTGGTGTAATTTG
GTAGACTAGTATAAGGGAATTCGTTTGTTTGTTTTT


BQ
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AF RR1BT91TF U 1
AF RR1BT91JQ C 474
BS 1 576 RR1BT91TF
BS 577 577 RR1BT91JQ
BS 578 636 RR1BT91TF
BS 637 637 RR1BT91JQ
BS 638 694 RR1BT91TF
BS 695 695 RR1BT91JQ
BS 696 732 RR1BT91TF
BS 733 876 RR1BT91JQ

RD RR1BT91TF 732 0 0
GGGCACCTCTATCTCCCACTAATTTCGATATTGCCACTGAGCATCAAAAAATTTCACCGA
ACAAACAAAAAACGTAACTGACATTCTATGGCGGAGGAGACGCTAACTCGGACCGACTCA
GTTGAGTCGACCGGTAAAAAGCGGGTCAGGGACGAGTCGTACGACGCGGTTCTCGACTCG
CCGGAGGTCAAGAGGCTGAGAGATGATTTATTCGATGTTTTCGATGACTCGGATCCTGAA
CCGGTGAGTCAAGATCTCGACTCGGTTATGAAGAGTTTCGAGAACGAGCTGTCTTCGACC
GTTGCGACGTCGCAGGATCCCGGCGAAACTCAGCCGGATCTCGGTTACCTTCTAGAGGCT
TCCGATGATGAGCTCGGTTTGCCACCACCGCCTCCACTCAATTCTCCGATTCCCGTCGCG
AAGGAGGTGGAGACGACGACGGAGACGGTGGCGGATTTGTTACGAGCGTCGTCGGATTCG
TCGGGAATCGACGAGTTATGGGGGTTCGAGGATCACGTGTCGGATTACGGCTCTTTAGAT
TTCGGCTCCGGCGTCGGAGATGGTGGAGATTACGTCGCCGTTGAGGGACTATTTGATTTT
TCCGACGAATATTTTGGTTCCGGCGATATATTCTCGTGGCGGTCGGAGTCTTTACCGGCG
GAGTAAAACAAACTTTTTATATTTTTTTCCTTAG*TGGGAAATGTAGAAAACGGTTGACG
TTTTCTAGAAGC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1BT91JQ 403 0 0
GGATTCGTCGGGAATCGACGAGTTATGGGGGTTCGAGGATCACGTGTCGGATTACGGCTC
TTTAGATTTCGGCTCCGGCGTCGGAGATGGTGGAGATTACGTCCCCGTTGAGGGACTATT
TGATTTTTCCGACGAATATTTTGGTTCCGGCGATATATTCTCGGGGCGGTCGGAGTCTTT
ACCGGCGGAGTAAAACAAACTTTTTATATTTTTTTCCTTAGGTGGGAAATGTAGAAAACG
GTTGACGTTTTCTAGAAGCGTTTGGCCCCCCCCCCGTTTTTTTAACCCTATGTACGATAG
ACGGTTAGTTTTTATTAATTATAATAGGATTAGGAAAGTTTAATATTTTGTTACTTGGTG
TAATTTGGTAGACTAGTATAAGGGAATTCGTTTGTTTGTTTTT

QA 1 403 1 403
DS 



AS 1 2

CO CL4514Contig1 967 2 8 U
GGGTTCCACAATCCCTACTCTGCAACACAAACCTTACCCTTCACTACCATCTTCACAATC
TCATCATCATCCTCATCATCATCTTTTAGACCAAGAAGAAGACTATCTTCTTCAACCAAT
CGCATCTTCCCTATCAACCAACCAAAACCCATAACCAAAACGCTCCAAACCCAAACCCTA
GCCGCCAGAGACACAATCATAGACTTCGGCAAGCACAAGGGCAAAATGCTCGGCTCTTTG
CCTTCCTCTTACCTCAAATGGGTCTCCAAGAATCTACGAGCAGGAGACACTGAGTACTGG
GCAAAGCTTGCAGACGAAGTGCTCGAGGACGATGTTTATAAAGACAGAATTGAGTGGGAG
TTTGCAGAGAAAGTCCTCCATGGAAGTGATGAGAGCATCAAAGAGAAGCAAAACAGAGGA
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ATAAGATTGGTTGGAGCAAAGTCAACTTCGAGCTTTTGGGGACAAGCAGAGGTGGTCGAA
TTCCTAGGTTAGGAGAGAGTAGAGGAGATATGGTAAGAAGAAGAAAGAGAGGTCAAGAAG
AAGGAGGGAGAGGAGGAAGATGGTAGTGGGTGGAGGAGAAGAGAGAGGCGAGAGAGGATG
AGGCAGAGTCTTGGGAGAGAGAAGGAGAATGTTGATGGCAAAACTGTGAATAGGACTGAT
CAGAAGGGTGTTTTGGGAAGGTTAGAAGAAGTAGAGAACCAAATCGAGCCAAAGATTCAT
AGTCCTTTCCCAGGACGTGAGTCTCTGTTGAAGAAAGTTATGAACAAGAGAAGGTCTCAA
TGACATGACATAGAGTGAGTCTGTTGTTGTTCCTTTTGATTGAGTTTGCAATTTTCAAAT
ATTCACTAGAAGCATTAGGAAGGCAGTTCCTTTGTGTATCTGAAAGATCAAAACATTACT
TTTATTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM63TF U 1
AF RR1BM63JQ C 246
BS 1 662 RR1BM63TF
BS 663 663 RR1BM63JQ
BS 664 684 RR1BM63TF
BS 685 685 RR1BM63JQ
BS 686 702 RR1BM63TF
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BS 704 724 RR1BM63TF
BS 725 967 RR1BM63JQ

RD RR1BM63TF 724 0 0
GGGTTCCACAATCCCTACTCTGCAACACAAACCTTACCCTTCACTACCATCTTCACAATC
TCATCATCATCCTCATCATCATCTTTTAGACCAAGAAGAAGACTATCTTCTTCAACCAAT
CGCATCTTCCCTATCAACCAACCAAAACCCATAACCAAAACGCTCCAAACCCAAACCCTA
GCCGCCAGAGACACAATCATAGACTTCGGCAAGCACAAGGGCAAAATGCTCGGCTCTTTG
CCTTCCTCTTACCTCAAATGGGTCTCCAAGAATCTACGAGCAGGAGACACTGAGTACTGG
GCAAAGCTTGCAGACGAAGTGCTCGAGGACGATGTTTATAAAGACAGAATTGAGTGGGAG
TTTGCAGAGAAAGTCCTCCATGGAAGTGATGAGAGCATCAAAGAGAAGCAAAACAGAGGA
GATGTAAGCTCTGTTTCCATGTTGTTGGAGATTAGCGAGAGGTTTGGTTGGGACATGAGG
ATAAGATTGGTTGGAGCAAAGTCAACTTCGAGCTTTTGGGGACAAGCAGAGGTGGTCGAA
TTCCTAGGTTAGGAGAGAGTAGAGGAGATATGGTAAGAAGAAGAAAGAGAGGTCAAGAAG
AAGGAGGGAGAGGAGGAAGATGGTAGTGGGTGGAGGAGAAGAGAGAGGCGAGAGAGGATG
AG*CAGAGTCTTGGGAGAGAGAAG*AGAATGTTGATGGCAAA*CTGTGAATAGGACTGAT
CAGA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1BM63JQ 722 0 0
CTCTTACCTCAAATGGGTCTCCAAGAATCTACGAGCAGGAGACACTGAGTACTGGGCAAA
GCTTGCAGACGAAGTGCTCGAGGACGATGTTTATAAAGACAGAATTGAGTGGGAGTTTGC
AGAGAAAGTCCTCCATGGAAGTGATGAGAGCATCAAAGAGAAGCAAAACAGAGGAGATGT
AAGCTCTGTTTCCATGTTGTTGGAGATTAGCGAGAGGTTTGGTTGGGACATGAGGATAAG
ATTGGTTGGAGCAAAGTCAACTTCGAGCTTTTGGGGACAAGCAGAGGTGGTCGAATTCCT
AGGTTAGGAGAGAGTAGAGGAGATATGGTAAGAAGAAGAAAGAGAGGTCAAGAAGAAGGA
GGGAGAGGAGGAAGATGGTAGTGGGTGGAGGAGAAGAGAGAGGCGAGAGAGGATGAGGCA
GAGTCTTGGGAGAGAGAAGGAGAATGTTGATGGCAAAACTGTGAATAGGACTGATCAGAA
GGGTGTTTTGGGAAGGTTAGAAGAAGTAGAGAACCAAATCGAGCCAAAGATTCATAGTCC
TTTCCCAGGACGTGAGTCTCTGTTGAAGAAAGTTATGAACAAGAGAAGGTCTCAATGACA
TGACATAGAGTGAGTCTGTTGTTGTTCCTTTTGATTGAGTTTGCAATTTTCAAATATTCA
CTAGAAGCATTAGGAAGGCAGTTCCTTTGTGTATCTGAAAGATCAAAACATTACTTTTAT
TG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL4515Contig1 875 2 2 U
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CTTCAGAAGAAAAAAAAACTGTTTACTTCCTTTGCTTTTGTTGTTGTTGTGTGAATGTGT
AACTTGACAGAGATTCTAATTCGTCTTCAAAACATGATGATAATGAATGTGGCTCTACCT
TTGGATCTGAGAGGTAGTCTGAGCTAGAACAATGTCAGAAGTCGTCAGAGTACCAGATTC
ATCGATATCAAGCTGCTCAAACTCCTCCATGATCCCAGCTATATCTTTCTCATCAATCTT
CCCCATCTCTTTCAGTTTATACACAATAAACTCTGCAGCTCTGCACATCACACCACAAAA
AGACAACAACCATAAGAAGATAAAAAAAGAAAACAAATAAATAAAAGAGAGAATGAAGAA
TCTCATGATAGTCTCTCTCACCCAACAACTCCATCTTCATCAAGATCAGCAGCTTCGAGA
TCATTATTAGTAATCCTCCTACTCAAAACCCATTTCACCAACTCCCTCTGCTTAATCTCC
GCATTCAACTCAGCCACTACTGTTTCATCCTCGAGTTGATATCAACCTCTGCTCAATCAA
TTGTGTACTCTCTCCTCCATGTTTTACAGAGTTACCTCTCGATTAGTCTGGGGTTTACAC
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TTTACATAGCATTTTAGTGTAATTGCTTAAAACACTTTGGTTCGGCAATGTCATTTTAAT
ACATTTTGTTTTTATCACTTTCTGAAGGTTGTGTTTTCGTTTAAAATTATGTATGAATGT
GTTATTGTCTTTTAATTAAAAGGAAAATTTGACTT


BQ
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AF RR1DO68TF U 1
AF RR1DO68JQ C 204
BS 1 677 RR1DO68TF
BS 678 875 RR1DO68JQ

RD RR1DO68TF 677 0 0
GCATTACAAAACATTCAAAGAGTAAAAGAATGCGGCATTACAAAACAGAATAAAACAAAA
CTTCAGAAGAAAAAAAAACTGTTTACTTCCTTTGCTTTTGTTGTTGTTGTGTGAATGTGT
AACTTGACAGAGATTCTAATTCGTCTTCAAAACATGATGATAATGAATGTGGCTCTACCT
TTGGATCTGAGAGGTAGTCTGAGCTAGAACAATGTCAGAAGTCGTCAGAGTACCAGATTC
ATCGATATCAAGCTGCTCAAACTCCTCCATGATCCCAGCTATATCTTTCTCATCAATCTT
CCCCATCTCTTTCAGTTTATACACAATAAACTCTGCAGCTCTGCACATCACACCACAAAA
AGACAACAACCATAAGAAGATAAAAAAAGAAAACAAATAAATAAAAGAGAGAATGAAGAA
TCTCATGATAGTCTCTCTCACCCAACAACTCCATCTTCATCAAGATCAGCAGCTTCGAGA
TCATTATTAGTAATCCTCCTACTCAAAACCCATTTCACCAACTCCCTCTGCTTAATCTCC
GCATTCAACTCAGCCACTACTGTTTCATCCTCGAGTTGATATCAACCTCTGCTCAATCAA
TTGTGTACTCTCTCCTCCATGTTTTACAGAGTTACCTCTCGATTAGTCTGGGGTTTACAC
TAATGTTCAGCCTTTTA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1DO68JQ 672 0 0
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CCTCCATGATCCCAGCTATATCTTTCTCATCAATCTTCCCCATCTCTTTCAGTTTATACA
CAATAAACTCTGCAGCTCTGCACATCACACCACAAAAAGACAACAACCATAAGAAGATAA
AAAAAGAAAACAAATAAATAAAAGAGAGAATGAAGAATCTCATGATAGTCTCTCTCACCC
AACAACTCCATCTTCATCAAGATCAGCAGCTTCGAGATCATTATTAGTAATCCTCCTACT
CAAAACCCATTTCACCAACTCCCTCTGCTTAATCTCCGCATTCAACTCAGCCACTACTGT
TTCATCCTCGAGTTGATATCAACCTCTGCTCAATCAATTGTGTACTCTCTCCTCCATGTT
TTACAGAGTTACCTCTCGATTAGTCTGGGGTTTACACTAATGTTCAGCCTTTTAAAAAGA
GAACAACAAAGAAAATGAGCAAAAACATTCAGACTTCTTTACATAGCATTTTAGTGTAAT
TGCTTAAAACACTTTGGTTCGGCAATGTCATTTTAATACATTTTGTTTTTATCACTTTCT
GAAGGTTGTGTTTTCGTTTAAAATTATGTATGAATGTGTTATTGTCTTTTAATTAAAAGG
AAAATTTGACTT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL4516Contig1 826 2 2 U
GAGCCTACTTTATCTTCTCCGATCTACGGCCTCGAATTTTCACAGATCTCTGACGGTTCC
GTCACCAGATTTATCTCATCCGGCAACCTCCGATCGCTTTTTAAATCTTTTTATATTCTC
TTTAATTTAAAATCATCAGAAAACTCTCTTATTTTATTTTTATCGAGAAAACTTTTTTTT
ATTAATTTTTGTCCGTGTCCGCTTATTTTTCTCGACAAGTCATGCGTTTGACGCTTTTCA
CCTCAGATGAAACGTAATTGACATTTCTGCCCTTTCTTTTCTACTTAATCCGATAGCCAC
GTGGCATCATCTGAAGAAAAGTAATCAAATGAGTCAAAACCACCACCACGCGCACACAGT
TCAAACGACGGGCGCGTCGAGGAAACGCAAGGACACGACTGAGAGTGGTTTAGATGTTGA
TCCAAGAGCCACTCCGGCTACATCGAACTGGGTCTTGGCCGGCTACATGGCTCACGAGTT
CCTCACGTGCGGAACTATGTTGGGCCGGAAGCTATATCCTGGATGGGCTGGAGTTGGGCC
GTTGGACACGCCGTCGACGCAACAACAACACAGGGAAGTGAAGAAGAAGAAGAAGACTGA
CCAGAGCTACTCTGACGTCTCGAGTGTGTTCAAGACAGATGGGATCCATATTCCTGGTGT
GGTTAACCCGACCCAGCTTGCTAAATGGATCCAGATGTAACTATATATATCATCATTGCC
ATTAGTTATTTCTCTTTTACTTATGGTCGTCTCTTTTGTATCGTTTATGATCTTTCAACA
TGTTACTAATAATTTGATAAGTAATTGTTAGTCTTGTGTTCATCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DZ75TF U 1
AF RR1DZ75JQ C 251
BS 1 477 RR1DZ75TF
BS 478 826 RR1DZ75JQ

RD RR1DZ75TF 477 0 0
GAGCCTACTTTATCTTCTCCGATCTACGGCCTCGAATTTTCACAGATCTCTGACGGTTCC
GTCACCAGATTTATCTCATCCGGCAACCTCCGATCGCTTTTTAAATCTTTTTATATTCTC
TTTAATTTAAAATCATCAGAAAACTCTCTTATTTTATTTTTATCGAGAAAACTTTTTTTT
ATTAATTTTTGTCCGTGTCCGCTTATTTTTCTCGACAAGTCATGCGTTTGACGCTTTTCA
CCTCAGATGAAACGTAATTGACATTTCTGCCCTTTCTTTTCTACTTAATCCGATAGCCAC
GTGGCATCATCTGAAGAAAAGTAATCAAATGAGTCAAAACCACCACCACGCGCACACAGT
TCAAACGACGGGCGCGTCGAGGAAACGCAAGGACACGACTGAGAGTGGTTTAGATGTTGA
TCCAAGAGCCACTCCGGCTACATCGAACTGGGTCTTGGCCGGCTACATGGCTCACGA

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1DZ75JQ 576 0 0
AACGTAATTGACATTTCTGCCCTTTCTTTTCTACTTAATCCGATAGCCACGTGGCATCAT
CTGAAGAAAAGTAATCAAATGAGTCAAAACCACCACCACGCGCACACAGTTCAAACGACG
GGCGCGTCGAGGAAACGCAAGGACACGACTGAGAGTGGTTTAGATGTTGATCCAAGAGCC
ACTCCGGCTACATCGAACTGGGTCTTGGCCGGCTACATGGCTCACGAGTTCCTCACGTGC
GGAACTATGTTGGGCCGGAAGCTATATCCTGGATGGGCTGGAGTTGGGCCGTTGGACACG
CCGTCGACGCAACAACAACACAGGGAAGTGAAGAAGAAGAAGAAGACTGACCAGAGCTAC
TCTGACGTCTCGAGTGTGTTCAAGACAGATGGGATCCATATTCCTGGTGTGGTTAACCCG
ACCCAGCTTGCTAAATGGATCCAGATGTAACTATATATATCATCATTGCCATTAGTTATT
TCTCTTTTACTTATGGTCGTCTCTTTTGTATCGTTTATGATCTTTCAACATGTTACTAAT
AATTTGATAAGTAATTGTTAGTCTTGTGTTCATCGG

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

CO CL4517Contig1 1027 2 2 U
CACGTAACAACACATTCTGTAAAAACATTTCGTGTTCACATGCGTTGTTTCTCAACCCAA
TCAAACCTACAAAATCATTGTGTTTCATCGGATATATGAATTCAAAACCGTATTTCTTTC
ATCATTTGCTGCTGTCTGTGAAGTCAGCGTCAATCACATCATCACCATCTTTCCCGGTTG
AATCAGCTGATGAAGCATCTTCGCCTCCAGGGGAAGGACCTGCACCTGCTGCTCCTGCTC
CAGGCTGGTTGTACATCGACTGACCAATCTGCATCACTTCTTGGTTAAGAGCAGCCATCG
TGTCCTTGATCTCTTGGGTAGTTCCACTTGCAATCTTGTCTTTCAGCTCTTGCAGCTTGG
CCTCCACCTTCTCTTTCACTTCACCTGGAATCTTCTCACCGAGTTCTTTGAGTTGCTTCT
CTGTCTGGTACACCACTGAATCCGCCTGGTTCTTCGTGTCAATTGCGTCTCTCTTCTCCT
TGTCGTCCTTTGCAAACCTTTCTGCTTCTTGGACCATTTGCTCTACCTCGTCCTTGGGCA
ATGTACTGGCACCAGTAATGGTGATGTCTTGTTTCTTTCCGGTGCCTTTGTCACTAGCAC
TGACGGATAGAATACCATTGGCATCGATGTCAAATTTGACTTCGATCTGTGGAACTCCAC
GTGGTGCTGGTGGGATGCCATCTAGACGGAAGCTGCCAAGAGACTTGTTATCCCGGACAA
ACTCCCTCTCACCCTGCAACACATTAATCTCAACACTTGTCTGTCCATCAGCAGCAGTGG
AGAAGACTTCTGACTTAGAAGTAGGCAGAGTTGAGTTCCGTGGAATAATCTTGGTCATAA
CACCGCCAAGTGTTTCCAAACCAATGGATAGGGGTGTCACGTCAAGAAGGACAATGTCGC
TCACATCTCCAGCTTGAACACCAGCCTGAACCGCAGCACCTAGAGCTACAACCTCATCAG
GGTTTACTGTGACATTGGGCTCTTTCCCAGTCAGCTTCCTGACGACTTCCTGAACAGCAG
GAATACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX13JQ U 1
AF RR1CX66TF C 395
BS 1 638 RR1DX13JQ
BS 639 1027 RR1CX66TF

RD RR1DX13JQ 638 0 0
CACGTAACAACACATTCTGTAAAAACATTTCGTGTTCACATGCGTTGTTTCTCAACCCAA
TCAAACCTACAAAATCATTGTGTTTCATCGGATATATGAATTCAAAACCGTATTTCTTTC
ATCATTTGCTGCTGTCTGTGAAGTCAGCGTCAATCACATCATCACCATCTTTCCCGGTTG
AATCAGCTGATGAAGCATCTTCGCCTCCAGGGGAAGGACCTGCACCTGCTGCTCCTGCTC
CAGGCTGGTTGTACATCGACTGACCAATCTGCATCACTTCTTGGTTAAGAGCAGCCATCG
TGTCCTTGATCTCTTGGGTAGTTCCACTTGCAATCTTGTCTTTCAGCTCTTGCAGCTTGG
CCTCCACCTTCTCTTTCACTTCACCTGGAATCTTCTCACCGAGTTCTTTGAGTTGCTTCT
CTGTCTGGTACACCACTGAATCCGCCTGGTTCTTCGTGTCAATTGCGTCTCTCTTCTCCT
TGTCGTCCTTTGCAAACCTTTCTGCTTCTTGGACCATTTGCTCTACCTCGTCCTTGGGCA
ATGTACTGGCACCAGTAATGGTGATGTCTTGTTTCTTTCCGGTGCCTTTGTCACTAGCAC
TGACGGATAGAATACCATTGGCATCGATGTCAAATTTG

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1CX66TF 633 0 0
CTCACCGAGTTCTTTGAGTTGCTTCTCTGTCTGGTACACCACTGAATCCGCCTGGTTCTT
CGTGTCAATTGCGTCTCTCTTCTCCTTGTCGTCCTTTGCAAACCTTTCTGCTTCTTGGAC
CATTTGCTCTACCTCGTCCTTGGGCAATGTACTGGCACCAGTAATGGTGATGTCTTGTTT
CTTTCCGGTGCCTTTGTCACTAGCACTGACGGATAGAATACCATTGGCATCGATGTCAAA
TTTGACTTCGATCTGTGGAACTCCACGTGGTGCTGGTGGGATGCCATCTAGACGGAAGCT
GCCAAGAGACTTGTTATCCCGGACAAACTCCCTCTCACCCTGCAACACATTAATCTCAAC
ACTTGTCTGTCCATCAGCAGCAGTGGAGAAGACTTCTGACTTAGAAGTAGGCAGAGTTGA
GTTCCGTGGAATAATCTTGGTCATAACACCGCCAAGTGTTTCCAAACCAATGGATAGGGG
TGTCACGTCAAGAAGGACAATGTCGCTCACATCTCCAGCTTGAACACCAGCCTGAACCGC
AGCACCTAGAGCTACAACCTCATCAGGGTTTACTGTGACATTGGGCTCTTTCCCAGTCAG
CTTCCTGACGACTTCCTGAACAGCAGGAATACC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL4518Contig1 739 2 2 U
GGGTTCCAACACAAACTCTCTCTCTAAAACCTCCAACTTCTCACTAAAAAGCGTCTAATT
GAAGTTTGCTTCGGGGGCCGGCGGTTCCCCACCGTCGGTCACCACCCCTTTTGTTTGTAA
CATATTAGTATTTTCTTTGCCTTTTGTTTTTTGATGTTTATACTTCCGTTTAGCGGATAT
GTTCTTTCGTTGCAGATCAAACTTCGCTAGGCGATGGTTTAGTTTTCAAGTTTCAACCTT
TCGCATGCGTAACTCTAATCCCGTCAACTCTTGATCATATATGATGTTTCTCCTAATCAG
CTTTTCCACTGTTTAATGGAGAATCAGTCTTTGCTGACTTAGATCTAGCCATGTTTGGCT
TAAGGCAAAGCTTCTCTAATAAAAAAGGGTAAAGTTTGTTTGGATTTCTTAGGTCTTTTG
AAGAAGATTCAGCAGAGATGGCGTTTCTAACGCGAGAGGTTTCGTTGGGAGTACAAGTCT
TGGCAAATCAAGGTGTTGTGGCGGCTCCTGATGAAGAACCATACCGCCGGCACTGTTTTT
CCGGTGACAAAGTCGAAGGCGGTTACGTCAAGAGCTCAAGAGCGGTGGAGAAGATTGGTG
TCCTCGTTAACATCAAGTTCCTGCCACGTAGCAGCATCTCAAAAATTACCCTACACGTGT
TATAAGCTGTGTCATCCTTTTGTTTATTTGTGTTGGGCCTTAATGCCAATATTGTACTTT
TCTTTAGTCCAAGAGGCTT


BQ
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AF RR1HA93TF U 1
AF RR1HA93JQ C 413
BS 1 537 RR1HA93TF
BS 538 739 RR1HA93JQ

RD RR1HA93TF 537 0 0
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CATATTAGTATTTTCTTTGCCTTTTGTTTTTTGATGTTTATACTTCCGTTTAGCGGATAT
GTTCTTTCGTTGCAGATCAAACTTCGCTAGGCGATGGTTTAGTTTTCAAGTTTCAACCTT
TCGCATGCGTAACTCTAATCCCGTCAACTCTTGATCATATATGATGTTTCTCCTAATCAG
CTTTTCCACTGTTTAATGGAGAATCAGTCTTTGCTGACTTAGATCTAGCCATGTTTGGCT
TAAGGCAAAGCTTCTCTAATAAAAAAGGGTAAAGTTTGTTTGGATTTCTTAGGTCTTTTG
AAGAAGATTCAGCAGAGATGGCGTTTCTAACGCGAGAGGTTTCGTTGGGAGTACAAGTCT
TGGCAAATCAAGGTGTTGTGGCGGCTCCTGATGAAGAACCATACCGCCGGCACTGTT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1HA93JQ 327 0 0
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ACAAGTCTTGGCAAATCAAGGTGTTGTGGCGGCTCCTGATGAAGAACCATACCGCCGGCA
CTGTTTTTCCGGTGACAAAGTCGAAGGCGGTTACGTCAAGAGCTCAAGAGCGGTGGAGAA
GATTGGTGTCCTCGTTAACATCAAGTTCCTGCCACGTAGCAGCATCTCAAAAATTACCCT
ACACGTGTTATAAGCTGTGTCATCCTTTTGTTTATTTGTGTTGGGCCTTAATGCCAATAT
TGTACTTTTCTTTAGTCCAAGAGGCTT

QA 1 327 1 327
DS 



AS 1 2

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TATTTTCTCTTTCTTTTCTTTTTATTACTGATAATATCTTTTATCGACATTATTTGGAGG
GAAATCTGGCTCTTCGCTGTACGCATGGAGTGATTTTATATTAGACTGTTTGAAAAAAAA
TGGTTGAGCTTATGATTTTTTTAATTAGTGTATTATTTATGTTATATGAAGGTTTATTGG
ACTTAAGTCCAATAAATAATACCCTAATTGATTATAATACATAAATAATACACATTTG


BQ
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AF RR1DV58JQ C 1
AF RR1DV58TF U 1
BS 1 478 RR1DV58TF

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TGTTTTAGCACGCAAACTTCCGCTAAACGGCCCTGTTTTGGACCCATGGCTTTCAGACGA
GAGTCGTTCGATTAGATATTAAGTACACGTGGCGTTAAACAAGAGATCGAGTGGGAACTC
TATTTTCTCTTTCTTTTCTTTTTATTACTGATAATATCTTTTATCGACATTATTTGGAGG
GAAATCTGGCTTTTCGCTGTACGCATGGAGTGATTTTATATTAGACTGTTTGAAAAAAAA
TGGTTGAGCTTATGATTTTTTTAATTAGTGTATTATTTATGTTATATGAAGGTTTATTGG
ACTTAAGTCCAATAAATAATACCCTAATTGATTATAATACATAAATAATACACATTTG

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR1DV58TF 478 0 0
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TGTTTTAGCACGCAAACTTCCGCTAAACGGCCCTGTTTTGGACCCATGGCTTTCAGACGA
GAGTCGTTCGATTAGATATTAAGTACACGTGGCGTTAAACAAGAGATCGAGTGGGAACTC
TATTTTCTCTTTCTTTTCTTTTTATTACTGATAATATCTTTTATCGACATTATTTGGAGG
GAAATCTGGCTCTTCGCTGTACGCATGGAGTGATTTTATATTAGACTGTTTGAAAAAAAA
TGGTTGAGCTTATGATTTTTTTAATTAGTGTATTATTTATGTTATATGAAGGTTTATTGG
ACTTAAGTCCAATAAATAATACCCTAATTGATTATAATACATAAATAATACACATTTG

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL4520Contig1 1174 2 4 U
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ACATGTCTTGCTTACTGTTTTCACCCTGTGTATGCTTTGTTCAGGGGCTAAGGCACAGCT
AAACCCTAACCTTTACGCTAAATCATGCCCGTATCTTGTACCAATTGTCCGCAGACAAGT
TATGATCGCCCTGAAGGCCGATACACGGATGGCTGCTTCTCTCATTCGTCTTCATTTCCA
TGACTGTTTCGTTAATGGGTGCGATGCGTCTGTATTGTTGGATGGAGACGACAGCGAGAA
ATTAGCGTTACCAAATCTGAACTCTGCCAGAGGATTTGAATTAATTGATACTATCAAAGC
CGCTGTGGAATACGCATGTCCTGGTGTTGTTTCTTGCGCTGATATACTCTCTCTTGCCGC
TCGCGACTCCGTTGTCTTAAGCGGAGGACCTCAATGGAGGGTGGCATTAGGGCGAAAAGA
TGGACTTGTGGCAAATCAGAGCAGTGCAAATAATCTGCCATCTCCTTTTGAACCCTTAGA
CGCTATTATTGCCAAGTTTGTAGCTGTTGGCCTTAATGTCGGCGACGTCGTAGCTTTATC
AGGAGCTCACACCTTTGGGCAAGCAAAGTGTGATGTATTCAGCAACCGGCTTTTCAACTT
TAAAGGCGCAGGATCTCCGGACACAACACTTGAGACAACACTCTTGTCCGATCTGCGAAC
GGTTTGTCCCGCCGGAGGAAGTGGAAACCAAACAGCTCCCCTAGACAGTAACTCTACCAA
CGCCTTCGACAACAATTATTTCAAGAACCTCCTCGAAGGAAAAGGTCTTTTGAGTTCGGA
TCAGATTCTTTTCTCGAGTGATTTGGCCGTGAACACAACAAAGAGACTTGTGGAGGCTTA
TAGTCGGAGCCAGTACTTGTTTTTCAAGGACTTCACTTGTTCGATGATCAAAATGGGTGG
TATTGCGAATCTTGTTAATGGATCTAATGGCGAGGTTAGGAAAAACTGTCGGGTTATCAA
TAACTATTAGGTCTGTGTTTTTCTTTTATATTTGCAATGTTTGGGTTTTGATCAAATCCT
CGTGTGTATCTAAATTGTCACGTGTGCAATAGTAAGAAGTTACCGGGGTCTGTTTTTCGA
AATGTCAATGAAAGCAAAACAAGTATATTTTACC


BQ
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AF RR1BY69TF U 1
AF RR1BY69JQ C 372
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BS 673 696 RR1BY69TF
BS 697 1174 RR1BY69JQ

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ACATGTCTTGCTTACTGTTTTCACCCTGTGTATGCTTTGTTCAGGGGCTAAGGCACAGCT
AAACCCTAACCTTTACGCTAAATCATGCCCGTATCTTGTACCAATTGTCCGCAGACAAGT
TATGATCGCCCTGAAGGCCGATACACGGATGGCTGCTTCTCTCATTCGTCTTCATTTCCA
TGACTGTTTCGTTAATGGGTGCGATGCGTCTGTATTGTTGGATGGAGACGACAGCGAGAA
ATTAGCGTTACCAAATCTGAACTCTGCCAGAGGATTTGAATTAATTGATACTATCAAAGC
CGCTGTGGAATACGCATGTCCTGGTGTTGTTTCTTGCGCTGATATACTCTCTCTTGCCGC
TCGCGACTCCGTTGTCTTAAGCGGAGGACCTCAATGGAGGGTGGCATTAGGGCGAAAAGA
TGGACTTGTGGCAAATCAGAGCAGTGCAAATAATCTGCCATCTCCTTTTGAACCCTTAGA
CGCTATTATTGCCAAGTTTGTAGCTGTTGGCCTTAATGTCGGCGACGTCGTAGCTTTATC
AGGAGCTCACACCTTTGGGCAAGCAAAGTGTGATGTATTCAGCAACCGGCTTTTCAACTT
TAAAGGCGCAG*ATCTCCGGACACAACACTTGAGAC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1BY69JQ 803 0 0
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TTGTCTTAAGCGGAGGACCTCAATGGAGGGTGGCATTAGGGCGAAAAGATGGACTTGTGG
CAAATCAGAGCAGTGCAAATAATCTGCCATCTCCTTTTGAACCCTTAGACGCTATTATTG
CCAAGTTTGTAGCTGTTGGCCTTAATGTCGGCGACGTCGTAGCTTTATCAGGAGCTCACA
CCTTTGGGCAAGCAAAGTGTGATGTATTCAGCAACCGGCTTTTCAACTTTAAAGGCGCAG
GATCTCCGGACACAACACTTGAGACAACACTCTTGTCCGATCTGCGAACGGTTTGTCCCG
CCGGAGGAAGTGGAAACCAAACAGCTCCCCTAGACAGTAACTCTACCAACGCCTTCGACA
ACAATTATTTCAAGAACCTCCTCGAAGGAAAAGGTCTTTTGAGTTCGGATCAGATTCTTT
TCTCGAGTGATTTGGCCGTGAACACAACAAAGAGACTTGTGGAGGCTTATAGTCGGAGCC
AGTACTTGTTTTTCAAGGACTTCACTTGTTCGATGATCAAAATGGGTGGTATTGCGAATC
TTGTTAATGGATCTAATGGCGAGGTTAGGAAAAACTGTCGGGTTATCAATAACTATTAGG
TCTGTGTTTTTCTTTTATATTTGCAATGTTTGGGTTTTGATCAAATCCTCGTGTGTATCT
AAATTGTCACGTGTGCAATAGTAAGAAGTTACCGGGGTCTGTTTTTCGAAATGTCAATGA
AAGCAAAACAAGTATATTTTACC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

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CTTTAACTAACTTCTCCAAGACGCAATCAGGGGTATGGTACAGTGGATCCATCACATCAC
GAGTCGCAGTTAAATGCTGTGAAACTGGGAAAGAGCCTCCTCCAAAAGCAAAGCTCCAAG
TCGGATCACCAATAATCATAGTGGAAGCCCCCAAAGTTATAAAAACAGCCGCTTCGATGC
CTTGTCTTAGGGCTAACGCTGGCTTGGTCAAGCCTGGCGATGTTGGCAGAATAGTGTCGA
GAAAACCCAAGGACTTGTGGGCAGTTCGACTCTCTATTGGGACGTATCTCTTAGATGGTA
AATATTTCAAAGCTTTAGAGCTTGAAGAGTGAGCTCCTTGTGATATGAGATAACAATCAT
GTAAATTTCAATTCATAAGCACAAATAACAAAACAGGCTGGGTTC


BQ
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AF RR1BH14JQ C 1
AF RR1BH14TF U 1
BS 1 465 RR1BH14TF

RD RR1BH14JQ 465 0 0
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CTTTAACTAACTTCTCCAAGACGCAATCAGGGGTATGGTACAGTGGATCCATCACATCAC
GAGTCGCAGTTAAATGCTGTGAAACTGGGAAAGAGCCTCCTCCAAAAGCAAAGCTCCAAG
TCGGATCACCAATAATCATAGTGGAAGCCCCCAAAGTTATAAAAACAGCCGCTTCGATGC
CTTGTCTTAGGGCTAACGCTGGCTTGGTCAAGCCTGGCGATGTTGGCAGAATAGTGTCGA
GAAAACCCAAGGACTTGTGGGCAGTTCGACTCTCTATTGGGACGTATCTCTTAGATGGTA
AATATTTCAAAGCTTTAGAGCTTGAAGAGTGAGCTCCTTGTGATATGAGATAACAATCAT
GTAAATTTCAATTCATAAGCACAAATAACAAAACAGGCTGGGTTC

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1BH14TF 465 0 0
GGGGGGCAAAACAACAGTTAGCTTCTTTATCACCTTCTTCCATGGCTTTATCCTTTGCTT
CTTTAACTAACTTCTCCAAGACGCAATCAGGGGTATGGTACAGTGGATCCATCACATCAC
GAGTCGCAGTTAAATGCTGTGAAACTGGGAAAGAGCCTCCTCCAAAAGCAAAGCTCCAAG
TCGGATCACCAATAATCATAGTGGAAGCCCCCAAAGTTATAAAAACAGCCGCTTCGATGC
CTTGTCTTAGGGCTAACGCTGGCTTGGTCAAGCCTGGCGATGTTGGCAGAATAGTGTCGA
GAAAACCCAAGGACTTGTGGGCAGTTCGACTCTCTATTGGGACGTATCTCTTAGATGGTA
AATATTTCAAAGCTTTAGAGCTTGAAGAGTGAGCTCCTTGTGATATGAGATAACAATCAT
GTAAATTTCAATTCATAAGCACAAATAACAAAACAGGCTGGGTTC

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 2

CO CL4522Contig1 1532 2 2 U
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TTTTGACATTAAGAGAGAACGAGAGTGCTTCTTCTGCTTCTATGATTTGCACATGTCTGC
TTCAAGCTGCAAGTGTTCCCCCAACCGGTTTGCATGTCTTACCCACGCCAAGGATCTGTG
TTCATGTGAAAGCAAGGACAGGTTTGTTCTTCTTCGCCATACACTGGATGAGTTACGGTC
ACTGGTCAGAGCTCTAGAAGGGTATCCCGATGCCATAGAGGCTTGGGTACGTATAGGCCG
TGACCAGAATCCTTCACGGCAGCAGAGAGCAAAAGAAGCCATGGACTCCAAGAGCACCTC
CTGTTCAAAGAGTCGTGGTTCATCAAAAACACAGCAACAGAACAATCTCCAGTTAGGCTC
TGAAGGCTCACAAAGTGATTTAGTAACAAATAAGGAAGTTGAGTTGAAACAAGATGGTGA
TCAAGATGCACATGGCATCACTACTAAGCCAGCGGTCACCGATGTAAAACTTGGTGAGAT
AGGCAAGTCTAATGAGAAGAAGATTGCGGTTAAGTCAGATGTAGGGTGTAGCGAGCCAGA
CGCCGCAACAAATAGGTTAAGTCACTCTGTTGAGCTTTTGAAGTCTGGATCTCTCGTTGT
CAAGAAGCTGTGGTGCAGTAAGCAAGCCATATACCCAAAAGGATTCAAGAGCCGTGTTCA
GTTCATAAGCGTGCTTGACCCGACAAAACTAACTAACTACATCTCAGAGGTTCTGGATGC
AGGGCTTGCTAGTCCACTGTTCAGGGTCTCACTAGAAGAGTGTCCCAGCGAGAACTTCTC
TAATGTATCAGCTGAGAAGTGCTGGCAAATGGTGATACAAAGGCTCAAACTCGAAATCAT
CAAGAGATGTGATCAACCAGCTAGCTCCTTGACTGCTTTACAGGCTCTGGAGAATATTGG
ACTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCACCGCAAGTTATTCAGGCGCTTGAGGCTCTTGATCC
GAAGCATCAGTTAGAGGAGTATTGGAACCAAAAAACAGCGAAAGTGTTTGGTGTTGAACT
CACAAAGGAAGGAGAAAAAGATGGTGATAAAGAGAAAGGAGGGGCTTCAGATCCCTCTAT
GGACCGGGACACAAGGCTTCTGCGTGGACTGTCGAAGAAGGCTACACCGGAAGAGCTAGC
AATGATGCATGGACTTCTATGTGGGGAGACACGCAACACCGAGCTCCAGGAAGAGCTCTC
CTCTTTGGTGGATAAGATGGAGAAAAGTCCTTGATGATGATGTCATGAGCAAGCAGGCAC
ACACACTCTTTGAAGTTGATTGTGTCGTTGTTCCTTTGGTATGTGTTCAGGCGCCAGTCG
TTCTGCTGTATTAGTAAAAGAGTATTCTAGAGAGGTCAACAAATGTAAACAAAAAGGGTT
GTAGGTTTATTTAATGTACTCATGTACCATTGTTCCTCTATTTCATTTGCTTGTACCAGC
TTTAATTGAAGAAAAAATGCTTCTAGTAGACC


BQ
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AF RR1AX65TF U 1
AF RR1AX65JQ C 641
BS 1 765 RR1AX65TF
BS 766 1532 RR1AX65JQ

RD RR1AX65TF 765 0 0
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TTTTGACATTAAGAGAGAACGAGAGTGCTTCTTCTGCTTCTATGATTTGCACATGTCTGC
TTCAAGCTGCAAGTGTTCCCCCAACCGGTTTGCATGTCTTACCCACGCCAAGGATCTGTG
TTCATGTGAAAGCAAGGACAGGTTTGTTCTTCTTCGCCATACACTGGATGAGTTACGGTC
ACTGGTCAGAGCTCTAGAAGGGTATCCCGATGCCATAGAGGCTTGGGTACGTATAGGCCG
TGACCAGAATCCTTCACGGCAGCAGAGAGCAAAAGAAGCCATGGACTCCAAGAGCACCTC
CTGTTCAAAGAGTCGTGGTTCATCAAAAACACAGCAACAGAACAATCTCCAGTTAGGCTC
TGAAGGCTCACAAAGTGATTTAGTAACAAATAAGGAAGTTGAGTTGAAACAAGATGGTGA
TCAAGATGCACATGGCATCACTACTAAGCCAGCGGTCACCGATGTAAAACTTGGTGAGAT
AGGCAAGTCTAATGAGAAGAAGATTGCGGTTAAGTCAGATGTAGGGTGTAGCGAGCCAGA
CGCCGCAACAAATAGGTTAAGTCACTCTGTTGAGCTTTTGAAGTCTGGATCTCTCGTTGT
CAAGAAGCTGTGGTGCAGTAAGCAAGCCATATACCCAAAAGGATTCAAGAGCCGTGTTCA
GTTCATAAGCGTGCTTGACCCGACAAAACTAACTAACTACATCTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1AX65JQ 892 0 0
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GGATTCAAGAGCCGTGTTCAGTTCATAAGCGTGCTTGACCCGACAAAACTAACTAACTAC
ATCTCAGAGGTTCTGGATGCAGGGCTTGCTAGTCCACTGTTCAGGGTCTCACTAGAAGAG
TGTCCCAGCGAGAACTTCTCTAATGTATCAGCTGAGAAGTGCTGGCAAATGGTGATACAA
AGGCTCAAACTCGAAATCATCAAGAGATGTGATCAACCAGCTAGCTCCTTGACTGCTTTA
CAGGCTCTGGAGAATATTGGACTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCACCGCAAGTTATTCAG
GCGCTTGAGGCTCTTGATCCGAAGCATCAGTTAGAGGAGTATTGGAACCAAAAAACAGCG
AAAGTGTTTGGTGTTGAACTCACAAAGGAAGGAGAAAAAGATGGTGATAAAGAGAAAGGA
GGGGCTTCAGATCCCTCTATGGACCGGGACACAAGGCTTCTGCGTGGACTGTCGAAGAAG
GCTACACCGGAAGAGCTAGCAATGATGCATGGACTTCTATGTGGGGAGACACGCAACACC
GAGCTCCAGGAAGAGCTCTCCTCTTTGGTGGATAAGATGGAGAAAAGTCCTTGATGATGA
TGTCATGAGCAAGCAGGCACACACACTCTTTGAAGTTGATTGTGTCGTTGTTCCTTTGGT
ATGTGTTCAGGCGCCAGTCGTTCTGCTGTATTAGTAAAAGAGTATTCTAGAGAGGTCAAC
AAATGTAAACAAAAAGGGTTGTAGGTTTATTTAATGTACTCATGTACCATTGTTCCTCTA
TTTCATTTGCTTGTACCAGCTTTAATTGAAGAAAAAATGCTTCTAGTAGACC

QA 1 892 1 892
DS 



AS 1 2

CO CL4523Contig1 516 2 1 U
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CTTTAGTTGAGAACCACTCTGCTTGCAGGACAAATCGTGCAGGTCAGAGAGTATTACCAA
ATGGCCAAGTGTGGAAGCCTCATTTGCTGTTACTCTCATTTGCATCCAAGATTCTAGCAG
AGGCAAATGCTCTTCTGAAATTACAAGATAATAATACTCCAGGGAAACCATTTGCTGCTC
GATCCAAGGCTCCACCGCTGCCACTTCTTCTCTCATCGTTTCTGCAATCAAGGCCGCAAG
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CAGATTCTGACGAAGAATCAGAGTACGATCAGCTTCCTCCTTTTAAGCGATTGACTAAAG
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GGGAGAAACTATTTATGAAGAGGCAGATAAAAGAGG


BQ
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AF RR1BZ96JQ C 1
AF RR1BZ96TF U 1
BS 1 516 RR1BZ96TF

RD RR1BZ96JQ 516 0 0
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CTTTAGTTGAGAACCACTCTGCTTGCAGGACAAATCGTGCAGGTCAGAGAGTATTACCAA
ATGGCCAAGTGTGGAAGCCTCATTTGCTGTTACTCTCATTTGCATCCAAGATTCTAGCAG
AGGCAAATGCTCTTCTGAAATTACAAGATAATAATACTCCAGGGAAACCATTTGCTGCTC
GATCCAAGGCTCCACCGCTGCCACTTCTTCTCTCATCGTTTCTGCAATCAAGGCCGCAAG
CTAAACTTCCTGAAGAGCAGTATGGTGATGAAGAAGACGAAGATGATTTGGACGAATCAT
CAGATTCTGACGAAGAATCAGAGTACGATCAGCTTCCTCCTTTTAAGCGATTGACTAAAG
ATGAGATGGCTAGGCTTAGTAAATCTCAGAAGAAGCAATATCTTGATGAGATGGAGTACC
GGGAGAAACTATTTATGAAGAGGCAGATAAAAGAGG

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1BZ96TF 516 0 0
GTGTCATTCAGCAGGCCATTCGCCAAGCAGCTGGAGATATGAGGCTGATGAACCCTGTGT
CTTTAGTTGAGAACCACTCTGCTTGCAGGACAAATCGTGCAGGTCAGAGAGTATTACCAA
ATGGCCAAGTGTGGAAGCCTCATTTGCTGTTACTCTCATTTGCATCCAAGATTCTAGCAG
AGGCAAATGCTCTTCTGAAATTACAAGATAATAATACTCCAGGGAAACCATTTGCTGCTC
GATCCAAGGCTCCACCGCTGCCACTTCTTCTCTCATCGTTTCTGCAATCAAGGCCGCAAG
CTAAACTTCCTGAAGAGCAGTATGGTGATGAAGAAGACGAAGATGATTTGGACGAATCAT
CAGATTCTGACGAAGAATCAGAGTACGATCAGCTTCCTCCTTTTAAGCGATTGACTAAAG
ATGAGATGGCTAGGCTTAGTAAATCTCAGAAGAAGCAATATCTTGATGAGATGGAGTACC
GGGAGAAACTATTTATGAAGAGGCAGATAAAAGAGG

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 2

CO CL4524Contig1 1160 2 2 U
ACACTGGGTCTACTTCTCCTGCCAGCTCCTCGAATGGGTTGCTTTCGACCCTGTCGAGAG
AAGATGGATGAATCTGCCAACGATGCATTCGGGTGATACCTTCATGTGCACGGATAAAGA
ATCGCTAGCCGTGGGGACCGACTTGCTTGTGCTAGGCAAAGACGATGGCTCCTCTCATGT
TGTGTATAGGTACAGTCTCTTGACTAACTCTTGGTCTCCTGGTAAGAAGATGAACTCGCC
GAGGTGTTTGTTTGGCTCGGCGAGCTTAGGAGAGATTGCTATCTTCGCCGGTGGTTGTGA
CTCTTTCGGCAAGATCAGTGACGTTGCGGAGATGTATAACTCTGAGCTTCAGACGTGGAC
TACGCTTCCTAAGATGAACAAACCGAGGAAGATGTGTTCTGGTGTCTTCATGGATGGGAA
GTTCTATGTGATTGGAGGGGTCGGCGGCGGCGAGGAGTACGATTTAGCGACCAAGAAATG
GACTGAGATACCGGAGATGTCGCCGCCAAGGAGCAGGGAGATGCCGGCATCGGCAGAAGC
GCCACCTCTTGTTGCGGTTGTGAACAACGAGCTGTATGCGGCGGATCATGCTGGTATGGT
GGTGAGGAAGTATGATAAAGGGAGTAAGAAGTGGTTTACTTTAGGGAGGTTGCCTGAGAG
AGCTGGTTCGGTTAATGGTTGGGGGTTAGCGTTTAGAGCTTGTGGTGAGAGGTTGATTGT
GATTGGTGGACCTAAGAGCTCAGGTGGAGGGTTCATTGAGCTGAACTGTTGGATACCTAC
TAGTGATGGAAACCCTCCTGTGTGGACATTGCTTGATAGGAAACATTCATCTAATTTTGT
TTACAATTGTGCAGTGATGGGTTGCTGACAAAGTTTTGCAAATTGAAAATCAAGATTCTT
GGCTGCTTGGGGAGAGGTCTAAAGATGCATGCAGTCTTTTCTTATTTATTTTGGCTATAC
AATTTAATTCAGTTTCAGTACAATGGTCTTGGTGGTATTGTTAGGTTCTTTGGGGTGGGA
AGGAACAGAAACAAGTTTTACAATAAGTTGGTGGAGAAAGTTCAGTCTTTCAGTTCTGTT
AAAAGTTGTTGAATTTGTGTTTCTGAATACAATGTTTTTGTTATGTCTTGGAAATATTTA
TATATCATTCATTCTTTGCC


BQ
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AF RR1BK04TF U 1
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TACGCTTCCTAAGATGAACAAACCGAGGAAGATGTGTTCTGGTGTCTTCATGGATGGGAA
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CG
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GACATTGCTTGATAGGAAACATTCATCTAATTTTGTTTACAATTGTGCAGTGATGGGTTG
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ATGCATGCAGTCTTTTCTTATTTATTTTGGCTATACAATTTAATTCAGTTTCAGTACAAT
GGTCTTGGTGGTATTGTTAGGTTCTTTGGGGTGGGAAGGAACAGAAACAAGTTTTACAAT
AAGTTGGTGGAGAAAGTTCAGTCTTTCAGTTCTGTTAAAAGTTGTTGAATTTGTGTTTCT
GAATACAATGTTTTTGTTATGTCTTGGAAATATTTATATATCATTCATTCTTTGCC

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DS 



AS 1 2

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GGCGTACCCGTGCATATCGATGCTGTTTTGCTATCCCCCAAATTTATTTTACTAAAAACA
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AAGCTTACTCTATGAAAAAGGATACTGAGAACAGACGTGAAAAATTCCACATGCTTGGAT
ACCGTGATGGGATTTCTGCTGGACAAGAAGCTGCTGCTCAAGAAGGTTATAATGTCGGCT
ATAAGGAATCAGTTCTTGCTGGCTACAAGTTTGGTATTGTTCGAGGTGTTTCCAGTGCGC
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AGTTTAAGAAATTACACAGTTCTGTGCATGATCTCTCAACTGAAACCGCATTGAAACTGT
TTTATGGAGCTTTGACTACAAAGCAAGGGGAAGAGAAGAGTGGAGAAGAAGGGCCTGGCT
CTAGTCTTGGTTCTGGTTCTGGTTCTGGCTCTGGCTGTGTTTCAGCCACAAATGACTTGG
GAAGCTATGTTACTGAGCTAAGCTCTCTTCTTGACAAATCTCCTAAGATTAAAGTTAGAT
TGGACGCATAGTCGAAGATACGAGTGGAGGAAAAGGAACTCTAGTCCTGATTCTGGTTTG
GGCACGACAAGCTACTAGCTAAGCTCTCTTCTGGACCAGTATCTTATGATTGATGATGCA
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GATTCTGTTTTGTATCTGAATTAAATATTTTTGTATTAATATCAAAAGAACAAATGTGAC
TTAATTAAACATTGGCAGTAGACTGCTCAAATTGAGTTC


BQ
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BS 1 584 RR1E694TF
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RD RR1E694TF 587 0 0
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GGCGTACCCGTGCATATCGATGCTGTTTTGCTATCCCCCAAATTTATTTTACTAAAAACA
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AAGCTTACTCTATGAAAAAGGATACTGAGAACAGACGTGAAAAATTCCACATGCTTGGAT
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AGT

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DS 

RD RR1E694JQ 781 0 0
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AGCATGGGGGAGGCTTGTTCCCGATTCTGTTTTGTATCTGAATTAAATATTTTTGTATTA
ATATCAAAAGAACAAATGTGACTTAATTAAACATTGGCAGTAGACTGCTCAAATTGAGTT
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TACAAAGATCATAAAAGTTTATTTGAAGACGACTTAGGCATGTTTTTGTTTGATTGGTTC
TATGGAATCCTGGCGACGTTAGGTCTGTGGCAGAAAGAGGCGAAGATCTTGTTTCTCGGG
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GGAAACAAGATTGATATTCCTTATGCAGCCTCTGAAGATGAGCTTAGGTATCATTTGGGT
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CTCGAGGTCTTCATGTGCAGCATCGTCCGCAAAATGGGATATGGTGAGGGCTTCAAATGG
CTGTCTTACTACATCAAGTGAGAAGGAAACCAATCAAAGCATATTGGTGGTTTGCGTTGC
TTCACGGTTTTATAAATCAGACATCTCATTTTTTTCTCATTGAAAAGACGTAAAACTGTT
TCTCTTCTTGTAGTTTCCTGTTTAAGTTCTAATGTATGTTAAGTCGATGGCTTACAACTC
T


BQ
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10 

AF RR1GJ77TF U 1
AF RR1GJ77JQ C 480
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BS 723 841 RR1GJ77JQ

RD RR1GJ77TF 722 0 0
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CTCACCAATTTCACTACCGGTAAAAGCAATGTGAGTCTTGGAGAATCTGGCGTTCGTCCG
CTCGAGGTCTTCATGTGCAGCATCGTCCGCAAAATGGGATATGGTGAGGGCTTCAAATGG
CTGTCTTACTACATCAAGTGAGAAG*AAACCAATCAAAGCATATTGGTGGTTTGCGTTGC
TT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1GJ77JQ 362 0 0
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GCTGTCTTACTACATCAAGTGAGAAGGAAACCAATCAAAGCATATTGGTGGTTTGCGTTG
CTTCACGGTTTTATAAATCAGACATCTCATTTTTTTCTCATTGAAAAGACGTAAAACTGT
TTCTCTTCTTGTAGTTTCCTGTTTAAGTTCTAATGTATGTTAAGTCGATGGCTTACAACT
CT

QA 1 362 1 362
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAGATGGCCAAGACTCTGAACGAGATCATCTTGATGGATAACGGTTTACAGTCCTGTCTA
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TTTAGATACGGGTCTAACTACTTCACTGGAGAACCACCAACGTGTCGTTATCTAGAGGAA
TATAGTAGTAAGATGAACTGTCTCAAGGATGCCAAAGAGCAGAGGTCGACGATGGAGTGT
AAGGTGTTTTTGTCGAAGCCTGTGGATTGCGACTCCTACAAGTGTAGTCCTGTCACTTCT
TCGTGTGTTTGTCCATGCCATGTCTCTCCTCCTCCACCTCAGATATCACCGTTTTCTCCA
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AF RR1FM12TF U 1
AF RR1FM12JQ C 249
BS 1 724 RR1FM12TF
BS 725 987 RR1FM12JQ

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GTATCGGTTCTAGTTCTGGCCTCGAACCGGTTTGATGGATGTATACCGACGAGTTTCAGC
AAGATGGCCAAGACTCTGAACGAGATCATCTTGATGGATAACGGTTTACAGTCCTGTCTA
CCTAATGACATGGGGCTGCTTCAAAACGTCACCGTTTTGGATATTAGTTACAACTCGCTC
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CGTAACATGTTTTCCGGTGTAATACCGGAGGAGATCTGTTTACTTAAGAATCTTAGAGAG
TTTAGATACGGGTCTAACTACTTCACTGGAGAACCACCAACGTGTCGTTATCTAGAGGAA
TATAGTAGTAAGATGAACTGTCTCAAGGATGCCAAAGAGCAGAGGTCGACGATGGAGTGT
AAGGTGTTTTTGTCGAAGCCTGTGGATTGCGACTCCTACAAGTGTAGTCCTGTCACTTCT
TCGTGTGTTTGTCCATGCCATGTCTCTCCTCCTCCACCTCAGATATCACCGTTTTCTCCA
TCATCGGCGCCGTATCCGTCTCTTCCACCAGCGCCGCAGTCATCTCCAAGTGCTTAACAA
AGAG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1FM12JQ 739 0 0
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GTTGCCGGAGTCAATGGGCCAGATGGAGAGCCTAGAGGTGTTAAACGTGGAGCGTAACAT
GTTTTCCGGTGTAATACCGGAGGAGATCTGTTTACTTAAGAATCTTAGAGAGTTTAGATA
CGGGTCTAACTACTTCACTGGAGAACCACCAACGTGTCGTTATCTAGAGGAATATAGTAG
TAAGATGAACTGTCTCAAGGATGCCAAAGAGCAGAGGTCGACGATGGAGTGTAAGGTGTT
TTTGTCGAAGCCTGTGGATTGCGACTCCTACAAGTGTAGTCCTGTCACTTCTTCGTGTGT
TTGTCCATGCCATGTCTCTCCTCCTCCACCTCAGATATCACCGTTTTCTCCATCATCGGC
GCCGTATCCGTCTCTTCCACCAGCGCCGCAGTCATCTCCAAGTGCTTAACAAAGAGGCTC
TTTCTCGCAGCCACCGGTGAACTGATCGATCTATGTGTAGAGAGAAACTAGAAATGGGCA
CGTGTTGAAACGAGATTGTTTAGAACCAGAGGGAAATTATTTGAGACAGCAAGCTGCAAA
TCTATAGGACAAAGTGTAGGACTTGTCGCTTTAATAGATTTTGCATGTGTGTGTTTATTT
ACATAATTTTTTTTATTATATGATTCTTGTTTGTTAACCCTTTTTAAGATTCATTAATAA
AGAACGAACGGTGGCAACC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL4530Contig1 400 2 1 U
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AGAAGTTCAACGACAGCTTTTTGAGACTAAAGCATATATGGAGAATACTATTGTGACAGA
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CTATCTCAGTTTGAGTACCAAATATTCTTGAGGAACTACTGCTCTTGTAAAATACTTTTG
TGTCCACATTTTCTCGTTAGTTCTTCCGAGTTTTGTCATC


BQ
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AF RR1DG80JQ C 1
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TTGAGATCTTCTATGATTATCTTTTGAAGCTTTTCCTTCAGTCAAACGTCATGAGAAAAA
AGAAGTTCAACGACAGCTTTTTGAGACTAAAGCATATATGGAGAATACTATTGTGACAGA
ATCAGTACCTCTATTGTGTCCTATTGTTTCAGAATCGGGTCGTCTAAAGAATGTTGATCA
CTATCTCAGTTTGAGTACCAAATATTCTTGAGGAACTACTGCTCTTGTAAAATACTTTTG
TGTCCACATTTTCTCGTTAGTTCTTCCGAGTTTTGTCATC

QA 1 400 1 400
DS 



AS 1 2

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TCTCTCGTCGGACTCTACGCAAGAACAAGTTCGTTGACTTCGTAGGAGAGTACCATCTCG
ACCTCATCGTCTCACACGGCGCCGTCCCTGTCATCGTGCCACGTGTAAGCGGGATCCACT
CTATGCTCCGGAGCTTCGAGCCTATCCACGGCGTCCTCCTCTGCGAAGGAGAAGACGTCG
ACCCTTCTCTCTACGCAGACGAAGAGCTACCAGGACGTTGCACGCAAGCGACACGACCAT
CGACAGAGAGAAAGACAGCATCGAGCTGAGTTTAGCCAAACTCTGTCTCGAAAGAAACAT
TCCGTTTCTAGGCATCCGTCGTGGCTCTCAGATCCTCAACGTTGCTGCCGGAGGAACTCT
GTACCAAGACATTGATAAAGAAGTTGGAACTAGTACGAAGCATATAGACTACGAGAACTA
CGATGAGCACAGGCACGAGGCTAGGCTCGTGGAGGAGACGCCGCTGCACGAATGGTTCGA
TGAGATGGATCATATCATGGTGAATTCGTATCATCATCAAGGTGTGAAGAGGCTCGCGGA
GCGTTTTTTGCCTATGGCTTACGCTCCTGATGGTTTGGTAGAAGGGTTCTATGATCCGAA
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GAGGCTCTCTGACGATGAGTTTGATTATCCGGGATGTGTTTCTGTTTACCGGGAGTTTGT
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TGTGTATATGAAGAGGATGAAGAGGAAAGAGGAGCATGAGAAGGCAATGGACAAGCTGTC
CGCAGAGCGTTTGTCTGATCTGCTTTCCTTCCACCGTATGATGGCTCGTCTTTGCTCTGA
TGCCATCAAGAGGAAGCTGCTGGAACCAACAGATAGTGACCACTGAGACCTCCTCTTTCC
TCAACTATTAGCTTTTATTGTAAGAAAACATGTTACATATATAAATGAAAATTAGTTTTC
TGTT


BQ
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AF RR1E767TF U 1
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BS 1 636 RR1E767TF
BS 637 1264 RR1E767JQ

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TCTCTCGTCGGACTCTACGCAAGAACAAGTTCGTTGACTTCGTAGGAGAGTACCATCTCG
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CTATGCTCCGGAGCTTCGAGCCTATCCACGGCGTCCTCCTCTGCGAAGGAGAAGACGTCG
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CGACAGAGAGAAAGACAGCATCGAGCTGAGTTTAGCCAAACTCTGTCTCGAAAGAAACAT
TCCGTTTCTAGGCATCCGTCGTGGCTCTCAGATCCTCAACGTTGCTGCCGGAGGAACTCT
GTACCAAGACATTGATAAAGAAGTTGGAACTAGTACGAAGCATATAGACTACGAGAACTA
CGATGAGCACAGGCACGAGGCTAGGCTCGTGGAGGAGACGCCGCTGCACGAATGGTTCGA
TGAGATGGATCATATCATGGTGAATTCGTATCATCA

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DS 

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TCATCATCAAGGTGTGAAGAGGCTCGCGGAGCGTTTTTTGCCTATGGCTTACGCTCCTGA
TGGTTTGGTAGAAGGGTTCTATGATCCGAACCGGTATGATCCAGAGGAAGGTCGGTTTCT
GATGGGTCTGCAGTTTCATCCCGAGAGGATGAGGCTCTCTGACGATGAGTTTGATTATCC
GGGATGTGTTTCTGTTTACCGGGAGTTTGTGAAAGCTGTGACTGTGTTTCAGAAGAAGCA
ACTAGATGCAACAGAGATTATGGTGAAGAAGAAGAAGAAGACGCTAGTCAAAAGCTTCTC
GGGAGCTGAGCTTTTGGAGGCAAACACGATTTTAAGCAAGCAAGAAGAGAACAGGCTGAA
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GGAGCATGAGAAGGCAATGGACAAGCTGTCCGCAGAGCGTTTGTCTGATCTGCTTTCCTT
CCACCGTATGATGGCTCGTCTTTGCTCTGATGCCATCAAGAGGAAGCTGCTGGAACCAAC
AGATAGTGACCACTGAGACCTCCTCTTTCCTCAACTATTAGCTTTTATTGTAAGAAAACA
TGTTACATATATAAATGAAAATTAGTTTTCTGTT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

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CATGAAGAAGTTTGAGGCCAAGTCTCAGTTTGCTATTGCCATCTCACATGGCGTTTTCTC
TGCTTGAAACCAGTTTGTTTATAACTAATCTCGTTTCTTAATCACTGCTTTGTGTTTTGC
TTTTGCTTTGGGAGTTTATGTAAAAAAGTAAATATTTGAATTAACCAAATGTAATTTTCT
GCTAAATTAAATTAAAGAAGTAAAAATGTTGCCT


BQ
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AF RR1GQ58JQ C 1
AF RR1GQ58TF U 1
BS 1 334 RR1GQ58TF

RD RR1GQ58JQ 334 0 0
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GAAGAAATTTCCCGGGAAGATGATGACCGTAGAAATCCACGAGAAGAAGATAGAAAGTTT
CATGAAGAAGTTTGAGGCCAAGTCTCAGTTTGCTATTGCCATCTCACATGGCGTTTTTTC
TGCTTGAAACCAGTTTGTTTATAACTAATCTCGTTTCTTAATCACTGCTTTGTGTTTTGC
TTTTGCTTTGGGAGTTTATGTAAAAAAGTAAATATTTGAATTAACCAAATGTAATTTTCT
GCTAAATTAAATTAAAGAAGTAAAAATGTTGCCT

QA 1 334 1 334
DS 

RD RR1GQ58TF 334 0 0
GGAGCGGAGGGTTAGACAGCCGGAGGATTCGAAGACGGCGACGGTGGACTTTGATTGGTG
GAAGAAATTTCCCGGGAAGATGATGACCGTAGAAATCCACGAGAAGAAGATAGAAAGTTT
CATGAAGAAGTTTGAGGCCAAGTCTCAGTTTGCTATTGCCATCTCACATGGCGTTTTCTC
TGCTTGAAACCAGTTTGTTTATAACTAATCTCGTTTCTTAATCACTGCTTTGTGTTTTGC
TTTTGCTTTGGGAGTTTATGTAAAAAAGTAAATATTTGAATTAACCAAATGTAATTTTCT
GCTAAATTAAATTAAAGAAGTAAAAATGTTGCCT

QA 1 334 1 334
DS 



AS 1 2

CO CL4533Contig1 916 2 12 U
GGAGAAAAAAAAAAGCCTCGACCTTTATTCTTCTCTCCCTCTACCCTTCTCAGCTTCTGC
TGGATCTCTCCAGCAGACGGAACGATCTTCTTCGGAGAGATTAATTAGGGGACCGACCGA
TCGATCGATCAAGGCTTCTCGGGCAAAACAGTGCAGAAATGGACCACGACAAGACAGGAT
GCCAAAGCCCACCCGAAGGTCCCAAGCTATGCATCAACAACTGCGGTTTCTTCGGAAGTG
CTGCCACAATGAACATGTGTTCCAAGTGTCACAAGACTATGTTGTTTCAACAGGAACAGG
GGGCTATGTTTGCATCTGCAGTGTCTGGATCACCCAGCAACATCATCAAGGAAACCTTCA
CCGCTGCTGTGTTGCTTGATGCTGAAACCAAATCCATTGAGCCCATGGCTGTCTCCGTAC
AAGCTGTTGCAGAGGTAGTAGCAACAGAAGAAGCTGCAGCAAAACCAAAGGAAGGACCAA
GCCGATGTACTACTTGCAATAAACGGGTTGGTTTGACTGGATTCAAATGTCGCTGTGGTG
ACCTCTTCTGCGGGACGCACCGCTATGCAGACGTACACAACTGCTCTTTCGATTACCATG
CTGCTGGGCAAGAAGCTATAGCTAAAGCAAACCCGGTTGTGAAGGCAGATAAGCTTGACA
AGATTTGAAACTCAAAACTCTGTTTCCTTCTTCCTGTTTGTGTCTGGTTCAAGCATGTGT
TGATCTTTAGCTTCTTCCATTCTCTCTGTGTGCTCTTAAATATATAATATATATGCTTTG
AAGTGTTTCCCTTTCTTATTATTTATGAGCACTATGGTTTGGTTGTGTTTACTCCTCTTT
GGGTCTGTATCATATTAAGATTGTAACTTTAGCTATATGAAGATTTTTCTTAAATAAAGG
TTTTAGGCAAGGCGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA25TF U 1
AF RR1CA25JQ C 281
BS 1 644 RR1CA25TF
BS 645 645 RR1CA25JQ
BS 646 665 RR1CA25TF
BS 666 666 RR1CA25JQ
BS 667 737 RR1CA25TF
BS 738 738 RR1CA25JQ
BS 739 759 RR1CA25TF
BS 760 760 RR1CA25JQ
BS 761 766 RR1CA25TF
BS 767 767 RR1CA25JQ
BS 768 779 RR1CA25TF
BS 780 916 RR1CA25JQ

RD RR1CA25TF 779 0 0
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TGGATCTCTCCAGCAGACGGAACGATCTTCTTCGGAGAGATTAATTAGGGGACCGACCGA
TCGATCGATCAAGGCTTCTCGGGCAAAACAGTGCAGAAATGGACCACGACAAGACAGGAT
GCCAAAGCCCACCCGAAGGTCCCAAGCTATGCATCAACAACTGCGGTTTCTTCGGAAGTG
CTGCCACAATGAACATGTGTTCCAAGTGTCACAAGACTATGTTGTTTCAACAGGAACAGG
GGGCTATGTTTGCATCTGCAGTGTCTGGATCACCCAGCAACATCATCAAGGAAACCTTCA
CCGCTGCTGTGTTGCTTGATGCTGAAACCAAATCCATTGAGCCCATGGCTGTCTCCGTAC
AAGCTGTTGCAGAGGTAGTAGCAACAGAAGAAGCTGCAGCAAAACCAAAGGAAGGACCAA
GCCGATGTACTACTTGCAATAAACGGGTTGGTTTGACTGGATTCAAATGTCGCTGTGGTG
ACCTCTTCTGCGGGACGCACCGCTATGCAGACGTACACAACTGCTCTTTCGATTACCATG
CTGCTGGGCAAGAAGCTATAGCTAAAGCAAACCCGGTTGTGAAG*CAGATAAGCTTGACA
AGATT*GAAACTCAAAACTCTGTTTCCTTCTTCCTGTTTGTGTCTGGTTCAAGCATGTGT
TGATCTTTAGCTTCTTC*ATTCTCTCTGTGTGCTCTTAA*TATATA*TATATATGCTTT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1CA25JQ 636 0 0
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CATCATCAAGGAAACCTTCACCGCTGCTGTGTTGCTTGATGCTGAAACCAAATCCATTGA
GCCCATGGCTGTCTCCGTACAAGCTGTTGCAGAGGTAGTAGCAACAGAAGAAGCTGCAGC
AAAACCAAAGGAAGGACCAAGCCGATGTACTACTTGCAATAAACGGGTTGGTTTGACTGG
ATTCAAATGTCGCTGTGGTGACCTCTTCTGCGGGACGCACCGCTATGCAGACGTACACAA
CTGCTCTTTCGATTACCATGCTGCTGGGCAAGAAGCTATAGCTAAAGCAAACCCGGTTGT
GAAGGCAGATAAGCTTGACAAGATTTGAAACTCAAAACTCTGTTTCCTTCTTCCTGTTTG
TGTCTGGTTCAAGCATGTGTTGATCTTTAGCTTCTTCCATTCTCTCTGTGTGCTCTTAAA
TATATAATATATATGCTTTGAAGTGTTTCCCTTTCTTATTATTTATGAGCACTATGGTTT
GGTTGTGTTTACTCCTCTTTGGGTCTGTATCATATTAAGATTGTAACTTTAGCTATATGA
AGATTTTTCTTAAATAAAGGTTTTAGGCAAGGCGCT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4535Contig1 1071 2 4 U
GGATTCAACTCTTGTCCATTCTTTCCTGCGCTGCTTGCAAAAAGGGTGATTTGGTAATTT
CATACCTCGTGACCGTTCTGCATACAACTTCGGGTTTTACTTTATTAATGAAATGCAAGT
GTGTGTGGTAATCTGAAAATCTCTCATTTTTCTCCTTTTCTTAGAGGCTCTTTCTTCTTC
TTAACTGCTAGATCTCTCTTTTGTTTCATCTCATTCTTCTTATTCTTTATCATCATCTTC
TTATTTTATTCTCTGCTTTCTGCTATCTCGTGGCTCTGACCAGCTCCCGAGTTGTTCGTT
TCTGGTCAATGGATATTGAACCCTCTTGGGATCTTGGGGGGTGGGTTATTTCTTTTTCTA
AATTGCATGGCAACATCAAATGACCAAACCAATACTAAATCATCACATTCTCATACTCTT
CTTCTTTTCATCATATTCTTATCTTTCATTCTCTTCATCAACCTTATGATCCCCATGACT
CATCATCGATCCACATCTACGGTTGCTCCCTTCGAGAGGGTTCTTCTCGAATCTTCCGTT
CCAGCTTCATCAACAATGGATCTGCATCCAAAGGCTCGCACACGTCGCAGCCATACTTCT
AGAAGGAGAAAGTTTGCAAATGATGATCATGAAGTTCCTAGTGGTCCAAACCCTATTTCC
AACTAGGTGAGCTGGCGTATCTGGTTTTACCCGTGAGTTTGAAGGATTTTTATAGATCAA
TATGATATCATATGGGCGATGCTTCTTATCGATGGAGACCGGAGAAGAACTTAACTGTTA
TGGATTTAGAATATATCTTTGGATGAATCACTTTGGTACCCATCATTTCCTTCTTACGTC
TTTTGTCCATTTATATTGCTTGGGTACCATGTTTTAAGTTTTGATTAGAGTTGTAAAGAA
GAGGTATACTATTATTCGTTAATCGTTTACATGTGTATGTAGCCACCTATGTTTTTCGTT
CACAAACTACTAGGAGCATATAGATCCTTGATCATTAGGTCTAATTTAATGATAGTTTCA
AGCTTGGAGAATTAACAGAGAGACCCTAGCTATTTGTAACAATAGTGAATG


BQ
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AF RR1CG68TF U 1
AF RR1CG68JQ C 353
BS 1 666 RR1CG68TF
BS 667 667 RR1CG68JQ
BS 668 688 RR1CG68TF
BS 689 1071 RR1CG68JQ

RD RR1CG68TF 688 0 0
GGATTCAACTCTTGTCCATTCTTTCCTGCGCTGCTTGCAAAAAGGGTGATTTGGTAATTT
CATACCTCGTGACCGTTCTGCATACAACTTCGGGTTTTACTTTATTAATGAAATGCAAGT
GTGTGTGGTAATCTGAAAATCTCTCATTTTTCTCCTTTTCTTAGAGGCTCTTTCTTCTTC
TTAACTGCTAGATCTCTCTTTTGTTTCATCTCATTCTTCTTATTCTTTATCATCATCTTC
TTATTTTATTCTCTGCTTTCTGCTATCTCGTGGCTCTGACCAGCTCCCGAGTTGTTCGTT
TCTGGTCAATGGATATTGAACCCTCTTGGGATCTTGGGGGGTGGGTTATTTCTTTTTCTA
AATTGCATGGCAACATCAAATGACCAAACCAATACTAAATCATCACATTCTCATACTCTT
CTTCTTTTCATCATATTCTTATCTTTCATTCTCTTCATCAACCTTATGATCCCCATGACT
CATCATCGATCCACATCTACGGTTGCTCCCTTCGAGAGGGTTCTTCTCGAATCTTCCGTT
CCAGCTTCATCAACAATGGATCTGCATCCAAAGGCTCGCACACGTCGCAGCCATACTTCT
AGAAGGAGAAAGTTTGCAAATGATGATCATGAAGTTCCTAGTGGTCCAAACCCTATTTCC
AACTAG*TGAGCTGGCGTATCTGGTTTT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1CG68JQ 719 0 0
TTTTTCTAAATTGCATGGCAACATCAAATGACCAAACCAATACTAAATCATCACATTCTC
ATACTCTTCTTCTTTTCATCATATTCTTATCTTTCATTCTCTTCATCAACCTTATGATCC
CCATGACTCATCATCGATCCACATCTACGGTTGCTCCCTTCGAGAGGGTTCTTCTCGAAT
CTTCCGTTCCAGCTTCATCAACAATGGATCTGCATCCAAAGGCTCGCACACGTCGCAGCC
ATACTTCTAGAAGGAGAAAGTTTGCAAATGATGATCATGAAGTTCCTAGTGGTCCAAACC
CTATTTCCAACTAGGTGAGCTGGCGTATCTGGTTTTACCCGTGAGTTTGAAGGATTTTTA
TAGATCAATATGATATCATATGGGCGATGCTTCTTATCGATGGAGACCGGAGAAGAACTT
AACTGTTATGGATTTAGAATATATCTTTGGATGAATCACTTTGGTACCCATCATTTCCTT
CTTACGTCTTTTGTCCATTTATATTGCTTGGGTACCATGTTTTAAGTTTTGATTAGAGTT
GTAAAGAAGAGGTATACTATTATTCGTTAATCGTTTACATGTGTATGTAGCCACCTATGT
TTTTCGTTCACAAACTACTAGGAGCATATAGATCCTTGATCATTAGGTCTAATTTAATGA
TAGTTTCAAGCTTGGAGAATTAACAGAGAGACCCTAGCTATTTGTAACAATAGTGAATG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL4536Contig1 791 2 3 U
CAGCAAAAGAATAGATAAAGTTTAGGTCATAGTTCTGTTGAAACAACGTCCTAAACTCTC
ATGGTCATGCTTTTATTAAGAAAAAGAATCTAATAGATCAATAGTAGTTTTACAGAGTAA
AAAAAACGAAATTCAAAAACTCTTAAAAGCTTTCTTCAGTCTTTTCATCATTTGTATGCA
TCTGGCAAACTGTAACCAAACATGACAATCTTGTCAGCAAACGTCTTGCCGGTCTTGGGC
ATGACATGCCAATGTAACGTTAAGTTGAACTCTTTTCCACGAAGGTTATGTCCCTGATCA
ATGAAACGGTACTTGTTTGAGGTTTGAATGCGGAACTTGGCATGTTCCTTGTCAGGGATA
ATAGCATCCCATAAAAAAACCTGATTCAGGGAGTTCATTGGGGTTTTGTATTCAGCTGCC
ACGAAAGCAAAAACCTGTTTGGGGTTCCAAGTAAAGAGTGACTGCAAGTCTGCACTTATG
TCCAATGTCAAGCTAACCTCATCATTGCCATAAGATTGCTTCTTAAGCCGATTGATGTTA
AGTATCTGGATCTCAGCAGAGGGATTCTGGTTGCTGAATTTGTCAGAGAAAGACGCGATT
GCGCAGATGAAGGCGAGCGCCGTGACGGAGAACGTGAGCAGAGCATTTGCTCTGTATCCA
AATGAATGCATCTCTGAGCCTTTTTTTCTCGTTACGAGTACTTCTGTGTGATTATCGATC
ACCGGAGTGCCGAGGAGGAAGTGACAGAAGAAGAAGACCACGACGAACGTTTTGTTCTCT
AATTGCTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A790JQ U 100
AF RR1A790TF C 1
BS 1 99 RR1A790TF
BS 100 452 RR1A790JQ
BS 453 791 RR1A790TF

RD RR1A790JQ 353 0 0
AATAGTAGTTTTACAGAGTAAAAAAAACGAAATTCAAAAACTCTTAAAAGCTTTCTTCAG
TCTTTTCATCATTTGTATGCATCTGGCAAACTGTAACCAAACATGACAATCTTGTCAGCA
AACGTCTTGCCGGTCTTGGGCATGACATGCCAATGTAACGTTAAGTTGAACTCTTTTCCA
CGAAGGTTATGTCCCTGATCAATGAAACGGTACTTGTTTGAGGTTTGAATGCGGAACTTG
GCATGTTCCTTGTCAGGGATAATAGCATCCCATAAAAAAACCTGATTCAGGGAGTTCATT
GGGGTTTTGTATTCAGCTGCCACGAAAGCAAAAACCTGTTTGGGGTTCCAAGT

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR1A790TF 791 0 0
CAGCAAAAGAATAGATAAAGTTTAGGTCATAGTTCTGTTGAAACAACGTCCTAAACTCTC
ATGGTCATGCTTTTATTAAGAAAAAGAATCTAATAGATCAATAGTAGTTTTACAGAGTAA
AAGAAACGAAATTCAAAAACTCTTAGAAGCTTTCTTCAGTCTTTTCATCATTTGTATGCA
TCTGGCAAACTGTAACCAGACATGACAATCTTGTCAGCAAACGTCTTGCCGGTCTTGGGC
ATGACATGCCAATGTAACGTTAAGTTGAACTCTTTTCCACGAAGGTTATGTCCCTGATCA
ATGAAACGGTACTTGTTTGAGGTTTGAATGCGGAACTTGGCATGTTCCTTGTCAGGGATA
ATAGCATCCCATAGAGAAACCTGATTCAGGGAGTTCATTGGGGTTTTGTATTCAGCTGCC
ACGAAAGCAAAAACCTGTTTGGTGTTCCAAGTAAAGAGTGACTGCAAGTCTGCACTTATG
TCCAATGTCAAGCTAACCTCATCATTGCCATAAGATTGCTTCTTAAGCCGATTGATGTTA
AGTATCTGGATCTCAGCAGAGGGATTCTGGTTGCTGAATTTGTCAGAGAAAGACGCGATT
GCGCAGATGAAGGCGAGCGCCGTGACGGAGAACGTGAGCAGAGCATTTGCTCTGTATCCA
AATGAATGCATCTCTGAGCCTTTTTTTCTCGTTACGAGTACTTCTGTGTGATTATCGATC
ACCGGAGTGCCGAGGAGGAAGTGACAGAAGAAGAAGACCACGACGAACGTTTTGTTCTCT
AATTGCTGTCC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL4537Contig1 1183 2 4 U
GGACTCTCTGGACCATATGAATCCTACATACTCATTTATCACCTTTCAAGCAATGGCGAC
CAAGAAAAGCAGAGTTCTGGTGATCGGAGGCACTGGTTACACCGGAAAATTCATGGTTGA
AGGGAGCGTGAAAGCAGGAAACCCTACATTCGCTCTAGTCCGAGAAGCTTCTCTTTCAGA
TCCCGTCAAGGCCAAAACCGTACAGAGATTCAAAGATCTAGACGTTACAATAGTATATGG
AGATTTGAATGATCAGGGGAGCTTAGTGAAGGCCATGAAACAGGTGGATGTTGTGATATC
AACAGTTGGGCGTGTGCAACTGTTGGATCAAACCAAGATTATTACCGCCGTTAAAGAAGC
CGGTAACGTCAAGAGATTCTTGCCGTCTGAGTTTGGAACAGACGTGGACAAGACAGGTGC
GGTTGAGCCGGCAAAGTCATTAGTTTTTGGAGCGAAGAGACGTATCAGGAGAGCCGTAGA
AGCAGAAGGAATACCATATACTTACGTTGTTAACAACTGTGCTGCGGGTTTTTACTTGCG
TACGTTGGTTCAGTTTCAGCCTGGTGTTACTTCTCCTCCTAGAGACAAAGTCACCATTTT
GGGCGACGTAAATGTCAAAGGAGGAAGATGTTGCTGCTTACATGATCAGAGCAGTGGATG
ATCCAAGGACTTTAAACAAAACCCTCTACATCAGTCCTCCTAAGAACACTCTATCGATGA
ACGAACTTGTCGCCTTGTGGGAGAAAAAGATCGGCAAGTCACTTGAGAAGACTTACATGT
CAGAAGAACATGTGCTCAAAACCATCCAAGTGTCTCCGGTTGTTCCCGCCACTATCCTTC
TGTCGATAAACCACTCGGTGTTTGTGAAGGGAGATCAGACCAATTTCACTATAGAGCCTA
CGCTCGGTGTCGAAGCCTCTGAGCTTTACCCTGATGTCAAGTACACGAGCATTGAGGATT
ATCTCAGTCACTTCGCTTGAGAAATTTAGTAAAACGCTTAAATTAAAGTACCACGACTAT
GACCTGAGTTTCATATTGCAACAATAAAATGTGATTATTTCTAATGATGAAGAAGCGTGT
ATGTGTATGCGTTGTTTGTGTCTTATCAAAGAGTCTTACCTCTATTTCTGATATTTTGTA
AAACTTTGAGAAAATTACTTAGATGACACACAGTCACACATTC


BQ
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AF RR1F075TF U 1
AF RR1F075JQ C 535
BS 1 747 RR1F075TF
BS 748 748 RR1F075JQ
BS 749 800 RR1F075TF
BS 801 1183 RR1F075JQ

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CAAGAAAAGCAGAGTTCTGGTGATCGGAGGCACTGGTTACACCGGAAAATTCATGGTTGA
AGGGAGCGTGAAAGCAGGAAACCCTACATTCGCTCTAGTCCGAGAAGCTTCTCTTTCAGA
TCCCGTCAAGGCCAAAACCGTACAGAGATTCAAAGATCTAGACGTTACAATAGTATATGG
AGATTTGAATGATCAGGGGAGCTTAGTGAAGGCCATGAAACAGGTGGATGTTGTGATATC
AACAGTTGGGCGTGTGCAACTGTTGGATCAAACCAAGATTATTACCGCCGTTAAAGAAGC
CGGTAACGTCAAGAGATTCTTGCCGTCTGAGTTTGGAACAGACGTGGACAAGACAGGTGC
GGTTGAGCCGGCAAAGTCATTAGTTTTTGGAGCGAAGAGACGTATCAGGAGAGCCGTAGA
AGCAGAAGGAATACCATATACTTACGTTGTTAACAACTGTGCTGCGGGTTTTTACTTGCG
TACGTTGGTTCAGTTTCAGCCTGGTGTTACTTCTCCTCCTAGAGACAAAGTCACCATTTT
GGGCGACGTAAATGTCAAAGGAGGAAGATGTTGCTGCTTACATGATCAGAGCAGTGGATG
ATCCAAGGACTTTAAACAAAACCCTCTACATCAGTCCTCCTAAGAACACTCTATCGATGA
ACGAACTTGTCGCCTTGTGGGAGAAAA*GATCGGCAAGTCACTTGAGAAGACTTACATGT
CAGAAGAACATGTGCTCAAA
CCATCCAGTGTCT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1F075JQ 649 0 0
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CATTTTGGGCGACGTAAATGTCAAAGGAGGAAGATGTTGCTGCTTACATGATCAGAGCAG
TGGATGATCCAAGGACTTTAAACAAAACCCTCTACATCAGTCCTCCTAAGAACACTCTAT
CGATGAACGAACTTGTCGCCTTGTGGGAGAAAAAGATCGGCAAGTCACTTGAGAAGACTT
ACATGTCAGAAGAACATGTGCTCAAAACCATCCAAGTGTCTCCGGTTGTTCCCGCCACTA
TCCTTCTGTCGATAAACCACTCGGTGTTTGTGAAGGGAGATCAGACCAATTTCACTATAG
AGCCTACGCTCGGTGTCGAAGCCTCTGAGCTTTACCCTGATGTCAAGTACACGAGCATTG
AGGATTATCTCAGTCACTTCGCTTGAGAAATTTAGTAAAACGCTTAAATTAAAGTACCAC
GACTATGACCTGAGTTTCATATTGCAACAATAAAATGTGATTATTTCTAATGATGAAGAA
GCGTGTATGTGTATGCGTTGTTTGTGTCTTATCAAAGAGTCTTACCTCTATTTCTGATAT
TTTGTAAAACTTTGAGAAAATTACTTAGATGACACACAGTCACACATTC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

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GGATATTCATTGAAGCCGTTAATCAACTCGGTGGACCAAACAAGGCAACACCTAAAGGTT
TGATGAAGGCTATGGAGATTCCTGGCCTTACTTTGTATCATCTGAAGAGCCATTTACAAA
AATATCGACTAGGAAAGAGCCTGAAGTTTGATGATAACAACCTTGAAGTTTCCTCTGCTT
CAGAAACCCAAGAAGCTGAGAGTAAAAACGACTCTACGGATTTCAGAGGCAGTGTCAACG
TAGAAAACAACAATCCAGCTAACGAAGGCGTGCAGATCACGGAAGCTTTACAACTGCAGA
TGGAAGTTCAGAAGAAACTACATGAACAAATCGAAGTTCAGAGGCATTTACAAGTGAAGA
TTGAGGCACAAGGCAAGTATTTACAGTCAGTATTACTGAAAGCTCAACAAACTCTCGCTG
GCTACACATCTTCCACTCTTGGCATGGACTTTGCGAGAACCGAACTCTCTAGATTAGCTT
CAATGGTGAATCAAAGTTCTTCGTTCTCGGAGATAACACAAGTGGAAGAATACGAAGAAG
CTGAGGATGTGGAAGACGGATTCTTGTGGTGCAAGAAACCAGAAAACAGAGTAATTACAC
AGCCAAGACGGTCAGTTGAAAGCTCGTTGACATCATTGGATAGCTTAGAGACAAAACTGG
TTAACAATAACAACGAGAGGGTATCAGTGGAGCTTCCGTTGATGGAGATCAAATCAGAAG
TGCCGAAGAATAAGAAGAGAAACTTAAACGACATCGTTTTCCTGGAATGTCAGCCTTCAA
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ATAGTTACAAGAAAGACATGGGGACGTGGCCGAACATAGAACTAGGGCTTAATTGAAAAA
AAGTATTCATTTTAATATTATAAGTGGTTTTAAAAAGTCCTATGTATCTGCGTAGATTTC
CATATATATAACATAAAGTGGAGATTTTGTGAG


BQ
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AF RR1DQ22TF U 1
AF RR1DQ22JQ C 307
BS 1 781 RR1DQ22TF
BS 782 993 RR1DQ22JQ

RD RR1DQ22TF 783 0 0
GGATATTCATTGAAGCCGTTAATCAACTCGGTGGACCAAACAAGGCAACACCTAAAGGTT
TGATGAAGGCTATGGAGATTCCTGGCCTTACTTTGTATCATCTGAAGAGCCATTTACAAA
AATATCGACTAGGAAAGAGCCTGAAGTTTGATGATAACAACCTTGAAGTTTCCTCTGCTT
CAGAAACCCAAGAAGCTGAGAGTAAAAACGACTCTACGGATTTCAGAGGCAGTGTCAACG
TAGAAAACAACAATCCAGCTAACGAAGGCGTGCAGATCACGGAAGCTTTACAACTGCAGA
TGGAAGTTCAGAAGAAACTACATGAACAAATCGAAGTTCAGAGGCATTTACAAGTGAAGA
TTGAGGCACAAGGCAAGTATTTACAGTCAGTATTACTGAAAGCTCAACAAACTCTCGCTG
GCTACACATCTTCCACTCTTGGCATGGACTTTGCGAGAACCGAACTCTCTAGATTAGCTT
CAATGGTGAATCAAAGTTCTTCGTTCTCGGAGATAACACAAGTGGAAGAATACGAAGAAG
CTGAGGATGTGGAAGACGGATTCTTGTGGTGCAAGAAACCAGAAAACAGAGTAATTACAC
AGCCAAGACGGTCAGTTGAAAGCTCGTTGACATCATTGGATAGCTTAGAGACAAAACTGG
TTAACAATAACAACGAGAGGGTATCAGTGGAGCTTCCGTTGATGGAGATCAAATCAGAAG
TGCCGAAGAATAAGAAGAGAAACTTAAACGACATCGTTTTCCTGGAATGTCAGCCTTCAA
A
AA

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1DQ22JQ 687 0 0
TTCAGAAGAAACTACATGAACAAATCGAAGTTCAGAGGCATTTACAAGTGAAGATTGAGG
CACAAGGCAAGTATTTACAGTCAGTATTACTGAAAGCTCAACAAACTCTCGCTGGCTACA
CATCTTCCACTCTTGGCATGGACTTTGCGAGAACCGAACTCTCTAGATTAGCTTCAATGG
TGAATCAAAGTTCTTCGTTCTCGGAGATAACACAAGTGGAAGAATACGAAGAAGCTGAGG
ATGTGGAAGACGGATTCTTGTGGTGCAAGAAACCAGAAAACAGAGTAATTACACAGCCAA
GACGGTCAGTTGAAAGCTCGTTGACATCATTGGATAGCTTAGAGACAAAACTGGTTAACA
ATAACAACGAGAGGGTATCAGTGGAGCTTCCGTTGATGGAGATCAAATCAGAAGTGCCGA
AGAATAAGAAGAGAAACTTAAACGACATCGTTTTCCTGGAATGTCAGCCTTCAAATAAGA
GAAATTTTGGAGCTGATGATGATGATGATGAGCAGCACCTGAGGTTGAGTTTGGATAGTT
ACAAGAAAGACATGGGGACGTGGCCGAACATAGAACTAGGGCTTAATTGAAAAAAAGTAT
TCATTTTAATATTATAAGTGGTTTTAAAAAGTCCTATGTATCTGCGTAGATTTCCATATA
TATAACATAAAGTGGAGATTTTGTGAG

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL4539Contig1 1008 2 2 U
GAGGAAGATGGAGAAAGATGTTGAAGAAGCTTTCTCTACTGTTAAAGACAACCCGAAGAG
AAAATCACTGGCCAAACAATTGGAAGAGGAAGAATACCTTTTGAGACAATGTATGGAGAA
ACTCAAATCCGTTCAAGGAAGTAGAACTTCCCTTGTTAACCAGCTCAAAGACGCACTACG
TGAACAAGAATCTGAACTGAAGAATCTTGAAGCTCAGATTCAGGTAGCACAAGAACAAAC
AGAGGAAGCTCAAAACATGCAGAAACGTCTCAAAGATGAAGATTACGCACCAAAACCAAC
AACCGTTGCTGCTGCTCCGGGCTCAGTCCCTGCAACTGATAACAACAACAGCACCAAGTC
TGGTCAAGCATCAAAAATGACGCCTGCTTCTATAGCTGCGATGCTCACAGCATCTACCTC
ATCACATATGATCATGCAATCTGTTCTATCTTCATTTGCAGCTGAAGCTACAAAGACTTC
TGGTCTATCCAAATCAGAGAGCACAGTTCCCGTTTCAGACACTAATGCTTTTGCTCTTCC
TTACAACAACAACCCCCAGAACCAGACACCCACAGCACAAGTTCAAGTTCAAGGTCAGTA
CCATTTGATCTCTAATCCAGCAGCAGCACCACCACCTTTACCACCGCAGTTTCTAAAACA
GCCGGTAATGAACAATCCTTATGGGTCTGGTAACATTCCGTTAATGCCACCTGGACTTCC
GCCGCCTCCACCACCACCTCATATGCAACAGCCTCAGATTCCTCAGTCAAACTTAGCTCA
GCAGCAACAACCTCAACAGGGTACAACTTTCCAGCCACCAGGGATTATGTATTATGGACC
TCCACACCATTCTTGAAGAAGTTAGAAGTTATGTTAGTCTATATAGCTTTTAGATAGCTG
TGACCCTTTTTTTATTTGCGGATATGTTGGGTTTTGATTATACATGTTGCTCTTGTTGTA
GAAACGTTCACCTTTTCCCTTATAAATATTTGTACTACAAGCTTTTAC


BQ
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AF RR1B905TF U 1
AF RR1B905JQ C 542
BS 1 791 RR1B905TF
BS 792 1008 RR1B905JQ

RD RR1B905TF 791 0 0
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AAAATCACTGGCCAAACAATTGGAAGAGGAAGAATACCTTTTGAGACAATGTATGGAGAA
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TGAACAAGAATCTGAACTGAAGAATCTTGAAGCTCAGATTCAGGTAGCACAAGAACAAAC
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ATCACATATGATCATGCAATCTGTTCTATCTTCATTTGCAGCTGAAGCTACAAAGACTTC
TGGTCTATCCAAATCAGAGAGCACAGTTCCCGTTTCAGACACTAATGCTTTTGCTCTTCC
TTACAACAACAACCCCCAGAACCAGACACCCACAGCACAAGTTCAAGTTCAAGGTCAGTA
CCATTTGATCTCTAATCCAGCAGCAGCACCACCACCTTTACCACCGCAGTTTCTAAAACA
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GCCGCCTCCACCACCACCTCATATGCAACAGCCTCAGATTCCTCAGTCAAACTTAGCTCA
GCAGCAACAAC

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DS 

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CATTTGATCTCTAATCCAGCAGCAGCACCACCACCTTTACCACCGCAGTTTTTAAAACAG
CCGGTAATGAACAATCCTTATGGGTCTGGTAACATTCCGTTAATGCCACCTGGACTTCCG
CCGCCTCCACCACCACCTCATATGCAACAGCCTCAGATTCCTCAGTCAAACTTAGCTCAG
CAGCAACAACCTCAACAGGGTACAACTTTCCAGCCACCAGGGATTATGTATTATGGACCT
CCACACCATTCTTGAAGAAGTTAGAAGTTATGTTAGTCTATATAGCTTTTAGATAGCTGT
GACCCTTTTTTTATTTGCGGATATGTTGGGTTTTGATTATACATGTTGCTCTTGTTGTAG
AAACGTTCACCTTTTCCCTTATAAATATTTGTACTACAAGCTTTTAC

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 2

CO CL4540Contig1 1044 2 6 U
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CGCGTGGACAAAGAGAAAGGTTACATTGATCTGAGCAAACGTAGAGTCAGCGAGGAAGAT
ATACAGACTTGCGAAGAGAGGTATAACAAGAGCAAGCTTGTTCATTCTATCATGCGTCAT
GTTGCCGAGACTCTTTCTATCGATTTAGAGGAGTTGTATGAGAACATTGGTTGGCCTTTG
TACCGGAAACATGGTCATGCTTTTGAGGCTTTCAAGATCTTAGTGACTGATCCTGATTCT
GTGTTGGGTTCACTCACACGTGAGATCAAAGAAGTTGGACCTGATGGGCAGGAGGTGGTG
ACTAAAGTTGTACCTGCTGTTACGGAAGAAGTGAAAGACGCACTTGTGAAGAACATTAGG
AGGAGAATGACACCACAGCCGATGAAGATCCGTGCTGATATCGAGTTGAAGTGTTTTCAG
TTTGACGGAGTTGTTCACATCAAGGAGGCCATGAGAAAGGCTGAAGCGGCTGGAAACGAT
GACTGTCCTGTTAAGATTAAATTGGTTGCCCCACCTCTGTATGTCCTTACCACTCAGACT
CTTGACAAGGACCAAGGGATTGAAATTCTAACGAAGGCCATAGAAGCTTGCACTGAGACA
ATTGATGAACACAAAGGCAAGCTCGTCGTTAAGAAGGCACCTAGAGCTGTGAGTGAAAGA
GATGATAAGATGCTGACAGAACACATGGCTAAGCTAAGAATGGACAATGAAGAGATCAGT
GGCGATGAAGAAAGTGGAGAAGAAGAAGAGGACACAGGGATGGGTGAAGTTGACATTGAA
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TTTTGTCCATCAGAGACGTGTTGTTTTCACACCTGTTGAGGGGTTTACTCGTATGGTTTT
TATAAAGATTTTGACTATTTATGC


BQ
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AF RR1H927TF U 1
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TTTGACGGAGTTGTTCACATCAAGGAGGCCATGAGAAAGGCTGAAGCGGCTGGAAACGAT
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GATGATA
GATGCTGA

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DS 

RD RR1H927JQ 566 0 0
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ATGACTGTCCTGTTAAGATTAAATTGGTTGCCCCACCTCTGTATGTCCTTACCACTCAGA
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GAGATGATAAGATGCTGACAGAACACATGGCTAAGCTAAGAATGGACAATGAAGAGATCA
GTGGCGATGAAGAAAGTGGAGAAGAAGAAGAGGACACAGGGATGGGTGAAGTTGACATTG
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TTTTTTGTCCATCAGAGACGTGTTGTTTTCACACCTGTTGAGGGGTTTACTCGTATGGTT
TTTATAAAGATTTTGACTATTTATGC

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

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GCAAGAGGAGCAGCAGAGATGGGCTGGAGAGAGTGTGCTCTATGCTTGTTCTCGCTCGGG
ATGGTTCACTATTTAGTTATCTTTGTCACACTTTATCAACGCTTACCAGGCGGAAACAAC
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CTAGCTTGGAACTATATTTCTGGAACCTTTGATACAGTAGCAAAGATGTTATTCTTCTTG
TCGCTCTTCATCTTTGTATCCCTGGTATGTAGGCCAACTCTTTTGAAGAAGTCGATAAAA
AGATTCAATGTTGCATGGTGGGCTTACTCGTTCCCGATCACCTTTCTTGCGTTAGACTCG
GTTCAGTATGCTCAAGAGGTGAAAGACCACGTGGCTTCGGCATTGATGTTTATTTTCTGC
TCCATATCAGTGTTGATATTCCTCGGTGTAATGTTACTGACAGCAGCAAACTGAAAAAGA
CTGCTCAGACGAGATCCTGTCCTCTGGTCTGCTACTGGTCCAAACGACAGATAAAAAAAT
CGCAGTATGTTAAACCACATGTGCGATATAAATAAAATCTTAGCTGCGTAAGAATTGTAT
AAACTTTTTCAAAAAAAAAAAAGAATTGTATAAATTTTTTTTATAGGTTATTGTGATTAA
GTTCTTATGGGTTCATGTTTTGACAAA


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AF RR1EI44TF U 1
AF RR1EI44JQ C 202
BS 1 676 RR1EI44TF
BS 677 747 RR1EI44JQ

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GCAAGAGGAGCAGCAGAGATGGGCTGGAGAGAGTGTGCTCTATGCTTGTTCTCGCTCGGG
ATGGTTCACTATTTAGTTATCTTTGTCACACTTTATCAACGCTTACCAGGCGGAAACAAC
TTCCCAACCACTCTGAGGCCAGTTTTCTTCTTGTTCTTTGCTGCACCAGCCACGGGAAGT
CTAGCTTGGAACTATATTTCTGGAACCTTTGATACAGTAGCAAAGATGTTATTCTTCTTG
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AGATTCAATGTTGCATGGTGGGCTTACTCGTTCCCGATCACCTTTCTTGCGTTAGACTCG
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CGCAGTATGTTAAACCACATGTGCGATATAAATAAAATCTTAGCTGCGTAAGAATTGTAT
AAACTTTTTCAAAAAA

QA 1 676 1 676
DS 

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GGAACCTTTGATACAGTAGCAAAGATGTTATTCTTCTTGTCGCTCTTCATCTTTGTATCC
CTGGTATGTAGGCCAACTCTTTTGAAGAAGTCGATAAAAAGATTCAATGTTGCATGGTGG
GCTTACTCGTTCCCGATCACCTTTCTTGCGTTAGACTCGGTTCAGTATGCTCAAGAGGTG
AAAGACCACGTGGCTTCGGCATTGATGTTTATTTTCTGCTCCATATCAGTGTTGATATTC
CTCGGTGTAATGTTACTGACAGCAGCAAACTGAAAAAGACTGCTCAGACGAGATCCTGTC
CTCTGGTCTGCTACTGGTCCAAACGACAGATAAAAAAATCGCAGTATGTTAAACCACATG
TGCGATATAAATAAAATCTTAGCTGCGTAAGAATTGTATAAACTTTTTCAAAAAAAAAAA
AGAATTGTATAAATTTTTTTTATAGGTTATTGTGATTAAGTTCTTATGGGTTCATGTTTT
GACAAA

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

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GGAACTCATCAGATCGTTACCGGAGGTTATCTCTGACTGAATAGCGAGTTCCCTCTTCTT
CCCACTCCTCACTTTGAAACGGTCGGATTCTGAATCTTGTCTTAAAAACATTTCCTTTTG
TTTGTCCAAATGTATTCTCTGTTACTCCATGGCAAAAGATGTATCGAGCTCCATAAATCT
CGTACCTTTCGAGTCATCTCAGTGAAGCTACTTCAAAACGCATCATCTCCTTTTCGCAAC
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CTCACAAGCTACGGCTTCACAGCCACTCAGATCTCCAGGATCGTCACCGCTTACCCGCGA
CTCCTCACGCTCGACGCCGAGACAACACTTCTCCCGAAGCTCCAAGCTTTGCAGTCCAGA
GGAGCTTCAACCAAAGACCTCACAGAGATTATCTCGAAAGTCCCCAAAATCTTAGGGAAA
AGAGGTTCGAAATCCGCCGCCTTGTACTTCGATTTCATCAAAGAGATCATACACAGCGAC
AGAGAAGAAGAAGAAGACAGCGGTAAAACCTCCTCCTCCGAGTTACGTCCTTCTTCGTCT
TCTTGTACAGTAGGTAAACAAGGGAACAAGATGAGAAACGTATCGGTTTTGAGAGAGATG
GGGAGTCCCCCAACGGTTCTTATTCCCTCTACTCGTGTCCGATAGCCAACCTGTCTGTGG
GAAAGACAAGTTCGAAATGTCTGTCAAAAAAGTCGTCGAGATGGGGTTCGATCCCACCAC
GTCTAAGTTCGTGCAAGCGCTACACGTTTTCTACGAGATGACCGAGAAAACGATAGAGGA
GAAAGTTAACGTGTATGAGAAGTTAGGTTTTACGGTTGAGGAAGTGTGGGAGATGTTCAA
GAAATGTCCTTACTCGTTGAAGTTCTCCGAGAGGAAGATCACTCAGACGTTCGAGACGCT
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CATGCGTGCTTCTGAAGAGAAGATTAAAAACTGTGTTGAGACTTTTTTAAGGATTGGATT
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GGAGACGGTGAGGAGGAAGGTTGAGTTTCTGGTTGGGGAGATGGAGGGGTGGTGGTCGTT
GAAGGATGTGGTTGGGATACCTCCGGTGCTTGGGTATAGTTTGGAGAAGAGGATGGTTCC
GAGGTGTGGTGTGGTAAGAGCTGTTGTGGAGAGAGGTGTGATGAGGATACCTCCGATGTC
GTCTGTTTTGGCGTGTAGTGATAAGGTGTTTTTGAATAGGTTTGTGTTGAAGCATGGGAG
GCTGGTGCCTGAGCTGATGGCTATCTTTGGTACGCACGGAAGCACTAAGATGAAGAAAGT
TAAAGGGTTGTGTGTTTCTGTGAGTTTTGATTCTTGAATTTGTTTTGTTGTTTGGTCTAA
TTATAATTTGTTAAACCAGATTTATGAAAATTGATGTGGTGAAAAGATTGTGAGATTTTT
TGACTGGTGAATGAAAGAAAGCAGAGCAAGTTCTTAAGTTTTGC


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AF RR1AM08TF U 1
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CCCACTCCTCACTTTGAAACGGTCGGATTCTGAATCTTGTCTTAAAAACATTTCCTTTTG
TTTGTCCAAATGTATTCTCTGTTACTCCATGGCAAAAGATGTATCGAGCTCCATAAATCT
CGTACCTTTCGAGTCATCTCAGTGAAGCTACTTCAAAACGCATCATCTCCTTTTCGCAAC
CCCTTCTCCTCTGCTGCTGCGTCGTCGTCTACCGTTCAATCAGATTCAGTTCTGAATCTC
CTCACAAGCTACGGCTTCACAGCCACTCAGATCTCCAGGATCGTCACCGCTTACCCGCGA
CTCCTCACGCTCGACGCCGAGACAACACTTCTCCCGAAGCTCCAAGCTTTGCAGTCCAGA
GGAGCTTCAACCAAAGACCTCACAGAGATTATCTCGAAAGTCCCCAAAATCTTAGGGAAA
AGAGGTTCGAAATCCGCCGCCTTGTACTTCGATTTCATCAAAGAGATCATACACAGCGAC
AGAGAAGAAGAAGAAGACAGCGGTAAAACCTCCTCCTCCGAGTTACGTCCTTCTTCGTCT
TCTTGTACAGTAGGTAAACAAGGGAACAAGATGAGAAACGTATCGGTTTTGAGAGAGATG
GGGAGTCCCCCAACGGTTCTTATTCCCTCTACTCGTGTCCGATAGCCAACCTGTCTGTGG
GAAAGACAAGTTCGAAATGTCTGTCAAAAAAGTCGTCGAGATGGGGTTCGATCCCACCAC
GTCTAAGTTCGTGCA*GCGCTACACGTTTTCTACGAGATGACCGAGAAA
CGAT

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DS 

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CGAGATGACCGAGAAAACGATAGAGGAGAAAGTTAACGTGTATGAGAAGTTAGGTTTTAC
GGTTGAGGAAGTGTGGGAGATGTTCAAGAAATGTCCTTACTCGTTGAAGTTCTCCGAGAG
GAAGATCACTCAGACGTTCGAGACGCTGGAGAGGTGCGGTCTGAGGGAAGAGGAAGTGGT
GTCGGTGATGAAGAAGCGTCCGGAGTGCATGCGTGCTTCTGAAGAGAAGATTAAAAACTG
TGTTGAGACTTTTTTAAGGATTGGATTCAGCGGGGAGGAGTTTGTGTCGATGGTGAAGTG
TTTCCCTACTTGCTCGGGGTTGTCCGCGGAGACGGTGAGGAGGAAGGTTGAGTTTCTGGT
TGGGGAGATGGAGGGGTGGTGGTCGTTGAAGGATGTGGTTGGGATACCTCCGGTGCTTGG
GTATAGTTTGGAGAAGAGGATGGTTCCGAGGTGTGGTGTGGTAAGAGCTGTTGTGGAGAG
AGGTGTGATGAGGATACCTCCGATGTCGTCTGTTTTGGCGTGTAGTGATAAGGTGTTTTT
GAATAGGTTTGTGTTGAAGCATGGGAGGCTGGTGCCTGAGCTGATGGCTATCTTTGGTAC
GCACGGAAGCACTAAGATGAAGAAAGTTAAAGGGTTGTGTGTTTCTGTGAGTTTTGATTC
TTGAATTTGTTTTGTTGTTTGGTCTAATTATAATTTGTTAAACCAGATTTATGAAAATTG
ATGTGGTGAAAAGATTGTGAGATTTTTTGACTGGTGAATGAAAGAAAGCAGAGCAAGTTC
TTAAGTTTTGC

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

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GGAGAATAATTCTTCTGGTCGGCAGCCCACCTCGTAAGTTCCCTATTTGTTTAGGATTGT
TGCCTTTTCTCTCATCTTCCTTTCTCGATAAGTATTAGGATTGTAACCCTAGCTAGATAT
CTCTCGCGGTCTAGATATATATCTCACTAGGTATATTGAGCAATTAGGGTTTGGATCTAT
AGGTGATTATTATTTTCATAAGAATGTCTCAGCTCAATATTGATATGAAGAAGAATTCGA
TGAGGAAGAGTAAGAAATTGGTTATTAATATTGCTTCTATAAAGAAAGAAGGTCTTCTTG
CTTCAAGATTTGAAGCTGATCATAAGGATCTTGGTTCTTCAATAAAGAATGAGAAAAAGA
GGTTTGAATCATCTGAGAGACAAAGAGATATTGTGTTTAATCGAAGGGTTTGTTCCAAAG
CCGATGAAGAGATTGATCATCATGGTTCCCGTGATCATTCTAGTGTTAGAGACGGAGTGA
TGATGCGTGAGGTTGATGTCGGTACAGGATTATCTGGCGCGTTAAAGCTTCTGAGAGAGC
AAGGAACTTTCAAAGAGAAAAGCAGCAGCAGCAAGCTTGTAGGTGTTGGAGACAATCATG
GATATTGACTGAGAAAGAAGCGTTCAAGAAACTTTGTCATGGATTTCATGGGAAGATACC
TGGGAAGAGGGAGCAAGAGAAACGAATAAGGAAACATGAAGATAGCTCAAAAAATATATT
GGAGTCTTCAGATCGAGCTGTGGAGAGAATGAGACTAGTCCACGCCGAGTTGAAGAGTCC
GTACATTGTTCTCTGATCTTAAAAGTCTCCTTCATGTCTGAATATCTCACAATTTTGGGA
AATAAAATCGATACGAGCCCATATAGAGACGTTTTCCATTTTCCACGAGGCGTCCAGCTG
TGTAGTGAGAACCTTAGGTTTAGAAGGGACTTTCAGATTATTGAAGTACCCAAATTCAGA
CAGTTGGTTAACCTTATTGAGGCATGTGATTGCAAACGCCTAGATTCTTGAATCAGTCCT
CTAAACGCACCAACCAATCAGGACCAGCCATGTCACCAAACCCTGATAAAACATTCATCT
CAGAGCATATCAACCCCGGTCTCCTGACCAGAGTTTTTAACTCATGATTTGATTTTTTTT
TTTTTTTTACATTTTTCGACCTAAAACAGCTTTTATTTATCTTATTTAAGAGACGGTTTT
TAATTTTTATTACTAAAAATCTAAAAAAAAAAATAAGAACCGTTTCTTATCCG


BQ
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AF RR1AX29TF U 1
AF RR1AX29JQ C 533
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BS 871 1253 RR1AX29JQ

RD RR1AX29TF 870 0 0
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TGCCTTTTCTCTCATCTTCCTTTCTCGATAAGTATTAGGATTGTAACCCTAGCTAGATAT
CTCTCGCGGTCTAGATATATATCTCACTAGGTATATTGAGCAATTAGGGTTTGGATCTAT
AGGTGATTATTATTTTCATAAGAATGTCTCAGCTCAATATTGATATGAAGAAGAATTCGA
TGAGGAAGAGTAAGAAATTGGTTATTAATATTGCTTCTATAAAGAAAGAAGGTCTTCTTG
CTTCAAGATTTGAAGCTGATCATAAGGATCTTGGTTCTTCAATAAAGAATGAGAAAAAGA
GGTTTGAATCATCTGAGAGACAAAGAGATATTGTGTTTAATCGAAGGGTTTGTTCCAAAG
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AAGGAACTTTCAAAGAGAAAAGCAGCAGCAGCAAGCTTGTAGGTGTTGGAGACAATCATG
GATATTGACTGAGAAAGAAGCGTTCAAGAAACTTTGTCATGGATTTCATGGGAAGATACC
TGGGAAGAGGGAGCAAGAGAAACGAATAAGGAAACATGAAGATAGCTCAAAAAATATATT
GGAGTCTTCAGATCGAGCTGTGGAGAGAATGAGACTAGTCCACGCCGAGTTGAAGAGTCC
GTACATTGTTCTCTGATCTTAAAAGTCTCCTTCATGTCTGA*TATCTCACAATTTTGGGA
AATAAAATCGATACGAGCCCATATAGAGAC

QA 1 870 1 870
DS 

RD RR1AX29JQ 721 0 0
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CAATCATGGATATTGACTGAGAAAGAAGCGTTCAAGAAACTTTGTCATGGATTTCATGGG
AAGATACCTGGGAAGAGGGAGCAAGAGAAACGAATAAGGAAACATGAAGATAGCTCAAAA
AATATATTGGAGTCTTCAGATCGAGCTGTGGAGAGAATGAGACTAGTCCACGCCGAGTTG
AAGAGTCCGTACATTGTTCTCTGATCTTAAAAGTCTCCTTCATGTTTGAATATCTCACAA
TTTTGGGAAATAAAATCGATACGAGCCCATATAGAGACGTTTTCCATTTTCCACGAGGCG
TCCAGCTGTGTAGTGAGAACCTTAGGTTTAGAAGGGACTTTCAGATTATTGAAGTACCCA
AATTCAGACAGTTGGTTAACCTTATTGAGGCATGTGATTGCAAACGCCTAGATTCTTGAA
TCAGTCCTCTAAACGCACCAACCAATCAGGACCAGCCATGTCACCAAACCCTGATAAAAC
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TTTTTTTTTTTTTTTTACATTTTTCGACCTAAAACAGCTTTTATTTATCTTATTTAAGAG
ACGGTTTTTAATTTTTATTACTAAAAATCTAAAAAAAAAAATAAGAACCGTTTCTTATCC
G

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL4544Contig1 724 2 4 U
TTAGTAACTAGTTTTACTCGTCGGTACCAAAGTAGCGATCGCCATACTCCCCCAAGCCTG
GTATAACCCGAAAGTCTTCATTCAAACACTGATCTATTTCCGATGTCACAATCTTCAACA
GTGGAAACCGTTTGCAGACGCAATGGATTCCTTCCGGAGCCGAAATAAAATTGAGGAATA
TTATGTGAGATTCAGGGACTCCTTTACGTATGAGTAGTTCTATCGCCTGACTTGCACAGT
TACCTGTGCCTAAAACGGGATCTAAAAGCAGGACATGGCGCTCGGAAATATCACTTGGAA
GCTTCTCATATATAAGCTGCATTCCGTTGTCCCCTTCTCGATGAATAAAAATCTTCCCAA
TTTTAATTCCTTTGCAACATGCACGTAACGCGTTTTCCATGCTTTCACCACTTCGAATGA
TTGAGACCCCACAAAGTTTCTTGCAGAAATCAACACCGCTATACACAGATCCTGTTGGAG
TAATTACTTGTTTCTCAGTGAATGGCAAATGGCCAAGACCATGCTCTACAACCAGACGAA
TGAGGCGATCCGAGTAAAACACAAAGTCATGTTTTGATATGTCCTTCTCTCGAATAAGTG
TATGCATTCCTCTTATCTGAAATGTTGATTGGATAACAAAAAGATTTGGGTAGATTTTGC
AGAGATCATGTTGCCCAAGTTTTGTGTGGATATGTTGCACAATCAAATCAACTGCAACGT
GATT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1D818JQ U 1
AF RR1BW68TF C 69
BS 1 137 RR1D818JQ
BS 138 138 RR1BW68TF
BS 139 429 RR1D818JQ
BS 430 724 RR1BW68TF

RD RR1D818JQ 429 0 0
TTAGTAACTAGTTTTACTCGTCGGTACCAAAGTAGCGATCGCCATACTCCCCCAAGCCTG
GTATAACCCGAAAGTCTTCATTCAAACACTGATCTATTTCCGATGTCACAATCTTCAACA
GTGGAAACCGTTTGCAGGCGCAATGGATTCCTTCCGGAGCCGAAATAAAATTGAGGAATA
TTATGTGAGATTCAGGGACTCCTTTACGTATGAGTAGTTCTATCGCCTGACTTGCACAGT
TACCTGTGCCTAAAACGGGATCTAAAAGCAGGACATGGCGCTCGGAAATATCACTTGGAA
GCTTCTCATATATAAGCTGCATTCCGTTGTCCCCTTCTCGATGAATAAAAATCTTCCCAA
TTTTAATTCCTTTGCAACATGCACGTAACGCGTTTTCCATGCTTTCACCACTTCGAATGA
TTGAGACCC

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR1BW68TF 656 0 0
CGAAAGTCTTCATTCAGACACTGATCTATTTCCGATGTCACAATCTTCAACAGTGGAAAC
CGTTTGCAGACGCAATGGATTCCTTCCGGAGCCGAGATAAGATTGAGGAATATTATGTGA
GATTCAGGGACTCCTTTACGTATGAGTAGTTCTATCGCCTGACTTGCACAGTTACCTGTG
CCTAAAACGGGATCTAGAAGCAGGACATGGCGCTCGGAGATATCACTTGGAAGCTTCTCA
TATATAAGCTGCATTCCGTTGTCGCCTTCTCGATGAATAAGAATCTTCCCAATTTTAATT
CCTTTGCAACATGCACGTAACGCGTTTTCCATGCTTTCACCACTTCGAATGATTGAGACC
CCACAAAGTTTCTTGCAGAAATCAACACCGCTATACACAGATCCTGTTGGAGTAATTACT
TGTTTCTCAGTGAATGGCAAATGGCCAAGACCATGCTCTACAACCAGACGAATGAGGCGA
TCCGAGTAAAACACAAAGTCATGTTTTGATATGTCCTTCTCTCGAATAAGTGTATGCATT
CCTCTTATCTGAAATGTTGATTGGATAACAAAAAGATTTGGGTAGATTTTGCAGAGATCA
TGTTGCCCAAGTTTTGTGTGGATATGTTGCACAATCAAATCAACTGCAACGTGATT

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL4545Contig1 844 2 6 U
GGAGTGACCCTCACGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTATAACACGGATCACCACATGGC
TCAATCTCCTCCTCCTTCCCGTTAAAACACAGAACCAAACTCCCTAAAGGTTCGGTTCTT
TTTTTTCTTCTTTTCTCCTTCTCTCTCCGATACATTTTGGAAACAAACTTCTCAAGGCTT
TTTTGAGAAGGGAGGAGGGGGAGGAAGACGAGTTGATCTGATCTGATTTTGATTTGATGT
CTGGAGCTGTATCTGGTTCCAGGGACATGGGGTTCGACGACGAAAACACTTCCAAAACGT
CTCATCAACACGATGGCACCGACGACGAGGGTGCTGGATCCTTGGGGAGGCAAATGAGCG
AAGCCTCTCTTAGCGCTGCCGAGGAAGAAGAAGACGATGATTCCAAATTACAATTGGGTC
CTCAGTACACTATCAAGGAACATCTCGAGAAGGATAAGGATGATGAGAGTCTGAGGAAGT
GGAAAGAACAGCTTCTTGGAAGTGTTGATGTCACCAACATTGGAGAGACTCTTGACCCTG
AAGTGAAGATCATTAGCCTGGCCATCTTGTCCCCTGGAAGACCAGATATCGTTCTTATGG
TTCCGGAGAATGGGAATCCAAAGGGGATGTGGTTTACTTTGAAAGAAGGGAGCAAGTACA
ACTTGAAGTTCACGTTTCAGGTTAATAACAACATTGTCTCTGGTCTTAGGTACACCAATA
CTGTTTGGAAGACCGGTGTTAAAGTGGACAGAGGAAAGGAAATGCTTGGAACCTTTAGTC
CTCAGTCGGAGCCATACAACCACGTGATGCCTGAAGAGACCACTCCTTCTGGCATGTTTG
CTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1BG94TF U 1
AF RR1AS75TF U 136
BS 1 324 RR1BG94TF
BS 325 325 RR1AS75TF
BS 326 333 RR1BG94TF
BS 334 334 RR1AS75TF
BS 335 619 RR1BG94TF
BS 620 844 RR1AS75TF

RD RR1BG94TF 619 0 0
GGAGTGACCCTCACGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTATAACACGGATCACCACATGGC
TCAATCTCCTCCTCCTTCCCGTTAAAACACAGAACCAAACTCCCTAAAGGTTCGGTTCTT
TTTTTTCTTCTTTTCTCCTTCTCTCTCCGATACATTTTGGAAACAAACTTCTCAAGGCTT
TTTTGAGAAGGGAGGAGGGGGAGGAAGACGAGTTGATCTGATCTGATTTTGATTTGATGT
CTGGAGCTGTATCTGGTTCCAGGGACATGGGGTTCGACGACGAAAACACTTCCAAAACGT
CTCATCAACACGATGGCACCGACGGCGAGGGTGTTGGATCCTTGGGGAGGCAAATGAGCG
AAGCCTCTCTTAGCGCTGCCGAGGAAGAAGAAGACGATGATTCCAAATTACAATTGGGTC
CTCAGTACACTATCAAGGAACATCTCGAGAAGGATAAGGATGATGAGAGTCTGAGGAAGT
GGAAAGAACAGCTTCTTGGAAGTGTTGATGTCACCAACATTGGAGAGACTCTTGACCCTG
AAGTGAAGATCATTAGCCTGGCCATCTTGTCCCCTGGAAGACCAGATATCGTTCTTATGG
TTCCGGAGAATGGGAATCC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1AS75TF 709 0 0
GG
CTTCTCTCTCCGATACATTTTGGAAACAAACTTCTCAAGGCTTTTTTGAGAAGGGAGGAG
GGGGAGGAAGACGAGTTGATCTGATCTGATTT**ATTTGATGTCTGGAGCTGTATCTGGT
TCCAGGGACATGGGGTTCGACGACGAAAACACTTCCAAAACGTCTCATCAACACGATGGC
ACCGACGACGAGGGTGCTGGATCCTTGGGGAGGCAAATGAGCGAAGCCTCTCTTAGCGCT
GCCGAGGAAGAAGAAGACGATGATTCCAAATTACAATTGGGTCCTCAGTACACTATCAAG
GAACATCTCGAGAAGGATAAGGATGATGAGAGTCTGAGGAAGTGGAAAGAACAGCTTCTT
GGAAGTGTTGATGTCACCAACATTGGAGAGACTCTTGACCCTGAAGTGAAGATCATTAGC
CTGGCCATCTTGTCCCCTGGAAGACCAGATATCGTTCTTATGGTTCCGGAGAATGGGAAT
CCAAAGGGGATGTGGTTTACTTTGAAAGAAGGGAGCAAGTACAACTTGAAGTTCACGTTT
CAGGTTAATAACAACATTGTCTCTGGTCTTAGGTACACCAATACTGTTTGGAAGACCGGT
GTTAAAGTGGACAGAGGAAAGGAAATGCTTGGAACCTTTAGTCCTCAGTCGGAGCCATAC
AACCACGTGATGCCTGAAGAGACCACTCCTTCTGGCATGTTTGCTCT

QA 3 709 3 709
DS 



AS 1 2

CO CL4546Contig1 821 2 2 U
GGAGTTAGTTTCGCCTTTGTCTGAATCACACACGAAGAAGCAGAGCGACAATAGAAAGAA
GAGAAAAGAGAGAGAGTTTCTTCGCCGGAAAGAAAAATTAAATTAAAATCTTCCGCCAAT
GTCGTCTCGCCGGAGAGTTCTTCTGAAAGTCATCATCCTCGGAGATAGCGGGGTTGGGAA
GACATCGTTGATGAATCAGTTTGTGAATCGCAAATTTAGCAATCAGTATAAAGCGACGAT
TGGAGCAGATTTCTTGACTAAAGAGGTTCAAATTGATGACAGGATCTTCACTTTACAGAT
TTGGGATACTGCTGGGCAAGAAAGGTTCCAAAGTTTGGGAGTAGCTTTCTACAGAGGAGC
TGATTGTTGTGTTCTTGTGAACGATGTCAATGTTATGAAGTCTTTTGAGAATCTTAATAA
CTGGAGAGAAGAGTTCTTGATTCAGGCTAGCCCATCAGATCCTGAGAACTTCCCGTTTGT
CGTGTTGGGAAACAAGACCGATGTTGATGGTGGCAAGAGCCGAGTGGTTTCTGAGAAGAA
AGCGAAGGCATGGTGTGCATCTAAAGGAAACATTCCTTACTTTGAGACATCTGCCAAAGA
AAGGGTTCAATGTAGATGCAGCTTTTGAGTGCATAACCAAAAACGCATTCAAGAATGAAC
CTGAAGAAGAACCGTACATGCCAGACACCATTGATGTTGCTGGAGGTCAGCAACAAAGAT
CAACAGGGTGTGTATGCTAATCACAGAGAGGGTACTACTAGTATTCTGTTTTTCTTTTTC
AAATTTTTATTTTGTATCACACAATATCAATTATAATGTCA


BQ
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AF RR1DF71TF U 1
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BS 643 821 RR1DF71JQ

RD RR1DF71TF 660 0 0
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GAGAAAAGAGAGAGAGTTTCTTCGCCGGAAAGAAAAATTAAATTAAAATCTTCCGCCAAT
GTCGTCTCGCCGGAGAGTTCTTCTGAAAGTCATCATCCTCGGAGATAGCGGGGTTGGGAA
GACATCGTTGATGAATCAGTTTGTGAATCGCAAATTTAGCAATCAGTATAAAGCGACGAT
TGGAGCAGATTTCTTGACTAAAGAGGTTCAAATTGATGACAGGATCTTCACTTTACAGAT
TTGGGATACTGCTGGGCAAGAAAGGTTCCAAAGTTTGGGAGTAGCTTTCTACAGAGGAGC
TGATTGTTGTGTTCTTGTGAACGATGTCAATGTTATGAAGTCTTTTGAGAATCTTAATAA
CTGGAGAGAAGAGTTCTTGATTCAGGCTAGCCCATCAGATCCTGAGAACTTCCCGTTTGT
CGTGTTGGGAAACAAGACCGATGTTGATGGTGGCAAGAGCCGAGTGGTTTCTGAGAAGAA
AGCGAAGGCATGGTGTGCATCTAAAGGAAACATTCCTTACTTTGAGACATCTGCCAAAGA
AAGGGTTCAATGTAGATGCAGCTTTTGAGTGCATAACCAAAA
CGCATTCAGATGAACCTG

QA 1 642 1 642
DS 

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ATTGGAGCAGATTTCTTGACTAAAGAGGTTCAAATTGATGACAGGATCTTCACTTTACAG
ATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAAAGGTTCCAAAGTTTGGGAGTAGCTTTCTACAGAGGA
GCTGATTGTTGTGTTCTTGTGAACGATGTCAATGTTATGAAGTCTTTTGAGAATCTTAAT
AACTGGAGAGAAGAGTTCTTGATTCAGGCTAGCCCATCAGATCCTGAGAACTTCCCGTTT
GTCGTGTTGGGAAACAAGACCGATGTTGATGGTGGCAAGAGCCGAGTGGTTTCTGAGAAG
AAAGCGAAGGCATGGTGTGCATCTAAAGGAAACATTCCTTACTTTGAGACATCTGCCAAA
GAA*GGGTTCAATGTAGATGCAGCTTTTGAGTGCATAACCAAAAACGCATTCAAGAATGA
ACCTGAAGAAGAACCGTACATGCCAGACACCATTGATGTTGCTGGAGGTCAGCAACAAAG
ATCAACAGGGTGTGTATGCTAATCACAGAGAGGGTACTACTAGTATTCTGTTTTTCTTTT
TCAAATTTTTATTTTGTATCACACAATATCAATTATAATGTCA

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

CO CL4547Contig1 751 2 2 U
GGGTCAGCAAAATGTCTTCTTCTTCTTCCCCATAACGAAACAAACAGATCAGCAAGACAA
AAATAAAAAAGAAGAATCCTAATCGTGAGTTCTGAAACAGAACGAAATGATTCGTTTAGT
TCAAGTAGCGATTCTCTGTCTCTCCATCGCCGCCGTGATCTCGATCTCCACCACCGATGA
CGAGTCTATATACGAGATCCTCAAGGAGAACGGATTGCCGTCAGGTATATTCCCCTAAAG
GCGTGACGGAGTTCAACTTCGACGTCAAAACGGGACGGTTTTCTGTTTATTTGAACCGCC
CCTGAGATGCCAAGTACGAAACAGAGCTGCGCTACGAGGCGAATGTTACGGGGACGATAA
GCGACGCTCACATCGGTGATTTGTCGGGGATATCGGCGCAAGACCTGTTCCTGTGGTTTC
CGGTTAAAGGAATCAGAGTCGACGTGCCGAGCTCTGCCCTTATATACTTCGACGTTGGTG
TTGTTCGCAAGCAATACTCGCTGTCTTTGTTCGATACTCCTAGAGATTGCGTTGCGGTTC
GCGGTGAAAATGAGGTTCAGGCTTCTATGTTGTCATTGTATCAAGTAGATGAAACTACTG
GGAGAAACATTATCTGGCCGGAGAGTTTTAAGAAATGTTTCATATGAAAGTTGTTTCGTG
ACAAAAAAAAAAGACAGATGTTCTCATCAATTCTTGAAAATACTTTGTACTGTTTTTTTT
GGTCTCAAATCTTAAAGCATGATTCAAGGTC


BQ
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AF RR1FH65TF U 1
AF RR1FH65JQ C 150
BS 1 273 RR1FH65TF
BS 274 751 RR1FH65JQ

RD RR1FH65TF 273 0 0
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AAATAAAAAAGAAGAATCCTAATCGTGAGTTCTGAAACAGAACGAAATGATTCGTTTAGT
TCAAGTAGCGATTCTCTGTCTCTCCATCGCCGCCGTGATCTCGATCTCCACCACCGATGA
CGAGTCTATATACGAGATCCTCAAGGAGAACGGATTGCCGTCAGGTATATTCCCCTAAAG
GCGTGACGGAGTTCAACTTCGACGTCAAAACGG

QA 1 273 1 273
DS 

RD RR1FH65JQ 602 0 0
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CGCTACGAGGCGAATGTTACGGGGACGATAAGCGACGCTCACATCGGTGATTTGTCGGGG
ATATCGGCGCAAGACCTGTTCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGAATCAGAGTCGACGTGCCG
AGCTCTGCCCTTATATACTTCGACGTTGGTGTTGTTCGCAAGCAATACTCGCTGTCTTTG
TTCGATACTCCTAGAGATTGCGTTGCGGTTCGCGGTGAAAATGAGGTTCAGGCTTCTATG
TTGTCATTGTATCAAGTAGATGAAACTACTGGGAGAAACATTATCTGGCCGGAGAGTTTT
AAGAAATGTTTCATATGAAAGTTGTTTCGTGACAAAAAAAAAAGACAGATGTTCTCATCA
ATTCTTGAAAATACTTTGTACTGTTTTTTTTGGTCTCAAATCTTAAAGCATGATTCAAGG
TC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

CO CL4548Contig1 1019 2 2 U
GAACTCCCACCGTTGTCAAGAAACATATCAACACTCAGGAACAGCTTGTTCCACGACACT
GCATTGGGCTCGATCTTGCTACTAATCCAAATCTTGACCGTGTATGGAGAAATACCTCCT
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AAGGAGTGAAAAGGCAGAGGCAGACGCAGCCCAAACCTCTCTTTTGTAAAGTCAAAACAG
AGTAAGAAATCACGGAGATCTGATATCTCTGTTCCTGGAGCTACACCGACAAGCTTCTCT
TCAGCAACCCAGTAAGTGTTTCCCTTTTAGAGACACGCCAAGGTGATAATACCTTAAGAG
TCCAGTCAGGGTTGACATCAACAACTTTCCACGAGTTAGAGTTAAAACTGTAGAGTTCAA
AACTCACGAACATGGCGCTTTAAACTCGGGTCGTAGAGATCCACAAATCTCAACACTTTG
TAGCTACGAGAAAGAGAGCAATTATTCTTCTCGGAGTATCCGAGAGCGTACCTGTCAAAT
CTGTGGTAAGAATCTCTGGGTTCGATCCACCTAGTCTTCCCACTATAAGGGTTCCAAACA
ACAAGCTGAGAGCCTTTGGTGATGCATAACAATAAACCGTCGCAGTGAAAGATGTTAGAT
ATCTCGACTCCATCAGCAGCAGCAGGAGGATCCTTGTGGTTTAGGCTAACGAGCTTGCCT
ATACGCTCTATGGACGGTGGAGTGAGGAGATCGACGCTCATCAAATAAACCTTATAGTCC
AGCAGCATCACCACCTTCCTCCTCTGATTCTTACCGAGGTGCTTCTTTATAAATCCCTCA
TCTTTGGTTAAAGTGTTCCACTTTTTTAAAGTAGATCTTACTCCTCCCAGAGATGTCACC
TCAAGCCTAGACAGCACCTCCTCTGTCACATCCCTTGGAAGGTCGGATATCATCGTCGCT
TTTCTTATCGTCGCTTTTCTTTCAGTGATCAAATAAATCTCTTGTTGTAAACCACCTTT


BQ
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AF RR1G717TF U 1
AF RR1G717JQ C 331
BS 1 453 RR1G717TF
BS 454 1019 RR1G717JQ

RD RR1G717TF 453 0 0
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GCATTGGGCTCGATCTTGCTACTAATCCAAATCTTGACCGTGTATGGAGAAATACCTCCT
TCCTGATATAGCACAGCAAGCTGCTCTTCTCTAACACTAGAGATGGTCACTATCTCGTTA
AAGGAGTGAAAAGGCAGAGGCAGACGCAGCCCAAACCTCTCTTTTGTAAAGTCAAAACAG
AGTAAGAAATCACGGAGATCTGATATCTCTGTTCCTGGAGCTACACCGACAAGCTTCTCT
TCAGCAACCCAGTAAGTGTTTCCCTTTTAGAGACACGCCAAGGTGATAATACCTTAAGAG
TCCAGTCAGGGTTGACATCAACAACTTTCCACGAGTTAGAGTTAAAACTGTAGAGTTCAA
AACTCACGAACATGGCGCTTTAAACTCGGGTCG

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1G717JQ 689 0 0
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ACGAGTTAGAGTTAAAACTGTAGAGTTCAAAACTCACGAACATGGCGCTTTAAACTCGGG
TCGTAGAGATCCACAAATCTCAACACTTTGTAGCTACGAGAAAGAGAGCAATTATTCTTC
TCGGAGTATCCGAGAGCGTACCTGTCAAATCTGTGGTAAGAATCTCTGGGTTCGATCCAC
CTAGTCTTCCCACTATAAGGGTTCCAAACAACAAGCTGAGAGCCTTTGGTGATGCATAAC
AATAAACCGTCGCAGTGAAAGATGTTAGATATCTCGACTCCATCAGCAGCAGCAGGAGGA
TCCTTGTGGTTTAGGCTAACGAGCTTGCCTATACGCTCTATGGACGGTGGAGTGAGGAGA
TCGACGCTCATCAAATAAACCTTATAGTCCAGCAGCATCACCACCTTCCTCCTCTGATTC
TTACCGAGGTGCTTCTTTATAAATCCCTCATCTTTGGTTAAAGTGTTCCACTTTTTTAAA
GTAGATCTTACTCCTCCCAGAGATGTCACCTCAAGCCTAGACAGCACCTCCTCTGTCACA
TCCCTTGGAAGGTCGGATATCATCGTCGCTTTTCTTATCGTCGCTTTTCTTTCAGTGATC
AAATAAATCTCTTGTTGTAAACCACCTTT

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL4549Contig1 1352 2 2 U
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GGTTCTATACTTAAAATATACTTTTTCCCTGGTCAAAGAACTTCAAGTCGTGTGCAGATT
ACTGGTGCACCTCACGTATACAAGGTCGATAGATATCCTGTGTATAGCATGGCAACACCC
ACAATTTCCGGAGCTAAAAAGATGCTTGCCTATTTAGGAACCAAACTAAAAGAAGAAGGT
GGGGATTCCGCAGCAAGAATTGTTGTAACAGACTTGAGAGAAGAAGCAGTTGTTTACATC
AATGGGACTCCATTTGTCTTGAGAGAATCGAGTAAACCAGTTGATACCCTCAAGCATGTG
GGGATAACCGGCGCAGTGGTAGAGAGCATTGAAACGCGGTTAAAGGAAGATATATTGTCA
GAGGTTAGAGAAACTGGAGGTCGAATGCTATTACACCGTGAAGAGTATAGCCCAGCATCA
AATGAGTCTCGGGTTATAGGATACTGGGAAAATATTCAACCGGAGAATGTGAAGACACCT
GCAGAAGTATATGCTGCTCTTAAAGATGAAAACTACAACATATCTTACCGGAGAATACCA
TTAACCAGAGAAAGAGATGCATTAGCTACTGATTTAGATGCGATCCAGTATTGTAAAGAC
GATTCCGCTGGGGGTTACTTGTTTGTATCGCACACCGGTTTTGGAGGAGCTTCTTACGCA
ATGGCCATTACCTGTCTCGTGCTTCAACCTGGTCAGAAGCTTACAGCTACACCAAACACC
GATTCTTCTGCCTTAGGGGAAGATGATTCGCCTTCACGCGCTTGTGATGAAGAAACGTTG
AGTATGGGAGATTACCGTGACATACTGAGTCTCATAAGAGTGCTTTCTCATGGTCCTCAA
ATCAAAGCAGACGTAGATGGAATAATCCAACAGTGTGCTGGTGCAGGACATTTGAAGGAA
GACATTTGTTACTACACCAAAGAACTCAACAAGCTTCCTAATACAAAAGATGAAGACCGT
TCATACATCATGGACATGGGTGTTAAAGCCTTAAGGCGCTACTTTTATCTGATAACATTC
AGATCATACCTTTACTGCACGTCACCGAAAGAAATGAAATTCTTGGATTGGATGAGGTCA
CGGCCGGAACTTGGACATCTCTGTCATAACCTCAGGATAGATAAGTGATAAGTGTTCGGT
TTAATACATATAAATGTAGGCAAGCTATGTTGTTTGGTGTTACAGCTTTTTAGTATATAT
ATAAGTTGTACAGCTTTGAGCTTTCTCTCCTGTGTTTGGTCTGTAGAGAGAGATTTCTCG
CCTCTAAAGTTTGTCTGAGACCCTCCGACTGA


BQ
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AF RR1A220TF U 1
AF RR1A220JQ C 461
BS 1 788 RR1A220TF
BS 789 1352 RR1A220JQ

RD RR1A220TF 788 0 0
GATGGTGATGCAGTCATGGAGTCAATCGTGAACGAACGGAGTGGTTCTGTATTGGGCAAA
GGTTCTATACTTAAAATATACTTTTTCCCTGGTCAAAGAACTTCAAGTCGTGTGCAGATT
ACTGGTGCACCTCACGTATACAAGGTCGATAGATATCCTGTGTATAGCATGGCAACACCC
ACAATTTCCGGAGCTAAAAAGATGCTTGCCTATTTAGGAACCAAACTAAAAGAAGAAGGT
GGGGATTCCGCAGCAAGAATTGTTGTAACAGACTTGAGAGAAGAAGCAGTTGTTTACATC
AATGGGACTCCATTTGTCTTGAGAGAATCGAGTAAACCAGTTGATACCCTCAAGCATGTG
GGGATAACCGGCGCAGTGGTAGAGAGCATTGAAACGCGGTTAAAGGAAGATATATTGTCA
GAGGTTAGAGAAACTGGAGGTCGAATGCTATTACACCGTGAAGAGTATAGCCCAGCATCA
AATGAGTCTCGGGTTATAGGATACTGGGAAAATATTCAACCGGAGAATGTGAAGACACCT
GCAGAAGTATATGCTGCTCTTAAAGATGAAAACTACAACATATCTTACCGGAGAATACCA
TTAACCAGAGAAAGAGATGCATTAGCTACTGATTTAGATGCGATCCAGTATTGTAAAGAC
GATTCCGCTGGGGGTTACTTGTTTGTATCGCACACCGGTTTTGGAGGAGCTTCTTACGCA
ATGGCCATTACCTGTCTCGTGCTTCAACCTGGTCAGAAGCTTACAGCTACACCAAACACC
GATTCTTC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1A220JQ 892 0 0
AAGAGTATAGCCCAGCATCAAATGAGTCTCGGGTTATAGGATACTGGGAAAATATTCAAC
CGGAGAATGTGAAGACAC*TGCAGAAGTATATGCTGCTCTTAAAGATGAAAACTACAACA
TATCTTACCGGAGAATACCATTAACCAGAGAAAGAGATGCATTAGCTACTGATTTAGATG
CGATCCAGTATTGTAAAGACGATTCCGCTGGGGGTTACTTGTTTGTATCGCACACCGGTT
TTGGAGGAGCTTCTTACGCAATGGCCATTACCTGTCTCGTGCTTCAACCTGGTCAGAAGC
TTACAGCTACACCAAACACCGATTCTTCTGCCTTAGGGGAAGATGATTCGCCTTCACGCG
CTTGTGATGAAGAAACGTTGAGTATGGGAGATTACCGTGACATACTGAGTCTCATAAGAG
TGCTTTCTCATGGTCCTCAAATCAAAGCAGACGTAGATGGAATAATCCAACAGTGTGCTG
GTGCAGGACATTTGAAGGAAGACATTTGTTACTACACCAAAGAACTCAACAAGCTTCCTA
ATACAAAAGATGAAGACCGTTCATACATCATGGACATGGGTGTTAAAGCCTTAAGGCGCT
ACTTTTATCTGATAACATTCAGATCATACCTTTACTGCACGTCACCGAAAGAAATGAAAT
TCTTGGATTGGATGAGGTCACGGCCGGAACTTGGACATCTCTGTCATAACCTCAGGATAG
ATAAGTGATAAGTGTTCGGTTTAATACATATAAATGTAGGCAAGCTATGTTGTTTGGTGT
TACAGCTTTTTAGTATATATATAAGTTGTACAGCTTTGAGCTTTCTCTCCTGTGTTTGGT
CTGTAGAGAGAGATTTCTCGCCTCTAAAGTTTGTCTGAGACCCTCCGACTGA

QA 1 892 1 892
DS 



AS 1 2

CO CL4550Contig1 1246 2 2 U
GGAAGCTCCTGTGCCGCCATCATCGGCCGTGGCAGCTAAAGAAACGACGGTGGATGACAC
CCCTCCTGCGGTGGCTAACGGTGTACCACCGCCGTCGTCTGAAAACGGTGCGGCTAAGAA
CAGTAAAGATCTGACGTTCTTCGTGAAATCGTTCGGCGTGTTCGATCTCGATGGTCTGCT
GAAGGCTTCTGCTGAAGTTCTTGGTAAAGGAGCGTTTGGATCATCGTACAAGGCGAGTTT
CGAGCATGGTTTAATTGTGGCTGTGAAACGGTTGAGAGATGTGGTTGTGCCTGAGAAAGA
GTTTAAAGAGAAGTTGCAGGTTCTTGGTTCGATCAGCCATCCCAATCTTGTGGCATTGAT
CGCTTATTACTTCAGCCGCGACGAGAAGCTAGTTGTCTTCGAGTACATGCCTAGAGGAAG
CTTGTCTGCTCTCTTACACGGGAACAAAGGAAGTGGTAGAAGTCCACTGAGTTGGGAAAC
AAGAGCGAGTATAGCTCTAGGAGCAGCGAGAGCCATTAGTTACCTTCATTCACGTGACGC
GACAACATCTCATGGCAACATTAAGTCTAGTAACGTTCTCTTGTCTGAATCATATGAGGC
TAAGGTCTCTGACTACTGCCTTGCGCCTATGATCAGCCCTACATCTACACCTAACCGTAT
TGATGGTTACCGTGCTCCCGAAGTAACAGATGCTCGTAGAATCTCCCAGAAGGCTGATGT
TTACAGCTTCGGTGTTCTCATTCTTGAATTACTCACAGGGAAATCTCCAACGCACCAGCA
GTTAAACGAAGAAGGAGTTGATTTGCCGAGATGGGTTTCATCTATCACTGAACAACAATC
ACCTTCAGATGTGTTTGATCCAGAGCTAACTAGGTATCAAGCTGAGGGTAATGAGAACAT
GATCAGGCTTTTGAAGATTGGTATAAGTTGTACTGCTCAGTATCCAGATAGTCGTCCGTC
CATGGCGGAAGTCACCAGGCTCATTGAGGAGGTCTCTCGTTCATCTGGTCCACAAGGTCC
TTTGTCTGGTTGATTCTTTTCTTCTTCCTTTCAATGTGGGGTCTAAATTGATCGATTTCA
AAATTGTTTGGTCTGAATTTGAATTTGTTTAATAGTTTGTTCGGTGATTCTTGAGCTCAG
TTGTGAAATACATTGAAGATTTTTTTTTTGCTTTTTAGTGTTGAGTTTATCAATTGTTGA
AAGATATCATTGTTTGTGGAATGAAAAAAAAGTTGTCTCATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E263TF U 1
AF RR1E263JQ C 589
BS 1 708 RR1E263TF
BS 709 1246 RR1E263JQ

RD RR1E263TF 708 0 0
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CCCTCCTGCGGTGGCTAACGGTGTACCACCGCCGTCGTCTGAAAACGGTGCGGCTAAGAA
CAGTAAAGATCTGACGTTCTTCGTGAAATCGTTCGGCGTGTTCGATCTCGATGGTCTGCT
GAAGGCTTCTGCTGAAGTTCTTGGTAAAGGAGCGTTTGGATCATCGTACAAGGCGAGTTT
CGAGCATGGTTTAATTGTGGCTGTGAAACGGTTGAGAGATGTGGTTGTGCCTGAGAAAGA
GTTTAAAGAGAAGTTGCAGGTTCTTGGTTCGATCAGCCATCCCAATCTTGTGGCATTGAT
CGCTTATTACTTCAGCCGCGACGAGAAGCTAGTTGTCTTCGAGTACATGCCTAGAGGAAG
CTTGTCTGCTCTCTTACACGGGAACAAAGGAAGTGGTAGAAGTCCACTGAGTTGGGAAAC
AAGAGCGAGTATAGCTCTAGGAGCAGCGAGAGCCATTAGTTACCTTCATTCACGTGACGC
GACAACATCTCATGGCAACATTAAGTCTAGTAACGTTCTCTTGTCTGAATCATATGAGGC
TAAGGTCTCTGACTACTGCCTTGCGCCTATGATCAGCCCTACATCTACACCTAACCGTAT
TGATGGTTACCGTGCTCCCGAAGTAACAGATGCTCGTAGAATCTCCCA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1E263JQ 658 0 0
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ACCTAACCGTATTGATGGTTACCGTGCTCCCGAAGTAACAGATGCTCGTAGAATCTCCCA
GAAGGCTGATGTTTACAGCTTCGGTGTTCTCATTCTTGAATTACTCACAGGGAAATCTCC
AACGCACCAGCAGTTAAACGAAGAAGGAGTTGATTTGCCGAGATGGGTTTCATCTATCAC
TGAACAACAATCACCTTCAGATGTGTTTGATCCAGAGCTAACTAGGTATCAAGCTGAGGG
TAATGAGAACATGATCAGGCTTTTGAAGATTGGTATAAGTTGTACTGCTCAGTATCCAGA
TAGTCGTCCGTCCATGGCGGAAGTCACCAGGCTCATTGAGGAGGTCTCTCGTTCATCTGG
TCCACAAGGTCCTTTGTCTGGTTGATTCTTTTCTTCTTCCTTTCAATGTGGGGTCTAAAT
TGATCGATTTCAAAATTGTTTGGTCTGAATTTGAATTTGTTTAATAGTTTGTTCGGTGAT
TCTTGAGCTCAGTTGTGAAATACATTGAAGATTTTTTTTTTGCTTTTTAGTGTTGAGTTT
ATCAATTGTTGAAAGATATCATTGTTTGTGGAATGAAAAAAAAGTTGTCTCATTTTCC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL4551Contig1 664 2 7 U
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TCCTCTTGTTCTCCCCATGAGCGAGCAGATTCTCTTCTTCGCGACTTTTGTTGCTAATAG
ATTGTTCAATGCTAAGAAGAAGATGAGGCCTTACCAACCGGATTTCAAGCTTGCGTTTGA
TCATTTCTGTATACACGCAGGAGGCAGAGCCGTGACCGACGAGCTAGAAAAGAGTTTAAG
GCTTTTGCCTAAACATGTGGAAGGGTCGAGAATGACGTTGCATAGATTTGGTAACACTTC
TTCGAGCTCTATATGGTATGAGTTGGCTTATACAGAAGCTAAAGGAAGAATGAAGAATGG
GAACCGGGTTTGGCAGATTGCTTTTGGAAGTGGGTTTAAGTGTAACAGCGCGGTTTGGGT
GGCACTTCGTGATGTTGAGCCATCGGTTAAGAATCCTTGGGAACATTGCATCCATAAATA
TCCTGTTAAGATAGATGTCTGAGTTCATAAGAACTGGTTGATTAATTGGTCTGTAAATAT
GGTTAGTCCTCTCCATGTACCAGAAGACTTACTGTTCTTATTTTCTTTTACCATTCGGTA
AGAAGTCAATTGTATAAGTATATGTTTATATATTTATATAAGGGTAGTACTCGTTAATTT
ATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1EK72TF U 164
AF RR1GV79JQ C 1
BS 1 165 RR1GV79JQ
BS 166 215 RR1EK72TF
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BS 233 233 RR1GV79JQ
BS 234 652 RR1EK72TF
BS 653 664 RR1GV79JQ

RD RR1EK72TF 489 0 0
GG
CAAGCTTGCGTTTGATCATTTCTGTATACACGCAGGAGGCAGAGCCGTGATCGACGAGCT
AGAAAAGGGTTTAAGGCTTTTGCCTAAACATGTGGAAGGGTCGAGAATGACGTTGCATAG
ATTTGGTAACACTTCTTCGAGCTCTATATGGTATGAGTTGGCTTATACAGAAGCTAAAGG
AAGAATGAAGAATGGGAACCGGGTTTGGCAGATTGCTTTTGGAAGTGGGTTTAAGTGTAA
CAGCGCGGTTTGGGTGGCACTTCGTGATGTTGAGCCATCGGTTAAGAATCCTTGGGAACA
TTGCATCCATAAATATCCTGTTAAGATAGATGTCTGAGTTCATAAGAACTGGTTGATTAA
TTGGTCTGTAAATATGGTTAGTCCTCTCCATGTACCAGAAGACTTACTGTTCTTATTTTC
TTTTACCATTCGGTAAGAAGTCAATTGTATAAGTATATGTTTATATATTTATATAAGGGT
AGTACTC

QA 3 489 3 489
DS 

RD RR1GV79JQ 664 0 0
GTCTAAGGACCTGATGGCTATAGCTGGAGAAGCTCTTAAGACGAACATCACCACTTTGGG
TCCTCTTGTTCTCCCCATGAGCGAGCAGATTCTCTTCTTCGCGACTTTTGTTGCTAATAG
ATTGTTCAATGCTAAGAAGAAGATGAGGCCTTACCAACCGGATTTCAAGCTTGCGTTTGA
TCATTTCTGTATACACGCAGGAGGCAGAGCCGTGACCGACGAGCTAGAAAAGAGTTTAAG
GCTTTTGCCTAAACATGTGGAAGGGTCGAGAATGACGTTGCATAGATTTGGTAACACTTC
TTCGAGCTCTATATGGTATGAGTTGGCTTATACAGAAGCTAAAGGAAGAATGAAGAATGG
GAACCGGGTTTGGCAGATTGCTTT*GGAAGTGGGTTTAAGTGTAACAGCGCGGTTTGGGT
GGCACTTCGTGATGTTGAGCCATCGGTTAAGAATCCTTGGGAACATTGCATCCATAAATA
TCCTGTTAAGATAGATGTCTGAGTTCATAAGAACTGGTTGATTAATTGGTCTGTAAATAT
GGTTAGTCCTCTCCATGTACCAGAAGACTTACTGTTCTTATTTTCTTTTACCGTTCGGTA
AGAAGTCAATTGTATAAGTATATGTTTATATATTTATATAAGGGTAGTACTCGTTAATTT
ATCG

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL4552Contig1 1113 2 2 U
GGATCTCCAAAACCCCTCTCTCCCTCTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTC
CTTCTCCTCAATCTAATATTTCTTCATCGATACAGTACTTAGGGTTTCCCCTCAAACGCC
GCCGATTCTCTGAAATTTGAAAAATGGCCATGGACCAATCCTTTGAAGATGCTTCTGGAG
AACTCTATGGAGAAGGTGCATTTTCTTTCAACAACACCAAGCCAGACCTAGTCACAGCCT
CTCTTCCTTCTGATGATACCAACGGCGATTCCAGCTTCGACTGCAACATTTGCCTAGACT
CAGTGCAAGAACCCGTTGTTACCCTCTGTGGCCACCTCTTTTGCTGGCCCTGCATCCACA
AATGGCTTCATGTACAGACCACCGATGAACACCACCAAAGACATAATAAACAGTGTCCTG
TTTGTAAATCCAAAGTCTCTCACTCTACTTTGGTTCCCTTGTATGGCCGAGGCGGTGGCA
ATAGTCAGGACAAAGATACAAGCTGTGCTGTGCCGAGAAGACCTGTTTACAAGCTTGAGA
TGGCGAACTCAAGTACCGATGTTCGGTTATCTCAACGGGTTCATTTCAATAACCGGCATG
ATGGTTACTACCCTGTTTCAGGGGTGATGAGTTTTAACAGTTTGTCGTACTCTCCTGTTA
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TTATGGATAGGTTCACGTATCCCGACACTTACAATCTGGCAGAGACTAGCTGCCCGAGGA
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GTTGTGTGGCTCTGTGTCTTGTACTGTTTTAGAGTTCTTCTCCTCACTAGCTTTGTCTTG
CTCTTGTGAGGAAACTTAGACAAAGAATGTACATTTGTGTTGGTAGATGAAAGTTGCTTA
ATGTTGAGTACTTTGTGTTGGGTTACATCTTTGTATAGATTTGGTCTGGAGGATAGTGTA
ACATCCAGATGAAAAGGCAAAGTAAAGAGGCCTTTGCATGTGTGTAACTCAGCCCATGGA
TAGAGTAATTAATAAGAAGTAAATGTTTTTTTT


BQ
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BS 748 1113 RR1DJ19JQ

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CTTCTCCTCAATCTAATATTTCTTCATCGATACAGTACTTAGGGTTTCCCCTCAAACGCC
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TTATGGATAGGTTCACGTATCCCGACA

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GGATCCAATGATGGTGATGGTTGGAGAAATGGTAGCGACGAGGCTGTTTGGAACCAGAGT
TATGGATAGGTTCACGTATCCGGACACTTACAATCTGGCAGAGACTAGCTGCCCGAGGAT
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TTGTGTGGCTCTGTGTCTTGTACTGTTTTAGAGTTCTTCTCCTCACTAGCTTTGTCTTGC
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TGTTGAGTACTTTGTGTTGGGTTACATCTTTGTATAGATTTGGTCTGGAGGATAGTGTAA
CATCCAGATGAAAAGGCAAAGTAAAGAGGCCTTTGCATGTGTGTAACTCAGCCCATGGAT
AGAGTAATTAATAAGAAGTAAATGTTTTTTTT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

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CTTTCGATTCTGCCTCCAACATGTTTCTTGGCTTCCAACAGGAAGGGGATCACACCAACA
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CCGACTTGTCTCATGTGTTTGCCTCGGTGAACAGAAGCATCAACTTCATTGATCATACTA
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BQ
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AGGAGTTGACGTTCGACCATGGAGCTCCGTTTTTCTCTGTGACCAACCCTAATGCTATCT
CCCTTGTTCACGAGTGGGAGTCTATAGGTTTTGTTTCTCAATGGAAACAAGTTTTCGGCT
CTTTCGATTCTGCCTCCAACATGTTTCTTGGCTTCCAACAGGAAGGGGATCACACCAACA
ACAACAAGTATGTGGGTGTTCCAGGCATGAACTCTATATCAAAGACCTTGT

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1FC17JQ 705 0 0
GGGAAGATGGGAAGGAGTTGACGTTCGACCATGGAGCTCCGTTTTTCTCTGTGACCAACC
CTAATGCTATCTCCCTTGTTCACGAGTGGGAGTCTATAGGTTTTGTTTCTCAATGGAAAC
AAGTTTTCGGCTCTTTCGATTCTGCCTCCAACATGTTTCTTGGCTTCCAACAGGAAGGGG
ATCACACCAACAACAACAAGTATGTGGGTGTTCCAGGCATGAACTCTATATCAAAGACCT
TGTGCAACCACTCCGACTTGTCTCATGTGTTTGCCTCGGTGAACAGAAGCATCAACTTCA
TTGATCATACTAGTGATCTTTCTTGGAAAGAATCTTAGAGAATCAAACCTATTGTTGTTG
ATCCAGCACTATACTTGGCAAGAAGAACATAACTCTTCACTGCTACTGAGAAACGACCAA
CACCAGATGCTTTCAAAGTCTTTACAGGCTCGCCGTCGATCGTACTAAGCAGATCTTTCT
TGGAGTATTGCATCTTCGGTAGGGACAATCTGCCAAGAATCCTCCTCATGTATTTCAACA
ACGTGATCCTCTCTGGAGAATGCTACTTCCACACCGTGATATACAACTCCCCCGAGTCCA
GTAACACGAAGTTACTCTTTCAAGTTTTGTAATTTATGTTTTCAATTTTACTAAGAAGCT
ATAAAAGTCCTACCAATAATCTATTTTTATATAATTATCTTTAGC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL4554Contig1 761 2 3 U
GGATATATTTTGTAACGTACTACTCCAAACTTCTTCTGTAAACCGCTTGAGTAATTGCAG
GAAAAAATATGGCCACTCCATTAGCTTTGTTTAAAGGACACGTTCAGACAAGACAACAGT
TAGTTCCTCGTCCTAATCCTCGTAAAGTGTCCATTGTTGCTCAATCTAAAGGGCTCCCAC
TGGAAAGCGGCAACGCGGGTCCGGTGGTTCTGATAACGGGATGCTCTCACATGGTCTCTA
AGAAAAAGGGAAAGATTGTCAACGTTGGAAGTGTTTCTGTGATGTCACCAAGTCCATGGG
CAGGGGTCTATACAGGGACCAAAGCTGCTATTCATGCTCTTACCGATTCCCTCAGGTTGG
AGCTCCAGCCCTTTGGCATTGATGTCATCGATGTCGTCCCAGGAGGAATAAGATCAAACC
TCGCAAACTCAGCAGTAGCAGTCTTCAAAAAATGGCCTGAGTTGAAACTATACAAGCCTT
ACGAAGAAGCTATCATAGAGAGGGCCTTCTTTTTCCAGAGAAGGAAGCCAACTCCTACTG
AAACATTCGCCAAAGACACCGTAGCTGCAGTGCTAAAGAAGAACCCACCCGCTTGGTTCT
CGTCAGGCAGATACTCGACCTATATGGCAATAATGTACCATATGCCCATTTGGTACAAGG
ATTTTCTCCAGAAGAAGTCTTTAATGAAAAAGGGCTAAATCATGTAAAAGTTTGTTCAGA
CTCTCATATCCCAAACAACACGTAAACAAACATGCTGTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX11TF U 114
AF RR1DX11JQ C 1
BS 1 113 RR1DX11JQ
BS 114 381 RR1DX11TF
BS 382 761 RR1DX11JQ

RD RR1DX11TF 268 0 0
CAACAGTTAGTTCCTCGTCCTAATCCTCGTAAAGTGTCCATTGTTGCTCAATCTAAAGGG
CTCCCACTGGAAAGCGGCAACGCGGGTCCGGTGGTTCTGATAACGGGATGCTCTCACATG
GTCTCTAAGAAAAAGGGAAAGATTGTCAACGTTGGAAGTGTTTCTGTGATGTCACCAAGT
CCATGGGCAGGGGTCTATACAGGGACCAAAGCTGCTATTCATGCTCTTACCGATTCCCTC
AGGTTGGAGCTCCAGCCCTTTGGCATTG

QA 1 268 1 268
DS 

RD RR1DX11JQ 761 0 0
GGATATATTTTGTAACGTACTACTCCAAACTTCTTCTGTAAACCGCTTGAGTAATTGCAG
GAAAAAATATGGCCACTCCATTAGCTTTGTTTAAAGGACACGTTCAGACAAGACAACAGT
TAGTTCCTCGTCCTAATCCTCGTAAAGTGTCCATTGTTGCTCAATCTAAAGGGCTCCGAC
TGGAAAGCGGCAACGCGGGTCCGGTGGTTCTGATAACGGGATGCTCTCACATGGTCTCTA
AGAAAAAGGGAAAGATTGTCAACGTTGGAAGTGTTTCTGTGATGTCACCAAGTCCATGGG
CAGGGGTCTATACAGGGACCAAAGCTGCTATTCATGCTCTTACCGATTCCCTCAGGTTGG
AGCTCCAGCCCTTTGGCATTGATGTCATCGATGTCGTCCCAGGAGGAATAAGATCAAACC
TCGCAAACTCAGCAGTAGCAGTCTTCAAAAAATGGCCTGAGTTGAAACTATACAAGCCTT
ACGAAGAAGCTATCATAGAGAGGGCCTTCTTTTTCCAGAGAAGGAAGCCAACTCCTACTG
AAACATTCGCCAAAGACACCGTAGCTGCAGTGCTAAAGAAGAACCCACCCGCTTGGTTCT
CGTCAGGCAGATACTCGACCTATATGGCAATAATGTACCATATGCCCATTTGGTACAAGG
ATTTTCTCCAGAAGAAGTCTTTAATGAAAAAGGGCTAAATCATGTAAAAGTTTGTTCAGA
CTCTCATATCCCAAACAACACGTAAACAAACATGCTGTTGT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL4555Contig1 812 2 2 U
GGATCTCAATTCCTCGCCGTCGAGAGCCAAACATGGTTTTCTGGGGAATCGAAGTGAAAC
CTGGGGAACCTCAAGCTTACGATCCCAAAAACGAAGAAAGGAAGCTTCACCTGACCCAGG
CAACACTAGGTGCTGGTTTAGGCAAAGAGAAGAGTGTGATTCAGTGCTCCGTTGGAGGAA
ACACACCCGTTTACTTGTGTTCATTGTTGCCTAACAAATCCGAATGCTGTCCTCTGAAGC
TTGAGTTTGACTATAACGACGAGGCGGTTGAGTTCTCCGTCACTGGTGACAGAAGCATCC
ACCTTTCTGGCTTCTTGGAGGCTTATGATGAGGATGAGTGTGAAGATCAGTATGATGAAG
AAGAAGATGATTCAGATGGTATCGATATTGGTGACGACTCTGAGTCTGGGGAGTCTGAGT
ATGATAGTGAAGAGGATGAGGATGATTTGGAGGACTTCATTGATCACAATCTTGATATGT
ATCGGCAGTCTTCTGTCCCAAACAGTGGAGTTGTAATTGAGGAGATAGAAGATGACGAGA
CGCCCGTCAAAGATGATAAGACAAAACGATCCAAGAAGAAGAAGAGTCAAGCTAGCAAAG
ATGAGAACGCGAATAAGCAGATCATTGTCAAAGAGAGCGCTCATGCTCCAGTTCTGGAAA
GCGAAGATGAAGATGGTCTTCCTATTTCCAAAGAGAAAACACTTGAAGTAGAGAAGAAGT
CTGCTGCGAAGGTGGACTTAAGTGATGACGAACAAGGTAGCAACAAAAAACGCAAGGCCA
AGGCTCCTGAGCAAAAAAGTGTAAACAAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AA07TF U 1
AF RR1AA07JQ C 407
BS 1 729 RR1AA07TF
BS 730 812 RR1AA07JQ

RD RR1AA07TF 729 0 0
GGATCTCAATTCCTCGCCGTCGAGAGCCAAACATGGTTTTCTGGGGAATCGAAGTGAAAC
CTGGGGAACCTCAAGCTTACGATCCCAAAAACGAAGAAAGGAAGCTTCACCTGACCCAGG
CAACACTAGGTGCTGGTTTAGGCAAAGAGAAGAGTGTGATTCAGTGCTCCGTTGGAGGAA
ACACACCCGTTTACTTGTGTTCATTGTTGCCTAACAAATCCGAATGCTGTCCTCTGAAGC
TTGAGTTTGACTATAACGACGAGGCGGTTGAGTTCTCCGTCACTGGTGACAGAAGCATCC
ACCTTTCTGGCTTCTTGGAGGCTTATGATGAGGATGAGTGTGAAGATCAGTATGATGAAG
AAGAAGATGATTCAGATGGTATCGATATTGGTGACGACTCTGAGTCTGGGGAGTCTGAGT
ATGATAGTGAAGAGGATGAGGATGATTTGGAGGACTTCATTGATCACAATCTTGATATGT
ATCGGCAGTCTTCTGTCCCAAACAGTGGAGTTGTAATTGAGGAGATAGAAGATGACGAGA
CGCCCGTCAAAGATGATAAGACAAAACGATCCAAGAAGAAGAAGAGTCAAGCTAGCAAAG
ATGAGAACGCGAATAAGCAGATCATTGTCAAAGAGAGCGCTCATGCTCCAGTTCTGGAAA
GCGAAGATGAAGATGGTCTTCCTATTTCCAAAGAGAAAACACTTGAAGTAGAGAAGAAGT
CTGCTGCGA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1AA07JQ 406 0 0
TGGGGAGTCTGAGTATGATAGTGAAGAGGATGAGGATGATTTGGAGGACTTCATTGATCA
CAATCTTGATATGTATCGGCAGTCTTCTGTCCCAAACAGTGGAGTTGTAATTGAGGAGAT
AGAAGATGACGAGACGCCCGTCAAAGATGATAAGACAAAACGATCCAAGAAGAAGAAGAG
TCAAGCTAGCAAAGATGAGAACGCGAATAAGCAGATCATTGTCAAAGAGAGCGCTCATGC
TCCAGTTCTGGAAAGCGAAGATGAAGATGGTCTTCCTATTTCCAAAGAGAAAACACTTGA
AGTAGAGAAGAAGTCTGCTGCGAAGGTGGACTTAAGTGATGACGAACAAGGTAGCAACAA
AAAACGCAAGGCCAAGGCTCCTGAGCAAAAAAGTGTAAACAAGAGC

QA 1 406 1 406
DS 



AS 1 2

CO CL4556Contig1 816 2 2 U
GGATTTTCTGGCGACTAAAGAGCTTGTTAGCCTCAGTGAGCAGCAGCTCGTGGATTGCGA
CCATGAGTGTGATCCAGAAGAAGCCAACTCATGTGACTCTGGTTGCAGTGGAGGACTAAT
GAACAACGCTTTTGAGTACACCCTCAAAGCTGGCGGCCTTATGAAAGAAGCAGACTATCC
TTATACAGGACATGACAATTCCGGCTGCAAGTTCGACAAGAGCATGATCGCCGCCTGAGT
GTCTAATTTCAGCGTTGTCTCTGCGGATGAAGATCAAATCGCTGCAAATCTAGTCCACCA
CGGTCCTCTTGCTATTGCTATCAATGCAATGTGGATGCAAACTTACATAGGAGGAGTCTC
GTGCCCGTATGTATGTTCTAAGAGCCAAGACCATGGAGTGCTCTTGGTTGGGTTTGGCTC
GTCGGGTTATGCACCAATCCGTCTCAAGGAGAAGCCTTACTGGATCATAAAGAACTCATG
GGGAGAGACGTGGGGCGAGCATGGTTACAAAATCTGCAGGGGACGTCATAACATCTGTGG
TATGGACACAATGGTATCTACTGTTGCTGCTGTTCATACCTCAACTCAGTAGAACTATTA
GGACACTACTGGGTTTTACCTGTCCTTGTGTGTATATTATATAATATATGTGTATCTGAA
TAACAACTATGGACTGTTATTTTTATTATTATCGTCAATTTGTTTCAGTTTTAATGTAAA
ATATAGCCTTGGGGTGTCGTTATCCTTGTAGCATCGAATGCTAAAGAAAAGTGATATGAT
GATCAGTTTATAAGTATGTAATAATGGAAGTTTTAC


BQ
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AF RR1E316JQ C 184
BS 1 505 RR1E316TF
BS 506 816 RR1E316JQ

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CCATGAGTGTGATCCAGAAGAAGCCAACTCATGTGACTCTGGTTGCAGTGGAGGACTAAT
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TTATACAGGACATGACAATTCCGGCTGCAAGTTCGACAAGAGCATGATCGCCGCCTGAGT
GTCTAATTTCAGCGTTGTCTCTGCGGATGAAGATCAAATCGCTGCAAATCTAGTCCACCA
CGGTCCTCTTGCTATTGCTATCAATGCAATGTGGATGCAAACTTACATAGGAGGAGTCTC
GTGCCCGTATGTATGTTCTAAGAGCCAAGACCATGGAGTGCTCTTGGTTGGGTTTGGCTC
GTCGGGTTATGCACCAATCCGTCTCAAGGAGAAGCCTTACTGGATCATAAAGAACTCATG
GGGAGAGACGTGGGGCGAGCATGGT

QA 1 505 1 505
DS 

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TCCTCTTGCTATTGCTATCAATGCAATGTGGATGCAAACTTACATAGGAGGAGTCTCGTG
CCCGTATGTATGTTCTAAGAGCCAAGACCATGGAGTGCTCTTGGTTGGGTTTGGCTCGTC
GGGTTATGCACCAATCCGTCTCAAGGAGAAGCCTTACTGGATCATAAAGAACTCATGGGG
AGAGACGTGGGGCGAGCATGGTTACAAAATCTGCAGGGGACGTCATAACATCTGTGGTAT
GGACACAATGGTATCTACTGTTGCTGCTGTTCATACCTCAACTCAGTAGAACTATTAGGA
CACTACTGGGTTTTACCTGTCCTTGTGTGTATATTATATAATATATGTGTATCTGAATAA
CAACTATGGACTGTTATTTTTATTATTATCGTCAATTTGTTTCAGTTTTAATGTAAAATA
TAGCCTTGGGGTGTCGTTATCCTTGTAGCATCGAATGCTAAAGAAAAGTGATATGATGAT
CAGTTTATAAGTATGTAATAATGGAAGTTTTAC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL4557Contig1 1214 2 4 U
GGAATCAAATTGAATACAAAGAAAATTAAACTCAGAATTAAATACAATTCACACACGAAC
GATCCATCTCTCAATCTCGCCAGCCGATGTCAGCAGCCATGGAAAAAGTAGTAATGTTTC
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TCGTTCTGAACCAGAAGCTACCACGATTCACTCCTCTCCTCTGGGAACATGCAAAACTGC
GTCTGTGTGCTGATGGAGGCGCTAATCGCATCTACGATGAGTTACCTCTCTTCTTCCCTC
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ACTCTATTCGACCTGATGTCCTCCGCTTTTATCTAAGCTTGGGAACTAAAGTGATAGATG
AATCTCATGATCAAGATACCACGGATCTTGATAAATGCATCTTGTATATCCGTGACTCTA
CTTTGAATCAAGAGAGTTCCAGACTCCAGATTCTTGCTACTGGGGCACTCGGGGGAAGGT
TTGATCATGAAGCCGGTAATCTCAACGTATTGTATCGATATCCGGACACAAGGATAATCC
TTTTGTCTGATGATTGCCTCATCCAACTCCTTCCGAAGACTCATCGACACGAGATTCAAA
TTCAGCCTTCTCTCCAAGGTCCTCACTGTGGTCTCATCCCTATGGGGACGCCATCTGCCA
AAACCACAACCACAGGGCTTCAATGGGATCTCACCGACACTGAGATGAGGTTTGGCGGGT
TGATAAGTACATCGAATAAGGTTAAAGGGGAGAAAATCACAGTCGAGTCGGATTCAGATC
TCTTGTGGACGATATCCATCAAGAAACCAGACTCCACAAGCCCTTAGGCGTTGGGGGCAA
CAACTACAAGGACTCTTTGCTACATTTTACGATATTCTTGATACTATTACTGTTTTTTGT
TTTGTTTTTTCCACTGTAGCATCAAGTAGGAATAAGACTCGTTTGTACCATTACTCTTGT
TATCTGAATACTTGAGATGTCCCATTTTCCGTTTTCTTTTTACGAGAATGATTTCATTTG
GTTTTGTCCTTTATTAACGTGTGAGTGGGGACGTCTTCGTTGATTCGTTCGTAGTCTGAG
CTCACTGATGTGACTGGATGTTTGGAGTTTATAAAGAAAGAAGTAAAAACGTGAATGAGT
CTCTTTGGTTTGCT


BQ
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AF RR1FI28TF U 1
AF RR1FI28JQ C 377
BS 1 676 RR1FI28TF
BS 677 677 RR1FI28JQ
BS 678 710 RR1FI28TF
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GATCCATCTCTCAATCTCGCCAGCCGATGTCAGCAGCCATGGAAAAAGTAGTAATGTTTC
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ACTCTATTCGACCTGATGTCCTCCGCTTTTATCTAAGCTTGGGAACTAAAGTGATAGATG
AATCTCATGATCAAGATACCACGGATCTTGATAAATGCATCTTGTATATCCGTGACTCTA
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TTCAGCCTTCTCTCCA*GGTCCTCACTGTGGTCTCATCCCTATGGGGACG

QA 1 710 1 710
DS 

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TACCACGGATCTTGATAAATGCATCTTGTATATCCGTGACTCTACTTTGAATCAAGAGAG
TTCCAGACTCCAGATTCTTGCTACTGGGGCACTCGGGGGAAGGTTTGATCATGAAGCCGG
TAATCTCAACGTATTGTATCGATATCCGGACACAAGGATAATCCTTTTGTCTGATGATTG
CCTCATCCAACTCCTTCCGAAGACTCATCGACACGAGATTCAAATTCAGCCTTCTCTCCA
AGGTCCTCACTGTGGTCTCATCCCTATGGGGACGCCATCTGCCAAAACCACAACCACAGG
GCTTCAATGGGATCTCACCGACACTGAGATGAGGTTTGGCGGGTTGATAAGTACATCGAA
TAAGGTTAAAGGGGAGAAAATCACAGTCGAGTCGGATTCAGATCTCTTGTGGACGATATC
CATCAAGAAACCAGACTCCACAAGCCCTTAGGCGTTGGGGGCAACAACTACAAGGACTCT
TTGCTACATTTTACGATATTCTTGATACTATTACTGTTTTTTGTTTTGTTTTTTCCACTG
TAGCATCAAGTAGGAATAAGACTCGTTTGTACCATTACTCTTGTTATCTGAATACTTGAG
ATGTCCCATTTTCCGTTTTCTTTTTACGAGAATGATTTCATTTGGTTTTGTCCTTTATTA
ACGTGTGAGTGGGGACGTCTTCGTTGATTCGTTCGTAGTCTGAGCTCACTGATGTGACTG
GATGTTTGGAGTTTATAAAGAAAGAAGTAAAAACGTGAATGAGTCTCTTTGGTTTGCT

QA 1 838 1 838
DS 



AS 1 2

CO CL4558Contig1 725 2 2 U
GGCGGCTCATCGTCTGTGCCTAGTGAAGAACCAGAAGCTGAACCAAAGGTCACTGACAAT
GTGGGGGCCAGCTTGATCGAGGTCGATGATGAAATGCTTCAGGCACTTCCCAAGACTGAG
CCCATCACTTCAGAAGAAATTATGGTTGCTGCTGCTGACAACAACCAAGAGCGGGTTGAG
ATAGCCCAACTTTATAACCATATGTGCAAAGATTTAGATGAGAACGCTCGTGAATCTGTC
CAAGCATATGTGAACAACCAGCCGCCTAATGGCAAACTGGGTGAGAGCTTCCGTTCGATA
GAATCTAACATTAGCAGAATCCTTTCGGCTCCATCTGATCAACTCAAGTCTAATGAAGAC
ACCAAGCCGAGCATAAACAATGTTAAGATGGACTGGGTGGAAGAAACAAAACCCTTGAGA
GCAAGCGTCGATCTGAATGTGTTGGAGGGAGAGGAGAACATTGCAGAAGCTAGTGGAAGT
GTTGATGTGAAGATGGAAGAAGCCAAATGAGAAGAGAAGCTCAGTGTTCGTGATTAACAC
AACTAGTATCATCTTTAAGATTTAAGACCAACGGGGTCATGGAGTAGGAACACAGTTTGT
TACTGTTATATTGTCATTTTCTCCAGTTATGTTTGTTATAGACTCGTGTTATTCTTTATG
TAAGACTCCGATCCTACCTCTACTTCCTCTTTTTTTTTTCTACAATATTTGGGAACGTTT
AGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1G103TF U 1
AF RR1G103JQ C 93
BS 1 275 RR1G103TF
BS 276 725 RR1G103JQ

RD RR1G103TF 275 0 0
GGCGGCTCATCGTCTGTGCCTAGTGAAGAACCAGAAGCTGAACCAAAGGTCACTGACAAT
GTGGGGGCCAGCTTGATCGAGGTCGATGATGAAATGCTTCAGGCACTTCCCAAGACTGAG
CCCATCACTTCAGAAGAAATTATGGTTGCTGCTGCTGACAACAACCAAGAGCGGGTTGAG
ATAGCCCAACTTTATAACCATATGTGCAAAGATTTAGATGAGAACGCTCGTGAATCTGTC
CAAGCATATGTGAACAACCAGCCGCCTAATGGCAA

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR1G103JQ 633 0 0
AATGCTTCAGGCACTTCCCAAGACTGAGCCCATCACTTCAGAAGAAATTATGGTTGCTGC
TGCTGACAACAACCAAGAGCGGGTTGAGATAGCCCAACTTTATAACCATATGTGCAAAGA
TTTAGATGAGAACGCTCGTGAATCTGTCCAAGCATATGTGAACAACCAGCCGCCTAATGG
CAAACTGGGTGAGAGCTTCCGTTCGATAGAATCTAACATTAGCAGAATCCTTTCGGCTCC
ATCTGATCAACTCAAGTCTAATGAAGACACCAAGCCGAGCATAAACAATGTTAAGATGGA
CTGGGTGGAAGAAACAAAACCCTTGAGAGCAAGCGTCGATCTGAATGTGTTGGAGGGAGA
GGAGAACATTGCAGAAGCTAGTGGAAGTGTTGATGTGAAGATGGAAGAAGCCAAATGAGA
AGAGAAGCTCAGTGTTCGTGATTAACACAACTAGTATCATCTTTAAGATTTAAGACCAAC
GGGGTCATGGAGTAGGAACACAGTTTGTTACTGTTATATTGTCATTTTCTCCAGTTATGT
TTGTTATAGACTCGTGTTATTCTTTATGTAAGACTCCGATCCTACCTCTACTTCCTCTTT
TTTTTTTCTACAATATTTGGGAACGTTTAGCCC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL4559Contig1 752 2 4 U
GATCTCGACTGAGAAGATCGACTCAAAGATGCCGACTCTTAAAAGACGTAAACACATCTT
CGTCATCTCCGTTGACTGCAGCGCGACCACTGATCTTCTCCAAGTGGTCAAAACAGTTAT
GGAAGTTGCTGGAGAGTCAACAGGGTTTATACTCTCCACGTCGATGACTGTATCCGAGAC
TCACGCAGCGTTGATCTCAGGAGGGTTGAAACCGCAAGACTTTGACGCTGTGATCTGCAA
CAGTGGGAGTGAGCTTTACTTCACCGCCTCTGCTTCTGAGGATAAGACAGTGCTTCCTTA
TACGCACGATCCGGATTACCATTCGCATATAGAGTTCCGTTGGGGTGGTGAGAATTTGAG
GAAGACTTTGGTTCGTTGGATTAGGTCTGTTGAAGAGAAGAAGAAGCTGAAACAAGGAGA
GATTCTATGTGAAGATGAAGCTTCTTCGACTAACTACTGCTTATCTTTCAAAGTGAAAGA
TCCTGCTTCGATTCCTCCGATGAAGGAGCTGAGGAAGTTGATGAGAATCCAAGCATTACG
TTGCAATGTGGTTTACTGTCAAAATGGAGCTAGGTTAAACGTGATCCCTGTTCTTGCCTC
ACGATCTCAAGCCCTTAGGTATTTACTTGTGCGATGGGGCATTGATTTATCGAACATGGT
GGTGTTCGTGGGAGATTCAGGTGACACGGATTACGAAGGCTTGCTTGGAGGGTTCACAAA
ACTGTGATACTTAAAGGCATAGGGAGTGACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK65TF U 1
AF RR1FK65JQ C 584
BS 1 680 RR1FK65TF
BS 681 681 RR1FK65JQ
BS 682 698 RR1FK65TF
BS 699 752 RR1FK65JQ

RD RR1FK65TF 704 0 0
GATCTCGACTGAGAAGATCGACTCAAAGATGCCGACTCTTAAAAGACGTAAACACATCTT
CGTCATCTCCGTTGACTGCAGCGCGACCACTGATCTTCTCCAAGTGGTCAAAACAGTTAT
GGAAGTTGCTGGAGAGTCAACAGGGTTTATACTCTCCACGTCGATGACTGTATCCGAGAC
TCACGCAGCGTTGATCTCAGGAGGGTTGAAACCGCAAGACTTTGACGCTGTGATCTGCAA
CAGTGGGAGTGAGCTTTACTTCACCGCCTCTGCTTCTGAGGATAAGACAGTGCTTCCTTA
TACGCACGATCCGGATTACCATTCGCATATAGAGTTCCGTTGGGGTGGTGAGAATTTGAG
GAAGACTTTGGTTCGTTGGATTAGGTCTGTTGAAGAGAAGAAGAAGCTGAAACAAGGAGA
GATTCTATGTGAAGATGAAGCTTCTTCGACTAACTACTGCTTATCTTTCAAAGTGAAAGA
TCCTGCTTCGATTCCTCCGATGAAGGAGCTGAGGAAGTTGATGAGAATCCAAGCATTACG
TTGCAATGTGGTTTACTGTCAAAATGGAGCTAGGTTAAACGTGATCCCTGTTCTTGCCTC
ACGATCTCAAGCCCTTAGGTATTTACTTGTGCGATGGGGCATTGATTTATCGAACATGGT
GGTGTTCGTGGGAGATTCAG*TGACACGGATTACGAAG
CTTGCT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1FK65JQ 169 0 0
ATCCCTGTTCTTGCCTCACGATTTCAAGCCCTTAGGTATTTACTTGTGCGATGGGGCATT
GATTTATCGAACATGGTGGTGTTCGTGGGAGATTCAGGTGACACGGATTACGAAGGCTTG
CTTGGAGGGTTCACAAAACTGTGATACTTAAAGGCATAGGGAGTGACTT

QA 1 169 1 169
DS 



AS 1 2

CO CL4560Contig1 967 2 2 U
CATATCTTGTCTTTTCTTACGACAAAGGAGGCTGCTTTGACATCGGTTCTCGCCAAGAGA
TGGCGCAACCTTGTCGCGTTTGTCCCTTGTCTTACTATCGATGACACTGTGTTCCTGCAT
CCAAAAGAGGGTAAGCGGGATAGGCTAGAAATTAAAGAGAGCTTCATGAACTTTGTGGAT
AGAGTTTTGGCATTGCAGATTAAGTTTCCCCTAAAAAGATTCTCCCTCAACTTTAGTGAA
AGCCATATCAAGCCACTTGGAGAACCAGATAATGGCGAAGATGTTCTTCTTTATAGCAAT
GTGTGGAAACTCTTTCATGGCATTCGAAATGTTCCGAATCTTTGCTTGCTTCCTAATACT
CTTGAGGTGCTTTCTATGTGCTCTGAATCGATGCCAGTATTCAACAATCTCAAATCATTA
GCTATTGAGAGTCGCACGGATAGAGGATGGCAAGCAATGACGGTTCTTCTGAGGAACTGT
CCACATTTAGAAACCTTAGTCCTTAAGGGTCTCGTGCACTGTCTGACAGACAAGTGTGGG
GATGTTTCTGGCTGCATTTCTCGAGAGGACAAAGGACTTTCACTTAAACTTTGTCCAGTA
AAAGTGATGAAGATTCATGGGTTTCAAGGAACAATGAAAGAGATGGCAATGATAAAGCAT
TTCTTGGACTATTTTCCGTGTTTGAAGGAGATGGAGGTCTATGCTGAAGAGAATCCTACA
CGGCCAAGAAACCAACGTGTCTTGAAGATGTTCGAACTCTACAACAAGTTATCGAGTTGC
AATGTCCAGCTCTTCATATGATTAGTGGCTGAAGCACAAACCTATCTCCTAGTTTTTTTT
CCTGCAGTTTAACCGATCTCAAAAGACTGTAGTTTCTACTTCTTGCGTGTTTTTCTGAAC
CATTTACTTAGCAAAAGTGTATGACGTTTTTTTGTTCTTGAGAAGAGAGTGACAAAGGTT
AGCTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC78TF U 1
AF RR1CC78JQ C 237
BS 1 500 RR1CC78TF
BS 501 967 RR1CC78JQ

RD RR1CC78TF 500 0 0
CATATCTTGTCTTTTCTTACGACAAAGGAGGCTGCTTTGACATCGGTTCTCGCCAAGAGA
TGGCGCAACCTTGTCGCGTTTGTCCCTTGTCTTACTATCGATGACACTGTGTTCCTGCAT
CCAAAAGAGGGTAAGCGGGATAGGCTAGAAATTAAAGAGAGCTTCATGAACTTTGTGGAT
AGAGTTTTGGCATTGCAGATTAAGTTTCCCCTAAAAAGATTCTCCCTCAACTTTAGTGAA
AGCCATATCAAGCCACTTGGAGAACCAGATAATGGCGAAGATGTTCTTCTTTATAGCAAT
GTGTGGAAACTCTTTCATGGCATTCGAAATGTTCCGAATCTTTGCTTGCTTCCTAATACT
CTTGAGGTGCTTTCTATGTGCTCTGAATCGATGCCAGTATTCAACAATCTCAAATCATTA
GCTATTGAGAGTCGCACGGATAGAGGATGGCAAGCAATGACGGTTCTTCTGAGGAACTGT
CCACATTTAGAAACCTTAGT

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1CC78JQ 731 0 0
TGAAAGCCATATCAAGCCACTTGGAGAACCAGATAATGGCGAAGATGTTCTTCTTTATAG
CAATGTGTGGAAACTCTTTCATGGCATTCGAAATGTTCCGAATCTTTGCTTGCTTCCTAA
TACTCTTGAGGTGCTTTCTATGTGCTCTGAATCGATGCCAGTATTCAACAATCTCAAATC
ATTAGCTATTGAGAGTCGCACGGATAGAGGATGGCAAGCAATGACGGTTCTTCTGAGGAA
CTGTCCACATTTAGAAACCTTAGTCCTTAAGGGTCTCGTGCACTGTCTGACAGACAAGTG
TGGGGATGTTTCTGGCTGCATTTCTCGAGAGGACAAAGGACTTTCACTTAAACTTTGTCC
AGTAAAAGTGATGAAGATTCATGGGTTTCAAGGAACAATGAAAGAGATGGCAATGATAAA
GCATTTCTTGGACTATTTTCCGTGTTTGAAGGAGATGGAGGTCTATGCTGAAGAGAATCC
TACACGGCCAAGAAACCAACGTGTCTTGAAGATGTTCGAACTCTACAACAAGTTATCGAG
TTGCAATGTCCAGCTCTTCATATGATTAGTGGCTGAAGCACAAACCTATCTCCTAGTTTT
TTTTCCTGCAGTTTAACCGATCTCAAAAGACTGTAGTTTCTACTTCTTGCGTGTTTTTCT
GAACCATTTACTTAGCAAAAGTGTATGACGTTTTTTTGTTCTTGAGAAGAGAGTGACAAA
GGTTAGCTAGC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL4561Contig1 1010 2 2 U
GGTCTCGCAGGTTATTTATCAGAGGTGGCGCTAACAAACCATCTCTCCTCGCTCACGCTC
GAGGAAACAGAACACTCTCTAGGCTCTGCTCAAGTGGAAGCAGAGATGATGGTGAATTCC
ATCTCAGGAAGAAGTCCTCCAGGTAACGGTGACGATCCACATTCGCGGGCTGCGTTGAGA
AACGTGGCTCAAGCAGCTGCGAGAATCCAGGCAGCGTTCCGTGCACATTCGTTCAGGAAG
CGGCAAGAGAGAGAAGCGGTTATGGCTGCTTGCTATCAAGAGTACGGGATCTACGCAGAT
ATCGAAGGGATCGCAGCCATGTCGAAGCTAGCGTTTGGAAATGCGAAGAACTACAACTCG
GCAGCTTTGTCTATCCAGAAGAAGTACCGTGGCTATAAAGGTCGAAAAGAGTTTCTTGCC
AAGCGCCAGAAAGTTGTGAAGATACAGGCTTATGTTCGAGGTTATCAAGTAAGGAAGCAT
TACAAGGTAATCTGCTGGGCAGTAGGGATACTAGATAAGGTTGTACTGAGGTGGAGAAGA
AAAGGTGTTGGCCTTAAAGGGTTTAGGCAAGATGTAGAGAGTAGAGAGGAGGAGAGTGAA
GATGAAGACATTCTCAAAGTGTTCCGCAAGGAGAAAGTAGACGGAGCAGTGAACGAGGCA
TTCTCTCGTGTTCTGTCGATGACTAATTCTCCGGACGCTCGCCAGCAGTACCAGCGGGTG
CTCAAGAGATACTGTCAGACAAAGGCTGAGCTTGGGAAAACAGAGACATTAGGAACAGAT
GGTTGTGATGAGGATGATGATGCTTTGCTGGACATAGCTGATATGCAATACGAGAACTTG
CGTACAGAATTTAGAGGTTTTAATAGTAATAATAGTCTGTAGATTTATGAAGTTTCAAGG
GTGAAAGTGGTTTGGTAGAGTGTTGCATTGAAGAAGAAGAAAACCTGTTATTAGTTGTGA
GTGTTTGTAAATGATCTCTCTCCTCTCTCTATTGTGGCTAACTTAAAAAA


BQ
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AF RR1CG36TF U 1
AF RR1CG36JQ C 271
BS 1 740 RR1CG36TF
BS 741 1010 RR1CG36JQ

RD RR1CG36TF 740 0 0
GGTCTCGCAGGTTATTTATCAGAGGTGGCGCTAACAAACCATCTCTCCTCGCTCACGCTC
GAGGAAACAGAACACTCTCTAGGCTCTGCTCAAGTGGAAGCAGAGATGATGGTGAATTCC
ATCTCAGGAAGAAGTCCTCCAGGTAACGGTGACGATCCACATTCGCGGGCTGCGTTGAGA
AACGTGGCTCAAGCAGCTGCGAGAATCCAGGCAGCGTTCCGTGCACATTCGTTCAGGAAG
CGGCAAGAGAGAGAAGCGGTTATGGCTGCTTGCTATCAAGAGTACGGGATCTACGCAGAT
ATCGAAGGGATCGCAGCCATGTCGAAGCTAGCGTTTGGAAATGCGAAGAACTACAACTCG
GCAGCTTTGTCTATCCAGAAGAAGTACCGTGGCTATAAAGGTCGAAAAGAGTTTCTTGCC
AAGCGCCAGAAAGTTGTGAAGATACAGGCTTATGTTCGAGGTTATCAAGTAAGGAAGCAT
TACAAGGTAATCTGCTGGGCAGTAGGGATACTAGATAAGGTTGTACTGAGGTGGAGAAGA
AAAGGTGTTGGCCTTAAAGGGTTTAGGCAAGATGTAGAGAGTAGAGAGGAGGAGAGTGAA
GATGAAGACATTCTCAAAGTGTTCCGCAAGGAGAAAGTAGACGGAGCAGTGAACGAGGCA
TTCTCTCGTGTTCTGTCGATGACTAATTCTCCGGACGCTCGCCAGCAGTACCAGCGGGTG
CTCAAGAGATACTGTCAGAC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1CG36JQ 740 0 0
TGCTATCAAGAGTACGGGATCTACGCAGATATCGAAGGGATCGCAGCCATGTCGAAGCTA
GCGTTTGGAAATGCGAAGAACTACAACTCGGCAGCTTTGTCTATCCAGAAGAAGTACCGT
GGCTATAAAGGTCGAAAAGAGTTTCTTGCCAAGCGCCAGAAAGTTGTGAAGATACAGGCT
TATGTTCGAGGTTATCAAGTAAGGAAGCATTACAAGGTAATCTGCTGGGCAGTAGGGATA
CTAGATAAGGTTGTACTGAGGTGGAGAAGAAAAGGTGTTGGCCTTAAAGGGTTTAGGCAA
GATGTAGAGAGTAGAGAGGAGGAGAGTGAAGATGAAGACATTCTCAAAGTGTTCCGCAAG
GAGAAAGTAGACGGAGCAGTGAACGAGGCATTCTCTCGTGTTCTGTCGATGACTAATTCT
CCGGACGCTCGCCAGCAGTACCAGCGGGTGCTCAAGAGATACTGTCAGACAAAGGCTGAG
CTTGGGAAAACAGAGACATTAGGAACAGATGGTTGTGATGAGGATGATGATGCTTTGCTG
GACATAGCTGATATGCAATACGAGAACTTGCGTACAGAATTTAGAGGTTTTAATAGTAAT
AATAGTCTGTAGATTTATGAAGTTTCAAGGGTGAAAGTGGTTTGGTAGAGTGTTGCATTG
AAGAAGAAGAAAACCTGTTATTAGTTGTGAGTGTTTGTAAATGATCTCTCTCCTCTCTCT
ATTGTGGCTAACTTAAAAAA

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL4562Contig1 1017 2 18 U
GGGACAGAGAGAGATGAGAGATTGCAGGAGGAAGAAGAAGAGACCAGCCTGATTTCGTCG
CCGTCGTCACCGGTCTGATTTCGTCGCCGTCGACCTGTCTCTACTCCTCGTCACTTTGTT
CTTCCGGAATCTGTACTTCTCCTGAGAACGCCTCTGTCTCCTCTGCAGCCGAATCCAAAA
CCAACACTCGTTTCACTCTCAATCTCCTCTCGTGTCTGTTCCTCCTCCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCGCTACCGATTCAATTTCACTAAACAACAGATCTGAAAAAAACGAAGTCCTTA
AAGTTTGTATCTTTATGTAGAATCTGGTGCTTCCTCTTCAAAGACAGATGAAATCTACAT
CCCAAACCAATCTTGGATGCAATCACCTTCGTACGAAGAGGCTGTAACGAGTCACAAAGT
TTGTGCAGGGCTTCCAAGAAACTTAGAATGGATTGTGAGGGAGACGTTGGGAAGGACTCT
CTCGTTCTGATAAAACAAGGAGATGAAGCTATGGTGTTTGAGTCTACATCTTCGATCCCA
ACGATGATCACTTGGTGCCGTAGAGGAAGGGAGATTGCTGTTGAGGGGTCTTGGTTGATG
AGGCATAAGAGGTTGAGGAGACAAAACTCAAGGCTGGACGAAAGTCAGATTTGTTTTGTT
GTTTTGTTCTCTCTGTGAACAAGAAGCCTACGAAGGCAAGCAAAGCTGCAGGAGAAGCCT
CCCTATTGTTAAGGATAATAAACACAAGGTTGAGCATTAGAAGACGAGAAACTCCCAGTC
ATTCACAAGCGTAAGAGGAGGAGGAGATGACGAAGAAAAAGGTTCAAGTGGAAGAGGAGG
AGGAGAAGAAAAAGCTTCGGTGTTGCCAAAGAATGACTTGGCCTCAGATAAATTATAAGA
GTAGCTTTGATAGGTGTAGTGATCTTGATTGTAAACAATAGCTGTAGTGCATTCATTGTT
TAGACTTTGGTTTAGGTTTTGGTTATTTTGTAAACAAATTTTATATATAAAATTTCC


BQ
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AF RR1FK03TF U 1
AF RR1FK03JQ C 223
BS 1 632 RR1FK03TF
BS 633 633 RR1FK03JQ
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BS 759 770 RR1FK03TF
BS 771 1017 RR1FK03JQ

RD RR1FK03TF 778 0 0
GGGACAGAGAGAGATGAGAGATTGCAGGAGGAAGAAGAAGAGACCAGCCTGATTTCGTCG
CCGTCGTCACCGGTCTGATTTCGTCGCCGTCGACCTGTCTCTACTCCTCGTCACTTTGTT
CTTCCGGAATCTGTACTTCTCCTGAGAACGCCTCTGTCTCCTCTGCAGCCGAATCCAAAA
CCAACACTCGTTTCACTCTCAATCTCCTCTCGTGTCTGTTCCTCCTCCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCGCTACCGATTCAATTTCACTAAACAACAGATCTGAAAAAAACGAAGTCCTTA
AAGTTTGTATCTTTATGTAGAATCTGGTGCTTCCTCTTCAAAGACAGATGAAATCTACAT
CCCAAACCAATCTTGGATGCAATCACCTTCGTACGAAGAGGCTGTAACGAGTCACAAAGT
TTGTGCAGGGCTTCCAAGAAACTTAGAATGGATTGTGAGGGAGACGTTGGGAAGGACTCT
CTCGTTCTGATAAAACAAGGAGATGAAGCTATGGTGTTTGAGTCTACATCTTCGATCCCA
ACGATGATCACTTGGTGCCGTAGAGGAAGGGAGATTGCTGTTGAGGGGTCTTGGTTGATG
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GTTTTGTTCTCTCTGTGAACAAGA*GCCTACGAAG*CAAGCAAAGCTGCAG*AGAAGCCT
CCCTATTGTTAAG*ATA*TAAACACAAG*TTGAGCAT*AGAAGACGAGAA
CTCCCAGT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1FK03JQ 795 0 0
TCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTACCGATTCAATTTCACTAAACAACAGATCTG
AAAAAAACGAAGTCCTTAAAGTTTGTATCTTTATGTAGAATCTGGTGCTTCCTCTTCAAA
GACAGATGAAATCTACATCCCAAACCAATCTTGGATGCAATCACCTTCGTACGAAGAGGC
TGTAACGAGTCACAAAGTTTGTGCAGGGCTTCCAAGAAACTTAGAATGGATTGTGAGGGA
GACGTTGGGAAGGACTCTCTCGTTCTGATAAAACAAGGAGATGAAGCTATGGTGTTTGAG
TCTACATCTTCGATCCCAACGATGATCACTTGGTGCCGTAGAGGAAGGGAGATTGCTGTT
GAGGGGTCTTGGTTGATGAGGCATAAGAGGTTGAGGAGACAAAACTCAAGGCTGGACGAA
AGTCAGATTTGTTTTGTTGTTTTGTTCTCTCTGTGAACAAGAAGCCTACGAAGGCAAGCA
AAGCTGCAGGAGAAGCCTCCCTATTGTTAAGGATAATAAACACAAGGTTGAGCATTAGAA
GACGAGAAACTCCCAGTCATTCACAAGCGTAAGAGGAGGAGGAGATGACGAAGAAAAAGG
TTCAAGTGGAAGAGGAGGAGGAGAAGAAAAAGCTTCGGTGTTGCCAAAGAATGACTTGGC
CTCAGATAAATTATAAGAGTAGCTTTGATAGGTGTAGTGATCTTGATTGTAAACAATAGC
TGTAGTGCATTCATTGTTTAGACTTTGGTTTAGGTTTTGGTTATTTTGTAAACAAATTTT
ATATATAAAATTTCC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL4563Contig1 980 2 4 U
AGGGGACATTCCATTATCTGCTTCACTCTCTCTCTAGAGCTACAATGGCTACGGCTGCTT
CTTCCTTTACAATCACATCGTTATTCTCCGAGCCTCGGACTCAGATCCGTTCCTCGAAGC
GCTCGACCCTCCCGGTAATTCAATTCTCCATCCCGTATAAGGCCAATTCACGGAGCAGGA
GACTCGTCGTGAGCTCCGTTTCAGCGCCCAACGTTGATCTCCGTACCGGACCCGATGATC
TCATTTCATCTCTCCTCTCTAAGGTTGCGAACAGTGATGGAGGTGTGACGCTTAGTCCGG
AGGAACACAAGGAGGTGGCACAAGTGGCTGGAGAGCTTCAAAAGTACTGTGTGAGCGAGC
CTGTTAAGTGTCCTCTCATCTTCGGAGATTGGGATGTGGTGTACTGTTCTGTACCGACAT
CTCCAGGTGGAGGCTACAGAAGCGTGATAGGCCGCCTCTTCTTCAGAACCAATGAGATGA
TCCAAGGCATTGATTCTCCTGATATCGTCAGGAACAGAGTTTCCTTTACTGCTTTGGGTT
TTCTTGACGGAGACGTCTCCTTGACAGGGAAGCTGAAAGTGTTGGACAGTGAGTGGGTTC
AGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACTCAAGGTTGGTTCTCTGGAGTTTAAATATGGGTTTG
AAAGTGAAGTGAAGCTTAGGATCACATACGTTGATGAGAAACTTAGGTTGGGATTAGGCT
CTAGAGGATCGTTGTTCGTCTTTAGGAGGCGCCAATAATACATTTTATATACTTCCATGT
CTGTTCTCTGCCTCGCCCATTTGTTTTTTCCCGTTCTGCATCGGTCAATGCAATTCACTA
CAGAGAAGAAGAAGAAACAACACATTTGTACCTGCGAGAGTGTGTAACGGTGTAGTATAA
GAAACATGTGTTATTTAACTTTCTTGTAATGTAAACTTCGTTCCAAAAGTTGTCGAGTTG
TTATACCTACATGTTATCAA


BQ
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AF RR1GB16TF U 1
AF RR1GB16JQ C 231
BS 1 679 RR1GB16TF
BS 680 680 RR1GB16JQ
BS 681 702 RR1GB16TF
BS 703 980 RR1GB16JQ

RD RR1GB16TF 702 0 0
AGGGGACATTCCATTATCTGCTTCACTCTCTCTCTAGAGCTACAATGGCTACGGCTGCTT
CTTCCTTTACAATCACATCGTTATTCTCCGAGCCTCGGACTCAGATCCGTTCCTCGAAGC
GCTCGACCCTCCCGGTAATTCAATTCTCCATCCCGTATAAGGCCAATTCACGGAGCAGGA
GACTCGTCGTGAGCTCCGTTTCAGCGCCCAACGTTGATCTCCGTACCGGACCCGATGATC
TCATTTCATCTCTCCTCTCTAAGGTTGCGAACAGTGATGGAGGTGTGACGCTTAGTCCGG
AGGAACACAAGGAGGTGGCACAAGTGGCTGGAGAGCTTCAAAAGTACTGTGTGAGCGAGC
CTGTTAAGTGTCCTCTCATCTTCGGAGATTGGGATGTGGTGTACTGTTCTGTACCGACAT
CTCCAGGTGGAGGCTACAGAAGCGTGATAGGCCGCCTCTTCTTCAGAACCAATGAGATGA
TCCAAGGCATTGATTCTCCTGATATCGTCAGGAACAGAGTTTCCTTTACTGCTTTGGGTT
TTCTTGACGGAGACGTCTCCTTGACAGGGAAGCTGAAAGTGTTGGACAGTGAGTGGGTTC
AGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACTCAAGGTTGGTTCTCTGGAGTTTAAATATGGGTTTG
AAAGTGAAGTGAAGCTTAG*ATCACATACGTTGATGAGAAAC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1GB16JQ 750 0 0
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CTTAGTCCGGAGGAACACAAGGAGGTGGCACAAGTGGCTGGAGAGCTTCAAAAGTACTGT
GTGAGCGAGCCTGTTAAGTGTCCTCTCATCTTCGGAGATTGGGATGTGGTGTACTGTTCT
GTACCGACATCTCCAGGTGGAGGCTACAGAAGCGTGATAGGCCGCCTCTTCTTCAGAACC
AATGAGATGATCCAAGGCATTGATTCTCCTGATATCGTCAGGAACAGAGTTTCCTTTACT
GCTTTGGGTTTTCTTGACGGAGACGTCTCCTTGACAGGGAAGCTGAAAGTGTTGGACAGT
GAGTGGGTTCAGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACTCAAGGTTGGTTCTCTGGAGTTTAAA
TATGGGTTTGAAAGTGAAGTGAAGCTTAGGATCACATACGTTGATGAGAAACTTAGGTTG
GGATTAGGCTCTAGAGGATCGTTGTTCGTCTTTAGGAGGCGCCAATAATACATTTTATAT
ACTTCCATGTCTGTTCTCTGCCTCGCCCATTTGTTTTTTCCCGTTCTGCATCGGTCAATG
CAATTCACTACAGAGAAGAAGAAGAAACAACACATTTGTACCTGCGAGAGTGTGTAACGG
TGTAGTATAAGAAACATGTGTTATTTAACTTTCTTGTAATGTAAACTTCGTTCCAAAAGT
TGTCGAGTTGTTATACCTACATGTTATCAA

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL4564Contig1 1065 2 4 U
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ATTGCTCTCTGATAGTTGTGTGCCGCTTCGAAGTTTTGATTACATGTACAACTATATGAT
GTACAGCAATGTTAGCAATATTGACTGCTTTGACGATCCTGGTCCACATGGAATCGGCAG
GCATATGGATCACATGTTGCCCAAAATTCCAAAGGAAGATTTTAGAAAGGGTTCACAGTG
GTTCTCCATGACACGTCAGCATGCTGTCATGACTATGGCAGACAATCTATACTACTCAAA
GTTCCGGGACTACTGTGGGCCAGGTGTAGAGAGTAACAAGAACTGCATTGCTGATGAACA
CTACCTGCCAACATTCTTCTATATGCTTGATCCTGGTGGCATTGCTAACTGGACTCTTAC
ATATGTTGATTGGTCTGAGGGAAAGTGGCATCCAAGAACATTCATGCCTGAAGTTGTCAC
ACACGAGTTACTTAAAAACCTCACGTCCATCGACGCAGTTTCACGCGTAACAAGTGAAGG
AACGGGAATAGTAACATGGACACAATGCATGTGGAACGGAATCAAAAGACCTTGCTATCT
CTTTGGAAGGAAGTTCCACGCAGATGCTCTCGATAAACTGATGGATCTCTTTCCCAAATA
CACGAGTGGTTTTGATTGATCGATGCAAATTGCAAAGCAAAGGAGGAGGTATTGTTTTTT
ACTCGGATTCTTTGACCAACGTCCCATTACACATTCTAAGGAACCAAGTTTTAAACTTTA
TGGAATCCATCCCCTAGAAGATGTAACTCGCTGCAAGTCGTTTTGAGAGCATAGAAAGAA
AAAAAGCGTAATCTTAAGAAGCATAGGAAAGTTTCATTTGGTTGGGGACGTTGGGACATT
TTTAACTAAACTGTTTTCACTACCATCTCATTGTTAATCTTTTCAGAGTGATTTTTGTTC
TTCTCTTCTGTTGAAATTGCTATTAAGCATTATCATTTTTTTTCAGACAGAAATCTGTAG
AATTACGTTCTTATTTTTGCATATTATAAAACAAAATAATTGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES59TF U 1
AF RR1ES59JQ C 369
BS 1 657 RR1ES59TF
BS 658 658 RR1ES59JQ
BS 659 696 RR1ES59TF
BS 697 1065 RR1ES59JQ

RD RR1ES59TF 696 0 0
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GTTCTCCATGACACGTCAGCATGCTGTCATGACTATGGCAGACAATCTATACTACTCAAA
GTTCCGGGACTACTGTGGGCCAGGTGTAGAGAGTAACAAGAACTGCATTGCTGATGAACA
CTACCTGCCAACATTCTTCTATATGCTTGATCCTGGTGGCATTGCTAACTGGACTCTTAC
ATATGTTGATTGGTCTGAGGGAAAGTGGCATCCAAGAACATTCATGCCTGAAGTTGTCAC
ACACGAGTTACTTAAAAACCTCACGTCCATCGACGCAGTTTCACGCGTAACAAGTGAAGG
AACGGGAATAGTAACATGGACACAATGCATGTGGAACGGAATCAAAAGACCTTGCTATCT
CTTTGGAAGGAAGTTCCACGCAGATGCTCTCGATAAACTGATGGATCTCTTTCCCAA*TA
CACGAGTGGTTTTGATTGATCGATGCAAATTGCAAA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1ES59JQ 697 0 0
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ATTGGTCTGAGGGAAAGTGGCATCCAAGAACATTCATGCCTGAAGTTGTCACACACGAGT
TACTTAAAAACCTCACGTCCATCGACGCAGTTTCACGCGTAACAAGTGAAGGAACGGGAA
TAGTAACATGGACACAATGCATGTGGAACGGAATCAAAAGACCTTGCTATCTCTTTGGAA
GGAAGTTCCACGCAGATGCTCTCGATAAACTGATGGATCTCTTTCCCAAATACACGAGTG
GTTTTGATTGATCGATGCAAATTGCAAAGCAAAGGAGGAGGTATTGTTTTTTACTCGGAT
TCTTTGACCAACGTCCCATTACACATTCTAAGGAACCAAGTTTTAAACTTTATGGAATCC
ATCCCCTAGAAGATGTAACTCGCTGCAAGTCGTTTTGAGAGCATAGAAAGAAAAAAAGCG
TAATCTTAAGAAGCATAGGAAAGTTTCATTTGGTTGGGGACGTTGGGACATTTTTAACTA
AACTGTTTTCACTACCATCTCATTGTTAATCTTTTCAGAGTGATTTTTGTTCTTCTCTTC
TGTTGAAATTGCTATTAAGCATTATCATTTTTTTTCAGACAGAAATCTGTAGAATTACGT
TCTTATTTTTGCATATTATAAAACAAAATAATTGCTG

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL4565Contig1 795 2 6 U
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AAGAAGCCTCAAGCGATTCCTCTGCTTCTCTCCTTCTTCCTCTTCCTCACATGGATCAGT
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GTGAAGAGTCATCATCATCCGGATTCCGAGGTCCTAGACGAAGACGACAAGGCTAGTCTG
GTCCGGTTCGATACGGCGTCGATTTCGCCAATTAGAAAAGACGACCGTGGATGGTTGCTT
GATCCGGTCACCCTTGCACGTGACTCTCGGCTCCACGGTGGAGCAGCCTCGTGTGTTTCC
ATTCATGTTGGTGAGATCAAGCCTGGTGGATTGAGGGGAAACCACAGACACCATACTTGT
AACGAGACGTTCGTCTTATGGGGAGCCAAGACGAGGTTCAGGCTGGAGAATCACAATGTC
GAAAAAGGTTATGCGGAAGTGTTAATTGGAGAGGATGAAGTTGCTGTAGCGGTTAGTCCG
AGTGGCACAGCGCATGCTATAGTAAATGTTGATCCTGTACGTTCTACTTTCTTGATTGGC
TGCCAAGACAGTAATCTGCACAACAGCTCAACTAGCGACTACAAAGTATGGAAAGATCTT
TAATCCATGTTTGTTTTTCTTTGGCTTTTAAACCAGATTACTTCTTCCTATGTAATCTGG
TTTCTTTCTTTCTTTCGAGCTCTTATTTGTATAGAATAGGCTTTGTTTCTTTTGTCAATT
GTTACTGTGATTATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO39TF U 1
AF RR1GB49JQ C 243
BS 1 691 RR1GO39TF
BS 692 692 RR1GB49JQ
BS 693 714 RR1GO39TF
BS 715 715 RR1GB49JQ
BS 716 729 RR1GO39TF
BS 730 795 RR1GB49JQ

RD RR1GO39TF 729 0 0
GGGAACCCTAGGAGGACATTGACGGAGAACCACAGATTGTCGCCGTTGATCAACCTACTG
AAGAAGCCTCAAGCGATTCCTCTGCTTCTCTCCTTCTTCCTCTTCCTCACATGGATCAGT
CTCAGGTTACAGCACTCTTCTCACCTCTCGTCGTCTACTTCCCACACGAAATCATCGGCG
GTGAAGAGTCATCATCATCCGGATTCCGAGGTCCTAGACGAAGACGACAAGGCTAGTCTG
GTCCGGTTCGATACGGCGTCGATTTCGCCAATTAGAAAAGACGACCGTGGATGGTTGCTT
GATCCGGTCACCCTTGCACGTGACTCTCGGCTCCACGGTGGAGCAGCCTCGTGTGTTTCC
ATTCATGTTGGTGAGATCAAGCCTGGTGGATTGAGGGGAAACCACAGACACCATACTTGT
AACGAGACGTTCGTCTTATGGGGAGCCAAGACGAGGTTCAGGCTGGAGAATCACAATGTC
GAAAAAGGTTATGCGGAAGTGTTAATTGGAGAGGATGAAGTTGCTGTAGCGGTTAGTCCG
AGTGGCACAGCGCATGCTATAGTAAATGTTGATCCTGTACGTTCTACTTTCTTGATTGGC
TGCCAAGACAGTAATCTGCACAACAGCTCAACTAGCGACTACAAAGTATGGAAAGATCTT
TAATCCATGTTTGTTTTTCTTTGGCTTTTAA*CCAGATTACTTCTTCCTATGTA*TCTGG
TTTCTTTCT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1GB49JQ 553 0 0
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TCCGGTCACCCTTGCACGTGACTCTCGGCTCCACGGTGGAGCAGCCTCGTGTGTTTCCAT
TCATGTTGGTGGGATCAAGCCTGGTGGATTGAGGGGAAACCACAGACACCATACTTGTAA
CGAGACGTTCGTCTTATGGGGAGCCAAGACGAGGTTCAGGCTGGAGAATCACAATGTCGA
AAAAGGTTATGCGGAAGTGTTAATTGGAGAGGATGAAGTTGCTGTAGCGGTTAGTCCGAG
TGGCACAGCGCATGCTATAGTAAATGTTGATCCTGTACGTTCTACTTTCTTGATTGGCTG
CCAAGACAGTAATCTGCACAACAGCTCAACTAGCGACTACAAAGTATGGAAAGATCTTTA
ATCCATGTTTGTTTTTCTTTGGCTTTTAAACCAGATTACTTCTTCCTATGTAATCTGGTT
TCTTTCTTTCTTTCGAGCTCTTATTTGTATAGAATAGGCTTTGTTTCTTTTGTCAATTGT
TACTGTGATTATA

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

CO CL4566Contig1 1064 2 6 U
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TTTCTGCCATTATGACCTCTGCTTTAGGGGAATTTGGAGGACCATTAGTAAAGGGTTTCT
ACAAAGAGAGTTGCCCATTAGCAGAAGAAATAGTGAAGCATAACGTTGAGGTTGCTGTTC
TCAAAGATCCTCGCATGGCAGCTTCTCTTCTCCGTGTTCAGTTCCACGACTGCTTTGTCT
TGGGCTGTGATGCGTCTGTGTTATTGGATACTCATGGAGATATATTGAGTGAGGAACAAG
CAACTCCGAACGTGAACTCTTTGCGTGGGTTTGAAGTTATTGATTACATAAAGTACCTCC
TTGAAGAAGCTTGTCCTTTAACCGTCTCTTGTTCCGACATCATCACCATGGCAGCTCGTG
ACTCCGTCTTCCTGAGAGGTGGACCATGGTGGGAAGTATACCTAGGGAGAAGAGACTCGC
TCAAGGCCAGCTTCGCCGGCGCAAACCAATACATTCCGGCACCAAACACTTCCCTCGAAG
GCCTCATCGTAAACTTCAAGCAACAAGGCCTTGACATTCAAGACCTCATCGCTCTTTCCG
GCGCTCACACAATAGGTAAAGCGAGATGCTTGAGCTTCAAGCAACGCATCGTTCAACCGA
ACATGTTGCAAACATTTTATGTGGATGAGTTCAAGAGACACAGCACGTTCCGGAGGATCC
TACGGTCGCAGTGCAAAGACTCTAGCCGGGACAACGAGCTGTCACCTTTGGATCTACAGA
CTCCGGCTTACTTTGATAACCATTATTACATCAATCTTTTGAAGGGGAGAGGGTTGTTGA
TTTCGGATAACGTTTTGGTTAGTGAAGATCACGAAGGAGAGGTTTTCAAGAAGGTTTGGG
AGTATGCAGTGGATCAAGATTTTTTCTTTGTGGATTTTGTGGAATTTATGTTGAAAATGA
GCAATATTAATGTTCTTACGGGTGTTCAAGGTGAGATTAGGGGGAATTGTAGATTTGTTA
ATATATGAATTAAGAGAATAAACACTTGAATTAATATTGGAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FE18TF U 1
AF RR1FE18JQ C 319
BS 1 749 RR1FE18TF
BS 750 750 RR1FE18JQ
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BS 755 798 RR1FE18TF
BS 799 1064 RR1FE18JQ

RD RR1FE18TF 798 0 0
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TTTCTGCCATTATGACCTCTGCTTTAGGGGAATTTGGAGGACCATTAGTAAAGGGTTTCT
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TCAAAGATCCTCGCATGGCAGCTTCTCTTCTCCGTGTTCAGTTCCACGACTGCTTTGTCT
TGGGCTGTGATGCGTCTGTGTTATTGGATACTCATGGAGATATATTGAGTGAGGAACAAG
CAACTCCGAACGTGAACTCTTTGCGTGGGTTTGAAGTTATTGATTACATAAAGTACCTCC
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GCGCTCACACAATAGGTAAAGCGAGATGCTTGAGCTTCAAGCAACGCATCGTTCAACCGA
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TACGGTCGCAGTGCAAAGACTCTAGCCGG*ACA*CGAGCTGTCACCTTTGGATCTACAGA
CTCCGGCTTACTTTGATA

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1FE18JQ 746 0 0
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GCGCAAACCAATACATTCCGGCACCAAACACTTCCCTCGAAGGCCTCATCGTAAACTTCA
AGCAACAAGGCCTTGACATTCAAGACCTCATCGCTCTTTCCGGCGCTCACACAATAGGTA
AAGCGAGATGCTTGAGCTTCAAGCAACGCATCGTTCAACCGAACATGTTGCAAACATTTT
ATGTGGATGAGTTCAAGAGACACAGCACGTTCCGGAGGATCCTACGGTCGCAGTGCAAAG
ACTCTAGCCGGGACAACGAGCTGTCACCTTTGGATTTACAGACTCCGGCTTACTTTGATA
ACCATTATTACATCAATCTTTTGAAGGGGAGAGGGTTGTTGATTTCGGATAACGTTTTGG
TTAGTGAAGATCACGAAGGAGAGGTTTTCAAGAAGGTTTGGGAGTATGCAGTGGATCAAG
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CGGGTGTTCAAGGTGAGATTAGGGGGAATTGTAGATTTGTTAATATATGAATTAAGAGAA
TAAACACTTGAATTAATATTGGAGTT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4568Contig1 1135 2 4 U
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TTCCTGGAAGCGATGCTGATATTGTGTTCTATAACGAATTTATGCATTATCTGGAGGAGA
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CTGATTTCTCCGAGAAAGCACTTAAAGTTCCTGGGAAACTAAGCATCTCTGGGGTTATTC
TACGGTCAGAATACGAAGGTTCTGGATATGGGCATGTTCAACAGCAAGGTGAGAGAAGAT
ATGGTGAAACATCATATCCAGAGGATAGTATTAGTGGAGCTGTTCCTGATCCAGGAGGTC
CAACTGCATTTCTGCGTAGTGCTGCACGAGATGTTCAACAGTTACCTATGGATCCATACA
TTGAGAGCAGGCACGATCCGTACTCCGGAAGGGTTTGGCCACCTCGTGATGTGTCAGTTA
CCAACACCAGAAGCTCACAGATGCAACCTCCTTTGACAAATCTTCAAGAGCATAGCGGGT
TTGTTGCTCAGCAAAGTGCAGATCCAAGTCGTTTTCGTGAAACAGAGATCCCATCAGGGT
TTCAGCCAGAACAGCTTACACATTTAGCTTCCTCCATGTCTAGACAGCAATACCAAGTAG
ACAACACATCAAATCAGCCAGAGAGATATGCAGCAGAGGCTCGAGCAAGTTTCCACCCTT
TGCAACACGAGCAGACACCAAGCGCACCTCCAGGATATCAAAATGTACAGCTGCAAGGTA
GCAGCAACATCCAAGGAGGAGAAGAAGAAAACGAGGCTAATCCACAGAAGCGTCTCCAAG
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AGATCGTTTCCTCAAAATTCATCAATGATCCACAAGTATGAAATCTTTTTACTTGGAGAA
GAAAAGGAGTCTAAAATATTAATATTATCGAGATTAACAGATCATAGTCGGTAATATATA
TATAATCAGTCTTTTCCAGATTCAGATGATTGTAAAAGTAGCCTCATCGTGCCTCGGTTT
TACCTTTTGCAAGAAGAAACGCAACACGTTTTATCAGTACTAAATCATGTTTCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EB07TF U 1
AF RR1EB07JQ C 451
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BS 778 1135 RR1EB07JQ

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TTCCTGGAAGCGATGCTGATATTGTGTTCTATAACGAATTTATGCATTATCTGGAGGAGA
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CTGATTTCTCCGAGAAAGCACTTAAAGTTCCTGGGAAACTAAGCATCTCTGGGGTTATTC
TACGGTCAGAATACGAAGGTTCTGGATATGGGCATGTTCAACAGCAAGGTGAGAGAAGAT
ATGGTGAAACATCATATCCAGAGGATAGTATTAGTGGAGCTGTTCCTGATCCAGGAGGTC
CAACTGCATTTCTGCGTAGTGCTGCACGAGATGTTCAACAGTTACCTATGGATCCATACA
TTGAGAGCAGGCACGATCCGTACTCCGGAAGGGTTTGGCCACCTCGTGATGTGTCAGTTA
CCAACACCAGAAGCTCACAGATGCAACCTCCTTTGACAAATCTTCAAGAGCATAGCGGGT
TTGTTGCTCAGCAAAGTGCAGATCCAAGTCGTTTTCGTGAAACAGAGATCCCATCAGGGT
TTCAGCCAGAACAGCTTACACATTTAGCTTCCTCCATGTCTAGACAGCAATACCAAGTAG
ACAACACATCAAATCAGCCAGAGAGATATGCAGCAGAG*CTCGAGCAAGTTTCCACCCTT
TGCAACACGAGCAGACACCAAGCGCACCTCCAGGATATCAAAATGTACAGCTGCAAG
TAGC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1EB07JQ 685 0 0
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GTTTTCGTGAAACAGAGATCCCATCAGGGTTTCAGCCAGAACAGCTTACACATTTAGCTT
CCTCCATGTCTAGACAGCAATACCAAGTAGACAACACATCAAATCAGCCAGAGAGATATG
CAGCAGAGGCTCGAGCAAGTTTCCACCCTTTGCAACACGAGCAGACACCAAGCGCACCTC
CAGGATATCAAAATGTACAGCTGCAAGGTAGCAGCAACATCCAAGGAGGAGAAGAAGAAA
ACGAGGCTAATCCACAGAAGCGTCTCCAAGCTACGTTGCAGCTAGCAGCAGCACTTCTCC
AGCAGATTCAACAATCTAAAAACTAGTTGAAGATCGTTTCCTCAAAATTCATCAATGATC
CACAAGTATGAAATCTTTTTACTTGGAGAAGAAAAGGAGTCTAAAATATTAATATTATCG
AGATTAACAGATCATAGTCGGTAATATATATATAATCAGTCTTTTCCAGATTCAGATGAT
TGTAAAAGTAGCCTCATCGTGCCTCGGTTTTACCTTTTGCAAGAAGAAACGCAACACGTT
TTATCAGTACTAAATCATGTTTCTC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

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CCAGCAGCAGCAGCACTGGCAAAACTCTTACTAAAAATAAAGAAAGTGAGTTTTTTTTTC
TTTAAGCTCCTTTCTGTTATAGAGAGGTTTGTGTTGGCGAGGCTGAAGAGGAAATGGATA
TGTTCTGAATGTATTTATTATATAAATCATCATCATCATCATCCTTTTTGTAGCTTAAGA
AACCTTTTCCTTAACCTGTCTCGTCTTTTCATGTCCTTGATGTTTGTTTAAACGCTTTGT
TAAAAGATCTCCTAGCTTTGGGCTTTAACGTGATTTTGAAGCTAGTTGAC


BQ
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AF RR1GS01JQ C 1
AF RR1GS01TF U 1
BS 1 470 RR1GS01TF

RD RR1GS01JQ 470 0 0
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CGAGCGCCAGCAGCAAAACCCTAGAGAGGGTGCAGGAGGAGCTCAGCCCTCGAATCAAAC
CCAGCAGCAGCAGCACTGGCAAAACTCTTACTAAAAATAAAGAAAGTGAGTTTTTTTTTC
TTTAAGCTCCTTTCTGTTATAGAGAGGTTTGTGTTGGCGAGGCTGAAGAGGAAATGGATA
TGTTCTGAATGTATTTATTATATAAATCATCATCATCATCATCCTTTTTGTAGCTTAAGA
AACCTTTTCCTTAACCTGTCTCGTCTTTTCATGTCCTTGATGTTTGTTTAAACGCTTTGT
TAAAAGATCTCCTAGCTTTGGGCTTTAACGTGATTTTGAAGCTAGTTGAC

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1GS01TF 470 0 0
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CGAGCGCCAGCAGCAAAACCCTAGAGAGGGTGCAGGAGGAGCTCAGCCCTCGAATCAAAC
CCAGCAGCAGCAGCACTGGCAAAACTCTTACTAAAAATAAAGAAAGTGAGTTTTTTTTTC
TTTAAGCTCCTTTCTGTTATAGAGAGGTTTGTGTTGGCGAGGCTGAAGAGGAAATGGATA
TGTTCTGAATGTATTTATTATATAAATCATCATCATCATCATCCTTTTTGTAGCTTAAGA
AACCTTTTCCTTAACCTGTCTCGTCTTTTCATGTCCTTGATGTTTGTTTAAACGCTTTGT
TAAAAGATCTCCTAGCTTTGGGCTTTAACGTGATTTTGAAGCTAGTTGAC

QA 1 470 1 470
DS 



AS 1 2

CO CL4570Contig1 923 2 2 U
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ACAATTTCTCCACCACCGCCGGAGAAAAAAAACCACCACCATACCATGACCTACAAAGAC
TGTGGCTCCCATAGTCACTCTCGCCGGAAACTAATCCGTCGAATAATATGGTCAATAATC
ATCTTCCTCTTCATAATCTTCCTCACAATCCTCCTCATTTGGGCAATTCTCCAACCTTCA
AAGCCAGTTTTCGTCCTCCAAGACGCCACCGTCTACGCCTTCAACGTCTCCGGCAATCCA
CCGAACCTCCTCAGCTCCAACTTCCAAATCACTCTCTCTTCCCGGAACCCTAACTACAAT
ATCGGCGTTTACTACGACCGTCTTGAGGTCTACGCTATTTACCAGAACCAGCAGATCACT
TACCGAACATCGATCCCTCCGACGTACCAAGGACACAAAGAAGTCAACATCTGGTCGCCG
TTTGTCTACGGAACCTCCGTCCCCATCGCTCCTTTTAACGGCGTTAGTCTTGACGGCGAT
CAAGAAAGCGGCGTCATTAGGTTGGATATTCGTGCTGACGGCAGAGTGAGGTGGAAGGTT
GGGGCGTTTATCACAGGGAAGTATCATCTTTATGTGAGGTGTCAGGCGTTAATTAACTTC
GGTAATAAAGCTGCCGGAGTTATTGTCGGAAATAACGCCGTTAAGTATACGTATGCTCAG
TATTGTAGTGTTAGTGTCTAAAACTGCAACGGAGCGAAAGCAAGTAAGCTAAGGTCTCCG
TTAGAATATTATATATGATGTGAATTGTACATTTTGCTTATACGATAGCAAATTATTAAA
GATCCGTGATGTTGTTGTAACGAGTTATGAGAATTTAAATATGAATACTTTGTTATAGTT
AAATTCTAAATTCTCTTTTTAAT


BQ
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AF RR1CF35TF U 1
AF RR1CF35JQ C 163
BS 1 641 RR1CF35TF
BS 642 923 RR1CF35JQ

RD RR1CF35TF 641 0 0
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ACAATTTCTCCACCACCGCCGGAGAAAAAAAACCACCACCATACCATGACCTACAAAGAC
TGTGGCTCCCATAGTCACTCTCGCCGGAAACTAATCCGTCGAATAATATGGTCAATAATC
ATCTTCCTCTTCATAATCTTCCTCACAATCCTCCTCATTTGGGCAATTCTCCAACCTTCA
AAGCCAGTTTTCGTCCTCCAAGACGCCACCGTCTACGCCTTCAACGTCTCCGGCAATCCA
CCGAACCTCCTCAGCTCCAACTTCCAAATCACTCTCTCTTCCCGGAACCCTAACTACAAT
ATCGGCGTTTACTACGACCGTCTTGAGGTCTACGCTATTTACCAGAACCAGCAGATCACT
TACCGAACATCGATCCCTCCGACGTACCAAGGACACAAAGAAGTCAACATCTGGTCGCCG
TTTGTCTACGGAACCTCCGTCCCCATCGCTCCTTTTAACGGCGTTAGTCTTGACGGCGAT
CAAGAAAGCGGCGTCATTAGGTTGGATATTCGTGCTGACGGCAGAGTGAGGTGGAAGGTT
GGGGCGTTTATCACAGGGAAGTATCATCTTTATGTGAGGTG

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1CF35JQ 761 0 0
ATAATATGGTCAATAATCATCTTCCTCTTCATAATCTTCCTCACAATCCTCCTCATTTGG
GCAATTCTCCAACCTTCAAAGCCAGTTTTCGTCCTCCAAGACGCCACCGTCTACGCCTTC
AACGTCTCCGGCAATCCACCGAACCTCCTCAGCTCCAACTTCCAAATCACTCTCTCTTCC
CGGAACCCTAACTACAATATCGGCGTTTACTACGACCGTCTTGAGGTTTACGCTATTTAC
CAGAACCAGCAGATCACTTACCGAACATCGATCCCTCCGACGTACCAAGGACACAAAGAA
GTCAACATCTGGTCGCCGTTTGTTTACGGAACCTCCGTCCCCATCGCTCCTTTTAACGGC
GTTAGTCTTGACGGCGATCAAGAAAGCGGCGTCATTAGGTTGGATATTCGTGCTGACGGC
AGAGTGAGGTGGAAGGTTGGGGCGTTTATCACAGGGAAGTATCATCTTTATGTGAGGTGT
CAGGCGTTAATTAACTTCGGTAATAAAGCTGCCGGAGTTATTGTCGGAAATAACGCCGTT
AAGTATACGTATGCTCAGTATTGTAGTGTTAGTGTCTAAAACTGCAACGGAGCGAAAGCA
AGTAAGCTAAGGTCTCCGTTAGAATATTATATATGATGTGAATTGTACATTTTGCTTATA
CGATAGCAAATTATTAAAGATCCGTGATGTTGTTGTAACGAGTTATGAGAATTTAAATAT
GAATACTTTGTTATAGTTAAATTCTAAATTCTCTTTTTAAT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL4571Contig1 1050 2 6 U
GGATCTTAGCCGCAGTTTTGGCTCCTCCAGGCGAAGAAGAAGACACAGTCTCTTTGATGG
ATTTCATCTGTTGTTTCCGACCGCATCACTCTTGTCGGGGGATTTCAGTTTCGTCTGCTT
CCAGCTTAAGTAGCCTTCCCGCCGCCAATCGTTTCCTCCCGACAACGAGTGTCCGAATTA
GAATCCCAACGACGCCGTTTCTTCAGTATCCGAAATTTTCAATAGAGGCTCACGCAAAGA
AGAAGAAAAACACTTCAAAAACGACTATCTTCGAACCTAAACCGAACAAAGAAGAAGACG
AATCACTCTTTGAAGAAAACGAAGAAGAAGATGAGCAAGTCCTTCTCGAAGATGTTCTAG
ACGAGCTACTAACTGATGAAGAAGAAGACGACTTCTACCTCGAAGAAGAAGAGGAGGAGG
AAGAACTCTATGCTGGTGATGGAGGTGGTGGTGGAGGCATCAAGCTTGCCGGAACAACAT
GGGACAAAGAAGCATTGTCCTTAGCTGAGAAGCGTGCGAGTCTTTTAACGGTGAGCTAGG
CATTTACGCGTTCAAGACTCTGCCAAACTCAACCATACAAGTGAGAATCGAACGGCTCAC
TAACAAGTCCGGTTCTCCGACGATGGAAGACATTGAAGCGTATTCAACAACTTACAGAGC
GAAACTGTCTGAAGCTGAACTCGCCAAGACCGTACCAGACAATATCTCCTTAGAGGTGTC
ATCTCCTGGTGTTGAAAGAGTAGTAAGAGTTCCTCAGGATCTTGACCGGTACAAGGACAG
GTCAATGTATGTGAGGTACGTTAACGAGGAAGCTGAAAATGAAGGTGATGGTATCTTCAG
ACTTGTCTCTTTTGATGTGGAAGCCAAAAGCTGCGTTTGGGGGATAGCCGATATTAGAGT
GAACCGTGAGAAGGCAGGCAAAGGCAGACCTTTGAGCAAGAAGCAAAGAGAATGGCGTCT
TGAAACGTCTTTTGAGTCACTACGTTTAGTTCGTTTGCATTCTGAATGTTGAAACACATA
ACATTATTTTTATTGAATGAAAACTATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GQ55TF U 1
AF RR1GQ55JQ C 393
BS 1 701 RR1GQ55TF
BS 702 702 RR1GQ55JQ
BS 703 715 RR1GQ55TF
BS 716 716 RR1GQ55JQ
BS 717 728 RR1GQ55TF
BS 729 1050 RR1GQ55JQ

RD RR1GQ55TF 734 0 0
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ATTTCATCTGTTGTTTCCGACCGCATCACTCTTGTCGGGGGATTTCAGTTTCGTCTGCTT
CCAGCTTAAGTAGCCTTCCCGCCGCCAATCGTTTCCTCCCGACAACGAGTGTCCGAATTA
GAATCCCAACGACGCCGTTTCTTCAGTATCCGAAATTTTCAATAGAGGCTCACGCAAAGA
AGAAGAAAAACACTTCAAAAACGACTATCTTCGAACCTAAACCGAACAAAGAAGAAGACG
AATCACTCTTTGAAGAAAACGAAGAAGAAGATGAGCAAGTCCTTCTCGAAGATGTTCTAG
ACGAGCTACTAACTGATGAAGAAGAAGACGACTTCTACCTCGAAGAAGAAGAGGAGGAGG
AAGAACTCTATGCTGGTGATGGAGGTGGTGGTGGAGGCATCAAGCTTGCCGGAACAACAT
GGGACAAAGAAGCATTGTCCTTAGCTGAGAAGCGTGCGAGTCTTTTAACGGTGAGCTAGG
CATTTACGCGTTCAAGACTCTGCCAAACTCAACCATACAAGTGAGAATCGAACGGCTCAC
TAACAAGTCCGGTTCTCCGACGATGGAAGACATTGAAGCGTATTCAACAACTTACAGAGC
GAAACTGTCTGAAGCTGAACTCGCCAAGACCGTACCAGACA*TATCTCCTTAGAG*TGTC
ATCTCCTG
TGTTGA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1GQ55JQ 658 0 0
TTCTACCTCGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAAGAACTCTATGCTGGTGATGGAGGTGGTGGT
GGAGGCATCAAGCTTGCCGGAACAACATGGGACAAAGAAGCATTGTCCTTAGCTGAGAAG
CGTGCGAGTCTTTTAACGGTGAGCTAGGCATTTACGCGTTCAAGACTCTGCCAAACTCAA
CCATACAAGTGAGAATCGAACGGCTCACTAACAAGTCCGGTTTTCCGACGATGGAAGACA
TTGAAGCGTATTCAACAACTTACAGAGCGAAACTGTTTGAAGCTGAACTCGCCAAGACCG
TACCAGACAATATCTCCTTAGAGGTGTCATCTCCTGGTGTTGAAAGAGTAGTAAGAGTTC
CTCAGGATCTTGACCGGTACAAGGACAGGTCAATGTATGTGAGGTACGTTAACGAGGAAG
CTGAAAATGAAGGTGATGGTATCTTCAGACTTGTCTCTTTTGATGTGGAAGCCAAAAGCT
GCGTTTGGGGGATAGCCGATATTAGAGTGAACCGTGAGAAGGCAGGCAAAGGCAGACCTT
TGAGCAAGAAGCAAAGAGAATGGCGTCTTGAAACGTCTTTTGAGTCACTACGTTTAGTTC
GTTTGCATTCTGAATGTTGAAACACATAACATTATTTTTATTGAATGAAAACTATTAC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL4572Contig1 964 2 6 U
GATGAAGATCGAGACTCACATGATCTTTCACATTAGGTTTCATCAATCTGTACGGCCAGT
TCGGCTCTTTACGCTCCTGCTCGTGCGTTCTAAACGCTGAAGCTGGTGAAGCTGAGTAAA
CGCCATGAATAGCGTTTGCTGACGTGGAAGGCGGTGGTACACGCCACACACCCAAAGGAC
TTCCGTTGATCGTCGGTGGGTTAGAAGAAGGAGGGGGAAGAAGAGTGCGTGAGTAATACG
ACGGCGTTTGTTGTCCTCCTACTCCACCACCGTAGAATCTAGCTTCCGTCGTCCACGTGG
GATAGTGACGGTGGTGGTGGTGGTTGTTTAGGAAGCCGTAGACGTGGTGAGAGTCAGACT
GATGAAGGTATGATGGCGTAGAACCGCGTTTGGCGTGTTGGCGTTCGCGTTTGTGAGCGT
TTTGGTGTCCACCTAGGGCTTGAGAAGTAGGGAAGTTTCTGAAACAGTAGTGAAACTCGA
ATCTCCTGTTGTTGTTGCTGTTGTCTTTCTCCTTGTCTTTGTCCTTCTCCTTGACATTCT
CAGAGCTCTCTTCGTCGATCTTGATCGTTGTGGTCTCACAGAAGTCTTCTTGTTGAGCAC
CGGAAGACTTGTCTCTGACGAGCTCTTGGCCGAAGAGACGAACGATGGAGCTTTTTTCTT
TGGGAGGAGTACGGCTGATAAAAGGAAGCTGAGAGAAGGATTCGACGTTAACATTCATGA
AATCGTGAGTTTCTCTTTTTCCATTGGTTTCGTCCATGGAAGCAAGAGAGAGAGGAATGA
ATATGAGGTTGACTGTTTCAGAGACAGAGAGACAAGAGGTGAGGTTTTGCATTAATATAA
AGAGGTTTTCTAAAATTCTTTTAAGGTAATTAACTGTGTTATTTTACCCCCGTGGGTGTA
TTATAATTTTACTTTTTATCCCCCAGAGTGATTCACATCAGACATCCCTCTCATGTTTTC
GCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1CG43TF U 1
AF RR1CG43JQ C 189
BS 1 473 RR1CG43TF
BS 474 474 RR1CG43JQ
BS 475 656 RR1CG43TF
BS 657 657 RR1CG43JQ
BS 658 684 RR1CG43TF
BS 685 964 RR1CG43JQ

RD RR1CG43TF 692 0 0
GATGAAGATCGAGACTCACATGATCTTTCACATTAGGTTTCATCAATCTGTACGGCCAGT
TCGGCTCTTTACGCTCCTGCTCGTGCGTTCTAAACGCTGAAGCTGGTGAAGCTGAGTAAA
CGCCATGAATAGCGTTTGCTGACGTGGAAGGCGGTGGTACACGCCACACACCCAAAGGAC
TTCCGTTGATCGTCGGTGGGTTAGAAGAAGGAGGGGGAAGAAGAGTGCGTGAGTAATACG
ACGGCGTTTGTTGTCCTCCTACTCCACCACCGTAGAATCTAGCTTCCGTCGTCCACGTGG
GATAGTGACGGTGGTGGTGGTGGTTGTTTAGGAAGCCGTAGACGTGGTGAGAGTCAGACT
GATGAAGGTATGATGGCGTAGAACCGCGTTTGGCGTGTTGGCGTTCGCGTTTGTGAGCGT
TTTGGTGTCCACCTAGGGCTTGAGAAGTAGGGAAGTTTCTGAAACAGTAGTGACACTCGA
ATCTCCTGTTGTTGTTGCTGTTGTCTTTCTCCTTGTCTTTGTCCTTCTCCTTGACATTCT
CAGAGCTCTCTTCGTCGATCTTGATCGTTGTGGTCTCACAGAAGTCTTCTTGTTGAGCAC
CGGAAGACTTGTCTCTGACGAGCTCTTGGCCGAAGAGACGAACGATGGAGCTTTTT*CTT
TGGGAGGAGTACGGCTGATAAAAG
AAGCTGAG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1CG43JQ 776 0 0
ATCGTCGGTGGGT*AGAAGAAGGAGGGGGAAGAAGAGTGCGTGAGTAATACGACGGCGTT
TGTTGTCCTCCTACTCCACCACCGTAGAATCTAGCTTCCGTCGTCCACGTGGGATAGTGA
CGGTGGTGGTGGTGGTTGTTTAGGAAGCCGTAGACGTGGTGAGAGTCAGACTGATGAAGG
TATGATGGCGTAGAACCGCGTTTGGCGTGTTGGCGTTCGCGTTTGTGAGCGTTTTGGTGT
CCACCTAGGGCTTGAGAAGTAGGGAAGTTTTTGAAACAGTAGTGAACCTCGAATCTCCTG
TTGTTGTTGCTGTTGTCTTTCTCCTTGTCTTTGTCCTTCTCCTTGACATTCTCAGAGCTC
TTTTCGTCGATCTTGATCGTTGTGGTCTCACAGAAGTCTTCTTGTTGAGCACCGGAAGAC
TTGTTTCTGACGAGCTCTTGGCCGAAGAGACGAACGATGGAGCTTTTTTCTTTGGGAGGA
GTACGGCTGATAAAAGGAAGCTGAGAGAAGGATTCGACGTTAACATTCATGAAATCGTGA
GTTTCTCTTTTTCCATTGGTTTCGTCCATGGAAGCAAGAGAGAGAGGAATGAATATGAGG
TTGACTGTTTCAGAGACAGAGAGACAAGAGGTGAGGTTTTGCATTAATATAAAGAGGTTT
TCTAAAATTCTTTTAAGGTAATTAACTGTGTTATTTTACCCCCGTGGGTGTATTATAATT
TTACTTTTTATCCCCCAGAGTGATTCACATCAGACATCCCTCTCATGTTTTCGCTG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL4573Contig1 1286 2 2 U
AGCATTAGGGAGAGATTGTTCAGTGCAATGACGAATAGGTACGGTGACAGAGGATCACCT
TGACGCAGACCACGAGAGCCATTGAAATACCCATTCACCATTCCATTGTACCCCACTGTA
AAGGTAGCAGTACATACACAAGCTCTGATCCAAGCAATGTACTCCCGAGGCAAGTTTAAC
CCTTCCAAGCAAGAGAACAAAAAGTCCCATGATAAGGTGCAATGAGGGAAGGCAGAATGG
GCTTAAGTCGCTTGACTAGGAGCCTAGAAACAACCTTGTAGAGGGTATTGAGACATGCAA
TCGGTCTGAAGTCAGTTATCTGCGAAGCACCCGTATGCTTTGGAACCAACGTCAGAATAG
TGCTGTTTGTAGTAGGTGGCATGTAAGCAGAGCGAAAGAAGTGCTGAATAGCCTGCAATA
CTTCCGTGCCCACAATTGTCCAAGATGCCTTATAGAAGCCAGAAGTGAGACCATCAGGAC
CGGGGGCCTTGTTGGGGTTAAGCTTGAACAGTACGGTGGTGATCTCCTCACAAGATGGCA
GGGTTATCATTTCAGCAGCAGACCTCTGATCACAGCGGAATGGAGTCAGAGAGTGAAACC
ATCCAGTTGAGGATATCACTGTGGGGCGAGGAGCAGCCGAAGGTCCAAGGATGCTTGTGA
AGTGCTTGACTGCATGAGCGCTCATCTCCAGAGGGTCTACTATCATAACGCCAGAGGGAA
GCACAAAGGACCTGATGGTGTTGTAGCTCAGATGCGTCTGCAAGACTCGAAAGAATTTGT
GATCGACTATTCAAATGAACTTTTGACATCAGTTGAGGGTACCTACAACACACTCCCTGA
TGATGGCGTTTTGGTCGTTAGGTCATTGATCTTCAAAACATCAAAAGGAAGAATTTCTCC
AACATATGGATTTGTGTCTGGTACCCAGTTTGTATTGGAGAAGGAAGGTAATGCTATTGT
CGGGTTTCATGGACGTGATGGTGGTGCCTTCGATGCTATCGGAGTTTATTTCTCACCGAT
CAGTAGTTCGTAATTCAGAACTAATAAAAATGAATGATTAGGGTTCCATGGAAAAACTAG
CTAGTCACGAGTTTGAACGGTTTGAACATGGTGCTTTAGTGCTTTCTCGTATCTCTACCT
ACTTTATTATACCTGTTTAATTATGTGTCAATTATTGCCTATATATTTGGTGTTCCATTT
CCATCCTTGCAAATCTCATATAATGTAAAAAGGTTTACGTAAAACCTATTTCAATATTAT
CATAATAAAAGAGCTCTGATCATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GO58TF U 1
AF RR1GO58JQ C 582
BS 1 638 RR1GO58TF
BS 639 1286 RR1GO58JQ

RD RR1GO58TF 638 0 0
AGCATTAGGGAGAGATTGTTCAGTGCAATGACGAATAGGTACGGTGACAGAGGATCACCT
TGACGCAGACCACGAGAGCCATTGAAATACCCATTCACCATTCCATTGTACCCCACTGTA
AAGGTAGCAGTACATACACAAGCTCTGATCCAAGCAATGTACTCCCGAGGCAAGTTTAAC
CCTTCCAAGCAAGAGAACAAAAAGTCCCATGATAAGGTGCAATGAGGGAAGGCAGAATGG
GCTTAAGTCGCTTGACTAGGAGCCTAGAAACAACCTTGTAGAGGGTATTGAGACATGCAA
TCGGTCTGAAGTCAGTTATCTGCGAAGCACCCGTATGCTTTGGAACCAACGTCAGAATAG
TGCTGTTTGTAGTAGGTGGCATGTAAGCAGAGCGAAAGAAGTGCTGAATAGCCTGCAATA
CTTCCGTGCCCACAATTGTCCAAGATGCCTTATAGAAGCCAGAAGTGAGACCATCAGGAC
CGGGGGCCTTGTTGGGGTTAAGCTTGAACAGTACGGTGGTGATCTCCTCACAAGATGGCA
GGGTTATCATTTCAGCAGCAGACCTCTGATCACAGCGGAATGGAGTCAGAGAGTGAAACC
ATCCAGTTGAGGATATCACTGTGGGGCGAGGAGCAGCC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1GO58JQ 705 0 0
GGAGTCAGAGAGTGAAACCATCCAGTTGAGGATATCACTGTGGGGCGAGGAGCAGCCGAA
GGTCCAAGGATGCTTGTGAAGTGCTTGACTGCATGAGCGCTCATCTCCAGAGGGTCTACT
ATCATAACGCCAGAGGGAAGCACAAAGGACCTGATGGTGTTGTAGCTCAGATGCGTCTGC
AAGACTCGAAAGAATTTGTGATCGACTATTCAAATGAACTTTTGACATCAGTTGAGGGTA
CCTACAACACACTCCCTGATGATGGCGTTTTGGTCGTTAGGTCATTGATCTTCAAAACAT
CAAAAGGAAGAATTTCTCCAACATATGGATTTGTGTCTGGTACCCAGTTTGTATTGGAGA
AGGAAGGTAATGCTATTGTCGGGTTTCATGGACGTGATGGTGGTGCCTTCGATGCTATCG
GAGTTTATTTCTCACCGATCAGTAGTTCGTAATTCAGAACTAATAAAAATGAATGATTAG
GGTTCCATGGAAAAACTAGCTAGTCACGAGTTTGAACGGTTTGAACATGGTGCTTTAGTG
CTTTCTCGTATCTCTACCTACTTTATTATACCTGTTTAATTATGTGTCAATTATTGCCTA
TATATTTGGTGTTCCATTTCCATCCTTGCAAATCTCATATAATGTAAAAAGGTTTACGTA
AAACCTATTTCAATATTATCATAATAAAAGAGCTCTGATCATACC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4575Contig1 941 2 2 U
GGAGAGAGAGAGAAACGCGTCGTCTCTCCCACTTTCCCCTTTTGATTATCATTATCGGAT
CAGAACAATCTGGAAAACAGAGAGGTTTCCGGATTGTTTCGATTCTTAAAACTTTTTTTT
GCTGAATTCGATCAAAAGGGTTTCTCTGTTTACGTTAATCCTTCTCAAAAATCTTAATTT
TCCCGAGAAAGTTTGAGAATTTTCTTTTCAATTTCCCGGAGAAACCGTCGCCCAGTGACT
ACGGTTTGTTGCAAATCGTGCTGCTTCAGACTGTTTTTGGAATTTTGGGTGTTTGGTCTG
GTCTGTGTTATGGATACGAGTTGTGGAGAGGATAAGGAAGCCAATGGGTGTGGGAATGGT
GATAGTAAGGCTGTTGTTGTTAGTCTAAAGAGGAGTGAGGTGGAAGATGAGATATCTGAG
GAGGAGGAAGAGGAAAGTGAGTCGCAGTGTTTGTTGCCTCCGAGGAAAGGAGGGATGTCG
AGAAGTACTGACAAGATTAGGAGGACTGTCCAGTGGAATGACATCAGAGGAGATAATCTT
GCTGAGGTTTTAGTTTATGAACCAAGCGAAGTAAGCGATACAGATGAGGATGACTCAGAT
TCCTGCATCTGCACAATTATGTAATTTCCTTCAGAACCCCTCCCACGCAATCAACCAAAC
CATTAACATGGAGTTTTAACAACGAGCTCGTTGGCTTCTTTTCAGCAAACAGTTTTTGTT
TTGTGAGGACAGAAGAAACCAACATAACTGAGTGGACTTGTTGTGACAAGAAGAAGCCAG
TCACCAAACGAGGGGATGTAGTAGACTCAGATAAAAGCTGATATACAAATGGTCACAGGA
GTGTGAGAGTATATAAAAATTATATATAGATTACTTGCTTCTATTGTTTTCAACAGAAGC
TGCTGATCTTCAAATCCTTTTTGAGTGCTATTTGATTTTTT


BQ
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AF RR1GN96TF U 1
AF RR1GN96JQ C 426
BS 1 596 RR1GN96TF
BS 597 941 RR1GN96JQ

RD RR1GN96TF 596 0 0
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CAGAACAATCTGGAAAACAGAGAGGTTTCCGGATTGTTTCGATTCTTAAAACTTTTTTTT
GCTGAATTCGATCAAAAGGGTTTCTCTGTTTACGTTAATCCTTCTCAAAAATCTTAATTT
TCCCGAGAAAGTTTGAGAATTTTCTTTTCAATTTCCCGGAGAAACCGTCGCCCAGTGACT
ACGGTTTGTTGCAAATCGTGCTGCTTCAGACTGTTTTTGGAATTTTGGGTGTTTGGTCTG
GTCTGTGTTATGGATACGAGTTGTGGAGAGGATAAGGAAGCCAATGGGTGTGGGAATGGT
GATAGTAAGGCTGTTGTTGTTAGTCTAAAGAGGAGTGAGGTGGAAGATGAGATATCTGAG
GAGGAGGAAGAGGAAAGTGAGTCGCAGTGTTTGTTGCCTCCGAGGAAAGGAGGGATGTCG
AGAAGTACTGACAAGATTAGGAGGACTGTCCAGTGGAATGACATCAGAGGAGATAATCTT
GCTGAGGTTTTAGTTTATGAACCAAGCGAAGTAAGCGATACAGATGAGGATGACTC

QA 1 596 1 596
DS 

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TACTGACAAGATTAGGAGGACTGTCCAGTGGAATGACATCAGAGGAGATAATCTTGCTGA
GGTTTTAGTTTATGAACCAAGCGAAGTAAGCGATACAGATGAGGATGACTCAGATTCCTG
CATCTGCACAATTATGTAATTTCCTTCAGAACCCCTCCCACGCAATCAACCAAACCATTA
ACATGGAGTTTTAACAACGAGCTCGTTGGCTTCTTTTCAGCAAACAGTTTTTGTTTTGTG
AGGACAGAAGAAACCAACATAACTGAGTGGACTTGTTGTGACAAGAAGAAGCCAGTCACC
AAACGAGGGGATGTAGTAGACTCAGATAAAAGCTGATATACAAATGGTCACAGGAGTGTG
AGAGTATATAAAAATTATATATAGATTACTTGCTTCTATTGTTTTCAACAGAAGCTGCTG
ATCTTCAAATCCTTTTTGAGTGCTATTTGATTTTTT

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 2

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CTTGCCGTGCTGGTTCTTGCTCGAGCTGCGCAGGTAAAGTTGTGTCTGGTACCGTTGACC
AGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATTGCTGAAGGGTTTGTCCTGACTTGTG
CGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAAAGAAGAAGACATGGTTTAAG
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TGAGTTGAGTTTGTTGTTTACTTTAGTATAATCTATTGTTGTCTGCTGTAATTGTTCTTG
GTTTGGAACATCTTTTGGTGAGATCAATGGGTAACTGTTTTAAACT


BQ
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AF RR1GS48JQ C 1
AF RR1GS48TF U 1
BS 1 466 RR1GS48TF

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GCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCGGAGGAAGCAGGGATCGACTTGCCTTACT
CTTGCCGTGCTGGTTCTTGCTCGAGCTGCGCAGGTAAAGTTGTGTCTGGTACCGTTGACC
AGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATTGCTGAAGGGTTTGTCCTGACTTGTG
CGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAAAGAAGAAGACATGGTTTAAG
ACAAAAGCTCCGTAACATGCTGCTTTTGATGGTTTCGTAATCATTCATGTCTTTACATTT
TGAGTTGAGTTTGTTGTTTACTTTAGTATAATCTATTGTTGTCTGCTGTAATTGTTCTTG
GTTTGGAACATCTTTTGGTGAGATCAATGGGTAACTGTTTTAAACT

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR1GS48TF 466 0 0
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GCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCGGAGGAAGCAGGGATCGACTTGCCTTACT
CTTGCCGTGCTGGTTCTTGCTCGAGCTGCGCAGGTAAAGTTGTGTCTGGTACCGTTGACC
AGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACCAGATTGCTGAAGGGTTTGTCCTGACTTGTG
CGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAAAGAAGAAGACATGGTTTAAG
ACAAAAGCTCCGTAACATGCTGCTTTTGATGGTTTCGTAATCATTCATGTCTTTACATTT
TGAGTTGAGTTTGTTGTTTACTTTAGTATAATCTATTGTTGTCTGCTGTAATTGTTCTTG
GTTTGGAACATCTTTTGGTGAGATCAATGGGTAACTGTTTTAAACT

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 2

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ATCAACGGGTACGTGGTTGCGGCGGGGGAGAAGAAGAAGGCGTCTCAACCGTCGTCGTGG
AACTGGGTGCTTATAAACGCGACGGGAGAGAGCGAGGCGCTTGATGTCGATAAGTATGCT
GTCATGCACCGTGTTCAGATCCACGCTCGTGATCTAAGGATTATTGACCCGAATCTATCT
TACCCTTCCACTATTCTCGTACGAGAGAGAGCCATTGTGCTGAATTTGGAGCATATCAAG
GCGATCATCACTTCCGATGAGGTTTTGCTTCGGGATCCATCGAATGAAAATGTTATCCCC
GTTGTGAAGGAGCTTGAAAGACGCTTGCCAGTTGGAAACAAAGCACAACATGGTCAAGGA
GAGGGGAAAGAGAGTTCAGCTACACAAAATGATGCTGATGTTGGTGGAGAAGATGAAACC
CCATTTGAATTCCGTGCACTGGAAGTTTTCTTGGAAGCTATGTGTAGCTTCTTAGCTGCA
AGGACAACGGAGCTAGAAACAGCTGCCTACCCTACTTTGGATGAGCTTGCCTCAAAGATT
AGTAGCCATAACTTGGATAGAGTTCGGAAGTTGAAGAGTGTCACCACTCGGTTGACAGCT
CGAGTTCAAAAGGTAAGAGATGAGCTTGAACATTTGCTGGATGATGACGATGATATGGCT
GATCTTTACCTTTCAAGGAAGCTCTCTAGTGCTTCCTCAGCAGCTGCTAGTGTAGCCACA
GTTCGTGAGGATGAAAACGATGTTGAACAACTTGAAATGTTGCTCGAGGCATACTTCATG
CAAATCGACAGCACTTTTAACAAATTAACAACGCTACGTGAGTATATCGATGATACGGAT
GATTACATTAACATTCAGATGGACAATCATCGTAATGAGCTGATTAAGTTGGAGGTTGTG
TTAAGTTCTGGAACCGTTTGCTCAGCATTTTACTCTCTAGTCGCTGGAATTTTCGGGATG
AACATTCCATACACGTGGAACGATAACCACGGATACATGTTCAAATGGGTTTGTATCGTG
ACGGGGGCAATTTGTGTGATCTCGTTGGTATTCATAATGTCGTACACTCGGTTCAAAGGG
CTTGTGGGATCTTGATTTGTCTAGAGAGAGTTTTTTAGCATTGAGAAATTGAGACTTCGA
ATTGTTTAAGAGGAGCTTTACTCTACACAATCTTATTATTAGAGATTTTAAACCG


BQ
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AF RR1A488TF U 1
AF RR1A488JQ C 382
BS 1 857 RR1A488TF
BS 858 1255 RR1A488JQ

RD RR1A488TF 858 0 0
GGATGAACACTTGAGCAAAAAGGTGGGAGGGACTCTCTCTGTTTTGTAGACATGGCGCAT
ATCAACGGGTACGTGGTTGCGGCGGGGGAGAAGAAGAAGGCGTCTCAACCGTCGTCGTGG
AACTGGGTGCTTATAAACGCGACGGGAGAGAGCGAGGCGCTTGATGTCGATAAGTATGCT
GTCATGCACCGTGTTCAGATCCACGCTCGTGATCTAAGGATTATTGACCCGAATCTATCT
TACCCTTCCACTATTCTCGTACGAGAGAGAGCCATTGTGCTGAATTTGGAGCATATCAAG
GCGATCATCACTTCCGATGAGGTTTTGCTTCGGGATCCATCGAATGAAAATGTTATCCCC
GTTGTGAAGGAGCTTGAAAGACGCTTGCCAGTTGGAAACAAAGCACAACATGGTCAAGGA
GAGGGGAAAGAGAGTTCAGCTACACAAAATGATGCTGATGTTGGTGGAGAAGATGAAACC
CCATTTGAATTCCGTGCACTGGAAGTTTTCTTGGAAGCTATGTGTAGCTTCTTAGCTGCA
AGGACAACGGAGCTAGAAACAGCTGCCTACCCTACTTTGGATGAGCTTGCCTCAAAGATT
AGTAGCCATAACTTGGATAGAGTTCGGAAGTTGAAGAGTGTCACCACTCGGTTGACAGCT
CGAGTTCAAAAGGTAAGAGATGAGCTTGAACATTTGCTGGATGATGACGATGATATGGCT
GATCTTTACCTTTCAAGGAAGCTCTCTAGTGCTTCCTCAGCAGCTGCTAGTGTAGCCACA
GTTCGTGAGGATGAAAACGATGTTGAACAACTTGAAATGTTGCTCGAGGCATACTTCATG
CAAATCGACAGCACTTT
A

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR1A488JQ 874 0 0
CGCTTGCCAGT*GGAAACAAAGCACAACATGGTCAAGGAGAGGGGAAAGAGAGTTCAGCT
ACACAAAATGATGCTGATGTTGGTGGAGAAGATGAAACCCCATTTGAATTCCGTGCACTG
GAAGTTTTCTTGGAAGCTATGTGTAGCTTCTTAGCTGCAAGGACAACGGAGCTAGAAACA
GCTGCCTACCCTACTTTGGATGAGCTTGCCTCAAAGATTAGTAGCCATAACTTGGATAGA
GTTCGGAAGTTGAAGAGTGTCACCACTCGGTTGACAGCTCGAGTTCAAAAGGTAAGAGAT
GAGCTTGAACATTTGCTGGATGATGACGATGATATGGCTGATCTTTACCTTTCAAGGAAG
CTCTCTAGTGCTTCCTCAGCAGCTGCTAGTGTAGCCACAGTTCGTGAGGATGAAAACGAT
GTTGAACAACTTGAAATGTTGCTCGAGGCATACTTCATGCAAATCGACAGCACTTTTAAC
AAATTAACAACGCTACGTGAGTATATCGATGATACGGATGATTACATTAACATTCAGATG
GACAATCATCGTAATGAGCTGATTAAGTTGGAGGTTGTGTTAAGTTCTGGAACCGTTTGC
TCAGCATTTTACTCTCTAGTCGCTGGAATTTTCGGGATGAACATTCCATACACGTGGAAC
GATAACCACGGATACATGTTCAAATGGGTTTGTATCGTGACGGGGGCAATTTGTGTGATC
TCGTTGGTATTCATAATGTCGTACACTCGGTTCAAAGGGCTTGTGGGATCTTGATTTGTC
TAGAGAGAGTTTTTTAGCATTGAGAAATTGAGACTTCGAATTGTTTAAGAGGAGCTTTAC
TCTACACAATCTTATTATTAGAGATTTTAAACCG

QA 1 874 1 874
DS 



AS 1 2

CO CL4578Contig1 999 2 2 U
GGAGGAGATCCGTATTGAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATCAAAGGATGAGTGGGCACGAG
AATCACGACGATGACGTCAGCCGGATCTCTACTCCCTCCTCCGCATCATCGGATCCCAAA
GCTCCTCACTCCTCTGACTACGCTCCTTACCCTAAGCTCGATCCCAACGACGTCACTCCT
CCTCCTCCTGCTCCCGTCTCCGGCAACAACGCCGCCACCACCATGCCGCCTGAGTTCAAT
CCTTACGTCTCTCCTTCCCCTGTCCCCAAGAATACGATGGACTCTGTGAAGGACACGCTT
GGGAAATGGGGGAAGATGGCAGCAGACGCCACCAAGAAGGCTCAGGATCTCTCCGGGAAC
GTTTGGCAGCACTTGAAAACAGGACCAAGTGTAGCTGATGCTGCTGTTTCTCGAATCGCT
CAGGGGACCAAGATACTTGCGGAAGGTGGATATGAGAAGGTTTTCAAGCAGACTTTTGAG
TGCTTTCCCGATGAGCAGCTTCGCAAGACCTATGCTTGCTACTTGTCTACATCTGCTGGT
CCTGTCATGGGTGTTATGTATCTTTCTACGCACAAGCTTGCTTTCTGTAGTGACGCTCCT
CTTTCCTACAAGGAAGGTGATCAGACCAAGTGGAGCTATTACAAGGTGGTACTTCCGGTG
AACCAGCTCAAGGCAGTGAACCCGTCAACAAGCAGAGTGAACACGTCTGAGAAGTACATA
CAAGTGATTTCTGTCGACAACCACGAGTTTTGGTTTATGGGGTTTGTGACTTATGATAGC
GCTGTCAAGAGCCTTCAAGAAGCTGTGCAGTCGCATGCTCCATGAGGCTCCACCGCCATC
GGTGTCTCTAGTGTTGTGCATTATATGTATGGAACAGTGTGTGTGTACTTTTATACCATT
TCAGTGTGTGTTGTACATTTTACTCTCCTGGGGAGTGATGATCATAAAACATTACTTATG
TTCATTTACTTTGTATGATTAAATTATTATGTTATTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EO18TF U 1
AF RR1EO18JQ C 406
BS 1 729 RR1EO18TF
BS 730 999 RR1EO18JQ

RD RR1EO18TF 734 0 0
GGAGGAGATCCGTATTGAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATCAAAGGATGAGTGGGCACGAG
AATCACGACGATGACGTCAGCCGGATCTCTACTCCCTCCTCCGCATCATCGGATCCCAAA
GCTCCTCACTCCTCTGACTACGCTCCTTACCCTAAGCTCGATCCCAACGACGTCACTCCT
CCTCCTCCTGCTCCCGTCTCCGGCAACAACGCCGCCACCACCATGCCGCCTGAGTTCAAT
CCTTACGTCTCTCCTTCCCCTGTCCCCAAGAATACGATGGACTCTGTGAAGGACACGCTT
GGGAAATGGGGGAAGATGGCAGCAGACGCCACCAAGAAGGCTCAGGATCTCTCCGGGAAC
GTTTGGCAGCACTTGAAAACAGGACCAAGTGTAGCTGATGCTGCTGTTTCTCGAATCGCT
CAGGGGACCAAGATACTTGCGGAAGGTGGATATGAGAAGGTTTTCAAGCAGACTTTTGAG
TGCTTTCCCGATGAGCAGCTTCGCAAGACCTATGCTTGCTACTTGTCTACATCTGCTGGT
CCTGTCATGGGTGTTATGTATCTTTCTACGCACAAGCTTGCTTTCTGTAGTGACGCTCCT
CTTTCCTACAAGGAAGGTGATCAGACCAAGTGGAGCTATTACAAGGTGGTACTTCCGGTG
AACCAGCTCAAGGCAGTGAACCCGTCAACAAGCAGAGTGAACACGTCTGAGAAGTACATA
CAAGTGATT
CTGTC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1EO18JQ 594 0 0
GTTTCTCGAATCGCTCAGGGGACCAAGATACTTGCGGAAGGTGGATATGAGAAGGTTTTC
AAGCAGACTTTTGAGTGCTTTCCCGATGAGCAGCTTCGCAAGACCTATGCTTGCTACTTG
TCTACATCTGCTGGTCCTGTCATGGGTGTTATGTATCTTTCTACGCACAAGCTTGCTTTC
TGTAGTGACGCTCCTCTTTCCTACAAGGAAGGTGATCAGACCAAGTGGAGCTATTACAAG
GTGGTACTTCCGGTGAACCAGCTCAAGGCAGTGAACCCGTCAACAAGCAGAGTGAACACG
TTTGAGAAGTACATACAAGTGATTTCTGTCGACAACCACGAGTTTTGGTTTATGGGGTTT
GTGACTTATGATAGCGCTGTCAAGAGCCTTCAAGAAGCTGTGCAGTCGCATGCTCCATGA
GGCTCCACCGCCATCGGTGTCTCTAGTGTTGTGCATTATATGTATGGAACAGTGTGTGTG
TACTTTTATACCATTTCAGTGTGTGTTGTACATTTTACTCTCCTGGGGAGTGATGATCAT
AAAACATTACTTATGTTCATTTACTTTGTATGATTAAATTATTATGTTATTTGC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

CO CL4579Contig1 1388 2 2 U
GGACTTTCAGTTAAGCGCAGAGCCGTCACAGACAGAACAACCTTAAATAAAATAAAAAAC
TCAATCCAAGGAGACATTGAGCGAGGAAGAATCCGGATCTTAGATTTGGTTTCGATTCGA
ATTAATTTTGAAGCCGGCGTCTTTTAGGGTCTAGGCTTGAGAAGGAGAAGGAGAAGAAGA
AGAAGATAACTAGCTTTTGTTACTATTTTTTTTTAATGGCATCGGAGGATGTGAAGAGGA
GTGAAGGGGTTAAAGCTCCGAGCAATGCCGTAATCGGGATCTGCAAGTCTTTGATCGCCG
GTGTCGTTGCCGGCGGAGTGTCGAGGACAGCTGTTGCTCCGTTGGAGAGACTGAAGATTT
TACTACAGGTTCAAAATCCACACAGTATAAAGTACAATGGAACGGTTCAAGGGTTGAAGT
ATATATGGAGGACTGAAGGTTTCCGTGGATTGTTTAAAGGCAATGGTGCTAATTGTGCTC
GTATTGTTCCTAACTCTGCCGTCAAGTTCTTCAGCTACGAGCAAGCTTCCAAGGGGATAC
TCTACCTCTACCGGCAACAAACAGGGAACGATGAGGCTCAGCTCACGCCTCTTTTGCGGC
TTGGTGCTGGAGCTTGTGCCGGAATCATTGCCATGTCAGCCACTTACCCTATGGACATGG
TGCGTGGTAGACTCACCGTCCAGACAGACAAATCTCCTTATCAATACAGAGGAATGGTCC
ATGCACTATCCACAGTCCTGCGTCAAGAAGGACCAAGCGCCTTGTACAGAGGATGGCTTC
CATCTGTTATCGGAGTTGTACCCTACGTTGGCCTTAACTTTGCAGTCTACGAGTCTCTAA
AAGACTGGCTGGTCAAATCGAAACCTTTTGGGATACTCGACAACAGCAACAACAACTCGG
AGCTGACGGTGACAACAAGACTCGCATGTGGAGCCGTCGCTGGAACGATGGGCCAGACTG
TTGCGTACCCTCTTGACGTAGTTCGTAGAAGAATGCAGATGGTTGGTTGGAAAGACGCTT
CATCGGTTATAACAGGAGGTGATGGTAGAGGAGGCAAAGCTCCGATAGAGTATTCTGGAA
TGGTTGATGCATTTAGGAAAACGGTTAGACATGAAGGCTTTGGTGCATTGTACAAGGGTT
TGGTGCCTAACTCCGTCAAGGTAGTGCCGTCGATAGCGATAGCGTTTGTGACGTACGAGA
AGGTTAAGGACATACTAGGAGTTGAGTTCAGGATATCAGATTGAAAGAAGAAGAAGAAGA
AGAAGAAGAGAGTTCTTCACGTGATTGTATTAATCATTAGATTTAAGCTTTTCTGATTTA
TGTATTGCATCGCACCAACAATTCACTAATAATCAAAAGACACGGGAGCAAGTAGATACT
CTCATTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BT69TF U 1
AF RR1BT69JQ C 680
BS 1 750 RR1BT69TF
BS 751 1388 RR1BT69JQ

RD RR1BT69TF 750 0 0
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TCAATCCAAGGAGACATTGAGCGAGGAAGAATCCGGATCTTAGATTTGGTTTCGATTCGA
ATTAATTTTGAAGCCGGCGTCTTTTAGGGTCTAGGCTTGAGAAGGAGAAGGAGAAGAAGA
AGAAGATAACTAGCTTTTGTTACTATTTTTTTTTAATGGCATCGGAGGATGTGAAGAGGA
GTGAAGGGGTTAAAGCTCCGAGCAATGCCGTAATCGGGATCTGCAAGTCTTTGATCGCCG
GTGTCGTTGCCGGCGGAGTGTCGAGGACAGCTGTTGCTCCGTTGGAGAGACTGAAGATTT
TACTACAGGTTCAAAATCCACACAGTATAAAGTACAATGGAACGGTTCAAGGGTTGAAGT
ATATATGGAGGACTGAAGGTTTCCGTGGATTGTTTAAAGGCAATGGTGCTAATTGTGCTC
GTATTGTTCCTAACTCTGCCGTCAAGTTCTTCAGCTACGAGCAAGCTTCCAAGGGGATAC
TCTACCTCTACCGGCAACAAACAGGGAACGATGAGGCTCAGCTCACGCCTCTTTTGCGGC
TTGGTGCTGGAGCTTGTGCCGGAATCATTGCCATGTCAGCCACTTACCCTATGGACATGG
TGCGTGGTAGACTCACCGTCCAGACAGACAAATCTCCTTATCAATACAGAGGAATGGTCC
ATGCACTATCCACAGTCCTGCGTCAAGAAG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1BT69JQ 709 0 0
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GAAACCTTTTGGGATACTCGACAACAGCAACAACAACTCGGAGCTGACGGTGACAACAAG
ACTCGCATGTGGAGCCGTCGCTGGAACGATGGGCCAGACTGTTGCGTACCCTCTTGACGT
AGTTCGTAGAAGAATGCAGATGGTTGGTTGGAAAGACGCTTCATCGGTTATAACAGGAGG
TGATGGTAGAGGAGGCAAAGCTCCGATAGAGTATTCTGGAATGGTTGATGCATTTAGGAA
AACGGTTAGACATGAAGGCTTTGGTGCATTGTACAAGGGTTTGGTGCCTAACTCCGTCAA
GGTAGTGCCGTCGATAGCGATAGCGTTTGTGACGTACGAGAAGGTTAAGGACATACTAGG
AGTTGAGTTCAGGATATCAGATTGAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGAGTTCTTCA
CGTGATTGTATTAATCATTAGATTTAAGCTTTTCTGATTTATGTATTGCATCGCACCAAC
AATTCACTAATAATCAAAAGACACGGGAGCAAGTAGATACTCTCATTTG

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

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CGGAAAGGATTTATTCAGATGAAGTTGACGGTAACACACTTTACCGTCTCACGGCTGATC
ACATTTTGCTACTCCAAGCAAGACTCCAACTTCTTCGTCGTATTTCTTCTTTATGTGGTC
TCTAGATCGGAGATCCATAACCATTTTCACGTGGCTAAAACAAACAAAGCAACGGTATAA
TCGTGGAACAAACGTCTATTTTCTCTATATATTTTCTTAATTTAATGATCTGGGTTACTC
GTTTTTTAAGATGCCTACTCTATAATTTGATGTAATTATGTGGATTTATATTTGTATTGT
ATTTTATTGTGAATTGTGAGTAGTCTTTTACATGCATGCAACTTTGACCGCGTGTCTGGT
ACCCATACCATACGAACAATATCTCATAATGCCACTACACAATTTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1AN62TF U 6
AF RR1C130TF U 1
BS 1 231 RR1C130TF
BS 232 232 RR1AN62TF
BS 233 589 RR1C130TF

RD RR1AN62TF 485 0 0
GG
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AATTAATATGAGCTCGAGGAAGCTCATGACCCGTCTCCAGCAGATGGTTGCTCCGGAAAG
GATTTATTCAGATGAAGTTGACGGTAACACACTTTACCGTCTCACGGCTGATCACATTTT
GCTACTCCAAGCAAGACTCCAACTTCTTCGTCGTATTTCTTCTTTATGTGGTCTCTAGAT
CGGAGATCCATAACCATTTTCACGTGGCTAAAACAAATAAAGCAACGGTATAATCGTGGA
ACAAACGTCTATTTTCTCTATATATTTTCTTAATTTAATTATCTGGGTTACTCGTTTTTT
AAGATGCCTACTCTATAATTTGATGTAATTATGTGGATTTATATTTGTATTGTATTTTAT
TGT

QA 3 485 3 485
DS 

RD RR1C130TF 589 0 0
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GAAGACCGTCCGTGTGCAAAAAGATGAGGTGTAGAGGGCTTCAAGTTCGGAGAAGAAAGA
GAGTAATAATTAATATGAGCTCGAGGAAGCTCATGACCCGTCTCCAGCAGATGGTTGCTC
CGGAAAGGATTTATTCAGATGAAGTTGACGGTAACACACTTTACCGTCTCATGGCTGATC
ACATTTTGCTACTCCAAGCAAGACTCCAACTTCTTCGTCGTATTTCTTCTTTATGTGGTC
TCTAGATCGGAGATCCATAACCATTTTCACGTGGCTAAAACAAACAAAGCAACGGTATAA
TCGTGGAACAAACGTCTATTTTCTCTATATATTTTCTTAATTTAATGATCTGGGTTACTC
GTTTTTTAAGATGCCTACTCTATAATTTGATGTAATTATGTGGATTTATATTTGTATTGT
ATTTTATTGTGAATTGTGAGTAGTCTTTTACATGCATGCAACTTTGACCGCGTGTCTGGT
ACCCATACCATACGAACAATATCTCATAATGCCACTACACAATTTTCAT

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

CO CL4581Contig1 1069 2 2 U
GGAGGATGAGTTCGAGTTGGGAAAAATGCAAACACATGGACTTAGTTTCTGAATATGATC
TTTAAAGCTTTCACTAGTCAGAACAGTCGCACTAAACTTGGTAATGACTTTTTTTTATTT
ATCAAATACCCTGATAACTGCAAACAAAAAAAAAGAAACAAGATCCACAACGGAACACAA
CTCAAGAAACATTAAATAGTGTTCAAAAAGAAGACTTTTACTTTACCTCGATGTAATATT
TACAACCTTTTTCACCTAAAGTGACCAATAGAAGTTTCAAGTTAGAGTGCAAAAGAGACA
AAGTGTAAAACAGAGCACTTCGAAAGTTGCACGTCGCCTACTGAACAAGCAGAGAATAGA
CGGCAGGATAACCGTTGAGGATGCGGAGTGCCACCACTGAATCTCCAGCACTACAGATTC
CCTCTTTCTTTGCGACTTGGACACCGAAACTAACCATGTCCCCAATTGATTTATAACCCG
CCCCCACCAGCGGAATGATCCCACGGGATACCAAGCCATAACTGGCCACATGAGACGACG
TATATTCAGAGAACATCGATCTCGAAACAACCAAGAAAACAGGGCTGCTCGGCCTGCACC
TGGCCACAAGCTTTGCCGCACCCTTGGATGTGGTGATGATAGCCTTTGCTTTGGTGTACT
TCCAACTGGCAATAGCGGCTTTCCTGGCCATGGGGAGTAACGGTCTCGGAAGAGCTTTCC
TTATTTTTTGCTGCACAGCCTTGTAATCGATCGAACTCTCCAACTCTTTGCAGAGGCTTG
AAATTCTATCCAAGACTATGTCAGGGTGAGCTTTTTTTTCGTCGCCAAGGAGCATGACGC
AATCGGTGGTACAATCGAGGACAGCGTTGGTGGGGTCGTCCTGGCAACCAAGAATTTGAA
TGGCTGTCACGATCGGTTTCCCGAGTGCATGAGCCTTCTCGATCATCTTCTGCTGTTCCA
CTCCTGGACTGCCTCTAGCCAGCAAGACTGCATCAGTTCTCTCCATAATTTCATCCACAT
TACCAGCTGCTTCTTCATTGTCAATCTGTCAATTACCAAGAAGGAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BJ08TF U 1
AF RR1BJ08JQ C 260
BS 1 771 RR1BJ08TF
BS 772 1069 RR1BJ08JQ

RD RR1BJ08TF 771 0 0
GGAGGATGAGTTCGAGTTGGGAAAAATGCAAACACATGGACTTAGTTTCTGAATATGATC
TTTAAAGCTTTCACTAGTCAGAACAGTCGCACTAAACTTGGTAATGACTTTTTTTTATTT
ATCAAATACCCTGATAACTGCAAACAAAAAAAAAGAAACAAGATCCACAACGGAACACAA
CTCAAGAAACATTAAATAGTGTTCAAAAAGAAGACTTTTACTTTACCTCGATGTAATATT
TACAACCTTTTTCACCTAAAGTGACCAATAGAAGTTTCAAGTTAGAGTGCAAAAGAGACA
AAGTGTAAAACAGAGCACTTCGAAAGTTGCACGTCGCCTACTGAACAAGCAGAGAATAGA
CGGCAGGATAACCGTTGAGGATGCGGAGTGCCACCACTGAATCTCCAGCACTACAGATTC
CCTCTTTCTTTGCGACTTGGACACCGAAACTAACCATGTCCCCAATTGATTTATAACCCG
CCCCCACCAGCGGAATGATCCCACGGGATACCAAGCCATAACTGGCCACATGAGACGACG
TATATTCAGAGAACATCGATCTCGAAACAACCAAGAAAACAGGGCTGCTCGGCCTGCACC
TGGCCACAAGCTTTGCCGCACCCTTGGATGTGGTGATGATAGCCTTTGCTTTGGTGTACT
TCCAACTGGCAATAGCGGCTTTCCTGGCCATGGGGAGTAACGGTCTCGGAAGAGCTTTCC
TTATTTTTTGCTGCACAGCCTTGTAATCGATCGAACTCTCCAACTCTTTGC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1BJ08JQ 810 0 0
AGTGACCAATAGAAGTTTCAAGTTAGAGTGCAAAAGAGACAAAGTGTAAAACAGAGCACT
TCGAAAGTTGCACGTCGCCTACTGAACAAGCAGAGAATAGACGGCAGGATAACCGTTGAG
GATGCGGAGTGCCACCACTGAATCTCCAGCACTACAGATTCCCTCTTTCTTTGCGACTTG
GACACCGAAACTAACCATGTCCCCAATTGATTTATAACCCGCCCCCACCAGCGGAATGAT
CCCACGGGATACCAAGCCATAACTGGCCACATGAGACGACGTATATTCAGAGAACATCGA
TCTCGAAACAACCAAGAAAACAGGGCTGCTCGGCCTGCACCTGGCCACAAGCTTTGCCGC
ACCCTTGGATGTGGTGATGATAGCCTTTGCTTTGGTGTACTTCCAACTGGCAATAGCGGC
TTTCCTGGCCATGGGGAGTAACGGTCTCGGAAGAGCTTTCCTTATTTTTTGCTGCACAGC
CTTGTAATCGATCGAACTCTCCAACTCTTTGCAGAGGCTTGAAATTCTATCCAAGACTAT
GTCAGGGTGAGCTTTTTTTTCGTCGCCAAGGAGCATGACGCAATCGGTGGTACAATCGAG
GACAGCGTTGGTGGGGTCGTCCTGGCAACCAAGAATTTGAATGGCTGTCACGATCGGTTT
CCCGAGTGCATGAGCCTTCTCGATCATCTTCTGCTGTTCCACTCCTGGACTGCCTCTAGC
CAGCAAGACTGCATCAGTTCTCTCCATAATTTCATCCACATTACCAGCTGCTTCTTCATT
GTCAATCTGTCAATTACCAAGAAGGAAATC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL4582Contig1 915 2 2 U
GGGAGGGGTTTTCTAATCTTATTCTAGACTCGCATCAATCATGGCGACTGATGAAACGAT
ACTCAATCACCTGAAAGTGGAGATCCCAGTAGACGAGGAATCTCTTCTTCTGAACCCAGA
CTCGAGCGTCGGTCTCGTCATCATTGACGTGGCCAATGGTTTCTGCACCGTTGGCTCCGG
CAACATGGCTCCAACAAAGCCGAGCGAACAGATATCGAAGATGGTTGAGGAATCTGCACG
GCTCGCAAGAGAGTTCTGCGATCGTAAATGGCCCGTCTTTGCGTTTCTCGACACTCATCA
TCCTGATGTTCCGGAGATCCCTTACCCTCCTCATTGTATTATAGGAACTCAAGAAGCAGA
GCTTGTCCCTGCACTACAGTGGCTTGAAAGTGAGGATGGTGTCACTCTTATGAGGAAGGA
TTGCATTAATGGGTTTGTGGGTTCGATGGAGAAAGACGGTTCTAATAAGTTTGTGGATTG
GGTTAAGGAGAAACAGATCAAAGTTATTGTGGTTGTGGGTATCTGCACAGACATATGTGT
GTTTGATTTTGTGGCTACTGTACTCTCTGCTCGAAACCACAGTGTTCTTCCTCCTTTGGA
AGATGTGATAGTTTACTCACGTGGTTGCGCCACTTTTGACCTTCCTCTTAATGTTGCAAA
AAGCATTAAAGGCGCTCAGGCTCATCCCCAGGAGATGATGCACCATGTAGGTCTATACAT
GGCTAAAGGAAGAGGAGCTAAAGTAGTCTTTGAAGTGTCTTTTGATCCTTGAAAGACTAA
AACTTATATCATTCTTGATTTCGATTCAGTCGATTGTTGAGTTTGCCTTTTTATGTTGTA
AATTGTTCATGAAAGCTTGTTTGCTGAAGATCAATTATATGTATTTGATTTGGTAAATGA
AATGTTTCAGTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS83TF U 1
AF RR1GS83JQ C 218
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BS 456 915 RR1GS83JQ

RD RR1GS83TF 455 0 0
GGGAGGGGTTTTCTAATCTTATTCTAGACTCGCATCAATCATGGCGACTGATGAAACGAT
ACTCAATCACCTGAAAGTGGAGATCCCAGTAGACGAGGAATCTCTTCTTCTGAACCCAGA
CTCGAGCGTCGGTCTCGTCATCATTGACGTGGCCAATGGTTTCTGCACCGTTGGCTCCGG
CAACATGGCTCCAACAAAGCCGAGCGAACAGATATCGAAGATGGTTGAGGAATCTGCACG
GCTCGCAAGAGAGTTCTGCGATCGTAAATGGCCCGTCTTTGCGTTTCTCGACACTCATCA
TCCTGATGTTCCGGAGATCCCTTACCCTCCTCATTGTATTATAGGAACTCAAGAAGCAGA
GCTTGTCCCTGCACTACAGTGGCTTGAAAGTGAGGATGGTGTCACTCTTATGAGGAAGGA
TTGCATTAATGGGTTTGTGGGTTCGATGGAGAAAG

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1GS83JQ 698 0 0
AAGATGGTTGAGGAATCTGCACGGCTCGCAAGAGAGTTCTGCGATCGTAAATGGCCCGTC
TTTGCGTTTCTCGACACTCATCATCCTGATGTTCCGGAGATCCCTTACCCTCCTCATTGT
ATTATAGGAACTCAAGAAGCAGAGCTTGTCCCTGCACTACAGTGGCTTGAAAGTGAGGAT
GGTGTCACTCTTATGAGGAAGGATTGCATTAATGGGTTTGTGGGTTCGATGGAGAAAGAC
GGTTCTAATAAGTTTGTGGATTGGGTTAAGGAGAAACAGATCAAAGTTATTGTGGTTGTG
GGTATCTGCACAGACATATGTGTGTTTGATTTTGTGGCTACTGTACTCTCTGCTCGAAAC
CACAGTGTTCTTCCTCCTTTGGAAGATGTGATAGTTTACTCACGTGGTTGCGCCACTTTT
GACCTTCCTCTTAATGTTGCAAAAAGCATTAAAGGCGCTCAGGCTCATCCCCAGGAGATG
ATGCACCATGTAGGTCTATACATGGCTAAAGGAAGAGGAGCTAAAGTAGTCTTTGAAGTG
TCTTTTGATCCTTGAAAGACTAAAACTTATATCATTCTTGATTTCGATTCAGTCGATTGT
TGAGTTTGCCTTTTTATGTTGTAAATTGTTCATGAAAGCTTGTTTGCTGAAGATCAATTA
TATGTATTTGATTTGGTAAATGAAATGTTTCAGTTTGG

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL4583Contig1 1163 2 2 U
CCTTTCTAAACAATTGCAGAAGTTACGGAGCTTGAAGATTGAGGTAGATCATGATGAAGG
AGTCGTCTATAGGACGTGGGAGATGCGAGGAACTAGCCAAATCATCTTCCTCCTTCTACC
GGAAAGTTTACTCGGAGATAGAGGAAGTTGGATGGGAATCACTAAGGAGGTTAGGTGGAG
ATTTAACGTTTTCCAGCTTTCACATTCTAGATAAGAAGGGAAGAGTACATATCTTAGAAC
TTCAACTCGATAGAGACTATCCTAAATCCCCACCTTCTCTTTCCGCGGATGTACCATACA
TGTTTACGTTAGAATGGTCAACAAGCTCAAGGCTGAAGGATGTGATGCACCAATTCCAAA
AGCATCTGGACAGTCTTCAAGAGTTTTGGTCTGTCTTGGACGATATCGACAAGTCTCTTT
GTGTTGTTGATGCTAAGCAGCCATCTCGTGCTTCTCCTATCCGTCGGATTCGTGCTGTGA
AGGATTGCAACATCATTGCTCGTATCAACTTCGATGACCCTAAATCCCTACCAGAGTGCC
GGTTTATTGGTCCTGAGTCTGTAGCTGTGAACTACTTGTATATGATATGGAGGCGAAATA
GCAGAAAATGGTCAAAGGAAAAATCATTCCCTGAGAACCTCGGATTTATTCTAGGTACTG
AGCTTCCAAAGCCTCTAGGTCTCCAAGTGGAAGATGATCATCAGCAAGTTGAATGCGGGA
TTTGCTATGCCCAGTTTCTACCAACCGATGAGGAGCTCGGAGCTAGAAGTGGGACGCGAA
CAGACTACGCATGCGAGAATATCAGTTGCAACAAGTCTTTCCATAGCCTTTGCCTCACAG
ACTGGTTAAGGTCTATCACAACAACAAGACAGTCATTTGATGTTCTATTTGGGAACTGTC
CTTACTGTTCAGACCCGGTCGCAGTCAAAATTAACATGAACAAAATAGATTAGATAAGCC
ATCCTCCTAGTCCCAAACCCATACTTCCTAGTTATGATTTTGAATGCTCTAGTGAAACAT
GATATAAGTGAGAGTTGGGTTGGACCGTACAATGAGTGATGAAGCAGTGAGGACAAAACT
CCCTTTTTCACTATTTTTATTTATGTACTGTTTTAAGATGGAGCTCATGTAGCTATTCAA
TAAGAAATGTGAATGTACCCTCG


BQ
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AF RR1DG92TF U 1
AF RR1DG92JQ C 468
BS 1 623 RR1DG92TF
BS 624 1163 RR1DG92JQ

RD RR1DG92TF 623 0 0
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AGTCGTCTATAGGACGTGGGAGATGCGAGGAACTAGCCAAATCATCTTCCTCCTTCTACC
GGAAAGTTTACTCGGAGATAGAGGAAGTTGGATGGGAATCACTAAGGAGGTTAGGTGGAG
ATTTAACGTTTTCCAGCTTTCACATTCTAGATAAGAAGGGAAGAGTACATATCTTAGAAC
TTCAACTCGATAGAGACTATCCTAAATCCCCACCTTCTCTTTCCGCGGATGTACCATACA
TGTTTACGTTAGAATGGTCAACAAGCTCAAGGCTGAAGGATGTGATGCACCAATTCCAAA
AGCATCTGGACAGTCTTCAAGAGTTTTGGTCTGTCTTGGACGATATCGACAAGTCTCTTT
GTGTTGTTGATGCTAAGCAGCCATCTCGTGCTTCTCCTATCCGTCGGATTCGTGCTGTGA
AGGATTGCAACATCATTGCTCGTATCAACTTCGATGACCCTAAATCCCTACCAGAGTGCC
GGTTTATTGGTCCTGAGTCTGTAGCTGTGAACTACTTGTATATGATATGGAGGCGAAATA
GCAGAAAATGGTCAAAGGAAAAA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1DG92JQ 696 0 0
ATTCGTGCTGTGAAGGATTGCAACATCATTGCTCGTATCAACTTCGATGACCCTAAATCC
CTACCAGAGTGCCGGTTTATTGGTCCTGAGTCTGTAGCTGTGAACTACTTGTATATGATA
TGGAGGCGAAATAGCAGAAAATGGTCAAAGGAAAAATCATTCCCTGAGAACCTCGGATTT
ATTCTAGGTACTGAGCTTCCAAAGCCTCTAGGTCTCCAAGTGGAAGATGATCATCAGCAA
GTTGAATGCGGGATTTGCTATGCCCAGTTTCTACCAACCGATGAGGAGCTCGGAGCTAGA
AGTGGGACGCGAACAGACTACGCATGCGAGAATATCAGTTGCAACAAGTCTTTCCATAGC
CTTTGCCTCACAGACTGGTTAAGGTCTATCACAACAACAAGACAGTCATTTGATGTTCTA
TTTGGGAACTGTCCTTACTGTTCAGACCCGGTCGCAGTCAAAATTAACATGAACAAAATA
GATTAGATAAGCCATCCTCCTAGTCCCAAACCCATACTTCCTAGTTATGATTTTGAATGC
TCTAGTGAAACATGATATAAGTGAGAGTTGGGTTGGACCGTACAATGAGTGATGAAGCAG
TGAGGACAAAACTCCCTTTTTCACTATTTTTATTTATGTACTGTTTTAAGATGGAGCTCA
TGTAGCTATTCAATAAGAAATGTGAATGTACCCTCG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL4586Contig1 911 2 2 U
GGCATCGAAAACGACGTCGCAGCTGCTGTTTAACATAACCATCTCTCTAAGGATAGTATT
AGCGTCGTGGTACATTCTAGCGCAAAAGAGAATGTGTGCTATGATAGAGTGTGATTCAAC
GGTGCGGTTAAACCTCGTTGACCAATTGAAGAACTTGAGGGCTAACCTAGGGTCTCCTCT
CAGTTCGATGAGGATCTTTGGGACGCGAATCGGATCGTTGATTTGGGGATCTTCCCATAG
ATCGTTCTTGACGACGTGGCGGATCCAGTCTCCGTCGGTTGGAGATGAAGGAGGGGCGGT
GGTTTTGGTGACGAAAGGGTAACGAATGACGCAGAGGAAGCTAGTGAGCCAGAGGAAAGG
AGATGAGGGAGAGGAACAAGGGGTTACGTGGCGAGGGAATCTGCGATTATTGAAGTGGAT
GAAGTTGCGAAGAGAGCAGAGCATTTTGAGGAGGAGGTGGAGAGGGGATACAATGAGCCT
CATCGTTTTTAACTCGGAGACATTGTATTTTACTCAGATATTCGAGTGAGGAGGAGGAGG
AGGAGGTGGAGGAAAGTAGGGTTTATGAACGAACCCTCTGGGTTTTGTTGATGTCTCTTC
CCTGAGGACTTAAATTTGATGTTCTTTTCTTTTTTCGGGGGTGTTTAGTTGGTAAGATAT
GGACTCTTAATGGGCCGTTAGGCACAAGCTATACCGGCCCAATATATGGTCTTAATTATT
AGATAATTTATTGTAAGTGGATCGATCAGTGAGAGAGAGTAAAGAAATAGTCAAAGAAAT
AGTCATGATGCTAGAGATGGATTACAATCATCATTCAACAGTCCATCAAATAACTGAGTT
CAGCCCACTTAACCAAGAAAGCGTCCGACTTAAGAGGATGAAAGTAGACTATATAAAAGA
AAGTAGTTCAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC78TF U 1
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BS 437 911 RR1BC78JQ

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CAGTTCGATGAGGATCTTTGGGACGCGAATCGGATCGTTGATTTGGGGATCTTCCCATAG
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GGTTTTGGTGACGAAAGGGTAACGAATGACGCAGAGGAAGCTAGTGAGCCAGAGGAAAGG
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GAAGTTGCGAAGAGAG

QA 1 436 1 436
DS 

RD RR1BC78JQ 741 0 0
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CTTCCCATAGATCGTTCTTGACGACGTGGCGGATCCAGTCTCCGTCGGTTGGAGATGAAG
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AGAGGAAAGGAGATGAGGGAGAGGAACAAGGGGTTACGTGGCGAGGGAATCTGCGATTAT
TGAAGTGGATGAAGTTGCGAAGAGAGCAGAGCATTTTGAGGAGGAGGTGGAGAGGGGATA
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GAGGAGGAGGAGGAGGTGGAGGAAAGTAGGGTTTATGAACGAACCCTCTGGGTTTTGTTG
ATGTCTCTTCCCTGAGGACTTAAATTTGATGTTCTTTTCTTTTTTCGGGGGTGTTTAGTT
GGTAAGATATGGACTCTTAATGGGCCGTTAGGCACAAGCTATACCGGCCCAATATATGGT
CTTAATTATTAGATAATTTATTGTAAGTGGATCGATCAGTGAGAGAGAGTAAAGAAATAG
TCAAAGAAATAGTCATGATGCTAGAGATGGATTACAATCATCATTCAACAGTCCATCAAA
TAACTGAGTTCAGCCCACTTAACCAAGAAAGCGTCCGACTTAAGAGGATGAAAGTAGACT
ATATAAAAGAAAGTAGTTCAG

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL4587Contig1 1078 2 4 U
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TTTCTAGGACTCTCAAATCAACTAAGAAAGATGGCTTTTTGGTCTGCTGAGAATGCTACT
AAAGCCTATCTTAGTACATTGAAAACGGATCAAAGAACAAAAGAACCAAACGTGGCTGAA
TTTATATCGGCTCTAGCCGCCGGAAACAACGCCAGAAAGATCACCGTGGCTTTTGCCGGA
GCAGCAAACGCTGACATACTCCTTGCCTTGATCGCTGCCGCTAATCAAACGCGTGGTCAA
GTGGTATGTGTTTTACGTGGCATTGAAGAACTGATCATATCCAAAAAAATGTTGGAACCA
TCAGAGATTCATCAGATACATTTCGTAGTGGGAGAATCTAGCGACGAGACTTTAATTAAT
GATCATTTCGGAGAAGCTGACTTCGTCCTCTTCGATTGTAACCTCGAGAACCACCAAGAT
ATCGTTACAAAGATCGTTAATCATCATGAAGAAAACGCAAGAACCAGAGGTGGAAGCGGT
GTGGCGGTTGTGTTGGGTTATAACGCGTTTTCGAGAGGGTCTTGGATATTTAGCGATGGG
AGGAAAACACAGTTTTTACCTATAGGTGGAGGGTTGCTTGTGACGAGGGTCAACGATAAT
GGTAATTATAATCAGAAAATGATGATGAGCAAGAACAATCACCATCATCATCACCATGAC
CGTGTAAGAAAGAGTCATTGGGTGGTGAAAGTTGATAAGTGCACAGGAGAGGAGCATGTG
TTTAGGGTTAGGGTTCCACGAGGAGAAGCCATTATTGAAGCTTAATTTAAACCTTATAAT
ATTATTGGGTAATGGGTACTTTAGAGCAAAAGTCACCTCTGTGATGGTTAAGACGAGTGA
GAGTAGTAAGAAGAATAGTTATCTTTATAAGTGATTAGAAGGATTTTTGATTGGTGTTGG
AGTGTTTTGTTTGTATGAAGTTTTTTATTTAAAAACTTATTTTTCTTGTAAGTGTGAATA
TGAAGATATGTTTTTCGTTTAAATTTCTTTTTGATTTTGGAATTTGCTTTTGTCTTTT


BQ
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AF RR1H545TF U 1
AF RR1H545JQ C 449
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BS 759 782 RR1H545TF
BS 783 1078 RR1H545JQ

RD RR1H545TF 782 0 0
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AAAGCCTATCTTAGTACATTGAAAACGGATCAAAGAACAAAAGAACCAAACGTGGCTGAA
TTTATATCGGCTCTAGCCGCCGGAAACAACGCCAGAAAGATCACCGTGGCTTTTGCCGGA
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GTGGTATGTGTTTTACGTGGCATTGAAGAACTGATCATATCCAAAAAAATGTTGGAACCA
TCAGAGATTCATCAGATACATTTCGTAGTGGGAGAATCTAGCGACGAGACTTTAATTAAT
GATCATTTCGGAGAAGCTGACTTCGTCCTCTTCGATTGTAACCTCGAGAACCACCAAGAT
ATCGTTACAAAGATCGTTAATCATCATGAAGAAAACGCAAGAACCAGAGGTGGAAGCGGT
GTGGCGGTTGTGTTGGGTTATAACGCGTTTTCGAGAGGGTCTTGGATATTTAGCGATGGG
AGGAAAACACAGTTTTTACCTATAGGTGGAGGGTTGCTTGTGACGAGGGTCAACGATAAT
GGTAATTATAATCAGAAAATGATGATGAGCAAGAACAATCACCATCATCATCACCATGAC
CGTGTAAGAAAGAGTCATTGGGTGGTGAAAGTTGATA*GTGCACAGGAGAGGAGCATGTG
TT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1H545JQ 630 0 0
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GAGGGTTGCTTGTGACGAGGGTCAACGATAATGGTAATTATAATCAGAAAATGATGATGA
GCAAGAACAATCACCATCATCATCCCCATGACCGTGTAAGAAAGAGTCATTGGGTGGTGA
AAGTTGATAAGTGCACAGGAGAGGAGCATGTGTTTAGGGTTAGGGTTCCACGAGGAGAAG
CCATTATTGAAGCTTAATTTAAACCTTATAATATTATTGGGTAATGGGTACTTTAGAGCA
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AAGTGATTAGAAGGATTTTTGATTGGTGTTGGAGTGTTTTGTTTGTATGAAGTTTTTTAT
TTAAAAACTTATTTTTCTTGTAAGTGTGAATATGAAGATATGTTTTTCGTTTAAATTTCT
TTTTGATTTTGGAATTTGCTTTTGTCTTTT

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

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TTTTTGCAACGTTTATGCTCGCTTCTATGCTCGGCAGTTCCCTTGCTTCTCGTCTGTTGG
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CACTATTGCTTCCAATTATAATGGCTTCGTTGGTAGCACCTTCCAAAGTAAAAGGTGGAG
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GACTGTTTTGGCCATCCATAATGAAGATGAGATCTCAATACATCCCTGAGGAAGCCAGAA
GCACAATCATGAACTTTTTCCGGATTCCTCTGAACATCTTCGTCTGTGTTGTCTTGTACA
ATGTGAATGAGTTCCCTATGACTGTCATGTTTGGAATGTGCTCCGTCTTCCTCTTTATTG
CAAGTCTCCTGCAAAGAAGGCTCATGATGATTGCCGACAAGCCAAAGGCAAATGATTGGA
CACCTCTTAATGAAAGAAACGCAGAAGCAGATCCTCTCAACGTTTGATGAATAAAACTAT
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TGTGGATGTTAGACTGAAAGACAAGTTTCTTTTTGTATGCAATCAGTGTGTTACTTCTTT
CTTTCTATATAAGACATTGCTTCCACC


BQ
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AF RR1GI40TF U 1
AF RR1GI40JQ C 392
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BS 694 694 RR1GI40JQ
BS 695 718 RR1GI40TF
BS 719 747 RR1GI40JQ

RD RR1GI40TF 718 0 0
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CACTATTGCTTCCAATTATAATGGCTTCGTTGGTAGCACCTTCCAAAGTAAAAGGTGGAG
GAATCTCTTTCTCGGGTTGCTTTCAGCTTCTTGGGTTCTGTGTCTTTGAGGCGTGTGTAG
GACTGTTTTGGCCATCCATAATGAAGATGAGATCTCAATACATCCCTGAGGAAGCCAGAA
GCACAATCATGAACTTTTTCCGGATTCCTCTGAACATCTTCGTCTGTGTTGTCTTGTACA
ATGTGAATGAGTTCCCTATGACTGTCATGTTTGGAATGTGCTCCGTCTTCCTCTTTATTG
CAAGTCTCCTGCAAAGAAGGCTCATGATGATTGCCGACAAGCCAAAGGCAAATGATTGGA
CACCTCTTAATGAAAGAAACGCAGAAGCAGATCCTCTCAACGTTTGATGAATAAAACTAT
ACACTATGCTTATGCACATTCTGGATTCAATAATGGAGAGAGATAGAAGACACGAAAAAG
ACAAGTTTGATAATATAGCAGTGAAGTTTTGATTATTTAATTTTCTTGGCTATTATTTGT
TGTGGATGTTAGACTGAAAGACAAGTTTCTTTT*GTATGCAATCAGTGTGTTACTTCT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1GI40JQ 356 0 0
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TGCCGACAAGCCAAAGGCAAATGATTGGACACCTCTTAATGAAAGAAACGCAGAAGCAGA
TCCTCTCAACGTTTGATGAATAAAACTATACACTATGCTTATGCACATTCTGGATTCAAT
AATGGAGAGAGATAGAAGACACGAAAAAGACAAGTTTGATAATATAGCAGTGAAGTTTTG
ATTATTTAATTTTCTTGGCTATTATTTGTTGTGGATGTTAGACTGAAAGACAAGTTTCTT
TTTGTATGCAATCAGTGTGTTACTTCTTTCTTTCTATATAAGACATTGCTTCCACC

QA 1 356 1 356
DS 



AS 1 2

CO CL4589Contig1 470 2 1 U
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CATCTGGGTCGTCCAACCTTTTGATTGGATAAAGAAGACATTCATTGATAAACCAGCGGA
AGAGAACTGAGTCAGAGAGATCATCAAAGACTCACTAACAAAGTGAGATGTTTTTTTACT
TTCCAATTTCTAAGTTTGTCATCGCATCTCTGTGATGAAGCTGAATAAATTTTTGTTCTT
TTCTGGGGCTTTGTGATTTCATGTAGACTTTTTGTTTCTCAAATGATATAACACAAGAGA
AAAAGCATACACTCCAAATTATCAGAAAAGAGGATCCATTTTGCTTTTTT


BQ
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AF RR1GS94JQ C 1
AF RR1GS94TF U 1
BS 1 470 RR1GS94TF

RD RR1GS94JQ 470 0 0
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GATCCAATCCGTTGATATCCAAGCCGCCGCGGGATGGGGTATCGCCGCCGCAGCCGGCGC
CATCTGGGTCGTCCAACCTTTTGATTGGATAAAGAAGACATTCATTGATAAACCAGCGGA
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TTCCAATTTCTAAGTTTGTCATCGCATCTCTGTGATGAAGCTGAATAAATTTTTGTTCTT
TTCTGGGGCTTTGTGATTTCATGTAGACTTTTTGTTTCTCAAATGATATAACACAAGAGA
AAAAGCATACACTCCAAATTATCAGAAAAGAGGATCCATTTTGCTTTTTT

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1GS94TF 470 0 0
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GATCCAATCCGTTGATATCCAAGCCGCCGCGGGATGGGGTATCGCCGCCGCAGCCGGCGC
CATCTGGGTCGTCCAACCTTTTGATTGGATAAAGAAGACATTCATTGATAAACCAGCGGA
AGAGAACTGAGTCAGAGAGATCATCAAAGACTCACTAACAAAGTGAGATGTTTTTTTACT
TTCCAATTTCTAAGTTTGTCATCGCATCTCTGTGATGAAGCTGAATAAATTTTTGTTCTT
TTCTGGGGCTTTGTGATTTCATGTAGACTTTTTGTTTCTCAAATGATATAACACAAGAGA
AAAAGCATACACTCCAAATTATCAGAAAAGAGGATCCATTTTGCTTTTTT

QA 1 470 1 470
DS 



AS 1 2

CO CL4590Contig1 1135 2 2 U
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CTTTGCTCAGAATGTTCTTCCACGACTGTTTCGTTCGGGGTTGTGAAGGGTCGGTCTTGC
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GCTCTGATGTCTTGGCCCTTGTCGCCAGAGATGCAGTTGTAGCGCTTGATGGACCGTCTT
GGGGAGTTGAAACGGGAAGAAGAGACGGTCGAGTTACAAACATCAATGAGGCCAGATCGA
ACTTACCATCACCACTTAATAACATCACTAGCCTTATCAGTCAATTTGATTCTAAAGGCC
TCGACAAGAAAGACCTCGCCGTGCTCTCGGGTGGACACACGGTCGGGCAGGGACACTGTC
CTTTAATCCTTAACCGGCTGTACAATTTCACCGGGAAAGGAGACAGTGACCCGGACTTAG
ACACGAAATACGCAGCCACCCTCAGAAAAAGATGCAAGCCCACCGATACAACCACGGCTC
TAGAAATGGATCCAGGAAGCTTCAAAACATTCGATGAAAGCTACTTCAAGCTTGTGTCAC
AAAGAAGAGGGTTCTTTCAATCTGATGCAGCTCTTTTAAACAACCAAGAAACTAAGTCTT
ACGTTCTCAAGCAAACGAAAAGTTATGGGTCCAGTTTCTCTAAGGATTTTGGTGTCTCTA
TGGTGAAGATGGGTCGGATTGGAGTTTTAACTGGTAAGGCCGGGGAAGTTCGGAAGAAGT
GCAGAATGGTTAACTAAGTATAGATCTTCTTGTGAGATTGTGATTATTTGTATTGCCGTT
GTTTGTGTATTTTTTCTTGAAAAATTACGTGTGAAATAAACGTATCAACTTGTCT


BQ
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AF RR1CT06TF U 1
AF RR1CT06JQ C 423
BS 1 744 RR1CT06TF
BS 745 1135 RR1CT06JQ

RD RR1CT06TF 744 0 0
GGATCATCGATCATTGATCAAAAGAGAAGCTAATTAGTAACAGAATGGCTGATTTGAAAA
TGAATGTTTCTTGTTTCTTCTTCATTCAAGTACTATTGTTGTTGTTTCTCTCTTCTTTTG
CTCCAACCAATGCTCAAGGGTTGAAAGTTGGGTTCTATGACAAGACATGCTCCAAAGCTG
AGGCTATTGTTAAGAAGTCTGTCTCCGATGCCATGAAGAATGACCCGACAATTGGAGCTC
CTTTGCTCAGAATGTTCTTCCACGACTGTTTCGTTCGGGGTTGTGAAGGGTCGGTCTTGC
TAGAGCTAAATAACAAAAAGGACGAGAAGAATGCAGCTCCTAACCTCAGCCTTCGAGGGT
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GCTCTGATGTCTTGGCCCTTGTCGCCAGAGATGCAGTTGTAGCGCTTGATGGACCGTCTT
GGGGAGTTGAAACGGGAAGAAGAGACGGTCGAGTTACAAACATCAATGAGGCCAGATCGA
ACTTACCATCACCACTTAATAACATCACTAGCCTTATCAGTCAATTTGATTCTAAAGGCC
TCGACAAGAAAGACCTCGCCGTGCTCTCGGGTGGACACACGGTCGGGCAGGGACACTGTC
CTTTAATCCTTAACCGGCTGTACAATTTCACCGGGAAAGGAGACAGTGACCCGGACTTAG
ACACGAAATACGCAGCCACCCTCA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1CT06JQ 713 0 0
TCTGATGTCTTGGCCCTTGTCGCCAGAGATGCAGTTGTAGCGCTTGATGGACCGTCTTGG
GGAGTTGAAACGGGAAGAAGAGACGGTCGAGTTACAAACATCAATGAGGCCAGATCGAAC
TTACCATCACCACTTAATAACATCACTAGCCTTATCAGTCAATTTGATTCTAAAGGCCTC
GACAAGAAAGACCTCGCCGTGCTCTCGGGTGGACACACGGTCGGGCAGGGACACTGTCCT
TTAATCCTTAACCGGCTGTACAATTTCACCGGGAAAGGAGACAGTGACCCGGACTTAGAC
ACGAAATACGCAGCCACCCTCAGAAAAAGATGCAAGCCCACCGATACAACCACGGCTCTA
GAAATGGATCCAGGAAGCTTCAAAACATTCGATGAAAGCTACTTCAAGCTTGTGTCACAA
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AGAATGGTTAACTAAGTATAGATCTTCTTGTGAGATTGTGATTATTTGTATTGCCGTTGT
TTGTGTATTTTTTCTTGAAAAATTACGTGTGAAATAAACGTATCAACTTGTCT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

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AGCGTTCATCCGCCGGAGAGTAATAAGAATTCTGTGAACGTTCTTCTGAGACAGGCATTG
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TCCCCTTTACCAATACTACAATCTAGGTGAGACTTTTGAAGATGTATTGTGGATCTTGAA
ATGGTAATTTTTTTTTACTGCAGGGGTGCGGTTTTAGCCTGTGTGATTCCGCGGATAAAG
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AGGAGCTACATATTGCATCTCTGTTAGTAAAACTGAAAGCTGGAATAGATAAATGATCGA
TGTCTATTTTATTGGTTGTGTATCAACCCTTCACACTGCCGTACAAGTTTCAAGCAGCTT
AGACTTGGTATGTATTGTATTTCCCTGAAACGAGGAAGAATGTGATTTCATTGTGCGGTA
GCATTAAATTTGGTTTTTTTCAATTCTATTGATCACCTTGAGAATTAAATAACGCAATGA
AAGTTTTGAGCTCGCTTTGCGTCGATAAGCGGATTAAGACTATGTATGTTACTGATTCTT
CATTGATTGGGTTAATGGTAGCTTGTGGACAATTTAGATTAAGAAGAAGCAGGTCCTGTG
ATCTATGAGGACAAGGACACTGATGATGAAGAAGGAGAAGACCAAATGAAGCAATGGAAA
CAGATGAAGAAGATGCAGACGAATCAGAGGATGAAGCAGCTGATTGTGTCAATTAATTTG
AAGATTTTGACATGAGCGATTGAAGACTTCCTGAAAACGGAACCGGGGTTTTGATTTTGG
AGGCTGTTTGGTTGGTTAGATGTTTAATGTCTCCGCACGGAATCCCTAATACGCAATGGT
TGTATTTATTTGTACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C685TF U 1
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GCTGAGGGATATCGGGTATAAATATGTCAGTATTTCTCTTCTGGAAAGCATCCTCTTCAT
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ATGGTAATTTTTTTTTACTGCAGGGGTGCGGTTTTAGCCTGTGTGATTCCGCGGATAAAG
TGTCTGTTACTTACTCCCCAACAGTCATCCTTGCTCGCTTTGAACTCCATGTATCATGTT
AGGAGCTACATATTGCATCTCTGTTAGTAAAACTGAAAGCTGGAATAGATAAATGATCGA
TGTCTATTTTATTGGTTGTGTATCAACCCTTCACACTGCCGTACAAGTTTCAAGCAGCTT
AGACTTGGTATGTATTGTATTTCCCTGAAACGAGGAAGAATGTGATTTCATTGTGCGGTA
GCATTAAATTTGGTTTTTT*CAATTCTATTGATCACCTTGAGAATTAAATAACGCAATGA
AAGTTTTGAGCTC

QA 1 793 1 793
DS 

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AATTAAATAACGCAATGAAAGTTTTGAGCTCGCTTTGCGTCGATAAGCGGATTAAGACTA
TGTATGTTACTGATTCTTCATTGATTGGGTTAATGGTAGCTTGTGGACAATTTAGATTAA
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QA 1 694 1 694
DS 



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BQ
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AF RR1DG10JQ C 1
AF RR1DG10TF U 1
BS 1 266 RR1DG10TF

RD RR1DG10JQ 266 0 0
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GGATCAGATAGGTCACAGAGGGTTTCGTGGAGCAGTGAGATTCCAGACGAGCATGTTCAT
GTGTACTCGGTGGCTAACTTTATTCAAGGCGATGAGTGGGCTTTGATGTCTGGTTGAATC
AAATCACGACTAAAGGAAAAGCTGTATAAGAAGTTTAACCATTGTACTTTAGTTGAGAAA
ATTTATAAATTGAAAGTTCAGAAACT

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR1DG10TF 266 0 0
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GGATCAGATAGGTCACAGAGGGTTTCGTGGAGCAGTGAGATTCCAGACGAGCATGTTCAT
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AAATCACGACTAAAGGAAAAGCTGTATAAGAAGTTTAACCATTGTACTTTAGTTGAGAAA
ATTTATAAATTGAAAGTTCAGAAACT

QA 1 266 1 266
DS 



AS 1 2

CO CL4593Contig1 683 2 2 U
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GTCGAGGTGCGTTTGCTCCGATTCTAGGATGCTCGAAACATCAAACGCTGTGGCGAGTTA
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AGATGTCAGTGCATCTCAACAAGATGGGCCTCTGCTAGAAGTTAAAAGTGCTGGAAAAGG
AAAAGACAAAACCAAAGGGCCAAGTGATGAAGTACTGAAAATTGTAATCGCCAGGTTTCC
AAGTGGTCGGATTTTCCAAGTGAGCTTTTGTTTATGTTTAGATAAGTTTGTAAATATGCT
AAAGGTTGCATGATTTTAATATGTTTGTGTTTATAAGCGGTGCTCTTATATTGTTCTATT
CTTCCAGTGTGATAGTTGTGTATCTTTCCAAGACACTTGAATTCACTCTGGTTAACGTTT
AATATTAACATTTGTTCTTTCCC


BQ
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AF RR1FZ21TF U 1
AF RR1FZ21JQ C 336
BS 1 657 RR1FZ21TF
BS 658 683 RR1FZ21JQ

RD RR1FZ21TF 657 0 0
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AAGACGAAGCGTCGGGAAGGAACGAGTAATGCTTCGTCGTTCCGTTTTCTTCATTCATCG
ACTTTATGAAAGTTCTTAACTCCATCAATGTAAATCAAGCACAAAGTCTCATTCAACGAT
CCTTATCTCTTCAAGACGACGTTTCTCAATCTATAAAAAGGCCGGCGGTGTTCTTCCAGT
GTCGAGGTGCGTTTGCTCCGATTCTAGGATGCTCGAAACATCAAACGCTGTGGCGAGTTA
GATGGGATTGGAGCTACACCTCCTTGAAGTGTGGATTCACAGGTTTAATGAGAGGGAACC
AGATGTCAGTGCATCTCAACAAGATGGGCCTCTGCTAGAAGTTAAAAGTGCTGGAAAAGG
AAAAGACAAAACCAAAGGGCCAAGTGATGAAGTACTGAAAATTGTAATCGCCAGGTTTCC
AAGTGGTCGGATTTTCCAAGTGAGCTTTTGTTTATGTTTAGATAAGTTTGTAAATATGCT
AAAGGTTGCATGATTTTAATATGTTTGTGTTTATAAGCGGTGCTCTTATATTGTTCTATT
CTTCCAGTGTGATAGTTGTGTATCTTTCCAAGACACTTGAATTCACTCTGGTTAACG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1FZ21JQ 348 0 0
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TAGAAGTTAAAAGTGCTGGAAAAGGAAAAGACAAAACCAAAGGGCCAAGTGATGAAGTAC
TGAAAATTGTAATCGCCAGGTTTCCAAGTGGTCGGATTTTCCAAGTGAGCTTTTGTTTAT
GTTTAGATAAGTTTGTAAATATGCTAAAGGTTGCATGATTTTAATATGTTTGTGTTTATA
AGCGGTGCTCTTATATTGTTCTATTCTTCCAGTGTGATAGTTGTGTATCTTTCCAAGACA
CTTGAATTCACTCTGGTTAACGTTTAATATTAACATTTGTTCTTTCCC

QA 1 348 1 348
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4595Contig1 269 2 1 U
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CCGTCGCAGGCTTCGCCGCCGGTAAGCTCCTACCCTTTTCATCTTCCCTCTCCTCTAATA
TCCCCAAAAAGAGAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAGTAAAACGATCAGAAAAAAAAATCG
AATCTTTTGTTGTTGTTGTGTTATTACTTCCCGCTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCT
TCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTTGGCC


BQ
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AF RR1C582JQ C 1
AF RR1C582TF U 1
BS 1 269 RR1C582TF

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CCGTCGCAGGCTTCGCCGCCGGTAAGCTCCTACCCTTTTCATCTTCCCTCTCCTCTAATA
TCCCCAAAAAGAGAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAGTAAAACGATCAGAAAAAAAAATCG
AATCTTTTGTTGTTGTTGTGTTATTACTTCCCGCTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCT
TCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTTGGCC

QA 1 269 1 269
DS 

RD RR1C582TF 269 0 0
GGATCGTCACCAATTCATCTCGCCTACAATCTCTCTACCCAGTTTTTTTCTCTTATCTCG
CCGTCGCAGGCTTCGCCGCCGGTAAGCTCCTACCCTTTTCATCTTCCCTCTCCTCTAATA
TCCCCAAAAAGAGAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAGTAAAACGATCAGAAAAAAAAATCG
AATCTTTTGTTGTTGTTGTGTTATTACTTCCCGCTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCT
TCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTTGGCC

QA 1 269 1 269
DS 



AS 1 2

CO CL4596Contig1 575 2 1 U
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ACCGAGACACAAACTTCATGGTTCTGGCAAGATTCTCCAATTCTAAACCGAACGGTAAAA
TTTACAAAGTTATTTTCTAAAAACATTTGTTAAATACTAGGTCATAATATTAAAATAAAA
CCAGTATACGTTTGTGTTTTCTGATCACTTTTCTTGTTAACTTTTTGATTATGGGAGCAG
ACAATAGCAAAGGCTGTTGGAGATTGGGTTTATGACAGAAAATTGTTTCAGAAGATAGAT
TGTCCTTATCCTTGTAACCCTACTTGCCACCACAGGGTTTTCACTCCTCAAGATGCTCCT
CCAATTTAATAATACATATAGATTTACTATTCTTT


BQ
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AF RR1E736TF U 1
AF RR1E736JQ C 96
BS 1 575 RR1E736TF

RD RR1E736TF 575 0 0
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ATTATTGCATGGTTTTATGTTTACTTAGATTTCAGGTTAGAGTTCTTGAGTGCGGTGATA
GGTCTAGGTAGATCTTCATCAAGAGGGATGTTCATAGACTCTTGTTACACTCACTGCCAA
ACCGAGACACAAACTTCATGGTTCTGGCAAGATTCTCCAATTCTAAACCGAACGGTAAAA
TTTACAAAGTTATTTTCTAAAAACATTTGTTAAATACTAGGTCATAATATTAAAATAAAA
CCAGTATACGTTTGTGTTTTCTGATCACTTTTCTTGTTAACTTTTTGATTATGGGAGCAG
ACAATAGCAAAGGCTGTTGGAGATTGGGTTTATGACAGAAAATTGTTTCAGAAGATAGAT
TGTCCTTATCCTTGTAACCCTACTTGCCACCACAGGGTTTTCACTCCTCAAGATGCTCCT
CCAATTTAATAATACATATAGATTTACTATTCTTT

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1E736JQ 480 0 0
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GTTAGAGTTCTTGAGTGCGGTGATAGGTCTAGGTAGATTTTCATCAAGAGGGATGTTCAT
AGACTCTTGTTACACTCACTGCCAAACCGAGACACAAACTTCATGGTTCTGGCAAGATTC
TCCAATTTTAAACCGAACGGTAAAATTTACAAAGTTATTTTTTAAAAACATTTGTTAAAT
ACTAGGTCATAATATTAAAATAAAACCAGTATACGTTTGTGTTTTCTGATCACTTTTCTT
GTTAACTTTTTGATTATGGGAGCAGACAATAGCAAAGGCTGTTGGAGATTGGGTTTATGA
CAGAAAATTGTTTCAGAAGATAGATTGTCCTTATCCTTGTAACCCTACTTGCCACCACAG
GGTTTTCACTCCTCAAGATGCTCCTCCAATTTAATAATACATATAGATTTACTATTCTTT

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL4597Contig1 1210 2 10 U
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GGTGGAGCAGATCAGAGAAGCGTCTGCGAATTGGGGTTTCTTCCGAGTGACAAATCACGG
GTTCTCGAAGGATTTGCAGGGGAGGATGCATGAAGGGCTTCGTCGGTTTCACGCGCAAGA
CCCATCAGTTAAGAGACAGTACTACACACGTGATCACACTCGGAACTTTCTTTACTACAC
CAATGTCGATCTCTTCACCTCTGACTCCGCTAGTTGGAGAGACACCACTATTTGTTACAC
AGCCCCGGATACTCCTCGACCTGAGGACCTGCCCGCCGTTTTGGGTGAGGTTATATTGGA
GTACTCAAAGGAAATGACGAGTTTAGGTGAATTGATCTTTGAGCTTCTATCAGAGGCTTT
GGGATTAGACACTAATTATTTCAAGGATTTGGATTGCGTCAAGTCTCGGATGATGTTGGG
CCAATATTATCCACCTTGCCCTCAGCCTGACCTTACTTTAGGCTTAAGCAAGCACAGTGA
TTTTTCTTTTCTCACTGTTCTTCTTCAAGACAATATAGGAGGGCTTCAAGTTCTCCATGA
CGATGCCTGGTTTGATGTTCCTCCTGTCCCTGGATGTTTTGTCGTTAACATTGGAGATCT
TCTACAGTTCATAACCAATGACATGTTCATAAGCGCGGAGCATAGAGTGCTAGCGCATAC
TGCTTCTGTACCGAGGGTTTCAGTGCCATATTTCTTCACCACGTTCAAGAAGGTGAATCC
TCGTGTATATGGACCCATCAAAGAGCTCCTCTCAGAAGATAACCCTCGCAAGTATAGAGA
CTGTTCCATGACCGAGGTCTCAGAGATCTTCAGTTCAAATGAGATCACCATTCCTAGGTT
ACACCAGCTCAGGATCTGAAACATCAATCATTGCTATAATCTCTCCAACTCTATGTTATG
TTTGGTCTTCTTCATTCCTCTTAAAATATCTGCCGCAATAACTACTTCCTCTTCTTCTCT
CGAACTGTGTTTGAAAGATATCTGAAAATCTTCGAATAAGGTGTTATTTTGTAATTGAGT
TCTTTAGTTATTAAGTAAGTTATCATGTTGTATCAAAAGTTGTGTGTAAGAGTCTTGACT
TTAGATTGGAGAATTGTGTCTCTTATTCCAAAAGTCACACTGTTTAGCCAAGTATTGTCA
AACCTAAATA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC03TF U 1
AF RR1EC03JQ C 554
BS 1 697 RR1EC03TF
BS 698 698 RR1EC03JQ
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GTACTCAAAGGAAATGACGAGTTTAGGTGAATTGATCTTTGAGCTTCTATCAGAGGCTTT
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TTTTTCTTTTCTCACTGTTCTTCTTCAAGACAATATAGGAGGGCTTCAAGTTCTCCATGA
CGATGCCTGGTTTGATGTTCCTCCTGTCCCTGGATGTTTTGTCGTTAACATTGGAGATCT
TCTACAGTTCATAACCAATGACATGTTCATAAGCGCG*AGCATAGAGTGCTAGCGCATAC
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TCGTGTATAT

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DS 

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ACCAATGACATGTTCATAAGCGCGGAGCATAGAGTGCTAGCGCATACTGCTTCTGTACCG
AGGGTTTCAGTGCCATATTTCTTCACCACGTTCAAGAAGGTGAATCCTCGTGTATATGGA
CCCATCAAAGAGCTCCTCTCAGAAGATAACCCTCGCAAGTATAGAGACTGTTCCATGACC
GAGGTCTCAGAGATCTTCAGTTCAAATGAGATCACCATTCCTAGGTTACACCAGCTCAGG
ATCTGAAACATCAATCATTGCTATAATCTCTCCAACTCTATGTTATGTTTGGTCTTCTTC
ATTCCTCTTAAAATATCTGCCGCAATAACTACTTCCTCTTCTTCTCTCGAACTGTGTTTG
AAAGATATCTGAAAATCTTCGAATAAGGTGTTATTTTGTAATTGAGTTCTTTAGTTATTA
AGTAAGTTATCATGTTGTATCAAAAGTTGTGTGTAAGAGTCTTGACTTTAGATTGGAGAA
TTGTGTCTCTTATTCCAAAAGTCACACTGTTTAGCCAAGTATTGTCAAACCTAAATA

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

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CCAAAAAAAAAACAAATTCCTCAAAAATAAATAAATAAATATCCGGACTCGATTCATTAA
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TGGACCAAGAGAAGGAGGTGAAGGAAGAGGTCGTGGACCAAGAGGAGGAGGAGCCGATGG
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GCATCTGTGTCTGCACTCTTTTGGTTTTTGTAATCTCTCTCATCTGGTTTGGATTTTGTT
CTTCTGATTCGATTGTTATTGTTATACCCTTCGTTTTGTTTCACGAACCCAATTTTGGGA
GTTTTTAATATCAAGTTAAAATCT


BQ
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AF RR1AJ28TF U 1
AF RR1AJ28JQ C 460
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GCGGTGGCCGTGGTAGGAGTGGTGGATTCAACAGGGAGCCCAGGAACAATGATGGGCCTG
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GTGGTGGGTCTTCTGTTGGTGGATACCGTCCTAGTCTCAACCAATGAGGATGAGATTCCT
CCAGTGACTGAAGAATCAGCAGCAGTAGTGGTGGAGGGTGTTGAGAAGGAAGGTGGTGAA
GCAACTGACGCAAACAAAGAGACACCTGTTGAAGAGAAAGAGCCCGAGGACAAGGAGATG
ACTCTGGAAGAGTATGAGAAAGGTTTTGGAGGAGAAGAGGAAAGCTCTG

QA 1 709 1 709
DS 

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ACCAATGAGGATGAGATTCCTCCAGTGACTGAAGAATCAGCAGCAGTAGTGGTGGAGGGT
GTTGAGAAGGAAGGTGGTGAAGCAACTGACGCAAACAAAGAGACACCTGTTGAAGAGAAA
GAGCCCGAGGACAAGGAGATGACTCTGGAAGAGTATGAGAA*GGTTTTGGAGGAGAAGAG
GAAAGCTCTGCAGGCAACAAAGATTGAGGAGAGGAAGGTTGATACGAAGGCGTTTGAGAC
CATGCAACAGCTCTCAAACAAAAAGAGCAACAACGACGAGGTCTTCATCAAACTGGGAAC
AGAGAAGGACAAGCGCCCAGTTGAGAAAGAGGAGAAGACCAAGAAGTCGTTGAGCATAAA
TGAGTTTTTGAAACCTGCGAATGGAGAGAGGTACAGAGGAGGAGGGGGTTACCGTGGTGG
AAGGGAAGGACGTGGAGGTCGTGGACCAAGAGAAGGAGGTGAAGGAAGAGGTCGTGGACC
AAGAGGAGGAGGAGCCGATGGAGGAGAAAACCAGAGAGCTGCTGCTGCACCTAAAAGGGT
CGCTCCTGCACCAAAAATTGAAGACGCCGCACAGTTCCCTACTCTAGGAAAGTAATGGCT
CTCTTCTCTCTTGGTCCTTGAGCATCTGTGTCTGCACTCTTTTGGTTTTTGTAATCTCTC
TCATCTGGTTTGGATTTTGTTCTTCTGATTCGATTGTTATTGTTATACCCTTCGTTTTGT
TTCACGAACCCAATTTTGGGAGTTTTTAATATCAAGTTAAAATCT

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL4599Contig1 713 2 4 U
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GTAGACATGGGTACTTCCATGTGGTGAACAATGACTATACACATTGGGAGATGTATGCTA
TTGGTGGAAGTGCTGACCCTACAATCAATAGTCAAGGGAACAGATTTTTGGCCCCGGATA
TCAGATTTAGCAAAGAAGTGACTAAGCATGAGGACGCCCCAGAGAGTGAGTGGAAGAGCT
GGAACTGGAGATCCTCTGGTGATTTATTATTAAATGGTGCGTTTTTTACGCCTTCCGGTG
GTTCATCCTCCTCTGGCTACGCCAAGGCTTCGAGTCTTGGGGCTAGACCGTCTTCTCTAG
TTGGACCGTTGACGGTTGGTTCTGGTGCATTGAATTGCCGCAAGGGTTCCCGTTGCTGAT
TGTGGAGGCTTGCTTAAGTTTATTTTTAGCAAATTAAAAAGAAATTATATAGAAAAGGCA
ATTAAAGCCACCAATTAAGGGGTTAAGTTATATAACTTTCATTACCCACCTTTAATTACT
CTATTGATTTTTCTTCTTTTTGGGGTAAAGTTGAGGAGAAAACAACCTCTGGCTTCACTG
CTCTTTTAGGACCCATCTAAGGATTTTCTGTTTTAAGGTATCTTTTATTAGGTTGAAAGT
GTAGTAACAAGTGCAGATGTGTTGATCTTCATATTAATATAATATAATTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1BJ29TF U 1
AF RR1BJ29JQ C 359
BS 1 651 RR1BJ29TF
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BS 713 713 RR1BJ29JQ

RD RR1BJ29TF 712 0 0
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GTAGACATGGGTACTTCCATGTGGTGAACAATGACTATACACATTGGGAGATGTATGCTA
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TCAGATTTAGCAAAGAAGTGACTAAGCATGAGGACGCCCCAGAGAGTGAGTGGAAGAGCT
GGAACTGGAGATCCTCTGGTGATTTATTATTAAATGGTGCGTTTTTTACGCCTTCCGGTG
GTTCATCCTCCTCTGGCTACGCCAAGGCTTCGAGTCTTGGGGCTAGACCGTCTTCTCTAG
TTGGACCGTTGACGGTTGGTTCTGGTGCATTGAATTGCCGCAAGGGTTCCCGTTGCTGAT
TGTGGAGGCTTGCTTAAGTTTATTTTTAGCAAATTAAAAAGAAATTATATAGAAAAGGCA
ATTAAAGCCACCAATTAAGGGGTTAAGTTATATAACTTTCATTACCCACCTTTAATTACT
CTATTGATTTTTCTTCTTTTTGGGGTAAAGTTGAGGAGAAAACAACCTCTGGCTTCACTG
CTCTTTTAGGACCCATCTAAGGATTTTCTGTTTTAAGGTATCTTTTATTAG*TTGAAAGT
GTAGTAACAAGTGCAGATGTGTTGATCTTCATATTAATATAATATAATTTGT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1BJ29JQ 355 0 0
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ATTGTGGAGGCTTGCTTAAGTTTATTTTTAGCAAATTAAAAAGAAATTATATAGAAAAGG
CAATTAAAGCCACCAATTAAGGGGTTAAGTTATATAACTTTCATTACCCACCTTTAATTA
CTTTATTGATTTTTTTTTTTTTTGGGGTAAAGTTGAGGAGAAAACAACCTCTGGCTTCAC
TGCTCTTTTAGGACCCATTTAAGGATTTTCTGTTTTAAGGTATCTTTTATTAGGTTGAAA
GTGTAGTAACAAGTGCAGATGTGTTGATTTTCATATTAATATAATATAATTTGTG

QA 1 355 1 355
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL4602Contig1 809 2 2 U
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AGAGAGAGAAAGAAGCACACCAGTGGCAGAACCGTAAATAAAAGATGTCTAAAGATTGCG
GCAACCACGGTGGTGGCAAAGAAGCAGCCGTCCGGCGAATCTGCGGCGCCGTGATCGCCT
TCATCATAATAGTTCTAATCACCATCTTCCTAGTTTGGGTCATACTCAGGCCAACGAAGC
TAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAACCTCTCGCAACCAAACCTCC
TCACCACAAACTTTCAGATCACATTCGCATCTCGTAACCCTAACTCCAAGATCGGTATCT
ACTACGACCGTCTCCACGTCTACGCTGCGTACCATAACCAGCAGATAACTCTCAGGACAG
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GAACCGCTGTTCCGATCGCACCGTACAACTCCGTCGCTTTGGCAGACGAGCAAGGTCATG
GACTAGTTCGGTTGATGATACGCGCCGATGGGCGCGTGAGATGGAAAGTAGGGACGTTGA
TCACAGGAAAATATCATATCCATGTTCGGTGTCCGGCTATCATCGATCTTGGGAACAAAG
CTGCTGGTGTTATTGTCGGTGATAACGCCGTTAAGTATACGTTGATTACTAAATGCAGTG
TGAACGTTTAGAACTTTGACGCCGTTAAGTTGCTACTATCTACTTTTTGTTATTATTATT
ATTATATAATCAAATCATTTTCTATTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F411TF U 1
AF RR1F411JQ C 271
BS 1 792 RR1F411TF
BS 793 809 RR1F411JQ

RD RR1F411TF 792 0 0
TTTTTTCCTCCCATCATAACTAGTCACGACCAAATACAAAAAGGAAGAAACATATCATAT
AGAGAGAGAAAGAAGCACACCAGTGGCAGAACCGTAAATAAAAGATGTCTAAAGATTGCG
GCAACCACGGTGGTGGCAAAGAAGCAGCCGTCCGGCGAATCTGCGGCGCCGTGATCGCCT
TCATCATAATAGTTCTAATCACCATCTTCCTAGTTTGGGTCATACTCAGGCCAACGAAGC
TAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAACCTCTCGCAACCAAACCTCC
TCACCACAAACTTTCAGATCACATTCGCATCTCGTAACCCTAACTCCAAGATCGGTATCT
ACTACGACCGTCTCCACGTCTACGCTGCGTACCATAACCAGCAGATAACTCTCAGGACAG
CAATCCCTCCGACGTACCAAGGGCATAAAGAAGACAACGTCTGGTCTCCGTCCGTGTACG
GAACCGCTGTTCCGATCGCACCGTACAACTCCGTCGCTTTGGCAGACGAGCAAGGTCATG
GACTAGTTCGGTTGATGATACGCGCCGATGGGCGCGTGAGATGGAAAGTAGGGACGTTGA
TCACAGGAAAATATCATATCCATGTTCGGTGTCCGGCTATCATCGATCTTGGGAACAAAG
CTGCTGGTGTTATTGTCGGTGATAACGCCGTTAAGTATACGTTGATTACTAAATGCAGTG
TGAACGTTTAGAACTTTGACGCCGTTAAGTTGCTACTATCTACTTTTTGTTATTATTATT
ATTATATAATCA

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1F411JQ 539 0 0
TCGCCTTCAACCTCTCGCAACCAAACCTCCTCACCACAAACTTTCAGATCACATTCGCAT
CTCGTAACCCTAACTCCAAGATCGGTATCTACTACGACCGTCTCCACGTTTACGCTGCGT
ACCATAACCAGCAGATAACTCTCAGGACAGCAATCCCTCCGACGTACCAAGGGCATAAAG
AAGACAACGTCTGGTCTCCGTCCGTGTACGGAACCGCTGTTCCGATCGCACCGTACAACT
CCGTCGCTTTGGCAGACGAGCAAGGTCATGGACTAGTTCGGTTGATGATACGCGCCGATG
GGCGCGTGAGATGGAAAGTAGGGACGTTGATCACAGGAAAATATCATATCCATGTTCGGT
GTCCGGCTATCATCGATCTTGGGAACAAAGCTGCTGGTGTTATTGTCGGTGATAACGCCG
TTAAGTATACGTTGATTACTAAATGCAGTGTGAACGTTTAGAACTTTGACGCCGTTAAGT
TGCTACTATCTACTTTTTGTTATTATTATTATTATATAATCAAATCATTTTCTATTTAC

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 2

CO CL4603Contig1 974 2 2 U
GGACGGCCGACAATATCTAACTATCAAAGCCTTGGTTCCTCCGAATCTTGTCCGGTGCTG
CTTATCCCTGATGGCAAAGCGCTTGGAACATGAGCATTGCAATGGTTCATAGTGATTAGA
GAGGGAATGGGGAGATCAGTGTATTTATTTTATTTATGCTTAAATCATGGGGAAGATGTG
GAGAAAACAAAATAGATTTCTAAAAATTTATAATAGCTTTTGGGAGCACATTGGAGCAAA
TAAGCAATTTTGGAGCTTGTGGAGCACTGCTCTTTACCATGGATGGCTCTCACTTGGTTT
GCTTCATATTGTTTTGGTCTTATATCATCATCATCATCTTTTCTATATGCTGATGCAGCG
ATGCTGATTTTGGAAGCTGTCTGAGTGGAGATTCTTTGTCCTTAAGAAATAAAGCTTAGT
TCCTTTATTGATTTGTTTTCTTTTATTTGCAGTTACCTAACAACCTTTGCAAACAATGAG
TGGTCGGTTTTCTCGGTCCATCTATGTTGGTAACTTGCCCGGTGACATAAGGGAGTCTGA
GATTGAAGATCTCTTCTACAAGTATGGCCGCATTGTGGATATTGAATTGAAGGTTCCACC
TCGTCCTCCATGTTATTGTTTTGTTGAGTTTGAGCATCCTCGGGATGCTGAAGATGCTAT
CGATGGCCGTGACGGGTACAACTTTGACGGCTCTCGTTTGAGGGTTGAGCTTGCCCATGG
TGATCGAGGTCCAGGTCTCTTTCAAAATCTCCTGCCAAGGTTCAGGAAGGAACTGAGTGA
GTGATGGCACTTCGAACCGTCCATGGCAAAGATCAAATCGGATAAATGGGGAGTTCTATG
CAAAATTGTAATTTGTTCTTAGGCAACTAGTTCTGGATTCTTTCTTTTTCCTCTGCTACT
ACTACTTTGATCTTTAAAACATGTTATCTTTACCGGTTCTTTAAATTTTTATGTTTACTG
TTTGGGAGTTTTAG


BQ
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AF RR1BT85TF U 1
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CGATGGCCGTGACGGGTACAACTTTGACGGCT

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DS 

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AAATGGGGAGTTCTATGCAAAATTGTAATTTGTTCTTAGGCAACTAGTTCTGGATTCTTT
CTTTTTCCTCTGCTACTACTACTTTGATCTTTAAAACATGTTATCTTTACCGGTTCTTTA
AATTTTTATGTTTACTGTTTGGGAGTTTTAG

QA 1 751 1 751
DS 



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BQ
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AF RR1AZ67JQ C 1
AF RR1AZ67TF U 1
BS 1 469 RR1AZ67TF

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CCAAGAAGGGCAAGGATTACCCTGTCGGACCCATTCTCCTCGGCTTCTTTGTCTTCGTCG
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DS 

RD RR1AZ67TF 469 0 0
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CCAAGAAGGGCAAGGATTACCCTGTCGGACCCATTCTCCTCGGCTTCTTTGTCTTCGTCG
TCATTGGTTCATCTCTCTTCCAGATCATCAGGACCGCAACAAGCAAAGGCATGGCATAAA
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CTGTCTTGGCTGTTTTTCCCTTATACTGTAGAATGCGTTAACTTTCTGTTTACTTACCTG
TTATGAAGAATTTTGAGACTACTTTTTTCTATAAATTATCCAATCTTTG

QA 1 469 1 469
DS 



AS 1 2

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GCAACGAATTGCAAGGAAAGGTACCTGAGGAGGTTTATTCAGTTGGTGTTCATGGTGGAA
TTATCGATCTCTCTGGAAACAAAGGACTGTGTGGGGTTCCGTCTCTTCCCTCGTGTCCAC
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ATGATTACGACTTTGCACCTCCTACCGATCTAACATCGCTTGCAGCAAAGAGAAACAGAT
ACCAGAGGCAGAAGTCGTTAATGCTACTGGAAATAGAGAGTCAACATGCTAAAGGAATGC
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AGGAGATGAGATTGAGTATTAGAGGTTTTTCTGTGTAATTAGTATACAAAGCATTACTCC
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TATTAATTGACAACAAAAACATTCTTACTTACGCCAGTTACGCCCTTCCCTGTGTTTTTG
TGTATGTACCATACTCGACATTGTTTGTTCCTGTCTTTTTTTTTTGTTTCA


BQ
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AF RR1BX13TF U 1
AF RR1BX13JQ C 438
BS 1 686 RR1BX13TF
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CTCTTGTTATATTCCAAATAGACCTTGGAAGCCAAGGCTTAAAAGGATTCACCAGTGAAC
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GCAACGAATTGCAAGGAAAGGTACCTGAGGAGGTTTATTCAGTTGGTGTTCATGGTGGAA
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TGTTATGGGAGAATGGCCACTTATCC

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DS 

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AAGGTACCTGAGGAGGTTTATTCAGTTGGTGTTCATGGTGGAATTATCGATCTCTCTGGA
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CACTTATCCAAAGGAGGTAAAATAGCCATAGCCGTATCTTGTGTGGTGGTGTTGGTTCTG
GTACTCTTGGTCATTTACTTGTGCTGCATCTGGAGAGGAAGACATGATTACGACTTTGCA
CCTCCTACCGATCTAACATCGCTTGCAGCAAAGAGAAACAGATACCAGAGGCAGAAGTCG
TTAATGCTACTGGAAATAGAGAGTCAACATGCTAAAGGAATGCCTACACTTCCTTTGAAC
TCACAATAGCCGAGAAAGAGAGGTTTGATTTGGACAGAGAGCAAGGAGATGAGATTGAGT
ATTAGAGGTTTTTCTGTGTAATTAGTATACAAAGCATTACTCCTCAAGAAAACGACAAAT
AAACAATGAAGAAGGGGGCATTGCATGAAGAGTAAGTAAGATCTTGCTTCACTGTAATTT
CATTTTTGGGGTTTTCTTAGAAATGATATGTATGATAAATTATTATTAATTGACAACAAA
AACATTCTTACTTACGCCAGTTACGCCCTTCCCTGTGTTTTTGTGTATGTACCATACTCG
ACATTGTTTGTTCCTGTCTTTTTTTTTTGTTTCA

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

CO CL4606Contig1 1172 2 4 U
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CAGCTATTAGCCCTCCAATTTCCTCCTTCTCAAGGGGAAGCTTCCCTAATGGAAGAAGCG
AACCGAGAGCCTGCTCACAAAATTGATGAGAATATGTGGAAAAATAGGGAGCAGATGGAG
GAGATATTGTTTCTTCTGCAACCATCTCGTTGGCCTCTTCAGCTTCGGGAAGCTAGCACG
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CTGACTGCTATGATTTCCTTCCAGACTAAAAACTCTGAGCGCATATTTAGCACAGTTATG
ACCTACATGCCTCAAGATTTCCGAGGATCCCTTATCAGACAGCAGAAAGAGAGGTCGGAG
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TATGCTCTTCTTTGGAAGCAGCAGATGGAGCGGAGGAGACAGTTGGCTCAGCTAGGCTCT
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TGGACCTCACCTATACAGTCTCACGAAAATGGTCACGGCTCTCCGGGCTTCCCTAACACT
TCTTTGGGAAAGATATGATACTTTCAAACTGAATAAAGACCAAATGAATCTCCTGTCTGA
AGCTGCTATCGTCTACACATCTGAGTTTGAAAGATTCGTCACGTTTATCAGCGACGTATT
TGCCAATTCCCCCTTCTTCATTTCAGCAGATACCGCTGGGTCATTGGGCTCAAGGGAAAA
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GGAATCAGAAAATTCATATATTGCCTGGGATTTTTCTTTGGTGCAAGGCAAGATTAGCAT
GGATATTGGATTTAGTGTGGAGTACATAAGTG


BQ
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AF RR1B855TF U 1
AF RR1ES93TF U 457
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BS 657 708 RR1B855TF
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TCGACGGAAGGGCTAGTGCCGATCACGAGGGATTTTCTGGCTTCTTATTACGACAAATAT
CCATTTCCTCCTCTTTCAGAAGACGTTTCTCGGCTTTACTCTGACATGACTTCTCTTATT
CAGCTATTAGCCCTCCAATTTCCTCCTTCTCAAGGGGAAGCTTCCCTAATGGAAGAAGCG
AACCGAGAGCCTGCTCACAAAATTGATGAGAATATGTGGAAAAATAGGGAGCAGATGGAG
GAGATATTGTTTCTTCTGCAACCATCTCGTTGGCCTCTTCAGCTTCGGGAAGCTAGCACG
TCCGAAGATGCTGAATTCTCTTCCACTCTGAGACATGTCAAGGACAATTTTGATAAAGCT
CTGACTGCTATGATTTCCTTCCAGACTAAAAACTCTGAGCGCATATTTAGCACAGTTATG
ACCTACATGCCTCAAGATTTCCGAGGATCCCTTATCAGACAGCAGAAAGAGAGGTCGGAG
AGGAACAAACAGGCGGAGGTTGATGCCTTGGTTAGCTCTGGAGGGACCATACGCGACACA
TATGCTCTTCTTTGGAAGCAGCAGATGGAGCGGAGGAGACAGTTGGCTCAGCTAG*CTCT
GCGACTGGTGTCTACAAAACTCTCGTCAAGTACTTGGGTTGGGGTTCC

QA 1 708 1 708
DS 

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DS 



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GATGGAAGAGTTGGTATGGCCATGTGCTCCCTTGCTAATGCAAAATGCACAAAAGGTGAT
GCAGATGAAGCGTTAGATCTCTACAAGAACGCTCTACAAATTATCAAAGAGTCAAAATAT
ATGGACATAGACAACACTTTCTTAGAAAACATGAGGATAGATCTTGCTGAGCTGCTTCAT
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TATTCACGCTCCAAGAACTATGTGGAGGCTGAGCGATTGCTGAGAACTTGTTTGGACATC
ATGGAGAAGTCAGTTGGTTCAGAGGATCAGTCCATGACCTTCCCAATGCTGAATCTTGCA
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AGGAGAAGGCTAGCTTTGCTTAGAGAGAGATACAAGCAGAGTCTAAGTGTCTAGAACACA
TTTCTTACTTCTTATCTTTTATTATCTTATACTAAACCG


BQ
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AF RR1FP76TF U 1
AF RR1FP76JQ C 515
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BS 674 1299 RR1FP76JQ

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GCAGATGAAGCGTTAGATCTCTACAAGAACGCTCTACAAATTATCAAAGAGTCAAAATAT
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A

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DS 

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AACCG

QA 1 785 1 785
DS 



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CTCTCACTCTCCTCGCCATGGGGTAAAAAAAAGCTCACAATCAAACCGGGATTTAATCAA
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TTGTTTATAATGTTTTCTCGTCTATTTGTATTCATTTATTTTTGTTTTATACCATGATTG
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BQ
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AF RR1FB02TF U 1
AF RR1FB02JQ C 185
BS 1 652 RR1FB02TF
BS 653 948 RR1FB02JQ

RD RR1FB02TF 652 0 0
GGATCCCGAGACAGAAACAGAGAAAAGGACATTGTCTGGTTTTCTTACAAGCCCTGTCGG
AAAACACAGAGAATATTTCTTATAGGCAAAGCAACATGGCTTCAGGAGGATCAAAGTCGG
CAGCTTTCATGCTTCTGCTGCTGAATCTTGGTCTCTACTTTGTCGTCACCATCATCGCTG
CCTGGGCGGTTAATCACGGCATCGAGAGAGCTCGAGAGTCTGCGTCGGTGCTGTCTCTCC
CGGCGAAGATCTTCCCGATATACTTCCCGGTGGGGAACATGGCGACTGGCTTTTTCGTGA
TATTCACGTTGATCGCTGGAGTCGTGGGAATGGCGACGTCACTCACGGGAATCATGAACG
TTCTTCAGTGGGACTCTCCGAATCTACATTCCGCCGCAGCTTCCTCTCTCATCTCCTGGT
CTCTCACTCTCCTCGCCATGGGGTAAAAAAAAGCTCACAATCAAACCGGGATTTAATCAA
GTTCAAATTAATAGACAAATATTTAACCGGTTTGGTTCTGGTGCAGATTGGCTTGTAAAG
AAATCAACATAGGCTGGACCGAAGCTAATCTAAGAACTCTTGAAGTGCTGATGATAATAG
TGAGTGGAACTCAGTTGTTGTGCACTGGAGCTATTCACGTCGGAGTTGGAGA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1FB02JQ 764 0 0
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GAAGATCTTCCCGATATACTTCCCGGTGGGGAACATGGCGACTGGCTTTTTCGTGATATT
CACGTTGATCGCTGGAGTCGTGGGAATGGCGACGTCACTCACGGGAATCATGAACGTTCT
TCAGTGGGACTCTCCGAATCTACATTCCGCCGCAGCTTCCTCTCTCATCTCCTGGTCTCT
CACTCTCCTCGCCATGGGGTAAAAAAAAGCTCACAATCAAACCGGGATTTAATCAAGTTC
AAATTAATAGACAAATATTTAACCGGTTTGGTTCTGGTGCAGATTGGCTTGTAAAGAAAT
CAACATAGGCTGGACCGAAGCTAATCTAAGAACTCTTGAAGTGCTGATGATAATAGTGAG
TGGAACTCAGTTGTTGTGCACTGGAGCTATTCACGTCGGAGTTGGAGAAACAGTCGACGG
AGCAAGACCTCATGTCGGAAGAGCTTGAGTTTCTTTATGGTTTGAGAGACAATTTATATA
TTGGTTTGGTTTTCTTTTTCTTCTTCTTAAAAACGGTTTACACACAAACCGAAAGTTTGA
GATTGTGTAATTTGTGTGTTGTGTGTGTGTTGTTTTTTTTTGACGGCGTGTGTGTGTTGT
TTATAATGTTTTCTCGTCTATTTGTATTCATTTATTTTTGTTTTATACCATGATTGTTGT
ATACGGCACTATCTGAAACTAATGTAAAGATGACTGGTTAATAT

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL4609Contig1 970 2 4 U
AACAAACTTTAGGAGAGGAGTATTGTGACATTATACAGGTTGCAGGACCATATGGGCTGT
CTCCTACACCAGCTCGACGTGCTTTGTTCATACTCTATCAGACTGCTGTTCCATATATCG
CCGAGAGGATTAGCTCAAGAGCTGCCACACAAGCGTTTACATTTGATGAAGAGGAGGAGG
ATGATTGTCATATCCAGCCACCAAGAATGATTCATCTTCTTCCCTCTTCAGCTTCTGTAT
TATCTAGGTTAAAAGATAGACTTCAGAGATTTTGGCACCGTGCTATTCGAAGATGGCCTG
TGGTTCTCCCTGTTGCCCGTGAACTCTTACAAGTGCTTCTCCGTGCCAATTTGATGCTCT
TCTACTTTGAAGGTCTATATTATCATATATCAAGTGGGAGAGGGTTGCCTGTTTTAAACG
AAGAGGGAAATTTGATTACTCCAGAAGCTGAAAAGGGAAACTGGTCTCCCTCCGATGCAA
CTTCAACTACGGAGGCAGTAGGAAAATGCACTTTCTGCTTAAGCAGCCGTCAGCACCCGA
CGGCCACTCCTTGTGGTCATGTATTTTGTTGGAGCTGCATTATGGAATGGTGCAATGAGA
AGCAAGAATGCCCACTTTGTCGAACACCCAACACCCACTCAAGTTTAGTTTGTTTGTACA
ACTCTGATTTTTGAGCTCAAATGGATTTACAAGGACACGACGACAGTACAAAAAGGGCAT
GGAAAGCAAAGGAAGGTGATAGGCCCAAATAGTCAACACAAGCCTCTTTTAGTGACAAAC
TTGGGACAGTAACATTCTACAGTTCTACAAGAATGGAATCTGTTTTGTCATTTTGAAGTA
AGATCATCAAGTAATGAGAAGACAAATAATAAATGTTCTGTATCCATGTCTGCCTTTTTT
TATTTATTTGATATCTAGTTCAGAAACCACAGAGGAAGTTTTACATTTCATTGAAAGAAA
AAGTTTAAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AU94TF U 1
AF RR1AU94JQ C 180
BS 1 308 RR1AU94TF
BS 309 309 RR1AU94JQ
BS 310 421 RR1AU94TF
BS 422 970 RR1AU94JQ

RD RR1AU94TF 421 0 0
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CTCCTACACCAGCTCGACGTGCTTTGTTCATACTCTATCAGACTGCTGTTCCATATATCG
CCGAGAGGATTAGCTCAAGAGCTGCCACACAAGCGTTTACATTTGATGAAGAGGAGGAGG
ATGATTGTCATATCCAGCCACCAAGAATGATTCATCTTCTTCCCTCTTCAGCTTCTGTAT
TATCTAGGTTAAAAGATAGACTTCAGAGATTTTGGCACCGTGCTATTCGAAGATGGCCTG
TGGTTCTCTCTGTTGCCCGTGAACTCTTACAAGTGCTTCTCCGTGCCAATTTGATGCTCT
TCTACTTTGAAGGTCTATATTATCATATATCAAGTGGGAGAGGGTTGCCTGTTTTAAACG
A

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1AU94JQ 791 0 0
GATGATTGTCATATCCAGCCACCAAGAATGATTCATCTTCTTCCCTCTTCAGCTTCTGTA
TTATCTAGGTTAAAAGATAGACTTCAGAGATTTTGGCACCGTGCTATTCGAAGATGGCCT
GTGGTTCTCCCTGTTGCCCGTGAACTCTTACAAGTGCTTCTCCGTGCCAATTTGATGCTC
TTCTACTTTGAAGGTCTATATTATCATATATCAAGTGGGAGAGGGTTGCCTGTTTTAAAC
GAAGAGGGAAATTTGATTACTCCAGAAGCTGAAAAGGGAAACTGGTCTCCCTCCGATGCA
ACTTCAACTACGGAGGCAGTAGGAAAATGCACTTTCTGCTTAAGCAGCCGTCAGCACCCG
ACGGCCACTCCTTGTGGTCATGTATTTTGTTGGAGCTGCATTATGGAATGGTGCAATGAG
AAGCAAGAATGCCCACTTTGTCGAACACCCAACACCCACTCAAGTTTAGTTTGTTTGTAC
AACTCTGATTTTTGAGCTCAAATGGATTTACAAGGACACGACGACAGTACAAAAAGGGCA
TGGAAAGCAAAGGAAGGTGATAGGCCCAAATAGTCAACACAAGCCTCTTTTAGTGACAAA
CTTGGGACAGTAACATTCTACAGTTCTACAAGAATGGAATCTGTTTTGTCATTTTGAAGT
AAGATCATCAAGTAATGAGAAGACAAATAATAAATGTTCTGTATCCATGTCTGCCTTTTT
TTATTTATTTGATATCTAGTTCAGAAACCACAGAGGAAGTTTTACATTTCATTGAAAGAA
AAAGTTTAAAC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL4610Contig1 1287 2 2 U
GGAAGGCATGAAGTGATATGGCATCCATTGATTCTCTCCAGTTCCATTCCCTCTTCAATC
TCCAGTCGTCGATTGGAAGATCCAAGCTCCAGATTCCTTCAAGCTTGCTTGCATTCAGAA
GGAGACACAAGAATCTGAACTGGTTTCAAGTCCAAACCAATCAAAGATTCGTGTGCAAAT
CGATTGCTGACGATTCCTGGACTCCAAATGATGAAGAAACTCAGAACGATGATGATAACG
AGGAAGAAGAAGACGTTGCCACGACTCCGAGTAACAACAACACCACGGCCAGTGAATCCG
AGACTACTCCGATTTCGAGATTCCGTACCATGGTTACCACCATCGCCAACGATTCCGAGA
CTTCAATCTCGAGATTTCGGAGTATGGTGACCACACTCCCTCCTGTCGTCTTCCTGATGA
ACAAGTCCTCAGGGAAAAACAGCGTTTGGATCGGTATCAGCATCTTAGCTACTCTCCTCC
TCGCTTCTCTACGAGCTTATGCAATAAGAAAATCGAGAGATAATAATAATAACCGTCCTC
CTGGCTCTGTTGCCGATCTCGTGAGACGTGGACAGCTGAGATCCGGTGATAGAAGAGGCA
TCTCAAAGTCTCTTAACTACGAAGACCCATTCAATAACCCTTTCGTTAAACTTGGCAAAG
GAAGCTCCACGGTGGAGATGTGCGGGAAAGTTTATAAGCTAGCTCCGGTCACGCTCACCG
AGAAAGAACAGAGTGTTCATCAGAAGAGAAGGTCGAGAGCTTACCAGTGGAAGAGACCGA
CTGTTTTCCTCAAAGAAGGAGACTCGGTACCTCCTGACGTTGATCCTGATACTGTCAGAT
GGATCCCTGCTAATCATCCGTTTGCGACCACGGTCAGCGATATCGATCAAGACCTCGCTC
AGAACAATGTGTACCAGAAGCAAGGTGTTCCGTTTCGGATTCGTGCTGAGCATGAAGCTA
TGCAGAAAAAGCTTGAAGCTTTACAAAATGAGGAGAAGTTGAATAATTTGGGTATTGATA
GTCAAAACGCCAGAGATTTTCAGAGGCCGTACAAGTTCTCAGGCCAGCTCGAGGAAGACG
GTAATGTCCAGGAGAATCATACTGGTGATTCATCTTCTGAGGAGACGCAATAAGCTTTGT
AAATATAGCCTTGAGAGTCACACTTGCGTTCCAAGAAACTGAAGATACTTTTTTTTTTTC
TTTGGTAATATACCTTAAAAAAAAACCTAAAATCTCTGTTTTTTCTTTCATATGCTTTTC
CATCAAGTTAAAAAGAGTTCGAACCGC


BQ
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AF RR1DH21TF U 1
AF RR1DH21JQ C 623
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BS 743 1287 RR1DH21JQ

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AGACTACTCCGATTTCGAGATTCCGTACCATGGTTACCACCATCGCCAACGATTCCGAGA
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QA 1 742 1 742
DS 

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CGGGAAAGTTTATAAGCTAGCTCCGGTCACGCTCACCGAGAAAGAACAGAGTGTTCATCA
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TGCGACCACGGTCAGCGATATCGATCAAGACCTCGCTCAGAACAATGTGTACCAGAAGCA
AGGTGTTCCGTTTCGGATTCGTGCTGAGCATGAAGCTATGCAGAAAAAGCTTGAAGCTTT
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GAGGCCGTACAAGTTCTCAGGCCAGCTCGAGGAAGACGGTAATGTCCAGGAGAATCATAC
TGGTGATTCATCTTCTGAGGAGACGCAATAAGCTTTGTAAATATAGCCTTGAGAGTCACA
CTTGCGTTCCAAGAAACTGAAGATACTTTTTTTTTTTCTTTGGTAATATACCTTAAAAAA
AAACCTAAAATCTCTGTTTTTTCTTTCATATGCTTTTCCATCAAGTTAAAAAGAGTTCGA
ACCGC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL4611Contig1 1400 2 2 U
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AGTTAGAGTACACGATCCTGATACTCAAGTGACGCGTGAAGTGACGTACCAAGGGTTCGT
GTCCGAGCTTTTTGTTCCGTACATGGATCCTTCAGACGCGTGGTACTTCAAGACTTACAT
GGACGCAGGTGAATACGGATTCGGCTTACAAGCCATGCCACTTGTACCGCTTAATGATTG
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GGAAAGCCCCATCAGCGGTTTACCGATAAAGGAAGTGAGACCAAAGGTGACGTTAGTGGT
ACGAATCGTAGCTTCGGTAGGTAACTATGATTACATCATTGATTATGAGTTCCAAACGGA
TGGGCTTATCAAAGCTAAGGTTGGACTTAGTGGAATTTTAATGGTGAAAGGGACATCATA
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GCTTCTGGCTGAAAATATTATAGGAGTAATCCATGATCACTACGTCACTTTCTACCTTGA
CCTTGATGTCGACGGCCCGGACAATTCATTTGTTAAAGTGAACCTCAAGAGGCAGGAGAC
TGAGCCAGGTGAGTCTCCAAGGAAGTTACATGAAAGCGGTTAAGAACATTGTGAAAACCG
AAAAAGACGCTCAGATCAAGCTTAGTTTGTATGACCCATCCGAATTCCATGTTGTCAATT
CTGTTAAAACCACCCGGGTTAGTAACCCCACGGGTTACAAGATCGTGCCTAGAGCCACGG
CGGCTAGTTTGCTTGACCATGATGATCCTCCGCAGAAGAGAGGAGCTTTTACCAACAATC
AAATTTGGGTGACCCCGTATAATAAGTCCGAGAAATGGGCTGCCGGTTTGTTCACATACC
AAAGCCATGGAGATGATACTCTTGCCGTTTGGTCAGACAGGGATAGAGACATAGAGAACA
AGGATATAGTTGTGTGGTACACACTTGGCTTCCATCACGTTCCATGTCAAGAAGACTTTC
CAATAATGCCTACAGTTTCTTCGAGTTTTGATTTGAAACCTGCAAATTTCTTTGAGCGTA
ACCCAATCCTTAAGGCCGCTCCAAACTTCGAACATGATCTCCCCGTTTGTGAAGCTAAAT
ATGTATCTGCTTGAAATGAGTGAAGTACGAAATCAACTTATAGATTTTCCTTCTATATTT
TCATGGGTCTTTAATTAGTCAAAAACAATGTTTGTTACGAGATGAAAACCGGTAACCGGA
TGTATATATGTATGTTCTCT


BQ
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AF RR1FD81TF U 1
AF RR1FD81JQ C 708
BS 1 775 RR1FD81TF
BS 776 1400 RR1FD81JQ

RD RR1FD81TF 775 0 0
GGGGGCAAACTGGGAGTTTCATCTAAAGCCTGACCCGAGAGCAGTTGTGGTATTATCACA
AGTTAGAGTACACGATCCTGATACTCAAGTGACGCGTGAAGTGACGTACCAAGGGTTCGT
GTCCGAGCTTTTTGTTCCGTACATGGATCCTTCAGACGCGTGGTACTTCAAGACTTACAT
GGACGCAGGTGAATACGGATTCGGCTTACAAGCCATGCCACTTGTACCGCTTAATGATTG
CCCACGAAACGCAGCTTATATGGACGGAGTTTTCACCGCGGCTGATGGGACGCCGTTTGT
GAGAGAGAATATGGTTTGTATCTTCGAGCGTTACGCAGGAGATATTGGGTGGCGTCACTC
GGAAAGCCCCATCAGCGGTTTACCGATAAAGGAAGTGAGACCAAAGGTGACGTTAGTGGT
ACGAATCGTAGCTTCGGTAGGTAACTATGATTACATCATTGATTATGAGTTCCAAACGGA
TGGGCTTATCAAAGCTAAGGTTGGACTTAGTGGAATTTTAATGGTGAAAGGGACATCATA
TCAAAACAAAAATCAAGTGAATAAAGATAAAGAAGGTAATGAAGAAGAGCTTCACGGCAC
GCTTCTGGCTGAAAATATTATAGGAGTAATCCATGATCACTACGTCACTTTCTACCTTGA
CCTTGATGTCGACGGCCCGGACAATTCATTTGTTAAAGTGAACCTCAAGAGGCAGGAGAC
TGAGCCAGGTGAGTCTCCAAGGAAGTTACATGAAAGCGGTTAAGAACATTGTGAA

QA 1 775 1 775
DS 

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AGAGGCAGGAGACTGAGCCAGGTGAGTCTCCAAGGAAGTTACATGAAAGCGGTTAAGAAC
ATTGTGAAAACCGAAAAAGACGCTCAGATCAAGCTTAGTTTGTATGACCCATCCGAATTC
CATGTTGTCAATTCTGTTAAAACCACCCGGGTTAGTAACCCCACGGGTTACAAGATCGTG
CCTAGAGCCACGGCGGCTAGTTTGCTTGACCATGATGATCCTCCGCAGAAGAGAGGAGCT
TTTACCAACAATCAAATTTGGGTGACCCCGTATAATAAGTCCGAGAAATGGGCTGCCGGT
TTGTTCACATACCAAAGCCATGGAGATGATACTCTTGCCGTTTGGTCAGACAGGGATAGA
GACATAGAGAACAAGGATATAGTTGTGTGGTACACACTTGGCTTCCATCACGTTCCATGT
CAAGAAGACTTTCCAATAATGCCTACAGTTTCTTCGAGTTTTGATTTGAAACCTGCAAAT
TTCTTTGAGCGTAACCCAATCCTTAAGGCCGCTCCAAACTTCGAACATGATCTCCCCGTT
TGTGAAGCTAAATATGTATCTGCTTGAAATGAGTGAAGTACGAAATCAACTTATAGATTT
TCCTTCTATATTTTCATGGGTCTTTAATTAGTCAAAAACAATGTTTGTTACGAGATGAAA
ACCGGTAACCGGATGTATATATGTATGTTCTCT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL4612Contig1 919 2 2 U
GTCTTCCAACTCCACATAGTGTTGCATCTCCACATTGTCCTGTATCTCTCGGTTAAGACC
TCCAAGAAACCAAGCCATAGTGGCTTCTCTGTCCTCTGATATGCAAGCTCTCAACATTAA
CAATTCCATCTCCTGGAAATACTCCTCAACAGATCGTGATCCTTGTGTGAGCTTTCTTAG
TCTCTGGTGAAGGTCACGATGATAATGGCTTGGAACAAACCTTCTACGCATTGCCGCTTT
CATCTCAGCCCATGTCTCAATAGGAAACTCCCCATTACGCCTCTTGTTTGTAACCAACTG
ATCCCACCAGCTCAAGGCATAATCATAGAACTCAGTGGCAGCAACTTGAATCTTCTTAAG
TTCTGGGTAGTGTTGACAATTAAAGACTAGCTCAATCTTCTTTTCCCACTCTAGATAAGC
ATCTGGATCAGCTTTGCCATGGAAAGGAGGAATCCTTAGCTTTAACCCAGCAAGCTCATT
GTGTTGACGATGATCACGTCTGTGTCTACGGCTGCTACGGCTGCTACGGCTGCTGTGTCT
AGAATCTGAACTGTGCCGAGCCCTCTCATAGTAGTTATCAGTCTCCTCTGAACCCTCATG
CTCACGTCTACCATGTTCAGGCCTATCTTGCCTTGGTTCACGCCTATTCTGCCTTGGTTC
ACGTCTATTCTGCCTTGGTTCACGTCTAGGTTCTGAAGACTGAGCATCAAGCTCTTCGCG
GAAGGTACCCAACCTTGTTTCCATCATAGTATGCATTCGACGAGTCAAAGCTTCCAGCAA
TGCTTTATGTTCGAGACTAACTCCTTCATCCTCTTCTGTATCTCCTGCCATAGAACCTGA
GACAACAAAAGAAACAACCAGTAAGTAGTTCAAAACACAAAACAAGATAGAATCAGATAA
GGAAACAAGCAACAAAGAT


BQ
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AF RR1GV77TF U 1
AF RR1GV77JQ C 293
BS 1 691 RR1GV77TF
BS 692 919 RR1GV77JQ

RD RR1GV77TF 698 0 0
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TCCAAGAAACCAAGCCATAGTGGCTTCTCTGTCCTCTGATATGCAAGCTCTCAACATTAA
CAATTCCATCTCCTGGAAATACTCCTCAACAGATCGTGATCCTTGTGTGAGCTTTCTTAG
TCTCTGGTGAAGGTCACGATGATAATGGCTTGGAACAAACCTTCTACGCATTGCCGCTTT
CATCTCAGCCCATGTCTCAATAGGAAACTCCCCATTACGCCTCTTGTTTGTAACCAACTG
ATCCCACCAGCTCAAGGCATAATCATAGAACTCAGTGGCAGCAACTTGAATCTTCTTAAG
TTCTGGGTAGTGTTGACAATTAAAGACTAGCTCAATCTTCTTTTCCCACTCTAGATAAGC
ATCTGGATCAGCTTTGCCATGGAAAGGAGGAATCCTTAGCTTTAACCCAGCAAGCTCATT
GTGTTGACGATGATCACGTCTGTGTCTACGGCTGCTACGGCTGCTACGGCTGCTGTGTCT
AGAATCTGAACTGTGCCGAGCCCTCTCATAGTAGTTATCAGTCTCCTCTGAACCCTCATG
CTCACGTCTACCATGTTCAGGCCTATCTTGCCTTGGTTCACGCCTATTCTGCCTTGGTTC
ACGTCTATTCTGCCTTGGTTCACGTCTAGGT
CTGAAGA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1GV77JQ 627 0 0
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TTCTTAAGTTCTGGGTAGTGTTGACAATTAAAGACTAGCTCAATCTTCTTTTCCCACTCT
AGATAAGCATCTGGATCAGCTTTGCCATGGAAAGGAGGAATCCTTAGCTTTAACCCAGCA
AGCTCATTGTGTTGACGATGATCACGTCTGTGTCTACGGCTGCTACGGCTGCTACGGCTG
CTGTGTCTAGAATCTGAACTGTGCCGAGCCCTCTCATAGTAGTTATCAGTCTCCTCTGAA
CCCTCATGCTCACGTCTACCATGTTCAGGCCTATCTTGCCTTGGTTCACGCCTATTCTGC
CTTGGTTCACGTCTATTCTGCCTTGGTTCACGTCTAGGTTCTGAAGACTGAGCATCAAGC
TCTTCGCGGAAGGTACCCAACCTTGTTTCCATCATAGTATGCATTCGACGAGTCAAAGCT
TCCAGCAATGCTTTATGTTCGAGACTAACTCCTTCATCCTCTTCTGTATCTCCTGCCATA
GAACCTGAGACAACAAAAGAAACAACCAGTAAGTAGTTCAAAACACAAAACAAGATAGAA
TCAGATAAGGAAACAAGCAACAAAGAT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL4613Contig1 927 2 16 U
GAGCAAAAAAAAGATGGAGATTGCGGAGCGTAGGGATGAGGAGATCAGAGAATCGGGAAA
CATGGAGAACATAAAGTCCGACTCTTTTTCCGATGAACGCTACTCTCGCGACCGCAAAGC
TGGTCTTCATCCTCTTCGGTACAAGTTTGCGATTTGGTACACACGTCGCACACCAGGGGT
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AGGGTTTTGGGCATGCTACTGTCACCTAGCTCGTTCTTCTCTCTTGCCTAGTCCTACTGA
TCTTCATTTCTTCAAGGATGGCATTCGCCCCTTGTGGGAGGATTCTGCTAACTGCAATGG
AGGAAAGTGGATCATACGTTTCTCTAAAGTTGTATCTGCTCGCTTCTGGGAGGATCTGCT
TCTTGCGTTGGTAGGGGACCAGCTTGATGATGCTGACAATATCTGTGGGGCAGTACTGAG
TGTCCGCTTCAACGAGGACATTATTAGTGTATGGAATCGCAATGCTTCTGATCATCAGGC
AGTGATGGGTTTGAGAGACTCAATCAAGCGGCATTTGAAGCTGCCTCATGCTTATGTTAT
GGAATACAAACCCCACGATGCTTCTCTCCGCGACAACTCCTCCTACAGGAACACATGGAT
GAGAGGGTAGAAGTAGACCATTGTGTAACGTGATGTGGAGAAAGATTTGGGTAGCTCTCT
TGCAACCTTGGAAGAAGATGTATGGACTGAAACCCTGTTTCCTGTAGCACACTTTATCAA
CATTATATTTTTCCAATTACACTTTCAGACACTTGTAGCTGGAGACACACATTGTTTATG
TGCATTGTCCTTAGTACCCTCACTTTACAACATTTTTTTTTAGTTCTAGTTCTCTTCCAA
CAAGTGCAATCTGTCAAATTTATAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H154TF U 1
AF RR1H154JQ C 316
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BS 799 819 RR1H154TF
BS 820 927 RR1H154JQ

RD RR1H154TF 819 0 0
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GAGAGGGTAGAAGTAGAC*ATTGTGTAACGTGATGTGGAGAAAGATTTGGGTAGCTCTCT
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CATTTT**TTTTCCAAT*ACACTTTCAGACACTTGTAGC

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DS 

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AAATTTATAAAA

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

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CGACCTTATCACTAGAGCTTCTCCTCTACATCATCAGCTTCATCCCTTTCGACTCTGCAA
GACTAACCCCTTTCGTCTCCACGCGGTTTAGGTTTGTATGGAGCCAAGCCTTACTCGTTG
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AGAGGTTTCTTGGTGAAGACACTTTGTTTAGACTCGGTGTATTCTTTAACGCACGAGGTC
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TCGATATCCTCTTCTTGGACATCATTCCAGTTCTACAAGTTACATGATTTGCGGTGGATT
GATGACTCGATGAAACAAGAAAACCTCAATTCACTAATCTCTTTTCTCAAACTTTGCCCT
TCAATCGAGCGTATCTTCATCACTATCGATACAAATACTTATAGTTCAAAAGAAGAAACT
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AAGTTGGAAGGATCAAAGAGTGAAGAGGACAAGAAACAACTAATATTGGCTCTACAGGAG
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TTAGGAACAGGAATTACAAAATCTTTATGTCTAAAGTTACACGCATGAGCATGATTTAAT
TAAATTGCTGCCATTCGTGGGTTTACATTACTTGTTGTACAAGAAAACCCCTCAAATTAA
AACTCAGACTGGGCGGGCTGTTTTGTCATGATTCAACGATTAA


BQ
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AF RR1C150TF U 1
AF RR1C150JQ C 591
BS 1 662 RR1C150TF
BS 663 663 RR1C150JQ
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BS 683 724 RR1C150TF
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RD RR1C150TF 724 0 0
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GACTAACCCCTTTCGTCTCCACGCGGTTTAGGTTTGTATGGAGCCAAGCCTTACTCGTTG
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TGCACCAAGCTGAGATTTCTCGATATCCGATCAACTAAGCTTAAAACTCTTCATTACCAA
GG*TTTCTACCTTCGATCAAG*TCCATGAACATTTTAACTTGACCAATGCGGTTTTCGAC
GTAA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1C150JQ 773 0 0
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TCATTACCAAGGGTTTCTACCTTCGATCAAGGTCCATGAACATTTTAACTTGACCAATGC
GGTTTTCGACGTAAGACAAGGCCCAAACTATTGCAACAATGCTTTAGACATCGGTCCTCT
CTTGCTGATCATCAAGAACTCTCAATCTCTCACACTTTGCAGATGGATGTTCGAGGAACT
AATCAATCCATCGATATCCTCTTCTTGGACATCATTCCAGTTCTACAAGTTACATGATTT
GCGGTGGATTGATGACTCGATGAAACAAGAAAACCTCAATTCACTAATCTCTTTTCTCAA
ACTTTGCCCTTCAATCGAGCGTATCTTCATCACTATCGATACAAATACTTATAGTTCAAA
AGAAGAAACTACTGTTGATGATTACTATGGGAGAAAGCATGCAAGAGTACAAAGAAACTT
AAAACTGGTCAAGTTGGAAGGATCAAAGAGTGAAGAGGACAAGAAACAACTAATATTGGC
TCTACAGGAGGTAGTCGATATCAATCAGCCTCTGCTTATACTGTCTTCGTTTCCTTGAAA
TCAAATCAAATTAGGAACAGGAATTACAAAATCTTTATGTCTAAAGTTACACGCATGAGC
ATGATTTAATTAAATTGCTGCCATTCGTGGGTTTACATTACTTGTTGTACAAGAAAACCC
CTCAAATTAAAACTCAGACTGGGCGGGCTGTTTTGTCATGATTCAACGATTAA

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL4615Contig1 373 2 1 U
GGTATGTGAAAGCAAGGAAATCATCGACGTGGGTGAAGAAGATGATAATAGATATAGGGT
ACTCGTTTCTGAGGAAGAACTGCAGAGGGCCAGCGGTAGCACTCAACATACCTCACATTA
GCCTCGTTGAAGTTGGCATGGTTTACTATGTTTGATGAGCCAAAAAAGAAGAAGAAGAAG
ATCCTATTATGTGTCCTAGTGTAGCATCTTCACCGATGATGCAACATGGTGGGTGTATGC
TTATTGTTGTTATATGTATACTCCTTATTATGGGTCACACACACACCGCACTATTTGTAT
TTGTATTTGTATTTGTACTGTATTGGGAAAAATTCTTTCAAAAAGTAAAATAAAATGAAG
TGTATTGTATTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AW55JQ C 1
AF RR1AW55TF U 1
BS 1 373 RR1AW55TF

RD RR1AW55JQ 373 0 0
GGTATGTGAAAGCAAGGAAATCATCGACGTGGGTGAAGAAGATGATAATAGATATAGGGT
ACTCGTTTCTGAGGAAGAACTGCAGAGGGCCAGCGGTAGCACTCAACATACCTCACATTA
GCCTCGTTGAAGTTGGCATGGTTTACTATGTTTGATGAGCCAAAAAAGAAGAAGAAGAAG
ATCCTATTATGTGTCCTAGTGTAGCATCTTCACCGATGATGCAACATGGTGGGTGTATGC
TTATTGTTGTTATATGTATACTCCTTATTATGGGTCACACACACACCGCACTATTTGTAT
TTGTATTTGTATTTGTACTGTATTGGGAAAAATTCTTTCAAAAAGTAAAATAAAATGAAG
TGTATTGTATTGG

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR1AW55TF 373 0 0
GGTATGTGAAAGCAAGGAAATCATCGACGTGGGTGAAGAAGATGATAATAGATATAGGGT
ACTCGTTTCTGAGGAAGAACTGCAGAGGGCCAGCGGTAGCACTCAACATACCTCACATTA
GCCTCGTTGAAGTTGGCATGGTTTACTATGTTTGATGAGCCAAAAAAGAAGAAGAAGAAG
ATCCTATTATGTGTCCTAGTGTAGCATCTTCACCGATGATGCAACATGGTGGGTGTATGC
TTATTGTTGTTATATGTATACTCCTTATTATGGGTCACACACACACCGCACTATTTGTAT
TTGTATTTGTATTTGTACTGTATTGGGAAAAATTCTTTCAAAAAGTAAAATAAAATGAAG
TGTATTGTATTGG

QA 1 373 1 373
DS 



AS 1 2

CO CL4616Contig1 325 2 1 U
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AAATATGGATTACTGTTGCTTCACATCTTTTCTATTAAGCTTTTCAAAACTTGCTACGTT
TATGCCAATGTTCGATTCCCTCGCT


BQ
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AF RR1DA81JQ C 1
AF RR1DA81TF U 1
BS 1 325 RR1DA81TF

RD RR1DA81JQ 325 0 0
GAGAGAAAATGGCAACACCTCAAGTGAAGACTGGTTTGTTCGTTGGTTTGAACAAGGGTC
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AGAAGTAAAACATCTCTTAAGTCTTCTTCTATGTTATTGGAAACTTTGTTATTTTTATCA
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AAATATGGATTACTGTTGCTTCACATCTTTTCTATTAAGCTTTTCAAAACTTGCTACGTT
TATGCCAATGTTCGATTCCCTCGCT

QA 1 325 1 325
DS 

RD RR1DA81TF 325 0 0
GAGAGAAAATGGCAACACCTCAAGTGAAGACTGGTTTGTTCGTTGGTTTGAACAAGGGTC
ACGTCGTCACCAGACGCGAATTGGCACCTCGTCCTAACTCTCGCAAAGGGAAAACGAGCA
AGAAGTAAAACATCTCTTAAGTCTTCTTCTATGTTATTGGAAACTTTGTTATTTTTATCA
CTCTTTTTGTTTGCTATTGCAAATCTGCTTTATGCTCAAAAGACCTTTGTGTTTTGTTAG
AAATATGGATTACTGTTGCTTCACATCTTTTCTATTAAGCTTTTCAAAACTTGCTACGTT
TATGCCAATGTTCGATTCCCTCGCT

QA 1 325 1 325
DS 



AS 1 2

CO CL4617Contig1 1123 2 10 U
GGGCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCGAGTTCAATGCTTGATTCGATGTCTTTAGTTA
GACAAGAGAAGACTACTACAGATGCAGCTTCCAGCCTCGCAGCTTATAAGAAGCTTTTGG
AGAGTGCTGAGAGGAGGAACCCAAAGTTGGAAGCTTTGGGGTTTGAGATTTTGTTTAACG
AGAAGAAGTTGTCGCAGCTTCGTCTGTCTCGTCCTAAGCCTCTCGAGAAGCCTCTCAAGG
TGCCTGATGAACCGTTTATACCTCTCACTGAGGAGGAGAAGGATGAAGTCTACCGTGCCT
TTTCTGGTAAAAATAGAAGGAAAGTCTTGGTTACTCATGCGAACTCAAACATTGATACTA
CTGGTGAAGTTCTTCAATGTCTTACACCATCTGCATGGCTAAACGATGAGGTTATCAATG
TCTATCTCGAACTACTCAAAGAAAGAGAAACCAGAGAGCCCAAAAAGTATTTGAAGTGTC
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CTGTTAGAAGATGGACTACGCAGAGAAAGTTGGGATATGCTCTTATTGACTGTGACATGA
TATTTGTTCCCATCCACAGGGGTGTACATTGGACCTTGGCAGTTATTAACAACAGGGATC
GCAAGTTCTTGTATCTCGATTCACTAAATGGAGTTGATTCCAAGATTTTGAATGCTCTGG
CGAAATATTTGACCGATGAAGCTAAGGAAAAAAGTGGAAAAGACATTGATGTGAGTTCGT
GGGACATGGAATTTGTTGAAGACCTTCCCCAACAACAAAATGGGTATGACTGTGGAATGT
TTATGCTTAAGTACATCGACTTCTTCAGTAGAGGGCTGGGGCTATACTTCAGCCAGGAAC
ATATGCCATACTTCCGGCTAAGAACGGCTAAAGAGATTCTGAGACAATGTGCTGACTGAA
GTTAGCGTGGGCTATTATGCATGTCAAATTTTAGGAGTGCTGTTTTGCTTTCCTTTGTTG
ATTTGTTTAAGCTTTAAAATTTTCTACTCCTTTTAGGCAGTGAAAGCATCTTGTGATCTA
TTAAAACTGAATTACAAATTAGAATTAACCATTAACTTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C687TF U 1
AF RR1C687JQ C 305
BS 1 711 RR1C687TF
BS 712 712 RR1C687JQ
BS 713 746 RR1C687TF
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BS 794 1123 RR1C687JQ

RD RR1C687TF 800 0 0
GGGCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCGAGTTCAATGCTTGATTCGATGTCTTTAGTTA
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AGAGTGCTGAGAGGAGGAACCCAAAGTTGGAAGCTTTGGGGTTTGAGATTTTGTTTAACG
AGAAGAAGTTGTCGCAGCTTCGTCTGTCTCGTCCTAAGCCTCTCGAGAAGCCTCTCAAGG
TGCCTGATGAACCGTTTATACCTCTCACTGAGGAGGAGAAGGATGAAGTCTACCGTGCCT
TTTCTGGTAAAAATAGAAGGAAAGTCTTGGTTACTCATGCGAACTCAAACATTGATACTA
CTGGTGAAGTTCTTCAATGTCTTACACCATCTGCATGGCTAAACGATGAGGTTATCAATG
TCTATCTCGAACTACTCAAAGAAAGAGAAACCAGAGAGCCCAAAAAGTATTTGAAGTGTC
ATTTCTTTAATACCTTTTTCTACAAAAAGCTAGTAAGCGACTCTGGTTATAATTATAAAG
CTGTTAGAAGATGGACTACGCAGAGAAAGTTGGGATATGCTCTTATTGACTGTGACATGA
TATTTGTTCCCATCCACAGGGGTGTACATTGGACCTTGGCAGTTATTAACAACAGGGATC
GCAAGTTCTTGTATCTCGATTCACTAAATGGAGTTGATTCCAAGATTTTGA*TGCTCTGG
CGAAATATTTGACCGATGAAGCTAAG**AAAAAGTGGAAA*GACATTGATGTGAGT*CGT
GGGACATGGAATT
GTTGAAG

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1C687JQ 819 0 0
CT
GTAAAAATAGAAGGAAAGTCTTGGTTACTCATGCGAACTCAAACATTGATACTACTGGTG
AAGTTCTTCAATGTCTTACACCATCTGCATGGCTAAACGATGAGGTTATCAATGTCTATC
TCGAACTACTCAAAGAAAGAGAAACCAGAGAGCCCAAAAAGTATTTGAAGTGTCATTTCT
TTAATACCTTTTTCTACAAAAAGCTAGTAAGCGACTCTGGTTATAATTATAAAGCTGTTA
GAAGATGGACTACGCAGAGAAAGTTGGGATATGCTCTTATTGACTGTGACATGATATTTG
TTCCCATCCACAGGGGTGTACATTGGACCTTGGCAGTTATTAACAACAGGGATCGCAAGT
TCTTGTATCTCGATTCACTAAATGGAGTTGATTCCAAGATTTTGAATGCTCTGGCGAAAT
ATTTGACCGATGAAGCTAAGGAAAAAAGTGGAAAAGACATTGATGTGAGTTCGTGGGACA
TGGAATTTGTTGAAGACCTTCCCCAACAACAAAATGGGTATGACTGTGGAATGTTTATGC
TTAAGTACATCGACTTCTTCAGTAGAGGGCTGGGGCTATACTTCAGCCAGGAACATATGC
CATACTTCCGGCTAAGAACGGCTAAAGAGATTCTGAGACAATGTGCTGACTGAAGTTAGC
GTGGGCTATTATGCATGTCAAATTTTAGGAGTGCTGTTTTGCTTTCCTTTGTTGATTTGT
TTAAGCTTTAAAATTTTCTACTCCTTTTAGGCAGTGAAAGCATCTTGTGATCTATTAAAA
CTGAATTACAAATTAGAATTAACCATTAACTTTTCTT

QA 3 819 3 819
DS 



AS 1 2

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GCATACGAGGACTTTGCTAGTAAGAAGTTGATTAGTTTTTTGCCTTCTTATTTCCCGGAA
TCAGGAAGATGATATCCCACAATGGTGCCTACTTGTTTTTAAGGGTCTACTTGTATTATT
TTTTATATGTTGGTTTTAGTAAAGATGAATGTAAGGGTTGCTTGTCAT


BQ
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AF RR1AD56JQ C 1
AF RR1AD56TF U 1
BS 1 468 RR1AD56TF

RD RR1AD56JQ 468 0 0
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AAAGATGATGGAAGATCTTATTGCATCGTATGCGATGCTTGAAGCGTTAGGTATTCCCAA
GAGACATACACATAAATTGGGTAAAATTCAGTCTAATTACCTCGACTGGGTCGCAGAAGA
ATGTGATTGCCAGTTTGTTGAACCTTGGAGAACAAAACAAGTTGACCGTGGTTACGGGAG
ACTTGTCTCAAACCCTGAATTTACCGCGATGAATGGGACGACAATGATCTCATAAAAGAA
GCATACGAGGACTTTGCTAGTAAGAAGTTGATTAGTTTTTTGCCTTCTTATTTCCCGGAA
TCAGGAAGATGATATCCCACAATGGTGCCTACTTGTTTTTAAGGGTCTACTTGTATTATT
TTTTATATGTTGGTTTTAGTAAAGATGAATGTAAGGGTTGCTTGTCAT

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR1AD56TF 468 0 0
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ATGTGATTGCCAGTTTGTTGAACCTTGGAGAACAAAACAAGTTGACCGTGGTTACGGGAG
ACTTGTCTCAAACCCTGAATTTACCGCGATGAATGGGACGACAATGATCTCATAAAAGAA
GCATACGAGGACTTTGCTAGTAAGAAGTTGATTAGTTTTTTGCCTTCTTATTTCCCGGAA
TCAGGAAGATGATATCCCACAATGGTGCCTACTTGTTTTTAAGGGTCTACTTGTATTATT
TTTTATATGTTGGTTTTAGTAAAGATGAATGTAAGGGTTGCTTGTCAT

QA 1 468 1 468
DS 



AS 1 2

CO CL4619Contig1 1206 2 2 U
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CGATGAAGAAGCACTTTGAGCAGTTTGGTGAGATCTTGGAAGCTGTAGTCATCACCGACA
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GGAGGGCTTGTGTGGACGGTACTCCGGTGATCGACGGAAGAAGAGCTAATTGCAACCTTG
CCTCTCTTGGTCTTCAAAGATCCAAACCCTCCACTCCTAACCATGGAGGAGGAAGGATTA
ATAATATGAGAGTGATGATGAGCGCAATGCAAACTGGTTTTGGACCACCACCCACTTTCA
CTCACTATCCCCACCTCCCTCTCAATCTCTTTGGGTACTCACCTTACTCGTCAGACTACT
CCCCATTCCCTACGAACTTATACGGCGTGTACGGATGCAACTCAGGTGGACAATACGGAC
TGTATGGAAACGGAAACGGTGGAGGCGGTGGACTAACCGCAGCTGCTGCATCAGCCGCTC
CTTTTTATCCGTGCGGTGGAGGACAAGGTGGGGTCCAATTCTCACAACCACAGCCATTTT
ATCACCATTTCTCTGCTTATGACAACCCTCACCAATACTCTCCTGCCACCATTTCTCTTC
AACAAGGTGTAACACGCTTTCCCCTTCAGCCACCTCTCATTCCTTACCTTTGATAGCAAT
CAAAGCTATCACAATCGTCGTCATCATCGAGTCACGAGTCATCTATGGTTTATTGGATAC
TCTCTGGCTATCTCTCAACACTTTTGTTTCACTCTAAAAGCCACCCCATTTTATGGAACT
TGAGGTGGCTTTTATTTGCGGATTCCCAATGGGATCTCCAATTTCATATGGTGGTTATGT
CGTATTGTCATCTCCCACCTTCTTTGCAACTGCATCTTCACGAGAGAAAAGGGTTCTCTC
TAGATAGAGTGATGATGTTGCTAATGGAGCACAAGCATCAAAATCACTCATGTGCTAAAA
CTCAAAGCTGATGCATGTATCAGCTTATTTTGTTATGTTGTTTTAGCCTAGGGATGGCTA
ATCAACAAGACAAAAAAAAAATGTCTGTTTAGGATTTAATGTAAGAAAATCAAGCACTAA
AAACCATGTGCTTTTTGAAAGACTGAAAAAACATGATTGCATATTTAAGTATAATATCAG
AACAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL63TF U 1
AF RR1AL63JQ C 560
BS 1 836 RR1AL63TF
BS 837 1206 RR1AL63JQ

RD RR1AL63TF 840 0 0
GGGACACGACGTACACAAAGGTGTTTGTGGGAGGATTAGCTTGGGAGACGGACAAGGATA
CGATGAAGAAGCACTTTGAGCAGTTTGGTGAGATCTTGGAAGCTGTAGTCATCACCGACA
AGGCTTCCGGCAGATCCAAGGGATATGGATTCGTGACATTCAAGGAAGCAGAGGCGGCGA
GGAGGGCTTGTGTGGACGGTACTCCGGTGATCGACGGAAGAAGAGCTAATTGCAACCTTG
CCTCTCTTGGTCTTCAAAGATCCAAACCCTCCACTCCTAACCATGGAGGAGGAAGGATTA
ATAATATGAGAGTGATGATGAGCGCAATGCAAACTGGTTTTGGACCACCACCCACTTTCA
CTCACTATCCCCACCTCCCTCTCAATCTCTTTGGGTACTCACCTTACTCGTCAGACTACT
CCCCATTCCCTACGAACTTATACGGCGTGTACGGATGCAACTCAGGTGGACAATACGGAC
TGTATGGAAACGGAAACGGTGGAGGCGGTGGACTAACCGCAGCTGCTGCATCAGCCGCTC
CTTTTTATCCGTGCGGTGGAGGACAAGGTGGGGTCCAATTCTCACAACCACAGCCATTTT
ATCACCATTTCTCTGCTTATGACAACCCTCACCAATACTCTCCTGCCACCATTTCTCTTC
AACAAGGTGTAACACGCTTTCCCCTTCAGCCACCTCTCATTCCTTACCTTTGATAGCAAT
CAAAGCTATCACAATCGTCGTCATCATCGAGTCACGAGTCATCTATGGTTTATTGGATAC
TCTCTGGCTATCTCTCAACACTTTTGTTTCACTCTAAAAGCCACCCCATTTTATGG
GAAC

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1AL63JQ 647 0 0
AGGACAAGGTGGGGTCCAATTCTCACAACCACAGCCATTTTATCACCATTTCTCTGCTTA
TGACAACCCTCACCAATACTCTCCTGCCACCATTTCTCTTCAACAAGGTGTAACAGGCTT
TCCCCTTCAGCCACCTCTCATTCCTTACCTTTGATAGCAATCAAAGCTATCACAATCGTC
GTCATCATCGAGTCACGAGTCATTTATGGTTTATTGGATACTCTCTGGCTATCTCTCAAC
ACTTTTGTTTCACTTTAAAAGCCACCCCATTTTATGGAACTTGAGGTGGCTTTTATTTGC
GGATTCCCAATGGGATCTCCAATTTCATATGGTGGTTATGTCGTATTGTCATCTCCCACC
TTCTTTGCAACTGCATCTTCACGAGAGAAAAGGGTTCTCTCTAGATAGAGTGATGATGTT
GCTAATGGAGCACAAGCATCAAAATCACTCATGTGCTAAAACTCAAAGCTGATGCATGTA
TCAGCTTATTTTGTTATGTTGTTTTAGCCTAGGGATGGCTAATCAACAAGACAAAAAAAA
AATGTCTGTTTAGGATTTAATGTAAGAAAATCAAGCACTAAAAACCATGTGCTTTTTGAA
AGACTGAAAAAACATGATTGCATATTTAAGTATAATATCAGAACAAC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

CO CL4620Contig1 452 2 8 U
GGACAACTCATCATCGCATCAAAAACAAAACCTCAGAAACAGATCTATTGACTAAGTTTC
TTTGAAGTGTAAAAGAGCAGAGATGGAGTCAATGAAGATGAGGTTTATGGTGGTGTTGAT
GGTTGCTATTGTGGCTTTCTCAGCCTTAGGAAAGGCGGCAGCTCAGACGGCAGAGGCTCC
AGCTCCAAGTCCGACTTCTGATGCCGCTATGTTCGTCCCGGCATTGTTTGCATCTGTTGT
TGCTTTGGCATCTGGGTTTCTCTTTTAAACCAATCTCTACATATCATATAGAGCTAGGGT
TTGTTACTTTGTGTTCCCTTCACCTCCTGTCTATTTTCATCATTTGAGCTTTTTTGTTAT
TGTTTCTAGTATTTGTTATTAATATAACCTTCGGGTTTTGATGTAACTGCATGAGATTGT
TTGTGTTTATATGTTATATAATTATCACCACC


BQ
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AF RR1GL28TF U 1
AF RR1GL28JQ C 1
BS 1 165 RR1GL28TF
BS 166 166 RR1GL28JQ
BS 167 240 RR1GL28TF
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BS 269 269 RR1GL28JQ
BS 270 341 RR1GL28TF
BS 342 452 RR1GL28JQ

RD RR1GL28TF 344 0 0
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TTTGAAGTGTAAAAGAGCAGAGATGGAGTCAATGAAGATGAGGTTTATGGTGGTGTTGAT
GGTTGCTATTGTGGCTTTCTCAGCCTTAGGAAAGGCGGCAGCTCA*ACGGCAGAGGCTCC
AGCTCCAAGTCCGACTTCTGATGCCGCTATGTTCGTCCCGGCATTGTTTGCATCTGTTGT
*GCTTTGGCATCTGGGTTTCTCTTTTAA*CCAATCTCTACATATCATATAGAGCTAGGGT
TTGTTACTTTGTGTTCCCTTCACCTCCTGTCTATTTTCATC
TTT

QA 1 341 1 341
DS 

RD RR1GL28JQ 452 0 0
GGACAACTCATCATCGCATCAAAAACAAAACCTCAGAAACAGATCTATTGACTAAGTTTC
TTTGAAGTGTAAAAGAGCAGAGATGGAGTCAATGAAGATGAGGTTTATGGTGGTGTTGAT
GGTTGCTATTGTGGCTTTTTCAGCCTTAGGAAAGGCGGCAGCTCAGACGGCAGAGGCTCC
AGCTCCAAGTCCGACTTCTGATGCCGCTATGTTCGTCCCGGCATTGTTTGCATCTGTTGT
TGCTTTGGCATCTGGGTTTCTCTTTTAAACCAATCTCTACATATCATATAGAGCTAGGGT
TTGTTACTTTGTGTTCCCTTCACCTCCTGTCTATTTTCATCATTTGAGCTTTTTTGTTAT
TGTTTCTAGTATTTGTTATTAATATAACCTTCGGGTTTTGATGTAACTGCATGAGATTGT
TTGTGTTTATATGTTATATAATTATCACCACC

QA 1 452 1 452
DS 



AS 1 2

CO CL4621Contig1 874 2 2 U
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AAGCAGAACATTTTGTTGGCGGGGATGAGCGATAAGAAGATTGTGCAGTGGGATATTAAC
TCCGGGGAGATTACTCAAGAGTATGATCAGCACTTGGGTGCGGTTAATACGATCACTTTT
GTGGATAATAACAGAAGGTTTGTCACGTCGAGTGATGATAAGTCTCTCCGTGTGTGGGAG
TTTGGGATACCGGTGGTTATCAAGTATATTAGTGAGCCTCATATGCACTCCATGCCTGCC
ATTTCTGTTCACCCGAATGGGAAGTGGCTTGCGGCGCAGAGCTTGGACAACCAGATTCTG
ATCTACGGTACCAGGGAGAGGTTTCAGCTGAATAAGAAGAAGAGGTTTGCAGGGCACATT
GTCGCCGGTTATGCATGCCAGGTTAATTTCTCGCCGGATGGACGGTTTGTGATGTCGGGA
GATGGTGAGGGTAAGTGCTGGTTTTGGGACTGGAAGAGCTGCAGAGTATTCAAGACTCTT
AAATGTCACAACGGAGTATGCATTGGAGCCGAGTGGCATCCTCTGGAACAGAGCAAAGTT
GCAACTTGTGGCTGGGACGGCTTGATTAAGTACTGGGACTAAGACAAGAGTCTTGTCACG
AGACAGAGGCATCACGGAGAAAGAAGTAGTAATGACGGACGGTCTAGCCTCGGATATACA
GAATGCTCTGCATCTTTGAGATACAAAGTCCCTTTTTTTTTTAGTTTCGCTTTCCTCTGT
TTTTTAGATTCTTCAGTGTTGTAACGCTCTCTGTTTAATGGATGGTGTAGTCTGTAGAGG
GACGACCAAAACAAATTTCAAATGCTTTGACTGT


BQ
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AF RR1GY63TF U 1
AF RR1GY63JQ C 365
BS 1 694 RR1GY63TF
BS 695 874 RR1GY63JQ

RD RR1GY63TF 694 0 0
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AAGCAGAACATTTTGTTGGCGGGGATGAGCGATAAGAAGATTGTGCAGTGGGATATTAAC
TCCGGGGAGATTACTCAAGAGTATGATCAGCACTTGGGTGCGGTTAATACGATCACTTTT
GTGGATAATAACAGAAGGTTTGTCACGTCGAGTGATGATAAGTCTCTCCGTGTGTGGGAG
TTTGGGATACCGGTGGTTATCAAGTATATTAGTGAGCCTCATATGCACTCCATGCCTGCC
ATTTCTGTTCACCCGAATGGGAAGTGGCTTGCGGCGCAGAGCTTGGACAACCAGATTCTG
ATCTACGGTACCAGGGAGAGGTTTCAGCTGAATAAGAAGAAGAGGTTTGCAGGGCACATT
GTCGCCGGTTATGCATGCCAGGTTAATTTCTCGCCGGATGGACGGTTTGTGATGTCGGGA
GATGGTGAGGGTAAGTGCTGGTTTTGGGACTGGAAGAGCTGCAGAGTATTCAAGACTCTT
AAATGTCACAACGGAGTATGCATTGGAGCCGAGTGGCATCCTCTGGAACAGAGCAAAGTT
GCAACTTGTGGCTGGGACGGCTTGATTAAGTACTGGGACTAAGACAAGAGTCTTGTCACG
AGACAGAGGCATCACGGAGAAAGAAGTAGTAATG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1GY63JQ 510 0 0
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CCGGTTATGCATGCCAGGTTAATTTCTCGCCGGATGGACGGTTTGTGATGTCGGGAGATG
GTGAGGGTAAGTGCTGGTTTTGGGACTGGAAGAGCTGCAGAGTATTCAAGACTCTTAAAT
GTCACAACGGAGTATGCATTGGAGCCGAGTGGCATCCTCTGGAACAGAGCAAAGTTGCAA
CTTGTGGCTGGGACGGCTTGATTAAGTACTGGGACTAAGACAAGAGTCTTGTCACGAGAC
AGAGGCATCACGGAGAAAGAAGTAGTAATGACGGACGGTCTAGCCTCGGATATACAGAAT
GCTCTGCATCTTTGAGATACAAAGTCCCTTTTTTTTTTAGTTTCGCTTTCCTCTGTTTTT
TAGATTCTTCAGTGTTGTAACGCTCTCTGTTTAATGGATGGTGTAGTCTGTAGAGGGACG
ACCAAAACAAATTTCAAATGCTTTGACTGT

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL4622Contig1 878 2 4 U
GGAAAGCGATTGCGCTATCAGATGACCATAAGCCTAATAGAAGCGATGAAAGAAAGCGAA
TTGAAAACGCTGGCGGTGTTATCATGTGGGCAGGAACATGGAGGGTAGGTGGAGTCTTGG
CAATGTCCCGGGCCTTTGGAAACAGACTGCTGAAGCAATTCGTTGTTGCTGAACCCGAGA
TACAAGATCTAGAGATAGATCACGAGGCTGAGTTTCTTGTGCTTGCAAGTGATGGTCTAT
GGGATGTGGTAACAAACGAGAATGCGGTATCCCTTGCTCAGAGCGAAGAGGAGCCTGTGG
CAGCGGCCCGCAAGTTAACGGACACAGCCTTCACTCGTGGCAGCGCGGACAACATCACGT
GCATTGTTGTTAAGTTCCATCACGATAAGACCGAATCTCCCAAATCTGAAACAAAACCTG
TGGCTGAACCAGAGGAGCCCGAACAGAACCCCAAAGCTACACTCGAACTCCAGTCAAACC
CAAATGCTGAACCGGAAACCGAACCAAACCCTAAATCTGAAATAAAACCTGATGCTATAA
CCGATACTAAACCGGAAACTGAACCAGAGACGAAGGGTGAGAAAGCCGGCGAGTAAGGTA
TAACCAGCCAGGGGAGAAAAAAGATGCATTTAGGGTCGAAAATGAGGCATGTGCAGATAG
ACAGATAAATATTTAATTGGTTTAGTAGTTGTGTGCTTTGTGGCTACCTGTAACGTTTGA
GGATTTGTGTTGCATATGCACATGCCTGGCTTCGACCTGTCCTCGATTTTTGTCTATTCA
TTTTGCTCTTATTTTGTTTATTGGTGCTTCTAGCAGCAAAAAAACACACCAGTTGTTATG
TTTCTTCCACTTCTTTATATCTGAACATCCATTTGTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H372TF U 1
AF RR1H372JQ C 399
BS 1 646 RR1H372TF
BS 647 647 RR1H372JQ
BS 648 741 RR1H372TF
BS 742 878 RR1H372JQ

RD RR1H372TF 741 0 0
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TTGAAAACGCTGGCGGTGTTATCATGTGGGCAGGAACATGGAGGGTAGGTGGAGTCTTGG
CAATGTCCCGGGCCTTTGGAAACAGACTGCTGAAGCAATTCGTTGTTGCTGAACCCGAGA
TACAAGATCTAGAGATAGATCACGAGGCTGAGTTTCTTGTGCTTGCAAGTGATGGTCTAT
GGGATGTGGTAACAAACGAGAATGCGGTATCCCTTGCTCAGAGCGAAGAGGAGCCTGTGG
CAGCGGCCCGCAAGTTAACGGACACAGCCTTCACTCGTGGCAGCGCGGACAACATCACGT
GCATTGTTGTTAAGTTCCATCACGATAAGACCGAATCTCCCAAATCTGAAACAAAACCTG
TGGCTGAACCAGAGGAGCCCGAACAGAACCCCAAAGCTACACTCGAACTCCAGTCAAACC
CAAATGCTGAACCGGAAACCGAACCAAACCCTAAATCTGAAATAAAACCTGATGCTATAA
CCGATACTAAACCGGAAACTGAACCAGAGACGAAGGGTGAGAAAGCCGGCGAGTAAGGTA
TAACCAGCCAGGGGAGAAAAAAGATGCATTTAGGGTCGAAAATGAG*CATGTGCAGATAG
ACAGATAAATATTTAATTGGTTTAGTAGTTGTGTGCTTTGTGGCTACCTGTAACGTTTGA
GGATTTGTGTTGCATATGCAC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1H372JQ 480 0 0
CCCAAATTTGAAACAAAACCTGTGGCTGAACCAGAGGAGCCCGAACAGAACCCCAAAGCT
ACACTCGAACTCCAGTCAAACCCAAATGCTGAACCGGAAACCGAACCAAACCCTAAATTT
GAAATAAAACCTGATGCTATAACCGATACTAAACCGGAAACTGAACCAGAGACGAAGGGT
GAGAAAGCCGGCGAGTAAGGTATAACCAGCCAGGGGAGAAAAAAGATGCATTTAGGGTCG
AAAATGAGGCATGTGCAGATAGACAGATAAATATTTAATTGGTTTAGTAGTTGTGTGCTT
TGTGGCTACCTGTAACGTTTGAGGATTTGTGTTGCATATGCACATGCCTGGCTTCGACCT
GTCCTCGATTTTTGTCTATTCATTTTGCTCTTATTTTGTTTATTGGTGCTTCTAGCAGCA
AAAAAACACACCAGTTGTTATGTTTCTTCCACTTCTTTATATCTGAACATCCATTTGTGT

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL4623Contig1 1004 2 2 U
GGGGAATCTGAACATCGATAATCCAAAAAATTGAAATCGCAGACACCTGAAGGAAGAAGA
AGAAGACGACAAGATGTGGAGACGCGTGGCATCACTTTCTTCGACGATTTCTTCATCTTC
CCGATCCCTTTCGCGTAACCAGGCAGCTTTTGGGCTCAGCATTCGAGAATCATATGCAAC
GGAGATTAGCAAACCGGGAGAAGAAGGTGTTTTACGGCCGAAAGAGAAAGCTCCGTTCAT
TACATTTGTACTTGGAGGACCTGGAAGTGGGAAAGGAACGCAATGTGAAAAGATTGTTGA
GGCCTTTGGATTGACACATCTCAGTGCTGGTGATTTGCTTAGGCGAGAAATTGCTATGCA
CACTAAAAACGGGGCTATGATTCTGAACTTGATTAAAGATGGCAAAATTGTTCCCTCTGA
AGTTACAGTCAAACTATTACAGAAGGAGCTGGAGTCGATTAACAGTTCCAAGTTTCTCAT
TGATGGGTTTCCACGGACCGAGGAGAATCGTGTTGCTTTTGAGCGCATTGTAGGAGCCGA
CCCGGATGTAGTCCTTTTCTTCGATTGCCCCGAAGAAGAGATGGTGAAACGAGTCTTGAA
TCGTAACCAGGGCAGAGTTGATGATAACATAACTACAATGAAGAAGCGTCTGAAAATCTT
CGAGGCCTTAAATCGTCCTGTTATCGACTACTACAAAAACAAAGGAAAACTCTACACTAT
TAACGCAATAGGAACAGTAGATGACATATTCAAACAAGTTCTACCTATTTTTACTCCATT
TGAAGAGCAATTGAAGCAGAGTCGCCATGTAGATCCAAAGTCTCCTTTGGTAGAAAATTC
TTTTTAACAAAAAGTTAAATCAGTCTTTGAAATTTATTCATTACTTTTGAATTTTGATAC
GCTTTGCATCGTTTTGTTTGTATTATCTATCATAACTCAAAAAGAAAAAAAAAACAATGT
AACTTTTAAATATTTATTACTAATATTTATCACATTATGCTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BO89TF U 1
AF RR1BO89JQ C 212
BS 1 695 RR1BO89TF
BS 696 1004 RR1BO89JQ

RD RR1BO89TF 695 0 0
GGGGAATCTGAACATCGATAATCCAAAAAATTGAAATCGCAGACACCTGAAGGAAGAAGA
AGAAGACGACAAGATGTGGAGACGCGTGGCATCACTTTCTTCGACGATTTCTTCATCTTC
CCGATCCCTTTCGCGTAACCAGGCAGCTTTTGGGCTCAGCATTCGAGAATCATATGCAAC
GGAGATTAGCAAACCGGGAGAAGAAGGTGTTTTACGGCCGAAAGAGAAAGCTCCGTTCAT
TACATTTGTACTTGGAGGACCTGGAAGTGGGAAAGGAACGCAATGTGAAAAGATTGTTGA
GGCCTTTGGATTGACACATCTCAGTGCTGGTGATTTGCTTAGGCGAGAAATTGCTATGCA
CACTAAAAACGGGGCTATGATTCTGAACTTGATTAAAGATGGCAAAATTGTTCCCTCTGA
AGTTACAGTCAAACTATTACAGAAGGAGCTGGAGTCGATTAACAGTTCCAAGTTTCTCAT
TGATGGGTTTCCACGGACCGAGGAGAATCGTGTTGCTTTTGAGCGCATTGTAGGAGCCGA
CCCGGATGTAGTCCTTTTCTTCGATTGCCCCGAAGAAGAGATGGTGAAACGAGTCTTGAA
TCGTAACCAGGGCAGAGTTGATGATAACATAACTACAATGAAGAAGCGTCTGAAAATCTT
CGAGGCCTTAAATCGTCCTGTTATCGACTACTACA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1BO89JQ 793 0 0
TTTAC
GCCGAAAGAGAAAGCTCCGTTCATTACATTTGTACTTGGAGGACCTGGAAGTGGGAAAGG
AACGCAATGTGAAAAGATTGTTGAGGCCTTTGGATTGACACATCTCAGTGCTGGTGATTT
GCTTAGGCGAGAAATTGCTATGCACACTAAAAACGGGGCTATGATTCTGAACTTGATTAA
AGATGGCAAAATTGTTCCCTCTGAAGTTACAGTCAAACTATTACAGAAGGAGCTGGAGTC
GATTAACAGTTCCAAGTTTCTCATTGATGGGTTTCCACGGACCGAGGAGAATCGTGTTGC
TTTTGAGCGCATTGTAGGAGCCGACCCGGATGTAGTCCTTTTTTTCGATTGCCCCGAAGA
AGAGATGGTGAAACGAGTCTTGAATCGTAACCAGGGCAGAGTTGATGATAACATAACTAC
AATGAAGAAGCGTTTGAAAATTTTCGAGGCCTTAAATCGTCCTGTTATCGACTACTACAA
AAACAAAGGAAAACTCTACACTATTAACGCAATAGGAACAGTAGATGACATATTCAAACA
AGTTCTACCTATTTTTACTCCATTTGAAGAGCAATTGAAGCAGAGTCGCCATGTAGATCC
AAAGTCTCCTTTGGTAGAAAATTCTTTTTAACAAAAAGTTAAATCAGTCTTTGAAATTTA
TTCATTACTTTTGAATTTTGATACGCTTTGCATCGTTTTGTTTGTATTATCTATCATAAC
TCAAAAAGAAAAAAAAAACAATGTAACTTTTAAATATTTATTACTAATATTTATCACATT
ATGCTTCG

QA 6 793 6 793
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4625Contig1 1058 2 2 U
CTCAAAATCTACTTCAAAACCTAGCAAGCAAGTTTTCTTCGATCCAATTCATGTCGACGA
TGGCGGGAATTCAAGGCCAGATCCTCGAAGTCACTGTGGTTGGGTGCCAGAAACTGAAAG
ACACGGAATGGTTCTCAAGGCAAGATCCATACGTTGTCCTCGAGTACAGCAGCACTAGGC
ACCGTACCCGAACCTGCACAGATGGTGGGAAAAACGCAGTGTTTCAAGAGAAGTTTATGT
TCACTCTGCTTGAAGGACTTAGGGATCTTAAAGTTGCTGTTTGGAACAGCAATACTCTCT
CCACTGATGACTTCATTGGCAATGCTACGATTCAGTTGCAGAAGGTTCTTTCTCAGGGAT
ACGACGACTGTACCTGGACTCTCCAGACCAAAACTGGCAGATATGCGGGAGAAGTAAGAC
TAATACTGCACTATGCTGACGCAAAGAAACAAAATTACGGGTCTGCGCCATCAGCACCAC
CGTATGCCCCTCAAGTACCTCAATACTCAGCACCGCCTGCTCCATCTCCACATTCATCAC
CACCATACTCTGGACCATCTATGTACCCACAAGTACAATACTCTCAGCCCCAATCAGCTT
ACCCACCAGCTTCAGCTTATCCTCCTCAGCCATCTGCGTATCCTCCTCCTCCCTCAACTG
CTTACCCTCCCGCTCCGTCAGCTTACCCTCCCGGTCCTTCGGCGTACCCTCCAGGTCCTT
CAGCTTACCCTCCTCCTCCATACCCTCCTCAACCATCAGCTTACTACCCGCAAGGTCCAT
ATCCAGGACAGTACCCACCCCCTCCCTACTAAAGCTCCGGCATTTAAAATCTGACGTGAA
GATGCTAATACTATGATGCTATCCCTAGAACTTGATGACGATTTTTTTTTGTTCTTTCTT
TTATCTTCTGTGTGATCTTGTTAGCTTAATGGTTAGTTTTATGCGATGGTCAGTGAGACT
CATTAGGAAGTTTGGATATGTCCAACATTAAGCCAGCTTGCAGATTATGTTGCAGAAAAA
TCTAATTATAACTTATAAAGACATATTGTGGTGTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C683TF U 1
AF RR1C683JQ C 369
BS 1 697 RR1C683TF
BS 698 1058 RR1C683JQ

RD RR1C683TF 697 0 0
CTCAAAATCTACTTCAAAACCTAGCAAGCAAGTTTTCTTCGATCCAATTCATGTCGACGA
TGGCGGGAATTCAAGGCCAGATCCTCGAAGTCACTGTGGTTGGGTGCCAGAAACTGAAAG
ACACGGAATGGTTCTCAAGGCAAGATCCATACGTTGTCCTCGAGTACAGCAGCACTAGGC
ACCGTACCCGAACCTGCACAGATGGTGGGAAAAACGCAGTGTTTCAAGAGAAGTTTATGT
TCACTCTGCTTGAAGGACTTAGGGATCTTAAAGTTGCTGTTTGGAACAGCAATACTCTCT
CCACTGATGACTTCATTGGCAATGCTACGATTCAGTTGCAGAAGGTTCTTTCTCAGGGAT
ACGACGACTGTACCTGGACTCTCCAGACCAAAACTGGCAGATATGCGGGAGAAGTAAGAC
TAATACTGCACTATGCTGACGCAAAGAAACAAAATTACGGGTCTGCGCCATCAGCACCAC
CGTATGCCCCTCAAGTACCTCAATACTCAGCACCGCCTGCTCCATCTCCACATTCATCAC
CACCATACTCTGGACCATCTATGTACCCACAAGTACAATACTCTCAGCCCCAATCAGCTT
ACCCACCAGCTTCAGCTTATCCTCCTCAGCCATCTGCGTATCCTCCTCCTCCCTCAACTG
CTTACCCTCCCGCTCCGTCAGCTTACCCTCCCGGTCC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1C683JQ 690 0 0
TGTACCTGGACTCTCCAGACCAAAACTGGCAGATATGCGGGAGAAGTAAGACTAATACTG
CACTATGCTGACGCAAAGAAACAAAATTACGGGTCTGCGCCATCAGCACCACCGTATGCC
CCTCAAGTACCTCAATACTCAGCACCGCCTGCTCCATCTCCACATTCATCACCACCATAC
TCTGGACCATCTATGTACCCACAAGTACAATACTCTCAGCCCCAATCAGCTTACCCACCA
GCTTCAGCTTATCCTCCTCAGCCATCTGGGTATCCTCCTCCTCCCTCAACTGCTTACCCT
CCCGCTCCGTCAGCTTACCCTCCCGGTCCTTCGGCGTACCCTCCAGGTCCTTCAGCTTAC
CCTCCTCCTCCATACCCTCCTCAACCATCAGCTTACTACCCGCAAGGTCCATATCCAGGA
CAGTACCCACCCCCTCCCTACTAAAGCTCCGGCATTTAAAATCTGACGTGAAGATGCTAA
TACTATGATGCTATCCCTAGAACTTGATGACGATTTTTTTTTGTTCTTTCTTTTATCTTC
TGTGTGATCTTGTTAGCTTAATGGTTAGTTTTATGCGATGGTCAGTGAGACTCATTAGGA
AGTTTGGATATGTCCAACATTAAGCCAGCTTGCAGATTATGTTGCAGAAAAATCTAATTA
TAACTTATAAAGACATATTGTGGTGTGTGT

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL4626Contig1 902 2 6 U
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TGAGATTGTAAAGGAGCCTAGGATGGTTGGGCATGATGAGCTAAAGGCATCCTATGGTGC
AAAGGAGTTGGTGCAACCAAAGGATTTTATTGAAGATGTGAATCCTGCTAATTACTTAAA
GCCAACACATACTTTGGATACTCCCACGAATATGGCCATGGAGAATCAAGGGTTTACTAA
TGGAATGACTTCAGCTAACGGTGTGACTTATCCTGATGAACCAAAGATGCTTGAGAAAAG
AGATGGTCAGAAGATCAAAGCATCGGATGAACTTAAGTTGGTTAAAGACATTGAGGAGAT
GAAGCTGAAGGTCAATGCTCTTGAATCGAAGCTAAAACAGGCTGATTCAACCATTTCGAA
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GGAAATGAGGACGAAGAAGATAGTGAAAGAAAAGCACATTGGGTTTCCTCTGCTGTTTGT
ATGCGTGGTGGCGTTCATCAACATTGTTCTCGGGTATAGTCTGCGCACTTGACTGCTCGG
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AATAAGGATTCTTCTCGTTTTGATTTGTTTTGATTTGTTTTGTTTTGTGGGAGAGAGCAT
GATGATGATTTTCTCCAGACACTTTAAAGATGGATTAATATAGACTCTTGTATAGCGTTG
GGTTGTTAGCTGACACAAATGGACATGTGGTAATGATGATGATGATGATGATATGCTTTT
GTTTCTTGGCTCTTTCACTTACTAATTTGAAGGAGCCTACTAATTCCAAGTTATTAAACG
CT


BQ
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10 10 

AF RR1D849TF U 1
AF RR1D849JQ C 239
BS 1 616 RR1D849TF
BS 617 617 RR1D849JQ
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RD RR1D849TF 721 0 0
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TGAGATTGTAAAGGAGCCTAGGATGGTTGGGCATGATGAGCTAAAGGCATCCTATGGTGC
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GCCAACACATACTTTGGATACTCCCACGAATATGGCCATGGAGAATCAAGGGTTTACTAA
TGGAATGACTTCAGCTAACGGTGTGACTTATCCTGATGAACCAAAGATGCTTGAGAAAAG
AGATGGTCAGAAGATCAAAGCATCGGATGAACTTAAGTTGGTTAAAGACATTGAGGAGAT
GAAGCTGAAGGTCAATGCTCTTGAATCGAAGCTAAAACAGGCTGATTCAACCATTTCGAA
GCTAATGGAGGAGCGGTCCATAGGATCCCAACATAGAGAAAGCTTGCAACAAGAGCTGGC
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ATGCGTGGTGGCGTTCATCAACATTGTTCTCGGGTATAGTCTGCGCACTTGACTGCTCGG
TCTCTCTTCTCTCTAG*CCACACATATCTCTAATATCTCATAGCAAGTGTGCAGTCAGAA
AATAAG*ATTCTTCTCGTTTTGATTTGTTTTGATTTGTTTTGTTTTGTGGGAGAGAGCAT
G

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1D849JQ 664 0 0
AATGGAATGACTTCAGCTAACGGTGTGACTTATCCTGATGAACCAAAGATGCTTGAGAAA
AGAGATGGTCAGAAGATCAAAGCATCGGATGAACTTAAGTTGGTTAAAGACATTGAGGAG
ATGAAGCTGAAGGTCAATGCTCTTGAATCGAAGCTAAAACAGGCTGATTCAACCATTTCG
AAGCTAATGGAGGAGCGGTCCATAGGATCCCAACATAGAGAAAGCTTGCAACAAGAGCTG
GCGGAAATGAGGACGAAGAAGATAGTGAAAGAAAAGCACATTGGGTTTCCTCTGCTGTTT
GTATGCGTGGTGGCGTTCATCAACATTGTTCTCGGGTATAGTCTGCGCACTTGACTGCTC
GGTCTCTCTTCTCTTTAGGCCACACATATCTCTAATATCTCATAGCAAGTGTGCAGTCAG
AAAATAAGGATTCTTCTCGTTTTGATTTGTTTTGATTTGTTTTGTTTTGTGGGAGAGAGC
ATGATGATGATTTTCTCCAGACACTTTAAAGATGGATTAATATAGACTCTTGTATAGCGT
TGGGTTGTTAGCTGACACAAATGGACATGTGGTAATGATGATGATGATGATGATATGCTT
TTGTTTCTTGGCTCTTTCACTTACTAATTTGAAGGAGCCTACTAATTCCAAGTTATTAAA
CGCT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL4627Contig1 1071 2 6 U
GGAGAGAGAGAGAGAGATGTCTTCAAAGGACAAGCAACCGTCGAAGCCGTCTGGTGGTCG
GACCAGTGGTATCCGTACACTTTCCGATCTGAACCGAAGATCAGGACCGGACTCCGACAG
TGATTCCGATGGTCCTCAAGAGTACTACACCGGCGGAGAGAAAAGTGGTATGCTAGTTCA
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AACCGGGAGATTGCTTTCAGGAGAAAGCGTGCCAACCGCTCTTCAACCGCCCGAGCCTGT
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GTTGGATGATCCAGAGAACGAGTCCTTTCTCGACAGCATTCGAAAGTCTGAATGTCCTAA
AGAGCTTGAGCCTGCTGATAAAAGAGCTCCTGTACATGTTAATCTTATGAGAAGAGATGA
GATATGCCCCGAACGTGAGAAACCTACGGTTGCATTTCAAGGAGTGGGAAGGACACTAGG
AGGTGGTGCTAGCTCATCAACCCCTCCAAGCCTAAGCAACCCAACCGATGTAGCCGCGGC
TCCATCACCGTCACAGAGTCTTGTTGTTGTTGATGAAACTCTTCCATCCACATCTATCCA
GCTTAGACTCGCCGACGGGACACGCATGGTGGCTAAGTTCAACAACCATCACACGGTCAA
CGACGTTCGTTTTTTTATTGACTTTTCTCGACTAGGGAATCCAATCAACTACAGCCTTCA
GGTCATGGGCTTCCCACCTAAGCCGCTTGCTGATCCTTTTCAGTCCATTGATCAAGCCGG
TCTCGCAAACTCTGTAGTCATTCAGAAATTCTAGAAAACTTTTTGTTTCTTTTGTTGTTC
TTAAAGAGAGTATTGTTACACTCCAAGATTATCCAAGAAATGTTTTGATTTGTAAGAAAA
AGTGCATAATCGGCTTATTATTGCAAGAAGGAAAAAACATCATATGGTTCC


BQ
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AF RR1DB09TF U 1
AF RR1DB09JQ C 526
BS 1 738 RR1DB09TF
BS 739 739 RR1DB09JQ
BS 740 761 RR1DB09TF
BS 762 762 RR1DB09JQ
BS 763 791 RR1DB09TF
BS 792 1071 RR1DB09JQ

RD RR1DB09TF 792 0 0
GGAGAGAGAGAGAGAGATGTCTTCAAAGGACAAGCAACCGTCGAAGCCGTCTGGTGGTCG
GACCAGTGGTATCCGTACACTTTCCGATCTGAACCGAAGATCAGGACCGGACTCCGACAG
TGATTCCGATGGTCCTCAAGAGTACTACACCGGCGGAGAGAAAAGTGGTATGCTAGTTCA
GGATCCTTCGAAAGAACCAAAACACGACGATGTTGATGAGATATTCAACCAAGCAAGGCA
ACTAGGAGCGGTGGAAGGACCTCTTGAGCGTCCTCCCAGTTCCAGCAGAAGCTTCACTGG
AACCGGGAGATTGCTTTCAGGAGAAAGCGTGCCAACCGCTCTTCAACCGCCCGAGCCTGT
GATTCACAGTATCGTTTTCTGGTCTAACGGTTTCACTGTTGATGATGGACCTTTGAGGAA
GTTGGATGATCCAGAGAACGAGTCCTTTCTCGACAGCATTCGAAAGTCTGAATGTCCTAA
AGAGCTTGAGCCTGCTGATAAAAGAGCTCCTGTACATGTTAATCTTATGAGAAGAGATGA
GATATGCCCCGAACGTGAGAAACCTACGGTTGCATTTCAAGGAGTGGGAAGGACACTAGG
AGGTGGTGCTAGCTCATCAACCCCTCCAAGCCTAAGCAACCCAACCGATGTAGCCGCGGC
TCCATCACCGTCACAGAGTCTTGTTGTTGTTGATGAAACTCTTCCATCCACATCTATCCA
GCTTAGACTCGCCGACGG*ACACGCATGGTGGCTAAGTTCA*CAACCATCACACGGTCAA
CGACGTTCGTT
C

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1DB09JQ 546 0 0
TATGAGAAGAGATGAGATATGCCCCGAACGTGAGAAACCTACGGTTGCATTTCAAGGAGT
GGGAAGGACACTAGGAGGTGGTGCTAGCTCATCAACCCCTCCAAGCCTAAGCAACCCAAC
CGATGTAGCCGGGGCTCCATCACCGTCACAGAGTCTTGTTGTTGTTGATGAAATTTTTCC
ATCCACATCTATCCAGCTTAGACTCGCCGACGGGACACGCATGGTGGCTAAGTTCAACAA
CCATCACACGGTCAACGACGTTCGTTTTTTTATTGACTTTTCTCGACTAGGGAATCCAAT
CAACTACAGCCTTCAGGTCATGGGCTTCCCACCTAAGCCGCTTGCTGATCCTTTTCAGTC
CATTGATCAAGCCGGTCTCGCAAACTCTGTAGTCATTCAGAAATTCTAGAAAACTTTTTG
TTTCTTTTGTTGTTCTTAAAGAGAGTATTGTTACACTCCAAGATTATCCAAGAAATGTTT
TGATTTGTAAGAAAAAGTGCATAATCGGCTTATTATTGCAAGAAGGAAAAAACATCATAT
GGTTCC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4629Contig1 894 2 2 U
GGGTATCGGAAGCTCTCTCTCCTTCCTCCTGATCCGTTCCTTTCCGATCCTTTTTTTTGT
CTCCGTCCATATAGGAGAACACACGATCATGATCACTCCAATCAAACTAGCCTTTCTCCT
CTTAACCCTCACAGCAACTGCAACCGCTGCACCCAAAGCCAAACGCAGGAACTACCTTTT
CACACCGCATGCAAAAGCAGTCGCGGGAGTATGCATCGTCGTCATAACAAACACAAGTCT
ATGCTGCAAAACCCTTAAACACGTTCCTACAAATGACCCCATCGAATTGATCCGAGCGTT
AGCGGCTGCGACTGAATCTTCCGTGAAAAGAAGTGTAACTTTCCTCTCCGAGATCAAACC
AAAACACAAATCGAACGCAACCGCAGCTGCAGCGATCTACAGCTGCCAGAAAAACCTGAA
CTACGCGTTGGAAGATTTCGCCGAGTTTTGGAACGCTACGGGGAAAGATGTAACGACGTT
GGCTCATAACTATTTCACGTGTAAGAAGACGTTGATGTCGATCATGGGGTATCACTGGAC
TTGTTTGGATGATATTGATGATAAGAATCTGTTGAAGGAAGTGGAGACTGGGATCAGTGT
TGGGAAGAATCTAAGCAGTAATACGTTTGATGTCTTCAATGGTTTGAAAACTATTTTTAA
GACGTTTTGTATTAAGGTGAAGCTTAACGAGGAAGACACTTCGCCCCAACCCCCACCATT
GTCGAATTATTACTTCTGATTAAATGATCTGGATGTAATAATTGATTAATATCATCGTAT
AATGCCTAAAGCGTCGTGTATGGTGTATATGTTTTAGGTTTTATACATGTACGGACGGAT
ATTCGAGATGATTGGAAAGGATATATATTAATGAAATGTGATCTTTATTTTTTT


BQ
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AF RR1EE36TF U 1
AF RR1EE36JQ C 399
BS 1 672 RR1EE36TF
BS 673 894 RR1EE36JQ

RD RR1EE36TF 672 0 0
GGGTATCGGAAGCTCTCTCTCCTTCCTCCTGATCCGTTCCTTTCCGATCCTTTTTTTTGT
CTCCGTCCATATAGGAGAACACACGATCATGATCACTCCAATCAAACTAGCCTTTCTCCT
CTTAACCCTCACAGCAACTGCAACCGCTGCACCCAAAGCCAAACGCAGGAACTACCTTTT
CACACCGCATGCAAAAGCAGTCGCGGGAGTATGCATCGTCGTCATAACAAACACAAGTCT
ATGCTGCAAAACCCTTAAACACGTTCCTACAAATGACCCCATCGAATTGATCCGAGCGTT
AGCGGCTGCGACTGAATCTTCCGTGAAAAGAAGTGTAACTTTCCTCTCCGAGATCAAACC
AAAACACAAATCGAACGCAACCGCAGCTGCAGCGATCTACAGCTGCCAGAAAAACCTGAA
CTACGCGTTGGAAGATTTCGCCGAGTTTTGGAACGCTACGGGGAAAGATGTAACGACGTT
GGCTCATAACTATTTCACGTGTAAGAAGACGTTGATGTCGATCATGGGGTATCACTGGAC
TTGTTTGGATGATATTGATGATAAGAATCTGTTGAAGGAAGTGGAGACTGGGATCAGTGT
TGGGAAGAATCTAAGCAGTAATACGTTTGATGTCTTCAATGGTTTGAAAACTATTTTTAA
GACGTTTTGTAT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1EE36JQ 496 0 0
ACAGCTGCCAGAAAAACCTGAACTACGCGTTGGAAGATTTCGCCGAGTTTTGGAACGCTA
CGGGGAAAGATGTAACGACGTTGGCTCATAACTATTTCACGTGTAAGAAGACGTTGATGT
CGATCATGGGGTATCACTGGACTTGTTTGGATGATATTGATGATAAGAATCTGTTGAAGG
AAGTGGAGACTGGGATCAGTGTTGGGAAGAATTTAAGCAGTAATACGTTTGATGTCTTCA
ATGGTTTGAAAACTATTTTTAAGACGTTTTGTATTAAGGTGAAGCTTAACGAGGAAGACA
CTTCGCCCCAACCCCCACCATTGTCGAATTATTACTTCTGATTAAATGATCTGGATGTAA
TAATTGATTAATATCATCGTATAATGCCTAAAGCGTCGTGTATGGTGTATATGTTTTAGG
TTTTATACATGTACGGACGGATATTCGAGATGATTGGAAAGGATATATATTAATGAAATG
TGATCTTTATTTTTTT

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL4630Contig1 862 2 2 U
GGGGTGGGCTTAACCGGTGTTCTAGAAGTTAAACCGGTAGAATATACACACACATCCGAG
ATCAAAGAAGATGATATCCATGGGACAATTGTTGCCGACAATACCGTCGGTGTTAACCAC
GACCATTTCGTAACGTTCCGTCTTGATCTTGACATCGACGGTTCACCTAATTCTTTTGTC
CGTAACGAACTCGTGACAAAAAGAACCGCAAAATCTGTTAACACCCCGAGAAAGAGCTAT
TGGACAACGAGTCCAAAGACGGCCAAGACCGAAGCGGAAGCTCGGGTGAAACTAGGGTTG
AAGGCGGAGGAGCTCGTGGTAGTAAACCCAAACCGCAAAACTAAGCATGGCAATGAAGTT
GGTTATCGTTTACTTTCTAGTCCACCTTCAGGCCCACTTCTGGGGATGATTATCCACAGA
TTAGAGCTGCATTCACCAACTATACCGTGTGGATCACGCCGTATAATAGGTCAGAGGTAT
GGGCGGGAGGTTTGTACGCCGACCGGAGCCACGGAGATGATACATTAGCCGTGTGGTCTC
AGAGGAATAGAGAGATAGAGAATAAAGATATAGTGATGTGGTACACCATAGGATTCCACC
ATGTCCCAAGCCAAGAAGATTTTCCGACGATGCCTACTTTATTTGGTGGCTTTGAACTCC
GACCGACCAACTTTTTTCAGCAAAATCCTGTCCTAAAAAGCAAACCCATCAAGATCACCG
CGGCTAAAAACTGTATCCCCAAAAATGATTAATAACTAGCTGAAAGATTAATATCATTGA
TGAATCTGATTTGCATCATTTTGATTTACATGATGGTGGACTGTACCGACTCAAGTAATA
ATTACGATGTGGTTTCGAATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E158TF U 1
AF RR1E158JQ C 185
BS 1 653 RR1E158TF
BS 654 862 RR1E158JQ

RD RR1E158TF 653 0 0
GGGGTGGGCTTAACCGGTGTTCTAGAAGTTAAACCGGTAGAATATACACACACATCCGAG
ATCAAAGAAGATGATATCCATGGGACAATTGTTGCCGACAATACCGTCGGTGTTAACCAC
GACCATTTCGTAACGTTCCGTCTTGATCTTGACATCGACGGTTCACCTAATTCTTTTGTC
CGTAACGAACTCGTGACAAAAAGAACCGCAAAATCTGTTAACACCCCGAGAAAGAGCTAT
TGGACAACGAGTCCAAAGACGGCCAAGACCGAAGCGGAAGCTCGGGTGAAACTAGGGTTG
AAGGCGGAGGAGCTCGTGGTAGTAAACCCAAACCGCAAAACTAAGCATGGCAATGAAGTT
GGTTATCGTTTACTTTCTAGTCCACCTTCAGGCCCACTTCTGGGGATGATTATCCACAGA
TTAGAGCTGCATTCACCAACTATACCGTGTGGATCACGCCGTATAATAGGTCAGAGGTAT
GGGCGGGAGGTTTGTACGCCGACCGGAGCCACGGAGATGATACATTAGCCGTGTGGTCTC
AGAGGAATAGAGAGATAGAGAATAAAGATATAGTGATGTGGTACACCATAGGATTCCACC
ATGTCCCAAGCCAAGAAGATTTTCCGACGATGCCTACTTTATTTGGTGGCTTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1E158JQ 678 0 0
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CAACGAGTCCAAAGACGGCCAAGACCGAAGCGGAAGCTCGGGTGAAACTAGGGTTGAAGG
CGGAGGAGCTCGTGGTAGTAAACCCAAACCGCAAAACTAAGCATGGCAATGAAGTTGGTT
ATCGTTTACTTTCTAGTCCACCTTCAGGCCCACTTCTGGGGATGATTATCCACAGATTAG
AGCTGCATTCACCAACTATACCGTGTGGATCACGCCGTATAATAGGTCAGAGGTATGGGC
GGGAGGTTTGTACGCCGACCGGAGCCACGGAGATGATACATTAGCCGTGTGGTCTCAGAG
GAATAGAGAGATAGAGAATAAAGATATAGTGATGTGGTACACCATAGGATTCCACCATGT
CCCAAGCCAAGAAGATTTTCCGACGATGCCTACTTTATTTGGTGGCTTTGAACTCCGACC
GACCAACTTTTTTCAGCAAAATCCTGTCCTAAAAAGCAAACCCATCAAGATCACCGCGGC
TAAAAACTGTATCCCCAAAAATGATTAATAACTAGCTGAAAGATTAATATCATTGATGAA
TCTGATTTGCATCATTTTGATTTACATGATGGTGGACTGTACCGACTCAAGTAATAATTA
CGATGTGGTTTCGAATAG

QA 1 678 1 678
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4632Contig1 657 2 1 U
GGACGTTCGACCGGCTAATCGTTTCTTCTTCTCACCGTCGCTGCTAAAACATGGTGCTCG
ATGCTTATGCTTCGTCGAACCCTAATCAGGTTCACGAGGACGTTCTTCAGAAATCTAGAG
ATGCTTGCTACAAGGCAAGAGATGCTTTTTACACTTGTCTGGAGAAGGAATCTGGTAAGA
AACCAACTGAGATCGCGTCCGTAGGTCTTCTCTACCCTAAAGAGTGCAGCCTTTCCAGAA
CAGAGTTCGTCAAGAACTGCCGCTCCTCCTGGGTGAAGCATTTCGATAGGGAGTACTGTC
GGAACAAGAGAGTCCAGAGGCTGTTAGATGATGGAGATGAGAGGAAAGGTCCCATGTCAC
TCCCTCAGCCTTACACTTTCAAGCCTTCCCCTTCTTCTTAGATCCCTTCCTTTCCTGGAA
GAGGAAGATGACTGAGTAATCCCTTTGGTAGCACTTTACCGTTCCTGAAGCATTAGGACT
CATTATCTTTGCCGACTTTTTTTCTTATATCCCTTAAAGTCTCTCTTGTCTTTATTTGAG
TTGTAAGCTTACAACATGGGAATAAAGGTGTTGTGCTTTTGAAGGAACCTGGTTCTTTTG
CCTATTATTGTCTATTGCTCACAATCTGCAAGCATTAATATAAAATGATTACTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H081TF U 1
AF RR1H081JQ C 190
BS 1 657 RR1H081TF

RD RR1H081TF 657 0 0
GGACGTTCGACCGGCTAATCGTTTCTTCTTCTCACCGTCGCTGCTAAAACATGGTGCTCG
ATGCTTATGCTTCGTCGAACCCTAATCAGGTTCACGAGGACGTTCTTCAGAAATCTAGAG
ATGCTTGCTACAAGGCAAGAGATGCTTTTTACACTTGTCTGGAGAAGGAATCTGGTAAGA
AACCAACTGAGATCGCGTCCGTAGGTCTTCTCTACCCTAAAGAGTGCAGCCTTTCCAGAA
CAGAGTTCGTCAAGAACTGCCGCTCCTCCTGGGTGAAGCATTTCGATAGGGAGTACTGTC
GGAACAAGAGAGTCCAGAGGCTGTTAGATGATGGAGATGAGAGGAAAGGTCCCATGTCAC
TCCCTCAGCCTTACACTTTCAAGCCTTCCCCTTCTTCTTAGATCCCTTCCTTTCCTGGAA
GAGGAAGATGACTGAGTAATCCCTTTGGTAGCACTTTACCGTTCCTGAAGCATTAGGACT
CATTATCTTTGCCGACTTTTTTTCTTATATCCCTTAAAGTCTCTCTTGTCTTTATTTGAG
TTGTAAGCTTACAACATGGGAATAAAGGTGTTGTGCTTTTGAAGGAACCTGGTTCTTTTG
CCTATTATTGTCTATTGCTCACAATCTGCAAGCATTAATATAAAATGATTACTCTGC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1H081JQ 468 0 0
AGATCGCGTCCGTAGGTCTTCTCTACCCTAAAGAGTGCAGCCTTTCCAGAACAGAGTTCG
TCAAGAACTGCCGCTCCTCCTGGGTGAAGCATTTCGATAGGGAGTACTGTCGGAACAAGA
GAGTCCAGAGGCTGTTAGATGATGGAGATGAGAGGAAAGGTCCCATGTCACTCCCTCAGC
CTTACACTTTCAAGCCTTCCCCTTCTTCTTAGATCCCTTCCTTTCCTGGAAGAGGAAGAT
GACTGAGTAATCCCTTTGGTAGCACTTTACCGTTCCTGAAGCATTAGGACTCATTATCTT
TGCCGACTTTTTTTCTTATATCCCTTAAAGTCTCTCTTGTCTTTATTTGAGTTGTAAGCT
TACAACATGGGAATAAAGGTGTTGTGCTTTTGAAGGAACCTGGTTCTTTTGCCTATTATT
GTCTATTGCTCACAATCTGCAAGCATTAATATAAAATGATTACTCTGC

QA 1 468 1 468
DS 



AS 1 2

CO CL4633Contig1 949 2 2 U
ATTTCAAATGTTACACTTCGCCAATCTACCACTTCTGGCGGCACTCTCACTTATGAGGGT
CATTTTGAGATTCTTTCTTCGACGGGTTCGTTTATACCAAGCGAGAGTGGAGGAACCCGA
AGCAGAGCTGGAGGGATGAGTGTGTCTCTTGCAGGACCTGATGGTCGTGTCTTTGGTGGT
GGTCTCGCTGGTCTCTTTATTGCCGCTGGTCCTGTTCAGGTAATGGTAGGGACTTTTGTT
GCCGGGGGTCAGAAGGAGGAATCGCAGCAGCAGCAGATGAAGAAGCAAAGAAGAGAAAGA
CTCGGGATCCCCATAACAACGCAAGGTTCCAACATCTCATTCGGTGGTGGCTCAGCTGAA
GATCCAAAGGCTAGATACAACGGCGTCCCAAACAAGCCTGTTGTTGTCCAGCCACCACCA
GTGTCCGCACCACCACCTATGTCCTTTCAGCATGAGCCGAGCACTACTAACGCGGTCCAA
GGTTACTACAGAAACAACACTGCTGCTGACCATATCAGGGATCTCTTCTCTTCTCTCCCA
GGAGAGGATGACGACGAAGAAGATGATGAGAACTTAGAAGGTGAAGACGATGGGGAATTT
GGAGGCCACACTGAATCCGACAACGAGGTTCCAAGCTGATGATTATTTGAGATTTGAGAG
AGTGAATCCGAACAACATTCGATGGTTCTTGATCTTGAGCTCCTGCTGCGTTTTGTTCTT
TGGGATTCTTTACAGTCTTAATGGTGTTTTTCATTCTCTTCAGATTTTAGTTGTATTTTA
TTAAACAGAGATGTCTCTCACTAAAGAGCTAGGGTTTATTAGAGAGAGGATATGTAATAT
CTTTAGGGTTCTTTTGACTTGGTTTCTACCCCAAGTGGTTGTTGTTGTATTGCGAAACTT
ATGTCTGCTCCCCCTCTCATTCAGTTTACTCGTTAATGACTTCTCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EQ28TF U 1
AF RR1EQ28JQ C 119
BS 1 601 RR1EQ28TF
BS 602 949 RR1EQ28JQ

RD RR1EQ28TF 601 0 0
ATTTCAAATGTTACACTTCGCCAATCTACCACTTCTGGCGGCACTCTCACTTATGAGGGT
CATTTTGAGATTCTTTCTTCGACGGGTTCGTTTATACCAAGCGAGAGTGGAGGAACCCGA
AGCAGAGCTGGAGGGATGAGTGTGTCTCTTGCAGGACCTGATGGTCGTGTCTTTGGTGGT
GGTCTCGCTGGTCTCTTTATTGCCGCTGGTCCTGTTCAGGTAATGGTAGGGACTTTTGTT
GCCGGGGGTCAGAAGGAGGAATCGCAGCAGCAGCAGATGAAGAAGCAAAGAAGAGAAAGA
CTCGGGATCCCCATAACAACGCAAGGTTCCAACATCTCATTCGGTGGTGGCTCAGCTGAA
GATCCAAAGGCTAGATACAACGGCGTCCCAAACAAGCCTGTTGTTGTCCAGCCACCACCA
GTGTCCGCACCACCACCTATGTCCTTTCAGCATGAGCCGAGCACTACTAACGCGGTCCAA
GGTTACTACAGAAACAACACTGCTGCTGACCATATCAGGGATCTCTTCTCTTCTCTCCCA
GGAGAGGATGACGACGAAGAAGATGATGAGAACTTAGAAGGTGAAGACGATGGGGAATTT
G

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1EQ28JQ 831 0 0
GAAGCAGAGCTGGAGG*ATGAGTGTGTCTCT*GCAGGAC*TGATGGTCGTGTCTTTGGTG
GTGGTCTCGCTGGTCTCTTTATTGCCGCTGGTCCTGTTCAGGTAATGGTAGGGACTTTTG
TTGCCGGGGGTCAGAAGGAGGAATCGCAGCAGCAGCAGATGAAGAAGCAAAGAAGAGAAA
GACTCGGGATCCCCATAACAACGCAAGGTTCCAACATCTCATTCGGTGGTGGCTCAGCTG
AAGATCCAAAGGCTAGATACAACGGCGTCCCAAACAAGCCTGTTGTTGTCCAGCCACCAC
CAGTGTCCGCACCACCACCTATGTCCTTTCAGCATGAGCCGAGCACTACTAACGCGGTCC
AAGGTTACTACAGAAACAACACTGCTGCTGACCATATCAGGGATCTCTTCTCTTCTCTCC
CAGGAGAGGATGACGACGAAGAAGATGATGAGAACTTAGAAGGTGAAGACGATGGGGAAT
TTGGAGGCCACACTGAATCCGACAACGAGGTTCCAAGCTGATGATTATTTGAGATTTGAG
AGAGTGAATCCGAACAACATTCGATGGTTCTTGATCTTGAGCTCCTGCTGCGTTTTGTTC
TTTGGGATTCTTTACAGTCTTAATGGTGTTTTTCATTCTCTTCAGATTTTAGTTGTATTT
TATTAAACAGAGATGTCTCTCACTAAAGAGCTAGGGTTTATTAGAGAGAGGATATGTAAT
ATCTTTAGGGTTCTTTTGACTTGGTTTCTACCCCAAGTGGTTGTTGTTGTATTGCGAAAC
TTATGTCTGCTCCCCCTCTCATTCAGTTTACTCGTTAATGACTTCTCATTT

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

CO CL4634Contig1 1144 2 2 U
GGGGGAAGGGGGAGATGTCGGTGACCTAATGTTTGCTTCGTCTCTCTGACTACGGCGGCG
ATACGACGAATGACTGTCGTCGGTTTCATGTAACGCTTCGCGAGTCAACTCGCATTAATA
CCGACGCCCACTAAGAGACTTTCAATGCGTCGTCCTTCTGGGAGATCCCTAATCTTCGTA
TATATATATAGGGTGTTTTTTTTCGATTTGAAGTCCGGGAGGTGTCGTTCAGTTGTGGAG
GCCAGGCTGCTGAGATACTGGGAGGTAGGAATGTCAAGCCTGGGGCGAGCTTATGTGGTT
GGATATGCTCATGATCAATGTTAATACAAATATCAGATTCACCAAAAGTCATACCGAAAT
TTAGGGTTCATGTTTTCTTCGATATCTGCCACCAACAATGTTCTTCTTCTTCTTATACCA
ACGATGGAGTTTTGAGTTACTGTGAGTCAAATCAACGTGAAAAATCTCTGTGTGAGTCTT
CTGAGGTATATCACAGTTTGTGCACCTCCTAATCTCCCTTACCCGAAACATCTCCTAATT
TAACTTTCTGAATTGATGGCCGGGCGATGTAAGCAGTGTATGGTGACCCGTCTTCCTCGC
TTCTGGGAGGGTCGCAATGTCAAGAAAGGAGGGGATTTTATAGGGGTTGGCATTGTCTTT
CTTGACGAGAAGTCACACTTAACTCAAGGAACGGTGTACGAGCTTTATTGATTTTCGGGG
ATCAAGGCGGACGTAGATCTCTGAATGTGGTTGTAATGGTTCTCATCAGCAACTACAAAA
TGACCATCCTCAACTGCACCCTCGGGTTCACTTAAAACTTCATTATATTCAGCTCCATGT
GCCTGTCAAGTTCTTTCTTTTGTTTACGAAGGTGCAGAGATGTATAAGAGACTACTAATC
ACCCTAAGGTGAAGTTCACGGATTTAGAATGTTGTCTGGTGCGTGCTCTGAAGAATTGTG
TTGTATCAGCTGAAGTTTAGCTGTTTGGTGGAGCTTTTTTGGGTGTGATAAAGCTGTGAG
ATCTAGAAGATATAAAGAGTTAGTTGATAAATTTCATGCTCTCTTTTTAAAAAGTTGTTA
CTCCTTATTGTCAATTTGGACTATGGGTGTTTTTTTTGAACATATCTATCATTTACTTTA
AATT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1C877TF U 1
AF RR1C877JQ C 371
BS 1 633 RR1C877TF
BS 634 1144 RR1C877JQ

RD RR1C877TF 639 0 0
GGGGGAAGGGGGAGATGTCGGTGACCTAATGTTTGCTTCGTCTCTCTGACTACGGCGGCG
ATACGACGAATGACTGTCGTCGGTTTCATGTAACGCTTCGCGAGTCAACTCGCATTAATA
CCGACGCCCACTAAGAGACTTTCAATGCGTCGTCCTTCTGGGAGATCCCTAATCTTCGTA
TATATATATAGGGTGTTTTTTTTCGATTTGAAGTCCGGGAGGTGTCGTTCAGTTGTGGAG
GCCAGGCTGCTGAGATACTGGGAGGTAGGAATGTCAAGCCTGGGGCGAGCTTATGTGGTT
GGATATGCTCATGATCAATGTTAATACAAATATCAGATTCACCAAAAGTCATACCGAAAT
TTAGGGTTCATGTTTTCTTCGATATCTGCCACCAACAATGTTCTTCTTCTTCTTATACCA
ACGATGGAGTTTTGAGTTACTGTGAGTCAAATCAACGTGAAAAATCTCTGTGTGAGTCTT
CTGAGGTATATCACAGTTTGTGCACCTCCTAATCTCCCTTACCCGAAACATCTCCTAATT
TAACTTTCTGAATTGATGGCCGGGCGATGTAAGCAGTGTATGGTGACCCGTCTTCCTCGC
TTCTGGGAGGGTCGCAATGTCAAGAAAGGAGGG
ATTTTA

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1C877JQ 774 0 0
TGTTTTCTTCGATATCTGCCACCAACAATGTTCTTCTTCTTCTTATACCAACGATGGAGT
TTTGAGTTACTGTGAGTCAAATCAACGTGAAAAATCTCTGTGTGAGTCTTCTGAGGTATA
TCACAGTTTGTGCACCTCCTAATCTCCCTTACCCGAAACATCTCCTAATTTAACTTTCTG
AATTGATGGCCGGGCGATGTAAGCAGTGTATGGTGACCCGTCTTCCTCGCTTCTGGGAGG
GTCGCAATGTCAAGAAAGGAGGGGATTTTATAGGGGTTGGCATTGTCTTTCTTGACGAGA
AGTCACACTTAACTCAAGGAACGGTGTACGAGCTTTATTGATTTTCGGGGATCAAGGCGG
ACGTAGATCTCTGAATGTGGTTGTAATGGTTCTCATCAGCAACTACAAAATGACCATCCT
CAACTGCACCCTCGGGTTCACTTAAAACTTCATTATATTCAGCTCCATGTGCCTGTCAAG
TTCTTTCTTTTGTTTACGAAGGTGCAGAGATGTATAAGAGACTACTAATCACCCTAAGGT
GAAGTTCACGGATTTAGAATGTTGTCTGGTGCGTGCTCTGAAGAATTGTGTTGTATCAGC
TGAAGTTTAGCTGTTTGGTGGAGCTTTTTTGGGTGTGATAAAGCTGTGAGATCTAGAAGA
TATAAAGAGTTAGTTGATAAATTTCATGCTCTCTTTTTAAAAAGTTGTTACTCCTTATTG
TCAATTTGGACTATGGGTGTTTTTTTTGAACATATCTATCATTTACTTTAAATT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL4635Contig1 1462 2 10 U
GGGATCTGGAATCACAAGAAAGCTGTGGCTCCCCTTCATTTATGTCACATACCCTTTCCA
AGGATCCACAACCAACCTCCGGGGATGACGACTGCGGAGATGTTGGGAAGATTCCGGTAG
AGGAGTGGCTGCCGATCACAGAATCAAGAAAAGGAAATGTTTTCACGGCAACTTTTCATC
TTTTCTGTTCGGGACTTGGTTTCCAAGTGCTTCTTCTTCCTGCAGCTTTCGCAGCACTCG
GATGGGTATGGGGAATAATAATATTAACGGTGGGATTTGCATGGAAGCTCTACACGACAT
GGCTTCTTGTTCATCTACACGAAGCCGTACATGGAACACGTTTCAGCAGATACTTGAGAC
TCGCAATTGCTTCATTCGGTGTGAAGCTTGGGAAACTTCTTGGAATATTCCCTGTGATGT
ATCTCTCAGGAGGAGCTTGTTCAATTCTTGTCATAACCGGAGGAAAAACAATAAAACAAC
TTCTACACATTATGTATGAAGGTGAAACAGTGCCACTTACCACACTACAATGCTTCGTGA
TCTTCAGCTGTCTCGCGGTGGTCATGTCTCAGTTTCCAAACCTGAACTCTCTTTTCGGAG
TCTCGTTCATCGGTGGTGTTATGGCCATAGCATATTCCACCGCAATATGGAGTTTACCTC
TAACTAGGGGTCCGCAAAGGAATCATCAAAACCATGTTTCTTACGCTATAAAGGATACAA
CTTTCGATAATATTTTCAACGCCATTGGATTGATAGCCATTTCATTACGCGGGAACAACT
TAATCCTAGAGATACAGGGTACTCTTCCTTCCGATTCAAAGAATCCTTCCAGTAAGACGA
TGTGGAGAGCTGTGGTGATCTCTCATGTGATCATTGCGGTTTGTATGTTTCTAGTAGCCA
TTGTTGTATATTGGGCATACGGTGACAAGATTCCGGCTACTGGAGGTCCAATAGGCAACT
ACTTGAAACTTTACGAACAAGACTACTCAAAGCGAGCGGCTTGTTTCATACACATCACGT
TCATCATCAATTGCTTATGCTCGTATCCGATAAACTTAATGCCAGCTTGTGACAACGCAG
AGATGGTGTATGTGACCAAGAGACGAAAGCCCTGCTCCGTCTTCGTCCGGATGATGTTTC
GTGTGTTCTTGGGTTTGGTCTGCTTCTTCATAGCCGTTGGATTCTCGTTCTTGCCTTATC
TTGCGGTTCTCATCGGAGCAGTAGCCTTGCTTGTTACGTTTACGTACCCGTGTTTCATGT
GGATCTCTATCAAACAGCCCGAAACGAAAAGCTTGATGTGGTTGCTCAACATATTGGTGG
GAAGCTTAGGCGCGTCTCTCAGCGTTTTGCTTGTGGTTGCGTCGGCTTTATTTTTGGCTG
ATAGGGGTTTACATGCAAACTTCTTCAAACCCTAAAGCATTCTTGCTAATGTGAGCATGT
AAATATATATGATTTTTTTAAG


BQ
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AF RR1BG50TF U 1
AF RR1BG50JQ C 608
BS 1 798 RR1BG50TF
BS 799 799 RR1BG50JQ
BS 800 834 RR1BG50TF
BS 835 835 RR1BG50JQ
BS 836 854 RR1BG50TF
BS 855 855 RR1BG50JQ
BS 856 874 RR1BG50TF
BS 875 875 RR1BG50JQ
BS 876 884 RR1BG50TF
BS 885 1462 RR1BG50JQ

RD RR1BG50TF 884 0 0
GGGATCTGGAATCACAAGAAAGCTGTGGCTCCCCTTCATTTATGTCACATACCCTTTCCA
AGGATCCACAACCAACCTCCGGGGATGACGACTGCGGAGATGTTGGGAAGATTCCGGTAG
AGGAGTGGCTGCCGATCACAGAATCAAGAAAAGGAAATGTTTTCACGGCAACTTTTCATC
TTTTCTGTTCGGGACTTGGTTTCCAAGTGCTTCTTCTTCCTGCAGCTTTCGCAGCACTCG
GATGGGTATGGGGAATAATAATATTAACGGTGGGATTTGCATGGAAGCTCTACACGACAT
GGCTTCTTGTTCATCTACACGAAGCCGTACATGGAACACGTTTCAGCAGATACTTGAGAC
TCGCAATTGCTTCATTCGGTGTGAAGCTTGGGAAACTTCTTGGAATATTCCCTGTGATGT
ATCTCTCAGGAGGAGCTTGTTCAATTCTTGTCATAACCGGAGGAAAAACAATAAAACAAC
TTCTACACATTATGTATGAAGGTGAAACAGTGCCACTTACCACACTACAATGCTTCGTGA
TCTTCAGCTGTCTCGCGGTGGTCATGTCTCAGTTTCCAAACCTGAACTCTCTTTTCGGAG
TCTCGTTCATCGGTGGTGTTATGGCCATAGCATATTCCACCGCAATATGGAGTTTACCTC
TAACTAGGGGTCCGCAAAGGAATCATCAAAACCATGTTTCTTACGCTATAAAGGATACAA
CTTTCGATAATATTTTCAACGCCATTGGATTGATAGCCATTTCATTACGCGGGAACAACT
TAATCCTAGAGATACAGG*TACTCTTCCTTCCGATTCAAAGAATCCTTCCAGTA*GACGA
TGTGGAGAGCTGTG*TGATCTCTCATGTGATCAT*GCGGTTTGT

QA 1 884 1 884
DS 

RD RR1BG50JQ 855 0 0
CATCGGTGGTGTTATGGCCATAGCATATTCCACCGCAATATGGAGTTTACCTCTAACTAG
GGGTCCGCAAAGGAATCATCAAAACCATGTTTCTTACGCTATAAAGGATACAACTTTCGA
TAATATTTTCAACGCCATTGGATTGATAGCCATTTCATTACGCGGGAACAACTTAATCCT
AGAGATACAGGGTACTCTTCCTTCCGATTCAAAGAATCCTTCCAGTAAGACGATGTGGAG
AGCTGTGGTGATCTCTCATGTGATCATTGCGGTTTGTATGTTTCTAGTAGCCATTGTTGT
ATATTGGGCATACGGTGACAAGATTCCGGCTACTGGAGGTCCAATAGGCAACTACTTGAA
ACTTTACGAACAAGACTACTCAAAGCGAGCGGCTTGTTTCATACACATCACGTTCATCAT
CAATTGCTTATGCTCGTATCCGATAAACTTAATGCCAGCTTGTGACAACGCAGAGATGGT
GTATGTGACCAAGAGACGAAAGCCCTGCTCCGTCTTCGTCCGGATGATGTTTCGTGTGTT
CTTGGGTTTGGTCTGCTTCTTCATAGCCGTTGGATTCTCGTTCTTGCCTTATCTTGCGGT
TCTCATCGGAGCAGTAGCCTTGCTTGTTACGTTTACGTACCCGTGTTTCATGTGGATCTC
TATCAAACAGCCCGAAACGAAAAGCTTGATGTGGTTGCTCAACATATTGGTGGGAAGCTT
AGGCGCGTCTCTCAGCGTTTTGCTTGTGGTTGCGTCGGCTTTATTTTTGGCTGATAGGGG
TTTACATGCAAACTTCTTCAAACCCTAAAGCATTCTTGCTAATGTGAGCATGTAAATATA
TATGATTTTTTTAAG

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

CO CL4636Contig1 283 2 1 U
GAGTCAACAACAAACTATCATAGTGGCATCGGTTTGCTCCATCGATTTGAGCTTAGCTCT
GTGAAACCTTGTGCGGGTTATCCGGCTGTGCTTTGTAATCTGTTTGATTCTTTGTTTGTT
TTCACTATTGTAATAAGGTGCCAGCCAAAGCGACTATGTATTTTGGTTTTGATGTACCAC
TCAATTCAATAAGCTATGTTATTATTATTTTTCAAATGTGCTGAAAAACCTATTGGGGAT
ACTTGTTCTTTCTCATAATAATATAATCATTCACTTTGTATTT


BQ
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AF RR1D391JQ C 1
AF RR1D391TF U 1
BS 1 283 RR1D391TF

RD RR1D391JQ 283 0 0
GAGTCAACAACAAACTATCATAGTGGCATCGGTTTGCTCCATCGATTTGAGCTTAGCTTT
GTGAAACCTTGTGCGGGTTATCCGGCTGTGCTTTGTAATCTGTTTGATTCTTTGTTTGTT
TTCACTATTGTAATAAGGTGCCAGCCAAAGCGACTATGTATTTTGGTTTTGATGTACCAC
TCAATTCAATAAGCTATGTTATTATTATTTTTCAAATGTGCTGAAAAACCTATTGGGGAT
ACTTGTTCTTTTTCATAATAATATAATCATTCACTTTGTATTT

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR1D391TF 283 0 0
GAGTCAACAACAAACTATCATAGTGGCATCGGTTTGCTCCATCGATTTGAGCTTAGCTCT
GTGAAACCTTGTGCGGGTTATCCGGCTGTGCTTTGTAATCTGTTTGATTCTTTGTTTGTT
TTCACTATTGTAATAAGGTGCCAGCCAAAGCGACTATGTATTTTGGTTTTGATGTACCAC
TCAATTCAATAAGCTATGTTATTATTATTTTTCAAATGTGCTGAAAAACCTATTGGGGAT
ACTTGTTCTTTCTCATAATAATATAATCATTCACTTTGTATTT

QA 1 283 1 283
DS 



AS 1 2

CO CL4637Contig1 1037 2 4 U
GAAGAAGAAGGAGATTAAGAGAGAGGATGAGCAAGATTCTTTCTATTGCTGGTTTTAAGG
ACGGAGAAGAGTTTCCTTTAAATAAACAAAACCTGGATGATGAGTTTGACCCCGAGGAGT
ATGATAAGATGATGAAAGCTGCTTTTGATGACAATTACTACGGTGCTGAGGACTCAGAGC
TGCAGCTTAGTGATGAGGATGATGATGAGAAGCCTGACTTTGACAAGGAAGATGAACTTC
TTGGACTCCCAAAGAATTGGGATGTGATTCAAGGCGGTGATGGGTTTACAGCCACCAGAG
AAAAGGTCCTTAAGGAGAATGTCATCAGTGATGATGAAGACCAAGAAGAAGATGTGGATG
AGGAAGAAGAGAGAGAGGGTAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAAGCATCTCTTGTCAAAAGAG
CCAAGGAAGCTTTGATGGAGGAGTACTACAAGCTAGACTATGAGGACACAATCGGAGATT
TGAAGACAAGGTTTAAGTTTGCCAAAGTACGGCCAAACAGCTATGGGCTCGACAAGGAAG
AGATACTCTTCTTGGATGACACAGAGCTGAACCAGTACGTACCATTGAAGAAGATGGCTC
CTTACATGGAAAAGGACTGGGAGGTTAACAAGTACAAACTCAAGGAGCACAAACAAAAGT
TCAAGGAGTTGCTGGAGAATATTGATGACCGTGATGAGAAGAGAAGCAAGAAGAAGAGCA
AGAAGAGGGATGCTGAAGAGAAAAGAGATGTTGTTAAGGAGAAGAAGCCAGCAGCACCTA
TTGCAGATGAGGAAGGCGAGGCTGAAACAAGCAAACTATCGAGGAAGGCCAAGAGAAGAA
GACGTGAAGCAGAGAAGAAGCTTCCTCCTAACAGAATGGTTGCTTATGGAAAGACAAATT
GAACAAAAGAATTAAGTAAGAGAATAATGCTCCTTTTTACTCTCTTGAATCGATTTTGAT
ATTTGGTTTCCTAGTTTTGATTTCGTAATCGTTATGTTGTTCCTGGTTTTTATTACACAA
CTCTTTGATTTGTTTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ76TF U 1
AF RR1FZ76JQ C 313
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AGATACTCTTCTTGGATGACACAGAGCTGAACCAGTACGTACCATTGAAGAAGATGGCTC
CTTACATGGAAAAG*ACTGGGAGGTTAACAAGTACAAACTC

QA 1 641 1 641
DS 

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TTAAGTTTGCCAAAGTACGGCCAAACAGCTATGGGCTCGACAAGGAAGAGATACTCTTCT
TGGATGACACAGAGCTGAACCAGTACGTACCATTGAAGAAGATGGCTCCTTACATGGAAA
AGGACTGGGAGGTTAACAAGTACAAACTCAAGGAGCACAAACAAAAGTTCAAGGAGTTGC
TGGAGAATATTGATGACCGTGATGAGAAGAGAAGCAAGAAGAAGAGCAAGAAGAGGGATG
CTGAAGAGAAAAGAGATGTTGTTAAGGAGAAGAAGCCAGCAGCACCTATTGCAGATGAGG
AAGGCGAGGCTGAAACAAGCAAACTATCGAGGAAGGCCAAGAGAAGAAGACGTGAAGCAG
AGAAGAAGCTTCCTCCTAACAGAATGGTTGCTTATGGAAAGACAAATTGAACAAAAGAAT
TAAGTAAGAGAATAATGCTCCTTTTTACTCTCTTGAATCGATTTTGATATTTGGTTTCCT
AGTTTTGATTTCGTAATCGTTATGTTGTTCCTGGTTTTTATTACACAACTCTTTGATTTG
TTTCT

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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AAAAGACAACACATCATATCACCATCGGTTAATTACTCTCGTCCATGATTATATGGATTT
TCCGGCTGGTATGGAGGCGGCGGCATGTAAACCATTTGCGGCCTAGGCTGACGACCCCAT
CATCATTTGCTGCTGCTGTTGCTGCGGAAACTGGGGTTGTGCATTTGGAGGATAGAACGC
TTGAGGATGCTGGTGGCCTGGATAATAAATCACCTGCTGCTGTCCTGGATATTGCGGTTG
AATTCCGTAACCAAGAGGCATTCCAGGCATCTGCTGAACAGCTGCAGGTGCAGCAGGGTA
GTAGAATGATGCATCTGCCATTGGAGGCTGAGGTCGCGCAGCAGCTGTTGGTTTGAAACT
CTTTGCGTTTGGATTCAGTTTGAATTCCTTTGCATTCGGATTAAGAGTGGACTTTTCAGA
TGATGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV39JQ U 90
AF RR1BV39TF C 1
BS 1 89 RR1BV39TF
BS 90 243 RR1BV39JQ
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RD RR1BV39JQ 479 0 0
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TAATTACTCTCGTCCATGATTATATGGATTTTCCGGCTGGTATGGAGGCGGCGGCATGTA
AACCATTTGCGGCCTAGGCTGACGACCC*ATCATCATTTGCTGCTGCTGTTGCTGCGGAA
ACTGGGGTTGTGCATTTGGAGGATAGAACGCTTGAGGATGCTGGTGGCCTGGATAATAAA
TCACCTGCTGCTGTCCTGGATATTGCGGTTGAATTCCGTAACCAAGAGGCATTCCAGGCA
TCTGCTGAACAGCTGCAGGTGCAGCAGGGTAGTAGAATGATGCATCTGCCATTGGAGGC

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR1BV39TF 666 0 0
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TTTTTTTGCTTCTTTTTTTTGTTTTTCTTAAATGAGATAAAAATCCGACCGGGGAATCTT
AAAAAGGAGAAAATAGATCCAGTGACTGGCTAAGGAAAGGGAGAGAAACAAAAAAAAGGA
GAGAACGTAAACCAAAACAGAGGGTTGCGGGTTCGTTTACATCCTTCCCAAAAAAAAAGA
AAAAGACAACACATCATATCACCATCGGTTAATTACTCTCGTCCATGATTATATGGATTT
TCCGGCTGGTATGGAGGCGGCGGCATGTAAACCATTTGCGGCCTAGGCTGACGACCCCAT
CATCATTTGCTGCTGCTGTTGCTGCGGAAACTGGGGTTGTGCATTTGGAGGATAGAACGC
TTGAGGATGCTGGTGGCCTGGATAATAAATCACCTGCTGCTGTCCTGGATATTGCGGTTG
AATTCCGTAACCAAGAGGCATTCCAGGCATCTGCTGAACAGCTGCAGGTGCAGCAGGGTA
GTAGAATGATGCATCTGCCATTGGAGGCTGAGGTCGCGCAGCAGCTGTTGGTTTGAAACT
CTTTGCGTTTGGATTCAGTTTGAATTCCTTTGCATTCGGATTAAGAGTGGACTTTTCAGA
TGATGC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL4639Contig1 1231 2 4 U
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CACCCCATTGTCCTTGGTTGTGGTCAACTTTGTTTGGATTACTTAGTTACTGTACCGTCT
TTCCCAGTTCCCGACCAAAAGATCCGATGCACGAGCTTCAAGGTTCAAGGAGGTGGAAAC
ACTGGGAATACTTTGACATGCGCTGCTCGTTTGGGTTTGGCTACTAGGATCTTAGCTAAG
GTTGCTGATGATTCTCAAGGGAGATGGATGCTAGAGGAACTAGAATCTAGCGGCGTTGAT
ACTTCCTTTTGTGTGACAGCTAAAGATGGAGTTTCACATTTTAATTACGTCATTGTAGAT
AACCAAACGAATACTCGCACGTGTATTTTCACACCAGGATATCCTCCTTTGCTCCCAGAT
GACCTTACTGAGTCCCTCCTTTTAGATGTGCTTGATGGAGTAAGAGTTCTACATGTAACT
GGAAGGTCTCGTGAAACCGAATTGCTTCTTGCACAAAAGGCACATAGCAAGAACGTATCC
ATCTTAATCAATGCAGAGAAAAGAAGGGAGGGACTAGATAAGCTCCTTGACTTAGCTGAT
TATGCCATTTGCTCTACTCACTTCCCTCAGGATTGGACTGAGTCACCAACATCCCCTAGT
GCGCTTCTCTCTATACTCATTAGATTACCGAAGCTAAAATTTGTGATCGTGACTTTGGGG
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ACAGACATCGATGAACTACACGAGTCTCTTAAGCAAAGCACAGACTTTACAAGTGTTTTA
CCGGTCTGCAATTCATCGATGGTTACTAGACTGAAAGGAAATGTTATAGGGAGATTGTGT
ATCGCAACAGCTGAGAAAATACCTTCATCGGAACTTATGGACACAACAGGTGCAGGAGAT
GCGTTCACGGGAGGTTTGCTCTATGGTTTATGCACAGACATGGCTCTAGAAGAAACGTTG
ACATTTGCATCTCGAGTCGCAGCTTGTTGCTGCAGAGGTTTAGGGGCCCGAACAACTCTT
CCATTCCGTACTGATCCAAATCTTGCAGCTTTCTTGGGGGCATGACCGTAATTTGATTGT
CCTTGACGGATCAACACTCAAGGTCAAGTTCTTAAAATGGGTCTGTATATATTTGAATTT
TATAAAATGAGAAATAAAATAATTGATTTGG


BQ
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GACCTTACTGAGTCCCTCCTTTTAGATGTGCTTGATGGAGTAAGAGTTCTACATGTAACT
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ATCTTAATCAATGCAGAGAAAAGAAGGGAGGGACTAGATAAGCTCCTTGACTTAGCTGAT
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GCGCTTCTCTCTATACTCATTAGATTACCGAAGCTAAAATTTGTGATCGTGACTTTGGGG
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AATGAGGTCCAGATC

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DS 

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CT
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TTCTACATGTAACTGGAAGGTCTCGTGAAAC*GAATTGCTTCTTGCACAAAAGGCACATA
GCAAGAACGTATCCATCTTAATCAATGCAGAGAAAAGAAGGGAGGGACTAGATAAGCTCC
TTGACTTAGCTGATTATGCCATTTGCTCTACTCACTTCCCTCAGGATTGGACTGAGTCAC
CAACATCCCCTAGTGCGCTTCTCTCTATACTCATTAGATTACCGAAGCTAAAATTTGTGA
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AATCAGAAGAAGAAACAGACATCGATGAACTACACGAGTCTCTTAAGCAAAGCACAGACT
TTACAAGTGTTTTACCGGTCTGCAATTCATCGATGGTTACTAGACTGAAAGGAAATGTTA
TAGGGAGATTGTGTATCGCAACAGCTGAGAAAATACCTTCATCGGAACTTATGGACACAA
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TAGAAGAAACGTTGACATTTGCATCTCGAGTCGCAGCTTGTTGCTGCAGAGGTTTAGGGG
CCCGAACAACTCTTCCATTCCGTACTGATCCAAATCTTGCAGCTTTCTTGGGGGCATGAC
CGTAATTTGATTGTCCTTGACGGATCAACACTCAAGGTCAAGTTCTTAAAATGGGTCTGT
ATATATTTGAATTTTATAAAATGAGAAATAAAATAATTGATTTGG

QA 3 827 3 827
DS 



AS 1 2

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TCTCTATCAACCAGACGAGATCGGTCTCTTCAGTCTCTGTTTTAGATCCCTCCGGTGCCA
GCATTACTCACGGGAACCCAATTCAGAATCGATCTCTCGCTAGACATTTCCCATGGTATA
ATCTTTTCGATCGCTCTCAAGGTCGCCATTTCTCTTCGAAGACAAACGATACGGATGAAA
GCAGCGAAGATGAGGAGGATTCGGCGGAGATGGAAGTAGAAAGGGAATATTCACCGGCGG
AGATAGGGTATAAGGTGATGGGTTCTCTCAAACCTTCGGAGCGACTCTTCAAACCATATG
AGCCAGTCTTTGCCGTTGTTCGGATTGGTTCGCATCAGTTCAAAGTGAGCAACGGGGACT
CCATTTTCACAGAAAAGCTAAAATTCTGTGACATCAATGATAAGTTGACACTGACCAAGG
TTCTTCTATTGGGATCGGCAAGCCAGACGATTATTGGTAGGCCTATCTTGCCTGATGCCA
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TGTTTTTGTTTCAAAATTCATGAATAAAGATATGCCGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC68TF U 1
AF RR1EC68JQ C 275
BS 1 598 RR1EC68TF
BS 599 998 RR1EC68JQ

RD RR1EC68TF 598 0 0
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TCTCTATCAACCAGACGAGATCGGTCTCTTCAGTCTCTGTTTTAGATCCCTCCGGTGCCA
GCATTACTCACGGGAACCCAATTCAGAATCGATCTCTCGCTAGACATTTCCCATGGTATA
ATCTTTTCGATCGCTCTCAAGGTCGCCATTTCTCTTCGAAGACAAACGATACGGATGAAA
GCAGCGAAGATGAGGAGGATTCGGCGGAGATGGAAGTAGAAAGGGAATATTCACCGGCGG
AGATAGGGTATAAGGTGATGGGTTCTCTCAAACCTTCGGAGCGACTCTTCAAACCATATG
AGCCAGTCTTTGCCGTTGTTCGGATTGGTTCGCATCAGTTCAAAGTGAGCAACGGGGACT
CCATTTTCACAGAAAAGCTAAAATTCTGTGACATCAATGATAAGTTGACACTGACCAAGG
TTCTTCTATTGGGATCGGCAAGCCAGACGATTATTGGTAGGCCTATCTTGCCTGATGCCA
CTGTTCATGCTGTTGTGGAAGAGCATGCATTGGATGAAAAAGTGCTCATTTTCAAAAA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1EC68JQ 724 0 0
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TTCGGAGCGACTCTTCAAACCATATGAGCCAGTCTTTGCCGTTGTTCGGATTGGTTCGCA
TCAGTTCAAAGTGAGCAACGGGGACTCCATTTTCACAGAAAAGCTAAAATTCTGTGACAT
CAATGATAAGTTGACACTGACCAAGGTTCTTCTATTGGGATCGGCAAGCCAGACGATTAT
TGGTAGGCCTATCTTGCCTGATGCCACTGTTCATGCTGTTGTGGAAGAGCATGCATTGGA
TGAAAAAGTGCTCATTTTCAAAAAGAAACGAAGGAAGAACTATAGGAGAACCACAGGACA
TCGACAGGAATTAACAAAGTTGAGGATAACCGATATACAAGGCATTAAGAAACCAGAACC
AGAGTTTGTCCGTAAGCCTTCCAAGTCAGCTGATACAGAGCAACCAGAGGCTGAGCTAGT
TGGTTGAATAGAAAGATCTGCTTTTTCTCTTTGTTGCTGATGCCCACTACTAGTGGGCCA
GTGGCTTAAAGGACGAAAAGGCCTTGGTAATTACTAGGCTCCTAAGACGTGAACGTGATT
GCGTTAGTTAGTTATCTCGTTCAACTCCACTGTTTGATTATGCCCTTTATTTGTATTGGA
ACTCGCTCAAGCTTCTGGATACTGTTTGTTTTTGTTTCAAAATTCATGAATAAAGATATG
CCGG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL4641Contig1 1028 2 2 U
TTTTTCTCCCTTTCTTTGGATTTTAAAACCGATGGATCGGCAAAATTCCGATGACATTAT
GAGATTTCTCGATGGAATGGCTAGCTCCGACGACGTTCTATTCGGTTTCCTTGACGAAGG
AAACCAGTCACCGGAAGACTTCCCGGACTCCGGTAACCTCAACGGTGGTGAAGATACAGA
CGACGTTGACGAAAATAGCAATTGCAATTCTGAAGAAAACAAAGCTTTCTGGCAGGAACA
AGAACAACTTCTTCAGGGAACACTGTATAGGACAAGTTCAATTGAAACAAAGATTAGACA
AGCGACAAAGGAAGCCCTGAGAGAAGTCAAATCAAAGGGTCTTCATTGTGTCTGCCGACG
ACCCGTTGCTGGTGGTTGCCGGAGCTGTTTACGTGGTGAAATCTCTCGACACCTTAGAGA
TGTGGCCTGCTACGACTGCGTTATCTCCAAATCCAAGTGGAGAAGCTCTCAAGACATCCC
AGCAGGGGAACACGAATACATAGAGATCGTGGATCGATCTGATCCGAAGAAAGGCGAGAT
GCGAGTGGTGATTGAGTTATCATTCAGGGCAGAGTTCGAGATTGCAAAAGGAGGTGAAGA
GTACAAAAGGCTTATCAGCCGATTGCCGGAGGTTTACGTCGGGAAAACCGAGAGACTCAG
ATCCCTGATCAAGATATTATGCATCGCCGGGAAGAAATGCTTGAGAGACAAGAAAATGCA
TATGGGACCTTGGAGAAAACACAAGTATATGCAAGCCAAGTGGCTTCGCACGTGCGATAG
ATCGAGCTCCTTGGAAGCGGCCATGGTTTCCGAGACGACTGAACCGGAGAATTGGGTGCC
GCTGGTGAAGCCTAGGGTTTCCATGCTGAACTACGATGGCAGTTTCTCTAACGGGATGGG
CCGTTCTGCCGCTGTAACAGTCGTGTGATATGTGTGTGACGCAAGTGCTATTGATGACTT
GTAATTATTTATTTATTTGATCAGGGGAAGTAAGAGTTACATTAATCCTGAGTTCCCGAT
TTGGAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM93TF U 1
AF RR1EM93JQ C 360
BS 1 607 RR1EM93TF
BS 608 1028 RR1EM93JQ

RD RR1EM93TF 607 0 0
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GAGATTTCTCGATGGAATGGCTAGCTCCGACGACGTTCTATTCGGTTTCCTTGACGAAGG
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CGACGTTGACGAAAATAGCAATTGCAATTCTGAAGAAAACAAAGCTTTCTGGCAGGAACA
AGAACAACTTCTTCAGGGAACACTGTATAGGACAAGTTCAATTGAAACAAAGATTAGACA
AGCGACAAAGGAAGCCCTGAGAGAAGTCAAATCAAAGGGTCTTCATTGTGTCTGCCGACG
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TGTGGCCTGCTACGACTGCGTTATCTCCAAATCCAAGTGGAGAAGCTCTCAAGACATCCC
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GCGAGTGGTGATTGAGTTATCATTCAGGGCAGAGTTCGAGATTGCAAAAGGAGGTGAAGA
GTACAAA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1EM93JQ 669 0 0
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ATGTGGCCTGCTACGACTGCGTTATCTCCAAATCCAAGTGGAGAAGCTCTCAAGACATCC
CAGCAGGGGAACACGAATACATAGAGATCGTGGATCGATCTGATCCGAAGAAAGGCGAGA
TGCGAGTGGTGATTGAGTTATCATTCAGGGCAGAGTTCGAGATTGCAAAAGGAGGTGAAG
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GATCCCTGATCAAGATATTATGCATCGCCGGGAAGAAATGCTTGAGAGACAAGAAAATGC
ATATGGGACCTTGGAGAAAACACAAGTATATGCAAGCCAAGTGGCTTCGCACGTGCGATA
GATCGAGCTCCTTGGAAGCGGCCATGGTTTCCGAGACGACTGAACCGGAGAATTGGGTGC
CGCTGGTGAAGCCTAGGGTTTCCATGCTGAACTACGATGGCAGTTTCTCTAACGGGATGG
GCCGTTCTGCCGCTGTAACAGTCGTGTGATATGTGTGTGACGCAAGTGCTATTGATGACT
TGTAATTATTTATTTATTTGATCAGGGGAAGTAAGAGTTACATTAATCCTGAGTTCCCGA
TTTGGAGTT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL4642Contig1 623 2 2 U
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GTCGCCGGAGACAAGAAGAAGAAGCGGTCGAAGAAGAGCGTGGAGACGTACAAGATCTAC
ATCTTCAAGGTGCTGAAGCAGGTCCACCCAGACATCGGGATCTCGAGCAAGGCCATGGGG
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GCGAGGTACAACAAGAAGCCTACCATTACTTCAAGGGAGATCCAGACTGCGGTGAGACTC
GTCTTGCCTGGAGAGTTGGCGAAACACGCCGTCTCGGAAGGGACCAAGGCGGTGACCAAG
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TCGGTAGTTTTAAGCGTTTGGGTATCGTAACAGGTTGTGTAATTTGAGGATTATGGTTTC
TTTTACTCGAAGAAACATATATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DZ23TF U 1
AF RR1DZ23JQ C 245
BS 1 569 RR1DZ23TF
BS 570 623 RR1DZ23JQ

RD RR1DZ23TF 569 0 0
GGAGTAAACAAATCATCAAATTTGACTTTTACTACTCGATCTCTAGAAAACTCAGAAAAG
AGAGAATCGATGGCTCCCAAAGCAGCAGAGAAGAAGCCCGCTGAGAAGAAGCCAGCCGAG
AAAGCTCCGGCGGAGAAGAAGCCAAAGGCCGGGAAGAAGCTCCCGAAGGACCCTTCCGCC
GTCGCCGGAGACAAGAAGAAGAAGCGGTCGAAGAAGAGCGTGGAGACGTACAAGATCTAC
ATCTTCAAGGTGCTGAAGCAGGTCCACCCAGACATCGGGATCTCGAGCAAGGCCATGGGG
ATCATGAACAGCTTCATCAACGACATCTTCGAGAAGCTCGCCGGCGAGTCTTCAAAGCTC
GCGAGGTACAACAAGAAGCCTACCATTACTTCAAGGGAGATCCAGACTGCGGTGAGACTC
GTCTTGCCTGGAGAGTTGGCGAAACACGCCGTCTCGGAAGGGACCAAGGCGGTGACCAAG
TTCACGAGCTCTTAGATTTGGAATTTATTTGTAATGGTTTTTTAAGTTTTAACTAGTTTG
TCGGTAGTTTTAAGCGTTTGGGTATCGTA

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1DZ23JQ 379 0 0
TCAAGGTGCTGAAGCAGGTCCACCCAGACATCGGGATCTCGAGCAAGGCCATGGGGATCA
TGAACAGCTTCATCAACGACATCTTCGAGAAGCTCGCCGGGGAGTCTTCAAAGCTCGCGA
GGTACAACAAGAAGCCTACCATTACTTCAAGGGAGATCCAGACTGCGGTGAGACTCGTCT
TGCCTGGAGAGTTGGCGAAACACGCCGTCTCGGAAGGGACCAAGGCGGTGACCAAGTTCA
CGAGCTCTTAGATTTGGAATTTATTTGTAATGGTTTTTTAAGTTTTAACTAGTTTGTCGG
TAGTTTTAAGCGTTTGGGTATCGTAACAGGTTGTGTAATTTGAGGATTATGGTTTCTTTT
ACTCGAAGAAACATATATG

QA 1 379 1 379
DS 



AS 1 2

CO CL4643Contig1 1089 2 4 U
TTTTTCACATAACATTAAGCTCTTCTCTCGTTTACCTTCAGGAGCCATATGTGTATGTAT
TTATGCACATGTATCCAGATCCAAACCCACGGTGGTTCGTCTTCCACCCCGTGCAACGTC
GGCTGAAACGGATCCATCCGAGCTTGTGTCCTGCTGCTCCACTAGAAGGATCCTGTTTCG
TGAGGACGGAATCGGGGATCTATACTATCGGTGGACTCGTGGACGGCAAACCCACATCGG
AAGTCACGTTTTTGGATTGTATCGATCACACAGTGCACCGATTTGCGCCCATGAAGATGG
CTCGAAGCGGAGCATCGGCATGCTTCATAGAGGACGGGGAGAATAAAAAGATATATGTGT
TTGGAGGGTGCTGGGATGCTGCTGATTCCTCCTCAAACTGGGTAGAGGTATATGATATCG
ATACGGAAACTTGGGAGTTGTTGTCTGTGTCTATCCCCAAGATGCCCCTCAAAATCAAAG
AAATTATGGTGATCGATGAGAAGCATGTCTACACGGTTGATGAGGATGGTGAAATCTTCT
TTTTCTTAACTAGTGAATGTAAGTTTTGGACAGGCGGAGAAAAAGAATCTGACCCGGAAA
ATAAAAACGATTGGCGTTTGTTTGATCAGACATTTTTCTGCCGTGGTGTCGGCGGGAGAA
TACTGTGGCGTTCTCTATCTTACTTGGATTGGAAGGAAGTCAAAGGTTTGGAAGAGCTGC
AGCAGAAACACTTCATCATAATTTGCGGCTTCTCTGTTGAGAGGATGGCCATCTTCTGGT
CCCAAGGTCCTGCTTATCAGACTTTGGAGCTTTGGTTTGCTGAGATTTCCCTCAATGTAC
GCTGGGAAGGTGAGGAATTGGAGGTTTGGGGGAACATTGAGTGGTCCGGTGCTGTCTTTT
CAGACTCATCATGTACTGCCTTTAACTTATTATATGCTGATTCTCTCTATCTCTGAATAT
TCTTAATCCTTTTGTTTTTCAAAAAACCTATTTCAACTTTTATCTTACTGTTTGTGTGAT
TTATATAATTTTGGAATTCTGTCTGAAAGGGCTTTACTCTTGTGCTAAGTGTATTTTTGC
TTTTGAAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C890TF U 1
AF RR1C890JQ C 329
BS 1 583 RR1C890TF
BS 584 584 RR1C890JQ
BS 585 597 RR1C890TF
BS 598 1089 RR1C890JQ

RD RR1C890TF 597 0 0
TTTTTCACATAACATTAAGCTCTTCTCTCGTTTACCTTCAGGAGCCATATGTGTATGTAT
TTATGCACATGTATCCAGATCCAAACCCACGGTGGTTCGTCTTCCACCCCGTGCAACGTC
GGCTGAAACGGATCCATCCGAGCTTGTGTCCTGCTGCTCCACTAGAAGGATCCTGTTTCG
TGAGGACGGAATCGGGGATCTATACTATCGGTGGACTCGTGGACGGCAAACCCACATCGG
AAGTCACGTTTTTGGATTGTATCGATCACACAGTGCACCGATTTGCGCCCATGAAGATGG
CTCGAAGCGGAGCATCGGCATGCTTCATAGAGGACGGGGAGAATAAAAAGATATATGTGT
TTGGAGGGTGCTGGGATGCTGCTGATTCCTCCTCAAACTGGGTAGAGGTATATGATATCG
ATACGGAAACTTGGGAGTTGTTGTCTGTGTCTATCCCCAAGATGCCCCTCAAAATCAAAG
AAATTATGGTGATCGATGAGAAGCATGTCTACACGGTTGATGAGGATGGTGAAATCTTCT
TTTTCTTAACTAGTGAATGTAAGTTTTGGACAGGCGGAGAAAA*GAATCTGACCCGG

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1C890JQ 761 0 0
AGAGGACGGGGAGAATAAAAAGATATATGTGTTTGGAGGGTGCTGGGATGCTGCTGATTC
CTCCTCAAACTGGGTAGAGGTATATGATATCGATACGGAAACTTGGGAGTTGTTGTCTGT
GTCTATCCCCAAGATGCCCCTCAAAATCAAAGAAATTATGGTGATCGATGAGAAGCATGT
CTACACGGTTGATGAGGATGGTGAAATCTTCTTTTTCTTAACTAGTGAATGTAAGTTTTG
GACAGGCGGAGAAAAAGAATCTGACCCGGAAAATAAAAACGATTGGCGTTTGTTTGATCA
GACATTTTTCTGCCGTGGTGTCGGCGGGAGAATACTGTGGCGTTCTCTATCTTACTTGGA
TTGGAAGGAAGTCAAAGGTTTGGAAGAGCTGCAGCAGAAACACTTCATCATAATTTGCGG
CTTCTCTGTTGAGAGGATGGCCATCTTCTGGTCCCAAGGTCCTGCTTATCAGACTTTGGA
GCTTTGGTTTGCTGAGATTTCCCTCAATGTACGCTGGGAAGGTGAGGAATTGGAGGTTTG
GGGGAACATTGAGTGGTCCGGTGCTGTCTTTTCAGACTCATCATGTACTGCCTTTAACTT
ATTATATGCTGATTCTCTCTATCTCTGAATATTCTTAATCCTTTTGTTTTTCAAAAAACC
TATTTCAACTTTTATCTTACTGTTTGTGTGATTTATATAATTTTGGAATTCTGTCTGAAA
GGGCTTTACTCTTGTGCTAAGTGTATTTTTGCTTTTGAAGA

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL4644Contig1 506 2 7 U
GGATTTTCATCTTCTCTAATATCTCCAAGTCACACTTCTGCAAGATAGTGGTAAGAATGA
GATTGGGTAAGATTGTGGAAGGCTTGAAGTTGAAAATAAAGACAAGTCTAAGGATGAGGA
AGAGATCATCATTAGCGTCTTCATCGTCTTCATCGTCATCCTCATCCTATGAGAAGATAG
AGAAGAGTGACAGTATGAGATTTGAGTTAAGAAGCAGAAAGGCACACAAAATTATCCAGC
AAACTCTTCAAATTGCCGACTCTCCGACCTCAAGAACATATGCTTTCTGATGCCATCTTT
TACCATCCAAAACATATTCATACATACATATGGGCTTGCGTGTACACATCTGTTTATACA
TATCTAAAATATTGTACGTGTATGTATGTGTGAAAGAGTTATATATGGATGATTAATGTG
ATGGATCTCATCTTGGCTAATGGATGATTATTAGGTGAGTTCAACATTAATGGTCATTAA
TAATTCTCTTCACTAATCTTTGCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FU40TF U 90
AF RR1GE26TF U 1
BS 1 123 RR1GE26TF
BS 124 124 RR1FU40TF
BS 125 307 RR1GE26TF
BS 308 308 RR1FU40TF
BS 309 396 RR1GE26TF
BS 397 397 RR1FU40TF
BS 398 506 RR1GE26TF

RD RR1FU40TF 340 0 0
TTGAAAATAAAGACAAGTCTAAGGATGAGGAAGAGATCATCATTAGCGTCTTCATCGTCT
TCATCGTCATCCTCATCCTATGAGAAGATAGAGAAGAGTGACAGTATGAGATTTGAGTTA
AGAAGCAGAAAGGCACACAAAATTATCCAGCAAACTCTTCAAATTGCCGACTCTCCGACC
TCAAGAACATATGCTTTCTGATGCCATCTTTTACCATCCAAAACATATTCATACATACAT
ATGGGCTTGCGTGTACACATCTGTTTATACATATCTAAAATATTGTACGTGTATGTATGT
GTGAAAGAGTTATATATGGATGATTAATGTGATGGATCTC

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR1GE26TF 506 0 0
GGATTTTCATCTTCTCTAATATCTCCAAGTCACACTTCTGCAAGATAGTGGTAAGAATGA
GATTGGGTAAGATTGTGGAAGGCTTGAAGTTGAAAATAAAGACAAGTCTAAGGATGAGGA
AGATATCATCATTAGCGTCTTCATCGTCTTCATCGTCATCCTCATCCTATGAGAAGATAG
AGAAGAGTGACAGTATGAGATTTGAGTTAAGAAGCAGAAAGGCACACAAAATTATCCAGC
AAACTCTTCAAATTGCCGACTCTCCGACCTCAAGAACATATGCTTTCTGATGCCATCTTT
TACCATCTAAAACATATTCATACATACATATGGGCTTGCGTGTACACATCTGTTTATACA
TATCTAAAATATTGTACGTGTATGTATGTGTGAAAG*GTTATATATGGATGATTAATGTG
ATGGATCTCATCTTGGCTAATGGATGATTATTAGGTGAGTTCAACATTAATGGTCATTAA
TAATTCTCTTCACTAATCTTTGCTTT

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 2

CO CL4645Contig1 914 2 2 U
GGAACATGGAGGAATCATCAAAGCGAAGGCCCTTCTTTTGCTCCCACGAGGATCTTTACG
ACGACGATGACTATAACGACGACCACACACCCGACAAAAAGCGTCGCCTCACTACCCAAC
AGGTGCATCTGCTGGAGAAAAGCTTCGAGACCGAGAACAAGCTGGAGCCAGATCGCAAGA
CTGAGCTTGCTAAGAAGCTTGGTCTTCAGCCAAGGCAAGTTGCTGTCTGGTTTCAAAACC
GACGTGCTCGTTCGAAAACAAAGCAGCTCGAGAGAGACTTCAGTCTCCTCAAGTCTTCTT
ACGACCAACTCCTCTCTAACTACGACTCCATCCTCAACGACAACCATCTCCTCAGATCCC
AGGTGACTTCCCTGGCAGAGAAGCTCCAAGCCAAAGAAGAGGCAACTAAGGAGCCATCGG
GTCAAGTGCCCGAAGCAAACCCCCAGCAGCAGCTTGATTCGGTGAACATGAACCATATCG
AACCATCGCCAATCAAAACAGAGGACCGGTTGAGTTCAGGGAGTACGGTACTAGACGAAG
AAGACGCTCCTCAACTACTAGACAGCTGTGACTCTTACTTCCCAAGTATCGTACCCATCC
ACCAACTGGAGGAACATAACAACAACGGGAGTGATAATGACCGGAGCTGTTTCGTTGTTG
ACGTATTTGGGGCCACCACTTCGCCGCCGCACGGTCACGGTGAATCACTAGGATTTTGGG
GCTGGACGTGAAAGCTAAATGCAAAACACAATTATGTATTTTTATATCTTGTGTGTGTTT
TTTTTTTAAAATACAGCATTGTTTGTTTCCATGTTGACGTAACGCTGCATAATTTGTGCC
TTTGTGGACCGGTGGAGTGACCCAAATCCACGGTATTGAATTATTGATCGGTTATATATA
AATGTTATCATTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E651TF U 1
AF RR1E651JQ C 353
BS 1 695 RR1E651TF
BS 696 914 RR1E651JQ

RD RR1E651TF 695 0 0
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ACGACGATGACTATAACGACGACCACACACCCGACAAAAAGCGTCGCCTCACTACCCAAC
AGGTGCATCTGCTGGAGAAAAGCTTCGAGACCGAGAACAAGCTGGAGCCAGATCGCAAGA
CTGAGCTTGCTAAGAAGCTTGGTCTTCAGCCAAGGCAAGTTGCTGTCTGGTTTCAAAACC
GACGTGCTCGTTCGAAAACAAAGCAGCTCGAGAGAGACTTCAGTCTCCTCAAGTCTTCTT
ACGACCAACTCCTCTCTAACTACGACTCCATCCTCAACGACAACCATCTCCTCAGATCCC
AGGTGACTTCCCTGGCAGAGAAGCTCCAAGCCAAAGAAGAGGCAACTAAGGAGCCATCGG
GTCAAGTGCCCGAAGCAAACCCCCAGCAGCAGCTTGATTCGGTGAACATGAACCATATCG
AACCATCGCCAATCAAAACAGAGGACCGGTTGAGTTCAGGGAGTACGGTACTAGACGAAG
AAGACGCTCCTCAACTACTAGACAGCTGTGACTCTTACTTCCCAAGTATCGTACCCATCC
ACCAACTGGAGGAACATAACAACAACGGGAGTGATAATGACCGGAGCTGTTTCGTTGTTG
ACGTATTTGGGGCCACCACTTCGCCGCCGCACGGT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1E651JQ 562 0 0
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GCCATCGGGTCAAGTGCCCGAAGCAAACCCCCAGCAGCAGCTTGATTCGGTGAACATGAA
CCATATCGAACCATCGCCAATCAAAACAGAGGACCGGTTGAGTTCAGGGAGTACGGTACT
AGACGAAGAAGACGCTCCTCAACTACTAGACAGCTGTGATTTTTACTTCCCAAGTTTCGT
ACCCATCCACCAACTGGAGGAACATAACAACAACGGGAGTGATAATGACCGGAGCTGTTT
CGTTGTTGACGTATTTGGGGCCACCACTTCGCCGCCGCACGGTCACGGTGAATCACTAGG
ATTTTGGGGCTGGACGTGAAAGCTAAATGCAAAACACAATTATGTATTTTTATATCTTGT
GTGTGTTTTTTTTTTAAAATACAGCATTGTTTGTTTCCATGTTGACGTAACGCTGCATAA
TTTGTGCCTTTGTGGACCGGTGGAGTGACCCAAATCCACGGTATTGAATTATTGATCGGT
TATATATAAATGTTATCATTGC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL4646Contig1 730 2 2 U
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TAAGCTTAAAACACTTCTAAACTTATAGTACAACTGAAGCAACAAGAGTATTAAAAACAT
ACTTAGAAACAAAGAAGAAACATATATCAGACAACTTCAAAAGAGAATACAAACTCAAGA
GGAGGGAAAGAGAGAATAAAACAGGAAACTTTTCAAACTATTTGTATCATTACTGATGAA
AAATCTGCAGAAGAAACACCTCACCTGATGCTTCTTCTCCTCATTACATGTTTTGCTTTC
CTTTCCTGTTTACAATAATATCAGATCTTTTCTCATTTATGGGCACATTATCAACTGCCT
CACCAATCTCATCGTCATCTTCCTTCGGATTTCACAAGTTGAGAGAACACTTTACTCATG
GAAACACCAGAGAGATCATCAATGCTCGATTCCTCAAACCGTCCGTTGGTTCCAGGAACG
TCAACGCTCGAGTCCCCCTGACTGAAGTTGTTGATCTGCGGAGGCAACTCTCCGATCATA
TTCGTGCTGTTATCTTCCGGTTCACCGTCTACGACCGCTTCTTGCAGCTGCAGAGCGTAC
TCAAGATTCCACAGCACGTCTCCCATAGACGGCCTATCGACTCCATAATCAGCCAAACAT
TTCTCACCCGTCTCAGCAAACTTCCTCAACGAATCTGGTCTGATGCTTCCGCGTAGCGAC
TGGTCAACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ48JQ U 1
AF RR1BP89TF C 52
BS 1 371 RR1GZ48JQ
BS 372 730 RR1BP89TF

RD RR1GZ48JQ 371 0 0
GGATTTAAGAAGGATTAAAAAACAAAATCAAACCCAAACAAGAACATGCAGAACTAATAA
TAAGCTTAAAACACTTCTAAACTTATAGTACAACTGAAGCAACAAGAGTATTAAAAACAT
ACTTAGAAACAAAGAAGAAACATATATCAGACAACTTCAAAAGAGAATACAAACTCAAGA
GGAGGGAAAGAGAGAATAAAACAGGAAACTTTTCAAACTATTTGTATCATTACTGATGAA
AAATCTGCAGAAGAAACACCTCACCTGATGCTTCTTCTCCTCATTACATGTTTTGCTTTC
CTTTCCTGTTTACAATAATATCAGATCTTTTCTCATTTATGGGCACATTATCAACTGCCT
CACCAATCTCA

QA 1 371 1 371
DS 

RD RR1BP89TF 679 0 0
AACTAATAATAAGCTTAAAACACTTCTAAACTTATAGTACAACTGAAGCAACAAGAGTAT
TAAAAACATACTTAGAAACAAAGAAGAAACATATATCAGACAACTTCAAAAGAGAATACA
AACTCAAGAGGAGGGAAAGAGAGAATAAAACAGGAAACTTTTCAAACTATTTGTATCATT
ACTGATGAAAAATCTGCAGAAGAAACACCTCACCTGATGCTTCTTCTCCTCATTACATGT
TTTGCTTTCCTTTCCTGTTTACAATAATATCAGATCTTTTCTCATTTATGGGCACATTAT
CAACTGCCTCACCAATCTCATCGTCATCTTCCTTCGGATTTCACAAGTTGAGAGAACACT
TTACTCATGGAAACACCAGAGAGATCATCAATGCTCGATTCCTCAAACCGTCCGTTGGTT
CCAGGAACGTCAACGCTCGAGTCCCCCTGACTGAAGTTGTTGATCTGCGGAGGCAACTCT
CCGATCATATTCGTGCTGTTATCTTCCGGTTCACCGTCTACGACCGCTTCTTGCAGCTGC
AGAGCGTACTCAAGATTCCACAGCACGTCTCCCATAGACGGCCTATCGACTCCATAATCA
GCCAAACATTTCTCACCCGTCTCAGCAAACTTCCTCAACGAATCTGGTCTGATGCTTCCG
CGTAGCGACTGGTCAACCC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL4647Contig1 1051 2 8 U
GGACAAAAGTCAACGAGAAGGATATATCTGCTAAAACCAAGGCTGGGGAGGTTTCCACGA
TTCCTTATGGAATGATTGTCTGGTCAACTGGTATTGGAACTCGTCCTGTGATCAAAGATT
TTATGAAGCAGATTGGTCAGGGTAACAGACGTGCTCTGGCCACTGATGAATGGCTACGCG
TGGGGGTGTGATAACATATATGCCCTTGGTGACTGCGCAACAATTAACCAGCGTAAAGTC
ATGGAAGATGTTTCTGCGATCTTTAGCAAAGCAGACAAAGACAATTCTGGGACGCTGACT
CTGAAAGAGTTTCAGGAAGCAATGGATGACATATGTGTTAGATACCCTCAAGTGGAGCTC
TACTTGAAGAGTAAACGTATGCGTGGCATTGCGGATCTTCTAAAAGAAGCCGAAGCTGAT
GATGGATCCAAGAAAAACATTGAGTTGAAGATCGAAGAGTTCAAATCGGCTCTTTCTCAG
GTTGACTCGCAAGTGAAGTTCCTTCCAGCAACAGCACAGGTTGCTGCGCAGCAAGGCACA
TACCTTGCTAAATGCTTTGATCGAATGGAAGAGTGTGAGAAGAATCCAGAAGGCCCCATT
AGGATGAGAGGAGAAGGTCGTCACCGTTTCCGCCCCTTCAGGTATATGCATTTGGGATCA
TTTGCACCATTGGGAGGGGAACAAACGGCCGCAGAACTTCCAGGAGATTGGGTTTCTATT
GGACATAGCAGCCAGTGGCTCTGGTATTCCGTCTACGCCAGTAAGCAAGTGAGCTGGCGT
ACGAGAGTCCTTGTGGTTTCTGATTGGATGAGGCGTTTCATCTTTGGTAGAGACTCCAGT
AGCATCTGAGTATAAATAACATCACCAAAAGGTCCAAACTATCCACACATCTCTCTGTCT
CTCTCCCCTTAATGCTGCCAACCAGCTTACACTTTTAACTTTTCTTTCTCATGTGAAAAG
AAAGTTTTGATTTTTGTTGTTTTTCATTTCGGCTCTGCACTTGTAATAAAAATCACTACA
AAGATGCGAAGAGATTGCTTCGTTCCTTGGT


BQ
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AF RR1FR74TF U 1
AF RR1FR74JQ C 402
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TGGGGGTGTGATAACATATATGCCCTTGGTGACTGCGCAACAATTAACCAGCGTAAAGTC
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QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

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AACAGTCCTTGGTCTCTTCTTAGGTCTCCTTGGAAATCTTCTCCCAACCATGGTTGAAAA
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BQ
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AF RR1BY42JQ U 49
AF RR1BY42TF C 1
BS 1 48 RR1BY42TF
BS 49 147 RR1BY42JQ
BS 148 148 RR1BY42TF
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RD RR1BY42JQ 378 0 0
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QA 1 378 1 378
DS 

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CATAAAAGGGTTTGTTTATCTTTCTTCACTTCTGCCTTTTGGAGTGAACACTCCTATTAG
TTCATGGACTGTAACTTTTTTTCCTCCTTTCTTCTTCACATGCTCCATTCAGTTCTTCCG
AACAGTCCTTGGTCTCTTCTTAGGTCTCCTTGGAAATCTTCTCCCAACCATGGTTGAGAA
ATCCTCTTCAAATTCTGAATTCTACAATGAAACCGAGGAGTTTATCATCGACAATCTTTG
CCGGAGATTCGCCTCCGACTCATCACAGGCAGCGCGTCTCATCCCCAGATTCTAAGGCCT
AGCTGCTTGTTGCCACGAATCAAGAAATGGAGACTGGTCTGTTGGTTGCGCGATCTGGAG
ACGAATAAATCAAAATTAGTGGGGGCAGATAACAAAAATAAGAAATCAGAAAGAGGACTA
ACAAATTAGTTCAGCCGTGAATCC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

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TTACGTGCTTCATGATGAGGTGCTGGTGATGGAAGAAAGACTGAAAGCAAAAGAAGATTT
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AGAGTGCACGGACAACCTGAAAGACTGTGAACAGGAACTCCAGTCGCTTGTTAATTCAGT
AGCTAGAGAAGGCGTGGCTGGTGCTGATGAAGGACTAGAAAACGGGTACGCGTAATGCAT
GTATGATTTGTCTCGTCTCAAGTGTAGCTTTGGTGTGTTTTGAACCCAGCTAGGTTGTGA
TACTGGTTAGCTCAGATCAACTGGTCTTGAAAATGATTAAAGAGAATCCCTATCAACTAC
GTGAAACTTTCACTCCC


BQ
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AF RR1AU78TF U 1
AF RR1AU78JQ C 85
BS 1 557 RR1AU78TF

RD RR1AU78TF 557 0 0
GGACGATAGTTCTATGCTTGATGGTGGGCGTGGCAGAGAAGTTAAAGATCACATCTCTAA
TTCAAGTGGAGATCACAGTTTTCAGGCGAGAGAAGAAATTGAAGCGATGACTAAGACGCG
TTACGTGCTTCATGATGAGGTGCTGGTGATGGAAGAAAGACTGAAAGCAAAAGAAGATTT
GTGCTCAAACCTACAGAAGAAGTTTGAGAGATTAGAAGATTTATTGAACGATGAAAAGAA
ACTGACTTCACAACGCCGAAAAGAATTGGCAAAGCTTCATAAGTCATTTTCAAGAGTCAG
AGAGTGCACGGACAACCTGAAAGACTGTGAACAGGAACTCCAGTCGCTTGTTAATTCAGT
AGCTAGAGAAGGCGTGGCTGGTGCTGATGAAGGACTAGAAAACGGGTACGCGTAATGCAT
GTATGATTTGTCTCGTCTCAAGTGTAGCTTTGGTGTGTTTTGAACCCAGCTAGGTTGTGA
TACTGGTTAGCTCAGATCAACTGGTCTTGAAAATGATTAAAGAGAATCCCTATCAACTAC
GTGAAACTTTCACTCCC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1AU78JQ 473 0 0
GGCGAGAGAAGAAATTGAAGCGATGACTAAGACGCGTTACGTGCTTCATGATGAGGTGCT
GGTGATGGAAGAAAGACTGAAAGCAAAAGAAGATTTGTGCTCAAACCTACAGAAGAAGTT
TGAGAGATTAGAAGATTTATTGAACGATGAAAAGAAACTGACTTCACAACGCCGAAAAGA
ATTGGCAAAGCTTCATAAGTCATTTTCAAGAGTCAGAGAGTGCACGGACAACCTGAAAGA
CTGTGAACAGGAACTCCAGTCGCTTGTTAATTCAGTAGCTAGAGAAGGCGTGGCTGGTGC
TGATGAAGGACTAGAAAACGGGTACGCGTAATGCATGTATGATTTGTCTCGTCTCAAGTG
TAGCTTTGGTGTGTTTTGAACCCAGCTAGGTTGTGATACTGGTTAGCTCAGATCAACTGG
TCTTGAAAATGATTAAAGAGAATCCCTATCAACTACGTGAAACTTTCACTCCC

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 2

CO CL4650Contig1 921 2 2 U
GGTCATTAGAGAAAAAAAATAACTCAAACGATTCACGGGTTTGACTTTGAATCGTTTGAT
TTTCCTATTTCCAAAAATAGTAAAAAATGGCCAAAGCGCCACCGTCAATCTCTCTCCTCC
TCCTCTCCGCGGCCGTATTTCTCGCCCTGCCGGCCGTGATCTCTGCCATAGGCGTCAACT
ACGGCACTCTTGGAAACCTCCCACCACCTACTGAGGTGGCGAACTTCCTCAAGACTCAGA
CTTCTATCGACAGCGTCAAGATCTTTAACGTGGATCCCAATATCCTCCGTGCCTTCGCCG
GTACCGGAATCTCCGTCGTCGTCACCGTCCCTAACGGTGATATTCCGGCGGTAGCTAACG
GAAGGCGAGCTCGTCGATGGGTCTCGGCTAATATATTGCCGTTTCATCCTCAGACGAAGA
TCAAGTATATCTCCGTCGGAAATGAGATTCTGCTCACTGGAGATAATAACATGATCTCGA
ACCTTTTGCCGGCGATGAGGAATCTTAACAAAGCTTTGGTTCGTGCTGGTGTCAGAGATG
TTAAGGTCACAACCGCACACGCACTTAACATCATAGCCTATGACCTGAACGGTGCACCAA
GTACCGGTCGATTCAGACCTGGTTGGGACAAAGGTGTATTGGCTCCAATCCTAGCTTACC
ATCGCCGAACCAAGTCTCCTTTCATGATCAACCCTTACCCTTACTTCGGTTTCGACCCCA
AAAACATCAACTTCGCCATCTTCCGTTCACCGTACAAAGCGGTCCGTGACCCGTTCACCC
ACAAAATCTACACAAACATGTACGATGCTCTCTTGGACTCGACTTACTCAGCCATGAAAG
CTCTTAGCTACGTGATGTTAACATTGTCGTTGGTGAGACTGGCTGGCCATCTGCCTGTGA
CGCACCTTGGTGCTCTCTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D122TF U 1
AF RR1B526TF U 66
BS 1 541 RR1D122TF
BS 542 921 RR1B526TF

RD RR1D122TF 541 0 0
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TTTCCTATTTCCAAAAATAGTAAAAAATGGCCAAAGCGCCACCGTCAATCTCTCTCCTCC
TCCTCTCCGCGGCCGTATTTCTCGCCCTGCCGGCCGTGATCTCTGCCATAGGCGTCAACT
ACGGCACTCTTGGAAACCTCCCACCACCTACTGAGGTGGCGAACTTCCTCAAGACTCAGA
CTTCTATCGACAGCGTCAAGATCTTTAACGTGGATCCCAATATCCTCCGTGCCTTCGCCG
GTACCGGAATCTCCGTCGTCGTCACCGTCCCTAACGGTGATATTCCGGCGGTAGCTAACG
GAAGGCGAGCTCGTCGATGGGTCTCGGCTAATATATTGCCGTTTCATCCTCAGACGAAGA
TCAAGTATATCTCCGTCGGAAATGAGATTCTGCTCACTGGAGATAATAACATGATCTCGA
ACCTTTTGCCGGCGATGAGGAATCTTAACAAAGCTTTGGTTCGTGCTGGTGTCAGAGATG
T

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1B526TF 856 0 0
G
ATTTCCAAAAATAGTAAAAAATGGCCAAAGCGCCACCGTCAATCTCTCTCCTCCTCCTCT
CCGCGGCCGTATTTCTCGCCCTGCCGGCCGTGATCTCTGCCATAGGCGTCAACTACGGCA
CTCTTG*AAACCTCCCACCACCTACTGAGGTGGCGAACTTCCTCAAGACTCAGACTTCTA
TCGACAGCGTCAAGATCTTTAACGTGGATCCCAATATCCTCCGTGCCTTCGCCGGTACCG
GAATCTCCGTCGTCGTCACCGTCCCTAACGGTGATATTCCGGCGTTAGCTAACGGAAGGC
GAGCTCGTCGATGGGTCTCGGCTAATATATTGCCGTTTCATCCTCAGACGAAGATCAAGT
ATATCTCCGTCGGAAATGAGATTCTGCTCACTGGAGATAATAACATGATCTCGAACCTTT
TGCCGGCGATGAGGAATCTTAACAAAGCTTTGGTTCGTGCTGGTGTCAGAGATGTTAAGG
TCACAACCGCACACGCACTTAACATCATAGCCTATGACCTGAACGGTGCACCAAGTACCG
GTCGATTCAGACCTGGTTGGGACAAAGGTGTATTGGCTCCAATCCTAGCTTACCATCGCC
GAACCAAGTCTCCTTTCATGATCAACCCTTACCCTTACTTCGGTTTCGACCCCAAAAACA
TCAACTTCGCCATCTTCCGTTCACCGTACAAAGCGGTCCGTGACCCGTTCACCCACAAAA
TCTACACAAACATGTACGATGCTCTCTTGGACTCGACTTACTCAGCCATGAAAGCTCTTA
GCTACGTGATGTTAACATTGTCGTTGGTGAGACTGGCTGGCCATCTGCCTGTGACGCACC
TTGGTGCTCTCTGAA

QA 2 856 2 856
DS 



AS 1 2

CO CL4651Contig1 1162 2 4 U
GGGGATCGATCTACTTCTACACAATCAAAACTCCTCTTTAATTTGATCAATCAATTTCTT
CTTTATGATTACGTTTCATCTCCCTTTTCTCCCCTTCTTTATATATTTATCCTCTTTCTG
TGTACAAATCAAAACCCTAGAACTGCTATAACCTCAATCCATGGCGATGAGATCAAATGG
GAAGTCCCCTGAATCTCAACATATGAATCTTCCAAATGAAATACAAAATCTCTGGCCAAG
TCTCCGGCGGCTCTATTTTTCAACACCATAACACCAGGCCTCTCCGACACGGAGTTACGC
ATCAGTTTAATCCACTTCTGGGTGTTAAGAAACAGGGGGCTACGTGTTGGCTTAGAACTG
CTGCTCTGCAACAAGCAGTTCTGAAGCACTCAATTGGAAAAGACTTAGCTGGCAGATTCT
TTGATTGATATTTACACAATCGGCATCAAAAGCTTTCTTTGTCTCTGAAACACATTGTAC
AATTACAAGATCGATGCTCTACTGAATGAGAGGGATGGAAGACTTCTAATGATGGTTCTA
CTTTGCGGAAATAGGAACGAGCTTCCCATGAATAAAGATTGGTTTTCTGACTGGTGCTTG
AAGATATAGCTCTGGTGTATTGAATTCTCTTTATACAAGATTTACTCTCTTAAGGATGAT
AGCAGACAATGATCATGCGGTTGGAAACTCGGTAGAGAGTCGCAAGATGAGTCTAAGCCT
CAAAACTGTTCTGAATAGAAGTGGGAAGATGAAAAGCTTAGGTCTCGAAAAATAGGAAGA
ACAATAACAATGTGTGTGAGTTGTTCTATGATACAAGAACCAGTGAGGACTTGGCAAAAT
AAAATGATGGAAACCATTCTTGTGGAGATTCTGATGAGACTGGAAAGAAGTTTCGATTTT
ATAACATCAAGGCTAATAGTTCTCCTGAGATAGTTTTCTGGTGTTTATAATGGACAAGCA
TGTTACGGCATGTGTAACTTGCGTAGTTTGTTATAACCTGATTAGCAAAAAATGAAGAAA
ACCAAGACTCAAGAAAGAGTTAATGTCTTTTAGAGAAGATCTAATCACGAAGGACTACAA
GATCTAAGTTTCTTTTTTTTCATTTTAGTTACAGGTCGGCTCTTATGAAAATTTTTAAAT
AAATTATTTGATATGAGGTGGT


BQ
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AF RR1FY92TF U 1
AF RR1FY92JQ C 401
BS 1 654 RR1FY92TF
BS 655 655 RR1FY92JQ
BS 656 665 RR1FY92TF
BS 666 1162 RR1FY92JQ

RD RR1FY92TF 665 0 0
GGGGATCGATCTACTTCTACACAATCAAAACTCCTCTTTAATTTGATCAATCAATTTCTT
CTTTATGATTACGTTTCATCTCCCTTTTCTCCCCTTCTTTATATATTTATCCTCTTTCTG
TGTACAAATCAAAACCCTAGAACTGCTATAACCTCAATCCATGGCGATGAGATCAAATGG
GAAGTCCCCTGAATCTCAACATATGAATCTTCCAAATGAAATACAAAATCTCTGGCCAAG
TCTCCGGCGGCTCTATTTTTCAACACCATAACACCAGGCCTCTCCGACACGGAGTTACGC
ATCAGTTTAATCCACTTCTGGGTGTTAAGAAACAGGGGGCTACGTGTTGGCTTAGAACTG
CTGCTCTGCAACAAGCAGTTCTGAAGCACTCAATTGGAAAAGACTTAGCTGGCAGATTCT
TTGATTGATATTTACACAATCGGCATCAAAAGCTTTCTTTGTCTCTGAAACACATTGTAC
AATTACAAGATCGATGCTCTACTGAATGAGAGGGATGGAAGACTTCTAATGATGGTTCTA
CTTTGCGGAAATAGGAACGAGCTTCCCATGAATAAAGATTGGTTTTCTGACTGGTGCTTG
AAGATATAGCTCTGGTGTATTGAATTCTCTTTATACAAGATTTACTCTCTTAAG*ATGAT
AGCAG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1FY92JQ 762 0 0
AGACTTAGCTGGCAGATTCTTTGATTGATATTTACACAATCGGCATCAAAAGCTTTCTTT
GTCTCTGAAACACATTGTACAATTACAAGATCGATGCTCTACTGAATGAGAGGGATGGAA
GACTTCTAATGATGGTTCTACTTTGCGGAAATAGGAACGAGCTTCCCATGAATAAAGATT
GGTTTTCTGACTGGTGCTTGAAGATATAGCTCTGGTGTATTGAATTCTCTTTATACAAGA
TTTACTCTCTTAAGGATGATAGCAGACAATGATCATGCGGTTGGAAACTCGGTAGAGAGT
CGCAAGATGAGTCTAAGCCTCAAAACTGTTCTGAATAGAAGTGGGAAGATGAAAAGCTTA
GGTCTCGAAAAATAGGAAGAACAATAACAATGTGTGTGAGTTGTTCTATGATACAAGAAC
CAGTGAGGACTTGGCAAAATAAAATGATGGAAACCATTCTTGTGGAGATTCTGATGAGAC
TGGAAAGAAGTTTCGATTTTATAACATCAAGGCTAATAGTTCTCCTGAGATAGTTTTCTG
GTGTTTATAATGGACAAGCATGTTACGGCATGTGTAACTTGCGTAGTTTGTTATAACCTG
ATTAGCAAAAAATGAAGAAAACCAAGACTCAAGAAAGAGTTAATGTCTTTTAGAGAAGAT
CTAATCACGAAGGACTACAAGATCTAAGTTTCTTTTTTTTCATTTTAGTTACAGGTCGGC
TCTTATGAAAATTTTTAAATAAATTATTTGATATGAGGTGGT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL4652Contig1 1071 2 2 U
GCATATGGAATGCAATGTCGAAGCTCACAAAGGCAATGTGCTGGGAGTTAAAGACGATTA
AGAAAGATGAACTGAATGAAGTTAGTGCTGCCGTTTACCAAAAGCCAATGTCGAATGAAT
GCTACAACCAAAGATCTCAGAACGAGCCACCTCTATGCAAAGACTCTGATGATCAAAATG
CCGCCTGGAATGTTCCACTTGAGGCATGTATGCACAAAGTGGCAGAAGAGTCAACAAAAC
GTGGAGCAGTTTGGCCTGAAAGATGGCCAGAGAGAGTGGAGACTGCTCCTCAGTGGTTGG
AATCTCAGGAAGGTGTATATGGAAAACCTGCACCAGAGGATTTCACAGCAGACCATGAGC
GTTGGAAGACTATTGTCTCAAAGTCATACCTCAACGGTATGGGAATCGATTGGTCCTATG
TGAGAAACGTGATGGACATGAGAGCTGTCTATGGAGGTTTTGCTGCTGCATTGAAGGATC
TGAAACTTTGGGTGATGAATGTAGTTCCTATCGACTCACCAGATACGCTTCCAATCATAT
ACGAACGTGGTTTGTTTGGAATCTACCATGACTGGTGTGAATCATTCAGCACTTACCCTC
GAACTTACGACCTCCTTCATGCTGATCATCTTTTCTCTTCACTGAAGAAGAGGTGCAACT
TGGTGTCGGTAATGGCTGAAGTGGACAGGATTCTTAGACCACAAGGAACGTTTATAGTAA
GAGATGACATGGAAACAATTGGGGAAGTTGAGAAGATGGTGAAATTTCTGCAATGGAATG
TAAAACTGACACAATCCAAAGATGGTGAAGGGGTGCTCTCTGTTCAGAAGTCATGGTGGC
GTCCTACAGAGGTCGAGACCATTACATCTGCAATAGCAAAGGCAGGAGAGGTTTAAAATA
GTTTATTGAGTAAGATGTTGCTTTTATGATCACACGTTGATTGTTTACTTGTATTATTAG
TCCAATATTTTGCATTTACGAAAATTGTATTTGTATACAAGACACTTGTCTCAAAAGTGT
AAACTTTTATGAGTTTTTGATTTGGTCCTAAATACCCATGAAATCTTTATT


BQ
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AF RR1DB87TF U 1
AF RR1DB87JQ C 332
BS 1 650 RR1DB87TF
BS 651 1071 RR1DB87JQ

RD RR1DB87TF 650 0 0
GCATATGGAATGCAATGTCGAAGCTCACAAAGGCAATGTGCTGGGAGTTAAAGACGATTA
AGAAAGATGAACTGAATGAAGTTAGTGCTGCCGTTTACCAAAAGCCAATGTCGAATGAAT
GCTACAACCAAAGATCTCAGAACGAGCCACCTCTATGCAAAGACTCTGATGATCAAAATG
CCGCCTGGAATGTTCCACTTGAGGCATGTATGCACAAAGTGGCAGAAGAGTCAACAAAAC
GTGGAGCAGTTTGGCCTGAAAGATGGCCAGAGAGAGTGGAGACTGCTCCTCAGTGGTTGG
AATCTCAGGAAGGTGTATATGGAAAACCTGCACCAGAGGATTTCACAGCAGACCATGAGC
GTTGGAAGACTATTGTCTCAAAGTCATACCTCAACGGTATGGGAATCGATTGGTCCTATG
TGAGAAACGTGATGGACATGAGAGCTGTCTATGGAGGTTTTGCTGCTGCATTGAAGGATC
TGAAACTTTGGGTGATGAATGTAGTTCCTATCGACTCACCAGATACGCTTCCAATCATAT
ACGAACGTGGTTTGTTTGGAATCTACCATGACTGGTGTGAATCATTCAGCACTTACCCTC
GAACTTACGACCTCCTTCATGCTGATCATCTTTTCTCTTCACTGAAGAAG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1DB87JQ 740 0 0
ACCAGAGGATTTCACAGCAGACCATGAGCGTTGGAAGACTATTGTCTCAAAGTCATACCT
CAACGGTATGGGAATCGATTGGTCCTATGTGAGAAACGTGATGGACATGAGAGCTGTCTA
TGGAGGTTTTGCTGCTGCATTGAAGGATCTGAAACTTTGGGTGATGAATGTAGTTCCTAT
CGACTCACCAGATACGCTTCCAATCATATACGAACGTGGTTTGTTTGGAATCTACCATGA
CTGGTGTGAATCATTCAGCACTTACCCTCGAACTTACGACCTCCTTCATGCTGATCATCT
TTTCTCTTCACTGAAGAAGAGGTGCAACTTGGTGTCGGTAATGGCTGAAGTGGACAGGAT
TCTTAGACCACAAGGAACGTTTATAGTAAGAGATGACATGGAAACAATTGGGGAAGTTGA
GAAGATGGTGAAATTTCTGCAATGGAATGTAAAACTGACACAATCCAAAGATGGTGAAGG
GGTGCTCTCTGTTCAGAAGTCATGGTGGCGTCCTACAGAGGTCGAGACCATTACATCTGC
AATAGCAAAGGCAGGAGAGGTTTAAAATAGTTTATTGAGTAAGATGTTGCTTTTATGATC
ACACGTTGATTGTTTACTTGTATTATTAGTCCAATATTTTGCATTTACGAAAATTGTATT
TGTATACAAGACACTTGTCTCAAAAGTGTAAACTTTTATGAGTTTTTGATTTGGTCCTAA
ATACCCATGAAATCTTTATT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL4653Contig1 953 2 2 U
GACTGCAAAAGACAACCCAAAGAGAGAATCATTAGCGAAAGAGTTGGAAGAGGAAGAATA
CCTTTTGAGACAATGCATTGAGAAGCTTAAATCCGTTCAAGGGAGTAGGACTTCCCTTGT
AAACCAGCTTAAAGACGCACTACGCGAACAGGAATCAGAACTGGAGTATCTGGAAGCTCA
GATTCAGGTAGCACAAGAACAAACAGAAGAAGCTCAAAACATGCAGAAACGTCTCAAGGA
TGAGGATTATACTCCGAAACCAACAACCGTCGCTCCAGGATCAGTCTCAACTGACAACAA
CAACGATACAAAATCTGGCCAAGCATCAAAAATGACGCCTGCTTCAATAGCTGCGATGCT
CACAGCTTCCACCTCGTCACATATGATCATGCAATCTGTTCTCTCTTCGTTCGCAGCCGA
AGCAACAAAGTCTTCTGGTCTAACCAAACCAGAGAGCACAGTTCCGGTTTCAGACAGTAA
CGCGTTTGTCCCTTCTTACAACAACCAGACACCCGCCACACAAGGTCAGTACCACCATGT
GATCCCTAATCCAGCAGCACCACCACAACCACAGTTCCTGAATCCGCCTGTAATGAACAA
TCCTTATGGCTTTGGCAACATACCCTTAATGCCACCTGGACTTCCGCCGCCTCCACCACC
ACCACATATGATAGGTAATCAACAGTCTCAGTCCAACTCAGCTCAACAACAACAACAACA
ACAACCTCAACAAGGTACTTACCAGCCGTCCGGAATAATGTATTACGGAGCTCCACACCA
CTCTTAAAAAAAAATAGAACGATGTTTAGCTATGTGTAGCTTTTAGATTAGTTTTTCTGA
CCCTTTATATCTGCTGAGTGCTGAAATGTGGTTTGATGTTACATTTGTTGGGTCTGAGTC
AATGGATAATCTGTATCACAAGCTTTTACAACAATGTAATAGTTCCTTCTCCC


BQ
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AF RR1E819TF U 1
AF RR1E819JQ C 434
BS 1 768 RR1E819TF
BS 769 953 RR1E819JQ

RD RR1E819TF 768 0 0
GACTGCAAAAGACAACCCAAAGAGAGAATCATTAGCGAAAGAGTTGGAAGAGGAAGAATA
CCTTTTGAGACAATGCATTGAGAAGCTTAAATCCGTTCAAGGGAGTAGGACTTCCCTTGT
AAACCAGCTTAAAGACGCACTACGCGAACAGGAATCAGAACTGGAGTATCTGGAAGCTCA
GATTCAGGTAGCACAAGAACAAACAGAAGAAGCTCAAAACATGCAGAAACGTCTCAAGGA
TGAGGATTATACTCCGAAACCAACAACCGTCGCTCCAGGATCAGTCTCAACTGACAACAA
CAACGATACAAAATCTGGCCAAGCATCAAAAATGACGCCTGCTTCAATAGCTGCGATGCT
CACAGCTTCCACCTCGTCACATATGATCATGCAATCTGTTCTCTCTTCGTTCGCAGCCGA
AGCAACAAAGTCTTCTGGTCTAACCAAACCAGAGAGCACAGTTCCGGTTTCAGACAGTAA
CGCGTTTGTCCCTTCTTACAACAACCAGACACCCGCCACACAAGGTCAGTACCACCATGT
GATCCCTAATCCAGCAGCACCACCACAACCACAGTTCCTGAATCCGCCTGTAATGAACAA
TCCTTATGGCTTTGGCAACATACCCTTAATGCCACCTGGACTTCCGCCGCCTCCACCACC
ACCACATATGATAGGTAATCAACAGTCTCAGTCCAACTCAGCTCAACAACAACAACAACA
ACAACCTCAACAAGGTACTTACCAGCCGTCCGGAATAATGTATTACGG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1E819JQ 520 0 0
TCTGGTCTAACCAAACCAGAGAGCACAGTTCCGGTTTCAGACAGTAACGCGTTTGTCCCT
TCTTACAACAACCAGACACCCGCCACACAAGGTCAGTACCACCATGTGATCCCTAATCCA
GCAGCACCACCACAACCACAGTTCCTGAATCCGCCTGTAATGAACAATCCTTATGGCTTT
GGCAACATACCCTTAATGCCACCTGGACTTCCGCCGCCTCCACCACCACCACATATGATA
GGTAATCAACAGTTTCAGTCCAATTCAGCTCAACAACAACAACAACAACAACCTCAACAA
GGTACTTACCAGCCGTCCGGAATAATGTATTACGGAGCTCCACACCACTCTTAAAAAAAA
ATAGAACGATGTTTAGCTATGTGTAGCTTTTAGATTAGTTTTTCTGACCCTTTATATCTG
CTGAGTGCTGAAATGTGGTTTGATGTTACATTTGTTGGGTCTGAGTCAATGGATAATCTG
TATCACAAGCTTTTACAACAATGTAATAGTTCCTTCTCCC

QA 1 520 1 520
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4655Contig1 1045 2 2 U
GAAGGAAGAAGATAGCGATAGGAGCTGCGAGGTTTGTTTTATCTACACGAGCAGTGTGAT
CCCAAGATCATTCACCGTGATGTCAAGGCGGCGAATGTGCTTCTAGACGAGTGTTTTGAA
GCTGTCGTTGGGGATTTTGGTCTCGCCAAGCTGCTCAACCACGAGGATTCTCATGTCACA
ACCGCGGTCAGAGGCACGGTTGGTCACATTGCGCCTGAGTATCTCTCCACTGGTCAGTCA
TCTGAGAAAACCGATGTCTTTGGGTTCGGTATACTCTTGCTTGAGCTCATCACGGGCATG
AGAGCTCTCGAGTTTGGCAAAACCGTTAGCCAGAAAGGAGCCACGCTTGAATGGGTGAGG
AAGCTGCACAAGGAGATGAAAGTAGAGGAGCTTGTGGACCGAGAGCTTGGGACAACGTAC
GATAAGATAGAAGTTGGAGAGATGCTGCAAGTGGCTTTGCTATGCACTCAGTTCCTTCCA
GCGCACAGACCGAAAATGTCTGAAGTGGTTCAGATGCTTGAAGGAGATGGCTTAGCTGAG
AGATGGGCTGCCTCACATAACCATTCACATTTCTACCATGCCAACATGTCTTACAGAAGT
ATTACCTCTACTGATGCTAATGGAGACAACCAAACCAAACATCTGTTTGGATCCTCAGGG
TTTGATGATGAAGATGATAATCATGCATTAGATTCTTTTGCCATGGAACTATTTGGTCCA
AGGTAGAGAAAGAAAGAAAGATCATATCCCTCATGAGTTCAATTTTTTTTTTTTTTGGAG
ATGATATAGACATGTAAATTTTATGGAAATTTGAGATTATGTGGTCTAATGTTTACTATT
TTGGATGTATATATTATTTATTTTGGAAGGTGTTTTTCTCTGTGTGTTTGTCTCTCTCAA
AATCATTAAGACTTTATTTTGAGAATGTTTGTTATCAGTCACACATGTCTTTGAAGCGCT
TGTTGTGGTCCAGGGAAAGCAATGTTTGGTCAAACTGTGACCTCTATGTGTTATATCTGC
ACATCAGTTTTAATGATTTTCTGAC


BQ
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AF RR1F666TF U 1
AF RR1F666JQ C 335
BS 1 654 RR1F666TF
BS 655 1045 RR1F666JQ

RD RR1F666TF 654 0 0
GAAGGAAGAAGATAGCGATAGGAGCTGCGAGGTTTGTTTTATCTACACGAGCAGTGTGAT
CCCAAGATCATTCACCGTGATGTCAAGGCGGCGAATGTGCTTCTAGACGAGTGTTTTGAA
GCTGTCGTTGGGGATTTTGGTCTCGCCAAGCTGCTCAACCACGAGGATTCTCATGTCACA
ACCGCGGTCAGAGGCACGGTTGGTCACATTGCGCCTGAGTATCTCTCCACTGGTCAGTCA
TCTGAGAAAACCGATGTCTTTGGGTTCGGTATACTCTTGCTTGAGCTCATCACGGGCATG
AGAGCTCTCGAGTTTGGCAAAACCGTTAGCCAGAAAGGAGCCACGCTTGAATGGGTGAGG
AAGCTGCACAAGGAGATGAAAGTAGAGGAGCTTGTGGACCGAGAGCTTGGGACAACGTAC
GATAAGATAGAAGTTGGAGAGATGCTGCAAGTGGCTTTGCTATGCACTCAGTTCCTTCCA
GCGCACAGACCGAAAATGTCTGAAGTGGTTCAGATGCTTGAAGGAGATGGCTTAGCTGAG
AGATGGGCTGCCTCACATAACCATTCACATTTCTACCATGCCAACATGTCTTACAGAAGT
ATTACCTCTACTGATGCTAATGGAGACAACCAAACCAAACATCTGTTTGGATCC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1F666JQ 711 0 0
AAGGAGCCACGCTTGAATGGGTGAGGAAGCTGCACAAGGAGATGAAAGTAGAGGAGCTTG
TGGACCGAGAGCTTGGGACAACGTACGATAAGATAGAAGTTGGAGAGATGCTGCAAGTGG
CTTTGCTATGCACTCAGTTCCTTCCAGCGCACAGACCGAAAATGTCTGAAGTGGTTCAGA
TGCTTGAAGGAGATGGCTTAGCTGAGAGATGGGCTGCCTCACATAACCATTCACATTTCT
ACCATGCCAACATGTCTTACAGAAGTATTACCTCTACTGATGCTAATGGAGACAACCAAA
CCAAACATCTGTTTGGATCCTCAGGGTTTGATGATGAAGATGATAATCATGCATTAGATT
CTTTTGCCATGGAACTATTTGGTCCAAGGTAGAGAAAGAAAGAAAGATCATATCCCTCAT
GAGTTCAATTTTTTTTTTTTTTGGAGATGATATAGACATGTAAATTTTATGGAAATTTGA
GATTATGTGGTCTAATGTTTACTATTTTGGATGTATATATTATTTATTTTGGAAGGTGTT
TTTCTCTGTGTGTTTGTCTCTCTCAAAATCATTAAGACTTTATTTTGAGAATGTTTGTTA
TCAGTCACACATGTCTTTGAAGCGCTTGTTGTGGTCCAGGGAAAGCAATGTTTGGTCAAA
CTGTGACCTCTATGTGTTATATCTGCACATCAGTTTTAATGATTTTCTGAC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL4656Contig1 861 2 2 U
GAGTCTGGAGCTGCAAGAGAAAAGCAATGAGGTTGGACTCTGGGATGCTAATGCAACATC
TTTCTACTTTGATCTTCAAATCTCATCTACCCGAGAATTATTACTTGAGAACAAAGTTAA
AGAACTCAATGGAGTATGTGAAAATCTCAGAGATGAAGCTGTTGAAAAGACGAGGAAGAT
GAAAGAAAGAGTTTGCTTTTTGGAGTCTCAATTGACTGAGCTTAAGACTCAATTGTCAGC
TTATGATCCTGTGATAGCATCTTTGGCAAAAGATGTGAAATCTCTTGAGAAAAGTAGTCA
GGCCTATCAACAAAGAGAGGAAGAAGCTGTTTGTGGAGAGTTTGAAGAAAGTGGAAGCAT
CACCACTACTCCAGGAAATGGAATTGTGATTCAGCAGAGAATGAAACCAAGGCTTTTAAG
GCAAAGAACAAGAAATGCCTCCTACAGAAGCAGAAGCCGCAGGAAGATTGAAGAGATACA
ATGTGAGGAAAGGGTCACTGGTGAATCTAGCCGACCAAGATGGAAGCCTGAGATGAGAGA
AGTGAAAAATGAGTTATTAAGTAGTGGTGGTGGTTCCAGTGGCCTAACCCGGAATCCTTC
TATAGAATCAGAGAAAGTGGTTGGAGTTGTTGACAAGCAAGAGCTATCTAGAAACATAGA
AGACAAGGCAAAGATCATGGAGAGGCTATTGTCTGACTCAAGAAGACTCTTGAATTTCCG
GATTAGCCTAACGGATTTGAAAAGCAAGCTGGAGATGAACGGGAAACAAGGCAGAGTCAG
CAAAGCTGATATAGTTATAGTGAAGAGACAGTTGAAAGAGATGGAAGAAGCTGTCTTGCA
GATGACAAACACAAACGAGAT


BQ
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AF RR1C830TF U 1
AF RR1C830JQ C 477
BS 1 549 RR1C830TF
BS 550 861 RR1C830JQ

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TTTCTACTTTGATCTTCAAATCTCATCTACCCGAGAATTATTACTTGAGAACAAAGTTAA
AGAACTCAATGGAGTATGTGAAAATCTCAGAGATGAAGCTGTTGAAAAGACGAGGAAGAT
GAAAGAAAGAGTTTGCTTTTTGGAGTCTCAATTGACTGAGCTTAAGACTCAATTGTCAGC
TTATGATCCTGTGATAGCATCTTTGGCAAAAGATGTGAAATCTCTTGAGAAAAGTAGTCA
GGCCTATCAACAAAGAGAGGAAGAAGCTGTTTGTGGAGAGTTTGAAGAAAGTGGAAGCAT
CACCACTACTCCAGGAAATGGAATTGTGATTCAGCAGAGAATGAAACCAAGGCTTTTAAG
GCAAAGAACAAGAAATGCCTCCTACAGAAGCAGAAGCCGCAGGAAGATTGAAGAGATACA
ATGTGAGGAAAGGGTCACTGGTGAATCTAGCCGACCAAGATGGAAGCCTGAGATGAGAGA
AGTGAAAAA

QA 1 549 1 549
DS 

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GAGAAGTGAAAAATGAGTTATTAAGTAGTGGTGGTGGTTCCAGTGGCCTAACCCGGAATC
CTTCTATAGAATCAGAGAAAGTGGTTGGAGTTGTTGACAAGCAAGAGCTATCTAGAAACA
TAGAAGACAAGGCAAAGATCATGGAGAGGCTATTGTCTGACTCAAGAAGACTCTTGAATT
TCCGGATTAGCCTAACGGATTTGAAAAGCAAGCTGGAGATGAACGGGAAACAAGGCAGAG
TCAGCAAAGCTGATATAGTTATAGTGAAGAGACAGTTGAAAGAGATGGAAGAAGCTGTCT
TGCAGATGACAAACACAAACGAGAT

QA 1 385 1 385
DS 



AS 1 2

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GTCTCTTTAAAGACTCGATTCTTCTTCCGTCTTACTTCTCAAGATTTTTTTAGGCCGGTG
TGAGGTGATGCGCTTCCTGTCTTCAACCAAGAGGTCTGATCGAAGCCTCGTCCTTTCTTG
CTTCTCCTTGGCGTAGACTTCTCCTTGGTCTCTTTAATGGAACTATATGTTCTGTTCCCT
GAACTTTGGAGCTTTGGTCCATAATCCGTCTGGCTATTCACTATGGGAGGTATTTGGTTC
GTGTTCTTATCATCGAAGAGCCACTTGGAGTTTGAGGTGTCTTGCTACTACAGAGATTCC
ATTATTGTATTTATCTTTTGGCTTTTAAGCCCTCAATCGACATGCATAAATTTTCCAGAT
AGTTTCTTTATCCGCTGGCTTTTGTTTAACCACTGGCTTTGGACACCGGGGGTTTGTTTA
ACTCGTCGGCTTTGTTTCTGATGTTGTGTTTTATCCTCTGTTTACTTTATGTTCTTGTGT
AATATGGTTCTCATATGAATCTAACGTTTCAGTGTAAAAAAAAAGAACAATGTT


BQ
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AF RR1DS63TF U 1
AF RR1DS63JQ C 105
BS 1 577 RR1DS63TF
BS 578 594 RR1DS63JQ

RD RR1DS63TF 577 0 0
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GTCTCTTTAAAGACTCGATTCTTCTTCCGTCTTACTTCTCAAGATTTTTTTAGGCCGGTG
TGAGGTGATGCGCTTCCTGTCTTCAACCAAGAGGTCTGATCGAAGCCTCGTCCTTTCTTG
CTTCTCCTTGGCGTAGACTTCTCCTTGGTCTCTTTAATGGAACTATATGTTCTGTTCCCT
GAACTTTGGAGCTTTGGTCCATAATCCGTCTGGCTATTCACTATGGGAGGTATTTGGTTC
GTGTTCTTATCATCGAAGAGCCACTTGGAGTTTGAGGTGTCTTGCTACTACAGAGATTCC
ATTATTGTATTTATCTTTTGGCTTTTAAGCCCTCAATCGACATGCATAAATTTTCCAGAT
AGTTTCTTTATCCGCTGGCTTTTGTTTAACCACTGGCTTTGGACACCGGGGGTTTGTTTA
ACTCGTCGGCTTTGTTTCTGATGTTGTGTTTTATCCTCTGTTTACTTTATGTTCTTGTGT
AATATGGTTCTCATATGAATCTAACGTTTCAGTGTAA

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1DS63JQ 490 0 0
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GCCTCGTCCTTTCTTGCTTCTCCTTGGCGTAGACTTCTCCTTGGTCTCTTTAATGGAACT
ATATGTTCTGTTCCCTGAACTTTGGAGCTTTGGTCCATAATCCGTCTGGCTATTCACTAT
GGGAGGTATTTGGTTCGTGTTCTTATCATCGAAGAGCCACTTGGAGTTTGAGGTGTCTTG
CTACTACAGAGATTCCATTATTGTATTTATCTTTTGGCTTTTAAGCCCTCAATCGACATG
CATAAATTTTCCAGATAGTTTCTTTATCCGCTGGCTTTTGTTTAACCACTGGCTTTGGAC
ACCGGGGGTTTGTTTAACTCGTCGGCTTTGTTTCTGATGTTGTGTTTTATCCTCTGTTTA
CTTTATGTTCTTGTGTAATATGGTTCTCATATGAATCTAACGTTTCAGTGTAAAAAAAAA
GAACAATGTT

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 2

CO CL4658Contig1 995 2 2 U
AAACCAAACGATGAAACTTTTATTATTCAGACCAGAGAAACACTTCAGAATTACAACAAC
AAAGACAATCCCAAGTCTTTGTGTGCAATTTTGTAAATATGCATCACATCAAACAAACTG
AAAAGGACAACATAGCCGAACCCCAAAGATACTTCAAACGAAAGAACTGAGATTAAAAGA
GCCCATCATGTTTGCGAGAGCAGAACTCATATCTAGCTCAAGCTGAAGCTTCTGAAGCTC
AAGCTGTTGCCTCAAAGCTGGATCTTCCACTTGCTCTTCTGTTGCAGCTGGTATCTGCGT
CTGCTCTGTCTCCAAACCCTGAGCAAGAACAGATCCACCGCTCACTGCTGCTCCATCATC
ACTTATTGTCCCACACTTCTCAACAGCAGAAGAAGCAGCAGCCACTGGTTTGGGCTTATT
CACAGCACATGAAGCATGAACATGATAGTTACAAGCATAACAGTTATAAGACCAAAACCT
ACCATCCATACCCAGGTTACAGAGATTGCAGACAAACTGATTCACGTAACCAAACTGAGT
AAAAGGCATAGCAGGAGGAGTACTGTTGTAAACAAGAAGAAGATTATGGAGAGGATGAGA
GTCATGAACCAAAACCTGAGGCAACTGAGCGCACTGGACATGGAGGTCAAAGTCACACAA
AGGACAACAGTAAGAGAACCCTTTACCACCAATGCAGCCACAGGCTCTGCAGAGGAAGGT
GCCAGCGCTGTAAGTGGTGTAAGGGACTAGAGTCAAGTGGTGGAGACCCGCGTGGGAAGG
GTGTTGAATCCCACGCACTGCGTTTCCGCACTGCTCATGGAGATTGAAGTCACATGTTGA
ACAGATGTATGTGGTTGCTGATTCAGAGATGGCTGATTCACAGCCTGAGCAGATTGGTGA
AGGATCTGAGGGTTTAGTTGTCTGAAGCGGTTGGAGTTTTAGATTGTGTGGATGGCTGAA
ATGTTTGTACTCCATTGATCACTTACTTTTGCCCC


BQ
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BS 718 995 RR1DU85TF

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AAAGACAATCCCAAGTCTTTGTGTGCAATTTTGTAAATATGCATCACATCAAACAAACTG
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GCCCATCATGTTTGCGAGAGCAGAACTCATATCTAGCTCAAGCTGAAGCTTCTGAAGCTC
AAGCTGTTGCCTCAAAGCTGGATCTTCCACTTGCTCTTCTGTTGCAGCTGGTATCTGCGT
CTGCTCTGTCTCCAAACCCTGAGCAAGAACAGATCCACCGCTCACTGCTGCTCCATCATC
ACTTATTGTCCCACACTTCTCAACAGCAGAAGAAGCAGCAGCCACTGGTTTGGGCTTATT
CACAGCACATGAAGCATGAACATGATAGTTACAAGCATAACAGTTATAAGACCAAAACCT
ACCATCCATACCCAGGTTACAGAGATTGCAGACAAACTGATTCACGTAACCAAACTGAGT
AAAAGGCATAGCAGGAGGAGTACTGTTGTAAACAAGAAGAAGATTATGGAGAGGATGAGA
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QA 1 717 1 717
DS 

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TCATCACTTATTGTCCCACACTTCTCAACAGCAGAAGAAGCAGCAGCCACTGGTTTGGGC
TTATTCACAGCACATGAAGCATGAACATGATAGTTACAAGCATAACAGTTATAAGACCAA
AACCTACCATCCATACCCAGGTTACAGAGATTGCAGACAAACTGATTCACGTAACCAAAC
TGAGTAAAAGGCATAGCAGGAGGAGTACTGTTGTAAACAAGAAGAAGATTATGGAGAGGA
TGAGAGTCATGAACCAAAACCTGAGGCAACTGAGCGCACTGGACATGGAGGTCAAAGTCA
CACAAAGGACAACA***AGAGAACCCTTTACCACCAATGCAGCCACAGGCTCTGCAGAGG
AAGGTGCCAGCGCTGTAAGTGGTGTAAGGGACTAGAGTCAAGTGGTGGAGACCCGCGTGG
GAAGGGTGTTGAATCCCACGCACTGCGTTTCCGCACTGCTCATGGAGATTGAAGTCACAT
GTTGAACAGATGTATGTGGTTGCTGATTCAGAGATGGCTGATTCACAGCCTGAGCAGATT
GGTGAAGGATCTGAGGGTTTAGTTGTCTGAAGCGGTTGGAGTTTTAGATTGTGTGGATGG
CTGAAATGTTTGTACTCCATTGATCACTTACTTTTGCCCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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ACTATTATTATTATTATAAAAGCCAAGCCCTGTAGCGAAAAAGCCCGACATTCCTGAAGC
AAAGGAGGATTGCACCGAAGGGCTTGAATATGGCTTCTTCTCTTCCTTTGTAAGCAGGTT
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TCTAATGGCAAGCTCCATGAATCTCTTCACCCCCTCCTCACAGTACTGCCCCATGCTCTC
GTCTATCACCGACAACATCATCCCGGCTTCCCACGCTTCCTTCACCTCTCGGACGATGTT
CCTCCCGTGTGAGATGGGGCGCATTCCTGTCAGAATCTCCAGAAACACTATTCCCAGGCT
GTACACGTCACTCTTCTCTGTCAGCCTGTGGCTCAAGTAGTATTCTGGATCCACGTATCC
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GTTC


BQ
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AF RR1GU86JQ U 78
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BS 1 79 RR1GU86TF
BS 80 411 RR1GU86JQ
BS 412 664 RR1GU86TF

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CC
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AAGCCAAGCCCTGTAGCGAAAAAGCCCGACATTCCTGAAGCAAAGGAGGATTGCACCGAA
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TCCAGCATCCTTGGACGCTCTTCTGGGTCATCCTGACAGCATCTAATGGCAAGCTCCATG
AATCTCTTCACCCCCTCCTCACAGTACTGCCCCATGCTCTCGTCTATCACCGACAACATC
ATCCCGGCTTCCCACGCTTCCTTCACCTCTCG

QA 3 334 3 334
DS 

RD RR1GU86TF 664 0 0
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ACTATTATTATTATTATAAGAGCCAAGCCCTGTAGCGAAGAAGCCCGACATTCCTGAAGC
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CTCCAGCTCCCTCACTATCTCCAGCATCCTTGGACGCTCTTCTGGGTCATCCTGACAGCA
TCTAATGGCAAGCTCCATGAATCTCTTCACCCCCTCCTCACAGTACTGCCCCATGCTCTC
GTCTATCACCGACAACATCATCCCGGCTTCCCACGCTTCCTTCACCTCTCGGACGATGTT
CCTCCCGTGTGAGATGGGGCGCATTCCTGTCAGAATCTCCAGAAACACTATTCCCAGGCT
GTACACGTCACTCTTCTCTGTCAGCCTGTGGCTCAAGTAGTATTCTGGATCCACGTATCC
AGGGGTGCCTTTGACGATGGTAGTTACGTGATCCCTTTGCACACCTCCACCGTCTAGTGC
TATTAGCTTTGAGATTCCAAAGTCTGCCACTTTAGGGTTCATCTTTTTGTCCAAAAGAAT
GTTC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL4660Contig1 789 2 3 U
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CACAGAGACTAATAACAGAAGTAAGATGATGTTTTTCATCAGTAGCACACTAATGACATT
AACTCGTATAAATATACAAACAGAGAGGAGAGGCTTAAAGCAGGAGATTCATTCAGACAA
AAGAATGAAAAGTAAAGAGTTTGTAACCGGAAAAAAAAGCAAAAAGAGCTAAAGAAACAA
AGGCGAGTACAGCCATTGTGATAGCCGAAGCAGCAAAGTCAGTAAAAATGTTATCTTGAC
CTTCTCTGAACCTATTGGTCAACGGAATCGCTGAGGAAGCAGCTGATATGAAAAAATACC
CTACTATCTGGTCGCCGGAAAAATCGACAAAAACGGAAGTCCGGCGATCAAAAAAGTCTC
TTTTGGAAAGATGTACAAACGTTTGCCACGCAGTGTACAAAGTTGCGGTGATCGCGATCG
CCACTACATATCTGTACTCTTCGTACTCGTCGAAGTTTCTACCGGGTCCGTGTTTGTTAC
AGACCATGATTAAGAAGGCGAGGAGGGAGAAGATAAGAGCTATCCCTCTACTGATCGGGG
ATGCTTTCTTTATCGTGTCCTCTCTTTTCCATCTCTGAGTGATCGCGGAAAACGTCGACG
TTTCAGTCGCCGGTGCCGCTGGCGCCTCGATGTCGGAAGGTTCGACCGGTTTCTGGTTAT
CGGGACTCGTCGTCATGCCCGGTTTGATCTCGAAGCTGTGATTGGAATCGGTTATGCGTG
AAGAATCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B065JQ U 180
AF RR1B065TF C 1
BS 1 183 RR1B065TF
BS 184 567 RR1B065JQ
BS 568 789 RR1B065TF

RD RR1B065JQ 388 0 0
AAAA
AATGAAAAGTAAAGAGTTTGTAACCGGAAAAAAAAGCAAAAAGAGCTAAAGAAACAAAGG
CGAGTACAGCCATTGTGATAGCCGAAGCAGCAAAGTCAGTAAAAATGTTATCTTGACCTT
CTCTGAACCTATTGGTCAACGGAATCGCTGAGGAAGCAGCTGATATGAAAAAATACCCTA
CTATCTGGTCGCCGGAAAAATCGACAAAAACGGAAGTCCGGCGATCAAAAAAGTCTCTTT
TGGAAAGATGTACAAACGTTTGCCACGCAGTGTACAAAGTTGCGGTGATCGCGATCGCCA
CTACATATCTGTACTCTTCGTACTCGTCGAAGTTTCTACCGGGTCCGTGTTTGTTACAGA
CCATGATTAAGAAGGCGAGGAGGG

QA 5 388 5 388
DS 

RD RR1B065TF 789 0 0
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CACAGAGACTAATAACAGAAGTAAGATGATGTTTTTCATCAGTAGCACACTAATGACATT
AACTCGTATAAATATACAAACAGAGAGGAGAGGCTTAAAGCAGGAGATTCATTCAGACAA
AAGAATGAGAAGTAGAGAGTTTGTAACCGGAGAAGAGAGCAGAGAGAGCTAAAGAAACAA
AGGCGAGTACAGCCATTGTGATAGCCGAAGCAGCAGAGTCAGTAAAAATGTTATCTTGAC
CTTCTCTGAACCTATTGGTCAACGGAATCGCTGAGGAAGCAGCTGATATGAGAAGATACG
CTACTATCTGGTCGCCGGAGAAATCGACGAAAACGGAAGTCCGGCGATCAAAGAAGTCTC
TTTTGGAGAGATGTACGAACGTTTGCCACGCAGTGTACAAAGTTGCGGTGATCGCGATCG
CCACTACATATCTGTACTCTTCGTACTCGTCGAAGTTTCTACCGGGTCCGTGTTTGTTAC
AGACCATGATTAAGAAGGCGAGGAGGGAGAAGATAAGAGCTATCCCTCTACTGATCGGGG
ATGCTTTCTTTATCGTGTCCTCTCTTTTCCATCTCTGAGTGATCGCGGAAAACGTCGACG
TTTCAGTCGCCGGTGCCGCTGGCGCCTCGATGTCGGAAGGTTCGACCGGTTTCTGGTTAT
CGGGACTCGTCGTCATGCCCGGTTTGATCTCGAAGCTGTGATTGGAATCGGTTATGCGTG
AAGAATCCC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

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ACCCATCCACACCCACTAAATTGAGCATGAGATGTCCATGATCCATCCAGCAAACAAATA
TTCCCCAAGCTTATGACTTGAGGTTCCTCTACATTACTCTCCTGTACCACTGGTGGTATC
GTTTCATTGGCATTAAACCAAGCTTGACACTCACTCTCAGCATATCGAACTAGTTCCAGA
GGATCTCTATCTATGCCCCTAAAGAGTTTATCATTTCGAGCCTTCCAGATATACCAAATC
AGCCAGGGATAAGGATCCCTGTCTTGATCTGGTTCAAGTGTACCGTTCTTTTCCCAGAAG
AGGTAGTTCATACTCGTGTATATACTTGGCGCTGGAAAAACAGCAGGATTCGTTGGAGTT
GATGAGTGTAGCCAAACTTGTAGAGCAGGTGGGCATTCGAAAATAGCATGTGTTACTGAT
TCCTCTGGCTCACCACATCTTGGGCAGTAATTATCACATCTCATATTTCGCCTTACTAGG
TTTCTCGTTACTGCCACTTGACCAGTTAACAATTGCCATATAAGATGACAAATTTTCTTC
GGTGCCTTTACCTTCCAAGCAAAGGCTTGAAGCTTTGTAATACTTGGCTCTAGCACTTGT
TTTTCGTCTGCATCCTTTAGAAGATTTTGAGCAACCCAATATCCCGACTTGACTGTATAT
TGTCCATTTCTTGTGAAGCTCCAGCAAAACGTGTCAGGCCTATGAGTTGTGCTTATGGCC
AAACTCCTTATAAGGGGTATGTCAGCAGGGCTGACATATTGTTCCAGTAAATCAACATCC
CATTCCTTCAACTCCTGATTAATAAGATCACTCACCCTCATATTTGGATGCATAACTGGC
GCTATAGGTATAGCCGGCCTAGCAGGGGTCATTGGAATCCAGGGATCCTCCCACACCTTC
ACCTCATAACCAGAATGTATTTTTTGCCTTATTCCCAACAACAAAAGCTCCCTCGCAGCG
GAAATACTAGTCCATACATAAGAAGGACTATTTACAGAATTTACTCGCAAAGGCGAGCTT
AGTCTGTAATATCTTCCTCTTAAGGTCCGGGCGACCAGCGAATCCGGATTTTGTGTTAGC
CTCCATAATTGTTTTGCTAATAATGCCAAGTTGAACTCATGGATCATACGAAATCCAATC
CCTCCTTCTTCTCTCGGTAGGCAAACTTTCTCCCATTTGCGACATCATTTCTTAATAATT
GTCTTTTTTGTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT84TF U 1
AF RR1AT84JQ C 426
BS 1 751 RR1AT84TF
BS 752 1274 RR1AT84JQ

RD RR1AT84TF 751 0 0
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TTCCCCAAGCTTATGACTTGAGGTTCCTCTACATTACTCTCCTGTACCACTGGTGGTATC
GTTTCATTGGCATTAAACCAAGCTTGACACTCACTCTCAGCATATCGAACTAGTTCCAGA
GGATCTCTATCTATGCCCCTAAAGAGTTTATCATTTCGAGCCTTCCAGATATACCAAATC
AGCCAGGGATAAGGATCCCTGTCTTGATCTGGTTCAAGTGTACCGTTCTTTTCCCAGAAG
AGGTAGTTCATACTCGTGTATATACTTGGCGCTGGAAAAACAGCAGGATTCGTTGGAGTT
GATGAGTGTAGCCAAACTTGTAGAGCAGGTGGGCATTCGAAAATAGCATGTGTTACTGAT
TCCTCTGGCTCACCACATCTTGGGCAGTAATTATCACATCTCATATTTCGCCTTACTAGG
TTTCTCGTTACTGCCACTTGACCAGTTAACAATTGCCATATAAGATGACAAATTTTCTTC
GGTGCCTTTACCTTCCAAGCAAAGGCTTGAAGCTTTGTAATACTTGGCTCTAGCACTTGT
TTTTCGTCTGCATCCTTTAGAAGATTTTGAGCAACCCAATATCCCGACTTGACTGTATAT
TGTCCATTTCTTGTGAAGCTCCAGCAAAACG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1AT84JQ 849 0 0
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TGGCTCACCACATCTTGGGCAGTAATTATCACATCTCATATTTCGCCTTACTAGGTTTCT
CGTTACTGCCACTTGACCAGTTAACAATTGCCATATAAGATGACAAATTTTCTTCGGTGC
CTTTACCTTCCAAGCAAAGGCTTGAAGCTTTGTAATACTTGGCTCTAGCACTTGTTTTTC
GTCTGCATCCTTTAGAAGATTTTGAGCAACCCAATATCCCGACTTGACTGTATATTGTCC
ATTTCTTGTGAAGCTCCAGCAAAACGTGTCAGGCCTATGAGTTGTGCTTATGGCCAAACT
CCTTATAAGGGGTATGTCAGCAGGGCTGACATATTGTTCCAGTAAATCAACATCCCATTC
CTTCAACTCCTGATTAATAAGATCACTCACCCTCATATTTGGATGCATAACTGGCGCTAT
AGGTATAGCCGGCCTAGCAGGGGTCATTGGAATCCAGGGATCCTCCCACACCTTCACCTC
ATAACCAGAATGTATTTTTTGCCTTATTCCCAACAACAAAAGCTCCCTCGCAGCGGAAAT
ACTAGTCCATACATAAGAAGGACTATTTACAGAATTTACTCGCAAAGGCGAGCTTAGTCT
GTAATATCTTCCTCTTAAGGTCCGGGCGACCAGCGAATCCGGATTTTGTGTTAGCCTCCA
TAATTGTTTTGCTAATAATGCCAAGTTGAACTCATGGATCATACGAAATCCAATCCCTCC
TTCTTCTCTCGGTAGGCAAACTTTCTCCCATTTGCGACATCATTTCTTAATAATTGTCTT
TTTTGTGTG

QA 1 849 1 849
DS 



AS 1 2

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ATTTTACTTCTTTTAAAAATTATGTTACTCTTGTTTTGCTTTTATGGATTTGGTTCAATT
TTTAAGTATCTCCGCATTTTTGGCACTGCCAAATGCATTGACATTGAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DK21JQ C 1
AF RR1DK21TF U 1
BS 1 228 RR1DK21TF

RD RR1DK21JQ 228 0 0
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TTTAAGTATCTCCGCATTTTTGGCACTGCCAAATGCATTGACATTGAG

QA 1 228 1 228
DS 

RD RR1DK21TF 228 0 0
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TTCAAGTTTGTTAGCTAAGGGTTTACTATTAGATTCTTAAGTTTATGATCAAACCCTCTG
ATTTTACTTCTTTTAAAAATTATGTTACTCTTGTTTTGCTTTTATGGATTTGGTTCAATT
TTTAAGTATCTCCGCATTTTTGGCACTGCCAAATGCATTGACATTGAG

QA 1 228 1 228
DS 



AS 1 2

CO CL4663Contig1 966 2 2 U
GGATGAGAAGATTTCAGGGCCTAGGAGAGTAAATTCATCTGACGTGAATCAGAACGTGAA
CATGGATGATCTGACTGGTGTAGGGTTGTGTGAAGGACCAGCGAATAAAAAGCTGAAGAC
AGGCACAGGAGTAGAAACCAAATGTAACATATTCAGGAGGGATACACCTGGTCCCCATCC
CCGTGAGGAGGAAACTATGATCAAGAAGACTCCAGATGCAGCTGAAAGGATCGTGTTCCC
TTTGGATTTGAATGATGGAAAGGAAGACGATGATGAAATGGTAGACGATAATCCCAGAGC
ACTGGGCAATGACAGCAGCAAACAAAGGTCACTCGGTATGGTCCCAAATCTTGAGTTGGC
TCTAGGAGAAGATGAAACTACTACAATCACAGGATCCGTCTTGCCCTTCATGGCTAGACC
AAGCGCCACTGAGAAACATAGAAGTAGCAGTAGCCAGAAGGCAGAAGAAGACAGTGCAGC
TTCTCTCTCACTATCCTTATCCTTCTCTCCCCTGGAGAAGGAACAACAACAACAACAAAG
ACAACAGCAGAATCAGAGACAAGTGTCTGGATGGGAACACAAGAAGCAGAATGTGAATAC
TCCTATGTTTCTCTTCAGAAACTTCCCTGACAAATCATCATAGGGATTCTTACTTCTTAG
GGATAGCAACACACCATCAAGAGACATGGGAGAGAGCATCTGCAGTAGCTTTGGATCATC
TGTTCATATAAATGAACCCTTCTTTTTCTTTGAACAGGGAACCTATCTTTTAGTTTGGTC
TTTTGGTTTCCTGAAGAAGGCTCAACCAAACCAGGACTCGCCACAACTATGCACATATGA
AGGCGATGGAAAAAAAACAGATGAGAAGATGTCTGGTTCTGTAGACTGATCTGCTTAAAC
CTAAAGTGTGTGTTTATGTCTATTTTTAGCCTTTACTCATGTTCGTTATAGATATACCAT
ATCAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK62TF U 1
AF RR1FK62JQ C 244
BS 1 716 RR1FK62TF
BS 717 966 RR1FK62JQ

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AAGCGCCACTGAGAAACATAGAAGTAGCAGTAGCCAGAAGGCAGAAGAAGACAGTGCAGC
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ACAACAGCAGAATCAGAGACAAGTGTCTGGATGGGAACACAAGAAGCAGAATGTGAATAC
TCCTATGTTTCTCTTCAGAAACTTCCCTGACAAATCATCATAGGGATTCTTACTTCTTAG
GGATAGCAACACACCATCAAGAGACATGGGAGAGAGCATCTGCAGTAGCTTTGGAT

QA 1 716 1 716
DS 

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CGCCACTGAGAAACATAGAAGTAGCAGTAGCCAGAAGGCAGAAGAAGACAGTGCAGCTTC
TCTCTCACTATCCTTATCCTTCTCTCCCCTGGAGAAGGAACAACAACAACAACAAAGACA
ACAGCAGAATCAGAGACAAGTGTCTGGATGGGAACACAAGAAGCAGAATGTGAATACTCC
TATGTTTCTCTTCAGAAACTTCCCTGACAAATCATCATAGGGATTCTTACTTCTTAGGGA
TAGCAACACACCATCAAGAGACATGGGAGAGAGCATCTGCAGTAGCTTTGGATCATCTGT
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TGGTTTCCTGAAGAAGGCTCAACCAAACCAGGACTCGCCACAACTATGCACATATGAAGG
CGATGGAAAAAAAACAGATGAGAAGATGTCTGGTTCTGTAGACTGATCTGCTTAAACCTA
AAGTGTGTGTTTATGTCTATTTTTAGCCTTTACTCATGTTCGTTATAGATATACCATATC
AGC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1FI21JQ C 1
AF RR1FI21TF U 1
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DS 

RD RR1FI21TF 477 0 0
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GAACGCTAAGTGGGACGCGTGCATCGATCTCACGACGCGCCGTTTCGTCTACTCCTCCCT
CGGCGGCGCCTTCGCCGGTCTTCTCTTCTTCAGGAGTCCAGTTACAAGATGGGCGTCTAT
TGCCTTTGGTGCTGGAATCGGGATTGGCTCTGCATACACTGATTGCTCTCGTGCCTTTGA
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GTATTTTGAGGTTAATGCCCAAATGTAAAACCTTCTCTTCTGTATTTCTTTCTTATG

QA 1 477 1 477
DS 



AS 1 2

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CTTTCTCAGCCACTTGACTATCTGATATAACCGCCACACAGTCTGCAGTCTTAACCGTCG
ACAACCTATGAGCTATCACCAAAACCGTTCTTCCCGCCATCAACGAGTCCATAGCATCCT
GAACAAAATATTCGCTTTCAGCATCGAGTGCACTTGTTGCTTCATCAAGGAGCAAGACTC
TCGGGTTTGTAAAAAGCGCCCTCGCGATCGCAATCCTTTGTTTCTGTCCTCCTGAGAGAC
GTACCCCACGTTCTCCAACAACCGTTTTGTACTTATCTGGGAATGTTTCTATGAACTCGT
GTGCATTCGCCATTTTCGCTGCATTTTCTATATCTGAAAGACTAGCTTCACCGTCAAACC
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TGATCTGTTTGTGAAGGTACTGATGAGATATTTCCATCAAAGGAACTCCATTAAGCAAAA
TCTTTCCCTTGACAGGATCATAGAATCTCTCTATCAAATTGGCTATGGTCGTTTTGCCTC
CACCACTTGGTCCTACAAGTGCAACTTTTGAACCTGGTGTCAACCTCAACGTTATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C569JQ U 52
AF RR1C569TF C 1
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BS 52 410 RR1C569JQ
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AACTTTGAAGCTGCCTCTTGACAAGATTAGTGTAAATTCCATTCAAGCTAAGCAGCTCAT
CATGAGTCCCTTTCTCAGCCACTTGACTATCTGATATAACCGCCACACAGTCTGCAGTCT
TAACCGTCGACAACCTATGAGCTATCACCAAAACCGTTCTTCCCGCCATCAACGAGTCCA
TAGCATCCTGAACAAAATATTCGCTTTCAGCATCGAGTGCACTTGTTGCTTCATCAAGGA
GCAAGACTCTCGGGTTTGTAAAAAGCGCCCTCGCGATCGCAATCCTTTGTTTCTGTCCT

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR1C569TF 776 0 0
AGTTATTAATGTCGTCAACCCTCTAGTTCATAGAGAAAGATCTACGATCACTTCTGTTGT
TAT*GTAAGAAGAAAGTATACTATCATCTCACACGTTGGTTACAGAGGAAGAACTTTGAA
GCTGCCTCTTGACAAGATTAGTGTAGATTCCATTCAAGCTAAGCAGCTCATCATGAGTCC
CTTTCTCAGCCACTTGACTATCTGATATAACCGCCACACAGTCTGCAGTCTTAACCGTCG
ACAACCTATGAGCTATCACCAAAACCGTTCTTCCCGCCATCAACGAGTCCATAGCATCCT
GAACAAGATATTCGCTTTCAGCATCGAGTGCACTTGTTGCTTCATCAAGGAGCAAGACTC
TCGGGTTTGTAAGAAGCGCCCTCGCGATCGCAATCCTTTGTTTCTGTCCTCCTGAGAGAC
GTACCCCACGTTCTCCAACAACCGTTTTGTACTTATCTGGGAATGTTTCTATGAACTCGT
GTGCATTCGCCATTTTCGCTGCATTTTCTATATCTGAAAGACTAGCTTCACCGTCAAACC
CATAAGCGATGTTCTCTTCCACTGAACAGTTGAAAAGAATCGGTTCTTGGCTGACAATGC
TGATCTGTTTGTGAAGGTACTGATGAGATATTTCCATCAAAGGAACTCCATTAAGCAAAA
TCTTTCCCTTGACAGGATCATAGAATCTCTCTATCAAATTGGCTATGGTCGTTTTGCCTC
CACCACTTGGTCCTACAAGTGCAACTTTTGAACCTGGTGTCAACCTCAACGTTATC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

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CGCCGCGTTGTGGATTCGTGCTACAAATCCTCTGTTATAGTTGGATTCTCTAGCGAACCA
AAGAATCTTGGACAAAACCTCACTGTCAAACCTTTCGTCCTTCTCGATTTTCACTCTTAT
CGATTGCTTTAGCGATCTAATCTCGGAGCCACCGTTGGATGCTAGCGCTGTCATAGGTAA
CGCCGGGGCAAAGAATAACTGGAGATTTCATAACGGCGACAGATTCATGTCTTCTCAACC
TTCTCATCCCTACAAATCATCCTAAGGGACTTGTTCCGGTGACTGTGAAGTAAACCACTG
ATTCTTCTCAGCCCATTGGTGAAAAATCTGGTGTCACTTGTTGAGCTAGTGTGTGATAAA
GACGTCTCAAAAGTCACCGAGGTGAATGAAAGTTTGGATGCTAGAGAAATGGAGTCAAAG
CTCTGTAGCGGTGTTGTGTGGTGTTGTGGATGTGGCTGCACCGTCCACAGCTGTGTTGTG
TGGTGTTGTGGCTGTGAATGCACCATCCACAGCGGTGTTGTGTGGTCTTACGTAGGGGCG
GTAACTCGTAAGGCTGTATCGTCCGCAAATTATTGGCCACAAATATATTCATTGCATAAA
TGTTAAAATATAATTTATTTATATCAGATTGGATATAAAAATCTGGAAAATACAAAATTT
TGATTTATATTAAACTTATTTGTTTTAAATATCTTTTTAAATCTAACTTGGTGTAAGTAT
AGATGTTAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F639TF U 1
AF RR1F639JQ C 87
BS 1 604 RR1F639TF
BS 605 851 RR1F639JQ

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CGCCGGGGCAAAGAATAACTGGAGATTTCATAACGGCGACAGATTCATGTCTTCTCAACC
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TGGT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1F639JQ 765 0 0
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TTCATAACGGCGACAGATTCATGTCTTCTCAACCTTCTCATCCCTACAAATCATCCTAAG
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TCTGGTGTCACTTGTTGAGCTAGTGTGTGATAAAGACGTCTCAAAAGTCACCGAGGTGAA
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TGGATGTGGCTGCACCGTCCACAGCTGTGTTGTGTGGTGTTGTGGCTGTGAATGCACCAT
CCACAGCGGTGTTGTGTGGTCTTACGTAGGGGCGGTAACTCGTAAGGCTGTATCGTCCGC
AAATTATTGGCCACAAATATATTCATTGCATAAATGTTAAAATATAATTTATTTATATCA
GATTGGATATAAAAATCTGGAAAATACAAAATTTTGATTTATATTAAACTTATTTGTTTT
AAATATCTTTTTAAATCTAACTTGGTGTAAGTATAGATGTTAATG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

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GGACTCAAGAAAGCACATGTTCGTGATGGTGCAGCTGTTGTCCAGTTCCTTGTTTGGCTA
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CGTGCTGCCAAAGAGCATTTTAGAGGGTTAAGCTTTCCTACTATATCATCTGTTGGTTCA
AACGCTGCCATCATTCACTACTCGCCAGAGCCTGAAGCTTGTGCTGAGATGGACCCTGAC
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ACGGTTCACTTTGGGAAACCTTCAGCTCATGAGAAGGACTGTTATACCGCGGTGCTCAAG
GGTCATGTTGCACTTGGGAGTGCTAGGTTTCCTAAAGGAACAAACGGTTATACACTTGAT
ATTCTTGCGAGAGCTCCTTTGTGGAAGTATGGTTTGGATTATCGACATGGTACTGGTCAT
GGAGTTGGCTCTTACCTTTTCGTTCATGAAGGACCTCACCAAGTTAGTTTCAGACCTAGT
GCTAGAAATGTACCCCTTCAAGCTACCATGACTGTAACAGATGAACCTGGTTACTATGAA
GATGGGAACTTTGGTATTAGGCTAGAGAATGTTCTTGTTGTCAATAATGCTGAAACTGAG
TTCAATTTTGGTGACAAGGGCTACTTGCAGTTCGAGCATATCACTTGGGCACCGTATCAA
GTGAAACTTATCGATCTAAAGCAGTTGACACGAGAAGAGATCGATTGGTTAAACACGTAC
CATCTGAAATGCAAGGACATCCTAGCTCCGTTCATGAACCGGACCGAAATGGAATGGCTC
AAGAACGCTACCGAGCCTGTAACTGTATTGGCTTGAAGCCCTCCCGGATCTCTCTTACTA
GATGTTTAGCAATGGCTTCTTCTGTGCTTTCACTGTTGAACCAGACATATTTGTAAGTCA
TTACACAGTTTCTTCTTCTTTAGTTTCCATTCAGACATCCACAAAATAAAAGTTTAATGT
TTTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ80TF U 1
AF RR1FJ80JQ C 344
BS 1 565 RR1FJ80TF
BS 566 566 RR1FJ80JQ
BS 567 687 RR1FJ80TF
BS 688 1206 RR1FJ80JQ

RD RR1FJ80TF 687 0 0
GGGGTGGACCCTGCTTCGTGCTGCTATGCGCTTTATTCCAAGTTGGAGGCTGATAAGGTC
CTCTTGCAACCATCTCCTCTCTCACTCCCAAAGGCCTTAAAGAACCCTGTTGAGCTCGAA
GGACTCAAGAAAGCACATGTTCGTGATGGTGCAGCTGTTGTCCAGTTCCTTGTTTGGCTA
GATCAACAGATGCAGGAGCTTTATGGAGCATCGGGATACTTTATGGAAGCAGAGGCAAAC
AAAAAGAAACCAACCTCTAAGCTTACCGAAGTGACTGTGAGCGATAAGCTGGAAAGTCTC
CGTGCTGCCAAAGAGCATTTTAGAGGGTTAAGCTTTCCTACTATATCATCTGTTGGTTCA
AACGCTGCCATCATTCACTACTCGCCAGAGCCTGAAGCTTGTGCTGAGATGGACCCTGAC
AAAATCTACTTATGTGATTCAGGAGCACAGTATCTCGATGGAACTACTGATATAACAAGA
ACGGTTCACTTTGGGAAACCTTCAGCTCATGAGAAGGACTGTTATACCGCGGTGCTCAAG
GGTCATGTTGCACTTGGGAGTGCTATGTTTCCTAAAGGAACAAACGGTTATACACTTGAT
ATTCTTGCGAGAGCTCCTTTGTGGAAGTATGGTTTGGATTATCGACATGGTACTGGTCAT
GGAGTTGGCTCTTACCTTTTCGTTCAT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1FJ80JQ 863 0 0
TATATCATCTGTGG
TCAAACGCTGCCATCAT*CACTACTCGCCAGAGC*TGAAGCTTGTGCTGAGATGGACC*T
GACAAAATCTACTTATGTGATTCAGGAGCACAGTATCTCGATGGAACTACTGATATAACA
AGAACGGTTCACTTTGGGAAACCTTCAGCTCATGAGAAGGACTGTTATACCGCGGTGCTC
AAGGGTCATGTTGCACTTGGGAGTGCTAGGTTTCCTAAAGGAACAAACGGTTATACACTT
GATATTCTTGCGAGAGCTCCTTTGTGGAAGTATGGTTTGGATTATCGACATGGTACTGGT
CATGGAGTTGGCTCTTACCTTTTCGTTCATGAAGGACCTCACCAAGTTAGTTTCAGACCT
AGTGCTAGAAATGTACCCCTTCAAGCTACCATGACTGTAACAGATGAACCTGGTTACTAT
GAAGATGGGAACTTTGGTATTAGGCTAGAGAATGTTCTTGTTGTCAATAATGCTGAAACT
GAGTTCAATTTTGGTGACAAGGGCTACTTGCAGTTCGAGCATATCACTTGGGCACCGTAT
CAAGTGAAACTTATCGATCTAAAGCAGTTGACACGAGAAGAGATCGATTGGTTAAACACG
TACCATCTGAAATGCAAGGACATCCTAGCTCCGTTCATGAACCGGACCGAAATGGAATGG
CTCAAGAACGCTACCGAGCCTGTAACTGTATTGGCTTGAAGCCCTCCCGGATCTCTCTTA
CTAGATGTTTAGCAATGGCTTCTTCTGTGCTTTCACTGTTGAACCAGACATATTTGTAAG
TCATTACACAGTTTCTTCTTCTTTAGTTTCCATTCAGACATCCACAAAATAAAAGTTTAA
TGTTTTTTG

QA 15 863 15 863
DS 



AS 1 2

CO CL4669Contig1 858 2 2 U
GTATCAATTTCTCAAAAATCTGGAGTAGCGAGCGAGAATCCAAAGGTCGATGTACTCTGT
GCAAAAAGCAGGTTTCTGAAGATGGAGGAGTGTGCACTATCTGGAGACCCAGTTGTCCAG
AGGGATTTGTGTCAGTGGGTGATGTAGCTCATGTTGGTAGCCATCCTCCAAATGTTGCTG
CTGTTTACAATAACACCGACGGAGTGTTTGCACTTCCAGTGGGTTATGACCTCGTGTGGA
GGAACTGCTTAGATGATTACGTAAGTCCTGTGTCGATCTGGCATCCTCGGGCTCCTGAAG
GATTCGTATCTCCTGGATGCGTTGCAGTTGCTAGTTTCAAGGAGCCAGAGCCCAACACAG
TGTATTGCATGCCGACGTCTCTGGCTGAGCAGACAGAGTTTGAGGAACAGAAGGTTTGGT
CGTCACCTGACTCGTATCCGTGGGCATGCCACATATACCAGGTTAGAAGTGACGCGCTAC
ACTTCATGGCTCTGAGGCAAACCAAAGAAGAGTCTGATTGGAGAGCCATTAGAGTTCGAG
ATGATTACAGATCCATGGAATCTGAATCTGCAAGGAATCTGCGTATAGAATGAATCTTTT
CCACACATTTTCGTTTGCTTTTGGGAAGAAGATTATGCTTTTTGTAAAGATCTAGACTTT
GCAAAACAGGGAGAGGTTTCTGTGTTCTTTTTTCCTTTTGGGGTTTTCGTCAAAGATAGC
TTTTGCGTTGATCTGTTTAAAATTTGTGTGTATAACAGAGTTAGGCATTCTCGGAAGGAT
CTATCTGTACACTTTGCTCTTTGTTACAAAACCCAAATGTTTTTGAGTTTTTTTCTCAAA
CATGAATGCTTCTCATCT


BQ
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AF RR1DY53TF U 1
AF RR1DY53JQ C 243
BS 1 496 RR1DY53TF
BS 497 858 RR1DY53JQ

RD RR1DY53TF 496 0 0
GTATCAATTTCTCAAAAATCTGGAGTAGCGAGCGAGAATCCAAAGGTCGATGTACTCTGT
GCAAAAAGCAGGTTTCTGAAGATGGAGGAGTGTGCACTATCTGGAGACCCAGTTGTCCAG
AGGGATTTGTGTCAGTGGGTGATGTAGCTCATGTTGGTAGCCATCCTCCAAATGTTGCTG
CTGTTTACAATAACACCGACGGAGTGTTTGCACTTCCAGTGGGTTATGACCTCGTGTGGA
GGAACTGCTTAGATGATTACGTAAGTCCTGTGTCGATCTGGCATCCTCGGGCTCCTGAAG
GATTCGTATCTCCTGGATGCGTTGCAGTTGCTAGTTTCAAGGAGCCAGAGCCCAACACAG
TGTATTGCATGCCGACGTCTCTGGCTGAGCAGACAGAGTTTGAGGAACAGAAGGTTTGGT
CGTCACCTGACTCGTATCCGTGGGCATGCCACATATACCAGGTTAGAAGTGACGCGCTAC
ACTTCATGGCTCTGAG

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1DY53JQ 616 0 0
AACTGCTTAGATGATTACGTAAGTCCTGTGTCGATCTGGCATCCTCGGGCTCCTGAAGGA
TTCGTATCTCCTGGATGCGTTGCAGTTGCTAGTTTCAAGGAGCCAGAGCCCAACACAGTG
TATTGCATGCCGACGTCTCTGGCTGAGCAGACAGAGTTTGAGGAACAGAAGGTTTGGTCG
TCACCTGACTCGTATCCGTGGGCATGCCACATATACCAGGTTAGAAGTGACGCGCTACAC
TTCATGGCTCTGAGGCAAACCAAAGAAGAGTCTGATTGGAGAGCCATTAGAGTTCGAGAT
GATTACAGATCCATGGAATCTGAATCTGCAAGGAATCTGCGTATAGAATGAATCTTTTCC
ACACATTTTCGTTTGCTTTTGGGAAGAAGATTATGCTTTTTGTAAAGATCTAGACTTTGC
AAAACAGGGAGAGGTTTCTGTGTTCTTTTTTCCTTTTGGGGTTTTCGTCAAAGATAGCTT
TTGCGTTGATCTGTTTAAAATTTGTGTGTATAACAGAGTTAGGCATTCTCGGAAGGATCT
ATCTGTACACTTTGCTCTTTGTTACAAAACCCAAATGTTTTTGAGTTTTTTTCTCAAACA
TGAATGCTTCTCATCT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL4670Contig1 994 2 2 U
GGAACCCTAGCTGTTCGCGCAGATCTCTGAATAGTGATCTTCTTCTCTGCGGCAGAAGCG
CCTGTCCTTTGCGCTCCCTTCCCTTCGCTGAAACGGCCGAGCTTTAACATCATATACAAT
CCATTCAATTCCATATCCCACTACGTTGTGAATCAATGCGTCGTTCATGGCTCCTAGGGG
GTGTCGCATCTATATAAATATTCCAGCCGTTGCTCCTCCGTCGTCGAGGCAAGACTGCTC
CGGTCTCCGGTTCTGGGAGGCGAGAAATATCGCGAGCTCATGTGGGTTGACATGCTCTTC
CTGGACGTCAACGCAATTGAAGAACAAAGATGAGGATAGAGTAGTTACGAACAATGAAGG
TCTGCCTCAGCCATTTTTGGGAAGCTGCAATGATCGTGCAAGGCAGCTCCAGGCTTCTTC
TTCAGGTCTTTTCCCATGTTTAAAGTTTTCTTTGTTGACTCAGTCAAGTTACTTGGTTTG
AGGCTACAATCAGTTCGCAAGTGATTGACATAAATATTCTGCCGTTCAGGCGTTCAATCC
TCTGGAGGTAGCAAAGAGTCAGACTCTGTGAAGGTGGCTAGAGGAGTTAAAGCTGTTTCC
AGGAGGACACAGTCATTGGTTGAGAGGTTTGAGAGAAGAGACACAATTACATTTCCGGAA
GAAAGATAAAGCAGCAATAGTTCAGAGCACTAATGCTGTGGAGAAAGTGGCCAAATCATC
ATCGATACGAGCAGTTAGCATAACGCCTACCCAGGTCATGGAAGTTGAACTTGATGAGGC
AACTAACTTGACCACAGTTGAAACTCCTGTGATATTTATTGCAAGAGCTAATTGTAATAT
CCAGCTGTTTTTAATCAACAATGCAGTTCTCTGCAACTTTCTTACATGTTTGTTTCTTAT
TTAATTTCTGGTTGACTATTACATATGTTGCTAACACTATACACAATTTTATTGTGGTAT
CAATGAGATGACGTCTACAAGTTTAACTCTGGCC


BQ
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AF RR1DR43TF U 1
AF RR1DR43JQ C 323
BS 1 649 RR1DR43TF
BS 650 994 RR1DR43JQ

RD RR1DR43TF 649 0 0
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CCTGTCCTTTGCGCTCCCTTCCCTTCGCTGAAACGGCCGAGCTTTAACATCATATACAAT
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CGGTCTCCGGTTCTGGGAGGCGAGAAATATCGCGAGCTCATGTGGGTTGACATGCTCTTC
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TTCAGGTCTTTTCCCATGTTTAAAGTTTTCTTTGTTGACTCAGTCAAGTTACTTGGTTTG
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TCTGGAGGTAGCAAAGAGTCAGACTCTGTGAAGGTGGCTAGAGGAGTTAAAGCTGTTTCC
AGGAGGACACAGTCATTGGTTGAGAGGTTTGAGAGAAGAGACACAATTA

QA 1 649 1 649
DS 

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AGCTGCAATGATCGTGCAAGGCAGCTCCAGGCTTCTTCTTCAGGTCTTTTCCCATGTTTA
AAGTTTTCTTTGTTGACTCAGTCAAGTTACTTGGTTTGAGGCTACAATCAGTTCGCAAGT
GATTGACATAAATATTCTGCCGTTCAGGCGTTCAATCCTCTGGAGGTAGCAAAGAGTCAG
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CAGAGCACTAATGCTGTGGAGAAAGTGGCCAAATCATCATCGATACGAGCAGTTAGCATA
ACGCCTACCCAGGTCATGGAAGTTGAACTTGATGAGGCAACTAACTTGACCACAGTTGAA
ACTCCTGTGATATTTATTGCAAGAGCTAATTGTAATATCCAGCTGTTTTTAATCAACAAT
GCAGTTCTCTGCAACTTTCTTACATGTTTGTTTCTTATTTAATTTCTGGTTGACTATTAC
ATATGTTGCTAACACTATACACAATTTTATTGTGGTATCAATGAGATGACGTCTACAAGT
TTAACTCTGGCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL4671Contig1 1107 2 10 U
TTTTTTTTTGTAGTTGTGGCTTTTACATCCTTTCAAAAGAATTTTGCTTTGAATGATTTA
TATGTGAAGCATTTTTGTGAATGTATTAGCCTACATTGAATCTAGTTTCCCTCGCTATCC
TGTTCGTCAATTTTAATGATGTTACTTAGGACGTCGGGGAACAATATGCTATAAGTTTGA
TTTTTAGAAAAAAATAATTTCTTATGATTGGATCAAATGATGAACACTTTGCCAAGTTGT
TGAATTCTCAGAAGATTATCTGAGTATTATGATTCACTTGTATAGGAAGATCTGATGATT
TTCTATTATTGTCTGTGTTTACTTCGTCTTTATGTCTGTTTACTATGGGAAGCCGATGAT
GATTAGATTGAATGGTTGCTGAAATTTCAGTGTTGAAAAGCATCTAAATTGACTAGGACG
GTCTGAGGCTTTCTATGTTTTCTTTTGAAACCTTTATCCTTTTGCTTGATATTTTTTTTT
GTGAAACGAATTGTCGCTGTATGTGGATGATGAGAAACAAAAATCAAAATACAGTTATCC
CTGGCTTAGGCTTTTAAAGCCGTTGCTGAGTCTTTTGTAATCTGACACATGACAACCAAT
TTTCATCTTTTCTTTTATGTAAAACTTACTGGTCTTTTCTTTATATACTTATGTTCGATG
TTGAATTCCTTTACCTTGGTAAATACCTATTTTGCAATTGCATTTTTGGTCCCTAAAAAC
CAGTTTGTGTCTTTAAATTTGTAATTTTGATGAAAACATACCCTTTAGAAAATGTAAAAT
AACCCGATTCTCGAAACCATGTCTGCCTTCCAATATAGACAGGTTTGCTTGGAAACTGAT
TCGCAGGTACTGGTCCGAATGATAAGAAGAGAAGGGAATGTATGGCCTAAGATAAAAACC
GATCATTCATGATATACAGCAATTGCTTAAGCAGTGTTCAGGGTATGAGGTGATGTATCA
GCAGGGATGTGGGAACATGGCAGCAGATAGGATAGCTAAGGGAGACTTATACTTTGGAGA
ATAATGTCCCTAGGTTGTGGAGGCTGACAAACCTCTATAGTGCCTACATGGTTAAACTCT
ATTGTGGAGGTTGATATATATTAATAA


BQ
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AF RR1FJ67TF U 1
AF RR1FJ67JQ C 251
BS 1 696 RR1FJ67TF
BS 697 697 RR1FJ67JQ
BS 698 718 RR1FJ67TF
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BS 720 736 RR1FJ67TF
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BS 745 755 RR1FJ67TF
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RD RR1FJ67TF 755 0 0
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TATGTGAAGCATTTTTGTGAATGTATTAGCCTACATTGAATCTAGTTTCCCTCGCTATCC
TGTTCGTCAATTTTAATGATGTTACTTAGGACGTCGGGGAACAATATGCTATAAGTTTGA
TTTTTAGAAAAAAATAATTTCTTATGATTGGATCAAATGATGAACACTTTGCCAAGTTGT
TGAATTCTCAGAAGATTATCTGAGTATTATGATTCACTTGTATAGGAAGATCTGATGATT
TTCTATTATTGTCTGTGTTTACTTCGTCTTTATGTCTGTTTACTATGGGAAGCCGATGAT
GATTAGATTGAATGGTTGCTGAAATTTCAGTGTTGAAAAGCATCTAAATTGACTAGGACG
GTCTGAGGCTTTCTATGTTTTCTTTTGAAACCTTTATCCTTTTGCTTGATATTTTTTTTT
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CTGGCTTAGGCTTTTAAAGCCGTTGCTGAGTCTTTTGTAATCTGACACATGACAACCAAT
TTTCATCTTTTCTTTTATGTAAAACTTACTGGTCTTTTCTTTATATACTTATGTTCGATG
TTGAATTCCTTTACCTTGGTAAATACCTATTTTGCA*TTGCATTTTTGGTCCCTAAAA*C
CAGTTTGTGTCTTTAA*TTTGTA*TTTTGATGAAA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1FJ67JQ 857 0 0
AGAAGA
TATCTGAGTATTATGATTCACT*GTATAGGAAGATCTGATGATTT*CTATTATTGTCTGT
GTT*ACTTCGTCTTTATGTCTGTT*ACTATGGGAAGCCGATGATGATTAGATTGAATGGT
TGCTGAAATTTCAGTGTTGAAAAGCATCTAAATTGACTAGGACGGTCTGAGGCTTTCTAT
GTTTTCTTTTGAAACCTTTATCCTTTTGCTTGATATTTTTTTTTGTGAAACGAATTGTCG
CTGTATGTGGATGATGAGAAACAAAAATCAAAATACAGTTATCCCTGGCTTAGGCTTTTA
AAGCCGTTGCTGAGTCTTTTGTAATCTGACACATGACAACCAATTTTCATCTTTTCTTTT
ATGTAAAACTTACTGGTCTTTTCTTTATATACTTATGTTCGATGTTGAATTCCTTTACCT
TGGTAAATACCTATTTTGCAATTGCATTTTTGGTCCCTAAAAACCAGTTTGTGTCTTTAA
ATTTGTAATTTTGATGAAAACATACCCTTTAGAAAATGTAAAATAACCCGATTCTCGAAA
CCATGTCTGCCTTCCAATATAGACAGGTTTGCTTGGAAACTGATTCGCAGGTACTGGTCC
GAATGATAAGAAGAGAAGGGAATGTATGGCCTAAGATAAAAACCGATCATTCATGATATA
CAGCAATTGCTTAAGCAGTGTTCAGGGTATGAGGTGATGTATCAGCAGGGATGTGGGAAC
ATGGCAGCAGATAGGATAGCTAAGGGAGACTTATACTTTGGAGAATAATGTCCCTAGGTT
GTGGAGGCTGACAAACCTCTATAGTGCCTACATGGTTAAACTCTATTGTGGAGGTTGATA
TATATTAATAA

QA 7 857 7 857
DS 



AS 1 2

CO CL4672Contig1 912 2 8 U
GGATTCTTCAGCATCGCTTTGATCGTCACACTAAGATTTCAGTTGTGTTTCTTCTGTGGA
AGATCAGATCTTGGACAATCTCCAGTTCAAAGCGAGGAGAAGAAGAAAGTAAAGGCAAAA
GGGGGCTGAAGGATGTCGTCATTCACAGGAACTCAACAGAAGTGCAAGGCTTGCGAGAAG
ACGGTCTACCCTGTGGAGCTTCTCTCAGCTGATGGAGTTAGCTACCACAAGTCCTGCTTC
AAATGCTCTCACTGCAAATCCAGGCTTCAGCTGAGTAGATATTCATCGATGGAAGGTGTG
TTGTACTGTAAGCCTCATTATGAGCAGCTCTTCAAGGAGTCTGGTAGCTTCACCAAGAAC
TTTCAGTCACCTGCAAAACCAGCTGAGAAATCAAGCCCTGAGCTGACAAGGACTCCTAGC
CGAGTTGCTGGTATGTTCTCTGGTACACAAGAAAAGTGCGCCACTTGCAGTAAAACTGTG
TATCCTATCGAGAAGGTAACAGTGGAGAGCCAGACATATCACAAGTCATGCTTCAAGTGC
TCACATGGAGGCTGCCCAATTTCGCCTTCAAACTACGCAGCTCTTGAAGGAATCTTGTAC
TGCAAGCACCATTTCGCTCGGCTTTTCAAGGAGAAGAGTAGCTACAACCACTTGATCAAA
TCCGCTTCCATCAAACGCTCTGCAGTAGCAGCAGTAGCCGCCGGTACGCCAGCAACAGCG
GTTCCTGAATATTAAATTCAAGAATCATCTCCTCTCTCTAGTGACCTAAACTGAAGCTAC
TGCCAAACCGATTAAGTTTGTTTTCTCTTTGCGTGTGAGTGTGTGTTCTTTGTTTCCATT
GATGTCTCCTGAAGTCTTTGTATTGTTATCTATTAAAAAAAAGTTTGATAAATTCCTTTT
GGAAAACATCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H256TF U 1
AF RR1H256JQ C 279
BS 1 703 RR1H256TF
BS 704 704 RR1H256JQ
BS 705 709 RR1H256TF
BS 710 710 RR1H256JQ
BS 711 732 RR1H256TF
BS 733 733 RR1H256JQ
BS 734 765 RR1H256TF
BS 766 912 RR1H256JQ

RD RR1H256TF 781 0 0
GGATTCTTCAGCATCGCTTTGATCGTCACACTAAGATTTCAGTTGTGTTTCTTCTGTGGA
AGATCAGATCTTGGACAATCTCCAGTTCAAAGCGAGGAGAAGAAGAAAGTAAAGGCAAAA
GGGGGCTGAAGGATGTCGTCATTCACAGGAACTCAACAGAAGTGCAAGGCTTGCGAGAAG
ACGGTCTACCCTGTGGAGCTTCTCTCAGCTGATGGAGTTAGCTACCACAAGTCCTGCTTC
AAATGCTCTCACTGCAAATCCAGGCTTCAGCTGAGTAGATATTCATCGATGGAAGGTGTG
TTGTACTGTAAGCCTCATTATGAGCAGCTCTTCAAGGAGTCTGGTAGCTTCACCAAGAAC
TTTCAGTCACCTGCAAAACCAGCTGAGAAATCAAGCCCTGAGCTGACAAGGACTCCTAGC
CGAGTTGCTGGTATGTTCTCTGGTACACAAGAAAAGTGCGCCACTTGCAGTAAAACTGTG
TATCCTATCGAGAAGGTAACAGTGGAGAGCCAGACATATCACAAGTCATGCTTCAAGTGC
TCACATGGAGGCTGCCCAATTTCGCCTTCAAACTACGCAGCTCTTGAAGGAATCTTGTAC
TGCAAGCACCATTTCGCTCGGCTTTTCAAGGAGAAGAGTAGCTACAACCACTTGATCAAA
TCCGCTTCCATCAAACGCTCTGCAGTAGCAGCAGTAGCCGCCG*TACGC*AGCAACAGCG
GTTCCTGAATAT*AAATTCAAGAATCATCTCCTCTCTCTAGTGAC
TAAACTGAGCTACTGC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1H256JQ 634 0 0
ATATTCATCGATGGAAGGTGTGTTGTACTGTAAGCCTCATTATGAGCAGCTCTTCAAGGA
GTTTGGTAGCTTCACCAAGAACTTTCAGTCACCTGCAAAACCAGCTGAGAAATCAAGCCC
TGAGCTGACAAGGACTCCTAGCCGAGTTGCTGGTATGTTTTTTGGTACACAAGAAAAGTG
CGCCACTTGCAGTAAAACTGTGTATCCTATCGAGAAGGTAACAGTGGAGAGCCAGACATA
TCACAAGTCATGCTTCAAGTGCTCACATGGAGGCTGCCCAATTTCGCCTTCAAACTACGC
AGCTCTTGAAGGAATCTTGTACTGCAAGCACCATTTCGCTCGGCTTTTCAAGGAGAAGAG
TAGCTACAACCACTTGATCAAATCCGCTTCCATCAAACGCTTTGCAGTAGCAGCAGTAGC
CGCCGGTACGCCAGCAACAGCGGTTCCTGAATATTAAATTCAAGAATCATCTCCTCTCTC
TAGTGACCTAAACTGAAGCTACTGCCAAACCGATTAAGTTTGTTTTCTCTTTGCGTGTGA
GTGTGTGTTCTTTGTTTCCATTGATGTCTCCTGAAGTCTTTGTATTGTTATCTATTAAAA
AAAAGTTTGATAAATTCCTTTTGGAAAACATCAT

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL4673Contig1 922 2 6 U
GAACGAGCAGGATGATCCCTCTCTGTTCGATCCAGACATGTTTTTCAACGACAACGACTG
CTCTTACCAGCAGCCACTAGCTCCCTACGATGATGATAATATTAGTGAACTGCTGAAATA
TAACGGAGGGAATCATGCTGATGTGCTTGGTGATCTAGACATCATATTGCAAGAGCACCG
CTACGATCACAGGCCAAAGAGAGCTTTGACAGGGAACATTGTTGATTGTAGCAGTGGTAG
CGATGATGCTGAATCCATATGTGCAACGAGTTACCAAGGAACATCAAGTCCAGATAGCGT
TCATAGTTTGAGTGCACAGTTCCACACTAGTGTAGACGAGATTCCATCTTTGAGGAAAGA
CTCTTCCACAGATATTCAACCTCATGCAGAAACTTCTATAAATAGAATGACCTGGAAATC
TCGGCGCACCGTACCATCAAAACTAGAGGTGAAAGAAGGAAAGTCTAAAGCTATTGATGC
ATCCATGGACAACAAGGAGGGCTGGTTTATTACAGAGGAAGCAATGCAGAGAAACCACAA
GATTCCACCGTATCACTGTCTCATGAACATGATCGTAGGCTTCATCCTCTTGGTTGCTTT
CATGGCAACATTATGTCGGTTTTACTAAGCGGAAAAACTTGAATCTGCTGATGAAGTTTG
ATTGCTGAGGAGAAGCAAAGCAGATCGATGGCAAGCATTTGTTTTTAATTGTCGTTTTCT
GATTCTGTTTTTTTCCTTTAAATGTGTAATAATAATAATATATCTGTGTGTGTATGTATG
AACTATAGATGAAACTCGGTTGTTTTGCTGAATCTGAATATCTTACAGGTATTTCTTGTG
CCTGAAGGTAAAAGTGAAATTTCGTAGGGTTTGTAATCTCAGTCTAGTGTAAGAGAAGTG
CTGAATGGTAATCTAAACAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GJ58TF U 1
AF RR1GJ58JQ C 313
BS 1 733 RR1GJ58TF
BS 734 735 RR1GJ58JQ
BS 736 749 RR1GJ58TF
BS 750 750 RR1GJ58JQ
BS 751 791 RR1GJ58TF
BS 792 922 RR1GJ58JQ

RD RR1GJ58TF 791 0 0
GAACGAGCAGGATGATCCCTCTCTGTTCGATCCAGACATGTTTTTCAACGACAACGACTG
CTCTTACCAGCAGCCACTAGCTCCCTACGATGATGATAATATTAGTGAACTGCTGAAATA
TAACGGAGGGAATCATGCTGATGTGCTTGGTGATCTAGACATCATATTGCAAGAGCACCG
CTACGATCACAGGCCAAAGAGAGCTTTGACAGGGAACATTGTTGATTGTAGCAGTGGTAG
CGATGATGCTGAATCCATATGTGCAACGAGTTACCAAGGAACATCAAGTCCAGATAGCGT
TCATAGTTTGAGTGCACAGTTCCACACTAGTGTAGACGAGATTCCATCTTTGAGGAAAGA
CTCTTCCACAGATATTCAACCTCATGCAGAAACTTCTATAAATAGAATGACCTGGAAATC
TCGGCGCACCGTACCATCAAAACTAGAGGTGAAAGAAGGAAAGTCTAAAGCTATTGATGC
ATCCATGGACAACAAGGAGGGCTGGTTTATTACAGAGGAAGCAATGCAGAGAAACCACAA
GATTCCACCGTATCACTGTCTCATGAACATGATCGTAGGCTTCATCCTCTTGGTTGCTTT
CATGGCAACATTATGTCGGTTTTACTAAGCGGAAAAACTTGAATCTGCTGATGAAGTTTG
ATTGCTGAGGAGAAGCAAAGCAGATCGATGGCAAGCATTTGTTTTTAATTGTCGTTTTCT
GATTCTGTTTTTT**CTTTAAATGTGTAA*AATAATAATATATCTGTGTGTGTATGTATG
AACTATAGATG

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1GJ58JQ 610 0 0
TGCACAGTTCCACACTAGTGTAGACGAGATTCCATCTTTGAGGAAAGACTCTTCCACAGA
TATTCAACCTCATGCAGAAACTTCTATAAATAGAATGACCTGGAAATCTCGGCGCACCGT
ACCATCAAAACTAGAGGTGAAAGAAGGAAAGTCTAAAGCTATTGATGCATCCATGGACAA
CAAGGAGGGCTGGTTTATTACAGAGGAAGCAATGCAGAGAAACCACAAGATTCCACCGTA
TCACTGTCTCATGAACATGATCGTAGGCTTCATCCTCTTGGTTGCTTTCATGGCAACATT
ATGTCGGTTTTACTAAGCGGAAAAACTTGAATCTGCTGATGAAGTTTGATTGCTGAGGAG
AAGCAAAGCAGATCGATGGCAAGCATTTGTTTTTAATTGTCGTTTTCTGATTCTGTTTTT
TTCTTTTAAATGTGTAATAATAATAATATATCTGTGTGTGTATGTATGAACTATAGATGA
AACTCGGTTGTTTTGCTGAATCTGAATATCTTACAGGTATTTCTTGTGCCTGAAGGTAAA
AGTGAAATTTCGTAGGGTTTGTAATCTCAGTCTAGTGTAAGAGAAGTGCTGAATGGTAAT
CTAAACAGTG

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL4674Contig1 871 2 4 U
GGGTTTTCATCTCAAATCCCTTTCAATTTGATCTCTCCTCCGCCCGCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTTCCATGGCGATCGCTTCGGAGAAGGAGGCTTCAGATGTTTCTGCAGTAGCACAG
AAGAGATGGAATCTGAATGATTTCGACATTGGAAAGCCTCTTGGAAGAGGCAAGTTTGGC
CACGTTTATCTTGCTCGAGAGAAGCGGAGCAACCACATTGTGGCCCTTAAGGTTCTTTTC
AAGACACAGCTTCAACAATCTCAAGTTGAGCATCAGTTAAGGAGAGAAGTTGAGATCCAG
TCTCATCTTCTTAACCCCAATATACTCCGCCTCTATGGTTACTTCTATGATCAGAAAAGG
GTTTATTTGATACTTGAGTATGCTGCTAGAGGCGAGCTTTACAAGGAGCTTCAGAAATGC
AAATACTTTAGCGAGCGACGAGCTGCTACTTATGTTGCATCTCTGGCGAGGGCTCTCATC
TATTGCCATGGCAAGCATGTGATACACAGAGATATCAAGCCAGAAAATCTGTTAATCGGT
GCTCAGGGTGAGCTCAAGGTTGCAGACTTTGGTTGGTCAGTACACACATTTAACCGCAGA
AGGACAATGTGTGGCACGCTAGATTACCTTCCTCCTGAGATGGTTGAAAGCGTAGAACAT
GATGCAAGTGTAGAAAAGGAAAAGAAGTAGCTAATATATTTTCTATGTATCACTGAATGC
TTTTGGTCAATAGCCCGTGGAGAAAACTATGTGTTCTTCACTTTGATGTTTTATGTTCGG
TGACAACTTTCTTCTGACTTTCAAAGTTTCCAAGTCTTGTTTACAGTTTTGTTCAGACTT
TCAAGTCTTATTGACAGAATAATAACTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H290TF U 1
AF RR1H290JQ C 306
BS 1 600 RR1H290TF
BS 601 601 RR1H290JQ
BS 602 779 RR1H290TF
BS 780 871 RR1H290JQ

RD RR1H290TF 780 0 0
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AAGACACAGCTTCAACAATCTCAAGTTGAGCATCAGTTAAGGAGAGAAGTTGAGATCCAG
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GTTTATTTGATACTTGAGTATGCTGCTAGAGGCGAGCTTTACAAGGAGCTTCAGAAATGC
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TATTGCCATGGCAAGCATGTGATACACAGAGATATCAAGCCAGAAAATCTGTTAATCGGT
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*GGACAATGTGTGGCACGCTAGATTACCTTCCTCCTGAGATGGTTGAAAGCGTAGAACAT
GATGCAAGTGTAGAAAAGGAAAAGAAGTAGCTAATATATTTTCTATGTATCACTGAATGC
TTTTGGTCAATAGCCCGTGGAGAAAACTATGTGTTCTTCACTTTGATGTTTTATGTTCG
T

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1H290JQ 566 0 0
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TTTGATACTTGAGTATGCTGCTAGAGGCGAGCTTTACAAGGAGCTTCAGAAATGCAAATA
CTTTAGCGAGCGACGAGCTGCTACTTATGTTGCATTTCTGGCGAGGGCTCTCATCTATTG
CCATGGCAAGCATGTGATACACAGAGATATCAAGCCAGAAAATCTGTTAATCGGTGCTCA
GGGTGAGCTCAAGGTTGCAGACTTTGGTTGGTCAGTACACACATTTAACCGCAGAAGGAC
AATGTGTGGCACGCTAGATTACCTTCCTCCTGAGATGGTTGAAAGCGTAGAACATGATGC
AAGTGTAGAAAAGGAAAAGAAGTAGCTAATATATTTTCTATGTATCACTGAATGCTTTTG
GTCAATAGCCCGTGGAGAAAACTATGTGTTCTTCACTTTGATGTTTTATGTTCGGTGACA
ACTTTCTTCTGACTTTCAAAGTTTCCAAGTCTTGTTTACAGTTTTGTTCAGACTTTCAAG
TCTTATTGACAGAATAATAACTTTAG

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

CO CL4675Contig1 962 2 2 U
GGCCCTCCGTCTCCCCACTCTTCTCTTCTTTTGACCTCCATCGAAACGGCGCCGGAAACA
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CCGCCGCTTTCCGCCTAATGAAATCCATGGGATGGGAAGAAGGAGAAGGACTTGGTAAAG
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GTGTTGACAAGCCGAATCCATGGGCATTTGATACTACTCAGTTCGATAACATTCTCAAGA
AACTGAAAGTGCAAGCAGCACCTATCAAGAAAGATGATGCTTCGGAGAAGGAAGCTGAAA
GTGAAGATGAAGCTGGCAAATCTGAGCCTGTCAAGCCCAATGTTGCTAAGGTTACTCGTC
CACAAGGAAGGTATAAACGTAGAGAGAAGGGGAAGGTTGTCAATTCTTACTCTTCTAAAG
ATCTTGAAGGCATACTTGTTAAGCGAACTGAGGAGCCTTCTCCTGCGGTTTGTGACATAG
TCGATGATGCTATGGAGATTGAAATTATATCTGAGGACCAACATCCTGATGTTAAAGAAC
AGAAAATCGAAGAACCTTCTTCAGACTGGTGGGAATTTAAATCTGGGTTTGTCTCGGGCG
GTCTTCTTGGAGCTAAGCCCGGCAAAAAGAAATCATCCAAGTCTAAGGAGAGAAAAATGT
TTTGTGAGGACGATCAAGAGAATCTTTACAACATGGTTCAGGATAAAGCCACGGCTGGAA
AACAAGGACTGGGTATCAAGGACCGGCCTAAGAAAATAGCTGGTGTTCGTTACCAAGGAA
AGAAAACTTCTTTTGATAACAGTGATGATGATGACGACACTGATGAAGAGGAAGAGGAAG
AAGAAGAGAGTGAAGAAGAAGATGATGACAAGGACTCTGTTATAGAAAATTCTCTCCCAG
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1EB59TF U 1
AF RR1EB59JQ C 416
BS 1 682 RR1EB59TF
BS 683 962 RR1EB59JQ

RD RR1EB59TF 682 0 0
GGCCCTCCGTCTCCCCACTCTTCTCTTCTTTTGACCTCCATCGAAACGGCGCCGGAAACA
AAGAAGAGAAGATGGCGGCGCCGGAAGCTCCAGTCAAGTACGTCGGTATCCTAAAGGAAT
CCGCCGCTTTCCGCCTAATGAAATCCATGGGATGGGAAGAAGGAGAAGGACTTGGTAAAG
ACAAGCAAGGGATCAAAGGCTATGTCCGTGTCAAGAACAAGCAAGACACAACCGGTGTTG
GTGTTGACAAGCCGAATCCATGGGCATTTGATACTACTCAGTTCGATAACATTCTCAAGA
AACTGAAAGTGCAAGCAGCACCTATCAAGAAAGATGATGCTTCGGAGAAGGAAGCTGAAA
GTGAAGATGAAGCTGGCAAATCTGAGCCTGTCAAGCCCAATGTTGCTAAGGTTACTCGTC
CACAAGGAAGGTATAAACGTAGAGAGAAGGGGAAGGTTGTCAATTCTTACTCTTCTAAAG
ATCTTGAAGGCATACTTGTTAAGCGAACTGAGGAGCCTTCTCCTGCGGTTTGTGACATAG
TCGATGATGCTATGGAGATTGAAATTATATCTGAGGACCAACATCCTGATGTTAAAGAAC
AGAAAATCGAAGAACCTTCTTCAGACTGGTGGGAATTTAAATCTGGGTTTGTCTCGGGCG
GTCTTCTTGGAGCTAAGCCCGG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1EB59JQ 547 0 0
TCGTCCACAAGGAAGGTATAAACGTAGAGAGAAGGGGAAGGTTGTCAATTCTTACTCTTC
TAAAGATCTTGAAGGCATACTTGTTAAGCGAACTGAGGAGCCTTCTCCTGCGGTTTGTGA
CATAGTCGATGATGCTATGGAGATTGAAATTATATCTGAGGACCAACATCCTGATGTTAA
AGAACAGAAAATCGAAGAACCTTCTTCAGACTGGTGGGAATTTAAATCTGGGTTTGTCTC
GGGCGGTCTTCTTGGAGCTAAGCCCGGCAAAAAGAAATCATCCAAGTCTAAGGAGAGAAA
AATGTTTTGTGAGGACGATCAAGAGAATCTTTACAACATGGTTCAGGATAAAGCCACGGC
TGGAAAACAAGGACTGGGTATCAAGGACCGGCCTAAGAAAATAGCTGGTGTTCGTTACCA
AGGAAAGAAAACTTCTTTTGATAACAGTGATGATGATGACGACACTGATGAAGAGGAAGA
GGAAGAAGAAGAGAGTGAAGAAGAAGATGATGACAAGGACTCTGTTATAGAAAATTCTCT
CCCAGTC

QA 1 547 1 547
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4677Contig1 1163 2 2 U
CTACATAAAAGTTTTGAAGATTCTCTGATCTGAGATTGTGTAATGAGATGGAAGAAGATG
GTGAGTTTCGACGTTGGGATGAGTTAATCCCAGACGCTCTCGGTTTAATCTTTAGCCACT
TACCTCTTCAAGAGATCCTAACAGTGGTGCCTAGGGTTTGCAAAGCGTGGAACAGAGCTG
TAACTGGACCTTACTGCTGGCAAGAGATAGATATCGAGCTATGGAGTAACCGTTGCCACC
AGTCCGATCATCTCGATCGAATGCTTCAGATGTTGATCCTCAGGAGCTCTGGCTCTTTGC
GCAAACTCTCTGTCACTGGCCTTCAAAATGACTCTATCTTCTCCTTCATTGCACAACATG
CTGGTTCGCTTAAAACCTTGAAGGTGCCGAGAAGTAGTCTGAGCAATTCAGGTGTTGTCA
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GCCCAGAGGCGATACAAGCCATAGGCAAACACTGTAAAGCCCTGACAGAGTTCTCCAGAA
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CCAGCACGATGCCGAGGCTGAAGCGGTTAGAGATCGCGTACCACCGAGTCAGCACAGAAA
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TGGGACGTGCAGCTTGATAACAAGTTCTTCAAGGAGAAGTTTCCAGATATGAAAGTGTTG
GGTCCACGCGTGATTGGATTCTACGATATGATAAACGATTGGGAGGATTGTTGCTCGGAT
TATTTCTCTGATGGGTCTGATTACTTGGCTTGGGAGTTTCTCGAGGATGGTGAGATGGGA
GAGTTCTATGAGGATGAGTTTGAGCATGGTTGGGACGATAATTTCTATGCGGATAGTGTG
AATATAGACATGGAACCACATATTTGGTCGCCATCTCCATGAACCAGGTCTTGTTTATGG
TCGAGAGCTCTGCCTGAAAGTTGCTTCTAGGAAATGGTATTAGCCTCTTATGTGCTTTTG
CTCTCTATGTTTGGTATGGGTGCTTGAAACTTGTTTGGATTCTTTGTGTTTTTCTAATCT
AAACCGGGCCAGTGTTCTTGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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BS 711 1163 RR1FW14JQ

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DS 

RD RR1FW14JQ 724 0 0
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GTGCTTGAAACTTGTTTGGATTCTTTGTGTTTTTCTAATCTAAACCGGGCCAGTGTTCTT
GCCT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4679Contig1 1272 2 2 U
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GTTTCCACAAGAACTCATTCACTGATTTTTATGAGAGATCCGACAAGACCCTGATGTCTG
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TCAGGCGCAACGTGGTGTCTATGGCGGCTGAGCTTAAGCAAGTGAAAGGCCGTTTGGTTT
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AGAACATGGAAAGGGAGATCTGTAAATTGCAGAAGACATTGGAAGATAGGAATTGTCAGC
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AGCTAGCTTTGACAAAGGAACTGGCAGAAACAAGCTCTGCTTCTGCTCAATCCGCACAGC
TCCAGTGCACAATGCTTTCAGAACAACTCGACGATAAAACATGTTTGCTACGAGAGCACG
AAGACCGTGTGACTCAGCTAGGCCACCAGCTTGATAATCTTCAGAGAGATCTAAAGACGA
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AGTCAGGGAAAGACACGGAATGCGAGCTAAGGAGACTTGTGGAAGAGGTTTCTCCAAAGA
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TGGAGAAGCAAAGAAGAACAGATAAAGAGTTGAGGAAGAAGGTGCTGAAGATGGAGTTTT
GTCTGCAAGAAGCTCGTAGCCAGACAAGAAAGCTGCAGAGGATGGGGGAGAAGAGAGACA
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GAGAGAAGCAGAACTTTTGGGATACTTCAGGGTTCAAGATCGTTGTGTCAATGTCGATGT
TGATATTAGTGGTTGTCTCCAAAAGATGATGAGTTCTTGGTGTTTATATGATCTTTGAAC
TCTTATCTTATGTTCTTTTGTCTGTGAAAATGTAGTAGTTGTAGTTAGTAGTGGTAGATA
ATGGTCCTTGAGGCTACACAAGAGAAACTTTGCAATACTTCTTTTATACAGTAATACGAC
ATTTATATTTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN74TF U 1
AF RR1FN74JQ C 415
BS 1 659 RR1FN74TF
BS 660 1272 RR1FN74JQ

RD RR1FN74TF 659 0 0
GGGACGATTTCGAAAACAAAGCTCTCCTGCTGAACTCTCTCTCTCTCTCCATCTTCTTTA
GTTTCCACAAGAACTCATTCACTGATTTTTATGAGAGATCCGACAAGACCCTGATGTCTG
ATTCCTCCAAAAAGGCGGTGGATCCGCTTCTGAGAGATTTAGATGGGAAGAAAGAGAGTT
TCAGGCGCAACGTGGTGTCTATGGCGGCTGAGCTTAAGCAAGTGAAAGGCCGTTTGGTTT
CTCAAGAACAATTCTTTGCTAAAGAAAGCCTCTCTAGAAAAGAAGCAGAGACAAAAGCTA
AGAACATGGAAAGGGAGATCTGTAAATTGCAGAAGACATTGGAAGATAGGAATTGTCAGC
TCGAAGCTTCAACATCTGCTGCTACAAAGTTTCTGGAAGAAGTAGACGACCTGAGATCTC
AGCTAGCTTTGACAAAGGAACTGGCAGAAACAAGCTCTGCTTCTGCTCAATCCGCACAGC
TCCAGTGCACAATGCTTTCAGAACAACTCGACGATAAAACATGTTTGCTACGAGAGCACG
AAGACCGTGTGACTCAGCTAGGCCACCAGCTTGATAATCTTCAGAGAGATCTAAAGACGA
GAGAGTGTTCTCAGAAGCAGCTGAGGGACGAGGTCACGAGAATCGAGCGTGAGATTGCG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1FN74JQ 858 0 0
GATCTCAGCTAGCTT*GACAAAG*AACTG*CAGAAACAAGCTCTGCTTCTGCTCAATCCG
CACAGCTCCAGTGCACAATGCTT*CAGAACAACTCGACGATAAAACATGTTTGCTACGAG
AGCACGAAGACCGTGTGACTCAGCTAGGCCACCAGCTTGATAATCTTCAGAGAGATCTAA
AGACGAGAGAGTGTTCTCAGAAGCAGCTGAGGGACGAGGTCACGAGAATCGAGCGTGAGA
TTGCGAAGTCAGGGAAAGACACGGAATGCGAGCTAAGGAGACTTGTGGAAGAGGTTTCTC
CAAAGAACTTGGAGAGAGTGAACATGCTGTTGGGTGCAAAAGACGAAGAGATTGCAAAAC
TGAAAGATGAGATAAGGTTAATGTCAGGTCACTGGAAACTCAAGGCCAAGGAGCTTGAAT
CTCAGTTGGAGAAGCAAAGAAGAACAGATAAAGAGTTGAGGAAGAAGGTGCTGAAGATGG
AGTTTTGTCTGCAAGAAGCTCGTAGCCAGACAAGAAAGCTGCAGAGGATGGGGGAGAAGA
GAGACAAGGCGATGAAGGAGCTAAGAGATCAGGTTACTGGGAAACAGATGAATGAATCTG
TGTCTGGAGAGAAGCAGAACTTTTGGGATACTTCAGGGTTCAAGATCGTTGTGTCAATGT
CGATGTTGATATTAGTGGTTGTCTCCAAAAGATGATGAGTTCTTGGTGTTTATATGATCT
TTGAACTCTTATCTTATGTTCTTTTGTCTGTGAAAATGTAGTAGTTGTAGTTAGTAGTGG
TAGATAATGGTCCTTGAGGCTACACAAGAGAAACTTTGCAATACTTCTTTTATACAGTAA
TACGACATTTATATTTCG

QA 1 858 1 858
DS 



AS 1 2

CO CL4680Contig1 845 2 4 U
GGGACAAAGGATAAGCTTTAGTGGACAAGTTAGGAACTACCAGAACACGGTTCAGCAGGT
TGTGAGTCTGCTGGGAGGAGAGACTCAAGCAGCTGATTACCTCAAAAAATGCATTTACTC
TGTTGGTATGGGAAGCAATGACTACCTCAACAACTACTTCATGCCTACGTTCTACTCTTC
TAGCAGACAATTCACACCAGAACAATACGCTAGCGATCTCATCAGTCGCTACAGCACTCA
GCTTACCGCACTATACAACTATGGGGCTAGGAAGTTTGCATTGATAGGAATCGGCGCAAT
CGGTTGTAGTCCTAACGCGCTCGCACGCAGTCGTGACAGTAGGACTTGCGACGAAAGAAT
CAACTCAGCAAACCAAATCTTCAACAGCAAGCTACGGTCTCTGGTTGATCAGCTCAACAA
CAATCACCCTGATGCGAAGTTTACCTACATCAATGCTTATGACGTTTTCCAGGACATAAT
TAAAAACCCATCTAGATTCGGGTTTAGGGTGACGAACGCTGGATGTTGTGGCATCGGTAG
AAATGCAGGTCAGATCACATGTTTACCGGGACAAAGACCATGTAGAGACAGAAACGCGTA
TGTGTTCTGGGACGCGCTTCACCCAACTGAAGCTGCAAACATTGTTATCGCGAGGAGGTC
GTACAAGGCAGAGTCGCCTTCAGACGCTTATCCTACTGATATCGCAGGGCTGGCACGGCT
TTGAAGAAAGTCAGAAAAAAAAGAAACTAAAATGAAGTTCCACAAACTAATGTGATCTTC
TCGTTTATCGTCATTTCATATGTTAATCTTTTTGTCATAAATTCGAAAATCAAGCATTTC
TATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1FO87TF U 1
AF RR1FO87JQ C 230
BS 1 667 RR1FO87TF
BS 668 668 RR1FO87JQ
BS 669 707 RR1FO87TF
BS 708 845 RR1FO87JQ

RD RR1FO87TF 707 0 0
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TGTGAGTCTGCTGGGAGGAGAGACTCAAGCAGCTGATTACCTCAAAAAATGCATTTACTC
TGTTGGTATGGGAAGCAATGACTACCTCAACAACTACTTCATGCCTACGTTCTACTCTTC
TAGCAGACAATTCACACCAGAACAATACGCTAGCGATCTCATCAGTCGCTACAGCACTCA
GCTTACCGCACTATACAACTATGGGGCTAGGAAGTTTGCATTGATAGGAATCGGCGCAAT
CGGTTGTAGTCCTAACGCGCTCGCACGCAGTCGTGACAGTAGGACTTGCGACGAAAGAAT
CAACTCAGCAAACCAAATCTTCAACAGCAAGCTACGGTCTCTGGTTGATCAGCTCAACAA
CAATCACCCTGATGCGAAGTTTACCTACATCAATGCTTATGACGTTTTCCAGGACATAAT
TAAAAACCCATCTAGATTCGGGTTTAGGGTGACGAACGCTGGATGTTGTGGCATCGGTAG
AAATGCAGGTCAGATCACATGTTTACCGGGACAAAGACCATGTAGAGACAGAAACGCGTA
TGTGTTCTGGGACGCGCTTCACCCAACTGAAGCTGCAAACATTGTTATCGCGAGGAGGTC
GTACAAG*CAGAGTCGCCTTCAGACGCTTATCCTACTGATATCGCAG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1FO87JQ 616 0 0
TACAGCACTCAGCTTACCGCACTATACAACTATGGGGCTAGGAAGTTTGCATTGATAGGA
ATCGGCGCAATCGGTTGTAGTCCTAACGCGCTCGCACGCAGTCGTGACAGTAGGACTTGC
GACGAAAGAATCAACTCAGCAAACCAAATCTTCAACAGCAAGCTACGGTCTCTGGTTGAT
CAGCTCAACAACAATCACCCTGATGCGAAGTTTACCTACATCAATGCTTATGACGTTTTC
CAGGACATAATTAAAAACCCATCTAGATTCGGGTTTAGGGTGACGAACGCTGGATGTTGT
GGCATCGGTAGAAATGCAGGTCAGATCACATGTTTACCGGGACAAAGACCATGTAGAGAC
AGAAACGCGTATGTGTTCTGGGACGCGCTTCACCCAACTGAAGCTGCAAACATTGTTATC
GCGAGGAGGTCGTACAAGGCAGAGTCGCCTTCAGACGCTTATCCTACTGATATCGCAGGG
CTGGCACGGCTTTGAAGAAAGTCAGAAAAAAAAGAAACTAAAATGAAGTTCCACAAACTA
ATGTGATCTTCTCGTTTATCGTCATTTCATATGTTAATCTTTTTGTCATAAATTCGAAAA
TCAAGCATTTCTATAC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL4681Contig1 976 2 2 U
GGGACAGCCTCTTTTACATGAACCCTAAATCCCTTGATTCCTCAGTTCTCGAATCTATGC
GTTTCGACTCGATTTTTCCCGGACTCGATCTTCTTCTCACCCTTCTCTCCCACTAATAGT
TTTGATTTACAAAGGTTGTGAACTTGAATCTCAGAAATCCTACGAGCCCTAAATCCCCTT
TCTGAAATTCTGGGTTCTGTTGAATGTGAAGGATTTAATCACTTAATATTCACATTTCCT
GTCATCAAAGATTGGTCTCTCTATCTTTCAAAACTTTTGATTTTCGGTATCATTGAATTG
GCATTTCTTTTCTACGGAGTTGTGAATCGTGTTCATCATTTCTACATATTCCATATCATT
GTGAGTTTTGTTTTGTTGACACAGTTTAGTTTTCTAAGTCAAATGTAGGTTTATCTACTT
TTTCATGGCGATTGGGATTTTGGTCTGCATTGTCATTATCATTGGTTTCATAGCAGCTGA
AGCTATCAGTACTGCTGCTTGTGTTTCGAATCCTTTATGTATATACTCTTTTGCTTCTGT
TAATGTGAAAGTCATTAGCAAGTTTGATCCTTGACATGTGTGTTAGTATTCAATTTTCAA
AACTCTCTGATCATACTTGAAGCAGCTCTCGTGGGATACATAGCCATTAACTGAACCCAG
CTGCTGTCATTGATACTGGCCCTAGTCGATCTTGATGATGAAGGTGATTATGAGGATCCA
ATGAGTAGAACACAGGAGAGTCTTCTTGTCCGCAGGAAAACAAGACATCTTCTGGATCAA
GCAATATCGACAACTGGAGGTCCATAATCAGAGAGAATGTAAAAAAGGATTAATCGCCTG
AACTTAGTACCGAAGATTTAACCATGTGACTGATTGTCTGGATGTTCTTTTACAGTATGC
ATTGATCAACGGACAGAGCTAGAGTCCACTTGTTTAACTCAGAAGACTGAATTCTAGTGT
TTTGTCTGATGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BS71TF U 1
AF RR1BS71JQ C 194
BS 1 512 RR1BS71TF
BS 513 976 RR1BS71JQ

RD RR1BS71TF 512 0 0
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GTTTCGACTCGATTTTTCCCGGACTCGATCTTCTTCTCACCCTTCTCTCCCACTAATAGT
TTTGATTTACAAAGGTTGTGAACTTGAATCTCAGAAATCCTACGAGCCCTAAATCCCCTT
TCTGAAATTCTGGGTTCTGTTGAATGTGAAGGATTTAATCACTTAATATTCACATTTCCT
GTCATCAAAGATTGGTCTCTCTATCTTTCAAAACTTTTGATTTTCGGTATCATTGAATTG
GCATTTCTTTTCTACGGAGTTGTGAATCGTGTTCATCATTTCTACATATTCCATATCATT
GTGAGTTTTGTTTTGTTGACACAGTTTAGTTTTCTAAGTCAAATGTAGGTTTATCTACTT
TTTCATGGCGATTGGGATTTTGGTCTGCATTGTCATTATCATTGGTTTCATAGCAGCTGA
AGCTATCAGTACTGCTGCTTGTGTTTCGAATC

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1BS71JQ 783 0 0
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GGTCTCTCTATCTTTCAAAACTTTTGATTTTCGGTATCATTGAATTGGCATTTCTTTTCT
ACGGAGTTGTGAATCGTGTTCATCATTTCTACATATTCCATATCATTGTGAGTTTTGTTT
TGTTGACACAGTTTAGTTTTCTAAGTCAAATGTAGGTTTATCTACTTTTTCATGGCGATT
GGGATTTTGGTCTGCATTGTCATTATCATTGGTTTCATAGCAGCTGAAGCTATCAGTACT
GCTGCTTGTGTTTCGAATCCTTTATGTATATACTCTTTTGCTTCTGTTAATGTGAAAGTC
ATTAGCAAGTTTGATCCTTGACATGTGTGTTAGTATTCAATTTTCAAAACTCTCTGATCA
TACTTGAAGCAGCTCTCGTGGGATACATAGCCATTAACTGAACCCAGCTGCTGTCATTGA
TACTGGCCCTAGTCGATCTTGATGATGAAGGTGATTATGAGGATCCAATGAGTAGAACAC
AGGAGAGTCTTCTTGTCCGCAGGAAAACAAGACATCTTCTGGATCAAGCAATATCGACAA
CTGGAGGTCCATAATCAGAGAGAATGTAAAAAAGGATTAATCGCCTGAACTTAGTACCGA
AGATTTAACCATGTGACTGATTGTCTGGATGTTCTTTTACAGTATGCATTGATCAACGGA
CAGAGCTAGAGTCCACTTGTTTAACTCAGAAGACTGAATTCTAGTGTTTTGTCTGATGTT
TCC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL4682Contig1 1384 2 2 U
GGGGTGAACTATTGAGGAATACTGGTGAGTTCATGATGTCTAGGTACAGAGAAGTTGCTG
AAATTGTCCTCAGATTCCCTGAACATCGTGATCGCCTTGTTCGCCTTAGCATCACCTCGT
TGCTGCCTCGAATTGCTCACTTTCTTCGTGACCGCTTTGTTACAAATTATTTAACGATAT
GCATGAATCACATTCTTACCGTGTTAAAAATACCGTCTGAACGTGCCAGTGGATTCATCG
CCCTTGGGGAAATGGCTGGTGCTTTGGATGGTGAACTTATCCACTATTTGTCGAAAATTA
CGTCTCATCTGCGGGAAGCGATTGCTCCACGTAAGGGTAGACCTTTACTTGAAGCTGTGG
CTTGTGTTGGTAATATCGCAAAGGCAATGGGGTCCACAGTTGAAACTCATGTTCGAGATC
TTCTAGATGTGATGTTTTCCTCTGGTCTCTCTTCCACACTTGTTGAAGCTCTTGATCATA
TAACCATTAGCATACCTTCGTTACTGCCAACGGTACAAGATCGGCTTCTAGATTGCATTT
CATTGGTTCTTTCAAGATCTCATTATTCTCAAACCGAGCCTCCTGTTACCACCGAGGTCC
GAGGTAGTACAGTAAGCATTATACCACAGTCTAGTGACCCTAGTTGTTCGGCACAAATTC
AACTAGCACTGAAGACTCTGGCTCGTTTCAATTTCAAGGGGCATGATCTTCTTGAATTTT
CTCGGGAGTCGGTTGTTGTTTATTTAGATGATGAGGATGCAGGCACAAGAAAAGATGCTG
CTTTGTGTTGCTGTAGGCTAGTTGCAAATTCCTTATCTGGGATCGCACAATATGGCTCAA
CCAGGTCAACTCGAGCTGGGGGAAGACGAAGGCGCCTTGTGGAAGAGATTGTGGAGAAGC
TTCTCAGGGCAGCTGTTGCAGATGCTGATGTAACTGTTCGCAAGTCTATCTTCGTTGCCT
TATATGGAAACGAATGTTTCGATGATTATCTAGCACAGGCTGAAAGTTTGACTGCTATTT
TCGCTTCCTTAAATGATGAGGATCTTGATGTCCGAGAATATGCCATCTCAGTTGCCGGGA
GATAACAAGTGCAGAGAAGAGAGTGCGAAGCTCCTTGGTTGTTTAGTTAGAAATTGTGAA
CGGCTCATTCTTCCATATGTTGCTCCTGTGCAAAAGGCACTTGTTGCAAGACTTAGTGAA
GGAACTGGAGTGAACGCTAACAATAATATTGTTATTGGAGTTCTCGTAACTGTTGGAGAT
CTTGCAAGAGTGGGTGGCTTGGCAATGAGACGATATATTCCTGAGCTAATGCCTTTGATT
GTTGAAGCTTTAATGGATGGAGCTGCTGTAGCAAAACGCGAGGTGGCTGTTTCTACCCTT
GGTC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1F812TF U 1
AF RR1F812JQ C 587
BS 1 726 RR1F812TF
BS 727 1384 RR1F812JQ

RD RR1F812TF 726 0 0
GGGGTGAACTATTGAGGAATACTGGTGAGTTCATGATGTCTAGGTACAGAGAAGTTGCTG
AAATTGTCCTCAGATTCCCTGAACATCGTGATCGCCTTGTTCGCCTTAGCATCACCTCGT
TGCTGCCTCGAATTGCTCACTTTCTTCGTGACCGCTTTGTTACAAATTATTTAACGATAT
GCATGAATCACATTCTTACCGTGTTAAAAATACCGTCTGAACGTGCCAGTGGATTCATCG
CCCTTGGGGAAATGGCTGGTGCTTTGGATGGTGAACTTATCCACTATTTGTCGAAAATTA
CGTCTCATCTGCGGGAAGCGATTGCTCCACGTAAGGGTAGACCTTTACTTGAAGCTGTGG
CTTGTGTTGGTAATATCGCAAAGGCAATGGGGTCCACAGTTGAAACTCATGTTCGAGATC
TTCTAGATGTGATGTTTTCCTCTGGTCTCTCTTCCACACTTGTTGAAGCTCTTGATCATA
TAACCATTAGCATACCTTCGTTACTGCCAACGGTACAAGATCGGCTTCTAGATTGCATTT
CATTGGTTCTTTCAAGATCTCATTATTCTCAAACCGAGCCTCCTGTTACCACCGAGGTCC
GAGGTAGTACAGTAAGCATTATACCACAGTCTAGTGACCCTAGTTGTTCGGCACAAATTC
AACTAGCACTGAAGACTCTGGCTCGTTTCAATTTCAAGGGGCATGATCTTCTTGAATTTT
CTCGGG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1F812JQ 798 0 0
TACCACCGAGGTCCGAGGTAGTACAGTAAGCATTATACCACAGTCTAGTGACCCTAGTTG
TTCGGCACAAATTCAACTAGCACTGAAGACTCTGGCTCGTTTCAATTTCAAGGGGCATGA
TCTTCTTGAATTTTCTCGGGAGTCGGTTGTTGTTTATTTAGATGATGAGGATGCAGGCAC
AAGAAAAGATGCTGCTTTGTGTTGCTGTAGGCTAGTTGCAAATTCCTTATCTGGGATCGC
ACAATATGGCTCAACCAGGTCAACTCGAGCTGGGGGAAGACGAAGGCGCCTTGTGGAAGA
GATTGTGGAGAAGCTTCTCAGGGCAGCTGTTGCAGATGCTGATGTAACTGTTCGCAAGTC
TATCTTCGTTGCCTTATATGGAAACGAATGTTTCGATGATTATCTAGCACAGGCTGAAAG
TTTGACTGCTATTTTCGCTTCCTTAAATGATGAGGATCTTGATGTCCGAGAATATGCCAT
CTCAGTTGCCGGGAGATAACAAGTGCAGAGAAGAGAGTGCGAAGCTCCTTGGTTGTTTAG
TTAGAAATTGTGAACGGCTCATTCTTCCATATGTTGCTCCTGTGCAAAAGGCACTTGTTG
CAAGACTTAGTGAAGGAACTGGAGTGAACGCTAACAATAATATTGTTATTGGAGTTCTCG
TAACTGTTGGAGATCTTGCAAGAGTGGGTGGCTTGGCAATGAGACGATATATTCCTGAGC
TAATGCCTTTGATTGTTGAAGCTTTAATGGATGGAGCTGCTGTAGCAAAACGCGAGGTGG
CTGTTTCTACCCTTGGTC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL4683Contig1 1159 2 2 U
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CGGTAGAGAGAGAAAAGCCTCCATTTTCCTATCCAAATCTCACTCTCTCCTAAACCCCTT
CACAAAACAGAGCAACCACATTGTACCTATCTAGAGAGAGAAGGGAAATGGATGGTGTTT
CGCCAAAGTTTGTGTTGCCGGAGACATTCGACGGTGTGAGGATGGAGATCACAGGCCAGC
TAGGCATGATCTGGGAGCTTGTCAAAGCACCAGTGATTGTCCCTCTGCTTCAGCTAGCGG
TTTACATCTGTCTGCTAATGTCCCTCATGCTGTTGTGTGAGAGGGTTTACATGGGAATTG
TCATCGTCCTCGTCAAGCTTTTCTGGAAAAAACCGGACAAACGCTACAAGTTCGAGCCCA
TTCACGACGATGAAGAGCTTGGAAGCTCCAACTTCCCGGTGGTCCTCGTGCAAATACCCA
TGTTCAACGAACGAGAGGTTTACAAGCTATCAATAGGAGCGGCGTCTGGACAATCATGGC
CGTCCGATCGTCTCGTGATTCAAGTGCTGGATGACTCAACAGATCCCACTGTTAAGCAAA
TGGTGGAGATGGAGTGTCAAAGATGGCCAAGTAAAGGAGTCAATATAACATATCAAATCA
GGGAGAATAGAGTTGGATACAAGGCCGGTGCGTTAAAGGAAGGACTCAAACGCAGTTATG
TCAAACACTGCGAGTATGTTGTCATCCTCGACGCTGATTTTCAGCCTGAACCTGATTTTC
TTCGCCGTAGCATTCCATTTCTCGTCCACAATCCCAACATTGCACTCGTCCAAGCCCGTT
GGAGATTCGGTAATAATAAACATACATCCTTCTAATAGTATTATATCTGGTAATTCAGAT
AGATCTTCATTGGGTTTAAGGTTTTTGGCATATCAGTTGAGAATCTTGTTTCATTGCACA
TCTTTAGTTATAATTGACAATTGATCAAATTGACATTTGATAATGTTGTCAAGTGTCAGG
GTCGAAATAATACTGAACTGATGTCTTTGTTGATGTGTTGTGAAAGATTTAATGTTTGTT
TCGATCATTAAATGAAAGCTCGTGGTTTTGGTTTTCTAGCTATATTAGTGGTGTCGGTGG
TACGTGTTTTTAATCTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BE93TF U 1
AF RR1BE93JQ C 415
BS 1 657 RR1BE93TF
BS 658 1159 RR1BE93JQ

RD RR1BE93TF 657 0 0
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CGCCAAAGTTTGTGTTGCCGGAGACATTCGACGGTGTGAGGATGGAGATCACAGGCCAGC
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CGTCCGATCGTCTCGTGATTCAAGTGCTGGATGACTCAACAGATCCCACTGTTAAGCAAA
TGGTGGAGATGGAGTGTCAAAGATGGCCAAGTAAAGGAGTCAATATAACATATCAAA

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DS 

RD RR1BE93JQ 745 0 0
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CATGGCCGTCCGATCGTCTCGTGATTCAAGTGCTGGATGACTCAACAGATCCCACTGTTA
AGCAAATGGTGGAGATGGAGTGTCAAAGATGGCCAAGTAAAGGAGTCAATATAACATATC
AAATCAGGGAGAATAGAGTTGGATACAAGGCCGGTGCGTTAAAGGAAGGACTCAAACGCA
GTTATGTCAAACACTGCGAGTATGTTGTCATCCTCGACGCTGATTTTCAGCCTGAACCTG
ATTTTCTTCGCCGTAGCATTCCATTTCTCGTCCACAATCCCAACATTGCACTCGTCCAAG
CCCGTTGGAGATTCGGTAATAATAAACATACATCCTTCTAATAGTATTATATCTGGTAAT
TCAGATAGATCTTCATTGGGTTTAAGGTTTTTGGCATATCAGTTGAGAATCTTGTTTCAT
TGCACATCTTTAGTTATAATTGACAATTGATCAAATTGACATTTGATAATGTTGTCAAGT
GTCAGGGTCGAAATAATACTGAACTGATGTCTTTGTTGATGTGTTGTGAAAGATTTAATG
TTTGTTTCGATCATTAAATGAAAGCTCGTGGTTTTGGTTTTCTAGCTATATTAGTGGTGT
CGGTGGTACGTGTTTTTAATCTAAT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

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TGCCTTCGTTAGCTTTTGGATCTCATCACCATTTGGCCAATCCCACTGAGTCGCCGTACA
CCGTCGAAATTAGCATCGACGGCGACTCCTCCGACTTGGATTCCTTGTCTGAGGTCGACT
TAGAGAGCGGCGGTGTGACTAAGCTACATTCCGGTGGTGGTAGGAAGAGGAGGGTGAGGA
GGAGAAAGAAGAAGAAGAAAAGGAAGAAGAAAGAGAGTAGAGATTGCAGGATCTGTCATC
TGCCTTTAGAGAGTAGCAAAGAAGGTGGAGAAGAGGATGATTCTGATGAACACGAAGTAG
ATAAAGAAGAAGAAGAAGATGATGCTGAAGAAGAGTATTATGGTTTGCCTTTGCAATTGG
GTTGTTCTTGTAAAGGTGATTTGGGTGTAGCTCACAGTAAGTGTGCTGAAACTTGGTTCA
AGATCAAAGGAAACATGACATGTGAGATATGCGGGGCAATGGCTATAAACGTAGCTGGGG
AACAGTCAAACCCAGAGAGCACTGCCTCTACAAATTCACAAGTGGTGGCTGCAGGACAAA
CTCAGAGTAGTCAGACAGAGCCACGGGGAATCTGGCATGGTCGCCGTGTTATGAACTTCC
TACTTGCCGCTATGGTCTTTGCCTTCATTGTTTCTTGGCTTTTTCACTTCAAAGTCCTCA
AGTGAGAAACAAGTTCTCTATCTCTTTGGCCCTCACGCGCTCTTCTTCTCCTGTTCTTGA
GCCGCGTGCAATCACTACATCAAATCCCTCCTGTCGCTTGATTGTTCGTTCGTTCGTTCA
CACGTTTTGTAGCTGTAAAAACTTATTAGTTTTTAGATCGTTTGTCACTTGTGAGCTTTT
TTTTTACATCTTGTATAATATTCATCTTCGCTCCGGGTTGGTCAAAACTTCTGTGCAACC
AAGAGGATCTTAGCTCTTTTGGTTTCAGACACAAACATCATTCTGTGCAACCAGGACTGT
TTCTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1F475TF U 1
AF RR1F475JQ C 226
BS 1 540 RR1F475TF
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BS 542 576 RR1F475TF
BS 577 1026 RR1F475JQ

RD RR1F475TF 576 0 0
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TGCCTTCGTTAGCTTTTGGATCTCATCACCATTTGGCCAATCCCACTGAGTCGCCGTACA
CCGTCGAAATTAGCATCGACGGCGACTCCTCCGACTTGGATTCCTTGTCTGAGGTCGACT
TAGAGAGCGGCGGTGTGACTAAGCTACATTCCGGTGGTGGTAGGAAGAGGAGGGTGAGGA
GGAGAAAGAAGAAGAAGAAAAGGAAGAAGAAAGAGAGTAGAGATTGCAGGATCTGTCATC
TGCCTTTAGAGAGTAGCAAAGAAGGTGGAGAAGAGGATGATTCTGATGAACACGAAGTAG
ATAAAGAAGAAGAAGAAGATGATGCTGAAGAAGAGTATTATGGTTTGCCTTTGCAATTGG
GTTGTTCTTGTAAAGGTGATTTGGGTGTAGCTCACAGTAAGTGTGCTGAAACTTGGTTCA
AGATCAAAGGAAACATGACATGTGAGATATGCGGGGCAATGGCTATAAACGTAGCTGGGG
GACAGTCAAACCCAGAGAGCACTGCCTCTACAAATT

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1F475JQ 801 0 0
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GCAGGATCTGTCATCTGCCTTTAGAGAGTAGCAAAGAAGGTGGAGAAGAGGATGATTCTG
ATGAACACGAAGTAGATAAAGAAGAAGAAGAAGATGATGCTGAAGAAGAGTATTATGGTT
TGCCTTTGCAATTGGGTTGTTCTTGTAAAGGTGATTTGGGTGTAGCTCACAGTAAGTGTG
CTGAAACTTGGTTCAAGATCAAAGGAAACATGACATGTGAGATATGCGGGGCAATGGCTA
TAAACGTAGCTGGGGAACAGTCAAACCCAGAGAGCACTGCCTCTACAAATTCACAAGTGG
TGGCTGCAGGACAAACTCAGAGTAGTCAGACAGAGCCACGGGGAATCTGGCATGGTCGCC
GTGTTATGAACTTCCTACTTGCCGCTATGGTCTTTGCCTTCATTGTTTCTTGGCTTTTTC
ACTTCAAAGTCCTCAAGTGAGAAACAAGTTCTCTATCTCTTTGGCCCTCACGCGCTCTTC
TTCTCCTGTTCTTGAGCCGCGTGCAATCACTACATCAAATCCCTCCTGTCGCTTGATTGT
TCGTTCGTTCGTTCACACGTTTTGTAGCTGTAAAAACTTATTAGTTTTTAGATCGTTTGT
CACTTGTGAGCTTTTTTTTTACATCTTGTATAATATTCATCTTCGCTCCGGGTTGGTCAA
AACTTCTGTGCAACCAAGAGGATCTTAGCTCTTTTGGTTTCAGACACAAACATCATTCTG
TGCAACCAGGACTGTTTCTTC

QA 1 801 1 801
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4686Contig1 498 2 1 U
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CAGAAACTGTTGGAGCGAGGAGGCCTTTGATTAAATGTACAAGTGTACATCTGCCCTGCA
ATCCACATGTTGTGAGTTTTTGCTTAAGAGCGTGTGAACAAATATATAAGAATAAAACAC
AAGTAAAAGGAACTTGTAAAACTGCCCCACCGCCAAGGGAATACCTAAAAATGACTTGCG
AGTGCGAATACATGGCCGTTGAATGCCCAAGAAAATAATAATTCAATTTACTATTCAAAT
TGATGATTAGATTTGGATGAAATTAATTTACATATTTATAATTTAAAATCCTAAAAATGG
ATTTAATACTAAGTTTTTATTATTTATTCTTGTACGGTTGTACCATAAATATTTGATGTT
ATAGATATGGATGTTACG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CF95JQ C 1
AF RR1CF95TF U 1
BS 1 498 RR1CF95TF

RD RR1CF95JQ 498 0 0
GGAACTAAATTTCATCAAAACAAAAGAAAGAAACAATAAAGAACAACAGACAAATAATGG
CCAAAGGTGTACAATTTTTTAGCTTCATCACTTTTGTGATGATTTTCATGTTGATATCAA
CAGAAACTGTTGGAGCGAGGAGGCCTTTGATTAAATGTACAAGTGTACATTTGCCCTGCA
ATCCACATGTTGTGAGTTTTTGCTTAAGAGCGTGTGAACAAATATATAAGAATAAAACAC
AAGTAAAAGGAACTTGTAAAACTGCCCCACCGCCAAGGGAATACCTAAAAATGACTTGGG
AGTGGGAATACATGGCCGTTGAATGCCCAAGAAAATAATAATTCAATTTACTATTCAAAT
TGATGATTAGATTTGGATGAAATTAATTTACATATTTATAATTTAAAATCCTAAAAATGG
ATTTAATACTAAGTTTTTATTATTTATTTTTGTACGGTTGTACCATAAATATTTGATGTT
ATAGATATGGATGTTACG

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1CF95TF 498 0 0
GGAACTAAATCTCATCAAAACAAAAGAAAGAAACAATAAAGAACAACAGACAAATAATGG
CCAAAGGTGTACAATTTTTTAGCTTCATCACTTTTGTGATGATCTTCATGTTGATATCAA
CAGAAACTGTTGGAGCGAGGAGGCCTTTGATTAAATGTACAAGTGTACATCTGCCCTGCA
ATCCACATGTTGTGAGTTTTTGCTTAAGAGCGTGTGAACAAATATATAAGAATAAAACAC
AAGTAAAAGGAACTTGTAAAACTGCCCCACCGCCAAGGGAATACCTAAAAATGACTTGCG
AGTGCGAATACATGGCCGTTGAATGCCCAAGAAAATAATAATTCAATTTACTATTCAAAT
TGATGATTAGATTTGGATGAAATTAATTTACATATTTATAATTTAAAATCCTAAAAATGG
ATTTAATACTAAGTTTTTATTATTTATTCTTGTACGGTTGTACCATAAATATTTGATGTT
ATAGATATGGATGTTACG

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 2

CO CL4687Contig1 893 2 2 U
GGAGTCTCACTCTTTCTAGTGGAGCTCCATCAAGGCTTCACCAAACCTCTTCAACTTTGC
TTTCTTTCTTCTTCTGTCTCACGCTTCAGCTTCGACGGTAGTATTCTTCAACAAATGCAG
ATACCCAGTGTGGCCAGGGATCCAGCCCAGCGCCGGCCAAAACATACTCGCCGACGGTGG
ATTTAAGCTTCCGTCTAACAAAGCCTACACCCTTCAGCTCCCACCGCTTTGGTCCGGCCG
CTTCTGGGGTCGCCACGGCTGCACATTCGACAGATCTGGCCGTGGTCGCTGCGCCACCGG
TGATTGCGGCGGTTCTCTCACCTGCAACGGAGCCGGCGGTTCACCTCCGGCCACTCTCGC
GGAAATCACTCTAGGCCAAGAGCTTGACTTCTATGACGTCAGCCTCGTCGACGGTTATAA
CCTCGCGATGTCGATAATGCCGGTGAAAGGTAGAGGTCAGTGTAGCTACGCCGGTTGTGT
AAGCGATCTAAACCGGATGTGCCCGGTTGGGTTACAAGTCCGGTCACGCAACGGGAAACG
GGTGTTAGCCTGTAAAAGCGCTTGCTCTGCCTTCAACTCACCGCAGTACTGTTGTACCGG
CACGTTCGGTAACCCACTCACCTGCAAGCCGACGTCTTACTCCAGAATCTTCAAGGTCGC
TTGCCCTAAAGCTTATTCTTACGCTTACGACGACCCGACCAGCATCGCAACTTGTTCCAA
GGCTAACTACATTGTCACCTTCTGCCCTCACCATCGCCGTTAAAATCACAATTGTTAAGA
ATTAAGCATTTCTCTATTAGCATGTGTTATGTAGTTCTGAATCTTTGGAGTTTATTATGT
CTCTACAATTGTAACACTCATGAAATGCAAAATCCTATAACAAGATCAGTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H775TF U 1
AF RR1H775JQ C 527
BS 1 643 RR1H775TF
BS 644 893 RR1H775JQ

RD RR1H775TF 643 0 0
GGAGTCTCACTCTTTCTAGTGGAGCTCCATCAAGGCTTCACCAAACCTCTTCAACTTTGC
TTTCTTTCTTCTTCTGTCTCACGCTTCAGCTTCGACGGTAGTATTCTTCAACAAATGCAG
ATACCCAGTGTGGCCAGGGATCCAGCCCAGCGCCGGCCAAAACATACTCGCCGACGGTGG
ATTTAAGCTTCCGTCTAACAAAGCCTACACCCTTCAGCTCCCACCGCTTTGGTCCGGCCG
CTTCTGGGGTCGCCACGGCTGCACATTCGACAGATCTGGCCGTGGTCGCTGCGCCACCGG
TGATTGCGGCGGTTCTCTCACCTGCAACGGAGCCGGCGGTTCACCTCCGGCCACTCTCGC
GGAAATCACTCTAGGCCAAGAGCTTGACTTCTATGACGTCAGCCTCGTCGACGGTTATAA
CCTCGCGATGTCGATAATGCCGGTGAAAGGTAGAGGTCAGTGTAGCTACGCCGGTTGTGT
AAGCGATCTAAACCGGATGTGCCCGGTTGGGTTACAAGTCCGGTCACGCAACGGGAAACG
GGTGTTAGCCTGTAAAAGCGCTTGCTCTGCCTTCAACTCACCGCAGTACTGTTGTACCGG
CACGTTCGGTAACCCACTCACCTGCAAGCCGACGTCTTACTCC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1H775JQ 367 0 0
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TACTGTTGTACCGGCACGTTCGGTAACCCACTCACCTGCAAGCCGACGTCTTACTCCAGA
ATCTTCAAGGTCGCTTGCCCTAAAGCTTATTCTTACGCTTACGACGACCCGACCAGCATC
GCAACTTGTTCCAAGGCTAACTACATTGTCACCTTCTGCCCTCACCATCGCCGTTAAAAT
CACAATTGTTAAGAATTAAGCATTTCTCTATTAGCATGTGTTATGTAGTTCTGAATCTTT
GGAGTTTATTATGTCTCTACAATTGTAACACTCATGAAATGCAAAATCCTATAACAAGAT
CAGTATC

QA 1 367 1 367
DS 



AS 1 2

CO CL4688Contig1 651 2 2 U
TTCTCCTGTCGTTGTTTCCTTTCAAGAAAAGAAAAGAGAGGAAACAACAGACTCAAGATC
CAAATCTCGGCAATGTCGACGTTCTCGCCGTCGTTAGCCGTCCTTTCTCTGATTCTTCTA
AGCCTATCAATGGTTTCATCGACGGAGATCAACAAGGGAGGAGAGATTCGATTACCTTCG
GAGAAGACCAACGGCGGATTCTGCGGAGAAACGTCTAAACCGGGTTCTTGTCCGGTTAAA
TGTTTTAGGGCTGATCCGGTTTGCGGGGAAGACGGCGTTACTTACTGGTGCGGTTGTGTA
GATGCTTTGTGCCACGGGGTTCGTGTTTCTAAACATGGAGCTTGCGATGTTGGTAATGGC
GTTGGGTTGTCTGTTCCTGGACAAGCTTTGCTTCTGATCCACATTGTCTGGCTCATGGCT
CTTGGGTTTTCGATTCTCTTTGGTCTCTTCTGATTTCGTTAATTAATTAATTTTTGTGTG
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TCTTTGAGAGAATGTTTTTTTTTGTATTTGATTTGTGCTGAAAATTAATACAAGAAAACT
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BQ
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DS 



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BQ
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TAG
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AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1GE12TF U 1
AF RR1CQ94JQ C 280
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BS 391 391 RR1CQ94JQ
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ACAAGTATCAGAATAAGTCTGTAGATAGACATTTCTTGTACTTGCTGTGTTAA

QA 1 713 1 713
DS 

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GCTGGGATATCAGATTTGGAGGTTCTTTCAACGGGCAACCGTACGCCACTTTTACTTCCC
GTAAAAGCTCGAATATTGGTTTCAAGAAACGCATCCTCCGGTCAAGATTATGATGAACTT
GGGTGGGAAGAACCACGTGGGAAATAGTAGAGATATGTTTAGATGAAGGAGAGGGTTGTA
TAGAATGCGGGAAGATGTAAATAGAGTGGCGGTCACTGCGACCTATCATACCTAAGAGTG
AATCTTTGAAATGGTGCGAGTACAAGTATCAGAATAAGTCTGTAGATAGACATTTCTTGT
ACTTGCTGTGTTAATAAAGTATTTTAGCAAGATTAAGT

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 2

CO CL4692Contig1 1410 2 2 U
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ATCAGTCATGGCCACACGCAGTCTCTTCTTCTTCAAAGCTCTTCTACTTTTTTTCTTGCT
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ATCGCTAACAACCTCCCGTCTCCGTCGAGAGTCGCCGTCCTCCTCCGCTCACTAAACATC
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ACGGTAACTTCCGCTCATTCCCTAGACATGCTTCAGACATCTTACCCGCCGTCCTCCGGA
TCGTTCAAAGAAGAGTTCGTACAGTTTCTTCAACCTATTCTTGATTTTCACTCTCAGATC
AAATCTCCTTTCTTGATCAACGCTTACCCTTTCTTCGCTTATAAAGACAGTCCCAAAGAG
ATCCCCTTAGAGTACGTTCTGTTTCAGCCGAACCAAAGGGATGGTTGATCCGAACACGAA
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TTTTGCTCTTTTTAATGAGAATTTTAAACCCGGTCCGACTTTTGAGAGGAATTATGGGTT
GTTTTATCCGGATGGTAAACCGGTTTATAATGTCGGTTTACAGGGTTATTTTCCTGATAT
TGTATACAGTTCAACCGCAAGTTCAACCAAGACTTAGAATTTGTGGAGAGCCGTGATGGG
TTTGGCTGTTGCGGTGTTGATAGTACTTCGTATGGGGTCAAAATGAGGATGCCCTTAATA
GGTTTATTTTTGTTTGTTTTACAAGAAAGTCATTTGTTATGGTTCTAGTTATAGGTGAGG
TATACAATTTTTTGTCATGTATTGGATTCACAAATAAATAAAAAAATTGTTCTGTATGGA
AAATCGTTATAAAAAACCTTGTTAGTTTCG


BQ
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AF RR1AC27TF U 1
AF RR1AC27JQ C 702
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BS 828 1410 RR1AC27JQ

RD RR1AC27TF 827 0 0
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ATCAGTCATGGCCACACGCAGTCTCTTCTTCTTCAAAGCTCTTCTACTTTTTTTCTTGCT
CTCTCAGATTCTTTTTCAGCGAGAAGCAACGGCCAAGGCGTGGGAATCAACTACGGCCAA
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GTCGATTTCATGATCGGTTTAGGCAACGAGTTCCTCCAAAACATGTCGGCGGGTCCGACA
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TCGATCGTCGTCGGAAACGAAATCTTCAAAACCAACGACCGCGTCTTGATCGCGAGCCTC
TTACCGGCCATGAAAGCGGTTTACTCTGCTCTAACCGATCTCGGTTTAGAGAAACAAGTA
ACGGTAACTTCCGCTCATTCCCTAGACATGCTTCAGACATCTTACCCGCCGTCCTCCGGA
TCGTTCAAAGAAGAGTTCGTACAGTTTCTTCAACCTATTCTTGATTTTCACTCTCAGATC
AAATCTCCTTTCTTGATCAACGCTTACCCTTTCTTCGCTTATAAAGACAGTCCCAAAGAG
ATCCCCTTAGAGTACGTTCTGTTTCAGCCGAACCAAAGGGATGGTTGATCCGAACACGAA
TCTTCATTACGACAACATGTTGTTCGCTCAAATCGATGCGCTTTATG

QA 1 827 1 827
DS 

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TGGTTGATCCGAACACGAATCTTCATTACGACAACATGTTGTTCGCTCAAATCGATGCGC
TTTATGCAGCCATTAAGACGTTGGGACATACTGACGTTGAGGTTAGGATCTCGGAGACGG
GATGGCCTTTTAAAGGAGACGAGAGTGAGATCGGAGCTTCGCCGGAGAACGCGGCGCTTT
ATAACGGGAACTTGTTGAGGTTGGTCCAGGAGAGGAAAGGAACTCCCGGGAAGCGGTTTG
TTCCGATTGGTGTTTATGTTTTTGCTCTTTTTAATGAGAATTTTAAACCCGGTCCGACTT
TTGAGAGGAATTATGGGTTGTTTTATCCGGATGGTAAACCGGTTTATAATGTCGGTTTAC
AGGGTTATTTTCCTGATATTGTATACAGTTCAACCGCAAGTTCAACCAAGACTTAGAATT
TGTGGAGAGCCGTGATGGGTTTGGCTGTTGCGGTGTTGATAGTACTTCGTATGGGGTCAA
AATGAGGATGCCCTTAATAGGTTTATTTTTGTTTGTTTTACAAGAAAGTCATTTGTTATG
GTTCTAGTTATAGGTGAGGTATACAATTTTTTGTCATGTATTGGATTCACAAATAAATAA
AAAAATTGTTCTGTATGGAAAATCGTTATAAAAAACCTTGTTAGTTTCG

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

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ATGGCGTCCCCTCAGAAACGTTAGTGACCCTCACGTCGTAGAGATCGGCGAATTCGCGGT
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AAAATCAAAGAATCTCACTTCTTTCAAGCCAGCCATGAACTAATGACTGTTTCCTCTTAA
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ATTGAATTAATCTTGATTCCTGTATTTCTTTCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC09TF U 1
AF RR1EC75TF U 10
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CTCCGAGTACAACAAGCAGAGCAAATCGGGACTCAAGTTCGTGTCGGTTGTTAGCGGCGA
CTCTCAGGTAGTTGCCGGTACAAATTACCGGCTTATCGTGGCGGTTAATGATGGCGTAAA
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AAAATCAAAGAATCTCACTTCTTTCAAGCCAGCCATGAACTAATGACTGTTTCCTCTTAA
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ATTGAATTAATCTTGATTCCTGTATTTCTTTCT

QA 1 513 1 513
DS 

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TGCAGGTGCGAGCAAGAACTACGAAGCGATTGTATGGGAGCAGCCTTGGTTAAAATCAAA
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ATGTAATGATCTGATAAAATACAGTAAAAAAGCTAAATAAACAAAGAAGGAATTGAATT

QA 1 479 1 479
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1B715TF U 1
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TATGTTTATAAGTTGCTACATATTGTTTAGTAGTTAATGTTACTAATTAGCTACATATTG
CTAGGTTAGTGTGCTTAGTGATTAGTGAATTGGGAACCAAGCAAGTAGTTATCTGTTTTA
ATAATAGTATCATCCTATATAAAGATTTATGAGATTTTTATTCTTAACTTGAATTTCTAT
TAATAGTTTTTATAATTTATATATAGTATGCAAACATGATGTGACCATTTGAATTCTCAA
AAAAGAAAATCACTTTTCATTTGT

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR1B715JQ 495 0 0
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TCTGTTTTTCAAGACTAGTTCTTTCATGACAACTTTTAAGTAGTAGCTACATATGTTTAT
AAGTTGCTACATATTGTTTAGTAGTTAATGTTACTAATTAGCTACATATTGCTAGGTTAG
TGTGCTTAGTGATTAGTGAATTGGGAACCAAGCAAGTAGTTATCTGTTTTAATAATAGTA
TCATCCTATATAAAGATTTATGAGATTTTTATTTTTAACTTGAATTTTTATTAATAGTTT
TTATAATTTATATATAGTATGCAAACATGATGTGACCATTTGAATTCTCAAAAAAGAAAA
TCACTTTTCATTTGT

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

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AAAAAACCATACAAGGTTCCTTCACCATGGCCCCTCCAGCTCTGACAGACGCAGAGACAC
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TTCTAGACTGGATCGTCACCGTCGAGGAGACTCTCGACTTCAAACGCGTGTCTCTGGAAC
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AGAAGTCGTCACGTGCACGTGAGGGAAAACCTAGAATCTTGTCGTGGGATAAGTTGAAGA
AGAAGATGCGTAAGGCGTTTTTACCATTCAACTACGACCAAGTCATGTTCCAACGCTTTC
ACGGTTTGCAACAAGAAAGGCGATCAGTGGAAGAATACTCCACCGAGTTTATTTCGCTTC
TGAGGCGTGTTGATGTGCAGTATACGGACCAACAAATTGTAGGGTTTTTCGTACGTGGCT
TGCGGCAGAAGGAGATGAAAGACGGTCTTAGCTTATTGAACCCTCTCACTCTAGCTGAAG
CACATCAAAAGGCACTCATCCTGGAAGCTCATCTTGAGAAGGAGAACTTGGGGGCCAAGA
TGGAGAACTTGGGCAATTCCTTGTCGCATATAGGGTATTGGAGTCTCTTTACGCTCTCGT
TTATAATCTTTGCATCTAGATGTTGAGATTTGAGAATTGAGATTGTGGCTTACTGTTTTT
TTTTCTACTTTTGTCTCAAAAGTATATCCCTCTGGTTTTGGGCTTTCTTTTAGGTCGATT
TAGAGCATACTTAATTATAGTTTTTGTTTCGTTCATTATATCATTAGCTAGCTTGTTTTG
TCC


BQ
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10 10 10 

AF RR1DP07TF U 1
AF RR1DP07JQ C 337
BS 1 666 RR1DP07TF
BS 667 1023 RR1DP07JQ

RD RR1DP07TF 666 0 0
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AAAAAACCATACAAGGTTCCTTCACCATGGCCCCTCCAGCTCTGACAGACGCAGAGACAC
TCAGGCATCTACAAGACATGATACAAGACATAATCCAGCAGCAGTTGACAACGGTTGTGT
CAGCTCTCACCCAGCCACAAGAAAAACCCGACAAGAATGAAGAAGAAAATCCTGTGTCAG
TGAGCCCTGACGTAATTGAACTTCTTCCAGAATTTTCTGGCGAACAATCGGCCGAGGAGT
TTCTAGACTGGATCGTCACCGTCGAGGAGACTCTCGACTTCAAACGCGTGTCTCTGGAAC
GATGTGTTCCCGTGATCGCCATGCGGTTCCGTGGCTCAGCAGCAGCTTGGTGGTCGCAAC
AGAAGTCGTCACGTGCACGTGAGGGAAAACCTAGAATCTTGTCGTGGGATAAGTTGAAGA
AGAAGATGCGTAAGGCGTTTTTACCATTCAACTACGACCAAGTCATGTTCCAACGCTTTC
ACGGTTTGCAACAAGAAAGGCGATCAGTGGAAGAATACTCCACCGAGTTTATTTCGCTTC
TGAGGCGTGTTGATGTGCAGTATACGGACCAACAAATTGTAGGGTTTTTCGTACGTGGCT
TGCGGC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1DP07JQ 687 0 0
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CAGCAGCAGCTTGGTGGTCGCAACAGAAGTCGTCACGTGCACGTGAGGGAAAACCTAGAA
TCTTGTCGTGGGATAAGTTGAAGAAGAAGATGCGTAAGGCGTTTTTACCATTCAACTACG
ACCAAGTCATGTTCCAACGCTTTCACGGTTTGCAACAAGAAAGGCGATCAGTGGAAGAAT
ACTCCACCGAGTTTATTTCGCTTCTGAGGCGTGTTGATGTGCAGTATACGGACCAACAAA
TTGTAGGGTTTTTCGTACGTGGCTTGCGGCAGAAGGAGATGAAAGACGGTCTTAGCTTAT
TGAACCCTCTCACTCTAGCTGAAGCACATCAAAAGGCACTCATCCTGGAAGCTCATCTTG
AGAAGGAGAACTTGGGGGCCAAGATGGAGAACTTGGGCAATTCCTTGTCGCATATAGGGT
ATTGGAGTCTCTTTACGCTCTCGTTTATAATCTTTGCATCTAGATGTTGAGATTTGAGAA
TTGAGATTGTGGCTTACTGTTTTTTTTTCTACTTTTGTCTCAAAAGTATATCCCTCTGGT
TTTGGGCTTTCTTTTAGGTCGATTTAGAGCATACTTAATTATAGTTTTTGTTTCGTTCAT
TATATCATTAGCTAGCTTGTTTTGTCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL4696Contig1 788 2 5 U
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GACCGGATTGCTAATTCTAAATGGGAAGTCAAGGAGCTTGGAGTGGAGCATAATGGGTAT
GTTGATTTGATGCTGGGGGAATTCAAACACTACAAAACAAGGCTTGCCCATGGAGGACTC
CAACAGGAGGTCCAGAATCTCCTACTGCAATATGGAGTTGAAATATTTGCGGAGATGCTG
GTCGAAGGGTTCTCTCGAATAAAAAGATGTACTGATGGAGGACGTGCTCTCATGTCATTA
GATATTCAGGTCCTAATAAACGGGCTACAGCACTTTGTGCCAACAAAGGTGAAGCCAAAG
TTACAGATAGTCGAAACATTTATCAAGGCATACTATCTGCCAGAGACGGAATATGTCCAC
TGGGCAAGGGCTCATCCGGAATATACGAAAGCACAGGTCATTGGACTGGTGAATTTAGTA
GCCACCATGAAAAGCTGGAAGAGGAAAACGCGACTAGAAGTTGTGGAGAAGATTGAATCA
GCTGCTGCGTAGATCAAATCTAAAAGCAACAACAAAGTAATATCTACTTCTTTTCTCTGG
TCTTGTTTTGTCTTTTGCTTTTGTCTCTTTCTTTTGCATTTAGAATCGAGTGGTGTAAAT
TTGAGGATAAGCCCTTCTTAGTTGCTGTCGTGCTTAATGGGGTTGTGTAAAAGATTCTCC
TCAAGTTGTACAGTCCTGAAGAGATTGTACACACATTTTCCTGCATTTAAATACTTCATT
AATGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU43TF U 170
AF RR1BU43JQ C 1
BS 1 169 RR1BU43JQ
BS 170 456 RR1BU43TF
BS 457 457 RR1BU43JQ
BS 458 492 RR1BU43TF
BS 493 788 RR1BU43JQ

RD RR1BU43TF 329 0 0
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CGGAGATGCTGGTCGAAGGGTTCTCTCGAATAAAAAGATGTACTGATGGAGGACGTGCTC
TCATGTCATTAGATATTCAGGTCCTAATAAACGGGCTACAGCACTTTGTGCCAACAAAGG
TGAAGCCAAAGTTACAGATAGTCGAAACATTTATCAAGGCATACTATCTGCCAGAGACGG
AATATGTCCACTGGGCAAGGGCTCATCCGGAATATACGAAAGCACAG*TCATTGGACTGG
TGAATTTAGTAGCCACCATGAAA
GCTGGA

QA 1 323 1 323
DS 

RD RR1BU43JQ 788 0 0
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GTTGATTTGATGCTGGGGGAATTCAAACACTACAAAACAAGGCTTGCCCATGGAGGACTC
CAACAGGAGGTCCAGAATCTCCTACTGCAATATGGAGTTGAAATATTTGCGGAGATGCTG
GTCGAAGGGTTCTCTCGAATAAAAAGATGTACTGATGGAGGACGTGCTCTCATGTCATTA
GATATTCAGGTCCTAATAAACGGGCTACAGCACTTTGTGCCAACAAAGGTGAAGCCAAAG
TTACAGATAGTCGAAACATTTATCAAGGCATACTATCTGCCAGAGACGGAATATGTCCAC
TGGGCAAGGGCTCATCCGGAATATACGAAAGCACAGGTCATTGGACTGGTGAATTTAGTA
GCCACCATGAAAAGCTGGAAGAGGAAAACGCGACTAGAAGTTGTGGAGAAGATTGAATCA
GCTGCTGCGTAGATCAAATCTAAAAGCAACAACAAAGTAATATCTACTTCTTTTCTCTGG
TCTTGTTTTGTCTTTTGCTTTTGTCTCTTTCTTTTGCATTTAGAATCGAGTGGTGTAAAT
TTGAGGATAAGCCCTTCTTAGTTGCTGTCGTGCTTAATGGGGTTGTGTAAAAGATTCTCC
TCAAGTTGTACAGTCCTGAAGAGATTGTACACACATTTTCCTGCATTTAAATACTTCATT
AATGTCCC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL4697Contig1 475 2 1 U
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CTGTTCAAGAAGAACTTGCCGGAGTTGTTTCCTCTGATAGCGACGTTGATAAGCTGTGAA
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CCTGTTCTCCTCCACTCTTGCTCCTGATAATTTTATCTCTCTAAGGTTTGTATACTCTTC
TTGTTCATTTTCTATTACCATCCATCCCCCTTCGGTTTTCGATTTGCATCTCTCTCTTAA
TTTTTTTCTATTACATTTGCTGCTGCTTTTTTCTTTCTTTCTTTCAATGTTTGGTAGCAA
TGTGCAGAGATTAGCGTTCACGAGTTGTGGTCGGATATGTTGTTTTTCGTTTTATGTAAA
TTTGTAATTTTAGACGGCCTATGATTATGACACATTGCAAAATAAGTCTTAAAAC


BQ
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AF RR1AD21JQ C 1
AF RR1AD21TF U 1
BS 1 475 RR1AD21TF

RD RR1AD21JQ 475 0 0
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CTGTTCAAGAAGAACTTGCCGGAGTTGTTTCCTCTGATAGCGACGTTGATAAGCTGTGAA
CATGGGTCAGGAGGAGAGGTACAAGTAGCTCTTAGTGATATGCTTCAGAGATCAATGGGA
CCTGTTCTCCTCCACTCTTGCTCCTGATAATTTTATCTCTCTAAGGTTTGTATACTCTTC
TTGTTCATTTTCTATTCCCATCCATCCCCCTTCGGTTTTCGATTTGCATCTCTCTCTTAA
TTTTTTTCTATTACATTTGCTGCTGCTTTTTTCTTTCTTTCTTTCAATGTTTGGTAGCAA
TGTGCAGAGATTAGCGTTCACGAGTTGTGGTCGGATATGTTGTTTTTCGTTTTATGTAAA
TTTGTAATTTTAGACGGCCTATGATTATGACACATTGCAAAATAAGTCTTAAAAC

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR1AD21TF 475 0 0
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CTGTTCAAGAAGAACTTGCCGGAGTTGTTTCCTCTGATAGCGACGTTGATAAGCTGTGAA
CATGGGTCAGGAGGAGAGGTACAAGTAGCTCTTAGTGATATGCTTCAGAGATCAATGGGA
CCTGTTCTCCTCCACTCTTGCTCCTGATAATTTTATCTCTCTAAGGTTTGTATACTCTTC
TTGTTCATTTTCTATTACCATCCATCCCCCTTCGGTTTTCGATTTGCATCTCTCTCTTAA
TTTTTTTCTATTACATTTGCTGCTGCTTTTTTCTTTCTTTCTTTCAATGTTTGGTAGCAA
TGTGCAGAGATTAGCGTTCACGAGTTGTGGTCGGATATGTTGTTTTTCGTTTTATGTAAA
TTTGTAATTTTAGACGGCCTATGATTATGACACATTGCAAAATAAGTCTTAAAAC

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 2

CO CL4698Contig1 1128 2 2 U
GGGCCGTTGTTGGAACGCTCTCTGTTTCGTTCACCAAATAGGGTTTTTCTTGGATGTGGT
GAAGCTTTTCTTCTTTAGGGTTCGCCGGCTGAGTGGGGGAGAATTCCGATTTGATCTTCG
TAATATCTCCTGGCGACATGGCATCGAATCTCCCGATGAGCCCTGAACTGGAACAGATCC
ATGGAGGAATCCGTGACCATTTCCGAGCCCTCGCGAATGGGTTCCAGAGGTTGGATAAGA
TCAAGGATTCTACTAGACAAAGCAAGCAACTTGAGGAACTTACTGACAAGATGAGAGACT
GTAAAAGGTTGGTTAAGGACTTTGACCGTGAACTCAAGGACGAGGAAGCTAGAAATCCTC
CTGAAGTAAACAAGCAATTGAACGATGAGAAACAATCTATGATTAAGGAACTCAACTCTT
ATGTTGCACTAAGAAAAACGTATATGAGTACCCTTGGCAACAAGAAAGTTGAGCTTTTTG
ATATGGGAGCTGGAGCCAGCGGCGAACCACCTACAGCTGAAGAAAATGTTCAAGTAGCTT
CAGCAATGTCAAACCAGGAGCTTGTTGATGCTGGAATGAACAGAATGGATGAGACTGACC
AGGCCATTGAGCGCTCAAAACAGGTTGTAGAGCAAACCATCGAAGTTGGAACTCAAACTG
CAGCTAACTTAAAGGGACAGACGGATCAAATGGGGCGTGTGGTTAACCAATTGGACACCA
TTCAGTTCTCTCTCAAGAAGGCTTCCAAGCTAGTCAAAGAGATAGGCAGACAGGTGGCAA
CTGATAAATGCATAATGATGTTTCTGTTTCTCATTGTATGTGGTGTTGTAGCCATTATCG
TAGTGAAGATCGTACACCCGAATAACAAAGACATTAGGGACATCCCAGGATTAGCTCCTC
CAGCGCCATCGAGGAAGCTACTTTACTTGAGGAATCCAGAGTACATGCAAAGATAGAAAG
AAAGAAAGAAATTTCTGTCTGTATATTTATTTACGTGGACTGAGGATATTTGCGTCTTGA
GGTTCGGTAATTTGATTTTCTTTGCTTATTCATTTGTTTACACTCCATGAGAGAGAGGAG
AGATTGTGTGGTTTGATAGTTCATTTGAATCTTTGTTGTTTTTGACCG


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BS 641 1128 RR1DO94JQ

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ATGTTGCACTAAGAAAAACGTATATGAGTACCCTTGGCAACAAGAAAGTTGAGCTTTTTG
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DS 

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TGGTTAACCAATTGGACACCATTCAGTTCTCTCTCAAGAAGGCTTCCAAGCTAGTCAAAG
AGATAGGCAGACAGGTGGCAACTGATAAATGCATAATGATGTTTCTGTTTCTCATTGTAT
GTGGTGTTGTAGCCATTATCGTAGTGAAGATCGTACACCCGAATAACAAAGACATTAGGG
ACATCCCAGGATTAGCTCCTCCAGCGCCATCGAGGAAGCTACTTTACTTGAGGAATCCAG
AGTACATGCAAAGATAGAAAGAAAGAAAGAAATTTCTGTCTGTATATTTATTTACGTGGA
CTGAGGATATTTGCGTCTTGAGGTTCGGTAATTTGATTTTCTTTGCTTATTCATTTGTTT
ACACTCCATGAGAGAGAGGAGAGATTGTGTGGTTTGATAGTTCATTTGAATCTTTGTTGT
TTTTGACCG

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

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ATGCTTGAATGTTATATGTTTGTTTCTGTCTTGTAAAACATG


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CCCAAACGCAAAAAAAGTCTCCAACGATTGCAAGGTTGCTTCCCCAAACTGTTAATCATG
ATTAATAAGTGACAAGTTTACCTGATTATGAGTGTTAAGTTACAAGTAAAAGTGGGTCTT
GTCCTCTTTCACTAGTGTTTAATATAATAATGGGTGATGATCATCATCATCATCATCATC
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DS 

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AATGGTGAAGGTGATGTGGGTTTCCGTTCTAGCTCTCGTGGCAGCGGTTCTCCTCGTGAC
GGTGGAAAAACTTCCGGTGGCCGAAGGAGTGACCTGCTCGGTGACGGAACTGTCTCCATG
TTTGGCGGCGTTTATGTCATCTTCGTCACCGTCGGCGTCGTGCTGCGCCAAGCTGAGAGA
GCAGAAGCCATGCCTTTGTGGGTACATGAGGAACCCTAGCCTCCGCCAATACGTTAGCTC
CCCAAACGCAAAAAAAGTCTCCAACGATTGCAAGGTTGCTTCCCCAAACTGTTAATCATG
ATTAATAAGTGACAAGTTTACCTGATTATGAGTGTTAAGTTACAAGTAAAAGTGGGTCTT
GTCCTCTTTCACTAGTGTTTAATATAATAATGGGTGATGATCATCATCATCATCATCATC
ATGCTTGAATGTTATATGTTTGTTTCTGTCTTGTAAAACATG

QA 1 522 1 522
DS 



AS 1 2

CO CL4700Contig1 593 2 5 U
GGAAAAAAAAATTCGAATTATATTTCTCCAGAAACTTAGCCATGGAATTGATTCCACATT
GCATCGCTAATAAAAGCCCTAATTACATATAAAAACGAAACGCTACCGCAACACATAAAC
GCCCGTACCCAAACATAATTCAAAACGCAAACGCTAATGAAAAACATGATTCGATTAAAA
ATCCCCAAAAAAAAAAACACAGAAACGCAAACGCGAATCTAAAAAACGCCATTAACCGCC
GAACCCGTAAAGAGTCCTCCCTTGCCTCTTCAAAGCATAAACGACATCCATGGCGGTCAC
TGTCTTCCTCCTAGCGTGCTCGGTGTAAGTGACTGCGTCCCGGATGACGTTCTCCAAAAA
GATCTTGAGGACGCCACGCGTCTCCTCGTAGATGAGACCGCTGATACGCTTGACTCCACC
TCTACGAGCCAACCTCCGAATCGCCGGCTTGGTGATTCCCTGGATGTTGTCTCTCAGAAC
CTTCCTGTGACGCTTCGCCCCTCCTTTCCCCAAACCCTTTCCTCCCTTTCCACGGCCCGA
CATGTTTTTTTCCGGTTGAGAAAGTTTTATGCTGAATAAGAATCTCGGTTAGA


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A226JQ U 29
AF RR1A226TF C 1
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BS 29 375 RR1A226JQ
BS 376 376 RR1A226TF
BS 377 390 RR1A226JQ
BS 391 593 RR1A226TF

RD RR1A226JQ 363 0 0
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AAACGCGAATCTAAAAAACGCCATTAACCGCCGAACCCGTAAAGAGTCCTCCCTTGCCTC
TTCAAAGCATAAACGACATCCATGGCGGTCACTGTCTTCCTCCTAGCGTGCTCGGTGTAA
GTGACTGCGTCCCGGATGACGTTCTCCAAAAAGATCTTGAGGACGCCCCGCGTCTCCTCG
TA
A

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1A226TF 593 0 0
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GCCCGTACCCAAACATAATTCAAAACGCAAACGCTAATGAAAAACATGATTCGATTAGAA
ATCCCCAGAAAAAAAAACACAGAAACGCAAACGCGAATCTAAGAAACGCCATTAACCGCC
GAACCCGTAGAGAGTCCTCCCTTGCCTCTTCAGAGCATAGACGACATCCATGGCGGTCAC
TGTCTTCCTCCTAGCGTGCTCGGTGTAAGTGACTGCGTCGCGGATGACGTTCTCCAAAAA
GATCTTGAGGACGCCACGCGTCTCCTCGTAGATGAGACCGCTGATACGCTTGACTCCACC
TCTACGAGCCAACCTCCGAATCGCCGGCTTGGTGATTCCCTGGATGTTGTCTCTCAGAAC
CTTCCTGTGACGCTTCGCCCCTCCTTTCCCCAAACCCTTTCCTCCCTTTCCACGGCCCGA
CATGTTTTTTTCCGGTTGAGAAAGTTTTATGCTGAATAAGAATCTCGGTTAGA

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

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GATTCTACGTGATGAATATCTGTGTCAATCTCTATTCATGTCGTTTCGTCTTCGATATAT
CTTCATGTACGTTACGGGATGCATTGAATCAACGCCATTAACAACCTTAGCTCTTTCAAC
CCATGATCAATCATTCAATGCTTCTTATCTCTCTTCTGGGCGGTGGATCTCCACCTATAA
AAAGGACAGTCTTAAACATTATTGTACTTCCACGGTCGAGGTGTACCTTTCTCAAGCACA
GAAGAGACATTAACCATTGCATTTTCTCAGTATGGCCGAGTACTTGGAGGATATGCAATG
TTATATGTGGAGTTGGAATACTTTCATTTGTTTGAAGCTGCTAAAGGGGGATCGTTGGGC
CACCACTGTTTATATATGGTTTGCGTTCTTTCTGCACTGGAATAATCCTTCGTTCTGCCT
CGACAATGAGCCTGACCTCATGACCTATCCCGACATTGGCCAAGCTGTGTTTGATACCAC
CAGACGTATCTTTGTTTCGGTAAAGGGCGAATAACTTTCAAAAGATTATGAATCTATCTT
CAGAGTGAAGGTCATAAAAGTTAAGAACCATATAAGAGAATATTATTTGTTTTTTGGCTT
TTTAACAAATAGAACAACTGAAAAGCTAAGGACGTCAAGTAGATCAGTTTGTCAATCTCT
CACAGGTTATTCCCTAATTGCTCTGAGAAGTCAATAATAGAAAAAACATATGAATTTACA
CTGTTTCATCAAATATAGCGGTGGACTATTACAACTATGTTCGTAGTGGAGAACACTACT
CTCCTTTGTAGTGAAAT


BQ
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AF RR1ER46TF U 1
AF RR1ER46JQ C 170
BS 1 685 RR1ER46TF
BS 686 857 RR1ER46JQ

RD RR1ER46TF 685 0 0
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AAAGGACAGTCTTAAACATTATTGTACTTCCACGGTCGAGGTGTACCTTTCTCAAGCACA
GAAGAGACATTAACCATTGCATTTTCTCAGTATGGCCGAGTACTTGGAGGATATGCAATG
TTATATGTGGAGTTGGAATACTTTCATTTGTTTGAAGCTGCTAAAGGGGGATCGTTGGGC
CACCACTGTTTATATATGGTTTGCGTTCTTTCTGCACTGGAATAATCCTTCGTTCTGCCT
CGACAATGAGCCTGACCTCATGACCTATCCCGACATTGGCCAAGCTGTGTTTGATACCAC
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CAGAGTGAAGGTCATAAAAGTTAAGAACCATATAAGAGAATATTATTTGTTTTTTGGCTT
TTTAACAAATAGAACAACTGAAAAG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1ER46JQ 688 0 0
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TCTCAAGCACAGAAGAGACATTAACCATTGCATTTTCTCAGTATGGCCGAGTACTTGGAG
GATATGCAATGTTATATGTGGAGTTGGAATACTTTCATTTGTTTGAAGCTGCTAAAGGGG
GATCGTTGGGCCACCACTGTTTATATATGGTTTGCGTTCTTTCTGCACTGGAATAATCCT
TCGTTCTGCCTCGACAATGAGCCTGACCTCATGACCTATCCCGACATTGGCCAAGCTGTG
TTTGATACCACCAGACGTATCTTTGTTTCGGTAAAGGGCGAATAACTTTCAAAAGATTAT
GAATCTATCTTCAGAGTGAAGGTCATAAAAGTTAAGAACCATATAAGAGAATATTATTTG
TTTTTTGGCTTTTTAACAAATAGAACAACTGAAAAGCTAAGGACGTCAAGTAGATCAGTT
TGTCAATCTCTCACAGGTTATTCCCTAATTGCTCTGAGAAGTCAATAATAGAAAAAACAT
ATGAATTTACACTGTTTCATCAAATATAGCGGTGGACTATTACAACTATGTTCGTAGTGG
AGAACACTACTCTCCTTTGTAGTGAAAT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GAGGAAGAAAACATGTGTACATCGTTGTTGACCGCTTTTGTTGTTCTCTCAATGGCTTGT
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ATACTCAACGTCGTTCTCTTAGCCGTTTACTTCACATCAACTCGTCCTATTCCCGGTGAG
ACTCAAGATTTCAAGACTCGTTGTGGAAGTAGAATGAGGATGGTGCGACGTAAGAAGAGT
AGGAAGACAAGGATGGTGGAGGAACAAGCTTGTTCCGGACAAGATTTCCTTGTCGTAGAA
CCACAGGAAGTGATCAAGAACTGTGTAGTCGAGGAAACTGTGAAAGGTTGCTTGCTTCAC
AAGAAGGAGGTAGAGTTTAATGGAGAAGAAGCTGATTTTGAGCCAGGGAGGTTATCTAAC
GAGGAGCTTAACGAGAGAGTGGAGGCGTTCATCACAACGTTCAGACAACATTTGGTACTT
GATGCGCGACGAGGTAGATACAGAGAAACTGACCAGAAGATGAGATCAAAAGACTCTGAC
ATTAGCTTTTTAGGTCGAGAGGTCACTTGTTCAGTTTAAGAGTTTCTTTGCAATCTTTTT
TTTTCTTTCTTAAGATTCGTTTGGTTTTGTTCGTGTTTTTTTAGTGGGTTGGAGCTAAAT
AGCTCATAAGATCGCATCTTTTTATACTGATGTAATGTCATTAGAACACAAGACTATAT


BQ
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AF RR1CN82TF U 1
AF RR1CN82JQ C 197
BS 1 267 RR1CN82TF
BS 268 779 RR1CN82JQ

RD RR1CN82TF 267 0 0
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GAGGAAGAAAACATGTGTACATCGTTGTTGACCGCTTTTGTTGTTCTCTCAATGGCTTGT
CTAAAACATTTCTACTCAGTATCTTATTTGATCGAGCAATGGCGTTCTTTAGTCTTTCTT
ATACTCAACGTCGTTCTCTTAGCCGTTTACTTCACATCAACTCGTCCTATTCCCGGTGAG
ACTCAAGATTTCAAGACTCGTTGTGGA

QA 1 267 1 267
DS 

RD RR1CN82JQ 583 0 0
TCTTAGCCGTTTACTTCACATCAACTCGTCCTATTCCCGGTGAGACTCAAGATTTCAAGA
CTCGTTGTGGAAGTAGAATGAGGATGGTGCGACGTAAGAAGAGTAGGAAGACAAGGATGG
TGGAGGAACAAGCTTGTTCCGGACAAGATTTCCTTGTCGTAGAACCACAGGAAGTGATCA
AGAACTGTGTAGTCGAGGAAACTGTGAAAGGTTGCTTGCTTCACAAGAAGGAGGTAGAGT
TTAATGGAGAAGAAGCTGATTTTGAGCCAGGGAGGTTATCTAACGAGGAGCTTAACGAGA
GAGTGGAGGCGTTCATCACAACGTTCAGACAACATTTGGTACTTGATGCGCGACGAGGTA
GATACAGAGAAACTGACCAGAAGATGAGATCAAAAGACTCTGACATTAGCTTTTTAGGTC
GAGAGGTCACTTGTTCAGTTTAAGAGTTTCTTTGCAATCTTTTTTTTTCTTTCTTAAGAT
TCGTTTGGTTTTGTTCGTGTTTTTTTAGTGGGTTGGAGCTAAATAGCTCATAAGATCGCA
TCTTTTTATACTGATGTAATGTCATTAGAACACAAGACTATAT

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL4704Contig1 1064 2 12 U
TTTTTTCTTGGAACATCAGTTCAGCCCTCACGGAAGCTCTAGTACAGACAGTAGCACAGT
GACATGTCAAGGCTTCGGCGTTGACAACTCGTCCAACACTTTGTACGGAACATCAACAAC
TCCTAGTTCCTCTTCAGCTATTATGTTTCATCAAGGAGCTGGTTTCAATTTGCCTGGCTC
TTCCGACCAACAACCGTCCAGGAATCATCATCAGCCAAATCTTGGCTACTCTCAGTTCGG
TTCATCGACCGGAAACTACTATCAGATGGCGACGGCGTTACCTTCGACTTGGTTTTTAAG
ATCTTCTCCGCCGAAACCACACAGTCCTTTGCGATTCTCTAACAACGCAACGTTTTGGAA
CCCTGCGGCGACGGCTGGAAACGTGGGTCCTACTCATCATGACGCGTCGCCGAACTTTTT
TCCGGCGTTACAGCCGCCGCAGATTCACGCGCCGACGAGTTTTGATGAACAAAAGAATAT
AACGAAGGTTCCTAATTCGAGGAGCAATGAAGCAAAGAGAGATGGAGGAGGTCAGCCGGC
GGCTAAGAGGGCCAAGAGTGAAGCACCGTCGCCGTCACCAGCTTCCAAGGCTAGGAAAGA
GAAAATGGGCGACAGAATCGCTGCGCTGCAACAATTGGTTTCACCTTTCGGAAAGACTGA
TGCAGCCTCAGTGCTCTCTGAAGCCATTGAATACATTAAGTTCTTGCACCAACAAGTTTC
AGCTCTGAGCAACCCATATATGAAGAGTGGATCATCTTTACAGCATCAACAGAGTGATCA
TCACAAAGAGCTAGAAGTTTCAGAAGAACCAGATCTTAGAAGTCGAGGTTTATGCTTAGT
GCCAGTTTCAAGCATATTTCCAGTGACGCACGACACTACAGTAGATTTCTGGACTCCTAC
GTTTGGTGGGACTTTTAGATAGATTGGTATACAGATGAAAAAGTTATGTTTAGATTTCGG
TTGACGTATAATTTAACCTACATATACGTTGATTTGCTGATAAGAAAATCACCCCATTTT
AGTCGAAGTGAGAAGATTAATGAACAACTGAAACGTGTTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI28TF U 1
AF RR1DI28JQ C 445
BS 1 589 RR1DI28TF
BS 590 590 RR1DI28JQ
BS 591 681 RR1DI28TF
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BS 769 769 RR1DI28JQ
BS 770 788 RR1DI28TF
BS 789 1064 RR1DI28JQ

RD RR1DI28TF 788 0 0
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GACATGTCAAGGCTTCGGCGTTGACAACTCGTCCAACACTTTGTACGGAACATCAACAAC
TCCTAGTTCCTCTTCAGCTATTATGTTTCATCAAGGAGCTGGTTTCAATTTGCCTGGCTC
TTCCGACCAACAACCGTCCAGGAATCATCATCAGCCAAATCTTGGCTACTCTCAGTTCGG
TTCATCGACCGGAAACTACTATCAGATGGCGACGGCGTTACCTTCGACTTGGTTTTTAAG
ATCTTCTCCGCCGAAACCACACAGTCCTTTGCGATTCTCTAACAACGCAACGTTTTGGAA
CCCTGCGGCGACGGCTGGAAACGTGGGTCCTACTCATCATGACGCGTCGCCGAACTTTTT
TCCGGCGTTACAGCCGCCGCAGATTCACGCGCCGACGAGTTTTGATGAACAAAAGAATAT
AACGAAGGTTCCTAATTCGAGGAGCAATGAAGCAAAGAGAGATGGAGGAGGTCAGCCGGC
GGCTAAGAGGGCCAAGAGTGAAGCACCGTCGCCGTCACCAGCTTCCAAG*CTAGGAAAGA
GAAAATGGGCGACAGAATCGCTGCGCTGCAACAATTGGTTTCACCTTTCGGAAAGACTGA
TGCAGCCTCAGTGCTCTCTGA*GCCATTGAATACATTAAGTTCTTGCACCAACAAGTTTC
AGCTCTGAGCA*CCCATATATGAAGAGTG*ATCATCTTTACAGCATCA*CAGAGTGATCA
TCACAAAG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1DI28JQ 620 0 0
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CAATGAAGCAAAGAGAGATGGAGGAGGTCAGCCGGCGGCTAAGAGGGCCAAGAGTGAAGC
ACCGTCGCCGTCACCAGCTTCCAAGGCTAGGAAAGAGAAAATGGGCGACAGAATCGCTGC
GCTGCAACAATTGGTTTCACCTTTCGGAAAGACTGATGCAGCCTCAGTGCTCTCTGAAGC
CATTGAATACATTAAGTTCTTGCACCAACAAGTTTCAGCTCTGAGCAACCCATATATGAA
GAGTGGATCATCTTTACAGCATCAACAGAGTGATCATCACAAAGAGCTAGAAGTTTCAGA
AGAACCAGATCTTAGAAGTCGAGGTTTATGCTTAGTGCCAGTTTCAAGCATATTTCCAGT
GACGCACGACACTACAGTAGATTTCTGGACTCCTACGTTTGGTGGGACTTTTAGATAGAT
TGGTATACAGATGAAAAAGTTATGTTTAGATTTCGGTTGACGTATAATTTAACCTACATA
TACGTTGATTTGCTGATAAGAAAATCACCCCATTTTAGTCGAAGTGAGAAGATTAATGAA
CAACTGAAACGTGTTTGTCC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL4705Contig1 800 2 2 U
GCAAATGAAGAAGCATAAATATATGTGTCTATCTATACAAAACCAATTCAAGCGGTAACA
TTAGAATCAATATGATGACCGAGTGAGAAAGATCTCAAAGAGTGTTTTTGATTTTTTTTT
TTTAATGTGCTTCTAACACTTGAAGCCATGGCAAACTGAGAGCACGATTATAAGAATGAG
TGCGACGATGATGGCGAGAACTATGAGCTTAATCTTCATGTTCTGAAGCCACATCTTCCT
TCTCATCTGTGTCCCCGTTGTTCTGAAGTCTTGTGCCTGAAAGCGAAGGTTCTCGGTTTT
ATCAACCAAAAGCTCAATTTTCTCACCACGGTCAAGAACCTTCTCGATATTTTCCATCAT
AACACCCTTAACTTCAGAAACTTGAGCCTTCACCTTAGCAAGCTTGCTAATCTCATCAGG
ATGATCCATACAATACTGCATGTGCTCTTTCAGCTTAAACCCAAACTCTTTATTCAAACT
GTTAGCCTGAGCAGTAGCAGCCTTTCCACCACCATATCTCTTGTTAAAATCTTCCTTCAC
TCTTTCCAAAAACGCCATCGGAATCTGCCTCCCAGCAGAATCAACCGCAACAACACAGTA
CGTGAAGCCATCTTCGACGAGGTAGTTGAAGGTGTGACCGTCGCAGTTGTAGGTGAACTT
GTTGTTGGAAGAAGGGAGCTTCTGGAGGCACTGCGCGGCGACGGAGGTGAAGTTTCCTTT
GAAATCAGTGAACTCCACCAGGATCACCGTCCCGCGAGCGACGAAGCTGTAGATCAACGA
TTGCTGCTGCTGCGCCATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED61JQ U 1
AF RR1DZ87TF C 265
BS 1 617 RR1ED61JQ
BS 618 800 RR1DZ87TF

RD RR1ED61JQ 617 0 0
GCAAATGAAGAAGCATAAATATATGTGTCTATCTATACAAAACCAATTCAAGCGGTAACA
TTAGAATCAATATGATGACCGAGTGAGAAAGATCTCAAAGAGTGTTTTTGATTTTTTTTT
TTTAATGTGCTTCTAACACTTGAAGCCATGGCAAACTGAGAGCACGATTATAAGAATGAG
TGCGACGATGATGGCGAGAACTATGAGCTTAATCTTCATGTTCTGAAGCCACATCTTCCT
TCTCATCTGTGTCCCCGTTGTTCTGAAGTCTTGTGCCTGAAAGCGAAGGTTCTCGGTTTT
ATCAACCAAAAGCTCAATTTTCTCACCACGGTCAAGAACCTTCTCGATATTTTCCATCAT
AACACCCTTAACTTCAGAAACTTGAGCCTTCACCTTAGCAAGCTTGCTAATCTCATCAGG
ATGATCCATACAATACTGCATGTGCTCTTTCAGCTTAAACCCAAACTCTTTATTCAAACT
GTTAGCCTGAGCAGTAGCAGCCTTTCCACCACCATATCTCTTGTTAAAATCTTCCTTCAC
TCTTTCCAAAAACGCCATCGGAATCTGCCTCCCAGCAGAATCAACCGCAACAACACAGTA
CGTGAAGCCATCTTCGA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1DZ87TF 536 0 0
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GCGAAGGTTCTCGGTTTTATCAACCAGAAGCTCAATTTTCTCACCACGGTCAAGAACCTT
CTCGATATTTTCCATCATAACACCCTTAACTTCAGAGACTTGAGCCTTCACCTTAGCAAG
CTTGCTAATCTCATCAGGATGATCCATACAATACTGCATGTGCTCTTTCAGCTTAGACCC
AAACTCTTTATTCAAACTGTTAGCCTGGGCAGTAGCAGCCTTTCCACCACCATATCTCTT
GTTAAAATCTTCCTTCACTCTTTCCAAAAACGCCATCGGAATCTGCCTCCCAGCAGAATC
AACCGCAACAACACAGTACGTGAAGCCATCTTCGACGAGGTAGTTGAAGGTGTGACCGTC
GCAGTTGTAGGTGAACTTGTTGTTGGAAGAAGGGAGCTTCTGGAGGCACTGCGCGGCGAC
GGAGGTGAAGTTTCCTTTGAAATCAGTGAACTCCACCAGGATCACCGTCCCGCGAGCGAC
GAAGCTGTAGATCAACGATTGCTGCTGCTGCGCCATCC

QA 19 536 19 536
DS 



AS 1 2

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GGTTTATTGTTTACTCTATTGGTAAGCCATTGGATCAGTGGCTCAAGGACATGCCTGCTC
TTGCCTAAACCAATCCAAAACAAACTACCTCTTCCTTAGCTTTTTTTTTTTCATTTTTTC
CCGGATTATTATGAGTTTCTAATATTTTTTTTTCTTTACATTTTAATATGTTTTGAACAA
TAATTGTCGGTTCTGTTATTCTTATGAAAATCCAACAGAGATTTTTAGGTTTGGTTTCTG
TTGGTAATTATTATGTACCTTGGGTTATCATAAATTGTAAGTTCTTCGAGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CJ24JQ C 1
AF RR1CJ24TF U 1
BS 1 471 RR1CJ24TF

RD RR1CJ24JQ 471 0 0
GGATCGCCAGATTCAGCGATTCACACAAGCTCGCTTGCCCGCACACGCGTATCTGCATTT
TGACTGAGTGGGACGAGTTCAAGAAGCTGGATTACGAGAAGATCTTTGAGAATATGCAGA
AACCGGCGTTTGTTTTCGACGGCAGGAACGTGGTGGATGCTGAGAAACTGAGGAAGATTG
GGTTTATTGTTTACTCTATTGGTAAGCCATTGGATCAGTGGCTCAAGGACATGCCTGCTC
TTGCCTAAACCAATCCAAAACAAACTACCTCTTCCTTAGCTTTTTTTTTTTCATTTTTTC
CCGGATTATTATGAGTTTCTAATATTTTTTTTTCTTTACATTTTAATATGTTTTGAACAA
TAATTGTCGGTTCTGTTATTCTTATGAAAATCCAACAGAGATTTTTAGGTTTGGTTTCTG
TTGGTAATTATTATGTACCTTGGGTTATCATAAATTGTAAGTTCTTCGAGT

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1CJ24TF 471 0 0
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TGACTGAGTGGGACGAGTTCAAGAAGCTGGATTACGAGAAGATCTTTGAGAATATGCAGA
AACCGGCGTTTGTTTTCGACGGCAGGAACGTGGTGGATGCTGAGAAACTGAGGAAGATTG
GGTTTATTGTTTACTCTATTGGTAAGCCATTGGATCAGTGGCTCAAGGACATGCCTGCTC
TTGCCTAAACCAATCCAAAACAAACTACCTCTTCCTTAGCTTTTTTTTTTTCATTTTTTC
CCGGATTATTATGAGTTTCTAATATTTTTTTTTCTTTACATTTTAATATGTTTTGAACAA
TAATTGTCGGTTCTGTTATTCTTATGAAAATCCAACAGAGATTTTTAGGTTTGGTTTCTG
TTGGTAATTATTATGTACCTTGGGTTATCATAAATTGTAAGTTCTTCGAGT

QA 1 471 1 471
DS 



AS 1 2

CO CL4707Contig1 974 2 4 U
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GACGAAGAAGAAAATGGCCGGAGGAGGCGGATACGGCGGCGCATCGGGAAAAGTGGATTA
CGTGTTCAAGGTAGTTCTGATCGGAGATTCAGCAGTTGGGAAATCACAGCTGCTAGCTCG
ATTCGCAAGAGACGAGTTCAGCTTGGACTCCAAAGCCACCATCGGTGTCGAGTTTCAGAC
TCGTACGCTCCTCATTGAAGAGAAGAGCGTCAAGGCTCAGATCTGGGATACCGCCGGCCA
AGAAAGATACAGAGCGGTTACGAGCGCATACTACAGAGGAGCAGTTGGTGCGATGCTTGT
TTATGATATTACTAAGCGTGAGACCTTTGACCACATCCCTCTTTGGCTTGAAGAGCTCAG
AGCTCATGCTGATAAGAACATTGTCATCATCCTCATTGGTAACAAGTCTGATCTCGAAGA
TCAGAGAGCGATTCCCACCGAAGACGCTAAAGAGTTTGCTGAGAAGGAAGGTCTTTTCTT
CCTCGAGACCTCTGCTTTGAACGCAACCAATGTCGAAAACTCCTTCAACACTCTCATGAC
AGAGATCTTCAACACTGTTAACAAGAAGAGTCTCTCATCTGCTGGTGAGTCGAATAACCC
TGGTTCGTTGGCTGGTAAGAAGATTGTCATCCCAGGTCCTGGACAGGAGGTTCCCGCTAA
GACCAGCACGTGTTGTAGTTCTGCTTGATCTGTGTCGTTTACAAAAGCAAAAATTCATTT
GTCCCGTCTCCCCCTTTGAACTATGGTGATGATAGAGAATGCTTACTTTCATATTGTATA
TTCTTTTTGGAATCTGGCTTGTGTTGCTTGCTTCCTTGGTTCATTAAACAATGGTGCAAT
TAGACACCGATAGAGAGTGTATTGGAGAACAAATAGCTTTTGATTTTGAAATGTTAAACA
CCATCCTTCAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ77TF U 1
AF RR1CJ77JQ C 198
BS 1 653 RR1CJ77TF
BS 654 654 RR1CJ77JQ
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BS 678 974 RR1CJ77JQ

RD RR1CJ77TF 677 0 0
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CGTGTTCAAGGTAGTTCTGATCGGAGATTCAGCAGTTGGGAAATCACAGCTGCTAGCTCG
ATTCGCAAGAGACGAGTTCAGCTTGGACTCCAAAGCCACCATCGGTGTCGAGTTTCAGAC
TCGTACGCTCCTCATTGAAGAGAAGAGCGTCAAGGCTCAGATCTGGGATACCGCCGGCCA
AGAAAGATACAGAGCGGTTACGAGCGCATACTACAGAGGAGCAGTTGGTGCGATGCTTGT
TTATGATATTACTAAGCGTGAGACCTTTGACCACATCCCTCTTTGGCTTGAAGAGCTCAG
AGCTCATGCTGATAAGAACATTGTCATCATCCTCATTGGTAACAAGTCTGATCTCGAAGA
TCAGAGAGCGATTCCCACCGAAGACGCTAAAGAGTTTGCTGAGAAGGAAGGTCTTTTCTT
CCTCGAGACCTCTGCTTTGAACGCAACCAATGTCGAAAACTCCTTCAACACTCTCATGAC
AGAGATCTTCAACACTGTTAACAAGAAGAGTCTCTCATCTGCTGGTGAGTCGA*TAACCC
TGGTTCGTTGGCTGGTA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1CJ77JQ 777 0 0
TCAGCTTGGACTCCAAAGCCACCATCGGTGTCGAGTTTCAGACTCGTACGCTCCTCATTG
AAGAGAAGAGCGTCAAGGCTCAGATCTGGGATACCGCCGGCCAAGAAAGATACAGAGCGG
TTACGAGCGCATACTACAGAGGAGCAGTTGGTGCGATGCTTGTTTATGATATTACTAAGC
GTGAGACCTTTGACCACATCCCTCTTTGGCTTGAAGAGCTCAGAGCTCATGCTGATAAGA
ACATTGTCATCATCCTCATTGGTAACAAGTCTGATCTCGAAGATCAGAGAGCGATTCCCA
CCGAAGACGCTAAAGAGTTTGCTGAGAAGGAAGGTCTTTTCTTCCTCGAGACCTTTGCTT
TGAACGCAACCAATGTCGAAAACTCCTTCAACACTCTCATGACAGAGATCTTCAACACTG
TTAACAAGAAGAGTCTCTCATCTGCTGGTGAGTCGAATAACCCTGGTTCGTTGGCTGGTA
AGAAGATTGTCATCCCAGGTCCTGGACAGGAGGTTCCCGCTAAGACCAGCACGTGTTGTA
GTTCTGCTTGATCTGTGTCGTTTACAAAAGCAAAAATTCATTTGTCCCGTCTCCCCCTTT
GAACTATGGTGATGATAGAGAATGCTTACTTTCATATTGTATATTCTTTTTGGAATCTGG
CTTGTGTTGCTTGCTTCCTTGGTTCATTAAACAATGGTGCAATTAGACACCGATAGAGAG
TGTATTGGAGAACAAATAGCTTTTGATTTTGAAATGTTAAACACCATCCTTCAGTTT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL4708Contig1 342 2 1 U
GGTGAAAGATCAGTATCAGTTAAAAAAATATTAGCAGGAAGCAGAAGACTTGTTGTACCT
CCCAAGCAACTGGATATCCTCGCTTCTGTCAAGGAGATGAATGATAAGTTGATAACTCTC
CAGTCTATTTACTACTTTGGAGTTCGTGAGAACAGATGTTGAAGCCTTGGAGGAGAGCTA
ACATGTTGGAGATTTGGAATCTTGGAAGAGTGCAACTTTGGGTTTTTAGTTTTATGATAA
ACATTATAAAATTATGAATAAAAATATGTAAACTTTGAATTTTTAATTTCTTGATGAACA
TATACAAGTATAAATAAAAAAATATGTAAGCATTGAGTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FL68JQ C 1
AF RR1FL68TF U 1
BS 1 342 RR1FL68TF

RD RR1FL68JQ 342 0 0
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TATACAAGTATAAATAAAAAAATATGTAAGCATTGAGTTTTT

QA 1 342 1 342
DS 

RD RR1FL68TF 342 0 0
GGTGAAAGATCAGTATCAGTTAAAAAAATATTAGCAGGAAGCAGAAGACTTGTTGTACCT
CCCAAGCAACTGGATATCCTCGCTTCTGTCAAGGAGATGAATGATAAGTTGATAACTCTC
CAGTCTATTTACTACTTTGGAGTTCGTGAGAACAGATGTTGAAGCCTTGGAGGAGAGCTA
ACATGTTGGAGATTTGGAATCTTGGAAGAGTGCAACTTTGGGTTTTTAGTTTTATGATAA
ACATTATAAAATTATGAATAAAAATATGTAAACTTTGAATTTTTAATTTCTTGATGAACA
TATACAAGTATAAATAAAAAAATATGTAAGCATTGAGTTTTT

QA 1 342 1 342
DS 



AS 1 2

CO CL4709Contig1 999 2 6 U
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ATTCAGCTCCTGTTGCAGCTGCTACTGCTGTTTTCTTGATCTACCCAATTGGTCAAGGAA
GTTTTTCTGATGGTATGCCTCTAGGAATCTCTGGTACTTTCAACTTTATGATTGTATTCC
AGGCTGAGCACAACATTCTTATGCACCCATTTCACATGTTAGGTGTAGCTGGTGTATTCG
GCGGCTCCCTATTTAGTGCTATGCATGGTTCTTTGGTAACTTCTAGTTTGATCAGGGAAA
CCACAGAAAATGAATCTGCTAATGAAGGGTACAGATTCGGTCAAGAAGAAGAAACTTACA
ACATTGTAGCTGCTCACGGTTATTTTGGCCGATTGATCTTCCAATATGCTAGTTTCAACA
ATTCTCGTTCTTTACATTTCTTCTTAGCGGCTTGGCCGGTAGTAGGTATTTGGTTTACTG
CTTTAGGTATTAGTACTATGGCTTTCAACCTAAATGGTTCCAATTTCAACCAATCAGTAG
TTGATAGTCAAGGACGTGTTATTAATACTTGGGCTGATATTATTAACCGTGCTAACCTTG
GTATGGAAGTTATGCATGAACGTAATGCTCACAACTTCCCTCTAGACCTAGCTGCTGTTG
AGTCTCCATCTATAAATGGATAATTCTTTAGTGTTAGTTTAGACCGACGTATGCAAATAA
TAACTTTGTAAGCAATAAAGATAGACTGTATGCTCGCGG


BQ
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AF RR1EA79TF U 1
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TGGGTCGTGAGTGGGAACTTAGTTTCCGTCTGGGTATGCGTCCTCGGATTGCTGTTGCAT
ATTCAGCTCCTGTTGCAGCTGCTACTGCTGTTTTCTTGATCTACCCAATTGGTCAAGGAA
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AGGCTGAGCACAACATTCTTATGCACCCATTTCACATGTTAGGTGTAGCTGGTGTATTCG
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CTTTAG*TATTAGTACTATGGCTTT

QA 1 745 1 745
DS 

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CTTGGCCGGTAGTAGGTATTTGGTTTACTGCTTTAGGTATTAGTACTATGGCTTTCAACC
TAAATGGTTCCAATTTCAACCAATCAGTAGTTGATAGTCAAGGACGTGTTATTAATACTT
GGGCTGATATTATTAACCGTGCTAACCTTGGTATGGAAGTTATGCATGAACGTAATGCTC
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GTGTTAGTTTAGACCGACGTATGCAAATAATAACTTTGTAAGCAATAAAGATAGACTGTA
TGCTCGCGG

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL4710Contig1 804 2 2 U
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ATCCCAGTGAGTGCAGCTATGAGACCCTGCTTGATTTGTTGGCCTAGGCATGATCCCACC
TCCTTGAATCGTCAGGGAGAGCTTGTGGGAGCTCAATACCGATCAGGGATATATTTCTAT
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AAAGATGTGGAAATATTACAACTT


BQ
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AF RR1F887TF U 1
AF RR1F887JQ C 197
BS 1 521 RR1F887TF
BS 522 804 RR1F887JQ

RD RR1F887TF 521 0 0
TATTATCAATCTAGCAAAAAAAAATGGATCCTTCTTTAGCTCAAGAAGAGTCTAAGTTAT
TAGATACACCTGCAACTGACCCTTCTCCTATAGCTCAAGAAGAGCCTCAGTTAGTAGACA
CAGCTGCTATAGTCCCTTCTCCGATAGCACAGGAGCCTGACAACGATGTTCCAGGACCGG
GAACCCAGTTTTCTGAGTTCGCCGCTGGATGCTTCTGGGGACTGGAGCTTGCTTTCCAGA
GGATCCCTGGGGTGACCGAGACTGAGGTCGGGTACACTCAAGGGATCTCACATAATCCTA
CATACAAGGTTGTCCGCACGAACAAAACGAACCATGCAGAGGTTGTAAGGGTTCAATATG
ATCCCAGTGAGTGCAGCTATGAGACCCTGCTTGATTTGTTGGCCTAGGCATGATCCCACC
TCCTTGAATCGTCAGGGAGAGCTTGTGGGAGCTCAATACCGATCAGGGATATATTTCTAT
ACACCAGAGCAAGAGAAGCTAGCACGTGAGTCTCTAGAGAA

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1F887JQ 608 0 0
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CGAGACTGAGGTCGGGTACACTCAAGGGATCTCACATAATCCTACATACAAGGTTGTCCG
CACGAACAAAACGAACCATGCAGAGGTTGTAAGGGTTCAATATGATCCCAGTGAGTGCAG
CTATGAGACCCTGCTTGATTTGTTGGCCTAGGCATGATCCCACCTCCTTGAATCGTCAGG
GAGAGCTTGTGGGAGCTCAATACCGATCAGGGATATATTTCTATACACCAGAGCAAGAGA
AGCTAGCACGTGAGTCTTTAGAGAATCAGCAGAAAAAGCTTGAGGAGAAGATTGTGACTG
AGATCTTACCAGCGAAGAAGTTTTACAAAGCTGAAGAATACCATCAGCACTACCTTGTCA
AAGGTGGCATGTATGGCAATGCACAATCTCCTGCAAAGAGCTGCAAGGACCCTATTCGTT
GCTACGGCTAAGTATAAAGACTTTGTAACTCTTTCATCCCAAAACAGAGGAGTGTTCTCT
GTTTGCATTTATGTGTGTGTTATTTGTAATTCTAAGTTCATAATAAAGATGTGGAAATAT
TACAACTT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL4711Contig1 487 2 1 U
AAGGTTCTGAGGGAGAATCACAACGGAGAAAACAGCCAAACGGATAACGATGATCTGGTA
CGACTTCAACTTGAGACGTTATTGGCTGAGAAGGCTCGGTTAGCCCACGAGAACTCGATA
TACACACGGGAAAATCTCTATCTGAGAGGTGTAGTCGAATACCACCAGCTCACGATGCAG
GATGTGGTCTATTTCGATGAGAGGACTGAAGAAGTAACTGAGGTATATCCCGTTAGTTTC
ACTTCAGTGTCTTCTTCATCAGATATATCTCACACTCCTCCAAACCCACAAGTCTTGGAG
TTCAAGTGAGACCACTATTTATTATGTTCTTGTAGTGATTCAGACAACAAAGACAAATCG
TTGTCTGTAATCACTCTGTACCTGTAGAAAACATATGTACATTTGTATTCTCTTCTCACT
CAGGGTGGGGGTAGTTATGAAAGTTATTTATACCCTTACTTCTTATTAATTAATAAAATA
AAACTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EN17TF U 1
AF RR1EN17JQ C 9
BS 1 487 RR1EN17TF

RD RR1EN17TF 487 0 0
AAGGTTCTGAGGGAGAATCACAACGGAGAAAACAGCCAAACGGATAACGATGATCTGGTA
CGACTTCAACTTGAGACGTTATTGGCTGAGAAGGCTCGGTTAGCCCACGAGAACTCGATA
TACACACGGGAAAATCTCTATCTGAGAGGTGTAGTCGAATACCACCAGCTCACGATGCAG
GATGTGGTCTATTTCGATGAGAGGACTGAAGAAGTAACTGAGGTATATCCCGTTAGTTTC
ACTTCAGTGTCTTCTTCATCAGATATATCTCACACTCCTCCAAACCCACAAGTCTTGGAG
TTCAAGTGAGACCACTATTTATTATGTTCTTGTAGTGATTCAGACAACAAAGACAAATCG
TTGTCTGTAATCACTCTGTACCTGTAGAAAACATATGTACATTTGTATTCTCTTCTCACT
CAGGGTGGGGGTAGTTATGAAAGTTATTTATACCCTTACTTCTTATTAATTAATAAAATA
AAACTAA

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1EN17JQ 479 0 0
GAGGGAGAATCACAACGGAGAAAACAGCCAAACGGATAACGATGATCTGGTACGACTTCA
ACTTGAGACGTTATTGGCTGAGAAGGCTCGGTTAGCCCACGAGAACTCGATATACACACG
GGAAAATCTCTATTTGAGAGGTGTAGTCGAATACCACCAGCTCACGATGCAGGATGTGGT
CTATTTCGATGAGAGGACTGAAGAAGTAACTGAGGTATATCCCGTTAGTTTCACTTCAGT
GTTTTCTTCATCAGATATATCTCACACTCCTCCAAACCCACAAGTCTTGGAGTTCAAGTG
AGACCACTATTTATTATGTTCTTGTAGTGATTCAGACAACAAAGACAAATCGTTGTCTGT
AATCACTCTGTACCTGTAGAAAACATATGTACATTTGTATTCTCTTCTCACTCAGGGTGG
GGGTAGTTATGAAAGTTATTTATACCCTTACTTCTTATTAATTAATAAAATAAAACTAA

QA 1 479 1 479
DS 



AS 1 2

CO CL4712Contig1 986 2 8 U
GGGCGGTTAACATTGGAGAGAGACGTGAGGTATGGCGGCGAAGGAGATCGACGTCGGGAG
CAGTTCAATCGACGGAGGAGATCCATGTCCAATTTGCCTCGGACCCATACTCCAAGAATC
ATATCTTGATACATGTTTCCACAAGTTTTGTTTCAGATGTATAAAACAATGGATCAAAGT
TGTTTCCAGCAAGGTCACAAAGCCTTTGTCTTCTGTTAAGTGTCCTCTCTGTAAGAGGGA
TAACATCTCAATCATATACAACTTCGACGGGCACTCTTTTGACCGGCATTATGTTGATCC
GAATATTACAGATGGCTTTGTCCTAACAAAGGAACAGAGGTGTAGATTGCAATGTTACTA
CACCGAATCAGGTTTCTTGGCGGATGTGTTTGACGTTCCTAAGTTTTGGAAACTGAAGAA
GTTCCTACAGAGGAATCGGTGGCTTGAATCCTGGTTGAGAAGGGAGCTTCAAGCTCTGAT
GCAGGAGGAAGATGTTGATATCGTTCTGCACCATCTGGTCGGTGTAATGGATTCCTTCTG
CAAAAGAACCGAACAGAGACACAAGCAAGAAACAAGAAGCGGAGAGGCCTTTCGAGAACA
GTTCAAATCGGTGATTGCAGAGGCGGCTCGTCCTTTCTTACTGGCGAGAACAGACCGGTT
TGTCCACGAGTTAGAACTCTTCCTAGCATCGGGGCTAAACATGGAGGCTTACGACGCAGT
TTATAAGCAGAGATTAGATAAGAACAACTTGAGAGAGATCGGTGTAGCCAATGAAGCAGG
AGTAGAAGAAGAGAACAGAGGAACTCCTAACTTGTTCCTTTTTGAGGAAGACACGGAGGA
CTAAAGGGAAAAAAAAAGTACTCATCACTTGTAATGTGTAAAGAAACACACAACTCATAG
GGCCTCAAGTGTGCTATACTGATTACTCGTGTGTAAAGTTTAACTCTTTGTCCTCACATA
AAAAACGCACAACATACCATTTATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DU35TF U 1
AF RR1DU35JQ C 508
BS 1 706 RR1DU35TF
BS 707 707 RR1DU35JQ
BS 708 734 RR1DU35TF
BS 735 735 RR1DU35JQ
BS 736 743 RR1DU35TF
BS 744 744 RR1DU35JQ
BS 745 774 RR1DU35TF
BS 775 986 RR1DU35JQ

RD RR1DU35TF 774 0 0
GGGCGGTTAACATTGGAGAGAGACGTGAGGTATGGCGGCGAAGGAGATCGACGTCGGGAG
CAGTTCAATCGACGGAGGAGATCCATGTCCAATTTGCCTCGGACCCATACTCCAAGAATC
ATATCTTGATACATGTTTCCACAAGTTTTGTTTCAGATGTATAAAACAATGGATCAAAGT
TGTTTCCAGCAAGGTCACAAAGCCTTTGTCTTCTGTTAAGTGTCCTCTCTGTAAGAGGGA
TAACATCTCAATCATATACAACTTCGACGGGCACTCTTTTGACCGGCATTATGTTGATCC
GAATATTACAGATGGCTTTGTCCTAACAAAGGAACAGAGGTGTAGATTGCAATGTTACTA
CACCGAATCAGGTTTCTTGGCGGATGTGTTTGACGTTCCTAAGTTTTGGAAACTGAAGAA
GTTCCTACAGAGGAATCGGTGGCTTGAATCCTGGTTGAGAAGGGAGCTTCAAGCTCTGAT
GCAGGAGGAAGATGTTGATATCGTTCTGCACCATCTGGTCGGTGTAATGGATTCCTTCTG
CAAAAGAACCGAACAGAGACACAAGCAAGAAACAAGAAGCGGAGAGGCCTTTCGAGAACA
GTTCAAATCGGTGATTGCAGAGGCGGCTCGTCCTTTCTTACTGGCGAGAACAGACCGGTT
TGTCCACGAGTTAGAACTCTTCCTAGCATCGGGGCTAAACATGGAG*CTTACGACGCAGT
TTATAAGCAGAGAT*AGATAAGA*CAACTTGAGAGAGATCGGTGTAGCCAATGA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1DU35JQ 479 0 0
GCACCATCTGGTCGGTGTAATGGATTCCTTCTGCAAAAGAACCGAACAGAGACACAAGCA
AGAAACAAGAAGCGGAGAGGCCTTTCGAGAACAGTTCAAATCGGTGATTGCAGAGGCGGC
TCGTCCTTTTTTACTGGCGAGAACAGACCGGTTTGTCCACGAGTTAGAACTTTTCCTAGC
ATCGGGGCTAAACATGGAGGCTTACGACGCAGTTTATAAGCAGAGATTAGATAAGAACAA
CTTGAGAGAGATCGGTGTAGCCAATGAAGCAGGAGTAGAAGAAGAGAACAGAGGAACTCC
TAACTTGTTCCTTTTTGAGGAAGACACGGAGGACTAAAGGGAAAAAAAAAGTACTCATCA
CTTGTAATGTGTAAAGAAACACACAACTCATAGGGCCTCAAGTGTGCTATACTGATTACT
CGTGTGTAAAGTTTAACTCTTTGTCCTCACATAAAAAACGCACAACATACCATTTATTC

QA 1 479 1 479
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4714Contig1 1194 2 6 U
GGACAAAACCCTGAAGCCATCCAACTGTTAATCTCTCTGCCTCCACCATTACAAAACCAG
TTGAAGCTTCTTGTTTTCCCCAAATTGTCTCATCTTGAGGAAGAAGAAGACAAAGTATTG
ATCTTTTCAAGAAACCATCAAATGGACGATGATGGCTCTGCTCATAGCTCACTGTTAGGA
GACCTGTCCACCGAAGAGGTCACAAGCAAGATCATTCTCACATCAATCATTGTTCTCTTC
ATGGCGGTTCTTGTCGTTCTCGTCCTCCACCTCTACGCCAAACTCCACTGGTGGCGAGTT
GACCAGCTCCAACAGCAAGAACAAGAACAAGAACAAGATGAACCTTCATCCATAGCTCCA
CCTGTCACCACTCACCTCCAACGGCGCCGTTTCATCTTCGTCCCAGGGCAAGATGCTCTG
TCCAACACTGGTGGTCTTACCCCTTTTGAGCTCAGTTCATTACCGATTGTCTTTTTCAGA
CAAGATGGTTTTGAATGTGCTATTTGCTTGTCTGATCTTGTCAAAGGAGACAAAGCTAGA
CTGCTTCCAAAGTGTAACCACAGCTTCCACGTTGAGTGTATTGACATGTGGTTTCACTCT
CACTCAACTTGTCCCATTTGCAGAAACACTGTTGGTCCTGAGCAACCTAGCTCAAAGCTA
ACCGAACTAGTTTCTGACAATGCAGTAGATTCTTCCCCGGAGTTCCCCACCAATGTCTTG
GTATGGGGTCGTCAGGATCAGGTTAGTACCAGAACCACCAATGTTGGGTGGTCTCAAGAA
GATGGTACTACTGATAATGCTGCTTCACAGAGTCAAGATGCTGTTGTTCCTGATATCAAT
GATTCTATAGCTAGAATTCAAGATGCACCGTCTTCATCATCATCAGTGAGGTTTATGGTT
GAAGAGGAAGAACCAAAATCTCCAATAACAACGAGGTTGAGGTCTTTAAGGAGGTTTCTG
AGCAGAGACAAGAGAGTCTCTTGCAGCAATAGTGGCACTAGTGGTAGTAGTAGCTCCAAT
GCTGCTGCGTCTTCTTCTGTTGATCCTTGAAGATTGTGATTACATTAGCTGAGTAAAAAG
AATGGTATATATATATGTCAAACTGTCTAGTGGTATTGGCTTTGCTTTGTGTTTAAGAGC
TTTCTTTGTTATCCAAGTAATGTCATTAATCTACTTCAATGGAATTTCAGATTT


BQ
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A

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DS 

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AATCTACTTCAATGGAATTTCAGATTT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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TCTCCTTTTTACATAACAACATGAGCAGCAACAGAACACCAAACAGTAAAAGAGGAAACT
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AF RR1BD74TF U 1
AF RR1BD74JQ C 407
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BS 727 1167 RR1BD74JQ

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CTCTCATTAATTAAATCAAAACACAAATGGAGAGCTCTGCATCTTTAGCCATCGTTCTTC
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TTAAGGATTTAAAGAACTTGCGGAAACAGTTATACTCAGCCGCTGAGTACTTCGAAACAT
CTTATGGCAAAGAAGAGCACAAAGAAACGGTGATCGAGACGTTGAAAGAGTATGCAGCCA
AGGCAGTAGTGAACACAGTGGATCATCTTGGCTCTGTCTCTGATAAATTCAACTCTTTTC
TCTCTGATAACTCAGCCCATTTCTCCACCACTCATCTTCGTTTGTCTTCTCTCGAACAAA
GGATGAAACTATGCAGAGAGTACATGGGGAAAAGTGGGACTTCTCATCATTGCTTTCTCA
TTCAATCTCCTCCTCACCATCATAAGCGTTACTTCTTCCCTCAACATGGAAGAGGTGAAC
GTGGAAGAGGCACAAGTTTTTCCGCAGGAGATGACTCGCATAGGTTCAAGAGTGTTCGAT
CAACAATACTAGAAAAACACACAAGTACTACTGCAAGAAAAGCTTATAAGACAGGAAGCT
TCTCCTTTTTACATAACAACATGAGCAGCAACAGAACACCAAACAGTAAAAGAGGAAACT
CTCCTC

QA 1 726 1 726
DS 

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TCATTGCTTTCTCATTCAATCTCCTCCTCACCATCATAAGCGTTACTTCTTCCCTCAACA
TGGAAGAGGTGAACGTGGAAGAGGCACAAGTTTTTCCGCAGGAGATGACTCGCATAGGTT
CAAGAGTGTTCGATCAACAATACTAGAAAAACACACAAGTACTACTGCAAGAAAAGCTTA
TAAGACAGGAAGCTTCTCCTTTTTACATAACAACATGAGCAGCAACAGAACACCAAACAG
TAAAAGAGGAAACTCTCCTCTGAGGTTTCCTCTCTTACGTTCAGGATCTCAACTGAAACA
CTCAAGCTCTCCAGGCCAGCCAAGAATACTGGCGTTGTTACCGGAACCAGAAAGAGCGAT
ATCTTTGTCCACAAGTAGAGAGATAGTGGAGATAAAGCAAAAATCTTCATTGAGAAAGGG
GAAGAAGAGTCTGATGCTCAAGGCACTGATGAGTATGAGCAGCAAGTCCAGAAACTAAAT
CCCTCCCTTTTTATTTTACATTTTTATAATTTTTTTTTTTTTTTTTGAACTATACATTTT
ATAATGTTCATCCTTAAGATTGTACAAAAAAAACATGTGAACTAAGGAGAGAGTAATAAT
GGTTATTCTCAATCTTGTTTAGATGCTTTGGTTGAAAATGGTGTGGTTGAATTTCCATAG
GAACATACAAAGTTTCTTTACTAGTTAAGTTTTTTCACTTC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

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ATTACTCAGTGGAAATAGAGACTGAGGTTAATGGTTTCTCGACAAAAAGGAACCCTCTAC
TCCAGAAAGAGGGATTTTACAATCTATGAGGAAGAGTTTCACAATTTATTCAATAAGAGC
AAACAAGAAGATCCACCACAGGGCAAACTTCAGAGCACTAAGTTCAATGAAGGACCAAAA
TCAGAGAGTATGAGATCAATTACCTTAGATTTTGAACTTCATCTCAACACCTCTCTACCT
TCAGATCGGCAGAAACCTATGGAGGCTGAGGGATATTCGAGAGCATCTGAGGATCATAGT
ACATACCCCAAAGATCCGGTGATGGTCGGACGTCCTAAGATGAGCTTAGACCTTGAGTTG
AACCTTTCACCTTCTTACTCACCTTCAATAACCACAACGGAGATAGATGAATCCTCAGAT
CACCAAGAGACCGCGTCACCACCAAAGGGTAAAAAATTGACAAGCCCGAGCATGAAGACA
ACAACAAGTGGGACAAGGTTAAACCGATCACTGTCTTGGCTTGCTTTTGAAGGCGGAGAT
GATGATCACAAGGAACAAGAGATGGTAACAAAAGTATGCATGAAATGCCACATGCTGGTT
ATGCTATGCGCATCAACTCCTGTTTGTCCTAACTGCAAATTCATGCACCCACATGATCAC
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TTGAAGGAATAATATAAGGTAGAGACTAGATAAGGAC


BQ
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AF RR1GO34TF U 1
AF RR1GO34JQ C 375
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TCAGATCGGCAGAAACCTATGGAGGCTGAGGGATATTCGAGAGCATCTGAGGATCATAGT
ACATACCCCAAAGATCCGGTGATGGTCGGACGTCCTAAGATGAGCTTAGACCTTGAGTTG
AACCTTTCACCTTCTTACTCACCTTCAATAACCACAACGGAGATAGATGAATCCTCAGAT
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ACAACAAGTGGGACAAGGTTAAACCGATCACTGTCTTGGCTTGCTTTTGA*GGCGGAGAT
GATGATCACAAG*AACAAGAGATGGTAACAAAAGTATGCATGAAATGCCAC

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DS 

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AAGGTTAAACCGATCACTGTCTTGGCTTGCTTTTGAAGGCGGAGATGATGATCACAAGGA
ACAAGAGATGGTAACAAAAGTATGCATGAAATGCCACATGCTGGTTATGCTATGCGCATC
AACTCCTGTTTGTCCTAACTGCAAATTCATGCACCCACATGATCACAGCTCTACAAAACT
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AAAGATATTATTATTATTTTTTTGTAAACTAATGGATCAAAGATATTTGAAGGAATAATA
TAAGGTAGAGACTAGATAAGGAC

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

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AGTTTTAAAAGCTCCATGACGAAGATGTCTGCTAAGATGCGCGACGGTCTCACGACAGCG
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ATCATCTCCGAGGATCATTCCATCAAACCCACCATATCCGCCAAGGTGACGTCCCCATAC
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GAATCAGGGAACTACATAGCGTGCTTTTGGGCAGATGCAAAGAGTCACGGCAACAAGGAC
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GCCATCCATGAAAATCTAATCTACCTAAGAAACAAAGAAGCAGACATGAGGACAGTGAGC
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GCTTTTTGACTCATCCACTTCCTTGGTGTTCAAAAAAAAAAAGGAACCATAATTCATTTC
CTCATCTCCTTTCTTTCTTGTTTACATTTTTTTTGCACACTTTATGTTAGTTGAGCGCTA
GAAGCCTAAACATGCATGTTTTATCTATTTTCTATAACATTAATTTATTATATTGTATTA
CACAAATTTTTTTATCGATTACTATGCAATAAACAATTTTATAAGCTTCATGTT


BQ
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AF RR1FW45TF U 1
AF RR1FW45JQ C 475
BS 1 603 RR1FW45TF
BS 604 954 RR1FW45JQ

RD RR1FW45TF 603 0 0
GGACTTAGAGCAAAGATCTGGTCACAACCACAAGACACGGATCGATGAATAGAATAGTAA
AGTTTTAAAAGCTCCATGACGAAGATGTCTGCTAAGATGCGCGACGGTCTCACGACAGCG
CTCCTTCTGTTCATTATGGTTCCGGTCGGTTAGGCGATTTGGCTAGACGTGCCTCCCTCG
GGAACAAAGTGCGTGTCTGAAGAAATACAGAGCAATATTGTCGTCTTGGCCGATTACATC
ATCATCTCCGAGGATCATTCCATCAAACCCACCATATCCGCCAAGGTGACGTCCCCATAC
GGAAACAATCTGCACCATTCAGAAAACGTGACGCATGGAGAATTTGCATTTACGACAAAA
GAATCAGGGAACTACATAGCGTGCTTTTGGGCAGATGCAAAGAGTCACGGCAACAAGGAC
GTTAGCATCAACGTTGAATGGAAAACTGGAATCGCTACTAAGGATTGGGCTTCTATTGCT
AAGAAAGAGAAGCTCGAGGGAGTGGAGCTGGAGATTAGGAAACTTGAAGGCGCAGTCGAA
GCCATCCATGAAAATCTAATCTACCTAAGAAACAAAGAAGCAGACATGAGGACAGTGAGC
GAG

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DS 

RD RR1FW45JQ 480 0 0
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GTGGAAGCCATCCATGAAAATTTAATTTACCTAAGAAACAAAGAAGCAGACATGAGGACA
GTGAGCGAGAAAACGAACTCGCGAGTAGCTTGGTGCAGTATGATGTCGCTAGCTATTTGC
ATTGTTGTTTCTGGATTACAAGTAGTTTACTTGAAGCATTACTTTGAGAAGAAGAAGCTT
ATTTGAGCTTTTTGACTCATCCACTTCCTTGGTGTTCAAAAAAAAAAAGGAACCATAATT
CATTTCCTCATCTCCTTTCTTTCTTGTTTACATTTTTTTTGCACACTTTATGTTAGTTGA
GCGCTAGAAGCCTAAACATGCATGTTTTATCTATTTTCTATAACATTAATTTATTATATT
GTATTACACAAATTTTTTTATCGATTACTATGCAATAAACAATTTTATAAGCTTCATGTT

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL4718Contig1 1117 2 8 U
ATATCTGCGTTGGAGACAGAAGAGAAGAGAAGTTAAACAGTGTTTGGGAGAGAGAGATGG
ATAGATGAGTTCGTCTCTACCTATGAGGCTCCTTCTTCTGCCTCTAACACCTTCTTTGAT
TTCTCCTCCGGATTCTTCTCATAAGCCTCTCCGATCGCAAAACCCTAATTTCATTCTCCG
TTCTTCTACTACTACTTCTTCTTCATTGTCGCAGCTTTTTCCCTGGCGATCCAGATCCTC
TTCTCCCTCTGTTCCCATGTGTTTTCCCCAACACAAGGAAGATCAAGCCAACATAGATAC
TTGGAGAAATGAAGAAGATGATCACATTACATGTGGGCTTGAATCAGATGAAGATTCCGG
CGGCCTCCGGATTCCTACTCAGGCTCAGGCCATTGTTGAAGGATCTGGTTCTGTTGCTGT
CTCTGAGCTCAAACCTTCCCTGATGTTGATTACATTCAAGAGCTGTTGGCGATACAGCAA
CAAGGGCCTAGAACAATTGGCTTCTTTGGGACCAGGAACATGGGTTTCATGCATCAAGAG
CTCATCGAGATACTTAGCTACGCCATGGTTATTACTAAAAATCATATATATACTTCAGGT
GCATCTGGAACTAACGCAGCTGTTATCAGAGGTGCGTTGAGAGCAGAGAGGCCAGAGCTT
CTTACTGTCATTTTGCCTCAAAGTTTGAAAAAGCAACCTCCTGAGAGCCAAGAACTCTTG
TCTAAAGTACAAAACGTGGTAGAAAAGCCACACAATGACCATTTGCCATTATTAGAAGCC
AGCAGGCTGTGTAATATGGACATCATATCACAAGTACAGCAAGTGATCTGCTTTGCCTTT
CGTGACAGTAAGCTTCTCATGGAGACATGTCAAGAAGCTAAAAATCTCCGCAAGATCGTC
ACTCTCTTCTACCTCGATTGATTCCCCACTTTATCTTATCTTCTCCCGGGAACACAAGAG
GATGGATACAAGTCTCTTTTGTAAATTGTGAATCTCTCCCCCATCCACAACATATTCTTT
TGTCTAAATTTTTGAAAACCCCCATCGTTGTGATTTTATAGGATGAATTCTCAACTATTT
GTAACGTTACATGGTGTTATAAAATCTATCTTCTCAC


BQ
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AF RR1CA54TF U 1
AF RR1CA54JQ C 379
BS 1 631 RR1CA54TF
BS 632 632 RR1CA54JQ
BS 633 681 RR1CA54TF
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BS 693 710 RR1CA54TF
BS 711 1117 RR1CA54JQ

RD RR1CA54TF 719 0 0
ATATCTGCGTTGGAGACAGAAGAGAAGAGAAGTTAAACAGTGTTTGGGAGAGAGAGATGG
ATAGATGAGTTCGTCTCTACCTATGAGGCTCCTTCTTCTGCCTCTAACACCTTCTTTGAT
TTCTCCTCCGGATTCTTCTCATAAGCCTCTCCGATCGCAAAACCCTAATTTCATTCTCCG
TTCTTCTACTACTACTTCTTCTTCATTGTCGCAGCTTTTTCCCTGGCGATCCAGATCCTC
TTCTCCCTCTGTTCCCATGTGTTTTCCCCAACACAAGGAAGATCAAGCCAACATAGATAC
TTGGAGAAATGAAGAAGATGATCACATTACATGTGGGCTTGAATCAGATGAAGATTCCGG
CGGCCTCCGGATTCCTACTCAGGCTCAGGCCATTGTTGAAGGATCTGGTTCTGTTGCTGT
CTCTGAGCTCAAACCTTCCCTGATGTTGATTACATTCAAGAGCTGTTGGCGATACAGCAA
CAAGGGCCTAGAACAATTGGCTTCTTTGGGACCAGGAACATGGGTTTCATGCATCAAGAG
CTCATCGAGATACTTAGCTACGCCATGGTTATTACTAAAAATCATATATATACTTCAGGT
GCATCTGGAACTAACGCAGCTGTTATCAGAG*TGCGTTGAGAGCAGAGAGGCCAGAGCTT
CTTACTGTCATTTTGCCTCAA*GTTTGAAAA*GCAACCTCCTGAGAGCCA
GACTCTTGT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1CA54JQ 739 0 0
TCAGGCTCAGGCCATTGTTGAAGGATCTGGTTCTGTTGCTGTCTCTGAGCTCAAACCTTC
CCTGATGTTGATTACATTCAAGAGCTGTTGGCGATACAGCAACAAGGGCCTAGAACAATT
GGCTTCTTTGGGACCAGGAACATGGGTTTCATGCATCAAGAGCTCATCGAGATACTTAGC
TACGCCATGGTTATTACTAAAAATCATATATATACTTCAGGTGCATCTGGAACTAACGCA
GCTGTTATCAGAGGTGCGTTGAGAGCAGAGAGGCCAGAGCTTCTTACTGTCATTTTGCCT
CAAAGTTTGAAAAAGCAACCTCCTGAGAGCCAAGAACTCTTGTCTAAAGTACAAAACGTG
GTAGAAAAGCCACACAATGACCATTTGCCATTATTAGAAGCCAGCAGGCTGTGTAATATG
GACATCATATCACAAGTACAGCAAGTGATCTGCTTTGCCTTTCGTGACAGTAAGCTTCTC
ATGGAGACATGTCAAGAAGCTAAAAATCTCCGCAAGATCGTCACTCTCTTCTACCTCGAT
TGATTCCCCACTTTATCTTATCTTCTCCCGGGAACACAAGAGGATGGATACAAGTCTCTT
TTGTAAATTGTGAATCTCTCCCCCATCCACAACATATTCTTTTGTCTAAATTTTTGAAAA
CCCCCATCGTTGTGATTTTATAGGATGAATTCTCAACTATTTGTAACGTTACATGGTGTT
ATAAAATCTATCTTCTCAC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL4719Contig1 709 2 2 U
GGGAGGTATGGCTGGTGCAGTGGCTCAAGCCTCTATATACCCTCTGGATCTTGTGAAAAC
TGGTTGCAGACTTGCACTAGCCAAGCAGGTGCCGCTTGTCCTCGGATTGGAACGCTCACT
AAAGACATTTTGGTTCATGAGGGTCCACGTGCCTTCTACAAAGGTCTTTTCCCTTCTCTT
CTCGGGATTATTCCTTATGCCGGTATCGATCTTGCTGCATATGAGAAATTAAAGGATTTG
TCCAGGACCTATATTCTTCAAGAGGACGCCGAACCAGGTCCGCTCATTCAACTAGGATGT
GGAACCATCTCAGGAGCCCTTGGAGCAACCTGTGTTTATCCTTTACAGGTTGTTAGAACA
AGAATGCAAGCGGAGCGAACAAGGACGTCGATGTCTGGAGTATTCAGGAGGACAATAAGT
GAAGAAGGGTACAAAGCACTCTACAAAGGGCTTCTACCGAATCTTCTTAAGGTTGTTCCT
GCTGCAAGCATTACGTATATGGTCTACGAAGCGATGAAAAAGAGTCTTGAACTTGATTAA
TGACTTCATTTTGATATTGACGAAAGAGTGGAAATAATAAAAAAAAGGGAACCTAGTTAA
AACTAGGTTGTTTTTAACATACTTGATTCTTCTAATCATCATTTGTAATGATATAATATA
CTTTAATGTTGTTTCTTTGGACTTTTTTTTCTTATTGTAGAAAGCTCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FE95TF U 1
AF RR1FE95JQ C 1
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AAAGACATTTTGGTTCATGAGGGTCCACGTGCCTTCTACAAAGGTCTTTTCCCTTCTCTT
CTCGGGATTATTCCTTATGCCGGTATCGATCTTGCTGCATATGAGAA

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR1FE95JQ 709 0 0
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TGGTTGCAGACTTGCACTAGCCAAGCAGGTGCCGCTTGTCCTCGGATTGGAACGCTCACT
AAAGACATTTTGGTTCATGAGGGTCCACGTGCCTTCTACAAAGGTCTTTTCCCTTCTCTT
CTCGGGATTATTCCTTATGCCGGTATCGATCTTGCTGCATATGAGAAATTAAAGGATTTG
TCCAGGACCTATATTCTTCAAGAGGACGCCGAACCAGGTCCGCTCATTCAACTAGGATGT
GGAACCATCTCAGGAGCCCTTGGAGCAACCTGTGTTTATCCTTTACAGGTTGTTAGAACA
AGAATGCAAGCGGAGCGAACAAGGACGTCGATGTCTGGAGTATTCAGGAGGACAATAAGT
GAAGAAGGGTACAAAGCACTCTACAAAGGGCTTCTACCGAATCTTCTTAAGGTTGTTCCT
GCTGCAAGCATTACGTATATGGTCTACGAAGCGATGAAAAAGAGTCTTGAACTTGATTAA
TGACTTCATTTTGATATTGACGAAAGAGTGGAAATAATAAAAAAAAGGGAACCTAGTTAA
AACTAGGTTGTTTTTAACATACTTGATTCTTCTAATCATCATTTGTAATGATATAATATA
CTTTAATGTTGTTTCTTTGGACTTTTTTTTCTTATTGTAGAAAGCTCTC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTGACCCCTCCGCGCGTCACGGCGTCACGCAGTTCTCGGATCTGACTCGGTCAGAGTTCA
GGGAGAAGCATCTCGGGGTTAGAGGAGGCGGGTTTAAGCTCCCCAAGGATGCCAACAAGG
CTCCCATCCTCCCTACCGAGAATCTCCCCGAGGAGTTTGATTGGAGAGATCGTGACGCTG
TTACCCCCGTCAAAAACCAGGGACCTTGCGGTTCTTGTTGGAGTTTCAGTGCAACCGGAG
CTCTGGAAGGTGCTAACTTCCTCGCTACCGGCAAGCTCGTCAGCCTTAGCGAGCAACAGC
TTGTCGACTGTGATCACGAGTGTGACCCAAAAGAGGCAGGTTCATGTGACTCTGGTTGCA
ACGGTGGCCTCATGAACAGCGCATTCAAATACACACTCAAAACCGGAGGGCTCATGAGAG
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TCGTTGCGTCCGTTTCCAACTTCAGCGTCATTTCCATCGACGAAGACCAGATCGCTGCGA
ACCTTGTCAAGAACGGACCTCTCGCGGTGGCCATCAACGCCGCGTATATGCAGACTTACA
TCGGAGGAGTCTCGTGCCCTTACGTGTGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DR73TF U 188
AF RR1GE65TF U 1
BS 1 389 RR1GE65TF
BS 390 390 RR1DR73TF
BS 391 446 RR1GE65TF
BS 447 447 RR1DR73TF
BS 448 690 RR1GE65TF

RD RR1DR73TF 343 0 0
G
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GTCAAAAACCAGGGATCTTGCGGTTCTTGTTGGAGTTTCAGTGCAACCGGAGCTCTGGAA
GGTGCTAACTTCCTCGCTACCGGCAAGCTCGTCAGCCTTAGCGAGCAACAGCTTGTCGAC
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CTCATGAACAGCGCATTCAAATACACACTCAAAACCGGAGGGCTCATGAGAGAAGAAGAC
TATCCTTACACCGGAAAGGACGGTCCTACCTGCAAGCTAGAC

QA 2 343 2 343
DS 

RD RR1GE65TF 690 0 0
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TTGACCCCTCCGCGCGTCACGGCGTCACGCAGTTCTCGGATCTGACTCGGTCAGAGTTCA
GGGAGAAGCATCTCGGGGTTAGAGGAGGCGGGTTTAAGCTCCCCAAGGATGCCAACAAGG
CTCCCATCCTCCCTACCGAGAATCTCCCCGAGGAGTTTGATTGGAGAGATCGTGACGCTG
TTACCCCCGTCAAAAACCAGGGACCTTGCGGTTCTTGTTGGAGTTTCAGTGCAACCGGAG
CTCTGGAAGGTGCTAACTTCCTCGCTACCGGCAAGCTCGTCAGCCTTAGCGAGCAACAGC
TTGTCGACTGTGATCACGAGTGTGACCCAGAAGAGGCAGGTTCATGTGACTCTGGTTGCA
ACGGTGGCCTCATGAACAGCGCATTCGAATACACACTCAAAACCGGAGGGCTCATGAGAG
AAGAAGACTATCCTTACACCGGAAAGGACGGTCCTACCTGCAAGCTAGACAAGGCCAAGA
TCGTTGCGTCCGTTTCCAACTTCAGCGTCATTTCCATCGACGAAGACCAGATCGCTGCGA
ACCTTGTCAAGAACGGACCTCTCGCGGTGGCCATCAACGCCGCGTATATGCAGACTTACA
TCGGAGGAGTCTCGTGCCCTTACGTGTGCA

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL4722Contig1 757 2 2 U
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CTGAACCATGACTGCTCAAGCCGCGACACCACCTGGTCCTCTGCTCGTTCCACGCCGTGA
TTACTCTGAGTTGTCCCATCTTCTCCTTCCCCGTGGCTGACTTCATCCCCTCGACGATTC
ACGCCGTCGTCATCTCAACCGTCGCAATTCTCAGCTAAAGGTAATGCTCATCTCGACCTC
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CTTGTGTTTTCTGATCTTTGTTTCCATAGCAGCCCGAGTTTGAAGATGGTTTTAACGATG
AGTTTAAGCAAATATTTGAGAATTTTAACTTCAGGGAACTTGATTCCTTTGAGGGAACAA
AGTTATAGATGAATCTTATAGCTTGAATGTTAAGCACAAGTCACATAAACCCAGATTTGG
GATACTGCTGGTGAAGAAAGGTTTCTTCTCGATCTGTGTTCTTTACTTCTTGGCGGATCC
TCGAGAACTGAATTAAAAGTTTAAACCTTTTGCTGTAGATTGGTAGAGAACTCTTGCGTT
CATGTGTTTGTTGTTCTGTGTGAAGAGCTTAAGCAAGCTTTAGATCTGTATTTGTAGATC
TTATAGCCATGAATATGATATAAAGTTTTCATTTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H394TF U 1
AF RR1H394JQ C 274
BS 1 593 RR1H394TF
BS 594 757 RR1H394JQ

RD RR1H394TF 593 0 0
GGAAAGAAAAAAATGTCATTCATCCCTCTTCTCTATCAATCCCACCCATGGTATCTCAAT
CTGAACCATGACTGCTCAAGCCGCGACACCACCTGGTCCTCTGCTCGTTCCACGCCGTGA
TTACTCTGAGTTGTCCCATCTTCTCCTTCCCCGTGGCTGACTTCATCCCCTCGACGATTC
ACGCCGTCGTCATCTCAACCGTCGCAATTCTCAGCTAAAGGTAATGCTCATCTCGACCTC
CAATCGTCATCTGCTATCCCTCTGCCGTCATCGTTGGGCTCCAGATCCAGCAAGAGAAAG
CTTTGATCCTTTCCAATGGTGGATTTTTACGTATTTGCAAGACGGGTCCCTCAACTTCTG
CTTGTGTTTTCTGATCTTTGTTTCCATAGCAGCCCGAGTTTGAAGATGGTTTTAACGATG
AGTTTAAGCAAATATTTGAGAATTTTAACTTCAGGGAACTTGATTCCTTTGAGGGAACAA
AGTTATAGATGAATCTTATAGCTTGAATGTTAAGCACAAGTCACATAAACCCAGATTTGG
GATACTGCTGGTGAAGAAAGGTTTCTTCTCGATCTGTGTTCTTTACTTCTTGG

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1H394JQ 484 0 0
TTGGGCTCCAGATCCAGCAAGAGAAAGCTTTGATCCTTTCCAATGGTGGATTTTTACGTA
TTTGCAAGACGGGTCCCTCAACTTCTGCTTGTGTTTTCTGATCTTTGTTTCCATAGCAGC
CCGAGTTTGAAGATGGTTTTAACGATGAGTTTAAGCAAATATTTGAGAATTTTAACTTCA
GGGAACTTGATTCCTTTGAGGGAACAAAGTTATAGATGAATCTTATAGCTTGAATGTTAA
GCACAAGTCACATAAACCCAGATTTGGGATACTGCTGGTGAAGAAAGGTTTCTTCTCGAT
CTGTGTTCTTTACTTCTTGGCGGATCCTCGAGAACTGAATTAAAAGTTTAAACCTTTTGC
TGTAGATTGGTAGAGAACTCTTGCGTTCATGTGTTTGTTGTTCTGTGTGAAGAGCTTAAG
CAAGCTTTAGATCTGTATTTGTAGATCTTATAGCCATGAATATGATATAAAGTTTTCATT
TTTA

QA 1 484 1 484
DS 



AS 1 2

CO CL4723Contig1 1008 2 2 U
GGATCTTTTATCGGAACCCTAAGAAAAAACCCGAATCTATTTGAGGCGATTAGGTGATGT
TTATTCCAGTTGCTGTTGTATGTTGCGGCCTTAGCATCCTAATCAGACTGACAAACGGCA
GGGGAAAGATGACTTGTCAGCTTCTACGTCAAGCTATACCGGTGAACGACCTGAAAGGAC
TGGGGGAATGTCTTGAAAATGAGGAGATAAAAAACCCCATGGTTGTGGTGCGTGGAACAG
TTGGATCAACCTCAACTGTGGATAAGAGCGCTTTGGGAGTTTTCATCGAGGAAACGGCTG
AACTTGATATTGAGATCACGGATGCCTCTGGGAAAATATCTAAAACCAATTTCCGGAGGC
GTGAGGAAGTTCCTTGGTATTTGGATGATGGTACTGCTCGAGTGTATGTATGTGATTACC
AACTTACGGAAGGGTTTTATGATACACTAAAACAATACCACTCTCGTGAACCAGTTATTA
CATACTTTAAAACCTTTGCTTCTGATCATGGAAAAGAAGTACTCATGCTTACTGATGATG
TTTATTGTCGGAAGCGTCAGCAAGTTCTTGAGATTGGCACGTATTTGACCGTTGTTGGTA
CGGCTGTGAGAGACAAAGATGGAGCTCTCACGATAGCAGACGCACATCGGTTCTTCAAGG
GACATGTCGAACTTGAAGATTTTGTTAATGATCTTGAATTAGCATTAGAGGATAATGGGA
ATTTATCCTTATACTTAATAGCTCTGAGTGCGGTTTTGGTCGCTCTGCACATGTTGCACA
CTTGATGCAGATGACATCTGACTCGTAAAAGATGGCAATGAACAAGCTTTATATTACTGC
CTTTTGTTTTTGTATTAAGATTCCATAATCTATTAGTCGCTGACTTTATATGTTATCAAT
CAGATTTATAATAAAGAACGTGATTGTGTTGGATATGATAAATGTAACCGAACATGTGTG
TATATTGATCTTAATCTTATATGATAAATGTAACCGAACATGTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FM48TF U 1
AF RR1FM48JQ C 183
BS 1 655 RR1FM48TF
BS 656 1008 RR1FM48JQ

RD RR1FM48TF 655 0 0
GGATCTTTTATCGGAACCCTAAGAAAAAACCCGAATCTATTTGAGGCGATTAGGTGATGT
TTATTCCAGTTGCTGTTGTATGTTGCGGCCTTAGCATCCTAATCAGACTGACAAACGGCA
GGGGAAAGATGACTTGTCAGCTTCTACGTCAAGCTATACCGGTGAACGACCTGAAAGGAC
TGGGGGAATGTCTTGAAAATGAGGAGATAAAAAACCCCATGGTTGTGGTGCGTGGAACAG
TTGGATCAACCTCAACTGTGGATAAGAGCGCTTTGGGAGTTTTCATCGAGGAAACGGCTG
AACTTGATATTGAGATCACGGATGCCTCTGGGAAAATATCTAAAACCAATTTCCGGAGGC
GTGAGGAAGTTCCTTGGTATTTGGATGATGGTACTGCTCGAGTGTATGTATGTGATTACC
AACTTACGGAAGGGTTTTATGATACACTAAAACAATACCACTCTCGTGAACCAGTTATTA
CATACTTTAAAACCTTTGCTTCTGATCATGGAAAAGAAGTACTCATGCTTACTGATGATG
TTTATTGTCGGAAGCGTCAGCAAGTTCTTGAGATTGGCACGTATTTGACCGTTGTTGGTA
CGGCTGTGAGAGACAAAGATGGAGCTCTCACGATAGCAGACGCACATCGGTTCTT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1FM48JQ 826 0 0
GGGGAATGTCTTGAAAATGAGGAGATAAAAAACCCCATGGTTGTGGTGCGTGGAACAGTT
GGATCAACCTCAACTGTGGATAAGAGCGCTTTGGGAGTTTTCATCGAGGAAACGGCTGAA
CTTGATATTGAGATCACGGATGCCTCTGGGAAAATATCTAAAACCAATTTCCGGAGGCGT
GAGGAAGTTCCTTGGTATTTGGATGATGGTACTGCTCGAGTGTATGTATGTGATTACCAA
CTTACGGAAGGGTTTTATGATACACTAAAACAATACCACTCTCGTGAACCAGTTATTACA
TACTTTAAAACCTTTGCTTCTGATCATGGAAAAGAAGTACTCATGCTTACTGATGATGTT
TATTGTCGGAAGCGTCAGCAAGTTCTTGAGATTGGCACGTATTTGACCGTTGTTGGTACG
GCTGTGAGAGACAAAGATGGAGCTCTCACGATAGCAGACGCACATCGGTTCTTCAAGGGA
CATGTCGAACTTGAAGATTTTGTTAATGATCTTGAATTAGCATTAGAGGATAATGGGAAT
TTATCCTTATACTTAATAGCTCTGAGTGCGGTTTTGGTCGCTCTGCACATGTTGCACACT
TGATGCAGATGACATCTGACTCGTAAAAGATGGCAATGAACAAGCTTTATATTACTGCCT
TTTGTTTTTGTATTAAGATTCCATAATCTATTAGTCGCTGACTTTATATGTTATCAATCA
GATTTATAATAAAGAACGTGATTGTGTTGGATATGATAAATGTAACCGAACATGTGTGTA
TATTGATCTTAATCTTATATGATAAATGTAACCGAACATGTTTATC

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 2

CO CL4724Contig1 528 2 3 U
GGAATATCATTTCAATCTTATCCTCCTCTACTCAAAAGAGACATTAACGGCGATGGCGTC
GCTTCTACTCGGAGCTCCTCCGCGAGTCACCGTCGCAACATCTCCGAGGTTATTATCATC
ATCTCACTCGGAAACTCTCGGCGTCTCTCTCTCTTGCCTCCCTCAGCAACTGTCTCTCTC
CGCTTCGTCATCATCCAGCTCAATTCCACTTATGTACTGTGGCCGAGGTGACCGCAAAAC
TGCGAGAGGAAAGCGCTTTAATCACTCTTTCGGGAATGCGAGGCCACGGAACAAGAATAA
AGGAAGAGGTCCACAGAGAGTTCCTGTCCCTCCTGCACCACCGAGGAAGGATAAGTTTGA
GAACGACGAGAAGATCAAAATCGACATCGACGAGTCTCTCTTCTCCAACTAGAGAGTCTT
CTTATCACTGTAATTCTATTTGAGTAGATGCTGCCACTCTTTCTTGTTGCTAAACATCTC
CTCTTTTTTTTTTTTTAATGAAAATCTGCTTTCTTTGATAATGTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET92TF U 1
AF RR1AP87TF U 36
BS 1 211 RR1ET92TF
BS 212 212 RR1AP87TF
BS 213 528 RR1ET92TF

RD RR1ET92TF 528 0 0
GGAATATCATTTCAATCTTATCCTCCTCTACTCAAAAGAGACATTAACGGCGATGGCGTC
GCTTCTACTCGGAGCTCCTCCGCGAGTCACCGTCGCAACATCTCCGAGGTTATTATCATC
ATCTCACTCGGAAACTCTCGGCGTCTCTCTCTCTTGCCTCCCTCAGCAACTGTCTCTCTC
CGCTTCGTCATCATCCAGCTCAATTCCACTTGTGTACTGTGGCCGAGGTGACCGCAAAAC
TGCGAGAGGAAAGCGCTTTAATCACTCTTTCGGGAATGCGAGGCCACGGAACAAGAATAA
AGGAAGAGGTCCACAGAGAGTTCCTGTCCCTCCTGCACCACCGAGGAAGGATAAGTTTGA
GAACGACGAGAAGATCAAAATCGACATCGACGAGTCTCTCTTCTCCAACTAGAGAGTCTT
CTTATCACTGTAATTCTATTTGAGTAGATGCTGCCACTCTTTCTTGTTGCTAAACATCTC
CTCTTTTTTTTTTTTTAATGAAAATCTGCTTTCTTTGATAATGTTACG

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1AP87TF 484 0 0
GG
GAGACATTAACGGCGATGGCGTCGCTTCTACTCGGAGCTCCTCCGCGAGTCACCGTCGCA
ACATCTCCGAGGTTATTATCATCATCTCACTCGGAAACTCTCGGCGTCTCTCTCTCTTGC
CTCCCTCAGCAACTGTCTCTCTCCGCTTCGTCATCATCCAGCTCAATTCCACTTATGTAC
TGTGGCCGAGGTGACCGCAAAACTGCGAGAGGAAAGCGCTTTAATCACTCTTTCGGGAAT
GCGAGGCCACGGAACAAGAATAAAGGAAGAGGTCCACAGAGAGTTCCTGTCCCTCCTGCA
CCACCGAGGAAGGATAAGTTTGAGAACGACGAGAAGATCAAAATCGACATCGACGAGTCT
CTCTTCTCCAACTAGAGAGTCTTCTTATCACTGTAATTCTATTTGAGTAGATGCTGCCAC
TCTTTCTTGTTGCTAAACATCTCCTCTTTTTTTTTTTT*AATGAAAATCTGCTTTCTTTG
AT

QA 3 484 3 484
DS 



AS 1 2

CO CL4725Contig1 886 2 6 U
GGAGTGGCCCATGAACCAAGTGCTCCTGATGAATTGGAAACGACGAAGAGACGAGATGGC
AAGATGGTGATCGATGAAGGAGGAAATGATGGCGCGAGAACAAATCAGCTGATTTAAGAC
TGCATCATTTTAGAACAAAGGACGGGGCTTGATTCTTTGAAGCTCTGGATCCGATTTCTG
ATTTGGAGATCAATAGTCTTGAAGAGAGAGTCAATACTTCTGAAATTATTTGCATGCAAT
CCTTTCCATCCAGAGCCAGTAGACAACAAAGTTCCAAGCTAACAGAGTAAGGAGCTTACT
TGATTTTGGAGGAGGCATGTTCATCATCTGATTCAGTAAATCCGATCAGTTACGAAGGGG
GGGAAAGGCAACATCTTGCTGCTACAACTGTCCAGAGATCATATCTGTAAGTGCATTCCA
TATGGAGGTGGTTTCTAGATTCCGTCGCAGAGTTGCAGAGCATATAAAGATGATTCACTT
GTCGACCCCATCCAATAAAACGATCTCTCGTAGGGATCATGTCCAATACCACCATCCAGG
AGTGGAAAGAATGCCTTGGAACAGATTTGGGAGACCAAACGACCGAAGACCATCGCACTT
TGTCGATATTTCCACGCAGGTAATGATAGACATCACCGTATAATATTTCTCAGTGTTCTT
TCCATTTATTTTCTACACGTAGTTAGCAATGTCAATTGGGCGGGCCGGGCGGGTTTGGGT
GTGTCAGAATGGGCTTCATTTTTATGGTGGACAAATTTGGTCGTAGCCCAAATGGGACCA
TAACCAAATAAACCCACAATTTGTTGAGCTGTTCATTGGGTCTCATATGTCCATTTAATG
TAAAACACACAAACAAGTTTCATATTCATGTTTTTTAAGCTTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CN08TF U 1
AF RR1CN08JQ C 330
BS 1 728 RR1CN08TF
BS 729 729 RR1CN08JQ
BS 730 742 RR1CN08TF
BS 743 743 RR1CN08JQ
BS 744 778 RR1CN08TF
BS 779 886 RR1CN08JQ

RD RR1CN08TF 781 0 0
GGAGTGGCCCATGAACCAAGTGCTCCTGATGAATTGGAAACGACGAAGAGACGAGATGGC
AAGATGGTGATCGATGAAGGAGGAAATGATGGCGCGAGAACAAATCAGCTGATTTAAGAC
TGCATCATTTTAGAACAAAGGACGGGGCTTGATTCTTTGAAGCTCTGGATCCGATTTCTG
ATTTGGAGATCAATAGTCTTGAAGAGAGAGTCAATACTTCTGAAATTATTTGCATGCAAT
CCTTTCCATCCAGAGCCAGTAGACAACAAAGTTCCAAGCTAACAGAGTAAGGAGCTTACT
TGATTTTGGAGGAGGCATGTTCATCATCTGATTCAGTAAATCCGATCAGTTACGAAGGGG
GGGAAAGGCAACATCTTGCTGCTACAACTGTCCAGAGATCATATCTGTAAGTGCATTCCA
TATGGAGGTGGTTTCTAGATTCCGTCGCAGAGTTGCAGAGCATATAAAGATGATTCACTT
GTCGACCCCATCCAATAAAACGATCTCTCGTAGGGATCATGTCCAATACCACCATCCAGG
AGTGGAAAGAATGCCTTGGAACAGATTTGGGAGACCAAACGACCGAAGACCATCGCACTT
TGTCGATATTTCCACGCAGGTAATGATAGACATCACCGTATAATATTTCTCAGTGTTCTT
TCCATTTATTTTCTACACGTAGTTAGCAATGTCAATTGGGCGGGCCGGGCGGGTTTGGGT
GTGTCAGA*TGGGCTTCATTTT*ATGGTGGACAAATTTGGTCGTAGCCCAAATGGGAC
ATA

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1CN08JQ 557 0 0
GATTCAGTAAATCCGATCAGTTACGAAGGGGGGGAAAGGCAACATCTTGCTGCTACAACT
GTCCAGAGATCATATCTGTAAGTGCATTCCATATGGAGGTGGTTTCTAGATTCCGTCGCA
GAGTTGCAGAGCATATAAAGATGATTCACTTGTCGACCCCATCCAATAAAACGATCTTTC
GTAGGGATCATGTCCAATACCACCATCCAGGAGTGGAAAGAATGCCTTGGAACAGATTTG
GGAGACCAAACGACCGAAGACCATCGCACTTTGTCGATATTTCCACGCAGGTAATGATAG
ACATCACCGTATAATATTTCTCAGTGTTCTTTCCATTTATTTTCTACACGTAGTTAGCAA
TGTCAATTGGGCGGGCCGGGCGGGTTTGGGTGTGTCAGAATGGGCTTCATTTTTATGGTG
GACAAATTTGGTCGTAGCCCAAATGGGACCATAACCAAATAAACCCACAATTTGTTGAGC
TGTTCATTGGGTCTCATATGTCCATTTAATGTAAAACACACAAACAAGTTTCATATTCAT
GTTTTTTAAGCTTAACC

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

CO CL4726Contig1 1246 2 2 U
GGAAACAAAGATTTTCTCAAACCTGTGTGGAGAAGCAAGTGGAGAAGCGCAAATGGAGAA
GCCAAAGTTCAAAACTGTCCAAGAAGTGGTGTCAGCCGGTGAAGGACTACCGGAAAGATA
TCTCCACACACCCACCGGCGACATCGAAAGTCAACCTCTTGACTCTCCCGTGCCGGAGAT
GGATATTCCTGCCATCGATCTCGGTCATCTCCTGTCTCCTTCTGAATACGGTCGACAAGA
GTTGAGAAAGCTTCACTTATCGCTCTCTACATGGGGCGTTGTTCAGGTGATGAATCATGG
AATGACACAAGAGTTTCTTGACAAGATTTGCGAGCTAACCAAGCAGTTCTTTGCGCTTCC
GACAGAAGAGAAACAAAAGTATGCAAGAGAGATTGGTAGTATCCAAGGATATGGTAACGA
CATGATTCTCTCTGATGATCAAGTTCTTGATTGGATTGACCGTTTGTATCTCTCTACTTA
CCCTGAAGATCAACGGAAACTTCAGTTCTGGCCTGAGTTCCCAGCTGGTTTCAGGGAAAC
ATTACATGAATATACAATGAAGCAACAAGTGGTGATTGAGCAGTTCTTTAAGGCCATGGC
TAGATCGTTGGAACTAGATGAGAACTGCTTTCTAGACATGTATGGAGAAAATGCTATGAT
GGATACAAGATTTAACTTGTATCCTCCATGTCCAAGGCCAGACAAGGTTATTGGCGTCAA
ACCGCATGCTGATGGCTCTGCTTTCACTCTTCTCTTACCTGACAAAGATATCGAAGGGCT
TCAGTTCCTCAAAGATGGCAAGTGGTATAAACCTCCAATTGTCCCTGATACAATTCTGAT
CAATGTTGGAGATCAGATCGAGATTATGAGCAATGGGATATACAAGAGTCCAGTTCATAG
AGTGGTGACTAACAGAAAAAAGGAAAGGATATCTGTGGCAACTTTTTGTATTCCGGGTGC
AGACCAAGAGATTCAACCTGTAGAGGCCCTTGTGACTGAGACAAGACCAAGATTATATAA
GACCGTTAAGAAGTATGTTGAGCTCTACTTTGAATACTATCAACAGGGTCGAAGACCGAT
AGAATTTGCTTTGATCTGATGATACTTTTTTGCAAGTCGTCTTCTTGTTTTCACAAATGA
ATAATACCGTTGCTTTGTTTCCATTTTTTTTGAACTGTGAGGCTGCATTGCGTTGTGTTG
CTACTCTTGAAATATCATGACGTTTGAAGTTCATCTACACAAAGCG


BQ
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AF RR1GZ28TFB U 1
AF RR1GZ28JQ C 518
BS 1 588 RR1GZ28TFB
BS 589 1246 RR1GZ28JQ

RD RR1GZ28TFB 588 0 0
GGAAACAAAGATTTTCTCAAACCTGTGTGGAGAAGCAAGTGGAGAAGCGCAAATGGAGAA
GCCAAAGTTCAAAACTGTCCAAGAAGTGGTGTCAGCCGGTGAAGGACTACCGGAAAGATA
TCTCCACACACCCACCGGCGACATCGAAAGTCAACCTCTTGACTCTCCCGTGCCGGAGAT
GGATATTCCTGCCATCGATCTCGGTCATCTCCTGTCTCCTTCTGAATACGGTCGACAAGA
GTTGAGAAAGCTTCACTTATCGCTCTCTACATGGGGCGTTGTTCAGGTGATGAATCATGG
AATGACACAAGAGTTTCTTGACAAGATTTGCGAGCTAACCAAGCAGTTCTTTGCGCTTCC
GACAGAAGAGAAACAAAAGTATGCAAGAGAGATTGGTAGTATCCAAGGATATGGTAACGA
CATGATTCTCTCTGATGATCAAGTTCTTGATTGGATTGACCGTTTGTATCTCTCTACTTA
CCCTGAAGATCAACGGAAACTTCAGTTCTGGCCTGAGTTCCCAGCTGGTTTCAGGGAAAC
ATTACATGAATATACAATGAAGCAACAAGTGGTGATTGAGCAGTTCTT

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1GZ28JQ 729 0 0
TTCCCAGCTGGTTTCAGGGAAACATTACATGAATATACAATGAAGCAACAAGTGGTGATT
GAGCAGTTCTTTAAGGCCATGGCTAGATCGTTGGAACTAGATGAGAACTGCTTTCTAGAC
ATGTATGGAGAAAATGCTATGATGGATACAAGATTTAACTTGTATCCTCCATGTCCAAGG
CCAGACAAGGTTATTGGCGTCAAACCGCATGCTGATGGCTCTGCTTTCACTCTTCTCTTA
CCTGACAAAGATATCGAAGGGCTTCAGTTCCTCAAAGATGGCAAGTGGTATAAACCTCCA
ATTGTCCCTGATACAATTCTGATCAATGTTGGAGATCAGATCGAGATTATGAGCAATGGG
ATATACAAGAGTCCAGTTCATAGAGTGGTGACTAACAGAAAAAAGGAAAGGATATCTGTG
GCAACTTTTTGTATTCCGGGTGCAGACCAAGAGATTCAACCTGTAGAGGCCCTTGTGACT
GAGACAAGACCAAGATTATATAAGACCGTTAAGAAGTATGTTGAGCTCTACTTTGAATAC
TATCAACAGGGTCGAAGACCGATAGAATTTGCTTTGATCTGATGATACTTTTTTGCAAGT
CGTCTTCTTGTTTTCACAAATGAATAATACCGTTGCTTTGTTTCCATTTTTTTTGAACTG
TGAGGCTGCATTGCGTTGTGTTGCTACTCTTGAAATATCATGACGTTTGAAGTTCATCTA
CACAAAGCG

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL4727Contig1 947 2 2 U
GGAGTTTGACCTCTTAAAATTTCATTACAAAACTAGCATTTGATAAAGTCCTTTTGGCCT
GTTCGTCTATGTCAGGTCAGATAAACAATTTCGAGAAAGATACGAGAAATAAATTGAATC
AAAAGCAGACGAGATCTTGCAGATGTCACCGATGATCTCATTTGTGTGATGATTACTGGA
AATTTATCTCATGAGCGTTTTGTTGTCGGAGCACACATGCAAGTAAGGAAACTCCAGATT
CGCTGCCAAGGAGAGAGCCTCTCTCATCGCTACTCCTACAGCTATCAGGGCCGAACAGAT
GTAAGGCTGAGATGCGGATCCATAGATCGGCATCTGGAGTGAAGGTCCCGAAAAACCCCA
GGCCAATCCCGCCATTTTCCGATCCACTCGCCAAGCTGCGTCCGTTTTGCATCTCATTGT
TCTGGCTTCTAGAGCCATCCTCTTCTCAGCGTTTACATTCTGCTCTCCTCCCATAGAGGG
ATGGTGCGATTCTCGAAGACTAGGGTGTTTCTATATTTCCAAAGCATTCAGAAAATCCAC
GGCACTATCGTTTGTGTGACCCCTGACGGAGGGAGACATAGTATTTGCCTTAAACTCCTC
AGTGCCTCCTTCAAATTTGCATTCGCAGCTATGTGAACCGATTTCAGTAAAAGTATCAGA
TCCCAAACTTTTATCGCATAGGGGCAGTTAAAGAAAATGTTCTCCCCCTGGCAAAGGATC
CAGTACTGTCTCAATGGCAGCTGCACCCATGATGACCTTGGAGGAGGGAGATCAATCCTA
GTTTTGATGGTATTCTGAAATGATGCCAGAATGTAAACAAAAATTGGGCAAAAGTAATGG
CATTTATGACAAATGCAGCAGAGACTATTAAATTTTAAACTATTAAAACTGAAGTACATT
TGGTACTTAACCCTTATTTTTCCTAAATAATTACTATTAAATGCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP72TF U 1
AF RR1EP72JQ C 638
BS 1 705 RR1EP72TF
BS 706 947 RR1EP72JQ

RD RR1EP72TF 705 0 0
GGAGTTTGACCTCTTAAAATTTCATTACAAAACTAGCATTTGATAAAGTCCTTTTGGCCT
GTTCGTCTATGTCAGGTCAGATAAACAATTTCGAGAAAGATACGAGAAATAAATTGAATC
AAAAGCAGACGAGATCTTGCAGATGTCACCGATGATCTCATTTGTGTGATGATTACTGGA
AATTTATCTCATGAGCGTTTTGTTGTCGGAGCACACATGCAAGTAAGGAAACTCCAGATT
CGCTGCCAAGGAGAGAGCCTCTCTCATCGCTACTCCTACAGCTATCAGGGCCGAACAGAT
GTAAGGCTGAGATGCGGATCCATAGATCGGCATCTGGAGTGAAGGTCCCGAAAAACCCCA
GGCCAATCCCGCCATTTTCCGATCCACTCGCCAAGCTGCGTCCGTTTTGCATCTCATTGT
TCTGGCTTCTAGAGCCATCCTCTTCTCAGCGTTTACATTCTGCTCTCCTCCCATAGAGGG
ATGGTGCGATTCTCGAAGACTAGGGTGTTTCTATATTTCCAAAGCATTCAGAAAATCCAC
GGCACTATCGTTTGTGTGACCCCTGACGGAGGGAGACATAGTATTTGCCTTAAACTCCTC
AGTGCCTCCTTCAAATTTGCATTCGCAGCTATGTGAACCGATTTCAGTAAAAGTATCAGA
TCCCAAACTTTTATCGCATAGGGGCAGTTAAAGAAAATGTTCTCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1EP72JQ 310 0 0
CCGATTTCAGTAAAAGTATCAGATCCCAAACTTTTATCGCATAGGGGCAGTTAAAGAAAA
TGTTCTCCCCCTGGCAAAGGATCCAGTACTGTCTCAATGGCAGCTGCACCCATGATGACC
TTGGAGGAGGGAGATCAATCCTAGTTTTGATGGTATTCTGAAATGATGCCAGAATGTAAA
CAAAAATTGGGCAAAAGTAATGGCATTTATGACAAATGCAGCAGAGACTATTAAATTTTA
AACTATTAAAACTGAAGTACATTTGGTACTTAACCCTTATTTTTCCTAAATAATTACTAT
TAAATGCCAC

QA 1 310 1 310
DS 



AS 1 2

CO CL4728Contig1 881 2 2 U
AGGGAATTTGGAATTTGAAGGCGCAAGGGCGTGGCCAGAGAGAGAGAGTGAGAGATGCCA
AGAACTACACGCAGATCTGTAAATCAAAGGCTCCAATATATACAAGTTATCCAAGAATTG
CAGGAGGAGATCAAAATGTTACAGATTTCAAACGATAAACTCAATGGTGAGGGTCTCAAT
GGTCTAAGCTACACCGAGCTGGCTTCACTTGAAAGTATGTTAAAGGAGGGCTTCCGCAAT
GTGCAAGAACAAACAGATAAGGCACACCATGAATTAACAGTCAAGCAGATTGTTGAATGC
GATGTTATGGGAAAGGAATGGCTTGACGCAAAAGAGAAAGAGGATTTGGCCTACCAATCG
CTTCTGGCAAGGAGAAGAAGAGCTTTGAGGAACAAGGCTAGAGAACTCCGTCTCAGCAGC
CCTCAAGACAGCCCGCAGGAGTATACCTATAACCATGAAGAACTGGTTAGTATCTTACTA
TCTTATATCGATGCCCATGTTTCTCACCTTTCATGTCCTGTCGCTTCACATTGGTTTTTG
TCTGTTTCTTGCAGATGTCAACCATCGAATGTTTGAAGATCGAGAAGGAGAGATTACGGC
TTTTGAACCAGAGAATGATTGGTAAAGAGCTTGACGGTATGGGTTACTCGGAGCTGTTGG
TGTTTAGCTGTGCGATACAGGGTGGTATGTTGAAAGCCGAAGAAGAGAAGAAGAAGATAA
AACGTGCAAGGCAGGTTCTTAGGGGCGTTTAGTAAGAGACTCTTGTGACTGAGTATATGT
ACTTAGGTAATATATATTGGTTCTAGCTTTGTGTGTTGATAATCTATGTCTCTCTGGTGA
TTGTGATTATGATTAAGTTTAAAAGACTTGTGGTTTTGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DC21TF U 1
AF RR1DC21JQ C 594
BS 1 714 RR1DC21TF
BS 715 881 RR1DC21JQ

RD RR1DC21TF 724 0 0
AGGGAATTTGGAATTTGAAGGCGCAAGGGCGTGGCCAGAGAGAGAGAGTGAGAGATGCCA
AGAACTACACGCAGATCTGTAAATCAAAGGCTCCAATATATACAAGTTATCCAAGAATTG
CAGGAGGAGATCAAAATGTTACAGATTTCAAACGATAAACTCAATGGTGAGGGTCTCAAT
GGTCTAAGCTACACCGAGCTGGCTTCACTTGAAAGTATGTTAAAGGAGGGCTTCCGCAAT
GTGCAAGAACAAACAGATAAGGCACACCATGAATTAACAGTCAAGCAGATTGTTGAATGC
GATGTTATGGGAAAGGAATGGCTTGACGCAAAAGAGAAAGAGGATTTGGCCTACCAATCG
CTTCTGGCAAGGAGAAGAAGAGCTTTGAGGAACAAGGCTAGAGAACTCCGTCTCAGCAGC
CCTCAAGACAGCCCGCAGGAGTATACCTATAACCATGAAGAACTGGTTAGTATCTTACTA
TCTTATATCGATGCCCATGTTTCTCACCTTTCATGTCCTGTCGCTTCACATTGGTTTTTG
TCTGTTTCTTGCAGATGTCAACCATCGAATGTTTGAAGATCGAGAAGGAGAGATTACGGC
TTTTGAACCAGAGAATGATTGGTAAAGAGCTTGACGGTATGGGTTACTCGGAGCTGTTGG
TGTTTAGCTGTGCGATACAGGGTGGTATGTTGAAAGCCGAAGAAGAGAAGAAGA
GATAAACGTG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1DC21JQ 288 0 0
TTACGGCTTTTGAACCAGAGAATGATTGGTAAAGAGCTTGACGGTATGGGTTACTCGGAG
CTGTTGGTGTTTAGCTGTGCGATACAGGGTGGTATGTTGAAAGCCGAAGAAGAGAAGAAG
AAGATAAAACGTGCAAGGCAGGTTCTTAGGGGCGTTTAGTAAGAGACTCTTGTGACTGAG
TATATGTACTTAGGTAATATATATTGGTTCTAGCTTTGTGTGTTGATAATCTATGTCTCT
CTGGTGATTGTGATTATGATTAAGTTTAAAAGACTTGTGGTTTTGCTC

QA 1 288 1 288
DS 



AS 1 2

CO CL4729Contig1 583 2 2 U
GAACACATCATTAGTTTTCCTTAGATTTCAAGAAAACAGAAAGAAATTAAAAACGTAATA
AAATTAAGGCCTAAAGCGCTGACTGCAAGAGTGGCAAGTGATCTCCAAGCAAGTCGTATC
GATCTTGGTCATTGATCTCTCCTTCAACCTCTCCGCTCTCTCAACCTCCTCCCTCGCCTT
CTGCCACATCACCCTTGCCCGAGCAAACTCAGATTGAGCCATCTCCATCTCACGGCGAGT
CAGCTCTCTGACTCTCTCGGCGTAAGCCTTCTCTATCGCCGCGAGTCTTATCTGCTCCGC
AGCCTGCCACTTCAGAACCTCCACACCTCCTCCGCCGCCATCCCTTACATGCTCCACCGT
CGCCGTTGGAACTGTACTGAGGCTGATGGAGAGTTTGAGGTCGAGGTCGTGGTGGATCAT
GGATGAGGAATGGTGGTGATCGGTTGTTGTAACTGTTGGGCGGAGTGTCCTTACCGGAGA
TTCCGTCAGTGGAGAAGGTAAAAGCTGAAGCTCTTTGTGATGATCATGTTGCTGCTGTTG
TTCAGCCATTTTTTGGTTTTGTTTTTTGTTGGGAGCTAAAAAA


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CW47TF C 1
AF RR1CW47JQ U 3
BS 1 2 RR1CW47TF
BS 3 583 RR1CW47JQ

RD RR1CW47TF 243 0 0
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AAATTAAGGCCTAAAGCGCTGACTGCAAGAGTGGCAAGTGATCTCCAAGCAAGTCGTATC
GATCTTGGTCATTGATCTCTCCTTCAACCTCTCCGCTCTCTCAACCTCCTCCCTCGCCTT
CTGCCACATCACCCTTGCCCGAGCAAACTCAGATTGAGCCATCTCCATCTCACGGCGAGT
CAG

QA 1 243 1 243
DS 

RD RR1CW47JQ 581 0 0
ACACATCATTAGTTTTCCTTAGATTTCAAGAAAACAGAAAGAAATTAAAAACGTAATAAA
ATTAAGGCCTAAAGCGCTGACTGCAAGAGTGGCAAGTGATCTCCAAGCAAGTCGTATCGA
TCTTGGTCATTGATCTCTCCTTCAACCTCTCCGCTCTCTCAACCTCCTCCCTCGCCTTCT
GCCACATCACCCTTGCCCGAGCAAACTCAGATTGAGCCATCTCCATCTCACGGCGAGTCA
GCTCTCTGACTCTCTCGGCGTAAGCCTTCTCTATCGCCGCGAGTCTTATCTGCTCCGCAG
CCTGCCACTTCAGAACCTCCACACCTCCTCCGCCGCCATCCCTTACATGCTCCACCGTCG
CCGTTGGAACTGTACTGAGGCTGATGGAGAGTTTGAGGTCGAGGTCGTGGTGGATCATGG
ATGAGGAATGGTGGTGATCGGTTGTTGTAACTGTTGGGCGGAGTGTCCTTACCGGAGATT
CCGTCAGTGGAGAAGGTAAAAGCTGAAGCTCTTTGTGATGATCATGTTGCTGCTGTTGTT
CAGCCATTTTTTGGTTTTGTTTTTTGTTGGGAGCTAAAAAA

QA 1 581 1 581
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4731Contig1 1159 2 2 U
GAAGACTCCTTTGTCAGTGCCCACTATTCTCCATGCTTCTTAGCCTTTGTCTTCATCATT
GTCCCCTTTTTCTTGCTTTTAAGATCTTTTTTGTTCTTCGGTCATGACAAGTCACACGAA
TACAAAAATTATGATTCCAAAGCATCAAGAAGATGTCAAGAGGCCACGAGACTGTGAACT
GTGTCTGAACAAACACGCGGTTTGGTATTGTGCTTCCGACGATGCTTTCTTGTGCCATGT
TTGTGACGAATCAGTGCATCGTGCAAACCAAGTGGCGACAAAACACGAGAGAGTTTGTCT
CAAAACAAATGAGATATCTAATGGCGTGCTTCAAGGAACAACACGAAAGCCGGTTTGGCA
CAGCTGGTTCAGAAGAAAAGCAAGAACACCTAGAGTCCGTTGCGAGAAAAAGCTACAAGA
GAAGGTGGATGATGAGAAAAGAAGAGAAGACCCTCGCGTTCCCGAGATTGGAGGCGAAAC
CAATGAAGATGATGAGGATCTAACTTCTCTCGTGCCAGAGTTTCAGGGATTCGTAGAGAT
GGAATTCTTCTTGAGCAACCATGATGGTTCTGAAGAAACAATGAGACAATTCAGCGTCGT
TGACCATGAAACTGATGCAATGGAAGATCTATGTTACATTGAAGAAGAAGGTAAGACAAA
TGGAGACGAATCATGTCATGAACAATCTTTGATGAGCTGCAAGAATGAGTACGACATTAA
TCCCACCCTGGTTATAACAAAGACAGAAGAAAATGCAAAGCAGAGGAACATGTTACTCAG
ACTTAATTACGAAAATGTTATAGCAGCATGGGATAAACAAGAATCTCCAAGAACAGCAAC
ATGGAACCAAAATGAGTTTAACAACACAAGTAACTTCCAGCTAGTTCCTCCAGGGATAGA
GGAGAAGAAAGTAAGCAACAGAAGTGAGAGAGAAGCAAGAGTATGGAGGTACAGAGATAA
ACGCAAGAATCGTTTGTTTGAGAAGAAGATAAGGTACGAAGTTAGAAAGGTTAACGCTGA
CAAAAGACCGAGGATGAAAGGTCGATTTGTCCGGAGATCTTTTACCAACGACTCCTAGGA
ATGGATTGTCAGATTCATCTTTGTCCGAGTTCTTGTCACATAATATCAAACAAAGTAGAA
TAAACAATAATTCAGATGC


BQ
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AF RR1AF63TF U 1
AF RR1AF63JQ C 403
BS 1 645 RR1AF63TF
BS 646 1159 RR1AF63JQ

RD RR1AF63TF 645 0 0
GAAGACTCCTTTGTCAGTGCCCACTATTCTCCATGCTTCTTAGCCTTTGTCTTCATCATT
GTCCCCTTTTTCTTGCTTTTAAGATCTTTTTTGTTCTTCGGTCATGACAAGTCACACGAA
TACAAAAATTATGATTCCAAAGCATCAAGAAGATGTCAAGAGGCCACGAGACTGTGAACT
GTGTCTGAACAAACACGCGGTTTGGTATTGTGCTTCCGACGATGCTTTCTTGTGCCATGT
TTGTGACGAATCAGTGCATCGTGCAAACCAAGTGGCGACAAAACACGAGAGAGTTTGTCT
CAAAACAAATGAGATATCTAATGGCGTGCTTCAAGGAACAACACGAAAGCCGGTTTGGCA
CAGCTGGTTCAGAAGAAAAGCAAGAACACCTAGAGTCCGTTGCGAGAAAAAGCTACAAGA
GAAGGTGGATGATGAGAAAAGAAGAGAAGACCCTCGCGTTCCCGAGATTGGAGGCGAAAC
CAATGAAGATGATGAGGATCTAACTTCTCTCGTGCCAGAGTTTCAGGGATTCGTAGAGAT
GGAATTCTTCTTGAGCAACCATGATGGTTCTGAAGAAACAATGAGACAATTCAGCGTCGT
TGACCATGAAACTGATGCAATGGAAGATCTATGTTACATTGAAGA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1AF63JQ 757 0 0
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CGAGATTGGAGGCGAAACCAATGAAGATGATGAGGATCTAACTTCTCTCGTGCCAGAGTT
TCAGGGATTCGTAGAGATGGAATTCTTCTTGAGCAACCATGATGGTTCTGAAGAAACAAT
GAGACAATTCAGCGTCGTTGACCATGAAACTGATGCAATGGAAGATCTATGTTACATTGA
AGAAGAAGGTAAGACAAATGGAGACGAATCATGTCATGAACAATCTTTGATGAGCTGCAA
GAATGAGTACGACATTAATCCCACCCTGGTTATAACAAAGACAGAAGAAAATGCAAAGCA
GAGGAACATGTTACTCAGACTTAATTACGAAAATGTTATAGCAGCATGGGATAAACAAGA
ATCTCCAAGAACAGCAACATGGAACCAAAATGAGTTTAACAACACAAGTAACTTCCAGCT
AGTTCCTCCAGGGATAGAGGAGAAGAAAGTAAGCAACAGAAGTGAGAGAGAAGCAAGAGT
ATGGAGGTACAGAGATAAACGCAAGAATCGTTTGTTTGAGAAGAAGATAAGGTACGAAGT
TAGAAAGGTTAACGCTGACAAAAGACCGAGGATGAAAGGTCGATTTGTCCGGAGATCTTT
TACCAACGACTCCTAGGAATGGATTGTCAGATTCATCTTTGTCCGAGTTCTTGTCACATA
ATATCAAACAAAGTAGAATAAACAATAATTCAGATGC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL4732Contig1 895 2 2 U
GAAGCTTGGGAAACTTCTTGGAATATTCCCTGTGATGTATCTCTCAGGAGGAGCTTGTTC
GATTCTGGTTATAACCGGTGGGAAAACAATAAAACAACTTCTACACATTATATACGAAGA
TGACAAAGTACCACTTACTACCTTGCAATGCTTCGTGATCTTCAGCTGCCTTGCAGTGGT
CATGTGTCAGTTTCCAAATCTAAATTCTCTTTTTGGGATCTCTTTGATCGGTGGTGTTAT
GGCCATAGCATATTCCACCGCAATCTGGAGTTTACCACTAGCTAGTATTTCGCAAAGAGA
TCAAAACAATGTCTCTTACGCTACAAAGGATACAAGATTCGATACCATTTTCAACGCCAT
TGGATTGATAGCTATTTCATTTCGCGGGAACAACCCCATCCTTGAGATACAGGGTACTCT
TCCTTCCGATTCAAAGAATCCCTCAAGGAAGACAATGTGGAAAGCTGTGGTGATCTCTCA
TGTGTTCATCGCCGTTTGTATGTTTCTAGTAGCCATTGTTGTATATTGGGCATATGGTGA
CAAGATTCCGGCCACAGGAGGTCCAATAGGCAACTACTTGGAACTTTACGAACAAGACTA
CTCAAAGCGAGCCGCTTGTTTCATACACATCACGTTCATCATCAACTGCTTATGTTCATA
TCCGATAAACTTAATGCCGGCTTGTGACAACGCAGAGATGATGTACACTACCAAGAGACA
CAAGCCTTGCTCCATCTTTGTCCGGATGATGTTTCGTGTGTTCTTGTGTTTGGTTTGTTT
CTTTGTAGCTGTTGGATTCACGTTCTTGCCTTATCTTGCGGTTCTTATTGGAGCTATAGC
TTGCTGGTTACGTTTACGTACCCGTGTTTCATGTGGATCTCTATTAAACAGCTCC


BQ
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AF RR1A584TF U 1
AF RR1E861TF U 210
BS 1 688 RR1A584TF
BS 689 895 RR1E861TF

RD RR1A584TF 688 0 0
GAAGCTTGGGAAACTTCTTGGAATATTCCCTGTGATGTATCTCTCAGGAGGAGCTTGTTC
GATTCTGGTTATAACCGGTGGGAAAACAATAAAACAACTTCTACACATTATATACGAAGA
TGACAAAGTACCACTTACTACCTTGCAATGCTTCGTGATCTTCAGCTGCCTTGCAGTGGT
CATGTGTCAGTTTCCAAATCTAAATTCTCTTTTTGGGATCTCTTTGATCGGTGGTGTTAT
GGCCATAGCATATTCCACCGCAATCTGGAGTTTACCACTAGCTAGTATTTCGCAAAGAGA
TCAAAACAATGTCTCTTACGCTACAAAGGATACAAGATTCGATACCATTTTCAACGCCAT
TGGATTGATAGCTATTTCATTTCGCGGGAACAACCCCATCCTTGAGATACAGGGTACTCT
TCCTTCCGATTCAAAGAATCCCTCAAGGAAGACAATGTGGAAAGCTGTGGTGATCTCTCA
TGTGTTCATCGCCGTTTGTATGTTTCTAGTAGCCATTGTTGTATATTGGGCATATGGTGA
CAAGATTCCGGCCACAGGAGGTCCAATAGGCAACTACTTGGAACTTTACGAACAAGACTA
CTCAAAGCGAGCCGCTTGTTTCATACACATCACGTTCATCATCAACTGCTTATGTTCATA
TCCGATAAACTTAATGCCGGCTTGTGAC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1E861TF 686 0 0
TTTTTGGGATCTCTTTGATCGGTGGTGTTATGGCCATAGCATATTCCACCGCAATCTGGA
GTTTACCACTAGCTAGTATTTCGCAAAGAGATCAAAACAATGTCTCTTACGCTACAAAGG
ATACAAGATTCGATACCATTTTCAACGCCATTGGATTGATAGCTATTTCATTTCGCGGGA
ACAACCTCATCCTTGAGATACAGGGTACTCTTCCTTCCGATTCAAAGAATCCCTCAAGGA
AGACAATGTGGAAAGCTGTGGTGATCTCTCATGTGTTCATCGCCGTTTGTATGTTTCTAG
TAGCCATTGTTGTTTATTGGGCATATGGTGACAAGATTCCGGCCACAGGAGGTCCAATAG
GCAACTACTTGGAACTTTACGAACAAGACTACTCAAAGCGAGCCGCTTGTTTCATACACA
TCACGTTCATCATCAACTGCTTATGTTCATATCCGATAAACTTAATGCCGGCTTGTGACA
ACGCAGAGATGATGTACACTACCAAGAGACACAAGCCTTGCTCCATCTTTGTCCGGATGA
TGTTTCGTGTGTTCTTGTGTTTGGTTTGTTTCTTTGTAGCTGTTGGATTCACGTTCTTGC
CTTATCTTGCGGTTCTTATTGGAGCTATAGCTTGCTGGTTACGTTTACGTACCCGTGTTT
CATGTGGATCTCTATTAAACAGCTCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4734Contig1 947 2 2 U
GGACTCCTGCTCCGGTATGGATTCTGCTGGAGAGATCGTCGTCAACGATGGCAAAATCAC
TCTCGAGGGTTTCACTGTAGCTGCTCGAGCTTTCTCCGATAAATGGAAAAGACATAACCT
TTCTCTCCCTCCTTGGTCATGGGTTCCTCTGATCAACCGAACTATTTTACCTAAGAAGGA
GGAAGGTTACTTATCGCTAGAGAAAGTCATCATTCTCACTTCACTTGATGGAAGTGCTGA
AGAGGAGTCTATAGATGCAACATCTTATTGGTCTGAGAAGGAAGAAGCAGATGATGATGA
TCACACGGTCTTGGTGGTACAAAACGTTGAAGATGAAGCGCACTACTATGATTACCATAT
CGTTTACAGTGCATCTTACATGGTTCCTATGCTATACTTTCGTGGATACTCTAGTGATGG
AAAGCCTCTATCTATGGATGTGATCAAAAGAGATCTGCCCTCGAGCTCTGTTAGTCTTTT
GTTGGAATCCAAGTGGACATTTATAACACAGGAGGAGCATCCGTATTTGAACAGGCCGTG
GTTCAAGCTGCATCCATGTGGAACTGAGGAATGGATCAAGCTGCTTTCCGAAAGCAGCAG
CTTAAATGACTGTCGGATGCCGATTGAGTTGTACTTGGTTTCATGGTTCTCTGTTGTTGG
GCAGGTGGTTGGTTTTAAAATCCCTCATGAGATGCTGATTTAGATATGGTCTGTATTCCA
ATTATAGGATTAGTCGATGGCTCTAAAGCCCTCAAGACGATGCGGTTACTATGGTACACA
TTTGTGAATGATCTTTTCACATGACACATTTGCATTACATGGATCGTTCTTTATAAAAGC
GTATGGCAAGGGTGATTGGTTTCAGCCCAGGGGTAGTATATGATAAATCAATAAAAATAA
AATGTTAGAGATGCGTCTACCGATTTTAAATAAAATCTCATTAGGTT


BQ
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AF RR1G121TF U 1
AF RR1G121JQ C 616
BS 1 672 RR1G121TF
BS 673 947 RR1G121JQ

RD RR1G121TF 672 0 0
GGACTCCTGCTCCGGTATGGATTCTGCTGGAGAGATCGTCGTCAACGATGGCAAAATCAC
TCTCGAGGGTTTCACTGTAGCTGCTCGAGCTTTCTCCGATAAATGGAAAAGACATAACCT
TTCTCTCCCTCCTTGGTCATGGGTTCCTCTGATCAACCGAACTATTTTACCTAAGAAGGA
GGAAGGTTACTTATCGCTAGAGAAAGTCATCATTCTCACTTCACTTGATGGAAGTGCTGA
AGAGGAGTCTATAGATGCAACATCTTATTGGTCTGAGAAGGAAGAAGCAGATGATGATGA
TCACACGGTCTTGGTGGTACAAAACGTTGAAGATGAAGCGCACTACTATGATTACCATAT
CGTTTACAGTGCATCTTACATGGTTCCTATGCTATACTTTCGTGGATACTCTAGTGATGG
AAAGCCTCTATCTATGGATGTGATCAAAAGAGATCTGCCCTCGAGCTCTGTTAGTCTTTT
GTTGGAATCCAAGTGGACATTTATAACACAGGAGGAGCATCCGTATTTGAACAGGCCGTG
GTTCAAGCTGCATCCATGTGGAACTGAGGAATGGATCAAGCTGCTTTCCGAAAGCAGCAG
CTTAAATGACTGTCGGATGCCGATTGAGTTGTACTTGGTTTCATGGTTCTCTGTTGTTGG
GCAGGTGGTTGG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1G121JQ 332 0 0
GATGCCGATTGAGTTGTACTTGGTTTCATGGTTCTCTGTTGTTGGGCAGGTGGTTGGTTT
TAAAATCCCTCATGAGATGCTGATTTAGATATGGTCTGTATTCCAATTATAGGATTAGTC
GATGGCTCTAAAGCCCTCAAGACGATGCGGTTACTATGGTACACATTTGTGAATGATCTT
TTCACATGACACATTTGCATTACATGGATCGTTCTTTATAAAAGCGTATGGCAAGGGTGA
TTGGTTTCAGCCCAGGGGTAGTATATGATAAATCAATAAAAATAAAATGTTAGAGATGCG
TCTACCGATTTTAAATAAAATCTCATTAGGTT

QA 1 332 1 332
DS 



AS 1 2

CO CL4735Contig1 884 2 4 U
GGGAGATCCTCTCTCTTAACTTCTTGTTTCCGTTGTCGTACTTAAATTCCGACAAGAACC
CGACTCAAAAGACATAAGAGACCACAACACAAACAGAGAGTTTGTTTAAAGATGTCGGGA
AGAGGGAGAGATGACATGGAGTATGAGGATCAAGAAGATGATGAAGAAGAGAGATCCTCC
TACTACGGCGGAGCCTCTATACCATTCATGTGGGAGTCAAGGCCAGGCACACCAAAACAC
AACCACTTTCCCGACTGCTCTTTTGCTCCGCCTCTCACGCCGCCTCCATCGTATTACTCG
TCCGAGATTATGTCGACGCCAAAGAGACGGACGTCAAAGACCAAGGTGAGAACAAAACTA
ACTAGAATCCTGTCGATGTCTCTGTTCCATGATCTCAGGAGGGGCAGTAACAGTAGCAAG
AAGACGACCAACTATGTCTCTTCAGGGCCATCGTATTCGTGGTCGTCTACGTCTACGTCT
TCTTCATCTTCCATTTCCTCCTCGCCGCCACATTCTTCGAGAAAACCAGTGAGTCATGGT
AACAAATCACAAGTTATGTACGCTAGTTACAAAGATCACGAGCTTGCGTCGTCGCCGACC
TCGACTCTGTGTTACTCCAATGGTGGAAGAAAAGGGTTTAGTTCATCAATGGGGAGTATG
AAGAGAGCTCAGTTCTCTGGTTCTAGACATGGATCCGGCGAGGTGAACAAAGCTTGATTA
TGTGAGTCTGTTGTGTTCTGGGTCACGTTCTATGTGCTGCTTTGCCTCTTTGAACAGAGA
AAGTGTTATTTGACAAAAAAAAAAAAAGAACAGAGAAAGTGTTATAATGCTTTGATGTAT
GAATATAATATGATGTGTATGTATATCTATAAAGCTTGTGTTGT


BQ
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AF RR1H246TF U 1
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BS 766 766 RR1H246JQ
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AAGTGTTATTTGAC

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DS 

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TTTTCTTCATCTTCCATTTCCTCCTCGCCGCCACATTTTTCGAGAAAACCAGTGAGTCAT
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ACCTCGACTCTGTGTTACTCCAATGGTGGAAGAAAAGGGTTTAGTTCATCAATGGGGAGT
ATGAAGAGAGCTCAGTTTTCTGGTTCTAGACATGGATCCGGCGAGGTGAACAAAGCTTGA
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AGAAAGTGTTATTTGACAAAAAAAAAAAAAGAACAGAGAAAGTGTTATAATGCTTTGATG
TATGAATATAATATGATGTGTATGTATATCTATAAAGCTTGTGTTGT

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DS 



AS 1 2

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CCTTCG


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AF RR1E958JQ C 1
AF RR1E958TF U 1
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CCTTCG

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DS 

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CTTGGGTTTTCCGTCACCGGAGCTTCTATCGCTCATCTCGTGTGGCGCGATCTCTATGCC
GAACGTTTCGCTATTTCCTCTGATACGAAAGAGAAATTCGGAGCTCTGGAATCTAGGGTT
TCAGGTCTGGAGTCTGGCTCCGGTCACGACAACCCGAGTCCAGCTCAGGTTGAGAGTTGA
GACTCATGGAAGAAGCTTCCAAGTTCAACTCAATCAATAACTTGGTCTGATCTATAAGAG
AGTCTGCCATCTTGATTTGAAACTTCAAAGATACTTTCTTCAAACCAAGTTTCAAATAGA
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CCTTCG

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 2

CO CL4737Contig1 838 2 3 U
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TTCGACAACTACTCGGTGAAACGCCAACTTATCAATTCAGGGCCGGTGATAGCTTCGCAG
TTGCTATTAGTGGATGAAGTGATTCGTGCTGGAAGGAATATGAGGAAGCCTATTTAATAA
AACTATATGGATTATTGTTTTCACCTTATGCTTTTGTTTCCCCTTCTTCTTTCTAGTTTT
TTGAGCGTTGTCATATGGAAATTATGTTTTGAGCTTTTTATTTTCCCATGTCCCTTCTAT
TTGTCATAGATATTTCGAATCTCTGTTTTAGTGAGTGAAACATTATAAAATCAACTCC


BQ
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AF RR1G112TF U 56
AF RR1G435JQ C 1
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BS 63 536 RR1G112TF
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GGAACTC
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CGGGGAAGAGAAGTACACATTTGTGGAGCAAGTGAAGAATCCTCATTCATGTACTATCCT
CATTAAAGGGCCTAACGACCACACCATTGCTCAAATTAAGGACGCTGTCCGTGATGGTTT
AAGATCAGTTAAGAATACATTGGAAGATGAGTGTGTTGTATTAGGAGCTGGAGCTTTTGA
AGTTGCAGCAAGACAGCACTTGATCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTAAAGGGCGAGCTCA
GCTCGGTGTTGAAGCTTTTGCTAACGCTCTTCTGGTGGTTCCGAAGACACTAGCTGAAAA
TGCTGGTCTTGATACACAAGACGTTATCATTTCACTAACGAGTGAGCATGACAAAGGAAA
CGTGGTGGGACTAAACCTGGTGGATGGAGAACCCATTGACCCTCAGCTTGCTGG

QA 8 481 8 481
DS 

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CTCGTTGATGACTTGACCC*GGACTCTCTTGGCTGGGCTGGACTTGTCTATGAGCACGTT
CTCGGG*AAGAGAAGTACACATTTGTGGAGCAAGTGAAGAATCCTCATTCATGTACTATC
CTCATTAAAGGGCCTAACGACCACACCATTGCTCAAATTAAGGACGCTGTCCGTGATGGT
TTAAGATCAGTTAAGAATACATTGGAAGATGAGTGTGTTGTATTAGGAGCTGGAGCTTTT
GAAGTTGCAGCAAGACAGCACTTGATCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTAAAGGGCGAGCT
CAGCTCGGTGTTGAAGCTTTTGCTAACGCTCTTCTGGTGGTTCCGAAGACACTAGCTGAA
AATGCTGGTCTTGATACACAAGACGTTATCATTTCACTAACGAGTGAGCATGACAAAGGA
AACGTGGTGGGACTAAACCTGGTGGATGGAGAACCCATTGACCCTCAGCTTGCTGGTATA
TTCGACAACTACTCGGTGAAACGCCAACTTATCAATTCAGGGCCGGTGATAGCTTCGCAG
TTGCTATTAGTGGATGAAGTGATTCGTGCTGGAAGGAATATGAGGAAGCCTATTTAATAA
AACTATATGGATTATTGTTTTCACCTTATGCTTTTGTTTCCCCTTCTTCTTTCTAGTTTT
TTGAGCGTTGTCATATGGAAATTATGTTTTGAGCTTTTTATTTTCCCATGTCCCTTCTAT
TTGTCATAGATATTTCGAATCTCTGTTTTAGTGAGTGAAACATTATAAAATCAACTCC

QA 1 838 1 838
DS 



AS 1 2

CO CL4738Contig1 1086 2 6 U
CCATTTTCTCACCATCGCCGGAGACTTTTGACAATTCTCTTTCTTTAAACCTCTCTTTTT
CTCCATTACCCAAACCACAAGGAGATCTCTCTATCTTCCTTCTTTGAACATGACGTTACC
CAAAACCAGTAACAGCATCAGCAGCAACAAGAAGAAAGTTTCCTACATCTCAGTCCCTTC
TCAGATCATAAACTCTCTCTCCTCTTCCTCTCTCCAATCCCTTCTAGTCTCCCCCAAGAA
GTCATCATCACGATGCACCACCAACAGGCTCAGCTACAGAAACCCAAGAATCTGGTTCTT
GACTCTCTTCCTCGTCTCTCTCTTCGGCATGTTCAAACTCGGACTCTGCGTTGATACCAC
TGCTTACGGCCGGGGAGGGTTCTAGAATCACAGAAAGTGAACACGCAGAGGGTGATAGCG
ATGGTGGTGTAGACAGCGTCGCAACTGGTGGACGTAAGAAGAAAAGACAGACGGCTATTC
CTGTCACTCTGGCACCTGCGCAAAGCCGATATCATCTCAGGAGGCATAGAAATGTAGGAA
CAGAAGAGAATAAAGCACAAGAATCAACAGAGGCCATGGAAAAACAAGAGAGTGTCAATG
GTGATGATATCAGAACAGTGGCAAGTCCCAAGGATAATCTTAAGGAAAATGGAAAAGCTG
AAACAATAGTGGAGGCGGTAACACATGAGGAAATTGTTAAGGTTGAAGCAGAGACTAAGT
TGAAGGATAAGAGTACTGGGAAGAGACCGGTCGAAGAAGATCCACAGCTAGAAGCAGGAG
GCAGCGGTGAAAGAAAAGAGCATGGTGGTGAAGAGGATGATGGGACTTTCAGCATGACCC
AAGAAGAGAACGAAGAAGTAGAAGAAGAAGAAACAGAAACAGTTCATCCAGGTGAGGCTT
CCATAGGAAAAAAGATTTGGGTCTTTTTCACAACCTAATCTCATTTCCTCAAAAGACAAA
ACTGTCCCACAAGTAGGATTTTCCAGTGGGAAAAAAAATCTTGTTATGTTTCTGTTTTTA
AATTTTACTCTTTTTTTTTCATGCAACTGAAACAAAAGGAAGTGTGTACTCTTGGAAACT
AAGGGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1G579TF U 1
AF RR1G579JQ C 492
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GACTCTCTTCCTCGTCTCTCTCTTCGGCATGTTCAAACTCGGACTCTGCGTTGATACCAC
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ATGGTGGTGTAGACAGCGTCGCAACTGGTGGACGTAAGAAGAAAAGACAGACGGCTATTC
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GTGATGATATCAGAACA

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DS 

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AAAGCACAAGAATCAACAGAGGCCATGGAAAAACAAGAGAGTGTCAATGGTGATGATATC
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GAGGCGGTAACACATGAGGAAATTGTTAAGGTTGAAGCAGAGACTAAGTTGAAGGATAAG
AGTACTGGGAAGAGACCGGTCGAAGAAGATCCACAGCTAGAAGCAGGAGGCAGCGGTGAA
AGAAAAGAGCATGGTGGTGAAGAGGATGATGGGACTTTCAGCATGACCCAAGAAGAGAAC
GAAGAAGTAGAAGAAGAAGAAACAGAAACAGTTCATCCAGGTGAGGCTTCCATAGGAAAA
AAGATTTGGGTCTTTTTCACAACCTAATCTCATTTCCTCAAAAGACAAAACTGTCCCACA
AGTAGGATTTTCCAGTGGGAAAAAAAATCTTGTTATGTTTCTGTTTTTAAATTTTACTCT
TTTTTTTTCATGCAACTGAAACAAAAGGAAGTGTGTACTCTTGGAAACTAAGGGG

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

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GGAGAAGTAGTTCGAAAGTCTCTCCCAACCCTCACCTTCACCTTCACCTTCACCTTCTTC
TTCGTTGTTTAATTGTCGAGAGCAGAGGAAGGAATCTGCAGGCCGAGAAAAATGTTGTTC
TTCTCGTACTTCAAGGATTTGGTGGGACAATAAGTGACGGTTGAGCTGAAGAACGATTTA
GCAATCAGAGGGACACTTCATTCTGTGGATCAGTACCTTAATATCAAGCTCGAGAACACT
CGTGTTGTTGATCAGGACAAGTACCCTCGCATGCTGTCGGTGAGAAACTGTTTCATCAGA
GGATCAGTGGTGAGGTACGTGCAGCTACCTCCTGATGGAGTCGATGTTGATTTACTTCAC
GATGCAGCTAGAAGAGAGGCCAGAGGTGGATGATTTTCCCACAACCACCGTTGTATCTCT
AAACTTTTATTAATCTGTTGATCAACAAGACTCGAAAGTTTTTTTCTTTTTTCATGTAAT
GGCTTGATGTTGAATGAATCTAGTTCCATTCTCTTTATCAAAGGATTATCTCTTCCC


BQ
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AF RR1EW92JQ C 1
AF RR1EW92TF U 1
BS 1 537 RR1EW92TF

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QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1EW92TF 537 0 0
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AAACTTTTATTAATCTGTTGATCAACAAGACTCGAAAGTTTTTTTCTTTTTTCATGTAAT
GGCTTGATGTTGAATGAATCTAGTTCCATTCTCTTTATCAAAGGATTATCTCTTCCC

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

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GAGCCAAAAAGCCCTGGAATTTGGGAGCCAGATGAGGTTGGTGCTTCCTCTGCCTCTGCA
TCTGGCTCAGCTTCTGCGCCAGAGGCAGCAGCATCAGCTCCTCGGGATAGCTTGGCCTCC
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TCTAGCTCTCAGGATAAATGGCTTCTCGTTAACCTCCAATCTACCACGGAGTTCAGCTCT
CACATGCTAAATCGAGATACATGGGCAAATGAAGCTGTTTCTCAGACTATCAAGGCCAAC
TTCATCTTCTGGCAGGTCTATGATGATACCACGGAAGGAAAGAAGGTTTGCACATACTAC
AAGCTCGAGTCCATTCCCGTGGTGCTTGTAATCGATCCTACAACTGGTCAAAAGATGAGA
ATGTGGTCTGGAATGGTCGAGCCAGAGAATCTGCTAGAGGATTTAGTGCCCTTCATGGAC
GGTGGTCCTCGTGAACACTTTGCTTCTCTCTCAAAGAAACGTCCAAGAGGCAGCTTCTCA
TTGGCTCCTCATTCCAAACCCAAAGAGGTTGTAACGAAAGATGATGATGAAGAAGCAGAA
CTGCAACGAGCATTGGCTGCTTCCTTGGAAGACAACGACATGAAAGAATCTTCAGATGAT
AATAAATCAGCAATAACGCCTGAAGAAGTAGTAGCGGTTGAAGAAGCTGTTACAACAACG
GTGCTGCCAACATTCCCACCTCTGCCTGAAGAACCAAAGGGAGGCGACCGCAGCGTTCAG
TGCAGAGTCGGGATACGTTTACCAAACGGACAGAGAGTCCAGAGGAACTTCCTCAAAACC
GACTCAATTCAGCTGCTCTGGTCGTTCTGCTATTCTCAGCTTGAGGAATCAGAGAGGAAG
AAGTCACTGAAGCTAACACAGGCGATTCCAGGTGAATCAAAGACGTTGGAGTATGAATCT
AACTTAACCTTGGAGCAATCTGGTGTTGCCAATTCCATGATTTTTGCTACATGGGAATGA
TGACAAACCATATCTATTAAACTTATCTCTATGATGCTGTGTTTTAACTTTTTTAAGGTT
TATTAGATTTGTTCTTTTAAGATTCTGACCTTCTGAAGAATGAAAAGTTTGTGATATTTT
AT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1EU46TF U 1
AF RR1EU46JQ C 552
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TCTAGCTCTCAGGATAAATGGCTTCTCGTTAACCTCCAATCTACCACGGAGTTCAGCTCT
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AAGCTCGAGTCCATTCCCGTGGTGCTTGTAATCGATCCTACAACTGGTCAAAAGATGAGA
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GGTGGTCCTCGTGAACACTTTGCTTCTCTCTCAAAGAAACGTCCAAGAGGCAGCTTCTCA
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CTG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1EU46JQ 651 0 0
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GCTGCTCTGGTCGTTCTGCTATTCTCAGCTTGAGGAATCAGAGAGGAAGAAGTCACTGAA
GCTAACACAGGCGATTCCAGGTGAATCAAAGACGTTGGAGTATGAATCTAACTTAACCTT
GGAGCAATCTGGTGTTGCCAATTCCATGATTTTTGCTACATGGGAATGATGACAAACCAT
ATCTATTAAACTTATCTCTATGATGCTGTGTTTTAACTTTTTTAAGGTTTATTAGATTTG
TTCTTTTAAGATTCTGACCTTCTGAAGAATGAAAAGTTTGTGATATTTTAT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL4741Contig1 1102 2 6 U
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AACGGACAGCTACGAGTCTGTTGAGAATTGCAAACAAGAAGAAGATTGTAATAAGAACCA
ACAACAAGCTTCTTCCACTATGATGGGTGGAGGAGGGGAGGAGATGAAGGAGTTAACAGA
GAGCTCTGCTTTTATCTCTCCTAACTTGTGCGAGTTCTTGCACGCTTGTCTTCCTAACAT
CGTTAGAGGTTGCAAATGGGTCTTGGTTTACAGTACGTTGAAGCATGGCATATCACTTCG
TACGCTTCTTCGTAAAAGCGCTGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGGTTGCTGGAGACAA
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ATATCAGGGTACAAGCCAGACATTCTTGTTCACTACTATTTATGGTCAACCACGCATATT
TAGACCTACAGGTGCCAACCGATATTACTACATGTGTATGAACGAGTTTTGGCGTTTGGA
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TCTGAAACATTTGGGAACGAATGCTTAGCTAGCAGCACAGAGTTTGAGTTGAAGAATGTC
GAGCTCTGGGGATTTGCGCATGCTTCTCAGTACCTCTCCTGATTCTTGGACGAGAATTGA
TATTACATCATCAAAAGAAGGAAGCTTACCCCATCTTTTTTTGAATCCATTAATTGTTTC
ACAAGTTGTGGTTTAGGCTATAAGACAGTTTTGAGGGTTTTACATGAATGTATCTGTGTT
TACCAATTCAGCTGTGACCTTTCTCCGAGAACAATTGTGATATTTTGTCATATACATATA
TATAAAAGATTCATCTTGTTCC


BQ
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AF RR1EX64TF U 1
AF RR1EX64JQ C 604
BS 1 671 RR1EX64TF
BS 672 672 RR1EX64JQ
BS 673 701 RR1EX64TF
BS 702 702 RR1EX64JQ
BS 703 719 RR1EX64TF
BS 720 1102 RR1EX64JQ

RD RR1EX64TF 719 0 0
GTGTCTCCTCCGACAAAAAAAAACGATCGAAGCAATGCATGCTCTAAAGGACAAGGTCTC
GCAGAAGCTTTCGAATCTCTTCGCCGATTCCCCTTCCCAATCTGCATCTCCTCGCTCTGC
CCTCACCGATTCTCCAAAGGGTTCAGGGGGGAAATCGTTTACTTCGTACTTCTCATTTGG
TGCTGGAAACGAGAATGAAGATTCTGAATCATCATCACCTCCTCCTCCTCCTCCGATCAG
AACGGACAGCTACGAGTCTGTTGAGAATTGCAAACAAGAAGAAGATTGTAATAAGAACCA
ACAACAAGCTTCTTCCACTATGATGGGTGGAGGAGGGGAGGAGATGAAGGAGTTAACAGA
GAGCTCTGCTTTTATCTCTCCTAACTTGTGCGAGTTCTTGCACGCTTGTCTTCCTAACAT
CGTTAGAGGTTGCAAATGGGTCTTGGTTTACAGTACGTTGAAGCATGGCATATCACTTCG
TACGCTTCTTCGTAAAAGCGCTGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGGTTGCTGGAGACAA
ACAAGGTGCGGTTTTTGGTGCTTTGCTGGAATGTCCATTAACAACTACTCCTAAGAGGAA
ATATCAGGGTACAAGCCAGACATTCTTGTTCACTACTATTTATGGTCAACCACGCATATT
TAGACCTACAG*TGCCAACCGATATTACTACATGTGTATGA*CGAGTTTTGGCGTTTGG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1EX64JQ 499 0 0
TCAGGGTACAAGCCAGACATTCTTGTTCACTACTATTTATGGTCAACCACGCATATTTAG
ACCTACAGGTGCCAACCGATATTACTACATGTGTATGAACGAGTTTTGGCGTTTGGAGGT
GGAGGAAGCTTTGCGCTCTGTTTAGACGAAGATTCGTTGAAAGCAACAAGTGGACCTTCT
GAAACATTTGGGAACGAATGCTTAGCTAGCAGCACAGAGTTTGAGTTGAAGAATGTCGAG
CTCTGGGGATTTGCGCATGCTTCTCAGTACCTCTCCTGATTCTTGGACGAGAATTGATAT
TACATCATCAAAAGAAGGAAGCTTACCCCATCTTTTTTTGAATCCATTAATTGTTTCACA
AGTTGTGGTTTAGGCTATAAGACAGTTTTGAGGGTTTTACATGAATGTATCTGTGTTTAC
CAATTCAGCTGTGACCTTTCTCCGAGAACAATTGTGATATTTTGTCATATACATATATAT
AAAAGATTCATCTTGTTCC

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 2

CO CL4742Contig1 1180 2 2 U
CGCAATCTCATTCGAACCCGGAGAGATTTTACAGACTCAGGAGAGCTACAAGGGACGCTC
GAGCACTGGGTGTACTTTCTCGTGCCATCTCAACGAGTGGGGAAGCTTTCGACCCGAGGT
CGAAACGGTGGGATGCGTTTGCCGAGCATGCCGCAGAACGAGTGTTTTTAGGTACGCAGA
CAAAGAGTCCCCTCGCTGTCGGAACTGATTTGCTTGTGTTTGGTTGGGAAGTGAGCTCTT
ACGTAATATATAGATACAGTCTTTTGACTAACTCTTGGTCTACCGGGAAGAGTATGAACA
TGCCGAGATGCTTGTTCGCCTCCGCTAGCTACGGAGAGATTGCGGTTTTAGCCGGAGGTT
GTGATTCCAACGGTAGGATTCTTGATACTGCGGAGATGTATAACTACGAGGATCAGACTT
GGTCGGTGTTGCCGGAGATGAACAAGCGGAGGAAAATGTGTTCGGGTGTGTTTATGGATG
GGAAGTTTTATGTGTTTGGTGGGATTGGTGTTGGGGAAGGGAACGAGCCGAAGGTTTTGA
CGTGTGGTAAAGAGTTCGATTTGAAGACGAGGAAGTGGAGAGAGATTCCTGATTTGTCTC
CACCGAGGACGTCTAACCAGGGGAACGGATTGTCTTCGGCTGCTGGGATGGCTCCACCGC
TTGTAGCGGTTGTGAACGATCAGCTTTACGCGGCTGATCATGCCGGTATGGCGGTTAGGA
AGTATGATAAGGAGAACGGGGTTTGGGTAAAAGTTGGGAGTTTACCTGAGCAAGCCGGTT
CGATGAACGGTTGGGGTCTAGCGTTTAGAGCTTGTGGGGATCAGGTTATAGTGATTGGTG
GACCAAAGGCTCCAGGTGAAGGATTCATTGAGCTTAACTCATGGGTTCCAAGTGATGGTA
CACCACAGTGGCATTTACTTGGGAAGAAACAGTCGGTTAATTTCGTTTACAACTGCACCG
TTATGAGCTGTTGAAAGAAAAGAAAAACATAGAGAGTTTTACCGGGAGATATGGTGGAGT
TAGCCAGGGTATAAACACACAAGTCTTATTAGTTATGATAAATATATAAAGTTCAAGGAG
ATTGTTGTTCTGTTACTTATTATAATTGTGTAGTTTCATGTTTACTGCTGAGTTATATGT
TTTGATCTTTACACTTCAATGGATGTTTCTTTTTTTAAAG


BQ
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AF RR1B456TF U 1
AF RR1B456JQ C 240
BS 1 330 RR1B456TF
BS 331 1180 RR1B456JQ

RD RR1B456TF 330 0 0
CGCAATCTCATTCGAACCCGGAGAGATTTTACAGACTCAGGAGAGCTACAAGGGACGCTC
GAGCACTGGGTGTACTTTCTCGTGCCATCTCAACGAGTGGGGAAGCTTTCGACCCGAGGT
CGAAACGGTGGGATGCGTTTGCCGAGCATGCCGCAGAACGAGTGTTTTTAGGTACGCAGA
CAAAGAGTCCCCTCGCTGTCGGAACTGATTTGCTTGTGTTTGGTTGGGAAGTGAGCTCTT
ACGTAATATATAGATACAGTCTTTTGACTAACTCTTGGTCTACCGGGAAGAGTATGAACA
TGCCGAGATGCTTGTTCGCCTCCGCTAGCT

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR1B456JQ 941 0 0
TACGTAATATATAGATACAGTCTTTTGACTAACTCTTGGTCTACCGGGAAGAGTATGAAC
ATGCCGAGATGCTTGTTCGCCTCCGCTAGCTACGGAGAGATTGCGGTTTTAGCCGGAGGT
TGTGATTCCAACGGTAGGATTCTTGATACTGCGGAGATGTATAACTACGAGGATCAGACT
TGGTCGGTGTTGCCGGAGATGAACAAGCGGAGGAAAATGTGTTCGGGTGTGTTTATGGAT
GGGAAGTTTTATGTGTTTGGTGGGATTGGTGTTGGGGAAGGGAACGAGCCGAAGGTTTTG
ACGTGTGGTAAAGAGTTCGATTTGAAGACGAGGAAGTGGAGAGAGATTCCTGATTTGTCT
CCACCGAGGACGTCTAACCAGGGGAACGGATTGTCTTCGGCTGCTGGGATGGCTCCACCG
CTTGTAGCGGTTGTGAACGATCAGCTTTACGCGGCTGATCATGCCGGTATGGCGGTTAGG
AAGTATGATAAGGAGAACGGGGTTTGGGTAAAAGTTGGGAGTTTACCTGAGCAAGCCGGT
TCGATGAACGGTTGGGGTCTAGCGTTTAGAGCTTGTGGGGATCAGGTTATAGTGATTGGT
GGACCAAAGGCTCCAGGTGAAGGATTCATTGAGCTTAACTCATGGGTTCCAAGTGATGGT
ACACCACAGTGGCATTTACTTGGGAAGAAACAGTCGGTTAATTTCGTTTACAACTGCACC
GTTATGAGCTGTTGAAAGAAAAGAAAAACATAGAGAGTTTTACCGGGAGATATGGTGGAG
TTAGCCAGGGTATAAACACACAAGTCTTATTAGTTATGATAAATATATAAAGTTCAAGGA
GATTGTTGTTCTGTTACTTATTATAATTGTGTAGTTTCATGTTTACTGCTGAGTTATATG
TTTTGATCTTTACACTTCAATGGATGTTTCTTTTTTTAAAG

QA 1 941 1 941
DS 



AS 1 2

CO CL4743Contig1 948 2 4 U
GGCTTCACACAAATATCCACATTAAAAGAATACACAGAAACTACCAAACAAAGAAAAAAA
ATATAGAGAGGAGAGAGAGAAATGACAGTAGAAGAGGTAGGAGATGATTACACTAAAGAT
GGAACTGTTGACCTTCGTGGTAATCCTGTTCGAAGATCCATTAGAGGTCGATGGAAAGCT
TGTTCCTTCGTTGTCGTCTACGAGGTATTTGAACGTATGGCTTATTACGGGATATCAAGC
AACCTAGTGATCTACATGACTACTAAACTGCACCAAGGAACAGTCAAGTCGTCAAACAAT
GTGACTAACTGGGTTGGGACTAGTTGGCTCACTCCCATCTTAGGTGCTTATGTCGCAGAC
GCTCATCTCGGTCGCTATATTACTTTCGTCATTTCCTGTGCTATCTATTTTTCGGGGATG
TTGGTCTTAACATTATCAGTATCTATACCGGGAATTAAACCACCAGAATGTTCAACGGCT
AATGCGGAAGACTGCAAAAAGGCTTCAGTTTTACAGTTAGCAGTTTTCTTTGGAGCATTA
TACACATTAGCGATCGGTACGGGCGGTACAAAACCGAACATTTCCACCATAGGAGCAGAT
CAATTCGACGTATTCGACCCAAAAGAGAAAATTCAAAAACTATCTTTCTTCAATTGGTGG
ATGTTTAGTATTTTTTTTGGTACACTCTTCGCAAACACTGTTCTTGTTTATGTTCAAGAT
AACGTGGGATGGGCCTTGGGATATGGACTTCCGACAATAGGTCTAGCTATATCCATTTCT
ATTTTCTTGATGGGCACTCCGTTTTATCGTCATAAACTTCCCACGGGAAGTCCTTTCACG
AAGATGGCTCGAGTCATTGTGGCTTCACTTCGCAAAGCCAAAGCGCCGACGCCGATGGCA
CGTGACCTCACACACTTTCACGAGCTGCCTTCACTGGAATATGAGCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H969TF U 1
AF RR1C064TF U 210
BS 1 694 RR1H969TF
BS 695 695 RR1C064TF
BS 696 708 RR1H969TF
BS 709 948 RR1C064TF

RD RR1H969TF 709 0 0
GGCTTCACACAAATATCCACATTAAAAGAATACACAGAAACTACCAAACAAAGAAAAAAA
ATATAGAGAGGAGAGAGAGAAATGACAGTAGAAGAGGTAGGAGATGATTACACTAAAGAT
GGAACTGTTGACCTTCGTGGTAATCCTGTTCGAAGATCCATTAGAGGTCGATGGAAAGCT
TGTTCCTTCGTTGTCGTCTACGAGGTATTTGAACGTATGGCTTATTACGGGATATCAAGC
AACCTAGTGATCTACATGACTACTAAACTGCACCAAGGAACAGTCAAGTCGTCAAACAAT
GTGACTAACTGGGTTGGGACTAGTTGGCTCACTCCCATCTTAGGTGCTTATGTCGCAGAC
GCTCATCTCGGTCGCTATATTACTTTCGTCATTTCCTGTGCTATCTATTTTTCGGGGATG
TTGGTCTTAACATTATCAGTATCTATACCGGGAATTAAACCACCAGAATGTTCAACGGCT
AATGCGGAAGACTGCAAAAAGGCTTCAGTTTTACAGTTAGCAGTTTTCTTTGGAGCATTA
TACACATTAGCGATCGGTACGGGCGGTACAAAACCGAACATTTCCACCATAGGAGCAGAT
CAATTCGACGTATTCGACCCAAAAGAGAAAATTCAAAAACTATCTTTCTTCAATTGGTGG
ATGTTTAGTATTTTTTTTGGTACACTCTTCGCAA*CACTGTTCTTGTT
A

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1C064TF 739 0 0
G
GAACGTATGGCTTATTACGGGATATCAAGCAACCTAGTGATCTACATGACTACTAAACTG
CACCAAGGAACAGTCAAGTCGTCAAACAATGTGACTAACTGGGTTGGGACTAGTTGGCTC
ACTCCCATCTTAGGTGCTTATGTCGCAGACGCTCATCTCGGTCGCTATATTACTTTCGTC
ATTTCCTGTGCTATCTATTTTTCGGGGATGTTGGTCTTAACATTATCAGTATCTATACCG
GGAATTAAACCACCAGAATGTTCAACGGCTAATGCGGAAGACTGCAAAAAGGCTTCAGTT
TTACAGTTAGCAGTTTTCTTTGGAGCATTATACACATTAGCGATCGGTACGGGCGGTACA
AAACCGAACATTTCCACCATAGGAGCAGGTCAATTCGACGTATTCGACCCAAAAGAGAAA
ATTCAAAAACTATCTTTCTTCAATTGGTGGATGTTTAGTATTTTTTTTGGTACACTCTTC
GCAAACACTGTTCTTGTTTATGTTCAAGATAACGTGGGATGGGCCTTGGGATATGGACTT
CCGACAATAGGTCTAGCTATATCCATTTCTATTTTCTTGATGGGCACTCCGTTTTATCGT
CATAAACTTCCCACGGGAAGTCCTTTCACGAAGATGGCTCGAGTCATTGTGGCTTCACTT
CGCAAAGCCAAAGCGCCGACGCCGATGGCACGTGACCTCACACACTTTCACGAGCTGCCT
TCACTGGAATATGAGCGG

QA 2 739 2 739
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4745Contig1 1312 2 2 U
CTGTACATCCGCGCTTTGAAGAGGACATGGTAGCTTTCTCCTGTTGTATATTTGATGGTG
GCAACCAAGAAAAACAAGATATGATTGCAGCAAGAGAACGGGGATGGAAAGGAAAATTCA
AAAACCAGGCCGTGTTATTCGACCAGGTGCTATCAGGCAAAATGGGAAATGCCCATTAAC
TCCTTTAGAGGTGGGGTTAATGCTTAGAGGAATGGGTTTCAACAAAAGCACATATATATA
CCTTGCATCTGGTCAGATATATAATGCGAATAGAACAATGGCCCCGCTACTAGAGATGTT
CCCGAATTTACAAACAAAGGAGATGCTTGCCTCAGAGGAGGAACTTTCTCCATATAAGAA
CTTCTCTTCCAGAATGGCTGCCGTAGATTACACGGTCTGTCTCCACAGTGAGGTATTTGT
AACCACACAAGGTGGAAACTTTCCTCACTTTCTCATGGGTCATCGAAGATACTTGTTTGG
AGGACATTCCAAAACTATTAGACCAGACAAGCGAAAGTTAGCAATCATCTTTGACAATCC
CAACATTGGATGGAGGAGTTTTAAACGTCAGATGCTAAATATGAGGTCTCATAGTGACTC
AAAGGGGTTTGAGCTAAGACGACCTAATGACTCTATTTACACATTCCCTTGCCCTGACTG
CATGTCCCATAGGAACAAAACAACGACCCCAGATACTAGGCCACCTTCTACGTCCTGAAA
ACACACAATTCATTTAATTGGCGGCAGAGTGGTGTTCATTCCTTGTAATTCTAATTCTTT
CAAATCAGAGTGGACTTGGGGACTTGGCCTGCACATAGTTTTAGGGGAAAGCAGCTGGGG
GGGCTGCAAAATCGTCTACTTATCTCCAGGAAGGGTGGCCAAGGAGTAACAGCCACCGAC
ATTGTTTGATACGTTTTGACACATTTAAAAGCTGATGAAACTAACAGGAGAGAAAAGGAT
GGTTTAGTTCAATCCCTGACTGCTGCTACTGGGCAAAGATTAGGACAGCGTTTGGATATT
GTTTTCTTTTGGTGTTTTGTGATTTGAAGCGTTTGCGTTTTTGTATATTGTGTAAACGCA
GACGTGAGTCTTTGGTGTTAGGAGATATGTAGAGACGGGCAGGAGGAGAGAAGAAGCTGC
CACGAAAGTTTTGTACATTGGTTTGGTTAGAGAGACCATCGTGTCTTTTTGGGGGGGGTT
TATTGAATTCTTTTGTTCACAGGGTTTTAATTGTTTCCATCATATTCTTACGATCCTGTG
AGGTGAATCTTGTTTAGAATAAATTCTCAATATTGATTTGATTCTTTATTTT


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AF RR1B823TF U 1
AF RR1B823JQ C 475
BS 1 729 RR1B823TF
BS 730 1312 RR1B823JQ

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GCAACCAAGAAAAACAAGATATGATTGCAGCAAGAGAACGGGGATGGAAAGGAAAATTCA
AAAACCAGGCCGTGTTATTCGACCAGGTGCTATCAGGCAAAATGGGAAATGCCCATTAAC
TCCTTTAGAGGTGGGGTTAATGCTTAGAGGAATGGGTTTCAACAAAAGCACATATATATA
CCTTGCATCTGGTCAGATATATAATGCGAATAGAACAATGGCCCCGCTACTAGAGATGTT
CCCGAATTTACAAACAAAGGAGATGCTTGCCTCAGAGGAGGAACTTTCTCCATATAAGAA
CTTCTCTTCCAGAATGGCTGCCGTAGATTACACGGTCTGTCTCCACAGTGAGGTATTTGT
AACCACACAAGGTGGAAACTTTCCTCACTTTCTCATGGGTCATCGAAGATACTTGTTTGG
AGGACATTCCAAAACTATTAGACCAGACAAGCGAAAGTTAGCAATCATCTTTGACAATCC
CAACATTGGATGGAGGAGTTTTAAACGTCAGATGCTAAATATGAGGTCTCATAGTGACTC
AAAGGGGTTTGAGCTAAGACGACCTAATGACTCTATTTACACATTCCCTTGCCCTGACTG
CATGTCCCATAGGAACAAAACAACGACCCCAGATACTAGGCCACCTTCTACGTCCTGAAA
ACACACAAT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1B823JQ 838 0 0
GTTTGGAGGACATTCCAAAACTATTAGACCAGACAAGCGAAAGTTAGCAATCATCTTTGA
CAATCCCAACATTGGATGGAGGAGTTTTAAACGTCAGATGCTAAATATGAGGTCTCATAG
TGACTCAAAGGGGTTTGAGCTAAGACGACCTAATGACTCTATTTACACATTCCCTTGCCC
TGACTGCATGTCCCATAGGAACAAAACAACGACCCCAGATACTAGGCCACCTTCTACGTC
CTGAAAACACACAATTCATTTAATTGGCGGCAGAGTGGTGTTCATTCCTTGTAATTCTAA
TTCTTTCAAATCAGAGTGGACTTGGGGACTTGGCCTGCACATAGTTTTAGGGGAAAGCAG
CTGGGGGGGCTGCAAAATCGTCTACTTATCTCCAGGAAGGGTGGCCAAGGAGTAACAGCC
ACCGACATTGTTTGATACGTTTTGACACATTTAAAAGCTGATGAAACTAACAGGAGAGAA
AAGGATGGTTTAGTTCAATCCCTGACTGCTGCTACTGGGCAAAGATTAGGACAGCGTTTG
GATATTGTTTTCTTTTGGTGTTTTGTGATTTGAAGCGTTTGCGTTTTTGTATATTGTGTA
AACGCAGACGTGAGTCTTTGGTGTTAGGAGATATGTAGAGACGGGCAGGAGGAGAGAAGA
AGCTGCCACGAAAGTTTTGTACATTGGTTTGGTTAGAGAGACCATCGTGTCTTTTTGGGG
GGGGTTTATTGAATTCTTTTGTTCACAGGGTTTTAATTGTTTCCATCATATTCTTACGAT
CCTGTGAGGTGAATCTTGTTTAGAATAAATTCTCAATATTGATTTGATTCTTTATTTT

QA 1 838 1 838
DS 



AS 1 2

CO CL4746Contig1 1188 2 2 U
GGATCTCCGGCGTCTGCTCAATCTTCTTCCGGGGAAGAGGAAACGTCTTTCCGATCGCCG
AGGAGATTCTCTACACCTTTTTCCTTCGTAAGGAATTTGGAAAGAGAAGCTGATATGTTG
CTTGAGAGGCTCTCCAAGAAACCACCTTCGCTTGTTGATCTATGCGTTAGGTTGGCTATT
GATAATGTACGATACATTGGATACGTTGGTGGCGTTGACTTTCAGCTCCTTGAGAAGATT
ATGCAGCACTGTACTTTAGAACAGCTCATGCATATAGAGGATTCCACTCAAGACACGGAT
CTTAGTCCAGTGACTAATGAGTTATGGAAGAGGTTTTATGAGAAGCAGTATGGTGCGAAG
AACTTAAGTTTCGTCATGGAGAAGATGGAGCGGAGTAAAGTCAATTTCAAGTGGAGAGAG
CTGTATGAGGCGAAGCTGAAAGTTGTAGAAGAAGATGAGAAGGAAGCTGTTGATCGATTG
AAGCAACGTTACAAGAATGAAGATGCAAGGAAACAAAGTCGTCAAACTAAACTCCGCGCA
AAAGCTCCTCCAATGAAAAAATCTTTCTGGGGTAATAGTGGACCTAGTTACAATCTTTCC
AATGTCAAAAGCAACATCATGAAGAAAGCTAAGCTAGATGTTTTAAAAAAGTCAAGAAGT
GAAGAATCTCACTGCAATTAAGAGGAACAGTATTCAGAAGGGTTTCAGTTCTCCTTCAAA
GAGAACCGGCTTATCTGCAAACCTGCCCTCAACTTCAAGAAACAACTCTTACGGCGAACA
AGAGAAGAATCTCACTGCAGTTAAAAGGAACACAATCCAGAAGAGTTTCAGCCTTCCTGG
GACTGCTCCTTCAACTTCAAGAAGTGATGAAGGAAATCTACCTCCAAAGAGGATCAACAG
CCTTCTTGGGACTGCTCCTTCAACTTCAAGAAGTGGTGAAGGGAATCTACCTCGTAAGAG
GAACAACAGCCTTCCTGGGACTGCTCCTTCAACTTCAAGAAGCAACTTTGGTGTAGCAAA
ACTACCACCAAAGAGGAACAGCCTTCCTGGGGTTGCTCCTTCAACTCCAAGAAATACAGC
CACCAAAAGAAAACATGTAATGTAACCTAAGACATTCTTTTCAGATCATATTTAATTCAA
AGTGTATCATTCGCATGTGTGCTTCAAGCTTCAAACTTGGTCGCTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GB41TF U 1
AF RR1AM46TF U 377
BS 1 640 RR1GB41TF
BS 641 1188 RR1AM46TF

RD RR1GB41TF 640 0 0
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AGGAGATTCTCTACACCTTTTTCCTTCGTAAGGAATTTGGAAAGAGAAGCTGATATGTTG
CTTGAGAGGCTCTCCAAGAAACCACCTTCGCTTGTTGATCTATGCGTTAGGTTGGCTATT
GATAATGTACGATACATTGGATACGTTGGTGGCGTTGACTTTCAGCTCCTTGAGAAGATT
ATGCAGCACTGTACTTTAGAACAGCTCATGCATATAGAGGATTCCACTCAAGACACGGAT
CTTAGTCCAGTGACTAATGAGTTATGGAAGAGGTTTTATGAGAAGCAGTATGGTGCGAAG
AACTTAAGTTTCGTCATGGAGAAGATGGAGCGGAGTAAAGTCAATTTCAAGTGGAGAGAG
CTGTATGAGGCGAAGCTGAAAGTTGTAGAAGAAGATGAGAAGGAAGCTGTTGATCGATTG
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AAAGCTCCTCCAATGAAAAAATCTTTCTGGGGTAATAGTGGACCTAGTTACAATCTTTCC
AATGTCAAAAGCAACATCATGAAGAAAGCTAAGCTAGATG

QA 1 640 1 640
DS 

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G
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TGAAGATGCAAGGAAACAAAGTCGTCAAACTAAACTCTGCGCAAAAGCTCCTCCAATGAA
AAAATCTTTCTGGGGTAATAGTGGACCTAGTTACAATCTTTCCAATGTCAAAAGCAACAT
CATGAAGAAGGCTAAGCTAGATGTTTTAAAAAAGTCAAGAAGTGAAGAATCTCACTGCAA
TTAAGAGGAACAGTATTCAGAAGGGTTTCAGTTCTCCTTCAAAGAGAACCGGCTTATCTG
CAAACCTGCCCTCAACTTCAAGAAACAACTCTTACGGCGAACAAGAGAAGAATCTCACTG
CAGTTAAAAGGAACACAATCCAGAAGAGTTTCAGCCTTCCTGGGACTGCTCCTTCAACTT
CAAGAAGTGATGAAGGAAATCTACCTCCAAAGAGGATCAACAGCCTTCTTGGGACTGCTC
CTTCAACTTCAAGAAGTGGTGAAGGGAATCTACCTCGTAAGAGGAACAACAGCCTTCCTG
GGACTGCTCCTTCAACTTCAAGAAGCAACTTTGGTGTAGCAAAACTACCACCAAAGAGGA
ACAGCCTTCCTGGGGTTGCTCCTTCAACTCCAAGAAATACAGCCACCAAAAGAAAACATG
TAATGTAACCTAAGACATTCTTTTCAGATCATATTTAATTCAAAGTGTATCATTCGCATG
TGTGCTTCAAGCTTCAAACTTGGTCGCTTGA

QA 2 812 2 812
DS 



AS 1 2

CO CL4747Contig1 801 2 2 U
GGGCAGGGAGAAGGGAGAAGGGAGAAGGGAGAAGGGAGAAGATGTCGAGGCGAGAGAGCA
GAGATTCAGAGCCTAAACGAGATCGTTCTAGATTCGATCGCGAATCCAGCCCTAAGAGGT
CTAGGAGAGATGCACAACCTGAAGCTGAAGGAGTTCTTCTGAGTAAGAAGGATTTTGATG
TTAGTACTGAGACAGATAAGAAGCCACGCCAGTCCCTGAGAGATGCTGCTCCACTCGAAC
CTGATTCTCAGGGCTTGACAAAAGACGATGACAAGAAGACGACCAAACGAGCTCCCCATC
TGTCAGAAGGACCTCGTTCTAGACCTTACCATCAGCAGCATGATGATCGTCGTACTACTG
GGAGAGGAGACAGAGGGCCAACCCCTGAGAGAGGATCTTGGAGAGGTTCGAGAGATCAGA
GCAATCGTCGAGCTGGAGATGATCGTAGAGACCAAGACAAAAGCACTTGGCGACACGACA
AGTTCCGTGAGGGTGACGACACCAAAGGAGCACTCTTTCGGAAACGCCCTGCCTTCAGGG
AGAAGAAGATTCCAGAGGAATCTAGGAACGACACGGACAGAACAAGAACTGAGGAGGCAA
AAGACACGAATCTAAACACTCGCAGACAGAACAGATTGCAAAGGTCGAAGCTTTGTTGGC
TTCTTAAAGCTATTGCTTATTGTTATGTTTCTTGGTGTGGATTTTGCATCTAATCTCTTT
TAATGTCTTAGTTTTGCAAGTGTAGAAGATAATCTCTGAGTTTATATAATGAAAAACTTT
GTTCTATTTCAAGTTTTAACG


BQ
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AF RR1ED60TF U 1
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QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GJ23TF U 1
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QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GI66JQ C 1
AF RR1GI66TF U 1
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DS 

RD RR1GI66TF 489 0 0
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QA 1 489 1 489
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTACCACTCTGTTCATGGGTGGGCGATCTGAAGGGGAAGACTGAATACACCACAAACCCA
CCAGTGTTATCTTCTTTGCTATCTCCTCTTCTTCACAAATGATACCATTCCCGTTAAGCC
TCCTTACATTATCTTCCTTCTCAAGATCCTTATAGATCCATTCCGGAAAGTACACTGAAC
TTACGGTGTCTTCAGTTGATGTTTTGGTCCTCGCTCCTATCATCTCAAGAACCAACATTC
CAAAGCTATACACATCTGACTTGTGGGAGACTCTACCATACACTCTTGAAAACACTTCGG
GTGCAATGTATCCTATCGTGCCCCTCATGCCCAGTAGCGACAAGATGCTTTCTTTCCTCT
CGCAGAGCTTAGCAAGGCCAAAGTCTGAAACTTTGGGGCAGAGATTGTCATCTAAGAGTA
CATTCTGCGGTTTTATGTCGAATCGAAATGTACAATCCTTGTTCTGCATCCGTGGTGCAA
GTACTCTAGCCCACGAGCAACCCCTAACGCGATCTCGTATAGTTTCGTCCATTCCATATT
TGATGACCTATTGCTTGCGATGAATTTATCAAGAGCTCCATTTTCCACGAATTCACAAAT
AATTGCTCTTTTGTTACCCTCGGCACAGAATCCTAGCAAGGTAACGATGTTGACGTGAGA
AGTTTCGCTCATGCTTGCAACTTCGCTGAGGAAGTCTTCACCATTACCCTTTGTGTTTTT
CAAGACCTTCACAGCAACCTTGCGGCCATCACAGAGGGTTCCTCTATAGACAGTTCCAAA
TCCGCCTTTCCCAACCTCTTGAGCGAATGAATTTGTAATTCTCTTTTACTTGCACGTAGC
TATAGTGTTTCACTGGAATAAGGGCCTTTATATTAAGTTTTCTAGGAGCATGTGATGCTG
ACTTCCTTTGCTGGCTGATAAGACAACCAACCAAAAAGTGTACTCAGATTAACCG


BQ
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AF RR1EB20TF U 1
AF RR1EB20JQ C 649
BS 1 665 RR1EB20TF
BS 666 666 RR1EB20JQ
BS 667 707 RR1EB20TF
BS 708 708 RR1EB20JQ
BS 709 723 RR1EB20TF
BS 724 724 RR1EB20JQ
BS 725 746 RR1EB20TF
BS 747 747 RR1EB20JQ
BS 748 772 RR1EB20TF
BS 773 1435 RR1EB20JQ

RD RR1EB20TF 772 0 0
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GGTCCTTTTAGGGAAATGCAGATGAAGTAGTTGATTATTCTCTTGGAAGATGGGTCTGGG
AACTCAGCAGAGAATGTGGATAAAATTGGAGGTGGACACTGTGACCTTGAACTCTATCCA
GATTTCATTAGAAAGTAATTAGCATGATAAATCCCAGCAGACATTATTACTGAATTTCAT
GAATTTAAGTATATTATATACATTTTTTTTTGTTCAACAAGTATATTATATACATATTAT
GTGATTTTAATAGGTTCTAAGGAGTTTTCTTTGTTTATGTGACGACATTCATGGAACATA
TGTTTGTGTAAACCGAATCACTCTCTGAAAACGTAGAAGATTCCTGAAGAGGTGCTGGGG
GAATATGAAAAACAGGTCTCGGAGGGAATTCCAGAGCATCCAGGTTCCCTTCCATCATCT
CTACCACTCTGTTCATGGGTGGGCGATCTGAAGGGGAAGACTGAATACACCACAAACCCA
CCAGTGTTATCTTCTTTGCTATCTCCTCTTCTTCACAAATGATACCATTCCCGTTAAGCC
TCCTTACATTATCTTCCTTCTCAAGATCCTTATAGATCCATTCCGGAAAGTACACTGAAC
TTACG*TGTCTTCAGTTGATGTTTTGGTCCTCGCTCCTATCATCTCA*GAACCAACATTC
CAA*GCTATACACATCTGACTTGTGG*AGACTCTACCATACACTCTTGAAAA

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1EB20JQ 787 0 0
AGTACACTGAACTTACGGTGTCTTCAGTTGATGTTTTGGTCCTCGCTCCTATCATCTCAA
GAACCAACATTCCAAAGCTATACACATCTGACTTGTGGGAGACTCTACCATACACTCTTG
AAAACACTTCGGGTGCAATGTATCCTATCGTGCCCCTCATGCCCAGTAGCGACAAGATGC
TTTCTTTCCTCTCGCAGAGCTTAGCAAGGCCAAAGTCTGAAACTTTGGGGCAGAGATTGT
CATCTAAGAGTACATTCTGCGGTTTTATGTCGAATCGAAATGTACAATCCTTGTTCTGCA
TCCGTGGTGCAAGTACTCTAGCCCACGAGCAACCCCTAACGCGATCTCGTATAGTTTCGT
CCATTCCATATTTGATGACCTATTGCTTGCGATGAATTTATCAAGAGCTCCATTTTCCAC
GAATTCACAAATAATTGCTCTTTTGTTACCCTCGGCACAGAATCCTAGCAAGGTAACGAT
GTTGACGTGAGAAGTTTCGCTCATGCTTGCAACTTCGCTGAGGAAGTCTTCACCATTACC
CTTTGTGTTTTTCAAGACCTTCACAGCAACCTTGCGGCCATCACAGAGGGTTCCTCTATA
GACAGTTCCAAATCCGCCTTTCCCAACCTCTTGAGCGAATGAATTTGTAATTCTCTTTTA
CTTGCACGTAGCTATAGTGTTTCACTGGAATAAGGGCCTTTATATTAAGTTTTCTAGGAG
CATGTGATGCTGACTTCCTTTGCTGGCTGATAAGACAACCAACCAAAAAGTGTACTCAGA
TTAACCG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL4752Contig1 893 2 6 U
GGATAACTTTCACGAGAGATACCAAGAGGCGAAAAACTCTCATCTCCCTCCTCCGTATCA
CCGCCGCCGCGACTCAGCCGTGAACTAGCATTCTCGTGTTTATAGAGAGGATTCAATGTC
TAACGCAGAGGATAATAAATCTTCCCATGATCAGCTCTCGTCCCAGGTTTTTCTTGATCT
TGTGGACTCGGTGATTGCTGACGTGGCATCCGAGTGCCACCGGATAGCAAGACTAGGGCT
TGATCGAGACCTGGAGGTAGTAGAAGAAGAGCTGAGGTTGTCAGTGGAAGCGCGTGCCAA
GGTTGCTGATCCTAGCAACAACCTAGAGGCCAACACTAAATACGTTGTTGATATATTTGG
TCAGAGTCACCCTCCTGTAGCTACTGAAGTGTTCAACTGTATGAACTGTGGGAGACAGAT
CGTTTCTGGGAGGTTTGCTCCTCATTTGGAAAGATGCATGGGGAAGGGAAGAAAGGCTCG
CGCCAAGGCGACCAGGAGCACAACTGCTTCCCAGAGGCGGAGCTCACGACGCAACCCAAG
TGATAACCAGTTAGCAAGTGGTCCACCTGGTTTTGAAGAGAACGTGAAAAGGGCTTGAAG
GAGGACAACCTAGGAGAGGCTTATGCTGAACTGCAATGTGGCTAGTAACTGCCTCAGACC
GGATTGGTATGAATCCGTGGTTTATATTCAGTGTGCACAAAAAGAGAAAAAGTAAGTAGC
TGAGGTTTATAATATTGTTATTTCACCAGGTTATCAGCCTTGGCATGTCAGTTTACAGAT
TGCAATGAAATGACTCTTTGGGTACAATGGGTATGTGCCCCTTGCAAACTAGTATCAGAG
AAACTTTGTAGATTCACCTTGTTGGAAGAAAGCTTAGCAACACTATATTTATC


BQ
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AF RR1E408TF U 1
AF RR1E408JQ C 573
BS 1 603 RR1E408TF
BS 604 604 RR1E408JQ
BS 605 613 RR1E408TF
BS 614 614 RR1E408JQ
BS 615 687 RR1E408TF
BS 688 893 RR1E408JQ

RD RR1E408TF 687 0 0
GGATAACTTTCACGAGAGATACCAAGAGGCGAAAAACTCTCATCTCCCTCCTCCGTATCA
CCGCCGCCGCGACTCAGCCGTGAACTAGCATTCTCGTGTTTATAGAGAGGATTCAATGTC
TAACGCAGAGGATAATAAATCTTCCCATGATCAGCTCTCGTCCCAGGTTTTTCTTGATCT
TGTGGACTCGGTGATTGCTGACGTGGCATCCGAGTGCCACCGGATAGCAAGACTAGGGCT
TGATCGAGACCTGGAGGTAGTAGAAGAAGAGCTGAGGTTGTCAGTGGAAGCGCGTGCCAA
GGTTGCTGATCCTAGCAACAACCTAGAGGCCAACACTAAATACGTTGTTGATATATTTGG
TCAGAGTCACCCTCCTGTAGCTACTGAAGTGTTCAACTGTATGAACTGTGGGAGACAGAT
CGTTTCTGGGAGGTTTGCTCCTCATTTGGAAAGATGCATGGGGAAGGGAAGAAAGGCTCG
CGCCAAGGCGACCAGGAGCACAACTGCTTCCCAGAGGCGGAGCTCACGACGCAACCCAAG
TGATAACCAGTTAGCAAGTGGTCCACCTGGTTTTGAAGAGAACGTGAAAAGGGCTTGAAG
GAG*ACAACCTAG*AGAGGCTTATGCTGAACTGCAATGTGGCTAGTAACTGCCTCAGACC
GGATTGGTATGAATCCGTGGTTTATAT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1E408JQ 321 0 0
TTGAAGAGAACGTGAAAAGGGCTTGAAGGAGGACAACCTAGGAGAGGCTTATGCTGAACT
GCAATGTGGCTAGTAACTGCCTCAGACCGGATTGGTATGAATCCGTGGTTTATATTCAGT
GTGCACAAAAAGAGAAAAAGTAAGTAGCTGAGGTTTATAATATTGTTATTTCACCAGGTT
ATCAGCCTTGGCATGTCAGTTTACAGATTGCAATGAAATGACTCTTTGGGTACAATGGGT
ATGTGCCCCTTGCAAACTAGTATCAGAGAAACTTTGTAGATTCACCTTGTTGGAAGAAAG
CTTAGCAACACTATATTTATC

QA 1 321 1 321
DS 



AS 1 2

CO CL4753Contig1 908 2 12 U
GGAACTCTTCCAATTCCCAGTGTTTCCGTTCTTCGTCTTCATCCCCTGAATCGTCTTCAT
AATTTCCACGCTCTACCAAGTGATCTAAATTTAAGCGATGTCGCTATTGAATCTATACAT
TAGTTCTTATCTGAATCTGAGTTACTTTTTTGGTTTCAAATCTAATTTTGATTTTTTTAA
TAGCGCCGGCAGGATTTTCGTCGGCGAACGAGGTTATGGTTGAAAACCAAAGACTGGTTT
CAGATCCTGGATCAGAATCTGGAGAGCCAGAGAGACCCTATGATCCGCAAGCTATGGATG
CGGAGAAGCCTGTGTTAACTGATGTGCCTGTGATGAAGTTCTCTGCTGAATTCGACAAAA
ACCCAGAAGCCAATGTCTTGACGACACCTACAATAGCAGGCTTGGTGGTCTGTCTCACAA
TTTTGTCTGATTAATTATCATTTCTAATGTTTTGTGGATTTAGGTGAAGTAGTGACAGAT
GGTGAGAAGTCGGAGGCGAGGAAAAAGGAGCTAAGGCTCCATGGGCGAAGCTACTTTCTC
AGTATTCTCAGGTTAGCACAATGGGTATATTGCATCACATTGTCGTGTGCATTTGTTAGG
AAAAATCCAAAGTTATTGAAGAAGTCCCTTTCAATGATTCTAAAGCACCAAAGTACTTTG
AAAACAAGAAAGTTTACTTCAGGTCAAGGATAAGGCAATGATCAGAACATTTCTGGATCA
ATGCGTAGTATTGTCTTACCTTATGTGTTGTAGTTAATGCGCTCCAAGATGATCTGAAAG
GACTGACTCTGAATGTGCAATATCAAGTTGAGGAATGTATAATATGTATTGATGATCGTG
GTCTTACAAGAGAATGGTATCAATTACTGTCAACAATTATATTCATCATACGTAAACAGT
TTTATTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH87TF U 1
AF RR1GH87JQ C 543
BS 1 682 RR1GH87TF
BS 683 683 RR1GH87JQ
BS 684 694 RR1GH87TF
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BS 733 766 RR1GH87TF
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BS 768 792 RR1GH87TF
BS 793 793 RR1GH87JQ
BS 794 808 RR1GH87TF
BS 809 908 RR1GH87JQ

RD RR1GH87TF 808 0 0
GGAACTCTTCCAATTCCCAGTGTTTCCGTTCTTCGTCTTCATCCCCTGAATCGTCTTCAT
AATTTCCACGCTCTACCAAGTGATCTAAATTTAAGCGATGTCGCTATTGAATCTATACAT
TAGTTCTTATCTGAATCTGAGTTACTTTTTTGGTTTCAAATCTAATTTTGATTTTTTTAA
TAGCGCCGGCAGGATTTTCGTCGGCGAACGAGGTTATGGTTGAAAACCAAAGACTGGTTT
CAGATCCTGGATCAGAATCTGGAGAGCCAGAGAGACCCTATGATCCGCAAGCTATGGATG
CGGAGAAGCCTGTGTTAACTGATGTGCCTGTGATGAAGTTCTCTGCTGAATTCGACAAAA
ACCCAGAAGCCAATGTCTTGACGACACCTACAATAGCAGGCTTGGTGGTCTGTCTCACAA
TTTTGTCTGATTAATTATCATTTCTAATGTTTTGTGGATTTAGGTGAAGTAGTGACAGAT
GGTGAGAAGTCGGAGGCGAGGAAAAAGGAGCTAAGGCTCCATGGGCGAAGCTACTTTCTC
AGTATTCTCAGGTTAGCACAATGGGTATATTGCATCACATTGTCGTGTGCATTTGTTAGG
AAAAATCCAAAGTTATTGAAGAAGTCCCTTTCAATGATTCTAAAGCACCAAAGTACTTTG
AAAACAAGAAAGTTTACTTCAG*TCAAGGATAAG*CAATGATCAGAACATTTCTGGATCA
ATGCGTAGTAT*GTCTTACCTTATGTGTTGTAGTTAATGCGCTCCA*GATGATCTGAAAG
GACTGACTCTGA*TGTGCAATATCAAGT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1GH87JQ 366 0 0
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AAATCCAAGGTTATTGAAGAAGTCCCTTTCAATGATTCTAAAGCACCAAGGTACTTTGAA
AACAAGAAAGTTTACTTCAGGTCAAGGATAAGGCAATGATCAGAACATTTCTGGATCAAT
GCGTAGTATTGTCTTACCTTATGTGTTGTAGTTAATGCGCTCCAAGATGATCTGAAAGGA
CTGACTCTGAATGTGCAATATCAAGTTGAGGAATGTATAATATGTATTGATGATCGTGGT
CTTACAAGAGAATGGTATCAATTACTGTCAACAATTATATTCATCATACGTAAACAGTTT
TATTGG

QA 1 366 1 366
DS 



AS 1 2

CO CL4754Contig1 929 2 2 U
GGGGATCCAAATCCTAAATCAAGATCCAAACAACCGCGTTAGTCTCTAAATCCCACAGAA
CAGTCTGAGAAAATGTCGCAATATCATGGCGAAACAGATAAGAAATCAAACGGAGGGACG
ATGAATGGTCACCGCAAAACGGAAGTTGAAGAGGATGAGGATGATTCGGAGAGCCTCTAC
TCACTGCTTTGGATCACGATCGGTTCGGTACTGTTTCCGGATCCGAAAACAGGGGAGGCC
TCCTCGTCTTCTTCTCTGCTTCAACGAATAAGAAACTCTTTCTCCGAGAATGGTCCTAGA
CTTCGAGAAGCTTCTCGTAAAACTTCACGCGAGATTCTCCAATGGACTCGTCAAGGCAGC
CCGTTTCGTGCACTGCTTGTCATCACTATGGGAACAATAGTGATTCTTACAACAATAGCT
TTGGTTGTCTTCACGCTCTTCTTCGTAGCTGCGACAGCCAACGCAATCATAATCTCTCTT
TTGGTTTCACTTGCTGTTGCTGGTGGCTTCTTGTCTCTCTTCTTTCTCTCCTTGACCGCT
ACTTACATCGGAGCCTTATCCGTTGCTGCGTTCGTCATCTCTGCTGCTACGGTTTCAGCT
GTTGTCTCCGTCTTATTTGCTTCAGGTTGGGCTGGCTTTTTCTATCTTGTGTGGTTGGGA
GCAAGAGGAAGCCTACGCTTGGCGAAGCAAGTGATGGGATTAGCCTTTTCAGGTAACAGT
CTCAGTCTTCATCAAGACAAAGATCGAGAGAGGTAGTAAACATCGAATCATCCAGTGAGA
ATCTTTCTCTTTACCCTTTTTTTTTTAAATTATTACGAATATCTACAGAGTTTGTAGATA
ACCCCCTAGTTTTGGTCAAGCGTGTTGTTGATGAGAAGTGTTCATTCACTGAGCTTGTTG
TGAAGAAGCAGAGAAGAAGAATCACTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DY91TF U 1
AF RR1DY91JQ C 439
BS 1 546 RR1DY91TF
BS 547 929 RR1DY91JQ

RD RR1DY91TF 546 0 0
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CAGTCTGAGAAAATGTCGCAATATCATGGCGAAACAGATAAGAAATCAAACGGAGGGACG
ATGAATGGTCACCGCAAAACGGAAGTTGAAGAGGATGAGGATGATTCGGAGAGCCTCTAC
TCACTGCTTTGGATCACGATCGGTTCGGTACTGTTTCCGGATCCGAAAACAGGGGAGGCC
TCCTCGTCTTCTTCTCTGCTTCAACGAATAAGAAACTCTTTCTCCGAGAATGGTCCTAGA
CTTCGAGAAGCTTCTCGTAAAACTTCACGCGAGATTCTCCAATGGACTCGTCAAGGCAGC
CCGTTTCGTGCACTGCTTGTCATCACTATGGGAACAATAGTGATTCTTACAACAATAGCT
TTGGTTGTCTTCACGCTCTTCTTCGTAGCTGCGACAGCCAACGCAATCATAATCTCTCTT
TTGGTTTCACTTGCTGTTGCTGGTGGCTTCTTGTCTCTCTTCTTTCTCTCCTTGACCGCT
ACTTAC

QA 1 546 1 546
DS 

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GCTGGTGGCTTCTTGTCTCTCTTCTTTCTCTCCTTGACCGCTACTTACATCGGAGCCTTA
TCCGTTGCTGCGTTCGTCATCTCTGCTGCTACGGTTTCAGCTGTTGTCTCCGTCTTATTT
GCTTCAGGTTGGGCTGGCTTTTTCTATCTTGTGTGGTTGGGAGCAAGAGGAAGCCTACGC
TTGGCGAAGCAAGTGATGGGATTAGCCTTTTCAGGTAACAGTCTCAGTCTTCATCAAGAC
AAAGATCGAGAGAGGTAGTAAACATCGAATCATCCAGTGAGAATCTTTCTCTTTACCCTT
TTTTTTTTAAATTATTACGAATATCTACAGAGTTTGTAGATAACCCCCTAGTTTTGGTCA
AGCGTGTTGTTGATGAGAAGTGTTCATTCACTGAGCTTGTTGTGAAGAAGCAGAGAAGAA
GAATCACTGAC

QA 1 491 1 491
DS 



AS 1 2

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GGGTTCACCTCGTGCCAGCCACTCTCTTTCCCCACAAAGATTTTAGCGAAGATGACGACG
AAGAGCTACCCAACTGTTAGCGAAGATTACCAGAAGGCTATCGAGAAGTGCAAGAGGAAG
CTTAGAGGCTTGATCGCTGAGAAGAACTGTGCACCTATCATGGTCCGCCTCGCATGGCAC
TCTGCTGGAACGTTTGATTGTGCATCAAGGACTGGTGGTCCTTTCGGAACGATGAGGTTT
GATGCCGAGCAAGGTCACGGAGCTAACAGTGGTATCCACATTGCTCTCAGGCTGTTGGAG
CCTATCAGAGAGCAGTTCCCTACCATCTCTTTCGCTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTG
GTGGCTGTTGAAGTCACCGGTGGTCCTGAGATCCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAG
CCGCAGCCACCACCAGAGGGACGTCTCCCTGATGCTACAAAGGGATGTGACCACTTGAGG
CAGGTGTTTATGAATCAGATGGGTTTATCTGACATTGATATCGTCGCTTTATCTGGTGCC
CACACTCTGGGAAGATGCCACAAGGATAGGTCTGGTTTCGAAGGTGCTTGGACTTCAAAC
CCTCTTATTTTCGACAACTCTTACTTCAAGGAGCTCTTGAGCGGTGAGAAGGAAGGTCTT
CTTCAGCTTGTTTCCGACAAGGCTCTGTTGGATGATCCTGTGTTCCGTCCTCTTGTTGAG
AAATACGCTGCTGATGAAGAAGCGTTTTTCGCTGATTACGCTGAGGCACACTTGAAGCTT
TCTGAGCTCGGGTTTGCCGACGCTTAACCTGACATGTGTGTGGTGGCGGTCGGAGAGTTC
GCATTACATTTGAACTTCTTTCATTTGTTTGCTTAATGTACTCTTGGATTTGCGTAGCTT
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AACATTCTAATAAACC


BQ
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AF RR1D929TF U 1
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BS 1 561 RR1D929TF
BS 562 976 RR1D929JQ

RD RR1D929TF 561 0 0
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TCTGCTGGAACGTTTGATTGTGCATCAAGGACTGGTGGTCCTTTCGGAACGATGAGGTTT
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CCTATCAGAGAGCAGTTCCCTACCATCTCTTTCGCTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTG
GTGGCTGTTGAAGTCACCGGTGGTCCTGAGATCCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAG
CCGCAGCCACCACCAGAGGGACGTCTCCCTGATGCTACAAAGGGATGTGACCACTTGAGG
CAGGTGTTTATGAATCAGATGGGTTTATCTGACATTGATATCGTCGCTTTATCTGGTGCC
CACACTCTGGGAAGATGCCAC

QA 1 561 1 561
DS 

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TGTTGAAGTCACCGGTGGTCCTGAGATCCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAGCCGCA
GCCACCACCAGAGGGACGTCTCCCTGATGCTACAAAGGGATGTGACCACTTGAGGCAGGT
GTTTATGAATCAGATGGGTTTATCTGACATTGATATCGTCGCTTTATCTGGTGCCCACAC
TCTGGGAAGATGCCACAAGGATAGGTCTGGTTTCGAAGGTGCTTGGACTTCAAACCCTCT
TATTTTCGACAACTCTTACTTCAAGGAGCTCTTGAGCGGTGAGAAGGAAGGTCTTCTTCA
GCTTGTTTCCGACAAGGCTCTGTTGGATGATCCTGTGTTCCGTCCTCTTGTTGAGAAATA
CGCTGCTGATGAAGAAGCGTTTTTCGCTGATTACGCTGAGGCACACTTGAAGCTTTCTGA
GCTCGGGTTTGCCGACGCTTAACCTGACATGTGTGTGGTGGCGGTCGGAGAGTTCGCATT
ACATTTGAACTTCTTTCATTTGTTTGCTTAATGTACTCTTGGATTTGCGTAGCTTGTGTT
TTTTTTGGGCGGTGTTGTGATATTGATTCACATATGTTGCGCTTTTGATGGTTAAAACAT
TCTAATAAACC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL4756Contig1 1280 2 2 U
GGCTCTCTCTTCAACAAAACATCAAAAAACTAAATAGAAAGAAGAAAAATGGCGAGAGGG
AAGATCCAGATCAAGAGGATAGAGAACCAGACCAACCGACAAGTGACGTATTCAAAGAGA
AGAAATGGGTTGTTCAAGAAAGCCCACGAGCTCACGGTTCTGTGTGACGCTAGGGTTTCG
ATTATCATGTTCTCTAGCTCCAACAAGCTTCATGAGTTCATCAGCCCTAACACCTCAACG
AAGGAGATCATAGATCTGTACCAAACAGTTTCTGATGTTGATGTTTGGAACGCTCACTAT
GAGAGAATGCAAGAAACCAAGAGGAAACTGTTGGAGACAAACAGAAATCTTCGGACTCAG
ATTAAACAGAGGCTAGGTGAGTGTTTGGACGAGCTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTT
GAGGAAGAAATGGAAAACACTTTCAAGCTCGTTCGCGAGCGCAAGTTTAAATCACTTGGG
AATCAAATCGAGACCGCCAAGAAAAAGGTCACATCTTCTTCTTTCTTCACTCACTTCTAC
AGTTTCATATTATATGTCTCAATAATTCCGTATCATCTGAATCCATGCACTATTAAAACT
GTTGATAGTGTTTTTTTCCTATGAAACAAAAAAATAAACCTAACCCAGTCGACATCCGAC
TTTTTCAAGCATAACTTTACAATCCGTTACTTCTATAATTAGTAGCTCTTTTAGTGAAGT
ATTCAGTATCTTGCTTTTAGAAACTGTCGGATTATAGTTAAGGTAATGGATAAAAGAACA
AACCAAGTGTAAATTATATATAGTGATGTCATAAAAGCTAAATGAAAGTAAAATGGATTA
GACAGTTAAGAGTCTTAATCATTTCAGTCTCTTCACAATTTCTCTTGTGGTTTACTCAAT
TGCAGAACAAGAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGAGCTGGAACTAAGAG
CAGAAGATCCTCATTATGGACTAGTAGACAATGGAGGAGACTACGAGTCGGTCCTTGGAT
ATCAACTTCGTTTCCATCAGAACCATCACCACAATTACCCCAACCATGCCCTTCATTCAG
CATCTGCCTCTGATATCGTTACCTTCCACCTTCTTGAGTAATTACGGGTTTGAAGGTTGC
TGGTGATGTCATTATCTATCTATTAAATAAAATAAATACTTAAAAGCGTAAGGCTGGTTC
TACTGAAACCTTAAACTGTCATGTTCCTTAATTATGTATTTTCTTAATTAAACCTTAAGA
ACTATGGGTTGTGTGATCAG


BQ
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TG


BQ
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ATGATTGAGTTCTCACCTAATTAATAAATCTATTCCTAAATATTTTCTCTCTATTCGGCT
GATTATTTACGAAGTTGTGATAATATTTTTGGTGGGAGGGTGGG*AATGATTTTCTCATT
TCTTGATGAAATTAGATTATCATGAATAAGAATTTATTGAGTGAAAATTTCCTACGTTGA
TTTAGAAAATGTAATGGAATGCTAAGAGACTATTTTCTTTGAACAGATTGAAAATTTTGG
TG

QA 1 902 1 902
DS 



AS 1 2

CO CL4758Contig1 1310 2 2 U
GCATTTTAAAGTAGTGACGTTTTGGTGTAAGAGCAGAATGGGCATGTAGGGTTCATGTTG
TCATGCTATGATGCGGAGCTCAGCTATGATACTCACACTGATACGTTTCAAGCCAGGTAT
GCACCACATGGTAGAAAGGCAGTTGCGGTTGAAAAAGGTGTGACATGGGAAAGGCTAAGA
GCAGCTCCCATCGATATATCTCCTCATCACCTTCATGTGTCAGATTCTCTAAACGAGTTG
AAGCCTGGAGATCACATTGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGCGTTCCCTTACGGTAAG
TTATAAATATACATATTTGTAAGGAAAGGGTTTGAAAGAGAATCTGGTTCTGAAACAAGC
TTGTGTGATGTTTTTTGTTTGTTCTGTAGGATGGTGGTATGGTGTCGTTGGCCACTTAGA
ATCCTGTGATGGGAATCTCAACCATTGTCACTGCCATCTTAATGGTGAGTTCTTCTTCTC
AGCTTCATGTCCTGTAGAGTCTTTGGTTGCTTCTTAGAATTGGCTTGTCACATTCTGTGC
TTTCTATACTCTTTTCCTCAGCCAGTAAAAGTCCAACAAATTTCCCAAAACATAGTTGAA
AAGTGTGAACATTGAAGAAACCTAACTCGAGCATTGGTCCCAAAAAAGACAAATGATGGA
GCCATGTCTTGACTTTCCTAGACATTTTGATAAATATTTGTCTTGAACTGATGTTGAAAT
CTACACGTTACCAAACGGTGGTGGGGACTCAACATGATTCTTTGTTTAATTATTATCACT
CAGAAAATATATATTTTCTTTTCCTTATTTTGGTGAACATCGCATCACCACAGAGAGTAG
AAAATCAATTAAGAAAAAGATAGTGTTTTGCCCACTTGCATCTTGATTATATACCTAACC
CCCTCGTCATATTGCATAAACCGTTATTTATCCATACTTTTTGTGTCAAAAGGGTATTTG
AATTCATGTGTTGTGTGCTAAATGGTGGAAAAACAGAGATGGTGGTATTGGAATTCAACC
AGTACACAGTGGGATCGAGGTGGAGAAGAACGATGATAAACAAGAGAGATCATAGAGAGG
AAGGTAACGAGGAAGAGGGGTTCTATGGAGGAATCAGAAAGCTAAGTTGTAAAGAAGAGA
TTGCTATGTGGACACGTCTCTGGCCATCTTCCATCTTAGAGTAGGATGATGGGACTAAAA
ACCACAATCATTGTACGGAGGGTAGGGATGTTAATTTTAGATGTGTGCTCTCTTCTTCTA
TCCAATGCATGATTTAACTGTTGATTATTTATTCAAAATTGTCTAAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EG21TF U 1
AF RR1EG21JQ C 662
BS 1 729 RR1EG21TF
BS 730 1310 RR1EG21JQ

RD RR1EG21TF 729 0 0
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TCATGCTATGATGCGGAGCTCAGCTATGATACTCACACTGATACGTTTCAAGCCAGGTAT
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GCAGCTCCCATCGATATATCTCCTCATCACCTTCATGTGTCAGATTCTCTAAACGAGTTG
AAGCCTGGAGATCACATTGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGCGTTCCCTTACGGTAAG
TTATAAATATACATATTTGTAAGGAAAGGGTTTGAAAGAGAATCTGGTTCTGAAACAAGC
TTGTGTGATGTTTTTTGTTTGTTCTGTAGGATGGTGGTATGGTGTCGTTGGCCACTTAGA
ATCCTGTGATGGGAATCTCAACCATTGTCACTGCCATCTTAATGGTGAGTTCTTCTTCTC
AGCTTCATGTCCTGTAGAGTCTTTGGTTGCTTCTTAGAATTGGCTTGTCACATTCTGTGC
TTTCTATACTCTTTTCCTCAGCCAGTAAAAGTCCAACAAATTTCCCAAAACATAGTTGAA
AAGTGTGAACATTGAAGAAACCTAACTCGAGCATTGGTCCCAAAAAAGACAAATGATGGA
GCCATGTCTTGACTTTCCTAGACATTTTGATAAATATTTGTCTTGAACTGATGTTGAAAT
CTACACGTT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1EG21JQ 649 0 0
CCATGTCTTGACTTTCCTAGACATTTTGATAAATATTTGTCTTGAACTGATGTTGAAATC
TACACGTTACCAAACGGTGGTGGGGACTCAACATGATTCTTTGTTTAATTATTATCACTC
AGAAAATATATATTTTCTTTTCCTTATTTTGGTGAACATCGCATCACCACAGAGAGTAGA
AAATCAATTAAGAAAAAGATAGTGTTTTGCCCACTTGCATCTTGATTATATACCTAACCC
CCTCGTCATATTGCATAAACCGTTATTTATCCATACTTTTTGTGTCAAAAGGGTATTTGA
ATTCATGTGTTGTGTGCTAAATGGTGGAAAAACAGAGATGGTGGTATTGGAATTCAACCA
GTACACAGTGGGATCGAGGTGGAGAAGAACGATGATAAACAAGAGAGATCATAGAGAGGA
AGGTAACGAGGAAGAGGGGTTCTATGGAGGAATCAGAAAGCTAAGTTGTAAAGAAGAGAT
TGCTATGTGGACACGTCTCTGGCCATCTTCCATCTTAGAGTAGGATGATGGGACTAAAAA
CCACAATCATTGTACGGAGGGTAGGGATGTTAATTTTAGATGTGTGCTCTCTTCTTCTAT
CCAATGCATGATTTAACTGTTGATTATTTATTCAAAATTGTCTAAAGCC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL4759Contig1 893 2 2 U
GGATTACGATCCGGATCTCCAGCACATCCCCGTCTTCGCCGTCTCGTCCAAGTTCTTCAC
CTCCTTGACTTCCCGATTCTACGATCGGAAACTCGCTTTCGATCCCTTGGCGAGGCTTTT
GGTCGGCTACCAGCACTTCACTTACTACCCCGTCATGTGCTTCGGGAGAATCAATCTCTT
CGTGCAGACGCTCCTCCTCCTCTTCTCCAAACGCGAGGTTCCCGATCGCGCTCTCAACTT
CGCGGGAATCTTGGTGTTCTGGACTTGGTTTCCTCTCTTGGTTTCTTGTTTACCGACTTG
GCCTGAGAGGTTCTTCTTCGTGTTCACTAGCTTTACCGTTACGGCTCTCCAGCATATTCA
GTTCACGCTTAACCATTTCGCTGCTGATGTCTACGTGGGTCCGCCCACGGGGGCCGACTG
GTTCGAGAAGCAGGCTGCGGGGACGCTGGACATCTCGTGTAGTTCGTATATGGATTGGTT
CTTTGGCGGGTTGCAGTTTCAGCTCGAGCACCATCTGTTCCCGAGGCTGCCGCGTTGTCA
TTTACGGAAAGTGGCTCCGGTGGTTCAGGAGCTTTGCAAGAAGCATAATCTTCCGTATAG
GAGTCTCTCCTGGTGGGAGGCGAATGTTTGGACTATTAGGACGTTGAAGAAAGCTGCTTA
TCAAGCTAGAGACGCGGCTAATCCTGTGGTTAAGAACTTGGTTTGGGAAGCTTTGAATAC
TCATGGCTAAGTTGATTTCAGAATCAGACAAAGAGCTCTTGTTTTGTTTTTTGTTTGATC
ATATAATCATCATCATTATGTTTGCTTTTGAATCGTTTTACATTTCGTTTTGTTACAACG
GAAGAGCCTGTTAGATTGAATTGTATCGAGATTTACTGAGACTATCATTAGCA


BQ
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AF RR1A693TF U 1
AF RR1A693JQ C 137
BS 1 635 RR1A693TF
BS 636 893 RR1A693JQ

RD RR1A693TF 635 0 0
GGATTACGATCCGGATCTCCAGCACATCCCCGTCTTCGCCGTCTCGTCCAAGTTCTTCAC
CTCCTTGACTTCCCGATTCTACGATCGGAAACTCGCTTTCGATCCCTTGGCGAGGCTTTT
GGTCGGCTACCAGCACTTCACTTACTACCCCGTCATGTGCTTCGGGAGAATCAATCTCTT
CGTGCAGACGCTCCTCCTCCTCTTCTCCAAACGCGAGGTTCCCGATCGCGCTCTCAACTT
CGCGGGAATCTTGGTGTTCTGGACTTGGTTTCCTCTCTTGGTTTCTTGTTTACCGACTTG
GCCTGAGAGGTTCTTCTTCGTGTTCACTAGCTTTACCGTTACGGCTCTCCAGCATATTCA
GTTCACGCTTAACCATTTCGCTGCTGATGTCTACGTGGGTCCGCCCACGGGGGCCGACTG
GTTCGAGAAGCAGGCTGCGGGGACGCTGGACATCTCGTGTAGTTCGTATATGGATTGGTT
CTTTGGCGGGTTGCAGTTTCAGCTCGAGCACCATCTGTTCCCGAGGCTGCCGCGTTGTCA
TTTACGGAAAGTGGCTCCGGTGGTTCAGGAGCTTTGCAAGAAGCATAATCTTCCGTATAG
GAGTCTCTCCTGGTGGGAGGCGAATGTTTGGACTA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1A693JQ 757 0 0
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CTCCTCTTCTCCAAACGCGAGGTTCCCGATCGCGCTCTCAACTTCGCGGGAATCTTGGTG
TTCTGGACTTGGTTTCCTCTCTTGGTTTCTTGTTTACCGACTTGGCCTGAGAGGTTCTTC
TTCGTGTTCACTAGCTTTACCGTTACGGCTCTCCAGCATATTCAGTTCACGCTTAACCAT
TTCGCTGCTGATGTCTACGTGGGTCCGCCCACGGGGGCCGACTGGTTCGAGAAGCAGGCT
GCGGGGACGCTGGACATCTCGTGTAGTTCGTATATGGATTGGTTCTTTGGCGGGTTGCAG
TTTCAGCTCGAGCACCATCTGTTCCCGAGGCTGCCGCGTTGTCATTTACGGAAAGTGGCT
CCGGTGGTTCAGGAGCTTTGCAAGAAGCATAATCTTCCGTATAGGAGTCTCTCCTGGTGG
GAGGCGAATGTTTGGACTATTAGGACGTTGAAGAAAGCTGCTTATCAAGCTAGAGACGCG
GCTAATCCTGTGGTTAAGAACTTGGTTTGGGAAGCTTTGAATACTCATGGCTAAGTTGAT
TTCAGAATCAGACAAAGAGCTCTTGTTTTGTTTTTTGTTTGATCATATAATCATCATCAT
TATGTTTGCTTTTGAATCGTTTTACATTTCGTTTTGTTACAACGGAAGAGCCTGTTAGAT
TGAATTGTATCGAGATTTACTGAGACTATCATTAGCA

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL4760Contig1 1480 2 4 U
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AACAAGCTGGAGACCATAATCTGGCCTGGCGGGTCTGCTCAAGCTCCGAGAGGGCGAGTT
CTAGGAGAAATCAAAAGGAGAAAGCTGAGGGTTTTGGTTACATCTAGCAATAGATTCCCA
AAACTGATTGAGGTGGAGACTGATTCAGCAACAAACATTACAACTGTGAAAGGGTTCTGT
ATAGAAGTCTTCCTGGCTGCCATTGCACCTTTCAACTGTGATTTGGAGTTCATACCTTGG
CGCAATGGGAGTGACTACGACGAACTTGCATATAGACTTTCTATTCAGAAAGACAAATAT
GACGCAGCGGTGGGAGATATTACAATCACTGCAAATAGATCAATGTATGTTGATTTTACG
ATGCCATTCACCGAGATGGGTCTTGGAATAGTAGCACCAAAGGAGAGTAGTATGTGGGTG
TTCTTACAGCCTCTAACACGAGACCTTTGGATAACAAGTGCAGCTTTCTTTGTCTTGACG
GGTTTTATTTTGGTTGATAGAAAGACCTGATAACAAGGAGTTCCAAGTTCTTGGCCGAAA
CAGATCGGAGTTATATTTTGGTTTGGTTTCTCTACCCTTGTTTACGCGCATAGGGAGAAA
CTACAACACAACTTATCAATATTTGTAGTTACAGTCTGGGTATTTGCAGTGCTCATATTG
ACTACAAGCTATACTGCAACTTTGACACCAATGATGACGGTGCAACAGATACGATTCAAC
TCTAATGAAGATTCTGTGGGGCATCTTTCCGGCTCCGTCATTGCAAATATGTCCCTAACC
AATCCCAAATTCCAACCAACGAACACCAAGGGTCTCAATTCTTCTAGAGAATATGCTCAA
GCCTTGTTGGACAATACCGTCTCATTTATTGTCGATGAGTTGCCATGCCTCAAAGTCCTC
CTTGGAGAGAATCCTGCAAAGTTTGCCATGGTCAAGGCACATTATAACACCATTGGTTTC
GGCTTTATGTTTCAGAAGGGAGACGAACTGGTGCCTCTTGTGTCTAGGGAAATCTTGTGC
CTAAGGGCGACCGATAAAATAACTGAGATGGAGAAAAGATGGTTTGAGAATCCACTTCCA
TACACAGCAGATGATACATCAAATCCTTTAACTCTTTACATGTTCCGCGGATTGTTTATG
ATCACTGGAGTTTCTTCAGCTTTGGCTCTTGCACTACTTCTCGTTCTCTGGCTCCGAGAC
AATTTGGACGATCTGATGAATTTAGCCAACATATTCCTCTCGCGACGACTTGCACATTTT
GGGATCTTCTTCGCGAGAACTATCCATCCCTACCCCCTTGATGACGAGAATGCGGTTCAG
ATGGCTGAACGTGTAACTGAAGATAGGAACTGATTCAAACATAGCAATATGTTCATTACC
ATATATGTAAATGCAGTTTTTAATACAAGTGAAGTAGATC


BQ
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AF RR1CH63TF U 1
AF RR1CH63JQ C 645
BS 1 689 RR1CH63TF
BS 690 690 RR1CH63JQ
BS 691 744 RR1CH63TF
BS 745 1480 RR1CH63JQ

RD RR1CH63TF 744 0 0
GGTGAGAGGAGAATAGGGTTCTGGAGTTCTAATGGTAGTTTCAGCAGTAGGAGACATCAT
AACAAGCTGGAGACCATAATCTGGCCTGGCGGGTCTGCTCAAGCTCCGAGAGGGCGAGTT
CTAGGAGAAATCAAAAGGAGAAAGCTGAGGGTTTTGGTTACATCTAGCAATAGATTCCCA
AAACTGATTGAGGTGGAGACTGATTCAGCAACAAACATTACAACTGTGAAAGGGTTCTGT
ATAGAAGTCTTCCTGGCTGCCATTGCACCTTTCAACTGTGATTTGGAGTTCATACCTTGG
CGCAATGGGAGTGACTACGACGAACTTGCATATAGACTTTCTATTCAGAAAGACAAATAT
GACGCAGCGGTGGGAGATATTACAATCACTGCAAATAGATCAATGTATGTTGATTTTACG
ATGCCATTCACCGAGATGGGTCTTGGAATAGTAGCACCAAAGGAGAGTAGTATGTGGGTG
TTCTTACAGCCTCTAACACGAGACCTTTGGATAACAAGTGCAGCTTTCTTTGTCTTGACG
GGTTTTATTTTGGTTGATAGAAAGACCTGATAACAAGGAGTTCCAAGTTCTTGGCCGAAA
CAGATCGGAGTTATATTTTGGTTTGGTTTCTCTACCCTTGTTTACGCGCATAGGGAGAAA
CTACAACACAACTTATCAATATTTGTAGT*ACAGTCTGGGTATTTGCAGTGCTCATATTG
ACTACAAGCTATACTGCAACTTTG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1CH63JQ 836 0 0
CGCGCATAGGGAGAAACTACAACACAACTTATCAATATTTGTAGTTACAGTCTGGGTATT
*GCAGTGCTCATATTGACTACAAGCTATACTGCAACTTTGACACCAATGATGACGGTGCA
ACAGATACGATTCAACTCTAATGAAGATTCTGTGGGGCATCTTTCCGGCTCCGTCATTGC
AAATATGTCCCTAACCAATCCCAAATTCCAACCAACGAACACCAAGGGTCTCAATTCTTC
TAGAGAATATGCTCAAGCCTTGTTGGACAATACCGTCTCATTTATTGTCGATGAGTTGCC
ATGCCTCAAAGTCCTCCTTGGAGAGAATCCTGCAAAGTTTGCCATGGTCAAGGCACATTA
TAACACCATTGGTTTCGGCTTTATGTTTCAGAAGGGAGACGAACTGGTGCCTCTTGTGTC
TAGGGAAATCTTGTGCCTAAGGGCGACCGATAAAATAACTGAGATGGAGAAAAGATGGTT
TGAGAATCCACTTCCATACACAGCAGATGATACATCAAATCCTTTAACTCTTTACATGTT
CCGCGGATTGTTTATGATCACTGGAGTTTCTTCAGCTTTGGCTCTTGCACTACTTCTCGT
TCTCTGGCTCCGAGACAATTTGGACGATCTGATGAATTTAGCCAACATATTCCTCTCGCG
ACGACTTGCACATTTTGGGATCTTCTTCGCGAGAACTATCCATCCCTACCCCCTTGATGA
CGAGAATGCGGTTCAGATGGCTGAACGTGTAACTGAAGATAGGAACTGATTCAAACATAG
CAATATGTTCATTACCATATATGTAAATGCAGTTTTTAATACAAGTGAAGTAGATC

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 2

CO CL4761Contig1 832 2 2 U
GGCTTCTTTGCTTCATGGTAACAGAGGAGAGAACAGAGTTCTATTGGACTGGGAAACAAG
AATGAGTATTGCCATCGGTGCAGCTAAAGGGATAGCTAGAATCCACAGAGAGAACAACGG
GAAGCTCGTCCATGGCAACATCAAATCTTCAAACATATTCTTGAACTCAGAGCGTAACGG
ATGCGTGTCTGATCTCGGTTTAACCGCGGTGATGAGCCCCTTGGCTCCACCTATCTCTAG
GCAAGCTGGTTACCGTGCGCCGGAAGTAACCGACACGAGGAAGTCTTCTCAGCTCTCAGA
TGTTTACAGCTTCGGCGTCGTGCTGCTAGAACTCCTCACCGGAAAATCTCCAATTCACAC
TACAGCAGGAGATGAGATTATACATTTGGTTCGATGGGTACATTCGGTAGTGAGAGAGGA
GTGGACCGCAGAGGTTTTTGACGTGGAGCTTCTCAGGTATACGAACATAGAGGAGGAGAT
GGTTGAGATGTTGCAGATTGCAATGTCCTGTGTTGTCAAAGCTCCGGACCAGAGACCTAA
GATGTCTGATTTGGTCAGGCTTATGGAGTGTGTCGGAAACCGACAAGCCAGTGTTGAGGC
TGAGACTAAGCCCAAGTCCGAAAATGGAGCCTCCGAGACTTCCACCCCGAGTGAAATTTG
AATACTCATGTTGATTTTATAACTTTATTAAGTTTGTATACTCATGTTGATTCTCTTCTC
CGGTTAGAACCGGTTTAATCAAACACGTTTCTGTTTAGGGAATCTTTGGTTTTCATGCAA
AATAGATTTGAATTTTTCAAATAGAAGAAAAATGAATTTCGTATGTTTCATC


BQ
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AF RR1BA02TF U 1
AF RR1BA02JQ C 608
BS 1 730 RR1BA02TF
BS 731 832 RR1BA02JQ

RD RR1BA02TF 730 0 0
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AATGAGTATTGCCATCGGTGCAGCTAAAGGGATAGCTAGAATCCACAGAGAGAACAACGG
GAAGCTCGTCCATGGCAACATCAAATCTTCAAACATATTCTTGAACTCAGAGCGTAACGG
ATGCGTGTCTGATCTCGGTTTAACCGCGGTGATGAGCCCCTTGGCTCCACCTATCTCTAG
GCAAGCTGGTTACCGTGCGCCGGAAGTAACCGACACGAGGAAGTCTTCTCAGCTCTCAGA
TGTTTACAGCTTCGGCGTCGTGCTGCTAGAACTCCTCACCGGAAAATCTCCAATTCACAC
TACAGCAGGAGATGAGATTATACATTTGGTTCGATGGGTACATTCGGTAGTGAGAGAGGA
GTGGACCGCAGAGGTTTTTGACGTGGAGCTTCTCAGGTATACGAACATAGAGGAGGAGAT
GGTTGAGATGTTGCAGATTGCAATGTCCTGTGTTGTCAAAGCTCCGGACCAGAGACCTAA
GATGTCTGATTTGGTCAGGCTTATGGAGTGTGTCGGAAACCGACAAGCCAGTGTTGAGGC
TGAGACTAAGCCCAAGTCCGAAAATGGAGCCTCCGAGACTTCCACCCCGAGTGAAATTTG
AATACTCATGTTGATTTTATAACTTTATTAAGTTTGTATACTCATGTTGATTCTCTTCTC
CGGTTAGAAC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1BA02JQ 225 0 0
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ATGTTGATTTTATAACTTTATTAAGTTTGTATACTCATGTTGATTTTTTTTTCCGGTTAG
AACCGGTTTAATCAAACACGTTTCTGTTTAGGGAATCTTTGGTTTTCATGCAAAATAGAT
TTGAATTTTTCAAATAGAAGAAAAATGAATTTCGTATGTTTCATC

QA 1 225 1 225
DS 



AS 1 2

CO CL4762Contig1 1125 2 2 U
GGGGCTTTCTTGAATCCGAAGAACCGAGCTAAGTACAAGAAGCTGTGGAACATGTCGATG
CGAAGAAGAAGTTTGCTTAAGGTTATTGTCCTTGGAGACAGCGGGGTTGGCAAAACATCG
TTGATGAATCAATATGTAAATAATAAGTTTAGTCAACAGTACAAAGCCACGACTGGAGCT
GATTTTGTCACCAAGGAGCTTCAAATCGATGACAGGCTCGTCACGCTCCAAATTTGGGAC
ACTGCTGGGCAAGAGAGGTTCCAGAGTCTTGGTGTTGCTTTCTATAGAGGTGCAGATTGT
TGTGTGCTTGTTTATGATGTTAACTACCTCAAGTCATTTGATTCTCTGGACAATTGGCAC
GAGGAGTTTCTTAAGCAGGCTAGCCCACGGGATCCAACCGCGTTCCCGTTCATATTGCTT
GGTAACAAGATTGATATTGATGGAGGAAACAGTCGAGTGGTATCAGAGAAGAAAGCTAGA
GAATGGTGTGCTCAAAAGGGAAACATATGCTATTACGAGACATCTGCTAAAGAAGATTAC
AACGTAGATGAATCGTTCTTGTGCATCACAAAACTTGCCCTTGCCAATGAGCGCGACCAA
GATATATATTTTCAGGGGATTCCAGAGTCTGGTTCAGAGCCTGAGCAAAGAGGAGGATGT
GCTTGCTGAAGAAAAACATCTGTCTTAGCTATGTTTGATTTGTGCCATTAGTCATGTTTG
TTCTCTCGTTCTCAGCTTTGGCACGAGCCTGGTCGTTGTCGTGCAGCTATTCCGTCTCTC
TTCTGATCTAAAACCTAAAAAGAACGTTAGTCTAAGACGATAGATTAATATAGATACTAA
AATGTAGCTTATCAAATATCAACATACTTCTTATAATTCTTGTTACATTTTTTAAATCTT
TTGGGTGGAAGAGGAAACAAAGAACAAAACAAGGCTAAGTTAGTAAACTCCATGGGTCAT
GGCAAGGCTGGAGATACGTATGAGCACATTCATTCTGTGTTTTTCTTTTTCTTTTCATTC
TGCGGTTTTGCCTATATGGAGCTTTGTGATTTCATTTTTACACACAAAAACATATATTTA
TCCATTACAAGTTTGGATGTTGCATGTAATATTTGGATATTAATA


BQ
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AF RR1B879TF U 1
AF RR1B879JQ C 330
BS 1 597 RR1B879TF
BS 598 1125 RR1B879JQ

RD RR1B879TF 597 0 0
GGGGCTTTCTTGAATCCGAAGAACCGAGCTAAGTACAAGAAGCTGTGGAACATGTCGATG
CGAAGAAGAAGTTTGCTTAAGGTTATTGTCCTTGGAGACAGCGGGGTTGGCAAAACATCG
TTGATGAATCAATATGTAAATAATAAGTTTAGTCAACAGTACAAAGCCACGACTGGAGCT
GATTTTGTCACCAAGGAGCTTCAAATCGATGACAGGCTCGTCACGCTCCAAATTTGGGAC
ACTGCTGGGCAAGAGAGGTTCCAGAGTCTTGGTGTTGCTTTCTATAGAGGTGCAGATTGT
TGTGTGCTTGTTTATGATGTTAACTACCTCAAGTCATTTGATTCTCTGGACAATTGGCAC
GAGGAGTTTCTTAAGCAGGCTAGCCCACGGGATCCAACCGCGTTCCCGTTCATATTGCTT
GGTAACAAGATTGATATTGATGGAGGAAACAGTCGAGTGGTATCAGAGAAGAAAGCTAGA
GAATGGTGTGCTCAAAAGGGAAACATATGCTATTACGAGACATCTGCTAAAGAAGATTAC
AACGTAGATGAATCGTTCTTGTGCATCACAAAACTTGCCCTTGCCAATGAGCGCGAC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1B879JQ 796 0 0
CAAGTCATTTGATTCTCTGGACAATTGGCACGAGGAGTTTCTTAAGCAGGCTAGCCCACG
GGATCCAACCGCGTTCCCGTTCATATTGCTTGGTAACAAGATTGATATTGATGGAGGAAA
CAGTCGAGTGGTATCAGAGAAGAAAGCTAGAGAATGGTGTGCTCAAAAGGGAAACATATG
CTATTACGAGACATCTGCTAAAGAAGATTACAACGTAGATGAATCGTTCTTGTGCATCAC
AAAACTTGCCCTTGCCAATGAGCGCGACCAAGATATATATTTTCAGGGGATTCCAGAGTC
TGGTTCAGAGCCTGAGCAAAGAGGAGGATGTGCTTGCTGAAGAAAAACATCTGTCTTAGC
TATGTTTGATTTGTGCCATTAGTCATGTTTGTTCTCTCGTTCTCAGCTTTGGCACGAGCC
TGGTCGTTGTCGTGCAGCTATTCCGTCTCTCTTCTGATCTAAAACCTAAAAAGAACGTTA
GTCTAAGACGATAGATTAATATAGATACTAAAATGTAGCTTATCAAATATCAACATACTT
CTTATAATTCTTGTTACATTTTTTAAATCTTTTGGGTGGAAGAGGAAACAAAGAACAAAA
CAAGGCTAAGTTAGTAAACTCCATGGGTCATGGCAAGGCTGGAGATACGTATGAGCACAT
TCATTCTGTGTTTTTCTTTTTCTTTTCATTCTGCGGTTTTGCCTATATGGAGCTTTGTGA
TTTCATTTTTACACACAAAAACATATATTTATCCATTACAAGTTTGGATGTTGCATGTAA
TATTTGGATATTAATA

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL4763Contig1 714 2 2 U
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CACCATCATCATCGTCTATATCTCCTCGTTCTCTACCTCCTCCAATGAAACTGTTTCAAC
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BQ
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DS 

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QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1C617TF U 1
AF RR1C617JQ C 500
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BS 768 1319 RR1C617JQ

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CCTTCATGTACTCTCCGCTTTCCTCGCAGTGGAACCGGTGGACTCCGTCATTGCTCTCGC
GAGAGGGTGTTCAGGAGGATCACTCACGGAGAGTGTGCAGAGGTTTCTGTGGGAGGTTTG
CGTCAAAGCTGCTGCCAATGGTAACGCATCATACGCGAAAAAGTTACTGAAGAAACTCAT
AACTGAAGTTGAGTTGGAGAAAGGTGAAGTGTTAGATGAAGTGTATGAAGAGTATGCTCT
TCACATGTCAGCGGCTTCTAAGGAGGATGCATTGGTGAAAGAAAACATAAGGATCACCAG
GTTCATCTCTTTTCTTTTCCCTGAAGTAGGTTTATACGAACATCCAAGTTGTCCAAGTTC
AAGGAAGTTTGTTGTTCCGCTGCAGTGTTCATTGAACATGCTTGAAGGAGATACCGGGTG
TTCAATCTGGCCTTCGAGTTTGTTTTTGTCAGAGTTTGTTCTGTCATATCCAGAGTTATT
CACTGATAAATCGTGTTTTGAGGTTGGTTCTGGAGTTTGGTTTGGTCGGAATTTGTCTTG
CACATGTAAAGGCAAATAAGGTGATATTAACAGACGGAGATCTCTTAACTCTCTCTAACA
TGAAGCTTAACTTGGAGAGGA*TCACTTAAACTATGAG*ACGAGCTGCTCAAACA*CACG
GAGAAGCTGAGAACTCACGAGTTAA*TGCATCCACCTCCCATGGGAA
CTGC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1C617JQ 820 0 0
TTT
TTTTTGTCAGAGTTTGTTCTGTCATATCCAGAGTTATTCACTGATAAATCGTGTTTTGAG
GTTGGTTCTGGAGTT*GGTTTGGTCGGAATTTGTCTTGCACATGTAAAGGCAAATAAGGT
GATATTAACAGACGGAGATCTCTTAACTCTCTCTAACATGAAGCTTAACTTGGAGAGGAA
TCACTTAAACTATGAGGACGAGCTGCTCAAACAACACGGAGAAGCTGAGAACTCACGAGT
TAAATGCATCCACCTCCCATGGGAAACTGCATCGGATAGTGAAGTGAGCGAGTATCGTCC
AGATATTGTTCTAGGTGCAGATGTAATCTATGATCCGTCATGTTTCCCTCATCTACTTCG
AGTTCTAGTAGCCCTTTTAAGGAGACCAACCAAAAGAGACAATGGCTCTCTCGAGACTGA
AGGAAGCAGCCCTGCAGTGGCTTATATCGCATCTGTGATCCGCAATGCAGACACTTTCAA
TGCGTTCTTGACACTTTTGGATCAGATGAACCTTTCCATCACGGACTTGACGGAAGAACT
TAAGCCTCCGTATGAGCTTTTACCGTATATGCATTCGTATGACCGCTCAAGCGTCCGGCT
CTTCTCTATATCCTCCAGATAATGTGCTTTAAGCATTTTTGTTACTTTACAACTGAAACT
ACAGATTCTTTCGAAACTTGTTCCTATATGGTAGTTGGTTGATCAGGTCAAAGGTTTGGT
TGTTAAAATTGCCGTGAGCGTTTCATCTGGTTGTAGCAAAACAACCGCTAAACACTATCA
CTGCTTGTTACTACAAAACGTTAAGAGTTTGGTTTTG

QA 4 820 4 820
DS 



AS 1 2

CO CL4765Contig1 920 2 2 U
ACAACAAGTTTTTAATCAAGATCAATCGTGGTGGCCGGTGGCTTTTGCCGCCGGTTACCA
TCATTTTTCTTTTGTCTTTTTGCTTGTAAATAGCTTCGATCTAGAATCGATTTTCGGTTT
CGCTTTGGCGAGTTTCGTTTTTTTCGCGTTGGCGATTTCGTTTTTCGCATAGGCGACTTT
TTGTTGTGTAAAGTCCAACCAGAACAGACTTGCATCTAATTCCTATCTTTCTCTGTTATG
GTTTGGACATATCTAAGTTTCTCCGAGTTTAAATCGGAGTTTTACTGCCCTCTTTCTCTT
GTTCTTACTTTCATATTCCGTTGAATTCGAAGTCTTCTATCGTTTTGTCGGTTATTCTTG
ATACTCTATTGGAATCGGTGTTAATCTTTGCTTCTCTATTGAATATATGCAAAGTTACCG
TGATAAATAGTTGTATTAAGTTTCTCGAAAAAGCTTGTTTGATTATGAGCAGATTCAGTA
GAGATGGAACTTTCCATTTTGAAAGTGTTCCAACAAAGGGTCTGTCTTTAATCGTCACAA
GTTTTCGTTGTGCTACCACTTCCGGCAATATGGTTTAGAGTACGGCAGATTCAACGGTGG
AAGGGGAAAGAAGACTGCAAGTGAAATCAAGTTAACCTAATTCTCTGCTATGGTGGAGAA
AGACGGAGGCGGAAAAGAACCGCGGAAGACCACGGTGGTGAAGACTGTCGGTGATCGGAG
TTTGTGCATAGAGAACACGTGGAGATAAGGAAGAGCTCTTGATTTCTCTAGAAACAGATT
ACGTGGAGTCACGCGGATATCTTTCTTCTGGGCTTTAAATAATTTAGTTTCTTGTTGGAT
CTCGCTTGTAAAAATAACTGGTCTCACTTGTAATGTCTTTTGGGCCAAAGATTTGGATTT
AATAAAATCCAGAAGTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A724TF U 1
AF RR1A724JQ C 166
BS 1 658 RR1A724TF
BS 659 920 RR1A724JQ

RD RR1A724TF 658 0 0
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TCATTTTTCTTTTGTCTTTTTGCTTGTAAATAGCTTCGATCTAGAATCGATTTTCGGTTT
CGCTTTGGCGAGTTTCGTTTTTTTCGCGTTGGCGATTTCGTTTTTCGCATAGGCGACTTT
TTGTTGTGTAAAGTCCAACCAGAACAGACTTGCATCTAATTCCTATCTTTCTCTGTTATG
GTTTGGACATATCTAAGTTTCTCCGAGTTTAAATCGGAGTTTTACTGCCCTCTTTCTCTT
GTTCTTACTTTCATATTCCGTTGAATTCGAAGTCTTCTATCGTTTTGTCGGTTATTCTTG
ATACTCTATTGGAATCGGTGTTAATCTTTGCTTCTCTATTGAATATATGCAAAGTTACCG
TGATAAATAGTTGTATTAAGTTTCTCGAAAAAGCTTGTTTGATTATGAGCAGATTCAGTA
GAGATGGAACTTTCCATTTTGAAAGTGTTCCAACAAAGGGTCTGTCTTTAATCGTCACAA
GTTTTCGTTGTGCTACCACTTCCGGCAATATGGTTTAGAGTACGGCAGATTCAACGGTGG
AAGGGGAAAGAAGACTGCAAGTGAAATCAAGTTAACCTAATTCTCTGCTATGGTGGAG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1A724JQ 755 0 0
CGCATAGGCGACTTTTTGTTGTGTAAAGTCCAACCAGAACAGACTTGCATCTAATTCCTA
TCTTTCTCTGTTATGGTTTGGACATATCTAAGTTTCTCCGAGTTTAAATCGGAGTTTTAC
TGCCCTCTTTCTCTTGTTCTTACTTTCATATTCCGTTGAATTCGAAGTCTTCTATCGTTT
TGTCGGTTATTCTTGATACTCTATTGGAATCGGTGTTAATCTTTGCTTCTCTATTGAATA
TATGCAAAGTTACCGTGATAAATAGTTGTATTAAGTTTCTCGAAAAAGCTTGTTTGATTA
TGAGCAGATTCAGTAGAGATGGAACTTTCCATTTTGAAAGTGTTCCAACAAAGGGTCTGT
CTTTAATCGTCACAAGTTTTCGTTGTGCTACCACTTCCGGCAATATGGTTTAGAGTACGG
CAGATTCAACGGTGGAAGGGGAAAGAAGACTGCAAGTGAAATCAAGTTAACCTAATTTTC
TGCTATGGTGGAGAAAGACGGAGGCGGAAAAGAACCGCGGAAGACCACGGTGGTGAAGAC
TGTCGGTGATCGGAGTTTGTGCATAGAGAACACGTGGAGATAAGGAAGAGCTCTTGATTT
CTCTAGAAACAGATTACGTGGAGTCACGCGGATATCTTTCTTCTGGGCTTTAAATAATTT
AGTTTCTTGTTGGATCTCGCTTGTAAAAATAACTGGTCTCACTTGTAATGTCTTTTGGGC
CAAAGATTTGGATTTAATAAAATCCAGAAGTTGAC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL4766Contig1 917 2 2 U
GAGGGTTTCTTTGGGCTTCAGACGAAATTAATGGTAGAGGCGGTAAGTATTGGCCTCTTG
TGATGGACATTGCTCGCAGAAACAACCTCCGTCGAATCTTGAGGTGTGGGCAGATCATGG
GACGTAGTGAGACAGAGGTGCTGAGTGCAGCGCAAATTCTTTACCCTTGTATGCAGTGTG
CGGATATTTTCTTACTGGAGGCTGATATTTGCCAGCTGGGGATGGATCAAAGGAAAGTAA
ACATGTTAGCAAGAGAATACTGTGATGACATTAAGAGAAAGAACAAACCCATCATCTTGT
CCCACCATATGCTTCCTGGTCTTCAACAAGGACAAGAGAAGATGTCCAAAAGTAATCCAT
CATCTGCCATATTTATGGAAGATGAGGAGGCTGATGTTAGTGAGAAGATCAGCCAAGCTT
ATTGCCCACCAAGAACTGTGGAAGGCAATCCATGTCTTGAATACGTCAAATACTTAGTTC
TACCTCGATTCAATGAGTTCATGGTTGAAATTGATGGCGGTAACAAGACCTTCAACAGCT
TTGAAGATATTTGTGCTGACTACGAGAGCGGCGAGTTGGCTCCTGAAGATCTTAAGAAAG
CCTTGGTGAAAGCATTGAATATAATGCTGCAACCTGTTCGTGACCACTTCAAAACCAACG
AGCGTGCCAAAAATCTACTGGAACAGGTCAAGGCTTTTAGAGTCACCAGGTGAAGATGCA
AACGCAGAGAAGCAAAACTTGTGTTCATCGTTGCAAACTTTCTTTTAAGAACTTTACTTG
CAATTCTATTTTTCTTTTTGGAAAGAGCTGAGCCTCAGAGATTGGTGATTAAGAAACCAA
AGAGAGAAGAATTTTAAATTACAATGATAAGTGAAAAAGGACTAGAGTTTTTATACTGAT
AAAACTTTCTTCATTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D640TF U 1
AF RR1D640JQ C 205
BS 1 312 RR1D640TF
BS 313 917 RR1D640JQ

RD RR1D640TF 312 0 0
GAGGGTTTCTTTGGGCTTCAGACGAAATTAATGGTAGAGGCGGTAAGTATTGGCCTCTTG
TGATGGACATTGCTCGCAGAAACAACCTCCGTCGAATCTTGAGGTGTGGGCAGATCATGG
GACGTAGTGAGACAGAGGTGCTGAGTGCAGCGCAAATTCTTTACCCTTGTATGCAGTGTG
CGGATATTTTCTTACTGGAGGCTGATATTTGCCAGCTGGGGATGGATCAAAGGAAAGTAA
ACATGTTAGCAAGAGAATACTGTGATGACATTAAGAGAAAGAACAAACCCATCATCTTGT
CCCACCATATGC

QA 1 312 1 312
DS 

RD RR1D640JQ 713 0 0
ATATTTGCCAGCTGGGGATGGATCAAAGGAAAGTAAACATGTTAGCAAGAGAATACTGTG
ATGACATTAAGAGAAAGAACAAACCCATCATCTTGTCCCACCATATGCTTCCTGGTCTTC
AACAAGGACAAGAGAAGATGTCCAAAAGTAATCCATCATCTGCCATATTTATGGAAGATG
AGGAGGCTGATGTTAGTGAGAAGATCAGCCAAGCTTATTGCCCACCAAGAACTGTGGAAG
GCAATCCATGTCTTGAATACGTCAAATACTTAGTTCTACCTCGATTCAATGAGTTCATGG
TTGAAATTGATGGCGGTAACAAGACCTTCAACAGCTTTGAAGATATTTGTGCTGACTACG
AGAGCGGCGAGTTGGCTCCTGAAGATCTTAAGAAAGCCTTGGTGAAAGCATTGAATATAA
TGCTGCAACCTGTTCGTGACCACTTCAAAACCAACGAGCGTGCCAAAAATCTACTGGAAC
AGGTCAAGGCTTTTAGAGTCACCAGGTGAAGATGCAAACGCAGAGAAGCAAAACTTGTGT
TCATCGTTGCAAACTTTCTTTTAAGAACTTTACTTGCAATTCTATTTTTCTTTTTGGAAA
GAGCTGAGCCTCAGAGATTGGTGATTAAGAAACCAAAGAGAGAAGAATTTTAAATTACAA
TGATAAGTGAAAAAGGACTAGAGTTTTTATACTGATAAAACTTTCTTCATTAT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL4767Contig1 744 2 2 U
GGGGGTTTGGAAATGAAGGAAGGAAAGTTTGGGGCTGATTTGGAAATACAAGAAAGTAGT
GAGGAGGAGATTTTGAAGATGAAACAGAGATTAGTGTCTCAAGTGCTTGAGGTAGGGATT
ATATTCCATTCAGTGATAATTGGAGTGACCATGGGAATGTCACAGAATCAGTGTATCATT
AGACCTTTAATCGCTGCTCTTTCGTTTCATCAGATTTTCGAAGGCTTGGGCCTTGGCGGT
TGCATCGCTCAGGCGGGGTTTAAGGCAGGGACAGTGGTCTATATGTGCTTGATGTTCGCA
GTAACTACACCTCTCGGGATAGTACTTGGGATGATGATTTTCGCAGCGACCGGTTACGAT
GACCAGAACCCAAACGCATTGATAATGGAAGGTTTATTAGGATCACTATCCTCAGGGATT
TTAATATACATGGCCTTAGTTGACCTAATTGCACTTGATTTCTTCCATAACAAGATGTTG
ACAACGGCCGGTGAATCAGGTTTTAAGCTGAAGAAACTTTGTTTTGTGGCATTGGTCTTG
GGTTCTGCTTCTATGTCACTTCTTGCTCTCTGGGCTTAAAAGAGGCAAAACTATACAAAA
GTTACCATAGCAAAAATGTTATGTTTCTATATGAATATGGTTTTAACTTTATAATATAAT
CTATTCCACATATTTAAAGTATATTTACACATTAAACGTCTATGTTAAACAAGTTAGATC
TCTCTACTACTACTACTACTATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX47TF U 1
AF RR1GX47JQ C 68
BS 1 250 RR1GX47TF
BS 251 744 RR1GX47JQ

RD RR1GX47TF 250 0 0
GGGGGTTTGGAAATGAAGGAAGGAAAGTTTGGGGCTGATTTGGAAATACAAGAAAGTAGT
GAGGAGGAGATTTTGAAGATGAAACAGAGATTAGTGTCTCAAGTGCTTGAGGTAGGGATT
ATATTCCATTCAGTGATAATTGGAGTGACCATGGGAATGTCACAGAATCAGTGTATCATT
AGACCTTTAATCGCTGCTCTTTCGTTTCATCAGATTTTCGAAGGCTTGGGCCTTGGCGGT
TGCATCGCTC

QA 1 250 1 250
DS 

RD RR1GX47JQ 677 0 0
AGATTTTGAAGATGAAACAGAGATTAGTGTCTCAAGTGCTTGAGGTAGGGATTATATTCC
ATTCAGTGATAATTGGAGTGACCATGGGAATGTCACAGAATCAGTGTATCATTAGACCTT
TAATCGCTGCTCTTTCGTTTCATCAGATTTTCGAAGGCTTGGGCCTTGGCGGTTGCATCG
CTCAGGCGGGGTTTAAGGCAGGGACAGTGGTCTATATGTGCTTGATGTTCGCAGTAACTA
CACCTCTCGGGATAGTACTTGGGATGATGATTTTCGCAGCGACCGGTTACGATGACCAGA
ACCCAAACGCATTGATAATGGAAGGTTTATTAGGATCACTATCCTCAGGGATTTTAATAT
ACATGGCCTTAGTTGACCTAATTGCACTTGATTTCTTCCATAACAAGATGTTGACAACGG
CCGGTGAATCAGGTTTTAAGCTGAAGAAACTTTGTTTTGTGGCATTGGTCTTGGGTTCTG
CTTCTATGTCACTTCTTGCTCTCTGGGCTTAAAAGAGGCAAAACTATACAAAAGTTACCA
TAGCAAAAATGTTATGTTTCTATATGAATATGGTTTTAACTTTATAATATAATCTATTCC
ACATATTTAAAGTATATTTACACATTAAACGTCTATGTTAAACAAGTTAGATCTCTCTAC
TACTACTACTACTATGG

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL4768Contig1 802 2 2 U
GCATCCTCTCCCTCTGTCGATTGCTCAGCCAGAACTTCCCCATCTTGACCTTCGGATCTT
AGATGAAAAGACGAGATGAGGCTCTCGCCGGGGACTTCTTTCGTTTTGATTTCTTAACTC
AAAATCTCGACGGCTCTACTATTCGTTTGTGTTGTTGGAGCTTAAGTTCCTATGTTCTTC
GTATTTCCAGAAGGAAGCCGTCCGTTGATCTTCCAGCCTCGTCCTTGCTCTGAAGCTAGA
ATCTTTTCAGTTGATGCTCGTGTGAAGGGACCGGAGTAGAGAGCCATGAACCTCAGCTTG
TTTCCGCCTGTGTCGCTCTGCACTTATCTGCTAGCTTCTCTTCTTTGGATTAGGGTCTCC
TGGAACCGCTGGGTTTGACTTCTAGAGATGTTTCAGCGTCTGGAGTGGACCTCCTCGGTG
CTAGCCGGACCAGGACCTAGTCAACCCTGCTTCGCCGTCGCACCCCTTCGAAGTCGCCTT
CGGGATGAGCCTCGGTTCCTAGGCTCATTCTCCGGCTGATTGCTCTAATGTTCGTGGCTC
TTTGTGCAGGTTCCAGCATCGAGATTCAGCCTTGAACTACTGGATTGACATTTGAGTTTT
GGTTTCATATTTTAGCTAAGCGTTAATCACTTCTTAAGAGATGATTAAAACTTGTTTCTC
TGTGAAAATCTTTTTTATCTTTTTTTGGGGCTTTCTAAGAGTCTTGCTTTAATTAGCGAA
TCCTAAATGCGTAAGGTTTGATCTTCAAGCTCTGAATGTATCTCTTGTATCGTTATCTTT
GGTAATGAAATTCACATACTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES01TF U 1
AF RR1CL16TF U 280
BS 1 661 RR1ES01TF
BS 662 802 RR1CL16TF

RD RR1ES01TF 661 0 0
GCATCCTCTCCCTCTGTCGATTGCTCAGCCAGAACTTCCCCATCTTGACCTTCGGATCTT
AGATGAAAAGACGAGATGAGGCTCTCGCCGGGGACTTCTTTCGTTTTGATTTCTTAACTC
AAAATCTCGACGGCTCTACTATTCGTTTGTGTTGTTGGAGCTTAAGTTCCTATGTTCTTC
GTATTTCCAGAAGGAAGCCGTCCGTTGATCTTCCAGCCTCGTCCTTGCTCTGAAGCTAGA
ATCTTTTCAGTTGATGCTCGTGTGAAGGGACCGGAGTAGAGAGCCATGAACCTCAGCTTG
TTTCCGCCTGTGTCGCTCTGCACTTATCTGCTAGCTTCTCTTCTTTGGATTAGGGTCTCC
TGGAACCGCTGGGTTTGACTTCTAGAGATGTTTCAGCGTCTGGAGTGGACCTCCTCGGTG
CTAGCCGGACCAGGACCTAGTCAACCCTGCTTCGCCGTCGCACCCCTTCGAAGTCGCCTT
CGGGATGAGCCTCGGTTCCTAGGCTCATTCTCCGGCTGATTGCTCTAATGTTCGTGGCTC
TTTGTGCAGGTTCCAGCATCGAGATTCAGCCTTGAACTACTGGATTGACATTTGAGTTTT
GGTTTCATATTTTAGCTAAGCGTTAATCACTTCTTAAGAGATGATTAAAACTTGTTTCTC
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1CL16TF 523 0 0
G
GAGCCATGAACCTCAGCTTGTTTCCGCCTGTGTCGCTCTGCACTTATCTGCTAGCTTCTC
TTCTTTGGATTAGGGTCTCCTGGAACCGCTGGGTTTGACTTCTAGAGATGTTTCAGCGTC
TGGAGTGGACCTCCTCGGTGCTAGCCGGACCAGGACCTAGTCAACCCTGCTTCGCCGTCG
CACCCCTTCGAAGTCGCCTTCGGGATGAGCCTCGGTTCCTAGGCTCATTCTCCGGCTGAT
TGCTCTAATGTTCGTGGCTCTTTGTGCAGGTTCCAGCATCGAGATTCAGCCTTGAACTAC
TGGATTGACATTTGAGTTTTGGTTTCATATTTTAGCTAAGCGTTAATCACTTCTTAAGAG
ATGATTAAAACTTGTTTCTCTGTGAAAATCTTTTTTATCTTTTTTTGGGGCTTTCTAAGA
GTCTTGCTTTAATTAGCGAATCCTAAATGCGTAAGGTTTGATCTTCAAGCTCTGAATGTA
TCTCTTGTATCGTTATCTTTGGTAATGAAATTCACATACTTA

QA 2 523 2 523
DS 



AS 1 2

CO CL4769Contig1 945 2 4 U
GGAGAAGGAGAAGAGATATCATCAATTCATCATTAAGCAATATAGAAACTTCTGTGCACC
TTCTCCTTCCTCTCACGCGTTACAATCCTCTCTATATAACTCTCTTCCCCCTAAACCCAC
CAGAAACCATCTCAAATTCCACTTCTTGAAACCATGGTTCGTTGTAGCTACAACCTCGTC
GGCATACTCAACTTCATCGTCTTCCTCCTCTCGATCCCCATCTTAGCCGGAGGTATATGG
CTAAGCCAAAAAGGGTCAACTGAGTGTGAGCGTTTCCTGGACAAGCCCGTGATTGCTCTA
GGAGTTTTCCTCATGGTTGTAGCGATCGTCGGTCTGATCGGTTCGTGCTGCAGAGTCACA
TGGCTTCTCTGGACGTATCTCCTTGTCATGCTCCTCTCGATTATCCTCGTCTTCTGCTTT
ACGATTTTCGCCTTTGTTGTCACTAACAAAGGCGCGGGGGAGAAAGTTTCTGGAAGAGGG
TATAAAGAGTATAGACTTGGAGATTACTCTAACTGGTTGCAGAAACGTGTGAACAGTGAC
AAGAACTGGAGGAAGATTAGGAGTTGTCTTGTTGAGAGCAAAGTCTGTTCTAAACTTGAA
GCTAAGCTTATTAATGAACCTGTCAATAAGTTCTACGATGAACACCTGACTGCCCTTCAG
GTAAACCTTTATTCTCTTGTCTTATATTTTGATTCGAATCTTGGATCTGATTCCTTGTCT
GAAGGCTTGTCTGGTTTTTAGGGTTTTAGTCAGAACTTTGTTATTTTTTGTTTGTCTGCT
TTGTAATCAAAGGCTTGAAAGGGCTTGCGAGACCTTTTTGACCCTTAAAGTCTCTTTTTG
TGATCTCAAATGTTTTGATTCTGTAACATGTCTTTTAAAGATCCAAACCTTTTTTTAGCA
TAAAAGGTTTACTTTTCGATTTATAAAGTTTCAGCCTTTTTTGGC


BQ
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AF RR1EJ74TF U 1
AF RR1EJ74JQ C 221
BS 1 660 RR1EJ74TF
BS 661 661 RR1EJ74JQ
BS 662 719 RR1EJ74TF
BS 720 945 RR1EJ74JQ

RD RR1EJ74TF 719 0 0
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GGCATACTCAACTTCATCGTCTTCCTCCTCTCGATCCCCATCTTAGCCGGAGGTATATGG
CTAAGCCAAAAAGGGTCAACTGAGTGTGAGCGTTTCCTGGACAAGCCCGTGATTGCTCTA
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ACGATTTTCGCCTTTGTTGTCACTAACAAAGGCGCGGGGGAGAAAGTTTCTGGAAGAGGG
TATAAAGAGTATAGACTTGGAGATTACTCTAACTGGTTGCAGAAACGTGTGAACAGTGAC
AAGAACTGGAGGAAGATTAGGAGTTGTCTTGTTGAGAGCAAAGTCTGTTCTAAACTTGAA
GCTAAGCTTATTAATGAACCTGTCAATAAGTTCTACGATGAACACCTGACTGCCCTTCAG
*TAAACCTTTATTCTCTTGTCTTATATTTTGATTCGAATCTTGGATCTGATTCCTTGTC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1EJ74JQ 725 0 0
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TTATCCTCGTCTTCTGCTTTACGATTTTCGCCTTTGTTGTCACTAACAAAGGCGCGGGGG
AGAAAGTTTCTGGAAGAGGGTATAAAGAGTATAGACTTGGAGATTACTCTAACTGGTTGC
AGAAACGTGTGAACAGTGACAAGAACTGGAGGAAGATTAGGAGTTGTCTTGTTGAGAGCA
AAGTCTGTTCTAAACTTGAAGCTAAGCTTATTAATGAACCTGTCAATAAGTTTTACGATG
AACACCTGACTGCCCTTCAGGTAAACCTTTATTCTCTTGTCTTATATTTTGATTCGAATC
TTGGATCTGATTCCTTGTCTGAAGGCTTGTCTGGTTTTTAGGGTTTTAGTCAGAACTTTG
TTATTTTTTGTTTGTCTGCTTTGTAATCAAAGGCTTGAAAGGGCTTGCGAGACCTTTTTG
ACCCTTAAAGTCTCTTTTTGTGATCTCAAATGTTTTGATTCTGTAACATGTCTTTTAAAG
ATCCAAACCTTTTTTTAGCATAAAAGGTTTACTTTTCGATTTATAAAGTTTCAGCCTTTT
TTGGC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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TAGCTGTGATCGTCTCCGTCGTAGCTACCGTCGCTTCTGCTCAGGTCGAGGCTCCAGCTC
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CAGTCGCGGCTCTTGTCTTCGGCTCTGCTCTTCGGATCTAAGTCTTTGCGATGGAGATTC
GTTTTTTGAAAAAAAAATTGATCGGGTATAGCATTATTCGTGTGTATTCCGGAGCTATAG
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TCTAGAGTATTGTGGTTTGTGTGTGTGTGTTGTAGACTATGGTTTTTTGATATGATTCTT
ATTCTATTTATTTATGGATCCGTTGTTTCTCAG


BQ
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AF RR1H611JQ C 1
AF RR1H611TF U 1
BS 1 513 RR1H611TF

RD RR1H611JQ 513 0 0
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TAGCTGTGATCGTCTCCGTCGTAGCTACCGTCGCTTCTGCTCAGGTCGAGGCTCCAGCTC
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CAGTCGCGGCTCTTGTCTTCGGCTCTGCTCTTCGGATCTAAGTCTTTGCGATGGAGATTC
GTTTTTTGAAAAAAAAATTGATCGGGTATAGCATTATTCGTGTGTATTCCGGAGCTATAG
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TCTAGAGTATTGTGGTTTGTGTGTGTGTGTTGTAGACTATGGTTTTTTGATATGATTCTT
ATTCTATTTATTTATGGATCCGTTGTTTCTCAG

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1H611TF 513 0 0
GGAACACTGTGAAAAACCTTTTCTAAAAGCTTTTAGCATTTTCGAATCAACCAAAAACCC
TAGCCTCCTTTTGCTCTCTACCACAAATGGCGATCTCTAAGGCTTCCGTTGTCGCTCTCG
TAGCTGTGATCGTCTCCGTCGTAGCTACCGTCGCTTCTGCTCAGGTCGAGGCTCCAGCTC
CAAGCCCTACGTCCGGATCTGCCGCGTTCGCTCCGTCGATCGTGTCAGCTGGTGTTGCGG
CAGTCGCGGCTCTTGTCTTCGGCTCTGCTCTTCGGATCTAAGTCTTTGCGATGGAGATTC
GTTTTTTGAAAAAAAAATTGATCGGGTATAGCATTATTCGTGTGTATTCCGGAGCTATAG
ATCTCTTTCTATTTTTTACTATAACTACCCTTCATATCTGTATGAGGGTACTACTATATC
TCTAGAGTATTGTGGTTTGTGTGTGTGTGTTGTAGACTATGGTTTTTTGATATGATTCTT
ATTCTATTTATTTATGGATCCGTTGTTTCTCAG

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 2

CO CL4771Contig1 1174 2 4 U
GGAGAGGAACAGTTGATGGGACATCTCGGTGTTGTTTTGTATGAGTATCTTGGAGAAGAG
TACCCTGAAGTCTTGGGATCAATTCTTGGAGCTCTAAAAGCAATTGTCAACGTGATTGGT
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AACAGGCATGAGAAAGTGCAAGAGAATTGTATCGACCTTGTTGGTAGGATTGCTGATCGT
GGTGCTGAGTTTGTTCCAGCAAGGGAATGGATGAGAATCTGTTTCGAGCTTCTTGAGATG
CTCAAAGCTCACAAGAAAGGTATCCGACGTGCCACTGTCAACACTTTTGGATACATCGCC
AAAGCCATTGGGCCACAAGACGTTCTCGCCACGTTGCTGAACAATCTCAAAGTCCAAGAG
CGCCAGAACCGTGTCTGCACCACAGTGGCAATCGCTATTGTCGCTGAGACATGCTCTCCG
TTTACGGTCTTGCCCGCTTTGATGAACGAGTACCGTGTTCCAGAGCTCAACGTCCAGAAC
GGTGTCCTGAAATCACTCTCTTTCCTCTTCGAGTACATTGGAGAGATGGGCAAGGATTAC
ATATACGCGGTCACACCATTGCTGGAGGATGCGCTCATGGACAGGGACTTGGTTCACAGG
CAAACCGCAGCTTCAGCAGTGAAACACATGGCGTTAGGTGTAGCTGGTTTGGGATGCGAA
GACGCTCTGGTTCACTTGCTCAACTTCATCTGGCCGAACATCTTCGAGACATCTCCTCAC
GTGATCAACGCTGTGATGGAAGCCATTGAAGGAATGAGAGTGGCGTTGGGTGCAGCTGTG
ATACTGAACTATTGTCTGCAGGGTCTGTTCCATCCGGCTCGCAAGGTCCGTGAAGTGTAC
TGGAAGATTTACAATTCGCTCTACATTGGTGCTCAGGACACGCTCGTTGCTGCTTACCCG
GTTCTTGAAGATGAGCAGAACAATGTTTATAGCCGACCAGAGTTGACGATGTTTCTGTGA
AGGAAACGTTAAGACACAATTTAGTATCTCCTGTTTTATTCGGTAATCGGTTTGTTGCAA
AGGCTTGCTTTGTATAATACTCTTGAGACACAGAAATCGCTTGTCCTTCTATTTTCTGCA
AACTAGTGAACTTATTATGTTACCGTTTTGGTGT


BQ
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AF RR1H703TF U 1
AF RR1H703JQ C 556
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BS 629 655 RR1H703TF
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AACAGGCATGAGAAAGTGCAAGAGAATTGTATCGACCTTGTTGGTAGGATTGCTGATCGT
GGTGCTGAGTTTGTTCCAGCAAGGGAATGGATGAGAATCTGTTTCGAGCTTCTTGAGATG
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AAAGCCATTGGGCCACAAGACGTTCTCGCCACGTTGCTGAACAATCTCAAAGTCCAAGAG
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TTTACGGTCTTGCCCGCTTTGATGAACGAGTACCGTGTTCCAGAGCTCAACGTCCAGAAC
GGTGTCCTGAAATCACTCTCTTTCCTCTTCGAGTACATTGGAGAGATGGGCAAGGATTAC
ATATACGCGGTCACACCATTGCTGGAG*ATGCGCTCATGGACAGGGACTTGGTTC

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1H703JQ 619 0 0
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GCAGTGAAACACATGGCGTTAGGTGTAGCTGGTTTGGGATGCGAAGACGCTCTGGTTCAC
TTGCTCAACTTCATCTGGCCGAACATCTTCGAGACATCTCCTCACGTGATCAACGCTGTG
ATGGAAGCCATTGAAGGAATGAGAGTGGCGTTGGGTGCAGCTGTGATACTGAACTATTGT
CTGCAGGGTCTGTTCCATCCGGCTCGCAAGGTCCGTGAAGTGTACTGGAAGATTTACAAT
TCGCTCTACATTGGTGCTCAGGACACGCTCGTTGCTGCTTACCCGGTTCTTGAAGATGAG
CAGAACAATGTTTATAGCCGACCAGAGTTGACGATGTTTCTGTGAAGGAAACGTTAAGAC
ACAATTTAGTATCTCCTGTTTTATTCGGTAATCGGTTTGTTGCAAAGGCTTGCTTTGTAT
AATACTCTTGAGACACAGAAATCGCTTGTCCTTCTATTTTCTGCAAACTAGTGAACTTAT
TATGTTACCGTTTTGGTGT

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

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CTTTCAATTGGTTTACAGTGTCATTGTAAACAATTCCTATCTTGTTTTCCACATCCTTCT
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ATCTAAATTTGCTATATTTTGTATTATTCTCATTTCTTTTGCTAATTTTCATGAATGTAC
TAACCCGGAAAAAACTTTCAAACATGGATGCTCTAATAAATCAAAACATGATATTTGGTG
CTGCATGTCAAACAAACAATGCCGAAGTTCCAAATTGGAATGTAAGAAGGTCTGTATTAA
AGGCCGTTGAATTTTTCTGAAAATAATTTTTATAATTATATATTTTAAATATGTCCGAGT
ACTGTGTTCTAAAGATTTTGGGATTTTTTTGAAGAGCTCAATTATATAGTTGTTTTGCCT
TTTTTGAAATTCTCCAATTGTATTTAATAAGTTTGAAGTTTTATAGCAAAAAAAAGAATA
AAACCATTTTTGACTGTTTT


BQ
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AF RR1DV65TF U 1
AF RR1DV65JQ C 55
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RD RR1DV65TF 560 0 0
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CTTTCAATTGGTTTACAGTGTCATTGTAAACAATTCCTATCTTGTTTTCCACATCCTTCT
TTTATTTTTTTTCATATCAGATAAACACACAAAACTTGTAGAAAAAGTTACAATGTCAAC
ATCTAAATTTGCTATATTTTGTATTATTCTCATTTCTTTTGCTAATTTTCATGAATGTAC
TAACCCGGAAAAAACTTTCAAACATGGATGCTCTAATAAATCAAAACATGATATTTGGTG
CTGCATGTCAAACAAACAATGCCGAAGTTCCAAATTGGAATGTAAGAAGGTCTGTATTAA
AGGCCGTTGAATTTTTCTGAAAATAATTTTTATAATTATATATTTTAAATATGTCCGAGT
ACTGTGTTCTAAAGATTTTGGGATTTTTTTGAAGAGCTCAATTATATAGTTGTTTTGCCT
TTTTTGAAATTCTCCAATTGTATTTAATAAGTTTGAAGTTTTATAGCAAAAAAAAGAATA
AAACCATTTTTGACTGTTTT

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1DV65JQ 506 0 0
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CCTTCTTTTATTTTTTTTCATATCAGATAAACACACAAAACTTGTAGAAAAAGTTACAAT
GTCAACATCTAAATTTGCTATATTTTGTATTATTTTCATTTCTTTTGCTAATTTTCATGA
ATGTACTAACCCGGAAAAAACTTTCAAACATGGATGCTTTAATAAATCAAAACATGATAT
TTGGTGCTGCATGTCAAACAAACAATGCCGAAGTTCCAAATTGGAATGTAAGAAGGTCTG
TATTAAAGGCCGTTGAATTTTTTTGAAAATAATTTTTATAATTATATATTTTAAATATGT
CCGAGTACTGTGTTTTAAAGATTTTGGGATTTTTTTGAAGAGCTCAATTATATAGTTGTT
TTGCCTTTTTTGAAATTCTCCAATTGTATTTAATAAGTTTGAAGTTTTATAGCAAAAAAA
AGAATAAAACCATTTTTGACTGTTTT

QA 1 506 1 506
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4774Contig1 895 2 2 U
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AAGCGTGGAGACGGAGAAACAATGGCGGTGATGAGCCTCCAGGAGAATCCAATCCAGCAG
CTTCAGGTCAAGTTCAAAGAGGCGGAGACGGGTTTCAAGGCGTGGCTGTCTAAACAGAAG
CTGCCCGTTGAAGCCGCCGTCGTCACCGCCATGGGAGGCGTCCAGGGAGCTTTCATCGGT
GGTCTCATGGGTACTCTCTCCCCTGAGATGCCCCCTCAGACTGGCGTGGACCCTCAGGCT
CTTGTGGGTGGGCCCTTGGTCCAAGCTCGGAACTTTGCTGCTATTACTGGTGTTAATGCT
GGAGTGGCATATTCTCTGGTGAGCGCAGGGTTACAAGGACAGCCTATGAATGCAATCACC
ACTGCTGCTGGTTTCTCTCTTTTTCAAGGAATTTTTTTCAGGTTAGGGGAAAGGTTCTCT
AAACCAAGCGTTGAAGATCCATACTATGCTCGGGCGAGATCTATGCTGCTGAAACTGGGT
CTAGAGAAGTATGAGAAGAACTTCAAGAAGGGTTTGTTGGCAGATCCCACTTTGCCATTG
CTCACTGATAGTGCGCTTAAAGACGTGAGCATCCCACCGGGACCAAGGCTACTGATACTA
GATCACATCCAGAGGGACCCTGAGCTGAAGGGTAAACGAGGAAACCGTGGTTGAGACTTG
AGAAAGAGCATCTTTGTATGTTTGGCATAATCTTTGTATGGTTTCGTTATCAAGTATCTC
AAGCACAATTAGTTTCTTGTACGGTGGTATTATTATTTTTATTATTATACTATTATTGGC
TCATGTTGCTAGCAATAAACTTGTAATATCTTCTTATGAACTATGATTACAGATT


BQ
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AF RR1F693TF U 1
AF RR1F693JQ C 146
BS 1 643 RR1F693TF
BS 644 895 RR1F693JQ

RD RR1F693TF 643 0 0
GGAAGAAAAGTGTGAGAGAAGCAGAAGAAGATGGGGAAAGACGTAGTAGTAGAGAAGAAG
AAGCGTGGAGACGGAGAAACAATGGCGGTGATGAGCCTCCAGGAGAATCCAATCCAGCAG
CTTCAGGTCAAGTTCAAAGAGGCGGAGACGGGTTTCAAGGCGTGGCTGTCTAAACAGAAG
CTGCCCGTTGAAGCCGCCGTCGTCACCGCCATGGGAGGCGTCCAGGGAGCTTTCATCGGT
GGTCTCATGGGTACTCTCTCCCCTGAGATGCCCCCTCAGACTGGCGTGGACCCTCAGGCT
CTTGTGGGTGGGCCCTTGGTCCAAGCTCGGAACTTTGCTGCTATTACTGGTGTTAATGCT
GGAGTGGCATATTCTCTGGTGAGCGCAGGGTTACAAGGACAGCCTATGAATGCAATCACC
ACTGCTGCTGGTTTCTCTCTTTTTCAAGGAATTTTTTTCAGGTTAGGGGAAAGGTTCTCT
AAACCAAGCGTTGAAGATCCATACTATGCTCGGGCGAGATCTATGCTGCTGAAACTGGGT
CTAGAGAAGTATGAGAAGAACTTCAAGAAGGGTTTGTTGGCAGATCCCACTTTGCCATTG
CTCACTGATAGTGCGCTTAAAGACGTGAGCATCCCACCGGGAC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1F693JQ 750 0 0
AGACGGGTTTCAAGGCGTGGCTGTCTAAACAGAAGCTGCCCGTTGAAGCCGCCGTCGTCA
CCGCCATGGGAGGCGTCCAGGGAGCTTTCATCGGTGGTCTCATGGGTACTCTCTCCCCTG
AGATGCCCCCTCAGACTGGCGTGGACCCTCAGGCTCTTGTGGGTGGGCCCTTGGTCCAAG
CTCGGAACTTTGCTGCTATTACTGGTGTTAATGCTGGAGTGGCATATTCTCTGGTGAGCG
CAGGGTTACAAGGACAGCCTATGAATGCAATCACCACTGCTGCTGGTTTCTCTCTTTTTC
AAGGAATTTTTTTCAGGTTAGGGGAAAGGTTCTTTAAACCAAGCGTTGAAGATCCATACT
ATGCTCGGGCGAGATTTATGCTGCTGAAACTGGGTCTAGAGAAGTATGAGAAGAACTTCA
AGAAGGGTTTGTTGGCAGATCCCACTTTGCCATTGCTCACTGATAGTGCGCTTAAAGACG
TGAGCATCCCACCGGGACCAAGGCTACTGATACTAGATCACATCCAGAGGGACCCTGAGC
TGAAGGGTAAACGAGGAAACCGTGGTTGAGACTTGAGAAAGAGCATCTTTGTATGTTTGG
CATAATCTTTGTATGGTTTCGTTATCAAGTATCTCAAGCACAATTAGTTTCTTGTACGGT
GGTATTATTATTTTTATTATTATACTATTATTGGCTCATGTTGCTAGCAATAAACTTGTA
ATATCTTCTTATGAACTATGATTACAGATT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL4775Contig1 1229 2 2 U
GGGAGAACTCCACGAGTGCTGTCAAGTGCTATGGACACCGAACTGAACTCACCGCCGCAT
GATGGTGGTGATTCCGCAGCCGCTTTTAAAAAGCCCTCCAACGACGGCTCTGGCAGAAAG
TATCGACGCCGAGCTTTAGCTGAAGATGGCTCATCTTCATCCGATGGAAGTCCTGCACGT
GATCACATCCCTAATCCAAAGCATTCTAGGGAAGATGATGATCACTACAGATCTAAGCGC
GATGAGTATTATAGACATGAGAGGGATTCACCTAGATCGAGCCGTGATTCAAGGGGTGAC
CATAGGAGAGCGGAGACTGAACATAGCAGGTTGAGAAATGATTCAGACAGACATTCCCGT
GATAGAGCGGCGTCTGGTAGGAGACACGCAGACTCCAGGGCGGAGGATAAAGATAAGGAT
TATGTGAAAAGAGGCTCGCGCTGGACTTTTGGTGAATCCCGTGATGAGAAGGAACTTGAG
GACCGTGAGATTAACAAGGAGAAGGATGTTCATCATGCCAAATCCCCAAGAGACCGTCCT
GATGGTGCAACTGAGAACCGAGATACTCATTCCAAGAAACTGAAGGGGTTCGTTGCAGAG
AAGTTTACCCATGGAAATACTAATGAAGAGAAACACACGTCGAGGTTTAAGCCAACCCTT
GGCGCTGGGAATCATGGTTTGTCATTGCAATTTCAGTCGAAAGATGCTGAGGTTTCTGGT
GATGTCGATGCTGCAAAAGTTGCAGCTATGCAGGCTGCTGAATTAGTGAATAAAAACCTT
GTTGGAACGGGTTACCTGACCACAGATCAAAAGAAGAAGTTACTGTGGGGAAAGAAGAAC
AGCACGGCTGCAGAAGAGGCTGCTCATCGTTGGGATAGTGCACTAGTTGGTGGCCGGGAA
AGACAAGAAAAGTTCAACAAACTTATGGGTGTGAAAGGAAGTGTAGTAAACCAAGAGCAG
AACCCGAACGAAGTCCAAGTCGAGAAGCAGAACGAGTTGCAGAAGGATCTAGAGAAGCAG
TATACTGCAGGATTAAGGAGGAGAGACGGACGTACGGTAGGGTTAGGTCTTTGAACATGT
TTGATAAATTATCCTCATACTGTTGTCTCCTTGTCTATGTGCCATCTCCTTTTTGTACTC
ACTCTACTACTGCACATGTCAAAGCTCTTAATAACGGTGAACTCCATGTGTGTAAGAAAA
CCATGTTTGAGACCATTTGAGTTTGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GX73TF U 1
AF RR1GX73JQ C 542
BS 1 646 RR1GX73TF
BS 647 1229 RR1GX73JQ

RD RR1GX73TF 650 0 0
GGGAGAACTCCACGAGTGCTGTCAAGTGCTATGGACACCGAACTGAACTCACCGCCGCAT
GATGGTGGTGATTCCGCAGCCGCTTTTAAAAAGCCCTCCAACGACGGCTCTGGCAGAAAG
TATCGACGCCGAGCTTTAGCTGAAGATGGCTCATCTTCATCCGATGGAAGTCCTGCACGT
GATCACATCCCTAATCCAAAGCATTCTAGGGAAGATGATGATCACTACAGATCTAAGCGC
GATGAGTATTATAGACATGAGAGGGATTCACCTAGATCGAGCCGTGATTCAAGGGGTGAC
CATAGGAGAGCGGAGACTGAACATAGCAGGTTGAGAAATGATTCAGACAGACATTCCCGT
GATAGAGCGGCGTCTGGTAGGAGACACGCAGACTCCAGGGCGGAGGATAAAGATAAGGAT
TATGTGAAAAGAGGCTCGCGCTGGACTTTTGGTGAATCCCGTGATGAGAAGGAACTTGAG
GACCGTGAGATTAACAAGGAGAAGGATGTTCATCATGCCAAATCCCCAAGAGACCGTCCT
GATGGTGCAACTGAGAACCGAGATACTCATTCCAAGAAACTGAAGGGGTTCGTTGCAGAG
AAGTTTACCCATGGAAATACTAATGAAGAGAAACACACGTCGAGGT
GTAA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1GX73JQ 688 0 0
ATGGTGCAACTGAGAACCGAGATACTCATTCCAAGAAACTGAAGGGGTTCGTTGCAGAGA
AGTTTACCCATGGAAATACTAATGAAGAGAAACACACGTCGAGGTTTAAGCCAACCCTTG
GCGCTGGGAATCATGGTTTGTCATTGCAATTTCAGTCGAAAGATGCTGAGGTTTCTGGTG
ATGTCGATGCTGCAAAAGTTGCAGCTATGCAGGCTGCTGAATTAGTGAATAAAAACCTTG
TTGGAACGGGTTACCTGACCACAGATCAAAAGAAGAAGTTACTGTGGGGAAAGAAGAACA
GCACGGCTGCAGAAGAGGCTGCTCATCGTTGGGATAGTGCACTAGTTGGTGGCCGGGAAA
GACAAGAAAAGTTCAACAAACTTATGGGTGTGAAAGGAAGTGTAGTAAACCAAGAGCAGA
ACCCGAACGAAGTCCAAGTCGAGAAGCAGAACGAGTTGCAGAAGGATCTAGAGAAGCAGT
ATACTGCAGGATTAAGGAGGAGAGACGGACGTACGGTAGGGTTAGGTCTTTGAACATGTT
TGATAAATTATCCTCATACTGTTGTCTCCTTGTCTATGTGCCATCTCCTTTTTGTACTCA
CTCTACTACTGCACATGTCAAAGCTCTTAATAACGGTGAACTCCATGTGTGTAAGAAAAC
CATGTTTGAGACCATTTGAGTTTGATTC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL4776Contig1 901 2 4 U
GGCATCATACACTTGCAAGACACTAAACACACAAAAGATCTCAGTGAGAGCTTAATTATC
AAGAGCAACAAATGGCAGACGAGGTGATTCTTCTGGATTGCTGGCCCAGTGCGTTCGGGA
TGAGGACGAGGATTGCTCTTGAGGAGAAAAACATCAAATTCGACTACAGAGAACAAGATC
TATTCAACAAAAGCCAGATCCTACTCGAGATGAACCCGGTTCACAAGAAAATCCCGGTTC
TCATCCACAATGGTAAACCGGTTTGTGAATCTCTCATCCAGGTCGAGTATATCGACGAAG
CTTGGCCAGGGGGAAACTCACTCCTCCCTTCTGATCCTTACCAAAGAGCTCAGGCCAAGT
TTTGGGGTGATTTCATCGACAAGGAGGTGTTTGGTCCGACGTGGGTTCTTTGGGGAGGGA
AAGGCGAGGGCAAGAAGCGGGGAAGAAGGAGTTCATCGAGGTGCTCAAGACGCTAGAGGC
CGAGCTCGGAGACAAGACCTACTTTGGAGGCGAATCGTTCGGTTATGTCGATATAGCCTT
AATCGGGTTCTACAGCTGGTTTGACGCATATGAGAAATTTGCGAACTTCAGCATCGAAGC
AGAGTGTCCAAAGGTGATTGCGTGGGCTAAAAGGTGTCTGAAGAGACCGAGTGTGGCTAA
GTTTCTTCCTGATTCAGACAGGATCACTAAGTATGTTCCTGAGTTAAAGAAAAAACTTGG
TATAGAATAGATGTGTTTTAATTTAGTTTCTGTTCTGTCTGTTTTCTTTTTTTTCTGTTC
TGTCTGTTTTTTGTTTTCCTTTTAAATTTCTGTCATGTTTTTGCTCTGTTTGGAGTCATC
ATAATAATGTAAACATCCTTCAGCGGTTTACTGTAAGATAAATGCTTCAATAGTTCAACC
C


BQ
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10 

AF RR1E975TF U 1
AF RR1E975JQ C 364
BS 1 613 RR1E975TF
BS 614 614 RR1E975JQ
BS 615 629 RR1E975TF
BS 630 901 RR1E975JQ

RD RR1E975TF 629 0 0
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AAGAGCAACAAATGGCAGACGAGGTGATTCTTCTGGATTGCTGGCCCAGTGCGTTCGGGA
TGAGGACGAGGATTGCTCTTGAGGAGAAAAACATCAAATTCGACTACAGAGAACAAGATC
TATTCAACAAAAGCCAGATCCTACTCGAGATGAACCCGGTTCACAAGAAAATCCCGGTTC
TCATCCACAATGGTAAACCGGTTTGTGAATCTCTCATCCAGGTCGAGTATATCGACGAAG
CTTGGCCAGGGGGAAACTCACTCCTCCCTTCTGATCCTTACCAAAGAGCTCAGGCCAAGT
TTTGGGGTGATTTCATCGACAAGGAGGTGTTTGGTCCGACGTGGGTTCTTTGGGGAGGGA
AAGGCGAGGGCAAGAAGCGGGGAAGAAGGAGTTCATCGAGGTGCTCAAGACGCTAGAGGC
CGAGCTCGGAGACAAGACCTACTTTGGAGGCGAATCGTTCGGTTATGTCGATATAGCCTT
AATCGGGTTCTACAGCTGGTTTGACGCATATGAGAAATTTGCGAACTTCAGCATCGAAGC
AGAGTGTCCAAAG*TGATTGCGTGGGCTA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1E975JQ 538 0 0
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GCGAGGGCAAGAAGCGGGGAAGAAGGAGTTCATCGAGGTGCTCAAGACGCTAGAGGCCGA
GCTCGGAGACAAGACCTACTTTGGAGGCGAATCGTTCGGTTATGTCGATATAGCCTTAAT
CGGGTTCTACAGCTGGTTTGACGCATATGAGAAATTTGCGAACTTCAGCATCGAAGCAGA
GTGTCCAAAGGTGATTGCGTGGGCTAAAAGGTGTCTGAAGAGACCGAGTGTGGCTAAGTT
TCTTCCTGATTCAGACAGGATCACTAAGTATGTTCCTGAGTTAAAGAAAAAACTTGGTAT
AGAATAGATGTGTTTTAATTTAGTTTCTGTTCTGTCTGTTTTCTTTTTTTTCTGTTCTGT
CTGTTTTTTGTTTTCCTTTTAAATTTCTGTCATGTTTTTGCTCTGTTTGGAGTCATCATA
ATAATGTAAACATCCTTCAGCGGTTTACTGTAAGATAAATGCTTCAATAGTTCAACCC

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 2

CO CL4777Contig1 521 2 1 U
GGTAGCAGTGTTGTTCATGTTCCGTCTCTGAAGCGGTTTGTGTCGATGAGGAGGAAGTTT
TTGAAGAGGCAGAAGAGTGTGAACCGGCGTTTGGTGCTGTTGAAGCGGACTTTGAGTAGA
AAGAGAGGGCCTGCTACTAATCAAGAATCAGAGCAGGTGACTGATGATGATGATGATGAT
GATGATAATGCGGGTGGAGAAACCAATCAAGAGGTTTTTGAAGAAGAGGTTTCTAGTTGG
GAGAACTGTGGAAGTGAATCAGAATCGAATAGAATATCTACTGAGACTGTTGATGATAAT
GGGGATGGAGAAATGGATTCAATGGAGACTGTTGTATCATCTGAAATAGAATGTGTTGTC
CAGGAAACTAAACCGGAGACTGTGGATGATTTAGATGGGAGAACTGACCAAGAAATGGAG
CAAACTGTGACCGGTCTGGATCATGATGATGTGAAGGTGAAGAGTGAAGAAACTGTGGGA
GATAATGAAGAAGTTTGCAGGGAACTGCGAGAAGAGGATGC


BQ
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AF RR1DT77TF U 1
AF RR1DT77JQ C 27
BS 1 521 RR1DT77TF

RD RR1DT77TF 521 0 0
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TTGAAGAGGCAGAAGAGTGTGAACCGGCGTTTGGTGCTGTTGAAGCGGACTTTGAGTAGA
AAGAGAGGGCCTGCTACTAATCAAGAATCAGAGCAGGTGACTGATGATGATGATGATGAT
GATGATAATGCGGGTGGAGAAACCAATCAAGAGGTTTTTGAAGAAGAGGTTTCTAGTTGG
GAGAACTGTGGAAGTGAATCAGAATCGAATAGAATATCTACTGAGACTGTTGATGATAAT
GGGGATGGAGAAATGGATTCAATGGAGACTGTTGTATCATCTGAAATAGAATGTGTTGTC
CAGGAAACTAAACCGGAGACTGTGGATGATTTAGATGGGAGAACTGACCAAGAAATGGAG
CAAACTGTGACCGGTCTGGATCATGATGATGTGAAGGTGAAGAGTGAAGAAACTGTGGGA
GATAATGAAGAAGTTTGCAGGGAACTGCGAGAAGAGGATGC

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1DT77JQ 495 0 0
TCTGAAGCGGTTTGTGTCGATGAGGAGGAAGTTTTTGAAGAGGCAGAAGAGTGTGAACCG
GCGTTTGGTGCTGTTGAAGCGGACTTTGAGTAGAAAGAGAGGGCCTGCTATTAATCAAGA
ATCAGAGCAGGTGACTGATGATGATGATGATGATGATGATAATGCGGGTGGAGAAACCAA
TCAAGAGGTTTTTGAAGAAGAGGTTTCTAGTTGGGAGAACTGTGGAAGTGAATCAGAATC
GAATAGAATATCTACTGAGACTGTTGATGATAATGGGGATGGAGAAATGGATTCAATGGA
GACTGTTGTATCATCTGAAATAGAATGTGTTGTCCAGGAAACTAAACCGGAGACTGTGGA
TGATTTAGATGGGAGAACTGACCAAGAAATGGAGCAAACTGTGACCGGTCTGGATCATGA
TGATGTGAAGGTGAAGAGTGAAGAAACTGTGGGAGATAATGAAGAAGTTTGCAGGGAACT
GCGAGAAGAGGATGC

QA 1 495 1 495
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4779Contig1 808 2 2 U
GTTTGCTATCATCATGTTGTTGAACTTTCTTGGGAACATAGACATGAAGAGTTGGCTTTG
AGGTTGCTCCGTTCGTTTTGAGTTGGTCACTTCGAGGAGGCGTCTCTTTGGTAGTCATGG
CAAAGAGAATCTCGCCAGCTTCATGGACATTCTGGCTGGCTTGGCAGTAGGCAGCAGCAA
TGTCATCGAGAGAGAAACGAGAACCAAAAGCATCGAGAAGGACCTGCAAGCTTCTTGAAT
CTGGATCGCTGTGGGAAGAGCTTGCAATCATTGACATTGTCTCCTCCTCCTCCTAATTCA
AATACCCAAAAGGAATGGCTCCGTTAATATAAAAAAAGTAAAAACAATAGTAGTAATGAT
TGCAGAATGCTGAGTAAAAATAAATGTTGTCTACATAACATCACAAAAAACATAATGCAG
TTTCAGTTATGTTCCTAATAACCGGCTTTGACTGGGTAACTAAAAAGCAGAACATGGTTT
GTCATTATGTCCGAAACAAGAAAAAAAGAAGAAAACTTTGAATATACGCTTGGCTCGAAA
TACCCAAAAAAAATTGCATTGGACGAACAAACACCTGGCAGGGGCATAATGTTCTCCGAC
CAAAGTAGGAAAAAAAAGAAAAGAAACCTGCTTTAATGTAATGTAACACAGGCGAAGCAA
ATCAATGGCACAGTGACGACAAAACATATCAGGACAAAATAAAAACACGATATTTTTTTT
ACTCCGTTATCATCTGTAACCACAGCGCAAATTAGATGAGAAGGGAAATTTCGCATAGAA
GGAAGAAAGCCAAGAATGTGAAAACTTG


BQ
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AF RR1GK67TF U 1
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BS 493 808 RR1GK67JQ

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GTCATTATGTCC

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1GK67JQ 806 0 0
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AAGAGAATCTCGCCAGCTTCATGGACATTCTGGCTGGCTTGGCAGTAGGCAGCAGCAATG
TCATCGAGAGAGAAACGAGAACCAAAAGCATCGAGAAGGACCTGCAAGCTTCTTGAATCT
GGATCGCTGTGGGAAGAGCTTGCAATCATTGACATTGTCTCCTCCTCCTCCTAATTCAAA
TACCCAAAAGGAATGGCTCCGTTAATATAAAAAAAGTAAAAACAATAGTAGTAATGATTG
CAGAATGCTGAGTAAAAATAAATGTTGTCTACATAACATCACAAAAAACATAATGCAGTT
TCAGTTATGTTCCTAATAACCGGCTTTGACTGGGTAACTAAAAAGCAGAACATGGTTTGT
CATTATGTCCGAAACAAGAAAAAAAGAAGAAAACTTTGAATATACGCTTGGCTCGAAATA
CCCAAAAAAAATTGCATTGGACGAACAAACACCTGGCAGGGGCATAATGTTCTCCGACCA
AAGTAGGAAAAAAAAGAAAAGAAACCTGCTTTAATGTAATGTAACACAGGCGAAGCAAAT
CAATGGCACAGTGACGACAAAACATATCAGGACAAAATAAAAACACGATATTTTTTTTAC
TCCGTTATCATCTGTAACCACAGCGCAAATTAGATGAGAAGGGAAATTTCGCATAGAAGG
AAGAAAGCCAAGAATGTGAAAACTTG

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL4780Contig1 1158 2 4 U
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TGTGTGTGTCATATGCATGTGTAGAAAACAAAACACAAAACTCTAGAATCATGCAAGGCA
ACCTGTGGAAGGATATAAGGTTCTGTTGTCTTTCTCATAAAGATTGGTCCTTTAGCAGCT
CACTTTGTTGTCTTCCAAGACTCACTTTACCTCAGAAATTAGATGTTTATATTCTTATAA
CTAAATATTAAAACTATTTTAACATTTTTGATTGATTTTAACACTTTAAACAAAAAAGTA
TAGTACAAGGATATGCACACATATGGATGACAATGGGCATATATGCTTGCTTGAGAATGA
AAATATTATCAGAGAGGAAAGTTGTTTTGTCTTAAACTTTTGCTTGCTTTGTACTCAAAC
AAAGCTCTTTAGGTTTATCTCTTTCTTGACTACAACTATTTGCATAAGCTTCACACATTC
TCCTTAGATGCTCTTCTCTCTCGACTAGAAAACAACTGATTCTTTTTACTATTTTGATTT
ATATTTTTCATATAAATATAAAACAACTTGTTCTTTGTTCATATAAATACACATAAATAA
GAAATTTTTAAAATAGTGTTATGATAATTTAGTTTTGACATGTTTTGTAATCTATCAAAA
ACAAAAAAAGCTTGCTAGATCAACCGATCAAAGAAATGATATGTTTCGGTGAAATTTGAA
CTGGAAGTATGCAAATACACAAGAGATTTGCAAAGGATGATTTACGTTTTGTGAAACTGC
TACATTATATATCCAGGTTCGAATTTAACTACAGTTACAATTATTTTCAATTACTATTCG
AAATGATTTTTTTTTATACGTTGAAGAGTCATATGACTGTTTGTAAATTTGAAATTTTGC
CATTCTTAACTAACCCACCAATGTTTTTTTCTAGAGTCTCGACGTGTTTAGAATTGGTGA
GTTAGCTAAGAATAGCAAAATTTGGACAAGCTTTAGTTTTGGCCGAACAGGTGCATGTTA
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CAACTATCCCATGTTGCGTCTTGTATATCACTTTTACTTGAACCATTATTGCCGTTGAAA
TAAGATGATAAATGAACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AV44TF U 1
AF RR1AV44JQ C 299
BS 1 755 RR1AV44TF
BS 756 756 RR1AV44JQ
BS 757 793 RR1AV44TF
BS 794 1158 RR1AV44JQ

RD RR1AV44TF 793 0 0
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AAAGCTCTTTAGGTTTATCTCTTTCTTGACTACAACTATTTGCATAAGCTTCACACATTC
TCCTTAGATGCTCTTCTCTCTCGACTAGAAAACAACTGATTCTTTTTACTATTTTGATTT
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GAAATTTTTAAAATAGTGTTATGATAATTTAGTTTTGACATGTTTTGTAATCTATCAAAA
ACAAAAAAAGCTTGCTAGATCAACCGATCAAAGAAATGATATGTTTCGGTGAAATTTGAA
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TACATTATATATC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1AV44JQ 860 0 0
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ACAAAGCTCTTTAGGTTTATCTCTTTCTTGACTACAACTATTTGCATAAGCTTCACACAT
TCTCCTTAGATGCTCTTCTCTCTCGACTAGAAAACAACTGATTCTTTTTACTATTTTGAT
TTATATTTTTCATATAAATATAAAACAACTTGTTCTTTGTTCATATAAATACACATAAAT
AAGAAATTTTTAAAATAGTGTTATGATAATTTAGTTTTGACATGTTTTGTAATCTATCAA
AAACAAAAAAAGCTTGCTAGATCAACCGATCAAAGAAATGATATGTTTCGGTGAAATTTG
AACTGGAAGTATGCAAATACACAAGAGATTTGCAAAGGATGATTTACGTTTTGTGAAACT
GCTACATTATATATCCAGGTTCGAATTTAACTACAGTTACAATTATTTTCAATTACTATT
CGAAATGATTTTTTTTTATACGTTGAAGAGTCATATGACTGTTTGTAAATTTGAAATTTT
GCCATTCTTAACTAACCCACCAATGTTTTTTTCTAGAGTCTCGACGTGTTTAGAATTGGT
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TAAGCAGTTGGCAATGAGTAGGTTCATGTGGGTTGTTAGGAAGCAGTCCTAATAAATTGA
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AATAAGATGATAAATGAACG

QA 1 860 1 860
DS 



AS 1 2

CO CL4781Contig1 632 2 2 U
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GTCGTCGGAGACTTGTGGAGTTACATGAGCAGCTTAGTGCAGTTTGCATCAGATTCTCAA
GCAGCTGTGAAGACTTATGAAGTTTCCATGTGGCGTACGCTTTGGAACGACCTGTTTTCT
CATGTTTTCCGTGCTGTCAGGAGCATATTAAACGGATTTGTAGCCTTCTTTGCTGCATGT
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GGAGATGATACGAGAAGGAAGTTGCACCTTGCATAGAAAGTCACACAAGAATTTTAGTTC
TCTTTTTTTTCTTTACCGGGAGTGATAGGTTATCAGTGTATTAAAACCTTGCATAGAAGT
CGCACTGTGTATATATAGATAGGTTTTACTCACACACTTGAATATGTTTTGTCGCCAGAA
AACATGAATCCCTAATCAGCCAAAGGATGATGTATATACACTGTTTACTAATGTATATAA
TATAAGAATGAAAGGAAACATTTGAACACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D427TF U 1
AF RR1D427JQ C 67
BS 1 561 RR1D427TF
BS 562 632 RR1D427JQ

RD RR1D427TF 561 0 0
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GTCGTCGGAGACTTGTGGAGTTACATGAGCAGCTTAGTGCAGTTTGCATCAGATTCTCAA
GCAGCTGTGAAGACTTATGAAGTTTCCATGTGGCGTACGCTTTGGAACGACCTGTTTTCT
CATGTTTTCCGTGCTGTCAGGAGCATATTAAACGGATTTGTAGCCTTCTTTGCTGCATGT
AACAAACATCGTCTTAGTATATATAACCACATACAAGACTTTATCAAGAGACTACGTGGA
CGAACCTTAAGAGCTAGAGACTCAAAACATGATAGGTCTGCTAAGAACCATCAACGTACA
GGAGATGATACGAGAAGGAAGTTGCACCTTGCATAGAAAGTCACACAAGAATTTTAGTTC
TCTTTTTTTTCTTTACCGGGAGTGATAGGTTATCAGTGTATTAAAACCTTGCATAGAAGT
CGCACTGTGTATATATAGATAGGTTTTACTCACACACTTGAATATGTTTTGTCGCCAGAA
AACATGAATCCCTAATCAGCC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1D427JQ 566 0 0
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GTGAAGACTTATGAAGTTTCCATGTGGCGTACGCTTTGGAACGACCTGTTTTCTCATGTT
TTCCGTGCTGTCAGGAGCATATTAAACGGATTTGTAGCCTTCTTTGCTGCATGTAACAAA
CATCGTCTTAGTATATATAACCACATACAAGACTTTATCAAGAGACTACGTGGACGAACC
TTAAGAGCTAGAGACTCAAAACATGATAGGTCTGCTAAGAACCATCAACGTACAGGAGAT
GATACGAGAAGGAAGTTGCACCTTGCATAGAAAGTCACACAAGAATTTTAGTTTTCTTTT
TTTTCTTTACCGGGAGTGATAGGTTATCAGTGTATTAAAACCTTGCATAGAAGTCGCACT
GTGTATATATAGATAGGTTTTACTCACACACTTGAATATGTTTTGTCGCCAGAAAACATG
AATCCCTAATCAGCCAAAGGATGATGTATATACACTGTTTACTAATGTATATAATATAAG
AATGAAAGGAAACATTTGAACACCCC

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

CO CL4782Contig1 790 2 2 U
GGATATATCTTCACGAGTGAAACCAACTCCTCCCCTCTCGAAAACAGCAGTAACAATGGC
GGAGAAGTCGAGCTTCTTCGTTCATTTCACCTTTCTTCTGCTCATTACAATAACATGTTG
CCAAGGAGGGAGGAGTCCTTTGCGGCGTTCATCTGAGAGAACATTGATGGAGGACGGCCA
CGATCTCTCGAGGCCTCTGAAGCTGACGTTTGACGGTCCTTCTCGGAACTGGACTGACGC
CATTCCCATCGGCAATGGCCGCCTCGGAGCTACGATCTGGGGAGGCGTCTCTTCCGAGAC
TCTCAACATCAATGAGGACACGATCTGGACTGGAGTACCAGCAGATTACACGAACCCGAA
TGCTCCAGAAGCATTATCACAAGTTAGGAAGCTTGTCGATGAAAGAAAATACGCTGAAGC
TACTTCAGAAGCTGTCAAACTATCAGGCCATCCTTCTGATGTCTATCAGATAGTGGGAGA
TTTGAATCTACAGTTCGATAGCTCGCACCGCAAGTACACTCAAGACTCTTACCGCCGTGA
ACTCGACTTGGAAACAGCACTAGCTAAAGTAAGCTACTCCGTCGGTTCCGTGGAGTTCTC
TCGAGAGTTCTTCGCTTCTCATCCGGATCAAGTGATCGTTGTCAAGATCTCCGCGAGCAA
ACCGGGGACACTCTCTTTTAAAGCGTCTTTCGACAGTGACTTGCACCATCACTCGGAGAC
AAACGCCAAGGGGAACCAGATTCTGATGCGGGGAAGCTGTCGCCCCAAGCGTCTTCCTGT
GAACTTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E612TF U 1
AF RR1E612JQ C 123
BS 1 358 RR1E612TF
BS 359 790 RR1E612JQ

RD RR1E612TF 358 0 0
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GGAGAAGTCGAGCTTCTTCGTTCATTTCACCTTTCTTCTGCTCATTACAATAACATGTTG
CCAAGGAGGGAGGAGTCCTTTGCGGCGTTCATCTGAGAGAACATTGATGGAGGACGGCCA
CGATCTCTCGAGGCCTCTGAAGCTGACGTTTGACGGTCCTTCTCGGAACTGGACTGACGC
CATTCCCATCGGCAATGGCCGCCTCGGAGCTACGATCTGGGGAGGCGTCTCTTCCGAGAC
TCTCAACATCAATGAGGACACGATCTGGACTGGAGTACCAGCAGATTACACGAACCCG

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1E612JQ 668 0 0
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ATCTCTCGAGGCCTCTGAAGCTGACGTTTGACGGTCCTTCTCGGAACTGGACTGACGCCA
TTCCCATCGGCAATGGCCGCCTCGGAGCTACGATCTGGGGAGGCGTCTCTTCCGAGACTC
TCAACATCAATGAGGACACGATCTGGACTGGAGTACCAGCAGATTACACGAACCCGAATG
CTCCAGAAGCATTATCACAAGTTAGGAAGCTTGTCGATGAAAGAAAATACGCTGAAGCTA
CTTCAGAAGCTGTCAAACTATCAGGCCATCCTTCTGATGTCTATCAGATAGTGGGAGATT
TGAATCTACAGTTCGATAGCTCGCACCGCAAGTACACTCAAGACTCTTACCGCCGTGAAC
TCGACTTGGAAACAGCACTAGCTAAAGTAAGCTACTCCGTCGGTTCCGTGGAGTTCTCTC
GAGAGTTCTTCGCTTCTCATCCGGATCAAGTGATCGTTGTCAAGATCTCCGCGAGCAAAC
CGGGGACACTCTCTTTTAAAGCGTCTTTCGACAGTGACTTGCACCATCACTCGGAGACAA
ACGCCAAGGGGAACCAGATTCTGATGCGGGGAAGCTGTCGCCCCAAGCGTCTTCCTGTGA
ACTTGAGC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL4783Contig1 522 2 2 U
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ACATAAGATCACTTGAAAGTGAAAACTTTAACCAATGACATGCTCTGATCCTTCTTAATA
CACCTATAATTTTATCTTACATGGAAAAAAACAAGCAAACAGAAACAAATATGGTAAGAC
AGCTTGAAACTTTTTAATCTCGAAGGCCTAGCTCAACCTCTAGTTCATCATCTTCCTCAA
ACAGCTTGAGCAGTCGGGCATACTGCTCGTCTCTTTTCTTCTTCTGCCATAGCTTGTAAA
GAAAGAAGGAGAACATAGCTACAGCCACGAATCCGACCAGTATTAGGAATACTTTTGTGC
CTGTTCTGCTGGAAGAAGCGTGTGACTCTGCCTTGACTCCTGTGTTTGTGTTCTTGGAAT
CGCCTGATAGACCTAAGACGAAGTGCAGAGAAATCGAAGCTAAGAATGCCAGACGCCGCC
ATGAGCTCTCCTCCGCCTTTCTATACATGTAACCCATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GK35TF C 1
AF RR1GK35JQ U 25
BS 1 24 RR1GK35TF
BS 25 522 RR1GK35JQ

RD RR1GK35TF 522 0 0
TTTTTTTTTGTAAAAATAAAATTTCGTGTGCATTATTATATATTTCACCAAGATAAAAAA
ACATAAGATCACTTGAAAGTGAAAACTTTAACCAATGACATGCTCTGATCCTTCTTAATA
CACCTATAATTTTATCTTACATGGAAAAAAACAAGCAAACAGAAACAAATATGGTAAGAC
AGCTTGAAACTTTTTAATCTCGAAGGCCTAGCTCAACCTCTAGTTCATCATCTTCCTCAA
ACAGCTTGAGCAGTCGGGCATACTGCTCGTCTCTTTTCTTCTTCTGCCATAGCTTGTAAA
GAAAGAAGGAGAACATAGCTACAGCCACGAATCCGACCAGTATTAGGAATACTTTTGTGC
CTGTTCTGCTGGAAGAAGCGTGTGACTCTGCCTTGACTCCTGTGTTTGTGTTCTTGGAAT
CGCCTGATAGACCTAAGACGAAGTGCAGAGAAATCGAAGCTAAGAATGCCAGACGCCGCC
ATGAGCTCTCCTCCGCCTTTCTATACATGTAACCCATTTTCC

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1GK35JQ 498 0 0
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ACTTTAACCAATGACATGCTCTGATCCTTCTTAATACACCTATAATTTTATCTTACATGG
AAAAAAACAAGCAAACAGAAACAAATATGGTAAGACAGCTTGAAACTTTTTAATCTCGAA
GGCCTAGCTCAACCTCTAGTTCATCATCTTCCTCAAACAGCTTGAGCAGTCGGGCATACT
GCTCGTCTCTTTTCTTCTTCTGCCATAGCTTGTAAAGAAAGAAGGAGAACATAGCTACAG
CCACGAATCCGACCAGTATTAGGAATACTTTTGTGCCTGTTCTGCTGGAAGAAGCGTGTG
ACTCTGCCTTGACTCCTGTGTTTGTGTTCTTGGAATCGCCTGATAGACCTAAGACGAAGT
GCAGAGAAATCGAAGCTAAGAATGCCAGACGCCGCCATGAGCTCTCCTCCGCCTTTCTAT
ACATGTAACCCATTTTCC

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 2

CO CL4784Contig1 653 2 3 U
GGAATAATTTTTCTTGCATTAATCAACTTCTCTCACAAACTTAAGATTTGCAAGGAAAAC
ATTACAAGTTTTTTAACGGATTTAAACCCAGGGAATCTATATCTCACACAGGTTTCTTTC
TTGTTAGACGAGTAAAATAACTCGTAAAAAACCCTAGACGGGCTTAAAAATAGAAGAAAA
AAAACTCACCGAAGAGATGATACTTCTTCTTTAACCCATCTTCTTCTGCATCTTCTTCAA
ATGATTTAACTTAAAATATCACTGGATCATGGATGTTAGGTTCTGGAAGACGAGTTCATC
ACAAGGAATGGTGAGACCCATGTCGTGGTCAAATCCAAACTCTTCCTCAGCTCGTCTTAA
GAGAGATTGGAACTCAGGATGAGTCAAGAAGGAGACTGGGACAATGTATCTGCTTCTGTT
CTCTCCAACGTAGACAGGAAAGTGTCCCTTTGGTACGTCTAGTGGGAGAAAATCGTCATC
GTATCCTCCTCCGTTCTTCTTTCCTAAGCTCGAGCATCTCTTTAGAATCTGCTTCAGCAT
TGCCGTCTGAGTTAGTTTTGAAGATTTCTTCATTATGGCCATTTGTCTTTAGGTTATTGA
GAGAGAAAAGCTCTTGAAATGATAGAGAGGGTAATGGAGAAGGAGATGGGTCC


BQ
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AF RR1DS37JQ U 178
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QA 1 653 1 653
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ACG


BQ
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20 20 20 

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ACG

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DS 

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CGAAGAAGTTTGGTAGGCGTGGTGCTCGCTCTCGTTTCCAGAAGAGTTACCGTTAAAACA
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TTGGTATTGCGTTCTGTTATTGGATAATGGTTTATTTTCGACAAAGAAGTTAATGTTGTC
GGTTTGACG

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 2

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ACAAGTTCT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ER55JQ C 1
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TAATATACTCACAAAGGAGAAAGAAGAGTTGCTCTCACAGATACGAGAACAGGAAAGACA
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CATCTCATCAATAAATCTTTTGTTTTGAACTTTTGTATTTTCTTTTCATTCGTTACAATA
ACAAGTTCT

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR1ER55TF 489 0 0
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GGATTGGTTCTGAGGGAAACGAGTTTGAAAATGATAACTTTGTGCGAGGCCAACCTGACC
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TAATATACTCACAAAGGAGAAAGAAGAGTTGCTCTCACAGATACGAGAACAGGAAAGACA
AATAAAAGAACTAAAACATTGTCTGGACTGCGCACGAATTTGCAAATTATAACAAACTCT
CATCTCATCAATAAATCTTTTGTTTTGAACTTTTGTATTTTCTTTTCATTCGTTACAATA
ACAAGTTCT

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 2

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CAAATCCTCACTAAGAGAAGGAGCGTGGAGTTGAGATCGAGAGCTAAGGTTATTAAGATT
GTCAACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AZ08JQ U 351
AF RR1AZ08TF C 1
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BS 450 668 RR1AZ08TF

RD RR1AZ08JQ 102 0 0
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CCTGCTTCCCGTTTCATCATTGGCATATCAATGTCAACA
AAA

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DS 

RD RR1AZ08TF 668 0 0
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TCATATGGATCAGCTTCCTTACGCTTTCTTTTTGCCCTTGAACATCCAAACCTGCTTCGC
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TCTACTTTCTTGCACTAGACCATTCCGGTGAAATGAAGTCTTCTCCGTCGTCGGAGAGTC
CAAATCCTCACTAAGAGAAGGAGCGTGGAGTTGAGATCGAGAGCTAAGGTTATTAAGATT
GTCAACCC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

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TGGATATCCGTCTGAGTGATCTGAAACTTGTTTTGGGACCAGAGTTGAGGATAGTGTATC
CTTTAATCCTTAATTTTGCTATTAGCGGTGAGCTTGAGCTTGATGGCATGGCTCATCCCA
AATACCTAAAACCAAAGGGTTTCCTCACATTCGAGAATGGAGATGTCAATCTTGTGGCTA
CTCAGGTTTTGTCTGTCTAATATCTCTGTTTTTGATTTTCCATATTTTCTTGTATAGGGT
TGACACAAGCTGAGCTCTCTCTCTCTAACTATTTTTTTTTCTAAAACACAGGTACGCCTG
AAAAGGGAGCACCTCAATGTTGCAAAGTTTGAGCCTGAACATGGACTAGATCCTCTGTTA
GATTTAGCATTAGTTGGTTCAGAATGGCAATTCAGGATCCAGAGTCGGGCCAGCAATTGG
CAGGACAAACTTGTGGTGACTTCAACTCGTTCTGTGGAACAGGATGCTCTCTCACCGTCC
GAGGTAAACTTTAAAGTCAAAACGTGGAAATGTTTTCTTGATTTGAATCCTCTGTTTTGC
AAAATCACTTGTTTCACAGGCTGCGAAGGTGTTTGAGAGCCAATTAGCAGAATCCATATT
AGAAGGAGATGGGCAACTTGCTTTCAAGAAACTTGCAACCGCAACGCTAGATGCCTTGAT
GCCAAGGATAGAAGGGAAAGGAGAGTTTGGTCAGGCGAGGTGGAGGTTGGTGTATGCCCC
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CAACATCTCCTTTGGAACGGAAGTCGAACTGCAGCTCGGGAAACGTCTTCAGGCCTCTGT
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GAGCCGCTTGCTTGTCCTCCTTCAATTTGCGCCTTCAAAACGGTTGCTTTTTGAATACTC
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BQ
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AF RR1FA41TF U 1
AF RR1FA41JQ C 459
BS 1 679 RR1FA41TF
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RD RR1FA41TF 730 0 0
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TGGATATCCGTCTGAGTGATCTGAAACTTGTTTTGGGACCAGAGTTGAGGATAGTGTATC
CTTTAATCCTTAATTTTGCTATTAGCGGTGAGCTTGAGCTTGATGGCATGGCTCATCCCA
AATACCTAAAACCAAAGGGTTTCCTCACATTCGAGAATGGAGATGTCAATCTTGTGGCTA
CTCAGGTTTTGTCTGTCTAATATCTCTGTTTTTGATTTTCCATATTTTCTTGTATAGGGT
TGACACAAGCTGAGCTCTCTCTCTCTAACTATTTTTTTTTCTAAAACACAGGTACGCCTG
AAAAGGGAGCACCTCAATGTTGCAAAGTTTGAGCCTGAACATGGACTAGATCCTCTGTTA
GATTTAGCATTAGTTGGTTCAGAATGGCAATTCAGGATCCAGAGTCGGGCCAGCAATTGG
CAGGACAAACTTGTGGTGACTTCAACTCGTTCTGTGGAACAGGATGCTCTCTCACCGTCC
GAGGTAAACTTTAAAGTCAAAACGTGGAAATGTTTTCTTGATTTGAATCCTCTGTTTTGC
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AGAAG
AGATG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1FA41JQ 840 0 0
ACATGGACTAGATCCTCTGTTAGATT*AGCATTAGTTGGTTCAGAATGGCAATTCAGGAT
CCAGAGTCGGGCCAGCAATTGGCAGGACAAACTTGTGGTGACTTCAACTCGTTCTGTGGA
ACAGGATGCTCTCTCACCGTCCGAGGTAAACTTTAAAGTCAAAACGTGGAAATGTTTTCT
TGATTTGAATCCTCTGTTTTGCAAAATCACTTGTTTCACAGGCTGCGAAGGTGTTTGAGA
GCCAATTAGCAGAATCCATATTAGAAGGAGATGGGCAACTTGCTTTCAAGAAACTTGCAA
CCGCAACGCTAGATGCCTTGATGCCAAGGATAGAAGGGAAAGGAGAGTTTGGTCAGGCGA
GGTGGAGGTTGGTGTATGCCCCACAGATCCCAAGTTTACTCTCTGTTGATCCAACTGTCG
ATCCTCTCAAGTCTCTGGCCAGCAACATCTCCTTTGGAACGGAAGTCGAACTGCAGCTCG
GGAAACGTCTTCAGGCCTCTGTGGTAAGACAGATGAAAGATTTTGAGATGGCGATGCAAT
GGACATTGATTTATAAGCTCACGAGCCGCTTGCTTGTCCTCCTTCAATTTGCGCCTTCAA
AACGGTTGCTTTTTGAATACTCTGCAACGTCACAAGACTAAAAGGCTTGTGTCTTCCTCT
GTATATGGATGGATGAAGCCGTTTGTTGCAAAGGATGGGACTCTTCAAGGTTGTAGTGAC
TTTTGGTTATTAGCATTTGTTATTGACAAGAAAATTATTTTATTATTTGGTCAGGTTGTT
TCATTGTTTGTAGAAATTACGTTTTGTAAATGTTAAATTATTAGGGCATACAAAATTATG

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

CO CL4790Contig1 1330 2 4 U
GGCCGATCGCAGGTTCAGATCGAAGATGTCAACGGAGAGACGTCCGATGACCAACGAAGA
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BQ
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TAAATGCTCTCTATCATTTACTTCCTTGTAAATTACGACAGCTTTTTGTTTGCGGTTGAA
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AAGCGTCTCT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

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AATTTTAAGTTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY65TF U 1
AF RR1GY65JQ C 588
BS 1 649 RR1GY65TF
BS 650 650 RR1GY65JQ
BS 651 689 RR1GY65TF
BS 690 1034 RR1GY65JQ

RD RR1GY65TF 689 0 0
GGGCAGAAGCTGCTTTTCTTCTTATTTCAAAAGCAAATCAAGAACGGAAATGGTGACTAG
TTTTCTGTATCCACTGCCTCCGTCGGTATTGCTCACTACTATGACCGTCGTTAGTTTAGC
CGCTCTGCCGTTTATGGTTTGGTCGGAAATGAGAGGAAATAATCTGAAATACTCAAAATT
CAACAACAACAACAATAAGGCATCATCATCATCACAAAAACAGCGATTGGGCAGCAGCAT
CTCGAGCAGAGCCGGGATGCTTTTTCTATATACACCAGCGTTTCTAGCCGCTTCAGCTTC
TTTCTTTCTCTCACCTTCTGTAGATCTCAGGCTCCTTCTTCTCAAATCCGCACTGTCCCT
CCATTTCTTCAAAAGGGTCTTGGAGGTTATGTTCATTCATAAGTACAGTGGAGGGATGTC
CCTAGACGTAGCTTTCACCATATCAAGCGGCTATTTCTCATCCACGGCGTTGGTGTTATA
CAGCCAAAGCTTCACTCTGGGACTACCCCAGCCAGGTTTGGATCTGAAATCTCCGGAGTT
GTCATGTTTATTGTGGGGATTGTTGGGAATCTCTATCACCATGTTCTGCTAGCTAAGCTG
AGGACAGAAGGTGAAGGTGGTGGGAAGAAAGAGTACAAGATACCAAAAG*TGGTTTGTTC
GATACAGTTATATGCCCTCATTACATGTT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1GY65JQ 447 0 0
GCTAGTTAAGCTGAGGACAGAAGGTGAAGGTGGTGGGAAGAAAGAGTACAAGATACCAAA
AGGTGGTTTGTTCGATACAGTTATATGCCCTCATTACATGTTGGAGGTCCTTGTGTTTTG
GGGATTCTTTATGATTTTTCAGACTATTTACTCCCTTTCTTGGGCTATGGGAACTACTTT
CTATCTTATGGGTCGGAGTTATGCTACAAGAAGATGGTATCTTTCCAAGTTTGATGACTT
CCCCAAGCATACCAAGGCGCTCATTCCCTTTGTTTTCTAGAGAGATACTTTTACTGGCAT
GTGCCAAATCTTGTTTTTGTTTCTTTACTGGTTTTGTTACATTACTGGGGAAATAACAGA
ACTGCGATTTATGGCACTAATAATGTTTTGTATAACTTTGAAAATGTATCTTTGACATGT
TTTAGTTTTTAATAATTTTAAGTTACC

QA 1 447 1 447
DS 



AS 1 2

CO CL4792Contig1 842 2 2 U
GACAACAAGGGTCAAGCAGAGAAAGAGTTCAAAGTTGAGGTGGAAGCAATTGGGAAAGTA
AGACATAAGAACTTGGTTGGTCTGATGGGTTATTGTGCCGACACTGCTCAAAGGATGCTT
GTGTATGAATATATTGATAATGGAAACTTGGAGCAGTGGTTGCATGGTGATGTAGGTCCA
GTGAGTCCTCTCACATGGGATATTCGCATGAAGATTGCCATTGGAACAGCTAAAGGATTA
GCCTACTTACATGAAGGGCTTGAACCAAAGGTTGTGCACCGTGATGTGAAGTCCAGTAAC
ATCTTGCTTGATAGGAAGTGGAACCCGAAGGTGTCTGATTTCGGTTTGGCCAAGTTATTA
GAATCTGAAACGAGCTATGTGACAACTCGTGTGATGGGAACTTTTGGATATGTTTCACCG
GAGTATGCAAGTACCGGTATGCTTAATGAGTGTAGTGATGTCTACAGTTTTGGTGTTCTT
CTCATGGAGATTATAACAGGGAGGAGCCCAGTCGATTATTCAAGACCCCCTGGCGAGATG
AACTTAGTGGATTGGTTCAAAGGAATGGTTGCAAGCAGACGTGGAGAAGAAGTTATAGAC
CCTAAAATCAAAAATCCACAACCTCATCCAAGAGCTTTGAAAAGAGCATTGCTTGTTTGT
TTGCGTTGCATAGACCTTGATGCTAGTAAACGACCAAAGATGGGACAAATTATTCACATG
CTTGAGGCTGATGATTTCCCTTTCCGTCCTGAACACAAATCAGTCCAGACAAACAAGAAA
CCACTTGAGAGTTGATGTTATTGGGGGTACACAACCAGATTGATAGATTTGTCCACGTTT
GT


BQ
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10 10 

AF RR1ER06TF U 1
AF RR1ER06JQ C 472
BS 1 738 RR1ER06TF
BS 739 842 RR1ER06JQ

RD RR1ER06TF 738 0 0
GACAACAAGGGTCAAGCAGAGAAAGAGTTCAAAGTTGAGGTGGAAGCAATTGGGAAAGTA
AGACATAAGAACTTGGTTGGTCTGATGGGTTATTGTGCCGACACTGCTCAAAGGATGCTT
GTGTATGAATATATTGATAATGGAAACTTGGAGCAGTGGTTGCATGGTGATGTAGGTCCA
GTGAGTCCTCTCACATGGGATATTCGCATGAAGATTGCCATTGGAACAGCTAAAGGATTA
GCCTACTTACATGAAGGGCTTGAACCAAAGGTTGTGCACCGTGATGTGAAGTCCAGTAAC
ATCTTGCTTGATAGGAAGTGGAACCCGAAGGTGTCTGATTTCGGTTTGGCCAAGTTATTA
GAATCTGAAACGAGCTATGTGACAACTCGTGTGATGGGAACTTTTGGATATGTTTCACCG
GAGTATGCAAGTACCGGTATGCTTAATGAGTGTAGTGATGTCTACAGTTTTGGTGTTCTT
CTCATGGAGATTATAACAGGGAGGAGCCCAGTCGATTATTCAAGACCCCCTGGCGAGATG
AACTTAGTGGATTGGTTCAAAGGAATGGTTGCAAGCAGACGTGGAGAAGAAGTTATAGAC
CCTAAAATCAAAAATCCACAACCTCATCCAAGAGCTTTGAAAAGAGCATTGCTTGTTTGT
TTGCGTTGCATAGACCTTGATGCTAGTAAACGACCAAAGATGGGACAAATTATTCACATG
CTTGAGGCTGATGATTTC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1ER06JQ 371 0 0
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GGCGAGATGAACTTAGTGGATTGGTTCAAAGGAATGGTTGCAAGCAGACGTGGAGAAGAA
GTTATAGACCCTAAAATCAAAAATCCACAACCTCATCCAAGAGCTTTGAAAAGAGCATTG
CTTGTTTGTTTGCGTTGCATAGACCTTGATGTTAGTAAACGACCAAAGATGGGACAAATT
ATTCACATGCTTGAGGCTGATGATTTCCCTTTCCGTCCTGAACACAAATCAGTCCAGACA
AACAAGAAACCACTTGAGAGTTGATGTTATTGGGGGTACACAACCAGATTGATAGATTTG
TCCACGTTTGT

QA 1 371 1 371
DS 



AS 1 2

CO CL4793Contig1 1109 2 2 U
GGAGCCGAAACCTGAACAAGAGAGTGTGTTGTTGCATGCACAGCAGCAGATTGCTTTTCA
GGTAAAACAATTGTTTTCTTTTAAGACTATTTTAGAAAGTTAATCTTTTAACAGATTTGA
GTGATGGTTTGCAGATGAATATGTTCCAGCCGGGTCCAGCGGCGACAACAGTTGTGTGTT
TGACTCAAGTTGTTGCTGAGGATGAGCTTAAGGACGATGAGGAGTATGAAGATATAGTGG
AAGATATGAGACAAGAAGGCGGAAAGTTTGGTAAGGGATGTCTTTTTATTACATTTTATC
ATATCCATTTTTGGCGATATAATGATTTTTTTTTTTTAAAAAAGCATATTGATTTGTCTC
TCTGTTTTGTTTTGGTTGTATATGTCTGTTTTACAGCCTTTTGCTATAAAGAATCAGCCC
CTAACATACTGAGACTGGAGACTGCATTAACCCCTATCTTATTTTTTTCCTTTCACAAAT
GGCCACTCTTTCTTAGAAGACTAACATTCTTTGTTTCTGTTTGTTTGTCTCGTGTATTTG
GAATGTTTGTTGTTTAACTATTAAAATGCAGGTAACTTGACCAGCGTTGTGATTCCTCGT
CCCAGCCCCAGCGGTGAGCCAGTGCCAGGCCTTGGCAAGGTTTGTACTTAAAAGAACATT
ACCCTCTTGTAAATTTTCGATTCTTATTGTTGATATATATCTTTTGGATGCAGGTGTTCT
TGAAGTATGCTGATACTGAAGGTTCGTCGAGGGCGAGAAGCGGGATGAATGGTAGGAAGT
TTGGAGGGAATGAAGTGGTTGCTGTGTTCTATCCAGAAGACAAGTTTGATCAGGGAGAAT
ATGGAGCCTGAAGCTCTCATCTCATCCTACTTGTTTGTTGTCTTACCTACTGTCTAGTAC
CTTAAGTTCTCTTCAGTCTTTTTTGCTTCAGTTAAAAGACCATTTTGTGTTATTTTAAGA
CCAAGATATGATTTTGATACTTCTCTTTGTTATAAACCTCGTGATGTTTTACCAATCAAG
TCTTTTCTTTGGTTACGTACATCATCAACATCTCAATGATCCAGAAGAAACATTATTCCC
TTGAATGTCTACTAAATTAATAAAATTTC


BQ
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G

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DS 

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CAGAAGAAACATTATTCCCTTGAATGTCTACTAAATTAATAAAATTTC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

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BQ
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TGGGTCCTTTCATAGAGAGTCTGATTGACATTGGTGGATGCATTTATGTGTTTAATAGGT
CGTTGATTGATGGATTATTGGAAACAACTAATCTGGTTTATCTAACAGTTTGATTGTCGA
ACATATTCTGTTTCTGATAATTCATTCGGCATTTGTAATGAATTTTTCTTGAATTTGTGA
GCCTAATCGTGCGCTTCCCTTACATGTTTCATAAGGGGTTGTTGGATCATGTAGCTTCTT
AGTTATGACCTCTAGCACAACATGATATCGAAGGTATCTGTTTTATTCTTTTTAGTTTGT
CTTTGCTCTATTCTTGATACAAGACTGGCTTAGTTATTTTTTCTGTTCTCCACTATCATT
GAATGAAAACTCTCGCTTATCTTCTGTTCTGTCTCAGGGTATCACAGGACACAATTGCTG
CTGGACTAGAAGCCCGTGATTGTTAGTTACATCAACTG

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DS 

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GATATCGAAGGTATCTGTTTTATTCTTTTTAGTTTGTCTTTGCTCTATTCTTGATACAAG
ACTGGCTTAGTTATTTTTTCTGTTCTCCACTATCATTGAATGAAAACTCTCGCTTATCTT
CTGTTCTGTCTCAGGGTATCACAGGACACAATTGCTGCTGGACTAGAAGCCCGTGATTGT
TAGTTACATCAACTGAAAAACAATGGAAACAGAGAATCAATTGACAAAGGCTAGAGAGCC
CAAAGTACCCACACATCAGTGCAACTCCAAGGAACAAGTCTGACCATTTTAAAATGTGCT
TCCTGTTTAGCTCGTCACTTTCTTTTTTGTGCTTGCTTCTACTGTTGTTGTATTGGCAGT
GCGTTAGTCTCAAAGCAACTTTCCATTAGAGGAAGACCACAAAGACGTGAGCCTCGGTTC
AGATTTTCTAGACTAGTTGAATTTTGCGGTGTTTTGGAATGCTTGGAGCCTGAGTTCCCA
AGAGCATTGGCACGTGTTGAACTTGCTATTTGAGAGGCTTATTCTGGAAAAAATCAAATC
GACAGGATCTTCAGACTTGAGTTCTTACTATTCTGTTGTCCAGGTATTGGTTCAAATGTA
TTGGCATGAAGACTGTCCTGAAAAAGAGCCTCCTTGCCATGGGTTCTATGCAGACTTCAC
TATGGCAACAAGAGTAACAATACCAGATTTCATCACCAGTTTATCCGTTCTATTTTGCAA
TGAGTTCATGTGTTTCATGTATTGATTTTGTGTGTTTTGTATATTTTTGGAAAAGCATAT
GTATATTATGATTTACTTGTGTTTTAGTAGAG

QA 1 872 1 872
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAGCAGAGACTGCTTAAGACCTTTCCTGATCATTTAAGCGCAGTTGCTCACTTGACTGCA
GGGGCAATCGGTGGACTTGCTGCCTCTCTGATTCGAGTGCCTACAGAGGTTAAAAAATAT
AACTCCCTCTCTGATCCTGTTCTGCAATAGAATCTCTTCAAGTGACATTCCCATGTGTGT
TGTTCTTTCTATAGGTTGTGAAGCAGAGAATGCAGACTGGACAGTTTGCATCAGCTCCCA
ACGCTGTTCGAGTTATTGCATCACAAGAGGGCTTTAGGGGTCTCTATGCAGGATACCGAT
CCTTCCTATTGAGAGATTTGCCGTTTGATGCTATTCAGTTCTGCATTTATGAGCAGCTAT
GCTTGGGGTATAAAAAAAGCAGCGCGTAGAGAGCTTAATGATCCTGAGAACGCTCTCATT
GGTGCATTTGCTGGTGCTCTGACAGGAGCTGTCACCACTCCGCTTGATGTTATTAAGACA
AGATTAATGGTTCAGGGATCAGCTAAACAATATCAAGGAATAGTTGACTGTGTTCAAACA
ATTGTAAGAGAGGAAGGAGCTTCTGCTCTCTTAAAGGGCCAAGAGTGTTGTGGATAGGTA
TTGGTGGTTCAATCTTCTTTGGTGTCCTTGAGAGCACGAAGAGAACACTTGCAGAGAGAC
GTCCCAAGACGGTTAAAGAATCGAAAGAGGATTGAGTTTTCTTGCACATTATTCTTGAGG
ACTATAAAAATGGTTGAAAGGTGATACTGTTGGACATTCAACCGATCCCCTTTGTGTGAG
TTCTATGTTGATCAGACTGTGAATCATGTTCATTTCAACTTTAATTCCCCAGATAAAATA
AAGTGGCAAAAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CR63TF U 1
AF RR1CR63JQ C 201
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GTCC
AA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1CR63JQ 712 0 0
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GGTGTCCTTGAGAGCACGAAGAGAACACTTGCAGAGAGACGTCCCAAGACGGTTAAAGAA
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GAATCATGTTCATTTCAACTTTAATTCCCCAGATAAAATAAAGTGGCAAAAT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

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TGAGATTTGGAGTCTTGGAGGCAGGTGCATATGGGGTTTCTCAATCTCGCAAAAGAGCTT
TTATATGGGCAGCTGCACCGGAAGAAGTCCTTCCCGAATGGCCTGAGCCAATGCATGTCT
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GTACCCAACAGGGAGCACCTTTCCGTCCAATAACCGTCAGAGACACAATCGGCGATCTTC
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TGAACGAACACAACTTTATAATGTAAAAGAATCCCAAAGAGGCCAGGTGCTGATTGGCGT
GACCTCCCAGAGGAAAAGGTGACGTTATCTACTGGAATGGTGGTGGATTTGATTCCAAAT
CTACTAAAAACGGCTCATCTACACAACCAGTGGAAAGGACTGTTTGGGAGGTTAGATTGG
GAAGGCAACTTTCCAACTTGCACTACTGAACCTGGGCCAATGAGAAAAGTTGGTATGTGC
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CCGGATAGCTATGAGTTCGAAGGGGACATAGCACACAAGCATAGGCAGATTGGGAATGCA
GTGCCTCCACCTTTGGCATTTGCTCTTGGTCGCAAACTCAAAGAAGCAGTACAGATCAAT
AAGTGTGCCAAAAGTAATTAGTTTTGATTTTTTCTCTTTATAGTTTATTCATTGTGATAA
ACCTCATCTTGAAACTCAATAGTCATACTTATATTACATAGTTTCTTG


BQ
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AF RR1DW87TF U 1
AF RR1DW87JQ C 514
BS 1 601 RR1DW87TF
BS 602 1188 RR1DW87JQ

RD RR1DW87TF 601 0 0
GAGAAGCTAATGAACTAGCTGCTAAACTTGATGAGGACCAGAAGCGTACTCTACCACTGC
CTGGTCAAGTAGATTTCATCAACGGAGGCCCTCCATGTCAGGGGTTCTCTGGTATGAACC
GGTTTAGCCAAAGCCCATGGAGTAAAGTTCAGTGTCAAATGATATTAGCATTCTTGTCTT
TTGCTGATTATTTCCGGCCAAAATACTTTCTCCTGGAGAACGTGAGGAACTTTGTCTCAT
ATAGTAAAGGGCAGATGTTTAAACTCACTCTGGCTTCTCTTCTCGAAATGGGTTACCAGG
TGAGATTTGGAGTCTTGGAGGCAGGTGCATATGGGGTTTCTCAATCTCGCAAAAGAGCTT
TTATATGGGCAGCTGCACCGGAAGAAGTCCTTCCCGAATGGCCTGAGCCAATGCATGTCT
TTAATGTTTCAGAGTTGACAATCTCACTATCCAAAGGTTTACGCTATGCTGCTGTTCGTA
GTACCCAACAGGGAGCACCTTTCCGTCCAATAACCGTCAGAGACACAATCGGCGATCTTC
CACCAGTAGAAAATGGGGAATCCAAGATAAACAAAGAGTATCAAAATGATTCAATCTCGT
G

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1DW87JQ 675 0 0
CCGTCAGAGACACAATCGGCGATCTTCCACCAGTAGAAAATGGGGAATCCAAGATAAACA
AAGAGTATCAAAATGATTCAATCTCGTGGTTCCAAAAGGAGATAAGAGGAAACAAGAATG
TTCTCACTGATCACATCAGCCAAAAGATGAACGAACACAACTTTATAATGTAAAAGAATC
CCAAAGAGGCCAGGTGCTGATTGGCGTGACCTCCCAGAGGAAAAGGTGACGTTATCTACT
GGAATGGTGGTGGATTTGATTCCAAATCTACTAAAAACGGCTCATCTACACAACCAGTGG
AAAGGACTGTTTGGGAGGTTAGATTGGGAAGGCAACTTTCCAACTTGCACTACTGAACCT
GGGCCAATGAGAAAAGTTGGTATGTGCTTCCACCCTGACCAAGACAGGATACTCACTGTC
CGTGAATACGCCCGATGTCAGGGGTTTCCGGATAGCTATGAGTTCGAAGGGGACATAGCA
CACAAGCATAGGCAGATTGGGAATGCAGTGCCTCCACCTTTGGCATTTGCTCTTGGTCGC
AAACTCAAAGAAGCAGTACAGATCAATAAGTGTGCCAAAAGTAATTAGTTTTGATTTTTT
CTCTTTATAGTTTATTCATTGTGATAAACCTCATCTTGAAACTCAATAGTCATACTTATA
TTACATAGTTTCTTG

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL4798Contig1 911 2 2 U
GGCATCATATTATCATCTCCTCTCTGATTCAGCGAGGAAGAAAGAAAAAAAAACAAAAGG
CCAAAATGGGTGTAGACGCAATCCAAACGAACGGTGGTGATCCTGCCAAGTTAACCGTCG
TAGAAGGGATCAAACGGTTGAGATGCGCCGTGAATAACTACGAGTGGGGCAAACTCGGAC
ATGACTCACTGGTTGCGAGAATCCACGAGGCCAATTCAGGGAACCGTGTTGACCCGGCGG
TTCCTCACGCGGAGTTGTGGATGGGTACTCACGAGTCAGGACCGAGTCACGTTGTAAACG
AAGAAGAACTCGGGTCGGGTCATGAAGGGTCCGAATGCATGGTTACGTTGAAGTCGTGGG
TTTCGGATAACCCGGATGTTCTCGGGTCTAGAGTCGTGGGCAAATGGGGACGTGATCTTC
CTTTCCTCTTCAAGGTATATATTTATATTACCAACAAATCTAAGACATATATTTTCAAGT
TCTATTTATGGCAGAACTTTCTTGTTCTGTTATATAAATAAATAAATAATTCAGGAATTG
AACTATTTATTTGATCGTCACATCCTAATCAAGAATTTTTGCCCTGATTTTCTTACTAAA
ATTTTGATTTATTCTTTGTTTAAAAGAATAATAAAACTTTTGTGCCTTCAGATTCTGTTT
GCATATATACAGTCAATTTGCCATTCTCAAAAGCCTTGGTAAAAAATCATATTATATGTT
AGATTTGTTTACATTTTGACTCTGTTTTTTCTTCAACAAAAACTCTGTTTTTTTTGAACT
TCAGCTTTCAAATTAAAATGCAAAAGGAAATAAAAATTACAGCCCATAAGCTAAGGTTTT
GTTTAGGAACCCATCAAGCCCAATTAATATTAAGACACATAAAAGAGATCAGGAAGCCAT
TAAAACCCAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F206TF U 1
AF RR1F206JQ C 274
BS 1 515 RR1F206TF
BS 516 911 RR1F206JQ

RD RR1F206TF 515 0 0
GGCATCATATTATCATCTCCTCTCTGATTCAGCGAGGAAGAAAGAAAAAAAAACAAAAGG
CCAAAATGGGTGTAGACGCAATCCAAACGAACGGTGGTGATCCTGCCAAGTTAACCGTCG
TAGAAGGGATCAAACGGTTGAGATGCGCCGTGAATAACTACGAGTGGGGCAAACTCGGAC
ATGACTCACTGGTTGCGAGAATCCACGAGGCCAATTCAGGGAACCGTGTTGACCCGGCGG
TTCCTCACGCGGAGTTGTGGATGGGTACTCACGAGTCAGGACCGAGTCACGTTGTAAACG
AAGAAGAACTCGGGTCGGGTCATGAAGGGTCCGAATGCATGGTTACGTTGAAGTCGTGGG
TTTCGGATAACCCGGATGTTCTCGGGTCTAGAGTCGTGGGCAAATGGGGACGTGATCTTC
CTTTCCTCTTCAAGGTATATATTTATATTACCAACAAATCTAAGACATATATTTTCAAGT
TCTATTTATGGCAGAACTTTCTTGTTCTGTTATAT

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR1F206JQ 638 0 0
AGTCAGGACCGAGTCACGTTGTAAACGAAGAAGAACTCGGGTCGGGTCATGAAGGGTCCG
AATGCATGGTTACGTTGAAGTCGTGGGTTTCGGATAACCCGGATGTTCTCGGGTCTAGAG
TCGTGGGCAAATGGGGACGTGATCTTCCTTTCCTCTTCAAGGTATATATTTATATTACCA
ACAAATTTAAGACATATATTTTCAAGTTCTATTTATGGCAGAACTTTCTTGTTCTGTTAT
ATAAATAAATAAATAATTCAGGAATTGAACTATTTATTTGATCGTCACATCCTAATCAAG
AATTTTTGCCCTGATTTTCTTACTAAAATTTTGATTTATTCTTTGTTTAAAAGAATAATA
AAACTTTTGTGCCTTCAGATTCTGTTTGCATATATACAGTCAATTTGCCATTCTCAAAAG
CCTTGGTAAAAAATCATATTATATGTTAGATTTGTTTACATTTTGACTCTGTTTTTTCTT
CAACAAAAACTCTGTTTTTTTTGAACTTCAGCTTTCAAATTAAAATGCAAAAGGAAATAA
AAATTACAGCCCATAAGCTAAGGTTTTGTTTAGGAACCCATCAAGCCCAATTAATATTAA
GACACATAAAAGAGATCAGGAAGCCATTAAAACCCAGT

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

CO CL4799Contig1 1056 2 2 U
GTCTACTTCGTGACAATGAGGCTGAAGTACGCATAGCAGCTGCTGGAAAAGTTACTAAGT
TTTGTCGGATCCTAAACCCTGAACTTGCTATTCAGCACATTCTCCCTTGCGTAAAGGAGC
TATCAACAGACTCATCTCAACACGTCAGATCTGCATTGGCCTCAGTTATAATGGGAATGG
CTCCGGTCTTGGGTAAGGATGCAACATTTGAGCATCTCCTTCCAATCTTCCTTCTCTGTT
GAAAGATGAGTTTCCGGATGTCCGCTTGAACATTATCAGCAAACTCGACCAAGTGAACCA
GGTTATTGGAATTGATCTACTATCGCAATCCTTATTGCCAGCAATTGTAGAACTTGCGGA
AGATAGACACTGGAGAGTAAGACTTGCTATCATTGAGTACATCCCTTTGTTGGCAAGTCA
GTTAGGTGTTGGCTTCTTTGACGATAAGCTTGGCGCTCTTTGCATGCAATGGTTACAAGA
CAAGGTCCACTCAATCCGCGAGGCTGCTGCAAACAATGTGAAGCGTCTTGCTGAGGAATT
TGGGTCCTGAATGGGCAATGCAACATATAGTTCCTCAGGTTCTTGAGATGATCAACAACC
CTCACTATCTATACCGTATGACCATTTTGCGTGCGGTTTCTTTACTTGCACCAGTGATGG
GCTCAGAGATCACATGCTCGAAGCTCTTACCTGTAGTAATGGCTGCGGCTAAAGACAGAG
TTCCAAACATCAAATTCAATGTGGCTAAAGTGCTTCAGTCCCTCATTCCAATCGTCGATC
AATCGGTTGTAGAGAAGACGGTTCGTCCAGGGCTTGTGGAGCTAAGCGAGGATCCAGATG
TTGATGTCAGGTTTTTTGCAAACCAAGCTCTTCAGTCTGCTGATAACGTGATGATGTCCA
GCTGAAAAAACAAATTTTAAATCCTTGTCTATCTCTCTCTCTCCCTGGTTTTCTATTTGA
TGCAATATTATGAACTCTCAAGACTTTGTAACGTAAGTGTGAACTCTTGTGTTCTGTTTT
TCATTTCATGCACTCGGAATTTGTCTACTGTCTTGC


BQ
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AF RR1B420TF U 1
AF RR1B420JQ C 234
BS 1 689 RR1B420TF
BS 690 1056 RR1B420JQ

RD RR1B420TF 689 0 0
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TATCAACAGACTCATCTCAACACGTCAGATCTGCATTGGCCTCAGTTATAATGGGAATGG
CTCCGGTCTTGGGTAAGGATGCAACATTTGAGCATCTCCTTCCAATCTTCCTTCTCTGTT
GAAAGATGAGTTTCCGGATGTCCGCTTGAACATTATCAGCAAACTCGACCAAGTGAACCA
GGTTATTGGAATTGATCTACTATCGCAATCCTTATTGCCAGCAATTGTAGAACTTGCGGA
AGATAGACACTGGAGAGTAAGACTTGCTATCATTGAGTACATCCCTTTGTTGGCAAGTCA
GTTAGGTGTTGGCTTCTTTGACGATAAGCTTGGCGCTCTTTGCATGCAATGGTTACAAGA
CAAGGTCCACTCAATCCGCGAGGCTGCTGCAAACAATGTGAAGCGTCTTGCTGAGGAATT
TGGGTCCTGAATGGGCAATGCAACATATAGTTCCTCAGGTTCTTGAGATGATCAACAACC
CTCACTATCTATACCGTATGACCATTTTGCGTGCGGTTTCTTTACTTGCACCAGTGATGG
GCTCAGAGATCACATGCTCGAAGCTCTTA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1B420JQ 823 0 0
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TGAACCAGGTTATTGGAATTGATCTACTATCGCAATCCTTATTGCCAGCAATTGTAGAAC
TTGCGGAAGATAGACACTGGAGAGTAAGACTTGCTATCATTGAGTACATCCCTTTGTTGG
CAAGTCAGTTAGGTGTTGGCTTCTTTGACGATAAGCTTGGCGCTCTTTGCATGCAATGGT
TACAAGACAAGGTCCACTCAATCCGCGAGGCTGCTGCAAACAATGTGAAGCGTCTTGCTG
AGGAATTTGG*TCCTGAATGGGCAATGCAACATATAGTTCCTCAGGTTCTTGAGATGATC
AACAACCCTCACTATCTATACCGTATGACCATTTTGCGTGCGGTTTCTTTACTTGCACCA
GTGATGGGCTCAGAGATCACATGCTCGAAGCTCTTACCTGTAGTAATGGCTGCGGCTAAA
GACAGAGTTCCAAACATCAAATTCAATGTGGCTAAAGTGCTTCAGTCCCTCATTCCAATC
GTCGATCAATCGGTTGTAGAGAAGACGGTTCGTCCAGGGCTTGTGGAGCTAAGCGAGGAT
CCAGATGTTGATGTCAGGTTTTTTGCAAACCAAGCTCTTCAGTCTGCTGATAACGTGATG
ATGTCCAGCTGAAAAAACAAATTTTAAATCCTTGTCTATCTCTCTCTCTCCCTGGTTTTC
TATTTGATGCAATATTATGAACTCTCAAGACTTTGTAACGTAAGTGTGAACTCTTGTGTT
CTGTTTTTCATTTCATGCACTCGGAATTTGTCTACTGTCTTGC

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 2

CO CL4800Contig1 1238 2 2 U
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TACTTATGAGTATCTGGCTGATGATTAGGAACAAGAGTTCCCGGTGATACCTGGAGAAAC
TACTGATCATCAGAGCACAAAACCGGGTTGTGAATCCGAATTCGGGTTCAGTTTGATACC
CGAGATCAGGCCAACAAAGCAAATGAAAGTCAACTCAACATCTTCCTCTTCTCTATCATC
ATCTTCTTCTTCTTGTGGTACGCTCACAGCAGCACAAGTGATCTCGTTCGGTTCTCAAGA
CCCGAAGATGAACGTGGTCGAGGCATCATTTAACTTCTCCAACGAAGCAAACATGGAACA
GAACGTGAGGTCCAAAAGAAAAGAGTGTGGTAATAATGGAGGAAAAAGAGAGCCACATCT
ATTGAAAGAACATGTTTTGGCTGAACGTAAACGTAGACAAAAGCTCAACGAACGTTTAAT
TGCTCTCTCTGCTCTTCTTCCTGGCCTCAAAAAGGCGGACAAGGCAAGTGTTCTTGAAGA
CGCGATCAAACATTTGAAGAAACTTCAAGAACGTGTAAAGAAGTTGGAGGAAGAGCGAGG
AGGAGCCATGAAAATGGATCAGTCAGTTATATTGGTGAAGAGATCTCAAGTGTATGTGGA
CGATGATTCTTCATCTTACTCTTCTACTTGCTCTGCCGCTTCTCCTCCAGCTTCTTCTTT
AGACGAAGTTTCGATCTTGAAGCAGACAATGCCTATGATCGAAGCACGAGTTTCAGACAG
AGATTTGTTGATCAGGATTCATTGTGAGAAGAACAGTGGGTGTTTGATTAAGATCTTGAG
CTCATTGGAGAAGTTTCATCTTGAAGTAGTCAATAGTTTTACTTTACCCTTTGGAAGTTC
AACTCTCGTTATCACCATTCTCTTTAAGATGGACAACAAATTTTCTCGACCTATTGAAGA
TGTTGTGAAGAACATAAGACTTGCGTTAGCGGAATAGTACTTTTCATAACCATTATGTGA
ATTTCTCAGTGACTAAAACGTGTGATTTGATCTCCAACGTCAATCAGAATACTCGTTTTT
CTTGTTTTTTAAAATTAGTAGTTGGATAATAAAAGCAGAGGAATGCATGAGATGTGGGAT
GTGTCGAGTGTAATAGCTGGATTTAGTGTGTGTGTGTA


BQ
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AF RR1AB73TF U 1
AF RR1AB73JQ C 763
BS 1 870 RR1AB73TF
BS 871 1238 RR1AB73JQ

RD RR1AB73TF 870 0 0
GGAACAAAACAAAAGCATATACCTACTCCAGAAAAATAAAAGCAAGGTTGTAAAGTTGTT
TCCATAGAACTCTCTTTTAAGGCAAATGGAAGATTCAACTTTCACGGATTTGATGATCGA
TACTTATGAGTATCTGGCTGATGATTAGGAACAAGAGTTCCCGGTGATACCTGGAGAAAC
TACTGATCATCAGAGCACAAAACCGGGTTGTGAATCCGAATTCGGGTTCAGTTTGATACC
CGAGATCAGGCCAACAAAGCAAATGAAAGTCAACTCAACATCTTCCTCTTCTCTATCATC
ATCTTCTTCTTCTTGTGGTACGCTCACAGCAGCACAAGTGATCTCGTTCGGTTCTCAAGA
CCCGAAGATGAACGTGGTCGAGGCATCATTTAACTTCTCCAACGAAGCAAACATGGAACA
GAACGTGAGGTCCAAAAGAAAAGAGTGTGGTAATAATGGAGGAAAAAGAGAGCCACATCT
ATTGAAAGAACATGTTTTGGCTGAACGTAAACGTAGACAAAAGCTCAACGAACGTTTAAT
TGCTCTCTCTGCTCTTCTTCCTGGCCTCAAAAAGGCGGACAAGGCAAGTGTTCTTGAAGA
CGCGATCAAACATTTGAAGAAACTTCAAGAACGTGTAAAGAAGTTGGAGGAAGAGCGAGG
AGGAGCCATGAAAATGGATCAGTCAGTTATATTGGTGAAGAGATCTCAAGTGTATGTGGA
CGATGATTCTTCATCTTACTCTTCTACTTGCTCTGCCGCTTCTCCTCCAGCTTCTTCTTT
AGACGAAGTTTCGATCTTGAAGCAGACAATGCCTATGATCGAAGCACGAGTTTCAGACAG
AGATTTGTTGATCAGGATTCATTGTGAGAA

QA 1 870 1 870
DS 

RD RR1AB73JQ 476 0 0
TCCTCCAGCTTCTTCTTTAGACGAAGTTTCGATCTTGAAGCAGACAATGCCTATGATCGA
AGCACGAGTTTCAGACAGAGATTTGTTGATCAGGATTCATTGTGAGAAGAACAGTGGGTG
TTTGATTAAGATCTTGAGCTCATTGGAGAAGTTTCATCTTGAAGTAGTCAATAGTTTTAC
TTTACCCTTTGGAAGTTCAACTCTCGTTATCACCATTCTCTTTAAGATGGACAACAAATT
TTCTCGACCTATTGAAGATGTTGTGAAGAACATAAGACTTGCGTTAGCGGAATAGTACTT
TTCATAACCATTATGTGAATTTCTCAGTGACTAAAACGTGTGATTTGATCTCCAACGTCA
ATCAGAATACTCGTTTTTCTTGTTTTTTAAAATTAGTAGTTGGATAATAAAAGCAGAGGA
ATGCATGAGATGTGGGATGTGTCGAGTGTAATAGCTGGATTTAGTGTGTGTGTGTA

QA 1 476 1 476
DS 



AS 1 2

CO CL4801Contig1 1403 2 2 U
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CTGATGTTTCGGAGTCACTCAAGCCTGTTAAAGAATCTGTTGTCTCGATGCTTCATCTCG
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CTAAACATAACATTAAATCAACTGGGATCAAGAACTTGTCTGGTAACAAACCTAGTCGAA
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CATGTCCAATCAACGGCTCTCGTCGTCTCCGCTGACGTGTCACTAAGCAGGACCAATGCA
AAAAAATAAAAACAACAAGCCAGATGTGATGACGTCATGTGTTGCGTCCTTCTCCGTATC
TGACTGTCCGAAGCGGGAACTGATTTTACAGAGAGAGTTTAATTGCTATTTATTTTCTCA
TCAAAACATTTGTTTTTGCTGTTGTTATTATTATGAAAAAACGAATCGGACGGTGGAAAT
GTGGGGCACGATGTTAGTTCGAG


BQ
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AF RR1BB19JQ C 571
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BS 659 1403 RR1BB19JQ

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AAGATTCACGGTTGCTAGACGGTTGTGATCGTCAAGAGAACATAAACTCCTCCACCGAGA
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GACACAATGTAGCTAGCCATCTTCAGAAATTTCGGATGCATAGGAGGAATCTTCTCCC

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DS 

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CTTATCCAACGGTAAACGGTAATGCATGGGGTTGTCCGGTTGTACAACCGGTAACCGGGA
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CAGCCGTCCCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCATGTCCAATCAACGGCTCTCGTCGTCTCC
GCTGACGTGTCACTAAGCAGGACCAATGCAAAAAAATAAAAACAACAAGCCAGATGTGAT
GACGTCATGTGTTGCGTCCTTCTCCGTATCTGACTGTCCGAAGCGGGAACTGATTTTACA
GAGAGAGTTTAATTGCTATTTATTTTCTCATCAAAACATTTGTTTTTGCTGTTGTTATTA
TTATGAAAAAACGAATCGGACGGTGGAAATGTGGGGCACGATGTTAGTTCGAG

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL4802Contig1 940 2 2 U
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AAGGAATGTTTGTAAAGATCAACATGGATAGTGTTCCAATTGGTAGAAAAATCGATCTCA
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TGGATGGTAAAGGAGAATTTACTTTAACTTATGAAGACAATGAAGGGGACAAGATGCTTG
TTGGGGATGTTCCTTGGCAAATGTTCATTTCATCTGTGAAGAGGCTGCGTGTGATTAAAA
GCTTTGAGATTTCATCTGCTTTGAGATTTGGATGCAGTAAGCAGGAGAAGATGAGGAACT
AAAGAGTGGGTTATATAAACTTTCATGAGTCAGAGGGTCTCACAGATTTTTTAGTTGTAC
ATCTGGTTTTTGTTATATATAAGAGATAATCATTGGTTGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED36TF U 1
AF RR1ED36JQ C 201
BS 1 629 RR1ED36TF
BS 630 940 RR1ED36JQ

RD RR1ED36TF 629 0 0
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AAGGAATGTTTGTAAAGATCAACATGGATAGTGTTCCAATTGGTAGAAAAATCGATCTCA
ATGCTTACAATAGCTACGAACAGCTCTCTTTTGCCGTAGACAAACTCTTCAGGGGTCTAC
TCGCAGATCAAAGGGATACCTCTAGTGGT

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1ED36JQ 740 0 0
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AAAAGAACCGCCCCTGGTCCAGTGGTGGGTTGGCCACCGGTTCGTTCCTTCAGAAAGAAT
CTAGCGAGCACAAGCTCTTCAAAGCTCGGGAACGAATCCTCACACGTAAGTCACATCAAC
AAGAGTGGTGATGGTGTGAAGCAAGTCGAACCTAAGAGGGAAGGAATGTTTGTAAAGATC
AACATGGATAGTGTTCCAATTGGTAGAAAAATCGATCTCAATGCTTACAATAGCTACGAA
CAGCTCTCTTTTGCCGTAGACAAACTCTTCAGGGGTCTACTCGCAGATCAAAGGGATACC
TCTAGTGGTGAAAGAGAAGAGAAACCCATCATTGGTTTACTGGATGGTAAAGGAGAATTT
ACTTTAACTTATGAAGACAATGAAGGGGACAAGATGCTTGTTGGGGATGTTCCTTGGCAA
ATGTTCATTTCATCTGTGAAGAGGCTGCGTGTGATTAAAAGCTTTGAGATTTCATCTGCT
TTGAGATTTGGATGCAGTAAGCAGGAGAAGATGAGGAACTAAAGAGTGGGTTATATAAAC
TTTCATGAGTCAGAGGGTCTCACAGATTTTTTAGTTGTACATCTGGTTTTTGTTATATAT
AAGAGATAATCATTGGTTGT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL4803Contig1 704 2 3 U
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TGCGTAACTCCTCCGGTGGTGAGCAAAGATGTTGTGGGTGGACAAATACCGGCCGAAATC
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CATGGCTCTTCTCAAGCAGATATATGGTGCCAGTGCTGAGAAGGTGAAAGTGGAGAACAG
GGCATGGAAAGTTGATGCTGGGAGTAGAACTATTGATCTGGAGCTCACTACATTATCAAG
CACCAATCATGTGGAGCTTACTCCAAGCGATGCAGGCTTTCAGGACAGATACATCGTTCA
AGAGATCATTAAAGAAATGGCCAAGAACAGACCAATTGACACCAAAGGAAAGAAGGGCTA
CAAGGTGTTGGTACTAAATGAAGTTGACAAGCTCTCACGAGAAGCACAACATTCTCTGCG
GAGAACAATGGAGAAATATAGCTCGTCTTGCCGTCTCATCTTATGCTGTAACAGTTCTTC
AAAGGTTACTGAAGCCATTAAGTCTCGTTGTCTCAATGTGCGGATAAATGCACCTTCGCA
GAAGAGATAGTGAAAGTGTTGGAGTTCGTTGCAAGAAAGAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D696TF U 10
AF RR1EP41TF U 1
BS 1 16 RR1EP41TF
BS 17 17 RR1D696TF
BS 18 704 RR1EP41TF

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GG
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TACTAAATGAAGTTGACAAGCTC

QA 3 505 3 505
DS 

RD RR1EP41TF 704 0 0
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CACCAATCATGTGGAGCTTACTCCAAGCGATGCAGGCTTTCAGGACAGATACATCGTTCA
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CAAGGTGTTGGTACTAAATGAAGTTGACAAGCTCTCACGAGAAGCACAACATTCTCTGCG
GAGAACAATGGAGAAATATAGCTCGTCTTGCCGTCTCATCTTATGCTGTAACAGTTCTTC
AAAGGTTACTGAAGCCATTAAGTCTCGTTGTCTCAATGTGCGGATAAATGCACCTTCGCA
GAAGAGATAGTGAAAGTGTTGGAGTTCGTTGCAAGAAAGAAAGC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL4804Contig1 514 2 1 U
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TTTACAAACATCTATGAAGTTTGAATCATTCACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CF53JQ C 1
AF RR1CF53TF U 1
BS 1 514 RR1CF53TF

RD RR1CF53JQ 514 0 0
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GTAGAACAAACTCCATAACTCTCAAGGCTTATACCTTTACTCCCAGTGGTTGTTGGACAA
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TGATGCACGTCATGATGACTAGAATCCACCATGTTGGCAAAGTCTATCACTTTGGTGCTA
AGCGTCAGCTGGCTCAGAGCATTGGTCAGATTGCAAAGTTCAAGCGTAGGTTTAACGAGC
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GTTTACCTTTCCTCAAAAACCAATCTCAACAAGGCTAAGGCTTTTCATTTATGCAAGGCA
CTATGAACCTTGCTTTTGCTTTTCCTGTTTGATTTTCACAGTTCTTGAGTCTCACTGTTG
TTTACAAACATCTATGAAGTTTGAATCATTCACC

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1CF53TF 514 0 0
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GTAGAACAAACTCCATAACTCTCAAGGCTTATACCTTTACTCCCAGTGGTTGTTGGACAA
TGAAGAAGGGAATACATCCACAGATGCAATGGATCTCTTATGTGACACAGAGCGGTAGAT
TGATGCACGTCATGATGACTAGAATCCACCATGTTGGCAAAGTCTATCACTTTGGTGCTA
AGCGTCAGCTGGCTCAGAGCATTGGTCAGATTGCAAAGTTCAAGCGTAGGTTTAACGAGC
AAGAGGAAGAACCTACCCATGACAACAACATCCAGAACCAGAAGAAGTAATCCAACTCTT
GTTTACCTTTCCTCAAAAACCAATCTCAACAAGGCTAAGGCTTTTCATTTATGCAAGGCA
CTATGAACCTTGCTTTTGCTTTTCCTGTTTGATTTTCACAGTTCTTGAGTCTCACTGTTG
TTTACAAACATCTATGAAGTTTGAATCATTCACC

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 2

CO CL4805Contig1 898 2 6 U
GGTAGACAGTGGACGTGTTGGTGGTAACATGAAGAAGACACTGAGAGAAGTCATCGAGAA
GTACAAACTTGATGTTCGTATCACACCTAATCAGAACATTGTGTTATGTGATATCAAGAG
TGAGTGGAAGCAATTCATCACCACTGTGCTTGCTCAGGCTGGCCTATTGCAACCAGAGTT
TGTAGACCCTCTCAACCAAACTGCAATGGCCTGTCCAGCTTTTCCTTTGTGTCCTCTGGC
TATAACTGAGGCAGAGCGTGGGATCCCTAGCATTCTAAAGCGAGTGAGAGCAATGTTTGA
GAAGGTTGGTCTTGAGTATGAAGAATCAGTTGTGGTGAGAGTAACTGGTTGCCCTAATGG
ATGTGCTAGACCATACATGGCTGAAGTGGGTCTAGTCGGAGATGGTCCAAACAGCTATCA
GGTTTGGTTAGGAGGAACACCAAACCAGACACAGATAGCGAGGGCTTTCATGGACAAGGT
GAAGATTCAAGACTTAGAGAAGGTCTTTGAGCCATTGTTTTACAACTGGAAACTTGGGAG
ACAAGCGAAGGAATCATTTGGAGAATTCACAACCCGTATGGGATTTGAGAAACTCAAAGA
GCTGATAAGTACATACGAAGCATCTCCACAGTAAAAACAAGAAGAAGGAACTTTTTGTCT
TTTGGAATTTACCCCAAAACAAAAACAAAAGGATCTAATTCTCTTGTCGTGGTGTTACTC
TTCGGTAACATCTGACGAATAAAGATTATGTTCTCTTGTCTGTACTTTCTGTACTTCTGT
ACTTGAGTTGAGAGACCACCAAATAAACTTATAAGCATTTGGTGGTATGTTTGATTGCTG
TATGGACAAAATAATTATTTCCTTTTTTGGGAGTGGTAATGTATTTTGCTGTTTGCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CK79TF U 1
AF RR1CK79JQ C 168
BS 1 636 RR1CK79TF
BS 637 637 RR1CK79JQ
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BS 649 678 RR1CK79TF
BS 679 898 RR1CK79JQ

RD RR1CK79TF 684 0 0
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GTACAAACTTGATGTTCGTATCACACCTAATCAGAACATTGTGTTATGTGATATCAAGAG
TGAGTGGAAGCAATTCATCACCACTGTGCTTGCTCAGGCTGGCCTATTGCAACCAGAGTT
TGTAGACCCTCTCAACCAAACTGCAATGGCCTGTCCAGCTTTTCCTTTGTGTCCTCTGGC
TATAACTGAGGCAGAGCGTGGGATCCCTAGCATTCTAAAGCGAGTGAGAGCAATGTTTGA
GAAGGTTGGTCTTGAGTATGAAGAATCAGTTGTGGTGAGAGTAACTGGTTGCCCTAATGG
ATGTGCTAGACCATACATGGCTGAAGTGGGTCTAGTCGGAGATGGTCCAAACAGCTATCA
GGTTTGGTTAGGAGGAACACCAAACCAGACACAGATAGCGAGGGCTTTCATGGACAAGGT
GAAGATTCAAGACTTAGAGAAGGTCTTTGAGCCATTGTTTTACAACTGGAAACTTGGGAG
ACAAGCGAAGGAATCATTTGGAGAATTCACAACCCGTATGGGATTTGAGAAACTCAAAGA
GCTGATAAGTACATACGAAGCATCTCCACAGTAAAA*CAAGAAGAAG*AACTTTTTGTCT
TTTGGAATTTACCCCAAA
CAAAAC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1CK79JQ 731 0 0
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GAGCAATGTTTGAGAAGGTTGGTCTTGAGTATGAAGAATCAGTTGTGGTGAGAGTAACTG
GTTGCCCTAATGGATGTGCTAGACCATACATGGCTGAAGTGGGTCTAGTCGGAGATGGTC
CAAACAGCTATCAGGTTTGGTTAGGAGGAACACCAAACCAGACACAGATAGCGAGGGCTT
TCATGGACAAGGTGAAGATTCAAGACTTAGAGAAGGTCTTTGAGCCATTGTTTTACAACT
GGAAACTTGGGAGACAAGCGAAGGAATCATTTGGAGAATTCACAACCCGTATGGGATTTG
AGAAACTCAAGGAGCTGATAAGTACATACGAAGCATCTCCACAGTAAAAACAAGAAGAAG
GAACTTTTTGTCTTTTGGAATTTACCCCAAAACAAAAACAAAAGGATCTAATTCTCTTGT
CGTGGTGTTACTCTTCGGTAACATCTGACGAATAAAGATTATGTTCTCTTGTCTGTACTT
TCTGTACTTCTGTACTTGAGTTGAGAGACCACCAAATAAACTTATAAGCATTTGGTGGTA
TGTTTGATTGCTGTATGGACAAAATAATTATTTCCTTTTTTGGGAGTGGTAATGTATTTT
GCTGTTTGCTC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL4806Contig1 1053 2 2 U
GGAGCGTGAGTGTTGCTTCGCTTCTCCAGGGCGACTTCCGTTGCGCAGCCGATCTTTCGT
CTCTTTCGTCGTGCGACGCCAGTAACCGATCGTCTTTAAGCCCTCATAAATAGATCACCC
ACGATCTAGATTGAATGCTAGATTTTTGTTTCCCAAGGCGGTGGAGTCGAGTATATGAAG
GCACCTAAGATGCCCCTTCAAATCGTCCACTTTAATATTGCTTGCGTTGTTTCTCAAACA
AGTTCCCTCATCATGGCAATTTTCCAGCTTCAACCGAAACCGATGGAGAGTTTCAGATTC
TGGGATTATGAACAACTGATTGTACTGGCCAACACGAATACTGATTGTCCAGGTTCTCTC
TCATCACTTCTTTGGGTAATATCATAAAGTTTCGATTTTTATTTGATGGTGTCCATGTAT
TTGTGAAATTTGAGCTCCTGGATTTGATTTTGAATGTAGGAGATGTAACGTGTATGGCCA
CAACACCGTTTGATATGCAGGTAGAAGCTTGGCCAAGGAAGATGGGATTGTTGCTGGAAT
TCCTCTTGCTGAGATGATATTTGAAGAAGTTGATCTCTCTTTGAAGGTTGAATGGATGCG
CAAGGATAGAGATTATGTTCATAAAGGGTTCTTGAGACAAAAAAAAACTGCTTCTGGTTT
GAGATTAGTAGATAAATGAGCGCTATTTGTTGAGACAGCCAATGCTTTTTACGAGGGAGT
AAAGCAAAAAGATCATTGATGCGTAAATGCTTTGTAATCCTTTTTCCAAGATAGTTGAAA
TGTTTTCTTTCTTCTACAGAAACTGTAGATGCTCGAAGAAGTTTCACTGCAAGGACAAAA
GTAAGGCCAAACCATAAGATATTCTAGAGATGGTTGTTTAGTATATTTATGAAATTTTGA
TTTTGTTTCTTACCTTGGTCTCTCCCGTATGCAGTTGTTGCCTATCTATACTTAAATGTA
AAAACTTCAGTCCCATGGTTTTGTTTGTGTTCTGATTTTGTCACTATGTTCGGATGTACA
TCTTTTGATGTTCTTTAAACTGTAAAATAATAA


BQ
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AF RR1B311TF U 1
AF RR1B311JQ C 251
BS 1 764 RR1B311TF
BS 765 1053 RR1B311JQ

RD RR1B311TF 764 0 0
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CTCTTTCGTCGTGCGACGCCAGTAACCGATCGTCTTTAAGCCCTCATAAATAGATCACCC
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GCACCTAAGATGCCCCTTCAAATCGTCCACTTTAATATTGCTTGCGTTGTTTCTCAAACA
AGTTCCCTCATCATGGCAATTTTCCAGCTTCAACCGAAACCGATGGAGAGTTTCAGATTC
TGGGATTATGAACAACTGATTGTACTGGCCAACACGAATACTGATTGTCCAGGTTCTCTC
TCATCACTTCTTTGGGTAATATCATAAAGTTTCGATTTTTATTTGATGGTGTCCATGTAT
TTGTGAAATTTGAGCTCCTGGATTTGATTTTGAATGTAGGAGATGTAACGTGTATGGCCA
CAACACCGTTTGATATGCAGGTAGAAGCTTGGCCAAGGAAGATGGGATTGTTGCTGGAAT
TCCTCTTGCTGAGATGATATTTGAAGAAGTTGATCTCTCTTTGAAGGTTGAATGGATGCG
CAAGGATAGAGATTATGTTCATAAAGGGTTCTTGAGACAAAAAAAAACTGCTTCTGGTTT
GAGATTAGTAGATAAATGAGCGCTATTTGTTGAGACAGCCAATGCTTTTTACGAGGGAGT
AAAGCAAAAAGATCATTGATGCGTAAATGCTTTGTAATCCTTTT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1B311JQ 803 0 0
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AACAACTGATTGTACTGGCCAACACGAATACTGATTGTCCAGGTTCTCTCTCATCACTTC
TTTGGGTAATATCATAAAGTTTCGATTTTTATTTGATGGTGTCCATGTATTTGTGAAATT
TGAGCTCCTGGATTTGATTTTGAATGTAGGAGATGTAACGTGTATGGCCACAACACCGTT
TGATATGCAGGTAGAAGCTTGGCCAAGGAAGATGGGATTGTTGCTGGAATTCCTCTTGCT
GAGATGATATTTGAAGAAGTTGATCTCTCTTTGAAGGTTGAATGGATGCGCAAGGATAGA
GATTATGTTCATAAAGGGTTCTTGAGACAAAAAAAAACTGCTTCTGGTTTGAGATTAGTA
GATAAATGAGCGCTATTTGTTGAGACAGCCAATGCTTTTTACGAGGGAGTAAAGCAAAAA
GATCATTGATGCGTAAATGCTTTGTAATCCTTTTTCCAAGATAGTTGAAATGTTTTCTTT
CTTCTACAGAAACTGTAGATGCTCGAAGAAGTTTCACTGCAAGGACAAAAGTAAGGCCAA
ACCATAAGATATTCTAGAGATGGTTGTTTAGTATATTTATGAAATTTTGATTTTGTTTCT
TACCTTGGTCTCTCCCGTATGCAGTTGTTGCCTATCTATACTTAAATGTAAAAACTTCAG
TCCCATGGTTTTGTTTGTGTTCTGATTTTGTCACTATGTTCGGATGTACATCTTTTGATG
TTCTTTAAACTGTAAAATAATAA

QA 1 803 1 803
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4808Contig1 968 2 2 U
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GAGAATGGCTGCAACTAGAAGTTACCAAGAATTTGAGCCTGCAACTAGATGGACCTCTGA
ACCAGACGCCGAGATCCTTGTCGTTGATCTTCCAGGATTCAAGAAAGAACAAGTTAAGGT
GGCGGTAACCACAACAAGGAAGCTAAGACTAACAGGAGAACGTCCAACTGGTGGAAACAA
ATGGATTCGTTTCCGCCAGGAAGTTCCCATTCCTATGACCGTTGATATTGACTCGGTTTC
AGCTATGTTCAAGGATAACAAACTCTACATCCGACATTCCAAAGTCAAGACAGAAATCCC
TCAGACTAAGCCACCACCACCACCACCGGTGGTCACGAAACCACATGATCAACATGACGC
AAAACAAGGCCAGGGCTCTAAAGCAGCAACGGTCGAGAAGCCTAACGGTGCCAAGATAGA
AAGCCCTCAAACTAAGCCACCATCACCTGCCAAACCACCGGTGATGACGAAACCACATGA
TCAACATGAGGCTAAACAAGGCCTGGTTTCTAAAGCAACAACGGCCGAGAAGCCTAACGG
TGGTAAAACCGAAGAGCCGAAGCATGAAGCACAGCAAAAAGCAGGGGAAATACAGAATGA
CAACAAGGAACTAATTGGTGAGCCTAAAGGACCCTTGAGTTCCAAGGATGAGGACAAAGA
CAAAGTTGGAGCTAAATTGTTTGAGAAGTACAAAGAGGCAACTGGAAATGTGGTAAAGGA
AGCTAAAAGCAAAAGACAGTTGCTTTGCAATTTGGCTGCTTCGATTACATTGGTTTTGCT
AATCCTACTCTATGCTAGAAATGCAGTACGTTCATCCCTTGTGTGGAACTTTGAGGAATG
AGTGACCCTTCACATTTGCGGCTTACGATGTATATGTTTGCTCATGCAGAAAATAAATAA
TGTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP30TF U 1
AF RR1CP30JQ C 380
BS 1 639 RR1CP30TF
BS 640 968 RR1CP30JQ

RD RR1CP30TF 639 0 0
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TCAGACTAAGCCACCACCACCACCACCGGTGGTCACGAAACCACATGATCAACATGACGC
AAAACAAGGCCAGGGCTCTAAAGCAGCAACGGTCGAGAAGCCTAACGGTGCCAAGATAGA
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TGGTAAAACCGAAGAGCCGAAGCATGAAGCACAGCAAAA

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1CP30JQ 589 0 0
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AAGCATGAAGCACAGCAAAAAGCAGGGGAAATACAGAATGACAACAAGGAACTAATTGGT
GAGCCTAAAGGACCCTTGAGTTCCAAGGATGAGGACAAAGACAAAGTTGGAGCTAAATTG
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TTGCTTTGCAATTTGGCTGCTTCGATTACATTGGTTTTGCTAATCCTACTCTATGCTAGA
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GGCTTACGATGTATATGTTTGCTCATGCAGAAAATAAATAATGTTTGAT

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

CO CL4809Contig1 606 2 3 U
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AAAGTTTGCAGGTTGTTGTTTTTCAAAACGATTTCTTTATATATATCACATAAAACCCCC
AAAGAATTTAAAAAAAAAAACAGTTTCTTTTTTTGTAAGCGGTATTTAATCGAATAGTTG
GTGTGCATAGTTACCGAAAAAACATCGAGACAAAAACAGGGAAAGGCAAAAAGTAAAGAC
TAAAGAGTAGTATGAGGCGCGAGAAAAAGGAAGTAAAAAAATGGTAAAAGTATGAAACAT
ACCTAAACAAACATCGATGGAAAAAAAGCAAAAACAGAGGTTCGCTGTTAGTTTGAAGTT
TAAAAAATAACTTATGTGTTAAGGAGCTAACACGTTATCGTTTTAGGTGTTCTTGGTTGG
AAAAGGTGCTGCAACTGAACTAACCGCCCCTTGTAAAGTAATTCGTTAATTTGATATATG
AAAGTGTTGTGAACTATTAGCTCAAGATATATAAATCTGTATTTATATATTATATTTTTG
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TCTCCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1H856JQ U 4
AF RR1H856TF C 1
BS 1 3 RR1H856TF
BS 4 554 RR1H856JQ
BS 555 606 RR1H856TF

RD RR1H856JQ 553 0 0
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GTTTGCAGGTTGTTGTTTTTCAAAACGATTTCTTTATATATATCACATAAAACCCCCAAA
GAATTTAAAAAAAAAAACAGTTTCTTTTTTTGTAAGCGGTATTTAATCGAATAGTTGGTG
TGCATAGTTACCGAAAAAACATCGAGACAAAAACAGGGAAAGGCAAAAAGTAAAGACTAA
AGAGTAGTATGAGGCGCGAGAAAAAGGAAGTAAAAAAATGGTAAAAGTATGAAACATACC
TAAACAAACATCGATGGAAAAAAAGCAAAAACAGAGGTTCGCTGTTAGTTTGAAGTTTAA
AAAATAACTTATGTGTTAAGGAGCTAACACGTTATCGTTTTAGGTGTTCTTGGTTGGAAA
AGGTGCTGCAACTGAACTAACCGCCCCTTGTAAAGTAATTCGTTAATTTGATATATGAAA
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ATAAAATAAAA
AA

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1H856TF 606 0 0
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AAAGTTTGCAGGTTGTTGTTTTTCAAAACGATTTCTTTATATATATCACATAAAACCCCC
AAAGAATTTAAAAAAAAAAACAGTTTCTTTTTTTGTAAGCGGTATTTAATCGAATAGTTG
GTGTGCATAGTTACCGAAGAGACATCGAGACAAAAACAGGGAAAGGCAGAAAGTAAAGAC
TAAAGAGTAGTATGAGGCGCGAGAGAGAGGAAGTAAAAGAATGGTAAGAGTATGAGACAT
ACCTAAACAAACATCGATGGAGAAGAAGCAGAGACAGAGGTTCGCTGTTAGTTTGAAGTT
TAAAAGATAACTTATGTGTTAAGGAGCTAACACGTTATCGTTTTAGGTGTTCTTGGTTGG
AAAAGGTGCTGCAACTGAACTAACCGCCCCTTGTAAAGTAATTCGTTAATTTGATATATG
AAAGTGTTGTGAACTATTAGCTCAAGATATATAAATCTGTATTTATATATTATATTTTTG
TTTATAAAATAAAAGAGGAGATGGTGGACGAGAGTGAGAGGAGAAGATGTTGATTGTTAT
TCTCCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL4810Contig1 667 2 4 U
GGAGGATCAAATCAAGATCCAAGAAAGATGAGAACCCAACTCATCTTTCTACTCATCTCT
CTCTTAGCCTTGAACTCTGAATCACTAAACTGCTATGAAAATAACCCACGAGGCCATCCC
TCAGATCTAAGAGTGTTCCATATTAGCAGCCCTTGCTGTCCATTCAAACAACCAAACACT
GTCTCATGGGAAACAACACTCCTTAAAGACAAGGCTCGTCTCCAGTACTTGTCAAGCCTC
GCCGTAAAATCTTCGGTCCCAATCGCCTTGGGACGTGCCATCGTTCAGAGCCCGACTTAT
ATCGTGAGGGCTAATATTGGGACACCGGCTCAGCCCATGCTCGCGGCTCTTGACACTAGC
AATGACGCTGCTTGGGTTCCTTGTTCTGGCTGTGTTGGCTGTGCCTCTTCTGTTCTCTTT
GACCCTTCCAAATCAAACTCTTCCCGCACTCTTCAATGCGAAGCTCCTCAGTGTAAACAG
GCTCCAAACCCAACGTGCACCGTAGGCAAATCATGTGGTTTCAATATGACTTATGGTGGA
TCAGCAATCACAGCATCTCTGACACAAGATACACTAACACTAGCCGATGACGTCATCCCA
AACTACACCTTTGGGTGCATCAACCAAGCCACTGGAACATCGTTGCCAGCGCAAGGACTC
ATGGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL36TF U 1
AF RR1DN24TF U 82
BS 1 343 RR1EL36TF
BS 344 344 RR1DN24TF
BS 345 563 RR1EL36TF
BS 564 667 RR1DN24TF

RD RR1EL36TF 563 0 0
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CTCTTAGCCTTGAACTCTGAATCACTAAACTGCTATGAAAATAACCCACGAGGCCATCCC
TCAGATCTAAGAGTGTTCCATATTAGCAGCCCTTGCTGTCCATTCAAACAACCAAACACT
GTCTCATGGGAAACAACACTCCTTAAAGACAAGGCTCGTCTCCAGTACTTGTCAAGCCTC
GCCGTAAAATCTTCGGTCCCAATCGCCTTGGGACGTGCCATCGTTCAGAGCCCGACTTAT
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AATGACGCTGCTTGGGTTCCTTGTTCTGGCTGTGTTGGCTGTGCCTCTTCTGTTCTCTTT
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TCAGCAATCACAGCATCTCTGAC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1DN24TF 586 0 0
G
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TTAGCAGCCCTTGCTGTCCATTCAAACAACCAAACACTGTCTCATGGGAAACAACACTCC
TTAAAGACAAGGCTCGTCTCCAGTACTTGTCAAGCCTCGCCGTAAAATCTTCGGTCCCAA
TCGCCTTGGGACGTGCCATCGTTCAGAGCCCGACTTATATCGTGAGGGCTAATATTGGGA
CACCGGCTCAGCCCATGCTCGCGGCTCTTGACACTAGCAATGACGCTGCTTGGGTTCCTT
GTTCTGGCTGTGTTGGCTGTGCCTCTTCTGTTCTCTTTGACCCTTCCAAATCAAACTCTT
CCCGCACTCTTCAATGCGAAGCTCCTCAGTGTAAACAGGCTCCAAACCCAACGTGCACCG
TAGGCAAATCATGTGGTTTCAATATGACTTATGGTGGATCAGCAATCACAGCATCTCTGA
CACAAGATACACTAACACTAGCCGATGACGTCATCCCAAACTACACCTTTGGGTGCATCA
ACCAAGCCACTGGAACATCGTTGCCAGCGCAAGGACTCATGGGTT

QA 2 586 2 586
DS 



AS 1 2

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TGGATTGGTGAGATTTCTGGAATCTTCTAGATTTCTTTCTCCTTGTCTGAATCAGAGAGT
CAACAATGGTAGGGGGACTTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTGTGATGAGCTGCAGAAGAAG
AAGATTAAGCAGTGTTGTTCGTCAAGCTTAGTAGCAAGTCCTGCAGGAGAGATAACCCTC
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CTTAGGGACCTTGATGATGATGATGTGAAGAAACCACAGGATATCGTTCTCCCTGGTACA
GGGACTGGGAGTTTGAGTTTGTTGGGTGAAGCTTATGATCGTTGCGGTGAAGTTTGTGCT
GAATATGCTAAAACTTTTTATCTCGGATGAAGACATATTCGCTGGAAAATTCACTGATAA
ATGGAGAAACTTCATGAAAATGCAGCTCAAGCGAGCAAGAATGTTCTTTGATGAAGCTGA
GAAAGGTGTTACCGAGCTTGACGCAGCTAGCAGATGGCCCGTATGGGCATCGCTCCTATT
GTACAGGAGGATATTGGACGAGATTGAAGCGAATGATTACAACAACTTTACAAAGAGAGC
TTATGTAGGGAAAGCCAAGAAAATTGCAGCGTTGCCATTAGCTTATGCTAAATCAGTACT
CAAGGCTTCAAGTTCAAGATGAAATGAGCGAAGCAAGAAGAACCAATCTAAGAGTGTTTT
GTGATAAAAAAGTAAAAAATAGGGTCGAATTTATAATGTTAACTAATATTTGCATATAAT
GGGGAAAATAAATTCTTATGGTGTTT


BQ
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AF RR1C146TF U 1
AF RR1C146JQ C 290
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BS 726 726 RR1C146JQ
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BS 777 785 RR1C146TF
BS 786 1046 RR1C146JQ

RD RR1C146TF 785 0 0
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TTTGGGTTTCTCCGCAAAGTTTTTGGATTTTGATTCTTCCAAGTGAAGAAACAGAGTAGA
CAAAAAAAAAAGTTAGATTTTTTTTCCATCTCCGTGTGTGTCAAGAACCTGAGTTATGTC
TTCTGTAGCAGTGTTATGGGTTGCAGCTTCTTCTCCTAATCCAGACCCAATGACCAATTG
TGGATTGGTGAGATTTCTGGAATCTTCTAGATTTCTTTCTCCTTGTCTGAATCAGAGAGT
CAACAATGGTAGGGGGACTTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTGTGATGAGCTGCAGAAGAAG
AAGATTAAGCAGTGTTGTTCGTCAAGCTTAGTAGCAAGTCCTGCAGGAGAGATAACCCTC
TCATCCGAAGAGAAGGTTTACAATGTTGTGCTGAAACAAGCAGCTTTGGTGAACAAACAG
CTTAGGGACCTTGATGATGATGATGTGAAGAAACCACAGGATATCGTTCTCCCTGGTACA
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ATGGAGAAACTTCATGAAAATGCAGCTCAAGCGAGCAAGAATGTTCTTTGATGAAGCTGA
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GTACA

QA 1 785 1 785
DS 

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TGAACAAACAGCTTAGGGACCTTGATGATGATGATGTGAAGAAACCACAGGATATCGTTC
TCCCTGGTACAGGGACTGGGAGTTTGAGTTTGTTGGGTGAAGCTTATGATCGTTGCGGTG
AAGTTTGTGCTGAATATGCTAAAACTTTTTATCTCGGATGAAGACATATTCGCTGGAAAA
TTCACTGATAAATGGAGAAACTTCATGAAAATGCAGCTCAAGCGAGCAAGAATGTTCTTT
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ACAAAGAGAGCTTATGTAGGGAAAGCCAAGAAAATTGCAGCGTTGCCATTAGCTTATGCT
AAATCAGTACTCAAGGCTTCAAGTTCAAGATGAAATGAGCGAAGCAAGAAGAACCAATCT
AAGAGTGTTTTGTGATAAAAAAGTAAAAAATAGGGTCGAATTTATAATGTTAACTAATAT
TTGCATATAATGGGGAAAATAAATTCTTATGGTGTTT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

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CCTTCTATCTCTCTCTCTGTCTCTATGGCTTCCTCTCTCACTGCCCAAATATCATGTGGC
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GCCGTCTCCTTCTCCCACCGCGTCCATTCCTCAATCCGTCTCGTTTCCTCCTCGCACCGG
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AAGTGTAACGGGACTAAAGACTCCATCACCAAGCTTGTCTCCGACCTCAACAGTGCATCC
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AAGAAGAATGTTTCTGAGGAAGTTGCTTCCAAAACGAGAATCATATACGGAGGTTCTGTC
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GATGAGATGAGAAATAAAAGAGAGGTTTGGCGAGCTTTCTTCTTGTTGTCTTCTTCTTTG
TTCTTGAACTAATAAATAGAAAAACAAAACTTGTTTTATGAGCTATTGGTTTTGAAGAGA
GTTCGGCACTGCAACAGTGAGAAAAAGGGTCTTTGATTAAAGCATCTTTC


BQ
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AF RR1FG31TF U 1
AF RR1AR38TF U 470
BS 1 673 RR1FG31TF
BS 674 674 RR1AR38TF
BS 675 708 RR1FG31TF
BS 709 709 RR1AR38TF
BS 710 735 RR1FG31TF
BS 736 1250 RR1AR38TF

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CCTTCTATCTCTCTCTCTGTCTCTATGGCTTCCTCTCTCACTGCCCAAATATCATGTGGC
ACTCAGCCCTCTGCCCCTTCTTTCTCCGGCCTCCGCCGCACATGTCCCATGCTCGACGCC
GCCGTCTCCTTCTCCCACCGCGTCCATTCCTCAATCCGTCTCGTTTCCTCCTCGCACCGG
TCGCCTAGAGGCGTCGTCGCCATGGCCGGATCCGGCAAGTTTTTCGTTGGAGGAAACTGG
AAGTGTAACGGGACTAAAGACTCCATCACCAAGCTTGTCTCCGACCTCAACAGTGCATCC
TTGGAAGCTGATGTAGATGTTGTCGTGTCGCCTCCCTTTGTGTACATCGACCAAGTCAAA
TCTTCCTTGTCAGACCGTATTGAAATATCTGGTCAGAACTCTTGGGTTGGGAAAGGTGGA
GCCTTCACCGGTGAAATCAGCGTGGAACAGCTCAAAGACATTGGATGCAAATGGGTCATT
CTTGGACACTCCGAAAGGAGACATGTCATCGGTGAAGTTGATGAGTTTATTGGGAAGAAA
GCTGCGTATGCATTGAGTGAGGGTCTTGGAGTAATAGCTTGTATCGGGGAGAAGCTAGAA
GAGAGGGAAGCAG*CAAGACTTTTGATGTTTGCTTCCAGCAATTGAAG*CCTTTGCTGAT
GCTGTGCCTAGCTGG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1AR38TF 781 0 0
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AATGGGTCATTCTTGGACACTCCGAAAGGAGACATGTCATCGGTGAAGTTGATGAGTTTA
TTGGGAAGAAAGCTGCGTATGCATTGAGTGAGGGTCTTGGAGTAATAGCTTGTATCGGGG
AGAAGCTAGAAGAGAGGGAAGCAGGCAAGACTTTTGATGTTTGCTTCCAGCAATTGAAGG
CCTTTGCTGATGCTGTGCCTAGCTGGGACAAGGTAGTGGTTGCATACGAGCCAGTATGGG
CAATTGGAACTGGTAAAGTTGCATCTCCTCAGCAAGCACAGGAAGTCCATGTAGCTGTCC
GTGATTGGCTCAAGAAGAATGTTTCTGAGGAAGTTGCTTCCAAAACGAGAATCATATACG
GAGGTTCTGTCAACGGAGGCAACTGTGCAGAGCTTGCTAAAGAAGAAGACATTGATGGAT
TTCTCGTCGGTGGTGCCTCCTTGAAGGGGCCTGAGTTTGCGACCATTGTGAACTCTGTCA
CGTCCAAGAAAGTTGCTGCTTGATTTGACAACTATCAGTCACGGAAAATCGCACCTCTCC
GGTGAACAAAAGATGAGATGAGAAATAAAAGAGAGGTTTGGCGAGCTTTCTTCTTGTTGT
CTTCTTCTTTGTTCTTGAACTAATAAATAGAAAAACAAAACTTGTTTTATGAGCTATTGG
TTTTGAAGAGAGTTCGGCACTGCAACAGTGAGAAAAAGGGTCTTTGATTAAAGCATCTTT
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL4813Contig1 1352 2 2 U
GGCCATTTGAGCTTCTATCGTTTGCGGCGTGTTATGAACCCTAGTCCTTGTGTAGACACG
CAAAGAGAGATGTCGGAAGAAGAAGCTAACCTCGACGTGAATCCAACGAAAACCAAGGAC
ATACGAAACTACCTCTGCCAGTACTGCGGAATCAGCAGATCGAAGAAGTATCTCATCACT
TCACACATCGAATCTCATCATAAGATGGAAGCCGAAGAGGAAAGAAACGAGGAAGCTTGT
GAGGATGAAGAAGAAGAGATCTCTGGTAAAAAACACACTTGCCAAGAGTGTGGTGCTGAG
TTTAAGAAACCTGCTCACTTGAAGCAGCATATGCAAAGCCACTCCCTTGAGAGACCTTTC
GCTTGTTGTGTGGATGATTGTACTGCGAGTTACAGGAGAAAAGATCATCTCAATAGACAT
CTCTTGACCCATAAAGGGAAGCTGTTCAAGTGTCCAGTTGAGAATTGCAAGAGTGAGTTC
TCAGTACATGGCAATATCAGTAAGCATGTCAAGAAGTTTCATACTGACAGCGATAGTAAC
AAGGCTGACGCTGTTGTTGGAGATTCTCAACCCTCGGAATCTTCTTCTGGTCAGAAGATG
CTTGTCTGCAAAGAAGTTGGTTGTGGAAAAGCTTTCAAGTATCCTTCACAGCTCCAGAAG
CATGAGGATTCTCATGTGAAATTGGACTCTGTGGAGGCTTTTTGTTCCGAGATTGGGTGT
ATGAAGTACTTTACAAACGAGGAATGTCTCAAGGCACACATAAGATCCTGCCATCAGCAC
GTCAACTGTGAGATATGTGGTTCTAAGTATTTAAAGAAAAACATCAAGAGACATCTACGG
ACTCATGACGAAGATTCATCATCACCAGGAGAGTTCAAGTGTGAAGTGGAGGGTTGTTCT
TCCACATTCTCAAAGCCTTTTAATCTTCAGAAACACTTGAAAGCAGTGCACGAGGATATC
CGACCCTTTGTATGTGGCTTTCCAGGTTGTGGCATGAGATTTGCTTACAAACACGTCAGA
AACAACCATGAGAATTCTGGCAGCCACATATATACCTGCGGTGATTTTGTTGAAGCGGAT
GAAGATTTCACCTTGAGACCTAGAGGTGGACTAAAGAGAAAGCAAGTTACAGCGGAAATG
CTTGTAAGGAAGAGAGTCATGCCCCCTCAGTTTGATTCAGAAGAACACGAGACTTGCTAG
TTTTTACAAGTACGAGGCATTAGGCAGATGGTCTTCCATGTGTTATGTGTAAAGTCTGTT
TGTTTGTTTTTGTTAGTGTAGAAGAAAATATATTACGGCAGTAGTAATAGTAAGAATGTA
ATATTTTATGAACCCAACTCGGAGAGCTTGTT


BQ
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BS 733 1352 RR1FP56JQ

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GAGGATGAAGAAGAAGAGATCTCTGGTAAAAAACACACTTGCCAAGAGTGTGGTGCTGAG
TTTAAGAAACCTGCTCACTTGAAGCAGCATATGCAAAGCCACTCCCTTGAGAGACCTTTC
GCTTGTTGTGTGGATGATTGTACTGCGAGTTACAGGAGAAAAGATCATCTCAATAGACAT
CTCTTGACCCATAAAGGGAAGCTGTTCAAGTGTCCAGTTGAGAATTGCAAGAGTGAGTTC
TCAGTACATGGCAATATCAGTAAGCATGTCAAGAAGTTTCATACTGACAGCGATAGTAAC
AAGGCTGACGCTGTTGTTGGAGATTCTCAACCCTCGGAATCTTCTTCTGGTCAGAAGATG
CTTGTCTGCAAAGAAGTTGGTTGTGGAAAAGCTTTCAAGTATCCTTCACAGCTCCAGAAG
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ATGAAGTACTTT

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DS 

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AGAGACATCTACGGACTCATGACGAAGATTCATCATCACCAGGAGAGTTCAAGTGTGAAG
TGGAGGGTTGTTCTTCCACATTCTCAAAGCCTTTTAATCTTCAGAAACACTTGAAAGCAG
TGCACGAGGATATCCGACCCTTTGTATGTGGCTTTCCAGGTTGTGGCATGAGATTTGCTT
ACAAACACGTCAGAAACAACCATGAGAATTCTGGCAGCCACATATATACCTGCGGTGATT
TTGTTGAAGCGGATGAAGATTTCACCTTGAGACCTAGAGGTGGACTAAAGAGAAAGCAAG
TTACAGCGGAAATGCTTGTAAGGAAGAGAGTCATGCCCCCTCAGTTTGATTCAGAAGAAC
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ATAGTAAGAATGTAATATTTTATGAACCCAACTCGGAGAGCTTGTT

QA 1 706 1 706
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CACAGGCGAAGGCACTAGGGACAACGAAGGCCACGGTTCACACACAGCGTCTACAGCTGC
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CGTTCCAGCCGCAAGAATTGCTGCTTATAAAGTCTGCATCCCGACAGGGTGTACCTCACA
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CCTTGGGGATGACCAAGTCAACCCGTATGAAAAGGACCCCATTGCAATCGGAGCTTTTCA
TGCTATGGCCAAAGGGATTATCACTGTGAATTCAGCCGGCAACAGCGGTCCAGATCCCAA
CACGGTCGGCAGCGTTGCGCCGTGGATATTATCTGTTGCAGCCAGCACCATGAACCGTGA
GTTTCTGACAAAAGTTGTTCTCCGAAATGGAAAGACATTTGTGGTAAGTATCAAGTAACA
TTCTCATTCATATCATAGTAAAAGGAGTCTCCGGTGTGGATCGTAACTGACGCTAGAATT
TCAAGCGATCAGATATCATCGGAAATCTGACGCTGCGTCTAGTTTAATTAACACCGGTTT
CAATGGTTCTCTGCAATCTTGCTTTTAAAACAACATAAATTACACGGTTTTTGGAGACGC
TGCGTTTATCAAAAGAACAGGGCTTTTGTCTCTTTCAGACTTTTGTTTTTGTCCTTAACA
GGGGAAATCAGTGAACGCTTTTGATCTCAAAGGAAAGGACTATCCTCTTGTCACAGGAGG
AACTCTGCGCGAGGGAAAAATATTTGTGAGCGGATATCCATTTAGTGATGCAACAGCTGT
TGCAACCGTAGTAGAAGACAACAAAAACTACGCCTCCATTAGCCCTCGTCCCCTCTCTGC
TCTATTACTAGATGACTTTGAGATTCTCCTCTCTTACATTAACTCCACAAAGTAACAAAC
GATCTTTTCTCTGTTTTATATTTTCTTAAGAGTCTCCTTCTTTGTCCAGACATGTGTGTG
TTTGTTTTCCTCAGGTCCCCACAAGGCACTGTTCTTAAAACTGAGGCAGTCTTTCATCAG
AGAGCTCCTAAAGTTGCTTCGTTTTCTTCTCGTGGTCCAAACACCGTCGCTGTTGATCTT
CTAAAGGTATCATATCTTCTTCTTTTTTTTAATATTTATTGGCATTTTAAAACAAGTTTA
ACAGAAAATGTTTGATTGAAATGTAGCCGGATATAACAGCACCAGGAGTGGAGATTCTCG
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TTGTATCTGGAACTTCAATGTCTTGTCCACACGTTGCTGGCTTGGCTGCATACATCAAGA
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BQ
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AF RR1BI55TF U 1
AF RR1BI55JQ C 628
BS 1 736 RR1BI55TF
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RD RR1BI55TF 736 0 0
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CCTTGGGGATGACCAAGTCAACCCGTATGAAAAGGACCCCATTGCAATCGGAGCTTTTCA
TGCTATGGCCAAAGGGATTATCACTGTGAATTCAGCCGGCAACAGCGGTCCAGATCCCAA
CACGGTCGGCAGCGTTGCGCCGTGGATATTATCTGTTGCAGCCAGCACCATGAACCGTGA
GTTTCTGACAAAAGTTGTTCTCCGAAATGGAAAGACATTTGTGGTAAGTATCAAGTAACA
TTCTCATTCATATCATAGTAAAAGGAGTCTCCGGTGTGGATCGTAACTGACGCTAGAATT
TCAAGCGATCAGATATCATCGGAAATCTGACGCTGCGTCTAGTTTAATTAACACCGGTTT
CAATGGTTCTCTGCAATCTTGCTTTTAAAACAACATAAATTACACGGTTTTTGGAGACGC
TGCGTTTATCAAAAGA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1BI55JQ 894 0 0
TGACGCTGCGTCTAGTTTAATTAACACCGGTTTCAATGGTTCTCTGCAATCTTGCTTTTA
AAACAACATAAATTACACGGTTTTTGGAGACGCTGCGTTTATCAAAAGAACAGGGCTTTT
GTCTCTTTCAGACTTTTGTTTTTGTCCTTAACAGGGGAAATCAGTGAACGCTTTTGATCT
CAAAGGAAAGGACTATCCTCTTGTCACAGGAGGAACTCTGCGCGAGGGAAAAATATTTGT
GAGCGGATATCCATTTAGTGATGCAACAGCTGTTGCAACCGTAGTAGAAGACAACAAAAA
CTACGCCTCCATTAGCCCTCGTCCCCTCTCTGCTCTATTACTAGATGACTTTGAGATTCT
CCTCTCTTACATTAACTCCACAAAGTAACAAACGATCTTTTCTCTGTTTTATATTTTCTT
AAGAGTCTCCTTCTTTGTCCAGACATGTGTGTGTTTGTTTTCCTCAGGTCCCCACAAGGC
ACTGTTCTTAAAACTGAGGCAGTCTTTCATCAGAGAGCTCCTAAAGTTGCTTCGTTTTCT
TCTCGTGGTCCAAACACCGTCGCTGTTGATCTTCTAAAGGTATCATATCTTCTTCTTTTT
TTTAATATTTATTGGCATTTTAAAACAAGTTTAACAGAAAATGTTTGATTGAAATGTAGC
CGGATATAACAGCACCAGGAGTGGAGATTCTCGCTGCGTATTCACCTCTGAGTCCACCAT
CTGTAGGAGACCAGAGACGTGTGAATTACTCTGTTGTATCTGGAACTTCAATGTCTTGTC
CACACGTTGCTGGCTTGGCTGCATACATCAAGACTTTTCATCCTGAGTGGTCTCCATCCA
TGATCCAATCTGCCATCATGACAACCGGTACTCAAAATTTGAGATCCATTTATC

QA 1 894 1 894
DS 



AS 1 2

CO CL4816Contig1 961 2 2 U
GGAGGTCTCTCTATGGGTATCCAAGGCACTGAAGTTGCAAAGGAAAAGTCAGACATCATT
ATCTTGGATGACAACTTCGAATCCGTTGTGAAGGTTGTCCGTTGGGGTCGGTCTGTCTAT
GCCAATATCCAAAAGTTCATTCAGTTTCAGCTTACCGTTAATGTCGCAGCTCTTGTCATT
AATGTCGTGGCTGCCATATCCTCGGGTGATGTTCCTCTAACTGCAGTACAGCTCCTCTGG
GTCAATCTTATAATGGATACTCTTGGGGCTCTTGCTTTAGCCACCGAACCACCAACCGAT
CACTTGATGGATCGAGATCCTGTTGGCAGAAGAGAACCTCTCATCACAAATATCATGTGG
AGAAACTTGTTTGTACAAGCGATATACCAAGTGACAGTCTTGTTAGTCCTCAATTTCCGT
GGAATAAGTATCCTTCAACTGGATCATAAGCCCAACGCCGAGAGAGTGAAGAATACAGTC
ATCTTCAATGCATTTGTGATCTGCCAGATCTTCAACGAGTTCAACGCACGAAAGCCAGAT
GAATTCAACATTTTCCAAGGAGTTCTTCGTAATCACCTCTTTGTTGGCATCATCTGTATC
ACCATTGTGCTCCAGGTAGTCATCGTGGAGTTCCTTGGAACATTTGCCTCAACGACGAAG
CTTGACTGGGAGATGTGGCTCATCTCTATCGGGATAGGTTCCATCAGTTGGCCATTGGCG
GTGATCGGAAAATGCATACCGATTCCAGAAACTCCGGTCAGCCAGTACTTCAGAATAAAC
CGGTGGAGAAGGAATTCATCAGGTTAATGATTAGCTTGGAACGAGAAGACAGTTAAAAAA
TATATATACCAGAAGTGGATTTTAGTGGTATCCCGACCTGTGAATACATTTTGTACTCTC
TCTCTCTCTCGAATTACTTTCGCAAGATGCTCTAGTATCGTTTAAGTGCATAAAACAAAA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1CG81TF U 1
AF RR1CG81JQ C 361
BS 1 696 RR1CG81TF
BS 697 961 RR1CG81JQ

RD RR1CG81TF 696 0 0
GGAGGTCTCTCTATGGGTATCCAAGGCACTGAAGTTGCAAAGGAAAAGTCAGACATCATT
ATCTTGGATGACAACTTCGAATCCGTTGTGAAGGTTGTCCGTTGGGGTCGGTCTGTCTAT
GCCAATATCCAAAAGTTCATTCAGTTTCAGCTTACCGTTAATGTCGCAGCTCTTGTCATT
AATGTCGTGGCTGCCATATCCTCGGGTGATGTTCCTCTAACTGCAGTACAGCTCCTCTGG
GTCAATCTTATAATGGATACTCTTGGGGCTCTTGCTTTAGCCACCGAACCACCAACCGAT
CACTTGATGGATCGAGATCCTGTTGGCAGAAGAGAACCTCTCATCACAAATATCATGTGG
AGAAACTTGTTTGTACAAGCGATATACCAAGTGACAGTCTTGTTAGTCCTCAATTTCCGT
GGAATAAGTATCCTTCAACTGGATCATAAGCCCAACGCCGAGAGAGTGAAGAATACAGTC
ATCTTCAATGCATTTGTGATCTGCCAGATCTTCAACGAGTTCAACGCACGAAAGCCAGAT
GAATTCAACATTTTCCAAGGAGTTCTTCGTAATCACCTCTTTGTTGGCATCATCTGTATC
ACCATTGTGCTCCAGGTAGTCATCGTGGAGTTCCTTGGAACATTTGCCTCAACGACGAAG
CTTGACTGGGAGATGTGGCTCATCTCTATCGGGATA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1CG81JQ 601 0 0
AGAAACTTGTTTGTACAAGCGATATACCAAGTGACAGTCTTGTTAGTCCTCAATTTCCGT
GGAATAAGTATCCTTCAACTGGATCATAAGCCCAACGCCGAGAGAGTGAAGAATACAGTC
ATCTTCAATGCATTTGTGATCTGCCAGATCTTCAACGAGTTCAACGCACGAAAGCCAGAT
GAATTCAACATTTTCCAAGGAGTTTTTCGTAATCACCTCTTTGTTGGCATCATCTGTATC
ACCATTGTGCTCCAGGTAGTCATCGTGGAGTTCCTTGGAACATTTGCCTCAACGACGAAG
CTTGACTGGGAGATGTGGCTCATCTCTATCGGGATAGGTTCCATCAGTTGGCCATTGGCG
GTGATCGGAAAATGCATACCGATTCCAGAAACTCCGGTCAGCCAGTACTTCAGAATAAAC
CGGTGGAGAAGGAATTCATCAGGTTAATGATTAGCTTGGAACGAGAAGACAGTTAAAAAA
TATATATACCAGAAGTGGATTTTAGTGGTATCCCGACCTGTGAATACATTTTGTACTCTC
TCTCTCTCTCGAATTACTTTCGCAAGATGCTCTAGTATCGTTTAAGTGCATAAAACAAAA
A

QA 1 601 1 601
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4818Contig1 417 2 6 U
TACGGCTCCCAAAAACAATCCAGCGGAAAAGCCCTCTTCTCATCAAGCCTCACCCACGAC
TTCCCTTTCCCACTCCAATGCAGCAAACTCCCAGGACCAAAATGCAACGACCGACAGCTT
CCTCGTACGTTGTCTCCTCCTAAACCGGGCTGGTTCCACCTATGATCGATAGCTTCCACA
TCCCCTCCGAACACAAGCAAAAACGGGGGCAAAAAACCCAAATCGTAAATCCTCTTCTTC
TTCTGCAGCTGCATCCATCTCTCCAGCTTCTCCCTATAGTTCCCTTCTCTCCACCTAACC
ATATCCATCACCATCACCCCCGTGTTGAAGTAGCAGGGCGTCCGACCCTAGATCTCGCCC
GGTAAAGCCGGGTCGGACCAGAAGTTGGAAGTGAAGTACAGCGTGAAGTTCGCGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE03JQ U 1
AF RR1AH39TF C 240
BS 1 275 RR1GE03JQ
BS 276 276 RR1AH39TF
BS 277 293 RR1GE03JQ
BS 294 294 RR1AH39TF
BS 295 335 RR1GE03JQ
BS 336 417 RR1AH39TF

RD RR1GE03JQ 335 0 0
TACGGCTCCCAAAAACAATCCAGCGGAAAAGCCCTCTTCTCATCAAGCCTCACCCACGAC
TTCCCTTTCCCACTCCAATGCAGCAAACTCCCAGGACCAAAATGCAACGACCGACAGCTT
CCTCGTACGTTGTCTCCTCCTAAACCGGGCTGGTTCCACCTATGATCGATAGCTTCCACA
TCCCCTCCGAACACAAGCAAAAACGGGGGCAAAAAACCCAAATCGTAAATCCTCTTCTTC
TTCTGCAGCTGCATCCATCTCTCCAGCTTCTCCCTGTAGTTCCCTTCTCTCCATCTAACC
ATATCCATCACCATCACCCCCGTGTTGAAGTAGCA

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1AH39TF 178 0 0
CTTCTGCAGCTGCATCCATCTCTCCAGCTTCTCCCTATAGTTCCCTTCTCTCCACCTAAC
CATGTCCATCACCATCACCCCCGTGTTGAAGTAGCAGGGCGTCCGACCCTAGATCTCGCC
CGGTAAAGCCGGGTCGGACCAGAAGTTGGAAGTGAAGTACAGCGTGAAGTTCGCGTTC

QA 1 178 1 178
DS 



AS 1 2

CO CL4819Contig1 842 2 3 U
TTGGTTGGAACTCTCATTCATTATTTCCGCACTTTGTAGGTATGATCTAGGCCAGAGAGG
TTAACAGAAGTAACAGACCTCTCTTACGAGTATGTATTCTATTTCGTTATGATGTAAATA
GCATACAAAAGATATACAAACATTCCCTTTTAGTTACATTCATAATACCAGACTAGTGGG
AACGGTACTACTCTTGAGAGAGAGAAGAAATCATCTATCTTCACATGGCTTTCATGAACC
TGTTAATGGATGAGAAAATTCCAGCAGCTTGACTCAATAAAGATGGCTCTTCATCTGGTT
TCTCTTCCACGTTCCCATATATAATCTCGAGATCCTCAGCATCGGGTCGACCAATGAGTT
CTTTGGCGAGTAGATACCTGCCCGGTCTGTCTTTATTGTCATAGAACACTTTCCATTTAC
CAGGATAACACCTGAAAACAGCACCGGCAGCCAGAGGTCTCATCGAGTAAACCGTAGTAA
AAGAACTTAGGAAGTAACGCCTTAGCTTTCTCACGTTAAACCCAACCCCAACTTCCTCGC
TTATAAGACGAGGGTTCCACATAACCAGAGGCCTTGGCGGGTCATCAGCGAGCCCTTTTG
CAATTTTCTCAACGTATTCAAGCATTTGGTAATCAGGAACAACCATGACAATAATCTCAT
CTTCTTTCTCCACTGGTTTACGGTCACTTAAGCTAGCGAATCCAAAAGCTGCATCCTTCC
ACTTATATCTTAGCAACGCAGCAGCTCCAGCATCTGGAAACACGGCTTTAACTCTCTCAC
AACCAGTTTCTTTAATGAGTGTCTCCAAGAAAACGCGAGAAAGCTCCCAAAGCTCAGCTT
GC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR1AK31JQ U 3
AF RR1AK31TF C 1
BS 1 2 RR1AK31TF
BS 3 840 RR1AK31JQ
BS 841 842 RR1AK31TF

RD RR1AK31JQ 838 0 0
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TTGGCGAGTAGATACCTGCCCGGTCTGTCTTTATTGTCATAGAACACTTTCCATTTACCA
GGATAACACCTGAAAACAGCACCGGCAGCCAGAGGTCTCATCGAGTAAACCGTAGTAAAA
GAACTTAGGAAGTAACGCCTTAGCTTTCTCACGTTAAACCCAACCCCAACTTCCTCGCTT
ATAAGACGAGGGTTCCACATAACCAGAGGCCTTGGCGGGTCATCAGCGAGCCCTTTTGCA
ATTTTCTCAACGTATTCAAGCATTTGGTAATCAGGAACAACCATGACAATAATCTCATCT
TCTTTCTCCACTGGTTTACGGTCACTTAAGCTAGCGAATCCAAAAGCTGCATCCTTCCAC
TTATATCTTAGCAACGCAGCAGCTCCAGCATCTGGAAACACGGCTTTAACTCTCTCACAA
CCAGTTTCTTTAATGAGTGTCTCCAAGAAAACGCGAGAAAGCTCCCAAAGCTCAGCTT

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR1AK31TF 842 0 0
TTGGTTGGAACTCTCATTCATTATTTCCGCACTTTGTAGGTATGATCTAGGCCAGAGAGG
TTAACAGAAGTAACAGACCTCTCTTACGAGTATGTATTCTATTTCGTTATGATGTAAATA
GCATACAAAAGATATACAAACATTCCCTTTTAGTTACATTCATAATACCAGACTAGTGGG
AACGGTACTACTCTTGAGAGAGAGAAGAAATCATCTATCTTCACATGGCTTTCATGAACC
TGTTAATGGATGAGAAAATTCCAGCAGCTTGACTCAATAAAGATGGCTCTTCATCTGGTT
TCTCTTCCACGTTCCCATATATAATCTCGAGATCCTCAGCATCGGGTCGACCAATGAGTT
CTTTGGCGAGTAGATACCTGCCCGGTCTGTCTTTATTGTCATAGAACACTTTCCATTTAC
CAGGATAACACCTGAAAACAGCACCGGCAGCCAGAGGTCTCATCGAGTAAACCGTAGTAA
AAGAACTTAGGAAGTAACGCCTTAGCTTTCTCACGTTAAACCCAACCCCAACTTCCTCGC
TTATAAGACGAGGGTTCCACATAACCAGAGGCCTTGGCGGGTCATCAGCGAGCCCTTTTG
CAATTTTCTCAACGTATTCAAGCATTTGGTAATCAGGAACAACCATGACAATAATCTCAT
CTTCTTTCTCCACTGGTTTACGGTCACTTAAGCTAGCGAATCCAAAAGCTGCATCCTTCC
ACTTATATCTTAGCAACGCAGCAGCTCCAGCATCTGGAAACACGGCTTTAACTCTCTCAC
AACCAGTTTCTTTAATGAGTGTCTCCAAGAAAACGCGAGAAAGCTCCCAAAGCTCAGCTT
GC

QA 1 842 1 842
DS 



AS 1 2

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AAGTTATTTCTACCGAGTCCGGTGCGATCCGGTTCGGTCTTTGACGTATTTATCTTTGCT
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AAAAACAATAAAACTAAACCAAATCCAAATCATGTTCCGGCCTGGTTCAAGCATAGAGGT
TTCTTCCGCAGCGATCACACTCGGTTAAGTGAGAAACCGGGGTTTTACCCGCATTGATTT
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CTAGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1C955JQ U 344
AF RR1E914JQ U 1
BS 1 579 RR1E914JQ
BS 580 580 RR1C955JQ
BS 581 666 RR1E914JQ

RD RR1C955JQ 259 0 0
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GTTCTTCTCCAAGACTTGC

QA 1 259 1 259
DS 

RD RR1E914JQ 666 0 0
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AAAAACAATAAAACTAAACCAAATCCAAATCATGTTCCGGCCTGGTTCAAGCATAGAGGT
TTCTTCCGCAGCGATCACACTCGGTTAAGTGAGAAACCGGGGTTTTACCCGCATTGATTT
TCTGCAGATTTGGAAGATCGAACTCAAGAACATCACGAAGAGCCTTAGAGCCTTCTCGGA
GTTCATCAGAGCTTATGGAGAGTGGTGGAGTTAACCGGACAATTGTGTTGTGAGTCGGTT
TAGCCAACACTCCTCTCTCCTTCAAGCTCAAGCAAATATCATAAGCTGAAACAGGAGATA
AGCTTTCACTGTTAAACTCAACCGCATTGAACAATCCTCTTCCTCGTACTTCTTTAATGT
GATTAGGAAACTGTCTCTTGATTTCATTCAGTTGAATCC*TCAGTTCTTCTCCAAGACTT
GCTGATCTTTCAACGAGTTTCTCTTCCTCGATGACATCTAAAGAAGCCATAGCTACAGCA
CTAGCT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

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GTGGCTACAAAATTTGTGTCTTTTCTCTCTTGTATTTTTGTTTTTGGACAAATGTGCTCA
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TTTTCAGCTTTCACGAACTGACCCCAAAACTATTGAAATTGTAGGGACATCCTTGCTAAT
TGGCCTCTGTGCAACCTTGGTCCCTCGTCTTCTGGCCTGTTCTCAATCTGGCCCCATAAC
TTCCAAAATTGCAGATTTAACCACTGATTTTCGCCCCAAATTCTAATTTGTGCATTCCAA
TCCCTATTAAATGCAAATGAGTATCCAAATGCAATTTAGTGACCTAAATGCAATCTAAAA
TGATCATAATAATCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF08TF U 1
AF RR1GF08JQ C 418
BS 1 716 RR1GF08TF
BS 717 857 RR1GF08JQ

RD RR1GF08TF 716 0 0
GGAGAGTTATAACCTTTATTCAAATTGCGTATATCTCTCTTACCTAGTATTTTGTTAAAC
AAATTTCACATCTGGTTTTTTTTTAAGTATGATTGGTGAGATTTCAATATTATCTTGTTC
TGATTTTTTCTCTGAGATTTAATTCATGCTTCTAACCTGATTGTGTGTTTTCTTTTTGCT
TACGTTTCTGATCAAACTCTCTACTAGATGAAACTTTGTTGTTCCTAGATTGAATCTAAA
GTGGCTACAAAATTTGTGTCTTTTCTCTCTTGTATTTTTGTTTTTGGACAAATGTGCTCA
CACAATGGTGATTAGATTTTTGAGATTCAGTCAAATATGATTCATTGTCATCCTCGTCAC
AAAAGTTCTGAACTTATGTTTTTGATCTACAAAAACTTTGTCTTTTTACCACTTCTGAAA
TTTAATATCTTATGAATAGATGAAAATGCAATGTGATAGAGAGCTTTGTGTGGGCGATGT
ACATGTTTGCGGAAACGATGGCTCATCGTCCGATCATGGCGCCTCCGGAATCAAGTCGCA
GAAGAAGCTCGGGGATCAACCATGGCCAGATCTCAGATTTTTGCACATCTGACCCTTCTA
TTTTCAGCTTTCACGAACTGACCCCAAAACTATTGAAATTGTAGGGACATCCTTGCTAAT
TGGCCTCTGTGCAACCTTGGTCCCTCGTCTTCTGGCCTGTTCTCAATCTGGCCCCA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1GF08JQ 440 0 0
AAATTTAATATCTTATGAATAGATGAAAATGCAATGTGATAGAGAGCTTTGTGTGGGCGA
TGTACATGTTTGCGGAAACGATGGCTCATCGTCCGATCATGGCGCCTCCGGAATCAAGTC
GCAGAAGAAGCTCGGGGATCAACCATGGCCAGATCTCAGATTTTTGCACATCTGACCCTT
CTATTTTCAGCTTTCACGAACTGACCCCAAAACTATTGAAATTGTAGGGACATCCTTGCT
AATTGGCCTCTGTGCAACCTTGGTCCCTCGTCTTCTGGCCTGTTCTCAATCTGGCCCCAT
AACTTCCAAAATTGCAGATTTAACCACTGATTTTCGCCCCAAATTCTAATTTGTGCATTC
CAATCCCTATTAAATGCAAATGAGTATCCAAATGCAATTTAGTGACCTAAATGCAATCTA
AAATGATCATAATAATCTCC

QA 1 440 1 440
DS 



AS 1 2

CO CL4822Contig1 1237 2 2 U
GGGTCTCGTCTCGTCTCGTCTCTCTCTCATGGACTCTCTGGTAGCGAGCTACGCTTCGTC
GGACGAAGAAGAAGAACCCCAACTACCTACCCAATCTCTCACCGTAAAATCATCCTCCTC
CTCCTTGTTCTCAGCTATTCCTCAACCTAACCAATCCAGATCCGAGGCTTTTGATTCATC
TTCATCCTCTACTCGAGGAAAGTCTTCTTCTTCGTCTTTCCTCTCCTCTCTCCCTCCTCC
CAAATCCCGCCAACAAAACCCATCTCCCTCCTTACCCAAACGCGTCGTTCAGATCAAGCT
TCCCGTAAACCCTAATCTCGATGACGACGAAGACGACGAAGAGGAAGAGGAGAAAGCGAG
GAAGAAGCGCAGACAGATGGAAGCCGCTGCTGCGGCATCGAACAATTCGTCGGTGAAATC
GTTCTTATCCCCCATGCCTGCTCCAAAGAGCTCTCAAGCACTCGGGGCTCTTCCTTCGTT
AGGATCAGGATCAGGAACGGGCCGAAGATCGATTCTTGAAACGGAGACGCCTGCGATTAC
TCAAAGTACTGATCAAACGCAGTCGTTTAGTAGTAGCGAGACGGAACAAGTAGATAACTA
TTATGCTGGTTACGGTGGATACGAGCAAAACCCTAGTGCAAATGTAGAGGCTTTTGGTTA
TGTTGGATATGAACAGAACCCTAGTGGAAGTGGAGATGTGTCTGGTTATGTGGGGTATGA
TGTTGGTGGTGGTGGTAATGCTTGGAACGGTGGTGGTGGGTTTGAGGGGACGAGGGGAGT
GCCTGAGGCGTTTATAGCGATGGATAGTGGGGCGAGGAGAGGGAGGAATGATTTTCCGAC
GGAGATAGTTGAGGTTAAGCAGGATGAGCTCATGAAGAATAGGCCTAGAGTTGATCAGGT
TAAATCTACTGGGATTGCCTTCGGTCCTACGTATCAGCCTGAGTCGTCTTCATCTAAGGG
GAAAGTGTCAAACCTTCACAAGAGAAAGCATCAGATCACTGCGTTATTCATGGACATGAA
GCACAAGGAGTCGGAGCTAGCAGAGAGACGTTCTAAAGGACTGCTCACTAAAGCTGAGAC
GCAAGCTAAATATGGATGGTGATTTGCTCTTTGTTTCTCTCAATCCTGTGAGGTTGGCAA
CAGATTTTCTGTAACTTTTTTTTTTTACTTTACCATCTTCCAAGGTCCAAGCTTTGAATG
TGATACTCATTTTACTTATATGAATGAATCTGTACTC


BQ
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AF RR1BF47TF U 1
AF RR1BF47JQ C 535
BS 1 722 RR1BF47TF
BS 723 1237 RR1BF47JQ

RD RR1BF47TF 722 0 0
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GGACGAAGAAGAAGAACCCCAACTACCTACCCAATCTCTCACCGTAAAATCATCCTCCTC
CTCCTTGTTCTCAGCTATTCCTCAACCTAACCAATCCAGATCCGAGGCTTTTGATTCATC
TTCATCCTCTACTCGAGGAAAGTCTTCTTCTTCGTCTTTCCTCTCCTCTCTCCCTCCTCC
CAAATCCCGCCAACAAAACCCATCTCCCTCCTTACCCAAACGCGTCGTTCAGATCAAGCT
TCCCGTAAACCCTAATCTCGATGACGACGAAGACGACGAAGAGGAAGAGGAGAAAGCGAG
GAAGAAGCGCAGACAGATGGAAGCCGCTGCTGCGGCATCGAACAATTCGTCGGTGAAATC
GTTCTTATCCCCCATGCCTGCTCCAAAGAGCTCTCAAGCACTCGGGGCTCTTCCTTCGTT
AGGATCAGGATCAGGAACGGGCCGAAGATCGATTCTTGAAACGGAGACGCCTGCGATTAC
TCAAAGTACTGATCAAACGCAGTCGTTTAGTAGTAGCGAGACGGAACAAGTAGATAACTA
TTATGCTGGTTACGGTGGATACGAGCAAAACCCTAGTGCAAATGTAGAGGCTTTTGGTTA
TGTTGGATATGAACAGAACCCTAGTGGAAGTGGAGATGTGTCTGGTTATGTGGGGTATGA
TG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1BF47JQ 703 0 0
GATTACTCAAAGTACTGATCAAACGCAGTCGTTTAGTAGTAGCGAGACGGAACAAGTAGA
TAACTATTATGCTGGTTACGGTGGATACGAGCAAAACCCTAGTGCAAATGTAGAGGCTTT
TGGTTATGTTGGATATGAACAGAACCCTAGTGGAAGTGGAGATGTGTCTGGTTATGTGGG
GTATGATGTTGGTGGTGGTGGTAATGCTTGGAACGGTGGTGGTGGGTTTGAGGGGACGAG
GGGAGTGCCTGAGGCGTTTATAGCGATGGATAGTGGGGCGAGGAGAGGGAGGAATGATTT
TCCGACGGAGATAGTTGAGGTTAAGCAGGATGAGCTCATGAAGAATAGGCCTAGAGTTGA
TCAGGTTAAATCTACTGGGATTGCCTTCGGTCCTACGTATCAGCCTGAGTCGTCTTCATC
TAAGGGGAAAGTGTCAAACCTTCACAAGAGAAAGCATCAGATCACTGCGTTATTCATGGA
CATGAAGCACAAGGAGTCGGAGCTAGCAGAGAGACGTTCTAAAGGACTGCTCACTAAAGC
TGAGACGCAAGCTAAATATGGATGGTGATTTGCTCTTTGTTTCTCTCAATCCTGTGAGGT
TGGCAACAGATTTTCTGTAACTTTTTTTTTTTACTTTACCATCTTCCAAGGTCCAAGCTT
TGAATGTGATACTCATTTTACTTATATGAATGAATCTGTACTC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL4823Contig1 579 2 1 U
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AGATGCTGAAGATGTTATCTGTATTAAGGCGAAACCTCCAAAGTCTTCGGAAAAGCCCGC
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GCAGGACTGATGGTGTGTGGGTGTCGGGAGATTACGGAAGGGTCTCGGAGGTTAACCATC
TCATGGTTTGTGATGGCATGAGATACGCTCTCTTAATGTAATTATCCACTTTCGTCTCTA
TACTCTAGCTAGTAGCCTAGTAATACACCGATCTTCATCAATACCCATTTGGTTTGCTTC
TTCTTTTGTTGATTAATGGGTTTAGTAGTTAGTGAATCTAGCGAGAGATATACAGTGAGT
TTTCGCCCCCTTTTTTCTTTTCTTGTTGCGTCCATGAGGCGTTTGTTAATCCAGAAGATT
TCATAGGAGTATTTCACTTTTATGTCTAGTGTTATTGGT


BQ
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AF RR1H267TF U 1
AF RR1H267JQ C 134
BS 1 579 RR1H267TF

RD RR1H267TF 579 0 0
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AGATGCTGAAGATGTTATCTGTATTAAGGCGAAACCTCCAAAGTCTTCGGAAAAGCCCGC
GTGTTGCTGACGAAAACGCGTTCCCTTCAACCACCGTTAACGGAGGAGAAGGGAGAGAAA
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TACTCTAGCTAGTAGCCTAGTAATACACCGATCTTCATCAATACCCATTTGGTTTGCTTC
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TTTCGCCCCCTTTTTTCTTTTCTTGTTGCGTCCATGAGGCGTTTGTTAATCCAGAAGATT
TCATAGGAGTATTTCACTTTTATGTCTAGTGTTATTGGT

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1H267JQ 446 0 0
AAACGCGTTCCCTTCAACCACCGTTAACGGAGGAGAAGGGAGAGAAAACGGCGCGATGAT
GAAGTTTCCGTTATCGATCATGTCATGCTTCGCAGTTCCACGTGGTAGCAGGACTGATGG
TGTGTGGGTGTCGGGAGATTACGGAAGGGTCTCGGAGGTTAACCATCTCATGGTTTGTGA
TGGCATGAGATACGCTCTCTTAATGTAATTATCCACTTTCGTCTCTATACTCTAGCTAGT
AGCCTAGTAATACACCGATCTTCATCAATACCCATTTGGTTTGCTTCTTCTTTTGTTGAT
TAATGGGTTTAGTAGTTAGTGAATCTAGCGAGAGATATACAGTGAGTTTTCGCCCCCTTT
TTTCTTTTCTTGTTGCGTCCATGAGGCGTTTGTTAATCCAGAAGATTTCATAGGAGTATT
TCACTTTTATGTCTAGTGTTATTGGT

QA 1 446 1 446
DS 



AS 1 2

CO CL4824Contig1 974 2 4 U
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CATTACACAAATGTGGGAGATGGGAAGCTAGGATGGGTCAGTTTCTTGGTAAAAAGTGAG
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ATTGGAAACCAAAAAGTGGTGAGATTGTTCAAATGTGTTGGGGATTTTTAAGATGGTTGA
ATTGCAGGTATGTTTACCTTGGGCTGTTCGACAGCGAAGTATAAGCTGCAAGGTCATATT
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CTTGAAGTTTTGTCCCCTCTTTTAAGAAGAACTTCACTATAGTTTTATCTCTTTCTGAAC
ACACTATGTTCTTGAAAACAGGGCTTATGATAAGGCTGCCATAAGCTCTAATGGTAGGGA
AGCAGTAACCAACTTCGAGCTTAGTTCATACCAGAATGAGATTAACTCTGAGACCAATAA
CCAAGGTGGTCATGACAACAAGCTTGATCTCAGCTTGGGAATGTCACCTTCCCCCGGGAA
TGCGTCAAAGCAAAACGGAAGGCTCTTTCATTACCCTTCTAACACTTACGAAACTCAGCG
TGGAGTTAGTTTAACGATAGGTAATGAGTTCATGGGAAAGCCGGTTAATGCACCTCTTCC
TTATGGTTCCTACTGGAACGGTTATAACAATCCTGTCGAGGGAAGAGCAACAGAGAAGAG
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TTACTTTTTTCCAC


BQ
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AF RR1B453TF U 1
AF RR1B453JQ C 509
BS 1 776 RR1B453TF
BS 777 777 RR1B453JQ
BS 778 786 RR1B453TF
BS 787 974 RR1B453JQ

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CTTGAAGTTTTGTCCCCTCTTTTAAGAAGAACTTCACTATAGTTTTATCTCTTTCTGAAC
ACACTATGTTCTTGAAAACAGGGCTTATGATAAGGCTGCCATAAGCTCTAATGGTAGGGA
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TGGAGTTAGTTTAACGATAGGTAATGAGTTCATGGGAAAGCCGGTTAATGCACCTCTTCC
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GCT

QA 1 786 1 786
DS 

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ACACAACCACAGTTGTTTTCAGTTGCAGCAGCATCATCAGGATTTTTTAATTTCCGGCAG
CAACCTCCCAATGACAATGCCTCCTTTTTTGGTTACTTTTTTCCAC

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 2

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AACAACACACCAATCTCCATTGTTCTTCTCTGCTTTGATAAAAAATGAAATGTGTAGTGT
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TATCTTAGATTGATGATGAGGAAAACAAAAATGAATTTCTTAAAATGTACGTCAGTTTTT
ATTTAGAACAAAATAAAACTAGCCATTACTCATTAGTCAAACTCAAACAGACTCGACCTT
AAGTGGACAAGATATGCTTAATGGTCAACCTCGATGTTACATGATCACACGTCCTCTGAA
TTTTCTTCCCTCAGTTAAAACTTAAACCTACTATCGTCCTTTTGCATACCTAATTAATGG
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AACCTTCACCATACATTTAATATTTGGAAAATAATATTCAAACGAAAGACATTTCTTCTT
TATTCTTCGTTGTAAATTTGCAATTTCTTATTTGTTTTTTTGTTTCTTTGTATGCGTGTT
TCCGGCTGTTTCCTTAGTCAACTAATAAGATACAAAAAGCC


BQ
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AF RR1DF44TF U 1
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BS 1 700 RR1DF44TF
BS 701 761 RR1DF44JQ

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AACAACACACCAATCTCCATTGTTCTTCTCTGCTTTGATAAAAAATGAAATGTGTAGTGT
CTGCAACTCTGCTTTGTTGTAGTAAAGAACTCTAAGCCATTTACAATTAGAAGTATTATT
TATCTTAGATTGATGATGAGGAAAACAAAAATGAATTTCTTAAAATGTACGTCAGTTTTT
ATTTAGAACAAAATAAAACTAGCCATTACTCATTAGTCAAACTCAAACAGACTCGACCTT
AAGTGGACAAGATATGCTTAATGGTCAACCTCGATGTTACATGATCACACGTCCTCTGAA
TTTTCTTCCCTCAGTTAAAACTTAAACCTACTATCGTCCTTTTGCATACCTAATTAATGG
TTCTAAACATCATTTTCAGATTTACACTATTATCACTTCACCATACATTTTTTTTTTGTC
AACCTTCACCATACATTTAATATTTGGAAAATAATATTCAAACGAAAGACATTTCTTCTT
TATTCTTCGTTGTAAATTTGCAATTTCTTATTTGTTTTTT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1DF44JQ 552 0 0
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CTCTAAGCCATTTACAATTAGAAGTATTATTTATCTTAGATTGATGATGAGGAAAACAAA
AATGAATTTCTTAAAATGTACGTCAGTTTTTATTTAGAACAAAATAAAACTAGCCATTAC
TCATTAGTCAAACTCAAACAGACTCGACCTTAAGTGGACAAGATATGCTTAATGGTCAAC
CTCGATGTTACATGATCACACGTCCTCTGAATTTTCTTCCCTCAGTTAAAACTTAAACCT
ACTATCGTCCTTTTGCATACCTAATTAATGGTTCTAAACATCATTTTCAGATTTACACTA
TTATCACTTCACCATACATTTTTTTTT*GTCAACCTTCACCATACATTTAATATTTGGAA
AATAATATTCAAACGAAAGACATTTCTTCTTTATTCTTCGTTGTAAATTTGCAATTTCTT
ATTTGTTTTTTTGTTTCTTTGTATGCGTGTTTCCGGCTGTTTCCTTAGTCAACTAATAAG
ATACAAAAAGCC

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

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AAGCCAAGATACAACCTTCTCCACCTTAACATAAAAACCCTGCCTGTGCACCGCTAAGTA
ATTTACAACATTGATAAGGTCAAGATTTGGCATCTGCCCATTAGACGCCTCTGCGTAGAT
ACTTAGCGTGTCCTCGAACCTTTCACTTCTACCATCAACCTTCACAACCAAAGCAGCAGC
CACTGTTCCAGCTCGTCTGAAGCTGTCAGATATATTAAGCTCGTCCTTACACTTGGACAA
GTCCGAGACTTCAAACGAAGGTGTGTGGTATTCGCTTAACCACGCGGCCACAGGTCTATA
GTCTCCATAACGAGAATCAGAAACAAGCCATACTATGTCTTTGGAAAGCCAGGTTACTCT
AGCGAGCAAGGAAAATAAAGAACTGGCAATGCCTAAAGACAAAGCCTCATAATCTCCACC
ATTTGTGAAATCATAAGGAGTAACCAGGACGATAGACTCTTTCCCATCACCACGAGGTGC
TCTTATGATCCCAGCGACGTTGACCCCATAAGAATCACAACTGACATTCCCCAGATTTGA
AAATGAAGCAGGACCGGAGAAGAAGTGCAGTGGGTGAAAGTGATTCCCTTCAGGCTGGAA
CTTTTGATAAGAAACTTCAGCACCCATATCTAACATGTACTGCCCAATGAGCCTCTGGAC
TTCACTAGAAAAAGAACAAAAAAAGAGACAAAAATATAGAATCAATAAATTACTCGGGTA
AAGCAAAACAGGAGACTGTCAACAAGTAGCTGGACTATGCACAGTTGTGAATTCATCCTT
TGACAGAAAAAAAAAACTAAACCTCAGAGCTAGTTGTATTTCCTCATAATGTTGGAGAAA
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GCCTTCATCATGATTCAATCTAAAGTTCTTAATGTCCTTCACCAGTTTGCTTCCTTCGGC
AACATCCCGATGAGAGAGCATAGACCGTGCAGAGCCTAAAGAACAGATTCACACAC


BQ
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AF RR1H609TF U 1
AF RR1H609JQ C 518
BS 1 606 RR1H609TF
BS 607 1076 RR1H609JQ

RD RR1H609TF 606 0 0
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ACTTAGCGTGTCCTCGAACCTTTCACTTCTACCATCAACCTTCACAACCAAAGCAGCAGC
CACTGTTCCAGCTCGTCTGAAGCTGTCAGATATATTAAGCTCGTCCTTACACTTGGACAA
GTCCGAGACTTCAAACGAAGGTGTGTGGTATTCGCTTAACCACGCGGCCACAGGTCTATA
GTCTCCATAACGAGAATCAGAAACAAGCCATACTATGTCTTTGGAAAGCCAGGTTACTCT
AGCGAGCAAGGAAAATAAAGAACTGGCAATGCCTAAAGACAAAGCCTCATAATCTCCACC
ATTTGTGAAATCATAAGGAGTAACCAGGACGATAGACTCTTTCCCATCACCACGAGGTGC
TCTTATGATCCCAGCGACGTTGACCCCATAAGAATCACAACTGACATTCCCCAGATTTGA
AAATGA

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DS 

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AAGTGATTCCCTTCAGGCTGGAACTTTTGATAAGAAACTTCAGCACCCATATCTAACATG
TACTGCCCAATGAGCCTCTGGACTTCACTAGAAAAAGAACAAAAAAAGAGACAAAAATAT
AGAATCAATAAATTACTCGGGTAAAGCAAAACAGGAGACTGTCAACAAGTAGCTGGACTA
TGCACAGTTGTGAATTCATCCTTTGACAGAAAAAAAAAACTAAACCTCAGAGCTAGTTGT
ATTTCCTCATAATGTTGGAGAAAGCTATGATCAAAGTGAAAGAGCTATAGGAATATAATG
GAGAAAAAGACTTACACACCCTGGCCTTCATCATGATTCAATCTAAAGTTCTTAATGTCC
TTCACCAGTTTGCTTCCTTCGGCAACATCCCGATGAGAGAGCATAGACCGTGCAGAGCCT
AAAGAACAGATTCACACAC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

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TCCAATGGGTTTTCGTCGTGGGAGCAACAAGAGTCGCCATCATCCTTTAGTCTTAGCTGC
AAACGCTTCCGTCCTCTGGCCCCTAAGCTCTCCGTTAGCCCTTCCTCCCCGCCTTCTTCT
TCCTCGGGCGTCACTTCCGCCACTTTCGATCTCAAGAGCTTCATAAAACCTGATCAAGCC
GATCCAACAAAATCTGATTACTCTCTTGAACACAAACGAGACTTTTCTCAAGTGGAGATG
CACCCTGGAGGGACAAGGTGGAACCCGACTCAAGAACAGATAGGAATACTTGAGATCTTG
TACAAAGGTGGAATGCGCACTCCTAACGCGCAACAGATCGAGCACATCACTTCTCAACTC
GGTAAATACGGAAAAATCGAAGGGAAGAATGTGTTCTACTGGTTTCAGAACCACAAAGCC
CGGGAGAGACAGAAGCAGAAGAGGAACAACCTCATCAGTTTAGGTTGCCAAGGGAGCCTC
AGTACAACTAGTGTCTCTAATGCAAGTGTAACAATGAAGACAAGAACATCGTCTTCACCT
GACCTCAAGAGAGAATCATTGGTGATGAAGGAGTTGGTTGAAGAGAATGAGTACAAGAGG
ACATGTAGGAGCTGGGGATTTGAGAATTTGAAGATAGAGAGCAGAAGAAACATCAATAGT
AGTATAAATGCTACTATAGCAACTACTTTTAATATTGACAATGTAACCCTTGAGCTTTTT
CCTTTGCACCCTGAAGGTAAATGAAGAAGGCGAGGCAGAAAATGTGGAATTCTTATGTAG
ATCTTGTTTGGGTTCAGACGAAGTAGTTGGTTTCTAGATATTCAAAATAATAATTATATA
TATGATAAATAAGTTTCTAAATTCAGAATCTACATAAGAATTCCCTTGTAATCTGCGAGT
CTGACGTATCCTGTGTAGATGTCTTTTGCAATGTATTCTTAATTACG


BQ
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AF RR1E614TF U 1
AF RR1E614JQ C 258
BS 1 668 RR1E614TF
BS 669 669 RR1E614JQ
BS 670 685 RR1E614TF
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BS 750 751 RR1E614JQ
BS 752 776 RR1E614TF
BS 777 1007 RR1E614JQ

RD RR1E614TF 776 0 0
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TCCAATGGGTTTTCGTCGTGGGAGCAACAAGAGTCGCCATCATCCTTTAGTCTTAGCTGC
AAACGCTTCCGTCCTCTGGCCCCTAAGCTCTCCGTTAGCCCTTCCTCCCCGCCTTCTTCT
TCCTCGGGCGTCACTTCCGCCACTTTCGATCTCAAGAGCTTCATAAAACCTGATCAAGCC
GATCCAACAAAATCTGATTACTCTCTTGAACACAAACGAGACTTTTCTCAAGTGGAGATG
CACCCTGGAGGGACAAGGTGGAACCCGACTCAAGAACAGATAGGAATACTTGAGATCTTG
TACAAAGGTGGAATGCGCACTCCTAACGCGCAACAGATCGAGCACATCACTTCTCAACTC
GGTAAATACGGAAAAATCGAAGGGAAGAATGTGTTCTACTGGTTTCAGAACCACAAAGCC
CGGGAGAGACAGAAGCAGAAGAGGAACAACCTCATCAGTTTAGGTTGCCAAGGGAGCCTC
AGTACAACTAGTGTCTCTAATGCAAGTGTAACAATGAAGACAAGAACATCGTCTTCACCT
GACCTCAAGAGAGAATCATTGGTGATGAAGGAGTTGGTTGAAGAGAATGAGTACAAGAGG
ACATGTAG*AGCTGGGGATTTGAGA*TTTGAAGATAGAGAGCAGA*GAAACATCAATAGT
AGTATAAATGCTACTATAGCA*CTACTTT**ATATTGACAATGTAACCCTTGAGCT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1E614JQ 750 0 0
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CACTCCTAACGCGCAACAGATCGAGCACATCACTTCTCAACTCGGTAAATACGGAAAAAT
CGAAGGGAAGAATGTGTTCTACTGGTTTCAGAACCACAAAGCCCGGGAGAGACAGAAGCA
GAAGAGGAACAACCTCATCAGTTTAGGTTGCCAAGGGAGCCTCAGTACAACTAGTGTCTT
TAATGCAAGTGTAACAATGAAGACAAGAACATCGTCTTCACCTGACCTCAAGAGAGAATC
ATTGGTGATGAAGGAGTTGGTTGAAGAGAATGAGTACAAGAGGACATGTAGGAGCTGGGG
ATTTGAGAATTTGAAGATAGAGAGCAGAAGAAACATCAATAGTAGTATAAATGCTACTAT
AGCAACTACTTTTAATATTGACAATGTAACCCTTGAGCTTTTTCCTTTGCACCCTGAAGG
TAAATGAAGAAGGCGAGGCAGAAAATGTGGAATTCTTATGTAGATCTTGTTTGGGTTCAG
ACGAAGTAGTTGGTTTCTAGATATTCAAAATAATAATTATATATATGATAAATAAGTTTC
TAAATTCAGAATCTACATAAGAATTCCCTTGTAATCTGCGAGTCTGACGTATCCTGTGTA
GATGTCTTTTGCAATGTATTCTTAATTACG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL4828Contig1 756 2 2 U
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GGCTAATTTGAAGATCATTTGTGGGCTCTCTCACACAACTCACTCACAAGCAAGAGCTTA
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AATCCTTGGGTGATAAGCACGCCAGTGTTATCAGACCAGCTGCTAGATACTACTCTGCTA
TTAAAGATGCTATGGTTTGTGGGAAAGGAAGATATACGCTTGTAAAAGACGTGGATGATG
TGGAAAATGGAGCGTATGACAATCCTCTCCCATGCTTTGGTTGTGGAATCGGATGGTTCT
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GGAACTACTACCGCAAGGATCCTAGAGAAAGAGCCGGCCTTGCTGCTTCCGCCATCACTG
CGATGGGATTCTCTCTCTTGCTACTGGTGATTATTGTTTTTCAGGTGGTTTTAATGGCTT
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CCAAAATACAGATATTATTATATTTCCTGTTTACTT


BQ
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AF RR1AV70TF U 1
AF RR1AV70JQ C 618
BS 1 726 RR1AV70TF
BS 727 756 RR1AV70JQ

RD RR1AV70TF 726 0 0
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GGCTAATTTGAAGATCATTTGTGGGCTCTCTCACACAACTCACTCACAAGCAAGAGCTTA
CTGAAGAACATATGGCAGAAAATGGTAAAGAGCGTGGAGATGGAAGTGCAGAGCTGGTAA
AATCCTTGGGTGATAAGCACGCCAGTGTTATCAGACCAGCTGCTAGATACTACTCTGCTA
TTAAAGATGCTATGGTTTGTGGGAAAGGAAGATATACGCTTGTAAAAGACGTGGATGATG
TGGAAAATGGAGCGTATGACAATCCTCTCCCATGCTTTGGTTGTGGAATCGGATGGTTCT
CCTTCCTTCTGGGTTTTGTGTTTCCTTTCTTGTGGTACTATGCGACATTTCTTTATTTCG
GGAACTACTACCGCAAGGATCCTAGAGAAAGAGCCGGCCTTGCTGCTTCCGCCATCACTG
CGATGGGATTCTCTCTCTTGCTACTGGTGATTATTGTTTTTCAGGTGGTTTTAATGGCTT
CTTCTTACGTATACACACACCATACTCTTGAGCTATATATGTATAATCTTGGTCCCGTCC
TTGTCAAAAGGATTATAGAGGAGGGACTTAGATATATGTGTCCGTACATTCAATATATAC
CCAAAA

QA 1 726 1 726
DS 

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CC
CCATACTCTTGAGCTATATATGTATAATTTTGGTCCCGTCCTTGTCAAAAGGATTATAGA
GGAGGGACTTAGATATATGTGTCCGTACATTCAATATATACCCAAAATACAGATATTATT
ATATTTCCTGTTTACTT

QA 3 139 3 139
DS 



AS 1 2

CO CL4829Contig1 589 2 3 U
GTCCTATAAAGGGTTTTAAGAAAAATATTGGCATCAACACAAGTCATTACAACTAATCAA
AAACATGTTCTATTGGCATCAATCAAACTGTGTTACCATTGTTACTTAATCAAAAACATG
GCCAGCACAAGTCGTGGCCATCTCCTATAAAAGCCGTGTTCATCTTCTCTTCCACACAAC
AACCATTCCCTCCTTGCTTCTTCCGATCCTAAAGATGTTATGGCTCCCTTTATACGAATG
ATGTCTAAAAGCTCAGCACCAGCTTTAGAGTCAGACAAATCAGTAGCAGCTTGACTCATG
TGTAATCTGGGAGGGAGAATGAGACTGTTAGCAAGTCCTTGCGGACAAACGACGAGATCC
ATGTGTAATCTGGGAGGGCGAATGAAACTGTTAGCTTTATTGCGTTTTGTATCCCTAACC
ACACCCTTCTCCGTTCATGCTCTGCATCTGTTTCATTTATTTTTTTGTGTTTTCTTCGGA
AATCAGGGTTTCAGAAAGAAAAAAAGTCAGGGGAATATGGAGAAGAAGGAGAAGAAGAAG
GCAAGAGACAGAGGTCTGTGTGATTCGAGAGGATGAAACTACGTTCTCC


BQ
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AF RR1C776JQ U 3
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ACATGTTCTATTGGCATCAATCAAACTGTGTTACCATTGTTACTTAATCAAAAACATGGC
CAGCACAAGTCGTGGCCATCTCCTATAAAAGCCGTGTTCATCTTCTCTTCCACACAACAA
CCATTCCCTCCTTGCTTCTTCCGATCCTAAAGATGTTATGGCTCCCTTTATACGAATGAT
GTCTAAAAGCTCAGCACCAGCTTTAGAGTCAGACAAATCAGTAGCAGCTTGACTCATGTG
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GTGTAATCTGGGAGGGCGAATGAAACTGTTAGCTTTATTGCGTTTTGTATCCCTAACCAC
ACCCTTCTCCGTTCATGCTCTGCATCTGTTTCATTTATTTTTTTGTGTTTTCTTCGGAAA
TCAGGGTTTCAGAAAGAAAAAAAGTCAGGGG

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1C776TF 589 0 0
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AAACATGTTCTATTGGCATCAATCAAACTGTGTTACCATTGTTACTTAATCAAAAACATG
GCCAGCACAAGTCGTGGCCATCTCCTATAAAAGCCGTGTTCATCTTCTCTTCCACACAAC
AACCATTCCCTCCTTGCTTCTTCCGATCCTAAAGATGTTATGGCTCCCTTTATACGAATG
ATGTCTAAGAGCTCAGCACCAGCTTTAGAGTCAGACAAATCAGTAGCAGCTTGACTCATG
TGTAATCTGGGAGGGAGAATGAGACTGTTAGCAAGTCCTTGCGGACAAACGACGAGATCC
ATGTGTAATCTGGGAGGGCGAATGAGACTGTTAGCTTTATTGCGTTTTGTATCCCTAACC
ACACCCTTCTCCGTTCATGCTCTGCATCTGTTTCATTTATTTTTTTGTGTTTTCTTCGGA
AATCAGGGTTTCAGAAAGAAAAAAAGTCAGGGGAATATGGAGAAGAAGGAGAAGAAGAAG
GCAAGAGACAGAGGTCTGTGTGATTCGAGAGGATGAAACTACGTTCTCC

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

CO CL4830Contig1 689 2 3 U
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TCCCCGGGATTCTCTGGAACTGTGAAGAAGGGTGGGGCTCTGCCTTTCAGTATTTTCTTC
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TTTTTCCTTCCTCTTGTTTAACTATGTGAAACTGTTTCACATAAAAAGAAAATAAGATGC
AAACACTCATCTTTTTGTTGGTTTTCTATCTTTAATCCTTGAGAAAGAAAGAAAATTGAA
CATATATAATATAAACAATATACTCATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H010TF U 1
AF RR1H010JQ C 183
BS 1 225 RR1H010TF
BS 226 226 RR1H010JQ
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RD RR1H010TF 689 0 0
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GGAAGAGATGGTTGAAGCCAAAGTACCTCTCGGATACAGAGATCAGTGCGCTCATCTCCT
GATCCCGCTCAACAAATGTCGCCAGGCCGAGTTCTTCCTCCCGTGGAAGTGCGAGGACGA
GCGCCACGTGTACGAGAAGTGCGAGTACGAGCTCGTGATGGAGAGGATGCTCGCGATGCA
GAAGATCCGCGAGGAAGAAGCCAAGGCTAAACAGAATAAGATACAAGGGAAGGGTGTTCC
TCTAATCCCTAAAACCGCGAATGCTTAGCCGGTAGCCCTAATTGATTCGATCTTCCAGCT
TCCCCGGGATTCTCTGGAACTGTGAAGAAGGGTGGGGCTCTGCCTTTCAGTATTTTCTTC
TTGTTGGTGATGAAAAGTTTGTTGCTGCATTTTCAGGATTATTATCTCTCCCTTTTCGTT
TTTTTCCTTCCTCTTGTTTAACTATGTGAAACTGTTTCACATAAAAAGAAAATAAGATGC
AAACACTCATCTTTTTGTTGGTTTTCTATCTTTAATCCTTGAGAAAGAAAGAAAATTGAA
CATATATAATATAAACAATATACTCATCG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1H010JQ 507 0 0
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AGATCCGCGAGGAAGAAGCCAAGGCTAAACAGAATAAGATACAAGGGAAGGGTGTTCCTC
TAATCCCTAAAACCGCGAATGCTTAGCCGGTAGCCCTAATTGATTCGATCTTCCAGCTTC
CCCGGGATTTTCTGGAACTGTGAAGAAGGGTGGGGCTCTGCCTTTCAGTATTTTCTTCTT
GTTGGTGATGAAAAGTTTGTTGCTGCATTTTCAGGATTATTATCTCTCCCTTTTCGTTTT
TTTCCTTCCTCTTGTTTAACTATGTGAAACTGTTTCACATAAAAAGAAAATAAGATGCAA
ACACTCATCTTTTTGTTGGTTTTCTATCTTTAATCCTTGAGAAAGAAAGAAAATTGAACA
TATATAATATAAACAATATACTCATCG

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 2

CO CL4831Contig1 618 2 4 U
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TGTACACTGGAAGCTTCTGAAAGAGATGTTAACGCAGATTTTTGGAATCCCCAAGGAACA
TAGAAAGTCTAAACCTTACCATGATCATGTGTTTGCTTTCTCCATTGTTGATGACCATAT
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TGGTCTGGATAAAATGACACTTGTTGAGGTTGGTCCAAGGTTTTGTTTAAATCCGATTAA
GATATTTGGAGGCAGCTTTGGAGGTCCAACTCTTTACGAGAACCCATTCTATGTATCTCC
AAACCAGATTCGAGCATTGGAGAAAAGAAATAAGGCTGGGAAGTTTGTAAAGAAGATCAA
AGCGAAAACGAGGAAAAAGATGCATGAGCTTTCCAACCCATTGGAGCCTGATGAGTTTGC
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TGTGAACTTCCACATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A248TF U 1
AF RR1A248JQ C 73
BS 1 313 RR1A248TF
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BS 315 324 RR1A248TF
BS 325 618 RR1A248JQ

RD RR1A248TF 324 0 0
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TGGAAACCATCTGAAAGGGTCAAGGCCACTCTTGACGTTCTCATCTAACTTTGATAAAGA
TGTACACTGGAAGCTTCTGAAAGAGATGTTAACGCAGATTTTTGGAATCCCCAAGGAACA
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ATGGTTCCGTAATTACCAGATATCGGTACCTCATAATGAGGCAGACAACGTTGCAAGAGG
TGGTCTGGATAAA*TGACACTTGT

QA 1 324 1 324
DS 

RD RR1A248JQ 546 0 0
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GCTTCTGAAAGAGATGTTAACGCAGATTTTTGGAATCCCCAAGGAACATAGAAAGTTTAA
ACCTTACCATGATCATGTGTTTGCTTTCTCCATTGTTGATGACCATATATGGTTCCGTAA
TTACCAGATATCGGTACCTCATAATGAGGCAGACAAGGTTGCAAGAGGTGGTCTGGATAA
AATGACACTTGTTGAGGTTGGTCCAAGGTTTTGTTTAAATCCGATTAAGATATTTGGAGG
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AGCATTGGAGAAAAGAAATAAGGCTGGGAAGTTTGTAAAGAAGATCAAAGCGAAAACGAG
GAAAAAGATGCATGAGCTTTCCAACCCATTGGAGCCTGATGAGTTTGCTGACATGTGGAA
GGATGATGAATGATAATTGATAAGAGTTTTAATCAATTTTTTTGCTGTTGTGAACTTCCA
CATATT

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL4832Contig1 867 2 2 U
GGTCTAATTGATGTAGTAAGCCAACAAAAAAGATGGGCTATAGGGCTTCTTGAAGTTTCC
ATCTCAAGATATAGTCCCCTTACCTATGGAGTCAAATCAATGGGGCTATTGATGGGTGTG
GCCTATTGTCAATATGCATATTGGGCGTTCTGGGCAATACCTCTCATCGTATATGGACTA
TTGCCTCAACTTGCCCTCCTATATGGGGTTAGCGTCTTTCCCAAGCCATCAGATCCATGG
TTTTGGCTCTGCATCTTTTTGTTCTTTGGTGCTTATGCGCAAGATCTAATAGACTTCGTA
TTAGAAGGAGGTACTTATCGCGGATGGTGGAACGATCAAAGAATGTGGATGATAAGAGGA
TTCACTTCATTTTTCTTCGGCTTCATAGAGTTCACTCTTAAAACCCTAAATCTCTCCACT
CATGGATTCAACCTCACCAGCAAAGCCAACGAAGATGATGAACAGAGCAAGAGATATGAG
AAAGGGATCTTTGATTTTGGGCCCTCGTCGTCCATGTTCTTGCCCTTGACTGCGACCGCA
ATCATAAACCTCTTTGCCTTAGTTTGGGGGATTTGTGGCCTTTTCATATGGGGAGAAAGA
CTTATTCTTGAGTTGATGTTGGCGAGTTTTGCAGCGGTGAACTGCTTGCCGGTTTATGAA
GCTATGATGTTGAGAAAAGATGCCGGGAAAATACCAAAAAGGGCAAGTTTATCCGCTGGG
ATCCTCACATTTGCTCTGATTGTGTCAGGTTACTTCTTCCTCAAGTAACTGCGTGAATTA
GCATTATGTGCTTACCTTTACAATAACGTTATTTTTGGAATGTGGTAAACTAGAAGCATG
AAATAATAATGTGATGAAATTTCTCTC


BQ
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AF RR1G949TF U 1
AF RR1G949JQ C 185
BS 1 638 RR1G949TF
BS 639 867 RR1G949JQ

RD RR1G949TF 638 0 0
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TTGCCTCAACTTGCCCTCCTATATGGGGTTAGCGTCTTTCCCAAGCCATCAGATCCATGG
TTTTGGCTCTGCATCTTTTTGTTCTTTGGTGCTTATGCGCAAGATCTAATAGACTTCGTA
TTAGAAGGAGGTACTTATCGCGGATGGTGGAACGATCAAAGAATGTGGATGATAAGAGGA
TTCACTTCATTTTTCTTCGGCTTCATAGAGTTCACTCTTAAAACCCTAAATCTCTCCACT
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AAAGGGATCTTTGATTTTGGGCCCTCGTCGTCCATGTTCTTGCCCTTGACTGCGACCGCA
ATCATAAACCTCTTTGCCTTAGTTTGGGGGATTTGTGGCCTTTTCATATGGGGAGAAAGA
CTTATTCTTGAGTTGATGTTGGCGAGTTTTGCAGCGGT

QA 1 638 1 638
DS 

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GGCTCTGCATCTTTTTGTTCTTTGGTGCTTATGCGCAAGATCTAATAGACTTCGTATTAG
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TAAACCTCTTTGCCTTAGTTTGGGGGATTTGTGGCCTTTTCATATGGGGAGAAAGACTTA
TTCTTGAGTTGATGTTGGCGAGTTTTGCGGCGGTGAACTGCTTGCCGGTTTATGAAGCTA
TGATGTTGAGAAAAGATGCCGGGAAAATACCAAAAAGGGCAAGTTTATCCGCTGGGATCC
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TATGTGCTTACCTTTACAATAACGTTATTTTTGGAATGTGGTAAACTAGAAGCATGAAAT
AATAATGTGATGAAATTTCTCTC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

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C


BQ
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10 

AF RR1D086TF U 16
AF RR1H352TF U 1
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BS 96 96 RR1D086TF
BS 97 166 RR1H352TF
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BS 512 513 RR1D086TF
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RD RR1D086TF 533 0 0
G
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QA 2 533 2 533
DS 

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ACACAGAATCTGGCAACTTCAAACATTTCAACGCCTGTGTGAGCTTCACCAAGGATGATT
TGATTGCTTCTCTTACTCTGAATGACAAAGGTGAGAAATTGAATGCCTCGTACTACCACA
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AAGTGAACACGATAACCGTGGGTGCTCAGCACGCTCTGGACCCATTGACCACGGTTAAGA
CACGCGTAAACAATGCTGGTATAGCCAACGCTCTGATCCAACACGAGTGGCGTCCGAAGT
CGTTCATCACCATCTCTGGAGAGGTTGACTCTAAGGCCATCGAGAAGAGTGCTAAAGTTG
GATTTGCTCTCGCTCTCAAGCCTTGAGTGAAAAGAACCTCCTCCAATGTCTTCCTAATCT
TTTGGAACTAATCTCTGTCTGTTTTTTTTTT**CCTTTAAAAATTGTTCATTTGTTTTCT
TTTTTTACAAAATAAGAAGAAAAATAAAATACTATGAAAGGATCGTCTTTGAAGATGAAC
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

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TACATTTTTCAATAAATTACTTAATGATAAATAGTAAATTTCAAAAATAATTAATTGTGT
TTACTCAAAGTGTATTGTTTAACAATTGTGGAAAACAGTTAACTATAAAAACAATATAAT
CAAAATTTAATATGTTTTTATTTTTTTCTGAAAATTCTAATACATATATTTTTGTATATT
CCAAGATTTGGTGACTGTTTGTTACCTCTGAAGATATGCTTAAACCTCCATTCAAACCCA
TGAAGATCTCTAGTCACAAGCTCTTGAGTAGGAGTAGCTTGTGTCATGTCCAAGGCAGGC
AAGCATTCAGTAGCGTGTTTACGAAGAACAGAGAATCCACCATGAGTGCTTGTGTCTGAA
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TTTATCAAAATAACCAATAAAAAAGTCTGCTTAAGAAACTAACATCTTCCTCTGGTTTTA
ATGTGATCTGAGCGTAGACTTCATCTGTTTCATGCTCAGCCTATATACATCCAAACATTT
AAAAAATAGACTCATGAGAAAAAAACAAACAAGAGTTATTATGATTCAAAGCTTTCACCT
TTAACATGACACTGAGAACTCTACACAGTATCTTGGGAGGAAGTTTGAAATCAGGTATCT
CTTCTGATTCAATTCCCTGATTAGTTGAAGCCACAAGCTG


BQ
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AF RR1FG65TF U 1
AF RR1FG65JQ C 191
BS 1 678 RR1FG65TF
BS 679 940 RR1FG65JQ

RD RR1FG65TF 678 0 0
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TTTTTAAAAACAAAAAAAAAATTGAAAGATAGTTTTTTACATTTTTTCTTTTTTTTTGAA
ATAATGTTAAATTTATTCAAAAAACTATTGTACAATGACTGTAAATGTAAAAACTTTTTT
TACATTTTTCAATAAATTACTTAATGATAAATAGTAAATTTCAAAAATAATTAATTGTGT
TTACTCAAAGTGTATTGTTTAACAATTGTGGAAAACAGTTAACTATAAAAACAATATAAT
CAAAATTTAATATGTTTTTATTTTTTTCTGAAAATTCTAATACATATATTTTTGTATATT
CCAAGATTTGGTGACTGTTTGTTACCTCTGAAGATATGCTTAAACCTCCATTCAAACCCA
TGAAGATCTCTAGTCACAAGCTCTTGAGTAGGAGTAGCTTGTGTCATGTCCAAGGCAGGC
AAGCATTCAGTAGCGTGTTTACGAAGAACAGAGAATCCACCATGAGTGCTTGTGTCTGAA
GCTGTTAGAATCTTTACAAACGAGTGGAACATTTGTTTCGTTGGTTCAACAATAGGTGGA
TCAAGACTTGTAAGTTCACTTTGCTGCAACATACAAAAAAGAAATTAAACTAAATCACTA
TTTATCAAAATAACCAAT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1FG65JQ 750 0 0
AATAAATTACTTAATGATAAATAGTAAATTTCAAAAATAATTAATTGTGTTTACTCAAAG
TGTATTGTTTAACAATTGTGGAAAACAGTTAACTATAAAAACAATATAATCAAAATTTAA
TATGTTTTTATTTTTTTCTGAAAATTCTAATACATATATTTTTGTATATTCCAAGATTTG
GTGACTGTTTGTTACCTCTGAAGATATGCTTAAACCTCCATTCAAACCCATGAAGATCTC
TAGTCACAAGCTCTTGAGTAGGAGTAGCTTGTGTCATGTCCAAGGCAGGCAAGCATTCAG
TAGCGTGTTTACGAAGAACAGAGAATCCACCATGAGTGCTTGTGTCTGAAGCTGTTAGAA
TCTTTACAAACGAGTGGAACATTTGTTTCGTTGGTTCAACAATAGGTGGATCAAGACTTG
TAAGTTCACTTTGCTGCAACATACAAAAAAGAAATTAAACTAAATCACTATTTATCAAAA
TAACCAATAAAAAAGTCTGCTTAAGAAACTAACATCTTCCTCTGGTTTTAATGTGATCTG
AGCGTAGACTTCATCTGTTTCATGCTCAGCCTATATACATCCAAACATTTAAAAAATAGA
CTCATGAGAAAAAAACAAACAAGAGTTATTATGATTCAAAGCTTTCACCTTTAACATGAC
ACTGAGAACTCTACACAGTATCTTGGGAGGAAGTTTGAAATCAGGTATCTCTTCTGATTC
AATTCCCTGATTAGTTGAAGCCACAAGCTG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4836Contig1 979 2 2 U
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GATGCTATAGACGAAAGCCCTAGCACAAATGATGGGGGTAGTGGTGTCGTGGAGATCAAT
ACTCTTTCAGCTATTTGTTTCGTATTTCTTGCTTCGGGCTTCCTTGTGGTTCTTTACAAG
CTCATGTCTTATTGGTTTGTGGAGCTTCTTGTGGTTGTTTTCTGCATTGGTGGTGTTGAG
GGTTTGCAAACTTGCCTTGTTGCTTTGCTATCAAGATGGTTCAAACGTGCTGGAGATTCT
TACATAAAAGTCCCTTTCCTTGGACCTATCTCTTATCTGACGCTTGCAGTTTCTCCCTTC
TGCATTGTCTTTGCTGTTCTATGGGCTGTTTACCGAGAGCGTTCTTTAGCTTGGATTGGC
CAAGATATTCTTGGGATCGCATTGATCATCACAGTATTACAGATTGTTCATGTCCCAAAC
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GTCTCCAAGAAGTTGTTCCACGAGAGCGTAATGATTGTCGTAGCTCGTGGTGATAAAAGC
GGAGAAGATGGCATCCCTATGCTACTGAAGATTCCACGCATGTTCGATCCGTGGGGAGGC
TACAGCATTATTGGATTCGGTGATATTCTTTTGCCCGGTTTGCTTATCGCATTTGCTTTC
AGATATGACTGGTTAGCTAACAAGACTCTTCGAACCGGCTACTTTATATGGGCAATGGTT
GCCTACGGATTAGGTCTTTTGATTACTTACGTGGCTCTAAACCTTATGGATGGGCACGGC
CAACCAGCATTACTTTACATTGTCCCTTTCACACTGGGAACGATGTTAACACTAGCTCGA
AAACGAGACGATCTTTGGATTCTATGGACGAAAGGAGAGCCAGAAAGGGCATGTCCTCAC
CACGTCAGGCTTGAACAGT


BQ
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AF RR1GO32TF U 1
AF RR1GO32JQ C 590
BS 1 679 RR1GO32TF
BS 680 979 RR1GO32JQ

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GATGCTATAGACGAAAGCCCTAGCACAAATGATGGGGGTAGTGGTGTCGTGGAGATCAAT
ACTCTTTCAGCTATTTGTTTCGTATTTCTTGCTTCGGGCTTCCTTGTGGTTCTTTACAAG
CTCATGTCTTATTGGTTTGTGGAGCTTCTTGTGGTTGTTTTCTGCATTGGTGGTGTTGAG
GGTTTGCAAACTTGCCTTGTTGCTTTGCTATCAAGATGGTTCAAACGTGCTGGAGATTCT
TACATAAAAGTCCCTTTCCTTGGACCTATCTCTTATCTGACGCTTGCAGTTTCTCCCTTC
TGCATTGTCTTTGCTGTTCTATGGGCTGTTTACCGAGAGCGTTCTTTAGCTTGGATTGGC
CAAGATATTCTTGGGATCGCATTGATCATCACAGTATTACAGATTGTTCATGTCCCAAAC
CTTAAGGTTGGGACAGTTCTCCTCAGCTGTGCCTTCTTGTACGATATCTTCTGGGTGTTT
GTCTCCAAGAAGTTGTTCCACGAGAGCGTAATGATTGTCGTAGCTCGTGGTGATAAAAGC
GGAGAAGATGGCATCCCTATGCTACTGAAGATTCCACGCATGTTCGATCCGTGGGGAGGC
TACAGCATTATTGGATTCG
TGAT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1GO32JQ 390 0 0
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CGTGGGGAGGCTACAGCATTATTGGATTCGGTGATATTCTTTTGCCCGGTTTGCTTATCG
CATTTGCTTTCAGATATGACTGGTTAGCTAACAAGACTCTTCGAACCGGCTACTTTATAT
GGGCAATGGTTGCCTACGGATTAGGTCTTTTGATTACTTACGTGGCTCTAAACCTTATGG
ATGGGCACGGCCAACCAGCATTACTTTACATTGTCCCTTTCACACTGGGAACGATGTTAA
CACTAGCTCGAAAACGAGACGATCTTTGGATTCTATGGACGAAAGGAGAGCCAGAAAGGG
CATGTCCTCACCACGTCAGGCTTGAACAGT

QA 1 390 1 390
DS 



AS 1 2

CO CL4837Contig1 572 2 5 U
GGACCTATTAAAAAGGAAAGCGTGAAGTGAAGCAGTAAAACCTAAAACTCCCAAGCGAGA
AAAAATATATAGAGAGAGAGAGAAACAAAGTTTAGAGGTTTAAGTGCTTAGCTCAAGATG
ATCATCCCTGTTCGCTGCCTTACCTGTGGAAAAGTGATTGGAAACAAGTGGGATGCGTAT
CTTGATCTTCTCCAGCTTGACTACACTGAAGGGGATGCACTTGATGCGCTCAACTTGGTT
AGATACTGCTGCAGGCGTATGCTTATGACTCACGTTGATCTTATCGAGAAGCTTCTCAAC
TACAACACTCTGGAAAAATCCGACAACAGTTGATAAAGAGTGGATGCAAATCTGTTGAAA
GAGTGTTGTTACTCGTCAGACGGCTTATATATTTATGAAATATGTATGAAACTCTAGTGT
GTTTGGTGTAGAAACTTAATCAATCTGAATCATGTTGGTTTTAGACTACGTCAGGGATTT
TATCATATGTATGTCGGTGTCTCTACGTGTAATGCTTTTCTGAGCTAAAAGATTTGTACT
TCTAAGTAATTCGTCTTTCACCAGTTCGTATA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BF95TF U 1
AF RR1AA79TF U 35
BS 1 510 RR1BF95TF
BS 511 511 RR1AA79TF
BS 512 526 RR1BF95TF
BS 527 527 RR1AA79TF
BS 528 572 RR1BF95TF

RD RR1BF95TF 572 0 0
GGACCTATTAAAAAGGAAAGCGTGAAGTGAAGCAGTAAAACCTAAAACTCCCAAGCGAGA
AAAAATATATAGAGAGAGAGAGAAACAAAGTTTAGAGGTTTAAGTGCTTAGCTCAAGATG
ATCATCCCTGTTCGCTGCCTTACCTGTGGAAAAGTGATTGGAAACAAGTGGGATGCGTAT
CTTGATCTTCTCCAGCTTGACTACACTGAAGGGGATGCACTTGATGCGCTCAACTTGGTT
AGATACTGCTGCAGGCGTATGCTTATGACTCACGTTGATCTTATCGAGAAGCTTCTCAAC
TACAACACTCTGGAAAAATCCGACAACAGTTGATAAAGAGTGGATGCAAATCTGTTGAAA
GAGTGTTGTTACTCGTCAGACGGCTTATATATTTATGAAATATGTATGAAACTCTAGTGT
GTTTGGTGTAGAAACTTAATCAATCTGAATCATGTTGGTTTTAGACTACGTCAGGGATTT
TATCATATGTATGTCGGTGTCTCTACGTGTTATGCTTTTCTGAGCTGAAAGATTTGTACT
TCTAAGTAATTCGTCTTTCACCAGTTCGTATA

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1AA79TF 513 0 0
GG
AAAACCTAAAACTCCCAAGCGAGAAAAAATATATAGAGAGAGAGAGAAACAAAGTTTAGA
GGTTTAAGTGCTTAGCTCAAGATGATCATCCCTGTTCGCTGCTTTACCTGTGGAAAAGTG
ATTGGAAACAAGTGGGATGCGTATCTTGATCTTCTCCAGCTTGACTACACTGAAGGGGAT
GCACTTGATGCGCTCAACTTGGTTAGATACTGCTGCAGGCGTATGCTTATGACTCACGTT
GATCTTATCGAGAAGCTTCTCAACTACAACACTCTGGAAAAATCCGACAACAGTTGATAA
AGAGTGGATGCAAATCTGTTGAAAGAGTGTTGTTACTCGTCAGACGGCTTATATATTTAT
GAAATATGTATGAAACTCTAGTGTGTTTGGTGTAGAAACTTAATCAATCTGAATCATGTT
GGTTTTAGACTACGTCAGGGATTTTATCATATGTATGTCGGTGTCTCTACGTGTAATGCT
TTTCTGAGCTAAAAGATTTGTACTTCTAAGT

QA 3 513 3 513
DS 



AS 1 2

CO CL4838Contig1 959 2 4 U
TCAACAAGCATTGCTTAAAATGCTGGAAGGAACTATCGTCAATGTACCTGAGAAGGGAGC
TAGAAAGCACCCAAGAGGCGACAATATCCAGATAGATACAAAAGATATACTCTTCATATG
TGGTGGTGCTTTTGTAGACATCGAGAAGACCATCTCAGAGAGGCGTCATGATTCTTCAAT
AGGGTTTGGAGCTCCAGTGCGTGCTAACATGAGGGCGGGTGGGGTTACAAACGCCGCTGT
TGCATCAAACCTGATGGAAACTGTGGAAGGCAGTGACCTGATTGCTTATGGTTTAATACC
TGAGTTTGTTGGAAGGTTTCCGGTTCTCGTCAGCTTGTCTGCTCTCACCGAGAACCAACT
TATGCAGGTGCTGACGGAGCCAAAGAACGCACTTGGAAAGCAATACAAAAAGATGTATCA
GATGAATAGTGTAAAGCTGCATTTCACGGAAGCAGCGCTGCGGCTAATAGCTAGAAAAGC
AATAACCAAAAACACGGGAGCTCGTGGTTTAAGAGCTCTGTTAGAAAGCATACTTATGGA
CTCTATGTACGAAATACCGGAGGAGGGTACAGGGAAGGATATGATAGAGGCGGTTGTGGT
GGATGAAGAAGCAGTTGAAGGAGAAGGGCGTAGAGGCTCTGGAGCTAAGATTCTCCGTGG
TGAAGGAGCTTTGTCTCTCTATCTCTCTGAAACCAAGCCCAAGGATTCTCCTCAGATAAC
CAAAGAAGGATCTGAAGGAGAAACTGAAGTGGAGGCAGAGATCCCTTCTGTTGTAGCCAA
TATGTAATGTATCATCATCATCATCATCCAGAACATCTGGTAGATGTATCTTTGTATGCA
AACGTTCTTTGTACATAGATGATAGAAAGTAACAAAGATGGATGATCAGTAAGTGTAAGA
GAGAACACAAGGATGCACAGTTTCCACGTTGGTAATCTTTAGAATATGGCCTATCATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CV14TF U 1
AF RR1CV14JQ C 198
BS 1 665 RR1CV14TF
BS 666 666 RR1CV14JQ
BS 667 690 RR1CV14TF
BS 691 959 RR1CV14JQ

RD RR1CV14TF 690 0 0
TCAACAAGCATTGCTTAAAATGCTGGAAGGAACTATCGTCAATGTACCTGAGAAGGGAGC
TAGAAAGCACCCAAGAGGCGACAATATCCAGATAGATACAAAAGATATACTCTTCATATG
TGGTGGTGCTTTTGTAGACATCGAGAAGACCATCTCAGAGAGGCGTCATGATTCTTCAAT
AGGGTTTGGAGCTCCAGTGCGTGCTAACATGAGGGCGGGTGGGGTTACAAACGCCGCTGT
TGCATCAAACCTGATGGAAACTGTGGAAGGCAGTGACCTGATTGCTTATGGTTTAATACC
TGAGTTTGTTGGAAGGTTTCCGGTTCTCGTCAGCTTGTCTGCTCTCACCGAGAACCAACT
TATGCAGGTGCTGACGGAGCCAAAGAACGCACTTGGAAAGCAATACAAAAAGATGTATCA
GATGAATAGTGTAAAGCTGCATTTCACGGAAGCAGCGCTGCGGCTAATAGCTAGAAAAGC
AATAACCAAAAACACGGGAGCTCGTGGTTTAAGAGCTCTGTTAGAAAGCATACTTATGGA
CTCTATGTACGAAATACCGGAGGAGGGTACAGGGAAGGATATGATAGAGGCGGTTGTGGT
GGATGAAGAAGCAGTTGAAGGAGAAGGGCGTAGAGGCTCTGGAGCTAAGATTCTCCGTGG
TGAAG*AGCTTTGTCTCTCTATCTCTCTGA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1CV14JQ 762 0 0
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AAACTGTGGAAGGCAGTGACCTGATTGCTTATGGTTTAATACCTGAGTTTGTTGGAAGGT
TTCCGGTTCTCGTCAGCTTGTCTGCTCTCACCGAGAACCAACTTATGCAGGTGCTGACGG
AGCCAAAGAACGCACTTGGAAAGCAATACAAAAAGATGTATCAGATGAATAGTGTAAAGC
TGCATTTCACGGAAGCAGCGCTGCGGCTAATAGCTAGAAAAGCAATAACCAAAAACACGG
GAGCTCGTGGTTTAAGAGCTCTGTTAGAAAGCATACTTATGGACTCTATGTACGAAATAC
CGGAGGAGGGTACAGGGAAGGATATGATAGAGGCGGTTGTGGTGGATGAAGAAGCAGTTG
AAGGAGAAGGGCGTAGAGGCTCTGGAGCTAAGATTCTCCGTGGTGAAGGAGCTTTGTCTC
TCTATCTCTCTGAAACCAAGCCCAAGGATTCTCCTCAGATAACCAAAGAAGGATCTGAAG
GAGAAACTGAAGTGGAGGCAGAGATCCCTTCTGTTGTAGCCAATATGTAATGTATCATCA
TCATCATCATCCAGAACATCTGGTAGATGTATCTTTGTATGCAAACGTTCTTTGTACATA
GATGATAGAAAGTAACAAAGATGGATGATCAGTAAGTGTAAGAGAGAACACAAGGATGCA
CAGTTTCCACGTTGGTAATCTTTAGAATATGGCCTATCATCG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL4839Contig1 163 2 1 U
GGCAGGCAAAATGGTGATGAATTGCGATTGGTCCAAACCTTCGACCAGCTCCTTCTTGCA
ATCCGCCCAGAATGACCATCCTAAGCCCTTATTCACTGTGTGAAGAACGGGGCAGTCCGC
TGGAGTGTAGGCTTCTTGGCCGCGCCCCCTGCTTATAGATACG


BQ
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AF RR1DQ93JQ C 1
AF RR1DQ93TF U 1
BS 1 163 RR1DQ93TF

RD RR1DQ93JQ 163 0 0
GGCAGGCAAAATGGTGATGAATTGCGATTGGTCCAAACCTTCGACCAGCTCCTTCTTGCA
ATCCGCCCAGAATGACCATCCTAAGCCCTTATTCACTGTGTGAAGAACGGGGCAGTCCGC
TGGAGTGTAGGCTTCTTGGCCGCGCCCCCTGCTTATAGATACG

QA 1 163 1 163
DS 

RD RR1DQ93TF 163 0 0
GGCAGGCAAAATGGTGATGAATTGCGATTGGTCCAAACCTTCGACCAGCTCCTTCTTGCA
ATCCGCCCAGAATGACCATCCTAAGCCCTTATTCACTGTGTGAAGAACGGGGCAGTCCGC
TGGAGTGTAGGCTTCTTGGCCGCGCCCCCTGCTTATAGATACG

QA 1 163 1 163
DS 



AS 1 2

CO CL4840Contig1 877 2 4 U
GGACCGTATTGGTGGCATCGATGTTTTATTTCTAAAGAGTAAAGACGAGAGAAAAACGAC
GACGTAGTAGAGAGCGTTCACTGTGATTGAATCGAAGACGGCGGCGGATGACGACGACAA
AGGAGCTTGCGATGGAAGGGGAGAAGCATTTAGAGGAGACTATCGAAGCGGCTTTTCAGA
TCATTTCCGCCATGAACGATGAGCTCTGCAATCCTTCTCTGTGGTCTACATCATCAACCA
CCGCGAGTTCCACGACTGGCTCCAATAACGGATCGGCTCTCGTTTCCGCCGACGCGGCTG
GGATCGATGGAGCAGCGAATCATTCGGAATCTGGTGGTGGCGGTGGTGGTGGAGGAGGAG
GAAGTGGAAACAGCGCTCTGGATGAAGCTAGTCTTCGCTATAAGAACTCCGTGACTTCGC
TTCGTGCTGTTCTTGCTGCCATCCTCAATTCTCACAAGGCAAAAGTATCTGAAACTGAAA
ACGGTTTAGAAACTCCTGAAGAAGAAGAAGACGAAATCGAAAAGTTGGAGGAGCAAGCCT
TGAGTCTCAGAAAGGAGATTGCGGAGAAGAATGTTCATGTCAAAGAGCTTATCGACAAAT
TTCGACAACTTATAGCAGATATCTCCACATGGCAAAGCCCTTGTTCTGTTTGAGTTTTTT
TTTCTTTTGACATTGGTGTGACCTGTTTAGACAAGATTCCAAGCCTTTGTTCTTGAACTC
CTCACTTGATGTATTAGTTTTTAGGTATTTTGTTCTTTTGACTTTCATGAAAGAAAGCAG
AAATCTTAAAGATTACATTAGTATGTAAGTATGTTTCAGACAAAACCTTCGAGACCTGTC
TGTTTTCAGTTGAATGACGCTCCTTCTTGTTTGTATC


BQ
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GH77TF U 1
AF RR1FA03TF U 576
BS 1 662 RR1GH77TF
BS 663 663 RR1FA03TF
BS 664 689 RR1GH77TF
BS 690 877 RR1FA03TF

RD RR1GH77TF 689 0 0
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GACGTAGTAGAGAGCGTTCACTGTGATTGAATCGAAGACGGCGGCGGATGACGACGACAA
AGGAGCTTGCGATGGAAGGGGAGAAGCATTTAGAGGAGACTATCGAAGCGGCTTTTCAGA
TCATTTCCGCCATGAACGATGAGCTCTGCAATCCTTCTCTGTGGTCTACATCATCAACCA
CCGCGAGTTCCACGACTGGCTCCAATAACGGATCGGCTCTCGTTTCCGCCGACGCGGCTG
GGATCGATGGAGCAGCGAATCATTCGGAATCTGGTGGTGGCGGTGGTGGTGGAGGAGGAG
GAAGTGGAAACAGCGCTCTGGATGAAGCTAGTCTTCGCTATAAGAACTCCGTGACTTCGC
TTCGTGCTGTTCTTGCTGCCATCCTCAATTCTCACAAGGCAAAAGTATCTGAAACTGAAA
ACGGTTTAGAAACTCCTGAAGAAGAAGAAGACGAAATCGAAAAGTTGGAGGAGCAAGCCT
TGAGTCTCAGAAAGGAGATTGCGGAGAAGAATGTTCATGTCAAAGAGCTTATCGACAAAT
TTCGACAACTTATAGCAGATATCTCCACATGGCAAAGCCCTTGTTCTGTTTGAGTTTTTT
TT*CTTTTGACATTGGTGTGACCTGTTTA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1FA03TF 302 0 0
G
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GCCCTTGTTCTGTTTGAGTTTTTTTTTCTTTTGACATTGGTGTGACCTGTTTAGACAAGA
TTCCAAGCCTTTGTTCTTGAACTCCTCACTTGATGTATTAGTTTTTAGGTATTTTGTTCT
TTTGACTTTCATGAAAGAAAGCAGAAATCTTAAAGATTACATTAGTATGTAAGTATGTTT
CAGACAAAACCTTCGAGACCTGTCTGTTTTCAGTTGAATGACGCTCCTTCTTGTTTGTAT
C

QA 2 302 2 302
DS 



AS 1 2

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CAAAGTTATAAAAAAGCTTTCTTCTTCATAAAGTTTCTTTCTCTTCAAACACTTAAAATA
CTTTCTCCATTTCTATAAAGTTTTTCATTCCAACAACATCTTGGAATATATATGTAACTA
TATGTATCATATGAGATGTCTTGCCAAAGTTTTCTTAACCATATATAATCTCTAAAATTT
AAATACCAACCGAGTTTGAGATGTTTATTAGAGATAATGAAGGTTTGGTGTTGTTTAAAG
TTGATCACTTGTTTTTAAGTTTTATGTGTGTGTGATCAAACGAGTTTTGTAATGATGCAT
CTAGTAATAATAGTTAAAAGATAATAACATAATCACTTTATAACCAGGGTTTATGGTCTA
CTGGTGATTAACTTGAGGTTAAAAATACAATGTGAAGCCACTAAGATTTAAGTTTCAACC
ACTTATATGGGGTATCTACAAGCATCATTTGTTTGTAACCAGTCTTGCTTGGAAACAATA
AATGTAGAAGTGGTTCAAATCCAATACAAGTATTTGTACCAGCTTCTGAGAGCCATCCGA
TTCAGGCAAATGTACCCATATTGAGATTCTCAAGTTTATGTCCTATTGTATTCTTTTTTT
TTTCGGGGGTCAAGATGTCCAATAATATTTATGCTAA


BQ
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AF RR1AS74TF U 547
AF RR1AS74JQ C 1
BS 1 546 RR1AS74JQ
BS 547 654 RR1AS74TF
BS 655 697 RR1AS74JQ

RD RR1AS74TF 108 0 0
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CAAATGTACCCATATTGAGATTCTCAAGTTTATGTCCTATTGTATTCT

QA 1 108 1 108
DS 

RD RR1AS74JQ 697 0 0
GGCAAAAAAATCAAGAAATCCAAGTTTGTAAAAACCATCTAAATAATAAAAAATATTCTT
CAAAGTTATAAAAAAGCTTTCTTCTTCATAAAGTTTCTTTCTCTTCAAACACTTAAAATA
CTTTCTCCATTTCTATAAAGTTTTTCATTCCAACAACATCTTGGAATATATATGTAACTA
TATGTATCATATGAGATGTCTTGCCAAAGTTTTCTTAACCATATATAATCTCTAAAATTT
AAATACCAACCGAGTTTGAGATGTTTATTAGAGATAATGAAGGTTTGGTGTTGTTTAAAG
TTGATCACTTGTTTTTAAGTTTTATGTGTGTGTGATCAAACGAGTTTTGTAATGATGCAT
CTAGTAATAATAGTTAAAAGATAATAACATAATCACTTTATAACCAGGGTTTATGGTCTA
CTGGTGATTAACTTGAGGTTAAAAATACAATGTGAAGCCACTAAGATTTAAGTTTCAACC
ACTTATATGGGGTATCTACAAGCATCATTTGTTTGTAACCAGTCTTGCTTGGAAACAATA
AATGTAGAAGTGGTTCAAATCCAATACAAGTATTTGTACCAGCTTCTGAGAGCCATCCGA
TTCAGGCAAATGTACCCATATTGAGATTCTCAAGTTTATGTCCTATTGTATTCTTTTTTT
TTTCGGGGGTCAAGATGTCCAATAATATTTATGCTAA

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL4842Contig1 956 2 2 U
TTTAATCCCCAGCGCATCACGAATCGTTAGGAACAACGCCTGCTAGATTGTCCTTATCTC
TATAATTGTCATCAAAGGTTGTATCCGTGTTCTTCTTCGCCTCTTCTTCGTCAAGCGATC
TTCCATCTTCTTCATCCCAAGCGATGCCAGTTACGGATTAATATCCCTACAACCCTCATT
TAATTTTTAATCCTCGATCTACATTCAGTGAGAATTTTTTTTCCTCTAAAAGACGGTGGA
GGTTCTACTACAAAAAAAGATTTTCATCTTTCATGAACCTTAAAAGAGATCTCAAAACGT
CGGCAGCCAGCCATGGCTATCACTAAAGTCCATAGAATTATGATCCTGCTAAATAAAGCT
AAGATCCAAATTTGGCTATTTAGACAGAAAGATCTGGGCACTGAAGAAATATTAATATCT
GAGCGAGAGTATGAGATTGGGTAATTGATGTCTCTTGGGTTTTGCAAGTGTTCAAGAATT
CCAGGTGTTTTCTTGGTACTTATGGTCTCTTATGTTGATCTAGAGTACAAAAAATACACA
GTGGATATAGATCGATCATCAATTACTTGGAGATGCAATCCATTATCTCAACGACCGTTT
GCAGAGGATGAATGATCTTCACAACGAACTTCGGTCAACTCCACCTGGATCTTTGCCTCC
AGCTCCAACAAGTTTCCATCCATTAACACTTACACCTCATACTCTTTCTTTCCGTGTGAA
GGAAGAGCTATGTCCCTCATACCGAGCCTTAAAGAACAACAATCAAGAGTAAACAAAGCT
TCATGGGTAGTTTTTCGTTTCATAGAGTAGTTTTCGTTTCATGTGTTTTTGTTATCTACA
TGTTGAGGTTAGACTAAGGGAAGGAAGACCAGTCAACATTTGCGTGATTTGTTTGGCTTG
GATGTTGTTCACGTTGAGGTTACATTCTCTTCATCTTTTTAATTGTGCTTCTCACC


BQ
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AF RR1E362TF U 1
AF RR1E362JQ C 284
BS 1 533 RR1E362TF
BS 534 956 RR1E362JQ

RD RR1E362TF 533 0 0
TTTAATCCCCAGCGCATCACGAATCGTTAGGAACAACGCCTGCTAGATTGTCCTTATCTC
TATAATTGTCATCAAAGGTTGTATCCGTGTTCTTCTTCGCCTCTTCTTCGTCAAGCGATC
TTCCATCTTCTTCATCCCAAGCGATGCCAGTTACGGATTAATATCCCTACAACCCTCATT
TAATTTTTAATCCTCGATCTACATTCAGTGAGAATTTTTTTTCCTCTAAAAGACGGTGGA
GGTTCTACTACAAAAAAAGATTTTCATCTTTCATGAACCTTAAAAGAGATCTCAAAACGT
CGGCAGCCAGCCATGGCTATCACTAAAGTCCATAGAATTATGATCCTGCTAAATAAAGCT
AAGATCCAAATTTGGCTATTTAGACAGAAAGATCTGGGCACTGAAGAAATATTAATATCT
GAGCGAGAGTATGAGATTGGGTAATTGATGTCTCTTGGGTTTTGCAAGTGTTCAAGAATT
CCAGGTGTTTTCTTGGTACTTATGGTCTCTTATGTTGATCTAGAGTACAAAAA

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1E362JQ 673 0 0
AAGAGATCTCAAAACGTCGGCAGCCAGCCATGGCTATCACTAAAGTCCATAGAATTATGA
TCCTGCTAAATAAAGCTAAGATCCAAATTTGGCTATTTAGACAGAAAGATCTGGGCACTG
AAGAAATATTAATATCTGAGCGAGAGTATGAGATTGGGTAATTGATGTCTCTTGGGTTTT
GCAAGTGTTCAAGAATTCCAGGTGTTTTCTTGGTACTTATGGTCTCTTATGTTGATCTAG
AGTACAAAAAATACACAGTGGATATAGATCGATCATCAATTACTTGGAGATGCAATCCAT
TATCTCAACGACCGTTTGCAGAGGATGAATGATCTTCACAACGAACTTCGGTCAACTCCA
CCTGGATCTTTGCCTCCAGCTCCAACAAGTTTCCATCCATTAACACTTACACCTCATACT
CTTTCTTTCCGTGTGAAGGAAGAGCTATGTCCCTCATACCGAGCCTTAAAGAACAACAAT
CAAGAGTAAACAAAGCTTCATGGGTAGTTTTTCGTTTCATAGAGTAGTTTTCGTTTCATG
TGTTTTTGTTATCTACATGTTGAGGTTAGACTAAGGGAAGGAAGACCAGTCAACATTTGC
GTGATTTGTTTGGCTTGGATGTTGTTCACGTTGAGGTTACATTCTCTTCATCTTTTTAAT
TGTGCTTCTCACC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL4843Contig1 757 2 2 U
TTCTCTTTTCCTCTTTCTAAAGCAACCACATTTCTCTTCCTTCTTCATATTCCTCACCTT
CTGCAACATTAAGCTTTCAAGAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAAGCAT
GAGCTCCTCAATCATGAAAACCCTTCAGATTCGTAAACCCGCTTCCCTCCCCGTGTCTTC
AAGCACCGCCGAAGCTAGTGAACCTGGTCTTCTCCGTCGTCGTCTTTCTTCGCTTTCCTT
AAATCTCTCTCGTAACCAGCCTTCCACTGACGATTTACACAGATCCAAATCTGTCTCTGC
CATGACAGAGCAAAGAGGTAGTAGCTCTGTGAAAGAATGGTGGGAATGGAGTTGGTCACT
GATTCTATTGAAGAAACTACCAGTCTTCTTCACAGATCTCGAGTTTAACGAGAACCAAAC
CAAGTCATCGTTGGGGAAACAACAGAGAGGCGGCTTTGCTCAGGTGTTCTTCAGGCTCCG
ATCTGAGATTCGCCGTCTCCTCCGTACTTCATCCTCCGACTCTCTCCCTCCCTCATGCAA
TCGATGATGTGGCAATCTTGCTCGTTGAAGGTTTTGCTTTTTGGTTGTTGTTGTGGATCT
ACTCATATTCTTTATATATAAGTTCATGCTCACCGAATGTTTACTCATATTCTTTATAAG
AAAAAATGTCCTTCATATGTTCTTACTTCCAATGTGATTGATCAAGTTGTTTGCTGTAAT
TCCTAGATCTCATCGTGTTAAAAACATTCTTTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D167TF U 1
AF RR1D167JQ C 478
BS 1 652 RR1D167TF
BS 653 757 RR1D167JQ

RD RR1D167TF 652 0 0
TTCTCTTTTCCTCTTTCTAAAGCAACCACATTTCTCTTCCTTCTTCATATTCCTCACCTT
CTGCAACATTAAGCTTTCAAGAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAAGCAT
GAGCTCCTCAATCATGAAAACCCTTCAGATTCGTAAACCCGCTTCCCTCCCCGTGTCTTC
AAGCACCGCCGAAGCTAGTGAACCTGGTCTTCTCCGTCGTCGTCTTTCTTCGCTTTCCTT
AAATCTCTCTCGTAACCAGCCTTCCACTGACGATTTACACAGATCCAAATCTGTCTCTGC
CATGACAGAGCAAAGAGGTAGTAGCTCTGTGAAAGAATGGTGGGAATGGAGTTGGTCACT
GATTCTATTGAAGAAACTACCAGTCTTCTTCACAGATCTCGAGTTTAACGAGAACCAAAC
CAAGTCATCGTTGGGGAAACAACAGAGAGGCGGCTTTGCTCAGGTGTTCTTCAGGCTCCG
ATCTGAGATTCGCCGTCTCCTCCGTACTTCATCCTCCGACTCTCTCCCTCCCTCATGCAA
TCGATGATGTGGCAATCTTGCTCGTTGAAGGTTTTGCTTTTTGGTTGTTGTTGTGGATCT
ACTCATATTCTTTATATATAAGTTCATGCTCACCGAATGTTTACTCATATTC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1D167JQ 280 0 0
CCGATTTGAGATTTGCCGTCTCCTCCGTACTTCATCCTCCGACTCTTTCCCTCCCTCATG
CAATCGATGATGTGGCAATCTTGCTCGTTGAAGGTTTTGCTTTTTGGTTGTTGTTGTGGA
TCTACTCATATTCTTTATATATAAGTTCATGCTCACCGAATGTTTACTCATATTCTTTAT
AAGAAAAAATGTCCTTCATATGTTCTTACTTCCAATGTGATTGATCAAGTTGTTTGCTGT
AATTCCTAGATCTCATCGTGTTAAAAACATTCTTTTGTTG

QA 1 280 1 280
DS 



AS 1 2

CO CL4844Contig1 1442 2 6 U
TTTTTGAGCGGGAGAAACAAGTGGGAGGTCTCTGGATTTACTCACCTACAGCTGAGTGCG
ACCCGCTTGGTCTTCACCCGAGGAGACCTATAGTTCACTCGAGTGTCTACGAGTCTCTCC
GAACCAACCTCCCGAGAGAGTGTATGGGTTTCAGGGATTTTCCGTTCGTGCCATGTGTTG
ATGACTTGTCACGAAACTCGAGAAGGTATCCGAGCCACAGGGAAGTTCTTGCGTACCTTC
AAGACTTTGCGAGAGAGTTTAAAATAGAGGAGATGGTCCGGTTCGAGACAGAGGTGGTTA
GGGTTGAGCCGGTTGAGGGGAAATGGAGGGTCCGGTCCAAAAACTCCTGTGATCTCTCGG
ACGATGAGATCTTTGACGCCGTCGTTGTTTGCAGTGGGCATTATACCGAACCTTACGTTG
CTCGTGTTCCTGGGATAAAATCATGGCCAGGAAAGCAGATCCATAGCCACAACTACAGAG
TTCCTGGTCCATTCAAAAACGAGGTGGTGGTAGTCATCGGTAATTTTGCGAGCGGTTCCG
ATATTAGTAGAGACGTAGCTAAGGTCGCCAAAGAAGTACACATTGCGTCTAGAGGAAAAG
AAGCCGATACGTATGAGAAGCTTTCCGTGCCCACAAACAATCTATGGATTCATTCTTAGA
TAGAGACTGCATGTGAGATGGCTCAATTATTTTCAAAATGGGAAGGCAGTTCATGCAGAT
ACCGTTGTGTATTGCACCGGGTACAAGTATAAGTTTCCGTTTCTTGAAACCAATGGCTAT
ATGAGCATTGATGATAACCGCGTTGAGCCTTTATACAAACATGTCTTTCCACCAGCGCTT
GCCCCAGGGCTTTCTTTTGTTGGTTTACCAGGGATGGGCATACAATTCGTTATGTTTGAA
ATCCAAAGCAAATGGGTAGCTGCGGTTTTGTCTGGACGAGTTACACTTCCTTCACCAGAA
ATAATGATGGAAGATCTTATTGCATCGTACACCATGCTTGAAGCGTTAGGTATTCCCAAG
AGACATACACATAAATTGGGTAAAATTCAGTCTAAGTACCTCGACTGGATCGCAGAAGAA
TGTGGTTGCCAGCTTGTTGAACCTTGGAGAAAAAAGCAAGTTGACAGTGGCTACGGGAGA
CTTGTCTCTAAACCTGAAAACTACCGCGATGAATGGGACGACGACGATCTCATAAAAGAA
GCGTACGAGGACTTTGCTAGTAAGAAGTTGATTAGTAGTCTTCCTTCTTATTTCCCCGAA
TCATGAAGATGATATCCCAGAATGGTGTCTACTTGTTTTTAAGGGTCTACTTGTATTATT
TTTAAAAATGTTCGTTTTAATAAAGATGAATGTAAGGGTTGCTTGTCATACAATCGCTAC
TACTTTTCAAATTGTCATAGGTTTTATCTAAGAAAATGAGGAGGAAGGTTTAAGCTTTGA
TG


BQ
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10 10 

AF RR1EZ29TF U 1
AF RR1EZ29JQ C 689
BS 1 705 RR1EZ29TF
BS 706 706 RR1EZ29JQ
BS 707 768 RR1EZ29TF
BS 769 769 RR1EZ29JQ
BS 770 791 RR1EZ29TF
BS 792 1442 RR1EZ29JQ

RD RR1EZ29TF 791 0 0
TTTTTGAGCGGGAGAAACAAGTGGGAGGTCTCTGGATTTACTCACCTACAGCTGAGTGCG
ACCCGCTTGGTCTTCACCCGAGGAGACCTATAGTTCACTCGAGTGTCTACGAGTCTCTCC
GAACCAACCTCCCGAGAGAGTGTATGGGTTTCAGGGATTTTCCGTTCGTGCCATGTGTTG
ATGACTTGTCACGAAACTCGAGAAGGTATCCGAGCCACAGGGAAGTTCTTGCGTACCTTC
AAGACTTTGCGAGAGAGTTTAAAATAGAGGAGATGGTCCGGTTCGAGACAGAGGTGGTTA
GGGTTGAGCCGGTTGAGGGGAAATGGAGGGTCCGGTCCAAAAACTCCTGTGATCTCTCGG
ACGATGAGATCTTTGACGCCGTCGTTGTTTGCAGTGGGCATTATACCGAACCTTACGTTG
CTCGTGTTCCTGGGATAAAATCATGGCCAGGAAAGCAGATCCATAGCCACAACTACAGAG
TTCCTGGTCCATTCAAAAACGAGGTGGTGGTAGTCATCGGTAATTTTGCGAGCGGTTCCG
ATATTAGTAGAGACGTAGCTAAGGTCGCCAAAGAAGTACACATTGCGTCTAGAGGAAAAG
AAGCCGATACGTATGAGAAGCTTTCCGTGCCCACAAACAATCTATGGATTCATTCTTAGA
TAGAGACTGCATGTGAGATGGCTCAATTATTTTCAAAATGGGAAG*CAGTTCATGCAGAT
ACCGTTGTGTATTGCACCGGGTACAAGTATAAGTTTCCGTTTCTTGAA*CCAATGGCTAT
ATGAGCATTGA

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1EZ29JQ 754 0 0
TTTTCA
AAAATGGGAAGGCAGTTCATGCAGATACCGTTGTGTATTGCACCGGGTACAAGTATAAGT
TTCCGTTTCTTGAAACCAATGGCTATATGAGCATTGATGATAACCGCGTTGAGCCTTTAT
ACAAACATGTCTTTCCACCAGCGCTTGCCCCAGGGCTTTCTTTTGTTGGTTTACCAGGGA
TGGGCATACAATTCGTTATGTTTGAAATCCAAAGCAAATGGGTAGCTGCGGTTTTGTCTG
GACGAGTTACACTTCCTTCACCAGAAATAATGATGGAAGATCTTATTGCATCGTACACCA
TGCTTGAAGCGTTAGGTATTCCCAAGAGACATACACATAAATTGGGTAAAATTCAGTCTA
AGTACCTCGACTGGATCGCAGAAGAATGTGGTTGCCAGCTTGTTGAACCTTGGAGAAAAA
AGCAAGTTGACAGTGGCTACGGGAGACTTGTCTCTAAACCTGAAAACTACCGCGATGAAT
GGGACGACGACGATCTCATAAAAGAAGCGTACGAGGACTTTGCTAGTAAGAAGTTGATTA
GTAGTCTTCCTTCTTATTTCCCCGAATCATGAAGATGATATCCCAGAATGGTGTCTACTT
GTTTTTAAGGGTCTACTTGTATTATTTTTAAAAATGTTCGTTTTAATAAAGATGAATGTA
AGGGTTGCTTGTCATACAATCGCTACTACTTTTCAAATTGTCATAGGTTTTATCTAAGAA
AATGAGGAGGAAGGTTTAAGCTTTGATG

QA 7 754 7 754
DS 



AS 1 2

CO CL4845Contig1 904 2 2 U
GGGCAGAAACTACTGGATAAGGTAGAAGACATCAGTGGTTCATCATCATCATCATCACTT
GTGGGCAGCAAGGATGAAAAGCTCCCTGAATCAAACATCTCGACCAAAGAAGACACTGGT
TCGGGTCTGAGCAACGAGCAGTCGAGAAAAGACAAGATCCGCACAGCTCTCAAGATACTC
GAGAGCATAGTTCCAGGTGCAAAAGGAAACGAAGCTCTCTTACTTCTAGACGAAGCCATT
GATTACCTAAAGTTGCTGAAACGGGACTTAATCTCCACCACAGAGATTAAGAACCATTGC
TAAACCAAAAAAACCTCCACCACTCACCAAGTCACAAGCCACCACAACATGGGGAACAAG
AAATCTACAGACAGATCAGGCTTGAAGATTCTCACGTGTGGAGTGGGTTTAGAGTAGTAC
CGTATCCTCTGCACCAGCTTTTTTAGCTGTAAATAGTGGACTACTTTAGGTCTATGTGCT
TCTGCCATTTCAAAAAAAGTTAAAGAAAGTCATCATGGTCATTGATCGACAATGATTATC
TTTTGTGGCTTAGTGTGGATGGTGAAATCTAAAGGGCGAAATATTCAAAGTCTCGTCTCA
AACTCCGCGTGGTCTATAAATCTTCCCTAAGGTAATGATAACAAAAAAAATCTCTGACCC
ACACTCTCTTTTGTCTATTATGATGACTTAAAGTGGGACCGTTGGTTTTATTTGTGTTGA
TGTCATGTTGTATGTAATAAATTTGAGTGTCTGTAATAATGCAAACCCCTTCCTTTGTCT
TTTGCTACTCGGTTTTTGTTTTTGTGCCTCTGTTCATTGTTCATGTTCTCTCAGTGTCTA
TTTATTGTATCAAATATGATTGTATTATGTCGTTTGGGTTTTGTAATAATACCACCGATG
ATAT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1DO72TF U 1
AF RR1DO72JQ C 127
BS 1 625 RR1DO72TF
BS 626 904 RR1DO72JQ

RD RR1DO72TF 625 0 0
GGGCAGAAACTACTGGATAAGGTAGAAGACATCAGTGGTTCATCATCATCATCATCACTT
GTGGGCAGCAAGGATGAAAAGCTCCCTGAATCAAACATCTCGACCAAAGAAGACACTGGT
TCGGGTCTGAGCAACGAGCAGTCGAGAAAAGACAAGATCCGCACAGCTCTCAAGATACTC
GAGAGCATAGTTCCAGGTGCAAAAGGAAACGAAGCTCTCTTACTTCTAGACGAAGCCATT
GATTACCTAAAGTTGCTGAAACGGGACTTAATCTCCACCACAGAGATTAAGAACCATTGC
TAAACCAAAAAAACCTCCACCACTCACCAAGTCACAAGCCACCACAACATGGGGAACAAG
AAATCTACAGACAGATCAGGCTTGAAGATTCTCACGTGTGGAGTGGGTTTAGAGTAGTAC
CGTATCCTCTGCACCAGCTTTTTTAGCTGTAAATAGTGGACTACTTTAGGTCTATGTGCT
TCTGCCATTTCAAAAAAAGTTAAAGAAAGTCATCATGGTCATTGATCGACAATGATTATC
TTTTGTGGCTTAGTGTGGATGGTGAAATCTAAAGGGCGAAATATTCAAAGTCTCGTCTCA
AACTCCGCGTGGTCTATAAATCTTC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1DO72JQ 778 0 0
CTGAGCAACGAGCAGTCGAGAAAAGACAAGATCCGCACAGCTCTCAAGATACTCGAGAGC
ATAGTTCCAGGTGCAAAAGGAAACGAAGCTCTCTTACTTCTAGACGAAGCCATTGATTAC
CTAAAGTTGCTGAAACGGGACTTAATCTCCACCACAGAGATTAAGAACCATTGCTAAACC
AAAAAAACCTCCACCACTCACCAAGTCACAAGCCACCACAACATGGGGAACAAGAAATCT
ACAGACAGATCAGGCTTGAAGATTCTCACGTGTGGAGTGGGTTTAGAGTAGTACCGTATC
CTCTGCACCAGCTTTTTTAGCTGTAAATAGTGGACTACTTTAGGTCTATGTGCTTCTGCC
ATTTCAAAAAAAGTTAAAGAAAGTCATCATGGTCATTGATCGACAATGATTATCTTTTGT
GGCTTAGTGTGGATGGTGAAATCTAAAGGGCGAAATATTCAAAGTCTCGTCTCAAACTCC
GCGTGGTCTATAAATCTTCCCTAAGGTAATGATAACAAAAAAAATCTCTGACCCACACTC
TCTTTTGTCTATTATGATGACTTAAAGTGGGACCGTTGGTTTTATTTGTGTTGATGTCAT
GTTGTATGTAATAAATTTGAGTGTCTGTAATAATGCAAACCCCTTCCTTTGTCTTTTGCT
ACTCGGTTTTTGTTTTTGTGCCTCTGTTCATTGTTCATGTTCTCTCAGTGTCTATTTATT
GTATCAAATATGATTGTATTATGTCGTTTGGGTTTTGTAATAATACCACCGATGATAT

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL4846Contig1 441 2 4 U
AAAAAAAGTATCAAAATTTGTTTTAATTCATATTCTTAGTAAAAAAAAGCTAAAAAAGTG
TATGTGAAGGTTCACTCTGTTGACATGCAAAAACTAATGGGAAAAGCCATTCATACATAT
TATAAAGCCTTTGATCAAACTGCAATATCTTCACATGCCTCTTCTTAATCTTTAAAAACC
GCCGAAAACCGATGCTAGGACATCTGTGGAGAGACCAGGTTTGCTCTGAAACACCTCATT
TTTGATTGCTATCTTCTGTCTGAACTGACGAACCACCCTAGGGGGGAAAACTTGCGCTGG
TTCTGCGTTGCTGCCTGATTCTTCCTGAATCTTTCGCTTTCTTCTTCATCCGTTCATCAA
TCTCGGTCATGGCACGAGACTTCTCTACTTTAGATAAATAAAAGTCCTTCTCTCTTTTAG
CAGCAGACATAACCATATTCA


BQ
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AF RR1GP93JQ U 1
AF RR1CX41JQ U 290
BS 1 339 RR1GP93JQ
BS 340 340 RR1CX41JQ
BS 341 382 RR1GP93JQ
BS 383 441 RR1CX41JQ

RD RR1GP93JQ 382 0 0
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TATGTGAAGGTTCACTCTGTTGACATGCAAAAACTAATGGGAAAAGCCATTCATACATAT
TATAAAGCCTTTGATCAAACTGCAATATCTTCACATGCCTCTTCTTAATCTTTAAAAACC
GCCGAAAACCGATGCTAGGACATCTGTGGAGAGACCAGGTTTGCTCTGAAACACCTCATT
TTTGATTGCTATCTTCTGTCTGAACTGACGAACCACCCTAGGGGGGAAAACTTGCGCTGG
TTCTGCGTTGCTGCCTGATTCTTCCTGAATCTTTCGCTT*CTTCTTCATCCGTTCATCAA
TCTCGGTCATGGCACGAGACTT

QA 1 382 1 382
DS 

RD RR1CX41JQ 152 0 0
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CCGTTCATCAATCTCGGTCATGGCACGAGACTTCTCTACTTTAGATAAATAAAAGTCCTT
CTCTCTTTTAGCAGCAGACATAACCATATTCA

QA 1 152 1 152
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4848Contig1 680 2 6 U
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GGATCAGAGTTTGCTCAAATGGCTAGAGACAAAGGGTGAAGAAGATGAATCGGGTTCAAC
GGCTACTGTTATGCTTATCAGAAATGATGTTTCCTACTTTGCACATATTGGTGATTCTTG
TGCAGTTTTATCTCGATCTGGACAAATCGAGGAATTGACTGATTCTCATCGTCCATATGG
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CAATGGAAGGATTTGTGGAGACATAGCTGTATCCCGTGCTTTCGGTGACATCCGGTTCAA
GACAAAGAAGCATGAGATGTTGAAGAAGGGTGTCGATGAAGGAAGATGGTCCGAGAAGTT
TGTGTCAAGAATCGAGTTTAAAGGGGACATGGTTGTCGCAACACCGGATATATACCAAGT
ACCTCTTACATCGGATGTGGAGTTCATTATTTTAGCTTCTGATGGATTGTGGGACTACAT
GAAGAGCAAAGATGTCGTTAGTTTCGTAAGGGAACAGCTCCGAGAACATGGAAATGTCCA
GTTTGCTTGTGAAGCTCTTGCGCAAGTTGCTTTGGACCGGAGATCAGAGGATAACATCAG
CATCATCATCGCTGGTCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AU13TF U 1
AF RR1GQ10TF U 87
BS 1 324 RR1AU13TF
BS 325 325 RR1GQ10TF
BS 326 580 RR1AU13TF
BS 581 581 RR1GQ10TF
BS 582 598 RR1AU13TF
BS 599 680 RR1GQ10TF

RD RR1AU13TF 603 0 0
GTTGAGTGGAGGGGATTTCGTGGCGATCAAGGAAGCTTTGGTCAAGGCCTTTGAGAGCGT
GGATCAGAGTTTGCTCAAATGGCTAGAGACAAAGGGTGAAGAAGATGAATCGGGTTCAAC
GGCTACTGTTATGCTTATCAGAAATGATGTTTCCTACTTTGCACATATTGGTGATTCTTG
TGCAGTTTTATCTCGATCTGGACAAATCGAGGAATTGACTGATTCTCATCGTCCATATGG
AAGTACTAAGGCAGCTGTTCAGGAAATGAAAAGAATCAAAGATGCTGGTGGATGGATTGT
CAATGGAAGGATTTGTGGAGACATGGCTGTATCCCGTGCTTTCGGTGACATCCGGTTCAA
GACAAAGAAGCATGAGATGTTGAAGAAGGGTGTCGATGAAGGAAGATGGTCCGAGAAGTT
TGTGTCAAGAATCGAGTTTAAAGGGGACATGGTTGTCGCAACACCGGATATATACCAAGT
ACCTCTTACATCGGATGTGGAGTTCATTATTTTAGCTTCTGATGGATTGTGGGACTACAT
GAAGAGCAAAGATGTCGTTAGTTTCGTAAGGGAACAGCTCTGAGAACATGGAAATGTC
TAGCT

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1GQ10TF 594 0 0
G
GACAAAGGGTGAAGAAGATGAATCGGGTTCAACGGCTACTGTTATGCTTATCAGAAATGA
TGTTTCCTACTTTGCACATATTGGTGATTCTTGTGCAGTTTTATCTCGATCTGGACAAAT
CGAGGAATTGACTGATTCTCATCGTCCATATGGAAGTACTAAGGCAGCTGTTCAGGAAAT
GAAAAGAATCAAAGATGCTGGTGGATGGATTGTCAATGGAAGGATTTGTGGAGACATAGC
TGTATCTCGTGCTTTCGGTGACATCCGGTTCAAGACAAAGAAGCATGAGATGTTGAAGAA
GGGTGTCGATGAAGGAAGATGGTCCGAGAAGTTTGTGTCAAGAATCGAGTTTAAAGGGGA
CATGGTTGTCGCAACACCGGATATATACCAAGTACCTCTTACATCGGATGTGGAGTTCAT
TATTTTAGCTTCTGATGGATTGTGGGACTACATGAAGAGCAAAGATGTCGTTAGTTTCGT
AAGGGAACAGCTCCGAGAACATGGAAATGTCCAGTTTGCTTGTGAAGCTCTTGCGCAAGT
TGCTTTGGACCGGAGATCAGAGGATAACATCAGCATCATCATCGCTGGTCTAG

QA 2 594 2 594
DS 



AS 1 2

CO CL4849Contig1 786 2 3 U
TTATATGTTTCAACACTCTTTTATGTACATGAAAAGTATATATTAGGCACACACACACGC
ATTGTATTTATGAACACTCTTTGAATCTCTCACTCATTCGAGTTGCTAGCCATGCCGACT
AGTTTGAGCATGTTGCGATCTTCGTTAACCTCTCTAGGACGGTACCTTTGATAGCGTTAT
GCTGTGTGTCTAGTTCGTCGGAGGCCTGAACTATCCCCCAGCATTCAATCACTTCTGGCT
GTATCCTGCTGGACTTGGAAAAACTCGGGCTACCAAAAGTAGTGCAGGAAAACGTCTGGC
CTTGGTCGAAGCTCGAGGATATAAACAGACCAAAGTGGTTGATCTTTCCTCCAAATCCTA
TGCCGTTTGGGATGTTCTCTGATGTGAAGTTCGTAGCACACCATTGAATGCTGGTGTTGG
CTCCAGTTGGTCGGAAGATGGAGGCATTAGGGTTAAGCTGGAAAAGAAAAGACTTCATGT
CTCCATAGAAATCGCTGTGCTGAGTGACCATATCAAACATCCTCTCTCCTAACGCACCAC
TCAGACCAAAGTAGGACTGGAAGACAGGGTAGGAGACGTATGAGTCGTCATTGCTTTGAG
ATTGGGAAGCGAGGGAGGTGAAGAGTGATTTGAGATCTTCCAGCTTCTTCGGAGTAAAAG
CTCTGCAAGCCGAAGTGAATCGGTGATTTACGGTAGACGAATTCGAATTTCCCATTTTCG
CCGGACCGTTCTCTCGCCTCTTCTCTTCTCCGACAGGTTATACGTCTCGCCTCTGTTCTG
TATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1BZ31JQ U 94
AF RR1BZ31TF C 1
BS 1 93 RR1BZ31TF
BS 94 392 RR1BZ31JQ
BS 393 786 RR1BZ31TF

RD RR1BZ31JQ 299 0 0
TCATTCGAGTTGCTAGCCATGCCGACTAGTTTGAGCATGTTGCGATCTTCGTTAACCTCT
CTAGGACGGTACCTTTGATAGCGTTATGCTGTGTGTCTAGTTCGTCGGAGGCCTGAACTA
TCCCCCAGCATTCAATCACTTCTGGCTGTATCCTGCTGGACTTGGAAAAACTCGGGCTAC
CAAAAGTAGTGCAGGAAAACGTCTGGCCTTGGTCGAAGCTCGAGGATATAAACAGACCAA
AGTGGTTGATCTTTCCTCCAAATCCTATGCCGTTTGGGATGTTCTCTGATGTGAAGTTC

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR1BZ31TF 786 0 0
TTATATGTTTCAACACTCTTTTATGTACATGAAAAGTATATATTAGGCACACACACACGC
ATTGTATTTATGAACACTCTTTGAATCTCTCACTCATTCGAGT*GCTAGCCATGCCGACT
AGTTTGAGCATGTTGCGATCTTCGTTAACCTCTCTAGGACGGTACCTTTGATAGCGTTAT
GCTGTGTGTCTAGTTCGTCGGAGGCCTGAACTATCCCCCAGCATTCGATCACTTCTGGCT
GTATCCTGCTGGACTTGGAGAGACTCGGGCTACCAAAAGTAGTGCAGGAGAACGTCTGGC
CTTGGTCGAAGCTCGAGGATATAAACAGACCAAAGTGGTTGATCTTTCCTCCGAATCCTA
TGCCGTTTGGGATGTTCTCTGATGTGAAGTTCGTAGCACACCATTGAATGCTGGTGTTGG
CTCCAGTTGGTCGGAAGATGGAGGCATTAGGGTTAAGCTGGAAAAGAAAAGACTTCATGT
CTCCATAGAAATCGCTGTGCTGAGTGACCATATCAAACATCCTCTCTCCTAACGCACCAC
TCAGACCAAAGTAGGACTGGAAGACAGGGTAGGAGACGTATGAGTCGTCATTGCTTTGAG
ATTGGGAAGCGAGGGAGGTGAAGAGTGATTTGAGATCTTCCAGCTTCTTCGGAGTAAAAG
CTCTGCAAGCCGAAGTGAATCGGTGATTTACGGTAGACGAATTCGAATTTCCCATTTTCG
CCGGACCGTTCTCTCGCCTCTTCTCTTCTCCGACAGGTTATACGTCTCGCCTCTGTTCTG
TATTCC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL4850Contig1 648 2 2 U
TTTTTCAACACGCCTGCTTCTTCTGCACCTACGACTTCTCTCTTTGCTACACCATCTTCT
GCTGCTCCTACCTCTTCTTTGTTTGGAGCAGCAACTACTCCCTCGCAGACACCACTCTTT
GGTTCTTCACCAGCTTCTGCATTTGGTTCTGCTCCAGCTTCTGCATTTGGCTCTGCTCCA
TCTTTGTTTGGCCAGCCAACTCCATCAATTGCTGCTACGCCTTCACAGTTTGCAGGTATT
ACTCCGGGTTCAGGAGCCAGCTTCGGTTCTATGACTAAATCTTCAAGGCCAAAATCTAGA
ACTTCACGCCGTTAAACCACTGGTTTCTTCTCTCAGCCTGTGGCCACGCATCATTACATC
TCTTGAGAGTTCATCGTTTTTCACTCTGGTGATGTTTAGTTTGGTGAAAGTCGGCTTATG
GCACCAGTTTGTATCCTATGCCAGCCTGCCCGTTATTTATTGGATTGATCATTGAATGTT
CCCAGAGGCAGTCACAGGGCACAAAAGTGTATCATCTGGACAATGTTTTTGTTGTAGTAA
AATCTTATTCATACAATCATACATCCCATGAAACATTTAGCCTATCATGGTGGTGGAAAC
TTTAAATTTTTTTTACTAATATATAATGACAATAATGATATCATTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F331TF U 1
AF RR1F331JQ C 131
BS 1 629 RR1F331TF
BS 630 648 RR1F331JQ

RD RR1F331TF 629 0 0
TTTTTCAACACGCCTGCTTCTTCTGCACCTACGACTTCTCTCTTTGCTACACCATCTTCT
GCTGCTCCTACCTCTTCTTTGTTTGGAGCAGCAACTACTCCCTCGCAGACACCACTCTTT
GGTTCTTCACCAGCTTCTGCATTTGGTTCTGCTCCAGCTTCTGCATTTGGCTCTGCTCCA
TCTTTGTTTGGCCAGCCAACTCCATCAATTGCTGCTACGCCTTCACAGTTTGCAGGTATT
ACTCCGGGTTCAGGAGCCAGCTTCGGTTCTATGACTAAATCTTCAAGGCCAAAATCTAGA
ACTTCACGCCGTTAAACCACTGGTTTCTTCTCTCAGCCTGTGGCCACGCATCATTACATC
TCTTGAGAGTTCATCGTTTTTCACTCTGGTGATGTTTAGTTTGGTGAAAGTCGGCTTATG
GCACCAGTTTGTATCCTATGCCAGCCTGCCCGTTATTTATTGGATTGATCATTGAATGTT
CCCAGAGGCAGTCACAGGGCACAAAAGTGTATCATCTGGACAATGTTTTTGTTGTAGTAA
AATCTTATTCATACAATCATACATCCCATGAAACATTTAGCCTATCATGGTGGTGGAAAC
TTTAAATTTTTTTTACTAATATATAATGA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1F331JQ 518 0 0
CAGCTTCTGCATTTGGTTCTGCTCCAGCTTCTGCATTTGGCTCTGCTCCATCTTTGTTTG
GCCAGCCAACTCCATCAATTGCTGCTACGCCTTCACAGTTTGCAGGTATTACTCCGGGTT
CAGGAGCCAGCTTCGGTTCTATGACTAAATCTTCAAGGCCAAAATCTAGAACTTCACGCC
GTTAAACCACTGGTTTCTTCTCTCAGCCTGTGGCCACGCATCATTACATCTCTTGAGAGT
TCATCGTTTTTCACTCTGGTGATGTTTAGTTTGGTGAAAGTCGGCTTATGGCACCAGTTT
GTATCCTATGCCAGCCTGCCCGTTATTTATTGGATTGATCATTGAATGTTCCCAGAGGCA
GTCACAGGGCACAAAAGTGTATCATCTGGACAATGTTTTTGTTGTAGTAAAATCTTATTC
ATACAATCATACATCCCATGAAACATTTAGCCTATCATGGTGGTGGAAACTTTAAATTTT
TTTTACTAATATATAATGACAATAATGATATCATTGTC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL4851Contig1 971 2 2 U
GGACTGCTCCTTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTATCTCTCTCACGTAATCAACTTCTCT
CTGTGTGTTTATTTTCAGCCGGTAAAAGAAATGGTTGACCAGAAGAAGTTCGCTTTGTTT
CTAGCGACTCCTGATTCAGAGTTCGTCAAGAAAGCATACGGAGGGTACCACAACGTGTTC
GTGGAGACGTTCGGAGACGAGGGAGAGCACTGGGACTCGTTTAGGGTCGTGGAAGGCAAG
TTCCCCGACGAGAAAGATCTTGAGAAGTACGATGGTTTCGTTATCAGTGGAAGCTCTCAT
GATTCTTTTGAGAATGATGAGTGGATCCTTAAGCTATGCGAGATCGTCAAGAAACTTGAT
GAGATGAAGAAGAAAGTTCTTGGCATCTGCTTCGGTCACCAGATCATAGCCAGAGTTAGA
GGAGGAACAGTTGGAAGAGCAAGGAAGGGACCAGAGCTTACACTTGGAAAGATAACCATC
GTCAAGGATGCAATCACACCAGGAAGCTACTTCGGAGACGAGATTCCAGACAGCATATCC
ATCATAAAACTACACCAGGACGAAGTGTTGGTGTTGCCGGAAGGAGCCAAAGTACTGGCT
TATTCAGACAAGTACGAGGCGGAGATGTTCTCCATAGAAGATCATTTGTTCTGTATTCAA
GGACATCCCGAGTATAACAAAGAGATTCTCTTCGAGATCGTAGATCGTGTTCTTCGTCTT
GGCTTCATCAAGCAAGAAATGGCTGATGCGGCAAAGGCATCGATGGATAATAAGGGAGCT
GACAGGAAACTTTTGGAGACGATTTGCAAGAACTTCCTCAAAGGCAGAGTTCCAGCTAAC
TAGTTGTTTCACTCCCAAGTTATCTATTTGTCTCCTGTTATATTGGAAACATTTATGGAT
TTATGATCTTTGCATTATTATTCCTAATCAATGTATAACCTATTAATTAATCTCAAGCGT
GACATTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BD60TF U 1
AF RR1BD60JQ C 249
BS 1 747 RR1BD60TF
BS 748 971 RR1BD60JQ

RD RR1BD60TF 747 0 0
GGACTGCTCCTTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTATCTCTCTCACGTAATCAACTTCTCT
CTGTGTGTTTATTTTCAGCCGGTAAAAGAAATGGTTGACCAGAAGAAGTTCGCTTTGTTT
CTAGCGACTCCTGATTCAGAGTTCGTCAAGAAAGCATACGGAGGGTACCACAACGTGTTC
GTGGAGACGTTCGGAGACGAGGGAGAGCACTGGGACTCGTTTAGGGTCGTGGAAGGCAAG
TTCCCCGACGAGAAAGATCTTGAGAAGTACGATGGTTTCGTTATCAGTGGAAGCTCTCAT
GATTCTTTTGAGAATGATGAGTGGATCCTTAAGCTATGCGAGATCGTCAAGAAACTTGAT
GAGATGAAGAAGAAAGTTCTTGGCATCTGCTTCGGTCACCAGATCATAGCCAGAGTTAGA
GGAGGAACAGTTGGAAGAGCAAGGAAGGGACCAGAGCTTACACTTGGAAAGATAACCATC
GTCAAGGATGCAATCACACCAGGAAGCTACTTCGGAGACGAGATTCCAGACAGCATATCC
ATCATAAAACTACACCAGGACGAAGTGTTGGTGTTGCCGGAAGGAGCCAAAGTACTGGCT
TATTCAGACAAGTACGAGGCGGAGATGTTCTCCATAGAAGATCATTTGTTCTGTATTCAA
GGACATCCCGAGTATAACAAAGAGATTCTCTTCGAGATCGTAGATCGTGTTCTTCGTCTT
GGCTTCATCAAGCAAGAAATGGCTGAT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1BD60JQ 723 0 0
CGAGAAAGATCTTGAGAAGTACGATGGTTTCGTTATCAGTGGAAGCTCTCATGATTCTTT
TGAGAATGATGAGTGGATCCTTAAGCTATGCGAGATCGTCAAGAAACTTGATGAGATGAA
GAAGAAAGTTCTTGGCATCTGCTTCGGTCACCAGATCATAGCCAGAGTTAGAGGAGGAAC
AGTTGGAAGAGCAAGGAAGGGACCAGAGCTTACACTTGGAAAGATAACCATCGTCAAGGA
TGCAATCACACCAGGAAGCTACTTCGGAGACGAGATTCCAGACAGCATATCCATCATAAA
ACTACACCAGGACGAAGTGTTGGTGTTGCCGGAAGGAGCCAAAGTACTGGCTTATTCAGA
CAAGTACGAGGCGGAGATGTTCTCCATAGAAGATCATTTGTTCTGTATTCAAGGACATCC
CGAGTATAACAAAGAGATTCTCTTCGAGATCGTAGATCGTGTTCTTCGTCTTGGCTTCAT
CAAGCAAGAAATGGCTGATGCGGCAAAGGCATCGATGGATAATAAGGGAGCTGACAGGAA
ACTTTTGGAGACGATTTGCAAGAACTTCCTCAAAGGCAGAGTTCCAGCTAACTAGTTGTT
TCACTCCCAAGTTATCTATTTGTCTCCTGTTATATTGGAAACATTTATGGATTTATGATC
TTTGCATTATTATTCCTAATCAATGTATAACCTATTAATTAATCTCAAGCGTGACATTTA
TTT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4853Contig1 548 2 6 U
TGCAGATCAGTCGTAAAGGGTCAAAAGAATGTTAACGCAGCGACGGAAGTTTCCATAAGG
GAGTTGATGAAAAGAACGATAAAGGCTAAAAAAGTCGCTGCTAGTGGCCGGAAAAGTGGT
GGAGGACTCAAGACTTGTTACTCAAACTATGATAGTGCGCTTGGGTAATCTACAAAAGGC
GTTGAAAGACCTTAAAAAGAATGATGGATTTAGCCTTAACATCAATCTTAGTGCATCTTT
AACGGATTTTGATACATGCAACGACGCCATGGGCGGTGCTAAGGCGTCGAATGTCTTCGC
TAGATCTACAAAGACTTTGCATGAAATGGCTGATAATTTGTTTAGCGCTCTCTACTCTTG
TTAAGCAATGATAATATAGCGAAAATCAGATTGTTATAACGAAGGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAAACTGTTTAGTTTTTGTGTGCGATAATTTTTCTT
TTCTTTTTTTTGTGCGGGAGCTCCTCGCTTCTTGGCTGATTTCAAGACTTCTTTTTGTGG
TTAAGAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A042TF U 1
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AACGGATTTTGATACATGCAACGACGCCATGGGCGGTGCTAAGGCGTCGAATGTCTTCGC
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GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAA*CTGTTTAGTTTTTGTGTGCGATAATTTTTCTT
TTCTTTTTTTTGTGCGGGAGC*CCTCGCTTCTTGGCTGATTTCAAGACTT
TTTT

QA 1 530 1 530
DS 

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AAGACTTGTTACTCAAACTATGATAGTGCGCTTGG*TAATCTACAAAAGGCGTTGAAAGA
CCTTAAAAAGAATGATGGATTTAGCCTTAACATCAATCTTAGTGCATCTTTAACGGATTT
TGATACATGCAACGACGCCATGGGCGGTGCTAAGGCGTCGAATGTCTTCGCTAGATCTAC
AAAGACTTTGCATGAAATGGCTGATAATT*GTTTAGCGCTCTCTACTCTTGTTAAGCAAT
GATAATATAGCGAAAATCAGATTGTTATAACGAAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAAAAAAACTGTTTAGTTTTTGTGTGCGATAATTTTTCTTTTCTTTTTT
T*GTGCGGGAGCTCCTCGCTTCTTGGCTGATTTCAAGACTTCTTTTTGTGGTTAAGAAA

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 2

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TTGCAGCATTGTAATAACTTTTAAAAGTAGTTTATATATACTTAGTGATATGAACACTTG
CTTAGTTCCAAAAAGATAAATATTTGTTGAG


BQ
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AF RR1CF65TF U 1
AF RR1CF65JQ C 1
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BS 489 691 RR1CF65JQ

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TACAAGATCGTTTTGGACTCGGATGATTCTCTATTCGGTGGATTCAGACGGCTAGATGAC
TCCGCTGAGTTCTTCACCTCCGATGGAAGGTACGACGATAGGCCTTGCTCCCTCATGGTG
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TGGTGCCC

QA 1 488 1 488
DS 

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GTAGGTTCGATCTCGGAGACGCAGAGTATCTTAGGTACCACGGACTACAAGAGTTTGATC
GAGCGATGCAACATCTCGAGGAGAAGTATGGTTTCATGACTTCAGAGCATCAGTACATAT
CCCGCAAGGATGGGAGACAGAGTCATTGTATTTGAGAGAGGTAACTTGGTGTTTGTCTTC
AACTTCCACTGGACCAACAGCTACTCTGACTACCGTATCGGTTGCTCTGTTCCGGGGAAG
TACAAGATCGTTTTGGACTCGGATGATTCTCTATTCGGTGGATTCAGACGGCTAGATGAC
TCCGCTGAGTTCTTCACCTCCGATGGAAGGTACGACGATAGGCCTTGCTCCCTCATGGTG
TATGCGCCGTGCAGAACTGCTGTAGTTTATGCTGCAGTAGATGTAATGAAGATTCTTCTC
TGGTGCCCATAGGCCTTGTTCCCGAGGATGTTTAGGAGCAATAGAAGAACGTCTTGAGTT
GCCTACTGTAAGCTTCTTTGTACTACGAAGATTTACTTCTTATCTCCTCCTTAGTTTCAA
TTGCAGCATTGTAATAACTTTTAAAAGTAGTTTATATATACTTAGTGATATGAACACTTG
CTTAGTTCCAAAAAGATAAATATTTGTTGAG

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL4855Contig1 725 2 2 U
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TCCCCCTTTGGATGACAGAGAGAAGCTTTATCTTCTTGCTGTTGGTTACTACAGGAGTGG
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ATACAATAGCAGCAAGATGCTCTCTTTTAGTTTCTCTTTGTTGAGAAAACTTTGTTTCCC
TCTGCCTGCTTCTTGACATTTTGAATAACCAAGTTTTGTGATGCATAAAAAAAAGTTTGA
GTTGG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1DI84TF U 1
AF RR1DI84JQ C 358
BS 1 612 RR1DI84TF
BS 613 725 RR1DI84JQ

RD RR1DI84TF 612 0 0
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GTCCGAGGGAGATGTCATCGCTGGATGTGAAAGAGAGGTTCGAGAGGCCACAAACTCTGG
ATCTGAAGAACTGAAGAAAGAGTGTCTTATGCGACTCTCGTGGGCTCTTGTTCATTCCCA
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DS 

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AGCGGCGCTGGCTCGCAAGAAATGAACACGATGATCCTTTTAACTTGTTAAGCTTGTTTG
TGCATACAATAGCAGCAAGATGCTCTCTTTTAGTTTCTCTTTGTTGAGAAAACTTTGTTT
CCCTCTGCCTGCTTCTTGACATTTTGAATAACCAAGTTTTGTGATGCATAAAAAAAAGTT
TGAGTTGG

QA 1 368 1 368
DS 



AS 1 2

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AAAATTAGATTGAGCTTTGGTCGGCTCCGTTAGCACCGGAGCTGAGCTCCCTTTGTGATT
TGCTTTCCTTTTTACGGCTTTACACTGTTTCGTCTTCGGGTGGTGAGGTCAAGCGTCGGC
GTCAGTCATTGAGATGGACTGGTTCTGTTCTTGATTGATCCGGATTGTCTCCACCTTCCC
TTATTGACGGGTTAGAGTTCATCTTCTTTCTCTTGCCGGTTCGTGCCTGGTTGCAGCTGT
AATTTCGTTCGTCGCTGCTTCGGGTGGTTTTAGAACTGGTTGTCGGATTAGGTTTGGCTG
AGGTTTGGAATGTTGGTATTTTTCTTCGCTCCTCCAGCCTGTTGAAGTTTGTACTTTGGA
ATGGATACACTCTAAGGAAAGCTCTTGCTTTCCTCTCTTGCCGTCGGTACCTTCCCGGTT
TGTCTGCTTCAGCCGGTTTCAGGTTTGGAGGTTGCGAGTTCTGAAATACCTCTGTTCTCC
TAAGGGTGAGTTTTTAATTTTTTCTCTCTCAGAGGTGGTCGGGTCTGTGTTGACTTCTCT
TGTAGCTTCGCCGGTTTACTTCTGTAGCTGGGATGAAGGTTAAGCAAGGGACTCTTGTCT
TCGTTGGTGGGTTACTTTTGTGACATCTGCTGTGAGAGTTGCTTCTGTGTTGAAGCTGTC
TGCTCCCTTAGACTTCAGTCTTCTAGTCTTTGGTGCTGTTTTAAAGATGATGTTTCTCTA
GCCAAGTGTTTGTTTTGTAGTTTAATCCTTTGTTTAGCTTGTCTCCCTTGTGTGGACTTA
GTCTCAGGAGATATTTCTGTTTCTGCCTGCTTAGTGTCTGTACTCTTCTGTGTTCATCTT
GGTTTGTTAATGAAATCTACCGAGGAAAAAAAAAAAACTAAACGGAGTAGTAGATGTAGA
TCATTGAGCTACACTGGCAAAAGCATACAGTGAGGATCTTCTTGGAGAGGGATTGTGTGA
AGGTAGTTTGGTTGTCTTCTTCCGACAAAACTCGGTAATCCTATTTTTTTGGTAATGTAA
AATTTTTATTTGTGTGGTTCGTTCAATTGTTCGATAAATCTAATCAGTATTCTAGCAAAT
CACGAAGAATAAACGTTTACTTTTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI18TF U 1
AF RR1BI18JQ C 384
BS 1 847 RR1BI18TF
BS 848 848 RR1BI18JQ
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BS 873 887 RR1BI18TF
BS 888 1167 RR1BI18JQ

RD RR1BI18TF 887 0 0
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TAAGGGTGAGTTTTTAATTTTTTCTCTCTCAGAGGTGGTCGGGTCTGTGTTGACTTCTCT
TGTAGCTTCGCCGGTTTACTTCTGTAGCTGGGATGAAGGTTAAGCAAGGGACTCTTGTCT
TCGTTGGTGGGTTACTTTTGTGACATCTGCTGTGAGAGTTGCTTCTGTGTTGAAGCTGTC
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GCCAAGTGTTTGTTTTGTAGTTTAATCCTTTGTTTAGCTTGTCTCCCTTGTGTGGACTTA
GTCTCAG*AGATATTTCTGTTTCTGCCTGCT*AGTGTCTGTACTCTT

QA 1 887 1 887
DS 

RD RR1BI18JQ 784 0 0
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CTTGCTTTCCTCTCTTGCCGTCGGTACCTTCCCGGTTTGTCTGCTTCAGCCGGTTTCAGG
TTTGGAGGTTGCGAGTTCTGAAATACCTCTGTTCTCCTAAGGGTGAGTTTTTAATTTTTT
CTCTCTCAGAGGTGGTCGGGTCTGTGTTGACTTCTCTTGTAGCTTCGCCGGTTTACTTCT
GTAGCTGGGATGAAGGTTAAGCAAGGGACTCTTGTCTTCGTTGGTGGGTTACTTTTGTGA
CATCTGCTGTGAGAGTTGCTTCTGTGTTGAAGCTGTCTGCTCCCTTAGACTTCAGTCTTC
TAGTCTTTGGTGCTGTTTTAAAGATGATGTTTCTCTAGCCAAGTGTTTGTTTTGTAGTTT
AATCCTTTGTTTAGCTTGTCTCCCTTGTGTGGACTTAGTCTCAGGAGATATTTCTGTTTC
TGCCTGCTTAGTGTCTGTACTCTTCTGTGTTCATCTTGGTTTGTTAATGAAATCTACCGA
GGAAAAAAAAAAAACTAAACGGAGTAGTAGATGTAGATCATTGAGCTACACTGGCAAAAG
CATACAGTGAGGATCTTCTTGGAGAGGGATTGTGTGAAGGTAGTTTGGTTGTCTTCTTCC
GACAAAACTCGGTAATCCTATTTTTTTGGTAATGTAAAATTTTTATTTGTGTGGTTCGTT
CAATTGTTCGATAAATCTAATCAGTATTCTAGCAAATCACGAAGAATAAACGTTTACTTT
TAGT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL4857Contig1 1203 2 6 U
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TCATCGCCGATTGTAACGGTATATCAAACCCGATCCGGTTCTTCTCCTCGGATCAGATCC
TCAAGTCCACGGATCAGTTCAATCCAAACCGCTTTATCTCTCGTCATAGATTCTTCACCT
GGTACAAGGGCGTCATCCAAGACCGACCTTACGCGATCAAGAAATTCACAGATTCTTGGT
TTTCAGAAGAGAGTGAGCGAGAGATCTACGACATCGTTTTAGCCGCCCGGGTAAGCAACC
ATAGTAGTTTCCTCAAACTCCTGGGATGTTCTCTCGAGTTTCCACTTCCGGGTTATTGTA
TTCGAACACCCAGAGAATGGAGTTTTGAACGAGCGAGGAGGTTGCGTGGACGGCACGTTA
CTGCCTTGGGAAGTTAGACTTAAGATTGTCAAGGAGGTGGCCGTTGCTGTGACTTATCTC
CACACGGCTTTCCCTAGGATTATTATCCACAGAGATATCAAGACGACGAATGTTTTCTTG
GATAAGAACTGGAACGCTAAGCTGACTGATTTCACGTTTTCAGTATCACTCCCTGAAGGG
AAGTCGTGGATTAGAGATAAGGTGGTGGGAACTTTCGGTTACATAGATCCGGTTTACTTC
TCGAGGGGTTTAGTGACGGAGTACACAGACGTGTTCAGTTTTGGAATCTTTATGTTGGTT
CTTTTGCTGGGGAAACCGGCGGTTTTCCGTGGATCAAGTGGGTTTCATTGTAATATTCTC
GATTATGTGAAGGATCTGCAGGAGAGAGGAGAACCTGTTGAATTCGGGGGTGGTTCAAAC
GACATGGTGGTGACTGGTCAGATGAAAACGTTTCTGGATCTGGCACTGAGATGCTGCCAG
GGGAGGAGCGAAGACAGGCCAAAGATGATTTTGGTGGCAAAAGGGATTAAAATAATTGAA
AAAGGGATCACTTGATTGTTTCTGAAGATGGTCAAATTTAAGATTTTGAGATTATGCTCA
TACTTGGGTTGTGTACTGCTGGGGTGTCTTTATCTCTCTATGTTACTGTTTTTTAACTGA
AAATTGCATTTTTTTTTTGTCAACGAAAATTGCATTTTTAAAATGAGATATTGTATGTTT
AAGTTATCAAATATTAAAATGTAAGCACTTATATTTCTCTATAGCAATTCTGCTTATTAA
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1AL42TF U 1
AF RR1AL42JQ C 311
BS 1 351 RR1AL42TF
BS 352 352 RR1AL42JQ
BS 353 801 RR1AL42TF
BS 802 802 RR1AL42JQ
BS 803 812 RR1AL42TF
BS 813 1203 RR1AL42JQ

RD RR1AL42TF 820 0 0
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TCATCGCCGATTGTAACGGTATATCAAACCCGATCCGGTTCTTCTCCTCGGATCAGATCC
TCAAGTCCACGGATCAGTTCAATCCAAACCGCTTTATCTCTCGTCATAGATTCTTCACCT
GGTACAAGGGCGTCATCCAAGACCGACCTTACGCGATCAAGAAATTCACAGATTCTTGGT
TTTCAGAAGAGAGTGAGCGAGAGATCTACGACATCGTTTTAGCCGCCCGGGTAAGCAACC
ATAGTAGTTTCCTCAAACTCCTGGGATGTTCTCTCGAGTTTCCACTTCCGG*TTATTGTA
TTCGAACACCCAGAGAATGGAGTTTTGAACGAGCGAGGAGGTTGCGTGGACGGCACGTTA
CTGCCTTGGGAAGTTAGACTTAAGATTGTCAAGGAGGTGGCCGTTGCTGTGACTTATCTC
CACACGGCTTTCCCTAGGATTATTATCCACAGAGATATCAAGACGACGAATGTTTTCTTG
GATAAGAACTGGAACGCTAAGCTGACTGATTTCACGTTTTCAGTATCACTCCCTGAAGGG
AAGTCGTGGATTAGAGATAAGGTGGTGGGAACTTTCGGTTACATAGATCCGGTTTACTTC
TCGAGGGGTTTAGTGACGGAGTACACAGACGTGTTCAGTTTTGGAATCTTTATGTTGGTT
CTTTTGCTGGGGAAACCGGCGGTTTTCCGTGGATCAAGTGGGTTTCATTGTAATATTCTC
GATTATGTGAAGGATCTGCAG*AGAGAGGAGA
CCTGTTGA

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1AL42JQ 893 0 0
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AAGTTAGACTTAAGATTGTCAAGGAGGTGGCCGTTGCTGTGACTTATCTCCACACGGCTT
TCCCTAGGATTATTATCCACAGAGATATCAAGACGACGAATGTTTTCTTGGATAAGAACT
GGAACGCTAAGCTGACTGATTTCACGTTTTCAGTATCACTCCCTGAAGGGAAGTCGTGGA
TTAGAGATAAGGTGGTGGGAACTTTCGGTTACATAGATCCGGTTTACTTCTCGAGGGGTT
TAGTGACGGAGTACACAGACGTGTTCAGTTTTGGAATCTTTATGTTGGTTCTTTTGCTGG
GGAAACCGGCGGTTTTCCGTGGATCAAGTGGGTTTCATTGTAATATTCTCGATTATGTGA
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TGACTGGTCAGATGAAAACGTTTCTGGATCTGGCACTGAGATGCTGCCAGGGGAGGAGCG
AAGACAGGCCAAAGATGATTTTGGTGGCAAAAGGGATTAAAATAATTGAAAAAGGGATCA
CTTGATTGTTTCTGAAGATGGTCAAATTTAAGATTTTGAGATTATGCTCATACTTGGGTT
GTGTACTGCTGGGGTGTCTTTATCTCTCTATGTTACTGTTTTTTAACTGAAAATTGCATT
TTTTTTTTGTCAACGAAAATTGCATTTTTAAAATGAGATATTGTATGTTTAAGTTATCAA
ATATTAAAATGTAAGCACTTATATTTCTCTATAGCAATTCTGCTTATTAATCC

QA 1 893 1 893
DS 



AS 1 2

CO CL4858Contig1 596 2 2 U
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CATTAGGTTTCGAGATCGATGAGTTATCTCCTACACGTGTCACAGGTCGTCTTCCCGTTT
CTCCAATCTGCTGCCAGCCTTTCAAGGTGTTACACGGTGGTGTATCTGCTCTGATCGCCG
AGTCTTTAGCAAGTATGGGAGCTCACATGGCTTCTGGCTTCAAAAGGGTCGCTGGGATTC
AACTCTCGATCAACCATATAAAGAGTGCTGATCTCGGAGACCTTGTCTTCGCCGAAGCAT
CTCCTGTGAGTACAGGAAAGACTATTCAGGTTTGGGAAGTTAAGCTGTGGAAGTCAAAGG
AAGGGTCAGAGAAAAGAACCTTAATATCTTCCTCTAGAGTCACACTCCTCTGTAATCTTC
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TCTCAAAAAGCTTATTTTTCTCTGTCTCTGTGATTGATTGTGTTTTTCTTGATAATGCCT
TTTATTTCCACTTGTATGTATCGTCTTCTAAACATATTTGGGAAATTGTCTAAACC


BQ
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AF RR1A512JQ C 1
AF RR1A512TF U 102
BS 1 101 RR1A512JQ
BS 102 596 RR1A512TF

RD RR1A512JQ 596 0 0
GGGAACACAAAATGGTTTCTGCATCGTCCAAGACCAAAGCTTTAGACCCTCCGCTCTACG
CATTAGGTTTCGAGATCGATGAGTTATCTCCTACACGTGTCACAGGTCGTCTTCCCGTTT
CTCCAATCTGCTGCCAGCCTTTCAAGGTGTTACACGGTGGTGTATCTGCTCTGATCGCCG
AGTCTTTAGCAAGTATGGGAGCTCACATGGCTTCTGGCTTCAAAAGGGTCGCTGGGATTC
AACTCTCGATCAACCATATAAAGAGTGCTGATCTCGGAGACCTTGTCTTCGCCGAAGCAT
CTCCTGTGAGTACAGGAAAGACTATTCAGGTTTGGGAAGTTAAGCTGTGGAAGTCAAAGG
AAGGGTCAGAGAAAAGAACCTTAATATCTTCCTCTAGAGTCACACTCCTCTGTAATCTTC
CTGTCCCTGATCACGTCAAAGATGCATCAGACCCTCTCAAATTGATCTCTAAATTGTAAA
TCTCAAAAAGCTTATTTTTCTCTGTCTCTGTGATTGATTGTGTTTTTCTTGATAATGCCT
TTTATTTCCACTTGTATGTATCGTCTTCTAAACATATTTGGGAAATTGTCTAAACC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1A512TF 495 0 0
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GTATCTGCTCTGATCGCCGAGTCTTTAGCAAGTATGGGAGCTCACATGGCTTCTGGCTTC
AAAAGGGTCGCTGGGATTCAACTCTCGATCAACCATATAAAGAGTGCTGATCTCGGAGAC
CTTGTCTTCGCCGAAGCATCTCCTGTGAGTACAGGAAAGACTATTCAGGTTTGGGAAGTT
AAGCTGTGGAAGTCAAAGGAAGGGTCAGAGAAAAGAACCTTAATATCTTCCTCTAGAGTC
ACACTCCTCTGTAATCTTCCTGTCCCTGATCACGTCAAAGATGCATCAGACCCTCTCAAA
TTGATCTCTAAATTGTAAATCTCAAAAAGCTTATTTTTCTCTGTCTCTGTGATTGATTGT
GTTTTTCTTGATAATGCCTTTTATTTCCACTTGTATGTATCGTCTTCTAAACATATTTGG
GAAATTGTCTAAACC

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

CO CL4859Contig1 714 2 1 U
GGAAACCAAGTCCACACACTTCCCGGTTTATCTCTTTTCATAAGAGCGGAGAATCCATAT
CGCCGGAGATCGGAAGTTCAAACGGGAAGGAATGGCTTCGCTCGGTTTCAACCTCGGATT
CTCCTTCTACGGTGTACGAACTCAGCAGAATAATCAAGTTTCTTCCGCAAATGGAAGAGC
TCGCGTTATCTCCTGCAACTCTTCTTCTTCTTCATCTTCTTCACAAGCATCTCCGCAGGG
GATTTCGACGCCTCCTGAGATAGAGCTCGAGTTCTTCGGTCCGAAGCCTGAGAGCGATGG
GACGTATCCGAGGGAGAAAGCGAAAGCTGTGAGCGGAGAGAAGCTTCTGAGAAGCATTAT
GCAGGATAACAAGATCGAGCTTTACGCCACTTACGGGAAAGTGATGAATTGTGGAGGTGG
AGGCAGCTGTGGAACTTGCATTGTTGAGATTCTTGATGGCAGAGAACTTCTGAACGATAG
AACCGATACAGAAAACAAGTACCTGAAGAAAAAGCCTGAATCCTGGAGACTCGCATGCCA
AACAATAGTAGGGAACAAAGAAAACTCAGGAAAGGTTGTGGTTCAGCGGATTCCGCAATG
GAAGAAGTGAATTCCCTCCATGTATGCGCAAGGGGTTCTCTATTCGTTTCATTTATCAGC
TCGCGAGCCATATTTACATGTCCCATACTGGTTTTCTGTTTGTACATCTCCCAT


BQ
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AF RR1HA38TF U 28
AF RR1C259TF U 1
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RD RR1HA38TF 519 0 0
GG
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CTTCATCTTCTTCACAAGCATCTCCGCAGGGGATTTCGACGCCTCCTGAGATAGAGCTCG
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TTAGCGGAGAGAAGCTTCTGAGAAGCATTATGCAGGATAACAAGATCGAGCTTTACGCCA
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AAAAGCCTGAATCCTGGAGACTCGCATGCCAAACAAT

QA 3 519 3 519
DS 

RD RR1C259TF 714 0 0
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CGCCGGAGATCGGAAGTTCAAACGGGAAGGAATGGCTTCGCTCGGTTTCAACCTCGGATT
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TCGCGTTATCTCCTGCAACTCTTCTTCTTCTTCATCTTCTTCACAAGCATCTCCGCAGGG
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GACGTATCCGAGGGAGAAAGCGAAAGCTGTGAGCGGAGAGAAGCTTCTGAGAAGCATTAT
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AACCGATACAGAAAACAAGTACCTGAAGAAAAAGCCTGAATCCTGGAGACTCGCATGCCA
AACAATAGTAGGGAACAAAGAAAACTCAGGAAAGGTTGTGGTTCAGCGGATTCCGCAATG
GAAGAAGTGAATTCCCTCCATGTATGCGCAAGGGGTTCTCTATTCGTTTCATTTATCAGC
TCGCGAGCCATATTTACATGTCCCATACTGGTTTTCTGTTTGTACATCTCCCAT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

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TCTAGTGGCAATGGCGTCACAACTTTCTGAGGCAGAAGAACGTGAGCGTGCTTTCACAAG
CCGTGGCCGTTGGAACCAGCTACGATCAATGGGAGAGGCAAAGAGCTTGCTTCAATATAT
GTTCAACTCTCTTGCGGAGACAAGGTGTCAGTCATGGGAGAAAGATGTAGAGATAAAAGA
AATGAAAGATCAGTTCAAAGAAATTGTTGGTCTTCTGAGGCAGAGTGAGATGAGAAGGAA
AGAAGCTGAAAAGGAGGTTAAGTTAAGGGAGCAAGCACATGCAACTTCCATACCATCATC
TCCACTTGGAACCCCACCGAGTTCAGTGAAGCATCTAGCTGAGGACATGACCACACCTTC
TCCAATGACTGCGCCAGCACAGAAACAGCTCAAATTCACTCCGGGGATTGCTAACGGAAA
AGTGAAGGACTCAGCTGCATTTATTAATACAAACAAGAAGATGGTACCAATGGGACAAGT
ATCGATGAGGAAACTATCAGCCATAGGACAACAGAGTGGGAAACTTTGGAGGTGGAAGAG
AAGTCATCACCAGTGGATTGTCCAATTCAAATGGAAGTGGCAAAAGCCATGGAGGCTCTC
CGAGTGGATCAGGCACAGTGACCATACACTTCTCAAGGCAAAACCTCGACATAAGGCTCT
GCCTAAGAAGATCCTATGACCAAGTTACTTAGCCGTTTTCTGAGAGAAATCTTTTTAAAA
GTGTTCAAGCTTTCTCTACCTGATGAGTATGGGACTTCGATGGAAAGGAGCAGAGGCTGG
ACTTGCTGCCGTGTTTCATTGCGTGATACCGTATTAAGAGAAGCACCAGGACGAGTTGGC
AGATACTGCCCATCGCTTGCTGTAGGTAAACAGATAGCAGACAGCTTTTTAGGAGTCATG
TTGATAGAATTGACATCTTATACATCCACTAAAGGAGCTCATGAAGGAAATAAAACCTCA
TCTTCACATTGCAGATACTATTTGTATGAAGAATTTTCCAGTTCGTTTTGTTTTTGGTTT
TGTTGTAAATGATAAAATATCTATTTAGTGTTCAGTTTT


BQ
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AF RR1F088TF U 1
AF RR1D472TF U 408
BS 1 463 RR1F088TF
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QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1D472TF 712 0 0
G
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TGCTAACGGAAAAGTGAAGGACTCAGCTGCATTTATTAATACAAACAAGAAGATGGTACC
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ATCTTTTTAAAAGTGTTCAAGCTTTCTCTACCTGATGAGTATGGGACTTCGATGGAAAGG
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GGACGAGTTGGCAGATACTGCCCATCGCTTGCTGTAGGTAAACAGATAGCAGACAGCTTT
TTAGGAGTCATGTTGATAGAATTGACATCTTATACATCCACTAAAGGAGCTCATGAAGGA
AATAAAACCTCATCTTCACATTGCAGATACTATTTGTATGAAGAATTTTCCAGTTCGTTT
TGTTTTTGGTTTTGTTGTAAATGATAAAATATCTATTTAGTGTTCAGTTTT

QA 2 712 2 712
DS 



AS 1 2

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TCTTAAGCCATACTCTTCTAATCACTGAGCTCTTCCAACAGCTGAAATTCCCAATAAAAC
CGGCTGATCTGAAGAAGAGGATCGAAAGCCTGATCGATCGAGAGTACTTGGAGAGGAACA
AGAGCAACCCTCAGATATATAATTATCTTGCTTAGTAATCTCATCTCTCTGTTTAACGCC
TTTTCGATTTTTCTTTTAATTTTTATTTCTTCTCTGTATATTTATTCCACAAACAATGGC
CGACATTATCTTCTTCAATCTGAAAAAGAGAACTCGAGATTCCGATTTCTTCCTCGCCTT
AACCGATTTTGTTC


BQ
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AF RR1F924JQ C 1
AF RR1F924TF U 1
BS 1 494 RR1F924TF

RD RR1F924JQ 494 0 0
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TGAATGCGATCCAGATGAAAGAGACGGTAGAAGAGAACACGAGTACAACAGAGAGAGTAT
TCCAAGACCGACAATACCAGATTGATGCAGCCATTGTTCGGATAATGAAGACAAGAAAAG
TCTTAAGCCATACTCTTCTAATCACTGAGCTCTTCCAACAGCTGAAATTCCCAATAAAAC
CGGCTGATCTGAAGAAGAGGATCGAAAGCCTGATCGATCGAGAGTACTTGGAGAGGAACA
AGAGCAACCCTCAGATATATAATTATCTTGCTTAGTAATCTCATCTCTCTGTTTAACGCC
TTTTCGATTTTTCTTTTAATTTTTATTTCTTCTCTGTATATTTATTCCACAAACAATGGC
CGACATTATCTTCTTCAATCTGAAAAAGAGAACTCGAGATTCCGATTTCTTCCTCGCCTT
AACCGATTTTGTTC

QA 1 494 1 494
DS 

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TGAATGCGATCCAGATGAAAGAGACGGTAGAAGAGAACACGAGTACAACAGAGAGAGTAT
TCCAAGACCGACAATACCAGATTGATGCAGCCATTGTTCGGATAATGAAGACAAGAAAAG
TCTTAAGCCATACTCTTCTAATCACTGAGCTCTTCCAACAGCTGAAATTCCCAATAAAAC
CGGCTGATCTGAAGAAGAGGATCGAAAGCCTGATCGATCGAGAGTACTTGGAGAGGAACA
AGAGCAACCCTCAGATATATAATTATCTTGCTTAGTAATCTCATCTCTCTGTTTAACGCC
TTTTCGATTTTTCTTTTAATTTTTATTTCTTCTCTGTATATTTATTCCACAAACAATGGC
CGACATTATCTTCTTCAATCTGAAAAAGAGAACTCGAGATTCCGATTTCTTCCTCGCCTT
AACCGATTTTGTTC

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 2

CO CL4862Contig1 932 2 2 U
GGTCCGTCCTCGAAAATCAGTTTTCAAGGGGTTGGAGGTCAATGGGGTCTTCTTCTGATA
CATGGATGAGAGAGTACAACGAGGCTTTAAAACTCTCTGAGGATATAAACGGCATGATGT
CTGAAAGAAACTCCTCTGGTTTAACCGGACCTGATGCTCAGCGCCGTGCTTCAGCGATAC
GAAGAAAGATCACCATTCTGGGGACACGATTAGACAGTCTTCTTCAATCCCTTCTCGTTA
AAGTTCCTGGGAAGCAACAACATGTGTCGGAGAAAGAGATGAATCGTCGCAAGGATATGG
TTGGGAACTTGAGATCGAAGGCAAATCAGGTGGCGTCTGCTTTGAACATGTCCAACTTTG
CAAATAGAGACAGCTTGCTTGGGACAGATACGAAGCCTGATGATGCTATGAACAGAGTCT
CTGGCATGGATAACCAAGGCATTGTTCTGTTTCAAAGACAGGTCATGAGAGAACAAGATG
AAGGGCTTGAGAAGTTGGAGGAAACAGTCATGAGTACCAAACACATTGCTCTCGCTGTCA
ACGAGGAGCTCACTCTACAGACAAGGCTAATCGATGACTTAGACTATCATGTGGATGTTA
CCGACTCTCGCTTACGGCGTGTGCAGAAGAGCCTTGCGGTGATGAACAAGAATATGAAAG
GAGGTTGCTCATGCATGTCCATGCTCTTGTCAGTGCTTGGAATCGTTGGTCTTGCTCTTG
TCATTTGGCTTCTGGTTAAGTACATGTAATGCCCACCAATCACAACTGTTCTATCGGCCT
CTCCTCTATGCGAATGGTTTTGTCTTTGTGCTCTCGTTGCTGTATGCAAAGAACCCTTGA
AAAAGTATATAATCTGTATTGGCTTTCATATGTTCACGAAATGTAGTCAAAGTTGTATGT
TTGTGTGTAGTATTATATACTTTTTTCTTTGC


BQ
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AF RR1FO77TF U 1
AF RR1FO77JQ C 161
BS 1 657 RR1FO77TF
BS 658 932 RR1FO77JQ

RD RR1FO77TF 657 0 0
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GAAGAAAGATCACCATTCTGGGGACACGATTAGACAGTCTTCTTCAATCCCTTCTCGTTA
AAGTTCCTGGGAAGCAACAACATGTGTCGGAGAAAGAGATGAATCGTCGCAAGGATATGG
TTGGGAACTTGAGATCGAAGGCAAATCAGGTGGCGTCTGCTTTGAACATGTCCAACTTTG
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CTGGCATGGATAACCAAGGCATTGTTCTGTTTCAAAGACAGGTCATGAGAGAACAAGATG
AAGGGCTTGAGAAGTTGGAGGAAACAGTCATGAGTACCAAACACATTGCTCTCGCTGTCA
ACGAGGAGCTCACTCTACAGACAAGGCTAATCGATGACTTAGACTATCATGTGGATGTTA
CCGACTCTCGCTTACGGCGTGTGCAGAAGAGCCTTGCGGTGATGAACAAGAATATGA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1FO77JQ 772 0 0
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GAATCGTCGCAAGGATATGGTTGGGAACTTGAGATCGAAGGCAAATCAGGTGGCGTCTGC
TTTGAACATGTCCAACTTTGCAAATAGAGACAGCTTGCTTGGGACAGATACGAAGCCTGA
TGATGCTATGAACAGAGTCTCTGGCATGGATAACCAAGGCATTGTTCTGTTTCAAAGACA
GGTCATGAGAGAACAAGATGAAGGGCTTGAGAAGTTGGAGGAAACAGTCATGAGTACCAA
ACACATTGCTCTCGCTGTCAACGAGGAGCTCACTCTACAGACAAGGCTAATCGATGACTT
AGACTATCATGTGGATGTTACCGACTCTCGCTTACGGCGTGTGCAGAAGAGCCTTGCGGT
GATGAACAAGAATATGAAAGGAGGTTGCTCATGCATGTCCATGCTCTTGTCAGTGCTTGG
AATCGTTGGTCTTGCTCTTGTCATTTGGCTTCTGGTTAAGTACATGTAATGCCCACCAAT
CACAACTGTTCTATCGGCCTCTCCTCTATGCGAATGGTTTTGTCTTTGTGCTCTCGTTGC
TGTATGCAAAGAACCCTTGAAAAAGTATATAATCTGTATTGGCTTTCATATGTTCACGAA
ATGTAGTCAAAGTTGTATGTTTGTGTGTAGTATTATATACTTTTTTCTTTGC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL4863Contig1 1249 2 2 U
GCTACGAATACATCCCAGAGGAAGGACAGAACAACAAGAAGCTATTTGACTCATTGCCCC
TAAAACAAACAGACGACCCGGACGAGAACAACCTCTACCCTTTCGTATGGCTGAACACTG
ATGGTAACCTCTTCATTTTCGCAAACAACCGTTCCATTCTTCTAAATCCCAAAACAAATC
AAGTTATCAAAGAGTTCCCTCAGCTCCCTGGTGGTACCCGTAACTACCCTGGATCAGGCT
CCTCTGCACTCCTCCCCATCCAACTTTACATGAACAATGCCAAAGTCATCCCTGCTGATG
TCCTCGTCTGCGGTGGTTCGAAACAAGACGCGTACAACCGTGCGGGTAAAAAGGATTTCG
AACCAGCATTGCAGGACTGCGCGAGGTTAAGCATCAACAGCGGTAAGCCAAGATGGAAGA
AAGAGATGATGCCTACGCCACGAGTCATGAGTGACACTGTCATCCTCCCTAACGGAGACG
TAATACTAGTCAACGGAGCTAAACGTGGCTGTTCTGGTTGGGGGTATGGCAAGGACCCTG
CCTTTGCTCCTATTTTGTACAAGCCTCGTGCTAAACGCGGCTTGCGTTTCAAGGAGCTCG
CAGCCTCAGGCATCCCACGTATGTACCACTCCATCGCCATCGCTCTTCCTGATGGTAAGG
TTCTTGTCGGCGGCAGCAACACCAACGATGGTTACAGGTACAACGTTGAGTTCCCAACGG
AGCTTCGCGTTGAGAAATTCTCCCCGCCTTACCTCGACCCGGCTCTTGCCAACATGAGGC
CGAAGATAGTCAACAACGGAGCACCGAAACAGATCAAATACGGAAAAGTGTTCAATGTAA
AGGCCGAGCTTAACCAAAAAGACGTGACCAAGGAGAACCTCAAGGCTCACATGCTAGCAC
CTTCCTTTACAACACATAGTATCTCGATGAACATGAGGATGCTCCTTTTGGGTGTCGCTG
GTGTCAAACCTGCTGGAGGCAACTCCTTTGAAATACAAGCGGCCGCGCCACCCAATGGAA
ACCTGGCACCACCGGGTTACTATTTTATTTTTGCCGTTTACAAAGGTGTTCCCAGCATTG
GTGAATGGATTCAGATCGTTTGACAGATGAACTTTTACCAAATTTTTTTTATGCCGTAGC
ATTATATGTTAAAATAAAATTTAGCAATAATCAGTTTTTTTTTTTTATACAAGCGTATAT
GACATGATTAATGTATCCAAATTCATTAGTGTTTTCGATGATTCGTCCT


BQ
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AF RR1AP74TF U 1
AF RR1AP74JQ C 673
BS 1 774 RR1AP74TF
BS 775 1249 RR1AP74JQ

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TAAAACAAACAGACGACCCGGACGAGAACAACCTCTACCCTTTCGTATGGCTGAACACTG
ATGGTAACCTCTTCATTTTCGCAAACAACCGTTCCATTCTTCTAAATCCCAAAACAAATC
AAGTTATCAAAGAGTTCCCTCAGCTCCCTGGTGGTACCCGTAACTACCCTGGATCAGGCT
CCTCTGCACTCCTCCCCATCCAACTTTACATGAACAATGCCAAAGTCATCCCTGCTGATG
TCCTCGTCTGCGGTGGTTCGAAACAAGACGCGTACAACCGTGCGGGTAAAAAGGATTTCG
AACCAGCATTGCAGGACTGCGCGAGGTTAAGCATCAACAGCGGTAAGCCAAGATGGAAGA
AAGAGATGATGCCTACGCCACGAGTCATGAGTGACACTGTCATCCTCCCTAACGGAGACG
TAATACTAGTCAACGGAGCTAAACGTGGCTGTTCTGGTTGGGGGTATGGCAAGGACCCTG
CCTTTGCTCCTATTTTGTACAAGCCTCGTGCTAAACGCGGCTTGCGTTTCAAGGAGCTCG
CAGCCTCAGGCATCCCACGTATGTACCACTCCATCGCCATCGCTCTTCCTGATGGTAAGG
TTCTTGTCGGCGGCAGCAACACCAACGATGGTTACAGGTACAACGTTGAGTTCCCAACGG
AGCTTCGCGTTGAGAAATTCTCCCCGCCTTACCTCGACCCGGCTCTTGCCAACA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1AP74JQ 577 0 0
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AGAAATTCTCCCCGCCTTACCTCGACCCGGCTCTTGCCAACATGAGGCCGAAGATAGTCA
ACAACGGAGCACCGAAACAGATCAAATACGGAAAAGTGTTCAATGTAAAGGCCGAGCTTA
ACCAAAAAGACGTGACCAAGGAGAACCTCAAGGCTCACATGCTAGCACCTTCCTTTACAA
CACATAGTATCTCGATGAACATGAGGATGCTCCTTTTGGGTGTCGCTGGTGTCAAACCTG
CTGGAGGCAACTCCTTTGAAATACAAGCGGCCGCGCCACCCAATGGAAACCTGGCACCAC
CGGGTTACTATTTTATTTTTGCCGTTTACAAAGGTGTTCCCAGCATTGGTGAATGGATTC
AGATCGTTTGACAGATGAACTTTTACCAAATTTTTTTTATGCCGTAGCATTATATGTTAA
AATAAAATTTAGCAATAATCAGTTTTTTTTTTTTATACAAGCGTATATGACATGATTAAT
GTATCCAAATTCATTAGTGTTTTCGATGATTCGTCCT

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

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CTCTCCGGTAACAAGAACCGTCGGAAAAGAAAATACCGGACCATGGAGAGTGAGGCTTGG
AAGGCACACGTGGCCATGGTCTGCGTTCGATTGTTCAACGGAGGTTATCACGTGATCACC
AAAGTAGCTCTCAACGTCGGCGTGAACCAACTAGTCTTCTGCGTCTTTCGTGATCTCATT
GCTCTTTCCATTCTCGCTCCTCTTGCTTATATCCGTGACAAGAAGACAAGACCTCCTTTG
AACCGACGCTTTCTCTTAGCTTTCTTCTTCCTCTCTTAACTGGGATATTTGGGAACCAGC
TTTTGTTCCTCGTTGGTCTCAATTACACCAATCCCACTTATGCTGCAGCCATTCAGCCCT
CTATTCCCGTTTTTACTTTCATCTTGGCTCTCATTATGGGAACAGAGAGATTGAATTTAT
TCAAACTAGAAGGTCAAGCTAAGGTAGGAGGTACGCTGGTCTGTGTCTCTGGGGCCGTGT
TGATGGTTTTGTTTCGTGGACCGGCTTTGTTTGGGGAAACAGAGCCTGACTTCTTGGGTC
ATGGTGAAATAAGACACCCCGAAGCATCTGGATCAGGACACTTGGTGTCTAGCTTTCTCA
ATGGACTTGGGAGATGGAATCTGGGAGTTTTGTGCTTGATTGGGAACTGCACTTGCATGG
CTGCTTTTCTTGCTATTCAGGCTCCAGTCTTAAAGAAGTATCCGGCAAATCTTTCAGTTA
CAGCGTACTCTTATTTCTTTGGGACCATGTTCATGGTGACATCTGCTTTTTTCATGACCA
ATGAGTCAACCAACTGGAGTCTCACAAGATCCGAGTTCTTTGCAGTTGTCTACGCAGGAG
TAATCGCATCTGCCCTTAACTATGGTCTCTTGACGTGGTCAAATAAGATTTTGGGTCCTT
CCTTGGTTGCTCTGTATAACCCTCTTCAACCTGGAGCCTCAGCCTTCTTGTCCAGAATCT
TCCTAGGAAGCCCTATCTACTTGGGGAGCATTTTAGGCGGGTGTGCAATCATCGCAGGTC
TTTACAGTGTCACTTGGGCGTCTTACAAGGAAAAGAAAGCAGCAGCAACAACAACAGGTA
CCATCCCGATCACCTCAAAGGAAGCTGAACCCTTGATCTACAAAGACCACAAGAACAAAC
CAATGGGGCATCTATTCACAAACATTCCCATCTCTTCACCAAAATCTGCTGATTGAACCA
AATGTCAGGCTTTTTGAAATCGGGCCTGTGATGTTTTCTTGATCTTCTTTTGCGGCACTA
GTGACTATTACACTTTTCAAACAGTATATATATCAGTGTGTAAACACATCAACATCT


BQ
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AF RR1BT32TF U 1
AF RR1BT32JQ C 675
BS 1 696 RR1BT32TF
BS 697 697 RR1BT32JQ
BS 698 739 RR1BT32TF
BS 740 1437 RR1BT32JQ

RD RR1BT32TF 739 0 0
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GATTTTAATAAAGTCTTTTTTGTCTTTTAATTCCAGTCACCAACCCTGGCTTTCATCTCT
CTCTCCGGTAACAAGAACCGTCGGAAAAGAAAATACCGGACCATGGAGAGTGAGGCTTGG
AAGGCACACGTGGCCATGGTCTGCGTTCGATTGTTCAACGGAGGTTATCACGTGATCACC
AAAGTAGCTCTCAACGTCGGCGTGAACCAACTAGTCTTCTGCGTCTTTCGTGATCTCATT
GCTCTTTCCATTCTCGCTCCTCTTGCTTATATCCGTGACAAGAAGACAAGACCTCCTTTG
AACCGACGCTTTCTCTTAGCTTTCTTCTTCCTCTCTTAACTGGGATATTTGGGAACCAGC
TTTTGTTCCTCGTTGGTCTCAATTACACCAATCCCACTTATGCTGCAGCCATTCAGCCCT
CTATTCCCGTTTTTACTTTCATCTTGGCTCTCATTATGGGAACAGAGAGATTGAATTTAT
TCAAACTAGAAGGTCAAGCTAAGGTAGGAGGTACGCTGGTCTGTGTCTCTGGGGCCGTGT
TGATGGTTTTGTTTCGTGGACCGGCTTTGTTTGGGGAAACAGAGCCTGACTTCTTGGGTC
ATGGTGAAATAAGACACCCCGAAGCATCTGGATCAG*ACACTTGGTGTCTAGCTTTCTCA
ATGGACTTGGGAGATGGAA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1BT32JQ 763 0 0
CACCCCGAAGCATCTGGATCAGGACACTTGGTGTCTAGCTTTCTCAATGGACTTGGGAGA
TGGAATCTGGGAGTTTTGTGCTTGATTGGGAACTGCACTTGCATGGCTGCTTTTCTTGCT
ATTCAGGCTCCAGTCTTAAAGAAGTATCCGGCAAATCTTTCAGTTACAGCGTACTCTTAT
TTCTTTGGGACCATGTTCATGGTGACATCTGCTTTTTTCATGACCAATGAGTCAACCAAC
TGGAGTCTCACAAGATCCGAGTTCTTTGCAGTTGTCTACGCAGGAGTAATCGCATCTGCC
CTTAACTATGGTCTCTTGACGTGGTCAAATAAGATTTTGGGTCCTTCCTTGGTTGCTCTG
TATAACCCTCTTCAACCTGGAGCCTCAGCCTTCTTGTCCAGAATCTTCCTAGGAAGCCCT
ATCTACTTGGGGAGCATTTTAGGCGGGTGTGCAATCATCGCAGGTCTTTACAGTGTCACT
TGGGCGTCTTACAAGGAAAAGAAAGCAGCAGCAACAACAACAGGTACCATCCCGATCACC
TCAAAGGAAGCTGAACCCTTGATCTACAAAGACCACAAGAACAAACCAATGGGGCATCTA
TTCACAAACATTCCCATCTCTTCACCAAAATCTGCTGATTGAACCAAATGTCAGGCTTTT
TGAAATCGGGCCTGTGATGTTTTCTTGATCTTCTTTTGCGGCACTAGTGACTATTACACT
TTTCAAACAGTATATATATCAGTGTGTAAACACATCAACATCT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL4865Contig1 497 2 1 U
GGAAAGCTTCTTGTTACAGTTCTCATTTCTCCCGAAGATTCTCTCGGGATTCTCCACTTC
TCGACTCTTCCTCCTTTAAGCCGACCAAAAAGGATGAGTGGTTTACAAGCACAAGGCAGT
GCGTGTTCCTTGAGCCAGCCAAGCAAAGATGTGGGAGTGGTGGCTGCCACCGAGATAAAG
CCAAAGAAGAGGATATGTTGTGCTTGCCCGGATACTAAGAAGCTAAGAGACGAGTGCATT
GTTGAAAACGGTGAATCTGCTTGCACCAAATGGATCGAAGCTCATCTTATGTGTCTTCGC
TCAGAGGGTTTCAAAGTCTGAGAACTGTTTAGATAAATGTCTATGGAGTGAAGAAAAATG
ATTAGTGACAATAGATTGTTGATTATTTTTTTTTCCTGAAACTTACACAACACAACAAGT
CATGTAATAACTTGGTCAAAGATACATTAATTTTTTGGTGTGGTTAAGATCAAATCAAAA
CTCTATGTGTGTAACTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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CCAAAGAAGAGGATATGTTGTGCTTGCCCGGATACTAAGAAGCTAAGAGACGAGTGCATT
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CTCTATGTGTGTAACTC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1DW31TF C 1
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AAATAAACATCAATAACAGGGGGACACTAAAATAAACACCGATTACTTTCCCTCAAATCC
ATAAATAAAGATTCTAGAACAACGAACAAAAACAAGAAGTGAACTACAGAAGCGAAGAAG
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DS 

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TAAAGATTCTAGAACAACGAACAAAAACAAGAAGTGAACTACAGAAGCGAAGAAGAAGCA
AACAAGCAGAACAAGCTCACCACCC

QA 1 265 1 265
DS 



AS 1 2

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TCCAGCAAATAGTGGAGGCTCTACAAGGTTCACCTTTTGTTGAAGTGCAGGGTGACAGAA
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T


BQ
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10 

AF RR1DM89TF U 1
AF RR1DM89JQ C 398
BS 1 627 RR1DM89TF
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TTGCTTCCGTGTGATGTGTTTTATAATGTTAAACTTGAAAATGTATGACTAGTTTGCTAC
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GCTACTATAATATTTTGTTGCTTAGCACATTATCCAGATTATTTGTATTACTCTCTGTGA
TTTTTAGCTATCTGTTCTGCTTCTTTCTTCTCCTCCAGGTTGCAGAACTTACAGATAGCA
TCCAGCAAATAGTGGAGGCTCTACAAG*TTCACCTTTTGTTGAAGTGCAGG
TGACAG

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DS 

RD RR1DM89JQ 684 0 0
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TAAAGAGACGAACCCTGCGGTTCCAAACCCTCAACCTGTTGATGCAGTAGCAAGCCGAGT
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GCAACCTGCGGAAGCAGAAAACAAAGCTGTTTCAGATGGTCAGCCAGAGTCTTCTGGTGT
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TGGAGCTGTTGGTTAGTGTTGGAGATGAAAGTATATTATTTTGTCCTGCCCAAAAATCAG
GAAAAAAAACAATAATGAAGGGGAATCTCAAAAAAAGAGAGGTAAAGGTAAGGCATAGAC
CAAAAAGAGAAGAGACTCATATTT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL4870Contig1 497 2 1 U
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TATGTTAGTTTTGAGAT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DO15JQ C 1
AF RR1DO15TF U 1
BS 1 497 RR1DO15TF

RD RR1DO15JQ 497 0 0
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TATGTTAGTTTTGAGAT

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1DO15TF 497 0 0
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GCATCAATGATCTAAGAGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCACTCCTCCTCCTGCCTCTAAGT
CGGGAGATGAACCAAAACCACCGGCTGGTTCCACTTGAAAGATTAAGTTCGTCTTCCTTT
TATGGTTATGAAAGATTTGTGTTACTTTTTAAAAGTCATGAATATGTTGTTGGAGTTCAT
CAAATAGATTTGATGATGTGGTGGTACGTTACACTTACTCTGCATTTATGATTTGCTTTC
TATGTTAGTTTTGAGAT

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 2

CO CL4871Contig1 918 2 4 U
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GTCCACGGGGATATCAGAAGATGCTATTGAACAGCTATTGCAAGTGCTTTCTGTCAAGTC
CTTGGATGATTTGGAAGATGTACTTGGTGGAGCTGGAGAAGCCATTGCAGATCTGAAACA
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TGTGCGTGGTCTGTCTTATTACACTGGTATTGTCTTTGAGGGATTTGATCGAAAAGGGAA
TCTACGAGCTATATGCGGTGGTGGGAGATACGACAGATTACTCCCCACTTATGGAGGCGA
TGACATTCCTGCTTGCGGTTTTGGTTTCGGCGATGCTGTAATTGTTGAACCTCTTAAGGA
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AGATCTCCAAGGAGCTGCAGCCACTGTTGCAACCGCTCTCAGAAGCAAAGGCCAAACCGT
TGATTTGGTATTGGAGAGTAAACCGTTGAAATGGGTGTTCAAGAGGGCGGCTCGGATAAA
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TCTTTCTTTCTCCACTCATAAGTCCTTGTCAGTTGCAAAGATGCTCTTACTGGTACATGG
ATAGTTTAATTATTGACT


BQ
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AF RR1CQ34TF U 1
AF RR1CQ34JQ C 152
BS 1 639 RR1CQ34TF
BS 640 640 RR1CQ34JQ
BS 641 658 RR1CQ34TF
BS 659 918 RR1CQ34JQ

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DS 

RD RR1CQ34JQ 767 0 0
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GTAGAGAACATTGTGTGTGCGTTGGAAAAAGATCTCCAAGGAGCTGCAGCCACTGTTGCA
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TGGAATCTTAATTTGATCGTGGAAGGTTTATATCAAAAATCTCATCTTAGTATTGCATTG
AATTGTTGTTCTCCCACTCATTTCTAGTTTCTTTCTTTCTCCACTCATAAGTCCTTGTCA
GTTGCAAAGATGCTCTTACTGGTACATGGATAGTTTAATTATTGACT

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL4872Contig1 807 2 2 U
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CTTGTCTCCACCGTTAATGGCTTTGGTTCTCTTGTTGAAATCATCTATGTCTTGCTTTTT
CTCATTTATGTCCCTCGACATCTCAAGTTAAATACAATCGTAGTGGTTGCGTTGTTGAAC
GTCTTTTTCCCAGTAGTAGCGATTGCTGCCACGAGAAGTGCGTTTCAAGATGAGAAAATG
TGTTCTCAATCGATGGGGTTCATCTGTGCTGGCCTCAACATTGTAATGTATGGTTCTCCT
CTTTCTGCTATGAAAACAGTAGTGACGACAAAGAGCGTGAAATACATGCCGTTTTGGTTG
TCGTTTTTCCTCTTCTTAAACGGCGCGATCTGGGCAGTGTATGCTTCACTCCAACACGAC
GTTTTTCTACTTGTGCCAAATGGAGTGGGGTTTGTGTTTGGGACAATACAACTCATACTT
TATGGAATCTACAGAAACGCCAAACCGGCCGGTTTAAGCTCAAGTAAGATTGCTGCAGAT
GAAGAGGAAGGCCTCACAGCACGTGCCCCTCTCCTTTCTTAAACCTATTTTGTAAAAAAT
TATAAGATACTTTCTTTTAGTTTTTTGGGGAGTGTTTGTGTTGATTTTCTTTTATAAATA
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TTTTGAAGCAAATTAGATCAAACTGGTGTGTCCTTTTTTTTGTCTTGTACTTGTAATGAT
ACACGTTAATATAGTATCGATCGGAGG


BQ
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AF RR1DX77TF U 1
AF RR1DX77JQ C 130
BS 1 598 RR1DX77TF
BS 599 807 RR1DX77JQ

RD RR1DX77TF 598 0 0
GGCACGTTGTTAGGATCGACGTTATGGACATACTACGGCATCGTCACTCCCGGAGAATAT
CTTGTCTCCACCGTTAATGGCTTTGGTTCTCTTGTTGAAATCATCTATGTCTTGCTTTTT
CTCATTTATGTCCCTCGACATCTCAAGTTAAATACAATCGTAGTGGTTGCGTTGTTGAAC
GTCTTTTTCCCAGTAGTAGCGATTGCTGCCACGAGAAGTGCGTTTCAAGATGAGAAAATG
TGTTCTCAATCGATGGGGTTCATCTGTGCTGGCCTCAACATTGTAATGTATGGTTCTCCT
CTTTCTGCTATGAAAACAGTAGTGACGACAAAGAGCGTGAAATACATGCCGTTTTGGTTG
TCGTTTTTCCTCTTCTTAAACGGCGCGATCTGGGCAGTGTATGCTTCACTCCAACACGAC
GTTTTTCTACTTGTGCCAAATGGAGTGGGGTTTGTGTTTGGGACAATACAACTCATACTT
TATGGAATCTACAGAAACGCCAAACCGGCCGGTTTAAGCTCAAGTAAGATTGCTGCAGAT
GAAGAGGAAGGCCTCACAGCACGTGCCCCTCTCCTTTCTTAAACCTATTTTGTAAAAA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1DX77JQ 678 0 0
GTCCCTCGACATCTCAAGTTAAATACAATCGTAGTGGTTGCGTTGTTGAACGTCTTTTTC
CCAGTAGTAGCGATTGCTGCCACGAGAAGTGCGTTTCAAGATGAGAAAATGTGTTCTCAA
TCGATGGGGTTCATCTGTGCTGGCCTCAACATTGTAATGTATGGTTCTCCTCTTTCTGCT
ATGAAAACAGTAGTGACGACAAAGAGCGTGAAATACATGCCGTTTTGGTTGTCGTTTTTC
CTCTTCTTAAACGGCGCGATCTGGGCAGTGTATGCTTCACTCCAACACGACGTTTTTCTA
CTTGTGCCAAATGGAGTGGGGTTTGTGTTTGGGACAATACAACTCATACTTTATGGAATC
TACAGAAACGCCAAACCGGCCGGTTTAAGCTCAAGTAAGATTGCTGCAGATGAAGAGGAA
GGCCTCACAGCACGTGCCCCTCTCCTTTCTTAAACCTATTTTGTAAAAAATTATAAGATA
CTTTCTTTTAGTTTTTTGGGGAGTGTTTGTGTTGATTTTCTTTTATAAATAAAATCTTTT
TATCATTTCTTTGCCACTATTGTGGTGTACGATTTTTTGTGTCCCTTGTTTTTTTGAAGC
AAATTAGATCAAACTGGTGTGTCCTTTTTTTTGTCTTGTACTTGTAATGATACACGTTAA
TATAGTATCGATCGGAGG

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL4873Contig1 819 2 4 U
AAAGATACAGCAACTCTGAGACGTGTTTCCAGCGTCGAAGCTCTTCAACCAGCAACAAGG
AACTCCACGGATTTTGTAAGACTGGATCAAGACATCCTTTCACCTCTGGCTGGGAAGAAA
CAGCTATATACTTACGAGACTATGGATTTCTGGGAGCAAATTAAATCTCCTGGAATGTCG
CTGAAGTGCTCAGGACTCTATCTTTCCCAGTTCCGGTTGACCTCACCTCAAGTGTTGGCT
AGTGGTGATGGAACAAAGAGTGCCATAGTGACCGGTGATGTTTACATACATCCTTCTGCC
AAAGTACACCCAACTGCAAAGATTGGTCCCAACGTCTCAATCTCTGCTAATGCTCGTGTT
GGACCGGGTGTCAGGCATATTAGCTGTATCATCCTTGATGACGTTGAGATCATGGAAAAT
GCAGTGGTGAATAATGCAATTGTTGGGTGGAAATCTTCTATCGGGAGATGGTCCCGTGTC
CAGGCTGAGGGAGTCTACCACTCCAAACTCGGAGTTACAATACTGGGAGACTCGGTTGCA
GTTGAAGAGGAAGTCGTGGTGACCAGCAGTATTGTTCTTCCAAACAAGACACTCAACGTC
AGTGTTCAAGACGAGATCATCTTGTAACTCAAGAAAGGAAACCAACCCTGTGGATCCCTA
CCATGTTCCTGAAACTGGAAAATCACAGGAGCTAGTATTTGGGAAGTAATTCACATGAAC
CATTTATTTACATCAAAATTGCCAACTTTGTATCAGATTCCATCATCTATACTCAGACAC
ACAGAGTTTTTTAGCCCATGATAATAAAGCAAATTGTGC


BQ
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AF RR1BB65TF U 1
AF RR1BB65JQ C 410
BS 1 430 RR1BB65TF
BS 431 431 RR1BB65JQ
BS 432 503 RR1BB65TF
BS 504 819 RR1BB65JQ

RD RR1BB65TF 503 0 0
AAAGATACAGCAACTCTGAGACGTGTTTCCAGCGTCGAAGCTCTTCAACCAGCAACAAGG
AACTCCACGGATTTTGTAAGACTGGATCAAGACATCCTTTCACCTCTGGCTGGGAAGAAA
CAGCTATATACTTACGAGACTATGGATTTCTGGGAGCAAATTAAATCTCCTGGAATGTCG
CTGAAGTGCTCAGGACTCTATCTTTCCCAGTTCCGGTTGACCTCACCTCAAGTGTTGGCT
AGTGGTGATGGAACAAAGAGTGCCATAGTGACCGGTGATGTTTACATACATCCTTCTGCC
AAAGTACACCCAACTGCAAAGATTGGTCCCAACGTCTCAATCTCTGCTAATGCTCGTGTT
GGACCGGGTGTCAGGCATATTAGCTGTATCATCCTTGATGACGTTGAGATCATGGAAAAT
GCAGTGGTGACTAATGCAATTGTTGGGTGGAAATCTTCTATCGGGAGATGGTCCCGTGTC
CAGGCTGAGGGAGTCTACCACTC

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR1BB65JQ 410 0 0
TCATGGAAAATGCAGTGGTGAATAATGCAATTGTTGGGTGGAAATCTTCTATCGGGAGAT
GGTCCCGTGTCCAGGCTGAGGGAGTCTACCACTCCAAACTCGGAGTTACAATACTGGGAG
ACTCGGTTGCAGTTGAAGAGGAAGTCGTGGTGACCAGCAGTATTGTTCTTCCAAACAAGA
CACTCAACGTCAGTGTTCAAGACGAGATCATCTTGTAACTCAAGAAAGGAAACCAACCCT
GTGGATCCCTACCATGTTCCTGAAACTGGAAAATCACAGGAGCTAGTATTTGGGAAGTAA
TTCACATGAACCATTTATTTACATCAAAATTGCCAACTTTGTATCAGATTCCATCATCTA
TACTCAGACACACAGAGTTTTTTAGCCCATGATAATAAAGCAAATTGTGC

QA 1 410 1 410
DS 



AS 1 2

CO CL4874Contig1 1271 2 2 U
GGTCTCAGCGCCAAGAAAGCTTTATTCTCAAACCCCAGATGAAGGTCCATTGCAGGTTCA
TTCCAGGTGGTGGCGCTGAAATGTCCTCTCGAGATAAACACTACGTTAAGAAATGTAAAT
TTGTGGTTGCCACTGGGATTTTCGATGCTTATGATCAACCTCACCAGCCTTCTAACATTA
GCGACCGTTCCAAGAAGCTCTTCTGTTTCCTTATGGTCGTTGACGAGGTCTCTCTAGATT
TCTTAAGATCCAACACTAGTGTGAGTCAAGATGTTCAAGGAGGCAGTTGGGTTGGCATTT
GGCGTCTTATCCTACTCAAAACTCCTCCTTATGATGAACCTAGGAGGAACGGTAAAGTCC
CCAAAATCTTAACTCACCGCTTATTCCCTCAAGCACGCTACAGCATTTGGATTGATGCCA
AAATGGAGCTTATCCTTGATCCCTTGCTCATTTTAGAAAGGTATTTGTGGCGTGGGAAGC
ATACCTTTGCCATTGCTCAACACAAACATCACCGAAACATATATGAGGAAGCTGATGCGT
GCAGGAGGAGAAAGCGTTATGCCCGACCTCTCGTTGATCTTCACATGAAAATTTATCGGT
TCGAGGGTTTAGAACCATGGAGCATCAAGAAGAGCGCTGTTAGTGATGTTCCAGAGGGAG
CGGTGATAATAAGAGAACACACTGCAATGAACAATCTGTTCAGCTGCCTGTGGTTCAACG
AGGTACACCTGTCAACACCGAGGGACCAGCTTAGCTTTGGGTACGAGTGGACAGACTAAA
AGGAGCCTTCAAGGTGTTCATGTTTCAGAACTGTGAGTACAACTCTCTCTTTGAACTGCA
CCCTCACATCAGAGAACATTCCTCAAAGATAGAGTGGGTCAAGAGTCTAAAGGAACTGAA
AGGGAAAGGAGAGAGTTTGAAGGAGAGCAGAGGAGGCTTTGGGCTATGGACTCCATACCC
TGGGGATCTCGATTCCGTTGAGCTGCCAAAGGTAGTAAGAACTTCTAAAGCTGGTTGATA
GAGCCCAAGAAACGTTTGAGCGTGTGCTTCTCTGGGGATGAGGATGGGGTGTTTAAATTC
CAAATTTTTACAAGCTTTGTTAAAAACATGCACACTTCTTTTTAAAAACCATTTTTGTAG
ATTCGACAGTGTAAAAGAAAGAAAACATGATTAGCATAGCTCAAGGGGTTTAAATACATT
TTGGAGAGCGCTGCTACTCCGATCACGGCTTTCATGGCCTGGACGTCTAACTGAATGTGT
CCAATCAGCAT


BQ
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AF RR1DS82TF U 1
AF RR1DS82JQ C 497
BS 1 731 RR1DS82TF
BS 732 1271 RR1DS82JQ

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TTCCAGGTGGTGGCGCTGAAATGTCCTCTCGAGATAAACACTACGTTAAGAAATGTAAAT
TTGTGGTTGCCACTGGGATTTTCGATGCTTATGATCAACCTCACCAGCCTTCTAACATTA
GCGACCGTTCCAAGAAGCTCTTCTGTTTCCTTATGGTCGTTGACGAGGTCTCTCTAGATT
TCTTAAGATCCAACACTAGTGTGAGTCAAGATGTTCAAGGAGGCAGTTGGGTTGGCATTT
GGCGTCTTATCCTACTCAAAACTCCTCCTTATGATGAACCTAGGAGGAACGGTAAAGTCC
CCAAAATCTTAACTCACCGCTTATTCCCTCAAGCACGCTACAGCATTTGGATTGATGCCA
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ATACCTTTGCCATTGCTCAACACAAACATCACCGAAACATATATGAGGAAGCTGATGCGT
GCAGGAGGAGAAAGCGTTATGCCCGACCTCTCGTTGATCTTCACATGAAAATTTATCGGT
TCGAGGGTTTAGAACCATGGAGCATCAAGAAGAGCGCTGTTAGTGATGTTCCAGAGGGAG
CGGTGATAATAAGAGAACACACTGCAATGAACAATCTGTTCAGCTGCCTGTGGTTCAACG
AGGTACACCTG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1DS82JQ 775 0 0
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TTATGCCCGACCTCTCGTTGATCTTCACATGAAAATTTATCGGTTCGAGGGTTTAGAACC
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ACCGAGGGACCAGCTTAGCTTTGGGTACGAGTGGACAGACTAAAAGGAGCCTTCAAGGTG
TTCATGTTTCAGAACTGTGAGTACAACTCTCTCTTTGAACTGCACCCTCACATCAGAGAA
CATTCCTCAAAGATAGAGTGGGTCAAGAGTCTAAAGGAACTGAAAGGGAAAGGAGAGAGT
TTGAAGGAGAGCAGAGGAGGCTTTGGGCTATGGACTCCATACCCTGGGGATCTCGATTCC
GTTGAGCTGCCAAAGGTAGTAAGAACTTCTAAAGCTGGTTGATAGAGCCCAAGAAACGTT
TGAGCGTGTGCTTCTCTGGGGATGAGGATGGGGTGTTTAAATTCCAAATTTTTACAAGCT
TTGTTAAAAACATGCACACTTCTTTTTAAAAACCATTTTTGTAGATTCGACAGTGTAAAA
GAAAGAAAACATGATTAGCATAGCTCAAGGGGTTTAAATACATTTTGGAGAGCGCTGCTA
CTCCGATCACGGCTTTCATGGCCTGGACGTCTAACTGAATGTGTCCAATCAGCAT

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

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CCCTCCGCCGTCGTCAGGCTCCCCACCACAACATCACGGAACCTCACCGTGAAGTCATCT
CTAAAGGACTTCGGAGTCGCTGCCGTAGCGGCTGCAGCTTCCATCGCTTTGGCAGGAAAC
GCCATGGCGATAGACGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTGGCTTTCGTTCCCAAC
GAGTTCACCATAGCGAAAGGAGAGAAGATCGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCACAC
AACGTTGTGTTCGACGAGGACGAGATCCCGAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATG
GACGAGCAGGACCTACTCAACGCCGCTGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACTGAGCCT
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BQ
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AF RR1GS09TF U 1
AF RR1GS09JQ C 13
BS 1 509 RR1GS09TF
BS 510 698 RR1GS09JQ

RD RR1GS09TF 509 0 0
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ATAACCTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCGTTCACCGGCCTGAAATCCACAGTCTCCAAG
CCCTCCGCCGTCGTCAGGCTCCCCACCACAACATCACGGAACCTCACCGTGAAGTCATCT
CTAAAGGACTTCGGAGTCGCTGCCGTAGCGGCTGCAGCTTCCATCGCTTTGGCAGGAAAC
GCCATGGCGATAGACGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTGGCTTTCGTTCCCAAC
GAGTTCACCATAGCGAAAGGAGAGAAGATCGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCACAC
AACGTTGTGTTCGACGAGGACGAGATCCCGAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATG
GACGAGCAGGACCTACTCAACGCCGCTGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACTGAGCCT
GGGACTTACAGCTTCTACTGTGCCCCGCA

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1GS09JQ 686 0 0
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GTCAGGCTCCCCACCACAACATCACGGAACCTCACCGTGAAGTCATCTCTAAAGGACTTC
GGAGTCGCTGCCGTAGCGGCTGCAGCTTCCATCGCTTTGGCAGGAAACGCCATGGCGATA
GACGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTGGCTTTCGTTCCCAACGAGTTCACCATA
GCGAAAGGAGAGAAGATCGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCACACAACGTTGTGTTC
GACGAGGACGAGATCCCGAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATGGACGAGCAGGAC
CTACTCAACGCCGCTGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACTGAGCCTGGGACTTACAGC
TTCTACTGTGCCCCGCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGCAAAGTCACCGTTAACTAATAA
ACTGTGTGTGTAAATGCGAAAGGGTGTCTCTGATCCATGTAGAGGCTTTTCTTTCAGTTT
TTACTTACATAGGTGTTTTGTACTACTTATAAAGAGTGTTGGAATCAAATGGACATTGAT
TTGTTAATGAGAGTGCTGGTTCCATC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL4876Contig1 717 2 2 U
AGAGAGAAATGGCGACGTCAGGAACATACGTGACGGAGGTTCCGTTAAAAGGGACGGTGG
AGAAACATTACAAGAGGTGGAGGAGCGAGAACCATGCCTTCCCGGAAGCCATCGGCCACC
ACATCCAAAATGTCACCATTCACGACGGCGAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTT
GGAACTACACATGCGATGGGAAGCCAGAGGTATTCAAAGAAAGGAGAGAGATAGACGATG
AGAAGAAAACGGTGACGTTTAGAGGACTTGAAGGTCACGTGATGGAACAGCTCAAGGTGT
ATGACGTCACCTTGGAGTTTATTCCCAAGTCCGAGGATGGCTGTGCCTGCAAAGTTACTA
TGATATGGGAGAAGCGCAACGATGAGTTCCCCCAACCAAGCAACTACATGAAATTTGCCA
AGAGCATGGTTGCTGACATGGACGACCATGTTCTCAAAGCTTAATTGTCATCATCATCAC
CAGCATCACCATCATCATCATAATCGCCATCCAAATCATCACCATCACAATCACCCTCAC
CATGATCAATTTCATCTCTATTACGAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAATTCAATAAAT
GTGGTCTTGTAGTTTCATTTCTTTATAAGATCATGCTTTGATATGTTCTTGTGGTCATCG
ACCGGTTTGATATGTTATGCTTTGTTATATTCCAGTGTTATTAAGTTTGTCAAAGGT


BQ
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AF RR1GM06TF U 1
AF RR1GM06JQ C 151
BS 1 405 RR1GM06TF
BS 406 717 RR1GM06JQ

RD RR1GM06TF 405 0 0
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AGAAACATTACAAGAGGTGGAGGAGCGAGAACCATGCCTTCCCGGAAGCCATCGGCCACC
ACATCCAAAATGTCACCATTCACGACGGCGAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTT
GGAACTACACATGCGATGGGAAGCCAGAGGTATTCAAAGAAAGGAGAGAGATAGACGATG
AGAAGAAAACGGTGACGTTTAGAGGACTTGAAGGTCACGTGATGGAACAGCTCAAGGTGT
ATGACGTCACCTTGGAGTTTATTCCCAAGTCCGAGGATGGCTGTGCCTGCAAAGTTACTA
TGATATGGGAGAAGCGCAACGATGAGTTCCCCCAACCAAGCAACT

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR1GM06JQ 567 0 0
AATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGAACTACACATGCGATGGGAAGCCAGAGG
TATTCAAAGAAAGGAGAGAGATAGACGATGAGAAGAAAACGGTGACGTTTAGAGGACTTG
AAGGTCACGTGATGGAACAGCTCAAGGTGTATGACGTCACCTTGGAGTTTATTCCCAAGT
CCGAGGATGGCTGTGCCTGCAAAGTTATTATGATATGGGAGAAGCGCAACGATGAGTTCC
CCCAACCAAGCAACTACATGAAATTTGCCAAGAGCATGGTTGCTGACATGGACGACCATG
TTCTCAAAGCTTAATTGTCATCATCATCACCAGCATCACCATCATCATCATAATCGCCAT
CCAAATCATCACCATCACAATCACCCTCACCATGATCAATTTCATCTCTATTACGAAATA
CTTATTAAGATGCTTTTCAATTCAATAAATGTGGTCTTGTAGTTTCATTTCTTTATAAGA
TCATGCTTTGATATGTTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGATATGTTATGCTTTGTTATAT
TCCAGTGTTATTAAGTTTGTCAAAGGT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL4877Contig1 1253 2 2 U
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AGCGAGAGCTGCGTGATGTTCTTCAAAACCTTGAGACCAAGAACGTCTTGGAGAATTGGA
AGGAGACTCAGTCTTGGAAGCTACTCAAGGAGATAGCTAATTCAGCTCAGCACAGAGAGG
TTGCTCGGAAAGCTCATCAACCAAAGCCAGTTCCTGGAGTTTTTGGTATGGACTCAGAGA
AGGTAAAAGCTATACAAGCAAGGATTGATGAGTTCACCAGCCGGATGTCGCAGCTGCTTC
AAGTGGAACGAGATACGGAACTGGAGGTTACACAAGAGGAGCTAGATGTTATTCCTACTC
CTGATGAGACCTCTGATTCCTCAAAACCGATTGAGTTCTTGGTTAGGCACGGTGAAGCTC
CGCAGGAACTTTGTGACACGATATGCAACTTGTATGCAGTCAGTACCTCCACAGGGCTGG
GAGGTATGCACTTGGTGTTGTTTAAGGTTGGGGGCAACCATCGTCTACCTCCTACAACAC
TTTCCCCTGGTGACATGGTTTGCATAAGAATTTGTGACAGTAAGGGTGCTGGAGCAACTT
CTTGTACGCAGGGGTTTGTTCACAACCTTGGAGATGATGGCTGCAGCATTGGCGTTGCTC
TAGAATCTCGTCATGGAGATCCTACTTTCTCCAAGCTCTTTGGAAAGAGTGTGAGAATTG
ATCGTATTCATGGGTTGGCCGATGCTCTCACTTATGAGCGTAACTGTGAAGCCCTAATGC
CTCTGCAGAAGAATGGGCTGCAGAAGAAAAATCCATCAATTTCTGTAGTGGCGACATTAT
TTGGGGATGGGGAAGATATCACATGGCTGGAGCAGAATGATTATGTAGACTGGAGTGAAG
CGGAGTTGAGTGATGAGCCAGTGGGAAAGTTATTCGACGATTCCCAACGGAGAGCCATAG
CGCTGGGAGTAAACAAAAAGAGACCTGTTATGATAGTTCAAGGACCTCCTGGCACTGGAA
AGACTGGAATGCTTAAGGAGGTCATCACCTTAGCTGTTCAGCAGGGAGAAAGAGTACTTG
TAACAGCACCTACTAATGCAGCTGTTGATAACATGGTCGAGAAGCTCTCACATCTTGGCC
TAAACATTGTCCGAGTCGGAAACCCTGCAAGAATATCATCAGCTGTTGCTTCAAAGTCTT
TGGGGGAAATTGTGAACTCCAAGCTCGCAAGCTTTCGAGCAGAATTAGAGAGC


BQ
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AF RR1B534TF U 1
AF RR1B534JQ C 456
BS 1 608 RR1B534TF
BS 609 1253 RR1B534JQ

RD RR1B534TF 608 0 0
GCCTTGAAGTCATCTGTTTGAAGGCTTGCACCCATTATCCCACCTTGTTCGATCATTTCC
AGCGAGAGCTGCGTGATGTTCTTCAAAACCTTGAGACCAAGAACGTCTTGGAGAATTGGA
AGGAGACTCAGTCTTGGAAGCTACTCAAGGAGATAGCTAATTCAGCTCAGCACAGAGAGG
TTGCTCGGAAAGCTCATCAACCAAAGCCAGTTCCTGGAGTTTTTGGTATGGACTCAGAGA
AGGTAAAAGCTATACAAGCAAGGATTGATGAGTTCACCAGCCGGATGTCGCAGCTGCTTC
AAGTGGAACGAGATACGGAACTGGAGGTTACACAAGAGGAGCTAGATGTTATTCCTACTC
CTGATGAGACCTCTGATTCCTCAAAACCGATTGAGTTCTTGGTTAGGCACGGTGAAGCTC
CGCAGGAACTTTGTGACACGATATGCAACTTGTATGCAGTCAGTACCTCCACAGGGCTGG
GAGGTATGCACTTGGTGTTGTTTAAGGTTGGGGGCAACCATCGTCTACCTCCTACAACAC
TTTCCCCTGGTGACATGGTTTGCATAAGAATTTGTGACAGTAAGGGTGCTGGAGCAACTT
CTTGTACG

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1B534JQ 798 0 0
GCAGTCAGTACCTCCACAGGGCTGGGAGGTATGCACTTGGTGTTGTTTAAGGTTGGGGGC
AACCATCGTCTACCTCCTACAACACTTTCCCCTGGTGACATGGTTTGCATAAGAATTTGT
GACAGTAAGGGTGCTGGAGCAACTTCTTGTACGCAGGGGTTTGTTCACAACCTTGGAGAT
GATGGCTGCAGCATTGGCGTTGCTCTAGAATCTCGTCATGGAGATCCTACTTTCTCCAAG
CTCTTTGGAAAGAGTGTGAGAATTGATCGTATTCATGGGTTGGCCGATGCTCTCACTTAT
GAGCGTAACTGTGAAGCCCTAATGCCTCTGCAGAAGAATGGGCTGCAGAAGAAAAATCCA
TCAATTTCTGTAGTGGCGACATTATTTGGGGATGGGGAAGATATCACATGGCTGGAGCAG
AATGATTATGTAGACTGGAGTGAAGCGGAGTTGAGTGATGAGCCAGTGGGAAAGTTATTC
GACGATTCCCAACGGAGAGCCATAGCGCTGGGAGTAAACAAAAAGAGACCTGTTATGATA
GTTCAAGGACCTCCTGGCACTGGAAAGACTGGAATGCTTAAGGAGGTCATCACCTTAGCT
GTTCAGCAGGGAGAAAGAGTACTTGTAACAGCACCTACTAATGCAGCTGTTGATAACATG
GTCGAGAAGCTCTCACATCTTGGCCTAAACATTGTCCGAGTCGGAAACCCTGCAAGAATA
TCATCAGCTGTTGCTTCAAAGTCTTTGGGGGAAATTGTGAACTCCAAGCTCGCAAGCTTT
CGAGCAGAATTAGAGAGC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL4878Contig1 494 2 1 U
GGGACGAGAACATGGTGTCCTTTGTGACGCTCAACAAGGTTGGTGGGTTTCTTCAGAGAA
TGGACTTGGCTCGTAAGTACGCCTTTGGAAAGATGCTGATCTGCGGGTCAGAGGCTCCCT
TCAAGGTGAAGGGTTTGTGGTTGTTCAGAGGACCAGAGATCCCAAAGTTCATAATGGACG
AGGTGTACGACATGGAGCTGTACGAGTGGACAAAGGTTGACATCTCGGATGAAGCCCAGA
AGGAGCGTGTTAGCCAGATGATCGAAGACGCAGAGCCCTTTGAAGGTGAAGCTCTCTTGG
ACGCCAAGTGCTTCAAGTGAAAAGATAGTTTGGTTTGACAATTAGTGTTTGGTTTTGATA
TACTATGATGAGTCGCTTATGTCTAATACAGTGGTTTAAGGACAAGAGGTTGTGGTCTTA
AGTAATACTTAAATAGTTCTGGAATTGCGTTGTTTCGAAGGTTTAAGTTATATTTGTGAA
AACCTCAAAACTTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EL50JQ C 1
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AACCTCAAAACTTT

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1EL50TF 494 0 0
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AGGAGCGTGTTAGCCAGATGATCGAAGACGCAGAGCCCTTTGAAGGTGAAGCTCTCTTGG
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AACCTCAAAACTTT

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 2

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CACTTTCACC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CT71JQ C 1
AF RR1CT71TF U 1
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CACTTTCACC

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DS 

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CACTTTCACC

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 2

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CCAATACGTTGCCAATATGATCCGTTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTGCCTGC
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ATTATTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP66TF U 1
AF RR1DP66JQ C 186
BS 1 682 RR1DP66TF
BS 683 909 RR1DP66JQ

RD RR1DP66TF 683 0 0
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CATCGCTATGATCGCCGATGAGGACACCGTAGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAA
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AATTGAGGATGCTTTCAAGGAATTCTCATCGAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAG
CCAATACGTTGCCAATATGATCCGTTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTGCCTGC
GATTCTGGAGATCCCTTCCAAG
A

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1DP66JQ 724 0 0
CTGTTGTGGGTTCGGCTTTGCGTGAGCGGAGCAAGACCGATTGGGAATATCAGTTAGATA
AGATCGAGACTAGTCTCGATAGAAAAATTGAGGATGTATTAAGAGTGGGCTTTGACAGAT
TGTCGAAGAATGATCAAGCCCTGTTTCTCCACATTGCACGCTTTTTTTTCTTCCATGAGG
AAGTTGAATCAAAAATGGCTGGGAGAGCTTCGATCCCTGCTCGCAACTCTGCCCTCATCG
CTATGATCGCCGATGAGGACACCGTAGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTCG
ACATCAGGAGGAAGACTAACTACCTCATCGTGGATTCAAAGACAACTGTTAGACAAATTG
AGGATGCTTTCAAGGAATTCTCATCGAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAGCCAAT
ACGTTGCCAATATGATCCGTTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTGCCTGCGATTC
TGGAGATCCCTTCCAAGGACCATCCTTATGATCCTGCTCATGATTCGGTTCTCTCCCGTG
TCAAGTACCTCTTCTCTGCTGAATCGGTGTCACAGCGTTAAGCATCTATACATTGTGCAA
GCTCGCTGAACCTATATCATTTGTTTGTTTTTGACATTCTTGTATTTCTCCTTTCAAACT
CAGAAACATTCAATAAATGTATAACTCTTGATTTTTATTTGGAGATGATTGTTATATTAT
TGAG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL4881Contig1 996 2 6 U
GAACCTTCTTCTTCAATCAAATCAATCGCATCCGCTTTTTCCTGATTCTCCGTCGACGAA
ATACGATTCCGTTGTTGATCGATGAACTTGTCAAGGCGACTGGCTCTGTTAGGAGCTCAA
TCCGCGCTCTCAATCGCCAGACCCCGAGGAGGTCTGGGCTCCTCCTCCTCCTCCTACGGC
TTAATTGATCGGCGTCCCTTCCAGTTCCGGCAAATCTCGGAGCTAACCAAAGTCAATGGG
AAGCGTGCTTTTCTCGTCGATACCTTGGCTCTGGTGAGGAGTCTTGAAGCACAAGGTGTT
CCATCGAAACAAGCTGAGGCCATTACTTCTGCCATCACTGAGGTTTTGAATGATAGCTTG
GAGAACGTCTCCGAGTCCTTTGTTTCCAAGGCTGAGATGCAGAAGATTGAAATGCTCCAA
GATTCTAACCCTCCAAATTTAAATCTGAAGTCAAAAGCTCTCAGGAGCATCATTTTACTG
TTTTACAACGCGAGACAGAAAAACTAAGAGGGGATATAGAGAAGATGAGAAGCGAGCTAA
GGTATGAAATTGATAAGGTCACAGCTGGACAACGCTTGGATTTGAATCTTGAAAGAGGCC
GGATACGTGATGAGCTAGCTAATCAGAATTCAGAAACAACAAACCTCACGAACAAGCTTG
ACAGAGAAATTCATGCATTGAGAGCTCAACTAGAAGCGGCCAAATACGAAGTAATCAAAT
ACTGCATTGGTACACTTGTCTCCATTTCAGCAGTTGGACTCGCAGTCCCTCGCATAATGA
TGTATTTGAATCTAACCCTCAAGACTTATATGCTCAAAACAAAAGTTGGTAGATTCTCAT
TTTTTTTACTTGAAACCTCAGCGTCATATTCTTTTTTTCTTTTCTGGCGAGGAAAAGGGA
GAAAAAAACAATGTTATTGTAATCGTGATCTCTTGGGCTAATTATCCTTGCTAGAACAGG
TTTTGAATTTGCCGCGAGTATTATATTCAATCCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED01TF U 1
AF RR1BS72TF U 654
BS 1 718 RR1ED01TF
BS 719 719 RR1BS72TF
BS 720 742 RR1ED01TF
BS 743 743 RR1BS72TF
BS 744 765 RR1ED01TF
BS 766 996 RR1BS72TF

RD RR1ED01TF 765 0 0
GAACCTTCTTCTTCAATCAAATCAATCGCATCCGCTTTTTCCTGATTCTCCGTCGACGAA
ATACGATTCCGTTGTTGATCGATGAACTTGTCAAGGCGACTGGCTCTGTTAGGAGCTCAA
TCCGCGCTCTCAATCGCCAGACCCCGAGGAGGTCTGGGCTCCTCCTCCTCCTCCTACGGC
TTAATTGATCGGCGTCCCTTCCAGTTCCGGCAAATCTCGGAGCTAACCAAAGTCAATGGG
AAGCGTGCTTTTCTCGTCGATACCTTGGCTCTGGTGAGGAGTCTTGAAGCACAAGGTGTT
CCATCGAAACAAGCTGAGGCCATTACTTCTGCCATCACTGAGGTTTTGAATGATAGCTTG
GAGAACGTCTCCGAGTCCTTTGTTTCCAAGGCTGAGATGCAGAAGATTGAAATGCTCCAA
GATTCTAACCCTCCAAATTTAAATCTGAAGTCAAAAGCTCTCAGGAGCATCATTTTACTG
TTTTACAACGCGAGACAGAAAAACTAAGAGGGGATATAGAGAAGATGAGAAGCGAGCTAA
GGTATGAAATTGATAAGGTCACAGCTGGACAACGCTTGGATTTGAATCTTGAAAGAGGCC
GGATACGTGATGAGCTAGCTAATCAGAATTCAGAAACAACAAACCTCACGAACAAGCTTG
ACAGAGAAATTCATGCATTGAGAGCTCAACTAGAAGCGGCCAAATACGAAGTAATCAA*T
ACTGCATTGGTACACTTGTCTC*ATTTCAGCAGTTGGACTCGCAG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1BS72TF 343 0 0
G
AGCTTGACAGAGAAATTCATGCATTGAGAGCTCAACTAGAAGCGGCCAAATACGAAGTAA
TCAAATACTGCATTGGTACACTTGTCTCCATTTCAGCAGTTGGACTCGCAGTCCCTCGCA
TAATGATGTATTTGAATCTAACCCTCAAGACTTATATGCTCAAAACAAAAGTTGGTAGAT
TCTCATTTTTTTTACTTGAAACCTCAGCGTCATATTCTTTTTTTCTTTTCTGGCGAGGAA
AAGGGAGAAAAAAACAATGTTATTGTAATCGTGATCTCTTGGGCTAATTATCCTTGCTAG
AACAGGTTTTGAATTTGCCGCGAGTATTATATTCAATCCAAG

QA 2 343 2 343
DS 



AS 1 2

CO CL4882Contig1 489 2 1 U
GAACAGGAAATAGGACACCTTACTTTTGACAAAGATGACCAGTTAGCTGTAGAATTTGTC
ACTGCTGCTGCAAATATCCGTGCTGAGTCTTTTGGAATTCCTTTGCACAGTCTTTTTGAA
GCCAAAGGTATCGCTGGGAACATTGTTCATGCCGTTGCTACAACTAACGCCATTGTTGCT
GGTTTGATTGTTATTGAAGCAATCAAAGTACTGAAGAAGGATGCGGACAAGTACAGGTTT
GTTACTTTGAAGTCTTTATTTCATAAGCTTCAGAGTCCTTAATATATTGTTATATCCTTT
TAATTCTCAACGTCTCTCTGTAGAATGACATATTGCTTAGAGCACCCAAGCAGAAAGATG
CTTCTTATGCCAGTCGAGCCATTTGAACCAAATCCTGCTTGCTATGTCTGTTCCAAGGTA
TAAGCATTACTTTTCTGTTTCTTATATTTTTCTTGCATAACCAATCATCAGTTTTTTCAT
CAGTGTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BJ82JQ C 1
AF RR1BJ82TF U 1
BS 1 489 RR1BJ82TF

RD RR1BJ82JQ 489 0 0
GAACAGGAAATAGGACACCTTACTTTTGACAAAGATGACCAGTTAGCTGTAGAATTTGTC
ACTGCTGCTGCAAATATCCGTGCTGAGTCTTTTGGAATTCCTTTGCACAGTCTTTTTGAA
GCCAAAGGTATCGCTGGGAACATTGTTCATGCCGTTGCTACAACTAACGCCATTGTTGCT
GGTTTGATTGTTATTGAAGCAATCAAAGTACTGAAGAAGGATGCGGACAAGTACAGGTTT
GTTACTTTGAAGTCTTTATTTCATAAGCTTCAGAGTCCTTAATATATTGTTATATCCTTT
TAATTCTCAACGTCTCTCTGTAGAATGACATATTGCTTAGAGCACCCAAGCAGAAAGATG
CTTCTTATGCCAGTCGAGCCATTTGAACCAAATCCTGCTTGCTATGTCTGTTCCAAGGTA
TAAGCATTACTTTTCTGTTTCTTATATTTTTCTTGCATAACCAATCATCAGTTTTTTCAT
CAGTGTTTC

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR1BJ82TF 489 0 0
GAACAGGAAATAGGACACCTTACTTTTGACAAAGATGACCAGTTAGCTGTAGAATTTGTC
ACTGCTGCTGCAAATATCCGTGCTGAGTCTTTTGGAATTCCTTTGCACAGTCTTTTTGAA
GCCAAAGGTATCGCTGGGAACATTGTTCATGCCGTTGCTACAACTAACGCCATTGTTGCT
GGTTTGATTGTTATTGAAGCAATCAAAGTACTGAAGAAGGATGCGGACAAGTACAGGTTT
GTTACTTTGAAGTCTTTATTTCATAAGCTTCAGAGTCCTTAATATATTGTTATATCCTTT
TAATTCTCAACGTCTCTCTGTAGAATGACATATTGCTTAGAGCACCCAAGCAGAAAGATG
CTTCTTATGCCAGTCGAGCCATTTGAACCAAATCCTGCTTGCTATGTCTGTTCCAAGGTA
TAAGCATTACTTTTCTGTTTCTTATATTTTTCTTGCATAACCAATCATCAGTTTTTTCAT
CAGTGTTTC

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 2

CO CL4883Contig1 1094 2 2 U
TTTTTACATCAATACATCGTATCTCTTGAACTAGACAACAAGGTTGAGACCCTGGAAACC
ATAAATGAGAAGATTAGAAAGCGTTTCAAGAATCTAAAGTTGTCTAATAGCTTTTCAGCT
AAAGTTGGCAGACATGCTTCTCTTGCTTGGTGTCGTGCTCTGATAATAAGCTTGGCATCA
ATAACCCCCTTGCACCAGGTGTCCTCAGCGGCAAGTCAAGCAATAAATCCATCATCCGAT
TTTCTGGAAAACAGACGGGTGCTTTGTGTTGATCTCCAGTCAGGATTCTGGAATTCTTCA
TTCGAGAATCCCTCAGAATCCCAAATGCTTGAAGCAAAATGGGGACCTGTTCTGTCCAAG
ATCAAGAACGTACTCATTGCCAATAAAGCCTCAGAGGAGAATCTGGAGATAGCTAATTCT
TTGCTTAAAAGTTGTTACAGTTACTTCCGAGAAACTGCTTCAGTGACACTTCCTTCTGAA
ATCAGCCTCTATTTCGCACTACCTCGGCTAGCAACAGCGGGGAAACTTATTCCAGGCACC
GAAGGAGTCGAAGTCATTGATGTAAGCATTCCAAGGAAGCTTCTTTTGTGGGCTTACACG
CTGTTTCATGGCAATTGTGGAAGCATCTCTCAGGTCGTGAAATATATGGAAGAAAATACC
AAGCCAAAAATGAAGAGAGGAGCGACAACTTCATCAGTGGTTCCTTCGGTTCAATCAGGT
GGAAACAACGAACCAGAAGCAGCTCCTAAACATGTGCAGGTGATGGTATCCGATTCACTG
GGTGGGGATAGTTGTGGCTCCACATCTGCGCCAGCGTAACAATGTTTTATCTGCAGAGAA
GAGAAGTGGCTGAGATTTCTCATCATTATGTTGTAACTTCTTGTTAGCTAGGGAAATTGT
TATGCAAGGGACTACAACAATTTACAAAAACTGCACATGTATAATTTAGTAATTATATAA
ATTTGTATAAATATATTACATATATGAGATGAAAAAATATAACACAAGGCACAACAACAA
TTTCAGAAACCTGCACATGTATAATATAGTAATTATACAATTTTCTATGAATAAATATTA
CATGTCTTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D266TF U 1
AF RR1D266JQ C 355
BS 1 605 RR1D266TF
BS 606 1094 RR1D266JQ

RD RR1D266TF 605 0 0
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TTTCTGGAAAACAGACGGGTGCTTTGTGTTGATCTCCAGTCAGGATTCTGGAATTCTTCA
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TTGCTTAAAAGTTGTTACAGTTACTTCCGAGAAACTGCTTCAGTGACACTTCCTTCTGAA
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CTGTT

QA 1 605 1 605
DS 

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TCTGAAATCAGCCTCTATTTCGCACTACCTCGGCTAGCAACAGCGGGGAAACTTATTCCA
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TACACGCTGTTTCATGGCAATTGTGGAAGCATCTCTCAGGTCGTGAAATATATGGAAGAA
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TCAGGTGGAAACAACGAACCAGAAGCAGCTCCTAAACATGTGCAGGTGATGGTATCCGAT
TCACTGGGTGGGGATAGTTGTGGCTCCACATCTGCGCCAGCGTAACAATGTTTTATCTGC
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AATTGTTATGCAAGGGACTACAACAATTTACAAAAACTGCACATGTATAATTTAGTAATT
ATATAAATTTGTATAAATATATTACATATATGAGATGAAAAAATATAACACAAGGCACAA
CAACAATTTCAGAAACCTGCACATGTATAATATAGTAATTATACAATTTTCTATGAATAA
ATATTACATGTCTTTCTTCC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GQ65TF U 1
AF RR1GQ65JQ C 1
BS 1 503 RR1GQ65TF
BS 504 707 RR1GQ65JQ

RD RR1GQ65TF 503 0 0
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ATTTTAATAATAAAAGAAAAATTCATCTCCTTTTGAATTCAAACCCTAATTTTGGGGGGA
CTAGTTTTATGTTTTTGTATTGA

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR1GQ65JQ 707 0 0
GCCAGAATCCGACAGCAACAACCATAACATACCTGACCTTATAAGCGAGAAAGAAAAAGA
GCTAGAGTTACTGATCCGTGAGCTGGACGACAAAATCAGGTTCAGGCCAAGAGCAGTTGA
GAGGCCTGGATCCGGTGCAGGCAGAACAGGTAACTATTCTGAAAGGCCTCATTCCCGGGG
TGGGTCAGTTGAAGATGCTAGGAGTGTGGAATCCATGGAAAGACCTAGATCACGAGGCAC
AGGTGATGATAGAAGAAATTTCCAAGGAAGCAAGGAACGTGGATTCTTCAGCAACAGGAA
CGTCGACAGGTCATCATCGGCCAGGGGTGGATGGTAAAAGAAGGAAACAAAGAATGAATA
TGGAGTGAGATTTTGGAGTTTGGTTTGGTTCCCATATTTGGAAGAAGCTTCAACAATAAT
ATTT*AATAATAAAAGAAAAATTCATCTCCTTTTGAATTCAAACC*TAATTTTGGGGGGA
CTAGTTTTATGTTTTTGTATTGATTCGTCTTCGGAAATCGAAGCCTAATGGTTCCTTCTT
CTTTCGTTTTTCTTAATTGTATTTTGTTTGGTCTTTTGCTCGTTGATCAGCATGATTTGT
CACAAATATTGTGTCTTCAGAATTTTGGAGACAGACTCTGTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT
CTTATGTGTTTTAAATTTTTGTTTACCGCTGCTGCTTCAGCAGTCTG

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL4885Contig1 1100 2 2 U
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TAAGTAACCATTGACATTTT


BQ
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AF RR1EC64TF U 1
AF RR1EC64JQ C 396
BS 1 647 RR1EC64TF
BS 648 1100 RR1EC64JQ

RD RR1EC64TF 647 0 0
GGGCGTTAAGTCAGTACTTAACGAATCGAATCACACATGTTTTTTTAATTCATATTCATT
GGCTTTTTATAATTCTTGATCTAAGAGGCTAATTTAATTACTTTGATTTCATTTCACGTA
GTGCTCAGATCTTTCTGTTCGTGAAAAAAAAATGTGGTCAATGGGTTAAGAAGCTTCACC
GTCAAAACTTCGCCGGAGAATAATAATGAGGAGGAAATGAAAAAGGAGATCACTATGGCG
GAGGCGAAGAAGCTAATGAGGCTGGTGAATGTTGAAGACATGAAGAAGAAGCTTGTCGGT
ATGTCTGAGAGAGACGTAGTTCCTTATAATGCACTTGTAGAGGCTTCTCAGGGAATGGGT
CTCGCTAGATCTCCCGACGAAGCTCACGTCTTCGCTCGAGTCCTCGACGAGGCTGGAGTC
GTTTTGATCTTCCTCGACAAAGTCTATCTTCATCCCGACAAGGTGGTGGATCTGATCAGA
CGAGCGATGCCTTTGGAAGAAACTCCAGAGGAAGATCAGATCAAGGAAGAGTTCAACAAG
CTGAGGACCATGAAGGAAGAGATCGATGTGTTAGCGCACAGACAAGTGAGGAGGATTCTG
TGGGGCGGTCTAGCTACTGCGGTAGTTCAGATTGGTCTCTTCGTCAG

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1EC64JQ 705 0 0
TCGAGTCCTCGACGAGGCTGGAGTCGTTTTGATCTTCCTCGACAAAGTCTATCTTCATCC
CGACAAGGTGGTGGATCTGATCAGACGAGCGATGCCTTTGGAAGAAACTCCAGAGGAAGA
TCAGATCAAGGAAGAGTTCAACAAGCTGAGGACCATGAAGGAAGAGATCGATGTGTTAGC
GCACAGACAAGTGAGGAGGATTCTGTGGGGCGGTCTAGCTACTGCGGTAGTTCAGATTGG
TCTCTTCGTCAGACTAACTTTCTGGGAGTTCTCGTGGGATGTCATGGAGCCGATCACGTT
CTTCGTGACAGCGACTAGTATCGTCGTGGGTTACGCTTACTTTTTGATAACTTCGAGAGA
TCCGACTTATCAGGATTTCATGAAGAGACTGTTCCTCTCGAGGCAGAGGAAACTGTTGAA
AAGTCAACATTTTGATGTGGAGAGGTTTAAGGAATTGGGGAGGATGTGTAAAACGACGTC
ACCTTCGTCTTGTCACGCGGCTGCTACTATAAGGAACCGTGTTGGGTTAGAACTTGATCT
GGAGGATTCATTGCAGACTCGTAAAGACTGATTTAAACAAACAAAATAAAAATTTACAAA
TTTTTTTGCTTTGTCTTTGCAAAAGTGACAAAAGGTTGTTTTCGATCATCTTTTTGTGTG
TGTGTGTATGTTCCTTATCATAACATAAGTAACCATTGACATTTT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL4886Contig1 814 2 6 U
GGGGAGTCAACTTTCTTCCTTAAGCACCTTCCCCTCTCCAATATCTCCCATGTGCCTGAT
CTCAACGACGATTACAGGACGTTGATGAAAGAGTTCGCCGGAAAGATAGAGAAGTTGTCG
GAGGAGCTACTGGACCTGCTTTGCGAGAATCTCGGATTGGAGAAGGGCTATCTCAAAAAT
GTGTTTTACGGGTCGAAAAGCCCGACTTTTGGAACCAAAGTGAGCAACTATCCACCTTGT
CCTAAACCGGATTTAATCAAGGGGCTCCGAACACATACCGACGCAGGCGGCATCATCCTC
CTCTTCCAGGACGATAAAGTCAGTGGACTTCAGCTCCTTAAGGACGGCGAGTGGGTCGAT
GTTCCTCCGGTTAAGCATTCTATCGTCGTTAATCTTGGTGATCAGCTTGAGGTGATAACC
AATGGGAAGTACAAGAGCGTGGAGCATAGAGTGATAGCTCAGACGGACGGAGAAGGAAGA
ATGTCCATTGCATCATTCTACAATCCTGGAAGCGACTCTGTTATTTTCCCGGCGCCGGAG
TTGATCGGAAAAGATTCGGAGAAGGAGAGCTATCCAAAATTCGTGTTCGAGGATTACATG
AAACTCTACTCTGCTGTCAAGTTTCAAGCCAAAGAACCTAGGTTTGTAGCCATGAAGGCT
ATGGAGACAACTGTGTCCGACAGTGTTGGACCATTGGCCACTGCCTAAATGAATGGCATT
ATAAATTCATAGTACATTGTTTTCATATAATTTCTTTATATTCGAATAATTTTTATGTGG
TATATTGTATGTCTTTTTTCATCAAAGTAGAATA


BQ
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AF RR1CH93TF U 1
AF RR1CH93JQ C 155
BS 1 641 RR1CH93TF
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BS 677 814 RR1CH93JQ

RD RR1CH93TF 676 0 0
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CTCAACGACGATTACAGGACGTTGATGAAAGAGTTCGCCGGAAAGATAGAGAAGTTGTCG
GAGGAGCTACTGGACCTGCTTTGCGAGAATCTCGGATTGGAGAAGGGCTATCTCAAAAAT
GTGTTTTACGGGTCGAAAAGCCCGACTTTTGGAACCAAAGTGAGCAACTATCCACCTTGT
CCTAAACCGGATTTAATCAAGGGGCTCCGAACACATACCGACGCAGGCGGCATCATCCTC
CTCTTCCAGGACGATAAAGTCAGTGGACTTCAGCTCCTTAAGGACGGCGAGTGGGTCGAT
GTTCCTCCGGTTAAGCATTCTATCGTCGTTAATCTTGGTGATCAGCTTGAGGTGATAACC
AATGGGAAGTACAAGAGCGTGGAGCATAGAGTGATAGCTCAGACGGACGGAGAAGGAAGA
ATGTCCATTGCATCATTCTACAATCCTGGAAGCGACTCTGTTATTTTCCCGGCGCCGGAG
TTGATCGGAAAAGATTCGGAGAAGGAGAGCTATCCAAAATTCGTGTTCGAGGATTACATG
AAACTCTACTCTGCTGTCAAGTTTCAAGCCAAAGAACCTAG*TTTGTAGCCATGAAG*CT
ATGGAGACAACTGTGT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1CH93JQ 660 0 0
GATTGGAGAAGGGCTATCTCAAAAATGTGTTTTACGGGTCGAAAAGCCCGACTTTTGGAA
CCAAAGTGAGCAACTATCCACCTTGTCCTAAACCGGATTTAATCAAGGGGCTCCGAACAC
ATACCGACGCAGGCGGCATCATCCTCCTCTTCCAGGACGATAAAGTCAGTGGACTTCAGC
TCCTTAAGGACGGCGAGTGGGTCGATGTTCCTCCGGTTAAGCATTCTATCGTCGTTAATC
TTGGTGATCAGCTTGAGGTGATAACCAATGGGAAGTACAAGAGCGTGGAGCATAGAGTGA
TAGCTCAGACGGACGGAGAAGGAAGAATGTCCATTGCATCATTCTACAATCCTGGAAGCG
ACTCTGTTATTTTCCCGGCGCCGGAGTTGATCGGAAAAGATTCGGAGAAGGAGAGCTATC
CAAAATTCGTGTTCGAGGATTACATGAAACTCTACTCTGCTGTCAAGTTTCAAGCCAAAG
AACCTAGGTTTGTAGCCATGAAGGCTATGGAGACAACTGTGTCCGACAGTGTTGGACCAT
TGGCCACTGCCTAAATGAATGGCATTATAAATTCATAGTACATTGTTTTCATATAATTTC
TTTATATTCGAATAATTTTTATGTGGTATATTGTATGTCTTTTTTCATCAAAGTAGAATA

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL4887Contig1 643 2 6 U
GGGATCAAAACAAGACATGTCAAACGTAAACTTTCTTGAGATTCAATACAAGCTCTCTAA
GAACAAGATGTTGAGGAAGCCTTCAAGATTGTTCTCGAGAGACAGGCAATCCTCAGGACT
GTCTTCACCTGGATCAGTGGGCGTCCCTCAGCCTACAATCAACGAGATGAGACGTGTTTT
TAACAGATTTGATTCAGACAAAGACGGCAAAATCTCTCAGACTGAGTACAAGGTGGTGCT
GAGGGCTCTAGGACAAGAGAGAGCGATCCAAGACGTGCCCAAGATCTTTAAGGCCGCGGA
TTTGGACGGTGATGGGTTTATTGACTTCAAGGAGTTTATAGAAGCACACAAGAGAAGTGG
AGGGATTAGATCTTTGGATATACGAAACGCTTTCTGGACATTTGATCTGAACGGGGATGG
CAAGATAAGCGCAGAAGAAGTGATGTCGGTTCTGAGGAAGCTTGGTGAGAGGTGCAACTT
AGAAGACTGCAAGAGAATGGTGAGAGCTGTTGATGCAGATGGAGATGGATTGGTTAATAT
GGAAGAGTTCATGAGGATGATGACTCAGTCTATGAACATTGTCTGAACAGATCTTTCTCT
ATTCTTGTAATAAAGGTTATTATTTATACATATCTTATTTCAG


BQ
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AF RR1FS28JQ C 1
AF RR1FS28TF U 136
BS 1 135 RR1FS28JQ
BS 136 555 RR1FS28TF
BS 556 556 RR1FS28JQ
BS 557 615 RR1FS28TF
BS 616 616 RR1FS28JQ
BS 617 643 RR1FS28TF

RD RR1FS28JQ 643 0 0
GGGATCAAAACAAGACATGTCAAACGTAAACTTTCTTGAGATTCAATACAAGCTCTCTAA
GAACAAGATGTTGAGGAAGCCTTCAAGATTGTTCTCGAGAGACAGGCAATCCTCAGGACT
GTCTTCACCTGGATCAGTGGGCGTCCCTCAGCCTACAATCAACGAGATGAGACGTGTTTT
TAACAGATTTGATTCAGACAAAGACGGCAAAATCTCTCAGACTGAGTACAAGGTGGTGCT
GAGGGCTTTAGGACAAGAGAGAGCGATCCAAGACGTGCCCAAGATCTTTAAGGCCGCGGA
TTTGGACGGTGATGGGTTTATTGACTTCAAGGAGTTTATAGAAGCACACAAGAGAAGTGG
AGGGATTAGATCTTTGGATATACGAAACGCTTTCTGGACATTTGATCTGAACGGGGATGG
CAAGATAAGCGCAGAAGAAGTGATGTCGGTTCTGAGGAAGCTTGGTGAGAGGTGCAACTT
AGAAGACTGCAAGAGAATGGTGAGAGCTGTTGATGCAGATGGAGATGGATTGGTTAATAT
GGAAGAGTTCATGAGGATGATGACTCAGTCTATGAACATTGTCTGAACAGATCTTTCTCT
ATTCTTGTAATAAAGGTTATTATTTATACATATCTTATTTCAG

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1FS28TF 508 0 0
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AGACAAAGACGGCAAAATCTCTCAGACTGAGTACAAGGTGGTGCTGAGGGCTCTAGGACA
AGAGAGAGCGATCCAAGACGTGCCCAAGATCTTTAAGGCCGCGGATTTGGACGGTGATGG
GTTTATTGACTTCAAGGAGTTTATAGAAGCACACAAGAGAAGTGGAGGGATTAGATCTTT
GGATATACGAAACGCTTTCTGGACATTTGATCTGAACGGGGATGGCAAGATAAGCGCAGA
AGAAGTGATGTCGGTTCTGAGGAAGCTTGGTGAGAGGTGCAACTTAGAAGACTGCAAGAG
AATGGTGAGAGCTGTTGATGCAGATGGAGATGGATTGGTTAATATGGAAGAGTTCATGAG
*ATGATGACTCAGTCTATGAACATTGTCTGAACAGATCTTTCTCTATTCTTGTAATAAAG
*TTATTATTTATACATATCTTATTTCAG

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 2

CO CL4888Contig1 496 2 1 U
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AAAAATAACCTGAACTTTTTGTCTATTTCAATATTTGTCTGCAAAGCCTCTGAAGAATTT
GAGATTAGGGAGACAACAGAATGGGAGAGTGTAGGCCTCTGGGTTTCTTATTGGGATTAC
CATTTGCTCTTGTCGCTCTTGTTCTCTCTTTAGTTGGTGCTGTCATCTGGATCATTGGGA
CAATACTTAGTTGTTTGCGCCAATGTTGCTTTTGTTTTGCTGCGCTGGCCAACTTCGCTG
TGGATCTCATCAAACTTCCTGTCAAAGTCCTGCGTTGCTTCACCAACTCCATCCCTTGTT
AAGACTTTTATTCTTCTAACTTTATGCTATTATTTTTCTTCTAATATTTTTTTACTAATT
TAGTCCTTTGTGCTCATGTAATTTCCTTTTGTAATAAATAATTTTAAACTCCCTGATATC
TACGAAATTAGTTTAG


BQ
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AF RR1GH08JQ C 1
AF RR1GH08TF U 1
BS 1 496 RR1GH08TF

RD RR1GH08JQ 496 0 0
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CATTTGCTCTTGTCGCTCTTGTTCTCTCTTTAGTTGGTGCTGTCATCTGGATCATTGGGA
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TGGATCTCATCAAACTTCCTGTCAAAGTCCTGCGTTGCTTCACCAACTCCATCCCTTGTT
AAGACTTTTATTCTTCTAACTTTATGCTATTATTTTTCTTCTAATATTTTTTTACTAATT
TAGTCCTTTGTGCTCATGTAATTTCCTTTTGTAATAAATAATTTTAAACTCCCTGATATC
TACGAAATTAGTTTAG

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1GH08TF 496 0 0
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AAAAATAACCTGAACTTTTTGTCTATTTCAATATTTGTCTGCAAAGCCTCTGAAGAATTT
GAGATTAGGGAGACAACAGAATGGGAGAGTGTAGGCCTCTGGGTTTCTTATTGGGATTAC
CATTTGCTCTTGTCGCTCTTGTTCTCTCTTTAGTTGGTGCTGTCATCTGGATCATTGGGA
CAATACTTAGTTGTTTGCGCCAATGTTGCTTTTGTTTTGCTGCGCTGGCCAACTTCGCTG
TGGATCTCATCAAACTTCCTGTCAAAGTCCTGCGTTGCTTCACCAACTCCATCCCTTGTT
AAGACTTTTATTCTTCTAACTTTATGCTATTATTTTTCTTCTAATATTTTTTTACTAATT
TAGTCCTTTGTGCTCATGTAATTTCCTTTTGTAATAAATAATTTTAAACTCCCTGATATC
TACGAAATTAGTTTAG

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL4889Contig1 499 2 1 U
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CAAACTTGAGGGTGACGAGAAGGAGAAGATTGAAGCAGCGACGAAAGAAGCGTTGGAGTG
GCTTGACGAGAACCAAAACTCGGAGAAGGAAGAGTATGACGAGAAGTTGAAGGAAGTAGA
GGCAGTGTGTAACCCAATCATCACTGCTGTTTACCAGAGGTCAGGTGGTGCACCAGGTGG
TGCGGGTGGAGAATCAGCAACCGAGGAGGAAGATGAGTCTCATGATGAGCTCTAAGCTAA
GTTGCCTTTTTTATAGTTTAATTTGTTTTAAACCAACCACTCTTTAGAAAATTTAAGGAT
AAGGAAGAATAGAACTCTTTTTTATACATTTTTTATTTTTGGGAAACTTTTGACAAGTGA
ATGAACCTTCTTTTGCCTG


BQ
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AF RR1FC05JQ C 1
AF RR1FC05TF U 1
BS 1 499 RR1FC05TF

RD RR1FC05JQ 499 0 0
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GTTGCCTTTTTTATAGTTTAATTTGTTTTAAACCAACCACTCTTTAGAAAATTTAAGGAT
AAGGAAGAATAGAACTCTTTTTTATACATTTTTTATTTTTGGGAAACTTTTGACAAGTGA
ATGAACCTTCTTTTGCCTG

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1FC05TF 499 0 0
GGCAGAGGAGTTTGCTGAGGAAGACAAGAAGGTGAAGGAGAGAATCGACGCGAGGAACAG
CCTGGAGACATACGTGTACAACATGAAGAACCAAGTAAACGACAAGGACAAGCTTGCAGA
CAAACTTGAGGGTGACGAGAAGGAGAAGATTGAAGCAGCGACGAAAGAAGCGTTGGAGTG
GCTTGACGAGAACCAAAACTCGGAGAAGGAAGAGTATGACGAGAAGTTGAAGGAAGTAGA
GGCAGTGTGTAACCCAATCATCACTGCTGTTTACCAGAGGTCAGGTGGTGCACCAGGTGG
TGCGGGTGGAGAATCAGCAACCGAGGAGGAAGATGAGTCTCATGATGAGCTCTAAGCTAA
GTTGCCTTTTTTATAGTTTAATTTGTTTTAAACCAACCACTCTTTAGAAAATTTAAGGAT
AAGGAAGAATAGAACTCTTTTTTATACATTTTTTATTTTTGGGAAACTTTTGACAAGTGA
ATGAACCTTCTTTTGCCTG

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 2

CO CL4890Contig1 865 2 2 U
GGGAAACGAAGCTACGGAAAGAAGCTACATCCTTGCAGCGTTACGAGGAAGAAGAAGAAG
AGCAATCGATCCTCTTGTTTGGAAAATCAATGGCGGTTTCTTCTGTAACTTCGTTCGTAT
TACCCTCTTTCTCCAATCCCACCTATTCGTCTTCTTCTACCAGACAGAAACTCTCTCCGC
TCTCCTTGCTCCCCCCACCTTCTTCCACTCATAGCTCCTCCCTCCTTAACAAACCTTCCA
TCTCGTTTACGAAGAGGGTCTTCGCAGCTCCCGAAACCCTAACTCCTGAAACTCTCGAAG
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TGCCAACCAAGAAGCGTATCTACTGTGTTCTCAAGTCTCCTCACGTCCACAAGGATGCAA
GGTTCCATTTTGAGATCAGGACTCACCAGCGGATGATTGATATTTTTTACCCCACTGCTC
AGACCATTGATTCCTTGATGCAACTTGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTCGAGGTCAAGC
TTTGAAGATCAGGGGTAACTACAATGGTGATGGGCACTTGCATTGCATGAACAGACTGTT
TCAGATCAACGACGTTGCTTAGAACTTGTAAGCCCTGTATAATCTTTTTGAGAGCCTCTG
TAATGAGTATTTTCTGTTAGTGATCCTTGGTCTTAGTTGATGAACGAATCCTCATGTAAG
CAAGTTTTAAGGAATCTCTTTTATT


BQ
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AF RR1E006TF U 1
AF RR1E006JQ C 300
BS 1 555 RR1E006TF
BS 556 865 RR1E006JQ

RD RR1E006TF 555 0 0
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TACCCTCTTTCTCCAATCCCACCTATTCGTCTTCTTCTACCAGACAGAAACTCTCTCCGC
TCTCCTTGCTCCCCCCACCTTCTTCCACTCATAGCTCCTCCCTCCTTAACAAACCTTCCA
TCTCGTTTACGAAGAGGGTCTTCGCAGCTCCCGAAACCCTAACTCCTGAAACTCTCGAAG
AACCCGTCTCTGAGGTTCCGAGCTCTTCCTCGATCGGTGTAGACGCGGATAAGATGGCGC
CAAAGCAAAAGATTAGGATCAAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTTATTGAGGACTCAT
GCAAGCAGATACTCGACGCTGCGAGGAATACTAATGCTAAGACGATGGGTCCTGTCCCAT
TGCCAACCAAGAAGCGTATCTACTGTGTTCTCAAGTCTCCTCACGTCCACAAGGATGCAA
GGTTCCATTTTGAGA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1E006JQ 566 0 0
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CCAAAGCAAAAGATTAGGATCAAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTTATTGAGGACTCA
TGCAAGCAGATACTCGACGCTGCGAGGAATACTAATGCTAAGACGATGGGTCCTGTCCCA
TTGCCAACCAAGAAGCGTATTTACTGTGTTCTCAAGTCTCCTCACGTCCACAAGGATGCA
AGGTTCCATTTTGAGATCAGGACTCACCAGCGGATGATTGATATTTTTTACCCCACTGCT
CAGACCATTGATTCCTTGATGCAACTTGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTCGAGGTCAAG
CTTTGAAGATCAGGGGTAACTACAATGGTGATGGGCACTTGCATTGCATGAACAGACTGT
TTCAGATCAACGACGTTGCTTAGAACTTGTAAGCCCTGTATAATCTTTTTGAGAGCCTCT
GTAATGAGTATTTTCTGTTAGTGATCCTTGGTCTTAGTTGATGAACGAATCCTCATGTAA
GCAAGTTTTAAGGAATCTCTTTTATT

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

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GGTCCTGAAATAAAACATTCCAAATGAGAGAGACGATCTAAGATCCTCAGATTTATTGGC
TCTTCACAGTCTTGTCTTCATATAGGTTCCTCTGGTTATATTCTCCGTTTCTCTCTTCTT
GCCCTGTTTGTCGCTCGTGAAAGAAAATGACAACGTACGGCACTATACCGTCCCAAGCAA
ATGACTCCTCGAACCAGAGCATGTTTGGACGAGCAAAAGGGTTGATCTCATTAGGCCTTA
GCTCTCGAAGGCCATGGCTTGAGCTTGTACAATGGAGCTCCCTTAGCCTTCCTACCTCAT
TTAGTGTTGCAACCGAACGAATCAAAACCAACATCATGATCTTCCGAACCAACTACCTTG
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TCGTTGTCTTGATCATCGCATGGCTATATGTCTACTCTCGGGATAACGAACCGCTGGTGA
TATTTGGCAGCGTGATCGATGACTCTGCTTTGGTGCTGACTTTGTTGGTCCTCACGCTCT
GTATTATTCTATTAACCAACGTGACCGGTGGTATTCTGCTCGGGGTTTTGGCTGGTTTGC
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CAAAATGAAACATATAATGTCTTTCGGTTTTTGCTTTCCATAGCGATTGTGAAACTAGCG
ATATAGATAATAGATCCAGTGAGAAACATCGACATTATGCAAAAAGAACATTTTCTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DO83TF U 1
AF RR1DO83JQ C 131
BS 1 625 RR1DO83TF
BS 626 840 RR1DO83JQ

RD RR1DO83TF 625 0 0
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TCTTCACAGTCTTGTCTTCATATAGGTTCCTCTGGTTATATTCTCCGTTTCTCTCTTCTT
GCCCTGTTTGTCGCTCGTGAAAGAAAATGACAACGTACGGCACTATACCGTCCCAAGCAA
ATGACTCCTCGAACCAGAGCATGTTTGGACGAGCAAAAGGGTTGATCTCATTAGGCCTTA
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TTAGTGTTGCAACCGAACGAATCAAAACCAACATCATGATCTTCCGAACCAACTACCTTG
TCATCTTCGTTGTTGCTATCTTCATCAGCATGCTTTGGCAGCCTGTCCACCTTGCCGTCT
TCGTTGTCTTGATCATCGCATGGCTATATGTCTACTCTCGGGATAACGAACCGCTGGTGA
TATTTGGCAGCGTGATCGATGACTCTGCTTTGGTGCTGACTTTGTTGGTCCTCACGCTCT
GTATTATTCTATTAACCAACGTGACCGGTGGTATTCTGCTCGGGGTTTTGGCTGGTTTGC
CCGTTGTTCTAGTGCATGGCATGTG

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1DO83JQ 710 0 0
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GAACCAGAGCATGTTTGGACGAGCAAAAGGGTTGATCTCATTAGGCCTTAGCTCTCGAAG
GCCATGGCTTGAGCTTGTACAATGGAGCTCCCTTAGCCTTCCTACCTCATTTAGTGTTGC
AACCGAACGAATCAAAACCAACATCATGATCTTCCGAACCAACTACCTTGTCATCTTCGT
TGTTGCTATCTTCATCAGCATGCTTTGGCAGCCTGTCCACCTTGCCGTCTTCGTTGTCTT
GATCATCGCATGGCTATATGTCTACTCTCGGGATAACGAACCGCTGGTGATATTTGGCAG
CGTGATCGATGACTCTGCTTTGGTGCTGACTTTGTTGGTCCTCACGCTCTGTATTATTCT
ATTAACCAACGTGACCGGTGGTATTCTGCTCGGGGTTTTGGCTGGTTTGCCCGTTGTTCT
AGTGCATGGCATGTGTAGGAATACAGAGTCATTGTTCGTCTTGGAAGATGATGAAGAGAA
AGTAGTCACAATGAGCGTAGCATCCTCCTCGCTTTCTTCTTCCTCTTTAACAAAATGAAA
CATATAATGTCTTTCGGTTTTTGCTTTCCATAGCGATTGTGAAACTAGCGATATAGATAA
TAGATCCAGTGAGAAACATCGACATTATGCAAAAAGAACATTTTCTTTGG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL4892Contig1 374 2 1 U
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AACTGCTTCTACGTTCTGACTCGTGTTGTGTGTTGTAGTGTGTTCTGTCTTGAGTTTGAG
TGGCTTTATGTCATGTCTCATAACGTTTGTTGGGATTTATTTGATTGAGAAATAAATTTG
AAACTATTTAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H345TF U 1
AF RR1H345JQ C 139
BS 1 374 RR1H345TF

RD RR1H345TF 374 0 0
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AGCTACTGGATCAAAGAAGGGAAGTTGATAGGAGTGTTTCTAGAAGGAGGGAGTCCTGAT
GAGAACAAGGCGATTGCTAAGGCTGCGAGAGAACAGCCTTCTGTTGAGAGCGTTGAGGTG
TTGTCCAAGGAAGGACTTTCCTTCGTCAGCAACATATGAAAAACAAAAAAAAGGGAACAG
AACTGCTTCTACGTTCTGACTCGTGTTGTGTGTTGTAGTGTGTTCTGTCTTGAGTTTGAG
TGGCTTTATGTCATGTCTCATAACGTTTGTTGGGATTTATTTGATTGAGAAATAAATTTG
AAACTATTTAGCCC

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR1H345JQ 236 0 0
AAGGCTGCGAGAGAACAGCCTTCTGTTGAGAGCGTTGAGGTGTTGTCCAAGGAAGGACTT
TCCTTCGTCAGCAACATATGAAAAACAAAAAAAAGGGAACAGAACTGCTTCTACGTTCTG
ACTCGTGTTGTGTGTTGTAGTGTGTTCTGTCTTGAGTTTGAGTGGCTTTATGTCATGTCT
CATAACGTTTGTTGGGATTTATTTGATTGAGAAATAAATTTGAAACTATTTAGCCC

QA 1 236 1 236
DS 



AS 1 2

CO CL4893Contig1 915 2 2 U
GGCTGACCGAGACGGTCAGGAGGAGGCCTTACTCGGTGATCCTGTTTGACGAGATCGAGA
AGGCTCACGGAGATGTGTTCAGCGTGTTTCTACAGATCTTGGACGATGGGAGGGTTCTGA
CTCTCAGGGGCGTACGGTGAGTTTCACCAATACGGTTATTATCATGACCTCGAACGTTGG
CTCGCAGTATATCTTGAACAGTAGTGATGGTGGTGATGATGGGAAGGAGCTCGGTTATGA
AACGATTAAACAGAGAGTGATGGATGCTGCCAGATCGATCTTTCGTCCTGAGTTTATGAA
TAGGGTTGATGAGTATATAGTTTTCCAGCCTCTTGACCGTGACCAGATCAACAGCATTGT
CCGGTTACAGCTTGCTCGTGTGCAGAAGCGGATTGCAGATAGGAAAATGAAGATAGAGAT
CACCGGTGCGGCGGTGGATCTTCTTGGAAGCCTCGGGTACGATCCTAACTATGGAGCTAG
ACCTGTGAAGCGTGTGATACAGCAGAACATCGAGAACGAGCTTGCTAAAGGTATCTTGAG
AGGAGATTTCAAGGAAGAAGATGGCATTTTGATTGATACGGAGGTTACTGCGTTCTCTAA
TGGTCAGTTACCTCAGCAGAAGCTCATTTTCAAGAAGATTGAGTCGGAAACAGCAGATGC
TGGAAAAGAAGAAGAAGCTTTCTCAAAGTAGGTCAGTTGAGAAACGACCACCTTTTAGTT
ACATACCTTTTTGGTACAGAACTTCAAGTGAGAACACAATGTTAAAAGATTTATCTCGAT
GTGAGTTATATAAGTGCTGATGTCTTAAAATCATGTATATGAATGAATCTCTAAAGATGC
AGTACACTTGGCAGGATTACAAAAATTGTCAAGTCTACATATGTTGTTTCACACATCAAA
TATTATATTGATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G305TF U 1
AF RR1G305JQ C 420
BS 1 671 RR1G305TF
BS 672 915 RR1G305JQ

RD RR1G305TF 671 0 0
GGCTGACCGAGACGGTCAGGAGGAGGCCTTACTCGGTGATCCTGTTTGACGAGATCGAGA
AGGCTCACGGAGATGTGTTCAGCGTGTTTCTACAGATCTTGGACGATGGGAGGGTTCTGA
CTCTCAGGGGCGTACGGTGAGTTTCACCAATACGGTTATTATCATGACCTCGAACGTTGG
CTCGCAGTATATCTTGAACAGTAGTGATGGTGGTGATGATGGGAAGGAGCTCGGTTATGA
AACGATTAAACAGAGAGTGATGGATGCTGCCAGATCGATCTTTCGTCCTGAGTTTATGAA
TAGGGTTGATGAGTATATAGTTTTCCAGCCTCTTGACCGTGACCAGATCAACAGCATTGT
CCGGTTACAGCTTGCTCGTGTGCAGAAGCGGATTGCAGATAGGAAAATGAAGATAGAGAT
CACCGGTGCGGCGGTGGATCTTCTTGGAAGCCTCGGGTACGATCCTAACTATGGAGCTAG
ACCTGTGAAGCGTGTGATACAGCAGAACATCGAGAACGAGCTTGCTAAAGGTATCTTGAG
AGGAGATTTCAAGGAAGAAGATGGCATTTTGATTGATACGGAGGTTACTGCGTTCTCTAA
TGGTCAGTTACCTCAGCAGAAGCTCATTTTCAAGAAGATTGAGTCGGAAACAGCAGATGC
TGGAAAAGAAG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1G305JQ 496 0 0
TCACCGGTGCGGCGGTGGATCTTCTTGGAAGCCTCGGGTACGATCCTAACTATGGAGCTA
GACCTGTGAAGCGTGTGATACAGCAGAACATCGAGAACGAGCTTGCTAAAGGTATCTTGA
GAGGAGATTTCAAGGAAGAAGATGGCATTTTGATTGATACGGAGGTTACTGCGTTCTCTA
ATGGTCAGTTACCTCAGCAGAAGCTCATTTTCAAGAAGATTGAGTCGGAAACAGCAGATG
CTGGAAAAGAAGAAGAAGCTTTCTCAAAGTAGGTCAGTTGAGAAACGACCACCTTTTAGT
TACATACCTTTTTGGTACAGAACTTCAAGTGAGAACACAATGTTAAAAGATTTATCTCGA
TGTGAGTTATATAAGTGCTGATGTCTTAAAATCATGTATATGAATGAATCTCTAAAGATG
CAGTACACTTGGCAGGATTACAAAAATTGTCAAGTCTACATATGTTGTTTCACACATCAA
ATATTATATTGATTCG

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL4894Contig1 1200 2 4 U
GGATCCTTCCAATCTTTGGATCTCCTTCTCTATCTTACACCAATTGGCGTTTGGCATCTC
TCAGGACTCATACAAGACATTCTCCAGAGTCATCGTATCAACTCCCAACAGCGTTTTGAA
GCTTAACCAGGTTCTTATGCGCCTTTCCGAACCATGATTGAAGTAAAGCGACCTGGTTCT
TCCACAAGGATCACCACAACACTCCTTGATTCCTTGATGATTCTCTTCAGAAACAAACAC
ATTCTACTCCCAGTCTTCGCCTTCGTTGCCATCCCTCTCTCTGCCTTGCATCTCTCCTTA
ACTCTCACCTCCTTTCGTCTCAAAAACCATGTCTTTCGCTTAGAAGCCTTAGCCAACGTT
GTCCACACACGGTTCGAAGCTAGGCAGATATGGGAAGAGTCTAGAGAAGACGCCGTCTCT
CTTCTCCGTCTCAAATCTCGGTACTTCGTCCCGTCTTTCATCCTCTCCTGTATCGTCTCC
ATAGCCGTCATCACATCAACTTCCTTCTCGCACCAGGGCCTGAACCCATCTCTGAAGTCG
TCGTTTGCTTCGGTGAAGTCCTCGTGGATGCGAGTAACAGCAACTTCCATTGTTGTCTAC
GGTCTGCTCTTCCTCTACTCACCAGTTCCCATGTTTCTATCTGCTATCTTCGGTTACACA
CCTACGCTGCGTCACCTCATCACATTCCTGAGTCTCGGCGTTGAGGTATACATTATGGCT
ATAACAGGGCTTGGCCTTGTGGTCTCTGTGGTAGAAGAAAGGTACGGTTTTGATGCGGTT
AAGGAAGGAATGGCATTGATGAAAGGGAGAAGGATAACGGGGTTGGCTTTGGCGGGTGTG
TTTGTGTTTTTATCGAGTTTCATTGGTCATGGGATGGAGAAGCTGGCGAAGGAGCTCGAT
GTGGATTCCAGCTCAGGGTCGTGGTGGAGGTCTGTGGTTGTGTCCGGTGGGTGGGATGGG
TGGAAACTGGTGTTTATGTATGGTGCTGAGGTGGTGGTGAGTTATGTTGTAGTCACTGTT
TTTTACTGTGAGCGTAGGAAACGTCATGGGAACAATGATCCAGATCTTGCTGATGAAGAG
GGTCTAGCTATTTAAGTTTAGCTGCAGCACTTTTGTTGTTGTTGTTATATTCTCTTTGTG
AATTTGTGATATACATTTTTGTTACATTCATCTGCAAAAATAAATCAAATGATGTTACTC


BQ
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AF RR1CX60TF U 1
AF RR1CX60JQ C 472
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BS 706 706 RR1CX60JQ
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BS 729 1200 RR1CX60JQ

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TCAGGACTCATACAAGACATTCTCCAGAGTCATCGTATCAACTCCCAACAGCGTTTTGAA
GCTTAACCAGGTTCTTATGCGCCTTTCCGAACCATGATTGAAGTAAAGCGACCTGGTTCT
TCCACAAGGATCACCACAACACTCCTTGATTCCTTGATGATTCTCTTCAGAAACAAACAC
ATTCTACTCCCAGTCTTCGCCTTCGTTGCCATCCCTCTCTCTGCCTTGCATCTCTCCTTA
ACTCTCACCTCCTTTCGTCTCAAAAACCATGTCTTTCGCTTAGAAGCCTTAGCCAACGTT
GTCCACACACGGTTCGAAGCTAGGCAGATATGGGAAGAGTCTAGAGAAGACGCCGTCTCT
CTTCTCCGTCTCAAATCTCGGTACTTCGTCCCGTCTTTCATCCTCTCCTGTATCGTCTCC
ATAGCCGTCATCACATCAACTTCCTTCTCGCACCAGGGCCTGAACCCATCTCTGAAGTCG
TCGTTTGCTTCGGTGAAGTCCTCGTGGATGCGAGTAACAGCAACTTCCATTGTTGTCTAC
GGTCTGCTCTTCCTCTACTCACCAGTTCCCATGTTTCTATCTGCTATCTTCGGTTACACA
CCTACGCTGCGTCACCTCATCACATTCCTGAGTCTCGGCGTTGAG*TATACATTATGGCT
ATAACAGG
CTT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1CX60JQ 729 0 0
ATCGTCTCCATAGCCGTCATCACATCAACTTCCTTCTCGCACCAGGGCCTGAACCCATCT
CTGAAGTCGTCGTTTGCTTCGGTGAAGTCCTCGTGGATGCGAGTAACAGCAACTTCCATT
GTTGTCTACGGTCTGCTCTTCCTCTACTCACCAGTTCCCATGTTTCTATCTGCTATCTTC
GGTTACACACCTACGCTGCGTCACCTCATCACATTCCTGAGTCTCGGCGTTGAGGTATAC
ATTATGGCTATAACAGGGCTTGGCCTTGTGGTCTCTGTGGTAGAAGAAAGGTACGGTTTT
GATGCGGTTAAGGAAGGAATGGCATTGATGAAAGGGAGAAGGATAACGGGGTTGGCTTTG
GCGGGTGTGTTTGTGTTTTTATCGAGTTTCATTGGTCATGGGATGGAGAAGCTGGCGAAG
GAGCTCGATGTGGATTCCAGCTCAGGGTCGTGGTGGAGGTCTGTGGTTGTGTCCGGTGGG
TGGGATGGGTGGAAACTGGTGTTTATGTATGGTGCTGAGGTGGTGGTGAGTTATGTTGTA
GTCACTGTTTTTTACTGTGAGCGTAGGAAACGTCATGGGAACAATGATCCAGATCTTGCT
GATGAAGAGGGTCTAGCTATTTAAGTTTAGCTGCAGCACTTTTGTTGTTGTTGTTATATT
CTCTTTGTGAATTTGTGATATACATTTTTGTTACATTCATCTGCAAAAATAAATCAAATG
ATGTTACTC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL4895Contig1 1398 2 4 U
GGAAATAAGAGAGTATAGAGAGAGAGTAGTGTACAAAGAAGAAAGACGAGGAGTATCACG
AAGAAGAGTCATGCATAACGCAAACGGATTGTTGGCGAGAATCGTTAGAGATAAGCAGCT
ATGGAGATTCGGTTGTTGTCGAAGGAGCTTTTGTTCGCTTAAGGTCACCTCGGATGATCT
CGATAACCAGGTTCTCTTTGAAGGAAGCGGTTGTTCCCGCACTGCGATTCTCAATCGGCC
ACCTGCTCTTAATGCTCTCACCACTCACATGGGAGTAAGGTTGCATAAGCTTTATAAGAA
TTGGGAAGAGGATCCTAATATCGGGTTCGTGATGATGAAGGGGAGTGGAAGGGCGTTTTG
TGCTGGTGGCGATATTGTGTCTATCTACCACTTAAGAAAGAGAGGTAGCCCGGATGCTAT
TAGGGAGTTTTTCTGGACTCTGTATAATTTTATATACTTTCTAGGCACATATCTAAAGCC
ACATGTGGCAATTCTTAACGGTGTTACCATGGGAGGCGGAGCTGGAGTTTCGATCCCTGG
AACATTTCGTGTAGTTACTGATAGAACTATTTTTGCTACACCTGAAACAGTCATTGGTTT
TCATCCTGATGCTGGCGCTTCTTTTAATCTCTCCCACTTACCTGGTCGCTTAGGGGAGTA
TCTGGGTCTTACTGGGTTAAAGATCAGTGGCGCAGAAATGTTGGCATGTGGCCTCGCGAC
ACATTATATTAGTAGTACGGAGGTTCCTGTATTGGAAGAACAGCTCAAGAAGCTCCTCAC
TGATGATCCTTCTGTTGTTGAAGCTACCTTAGAAAAATGTGCAGAAGCTGCCCATCCAGA
AAAGACTGGTGTTATTCGCAGGATCGAGTTACTTGAAAAATGCTTCTGTCATGACACAGT
GGAAGAAATTATTGATTCTTTGGAAGTCGAGGCTGGTAGAACAAAAGACATATGGTGCGC
TACGACTCTACGTAGGCTTAAAGAAACCTCGCCATTGTCCTTGAAGGTCGCATTGAGATC
TGTTCGAGAAGGAAGGTTTCAAACACTTGATCAATGCTTGATTCGAGAGTATAGAATGTC
GCTCCAAGGAACAGTCGGAAACTTTTCTGGCAATTTTTGTGAGGGAGTACGAGCTCGATT
GATAGACAAGGACGACGCACCAAAGTGGGATCCACCAACCCTGGAGAAAGTTACAGAGGA
TTGGTTGATAATTATTTCTCTCCTTTGACTCCCTCTGAACCTGATCTTGACCTTCCCATC
AAACTCAGAGAAAGCATCTAATCTATTAATTTAGAGATTATCTACTATTTGAAGTTCTTA
TTTAAATTTTGGACTCTTTCATAGTTGTTGCTAGAATATATCATGCCTCTTATACAATGC
AACTTACCAACTTAAAGT


BQ
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AF RR1BQ51TF U 1
AF RR1BQ51JQ C 629
BS 1 655 RR1BQ51TF
BS 656 656 RR1BQ51JQ
BS 657 735 RR1BQ51TF
BS 736 1398 RR1BQ51JQ

RD RR1BQ51TF 735 0 0
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AAGAAGAGTCATGCATAACGCAAACGGATTGTTGGCGAGAATCGTTAGAGATAAGCAGCT
ATGGAGATTCGGTTGTTGTCGAAGGAGCTTTTGTTCGCTTAAGGTCACCTCGGATGATCT
CGATAACCAGGTTCTCTTTGAAGGAAGCGGTTGTTCCCGCACTGCGATTCTCAATCGGCC
ACCTGCTCTTAATGCTCTCACCACTCACATGGGAGTAAGGTTGCATAAGCTTTATAAGAA
TTGGGAAGAGGATCCTAATATCGGGTTCGTGATGATGAAGGGGAGTGGAAGGGCGTTTTG
TGCTGGTGGCGATATTGTGTCTATCTACCACTTAAGAAAGAGAGGTAGCCCGGATGCTAT
TAGGGAGTTTTTCTGGACTCTGTATAATTTTATATACTTTCTAGGCACATATCTAAAGCC
ACATGTGGCAATTCTTAACGGTGTTACCATGGGAGGCGGAGCTGGAGTTTCGATCCCTGG
AACATTTCGTGTAGTTACTGATAGAACTATTTTTGCTACACCTGAAACAGTCATTGGTTT
TCATCCTGATGCTGGCGCTTCTTTTAATCTCTCCCACTTACCTGGTCGCTTAGGG*AGTA
TCTGGGTCTTACTGGGTTAAAGATCAGTGGCGCAGAAATGTTGGCATGTGGCCTCGCGAC
ACATTATATTAGTAG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1BQ51JQ 770 0 0
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GGCGCAGAAATGTTGGCATGTGGCCTCGCGACACATTATATTAGTAGTACGGAGGTTCCT
GTATTGGAAGAACAGCTCAAGAAGCTCCTCACTGATGATCCTTCTGTTGTTGAAGCTACC
TTAGAAAAATGTGCAGAAGCTGCCCATCCAGAAAAGACTGGTGTTATTCGCAGGATCGAG
TTACTTGAAAAATGCTTCTGTCATGACACAGTGGAAGAAATTATTGATTCTTTGGAAGTC
GAGGCTGGTAGAACAAAAGACATATGGTGCGCTACGACTCTACGTAGGCTTAAAGAAACC
TCGCCATTGTCCTTGAAGGTCGCATTGAGATCTGTTCGAGAAGGAAGGTTTCAAACACTT
GATCAATGCTTGATTCGAGAGTATAGAATGTCGCTCCAAGGAACAGTCGGAAACTTTTCT
GGCAATTTTTGTGAGGGAGTACGAGCTCGATTGATAGACAAGGACGACGCACCAAAGTGG
GATCCACCAACCCTGGAGAAAGTTACAGAGGATTGGTTGATAATTATTTCTCTCCTTTGA
CTCCCTCTGAACCTGATCTTGACCTTCCCATCAAACTCAGAGAAAGCATCTAATCTATTA
ATTTAGAGATTATCTACTATTTGAAGTTCTTATTTAAATTTTGGACTCTTTCATAGTTGT
TGCTAGAATATATCATGCCTCTTATACAATGCAACTTACCAACTTAAAGT

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL4896Contig1 708 2 12 U
ATTTCTTTTATTTTCTCGCAATTTATTTTTTTAATATATGTTGCAGTGTAGTAAAAAATG
TATTAGGGTAGTAAGAAAGCTAGCAGTAGTAGAAAACAACGAGTTTGCACTTATTCTGGC
ACAAATATCAGTTTCTTAAAACTTGCAGTTAAATGATGGTGATAATCATAACATTTGAAG
CAAAAACAATGCTCTCATTTGGGAAGGACGGTTACCGGATCGAGAAGAGCTTGAGTCTGG
TCGGGAAGCACGACGGGACCTCTTCCAGGTCTAGTGCATATAAAATAACTGACTTCTCCT
TTTTGATCCTGAAATCCAATCTTGTCTTTCATTTCAGGTGGAGGTTGCAGATTCTCAACA
CTCTTTGCTCCCTCTAAGCCTGCCTCCTTTAAAATCGAATTGTCTCCCACTACGTAACTC
TTCATATCAGTGTCAGACTTAGGAGGGAAATAGTAGAGAAGCCCCTGGAGAAGTTGAACA
GCTACCTTTCTGTTGCGTGCAATCAGTACAGCATTTGGACCAGCATCAAATGTGTAAGCA
ACCTGTGGAGTCCCTTCAGAACGGTTCCACTTTTCAACTAAGCTAATTATCCTGTGGGAG
GTGTCATTCATGTAAAATATGGGTGGAGATGTATCTAGACAAACAGCATGGAACTGGTTA
CTGTCTGTGCAGCTCAGTTGGGTAAACGATGCAAAATCTTGGTTTTTA


BQ
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AF RR1E777JQ U 1
AF RR1BK13JQ U 17
BS 1 152 RR1E777JQ
BS 153 153 RR1BK13JQ
BS 154 182 RR1E777JQ
BS 183 183 RR1BK13JQ
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BS 186 207 RR1E777JQ
BS 208 208 RR1BK13JQ
BS 209 372 RR1E777JQ
BS 373 377 RR1BK13JQ
BS 378 443 RR1E777JQ
BS 444 708 RR1BK13JQ

RD RR1E777JQ 443 0 0
ATTTCTTTTATTTTCTCGCAATTTATTTTTTTAATATATGTTGCAGTGTAGTAAAAAATG
TATTAGGGTAGTAAGAAAGCTAGCAGTAGTAGAAAACAACGAGTTTGCACTTATTCTGGC
ACAAATATCAGTTTCTTAAAACTTGCAGTTAATTGATGGTGATAATCATAACATTTGAAG
CATAGACAATGCTCTCATTTGGGAAGGCCGGTTACCGGATCGAGAAGAGCTTGAGTCTGG
TCGGGAAGCACGACGGGACCTCTTCCAGGTCTAGTGCATATAAAATAACTGACTTCTCCT
TTTTGATCCTGAAATCCAATCTTGTCTTTCATTTCAGGTGGAGGTTGCAGATTCTCAACA
CTCTTTGCTCCC*****GCCTGCCTCCTTTAAAATCGAATTGTCTCCCACTACGTAACTC
TTCATATCAGTGTCAGACTTAGG

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR1BK13JQ 692 0 0
CGCAATTTATTTTTTTAATATATGTTGCAGTGTAGTAAAAAATGTATTAGGGTAGTAAGA
AAGCTAGCAGTAGTAGAAAACAACGAGTTTGCACTTATTCTGGCACAAATATCAGTTTCT
TAAAACTTGCAGTTAAATGATGGTGATAATCATAACATTTGAAGCAAAAACAATGCTCTC
ATTTGGGAAGGACGGTTACCGGATCGAGGAGAGCTTGAGTCTGGTCGGGAAGCACGACGG
GACCTCTTCCAGGTCTAGTGCATATAAAATAACTGACTTCTCCTTTTTGATCCTGAGATC
CAATCTTGTCTTTCATTTCAGGTGGAGGTTGCAGATTCTCAACACTCTTTGCTCCCTCTA
ATCCTGCCTCCTTTAGAATCGAATTGTCTCCCACTACGTAACTCTTCATATCAGTGTCAG
ACTTAGGAGGGAAATAGTAGAGAAGCCCCTGGAGAAGTTGAACAGCTACCTTTCTGTTGC
GTGCAATCAGTACAGCATTTGGACCAGCATCAAATGTGTAAGCAACCTGTGGAGTCCCTT
CAGAACGGTTCCACTTTTCAACTAAGCTAATTATCCTGTGGGAGGTGTCATTCATGTAAA
ATATGGGTGGAGATGTATCTAGACAAACAGCATGGAACTGGTTACTGTCTGTGCAGCTCA
GTTGGGTAAACGATGCAAAATCTTGGTTTTTA

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL4897Contig1 817 2 2 U
GGTATGCTCGGGAAGCAGGCTCACGCTTACGCCATCAGACACGGGCTATTCGAGGAGACG
CTGATAGGTAACGCGCTTATAAACATGTACTCTCAATGCGGGACTGAGCAGAATTCTCTT
GAAGTGTTCAACCAGATGTCTGAAAAGGACGTCGTGTCATGGAACTCTCTGATCTCTGCG
TACGCGAGGCACGGGGGAGGAGAGAGCGCGGTTGTTACTTTCAAGACGATGCAAGAGGAA
GGAGAAGTGGATGCCGATGCAGCCACGTTCACAGCGGTTCTCTCTGCTTGTAGCCACTCC
GGTTTGGTCGAAGAGGGACTTGAGATCTTTGACTCGATTGCGAAACCGAGTGCGGATCAT
TTTTCGTGCTTGGTGGACCTTCTTGGTCGGGCGGGTTACCTGGATGAAGCGGGAAGCTTG
GTGAAGAAGATGAGCGGGTGTAGGGTAGATGCGTTGTGGGGTTTGTTTAGTGCTTGTGCT
GCTCATGGAGATTTGAAGCTGGGGAAGATGGTTGCTAGGTTGCTAATGGAACAGGAGAAG
GATGATCCTTCCTCTGTTTATGTTCAAATGTCGAATATTTACGCAGGGGCTGGTTTGTGG
AAAGAAGCAGAAGAGACTAGAGAAGCCATGAATTTGATTGGTGGAGCTATGAAGCAACGA
GGTTGCAGCTGGATGAGATTGTGATCCGATTTGGTTTACAATACAAATATATATATTTAC
TTAATACCACCGTATGTATTAAATGTGGATTAAAGAAAATCCCGTTCGTGCATGCATGCT
CTTGTAACATTTATTACAATAAATAACCATAACACTG


BQ
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AF RR1DS52TF U 1
AF RR1DS52JQ C 288
BS 1 582 RR1DS52TF
BS 583 817 RR1DS52JQ

RD RR1DS52TF 582 0 0
GGTATGCTCGGGAAGCAGGCTCACGCTTACGCCATCAGACACGGGCTATTCGAGGAGACG
CTGATAGGTAACGCGCTTATAAACATGTACTCTCAATGCGGGACTGAGCAGAATTCTCTT
GAAGTGTTCAACCAGATGTCTGAAAAGGACGTCGTGTCATGGAACTCTCTGATCTCTGCG
TACGCGAGGCACGGGGGAGGAGAGAGCGCGGTTGTTACTTTCAAGACGATGCAAGAGGAA
GGAGAAGTGGATGCCGATGCAGCCACGTTCACAGCGGTTCTCTCTGCTTGTAGCCACTCC
GGTTTGGTCGAAGAGGGACTTGAGATCTTTGACTCGATTGCGAAACCGAGTGCGGATCAT
TTTTCGTGCTTGGTGGACCTTCTTGGTCGGGCGGGTTACCTGGATGAAGCGGGAAGCTTG
GTGAAGAAGATGAGCGGGTGTAGGGTAGATGCGTTGTGGGGTTTGTTTAGTGCTTGTGCT
GCTCATGGAGATTTGAAGCTGGGGAAGATGGTTGCTAGGTTGCTAATGGAACAGGAGAAG
GATGATCCTTCCTCTGTTTATGTTCAAATGTCGAATATTTAC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1DS52JQ 530 0 0
TTGTAGCCACTCCGGTTTGGTCGAAGAGGGACTTGAGATCTTTGACTCGATTGCGAAACC
GAGTGCGGATCATTTTTCGTGCTTGGTGGACCTTCTTGGTCGGGCGGGTTACCTGGATGA
AGCGGGAAGCTTGGTGAAGAAGATGAGCGGGTGTAGGGTAGATGCGTTGTGGGGTTTGTT
TAGTGCTTGTGCTGCTCATGGAGATTTGAAGCTGGGGAAGATGGTTGCTAGGTTGCTAAT
GGAACAGGAGAAGGATGATCCTTCCTCTGTTTATGTTCAAATGTCGAATATTTACGCAGG
GGCTGGTTTGTGGAAAGAAGCAGAAGAGACTAGAGAAGCCATGAATTTGATTGGTGGAGC
TATGAAGCAACGAGGTTGCAGCTGGATGAGATTGTGATCCGATTTGGTTTACAATACAAA
TATATATATTTACTTAATACCACCGTATGTATTAAATGTGGATTAAAGAAAATCCCGTTC
GTGCATGCATGCTCTTGTAACATTTATTACAATAAATAACCATAACACTG

QA 1 530 1 530
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4899Contig1 1452 2 6 U
GGTTCTCGACAAGTGACGCTGAAGCTTACCCAATATACGAGAAGCAGTTAGAGAGGTTCG
GTAGATTCATGGATACTCTCTTGGATACAGCTCCTCCAGAGTCTCTGCAAGGTGACTCCT
CTTCTTTTAATGATAAGCTGAGCAATAAGTTGCACAAATCTGCTTTCTGGGCTCGTTGTC
TCCGCCAAGCGGCTTCTTTGGGGCAAAAGGATATGGTGGACTTCATGGATCTTCTATTGG
CCCCAGCTTCAAAAGTATTGAACAACTGGTTTGAGTCCGATGTCCTGAAGGCGACTCTTG
CAACCGATGCTGTGATTGGATCTACGGCCAGTGTTCACACTCCTGGAAGTGGATACGTCT
TGCTACATCATGTGATGGGAGAAACAGATGGAGAGCATGGCATTTGGTCTTACGTCCAAG
GTGGGATGGGCTCTGTCTCCATGGCTATAGCCAACGCTGCAAAGGAAGCTGGTGCTCAGA
TTTTCACAAACGCAGAGGTTTCTGAAGTATTGACTGAGGATTCTAGCAACGTGAAAGGGG
TTTTGCTTGCTGATGGTACACGGGTGGAGTCATCGGTTATACTGTCCAATGCAACACCGT
ACAGAACCTTTGTGGAGCTGGTTCCGTCCAATGTTCTTCCTGAAAAGTTCGTCAGTGCTA
TAAAGAACTCAGATTACAGCTCAGCAACTACCAAAATAAACATGGCTGTCGACAAGCTAC
CGCAGTTCCAGTGCTGTAACAATAATCAGTCGAGACCAGGACCAGAGCATTTCGGTTATA
CACATTGGTGCAGAGACCATGGACGAGGTTCACACAGCATGTCATGATGCTGAAAACGGC
TTACCATCAAGAAGACCAGTCATCGAAATGACTATTCCATCCACACTAGACAACACCATA
TCTCCTCCAGGGAAACATGTAATCAACTTGTTCATCCAGTACACTCCTTACAAGTCATCA
GATGGAACCTGGGAAGATCCTGTTTATCGAGAAGCATTTGCACAAAGATGTTTCAAATTG
ATTGATGAATACGCACCTGGGTTTAGCTCATCCGTCATTAGCTACGATATGCTGACTCCT
CCCGACCTCGAACGTGAAATTGGTCTAACAGGTGGAAACATCTTTCACGGTGCCGTGGGA
TTAGACTCTCTCTTTTTGATGCGACCAGTGAAAGGATGGTCGAACTACAAAAGTCCTTTG
AAAGGACTCTACTTGTGTGGAAGTGGAGCTCACCCTGGAGGCGGAGTTATGGGCGCACCG
GGAAGAAACGCAGCTCTTGTTGTCCTTGAAGACTTGAAATGAATCTCTAGACGTCAATGC
TAACTTGTATCTGTTTTGGACTCTTTGACTACAACTTAAACTCCTGTTGCCCTTGGATAC
TTTACTGTCTCTCTTGGTCAGCGGACAGATGTGTTACTACCCAATAATAAGCCTCCACGT
GTATGTTTACCT


BQ
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AF RR1A023TF U 1
AF RR1A023JQ C 613
BS 1 776 RR1A023TF
BS 777 777 RR1A023JQ
BS 778 807 RR1A023TF
BS 808 808 RR1A023JQ
BS 809 873 RR1A023TF
BS 874 1452 RR1A023JQ

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GTAGATTCATGGATACTCTCTTGGATACAGCTCCTCCAGAGTCTCTGCAAGGTGACTCCT
CTTCTTTTAATGATAAGCTGAGCAATAAGTTGCACAAATCTGCTTTCTGGGCTCGTTGTC
TCCGCCAAGCGGCTTCTTTGGGGCAAAAGGATATGGTGGACTTCATGGATCTTCTATTGG
CCCCAGCTTCAAAAGTATTGAACAACTGGTTTGAGTCCGATGTCCTGAAGGCGACTCTTG
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TGCTACATCATGTGATGGGAGAAACAGATGGAGAGCATGGCATTTGGTCTTACGTCCAAG
GTGGGATGGGCTCTGTCTCCATGGCTATAGCCAACGCTGCAAAGGAAGCTGGTGCTCAGA
TTTTCACAAACGCAGAGGTTTCTGAAGTATTGACTGAGGATTCTAGCAACGTGAAAGGGG
TTTTGCTTGCTGATGGTACACGGGTGGAGTCATCGGTTATACTGTCCAATGCAACACCGT
ACAGAACCTTTGTGGAGCTGGTTCCGTCCAATGTTCTTCCTGAAAAGTTCGTCAGTGCTA
TAAAGAACTCAGATTACAGCTCAGCAACTACCAAAATAAACATGGCTGTCGACAAGCTAC
CGCAGTTCCAGTGCTGTAACAATAATCAGTCGAGACCAGGACCAGAGCATTTCGGT*ATA
CACATTGGTGCAGAGACCATGGACGAG*TTCACACAGCATGTCATGATGCTGAAAACGGC
TTACCATCAAGAAGACCAGTCATCGAAATGACT

QA 1 873 1 873
DS 

RD RR1A023JQ 840 0 0
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ATTACAGCTCAGCAACTACCAAAATAAACATGGCTGTCGACAAGCTACCGCAGTTCCAGT
GCTGTAACAATAATCAGTCGAGACCAGGACCAGAGCATTTCGGTTATACACATTGGTGCA
GAGACCATGGACGAGGTTCACACAGCATGTCATGATGCTGAAAACGGCTTACCATCAAGA
AGACCAGTCATCGAAATGACTATTCCATCCACACTAGACAACACCATATCTCCTCCAGGG
AAACATGTAATCAACTTGTTCATCCAGTACACTCCTTACAAGTCATCAGATGGAACCTGG
GAAGATCCTGTTTATCGAGAAGCATTTGCACAAAGATGTTTCAAATTGATTGATGAATAC
GCACCTGGGTTTAGCTCATCCGTCATTAGCTACGATATGCTGACTCCTCCCGACCTCGAA
CGTGAAATTGGTCTAACAGGTGGAAACATCTTTCACGGTGCCGTGGGATTAGACTCTCTC
TTTTTGATGCGACCAGTGAAAGGATGGTCGAACTACAAAAGTCCTTTGAAAGGACTCTAC
TTGTGTGGAAGTGGAGCTCACCCTGGAGGCGGAGTTATGGGCGCACCGGGAAGAAACGCA
GCTCTTGTTGTCCTTGAAGACTTGAAATGAATCTCTAGACGTCAATGCTAACTTGTATCT
GTTTTGGACTCTTTGACTACAACTTAAACTCCTGTTGCCCTTGGATACTTTACTGTCTCT
CTTGGTCAGCGGACAGATGTGTTACTACCCAATAATAAGCCTCCACGTGTATGTTTACCT

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

CO CL4900Contig1 1108 2 2 U
TTCACCCCCTTGAAGATGGGAGAAAAATCTTCTAATGTTGGGAGCTCGGCTGATGGCTCA
CATGATGTTCAATCTCCGAAGCAGTTTACTATGCAGCAAACATCAGGCTCTGCACCAGGA
GCGGAGACTCCCTCATCTGAGTCATTGCCTCATGGTGCCACTGACAAACTTCTGAAGTTT
GATAAACCAAAGAAGCGCAAAACCGCCACATCAGAACTTCTATCTTGGAATAAACAATTC
ATGCAGGGTCCTCAAAGGCTCAAGACTCTCAGTGAGGCCGAGGTTGATTGGGGAAGAGCG
ACTAATCGATTCCCTGAAAAAGTGGAATTTGAGACTCCACTTGAAGATGGCTCACCAATC
AGAGCAAAGAGAAGGCTTATATATACAACACAACTCATGCAACAGCTATTTGTCCCACCT
TCTGCTAGTGTGATATTTTCGCTTGCTAGCTCAAATTATGAGTTTGTTGCATATACTGCT
GCAAGAACTGCACTTGGAGATGCATGTAGCTCCACTTCTACTGATAGGAACGAGCGCCTC
CTACATGGATCAAACTTGTTGTCTGAGAGAAGAAAACTGAACCAATCAGTGACCAGTACA
CCTCCAAAGCTGCCGAAGATTTCATTAGCAGGTCACATAAACTAGAGACTAACTTTGCAG
GACTACAAAACGGAACTACAATTGCAGACCTGAGCGTGGAAGTCCAGGATTTAGAGAAGT
TTGCAGTGATCAATCGTTTTGCCAAGTTCCACCCAACATCCTCATTTACGGACCGGACCG
TGAGTTCACTTAGGTTAAACCCACAAAGATATGTTACTATAGCTCCAATGCCTCAGAATA
TTCCAGTCAGGGTACAATGTCTCTCCCTATAACTACTGATGAATCGGATCATATCATTCT
GTTTTTGGCCAATAGTCCCCATTCGTATGTATCTCGTGCACCAAATGTTTCTATTTTTTT
GGGTGGGTATGAGTTAGTTGGTCAGGATTCTGAGAACTGTGAAGGCCTCTATTGTTAAAG
AAGCCGGATATTTGCTACTAGACATGTATAATTAATGTATTCATCATCACACGATTATTC
GAAGTCAAAATGCAGTTGTATACTTAGC


BQ
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AF RR1CS93TF U 1
AF RR1CS93JQ C 542
BS 1 626 RR1CS93TF
BS 627 1108 RR1CS93JQ

RD RR1CS93TF 626 0 0
TTCACCCCCTTGAAGATGGGAGAAAAATCTTCTAATGTTGGGAGCTCGGCTGATGGCTCA
CATGATGTTCAATCTCCGAAGCAGTTTACTATGCAGCAAACATCAGGCTCTGCACCAGGA
GCGGAGACTCCCTCATCTGAGTCATTGCCTCATGGTGCCACTGACAAACTTCTGAAGTTT
GATAAACCAAAGAAGCGCAAAACCGCCACATCAGAACTTCTATCTTGGAATAAACAATTC
ATGCAGGGTCCTCAAAGGCTCAAGACTCTCAGTGAGGCCGAGGTTGATTGGGGAAGAGCG
ACTAATCGATTCCCTGAAAAAGTGGAATTTGAGACTCCACTTGAAGATGGCTCACCAATC
AGAGCAAAGAGAAGGCTTATATATACAACACAACTCATGCAACAGCTATTTGTCCCACCT
TCTGCTAGTGTGATATTTTCGCTTGCTAGCTCAAATTATGAGTTTGTTGCATATACTGCT
GCAAGAACTGCACTTGGAGATGCATGTAGCTCCACTTCTACTGATAGGAACGAGCGCCTC
CTACATGGATCAAACTTGTTGTCTGAGAGAAGAAAACTGAACCAATCAGTGACCAGTACA
CCTCCAAAGCTGCCGAAGATTTCATT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1CS93JQ 567 0 0
TACATGGATCAAACTTGTTGTCTGAGAGAAGAAAACTGAACCAATCAGTGACCAGTACAC
CTCCAAAGCTGCCGAAGATTTCATTAGCAGGTCACATAAACTAGAGACTAACTTTGCAGG
ACTACAAAACGGAACTACAATTGCAGACCTGAGCGTGGAAGTCCAGGATTTAGAGAAGTT
TGCAGTGATCAATCGTTTTGCCAAGTTCCACCCAACATCCTCATTTACGGACCGGACCGT
GAGTTCACTTAGGTTAAACCCACAAAGATATGTTACTATAGCTCCAATGCCTCAGAATAT
TCCAGTCAGGGTACAATGTCTCTCCCTATAACTACTGATGAATCGGATCATATCATTCTG
TTTTTGGCCAATAGTCCCCATTCGTATGTATCTCGTGCACCAAATGTTTCTATTTTTTTG
GGTGGGTATGAGTTAGTTGGTCAGGATTCTGAGAACTGTGAAGGCCTCTATTGTTAAAGA
AGCCGGATATTTGCTACTAGACATGTATAATTAATGTATTCATCATCACACGATTATTCG
AAGTCAAAATGCAGTTGTATACTTAGC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL4901Contig1 824 2 4 U
GGGAAGAGACACCCTTTAATCTCAACCCTTCACACCCAAACTACAACATCACAGTGACTC
GAGTACGTGTGGGGACAACTCTGATAGATGATGGGTTTACAGCTCTCTTTGACACTGGCA
CATCGTTTACTTATTTAGTTGATCCCATGTATACATCAGTCTCAGAGAGTTTTCATTCTC
AGGCTCAAGATAAGCGTCATTCACCGGATCCAAGGATTCCCTTCGACTATTGCTATGACA
TGAGCTCTGAAGCGAATGCTAGTTTGATACCGAGTTTAAGCCTCACAATGAAAGGAAACA
GCCACTTCACCATCAATGATCCTATAATCGTCATCTCTACTGAGGGTGAGCTTGTATATT
GCCTGGCCATTGTCAAAAGCTCTGAACTCAACATAATCGGACAAAACTACATGACCGGGT
ATCGTGTAGTATTCGACAGAGAGAAGCTCATCTTAGCTTGGAAAAAGTTTGACTGCTATG
ATATCGAAGAGACAAAGACAACTCTTGCCGGATCAAACAAAACGGAGGCGGTGGCTCCGG
CAATGGCAGCTGGAATAAGGACTCATAATAACTCCTCAGAAGAGCTACACAAAACAAACC
GAACCAACTCCAAAAGTAGTAGCTCTTCCTCCAACCAGAGATTTAAAACAGTAAAGCTAT
GGTCTTTCTTCAGATCTTTGTTCATATTACTTCCACTTTTATAATAGAGTTTGTAGTAGT
AGTAGTAATCTTCTTAAAGTCACTCCAAAAACACACCCATTTTGTTTGTATCATAAAAGA
TTATAGAGATCAGCCTCTCCAGGAAATATATGTTCTTCCACTCC


BQ
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AF RR1D056TF U 1
AF RR1D056JQ C 246
BS 1 699 RR1D056TF
BS 700 700 RR1D056JQ
BS 701 745 RR1D056TF
BS 746 824 RR1D056JQ

RD RR1D056TF 745 0 0
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GAGTACGTGTGGGGACAACTCTGATAGATGATGGGTTTACAGCTCTCTTTGACACTGGCA
CATCGTTTACTTATTTAGTTGATCCCATGTATACATCAGTCTCAGAGAGTTTTCATTCTC
AGGCTCAAGATAAGCGTCATTCACCGGATCCAAGGATTCCCTTCGACTATTGCTATGACA
TGAGCTCTGAAGCGAATGCTAGTTTGATACCGAGTTTAAGCCTCACAATGAAAGGAAACA
GCCACTTCACCATCAATGATCCTATAATCGTCATCTCTACTGAGGGTGAGCTTGTATATT
GCCTGGCCATTGTCAAAAGCTCTGAACTCAACATAATCGGACAAAACTACATGACCGGGT
ATCGTGTAGTATTCGACAGAGAGAAGCTCATCTTAGCTTGGAAAAAGTTTGACTGCTATG
ATATCGAAGAGACAAAGACAACTCTTGCCGGATCAAACAAAACGGAGGCGGTGGCTCCGG
CAATGGCAGCTGGAATAAGGACTCATAATAACTCCTCAGAAGAGCTACACAAAACAAACC
GAACCAACTCCAAAAGTAGTAGCTCTTCCTCCAACCAGAGATTTAAAACAGTAAAGCTAT
GGTCTTTCTTCAGATCTTTGTTCATATTACTTCCACTTT*ATAATAGAGTTTGTAGTAGT
AGTAGTAATCTTCTTAAAGTCACTC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1D056JQ 579 0 0
TCTGAAGCGAATGCTAGTTTGATACCGAGTTTAAGCCTCACAATGAAAGGAAACAGCCAC
TTCACCATCAATGATCCTATAATCGTCATCTCTACTGAGGGTGAGCTTGTATATTGCCTG
GCCATTGTCAAAAGCTCTGAACTCAACATAATCGGACAAAACTACATGACCGGGTATCGT
GTAGTATTCGACAGAGAGAAGCTCATCTTAGCTTGGAAAAAGTTTGACTGCTATGATATC
GAAGAGACAAAGACAACTCTTGCCGGATCAAACAAAACGGAGGCGGTGGCTCCGGCAATG
GCAGCTGGAATAAGGACTCATAATAACTCCTCAGAAGAGCTACACAAAACAAACCGAACC
AACTCCAAAAGTAGTAGCTCTTCCTCCAACCAGAGATTTAAAACAGTAAAGCTATGGTCT
TTCTTCAGATCTTTGTTCATATTACTTCCACTTTTATAATAGAGTTTGTAGTAGTAGTAG
TAATCTTCTTAAAGTCACTCCAAAAACACACCCATTTTGTTTGTATCATAAAAGATTATA
GAGATCAGCCTCTCCAGGAAATATATGTTCTTCCACTCC

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 2

CO CL4902Contig1 927 2 2 U
ACCGGAGAGATTCCGACGGAAATCGGTAAACTCACCAAACTCGCCGTTCTGAACCTCGCG
GAGAATCGGATGTCCGGCGAGATACCTCCGTCGCTGACGTCACTCGCCGAGCTGAAGCAT
CTTGAGCTGACGGAAAACGGAATCTCCGGCGTGATTCCGGCGGATTTTGGATCGTTGAAG
ATGTTGAGCAGGGCGTTGCTGGGACGTAACGAACTCACCGGGTCGATTCCCGGGTCGATC
TCGGGTATGAAACGGTTAGCGGATCTGGATCTATCCAGGAACCATATCGAGGGTCCGATA
CCTGAGTGGATGGGTAAAATGAATGTACTCTCTGTTTTGAATCTCGATAGCAACTCGTTA
ACCGGTCCAATCCCCGGTTCAATTCTTAGCAGTTCCGGTTTTGGAGTTTTGAATTTGAGC
CGGAATGCGTTGGAAGGATCTATACCCGACGTATTCGGATCCACAACTTATTTCATGTCG
CTTGATTTGTCACACAATAATCTATCGGGTCGGATCCCGGATTCGCTCTCTTCAGCTAAG
TTCGTGGGTCATCTAGATATCAGCCATAACAGGCTTTGTGGGCCTATTCCAATGGGCTCT
CCTTTTGATCACCTTGAGGCGTCGTCGTTTAGTGACAACCAGTGTTTGTGCGGTGGCCCT
TTGATGAAGACATGTTAAAGTAATAAATAAGGCAAGTCTCGTGTCGCTCTTGTTCGTCGT
ATCCAGTTTGTTTATATTCTTCGCTTGCTTTCCTTTTCTTGAGATTATAAGCTCTATACA
GCTACTCTGTTCTGCTAGCAACGAATGGCTACACCGATCCAAATCTGTTCCTGGTGTATG
GTAGATCTTAAATGGCTACACCGATCCAAATCTATACAGCTACTCTGTATCATGTATAAG
CAATGTTATAGATCTTAAATGTTTTAG


BQ
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AF RR1E259TF U 1
AF RR1E259JQ C 151
BS 1 568 RR1E259TF
BS 569 927 RR1E259JQ

RD RR1E259TF 568 0 0
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GAGAATCGGATGTCCGGCGAGATACCTCCGTCGCTGACGTCACTCGCCGAGCTGAAGCAT
CTTGAGCTGACGGAAAACGGAATCTCCGGCGTGATTCCGGCGGATTTTGGATCGTTGAAG
ATGTTGAGCAGGGCGTTGCTGGGACGTAACGAACTCACCGGGTCGATTCCCGGGTCGATC
TCGGGTATGAAACGGTTAGCGGATCTGGATCTATCCAGGAACCATATCGAGGGTCCGATA
CCTGAGTGGATGGGTAAAATGAATGTACTCTCTGTTTTGAATCTCGATAGCAACTCGTTA
ACCGGTCCAATCCCCGGTTCAATTCTTAGCAGTTCCGGTTTTGGAGTTTTGAATTTGAGC
CGGAATGCGTTGGAAGGATCTATACCCGACGTATTCGGATCCACAACTTATTTCATGTCG
CTTGATTTGTCACACAATAATCTATCGGGTCGGATCCCGGATTCGCTCTCTTCAGCTAAG
TTCGTGGGTCATCTAGATATCAGCCATA

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1E259JQ 777 0 0
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GAACTCACCGGGTCGATTCCCGGGTCGATCTCGGGTATGAAACGGTTAGCGGATCTGGAT
CTATCCAGGAACCATATCGAGGGTCCGATACCTGAGTGGATGGGTAAAATGAATGTACTC
TCTGTTTTGAATCTCGATAGCAACTCGTTAACCGGTCCAATCCCCGGTTCAATTCTTAGC
AGTTCCGGTTTTGGAGTTTTGAATTTGAGCCGGAATGCGTTGGAAGGATCTATACCCGAC
GTATTCGGATCCACAACTTATTTCATGTCGCTTGATTTGTCACACAATAATCTATCGGGT
CGGATCCCGGATTCGCTCTCTTCAGCTAAGTTCGTGGGTCATCTAGATATCAGCCATAAC
AGGCTTTGTGGGCCTATTCCAATGGGCTCTCCTTTTGATCACCTTGAGGCGTCGTCGTTT
AGTGACAACCAGTGTTTGTGCGGTGGCCCTTTGATGAAGACATGTTAAAGTAATAAATAA
GGCAAGTCTCGTGTCGCTCTTGTTCGTCGTATCCAGTTTGTTTATATTCTTCGCTTGCTT
TCCTTTTCTTGAGATTATAAGCTCTATACAGCTACTCTGTTCTGCTAGCAACGAATGGCT
ACACCGATCCAAATCTGTTCCTGGTGTATGGTAGATCTTAAATGGCTACACCGATCCAAA
TCTATACAGCTACTCTGTATCATGTATAAGCAATGTTATAGATCTTAAATGTTTTAG

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

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TTTATTCCACAGTATCAGGTTCTTCGGACTGGAGACAGCTCTTGATGCTCTCGTGTGTAT
GACATGGAAGAAACTAAAGGATTTTATATAGCTGACTGATGTTTGTAACTTTTTCTGAAT
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AAAGGATGTTCTTTTTGTTC


BQ
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AF RR1H669JQ C 1
AF RR1H669TF U 1
BS 1 500 RR1H669TF

RD RR1H669JQ 500 0 0
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AAAGGATGTTCTTTTTGTTC

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1H669TF 500 0 0
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ATGGATCATCAATCATTCAAGAGATCAAATACTACAAGAGAGACTTGGAGGATAGAAGGA
TGTGGACACGGGAGCGTAACAAAGCACGGGAGAAGACAAAGATCGGGTTCACAGCTAGAG
TTGACGCCAAAATCAGACATCTACGTTCAAAACTCAACAAGAAACAGTCCAACTGTTCAG
CTCAAGATACAATGTCCCCAAGATCAGTCTAGCTTCTGGGGCTTCCACAGCAAACCCTCA
TTTATTCCACAGTATCAGGTTCTTCGGACTGGAGACAGCTCTTGATGCTCTCGTGTGTAT
GACATGGAAGAAACTAAAGGATTTTATATAGCTGACTGATGTTTGTAACTTTTTCTGAAT
CAGAATTATACATAGGTTTTTGTGTTGTGTGTATACTTAGGACAAGATTGCAACACCCAA
AAAGGATGTTCTTTTTGTTC

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 2

CO CL4904Contig1 797 2 2 U
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GTTATGAGTGCTCCGGTTCGGTGAAGTGTAATGTGAATGAAAGATACATCTAGAAAAAGA
TCAGAAAGTCTCGATGATCCAGAGTAGATGCAGGAATGGAGGGAGAGATTGACCTCGTTA
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TGGCCTGAAGATGCTGATGGTTGGGGGGGTGATGACGATAATGGGGAGAAGGTGATTGTT
TGGCAAGATGATAACTACATACGTCAGCTTAAACATCTCACAACTGCACAATGGGAGGAA
GCCGTGTTCAAATTTACAAGTCCGCTCGTTGTTCTCGTTCACAGCCGCAACAAAAAGGCC
AAAGGAAAATGCAAAAAAAAAAGAGAGTTAAACATGAACTAGAGAAGGCGATACAAGTCA
TATGTGAACTGTGGACTTCCCTTCACCAAGTGTGAACTTTGGCAAATCTCCTTGATTCTT
GCTGTATGCTTTTCTCTGTGCTTTAACTCCCCTCCTGTCCTGGGTCTCTACTACTTCCAT
TTTGTTGCTTTTAACGCTATGGTCAAGACTGATTTGGTTTCTACTCTGCAAGCAAGTATC
CGTGTTCCTAGAGATCATCTTCACTAAAGCCGGTTGCTTGCTATTTATAGTATGAGACTC
AAAAGCAGAGACTTCGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC84TF U 1
AF RR1CC84JQ C 273
BS 1 767 RR1CC84TF
BS 768 797 RR1CC84JQ

RD RR1CC84TF 767 0 0
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TGGCAAGATGATAACTACATACGTCAGCTTAAACATCTCACAACTGCACAATGGGAGGAA
GCCGTGTTCAAATTTACAAGTCCGCTCGTTGTTCTCGTTCACAGCCGCAACAAAAAGGCC
AAAGGAAAATGCAAAAAAAAAAGAGAGTTAAACATGAACTAGAGAAGGCGATACAAGTCA
TATGTGAACTGTGGACTTCCCTTCACCAAGTGTGAACTTTGGCAAATCTCCTTGATTCTT
GCTGTATGCTTTTCTCTGTGCTTTAACTCCCCTCCTGTCCTGGGTCTCTACTACTTCCAT
TTTGTTGCTTTTAACGCTATGGTCAAGACTGATTTGGTTTCTACTCTGCAAGCAAGTATC
CGTGTTCCTAGAGATCATCTTCACTAAAGCCGGTTGCTTGCTATTTA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1CC84JQ 525 0 0
TCTTGTTGTCAGCGATTAAGATCCTTATTGGCCTGAAGATGCTGATGGTTGGGGGGGTGA
TGACGATAATGGGGAGAAGGTGATTGTTTGGCAAGATGATAACTACATACGTCAGCTTAA
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TCTCGTTCACAGCCGCAACAAAAAGGCCAAAGGAAAATGCAAAAAAAAAAGAGAGTTAAA
CATGAACTAGAGAAGGCGATACAAGTCATATGTGAACTGTGGACTTCCCTTCACCAAGTG
TGAACTTTGGCAAATCTCCTTGATTCTTGCTGTATGCTTTTCTCTGTGCTTTAACTCCCC
TCCTGTCCTGGGTCTCTACTACTTCCATTTTGTTGCTTTTAACGCTATGGTCAAGACTGA
TTTGGTTTCTACTCTGCAAGCAAGTATCCGTGTTCCTAGAGATCATCTTCACTAAAGCCG
GTTGCTTGCTATTTATAGTATGAGACTCAAAAGCAGAGACTTCGC

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL4905Contig1 1090 2 2 U
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TCATCTCCCAAGATTGCTGAAACTAGAATTCATGTTACATGTGCCCTTGTCTATGAGAAG
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TATGAGAAGAGTGAAAACTGTTGCTCAGCACCAATATTTGTTAGGCAATCCAACTTCAAG
CTTCCTTCTGATTCCAAGGTACCTATCATCATGATCGGTCCAGGGACTGGATTGGCTCCT
TTCAGAGGTTTCCTTCAGGAAAGACTTGCGTTGGTGGAATCTGGTGTTGAACTAGGTCCA
TCAGTTTTGTTCTTTGGATGCAGAAACCGTAGAATGGATTTCATCTACGAGGAAGAGCTG
CAGAGGTTTCTAGAGAGTGGTGCACTCTCAGAGCTAAGTGTAGCCTTCTCTCGTGAAGGA
CCAACCAAAGAATATGTACAGCACAAGATGATGGACAAGGCGTCTGATATCTGGAACATG
ATCTCTCAAGGAGCTTATGTATATGTGTGTGGGGACGCCAAAGGCATGGCTAGAGACGTC
CACAGATCTCTCCACACGATAGCTCAAGAACAGGGATCGATGGATTCAACGAAAGCAGAG
AGCTTTGTGAAGAATCTGCAAATGAGTGGAAGATATCTAAGAGATGTATGGTAACGAAGC
TGTTGAAGCCTCTCCACCATACACACTCAGTGTACTTTATTATAAAGATATACGGCACAG
AAATGCCCACATTATGATGATCATGAAGTTTGTGATCGTTAAAGAGGAAATAAATGAACC
TCCTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DO32TF U 1
AF RR1DO32JQ C 406
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BS 648 1090 RR1DO32JQ

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GCAGAGCGATTAAGACACCTTGCTTCACCCGCTGGAAAGGATGAATATTCAAAGTGGGTA
GTAGAGAGTCAAAGAAGTCTACTCGAGGTGATGGCAGAGTTTCCTTCAGCCAAACCGCCA
CTTGGTGTCTTCTTTGCTGCAGTGGCTCCAAGGTTGCAGCCTAGGTTCTACTCAATATCA
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ATGCCAACAGGAAGGATTCATAAGGGAGTGTGTTCGACTTGGATGAAGAGTGCTGTGCCT
TATGAGAAGAGTGAAAACTGTTGCTCAGCACCAATATTTGTTAGGCAATCCAACTTCAAG
CTTCCTTCTGATTCCAAGGTACCTATCATCATGATCGGTCCAGGGACTGGATTGGCTCCT
TTCAGAGGTTTCCTTCAGGAAAGACTTGCGTTGGTGGAATCTGGTGTTGAACTAGGTCCA
TCAGTTTTGTTCTTTGGATGCAGAAACCGTAGAATGGATTTCATCTA

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DS 

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ACTGGATTGGCTCCTTTCAGAGGTTTCCTTCAGGAAAGACTTGCGTTGGTGGAATCTGGT
GTTGAACTAGGTCCATCAGTTTTGTTCTTTGGATGCAGAAACCGTAGAATGGATTTCATC
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TTCTCTCGTGAAGGACCAACCAAAGAATATGTACAGCACAAGATGATGGACAAGGCGTCT
GATATCTGGAACATGATCTCTCAAGGAGCTTATGTATATGTGTGTGGGGACGCCAAAGGC
ATGGCTAGAGACGTCCACAGATCTCTCCACACGATAGCTCAAGAACAGGGATCGATGGAT
TCAACGAAAGCAGAGAGCTTTGTGAAGAATCTGCAAATGAGTGGAAGATATCTAAGAGAT
GTATGGTAACGAAGCTGTTGAAGCCTCTCCACCATACACACTCAGTGTACTTTATTATAA
AGATATACGGCACAGAAATGCCCACATTATGATGATCATGAAGTTTGTGATCGTTAAAGA
GGAAATAAATGAACCTCCTTTTTCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL4906Contig1 1091 2 4 U
GGACGGACTTTTGATGTCGCCGGGGTAAAAAAAACTACCTCGGAGGAGAGAGGGTAGGTG
TGGAGGAGCGATAGCGTATAACTTCGCTTGCGTACTGTACCACCGTTCGAAAGCGAAAAA
AACTTCGGATGGAGGAGTTCCGACTACCAGAACGCATTTTTTTGCGTGGCTTAGAACCGT
TTGGGAACCGGAACCGAGTGAATAAATACTTCAACTTGAAGTGGATAAATGTAATTAGAA
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AAATGGGGAACCACACTTTCTCGGTAATGTTTGTCCACTATCTACTGTCGCGGCAGCTTG
TCACCCAGAAGGAATACGAAATGTGGTGGCTCTTTGCGGGGAAGCCATTACGCTACGGTA
TAGAAGAGTTTGCTCTTGTAATTGGTCTCCTGTGTGGTGATGAAGAATCGAGTGGAAGAA
AAGGTGGTGAGAACAAGAGGAAGAAGGGCAGGGGAAATGAGATAGAGAAAGACGAAAGAG
GACCCGTTTGGAAAGAGTTATTTGGGGATATATCCAAGGTTACAGTGCCTTGGATTCTGG
ACAATCTTTCGGAGGGGAAAAATTACAAAACCCCAGAGATTCGACTGAAGCTGGCTCTTC
TTGTACTCGTTGAAGGCATATTGTGCGTGACGAGTGCTCTATGCCTTGTCCGACCTGACG
TGGTGGAGAAGGTTGGGGATGTGGAGGGGTTTTTGAGACATCCGTGGGGTAGAGAATCTT
TTCTACTGACCGTTCCATCGGCGAAGGAGAGGACTGCTGGTAAGTACGCACAAGAGACTA
TAGCCGTACAAGGATTTGCCCATGCAATGCTCCTAGTCACGGTTTGTTGTTGCCCTGAAA
TCATTTTACCTAAAGGCGAGGTTGATCCTCCGTTGGCTGCCGATTTACCCATTGAAGACC
TCGTAAAGTTTGTAGCTTCGATGAACTTGACGATCGAGCCCAAGTCTGCCCAGATATTGG
ACAAGAAAGGGGTGGTTAAGGTGCGGTCACTTCTATGCTATGGACTTGAAAGGCCTCGTT
TGACTATTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET94TF U 1
AF RR1G545TF U 564
BS 1 574 RR1ET94TF
BS 575 575 RR1G545TF
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BS 672 1091 RR1G545TF

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TGGAGGAGCGATAGCGTATAACTTCGCTTGCGTACTGTACCACCGTTCGAAAGCGAAAAA
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TTGGGAACCGGAACCGAGTGAATAAATACTTCAACTTGAAGTGGATAAATGTAATTAGAA
CAGCCCTTGAAACAGATGATCTGGTTCTGTTGGAGGAGTCTCAGTTTGGCCAACTACTGA
AAATGGGGAACCACACTTTCTCGGTAATGTTTGTCCACTATCTACTGTCGCGGCAGCTTG
TCACCCAGAAGGAATACGAAATGTGGTGGCTCTTTGCGGGGAAGCCATTACGCTACGGTA
TAGAAGAGTTTGCTCTTGTAATTGGTCTCCTGTGTGGTGATGAAGAATCGAGTGGAAGAA
AAGGTGGTGAGAACAAGAGGAAGAAGGGCAGGGGAAATGAGATAGAGAAAGACGAAAGAG
GACCCGTTTGGAAAGAGTTATTTGGGGATATATCGAAGGTTACAGTGCCTTGGATTCTGG
ACAATCTTTCGGAGGGGAAAAATTACAAAACCCCAGAGATTCGACTGAAGCTGGCTCTTC
TTGTACTCGTT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1G545TF 528 0 0
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TACAAAACCCCAGAGATTCGACTGAAGCTGGCTCTTCTTGTACTCGTTGAAGGCATATTG
TGCGTGACGAGTGCTCTATGCCTTGTCCGACCTGACGTGGTGGAGAAGGTTGGGGATGTG
GAGGGGTTTTTGAGACATCCGTGGGGTAGAGAATCTTTTCTACTGACCGTTCCATCGGCG
AAGGAGAGGACTGCTGGTAAGTACGCACAAGAGACTATAGCCGTACAAGGATTTGCCCAT
GCAATGCTCCTAGTCACGGTTTGTTGTTGCCCTGAAATCATTTTACCTAAAGGCGAGGTT
GATCCTCCGTTGGCTGCCGATTTACCCATTGAAGACCTCGTAAAGTTTGTAGCTTCGATG
AACTTGACGATCGAGCCCAAGTCTGCCCAGATATTGGACAAGAAAGGGGTGGTTAAGGTG
CGGTCACTTCTATGCTATGGACTTGAAAGGCCTCGTTTGACTATTGCT

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 2

CO CL4907Contig1 1171 2 2 U
GGAAGAAGGCTGCTTAGAGGAGTGATCTGTTCATCTAACTCAAAATATTGTAAGAAGAAG
AAGAATCTTACGCCCAAAATTCCCATCTCTTTTTTCTTGGTTGGACCAACCGGCACCAGT
CATTTCCGTCTTCCTTAATTGGGAGAGTCAGAATCAGTCTCTCTTTGTTTGGGGGGGGAG
CGGAGCAGTCAATGAAGGAACCTTTGCTTTGAAAACGATTGTTCTAAAATGGTTATTCCT
TACAATTTCTCCTTGATGCAGCGGAACCATGGCAATTGGGATTTCAAGACGCAGCTACAC
CTATAATGCAAGGAATAATAGACTTACATCACGATATCTTTTTCTTCCTCATTCTGATTT
TGGTTTTCGTATTATGGATCTTGGTTCGCGCTTTATGGCATTTCCACTATAAAGAAAATG
CAATCCCGCAAAGGATTGTTCATGGAACTACTATCGAGATTCTTTGGACCATCTTTCCTA
GTCTCATCTTGATGTTCATTGCTATACCATCATTTGCTCTCTTATACTCAATGGACGAGG
TAGTAGTAGATCCAGCCATTACTATCAAAGCTATTGGACATCAATGGTATTGGACTTATG
AGTATTCTGACTATAACAGTTCCGATGAGCAGTCACTCACTTTTGACAGTTATATGATTC
CAGAAGAAGATCTAGAATTGGGTCAATTACGTTTATTAGAAGTGGACAATAGAGTGGTTG
TACCAGCCAAAACTCATCTACGTATTATTGTAGCATCTGCTGATGTACTTCATAGTTGGG
CTGTACCTTCCTTAGGTGTCAAATGTGATGCTGTACCTGGTCGTTTAAATCAAATCTCTA
TTTTGGTACAACGAGAAGGAGTTTACTATGGTCAGTGCAGTGAGATTTGTGGAACTAATC
ATGCCTTTATGCCTATCGTCGTAGAAGCTGTTTCTAGGAAAGATTATGGTTCTTGGGTAT
CCAATCAATTAATCCCCCAAACCGGGGAAGCTTAAGCGGAAATTGAAGAGTAAGGTGAGG
GAGGGGGAAGAGCTATCAAACTTTAGAGGCTTAACTCGCTCGCTCTAACGCTCGTTTAGT
AGACAGCTCGTCAGTCAAGTACATAACGAGCCTTGTCTACGAAGCTCCGCTCCCTCGTCT
TGCTTGCTTCTGGCGAAGCTTCTAGCACTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG12TF U 1
AF RR1EG12JQ C 429
BS 1 664 RR1EG12TF
BS 665 1171 RR1EG12JQ

RD RR1EG12TF 664 0 0
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TACAATTTCTCCTTGATGCAGCGGAACCATGGCAATTGGGATTTCAAGACGCAGCTACAC
CTATAATGCAAGGAATAATAGACTTACATCACGATATCTTTTTCTTCCTCATTCTGATTT
TGGTTTTCGTATTATGGATCTTGGTTCGCGCTTTATGGCATTTCCACTATAAAGAAAATG
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GTCTCATCTTGATGTTCATTGCTATACCATCATTTGCTCTCTTATACTCAATGGACGAGG
TAGTAGTAGATCCAGCCATTACTATCAAAGCTATTGGACATCAATGGTATTGGACTTATG
AGTATTCTGACTATAACAGTTCCGATGAGCAGTCACTCACTTTTGACAGTTATATGATTC
CAGA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1EG12JQ 743 0 0
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TTGATGTTCATTGCTATACCATCATTTGCTCTCTTATACTCAATGGACGAGGTAGTAGTA
GATCCAGCCATTACTATCAAAGCTATTGGACATCAATGGTATTGGACTTATGAGTATTCT
GACTATAACAGTTCCGATGAGCAGTCACTCACTTTTGACAGTTATATGATTCCAGAAGAA
GATCTAGAATTGGGTCAATTACGTTTATTAGAAGTGGACAATAGAGTGGTTGTACCAGCC
AAAACTCATCTACGTATTATTGTAGCATCTGCTGATGTACTTCATAGTTGGGCTGTACCT
TCCTTAGGTGTCAAATGTGATGCTGTACCTGGTCGTTTAAATCAAATCTCTATTTTGGTA
CAACGAGAAGGAGTTTACTATGGTCAGTGCAGTGAGATTTGTGGAACTAATCATGCCTTT
ATGCCTATCGTCGTAGAAGCTGTTTCTAGGAAAGATTATGGTTCTTGGGTATCCAATCAA
TTAATCCCCCAAACCGGGGAAGCTTAAGCGGAAATTGAAGAGTAAGGTGAGGGAGGGGGA
AGAGCTATCAAACTTTAGAGGCTTAACTCGCTCGCTCTAACGCTCGTTTAGTAGACAGCT
CGTCAGTCAAGTACATAACGAGCCTTGTCTACGAAGCTCCGCTCCCTCGTCTTGCTTGCT
TCTGGCGAAGCTTCTAGCACTAG

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL4908Contig1 1048 2 2 U
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ACCAAGTATCACGAGGCTGCAGAGCAAGGTGTGGACGATTAAGGCCCCAAGTAAAATGAA
GCACTTCTTGTGGCAGGCTATCTCGGGCTGTGTGGCGACGGCAGAGAGGCTCACATATAG
ACACCTGGGCACCGATAGGAGTTGTCCTAGATGTGATGGTCCAGTGGAGTCAATTAATCA
CCTCCTTTTTGAATGCCCCCCAGCCCTACAGGTGTGGGCTTTATCGGACTACCCGTCCCT
TCCGGGTTACTTCCCGTGTACATCGATCTACCAAAACATGTATCTCCTGCTTTGGACGAG
CAAAGAGGTGGCTTCCTTGCGACCACAATTCGATACCTTTCCTTGGATCTGTTGGTTTAT
TTGGAAGGCTAGGAATGACAAACTCTTCAATGGGAAAGACATATCCCCCATGGACACCCT
TCGACATGCATCCCTCGAGGCGGAATGTTGGAGGAAGGCTAATGAAAAGGAGGAGGAAAT
TGAAGAGACCGATGATCTCCCTGATATAGTAGTTGAGACAATGCCCCCTTGGATCTCCCG
AATCCCTACTTGTCAAATTGATGCATCATGGATCAATAATGGCAACGTTAGTGGCTTAGG
GTGGAGTCTCAAGGATCAAACGGGCATTGAATACTTTGGTCTACGGGCGTGCAATAGGAG
CCTTTCAGCTCTACATGCTGAGATGGATGGCTTACTTTGGGCAGCCTCATGTATGCGAGA
TAGAGGGATAACCTCGATTCGGTTCGAGACGGACTGCTCGGACCTGGTGAACATTACCAC
AAACCCGATGGATTGGCCATCGTTTAAAATAGAGATTGAGATGCTCCAGAAGCTACATGA
AGATTTTGAGGATGTGAGTCTTTCTCATATTCCTCGGAACCGGAATGGCCGTGCAGATGC
ATTAGCGAAAGAAGCAAGGACCAGAGGTCATATATTCTCCCATATAGATCAGACCCGGAC
AGATAGAGAGGCTCCTCGGAGAATCGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DU86TF U 1
AF RR1DU86JQ C 456
BS 1 556 RR1DU86TF
BS 557 1048 RR1DU86JQ

RD RR1DU86TF 556 0 0
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ACCAAGTATCACGAGGCTGCAGAGCAAGGTGTGGACGATTAAGGCCCCAAGTAAAATGAA
GCACTTCTTGTGGCAGGCTATCTCGGGCTGTGTGGCGACGGCAGAGAGGCTCACATATAG
ACACCTGGGCACCGATAGGAGTTGTCCTAGATGTGATGGTCCAGTGGAGTCAATTAATCA
CCTCCTTTTTGAATGCCCCCCAGCCCTACAGGTGTGGGCTTTATCGGACTACCCGTCCCT
TCCGGGTTACTTCCCGTGTACATCGATCTACCAAAACATGTATCTCCTGCTTTGGACGAG
CAAAGAGGTGGCTTCCTTGCGACCACAATTCGATACCTTTCCTTGGATCTGTTGGTTTAT
TTGGAAGGCTAGGAATGACAAACTCTTCAATGGGAAAGACATATCCCCCATGGACACCCT
TCGACATGCATCCCTCGAGGCGGAATGTTGGAGGAAGGCTAATGAAAAGGAGGAGGAAAT
TGAAGAGACCGATGAT

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1DU86JQ 593 0 0
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AGGCTAATGAAAAGGAGGAGGAAATTGAAGAGACCGATGATCTCCCTGATATAGTAGTTG
AGACAATGCCCCCTTGGATCTCCCGAATCCCTACTTGTCAAATTGATGCATCATGGATCA
ATAATGGCAACGTTAGTGGCTTAGGGTGGAGTCTCAAGGATCAAACGGGCATTGAATACT
TTGGTCTACGGGCGTGCAATAGGAGCCTTTCAGCTCTACATGCTGAGATGGATGGCTTAC
TTTGGGCAGCCTCATGTATGCGAGATAGAGGGATAACCTCGATTCGGTTCGAGACGGACT
GCTCGGACCTGGTGAACATTACCACAAACCCGATGGATTGGCCATCGTTTAAAATAGAGA
TTGAGATGCTCCAGAAGCTACATGAAGATTTTGAGGATGTGAGTCTTTCTCATATTCCTC
GGAACCGGAATGGCCGTGCAGATGCATTAGCGAAAGAAGCAAGGACCAGAGGTCATATAT
TCTCCCATATAGATCAGACCCGGACAGATAGAGAGGCTCCTCGGAGAATCGAA

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL4909Contig1 510 2 2 U
GGGGATTCATTTGAATTCTGACTGAACCTTTTACGCGTAGATTCACTATTCCATTCATAG
AGAAAGAAAAAGTATAGATTACGATATACTGACTGAACTATGACTATTCATGATTCCATA
ATTGAATCAATTACACAAACTAAAGGAATGTTATGGTAAAACTTCGTTTAAAACGATGTG
GTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCGTTGCAATTGATTTTCGATCCCGAAGAGAAG
GAAGAGATCTTCGGAAGGTGGGGTTTTATGATCCGATAACTAATCAAACTTATTTTAAGC
AGTGGTATCAACGCAGAGTTACCCTCCGCATCCGAGTCTTTCGAACGGTTACGACAACAC
AACTGTTCCTCACACAGAGAGGCTTAAGTGTTTAGACAAAGCCGTGGTTGTCACACACCA
AAGCTCCCCTAGGACAAAAGAGATTAAAGAGAAGGATTCGTGGAGCGTGTCGACCGTTAC
ACAGGTCGAAGAAGTGAAAATAGTTGTGAG


BQ
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AF RR1D914JQ C 1
AF RR1D914TF U 1
BS 1 500 RR1D914TF
BS 501 510 RR1D914JQ

RD RR1D914JQ 510 0 0
GGGGATTCATTTGAATTCTGACTGAACCTTTTACGCGTAGATTCACTATTCCATTCATAG
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GTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCGTTGCAATTGATTTTCGATCCCGAAGAGAAG
GAAGAGATCTTCGGAAGGTGGGGTTTTATGATCCGATAACTAATCAAACTTATTTTAAGC
AGTGGTATCAACGCAGAGTTACCCTCCGCATCCGAGTCTTTCGAACGGTTACGACAACAC
AACTGTTCCTCACACAGAGAGGCTTAAGTGTTTAGACAAAGCCGTGGTTGTCACACACCA
GAGCTCCCCTAGGACAAAAGAGATTAAAGAGAAGGATTCGTGGAGCGTGTCGACCGTTAC
ACAGGTCGAAGAAGTGAAAATAGTTGTGAG

QA 1 510 1 510
DS 

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GGGGATTCATTTGAATTCTGACTGAACCTTTTACGCGTAGATTCACTATTCCATTCATAG
AGAAAGAAAAAGTATAGATTACGATATACTGACTGAACTATGACTATTCATGATTCCATA
ATTGAATCAATTACACAAACTAAAGGAATGTTATGGTAAAACTTCGTTTAAAACGATGTG
GTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCGTTGCAATTGATTTTCGATCCCGAAGAGAAG
GAAGAGATCTTCGGAAGGTGGGGTTTTATGATCCGATAACTAATCAAACTTATTTTAAGC
AGTGGTATCAACGCAGAGTTACCCTCCGCATCCGAGTCTTTCGAACGGTTACGACAACAC
AACTGTTCCTCACACAGAGAGGCTTAAGTGTTTAGACAAAGCCGTGGTTGTCACACACCA
AAGCTCCCCTAGGACAAAAGAGATTAAAGAGAAGGATTCGTGGAGCGTGTCGACCGTTAC
ACAGGTCGAAGAAGTGAAAA

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 2

CO CL4910Contig1 1245 2 4 U
GGATTCAGAAAGTGTGTGTATTGTTTCTTCTTGATCTTTCTATGTATAGGTTTGGGTTTA
TCCTTTCAAAGTTTTAGAGTTGTTTCTTCCTGTAAATTCTTGGTTTTGGTAAGGTTGATT
TTTGTATTCTACCTTGGATCGAGTGATACAATCTATATTTAAATGATTATCTAAAACATT
TAATAACCAAACCAGAATTTAAGTCAAAGCCTCGGAGATCGGAAAAAAAAAACAAAAAGA
AGATCTAGAGAGATGGAACAAGAACTCGAGAACTTCATCAAGGTTTGGTTTTCTGCAATC
ATCTCTGTATCTTATTGCTACCACTTATCATCCAGAATCAAACCTGGTGCTTTACGATTA
ATCTCTGTTCTTCCCGTTTGTACTCTGTTTCTTCTCATTCCTCTGTTTTTCTCCCCTGTT
CACTTCTCTGGAGCCTCAGCCTTTTTCTTCACATGGCTCGCCAATTTCAAACTCATCCTC
TTTTCCTTCGACAAAGGTCCTCTTTACCCACTTCCCCAAACTCTCTCCAGGTTCATCTTC
TTCACTTGCTTCCCCATCAAGCCTCAGCAAAACCCTAAATCTCAAGACCAGATCCCCAAA
TGGGTTTTCGCAATTAAAGTTGTCATCTTTGGTGTGTTGTTACATGCATATGATTACAAA
AACACTTGTCTCCCACTATGCTGTTGGTTCTATATTCTCTGCATATATATTTGGAGCTTG
AGATTGTCTTAATGCTCGTCAAAGTTTGGGTCTTTATCTTTCTTGGATGCGATCTAGAGC
CACAGTCCAATGAACCATACTTAGCCACTTCTCTTCAAGATTTCTGGGGTCGCCGGTGGA
ACCTCATGGTCCCGGCGATCCTCCGTCCATCTGTCTACAACCCGGTGCAGCGAATAGCCC
TAGGGAAAATGAGCTCTGATCATGCTAGGTTTTTGGCGGTTTTGGCGACGTTCTTGGTCT
CGGGTGCAGTTCACGAGCTGATTTTCTATTATATTAACCGTGAGATGCCTACAGGAGAAA
TCACTTGGTTCTTTGTGTTACATGGAGTTTGCACGGCTGCCGAAGTAGTGGTGAAGAAAA
TGACTTTTGTGGGGCGGTGGAAGATGAGTCCGATGGTTTCACGACTACTTACGGTAGGGT
TTGTTGTTTTGACAAGTGGTTGGTTGTTTTTCCCTCCTCTTGTAAGGGGTGGCATGTTTG
TGAGACTCCCTAACGAAGCCTTGTTGTTTATTGATTCTGTCAAGC


BQ
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AF RR1GX03TF U 1
AF RR1GX03JQ C 565
BS 1 795 RR1GX03TF
BS 796 796 RR1GX03JQ
BS 797 805 RR1GX03TF
BS 806 1245 RR1GX03JQ

RD RR1GX03TF 805 0 0
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TCCTTTCAAAGTTTTAGAGTTGTTTCTTCCTGTAAATTCTTGGTTTTGGTAAGGTTGATT
TTTGTATTCTACCTTGGATCGAGTGATACAATCTATATTTAAATGATTATCTAAAACATT
TAATAACCAAACCAGAATTTAAGTCAAAGCCTCGGAGATCGGAAAAAAAAAACAAAAAGA
AGATCTAGAGAGATGGAACAAGAACTCGAGAACTTCATCAAGGTTTGGTTTTCTGCAATC
ATCTCTGTATCTTATTGCTACCACTTATCATCCAGAATCAAACCTGGTGCTTTACGATTA
ATCTCTGTTCTTCCCGTTTGTACTCTGTTTCTTCTCATTCCTCTGTTTTTCTCCCCTGTT
CACTTCTCTGGAGCCTCAGCCTTTTTCTTCACATGGCTCGCCAATTTCAAACTCATCCTC
TTTTCCTTCGACAAAGGTCCTCTTTACCCACTTCCCCAAACTCTCTCCAGGTTCATCTTC
TTCACTTGCTTCCCCATCAAGCCTCAGCAAAACCCTAAATCTCAAGACCAGATCCCCAAA
TGGGTTTTCGCAATTAAAGTTGTCATCTTTGGTGTGTTGTTACATGCATATGATTACAAA
AACACTTGTCTCCCACTATGCTGTTGGTTCTATATTCTCTGCATATATATTTGGAGCTTG
AGATTGTCTTAATGCTCGTCAAAGTTTGGGTCTTTATCTTTCTTGGATGCGATCTAGAGC
CACAGTCCAATGAAC*ATACTTAGC

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1GX03JQ 681 0 0
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ATCTTTGGTGTGTTGTTACATGCATATGATTACAAAAACACTTGTCTCCCACTATGCTGT
TGGTTCTATATTCTCTGCATATATATTTGGAGCTTGAGATTGTCTTAATGCTCGTCAAAG
TTTGGGTCTTTATCTTTCTTGGATGCGATCTAGAGCCACAGTCCAATGAACCATACTTAG
CCACTTCTCTTCAAGATTTCTGGGGTCGCCGGTGGAACCTCATGGTCCCGGCGATCCTCC
GTCCATCTGTCTACAACCCGGTGCAGCGAATAGCCCTAGGGAAAATGAGCTCTGATCATG
CTAGGTTTTTGGCGGTTTTGGCGACGTTCTTGGTCTCGGGTGCAGTTCACGAGCTGATTT
TCTATTATATTAACCGTGAGATGCCTACAGGAGAAATCACTTGGTTCTTTGTGTTACATG
GAGTTTGCACGGCTGCCGAAGTAGTGGTGAAGAAAATGACTTTTGTGGGGCGGTGGAAGA
TGAGTCCGATGGTTTCACGACTACTTACGGTAGGGTTTGTTGTTTTGACAAGTGGTTGGT
TGTTTTTCCCTCCTCTTGTAAGGGGTGGCATGTTTGTGAGACTCCCTAACGAAGCCTTGT
TGTTTATTGATTCTGTCAAGC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL4911Contig1 617 2 1 U
GTATTCTAATATCAAGAAAAAAACAGATGAATTTATAAGAGGAAATAAATAAAAGAAAGA
AAAGTTTTTGTTGTATAAGAACATAGATATAAAAACATTATCACATTCTGTGTCATCTGA
GTTTATCAGGAAGGATTTATGTGGGGTTCACAATTACCTCTACTCACATGGAAAGATCAA
CTATTTCAATCATCCGTCTTTCTTAACATACTTTTTTATAGAGATCAAATCTATAAGACT
ATAACAGTTACATAAATGACTACAAATTAAAAAAAAAACTTGTTGTGGTAATCATATATT
TTAAAAGATAAGAGTCAAGGATTGATTTCTAATTTTGATTTGAACATAAACAGAAGAAAA
AAAAATCATTCATCTACCTTAGCTGTCACTTTCGTTAGAAATACCTTCCAACTTCAGACT
ATTCAAAGTATATATGTACTAATGACAAAAAAAAGAGAAGAAGATTGACCACACGATCTT
ATGTAATAAAATCCACCTCACAAAAAAGCATTTTAAGTTGTTAAATTTTAAACTCATAAA
ACCATATCCACATATTTAAGAAAACCCAAGTTCCATATAATCCAAATTCTAAACCTCAAA
ACTAAATTCCGAGTTTT


BQ
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AF RR1H438TF U 1
AF RR1H438JQ C 119
BS 1 617 RR1H438TF

RD RR1H438TF 617 0 0
GTATTCTAATATCAAGAAAAAAACAGATGAATTTATAAGAGGAAATAAATAAAAGAAAGA
AAAGTTTTTGTTGTATAAGAACATAGATATAAAAACATTATCACATTCTGTGTCATCTGA
GTTTATCAGGAAGGATTTATGTGGGGTTCACAATTACCTCTACTCACATGGAAAGATCAA
CTATTTCAATCATCCGTCTTTCTTAACATACTTTTTTATAGAGATCAAATCTATAAGACT
ATAACAGTTACATAAATGACTACAAATTAAAAAAAAAACTTGTTGTGGTAATCATATATT
TTAAAAGATAAGAGTCAAGGATTGATTTCTAATTTTGATTTGAACATAAACAGAAGAAAA
AAAAATCATTCATCTACCTTAGCTGTCACTTTCGTTAGAAATACCTTCCAACTTCAGACT
ATTCAAAGTATATATGTACTAATGACAAAAAAAAGAGAAGAAGATTGACCACACGATCTT
ATGTAATAAAATCCACCTCACAAAAAAGCATTTTAAGTTGTTAAATTTTAAACTCATAAA
ACCATATCCACATATTTAAGAAAACCCAAGTTCCATATAATCCAAATTCTAAACCTCAAA
ACTAAATTCCGAGTTTT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1H438JQ 499 0 0
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AACTATTTCAATCATCCGTCTTTCTTAACATACTTTTTTATAGAGATCAAATCTATAAGA
CTATAACAGTTACATAAATGACTACAAATTAAAAAAAAAACTTGTTGTGGTAATCATATA
TTTTAAAAGATAAGAGTCAAGGATTGATTTTTAATTTTGATTTGAACATAAACAGAAGAA
AAAAAAATCATTCATCTACCTTAGCTGTCACTTTCGTTAGAAATACCTTCCAACTTCAGA
CTATTCAAAGTATATATGTACTAATGACAAAAAAAAGAGAAGAAGATTGACCACACGATC
TTATGTAATAAAATCCACCTCACAAAAAAGCATTTTAAGTTGTTAAATTTTAAACTCATA
AAACCATATCCACATATTTAAGAAAACCCAAGTTCCATATAATCCAAATTCTAAACCTCA
AAACTAAATTCCGAGTTTT

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 2

CO CL4912Contig1 1411 2 2 U
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ACCGATTCACTTCGGCTTGCAGAGCTTTTACACAGAAGAAGCTGGAAGATCTCAAATCAC
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TTTTCCAGTCCTACTTTGGTCTGAGTGGTGCGTTAGGAGAGAGGATGTTTGATATGGTCA
CTCAACACAGGAAAGATGGTAAATTGACTTATGAAGATCTCGTTATCGCCAAGGCAACCT
ACGAGAAAGGAACCGATGATGAGATTGCTGAGTTTATTTACCAGACCTTGGATGTCAATG
GCAATGGTGTCTTGACTAGGTCAGATTTGGAGTTGGTCCTTGTGGTGGTCTTCAAGAGTG
TCTTCTCCACTAGCTCTGATCCGGAATACAAGGAGATGGTGGATGCGCTTCTCAACGCTG
CTTCTTTCTCTAAATCCACTGGTGGTGGTGATGATAAAGGAATGTCTTTTGAAGATTTCA
GAAGCTGGTGCTCACACGTTCCTACTGTCAGAAAGTTTCTCGGAAGCTTGCTTACACCGC
CCAGTCCAGCGAGACCTGGATATCAAGTCCCGCATCTGCTTTATGACGAGGATAGTGTGG
ATTCAAATATACTCTTGTTGAAGAAGGAATACGCTTGGCATATCGGAGGCGCTCTTCCTC
ACCACGAGCTTCAAGAGTGGAAACTCCTCTATCACAGTTCCTTACACGGTCAAAGCTTCA
ACACATTCCTCGGTCACACTTCAAACACTGGTATGTCTGCATCGGTGTTGATCATCAAAG
ACAGAGAAGGCTGTGTGTATGGAGGATACGCCTCTCAGCCTTGGGAGAGGCACAGCGATT
TTTACGGAGACATGAAGTCTTTTTTTTTCCAGCTTAATCCTATAGCCTCCATCTTCCGAC
CAACTGGAGCTAACACCAACATTCAATGGTGTGCTACTAACTTCACATCAGAGAACATCC
CAAACGGCATAGGATTCGGAGGAAAGATCAACCACTTTGGTCTGTTTTTATCCGCAAGCT
TCGACCAAGGCCAGACGTTTTCCTGCACTACTTTTGGTAGCCCGAGTCTCTCCAAGTCCA
GCAGGATACAGCCAGAAGTGATCGAATGCTGGGGGATAGTTCAGGCCTCTGACGAACTAG
ACACGCAACATAACGCTATCAAAGGCACTGTTCTAGAGAGGTTTAAGGAAGATCGCAACA
TGCTCAAACTAGTCGGCATGGCTAGCAACTCGAATGAGTGAGAGAGATTCAAAGAGTGTT
TCATTAAATACAATGCGTGTGTGCCTACTAATATATACTTTTCATGTACCATAAAAGAGT
GTTGAAAACCATATAATAAAACTGTTTCATG


BQ
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AF RR1AE02TF U 1
AF RR1AE02JQ C 715
BS 1 772 RR1AE02TF
BS 773 1411 RR1AE02JQ

RD RR1AE02TF 772 0 0
GGGTCGGATAAGAGAGAACGTCCGCGAAAATGGGAAATTCGAGTTCGTCTTCCGTAAATC
ACCGATTCACTTCGGCTTGCAGAGCTTTTACACAGAAGAAGCTGGAAGATCTCAAATCAC
TATTCACCTCCCTCGCTTCCCAATCTCAGAGCAATGACGACTCATACGTCTCCTACCCCG
TTTTCCAGTCCTACTTTGGTCTGAGTGGTGCGTTAGGAGAGAGGATGTTTGATATGGTCA
CTCAACACAGGAAAGATGGTAAATTGACTTATGAAGATCTCGTTATCGCCAAGGCAACCT
ACGAGAAAGGAACCGATGATGAGATTGCTGAGTTTATTTACCAGACCTTGGATGTCAATG
GCAATGGTGTCTTGACTAGGTCAGATTTGGAGTTGGTCCTTGTGGTGGTCTTCAAGAGTG
TCTTCTCCACTAGCTCTGATCCGGAATACAAGGAGATGGTGGATGCGCTTCTCAACGCTG
CTTCTTTCTCTAAATCCACTGGTGGTGGTGATGATAAAGGAATGTCTTTTGAAGATTTCA
GAAGCTGGTGCTCACACGTTCCTACTGTCAGAAAGTTTCTCGGAAGCTTGCTTACACCGC
CCAGTCCAGCGAGACCTGGATATCAAGTCCCGCATCTGCTTTATGACGAGGATAGTGTGG
ATTCAAATATACTCTTGTTGAAGAAGGAATACGCTTGGCATATCGGAGGCGCTCTTCCTC
ACCACGAGCTTCAAGAGTGGAAACTCCTCTATCACAGTTCCTTACACGGTCA

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1AE02JQ 697 0 0
TTCCTCACCACGAGCTTCAAGAGTGGAAACTCCTCTATCACAGTTCCTTACACGGTCAAA
GCTTCAACACATTCCTCGGTCACACTTCAAACACTGGTATGTCTGCATCGGTGTTGATCA
TCAAAGACAGAGAAGGCTGTGTGTATGGAGGATACGCCTCTCAGCCTTGGGAGAGGCACA
GCGATTTTTACGGAGACATGAAGTCTTTTTTTTTCCAGCTTAATCCTATAGCCTCCATCT
TCCGACCAACTGGAGCTAACACCAACATTCAATGGTGTGCTACTAACTTCACATCAGAGA
ACATCCCAAACGGCATAGGATTCGGAGGAAAGATCAACCACTTTGGTCTGTTTTTATCCG
CAAGCTTCGACCAAGGCCAGACGTTTTCCTGCACTACTTTTGGTAGCCCGAGTCTCTCCA
AGTCCAGCAGGATACAGCCAGAAGTGATCGAATGCTGGGGGATAGTTCAGGCCTCTGACG
AACTAGACACGCAACATAACGCTATCAAAGGCACTGTTCTAGAGAGGTTTAAGGAAGATC
GCAACATGCTCAAACTAGTCGGCATGGCTAGCAACTCGAATGAGTGAGAGAGATTCAAAG
AGTGTTTCATTAAATACAATGCGTGTGTGCCTACTAATATATACTTTTCATGTACCATAA
AAGAGTGTTGAAAACCATATAATAAAACTGTTTCATG

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL4913Contig1 961 2 2 U
GGAAGACAAATGATTCCACAAGTTAGGTCTGCAGATTCTTACAATCTCTCCCTTCACTTA
CCTCAAGGGATTGTATCGTCTGCAGAAACCATAAGGTGTTCTTATATACCAGAGAGTGGA
TGTAGTTCTTGAGATCTTCTACCATTTTAGTTGCAGTTATTTAGTTATAGCTAGCTATAG
AGATTGTCCAAACAAACAAAAAGTTATAGATATAGTAAGCAGTTATGGATAGCGTGGTGT
GGAAGAAAGTTCAGCCAGTCGCTAGGAAAGGGAAGAAGAATCGTGGTAAAAGATGAATTT
GATCGTGTTAAACAAAGCTGAGAAGAAAATGAGACGTTAGGAGATAGCTCTTGCTTCTTC
ATCTGAGCTTGAGAAGAAGCAGAGGAAACTTGAAGACCAGCAAAGGTCTTTTTTATTTAG
CAAACATCAGATGAAGGGGCTGCAATTGCAGAAGCTCTTGTTCTGTACGTCCTACTGGGC
AAAGATTCTGATGATGATTCATCCACCGAGTAGAAGAAAAGGGGTCTCAAGATGGTTCTC
TTTAGAGGTGAAACAACCAACTATATATGTTTGAATCTTAAGCTATGTTCTCTTCATCTA
TACTTGAGGAAGGTTTGACAGTGTTTAGTATCCCTTTAAGCCAATGTCTTGCATTCTCAA
GTTCCCATTTGTCAGAGTTACCGACTTACATTTGTAAGTGTAAACTGTCTAGTAAAATTC
TCTCTCAAAGTTAGGTGTCTGCGTTGAAGAAATTGATGTGCATTCTTGCTATTTGTGGTC
ACAATACTTGCAAACACATCACAAAAAGAAATGCCCTTGCATTACATTAAAATATGACCT
CAACTTTTCAATTTTGCTTTGCTTATTCAGTGGATGTGAGAAGTTTTGTTTCCACTGTCC
CCACTTTTACCAAAAAAAGCTGACCAGATTGTTCTGTCACGGCTGATACAGCTCTGATGG
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1HA73TF U 1
AF RR1HA73JQ C 508
BS 1 607 RR1HA73TF
BS 608 961 RR1HA73JQ

RD RR1HA73TF 607 0 0
GGAAGACAAATGATTCCACAAGTTAGGTCTGCAGATTCTTACAATCTCTCCCTTCACTTA
CCTCAAGGGATTGTATCGTCTGCAGAAACCATAAGGTGTTCTTATATACCAGAGAGTGGA
TGTAGTTCTTGAGATCTTCTACCATTTTAGTTGCAGTTATTTAGTTATAGCTAGCTATAG
AGATTGTCCAAACAAACAAAAAGTTATAGATATAGTAAGCAGTTATGGATAGCGTGGTGT
GGAAGAAAGTTCAGCCAGTCGCTAGGAAAGGGAAGAAGAATCGTGGTAAAAGATGAATTT
GATCGTGTTAAACAAAGCTGAGAAGAAAATGAGACGTTAGGAGATAGCTCTTGCTTCTTC
ATCTGAGCTTGAGAAGAAGCAGAGGAAACTTGAAGACCAGCAAAGGTCTTTTTTATTTAG
CAAACATCAGATGAAGGGGCTGCAATTGCAGAAGCTCTTGTTCTGTACGTCCTACTGGGC
AAAGATTCTGATGATGATTCATCCACCGAGTAGAAGAAAAGGGGTCTCAAGATGGTTCTC
TTTAGAGGTGAAACAACCAACTATATATGTTTGAATCTTAAGCTATGTTCTCTTCATCTA
TACTTGA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1HA73JQ 454 0 0
GAGTAGAAGAAAAGGGGTCTCAAGATGGTTCTCTTTAGAGGTGAAACAACCAACTATATA
TGTTTGAATCTTAAGCTATGTTCTCTTCATCTATACTTGAGGAAGGTTTGACAGTGTTTA
GTATCCCTTTAAGCCAATGTCTTGCATTCTCAAGTTCCCATTTGTCAGAGTTACCGACTT
ACATTTGTAAGTGTAAACTGTCTAGTAAAATTCTCTCTCAAAGTTAGGTGTCTGCGTTGA
AGAAATTGATGTGCATTCTTGCTATTTGTGGTCACAATACTTGCAAACACATCACAAAAA
GAAATGCCCTTGCATTACATTAAAATATGACCTCAACTTTTCAATTTTGCTTTGCTTATT
CAGTGGATGTGAGAAGTTTTGTTTCCACTGTCCCCACTTTTACCAAAAAAAGCTGACCAG
ATTGTTCTGTCACGGCTGATACAGCTCTGATGGA

QA 1 454 1 454
DS 



AS 1 2

CO CL4914Contig1 944 2 2 U
ATCCTTACTTGCGTTGGTCAAGAAACCCTATGAACACGAGTTTGGATTATGCTCTGTTTC
AAGGAAACTCAACTTATACTTATCCTCAAACCGGTTTGGTTTACCGTAATCTTCTAGACC
AAATGTTGGATTCGGTTATCTTCGCCATGACCAGACTCGGTTACCCACACATTCGCGTCG
CAATCTCCGAAACCGGATGGCCTAACTCCGGGGACATCGACGAAACCGGCGCCAACATAC
TCAATGCAGCGACGTATAACCGGAATTTGATCAAGAAGATGATCGCAATTCCACCAATCG
GTACACCAGCTAGACCCGGTTTAGCTATACCGACATTTGTTTTCTCCTTGTTCGACGAAA
ACCATAAATCCGGTTCGGGAACACAGAGACATTATGGAATCCTGCATCCGAACGGGACAC
CGATCTACGACATTGATTTCACGGGCTCAAAACCCTTAACCGGATTCAACCCATTGCCTA
AACCGACGAACAATGTTCCATACAAGGGTATAGTGTGGTGCGTACCAGTGGAGGGAGCTA
GCGAGGCTCAGCTAGAGGAAGCTTTGAGGATGGCTTGCGGCCGATGTAACACGACGTGTG
CGGCTTTGGCTCCGGGAAGAGAATGTTACGAGCCGGTCACTGTTTATTGGCATGCAAGCT
ATGCGGTTAGCTCGTACTGGGCTGAGTTTCGTACCGATAACGTTAGATGTTACTTCAATG
GACTGGCTCGAATGACCACGGTCAACCCTGGACATGATCGCTGCAAGTTTCCAGGCGTTA
CTCTTTGAGAAAAAGAAGACTGAAAGAGATTGAAGAATGATTAAGGCTGCATTATTCGTA
TTTATCCAATGTTGTTTCTGCCTTTTATATTGTTTCGTAATGTCGAAAAAAAAACAAATA
ATTAATAATTTTTAACAAAAAGTAAAGATCACTTTCTCTCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GB71TF U 1
AF RR1GB71JQ C 347
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BS 609 944 RR1GB71JQ

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CGGCTTTG

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AAAAAAAACAAATAATTAATAATTTTTAACAAAAAGTAAAGATCACTTTCTCTCTACC

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DS 



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BQ
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AF RR1H236TF U 1
AF RR1H661TF U 1
BS 1 492 RR1H236TF
BS 493 684 RR1H661TF

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GAAGACGACAAC
GG

QA 1 492 1 492
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GAGGAGAAGAGAGAAACTCAGATCTTTTGTCATGGCACCAAAGCAGTCGGACAAGATCGA
GAACCCTCCTCCGGCTGCCTCTTCTAGCGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTCCGGCTC
ATCCGGAGAAGATGAAGAATCCGGATCTTCCGACGACGAAGCTGGCGACGTCCAGTTCAA
GCTCACTCAGAAACCTCCTCCTCCTCCTACGAAGAAAAATCCTGAATCCGATTCCGAAGA
ATACGAATCCGAATCCGATTCCGATTCCGAACCTCCCACCAAGACCAAGCCTCTCAACAC
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CTCTACTACAGCTAAACGCTCCCTAAAGCAAACAGACGAAGAAGAGCCTAAGAAGAAGGC
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AGAAGACGCGAAGAAGATGTTCCAGAGACTGTTCAGCGAGACAGACGAAATCGCCATGCT
TCGAGGCTTTCTCGACTTCACATCCACCAGAGGCGACCCTTACGAGAACATGGACGCCTT
CTGCGATTACGTCAAGACTTTAAT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

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TATGGAACTACGACTCAGACTCTCGTGCTGGAAGAAGCAAACGTGTCACAGTCACAAACT
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TAATTATTTTTTTACATTTGTTATCTTTAAAATTCAAATCTCTAGCAAATATATATAATT
ATTTTAAAAGAAAATTCATATACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS32TF U 1
AF RR1GS32JQ C 91
BS 1 569 RR1GS32TF
BS 570 744 RR1GS32JQ

RD RR1GS32TF 569 0 0
GCTCACTTACACCAAACGGGAAGTTTCTAGTCTCAGCAAGCGAAGACTCCAATGTATATG
TATGGAACTACGACTCAGACTCTCGTGCTGGAAGAAGCAAACGTGTCACAGTCACAAACT
CATACGAACACTTTTACTGTCGAGACGTCTCTGTAGCCGTACCTTGTCCTGGCAAAATCA
TTAACAGCAACAGCCCTGACGAGTCTCCCATCACAGCCAATAACCCTCCAACACCTGTCA
ACGATCCAATCAACAACAAAACCGTCACCAACGGTATCATTTCGAGCGCCACAAACCGAT
ACTTCTTCGATAGAATTTCGGCGACATGGCCCGAGGAGAAACTTTTGCTGGCTGCAAAGA
ACCGAGCAAGAACTAGCCCTCGAGTGAGCGTGGACATGTCTAATGGACCGGTTAGCAGAA
AACCGAGTGCTTCAGCTTGGTCTATGGTGATTGTGACTGGCGGTTTACGAGGCGAGATCA
GAACATTTCAGAATTTTGGATTACCGGTTCGTCTATGAAGCCACGGAGAGAGTTTTACAA
ATCAGCAAGCCCAAGGCAAAAGTGAAAAA

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1GS32JQ 654 0 0
GAAGAAGCAAACGTGTCACAGTCACAAACTCATACGAACACTTTTACTGTCGAGACGTCT
CTGTAGCCGTACCTTGTCCTGGCAAAATCATTAACAGCAACAGCCCTGACGAGTCTCCCA
TCACAGCCAATAACCCTCCAACACCTGTCAACGATCCAATCAACAACAAAACCGTCACCA
ACGGTATCATTTCGAGCGCCACAAACCGATACTTCTTCGATAGAATTTCGGCGACATGGC
CCGAGGAGAAACTTTTGCTGGCTGCAAAGAACCGAGCAAGAACTAGCCCTCGAGTGAGCG
TGGACATGTTTAATGGACCGGTTAGCAGAAAACCGAGTGCTTCAGCTTGGTCTATGGTGA
TTGTGACTGGCGGTTTACGAGGCGAGATCAGAACATTTCAGAATTTTGGATTACCGGTTC
GTCTATGAAGCCACGGAGAGAGTTTTACAAATCAGCAAGCCCAAGGCAAAAGTGAAAAAA
AATTACTTAGTAAAAACGCCTTCTCTAGTCAATAGTGTATAGATTGAGAGAAGGTTGGTT
CTTCCAATAACTCTCTTTTCTCACCATCTTTAATTATTTTTTTACATTTGTTATCTTTAA
AATTCAAATCTCTAGCAAATATATATAATTATTTTAAAAGAAAATTCATATACC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL4917Contig1 630 2 4 U
AGAGGTACTGGGTGGGGATGGGCAGGAGTTATCTGGTTATACAGTTTAGTTACTTACATC
CCCTTGGATATCCTCAAGTTCATCATCAGATATGCACTAAGTGGTAGAGCTTGGGATAAT
GTCATTGAGAACAAGACCGCTTTCACGTCAAAGAAAGACTATGGAAAGGGAGAGAGGGAA
GCACAATGGGCGCAAGCTCAACGTACCCCTCACGGATTGCAACCTGCTCAGCCCTCAGAG
ATGTTCAATGATAAGAGCACTTACAGAGAACTTTCAGAGATAGCAGATCAGGCCAAGAGA
CGAGCTGAAGTCGCAAGGTTAAGAGAACGTCATACCTTGAAAGGTCACGTGGAATCAGTG
GTGAAGCAGAAAGGACTTGACATAGAGGCTATCCAGCAACACTACACCCTGTGATTTCAG
AAACAAGGGTTTCTCAGTTTAGTTTAGAAACAAAACCACAAGAGTATTGAATAATAAATC
ACCACCTTCATCATTAGAAAAATACTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGAAATGTTTCTTTTAT
GAGCAGTGGCTGTTGGCTGCTTTATTTGTTTTGAAATATTCTTGTTTTAATTGCATTTAC
AGAACTAATAAGATTTTACAATTACTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DE24JQ C 1
AF RR1BE77TF U 120
BS 1 120 RR1DE24JQ
BS 121 435 RR1BE77TF
BS 436 436 RR1DE24JQ
BS 437 630 RR1BE77TF

RD RR1DE24JQ 628 0 0
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CCCTTGGATATCCTCAAGTTCATCATCAGATATGCACTAAGTGGTAGAGCTTGGGATAAT
GTCATTGAGAACAAGACCGCTTTCACGTCAAAGAAAGACTATGGAAAGGGAGAGAGGGAA
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ATGTTCAATGATAAGAGCACTTACAGAGAACTTTCAGAGATAGCAGATCAGGCCAAGAGA
CGAGCTGAAGTCGCAAGGTTAAGAGAACGTCATACCTTGAAAGGTCACGTGGAATCAGTG
GTGAAGCAGAAAGGACTTGACATAGAGGCTATCCAGCAACACTACACCCTGTGATTTCAG
AAACAAGGGTTTCTCAGTTTAGTTTAGAAACAAAACCACAAGAGTATTGAATAATAAATC
ACCACCTTCATCATTAGAAAAATACTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGAAATGTTTCTTTTAT
GAGCAGTGGCTGTTGGCTGCTTTATTTGTTTTGAAATATTCTTGTTTTAATTGCATTTAC
AGAACTAATAAGATTTTACAATTACTTT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1BE77TF 511 0 0
G
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GCACAATGGGCGCAAGCTCAACGTACCCCTCACGGATTGCAACCTGCTCAGCCCTCAGAG
ATGTTCAATGATAAGAGCACTTACAGAGAACTTTCAGAGATAGCAGATCAGGCCAAGAGA
CGAGCTGAAGTCGCAAGGTTAAGAGAACGTCATACCTTGAAAGGTCACGTGGAATCAGTG
GTGAAGCAGAAAGGACTTGACATAGAGGCTATCCAGCAACACTACACCCTGTGATTTCAG
AAACAAGGGTTTCTCGGTTTAGTTTAGAAACAAAACCACAAGAGTATTGAATAATAAATC
ACCACCTTCATCATTAGAAAAATACTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGAAATGTTTCTTTTAT
GAGCAGTGGCTGTTGGCTGCTTTATTTGTTTTGAAATATTCTTGTTTTAATTGCATTTAC
AGAACTAATAAGATTTTACAATTACTTTAG

QA 2 511 2 511
DS 



AS 1 2

CO CL4918Contig1 1026 2 10 U
GACAGCGGTTGCACAAGACAACAACGCAGCAGCTTACTACTCGCAGCAGTTTAAGACAAT
GGAAGCGAGTTTTGTTTCTTCTTCTAGGCATGAGGAATCATCATCAGTCGCTGCAGAGAA
TGGGTGTGATGTTAGCGGCGGCAGAAGAGACGCTTCCTCTTCTTCTTTGAGCAGTTCTAT
CGAGTCTTTGAGGACCATCTTGTCTGATCCCGTAACAGGGGCTTTGATGTCTGATGCTAT
GATTTTGCCTTGCGGGCACACTTTTGGAGCTGGAGGAATAGAACAAGTTAAACAAATGAA
AGCTTGCTGCACTTGTTCTCAGCCAGTATCAGAAGACTCGATAACCCCAAATCTCACTCT
GCGAGTTGCAGTACAAGCATTCTGCCGAGAAGAGAAGTCACAGTCAAACCATTCATCTAA
GCGGAAACGAGAAGGATTTGATCAAGAGAGACGCACATTTTGCGACTCGACTTATACAAA
TCGTTCGAGGAACAGAACTAATCATTTCCCTTTTGCTGTGGCAGATCGAGTTATAATAAA
GGGAAACAAGAGGACACCACCTCGTTTTGTAGGACGGGAAGCTGTTGTGACTACTCAATG
CTTGAACGGCTGGTATGTGGTGAAAACACTAGACAATGCAGAGAGTGTTAAGCTTCAGTA
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CTCCAACTGGCTCTAAACAGACCTTCCTTGTGAAGAGACTACTTTCCTCGTTCATTGGCC
AAGGCCACAGAAGATCCATCAGCCAAGGCAACACCAAGCAAGTTGGTCTCCAACTGGCTC
TAAACAGACCTTCCTTGTGAAGAGACTACTTTCTGATAGTACGTTCTCTATGTAAGGAAC
CAAAAACTTATCTACAGATCCATATAGATAACAGTTACATATTGTAAATTATTCTAGTTG
CTCCATTGTCATATGTTTGAAGAAATTAGGTACTAGTATGATATAAATATACATAGTTAT
ATTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1E834TF U 1
AF RR1E834JQ C 280
BS 1 676 RR1E834TF
BS 677 677 RR1E834JQ
BS 678 700 RR1E834TF
BS 701 701 RR1E834JQ
BS 702 736 RR1E834TF
BS 737 737 RR1E834JQ
BS 738 753 RR1E834TF
BS 754 754 RR1E834JQ
BS 755 769 RR1E834TF
BS 770 1026 RR1E834JQ

RD RR1E834TF 769 0 0
GACAGCGGTTGCACAAGACAACAACGCAGCAGCTTACTACTCGCAGCAGTTTAAGACAAT
GGAAGCGAGTTTTGTTTCTTCTTCTAGGCATGAGGAATCATCATCAGTCGCTGCAGAGAA
TGGGTGTGATGTTAGCGGCGGCAGAAGAGACGCTTCCTCTTCTTCTTTGAGCAGTTCTAT
CGAGTCTTTGAGGACCATCTTGTCTGATCCCGTAACAGGGGCTTTGATGTCTGATGCTAT
GATTTTGCCTTGCGGGCACACTTTTGGAGCTGGAGGAATAGAACAAGTTAAACAAATGAA
AGCTTGCTGCACTTGTTCTCAGCCAGTATCAGAAGACTCGATAACCCCAAATCTCACTCT
GCGAGTTGCAGTACAAGCATTCTGCCGAGAAGAGAAGTCACAGTCAAACCATTCATCTAA
GCGGAAACGAGAAGGATTTGATCAAGAGAGACGCACATTTTGCGACTCGACTTATACAAA
TCGTTCGAGGAACAGAACTAATCATTTCCCTTTTGCTGTGGCAGATCGAGTTATAATAAA
GGGAAACAAGAGGACACCACCTCGTTTTGTAGGACGGGAAGCTGTTGTGACTACTCAATG
CTTGAACGGCTGGTATGTGGTGAAAACACTAGACAATGCAGAGAGTGTTAAGCTTCAGTA
TCGTTCATTGGTCAAG*CCACAGAAGATCCATCAGCCAAG*CAACACCAAGCAAGTTGGT
CTCCAACTGGCTCTAA*CAGACCTTCCTTGTGA*GAGACTACTTTCCTC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1E834JQ 747 0 0
AGAACAAGTTAAACAAATGAAAGCTTGCTGCACTTGTTCTCAGCCAGTATCAGAAGACTC
GATAACCCCAAATCTCACTCTGCGAGTTGCAGTACAAGCATTCTGCCGAGAAGAGAAGTC
ACAGTCAAACCATTCATCTAAGCGGAAACGAGAAGGATTTGATCAAGAGAGACGCACATT
TTGCGACTCGACTTATACAAATCGTTCGAGGAACAGAACTAATCATTTCCCTTTTGCTGT
GGCAGATCGAGTTATAATAAAGGGAAACAAGAGGACACCACCTCGTTTTGTAGGACGGGA
AGCTGTTGTGACTACTCAATGCTTGAACGGCTGGTATGTGGTGAAAACACTAGACAATGC
AGAGAGTGTTAAGCTTCAGTATCGTTCATTGGTCAAGGCCACAGAAGATCCATCAGCCAA
GGCAACACCAAGCAAGTTGGTCTCCAACTGGCTCTAAACAGACCTTCCTTGTGAAGAGAC
TACTTTCCTCGTTCATTGGCCAAGGCCACAGAAGATCCATCAGCCAAGGCAACACCAAGC
AAGTTGGTCTCCAACTGGCTCTAAACAGACCTTCCTTGTGAAGAGACTACTTTCTGATAG
TACGTTCTCTATGTAAGGAACCAAAAACTTATCTACAGATCCATATAGATAACAGTTACA
TATTGTAAATTATTCTAGTTGCTCCATTGTCATATGTTTGAAGAAATTAGGTACTAGTAT
GATATAAATATACATAGTTATATTGCT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL4919Contig1 899 2 2 U
GCTTTGGATAAATGTCCCCAGAAGCTAGGAGCATGCCTGCGTGTTTCAACGAGAACACCG
AAAAAACCGAATTCCGCTCTACGTAAGATAGCCAAAGTACGGTTGAGCAATCGACATGAT
ATATTTGCTTACATTCCGGGCGAAGGTCATAATTTGCAGGAACATTCGCAGGTGTTAATA
AGAGGAGGTAGAGTGAAAGATTTGCCAGGTGTAAAATTTCATTGTATTCGAGGAGTAAAG
GATTTGATGGGAATTCCGGGTCGAAGAAGATGAACACTGACATCACTGCCTTGGAGAAGC
CCCAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACCATTCACAAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCG
TACTCGATTACCTCCATTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTATCTAT
CAGGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGACTGATCGGACTCA
TGGGTGGGTTCATGTATGCGTATCAGAACTCGGCGGGGAGGCTCATGGGTTTCTTCCCTA
ACGAAGGAGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGCGGTGGGTTCTCCAAACGAGAGTCTATTG
CTGGATCTGGGTGGGTTCCAATTCGAAAAAGAACTCTCTTTTTAAAATTTGCTACTCCTT
TTGTTTGTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTAAGATGTTGATGATCAA
TAAATATTTGAGCTTCCTCAAAAAATTGTTTGTTATGACTTAGATTTGAGCTTGCTTAAT
GGTTTGAAATAGTGAACGGTTTGTGATGTTTTGGAACATCTCTTTGCTGTCGCAATTAGA
GGAGGATCCTTTTGGTATCTTCTTTGTAGTGTAGTTTGTGTGCAAGTATAACTGCGTTT


BQ
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AF RR1BW38TF U 1
AF RR1BW38JQ C 73
BS 1 318 RR1BW38TF
BS 319 899 RR1BW38JQ

RD RR1BW38TF 318 0 0
GCTTTGGATAAATGTCCCCAGAAGCTAGGAGCATGCCTGCGTGTTTCAACGAGAACACCG
AAAAAACCGAATTCCGCTCTACGTAAGATAGCCAAAGTACGGTTGAGCAATCGACATGAT
ATATTTGCTTACATTCCGGGCGAAGGTCATAATTTGCAGGAACATTCGCAGGTGTTAATA
AGAGGAGGTAGAGTGAAAGATTTGCCAGGTGTAAAATTTCATTGTATTCGAGGAGTAAAG
GATTTGATGGGAATTCCGGGTCGAAGAAGATGAACACTGACATCACTGCCTTGGAGAAGC
CCCAATACCCCGTCGTCG

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR1BW38JQ 827 0 0
TCCGCTCTACGTAAGATAGCCAAAGTACGGTTGAGCAATCGACATGATATATTTGCTTAC
ATTCCGGGCGAAGGTCATAATTTGCAGGAACATTCGCAGGTGTTAATAAGAGGAGGTAGA
GTGAAAGATTTGCCAGGTGTAAAATTTCATTGTATTCGAGGAGTAAAGGATTTGATGGGA
ATTCCGGGTCGAAGAAGATGAACACTGACATCACTGCCTTGGAGAAGCCCCAATACCCCG
TCGTCGATCGGAATCCACCATTCACAAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGTACTCGATTACC
TCCATTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTATCTATCAGGGATTAAGC
CTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGACTGATCGGACTCATGGGTGGGTTCA
TGTATGCGTATCAGAACTCGGCGGGGAGGCTCATGGGTTTCTTCCCTAACGAAGGAGAGG
TCGCTAGTTACCAGAAGCGCGGTGGGTTCTCCAAACGAGAGTCTATTGCTGGATCTGGGT
GGGTTCCAATTCGAAAAAGAACTCTCTTTTTAAAATTTGCTACTCCTTTTGTTTGTTTGA
GGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTAAGATGTTGATGATCAATAAATATTTGAG
CTTCCTCAAAAAATTGTTTGTTATGACTTAGATTTGAGCTTGCTTAATGGTTTGAAATAG
TGAACGGTTTGTGATGTTTTGGAACATCTCTTTGCTGTCGCAATTAGAGGAGGATCCTTT
TGGTATCTTCTTTGTAGTGTAGTTTGTGTGCAAGTATAACTGCGTTT

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL4920Contig1 1179 2 2 U
GGGAAGTAAACCAGTAAATTAAAGGGAAGTACCAAAAGTACTGATGATGACTTCCAAAGC
CCAATCTCTCCTTTCTCTCCCGGTCATTGACTTCTCTAGTGGAGATCTCAAACCAGAAAC
TCCCGAGTGGGACTCAGTGAGAGCTCAAGTCCGAGCAGCCCTTGAAGAGTACGGATGTTT
CGAGGCCACGTTCGATGGAGCTTCCATGGAGCTAAGGAAAGCTATTTTCAAGGCCACGGA
GGAGGCTTTTAATTTACCACTAGAGACGAAACTAAGCACAAAGTCAAACGAATTAATTTA
CAAAGGGTACTTGACGATTCCGACTATGCCTTTATACGAAGGTATGGGCTTCTACGGTGT
AGATAGTCCTGAGGTTGTCGATGACTTGACTCACAAGCTTTGGCCTCAAGGCAACACCCC
TTTCAGCAAGAGTGTTCAGTCATTTGGAGAGAAGTTGATAGAACTAAATGTGAAGGTGAG
GACGATGATCATGGAGAGTTTCGGGCTCGAGAAATACATCGAGGAACATCTTAACTCAGC
AAAGAACCACCTTCAAATATTCAAATACAAAGGACTTGACGATAACACAGAGGAAACTCT
AGGTTTCAAACCTCATATCGACAGACAATTCCTCAGCATACTTTGCCAGAACGATGTAGT
AGATGGCTTGGAGATTGAAACCAAAGATGGTGAAGAGTGGATCAAAGCTAGGCCGTGTCA
AGATACTTCTTTCCTTGTTATAGCCGGAGCTTCTCTTCATCTACTATTGAATGGTGGGGT
GTTTCCTCCTCTTCACCGAGTGGTTATAACCGGAAAGAAAGATCGGTATGTGGCTTGCCT
GTTCTCGCCTCCTAGACAAGGACTGATCATAAATGCGCCTGAGGAGATAGTAGACGATGA
ACATCCTCGTCTCTATAAACCTTTTGATTTTGAGGCTTACGTGAACTTCAGCAACAGGTC
CAACACAAATACCAAGGGGAGAGATCTATCTAGTCTCAAGAGTTATTGTGCCCTTTAAAC
ATTTATATGATGCCTTGCAATTAAAAAATATGTCTTGTTTGATCACTCTGCACTTGTTCA
TGATAGAACCGTATTTTATAAACTACGGATTACTGAATATTGTAAAGAATAAAAATGATA
AAATTATATCAAAGAGTAAGAAAAGGATGATTCAACTAC


BQ
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AF RR1GV04TF U 1
AF RR1GV04JQ C 581
BS 1 676 RR1GV04TF
BS 677 1179 RR1GV04JQ

RD RR1GV04TF 676 0 0
GGGAAGTAAACCAGTAAATTAAAGGGAAGTACCAAAAGTACTGATGATGACTTCCAAAGC
CCAATCTCTCCTTTCTCTCCCGGTCATTGACTTCTCTAGTGGAGATCTCAAACCAGAAAC
TCCCGAGTGGGACTCAGTGAGAGCTCAAGTCCGAGCAGCCCTTGAAGAGTACGGATGTTT
CGAGGCCACGTTCGATGGAGCTTCCATGGAGCTAAGGAAAGCTATTTTCAAGGCCACGGA
GGAGGCTTTTAATTTACCACTAGAGACGAAACTAAGCACAAAGTCAAACGAATTAATTTA
CAAAGGGTACTTGACGATTCCGACTATGCCTTTATACGAAGGTATGGGCTTCTACGGTGT
AGATAGTCCTGAGGTTGTCGATGACTTGACTCACAAGCTTTGGCCTCAAGGCAACACCCC
TTTCAGCAAGAGTGTTCAGTCATTTGGAGAGAAGTTGATAGAACTAAATGTGAAGGTGAG
GACGATGATCATGGAGAGTTTCGGGCTCGAGAAATACATCGAGGAACATCTTAACTCAGC
AAAGAACCACCTTCAAATATTCAAATACAAAGGACTTGACGATAACACAGAGGAAACTCT
AGGTTTCAAACCTCATATCGACAGACAATTCCTCAGCATACTTTGCCAGAACGATGTAGT
AGATGGCTTGGAGATT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1GV04JQ 599 0 0
GATAACACAGAGGAAACTCTAGGTTTCAAACCTCATATCGACAGACAATTCCTCAGCATA
CTTTGCCAGAACGATGTAGTAGATGGCTTGGAGATTGAAACCAAAGATGGTGAAGAGTGG
ATCAAAGCTAGGCCGTGTCAAGATACTTCTTTCCTTGTTATAGCCGGAGCTTCTCTTCAT
CTACTATTGAATGGTGGGGTGTTTCCTCCTCTTCACCGAGTGGTTATAACCGGAAAGAAA
GATCGGTATGTGGCTTGCCTGTTCTCGCCTCCTAGACAAGGACTGATCATAAATGCGCCT
GAGGAGATAGTAGACGATGAACATCCTCGTCTCTATAAACCTTTTGATTTTGAGGCTTAC
GTGAACTTCAGCAACAGGTCCAACACAAATACCAAGGGGAGAGATCTATCTAGTCTCAAG
AGTTATTGTGCCCTTTAAACATTTATATGATGCCTTGCAATTAAAAAATATGTCTTGTTT
GATCACTCTGCACTTGTTCATGATAGAACCGTATTTTATAAACTACGGATTACTGAATAT
TGTAAAGAATAAAAATGATAAAATTATATCAAAGAGTAAGAAAAGGATGATTCAACTAC

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 2

CO CL4921Contig1 1183 2 2 U
GGGATCCCTCGCCGCCAACTCTTTTCACCCAACTCTCCGATGGCCGGTCTACTCAAAACG
CCGTCTTTACAGCTCACACCGTCTCTTCTTCATGCACCCTCCGTACCCTTTAAGCCCTTT
TGCGTCTCCTTCGCCGGAGGAAGAAACATCAGCAGCGTCTCACTCTCTCGCCGAGCTGCT
TCTCTCCGCTCTGTCTCCGATGGCTATCCTCTCCGTTCACTAAACTTCGTACGGAGACTG
AGGTCGAATCCAACGAACCCCAAGTCCAGGATACTGATGGTGCTGTTGGTGTTGAGAGTG
AAGACACTAGCTCTGAGGAAGAAGCGGCGGTTACCGTGGCATTGCTGAATTCGTATAAAG
AAGCTTTAGCAGAGAACAACGAGGAGAAGATTGCTGAGATAGAGGCATCATTGAAGTCCA
TTGAAGACGAAAAGTTTCACCTCGAGGATAAAGTAGCATCTTTAACCAATGAGCTAACTG
TGGAGAGGGATCGGCTGATAAGAATCAGTGCGGATTTCGACAACTTCAGGAAGAGGACGG
AGAGGGAAAGGCTGAACCTTGTTTCCAATGCTCAGGGAGAGGTTGTGGAGAATCTTTTGG
CGGTTTTGGATAATTTCGAGAGAGCTAAGTCTCAGATTAAAGTGGAGACTGAGGGAGAAG
AGAAAGTCACTAACAGCTACCAGAGCATATACAAACAGTTTGTGGAGATTCTGGGGTCGC
TCGGTGTGGTCACTGTGGAGACAGTTGGCAAGCAGTTTGATCCAATGCTTCATGAGGCAA
TAATGAGGGAGGATTCTGCAGAATATGAAGAAGGTATAGTACTTGAAGAATACAGGAAAG
GTTTCTTGCCAGGGGAAAGGCTTCTACGTCCTTCAATGGTGAAAGTATCAGTTGGACCTG
GACCAGAAAAGCCCAGTGAAGCTGAAGGAGAAGAAGCCACAGCACAAGGAAACGCAGAAG
AAAAAGAAGCAGAAGCGGCTTCATCTTGAATGAAAGACGATCAAGACTCGGTAGTTTTGT
GTGTGTGTTTGTGAGAGAGAGAGAGGTGGTTACGGTTAATTATTGTGATTCTTGTTATTA
CATTATATCATTTCTACAGAGTTTAGAGAATAGAACAAGGTCTTCGATTAACAACGAAAA
TTTGAGTATTTAGTACCGGAAGAAAATAGATTTTATTAGCAGT


BQ
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AF RR1GL17TF U 1
AF RR1GL17JQ C 397
BS 1 649 RR1GL17TF
BS 650 1183 RR1GL17JQ

RD RR1GL17TF 649 0 0
GGGATCCCTCGCCGCCAACTCTTTTCACCCAACTCTCCGATGGCCGGTCTACTCAAAACG
CCGTCTTTACAGCTCACACCGTCTCTTCTTCATGCACCCTCCGTACCCTTTAAGCCCTTT
TGCGTCTCCTTCGCCGGAGGAAGAAACATCAGCAGCGTCTCACTCTCTCGCCGAGCTGCT
TCTCTCCGCTCTGTCTCCGATGGCTATCCTCTCCGTTCACTAAACTTCGTACGGAGACTG
AGGTCGAATCCAACGAACCCCAAGTCCAGGATACTGATGGTGCTGTTGGTGTTGAGAGTG
AAGACACTAGCTCTGAGGAAGAAGCGGCGGTTACCGTGGCATTGCTGAATTCGTATAAAG
AAGCTTTAGCAGAGAACAACGAGGAGAAGATTGCTGAGATAGAGGCATCATTGAAGTCCA
TTGAAGACGAAAAGTTTCACCTCGAGGATAAAGTAGCATCTTTAACCAATGAGCTAACTG
TGGAGAGGGATCGGCTGATAAGAATCAGTGCGGATTTCGACAACTTCAGGAAGAGGACGG
AGAGGGAAAGGCTGAACCTTGTTTCCAATGCTCAGGGAGAGGTTGTGGAGAATCTTTTGG
CGGTTTTGGATAATTTCGAGAGAGCTAAGTCTCAGATTAAAGTGGAGAC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1GL17JQ 787 0 0
AGATAGAGGCATCATTGAAGTCCATTGAAGACGAAAAGTTTCACCTCGAGGATAAAGTAG
CATCTTTAACCAATGAGCTAACTGTGGAGAGGGATCGGCTGATAAGAATCAGTGCGGATT
TCGACAACTTCAGGAAGAGGACGGAGAGGGAAAGGCTGAACCTTGTTTCCAATGCTCAGG
GAGAGGTTGTGGAGAATCTTTTGGCGGTTTTGGATAATTTCGAGAGAGCTAAGTCTCAGA
TTAAAGTGGAGACTGAGGGAGAAGAGAAAGTCACTAACAGCTACCAGAGCATATACAAAC
AGTTTGTGGAGATTCTGGGGTCGCTCGGTGTGGTCACTGTGGAGACAGTTGGCAAGCAGT
TTGATCCAATGCTTCATGAGGCAATAATGAGGGAGGATTCTGCAGAATATGAAGAAGGTA
TAGTACTTGAAGAATACAGGAAAGGTTTCTTGCCAGGGGAAAGGCTTCTACGTCCTTCAA
TGGTGAAAGTATCAGTTGGACCTGGACCAGAAAAGCCCAGTGAAGCTGAAGGAGAAGAAG
CCACAGCACAAGGAAACGCAGAAGAAAAAGAAGCAGAAGCGGCTTCATCTTGAATGAAAG
ACGATCAAGACTCGGTAGTTTTGTGTGTGTGTTTGTGAGAGAGAGAGAGGTGGTTACGGT
TAATTATTGTGATTCTTGTTATTACATTATATCATTTCTACAGAGTTTAGAGAATAGAAC
AAGGTCTTCGATTAACAACGAAAATTTGAGTATTTAGTACCGGAAGAAAATAGATTTTAT
TAGCAGT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL4922Contig1 498 2 1 U
GGAGAGTTAGAATTTGTGCAGAGAGACAGAGAGAGAGATGGCTCGAGGAGTGGCGGTGAA
GTCGAGTGCGAAGAAGAAGGGAGTGTCGTTCGTGATTGACTGCTCTAAACCAGTGGATGA
CAAGATCATGGAGATCGCCACCCTCGAGAAGTTTCTTCAGGAACGAATCAAGGTCGGAGG
CAAACCCGGAGCTCTCGGTGACGCCGTTTCCATCACAACCGCCAAGGGAAAAATCACCGT
CACCGCCGATTCCAACTTCTCCAAACGGTACTTGAAGTATCTGACGAAGAAGTATTTGAA
GAAGTACAATGTCCGTGATTGGCTCCGCGTGATTGCGTCGAACAAAGACAGAAACCTGTA
TGAGCTAAGGTACTTCAACATCGAAGACGATGCAGCTGGTGAGGAGGAAGATTAAGATAC
ACTCTCTTCATTTTTTTTTCATACATTTGTTAGAGATTTTTATGGTGTTATTTTGAATTT
ATGGGTGACTTAAGTTTC


BQ
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AF RR1C096JQ C 1
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QA 1 498 1 498
DS 



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GTCGT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1DE58TF U 1
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G
A

QA 1 721 1 721
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QA 1 742 1 742
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BQ
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AF RR1DU82JQ C 1
AF RR1DU82TF U 1
BS 1 264 RR1DU82TF

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QA 1 264 1 264
DS 

RD RR1DU82TF 264 0 0
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CTGTTTTCTCTTTGCTTGTGACTCACGGAAGCACTTAGGGTTTGCTTCTGTTTGTGTTTT
ATCCTGGACCGGTTCTTGTTCTCTTTGTTGATCTTTACGCTTTGTTATTGAAATAAAACA
CTTTCAACATTACTATTTTATAAA

QA 1 264 1 264
DS 



AS 1 2

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CGATTACGAGCACTGGCTCATCGTCATGGGTTCAATGATCCCAAACCTACAGAAGATGAG
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CTTGATGTACCCAACAAAGACTATGGAGGTGACTTGTACATGGAAGGGAAGGTGATACCC
AGACCACAGTACAGGTTCACTGAACAGCGCCAGACCAGAAACCGGTCTAGGCCTCGGTAC
GATAGGCGCCGTGAGACTATGCAGGTTGAGAGGAGAGAGCCAACGCAACAGAACTGGAAC
CAACCATCATCCGTGGGTCATCAAGCTCCGGAGAATTAGACTAAGCGCAGTGCTTAAATA
ATATATAAACACCCTTTATATTTTACATGCATCTGTAATAGAGTTTATTAGGCTTATAAG
TTATTCCATGCCACCTTAAACTCTCCTGATGTCAAGAGAATGATCAATTATCACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C155TF U 1
AF RR1C155JQ C 254
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BS 685 685 RR1C155JQ
BS 686 750 RR1C155TF
BS 751 897 RR1C155JQ

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ATTAACGACAGTCATAACCAGAACACTCTCTTCGTCGTCGTCGTCGTTTTCTACGCTCTC
TTCTCGTTCTCGATTCGCTGTGCATCTAATCGACAAGCTTTCCTCAACCAAAACCGGACT
GGGCCCGTGTTACATAACGACCCGACCCAAGACATCCGGGTCAGGATACTCTCCGCTGAA
CGATCCTTCGCTGAACTGGAGCAACCGTCCGCCGAAGGAGACGATTCTTCTCGATGGGTG
CGATTACGAGCACTGGCTCATCGTCATGGGTTCAATGATCCCAAACCTACAGAAGATGAG
ATGATCAATGCTTATGTCAAAACCTTAACTTCCGTTGTCGGAAGCGAGGAGGAGGCAAAG
AAGAAGATCTACTCTGTTTCCACTTCGACTTACACTGGCTTTGGTGCTTTGATCTCTGAA
GAGCTCTCTTGCAAAGTCAAAGGATTGCCTGGTGTTCTCTGGGTCCTACCAGATTCCTAT
CTTGATGTACCCAACAAAGACTATGGAGGTGACTTGTACATGGAAGGGAAGGTGATACCC
AGACCACAGTACAGGTTCACTGAACAGCGCCAGACCAGAAACCGGTCTAGGCCTCGGTAC
GATAGGCGCCGTGAGACTATGCAG*TTGAGAGGAGAGAGCCAACGCAACAGAACTGGAAC
CAACCATCATCCGTGGGTCATCAAGCTCCG
AGATTAGA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1C155JQ 644 0 0
AACTGGAGCAACCGTCCGCCGAAGGAGACGATTCTTCTCGATGGGTGCGATTACGAGCAC
TGGCTCATCGTCATGGGTTCAATGATCCCAAACCTACAGAAGATGAGATGATCAATGCTT
ATGTCAAAACCTTAACTTCCGTTGTCGGAAGCGAGGAGGAGGCAAAGAAGAAGATCTACT
CTGTTTCCACTTCGACTTACACTGGCTTTGGTGCTTTGATCTCTGAAGAGCTCTCTTGCA
AAGTCAAAGGATTGCCTGGTGTTCTCTGGGTCCTACCAGATTCCTATCTTGATGTACCCA
ACAAAGACTATGGAGGTGACTTGTACATGGAAGGGAAGGTGATACCCAGACCACAGTACA
GGTTCACTGAACAGCGCCAGACCAGAAACCGGTCTAGGCCTCGGTACGATAGGCGCCGTG
AGACTATGCAGGTTGAGAGGAGAGAGCCAACGCAACAGAACTGGAACCAACCATCATCCG
TGGGTCATCAAGCTCCGGAGAATTAGACTAAGCGCAGTGCTTAAATAATATATAAACACC
CTTTATATTTTACATGCATCTGTAATAGAGTTTATTAGGCTTATAAGTTATTCCATGCCA
CCTTAAACTCTCCTGATGTCAAGAGAATGATCAATTATCACATT

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL4926Contig1 1131 2 2 U
GGGAGGTTGAGAGGGTGACAAACAACAAGCAAAAATAAGCAGGGACATTATAGAAGAAGA
AGAAAAAGAATAAGGGAGAGATGACGGTCATAAATATTATCTTCAGAGTCGATGAGATAT
GCAAGAAGTACGACAAGTACGACGTCGACAAGCAGCGTGAGCTCGGCGCTTCCGGAGACG
ATGCCTTCTCCCTTCTCTTCAACTCCATTGATACCGATATTGAATCGGTTGTACATAAAG
CGGAGTTGGCATCAACGGAGAGCAACAGAGCTGCAGCTGCGGCCTTGAATGCTGAGGTTC
GAAGGACAAAAGCTCGTTTAGCTGAAGATGTTGTTAAGCTGCAGAAACTCGCCGTTAAAA
AGGTGAAAGGGCTCACAAAAGAGGAACGAGAGTCCCGATGTGATCTAGTTATCGCGCTAG
CCGATAGGATTCAAGTGATACCTGACGGACATGAAAGACAATCTAATAATGAATGGGGAG
GTGCTTCTGCCCCTAACAAGAACATCAAGTTTGATATATCTGAGGAAGACATGGATGACG
GGTTTTTCCAGCAAACTGAAGGATCCAGCCAGTTTCGACAAGAATATGAAATGAGAAAAA
AGAAGCAGGACGAGGGCCTTGATGTTATATCAGAAGGTTTGGACGCACTGAAGAACTTAG
CACGTGACATGAACGAGGAACTTGACAAGCAAGTCCCATTGATGGATGAAATGGATACAA
AGGTTGATGGAGCAACTTCGGATTTGAAGAACACCAATGTTCGGCTCAAGCAACAGCTTG
TAAAGATGAGATCGAGCCGCAACTTCTGCATCGACATTATTTTTCTCTTTGTGGTCCTTG
GAATCATTTCTTACATCTATAATGCCCTGAGCTAAAGTTGGGGAGGGCAGATACCGGATA
TTCTCATTGCCATTGTCAAGCCTATGGTAACTTCTTACCAAAGTAATAATAGTCATTTCC
TGGAGAGCAAGCAAACAAGTTATTTTCACAAGCTTTTACCATTTGTATACAGTTTTAAGG
AATTATTCTTGGCAAGAAATAATACATATGCACAAGGTTCGCTGTTGTAGTTGTGTTTCT
TTTGTTGGGCGATTTATTTTGTTGAATCAGAATGTTTTAGCGTTTCCAAGC


BQ
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AF RR1G387TF U 1
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AGAAAAAGAATAAGGGAGAGATGACGGTCATAAATATTATCTTCAGAGTCGATGAGATAT
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ATGCCTTCTCCCTTCTCTTCAACTCCATTGATACCGATATTGAATCGGTTGTACATAAAG
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AGGTGAAAGGGCTCACAAAAGAGGAACGAGAGTCCCGATGTGATCTAGTTATCGCGCTAG
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GTGCTTCTGCCCCTAACAAGAACATCAAGTTTGATATATCTGAGGAAGACATGGATGACG
GGTTTTTCCAGCAAACTGAAGGATCCAGCCAGTTTCGACAAGAATATGAAATGAGAAAAA

QA 1 600 1 600
DS 

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TTTTTCCAGCAAACTGAAGGATCCAGCCAGTTTCGACAAGAATATGAAATGAGAAAAAAG
AAGCAGGACGAGGGCCTTGATGTTATATCAGAAGGTTTGGACGCACTGAAGAACTTAGCA
CGTGACATGAACGAGGAACTTGACAAGCAAGTCCCATTGATGGATGAAATGGATACAAAG
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AAGATGAGATCGAGCCGCAACTTCTGCATCGACATTATTTTTCTCTTTGTGGTCCTTGGA
ATCATTTCTTACATCTATAATGCCCTGAGCTAAAGTTGGGGAGGGCAGATACCGGATATT
CTCATTGCCATTGTCAAGCCTATGGTAACTTCTTACCAAAGTAATAATAGTCATTTCCTG
GAGAGCAAGCAAACAAGTTATTTTCACAAGCTTTTACCATTTGTATACAGTTTTAAGGAA
TTATTCTTGGCAAGAAATAATACATATGCACAAGGTTCGCTGTTGTAGTTGTGTTTCTTT
TGTTGGGCGATTTATTTTGTTGAATCAGAATGTTTTAGCGTTTCCAAGC

QA 1 589 1 589
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4928Contig1 657 2 1 U
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CGTATAAACAAGGGACAGTATCTATGGGATCATCTCTTACTTTGAACAACGTTTACTTTG
TCGATGGGTTGCACTGTCATTTGATCTCCGTTTCTCACTTGACCAGAGATAGACAATGCA
TATTCCAGATATCTGATCGGCTTTGTATTGTTCAGGATCGCATCACACGAACCCAAATAA
CGTGAGAGGAGATGCAAAATTGTTTGTTAAGAAGGTGTTGGATTTTTTCTCTGAGCTAAC
ACTTAAAGTTGATAAAAATAGCGAGGCTGGCGACCTCGTCATACTTTACGCAGAAGGGAA
AAAGAAGCTTGGGAAAAATACATTGTATGCAATGGTGCAGTGTGTAGAAGTAACAATATA
TTGTAAAAGTTGTTTGATATGGAGCATCGCAAAGCTTTTCAAGAACGACAACATTAAACA
AGTGGAAGAGTTTTAGGTTCGAACTGTGAAGTAAGATATGAGCTATACCCTTTTATTAGG
AGTTGAGCATTTTTTTGTGGTGGTGATGAATATATCCGCTTCGTAACTTCTAATTATGTT
TTAGTTTTGTTTACTTTTTTTGTTGAAGTTTAATACATATATTAATAAATAGTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FC15TF U 1
AF RR1FC15JQ C 156
BS 1 657 RR1FC15TF

RD RR1FC15TF 657 0 0
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TATTCCAGATATCTGATCGGCTTTGTATTGTTCAGGATCGCATCACACGAACCCAAATAA
CGTGAGAGGAGATGCAAAATTGTTTGTTAAGAAGGTGTTGGATTTTTTCTCTGAGCTAAC
ACTTAAAGTTGATAAAAATAGCGAGGCTGGCGACCTCGTCATACTTTACGCAGAAGGGAA
AAAGAAGCTTGGGAAAAATACATTGTATGCAATGGTGCAGTGTGTAGAAGTAACAATATA
TTGTAAAAGTTGTTTGATATGGAGCATCGCAAAGCTTTTCAAGAACGACAACATTAAACA
AGTGGAAGAGTTTTAGGTTCGAACTGTGAAGTAAGATATGAGCTATACCCTTTTATTAGG
AGTTGAGCATTTTTTTGTGGTGGTGATGAATATATCCGCTTCGTAACTTCTAATTATGTT
TTAGTTTTGTTTACTTTTTTTGTTGAAGTTTAATACATATATTAATAAATAGTGTTT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1FC15JQ 502 0 0
CACTTGACCAGAGATAGACAATGCATATTCCAGATATCTGATCGGCTTTGTATTGTTCAG
GATCGCATCACACGAACCCAAATAACGTGAGAGGAGATGCAAAATTGTTTGTTAAGAAGG
TGTTGGATTTTTTCTTTGAGCTAACACTTAAAGTTGATAAAAATAGCGAGGCTGGCGACC
TCGTCATACTTTACGCAGAAGGGAAAAAGAAGCTTGGGAAAAATACATTGTATGCAATGG
TGCAGTGTGTAGAAGTAACAATATATTGTAAAAGTTGTTTGATATGGAGCATCGCAAAGC
TTTTCAAGAACGACAACATTAAACAAGTGGAAGAGTTTTAGGTTCGAACTGTGAAGTAAG
ATATGAGCTATACCCTTTTATTAGGAGTTGAGCATTTTTTTGTGGTGGTGATGAATATAT
CCGCTTCGTAACTTCTAATTATGTTTTAGTTTTGTTTACTTTTTTTGTTGAAGTTTAATA
CATATATTAATAAATAGTGTTT

QA 1 502 1 502
DS 



AS 1 2

CO CL4929Contig1 691 2 3 U
TTTTTTGTAGTGTTTGATTTTATTACCACCCTCTTTGCAATAAAATCACTGTTTAGATAT
GTTTGTAACAAGTAACTCTCAATAGCAAAATATCACACACATGAGAAAAATAAAAGAGAT
TATTAGAAAGTTAGATTGCCGCCACTTTGTTGCCAGATATTGATGATGTCAATGATCATC
TTCTTCTGAGAGATCCATGGCTTAGCTTAAGCTCTTCCCAAGCATCTTTTCTTGGCCAGA
ACACGTATGGACTAAGTGGGATTGTTCCATGTCCAGGAACATGCTGGCCTAATCCTAATC
CCACGTTCTTCTCCATCCACACAAACTTGAGAACCACTTTTTCCTTCTTTTCTTGTTGTT
TCACAATCTGTTTTGGTTGTGGATTGTCGGAAACGTCAGTGACTGTTTCAGCAGTGAGTG
TCTCTGGCGCTACAAGAGCCACGATTTTCTTGTTTAGAGAGATGGGATTGGTGGATTGGT
TATGGAACGATGGAGAAGAAGCTGTCACGGAGAGTTTTGGATGATGAGAGATGAAGGGAG
AGCAGAGAGAAGCAGATGAGAGTGATGAGTGGAGTGCCACTGATGGCATCATTTTTCTTG
TTACTCTAGAGAGCAATGGAGATCTTTATGCAAATGGATAAAGGAGAAGATATGTTTGTA
GTCGAGCTCCAAAGTGGTTGACCATTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV55JQ U 7
AF RR1DV55TF C 1
BS 1 6 RR1DV55TF
BS 7 497 RR1DV55JQ
BS 498 691 RR1DV55TF

RD RR1DV55JQ 491 0 0
GTAGTGTTTGATTTTATTACCACCCTCTTTGCAATAAAATCACTGTTTAGATATGTTTGT
AACAAGTAACTCTCAATAGCAAAATATCACACACATGAGAAAAATAAAAGAGATTATTAG
AAAGTTAGATTGCCGCCACTTTGTTGCCAGATATTGATGATGTCAATGATCATCTTCTTC
TGAGAGATCCATGGCTTAGCTTAAGCTCTTCCCAAGCATCTTTTCTTGGCCAGAACACGT
ATGGACTAAGTGGGATTGTTCCATGTCCAGGAACATGCTGGCCTAATCCTAATCCCACGT
TCTTCTCCATCCACACAAACTTGAGAACCACTTTTTCCTTCTTTTCTTGTTGTTTCACAA
TCTGTTTTGGTTGTGGATTGTCGGAAACGTCAGTGACTGTTTCAGCAGTGAGTGTCTCTG
GCGCTACAAGAGCCACGATTTTCTTGTTTAGAGAGATGGGATTGGTGGATTGGTTATGGA
ACGATGGAGAA

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1DV55TF 691 0 0
TTTTTTGTAGTGTTTGATTTTATTACCACCCTCTTTGCAATAAAATCACTGTTTAGATAT
GTTTGTAACAAGTAACTCTCAATAGCAAAATATCACACACATGAGAAAAATAAAAGAGAT
TATTAGAAAGTTAGATTGCCGCCACTTTGTTGCCAGATATTGATGATGTCAATGATCATC
TTCTTCTGAGAGATCCATGGCTTAGCTTAAGCTCTTCCCAAGCATCTTTTCTTGGCCAGA
ACACGTATGGACTAAGTGGGATTGTTCCATGTCCAGGAACATGCTGGCCTAATCCTAATC
CCACGTTCTTCTCCATCCACACAAACTTGAGAACCACTTTTTCCTTCTTTTCTTGTTGTT
TCACAATCTGTTTTGGTTGTGGATTGTCGGAAACGTCAGTGACTGTTTCAGCAGTGAGTG
TCTCTGGCGCTACAAGAGCCACGATTTTCTTGTTTAGAGAGATGGGATTGGTGGATTGGT
TATGGAACGATGGAGAAGAAGCTGTCACGGAGAGTTTTGGATGATGAGAGATGAAGGGAG
AGCAGAGAGAAGCAGATGAGAGTGATGAGTGGAGTGCCACTGATGGCATCATTTTTCTTG
TTACTCTAGAGAGCAATGGAGATCTTTATGCAAATGGATAAAGGAGAAGATATGTTTGTA
GTCGAGCTCCAAAGTGGTTGACCATTGATCC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4931Contig1 1196 2 2 U
GGGTGATAGAGAAGGAGAATGGATAATGGAGGGAGCGTGTTGTCGCTCTCTGCTCCACAC
TTTCCTTACTCCGCCACCACCATCCTCCGCCGTCACTCTCCGGCGTCATCCATCTCCTAC
TCCCTTAAACCGCAGCCACCACAACCTCCGCCAGAACCTCCCGAGAGTCCAGACCTTCGC
CGCCCGGAGAAATCTCTCGGTTCCTCTCCTTCCTCCTCTTCCTCTTCCCCTAATAAGCCT
AAAGCCCCTCTTAAGAACCCTCTCAAGGGTCTCACAAGTCGCTCCTCTGTCTCTCAACCA
GAAGCGGCGAGTAAAGTCTCTTCCTTTGGCTCCGCTTTAGCATCCAAACTACGTTTGTCC
AGCAAGCTATCTCCTCCTCCTCCACCCCCACCTCCACCAGTAGTGGAGGAAACTCAATTC
CGAGATGACTCCTCGCGGAGAGATACGAAACCAAAGGTAGAGGAAACTCGTGAGTTCCGA
CAAGATGGGAAGATATTTGTCGGAAACCTACCGACTTGGATCAAAAAACCAGAGCTTGAG
GAGCTTTTCCGACAGTTCGGTCCTATAGAGACCACCATCCTGATCAAAGGGCACCGCGAG
ATCGAGAAGAACGCCGGGTTCGGGTTCGTCATCTACGCGGCGGAGAAGTCCGCGATGAAG
GCGGTCGAGTTCGACGGCGTCGAGTTTCACGGCAGAGTGTTGACGGTGAAGCTTGACGAC
GGGAAGAGGCTGAAGACGAAGGCTGAGCAGAGGGCGAGATGGGTGGAGCAGGAAGGAGAA
GAAGGAGAAGACGCTAAGATGTCGAGTAAGTCGTCGTGGCATCAGGAGAGAGAAGGGTCT
CGGAAGACGCTACAGAGGATTCTTGATAGCGATGGAGATAACTGGCAAGCTGTTGTTTCA
GCTTTCGAGAAGATCAACAAGCCATCTAGGACAGAGTTTGGTTTGATGGTGAAGTACTAT
GGAAGAAGAGGGGATGTGCATCGAGCACGTGAGACTTTTGAGAGGATGCGCGCGAGGGGT
ATCACGCCAACATCGCGTATATACACTAGCCTTATTCACGCTTATGCAGTTGGTAGAGAC
ATGGAGGAAGCACTGTCTTGTGTTCGTAAGATGAAAGAAGAAGGTATTGAGATGAGTTTG
GTTACTTATAGCGTTATTGTTGGAGGCTTCTCTAAAGCTGGAAACGCCGAGTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EJ42TF U 1
AF RR1EJ42JQ C 553
BS 1 656 RR1EJ42TF
BS 657 1196 RR1EJ42JQ

RD RR1EJ42TF 656 0 0
GGGTGATAGAGAAGGAGAATGGATAATGGAGGGAGCGTGTTGTCGCTCTCTGCTCCACAC
TTTCCTTACTCCGCCACCACCATCCTCCGCCGTCACTCTCCGGCGTCATCCATCTCCTAC
TCCCTTAAACCGCAGCCACCACAACCTCCGCCAGAACCTCCCGAGAGTCCAGACCTTCGC
CGCCCGGAGAAATCTCTCGGTTCCTCTCCTTCCTCCTCTTCCTCTTCCCCTAATAAGCCT
AAAGCCCCTCTTAAGAACCCTCTCAAGGGTCTCACAAGTCGCTCCTCTGTCTCTCAACCA
GAAGCGGCGAGTAAAGTCTCTTCCTTTGGCTCCGCTTTAGCATCCAAACTACGTTTGTCC
AGCAAGCTATCTCCTCCTCCTCCACCCCCACCTCCACCAGTAGTGGAGGAAACTCAATTC
CGAGATGACTCCTCGCGGAGAGATACGAAACCAAAGGTAGAGGAAACTCGTGAGTTCCGA
CAAGATGGGAAGATATTTGTCGGAAACCTACCGACTTGGATCAAAAAACCAGAGCTTGAG
GAGCTTTTCCGACAGTTCGGTCCTATAGAGACCACCATCCTGATCAAAGGGCACCGCGAG
ATCGAGAAGAACGCCGGGTTCGGGTTCGTCATCTACGCGGCGGAGAAGTCCGCGAT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1EJ42JQ 644 0 0
CAGTTCGGTCCTATAGAGACCACCATCCTGATCAAAGGGCACCGCGAGATCGAGAAGAAC
GCCGGGTTCGGGTTCGTCATCTACGCGGCGGAGAAGTCCGCGATGAAGGCGGTCGAGTTC
GACGGCGTCGAGTTTCACGGCAGAGTGTTGACGGTGAAGCTTGACGACGGGAAGAGGCTG
AAGACGAAGGCTGAGCAGAGGGCGAGATGGGTGGAGCAGGAAGGAGAAGAAGGAGAAGAC
GCTAAGATGTCGAGTAAGTCGTCGTGGCATCAGGAGAGAGAAGGGTCTCGGAAGACGCTA
CAGAGGATTCTTGATAGCGATGGAGATAACTGGCAAGCTGTTGTTTCAGCTTTCGAGAAG
ATCAACAAGCCATCTAGGACAGAGTTTGGTTTGATGGTGAAGTACTATGGAAGAAGAGGG
GATGTGCATCGAGCACGTGAGACTTTTGAGAGGATGCGCGCGAGGGGTATCACGCCAACA
TCGCGTATATACACTAGCCTTATTCACGCTTATGCAGTTGGTAGAGACATGGAGGAAGCA
CTGTCTTGTGTTCGTAAGATGAAAGAAGAAGGTATTGAGATGAGTTTGGTTACTTATAGC
GTTATTGTTGGAGGCTTCTCTAAAGCTGGAAACGCCGAGTAAGC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL4932Contig1 716 2 2 U
GGAGAGGTCTGCTCTGAAAGCAATTTCTTGAACAACAAGAAACACAGTCTTTGCTGTTTT
TAACCTAAGCGAGATGACTTAATTACAGTTTATTTTTTCTGTTATTGTTGTACGTTTCAG
ATAATCAAAAAGCAACCTAACCATGTTGCCAAGGTTCGATCCAACCAACCCATTAGCTTG
CATGTCTGTTCTTGAGGATGTGACCAGTAACGCAAAGCAGATTCAAGATTCCGTGTTGGA
AGCAATACTTTCACGTAATGCTCAAACCGAGTACCTTAAAGGTTTCCTCAACGGTCAACT
CGATAAGCAAAGTTTCAAGAAGAACCTACCCCTTGTGACCTACGAAGATTATCGCTCTTA
TATCGATCGTATCGCTGATGGCGAGTCCTCTAATCTCATCTGTGATAGACCAATCAGTCT
TTTCTTGGCCAGCACGGGTACTTCAGGAGGATATCCAAAGCTAATTCCTTTGACAGCAGA
GGACATGTAACAGAGGATACTGTTTGCATCTCTCTATGCACCTCTAGTCTTCAAGCACAT
TGGAGGTCTAACCGAAGGAAAATCTCTCATGTTCTATTTCGTGACCCGAGAAAGTGAGAC
TGCCTCCGGGTTGATCGTCAGGTTTATGTTAACTTGTGTCTTAAAAAGCGTCAACCCATC
CAACATATTTCTATGGTAAATCAACAAAAACTTGTTTCCCACGTTACATTCAATCT


BQ
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AF RR1DS57TF U 1
AF RR1DS57JQ C 107
BS 1 211 RR1DS57TF
BS 212 716 RR1DS57JQ

RD RR1DS57TF 211 0 0
GGAGAGGTCTGCTCTGAAAGCAATTTCTTGAACAACAAGAAACACAGTCTTTGCTGTTTT
TAACCTAAGCGAGATGACTTAATTACAGTTTATTTTTTCTGTTATTGTTGTACGTTTCAG
ATAATCAAAAAGCAACCTAACCATGTTGCCAAGGTTCGATCCAACCAACCCATTAGCTTG
CATGTCTGTTCTTGAGGATGTGACCAGTAAC

QA 1 211 1 211
DS 

RD RR1DS57JQ 610 0 0
GTTGTACGTTTCAGATAATCAAAAAGCAACCTAACCATGTTGCCAAGGTTCGATCCAACC
AACCCATTAGCTTGCATGTCTGTTCTTGAGGATGTGACCAGTAACGCAAAGCAGATTCAA
GATTCCGTGTTGGAAGCAATACTTTCACGTAATGCTCAAACCGAGTACCTTAAAGGTTTC
CTCAACGGTCAACTCGATAAGCAAAGTTTCAAGAAGAACCTACCCCTTGTGACCTACGAA
GATTATCGCTCTTATATCGATCGTATCGCTGATGGCGAGTCCTCTAATCTCATCTGTGAT
AGACCAATCAGTCTTTTCTTGGCCAGCACGGGTACTTCAGGAGGATATCCAAAGCTAATT
CCTTTGACAGCAGAGGACATGTAACAGAGGATACTGTTTGCATCTCTCTATGCACCTCTA
GTCTTCAAGCACATTGGAGGTCTAACCGAAGGAAAATCTCTCATGTTCTATTTCGTGACC
CGAGAAAGTGAGACTGCCTCCGGGTTGATCGTCAGGTTTATGTTAACTTGTGTCTTAAAA
AGCGTCAACCCATCCAACATATTTCTATGGTAAATCAACAAAAACTTGTTTCCCACGTTA
CATTCAATCT

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL4933Contig1 1186 2 2 U
GGAACGACCCTCTCTCATCTCCCACATATCAGAAACACATATCCACAACCAATGGCAACG
GAAACCGTAACCGACACTACCGTGCCAAAACGTGAGGAGACCCAGTCAACAGAGTTCGAG
AAGAATCGGAAACGGTACCAAGACCTAATCATCACGTTCCCTCATGCAAAAGGCTGGATG
CCGAGAGAACCCCTGTTTGGGTACGGTGGTTATTGGTGCGCACAGCCTTTCCTCGAAGGT
TCCTTTTACGCGCAAGAGTTCTTCCAAGCAAGACCCGGTGACTTCCTCATCTGTACCTAC
CCGAAGACAGGTACCACTTGGCTCAAAGCACTAGCATTCACAATCACCAATCGATCACGC
TTCGACGATTTCACGAACCCACTCCTAAAGCTTAACCCTCACGAGCTTGTTCCTTTCATT
GAGTATGAGTTCTCTTTCTTCCCTCAAGTTGATGTTCTCAAAGACAAAGGGAACACTCTC
TTTTCAACTCATATGCCATATGAGTTATTACCTGATTCGGTTGCGAAGTCGGGTTGTAAG
ATGGTTTACATCTGGAGAGACCCAAAGGACACTTTCATCTCCTTGTGGCATTTCTTACAA
AAGAGAAAGTCAGAAAAGGGCCCGCTCACTAGTCTCGAGGAGTGTTTTGATATGTTCTGT
CAAGGTTTTTCTGTGAACGGTCCTTATCTTGATCATGCCTTGGCATATTGGAAAGCTCAC
CAAGAGAATCCGAATCAGATTTTGTTCCTTAACTACGAGACTTTGAGTGCTGATCCTTTG
CCTTACGTGAAGATATTGGCTGAGTTCATGGGTTATGGATTCACAGTTGAGGAAGAGAAG
AATGGGGTTGTTGAGAAAGTTGTGAATCTTTGCAGCTTTGAGACAATGAAGAATCTTGAA
GCTAACAAAGGAGATAAGGAGAGAGAAGATCATCCTTCTCCTTATACAAACAGCGCATTT
TTCAGGAAAGGAAAGACCGGAGATTGGGAAAATTATCTGACACCAGACATGGCAGCTCGC
ATGGATGAGTTAGCGCAAGAAAAGTTCAAGGGTATTGTTTTGCTTGAAAATGGTAAATGA
GCTAGTTCTTGTTCGCCGGAAATGACTGATCCTTGTACGTTTGGTCCTATTTTCACGTTT
ATTCTATCTGATGAATAATCTTTTTTTTTGCTAAAAGAACGAGTTT


BQ
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AF RR1ES17TF U 1
AF RR1ES17JQ C 516
BS 1 614 RR1ES17TF
BS 615 1186 RR1ES17JQ

RD RR1ES17TF 614 0 0
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GAAACCGTAACCGACACTACCGTGCCAAAACGTGAGGAGACCCAGTCAACAGAGTTCGAG
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CCGAGAGAACCCCTGTTTGGGTACGGTGGTTATTGGTGCGCACAGCCTTTCCTCGAAGGT
TCCTTTTACGCGCAAGAGTTCTTCCAAGCAAGACCCGGTGACTTCCTCATCTGTACCTAC
CCGAAGACAGGTACCACTTGGCTCAAAGCACTAGCATTCACAATCACCAATCGATCACGC
TTCGACGATTTCACGAACCCACTCCTAAAGCTTAACCCTCACGAGCTTGTTCCTTTCATT
GAGTATGAGTTCTCTTTCTTCCCTCAAGTTGATGTTCTCAAAGACAAAGGGAACACTCTC
TTTTCAACTCATATGCCATATGAGTTATTACCTGATTCGGTTGCGAAGTCGGGTTGTAAG
ATGGTTTACATCTGGAGAGACCCAAAGGACACTTTCATCTCCTTGTGGCATTTCTTACAA
AAGAGAAAGTCAGA

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1ES17JQ 671 0 0
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CATCTCCTTGTGGCATTTCTTACAAAAGAGAAGGTCAGAAAAGGGCCCGCTCACTAGTCT
CGAGGAGTGTTTTGATATGTTCTGTCAAGGTTTTTCTGTGAACGGTCCTTATCTTGATCA
TGCCTTGGCATATTGGAAAGCTCACCAAGAGAATCCGAATCAGATTTTGTTCCTTAACTA
CGAGACTTTGAGTGCTGATCCTTTGCCTTACGTGAAGATATTGGCTGAGTTCATGGGTTA
TGGATTCACAGTTGAGGAAGAGAAGAATGGGGTTGTTGAGAAAGTTGTGAATCTTTGCAG
CTTTGAGACAATGAAGAATCTTGAAGCTAACAAAGGAGATAAGGAGAGAGAAGATCATCC
TTCTCCTTATACAAACAGCGCATTTTTCAGGAAAGGAAAGACCGGAGATTGGGAAAATTA
TCTGACACCAGACATGGCAGCTCGCATGGATGAGTTAGCGCAAGAAAAGTTCAAGGGTAT
TGTTTTGCTTGAAAATGGTAAATGAGCTAGTTCTTGTTCGCCGGAAATGACTGATCCTTG
TACGTTTGGTCCTATTTTCACGTTTATTCTATCTGATGAATAATCTTTTTTTTTGCTAAA
AGAACGAGTTT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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CAATCGTTTACCTTAGAGGATTAACATGGAACTTCTCATCAGAAGTGTTGGTGATTCTCA
TAGTTTGTCTGGTTATGGGAGGTTTCGCTAGCTTCCGCACAACGTATCCTCTTTGGACAT
GTTTCATAGCATACTTGCTTTACCCGTTCTCTTTGGGTCTGGTCTATATTCTCGACTACT
GGTTTGGCTGGTCGTAGTTCAAAGGGTTTGTTCCCATGAGTGAGCTTGCTCTTTGCGTGT
TTCCTTTTCTCTCTTTATATTATGTATGTAAGAGTGTATAAACTTGAAGTAAAAGTTTTG
AGATTGTGAGTGATG


BQ
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AF RR1GF29TF U 1
AF RR1GF29JQ C 1
BS 1 357 RR1GF29TF
BS 358 375 RR1GF29JQ

RD RR1GF29TF 360 0 0
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CAATCGTTTACCTTAGAGGATTAACATGGAACTTCTCATCAGAAGTGTTGGTGATTCTCA
TAGTTTGTCTGGTTATGGGAGGTTTCGCTAGCTTCCGCACAACGTATCCTCTTTGGACAT
GTTTCATAGCATACTTGCTTTACCCGTTCTCTTTGGGTCTGGTCTATATTCTCGACTACT
GGTTTGGCTGGTCGTAGTTCAAAGGGTTTGTTCCCATGAGTGAGCTTGCTCTTTGCGTGT
TTCCTTTTCTCTCTTTATATTATGTATGTAAGAGTGTATAAACTTGAAGTAAAAGTT
CTG

QA 1 357 1 357
DS 

RD RR1GF29JQ 375 0 0
GCTCCGAGCTATGTGGTGGAGTGACAATGAACAACATTTTATGTCTCTCGGTGTTTTTAG
CAATCGTTTACCTTAGAGGATTAACATGGAACTTTTCATCAGAAGTGTTGGTGATTTTCA
TAGTTTGTCTGGTTATGGGAGGTTTCGCTAGCTTCCGCACAACGTATCCTCTTTGGACAT
GTTTCATAGCATACTTGCTTTACCCGTTTTCTTTGGGTTTGGTCTATATTCTCGACTACT
GGTTTGGCTGGTCGTAGTTCAAAGGGTTTGTTCCCATGAGTGAGCTTGCTCTTTGCGTGT
TTCCTTTTCTCTCTTTATATTATGTATGTAAGAGTGTATAAACTTGAAGTAAAAGTTTTG
AGATTGTGAGTGATG

QA 1 375 1 375
DS 



AS 1 2

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CCAGTACTTTAATTATACAGTTACTTTCAGTAATTAGTTTTAGATTCTTATGTATATTCC
AGCTGGTAAAGTTATAAAGCTTGGGCATGTTTTGTTTTCCTGTTGTAATATTACTTACAC
CCATCAATAAATCTGAAACTTACAATC


BQ
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AF RR1FL41JQ C 1
AF RR1FL41TF U 1
BS 1 327 RR1FL41TF

RD RR1FL41JQ 327 0 0
GGAAAGAGTACAAGAGCTAAGCAGTAAAGTTGAAGATTTAGAAACCCATCGAGATATGAA
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CAACAACAACAACAGAGTTCCAACGAGATGGAACTCGCTGAACCTCTACTATGACGAAAA
CCAGTACTTTAATTATACAGTTACTTTCAGTAATTAGTTTTAGATTCTTATGTATATTCC
AGCTGGTAAAGTTATAAAGCTTGGGCATGTTTTGTTTTCCTGTTGTAATATTACTTACAC
CCATCAATAAATCTGAAACTTACAATC

QA 1 327 1 327
DS 

RD RR1FL41TF 327 0 0
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TAATAGTCCAAACAGAGCTAGTAGATATGTGTGCTGGCCATGGCAAGAGTTGAGTCGGAA
CAACAACAACAACAGAGTTCCAACGAGATGGAACTCGCTGAACCTCTACTATGACGAAAA
CCAGTACTTTAATTATACAGTTACTTTCAGTAATTAGTTTTAGATTCTTATGTATATTCC
AGCTGGTAAAGTTATAAAGCTTGGGCATGTTTTGTTTTCCTGTTGTAATATTACTTACAC
CCATCAATAAATCTGAAACTTACAATC

QA 1 327 1 327
DS 



AS 1 2

CO CL4936Contig1 561 2 1 U
TCGGAACAAAAAAAAAAAAAAACTAGAATCGAATTTGCGAAAAAATGGAGAAGAAGAAGA
GAAGCGATGATGTCGACTCCAAATGGGACGCGTGTCTCGATCTCACGACTCGTCGCGTAG
TCTACTCCTCCCTCGGCGGCGCGTTCGCCGGTCTTCTCTTCTTCAGGAGTCCCGTGACGA
GATGGGCGTCGATTGCGTTTGGCGCTGGACTCGGTATTGGATCTGCTTACACTGATTGTT
CTCGCGTCTTTGATGCATCATCCTCTTCCGCTTTGGTAGCTCCCAACAGTACAGAGACCT
CTTCTTCTTCTGTATCTCAGGTAGCGGAAGAGTAAGAGAACGAGGGAGCTTTGAGGATAA
ACCCAAACATTGATGGGTGTTTATTACAAGAGTTGTTACACTTCTTTTTTTTTTAATGAA
ATGATCTTTGCAGGACATGGCTTATTCTTTTTTGTAAGAGATTGTTAAACCTTTGCTTTT
CATTGGTTTGTTACACACTGACTGATGTCCAAAAAAAAAATCTGACAGTTCTTTTCTTAA
AAAAGAAATTCATCCGGTTTG


BQ
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AF RR1DS91TF U 1
AF RR1DS91JQ C 302
BS 1 561 RR1DS91TF

RD RR1DS91TF 561 0 0
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GAAGCGATGATGTCGACTCCAAATGGGACGCGTGTCTCGATCTCACGACTCGTCGCGTAG
TCTACTCCTCCCTCGGCGGCGCGTTCGCCGGTCTTCTCTTCTTCAGGAGTCCCGTGACGA
GATGGGCGTCGATTGCGTTTGGCGCTGGACTCGGTATTGGATCTGCTTACACTGATTGTT
CTCGCGTCTTTGATGCATCATCCTCTTCCGCTTTGGTAGCTCCCAACAGTACAGAGACCT
CTTCTTCTTCTGTATCTCAGGTAGCGGAAGAGTAAGAGAACGAGGGAGCTTTGAGGATAA
ACCCAAACATTGATGGGTGTTTATTACAAGAGTTGTTACACTTCTTTTTTTTTTAATGAA
ATGATCTTTGCAGGACATGGCTTATTCTTTTTTGTAAGAGATTGTTAAACCTTTGCTTTT
CATTGGTTTGTTACACACTGACTGATGTCCAAAAAAAAAATCTGACAGTTCTTTTCTTAA
AAAAGAAATTCATCCGGTTTG

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1DS91JQ 260 0 0
TTTTTT
TTCTGTATCTCAGGTAGCGGAAGAGTAAGAGAACGAGGGAGCTTTGAGGATAAACCCAAA
CATTGATGGGTGTTTATTACAAGAGTTGTTACACTTCTTTTTTTTTTAATGAAATGATCT
TTGCAGGACATGGCTTATTCTTTTTTGTAAGAGATTGTTAAACCTTTGCTTTTCATTGGT
TTGTTACACACTGACTGATGTCCAAAAAAAAAATCTGACAGTTCTTTTCTTAAAAAAGAA
ATTCATCCGGTTTG

QA 7 260 7 260
DS 



AS 1 2

CO CL4937Contig1 1161 2 2 U
GCAAGAGGTCGGGAACCGCACACGGTGATGATAAGGAAGCACCGAGGAAGCATAAGAAAA
CTGGAGTGAAGCATCAACATGTTGAAGCAAGTGGCGGCAAGATAATGTACTCTTTGAACC
AGATTAAGTCGATGAGGTATGCTAACATGGCGAATCAGAGGAAACTGTGGAGTGACGTGT
ACGCTATGCTCCTACCTGAGCTGGTGAGTGAGTACGAAGGTCTAGTTAGCTTGAAGAAGA
GTCAGAAGACTTCAAAGTCGAGTGGCATCGGTATTCTCGGCACCAAAGAAGGAATGGATG
ATTTAACACTTGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAAGAGTACAGTGAAGATAATGACGATT
ACAATAGTATTTTGAAACCTGCCTTTGAGGTGGAAGGAGAACCTGATTTTGAATCTGGAC
CACCAGAAGATGGCTTTGAATACTTGAGACGAGTCAGGTGGGAAGCTAAGCGTGTTCCTA
ATGTAAAAGTAGCCAAGATAGATGAAAGCGAGTACATAACGAAAGAGCAAAGTGTCTACA
TGCCACAGATACCTGAAATCCCCAAATGCCCAGAGCACTTATTACCACTCAAGGAATGGG
AAGACTCATTGCTTTCTGACTTCTCACATCTTCGCCTGGCTTTATCACAAACTGACAACA
ACTTCTTCGGTGACGAGATCATGTCATCAAGTCCGTCTACAGAGTATATGCTTATGGGGA
TGTTCAGTACACGTCTCAACACGGTTACAGACGAGTCATTTGGTGTGGTGGTTTCGGAAA
TACAAGGAATGGACTCGGTGACGCGGGTATCAAGGCTGAAAAAGAGGATATGTTTGGTTG
AGAAGGAGAGCGGTTTACAGGGCAGTGACTGTATATGGGTAGTAGCGTTGTGTGCATCGG
TGGACACTCCTTTGGATGGTGATACTTGTGCTTGTCTCAGGGCTCTTCTGAGGAAGTGTG
CGAGTGTTCGTGCGTTGGAGGTTGAAAATGAACAAGTCATCATCATGGCAAATATGCTCA
TCACCATCGCAGGCAAATATTTTGGCCAAATGGAATAAGAGATGTTAGATTGTAACGGAT
GCTCTTGCTTTGAATCTGTCTTTGTTGAATGCAATTAGAAGAATAATTACTCGAGTATTT
TTCCTTTTATGTATCCTATCC


BQ
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AF RR1BH37TF U 1
AF RR1BH37JQ C 322
BS 1 821 RR1BH37TF
BS 822 1161 RR1BH37JQ

RD RR1BH37TF 821 0 0
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AGATTAAGTCGATGAGGTATGCTAACATGGCGAATCAGAGGAAACTGTGGAGTGACGTGT
ACGCTATGCTCCTACCTGAGCTGGTGAGTGAGTACGAAGGTCTAGTTAGCTTGAAGAAGA
GTCAGAAGACTTCAAAGTCGAGTGGCATCGGTATTCTCGGCACCAAAGAAGGAATGGATG
ATTTAACACTTGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAAGAGTACAGTGAAGATAATGACGATT
ACAATAGTATTTTGAAACCTGCCTTTGAGGTGGAAGGAGAACCTGATTTTGAATCTGGAC
CACCAGAAGATGGCTTTGAATACTTGAGACGAGTCAGGTGGGAAGCTAAGCGTGTTCCTA
ATGTAAAAGTAGCCAAGATAGATGAAAGCGAGTACATAACGAAAGAGCAAAGTGTCTACA
TGCCACAGATACCTGAAATCCCCAAATGCCCAGAGCACTTATTACCACTCAAGGAATGGG
AAGACTCATTGCTTTCTGACTTCTCACATCTTCGCCTGGCTTTATCACAAACTGACAACA
ACTTCTTCGGTGACGAGATCATGTCATCAAGTCCGTCTACAGAGTATATGCTTATGGGGA
TGTTCAGTACACGTCTCAACACGGTTACAGACGAGTCATTTGGTGTGGTGGTTTCGGAAA
TACAAGGAATGGACTCGGTGACGCGGGTATCAAGGCTGAAA

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1BH37JQ 840 0 0
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CCTTTGAGGTGGAAGGAGAACCTGATTTTGAATCTGGACCACCAGAAGATGGCTTTGAAT
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ATGAAAGCGAGTACATAACGAAAGAGCAAAGTGTCTACATGCCACAGATACCTGAAATCC
CCAAATGCCCAGAGCACTTATTACCACTCAAGGAATGGGAAGACTCATTGCTTTCTGACT
TCTCACATTTTCGCCTGGCTTTATCACAAACTGACAACAACTTTTTCGGTGACGAGATCA
TGTCATCAAGTCCGTCTACAGAGTATATGCTTATGGGGATGTTCAGTACACGTCTCAACA
CGGTTACAGACGAGTCATTTGGTGTGGTGGTTTCGGAAATACAAGGAATGGACTCGGTGA
CGCGGGTATCAAGGCTGAAAAAGAGGATATGTTTGGTTGAGAAGGAGAGCGGTTTACAGG
GCAGTGACTGTATATGGGTAGTAGCGTTGTGTGCATCGGTGGACACTCCTTTGGATGGTG
ATACTTGTGCTTGTCTCAGGGCTCTTCTGAGGAAGTGTGCGAGTGTTCGTGCGTTGGAGG
TTGAAAATGAACAAGTCATCATCATGGCAAATATGCTCATCACCATCGCAGGCAAATATT
TTGGCCAAATGGAATAAGAGATGTTAGATTGTAACGGATGCTCTTGCTTTGAATCTGTCT
TTGTTGAATGCAATTAGAAGAATAATTACTCGAGTATTTTTCCTTTTATGTATCCTATCC

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

CO CL4938Contig1 1010 2 2 U
GGCCCGAGAGTTTGGTCTGTCTCATTCTAGTTTTAACACCGCCCTTCTCTATATAAAGCT
CACAGGTCGAGAGAGATAGACAAGAGACACCACATAAACGATCATTGATTATAAAAAGAA
CTCTGTCGGAAAATGGAAAACATCGACCAAGAGTTCAACAACTACTGGGAAACAAACTCC
TTCCTCCAAAACGAAGACTTCGAATATGACAGCTGGCCTTTGGAGGAAGCGATTTCTGGG
TCGTATGATTCTAGTTCGCCGGACGGCGCGGCTTCGTCTCCAGCTTCTAAGAATATTGTG
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CCCAATATCACTAAGATGGATAAAGCATCAATAATTAAAGATGCTATTAGTTACATACAA
GGGTTGCAATATGAAGAGTCGAAGCTCGAAGCTGAGATCAGAGAACTTGAATCTACACCA
AAGACTAGCCCGAGCTTCAGTAAAGATTTTGATCGTGATCTGCTGGTTCCTGTCACATCC
AAGAAGATGAAGCAGCTCGATTCTGGTTCTTCGCGTTCTTTCATCGAAGTTCTCGAATTG
AAGGTAACATACATGGGAGAGAGGAGGGTGGTGGTGAATGTAACATGTAATAAGAGGCCA
GACACAATGGTGAAACTGTGTGAAGTCTTTGAGTCATTAAATCTCAAAATCCTCACTTCC
AATCTCAACTCTTTTTCTGGCATGATCTTCAACACTGTCTTTATTGAGGCGGATGAAGAA
GAACAAGAGGTGGTGAGGTTAAAAATAGAAACAGGAATAGGAGCTTATAATGAAACTCAA
AGCCCCACTTTGAGCATCGACTCTCTTTACTAATCATTTTTTAAAAATATTTTTTGGCGT
CTCTCTCTCTATAGAAATAAATAATATGTTATCTTTCCATTTTCGTTTTGTTGGTTCATC
ACGAAGACTTCTTGTGCGTTTATATAGTGTCTATAACAATAATCGTACGC


BQ
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AF RR1FK69TF U 1
AF RR1FK69JQ C 277
BS 1 414 RR1FK69TF
BS 415 1010 RR1FK69JQ

RD RR1FK69TF 414 0 0
GGCCCGAGAGTTTGGTCTGTCTCATTCTAGTTTTAACACCGCCCTTCTCTATATAAAGCT
CACAGGTCGAGAGAGATAGACAAGAGACACCACATAAACGATCATTGATTATAAAAAGAA
CTCTGTCGGAAAATGGAAAACATCGACCAAGAGTTCAACAACTACTGGGAAACAAACTCC
TTCCTCCAAAACGAAGACTTCGAATATGACAGCTGGCCTTTGGAGGAAGCGATTTCTGGG
TCGTATGATTCTAGTTCGCCGGACGGCGCGGCTTCGTCTCCAGCTTCTAAGAATATTGTG
TCGGAAAGAAACAGAAGACAGAAGCTTAACCAGAGACTATTTGCTCTTCGATCAGTTGTC
CCCAATATCACTAAGATGGATAAAGCATCAATAATTAAAGATGCTATTAGTTAC

QA 1 414 1 414
DS 

RD RR1FK69JQ 734 0 0
TCTCCAGCTTCTAAGAATATTGTGTCGGAAAGAAACAGAAGACAGAAGCTTAACCAGAGA
CTATTTGCTCTTCGATCAGTTGTCCCCAATATCACTAAGATGGATAAAGCATCAATAATT
AAAGATGCTATTAGTTACATACAAGGGTTGCAATATGAAGAGTCGAAGCTCGAAGCTGAG
ATCAGAGAACTTGAATCTACACCAAAGACTAGCCCGAGCTTCAGTAAAGATTTTGATCGT
GATCTGCTGGTTCCTGTCACATCCAAGAAGATGAAGCAGCTCGATTCTGGTTCTTCGCGT
TCTTTCATCGAAGTTCTCGAATTGAAGGTAACATACATGGGAGAGAGGAGGGTGGTGGTG
AATGTAACATGTAATAAGAGGCCAGACACAATGGTGAAACTGTGTGAAGTCTTTGAGTCA
TTAAATCTCAAAATCCTCACTTCCAATCTCAACTCTTTTTCTGGCATGATCTTCAACACT
GTCTTTATTGAGGCGGATGAAGAAGAACAAGAGGTGGTGAGGTTAAAAATAGAAACAGGA
ATAGGAGCTTATAATGAAACTCAAAGCCCCACTTTGAGCATCGACTCTCTTTACTAATCA
TTTTTTAAAAATATTTTTTGGCGTCTCTCTCTCTATAGAAATAAATAATATGTTATCTTT
CCATTTTCGTTTTGTTGGTTCATCACGAAGACTTCTTGTGCGTTTATATAGTGTCTATAA
CAATAATCGTACGC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL4939Contig1 864 2 2 U
GGAGCATCAGAAGAAAAAAAAAGAGCAAACAGAGAAAATGTGTGGAGGTGCAATAATTTC
CGATTTTGCCCCTAACGTCACCAAGGCCAAGGGTAGGAAACTCACGGCGGAGGAACTCTG
GTCCGAACTCGATGCTTCCGCCGCCGACGATTTCTGTGGTTTCCACCCCACCTTCAAGAC
TCAATCCACCAACCAACAAGTGACGTTGAAAGAGGAGGAGACGGCGGAGAAGGAGCCGCC
GACGGAGAAACGGAGGAAGAGGAAGAACGTTTACAGGGGGATACGTAAGCGACCGTGGGG
AAAATGGGCGTCAGAGATTCGAGATCCAAGAAAAGGCGCCAGAGTCTGGCTCGGGACGTT
CAACACGGCGGAGGAAGCCGCCATGGCTTACGACGTCGCGGCGAAGCGGATCCGCGGACA
TAAAGCCAAACTCAACTTCCCAGACCATCCTCCTCCTACTCCTAGTCCTGCTACTCCTCT
AGCATCGTCTCCGGTGTCAGAAGTCCAGCCTCCGGCGAAAAAGGTCTGCGTTGTATCTGA
GAGCGAGTTGACGACTCAGCCGAGCTTCCCGGTGGAGTGCGGTGGATTCGGGAGCGGGGA
CGAGTTTCAGCTGGACTACGATCTGAAACAGCAGATATCGAGCTTGGAGTTTTTCCTTGA
GCTGGATGGTGACACGGGGGAGCAACCGGGTCAGTTGGATGAGTCCGTTTCCGAGGGGGA
TATGTGGATGATTGATGATGTCATCGCGTCGTATCAGTAGAAACGTTATATAATAAGTTG
AAAAAATTAAATAAAGTTTGTAATATAACTGCCGTTACGCTTTAATAAGGTTTGTAATGT
GATGACATGAGCGACTGATGTTAT


BQ
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AF RR1EX96TF U 1
AF RR1EX96JQ C 548
BS 1 650 RR1EX96TF
BS 651 864 RR1EX96JQ

RD RR1EX96TF 653 0 0
GGAGCATCAGAAGAAAAAAAAAGAGCAAACAGAGAAAATGTGTGGAGGTGCAATAATTTC
CGATTTTGCCCCTAACGTCACCAAGGCCAAGGGTAGGAAACTCACGGCGGAGGAACTCTG
GTCCGAACTCGATGCTTCCGCCGCCGACGATTTCTGTGGTTTCCACCCCACCTTCAAGAC
TCAATCCACCAACCAACAAGTGACGTTGAAAGAGGAGGAGACGGCGGAGAAGGAGCCGCC
GACGGAGAAACGGAGGAAGAGGAAGAACGTTTACAGGGGGATACGTAAGCGACCGTGGGG
AAAATGGGCGTCAGAGATTCGAGATCCAAGAAAAGGCGCCAGAGTCTGGCTCGGGACGTT
CAACACGGCGGAGGAAGCCGCCATGGCTTACGACGTCGCGGCGAAGCGGATCCGCGGACA
TAAAGCCAAACTCAACTTCCCAGACCATCCTCCTCCTACTCCTAGTCCTGCTACTCCTCT
AGCATCGTCTCCGGTGTCAGAAGTCCAGCCTCCGGCGAAAAAGGTCTGCGTTGTATCTGA
GAGCGAGTTGACGACTCAGCCGAGCTTCCCGGTGGAGTGCGGTGGATTCGGGAGCGGGGA
CGAGTTTCAGCTGGACTACGATCTGAAACAGCAGATATCGAGCTTGGAGT
CTT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1EX96JQ 317 0 0
TTGACGATTCAGCCGAGCTTCCCGGTGGAGTGCGGTGGATTCGGGAGCGGGGACGAGTTT
CAGCTGGACTACGATTTGAAACAGCAGATATCGAGCTTGGAGTTTTTCCTTGAGCTGGAT
GGTGACACGGGGGAGCAACCGGGTCAGTTGGATGAGTCCGTTTCCGAGGGGGATATGTGG
ATGATTGATGATGTCATCGCGTCGTATCAGTAGAAACGTTATATAATAAGTTGAAAAAAT
TAAATAAAGTTTGTAATATAACTGCCGTTACGCTTTAATAAGGTTTGTAATGTGATGACA
TGAGCGACTGATGTTAT

QA 1 317 1 317
DS 



AS 1 2

CO CL4940Contig1 491 2 1 U
GGGGATAAGCGGTTGATATCATTAAGTACACCAAAGACTTCGAGATTCATCTTCTTCTGG
TTGATCAAGTTGATGAGCGTCTGTGAATCTGAGAAGGTTGCAATGGATTCGAAACCGTGA
GAGAGGGCAAAGGTTATGGCCGATCTAACTGCTAGAGTTTCTGCCATAAGGGGCGATGAG
ACCGAAGTTTCTGTCGCTGCATGTGATGATGAGGAGGCGCGATCATCAACTATCCAACCA
AGTCCTGCAGAGCCCGTTGAAGAGTTCCAAGCTGCATCAGTGAAGATCGAGCATGGAAAA
GGGCTTCTAGGGTTTGGTTCCCTTTCACCCTTTGACGTGGTAACTTACATATGAAATGGT
AACAAATTCCAAAAGTACGATCGAGCTTTTCTCCCTCCACATGCCGAGGCATAATAACTG
CGTCATCGTTAATACAATGTTTAGTTTCATGATTGGCAGAAATTGAAATACGTTTTCCAA
TGAGACATTAC


BQ
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AF RR1DT07JQ C 1
AF RR1DT07TF U 1
BS 1 491 RR1DT07TF

RD RR1DT07JQ 491 0 0
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ACCGAAGTTTCTGTCGCTGCATGTGATGATGAGGAGGCGCGATCATCAACTATCCAACCA
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TGAGACATTAC

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1DT07TF 491 0 0
GGGGATAAGCGGTTGATATCATTAAGTACACCAAAGACTTCGAGATTCATCTTCTTCTGG
TTGATCAAGTTGATGAGCGTCTGTGAATCTGAGAAGGTTGCAATGGATTCGAAACCGTGA
GAGAGGGCAAAGGTTATGGCCGATCTAACTGCTAGAGTTTCTGCCATAAGGGGCGATGAG
ACCGAAGTTTCTGTCGCTGCATGTGATGATGAGGAGGCGCGATCATCAACTATCCAACCA
AGTCCTGCAGAGCCCGTTGAAGAGTTCCAAGCTGCATCAGTGAAGATCGAGCATGGAAAA
GGGCTTCTAGGGTTTGGTTCCCTTTCACCCTTTGACGTGGTAACTTACATATGAAATGGT
AACAAATTCCAAAAGTACGATCGAGCTTTTCTCCCTCCACATGCCGAGGCATAATAACTG
CGTCATCGTTAATACAATGTTTAGTTTCATGATTGGCAGAAATTGAAATACGTTTTCCAA
TGAGACATTAC

QA 1 491 1 491
DS 



AS 1 2

CO CL4941Contig1 826 2 2 U
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GACTAGAGCCTTAAGCTACAGCCAAAAATGGAGGGTAAAAAAGCACAAGGACGAGGGTAT
CTGAAGAAGAAGGCTAGTGTATCAACTTACCTTGTAGATGAAGAATTAGAGGATGATACG
GACGGAGAAGAGGAAGTTGGGAGAGAGGAAGAGAAGAGGAAAGGAGCGATTAAAGGATCT
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GGGCAGGTGATGCAGAATCAAGAAAGATCAAGGGTAGAGATGACACTTCCTAAGTCAAAC
ACATCATTCAAGAGACCACAGATTAGATAGATAGATAGAGAGAAGCTGTCTGCTCTCTCT
CTTCTGTCATCTAAAATATCTCTTAGAATCTGAAATTGTTGGTACTTATTATTAAAATAT
CAAAAATCAGCTGAGTCAAGGTACTTGACTCCTGGTTTGGTATAAGAGAAATAAGTTATA
ACTACCAATCTTCTATGTATTCCTGTGATGGATGGATACCTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DW86TF U 1
AF RR1DW86JQ C 192
BS 1 593 RR1DW86TF
BS 594 826 RR1DW86JQ

RD RR1DW86TF 593 0 0
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CTGAAGAAGAAGGCTAGTGTATCAACTTACCTTGTAGATGAAGAATTAGAGGATGATACG
GACGGAGAAGAGGAAGTTGGGAGAGAGGAAGAGAAGAGGAAAGGAGCGATTAAAGGATCT
AGCAGCGACCGTGTCTCATCGCGGCTTTGTCAAGTAGATAGATGCACAACTGATTTGAAA
GAGGCTAAACAGTATCACCGTAGGCACAAAGTGTGTGAAGTTCATGCAAAGGCATCTTCT
GTCTATCTCGCAGGCGTTAAACAACGCTTCTGTCAACAATGCAGCAGGTTTCACGAGCTC
CCAGAGTTTGATGAAGCTAAAAGAAGCTGTAGGAGACGCTTAGCTGGACACAACGAGAGA
CGGAGGAAGAGCTCTGGTGGAAGCTTTGGAGAAGGGTCAGGTGGTCGAAGAGGGTTAACT
GGGCAGGTGATGCAGAATCAAGAAAGATCAAGGGTAGAGATGACACTTCCTAA

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1DW86JQ 635 0 0
GGAAGTTGGGAGAGAGGAAGAGAAGAGGAAAGGAGCGATTAAAGGATCTAGCAGCGACCG
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TGAAGCTAAAAGAAGCTGTAGGAGACGCTTAGCTGGACACAACGAGAGACGGAGGAAGAG
CTCTGGTGGAAGCTTTGGAGAAGGGTCAGGTGGTCGAAGAGGGTTAACTGGGCAGGTGAT
GCAGAATCAAGAAAGATCAAGGGTAGAGATGACACTTCCTAAGTCAAACACATCATTCAA
GAGACCACAGATTAGATAGATAGATAGAGAGAAGCTGTCTGCTCTCTCTCTTCTGTCATC
TAAAATATCTCTTAGAATCTGAAATTGTTGGTACTTATTATTAAAATATCAAAAATCAGC
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TCTATGTATTCCTGTGATGGATGGATACCTATTCC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL4942Contig1 760 2 4 U
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CCAAAAAGACACTTCGTTGCATATGTATCAGAGTCGAATCCTTCCAAATCGAGATCTGGA
TTGGAGTCCTGCCCTTTCAATTTCAATACGAAAAAGCTGTTTTTTAATTAATTCCTCTCT
TCTCCGTCTTCTGCTCTGAACTGCCGCTTAGCGTATTGCTCCATCTCGTCACTTTTCCTC
CCATGGATACCTAACAGCAACAACAAGCCACCATTGAAAATGCAGGCGGAAGTGCTTATG
GTTGGAGCTGGTGGGAAGTCACCCAAAACTCTTGCTCTCTAGGGGTTCCAACTTCCAAGG
CGTAGAAATCGCGAGATTTTGGAATTAAGATGTGGAGGCACAAATGGCTGTGAACAATGG
TGATGATACATAACTTTTTGCAAAGCCACTTCTTATTTTTTTTAGTATATGTCTACTTGA
TGTCCATGTATACCAACTTCACTGTGTACAAGAATATAATCATGTCTATCACGAAACATT
GTCCTTATTATCATATATAATCCAAGTTTATTACACAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A084TF U 1
AF RR1A084JQ C 360
BS 1 402 RR1A084TF
BS 403 403 RR1A084JQ
BS 404 500 RR1A084TF
BS 501 760 RR1A084JQ

RD RR1A084TF 500 0 0
CTCCTTCATTCCAAAAACACTTTAAAAAATACAGACACATGCGACGAAGTGCGAAGAAGA
AGCTTAACCCTTTAGAAAATTTACCAACATCATCTTCAAGCAACGAAGATGAAACAGAGG
CTCTGTGCAGAGAGAAAAAGAGTTAGCAGCTAAAGAGCATATATTCAATGATTCTTCGTC
TGAGAAAGAAGACAATCTCATGAATCCCATCATCATTCCGCTTACCACGAAACCAAGAAC
CCAAAAAGACACTTCGTTGCATATGTATCAGAGTCGAATCCTTCCAAATCGAGATCTGGA
TTGGAGTCCTGCCCTTTCAATTTCAATACGAAAAAGCTGTTTTTTAATTAATTCCTCTCT
TCTCCGTCTTCTGCTCTGAACTGCCGCTTAGCGTATTGCTCCGTCTCGTCACTTTTCCTC
CCATGGATACCTAACAGCAACAACAAGCCACCATTGAAAATGCAGGCGGAAGTGCTTATG
GTTGGAGCTGGTGGGAAGTC

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1A084JQ 401 0 0
TTCTCCGTCTTCTGCTCTGAACTGCCGCTTAGCGTATTGCTCCATCTCGTCACTTTTCCT
CCCATGGATACCTAACAGCAACAACAAGCCACCATTGAAAATGCAGGCGGAAGTGCTTAT
GGTTGGAGCTGGTGGGAAGTCACCCAAAACTCTTGCTCTCTAGGGGTTCCAACTTCCAAG
GCGTAGAAATCGCGAGATTTTGGAATTAAGATGTGGAGGCACAAATGGCTGTGAACAATG
GTGATGATACATAACTTTTTGCAAAGCCACTTCTTATTTTTTTTAGTATATGTCTACTTG
ATGTCCATGTATACCAACTTCACTGTGTACAAGAATATAATCATGTCTATCACGAAACAT
TGTCCTTATTATCATATATAATCCAAGTTTATTACACAAGC

QA 1 401 1 401
DS 



AS 1 2

CO CL4943Contig1 513 2 1 U
GGACCACCCCCTAATCAAAGAAATTAGGGTTTTCATATTCTCACCCCTCCCCCCTTTCGA
TCCTCTCCAATCCGCCCAAATCGACGATGACCGGCAAGGCGAAGCCGAAGAAGCACACGG
CGAAGGAGCTGCAGGCGAAAGCCGACGCAGCGTTGACCAACAGAGGCGGAGGAAAGGCGG
GCCTCGCGGACAGGACGGGGAAGGAGAAGGGAGGTCACGCGAAGTACGAGTGTCCGCACT
GCAAGATCACGGCGCCGGATCTGAAGACGATGCAGATCCATCACGAGTCGAAGCATCCTA
AGCTGCCTTACGAGGAGCCGAAGAATCTCCACGAGGCTCTCGCTGCTCCTGAATCTTCCA
AACCTAAACCTGGAATCAGAGGAAGCCTCAAGAAGTGATTGGTTGTGATTGTGTTTTCGT
GGAGTTTGTATTTGAAGTTATGTAATAAAAAGATGTCAGTCTTAAAGTTGTTGATGCGAG
AATATAGCAATGATGCTAATATCATATGAAATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D118JQ C 1
AF RR1D118TF U 1
BS 1 513 RR1D118TF

RD RR1D118JQ 513 0 0
GGACCACCCCCTAATCAAAGAAATTAGGGTTTTCATATTCTCACCCCTCCCCCCTTTCGA
TCCTCTCCAATCCGCCCAAATCGACGATGACCGGCAAGGCGAAGCCGAAGAAGCACACGG
CGAAGGAGCTGCAGGCGAAAGCCGACGCAGCGTTGACCAACAGAGGCGGAGGAAAGGCGG
GCCTCGCGGACAGGACGGGGAAGGAGAAGGGAGGTCACGCGAAGTACGAGTGTCCGCACT
GCAAGATCACGGCGCCGGATCTGAAGACGATGCAGATCCATCACGAGTCGAAGCATCCTA
AGCTGCCTTACGAGGAGCCGAAGAATCTCCACGAGGCTCTCGCTGCTCCTGAATCTTCCA
AACCTAAACCTGGAATCAGAGGAAGCCTCAAGAAGTGATTGGTTGTGATTGTGTTTTCGT
GGAGTTTGTATTTGAAGTTATGTAATAAAAAGATGTCAGTCTTAAAGTTGTTGATGCGAG
AATATAGCAATGATGCTAATATCATATGAAATT

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1D118TF 513 0 0
GGACCACCCCCTAATCAAAGAAATTAGGGTTTTCATATTCTCACCCCTCCCCCCTTTCGA
TCCTCTCCAATCCGCCCAAATCGACGATGACCGGCAAGGCGAAGCCGAAGAAGCACACGG
CGAAGGAGCTGCAGGCGAAAGCCGACGCAGCGTTGACCAACAGAGGCGGAGGAAAGGCGG
GCCTCGCGGACAGGACGGGGAAGGAGAAGGGAGGTCACGCGAAGTACGAGTGTCCGCACT
GCAAGATCACGGCGCCGGATCTGAAGACGATGCAGATCCATCACGAGTCGAAGCATCCTA
AGCTGCCTTACGAGGAGCCGAAGAATCTCCACGAGGCTCTCGCTGCTCCTGAATCTTCCA
AACCTAAACCTGGAATCAGAGGAAGCCTCAAGAAGTGATTGGTTGTGATTGTGTTTTCGT
GGAGTTTGTATTTGAAGTTATGTAATAAAAAGATGTCAGTCTTAAAGTTGTTGATGCGAG
AATATAGCAATGATGCTAATATCATATGAAATT

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 2

CO CL4944Contig1 1144 2 4 U
GGACTCACAAGTTCTGGGGAAAAGGAACATTCTTTCTTTTGAGAAAGATACTACTCTCTA
ATGGCGCCTAAGCTTCTCTCCTCCACTAACTTCAAATCTCTGTTCGACTCTGTCGACACT
TTCCTCTTTGACTGCGATGGTGTTATATGGAAGGGTGATTCGCTCATCGATGGCGTCTCT
CAAACTCTCGACTTACTCCGATCCAAGGGTAAAAACATAGTCTTTGTGACGAACAACTCG
ATGAAATCGAGGAGGCAATACGCTGAGAAGTTCCAATCTTTGGGTCTAACTTCTGTTACT
CAGGAAGAGATATTCTCTTCGTCTTTTGCGGCAGCTATGTACCTCAAAACCAACAACTTC
CCCAAGGACAAGAAGGTTTATGCGATTGGTGGAGAAGGCATTCTTGAGGAGCTTCAGCTT
GCTGGTTTTACAGGTCTTGGTGGTCCTGCAGACGGTGAAAAGAAGGCGCAATGGAAATCA
AACTGTCTCTTTGGACATGATAAAACCGTGGGAGCAGTTGTGGTTGGACTAGACCCCAAC
ATCAACTACTATAAGCTTCAGTACGCGACGCTATGTGTACGCGAGAATCCGGGATGTCTT
TTCATCGCAACCAACCGTGATGCGGTTGGACATATGACGGATCTTCAAGAATGGCCTGGT
GCTGGTTGTATGGTTGCTGCCATGTGTGGTTCAACCGAAAGAGAACCAATAGTAGTTGGA
AAACCAGCTACTTTCATGATGGACTTTCTGATGCAAAAATTTGGGACAGAAACGTCGAGA
ATGTGCATGGTGGGTGACAGGCTCGACACTGATGTATTGTTTGGGACAGAACGCTGGCTG
CAAAACTCTCCTCGTCCTAACAGGGTGTACAAGTGAGTCTAACCTACTAGACGAGAGAAA
CAAGATTGAACCAGACTATTACACAAGCATGGTCTCTGATATCACTAAACTTATGGACTC
CCCTTAGTAAAGTAAAGGGGCATCATCACCATCTTGGTCTACCCTGAAACAGTTTTGGGT
ATATATGGCAAAGATGAAATTTCTGATTTTTTTGGTTACTGTAATAATCAATCTGGTGAT
CTATACTATACGTCAACAGAAAACATGGCCTGCTAGCTTTAATAAAAAAGTTTGAGTTGA
ATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1AE53TF U 1
AF RR1AE53JQ C 358
BS 1 844 RR1AE53TF
BS 845 845 RR1AE53JQ
BS 846 859 RR1AE53TF
BS 860 1144 RR1AE53JQ

RD RR1AE53TF 859 0 0
GGACTCACAAGTTCTGGGGAAAAGGAACATTCTTTCTTTTGAGAAAGATACTACTCTCTA
ATGGCGCCTAAGCTTCTCTCCTCCACTAACTTCAAATCTCTGTTCGACTCTGTCGACACT
TTCCTCTTTGACTGCGATGGTGTTATATGGAAGGGTGATTCGCTCATCGATGGCGTCTCT
CAAACTCTCGACTTACTCCGATCCAAGGGTAAAAACATAGTCTTTGTGACGAACAACTCG
ATGAAATCGAGGAGGCAATACGCTGAGAAGTTCCAATCTTTGGGTCTAACTTCTGTTACT
CAGGAAGAGATATTCTCTTCGTCTTTTGCGGCAGCTATGTACCTCAAAACCAACAACTTC
CCCAAGGACAAGAAGGTTTATGCGATTGGTGGAGAAGGCATTCTTGAGGAGCTTCAGCTT
GCTGGTTTTACAGGTCTTGGTGGTCCTGCAGACGGTGAAAAGAAGGCGCAATGGAAATCA
AACTGTCTCTTTGGACATGATAAAACCGTGGGAGCAGTTGTGGTTGGACTAGACCCCAAC
ATCAACTACTATAAGCTTCAGTACGCGACGCTATGTGTACGCGAGAATCCGGGATGTCTT
TTCATCGCAACCAACCGTGATGCGGTTGGACATATGACGGATCTTCAAGAATGGCCTGGT
GCTGGTTGTATGGTTGCTGCCATGTGTGGTTCAACCGAAAGAGAACCAATAGTAGTTGGA
AAACCAGCTACTTTCATGATGGACTTTCTGATGCAAAAATTTGGGACAGAAACGTCGAGA
ATGTGCATGGTGGGTGACAGGCTCGACACTGATGTATTGTTTGGGACAGAACGCTGGCTG
CAAA*CTCTCCTCGTCCTA

QA 1 859 1 859
DS 

RD RR1AE53JQ 787 0 0
TTCCCCAAGGACAAGAAGGTTTATGCGATTGGTGGAGAAGGCATTCTTGAGGAGCTTCAG
CTTGCTGGTTTTACAGGTCTTGGTGGTCCTGCAGACGGTGAAAAGAAGGCGCAATGGAAA
TCAAACTGTCTCTTTGGACATGATAAAACCGTGGGAGCAGTTGTGGTTGGACTAGACCCC
AACATCAACTACTATAAGCTTCAGTACGCGACGCTATGTGTACGCGAGAATCCGGGATGT
CTTTTCATCGCAACCAACCGTGATGCGGTTGGACATATGACGGATCTTCAAGAATGGCCT
GGTGCTGGTTGTATGGTTGCTGCCATGTGTGGTTCAACCGAAAGAGAACCAATAGTAGTT
GGAAAACCAGCTACTTTCATGATGGACTTTCTGATGCAAAAATTTGGGACAGAAACGTCG
AGAATGTGCATGGTGGGTGACAGGCTCGACACTGATGTATTGTTTGG*ACAGAACGCTGG
CTGCAAAACTCTCCTCGTCCTAACAGGGTGTACAAGTGAGTCTAACCTACTAGACGAGAG
AAACAAGATTGAACCAGACTATTACACAAGCATGGTCTCTGATATCACTAAACTTATGGA
CTCCCCTTAGTAAAGTAAAGGGGCATCATCACCATCTTGGTCTACCCTGAAACAGTTTTG
GGTATATATGGCAAAGATGAAATTTCTGATTTTTTTGGTTACTGTAATAATCAATCTGGT
GATCTATACTATACGTCAACAGAAAACATGGCCTGCTAGCTTTAATAAAAAAGTTTGAGT
TGAATTC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL4945Contig1 505 2 1 U
GGACAGATAATTTCTCTATCTCTCTCTCTAGTTTTGTTGGGATACAGTATACGTACGAAG
ACGACCGTTCGTGTGCAAAAAGATGAGGTGTAGAGCACTTCACGTTGGCAGAAGAAAGAG
AGTAACGGTTAATGTGAGCTCGAGGAAGCTCATGAGCCGTCTCCGTCGGATGGTTGCTCC
AGAAACGAGTTTTTCTGATGAATTTGACGGTGACACACTTTATCGTCTCACGGCTGATCA
CATTTTGCTTCTCCAAGCAAGAGTCCAACTTCTTCGTCTTATTTCTTCTCCATATGGTCT
CTAGATCGAAGATCCATGGCACCCACACACACACACGTATATATATACGTGTGGCTGAAA
TAACCGAAGCACGGTATAATTGTGGAATAAACGTTTATGTTCTCTATTTATTTCTTCAAT
TAAACATATTGGTAAGTCATATATTAAGATGACGAAGCAGTAATTTAATGTAATGATGAT
GTGCATTTATGTTTGTGTTTATTTT


BQ
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DS 

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CTAGATCGAAGATCCATGGCACCCACACACACACACGTATATATATACGTGTGGCTGAAA
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QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

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TGGTTAGCTTGGCGTCACTCGTTTGTCTGATTTTGCTCCCAGTTATGTTCGTTCAAGGGA
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AATCGAATTATAACCTCTCTGGATTTGCACTGTGGGTTAATGCGTTGGGATGCTCTCTTT
TGGTTAGCTTGGCGTCACTCGTTTGTCTGATTTTGCTCCCAGTTATGTTCGTTCAAGGGA
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ATGCTTTTCTTCACCAATTACACCATGCTTTTGGTGGTGGTCACTCTCATGATCACCATG
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CT

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DS 

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QA 1 643 1 643
DS 



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AF RR1DV88JQ C 1
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DS 

RD RR1DV88TF 493 0 0
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TTCTGTTCTTTTCTTTTAATTTCTCACTTTCATTTATGATTTGGAACTTGACATAAATAT
TTCAGTTTAACCC

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AT17TF U 1
AF RR1AT17JQ C 774
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QA 1 886 1 886
DS 

RD RR1AT17JQ 824 0 0
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TTCTTCTGCATCAGAGCTTGTTGGACCCGGAGTTGTTTATGTGTGGAAGGGAACATAAAG
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TTGTGTTCCATATGGCCCTGAAATTTGTAAACCAGAGAGATGGCTTGTTCCTCTTAACGT
GTGTATATGGATCATCTTGTTAAGGTTGGTTTTGTTCTTCTGCC

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

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CAACGGGAGTGATAACTCTCTGCCAGCTGTTTATCTGTCGTATGTGGTGAGAGGGGTTGA
TACGTTGTCCGGGATAGCGAGGAGGTATGAGACTACTGTTTCTGATTTGATGAATGTGAA
TGCTATGGGTGCTCCTGATGTTAGCTCCCGGTGATATCCTCGCCGTCCCTTTGTCGGCTT
GTGCTTCAAACTTCCCAAGTATGCTTCGGATTTCGGATTGATAGTTCCAAATGGTAGCTA
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CATGCTCGGTAACATCACTGTTCAGCAGAGTAGCGCTGGCTGTAATGTAACGACTTGTGA
TTACAATGGTTTCGCTAACGGCACCATCTTGACCATGCTGTCTAACTCTCTACAACCACG
GTGTCCTGGGCCTCAACGATTTGCGCCGCTTCTAGCTCCACCTGATACTGTCCCTAAGGA
TCTAATGTATGCACCGGCGCCTTCACCGGATTATGATGGTCCAGGATTCATAGCAGCTTC
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TCCAGCTGGAAGCATCTCAACCGCCACTGTCTCCTTCTCAGCTACTTCTTTATCATGTTT
CTCATCTCCGTCTCTTCATTCTCCTTTGTCTCCTCATCTTGATTCATCAACGACAACAAT
TTGTTTATTTATCCGACCATTAAAACTCCTTTTTCACTGTTGG


BQ
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AF RR1AW74TF U 1
AF RR1AW74JQ C 593
BS 1 849 RR1AW74TF
BS 850 1423 RR1AW74JQ

RD RR1AW74TF 849 0 0
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AACAACGGCTAAATCAACAATCGAGCCGTGCTCAAGCAACGACACGTGCAACTCCCTACT
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CATCCTCCCTTCCAACCTCTTCCTCAAAATCCCCCTCACCTGCTCCTGCCTCGACGGCAT
CCGAAAATCCCTCTCCACGTGCTACAAGACCCGCCCTTCCGACACGCTATCCTCCATCGC
CGGCTCCGTCTACGGCGGTCTGGTCTCCGCCGAGCAGATCCAGGAGGCTAACTCGGTTGC
TGATCCGTCGTTGCTCGATGTCGGGACGAGTCTTATTGTCCCTCTGCCCTGCGCTTGCTT
CAACGGGAGTGATAACTCTCTGCCAGCTGTTTATCTGTCGTATGTGGTGAGAGGGGTTGA
TACGTTGTCCGGGATAGCGAGGAGGTATGAGACTACTGTTTCTGATTTGATGAATGTGAA
TGCTATGGGTGCTCCTGATGTTAGCTCCCGGTGATATCCTCGCCGTCCCTTTGTCGGCTT
GTGCTTCAAACTTCCCAAGTATGCTTCGGATTTCGGATTGATAGTTCCAAATGGTAGCTA
CGCTCTAGC

QA 1 849 1 849
DS 

RD RR1AW74JQ 831 0 0
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CAACCACGGTGTCCTGGGCCTCAACGATTTGCGCCGCTTCTAGCTCCACCTGATACTGTC
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GCAGCTTCACCAGGATCGTTTGTGACTCCTCCAGGTGGTGGTTCCTTGCCGGGCAATCCT
GCTAATGGTCCAGCTGGAAGCATCTCAACCGCCACTGTCTCCTTCTCAGCTACTTCTTTA
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ACAACAATTTGTTTATTTATCCGACCATTAAAACTCCTTTTTCACTGTTGG

QA 1 831 1 831
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GTCACGGGATGAGGATCGAGGTATACTTCATTCAGTAAGAGATACGAGAACTATTGGCTC
AGCTTATGATCGCTACCTTCAGAGTGCGCAAACGTCTTCTAGGCCATCTGAAGAATCTGG
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AGTTCAGCATCCAGATTTTGGGCCTCCAAATGGTCGAGATTTGGGGTTTGGTCAACAAGA
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GATTTTATTAATGATATTTATCAAAGCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR18TF U 1
AF RR1FR18JQ C 450
BS 1 671 RR1FR18TF
BS 672 672 RR1FR18JQ
BS 673 689 RR1FR18TF
BS 690 690 RR1FR18JQ
BS 691 702 RR1FR18TF
BS 703 1049 RR1FR18JQ

RD RR1FR18TF 702 0 0
GGGAGTTAATCTCCAATTGAAATCGAAATCGGGCGAAAATTAGAAAGTATTGTTTCAGTC
GCCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCAATGGCAGATGGGTACCGGGACCAGCCTCCGATGTC
GTCGATCCCACACGGAGGTCCTCTGAAACGTCACCGTTCTGACTTCGACCATGATTACGT
GTCACGGGATGAGGATCGAGGTATACTTCATTCAGTAAGAGATACGAGAACTATTGGCTC
AGCTTATGATCGCTACCTTCAGAGTGCGCAAACGTCTTCTAGGCCATCTGAAGAATCTGG
TCGGTTTCATGGTGTCGGCAGAGGAGGTGACATGGGTGAGCTTATGTCTGGGCGTGGTGG
AGTTCAGCATCCAGATTTTGGGCCTCCAAATGGTCGAGATTTGGGGTTTGGTCAACAAGA
TTTAGTTGGTAGGCCCGGAAGAGAACTGCTTCGTCTGCCTCCAGATGCATCCAACACTCT
ATTTGTTGAAGGACTTCCTTCTAATTGCTCCAGGAGGGAAGTATCTCATATATTTCGACC
GTTTTTGGGATATAAAGAAGCGAGACTTGTGACCAAAGATACAAAGCAAAGGAATGGAGA
TCCTGTTGTTCTATGTTTTGTTGATTTTGAAAGCCCTGCATGTGCAGCAACTGCTCGTAC
CGCCCTGCAAG*CTATAGAATGGATGAAA*TGAACCGGACTC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1FR18JQ 600 0 0
TTCGTCTGCCTCCAGATGCATCCAACACTCTATTTGTTGAAGGACTTCCTTCTAATTGCT
CCAGGAGGGAAGTATCTCATATATTTCGACCGTTTTTGGGATATAAAGAAGCGAGACTTG
TGACCAAAGATACAAAGCAAAGGAATGGAGATCCTGTTGTTCTATGTTTTGTTGATTTTG
AAAGCCCTGCATGTGCAGCAACTGCTCGTACCGCCCTGCAAGGCTATAGAATGGATGAAA
ATGAACCGGACTCCAAAATTTGCAGATCCAGTTTTCAAGAAACCCAGGTCGAAGAGCAGG
ACAACGCGGAGGAAGGAGGTGATGATGAGTGAGTGGGAGACATTTGGAGGAGGCATCAGT
CAAATGGTTATAGCTTATTGTTACTCTAGAACACAAACACACTTGATCACGTATTCAGAT
CCTTAGGAATACTCTCACCCAAAGCAATAGAGATGTATGGATATACACAAGAGACTAGGA
GATGAGTTGATTGTAATCTACAGCATCTCACCCTCCCTCTCTTTCTCTGTTTCCTTTTCT
CATATTATGATAGGTTTATCATTAAATGTATGATTTTATTAATGATATTTATCAAAGCCC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL4952Contig1 1029 2 10 U
GGCATGATCAAAGACTATTGATCTACGAGTACTGCAGTAACGGTACGTTGCAAGACGGTC
TGCATTCAGACGATGAGTTCAAGAAGAAACTCTCGTGGAGTACACGTATCAGAATGGCAC
TTGGAGCTGCTAGGGCCCTTGAGTACTTGCATGAAGTGTGTGACCCACCAATCATACACA
GAAGCTTCAAATCAGCTAATGTCCTATTAGACGATGATCTGAGTGTTCTTGTCTCGGATT
GTGGTTTGGCTCCACTAATATCATCAGGCTCTGTGAGTCAGTTGTCAGGACAGTTGCTTG
CGGCTTACGGATATGGAGCTCCAGAGTTCGACTCAGGAGTCTATACATGGCAGAGTGATG
TGTACAGTTTTGGTGTTGTTATGTTAGAACTCTTGACTGGTAGAATGTCCTACGACAGGG
ACCGGACTAGAGCAGAGCAGTTCTTGGTGAGGTGGGCAATCCCTCAGTTTCATGATATTG
ATGCATTGGGCAAAATGGTTGATCCATCTCTTAACAGACAGTACCCTGCAAAGTCATTGT
CACACTTTGCTGATATAATCTCCCGGTGTGTTCAGTCTGAACCAGAGTTTAGACCATTGA
TGTCTGAAGTAGTGCAAGACCTTCTAGATATGATCAGAAGAGAGCGTCATGGTTCAGGGG
AGCCTAGCGTAGACTAGTGAATTGTAAAGAAACATTTATCTCGATGATCTCTGTGAACTT
GCTGAAAGAAGAGATGTTCAGTTCTCAGAAACAACAACAACAAAAGGGAGCAGTCTACAT
AAAATGAGTCATAATCACGAGGAAGCTTATTCTGCAGCTATAAAGAGATAAAGTTTACTT
CATGTAAATTGGCTCAAGGGAAAGATCAGTGTGCTTGCTTCCAATCTCAGATGATTTGAT
TGGTGGGGAGCTTGTTAATTTTTTCTTTCTTTCTTTTGTGAATTTCTAGATTATCCCTGT
TTGTTGAAGACCTCCTCTAGTATAAATTGTGTGTTTACTTGATTCTTTGAACCTGTGTGG
ACCTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E162TF U 1
AF RR1E162JQ C 305
BS 1 659 RR1E162TF
BS 660 660 RR1E162JQ
BS 661 716 RR1E162TF
BS 717 717 RR1E162JQ
BS 718 753 RR1E162TF
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BS 769 777 RR1E162TF
BS 778 1029 RR1E162JQ

RD RR1E162TF 777 0 0
GGCATGATCAAAGACTATTGATCTACGAGTACTGCAGTAACGGTACGTTGCAAGACGGTC
TGCATTCAGACGATGAGTTCAAGAAGAAACTCTCGTGGAGTACACGTATCAGAATGGCAC
TTGGAGCTGCTAGGGCCCTTGAGTACTTGCATGAAGTGTGTGACCCACCAATCATACACA
GAAGCTTCAAATCAGCTAATGTCCTATTAGACGATGATCTGAGTGTTCTTGTCTCGGATT
GTGGTTTGGCTCCACTAATATCATCAGGCTCTGTGAGTCAGTTGTCAGGACAGTTGCTTG
CGGCTTACGGATATGGAGCTCCAGAGTTCGACTCAGGAGTCTATACATGGCAGAGTGATG
TGTACAGTTTTGGTGTTGTTATGTTAGAACTCTTGACTGGTAGAATGTCCTACGACAGGG
ACCGGACTAGAGCAGAGCAGTTCTTGGTGAGGTGGGCAATCCCTCAGTTTCATGATATTG
ATGCATTGGGCAAAATGGTTGATCCATCTCTTAACAGACAGTACCCTGCAAAGTCATTGT
CACACTTTGCTGATATAATCTCCCGGTGTGTTCAGTCTGAACCAGAGTTTAGACCATTGA
TGTCTGAAGTAGTGCAAGACCTTCTAGATATGATCAGAAGAGAGCGTCATGGTTCAGGG*
AGCCTAGCGTAGACTAGTGAATTGTAAAGAAACATTTATCTCGATGATCTCTGTGA*CTT
GCTGAAAGAAGAGATGTTCAGTTCTCAGAAACA*CAACAACAAAAGG*AGCAGTCTA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1E162JQ 725 0 0
TTACGGATATGGAGCTCCAGAGTTCGACTCAGGAGTCTATACATGGCAGAGTGATGTGTA
CAGTTTTGGTGTTGTTATGTTAGAACTCTTGACTGGTAGAATGTCCTACGACAGGGACCG
GACTAGAGCAGAGCAGTTCTTGGTGAGGTGGGCAATCCCTCAGTTTCATGATATTGATGC
ATTGGGCAAAATGGTTGATCCATCTCTTAACAGACAGTACCCTGCAAAGTCATTGTCACA
CTTTGCTGATATAATCTCCCGGTGTGTTCAGTCTGAACCAGAGTTTAGACCATTGATGTC
TGAAGTAGTGCAAGACCTTCTAGATATGATCAGAAGAGAGCGTCATGGTTCAGGGGAGCC
TAGCGTAGACTAGTGAATTGTAAAGAAACATTTATCTCGATGATCTCTGTGAACTTGCTG
AAAGAAGAGATGTTCAGTTTTCAGAAACAACAACAACAAAAGGGAGCAGTCTACATAAAA
TGAGTCATAATCACGAGGAAGCTTATTCTGCAGCTATAAAGAGATAAAGTTTACTTCATG
TAAATTGGCTCAAGGGAAAGATCAGTGTGCTTGCTTCCAATCTCAGATGATTTGATTGGT
GGGGAGCTTGTTAATTTTTTCTTTCTTTCTTTTGTGAATTTCTAGATTATCCCTGTTTGT
TGAAGACCTCCTCTAGTATAAATTGTGTGTTTACTTGATTCTTTGAACCTGTGTGGACCT
AAAAA

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL4953Contig1 841 2 4 U
GGAGAACGCCTCTCTCGATTACATTGCGGCTTAGAACTGAGTCAGTGAGTCTCCGGATCG
AGTTAAGGAATGGGAGGCAACAGAGAATTGAAGTACGATATCTTACAGAACGCGTACATC
AAACTCGTTCTCCACTCTCTGCGCCACAAAACGGCGGCGGTCAACGGAGTCCTCGTCGGT
CGAATCAGCTCAAAGGACGAAGGAGTCGTGGAGATCTCCGACTCCGTGCCGCTCTTTCAC
TCCAACCTCGCTCTCCTCCCTCCTCTCGAGATCTCCCTCATCATGATAGAGGAGCATTAC
GTGGCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGGCTACTTCCATGCCAACGAGAGGTTCGACGATGTG
GAGCTCTCTGGTGCGACTAAGAACATCGGTGATCACATCTCTCGCTATTTCCCCCAGGCG
CCAATTCTCTTGTTGGACAACAAAAAGCTTGAAGCCTTATCAAAGGGTAAAGATCGAAGC
CCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCTTCCAAGAACTGGAGAGTGGTTGGAACTGAT
GGAGGAAGCAAGCTACTCTTGAAAGAGCCATCTGCCAATGTAGTTTTGTCAGATTACATT
TCATCTGAGAAATGGAAAGACGTCACAGATTTTGATGATCATCTTGATGATGTCACCAAG
GACTGGCTAAACTCTGGACTTTTCAACTGAAGACGGGTTTGTGATATAACTTATCAGAGT
TTTGCTTTTATCATCTTCAGTCGAAAACAAAAACATGACCCTTGTTTACAATTTCCCTTG
AATCTTGTTCAAGTATTATCTTAGCTTGCGCAACGGTCATATCTCAAACCCTAGTTTTAC
C


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1DR26TF U 1
AF RR1DR26JQ C 186
BS 1 660 RR1DR26TF
BS 661 661 RR1DR26JQ
BS 662 691 RR1DR26TF
BS 692 841 RR1DR26JQ

RD RR1DR26TF 691 0 0
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AGTTAAGGAATGGGAGGCAACAGAGAATTGAAGTACGATATCTTACAGAACGCGTACATC
AAACTCGTTCTCCACTCTCTGCGCCACAAAACGGCGGCGGTCAACGGAGTCCTCGTCGGT
CGAATCAGCTCAAAGGACGAAGGAGTCGTGGAGATCTCCGACTCCGTGCCGCTCTTTCAC
TCCAACCTCGCTCTCCTCCCTCCTCTCGAGATCTCCCTCATCATGATAGAGGAGCATTAC
GTGGCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGGCTACTTCCATGCCAACGAGAGGTTCGACGATGTG
GAGCTCTCTGGTGCGACTAAGAACATCGGTGATCACATCTCTCGCTATTTCCCCCAGGCG
CCAATTCTCTTGTTGGACAACAAAAAGCTTGAAGCCTTATCAAAGGGTAAAGATCGAAGC
CCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCTTCCAAGAACTGGAGAGTGGTTGGAACTGAT
GGAGGAAGCAAGCTACTCTTGAAAGAGCCATCTGCCAATGTAGTTTTGTCAGATTACATT
TCATCTGAGAAATGGAAAGACGTCACAGATTTTGATGATCATCTTGATGATGTCACCAAG
*ACTGGCTAAACTCTGGACTTTTCAACTGAA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1DR26JQ 656 0 0
CAGCTCAAAGGACGAAGGAGTCGTGGAGATCTCCGACTCCGTGCCGCTCTTTCACTCCAA
CCTCGCTCTCCTCCCTCCTCTCGAGATCTCCCTCATCATGATAGAGGAGCATTACGTGGC
TCAAGGTTTGAGTATTGTTGGCTACTTCCATGCCAACGAGAGGTTCGACGATGTGGAGCT
CTCTGGTGCGACTAAGAACATCGGTGATCACATCTCTCGCTATTTCCCCCAGGCGCCAAT
TCTCTTGTTGGACAACAAAAAGCTTGAAGCCTTATCAAAGGGTAAAGATCGAAGCCCTGT
GATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCTTCCAAGAACTGGAGAGTGGTTGGAACTGATGGAGG
AAGCAAGCTACTCTTGAAAGAGCCATCTGCCAATGTAGTTTTGTCAGATTACATTTCATC
TGAGAAATGGAAGGACGTCACAGATTTTGATGATCATCTTGATGATGTCACCAAGGACTG
GCTAAACTCTGGACTTTTCAACTGAAGACGGGTTTGTGATATAACTTATCAGAGTTTTGC
TTTTATCATCTTCAGTCGAAAACAAAAACATGACCCTTGTTTACAATTTCCCTTGAATCT
TGTTCAAGTATTATCTTAGCTTGCGCAACGGTCATATCTCAAACCCTAGTTTTACC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL4954Contig1 1131 2 2 U
GGAAGACCATTCCGAGAAGACTAAAAGCGAAGCCCTAGGCGGTTGTCTTCTCCTCATCTC
TCTCTTCCTTTCCTTACGATTCGTTATCGGTTGTGGGTTGTCTTCGCAGGAGGCTCTGTC
TTGCTTCTCTTCTTGGGCTAATCTTACCTTTTACTCGCATCAGATGCACTTTTGGTTGTA
TTCATACCAAAATGCAGATTTTCAGCTGGTTTTTGAATCCAAATGGACTCCAAGAAGTTC
ATGCAGATGGTGGAAGAGAAGAAACGACAGATTCTTGCGAAGAAGGAAGCTCCTCTGAAA
TGGGAGCAGAAGCTAGAGGCGGCTGCCAAGGCTGCTGAAACCAAAGAGAAGAAGTCAAAG
AAGCGAAGACATAGAGATGCGTCTGAATCGAGCTCTGAAAGTGATAGTAGCCCCGAGGTG
AGAAGAAAGTCAAGGAGAACTCACAGTAAGCACCGGAGGCATGCACACTCAGATTCAGAT
GACAGCGACAGGAGGAAAGACAGGAAATCCAGGAGGCATAAGAGAAGGTCCTCAAGTAGC
AGTGATGAGTACGAAAGCGGCGGGTCAGAGGACGAGCACAGGATGAAGATAAGGCACCAC
CGGAGGCACAAGTCGCATAGCTCAAGGCAGACTTTTGATGATGACAATGCGGAAGGTGCC
ACAAGAAGACATGCAAAGCATCACAGGCCTAATGAGGTGGTTACTTCAAGCGATAGCGAG
GAAGAGAAAGGAGGAAGAAGAAGACGAGGGAAATATCACAGGCACAACAGGAGTGCAGCC
TCGTCCAGCGACTCAGAGGATAGCGGAAAGAGAAGGCGACACAAAAGGGGTCGATGGGGA
GAGTTTTCAAGTGAGGATGATGGAGCATTGCGAAGGAGAAGGCATCATAAACACGACAGA
GAGCCAGCATCCGAAACTGATGGAATCTTATCAGATGAGAAAAGAGAGCACAACACAGAC
AAGTGAAAATGTGGAAGGGGAGCATTAGGAAGTGCATTTGTTTAAGTTCAGTCATCAGAA
CTGAGTGTTGTGCAACCATTAGCACAGAGACTTTAATATTGTTGTGATTTACTTGTGTGG
CACTTCTCTTCGTTGTTTATGTTTCATCATATTACATCAGTCAAATTACTG


BQ
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AF RR1G380TF U 1
AF RR1G380JQ C 380
BS 1 626 RR1G380TF
BS 627 1131 RR1G380JQ

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GGAAGACCATTCCGAGAAGACTAAAAGCGAAGCCCTAGGCGGTTGTCTTCTCCTCATCTC
TCTCTTCCTTTCCTTACGATTCGTTATCGGTTGTGGGTTGTCTTCGCAGGAGGCTCTGTC
TTGCTTCTCTTCTTGGGCTAATCTTACCTTTTACTCGCATCAGATGCACTTTTGGTTGTA
TTCATACCAAAATGCAGATTTTCAGCTGGTTTTTGAATCCAAATGGACTCCAAGAAGTTC
ATGCAGATGGTGGAAGAGAAGAAACGACAGATTCTTGCGAAGAAGGAAGCTCCTCTGAAA
TGGGAGCAGAAGCTAGAGGCGGCTGCCAAGGCTGCTGAAACCAAAGAGAAGAAGTCAAAG
AAGCGAAGACATAGAGATGCGTCTGAATCGAGCTCTGAAAGTGATAGTAGCCCCGAGGTG
AGAAGAAAGTCAAGGAGAACTCACAGTAAGCACCGGAGGCATGCACACTCAGATTCAGAT
GACAGCGACAGGAGGAAAGACAGGAAATCCAGGAGGCATAAGAGAAGGTCCTCAAGTAGC
AGTGATGAGTACGAAAGCGGCGGGTCAGAGGACGAGCACAGGATGAAGATAAGGCACCAC
CGGAGGCACAAGTCGCATAGCTCAAG
CAGACTTCTGAT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1G380JQ 752 0 0
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CTCACAGTAAGCACCGGAGGCATGCACACTCAGATTCAGATGACAGCGACAGGAGGAAAG
ACAGGAAATCCAGGAGGCATAAGAGAAGGTCCTCAAGTAGCAGTGATGAGTACGAAAGCG
GCGGGTCAGAGGACGAGCACAGGATGAAGATAAGGCACCACCGGAGGCACAAGTCGCATA
GCTCAAGGCAGACTTTTGATGATGACAATGCGGAAGGTGCCACAAGAAGACATGCAAAGC
ATCACAGGCCTAATGAGGTGGTTACTTCAAGCGATAGCGAGGAAGAGAAAGGAGGAAGAA
GAAGACGAGGGAAATATCACAGGCACAACAGGAGTGCAGCCTCGTCCAGCGACTCAGAGG
ATAGCGGAAAGAGAAGGCGACACAAAAGGGGTCGATGGGGAGAGTTTTCAAGTGAGGATG
ATGGAGCATTGCGAAGGAGAAGGCATCATAAACACGACAGAGAGCCAGCATCCGAAACTG
ATGGAATCTTATCAGATGAGAAAAGAGAGCACAACACAGACAAGTGAAAATGTGGAAGGG
GAGCATTAGGAAGTGCATTTGTTTAAGTTCAGTCATCAGAACTGAGTGTTGTGCAACCAT
TAGCACAGAGACTTTAATATTGTTGTGATTTACTTGTGTGGCACTTCTCTTCGTTGTTTA
TGTTTCATCATATTACATCAGTCAAATTACTG

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL4955Contig1 529 2 5 U
GGAAACCATTCAAGAGCCAAACATTTCCAGCGTAAAATGGTGGTTTCTGCTGACTGCAGA
ATCTCCCTCTCTGCCCCGAGCTGCCTACGCGGCTCCTCGGGCTTGACCAGTTGCATCACT
GCTAGCTGAGGGAAAAGTTCCCATTGGAATAGGAGAGAACACAAAAATCAAAGAATGCAT
TATAGACAAGAATGCTAGAGTGGGGAAAAATGTAATCATCGCAAACTCGGAGGGAGTACA
AGAAGCAGATAGGTCATCAGATGGATTTTACATCAGATCTGGCATTACAGTTATCTTGAA
GAACTCAGTAATCCGAGATGGAGCTGTGATATGATGCTTTTTAAGTTTTTAAGTGTAAGA
ACTCAAGAGTGCAGAGCAATAATTCAAAACTATATTGATAATGATGAGGTTTATTATATA
ATCTTTCCATGTAATTTATAATATGTATTAAGCTGGGGGTATTTTGACTCACTTGTATTG
GGGGTTATGGAAAAAAAAATGGAGGAAACAAAGGCAAATATGCAAAGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BF19JQ C 1
AF RR1BF19TF U 1
BS 1 456 RR1BF19TF
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BS 458 481 RR1BF19TF
BS 482 482 RR1BF19JQ
BS 483 529 RR1BF19TF

RD RR1BF19JQ 529 0 0
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GGGGTTATGGAAAAAAAAATGGAGGAAACAAAGGCAAATATGCAAAGTT

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1BF19TF 529 0 0
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TATAGACAAGAATGCTAGAGTGGGGAAAAATGTAATCATCGCAAACTCGGAGGGAGTACA
AGAAGCAGATAGGTCATCAGATGGATTTTACATCAGATCTGGCATTACAGTTATCTTGAA
GAACTCAGTAATCCGAGATGGAGCTGTGATATGATGCTTTTTAAGTTTTTAAGTGTAAGA
ACTCAAGAGTGCAGAGCAATAATTCAAAACTATATTGATAATGATGAGGTTTATTATATA
ATCTTTCCATGTAATTTATAATATGTATTAAGCTGGTGGTATTTTGACTCACTTGTATTG
GTGGTTATGGAAAAAAAAATGGAGGAAACAAAGGCAAATATGCAAAGTT

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

CO CL4956Contig1 497 2 1 U
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TAAAGCAAATGAAAAACTCAGACACACCATCGCTTTCTGTTCAGAGAATGAGAGAAGCGC
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GCCGAGACTGATGGATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AB35JQ C 1
AF RR1AB35TF U 1
BS 1 497 RR1AB35TF

RD RR1AB35JQ 497 0 0
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TGCTTGGTGACAGAAAGGTGGAGCATTTCTTGGGAATAAAACGGCAACCAGAGTCTGGAA
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CCTATGCTTTTCTTTTCACTTCGATTTGTCTTTGGTAAACTCTTTCCAAGGATTATGATG
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GCCGAGACTGATGGATG

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1AB35TF 497 0 0
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TAAAGCAAATGAAAAACTCAGACACACCATCGCTTTCTGTTCAGAGAATGAGAGAAGCGC
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GTGATCCTCATAGCGGGTTTGCGACTGTTGAGAAGGATGTTCCAGGAAGCTTAACACCAA
TGCTTGGTGACAGAAAGGTGGAGCATTTCTTGGGAATAAAACGGCAACCAGAGTCTGGAA
ACTCGGATTCACCAGCGAAGAGACCGAAGCATTGAAGTCTCAGACCCTCTTTTGCTTGCT
CCTATGCTTTTCTTTTCACTTCGATTTGTCTCTGGTAAACTCTTTCCAAGGATTATGATG
ACTTCTGTGATCTTTTGTTACAATCTTTAAAACAAGACATATGGCTCAATATAGATTCAT
GCCGAGACTGATGGATG

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 2

CO CL4957Contig1 545 2 3 U
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AACCACTTAAAGAGTGCCGATCTTGGAGACACTGTGTTCGCCGAAGCATCTCCTGTAAGC
TCAGGCAAAACCTTAATATCTTCCTCTACAGTAACACTCCTCTGTAATCTTCCTACCCCT
GGTCACGCCAAAAATGCATCGGACCCACTCAAAATGATCTCCAAATTGTAGACTACAAAC
CTCTCTCTTTATATTTCTGAATATGATTCGTTGTATTTTATATTTTGCTAATGGCATTTT
TAATT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1FW47TF U 1
AF RR1FW07TF U 1
BS 1 388 RR1FW07TF
BS 389 389 RR1FW47TF
BS 390 545 RR1FW07TF

RD RR1FW47TF 497 0 0
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GAGATCCATGAACTATCTACAACACGTGTCACCGGTCGTCTTCCCGTTTCTCAAATCTGC
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AGTATAGGAGCTTACATGGCTACTGATCTCAAAAGGGTCGCTGGAATTCAACTCTCGATC
AACCACTTAAAGAGTGCCGATCTTGGAGACACTGTGTTCGCCGAAGCATCTCCTGTAAGC
TCAGGCAAAACCTTAATATCTTCCTCTACAGTAACACTCCTCTGTAATCTTCCTACCCCT
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CTCTCTCTTTATATTTC

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR1FW07TF 545 0 0
TTATTATCAAACTCCTAAAAGAAGACACTCACCTACCTAACCCCACCACAGATCGCACAA
ATGGATTCTTCATCGTCCAAAACCAAAACTTTAGCCCTTCCGCTTCACATCTTAGGCTTC
GAGATCCATGAACTATCTACAACACGTGTCACCGGTCGTCTTCCCGTTTCTCAAATCTGC
TGTCAGCCTTTCAAAGTGTTACACGGTGGTGTATCTGCTTTGATCGCTGAGTCTTTAGCA
AGTATAGGAGCTTACATGGCTACTGATCTCAAAAGGGTCGCTGGAATTCAACTCTCGATC
AACCACTTAAAGAGTGCCGATCTTGGAGACACTGTGTTCGCCGAAGCATCTCCTGTAAGC
TCAGGCAAAACCTTAATATCTTCCTCTAGAGTAACACTCCTCTGTAATCTTCCTACCCCT
GGTCACGCCAAAAATGCATCGGACCCACTCAAAATGATCTCCAAATTGTAGACTACAAAC
CTCTCTCTTTATATTTCTGAATATGATTCGTTGTATTTTATATTTTGCTAATGGCATTTT
TAATT

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL4958Contig1 261 2 2 U
GGATGGCTCATTTTGGACTAGGAGATCAGTTCCAGATCAACCAAGGAGATGCTAGAGCCA
AACTGGTTATAGGCAAGTGATCCTAGAATAACCGGCAGCAACATTAGTTTCCTCCTTTTG
CTTTTCTTGTGTTCATTTGTCATTTTAAAGAGTAATAGCGTCTTCAACTATTTGCATCTA
TTGTATCATTACCAGCGGTTGAATCATCTGCGTTGTAGCTAATGGACCTTCTTGTTTATC
TTATGTTTTGCTGATACATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FG62JQ C 1
AF RR1FG62TF U 9
BS 1 8 RR1FG62JQ
BS 9 261 RR1FG62TF

RD RR1FG62JQ 261 0 0
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AACTGGTTATAGGCAAGTGATCCTAGAATAACCGGCAGCAACATTAGTTTCCTCCTTTTG
CTTTTCTTGTGTTCATTTGTCATTTTAAAGAGTAATAGCGTCTTCAACTATTTGCATCTA
TTGTATCATTACCAGCGGTTGAATCATCTGCGTTGTAGCTAATGGACCTTCTTGTTTATC
TTATGTTTTGCTGATACATTC

QA 1 261 1 261
DS 

RD RR1FG62TF 253 0 0
CATTTTGGACTAGGAGATCAGTTCCAGATCAACCAAGGAGATGCTAGAGCCAAACTGGTT
ATAGGCAAGTGATCCTAGAATAACCGGCAGCAACATTAGTTTCCTCCTTTTGCTTTTCTT
GTGTTCATTTGTCATTTTAAAGAGTAATAGCGTCTTCAACTATTTGCATCTATTGTATCA
TTACCAGCGGTTGAATCATCTGCGTTGTAGCTAATGGACCTTCTTGTTTATCTTATGTTT
TGCTGATACATTC

QA 1 253 1 253
DS 



AS 1 2

CO CL4959Contig1 558 2 2 U
TTTTTGTTGGTGGTCTTTGACAAGAGATTTGAGATGGCGCTTAGAGGAGTATGGCAGCTC
CAGAAGCTGGTAGTGAGCTACTGTAACTGGGGAGGTAGCAGTAGAGGCATAAGAGCCTTT
ATGGAATCAGAATTGCCTGCGCTGATAGAGAAAAATCCACAGCTCGAAGTGGTAACCGAG
CTTTCAAGGGGGCAACATCCTTACCTCAAGGGCATATACAGGAATAGAAATGAGAGGGTG
GTGTGTGTGAAGAACCTGGATCCTGAACAAGTGCTTCTGAATGCAACGAGGCTTAGGAAC
TCTCTTGGAAGGAAAGTGGTGAAGCTGAGGACTAGGCATGTGACTAAACACCCCAGTGTT
CAAGGCACATGGACAACCGCTGTCAAGTTCTGAGTCTTTCTTGCTAAAATAGTATCAGGA
TTCATCCTTGTTATCTTTACATTTGCAAATCACAAGTTGTTTCTACTCTTATTTGGACGA
AGATTCAGCTTCACATGTTTGAATTTTGTATGTTTTAATAAGAATTCAGGAGAGGTTTAT
GGTAAATTTCATTTTGCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F857TF U 1
AF RR1F857JQ C 1
BS 1 525 RR1F857TF
BS 526 558 RR1F857JQ

RD RR1F857TF 525 0 0
TTTTTGTTGGTGGTCTTTGACAAGAGATTTGAGATGGCGCTTAGAGGAGTATGGCAGCTC
CAGAAGCTGGTAGTGAGCTACTGTAACTGGGGAGGTAGCAGTAGAGGCATAAGAGCCTTT
ATGGAATCAGAATTGCCTGCGCTGATAGAGAAAAATCCACAGCTCGAAGTGGTAACCGAG
CTTTCAAGGGGGCAACATCCTTACCTCAAGGGCATATACAGGAATAGAAATGAGAGGGTG
GTGTGTGTGAAGAACCTGGATCCTGAACAAGTGCTTCTGAATGCAACGAGGCTTAGGAAC
TCTCTTGGAAGGAAAGTGGTGAAGCTGAGGACTAGGCATGTGACTAAACACCCCAGTGTT
CAAGGCACATGGACAACCGCTGTCAAGTTCTGAGTCTTTCTTGCTAAAATAGTATCAGGA
TTCATCCTTGTTATCTTTACATTTGCAAATCACAAGTTGTTTCTACTCTTATTTGGACGA
AGATTCAGCTTCACATGTTTGAATTTTGTATGTTTTAATAAGAAT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1F857JQ 558 0 0
TTTTTGTTGGTGGTCTTTGACAAGAGATTTGAGATGGCGCTTAGAGGAGTATGGCAGCTC
CAGAAGCTGGTAGTGAGCTACTGTAACTGGGGAGGTAGCAGTAGAGGCATAAGAGCCTTT
ATGGAATCAGAATTGCCTGCGCTGATAGAGAAAAATCCACAGCTCGAAGTGGTAACCGAG
CTTTCAAGGGGGCAACATCCTTACCTCAAGGGCATATACAGGAATAGAAATGAGAGGGTG
GTGTGTGTGAAGAACCTGGATCCTGAACAAGTGCTTTTGAATGCAACGAGGCTTAGGAAC
TCTCTTGGAAGGAAAGTGGTGAAGCTGAGGACTAGGCATGTGACTAAACACCCCAGTGTT
CAAGGCACATGGACAACCGCTGTCAAGTTTTGAGTCTTTCTTGCTAAAATAGTATCAGGA
TTCATCCTTGTTATCTTTACATTTGCAAATCACAAGTTGTTTTTACTCTTATTTGGACGA
AGATTCAGCTTCACATGTTTGAATTTTGTATGTTTTAATAAGAATTCAGGAGAGGTTTAT
GGTAAATTTCATTTTGCG

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 2

CO CL4960Contig1 1040 2 2 U
GGAGAAGAAGATAGAAGATTTTAGCCTTAAAAGAAGAAGAGAGAAGATGGGATTGTTGTC
GAACAAGATCTCCAGAGACGAAATCAAGGCAGGAGATCACATCTATTCATGGCGTTCTTA
CATCTACACCCATCACGGAATCTATGTAGGAGATGGGAAAGTCATCCATTTCACACGTGG
AGGTGGTCTAGAGATCGGAACGGGGACTATCCTGGACAAGATCATCGTTAGTTCAGTTCC
TCATCACGGAGGAGACAACCCGTGTCCTGACTGCGGAGATCAAACCAATCTAAACGGCGT
TATCTCCTCTTGCCTCGACTGTTTTCTCTCCGGAGGAAACCTCTATCTCTTCCAGTACAA
CGTCTCCAAGGCCATCTTTCTCGCCAAGCAGCGAGGAGGTACCTGCACTATAGCACCTTC
GGATCCTCCCGAAGACGTCGTCGCCCGCGCCAAGTTCCTCTTGTCGCGAAACGGGTTCGG
TGAGTACCATCTCTTGGACAACAACTGCGAAGATTTCGCCATCTACTGCAAAACCGGTTT
GCTCGTGTTGTCCGTGACCAAGTCCGGGAGTAGTAGCCAGGTCAACTCGGTGTGTGCAGC
GGGCGGTGTTGTTTCTTTGACGCTCAGGGCTTTAGGGGTTGGAACGAGTGGTAGTCAAGC
AGCTTCCTTGGCATCGGCGGCGGCGACGTCTTCTCCAGCTTTGACGGTTTCTGCTTCGAC
CAGTGCTCTTTCTACGACGATTGGAGCTGTAGCTACCGGCGTTGGAGCTATTGCTTTGAC
GGGGTATGGTAACTACTGTGTTAGTCGTCTGGCTTATGATGTTGGTGTGAGGAAAGATGT
TCGCAAGGTCCCTGTGGATGAGCTCGTTGCACTTATGGCAGTTATACAAGGGAAATCAGA
CGTCGACAACAAAGATTGTAAACTTAGTTAGCACACTCTGTTTCGGTTAATGAATCGGTG
ACTGATTTGTTATGTATTTGTGTAAACTGTGTTTTAACTATTTATGAGAGTGGGAACATA
CAGTAAAAGAATATTACATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CV90TF U 1
AF RR1CV90JQ C 311
BS 1 563 RR1CV90TF
BS 564 1040 RR1CV90JQ

RD RR1CV90TF 563 0 0
GGAGAAGAAGATAGAAGATTTTAGCCTTAAAAGAAGAAGAGAGAAGATGGGATTGTTGTC
GAACAAGATCTCCAGAGACGAAATCAAGGCAGGAGATCACATCTATTCATGGCGTTCTTA
CATCTACACCCATCACGGAATCTATGTAGGAGATGGGAAAGTCATCCATTTCACACGTGG
AGGTGGTCTAGAGATCGGAACGGGGACTATCCTGGACAAGATCATCGTTAGTTCAGTTCC
TCATCACGGAGGAGACAACCCGTGTCCTGACTGCGGAGATCAAACCAATCTAAACGGCGT
TATCTCCTCTTGCCTCGACTGTTTTCTCTCCGGAGGAAACCTCTATCTCTTCCAGTACAA
CGTCTCCAAGGCCATCTTTCTCGCCAAGCAGCGAGGAGGTACCTGCACTATAGCACCTTC
GGATCCTCCCGAAGACGTCGTCGCCCGCGCCAAGTTCCTCTTGTCGCGAAACGGGTTCGG
TGAGTACCATCTCTTGGACAACAACTGCGAAGATTTCGCCATCTACTGCAAAACCGGTTT
GCTCGTGTTGTCCGTGACCAAGT

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR1CV90JQ 730 0 0
TGCCTCGACTGTTTTCTCTCCGGAGGAAACCTCTATCTCTTCCAGTACAACGTCTCCAAG
GCCATCTTTCTCGCCAAGCAGCGAGGAGGTACCTGCACTATAGCACCTTCGGATCCTCCC
GAAGACGTCGTCGCCCGCGCCAAGTTCCTCTTGTCGCGAAACGGGTTCGGTGAGTACCAT
CTCTTGGACAACAACTGCGAAGATTTCGCCATCTACTGCAAAACCGGTTTGCTCGTGTTG
TCCGTGACCAAGTCCGGGAGTAGTAGCCAGGTCAACTCGGTGTGTGCAGCGGGCGGTGTT
GTTTCTTTGACGCTCAGGGCTTTAGGGGTTGGAACGAGTGGTAGTCAAGCAGCTTCCTTG
GCATCGGCGGCGGCGACGTCTTCTCCAGCTTTGACGGTTTCTGCTTCGACCAGTGCTCTT
TCTACGACGATTGGAGCTGTAGCTACCGGCGTTGGAGCTATTGCTTTGACGGGGTATGGT
AACTACTGTGTTAGTCGTCTGGCTTATGATGTTGGTGTGAGGAAAGATGTTCGCAAGGTC
CCTGTGGATGAGCTCGTTGCACTTATGGCAGTTATACAAGGGAAATCAGACGTCGACAAC
AAAGATTGTAAACTTAGTTAGCACACTCTGTTTCGGTTAATGAATCGGTGACTGATTTGT
TATGTATTTGTGTAAACTGTGTTTTAACTATTTATGAGAGTGGGAACATACAGTAAAAGA
ATATTACATT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL4961Contig1 970 2 4 U
GGGCAACATTTCTACAACTGTAGCCAAACAAACCATTCTCTTATGGTGGTGATGATCATC
ATCATGTGATATTATCTCTCATTACCTTCTTCTTCTACTTAGTACTGTAATAAAATGGGA
AGATCACCGTGCTGTGACAAATTGGGTTTAAAGAAAGGGCCATGGACACAAGAAGAAGAT
CAGAAACTTTTGGCTTATATTGAAGAACATGGACATGGAAGTTGGCGTTCATTGCCTGAG
AAAGCTGGTAAAATGAAAAACTATATAATTCAAAACTTTTCTCTCATGTAGGTAGTACCT
TTCCTTATTCTCAAAATCTCTCAGGTCTTCACCGATGCGGCAAAAGCTGCAGACTAAGAT
GGACTAACTACCTAAGACCTGACATCAAAAGAGGCAAATTCAACTTACAAGAAGAACAAA
CCATTATTCAACTCCATGCTCTCTTAGGAAACAGGTGGTCGGCGATAGCGACTCATTTGC
CGAAGAGAACAGACAACGAGATCAAGAACTACTGGAACACTCACTTGAAGAAACGTTTGG
TTAAAATGGGGATTGATCCAGTGACTCATAAACCCAAAAACGAAACTCGATCAAAGAACC
TGAAAACGATTGGTTCAACTCAACGGTTCACGAGTTTGAAACCACGGAGATGGCGGGAGG
AGTTGACGAAGGGTTCATGCTCGCCGGAGATTCACTAGGCCGGAGCTTATCCGACGAGAA
ACACGAAACGGTGAAAGAGAGAAGTGGTGGTGACTGCAGCAACTACTACGAGGAGGACAA
CAAGAACAACTATTTGGACAGCATTTTCAGCTTTGTTGATCCTTCACCGCCGATGTTCTG
AACCAACGGGGTTGATTTTTCATTTTTTCGAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATAA
TCCTAACCGTTGGACTACAGACGCTTCGATGTATTTATTCTTTAGTTGTGTTCAATTATG
CTCTTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G007TF U 1
AF RR1G007JQ C 162
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BS 641 641 RR1G007JQ
BS 642 666 RR1G007TF
BS 667 970 RR1G007JQ

RD RR1G007TF 666 0 0
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ATCATGTGATATTATCTCTCATTACCTTCTTCTTCTACTTAGTACTGTAATAAAATGGGA
AGATCACCGTGCTGTGACAAATTGGGTTTAAAGAAAGGGCCATGGACACAAGAAGAAGAT
CAGAAACTTTTGGCTTATATTGAAGAACATGGACATGGAAGTTGGCGTTCATTGCCTGAG
AAAGCTGGTAAAATGAAAAACTATATAATTCAAAACTTTTCTCTCATGTAGGTAGTACCT
TTCCTTATTCTCAAAATCTCTCAGGTCTTCACCGATGCGGCAAAAGCTGCAGACTAAGAT
GGACTAACTACCTAAGACCTGACATCAAAAGAGGCAAATTCAACTTACAAGAAGAACAAA
CCATTATTCAACTCCATGCTCTCTTAGGAAACAGGTGGTCGGCGATAGCGACTCATTTGC
CGAAGAGAACAGACAACGAGATCAAGAACTACTGGAACACTCACTTGAAGAAACGTTTGG
TTAAAATGGGGATTGATCCAGTGACTCATAAACCCAAAAACGAAACTCGATCAAAGAACC
TGAAAACGATTGGTTCAACTCAACGGTTCACGAGTTTGAA*CCACGGAGATGGCGGGAGG
AGTTGA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1G007JQ 809 0 0
CAT
GACACAAGAAGAAGATCAGAAACTTTTGGCTTATAT*GAAGAACATGGACATGGAAGTTG
GCGTTCATTGCCTGAGAAAGCTGGTAAAATGAAAAACTATATAATTCAAAACTTTTCTCT
CATGTAGGTAGTACCTTTCCTTATTCTCAAAATCTCTCAGGTCTTCACCGATGCGGCAAA
AGCTGCAGACTAAGATGGACTAACTACCTAAGACCTGACATCAAAAGAGGCAAATTCAAC
TTACAAGAAGAACAAACCATTATTCAACTCCATGCTCTCTTAGGAAACAGGTGGTCGGCG
ATAGCGACTCATTTGCCGAAGAGAACAGACAACGAGATCAAGAACTACTGGAACACTCAC
TTGAAGAAACGTTTGGTTAAAATGGGGATTGATCCAGTGACTCATAAACCCAAAAACGAA
ACTCGATCAAAGAACCTGAAAACGATTGGTTCAACTCAACGGTTCACGAGTTTGAAACCA
CGGAGATGGCGGGAGGAGTTGACGAAGGGTTCATGCTCGCCGGAGATTCACTAGGCCGGA
GCTTATCCGACGAGAAACACGAAACGGTGAAAGAGAGAAGTGGTGGTGACTGCAGCAACT
ACTACGAGGAGGACAACAAGAACAACTATTTGGACAGCATTTTCAGCTTTGTTGATCCTT
CACCGCCGATGTTCTGAACCAACGGGGTTGATTTTTCATTTTTTCGAACCCGGGTCTATT
GCTTGGAAGGCAATAATCCTAACCGTTGGACTACAGACGCTTCGATGTATTTATTCTTTA
GTTGTGTTCAATTATGCTCTTTGACC

QA 4 809 4 809
DS 



AS 1 2

CO CL4962Contig1 973 2 8 U
GTACGCGAGAGGACTCAGCTTGAGTCCAGGTTATGGAGTGCAGCCTGAAGTTAGGTACAG
TCCAGCAGTAGGAGGTAATAATAGAGGAGGAGGATTCTCACCGTTTGGACATGGATTTGG
AATCGAGCTGAATTTTGAGCAAGGGCAGAGTCAGAGCTATGGATCTGGTTCCAATGCAGG
CTTTGTTGGACGGCCGTTTAGCCCAGGATATGCTGCGAGTCATGGCAGGTTCGGTGGTAG
CCAGGTTGAGTCTGGAGGAGGTAACGGTTCTGTGCTAAATGCAGCAGCCAAGAACAACTT
ATGGGGAAATGGTGGTGGTCTAGGTTACATGTCGAACTCTCCGATATCTAGGAGCAGCTT
TAACGGAAACTCTGGAATGTCTTCTTCACTAGGCAGCATTGGGGACAGCTTTGGACGTGC
ACGTAGTGGTGGCTATCGCAGTGAGGGAGGAGGAGGAGGTGTAGGATTAGAAGCAATGAG
AGGGGTTCATGTTGGTGGTTACAGCAGCAGCGGCGGCTCAAGCAGTATGGAGGCAGACTC
TCTGTACAGTGACTCGGCGTGGCTTTCTTCGCTGCCTGCAAAGGCGGAGGAAAGATTGGG
AATGGGAGCTTTTGACTTCATGTCTAAAGGACCAGCTGGATACATCAACAGGCAACCAAA
CGGAGGTATTGCAGCTTAGAGAAGTGTGAGAAAATCCTATGGAGATTTACAGGAAATGGC
TATATTTGCAGAATGAGAGTTTTTAGAAAGAGGAAAACTTATTTGTTCAAAGCTTTTATT
TACTTCTTTTTTTTTCTTTACTATTTTGATTGTTGCTATAGTTTTTAATTTCACCCTTTT
CCTAATTTGGGGTTTGTTTCTTTTATCTTAAAGAAAATTAAAAATGTAAACCGAGTTATA
TAAAGAGACAAAGAAACAATGAAGTGTATTATATTCTTGTCTTTCTCTCTTTTCTAAATC
TAGAGATTGACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F511TF U 1
AF RR1F511JQ C 311
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RD RR1F511TF 774 0 0
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TCCAGCAGTAGGAGGTAATAATAGAGGAGGAGGATTCTCACCGTTTGGACATGGATTTGG
AATCGAGCTGAATTTTGAGCAAGGGCAGAGTCAGAGCTATGGATCTGGTTCCAATGCAGG
CTTTGTTGGACGGCCGTTTAGCCCAGGATATGCTGCGAGTCATGGCAGGTTCGGTGGTAG
CCAGGTTGAGTCTGGAGGAGGTAACGGTTCTGTGCTAAATGCAGCAGCCAAGAACAACTT
ATGGGGAAATGGTGGTGGTCTAGGTTACATGTCGAACTCTCCGATATCTAGGAGCAGCTT
TAACGGAAACTCTGGAATGTCTTCTTCACTAGGCAGCATTGGGGACAGCTTTGGACGTGC
ACGTAGTGGTGGCTATCGCAGTGAGGGAGGAGGAGGAGGTGTAGGATTAGAAGCAATGAG
AGGGGTTCATGTTGGTGGTTACAGCAGCAGCGGCGGCTCAAGCAGTATGGAGGCAGACTC
TCTGTACAGTGACTCGGCGTGGCTTTCTTCGCTGCCTGCAAAGGCGGAGGAAAGATTGGG
AATGGGAGCTTTTGACTTCATGTCTAAAGGACCAGCTGGATACATCAACAGGCAACCAAA
CGGAGGTATTGCAGCTTAGAGAAGTGTGAGAAA*TCCTATGGAGATTTACAGGAAATGGC
TATATTTGCAGAATGAGAGTTTT*AGAAAGAGGAAA*CTTATTTGTTCAAAGCT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1F511JQ 663 0 0
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TCTGGAATGTCTTCTTCACTAGGCAGCATTGGGGACAGCTTTGGACGTGCACGTAGTGGT
GGCTATCGCAGTGAGGGAGGAGGAGGAGGTGTAGGATTAGAAGCAATGAGAGGGGTTCAT
GTTGGTGGTTACAGCAGCAGCGGCGGCTCAAGCAGTATGGAGGCAGACTCTCTGTACAGT
GACTCGGCGTGGCTTTTTTCGCTGCCTGCAAAGGCGGAGGAAAGATTGGGAATGGGAGCT
TTTGACTTCATGTCTAAAGGACCAGCTGGATACATCAACAGGCAACCAAACGGAGGTATT
GCAGCTTAGAGAAGTGTGAGAAAATCCTATGGAGATTTACAGGAAATGGCTATATTTGCA
GAATGAGAGTTTTTAGAAAGAGGAAAACTTATTTGTTCAAAGCTTTTATTTACTTCTTTT
TTTTTCTTTACTATTTTGATTGTTGCTATAGTTTTTAATTTCACCCTTTTCCTAATTTGG
GGTTTGTTTCTTTTATCTTAAAGAAAATTAAAAATGTAAACCGAGTTATATAAAGAGACA
AAGAAACAATGAAGTGTATTATATTCTTGTCTTTCTCTCTTTTCTAAATCTAGAGATTGA
CAT

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL4963Contig1 498 2 1 U
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TATTCTTCATCATCATCATCTTGATCATTTCACCAGTATCTTCAGATGATGGTGTTGCCA
GGAAAGAAGAGAATCCGTCGCTTTTAAAGATCATAAGTGGGATTTTTGGCAAGAAATTTC
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CTCCAAATCTAGATTTCAGAAGCAACAGCGACAAGAACAACGGAGAAGAAGGAGAAGAGA
AAGGAGAGAAAGTGAAAGAGGCGGCGACAAGGAGCCTTGAAGCAAGCAAAGAAGCCATTG
AAGAGTCTGCAAAACTAGCAGGAGGTGTTGTAGGGGAAGTAGTTCACAAAACAGCTGAGA
AAGTCACCAAACAAACCTCACATGATGAAATGTAATCTTCTCATAATGTTATTAAAAAAA
AACTCAGACTCAAATACC


BQ
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AF RR1BD18JQ C 1
AF RR1BD18TF U 1
BS 1 498 RR1BD18TF

RD RR1BD18JQ 498 0 0
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AACTCAGACTCAAATACC

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1BD18TF 498 0 0
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TATTCTTCATCATCATCATCTTGATCATTTCACCAGTATCTTCAGATGATGGTGTTGCCA
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CTCCAAATCTAGATTTCAGAAGCAACAGCGACAAGAACAACGGAGAAGAAGGAGAAGAGA
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AAGTCACCAAACAAACCTCACATGATGAAATGTAATCTTCTCATAATGTTATTAAAAAAA
AACTCAGACTCAAATACC

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FN26JQ C 1
AF RR1FN26TF U 1
BS 1 356 RR1FN26TF

RD RR1FN26JQ 356 0 0
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GTGTTTACATTCGGAGGATTATTTCTATCATATTGGGTTTACAAATACCATCCCACAAAT
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ATCTCCGTTTTGGTCTCCGATCTATGCGACGATGACGGCGTGAATCATCATGACCTAAAT
CAAATCACGATCGTGACATAAAATTAAAACGTTTGACTTTTTCCTTAAACTGTTGTTAAT
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QA 1 356 1 356
DS 

RD RR1FN26TF 356 0 0
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TCTAATCTTTGGATGGTTCCTGTGGGACTCATCTTCCTCATCACTCCTGCGTTCCTCTCT
ATCTCCGTTTTGGTCTCCGATCTATGCGACGATGACGGCGTGAATCATCATGACCTAAAT
CAAATCACGATCGTGACATAAAACTAAAACGTTTGACTTTTTCCTTAAACTGTTGTTAAT
AATTTTTTTTTGCTAAAAACTGTTGTTAATAATTTGGAATTAAATGATATATTACC

QA 1 356 1 356
DS 



AS 1 2

CO CL4965Contig1 1189 2 2 U
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GAAAAACTCTAACTGTTGAAGGATAAAAACCTTCTGAATAACAGTTTTCACCCTTCAAAA
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CTTACGATCAAAGACTCAACCATAACCCATTTCAGGTATGTCCGACAACGAAGAAACTCA
AAATACAGTACAAAATAATTTATTAGATTATATCAGTAGTATTGATACAAATAATTTCTT
TGAAAAAGACATATTAATCCAAGGATCAAAAATTAAGAACCTTGAAAAAGAAGCAAAGAT
AACACTAAAGAATGATCAAGACGTACATAGAAATAGATTATCAGAAATATTAAAAAGAAA
AAATGTACTGTACTTTGGAAAATTTATACGAGAATTTCCTTTACCAATTGAATCAACTCG
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AAGATCAACATTTAAAAAGAATATCGATTCTCCAATTAGATTAGTGGTAACTGATAACAG
AATTCAATCGAAAATGACAAAATAATCGGAATTGTAGGTAGTAATTTAAAACATTCAGTT
GTTAAATTCAACGTGGTTTGTCAATATGGCATACCATTAACAACAAAAACCTTAACAACT
CTATTGGAATTATCTATGATTTTCAACGACATGATCTTATGGAAGACGGAGATCATCCGT
TATCAATTACGTATGCTGTTGGATACGCCTTATTTTCGTCCGCACATAGTATTGAATTCG
CCAACAAAAATGATATTTATCTTGAAAACCTGTTTAAAGAAACAACAACTGTTAAGTTTA
TACCAAAGAAAAATATAAGCAATCAAAATAAGACATATACTCCACAAATAAAGTTTCTGG
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CAATTAGTAGTTCATATGAATTACAACAAATTAATCATAAACTAAATAAATTAGAACGGT
CTATAACAACACTAGATAATAAATTATGAAAAAACAGAGTCAAAATTAT


BQ
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AF RR1C315TF U 1
AF RR1C315JQ C 422
BS 1 673 RR1C315TF
BS 674 1189 RR1C315JQ

RD RR1C315TF 678 0 0
GGAGAGTGAAATAAAAGATCGAATAAGTTTTCGGTTTAAAGAGTTGAGAAAATTTTCTCT
GAAAAACTCTAACTGTTGAAGGATAAAAACCTTCTGAATAACAGTTTTCACCCTTCAAAA
TCCATAAACACAAATCAAAAACAATAGAAAATCAAGAAGCTCAATCAAATTCAAGCGACT
CTTACGATCAAAGACTCAACCATAACCCATTTCAGGTATGTCCGACAACGAAGAAACTCA
AAATACAGTACAAAATAATTTATTAGATTATATCAGTAGTATTGATACAAATAATTTCTT
TGAAAAAGACATATTAATCCAAGGATCAAAAATTAAGAACCTTGAAAAAGAAGCAAAGAT
AACACTAAAGAATGATCAAGACGTACATAGAAATAGATTATCAGAAATATTAAAAAGAAA
AAATGTACTGTACTTTGGAAAATTTATACGAGAATTTCCTTTACCAATTGAATCAACTCG
CGGAGAATTTACATTACCAGTAATTTCGTCTGAAGCTATAAATGAAAAGATAAGTAAAAT
GAAACCAAGTCATCAAGAAAAGATATCATATATACACATAGGAACAATTCAAATAATAGT
AAGATCAACATTTAAAAAGAATATCGATTCTCCAATTAGATTAGTGGTAACTGATAACAG
AATTCAATCGAAA
TGACA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1C315JQ 768 0 0
AATGTACTGTACTTTGGAAAATTTATACGAGAATTTCCTTTACCAATTGAATCAACTCGC
GGAGAATTTACATTACCAGTAATTTCGTCTGAAGCTATAAATGAAAAGATAAGTAAAATG
AAACCAAGTCATCAAGAAAAGATATCATATATACACATAGGAACAATTCAAATAATAGTA
AGATCAACATTTAAAAAGAATATCGATTCTCCAATTAGATTAGTGGTAACTGATAACAGA
ATTCAATCGAAAATGACAAAATAATCGGAATTGTAGGTAGTAATTTAAAACATTCAGTTG
TTAAATTCAACGTGGTTTGTCAATATGGCATACCATTAACAACAAAAACCTTAACAACTC
TATTGGAATTATCTATGATTTTCAACGACATGATCTTATGGAAGACGGAGATCATCCGTT
ATCAATTACGTATGCTGTTGGATACGCCTTATTTTCGTCCGCACATAGTATTGAATTCGC
CAACAAAAATGATATTTATCTTGAAAACCTGTTTAAAGAAACAACAACTGTTAAGTTTAT
ACCAAAGAAAAATATAAGCAATCAAAATAAGACATATACTCCACAAATAAAGTTTCTGGA
GCCTAGTTTTAGTGCATCAAGAATTACTAGAAGTAGAACCATCAATGAAAGAAGAAATTC
AATTAGTAGTTCATATGAATTACAACAAATTAATCATAAACTAAATAAATTAGAACGGTC
TATAACAACACTAGATAATAAATTATGAAAAAACAGAGTCAAAATTAT

QA 1 768 1 768
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4967Contig1 664 2 2 U
GGGATCTTCTCTGGAGGATCTCTACAACAGTCTTACTCTCTTCTCTTCCCTATCTCTCTG
TGTGTGGGTGAATTTTAGATGGCTGGAGTTGTGCGATTATTATCAGCGGCGTCGTTTCAG
GCCCTTGGCGTCTCTTCTTCGTCCTTCACCTCCTTTGCAGCCACTCTCACTTCTCCTTAC
TTATCTCCGACTCCGAATCTGAATTCCGACAGGAGATTGCGTCCGCTCTCATCTTCTCCC
TCCTGCTCGTCTTCTCATCACCCATCTTCTGGTCTCGGAAGCCATATCCCCCTGAGAGGA
CACAAGAGCAAGTTGGTTCGTGTCAAGGTAGATGAGAGTGTGGCCGAGACAGAGCCACCG
AAATGGTGGGAGAGGAATGCTGGACCAAACATGGTGGACATTCATTCTACCGAGGAGTTC
TTGAAGGCTTTAAGCGAAGCTGGAGAAAGACTAGTCATTGTAGAGTTTTATGGAACTTGG
TGTGCTTCTTGCAGAGCATTGTTCCCTAAGCTTTGCAAAACGGCGGTGGAAAATCCCAAT
ATATTGTTCCTCAAAATCAACTTTGATGAGAATAAACCAATGTGCAAGAGTTTGAACGTG
AAAGTGCTTCCTTACTTCCACTTTTACCGTGGAGCTGATGGCCAGCTCGAGTCCTTCTCA
TGTT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1GQ02TF U 1
AF RR1CV76TF U 21
BS 1 276 RR1GQ02TF
BS 277 664 RR1CV76TF

RD RR1GQ02TF 276 0 0
GGGATCTTCTCTGGAGGATCTCTACAACAGTCTTACTCTCTTCTCTTCCCTATCTCTCTG
TGTGTGGGTGAATTTTAGATGGCTGGAGTTGTGCGATTATTATCAGCGGCGTCGTTTCAG
GCCCTTGGCGTCTCTTCTTCGTCCTTCACCTCCTTTGCAGCCACTCTCACTTCTCCTTAC
TTATCTCCGACTCCGAATCTGAATTCCGACAGGAGATTGCGTCCGCTCTCATCTTCTCCC
TCCTGCTCGTCTTCTCATCACCCATCTTCTGGTCTC

QA 1 276 1 276
DS 

RD RR1CV76TF 644 0 0
TCTACAACAGTCTTACTCTCTTCTCTTCCCTATCTCTCTGTGTGTGGGTGAATTTTAGAT
GGCTGGAGTTGTTCGATTATTATCAGCGGCGTCGTTTCAGGCCCTTGGCGTCTCTTCTTC
GTCCTTCACCTCCTTTGCAGCCACTCTCACTTCTCCTTACTTATCTCCGACTCCGAATCT
GAATTCCGACAGGAGATTGCGTCCGCTCTCATCTTCTCCCTCCTGCTCGTCTTCTCATCA
CCCATCTTCTGGTCTCGGAAGCCATATCCCCCTGAGAGGACACAAGAGCAAGTTGGTTCG
TGTCAAGGTAGATGAGAGTGTGGCCGAGACAGAGCCACCGAAATGGTGGGAGAGGAATGC
TGGACCAAACATGGTGGACATTCATTCTACCGAGGAGTTCTTGAAGGCTTTAAGCGAAGC
TGGAGAAAGACTAGTCATTGTAGAGTTTTATGGAACTTGGTGTGCTTCTTGCAGAGCATT
GTTCCCTAAGCTTTGCAAAACGGCGGTGGAAAATCCCAATATATTGTTCCTCAAAATCAA
CTTTGATGAGAATAAACCAATGTGCAAGAGTTTGAACGTGAAAGTGCTTCCTTACTTCCA
CTTTTACCGTGGAGCTGATGGCCAGCTCGAGTCCTTCTCATGTT

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL4968Contig1 1421 2 4 U
GGGAAACGAAGTAACATCACCAAGGTAGATCTCTCTGTTCTGCTTTGGTCGGAGAAGTGT
TATCATCATGGTCGGAATTCTCCTGGGATTGCCTGGACAGTGGGCAGAAGACGAGCTCGA
GTCTTCTGATCACTACACAACTAAAATCGGAGGTCTTCCGGATTGGCCGCCGCCATCACC
AGATGATGATGTAATGAAAGCAGAGCTACTCAATTGTACTTCATGTGGAAGTAAACTCTC
TCTTGTAGCTCAGGTTTATGCTCCAATCTCAACTGAAAACTCGGAACGTACTCTCTATAT
ATTCGGTTGCTTGATGCCTAAATGTGGAGCTTCTGAACAAAGCTGGAGAGCTTTAAGCGT
TCAGAAAGCTGTAAAGGAGAAAGAATCTATTGAAATAAACGATCTTCCTGTTGCTTCACC
TAAGGATACACCTTCTAAACCTCATTGGTTGGACGATGGTGGTGATGGTGATGATGAAGA
AGATTTTGATTTTGAGAGTTTAGCTAAAGCCATTGCGGAAGCTGCTACTACCGTTGCATC
CAACTCTAAGAAACCAAAGAGCAAACCAAGTGGCAATGCTAGCTCAGGGACTAAAGCAAA
GCCTTCGCCTTTGAAATCCGAAACAAGAGTTGTGGATCAGGTTAAAGCTGAGACTGGTGC
GTTGCTTCCCTGCTTCTACATTTATACAAAGGAGGAGAAAGTCTCAATAAAAGAAGATGT
GGGATCGTGTCTCCGTGAGTTATTCTTCTATGTCCATTAAGGATAAAGAAACCAGCGAGA
AGAAGGATGAGAGTGAAGCTGAAGAAGCTTGGGAGGATGAGAAGTATGAATATGACAAAG
CTCTGAATGCAGATAGGACTTACCTTAAGTTCAAAAAACGACTAGATGCTAACTTTGAGC
AATGTTTCAGGTACTCATATGGAGGGAAGCCGTTACTGGCCACCGAAGACCTGAAGTCTC
CTGAGAAGTGCAGGCGCTGCGACTCTCCGATGGTGTTTGAGATGCAACTCATGTCTCCTT
TGATATATTTTCTGCATGAGGCTGTTGTTGATGAAGGGCTCAAGCAGTCATTGGATAACT
GGGACTGGATGACACTTATTGTCTACACTTGTTCCAAGAGCTGTGCAACGGCTTTGACTG
GCGATTGGGTTGTTGCGGAGGGGTGTATAGCAGTACAGTATGAGAAGCCGATGAATTTGG
ATCATGCTAGTTTCTTCAAATGAAGCGATGCTTTGATTGGTTGAGAAGATGTGGTGAAGT
GATACAGCTAAGAATCTAGAAGAGTGAGCTGCTCAAATTTTGTGTGTTTTTTTTGTTTAA
ACTTATAGGAGATAAAAACGAATTTTTTTTTTCTGTGTAATGTCTAATTAATATTGGATT
GCTTTCGATTAAAATTCTCTATAAAAGTCAATGTAAGTGTG


BQ
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AF RR1AY08TF U 1
AF RR1AY08JQ C 746
BS 1 802 RR1AY08TF
BS 803 803 RR1AY08JQ
BS 804 852 RR1AY08TF
BS 853 1421 RR1AY08JQ

RD RR1AY08TF 852 0 0
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TATCATCATGGTCGGAATTCTCCTGGGATTGCCTGGACAGTGGGCAGAAGACGAGCTCGA
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TCTTGTAGCTCAGGTTTATGCTCCAATCTCAACTGAAAACTCGGAACGTACTCTCTATAT
ATTCGGTTGCTTGATGCCTAAATGTGGAGCTTCTGAACAAAGCTGGAGAGCTTTAAGCGT
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CAACTCTAAGAAACCAAAGAGCAAACCAAGTGGCAATGCTAGCTCAGGGACTAAAGCAAA
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CTCTGAATGCAG

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR1AY08JQ 676 0 0
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TAAGTTCAAAAAACGACTAGATGCTAACTTTGAGCAATGTTTCAGGTACTCATATGGAGG
GAAGCCGTTACTGGCCACCGAAGACCTGAAGTCTCCTGAGAAGTGCAGGCGCTGCGACTC
TCCGATGGTGTTTGAGATGCAACTCATGTCTCCTTTGATATATTTTCTGCATGAGGCTGT
TGTTGATGAAGGGCTCAAGCAGTCATTGGATAACTGGGACTGGATGACACTTATTGTCTA
CACTTGTTCCAAGAGCTGTGCAACGGCTTTGACTGGCGATTGGGTTGTTGCGGAGGGGTG
TATAGCAGTACAGTATGAGAAGCCGATGAATTTGGATCATGCTAGTTTCTTCAAATGAAG
CGATGCTTTGATTGGTTGAGAAGATGTGGTGAAGTGATACAGCTAAGAATCTAGAAGAGT
GAGCTGCTCAAATTTTGTGTGTTTTTTTTGTTTAAACTTATAGGAGATAAAAACGAATTT
TTTTTTTCTGTGTAATGTCTAATTAATATTGGATTGCTTTCGATTAAAATTCTCTATAAA
AGTCAATGTAAGTGTG

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL4969Contig1 1166 2 2 U
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GCTGCTTCCATCAAAGCTGGATTTTATGATATTGGTATTGGGGCTGGATTGGAGTCCATG
ACTACTAATCCTATGGCATGGGAAGGGCCAGTCAACCCAGCGGTGAAGAAGTTTGAGCAA
GCACAGAACTGTCTCCTCCCTATGGGTGTTACTTCAGAAAATGTAGCACACCGTTTTGGT
GTCTCAAGGCAGGAGCAAGATCAAGCTGCTGTTGACTCGCACAGAAAGGCAGCTGCTGCT
ACTGCTGCTGGTAAATTCAAGGATGAGATCATTCCTGTTAAAACCAAGCTTGTTGACCCA
AAGACAGGTGATGAGACACCCATTACAGTTTCTGTTGATGATGGGATCCGACCAAGTACA
ACCCTTGCTACTCTTGGAAAGCTGAAGCCAGTGTTTAAAAAGGATGGCACTACAACTGCT
GGAAACTCCAGCCAAGTAAGTGATGGTGCAGGAGCGGTTCTCCTCATGAGGAGAAGTGTT
GCTACGCAAAAAGGACTTCCCGTCCTTGGTGTATTCAGGGGCATTTGCTGCAGTTGGTGT
TGATCCAGCAATCATGGGTGTGGGTCCAGCAGTTGCCATTCCTGCTGCAGTTAAAGCTGC
TGGTTTAGAACTCGATGATATCGACTTGTTTGAGATCAACGAGGCATTTGCATCTCAGTT
TGTTTATTGCCGTAACAAATTGGGACTTGACGTAGAGAAAATCAATGTCAACGGTGGCGC
AATGGCCATAGGACATCCTTTGGGAGCTACAGGAGCACGTTGCGTTGTTACTTTGTTGCA
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GGGGATGGGTGCAGCGGCAGTGTTTGAGAGAGGAGATGGAGTTGATGAGCTTCGCAACGC
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GTTTATCACAGTTATTTGAATAAAGCATCGCAACCAATGTTTGCCTGAGTCTTGTATTTT
TCTTGACCAGGTCATGTTTTTTTTTA


BQ
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AF RR1AM28TF U 1
AF RR1AM28JQ C 440
BS 1 781 RR1AM28TF
BS 782 1166 RR1AM28JQ

RD RR1AM28TF 781 0 0
GTGGGGGTGAGGACCGTGAATAGACAGTGCTCCTCTGGGCTTCAGGCTGTTGCTGACGTT
GCTGCTTCCATCAAAGCTGGATTTTATGATATTGGTATTGGGGCTGGATTGGAGTCCATG
ACTACTAATCCTATGGCATGGGAAGGGCCAGTCAACCCAGCGGTGAAGAAGTTTGAGCAA
GCACAGAACTGTCTCCTCCCTATGGGTGTTACTTCAGAAAATGTAGCACACCGTTTTGGT
GTCTCAAGGCAGGAGCAAGATCAAGCTGCTGTTGACTCGCACAGAAAGGCAGCTGCTGCT
ACTGCTGCTGGTAAATTCAAGGATGAGATCATTCCTGTTAAAACCAAGCTTGTTGACCCA
AAGACAGGTGATGAGACACCCATTACAGTTTCTGTTGATGATGGGATCCGACCAAGTACA
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GGAAACTCCAGCCAAGTAAGTGATGGTGCAGGAGCGGTTCTCCTCATGAGGAGAAGTGTT
GCTACGCAAAAAGGACTTCCCGTCCTTGGTGTATTCAGGGGCATTTGCTGCAGTTGGTGT
TGATCCAGCAATCATGGGTGTGGGTCCAGCAGTTGCCATTCCTGCTGCAGTTAAAGCTGC
TGGTTTAGAACTCGATGATATCGACTTGTTTGAGATCAACGAGGCATTTGCATCTCAGTT
TGTTTATTGCCGTAACAAATTGGGACTTGACGTAGAGAAAATCAATGTCAACGGTGGCGC
A

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1AM28JQ 727 0 0
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GTGGGTCCAGCAGTTGCCATTCCTGCTGCAGTTAAGGCTGCTGGTTTAGAACTCGATGAT
ATCGACTTGTTTGAGATCAACGAGGCATTTGCATCTCAGTTTGTTTATTGCCGTAACAAA
TTGGGACTTGACGTAGAGAAAATCAATGTCAACGGTGGCGCAATGGCCATAGGACATCCT
TTGGGAGCTACAGGAGCACGTTGCGTTGTTACTTTGTTGCACGAGATGAAACGCCGTGGA
AAAGACTGTCGTTTTGGGGTAGTGTCGATGTGCATTGGGACGGGGATGGGTGCAGCGGCA
GTGTTTGAGAGAGGAGATGGAGTTGATGAGCTTCGCAACGCAAGGAAAGTTGAAGCTCAA
GGCTATTTGTCCAAGGACGCTCGTTAGAGATATAACTGATGTGTACAAGCATCAAACACA
CATTTCAATCTCCAAATATTACATCTTTTTTATCGTCTTCAGTTTATCACAGTTATTTGA
ATAAAGCATCGCAACCAATGTTTGCCTGAGTCTTGTATTTTTCTTGACCAGGTCATGTTT
TTTTTTA

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL4970Contig1 685 2 4 U
GGACGACACAATATACATAACAAAGTCATTATTTCTCAACGATTTTTGGATTTGTCAATA
TCAAAATGGGTAACATCTCCTCTGCGCAAAGCTCATCACCATCTTTTCCGATTGATTCCG
CCTTTGAACTTCCATCTCCTTTGCCATCGTGGCCTTCAGGAGAAGGATTTGCAAAGGGGG
TAATAGATTTGGAAGGTCTTGAAGTTTTCCAAATGACAACGTTTAAAAAAGTATGGACTG
TATACGAAGGAGGACAAGATAATCTTGGAGCCACTTTTTTTGAGCCGTCTTCAGTACCTG
AAGGCTTCTCACTTCTCGGTTTCTACGCTCAACCCAATAACCGCAAGCTTTTTGGATGGA
CACTTGTCGGTAAAGACCTCTCCGGTGACTCTTTAAGACCTCCGGTAGATTATCTTCTTC
TTTGGAGCGGCAAATCTACAAAGGTAGAGAACAATTGGGGACCAAAGATTGATTATGGTC
GGGAAGATGAGATTAGAAGTGTGGAGAAGATTGTTGTTGGAGAGAGTCTGAAGAATGTGT
TCAGGAATGCGATTAACGGATTGCCTAATGAGGTTTTTGGAGAGGACGGACCTACGGGTC
CGAAACTGAAGAGGAACTGGTTAGGTGACGAAGATTGAATCTCTTCATGTTGTTTCTTTT
TCATTTTAATGTTTGGTTTTGTGAA


BQ
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AF RR1BU24TF U 1
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CACTTGTCGGTAAAGACCTCTCCGGTGACTCTTTAAGACCTCCGGTAGATTATCTTCTTC
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TCAGGAATGCGATTAACGGATTGCCTAATGAGGTTTTTGGAGAGGACGGACCTACGGGTC
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DS 

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TGAAGGCTTCTCACTTCTCGGTTTTTACGCTCAACCCAATAACCGCAAGCTTTTTGGATG
GACACTTGTCGGTAAAGACCTCTCCGGTGACTCTTTAAGACCTCCGGTAGATTATCTTCT
TCTTTGGAGCGGCAAATCTACAAAGGTAGAGAACAATTGGGGCCCAAAGATTGATTATGG
TCGGGAAGATGAGATTAGAAGTGTGGAGAAGATTGTTGTTGGAGAGAGTCTGAAGAATGT
GTTCAGGAATGCGATTAACGGATTGCCTAATGAGGTTTTTGGAGAGGACGGACCTACGGG
TCCGAAGCTGAAGAGGAACTGGTTAGGTGACGAAGATTGAATCTCTTCATGTTGTTTCTT
TTTCATTTTAATGTTTGGTTTTGTGAA

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

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CACTTTTGATTTGATAGTGAGCCATGAATGCTTTAGCCGCAACAAACAGGAACTTCCGTC
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TTCTGAGTCACAAAGAGGCAACTGGAAGTCTAGTTGATTTCAGTGGTGGAGACGCTATGG
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AAGGGTTCATGTGGGAAGAGGAAAAAGTGAACCTGGAGCTGCAGAAGTACATGACTCGAG
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TCTATTAAATTCCCCCCCCCCCCCCCTTGTACTCTGTTTTCCCCTGTTTTTTTGGTTTCA
TTGTTCCTGATCATTGATGTTCCGAAATGGAAAAGAAAACAAATGAATAACTTAAAAATG
AATAAAATATTTTTACCGATT


BQ
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AF RR1AU37JQ C 632
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GGTTTAGGGTTCAACACGACAATGTTCGTGGACCCATGAAAGGAGGAATCAGATATCACC
CCGAGGTTGATCCCGATGAAGTCAACGCATTGGCTCAGCTCATGACTTGGAAGACAGCTG
TTGCTGACATTCCATACGGTGGAGCTAAAGGTGGGATCGGATGCAGCCCTCGTGACTTGA
GCTTGAGCGAGCTCGAGAGACTCACCCGTGTCTTCACTCAGAAGATCCATGATCTCATCG
GTATTCACACCGATGTCCCTGCTCCTGATATGGGTACAAACGCTCAGACCATGGCTTGGA
TTCTTGATGAGTACTCCAAGTTTCACGGTCATTCCCCTGCTGTTGTCACTGGCAAGCCCA
TTGATCTTGGTGGTTCGCTTGGTAGGGAAGCTGCCACAGGACGTGGTGTAGTCTATGCCA
CTGAAGCTCTTCTTGCTGAGTACGGCAAATCGATTAAAGGGTTGACATTTGTTGTTCAGG
TTTTGG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1AU37JQ 830 0 0
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GATTAAGGGGTTGACATTTGTTGTTCAGGGTTTTGGGAATGTTGGAACATGGGCAGCCAA
GCTGATCCATGAGAAAGGTGGGAAAGTGGTTGCGGTAAGCGACATTACAGGTGCAGTGAG
AAACCCTGAAGGTCTAGACATTGACGCCCTTCTGAGTCACAAAGAGGCAACTGGAAGTCT
AGTTGATTTCAGTGGTGGAGACGCTATGGACTCAAACGAGCCGCTTATCCATGAGTGTGA
TGTTCTCATTCCTTGTGCTCTTGGTGGTGTCTTGAACAAGGAAAATGCTGGAGATGTGAA
GGCAAAGTTCATAATAGAGGCTGCAAACCATCCAACTGATCCAGATGCTGATGAGATTCT
GTCGAAGAAAGGAGTGATTATACTACCAGATATATACGCAAACGCAGGAGGAGTGACAGT
GAGTTACTTTGAGTGGGTGCAGAACATCCAAGGGTTCATGTGGGAAGAGGAAAAAGTGAA
CCTGGAGCTGCAGAAGTACATGACTCGAGCCTTTCACAACATCAAGTCAATGTGCCATAC
TCATTCCTGTAACCTCCGTATGGGAGCTTTCACTCTTGGAGTTAACCGTGTTGCTAGAGC
CACTCAGTTGCGTGGTTGGGAAGCTTGATTCTATTAAATTCCCCCCCCCCCCCCCTTGTA
CTCTGTTTTCCCCTGTTTTTTTGGTTTCATTGTTCCTGATCATTGATGTTCCGAAATGGA
AAAGAAAACAAATGAATAACTTAAAAATGAATAAAATATTTTTACCGATT

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

CO CL4972Contig1 1018 2 2 U
GCAAGAGGAAGACTAATGAGGTTCTCAGTGGAAGTACAAGTGCAATTGACGGATGTGCAA
CATTTTTCAGACGGGATAGATTTTCACATGTCAAGAAATATGATGTTGAATTCAATAAGG
CTGCTCAGTCTTTGACTGAGGCTATGATCCCTCCTACGCAGAGGAGAACTGCTTTAAACC
GACTAGTTAAGGATAACATTGCATTGATAGTTGTTCTTGAAGCGAAATTTGGTAATCAAC
CTGCTGATTCTTCAGGGAAACGCCAGCTTATCTGTGTGGCAAACACACATGTTAATGTAC
AACAAGAACTAAAGGACGTGAAGCTCTGGCAGGTTCATACCTTATTGAAGGGGCTGGAGA
AAATAGCTGCTAGTGCTGATATTCCTATGCTTGTATGCGGAGACTTCAACACGCTTCCCG
GGAGTGCACCTCATACACTTCTTGTAAGGGGAAAGGTTGATCCACTACACCCAGACCTAT
TGGTTGATCCCCTTGGAATTTTGCGTCCTCAAACCAAACTGACTCATCAATTGCCTCTGG
TGAGTGCGTACTCATCATTTGTGAGACCGGGAATGGGACCTGGACTGGAACAACACAGAA
GGAGAATGGATTTTAATACAAATGAGCCTTTGTTTACCAATTGTACAAGGGACTTCATTG
GCACTCATGACTATATATTTTATACAGCGGATACGTTAATGGTGGAATCTTTATTGGAAT
TGCTGGATGAAGATGGATTGAGAAAGGATACAGCTCTTCCTTCCCCTGAATGGTCTTCTA
ATCACATTGCACTTTTAGCTGAGTTTCGATGCATGCCTAGAACCAGACGCTAACCACCTT
CACCGTGATGGTTTTTTTTCTTGTGAACTCTTTAGACAAAACCTCTACCAAAATATATCA
TAGAGAGGACAAAAGTGGCCCTAATCCAAAGTAAAGGCAGATCACTAAGCAGATCACTTT
CTTAAGTGGTTTTGACCTCTTTGTTACTTTTATATATCCTTCCATTCTTAATAAAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A324TF U 1
AF RR1A324JQ C 347
BS 1 583 RR1A324TF
BS 584 1018 RR1A324JQ

RD RR1A324TF 583 0 0
GCAAGAGGAAGACTAATGAGGTTCTCAGTGGAAGTACAAGTGCAATTGACGGATGTGCAA
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CTGCTCAGTCTTTGACTGAGGCTATGATCCCTCCTACGCAGAGGAGAACTGCTTTAAACC
GACTAGTTAAGGATAACATTGCATTGATAGTTGTTCTTGAAGCGAAATTTGGTAATCAAC
CTGCTGATTCTTCAGGGAAACGCCAGCTTATCTGTGTGGCAAACACACATGTTAATGTAC
AACAAGAACTAAAGGACGTGAAGCTCTGGCAGGTTCATACCTTATTGAAGGGGCTGGAGA
AAATAGCTGCTAGTGCTGATATTCCTATGCTTGTATGCGGAGACTTCAACACGCTTCCCG
GGAGTGCACCTCATACACTTCTTGTAAGGGGAAAGGTTGATCCACTACACCCAGACCTAT
TGGTTGATCCCCTTGGAATTTTGCGTCCTCAAACCAAACTGACTCATCAATTGCCTCTGG
TGAGTGCGTACTCATCATTTGTGAGACCGGGAATGGGACCTGG

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1A324JQ 672 0 0
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CAACACGCTTCCCGGGAGTGCACCTCATACACTTCTTGTAAGGGGAAAGGTTGATCCACT
ACACCCAGACCTATTGGTTGATCCCCTTGGAATTTTGCGTCCTCAAACCAAACTGACTCA
TCAATTGCCTCTGGTGAGTGCGTACTCATCATTTGTGAGACCGGGAATGGGACCTGGACT
GGAACAACACAGAAGGAGAATGGATTTTAATACAAATGAGCCTTTGTTTACCAATTGTAC
AAGGGACTTCATTGGCACTCATGACTATATATTTTATACAGCGGATACGTTAATGGTGGA
ATCTTTATTGGAATTGCTGGATGAAGATGGATTGAGAAAGGATACAGCTCTTCCTTCCCC
TGAATGGTCTTCTAATCACATTGCACTTTTAGCTGAGTTTCGATGCATGCCTAGAACCAG
ACGCTAACCACCTTCACCGTGATGGTTTTTTTTCTTGTGAACTCTTTAGACAAAACCTCT
ACCAAAATATATCATAGAGAGGACAAAAGTGGCCCTAATCCAAAGTAAAGGCAGATCACT
AAGCAGATCACTTTCTTAAGTGGTTTTGACCTCTTTGTTACTTTTATATATCCTTCCATT
CTTAATAAAAGT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL4973Contig1 631 2 2 U
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TACAGCGGACAATCCGCTTCACATCTTAGGCTTCGTGTTCGAAGAGGTATCCGCCACCAG
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CGGCGTATCCGCTCTGATCGCCGAAGGACTCGCCAGTCTCGGTGCCGGAGTCGCCTCTGG
CTATAAACGTGTAGCCGGTGTCCATCTTTCCATCCACCATATCCGACCTGCTGCCCTCGG
CGAATCCGTCTTCGCCGAATCTTTTCCGGTCTCCGTCGGGAAAAATATCCAGGTATGGGA
GGTTCGGTTATGGAAAACCAAGGAACAAGAGAAGACGAAAATGATATCAACTTCCCGTGT
TACTCTCTTAAGTGGTTTACCTGTACCGGACCACGCTAAAGATTCTTTGGACCATCTCAA
GAAGTTTGTATCCAAGTTGTAATTTTCATTTTGTATTTCTCCGACTCTCACAGCCTTTGT
TCGGAATAAAGAACGGTTTATTGTATTGTATCTACCAAACGATTACATAAATTGCCGCAA
GTATCTATTTAATATTTGGTCAAATTCGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1C985TF U 1
AF RR1C985JQ C 110
BS 1 629 RR1C985TF
BS 630 631 RR1C985JQ

RD RR1C985TF 629 0 0
AACTTGGTGACTAGTATCGATCGTTAAATCCTAAGAAATGGATCCAAAATCGGTGGAGTT
TACAGCGGACAATCCGCTTCACATCTTAGGCTTCGTGTTCGAAGAGGTATCCGCCACCAG
AGTCTCCGGCCGCCTCACCGTAACTGAAAAATGCTGCCAGCCGTTCAAAGTCTTGCATGG
CGGCGTATCCGCTCTGATCGCCGAAGGACTCGCCAGTCTCGGTGCCGGAGTCGCCTCTGG
CTATAAACGTGTAGCCGGTGTCCATCTTTCCATCCACCATATCCGACCTGCTGCCCTCGG
CGAATCCGTCTTCGCCGAATCTTTTCCGGTCTCCGTCGGGAAAAATATCCAGGTATGGGA
GGTTCGGTTATGGAAAACCAAGGAACAAGAGAAGACGAAAATGATATCAACTTCCCGTGT
TACTCTCTTAAGTGGTTTACCTGTACCGGACCACGCTAAAGATTCTTTGGACCATCTCAA
GAAGTTTGTATCCAAGTTGTAATTTTCATTTTGTATTTCTCCGACTCTCACAGCCTTTGT
TCGGAATAAAGAACGGTTTATTGTATTGTATCTACCAAACGATTACATAAATTGCCGCAA
GTATCTATTTAATATTTGGTCAAATTCGC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1C985JQ 522 0 0
TCCGCCACCAGAGTCTCCGGCCGCCTCACCGTAACTGAAAAATGCTGCCAGCCGTTCAAA
GTCTTGCATGGCGGGGTATCCGCTCTGATCGCCGAAGGACTCGCCAGTTTCGGTGCCGGA
GTCGCCTCTGGCTATAAACGTGTAGCCGGTGTCCATCTTTCCATCCACCATATCCGACCT
GCTGCCCTCGGGGAATCCGTTTTCGCCGAATTTTTTCCGGTTTCCGTCGGGAAAAATATC
CAGGTATGGGAGGTTCGGTTATGGAAAACCAAGGAACAAGAGAAGACGAAAATGATATCA
ACTTCCCGTGTTACTCTCTTAAGTGGTTTACCTGTACCGGACCACGCTAAAGATTTTTTG
GACCATCTCAAGAAGTTTGTATCCAAGTTGTAATTTTCATTTTGTATTTTTCCGACTCTC
ACAGCCTTTGTTCGGAATAAAGAACGGTTTATTGTATTGTATTTACCAAACGATTACATA
AATTGCCGCAAGTATTTATTTAATATTTGGTCAAATTCGCAG

QA 1 522 1 522
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4975Contig1 935 2 2 U
TTTTTGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCTACAGATCTCTTCCTCTCTCTCAC
TTCAAGATCGCCACAACTCTAACCCGTTTCCAAGTGGAGATCGTTAGAGAGATTGTGTAA
CAACATCGGAGTCAAAAAAAATGGGGAAGAAGGAGAGACCAAGACCAGAGAAGTTGTCTG
TTTACCTTTATATACCTAACATTGTTGGGTACATGAGAGTTCTCTTGAACTGTGTTGCCT
TTGCTGTCTGTTTCTCTAACAAAACGCTTTTCTCCCTCCTCTATTTCTTCAGCTTTTGTT
GTGATGCTGTGGATGGCTGGTGCGCTCGTAGATTCAACCAAGTTTCAACGTTTGGGGCTG
TTCTCGACATGGTCACAGATAGAGTTAGCACGGCATGTCTACTCGTGATTCTCTCTCAAG
TCTACAGGCCTAGCTTGGTCTTCCTTTCATTGTTGGCTTTAGATATTGCTAGTCATTGGC
TGCAGATGTACAGTACGTTTCTAGCAGGGAAGAGCAGCCATAAGGATGTGAAAGACAGCA
CAAGCTGGCTTTTCAGACTCTACTATGGCAACCGGATCTTTATGTGCTATTGCTGTGTTT
CTTGCGAGGTTCTTTATATCATCCTTCTTCTCATTGCAAAGAACCAAACCGAAAGTCTCC
TGAATGTCGTAGTTTCCACGTTAACTCGGATTTCACCACTCTCTCTTCTTCTAGCTTTGA
CAATATTCGGTTGGTCGATGAAACAAACAGTCAATATCATTCAGATGAAAACAGCTGCAG
ATGTCTGTGTACTGTATGATATAGAGAAGCAGCAGAAAAATCCTTAATCTTCCTTCCTTT
TTTTTCTGAACTTGCAACTCTATTTATCTTTTTTTTTAATTGTGTAGAAACATGTTCCTA
TGTTATAAACAAGATGAAAGAATATTGATTTACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT70TF U 1
AF RR1GT70JQ C 243
BS 1 721 RR1GT70TF
BS 722 935 RR1GT70JQ

RD RR1GT70TF 721 0 0
TTTTTGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCTACAGATCTCTTCCTCTCTCTCAC
TTCAAGATCGCCACAACTCTAACCCGTTTCCAAGTGGAGATCGTTAGAGAGATTGTGTAA
CAACATCGGAGTCAAAAAAAATGGGGAAGAAGGAGAGACCAAGACCAGAGAAGTTGTCTG
TTTACCTTTATATACCTAACATTGTTGGGTACATGAGAGTTCTCTTGAACTGTGTTGCCT
TTGCTGTCTGTTTCTCTAACAAAACGCTTTTCTCCCTCCTCTATTTCTTCAGCTTTTGTT
GTGATGCTGTGGATGGCTGGTGCGCTCGTAGATTCAACCAAGTTTCAACGTTTGGGGCTG
TTCTCGACATGGTCACAGATAGAGTTAGCACGGCATGTCTACTCGTGATTCTCTCTCAAG
TCTACAGGCCTAGCTTGGTCTTCCTTTCATTGTTGGCTTTAGATATTGCTAGTCATTGGC
TGCAGATGTACAGTACGTTTCTAGCAGGGAAGAGCAGCCATAAGGATGTGAAAGACAGCA
CAAGCTGGCTTTTCAGACTCTACTATGGCAACCGGATCTTTATGTGCTATTGCTGTGTTT
CTTGCGAGGTTCTTTATATCATCCTTCTTCTCATTGCAAAGAACCAAACCGAAAGTCTCC
TGAATGTCGTAGTTTCCACGTTAACTCGGATTTCACCACTCTCTCTTCTTCTAGCTTTGA
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1GT70JQ 693 0 0
GCTGTCTGTTTCTCTAACAAAACGCTTTTCTCCCTCCTCTATTTCTTCAGCTTTTGTTGT
GATGCTGTGGATGGCTGGTGCGCTCGTAGATTCAACCAAGTTTCAACGTTTGGGGCTGTT
CTCGACATGGTCACAGATAGAGTTAGCACGGCATGTCTACTCGTGATTCTCTCTCAAGTC
TACAGGCCTAGCTTGGTCTTCCTTTCATTGTTGGCTTTAGATATTGCTAGTCATTGGCTG
CAGATGTACAGTACGTTTCTAGCAGGGAAGAGCAGCCATAAGGATGTGAAAGACAGCACA
AGCTGGCTTTTCAGACTCTACTATGGCAACCGGATCTTTATGTGCTATTGCTGTGTTTCT
TGCGAGGTTCTTTATATCATCCTTCTTCTCATTGCAAAGAACCAAACCGAAAGTCTCCTG
AATGTCGTAGTTTCCACGTTAACTCGGATTTCACCACTCTCTCTTCTTCTAGCTTTGACA
ATATTCGGTTGGTCGATGAAACAAACAGTCAATATCATTCAGATGAAAACAGCTGCAGAT
GTCTGTGTACTGTATGATATAGAGAAGCAGCAGAAAAATCCTTAATCTTCCTTCCTTTTT
TTTCTGAACTTGCAACTCTATTTATCTTTTTTTTTAATTGTGTAGAAACATGTTCCTATG
TTATAAACAAGATGAAAGAATATTGATTTACCT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL4976Contig1 1005 2 2 U
GTGTCACTGCAAGGGTGTTTACCACCGTGACCTCAAACCAGAAAATCTTTTACTTGATAA
CAATGGTAATCTGAAGGTTTCAGATTTCGGACTCAGTGCATTGCCTCAGCAAGGAGTAGA
ACTTCTGCGGACCACGTGTGGAACTCCAAACTATGCAGCTCCAGAGGTACTTAATGGCCA
AGGCTACGATGGTTCAGCAGCAGATATCTGGTCTTGCGGGGTTATTCTTTTCGTCATTAT
GGCTGGATTCTTACCCTTCTCTGAGACTGATCTTCCATCTTTGTACAGAAAAATTGGTGC
AGCAGAGTTTTCTTGTCCACAGTGGTTCTCTGCAGAGGTGAAGTCTTTAATACAGAGGAT
ACTTGACCCCAATCCCAAAACACGTATTCAAATTCAAGGAATTAGGAATGATCGGTGGTT
CAGAATAAGTTACATGCCTACTCGAGCAAAGGAAGAGGGAGAAGTGAATCTCGATGATAT
TCGTGCAGTTTTTGATGGAATTGAGGGAAGTTATGTAGCGGAGAATATAGAGAGAAGATA
TGAGGGACCCCTGATGATGAATGCCTTTGAGATGATTACCTTATCACAAGGCTTAAACCT
ATCAGCACTATTTGACAGGCGACAGGATTTTGTTAAAAGGCAAACCCGTTTTGTTTCTAG
AAGGGAGCCAAGTGTGATAATTGCTAACATTGAGGCTGTTGCAACCTCAATGGGTTTTAG
GGCTCATACGCGCAACTTCAAGACAAGGCTGGAGGGATTGGCAGGGCAATTTGCTGTTGT
GATAGAGGTTTATGAGGTGGCACCATCACTTTTCATGGTAGACGTTAGAAAGGCTGCTGG
TGAAACACTTGAATACCACAAGTTCTACAAGAAGTTATGTGAGAAACTGGAGAACATAAT
ATGGAGAGCAACGGAAGGAATGCCAAAGCCAGAGCTTTTCAGAACAATCACGTTTTGATT
CAAAGCAAGCCAGTATGATTTATTGATCCGAAAGAAATGATAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DY58TF U 1
AF RR1DY58JQ C 312
BS 1 560 RR1DY58TF
BS 561 1005 RR1DY58JQ

RD RR1DY58TF 560 0 0
GTGTCACTGCAAGGGTGTTTACCACCGTGACCTCAAACCAGAAAATCTTTTACTTGATAA
CAATGGTAATCTGAAGGTTTCAGATTTCGGACTCAGTGCATTGCCTCAGCAAGGAGTAGA
ACTTCTGCGGACCACGTGTGGAACTCCAAACTATGCAGCTCCAGAGGTACTTAATGGCCA
AGGCTACGATGGTTCAGCAGCAGATATCTGGTCTTGCGGGGTTATTCTTTTCGTCATTAT
GGCTGGATTCTTACCCTTCTCTGAGACTGATCTTCCATCTTTGTACAGAAAAATTGGTGC
AGCAGAGTTTTCTTGTCCACAGTGGTTCTCTGCAGAGGTGAAGTCTTTAATACAGAGGAT
ACTTGACCCCAATCCCAAAACACGTATTCAAATTCAAGGAATTAGGAATGATCGGTGGTT
CAGAATAAGTTACATGCCTACTCGAGCAAAGGAAGAGGGAGAAGTGAATCTCGATGATAT
TCGTGCAGTTTTTGATGGAATTGAGGGAAGTTATGTAGCGGAGAATATAGAGAGAAGATA
TGAGGGACCCCTGATGATGA

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1DY58JQ 694 0 0
CTTGTCCACAGTGGTTCTCTGCAGAGGTGAAGTCTTTAATACAGAGGATACTTGACCCCA
ATCCCAAAACACGTATTCAAATTCAAGGAATTAGGAATGATCGGTGGTTCAGAATAAGTT
ACATGCCTACTCGAGCAAAGGAAGAGGGAGAAGTGAATCTCGATGATATTCGTGCAGTTT
TTGATGGAATTGAGGGAAGTTATGTAGCGGAGAATATAGAGAGAAGATATGAGGGACCCC
TGATGATGAATGCCTTTGAGATGATTACCTTATCACAAGGCTTAAACCTATCAGCACTAT
TTGACAGGCGACAGGATTTTGTTAAAAGGCAAACCCGTTTTGTTTCTAGAAGGGAGCCAA
GTGTGATAATTGCTAACATTGAGGCTGTTGCAACCTCAATGGGTTTTAGGGCTCATACGC
GCAACTTCAAGACAAGGCTGGAGGGATTGGCAGGGCAATTTGCTGTTGTGATAGAGGTTT
ATGAGGTGGCACCATCACTTTTCATGGTAGACGTTAGAAAGGCTGCTGGTGAAACACTTG
AATACCACAAGTTCTACAAGAAGTTATGTGAGAAACTGGAGAACATAATATGGAGAGCAA
CGGAAGGAATGCCAAAGCCAGAGCTTTTCAGAACAATCACGTTTTGATTCAAAGCAAGCC
AGTATGATTTATTGATCCGAAAGAAATGATAGTT

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL4977Contig1 1130 2 2 U
GGACGGCAACACAAGACTCGATCTCGTCGGAGCTGTGAGTTAGACGAAATTTTCAGAGTT
TTCTTAAACTAGATTATTCCCCATTGTTCTTTCTTCGTCGAGCTTGATGGATTTTTCAAT
AATAGGGTTTTGGTTTCTTTCCAGGAACATAGAAGCTAATGGCATTTCGATCGATAAGCA
GGAGGTTTGGGAGCAGATTATTGACTTACCGTTCCTCTTCTCTTGCTTCCCTTCTTCATT
CTCACACCACAAGTTTCGGGTTTCAAGAAGTAAAGGAAGAGGAGAAGAGCAAGTTGGTTG
GGAACGTTTTCACCAATGTTGCTTCCAGTTATGATATCATGAATGATGTCATGAGCGGTG
GCTTGCATAGGCTTTGGAAGGAAAGACTCGTTGGGAAGCTGAGTCCATTTACTGGGATGA
AGCATCTTGATGTTGCCGGTGGAACGAGTGATGTTGCGTTTAGGATTTTTGATGCGGTTA
ACAGTGTGAAACGAAGAGCATTGCGGAAAGTTGATGAGGAATCACTCGAAGAAACTCAGA
TATACGTATGTGATATTAATCCCAACATGTTAAACGTTGGGAAACAACGCGCTGCCGAGA
GAGGGCTAAGCGATAACAAGTCACTCGTATGGGTGGAAGGAGATGCAGAGGCCTTGAGTT
TCGACGACAACTCAATGGATGGATACACTATTGCATTTGGGATAAGGAATGTCACACACA
TCGAAAAGGCTCTCGCGGAGGCTTATAGGGTACTAAAACGGGGAGGAAGATTCTTGTGCC
TTGGGCTCAGCCATGTTGACATTCCGATCTTCAAAGATGTATACGATTTGTATTCATTCA
AGGTCATTCCAAACTTAGGGGAACTAATTGCCGGTGACCGGGACTCTTACCAGTACCTGG
TTGAGAGTGTTCGTCGGTTTCCCCCTCAGGAGAAATTTGCAACGATGATAGCAGACGTAG
GATTTGAGAAGGTCGAGTACGAGAACCTTGTTGGTGGCGTTGTCGCCATTCACTCTGCCA
TTAAGCTCTGATCTTCTCTCTGTCTTTTTTCCTGCATTTTATCTGTTTCCCAAACTGTAA
AACTTCCAGACCTAAAAAATAAAGCTCTGTCCAAGAGTGTGAGTTTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A186TF U 1
AF RR1A186JQ C 302
BS 1 814 RR1A186TF
BS 815 1130 RR1A186JQ

RD RR1A186TF 820 0 0
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GGAGGTTTGGGAGCAGATTATTGACTTACCGTTCCTCTTCTCTTGCTTCCCTTCTTCATT
CTCACACCACAAGTTTCGGGTTTCAAGAAGTAAAGGAAGAGGAGAAGAGCAAGTTGGTTG
GGAACGTTTTCACCAATGTTGCTTCCAGTTATGATATCATGAATGATGTCATGAGCGGTG
GCTTGCATAGGCTTTGGAAGGAAAGACTCGTTGGGAAGCTGAGTCCATTTACTGGGATGA
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ACAGTGTGAAACGAAGAGCATTGCGGAAAGTTGATGAGGAATCACTCGAAGAAACTCAGA
TATACGTATGTGATATTAATCCCAACATGTTAAACGTTGGGAAACAACGCGCTGCCGAGA
GAGGGCTAAGCGATAACAAGTCACTCGTATGGGTGGAAGGAGATGCAGAGGCCTTGAGTT
TCGACGACAACTCAATGGATGGATACACTATTGCATTTGGGATAAGGAATGTCACACACA
TCGAAAAGGCTCTCGCGGAGGCTTATAGGGTACTAAAACGGGGAGGAAGATTCTTGTGCC
TTGGGCTCAGCCATGTTGACATTCCGATCTTCAA
GATGTA

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1A186JQ 829 0 0
GAACGTTTTCACCAATGTTGCTTCCAGTTATGATATCATGAATGATGTCATGAGCGGTGG
CTTGCATAGGCTTTGGAAGGAAAGACTCGTTGGGAAGCTGAGTCCATTTACTGGGATGAA
GCATCTTGATGTTGCCGGTGGAACGAGTGATGTTGCGTTTAGGATTTTTGATGCGGTTAA
CAGTGTGAAACGAAGAGCATTGCGGAAAGTTGATGAGGAATCACTCGAAGAAACTCAGAT
ATACGTATGTGATATTAATCCCAACATGTTAAACGTTGGGAAACAACGCGCTGCCGAGAG
AGGGCTAAGCGATAACAAGTCACTCGTATGGGTGGAAGGAGATGCAGAGGCCTTGAGTTT
CGACGACAACTCAATGGATGGATACACTATTGCATTTGGGATAAGGAATGTCACACACAT
CGAAAAGGCTCTCGCGGAGGCTTATAGGGTACTAAAACGGGGAGGAAGATTCTTGTGCCT
TGGGCTCAGCCATGTTGACATTCCGATCTTCAAAGATGTATACGATTTGTATTCATTCAA
GGTCATTCCAAACTTAGGGGAACTAATTGCCGGTGACCGGGACTCTTACCAGTACCTGGT
TGAGAGTGTTCGTCGGTTTCCCCCTCAGGAGAAATTTGCAACGATGATAGCAGACGTAGG
ATTTGAGAAGGTCGAGTACGAGAACCTTGTTGGTGGCGTTGTCGCCATTCACTCTGCCAT
TAAGCTCTGATCTTCTCTCTGTCTTTTTTCCTGCATTTTATCTGTTTCCCAAACTGTAAA
ACTTCCAGACCTAAAAAATAAAGCTCTGTCCAAGAGTGTGAGTTTGCTT

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 2

CO CL4978Contig1 1418 2 2 U
GGGCGTCTTCTTTCTTTCCTCAGACGGGTCGAGCATTATAAGAGCTTCTCTCGCTTTCAA
AGGTAGACATAGCAAATAATGGAGGGGAGATTGGCTAATATGTGGAGGTTGACAGTGAAC
GAAAGTAAGTTCGTGGAAACTGCGTTGCAATCTGAGCTCAGAGTCGATGGTCGTGGTCTT
TATGATTACCGCAAGCTTACTATTAAGTTTGGAAAAGAGTATGGTAGCTCAGAAGTTCAG
CTTGGTCAGACTCATGTGATGGGTTTTGTGACTGCTCAGTTTGTACAACCTTACAAAGAC
AGACCTAACGAAGGATCTCTCTCTATCTTCACTGAGTTTTCTCCTATGGCTGATCCATCG
TTTGAGCCTGGTCGCCCTGGAGAATCTGCAGTGGAGCTGGGACGTATTATAGACCGTGGT
CTAAGAGAAAGCCGTGCGGTAGATACAGAGTCACTCTGCGTTCTAGCTGGAAAGAAGGTC
TGGTCTGTTCGCGTTGATCTTCACATTTTGGACAATGGAGGGAACTTGGTTGATGCTGCA
AATATTGCTGCGTTAGCAGCGCTCATGACGTTTAGGAGACCAGACTGCACTGTAGGAGGG
GAGAACAGTCAAGAAGTTATCATACATTCACTAGAGGAACGGGAGCCACTCCCGCTGATA
ATACATCATCTCCCCATAGCCTTTACGTTTGGATTTTTCAACAACGGCAACATTGTGGTA
ATGGACCCAACTTATGTTGAAGAAGAGGTTATGTGTGGGAGAATGACTGTGACAGTCAAT
GCTAATGGCGATATATGTGCAATCCAAAAACCAGGAGAAGAAGGTGTGAACCAGAGTGTG
ATCCTTCATTGCTTACGTCTTGCTTCTTCAAGAGCAGCTGCGACAACAAAGATTATTAGA
GAAGAGGTTGAAGCATATAACCGTGAGAAGAACTTACAGAAGGTGAAGCGACATCCTACT
TTGGCTAAATCTGAAGTTTTTGGACCTATTGTGGTTGTGAAGGAGGGACATAAGAAGTCT
TCAGATGAGGATAAATCTGCAGAGATATCTCAGGAACACGAAGCTGTTACCTCTCCTGCC
ACTTTCAAAGGAACTGAAACTTGTTCTGTTTCTTCTGATCCAGCGATCAAGGGAAAGACA
AACGACTCTGCAGATGCGCAGAAAGAAGAAACCGGAGATGTAGGGATGAAAGATACACCT
GAGGTTACAAAACACAAGGATGGAGAGAAGACACTCAAAGATGCTGTCGAGCCTAAGAAG
AAGAAGCGCAAAAACAAAAGCACTTGAAAGATGTTTGATGTTAGCATTTAACTACAGAAA
GAAAGAGCACAAAGCGATTTGTTGTTTAGCACTTAATTATATTGTTATTTGTTTCTTATT
TTTGAATTATATACATCAATCTCTATCCGTTTTAAAAC


BQ
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AF RR1B717TF U 1
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BS 1 805 RR1B717TF
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TATGATTACCGCAAGCTTACTATTAAGTTTGGAAAAGAGTATGGTAGCTCAGAAGTTCAG
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AGACCTAACGAAGGATCTCTCTCTATCTTCACTGAGTTTTCTCCTATGGCTGATCCATCG
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GACCCAACTTATGTTGAAGAAGAGGTTATGTGTGGGAGAATGACTGTGACAGTCAATGCT
AATGGCGATATATGTGCAATCCAAAAACCAGGAGAAGAAGGTGTGAACCAGAGTGTGATC
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GAGGTTGAAGCATATAACCGTGAGAAGAACTTACAGAAGGTGAAGCGACATCCTACTTTG
GCTAAATCTGAAGTTTTTGGACCTATTGTGGTTGTGAAGGAGGGACATAAGAAGTCTTCA
GATGAGGATAAATCTGCAGAGATATCTCAGGAACACGAAGCTGTTACCTCTCCTGCCACT
TTCAAAGGAACTGAAACTTGTTCTGTTTCTTCTGATCCAGCGATCAAGGGAAAGACAAAC
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AAGCGCAAAAACAAAAGCACTTGAAAGATGTTTGATGTTAGCATTTAACTACAGAAAGAA
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GAATTATATACATCAATCTCTATCCGTTTTAAAAC

QA 1 875 1 875
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1C393JQ C 1
AF RR1C393TF U 1
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TGGGAAAAGGCATATTAACAACCAATATATTCACATCCATAAACAAGGATATACACATGA
TCATCACTTTCCTTGACTAAAGCTTTTTGGTCAACTTGAGCTTCTCGATCACAAACATGC
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CACAATTACCACACATCACATCTGCCACCACGTAGGATCCGGTTATTAGTTTCCTCTCAA
TCTTCGGTCCAATCACCACTTTCATCGCATGCGAAAACATAAATGCTGGCCCTGAAGCTC
CCTATGTCCATTTTAACATATTC

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

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CGGTCAATCCGACGGCGAGGATCCAAACACGCATCCATCGTCTGATCCAAGACCAAGGCA
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TCTCCGCCGGTTTCATCTCCGGTTACGCTCTCTCCGCTTCTCTTTTGGGAAAACCGGACT
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GGCCAAAGAAATGCGGTCATATGCGTGGCAAACAGGTTATATCAGCAGAAGAACATGCTG
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AAATTGTCTCATCAATAAGACAATAATGTAACTTTTGCAGTCGTATAAAAGTTCCTATTT
CCC


BQ
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10 10 10 

AF RR1CF60TF U 1
AF RR1CF60JQ C 662
BS 1 691 RR1CF60TF
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BS 763 763 RR1CF60JQ
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AGCTTCCAAGAATGTCGATGCTCACGGCTGTCAAAACCCTTTCCCTCTGCAACAACACCC
TAAACCTAACGGCTTCACCGAGATTCCCACAACGTGCGAATCCTCCTCGCGCAGCGAGAT
CGGTCAATCCGACGGCGAGGATCCAAACACGCATCCATCGTCTGATCCAAGACCAAGGCA
TTATCCTCATGCCTGGATGCTACGACGCTTTATCCGCTGCCATCGTGCAGCAAACCGGTT
TCTCCGCCGGTTTCATCTCCGGTTACGCTCTCTCCGCTTCTCTTTTGGGAAAACCGGACT
TCGGTTTGCTAACACCACCGGAGATGGCTGCTACGGCGAGGTCCGTATGTGCTTCGGCTC
CAAACATCCCCATTATTGCAGATGCCGATACTGGTGGAGGTAATGCACTAAACGTTCAAA
GAACTGTAAAGGACTTGATCGCAGCTGGTGCTGCTGGTTGCTTCCTTGAGGATCAAGCAT
GGCCAAAGAAATGCGGTCATATGCGTGGCAAACAGGTTATATCAGCAGAAGAACATGCTG
CCAAGATAGCATCAGCACGAGACGCTATTGGAGATTCTGACTTCTTCCTTGTTGCTAGAA
CAGACGCACGTGCCACTTCTGCTAAATCAGG*CTTGAAGACGCCATTGCGCGTGTCAATC
TCTACATGGAGGCGGGAGCTGATGCTTCCTTTGTTGAGGCGC*GAGAGACGATGATGAGC
TCA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1CF60JQ 602 0 0
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CTACATGGAGGCGGGAGCTGATGCTTCCTTTGTTGAGGCGCCGAGAGACGATGATGAGCT
CAAGGAAATAGGCAAACGCACAAAGGGTTTCAGAGTCTGCAACATGATGGAAGGCGTAGT
CACGCCGTTGCACACGCCTGAGGAGCTTAAAGAAATGGGGTTTCACTTGATTGTTCATCC
CTTGACCGCACTCTACGCATCGGCTCGTGCACTTGTGGATGTTCTCAAGACTCTTAAAGA
AAACGGAACCACGAGAGGTCACTTGGAAAAGATGGCGACTTTCGAGGAGTTCAATAGTTT
GGTGGATTTGGAATCGTGGTTTGAGCTCGAAGCTCGTTATTCGAACCTTAGGAACGCTCT
TGGGACGACAACAAAATCTTGAAGAGGCTGCTGCTACTAGAGAGCCACAAGTTTTATCTT
CTTTCAAATGTCTCTGAAGCTCTTCTGTTTTGCTAATTTTACAGACGATTTATTTGAGAA
AATTGTCTCATCAATAAGACAATAATGTAACTTTTGCAGTCGTATAAAAGTTCCTATTTC
CC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

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AACCTGCGGAGGAAGAAGACGAAGAGAGAGAGATGAAGAGATGTCGAGAAGAAAGGGACT
TGTTTTCATCCACTGCCGAGTCTTCTTCTTCTGATGGTTAGAAGCATGTTCTTGGGTTCC
GCATTCTTGCTCGTTGGTATCAGAAGGGAAGAATTTGGAAGAAGGTATACAAGATTCTTC
TGATCAGATTACTACTAGAAGCTTTGAAAAAAAAATTGTTAGAAGCTGTTATTACAAAAC
CTAACACGTTGTACATCTTAAGTGTGTATGTGTGTCTCTTGATTCGTTATTACATCGCTG
GTAACTACGGTCTGTCAACGGATATGTAAGGATGAAGACATAAAAGGTTGTTTTATGTGC


BQ
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AF RR1C141JQ C 1
AF RR1C141TF U 1
BS 1 480 RR1C141TF

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AACCTGCGGAGGAAGAAGACGAAGAGAGAGAGATGAAGAGATGTCGAGAAGAAAGGGACT
TGTTTTCATCCACTGCCGAGTCTTCTTCTTCTGATGGTTAGAAGCATGTTCTTGGGTTCC
GCATTCTTGCTCGTTGGTATCAGAAGGGAAGAATTTGGAAGAAGGTATACAAGATTCTTC
TGATCAGATTACTACTAGAAGCTTTGAAAAAAAAATTGTTAGAAGCTGTTATTACAAAAC
CTAACACGTTGTACATCTTAAGTGTGTATGTGTGTCTCTTGATTCGTTATTACATCGCTG
GTAACTACGGTCTGTCAACGGATATGTAAGGATGAAGACATAAAAGGTTGTTTTATGTGC

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR1C141TF 480 0 0
GGATAGCTACGAGGCATTAGAGGGTAACACATTGAAAGTACCCGGTCTTCTTTGCCCGTC
TGCGTCTTCTAATGACCAGCGAGTACCTTGATGTTCGTTACAATGGGTCAAAGAGAGTGA
AACCTGCGGAGGAAGAAGACGAAGAGAGAGAGATGAAGAGATGTCGAGAAGAAAGGGACT
TGTTTTCATCCACTGCCGAGTCTTCTTCTTCTGATGGTTAGAAGCATGTTCTTGGGTTCC
GCATTCTTGCTCGTTGGTATCAGAAGGGAAGAATTTGGAAGAAGGTATACAAGATTCTTC
TGATCAGATTACTACTAGAAGCTTTGAAAAAAAAATTGTTAGAAGCTGTTATTACAAAAC
CTAACACGTTGTACATCTTAAGTGTGTATGTGTGTCTCTTGATTCGTTATTACATCGCTG
GTAACTACGGTCTGTCAACGGATATGTAAGGATGAAGACATAAAAGGTTGTTTTATGTGC

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL4982Contig1 1073 2 10 U
GGGCCTTTCCTCGTGAAGTATTATTAGTCTTTGCTTCGTCCGTCGGTCGATAAATTTATC
TTTGAAAAGCTTCCATCTTTCCTTTGAATATACAAAACCCACGTCGTGTAAAGCAATACC
CACTTGGCAGATTGACTAAAGATCAGAGCTTTTTTGCTATTCTCTCATTATCGAAGTGTG
TGATCATCATCATGAGGGCGAGATTGGTTGTGTTCCCGATTAAAGGGAGGAAGTGGTGTT
TCAGCAGATCCGTCGATCCTCTCGCTGCTCAAGCGCCGTCCGGTGTTACTCCGACCACTC
TACGAGGTTTATGGAAGAAGATATCATCTGAATCTAAGCCCATCAATGCCAACGCTGAGC
TTCTTGTCGATTTCATCTCCGACAAGATGAATAAGGCGTGGATGGGTCTTGAAGTAGCAC
CTGAAGGGTCAATGAAGAACAAGATTCACGGGTTAGGGTTGAAGCTTCTGGCTCGTGTTA
AGCCGTCTGAGATTTTCTTGAAGTCTATATCTAAGGAGGTCACTTCTGTACAAGTCTCTT
ATCCTCCAAGTTTAGATCCTAGACTTGTACGCAGGAGACTACGCCACATTGCTATGAGTG
GAACAATCCTACACAAGAAGTACCTTATTGGTTCAGTAACTTTGCTTCCATTGACCACTG
CATTTACAGTATTGCCATTACCAAACATACCATTCTTCTGGGTCTTATTCCGCACATATT
CCCACTGGCGAGCTCTTCAGGGAAGTGAGAAGCTGCTTAAGCTCCTCCCAGACCATTCAA
ATCCCCAAACGGGTGATGCAGATGAAAACAATAACAACAAACCAGAACCAGAGCTCCGTC
TCCCACATGTGTTTTGCTGCCATCAGAAGAGTTATACAAGCTACTTCGTGAAGCTAGTGA
GGAAGGGCTCGATGAGGAGACCATAGTAGAGATTTGCAAATTGTTCCATCTCAACAAGAT
CGATGTTCTTAAATATCTCAATCTAGGCTAACTCGTTTTACTTGGAACAATTGTTTAAGA
TGTTTGGGAACTAACCTTACCCTTGTTTTGATTCGTTGGAAACTTATGAAAAA


BQ
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CL63TF U 1
AF RR1CL63JQ C 242
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BS 781 1073 RR1CL63JQ

RD RR1CL63TF 783 0 0
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TTTGAAAAGCTTCCATCTTTCCTTTGAATATACAAAACCCACGTCGTGTAAAGCAATACC
CACTTGGCAGATTGACTAAAGATCAGAGCTTTTTTGCTATTCTCTCATTATCGAAGTGTG
TGATCATCATCATGAGGGCGAGATTGGTTGTGTTCCCGATTAAAGGGAGGAAGTGGTGTT
TCAGCAGATCCGTCGATCCTCTCGCTGCTCAAGCGCCGTCCGGTGTTACTCCGACCACTC
TACGAGGTTTATGGAAGAAGATATCATCTGAATCTAAGCCCATCAATGCCAACGCTGAGC
TTCTTGTCGATTTCATCTCCGACAAGATGAATAAGGCGTGGATGGGTCTTGAAGTAGCAC
CTGAAGGGTCAATGAAGAACAAGATTCACGGGTTAGGGTTGAAGCTTCTGGCTCGTGTTA
AGCCGTCTGAGATTTTCTTGAAGTCTATATCTAAGGAGGTCACTTCTGTACAAGTCTCTT
ATCCTCCAAGTTTAGATCCTAGACTTGTACGCAGGAGACTACGCCACATTGCTATGAGTG
GAACAATCCTACACAAGAAGTACCTTATTGGTTCAGTAACTTTGCTTCCATTGACCACTG
CATTTACAGTATTGCCATTACCAAACATACCATTCTTCTGGGTCTTATTCCGCACATATT
CC*ACTGGCGAGCTCTTCAGG*AAGTGAGA*GCTGCTTAAGCTCC*CCCAGACCATTCAA
TCC

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1CL63JQ 832 0 0
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ACGAGGTTTATG*AAGAAGATATCATCTGAATCTAAGCCCATCAATGCCAACGCTGAGCT
TCTTGTCGATTTCATCTCCGACAAGATGAATAAGGCGTGGATGGGTCTTGAAGTAGCACC
TGAAGGGTCAATGAAGAACAAGATTCACGGGTTAGGGTTGAAGCTTCTGGCTCGTGTTAA
GCCGTCTGAGATTTTCTTGAAGTCTATATCTAAGGAGGTCACTTCTGTACAAGTCTCTTA
TCCTCCAAGTTTAGATCCTAGACTTGTACGCAGGAGACTACGCCACATTGCTATGAGTGG
AACAATCCTACACAAGAAGTACCTTATTGGTTCAGTAACTTTGCTTCCATTGACCACTGC
ATTTACGGTATTGCCATTACCAAACATACCATTCTTCTGGGTCTTATTCCGCACATATTC
CCACTGGCGAGCTCTTCAGGGAAGTGAGAAGCTGCTTAAGCTCCTCCCAGACCATTCAAA
TCCCCAAACGGGTGATGCAGATGAAAACAATAACAACAAACCAGAACCAGAGCTCCGTCT
CCCACATGTGTTTTGCTGCCATCAGAAGAGTTATACAAGCTACTTCGTGAAGCTAGTGAG
GAAGGGCTCGATGAGGAGACCATAGTAGAGATTTGCAAATTGTTCCATCTCAACAAGATC
GATGTTCTTAAATATCTCAATCTAGGCTAACTCGTTTTACTTGGAACAATTGTTTAAGAT
GTTTGGGAACTAACCTTACCCTTGTTTTGATTCGTTGGAAACTTATGAAAAA

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL4983Contig1 646 2 1 U
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GGGACCAGGTTTACAATACCGAGCCTCTGAATGGAATCCATGACCCTTCTCAGCAAAAGC
TTGTGATTGGTGGAGAAGTTTGCATGTGGGGTGAAACAGCTGATACATCCGTTGTGCTTC
AGACAATTTGGCCTAGAGCTGCAGCAGCTGCAGAACGGATGTGGAGCACTAGAGAGGCTG
TGTCAAAGGGAAACATAACGTTAACCGCATTGCCTCGTTTACACTACTTCAGATGTTTAC
TGAATAACCGTGGGGTTCCAGCAGCTCCAGTTGATAACTGGTATGCACGAAGACCACCCT
CTGGACCTGGCTCTTGCTATGCTCAGTGATTCCAAATAATATCATCTCATTTTAATTTGT
ATTATATGTAACTTCTCTTGTCTGAAAACTTGTTTATGCATTTGTTTTCTTCAATTGTTT
TCTTCTTGATAACTCAAATCAAAGTTGTGTTTGTTTTTTCTTGCAACAATAATCAGTCAT
GAGACATCTGAGCTTTTTGATGATTCGATATTGATGCAAGAGTGCTCCTACCACATCGTT
AGTTACTCTATCTATTTCATAATGTAACATATGTAAGTTGTTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GS30TF U 1
AF RR1GS30JQ C 112
BS 1 646 RR1GS30TF

RD RR1GS30TF 646 0 0
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GGGACCAGGTTTACAATACCGAGCCTCTGAATGGAATCCATGACCCTTCTCAGCAAAAGC
TTGTGATTGGTGGAGAAGTTTGCATGTGGGGTGAAACAGCTGATACATCCGTTGTGCTTC
AGACAATTTGGCCTAGAGCTGCAGCAGCTGCAGAACGGATGTGGAGCACTAGAGAGGCTG
TGTCAAAGGGAAACATAACGTTAACCGCATTGCCTCGTTTACACTACTTCAGATGTTTAC
TGAATAACCGTGGGGTTCCAGCAGCTCCAGTTGATAACTGGTATGCACGAAGACCACCCT
CTGGACCTGGCTCTTGCTATGCTCAGTGATTCCAAATAATATCATCTCATTTTAATTTGT
ATTATATGTAACTTCTCTTGTCTGAAAACTTGTTTATGCATTTGTTTTCTTCAATTGTTT
TCTTCTTGATAACTCAAATCAAAGTTGTGTTTGTTTTTTCTTGCAACAATAATCAGTCAT
GAGACATCTGAGCTTTTTGATGATTCGATATTGATGCAAGAGTGCTCCTACCACATCGTT
AGTTACTCTATCTATTTCATAATGTAACATATGTAAGTTGTTTTAG

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1GS30JQ 535 0 0
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TTGTGCTTCAGACAATTTGGCCTAGAGCTGCAGCAGCTGCAGAACGGATGTGGAGCACTA
GAGAGGCTGTGTCAAAGGGAAACATAACGTTAACCGCATTGCCTCGTTTACACTACTTCA
GATGTTTACTGAATAACCGTGGGGTTCCAGCAGCTCCAGTTGATAACTGGTATGCACGAA
GACCCCCCTCTGGACCTGGCTCTTGCTATGCTCAGTGATTCCAAATAATATCATCTCATT
TTAATTTGTATTATATGTAACTTTTCTTGTTTGAAAACTTGTTTATGCATTTGTTTTTTT
CAATTGTTTTTTTCTTGATAACTCAAATCAAAGTTGTGTTTGTTTTTTTTTGCAACAATA
ATCAGTCATGAGACATTTGAGCTTTTTGATGATTCGATATTGATGCAAGAGTGCTCCTAC
CACATCGTTAGTTACTCTATTTATTTCATAATGTAACATATGTAAGTTGTTTTAG

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 2

CO CL4984Contig1 160 2 1 U
GAAGAAGGTTCTTCCTTCTTAATAAACAAACAAACTCTTTCTGTGTTCTCTGTCTTTTTC
TCAATTCTCATTTTATAAGACATTACTGTAAATCTCTCTTCTTCTCTTCTCTCTGTGTCT
CTCTTGGATTTGTTCGTTTAATCAAGAAGAACAATTTTAT


BQ
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AF RR1CN52JQ C 1
AF RR1CN52TF U 1
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RD RR1CN52JQ 160 0 0
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CTCTTGGATTTGTTCGTTTAATCAAGAAGAACAATTTTAT

QA 1 160 1 160
DS 

RD RR1CN52TF 160 0 0
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TCAATTCTCATTTTATAAGACATTACTGTAAATCTCTCTTCTTCTCTTCTCTCTGTGTCT
CTCTTGGATTTGTTCGTTTAATCAAGAAGAACAATTTTAT

QA 1 160 1 160
DS 



AS 1 2

CO CL4985Contig1 535 2 1 U
GGATCGGTGGAAGAACAAAAGACAAGCTGCTGTGGACTCGAAAATTGGACGCCTCAACAG
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TGGTGGTAAAGATGACCTTTACCGCAAACCCAAGCGAGGAATGTGGCAACTCATGAAGAA
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CGGAAGAAAAGGCGATCACAGTGACGCAGATATAAAATTTGCACAGGCTAGTGGATTGAA
GTTTTACACCCCAGAGGAGTACTTTCTCTCTTGAAGTCACAATGGAACAACAAGCTGTAT
TAGACCTGTGCCTTCTCTTTGCAACTTGTTTAGTCTATAAGGCAAATGCTTATTGTGATC
AAACTATCAGTATGTGTTTAGTTCAACACTCTTTTGGGATTTGATATGACAAAATGGCAT
CACCTGAGATTTGTTTTCCCGTTGAATCAATCCAATTATCAGCACTACAGAGCTT


BQ
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AF RR1EF22JQ C 1
AF RR1EF22TF U 1
BS 1 535 RR1EF22TF

RD RR1EF22JQ 535 0 0
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QA 1 535 1 535
DS 

RD RR1EF22TF 535 0 0
GGATCGGTGGAAGAACAAAAGACAAGCTGCTGTGGACTCGAAAATTGGACGCCTCAACAG
TTTTATCAAGCGCGTGGAGGTCCCCATTCAGGTGTTTATAGCTTGTGGAGTCGCAAGTTC
TGGTGGTAAAGATGACCTTTACCGCAAACCCAAGCGAGGAATGTGGCAACTCATGAAGAA
GCACTTTAACTCTGGGATTGAAATTGATATGGATAAATCATTCTATGTTGGGGATGCAGC
CGGAAGAAAAGGCGATCACAGTGACGCAGATATAAAATTTGCACAGGCTAGTGGATTGAA
GTTTTACACCCCAGAGGAGTACTTTCTCTCTTGAAGTCACAATGGAACAACAAGCTGTAT
TAGACCTGTGCCTTCTCTTTGCAACTTGTTTAGTCTATAAGGCAAATGCTTATTGTGATC
AAACTATCAGTATGTGTTTAGTTCAACACTCTTTTGGGATTTGATATGACAAAATGGCAT
CACCTGAGATTTGTTTTCCCGTTGAATCAATCCAATTATCAGCACTACAGAGCTT

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 2

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AGTAAAATATAGCATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCGTTGTTCTTAT
TATCTTTTCTGCTTTCGGGGCTCCAGAGGAGATGCCTCCAGATTTTCAACTCTTCCTGCT
TTCATGGATGCTTCGAATCTCAGCTCTTCCAAAAAACCTGCGTTCTCTTCCTTCGCTCAG
TCCAGCAGATGACTTTCGATGGATGATGTAGCGGTGGTGAAGGAAACTATAGAGATAACG
ATCGACGGAGACCTCAGGGTCGTGGCGGACGCGGAGGAGGAGGAGGCAAAGATATAATTA
ATGCGCTTGGAAGACTCTTGACGCGAGTCTTGCGACACATGGCTACTGAGCTGAGATTGA
ACGTGAGAGGTGATGGTTTTGTTAAAGTTGAAGACTTGCTTCAGCTTAATCTCAAAACAT
CTGCAAACATTCAGTTGAAGTCTCATACCATTGATGAGATTAGAGAGGCAGTGAGAAGGG
ACAATACGCAACGTTTTTGCTTTGTTGAAGAGAATGGTGAGCTCTTGATTCGTGCTAACC
AAGGCCACTCCATCACGACAGTGAATCTGAAAAGTTACTTAAACCAATAATGTCACCGGA
AGAAGCTCCAGTGTGTGTGCATGGAACTTAAAAGGAAGAATTTGGAATCCATCTTAGCAT
CTGTCTTAAAGCGCATGAATAGACTCCATGGGCAGTCTTCAGATATAGTAGCTAGAGCAA
AATTTTCGAAATAGTTTGGAGGTTTTCTTATTTGGCAGGAACAGCGAGACGCCTGCTCTG
TTGTAAGAGTAATCTTCGGATTGCTCCACCTGATTTCATGTGAAAACACTCCAAAATGGC
ATCTTTCTTCATGCATCCTCTTTTCGCTCGTTTACCTCTTCTAGATCTGAAAGTATCAAG
AAAACATTAAGAAGACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BK82TF U 1
AF RR1BK82JQ C 180
BS 1 691 RR1BK82TF
BS 692 977 RR1BK82JQ

RD RR1BK82TF 691 0 0
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AAGGCCACTCCATCACGACAGTGAATCTGAAAAGTTACTTAAACCAATAATGTCACCGGA
AGAAGCTCCAGTGTGTGTGCATGGAACTTAA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1BK82JQ 798 0 0
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AATGCGCTTGGAAGACTCTTGACGCGAGTCTTGCGACACATGGCTACTGAGCTGAGATTG
AACGTGAGAGGTGATGGTTTTGTTAAAGTTGAAGACTTGCTTCAGCTTAATCTCAAAACA
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TCTGTCTTAAAGCGCATGAATAGACTCCATGGGCAGTCTTCAGATATAGTAGCTAGAGCA
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CATCTTTCTTCATGCATCCTCTTTTCGCTCGTTTACCTCTTCTAGATCTGAAAGTATCAA
GAAAACATTAAGAAGACT

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL4987Contig1 913 2 12 U
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TTATTTCAAAGCGGAAAGAAGAATCAACAGTTCCTCAGGAAGGCAAACCATCGTGGACTA
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TATGCAGAACACTGGAGGATAAGGAGGACGTTTCAAGAACAGCATCGGAGATGGCTGATG
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GACCGTTTACAAGTGTTGAATAATGTTGTGTTTGCGATAATTCTCCTTGAAGTTAATGCT
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AAAGGATAATAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GL63TF U 1
AF RR1GL63JQ C 281
BS 1 709 RR1GL63TF
BS 710 710 RR1GL63JQ
BS 711 722 RR1GL63TF
BS 723 723 RR1GL63JQ
BS 724 730 RR1GL63TF
BS 731 732 RR1GL63JQ
BS 733 762 RR1GL63TF
BS 763 763 RR1GL63JQ
BS 764 768 RR1GL63TF
BS 769 769 RR1GL63JQ
BS 770 783 RR1GL63TF
BS 784 913 RR1GL63JQ

RD RR1GL63TF 800 0 0
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GTCAACGATTCACTTTGCGTTAATGGCGGTATCGTACAATGCATTAGCGTAGTCTTTACA
GGCGACAAGTAACTGCTTCATCCCCAAAGCCATTTGCATCAAGCAGAGAAGCAGCAGATC
CAGTGGTGTCGTATTCGCTTCTAATGATAAGAACATTGCTCTTCAAGCTAAGGTAGATAA
CTTGTTGGACCGAATCAAATGGGATGAAAAAGGATTAGCTGTGGCAATAGCACAAAACGT
TGACACTGGAGCTGTGTTAATGCAAGGCTTTGCTAACAGAGAGGCTCTCTCCACCTGATG
GGCCTACTTGTCACACAGGAGCAGAGACTTGTTACTACACATCGGCTTTCGATCAACTAA
AAAACGATGAGGCTTCAGGAAACAAGCTAGCATTAACAACATTGTATTCACTAGAATCAA
TTATTTCAAAGCGGAAAGAAGAATCAACAGTTCCTCAGGAAGGCAAACCATCGTGGACTA
GACGGTTATTGACGGATGACGCTCTGCTTTGCTCAAAGATCAGGGAAGAAGCAGGCGAGT
TATGCAGAACACTGGAGGATAAGGAGGACGTTTCAAGAACAGCATCGGAGATGGCTGATG
TGTTGTACCATTCGATGGTGCTTCTGTCTAAAAGGGATGTGAAGTTTGA*GATGTTCTTG
AA*TTCTTAG**AACGCTTCTCTCAGTCTGGGATCGAGGAGA*GCAAA*CCGCACAAAGT
GAC
GTTACAAGTGTTGATTA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1GL63JQ 633 0 0
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GAGGCTCTCTCCACCTGATGGGCCTACTTGTCACACAGGAGCAGAGACTTGTTACTACAC
ATCGGCTTTCGATCAACTAAAAAACGATGAGGCTTCAGGAAACAAGCTAGCATTAACAAC
ATTGTATTCACTAGAATCAATTATTTCAAAGCGGAAAGAAGAATCAACAGTTCCTCAGGA
AGGCAAACCATCGTGGACTAGACGGTTATTGACGGATGACGCTTTGCTTTGCTCAAAGAT
CAGGGAAGAAGCAGGCGAGTTATGCAGAACACTGGAGGATAAGGAGGACGTTTCAAGAAC
AGCATCGGAGATGGCTGATGTGTTGTACCATTCGATGGTGCTTCTGTCTAAAAGGGATGT
GAAGTTTGAAGATGTTCTTGAAATTCTTAGGAAACGCTTCTCTCAGTCTGGGATCGAGGA
GAAGCAAAACCGCACAAAGTGACCGTTTACAAGTGTTGAATAATGTTGTGTTTGCGATAA
TTCTCCTTGAAGTTAATGCTGTTCCACTAATTTGTTCAGCCTGGAACTTTGTACTGTACA
TCAGATGTTCTATCAGATAAAAAGGATAATAAA

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL4988Contig1 487 2 1 U
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TCAAAGACTTTGATTCTGCTGGGTGTCTTTGCATTTCTTCTCGTAGTCTCAGAAATGACC
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GGCCATGGTGGAAATGGAGGTTACAACGGAGGAGGAGGATACAACAGAGGAGGTCATGGC
GGACACGGTGCAGAAGCTGTTCAGACTCAGCCTGGCAACTAAATCTATCAATATTTTAAC
GACCATGTATGATTTCATCTCTGTATGCACGTATGTATGTGTATGACTATAAGTAAAACC
ATGGTGAGTTTTAAATGAAGTTACTTAAGTTAAATAAAAGAAATTAGGTAAATAAATGTT
CTCAATGTAATGTCTCTATGTTCGAGTTGTAATATGCACTCTTTGCAAAAATAAAATCGT
TTGTAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GR36JQ C 1
AF RR1GR36TF U 1
BS 1 487 RR1GR36TF

RD RR1GR36JQ 487 0 0
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GGCCATGGTGGAAATGGAGGTTACAACGGAGGAGGAGGATACAACAGAGGAGGTCATGGC
GGACACGGTGCAGAAGCTGTTCAGACTCAGCCTGGCAACTAAATCTATCAATATTTTAAC
GACCATGTATGATTTCATCTCTGTATGCACGTATGTATGTGTATGACTATAAGTAAAACC
ATGGTGAGTTTTAAATGAAGTTACTTAAGTTAAATAAAAGAAATTAGGTAAATAAATGTT
CTCAATGTAATGTCTCTATGTTCGAGTTGTAATATGCACTCTTTGCAAAAATAAAATCGT
TTGTAGG

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1GR36TF 487 0 0
GGATCACCTGTTTTCGACAAAGAGAGTGTTATTACTTAAAATCAGTTGAAGAAAATGGCT
TCAAAGACTTTGATTCTGCTGGGTGTCTTTGCATTTCTTCTCGTAGTCTCAGAAATGACC
GCAGCATCCGCACAGAAGTCGGAGAGTGAGGAAACTGTGCAACCTGATCGATATGGTGGT
GGCCATGGTGGAAATGGAGGTTACAACGGAGGAGGAGGATACAACAGAGGAGGTCATGGC
GGACACGGTGCAGAAGCTGTTCAGACTCAGCCTGGCAACTAAATCTATCAATATTTTAAC
GACCATGTATGATTTCATCTCTGTATGCACGTATGTATGTGTATGACTATAAGTAAAACC
ATGGTGAGTTTTAAATGAAGTTACTTAAGTTAAATAAAAGAAATTAGGTAAATAAATGTT
CTCAATGTAATGTCTCTATGTTCGAGTTGTAATATGCACTCTTTGCAAAAATAAAATCGT
TTGTAGG

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

CO CL4989Contig1 1082 2 2 U
GGAATCATCACCAACGTTGAAGCGCTTCATAAACCTGCAAAGAAAGTCAAGCCACACTGT
CGCCTAGCACCAAAGAACCAAACAACTCCCGGACGTGCTCTTTGACAAATTGTTGACCCG
AGACGACCAATGACTCCCGAGGATCGCCTCCCAATTCCGACCATCGAGAACCGATGGATC
GTTTGCAATGCCGCTAGATACCAGGCTCCGCAGTCAATCGGAACTGAAAAACACAGATCT
ACGCCTTGAGACTTTGCTCTGCGGAGAAGGCCGTCACCTTTAGAAACAGAGGACCGGACA
TGATGCCGTTAAGGAGCCATTGGAAGTGAAGTGGAGCAACGGAGGGTCATCTAGAAGCCA
TAGACAACTGTCTGTCACGACCACCAGCTACACCCACATGAACCGGAGCTGAAGAAGCTC
CCGAAGAACCGGATACCATCTCCGCCTGCGTATCACGGGTCTAAGGCACGTCTTGAAATA
AAATCTTCCGAAGCTCACTTGAAATCAAGCGGATGGACTGGGACTCGCCGACACCGGAGA
GGACCAAGGGACCAGCCACTGAGTTCGATTGAGACCACCAATAACCATACGGCACCGCCG
TAGACGATTAGCCGGACCAACCCTTCAAGCTCCCAAAACGACGCAATGATCCGGTGGAGA
AAACAAAACTTGAAAATCGATCTCCTCCATAAACCCTAAAAGCCGACTACTCCACCACCC
AAACTTGACACCTCCTCGTTATAACTCCAGACGAAGCCAATCTCGCACCGTTGTAGAAGC
TCTGTGCGCAAGGAGCAAATAACCAGCAGATACCGCCAAGCCAGAACCATATACATATCG
GAGGGCTTGAGAGAGGTCGAGGAGCAGCAAGGGACAAACGAAAAACAGGGGAAGAGGCTC
CTCCGGTGACGGCACGCGCACGCACGCGCCGCCGGAGCCAGATGCATTTCAAGCTTGAAG
ATGTGGTCGGGAGAGAAGCTAGAGAGGATAAGGAGAGAGAAAAAGTCTTAATAATTCCAA
TAATTTCTAAACAAGATTTCTTAAGTACAATTAAAATACAATCAATTAATTAAATAATCG
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1FJ33TF U 1
AF RR1FJ33JQ C 491
BS 1 743 RR1FJ33TF
BS 744 1082 RR1FJ33JQ

RD RR1FJ33TF 743 0 0
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CGCCTAGCACCAAAGAACCAAACAACTCCCGGACGTGCTCTTTGACAAATTGTTGACCCG
AGACGACCAATGACTCCCGAGGATCGCCTCCCAATTCCGACCATCGAGAACCGATGGATC
GTTTGCAATGCCGCTAGATACCAGGCTCCGCAGTCAATCGGAACTGAAAAACACAGATCT
ACGCCTTGAGACTTTGCTCTGCGGAGAAGGCCGTCACCTTTAGAAACAGAGGACCGGACA
TGATGCCGTTAAGGAGCCATTGGAAGTGAAGTGGAGCAACGGAGGGTCATCTAGAAGCCA
TAGACAACTGTCTGTCACGACCACCAGCTACACCCACATGAACCGGAGCTGAAGAAGCTC
CCGAAGAACCGGATACCATCTCCGCCTGCGTATCACGGGTCTAAGGCACGTCTTGAAATA
AAATCTTCCGAAGCTCACTTGAAATCAAGCGGATGGACTGGGACTCGCCGACACCGGAGA
GGACCAAGGGACCAGCCACTGAGTTCGATTGAGACCACCAATAACCATACGGCACCGCCG
TAGACGATTAGCCGGACCAACCCTTCAAGCTCCCAAAACGACGCAATGATCCGGTGGAGA
AAACAAAACTTGAAAATCGATCTCCTCCATAAACCCTAAAAGCCGACTACTCCACCACCC
AAACTTGACACCTCCTCGTTATA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1FJ33JQ 592 0 0
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ACCAGCCACTGAGTTCGATTGAGACCACCAATAACCATACGGCACCGCCGTAGACGATTA
GCCGGACCAACCCTTCAAGCTCCCAAAACGACGCAATGATCCGGTGGAGAAAACAAAACT
TGAAAATCGATTTCCTCCATAAACCCTAAAAGCCGACTACTCCACCACCCAAACTTGACA
CCTCCTCGTTATAACTCCAGACGAAGCCAATCTCGCACCGTTGTAGAAGCTCTGTGCGCA
AGGAGCAAATAACCAGCAGATACCGCCAAGCCAGAACCATATACATATCGGAGGGCTTGA
GAGAGGTCGAGGAGCAGCAAGGGACAAACGAAAAACAGGGGAAGAGGCTCCTCCGGTGAC
GGCACGCGCACGCACGCGCCGCCGGAGCCAGATGCATTTCAAGCTTGAAGATGTGGTCGG
GAGAGAAGCTAGAGAGGATAAGGAGAGAGAAAAAGTCTTAATAATTCCAATAATTTCTAA
ACAAGATTTCTTAAGTACAATTAAAATACAATCAATTAATTAAATAATCGTT

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL4990Contig1 869 2 2 U
GTATCTCCCAAGCAGTGATCTGCAGAGCGTGATCGCGTTAGGGATTGGTCGTAAGGGAAA
GAAAGACGAAGGGGATGAACTTGTAGACTTTATGGAAGAATCCGGGAAGAAACTAGATGA
TAAGGCAATGGCTTCTCTTGTTGTAGGGTACTGTGATTCCGGGGATCTTAAGAAAGCTTC
AGCGAGTTTCGAGAGAATGGTTGGTAAAGAGGGAGTAGTGTCAAATGCTGATTATGCGTT
TGAGGAGCTTGTTCATGCTTACTGCAACAAGAAACAGGTGAGAGATGCGTGCAAGCTTTT
GTGCGCACATGTAAAGCAGAATCAGCTCAAACCTCGTCACAGCACGTACAAGTGTTTGGT
GAGGAATCTGCTGACGAAGAAGGTTGCTTTAGAGGGAGGGTTTGAAGAAGCTTTGAGTCT
CTTACCAATGATGAAAGATCATGGATTCCCTCCTTTCGTTGACCCTTTCATGTTCTACTT
CTCGAAAACTGGAACAAGCTCCGAAGCTTACAGTTTTCTCAAGGCTGTAACCTCGTATCA
TTTTCCATCTATCTCAGTGGTTATGCGTGTATTCGAAACAATGATGAAGTCTGCAAGGCA
CAGTGAGGCGCAGGATCTACTCTCTTTGTGCCCAGACTATATCCGTAACGATCCAGATGT
TCTTGAACTCTTCTACTCCATGAAACCTGAGGCATCTGCTGTAGAGGAACCCTTGGCTGC
TTCTTCTTAGCTCCAGTTTTAGTTTACATTCCTTCGTGTTCTTTTTTGCGTTGGCCAGAA
TTTTTCTCCGGTTCCCTTTTGTTTACATGTATCACCCATTCGCCGGTTTAGTGTCTTCAT
CAACCTGGTGCACTTGGCAAAATAATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FE45TF U 1
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DS 

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GCTGATTATGCGTTTGAGGAGCTTGTTCATGCTTACTGCAACAAGAAACAGGTGAGAGAT
GCGTGCAAGCTTTTGTGCGCACATGTAAAGCAGAATCAGCTCAAACCTCGTCACAGCACG
TACAAGTGTTTGGTGAGGAATCTGCTGACGAAGAAGGTTGCTTTAGAGGGAGGGTTTGAA
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TTCATGTTCTACTTCTCGAAAACTGGAACAAGCTCCGAAGCTTACAGTTTTCTCAAGGCT
GTAACCTCGTATCATTTTCCATCTATCTCAGTGGTTATGCGTGTATTCGAAACAATGATG
AAGTCTGCAAGGCACAGTGAGGCGCAGGATCTACTCTCTTTGTGCCCAGACTATATCCGT
AACGATCCAGATGTTCTTGAACTCTTCTACTCCATGAAACCTGAGGCATCTGCTGTAGAG
GAACCCTTGGCTGCTTCTTCTTAGCTCCAGTTTTAGTTTACATTCCTTCGTGTTCTTTTT
TGCGTTGGCCAGAATTTTTCTCCGGTTCCCTTTTGTTTACATGTATCACCCATTCGCCGG
TTTAGTGTCTTCATCAACCTGGTGCACTTGGCAAAATAATTAC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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CATGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ27JQ U 79
AF RR1EW24JQ U 1
BS 1 210 RR1EW24JQ
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CAAAGACAATATGAAAGGCTTCCACGCTCAAAGGAAAGCATCTTTCTCGAGCAGCTTCAC
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QA 1 335 1 335
DS 

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GTAAAAAAATATATGTTTGGTTTAAAGCATGGATTGCTCTTTCATTCTTTATTGACTTTT
CATGAAATAAAGAACACCAGAAGAGACAAGTTAAGAAGGAGAGAGTAGTAACTAGTGAAA
CACAAGTAATTTTTTTTTAAAAAAAACAGAGAGGTCTGTGAAATTGGTTCAAGAGACAGA
AGGCAAAGACAGATCCCTCAAAGACAATATGAAAGGCTTCCACGCTCAAAGGAAAGCATC
TTTCTCGAGCAGCTTCACCACCTCGAGCTGGTTGTTCAGCTTTGCCACATCAATGGGTGT
CTTCTCGTCTAGGTTTTGCAGAGTCACAGCAGCACCATTCTCTAGGAGAAGGGTTACACA
CTCTTTCCTCCCGTAACCAGCAGCGTAATGCAGAGGCGTGTTCTTGTTTTTGTCAACAGC
GTTAACACTTGCTCCAGCATCAATAAGAACTTGAGCACATTTCAACTCGCCGTATCCACA
AGCAAAATGCAATGCTGTCCTTCCCTCAGAATCTTCTTCATCTTTGTTACCACCAGATGC
CAAAGCATTTTTCAAACCCTCAACATCACCAAGACTGGCAGTTTGATGAACAATAGACTC
TTCTTCTTCTTCACCGTCTTCCGCTACCTCGGCAGGTTCAGCTGAAGCAGCCTGGTCTGG
CATGCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

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TCCCCTCTTCTCCATCGAAGCTTTTTGGCTTTGAATTGGGATTTGGGTTTCAAAGCCACC
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CTTGCTGTCAGACTGTCAACCTTGTCCCAGGACCCCCACCGTCTAATCAGGTTGCTCATA
TCAACTGTGGGAACTGTCGGACGACACTCATGTACCCTTACGGTGCATCATCTGTTAAAT
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GCAACCGGCCAAATGGAACAGCCTCTCCCGGGACTATGCCCTCTACATCCACTCAGTCAA
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ATTTTACATACTGTTAATGAACAATTTTTTTTTTGTCAAAGAAAAAGTTGATGAACACAA
AAGGTTTTTGGCTCAGTAATCTGGCATTCCTGTTTGTAAACTCCATTGACCATTTTGTGG
CATTGTTAAATGTATGTATTAATATAAATCTGATACACCAATGAAACATTAAGATCTGAG
TTCG


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1FF80TF U 1
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BS 1 755 RR1FF80TF
BS 756 756 RR1FF80JQ
BS 757 767 RR1FF80TF
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TGATGTATCCTAGAGGAGCCACCAATGTCCGTTGTGCTTTATGTCACATTGTCAACATGG
TTCCTCTTCATCCTCCTCCTCATCATGCTGCTCATGCAGGGATGGACATGGCTCACATTG
TGTGTGGTGGTTGTCGAACAATGCTTATGTATACCCGTGGGGCTACTAGTGTAAGATGCT
CTTGCTGTCAGACTGTCAACCTTGTCCCAGGACCCCCACCGTCTAATCAGGTTGCTCATA
TCAACTGTGGGAACTGTCGGACGACACTCATGTACCCTTACGGTGCATCATCTGTTAAAT
GCGCTATTTGCCAGTTTGTTACTAACGTTAACATGAGCAATGGAAGGGTGCCTTTAGCAA
GCAACCGGCCAAATGGAACAGCCTCTCCCGGGACTATGCCCTCTACATCCACTCAGTCAA
CACCACCGTCTCAGACACAAACTGTTGTAGTAGAGAACCCAATGTCCGTTAATGAAAGTG
GAAAGTTGGTGAGCAACGTTGTGGTTGGAGTGACA*CAGGCCAAAAA
A

QA 1 767 1 767
DS 

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CAGGACCCCCACCGTCTAATCAGGTTGCTCATATCAACTGTGGGAACTGTCGGACGACAC
TCATGTACCCTTACGGTGCATCATCTGTTAAATGCGCTATTTGCCAGTTTGTTACTAACG
TTAACATGAGCAATGGAAGGGTGCCTTTAGCAAGCAACCGGCCAAATGGAACAGCCTCTC
CCGGGACTATGCCCTCTACATCCACTCAGTCAACACCACCGTTTCAGACACAAACTGTTG
TAGTAGAGAACCCAATGTCCGTTAATGAAAGTGGAAAGTTGGTGAGCAACGTTGTGGTTG
GAGTGACAACAGGCCAAAAATAACTTTTTAAGAATGATTGATCTAAAAGATCAATTCCGA
TTTCGTCTATATCCCTGCGTCTGGTTTGTGCATATTTTACATACTGTTAATGAACAATTT
TTTTTTTGTCAAAGAAAAAGTTGATGAACACAAAAGGTTTTTGGCTCAGTAATCTGGCAT
TCCTGTTTGTAAACTCCATTGACCATTTTGTGGCATTGTTAAATGTATGTATTAATATAA
ATCTGATACACCAATGAAACATTAAGATCTGAGTTCG

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

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GGCCATCTTTCCCAAAAGGACAACATTTCTTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTCTTTCTCTT
GCACGAAAGAGAGAGAACCCAGAAAAAATACAAAAAGAAAAACCAACAAGAAGGACCGAA
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AGAAAAACTCTGTTTGCAAATATTTGAAGAAGGACATTGTCGATCTTCTCAACAACAGCC
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AATCCAGTAAATGCCCTGAGGAGTGTCGGGAAGCCATCTCTTCCCTTGTGTATGCGGCCG
CTAGAGTCTCTGAAGTGCCTGAGCTTCGCGATCTCAGGTCTATGTTTGCTGACAGATACG
GGACTAATTCACTTGAACAGTTTGTGAACCCTGAGTTTGTGGAGAGCTTCAAAGCAGCGC
CCCCCGTCAAAGGAAATGAAGGTAGAGCTTCTCCATGAGATTGCCATAGAATACTCCATC
AAATGGGACGCCAAGTCTTTAGAGCAGAGGCTCAACACACCACCTGCTGCTGCTGAAGAG
CCGCAAAAACAAAAAACAAAGCAAAATAATCCTGTAAAGACGACTGAAAACAGAGGCATC
CTTTCGTTTCATGGCAGAAAAGACTCTTTGGATAGCAAGTCCATGAGTAGAAGAAGCGAA
GACGACTCCATGGGTACAAGCGAGAGTTGTGTCTCTGGCCCTGAGGAGGAGGAAGATCCA
GAAAACAAACCTTTTTACTACAGATTCTTCATGCCTGCGTCTAATTACAACAACAACGAC
AAACCCAAAATGAGAAACAGGAAAGCCTTCCGGAGAAGATAACCAAATCTGATCTCATGC
CAGACCACAATGACGACTCTCCTAGTGCGGGGAGACCAAAGCCGAGATCAGTGAGAAGAA
GATTAGCGAACCCGCCTCCCCAGGCAGCGCCTGGTGAAGATTCGGTGAGTAGTAAGAACA
TGAGGTCAGAGTCAATGGAGGAAGCAAGCGGTGAGGGGGTACGGAGGATGTGTCGTCGAA
CAGCTTCGTGGCAGCCTAACCCCTCCAACAACGTCCCAGATTTTGACGAGGTCGCGGCTC
GTGTAGATGCTCTCACACGAAACTGATCTTCTTCTTCTACTACTACAGTAATTGTTAGTT
ATGCATGCATGCGTCAATTGTGATTAGAGATATTGATATTGTTGTCTGTGAATGAATGAA
TGAATTCCACTATTCTCTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B831TF U 1
AF RR1B831JQ C 575
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DS 

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QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

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CCAGAGATCCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK68TF U 1
AF RR1EK68JQ C 273
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DS 

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QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

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CACATGAACTGTGTATCTTTGTCTATCCTAGTGTTGATGTAACTTGTAAGATGTTTTGAA
TCCCAAATTATTTCGCTATGCC


BQ
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AF RR1FN58TF U 1
AF RR1FN58JQ C 253
BS 1 622 RR1FN58TF

RD RR1FN58TF 622 0 0
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TCTCAATGTTCGTCGTCTCTTCGAGTTCCTCGTCCAATTCGAATCGACGACAAAGAGCAA
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ACAAGTGAGTACCGCCACTGCTAATCCTTCTCTGTTTGCTACCTGAAACACACATAGTCA
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DS 

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GAATGAGAAGTTGGATCTTCTGGAACGTCGCTTGGAGATGCTTGAGGTACAAGTGAGTAC
CGCCACTGCTAATCCTTCTCTGTTTGCTACCTGAAACACACATAGTCAGAGTCCTGAGCC
TTTGGTCTAATCAGAAGAAGAAGAAGCATCTTTTCGTTTTTTGAATGTGAACCGTTGAAT
CATTCTTTCTTTCTTCAATAGCTGTAGTGAACTATTAATATGAATACACACATGAACTGT
GTATCTTTGTCTATCCTAGTGTTGATGTAACTTGTAAGATGTTTTGAATCCCAAATTATT
TCGCTATGCC

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 2

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TTGGATCTCACCGATTGCAAAAGTTTGGTGATGCTTCCATCTTCAATTCGGAATCTCAAG
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AACTTGGTATCTCTTAATCAGTACTTCAATCTCAGTGGATGCTCACGGTTGAGAAGTTTC
CCTCAGATTTCAACGAGTATTGTATATCTCCATCTAGATTACACTGCAATTGAAGAAGTT
CCTTCTTGGATTGAGAATATATCCGGACTCAGTAGACTAACAATGAGAGGTTGCAAGAAG
TTGAAGAAAGTCTCGTCAAACAGTTTTAAATTGAAACGTCTTCTGGATATAGACTTTTCA
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GAGGCTACCTTTCATCTTGGACACTCAACAATAAGTGCAAAGTATCGCGCATCTCTCCAG
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CTGGACCAAGATGCACGGAAACTCATCCTACAGTCAGTTTCAAGCATGCAGTCTTACCAG
GTAGGGAAGTTCATCCGTATTTCAGTCATCAAGCTTGCGGAACTTCGCTAACAATACCTT
TACATGAGAGCTCTCTTTCTCTACAAGTGTTGCAATTCAAGGCTTGCATCTTGCTTGAAC
CTCCAACTGGCTACCCCAGGAATCGTTATGCATGTATTGGGGTATGGTGGTACTTTAGAG
GCAAAATATATAGCAATGATGTTTGCATTGACATTGACTCGTGTAACGTGGCTCATCTAG
TTGTGTTCCACTTGGAGTTATGTCTTCCAAAAGAAGGCAGTTGTCATCCATCTGAACCGG
ACTACAACGACATGTTATTCGATTTTGAGTCTAAGTCACAGCATAGGATAAAAGGATGCG
GAGTACGGCTCTTAAATGTATCTCCATCTAAGGACGGTAGTTGTACAAGCTCGGAAACTC
AGTACAAACAACAGTGCGCAGAAAGTGACATGGAGAATGGGAGAAGCAGGAAGCGATTGC
GGATAACATCGGAAATATTCCCACGTGACGGAAACACACGCGTATGCTATTTTCACAAAT
CCGAATTTGGAGCTTATTAGAGTAATGGTTTACGTTTGGTTCAATGTATAGTTTGTTAGC
TCATTCCAGTTAACTCAAGTCTATATAGAGACTTGTGCATTGTAACAAAATCATTTTATC
ATCAATGTAACAAACTTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F795TF U 1
AF RR1F795JQ C 636
BS 1 750 RR1F795TF
BS 751 1342 RR1F795JQ

RD RR1F795TF 753 0 0
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TTGGATCTCACCGATTGCAAAAGTTTGGTGATGCTTCCATCTTCAATTCGGAATCTCAAG
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AACTTGGTATCTCTTAATCAGTACTTCAATCTCAGTGGATGCTCACGGTTGAGAAGTTTC
CCTCAGATTTCAACGAGTATTGTATATCTCCATCTAGATTACACTGCAATTGAAGAAGTT
CCTTCTTGGATTGAGAATATATCCGGACTCAGTAGACTAACAATGAGAGGTTGCAAGAAG
TTGAAGAAAGTCTCGTCAAACAGTTTTAAATTGAAACGTCTTCTGGATATAGACTTTTCA
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GAGGCTACCTTTCATCTTGGACACTCAACAATAAGTGCAAAGTATCGCGCATCTCTCCAG
AGTGTATCTCAGTCGTTTTTCAATCCAATGAGCTCCCTGAAATTCCAAAATTGCTTCAAT
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GTAGGGAAGTTCATCCGTATTTCAGTCATCAAGCTTGCGGAACTTCGCTAACAATACCTT
TACATGAGAGCTCTCTTTCTCTACAAGTGT
GCA

QA 1 750 1 750
DS 

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G
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GCGGAACTTCGCTAACAATACCTTTACATGAGAGCTCTCTTTCTCTACAAGTGTTGCAAT
TCAAGGCTTGCATCTTGCTTGAACCTCCAACTGGCTACCCCAGGAATCGTTATGCATGTA
TTGGGGTATGGTGGTACTTTAGAGGCAAAATATATAGCAATGATGTTTGCATTGACATTG
ACTCGTGTAACGTGGCTCATCTAGTTGTGTTCCACTTGGAGTTATGTCTTCCAAAAGAAG
GCAGTTGTCATCCATCTGAACCGGACTACAACGACATGTTATTCGATTTTGAGTCTAAGT
CACAGCATAGGATAAAAGGATGCGGAGTACGGCTCTTAAATGTATCTCCATCTAAGGACG
GTAGTTGTACAAGCTCGGAAACTCAGTACAAACAACAGTGCGCAGAAAGTGACATGGAGA
ATGGGAGAAGCAGGAAGCGATTGCGGATAACATCGGAAATATTCCCACGTGACGGAAACA
CACGCGTATGCTATTTTCACAAATCCGAATTTGGAGCTTATTAGAGTAATGGTTTACGTT
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GCATTGTAACAAAATCATTTTATCATCAATGTAACAAACTTTCACC

QA 2 707 2 707
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTCAACTTCATCGGAGTTTCTCTGGCCGCGACACAGATGTTCGCTTGACGATCTCTTCTC
GCCGCCTCTCTTCCTTTTAACACGAGATCTGTTCTCCACGTAGAATAAAGGTAGGAAGGA
TGTCGACACCAGCAAGGAAGAAGTTGGTGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCAC
CTGCTGGTATTAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAATATCATGCTCTGGAATGCTGTCATTT
TCGGGCCTGATGATATCCCATGGGATGGAGGCACTTTCAAGCTCTCACTCCACTTCTCTG
AAGACTATCCAAATAAACCGCCAACTGTTCGTTTTGTGTCACGGATGTTCCATCCTAATA
TTTATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTGCAAAACCAGTGGAGTCCTATATATG
ATGTTGCTGCTATTCTTACCTCCATCCAGTCTTTGCTCTGTGACCCTAACCCGAACTCTC
CTGCAAACTCCGAAGCTGCTCGGATGTACAGCGAAAGCAAGCGTGAGTACAACCGAAGAG
TGCGTGATGTTGTCGAGCAAAGCTGGACTGCTGACTAGTTTTTATTTTGTTACTTGTAAG
CTTTTGTAAACTCTCTCCTACTCTCTCACACCATTCAGCAACACCTTTCTGCTTATCTTT
TTCATTCATGTCTTTTGTGTTTCCAAAAAAAAACTCTTTTAGTGATTTGGATACTTTGAT
GGGGGGGTTCTATGAAACCTAACATCCTTTAAAAACAACTGTGTACCAAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DP60TF U 1
AF RR1DP60JQ C 138
BS 1 640 RR1DP60TF
BS 641 833 RR1DP60JQ

RD RR1DP60TF 640 0 0
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CTCAACTTCATCGGAGTTTCTCTGGCCGCGACACAGATGTTCGCTTGACGATCTCTTCTC
GCCGCCTCTCTTCCTTTTAACACGAGATCTGTTCTCCACGTAGAATAAAGGTAGGAAGGA
TGTCGACACCAGCAAGGAAGAAGTTGGTGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCAC
CTGCTGGTATTAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAATATCATGCTCTGGAATGCTGTCATTT
TCGGGCCTGATGATATCCCATGGGATGGAGGCACTTTCAAGCTCTCACTCCACTTCTCTG
AAGACTATCCAAATAAACCGCCAACTGTTCGTTTTGTGTCACGGATGTTCCATCCTAATA
TTTATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTGCAAAACCAGTGGAGTCCTATATATG
ATGTTGCTGCTATTCTTACCTCCATCCAGTCTTTGCTCTGTGACCCTAACCCGAACTCTC
CTGCAAACTCCGAAGCTGCTCGGATGTACAGCGAAAGCAAGCGTGAGTACAACCGAAGAG
TGCGTGATGTTGTCGAGCAAAGCTGGACTGCTGACTAGTT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1DP60JQ 696 0 0
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AAGAAGTTGGTGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGTATTAGCGGT
GCTCCTCAAGACAACAATATCATGCTCTGGAATGCTGTCATTTTCGGGCCTGATGATATC
CCATGGGATGGAGGCACTTTCAAGCTCTCACTCCACTTCTCTGAAGACTATCCAAATAAA
CCGCCAACTGTTCGTTTTGTGTCACGGATGTTCCATCCTAATATTTATGCTGATGGGAGT
ATATGCTTGGACATTCTGCAAAACCAGTGGAGTCCTATATATGATGTTGCTGCTATTCTT
ACCTCCATCCAGTCTTTGCTCTGTGACCCTAACCCGAACTCTCCTGCAAACTCCGAAGCT
GCTCGGATGTACAGCGAAAGCAAGCGTGAGTACAACCGAAGAGTGCGTGATGTTGTCGAG
CAAAGCTGGACTGCTGACTAGTTTTTATTTTGTTACTTGTAAGCTTTTGTAAACTCTCTC
CTACTCTCTCACACCATTCAGCAACACCTTTCTGCTTATCTTTTTCATTCATGTCTTTTG
TGTTTCCAAAAAAAAACTCTTTTAGTGATTTGGATACTTTGATGGGGGGGTTCTATGAAA
CCTAACATCCTTTAAAAACAACTGTGTACCAAACCC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL4999Contig1 827 2 6 U
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GTTAGAAGGGGTTGTAGGACACCTAAGGAAATTTCTAGTCGACCATTCTGTGGTTCCTCT
CTTCGAGAAGCAATATCTTGCTAGAGTCTCTCAAGTTCGTCAGGAAGAACCGTTAGCTAA
CAACCAGTCGTCTCTTAATGCTGCTTTGTCAAATGCAATCGAGTCTGAGCTCTTGGCACG
GAGGGAAGCTCTGTTTTTGGAGCGGGATCCTCGGGTGGAGTCATTTGTTCAGCCTTCTGG
AGTTTCTATCTACAGTCAGGATCCTGCAATGTCTGCTGCTAGACACTCTCCTGGCCTTTC
TCGTGTTTCTGCTGCTTTTGTTACACAGGTATCTCAAACGATGCAAATACCGTTCTCCTA
TGCGGAGGATATTATCGGTTTAGAAGGAGCTAATATAGCCTTCATCCGTAGAAGAAGCGG
ATGCACCATAACCATTCAAGAGAGTCCACATCCTGATCAAATCACAGTGGAAATCAAAGG
CACTTCTTCTCAAGTACAAACTGCTCAGAGGCGGTGCAGTATAGACCAACAGCATACTCT
CAGCTTGCGGGTCCGTCGGCGTCGAACTACACGCCGTCACTCAATGGGCAAACTTATGGA
ACGGAATATAGACCAGCTTCTGATGTTGGTGGCTACAACACTTACAATTTATGAATCGTT
TGCTGTGTGTGGGTTATTTACGTACGAGCTGAATGTGTTATGTAAATCTAGGTATCTGTT
TTTCTAAAAAGTTTAATCTCGATATTTTACACGACAGATTTGGTCGC


BQ
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AF RR1GH39TF U 1
AF RR1GH39JQ C 486
BS 1 618 RR1GH39TF
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BS 620 706 RR1GH39TF
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BS 708 758 RR1GH39TF
BS 759 827 RR1GH39JQ

RD RR1GH39TF 764 0 0
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ATGCACCATAACCATTCAAGAGAGTCCACATCCTGATCAAATCACAGTGGAAATCAAAGG
CACTTCTTCTCAAGTACAAACTGCTCAGAGGCGGTGCAGTATAGACCAACAGCATACTCT
CAGCTTGCGGGTCCGTCG*CGTCGAACTACACGCCGTCACTCAATGGGCAAACTTATGGA
ACGGAATATAGACCAGCTTCTGATGTTGGTGGCTACAACACTTACA*TTTATGAATCGTT
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ATGTAA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1GH39JQ 342 0 0
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CTTCTCAAGTACAAACTGCTCAGAGGCGGTGCAGTATAGACCAACAGCATACTTTCAGCT
TGCGGGTCCGTCGGCGTCGAACTACACGCCGTCACTCAATGGGCAAACTTATGGAACGGA
ATATAGACCAGCTTCTGATGTTGGTGGCTACAACACTTACAATTTATGAATCGTTTGCTG
TGTGTGGGTTATTTACGTACGAGCTGAATGTGTTATGTAAATCTAGGTATCTGTTTTTCT
AAAAAGTTTAATCTCGATATTTTACACGACAGATTTGGTCGC

QA 1 342 1 342
DS 



AS 1 2

CO CL5000Contig1 940 2 10 U
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GGTGGAAGAACAACAATGGCGTTAACAAAGTTAGTGAAGTCAGAGGAAGAGGAGTCAGAG
TTAGGATTAGGTTCAGTTACTACTTTCACGAGAGGGTTAGGGAGGAAAAGGGTTTTGTTT
TCAAGCAGAGAGATTCCGGCAACTGAATCGAAGACGCCGGTGAAGAGACAAAGAAGCAGA
ACTGCTAATGTTTCGTTGTCTGCTGAGAGATCTCGCCTTGAATCTCTGCCCCAAGAACTT
TTGATTAGAGTGGTTTGTGGCTTGGATCATGATGATCTGAATAGTCTAAATATTGTATCT
AAATCAATCAGAGAAGCTAGTTTGGTAGCAAAAGAGTTACATTTTTCATATACCACACCC
AAAAAGACTCGTGCTTTTCGAAACCAACTAGATTTTGAGGATTTGAGCCAGCAAGTGGAA
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GAGAAGCTGTCTAATGTCTCTGTGGCATTGTTTACTTGAAAATGATGATGAGATATGTAT
ATGGGTGGGATTCGAGTCCCTAGTGTTATGCACTTTGATGACTATACTGTTAAAGTCTCT
TTGACGGTTAATAGCTTTTCTAAAAGATTAGTATGCATTTTGATTCGGAAGCTTTTTAGG
GTTCTAGAGTTGGGTTTTGTATAGTTTCATTTTCTGCAGACCTTGGGGAACTGAAATGGT
GTTTTTTAATGTATTTCAGTCTTTTGGGTTTTTAGTCAGAGTATCCAAGGTTCTGTTTTT
GTTTTTTTGACTTAGGGGTGCAATAAAGATAATCAATTCT


BQ
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AF RR1C710TF U 1
AF RR1C710JQ C 271
BS 1 728 RR1C710TF
BS 729 729 RR1C710JQ
BS 730 744 RR1C710TF
BS 745 745 RR1C710JQ
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BS 770 770 RR1C710JQ
BS 771 776 RR1C710TF
BS 777 777 RR1C710JQ
BS 778 803 RR1C710TF
BS 804 940 RR1C710JQ

RD RR1C710TF 803 0 0
TTTTTCATTTGCGTTCTGATGATTCACTACCTACATTTGATCGGTGAGTTTTGGTTCTGC
AGAGTCGTAAAAGTGGTGGAGTGGTTCTCCGAGACTCTGTTTGTCAAGAACTTTCTTAGT
GGTGGAAGAACAACAATGGCGTTAACAAAGTTAGTGAAGTCAGAGGAAGAGGAGTCAGAG
TTAGGATTAGGTTCAGTTACTACTTTCACGAGAGGGTTAGGGAGGAAAAGGGTTTTGTTT
TCAAGCAGAGAGATTCCGGCAACTGAATCGAAGACGCCGGTGAAGAGACAAAGAAGCAGA
ACTGCTAATGTTTCGTTGTCTGCTGAGAGATCTCGCCTTGAATCTCTGCCCCAAGAACTT
TTGATTAGAGTGGTTTGTGGCTTGGATCATGATGATCTGAATAGTCTAAATATTGTATCT
AAATCAATCAGAGAAGCTAGTTTGGTAGCAAAAGAGTTACATTTTTCATATACCACACCC
AAAAAGACTCGTGCTTTTCGAAACCAACTAGATTTTGAGGATTTGAGCCAGCAAGTGGAA
GATGTCGAGCCTCCTAACGCACCGGTTCGCCGCCATCGTTGGACCGACGCTAAGAGGAAG
GAGAAGCTGTCTAATGTCTCTGTGGCATTGTTTACTTGAAAATGATGATGAGATATGTAT
ATGGGTGGGATTCGAGTCCCTAGTGTTATGCACTTTGATGACTATACTGTTAAAGTCTCT
TTGACGGT*AATAGCTTTTCTAAA*GATTAGTATGCATTTTGATTCGGA*GCTTTT*AGG
GTTCTAGAGTTGGGTTTTGTATA

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1C710JQ 670 0 0
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TCTCGCCTTGAATCTCTGCCCCAAGAACTTTTGATTAGAGTGGTTTGTGGCTTGGATCAT
GATGATCTGAATAGTCTAAATATTGTATCTAAATCAATCAGAGAAGCTAGTTTGGTAGCA
AAAGAGTTACATTTTTCATATACCACACCCAAAAAGACTCGTGCTTTTCGAAACCAACTA
GATTTTGAGGATTTGAGCCAGCAAGTGGAAGATGTCGAGCCTCCTAACGCACCGGTTCGC
CGCCATCGTTGGACCGACGCTAAGAGGAAGGAGAAGCTGTCTAATGTCTCTGTGGCATTG
TTTACTTGAAAATGATGATGAGATATGTATATGGGTGGGATTCGAGTCCCTAGTGTTATG
CACTTTGATGACTATACTGTTAAAGTCTCTTTGACGGTTAATAGCTTTTCTAAAAGATTA
GTATGCATTTTGATTCGGAAGCTTTTTAGGGTTCTAGAGTTGGGTTTTGTATAGTTTCAT
TTTCTGCAGACCTTGGGGAACTGAAATGGTGTTTTTTAATGTATTTCAGTCTTTTGGGTT
TTTAGTCAGAGTATCCAAGGTTCTGTTTTTGTTTTTTTGACTTAGGGGTGCAATAAAGAT
AATCAATTCT

QA 1 670 1 670
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5002Contig1 964 2 2 U
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AATCACATACAAGGGTATCCATCCATTCGGATTTTCCGCAAAGGCAGTGATCTTAGGGAT
GACAATGCACACCACGATCATGAATCGTACTATGGAGATCGTGATACAGAAAGCTTAGTA
AAGATGGTGATAGGTCTGGTTGAACCAATCCATCTAGAGCCCCAAAAACTAGCATTAGAG
GACAAATCAGACAATGCATCGAAAACATTAAAGAAGGCACCTTCGACAGGAGGATGTCGG
ATTGAAGGATACATGCGTGTAAAGAAGGTTCCAGGCAACCTAATGGTTTCAGCTCGCTCG
GAATCTCATTCATTTGATTCTTCTCAGATGAATATGTCCCATGTCGTTAACCATCTTTCA
TTTGGACGGAGGATTACGCCTGAAACATTTGCTGATTTAAAACGCTTGGCACCGTATCTC
GGCGGAAGCTACAACCGTTTGGACGACCGCTCCTTCATAAACCAACATGATATTGGCCCT
AATGTCACCATCGAGCATTATCTTCAAATAGTAAAGACAGAGGTATTGAATAGCAATGGA
CATGCACTGATTGAGGAGTATGAGTACACAGCACATAGCAGCGTTGCTCATAGTTACTAT
TTACCAGTCGCCAAGTTTCACTTTGAGCTCTCACCGATGCAGGTTCTCATAACCGAAAAC
TCCAAATCCTTCTCACACTTTATTACCAACGTATGCGCCATTATCGGTGGTGTCTTCACG
GTTGCGGGAATCTTGGATTCTATTTTCCACCAGACGATGACGCTGATGAAAAAGATTGAA
CTTGGTAAAAACTTTTGAAGAAAGGTTTCATATCGTTTGCTATGTAACGAATCCGATTTT
TTTTTTGTTACCTTTACCACGAACAAATGAGATGAAACTATAAAGTTAATACGGTTGCAA
GTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1AK74TF U 1
AF RR1AK74JQ C 208
BS 1 698 RR1AK74TF
BS 699 964 RR1AK74JQ

RD RR1AK74TF 698 0 0
GACGGACGTGTTATTTTGGCAAAAGTTGACTGCACCCAAGAAGCTGATCTCTGTCGGAGG
AATCACATACAAGGGTATCCATCCATTCGGATTTTCCGCAAAGGCAGTGATCTTAGGGAT
GACAATGCACACCACGATCATGAATCGTACTATGGAGATCGTGATACAGAAAGCTTAGTA
AAGATGGTGATAGGTCTGGTTGAACCAATCCATCTAGAGCCCCAAAAACTAGCATTAGAG
GACAAATCAGACAATGCATCGAAAACATTAAAGAAGGCACCTTCGACAGGAGGATGTCGG
ATTGAAGGATACATGCGTGTAAAGAAGGTTCCAGGCAACCTAATGGTTTCAGCTCGCTCG
GAATCTCATTCATTTGATTCTTCTCAGATGAATATGTCCCATGTCGTTAACCATCTTTCA
TTTGGACGGAGGATTACGCCTGAAACATTTGCTGATTTAAAACGCTTGGCACCGTATCTC
GGCGGAAGCTACAACCGTTTGGACGACCGCTCCTTCATAAACCAACATGATATTGGCCCT
AATGTCACCATCGAGCATTATCTTCAAATAGTAAAGACAGAGGTATTGAATAGCAATGGA
CATGCACTGATTGAGGAGTATGAGTACACAGCACATAGCAGCGTTGCTCATAGTTACTAT
TTACCAGTCGCCAAGTTTCACTTTGAGCTCTCACCGAT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1AK74JQ 757 0 0
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TTAAAGAAGGCACCTTCGACAGGAGGATGTCGGATTGAAGGATACATGCGTGTAAAGAAG
GTTCCAGGCAACCTAATGGTTTCAGCTCGCTCGGAATCTCATTCATTTGATTCTTCTCAG
ATGAATATGTCCCATGTCGTTAACCATCTTTCATTTGGACGGAGGATTACGCCTGAAACA
TTTGCTGATTTAAAACGCTTGGCACCGTATCTCGGCGGAAGCTACAACCGTTTGGACGAC
CGCTCCTTCATAAACCAACATGATATTGGCCCTAATGTCACCATCGAGCATTATCTTCAA
ATAGTAAAGACAGAGGTATTGAATAGCAATGGACATGCACTGATTGAGGAGTATGAGTAC
ACAGCACATAGCAGCGTTGCTCATAGTTACTATTTACCAGTCGCCAAGTTTCACTTTGAG
CTCTCACCGATGCAGGTTCTCATAACCGAAAACTCCAAATCCTTCTCACACTTTATTACC
AACGTATGCGCCATTATCGGTGGTGTCTTCACGGTTGCGGGAATCTTGGATTCTATTTTC
CACCAGACGATGACGCTGATGAAAAAGATTGAACTTGGTAAAAACTTTTGAAGAAAGGTT
TCATATCGTTTGCTATGTAACGAATCCGATTTTTTTTTTGTTACCTTTACCACGAACAAA
TGAGATGAAACTATAAAGTTAATACGGTTGCAAGTAT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL5003Contig1 606 2 6 U
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CGCGCGGCGAGCGGCGCAGAAGGAGAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGCGCCCTTAAGGA
TACTCTCAATTGGGCTGTTCATCGCCACATTTTCTACCGAGACGCTTCTGATCTGCGCGA
GAAGTTCAACGCCAACCAAGATGTGGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATTGCTCA
TGGTGAAGCTGAGTACGACAAATGGCGGCACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCC
TGGTGGCTCCAAGTTCTGTAGAAACCCCACTCCACCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAA
CTATGGTCAAGAAGACAACCCATAAAACTTAATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATA
AATTTTTACTTTCAAAGATGTTTTGTTTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTA
CATTTGTTCATCTAAAACATGTCATCATGAATCATGGATGTCCCATGAAAACTTATTCAA
TAAACAAACAAAAGTGTGTTCCGTCTTTACTTTGGCTACCATGGCTCATAAATTTTGTGA
TTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1G336TF U 1
AF RR1H460TF U 27
BS 1 359 RR1G336TF
BS 360 360 RR1H460TF
BS 361 372 RR1G336TF
BS 373 373 RR1H460TF
BS 374 523 RR1G336TF
BS 524 606 RR1H460TF

RD RR1G336TF 523 0 0
GGGTTGAATTCAATCGGAAGCAGGAGGAGGAATGAGCGGAGTTTCAACGGCGGCGTATTT
CGCGCGGCGAGCGGCGCAGAAGGAGAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGCGCCCTTAAGGA
TACTCTCAATTGGGCTGTTCATCGCCACATTTTCTACCGAGACGCTTCTGATCTGCGCGA
GAAGTTCAACGCCAACCAAGATGTGGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATTGCTCA
TGGTGAAGCTGAGTACGACAAATGGCGGCACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCC
TGGTGGCTCCAAGTTCTGTAGAAACCCCACTCCACCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAT
CTATGGTCAAGAGGACAACCCATAAAACTTAATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATA
AATTTTTACTTTCAAAGATGTTTTGTTTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTA
CATTTGTTCATCTAAAACATGTCATCATGAATCATGGATGTCC

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR1H460TF 580 0 0
GAGGAATGAGCGGAGTTTCAACGGCGGCGTATTTCGCGCGGCGAGCGGCGCAGAAGGAGA
GGGTTCGAATCCTCTATCGACGCGCCCTTAAGGATACTCTCAATTGGGCTGTTCATCGCC
ACATTTTCTACCGAGACGCTTCTGATCTGCGCGAGAAGTTCAACGCCAACCAAGATGTGG
AGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATTGCTCATGGTGAAGCTGAGTACGACAAATGGC
GGCACCCTGATCCTTATTTCGTTCCATGGGCTCCTGGTGGCTCCAAGTTCTGTGGAAACC
CCACTCCACCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAACTATGGTCAAGAAGACAACCCATAAA
ACTTAATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATAAATTTTTACTTTCAAAGATGTTTTGT
TTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTACATTTGTTCATCTAAAACATGTCATC
ATGAATCATGGATGTCCCATGAAAACTTATTCAATAAACAAACAAAAGTGTGTTCCGTCT
TTACTTTGGCTACCATGGCTCATAAATTTTGTGATTTTCT

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL5004Contig1 485 2 3 U
GGCCGGTGCTCTTGCTTGCCTAACACCAGAAGGACTAGAGGCGATGCAGAAGGTGGTTGG
GTTCTACAAAGAAAACACAAACATAATCATCGACACGTTCACTTCTCTTGGCTATGATGT
ATACGGAGGGAAGAACGCGCCTTACGTTTGGGTTCACTTCCCAAACCAAAGCTCGTGGGA
TGTGTTTGCTGAGATTCTGGAGAAGACTCATGTGGTTACAACTCCAGGGAGTGGGTTTGG
ACCAGGAGGTGAAGGGTTTGTTTGTGTTAGCGCCTTTGGTCACAGAGAGAACATCTTGGA
GGCGTGTCGGAGATTCAAGCAGCTTTACAAATGAATAAGATTCTTGTAATCATCATTCAT
CATATCGTTATCCTCCTTTTACGAACCAGGATTGAAAAAAATAATATCGTCTCCTTTGTT
TTCTTGAATTGTAGCAACTAAGAAACAAACGTTTGCAATCATTGCGAGAAGAACGTTAAT
GCGTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 

AF RR1EZ28JQ C 1
AF RR1EZ28TF U 1
BS 1 48 RR1EZ28TF
BS 49 49 RR1EZ28JQ
BS 50 485 RR1EZ28TF

RD RR1EZ28JQ 485 0 0
GGCCGGTGCTCTTGCTTGCCTAACACCAGAAGGACTAGAGGCGATGCAGAAGGTGGTTGG
GTTCTACAAAGAAAACACAAACATAATCATCGACACGTTCACTTCTCTTGGCTATGATGT
ATACGGAGGGAAGAACGCGCCTTACGTTTGGGTTCACTTCCCAAACCAAAGCTCGTGGGA
TGTGTTTGCTGAGATTCTGGAGAAGACTCATGTGGTTACAACTCCAGGGAGTGGGTTTGG
ACCAGGAGGTGAAGGGTTTGTTTGTGTTAGCGCCTTTGGTCACAGAGAGAACATCTTGGA
GGCGTGTCGGAGATTCAAGCAGCTTTACAAATGAATAAGATTCTTGTAATCATCATTCAT
CATATCGTTATCCTCCTTTTACGAACCAGGATTGAAAAAAATAATATCGTCTCCTTTGTT
TTCTTGAATTGTAGCAACTAAGAAACAAACGTTTGCAATCATTGCGAGAAGAACGTTAAT
GCGTC

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR1EZ28TF 485 0 0
GGCCGGTGCTCTTGCTTGCCTAACACCAGAAGGACTAGAGGCGATGCATAAGGTGGTTGG
GTTCTACAAAGAAAACACAAACATAATCATCGACACGTTCACTTCTCTTGGCTATGATGT
ATACGGAGGGAAGAACGCGCCTTACGTTTGGGTTCACTTCCCAAACCAAAGCTCGTGGGA
TGTGTTTGCTGAGATTCTGGAGAAGACTCATGTGGTTACAACTCCAGGGAGTGGGTTTGG
ACCAGGAGGTGAAGGGTTTGTTTGTGTTAGCGCCTTTGGTCACAGAGAGAACATCTTGGA
GGCGTGTCGGAGATTCAAGCAGCTTTACAAATGAATAAGATTCTTGTAATCATCATTCAT
CATATCGTTATCCTCCTTTTACGAACCAGGATTGAAAAAAATAATATCGTCTCCTTTGTT
TTCTTGAATTGTAGCAACTAAGAAACAAACGTTTGCAATCATTGCGAGAAGAACGTTAAT
GCGTC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 2

CO CL5005Contig1 241 2 1 U
GGACAGCCAGAAAAAAAAACACTTGAGATCCGCCAAGAAGAAGAAGATAACGATGACGAC
GACTCAAGACGTGGAGATGAAACAGCAAGAAGAGGAGCTTGCTAAATACATGGCTAAGAA
GATGACGACGATTTCTAAGATTTTAATGCAATGCCTAGCGTTTCTCTGTCTCTTTTGTTA
TTTCGAAATTTTCTGACATTTTTCTTCTTGTTATGGCACTTCAGTTCTTGTACTTTATGA
G


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR1EI50JQ C 1
AF RR1EI50TF U 1
BS 1 241 RR1EI50TF

RD RR1EI50JQ 241 0 0
GGACAGCCAGAAAAAAAAACACTTGAGATCCGCCAAGAAGAAGAAGATAACGATGACGAC
GACTCAAGACGTGGAGATGAAACAGCAAGAAGAGGAGCTTGCTAAATACATGGCTAAGAA
GATGACGACGATTTCTAAGATTTTAATGCAATGCCTAGCGTTTCTCTGTCTCTTTTGTTA
TTTCGAAATTTTCTGACATTTTTCTTCTTGTTATGGCACTTCAGTTCTTGTACTTTATGA
G

QA 1 241 1 241
DS 

RD RR1EI50TF 241 0 0
GGACAGCCAGAAAAAAAAACACTTGAGATCCGCCAAGAAGAAGAAGATAACGATGACGAC
GACTCAAGACGTGGAGATGAAACAGCAAGAAGAGGAGCTTGCTAAATACATGGCTAAGAA
GATGACGACGATTTCTAAGATTTTAATGCAATGCCTAGCGTTTCTCTGTCTCTTTTGTTA
TTTCGAAATTTTCTGACATTTTTCTTCTTGTTATGGCACTTCAGTTCTTGTACTTTATGA
G

QA 1 241 1 241
DS 



AS 1 2

CO CL5006Contig1 1026 2 2 U
GGAAGAGGTCTTCGACGGAATCAAAACCCTCAGCCATGATCCGATTCAAAAAACAAAACC
TATACTCGACTCACTAAGCCACGACCTTCTCCAGAAATGCCACGCGAGCGGGACACCCAA
GGGCAAATCCAAGCTGAAGACAATCCAAGCCCTGAAGCGCCACAAAGCCACCACCACCAA
AAGAGGCGGAGGAGGAGAGGAAGCCGGTAAGGGGAAAGGAGCAGCGATCACCGATCACTG
CATAAACCCTCCTCACCCGTTTCGTTACCTCAGACCCAAGGACCGAGACCGAGAGGCGCA
GCGGGAGAAGCTCGGCCTGATCAGCAAGGCGAGGCAGCGAGAGATCGACATCCAGAAAAA
GCTCGGACCTTTCACCCCGGCCAGGGTCACCGATGAGCCGATCAGGATCGGGGTCGCGGG
GTTGGATTACGTCGCGCTGGGGATTTTCACGGAGGACGAGTTGCCGAAGTATAAGGTGAC
GGTGGAGGACGGGAAGAGGCTGGCGAAGGAGTATAGCAGAGTGCTTATGAAGGAGCATAG
GGAGAAGCGTGCGGCGGAGATCGGTCTGGTGAAGATGAGGAAAGCTGCGTTGGAGGCGTT
GCCGGAGAAGCTGAAGAAGGCGGCTTTGGAGCGTGATACGACGACACCGTTTCCGGTGAT
TCGGGGAGCGGCTACGGTGCTGCCTCCTGTTGAAGGGTATCTGGAGAGGATCATGAATGC
TGCTAATAAGAAGAGTTCGAGTAAAGAGAAGCTGAGATGATCTAAATGAGCTTCTTACCC
CGTAGAGTGCAATGCCAAGAGTCCTAAAGCTTCAAGACAACTATTCTCCACGGAGCATCA
TAGTTTGAGAGCTCATGTAAAGACTAGTCTACCTAATGGCTAAAATTTATCTTCTGGAAT
CTCTTCTATTATTTTTTTACCAAGTCTATTTGGTAAACCAATCAAGTTTGTGTATCTCTC
GGTTCTTATAAGGCCGTGAATCGAACCGAGAATCATTCTCATAATTCATTTATATACCAA
ACCGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG94TF U 1
AF RR1FG94JQ C 321
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TATACTCGACTCACTAAGCCACGACCTTCTCCAGAAATGCCACGCGAGCGGGACACCCAA
GGGCAAATCCAAGCTGAAGACAATCCAAGCCCTGAAGCGCCACAAAGCCACCACCACCAA
AAGAGGCGGAGGAGGAGAGGAAGCCGGTAAGGGGAAAGGAGCAGCGATCACCGATCACTG
CATAAACCCTCCTCACCCGTTTCGTTACCTCAGACCCAAGGACCGAGACCGAGAGGCGCA
GCGGGAGAAGCTCGGCCTGATCAGCAAGGCGAGGCAGCGAGAGATCGACATCCAGAAAAA
GCTCGGACCTTTCACCCCGGCCAGGGTCACCGATGAGCCGATCAGGATCGGGGTCGCGGG
GTTGGATTACGTCGCGCTGGGGATTTTCACGGAGGACGAGTTGCCGAAGTATAAGGTGAC
GGTGGAGGACGGGAAGAGGCTGGCGAAGGAGTATAGCAGAGTGCTTATGAAGGAGCATAG
GGAGAAGCGTGCGGCGGAGATCGGTCTGGTGAAGATGAGGAAAGCTGCGTTGGAGGCGTT
GCCGGAGAAGCTGAAGAAGGCGGCTTTGGAGCGTGATACGACGACACCGTT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1FG94JQ 706 0 0
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CCAGGGTCACCGATGAGCCGATCAGGATCGGGGTCGCGGGGTTGGATTACGTCGCGCTGG
GGATTTTCACGGAGGACGAGTTGCCGAAGTATAAGGTGACGGTGGAGGACGGGAAGAGGC
TGGCGAAGGAGTATAGCAGAGTGCTTATGAAGGAGCATAGGGAGAAGCGTGCGGCGGAGA
TCGGTCTGGTGAAGATGAGGAAAGCTGCGTTGGAGGCGTTGCCGGAGAAGCTGAAGAAGG
CGGCTTTGGAGCGTGATACGACGACACCGTTTCCGGTGATTCGGGGAGCGGCTACGGTGC
TGCCTCCTGTTGAAGGGTATCTGGAGAGGATCATGAATGCTGCTAATAAGAAGAGTTCGA
GTAAAGAGAAGCTGAGATGATCTAAATGAGCTTCTTACCCCGTAGAGTGCAATGCCAAGA
GTCCTAAAGCTTCAAGACAACTATTCTCCACGGAGCATCATAGTTTGAGAGCTCATGTAA
AGACTAGTCTACCTAATGGCTAAAATTTATCTTCTGGAATCTCTTCTATTATTTTTTTAC
CAAGTCTATTTGGTAAACCAATCAAGTTTGTGTATCTCTCGGTTCTTATAAGGCCGTGAA
TCGAACCGAGAATCATTCTCATAATTCATTTATATACCAAACCGGC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL5007Contig1 939 2 2 U
GGGCCCTGGTGGAGTCAGGGGAAATAACAATGGCTCGGGTCAATGACGCTGTTGAAAGAA
TACTCAGAGTGAAGTTTGTCGCTGGTCTCTTCGAACATCCTTTGTTTGACAGGTCTTTGC
TGGGAACTGTTGGCTGCAAGGAACATAGAGAATTGGGGCGTGAAGCAGTTAGAAAGTCGT
TAGTGTTGCTAAAGAATGGAAAAAATGCTGATAAACCGTTTCTGCCGCTAGATCGCAACG
CCAAGAGGATACTAGTCACTGGAACGCATGCAGATGATCTTGGGTATCAGTGTGGAGGAT
GGACTAAGACGTGGTTTGGTCTAAGTGGCAGGATCACAATCGGTACGACGCTTTTGGATG
CCATAAAAGCAGCGGTTGGAGACAATACCGAAGTGGTCTACGAGAAAACTCCATCAAAGG
AAACGTTAGACTCGAGCGAAGGATTCTCTTACGCCATTGTTGCAGTGGGGGAATCTCCCT
ATGCAGAGACTATTGGTGACAGCTCGGAACTCATAATACCATTAGACGGTAGCAACATCG
TAACCACGGTGGCAGAGAGAATCCCAACTCTGGTGATGTTGATCTCAGGACGACCTGTGG
TTTTGGAGCCGACAGTTCTTGAAAAGACGGAGGCTCTAGTAGCTGCTTGGCTGCCTGGAA
CAGAAGGACAAGGAATGGCTGACGTTATTTTTGGTGATTTTGACTTTGAGGGGAAGTTAC
CGGTGAGCTGGTTCAAAACCGTTGAGCATTTGCCGTTAAACGCTCGTGCCAATTCGTATG
ACCCATTGTTCCCTCTTGGTTTCGGTCTCAATTCAAAACTAGTGTAACTTCACCGGTCTA
GTATTATTGTGTACTTTGGGGGAAGTATCTAATGACATGTATTACAAACTAAACAATGTC
GTGTTTGTAAAATAAGCTATCAATAAGAACTATTGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EO25TF U 1
AF RR1EO25JQ C 403
BS 1 663 RR1EO25TF
BS 664 939 RR1EO25JQ

RD RR1EO25TF 663 0 0
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TACTCAGAGTGAAGTTTGTCGCTGGTCTCTTCGAACATCCTTTGTTTGACAGGTCTTTGC
TGGGAACTGTTGGCTGCAAGGAACATAGAGAATTGGGGCGTGAAGCAGTTAGAAAGTCGT
TAGTGTTGCTAAAGAATGGAAAAAATGCTGATAAACCGTTTCTGCCGCTAGATCGCAACG
CCAAGAGGATACTAGTCACTGGAACGCATGCAGATGATCTTGGGTATCAGTGTGGAGGAT
GGACTAAGACGTGGTTTGGTCTAAGTGGCAGGATCACAATCGGTACGACGCTTTTGGATG
CCATAAAAGCAGCGGTTGGAGACAATACCGAAGTGGTCTACGAGAAAACTCCATCAAAGG
AAACGTTAGACTCGAGCGAAGGATTCTCTTACGCCATTGTTGCAGTGGGGGAATCTCCCT
ATGCAGAGACTATTGGTGACAGCTCGGAACTCATAATACCATTAGACGGTAGCAACATCG
TAACCACGGTGGCAGAGAGAATCCCAACTCTGGTGATGTTGATCTCAGGACGACCTGTGG
TTTTGGAGCCGACAGTTCTTGAAAAGACGGAGGCTCTAGTAGCTGCTTGGCTGCCTGGAA
CAG

QA 1 663 1 663
DS 

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CAGTGGGGGAATCTCCCTATGCAGAGACTATTGGTGACAGCTCGGAACTCATAATACCAT
TAGACGGTAGCAACATCGTAACCACGGTGGCAGAGAGAATCCCAACTCTGGTGATGTTGA
TCTCAGGACGACCTGTGGTTTTGGAGCCGACAGTTCTTGAAAAGACGGAGGCTCTAGTAG
CTGCTTGGCTGCCTGGAACAGAAGGACAAGGAATGGCTGACGTTATTTTTGGTGATTTTG
ACTTTGAGGGGAAGTTACCGGTGAGCTGGTTCAAAACCGTTGAGCATTTGCCGTTAAACG
CTCGTGCCAATTCGTATGACCCATTGTTCCCTCTTGGTTTCGGTCTCAATTCAAAACTAG
TGTAACTTCACCGGTCTAGTATTATTGTGTACTTTGGGGGAAGTATCTAATGACATGTAT
TACAAACTAAACAATGTCGTGTTTGTAAAATAAGCTATCAATAAGAACTATTGTATT

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

CO CL5008Contig1 569 2 5 U
GGGAAAAGAAAAGCAAAAAAGAAGAAGGATCCATCATATTCCGGGATTACTATTCCCCTT
AAGAACATTAAGAACAGAAAATGAAGGCATGCGTGAGCGTGATACTGATATTGGTGATTT
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CCAACAATTACAGTCGTGGTTGCTCTAAAGCACACCGATGCCGCGGCAAGTAAATCTCAC
ATAATACATACAGGGCCATGCTTACTTGATTATGAAAAAGGCGGCCGCCTCAGGCCCAAC
ATCTGTTTACAAGTTTTAAGGCCCCCGATTGATAATTTCGTTTTGTTTTAACCAATAACT
AAATTTTTGCCCGTACTTTTGTTTTACATTTTTAGAATGTTTTAATAATTGTATTACAAT
AATTGGACCAAACTTATTTAATAGATCATATTGCTGTTTAATATAGGATTTCTTACAATT
TGGGTGTAAGCAATGTTTCTATAGCATTT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GI70TF U 2
AF RR1E438TF U 1
BS 1 62 RR1E438TF
BS 63 63 RR1GI70TF
BS 64 340 RR1E438TF
BS 341 341 RR1GI70TF
BS 342 569 RR1E438TF

RD RR1GI70TF 515 0 0
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AGAACATTAAGAACAGAAAATGAAGGCATGCGTGAGCGTGATACTGATATTGGTGATTTG
CGCCGCTGTGATTGTGGAGCAATCAGAGGCGATAGAAAACAACCCCGTTTACAAATGTCT
TCAAAAAA*TCCTACAAATAATAAATGTCGTATTGAAAAGGGTGCTCCTCCCCGTCCTGC
CAACAATTACAGTCGTGGTTGCTCTAAAGCACACCGATGCCGCGGCAAGTAAATCTCACA
TAATACATACAGGGCCATGCTTACTTGATTATGAAAAAGGCGGCCGCCTCAGGCCCAACA
TCTGTTTACAAGTTTTAAGGCCCCCGATTGATAATTTCGTTTTGTTTTAACCAATAACTA
AATTTTTGCCCGTACTTTTGTTTTACATTTTTAGAATGTTTTAATAATTGTATTACAATA
ATTGGACCAAACTTATTTAATAGATCATATTGCTG

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR1E438TF 569 0 0
GGGAAAAGAAAAGCAAAAAAGAAGAAGGATCCATCATATTCCGGGATTACTATTCCCCTT
AATAACATTAAGAACAGAAAATGAAGGCATGCGTGAGCGTGATACTGATATTGGTGATTT
GCGCCGCTGTGATTGTGGAGCAATCAGAGGCGATAGAAAACAACCCCGTTTACAAATGTC
TTCAAAAAAATCCTACAAATAATAAATGTCGTATTGAAAAGGGTGCTCCTCCCCGTCCTG
CCAACAATTACAGTCGTGGTTGCTCTAAAGCACACCGATGCCGCGGCAAGTAAATCTCAC
ATAATACATACAGGGCCATGCTTACTTGATTATGAAAAAGTCGGCCGCCTCAGGCCCAAC
ATCTGTTTACAAGTTTTAAGGCCCCCGATTGATAATTTCGTTTTGTTTTAACCAATAACT
AAATTTTTGCCCGTACTTTTGTTTTACATTTTTAGAATGTTTTAATAATTGTATTACAAT
AATTGGACCAAACTTATTTAATAGATCATATTGCTGTTTAATATAGGATTTCTTACAATT
TGGGTGTAAGCAATGTTTCTATAGCATTT

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL5009Contig1 901 2 2 U
GAAGGCTCCATACCCACTTCCATCACTCTCCTCTCCAGCCTCAAAGCTCTAAACTTGTCG
TCGAACTCGATCTCCGGCGAGATACCCGACAGCACCGGCGACCTAATCTCGCTAAAGAAC
TTGTCTTTATCCTCCAACAAGCTGTCGGGACCGATCCCTGACTCGATCTCCTCGATTCCG
GAACTTACTCACTTAGATCTGAGCGGAAACCAGCTAAACGGCACCGTTCCGAGGTTCATT
GCCAAGATGAAGAGTCTCAAGTACTTGAACTTAGCTAACAATGCCTTCTACGGAGTCCTT
CCTTTCAATGCCACCTTCCTGAAGAAGCTTGAGGTGTTCAAAGTGGGTGGAAACAGTGAT
CTCTGTTACAACCACACTGTGTTGTCGTCGAAGATGAAGTGGGTATTGCTCCGTGTGATA
AGCACGGTTTGCCTTTGTCACCGCCGCCGCAGAAGGGAGACTCCTCGAGTTCGGATTATG
ATTACAGTGAAGATGATAGTAGTGAGAAGAAGAAGGAAGAGCATCATGGTCCTAATAAGG
TTGTGCTTGGTGTTGCCATTGGACTTTCTTCGCTTGTGTTCTTGATCATCTTCATGATCC
TTCTCGCAAAATGGTGTGGTTAATTCAAAAGGAGATGAGTTTGTTATCTTTGTCTTTCTC
ATTTATTACTGATACAGAAAAAGTATAGTAAAAAAGATTTTACTCTCTGAGAGTGATTTA
GAGTTGGAAGAAGAAGAGGATAGTGATTCTTTGGAGAATAACCGATCCGGTTCTCCAGCA
CCAATCCCGGTTTAGTTTAATCTATTCTTTTTTTTTTTGCTATTTTACTTTCATGTCACA
TTTTGAGTTGTATGATGTAAAAGGATTATTTTGTAACGAGTAATGAATTATTTCTTCAAC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1DW44TF U 1
AF RR1DW44JQ C 396
BS 1 451 RR1DW44TF
BS 452 901 RR1DW44JQ

RD RR1DW44TF 463 0 0
GAAGGCTCCATACCCACTTCCATCACTCTCCTCTCCAGCCTCAAAGCTCTAAACTTGTCG
TCGAACTCGATCTCCGGCGAGATACCCGACAGCACCGGCGACCTAATCTCGCTAAAGAAC
TTGTCTTTATCCTCCAACAAGCTGTCGGGACCGATCCCTGACTCGATCTCCTCGATTCCG
GAACTTACTCACTTAGATCTGAGCGGAAACCAGCTAAACGGCACCGTTCCGAGGTTCATT
GCCAAGATGAAGAGTCTCAAGTACTTGAACTTAGCTAACAATGCCTTCTACGGAGTCCTT
CCTTTCAATGCCACCTTCCTGAAGAAGCTTGAGGTGTTCAAAGTGGGTGGAAACAGTGAT
CTCTGTTACAACCACACTGTGTTGTCGTCGAAGATGAAGTGGGTATTGCTCCGTGTGATA
AGCACGGTTTGCCTTTGTCACCGCCGCCGCA
AAGGAGACTCCT

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1DW44JQ 506 0 0
AAGT
TGGGTATTGCTCCGTGTGATAAGCACGGTTTGCCTTTGTCACCGCCGCCGCAGAAGGGAG
ACTCCTCGAGTTCGGATTATGATTACAGTGAAGATGATAGTAGTGAGAAGAAGAAGGAAG
AGCATCATGGTCCTAATAAGGTTGTGCTTGGTGTTGCCATTGGACTTTCTTCGCTTGTGT
TCTTGATCATCTTCATGATCCTTCTCGCAAAATGGTGTGGTTAATTCAAAAGGAGATGAG
TTTGTTATCTTTGTCTTTCTCATTTATTACTGATACAGAAAAAGTATAGTAAAAAAGATT
TTACTCTCTGAGAGTGATTTAGAGTTGGAAGAAGAAGAGGATAGTGATTCTTTGGAGAAT
AACCGATCCGGTTCTCCAGCACCAATCCCGGTTTAGTTTAATCTATTCTTTTTTTTTTTG
CTATTTTACTTTCATGTCACATTTTGAGTTGTATGATGTAAAAGGATTATTTTGTAACGA
GTAATGAATTATTTCTTCAACC

QA 5 506 5 506
DS 



AS 1 2

CO CL5010Contig1 1242 2 2 U
GGGATTTTACGGAGCTATACTGAACCATAATACATACTTTATTTTTGGTCTTGTGAACAG
ATATCTGTATGGACAAGGAGCCAGATGGTGTGGTGGTCTATGCTAATGGCGATTCATGTA
ACCCAATCCAAGAAAATGTTTCTGTACTGCCTCCCTTAGATTCAGTACCACGCGAGGAAT
CCAATGGAGATCAGAGCTTCTATCTACAGAAGAGAGCATAGAAGTAAAAGAGTACGATGT
TAAGGAGTGCACTAATGAAATTCCAGTGGCTAAGCCACTGGAAGATGGTAATCTGGAGAT
AGCACCTACCTTGGGAAAAGACGCAAAATCTGTGAAGAAGTCTGTTTTGCATGCAAAACA
TGCTTCTAAACCAGGTCGTGTAAGTAATAAAATAAGGAACACTGTTCCTCAGCCATTTGC
TTTAGCTGCTGAGAAGCGTGCTTCATCAGCTACACGTGAGTCTCATGAAGTAGTGTCCAA
AATATTTCCGGATGGGTACAGTAAAGTACCAAAGCAGGCTACAAAGGTGGTGGCAAGGAA
ACCATTGCAGCCAAAGAACAAAAAGCTTTCTGATGAGGAAGATTCTTGCTCTGTTGCTTC
TTATGCCACGTCGGCTGCAAAGTCTGCTAAATCAAGAACTATTGTCATTGCAGCTCCTTC
GTTTCGATCCACCGAGCGTGCAGAGAAAAGGAAGGAGTTCTATACAAAACTGGAGGAGAA
ACACCAAGCCATGGAGGCAGAGAAAACGCAGAGCGAAGCAAGGAACAAGGAAGAGAACGA
TGCAGCATTGAGGCAATTAAGAAAGAGTTTGATGTTCAAAGCAAACCCAATGCCTAACTT
CTACCATGAAGGGCCTCCTCCAAAGGTTGAACTTAAGAAGCCTCCTCCAACTCGAGCAAA
GTCACCGAAACTAGGGCGTAGGAACACAAAAGAAGGGAACAGAGCGAAAGGAGTCTCTAG
GCGTCAAACTCCAAAGACTTTAATAGTGATCTCTAAAGAAGACAATGATGATGAAACCAC
ACAGAAAACTGAGCAGATAAACCGGTTTGTTGCAGAGGAAGTGAACCAAAATTTGAAACC
AGAACTGGAGACTGCTTTTGCTTGCTAAACAGTCTTTTGGTGACAAGGAAATGAGAGTCG
TGTTGTTTCTGTTGTGAGAATGTTTGGGATGGTTTGTGTTTTTTATTTATTTTAACTTAT
GATTTGAAATGTACATGTGTGTTATTTATGTCGTGTTTAATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO33TF U 1
AF RR1EO33JQ C 668
BS 1 727 RR1EO33TF
BS 728 1242 RR1EO33JQ

RD RR1EO33TF 727 0 0
GGGATTTTACGGAGCTATACTGAACCATAATACATACTTTATTTTTGGTCTTGTGAACAG
ATATCTGTATGGACAAGGAGCCAGATGGTGTGGTGGTCTATGCTAATGGCGATTCATGTA
ACCCAATCCAAGAAAATGTTTCTGTACTGCCTCCCTTAGATTCAGTACCACGCGAGGAAT
CCAATGGAGATCAGAGCTTCTATCTACAGAAGAGAGCATAGAAGTAAAAGAGTACGATGT
TAAGGAGTGCACTAATGAAATTCCAGTGGCTAAGCCACTGGAAGATGGTAATCTGGAGAT
AGCACCTACCTTGGGAAAAGACGCAAAATCTGTGAAGAAGTCTGTTTTGCATGCAAAACA
TGCTTCTAAACCAGGTCGTGTAAGTAATAAAATAAGGAACACTGTTCCTCAGCCATTTGC
TTTAGCTGCTGAGAAGCGTGCTTCATCAGCTACACGTGAGTCTCATGAAGTAGTGTCCAA
AATATTTCCGGATGGGTACAGTAAAGTACCAAAGCAGGCTACAAAGGTGGTGGCAAGGAA
ACCATTGCAGCCAAAGAACAAAAAGCTTTCTGATGAGGAAGATTCTTGCTCTGTTGCTTC
TTATGCCACGTCGGCTGCAAAGTCTGCTAAATCAAGAACTATTGTCATTGCAGCTCCTTC
GTTTCGATCCACCGAGCGTGCAGAGAAAAGGAAGGAGTTCTATACAAAACTGGAGGAGAA
ACACCAA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1EO33JQ 575 0 0
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GCCATGGAGGCAGAGAAAACGCAGAGCGAAGCAAGGAACAAGGAAGAGAACGATGCAGCA
TTGAGGCAATTAAGAAAGAGTTTGATGTTCAAAGCAAACCCAATGCCTAACTTCTACCAT
GAAGGGCCTCCTCCAAAGGTTGAACTTAAGAAGCCTCCTCCAACTCGAGCAAAGTCACCG
AAACTAGGGCGTAGGAACACAAAAGAAGGGAACAGAGCGAAAGGAGTCTCTAGGCGTCAA
ACTCCAAAGACTTTAATAGTGATCTCTAAAGAAGACAATGATGATGAAACCACACAGAAA
ACTGAGCAGATAAACCGGTTTGTTGCAGAGGAAGTGAACCAAAATTTGAAACCAGAACTG
GAGACTGCTTTTGCTTGCTAAACAGTCTTTTGGTGACAAGGAAATGAGAGTCGTGTTGTT
TCTGTTGTGAGAATGTTTGGGATGGTTTGTGTTTTTTATTTATTTTAACTTATGATTTGA
AATGTACATGTGTGTTATTTATGTCGTGTTTAATT

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL5011Contig1 888 2 2 U
GAGAGGGACCAGAAACTATTGGTGCTTTTATTGCTGAACCAGTAATGGGTGCTGGCGGTG
TGATACCTCCACCTGCTACTTACTTTGAAAAGATTCAAGCTGTTGTTAAGAAGTATGACA
TCCTGTTCATTGCTGATGAGGTGATTTGTGCATTTGGAAGACTTGGGACAATGTTTGGCT
GTGACAAATACAACATCAAGCCAGATCTTGTGTCCTTAGCCAAGGCATTGTCTTCAGCAT
ATATGCCTATTGGAGCCATTCTTATGAGTCAAGAAGTAGCAGATGTCATATATTCTCAAA
GCAACAAGCTAGGTGCTTTCTCCCATGGATTTACTTACTCTGGTCATCCAGTTTCATGTG
CTGTAGCAATTGAAGCGTTAAAGATATACAAGGAGAGGAACATACCAGAACATGTCGCCA
GAGTTGCCCCAAGGTTTCAAGATGGTCTTAAAGCTTTTGCCAAGAGTAGTCCTATTATTG
GAGAGATAAGAGGAACAGGTTTGATTCTGGGAACTGAGTTTACAGACAACAAATCTCCAA
ACGAACCATTTCCACCAGAATGGGGTGTTGGTGCATATTTTGGAGCCGAGTGCCAGAAGC
GCGGTATGCTAGTCCGTGTTGCACGTGATGGCATAATGATGTCTCCACCGCTCATCATCT
CACCTGAAGAGATCGATGAGTTGATTGATATCTACGAGAAAGCATTGAAAGCTACGGAAG
AGAGGGTAAAAGAACTCAAGGCTCAACACAAGAAGTGAGAAGCAAAGGGTTCTGATGCTG
TCCAGGAAATAGTGGTTTAGATCTCTCTCCTTGAATTGTTTGCCATTTGCTTTGCGTACA
GTTCCCGAATTCAGTTTATACATGCATAATAAAGCATCCATGCAACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E849TF U 1
AF RR1E849JQ C 211
BS 1 716 RR1E849TF
BS 717 888 RR1E849JQ

RD RR1E849TF 720 0 0
GAGAGGGACCAGAAACTATTGGTGCTTTTATTGCTGAACCAGTAATGGGTGCTGGCGGTG
TGATACCTCCACCTGCTACTTACTTTGAAAAGATTCAAGCTGTTGTTAAGAAGTATGACA
TCCTGTTCATTGCTGATGAGGTGATTTGTGCATTTGGAAGACTTGGGACAATGTTTGGCT
GTGACAAATACAACATCAAGCCAGATCTTGTGTCCTTAGCCAAGGCATTGTCTTCAGCAT
ATATGCCTATTGGAGCCATTCTTATGAGTCAAGAAGTAGCAGATGTCATATATTCTCAAA
GCAACAAGCTAGGTGCTTTCTCCCATGGATTTACTTACTCTGGTCATCCAGTTTCATGTG
CTGTAGCAATTGAAGCGTTAAAGATATACAAGGAGAGGAACATACCAGAACATGTCGCCA
GAGTTGCCCCAAGGTTTCAAGATGGTCTTAAAGCTTTTGCCAAGAGTAGTCCTATTATTG
GAGAGATAAGAGGAACAGGTTTGATTCTGGGAACTGAGTTTACAGACAACAAATCTCCAA
ACGAACCATTTCCACCAGAATGGGGTGTTGGTGCATATTTTGGAGCCGAGTGCCAGAAGC
GCGGTATGCTAGTCCGTGTTGCACGTGATGGCATAATGATGTCTCCACCGCTCATCATCT
CACCTGAAGAGATCGATGAGTTGATTGATATCTACGAGAAAGCATTGAAAGCTACG
AAGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1E849JQ 678 0 0
TGTCCTTAGCCAAGGCATTGTCTTCAGCATATATGCCTATTGGAGCCATTCTTATGAGTC
AAGAAGTAGCAGATGTCATATATTCTCAAAGCAACAAGCTAGGTGCTTTCTCCCATGGAT
TTACTTACTCTGGTCATCCAGTTTCATGTGCTGTAGCAATTGAAGCGTTAAAGATATACA
AGGAGAGGAACATACCAGAACATGTCGCCAGAGTTGCCCCAAGGTTTCAAGATGGTCTTA
AAGCTTTTGCCAAGAGTAGTCCTATTATTGGAGAGATAAGAGGAACAGGTTTGATTCTGG
GAACTGAGTTTACAGACAACAAATCTCCAAACGAACCATTTCCACCAGAATGGGGTGTTG
GTGCATATTTTGGAGCCGAGTGCCAGAAGCGCGGTATGCTAGTCCGTGTTGCAGGTGATG
GCATAATGATGTCTCCACCGCTCATCATCTCACCTGAAGAGATCGATGAGTTGATTGATA
TCTACGAGAAAGCATTGAAAGCTACGGAAGAGAGGGTAAAAGAACTCAAGGCTCAACACA
AGAAGTGAGAAGCAAAGGGTTCTGATGCTGTCCAGGAAATAGTGGTTTAGATCTCTCTCC
TTGAATTGTTTGCCATTTGCTTTGCGTACAGTTCCCGAATTCAGTTTATACATGCATAAT
AAAGCATCCATGCAACAC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL5012Contig1 721 2 1 U
GATCTCCGATTCCTCTATCGAATCCAGAAGTGTGCTATGGCTGCTGCAACCGCTTCTTCT
GCAGTCCGTTACGCACCTGAGGATCATTCTCTTCCGAAGCCTTGGAAGGGCCTTGTGGAT
GATCGTACTGGCTACTTGTACTTTTGGAATCCTGAGACCAACGTTACTCAGTATGACAGA
CCTGCCACCTCCTCCAAGCTCTCTCTTAGCTCCTCCGTTCAGGTTCAACATCCAAATGGT
GCTACTGCCAGTGGTAGCTATCTCCCTCCCAAGGATGATGTTGTTGATGATGTTCAGTAC
CGTAGAGGCACTGACGTTGGACCTCCTAAGGTTCACTCTGGCTCCAGGTTTACTGAGGTT
GCTAGGAGTGGAGCTCCCTATTCGAATGCCTCTTCAAGAGGTCCTCCTCCTTCATCTAAC
GATATTTCCCCCGACGCCTATTGCCTCCGTCATGAAATTACTGTCAGTGGGGGCCAAGTA
CCACCACCTCTAATGTCCTTTGAAACTACTGGTTTTCCTCCTCAGCTTCTGCGTGAGGTA
CTCAGTGCAGGTTTCTCTGCTCCAACTCCAATTCAAGCTCAGTCTTGACCAATTGCGATG
CAAGGTAGGGACATTGTTGCCATTGCTAAAACTGGCTCGGGAAAAACTTTGGGTTACTTG
ATTCCTGGCTTCATGCATCTTCAACGCATCCGGAATGATTCGCGAATGGGCCCAACAATC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 

AF RR1CS94TF U 15
AF RR1EP45TF U 1
BS 1 721 RR1EP45TF

RD RR1CS94TF 515 0 0
CTATCGAATCCAGAAGTGTGCTATGGCTGCTGCAACCGCTTCTTCTGCAGTCCGTTACGC
ACCTGAGGATCATTCTCTTCCGAAGCCTTGGAAGGGCCTTGTGGATGATCGTACTGGCTA
CTTGTACTTTTGGAATCCTGAGACCAACGTTACTCAGTATGACAGACCTGCCACCTCCTC
CAAGCTCTCTCTTAGCTCCTCCGTTCAGGTTCAACATCCAAATGGTGCTACTGCCAGTGG
TAGCTATCTCCCTCCCAAGGATGATGTTGTTGATGATGTTCAGTACCGTAGAGGCACTGA
CGTTGGACCTCCTAAGGTTCACTCTGGCTCCAGGTTTACTGAGGTTGCTAGGAGTGGAGC
TCCCTATTCGAATGCCTCTTCAAGAGGTCCTCCTCCTTCATCTAACGATATTTCCCCCGA
CGCCTATTGCCTCCGTCATGAAATTACTGTCAGTGGGGGCCAAGTACCACCACCTCTAAT
GTCCTTTGAAACTACTGGTTTTCCTCCTCAGCTTC

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR1EP45TF 721 0 0
GATCTCCGATTCCTCTATCGAATCCAGAAGTGTGCTATGGCTGCTGCAACCGCTTCTTCT
GCAGTCCGTTACGCACCTGAGGATCATTCTCTTCCGAAGCCTTGGAAGGGCCTTGTGGAT
GATCGTACTGGCTACTTGTACTTTTGGAATCCTGAGACCAACGTTACTCAGTATGACAGA
CCTGCCACCTCCTCCAAGCTCTCTCTTAGCTCCTCCGTTCAGGTTCAACATCCAAATGGT
GCTACTGCCAGTGGTAGCTATCTCCCTCCCAAGGATGATGTTGTTGATGATGTTCAGTAC
CGTAGAGGCACTGACGTTGGACCTCCTAAGGTTCACTCTGGCTCCAGGTTTACTGAGGTT
GCTAGGAGTGGAGCTCCCTATTCGAATGCCTCTTCAAGAGGTCCTCCTCCTTCATCTAAC
GATATTTCCCCCGACGCCTATTGCCTCCGTCATGAAATTACTGTCAGTGGGGGCCAAGTA
CCACCACCTCTAATGTCCTTTGAAACTACTGGTTTTCCTCCTCAGCTTCTGCGTGAGGTA
CTCAGTGCAGGTTTCTCTGCTCCAACTCCAATTCAAGCTCAGTCTTGACCAATTGCGATG
CAAGGTAGGGACATTGTTGCCATTGCTAAAACTGGCTCGGGAAAAACTTTGGGTTACTTG
ATTCCTGGCTTCATGCATCTTCAACGCATCCGGAATGATTCGCGAATGGGCCCAACAATC
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL5013Contig1 1077 2 2 U
GGCGATTCACAAGAACCACCACACCAAAAAGAAAAAAAACAAGAAGACAGCGATGTTCAG
ACCTATGAGTTTTGACGAGGAAGTTGAACTGTTTGGAGATTCGAAGCTGATCAACGAAGG
TTCTTCGATTCAGCTGACAAACTCGGTGAGTGGAAGCGAGGGAAGAGTCGTTTACAAGGA
ACCCATCAATCTTTTCCGAGGTGAAGAGAGTCGTAGTAACTCGTTATCTTTCTCGACTCA
CTTCTCGTTTTCCATGCCTAACGAGACCGATGGTGTCATGGCTTTTGTAATCGTTCCAAC
TAGTTTGGATCTTAGTATGTTCGGTAAAGAAAACAAAAGTTCCTCTGCCTTAGGGTTTTT
GTTTGAGCATGCAAAGAACGAGACAGTTGTGGCTTCTGAGTTTGATATTTCCAGTAGAGG
AAACCGTGCAAGGATCTTGATAGGTAAACCTGAATCTTCCGAAACTAGAAACATTTCTTT
TGAGGGTGACTTGTTGATGGGCGATGGAGGGACGTTGAGCTGTATGGTTGAGTATGAGGC
AAGTTTGAAGAGAATGATGGTTCGGTTCAGAAAACTAGGCACGAGAAAGATGTTGGATCC
GTTCTTTGAGTTCTATGTAGACTTGGGGGAGATACTGAAAGGTGGTGAGTTCGTGGTGGG
TTTAAGCTCTGCAAACGGGAACTCTTCCAATGCACATCTTCTCCATTCATGGAACTTTGA
CATAAGGCATCCAACGCCGGTGTGTGTGCCTCCATTGCCACCTCGGGGTCCAGATGGAAG
TGTGAGTATGTAGAGAATGCTGGGTGGAGTATATTGAGGAATATGCTCTGGTGAGGGATG
TGCAATGAGTATTGTGGTGGTTGCTGTTGAAGAGGTACTGAGGAGTTTGGTGTGGTTTAA
GGTTGTGGTGTGAATGCAGAGTCTTCTTCTGCTTTCTTTTGTGTTATTTTCTGTTGCTTT
ACTTAGTTTCTTGGTTTCATATGTAAAATAGCTAATGAAAAGAAGCCGTGAGAATAATGA
TCTTGTGAAGTTGATGTTTTCCTTGAATCCATTTGGTTTTATAAATATTGATATGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB24TF U 1
AF RR1GB24JQ C 456
BS 1 567 RR1GB24TF
BS 568 1077 RR1GB24JQ

RD RR1GB24TF 567 0 0
GGCGATTCACAAGAACCACCACACCAAAAAGAAAAAAAACAAGAAGACAGCGATGTTCAG
ACCTATGAGTTTTGACGAGGAAGTTGAACTGTTTGGAGATTCGAAGCTGATCAACGAAGG
TTCTTCGATTCAGCTGACAAACTCGGTGAGTGGAAGCGAGGGAAGAGTCGTTTACAAGGA
ACCCATCAATCTTTTCCGAGGTGAAGAGAGTCGTAGTAACTCGTTATCTTTCTCGACTCA
CTTCTCGTTTTCCATGCCTAACGAGACCGATGGTGTCATGGCTTTTGTAATCGTTCCAAC
TAGTTTGGATCTTAGTATGTTCGGTAAAGAAAACAAAAGTTCCTCTGCCTTAGGGTTTTT
GTTTGAGCATGCAAAGAACGAGACAGTTGTGGCTTCTGAGTTTGATATTTCCAGTAGAGG
AAACCGTGCAAGGATCTTGATAGGTAAACCTGAATCTTCCGAAACTAGAAACATTTCTTT
TGAGGGTGACTTGTTGATGGGCGATGGAGGGACGTTGAGCTGTATGGTTGAGTATGAGGC
AAGTTTGAAGAGAATGATGGTTCGGTT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1GB24JQ 622 0 0
CTTCCGAAACTAGAAACATTTCTTTTGAGGGTGACTTGTTGATGGGCGATGGAGGGACGT
TGAGCTGTATGGTTGAGTATGAGGCAAGTTTGAAGAGAATGATGGTTCGGTTCAGAAAAC
TAGGCACGAGAAAGATGTTGGATCCGTTCTTTGAGTTCTATGTAGACTTGGGGGAGATAC
TGAAAGGTGGTGAGTTCGTGGTGGGTTTAAGCTCTGCAAACGGGAACTCTTCCAATGCAC
ATCTTCTCCATTCATGGAACTTTGACATAAGGCATCCAACGCCGGTGTGTGTGCCTCCAT
TGCCACCTCGGGGTCCAGATGGAAGTGTGAGTATGTAGAGAATGCTGGGTGGAGTATATT
GAGGAATATGCTCTGGTGAGGGATGTGCAATGAGTATTGTGGTGGTTGCTGTTGAAGAGG
TACTGAGGAGTTTGGTGTGGTTTAAGGTTGTGGTGTGAATGCAGAGTCTTCTTCTGCTTT
CTTTTGTGTTATTTTCTGTTGCTTTACTTAGTTTCTTGGTTTCATATGTAAAATAGCTAA
TGAAAAGAAGCCGTGAGAATAATGATCTTGTGAAGTTGATGTTTTCCTTGAATCCATTTG
GTTTTATAAATATTGATATGCC

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL5014Contig1 488 2 2 U
GGACTTTACATTCCGCCGTTGGCTACACAGAGAAGAAGCAGCAAAAGATGCAGATCTTCG
TGAAAACCCTAACGGGGAAGACAATCACCCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACAACATCCGTC
TCCGCGGTGGCGCCAAGAAGAGGAAGAAGAAGACGTACACCAAGCCCAAGAAGATCAAGC
ACAAGCACAAGAAGGTGAAGCTCGCCGTGCTACAGTTCTACAAGGTTGATGGCTCCGGCA
AGGTCCAGCGTCTCAGGAAGGAGTGCCCTAACGCGACGTGTGGCGCGGGAACGTTCATGG
CTAGCCATTTCGATCGTCACTACTGTGGTAAGTGTGGTCTCACTTACGTTTACCAGAAAG
AAGGCGCCGAAGCATGATCTCGTTTTCTCGTTTTAGATCTCTCTCTTATCTTTGCTTTTG
AATTTTTGTTGCTGTTTTGGATCTCATGTTAAACATGTTTTAAGGATATTATGCTTTGGT
TATTCAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1CB03JQ C 1
AF RR1CB03TF U 1
BS 1 485 RR1CB03TF
BS 486 488 RR1CB03JQ

RD RR1CB03JQ 488 0 0
GGACTTTACATTCCGCCGTTGGCTACACAGAGAAGAAGCAGCAAAAGATGCAGATTTTCG
TGAAAACCCTAACGGGGAAGACAATCACCCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACAACATCCGTC
TCCGCGGTGGCGCCAAGAAGAGGAAGAAGAAGACGTACACCAAGCCCAAGAAGATCAAGC
ACAAGCACAAGAAGGTGAAGCTCGCCGTGCTACAGTTCTACAAGGTTGATGGCTCCGGCA
AGGTCCAGCGTCTCAGGAAGGAGTGCCCTAACGCGACGTGTGGCGCGGGAACGTTCATGG
CTAGCCATTTCGATCGTCACTACTGTGGTAAGTGTGGTCTCACTTACGTTTACCAGAAAG
AAGGCGCCGAAGCATGATCTCGTTTTCTCGTTTTAGATCTCTCTCTTATCTTTGCTTTTG
AATTTTTGTTGCTGTTTTGGATCTCATGTTAAACATGTTTTAAGGATATTATGCTTTGGT
TATTCAAA

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1CB03TF 485 0 0
GGACTTTACATTCCGCCGTTGGCTACACAGAGAAGAAGCAGCAAAAGATGCAGATCTTCG
TGAAAACCCTAACGGGGAAGACAATCACCCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACAACATCCGTC
TCCGCGGTGGCGCCAAGAAGAGGAAGAAGAAGACGTACACCAAGCCCAAGAAGATCAAGC
ACAAGCACAAGAAGGTGAAGCTCGCCGTGCTACAGTTCTACAAGGTTGATGGCTCCGGCA
AGGTCCAGCGTCTCAGGAAGGAGTGCCCTAACGCGACGTGTGGCGCGGGAACGTTCATGG
CTAGCCATTTCGATCGTCACTACTGTGGTAAGTGTGGTCTCACTTACGTTTACCAGAAAG
AAGGCGCCGAAGCATGATCTCGTTTTCTCGTTTTAGATCTCTCTCTTATCTTTGCTTTTG
AATTTTTGTTGCTGTTTTGGATCTCATGTTAAACATGTTTTAAGGATATTATGCTTTGGT
TATTC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 2

CO CL5015Contig1 891 2 2 U
AGGGCTTGACCATGTACGTTAACAAAACAGGTCAGCCGTTAGTATACGGCGGATGGCCCA
ACCACGACTTCCGCGGCACCGTAACGTTCGCCGTTAGAAGAGAGTTCGACAACTTAACGG
AGCCGTCAGCTTATGAGCTCCTCCTAGAACCCGCACCACAACCAACGACAACTAATCCAG
GTAACAACCGTCGTTTACTCCAATCCCGACCAATTGGAAGCGGAGATGGAACTCTAAACC
TGAACAAGATCAACTACAACGGAACCATCTCATATCTCAGACTCGGCTCCGACGGTAGCC
TCAAGGCCTTCTCGTGGTTCGACCCAGCCACGTACCTCACATGGGAAGAGTCCTTCTCTT
TCTTCTCCACTTACTTCGTCAGACAATGCGGCTTACCGTCGTTCTGCGGCGACTACGGTT
ACTGCGACCGTGGAATGTGCGTTGCGTGCCCTACACCCAAAGGGTTACTCGGATGGAGCG
ACCAATGCGCACCACCTAAAACGACGCAGTTCTGCAGCGGAGGCAAAGGTAAGGCCGTGA
ATTACTACAAGATCGTCGGCGTTGAGCATTTTACTGGGCCTTATGTTAATGATGGACAAG
GCCCAACTTCTGTGAACGATTGCAAGGCTAAGTGCGACCGTGATTGCAAGTGTTTGGGTT
ACTTCTACAAGGAGAAGGACAAGAAGTGTTTGATCGCTCCTCTTCTTGGTACACTCATCA
AAGACGCCAACACTTCTTCTGTTGCTTACATCAAGTATTAGTGTGTGTTCACTTGAGATT
TATTTAATGAATAATCGGTGAGTTTTGTAATGATTTTGTTAAGGCTCACCGTTTTTTTTT
AAATAATTGTATTGCCATTGTTTAATCTGAATAAAAGCTTTTCTTCGAGTT


BQ
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AF RR1FL32TF U 1
AF RR1FL32JQ C 186
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BS 667 891 RR1FL32JQ

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ACCACGACTTCCGCGGCACCGTAACGTTCGCCGTTAGAAGAGAGTTCGACAACTTAACGG
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GTAACAACCGTCGTTTACTCCAATCCCGACCAATTGGAAGCGGAGATGGAACTCTAAACC
TGAACAAGATCAACTACAACGGAACCATCTCATATCTCAGACTCGGCTCCGACGGTAGCC
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TCTTCTCCACTTACTTCGTCAGACAATGCGGCTTACCGTCGTTCTGCGGCGACTACGGTT
ACTGCGACCGTGGAATGTGCGTTGCGTGCCCTACACCCAAAGGGTTACTCGGATGGAGCG
ACCAATGCGCACCACCTAAAACGACGCAGTTCTGCAGCGGAGGCAAAGGTAAGGCCGTGA
ATTACTACAAGATCGTCGGCGTTGAGCATTTTACTGGGCCTTATGTTAATGATGGACAAG
GCCCAACTTCTGTGAACGATTGCAAGGCTAAGTGCGACCGTGATTGCAAGTGTTTGGGTT
ACTTCT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1FL32JQ 706 0 0
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AAGATCAACTACAACGGAACCATCTCATATCTCAGACTCGGCTCCGACGGTAGCCTCAAG
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TCCACTTACTTCGTCAGACAATGCGGCTTACCGTCGTTCTGCGGCGACTACGGTTACTGC
GACCGTGGAATGTGCGTTGCGTGCCCTACACCCAAAGGGTTACTCGGATGGAGCGACCAA
TGCGCACCACCTAAAACGACGCAGTTCTGCAGCGGAGGCAAAGGTAAGGCCGTGAATTAC
TACAAGATCGTCGGCGTTGAGCATTTTACTGGGCCTTATGTTAATGATGGACAAGGCCCA
ACTTCTGTGAACGATTGCAAGGCTAAGTGCGACCGTGATTGCAAGTGTTTGGGTTACTTC
TACAAGGAGAAGGACAAGAAGTGTTTGATCGCTCCTCTTCTTGGTACACTCATCAAAGAC
GCCAACACTTCTTCTGTTGCTTACATCAAGTATTAGTGTGTGTTCACTTGAGATTTATTT
AATGAATAATCGGTGAGTTTTGTAATGATTTTGTTAAGGCTCACCGTTTTTTTTTAAATA
ATTGTATTGCCATTGTTTAATCTGAATAAAAGCTTTTCTTCGAGTT

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

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ACCCATATATCAAAGAATTATGTGTTACGATATATGCCTCTTGTGATCATCTCATTGTAC
AATTCTTTTAGCCTCAGTAAGCGTTTGGGTTGATTCCTTTTGTTTCAATTTCAATGAAAA
GTCTGAGGGCACATCTTGGTACAATTCTTTAGCCTCAGAACCTTGCATTAATCAAGCAAG
TGATAAGATTCGTGTTC


BQ
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AF RR1HB60TF U 1
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BS 1 514 RR1HB60TF
BS 515 617 RR1HB60JQ

RD RR1HB60TF 514 0 0
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ATGTAAGCCCAATCCACGTTATTAATCAGACTGCGTCGCTTGACGAAGTCTTCTTCTCTA
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TTTCAAGTTTGTAGGAGTTGTACTCCACGTTTCTTTTATCTTCCAGTTGTAGGAGTTGAA
CTCCAGTATTTATATCAATGAAAAACCCAAAAAGAGGCAATGATTAATTGCCCAAAAGTT
AAGTTTTATTGTTTTTACTCTGTTCTAAAGCTTTGATCAAGTTCATTCCTATCACATATC
CTTTGCAAACCATCAAATCCATCATCTGATTGGCTTCATCTAAGCGGTTTATGATGCAAA
ACCCATATATCAAAGAATTATGTGTTACGATATATGCCTCTTGTGATCATCTCATTGTAC
AATTCTTTTAGCCTCAGTAAGCGTTTGGGTTGAT

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1HB60JQ 605 0 0
AGGGCGGGGTAATGATGGGCTTCATAATGATCAAAGGCCCAAAGGATTATGTAAGCCCAA
TCCACGTTATTAATCAGACTGCGTCGCTTGACGAAGTCTTCTTCTCTATTTCTATTTTCC
TGCAAATAAGCAAGTGGGTGTTTATCCACGTTTCCATTTTCTTTGTGATTTCAAGTTTGT
AGGAGTTGTACTCCACGTTTCTTTTATCTTCCAGTTGTAGGAGTTGAACTCCAGTATTTA
TATCAATGAAAAACCCAAAAAGAGGCAATGATTAATTGCCCAAAAGTTAAGTTTTATTGT
TTTTACTCTGTTCTAAAGCTTTGATCAAGTTCATTCCTATCACATATCCTTTGCAAACCA
TCAAATCCATCATCTGATTGGCTTCATCTAAGCGGTTTATGATGCAAAACCCATATATCA
AAGAATTATGTGTTACGATATATGCCTCTTGTGATCATCTCATTGTACAATTCTTTTAGC
CTCAGTAAGCGTTTGGGTTGATTCCTTTTGTTTCAATTTCAATGAAAAGTCTGAGGGCAC
ATCTTGGTACAATTCTTTAGCCTCAGAACCTTGCATTAATCAAGCAAGTGATAAGATTCG
TGTTC

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL5017Contig1 882 2 12 U
GGGGTTTTGAATGGCACGATGAGTAACAAAGATGCAAGAGTTAAAGATGATGGGTTTATA
TATATGGTACTAGAATATGGAGAAATCGATCTGGCTCACATGCTCTCTCAAAAATGGAAG
GAAATTGAAGGATCAGACCGGACTATTGATGAAAATTGGCTTCGGTTCTACTGGCAGCAA
ATACTTCAAGCTGTGAACACTATACACGAGGAACGCATTGTGCATTCTGATTTGAAACCA
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ATTAATAGCGACACTACAAACATCCAACGAGATTCACAGGTGGGGACTTTGAGTTACATG
TCACCAGAAGCATTCATGTGCAACGAGAGTGATGAGAATGGAAACGTTATAAAATGTGGA
AGGCCATCAGATATATGGTCACTTGGTTGCATACTGTACCAAATGGTGTATGGAAGAACA
CCTTTTGCAGATTACAAGACCTTCTGGGCAAAGTTCAAAGTCATAACCGATCCAAACCAT
GAGATTACTTACAATCAGCTCTCGAATCCTTGGCTTGTGGACCTAATGAAGAAGTGTCTA
GCTTGGGACCGAAACCAAAGATGGAGAATCCCTGAGCTTCTCCAACATCCTTTCCTAGCC
CCGCCTATCCCACCTGAGCCTCGAATCAGCAGCAGCATTCAACTGATCAGTCACATTGCT
GAAAGTTTTGGTGGTGATGACAGGGTTTCAGAACTTTGTGCCCAGCTTCAAGCTCGGTTA
CGAGTTCTTGAAGGAGAGTAAAAGGAAGCACTAGTTTTATCACGGTTTTTATTGGATCTT
GTAAATTGATATGTTACTTTGATAGCTTTAGAAAGAAGACTT


BQ
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AF RR1CG14TF U 1
AF RR1CG14JQ C 254
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BS 754 768 RR1CG14TF
BS 769 882 RR1CG14JQ

RD RR1CG14TF 768 0 0
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GAAATTGAAGGATCAGACCGGACTATTGATGAAAATTGGCTTCGGTTCTACTGGCAGCAA
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GCAAACTTCCTTCTCGTCAGAGGCTTCTTGAAGCTTATCGACTTTGGGATCGCTAAGGCC
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GCTTGGGACCGAAACCAAAGATGGAGAATCCCTGAGCTTCTCCAACATCCTTTCCTAGCC
C*GCCTATCC*ACCTGAGCCTCGAATCAGCAGCAGCATTCAACTGATCAGTCACATTGCT
GAAG**TTTGGTGGTGATGACAGG*TTTCAGA*CTTTGTGCCCAGCTT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1CG14JQ 629 0 0
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CTACAAACATCCAACGAGATTCACAGGTGGGGACTTTGAGTTACATGTCACCAGAAGCAT
TCATGTGCAACGAGAGTGATGAGAATGGAAACGTTATAAAATGTGGAAGGCCATCAGATA
TATGGTCACTTGGTTGCATACTGTACCAAATGGTGTATGGAAGAACACCTTTTGCAGATT
ACAAGACCTTCTGGGCAAAGTTCAAAGTCATAACCGATCCAAACCATGAGATTACTTACA
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ACCAAAGATGGAGAATCCCTGAGTTTTTCCAACATCCTTTCCTAGCCCCGCCTATCCCAC
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GAGAGTAAAAGGAAGCACTAGTTTTATCACGGTTTTTATTGGATCTTGTAAATTGATATG
TTACTTTGATAGCTTTAGAAAGAAGACTT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

CO CL5018Contig1 1449 2 4 U
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TGGTTTCTGTTACTTGCTCTTGTGCGGTTTCTAGCTTTCGCTCCGTAGAATTTGGAGCTC
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TACGGCCAGAGGGAATCTGCAGAGGCTTATGCCTAAAGAGGTGCGAATACTCAAGTATCT
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AGCCAAGGACCTTATGCATCCTGAGCTTATTGCCAAAATTGAACAACTCAAGCAAGTTGT
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TCTTTTTTCTATTGTCCGTGTATGTATATGATGTTTTACATTCTCCAGGTTTCACTGCTT
GTTCACACATATTTGATACCACCTCAAGACTAAAGACTATAGACATGTGTAGGGAACGTT
GAAGGTTTC


BQ
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AF RR1GE52TF U 1
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TGAGCTTTTAAATGTCATCAAGACGACGTCACCTGCTGACATTGGCCAACTTGTTGCCAG
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CTATGACAATCCAGATGAGCAGACTGCTCTTGCATCACTGGGGAAATTGTGTATCGCGGC
TGTACA*GCTTATGACAC

QA 1 738 1 738
DS 

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CTGTACAAGCTTATGACACTTCAACAGAAAGCATTGATGCACTAAATGCTGCGGAAATGA
AGCTGAATGACATAATCAATTCACCTTCTCTTGATGCTGCCTGCAGAAAGATTGACAGTT
TGGCTGAGAAGAATCAGCTTGACTCGGCTTTGGTTCTTATGATCACAAAAGCTTGGTCTG
CTGCAAAGGAATCCAACATGATGAAAGATGAGGTGAAAGACATATTGTATCATCTTTACG
TTACGGCCAGAGGGAATCTGCAGAGGCTTATGCCTAAAGAGGTGCGAATACTCAAGTATC
TGCTATCCATAGAGGATCCTGAGGAACAGATGAGCGCTCTACAAGACGCTTTTACCCCTG
GGGATGAGCTTGAAGGGACTGATGTTGACTACTTATACACGACGCCTGAGCATTTGCAGA
GCTTGATAAAGACGGTGCTGGAGGCGTATCATTTCAGTAGAGAAGGGAGTTTAGTGAAGG
AAGCCAAGGACCTTATGCATCCTGAGCTTATTGCCAAAATTGAACAACTCAAGCAAGTTG
TTGAGAAGAAGTATATGTGATCGAGATTTTGAAGATCCTAGGCTCTGTTGTTGTTGTTTT
TTCTTTTTTCTATTGTCCGTGTATGTATATGATGTTTTACATTCTCCAGGTTTCACTGCT
TGTTCACACATATTTGATACCACCTCAAGACTAAAGACTATAGACATGTGTAGGGAACGT
TGAAGGTTTC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL5019Contig1 495 2 2 U
GAGGAAGCGGCAAATCGACTTTGATTCAGGCATTGTTTAGGATTGTTGAGCCAAGTCAAG
GAACCATAGTTATTGATAATGTGGATATTACCAAGATAGGTTTGCATGATCTGAGATCAA
GACTTGGTATCATTCCTCAAGATCCAGCACTGTTTGATGGAACCGTCAGAGAGGGAAGAT
TCTTTCTTCTCCAAACTCATAAAGGAGTATTCAATGAGATCTAAACACTTCACCAGCTCA
AATAATCTTCTCAGTTGAGGGACACTGAAAGATGCTCTGTTGTAGAGAAAATGTCTTCTA
ACTATCTATTTATAGTACATAAGTTGAACATATACATGGAGAGAGAGTACCATGGTGAGA
ACTTTGAAGCATGGTGCATCTAGGAAAGTTCAGTTCAACATTTATTCTTCAGTATGCTTT
ATATCATTTTTCAGTTTGTTGTTAGAGAACATTCCATGTCACCAATGTAATAAAGCAGGA
AGCTGTTGTATGGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1GF44TF U 1
AF RR1GF44JQ C 252
BS 1 494 RR1GF44TF
BS 495 495 RR1GF44JQ

RD RR1GF44TF 494 0 0
GAGGAAGCGGCAAATCGACTTTGATTCAGGCATTGTTTAGGATTGTTGAGCCAAGTCAAG
GAACCATAGTTATTGATAATGTGGATATTACCAAGATAGGTTTGCATGATCTGAGATCAA
GACTTGGTATCATTCCTCAAGATCCAGCACTGTTTGATGGAACCGTCAGAGAGGGAAGAT
TCTTTCTTCTCCAAACTCATAAAGGAGTATTCAATGAGATCTAAACACTTCACCAGCTCA
AATAATCTTCTCAGTTGAGGGACACTGAAAGATGCTCTGTTGTAGAGAAAATGTCTTCTA
ACTATCTATTTATAGTACATAAGTTGAACATATACATGGAGAGAGAGTACCATGGTGAGA
ACTTTGAAGCATGGTGCATCTAGGAAAGTTCAGTTCAACATTTATTCTTCAGTATGCTTT
ATATCATTTTTCAGTTTGTTGTTAGAGAACATTCCATGTCACCAATGTAATAAAGCAGGA
AGCTGTTGTATGGC

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR1GF44JQ 244 0 0
CAGTTGAGGGACACTGAAAGATGCTCTGTTGTAGAGAAAATGTCTTCTAACTATCTATTT
ATAGTACATAAGTTGAACATATACATGGAGAGAGAGTACCATGGTGAGAACTTTGAAGCA
TGGTGCATCTAGGAAAGTTCAGTTCAACATTTATTCTTCAGTATGCTTTATATCATTTTT
CAGTTTGTTGTTAGAGAACATTCCATGTCACCAATGTAATAAAGCAGGAAGCTGTTGTAT
GGCT

QA 1 244 1 244
DS 



AS 1 2

CO CL5020Contig1 1182 2 2 U
GGGTCTCATCTCTTAAAGCACACTTATAGTTAAGCATGGTAGTTAACCAGAAGACATCCG
GTCTCGCAGCCGCTATGAACGCCAAGATCATCGGTTCTGGTGAGAGGTCAATGGTATTGG
CACACGGGTTTGGAGGCGACCAGTCGGTTTGGGACAAGATAATACCGGTTCTGTCCCAAT
CTTTTAAGGTTTTAGTCTTTGACTGGCTTTTCTCTGGAGCCATCAAAGACCAAACTCTAT
ACGACCCTTCGAAGTATAACTCCTTCGACCCCTTCGCTGAAGATCTTATTGCTCTTATGG
AGGAGTTGAAGTTTGGCCCCGTTGTGTTCGTAGGCCATTCCATGTCGGGCATGATCGGTT
GTGCTGCTTCTATTAAAAGGCCCGATTTGTTTACAAATCTTATCCCTATTGCTGCTTCTC
CCAGGTATATAAACAGTGAGGATTACAAAGGAGGGTTTGAATCAAAAGACATTGACACGA
TCATCACCAACATTGGCTCCAACTACGAGGCTTGGGCGGTTGCTTTCGCCTCCACAGTGG
TTGACTCAAGAGACTCTCTGTCCGTCCAAAGGTTCGAAAAATGCCTTAAAAAGATGAAGC
CCGAGACGGCTCTTGCTTTAGCTAAGATTGTATTTGGAAGCGACGAGAGAGGACTCCTGG
ACCAAGTGTCAGTGCCTTGCCACGTCATACAACCACGAAACGACGTCGTTGTACCTGTCT
CCGTAGCTTACTTCATGCAGGAGAAGATCAAAGGGGAGTCGACGGTGGACATTATTGAGG
ATGCGATGGGTCACTTTCCACAAATGACGTCACATATTGAGCTGATTGGCGTCATGAAGC
GCCTCCTCGAGTTTTAAAGCTTGAATATAATAAATGATTTGCGTCGATATTCTTCTTATC
TATATATTATGTAATTTGAGTGTGTATTTACTAGTACAACAAGGTAATTTCCAGTATAAG
TTAAAAGATCAAGAGATGATCATAGTGAGAGTAAAAAGGAGGTAACTAATTAAATTGAGC
ATCACTTAGTTGAGTTAAGTTAAACTGAATTCCTTCCTATTGGAGTAATCAGTTTACTTA
AACTAGAATCCTCCAACTATATAAACGTTCCAGTGTAAACGTTAACAAGCTGATGAATAA
CATGCATAATCACTTTCTTCGAATTTGACGACATTTCTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BY36TF U 1
AF RR1BY36JQ C 498
BS 1 740 RR1BY36TF
BS 741 1182 RR1BY36JQ

RD RR1BY36TF 757 0 0
GGGTCTCATCTCTTAAAGCACACTTATAGTTAAGCATGGTAGTTAACCAGAAGACATCCG
GTCTCGCAGCCGCTATGAACGCCAAGATCATCGGTTCTGGTGAGAGGTCAATGGTATTGG
CACACGGGTTTGGAGGCGACCAGTCGGTTTGGGACAAGATAATACCGGTTCTGTCCCAAT
CTTTTAAGGTTTTAGTCTTTGACTGGCTTTTCTCTGGAGCCATCAAAGACCAAACTCTAT
ACGACCCTTCGAAGTATAACTCCTTCGACCCCTTCGCTGAAGATCTTATTGCTCTTATGG
AGGAGTTGAAGTTTGGCCCCGTTGTGTTCGTAGGCCATTCCATGTCGGGCATGATCGGTT
GTGCTGCTTCTATTAAAAGGCCCGATTTGTTTACAAATCTTATCCCTATTGCTGCTTCTC
CCAGGTATATAAACAGTGAGGATTACAAAGGAGGGTTTGAATCAAAAGACATTGACACGA
TCATCACCAACATTGGCTCCAACTACGAGGCTTGGGCGGTTGCTTTCGCCTCCACAGTGG
TTGACTCAAGAGACTCTCTGTCCGTCCAAAGGTTCGAAAAATGCCTTAAAAAGATGAAGC
CCGAGACGGCTCTTGCTTTAGCTAAGATTGTATTTGGAAGCGACGAGAGAGGACTCCTGG
ACCAAGTGTCAGTGCCTTGCCACGTCATACAACCACGAAACGACGTCGTTGTACCTGTCT
CCGTAGCTTACTTCATGCAG
AGAGATCAAAGGGAGTC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1BY36JQ 685 0 0
TCCAACTACGAGGCTTGGGCGGTTGCTTTCGCCTCCACAGTGGTTGACTCAAGAGACTCT
CTGTCCGTCCAAAGGTTCGAAAAATGCCTTAAAAAGATGAAGCCCGAGACGGCTCTTGCT
TTAGCTAAGATTGTATTTGGAAGCGACGAGAGAGGACTCCTGGACCAAGTGTCAGTGCCT
TGCCACGTCATACAACCACGAAACGACGTCGTTGTACCTGTCTCCGTAGCTTACTTCATG
CAGGAGAAGATCAAAGGGGAGTCGACGGTGGACATTATTGAGGATGCGATGGGTCACTTT
CCACAAATGACGTCACATATTGAGCTGATTGGCGTCATGAAGCGCCTCCTCGAGTTTTAA
AGCTTGAATATAATAAATGATTTGCGTCGATATTCTTCTTATCTATATATTATGTAATTT
GAGTGTGTATTTACTAGTACAACAAGGTAATTTCCAGTATAAGTTAAAAGATCAAGAGAT
GATCATAGTGAGAGTAAAAAGGAGGTAACTAATTAAATTGAGCATCACTTAGTTGAGTTA
AGTTAAACTGAATTCCTTCCTATTGGAGTAATCAGTTTACTTAAACTAGAATCCTCCAAC
TATATAAACGTTCCAGTGTAAACGTTAACAAGCTGATGAATAACATGCATAATCACTTTC
TTCGAATTTGACGACATTTCTTTGC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL5021Contig1 1314 2 2 U
GCAGTTCATGGAAGATGAACACATTTGCATCGATGATCTTGGTGCATCTCTTGATTCCTC
ATCTCTTTCAGCCTTCTATGGTGTGAGTCATGTGTATTTTTCAAACCTTACCTAAAAGAA
ACATAGATGCAGCAGCTCATAAGCCTTAGTTTATTACTCCCTCTGTTCCATAATACTTGA
AGTTTTAGGTTATGCACAATTATTAAAAAACTTGTTTTTATTTTAAAAGCTATGACTAAA
ATATAAATTTAAAATTATTTAACCAATTATAAAATACATTATAGAATATCATTGGTTACA
CAGTTTTTGATAAAGTAAAAAATTACATTGAAAGATGAAAACATCATCTATTTTGAAACA
TCAAAACTTTCTAAAACTTCATCTATTATGAAACGGAGGGAGTAATTTCTAAAAAGTAGT
TTGAACGTTGTTGATATTGTTGACCTTTGGGCAGGTGTTTGACGGCCACGGTGGCACAGA
TGCAGCAGTGTTTGTTAGAAAGAACATACTGAGATTCATTGTAGACGACTCTTACTTCCC
TCTATGTGTAAAGAAGGCAATAAAGAATGCTTTCTTGAAAGCTGATTACCAATTTGCAGA
CGATTCTTCTCTTGACATCTCTTCAGGGACCACTGCGCTTACAGCTTTGATTTTTGGGAA
GGAGGTTGATAGTTGCAAACGCTGGTGATTGCCGAGCAGTACTCGGCAGAAGAGGCAGAG
CAATAGAGTTATCCAAAGACCACAAACCAAACTGCATCACCGAGAAAACAAGAATAGAAA
AATTAGGCGGATTTGTGTACGATGGCTACCTCAACGGTCAACTATCGGTTGCACGTGCCA
TCGGAGACTGGCACATGAAAGGCCCCAAAGGCTCCGCATGTCCTCTAACCCCAGAGCCAG
AGCTGCGAGAGGCGGAGCTTAGCGAAGACGACGAGTTCTTGATAATGGGATGCGATGGTC
TGTGGGATGTGATGAGCAGTCAGTGCGCGGTGACGATCGCGAGGAAGGAGCTGATGATTC
ATAACGATCCGGAGAGATGCTGTAGAGAGCTTGTTAGGGAGGCTCTTAAGCGGAACACGT
GTGATAATTTGACTGTCATTGTTGTGTGCTTCTCACCTGATCCTCCGCAGAGGATAGAGG
TGCGAGTGGAGTCACGGGTGAGACGGAGCATTTCTGCGGAAGGGTTGAATCTACTTAAAG
GCGTGCTTGATGGCTAGCCCCTTGAGTATGTTACTTTGTGAGAGGCTATTGCCGTGTTAG
AGAGTGTTACAGGTTGACCATGTTGTGTATCCGAGTATGTTGTTGTTGTTTACC


BQ
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AF RR1AW77TF U 1
AF RR1AW77JQ C 467
BS 1 708 RR1AW77TF
BS 709 1314 RR1AW77JQ

RD RR1AW77TF 708 0 0
GCAGTTCATGGAAGATGAACACATTTGCATCGATGATCTTGGTGCATCTCTTGATTCCTC
ATCTCTTTCAGCCTTCTATGGTGTGAGTCATGTGTATTTTTCAAACCTTACCTAAAAGAA
ACATAGATGCAGCAGCTCATAAGCCTTAGTTTATTACTCCCTCTGTTCCATAATACTTGA
AGTTTTAGGTTATGCACAATTATTAAAAAACTTGTTTTTATTTTAAAAGCTATGACTAAA
ATATAAATTTAAAATTATTTAACCAATTATAAAATACATTATAGAATATCATTGGTTACA
CAGTTTTTGATAAAGTAAAAAATTACATTGAAAGATGAAAACATCATCTATTTTGAAACA
TCAAAACTTTCTAAAACTTCATCTATTATGAAACGGAGGGAGTAATTTCTAAAAAGTAGT
TTGAACGTTGTTGATATTGTTGACCTTTGGGCAGGTGTTTGACGGCCACGGTGGCACAGA
TGCAGCAGTGTTTGTTAGAAAGAACATACTGAGATTCATTGTAGACGACTCTTACTTCCC
TCTATGTGTAAAGAAGGCAATAAAGAATGCTTTCTTGAAAGCTGATTACCAATTTGCAGA
CGATTCTTCTCTTGACATCTCTTCAGGGACCACTGCGCTTACAGCTTTGATTTTTGGGAA
GGAGGTTGATAGTTGCAAACGCTGGTGATTGCCGAGCAGTACTCGGCA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1AW77JQ 848 0 0
CACGGTGGCACAGATGCAGCAGTGTTTGTTAGAAAGAACATACTGAGATTCATTGTAGAC
GACTCTTACTTCCCTCTATGTGTAAAGAAGGCAATAAAGAATGCTTTCTTGAAAGCTGAT
TACCAATTTGCAGACGATTCTTCTCTTGACATCTCTTCAGGGACCACTGCGCTTACAGCT
TTGATTTTTGG*AAGGAGGTTGATAGTTGCAAACGCTGGTGATTGCCGAGCAGTACTCGG
CAGAAGAGGCAGAGCAATAGAGTTATCCAAAGACCACAAACCAAACTGCATCACCGAGAA
AACAAGAATAGAAAAATTAGGCGGATTTGTGTACGATGGCTACCTCAACGGTCAACTATC
GGTTGCACGTGCCATCGGAGACTGGCACATGAAAGGCCCCAAAGGCTCCGCATGTCCTCT
AACCCCAGAGCCAGAGCTGCGAGAGGCGGAGCTTAGCGAAGACGACGAGTTCTTGATAAT
GGGATGCGATGGTCTGTGGGATGTGATGAGCAGTCAGTGCGCGGTGACGATCGCGAGGAA
GGAGCTGATGATTCATAACGATCCGGAGAGATGCTGTAGAGAGCTTGTTAGGGAGGCTCT
TAAGCGGAACACGTGTGATAATTTGACTGTCATTGTTGTGTGCTTCTCACCTGATCCTCC
GCAGAGGATAGAGGTGCGAGTGGAGTCACGGGTGAGACGGAGCATTTCTGCGGAAGGGTT
GAATCTACTTAAAGGCGTGCTTGATGGCTAGCCCCTTGAGTATGTTACTTTGTGAGAGGC
TATTGCCGTGTTAGAGAGTGTTACAGGTTGACCATGTTGTGTATCCGAGTATGTTGTTGT
TGTTTACC

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 2

CO CL5022Contig1 1126 2 2 U
GAGAGTATGATGGAAAATCTCTCATAGACTGAAGCAGCCTCAGAGATTGGGTATTACTCA
AAATGAAGAGGCAAATTACTCAACTTCTGCCATTAACCATCCAATGCATATGGCATCAGT
GCCGGCTAATCAACCTCCAGTGCTTTCTGATTTTTCTGTTGGAGGGTATGATCAAACTAT
GGCGACAAGGTATCCTCCGCATCCTCAGCTCGTAGTCTCCAACCCGAGAGCACAGTTTGA
GGTTGCTTCCGGTGCAACAACTCAGGATCAGCTCATGGGAAATCTACATCAGGGTCAAAG
CTCCATGACCAATCAAAACATGAACGGTATGCTTGCTCTCGGTCCTCCACAGGCATCCAC
GAGCGGATACCAAAACCTCAACTCTTCTCAAGTTCACCAGGCGAATCTCAATCCTTTCGA
AGACTGGTCAAACCACCGCGAGAGAGGAGCATAAGATTTCTTCTCAGAGGAAGAGATCCG
TATGAGAAGCCATGAAATGCTCGAGAACGAGGACATGCAACAGTTCCTCCGCCTATTCAG
CATGGGAGGAGGAGGTAATGGCTCTGCTTCACATTTGCCCGAAGATGGGTATACTTTCCC
GTCGTTTCTGCACACGCCTATGCAAGGTTATGATGAAGACCGTGGTCGATCAGGCAGAGC
TGTTGTTGGGTGGCTTAAGATAAAGGCAGCAATGAGATGGGGTTTCTTCATCAGAAGGAA
AGCTGCTGAGAGGCGAGCACAGATTGTAGAGCTGGATGATGATGACGAAGATAGTCTGGT
CTTTATTCATCATGATTGTACCCCATATACCCTCATGATGATGGTAACAACACTAATGAC
TCAAAACAGTGTTTACCAAATGGAAACTGAATCTTGAGGGCAACGAGGCAGCAGCAGCAG
CGCGAATGGAGGTGAAGTGGCCCTGGTATTGTATAAAAGGAGTGTACAGATAGATTCAGT
GGATGTGTTGTGTTTATGAAGCAGGAGACTTCTAATATGTTTGATTGACTCATTCAGACA
TTAGCATTCTTAAGAACTGATTTTGCAGTCTTAACAAGTAGAATGTATGTCTTGTGACTT
TGTCCTTTTTTCTTCTTCTATTTGATTTTCCAGTAGGCTTGTGTTC


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AF RR1AF67TF U 1
AF RR1AF67JQ C 397
BS 1 876 RR1AF67TF
BS 877 1126 RR1AF67JQ

RD RR1AF67TF 876 0 0
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AAATGAAGAGGCAAATTACTCAACTTCTGCCATTAACCATCCAATGCATATGGCATCAGT
GCCGGCTAATCAACCTCCAGTGCTTTCTGATTTTTCTGTTGGAGGGTATGATCAAACTAT
GGCGACAAGGTATCCTCCGCATCCTCAGCTCGTAGTCTCCAACCCGAGAGCACAGTTTGA
GGTTGCTTCCGGTGCAACAACTCAGGATCAGCTCATGGGAAATCTACATCAGGGTCAAAG
CTCCATGACCAATCAAAACATGAACGGTATGCTTGCTCTCGGTCCTCCACAGGCATCCAC
GAGCGGATACCAAAACCTCAACTCTTCTCAAGTTCACCAGGCGAATCTCAATCCTTTCGA
AGACTGGTCAAACCACCGCGAGAGAGGAGCATAAGATTTCTTCTCAGAGGAAGAGATCCG
TATGAGAAGCCATGAAATGCTCGAGAACGAGGACATGCAACAGTTCCTCCGCCTATTCAG
CATGGGAGGAGGAGGTAATGGCTCTGCTTCACATTTGCCCGAAGATGGGTATACTTTCCC
GTCGTTTCTGCACACGCCTATGCAAGGTTATGATGAAGACCGTGGTCGATCAGGCAGAGC
TGTTGTTGGGTGGCTTAAGATAAAGGCAGCAATGAGATGGGGTTTCTTCATCAGAAGGAA
AGCTGCTGAGAGGCGAGCACAGATTGTAGAGCTGGATGATGATGACGAAGATAGTCTGGT
CTTTATTCATCATGATTGTACCCCATATACCCTCATGATGATGGTAACAACACTAATGAC
TCAAAACAGTGTTTACCAAATGGAAACTGAATCTTG

QA 1 876 1 876
DS 

RD RR1AF67JQ 730 0 0
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TTTCTTCTCAGAGGAAGAGATCCGTATGAGAAGCCATGAAATGCTCGAGAACGAGGACAT
GCAACAGTTCCTCCGCCTATTCAGCATGGGAGGAGGAGGTAATGGCTCTGCTTCACATTT
GCCCGAAGATGGGTATACTTTCCCGTCGTTTCTGCACACGCCTATGCAAGGTTATGATGA
AGACCGTGGTCGATCAGGCAGAGCTGTTGTTGGGTGGCTTAAGATAAAGGCAGCAATGAG
ATGGGGTTTCTTCATCAGAAGGAAAGCTGCTGAGAGGCGAGCACAGATTGTAGAGCTGGA
TGATGATGACGAAGATAGTCTGGTCTTTATTCATCATGATTGTACCCCATATACCCTCAT
GATGATGGTAACAACACTAATGACTCAAAACAGTGTTTACCAAATGGAAACTGAATCTTG
AGGGCAACGAGGCAGCAGCAGCAGCGCGAATGGAGGTGAAGTGGCCCTGGTATTGTATAA
AAGGAGTGTACAGATAGATTCAGTGGATGTGTTGTGTTTATGAAGCAGGAGACTTCTAAT
ATGTTTGATTGACTCATTCAGACATTAGCATTCTTAAGAACTGATTTTGCAGTCTTAACA
AGTAGAATGTATGTCTTGTGACTTTGTCCTTTTTTCTTCTTCTATTTGATTTTCCAGTAG
GCTTGTGTTC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL5023Contig1 481 2 1 U
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GTGTTATGTTTGTTCCTCCTCTTCACGTTTGCTCTAGTGTCTTCATCTGCTCGCCTCAGT
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CGCAAGCGTTGAGAGGATGATAATCTTTTTCGCCTTCTTAATTTTACTTGCAAGCTTGCA
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TTTGTGTTTCTACATCGACTTCAACTTATTTCATCTTTACTATATTTCAGTTTTTGTATA
GTTCACTTTTTGTGTGTGTTCATGCAGTTTATTTGATTTCATATATCGATATTTTTTTTA
C


BQ
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20 

AF RR1CN68JQ C 1
AF RR1CN68TF U 1
BS 1 481 RR1CN68TF

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CGCAAGCGTTGAGAGGATGATAATCTTTTTCGCCTTCTTAATTTTACTTGCAAGCTTGCA
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TTTGTGTTTCTACATCGACTTCAACTTATTTCATCTTTACTATATTTCAGTTTTTGTATA
GTTCACTTTTTGTGTGTGTTCATGCAGTTTATTTGATTTCATATATCGATATTTTTTTTA
C

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1CN68TF 481 0 0
GGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGGGTTATTCATCATCTTCCTCGGTT
GTGTTATGTTTGTTCCTCCTCTTCACGTTTGCTCTAGTGTCTTCATCTGCTCGCCTCAGT
CTTTCATTTCCAGAAAATGAAATGAGGGTGGTGAGAGAACGGTCACTGATGGTGAGCACC
AACGACTACGGTCAACCTTCAGCTAGCGACAGACACGATCCACCTCGTGGCGGCCGAGGA
CGCAAGCGTTGAGAGGATGATAATCTTTTTCGCCTTCTTAATTTTACTTGCAAGCTTGCA
AATAATGTATGTAAATTGAGAGAGCAATAAAAATAAATAAAAAATAACACCTTTTTGTAT
TTTGTGTTTCTACATCGACTTCAACTTATTTCATCTTTACTATATTTCAGTTTTTGTATA
GTTCACTTTTTGTGTGTGTTCATGCAGTTTATTTGATTTCATATATCGATATTTTTTTTA
C

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 2

CO CL5024Contig1 1113 2 2 U
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GCATGACTCATCTCGTGTTCATCGGTGATGGTCCAGACAAAACCATCATCTCTGGCAGCA
AGAATTACAAGGACGGTATCACTACCTACCGTACCGCCACTGTTGCCATCGTTGGAGACT
ACTTCATTGCTAAGAACATAGGGTTTGTAAACACGGCTGGTCCAATCAAACATCAAGCCG
TTGCGGTTAGGGTTCAATCAGACGAATCGATATTTTTCAACTGTAGATTCGATGGTTACC
AAGACACGCTCTACGCTCACTCACACCGTCAGTTCTACAGAGACTGTACTATCTCAGGCA
CCATTGATTTCCTCTTTGGAGACGCGGCTGCTGTGTTCCAGAACTGCACTTTGCTGGTGA
GGAAGCCACTCCCGAACCAGGCATGCCCTATCACAGCTCATGGTCGCAAAGACGCGAGGG
AATCAACAGGATTCGTGTTCCAGGGTTGCACGATTGCCGGCGAGCCGGATTACTTGGCGG
TCAAGGAAACTAGCAAAGCCTATTTAGGAAGGCCTTGGAAAGAGTATTCAAGAACTATTA
TTATGAACAGTTTTATTCCTGATTTTATTCAGCCGCAAGGATGGCAACCGTGGCTTGGAA
ACTTCGGTCTCGACACATTGTTCTACTCTGAGGTTCAGAATATAGGACCCGGAGCAGCTC
TTGCAGGCAGGGTTACTTGGCCTGGAATCAAGATACTGAGCGACGAAGAGATTCTCAGTT
TCACACCGGGTATGTACATCCAAGGTGATGTTTGGATTCCAGGGAAAGGTGTACCGTACA
CTCCTGGTCTCTTGGCTGCTGACCCGAATGCTGCAACCACCACCACCACCCCTAGCGGCT
CAGATGCTCCAAAATTCTCTTCGTTTTCTGACACAAGTGGTGCTGGTTCGGTTTCTCCAG
CAGCTGCACCGAAAGGCTCTACCAAAAATGCTTCACCGGAAAGATCCGTTACGATGGTTT
TAAAAGACTGAAATATTTGATTAAGATGCCGCCGTATATTGTGTTTTTCTTTCTTATTCT
AATTCAAGGAAATCTGGAAACGAATAAATGATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DF37TF U 1
AF RR1DF37JQ C 530
BS 1 641 RR1DF37TF
BS 642 1113 RR1DF37JQ

RD RR1DF37TF 641 0 0
GAACCTTTGTGGTTCATATTAAGGCTGGAATCTACCAGGAGTATGTACAAGTCAACAAGA
GCATGACTCATCTCGTGTTCATCGGTGATGGTCCAGACAAAACCATCATCTCTGGCAGCA
AGAATTACAAGGACGGTATCACTACCTACCGTACCGCCACTGTTGCCATCGTTGGAGACT
ACTTCATTGCTAAGAACATAGGGTTTGTAAACACGGCTGGTCCAATCAAACATCAAGCCG
TTGCGGTTAGGGTTCAATCAGACGAATCGATATTTTTCAACTGTAGATTCGATGGTTACC
AAGACACGCTCTACGCTCACTCACACCGTCAGTTCTACAGAGACTGTACTATCTCAGGCA
CCATTGATTTCCTCTTTGGAGACGCGGCTGCTGTGTTCCAGAACTGCACTTTGCTGGTGA
GGAAGCCACTCCCGAACCAGGCATGCCCTATCACAGCTCATGGTCGCAAAGACGCGAGGG
AATCAACAGGATTCGTGTTCCAGGGTTGCACGATTGCCGGCGAGCCGGATTACTTGGCGG
TCAAGGAAACTAGCAAAGCCTATTTAGGAAGGCCTTGGAAAGAGTATTCAAGAACTATTA
TTATGAACAGTTTTATTCCTGATTTTATTCAGCCGCAAGGA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1DF37JQ 584 0 0
TTACTTGGCGGTCAAGGAAACTAGCAAAGCCTATTTAGGAAGGCCTTGGAAAGAGTATTC
AAGAACTATTATTATGAACAGTTTTATTCCTGATTTTATTCAGCCGCAAGGATGGCAACC
GTGGCTTGGAAACTTCGGTCTCGACACATTGTTCTACTCTGAGGTTCAGAATATAGGACC
CGGAGCAGCTCTTGCAGGCAGGGTTACTTGGCCTGGAATCAAGATACTGAGCGACGAAGA
GATTCTCAGTTTCACACCGGGTATGTACATCCAAGGTGATGTTTGGATTCCAGGGAAAGG
TGTACCGTACACTCCTGGTCTCTTGGCTGCTGACCCGAATGCTGCAACCACCACCACCAC
CCCTAGCGGCTCAGATGCTCCAAAATTCTCTTCGTTTTCTGACACAAGTGGTGCTGGTTC
GGTTTCTCCAGCAGCTGCACCGAAAGGCTCTACCAAAAATGCTTCACCGGAAAGATCCGT
TACGATGGTTTTAAAAGACTGAAATATTTGATTAAGATGCCGCCGTATATTGTGTTTTTC
TTTCTTATTCTAATTCAAGGAAATCTGGAAACGAATAAATGATT

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL5025Contig1 492 2 2 U
GAGATGCAAGGTCATCACCAGAATCATCATCAACAGTTATCATCAGCCTCAGCCACGTCT
TCCACTGGAAACTTCATGAACAAAGATGGGTATGATCTTGGAGAGATAGACCCATCACTC
TTCCTCTATCTTGATGGACAAGGACATCATGTCGATCCTCCATCAACTGCTCCTTTACCT
CATCATCACACAGCTCAGAATTTGGCGATGAGACCTCCAACATCGACGCTCAACATCTTC
CCATCTAAACCGATGCACATAGAGCCGCCTCCTTCTTCTAGACCCAATGCTGTTGCACCT
AGTGGTTCGACTCGACCATCTTCTGAGCCGTCCATGGACTTGACCAATCATTCTCAGTTT
CAACTTCCTCAACCTTCTAAATCGATCAAGAAAGAAGGGAACCGCAAGGGTCTTGCCTCA
TCAGACCATGACACACCAAAATCATCAGACCCTAAGACATTGAGAAGACTAGCACAGAAC
AGAGAAGCAGCA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1DN48JQ C 1
AF RR1DN48TF U 1
BS 1 489 RR1DN48TF
BS 490 492 RR1DN48JQ

RD RR1DN48JQ 492 0 0
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TCCACTGGAAACTTCATGAACAAAGATGGGTATGATCTTGGAGAGATAGACCCATCACTC
TTCCTCTATCTTGATGGACAAGGACATCATGTCGATCCTCCATCAACTGCTCCTTTACCT
CATCATCACACAGCTCAGAATTTGGCGATGAGACCTCCAACATCGACGCTCAACATCTTC
CCATCTAAACCGATGCACATAGAGCCGCCTCCTTCTTCTAGACCCAATGCTGTTGCACCT
AGTGGTTCGACTCGACCATCTTTTGAGCCGTCCATGGACTTGACCAATCATTCTCAGTTT
CAACTTCCTCAACCTTTTAAATCGATCAAGAAAGAAGGGAACCGCAAGGGTCTTGCCTCA
TCAGACCATGACACACCAAAATCATCAGACCCTAAGACATTGAGAAGACTAGCACAGAAC
AGAGAAGCAGCA

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1DN48TF 489 0 0
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TCCACTGGAAACTTCATGAACAAAGATGGGTATGATCTTGGAGAGATAGACCCATCACTC
TTCCTCTATCTTGATGGACAAGGACATCATGTCGATCCTCCATCAACTGCTCCTTTACCT
CATCATCACACAGCTCAGAATTTGGCGATGAGACCTCCAACATCGACGCTCAACATCTTC
CCATCTAAACCGATGCACATAGAGCCGCCTCCTTCTTCTAGACCCAATGCTGTTGCACCT
AGTGGTTCGACTCGACCATCTTCTGAGCCGTCCATGGACTTGACCAATCATTCTCAGTTT
CAACTTCCTCAACCTTCTAAATCGATCAAGAAAGAAGGGAACCGCAAGGGTCTTGCCTCA
TCAGACCATGACACACCAAAATCATCAGACCCTAAGACATTGAGAAGACTAGCACAGAAC
AGAGAAGCA

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 2

CO CL5026Contig1 334 2 1 U
GGTGAATGGAAACGCGAACCCGGAAGGTCCAAAGGAGACAGTTATGGAGCAGACAATCAG
GATGACTCGCGGGAGGTTGAGGAAGACGCGGTCAGAGGAAAGCCGTTGAAATAAAAGGTT
CAAAAGTTGTTGACTACTTTCATTACATTTGTCTCTCTGTCTCTAGTCCTACTTCTAGAA
TTATGTCGACAGGAAGTGAACTAGTTGGGATGCTTGTGTGAAAAGTAAATCTGCTTGTTT
TTTTTTCTTTCTTTTATTCAACTCGTTGCGTTAGGTGTAGCAATGGCACTCTTTGTTTTG
TTTGTTTCTCCTGATTTGGTAGAGTTATTCAGTT


BQ
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AF RR1F564JQ C 1
AF RR1F564TF U 1
BS 1 334 RR1F564TF

RD RR1F564JQ 334 0 0
GGTGAATGGAAACGCGAACCCGGAAGGTCCAAAGGAGACAGTTATGGAGCAGACAATCAG
GATGACTCGCGGGAGGTTGAGGAAGACGCGGTCAGAGGAAAGCCGTTGAAATAAAAGGTT
CAAAAGTTGTTGACTACTTTCATTACATTTGTCTCTCTGTCTCTAGTCCTACTTCTAGAA
TTATGTCGACAGGAAGTGAACTAGTTGGGATGCTTGTGTGAAAAGTAAATCTGCTTGTTT
TTTTTTCTTTCTTTTATTCAACTCGTTGCGTTAGGTGTAGCAATGGCACTCTTTGTTTTG
TTTGTTTCTCCTGATTTGGTAGAGTTATTCAGTT

QA 1 334 1 334
DS 

RD RR1F564TF 334 0 0
GGTGAATGGAAACGCGAACCCGGAAGGTCCAAAGGAGACAGTTATGGAGCAGACAATCAG
GATGACTCGCGGGAGGTTGAGGAAGACGCGGTCAGAGGAAAGCCGTTGAAATAAAAGGTT
CAAAAGTTGTTGACTACTTTCATTACATTTGTCTCTCTGTCTCTAGTCCTACTTCTAGAA
TTATGTCGACAGGAAGTGAACTAGTTGGGATGCTTGTGTGAAAAGTAAATCTGCTTGTTT
TTTTTTCTTTCTTTTATTCAACTCGTTGCGTTAGGTGTAGCAATGGCACTCTTTGTTTTG
TTTGTTTCTCCTGATTTGGTAGAGTTATTCAGTT

QA 1 334 1 334
DS 



AS 1 2

CO CL5027Contig1 924 2 2 U
AAAGTTTAACATATGAAAAAAATTTTACATTTTGGAAAAAATATTATATAGTTTACATAG
TAAAGGGAGCATCATCCATATTTTTCTAAGTATTAAATTTCTATAATTAAATATCGGAAG
CTAGCTAAACCAGGTCCTTTTCAAAAAGGAATGGAAATAATTGTTACCACATTACATTAT
TTTTATATTTTCACTAAACATTGTATCAAAAAAGTCTTTCTGTCTTATCATATTAATCAG
TTTTAACCATTACATATATTAACATAAAAATTGTAAAAAGTTTTTTTTCCCTTACAATGC
CGTACAATTCATGACACGTCATATGCTAAACATTGGAATAGGTCCACCAATGTCTTTTAT
TCTTCCATGAATTCACGTTTACTCACATGTGTTTACCACCACTCCCATGTGAACTTTCAC
CATCTGAACTTCCATCTGAACTTCCATCTGAACTTCCACTTGAACTACTTGCATCCATAG
ATGAACCTGCATAATGGAATTCTTTTTTCTCCTTTTTAGAAGAGCCTCCACCCCCGTGTT
TACCTTCACCCATTGACGAACCTCCACTTCCGTGTTTGTCTCCACTTCCATGTTTGCCTC
CACTCTCGTGTTTGCCTCCACTCTCGTGTTTGCCTCCACTTCCGTGTTTGTCTCCACTTC
CGTGTCTGCCTCCACTTCCGTGTTTGTCTCCACTTCCGTGTTTGCCTCCACTTCCGTGTT
TACCTTCACCCATTGATGAACCTCCACTTCCGTGTTTACCTCCACCCGTAGAAGAACCTC
CACCTCCATGCTTAGCTTCATCCGTCGACGAACCTCCACTTCCATGTTTACCTCCGCTTC
CGTGCTTACCTTTATCCATTGACGAACCTCCACCTCCATTTTTACCTCCGCCTTCGTGTT
TACTCTCACCCTTTCCGTGTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EH38JQ U 1
AF RR1FT72JQ U 203
BS 1 475 RR1EH38JQ
BS 476 924 RR1FT72JQ

RD RR1EH38JQ 475 0 0
AAAGTTTAACATATGAAAAAAATTTTACATTTTGGAAAAAATATTATATAGTTTACATAG
TAAAGGGAGCATCATCCATATTTTTCTAAGTATTAAATTTCTATAATTAAATATCGGAAG
CTAGCTAAACCAGGTCCTTTTCAAAAAGGAATGGAAATAATTGTTACCACATTACATTAT
TTTTATATTTTCACTAAACATTGTATCAAAAAAGTCTTTCTGTCTTATCATATTAATCAG
TTTTAACCATTACATATATTAACATAAAAATTGTAAAAAGTTTTTTTTCCCTTACAATGC
CGTACAATTCATGACACGTCATATGCTAAACATTGGAATAGGTCCACCAATGTCTTTTAT
TCTTCCATGAATTCACGTTTACTCACATGTGTTTACCACCACTCCCATGTGAACTTTCAC
CATCTGAACTTCCATCTGAACTTCCATCTGAACTTCCACTTGAACTACTTGCATC

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR1FT72JQ 722 0 0
GTATCATAATAGTCTTTCTGTCTTATCATATTAATCAGTTTTAACCATTACATATATTAA
CATAAAAATTGTAAAAAGTTTTTTTTCCCTTACAATGCCGTACAATTCATGACACGTCAT
ATGCTAAACATTGGAATAGGTCCACCAATGTCTTTTATTCTTCCATGAATTCACGTTTAC
TCACATGTGTTTACCACCACTCCCATGTGAACTTTCACCATCTGAACTTCCATCTGAACT
TCCATCTGAACTTTCACTTGAACTACTTGCATCCATAGATGAACCTGCATAATGGAATTC
TTTTTTCTCCTTTTTAGAAGAGCCTCCACCCCCGTGTTTACCTTCACCCATTGACGAACC
TCCACTTCCGTGTTTGTCTCCACTTCCATGTTTGCCTCCACTCTCGTGTTTGCCTCCACT
CTCGTGTTTGCCTCCACTTCCGTGTTTGTCTCCACTTCCGTGTCTGCCTCCACTTCCGTG
TTTGTCTCCACTTCCGTGTTTGCCTCCACTTCCGTGTTTACCTTCACCCATTGATGAACC
TCCACTTCCGTGTTTACCTCCACCCGTAGAAGAACCTCCACCTCCATGCTTAGCTTCATC
CGTCGACGAACCTCCACTTCCATGTTTACCTCCGCTTCCGTGCTTACCTTTATCCATTGA
CGAACCTCCACCTCCATTTTTACCTCCGCCTTCGTGTTTACTCTCACCCTTTCCGTGTTT
AC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL5028Contig1 335 2 2 U
GCAGCTCGGTCTCACTGTTGGCTTCCTCAGCACCACCCACTTCAGCGGTTTCTGCCAAGA
TAGCACTGACATGGGCGCTGTCACCACCGTTCATGCCAACTGCTGCCGTCACATCTCTGC
CAAAGTCTTTGATCTCACTCTTGTTCTTCGTGACTGGAAACGCTACAAAGCGTCACATGT
CAACACCAAGTGGAGCCCCCATGCTAAATGCTGGGGTTCATGGAATGATACCCAATATAC
CCCCAAAACCTGAGCTTCTTGTCTATTTATGGTAATGAGATTGTGTCTATATACGTACAC
GCGACAAAATTAATTACATACATCTCTTCCTAACT


BQ
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AF RR1CE51JQ C 1
AF RR1CE51TF U 44
BS 1 43 RR1CE51JQ
BS 44 335 RR1CE51TF

RD RR1CE51JQ 335 0 0
GCAGCTCGGTCTCACTGTTGGCTTCCTCAGCACCACCCACTTCAGCGGTTTCTGCCAAGA
TAGCACTGACATGGGCGCTGTCACCACCGTTCATGCCAACTGCTGCCGTCACATCTCTGC
CAAAGTCTTTGATCTCACTCTTGTTCTTCGTGACTGGAAACGCTACAAAGCGTCACATGT
CAACACCAAGTGGAGCCCCCATGCTAAATGCTGGGGTTCATGGAATGATACCCAATATAC
CCCCAAAACCTGAGCTTCTTGTCTATTTATGGTAATGAGATTGTGTCTATATACGTACAC
GCGACAAAATTAATTACATACATCTCTTCCTAACT

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1CE51TF 292 0 0
AGCGGTTTCTGCCAAGATAGCACTGACATGGGCGCTGTCACCACCGTTCATGCCAACTGC
TGCCGTCACATCTCTGCCAAAGTCTTTGATCTCACTCTTGTTCTTCGTGACTGGAAACGC
TACAAAGCGTCACATGTCAACACCAAGTGGAGCCCCCATGCTAAATGCTGGGGTTCATGG
AATGATACCCAATATACCCCCAAAACCTGAGCTTCTTGTCTATTTATGGTAATGAGATTG
TGTCTATATACGTACACGCGACAAAATTAATTACATACATCTCTTCCTAACT

QA 1 292 1 292
DS 



AS 1 2

CO CL5029Contig1 1378 2 2 U
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AATCGATCGAGAGGGTGAGATGCCAGGCTTAACATGTAACGCGTGTAACATGGAGTTCGA
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CAAGGTAGCTGGAGTTCCTGGGGTTACGGAAGAGTTGTTTGAGGCTAGACAAGCTGCACT
TGCTCTGGAGAAGAAAGGCAAATCAGATGAAGCGCCTATGCTTTACACGTGCGGAGCCTG
TGGCAAAGGTTACAGGAGCTCCAAGGCTCGTGAGCAGCATCTCAAGTCACGTAGCCACGT
TTTGCGGGTTTCGCAGGGGGGAACAAGCAACGGTGATGAGGATGTAGCGATAGTCACGCC
ACTTACTCGCCGTTTCACGAACAGGGATAACGAGGAGAGTGATGATGACGATGATGAGTG
GGTGGAGGCTGGTTCAGACGAGGAATTGGCTGCTGCTGAAGAAGAGGAAGAAGCCTTGGA
GGCTTTGTCTAAGTTGAATGTGAATGAGTCAGGAGCTGATGAAGACAAGTATGAGCTGGA
TCCGACCTCCTGTTTGATGTGTGAGAAGAAGCATAAGAGTTTAGAGAGCTGTATGGTTCA
CATGCATAAGCACCATGGTTTCTTCGTTCCGGATGTTGAGTATCTAAAAGATCCAGAAGG
GCTTCTCACTTACCTCGGTCTTAAGGTCAAGAGAGACTTCATGTGTCTCTACTGCAGTGA
GCTCTGCCATGCGTTCAGCAGCTTAGAAGCTGTAAGAAAGCATATGGAAGCAAAGAGTCA
TTGCAAATTGCATCATGGTGATGGTGATGACGAGGAAGATGCTGAGCTAGAAGAGTTCTA
CGACTACAGCAGCAGCTATGTTGATGAAACTGGAGACCAGATAGTCGTGGCTGGCGAAAC
AGACAACGCTGTAGAACTCGTTGGTGGTTCCGAGCTCGTGATCACCGAGAGAACTGAGAA
CACAACAACGTCCAGGACTCTAGGGTCCCGTGAATTCATGCGTTACTATAGACAGAAGCC
TCGCCCAAGTTCTCAGAACAGTAACCAGATTGTTGCCTCTCTATCTTCAAGGTACAAGAG
CCTTGGTCTGAAGACGGTGCCAACGAAAGAGGATAGAGTGAAGAGGAAAGCGCTCAAGGA
GATGAACAAGAGAGGCGAGACAATGCGTACCAAGATGGCAATGAAGAGTAATGTCATAAG
AAACTTGCCCAATAACGTCCCATATTAGTCTCTCTCTCTGCTTCTCCTTTTGAATTGTGT
GGACTGTTCCATGTACTTTGACAAAGTTGAATGTTTGTGATAATAAGGCTGAGCTTTT


BQ
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AF RR1E480TF U 1
AF RR1E480JQ C 614
BS 1 673 RR1E480TF
BS 674 1378 RR1E480JQ

RD RR1E480TF 674 0 0
GGATCAACGAAACGAGCAAAAACCATTGGAATCGATTGATCTCTTCATTTCTCTTGTTTG
AATCGATCGAGAGGGTGAGATGCCAGGCTTAACATGTAACGCGTGTAACATGGAGTTCGA
GAACGAAGCTGAACGAAAGCTTCATTACAGCTCCGATTGGCACCGTTACAACCTCAAACG
CAAGGTAGCTGGAGTTCCTGGGGTTACGGAAGAGTTGTTTGAGGCTAGACAAGCTGCACT
TGCTCTGGAGAAGAAAGGCAAATCAGATGAAGCGCCTATGCTTTACACGTGCGGAGCCTG
TGGCAAAGGTTACAGGAGCTCCAAGGCTCGTGAGCAGCATCTCAAGTCACGTAGCCACGT
TTTGCGGGTTTCGCAGGGGGGAACAAGCAACGGTGATGAGGATGTAGCGATAGTCACGCC
ACTTACTCGCCGTTTCACGAACAGGGATAACGAGGAGAGTGATGATGACGATGATGAGTG
GGTGGAGGCTGGTTCAGACGAGGAATTGGCTGCTGCTGAAGAAGAGGAAGAAGCCTTGGA
GGCTTTGTCTAAGTTGAATGTGAATGAGTCAGGAGCTGATGAAGACAAGTATGAGCTGGA
TCCGACCTCCTGTTTGATGTGTGAGAAGAAGCATAAGAGTTTAGAGAGCTGTATGGTTCA
CATGCATAAGCAC
A

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1E480JQ 765 0 0
TTGATGTGTGAGAAGAAGCATAAGAGTTTAGAGAGCTGTATGGTTCACATGCATAAGCAC
CATGGTTTCTTCGTTCCGGATGTTGAGTATCTAAAAGATCCAGAAGGGCTTCTCACTTAC
CTCGGTCTTAAGGTCAAGAGAGACTTCATGTGTCTCTACTGCAGTGAGCTCTGCCATGCG
TTCAGCAGCTTAGAAGCTGTAAGAAAGCATATGGAAGCAAAGAGTCATTGCAAATTGCAT
CATGGTGATGGTGATGACGAGGAAGATGCTGAGCTAGAAGAGTTCTACGACTACAGCAGC
AGCTATGTTGATGAAACTGGAGACCAGATAGTCGTGGCTGGCGAAACAGACAACGCTGTA
GAACTCGTTGGTGGTTCCGAGCTCGTGATCACCGAGAGAACTGAGAACACAACAACGTCC
AGGACTCTAGGGTCCCGTGAATTCATGCGTTACTATAGACAGAAGCCTCGCCCAAGTTCT
CAGAACAGTAACCAGATTGTTGCCTCTCTATCTTCAAGGTACAAGAGCCTTGGTCTGAAG
ACGGTGCCAACGAAAGAGGATAGAGTGAAGAGGAAAGCGCTCAAGGAGATGAACAAGAGA
GGCGAGACAATGCGTACCAAGATGGCAATGAAGAGTAATGTCATAAGAAACTTGCCCAAT
AACGTCCCATATTAGTCTCTCTCTCTGCTTCTCCTTTTGAATTGTGTGGACTGTTCCATG
TACTTTGACAAAGTTGAATGTTTGTGATAATAAGGCTGAGCTTTT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL5030Contig1 969 2 6 U
GGGAGAGAGACAAGGAAGAGGAAGAGGAGAAAGATGAACAAGAAGGAGATCTTCAAGCTA
GCAAAGGGTTTCAGGGGAAGAGCGAAGAATTGCATAAGAATCGCGAGGGAGAGAGTGGAG
AAAGCTCTTCAGTACTCTTACAGAGACAGGCGCAACAAGAAACGTGAGATGCGAGGTCTC
TGGATCGAGCGTATCAACGCCGGCTCTCGTCAGCACGGTGTACTGTTCTTCTTTTCAATC
CTTTTTAGCCTCAAATGAATGCTTCCGTTGACTGACTAGAATCCCTTTGATTCCATTTCG
TTCTAGCTGCGGCTGATTAGTGTAGAAATGAGACCCTTTGAGATTGTAAAAATGCAAAAT
CTAGATCAAATCATTTTAGGGTTTATGACGATGATTACAACCACAAGTTGTAGCTTGATT
TCTGGACAGAACAATCACGTTTGTAGTTTTGTTTCTCGATGTTTTTTTTTATTGCAGTGG
TTCTCTGTGTTTGCATCCACGTGGAAATAGAAGTTATTGTGTATAACTAGAAAGAAGATC
GATAGAACTTAAGGGCATTTCAGATTTTGCTTGTGAAGAAAATTTCTGGAATCTCTTAAC
ATTTTAAAGCCTTGAAACAGGTGAACTACGGTAACTTTATCCACGGACTGATGAAGGAGA
ACATCCAGCTGAACCGTAAAGTCCTCTCTGAGTTGTCTATGCACGAACCTTACAGCTTCA
AAGCACTCGTTGACGTCTCCCGCAACTCCTTCCCTGGTAACAAGAACGTTGTCCAAGCCC
CTCGGAAAGTAGACATTTCTTCCATTAATGCCTAGTTATTATGAACATGTCTCTCCTTTC
TTGTTCTCTTTCAAACAATAACACATACCGTTTAGTTATTTGTTTGAATCACATGAACAC
AAACAAGAGCTTCACAATCTTTGAGCCAATGTATTTCTGTCTTCTTATTTCGTTTACCAG
TTCTAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED24TF U 1
AF RR1ED24JQ C 300
BS 1 656 RR1ED24TF
BS 657 657 RR1ED24JQ
BS 658 753 RR1ED24TF
BS 754 754 RR1ED24JQ
BS 755 786 RR1ED24TF
BS 787 969 RR1ED24JQ

RD RR1ED24TF 786 0 0
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GCAAAGGGTTTCAGGGGAAGAGCGAAGAATTGCATAAGAATCGCGAGGGAGAGAGTGGAG
AAAGCTCTTCAGTACTCTTACAGAGACAGGCGCAACAAGAAACGTGAGATGCGAGGTCTC
TGGATCGAGCGTATCAACGCCGGCTCTCGTCAGCACGGTGTACTGTTCTTCTTTTCAATC
CTTTTTAGCCTCAAATGAATGCTTCCGTTGACTGACTAGAATCCCTTTGATTCCATTTCG
TTCTAGCTGCGGCTGATTAGTGTAGAAATGAGACCCTTTGAGATTGTAAAAATGCAAAAT
CTAGATCAAATCATTTTAGGGTTTATGACGATGATTACAACCACAAGTTGTAGCTTGATT
TCTGGACAGAACAATCACGTTTGTAGTTTTGTTTCTCGATGTTTTTTTTTATTGCAGTGG
TTCTCTGTGTTTGCATCCACGTGGAAATAGAAGTTATTGTGTATAACTAGAAAGAAGATC
GATAGAACTTAAGGGCATTTCAGATTTTGCTTGTGAAGAAAATTTCTGGAATCTCTTAAC
ATTTTAAAGCCTTGAAACAGGTGAACTACGGTAACTTTATCCACGGACTGATGAAG*AGA
ACATCCAGCTGAACCGTAAAGTCCTCTCTGAGTTGTCTATGCACGAACCTTACAGCTTCA
AAGCACTCGTTGACGTCTCCCGCAACTCCTTCC*TGGTAACAAGAACGTTGTCCAAGCCC
CTCGGA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1ED24JQ 670 0 0
GTTCTAGCTGCGGCTGATTAGTGTAGAAATGAGACCCTTTGAGATTGTAAAAATGCAAAA
TCTAGATCAAATCATTTTAGGGTTTATGACGATGATTACAACCACAAGTTGTAGCTTGAT
TTCTGGACAGAACAATCACGTTTGTAGTTTTGTTTCTCGATGTTTTTTTTTATTGCAGTG
GTTCTCTGTGTTTGCATCCACGTGGAAATAGAAGTTATTGTGTATAACTAGAAAGAAGAT
CGATAGAACTTAAGGGCATTTCAGATTTTGCTTGTGAAGAAAATTTCTGGAATCTCTTAA
CATTTTAAAGCCTTGAAACAGGTGAACTACGGTAACTTTATCCACGGACTGATGAAGGAG
AACATCCAGCTGAACCGTAAAGTCCTCTCTGAGTTGTCTATGCACGAACCTTACAGCTTC
AAAGCACTCGTTGACGTCTCCCGCAACTCCTTCCCTGGTAACAAGAACGTTGTCCAAGCC
CCTCGGAAAGTAGACATTTCTTCCATTAATGCCTAGTTATTATGAACATGTCTCTCCTTT
CTTGTTCTCTTTCAAACAATAACACATACCGTTTAGTTATTTGTTTGAATCACATGAACA
CAAACAAGAGCTTCACAATCTTTGAGCCAATGTATTTCTGTCTTCTTATTTCGTTTACCA
GTTCTAAATC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL5031Contig1 1235 2 6 U
GGGAATAATAAAAATAATTAAGCAAAAAATTCTTTTTTTGTATCAAATCAAATAAAAACC
CTAAAATTGAAGAAATAATTGTTGAGATCGCCGTTTGGATCGGGTTTCTATGAACCCATC
AGAAAACTAAAAAAAAAAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAACCAAACCGAGAGTTTCTCTCCT
GTTACTTTCGACGCTTCCAACCTCTTACCTATGTCCGAATGAAATCATCAATTACGAACA
AGGAATGACGAGTAGCTCGTCATCTAAGAAACAAGCTCAAGATCCGCCTGAATCCTCCGA
GCCCACTTTGAAATCCCTCAGAACTAAGATGACCAAATCCGACGAAAAGAAGAAGCTTAA
AGACATTGAGATAAGCGTTCCACTTGTCTATGGTAACATTGCTTTCTGGCTCGGCAAGAA
GGCTAGCGAATACCAATCTCACAAATGGGCTGTATATGTTCGTGGGGCAACAAACGAAGA
CATCAGTGTTGTAATCAAGAAAGTCGTCTTTCAGCTTCATTCTAGTTTCAACAACCCAAC
AAGAGTCATCGAGGAGCCTCCTTTCGAGGTGTCCGAATCTGGCTGGGGAGAATTCGAGAT
TGCTATCACATTGCATTTCCACAGCGACGTCTGTGACAAGCCATTGAGTTTATATCATCA
CTTGAAGTTATACCCAGAAGATGAATCACGTCCTTTGACAATGAAGAAGCCTGTGGTTGT
CGAACACTACGACGAGATTGTGTTTCCTGACCCTTCTGAAAGTTTTCTTGCTAGGGTTCA
GAATCACCCTGCTTTGACGTTTCCTAGATTACCTTCTGGTTACAACTTGCCTGCTCCTAT
GCAAGTTGATGATAACGGGAAAAAGAAGAGAGGTGATACTAAAGATCATAGCTTGGGACA
ATGGTTCACGAGCTTCTCTGAAGCCGATGAGTTGTTACAGCTTGCGGCTGCTCGTCAACA
GGTTCAAGCTCATATTGCTAAACTTAGGCGACAAATAAGCTTGCTAGAGGGACAGAATCA
GACCATCAAAACAGGTTCTGATCCGTGAAGCTGTAGCCAGTTTCCATTGGTGGAGTGGGA
GATTGGTTTTGTTGTAACATTAATGTGTATCAGTATTATTAGCGTAGCGCTTTTTTTTAC
CAGTCTTGATACATTCTCTCTACGAATCAGTTTGCTCGGACTGTTGACTAACTAGGGGTG
GCCTTTGAGTGTTTAACATTCTCGGGTTTTACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FP39TF U 1
AF RR1FP39JQ C 436
BS 1 700 RR1FP39TF
BS 701 701 RR1FP39JQ
BS 702 752 RR1FP39TF
BS 753 753 RR1FP39JQ
BS 754 765 RR1FP39TF
BS 766 1235 RR1FP39JQ

RD RR1FP39TF 769 0 0
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CTAAAATTGAAGAAATAATTGTTGAGATCGCCGTTTGGATCGGGTTTCTATGAACCCATC
AGAAAACTAAAAAAAAAAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAACCAAACCGAGAGTTTCTCTCCT
GTTACTTTCGACGCTTCCAACCTCTTACCTATGTCCGAATGAAATCATCAATTACGAACA
AGGAATGACGAGTAGCTCGTCATCTAAGAAACAAGCTCAAGATCCGCCTGAATCCTCCGA
GCCCACTTTGAAATCCCTCAGAACTAAGATGACCAAATCCGACGAAAAGAAGAAGCTTAA
AGACATTGAGATAAGCGTTCCACTTGTCTATGGTAACATTGCTTTCTGGCTCGGCAAGAA
GGCTAGCGAATACCAATCTCACAAATGGGCTGTATATGTTCGTGGGGCAACAAACGAAGA
CATCAGTGTTGTAATCAAGAAAGTCGTCTTTCAGCTTCATTCTAGTTTCAACAACCCAAC
AAGAGTCATCGAGGAGCCTCCTTTCGAGGTGTCCGAATCTGGCTGGGGAGAATTCGAGAT
TGCTATCACATTGCATTTCCACAGCGACGTCTGTGACAAGCCATTGAGTTTATATCATCA
CTTGAAGTTATACCCAGAAGATGAATCACGTCCTTTGACA*TGAAGAAGCCTGTGGTTGT
CGAACACTACGACGAGATTGTGTTTCCTGACC*TTCTGAAAGTTT
CTTG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1FP39JQ 800 0 0
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CAAGAAAGTCGTCTTTCAGCTTCATTCTAGTTTCAACAACCCAACAAGAGTCATCGAGGA
GCCTCCTTTCGAGGTGTCCGAATCTGGCTGGGGAGAATTCGAGATTGCTATCACATTGCA
TTTCCACAGCGACGTCTGTGACAAGCCATTGAGTTTATATCATCACTTGAAGTTATACCC
AGAAGATGAATCAGGTCCTTTGACAATGAAGAAGCCTGTGGTTGTCGAACACTACGACGA
GATTGTGTTTCCTGACCCTTCTGAAAGTTTTCTTGCTAGGGTTCAGAATCACCCTGCTTT
GACGTTTCCTAGATTACCTTCTGGTTACAACTTGCCTGCTCCTATGCAAGTTGATGATAA
CGGGAAAAAGAAGAGAGGTGATACTAAAGATCATAGCTTGGGACAATGGTTCACGAGCTT
CTCTGAAGCCGATGAGTTGTTACAGCTTGCGGCTGCTCGTCAACAGGTTCAAGCTCATAT
TGCTAAACTTAGGCGACAAATAAGCTTGCTAGAGGGACAGAATCAGACCATCAAAACAGG
TTCTGATCCGTGAAGCTGTAGCCAGTTTCCATTGGTGGAGTGGGAGATTGGTTTTGTTGT
AACATTAATGTGTATCAGTATTATTAGCGTAGCGCTTTTTTTTACCAGTCTTGATACATT
CTCTCTACGAATCAGTTTGCTCGGACTGTTGACTAACTAGGGGTGGCCTTTGAGTGTTTA
ACATTCTCGGGTTTTACATG

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL5032Contig1 478 2 1 U
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GGGGGTTGATAAGATCAGTAAGTTTGTGCAACATAGATTGTTTCAAGCCTACAGCAACAG
CTAAGTGAATGAATAATTGGTAGAAGAAACACAGACACATGTACACAAAACATTGTTTGG
TTTTGGTTTGTTTTATCTCTTTCCACTTAACGTCCTCATGTGTTTTGGAATGTAACATGT
CAATGTCTGATCACTGTCCCATTTACTCGATTCAAATAGCTTTGATTTGGTTGTTGAT


BQ
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AF RR1E606JQ C 1
AF RR1E606TF U 1
BS 1 478 RR1E606TF

RD RR1E606JQ 478 0 0
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GAGAGAAATCAAGAACTAGTATGGATCAAAGAGAGATGCCGAAGCTGATGATTACAGAGA
GTAAAGATAAAGGGAGACCGAGCGTTGATAAGAGAGAGAGAACGAGGAAAAGTGTTGATG
GTAATGCCGCTGAACAGCAAATACAAACAGAGAAAGCCAGGAATAGCATTGACAGGTTTG
GGGGGTTGATAAGATCAGTAAGTTTGTGCAACATAGATTGTTTCAAGCCTACAGCAACAG
CTAAGTGAATGAATAATTGGTAGAAGAAACACAGACACATGTACACAAAACATTGTTTGG
TTTTGGTTTGTTTTATCTCTTTCCACTTAACGTCCTCATGTGTTTTGGAATGTAACATGT
CAATGTCTGATCACTGTCCCATTTACTCGATTCAAATAGCTTTGATTTGGTTGTTGAT

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR1E606TF 478 0 0
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GAGAGAAATCAAGAACTAGTATGGATCAAAGAGAGATGCCGAAGCTGATGATTACAGAGA
GTAAAGATAAAGGGAGACCGAGCGTTGATAAGAGAGAGAGAACGAGGAAAAGTGTTGATG
GTAATGCCGCTGAACAGCAAATACAAACAGAGAAAGCCAGGAATAGCATTGACAGGTTTG
GGGGGTTGATAAGATCAGTAAGTTTGTGCAACATAGATTGTTTCAAGCCTACAGCAACAG
CTAAGTGAATGAATAATTGGTAGAAGAAACACAGACACATGTACACAAAACATTGTTTGG
TTTTGGTTTGTTTTATCTCTTTCCACTTAACGTCCTCATGTGTTTTGGAATGTAACATGT
CAATGTCTGATCACTGTCCCATTTACTCGATTCAAATAGCTTTGATTTGGTTGTTGAT

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL5033Contig1 564 2 4 U
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AAGGGAAGGGAAGAAAGGAGGAGATCGTTACCAGGGAGTACACTATCAACCTCTACAGGC
GCCTTCATAGCTGCACATTCAAGAAGAAGGCACCCAATGCAATCAAAGAGATCAGGAAGT
TTGCATTGAAAGCTATGGGAACCAAGGATGTTAGAGTCGATGTTAAGCTCAACAAACAGA
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GCTGAAGGATTGTCTGGTTTGGGCACCAAGGTCATTGAAGAAGACGAGTGAAGACACAAA
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AAGACAGAAAGAGAAAGAGGAGAGACTTTGCTTGTTTTGATCACTTGCCTATTTTGATAA
TTTAATTCTTAAGTTTTAAGTTGG


BQ
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AF RR1HA31TF U 1
AF RR1CP59TF U 291
BS 1 522 RR1HA31TF
BS 523 523 RR1CP59TF
BS 524 561 RR1HA31TF
BS 562 564 RR1CP59TF

RD RR1HA31TF 561 0 0
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TTGCATTGAAAGCTATGGGAACCAAGGATGTTAGAGTCGATGTTAAGCTCAACAAACAGA
TCGAGCAAAGGTATCCGTGGTCCCCCTAGGAGAATCAGAGTCCGCGTCGCCCGTAAGAGG
AACGATGATGAAGATGCCAAGGAGGAGTTCTACTCTCTTGTTACCGTCGCTGAGATCCCG
GCTGAAGGATTGTCTGGTTTGGGCACCAAGGTCATTGAAGAAGACGAGTGAAGACACAAA
CCCTTATCCTTCAAATATTGTTTCTGCTTTTTTTTTTTTTAATTTGAAGTCTTTAGAAGA
AAGACAGAAAGAGAAAGAGGAGAGACTTTGCTTGTTTTGATCGCTTGCCTATTTTGATAA
TTTAATTCTTAAGTTTTAAGT

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1CP59TF 274 0 0
G
CGTAAGAGGAACGATGATGAATATGCCAAGGAGGAGTTCTACTCTCTTGTTACCGTCGCT
GAGATCCCGGCTGAAGGATTGTCTGGTTTGGGCACCAAGGTCATTGAAGAAGACGAGTGA
AGACACAAACCCTTATCCTTCAAATATTGTTTCTGCTTTTTTTTTTTTTAATTTGAAGTC
TTTAGAAGAAAGACAGAAAGAGAAAGAGGAGAGACTTTGCTTGTTTTGATCACTTGCCTA
TTTTGATAATTTAATTCTTAAGTTTTAAGTTGG

QA 2 274 2 274
DS 



AS 1 2

CO CL5034Contig1 1110 2 4 U
GGATGAAGAGAAGAGATATAATCGTGTGAGTTCGATAGAAGAAGCGTTAAAGGCGGTTAT
AGAGAAGTGTGTCAATAATAATGATGAAAATAATGATAACAATAACTTGGAGAAATCATC
GTCGGGGAGTATAAAGAGGCAAAGGACTAGTAAGATGGCAAATCGATGTTACAAGTAGTT
AATAACTCCATAAAATGATTGTTTATATCATTAAGTCATTAATTAACTAATTAGGGTTAG
TTAATTGGACTTGCAAAATGGGTTTACGGGTTGGTGGTCTTAATATTAGTATGTTTTTGG
GGATTTTAAATATTTTAAATGTGGTTTGGGTTTCTTCTTCTATGTTTTTTAATTTATGGA
CCCTTTATTTAGGGTTTGGTTTATATATTGTACTATAATTAAGACATTTTCTGGTCTTGA
TTAATGATATAGGTTATGTAAAGAGTTTGGGTTTGTATCAGTAGAGTGGAATCAAGAAGA
TTTTATTTCATTATGATCTTGATGTGTACTATATGCAACTATTTTTGACTAGTTTAGCAA
AAAAAAAAGAAAAAATTATTTTTGACTGATACTATATGCAACTATTTTTGACTAATACAG
TATGCAACTTAACATTATCGTTTTCTAATTGTCAATTGCTTTCTATTATTGCTAATATAA
GAGGACTCATTTATATATGAATTTTCTATAGTCTGTAATGACAGAAAATTCTCTTTGCAT
ATCCGTTGCTAAATTTCTGATGACCATAAAAATAATGTCGTAATCAAAATTTAAATCTGC
ATGGGAAAAAAATCGTCTCTACACTAATATTTATCTGCAATTTGCTAACACCGACTAATA
CACAGCTTTGACTTCATATATATGTAGTAAATGTTACATTTCCTAAATCAGATTGAGGTA
GAGAGTACCTAGTATAACAAGTGATTTGGAGAGGAGTAAATAGAATCTTTTTCGTGGGAA
GTGAAGACTCAGATCTTTGTTCTATTTATGGAAACTCTTGTGAGCTTTAGTTTCGGGATC
TTTGCAATGTTGTCCCTTTCACCGTTACAGATCCTCTCTTCTTCTTACGTTATTTATTAT
TACTACAGATCAGTTGATACCACAGTGTCC


BQ
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AF RR1EB49TF U 1
AF RR1EB49JQ C 428
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AATAACTCCATAAAATGATTGTTTATATCATTAAGTCATTAATTAACTAATTAGGGTTAG
TTAATTGGACTTGCAAAATGGGTTTACGGGTTGGTGGTCTTAATATTAGTATGTTTTTGG
GGATTTTAAATATTTTAAATGTGGTTTGGGTTTCTTCTTCTATGTTTTTTAATTTATGGA
CCCTTTATTTAGGGTTTGGTTTATATATTGTACTATAATTAAGACATTTTCTGGTCTTGA
TTAATGATATAGGTTATGTAAAGAGTTTGGGTTTGTATCAGTAGAGTGGAATCAAGAAGA
TTTTATTTCATTATGATCTTGATGTGTACTATATGCAACTATTTTTGACTAGTTTAGCAA
AAAAAAAAGAAAAAATTATTTTTGACTGATACTATATGCAACTATTTTTGACTAATACAG
TATGCAACTTAACATTATCGTTTTCTAATTGTCAATTGCTTTCTATTATTGCTAATATAA
GAGGACTCATTTATATATGAATTTTCTATAGTCTGTAATGACAGAAA*TTCTCTTTGCAT
ATCCGTTGCTAAATTTCTGATGAC
A

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1EB49JQ 683 0 0
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TCATTATGATCTTGATGTGTACTATATGCAACTATTTTTGACTAGTTTAGCAAAAAAAAA
AGAAAAAATTATTTTTGACTGATACTATATGCAACTATTTTTGACTAATACAGTATGCAA
CTTAACATTATCGTTTTCTAATTGTCAATTGCTTTCTATTATTGCTAATATAAGAGGACT
CATTTATATATGAATTTTCTATAGTCTGTAATGACAGAAAATTCTCTTTGCATATCCGTT
GCTAAATTTCTGATGACCATAAAAATAATGTCGTAATCAAAATTTAAATCTGCATGGGAA
AAAAATCGTCTCTACACTAATATTTATCTGCAATTTGCTAACACCGACTAATACACAGCT
TTGACTTCATATATATGTAGTAAATGTTACATTTCCTAAATCAGATTGAGGTAGAGAGTA
CCTAGTATAACAAGTGATTTGGAGAGGAGTAAATAGAATCTTTTTCGTGGGAAGTGAAGA
CTCAGATCTTTGTTCTATTTATGGAAACTCTTGTGAGCTTTAGTTTCGGGATCTTTGCAA
TGTTGTCCCTTTCACCGTTACAGATCCTCTCTTCTTCTTACGTTATTTATTATTACTACA
GATCAGTTGATACCACAGTGTCC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

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TCTATTTCGATATTATTTGCTCTTTTGTTGGCCTTTACCTGGCTCGGCTAATTTCTCTAC
CTGGCTGTAGTAATAATTTGTGGGGATGATACACATTGTTAAGTCCAAAGCTTTCTCG


BQ
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AF RR1AF55JQ C 1
AF RR1AF55TF U 1
BS 1 478 RR1AF55TF

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GGCATGGCCAAGAACCGCTGGTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTT
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TCTATTTCGATATTATTTGCTCTTTTGTTGGCCTTTACCTGGCTCGGCTAATTTCTCTAC
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QA 1 478 1 478
DS 

RD RR1AF55TF 478 0 0
GGAGTTGGGAAAGATTCTTCTCCGACGCGCCTCCTTGTCCTCGCTTCGTCGTCTGTGAAT
CGATTCAGGTTAAGAAGTAGTAATGTCACGAGCCACTTACATAGTCGGTGCCCTTGCGGG
ATCTGCTGTAGTAGCCTACATCTGTGACAAAGTCATTTCTGATGATAAGATTTTCGGAGG
CGGTACACCGGGAACTATAACTAACAAGGCATGGGGTGTTGCGACTGAATAGAGGCTCCA
GGCATGGCCAAGAACCGCTGGTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTT
CATCGTCAAGTCACGCCCTGAATAAACTGCTTCCCTTCTCTCCCACCATTCCTTATGGAT
TCTATTTCGATATTATTTGCTCTTTTGTTGGCCTTTACCTGGCTCGGCTAATTTCTCTAC
CTGGCTGTAGTAATAATTTGTGGGGATGATACACATTGTTAAGTCCAAAGCTTTCTCG

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL5036Contig1 823 2 2 U
AGGGATTCATTATTCACCAACACACTTTTCTTCTTTCACAGCACTCTGATCTCTCTCTCT
CTCTGTTACGACTCATCTCCGAGTTTTTGTTGTGTGTTTTCAACTTCAAGGAAGAAGATG
GAAACAAGAGCACTCAATGTCGAGATCAGTTCACAGGTAACGCCTCAAGGTCTGTCCTTA
GGGTTATTAAACTCTGTCTTCATCAGTCAGCGTCGGGAGATCCAAGAATTTCTCGTAGAC
GAGAGTGATGATGGTAACATCACGAGTCTCGGCACTTACCTCGATTCTTCTTATTTTCCC
GACATGCTATCGCTTCTCAGGCTCAAAGACTTTGAACCAACCACCGTTCATCAAGAAATC
AAGAAACGCTTCAACGAACCTGTCTTGTCCCGACTTGTCACCGACCAGATTGTTCTCGAA
TCCCAACGGAAAGACTTGCCCAAGGACCCTTGTTGATCACGGTATTCCTCAAATTTACAA
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TAGGAAAAGGTTTCGAGTAATGACCCGTGTCTTGCAAGTCTAATTAGGGCATTCTTTAAT
TGTCTCAATTAGGGTTTCTTTCAATTCTCTTTTTTTTCTGTAC


BQ
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AF RR1CY38TF U 1
AF RR1CY38JQ C 480
BS 1 720 RR1CY38TF
BS 721 823 RR1CY38JQ

RD RR1CY38TF 724 0 0
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CTCTGTTACGACTCATCTCCGAGTTTTTGTTGTGTGTTTTCAACTTCAAGGAAGAAGATG
GAAACAAGAGCACTCAATGTCGAGATCAGTTCACAGGTAACGCCTCAAGGTCTGTCCTTA
GGGTTATTAAACTCTGTCTTCATCAGTCAGCGTCGGGAGATCCAAGAATTTCTCGTAGAC
GAGAGTGATGATGGTAACATCACGAGTCTCGGCACTTACCTCGATTCTTCTTATTTTCCC
GACATGCTATCGCTTCTCAGGCTCAAAGACTTTGAACCAACCACCGTTCATCAAGAAATC
AAGAAACGCTTCAACGAACCTGTCTTGTCCCGACTTGTCACCGACCAGATTGTTCTCGAA
TCCCAACGGAAAGACTTGCCCAAGGACCCTTGTTGATCACGGTATTCCTCAAATTTACAA
AGAAAGAGTACTTCGTGGCGCCTTTTAGTTCTGCTCCTACGACAGCGAAAGTAGAAGGAT
CTTGTGCGATTTGTCTAGAGGAGATGTCGGAACAAGAAGCCCTATGCCAACCGCCTGGAT
GCGTGCATATGTTTCATGAAGATTGCTTGACCCATTGGTTGGATCGACATGACTCTTGTC
CTCTCTGTCGCCAGTCCACAAACCCTTTAACCAACGAACCCAGTGAAGCTTTGAAGAAGT
AGGA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1CY38JQ 344 0 0
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TCTTGTGCGATTTGTCTAGAGGAGATGTCGGAACAAGAAGCCCTATGCCAACCGCCTGGA
TGCGTGCATATGTTTCATGAAGATTGCTTGACCCATTGGTTGGATCGACATGACTCTTGT
CCTCTCTGTCGCCAGTCCACAAACCCTTTAACCAACGAACCCAGTGAAGCTTTGAAGAAG
TTAGGAAAAGGTTTCGAGTAATGACCCGTGTCTTGCAAGTCTAATTAGGGCATTCTTTAA
TTGTCTCAATTAGGGTTTCTTTCAATTCTCTTTTTTTTCTGTAC

QA 1 344 1 344
DS 



AS 1 2

CO CL5037Contig1 923 2 2 U
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GAATCTCCTTTCTTCTTTGCTGATATCACAGATTGTCAAACTCTGGTAGCGGAGTGCTTG
ACACTTTTCTTTTAACATATTTCATTGGAGGAAAAAGTGGATCGTAGAGACGTTCAGTTG
AAAACATGCAAAATGCCGAAAGAAATAGTATACCAGATGGAAACATGTAATCTCAATCCC
TTCAGTTGGAAAAGCCTTCAATATTGGAGATAGTTGTTGAGGTTTTCAGACCCTAAAGCT
ACTATAACTAGTTCACTTCACTGTAAATAAACTGGATCATAATGTCTTAACCGGTATAAT
CTATATTTATGTATTTATCCATAATAACCCTAAAAATCCCAGAAATTTTTTTTCTTCTCT
GACTGCTCAACGCTCATTAGAGCTATCTCAAGCAAATCCCAGATCAAAGAGATCTTTGGT
ATCCTCAAAGATATCGATCAAATCTTTTCTTCTTTTGGATGTTCTCGTTTTTTTCACATC
TCTCGTTCTTTGAATAAAAACGCTGGTTATCTCGCAAAACATGCTCTTATAGAACATCTT
CAATCGGATTGTTTATGGGGGTGCTAAGGGATGGGCTCCACCAAAAAAGAGGAAGCAGCG
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TGGTGGTCCACAATTAGTTTTTTTCTATTTTTTTATTCTAGTCAGATAAATAAAAAATTA
AAAAATAAGCAATTCTGTAATGGGATGTTGTGTTAACGATGCTCTTAAGGCTTTCTCAAT
TTCTGCTTCCCCTTGTAACCTCATGTTGGGCTAGCCCGTTTAGGGCCAGACCTTTTTTCT
TTATTTAATATCAAATGTTGCAC


BQ
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AF RR1CI03TF U 1
AF RR1CI03JQ C 126
BS 1 645 RR1CI03TF
BS 646 923 RR1CI03JQ

RD RR1CI03TF 645 0 0
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ACACTTTTCTTTTAACATATTTCATTGGAGGAAAAAGTGGATCGTAGAGACGTTCAGTTG
AAAACATGCAAAATGCCGAAAGAAATAGTATACCAGATGGAAACATGTAATCTCAATCCC
TTCAGTTGGAAAAGCCTTCAATATTGGAGATAGTTGTTGAGGTTTTCAGACCCTAAAGCT
ACTATAACTAGTTCACTTCACTGTAAATAAACTGGATCATAATGTCTTAACCGGTATAAT
CTATATTTATGTATTTATCCATAATAACCCTAAAAATCCCAGAAATTTTTTTTCTTCTCT
GACTGCTCAACGCTCATTAGAGCTATCTCAAGCAAATCCCAGATCAAAGAGATCTTTGGT
ATCCTCAAAGATATCGATCAAATCTTTTCTTCTTTTGGATGTTCTCGTTTTTTTCACATC
TCTCGTTCTTTGAATAAAAACGCTGGTTATCTCGCAAAACATGCTCTTATAGAACATCTT
CAATCGGATTGTTTATGGGGGTGCTAAGGGATGGGCTCCACCAAA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1CI03JQ 798 0 0
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AACTAGTTCACTTCACTGTAAATAAACTGGATCATAATGTCTTAACCGGTATAATCTATA
TTTATGTATTTATCCATAATAACCCTAAAAATCCCAGAAATTTTTTTTCTTCTCTGACTG
CTCAACGCTCATTAGAGCTATCTCAAGCAAATCCCAGATCAAAGAGATCTTTGGTATCCT
CAAAGATATCGATCAAATCTTTTCTTCTTTTGGATGTTCTCGTTTTTTTCACATCTCTCG
TTCTTTGAATAAAAACGCTGGTTATCTCGCAAAACATGCTCTTATAGAACATCTTCAATC
GGATTGTTTATGGGGGTGCTAAGGGATGGGCTCCACCAAAAAAGAGGAAGCAGCGGTGCA
AAGTGTGCTTAATTAAGCACCGAGGCTTGTACTATTTCGTGGGTTTCATGATATGTGGTG
GTCCACAATTAGTTTTTTTCTATTTTTTTATTCTAGTCAGATAAATAAAAAATTAAAAAA
TAAGCAATTCTGTAATGGGATGTTGTGTTAACGATGCTCTTAAGGCTTTCTCAATTTCTG
CTTCCCCTTGTAACCTCATGTTGGGCTAGCCCGTTTAGGGCCAGACCTTTTTTCTTTATT
TAATATCAAATGTTGCAC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL5038Contig1 910 2 2 U
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TTGCGATCTAGACATGTATTGGCCAGAAAATTATCAATCGCAGTCGTCGTCGATTATGTC
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AGTGTCCCTCGTTTCAAAGTACTTCCGTTCGCTCGTTTCTTCGCCTGAGATATACGAAAG
ACGATCTTCGCTAGGCTGCACTGAACATTGTCTCTATGTTGTCCTCTTTGACTGGGACGA
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CTTGGTCCTAATCCCAGGGCTTCCTGATATGCCTCGTGATGGAAGCTATGTAGCGGTGGG
TTCGAGGATATATGTGTTTTGTGGGTCGATGACATCGAGTGCTTTCTTCATCGACTGTGC
ATCATCCCACACTGTGCAGCATCTCCCGAGGATGCCTGTCCCCATGTCTGAGGTAGTCGC
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GGTGTTCGACACAGAAACACAAACGTGGGAAAGTCCGATGACAGTGCCAGGGATGAAGAT
ACATGATGCTTTCCTGGTGGTGATGGCTGGTAAGATGTACATGAAGAATTTTTGGAATAG
CTTTGTTTACGACCCAAAGGAAATCAAATGGGAAACGGACGAGGTGCTGGGCTCCAAGTA
TTGGGGTGAGAAGGCTTGTGTTGTCGATGATGTTTTGTACTACCACTCTTGGTTTGACAA
GGAATTGAGAGCGTATGATCCACAGCACAAGTGTTGGGAATTAATGAACGGTTTAGTTAA
TCCTTGATAC


BQ
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DS 



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BQ
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AF RR1C490JQ C 1
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QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FC16TF U 1
AF RR1FC16JQ C 310
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QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1FC16JQ 553 0 0
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GGTTCAAAACTCACATGATGTTTACAAAATGACTGGAGAAACCGGGAGCTACCGGTATAT
GGCTCCTGAAGTATTCAAGCATAGAAAATACGACAAGAAAGTGGACGTTTTCCCCTTTGC
AATGATACTTTACGAGATGCTAGAAGGAGAGCCACCATTTGCGAACTACGAGCCGTATGA
AGCGGCCAAACATGTATCAGATGGACACAGACCTACTTTCCGTTCCAAAGGATGCACACC
TGATTTAAGAGAGTTAATAGTGAAATGCTGGGACGCAGACATGAACCAGAGACCATCGTT
TTTGGACATTTTCAAGAGACTTGACAAGATCAAGGAAACTCTGCCATCAGATCATCATTG
GGGCTTATTCACTTCATAATACACAAAAAATCCTTTTCCTGAAAACAAGAAAGTGACATT
CTGTTTGCTTATTATTATTATTATTTTATGTTAAAACATTGTTTATTTTCATTTGTTTCA
CAGTAAACGACTT

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

CO CL5041Contig1 530 2 8 U
GGAAGGAGAAAGTTGTTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAATAG
TGAAGAGCTCCGTCTCCCTGTTGTTGGGCACTGCTTTCGGAGTCTACTTGGCTCAGAATT
ACAGCGTTCCCAACATCAGGAAGCTCACCAACACCAGTCTCGTCGTCGCCAAGCACATCG
AGGAGAACTATCGCAAGCCCAAGAAGGACGACGTTGAATGATTAGAGACAGGGAGAGGAG
AATGGAGATGGTGGCTCGAAGCATGGTTTGGTCGGAGAGATTATTGATTTGATTTTTCTC
ACTAGGAAGTTGATTTAACTTCTAATGTAATTTGACACATTCTGGATCCATTGAAGTTTA
TCAGTGGGACTTGTGGTGTTGTTTAAATTCTTGTTTTATCACTGTCATTATACTGGCTAA
ACCCAGCAATGTACATGTCATTATCATATACTTTCTTTGGCAATATGTAATAACCACAAA
CCCCTGCTAATATCTTGTTTGATTAAATGATTATAGTTTTTTTTTCGTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DF28TF U 1
AF RR1DF28JQ C 1
BS 1 271 RR1DF28TF
BS 272 272 RR1DF28JQ
BS 273 310 RR1DF28TF
BS 311 311 RR1DF28JQ
BS 312 327 RR1DF28TF
BS 328 328 RR1DF28JQ
BS 329 346 RR1DF28TF
BS 347 530 RR1DF28JQ

RD RR1DF28TF 346 0 0
GGAAGGAGAAAGTTGTTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAATAG
TGAAGAGCTCCGTCTCCCTGTTGTTGGGCACTGCTTTCGGAGTCTACTTGGCTCAGAATT
ACAGCGTTCCCAACATCAGGAAGCTCACCAACACCAGTCTCGTCGTCGCCAAGCACATCG
AGGAGAACTATCGCAAGCCCAAGAAGGACGACGTTGAATGATTAGAGACAGGGAGAGGAG
AATGGAGATGGTGGCTCGAAGCATGGTTTGG*CGGAGAGATTATTGATTTGATTTTTCTC
ACTAGGAAGT*GATTTAACTTCTAATG*AATTTGACACATTCTGGA

QA 1 346 1 346
DS 

RD RR1DF28JQ 530 0 0
GGAAGGAGAAAGTTGTTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAATAG
TGAAGAGCTCCGTCTCCCTGTTGTTGGGCACTGCTTTCGGAGTTTACTTGGCTCAGAATT
ACAGCGTTCCCAACATCAGGAAGCTCACCAACACCAGTTTTGTTGTCGCCAAGCACATCG
AGGAGAACTATCGCAAGCCCAAGAAGGACGACGTTGAATGATTAGAGACAGGGAGAGGAG
AATGGAGATGGTGGCTCGAAGCATGGTTTGGTCGGAGAGATTATTGATTTGATTTTTCTC
ACTAGGAAGTTGATTTAACTTTTAATGTAATTTGACACATTCTGGATCCATTGAAGTTTA
TCAGTGGGACTTGTGGTGTTGTTTAAATTCTTGTTTTATCACTGTCATTATACTGGCTAA
ACCCAGCAATGTACATGTCATTATCATATACTTTCTTTGGCAATATGTAATAACCACAAA
CCCCTGCTAATATCTTGTTTGATTAAATGATTATAGTTTTTTTTTCGTCG

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 2

CO CL5042Contig1 753 2 2 U
GGTCTTCGCAAACTAATTAAGAATTATCATCTTCATTGATTCTCCTCCAAAATTACATTC
CTCTTTCCCAGAGGACAATCATATTCACACAAAACAACTTAACAAATCTTTCTTCCTCGA
GTCTTACCGTAGAAACTGAACATAAACAATGGCGAACGCGGCGTCGGGGATGGCAGTGGA
GGACAACTGCAAGCTGAAGTTTATGGAGCTAAAGAAAAGAACCTATCGGTTCATAATATT
CAGGATAGATGGGCAGCAAGTGGTGGTTGAAAAGTTAGGCAACCCGCAGGAGACTTACGA
CGATTTCACCAATTCCCTCCCTGCCGACGAGTGCCGCTATGCGGTTTTCGATTTAGATTT
TACCACCAATGAAAACTGCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCATCGCCTGGTCACCGGATTC
ATCTAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTCAAGAGATCATT
GGATGGCATTCAGGTTGAGTTACAAGCCACTGATCCTAGCGAAATGAGCTTTGACATCGT
CAAAAGCCGAGCTCTCTAGACATTTTCCTTGTATTCATCAAGCCCTTTATATATCATCTT
TCGTATTTTCTGATATTAAAAACAAAATCAAAACACTTTCCATGTTATGAATTTTCTTGG
TTAAGATCTGAATTCTTCAATGTCGTCTCTACTCCTTTTCACTTCCCTTTTGTAAACATA
TTCTTATGAAATGTTAAAAACATGTTTTCATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D431TF U 1
AF RR1D431JQ C 317
BS 1 565 RR1D431TF
BS 566 753 RR1D431JQ

RD RR1D431TF 565 0 0
GGTCTTCGCAAACTAATTAAGAATTATCATCTTCATTGATTCTCCTCCAAAATTACATTC
CTCTTTCCCAGAGGACAATCATATTCACACAAAACAACTTAACAAATCTTTCTTCCTCGA
GTCTTACCGTAGAAACTGAACATAAACAATGGCGAACGCGGCGTCGGGGATGGCAGTGGA
GGACAACTGCAAGCTGAAGTTTATGGAGCTAAAGAAAAGAACCTATCGGTTCATAATATT
CAGGATAGATGGGCAGCAAGTGGTGGTTGAAAAGTTAGGCAACCCGCAGGAGACTTACGA
CGATTTCACCAATTCCCTCCCTGCCGACGAGTGCCGCTATGCGGTTTTCGATTTAGATTT
TACCACCAATGAAAACTGCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCATCGCCTGGTCACCGGATTC
ATCTAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTCAAGAGATCATT
GGATGGCATTCAGGTTGAGTTACAAGCCACTGATCCTAGCGAAATGAGCTTTGACATCGT
CAAAAGCCGAGCTCTCTAGACATTT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1D431JQ 437 0 0
CTCCCTGCCGACGAGTGCCGCTATGCGGTTTTCGATTTAGATTTTACCACCAATGAAAAC
TGCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCATCGCCTGGTCACCGGATTCATCTAGAGTGAGGATG
AAGATGGTGTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTCAAGAGATCATTGGATGGCATTCAGGTT
GAGTTACAAGCCACTGATCCTAGCGAAATGAGCTTTGACATCGTCAAAAGCCGAGCTCTC
TAGACATTTTCCTTGTATTCATCAAGCCCTTTATATATCATCTTTCGTATTTTCTGATAT
TAAAAACAAAATCAAAACACTTTCCATGTTATGAATTTTCTTGGTTAAGATCTGAATTCT
TCAATGTCGTCTCTACTCCTTTTCACTTCCCTTTTGTAAACATATTCTTATGAAATGTTA
AAAACATGTTTTCATGC

QA 1 437 1 437
DS 



AS 1 2

CO CL5043Contig1 1190 2 2 U
GGAACCGAGAAACACAATATCTTGAACAAAAAAAAAACAAAGAACGTTTTATATTTTATC
TTTCATTTGAAAACAAGGATAGCCTCATAGTGTCGACATGGATTGCCAAGAGGAGCAACT
GGTGAAAACAATTTGCGGTCTGTACGAAAAGATCTCAAAGCTCGAAAGTCTAAAACCATC
CGAAGATGTCAACATTCTCTTCAGCCAGCTCGTTTCCACATGCATCCCACCCAACCCTAA
CATCGACGTCACCAAGATGTGTGACACAGTCCAAGAGACTCGTCAAAAACTCATCAAGAT
CTGTGGAGAAGCCGAAGGTCACCTAGAACATCATTTCTCTTCGATCTTGACGTCTTTTGA
AGACAACCCACTTCACCATTTAAACCTTTTCCCTTATTACAATAACTATATAAAACTCGG
GAAACTCGAGTTCGATCTCCTTACACAAAACCTAAACGGTCTTGTCCCAAAGACCATCGC
TTTCGTTGGATCTGGTCCTCTTCCTCTCACTTCCATCGTTCTTGCTTCATCCCATCTCAA
AGAGACAGTCTTTCACAACTTTGACATCGACGCTTCGGCCAACTCGCTCGCTTCTCTTCT
GGTTTCTTCTGATCCAGACATCTCTCAACGCATGTTCTTCCACACCGTTGATATAATGGA
TGTGACAGAGAGCTTGAAGAGCTTCGACGTCGTGTTCCTAGCAGCGCTTGTTGGGATGAA
CAAGGAGGATAAAGTTAGAGTGATCGAGCATCTTCAGAAACACATGGCCCCTGGTGCTGT
GTTCATGCTGAGGAGTGCTCATGGTCCGAGAGCGTTTCTTTATCCCATCGTTGAGCCGTC
TGATCTCGAAGGGTTCGAGGTTTTGTCCATCTATCATCCCACGGATGATGTTATCAACTC
CGTGGTGATCTCGAAAAAGCTCCCTGTTGTCTCAAATGGGAGTATTGTAGGTGGGCCCTC
GTGCTTGCTCATGTCTTGCAACTGTTCCAAGATTCATGCTATAATGAACAAGAATAAGAG
CACGATGATCGAGGGGTTGGGAGTCAGTGAGAAACAGTTTTCTTAAGAAGATGTTATTCT
AAATTCGCTGTCTTAATTATGATCCGTGTGTCTTTGTTTGTGTGTTGGTGTATTTCTCTA
TGCATTGTTCTCTGGTTTGTTATAACTTTATAAAAGTGTATTTGCTTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FC60TF U 1
AF RR1FC60JQ C 456
BS 1 717 RR1FC60TF
BS 718 1190 RR1FC60JQ

RD RR1FC60TF 717 0 0
GGAACCGAGAAACACAATATCTTGAACAAAAAAAAAACAAAGAACGTTTTATATTTTATC
TTTCATTTGAAAACAAGGATAGCCTCATAGTGTCGACATGGATTGCCAAGAGGAGCAACT
GGTGAAAACAATTTGCGGTCTGTACGAAAAGATCTCAAAGCTCGAAAGTCTAAAACCATC
CGAAGATGTCAACATTCTCTTCAGCCAGCTCGTTTCCACATGCATCCCACCCAACCCTAA
CATCGACGTCACCAAGATGTGTGACACAGTCCAAGAGACTCGTCAAAAACTCATCAAGAT
CTGTGGAGAAGCCGAAGGTCACCTAGAACATCATTTCTCTTCGATCTTGACGTCTTTTGA
AGACAACCCACTTCACCATTTAAACCTTTTCCCTTATTACAATAACTATATAAAACTCGG
GAAACTCGAGTTCGATCTCCTTACACAAAACCTAAACGGTCTTGTCCCAAAGACCATCGC
TTTCGTTGGATCTGGTCCTCTTCCTCTCACTTCCATCGTTCTTGCTTCATCCCATCTCAA
AGAGACAGTCTTTCACAACTTTGACATCGACGCTTCGGCCAACTCGCTCGCTTCTCTTCT
GGTTTCTTCTGATCCAGACATCTCTCAACGCATGTTCTTCCACACCGTTGATATAATGGA
TGTGACAGAGAGCTTGAAGAGCTTCGACGTCGTGTTCCTAGCAGCGCTTGTTGGGAT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1FC60JQ 735 0 0
ACGGTCTTGTCCCAAAGACCATCGCTTTCGTTGGATCTGGTCCTCTTCCTCTCACTTCCA
TCGTTCTTGCTTCATCCCATCTCAAAGAGACAGTCTTTCACAACTTTGACATCGACGCTT
CGGCCAACTCGCTCGCTTCTCTTCTGGTTTCTTCTGATCCAGACATCTCTCAACGCATGT
TCTTCCACACCGTTGATATAATGGATGTGACAGAGAGCTTGAAGAGCTTCGACGTCGTGT
TCCTAGCAGCGCTTGTTGGGATGAACAAGGAGGATAAAGTTAGAGTGATCGAGCATCTTC
AGAAACACATGGCCCCTGGTGCTGTGTTCATGCTGAGGAGTGCTCATGGTCCGAGAGCGT
TTCTTTATCCCATCGTTGAGCCGTCTGATCTCGAAGGGTTCGAGGTTTTGTCCATCTATC
ATCCCACGGATGATGTTATCAACTCCGTGGTGATCTCGAAAAAGCTCCCTGTTGTCTCAA
ATGGGAGTATTGTAGGTGGGCCCTCGTGCTTGCTCATGTCTTGCAACTGTTCCAAGATTC
ATGCTATAATGAACAAGAATAAGAGCACGATGATCGAGGGGTTGGGAGTCAGTGAGAAAC
AGTTTTCTTAAGAAGATGTTATTCTAAATTCGCTGTCTTAATTATGATCCGTGTGTCTTT
GTTTGTGTGTTGGTGTATTTCTCTATGCATTGTTCTCTGGTTTGTTATAACTTTATAAAA
GTGTATTTGCTTGGG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

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GAAAACAGAGGAAAGCGCTTGGGAAAATATGAAAGGCTTAGAAATGGTGGTGACGTCTTT
CCCTTCAACACCGTCTATCTTCTTCTTCTCCTTTGGAGCTGATTCTCAGCTTTCATCTTC
CAATCTCCATGGACGCATCACAATCCCTTTGGCTTCCTCTTCCTCTTCTCTACTAAACGG
ACTAAGAAGGCATCAAGATGCCAGAGGTGGAGCATTTCGTGTCCTAGCAAATCCAAATGT
ATGACCTTAGCCCCTTTTTGCCATGATAAATTAGCTTTTCCATACCAAAAAAAAGAAGAA
GAATTCACTCTCCATCTTGCTGAAATGGTAAAAAAAAAAACATTCAGGTTTAATCCTTTG
TAAGTGACTAGTAGGATGGTAAATTCTGAGGAAATTGTGAATGATTTTGCTGAGTGTCCC
ATTGAGTTTACAAGTTTCTGCCATGCTGAGTGTTCTTGTAGGGATCATCATCTCCTCCTC
CAGGGAAAGTAAAGGCCAAAAAAGAAGTAATCATGGTAGACCCTCTTGAGGCTAAGCGGC
TAGCTGGCAAGCAAATGGAAGAGATCAAAGGCAGAGAGAGGCAACAGCGAAGGCGTGAAA
TAGAGGCTATAAACGGAGCCTGGGCAATCATAGGGCTCCTGATAGGGCTTGTGATCGAAG
CTCAAACAGGAAAGGGTATTCTGGCTCAGTTGGATGGCTATTGGTCTGCTGCTCTGCATC
TATTCCCTTCATCAACACAGAATCTCCCACAGTAAACAAAAAACCTTAGACTATGTTTTG
TTGAGTTTCATTTTGGTTTATTTCACTCTCTACTGTGATGAAAATTGATGTTGTTTATGT
TAAGCTATTAACAGTGTCTTCTCCTTGGCAAGCGCATTCAGCAAGACATAAATAGTTCAA
CTTTATATTAATTACGAGGGATCAAGTGACTAT


BQ
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AF RR1F728TF U 1
AF RR1F728JQ C 255
BS 1 566 RR1F728TF
BS 567 933 RR1F728JQ

RD RR1F728TF 566 0 0
GAAAACAGAGGAAAGCGCTTGGGAAAATATGAAAGGCTTAGAAATGGTGGTGACGTCTTT
CCCTTCAACACCGTCTATCTTCTTCTTCTCCTTTGGAGCTGATTCTCAGCTTTCATCTTC
CAATCTCCATGGACGCATCACAATCCCTTTGGCTTCCTCTTCCTCTTCTCTACTAAACGG
ACTAAGAAGGCATCAAGATGCCAGAGGTGGAGCATTTCGTGTCCTAGCAAATCCAAATGT
ATGACCTTAGCCCCTTTTTGCCATGATAAATTAGCTTTTCCATACCAAAAAAAAGAAGAA
GAATTCACTCTCCATCTTGCTGAAATGGTAAAAAAAAAAACATTCAGGTTTAATCCTTTG
TAAGTGACTAGTAGGATGGTAAATTCTGAGGAAATTGTGAATGATTTTGCTGAGTGTCCC
ATTGAGTTTACAAGTTTCTGCCATGCTGAGTGTTCTTGTAGGGATCATCATCTCCTCCTC
CAGGGAAAGTAAAGGCCAAAAAAGAAGTAATCATGGTAGACCCTCTTGAGGCTAAGCGGC
TAGCTGGCAAGCAAATGGAAGAGATC

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1F728JQ 679 0 0
TTTTTGCCATGATAAATTAGCTTTTCCATACCAAAAAAAAGAAGAAGAATTCACTCTCCA
TCTTGCTGAAATGGTAAAAAAAAAAACATTCAGGTTTAATCCTTTGTAAGTGACTAGTAG
GATGGTAAATTCTGAGGAAATTGTGAATGATTTTGCTGAGTGTCCCATTGAGTTTACAAG
TTTCTGCCATGCTGAGTGTTCTTGTAGGGATCATCATCTCCTCCTCCAGGGAAAGTAAAG
GCCAAAAAAGAAGTAATCATGGTAGACCCTCTTGAGGCTAAGCGGCTAGCTGGCAAGCAA
ATGGAAGAGATCAAAGGCAGAGAGAGGCAACAGCGAAGGCGTGAAATAGAGGCTATAAAC
GGAGCCTGGGCAATCATAGGGCTCCTGATAGGGCTTGTGATCGAAGCTCAAACAGGAAAG
GGTATTCTGGCTCAGTTGGATGGCTATTGGTCTGCTGCTCTGCATCTATTCCCTTCATCA
ACACAGAATCTCCCACAGTAAACAAAAAACCTTAGACTATGTTTTGTTGAGTTTCATTTT
GGTTTATTTCACTCTCTACTGTGATGAAAATTGATGTTGTTTATGTTAAGCTATTAACAG
TGTCTTCTCCTTGGCAAGCGCATTCAGCAAGACATAAATAGTTCAACTTTATATTAATTA
CGAGGGATCAAGTGACTAT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL5045Contig1 625 2 1 U
GGACCACAAAAAAAACACAAAGTCCAGTAGAGGCCAGAACGGATTATTTTACCTTGCTTT
TCTTTCTACCTATCAATCCAGCAAAGCAGCTGAACATCTTCTTGTTCTTGTCGGAGATTA
AAGCTTAACCGTAATCTACTGGAAGCTTGAAAAGCACCAAACCAATGAATAAAGAAAGAG
AAATGACGCCGAAAAACGAGGAGGCAGTTCTTGAGCCGACCACCGCCGAAACCGCTGATG
TGCCGGCCAGAGTTTCTGAAATCTCGCCGTACTTTGTTTTTAGATTATCTTCAACAATAA
AAAACGATGACAACCACTTAACCAAAACAGAGAACAAGAGAAGAGAAGAGAAGAAGAAGA
CGAATTATGAAAATTGAAAAGGACGAGTTTTACAGGGCATGCAGGAGAGCCACATGTAAC
TATAATCTATGGTTTTTTCTTCTCTTCGGTCTTTAAAGACATATAAAAGTTGTGTGTACG
TATTTAGCATATCATTCTTTGCTAAAGAGAGATATATAAGCTTATTCCTAGTAATTAGTT
AATGTGTTTTCTATTTGTTAACAAATGTATTTCAAGAATCATATGGTCCTTTGGTCAGCA
ATAAAAACAAATGTAATTCAAGAAG


BQ
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AF RR1B961TF U 1
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ATAAAAACAAATGTAATTCAAGAAG

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DS 

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TAAAAGTTGTGTGTACGTATTTAGCATATCATTTTTTGCTAAAGAGAGATATATAAGCTT
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QA 1 522 1 522
DS 



AS 1 2

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CGATTGGAGAAGGACTGATTGTGAAACATTTACCTATCTGTAAATCAGAAGCATTGGCCA
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BQ
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AF RR1F636TF U 1
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BS 707 946 RR1F636JQ

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QA 1 706 1 706
DS 

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AACTTCGGGAAGATGAGGAGAAAGCCAAATGTGCTGCATCCGGTGAAGCTCCTGATATGA
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AGAAGGAGTATCATGCTCAACGATTGGAGAAGGACTGATTGTGAAACATTTACCTATCTG
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TTTAATTTAATGGGGTTTTTTTAGCAAATTTAATGGGTTTATTTATATATTTTTATATAA
AAAGTAAACTTACTTTAAGAGTAGAAAACAGAGTTTTGTTTTCAGCTCCAAAAGGATTCT
GTAAATTTGTACATTATTTTTGTTTGTGCACATAACAATGTATGAATGGTCAAAAACTTT
CTTCTT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DV32JQ C 1
AF RR1DV32TF U 1
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GGCTGAAAAGCGTAGTCGATGGAAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTCTGGTTATTGCG

QA 1 239 1 239
DS 

RD RR1DV32TF 239 0 0
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GGCTGAAAAGCGTAGTCGATGGAAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTCTGGTTATTGCG

QA 1 239 1 239
DS 



AS 1 2

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CGCTGAAATACGCAGGACTAAGGCTAGGTTGTCTGAGGAAGTTCCAAAGTTGCAGAGACT
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CCTTGCGCTTCCGGCCAGGATTGACGCCATACCTGATGGAACAGCTGGTGGTCCTAAAGC
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TGAGATGCGGAGAATCAAGCAGGAGCAAGGTCTGGACATGATCTCCGAAGGTTTAGATGC
TTTGAAGAATATGGCGTCTGATATGAACGAGGAGCTGGATAGGCAAGTTCCTCTGATGGA
TGTAATCGACTCCAAGGTGGACAGAGCAACCTCGGATCTTAAGAACACCAATGTTAGACT
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GTGTATTGTGTTGGGTATCGCTGCATACTTATACAATGTACTGAAGTAGTGAGATGAAGA
CGAAAGGAACTCTCTTTCTTGCCCCTCTGCTATTACCGTTTCTTACCCTGAGTCAGTGTG
TGTGTATGCACTTGTTTCTTGCTGTATTTGTGTGAATAACATTGAAGGATGATCCTAATA
GTGAATGAATCAAGATGACTTTGAAATTTCTATATTATAAAATTGGGAATCAGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BC25TF U 1
AF RR1BC25JQ C 255
BS 1 732 RR1BC25TF
BS 733 1076 RR1BC25JQ

RD RR1BC25TF 732 0 0
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AGAGATTTATACTCTTTCGATCCGGAAGAAGATGACGGTGATCGACATTCTGACTAGAGT
TGACTCGATCTGTAAGAAGTACGACAAGTACGATGTCGACAAACAGCGTGACGCCAATAT
CTCTGGTGATGATGCTTTCGCTCGTCTCTATGGCGCTTTCGAAGAACAAATCGAGACTGC
TCTCGAGAAAGCTGAACTTGTTACCAAGGAGAAGAACAGGGCTTCTGCTGTTGCGATGAA
CGCTGAAATACGCAGGACTAAGGCTAGGTTGTCTGAGGAAGTTCCAAAGTTGCAGAGACT
TGCTGTTAAGCGGGTCAAGGGCCTTACAACCGAAGAGCTTGCTGCTAGAAATGATTTGGT
CCTTGCGCTTCCGGCCAGGATTGACGCCATACCTGATGGAACAGCTGGTGGTCCTAAAGC
CACCAGTGCTTGGGCTCCCTCAACAGCATCTCGTCCTGATATCAAATTTGACTCAGATGG
GCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAGAATCACATGAATCCAGCCAATTCAGACAGGAGTA
TGAGATGCGGAGAATCAAGCAGGAGCAAGGTCTGGACATGATCTCCGAAGGTTTAGATGC
TTTGAAGAATATGGCGTCTGATATGAACGAGGAGCTGGATAGGCAAGTTCCTCTGATGGA
TGTAATCGACTC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1BC25JQ 822 0 0
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GGACTAAGGCTAGGTTGTCTGAGGAAGTTCCAAAGTTGCAGAGACTTGCTGTTAAGCGGG
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CTCCCTCAACAGCATCTCGTCCTGATATCAAATTTGACTCAGATGGGCGTTTTGATGATG
ATTACTTTCAAGAATCACATGAATCCAGCCAATTCAGACAGGAGTATGAGATGCGGAGAA
TCAAGCAGGAGCAAGGTCTGGACATGATCTCCGAAGGTTTAGATGCTTTGAAGAATATGG
CGTCTGATATGAACGAGGAGCTGGATAGGCAAGTTCCTCTGATGGATGTAATCGACTCCA
AGGTGGACAGAGCAACCTCGGATCTTAAGAACACCAATGTTAGACTTAAAGATACTGTGA
ACCAGTTGAGGTCAAGCCGGAACTTCTGCATCGATATTGTTTTGTTGTGTATTGTGTTGG
GTATCGCTGCATACTTATACAATGTACTGAAGTAGTGAGATGAAGACGAAAGGAACTCTC
TTTCTTGCCCCTCTGCTATTACCGTTTCTTACCCTGAGTCAGTGTGTGTGTATGCACTTG
TTTCTTGCTGTATTTGTGTGAATAACATTGAAGGATGATCCTAATAGTGAATGAATCAAG
ATGACTTTGAAATTTCTATATTATAAAATTGGGAATCAGGGC

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

CO CL5049Contig1 809 2 2 U
GGACAAAAGAGAGAGAGAGAGAGTGGTTGTCCTCTTCTGTTTAAACAGTAGGAACCTAAA
GGTCAAACCTTTGAGGTTTTTTTCCTTCTACCTTTGGCTTTTCACGACGTTTAAATCAGA
TTTCCTCTTTGTCCAATATCTTGAACCCGAAGCTAGTCACGGTGGTCGAACAAGACGTGA
ACACGAACACTTCACCTTTCTTCACGAGGTTCATGGAGGCTTACGAGTACTACTCCGCGG
TATTCGACTCTCTGGACATGACGCTTCCTAGAGAGAGCCAAGAGAGGATGAACGTGGAGA
GGCAGTGTCTGGCTAGAGACATTGTCAACATCGTTGCTTGCGAAGGAGAAGAGAGGATCG
AGAGGTACGAGGTTGCTGGTAAGTGGAGAGCGAGGATGATGATGGCAGGGTTCAGTCCGA
GACCAATGAGTGGTAGAGTGAGGAGCAATATACAGAATCTCATTAAGCGAGATTATTGCA
GTAAGTATACGCTTAAAGAGGAGATGGGTGAGCTCCACTTTTGCTGGGAGGACAAAAGTT
TGATCGTTGCTTCGGCTTGGAGGTAAAAAAAGACTCGGTTGTGTTTTATATGTTAAAAAA
AAAAAAGAGACTTATTTTATGTTTTTATTTCGAATGTTTGTGTTATATATATTGCAACTG
GTTAGGTCAATCCATCTCCATGTATTATTATTAACCAGAGATCAGGGATATGATCAGAGG
TTTTTAAAGCTAACCTAACACTTATGGTTTACTTATATTTGTTATCTGTCTCTCTTTTAT
TAATGCAGAGTTTTGTTTTACATTTTTGT


BQ
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AF RR1CU79TF U 1
AF RR1CU79JQ C 254
BS 1 570 RR1CU79TF
BS 571 809 RR1CU79JQ

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GGTCAAACCTTTGAGGTTTTTTTCCTTCTACCTTTGGCTTTTCACGACGTTTAAATCAGA
TTTCCTCTTTGTCCAATATCTTGAACCCGAAGCTAGTCACGGTGGTCGAACAAGACGTGA
ACACGAACACTTCACCTTTCTTCACGAGGTTCATGGAGGCTTACGAGTACTACTCCGCGG
TATTCGACTCTCTGGACATGACGCTTCCTAGAGAGAGCCAAGAGAGGATGAACGTGGAGA
GGCAGTGTCTGGCTAGAGACATTGTCAACATCGTTGCTTGCGAAGGAGAAGAGAGGATCG
AGAGGTACGAGGTTGCTGGTAAGTGGAGAGCGAGGATGATGATGGCAGGGTTCAGTCCGA
GACCAATGAGTGGTAGAGTGAGGAGCAATATACAGAATCTCATTAAGCGAGATTATTGCA
GTAAGTATACGCTTAAAGAGGAGATGGGTGAGCTCCACTTTTGCTGGGAGGACAAAAGTT
TGATCGTTGCTTCGGCTTGGAGGTAAAAAA

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1CU79JQ 556 0 0
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TAGAGACATTGTCAACATCGTTGCTTGCGAAGGAGAAGAGAGGATCGAGAGGTACGAGGT
TGCTGGTAAGTGGAGAGCGAGGATGATGATGGCAGGGTTCAGTCCGAGACCAATGAGTGG
TAGAGTGAGGAGCAATATACAGAATTTCATTAAGCGAGATTATTGCAGTAAGTATACGCT
TAAAGAGGAGATGGGTGAGCTCCACTTTTGCTGGGAGGACAAAAGTTTGATCGTTGCTTC
GGCTTGGAGGTAAAAAAAGACTCGGTTGTGTTTTATATGTTAAAAAAAAAAAAGAGACTT
ATTTTATGTTTTTATTTCGAATGTTTGTGTTATATATATTGCAACTGGTTAGGTCAATCC
ATCTCCATGTATTATTATTAACCAGAGATCAGGGATATGATCAGAGGTTTTTAAAGCTAA
CCTAACACTTATGGTTTACTTATATTTGTTATCTGTCTCTCTTTTATTAATGCAGAGTTT
TGTTTTACATTTTTGT

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL5050Contig1 249 2 1 U
GCAGACTGGCTCTTCTAAATAACATTGCCAATCTTCCCTCAGGAATCGCTGACCTTTCAT
TTTTGCCTGGTTTTTGAGGTTTTTTTACTCTGTAATCTTCCTGTTGAGCGGACAAAATAC
AAGTTCAAGCATGGAGAGAAGAATCAAACGGTGTTGCAGACTGTTTGGAGTATTATTTGT
ATGATATATTTTGATCGAATCAACTGTGTCGCAAGTTGGTTTAAGAGAGAGAGACTGTAC
AATTAGTTC


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AF RR1CS33JQ C 1
AF RR1CS33TF U 1
BS 1 249 RR1CS33TF

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RD RR1CS33TF 249 0 0
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AAGTTCAAGCATGGAGAGAAGAATCAAACGGTGTTGCAGACTGTTTGGAGTATTATTTGT
ATGATATATTTTGATCGAATCAACTGTGTCGCAAGTTGGTTTAAGAGAGAGAGACTGTAC
AATTAGTTC

QA 1 249 1 249
DS 



AS 1 2

CO CL5051Contig1 1301 2 2 U
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TCTATACTCGCTGTCCGTATGAACAAGAAGAGGCTTGTTGTTGTGCTGGTGGAGAAAACA
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AAAGGTCTCTGTGCGTTCTCTCCAAGTCTTGAAGGCTGCTTCTTAGCTGTTCCGGCTAGT
ACAACGAAAGGAGCTGTTTTGGTGTATAACGTCATTGATTTGCAGTCTCACAGTGAGATT
GATGCACATCGTTCTCCATTGGCTGCAATTGCACTCTCTTCAAATGGAATGTATATTGCT
ACAGCATCTGAGCAAGGAACTCTGATCCGAGTCCATCTTGTTTCTGAATCAACTAAGTCA
TATAGTTTCAGGAGAGGAACATACCCATCAACGATATACTCACTCTCTTTTGGACCATCC
ACACAGCTACCGGATATATTGATTGCGACGAGTTCTTCAGGCTCCATCCATGCCTTCTCT
TTAATGTTGGCCATAAACCAAAGAAGCAAAAGGTCTACTAGCTTTCTTGGATCAGTTCTT
CCAGACAGCGTGAGTGATGCACTAGACCCAGCGCATCACCACGTGCTTCAAAATGCAGTT
TCTTCCGGAATTAGAAGTTATGCAGTGGTTAGGAAGATAGAGAAACTTGAAGGAACATCA
TCTCCATCTCAGTTTACATCTATTAGGGCGACTGTATCAGTGATTACATATAGTGGGTAT
TTCCAGGAGTATACGCTGAGTATCAATAGCAAGAATGAATCGTTATGGACACTGGAACGC
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ATACCAAAGTACATGGAAGCTTCTTCTTTGTGTATATAACATCAAAGATTGTTTTGTTTG
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AF RR1AH49TF U 1
AF RR1AH49JQ C 366
BS 1 756 RR1AH49TF
BS 757 1301 RR1AH49JQ

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AAAGGTCTCTGTGCGTTCTCTCCAAGTCTTGAAGGCTGCTTCTTAGCTGTTCCGGCTAGT
ACAACGAAAGGAGCTGTTTTGGTGTATAACGTCATTGATTTGCAGTCTCACAGTGAGATT
GATGCACATCGTTCTCCATTGGCTGCAATTGCACTCTCTTCAAATGGAATGTATATTGCT
ACAGCATCTGAGCAAGGAACTCTGATCCGAGTCCATCTTGTTTCTGAATCAACTAAGTCA
TATAGTTTCAGGAGAGGAACATACCCATCAACGATATACTCACTCTCTTTTGGACCATCC
ACACAGCTACCGGATATATTGATTGCGACGAGTTCT

QA 1 756 1 756
DS 

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ATCTGAGCAAGGAACTCTGATCCGAGTCCATCTTGTTTCTGAATCAACTAAGTCATATAG
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GTTGGCCATAAACCAAAGAAGCAAAAGGTCTACTAGCTTTCTTGGATCAGTTCTTCCAGA
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CGGAATTAGAAGTTATGCAGTGGTTAGGAAGATAGAGAAACTTGAAGGAACATCATCTCC
ATCTCAGTTTACATCTATTAGGGCGACTGTATCAGTGATTACATATAGTGGGTATTTCCA
GGAGTATACGCTGAGTATCAATAGCAAGAATGAATCGTTATGGACACTGGAACGCGAATT
CAACCTCTACCCCGTAATCAGCAGTTGATATTAGTATACTAACCCAATACCATAAATACC
AAAGTACATGGAAGCTTCTTCTTTGTGTATATAACATCAAAGATTGTTTTGTTTGTTGTC
TCATGTCCTTTGGCTATTGTCAAATACTCTTGTGTTCTCAAAATAGTCACTTGTGTTCAA
GGAAAGGAAATACAAAATGGTGTATCTTGAGTTAAG

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DS 



AS 1 2

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GCGGCGGATCCGGCATCGGCTTCGAGATCTCCTCTCAGTTCGGCAAACACGGAGCTTCCA
TCGCCATCATGGGTCGCCGTAAACAAGTCCTCGACGCCGCCGTCTCTAATCTCCGATCTC
TAGGGATTCCGGCTGTTGGGTTCGAAGGAGATGTTCGTAAGCCAGAGGATGCGAGAAGAG
TCGTCGAGTCAACTTTTAACCATTTCGGCAAGGTTGATATTCTAGTCAACGCCGCCGCTG
GAAACTTCCTCGCAGCTGCTGAGGATTTGTCCACCAATGGCTTCCGAACAGTTTTGGACA
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GGCCCGGGAGAGACTCATCAACCACCGGCGGTTCGATTCTCAACATTAGTGCTACTTTGC
ACTACACTGCTTCTTGGTACCAAATCCATGTCTCTGCAGCCAAGGCTGCAGTTGATGCTG
CGACAAGGAACTTGGCATTGGAGTGGGGAACTGACTACGAGATTAGAGTTAACGGAATTG
CGCCAGGCCCCATCGGAGATACACCTGGGATGAGTAAACTTGGACCTGACGAGATTGAGA
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CTGCAATTTACCTCAGCTGCGATTCCGGGAAGTATGTGAATGGACTGACAATGATGGTAG
ATAATGGACAGTGGCTTAGCAAACCTCGTCATTTACCCAAAGATGCTGTCAAGGAACTCT
CTCGTGTCGTGGAGAAGAGGTCCAGGGCCAAGCCGACCAGTAAACTTTAGAGTTTCAGAT
CCCAAATTAGTATGGTAATGTATTATGTTGGGGACAGGCAAGAAATGGTATCAAGATTGT
GTTTGTTGAAGACAGTGCTGTATGATATGAGACTGCTTTGTGTTTCCCATCTCAAATAAA
GTCACATTTAACACCG


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AF RR1ER48TF U 1
AF RR1ER48JQ C 434
BS 1 584 RR1ER48TF
BS 585 585 RR1ER48JQ
BS 586 675 RR1ER48TF
BS 676 1096 RR1ER48JQ

RD RR1ER48TF 675 0 0
GGGCCTTATCATTTTCTAATTCTTCTACTTAGCTATTGCGTGTCTTGACTCTTGAAATCG
TGATCATGGACTCTCCGTTCAAGCCTGATGTACTCAAAGGCAAGGTAGCTCTCATCACCG
GCGGCGGATCCGGCATCGGCTTCGAGATCTCCTCTCAGTTCGGCAAACACGGAGCTTCCA
TCGCCATCATGGGTCGCCGTAAACAAGTCCTCGACGCCGCCGTCTCTAATCTCCGATCTC
TAGGGATTCCGGCTGTTGGGTTCGAAGGAGATGTTCGTAAGCCAGAGGATGCGAGAAGAG
TCGTCGAGTCAACTTTTAACCATTTCGGCAAGGTTGATATTCTAGTCAACGCCGCCGCTG
GAAACTTCCTCGCAGCTGCTGAGGATTTGTCCACCAATGGCTTCCGAACAGTTTTGGACA
TTGATGCTGTAGGAACATTCAACATGTGCCGTGAAGCACTCAAGTATCTCAAGAAAGGAG
GGCCCGGGAGAGACTCATCAACCACCGGCGGTTCGATTCTCAACATTAGTGCTACTTTGC
ACTACACTGCTTCTTGGTACCAAATCCATGTCTCTGCAGCCAAG*CTGCAGTTGATGCTG
CGACAAGGAACTTGGCATTGGAGTGGGGAACTGACTACGAGATTAGAGTTAACGGAATTG
CGCCAGGCCCCATCG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1ER48JQ 663 0 0
AACATTCAACATGTGCCGTGAAGCACTCAAGTATCTCAAGAAAGGAGGGCCCGGGAGAGA
CTCATCAACCACCGGCGGTTCGATTCTCAACATTAGTGCTACTTTGCACTACACTGCTTC
TTGGTACCAAATCCATGTCTCTGCAGCCAAGGCTGCAGTTGATGCTGCGACAAGGAACTT
GGCATTGGAGTGGGGAACTGACTACGAGATTAGAGTTAACGGAATTGCGCCAGGCCCCAT
CGGAGATACACCTGGGATGAGTAAACTTGGACCTGACGAGATTGAGAACAAAGCGGGAGA
TTATATACCTCTCTATAAACTCGGTGAGAAGTGGGATATCGCCATGGCTGCAATTTACCT
CAGCTGCGATTCCGGGAAGTATGTGAATGGACTGACAATGATGGTAGATAATGGACAGTG
GCTTAGCAAACCTCGTCATTTACCCAAAGATGCTGTCAAGGAACTCTCTCGTGTCGTGGA
GAAGAGGTCCAGGGCCAAGCCGACCAGTAAACTTTAGAGTTTCAGATCCCAAATTAGTAT
GGTAATGTATTATGTTGGGGACAGGCAAGAAATGGTATCAAGATTGTGTTTGTTGAAGAC
AGTGCTGTATGATATGAGACTGCTTTGTGTTTCCCATCTCAAATAAAGTCACATTTAACA
CCG

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL5053Contig1 919 2 2 U
GGAGTGCTAAAACCCTGAAGAAGAGAAGAGAATCCATTTCCAAACCGCCATGGTTTTCGC
TTTGTGCATCCGCAGGTCAGCTTCTCGTTTAGCTTCTCGTTTGTGTGGTCACGTGGCTCG
ATCCCAGGCCATCTCTTCCGTCGCCGTCGTCAACCGCTCGTCTCTGCTTCGTCCTTTCGT
ATCTCGTAGCTTCCTCTATTCGACGACGTCTACTGGTGAGCGATTAAAGTCCGATCAAAC
GCTTATCCAAGTGATTGACTCCGAAATCAAAGATGCCGATTTGCAGGGTGAAGAAGAGAC
ACCAGGTTCTGGTGACTTTCCTTTTAAGATTGAAGATAATCCTGGTCACAGGACTGTAAT
GTTGACTCGAGAGTACAATGGAGAGCAGATTAGAGTAGAAGCGAGCATGCCTGGTTCCAT
GGACGAACGTGAAGATGATGTTGATGACAATGAAGATGGTCGTAATGAGAAAGCTAACGA
GACGAGCATTCCGCTAGTTGTCACTGTGACCAAGAAGAGTGGTCTCAGCCTTGAGTTTAG
CTGCACTGCTTTCCCTGATGAGATTGTCATTGATGGTTTGTCTGTGAACCATCCAGAGAA
GTCTTCTTCTTCCGAAGAAGAACAATTGGCATATGATGGACCTGATTTTCAAGAACTGGA
TGAGAATATGCGCAAGTCATTCCACAAGTTCCTCGAGGCCAGAGGAATCAAGCCAAGCGT
GACGGATTTGATGTATGAGTACATGATGAAGAAAGATAGCAGAGAGTATTTGCTATGGTT
GAAGAATCTCAAAAACTTCATCCAAGAATGAATGAAGATTTTGAAGACACACTAAGAAGA
GTAGTTTTTATGGTTTCAGTTGTGTTCTACTGACAAATACATTGTCTTTTGAAAGTGAAA
TTCGATTTTGAGTCATTCC


BQ
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AF RR1C133TF U 1
AF RR1C133JQ C 209
BS 1 686 RR1C133TF
BS 687 919 RR1C133JQ

RD RR1C133TF 686 0 0
GGAGTGCTAAAACCCTGAAGAAGAGAAGAGAATCCATTTCCAAACCGCCATGGTTTTCGC
TTTGTGCATCCGCAGGTCAGCTTCTCGTTTAGCTTCTCGTTTGTGTGGTCACGTGGCTCG
ATCCCAGGCCATCTCTTCCGTCGCCGTCGTCAACCGCTCGTCTCTGCTTCGTCCTTTCGT
ATCTCGTAGCTTCCTCTATTCGACGACGTCTACTGGTGAGCGATTAAAGTCCGATCAAAC
GCTTATCCAAGTGATTGACTCCGAAATCAAAGATGCCGATTTGCAGGGTGAAGAAGAGAC
ACCAGGTTCTGGTGACTTTCCTTTTAAGATTGAAGATAATCCTGGTCACAGGACTGTAAT
GTTGACTCGAGAGTACAATGGAGAGCAGATTAGAGTAGAAGCGAGCATGCCTGGTTCCAT
GGACGAACGTGAAGATGATGTTGATGACAATGAAGATGGTCGTAATGAGAAAGCTAACGA
GACGAGCATTCCGCTAGTTGTCACTGTGACCAAGAAGAGTGGTCTCAGCCTTGAGTTTAG
CTGCACTGCTTTCCCTGATGAGATTGTCATTGATGGTTTGTCTGTGAACCATCCAGAGAA
GTCTTCTTCTTCCGAAGAAGAACAATTGGCATATGATGGACCTGATTTTCAAGAACTGGA
TGAGAATATGCGCAAGTCATTCCACA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1C133JQ 711 0 0
TCTACTGGTGAGCGATTAAAGTCCGATCAAACGCTTATCCAAGTGATTGACTCCGAAATC
AAAGATGCCGATTTGCAGGGTGAAGAAGAGACACCAGGTTCTGGTGACTTTCCTTTTAAG
ATTGAAGATAATCCTGGTCACAGGACTGTAATGTTGACTCGAGAGTACAATGGAGAGCAG
ATTAGAGTAGAAGCGAGCATGCCTGGTTCCATGGACGAACGTGAAGATGATGTTGATGAC
AATGAAGATGGTCGTAATGAGAAAGCTAACGAGACGAGCATTCCGCTAGTTGTCACTGTG
ACCAAGAAGAGTGGTCTCAGCCTTGAGTTTAGCTGCACTGCTTTCCCTGATGAGATTGTC
ATTGATGGTTTGTCTGTGAACCATCCAGAGAAGTCTTCTTCTTCCGAAGAAGAACAATTG
GCATATGATGGACCTGATTTTCAAGAACTGGATGAGAATATGCGCAAGTCATTCCACAAG
TTCCTCGAGGCCAGAGGAATCAAGCCAAGCGTGACGGATTTGATGTATGAGTACATGATG
AAGAAAGATAGCAGAGAGTATTTGCTATGGTTGAAGAATCTCAAAAACTTCATCCAAGAA
TGAATGAAGATTTTGAAGACACACTAAGAAGAGTAGTTTTTATGGTTTCAGTTGTGTTCT
ACTGACAAATACATTGTCTTTTGAAAGTGAAATTCGATTTTGAGTCATTCC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL5054Contig1 482 2 1 U
GGTCCAAAGCTGAGACCAACCATGTCCACGGTGGTGAAGTTGTTGACAGGGGAGAAGGAT
ATAGACACGAGGAGAATCACCAGGCTTGGTTTGATATCTGATTTTATGGACTTGAAAGTG
AGAGGACCGGTGGAGACAAAGCCAGATGAAGTGAACAGAAACAACAACAACTACACAAAC
CCTTCTTCTTACGATGCCTCGTCTAGCTCTGGGACTAGAGATAACTCGAATGCTTTCTCG
TCAGGGGCCTCATCTGCTAATCATGCGGTTTCTTCATTCAACAGTACCATTTAGAAAAGC
AAAAAGTCCCTTTTTAAAAGAAAAGTGTTTTTTTTTGTGTCTCATCATTTTCTTGGATTC
AAACAGAGGTTTTCTGTTAGATTTTTAATCCATGTGTACTGTAGAGAAGCCTCACACTTG
TTTAAGGTTGTCTTCAGTTGTAAACAAAGATTTGAGTGTATATGTATATAAGTTTGAATC
TG


BQ
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20 20 

AF RR1GW93JQ C 1
AF RR1GW93TF U 1
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TG

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1GW93TF 482 0 0
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CCTTCTTCTTACGATGCCTCGTCTAGCTCTGGGACTAGAGATAACTCGAATGCTTTCTCG
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TG

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1HA28TF U 1
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QA 1 409 1 409
DS 



AS 1 2

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CCGACG


BQ
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AF RR1GU43TF U 1
AF RR1GU43JQ C 59
BS 1 536 RR1GU43TF
BS 537 726 RR1GU43JQ

RD RR1GU43TF 536 0 0
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TGTTTATTCTTAATCTTCAGATTTTCTCTTCTCATCTCTTCACATTCCCTGAAGATTTCC
TCTTCTCATCCCTTCAGAAGACCTTTTACCTTCCTCTTTAACATCCGTGAAGGGCTCTGA
ACTCCGTCGTGCCCTACGCCGTGAGCAACCCGATTTTCAGATAGTGAAGCTTGAGGGAAG
TAAATATCCAAAAAGAGAGTTCTTTTTTAGGTTTGTGTATCCTTGTCTTCTCGAGAGGAT
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GGTACATGATGATGATGATGAGGGAGAGGGAGATGAGTCAGAAGAAGAAGAAGGGG

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1GU43JQ 668 0 0
TCTGTTTATTCTTAATCTTCAGATTTTCTCTTCTCATCTCTTCACATTCCCTGAAGATTT
CCTCTTCTCATCCCTTCAGAAGACCTTTTACCTTCCTCTTTAACATCCGTGAAGGGCTCT
GAACTCCGTCGTGCCCTACGCCGTGAGCAACCCGATTTTCAGATAGTGAAGCTTGAGGGA
AGTAAATATCCAAAAAGAGAGTTCTTTTTTAGGTTTGTGTATCCTTGTCTTCTCGAGAGG
ATGGAAGATAAGGGAAAGGGTGTGGTGGGAGAAGATGAGGAAAAGTCGTTTTCTGTGTTA
GAAGGGGGTCCAAGCAATGTGGAAGTAGACGGTGGTGATGTTAGTGGTGATAACTATGAT
GATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGAAGACGAAAACAGTGATGAAGGAGGC
CAGGTACATGATGATGATGATGAGGGAGAGGGAGATGAGTCAGAAGAAGAAGAAGGGGAT
GACTCTGAAGCTGGAAGTGGAATTCCTACCACATTGGAACGTCTTGAATATGGAGCTCTG
GCTGAGAAGAAACGCAAAGCACTTGCTGATTCTCGACGTGATGGCTCAGAGAAGAGAGGC
AAGTTTGATGACATTAACATCTCGGGCGAGAAGGAATACATGGAACTCATCTATTCTGGC
CGCCGACG

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL5057Contig1 893 2 2 U
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GCTAGGTCGAAACCGTCTGAGACATATGAGAAGCTTCCTGGGGCCGACAATCTATGGCTT
CACCCTATGATAGAAACCGCACGCAAAGATGGCTCGATTGTTTTCAAGAATGGTAAAGTT
GTACAAGCTGATACTATTGTGCACTGCACCGGTTACATATACCACTTCCCGTTTCTCAAT
ACCAATGGCTATATTACCGTTGAGGATAATTGTGTTGGACCTCTTTACAAACAGGTGTTT
CCTCCTGCACTTGCTCCAGGGCTTTCCTTCGTCGGTTTACCATGGATGACGTTACTATTC
ACTATGTTTGAGCTCCAAAGCAAATGGGTGGCTGCAGTTTTATCCGGCCGTGTCACACTT
CCTTCAGAAGATAAAATGATGGAGGACACTAACGCTCTCTATGCAAAGCGTGATGCCAAC
GGGTTTCCCAAAAGATACACGCATAGGCTTGGTGCGGCTCAGGCTGATTACCTGAACTGG
ATAGCTGATCAGATTGGTGAACCACCTGTTGAACAATGGAGAAACCAGGAATTAGAAGAT
GGCTATGTAAGACTTACCAAACACTCGGACACTTTTCGTGATAAGTGGGACGATGATCAT
CTCATTGTTGAGGCTTATGAGGATTTCTTGAGACAGAAGTTGATCAGTGCTATTCCCTTT
CAGATATTGGGGTGATGATGCCTTTTACCAAATGATTGATCTCTATATATGTGTTGTTCA
TGTGATATTGAACTTCACCATTTTCGTTGTCTTTATACTTACTATTTTGCAATAAAAAAA
AACAAATGTTTTTATACAGATTGAATAAAAGCAGTAAGCATGTTGTACATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DH48TF U 1
AF RR1DH48JQ C 332
BS 1 665 RR1DH48TF
BS 666 893 RR1DH48JQ

RD RR1DH48TF 665 0 0
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GCTAGGTCGAAACCGTCTGAGACATATGAGAAGCTTCCTGGGGCCGACAATCTATGGCTT
CACCCTATGATAGAAACCGCACGCAAAGATGGCTCGATTGTTTTCAAGAATGGTAAAGTT
GTACAAGCTGATACTATTGTGCACTGCACCGGTTACATATACCACTTCCCGTTTCTCAAT
ACCAATGGCTATATTACCGTTGAGGATAATTGTGTTGGACCTCTTTACAAACAGGTGTTT
CCTCCTGCACTTGCTCCAGGGCTTTCCTTCGTCGGTTTACCATGGATGACGTTACTATTC
ACTATGTTTGAGCTCCAAAGCAAATGGGTGGCTGCAGTTTTATCCGGCCGTGTCACACTT
CCTTCAGAAGATAAAATGATGGAGGACACTAACGCTCTCTATGCAAAGCGTGATGCCAAC
GGGTTTCCCAAAAGATACACGCATAGGCTTGGTGCGGCTCAGGCTGATTACCTGAACTGG
ATAGCTGATCAGATTGGTGAACCACCTGTTGAACAATGGAGAAACCAGGAATTAGAAGAT
GGCTATGTAAGACTTACCAAACACTCGGACACTTTTCGTGATAAGTGGGACGATGATCAT
CTCAT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1DH48JQ 562 0 0
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CTGCAGTTTTATCCGGCCGTGTCACACTTCCTTCAGAAGATAAAATGATGGAGGACACTA
ACGCTCTCTATGCAAAGCGTGATGCCAACGGGTTTCCCAAAAGATACACGCATAGGCTTG
GTGCGGCTCAGGCTGATTACCTGAACTGGATAGCTGATCAGATTGGTGAACCACCTGTTG
AACAATGGAGAAACCAGGAATTAGAAGATGGCTATGTAAGACTTACCAAACACTCGGACA
CTTTTCGTGATAAGTGGGACGATGATCATCTCATTGTTGAGGCTTATGAGGATTTCTTGA
GACAGAAGTTGATCAGTGCTATTCCCTTTCAGATATTGGGGTGATGATGCCTTTTACCAA
ATGATTGATCTCTATATATGTGTTGTTCATGTGATATTGAACTTCACCATTTTCGTTGTC
TTTATACTTACTATTTTGCAATAAAAAAAAACAAATGTTTTTATACAGATTGAATAAAAG
CAGTAAGCATGTTGTACATTTT

QA 1 562 1 562
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5059Contig1 718 2 3 U
TTTTTTTTTAATTAATTTAAATAAGTATCTTATATTCTTCTATATTGTAGGTCGCATCTG
TTATAAATTATGATGACATTCTAAATGTAAAACAAATATATTACCGAGGAAGATGATGAC
GATTTCTAAATCTGACTCAAATTCTAGCGTTTCGCGTCTTTTGAAGGATAATTCGTTGTT
TGAAACACAACGCCAAAAGATCCTTGTCCAACAACACGTTCCGCCATGTAGCTGATCGTC
TGCATTCACATCTTGGCTGCTTCTGTATTGGTGTTCTTCTTCGACCCGATATTATACATT
GAAACAAATATTCCAATATGTACACGCATTAAAGGATGTCTACTTATCGCTGATTTTAAA
GAGAGATGGTTTGTCTTCTTCAAAGTTATACTTATGTGTCTTCTTCTTCACTCTCTCCCA
CGCAGCTAAACCATCCTTTACTGCTACAAATTTATGGTGATTGCATGGACGAGTCTAGAC
CTCCTCCTCGACGAAGAAAGAAACGAATCAAACGTCTTCTCTGTTGGAGATTTCATCTGA
ATCGACGAGGAAAAGAGAGATCCGACGATGGGATTTCAACGAAATCGAACAAGAGAAAAC
CATAATCACCAACAAACGGATGGATCAAACATCATCAACCTTCGGAGACAGAATCAACGC
GAGATTCAGACCGATTTCAGAGAATCGAACAAGAGAAATCGGAACCGACAACGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C987JQ U 10
AF RR1C987TF C 1
BS 1 9 RR1C987TF
BS 10 488 RR1C987JQ
BS 489 718 RR1C987TF

RD RR1C987JQ 479 0 0
AATTAATTTAAATAAGTATCTTATATTCTTCTATATTGTAGGTCGCATCTGTTATAAATT
ATGATGACATTCTAAATGTAAAACAAATATATTACCGAGGAAGATGATGACGATTTCTAA
ATCTGACTCAAATTCTAGCGTTTCGCGTCTTTTGAAGGATAATTCGTTGTTTGAAACACA
ACGCCAAAAGATCCTTGTCCAACAACACGTTCCGCCATGTAGCTGATCGTCTGCATTCAC
ATCTTGGCTGCTTCTGTATTGGTGTTCTTCTTCGACCCGATATTATACATTGAAACAAAT
ATTCCAATATGTACACGCATTAAAGGATGTCTACTTATCGCTGATTTTAAAGAGAGATGG
TTTGTCTTCTTCAAAGTTATACTTATGTGTCTTCTTCTTCACTCTCTCCCACGCAGCTAA
ACCATCCTTTACTGCTACAAATTTATGGTGATTGCATGGACGAGTCTAGACCTCCTCCT

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR1C987TF 718 0 0
TTTTTTTTTAATTAATTTAAATAAGTATCTTATATTCTTCTATATTGTAGGTCGCATCTG
TTATAAATTATGATGACATTCTAAATGTAAAACAAATATATTACCGAGGAAGATGATGAC
GATTTCTAAATCTGACTCAAATTCTAGCGTTTCGCGTCTTTTGAAGGATAATTCGTTGTT
TGAAACACAACGCCAAAAGATCCTTGTCCAACAACACGTTCCGCCATGTAGCTGATCGTC
TGCATTCACATCTTGGCTGCTTCTGTATTGGTGTTCTTCTTCGACCCGATATTATACATT
GAAACAAATATTCCAATATGTACACGCATTAAAGGATGTCTACTTATCGCTGATTTTAAA
GAGAGATGGTTTGTCTTCTTCAAAGTTATACTTATGTGTCTTCTTCTTCACTCTCTCCCA
CGCAGCTAAACCATCCTTTACTGCTACAAATTTATGGTGATTGCATGGACGAGTCTAGAC
CTCCTCCTCGACGAAGAAAGAAACGAATCAAACGTCTTCTCTGTTGGAGATTTCATCTGA
ATCGACGAGGAAAAGAGAGATCCGACGATGGGATTTCAACGAAATCGAACAAGAGAAAAC
CATAATCACCAACAAACGGATGGATCAAACATCATCAACCTTCGGAGACAGAATCAACGC
GAGATTCAGACCGATTTCAGAGAATCGAACAAGAGAAATCGGAACCGACAACGAAAAA

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL5060Contig1 686 2 4 U
ATCAATTTTCATATTCTCTCATAATGATTTTCTAGATTTAGGTCTAGTTTTGATCGTTTG
GAGGTTCGGATTTTGATGATCTCTTTGGGTTTTAATCGGATTGGGGCTAGCATGCAGTAG
ATCTGTGGTTCCATTTTGGGGTCTCCCTTCTTTAACAGTTGTGCTGATTCCTCTATATCT
TGGTCTCGAGTTTGCAGAAGCTTCTCTTTCGTAGATCCTGGTTCGCCTGCTCCGGTCGAT
CTTCCTCTCTCCTCAATCGTTTGTGGCTGGAGGTACTGGTGTGGTCTGTGTTCGCTCCCT
GTCATCTCTCAACATCGAGATCTGGTATTTTCATGAAGCTGCTCTTTAGGCGTTTCTTTT
TTGTCTTATATAATGCCGTTTCCGAAAAAATTTTCCCGGCTATGAAGCTCTTGTTCCTAA
ATTCCTTGGTTTATTCACTATGGGAGGGCACATCTTTAGTGGTTTGGCCAAGATTTGGCA
TCCACTCTATGTTTTAGTTTTGGGTTTCCTTGGTTCTTCTAGTCTTATGTTAGCCATGTA
AGTGATGTTATATTTAGTCCTTTGTGTTTCATCAAGCTTCCCTTGTTTGGGTTTCTGTCT
CAAGAGACATATCTGCCGTCCGCCGGCTAAGATTACCATATGATGTAAACTTATGATGTT
AATGGTATAATCTTTCCAGTATTAAA


BQ
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AF RR1CX68TF U 1
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ATCTGTGGTTCCATTTTGGGGTCTCCCTTCTTTAACAGTTGTGCTGATTCCTCTATATCT
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CTTCCTCTCTCCTCAATCGTTTGTGGCTGGAGGTACTGGTGTGGTCTGTGTTCGCTCCCT
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TTGTCTTATATAATGCCGTTTCCGAAAAAATTTTCCCGGCTATGAAGCTCTTGTTCCTAA
ATTCCTTGGTTTATTCACTATGGGAGGGCACATCTTTAGTGGTTTGGCCAAGATTTGGCA
TCCACTCTATGTTTTAGTTTTGGGTTTCCTTGGTTCTTCTAGTCTTATGTTAGCCATGTA
AGTGATGTTATATTTAGTCCTTTGTGTTTCATCAAGCTTCCCTTGTTTGGGTTTCTGTCT
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DS 

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TCTCTCAACATCGAGATCTGGTATTTTCATGAAGCTGCTCTTTAGGCGTTTCTTTTTTGT
CTTATATAATGCCGTTTCCGAAAAAATTTTCCCGGCTATGAAGCTCTTGTTCCTAAATTC
CTTGGTTTATTCACTATGGGAGGGCACATCTTTAGTGGTTTGGCCAAGATTTGGCATCCA
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ATGTTATATTTAGTCCTTTGTGTTTCATCAAGCTTCCCTTGTTTGGGTTTCTGTCTCAAG
AGACATATCTGCCGTCCGCCGGCTAAGATTACCATATGATGTAAACTTATGATGTTAATG
GTATAATCTTTCCAGTATTAAA

QA 1 562 1 562
DS 



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TGATGCCAAAACATGAGTCACCTTAGCAATCTCTTTATCGAAGCCAACAAAACCAGCTAT
GCCAGTGATGTCTGACACAGAAAAAAA


BQ
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AF RR1DA53JQ U 9
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BS 9 487 RR1DA53JQ
BS 488 627 RR1DA53TF

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TCTTCGGTGCACTCTCCTGATCAAGTCCTTCAGCGGCTGCTTGAAGCCCCGCAAGACGAC
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GGATGGGTGCAAAGTTCTCGTGCAGGAAAGATGCGGGAAATGGTAAAGGTTTGGTGGTTT
GCAGTGAAATTGAAGTCTTTTAGCTTGAGCTGAAAAGTGTAGGTGTTCCCTACCACATC

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR1DA53TF 627 0 0
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TAAAAAGAAAAAAAGCAGAAATACTGAACAATACTTAAACTAAGAAGCGCAGCTCAAAAC
GGAACAACAAACTGGTAGAGATAACGTGGTTGTTTGGGTTATAAAGAGGACTCATTCCAC
ACATGCTTTCTTCGGTGCACTCTCCTGATCAAGTCCTTCAGCGGCTGCTTGAAGCCCCGC
AAGACGACCATCAGAGGTGGTTGCTTGCTCTGCGACATTGCTTGACCTTGCATCTATAGA
ATCAGATCCTGGAACAACAGTCTGATGTACCGCTGCTTCAGGGTCCGCTGCGCCTTCGGC
GAAGGTTGGGATGGGTGCAAAGTTCTCGTGCAGGAAAGATGCGGGAAATGGTAAAGGTTT
GGTGGTTTGCAGTGAAATTGAAGTCTTTTAGCTTGAGCTGAAAAGTGTAGGTGTTCCCTA
CCACATCAGAGAGTGATCAAGGGAGGTCAGTGTCCACCTTCCCACAATTTGTGCAGCTTC
TGATGCCAAAACATGAGTCACCTTAGCAATCTCTTTATCGAAGCCAACAAAACCAGCTAT
GCCAGTGATGTCTGACACAGAAAAAAA

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL5062Contig1 787 2 4 U
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GCGGAACATGCAGTTACATCCACGCTTCTTTGGTCGAAACCTTCGTGAAAACCTTGTCTC
CAAGCTCGTGAAAGATGTCGAGGGCACTATCAGTGGCCGACATGGGTTTGTACTAGCGGT
AACTGGAATAGAAAGCATAGGAAAAGGATTGATCAGAGACGGGACTTGTTTCGTCACCTT
CCCTGTTAAGTACCGATGCGTTGTCTCCAAACCTTTCAAAGGCGAGGTTTTGGAAGCTGT
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GCTCCTAAACGATCGTGCATAAGAGAAACTCTCAGTCAGACTTCGATGTTACTCTATACA
GAGGATGATGACTTGTGATAAATGTTGTATTGTAGTCCTATAAAGCGTTAATTTATCCGG
AGTAACTATTAGAACAGAGGATTTATTTGTTGGTTGATTCAGAGTAATGGACAAGAGGCA
AAACGTTTTTATTGTCAGTGAGTGGTAATTTGTTTTCATCAAGCATTTGAGCTTAGCTCA
TGCTAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G745TF U 1
AF RR1G745JQ C 495
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BS 660 660 RR1G745JQ
BS 661 684 RR1G745TF
BS 685 787 RR1G745JQ

RD RR1G745TF 684 0 0
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AACTGGAATAGAAAGCATAGGAAAAGGATTGATCAGAGACGGGACTTGTTTCGTCACCTT
CCCTGTTAAGTACCGATGCGTTGTCTCCAAACCTTTCAAAGGCGAGGTTTTGGAAGCTGT
TGTAACTAAGGTCATGCAGCACGGATTCTTCGCCGAAGCTGGCCCTCTTCAGCTTTTTGT
CTCCAATCATGAGATGGAAGATTGTATGGAGTATCAGGCTGGTGACATGCCTAATTACAC
ATCATCAGATGGATCAGTTAGGATCCAGAAAGAATGTGAAGTGTTACTAAAGGTCACTGC
CGTCAGTGTCGTTGCCAGTGAGATCTTCTGTTTGGGTAGCATCAAAGGAGAATTTTTGGG
GCTCCTAAACGATCGTGCATAAGAGAAACTCTCAGTCAGACTTCGATGTTACTCTATACA
GAGGATGATGACTTGTGATAAATGTTGTATTGTAGTCCTATAAAGCGTTAATTTATCCG*
AGTAACTATTAGAACAGAGGATTT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1G745JQ 293 0 0
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GTGCATAAGAGAAACTCTCAGTCAGACTTCGATGTTACTCTATACAGAGGATGATGACTT
GTGATAAATGTTGTATTGTAGTCCTATAAAGCGTTAATTTATCCGGAGTAACTATTAGAA
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TCAGTGAGTGGTAATTTGTTTTCATCAAGCATTTGAGCTTAGCTCATGCTAGC

QA 1 293 1 293
DS 



AS 1 2

CO CL5063Contig1 1211 2 6 U
GGATAACAAGCCATCCCACAAGAACTAGCACAACTAAGTCAGAATACTTAGCACAACAAC
AAGATGAAGATTGCAAAATTTTCTATTCTTCTCCTGGTTTTATACATTTTTCCGGTCGCA
TTTTCCCAACTGAGAGTGGGATTTTACAGCCAATCGTGCCCTGATGCAGAAATTATTGTA
CAGAACCTAGTCCGCGAGCGGTTTGGTCGTGACCCTTCAATCACGGCTGCCTTGACTAGG
ATGCATTTTCATGACTGTTTTGTTCAGGGCTGCGACGCTTCTCTCCTCATAGACCCAACG
ACGACTCAACCATCGCCGGAAAAGACCGCCGGGCCAAACGGCGGCGTGAGAGGGTTCGAA
CTGATTGACGAGATCAAGACCGCTCTGGAGGCTCAATGTCCCTCCAAGGTCTCTTGCTCA
GATATAGTCACGCTCGCCACACGTGACTCGGTCTTCTTAGGTGGAGGACCGAGCTACGTG
GTCCCAACCGGACGACGTGATGGCTTTGTTTCGAACTCTGAAGACGCGGAAGGGATCCTC
CCGGGACCAGGCCTCCCAGTCCCAGATATGCTAACGTTCTTTGGGAATAAAGGGATGGAT
GTTTTTGATGCAGTGGCTCTTTTGGGTGCACACACGGTTGGGGATTGGATCTTGTGGTAA
TTTTGTGGACCGACTCACCAATTTTCAAGGAACCGGACAGCCTGATCCCACTATGGACCC
CGGTTTGGCTGGCAGGCTAAGGAACACATGTTCAGCTGGAGGCAGCCAATTTGCAGCACT
GGACCAGTCGACACCATTAGCCCCATTCTCATTTGACAACTTGTTTTTCACTCAGATCAG
AGAGAGGAAAGGAGTCTTACTACTTGATCATCTGATCGCAACACACCCATCCACTTCTGA
TGTTGTGTTTCAATATGCGGTCAACAACGAACTATTCAAACGCCAGTTCGCAATCGCAAT
GGTGAAGATGGGATCCGTTGACGTACTGACCGGCTTAGCTGGTGAGATCAGGACGAACTG
TAGAGCTTTCAACTAATGTCTCATTAACTCGTTTCCAAATCTGATTCTTGAATTGTGAAT
GGTGATCACTTGTTTACATAATAATTGTATGTATATGTCAATCTTTAAAATAAGATTTTG
TGAAGGGATTTGGTAAGAATAACATGTTATGTTGGAACCATATTTTAGTGAATGTAAAAA
CACATTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC70TF U 1
AF RR1FC70JQ C 540
BS 1 735 RR1FC70TF
BS 736 736 RR1FC70JQ
BS 737 741 RR1FC70TF
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BS 743 782 RR1FC70TF
BS 783 1211 RR1FC70JQ

RD RR1FC70TF 782 0 0
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AAGATGAAGATTGCAAAATTTTCTATTCTTCTCCTGGTTTTATACATTTTTCCGGTCGCA
TTTTCCCAACTGAGAGTGGGATTTTACAGCCAATCGTGCCCTGATGCAGAAATTATTGTA
CAGAACCTAGTCCGCGAGCGGTTTGGTCGTGACCCTTCAATCACGGCTGCCTTGACTAGG
ATGCATTTTCATGACTGTTTTGTTCAGGGCTGCGACGCTTCTCTCCTCATAGACCCAACG
ACGACTCAACCATCGCCGGAAAAGACCGCCGGGCCAAACGGCGGCGTGAGAGGGTTCGAA
CTGATTGACGAGATCAAGACCGCTCTGGAGGCTCAATGTCCCTCCAAGGTCTCTTGCTCA
GATATAGTCACGCTCGCCACACGTGACTCGGTCTTCTTAGGTGGAGGACCGAGCTACGTG
GTCCCAACCGGACGACGTGATGGCTTTGTTTCGAACTCTGAAGACGCGGAAGGGATCCTC
CCGGGACCAGGCCTCCCAGTCCCAGATATGCTAACGTTCTTTGGGAATAAAGGGATGGAT
GTTTTTGATGCAGTGGCTCTTTTGGGTGCACACACGGTTGGGGATTGGATCTTGTGGTAA
TTTTGTGGACCGACTCACCAATTTTCAAGGAACCGGACAGCCTGATCCCACTATGGACCC
CGGTTTGGCTGGCAG*CTAAG*AACACATGTTCAGCTGGAGGCAGCCAATTTGCAGCACT
GG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1FC70JQ 672 0 0
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TGTTTTTGATGCAGTGGCTCTTTTGGGTGCACACACGGTTGGG*ATTGGATCTTGTGGTA
ATTTTGTGGACCGACTCACCAATTTTCAAGGAACCGGACAGCCTGATCCCACTATGGACC
CCGGTTTGGCTGGCAGGCTAAGGAACACATGTTCAGCTGGAGGCAGCCAATTTGCAGCAC
TGGACCAGTCGACACCATTAGCCCCATTCTCATTTGACAACTTGTTTTTCACTCAGATCA
GAGAGAGGAAAGGAGTCTTACTACTTGATCATCTGATCGCAACACACCCATCCACTTCTG
ATGTTGTGTTTCAATATGCGGTCAACAACGAACTATTCAAACGCCAGTTCGCAATCGCAA
TGGTGAAGATGGGATCCGTTGACGTACTGACCGGCTTAGCTGGTGAGATCAGGACGAACT
GTAGAGCTTTCAACTAATGTCTCATTAACTCGTTTCCAAATCTGATTCTTGAATTGTGAA
TGGTGATCACTTGTTTACATAATAATTGTATGTATATGTCAATCTTTAAAATAAGATTTT
GTGAAGGGATTTGGTAAGAATAACATGTTATGTTGGAACCATATTTTAGTGAATGTAAAA
ACACATTCTCCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL5064Contig1 1036 2 2 U
GGGTCTCAAATTCTTCACCTTAGTAAGCACACAAGTCTGAGTGCAGGAAAAACAAGTCTT
AATTCAGACAAAGATGGTGCACAGAAGAGAAGTTAAAAAGAGTTATGTTATGTTCTCTTC
AACCTTCTTCTGGATCTTTTTCCTCTTTCTTTCTCCTGCAGAGCTTACACACGGTGTTAA
CTTTGAAATTCTTGCTCTAGTAGAAATCAAGAGTTCACTGAATGATCCTCATGGAGTTCT
AGTAAACTGGGACAGCACAGCAGTTGATCCTTGTAGCTGGAATCTGATCACTTGCTCTGC
TGATAATTTTGTCCTAAGCATAGGAGCTGCAAACCAGGACTTGTCAGGAACTCTTGCATC
AAGTATTGGCAATTTAACATATCTTGAGACTGTGCTATTGCAGAACAATTACATCACGGG
AAATATCCCTCCTGAGATTGGGAAACTGATGAAACTCAAAACACTTGATCTATCTAACAA
TAACTTCTCTGGTCCAATCCCATCCACTCTTTCTCATCCCACATATTTTCAATACTTGAA
GCTGAACAATAATAGCCTGACAGGAACAATTCCTACCTCAGTGGCAAACATGACCCGACT
AATTCTTTTGGATCTGTCTTACAATAACTTGAGTGGACCAGTTCCAATATTACATGCCAA
TACATTCAATGTAATGGGCAATCCACAGATTTGTTCAACTAAAACTGAGGAATACTGCAA
CATGACTTATCCTAAACCAACGTCACTTACCTTTAGCAGTTTTGAACCATCTGATGGAGG
AACAATAAACCAAAAATTCGCTGTACAATTTGGTTTAAGCCTTCTGCTTGTTGATCATTG
GCATTGGCTTTTATTAAGATAAAACTTTATTACAAGATTATGTTAATAATGATGTAAATT
TGTAAAAGATTAGGCTTTATTGGGAATCTTACCTGTATAATAAATACTAAAGTTATGGAA
TGTTAATAAACAAAATTATTTGTACACAAGCTGTTGTGATTTTTGATGATAAACTTAAAA
ATAATCTCAGGATGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G769TF U 1
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BS 662 1036 RR1G769JQ

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CTTTGAAATTCTTGCTCTAGTAGAAATCAAGAGTTCACTGAATGATCCTCATGGAGTTCT
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AAGTATTGGCAATTTAACATATCTTGAGACTGTGCTATTGCAGAACAATTACATCACGGG
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GCTGAACAATAATAGCCTGACAGGAACAATTCCTACCTCAGTGGCAAACATGACCCGACT
AATTCTTTTGGATCTGTCTTACAATAACTTGAGTGGACCAGTTCCAATATTACATGCCAA
T

QA 1 661 1 661
DS 

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TCTTGCATCAAGTATTGGCAATTTAACATATCTTGAGACTGTGCTATTGCAGAACAATTA
CATCACGGGAAATATCCCTCCTGAGATTGGGAAACTGATGAAACTCAAAACACTTGATCT
ATCTAACAATAACTTCTCTGGTCCAATCCCATCCACTCTTTCTCATCCCACATATTTTCA
ATACTTGAAGCTGAACAATAATAGCCTGACAGGAACAATTCCTACCTCAGTGGCAAACAT
GACCCGACTAATTCTTTTGGATCTGTCTTACAATAACTTGAGTGGACCAGTTCCAATATT
ACATGCCAATACATTCAATGTAATGGGCAATCCACAGATTTGTTCAACTAAAACTGAGGA
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TGATCATTGGCATTGGCTTTTATTAAGATAAAACTTTATTACAAGATTATGTTAATAATG
ATGTAAATTTGTAAAAGATTAGGCTTTATTGGGAATCTTACCTGTATAATAAATACTAAA
GTTATGGAATGTTAATAAACAAAATTATTTGTACACAAGCTGTTGTGATTTTTGATGATA
AACTTAAAAATAATCTCAGGATGAG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

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ATTTTTTCTGAATGCAAATGATTAATGCTTTTTTTT


BQ
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AF RR1BI95TF U 1
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BS 456 636 RR1BI95JQ

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CCTCGGTGGTTCAAGTGACGTGCAGGAAGAAGGATCTGCACCCCGAGTTTCACGAGGACG
CCAAGGTCTACTGCAACGGGGAGCTCGTCATGACCACCGGAGGGACCAAGAAAGATTACG
TCGTCGATGTCTGGTCCGGTAACCACCCGTTCTACCTCGGGAACCGCTCCGCTCTGATGG
TTGATGCTGATCAGGTTGAGAAGTTCCGTAAGAGGTTCGCCGGGCTGTCGGAGATTATGG
AGATTCCTGTCCTGATAGGAGAGATCGTCTTGCCG

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1BI95JQ 524 0 0
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CGAGGACGCCAAGGTTTACTGCAACGGGGAGCTCGTCATGACCACCGGAGGGACCAAGAA
AGATTACGTTGTCGATGTTTGGTCCGGTAACCACCCGTTTTACCTCGGGAACCGCTCCGT
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TGCTGGTAAAGGGAAGAAGAGATGATGATGAGACTTTTACAATGTTTTTTGGTAAAACGT
TAGATTTGTTTTTTTTTTTATTCGACCAAAAGTGGACTTGCTTTGGCGCTGTTGAATTTG
TATGTTACATTTTTTCTGAATGCAAATGATTAATGCTTTTTTTT

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 2

CO CL5066Contig1 517 2 2 U
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AAATATAAAGCTTTATATAGTCATCTTCTCTACCACATTCATCACCTATCATGTTAATTC
ACGCTACTGTATTTCAACTTATTCTTATGGCTAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW29TF U 1
AF RR1GW29JQ C 81
BS 1 329 RR1GW29TF
BS 330 517 RR1GW29JQ

RD RR1GW29TF 329 0 0
TTTTTACTCATTCTTGGATCAGCCATGACACATTCACTCTCTCCTCTCTTACCGGCTGCT
CACGCCGGCAGCCTCTCGTCTCCATCACCACGGTCACGGCCGCAGACTCCTCCCATCATT
CTTCAAGTTCCTAAAATTAATCGCAGGGCGATTGTGGTGGGGTTAGGCAGTGCGCTATGG
AGTTGGAACGCTCTGGATGGTAAGCAGGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCACCT
CCACCACCACCTAAGGAGAAGAATGATCCGACAGTGAGTGGAGTTCAGGCGAAGGTATTG
GCGAGCAAGAAGCGTAAAGAAGCAATGAA

QA 1 329 1 329
DS 

RD RR1GW29JQ 437 0 0
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TCGCAGGGCGATTGTGGTGGGGTTAGGCAGTGCGCTATGGAGTTGGAACGCTCTGGATGG
TAAGCAGGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCACCTCCACCACCACCTAAGGAGAA
GAATGATCCGACAGTGAGTGGAGTTCAGGCGAAGGTATTGGCGAGCAAGAAGCGTAAAGA
AGCAATGAAGGCCTCCATGGCTAAACTTAGAGAGAGAGGCAAACCAGTTGTTGAAGAAGA
ACCATCTTCTTCTTTTTCTGAACAATAGCATCCACACAAGAAATATAAAGCTTTATATAG
TCATCTTCTCTACCACATTCATCACCTATCATGTTAATTCACGCTACTGTATTTCAACTT
ATTCTTATGGCTAGACC

QA 1 437 1 437
DS 



AS 1 2

CO CL5067Contig1 1038 2 4 U
GGACATCTTAAATTAACACTTTCTTTACAGTTGCATTTCAATATTTTGAGAGAGATTAAA
ATTATATATAATGGCAAGTTCACTAGCCTTGAGTTCCGTCGTGGGAATCTTAGGAAATGT
AATATCATTTTTCGTGTGTCTTTCCCCTAGTCCAATGTTCGTTCGGATTTACAAGAGGAA
GTCTGCAGAAGGCTATCAGTCACTACCTTACGCGATCGCATTGTTCAGTGCGATGCTATG
GATATACTACGCAATGATCAAGAAGAATGTAATGGTTATGATCACTATCAACGCCGTTTC
CTTGGTCATACAAATCTTCTACATCTCCTTCTACCTCTTCTATGCTCCTAAAAAGGAAAA
GACTCTAACGGTGAAATTCGTCCTCCTTGTGGATGTTTTTGCCTTCGGCCTTATCTTCTT
CCTGACATACTTTCTGCTTCATGGAGAAAAACGGGTTCAAGTCCTCGGAAATGTGTGTAT
GGTCTTCTCTCTCTGTGTTTTTGTCGCCCCCCTTGGCATCATTCGGAAAGTGATAAAGAC
GAAAAGTGCAGAATTTATGCCTTTCGGTCTCTCGTTCTTTCTCACCTTATCGGCCGTCGT
GTGGTTCTTTTACGGTCTTCTGCTTGAAGATATTAACATAGCGGTTCCGAATATATTTGG
TTTCATCTTCGGGGTGATTCAGATGATAATCTACGTGATTTATAAGAAACCTGGCTCGGA
GGTTTTAGAGCCTCCAGGGATTGCCCTCCAGGAAATATCCGAGCACGTAGTAAACTTTGA
TGTCGGGAGGCTTAGTTCGATGGACGACAGTTTTGAGATGGAAGACACCATAACCATTGA
TGAGAAGATCAAAGGAGAAAGAGCAAGAACTGATAACTAACTAAACTATTAACTATCACG
TATCAAGTTGTGTGTGTTTAGTTGTTTTTGCGTGATAATAAGGGTGCAATGTTTAATCTT
GCATCTCTCGCTCGTGTCTCTCTCATCTTGAATGTAAAATACGTCTAAAATAATTAAATA
AATAAACATGTTTTATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AG20TF U 1
AF RR1AG20JQ C 224
BS 1 520 RR1AG20TF
BS 521 521 RR1AG20JQ
BS 522 537 RR1AG20TF
BS 538 1038 RR1AG20JQ

RD RR1AG20TF 537 0 0
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AATATCATTTTTCGTGTGTCTTTCCCCTAGTCCAATGTTCGTTCGGATTTACAAGAGGAA
GTCTGCAGAAGGCTATCAGTCACTACCTTACGCGATCGCATTGTTCAGTGCGATGCTATG
GATATACTACGCAATGATCAAGAAGAATGTAATGGTTATGATCACTATCAACGCCGTTTC
CTTGGTCATACAAATCTTCTACATCTCCTTCTACCTCTTCTATGCTCCTAAAAAGGAAAA
GACTCTAACGGTGAAATTCGTCCTCCTTGTGGATGTTTTTGCCTTCGGCCTTATCTTCTT
CCTGACATACTTTCTGCTTCATGGAGAAAAACGGGTTCAAGTCCTCGGAAATGTGTGTAT
GGTCTTCTCTCTCTGTGTTTTTGTCGCCCCCCTTGGCATCGTTCGGAAAGTGATAAA

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1AG20JQ 815 0 0
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GCTCCTAAAAAGGAAAAGACTCTAACGGTGAAATTCGTCCTCCTTGTGGATGTTTTTGCC
TTCGGCCTTATCTTCTTCCTGACATACTTTCTGCTTCATGGAGAAAAACGGGTTCAAGTC
CTCGGAAATGTGTGTATGGTCTTCTCTCTCTGTGTTTTTGTCGCCCCCCTTGGCATCATT
CGGAAAGTGATAAAGACGAAAAGTGCAGAATTTATGCCTTTCGGTCTCTCGTTCTTTCTC
ACCTTATCGGCCGTCGTGTGGTTCTTTTACGGTCTTCTGCTTGAAGATATTAACATAGCG
GTTCCGAATATATTTGGTTTCATCTTCGGGGTGATTCAGATGATAATCTACGTGATTTAT
AAGAAACCTGGCTCGGAGGTTTTAGAGCCTCCAGGGATTGCCCTCCAGGAAATATCCGAG
CACGTAGTAAACTTTGATGTCGGGAGGCTTAGTTCGATGGACGACAGTTTTGAGATGGAA
GACACCATAACCATTGATGAGAAGATCAAAGGAGAAAGAGCAAGAACTGATAACTAACTA
AACTATTAACTATCACGTATCAAGTTGTGTGTGTTTAGTTGTTTTTGCGTGATAATAAGG
GTGCAATGTTTAATCTTGCATCTCTCGCTCGTGTCTCTCTCATCTTGAATGTAAAATACG
TCTAAAATAATTAAATAAATAAACATGTTTTATGG

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL5068Contig1 1017 2 8 U
GAGTCCAACGTCCGACGCCTTTAAACGCCTTAATCATTTACCTTTGGCTTCCTTTCGGCT
TCATGCTCTCCATCTTCCGTGTCTACTTCAACCTCCCTTTACCCGAACGCTTCGTTCGTT
ACACTTACGAGATCCTCGGCATTCACCTCACTATCCGTGGCCACCGTCCCCCTCCTCCTT
CCCCCGGCACACCTGGAAACCTCTACGTCCTTAACCATCGTACTGCTCTTGACCCCATTA
TCATCGCCATTGCTCTCGGCCGTAAGATCTCATGCGTCACTTATAGTGTCTCTCGCCTCT
CCCGGATGCTCTCACCCATCCCTGCCGTCGCTCTGACCCGAGATCGTGCCGCCGATGCTG
CCCGTATGAGAAAACTTCTCGAGAAAGGTGATTTGGTGATCTGTCCTGAAGGTACGACTT
GTAGAGAACCGTATCTGCTGCGATTCAGTGCTCTATTTGCAGAGCTAAGCGACCGGATCG
TACCTGTGGCCATGAACTGTAAGCAAGGGATGTTCAATGGAACAACAGTCAGAGGTGTAA
AATTTTGGGATCCTTACTTCTTCTTCATGAACCCTAGACCTAGCTATGAGGCCACTTTCT
TGGACCGTTTGCCTGAAGAAATTACTGTAAACGGCGGCGGTAAAACTCCAATAGAGGTGG
CTAATTACGTTCAGAAGGTGATAGGTGGAGTATGGGGGTTCGAGTGCACTGAACTTACAA
GGAAGGATAAGTATCTTTTGCTTGGAGGCAACGACGGGAAGGTTGAGTCTATCAAGAAGA
CAAAGGAGTGATATACTCCATCTAGTTACGGCTTTCTACTATTTTACATGGGAATGAAGT
TAGGCCTTACTGGTTTTGGCGATTACATTTTAATGAATTGTTGGAGGAAACACTTTAGTC
GAACATGCATTGGATCATGAATTTCATTTAAATTTCATGTACATGCAATTACTATTTTCC
CCCTCATCTTTTTAAATGATTAGTAGTATACTCTAAAATATATCCAGTTTCACATAT


BQ
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AF RR1F710TF U 1
AF RR1F710JQ C 214
BS 1 644 RR1F710TF
BS 645 645 RR1F710JQ
BS 646 677 RR1F710TF
BS 678 678 RR1F710JQ
BS 679 684 RR1F710TF
BS 685 685 RR1F710JQ
BS 686 706 RR1F710TF
BS 707 1017 RR1F710JQ

RD RR1F710TF 706 0 0
GAGTCCAACGTCCGACGCCTTTAAACGCCTTAATCATTTACCTTTGGCTTCCTTTCGGCT
TCATGCTCTCCATCTTCCGTGTCTACTTCAACCTCCCTTTACCCGAACGCTTCGTTCGTT
ACACTTACGAGATCCTCGGCATTCACCTCACTATCCGTGGCCACCGTCCCCCTCCTCCTT
CCCCCGGCACACCTGGAAACCTCTACGTCCTTAACCATCGTACTGCTCTTGACCCCATTA
TCATCGCCATTGCTCTCGGCCGTAAGATCTCATGCGTCACTTATAGTGTCTCTCGCCTCT
CCCGGATGCTCTCACCCATCCCTGCCGTCGCTCTGACCCGAGATCGTGCCGCCGATGCTG
CCCGTATGAGAAAACTTCTCGAGAAAGGTGATTTGGTGATCTGTCCTGAAGGTACGACTT
GTAGAGAACCGTATCTGCTGCGATTCAGTGCTCTATTTGCAGAGCTAAGCGACCGGATCG
TACCTGTGGCCATGAACTGTAAGCAAGGGATGTTCAATGGAACAACAGTCAGAGGTGTAA
AATTTTGGGATCCTTACTTCTTCTTCATGAACCCTAGACCTAGCTATGAGGCCACTTTCT
TGGACCGTTTGCCTGAAGAAATTACTGTAAACGGCGGCGGTAAA*CTCCAATAGAGGTGG
CTAATTACGTTCAGAAG*TGATAG*TGGAGTATGGGGGTTCGAGTG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1F710JQ 804 0 0
ACCATCGTACTGCTCTTGACCCCATTATCATCGCCATTGCTCTCGGCCGTAAGATCTCAT
GCGTCACTTATAGTGTCTCTCGCCTCTCCCGGATGCTCTCACCCATCCCTGCCGTCGCTC
TGACCCGAGATCGTGCCGCCGATGCTGCCCGTATGAGAAAACTTCTCGAGAAAGGTGATT
TGGTGATCTGTCCTGAAGGTACGACTTGTAGAGAACCGTATCTGCTGCGATTCAGTGCTC
TATTTGCAGAGCTAAGCGACCGGATCGTACCTGTGGCCATGAACTGTAAGCAAGGGATGT
TCAATGGAACAACAGTCAGAGGTGTAAAATTTTGGGATCCTTACTTCTTCTTCATGAACC
CTAGACCTAGCTATGAGGCCACTTTCTTGGACCGTTTGCCTGAAGAAATTACTGTAAACG
GCGGCGGTAAAACTCCAATAGAGGTGGCTAATTACGTTCAGAAGGTGATAGGTGGAGTAT
GGGGGTTCGAGTGCACTGAACTTACAAGGAAGGATAAGTATCTTTTGCTTGGAGGCAACG
ACGGGAAGGTTGAGTCTATCAAGAAGACAAAGGAGTGATATACTCCATCTAGTTACGGCT
TTCTACTATTTTACATGGGAATGAAGTTAGGCCTTACTGGTTTTGGCGATTACATTTTAA
TGAATTGTTGGAGGAAACACTTTAGTCGAACATGCATTGGATCATGAATTTCATTTAAAT
TTCATGTACATGCAATTACTATTTTCCCCCTCATCTTTTTAAATGATTAGTAGTATACTC
TAAAATATATCCAGTTTCACATAT

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL5069Contig1 1133 2 4 U
GGATGAGCAACGAAGAGAACAACATCACGTCCATCGAAGCTGTTCATAACAGTGGAGGCG
ATTCATCTGATGCCTTAGATATTATTCCAGAGGATCCTGATCTTACCGAGGATCTTAAGA
ACCTAACAATAAAACGAACCTTTGATACGAAGAAACTCTCACCTAAAGTCACCAAACGTG
TTCTGTTTCTCAAGGACATTCAGGTCAAACACGACGAACTCGAGGAGAAGTTTCTTCAAG
AAAAATCTGCATTGGAAGCAAAATACAACAATCTCTACAAGCCGCTTTTTGATAAGAGAT
ATGAAATTGTGAATGGTGTGGCTGAAGCTGAGACGGAGAAAGGAGGAGTACCTAACTTCT
GGTTGATTGCAATGAAAACCAACGAGATGCTAGCAAACGAGATAACCGAAAGAGATGAGG
GAGCTTTGAAGTATCTCAAAGACATCAGATGTTGCAGAGTAGAAAACAGTTCAAGAAACT
TCAAGCTGGAGTTTCTCTTTGATCCTAATCCTTACTTCAAGAACTCGGTTCTGTCTAAAA
CTTACCATGTGACCGATGACGATGATGATGGCCCTGTTCTTGATAAAGTGATTGGAACGG
AGATAGAATGGTGTCCAGGTAAGTGTTTGACTCATAAGGTTGTTGTCAAGAAGAGGCCAA
AGAAGGGGACAAAGAAAGTGAACAACATCCCCATGACTAAAACCGAAAACTGCGAGAGTT
TCTTTAACTTCTTCAAGCCCCCTGAGATTGATGAAGTTGATGAATGTTTTACAACTATGG
ATGAAGAACTCCAAAACCTGACGGATCAGGACTATGACATTGCTGTGACAATCAGAGACA
AACTGATCCCTCACGCAGTTTCATGGTTTACTGGAGAGGCTCTTGTTGATGAAGATGAAT
ATGATGATGATGATGATGAGAATGATGACTAAATAAAAGAAAAGACGCGCCAAGAGTTTC
AAGAATTTCTTACACATGAAGAAGTGATTTTAGAGAGAAGACTTCATGCTCCAAGCACTT
AAGCTTAAAACATCAACATTCTGAGATCCATTGTTAAATACAAAGAGATGCGTATTTTCT
CCTATTGCCAATTTTGGGTAAACTCTTGAGGTAATGCATGTTTTCCCTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D045TF U 1
AF RR1D045JQ C 411
BS 1 638 RR1D045TF
BS 639 639 RR1D045JQ
BS 640 648 RR1D045TF
BS 649 1133 RR1D045JQ

RD RR1D045TF 658 0 0
GGATGAGCAACGAAGAGAACAACATCACGTCCATCGAAGCTGTTCATAACAGTGGAGGCG
ATTCATCTGATGCCTTAGATATTATTCCAGAGGATCCTGATCTTACCGAGGATCTTAAGA
ACCTAACAATAAAACGAACCTTTGATACGAAGAAACTCTCACCTAAAGTCACCAAACGTG
TTCTGTTTCTCAAGGACATTCAGGTCAAACACGACGAACTCGAGGAGAAGTTTCTTCAAG
AAAAATCTGCATTGGAAGCAAAATACAACAATCTCTACAAGCCGCTTTTTGATAAGAGAT
ATGAAATTGTGAATGGTGTGGCTGAAGCTGAGACGGAGAAAGGAGGAGTACCTAACTTCT
GGTTGATTGCAATGAAAACCAACGAGATGCTAGCAAACGAGATAACCGAAAGAGATGAGG
GAGCTTTGAAGTATCTCAAAGACATCAGATGTTGCAGAGTAGAAAACAGTTCAAGAAACT
TCAAGCTGGAGTTTCTCTTTGATCCTAATCCTTACTTCAAGAACTCGGTTCTGTCTAAAA
CTTACCATGTGACCGATGACGATGATGATGGCCCTGTTCTTGATAAAGTGATTGGAACGG
AGATAGAATGGTGTCCAGGTAAGTGTTTGACTCATAAG*TTGTTGTCA
GAGAGCCAAA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1D045JQ 723 0 0
AGAGATGAGGGAGCTTTGAAGTATCTCAAAGACATCAGATGTTGCAGAGTAGAAAACAGT
TCAAGAAACTTCAAGCTGGAGTTTCTCTTTGATCCTAATCCTTACTTCAAGAACTCGGTT
CTGTCTAAAACTTACCATGTGACCGATGACGATGATGATGGCCCTGTTCTTGATAAAGTG
ATTGGAACGGAGATAGAATGGTGTCCAGGTAAGTGTTTGACTCATAAGGTTGTTGTCAAG
AAGAGGCCAAAGAAGGGGACAAAGAAAGTGAACAACATCCCCATGACTAAAACCGAAAAC
TGCGAGAGTTTCTTTAACTTCTTCAAGCCCCCTGAGATTGATGAAGTTGATGAATGTTTT
ACAACTATGGATGAAGAACTCCAAAACCTGACGGATCAGGACTATGACATTGCTGTGACA
ATCAGAGACAAACTGATCCCTCACGCAGTTTCATGGTTTACTGGAGAGGCTCTTGTTGAT
GAAGATGAATATGATGATGATGATGATGAGAATGATGACTAAATAAAAGAAAAGACGCGC
CAAGAGTTTCAAGAATTTCTTACACATGAAGAAGTGATTTTAGAGAGAAGACTTCATGCT
CCAAGCACTTAAGCTTAAAACATCAACATTCTGAGATCCATTGTTAAATACAAAGAGATG
CGTATTTTCTCCTATTGCCAATTTTGGGTAAACTCTTGAGGTAATGCATGTTTTCCCTTT
CCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL5070Contig1 479 2 1 U
GGAGGCTCTCAGCTTAGGATCAACGTTAACCAAACACAGGCTCTTGCCTTGCCTAGGGCT
TGTAATGTTCAAACTCCTCCTGTCAGTCGCTGTAACAACGGTGGTGGTTCTACTGCTGAC
TCTCCTACAGGTTTACCAAACACTTCAGGACCAGGAAATGGATCGAAAACTGTGCCAGTA
GGAGAAGGAGATGGATCATCGTCACATGGAAGCTCTATCAAGTTCTCATATCCTCTTCTT
GCCTTTCTTTCTGTGGCTTCCTACATCGCAATCTTTTTGAAACTCTGATTTCTTCCAATC
CACGTTTCACCGGAAAACGATGAAGCTTTTATGCCCCATTCAGATTGCATTTTTTTTATT
GTTCCCTATTTATTCACATTTCCTTGAGATTTATGTAATGTATTCTATCTTCTATGTATC
CCCTACTCTCCCGGTAGCATGTTGGATCTCTTTACCTTTAATAATAAACATTATTTTCC


BQ
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AF RR1E586JQ C 1
AF RR1E586TF U 1
BS 1 479 RR1E586TF

RD RR1E586JQ 479 0 0
GGAGGCTCTCAGCTTAGGATCAACGTTAACCAAACACAGGCTCTTGCCTTGCCTAGGGCT
TGTAATGTTCAAACTCCTCCTGTCAGTCGCTGTAACAACGGTGGTGGTTCTACTGCTGAC
TCTCCTACAGGTTTACCAAACACTTCAGGACCAGGAAATGGATCGAAAACTGTGCCAGTA
GGAGAAGGAGATGGATCATCGTCACATGGAAGCTCTATCAAGTTCTCATATCCTCTTCTT
GCCTTTCTTTCTGTGGCTTCCTACATCGCAATCTTTTTGAAACTCTGATTTCTTCCAATC
CACGTTTCACCGGAAAACGATGAAGCTTTTATGCCCCATTCAGATTGCATTTTTTTTATT
GTTCCCTATTTATTCACATTTCCTTGAGATTTATGTAATGTATTCTATCTTCTATGTATC
CCCTACTCTCCCGGTAGCATGTTGGATCTCTTTACCTTTAATAATAAACATTATTTTCC

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR1E586TF 479 0 0
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TGTAATGTTCAAACTCCTCCTGTCAGTCGCTGTAACAACGGTGGTGGTTCTACTGCTGAC
TCTCCTACAGGTTTACCAAACACTTCAGGACCAGGAAATGGATCGAAAACTGTGCCAGTA
GGAGAAGGAGATGGATCATCGTCACATGGAAGCTCTATCAAGTTCTCATATCCTCTTCTT
GCCTTTCTTTCTGTGGCTTCCTACATCGCAATCTTTTTGAAACTCTGATTTCTTCCAATC
CACGTTTCACCGGAAAACGATGAAGCTTTTATGCCCCATTCAGATTGCATTTTTTTTATT
GTTCCCTATTTATTCACATTTCCTTGAGATTTATGTAATGTATTCTATCTTCTATGTATC
CCCTACTCTCCCGGTAGCATGTTGGATCTCTTTACCTTTAATAATAAACATTATTTTCC

QA 1 479 1 479
DS 



AS 1 2

CO CL5071Contig1 965 2 10 U
GGATTCATGTAAAAAAAACATCATCTATCTGTAGTAATCCTCCGAGGCGAATCGATCATA
TCCATGGCTTTACCTTCTCTTTTGGTAGAAGATCGTCAAGTTCCGCTTGATGCTACCTCC
GATCTACCTGCTTTGTTCGACGGAACCACGAGGTTGTACATAAGCTACACCTGCCCATTT
GCACAACGTGTTTGGATTACCAGAAACCTCAAGGGTCTGCAAGAGAAGATCAAATTGGTT
CCTATAGACCTTCCTAATAGACCAGCGTGGTTCAAGGAGAAAGTGAACCCTGCAAACAAG
GTGCCTGCTCTTGAACACAATGGCAAAATCATGGGGGAGAGTCTAGATTTAATCAAATAT
GTGGATAGCAATTTCGAGGGACATTCACTTTACCCCCTGGATCCTGAAAAGAGAGACTTT
GGTGAAGACATGTTGAAATATGTTGATACAACATTCATTAAAGTTGTGTTTGACTCTTTC
AAAGGTGATCCGGCTAAAGATACGGCATCTGTCTTCGATCACTTGGAAAATGCTTTACAA
AAGTTTGAGGATGGTCCATTCTTCCTCGGCGACCTTAGCTTGGTTGATGTCGCATATATT
CCATTCGTCCAACGATTTCAAGTCTTCCTCGGCGAAGTTTTCAAGTACGATATTGCTGCT
GGACGTCCAAAACTAGCTGCTTGGATTGAGGAAATGGATAAGATGGTTGCATATACGCAG
ACCAAAACCGACTCGGAATATGTCATTAATTATTTCAAGAAGTTCATGTAAAATTGTATA
CCGAGTCATCGCGCGGCCATGTTGGCTTATGAAGAAGATCGTGTGTGAACGTTACTATGT
ACGTGTGTGTGCTACAAGTGTCTGGATTTCAACCATTTCGCATCGTTCTTAATAAATGTT
ATGTGGAGCATATCATTCAAAAAATGTTATGTGGAACTTTTGTATACAATGTGTGTATCA
GTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1CJ20TF U 1
AF RR1CJ20JQ C 252
BS 1 671 RR1CJ20TF
BS 672 672 RR1CJ20JQ
BS 673 693 RR1CJ20TF
BS 694 694 RR1CJ20JQ
BS 695 726 RR1CJ20TF
BS 727 727 RR1CJ20JQ
BS 728 737 RR1CJ20TF
BS 738 738 RR1CJ20JQ
BS 739 748 RR1CJ20TF
BS 749 965 RR1CJ20JQ

RD RR1CJ20TF 749 0 0
GGATTCATGTAAAAAAAACATCATCTATCTGTAGTAATCCTCCGAGGCGAATCGATCATA
TCCATGGCTTTACCTTCTCTTTTGGTAGAAGATCGTCAAGTTCCGCTTGATGCTACCTCC
GATCTACCTGCTTTGTTCGACGGAACCACGAGGTTGTACATAAGCTACACCTGCCCATTT
GCACAACGTGTTTGGATTACCAGAAACCTCAAGGGTCTGCAAGAGAAGATCAAATTGGTT
CCTATAGACCTTCCTAATAGACCAGCGTGGTTCAAGGAGAAAGTGAACCCTGCAAACAAG
GTGCCTGCTCTTGAACACAATGGCAAAATCATGGGGGAGAGTCTAGATTTAATCAAATAT
GTGGATAGCAATTTCGAGGGACATTCACTTTACCCCCTGGATCCTGAAAAGAGAGACTTT
GGTGAAGACATGTTGAAATATGTTGATACAACATTCATTAAAGTTGTGTTTGACTCTTTC
AAAGGTGATCCGGCTAAAGATACGGCATCTGTCTTCGATCACTTGGAAAATGCTTTACAA
AAGTTTGAGGATGGTCCATTCTTCCTCGGCGACCTTAGCTTGGTTGATGTCGCATATATT
CCATTCGTCCAACGATTTCAAGTCTTCCTCGGCGAAGTTTTCAAGTACGATATTGCTGCT
GGACGTCCAAA*CTAGCTGCTTGGATTGAGGAA*TGGATAAGATGGTTGCATATACGCAG
ACCAAA*CCGACTCGGA*TATGTCATTA
T

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1CJ20JQ 714 0 0
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TGAACACAATGGCAAAATCATGGGGGAGAGTCTAGATTTAATCAAATATGTGGATAGCAA
TTTCGAGGGACATTCACTTTACCCCCTGGATCCTGAAAAGAGAGACTTTGGTGAAGACAT
GTTGAAATATGTTGATACAACATTCATTAAAGTTGTGTTTGACTCTTTCAAAGGTGATCC
GGCTAAAGATACGGCATCTGTCTTCGATCACTTGGAAAATGCTTTACAAAAGTTTGAGGA
TGGTCCATTCTTCCTCGGCGACCTTAGCTTGGTTGATGTCGCATATATTCCATTCGTCCA
ACGATTTCAAGTCTTCCTCGGCGAAGTTTTCAAGTACGATATTGCTGCTGGACGTCCAAA
ACTAGCTGCTTGGATTGAGGAAATGGATAAGATGGTTGCATATACGCAGACCAAAACCGA
CTCGGAATATGTCATTAATTATTTCAAGAAGTTCATGTAAAATTGTATACCGAGTCATCG
CGCGGCCATGTTGGCTTATGAAGAAGATCGTGTGTGAACGTTACTATGTACGTGTGTGTG
CTACAAGTGTCTGGATTTCAACCATTTCGCATCGTTCTTAATAAATGTTATGTGGAGCAT
ATCATTCAAAAAATGTTATGTGGAACTTTTGTATACAATGTGTGTATCAGTGTA

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL5072Contig1 742 2 2 U
GGGTTCATCTCCAGTTCATTTAAAAACACAGACACACTAACACTTTTGTGGTGCTAACTA
AATTCAGAAGTATTTGTAACCTCTATGGCTTCTTCTTCTCTTCTAGTCACCATCTTCCTC
TGCCTTTCCTTCTTCTCCTTCTTGTCTGTAAATGCAAATGAGGTAACCGTCGGTGGAAAA
TCCGGTGTGTGGAAGATCCCTCCTTCATCTTCTTACTCTTTCGACGAATGGGCTCAAAAG
GCTCGCTTCAAAGTCGGAGACTTCCTAGTTTTCAGCTACGAAGCAGGTAAAGACTCCGTG
CTGCAAGTGACAAGAGAGGCTTACGAGAAATGCAACACCACGAGCCCGAAAGCCAGCTAC
ACCGACGGGAACACCAAGGTGAAGCTAGAACAATCCGGTCCGGTCTACTTCATAAGTGGA
ACAGAGGGTCACTGTCAAAAGGGTCAGAAGCTACGCCTTGTGGTAGTCACTCCTCGTAGC
TCTGCTTTCTCTCCGGCTCCTTCTCCATCTGAGGGTCCCGCCGTTGCTCCTTCTAGTGGC
GGCGCTGCTAAGCTCACGGGCGTCTTCAGTGTTCTGGGCCTTGTTCTTGGACTCTGGGCC
TTCTTCTGAGAGAATTTTACTGCCTTTTTAGTTCTGAGTTTTATTCTATTTATTAATTTT
CAAAGATGGAGCAAAGATGTTTGTTCTCTCTTCCTAGTCTTGTTGTTACTAATTCAGTAT
TCACAAGATTTTCTCTTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H662TF U 1
AF RR1H662JQ C 133
BS 1 611 RR1H662TF
BS 612 742 RR1H662JQ

RD RR1H662TF 611 0 0
GGGTTCATCTCCAGTTCATTTAAAAACACAGACACACTAACACTTTTGTGGTGCTAACTA
AATTCAGAAGTATTTGTAACCTCTATGGCTTCTTCTTCTCTTCTAGTCACCATCTTCCTC
TGCCTTTCCTTCTTCTCCTTCTTGTCTGTAAATGCAAATGAGGTAACCGTCGGTGGAAAA
TCCGGTGTGTGGAAGATCCCTCCTTCATCTTCTTACTCTTTCGACGAATGGGCTCAAAAG
GCTCGCTTCAAAGTCGGAGACTTCCTAGTTTTCAGCTACGAAGCAGGTAAAGACTCCGTG
CTGCAAGTGACAAGAGAGGCTTACGAGAAATGCAACACCACGAGCCCGAAAGCCAGCTAC
ACCGACGGGAACACCAAGGTGAAGCTAGAACAATCCGGTCCGGTCTACTTCATAAGTGGA
ACAGAGGGTCACTGTCAAAAGGGTCAGAAGCTACGCCTTGTGGTAGTCACTCCTCGTAGC
TCTGCTTTCTCTCCGGCTCCTTCTCCATCTGAGGGTCCCGCCGTTGCTCCTTCTAGTGGC
GGCGCTGCTAAGCTCACGGGCGTCTTCAGTGTTCTGGGCCTTGTTCTTGGACTCTGGGCC
TTCTTCTGAGA

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1H662JQ 610 0 0
TTCTCCTTCTTGTCTGTAAATGCAAATGAGGTAACCGTCGGTGGAAAATCCGGTGTGTGG
AAGATCCCTCCTTCATCTTCTTACTCTTTCGACGAATGGGCTCAAAAGGCTCGCTTCAAA
GTCGGAGACTTCCTAGTTTTCAGCTACGAAGCAGGTAAAGACTCCGTGCTGCAAGTGACA
AGAGAGGCTTACGAGAAATGCAACACCACGAGCCCGAAAGCCAGCTACACCGACGGGAAC
ACCAAGGTGAAGCTAGAACAATCCGGTCCGGTCTACTTCATAAGTGGAACAGAGGGTCAC
TGTCAAAAGGGTCAGAAGCTACGCCTTGTGGTAGTCACTCCTCGTAGCTCTGCTTTCTCT
CCGGCTCCTTCTCCATCTGAGGGTCCCGCCGTTGCTCCTTCTAGTGGCGGCGCTGCTAAG
CTCACGGGCGTCTTCAGTGTTCTGGGCCTTGTTCTTGGACTCTGGGCCTTCTTCTGAGAG
AATTTTACTGCCTTTTTAGTTCTGAGTTTTATTCTATTTATTAATTTTCAAAGATGGAGC
AAAGATGTTTGTTCTCTCTTCCTAGTCTTGTTGTTACTAATTCAGTATTCACAAGATTTT
CTCTTTTATT

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL5073Contig1 302 2 1 U
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TATTTAGCTTTATTTGTTAAGGATCTTTGTGTGTGTCTTTTTGTGTAGCTTCTTCGGGTT
GTGTGGTGGCTGAAGAGATTCATTCTCAGCTCCGGTTACACCATCTCTTTATTTTTATTT
TTTGATTTGGTTAGGAGAGACCAAAGCTGCCTCTTAACTATCAAGTCTCACGAAGGCTAT
TACTCTACAACATGGTTTTACTTTATGAACTCAACCCATCCATTTCCATCGTTGATCGTT
TT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1H382JQ C 1
AF RR1H382TF U 1
BS 1 302 RR1H382TF

RD RR1H382JQ 302 0 0
TTTTTGTCAGGTATTTTACTTTTATCCCGTGGAGGAGGAATCATAGTTTATTTGCCCTGA
TATTTAGCTTTATTTGTTAAGGATCTTTGTGTGTGTCTTTTTGTGTAGCTTTTTCGGGTT
GTGTGGTGGCTGAAGAGATTCATTTTCAGCTCCGGTTACACCATTTTTTTATTTTTATTT
TTTGATTTGGTTAGGAGAGACCAAAGCTGCCTTTTAACTATCAAGTTTCACGAAGGCTAT
TACTTTACAACATGGTTTTACTTTATGAACTCAACCCATCCATTTCCATCGTTGATCGTT
TT

QA 1 302 1 302
DS 

RD RR1H382TF 302 0 0
TTTTTGTCAGGTATTCTACTCTTATCCCGTGGAGGAGGAATCATAGTTTATCTGCCCTGA
TATTTAGCTTTATTTGTTAAGGATCTTTGTGTGTGTCTTTTTGTGTAGCTTCTTCGGGTT
GTGTGGTGGCTGAAGAGATTCATTCTCAGCTCCGGTTACACCATCTCTTTATTTTTATTT
TTTGATTTGGTTAGGAGAGACCAAAGCTGCCTCTTAACTATCAAGTCTCACGAAGGCTAT
TACTCTACAACATGGTTTTACTTTATGAACTCAACCCATCCATTTCCATCGTTGATCGTT
TT

QA 1 302 1 302
DS 



AS 1 2

CO CL5074Contig1 1050 2 2 U
GGAAGCTGTTAAGTCTGTGATGCCTGAAGAACATATGAAACTCCTGACAAACATCCGAAA
GGTCAAGGAACGTAAAGAGAGAAAATATGCAGCTGCCTCTGAGATGAGTAGATCTCAGCA
TTCAAAAGAAACTTCATCAAAGGCTAGCCGTTGGAATGATACCAAAATATTTTCTGATTT
TGATGATGAAGACGAGGACAGCGATGGAGACTACATGGATGGGGAGCCGCATGGCCGCAG
CAAGGCTTCCTCTTTGTTGAAATCTAAAGCATCCGCTTTGAGATCAAAGAAAAGTCAGAG
GCAGTCTCATCTTGAAGTGAATGAGTCGGATGATGAACCGCTTGACTTAATGGATCGATA
CAAAACAAGATCAGCTCTTCGATCAAGTGAGCAACGCAAACGGAAAGCTGACTCGGATGA
AGAAGCAGAGTTTGATGAGGAAGGACGGCTAATCATCCAGGAAGGAGGGAGAGGTAAAAG
GAAGGAGATCTCTGATCCAGATTCTGATGCAAAGAGCAGCAAAGGTAGCCGTTTCTCTGC
AAACACATCTAAGAAGAACCAAAAGCGGATGAAGACATCAGAGTCAGGGTACGCTTACAC
AGGCAAAGAGTACGCAAGCAAAAAGGCAAGTGGGGATCTTAAGAGGAAAGATAAGCTTGA
ACCGTATGCGTATTGGCCACTCGATCGCAAGATGATGAGCCGTAGACCAGATCAGAGGGC
GGTTGCGGTCAGAGGTATGTCTAGTGTGGTTAAGCTGACGAAGAGGTTGGAAGGAAAGAG
CACTGCGGAAGCACTTGCCGCCACTAAGTTCAAAAAGTTCAAGAGGAGTGGTCAGAAGAA
ATCAGCTGGGAAGAAGAAAAGCAAGTGAGCAAGCGGCAGTAAGCTTCTCACTATGTTTAA
GATGTATTAGAAGAGGGATTGTATTTTATTTCACAGTTTTGACTGCTGAAACTTTACATG
CCAATTTGTTAATTTACTAGTGTAACAGCTAGTGAAAAAATCTCATGAGTTAATACTGTC
GACTTCGGTTTCAGATTGTTTGCCATATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT06TF U 1
AF RR1GT06JQ C 310
BS 1 621 RR1GT06TF
BS 622 1050 RR1GT06JQ

RD RR1GT06TF 621 0 0
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GGTCAAGGAACGTAAAGAGAGAAAATATGCAGCTGCCTCTGAGATGAGTAGATCTCAGCA
TTCAAAAGAAACTTCATCAAAGGCTAGCCGTTGGAATGATACCAAAATATTTTCTGATTT
TGATGATGAAGACGAGGACAGCGATGGAGACTACATGGATGGGGAGCCGCATGGCCGCAG
CAAGGCTTCCTCTTTGTTGAAATCTAAAGCATCCGCTTTGAGATCAAAGAAAAGTCAGAG
GCAGTCTCATCTTGAAGTGAATGAGTCGGATGATGAACCGCTTGACTTAATGGATCGATA
CAAAACAAGATCAGCTCTTCGATCAAGTGAGCAACGCAAACGGAAAGCTGACTCGGATGA
AGAAGCAGAGTTTGATGAGGAAGGACGGCTAATCATCCAGGAAGGAGGGAGAGGTAAAAG
GAAGGAGATCTCTGATCCAGATTCTGATGCAAAGAGCAGCAAAGGTAGCCGTTTCTCTGC
AAACACATCTAAGAAGAACCAAAAGCGGATGAAGACATCAGAGTCAGGGTACGCTTACAC
AGGCAAAGAGTACGCAAGCAA

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1GT06JQ 741 0 0
TCTTGAAGTGAATGAGTCGGATGATGAACCGCTTGACTTAATGGATCGATACAAAACAAG
ATCAGCTCTTCGATCAAGTGAGCAACGCAAACGGAAAGCTGACTCGGATGAAGAAGCAGA
GTTTGATGAGGAAGGACGGCTAATCATCCAGGAAGGAGGGAGAGGTAAAAGGAAGGAGAT
CTCTGATCCAGATTCTGATGCAAAGAGCAGCAAAGGTAGCCGTTTCTCTGCAAACACATC
TAAGAAGAACCAAAAGCGGATGAAGACATCAGAGTCAGGGTACGCTTACACAGGCAAAGA
GTACGCAAGCAAAAAGGCAAGTGGGGATCTTAAGAGGAAAGATAAGCTTGAACCGTATGC
GTATTGGCCACTCGATCGCAAGATGATGAGCCGTAGACCAGATCAGAGGGCGGTTGCGGT
CAGAGGTATGTCTAGTGTGGTTAAGCTGACGAAGAGGTTGGAAGGAAAGAGCACTGCGGA
AGCACTTGCCGCCACTAAGTTCAAAAAGTTCAAGAGGAGTGGTCAGAAGAAATCAGCTGG
GAAGAAGAAAAGCAAGTGAGCAAGCGGCAGTAAGCTTCTCACTATGTTTAAGATGTATTA
GAAGAGGGATTGTATTTTATTTCACAGTTTTGACTGCTGAAACTTTACATGCCAATTTGT
TAATTTACTAGTGTAACAGCTAGTGAAAAAATCTCATGAGTTAATACTGTCGACTTCGGT
TTCAGATTGTTTGCCATATGC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5076Contig1 478 2 1 U
GGATTTCTATTAAAACATTTGTGTCCTTATCTCTCTAAAAATGAAGCTCTCTCTGCGTGT
GGTGTCAGCGATTCTCCTCTCGTTCATGCTCCTCTTTACTTCAGGAATGGGTCCAGTGGA
ATCAAAACCGTGTGAGGCACGGAGTAAAACGTTCGAAGGAGTGTGTCTCAACGGACAGAA
ATGTGCCTCTGCTTGTACCAAAGAAGGCTCCACAGGCGGTCGTTGCAGTAGTCTCCGTTG
CTCCTGCACCAAACCCTGCTAGTTTAATTTTATCAACTAATGAAAACATAAAAACCATTC
ATTTTTGCAGTAGTCTCTTTCATCATTGTCTAGTTGTAATTCGCAAAATGTCGTTGTAAT
AACCTTGAAAGGAACAATTTGTTTTGTGTTGTTTGTATATATCATCTCCAGGTTGTATAT
ATGTATTGAGGTTTTAAATTATGTTTATACATGTATGGAATATTTTGATTAGTTTTGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FY34JQ C 1
AF RR1FY34TF U 1
BS 1 478 RR1FY34TF

RD RR1FY34JQ 478 0 0
GGATTTCTATTAAAACATTTGTGTCCTTATCTCTCTAAAAATGAAGCTCTCTCTGCGTGT
GGTGTCAGCGATTCTCCTCTCGTTCATGCTCCTCTTTACTTCAGGAATGGGTCCAGTGGA
ATCAAAACCGTGTGAGGCACGGAGTAAAACGTTCGAAGGAGTGTGTCTCAACGGACAGAA
ATGTGCCTCTGCTTGTACCAAAGAAGGCTCCACAGGCGGTCGTTGCAGTAGTCTCCGTTG
CTCCTGCACCAAACCCTGCTAGTTTAATTTTATCAACTAATGAAAACATAAAAACCATTC
ATTTTTGCAGTAGTCTCTTTCATCATTGTCTAGTTGTAATTCGCAAAATGTCGTTGTAAT
AACCTTGAAAGGAACAATTTGTTTTGTGTTGTTTGTATATATCATCTCCAGGTTGTATAT
ATGTATTGAGGTTTTAAATTATGTTTATACATGTATGGAATATTTTGATTAGTTTTGT

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR1FY34TF 478 0 0
GGATTTCTATTAAAACATTTGTGTCCTTATCTCTCTAAAAATGAAGCTCTCTCTGCGTGT
GGTGTCAGCGATTCTCCTCTCGTTCATGCTCCTCTTTACTTCAGGAATGGGTCCAGTGGA
ATCAAAACCGTGTGAGGCACGGAGTAAAACGTTCGAAGGAGTGTGTCTCAACGGACAGAA
ATGTGCCTCTGCTTGTACCAAAGAAGGCTCCACAGGCGGTCGTTGCAGTAGTCTCCGTTG
CTCCTGCACCAAACCCTGCTAGTTTAATTTTATCAACTAATGAAAACATAAAAACCATTC
ATTTTTGCAGTAGTCTCTTTCATCATTGTCTAGTTGTAATTCGCAAAATGTCGTTGTAAT
AACCTTGAAAGGAACAATTTGTTTTGTGTTGTTTGTATATATCATCTCCAGGTTGTATAT
ATGTATTGAGGTTTTAAATTATGTTTATACATGTATGGAATATTTTGATTAGTTTTGT

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL5077Contig1 618 2 2 U
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CGACATGAGGATCCTCGTAAAGGGCGGTGGTCACACTTCCCAGGTCTACGCCATCCGTCA
GAGTATCGCCAAGGCGCTCGTGGCTTTCTACCAGAAGTACGTGGACGAGCAGTCGAAGAA
GGAGGTGAAGGATATCCTGGTTAGGTACGATAGGACTCTGCTCGTGGCGGATCCGAGGAG
GTGCGAGCCGAAGAAGTTTGGTGGTCGTGGTGCTCGTTCTCGTTTCCAGAAGAGTTACCG
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CATGTTTTGTTTGGATATCTAAGAACTTATGTTTTGCTATGTTTACGTGTTTGGTGTCGG
AAAGTTTTAATATTTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FV55TF U 1
AF RR1FV55JQ C 1
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BS 532 618 RR1FV55JQ

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QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1FV55JQ 618 0 0
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TAAAGCATCCGTGCAATGTTCCGGGAGGAAGAAGACGGCGGTGGCTGTCACCCACTGCAA
GCGTGGATGCGGTCTCATCAAGCTCAACGGTGCCCTGATCGAGTTCTTCCAGCCTGATAT
CCTCCGGTACAAGATTTACGAGCCGGTCCTCCTCCTCGGGAAGCACCGTTTCGCAGGCGT
CGACATGAGGATCCTCGTAAAGGGCGGTGGTCACACTTCCCAGGTTTACGCCATCCGTCA
GAGTATCGCCAAGGCGCTCGTGGCTTTCTACCAGAAGTACGTGGACGAGCAGTCGAAGAA
GGAGGTGAAGGATATCCTGGTTAGGTACGATAGGACTCTGCTCGTGGCGGATCCGAGGAG
GTGCGAGCCGAAGAAGTTTGGTGGTCGTGGTGCTCGTTCTCGTTTCCAGAAGAGTTACCG
TTAAATGCTGGTTTGTGTTGTTTTTGTTTCGGAACGTTGCAAGGTTTCATTTTCAGGATT
CATGTTTTGTTTGGATATCTAAGAACTTATGTTTTGCTATGTTTACGTGTTTGGTGTCGG
AAAGTTTTAATATTTACC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL5078Contig1 316 2 1 U
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AAAGAAAAAATCTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ES06JQ C 1
AF RR1ES06TF U 1
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CTTGCCTAAACCATACAAACAAGCCTATTCCTTAGCTTTTTATTTCATTTTTCTTCCCAG
AATTATCATGAACTTTTACTTTGTTTTGATCAATAAGTGTCCAACAGAGATTTTTAGGTT
TTTTTTTTGTGGTAATTATGTACCTTGGGTTATCATATACTGTAAGATTTCAAGTATCGC
AAAGAAAAAATCTTCC

QA 1 316 1 316
DS 

RD RR1ES06TF 316 0 0
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AATTATCATGAACTTTTACTTTGTTTTGATCAATAAGTGTCCAACAGAGATTTCTAGGTT
TTTTTTTTGTGGTAATTATGTACCTTGGGTTATCATATACTGTAAGATTTCAAGTATCGC
AAAGAAAAAATCTTCC

QA 1 316 1 316
DS 



AS 1 2

CO CL5079Contig1 242 2 3 U
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AA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 

AF RR1A402TF U 3
AF RR1A402JQ C 1
BS 1 2 RR1A402JQ
BS 3 239 RR1A402TF
BS 240 242 RR1A402JQ

RD RR1A402TF 237 0 0
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CTAGGTCAATCTCGAAAGTTTGAGTCTTCTAAGCGTTTGCAAAAGTTTTGAGTTCTTCGA
TTATCTTAGCGTTTGCGTTACAATTTATAGCAGATATATTGTTTGGTGTTGTTGACC

QA 1 237 1 237
DS 

RD RR1A402JQ 242 0 0
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ATCTAGGTCAATCTCGAAAGTTTGAGTCTTCTAAGCGTTTGCAAAAGTTTTGAGTTCTTC
GATTATCTTAGCGTTTGCGTTACAATTTATAGCAGATATATTGTTTGGTGTTGTTGACCA
AA

QA 1 242 1 242
DS 



AS 1 2

CO CL5080Contig1 797 2 2 U
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AAGATCTACCGACAACTCTCATTCTCCGATATCTATACGTTCAGAAATATTTGCATGTCG
AATATGAAGCCATTTGTGATAAAAACGATGAGTCCGAGATGGTTGTCAACTGTACCTGTT
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GATGTCTTTGTGTTAAATAATTAAGGATTTCTTCAACTGTACACAGATAAGTCTTCCACT
ATAGCTTTTTTATTATACGTGAGACTGTTAATCTCATCTCCTTTAGATTTAGTGAGTTGA
CTTAATTATGTATACAATTCATGTGCAGGTGCGTGCAGTTAAAAATTTAGAGACAGAGCT
TTATTCATCTGAAGAAAATGGGACAGGGACTTAGTAGATGCAAGTCAAGAACAGGATCAC
CTCCAGCTTTTTACGTTGCTTCTCCAAGTACGCTGAATGGACGCTGAATGGTATTGCCTC
AACACAATCCAAAACTTTGCCCAGCACATCTGACAAAATAAAACATGGTAAAGGGTGTAA
GGTTTGATTATGAAGATGATTTTGATGGGCTGAACATCCCTTTAACATGCATGGACTTAT
TTGGAAATGGGCCTAACTTGTTCGGTTGTAAATTGGTCAGATTATGGATAAGTCATTAAA
ACAAAAGAATTCTGATTGGTCTAAAAACGGGATCGACATTTATTTTTTACAAAAAAAAGG
TAATGGCATTCGGTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GV31TF U 1
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AAGATCTACCGACAACTCTCATTCTCCGATATCTATACGTTCAGAAATATTTGCATGTCG
AATATGAAGCCATTTGTGATAAAAACGATGAGTCCGAGATGGTTGTCAACTGTACCTGTT
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GATGTCTTTGTGTTAAATAATTAAGGATTTCTTCAACTGTACACAGATAAGTCTTCCACT
ATAGCTTTTTTATTATACGTGAGACTGTTAATCTCATCTCCTTTAGATTTAGTGAGTTGA
CTTAATTATGTATACAATTCATGTGCAGGTGCGTGCAGTTAAAAATTTAGAGACAGAGCT
TTATTCATCTGAAGAAAATGGGACAGGGACTTA

QA 1 453 1 453
DS 

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TAAAAATTTAGAGACAGAGCTTTATTCATCTGAAGAAAATGGGACAGGGACTTAGTAGAT
GCAAGTCAAGAACAGGATCACCTCCAGCTTTTTACGTTGCTTCTCCAAGTACGCTGAATG
GACGCTGAATGGTATTGCCTCAACACAATCCAAAACTTTGCCCAGCACATCTGACAAAAT
AAAACATGGTAAAGGGTGTAAGGTTTGATTATGAAGATGATTTTGATGGGCTGAACATCC
CTTTAACATGCATGGACTTATTTGGAAATGGGCCTAACTTGTTCGGTTGTAAATTGGTCA
GATTATGGATAAGTCATTAAAACAAAAGAATTCTGATTGGTCTAAAAACGGGATCGACAT
TTATTTTTTACAAAAAAAAGGTAATGGCATTCGGTGGT

QA 1 458 1 458
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AACTCTACTTGGCTCTTGCCTTCTTATTAGAGAGACTGCTAACAATGAAATCATCATCAT
CATCATCATCAAAATCCTTCTTCCGCTTCTTCGTGGTTGGTTTCGAATCATTTCCTTTCT
TTTTGCCTGACAAAGCTTCAAACGACGGTTTTTTTACTTCCTTCTTCTCGGCCACTACTG
ATTTGGAGCCCCTTCTTGGGGCACTTCTTGGGGTGGAAGGGGCAAATTTTGTAGGAAAGC
TGAACTTTCCAGTCTTTTGCAACTTCTTCTCAAGAACTTTCTTTGCCTCTGCAGCTGGAA
GCAACCCTGACTCCATCATCCAAATCTTAGCCATTTCGCTAGTTGGAACTTGCTTGTGAA
GTGACTCATAAAAAATCCTAAGTGGATCTCTCTCCTCAGGTTGGTCTCTCTTCTGACCAG
GCAAATCATAAACTTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTCACATCTCCTTCTTCTTTTTTCTTCT
TCTTTGCCTCTTCTTCTTCTTCTTTCTCTTTCTCAATCTTCTTTTTCTTCAACTCTTTCT
CCTTTGAGACGCCGCCAGCAGATGAATCCTTCCTCC


BQ
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AF RR1C084TF C 1
AF RR1C084JQ U 96
BS 1 95 RR1C084TF
BS 96 606 RR1C084JQ
BS 607 636 RR1C084TF

RD RR1C084TF 636 0 0
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AACTCTACTTGGCTCTTGCCTTCTTATTAGAGAGACTGCTAACAATGAAATCATCATCAT
CATCATCATCAGAATCCTTCTTCCGCTTCTTCGTGGTTGGTTTCGAATCATTTCCTTTCT
TTTTGCCTGACAAAGCTTCAGACGACGGTTTTTTTACTTCCTTCTTCTCGGCCACTACTG
ATTTGGAGCCGCTTCTTGGGGCACTTCTTGGGGTGGAAGGTGCAGATTTTGTAGGAGAGC
TGAGCTTTCCAGTCTTTTGCAACTTCTTCTCAAGAACTTTCTTTGCCTCTGCAGCTGGAA
GCAACCCTGACTCCATCATCCAAATCTTAGCCATTTCGCTAGTTGGAACTTGCTTGTGAA
GTGACTCATAGAAAATCCTAAGTGGATCTCTCTCCTCAGGTTGGTCTCTCTTCTGACCAG
GCAAATCATAAACTTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTCACATCTCCTTCTTCTTTTTTCTTCT
TCTTTGCCTCTTCTTCTTCTTCTTTCTCTTTCTCAATCTTCTTTTTCTTCAACTCTTTCT
CCTTTGAGACGCCGCCAGCAGATGAATCCTTCCTCC

QA 1 636 1 636
DS 

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GTTGGTTTCGAATCATTTCCTTTCTTTTTGCCTGACAAAGCTTCAAACGACGGTTTTTTT
ACTTCCTTCTTCTCGGCCACTACTGATTTGGAGCCCCTTCTTGGGGCACTTCTTGGGGTG
GAAGGGGCAAATTTTGTAGGAAAGCTGAACTTTCCAGTCTTTTGCAACTTCTTCTCAAGA
ACTTTCTTTGCCTCTGCAGCTGGAAGCAACCCTGACTCCATCATCCAAATCTTAGCCATT
TCGCTAGTTGGAACTTGCTTGTGAAGTGACTCATAAAAAATCCTAAGTGGATCTCTCTCC
TCAGGTTGGTCTCTCTTCTGACCAGGCAAATCATAAACTTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTC
ACATCTCCTTCTTCTTTTTTCTTCTTCTTTGCCTCTTCTTCTTCTTCTTTCTCTTTCTCA
ATCTTCTTTTTCTTCAACTCTTTCTCCTTTG

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL5083Contig1 1045 2 2 U
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CTGGATCAATCAGAACAGTCAACAGCCTCTTAAGGCCGAGTCCAAGAGTTCTAAAAATAT
GGACTCAGAGAAGGACAATTTTGAATATCCTGATAAGGTCTATTATGATTTAAATGACGC
GCTGAAACAATCAAATCTTTGGCATGAAGCAGAAAAGAAACATCCATGGCATAATGCATC
TCCTAAGATCAAGGCGACACATGAAAATGGTTTTTACCATATGAACATAGAATTGACCGT
GGGGCTGGCTCCTCGTTCGGTCTACGACCTATTGTTCGATCCAAATGGCGGTACATTTTA
TGATTTGCGCAAACGGCGCAAACTTATGGAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTCGAGAA
AGGTCCGAGGCTAATGACGAGGGTGGAGAAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGTGGTGTA
TATACCTATCTCCATGAATCTAATCATCGATGAAAACAGAAAAGATTTTACAACACAATA
TAAGAAAGAGAAAGTGAGATTTATGAAAGCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGAGCCTAT
ATTTGTAGATAAAGAACGTTTATGCAAAAAGAAGACACCAATGACTGGAGAAGAGTATAA
AAAATGTAGCGGTGGTCAAGGAAAGATTGCGTCAAAACTGACAATAGACCAATACTATAA
GCCATATCCTCCTTTCAATCTACCGCCGTTTTCTTGGTTCATCCGTGGGATGAGCATCGA
AACCTCCAAAGCTCTGCTTGTAAAGCTTCAGGACTCGTCTATTGTAATTCGAACGGTTTC
ACCAGTGCCTTTGGACTGAGGAGACAGCAAGTAACAAACATGAAAAACACTAGTAGAGCC
TCAGCGAACATACACAAATACATGTTTAAAAGAATAATATTCTTAAAAAAGTATAAGAAT
ACAATCAGACACAAAAAAAACAATCAAAATATGTAAAATCTGTTTATTAAGAAAATATAT
AATAATAAAATTCAAATTCAGTTTG


BQ
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AF RR1AX24TF U 1
AF RR1AX24JQ C 276
BS 1 754 RR1AX24TF
BS 755 1045 RR1AX24JQ

RD RR1AX24TF 754 0 0
GGAGTTTTCGTGAGGCTAAACTATCGAATAGAAGATGGGTGTATTCCCTGGGTTTGGTAG
CTGGATCAATCAGAACAGTCAACAGCCTCTTAAGGCCGAGTCCAAGAGTTCTAAAAATAT
GGACTCAGAGAAGGACAATTTTGAATATCCTGATAAGGTCTATTATGATTTAAATGACGC
GCTGAAACAATCAAATCTTTGGCATGAAGCAGAAAAGAAACATCCATGGCATAATGCATC
TCCTAAGATCAAGGCGACACATGAAAATGGTTTTTACCATATGAACATAGAATTGACCGT
GGGGCTGGCTCCTCGTTCGGTCTACGACCTATTGTTCGATCCAAATGGCGGTACATTTTA
TGATTTGCGCAAACGGCGCAAACTTATGGAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTCGAGAA
AGGTCCGAGGCTAATGACGAGGGTGGAGAAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGTGGTGTA
TATACCTATCTCCATGAATCTAATCATCGATGAAAACAGAAAAGATTTTACAACACAATA
TAAGAAAGAGAAAGTGAGATTTATGAAAGCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGAGCCTAT
ATTTGTAGATAAAGAACGTTTATGCAAAAAGAAGACACCAATGACTGGAGAAGAGTATAA
AAAATGTAGCGGTGGTCAAGGAAAGATTGCGTCAAAACTGACAATAGACCAATACTATAA
GCCATATCCTCCTTTCAATCTACCGCCGTTTTCT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1AX24JQ 770 0 0
ACCATATGAACATAGAATTGACCGTGGGGCTGGCTCCTCGTTCGGTCTACGACCTATTGT
TCGATCCAAATGGCGGTACATTTTATGATTTGCGCAAACGGCGCAAACTTATGGAAAACA
AATCAAGAAAGGTTTTGTTCGAGAAAGGTCCGAGGCTAATGACGAGGGTGGAGAAATCTG
TGGCTTGTAATGTATTTGTGGTGTATATACCTATCTCCATGAATCTAATCATCGATGAAA
ACAGAAAAGATTTTACAACACAATATAAGAAAGAGAAAGTGAGATTTATGAAAGCATTCG
AGGGTAACTTAAAAGTGGAGCCTATATTTGTAGATAAAGAACGTTTATGCAAAAAGAAGA
CACCAATGACTGGAGAAGAGTATAAAAAATGTAGCGGTGGTCAAGGAAAGATTGCGTCAA
AACTGACAATAGACCAATACTATAAGCCATATCCTCCTTTCAATCTACCGCCGTTTTCTT
GGTTCATCCGTGGGATGAGCATCGAAACCTCCAAAGCTCTGCTTGTAAAGCTTCAGGACT
CGTCTATTGTAATTCGAACGGTTTCACCAGTGCCTTTGGACTGAGGAGACAGCAAGTAAC
AAACATGAAAAACACTAGTAGAGCCTCAGCGAACATACACAAATACATGTTTAAAAGAAT
AATATTCTTAAAAAAGTATAAGAATACAATCAGACACAAAAAAAACAATCAAAATATGTA
AAATCTGTTTATTAAGAAAATATATAATAATAAAATTCAAATTCAGTTTG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL5084Contig1 554 2 2 U
AAAGAGGAGGAGATATCACTTTCCATGGCCCTCGCCAAGCTGTCTTATACCCCATCCTCT
CCTTACGCAGCATAGGTTTTGGTGCTAGGAGCTATGTGGAGGCATTGGAGAGGTCAATGA
TCGAGTTTGCTTCGCTTTATGGGGTGAAAGCTCGTCCAGGAAACAAATGTGAGACTGGGG
TTTGGGTGGGAGATAGAAAGATTGGTGCTATTGGGGTTGGTATATCCTCTGGGATCACTT
GCCATGGTCTGGCATTCAACATAGATCCTGATATGAAGTACTTTGAGCACATTGTTCCGT
GTGGGATTGCTGATAAAGAAGTTACGTCTCTGAGAAGGGAGACAGGTGCTCAGCTTCCTT
CCGAAGAAGTGATCCACGAGCAGTTGGTTTCTTGTTTGGCCAAAGTGTTTTCATATGATG
TTGTGGGGAAGGAAGATCCTTCAGCCATTTTAGACCCCCTGGAGGATAAAGACTAATAGT
ACATTTTTAAAGTTATCTTTCAACTTTCAATGCATTTGATTTCAGATTTGTAACACTTTA
TATCATTTGATCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW24TF U 1
AF RR1GW24JQ C 90
BS 1 424 RR1GW24TF
BS 425 554 RR1GW24JQ

RD RR1GW24TF 424 0 0
AAAGAGGAGGAGATATCACTTTCCATGGCCCTCGCCAAGCTGTCTTATACCCCATCCTCT
CCTTACGCAGCATAGGTTTTGGTGCTAGGAGCTATGTGGAGGCATTGGAGAGGTCAATGA
TCGAGTTTGCTTCGCTTTATGGGGTGAAAGCTCGTCCAGGAAACAAATGTGAGACTGGGG
TTTGGGTGGGAGATAGAAAGATTGGTGCTATTGGGGTTGGTATATCCTCTGGGATCACTT
GCCATGGTCTGGCATTCAACATAGATCCTGATATGAAGTACTTTGAGCACATTGTTCCGT
GTGGGATTGCTGATAAAGAAGTTACGTCTCTGAGAAGGGAGACAGGTGCTCAGCTTCCTT
CCGAAGAAGTGATCCACGAGCAGTTGGTTTCTTGTTTGGCCAAAGTGTTTTCATATGATG
TTGT

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR1GW24JQ 465 0 0
AGCTATGTGGAGGCATTGGAGAGGTCAATGATCGAGTTTGCTTCGCTTTATGGGGTGAAA
GTTCGTCCAGGAAACAAATGTGAGACTGGGGTTTGGGTGGGAGATAGAAAGATTGGTGCT
ATTGGGGTTGGTATATCCTCTGGGATCACTTGCCATGGTTTGGCATTCAACATAGATCCT
GATATGAAGTACTTTGAGCACATTGTTCCGTGTGGGATTGCTGATAAAGAAGTTACGTTT
TTGAGAAGGGAGACAGGTGTTCAGCTTCCTTCCGAAGAAGTGATCCACGAGCAGTTGGTT
TTTTGTTTGGCCAAAGTGTTTTCATATGATGTTGTGGGGAAGGAAGATCCTTCAGCCATT
TTAGACCCCCTGGAGGATAAAGACTAATAGTACATTTTTAAAGTTATCTTTCAACTTTCA
ATGCATTTGATTTCAGATTTGTAACACTTTATATCATTTGATCAA

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 2

CO CL5085Contig1 838 2 2 U
TTTTTTTACTCTTCAAAAATATCTGTCTGAAAAGGCTACATTTTCTCTCTATCAAAACTC
GTTTTTTTTTTTGCGATTCACCACTACTGTCAAACCAGTTTCTCAGATCTCTTCAGATAT
ATCTCCTATCTCTTATTTATTCTTGATCCATATATAATTGTATCGTCCCAACTATTTTCT
AGTTTCTTTCCAACTGATCTAATTTTTTCCCATTTCAAGCCTATTTTTTGCATGTCTGAT
AACTTATTCGTACAATCCGATGATCGATCTGAGCAAGATTCATCTTAGTCGTACTGTTTC
TTTTTCCTGTCAAAACATCATCGAACACAAAAGAAATCTTATCCAAGAGGTTGAAGTATT
AGCTACATGATGTGCCTAACGCATCTATGAAGAAAGAAAAGTTTGATTTGTGCAAGGTCG
GGTAGAAATATAATCAAAGCTGGAGTAAAGTGTCTAACATTGAAAACCATTGAAGATAAA
AATGGGAATGTCAAACACTTTCAGAATTACAATGGAGTAAGAGATTGTATAGATTTCGGT
AGCTATTATTGTCCGGAAGGTTGAATACATTAACTGGTTTTGAATACATCAACTGGTTTT
GAATGGTTTCACGCCAGGAAGTCTCACCAAATCCGACATTGATTGGCTTTCAGGCGTGGA
TGACTTTGGCTTCTCAACCAAGTTGTTAATCGCATCAAGAATCCAATAAACTTTGAACCC
TGGATGTCCATGGAGCATTATTATAAATATACAAAGATTTGGTACAAATACTGTCTATGA
AATGAGAATTAGTGTGTTATAACAATTGAAACTTCGACGTAATCTATACATCTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D861TF U 1
AF RR1D861JQ C 116
BS 1 630 RR1D861TF
BS 631 838 RR1D861JQ

RD RR1D861TF 630 0 0
TTTTTTTACTCTTCAAAAATATCTGTCTGAAAAGGCTACATTTTCTCTCTATCAAAACTC
GTTTTTTTTTTTGCGATTCACCACTACTGTCAAACCAGTTTCTCAGATCTCTTCAGATAT
ATCTCCTATCTCTTATTTATTCTTGATCCATATATAATTGTATCGTCCCAACTATTTTCT
AGTTTCTTTCCAACTGATCTAATTTTTTCCCATTTCAAGCCTATTTTTTGCATGTCTGAT
AACTTATTCGTACAATCCGATGATCGATCTGAGCAAGATTCATCTTAGTCGTACTGTTTC
TTTTTCCTGTCAAAACATCATCGAACACAAAAGAAATCTTATCCAAGAGGTTGAAGTATT
AGCTACATGATGTGCCTAACGCATCTATGAAGAAAGAAAAGTTTGATTTGTGCAAGGTCG
GGTAGAAATATAATCAAAGCTGGAGTAAAGTGTCTAACATTGAAAACCATTGAAGATAAA
AATGGGAATGTCAAACACTTTCAGAATTACAATGGAGTAAGAGATTGTATAGATTTCGGT
AGCTATTATTGTCCGGAAGGTTGAATACATTAACTGGTTTTGAATACATCAACTGGTTTT
GAATGGTTTCACGCCAGGAAGTCTCACCAA

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1D861JQ 723 0 0
GATATATCTCCTATCTCTTATTTATTCTTGATCCATATATAATTGTATCGTCCCAACTAT
TTTCTAGTTTCTTTCCAACTGATCTAATTTTTTCCCATTTCAAGCCTATTTTTTGCATGT
CTGATAACTTATTCGTACAATCCGATGATCGATCTGAGCAAGATTCATCTTAGTCGTACT
GTTTCTTTTTCCTGTCAAAACATCATCGAACACAAAAGAAATCTTATCCAAGAGGTTGAA
GTATTAGCTACATGATGTGCCTAACGCATCTATGAAGAAAGAAAAGTTTGATTTGTGCAA
GGTCGGGTAGAAATATAATCAAAGCTGGAGTAAAGTGTCTAACATTGAAAACCATTGAAG
ATAAAAATGGGAATGTCAAACACTTTCAGAATTACAATGGAGTAAGAGATTGTATAGATT
TCGGTAGCTATTATTGTCCGGAAGGTTGAATACATTAACTGGTTTTGAATACATCAACTG
GTTTTGAATGGTTTCACGCCAGGAAGTCTCACCAAATCCGACATTGATTGGCTTTCAGGC
GTGGATGACTTTGGCTTCTCAACCAAGTTGTTAATCGCATCAAGAATCCAATAAACTTTG
AACCCTGGATGTCCATGGAGCATTATTATAAATATACAAAGATTTGGTACAAATACTGTC
TATGAAATGAGAATTAGTGTGTTATAACAATTGAAACTTCGACGTAATCTATACATCTTT
GAT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL5086Contig1 1155 2 2 U
GGCCCGCCTACACTCCACCCTCCTCCTCTCCGACAAACATCTCGATCCAAAGCTCTTCGA
CAAGCTGGAGGAGGATCTGCAACGAGCAAGATGCATGCTTGCCGATGGGGACACTTCCTC
TTTCCTTCCCTCCAAACCTCAAGGACGCTTTGTTACAATGTTTTTGGGACCTGTCAATGT
TCGAGCCTCCAGGAAAGATATTCAGCTTAAAGTCAAAGAAGAATACAATAGCTACAGAGA
TAGGATAGCTCTTCTTTTTCTTGTTTTCCCAGCTATATTTTTGACCCTTAGATCTTATGT
CTGGGGTGGATGTTTGCCTGCTTTTCCTGTTCAGCTCTACGAGGCTTGGCTTTTGTTCCT
TTATGCTGGTTTGGCTATGCGAGAGAACATTTTGAGAGCCAACGGGAGTGACATCCGTTC
TTGGTGGCTTTATCATCATTATTGTGCAATGGCTATGGCCCTTGTCAGTCTCACTTGGGA
AATCAAAGGTCAACCAAACTGTGTTCAGAAGCAGAAAGGAGTCCGTCTTTTCCTCCAATG
GGCTATGATGCAAGGTGTTGCCATGCTTCTGCAGAATAGATATCAGCGCCAAAGATTATA
CACTCGCATTGCACTAGGAAAGGCGAAGAGAATGGATGTTGTATGGGGAGAAACGGCTGG
AGTAGGTGGGCAATTATGGCTGTTATGTCCTTTTTTGTTCACTTTACAGGGCTTTGAAGC
ATACGTTGGTTTGCAGTTACTAAGGACAGCGTTAACTGGAGTAGTCGCCGAATGGCAGGT
ATTGATTTGTGGCATTTTTCCGGTTGTGATGGCCGTTGGGAACTTCATAAACACAGTAGA
GACATTGATGGTTAAGTTTAGGTTCAAGGCTAAGATGAAGAGAAGTAAAAGCAGAGCGGA
GCTTGATTAAACTGCTTAACTTATATTTGACTACAGCTTCATAGTTCCCAACTTCGGATC
TTTCTCCCCATTATTTATTTTTACTTGATAAATTTTGTTTGCTTGGGGCACAAGTTACCT
AAGGTTTTTGAAAAAAAAAAGAAATTGACCCTTTTTTATGTGTAAACTAGATTATCTTTT
TATGTGTAAACTAGATATGAATCCGTGCAACATTTTAATTTCGCGAACACGTAAATAGAA
TGAAATTTTCTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BS59TF U 1
AF RR1BS59JQ C 571
BS 1 684 RR1BS59TF
BS 685 1155 RR1BS59JQ

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TTATGCTGGTTTGGCTATGCGAGAGAACATTTTGAGAGCCAACGGGAGTGACATCCGTTC
TTGGTGGCTTTATCATCATTATTGTGCAATGGCTATGGCCCTTGTCAGTCTCACTTGGGA
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AGTAGGTGGGCAATTATGGCTGTT

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DS 

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AATGGATGTTGTATGGGGAGAAACGGCTGGAGTAGGTGGGCAATTATGGCTGTTATGTCC
TTTTTTGTTCACTTTACAGGGCTTTGAAGCATACGTTGGTTTGCAGTTACTAAGGACAGC
GTTAACTGGAGTAGTCGCCGAATGGCAGGTATTGATTTGTGGCATTTTTCCGGTTGTGAT
GGCCGTTGGGAACTTCATAAACACAGTAGAGACATTGATGGTTAAGTTTAGGTTCAAGGC
TAAGATGAAGAGAAGTAAAAGCAGAGCGGAGCTTGATTAAACTGCTTAACTTATATTTGA
CTACAGCTTCATAGTTCCCAACTTCGGATCTTTCTCCCCATTATTTATTTTTACTTGATA
AATTTTGTTTGCTTGGGGCACAAGTTACCTAAGGTTTTTGAAAAAAAAAAGAAATTGACC
CTTTTTTATGTGTAAACTAGATTATCTTTTTATGTGTAAACTAGATATGAATCCGTGCAA
CATTTTAATTTCGCGAACACGTAAATAGAATGAAATTTTCTTTTC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

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CGAAGAAAGAGGTTTCAAAGACTGTAAACGATGACGTTTCATCAGTCGAGATCAAAGTGT
TGTTATTCGCCAGAGCGCGTGAGCTCACGGGTGTGCCTGAGTTAACACTGAAGATGCCAT
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TTAAACATAGAGATGAGTTAGCCATCATACCTCCTATAAGTGGTGGCTAATGCTTTTTTT
TGTATATGTAACTAAATCCTTTTATCGTTGGGGTTTTGTATTTTCATTGGCAATAAAATT
ATA


BQ
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AF RR1D816TF U 1
AF RR1D816JQ C 1
BS 1 311 RR1D816TF
BS 312 543 RR1D816JQ

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CGAAGAAAGAGGTTTCAAAGACTGTAAACGATGACGTTTCATCAGTCGAGATCAAAGTGT
TGTTATTCGCCAGAGCGCGTGAGCTCACGGGTGTGCCTGAGTTAACACTGAAGATGCCAT
CAGGTAGTACA

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR1D816JQ 543 0 0
GGAAAATAACATCTCCTTGTGGTTGGTTTCTCACCGCCTGATTGCGATTCCCGCTTAAAT
CGACACTCTGCCTCCGTCGCTCGAATCTCCGGCAATAGAATCTCACGGTTTCGCTAAATC
ACCGCCGGGTGCTTTGGTCGGAATCTTCCCTTTTGGCCATGGACGTCACAGGACAAGCAG
CGAAGAAAGAGGTTTCAAAGACTGTAAACGATGACGTTTCATCAGTCGAGATCAAAGTGT
TGTTATTCGCCAGAGCGCGTGAGCTCACGGGTGTGCCTGAGTTAACACTGAAGATGCCAT
CAGGTAGTACAACAAAGAAATGTATGGACGAGTTGGTCGTCAAGTTTCCAAAGTTAGAAG
AGGTTCGCAGCTGTGTAGTTCTTGCTTTGAACGAGGAATATACAACAGACTCAGCCATTG
TTAAACATAGAGATGAGTTAGCCATCATACCTCCTATAAGTGGTGGCTAATGCTTTTTTT
TGTATATGTAACTAAATCCTTTTATCGTTGGGGTTTTGTATTTTCATTGGCAATAAAATT
ATA

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 2

CO CL5088Contig1 986 2 2 U
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TTCTACCCAAAGGTTTAGCAAAAGCCGATAAGGCGCTTCTGACTGGCTGTTCAGCAGGTG
GCTTGTCTACATTTTTGCATTGTGACAACTTCACGAGCTATCTACCAAAAACCGCAGATG
TTAAGTGCATGAGTGACGCTGGATTCTTTCTTGACGCAATCGATGTAGCATCAAACCGGA
CAATGAGACATTTCTACAATCAGCTTGTGTCACTACAGGGTGTACAAAAGAACCTCGATC
CAAATTGCACACGTGCGTTCTATCCCGAACCATCTCTGTGCTTTTTCCCGCAATATGTAT
TGCGATTCATTAAAACGCCAATTTTCATCTTAAACTCAGCCTACGATGTATTCCAGTTCC
ATCATGGGTTGGTACCACCTTCTGCTGACCCCACCGGGCGTTGGAACCGTTGCAAGGTTA
ATGTGACAGCATGTAATCCACACCAGCTCGATGCACTTCAAGGGTTTAGGACAGACATGT
TGGGAGGATTAATGAATTTCTTCAGAAATTCTACCAGAGGAGGAATGTTTATAAACTCAT
GCTTCGATCATTGTCAGAGTGCTTTACAGGAAACTTGGCTCTCTCCCACTTCACCGAGGA
TCCACAATATGACAATTGCTAAGACGGTCGGAGATTGGTATTTCGGGAGAGGAGAGGACG
TGAAAGAAATAGATTGTCCATATCCGTGTGATAAAACATGCCATAATCTCATTCCAGCGT
TTACTACAGATTCTTTGGTAAATCTTGACATTTAATTATTTTTACAGTTAATTATAGGCA
TTACTGTTTTTTATAGCAATTAATTATACTGTAAGGATTCATTAATCCTAATTTGGATTG
TGTAATTATATTTTTTTTCTTCTTTTGTTATTCAAGGTTCCCAATGTTCCAGATCGTAAA
TCTCTCGGTACACAATTGTCTCCTTT


BQ
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AF RR1BE86TF U 1
AF RR1BE86JQ C 210
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BS 708 986 RR1BE86JQ

RD RR1BE86TF 707 0 0
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CAAATTGCACACGTGCGTTCTATCCCGAACCATCTCTGTGCTTTTTCCCGCAATATGTAT
TGCGATTCATTAAAACGCCAATTTTCATCTTAAACTCAGCCTACGATGTATTCCAGTTCC
ATCATGGGTTGGTACCACCTTCTGCTGACCCCACCGGGCGTTGGAACCGTTGCAAGGTTA
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TGGGAGGATTAATGAATTTCTTCAGAAATTCTACCAGAGGAGGAATGTTTATAAACTCAT
GCTTCGATCATTGTCAGAGTGCTTTACAGGAAACTTGGCTCTCTCCCACTTCACCGAGGA
TCCACAATATGACAATTGCTAAGACGGTCGGAGATTGGTATTTCGGG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1BE86JQ 777 0 0
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TCACTACAGGGTGTACAAAAGAACCTCGATCCAAATTGCACACGTGCGTTCTATCCCGAA
CCATCTCTGTGCTTTTTCCCGCAATATGTATTGCGATTCATTAAAACGCCAATTTTCATC
TTAAACTCAGCCTACGATGTATTCCAGTTCCATCATGGGTTGGTACCACCTTCTGCTGAC
CCCACCGGGCGTTGGAACCGTTGCAAGGTTAATGTGACAGCATGTAATCCACACCAGCTC
GATGCACTTCAAGGGTTTAGGACAGACATGTTGGGAGGATTAATGAATTTCTTCAGAAAT
TCTACCAGAGGAGGAATGTTTATAAACTCATGCTTCGATCATTGTCAGAGTGCTTTACAG
GAAACTTGGCTCTCTCCCACTTCACCGAGGATCCACAATATGACAATTGCTAAGACGGTC
GGAGATTGGTATTTCGGGAGAGGAGAGGACGTGAAAGAAATAGATTGTCCATATCCGTGT
GATAAAACATGCCATAATCTCATTCCAGCGTTTACTACAGATTCTTTGGTAAATCTTGAC
ATTTAATTATTTTTACAGTTAATTATAGGCATTACTGTTTTTTATAGCAATTAATTATAC
TGTAAGGATTCATTAATCCTAATTTGGATTGTGTAATTATATTTTTTTTCTTCTTTTGTT
ATTCAAGGTTCCCAATGTTCCAGATCGTAAATCTCTCGGTACACAATTGTCTCCTTT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL5089Contig1 934 2 6 U
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TACCTGTGGTTATCATAAGGCCTAGCGTCATCGAAAGCACTTACAAAGACCCTTTCCCTG
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TCACAGGGTTTCTGGTGGATCCTAAAGGAGTTCTTGATGTGGTTCCTGCTGATATTGTCG
TGAATGCGACATTAGCTGCTATTGCAAAGCATGGAGTGGCGAGTACAGATCAAGAACCAG
ATATAAACGTATATCAGATTGCTTCTTCTGCAATAAATCCGCTTGTTTTCGAAGACTTAG
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TAAGAGTGCCTTTGATGAAACTATTCAATTCTGTTGATAAATTCTCAGATCATTTGTGGA
AAGATGCTCAAGAACGGAGCGGGTTGATCAATGGTGTGAGCTCAGCGGATAGTAAGATGA
TGCAGAAGATAAAGTTCATATGCAAAAAATCTGTTGAACAAGCCAAACACCTTGCCACTA
TTTATGAGCCATACACTTTCTATGGTGGAAGATTTGATAATAGTAATACACAGAGGTTAA
TGGAGTATATGTCTGAAGCAGAGAAGAATGAGTTTGGGTTTGATGTTGGAAACATTAACT
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TTTTTTTTTTTTCTATCTTATGTGTACTCGTGTTGTGTTGTCTAGTATATCATTTTGATT
TGTAATAATTTGAATGTAGTAGTAGTATTGTGCC


BQ
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AF RR1AY44TF U 1
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BS 1 807 RR1AY44TF
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BS 831 934 RR1AY44JQ

RD RR1AY44TF 836 0 0
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TGAATGCGACATTAGCTGCTATTGCAAAGCATGGAGTGGCGAGTACAGATCAAGAACCAG
ATATAAACGTATATCAGATTGCTTCTTCTGCAATAAATCCGCTTGTTTTCGAAGACTTAG
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TAAGAGTGCCTTTGATGAAACTATTCAATTCTGTTGATAAATTCTCAGATCATTTGTGGA
AAGATGCTCAAGAACGGAGCGGGTTGATCAATGGTGTGAGCTCAGCGGATAGTAAGATGA
TGCAGAAGATAAAGTTCATATGCAAAAAATCTGTTGAACAAGCCAAACACCTTGCCACTA
TTTATGAGCCATACACTTTCTATGGTGGAAGATTTGATAATAGTAATACACAGAGGTTAA
TGGAGTATATGTCTGAAGCAGAGAAGAATGAGTTTGGGTTTGATGTTGGAAACATTAACT
GGAAGGACTACATTACAAATGTTCACATTCCCCGGTTTAAGAAAACATGTCTTGAAGGGA
AGAGCTTGAGTTCAATCTCATTAAACA*GACCAAA*CTAATCATACTTTT
CTTTAA

QA 1 830 1 830
DS 

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ATTCAATTCTGTTGATAAATTCTCAGATCATTTGTGGAAAGATGCTCAAGAACGGAGCGG
GTTGATCAATGGTGTGAGCTCAGCGGATAGTAAGATGATGCAGAAGATAAAGTTCATATG
CAAAAAATCTGTTGAACAAGCCAAACACCTTGCCACTATTTATGAGCCATACACTTTTTA
TGGTGGAAGATTTGATAATAGTAATACACAGAGGTTAATGGAGTATATGTTTGAAGCAGA
GAAGAATGAGTTTGGGTTTGATGTTGGAAACATTAACTGGAAGGACTACATTACAAATGT
TCACATTCCC*GGTTTAAGAAAACATGTCTTGAAGGGAAGAGCTTGAGTTCAATCTCATT
AAACAAGACCAAAACTAATCATACTTTTTCTTTAATCGTTTTTTTTTTTTCTATCTTATG
TGTACTCGTGTTGTGTTGTCTAGTATATCATTTTGATTTGTAATAATTTGAATGTAGTAG
TAGTATTGTGCC

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

CO CL5090Contig1 924 2 4 U
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CTCTCTCTTCTCTCTATTACAAAAAAAAATCCCCAAATCTTGAGAAGTTTAGGGTTTGAA
GTTTGAGAGAGACAGAGAGAGATGAGTGCTTCAAGGTTTATTAAGTGTGTCACAGTCGGC
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ATCAACTTGGGATTGTGGGATACTGCAGGACAAGAGGACTACAATAGACTAAGACCTTTG
AGCTATCGGGGTGCAGATGTCTTCTTACTTGCCTTCTCTCTCGTCAGCAAAGCTAGCTAT
GAAAATGTTTCTAAAAAGTGGGTACCTGAACTGAGACATTATGCTCCTGGTGTTCCCATC
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GGTGCTGTGCCTATCTCTACTGCTCAGGGTGAAGAACTGAAGAAGCTCATTGGGGCACCT
GCTTATATTGAATGCAGTGCAAAAACACAACAGAATGTAAAAGCGGTGTTTGATGCGGCT
ATCAAGGTCGTTCTCCAACCACCCAAGAACAAAAAGAGGAAGAAGAGAAAGTTTCAGAAA
GGCTGTTTTATATTGTGATTCCATAGTGAAACCAACATGAGGATTGAATTGAAGTAGCTC
TCACCACTTGTTTGTTTTCCTCAACAAACGAGGAACCTGTTGTTTGTAGTCTTTTAAAAA
AAAAAAAAAAACAGAAGAAGTAGTAACCAAGTATTTGTATTCTTGTTTGCATTTTGATCT
GTATATATATTCCACGAATACTCT


BQ
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AF RR1BY81TF U 1
AF RR1BY81JQ C 194
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BS 667 667 RR1BY81JQ
BS 668 695 RR1BY81TF
BS 696 924 RR1BY81JQ

RD RR1BY81TF 695 0 0
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CTCTCTCTTCTCTCTATTACAAAAAAAAATCCCCAAATCTTGAGAAGTTTAGGGTTTGAA
GTTTGAGAGAGACAGAGAGAGATGAGTGCTTCAAGGTTTATTAAGTGTGTCACAGTCGGC
GACGGCGCTGTTGGAAAGACTTGTCTGCTCATCTCCTACACTAGCAACACTTTCCCCACG
GATTACGTGCCTACTGTGTTTGATAATTTCAGCGCAAATGTGATTGTGGATGGAAACACT
ATCAACTTGGGATTGTGGGATACTGCAGGACAAGAGGACTACAATAGACTAAGACCTTTG
AGCTATCGGGGTGCAGATGTCTTCTTACTTGCCTTCTCTCTCGTCAGCAAAGCTAGCTAT
GAAAATGTTTCTAAAAAGTGGGTACCTGAACTGAGACATTATGCTCCTGGTGTTCCCATC
ATCCTCGTTGGAACCAAGCTTGATCTTCGAGATGACAAGCAATTCTTGGTTGAGCACCCT
GGTGCTGTGCCTATCTCTACTGCTCAGGGTGAAGAACTGAAGAAGCTCATTGGGGCACCT
GCTTATATTGAATGCAGTGCAAAAACACAACAGAATGTAAAAGCGGTGTTTGATGCGGCT
ATCAAG*TCGTTCTCCAACCACCCAAGAACAAAAA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1BY81JQ 731 0 0
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CTGTGTTTGATAATTTCAGCGCAAATGTGATTGTGGATGGAAACACTATCAACTTGGGAT
TGTGGGATACTGCAGGACAAGAGGACTACAATAGACTAAGACCTTTGAGCTATCGGGGTG
CAGATGTCTTCTTACTTGCCTTCTCTCTCGTCAGCAAAGCTAGCTATGAAAATGTTTCTA
AAAAGTGGGTACCTGAACTGAGACATTATGCTCCTGGTGTTCCCATCATCCTCGTTGGAA
CCAAGCTTGATTTTCGAGATGACAAGCAATTTTTGGTTGAGCACCCTGGTGCTGTGCCTA
TCTTTACTGCTCAGGGTGAAGAACTGAAGAAGCTCATTGGGGCACCTGCTTATATTGAAT
GCAGTGCAAAAACACAACAGAATGTAAAAGCGGTGTTTGATGCGGCTATCAAGGTCGTTC
TCCAACCACCCAAGAACAAAAAGAGGAAGAAGAGAAAGTTTCAGAAAGGCTGTTTTATAT
TGTGATTCCATAGTGAAACCAACATGAGGATTGAATTGAAGTAGCTCTCACCACTTGTTT
GTTTTCCTCAACAAACGAGGAACCTGTTGTTTGTAGTCTTTTAAAAAAAAAAAAAAAACA
GAAGAAGTAGTAACCAAGTATTTGTATTCTTGTTTGCATTTTGATCTGTATATATATTCC
ACGAATACTCT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

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TTGTAACAAGCTCCAAGAGATTATTATATTATTATATATATGTACATAATATTATTGAAC
AAAAATTAATAAGTTAAAATGCATTTTTATTTGAAAACAGAAAATCTTGTTCGATTCGTA
AAAAGTTTTCAGATTCCCTTTGGAGCCACACCAACGGATTTCAATGTCTCTGCATTTCGA
GGCGTGGTGAATGGGTTAGGTCTGCTGGTATCAGGTAAGATGGCACTAGACTTATCTTGA
ATCTGACCTACTTTCCGTAGCCAAGACTTGTTGATATATTTGTCGGCGGAGGAAACACAA
TTGTCCGGATCATCGACTTCCGCGACAGCCGCTCTTCTGTTCTTCCTTGTACTGACCCCT
GGAGCATGCATTAACTGCTGCTTGAGGCTATGTCCGGCCATAGCAACAGCTAGAGCAACA
AAACCTCCTATTATAGCCA


BQ
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AF RR1CJ87TF C 1
AF RR1CJ87JQ U 3
BS 1 2 RR1CJ87TF
BS 3 499 RR1CJ87JQ

RD RR1CJ87TF 499 0 0
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TTGTAACAAGCTCCAAGAGATTATTATATTATTATATATATGTACATAATATTATTGAAC
AAAAATTAATAAGTTAAAATGCATTTTTATTTGAAAACAGAAGATCTTGTTCGATTCGTA
GAAAGTTTTCAGATTCCCTTTGGAGCCACACCAACGGATTTCAATGTCTCTGCATTTCGA
GGCGTGGTGAATGGGTTAGGTCTGCTGGTATCAGGTAAGATGGCACTAGACTTATCTTGA
ATCTGACCTACTTTCCGTAGCCAAGACTTGTTGATATATTTGTCGGCGGAGGAAACACAA
TTGTCCGGATCATCGACTTCCGCGACAGCCGCTCTTCTGTTCTTCCTTGTACTGACCCCT
GGAGCATGCATTAGCTGCTGCTTGAGGCTATGTCCGGCCATAGCAACAGCTAGAGCAACA
AAACCTCCTATTATAGCCA

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DS 

RD RR1CJ87JQ 497 0 0
GCGTTACTTTGGCTTTTTCCTCTTAACATCAACAACTGAACAAAGAAAGCAGCTTTATTT
GTAACAAGCTCCAAGAGATTATTATATTATTATATATATGTACATAATATTATTGAACAA
AAATTAATAAGTTAAAATGCATTTTTATTTGAAAACAGAAAATCTTGTTCGATTCGTAAA
AAGTTTTCAGATTCCCTTTGGAGCCACACCAACGGATTTCAATGTCTCTGCATTTCGAGG
CGTGGTGAATGGGTTAGGTCTGCTGGTATCAGGTAAGATGGCACTAGACTTATCTTGAAT
CTGACCTACTTTCCGTAGCCAAGACTTGTTGATATATTTGTCGGCGGAGGAAACACAATT
GTCCGGATCATCGACTTCCGCGACAGCCGCTCTTCTGTTCTTCCTTGTACTGACCCCTGG
AGCATGCATTAACTGCTGCTTGAGGCTATGTCCGGCCATAGCAACAGCTAGAGCAACAAA
ACCTCCTATTATAGCCA

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 2

CO CL5092Contig1 1304 2 2 U
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GAGAATGCCAAGAACCCAACTTTACAACCTAGCCTCCATCGTCAAAAGCCGCACAAACAG
GAGGATCGACAGGCACTCCCGCTAAAAACGAACCTGCCCAATAATTTTAGAAGATTGCAA
CAATAGACCAAAACCTTCTTCCTATAGCTTTACGTCTTCCTCTGCATTTGGTGGATGATG
ACGCTCTTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACATTTGGACCCCACGCCGTCTACTAC
TCTGCCACTCCCTTATCTGAATATGACACTCTTGGAACCTCCGTGAAGACTGCTCTTGTC
TACCTTGCTACAGCTTTGGTTAAGCTTATTTGTTTGGCAACTTTTCTGCAAGTACCTGAG
ACTCAAGTATTAGATCCATACCAGGAAGCACTGAAAGCAATGATTGGTTTCATCGATGTT
GCTGGTCTGTATTTTGCTCTGGCTCAGCTAACTCACAGGAACATCTCCCAGAACCATAAG
TTTCAAGCTGTTGGCCTTGGATGGGCATTTGCAGATGCTGTTTGCACAGGTTGGCACCTC
TTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTGGAGTTCCTTGGAATTATGTTTTACAAGGGCTTGAAGC
CAATGCAAACCTGGTATTGTGTTCAGGATATCTTTAGCTGCGCTAGGTTCGTTGATGTGG
CTACGCAAGAACAAACCAAATACCATGATCCCCATCTTATACACGTGTGCACTGATCATC
GCCAGAATGCCTTCAATCACAAGGTATCTAAAGGGAGTCATGGGATGGCATTTCCCAAAA
ATTGTTGGGTTTGAGATGTTAACTTCTCTGGTGATGGCTTTCATCAGTTGTCAGCTCTTC
ATCCTCTGTCAGAGACCGTCCTTGTGATTCCACTCCGGTCAAAAGGCCAAACAAATTTGG
ACAGTTCTTAGCTAGAGAGCCTTTGTTTATGGGCAACTCTTGGGACGTACTTGCCTTGTT
TATGGGAAACTTGATCTTAAATTTGTAGAAGAATATTAAACACTTAAAAAAAAGAACATT
GATTTTGGTCAGTAGCGGACCCACGAAGGAAGTAGGAAAATTATGTTAAATTGCAGTTGT
AAGGATGGATGTTACAGAAATTTTCGCTAGTTAAGTCAAAATTATCTAAAGTCGATGATG
TTGAAGTGGGTAGAAGATTAGTTATGAAGTAACTGAAGCATATATTGTCAGTCCCTTTGC
ACATTAAGAACAGAAGCCGTATTATGTCGATTGGTTATTTTCGC


BQ
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AF RR1BN60TF U 1
AF RR1BN60JQ C 561
BS 1 646 RR1BN60TF
BS 647 1304 RR1BN60JQ

RD RR1BN60TF 646 0 0
GATCAATGAAGCACTAGACAAAAAAGGAGAGAATGGTTTAGAGACATACAAACCGATGAA
GAGAATGCCAAGAACCCAACTTTACAACCTAGCCTCCATCGTCAAAAGCCGCACAAACAG
GAGGATCGACAGGCACTCCCGCTAAAAACGAACCTGCCCAATAATTTTAGAAGATTGCAA
CAATAGACCAAAACCTTCTTCCTATAGCTTTACGTCTTCCTCTGCATTTGGTGGATGATG
ACGCTCTTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACATTTGGACCCCACGCCGTCTACTAC
TCTGCCACTCCCTTATCTGAATATGACACTCTTGGAACCTCCGTGAAGACTGCTCTTGTC
TACCTTGCTACAGCTTTGGTTAAGCTTATTTGTTTGGCAACTTTTCTGCAAGTACCTGAG
ACTCAAGTATTAGATCCATACCAGGAAGCACTGAAAGCAATGATTGGTTTCATCGATGTT
GCTGGTCTGTATTTTGCTCTGGCTCAGCTAACTCACAGGAACATCTCCCAGAACCATAAG
TTTCAAGCTGTTGGCCTTGGATGGGCATTTGCAGATGCTGTTTGCACAGGTTGGCACCTC
TTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTGGAGTTCCTTGGAATTATGTTTTA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1BN60JQ 744 0 0
ATGGGCATTTGCAGATGCTGTTTGCACAGGTTGGCACCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGA
CTGGAGTTCCTTGGAATTATGTTTTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCAAACCTGGTATTGT
GTTCAGGATATCTTTAGCTGCGCTAGGTTCGTTGATGTGGCTACGCAAGAACAAACCAAA
TACCATGATCCCCATCTTATACACGTGTGCACTGATCATCGCCAGAATGCCTTCAATCAC
AAGGTATCTAAAGGGAGTCATGGGATGGCATTTCCCAAAAATTGTTGGGTTTGAGATGTT
AACTTCTCTGGTGATGGCTTTCATCAGTTGTCAGCTCTTCATCCTCTGTCAGAGACCGTC
CTTGTGATTCCACTCCGGTCAAAAGGCCAAACAAATTTGGACAGTTCTTAGCTAGAGAGC
CTTTGTTTATGGGCAACTCTTGGGACGTACTTGCCTTGTTTATGGGAAACTTGATCTTAA
ATTTGTAGAAGAATATTAAACACTTAAAAAAAAGAACATTGATTTTGGTCAGTAGCGGAC
CCACGAAGGAAGTAGGAAAATTATGTTAAATTGCAGTTGTAAGGATGGATGTTACAGAAA
TTTTCGCTAGTTAAGTCAAAATTATCTAAAGTCGATGATGTTGAAGTGGGTAGAAGATTA
GTTATGAAGTAACTGAAGCATATATTGTCAGTCCCTTTGCACATTAAGAACAGAAGCCGT
ATTATGTCGATTGGTTATTTTCGC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL5093Contig1 302 2 4 U
GGCTTTTCGATTTCTCGGCCGCTTCTTTGTTGAGAGCAGCTGCATATAGTCGGAGAAGAG
AAGGGTTTAACTTCTGTGGGTTCAGCATGAGGGCTAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGA
GATTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGTGTTTACGAACAGACC
ATGTTTCTGTGTTTCTTCGTTTTTAATTTTAACCGAACTCCGTTCTTGAGTTTCGGTTTG
AATGTTTCGTTTGGACCAAATTAGTACAACGTTATGTTTCTATTTAAGCGTTTTGTTTAT
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 

AF RR1DI94TF U 1
AF RR1B605TF U 33
BS 1 162 RR1DI94TF
BS 163 163 RR1B605TF
BS 164 293 RR1DI94TF
BS 294 302 RR1B605TF

RD RR1DI94TF 296 0 0
GGCTTTTCGATTTCTCGGCCGCTTCTTTGTTGAGAGCAGCTGCATATAGTCGGAGAAGAG
AAGGGTTTAACTTCTGTGGGTTCAGCATGAGGGCTAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGA
GATTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTGGTGTTTACGAACAGACC
ATGTTTCTGTGTTTCTTCGTTTTTAATTTTAACCGAACTCCGTTCTTGAGTTTCGGTTTG
AATGTTTCGTTTGGACCAAATTAGTACAACGTTATGTTTCTATTTAAGCGTTT
GTT

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR1B605TF 270 0 0
AGAGCAGCTGCATATAGTCGGAGAAGAGAAGGGTTTAACTTCTGTGGGTTCAGCATGAGG
GCTAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGATTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAG
CGATCTAAGTAGTGTTTACGAACAGACCATGTTTCTGTGTTTCTTCGTTTTTAATTTTAA
CCGAACTCCGTTCTTGAGTTTCGGTTTGAATGTTTCGTTTGGACCAAATTAGTACAACGT
TATGTTTCTATTTAAGCGTTTTGTTTATTC

QA 1 270 1 270
DS 



AS 1 2

CO CL5094Contig1 785 2 2 U
GGCATCAAAGTTCAAACTCACTCACCACTACAGCCATGGACTACGAATATGGAGGAGAGT
ACTGCAGGAGGGGACACGTGCCGGCGTTTGGCGGTTGGGACTGGAACGACGCCGTACCAT
TCACTCAGTGCTTCGAGACAGCAACCATCCAGCAGCCTTCCTATCTCCACCACTACCCTC
CTTACCCTCAAGATCGCGATCTTTACTTCGCTGGCGATCTTTACGACAACCACCACCATG
TTGCTCCCGCCGTCATCCTCCTCCCTCGACGCCGGGCTAAGGTGGGCCACGAGCCGAAGA
GAACCAGCTCCATGGAGCAACACAACTTCAAGAAGGAAGCGCGTGAGTCTAACGCGCCGA
GGAGCTGTCCAACACCGGTGGTGAAGCGGAGGACAGCGACTCCGAAGCCTGTGGATGAAG
ACTTGTACAAGGTTTCCCCTCGACTTCTCTCCCTCAAATCCACAAAGAAAAGGGGAGGTG
GGTTTGGGTGCATTTCAAGATGTTTTTTGCCAACACGGGTGCTTTGAAGCCACAAGCGTG
ACAGATTGTGAGTCAGACAACACTTTGGAGTATGTTTTAAAAATACCGTATGCTTTTCGA
AGTCGTGTATGTAATATTTATGCTTAGGAAAAAAAGAATGTGAATTCTAAACGATAAGCT
TTATATGCTTTGGGAAAAGAGAGCCATATTATTGTAACGTAGAATATGTTTTTTGTTTAA
ATGAGATCTTGTTTTTTCAACTTTTTCATATGTTTCGAAGTATGTCCAAGTTTGTACTGT
TTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1ES36TF U 1
AF RR1ES36JQ C 164
BS 1 635 RR1ES36TF
BS 636 785 RR1ES36JQ

RD RR1ES36TF 635 0 0
GGCATCAAAGTTCAAACTCACTCACCACTACAGCCATGGACTACGAATATGGAGGAGAGT
ACTGCAGGAGGGGACACGTGCCGGCGTTTGGCGGTTGGGACTGGAACGACGCCGTACCAT
TCACTCAGTGCTTCGAGACAGCAACCATCCAGCAGCCTTCCTATCTCCACCACTACCCTC
CTTACCCTCAAGATCGCGATCTTTACTTCGCTGGCGATCTTTACGACAACCACCACCATG
TTGCTCCCGCCGTCATCCTCCTCCCTCGACGCCGGGCTAAGGTGGGCCACGAGCCGAAGA
GAACCAGCTCCATGGAGCAACACAACTTCAAGAAGGAAGCGCGTGAGTCTAACGCGCCGA
GGAGCTGTCCAACACCGGTGGTGAAGCGGAGGACAGCGACTCCGAAGCCTGTGGATGAAG
ACTTGTACAAGGTTTCCCCTCGACTTCTCTCCCTCAAATCCACAAAGAAAAGGGGAGGTG
GGTTTGGGTGCATTTCAAGATGTTTTTTGCCAACACGGGTGCTTTGAAGCCACAAGCGTG
ACAGATTGTGAGTCAGACAACACTTTGGAGTATGTTTTAAAAATACCGTATGCTTTTCGA
AGTCGTGTATGTAATATTTATGCTTAGGAAAAAAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1ES36JQ 622 0 0
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CGACAACCACCACCATGTTGCTCCCGCCGTCATCCTCCTCCCTCGACGCCGGGCTAAGGT
GGGCCACGAGCCGAAGAGAACCAGCTCCATGGAGCAACACAACTTCAAGAAGGAAGCGCG
TGAGTCTAACGCGCCGAGGAGCTGTCCAACACCGGTGGTGAAGCGGAGGACAGCGACTCC
GAAGCCTGTGGATGAAGACTTGTACAAGGTTTCCCCTCGACTTCTCTCCCTCAAATCCAC
AAAGAAAAGGGGAGGTGGGTTTGGGTGCATTTCAAGATGTTTTTTGCCAACACGGGTGCT
TTGAAGCCACAAGCGTGACAGATTGTGAGTCAGACAACACTTTGGAGTATGTTTTAAAAA
TACCGTATGCTTTTCGAAGTCGTGTATGTAATATTTATGCTTAGGAAAAAAAGAATGTGA
ATTCTAAACGATAAGCTTTATATGCTTTGGGAAAAGAGAGCCATATTATTGTAACGTAGA
ATATGTTTTTTGTTTAAATGAGATCTTGTTTTTTCAACTTTTTCATATGTTTCGAAGTAT
GTCCAAGTTTGTACTGTTTTGC

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL5095Contig1 925 2 4 U
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TTTAATACTGGTCTGACCGACTAGCAAACAAGAATTATAATGGTCGAAGAATGAAAACAA
TTAGACAGGAGGTTATGGTTATAACGGATTTTAACAGATAACTAATTTGGTGATTTTTAT
ATTTATATGACAAAGAAACTCTTGCCAGAAAAAAAACTTGCCAGGTATAATTATTACGAT
TATCTTAAGTACTATGCAACTTTTAATATAAAACTTGCTAATTTTGCAGAAACTATTAGG
CAAAATATTACTGAAAATTGAAAATACTTGACAAAAGATCATTCGTCGTTGGGGTCAACT
GAAGTTAAAATATTGCGAGTCCAATGTTCATTCGTCATAATTTGTAATGAACATGTAAGA
AAAGATAGGATAAACTGTTAAAACTCAAAAGTAAATAATTGAATAGTATTTATTTTCAAC
TTTTTGGATATGTAAATGCCGCGAAATCTAAGAAATAAAGAAAAACTGCGGTTGATTAAC
GTGCTTTAACTTTATAGATGAAGCTGATAAATCTGAGTTTAAACTAATAAAATGGAATTA
AACTAATCAATTACTTTCAAAAAAGAGCTAACAAGAGGACAAAAACTAGAAAGGCAACAA
AAAAAAAAAAAGCGAAAAGCACTCGAATAAAAGAAGAAAAGATGCCACAAATACACATAA
AAATTTAAAATCTTAATTAACTTCTTACATGATTAGAAACACATTAAAGGGGTAAGAAGA
AAAACATCAGAGAGAGAGAAGAGAAAGAAGAGAGCGATCGAACGGAGGAAGAATCTTCCT
CTCTATTTTTACGGAAAGATTCGTAAATTAGTGGCAACAAAGAATAAACGAACGAACCTG
AGAAGAAGAAAGACACTTTGCAACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D249TF U 1
AF RR1D249JQ C 257
BS 1 670 RR1D249TF
BS 671 671 RR1D249JQ
BS 672 765 RR1D249TF
BS 766 925 RR1D249JQ

RD RR1D249TF 765 0 0
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TTTAATACTGGTCTGACCGACTAGCAAACAAGAATTATAATGGTCGAAGAATGAAAACAA
TTAGACAGGAGGTTATGGTTATAACGGATTTTAACAGATAACTAATTTGGTGATTTTTAT
ATTTATATGACAAAGAAACTCTTGCCAGAAAAAAAACTTGCCAGGTATAATTATTACGAT
TATCTTAAGTACTATGCAACTTTTAATATAAAACTTGCTAATTTTGCAGAAACTATTAGG
CAAAATATTACTGAAAATTGAAAATACTTGACAAAAGATCATTCGTCGTTGGGGTCAACT
GAAGTTAAAATATTGCGAGTCCAATGTTCATTCGTCATAATTTGTAATGAACATGTAAGA
AAAGATAGGATAAACTGTTAAAACTCAAAAGTAAATAATTGAATAGTATTTATTTTCAAC
TTTTTGGATATGTAAATGCCGCGAAATCTAAGAAATAAAGAAAAACTGCGGTTGATTAAC
GTGCTTTAACTTTATAGATGAAGCTGATAAATCTGAGTTTAAACTAATAAAATGGAATTA
AACTAATCAATTACTTTCAAAAAAGAGCTAACAAGAGGACAAAAACTAGAAAGGCAACAA
AAAAAAAAAA*GCGAAAAGCACTCGAATAAAAGAAGAAAAGATGCCACAAATACACATAA
AAATTTAAAATCTTAATTAACTTCTTACATGATTAGAAACACATT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1D249JQ 669 0 0
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ATTGAAAATACTTGACAAAAGATCATTCGTCGTTGGGGTCAACTGAAGTTAAAATATTGC
GAGTCCAATGTTCATTCGTCATAATTTGTAATGAACATGTAAGAAAAGATAGGATAAACT
GTTAAAACTCAAAAGTAAATAATTGAATAGTATTTATTTTCAACTTTTTGGATATGTAAA
TGCCGCGAAATTTAAGAAATAAAGAAAAACTGCGGTTGATTAACGTGCTTTAACTTTATA
GATGAAGCTGATAAATCTGAGTTTAAACTAATAAAATGGAATTAAACTAATCAATTACTT
TCAAAAAAGAGCTAACAAGAGGACAAAAACTAGAAAGGCAACAAAAAAAAAAAAAGCGAA
AAGCACTCGAATAAAAGAAGAAAAGATGCCACAAATACACATAAAAATTTAAAATCTTAA
TTAACTTCTTACATGATTAGAAACACATTAAAGGGGTAAGAAGAAAAACATCAGAGAGAG
AGAAGAGAAAGAAGAGAGCGATCGAACGGAGGAAGAATCTTCCTCTCTATTTTTACGGAA
AGATTCGTAAATTAGTGGCAACAAAGAATAAACGAACGAACCTGAGAAGAAGAAAGACAC
TTTGCAACC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL5096Contig1 958 2 8 U
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TCTGGGATATAGACCAATTCAAGATTGATGCTCAGAGCAATGCTTATTCCACTGCGCAGA
ACATCAGAAGGACGCTTTCTGTGGCTGGTCATCTTGGTAAAGTTGAGATCATGGCTTATG
GCGTTGATGATGGTCATGACTTCAAGGAGGAAGCTAAGTTCACTTCCTTTCCAGCAGGAG
CTGACACTGATCGGCACACCAAGATGCTCGAAGACATTCGTGTCTGGTCATCTAATAGTC
CCAGTCCATCAAACCTGTTCCTTATCATGGGAGACTCCGCAGTTGATTTCAAACCCGTTA
TTGAATCTCTGGAGTCTTGTTCGTCTTCCCGTTTTCTAGGAGTTCTTTCAGTCTTCGATG
TTTCTCGCCGATTCGTGAGAATGACTCATTTCTCCTTTCTTTATTTATCGGTCATCATCA
ATCCTCAGTAACTATGGTATGGTAGTTCTTGGAGGCATATCTCTTTCTCTTTTGAGGCTC
TAGTATGGTGAACCTCTACAAGGGCTTTATAGCCTTGCTAGCTCGTTGGACTTTATTTAG
AGGATGGCGATTCCTCTAAATAGTGAAAATGTTGGACACAGAATCTTCTCTTAGCCTGAT
TGAATCTGGAGCTCTGAGTGGTATCTGGAACTTGTGTGACGCCGAGGCATCAACCGAGTT
TGTGGAAGCAGTTTCATTTCTGAAATGTCATCGTGGACACATAGTTTTATTTGTTGGTCG
CTGATGATTGTCATAGTTTTACCACATTTTTTCATCTCCTCTTTAAATTTGCATGTTTGT
TAGTTCCTTTAGCCTAATTTTTCCTTCTAGTGTTTTTGTCCCGGTTGACCAAAAATTGTA
ACTATTCCGATGTATTTGAATTGTTGTTAAAAAAAATTCATTTGTATTGTTGTTTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ90TF U 1
AF RR1GJ90JQ C 326
BS 1 706 RR1GJ90TF
BS 707 707 RR1GJ90JQ
BS 708 726 RR1GJ90TF
BS 727 727 RR1GJ90JQ
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BS 812 812 RR1GJ90JQ
BS 813 824 RR1GJ90TF
BS 825 958 RR1GJ90JQ

RD RR1GJ90TF 824 0 0
GGAGATTCGTTCCCGTGATCTAAAACTCTCTAATCATGTCGGTTGCTCGGACTGGCATCT
TCTGGGATATAGACCAATTCAAGATTGATGCTCAGAGCAATGCTTATTCCACTGCGCAGA
ACATCAGAAGGACGCTTTCTGTGGCTGGTCATCTTGGTAAAGTTGAGATCATGGCTTATG
GCGTTGATGATGGTCATGACTTCAAGGAGGAAGCTAAGTTCACTTCCTTTCCAGCAGGAG
CTGACACTGATCGGCACACCAAGATGCTCGAAGACATTCGTGTCTGGTCATCTAATAGTC
CCAGTCCATCAAACCTGTTCCTTATCATGGGAGACTCCGCAGTTGATTTCAAACCCGTTA
TTGAATCTCTGGAGTCTTGTTCGTCTTCCCGTTTTCTAGGAGTTCTTTCAGTCTTCGATG
TTTCTCGCCGATTCGTGAGAATGACTCATTTCTCCTTTCTTTATTTATCGGTCATCATCA
ATCCTCAGTAACTATGGTATGGTAGTTCTTGGAGGCATATCTCTTTCTCTTTTGAGGCTC
TAGTATGGTGAACCTCTACAAGGGCTTTATAGCCTTGCTAGCTCGTTGGACTTTATTTAG
AGGATGGCGATTCCTCTAAATAGTGAAAATGTTGGACACAGAATCTTCTCTTAGCCTGAT
TGAATCTGGAGCTCTGAGTGGTATCTGGAACTTGTGTGACGCCGAG*CATCAACCGAGTT
TGTGGA*GCAGTTTCATTTCTGAAATGTCATCGTGGACACATAGTTTTATTTGTTGGTCG
CTGATGATTGTCATAGTTTTACCACATTTTT*CATCTCCTCTTT

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1GJ90JQ 633 0 0
CATGGGAGACTCCGCAGTTGATTTCAAACCCGTTATTGAATCTCTGGAGTCTTGTTCGTC
TTCCCGTTTTCTAGGAGTTCTTTCAGTCTTCGATGTTTCTCGCCGATTCGTGAGAATGAC
TCATTTCTCCTTTCTTTATTTATCGGTCATCATCAATCCTCAGTAACTATGGTATGGTAG
TTCTTGGAGGCATATCTCTTTCTCTTTTGAGGCTCTAGTATGGTGAACCTCTACAAGGGC
TTTATAGCCTTGCTAGCTCGTTGGACTTTATTTAGAGGATGGCGATTCCTCTAAATAGTG
AAAATGTTGGACACAGAATCTTCTCTTAGCCTGATTGAATCTGGAGCTCTGAGTGGTATC
TGGAACTTGTGTGACGCCGAGGCATCAACCGAGTTTGTGGAAGCAGTTTCATTTCTGAAA
TGTCATCGTGGACACATAGTTTTATTTGTTGGTCGCTGATGATTGTCATAGTTTTACCAC
ATTTTTTCATCTCCTCTTTAAATTTGCATGTTTGTTAGTTCCTTTAGCCTAATTTTTCCT
TCTAGTGTTTTTGTCCCGGTTGACCAAAAATTGTAACTATTCCGATGTATTTGAATTGTT
GTTAAAAAAAATTCATTTGTATTGTTGTTTACC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL5097Contig1 769 2 2 U
GGCTACATTCAGCCCTAAAACCCCAAATCCTGTAGAGAGCGTAGGTGGAAGAGTAAAAGA
CCATGTCGCTTGATAAGCACATAGAGAAGGTTCTTTTCAGCGACGAAGCAATCGCTGATC
GGGTGGCTCAGCTCGGATCCGAGATTACCTCTCAGTTCTCCGGTGACTCAGAGCCGCCCG
TTTTCGTCGGCGTAGCCACCGGTGCTTGCCTCTTCTTGGCCGGTCTCGTCAGGCGAATCG
ACCTTCCCATCTCTATCGACTACATCAGAGCCGATTCGTATGGCTCTGGTACCGTCTCCA
GCGGATCTCCCAGAATCTCATTTGACTTGAAGCTCGACATCACCAACAAACACGTCTTCT
TGGTTGAGGACATTGTGGATACCGGTAATACTCTCAGCTGCTGATAGAGCACCTGAAACT
GAAGAAAGCATCATCTGTTTCAGTCTGTACGCTACTCGACAAGCCATCGAGAAGGAAGGT
CCATTTCAAGCTGGTTGGAGACGGGAAGTTCTACAGTGGTTTTGAATGTCCAGATGAATT
CGTTGTGGGTTATGGCATGGACTTTGCAGAGCAGTACCGCAACCTATCTTACGTTGGCGT
ATTGAAGCCTGAATGTTACATGTGATCAAATATTATCACATGAACTGAAAGTCAGTTCAT
ACTTTAAACAAATTTACTGGGCAATCATAAGAACTTTTGTGACCTGGCCCCTCTATATTG
TTGTTCAAAGCAATTAAGCTAAAGTTATAATAAAACAATGATTTTAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CS23TF U 1
AF RR1CS23JQ C 254
BS 1 758 RR1CS23TF
BS 759 769 RR1CS23JQ

RD RR1CS23TF 758 0 0
GGCTACATTCAGCCCTAAAACCCCAAATCCTGTAGAGAGCGTAGGTGGAAGAGTAAAAGA
CCATGTCGCTTGATAAGCACATAGAGAAGGTTCTTTTCAGCGACGAAGCAATCGCTGATC
GGGTGGCTCAGCTCGGATCCGAGATTACCTCTCAGTTCTCCGGTGACTCAGAGCCGCCCG
TTTTCGTCGGCGTAGCCACCGGTGCTTGCCTCTTCTTGGCCGGTCTCGTCAGGCGAATCG
ACCTTCCCATCTCTATCGACTACATCAGAGCCGATTCGTATGGCTCTGGTACCGTCTCCA
GCGGATCTCCCAGAATCTCATTTGACTTGAAGCTCGACATCACCAACAAACACGTCTTCT
TGGTTGAGGACATTGTGGATACCGGTAATACTCTCAGCTGCTGATAGAGCACCTGAAACT
GAAGAAAGCATCATCTGTTTCAGTCTGTACGCTACTCGACAAGCCATCGAGAAGGAAGGT
CCATTTCAAGCTGGTTGGAGACGGGAAGTTCTACAGTGGTTTTGAATGTCCAGATGAATT
CGTTGTGGGTTATGGCATGGACTTTGCAGAGCAGTACCGCAACCTATCTTACGTTGGCGT
ATTGAAGCCTGAATGTTACATGTGATCAAATATTATCACATGAACTGAAAGTCAGTTCAT
ACTTTAAACAAATTTACTGGGCAATCATAAGAACTTTTGTGACCTGGCCCCTCTATATTG
TTGTTCAAAGCAATTAAGCTAAAGTTATAATAAAACAA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1CS23JQ 516 0 0
TATCGACTACATCAGAGCCGATTCGTATGGCTCTGGTACCGTCTCCAGCGGATCTCCCAG
AATCTCATTTGACTTGAAGCTCGACATCACCAACAAACACGTTTTTTTGGTTGAGGACAT
TGTGGATACCGGTAATACTTTCAGCTGCTGATAGAGCCCCTGAAACTGAAGAAAGCATCA
TCTGTTTCAGTCTGTACGCTACTCGACAAGCCATCGAGAAGGAAGGTCCATTTCAAGCTG
GTTGGAGACGGGAAGTTTTACAGTGGTTTTGAATGTCCAGATGAATTCGTTGTGGGTTAT
GGCATGGACTTTGCAGAGCAGTACCGCAACCTATCTTACGTTGGCGTATTGAAGCCTGAA
TGTTACATGTGATCAAATATTATCACATGAACTGAAAGTCAGTTCATACTTTAAACAAAT
TTACTGGGCAATCATAAGAACTTTTGTGACCTGGCCCCTCTATATTGTTGTTCAAAGCAA
TTAAGCTAAAGTTATAATAAAACAATGATTTTAATG

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 2

CO CL5098Contig1 485 2 1 U
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ACACAAAGGTGAAGACAGGTGGGTACACATCATTGGATGATGTAACGGAAGTGCCTCCTC
GTAGGAGAGATAAGATGGAGACTTTTTTCCTTGGTGCAACGTTGAAGTACTTATACTTGC
TCTTTGGAGATGACTCGGTGATTCCATTGGATAAGTTTGTTTTCAACACCGAAGCTCATC
CACTTCCAATAAAACATACCTGAAATGTTTCCTTTTGAAGACTGCTTCAAAAACAGAGAC
ACACAAATTGATGACAATGTTTGGAGAAAAGTTATGCATAGAAATAGAGTACCAATTGCA
GAAAAGTGTTGGATCGTTGAGAGAACAAAAAACAGCAACATACCATGTAAGATAAGTCAT
CTCTTTTCTTTGAGATGAATTGTAATCAGACACCACTGAAATGAGTTACGTTTAGTTTTC
TTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 

AF RR1AZ68JQ C 1
AF RR1AZ68TF U 1
BS 1 485 RR1AZ68TF

RD RR1AZ68JQ 485 0 0
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ACACAAAGGTGAAGACAGGTGGGTACACATCATTGGATGATGTAACGGAAGTGCCTCCTC
GTAGGAGAGATAAGATGGAGACTTTTTTCCTTGGTGCAACGTTGAAGTACTTATACTTGC
TCTTTGGAGATGACTCGGTGATTCCATTGGATAAGTTTGTTTTCAACACCGAAGCTCATC
CACTTCCAATAAAACATACCTGAAATGTTTCCTTTTGAAGACTGCTTCAAAAACAGAGAC
ACACAAATTGATGACAATGTTTGGAGAAAAGTTATGCATAGAAATAGAGTACCAATTGCA
GAAAAGTGTTGGATCGTTGAGAGAACAAAAAACAGCAACATACCATGTAAGATAAGTCAT
CTCTTTTCTTTGAGATGAATTGTAATCAGACACCACTGAAATGAGTTACGTTTAGTTTTC
TTTTT

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR1AZ68TF 485 0 0
GCACGAAAGACACAAAATACAGAGATCAAGGTTGGCAGATCTTTGAAGCGTTTGAGAAGT
ACACAAAGGTGAAGACAGGTGGGTACACATCATTGGATGATGTAACGGAAGTGCCTCCTC
GTAGGAGAGATAAGATGGAGACTTTTTTCCTTGGTGCAACGTTGAAGTACTTATACTTGC
TCTTTGGAGATGACTCGGTGATTCCATTGGATAAGTTTGTTTTCAACACCGAAGCTCATC
CACTTCCAATAAAACATACCTGAAATGTTTCCTTTTGAAGACTGCTTCAAAAACAGAGAC
ACACAAATTGATGACAATGTTTGGAGAAAAGTTATGCATAGAAATAGAGTACCAATTGCA
GAAAAGTGTTGGATCGTTGAGAGAACAAAAAACAGCAACATACCATGTAAGATAAGTCAT
CTCTTTTCTTTGAGATGAATTGTAATCAGACACCACTGAAATGAGTTACGTTTAGTTTTC
TTTTT

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 2

CO CL5099Contig1 1160 2 6 U
GGAACAAGAAAGTAAAAAAAACATCTTGGAGTAATGGAGACGATGGTAGTGAGCAACAAG
CAAGTCATCTTTGGAGACTACGTTACCGGATTCCTTAGCGAATCCGACCTTTTGATCAAC
AACTCTACCACCGTAAATCTTAAGGTACCGGCTGGATCAATGACAGCGCTGGTGAAGAAT
CTCTACTTGTCTTGCGATCCTTACATGCGCAACCGTATGAGAAAGCCTGATCCCCCTAGT
CCCGCTACTGCTCTATCTTTTGTTCCCGGCAAGCCTATCTCAGGGTTTGGAGTGTCTAAA
GTGATGGATTCAGGGCACCCAGATTACAAAGAAGGTGACTTGCTTTGGGGAGCTGTTGGA
TGGGAAGAGTACAGTGTTATCACTCCTATTCCTAATATTCACTTCAAGATCCATCATACA
GATGTTCCCTTATCCCACTACACTGGTCTTCTTGGTATGCCTGGTATGACCGCATATGCT
GGGTTTTATGAGATCTGTTCACCAAAGAAAGGAGAGACTGTGTTTGTGTCAGCTGCATCC
GGTGCTGTTGGTCAGCTTGTGGGACAGTTTGCTAAGCTGATGGGTTGCTACGTCGTTGGA
AGCGCCGGAAGCAAAGAAAAGGTTGATCTTCTCAAGAACAAGTTTGGATTTGATGATGCA
TTCAACTACAAGGAAGAAAACGATCTCAACGCTGCCTTAAAGAGGTGTTTCCCTGTAGGC
ATTGACATATACTTTGAGAACGTGGGAGGCAAAATGCTAGACGCAGTGATCCTAAACATG
AGACCACACGGGCGTATCGCAGCATGCGGTATGATCTCACAGTACAATCTGCAGGTTCCT
GAAGCAGTATACAATCTCTAGCTCATTACCTACAAACGTATACGTATTCAAGGGTTTAAC
ACCATCGATTACTTGCCCAAATACTCGGAGTTCTTGGAGTTTGTGCTTCCCTATATACGA
CAAGGGAAGATAACGTACGTGGAAGATGTTGCTGATGGTCTAGAGAGCGCTCCTGCTGCG
CTCGTTGGACTCTTTCATGGTAAGAACGTTGGGAAACAGCTTATCGTGGTTTCTCGTGAC
CTTGACTGAGAAGTACCAAAACTGTTGAACTATATGGTCTTGTTTTCTTGTGTAATAAGT
AAGAAATAGACTAAAACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A170TF U 1
AF RR1A170JQ C 396
BS 1 672 RR1A170TF
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DS 

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GGTCTTGTTTTCTTGTGTAATAAGTAAGAAATAGACTAAAACTCT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

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BQ
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CTAAGTTGCCAGAGATTCCAAAACCCGAGCTACCAAAGGTGTCGGAGATTCCTAAGCCCG
AACTGCCAAAGATGCCGGAGATTCAGAAGCCAGAACTACCAAAGATGCCGGAGATTCCTA
AGCC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1BF86JQ 781 0 0
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GCCCGAGTTGCCAAAGATTCCAGAAATTTCGAAGCACGAGGGGACTAAGTTGATGGAGAC
TTCGAAGCCCGAGGCTCCTAAGTTGCCAGAGATTCCAAAACCCGAGCTACCAAAGGTGTC
GGAGATTCCTAAGCCCGAACTGCCAAAGATGCCGGAGATTCAGAAGCCAGAACTACCAAA
GATGCCGGAGATTCCTAAGCCAGAACTACCAAAGATGCCGGAGATTCCTAAGCCAGAGCT
GCCAAAGATGCCGGAAATTCAAAAGCCTGAGGCTCCAAAGTTGCCGGAGTTGCCAAAGAT
GCCGGAGATTCAAAAACCGGAACTGCCGAAGATTCCAGAGATTCCAAAGCCGGAGTTGCC
GAAGATGCCGGAGATTCAGAAACCTGAGGTTCCAAAAATGCCGGAGATTCCAAAGCCAGA
GTTACCGAAGATGCCTCAAGTTCCTGGAACTCACTAAGCCTATTGAACCGTATGAAAGCC
CATCTACTTTAAGGCCCACCCACGCCCATGATCTAGATTTCTACATCACCATGTATCTTT
TTTTCTTTTTGACTAATCACCATGTATCTTGTGTGTCTATCTTATCGTTGTTTTCTTAGG
GAACCATATCTATGGTTTGATCTCATAGCCATACTTCTTTTTCTTTCTTCACACACTTAT
ACTTGTACTCTGTTATACTTGTATTTTAATACATGAAGTTTTATTTGTGTTTCGTATACC
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL5101Contig1 1093 2 2 U
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TTCCGGCTCTACCCCAAGACACAGACACCGAAACTCGCAAGCTCTTCGACAGAAAGAGAC
TCAGGTTGTCTGAAAATGAGAGTTGGTAATCCAGTTAGATCCCTCAAGTGCAGGTCTGTC
TCTGAGGACTTCGTTGAGAGAAGTAGCCCACTTGAGGTTAAGAAAGAGCTAGAGACTTGC
TTTGACCTCATACGTAAGCTGGGGAGAGGGATCCTCTACTTAGGTTCCGCCAGGATCCAA
CCAAACCATTCACATTACCTTCAATCACAAGAGTTGAGCAGAGAAGCAGCGAATCTGTTG
GACTGTACTACATGGTCTGGGGCTGGACCAGGACTCATGGATGCTGTCACTAAAGGTGCT
TTGGAAGCTGATAAACCCGTCGGCGGCATCAAAATAGAGAAAGAAGCTGGTGAATGGACC
GCTTCCAAGGTCCATCCTTATCTCCCTCCTCAAAACTATCACACTTGCAGGTTTTTCTCT
GCGAGAAAGCATGGACTGGTGGACGCAGTGGTTAGAAACAATGTTTCTGACAAGACAGCG
GTGATTGCATTGCCAGGAGGCATTGGCACGCTTGATGAGATGTTCGAGATTTTGGCATTG
ATTCAGCTCAAAAAGATTGGTTCCGTGTTGCCGGTTCCGTTCATTGTGATGAACTATGAT
TCTTTCTACTCAAAGCTGTTTGAGTTCATTGAGAGTTGCGAAGACTTGGGAACTGTTTAT
AAAGGAGAAGTTTCTGCCTTGTGGAAGGTATGCAACAGCAACTCTGAAGCTTTGACATAC
TTAGCTGAGTTCTATGAACTGCCGTATGGCTCTACAAGACCTGAAACTCAACTTAGAGAA
ACTGCTTGTGGATGATCATCATCAGTTTCTTAGCTCGTTTTGGGGGTTTCAACTGTAAGA
GAGAATATCTGTGACCATTAACAACAGGACTTTTGAAGGGTATGTAGCATATGCAGAATC
TTACTTTCTATGTAGTTTATGTAATACCACTAAGATTTCTCATTGTTGTCAATTTCATCT
TGTGTTTCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A001TF U 1
AF RR1A001JQ C 487
BS 1 744 RR1A001TF
BS 745 1093 RR1A001JQ

RD RR1A001TF 744 0 0
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TCTGAGGACTTCGTTGAGAGAAGTAGCCCACTTGAGGTTAAGAAAGAGCTAGAGACTTGC
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TTGGAAGCTGATAAACCCGTCGGCGGCATCAAAATAGAGAAAGAAGCTGGTGAATGGACC
GCTTCCAAGGTCCATCCTTATCTCCCTCCTCAAAACTATCACACTTGCAGGTTTTTCTCT
GCGAGAAAGCATGGACTGGTGGACGCAGTGGTTAGAAACAATGTTTCTGACAAGACAGCG
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TCTTTCTACTCAAAGCTGTTTGAG

QA 1 744 1 744
DS 

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AAGCATGGACTGGTGGACGCAGTGGTTAGAAACAATGTTTCTGACAAGACAGCGGTGATT
GCATTGCCAGGAGGCATTGGCACGCTTGATGAGATGTTCGAGATTTTGGCATTGATTCAG
CTCAAAAGGATTGGTTCCGTGTTGCCGGTTCCGTTCATTGTGATGAACTATGATTCTTTT
TACTCAAAGCTGTTTGAGTTCATTGAGAGTTGCGAAGACTTGGGAACTGTTTATAAAGGA
GAAGTTTCTGCCTTGTGGAAGGTATGCAACAGCAACTCTGAAGCTTTGACATACTTAGCT
GAGTTCTATGAACTGCCGTATGGCTCTACAAGACCTGAAACTCAACTTAGAGAAACTGCT
TGTGGATGATCATCATCAGTTTCTTAGCTCGTTTTGGGGGTTTCAACTGTAAGAGAGAAT
ATCTGTGACCATTAACAACAGGACTTTTGAAGGGTATGTAGCATATGCAGAATCTTACTT
TCTATGTAGTTTATGTAATACCACTAAGATTTCTCATTGTTGTCAATTTCATCTTGTGTT
TCTTCCC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

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TTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 

AF RR1DI40JQ C 1
AF RR1DI40TF U 1
BS 1 485 RR1DI40TF

RD RR1DI40JQ 485 0 0
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TACAGAGATTCCTCGAACAATGCTTCCTCTTGCCGTTTTCATCCTTCCTTCTTCGTTTGT
CGTCGCCACGATGACCAGAAAAGGTACTATGAATTGGGACCAGAAGATCCACCATACGCA
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CCTCACATTTCATATGACGACTGATTTTGTGACTCAAGTCTCTCTCTCTCTCTCACAAGC
CTGTGTTTTTTTTTCTTTCTATAAACATCATGTAAATAATCTCATGTACCATAGTAGTGT
TCATCTCGTGGAATGGAATAATTGGCTTGTGGTCTTGCGTGGTTACTGACTTTTGAACCA
CCTCCGGAGTTTTGTGGTGTGTCAGTACTTTTGATCTTCACAAATGATTGGACAGTCTCT
TTCTC

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR1DI40TF 485 0 0
GGGGAGATGGAGAGAAAGACGAAAGAGATGGAGAAGTTGTGCCGGAGGTGCAAGGCAAGC
TACAGAGATTCCTCGAACAATGCTTCCTCTTGCCGTTTTCATCCTTCCTTCTTCGTTTGT
CGTCGCCACGATGACCAGAAAAGGTACTATGAATTGGGACCAGAAGATCCACCATACGCA
GCCAAGTTCTACGATTGTTGCGGGGCAGAGGATCCTAATGCACCTGGTTGTCTCACCAGT
CCTCACATTTCATATGACGACTGATTTTGTGACTCAAGTCTCTCTCTCTCTCTCACAAGC
CTGTGTTTTTTTTTCTTTCTATAAACATCATGTAAATAATCTCATGTACCATAGTAGTGT
TCATCTCGTGGAATGGAATAATTGGCTTGTGGTCTTGCGTGGTTACTGACTTTTGAACCA
CCTCCGGAGTTTTGTGGTGTGTCAGTACTTTTGATCTTCACAAATGATTGGACAGTCTCT
TTCTC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 2

CO CL5103Contig1 608 2 6 U
GGAAGACAAGAGGAGGCAATGATGGTCTTATCCAGCAGCATCTTCTCCATGAGCAGAGCT
TCAACGGCCATGGCGTCTCTAACCAATGACTCTCCATCTCCCCTTCCATCGAAACCTACA
AGGAAACCGACAAGAATCAGCCAAAAGAACGGGAATGAAAATCAGCAACTATCACGGAAG
CAACGGCGTGAGAAGAAGCCATCAATAGCTCAGATCGAGCGAGCATTTGGCGCTGGATCA
TATCGTGATTCTGAAGGGGAAATGGATATGAATACAGTATTCGATGAGCTTCTTCTAGGT
CATGCTAACAAATTCGAAGGAAAGCTGGAGAAGACGCTACGAGAGGTTGGCGAAATGTTT
GTAGACCGAACAGAGTCTAAGCTTCGTTCCTCCGGGAAACCAGTTTTGATGTTTACACTT
CAATGGATACTTCCTATATGGATTGGGTCTCTGCTTTTCGCTTGTCGAATCATCAAACTT
CCCTTTAGCCTCCCATTACTTGATGACTTGATCATGGGATTGTACCTTAGGCACCACATA
TTTACCATGATCACAATCACTTTTGTGTGTTAGCCCCATAATAATCTCAAAAGAAAGCGA
TTTTTGTG


BQ
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20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1EU16TF U 1
AF RR1EU16JQ C 221
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RD RR1EU16TF 606 0 0
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AGGAAACCGACAAGAATCAGCCAAAAGAACGGGAATGAAAATCAGCAACTATCACGGAAG
CAACGGCGTGAGAAGAAGCCATCAATAGCTCAGATCGAGCGAGCATTTGGCGCTGGATCA
TATCGTGATTCTGAAGGGGAAATGGATATGAATACAGTATTCGATGAGCTTCTTCTAGGT
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GTAGACCGAACAGAGTCTAAGCTTCGTTCCTCCGGGAAACCAGTTTTGATGTTTACACTT
CAATGGATACTTCCTATATGGATTGTGTCTCTGCTTTTCGCTTGTCGAATCATCAAACTT
CCCTTTAGCCTCCCATTACTTGATGACTTGATCATGTGATTGTACCTTAGGCACCACATA
TTTACCATGATCACAATCACTTTTGTGTGTTAGCCCCATAATAATCTCAAAAGAAAGCGA
TTT
CTG

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1EU16JQ 388 0 0
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TCGATGAGCTTTTTTTAGGTCATGCTAACAAATTTGAAGGAAAGCTGGAGAAGACGCTAC
GAGAGGTTGGGGAAATGTTTGTAGACCGAACAGAGTTTAAGCTTCGTTCCTCCGGGAAAC
CAGTTTTGATGTTTACACTTCAATGGATACTTCCTATATGGATTGGGTTTTTGCTTTTCG
CTTGTGGAATCATCAAACTTCCCTTTAGCCTCCCATTACTTGATGACTTGATCATGGGAT
TGTACCTTAGGCCCCACATATTTACCATGATCACAATCACTTTTGTGTGTTAGCCCCATA
ATAATCTCAAAAGAAAGGGATTTTTGTG

QA 1 388 1 388
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5105Contig1 669 2 3 U
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CTTTTCTTCGAACCAACATCACACAATTCAAAAACCAAGACCAATGCCGTAAGAAATGGC
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GCTCTATCGTATCTCGCCATCTCTCAACTCTCTATCTCTCTCTTGTGATGAGTGTTCTTT
CTGATTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH11JQ U 5
AF RR1GH11TF C 1
BS 1 4 RR1GH11TF
BS 5 492 RR1GH11JQ
BS 493 669 RR1GH11TF

RD RR1GH11JQ 488 0 0
CATGCATAAAATAGCCAAATATATGATTTAAAATGAAGAATGTCAAACAGGCTAATAATC
CAACACAACATGAACTAAACGCAGTCCAGAGTTTTGTCTATTCAACCCTCAAATATCTTT
TCTTCGAACCAACATCACACAATTCAAAAACCAAGACCAATGCCGTAAGAAATGGCTCAT
GTTTCCCTAGAAGGGCCTTTCTTGGCTGCTTCTGCAGCCGCCTTCTCAGCTTCAATCTCA
GCCACAATCGCATCGATTTCAGCTTCTTCTAGCTGCTTCAGAGTACCTTCCTCCCTTGTC
ATTAAAGCAACCTCAATGTTCTTTCCACCACTCTCAACTAACTCAAGCAGAGCACGGATT
GCAAGTTTAAAAGTCTCTTGCCCCGAGGTTTCTTTATAATTCTTCTCCAGAAACTCCCTG
ATCGAGTTTGAGTTTCTCCCGGTCTCGTATCCTGGAGCTTAGGGGTGGATTTCTTCTCGA
CGGCGAGG

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR1GH11TF 669 0 0
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AATCCAACACAACATGAACTAAACGCAGTCCAGAGTTTTGTCTATTCAACCCTCAAATAT
CTTTTCTTCGAACCAACATCACACAATTCAGAAACCAAGACCAATGCCGTAAGAAATGGC
TCATGTTTCCCTAGAAGGGCCTTTCTTGGCTGCTTCTGCAGCCGCCTTCTCAGCTTCAAT
CTCAGCCACAATCGCATCGATTTCAGCTTCTTCTAGCTGCTTCAGAGTACCTTCCTCCCT
TGTCATTAAAGCAACCTCAATGTTCTTTCCACCACTCTCAACTAACTCAAGCAGAGCACG
GATTGCAAGTTTAAAAGTCTCTTGCCCCGAGGTTTCTTTATAATTCTTCTCCAGAAACTC
CCTGATCGAGTTTGAGTTTCTCCCGGTCTCGTATCCTGGAGCTTAGGGGTGGATTTCTTC
TCGACGGCGAGGACGACAGTATCGGTGCCTCGGACGCCGAAGGCGGCGTTACCTTTGCGG
ACAGCTTCTAGGGCGTACTCTACCTGGAAAAGGTGGCCGTCTGGTGAGAACACTGTGATT
GCTCTATCGTATCTCGCCATCTCTCAACTCTCTATCTCTCTCTTGTGATGAGTGTTCTTT
CTGATTCCC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL5106Contig1 1122 2 4 U
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CTGGAGAAATGGCTTCTGATGAATCAGCCGAGGAAGTCTGTGATCTTCCCCTTGAACGCT
GTATGAGGATAGTGCCTCATGATCAGAACACTGGGGGATTTTTCATTGCAGTGCTTCACA
AAGTTTCACCTTTACCAGATTTTCCGGAGAAACTAAATCAGAGAAGGTCTACCAGAGGCA
GAAACTCATCTGATAAATCTTCGTATGAAGAAGTCTCTGACACTGTGATTACTCAACCAG
AAGAGAATACAGAGGAAATAGTTGTAGAAGCAGCAGCGTTAGATAATGGCTTGAAGCTTG
AGAAGGAAAGCACCAGCGAAGAAGGCACTGTGGAATCGACTCAAGAAGTACCACCACCAG
TGCAAAAAGGGAAGTGGAAAGGCCTTGACCCTGTTGTTTTCTTGAGAGATGAAACAGTGA
TCAGCGGGATCAAGAGGTTTTACGGCATCAATGATGAGTCTTTCCCTCTCAATGGCCATC
TCGTGACTAGAAACAGCGACACGAGCAGCAAAGGCAACGTGAAGAGGATTTACTATGTTT
CAAGATCGGTTAAGGATGTTCTTGAGCTTAACCATGCGGTTGGGCAGAAGATTAAGGTCG
CATCTGTTGGCCTCAAGATGTTTGAGAAACAATCGGCAAGAGAATGTGAAGCTGGCAGTT
GCTCATTCCGGATAACATCAGAGGGATTGTCTGTGATCCTTCCCTACATGACCAAGCAGA
TACTTTATGCAACAACGGTGGATTCCAAGAATCTCCTGCAATACAAATCGATCAAGTTCC
CGAATTTTGTCCAGCCACAGTTTGGCGAGAAAGCAGCAGAAGTAGCAGAGGGATATTGCG
TTGTGATTCTTGTTGATGGTACTCAGAAGGACGGGTGTGAAGCAGTCAAAGTGAATTCAT
CAACAATAGCCATTGGATGCTGGAAGGGCAAAGCGAGCTTAACTGTTATGGTAATGACAG
TGGACTGTGACCAACTTCTTCAGAAACTTGCTTGTTGATATGGAGACAGCTCAAAGCTTT
AGGATAAACTCAATAAGACTGTTAGTTTCATGTATTTCAATC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BG20TF U 1
AF RR1FO01TF U 471
BS 1 523 RR1BG20TF
BS 524 524 RR1FO01TF
BS 525 729 RR1BG20TF
BS 730 1122 RR1FO01TF

RD RR1BG20TF 740 0 0
GAAGCATGTTTCCTTCTGGTAAAAGTGACAAAGACTCAACAACAGGTGGCGGAAGCAGCT
CTGGAGAAATGGCTTCTGATGAATCAGCCGAGGAAGTCTGTGATCTTCCCCTTGAACGCT
GTATGAGGATAGTGCCTCATGATCAGAACACTGGGGGATTTTTCATTGCAGTGCTTCACA
AAGTTTCACCTTTACCAGATTTTCCGGAGAAACTAAATCAGAGAAGGTCTACCAGAGGCA
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AAGAGAATACAGAGGAAATAGTTGTAGAAGCAGCAGCGTTAGATAATGGCTTGAAGCTTG
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TGCAAAAAGGGAAGTGGAAAGGCCTTGACCCTGTTGTTTTCTTGAGAGATGAAACAGTGA
TCAGCGGGATCAAGAGGTTTTACGGCATCAATGATGAGTCTTTTCCTCTCAATGGCCATC
TCGTGACTAGAAACAGCGACACGAGCAGCAAAGGCAACGTGAAGAGGATTTACTATGTTT
CAAGATCGGTTAAGGATGTTCTTGAGCTTAACCATGCGGTTGGGCAGAAGATTAAGGTCG
CATCTGTTGGCCTCAAGATGTTTGAGAAACAATCGGCAAGAGAATGTGAAGCTGGCAGTT
GCTCATTCC
CGGATAACGTC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1FO01TF 652 0 0
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AATGGCCATCTCGTGACTAGAAACAGCGACACGAGCAGCAAAGGCAACGTGAAGAGGATT
TACTATGTTTCAAGATCGGTTAAGGATGTTCTTGAGCTTAACCATGCGGTTGGGCAGAAG
ATTAAGGTCGCATCTGTTGGCCTCAAGATGTTTGAGAAACAATCGGCAAGAGAATGTGAA
GCTGGCAGTTGCTCATTCCGGATAACATCAGAGGGATTGTCTGTGATCCTTCCCTACATG
ACCAAGCAGATACTTTATGCAACAACGGTGGATTCCAAGAATCTCCTGCAATACAAATCG
ATCAAGTTCCCGAATTTTGTCCAGCCACAGTTTGGCGAGAAAGCAGCAGAAGTAGCAGAG
GGATATTGCGTTGTGATTCTTGTTGATGGTACTCAGAAGGACGGGTGTGAAGCAGTCAAA
GTGAATTCATCAACAATAGCCATTGGATGCTGGAAGGGCAAAGCGAGCTTAACTGTTATG
GTAATGACAGTGGACTGTGACCAACTTCTTCAGAAACTTGCTTGTTGATATGGAGACAGC
TCAAAGCTTTAGGATAAACTCAATAAGACTGTTAGTTTCATGTATTTCAATC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL5107Contig1 381 2 1 U
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ATGGCCAAGTCGAAGAATCACACTGCGCATAACCAGTCAGCCAAGGCCCACAAGAACGGA
ATCAAGAAGCCGAGGAGGCACCGTCACACCCCCACCAGAGGGATGGACCCAAAGTTCTTG
AGGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCACAACGTCAAGAGCGGCGAGAATGCCACCACTGAA
GACTAAGTTTGTATTCTACTCCGAGACTCTAAAATCTTTCATTAGACTAAAGAACCAATG
TGTCGTCCTTTTTTGAATCTTTTTCGTTTCATTATGTTTCCGCAAATGGTTTGTGCACTC
TTTCAATCCAGGCCTTAATTT


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FP27JQ C 1
AF RR1FP27TF U 1
BS 1 381 RR1FP27TF

RD RR1FP27JQ 381 0 0
GGAGTGGCCGTATAAGCAACCTTAGCCGATCAGATTTTTCCTTTTATTTTCCTTACACAG
ATGGCCAAGTCGAAGAATCACACTGCGCATAACCAGTCAGCCAAGGCCCACAAGAACGGA
ATCAAGAAGCCGGGGAGGCACCGTCACACCCCCCCCAGAGGGATGGACCCAAAGTTTTTG
GGGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCACAACGTCAAGAGCGGGGAGAATGCCACCACTGAA
GACTAAGTTTGTATTTTACTCCGAGACTTTAAAATTTTTCATTAGACTAAAGAACCAATG
TGTCGTCCTTTTTTGAATTTTTTTCGTTTCATTATGTTTCCGCAAATGGTTTGTGCACTC
TTTCAATCCAGGCCTTAATTT

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR1FP27TF 381 0 0
GGAGTGGCCGTATAAGCAACCTTAGCCGATCAGATCTCTCCTCTTATCTTCCTTACACAG
ATGGCCAAGTCGAAGAATCACACTGCGCATAACCAGTCAGCCAAGGCCCACAAGAACGGA
ATCAAGAAGCCGAGGAGGCACCGTCACACCCCCACCAGAGGGATGGACCCAAAGTTCTTG
AGGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCACAACGTCAAGAGCGGCGAGAATGCCACCACTGAA
GACTAAGTTTGTATTCTACTCCGAGACTCTAAAATCTTTCATTAGACTAAAGAACCAATG
TGTCGTCCTTTTTTGAATCTTTTTCGTTTCATTATGTTTCCGCAAATGGTTTGTGCACTC
TTTCAATCCAGGCCTTAATTT

QA 1 381 1 381
DS 



AS 1 2

CO CL5108Contig1 781 2 2 U
GGAGGTCTCTCTTGTGTAACAGAACACCAAAGCTCCTTTCTCTTGAGTCTCCGTTCTTAA
GCGTCAAGAGTTATGGTGAGAGTCTTTCTTCTCTACAATCTCTTAAACTCATTTCTTCTC
TGTTTGGTTCCCAAGAAGCTTAGAGTTCTATTCCCTCCTTCTTGGTACACCGACGACAAG
ATCCCACCACCGTCTGAATCGGATTGTTCTCTGAGAACAGACCCGGTGGATCTTAAACGA
GTGTTTCAGATGTTTGACAAGAACGGAGACGGCCGCATCACAAAGGAAGAGCTAAATGAT
TCTTTAGAGAATCTAGGAATCTTCATGCCAGACAAAGATCTGATCCAGATGATCCAAAAG
ATGGACGCAAATGGAGATGGATGTGTAGACATCAACGAGTTTGAGTCTCTTTACGGTTCG
ATTGTCGAGGAGAAAGAGGAAGAGGATATGAGAGATGCGTTCAATGTGTTTGATCAAGAC
GGTGATGGGTTTATTAGCGTTGAGGAGTTAAAGTCTGTGATGGCTTCCTTGGGACTCAAG
CAAGGTAAAACTTTAAAGTGTTGTAAAGATATGATTACTCAAGTTGATGAAGATGGTGAT
GGTAGAGTCAATTACAATGAGTTTCTTCAGATGATGAAGTCTGGTGGGTTTAGCAATAGA
TCATAATCAGATTAAAGCTGATTTGATCCCTTTTTACTCTGTAAATAGTTTCTTTTAATG
TCCTGTATTAATCTTGAACTGAATTGTTAAAAGATTAAACAATCTTGTTTTTTTCTCTTA
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1EO62TF U 1
AF RR1EO62JQ C 197
BS 1 680 RR1EO62TF
BS 681 781 RR1EO62JQ

RD RR1EO62TF 680 0 0
GGAGGTCTCTCTTGTGTAACAGAACACCAAAGCTCCTTTCTCTTGAGTCTCCGTTCTTAA
GCGTCAAGAGTTATGGTGAGAGTCTTTCTTCTCTACAATCTCTTAAACTCATTTCTTCTC
TGTTTGGTTCCCAAGAAGCTTAGAGTTCTATTCCCTCCTTCTTGGTACACCGACGACAAG
ATCCCACCACCGTCTGAATCGGATTGTTCTCTGAGAACAGACCCGGTGGATCTTAAACGA
GTGTTTCAGATGTTTGACAAGAACGGAGACGGCCGCATCACAAAGGAAGAGCTAAATGAT
TCTTTAGAGAATCTAGGAATCTTCATGCCAGACAAAGATCTGATCCAGATGATCCAAAAG
ATGGACGCAAATGGAGATGGATGTGTAGACATCAACGAGTTTGAGTCTCTTTACGGTTCG
ATTGTCGAGGAGAAAGAGGAAGAGGATATGAGAGATGCGTTCAATGTGTTTGATCAAGAC
GGTGATGGGTTTATTAGCGTTGAGGAGTTAAAGTCTGTGATGGCTTCCTTGGGACTCAAG
CAAGGTAAAACTTTAAAGTGTTGTAAAGATATGATTACTCAAGTTGATGAAGATGGTGAT
GGTAGAGTCAATTACAATGAGTTTCTTCAGATGATGAAGTCTGGTGGGTTTAGCAATAGA
TCATAATCAGATTAAAGCTG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1EO62JQ 585 0 0
AATCGGATTGTTCTCTGAGAACAGACCCGGTGGATCTTAAACGAGTGTTTCAGATGTTTG
ACAAGAACGGAGACGGCCGCATCACAAAGGAAGAGCTAAATGATTCTTTAGAGAATCTAG
GAATCTTCATGCCAGACAAAGATCTGATCCAGATGATCCAAAAGATGGACGCAAATGGAG
ATGGATGTGTAGACATCAACGAGTTTGAGTCTCTTTACGGTTCGATTGTCGAGGAGAAAG
AGGAAGAGGATATGAGAGATGCGTTCAATGTGTTTGATCAAGACGGTGATGGGTTTATTA
GCGTTGAGGAGTTAAAGTCTGTGATGGCTTCCTTGGGACTCAAGCAAGGTAAAACTTTAA
AGTGTTGTAAAGATATGATTACTCAAGTTGATGAAGATGGTGATGGTAGAGTCAATTACA
ATGAGTTTCTTCAGATGATGAAGTCTGGTGGGTTTAGCAATAGATCATAATCAGATTAAA
GCTGATTTGATCCCTTTTTACTCTGTAAATAGTTTCTTTTAATGTCCTGTATTAATCTTG
AACTGAATTGTTAAAAGATTAAACAATCTTGTTTTTTTCTCTTAC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

CO CL5109Contig1 992 2 6 U
GCATCTACTAGTGCATTTAGTGAGCACCTTAGTCACACATTATCAAGTGAACAAGTGAAA
ACCTTACCCGAAGGCAAGTGGAAATTTAAATGGGAAGCACCGGCCATTGACATGCCAAAT
TGCAGGTGGAAAGGAACAAGACCAAATTTCCTCGATGGTGTTCAGAATGATGCACCTTAT
GGCCTCAAGCCGAAGTTATTCAAGCACTGGCTTCAACTATACCAGAAATCTGGTGGAAAA
GATTTTGACTCATCTAAAAGAAGAAGATTCTTCTCCATCTGCAACAGCTACATGGATATT
TTGCACTCTAACAAGAGACTCTTTTACAATAAAGGCCGTGAAGAAGACTCAAGTGCCATG
GACGCTTATCTTATGCATTCTTTGAATCACATTTTTAAAACGAGAGATCTTGTGAAGAAG
AATGAGAGTAAAATTGCAAAGCATCGAGAGACGTCTGAACAAGACATTCTTTCTGATGAT
GGATTTCTTGACCAAGGATTTACTCGTCCAAAGGTATTGATTCTACTACCGATGAGGAGT
ATTGCCTTTCGCGTTGTCAAGAGGCTCATACAACTAACTCCAGAGGCTCTAAGGGTTAAT
GTAGAACACCTTGACCGGTTTAATGCCGAGTTTGGATGTGAAGACGAATCCGATGACGAT
GATGAGAAGACATCCAAAAATGGGAAATCGACAACCCACAAGTCTTCAAAACCTTCTAAT
TGGCAAGCCCTTTTTGGTGAGAAGAACAGTGATGATGAGTTTATGCTAGGCATTAAGCAT
ACAAGAAAGAGCATTAGGCTGTATGGTGATTTCTATTCATCGGACATGATCATTGCTTCC
CCTCTCAAGTTACATATGGCCATTGGTCAAGCAGAAGAAAACAAGGAAAGGGATGTTGAT
TATCTCTCCTCCATTGAGGTTTTGGTTATCGATCATGCAGACATAATATCTATGCAGAAT
TGGTCGTTCCTTACTACAGTCGTCGACCACAT


BQ
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AF RR1GY10TF U 1
AF RR1GY10JQ C 465
BS 1 679 RR1GY10TF
BS 680 680 RR1GY10JQ
BS 681 693 RR1GY10TF
BS 694 694 RR1GY10JQ
BS 695 706 RR1GY10TF
BS 707 992 RR1GY10JQ

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ATTGCCTTTCGCGTTGTCAAGAGGCTCATACAACTAACTCCAGAGGCTCTAAGGGTTAAT
GTAGAACACCTTGACCGGTTTAATGCCGAGTTTGGATGTGAAGACGAATCCGATGACGAT
GATGAGAAGACATCCAAAA*TGGGAAATCGACA*CCCACAAGTCTT

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DS 

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GCTAGGCATTAAGCATACAAGAAAGAGCATTAGGCTGTATGGTGATTTCTATTCATCGGA
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GGAAAGGGATGTTGATTATCTCTCCTCCATTGAGGTTTTGGTTATCGATCATGCAGACAT
AATATCTATGCAGAATTGGTCGTTCCTTACTACAGTCGTCGACCACAT

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 2

CO CL5110Contig1 1185 2 10 U
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CGGTTTATAGTCTCTTTCGGCAACAACGCATTCGGCAAGCCTGAAGAGAAGCTTACCTTC
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ATGGCATTACCAGTGGGATTGCGAGCCAGCCAAGGGTATTGCGCTTCTCTCCATGGGTTT
CTCAGTTTTTACATTGATCATGGTTTGATGGTTTGTAACCCTAGCACGGAGCAAGTCTTT
AATTTGCCCAAGACCACCCAATTCGTGGGGTACGATCCCATTGGTGGCCAACACAAAGCA
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ACACTTGGAGTACGAGGAGGTTGTTGGAGAGACATTGAAGGTACCCCTGTTCCTTATATA
CCTGTATCAGTGGGAGTATGTATCAATGGTGTTATCTACTATGGCGGTTATAAGTACAAC
TCCACTACTGATTTAGAGAATAAGAGTCCGGCTGTGATGTGTTTTGATGTTCGATCTGAA
AAAGTAAGTTTTATCCAAGCACCTAGTGCTGTCGTGTTATGTGGAAAGGATGCCATATTT
ATAGAATACAATGGGAAGCTAGCTTCTATTTTTGTGCATCCACCCGATGCTCATCGCTCC
ATTCCCTTTGATTTATGGATACTAGAAGACGCCCATACACATGAATGGTCTAACCAAACA
TGTTTGTTTCCCTCCTCTGCCTGGGAGTCTGTTTCTTGCCGCAGAATGTCTTTCCAAGGC
ACCAATCAAGCCGGTGAGATCATTATTGTCACAAGCGTGGTTAATACACTCAAGGTCCAA
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GGAATTGGTGACAATGAAGAGTTTCAACGCTCTTATGGATTCCGAAACGGGTATGAATGT
TATGTCCGTGTCGCACCTCACCACGTCGACACTATTGCCTTTCTTAACAATCATAATCAT
GTATGAACTTTATCTTACTTTCCGGAAGAAAGCTTTTAGGAAAATTTTGTTTTTATTTTT
TCTTTGGAGTGGTTTTGTGATCACCTGAATATTTTTGATCCAATC


BQ
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AF RR1AS68TF U 1
AF RR1AS68JQ C 402
BS 1 746 RR1AS68TF
BS 747 747 RR1AS68JQ
BS 748 772 RR1AS68TF
BS 773 774 RR1AS68JQ
BS 775 794 RR1AS68TF
BS 795 795 RR1AS68JQ
BS 796 800 RR1AS68TF
BS 801 801 RR1AS68JQ
BS 802 816 RR1AS68TF
BS 817 1185 RR1AS68JQ

RD RR1AS68TF 819 0 0
TCCTTGATCCGAAGCCAAGAGTTGGTGGATTCCTTCTTCGCTGTCTCCTCAACACAACCA
CGGTTTATAGTCTCTTTCGGCAACAACGCATTCGGCAAGCCTGAAGAGAAGCTTACCTTC
GTCTTCTCGTATCCAGAGGGGTCTTCTTCTTCTACTTCTTCTTTGGTACCCAGGTTCGAG
ATGGCATTACCAGTGGGATTGCGAGCCAGCCAAGGGTATTGCGCTTCTCTCCATGGGTTT
CTCAGTTTTTACATTGATCATGGTTTGATGGTTTGTAACCCTAGCACGGAGCAAGTCTTT
AATTTGCCCAAGACCACCCAATTCGTGGGGTACGATCCCATTGGTGGCCAACACAAAGCA
TTATCTGTGCATTTGAGACATCCTTCTTCTGCTCGTCCTCATCTACTTCACAAGGTGTTA
ACACTTGGAGTACGAGGAGGTTGTTGGAGAGACATTGAAGGTACCCCTGTTCCTTATATA
CCTGTATCAGTGGGAGTATGTATCAATGGTGTTATCTACTATGGCGGTTATAAGTACAAC
TCCACTACTGATTTAGAGAATAAGAGTCCGGCTGTGATGTGTTTTGATGTTCGATCTGAA
AAAGTAAGTTTTATCCAAGCACCTAGTGCTGTCGTGTTATGTGGAAAGGATGCCATATTT
ATAGAATACAATGGGAAGCTAGCTTCTATTTTTGTGCATCCACCCGATGCTCATCGCTCC
ATTCCCTTTGATTTATGGATACTAGA*GACGCCCATACACATGAATGGTCTA**CAAACA
TGTTTGTTTCCCTC*TCTGC*TGGGAGTCTGTTTCT
GCG

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1AS68JQ 784 0 0
TCTACTTCACAAGGTGTTAACACTTGGAGTACGAGGAGGTTGTTGGAGAGACATTGAAGG
TACCCCTGTTCCTTATATACCTGTATCAGTGGGAGTATGTATCAATGGTGTTATCTACTA
TGGCGGTTATAAGTACAACTCCACTACTGATTTAGAGAATAAGAGTCCGGCTGTGATGTG
TTTTGATGTTCGATCTGAAAAAGTAAGTTTTATCCAAGCACCTAGTGCTGTCGTGTTATG
TGGAAAGGATGCCATATTTATAGAATACAATGGGAAGCTAGCTTCTATTTTTGTGCATCC
ACCCGATGCTCATCGCTCCATTCCCTTTGATTTATGGATACTAGAAGACGCCCATACACA
TGAATGGTCTAACCAAACATGTTTGTTTCCCTCCTCTGCCTGGGAGTCTGTTTCTTGCCG
CAGAATGTCTTTCCAAGGCACCAATCAAGCCGGTGAGATCATTATTGTCACAAGCGTGGT
TAATACACTCAAGGTCCAACCCTTCTACATATTCTACTACAATGTCTGTACAAACAGTGT
CAGAAGAGTTAGGCTCCTTGGAATTGGTGACAATGAAGAGTTTCAACGCTCTTATGGATT
CCGAAACGGGTATGAATGTTATGTCCGTGTCGCACCTCACCACGTCGACACTATTGCCTT
TCTTAACAATCATAATCATGTATGAACTTTATCTTACTTTCCGGAAGAAAGCTTTTAGGA
AAATTTTGTTTTTATTTTTTCTTTGGAGTGGTTTTGTGATCACCTGAATATTTTTGATCC
AATC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL5111Contig1 1223 2 10 U
GGGAGAATGGGGGCGAATTCAATACCGACGGACGCAACCATTGATCTCGATGAGCAGATC
TCCCAGCTCATGCAGTGCAAACCCCCCTCCGAGCAACAGGTCAGATCATTATGCGAGAAA
GCCAAGGAGATCTTAATGGATGAAAGCAACGTTCAGCCTGTGAAAAGCCCTGTGACAATC
TGCGGTGATATTCATGGACAGTTCCATGATCTTGCTGAGCTTTTCCGTATTGGTGGAATG
TGCCCTGATACCAATTACCTGTTTATGGGAGATTACGTTGACCGTGGTTACTATTCTGTT
GAAACTGTCACGCTGTTAGTCGCCTTAAAGTTGCGATATCCTCAGCGACTCACCATCCTT
AGAGGAAACCATGAAAGTCGTCAGATTACTCAGGTTTATGGATTTTATGATGAATGTCTG
CGAAAGTATGGCAACGCAAATGTTTGGAAAATCTTTACAGACCTCTTCGACTATTTCCCA
CTGACTGCCTTGGTTGAGTCAGAAATATTTTGCCTTCATGGTGGATTGTCTCCATCTATC
GAGACACTTGACAACATAAGGAATTTTGATCGTGTTCAAGAAGTGCCCCATGAAGGGCCG
ATGTGTGACTTATTATGGTCTGACCCTGATGACCGTTGTGGTTGGGGCATCTCTCCACGT
GGGGCCGGATATACATTTGGCCAGGACATATCTGACAGTTCACCACTCAAACAGCTTAAA
GCTGATCGCCCGAGCTCATCAGCTGGTTATGGATGGATACAACTGGGCTCATGAGCAAAA
AGTGGTAACGATCTTCAGTGCACCAAACTACTGTTACCGTTGTGGGAACATGGCCTCGAT
TCTTGAGGTTGATGACTGTATGAACCACAGCTTCATTCAGTTTGAACCAGCACCGAGGAG
AGGAGAACCAGACGTTACTCGAAGAACACCAGACTATTTTTTCTGATCACTGGACACGGA
ATCATTTCAGCAGCTGCCTCCACAACTGAAAAGGTCACAGTTGGTTAGTAACTCAGGAAT
CTGGTTTTTATGCAATGTGTTTTATGTTCAACTCAGTCCCATCCCACCACCAGAATATAG
TGTGTATGTTGTAGGCGAAGAAGGCCTTCTCTTATCTTCCTCTATAACCAAGAAGAAGAA
AAAGAGAGGTCGATGGACTGACTCGATAGTACCTATCATACACATTGTTTAATTGATGTT
ATTAGCTTATTTTTTCTTTCTAC


BQ
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AF RR1H704TF U 1
AF RR1H704JQ C 692
BS 1 761 RR1H704TF
BS 762 762 RR1H704JQ
BS 763 780 RR1H704TF
BS 781 781 RR1H704JQ
BS 782 806 RR1H704TF
BS 807 807 RR1H704JQ
BS 808 817 RR1H704TF
BS 818 818 RR1H704JQ
BS 819 827 RR1H704TF
BS 828 1223 RR1H704JQ

RD RR1H704TF 827 0 0
GGGAGAATGGGGGCGAATTCAATACCGACGGACGCAACCATTGATCTCGATGAGCAGATC
TCCCAGCTCATGCAGTGCAAACCCCCCTCCGAGCAACAGGTCAGATCATTATGCGAGAAA
GCCAAGGAGATCTTAATGGATGAAAGCAACGTTCAGCCTGTGAAAAGCCCTGTGACAATC
TGCGGTGATATTCATGGACAGTTCCATGATCTTGCTGAGCTTTTCCGTATTGGTGGAATG
TGCCCTGATACCAATTACCTGTTTATGGGAGATTACGTTGACCGTGGTTACTATTCTGTT
GAAACTGTCACGCTGTTAGTCGCCTTAAAGTTGCGATATCCTCAGCGACTCACCATCCTT
AGAGGAAACCATGAAAGTCGTCAGATTACTCAGGTTTATGGATTTTATGATGAATGTCTG
CGAAAGTATGGCAACGCAAATGTTTGGAAAATCTTTACAGACCTCTTCGACTATTTCCCA
CTGACTGCCTTGGTTGAGTCAGAAATATTTTGCCTTCATGGTGGATTGTCTCCATCTATC
GAGACACTTGACAACATAAGGAATTTTGATCGTGTTCAAGAAGTGCCCCATGAAGGGCCG
ATGTGTGACTTATTATGGTCTGACCCTGATGACCGTTGTGGTTGGGGCATCTCTCCACGT
GGGGCCGGATATACATTTGGCCAGGACATATCTGACAGTTCACCACTCAAACAGCTTAAA
GCTGATCGCCCGAGCTCATCAGCTGGTTATGGATGGATACA*CTGGGCTCATGAGCAAAA
*GTGGTAACGATCTTCAGTGCACCAA*CTACTGTTAC*GTTGTGGGA

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1H704JQ 532 0 0
GAACAGTTCA
ACCACTCAAACAGCTTAAAGCTGATCGCCCGAGCTCATCAGCTGGTTATGGATGGATACA
ACTGGGCTCATGAGCAAAAAGTGGTAACGATCTTCAGTGCACCAAACTACTGTTACCGTT
GTGGGAACATGGCCTCGATTCTTGAGGTTGATGACTGTATGAACCACAGCTTCATTCAGT
TTGAACCAGCACCGAGGAGAGGAGAACCAGACGTTACTCGAAGAACACCAGACTATTTTT
TCTGATCACTGGACACGGAATCATTTCAGCAGCTGCCTCCACAACTGAAAAGGTCACAGT
TGGTTAGTAACTCAGGAATCTGGTTTTTATGCAATGTGTTTTATGTTCAACTCAGTCCCA
TCCCACCACCAGAATATAGTGTGTATGTTGTAGGCGAAGAAGGCCTTCTCTTATCTTCCT
CTATAACCAAGAAGAAGAAAAAGAGAGGTCGATGGACTGACTCGATAGTACCTATCATAC
ACATTGTTTAATTGATGTTATTAGCTTATTTTTTCTTTCTAC

QA 11 532 11 532
DS 



AS 1 2

CO CL5112Contig1 1067 2 2 U
TATTTCAAAGGAATTCCCAAGCATGAGTGGAGTAAAGAACTACCAAGGTTAAGATCTAGC
ATTGACGGAGAAATAGAAAGTATTTTAAAGTTCAGTTATGATTCCTTATGCCATGGAAAT
CAAGCTTTATTTCTTTATATAGCCTGTTTTTTCAACGGTGAACGAAGTGAGAAAGTGGAA
GCGCACCTTGCAGAGAATTTAATTGATGTGAGACAAGGTCTTCGGCTCTTAGCAGAGAAG
TCTCTCATATCTATCAGTTCCGTACATGGCTATGAACAGATAAAGATGCATAATTTGCTA
GCACAATTGGGTAGAGGAATTGTTCATAAACAGTCCATTCACGAACCTGGGAAGTGTCGG
TTTTTGGTTAGTGGTAGAGATATAAGCCAAGTACTACGCGATGATACGATAGGTAGTCGA
AGTGTTATAGGCATAGATCTGAAGTATATTGAGTTCTGGAAGGAATTGAAGATAATTGAC
AGAGCCTTTGAAAATATGACTAGTCTCCAATTCTTAAGACTGGATATAAGCAGAACTCAT
GTAGAAAGTCTGAACTATCTACCTCCAAAACTTAGATTACTGCATTGGAATAAATTTCCA
GTGACATGCCTGCCTTCTAATTTTAATCCGGAGTTTTTGGTGGAAATAAACATGCGTGAT
AGCAAGCTTGAAAAATTGTGGGAAGGAATCAAAACGATTACAAATCTCAAGTGGATGAAT
TTGAGTCGTTCCAGCAATCTTAAGGAGCTTCCTGATCTCTCAACTGCTAATAATCTTCTG
GAATTGGATCTTAGTCATTGCTCAAGTCTAGTGGAACTCCCATTTTCTATTGGCAATGCT
ATTAATCTCCAGAAGTTGACTCTAAATTCTTGCTCAAGTCTAGTGGGGTTTCCTTCAAAT
ATTAGTTATTAATCTCCAAATATTAGATATTAGTTATTGCTCTAGTCTAGTGAGTCTTCC
ATCTTCTTCTGGGAATGCTATTAAACTCAAAGAACTGAATCTTAGTGGACGTACAAGTCT
GATAGAACTCCCATCTTCTCTTGGTAATTTTACGGGATTGAATCTCC


BQ
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AF RR1EZ34TF U 1
AF RR1EZ34JQ C 361
BS 1 621 RR1EZ34TF
BS 622 1067 RR1EZ34JQ

RD RR1EZ34TF 621 0 0
TATTTCAAAGGAATTCCCAAGCATGAGTGGAGTAAAGAACTACCAAGGTTAAGATCTAGC
ATTGACGGAGAAATAGAAAGTATTTTAAAGTTCAGTTATGATTCCTTATGCCATGGAAAT
CAAGCTTTATTTCTTTATATAGCCTGTTTTTTCAACGGTGAACGAAGTGAGAAAGTGGAA
GCGCACCTTGCAGAGAATTTAATTGATGTGAGACAAGGTCTTCGGCTCTTAGCAGAGAAG
TCTCTCATATCTATCAGTTCCGTACATGGCTATGAACAGATAAAGATGCATAATTTGCTA
GCACAATTGGGTAGAGGAATTGTTCATAAACAGTCCATTCACGAACCTGGGAAGTGTCGG
TTTTTGGTTAGTGGTAGAGATATAAGCCAAGTACTACGCGATGATACGATAGGTAGTCGA
AGTGTTATAGGCATAGATCTGAAGTATATTGAGTTCTGGAAGGAATTGAAGATAATTGAC
AGAGCCTTTGAAAATATGACTAGTCTCCAATTCTTAAGACTGGATATAAGCAGAACTCAT
GTAGAAAGTCTGAACTATCTACCTCCAAAACTTAGATTACTGCATTGGAATAAATTTCCA
GTGACATGCCTGCCTTCTAAT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1EZ34JQ 707 0 0
TTTTTGGTTAGTGGTAGAGATATAAGCCAAGTACTACGCGATGATACGATAGGTAGTCGA
AGTGTTATAGGCATAGATCTGAAGTATATTGAGTTCTGGAAGGAATTGAAGATAATTGAC
AGAGCCTTTGAAAATATGACTAGTCTCCAATTCTTAAGACTGGATATAAGCAGAACTCAT
GTAGAAATTCTGAACTATCTACCTCCAAAACTTAGATTACTGCATTGGAATAAATTTCCA
GTGACATGCCTGCCTTCTAATTTTAATCCGGAGTTTTTGGTGGAAATAAACATGCGTGAT
AGCAAGCTTGAAAAATTGTGGGAAGGAATCAAAACGATTACAAATCTCAAGTGGATGAAT
TTGAGTCGTTCCAGCAATCTTAAGGAGCTTCCTGATCTCTCAACTGCTAATAATCTTCTG
GAATTGGATCTTAGTCATTGCTCAAGTCTAGTGGAACTCCCATTTTCTATTGGCAATGCT
ATTAATCTCCAGAAGTTGACTCTAAATTCTTGCTCAAGTCTAGTGGGGTTTCCTTCAAAT
ATTAGTTATTAATCTCCAAATATTAGATATTAGTTATTGCTCTAGTCTAGTGAGTCTTCC
ATCTTCTTCTGGGAATGCTATTAAACTCAAAGAACTGAATCTTAGTGGACGTACAAGTCT
GATAGAACTCCCATCTTCTCTTGGTAATTTTACGGGATTGAATCTCC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL5113Contig1 756 2 2 U
GGCTAAAAAACAGAGCACTTTCTCCGGCGAAAGAAATGGCGAGTCTAGGGTTACGCCTCA
AGGCGGCTACGTCGACGTTGAGGAGCGGAGCAGCAGCTGCTACTCTCTCCAGACCTTGCT
CGCTCGAATTGGCGAAGAGATGTCGCGGATTCTGCTCCGAACCAGAGAACGACGTACCAA
CATCAGGAATCGGCAGACCTCTCGCCAAGATCCTCAAGGAGCTCAACAAAAAGGTTCCGG
ATTCCGCCATCAAGACGCGTGTCGAAGATGGGTTCGCCATGAAATACATTCCTTGGCATA
CTGTGAATAGGATAATGAACCTGCATGCTCCAGAATGGTCTGGTGAAGTTCGGAGTGTCA
CTTACTCTCCTGATGGTAACACCGTCACTGTTGCTTACCGTGTCACTCTCTACGGCACTG
ATGCTGAGATATATAGGGAATCAACAGGGACCACTTCTGTAAATGACAAAGGCTATGGTG
ATGCTGTGCAAAAGGCCGAAACAATGGCGTTTCGCCGTGCCTGTGCAAGACTTGGATTAG
GGCTTCATCTCTATCACGAAGATGCTCTGTAATAGCTCAACCATGGAAACAAATTCCATG
TTTTGGGTGTTCCCACTGCCTTAGTAGCAATAGCCGTTGAAGGTAAAAACTTTAGGAAGG
CAAGTTTTGTATCTACATTGAAATCGGTTTATGCGATGAGCCTCGAAATACTTATATGGC
TCATGTTGTGTATATTTTAAGGTTGCGACTTAAACC


BQ
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AF RR1AV68TF U 1
AF RR1AV68JQ C 156
BS 1 644 RR1AV68TF
BS 645 756 RR1AV68JQ

RD RR1AV68TF 644 0 0
GGCTAAAAAACAGAGCACTTTCTCCGGCGAAAGAAATGGCGAGTCTAGGGTTACGCCTCA
AGGCGGCTACGTCGACGTTGAGGAGCGGAGCAGCAGCTGCTACTCTCTCCAGACCTTGCT
CGCTCGAATTGGCGAAGAGATGTCGCGGATTCTGCTCCGAACCAGAGAACGACGTACCAA
CATCAGGAATCGGCAGACCTCTCGCCAAGATCCTCAAGGAGCTCAACAAAAAGGTTCCGG
ATTCCGCCATCAAGACGCGTGTCGAAGATGGGTTCGCCATGAAATACATTCCTTGGCATA
CTGTGAATAGGATAATGAACCTGCATGCTCCAGAATGGTCTGGTGAAGTTCGGAGTGTCA
CTTACTCTCCTGATGGTAACACCGTCACTGTTGCTTACCGTGTCACTCTCTACGGCACTG
ATGCTGAGATATATAGGGAATCAACAGGGACCACTTCTGTAAATGACAAAGGCTATGGTG
ATGCTGTGCAAAAGGCCGAAACAATGGCGTTTCGCCGTGCCTGTGCAAGACTTGGATTAG
GGCTTCATCTCTATCACGAAGATGCTCTGTAATAGCTCAACCATGGAAACAAATTCCATG
TTTTGGGTGTTCCCACTGCCTTAGTAGCAATAGCCGTTGAAGGT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1AV68JQ 601 0 0
TCCGAACCAGAGAACGACGTACCAACATCAGGAATCGGCAGACCTCTCGCCAAGATCCTC
AAGGAGCTCAACAAAAAGGTTCCGGATTCCGCCATCAAGACGCGTGTCGAAGATGGGTTC
GCCATGAAATACATTCCTTGGCATACTGTGAATAGGATAATGAACCTGCATGCTCCAGAA
TGGTCTGGTGAAGTTCGGAGTGTCACTTACTCTCCTGATGGTAACACCGTCACTGTTGCT
TACCGTGTCACTCTTTACGGCACTGATGCTGAGATATATAGGGAATCAACAGGGACCACT
TCTGTAAATGACAAAGGCTATGGTGATGCTGTGCAAAAGGCCGAAACAATGGCGTTTCGC
CGTGCCTGTGCAAGACTTGGATTAGGGCTTCATCTCTATCACGAAGATGCTCTGTAATAG
CTCAACCATGGAAACAAATTCCATGTTTTGGGTGTTCCCACTGCCTTAGTAGCAATAGCC
GTTGAAGGTAAAAACTTTAGGAAGGCAAGTTTTGTATCTACATTGAAATCGGTTTATGCG
ATGAGCCTCGAAATACTTATATGGCTCATGTTGTGTATATTTTAAGGTTGCGACTTAAAC
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL5114Contig1 1306 2 4 U
GGGCTCTTAGGGAGTTATCTTCACCTGGAAAGAGTGGAAGCTTCTTTTACCTAACTCAAG
ATGATAGGTTTATGATCAAGACTGTGAAGAAATCGGAAGTCAAGGTGCTTCTGAGAATGC
TTCCAAGCTACTACAAACATGTCTGTCAATATGAAAACTCCCTCGTGACTAGATTCTACG
GTGTTCATTGTGTGAAACCCGTTGGTGGCCAAAAGACTCGGTTTATCGTCATGGGAAACT
TATTCTGCTCCGAGTATAGAATCCAGAGACGGTTTGACCTCAAAGGGTCTTCCCATGGAC
GCAGTACAGCAAAGCCTGAAGGGGAGATTGATGAGACCACTACTCTAAAGGACCTTGATC
TCAATTTTGCTTTCCGTCTTCAGAGAAACTGGTATCAAGAGCTTATGAAGCAAATAAAAC
GAGACTGTGAGTTCTTGGAAGCGGAGAGAATAATGGATTATAGCCTTTTAGTTGGTGTTC
ACTTCCGTGATGACAACACAGGAGAAAAGATGGGGCTTTCTCCATTCGTTTTGAGATCTG
GTAGGATAGATTCATATCAGAATGAGAAATTCATGCGTGGTTGTCGCTTCCTCGAGGCTG
AACTTCAAGACATGGACCGGATTTTAGCTGGCAGGAAACCATCCATAAGATTAGGTGCAA
ACATGCCAGCGAGAGCGGAACGAATGGCCAGAAGAAGCGACTTTGATCAGTATACACCAG
GAGGAGGAGGAGCTAACTATCCATCTCACGGTGAGATGTATGAAGTGGTGCTCTACTTTG
GAGTCATTGACATCTTGCAAGACTACGACATAACCAAAAAGATTGAGCATGCTTACAAGT
CGTTACAAGCGGATCCTGCTTCCATTTCAGCCGTTGATCCTAAACTCTATTCCAAGAGGT
TCAGAGACTTCATCAGTAGGATCTTCATCGAAGACGGCTAAAGAGTGATGATGATCTGAG
AAAGGCTAATAATGGATTTTACTAACATTTCTCGGCTTCTTCAAATGGGATGATGCGCCA
AGAAGGATAAAAAGGTAATCTCAAAGATAGAAGAAAGCGACTTGGAGTTTAAAGCGACTT
GGAGTTTTTAATTTATTTCTTTTTGAGATAATTAGTCAAAAAGTTTTGGGGGTTGGGAGA
AGCTTTATCTATTTTTGTGGTGAGCGATATATTTGTATATGTGAATATAGATTGTGAAGG
TTTAAGTACATAGTAACAATGGAAAACAAAATTGAAATTGGGTTTTGGTAAATTCAGAAT
AATGTGGAGTAATATAAGTGTACAACAAGTCACATAAAAGAATGTT


BQ
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AF RR1GL70TF U 1
AF RR1GL70JQ C 621
BS 1 653 RR1GL70TF
BS 654 654 RR1GL70JQ
BS 655 707 RR1GL70TF
BS 708 1306 RR1GL70JQ

RD RR1GL70TF 707 0 0
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ATGATAGGTTTATGATCAAGACTGTGAAGAAATCGGAAGTCAAGGTGCTTCTGAGAATGC
TTCCAAGCTACTACAAACATGTCTGTCAATATGAAAACTCCCTCGTGACTAGATTCTACG
GTGTTCATTGTGTGAAACCCGTTGGTGGCCAAAAGACTCGGTTTATCGTCATGGGAAACT
TATTCTGCTCCGAGTATAGAATCCAGAGACGGTTTGACCTCAAAGGGTCTTCCCATGGAC
GCAGTACAGCAAAGCCTGAAGGGGAGATTGATGAGACCACTACTCTAAAGGACCTTGATC
TCAATTTTGCTTTCCGTCTTCAGAGAAACTGGTATCAAGAGCTTATGAAGCAAATAAAAC
GAGACTGTGAGTTCTTGGAAGCGGAGAGAATAATGGATTATAGCCTTTTAGTTGGTGTTC
ACTTCCGTGATGACAACACAGGAGAAAAGATGGGGCTTTCTCCATTCGTTTTGAGATCTG
GTAGGATAGATTCATATCAGAATGAGAAATTCATGCGTGGTTGTCGCTTCCTCGAGGCTG
AACTTCAAGACATGGACCGGATTTTAGCTGGCAGGAAACCATCCATAAGATTATGTGCAA
ACATGCCAGCGAGAGCGGAACGAATGGCCAGAAGAAGCGACTTTGAT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1GL70JQ 686 0 0
ATTTTAGCTGGCAGGAAACCATCCATAAGATTAGGTGCAAACATGCCAGCGAGAGCGGAA
CGAATGGCCAGAAGAAGCGACTTTGATCAGTATACACCAGGAGGAGGAGGAGCTAACTAT
CCATCTCACGGTGAGATGTATGAAGTGGTGCTCTACTTTGGAGTCATTGACATCTTGCAA
GACTACGACATAACCAAAAAGATTGAGCATGCTTACAAGTCGTTACAAGCGGATCCTGCT
TCCATTTCAGCCGTTGATCCTAAACTCTATTCCAAGAGGTTCAGAGACTTCATCAGTAGG
ATCTTCATCGAAGACGGCTAAAGAGTGATGATGATCTGAGAAAGGCTAATAATGGATTTT
ACTAACATTTCTCGGCTTCTTCAAATGGGATGATGCGCCAAGAAGGATAAAAAGGTAATC
TCAAAGATAGAAGAAAGCGACTTGGAGTTTAAAGCGACTTGGAGTTTTTAATTTATTTCT
TTTTGAGATAATTAGTCAAAAAGTTTTGGGGGTTGGGAGAAGCTTTATCTATTTTTGTGG
TGAGCGATATATTTGTATATGTGAATATAGATTGTGAAGGTTTAAGTACATAGTAACAAT
GGAAAACAAAATTGAAATTGGGTTTTGGTAAATTCAGAATAATGTGGAGTAATATAAGTG
TACAACAAGTCACATAAAAGAATGTT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL5115Contig1 1093 2 2 U
GATACTTCAGGCAGGTTCGACTATTGTAGAAAATCTGAGAACATATCGGCAGCCAGTGTT
TGTGTACATCCCTAAGATGGGAGAGTTGCGAGGTGGAGCGTGGGTTGTTGTTGACAGCCA
AATAAATTCAGATTATGTCGAAATGTATGCTGATGAAACTGCTCGTGGAAATGTGCTTGA
GCCAGAAGGAACGATAGAGATCAAGTTTAGAACGAAGGAGATGTTAGAGTGCATGGGAAG
GTTAGACCCGAAGCTAATCGATCTCAAAGCAAGACTGCAAGATGCCAAGCAAAGTGAGGC
TTATGCAAATATCGAGCTCCTCCAGCAACAGATTAAAGCCCGAGAGAAGCTGCTCTTACC
AGTTTACATCCAGATCGCCACCAAGTTTGCGGAACTTCACGATACTTCCATGAGAATGGC
TGCAAAGGGAGTGATCAAAAGTGTTGTGGAGTGGAGCGGCTCGCGTTCCTTCTTTTATAA
AAAGCTCAACCGGAGAATTGCTGAGAGCACTCTTGTGAAAAACGTAAGAGAAGCTTCGGG
AGACAACTTATCATATAAATCTGCATTGGGTTTAATTCAGGATTGGTTCTCCAAATCTGA
CATTGCAAAGGGGAAAGAAGAAGCTTGGACAGACGACCAAGTGTTCTTTACTTGGAAGGA
CAACGTCAGTAACTACGAGTTGAATCTGAGCGAGTTGAGAGCGCAGAAACTGTTGAATCA
ACTTGCGGAGATTGGAAACTCGTCGGATCTCTCGGCGCTGCCACAAGGACTTGCTAATCT
TCTAAACAAGGTGGAGCCTTCAAGAAGAGAAGAGCTGGTCGATGCGCTACGAAAAGTGTT
AGGTTGATATTAAAGAGGTCCAAGCTTGTGCCCCAAGAAAGACGGTCCTTCGGTGAAAAG
AAGCTAGTTGGAAATTAGATTTGATCTTTCTTTCTTAAATGTATTGGCCCGAGCTGTAAA
TGTTGCTGTAGCGTATAAGTGAATTACGTAATAATTTATTCAACATGTATGTCACTATTG
CTTTATATGTCTATGTTGTCAGAATCATAAATCCGTGTGGTTATATCTTGATATAAAACC
GTATTAACAACAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B835TF U 1
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BS 1 764 RR1B835TF
BS 765 1093 RR1B835JQ

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GTTAGACCCGAAGCTAATCGATCTCAAAGCAAGACTGCAAGATGCCAAGCAAAGTGAGGC
TTATGCAAATATCGAGCTCCTCCAGCAACAGATTAAAGCCCGAGAGAAGCTGCTCTTACC
AGTTTACATCCAGATCGCCACCAAGTTTGCGGAACTTCACGATACTTCCATGAGAATGGC
TGCAAAGGGAGTGATCAAAAGTGTTGTGGAGTGGAGCGGCTCGCGTTCCTTCTTTTATAA
AAAGCTCAACCGGAGAATTGCTGAGAGCACTCTTGTGAAAAACGTAAGAGAAGCTTCGGG
AGACAACTTATCATATAAATCTGCATTGGGTTTAATTCAGGATTGGTTCTCCAAATCTGA
CATTGCAAAGGGGAAAGAAGAAGCTTGGACAGACGACCAAGTGTTCTTTACTTGGAAGGA
CAACGTCAGTAACTACGAGTTGAATCTGAGCGAGTTGAGAGCGCAGAAACTGTTGAATCA
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QA 1 764 1 764
DS 

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AGCAACAGATTAAAGCCCGAGAGAAGCTGCTCTTACCAGTTTACATCCAGATCGCCACCA
AGTTTGCGGAACTTCACGATACTTCCATGAGAATGGCTGCAAAGGGAGTGATCAAAAGTG
TTGTGGAGTGGAGCGGCTCGCGTTCCTTCTTTTATAAAAAGCTCAACCGGAGAATTGCTG
AGAGCACTCTTGTGAAAAACGTAAGAGAAGCTTCGGGAGACAACTTATCATATAAATCTG
CATTGGGTTTAATTCAGGATTGGTTCTCCAAATCTGACATTGCAAAGGGGAAAGAAGAAG
CTTGGACAGACGACCAAGTGTTCTTTACTTGGAAGGACAACGTCAGTAACTACGAGTTGA
ATCTGAGCGAGTTGAGAGCGCAGAAACTGTTGAATCAACTTGCGGAGATTGGAAACTCGT
CGGATCTCTCGGCGCTGCCACAAGGACTTGCTAATCTTCTAAACAAGGTGGAGCCTTCAA
GAAGAGAAGAGCTGGTCGATGCGCTACGAAAAGTGTTAGGTTGATATTAAAGAGGTCCAA
GCTTGTGCCCCAAGAAAGACGGTCCTTCGGTGAAAAGAAGCTAGTTGGAAATTAGATTTG
ATCTTTCTTTCTTAAATGTATTGGCCCGAGCTGTAAATGTTGCTGTAGCGTATAAGTGAA
TTACGTAATAATTTATTCAACATGTATGTCACTATTGCTTTATATGTCTATGTTGTCAGA
ATCATAAATCCGTGTGGTTATATCTTGATATAAAACCGTATTAACAACAC

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

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TCGGTTCCTTCTTTGTTACCGTCATTGTGTTCTTTACTTGTTGCTTTTCATCTTGAAGAG
CGCATCGTGCTGCCACCTCTGCTTTCTAAAGCTGCGGTTGATTTCCAAAATGTGATCTGT
TCTGCTTTGAGCGACAAGAAGATAACTGATGATTGCTGGTGGTCTCATGTTGGTAGCCTT
CTCCAGGAGGTAGATGTTGTGAAAGATATAGTTCAGAGACTTTCTTATGCTGGGATACTG
GATGGAGGATGTGACTCAGTTAGATCTGTTCCAAGCGCCCCTGGTGCTGGCGAGTGTAGT
TTGGGTTCTGCACAGTTCATGGTACACAGAGTCCGCCGACATCCTGGGTTGGGGAATGCT
CCTTCAGAACCAATGAACAAGTCTGGATTCCAACTGCTTATTGCTGGAGGACCTAGATCT
GGTCAACGTCATCTTGCTTCTTGCATCTTGCATTGTTTTATTGGAAATGCAGAGATGCAG
AAGATAGACACTGCAACCATTTCACAAGAAGGAAATGGGGATCTGGTGCTAGGCGTAACT
CACTTATTAATTAAATGTGCTAGCAGGAAATCGTGTGTGGTATTCATGCCAGGGATTGAC
TTGTGGGCTGTAGAGACAGAAACTCCACTGAATGAGGAGGTCAAGTGTGATGATGATTCT
GTAAAAGAAAATGCTTCTTCCGTTCGTCCAGAAACAGTGGAGAAAATGGAGTTGCAGTAT
TCTTTTCGAGTATCACATGCTTGGAATACATTTTTGGAGCAAGTAGAATCATTGCGAGTT
TCCACAAAGATGATAATTCTGGCTACTTTTGCCATGCCCTACGAACTCCTGCCTCCTAAG
ATACAACAGTTCTTTAAGACGGACCTATCAAAGGAGTATCAGCCAACTATGTCTGAGGCT
GTTCCACAATTCACTGTACAAGTTACTGAAAATTCTGACCAGGACATGGCCATTGACCTG
TCTGCTACTGAGTTGTCAAGGCGGGCAATCCAAGTGTTTCTTCATTTGGTGCATCAGGGA
ACACATACACACTATGACTTACAGAAGACATACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F505TF U 1
AF RR1F505JQ C 426
BS 1 622 RR1F505TF
BS 623 1114 RR1F505JQ

RD RR1F505TF 622 0 0
GCTCGTAGAGGAGCAGGAAAAGCAGCTAGCGATATATATTCATCTCCTCTTCCTGTTTAC
TCGGTTCCTTCTTTGTTACCGTCATTGTGTTCTTTACTTGTTGCTTTTCATCTTGAAGAG
CGCATCGTGCTGCCACCTCTGCTTTCTAAAGCTGCGGTTGATTTCCAAAATGTGATCTGT
TCTGCTTTGAGCGACAAGAAGATAACTGATGATTGCTGGTGGTCTCATGTTGGTAGCCTT
CTCCAGGAGGTAGATGTTGTGAAAGATATAGTTCAGAGACTTTCTTATGCTGGGATACTG
GATGGAGGATGTGACTCAGTTAGATCTGTTCCAAGCGCCCCTGGTGCTGGCGAGTGTAGT
TTGGGTTCTGCACAGTTCATGGTACACAGAGTCCGCCGACATCCTGGGTTGGGGAATGCT
CCTTCAGAACCAATGAACAAGTCTGGATTCCAACTGCTTATTGCTGGAGGACCTAGATCT
GGTCAACGTCATCTTGCTTCTTGCATCTTGCATTGTTTTATTGGAAATGCAGAGATGCAG
AAGATAGACACTGCAACCATTTCACAAGAAGGAAATGGGGATCTGGTGCTAGGCGTAACT
CACTTATTAATTAAATGTGCTA

QA 1 622 1 622
DS 

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AGAACCAATGAACAAGTCTGGATTCCAACTGCTTATTGCTGGAGGACCTAGATCTGGTCA
ACGTCATCTTGCTTCTTGCATCTTGCATTGTTTTATTGGAAATGCAGAGATGCAGAAGAT
AGACACTGCAACCATTTCACAAGAAGGAAATGGGGATCTGGTGCTAGGCGTAACTCACTT
ATTAATTAAATGTGCTAGCAGGAAATCGTGTGTGGTATTCATGCCAGGGATTGACTTGTG
GGCTGTAGAGACAGAAACTCCACTGAATGAGGAGGTCAAGTGTGATGATGATTCTGTAAA
AGAAAATGCTTCTTCCGTTCGTCCAGAAACAGTGGAGAAAATGGAGTTGCAGTATTCTTT
TCGAGTATCACATGCTTGGAATACATTTTTGGAGCAAGTAGAATCATTGCGAGTTTCCAC
AAAGATGATAATTCTGGCTACTTTTGCCATGCCCTACGAACTCCTGCCTCCTAAGATACA
ACAGTTCTTTAAGACGGACCTATCAAAGGAGTATCAGCCAACTATGTCTGAGGCTGTTCC
ACAATTCACTGTACAAGTTACTGAAAATTCTGACCAGGACATGGCCATTGACCTGTCTGC
TACTGAGTTGTCAAGGCGGGCAATCCAAGTGTTTCTTCATTTGGTGCATCAGGGAACACA
TACACACTATGACTTACAGAAGACATACG

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL5117Contig1 1270 2 2 U
GGTACAAATTCAAATCCCTCCCGCGACTGAGAAGCGCCGTATTGTTTTCCGCTTTCGTCC
GCCGCCGGAAAAAGTTATCACTGTGTAATCTATGGCGACGACGACGACTCAGCCGTCATT
TGCTGTTTCTCCGGCGAGTAGCAATCCGATCAGATTCGGATGTTTCGCGCCGCAATGCTT
CGTCCGCGTCCCGAAACCGCCTTGTTTCCGGCGGAGGCTCGTCTCCACTACAAGTTTCCA
GCGGAAGATCGGCGGCGGCGGTGGTTTGATTCGATTCGAACTTCCGGATTTTCATCTATC
GGCTACAGCGACTACTGTCGCAGGTGTATCGACGGAGAACGCAGTGGACAGAGTTCAGAT
TCCTAAAGGTGAAATGTGGAGTGTTCACAAGTTCGGTGGGACGTGTGTTGGAAACTCTCA
GAGGATTGGAACGTTGCGGAGGTTATAATAAACGATAACTCGGAGAGGAAGCTGGTGGTT
GTCTCGGCCATGTCCAAGTGACGGATATGATGTATGACTTACTTCGCAAGGCACAGTCAC
GTGATGACTCTTATGTATCTGCGTTGGAAGCTGTACTTGAAAAGCACCGGTTGACAGCTC
GTGACCTTCTCGATGGGGATGATCTCGCCAGCTTCTTGTCGCATCTGCATGATGATATTA
GTAACCTTAAAGCAATGCTTCGTGCTATATACATAGCGGGTCATGCATCGGAGTCGTTTT
CGGACTTTGTTGCGGGACATGGGGAGCTTTGGTCTGCGCAGATGCTTTCGTATGTTGTCA
GAAAGACTGGTCTTGAGTGCAAGTGGATGGATACCAGAGACGTGCTCATTGTTAATCCTA
CCAGCTCTAATCAGTTGGATCCTGATCTTGCTGAATCCATTTGCACAGCTAGCAGGTTCA
GACAATATAATAGCATTCACAACGACCAGATACAAGGATCATCCGCTTATTGTCCGAGGA
CCTGGTGCTGGTGCTCAAGTCACTGCCGGTGGTATATTCAGCGACATGTTAAGGCTCGCA
TCTTATCTCGGTGCACCGTCTTAACAGGTTACCAAAAATGATCAGTTTTGCTTATCTTCG
TTCGTATTAAAAGTATCAGCTACGATTTTACGAATCAACAACATTTTGCTTGGTCATTTC
TAGACTTATCCGTAGCTGATCGTTGTTGTTTTTGTGGTGAACATGTACAATAGCAACTAG
TTTTGTTGGATTTGATGTTCTTTGTTTGATGCCGTGATAAACTATTTGCTATTTAATAAA
ACGAGCATTG


BQ
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AF RR1DE39TF U 1
AF RR1DE39JQ C 610
BS 1 691 RR1DE39TF
BS 692 1270 RR1DE39JQ

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GCCGCCGGAAAAAGTTATCACTGTGTAATCTATGGCGACGACGACGACTCAGCCGTCATT
TGCTGTTTCTCCGGCGAGTAGCAATCCGATCAGATTCGGATGTTTCGCGCCGCAATGCTT
CGTCCGCGTCCCGAAACCGCCTTGTTTCCGGCGGAGGCTCGTCTCCACTACAAGTTTCCA
GCGGAAGATCGGCGGCGGCGGTGGTTTGATTCGATTCGAACTTCCGGATTTTCATCTATC
GGCTACAGCGACTACTGTCGCAGGTGTATCGACGGAGAACGCAGTGGACAGAGTTCAGAT
TCCTAAAGGTGAAATGTGGAGTGTTCACAAGTTCGGTGGGACGTGTGTTGGAAACTCTCA
GAGGATTGGAACGTTGCGGAGGTTATAATAAACGATAACTCGGAGAGGAAGCTGGTGGTT
GTCTCGGCCATGTCCAAGTGACGGATATGATGTATGACTTACTTCGCAAGGCACAGTCAC
GTGATGACTCTTATGTATCTGCGTTGGAAGCTGTACTTGAAAAGCACCGGTTGACAGCTC
GTGACCTTCTCGATGGGGATGATCTCGCCAGCTTCTTGTCGCATCTGCATGATGATATTA
GTAACCTTAAAGCAATGCTTCGTGCTATATA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1DE39JQ 661 0 0
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ATCAGTTGGATCCTGATCTTGCTGAATCCATTTGCACAGCTAGCAGGTTCAGACAATATA
ATAGCATTCACAACGACCAGATACAAGGATCATCCGCTTATTGTCCGAGGACCTGGTGCT
GGTGCTCAAGTCACTGCCGGTGGTATATTCAGCGACATGTTAAGGCTCGCATCTTATCTC
GGTGCACCGTCTTAACAGGTTACCAAAAATGATCAGTTTTGCTTATCTTCGTTCGTATTA
AAAGTATCAGCTACGATTTTACGAATCAACAACATTTTGCTTGGTCATTTCTAGACTTAT
CCGTAGCTGATCGTTGTTGTTTTTGTGGTGAACATGTACAATAGCAACTAGTTTTGTTGG
ATTTGATGTTCTTTGTTTGATGCCGTGATAAACTATTTGCTATTTAATAAAACGAGCATT
G

QA 1 661 1 661
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TGGATTCGTCCTATTACTATGCTTCTTCAGTTCAACTTTGGCACGCAGGGTTCTTAAGGA
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GCTGCATACGCTGCAGTCCATGCCGGGTATGCCAGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCATGA
GCTGCATACGCTGCAGTCCATGCCGGGTGTACCGGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCATAC
GCTGCATACGCTGCAGTCCATGCCGGGTATACCAGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCATAA
GCTGCAGTCCATGCCGGGTGAACCGGAAGAGCCTGACGACAAGGTCATGCCTGACCATAA
GCTGCAGTCCATGCCGGGTGAACCAGAAGAGCCTGAGGACAAAGTCAAGCCTGACCGTAA
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AATGCAATCCATGCA


BQ
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AF RR1FR58TF U 198
AF RR1BV90TF U 1
BS 1 675 RR1BV90TF

RD RR1FR58TF 117 0 0
G
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*ATGCCTGGTGTACCAGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCATAAGCTGCATACGCTGC

QA 2 117 2 117
DS 

RD RR1BV90TF 675 0 0
GGGTACAGAAGGATCAGTTTATTTCATAGCAATGGCAAAGGGACACCAAGGCAAATGCTT
TGGATTCGTCCTATTACTATGCTTCTTCAGTTCAACTTTGGCACGCAGGGTTCTTAAGGA
TCTCTCCATGATGGAGGCAAGCAAGCTAGAGCTGAACCATGTAGTGAAGCCTGGGATGGT
TAGTTTGAGGGAGCAAGATCATGCGTTGTTCAATGTAGAAACTGAGAACAAAGTCAAACC
TTACCGTAAGCTGCAGTCCATGCCTGGTGTACCAGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCATAA
GCTGCATACGCTGCAGTCCATGCCGGGTATGCCAGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCATGA
GCTGCATACGCTGCAGTCCATGCCGGGTGTACCGGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCATAC
GCTGCATACGCTGCAGTCCATGCCGGGTATACCAGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCATAA
GCTGCAGTCCATGCCGGGTGAACCGGAAGAGCCTGACGACAAGGTCATGCCTGACCATAA
GCTGCAGTCCATGCCGGGTGAACCAGAAGAGCCTGAGGACAAAGTCAAGCCTGACCGTAA
GCTGCAGTCCATGCCTGGTGAACCAGAGGAGCCTGAGGACAAGATCATGCCTGATCATAA
AATGCAATCCATGCA

QA 1 675 1 675
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGATGCCTGCCTGAAGAGGAAGTTGATAACAAGAAGCCATTGTCTGAGCCTAACAGTTCC
CATCACATGATCAGTACTAAAATTATGTTGAGAATGGAAGAAGTTGAGGGGAGCAAGAAG
AGGAAGTTTCAGACAGATCAATCGGAGTTATCGTTATTACCTTTGTCCAAACATGCTAGT
TTTGACAATGCCGCTTGTTCCGACAATACCAATGGCAGATCAGAGCTTGATTCAGAGTGT
TCGGTGTCATGTCTGAAGTCAAATTCCATGGAATATTGTGAAAATGAGATTGAGATGAAA
GAGGAATCATCTGGATCTTGCAGTGAAGACAAGATGATCTCATTTGAAAGCCATCTTGAT
TTCATCTATGGCACTCAAAACCTAGAGGATTTTTCAGACAAAGACATTGAAAACATTCTC
TACCTTGATGATGATGAAGAAGAAGAAGACGAAGTTAATGGGTGTAGTAATGCTGCTAAG
TATGTTCTGTCTTCTGGGAGATGGACTGTTGACCAAGATTCTCCTCAGCATGTCATAAAG
AAGCCTACTATTGATCAAGAGTTCGAGCAATACTTCTCAACGCTGATGCTGTGACGAATT
AATGTTTGACTCAAAAACATATATGGGAGATGTATATAGAAAACTGTATTGTTTATGTAG
TCTCTTATGGTTTTTGATTCTTGTGAACAATGAAAACCTTCATCTCAAATTAATTAGAGA
CGTTTTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G363TF U 1
AF RR1G363JQ C 1
BS 1 229 RR1G363TF
BS 230 230 RR1G363JQ
BS 231 240 RR1G363TF
BS 241 728 RR1G363JQ

RD RR1G363TF 244 0 0
GGATGCCTGCCTGAAGAGGAAGTTGATAACAAGAAGCCATTGTCTGAGCCTAACAGTTCC
CATCACATGATCAGTACTAAAATTATGTTGAGAATGGAAGAAGTTGAGGGGAGCAAGAAG
AGGAAGTTTCAGACAGATCAATCGGAGTTATCGTTATTACCTTTGTCCAAACATGCTAGT
TTTGACAATGCCGCTTGTTCCGACAATACCAATGGCAGATCAGAGCTTG*TTCAGAGTGT
CGGT

QA 1 240 1 240
DS 

RD RR1G363JQ 728 0 0
GGATGCCTGCCTGAAGAGGAAGTTGATAACAAGAAGCCATTGTCTGAGCCTAACAGTTCC
CATCACATGATCAGTACTAAAATTATGTTGAGAATGGAAGAAGTTGAGGGGAGCAAGAAG
AGGAAGTTTCAGACAGATCAATCGGAGTTATCGTTATTACCTTTGTCCAAACATGCTAGT
TTTGACAATGCCGCTTGTTCCGACAATACCAATGGCAGATCAGAGCTTGATTCAGAGTGT
TCGGTGTCATGTCTGAAGTCAAATTCCATGGAATATTGTGAAAATGAGATTGAGATGAAA
GAGGAATCATCTGGATCTTGCAGTGAAGACAAGATGATCTCATTTGAAAGCCATCTTGAT
TTCATCTATGGCACTCAAAACCTAGAGGATTTTTCAGACAAAGACATTGAAAACATTCTC
TACCTTGATGATGATGAAGAAGAAGAAGACGAAGTTAATGGGTGTAGTAATGCTGCTAAG
TATGTTCTGTCTTCTGGGAGATGGACTGTTGACCAAGATTCTCCTCAGCATGTCATAAAG
AAGCCTACTATTGATCAAGAGTTCGAGCAATACTTCTCAACGCTGATGCTGTGACGAATT
AATGTTTGACTCAAAAACATATATGGGAGATGTATATAGAAAACTGTATTGTTTATGTAG
TCTCTTATGGTTTTTGATTCTTGTGAACAATGAAAACCTTCATCTCAAATTAATTAGAGA
CGTTTTTC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL5122Contig1 936 2 2 U
GGGGGACATTTCTTGCTTCGTGGTATATACTCTGTTCTCTTTGTAGGTTCGCTTGTGAAC
TTCAGGGTTGTGCAAGAACCAAGAACAAAGGCATCACCATTTGTTATGTGGAATTTAACT
TCAAAACCCAACAAAGAAGGCTTTAAATCAATGGGAGAAGATACCGTCACAGAACCGATA
AAAGCTCCTCTAGATGATGGAAGAAAGACAAGGAAGGAAGAAAGAGTAGAGTGTCCCATT
TGCTGGGAACCGTTCAACATCTTTGAGAACGTTCCTTATGTCTTATGGTGTGGTCACACC
ATCTGCAAGTATTGTCTCTTGGGGCTTCAACGTGCCGTTGTGATCAAATCCTCAGGTTTT
CCGTTCCAGCTTCCCTTCTTCGTTACCTGCCCTTGGTGCAATATGCTCTCTTTAAGGCTA
GTACGCAATGGAGCCATCAAGTTTCCTTCCAAGAACTATTACCTTTTATGGATGGTCGAA
AGCATGAATGGCTCGCGCAGTGACAACAAAAGGGTCACTTCAGAGCAGAGAGATACGCAA
GAGAGGTGTGATGATGGAGTGTGTAACAACGCTTCGGATGTGACCAGAGGATACTTGAGA
AGTGGGAGACTTCATGGCTATATATGTAAGTCAATAGCTCTTGTTGCTCGTTTGTTGGCT
AAGTTTCCTTTGGTAGTCATGTTCCTGTTGATGGCTTTATATGCGATCCCTGTGAGTGCT
GCAGTTTTCGGGGTCTATTTTTTTGTCACTATTGCTTTGGCTGTCCCGTCGTTTCTAGTC
CTCTATTTCGCTTTCCCGAGCTTAAACTGGCTGATCAGAGAGATTTCAGTTTAACTCATT
GTACTGTGTGTTTCTTGACTTGTAAGGAACATGAACTATAGAGTCAAACGTTTGTTATAT
TCAGTTTATACTAGAAGAAGAGAGGACTTTGATTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GS24TF U 1
AF RR1GS24JQ C 352
BS 1 624 RR1GS24TF
BS 625 936 RR1GS24JQ

RD RR1GS24TF 624 0 0
GGGGGACATTTCTTGCTTCGTGGTATATACTCTGTTCTCTTTGTAGGTTCGCTTGTGAAC
TTCAGGGTTGTGCAAGAACCAAGAACAAAGGCATCACCATTTGTTATGTGGAATTTAACT
TCAAAACCCAACAAAGAAGGCTTTAAATCAATGGGAGAAGATACCGTCACAGAACCGATA
AAAGCTCCTCTAGATGATGGAAGAAAGACAAGGAAGGAAGAAAGAGTAGAGTGTCCCATT
TGCTGGGAACCGTTCAACATCTTTGAGAACGTTCCTTATGTCTTATGGTGTGGTCACACC
ATCTGCAAGTATTGTCTCTTGGGGCTTCAACGTGCCGTTGTGATCAAATCCTCAGGTTTT
CCGTTCCAGCTTCCCTTCTTCGTTACCTGCCCTTGGTGCAATATGCTCTCTTTAAGGCTA
GTACGCAATGGAGCCATCAAGTTTCCTTCCAAGAACTATTACCTTTTATGGATGGTCGAA
AGCATGAATGGCTCGCGCAGTGACAACAAAAGGGTCACTTCAGAGCAGAGAGATACGCAA
GAGAGGTGTGATGATGGAGTGTGTAACAACGCTTCGGATGTGACCAGAGGATACTTGAGA
AGTGGGAGACTTCATGGCTATATA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1GS24JQ 585 0 0
TCAGGTTTTCCGTTCCAGCTTCCCTTCTTCGTTACCTGCCCTTGGTGCAATATGCTCTCT
TTAAGGCTAGTACGCAATGGAGCCATCAAGTTTCCTTCCAAGAACTATTACCTTTTATGG
ATGGTCGAAAGCATGAATGGCTCGCGCAGTGACAACAAAAGGGTCACTTCAGAGCAGAGA
GATACGCAAGAGAGGTGTGATGATGGAGTGTGTAACAACGCTTCGGATGTGACCAGAGGA
TACTTGAGAAGTGGGAGACTTCATGGCTATATATGTAAGTCAATAGCTCTTGTTGCTCGT
TTGTTGGCTAAGTTTCCTTTGGTAGTCATGTTCCTGTTGATGGCTTTATATGCGATCCCT
GTGAGTGCTGCAGTTTTCGGGGTCTATTTTTTTGTCACTATTGCTTTGGCTGTCCCGTCG
TTTCTAGTCCTCTATTTCGCTTTCCCGAGCTTAAACTGGCTGATCAGAGAGATTTCAGTT
TAACTCATTGTACTGTGTGTTTCTTGACTTGTAAGGAACATGAACTATAGAGTCAAACGT
TTGTTATATTCAGTTTATACTAGAAGAAGAGAGGACTTTGATTTC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

CO CL5123Contig1 234 2 1 U
GATTTGTCTTAGGGTATGATTCGTCTTCTGTCATTCTCTGTTCGTTGAGTTTTTTTTAGT
TGCTAAGTTATGGGTCTAATTACTATTTGGATGGTACAATGTCTTAGTGATGCTTTTACA
GTATTACCACACGAACCTTTGTTTTTCTATTGGATCTTTGTTATTTCTTCTTTATGAGTC
TTGTGTCGGTAACAGTTGTTTTAAGTAGTTTACTTTATAACAGCTGTTCGGTTC


BQ
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AF RR1FS09JQ C 1
AF RR1FS09TF U 1
BS 1 234 RR1FS09TF

RD RR1FS09JQ 234 0 0
GATTTGTCTTAGGGTATGATTCGTCTTCTGTCATTCTCTGTTCGTTGAGTTTTTTTTAGT
TGCTAAGTTATGGGTCTAATTACTATTTGGATGGTACAATGTCTTAGTGATGCTTTTACA
GTATTACCACACGAACCTTTGTTTTTCTATTGGATCTTTGTTATTTCTTCTTTATGAGTC
TTGTGTCGGTAACAGTTGTTTTAAGTAGTTTACTTTATAACAGCTGTTCGGTTC

QA 1 234 1 234
DS 

RD RR1FS09TF 234 0 0
GATTTGTCTTAGGGTATGATTCGTCTTCTGTCATTCTCTGTTCGTTGAGTTTTTTTTAGT
TGCTAAGTTATGGGTCTAATTACTATTTGGATGGTACAATGTCTTAGTGATGCTTTTACA
GTATTACCACACGAACCTTTGTTTTTCTATTGGATCTTTGTTATTTCTTCTTTATGAGTC
TTGTGTCGGTAACAGTTGTTTTAAGTAGTTTACTTTATAACAGCTGTTCGGTTC

QA 1 234 1 234
DS 



AS 1 2

CO CL5124Contig1 1066 2 2 U
TTTTTGTTCATACATGATCATTCTCCTGTTATTGAGTTCCCACTGTTGTTGTTGTTGTTG
TTGTTGAAGTTGTCTGAGAATCAGAATCCGCCTCATCTCCGAGAATCTTAACCGGAGCAT
CTCTTGTTCCGTCACGAGCCTGTTATTGTCCGTGTTCACTTGTTGAAGGTGGTATATAAC
TAACCGGAGCCGGTTACCGAGCTCACGGTTTTCCAGATCCAGCTGATTTACTTGGTTCCT
TAAGTTATCAATGTGACTCTGCTTACGCATTCTTGACCGTCTCGCTGATTCCCGGTTTGA
CTCCATTCTCTTTCTCTTCCTCTCGTCGGTCATCTCCGGATTGATCAGTTTATTCCGGTT
ATGATTCTGCTCTCCTGAATCAGGTTTGGCGATGGCTGTCAATTGTTCTGGGTCGTCCGG
GTCCGGTTTTTCTCCTTGAGTGCATAGTAGGAGGCACTGTGAACTGACGGTGTCGTCAAA
ACCGGGTTTGGTGAAACCGGCACAAGATTCGTCAGAACCGGTTTTATCATCAAAACCAGA
ATTAGTTCTAACGAGACCAGAGTTGGATTCACCATAACAAGGGCTGGGAACGGCCGGTTC
AATAGACAATTGGTTCACGGAAAAGAGATCAAAGCAGTCCCACTCCCAAGGAGTGAATCC
AGTTTGGAAACCCGAAAATTGATTAACCGTACCCGGTTCCAGGAAGGAAAAGGCCGGTAC
AGTAGACAACATAATTACTTAATTTTTTTAATAGAGAGATGAGTGATTAGAAGGGGAAAA
GGGAAGAATTGCATTGTTGGAGGCTGATATTTATGGGCAAACAAAGAGGGGTGTTTTAGT
CATATGTAAATACGGTATATGACCGATTGACCGTATATTATACCGTATAAACAGCTTTTG
AGTCATGTTGCACTATGGTGGGGTTAAAAACTTGCAATTTTAATTTTAGGAGCCAGCTTT
TGTAAAAAGCATAAAATATTTTGTGGGGTACCATTGCTCGTTTGAGGTCCATATAGCAAT
TGTTTGTTTTATAGAAATTTTGAATTTTCAAGTAACCAAATGTATG


BQ
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AF RR1GS87TF U 1
AF RR1GS87JQ C 440
BS 1 525 RR1GS87TF
BS 526 1066 RR1GS87JQ

RD RR1GS87TF 525 0 0
TTTTTGTTCATACATGATCATTCTCCTGTTATTGAGTTCCCACTGTTGTTGTTGTTGTTG
TTGTTGAAGTTGTCTGAGAATCAGAATCCGCCTCATCTCCGAGAATCTTAACCGGAGCAT
CTCTTGTTCCGTCACGAGCCTGTTATTGTCCGTGTTCACTTGTTGAAGGTGGTATATAAC
TAACCGGAGCCGGTTACCGAGCTCACGGTTTTCCAGATCCAGCTGATTTACTTGGTTCCT
TAAGTTATCAATGTGACTCTGCTTACGCATTCTTGACCGTCTCGCTGATTCCCGGTTTGA
CTCCATTCTCTTTCTCTTCCTCTCGTCGGTCATCTCCGGATTGATCAGTTTATTCCGGTT
ATGATTCTGCTCTCCTGAATCAGGTTTGGCGATGGCTGTCAATTGTTCTGGGTCGTCCGG
GTCCGGTTTTTCTCCTTGAGTGCATAGTAGGAGGCACTGTGAACTGACGGTGTCGTCAAA
ACCGGGTTTGGTGAAACCGGCACAAGATTCGTCAGAACCGGTTTT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1GS87JQ 627 0 0
GTGCATAGTAGGAGGCACTGTGAACTGACGGTGTCGTCAAAACCGGGTTTGGTGAAACCG
GCACAAGATTCGTCAGAACCGGTTTTATCATCAAAACCAGAATTAGTTCTAACGAGACCA
GAGTTGGATTCACCATAACAAGGGCTGGGAACGGCCGGTTCAATAGACAATTGGTTCACG
GAAAAGAGATCAAAGCAGTCCCACTCCCAAGGAGTGAATCCAGTTTGGAAACCCGAAAAT
TGATTAACCGTACCCGGTTCCAGGAAGGAAAAGGCCGGTACAGTAGACAACATAATTACT
TAATTTTTTTAATAGAGAGATGAGTGATTAGAAGGGGAAAAGGGAAGAATTGCATTGTTG
GAGGCTGATATTTATGGGCAAACAAAGAGGGGTGTTTTAGTCATATGTAAATACGGTATA
TGACCGATTGACCGTATATTATACCGTATAAACAGCTTTTGAGTCATGTTGCACTATGGT
GGGGTTAAAAACTTGCAATTTTAATTTTAGGAGCCAGCTTTTGTAAAAAGCATAAAATAT
TTTGTGGGGTACCATTGCTCGTTTGAGGTCCATATAGCAATTGTTTGTTTTATAGAAATT
TTGAATTTTCAAGTAACCAAATGTATG

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL5125Contig1 887 2 2 U
GGTTAGATCTTGAACGGAAAAAAGGTTGTCTCCGGCGTGTGGGTGGTGGTTACACACTAA
CCGGGGTCAACCCTCCATAAAAACTCAATGGCAACGACGATGAAAGGCCTTCTCAAAGGC
CTTCGTTACATTACTCAGATTTTTGAAGACGAAGAGAAAGAGGAGGAGATGCAGATAGGA
TTTCCGACCGATGTAAAGCATGTTGCCCACATCGGCAATGATGGTCCAGCCACCAATGCG
CCAAGCTGGATGAATGACTTCAAACCTCAAGAGAATGGTCAAGTCGTTTCAAGAGGAAAC
TCCAATAAATACAACACTCAAGAGATGAACCAAAGTGGAGGCGGGCTAAAAGAATTGCTC
TCCAAACACCAACGAGAAACAAAAACAGAAAACAAGGCGTAGTAAACCCGGCCATAATGG
TTCTGCATCATCAGATGGATCAGCGAAGCAGTCAAGACATGACGGAAGCAAACACGGGTC
AATGGACTCATCATTGAGTGATCAAGAACCTTCAGTACGTAGTAGAAGGCGTGGTGGTGG
ACCTGGTGGTGGTAGCAGCAAAGACGCAGAAGGTTCTTCTAATCATATTCCTCCTGATGG
TTCAGCTCCACCACGGAAGGCTACATCGAAACCGAGGAAACTAAAAGGATCAATAGGAGG
AGAAGGGTCGGTGAAGAAATCGTCAAAAGGAAAACCCGAGAGTTCAGTTGATGATACATG
TAATGATTTTATTTGAGAGATACATAAAAAAAGGAAAACATGAAAATGTAACTTGTGAGG
CCAACCTCCGTGTGAGAGTTTGTTTTAGTTTTTCGACTGCTCAAGAAGGGAAACAAAAAC
TGGCTCACAAGAAAAAAACATTTTTTGAAGGAAAGGGAACAGAAAGA


BQ
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AF RR1AH07TF U 1
AF RR1AH07JQ C 172
BS 1 661 RR1AH07TF
BS 662 887 RR1AH07JQ

RD RR1AH07TF 661 0 0
GGTTAGATCTTGAACGGAAAAAAGGTTGTCTCCGGCGTGTGGGTGGTGGTTACACACTAA
CCGGGGTCAACCCTCCATAAAAACTCAATGGCAACGACGATGAAAGGCCTTCTCAAAGGC
CTTCGTTACATTACTCAGATTTTTGAAGACGAAGAGAAAGAGGAGGAGATGCAGATAGGA
TTTCCGACCGATGTAAAGCATGTTGCCCACATCGGCAATGATGGTCCAGCCACCAATGCG
CCAAGCTGGATGAATGACTTCAAACCTCAAGAGAATGGTCAAGTCGTTTCAAGAGGAAAC
TCCAATAAATACAACACTCAAGAGATGAACCAAAGTGGAGGCGGGCTAAAAGAATTGCTC
TCCAAACACCAACGAGAAACAAAAACAGAAAACAAGGCGTAGTAAACCCGGCCATAATGG
TTCTGCATCATCAGATGGATCAGCGAAGCAGTCAAGACATGACGGAAGCAAACACGGGTC
AATGGACTCATCATTGAGTGATCAAGAACCTTCAGTACGTAGTAGAAGGCGTGGTGGTGG
ACCTGGTGGTGGTAGCAGCAAAGACGCAGAAGGTTCTTCTAATCATATTCCTCCTGATGG
TTCAGCTCCACCACGGAAGGCTACATCGAAACCGAGGAAACTAAAAGGATCAATAGGAGG
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1AH07JQ 716 0 0
CAGATAGGATTTCCGACCGATGTAAAGCATGTTGCCCACATCGGCAATGATGGTCCAGCC
ACCAATGCGCCAAGCTGGATGAATGACTTCAAACCTCAAGAGAATGGTCAAGTCGTTTCA
AGAGGAAACTCCAATAAATACAACACTCAAGAGATGAACCAAAGTGGAGGCGGGCTAAAA
GAATTGCTCTCCAAACACCAACGAGAAACAAAAACAGAAAACAAGGCGTAGTAAACCCGG
CCATAATGGTTTTGCATCATCAGATGGATCAGCGAAGCAGTCAAGACATGACGGAAGCAA
ACACGGGTCAATGGACTCATCATTGAGTGATCAAGAACCTTCAGTACGTAGTAGAAGGCG
TGGTGGTGGACCTGGTGGTGGTAGCAGCAAAGACGCAGAAGGTTCTTCTAATCATATTCC
TCCTGATGGTTCAGCTCCACCACGGAAGGCTACATCGAAACCGAGGAAACTAAAAGGATC
AATAGGAGGAGAAGGGTCGGTGAAGAAATCGTCAAAAGGAAAACCCGAGAGTTCAGTTGA
TGATACATGTAATGATTTTATTTGAGAGATACATAAAAAAAGGAAAACATGAAAATGTAA
CTTGTGAGGCCAACCTCCGTGTGAGAGTTTGTTTTAGTTTTTCGACTGCTCAAGAAGGGA
AACAAAAACTGGCTCACAAGAAAAAAACATTTTTTGAAGGAAAGGGAACAGAAAGA

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL5126Contig1 1040 2 2 U
ATTCCTCCGACAAGGACGAGGTTCCAAGAGGACTTGGCTTCTTGTTCTACAATATAATAT
AAGCAAAATCAATTCAAGAGTTCTGGAACACTTGATCTCACTGAAAGCAGCAAATGGGGG
AACAAGGTCGGTATGGAAGGAGAAAGACTCAGAATTCAAACCGGGAAAGGTTTGAAGAAG
GTCAAATGGGAGAAATTCACTGGAAAAGCACCAGGAATGACATGGTACCAGACCTACTTC
GATGCACCAGAGAGCGAAAGCGCAGCAGCGATACGCATGAGTGGAATGGGAAAAGGGTTG
ATTTGGGTGAATGGAGAAGGTGTTGGAAGATATTGGATGTCTTTCTTGAATCCATTAAAT
CAATCCACGCAAATAGAATATCACATCCCTAGATCTTTCTTGAAGCCCAAGAAAAATCTT
CTCGTTATATTCGAGGAAGAGCCTAATGTGAAGCCTGAGCTTATAGACTTTGTCATCGTC
AACAGAGACACTGTTTGTTCTTACGTCGGAGAAAACTACACTCCAAGTGTTGGACACTGG
ATTAGGAAGAAAGACGAGGTCCAAGCCATCACAGATAAAGTGAGTCTCACGGCTACTCTT
AAATGCTCAGGCAATAAGAAGATCGCAGCCGTTGAGTTCGCTAGCTTCGGAAACCCTATT
GGTGATTGTGGAAACTTCACACTTGGTACTTGTAATGCTCCTGTTTCAAAGCAAGTCGTT
GAGAAGCATTGTTTGGGAAAAGCAGAGTGTGTGATTCCGGTGAACAAAAGCACATTCCAA
CAAGACAAGAAGGATTCATGTAAGAACGTTGTGAAGACGCTTGCCGTGCAAGTCAAGTGT
GCTCGTGGCAAGAAGAACTGAGGGTTGAATGGTTCATATTCTGCGTTTATTTTGGCAAAA
AAATATTCTGCGTTTAATTGACCAATTTCAAAAAGTGTTGTGGCAGTGTTGATTTTTGTC
TCTCGGCTTGTACTTGGTTTCTTGAATTTAAACGTTTACATCCGAGTAAGATATTGGGAA
TATGATCCGAGCAAATAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AR24TF U 1
AF RR1AR24JQ C 242
BS 1 741 RR1AR24TF
BS 742 1040 RR1AR24JQ

RD RR1AR24TF 741 0 0
ATTCCTCCGACAAGGACGAGGTTCCAAGAGGACTTGGCTTCTTGTTCTACAATATAATAT
AAGCAAAATCAATTCAAGAGTTCTGGAACACTTGATCTCACTGAAAGCAGCAAATGGGGG
AACAAGGTCGGTATGGAAGGAGAAAGACTCAGAATTCAAACCGGGAAAGGTTTGAAGAAG
GTCAAATGGGAGAAATTCACTGGAAAAGCACCAGGAATGACATGGTACCAGACCTACTTC
GATGCACCAGAGAGCGAAAGCGCAGCAGCGATACGCATGAGTGGAATGGGAAAAGGGTTG
ATTTGGGTGAATGGAGAAGGTGTTGGAAGATATTGGATGTCTTTCTTGAATCCATTAAAT
CAATCCACGCAAATAGAATATCACATCCCTAGATCTTTCTTGAAGCCCAAGAAAAATCTT
CTCGTTATATTCGAGGAAGAGCCTAATGTGAAGCCTGAGCTTATAGACTTTGTCATCGTC
AACAGAGACACTGTTTGTTCTTACGTCGGAGAAAACTACACTCCAAGTGTTGGACACTGG
ATTAGGAAGAAAGACGAGGTCCAAGCCATCACAGATAAAGTGAGTCTCACGGCTACTCTT
AAATGCTCAGGCAATAAGAAGATCGCAGCCGTTGAGTTCGCTAGCTTCGGAAACCCTATT
GGTGATTGTGGAAACTTCACACTTGGTACTTGTAATGCTCCTGTTTCAAAGCAAGTCGTT
GAGAAGCATTGTTTGGGAAAA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1AR24JQ 799 0 0
ATGCACCAGAGAGCGAAAGCGCAGCAGCGATACGCATGAGTGGAATGGGAAAAGGGTTGA
TTTGGGTGAATGGAGAAGGTGTTGGAAGATATTGGATGTCTTTCTTGAATCCATTAAATC
AATCCACGCAAATAGAATATCACATCCCTAGATCTTTCTTGAAGCCCAAGAAAAATCTTC
TCGTTATATTCGAGGAAGAGCCTAATGTGAAGCCTGAGCTTATAGACTTTGTCATCGTCA
ACAGAGACACTGTTTGTTCTTACGTCGGAGAAAACTACACTCCAAGTGTTGGACACTGGA
TTAGGAAGAAAGACGAGGTCCAAGCCATCACAGATAAAGTGAGTCTCACGGCTACTCTTA
AATGCTCAGGCAATAAGAAGATCGCAGCCGTTGAGTTCGCTAGCTTCGGAAACCCTATTG
GTGATTGTGGAAACTTCACACTTGGTACTTGTAATGCTCCTGTTTCAAAGCAAGTCGTTG
AGAAGCATTGTTTGGGAAAAGCAGAGTGTGTGATTCCGGTGAACAAAAGCACATTCCAAC
AAGACAAGAAGGATTCATGTAAGAACGTTGTGAAGACGCTTGCCGTGCAAGTCAAGTGTG
CTCGTGGCAAGAAGAACTGAGGGTTGAATGGTTCATATTCTGCGTTTATTTTGGCAAAAA
AATATTCTGCGTTTAATTGACCAATTTCAAAAAGTGTTGTGGCAGTGTTGATTTTTGTCT
CTCGGCTTGTACTTGGTTTCTTGAATTTAAACGTTTACATCCGAGTAAGATATTGGGAAT
ATGATCCGAGCAAATAACT

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL5127Contig1 936 2 2 U
GCAACAATGACTTGCAGCCACAGACGTATCCTGAAATATTGAGATCGAACCTTGCAAACA
CGGTGCTGACTTTGAAGAAACTAGGCATAAACGACTTGGTGCACTTTGATTTTATGGATC
CCCCTGCTCCCGAGACACTGATGCGAGCCTTGGAGGTTTTGAATTATTTGGGAGCACTGG
ATGACGATGGAAACTTGACAAGGACAGGTGAGATAATGAGTGAGTTCCCCTTGGATCCGC
AGATGGCAAAGATGCTCATAGTCAGCCCTGAATTCAACTGCTCAAACGAGATCCTCTCGG
TTTCTGCGATGCTCTCAGTACCGAATTGCTTTCTACGGCCTAGAGAGACTCAAAAGCAAG
CAGATGAAGCTAAAGCTAGGTTTGGACACATCGATGGAGATCACCTCACTTTGCTAAACG
TCTACCACGCTTTTAAGCAACACAATGAAGACCCGAACTGGTGCTACGAGAACTACATCA
ACACCAGGGCAATGAAGTCTGCAGACAATGTTAGACAGCAGCTAGTCAGGATAATGTCGA
GGTTTAATCTGAAGATGTGCAGCACTGATTTCAACAGCCGCGACTACTACACCAACATAA
GAAAGGCCATGCTTTTCTGGTTATTTCATGCAAGTGGCTCACCTTGAACGCACTGGCCAT
TACTTGACCGTCAAAGATAACCAGGTGGTTCATTTGCATCCATCCAACTGCTTGGATCAC
AAACCGGAGTGGGTTATCTATAACGAATACGTTTTAACTACCAGGAACTTCATTAGAACT
GTGACAGACATTCGCGGTGAATGGTTAGTAGACGTTGCTCCTCACTATTACGATCTTATC
AACTTCCCCAACTGTGAGGCGAAACGTGTCCTCGAGAAGCTTTATAAGAAGAGAGAAAGG
GAGAAGGCAGAGAGCAAGAACCGCAAGTGATTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CV32TF U 1
AF RR1CV32JQ C 387
BS 1 641 RR1CV32TF
BS 642 936 RR1CV32JQ

RD RR1CV32TF 641 0 0
GCAACAATGACTTGCAGCCACAGACGTATCCTGAAATATTGAGATCGAACCTTGCAAACA
CGGTGCTGACTTTGAAGAAACTAGGCATAAACGACTTGGTGCACTTTGATTTTATGGATC
CCCCTGCTCCCGAGACACTGATGCGAGCCTTGGAGGTTTTGAATTATTTGGGAGCACTGG
ATGACGATGGAAACTTGACAAGGACAGGTGAGATAATGAGTGAGTTCCCCTTGGATCCGC
AGATGGCAAAGATGCTCATAGTCAGCCCTGAATTCAACTGCTCAAACGAGATCCTCTCGG
TTTCTGCGATGCTCTCAGTACCGAATTGCTTTCTACGGCCTAGAGAGACTCAAAAGCAAG
CAGATGAAGCTAAAGCTAGGTTTGGACACATCGATGGAGATCACCTCACTTTGCTAAACG
TCTACCACGCTTTTAAGCAACACAATGAAGACCCGAACTGGTGCTACGAGAACTACATCA
ACACCAGGGCAATGAAGTCTGCAGACAATGTTAGACAGCAGCTAGTCAGGATAATGTCGA
GGTTTAATCTGAAGATGTGCAGCACTGATTTCAACAGCCGCGACTACTACACCAACATAA
GAAAGGCCATGCTTTTCTGGTTATTTCATGCAAGTGGCTCA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1CV32JQ 550 0 0
CACATCGATGGAGATCACCTCACTTTGCTAAACGTCTACCACGCTTTTAAGCAACACAAT
GAAGACCCGAACTGGTGCTACGAGAACTACATCAACACCAGGGCAATGAAGTCTGCAGAC
AATGTTAGACAGCAGCTAGTCAGGATAATGTCGAGGTTTAATCTGAAGATGTGCAGCACT
GATTTCAACAGCCGCGACTACTACACCAACATAAGAAAGGCCATGCTTT*CTGGTTATTT
CATGCAAGTGGCTCACCTTGAACGCACTGGCCATTACTTGACCGTCAAAGATAACCAGGT
GGTTCATTTGCATCCATCCAACTGCTTGGATCACAAACCGGAGTGGGTTATCTATAACGA
ATACGTTTTAACTACCAGGAACTTCATTAGAACTGTGACAGACATTCGCGGTGAATGGTT
AGTAGACGTTGCTCCTCACTATTACGATCTTATCAACTTCCCCAACTGTGAGGCGAAACG
TGTCCTCGAGAAGCTTTATAAGAAGAGAGAAAGGGAGAAGGCAGAGAGCAAGAACCGCAA
GTGATTGATC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

CO CL5128Contig1 472 2 1 U
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TCTTCTTATTGTTTTTCCGCATATGGAAACAGCCCTTGGCGCACAAACGGAGCTCCACGA
ACTCAAAGAGACAAACAATCCTGATCAAGTGACAGTCCAAAGGCAACGCCGCTATTTTAT
TGGTCCTCCGTCTATTCCGTGCAAATACTACGAGTTATGCAAGCGTACTCCACCACCCAC
TACAACCCCTCCGTGCAAATACTACGAGCGATGCAAGCGTACTCCACCCACTCCAACCTC
TTCTAAAGGCAAATACGGATCTGGTCACTGATCTCACTGTAGAATCAAATGCGTTATATA
TATATCGCCGTTTCTAAGATATCGTTCTTTCCAGCTTCTGTGGTTCTTCGTCTTATGTTG
TCATGTTTTTATTTCTTATACATATCAGATCGTTGGAACAATACGATGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AX93TF U 1
AF RR1AX93JQ C 52
BS 1 472 RR1AX93TF

RD RR1AX93TF 472 0 0
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TCTTCTTATTGTTTTTCCGCATATGGAAACAGCCCTTGGCGCACAAACGGAGCTCCACGA
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TGGTCCTCCGTCTATTCCGTGCAAATACTACGAGTTATGCAAGCGTACTCCACCACCCAC
TACAACCCCTCCGTGCAAATACTACGAGCGATGCAAGCGTACTCCACCCACTCCAACCTC
TTCTAAAGGCAAATACGGATCTGGTCACTGATCTCACTGTAGAATCAAATGCGTTATATA
TATATCGCCGTTTCTAAGATATCGTTCTTTCCAGCTTCTGTGGTTCTTCGTCTTATGTTG
TCATGTTTTTATTTCTTATACATATCAGATCGTTGGAACAATACGATGTTTC

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR1AX93JQ 421 0 0
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GCTCCACGAACTCAAAGAGACAAACAATCCTGATCAAGTGACAGTCCAAAGGCAACGCCG
CTATTTTATTGGTCCTCCGTTTATTCCGTGCAAATATTACGAGTTATGCAAGCGTACTCC
CCCACCCACTACAACCCCTCCGTGCAAATACTACGAGCGATGCAAGCGTACTCCACCCAC
TCCAACCTTTTTTAAAGGCAAATACGGATCTGGTCACTGATCTCACTGTAGAATCAAATG
CGTTATATATATATCGCCGTTTTTAAGATATCGTTCTTTCCAGCTTCTGTGGTTTTTCGT
CTTATGTTGTCATGTTTTTATTTCTTATACATATCAGATCGTTGGAACAATACGATGTTT
C

QA 1 421 1 421
DS 



AS 1 2

CO CL5129Contig1 662 2 12 U
GGGGAGAAAACTCCATGGCTAATTGTTCTGATGCATGCCCCTATATACAACAGTAACGAA
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AGAGTCGATGTTATCTTTGCTGGACATGTTCATGCCTACGAGAGATCGTACCGAGTATCA
AATGTGCGGTATAATGTGTCAAGTGGAGACCGTTTCCCGGTTCCAGATACCTCAGCTCCT
GTTTATATCACAGTTGGAGACGGAGGAAACCAAGAAGGTCTTGCCGGAAGGTTTAGGGAA
CCACAGCCAGATTACTCTGCATTTAGAGAAGCTAGCTACGGGCACTCCACTCTGGACATA
AAAAACCGAACACATGCGATATACCACTGGAACCGCAATGACGATGGGAAGAAAGTAGCA
ACAGATGAGTTTGTGTTATACAACCAGTACTGGGGAAAGAACATTAGACGGAGAAAGCTG
AAGAAGCATTATATCAAGAGTGTTATGGTTGACTGGATTGCCAGTTGATTTGCTTACTAA
AGTAGAGGCGAAGATATTCGTCCAACTCTTTACTCTTTTTCTACCAGATCTTGATTACTT
ATAATATTGTTTGTTCTTATCCATCCATGAAATTTAATATTCTAATAATATATAAACTGG
CT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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10 10 

AF RR1FW19TF U 1
AF RR1DJ30JQ C 21
BS 1 209 RR1FW19TF
BS 210 210 RR1DJ30JQ
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BS 561 662 RR1DJ30JQ

RD RR1FW19TF 560 0 0
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GTTTATATCACAGTTGGAGACGGAGGAAATCAAGAAGGTCTTGCCGGAAGGTTTAGTGAA
CCACAGCCAGATTACTCTGCATTTAGAGAAGCTAGCTACGGGCACTCCACTCTGGACATA
AAAAACCGAACACATGCGATATACCACTGGAACCGCAATGATGATGGGAAGAAAGTAGCA
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AAGAAGCATTATATCAAGAGTGTTATGGTTGACTGGATTGCCAGTTGATTTGCTTACTAA
AGTATAGGCGAAGATATTCG

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1DJ30JQ 642 0 0
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AAGTGGAGACCGTTTCCCGGTTCCAGATACCTCAGCTCCTGTTTATATCACAGTTGGAGA
CGGAGGAAACCAAGAAGGTCTTGCGGGAAGGTTTAGGGAACCACAGCCAGATTACTCTGC
ATTTAGAGAAGCTAGCTACGGGCACTCCACTCTTGACATAAAAAACCGAACACATGCGAT
ATACCACTGGAACCGCAATGACGATGGGAAGAAAGTAGCAACAGATGAGTTTGTGTTATA
CAACCAGTACTGGGGAAAGAACATTCGACGGAGAAAGCTGAAGAAGCATTATATCAAGAG
TGTTATGGTTGACTGGATTGCCAGTTGATTTGCTTACTAAAGTAGAGGCGAAGATATTCG
TCCAACTCTTTACTCTTTTTCTACCAGATCTTGATTACTTATAATATTGTTTGTTCTTAT
CCATCCATGAAATTTAATATTCTAATAATATATAAACTGGCT

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL5130Contig1 978 2 4 U
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GGATTACTACCAAAGCTGGATTTTGTCGGGTAAGGGTACCGTTTTCAGCTTTTCGTCCGG
TTAACCCTGAAGATCCACCGCTAGATCCGTTTCTCGTTCATACATTGACAATACGTTTTG
AGCCTAAGAGACAGAGACCAGTTGATGGTGTTGCTGGTGCACAACAAGATCTAAGAAGCT
TAGCCTTGTATTCGAGTACATCAAAGCTTTGCCTGCGGGTCAAGAAACCGATTTTATTTT
GGTTTCATGTACTGGTTCTGGAGTAGAACCCAACAGAAGGGAGCAAGTGTTAATAGCTAA
GAGAGCTGGTGAAGATTCATTGAGAAGATCAGGCCTTGGATACACCATTATCCGTCCCGG
TCCCTTGAAGGAAGAGCCAGGCGGTCAAAGAGCTCTGATATTTGATCAGGGAAACAGAAT
ATCTCAGGGAATCAGTTGCGCTGATGTGGCTGATATTTGTGTCAAGTCACTACACGATTC
AACAGCGAGAAACAAAAGCTTTGATGTTTGCCATGAATACGTCGCTGAGCAAGGAATAGA
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ATCTGTACTTGAGAAGAACACATGATACACAAAGTGAGAAAAGAAGAACCCTTGATTCCC
ATTTTGTCTCTTGTAATTCATCTCAACCCCCATATCCATATACACTACTACATAAATACA
TACGTCTCTCTTGTATAATTTTGTACAGACAAAGAATCTCTTCTTCCTTCCTTCCTCGGT
ATCTATCTCCAGTAACATTGTTTTCTTATATTCAGCTTTTTGAGTTTGTGTAGTAATACA
AGAAAAGGGTGTGAGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DX15TF U 1
AF RR1DX15JQ C 589
BS 1 653 RR1DX15TF
BS 654 654 RR1DX15JQ
BS 655 689 RR1DX15TF
BS 690 978 RR1DX15JQ

RD RR1DX15TF 689 0 0
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TTGTAATCCTTGAAGCTGGTCCATCATCAGATATGTCTCAGAGCAAACTCTATTTCGCAA
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TTAACCCTGAAGATCCACCGCTAGATCCGTTTCTCGTTCATACATTGACAATACGTTTTG
AGCCTAAGAGACAGAGACCAGTTGATGGTGTTGCTGGTGCACAACAAGATCTAAGAAGCT
TAGCCTTGTATTCGAGTACATCAAAGCTTTGCCTGCGGGTCAAGAAACCGATTTTATTTT
GGTTTCATGTACTGGTTCTGGAGTAGAACCCAACAGAAGGGAGCAAGTGTTAATAGCTAA
GAGAGCTGGTGAAGATTCATTGAGAAGATCAGGCCTTGGATACACCATTATCCGTCCCGG
TCCCTTGAAGGAAGAGCCAGGCGGTCAAAGAGCTCTGATATTTGATCAGGGAAACAGAAT
ATCTCAGGGAATCAGTTGCGCTGATGTGGCTGATATTTGTGTCAAGTCACTACACGATTC
AACAGCGAGAAACAAAAGCTTTGATGTTTGCCATGAATACGTCGCTGAGCAAG*AATAGA
ACTGTACGAGCTGGTGGCTCATTTGCCAG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1DX15JQ 390 0 0
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GCAAGGAATAGAACTGTACGAGCTGGTGGCTCATTTGCCAGACAAGGCGAACAACTATCT
GACTCCTGCTTTATCTGTACTTGAGAAGAACACATGATACACAAAGTGAGAAAAGAAGAA
CCCTTGATTCCCATTTTGTCTCTTGTAATTCATCTCAACCCCCATATCCATATACACTAC
TACATAAATACATACGTCTCTCTTGTATAATTTTGTACAGACAAAGAATCTCTTCTTCCT
TCCTTCCTCGGTATCTATCTCCAGTAACATTGTTTTCTTATATTCAGCTTTTTGAGTTTG
TGTAGTAATACAAGAAAAGGGTGTGAGACT

QA 1 390 1 390
DS 



AS 1 2

CO CL5131Contig1 880 2 4 U
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TTGTGACTGATGCTGCTTTGGATGAAACTGCAAAGTGGGATCAAGGACCTTTGCTAAGAC
TTAAAGCTAAGCTGAAGATCTCTCAGTCTAATCCCACAGAAGCTGTTGAGACTTACCGTT
ATCTTCTAGCTTTGGTTCAAGCGCAAAGGAAATCTTTTGTACCGCTCAGAACTCTTTCAC
AGATGGAGGAAGACAAAGTGAATGAGTTTGAAGTATGGCATGGCTTAGCTTATCTTTACT
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AATACTCTGCTTCAATGCTCTATACAGAAGGTCGAATGTGGGAAGGAAGAAAGGAGTTTC
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AAGTAGCAGTTGGAGCATTGTTGTGTGAAAGGGGGAAAGACCATCAGCCAACACTTCCTG
TGGCGAGAAGTTTGCTCTCTGATGCATTGAGGATTGATCCGACAAACCGAAAAGCTTGGT
ATTACTTAGGAATGGTACATAAGCATGATGGACGTATAGCTGATGCTACTGATTGCTTCC
AAGCTGCTTCAATGCTTGAAGAATCTGATCCTATTGAAAACTTCTCAACCATTCTTTAAA
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TTTAATTTCTTCAAACTAACATAGTTTTGAACTCAAAAGG


BQ
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AF RR1AZ78JQ C 1
AF RR1AZ78TF U 1
BS 1 669 RR1AZ78TF
BS 670 670 RR1AZ78JQ
BS 671 861 RR1AZ78TF
BS 862 880 RR1AZ78JQ

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QA 1 880 1 880
DS 

RD RR1AZ78TF 861 0 0
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AAGGGCGGAGGTTTCTGGCGCTTGTCTTGTCTGCTCAGCAACGGTTTTCAGAAGCTGAGG
TTGTGACTGATGCTGCTTTGGATGAAACTGCAAAGTGGGATCAAGGACCTTTGCTAAGAC
TTAAAGCTAAGCTGAAGATCTCTCAGTCTAATCCCACAGAAGCTGTTGAGACTTACCGTT
ATCTTCTAGCTTTGGTTCAAGCGCAAAGGAAATCTTTTGTACCGCTCAGAACTCTTTCAC
AGATGGAGGAAGACAAAGTGAATGAGTTTGAAGTATGGCATGGCTTAGCTTATCTTTACT
CAAGCCTTTCGCATTGGAACGATGTAGAAGTCTGTCTGAAGAAAGCTGGCGAGCTGAAAC
AATACTCTGCTTCAATGCTCTATACAGAAGGTCGAATGTGGGAAGGAAGAAAGGAGTTTC
AACCCGCTTTAGCAGCGTTCTTGGACGGTTTATTACTAGAAAATGATTCGGTACCTTGCA
AAGTAGCAGTTGGAGCATTGTTGTGTGAAAGGGGGAAAGACCATCAGCCAACACTTCCTG
TGGCGAGAAGTTTGCTCTCTGATGCATTGAGGATTGATCCGACAAACCGAAAAGCTTGGT
ATTACTTAG*AATGGTACATAAGCATGATGGACGTATAGCTGATGCTACTGATTGCTTCC
AAGCTGCTTCAATGCTTGAAGAATCTGATCCTATTGAAAACTTCTCAACCATTCTTTAAA
CCATTTTTTTAATACAAAGATTTGTGATTGTTTCATTATTTATATGTAAAATGTTAACCT
TTTAATTTCTTCAAACTAACA

QA 1 861 1 861
DS 



AS 1 2

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ATGTCTTTGTTCCCGAGAACAACAACGTCTTCTACTCTCGCAGTGAGTTTATATTTGATC
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TCCCTGTGGATATAACCTGTGTCATAAGTAATCATGAGAGAGCTTCAAACACTCATGTTA
TGCGGTTTCTTGAGAGGCATGGCATTCCGTATCGTTATGTAGCTACAACTAAAGATAATA
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CACCATGGTCTTTTGCCATCATTCAAGGGCGGATATCCAGCCAAACAGGCGTTTGATGCA
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CGGGTGTTACCTTATGGAACAAACAAGACTGTTGTATTTTAATAGAACAAAGCAAAGACT
ATCTGTTGTATGAATAACTCAAAAGAAGGTTATAACAATTCTCTTGAAG


BQ
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AF RR1B551TF U 1
AF RR1B551JQ C 481
BS 1 750 RR1B551TF
BS 751 1129 RR1B551JQ

RD RR1B551TF 750 0 0
GGGTGGGAGGGGATCCTCTGGGGAATCGGGACCGTGATTGGTCTCGTTGAGAGGCCGAGG
GTGAGAGAAGAGAAACGATGATGACGATGATGCGAAGAATCTCGGAGAGAGCTACTGGTT
TCTCGAAGAACTTGATTCTCAAATCCTCGGCGTCGCGGTTTCACGGCGAGTCTCTGGATT
CCTCCGTCTCACCCGTTCTCATTCCCGGCGTCCATGTCTTCCATTGCCAGGATGCAGTTG
GAATCGTGGCAAAGCTATCAGATTGCATCGCAGCTAAAGGCGGAAACATTCTCGGCTACG
ATGTCTTTGTTCCCGAGAACAACAACGTCTTCTACTCTCGCAGTGAGTTTATATTTGATC
CTGTAAAATGGCCGAGCCACCAAGTGGGTGAAGATTTTCAAGCTATTGCGCAAAGATACG
GTGCCATGAACTCGGTTGTTCGTGTTCCTTCTATAGATCCCAAGTATAAGATTGCTCTTC
TTCTTTCTAAACAGGATCATTGTCTGGTTGAGATGTTGCATAGATGGCAAGATGGAAAAC
TCCCTGTGGATATAACCTGTGTCATAAGTAATCATGAGAGAGCTTCAAACACTCATGTTA
TGCGGTTTCTTGAGAGGCATGGCATTCCGTATCGTTATGTAGCTACAACTAAAGATAATA
AACGAGAAGATGAGATTTTGGGAATTGGTCAAAGACACTGACTTCTTAGTTTTCGCTAGA
TACATGCAGATTCTATCTGGTGACTTCTTG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1B551JQ 649 0 0
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TCCCTGTGGATATAACCTGTGTCATAAGTAATCATGAGAGAGCTTCAAACACTCATGTTA
TGCGGTTTCTTGAGAGGCATGGCATTCCGTATCGTTATGTAGCTACAACTAAAGATAATA
AACGAGAAGATGAGATTTTGG*AATTGGTCAAAGACACTGACTTTTTAGTTTTCGCTAGA
TACATGCAGATTCTATTTGGTGACTTCTTGAAAGGTTATGGAAAGGACGTAATCAACATC
CACCATGGTCTTTTGCCATCATTCAAGGGCGGATATCCAGCCAAACAGGCGTTTGATGCA
GGTGTGAAGCTAATCGGAGCAACAAGTCACTTTGTTACTGAGGAACTTGATGCGGGGCCT
ATCATTGAACAAATGGTTGAGAGTGTTTCCCACCGGGACAATCTAAGGAGCTTTGTCCAG
AAATTTGAGGACCTCGAGAAAAAATGCCTCACAAAAGCTATAAAGTCATACTGCGAACTA
CGGGTGTTACCTTATGGAACAAACAAGACTGTTGTATTTTAATAGAACAAAGCAAAGACT
ATCTGTTGTATGAATAACTCAAAAGAAGGTTATAACAATTCTCTTGAAG

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL5133Contig1 247 2 1 U
GACAATGACTTTGACGCCGACCAGCTCATGTTCAAGACTTTAGGACTCACTCCTAAACCC
CCAAACTTCTCCGAAGATGATTCTGGATCAGAAAATTGCGAGAAAGTTGCTTCTGCTTCT
CACTAAAGTCTGGACACTCTTTGAAGTAGCCACCTTTTTACTATGTAGCATTACAGTATC
AGTCTCAGCGATGCTAGCTCTACAGAATCTTAAGTTGATTATGATATAATAATGACCAGT
ATAAACT


BQ
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AF RR1FN72JQ C 1
AF RR1FN72TF U 1
BS 1 247 RR1FN72TF

RD RR1FN72JQ 247 0 0
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CCAAACTTCTCCGAAGATGATTCTGGATCAGAAAATTGCGAGAAAGTTGCTTTTGCTTCT
CACTAAAGTCTGGACACTCTTTGAAGTAGCCACCTTTTTACTATGTAGCATTACAGTATC
AGTTTCAGCGATGCTAGCTCTACAGAATCTTAAGTTGATTATGATATAATAATGACCAGT
ATAAACT

QA 1 247 1 247
DS 

RD RR1FN72TF 247 0 0
GACAATGACTTTGACGCCGACCAGCTCATGTTCAAGACTTTAGGACTCACTCCTAAACCC
CCAAACTTCTCCGAAGATGATTCTGGATCAGAAAATTGCGAGAAAGTTGCTTCTGCTTCT
CACTAAAGTCTGGACACTCTTTGAAGTAGCCACCTTTTTACTATGTAGCATTACAGTATC
AGTCTCAGCGATGCTAGCTCTACAGAATCTTAAGTTGATTATGATATAATAATGACCAGT
ATAAACT

QA 1 247 1 247
DS 



AS 1 2

CO CL5134Contig1 1185 2 2 U
GGCGCTTCGAACTTCATATGGGTAAGTCTAAATCTCATCTTCTCAATATGCATGTAGGAT
CATGTGTAATCAGTTTTATAACTATTGATATATACTGCTTTTTCTACCTTGTTACATACT
GATGTACACTTATTCTGATTGTAGCTGCTGGCCTCTATCTTAAGTATGTGCGGCTCATCA
TTGTAGTTTTTTGATATATTTGTGAACATAAACTTTATCATCATAAAATAGCTAAATCCA
AAGACTAATTCTTACGTAGTTTTTTGTGAACATATTCATAATGTCTTCAATTTGTATTAT
TGAAATGTAGAAAATAAAAAAATGATACCTGAAAGGAAATGCTACCTGGACAAAAGGAAC
TTTCAAGGTTGCCGGTTGAGCTAAACAATGGCAACTGGAAACTAAACATAATTCCTTGGA
TTGGTGGAAGGATAATGTCCATGTCACATGTTCCATCAGGAGTACAATGGCTTCATAGCA
GAATAGATATCAATGGTTATGAAGAGTACAGCAGTACTGAGTACCGGTCATCCGGATGTA
CTGAGGAATACAATATCATTGAGACGGATTCAGAACATGCAAGAGAGGAAGAATCTCTTA
TACTAGAAGGTGATGTAGGTGGTGGACTTGTTCTTCGGCGTAGAATTACCATACCTAACG
ACAATCCAAACATTCTTCGTATTGCCTCTATCATTGAAGCCCGCAGTGTCGGTGCTGGTT
CTGGCGGATTTTCAAGGCTGGCATGCTTAAGAGTCCATCCAACTTTCACTCTTTTTCATC
CAACCAAATCGTGTGTCTCATTCACATCGATTGATGGTGCCAAGCATGAAGTTTGGCCTG
ATTCTGGAGAAAAGTTATATGAAGGGAACAACCTCCCACATGGTGAATGGATGCTGGTAG
ATAAGAGCCTCAATCTAGGGCTGATAAACAGGTTTGACGTTAGTCAGGTCTTCAAATGTA
TTATCCACTGGGACTGCGGAACCGTTAACATGGAGCTATGGTCTGAAGACAGACCTGTTT
CCAAGGAATCACCTCTGGAAATAGAGCATGAATATGAAGTCACTAGTTTCCCATAATTGT
GTTGCAAATGTGTTTAACTCAGTCCCCCTGTTCGCAAAAATCTACTTGGCTACTTTGGAT
TGTTCTGTTTTCTATGCATTAATAAATGAATGAGGAGTGTTTAAC


BQ
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AF RR1B995TF U 1
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BS 730 1185 RR1B995JQ

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TTGTAGTTTTTTGATATATTTGTGAACATAAACTTTATCATCATAAAATAGCTAAATCCA
AAGACTAATTCTTACGTAGTTTTTTGTGAACATATTCATAATGTCTTCAATTTGTATTAT
TGAAATGTAGAAAATAAAAAAATGATACCTGAAAGGAAATGCTACCTGGACAAAAGGAAC
TTTCAAGGTTGCCGGTTGAGCTAAACAATGGCAACTGGAAACTAAACATAATTCCTTGGA
TTGGTGGAAGGATAATGTCCATGTCACATGTTCCATCAGGAGTACAATGGCTTCATAGCA
GAATAGATATCAATGGTTATGAAGAGTACAGCAGTACTGAGTACCGGTCATCCGGATGTA
CTGAGGAATACAATATCATTGAGACGGATTCAGAACATGCAAGAGAGGAAGAATCTCTTA
TACTAGAAGGTGATGTAGGTGGTGGACTTGTTCTTCGGCGTAGAATTACCATACCTAACG
ACAATCCAAACATTCTTCGTATTGCCTCTATCATTGAAGCCCGCAGTGTCGGTGCTGGTT
CTGGCGGAT

QA 1 729 1 729
DS 

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CCGGATGTACTGAGGAATACAATATCATTGAGACGGATTCAGAACATGCAAGAGAGGAAG
AATCTCTTATACTAGAAGGTGATGTAGGTGGTGGACTTGTTCTTCGGCGTAGAATTACCA
TACCTAACGACAATCCAAACATTCTTCGTATTGCCTCTATCATTGAAGCCCGCAGTGTCG
GTGCTGGTTCTGGCGGATTTTCAAGGCTGGCATGCTTAAGAGTCCATCCAACTTTCACTC
TTTTTCATCCAACCAAATCGTGTGTCTCATTCACATCGATTGATGGTGCCAAGCATGAAG
TTTGGCCTGATTCTGGAGAAAAGTTATATGAAGGGAACAACCTCCCACATGGTGAATGGA
TGCTGGTAGATAAGAGCCTCAATCTAGGGCTGATAAACAGGTTTGACGTTAGTCAGGTCT
TCAAATGTATTATCCACTGGGACTGCGGAACCGTTAACATGGAGCTATGGTCTGAAGACA
GACCTGTTTCCAAGGAATCACCTCTGGAAATAGAGCATGAATATGAAGTCACTAGTTTCC
CATAATTGTGTTGCAAATGTGTTTAACTCAGTCCCCCTGTTCGCAAAAATCTACTTGGCT
ACTTTGGATTGTTCTGTTTTCTATGCATTAATAAATGAATGAGGAGTGTTTAAC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

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GCTTCTAAGGCACAATTCCTCCGAGGACGGAGATGAGAAGGAGGAGAACGTCGAAAGCTT
GAAGTTATCGTCTAAGGTGGCTCCTGCGCCTGAACATCACGTGGAAGAGAAGAAAGAGGT
TATTTATGAGAAGGTTTCGTCCATAGATGAGGTTAAAGAAAAGGAAGAGGTTGTGAAGAA
ACAAGATGAGAAAAATGATGATGCCGTCAATGTTGAGAAAGAAGGAAATGATGGTATAAA
TCATGATGAGATCATCATTGCTAAGAAGGAAGGAGGTGATGGTGTTGCTCAAGATGGTCG
AATAAATCTTGATGAGGTCATCATTGCCAAGAAGAAAGGATATAATGGTGTTGATCATGA
TGAAGGGAGGATGAGCAATTTAGATGAGAGGATGATATGTCCTGGATCTCCAAGCTTTCG
GGTTTATTGTATCGATGTTGCTTCTGATGATGACGAAGAAGAAAAATATGGTGAAGTTGC
GAGAAAGTCGATGGAAACCGAAAGCGTTAGTATAGAGCCAAAAGAGGACGAAAGCATCGT
GAAAAAGGAGAAAAGAGAAAGAAAAGGAAATAGATTCGGAATAGCATTGCCAAGGAGGTA
TTTAGCTAATGTGACTGCACAGTGCTATGCCAATGCAGGATGCATGGGCAATAACACTCA
CACTCGACGTGTGCAAGAGAAATCGAGCCAGTGAGTATTATGATTGCCATCTTTAAATTG
ATTTGTTCAAAGAAGAATGATGCGTGGTGTAATGGTGTACGAGGCTATAATGAGTATTCA
AAAACCACCCCAACATGCAAAACACTAATACCCTTTTAATTAGACTTTTATTTGTTTTGA
GAGACGCTTGTTCAGAATTTGTACACCTTTTCGCCTCTTTGCTTTCTCTCAGGATAAGTT
AGTGTTTGACGAATTTTACCTTTTTTACTTTCACGTGGAAAATATGTAAGTAATTGAACT
TGCGCAATGAGAAGATGTTTTTACTTG


BQ
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AF RR1CY50TF U 1
AF RR1CY50JQ C 452
BS 1 578 RR1CY50TF
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BS 665 665 RR1CY50JQ
BS 666 694 RR1CY50TF
BS 695 1227 RR1CY50JQ

RD RR1CY50TF 694 0 0
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TATTGATATGGGTTGTGGTGGTTCAAGGCTAGGAGGTGTGGCGGCGGCAAGAGCGGATGA
GGGAGGCGTTGTGCCACTTCCGGCGGGAATACGTCCGCTTCTCCGGCGTAGATTAGACGA
GATGAAGAAACGGAGCCATGCAAACGTCTTTAAAGGGAACAATACGCTATCCAAGACGGA
GCTTCTAAGGCACAATTCCTCCGAGGACGGAGATGAGAAGGAGGAGAACGTCGAAAGCTT
GAAGTTATCGTCTAAGGTGGCTCCTGCGCCTGAACATCACGTGGAAGAGAAGAAAGAGGT
TATTTATGAGAAGGTTTCGTCCATAGATGAGGTTAAAGAAAAGGAAGAGGTTGTGAAGAA
ACAAGATGAGAAAAATGATGATGCCGTCAATGTTGAGAAAGAAGGAAATGATGGTATAAA
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AATAAATCTTGATGAGGTCATCATTGCCAAGAAGAAAG*ATATAATGGTGTTGATCATGA
TGAAGGGAGGATGAGCAATTTAGATGAGAGGATGATATGTCCTGGATCTCCAAGCTTTCG
GGTT*ATTGTATCGATGTTGCTTCTGATGATGAC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1CY50JQ 776 0 0
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GGAGGTGATGGTGTTGCTCAAGATGGTCGAATAAATCTTGATGAGGTCATCATTGCCAAG
AAGAAAGGATATAATGGTGTTGATCATGATGAAGGGAGGATGAGCAATTTAGATGAGAGG
ATGATATGTCCTGGATCTCCAAGCTTTCGGGTTTATTGTATCGATGTTGCTTCTGATGAT
GACGAAGAAGAAAAATATGGTGAAGTTGCGAGAAAGTCGATGGAAACCGAAAGCGTTAGT
ATAGAGCCAAAAGAGGACGAAAGCATCGTGAAAAAGGAGAAAAGAGAAAGAAAAGGAAAT
AGATTCGGAATAGCATTGCCAAGGAGGTATTTAGCTAATGTGACTGCACAGTGCTATGCC
AATGCAGGATGCATGGGCAATAACACTCACACTCGACGTGTGCAAGAGAAATCGAGCCAG
TGAGTATTATGATTGCCATCTTTAAATTGATTTGTTCAAAGAAGAATGATGCGTGGTGTA
ATGGTGTACGAGGCTATAATGAGTATTCAAAAACCACCCCAACATGCAAAACACTAATAC
CCTTTTAATTAGACTTTTATTTGTTTTGAGAGACGCTTGTTCAGAATTTGTACACCTTTT
CGCCTCTTTGCTTTCTCTCAGGATAAGTTAGTGTTTGACGAATTTTACCTTTTTTACTTT
CACGTGGAAAATATGTAAGTAATTGAACTTGCGCAATGAGAAGATGTTTTTACTTG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL5136Contig1 752 2 2 U
GGAGTAACGGATTCTAAAAATAAATATGTGAAGGTCCAATCTTAAAGCTTACAATGTCAT
ACTAAACGAAAGATTGGACATCTCGCTCTAGTTGAGCTCCCGACTTCCATCAGAGCAAAG
AGATGATAAAATGTTACGGTTATATGGTTTCTATGCATATTCATCCCCAAACATTTCTTC
AACAGTTACGGGAAGATAGTTCATAGCACCTTCTTCAACTGGTCAAGAAACGATAAATAC
GAAGCCGTTCCATCGTTTCCAGCAAGGACCCTATACTTATCTCTCCTCGTGAAGTTAGTG
CATTCGAACCCTAACGCAGCCGCTAAGATCCTCTGAACATAATTCGCCACGTCATGCGGA
CTCTTCCCTGAGGAACACGTAGCCTCAACCGGAAGCTGGTTCAAGAAAGTAACCTCGTAA
ACCGGTCTCGGGTTCATGAAGAAGAAAATCGGGTCTAAACCTTTCCAGCCTCTCGCTGTG
GTCGCGTGGAAGAACCCAACTCTATAATTCATAGCAACGGGAACAATCCTATCCGTTAAC
TCAGCGAAAAGCCCGCTAAATCTTAGCAAGAACGGTTCACGACAAGTGGTTCCCTCAGGA
CAAACCACTAGATCGCCTTCAGACAGTTGTTGTTTGATCTTTGCTGCGTCTACATCTCGG
ACTCTTGTCAATCTAACGGTTGGAATGGGAGATAATATCTCGGATAAGCGTGAGATCGAG
TAAGTAACGGTCGGGACGCTGCGTCCGAGCAC


BQ
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AF RR1GV32JQ U 1
AF RR1GL13JQ U 17
BS 1 370 RR1GV32JQ
BS 371 752 RR1GL13JQ

RD RR1GV32JQ 370 0 0
GGAGTAACGGATTCTAAAAATAAATATGTGAAGGTCCAATCTTAAAGCTTACAATGTCAT
ACTAAACGAAAGATTGGACATCTCGCTCTAGTTGAGCTCCCGACTTCCATCAGAGCAAAG
AGATGATAAAATGTTACGGTTATATGGTTTCTATGCATATTCATCCCCAAACATTTCTTC
AACAGTTACGGGAAGATAGTTCATAGCACCTTCTTCAACTGGTCAAGAAACGATAAATAC
GAAGCCGTTCCATCGTTTCCAGCAAGGACCCTATACTTATCTCTCCTCGTGAAGTTAGTG
CATTCGAACCCTAACGCAGCCGCTAAGATCCTCTGAACATAATTCGCCACGTCATGCGGA
CTCTTCCCTG

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR1GL13JQ 736 0 0
AAAATAAATATGTGAAGGTCCAATCTTAAAGCTTACAATGTCATACTAAACGAAAGATTG
GACATCTCGCTCTAGTTGAGCTCCCGACTTCCATCAGAGCAAAGAGATGATAAAATGTTA
CGGTTATATGGTTTCTATGCATATTCATCCCCAAACATTTCTTCAACAGTTACGGGAAGA
TAGTTCATAGCACCTTCTTCAACTGGTCAAGAAACGATAAATACGAAGCCGTTCCATCGT
TTCCAGCAAGGACCCTATACTTATCTCTCCTCGTGAAGTTAGTGCATTCGAACCCTAACG
CAGCCGCTAAGATCCTCTGAACATAATTCGCCACGTCATGCGGACTCTTCCCTGAGGAAC
ACGTAGCCTCAACCGGAAGCTGGTTCAAGAAAGTAACCTCGTAAACCGGTCTCGGGTTCA
TGAAGAAGAAAATCGGGTCTAAACCTTTCCAGCCTCTCGCTGTGGTCGCGTGGAAGAACC
CAACTCTATAATTCATAGCAACGGGAACAATCCTATCCGTTAACTCAGCGAAAAGCCCGC
TAAATCTTAGCAAGAACGGTTCACGACAAGTGGTTCCCTCAGGACAAACCACTAGATCGC
CTTCAGACAGTTGTTGTTTGATCTTTGCTGCGTCTACATCTCGGACTCTTGTCAATCTAA
CGGTTGGAATGGGAGATAATATCTCGGATAAGCGTGAGATCGAGTAAGTAACGGTCGGGA
CGCTGCGTCCGAGCAC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL5137Contig1 1102 2 8 U
GGTTTCCGTGGGTAGAAGAGGTGTACAAGCAGTCGGTGGAGGTAGCGCACTGTAGGGTGT
CTGATGCGAGAGTTCTTGTCAGCGCCGGTTCTGTGGTTAATTCCAGTGATCAATTCCCAC
AGCTTCTTCGGGAGGCCATCGCACCTCGGAAGAGTGGTCTCCTCTGCATCTTGGAAACCC
ATGACTGTCCCAATGTCCTTGAAGTTCATGTAGTAGACCCTTCCATCGATCTTGAACTTG
ATTTTCCCCCATCCCTGCCGCACATGTCTAGAGTCGTGGTAAGTGGCTTCCAAAGTGGAC
AGGAACTGAGAAGTGAGCTCCTTGTAGGTGGGGTAAGCCATGGTGAGTAGCTTTGGCATT
TTCAAATGCCCCAACAGCTCCGCCATATCTGAATCAATCTCTAGCGCCTTCAGTAGCTCA
AGGTCAGCAAACCTCGTTGCCTGCCAGCCCATCCCATTCATCAGGTGATCATACAGCTCT
TCCGGAGTTGGAACCTTCCCCCTGTCCCTTTCAACAGCCACACCTTTCCCTTTTGTCATC
TTTGCCTTCTTCGCAGGTGCAGGCTCCTCGTCTGACTCCTCTTCGCCTTCCTCACTCTCC
TCATTAGTGGGAGGGGCAATACTCTTTCCTGCTCTCTTCCCTTGTTCAGTCGACTTCCTT
GCAGCTGAAGTCGTTTCCGTTCTCCTTACTTGCTCAGTAGACTTCCTGGCAGCTGAAGTC
GTTTCTATCCTCTGCGCTTGCTCAGTGGACTTCCTTGCAGCCTGAGTTCGCTGCCTAGTG
GTCCTCTCAGTCCCTGTTGCAGCGGTTTCAGTTTCTAGAGACTTCCCTCTTTGTGCCCAA
TCTTCCGCATCTCTTGCCTCCTTGTCAGCTATCAACTGTGCCCTTGTTTTCTTACCCATC
GGTACCTGAAAAATCCAAAGCTTGAAAAGGAGTAAGCAAAGGAAGTGAAAAGGGGCAAAG
ACTTGGCAAAATGAATATGGAAAAGCAAGTCAACTCAACAAATGAACTCCAATTTAAGCT
CAAGTTAACTCAATTCAACCATTTAGAAAAGTTAAGCACCAATTCACCAAGCCACAAGCA
AGAAAAATCACAATTCTCATCC


BQ
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AF RR1G546TF U 1
AF RR1G546JQ C 308
BS 1 767 RR1G546TF
BS 768 768 RR1G546JQ
BS 769 783 RR1G546TF
BS 784 784 RR1G546JQ
BS 785 793 RR1G546TF
BS 794 794 RR1G546JQ
BS 795 810 RR1G546TF
BS 811 1102 RR1G546JQ

RD RR1G546TF 810 0 0
GGTTTCCGTGGGTAGAAGAGGTGTACAAGCAGTCGGTGGAGGTAGCGCACTGTAGGGTGT
CTGATGCGAGAGTTCTTGTCAGCGCCGGTTCTGTGGTTAATTCCAGTGATCAATTCCCAC
AGCTTCTTCGGGAGGCCATCGCACCTCGGAAGAGTGGTCTCCTCTGCATCTTGGAAACCC
ATGACTGTCCCAATGTCCTTGAAGTTCATGTAGTAGACCCTTCCATCGATCTTGAACTTG
ATTTTCCCCCATCCCTGCCGCACATGTCTAGAGTCGTGGTAAGTGGCTTCCAAAGTGGAC
AGGAACTGAGAAGTGAGCTCCTTGTAGGTGGGGTAAGCCATGGTGAGTAGCTTTGGCATT
TTCAAATGCCCCAACAGCTCCGCCATATCTGAATCAATCTCTAGCGCCTTCAGTAGCTCA
AGGTCAGCAAACCTCGTTGCCTGCCAGCCCATCCCATTCATCAGGTGATCATACAGCTCT
TCCGGAGTTGGAACCTTCCCCCTGTCCCTTTCAACAGCCACACCTTTCCCTTTTGTCATC
TTTGCCTTCTTCGCAGGTGCAGGCTCCTCGTCTGACTCCTCTTCGCCTTCCTCACTCTCC
TCATTAGTGGGAGGGGCAATACTCTTTCCTGCTCTCTTCCCTTGTTCAGTCGACTTCCTT
GCAGCTGAAGTCGTTTCCGTTCTCCTTACTTGCTCAGTAGACTTCCTGGCAGCTGAAGTC
GTTTCTATCCTCTGCGCTTGCTCAGTGGACTTCCTTGCAGCCTGAGT*CGCTGCCTAGTG
GTC*TCTCAGTCC*TGTTGCAGCGGTTTCA

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1G546JQ 795 0 0
GAGAAGTGAGCTC*TTGTAGGTGGGGTAAGCCATGGTGAGTAGCTTTGGCATTTTCAAAT
GCCCCAACAGCTCCGCCATATCTGAATCAATCTCTAGCGCCTTCAGTAGCTCAAGGTCAG
CAAACCTCGTTGCCTGCCAGCCCATCCCATTCATCAGGTGATCATACAGCTCTTCCGGAG
TTGGAACCTTCCCCCTGTCCCTTTCAACAGCCACACCTTTCCCTTTTGTCATCTTTGCCT
TCTTCGCAGGTGCAGGCTCCTCGTCTGACTCCTCTTCGCCTTCCTCACTCTCCTCATTAG
TGGGAGGGGCAATACTCTTTCCTGCTCTCTTCCCTTGTTCAGTCGACTTCCTTGCAGCTG
AAGTCGTTTCCGTTCTCCTTACTTGCTCAGTAGACTTCCTGGCAGCTGAAGTCGTTTCTA
TCCTCTGCGCTTGCTCAGTGGACTTCCTTGCAGCCTGAGTTCGCTGCCTAGTGGTCCTCT
CAGTCCCTGTTGCAGCGGTTTCAGTTTCTAGAGACTTCCCTCTTTGTGCCCAATCTTCCG
CATCTCTTGCCTCCTTGTCAGCTATCAACTGTGCCCTTGTTTTCTTACCCATCGGTACCT
GAAAAATCCAAAGCTTGAAAAGGAGTAAGCAAAGGAAGTGAAAAGGGGCAAAGACTTGGC
AAAATGAATATGGAAAAGCAAGTCAACTCAACAAATGAACTCCAATTTAAGCTCAAGTTA
ACTCAATTCAACCATTTAGAAAAGTTAAGCACCAATTCACCAAGCCACAAGCAAGAAAAA
TCACAATTCTCATCC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL5138Contig1 1303 2 4 U
GGGATCATCCATCTCTGTATGGAATGATCCTTGGCTCCCATCCACCCGCCCGAGACCAGC
AAATAAAAATAATCACACCCTTTACCCGGACCTAACGGTAGACTCACTCATCAATGAGAA
TTCAAGGACATGGAATATTCAAGCACTTCAGAATCTGGTTGATCCTGAGGATGTAGATAC
TATTCTAAGTATCCCGTTAAGCAGAACTCTATTGATGGATCGGGATGGCTGGCACTTTAC
AAACAATGGGAGATACACAGTTAAAACGGGTTACCAGATTGAAAGAGTGTACCCAGATAA
GGAACGAGTTTTACCACAACTAGGCCCATCAATCACACCTTTGAAAGCTTTTTGCTGGAA
GATAAAATGCCCACCTAAAATGAGACATTTTCTATGGCAAATGTTATCTGGATGTCTAGC
GGTAATGAAGAATCTCAATGCAAGAGGGATAAAAGGAGATACTATTTGCACAAGATGTGG
AAATCATGAAGAGACAATCAATCATGTATTTTTTGAATGTCCACCAGCCGTACAAGTATG
GGCACTCTCGAGGATCCCATCAAATCCACTGCACTTTCCGTGCAACTCATTATTTGCAAA
TATGGATTACCTATTATGGCGGGCTCCCCCAGAAATCGATGATCATCATTTTGCATGGAT
ATTATGGTATATTTGGAAGGCAAGGAATTGTAAAGTTTTTAGTAATTTGAATATTGATCC
ACAAGATACACTCAAGGTGGCCGAAACTGAATCCCGACTCTGGGCAGAAGCACAAGCTTC
TATTATTCAGTCGGCAGCCCCATCTCCTGTATTAGTAGCACCACAGGTCCCAACTAATAC
AGGTAGATGGTGTTTTTCAGATGGATCATGGAAAGACAAGGAAAAGTTCTCGGGTCAGGG
GTGGTACAGTATTCTGCCGGGTTTTGAGGGATTGATGGGAGCAAGAAATACAAGAGCGAG
TCTGTCTCCACTGCACGCAGAGATCGAAGCTCTCATTTGGTCAATAGAATGTATGAGGAA
TTTAAGGCAGTATAATGTTACTTTTGCAACGGGTTGCTCGCAATTGGTGAAGATGGTTTC
GGAACCAGATGAATGGCCAGCCTTTGCAACCTACTTAGAAGACATAAGAAGTTTGAGGAG
TAGTTTCAATACTACGGAGATCATTCATGTACCAAGGACGAATAACAAAAAGGCGGACAG
TCTAGCACGCAGTGCAAGAAAGCAACCGTCTCACGTCGTTCACATGGATGCGTATCCCCC
GGTTTGGTTAACAGAGTCAATATGAGTCTGTAATGTTGCTGAC


BQ
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AF RR1EM21TF U 1
AF RR1EM21JQ C 644
BS 1 736 RR1EM21TF
BS 737 737 RR1EM21JQ
BS 738 759 RR1EM21TF
BS 760 1303 RR1EM21JQ

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TATTCTAAGTATCCCGTTAAGCAGAACTCTATTGATGGATCGGGATGGCTGGCACTTTAC
AAACAATGGGAGATACACAGTTAAAACGGGTTACCAGATTGAAAGAGTGTACCCAGATAA
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GGTAATGAAGAATCTCAATGCAAGAGGGATAAAAGGAGATACTATTTGCACAAGATGTGG
AAATCATGAAGAGACAATCAATCATGTATTTTTTGAATGTCCACCAGCCGTACAAGTATG
GGCACTCTCGAGGATCCCATCAAATCCACTGCACTTTCCGTGCAACTCATTATTTGCAAA
TATGGATTACCTATTATGGCGGGCTCCCCCAGAAATCGATGATCATCATTTTGCATGGAT
ATTATGGTATATTTGGAAGGCAAGGAATTGTAAAGTTTTTAGTAATTTGAATATTGATCC
ACAAGATACACTCAAG*TGGCCGAAACTGAATCCCGACT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1EM21JQ 660 0 0
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AATTTGAATATTGATCCACAAGATACACTCAAGGTGGCCGAAACTGAATCCCGACTCTGG
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AAGTTCTCGGGTCAGGGGTGGTACAGTATTCTGCCGGGTTTTGAGGGATTGATGGGAGCA
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TTGGTGAAGATGGTTTCGGAACCAGATGAATGGCCAGCCTTTGCAACCTACTTAGAAGAC
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AACAAAAAGGCGGACAGTCTAGCACGCAGTGCAAGAAAGCAACCGTCTCACGTCGTTCAC
ATGGATGCGTATCCCCCGGTTTGGTTAACAGAGTCAATATGAGTCTGTAATGTTGCTGAC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL5139Contig1 799 2 2 U
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CTACTGGAACATGAGAGAAAACTACTTGAGAACAAGGTATCGGCTAGGAAAAAGTTGCTT
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GGAAATGGTAGCTTGGTAGAGGAGGACTCAACAACAGTATCAGATGCTCTGCGGTTGCTG
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GCAGATATCTTTGTTGAGAATGCCAAATTGAGAAAGCAGGTGAACTCTGCAATGCTTCGT
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ATATATGACGTTTTGGAGC


BQ
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AF RR1H992TF U 1
AF RR1H992JQ C 216
BS 1 715 RR1H992TF
BS 716 799 RR1H992JQ

RD RR1H992TF 715 0 0
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GCGAAATCAAAATCAGATATTAAAGTTCTTGTCAAAGAGGTCAAGTCTCTGAGGTGTTCT
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TCAATATCTGATGATCAAATTGAGGAGGCTCAGCTGCTCGCCGGGTTTGATGAAAACGTT
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GCAGATATCTTTGTTGAGAATGCCAAATTGAGAAAGCAGGTGAACTCTGCAATGCTTCGT
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CTTTGAGAACTGACATTTTTATTTTCTTTATCAACGGACTTGTCGTTTTCTATTA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1H992JQ 584 0 0
GGTATCGGCTAGGAAAAAGTTGCTTAGTGACTGCAGAATTCTCCACGACCGGCTTAAAGA
GTACAACTTGAATTTATCAACAGATGGAAATGGTAGCTTGGTAGAGGAGGACTCAACAAC
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GGAGGACGAGCTGAGGAAGATATTAGCAGATATCTTTGTTGAGAATGCCAAATTGAGAAA
GCAGGTGAACTCTGCAATGCTTCGTGCTCTCCAGAAAGACGTAGAGACCACCTCCACGGA
AGATGTGAATGAGGAGAGTAAGAAAGAGGATGCATCGACAGAAACGCTGAAAGTATAGGT
AGCTTTGACCTGAGAATAGAGTACACTTTGAGAACTGACATTTTTATTTTCTTTATCAAC
GGACTTGTCGTTTTCTATTACAAAAACGGTTGGTCTCTTGGAGAAGAAGTTGAAGCTGTG
TAATCAATACTCCCTCTATTCTGTTATATATGACGTTTTGGAGC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL5140Contig1 1192 2 8 U
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GAGAGAACAATGGCAATCAAGAACCTTCTTTTCCTTGTGGTTCTTCTTAGCGTTCTTGGA
GTTTCAGTTGCCCATCCAAAGGGTCTTTACATCAACTACTACAAACGCAGGTGTCCGGAC
GCAGAAGCCATTGTCCGACGTGTCACAGTTCAATATGTTTCTCACGAGCCAAGTCTTGCC
GCTGCACTTCTAAGGATGCACTTTCATGATTGTTTCGTCAGAGGATGTGATGGTTCCATT
CTTCTGAAATATCCATATAATGAGACGGAAAGATACGCTGCCCCCAACTTGTCAGTGAGA
GGCTACGAAGTGGTGGATGCTGCCAAGTCAGCGCTCGAGAGGAAGTGTCCTGGTGTTGTT
TCTTGCTCTGATGTTCTCTCTTTAGTCGCTAGAGACGCCGTCATAGTGAAACGGACCCTG
GTGGCCGGTTCCATTGGGCAGAAGGGATGGACGCATCTCAAGAAAATCTGAAGTTAATTT
ACCATCCCCACTCGCTGGAATAGCAGCACTGAAAAAGAACTTCTTTGACAAGGGTCTTAA
CACTAAAGACCTTGTTGTTCTCTCAGGAGCTCACACAATTGGAATCTCTCATTGCAGTGT
CATCCACCACGGTATATACAACTTCACCGGCAAAGGCGACTCTGACTCGTCGTTGAACCC
TGGATACGCTAGAGCATTGAAGAGAAGGTGCAACCCAGCTGATAACAGGACGATAGTGAT
GGACCCACGCAGTGTCAAGAAGTTTGATTCCCACTACTTCAACATGGTGGCTCAGAGGAA
AGGTTTGTTCAAATCTGACAGAACACTTCTTGATGACCCTGAGACCAAAAGTTACATTTA
CACACAAGTTGCAACTGCTGGATCTTCATTCAACAAAGATTTCGCTCACTCAATGGTTAA
ACTAGGGTTCGTCGGAATCCTTACCGGGAACAAGGGTGAGATCAGGAAGAGATGCGCTTT
CGTGAACTAATTAGCGATGTCCCTTTCGGATCGATTATAGTTTTAAAACGCTTTCTGCGT
ACTTTGTGGTTCAACGTTTTTCCCTCTCATCTTTATGCTTGCTCCAGTTCAGTATGCTCC
GTTTGTTATGTTCTTTTGACATTATTAGTAATGCAACTGTTTTCTATTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BJ02TF U 1
AF RR1BJ02JQ C 341
BS 1 745 RR1BJ02TF
BS 746 746 RR1BJ02JQ
BS 747 747 RR1BJ02TF
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BS 766 838 RR1BJ02TF
BS 839 1192 RR1BJ02JQ

RD RR1BJ02TF 838 0 0
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GAGAGAACAATGGCAATCAAGAACCTTCTTTTCCTTGTGGTTCTTCTTAGCGTTCTTGGA
GTTTCAGTTGCCCATCCAAAGGGTCTTTACATCAACTACTACAAACGCAGGTGTCCGGAC
GCAGAAGCCATTGTCCGACGTGTCACAGTTCAATATGTTTCTCACGAGCCAAGTCTTGCC
GCTGCACTTCTAAGGATGCACTTTCATGATTGTTTCGTCAGAGGATGTGATGGTTCCATT
CTTCTGAAATATCCATATAATGAGACGGAAAGATACGCTGCCCCCAACTTGTCAGTGAGA
GGCTACGAAGTGGTGGATGCTGCCAAGTCAGCGCTCGAGAGGAAGTGTCCTGGTGTTGTT
TCTTGCTCTGATGTTCTCTCTTTAGTCGCTAGAGACGCCGTCATAGTGAAACGGACCCTG
GTGGCCGGTTCCATTGGGCAGAAGGGATGGACGCATCTCAAGAAAATCTGAAGTTAATTT
ACCATCCCCACTCGCTGGAATAGCAGCACTGAAAAAGAACTTCTTTGACAAGGGTCTTAA
CACTAAAGACCTTGTTGTTCTCTCAGGAGCTCACACAATTGGAATCTCTCATTGCAGTGT
CATCCACCACGGTATATACAACTTCACCGGCAAAGGCGACTCTGACTCGTCGTTGAACCC
TGGATACGCTAGAGCATTGAAGAGATG*TGCAACCCAGCTGATA*CAGGACGATAGTGAT
GGACCCACGCAGTGTCAAGAAGTTTGATTCCCACTACTTCAACATGGTGGCTCAGAGG

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR1BJ02JQ 852 0 0
CCCCCAACTTGTCAGTGAGAGGCTACGAAGTGGTGGATGCTGCCAAGTCAGCGCTCGAGA
GGAAGTGTCCTGGTGTTGTTTCTTGCTCTGATGTTCTCTCTTTAGTCGCTAGAGACGCCG
TCATAGTGAAACGGACCCTGGTGGCCGGTTCCATTGGGCAGAAGGGATGGACGCATCTCA
AGAAAATCTGAAGTTAATTTACCATCCCCACTCGCTGGAATAGCAGCACTGAAAAAGAAC
TTCTTTGACAAGGGTCTTAACACTAAAGACCTTGTTGTTCTCTCAGGAGCTCACACAATT
GGAATCTCTCATTGCAGTGTCATCCACCACGGTATATACAACTTCACCGGCAAAGGCGAC
TCTGACTCGTCGTTGAACCCTGGATACGCTAGAGCATTGAAGAGAAGGTGCAACCCAGCT
GATAACAGGACGATAGTGATGGACCCACGCAGTGTCAAGAAGTTTGATTCCCACTACTTC
AACATGGTGGCTCAGAGGAAAGGTTTGTTCAAATCTGACAGAACACTTCTTGATGACCCT
GAGACCAAAAGTTACATTTACACACAAGTTGCAACTGCTGGATCTTCATTCAACAAAGAT
TTCGCTCACTCAATGGTTAAACTAGGGTTCGTCGGAATCCTTACCGGGAACAAGGGTGAG
ATCAGGAAGAGATGCGCTTTCGTGAACTAATTAGCGATGTCCCTTTCGGATCGATTATAG
TTTTAAAACGCTTTCTGCGTACTTTGTGGTTCAACGTTTTTCCCTCTCATCTTTATGCTT
GCTCCAGTTCAGTATGCTCCGTTTGTTATGTTCTTTTGACATTATTAGTAATGCAACTGT
TTTCTATTGTTC

QA 1 852 1 852
DS 



AS 1 2

CO CL5141Contig1 1377 2 2 U
GGAGGTTTCCTGCAGTTGATGAGAACGGTTGAGAGCGACGACGAAGATAGTGTTGGTGAA
GAAGATGAAATTTCCGAAGAGCTTGATCGAGGATCTTCACAAATGGGGACGCATGAAGCA
GACGGGCGTGAGCCTCAGGTACATGATGGAGTTCGGTTCCACCCCCACCGAGAGGAACCT
TTTGATCTCTGCGCAGTTTCTCCACAAGGAGCTTCCGATTCGCGTCGCGAGGCGGGCGCT
CGAACTCGAGACGCTGCCTTACGGTCTCTCCGACAAACCTGCCGTCTTGAAGGTAAGGGA
TTGGTATCTGGAATCATTCAGGGACATGAGAGCGTTTCCCGAGATCAAAGACACTGCTGA
CGAGAAAGACTTCACTCAGATGATAAAGGCCGTCAAAGTAAGGCACAACAACGTGGTTCC
TACGATGGCTCTCGGTGTTAACCAGCTCAAGAAAGGTGTCCATTTCTACGAGAATCTTGA
TGAGATTCATCAGTTTCTTGATCGCTTCTACTTGTCCCGTATAGGCGTCCGTAATCTTAT
TGGGCAGCATGTTGAGTTGCGTAATCCAAACCCGCCACGTCATTGTGTGGGTTACATACA
CACCAAGATGTCTCCTGTGGAGGTAGCAAGGAACGCGACTGAAGATGCCCGGTCTATTTG
TTACCGAGAGTATGGTTCTGCTCCGGAGATCAACATATATGGTGATCCAAGTTTCACCTT
TCCGTATGTTCCAACCCATTTGCATCTTATGGTGTATGAGCTAGTCAAGAACTCTCTACG
TGCTGTCCAAGAGCGATATGTTGATTCCGATAGAGTTGCACCACCAGTACGCATTATAGT
TGCTGATGGTATCGAAGATGTCACAATAAAGGTCTCAGATGAAGGTGGAGGTATACCTAG
AAGTGGTCTCCCCAAAATATTCACATATCTTTACAGCACGGCAACAAACCCGCTTGAAGA
GGAATTGCAGTTTGGAACAGCTGATGTCCCCGTGATTATGGCTGGTTATGGCTATGGTCT
GCCAATTAGTCGTTTGTATGCTCGTTATTTCGGTGGAGATTTGCAGATCATATCCATGGA
GGGATACGGGACTGATGCTTACTTGCACTTGTCGCGCCTTGGTGATTCGCAAGAGCCTTT
GCCCTGAGAAAATCTTCCAGCTCAGGATAGTGAATAAAGCTTTGACATTCTAACGGTACA
AGCGGGATTTACTTTGTTCACTATAAGTTTTTTTTTCAGTTTATTCGATGTACATACATT
ATTACTCTCATTTATGCTTCCTCTTGATTCGAAACTCAGATATAGAGGTTATTCCAAGTG
AGTTAAATCTCCTCTGACTTGTGATTTTATTTTATTCAAAACATTTTGTAAGCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GV34TF U 1
AF RR1GV34JQ C 656
BS 1 755 RR1GV34TF
BS 756 1377 RR1GV34JQ

RD RR1GV34TF 755 0 0
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GAAGATGAAATTTCCGAAGAGCTTGATCGAGGATCTTCACAAATGGGGACGCATGAAGCA
GACGGGCGTGAGCCTCAGGTACATGATGGAGTTCGGTTCCACCCCCACCGAGAGGAACCT
TTTGATCTCTGCGCAGTTTCTCCACAAGGAGCTTCCGATTCGCGTCGCGAGGCGGGCGCT
CGAACTCGAGACGCTGCCTTACGGTCTCTCCGACAAACCTGCCGTCTTGAAGGTAAGGGA
TTGGTATCTGGAATCATTCAGGGACATGAGAGCGTTTCCCGAGATCAAAGACACTGCTGA
CGAGAAAGACTTCACTCAGATGATAAAGGCCGTCAAAGTAAGGCACAACAACGTGGTTCC
TACGATGGCTCTCGGTGTTAACCAGCTCAAGAAAGGTGTCCATTTCTACGAGAATCTTGA
TGAGATTCATCAGTTTCTTGATCGCTTCTACTTGTCCCGTATAGGCGTCCGTAATCTTAT
TGGGCAGCATGTTGAGTTGCGTAATCCAAACCCGCCACGTCATTGTGTGGGTTACATACA
CACCAAGATGTCTCCTGTGGAGGTAGCAAGGAACGCGACTGAAGATGCCCGGTCTATTTG
TTACCGAGAGTATGGTTCTGCTCCGGAGATCAACATATATGGTGATCCAAGTTTCACCTT
TCCGTATGTTCCAACCCATTTGCATCTTATGGTGT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1GV34JQ 722 0 0
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ACCTTTCCGTATGTTCCAACCCATTTGCATCTTATGGTGTATGAGCTAGTCAAGAACTCT
CTACGTGCTGTCCAAGAGCGATATGTTGATTCCGATAGAGTTGCACCACCAGTACGCATT
ATAGTTGCTGATGGTATCGAAGATGTCACAATAAAGGTCTCAGATGAAGGTGGAGGTATA
CCTAGAAGTGGTCTCCCCAAAATATTCACATATCTTTACAGCACGGCAACAAACCCGCTT
GAAGAGGAATTGCAGTTTGGAACAGCTGATGTCCCCGTGATTATGGCTGGTTATGGCTAT
GGTCTGCCAATTAGTCGTTTGTATGCTCGTTATTTCGGTGGAGATTTGCAGATCATATCC
ATGGAGGGATACGGGACTGATGCTTACTTGCACTTGTCGCGCCTTGGTGATTCGCAAGAG
CCTTTGCCCTGAGAAAATCTTCCAGCTCAGGATAGTGAATAAAGCTTTGACATTCTAACG
GTACAAGCGGGATTTACTTTGTTCACTATAAGTTTTTTTTTCAGTTTATTCGATGTACAT
ACATTATTACTCTCATTTATGCTTCCTCTTGATTCGAAACTCAGATATAGAGGTTATTCC
AAGTGAGTTAAATCTCCTCTGACTTGTGATTTTATTTTATTCAAAACATTTTGTAAGCAA
AA

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL5142Contig1 765 2 3 U
TTACAATCCACGAAAACATAGAGACCTATTATATTAGTTACCGATGATTAATATAAGTTT
TACACAAATACAGTAAGACAAGGAGCTTTCTTCTCCATTTATTCTCGATGTCCGCTTCTG
CGCACAAAACAAAACCAAATATGTCCCCCTCTGGTACTTGTGTAGTGTACAAAATGTACT
TCACTTCTGAATAGCTCAGTGTTCTGGCCAACAGGCTACAATTGACCTGTAACTGATTTC
AATATCTGCTGCAGTCGGGTGTCTTTTGATTTCTCTTCTTCAAGTTCTTCTGTCAACTCT
TTCATCCTAGCCCGAAGTTCAAAAATCTTGGTAAGTAGTAGCCTTTCCCTCTCGGAAGAT
GTGGGCTCATTAACGGCTCCGTTGCTGTCAAATCCTCGAGGCAAAGGTGGCAACTTTCCA
TTTTGTGAACCATCTGTTGCCTCGCCAGCTTGTAAGCTATTCAGTAAATTAATTAAAAGA
TCCTGTTGTATTAAATTCTGCTGTAATAAATTTTGAAGTTGAGGCATGATGAATGAGGGA
GACACAGGATGACTACTTAACTCCTTGATGGGCTGACCCGTTGGCATTTTAGATTCGAGT
ATCCAGTTACCAACACTGGCAGATTTTCTGAGAGGGGATGCCCTTGCAAGATCTAAGTTC
TCTGATGTTACTTGAAATCTTCCTTTGATTTGAACCACACTAGTCTTAGACTTGTCATCC
ATAGAATCACGGAAGCCTCCAGAAGATTTGATAGGAGCTGAAAAA


BQ
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AF RR1FE25JQ U 3
AF RR1FE25TF C 1
BS 1 2 RR1FE25TF
BS 3 548 RR1FE25JQ
BS 549 765 RR1FE25TF

RD RR1FE25JQ 546 0 0
ACAATCCACGAAAACATAGAGACCTATTATATTAGTTACCGATGATTAATATAAGTTTTA
CACAAATACAGTAAGACAAGGAGCTTTCTTCTCCATTTATTCTCGATGTCCGCTTCTGCG
CACAAAACAAAACCAAATATGTCCCCCTCTGGTACTTGTGTAGTGTACAAAATGTACTTC
ACTTCTGAATAGCTCAGTGTTCTGGCCAACAGGCTACAATTGACCTGTAACTGATTTCAA
TATCTGCTGCAGTCGGGTGTCTTTTGATTTCTCTTCTTCAAGTTCTTCTGTCAACTCTTT
CATCCTAGCCCGAAGTTCAAAAATCTTGGTAAGTAGTAGCCTTTCCCTCTCGGAAGATGT
GGGCTCATTAACGGCTCCGTTGCTGTCAAATCCTCGAGGCAAAGGTGGCAACTTTCCATT
TTGTGAACCATCTGTTGCCTCGCCAGCTTGTAAGCTATTCAGTAAATTAATTAAAAGATC
CTGTTGTATTAAATTCTGCTGTAATAAATTTTGAAGTTGAGGCATGATGAATGAGGGAGA
CACAGG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1FE25TF 765 0 0
TTACAATCCACGAAAACATAGAGACCTATTATATTAGTTACCGATGATTAATATAAGTTT
TACACAAATACAGTAAGACAAGGAGCTTTCTTCTCCATTTATTCTCGATGTCCGCTTCTG
CGCACAAAACAGAACCAAATATGTCCTCCTCTGGTACTTGTGTAGTGTACAAAATGTACT
TCACTTCTGAGTAGCTCAGTGTTCTGGCCAACAGGCTACAATTGACCTGTAACTGATTTC
AATATCTGCTGCAGTCGGGTGTCTTTTGATTTCTCTTCTTCAAGTTCTTCTGTCAACTCT
TTCATCCTAGCCCGAAGTTCAGAGATCTTGGTAAGTAGTAGCCTTTCCCTCTCGGAAGAT
GTGGGCTCATTAACGGCTCCGTTGCTGTCAGATCCTCGAGGCAAAGGTGGCAACTTTCCA
TTTTGTGAACCATCTGTTGCCTCGCCAGCTTGTAAGCTATTCAGTAGATTAATTAAAAGA
TCCTGTTGTATTAAATTCTGCTGTAATAGATTTTGAAGTTGAGGCATGATGAATGAGGGA
GACACAGGATGACTACTTAACTCCTTGATGGGCTGACCCGTTGGCATTTTAGATTCGAGT
ATCCAGTTACCAACACTGGCAGATTTTCTGAGAGGGGATGCCCTTGCAAGATCTAAGTTC
TCTGATGTTACTTGAAATCTTCCTTTGATTTGAACCACACTAGTCTTAGACTTGTCATCC
ATAGAATCACGGAAGCCTCCAGAAGATTTGATAGGAGCTGAAAAA

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL5143Contig1 654 2 2 U
GGTCTTGTTGCTGCTATAAGAAACATTACCACCCTTCACTTGTCTCCTGATTCCCTTGAG
GTGTTCCATTTCTGCTGTAAATCCATGCCTATGTTCAACAACCTTCTAAATTTGTCTATT
GAGAGTAACAAGCAAAATGGCTGGCAAGTAACGCCACTTCTGCTCAAGTCTTGTCCAATT
CTACAAACTTTACCCTTCAAGGGTCTTGTTCACAAAGTAACAAATAGATGCGGAGATGCA
TGCGTTTGCAGTCCAAGTCAGGAAGAGAGGAGGAGGATGGTTGTGAAAAAGAAGAAAGAA
GAATGTTGTCTACAGACATGTGGGGTGAAGGTGCTAGAGATTTCAGACTATGGAGGTTGT
TTTCAAGAGGTGGAACAGATGAGACATTTCTTGGGAAATTTGAAATGTCACGAAACCGTA
AAAGTTGGTGTTGATCCGGACAACAAAGGCAAGAATGCTGACTTCCTGCGAGCTAACCTA
ATGAATCTTCCCAAACTTTCATCAAAGTGCACTATTCAACTCCTCTAAGCTCCTTTTTTT
TTCATCTATCTTGTGTTATGTAATGACATATTATTGTCATCAGTTTAAACATCCCTCTTT
CATATTAGTTACAATATTTATCTCTGGAAATACATAAGATTTATTTTGTTGCAA


BQ
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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AGCAATTCTTGTGCGTTCTTAATTCATTTAAGAGCGAAAGTGGATGTTTATTTGGTAGAA
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CCTTCAAGCCTTGCATTCCTCTCTATGCAACGTCGCTCAATGTCTTTTAGATATGAGCAA
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C


BQ
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10 

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CTGCTTGTGTATATGTCTACATATATGTGCGTGTTTGTGTCTATGTACATTCATGTGTTA
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QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1ES87TF C 1
AF RR1ES87JQ U 8
BS 1 7 RR1ES87TF
BS 8 316 RR1ES87JQ

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AAGTGATTCCTCTCACAACTTATTAAACATATACTAAATATTACACAATTCATAACACAA
CCCGTTTACAATACTAAACTAAGCCGAAGAGTTATTATTGGTCGTTTTCTTGGAAGAAGA
GGAAGAAGAAGAATGGCTCTGTTTCTGTGAAGAATTATGGCTTGATGAAGATGACGACTC
AGTGAAGAAGACAACAGATCCATCGTTTTCAACTAAAGCCTGGATCGATCTCGGAAACGG
CGGCGTATTCACTTCC

QA 1 316 1 316
DS 

RD RR1ES87JQ 309 0 0
GAAAGTTTACATAAATCTGTAACAAATAAATAATTATACAATGAAGGAAAATTAAGTGAT
TCCTCTCACAACTTATTAAACATATACTAAATATTACACAATTCATAACACAACCCGTTT
ACAATACTAAACTAAGCCGAAGAGTTATTATTGGTCGTTTTCTTGGAAGAAGAGGAAGAA
GAAGAATGGCTCTGTTTCTGTGAAGAATTATGGCTTGATGAAGATGACGACTCAGTGAAG
AAGACAACAGATCCATCGTTTTCAACTAAAGCCTGGATCGATCTCGGAAACGGCGGCGTA
TTCACTTCC

QA 1 309 1 309
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5148Contig1 1294 2 4 U
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CGTCACCGTAACCGCGAAGCTTGACTGATTAGCTTTGCCGTAGGGTTGATCTTCTGCTTC
CTTTTCGTTTCTCTTCACAAAGGTACTCTGAATAACACACAGATGTCAAATCCATCGAAA
GAGCCAAGAGAAGATACCTCAGACTCTGTTCCTCACATGAGGGAAGATAACGAATACGTC
CGCCTCGTTGTTGGCACCACTCATGAGCCTTCTTCTTCTCCACCTGAAACTGTGTTATCA
GTATCTCAATCAGAGATACGGACGAGGAACTTGATTTGGTGGTTCAAAGCCTTGGGGATA
TGTGCACTAACTCTCTTGCTCACTCTTGTTTTCGCCAAGTGGGGAGTTCCCTTTGTGTTC
CAAAAGGTTTTGATTCCGATTTTACAATGGGAAGCGACTGCTTTTGGCCGTCCAACGCTC
GCCATCGTCCTTGTTGTTTCCTTGGCTCTGTTCCCTGTCTTCTTGATCCCTTCTGGTCCC
TCCATGTGGTTGGCTGGCATGATTTTCGGTTATGGTCTCGGTTTTGTTATTATCATGGTT
GGTACCACCGTTGGTATGGTTCTTCCTTACTTAATCGGCCTAATGTTTCGTGATCGCCTC
CACCAATGGTTGAAAAGGTGGCCTCGTCAAGCTGCGGTTCTTAGACTAGCTGCAGAAGGA
AGCTGGTTCCATCCGTTCAGAGTCGTTGCGATCTTTCGGGTTTCTCCATTTCCTTACACC
ATTTTCAACTACGCCATCGTTGTGACAAGCATGAGGTTCTGGCCTTACTTGTTCGGTTCC
ATAGCAGGAATGATACCTGAAGCTTTCATCTACATTTACAGCGGTCGATTGATCAGAACA
TTCGCGGATGTGCAATACGGACATCAGCGTTTGACAACAGTAGAGATAGTGTACAACGTA
ATCTCCTTGATCATTGCGGTTGTGACGACTGTAGCTTTCACTGTGTACGCTAAAAGAGCT
TTAAGAGAGCTCCAAAACGCAGAGGCTAACGAAGATGAAGAAGTCCAGGTTAGAAAACAA
GGGAGATTCGAGATGAAGAGCGTTGAAGATAATCATAGGCGTTTGGGTTCTTCTCATGCA
TAAAATCTAGATTTGTATAAAGGTTAAGGTTGGTTTGGTTATTCAGCAGGACAGGAGTAA
GCGAGTAAATAACAAGAAAAAGAAAGGGAATTAATATCCGAATATGCAGTCTGATGTAGT
AAAAACAGGGAGACTAATCAAAGGTTGGATTTTT


BQ
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AF RR1ER69TF U 1
AF RR1E865JQ C 644
BS 1 662 RR1ER69TF
BS 663 663 RR1E865JQ
BS 664 718 RR1ER69TF
BS 719 1294 RR1E865JQ

RD RR1ER69TF 718 0 0
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CGTCACCGTAACCGCGAAGCTTGACTGATTAGCTTTGCCGTAGGGTTGATCTTCTGCTTC
CTTTTCGTTTCTCTTCACAAAGGTACTCTGAATAACACACAGATGTCAAATCCATCGAAA
GAGCCAAGAGAAGATACCTCAGACTCTGTTCCTCACATGAGGGAAGATAACGAATACGTC
CGCCTCGTTGTTGGCACCACTCATGAGCCTTCTTCTTCTCCACCTGAAACTGTGTTATCA
GTATCTCAATCAGAGATACGGACGAGGAACTTGATTTGGTGGTTCAAAGCCTTGGGGATA
TGTGCACTAACTCTCTTGCTCACTCTTGTTTTCGCCAAGTGGGGAGTTCCCTTTGTGTTC
CAAAAGGTTTTGATTCCGATTTTACAATGGGAAGCGACTGCTTTTGGCCGTCCAACGCTC
GCCATCGTCCTTGTTGTTTCCTTGGCTCTGTTCCCTGTCTTCTTGATCCCTTCTGGTCCC
TCCATGTGGTTGGCTGGCATGATTTTCGGTTATGGTCTCGGTTTTGTTATTATCATGGTT
GGTACCACCGTTGGTATGGTTCTTCCTTACTTAATCGGCCTAATGTTTCGTGATCGCCTC
CATCAATGGTTGAAAAGGTGGCCTCGTCAAGCTGCGGTTCTTAGACTAGCTGCAGAAG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1E865JQ 651 0 0
TGTTTCGTGATCGCCTCCACCAATGGTTGAAAAGGTGGCCTCGTCAAGCTGCGGTTCTTA
GACTAGCTGCAGAAGGAAGCTGGTTCCATCCGTTCAGAGTCGTTGCGATCTTTCGGGTTT
CTCCATTTCCTTACACCATTTTCAACTACGCCATCGTTGTGACAAGCATGAGGTTCTGGC
CTTACTTGTTCGGTTCCATAGCAGGAATGATACCTGAAGCTTTCATCTACATTTACAGCG
GTCGATTGATCAGAACATTCGCGGATGTGCAATACGGACATCAGCGTTTGACAACAGTAG
AGATAGTGTACAACGTAATCTCCTTGATCATTGCGGTTGTGACGACTGTAGCTTTCACTG
TGTACGCTAAAAGAGCTTTAAGAGAGCTCCAAAACGCAGAGGCTAACGAAGATGAAGAAG
TCCAGGTTAGAAAACAAGGGAGATTCGAGATGAAGAGCGTTGAAGATAATCATAGGCGTT
TGGGTTCTTCTCATGCATAAAATCTAGATTTGTATAAAGGTTAAGGTTGGTTTGGTTATT
CAGCAGGACAGGAGTAAGCGAGTAAATAACAAGAAAAAGAAAGGGAATTAATATCCGAAT
ATGCAGTCTGATGTAGTAAAAACAGGGAGACTAATCAAAGGTTGGATTTTT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL5149Contig1 1464 2 2 U
GGGGTGACGCAACCAAAGAAAAGAAAATCTCTCTCTCTCGAACGCATCCTCGGAAGAATT
TCGCTTCCGACGACGTTTCGCTCACCTGATTGATCTCCGGGCATAATCCTCTTTTCGATT
CGAATCCGTGGAAAAAGCGAATCTCGTCCCCCTGGGAGATGGCGGGGATCCTGAATAAAT
TGAGGAATCTGGATGCATATCCAAAGATCAACGAGGACTTTTACAGCCGTACGTTATCCG
GCGGCGTTATCACCCTCGTCTCCTCCGTTGTCATGTTCCTTCTCTTCTTCTCCGAGCTAA
GATTATATCTTCATAGCGTTACCGAGACGAAGCTCGTTGTGGATACTTCTAGAGGAGAGA
CGTTACGCATCAATTTTGATATGACTTTTCCTGCTCTAGCGTGTTCCATTCTAAGTGTTG
ATGCTATGGATATTAGTGGAGAGCTCCATCTTGACGTGAAACATGATATCGTTAAGAGAA
GACTAGATTCTCATGGGAACACTATAGAAGCAAGACAGGACAGCATAGGCGCTACTAAGA
TTGAGAAGCCACTGCAGAAACATGGTGGTCGGCTGGAACATAATGAGACTTACTGTGGTT
CTTGTTATGGTGCTGAAGCCGAAGAGCATGACTGCTGCAATTCATGTGAGGATGTTCGTG
AAGCATATAGAAAAAAAGGGTGGGGTGTTACAATCCAGATTTGATTGATCAGTGTAAGCG
AGAAGGTTTCTTACAAAGAGTAAAGGATGAAGAAGGTGAAGGGTGTAATATCTATGGGTT
CTTGGAGGTGAATAAAGTGGCGGGAAACTTCCACTTTGCTCCCGGGAAAAGCTTTCATCA
GGCGGGCGTTCACGTCCATGATCTTCTTGCTTTTCAGAAAGACAGTTTTAACATAAGTCA
CAAGATCAATCGACTGACTTTTGGGGACTACTTTCCTGGCGTCGTGAACCCTCTGGACAA
AGTCCAGTGGAGTCAAGACACACCCAATGCTATGTACCAATATTTTATCAAGGTTGTACC
AACAGTATACACAGATATCAGTGGACACACAATTCAGTCAAATCAGTTTTCAGTGACCGA
ACATGTTAAGAGCTCAGAAGCAGGCCAACTGCAATCCTTACCAGGAGTTTTTTTTTTCTG
TGATCTCTCTCCAATCAAGGCAACATTCACAGAGGAACATATATCGTTCTTGCACTTCTT
GACGAATGTTTGTGCCATAGTCGGAGGTGTTTTCACGGTGTTTGGGATAATAGATGCGTT
TATATATCATGGTCAAAAAGCAATCAAGAAGAAGATGGAAATTGGTAAATTTAGCTGATC
TTTTTAATCATGTGGTTTCACTTTTTTTTTTTTCAAATGGGGTTGGTCTCTCTTAAATGA
AAGTTGGTAAATTGGTACATTTTATATCATGTTCGTTTTGCGACGTAAATCTATTCATTC
GAGGCTTAATGAAAGTTGAACTTG


BQ
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AF RR1AH26TF U 1
AF RR1AH26JQ C 676
BS 1 755 RR1AH26TF
BS 756 1464 RR1AH26JQ

RD RR1AH26TF 758 0 0
GGGGTGACGCAACCAAAGAAAAGAAAATCTCTCTCTCTCGAACGCATCCTCGGAAGAATT
TCGCTTCCGACGACGTTTCGCTCACCTGATTGATCTCCGGGCATAATCCTCTTTTCGATT
CGAATCCGTGGAAAAAGCGAATCTCGTCCCCCTGGGAGATGGCGGGGATCCTGAATAAAT
TGAGGAATCTGGATGCATATCCAAAGATCAACGAGGACTTTTACAGCCGTACGTTATCCG
GCGGCGTTATCACCCTCGTCTCCTCCGTTGTCATGTTCCTTCTCTTCTTCTCCGAGCTAA
GATTATATCTTCATAGCGTTACCGAGACGAAGCTCGTTGTGGATACTTCTAGAGGAGAGA
CGTTACGCATCAATTTTGATATGACTTTTCCTGCTCTAGCGTGTTCCATTCTAAGTGTTG
ATGCTATGGATATTAGTGGAGAGCTCCATCTTGACGTGAAACATGATATCGTTAAGAGAA
GACTAGATTCTCATGGGAACACTATAGAAGCAAGACAGGACAGCATAGGCGCTACTAAGA
TTGAGAAGCCACTGCAGAAACATGGTGGTCGGCTGGAACATAATGAGACTTACTGTGGTT
CTTGTTATGGTGCTGAAGCCGAAGAGCATGACTGCTGCAATTCATGTGAGGATGTTCGTG
AAGCATATAGAAAAAAAGGGTGGGGTGTTACAATCCAGATTTGATTGATCAGTGTAAGCG
AGAAGGTTTCTTACAAAGAGTAAAGGATGAAGAAG
TGA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1AH26JQ 789 0 0
AAGGGTGGGGTGTTACAATCCAGATTTGATTGATCAGTGTAAGCGAGAAGGTTTCTTACA
AAGAGTAAAGGATGAAGAAGGTGAAGGGTGTAATATCTATGGGTTCTTGGAGGTGAATAA
AGTGGCGGGAAACTTCCACTTTGCTCCCGGGAAAAGCTTTCATCAGGCGGGCGTTCACGT
CCATGATCTTCTTGCTTTTCAGAAAGACAGTTTTAACATAAGTCACAAGATCAATCGACT
GACTTTTGGGGACTACTTTCCTGGCGTCGTGAACCCTCTGGACAAAGTCCAGTGGAGTCA
AGACACACCCAATGCTATGTACCAATATTTTATCAAGGTTGTACCAACAGTATACACAGA
TATCAGTGGACACACAATTCAGTCAAATCAGTTTTCAGTGACCGAACATGTTAAGAGCTC
AGAAGCAGGCCAACTGCAATCCTTACCAGGAGTTTTTTTTTTCTGTGATCTCTCTCCAAT
CAAGGCAACATTCACAGAGGAACATATATCGTTCTTGCACTTCTTGACGAATGTTTGTGC
CATAGTCGGAGGTGTTTTCACGGTGTTTGGGATAATAGATGCGTTTATATATCATGGTCA
AAAAGCAATCAAGAAGAAGATGGAAATTGGTAAATTTAGCTGATCTTTTTAATCATGTGG
TTTCACTTTTTTTTTTTTCAAATGGGGTTGGTCTCTCTTAAATGAAAGTTGGTAAATTGG
TACATTTTATATCATGTTCGTTTTGCGACGTAAATCTATTCATTCGAGGCTTAATGAAAG
TTGAACTTG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL5150Contig1 1051 2 2 U
GGACCAATAGGTTCAGGGAAAAGATCTTTCTTTTACTACCCAATCTTATTTATTTTCGCC
GCCATGAGTTCTGTTACCGCGATCGTGGATGAGCAGCAAGTGGTCGAAGCTATTCAGGAT
TTGACTCTTAAAGATCAGGGTGAAACGAAGATCCAGGAAGAGATCCACGAGCTCAATTTC
GGAAACCATGGCGGCTGTTGTGCGATATGCTTGAGTGAAATTCCTCTTCAAGAGACTGCT
ATGGTCAAAGGCTGTGAGCATACTTACTGTGTGACATGCATACTTCGTTGGGCCAGTTGC
AAAGAGAGTCCTACATGCCCGCAATGTAAGCATCCATTTGATTTCCTCAGTGTCCACCGG
ACTCTTGATGGCAGCATTGAAGATTTTTTGTTTGAGGAGAGTGTGTGCCTTCTCCTGAGA
GCCTCCTGGTTTATACCGTTGGATGTGATGGTGGAACAGGCGTCACACAGCTATGGCTAT
CATGATGATTTCGACACTCCCTGTGACTACGAGGATGAAGATGATGACCTTGACGAGTTT
TATCTGCACGGGTCAGGTCTTCGCATAGGAAACCGGAGATGGGGTGACAATGGTTTTGTC
AGATCCGGGCGTCAAGAAGCCAGGCCAGTCAAGAAACACAGTTGTTCTGGTTCTAGTTCC
AGTTCCAGTTCGGGCTCATCTTCATGTGAGGCTAAGGATAAGCAGGTGAAGATTACAAAC
ACAACGGGAAGACGTGCAAAGAGGGCGATGAAGCGGGAAGCTGCTAACAAAGCAGCTGAA
GTAGCTTCAGCAGCAAAGCACGAAGCCCATTTGGTTAGGTTGGGAAGGAAGTGAGGTGTG
GATGCTCCTCTCTGTAAGTAAAACCGCGCTATTAAAAAGCTACCGCCCACTTCCATTCCT
TAGTTTTATCATCTGTACAGCAACTACTTTTTAATGTTGTGGTAAAATCCCAATCACCAC
TGTATGGAGAAACAACCACAAGTTGTGACCTTTGTTATCTCATACAATTAGTTCTTCAAC
AACATCTAATATCATTTTACTCTGTTCACTG


BQ
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AF RR1GN25TF U 1
AF RR1GN25JQ C 293
BS 1 552 RR1GN25TF
BS 553 1051 RR1GN25JQ

RD RR1GN25TF 552 0 0
GGACCAATAGGTTCAGGGAAAAGATCTTTCTTTTACTACCCAATCTTATTTATTTTCGCC
GCCATGAGTTCTGTTACCGCGATCGTGGATGAGCAGCAAGTGGTCGAAGCTATTCAGGAT
TTGACTCTTAAAGATCAGGGTGAAACGAAGATCCAGGAAGAGATCCACGAGCTCAATTTC
GGAAACCATGGCGGCTGTTGTGCGATATGCTTGAGTGAAATTCCTCTTCAAGAGACTGCT
ATGGTCAAAGGCTGTGAGCATACTTACTGTGTGACATGCATACTTCGTTGGGCCAGTTGC
AAAGAGAGTCCTACATGCCCGCAATGTAAGCATCCATTTGATTTCCTCAGTGTCCACCGG
ACTCTTGATGGCAGCATTGAAGATTTTTTGTTTGAGGAGAGTGTGTGCCTTCTCCTGAGA
GCCTCCTGGTTTATACCGTTGGATGTGATGGTGGAACAGGCGTCACACAGCTATGGCTAT
CATGATGATTTCGACACTCCCTGTGACTACGAGGATGAAGATGATGACCTTGACGAGTTT
TATCTGCACGGG

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1GN25JQ 759 0 0
CCAGTTGCAAAGAGAGTCCTACATGCCCGCAATGTAAGCATCCATTTGATTTCCTCAGTG
TCCACCGGACTCTTGATGGCAGCATTGAAGATTTTTTGTTTGAGGAGAGTGTGTGCCTTC
TCCTGAGAGCCTCCTGGTTTATACCGTTGGATGTGATGGTGGAACAGGCGTCACACAGCT
ATGGCTATCATGATGATTTCGACACTCCCTGTGACTACGAGGATGAAGATGATGACCTTG
ACGAGTTTTATCTGCACGGGTCAGGTCTTCGCATAGGAAACCGGAGATGGGGTGACAATG
GTTTTGTCAGATCCGGGCGTCAAGAAGCCAGGCCAGTCAAGAAACACAGTTGTTCTGGTT
CTAGTTCCAGTTCCAGTTCGGGCTCATCTTCATGTGAGGCTAAGGATAAGCAGGTGAAGA
TTACAAACACAACGGGAAGACGTGCAAAGAGGGCGATGAAGCGGGAAGCTGCTAACAAAG
CAGCTGAAGTAGCTTCAGCAGCAAAGCACGAAGCCCATTTGGTTAGGTTGGGAAGGAAGT
GAGGTGTGGATGCTCCTCTCTGTAAGTAAAACCGCGCTATTAAAAAGCTACCGCCCACTT
CCATTCCTTAGTTTTATCATCTGTACAGCAACTACTTTTTAATGTTGTGGTAAAATCCCA
ATCACCACTGTATGGAGAAACAACCACAAGTTGTGACCTTTGTTATCTCATACAATTAGT
TCTTCAACAACATCTAATATCATTTTACTCTGTTCACTG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5152Contig1 1088 2 2 U
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CTCGTACCCCAATCTATAAAGCCTTTGTTAAAGGAGAGAACATAGGAGACGTCACTGCTA
AGGGAGAGTGTGTTGGTAATATTGCAGATCTGATGGGAACTGGGTTTAGTATATTGATAT
CCAAAAGAAATCCTTCGTTGGTTACAACCTTTGGTCTTCTATCATGTGGCTATCTCATGA
GCTCATACCAAGAGGTTAGATCGGTGGTACTACATACACTAAACCGTGCAAGATTTACAG
TAGCAGTGGAGTCCTTTATCAAGACGGGGCGGGTTCCCTCACTACAGCAAGGTAATATCC
AAGAAAAGATATTTACTTTCCCATGGGTGGAGGATCGACCGGTGATGCTTGGAGCCAGAT
TTAAGGATGCATTCCAAGACCCCTGCACATATCTGGCAGTAAAGCCTTTTTTCGATAAAG
AAAGATACATGGTGACTTACAGCCCTACCAAGGGCAAAGTCTATGCACTGCTCAAGGACA
AGGCTAGCTCAGATGACATTCTCAAAGCGGCATTTCATGCACATGTGCTTCTTCATTTTC
TGAACCAATCAAAAGGTGGCACCACCTCAAAATCGGTGGAGCGACTAGATCCTTCTTTTG
CTCCAATGGAATATGAGCTGGAGTCTCGAATTGCTGAGTCGTGTGAAATGGTGTCTACCT
CATATGGAATCTTCAAAAACAGTGCTGCGGAACAGGGATGGAGAATGTCAGAATCTCTGC
TTAATCCAGGCCGGGCTAGGTTATGTCATATAAGCGAGGAAGAGGAGTAAACAAACGCAT
CGTGAAGCCTGTGTTTGTCTTCGATAATAGTTTCACGACCCACTCTAAATTTTGTTTTGT
AAACGGATTTTGGTTGATACGCTTTTGATTAACCATGCTGTAAAAAAAGATAGAAAATAT
GTAGCTTCTTGTCTCTGGTGTAATGTAAGAGATGAACCTTCTTTATGTACCACTTTCTCA
CATCACACATTCTTCATAAACATTGAGAGCCTACACTTGACATAATATATTGGTTTGTAG
ATTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG36TF U 1
AF RR1FG36JQ C 381
BS 1 687 RR1FG36TF
BS 688 1088 RR1FG36JQ

RD RR1FG36TF 687 0 0
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AGGGAGAGTGTGTTGGTAATATTGCAGATCTGATGGGAACTGGGTTTAGTATATTGATAT
CCAAAAGAAATCCTTCGTTGGTTACAACCTTTGGTCTTCTATCATGTGGCTATCTCATGA
GCTCATACCAAGAGGTTAGATCGGTGGTACTACATACACTAAACCGTGCAAGATTTACAG
TAGCAGTGGAGTCCTTTATCAAGACGGGGCGGGTTCCCTCACTACAGCAAGGTAATATCC
AAGAAAAGATATTTACTTTCCCATGGGTGGAGGATCGACCGGTGATGCTTGGAGCCAGAT
TTAAGGATGCATTCCAAGACCCCTGCACATATCTGGCAGTAAAGCCTTTTTTCGATAAAG
AAAGATACATGGTGACTTACAGCCCTACCAAGGGCAAAGTCTATGCACTGCTCAAGGACA
AGGCTAGCTCAGATGACATTCTCAAAGCGGCATTTCATGCACATGTGCTTCTTCATTTTC
TGAACCAATCAAAAGGTGGCACCACCTCAAAATCGGTGGAGCGACTAGATCCTTCTTTTG
CTCCAATGGAATATGAGCTGGAGTCTC

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1FG36JQ 708 0 0
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CCCTGCACATATCTGGCAGTAAAGCCTTTTTTCGATAAAGAAAGATACATGGTGACTTAC
AGCCCTACCAAGGGCAAAGTCTATGCACTGCTCAAGGACAAGGCTAGCTCAGATGACATT
CTCAAAGCGGCATTTCATGCACATGTGCTTCTTCATTTTCTGAACCAATCAAAAGGTGGC
ACCACCTCAAAATCGGTGGAGCGACTAGATCCTTCTTTTGCTCCAATGGAATATGAGCTG
GAGTCTCGAATTGCTGAGTCGTGTGAAATGGTGTCTACCTCATATGGAATCTTCAAAAAC
AGTGCTGCGGAACAGGGATGGAGAATGTCAGAATCTCTGCTTAATCCAGGCCGGGCTAGG
TTATGTCATATAAGCGAGGAAGAGGAGTAAACAAACGCATCGTGAAGCCTGTGTTTGTCT
TCGATAATAGTTTCACGACCCACTCTAAATTTTGTTTTGTAAACGGATTTTGGTTGATAC
GCTTTTGATTAACCATGCTGTAAAAAAAGATAGAAAATATGTAGCTTCTTGTCTCTGGTG
TAATGTAAGAGATGAACCTTCTTTATGTACCACTTTCTCACATCACACATTCTTCATAAA
CATTGAGAGCCTACACTTGACATAATATATTGGTTTGTAGATTTTGAT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL5153Contig1 260 2 1 U
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AGAAAAGATCAAGAGCATTGCAATTGAACCTCTGATTCTTTTGCTTTAGCTTTTATGCAT
TTTTTTTTTACTTTTCTCATAAATTAGCTTTTGTTGGTGGAATCTCTTGAATTTCATGGT
ACTCAGTTTCCAGCTTCATAGAGTTCACTGTTGTTATGTTCTACACACTTTGTGCGTCGT
GGTGAATTTCAAGTTTCTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BT14JQ C 1
AF RR1BT14TF U 1
BS 1 260 RR1BT14TF

RD RR1BT14JQ 260 0 0
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AGAAAAGATCAAGAGCATTGCAATTGAACCTCTGATTCTTTTGCTTTAGCTTTTATGCAT
TTTTTTTTTACTTTTCTCATAAATTAGCTTTTGTTGGTGGAATCTCTTGAATTTCATGGT
ACTCAGTTTCCAGCTTCATAGAGTTCACTGTTGTTATGTTCTACACACTTTGTGCGTCGT
GGTGAATTTCAAGTTTCTTC

QA 1 260 1 260
DS 

RD RR1BT14TF 260 0 0
GACTTGAGGAGGAACTCGGGCTGGATGCGAAAACCGATGCTTCTTCAACTCCTGCTTAGA
AGAAAAGATCAAGAGCATTGCAATTGAACCTCTGATTCTTTTGCTTTAGCTTTTATGCAT
TTTTTTTTTACTTTTCTCATAAATTAGCTTTTGTTGGTGGAATCTCTTGAATTTCATGGT
ACTCAGTTTCCAGCTTCATAGAGTTCACTGTTGTTATGTTCTACACACTTTGTGCGTCGT
GGTGAATTTCAAGTTTCTTC

QA 1 260 1 260
DS 



AS 1 2

CO CL5154Contig1 523 2 1 U
GGATTTCTCTCTGCTTCCGTAGTCTCCTCGTTCGTGTTGCTTCTCTCTCGCTCGTCTACG
CGATTTGACTCGAGGATTTGTGCTAGGTTGAAATGGCAGGACACAGGGTTGCGCATGCTA
CACTGAAAGGCCCGAGTGTGGTCAAGGAGTTAGTTATCGGTTTGGCACTCGGTTTAGCTG
CGGGTGGTCTCTGGAAGATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATG
ACTTGCTTGAGAGGGGTGAGATCAGCGTTGTCCACCCTGAAGAATGAGTAGTGAATTCAA
CACCTACCAATCTCTCAATCTCTACTTTTTTTTATGTTATTGTATGGTTTCTTGACAACT
TGGATGAAGTGCTTGAGAAAAAGGGGTTGCTTACGTAATAAAACAACAAACCTGAGACCG
GATTTTTGGGGATTTGTTAAACATATTATTGTTTCCGGAAGATGCATGTATGCTACTATG
CTACTACTGTATTCCATTTGTTTAATTTCAGATAGCTTTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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AF RR1FI40TF U 1
AF RR1FI40JQ C 8
BS 1 523 RR1FI40TF

RD RR1FI40TF 523 0 0
GGATTTCTCTCTGCTTCCGTAGTCTCCTCGTTCGTGTTGCTTCTCTCTCGCTCGTCTACG
CGATTTGACTCGAGGATTTGTGCTAGGTTGAAATGGCAGGACACAGGGTTGCGCATGCTA
CACTGAAAGGCCCGAGTGTGGTCAAGGAGTTAGTTATCGGTTTGGCACTCGGTTTAGCTG
CGGGTGGTCTCTGGAAGATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATG
ACTTGCTTGAGAGGGGTGAGATCAGCGTTGTCCACCCTGAAGAATGAGTAGTGAATTCAA
CACCTACCAATCTCTCAATCTCTACTTTTTTTTATGTTATTGTATGGTTTCTTGACAACT
TGGATGAAGTGCTTGAGAAAAAGGGGTTGCTTACGTAATAAAACAACAAACCTGAGACCG
GATTTTTGGGGATTTGTTAAACATATTATTGTTTCCGGAAGATGCATGTATGCTACTATG
CTACTACTGTATTCCATTTGTTTAATTTCAGATAGCTTTCTTG

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR1FI40JQ 516 0 0
TTTT
TGCTTCCGTAGTCTCCTCGTTCGTGTTGCTTCTCTCTCGCTCGTTTACGCGATTTGACTC
GAGGATTTGTGCTAGGTTGAAATGGCAGGACACAGGGTTGCGCATGCTACACTGAAAGGC
CCGAGTGTGGTCAAGGAGTTAGTTATCGGTTTGGCACTCGGTTTAGCTGCGGGTGGTTTT
TGGAAGATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTTTATGACTTGCTTGAG
AGGGGTGAGATCAGCGTTGTCCCCCCTGAAGAATGAGTAGTGAATTCAACACCTACCAAT
CTCTCAATCTTTACTTTTTTTTATGTTATTGTATGGTTTCTTGACAACTTGGATGAAGTG
CTTGAGAAAAAGGGGTTGCTTACGTAATAAAACAACAAACCTGAGACCGGATTTTTGGGG
ATTTGTTAAACATATTATTGTTTCCGGAAGATGCATGTATGCTACTATGCTACTACTGTA
TTCCATT*GTTTAATTTCAGATAGCTTTCTTG

QA 5 516 5 516
DS 



AS 1 2

CO CL5155Contig1 483 2 1 U
GGAGGGACAAAAACAGGCGTCTCTTGTTAGACACGTGTAGGCGTTTGAGAGAACAGAGAA
AGGGTGTCTTCGTTCTTCGTCGTCCTCCTCCATCATGCGATTTCTCTCTCTCTCACTCAG
ATTCCCTTATCTTGTCAATTACTATCTGTGAGGTACTATTACCGTCGATCTCCCTGATGC
GCTCAGCCCAAGTCTCACACTGCGTGTGCTACTTACTCTGTGTTACTTGCAGAATAAAGG
AAGAGGTAAAGAGTAAGAGAGCTCATAAGGAAGTTTGCAACTCGAGCTCGAGGATGAGTG
CGGTTTATAGTTTGATTGTGAGGGAAGAGGAGATTCTGATGGAACAGAGGAAGAGGGAGT
GTGGAGGTTGTCTAAGAGACAACATAAGAAGTATCTACTAATAATGTACACATCTATCTT
ATTAAAACAGAAACATTCTGTTGGACCTAACATTTATTTTGTAAGTTTTTAAATTAAATA
CAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR1BS64JQ C 1
AF RR1BS64TF U 1
BS 1 483 RR1BS64TF

RD RR1BS64JQ 483 0 0
GGAGGGACAAAAACAGGCGTCTCTTGTTAGACACGTGTAGGCGTTTGAGAGAACAGAGAA
AGGGTGTCTTCGTTCTTCGTCGTCCTCCTCCATCATGCGATTTCTCTCTCTCTCACTCAG
ATTCCCTTATCTTGTCAATTACTATCTGTGAGGTACTATTACCGTCGATCTCCCTGATGC
GCTCAGCCCAAGTCTCACACTGCGTGTGCTACTTACTCTGTGTTACTTGCAGAATAAAGG
AAGAGGTAAAGAGTAAGAGAGCTCATAAGGAAGTTTGCAACTCGAGCTCGAGGATGAGTG
CGGTTTATAGTTTGATTGTGAGGGAAGAGGAGATTCTGATGGAACAGAGGAAGAGGGAGT
GTGGAGGTTGTCTAAGAGACAACATAAGAAGTATCTACTAATAATGTACACATCTATCTT
ATTAAAACAGAAACATTCTGTTGGACCTAACATTTATTTTGTAAGTTTTTAAATTAAATA
CAC

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR1BS64TF 483 0 0
GGAGGGACAAAAACAGGCGTCTCTTGTTAGACACGTGTAGGCGTTTGAGAGAACAGAGAA
AGGGTGTCTTCGTTCTTCGTCGTCCTCCTCCATCATGCGATTTCTCTCTCTCTCACTCAG
ATTCCCTTATCTTGTCAATTACTATCTGTGAGGTACTATTACCGTCGATCTCCCTGATGC
GCTCAGCCCAAGTCTCACACTGCGTGTGCTACTTACTCTGTGTTACTTGCAGAATAAAGG
AAGAGGTAAAGAGTAAGAGAGCTCATAAGGAAGTTTGCAACTCGAGCTCGAGGATGAGTG
CGGTTTATAGTTTGATTGTGAGGGAAGAGGAGATTCTGATGGAACAGAGGAAGAGGGAGT
GTGGAGGTTGTCTAAGAGACAACATAAGAAGTATCTACTAATAATGTACACATCTATCTT
ATTAAAACAGAAACATTCTGTTGGACCTAACATTTATTTTGTAAGTTTTTAAATTAAATA
CAC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL5156Contig1 461 2 2 U
GTAGGCTTGGTCTTGCGTTGAATTTCTCCGTGTTTTACTATGAGATTCTTAATTCTTCCG
ACAAAGCTTGTGACATGGCCAAACAGGCTTTTGAAGAGGCAATAGCTGAGCTTGACACTT
TGGGAGAAGAGTCGTACAAAGACAGCACTCTCATTATGCAGTTGCTGAGGGACAATCTTA
CCCTCTGGACCTCCGATATGCAGGAGCAGATGGACGAGGCGTGAGGAGGAAGAGGAAGGG
AGTGAAGAGAGTGTTATGCGCCATGTTTCCACCACCGTGTTCGATTTCAACATCCATCTC
CCATAACCTTTGCTCAAAAAAGTATTTTTAAGTGTTTATGAAGATTTATATGTGCACAGC
TTGTGATGATTGATCTACTCTATTAATATGTCTTAAACTGTGTTCTCTAAACATTTGCCA
TGTCTTGACTTTGCTTAAGCTTTGAAACCCTCTCTCTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT20TF U 1
AF RR1EY68TF U 325
BS 1 408 RR1CT20TF
BS 409 461 RR1EY68TF

RD RR1CT20TF 408 0 0
GTAGGCTTGGTCTTGCGTTGAATTTCTCCGTGTTTTACTATGAGATTCTTAATTCTTCCG
ACAAAGCTTGTGACATGGCCAAACAGGCTTTTGAAGAGGCAATAGCTGAGCTTGACACTT
TGGGAGAAGAGTCGTACAAAGACAGCACTCTCATTATGCAGTTGCTGAGGGACAATCTTA
CCCTCTGGACCTCCGATATGCAGGAGCAGATGGACGAGGCGTGAGGAGGAAGAGGAAGGG
AGTGAAGAGAGTGTTATGCGCCATGTTTCCACCACCGTGTTCGATTTCAACATCCATCTC
CCATAACCTTTGCTCAAAAAAGTATTTTTAAGTGTTTATGAAGATTTATATGTGCACAGC
TTGTGATGATTGATCTACTCTATTAATATGTCTTAAACTGTGTTCTCT

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR1EY68TF 137 0 0
TTTTTAAGTGTTTATGAAGATTTATATGTGCACGGCTTGTGATGATTGATCTACTCTATT
AATATGTCTTAAACTGTGTTCTCTAAACATTTGCCATGTCTTGACTTTGCTTAAGCTTTG
AAACCCTCTCTCTCTCT

QA 1 137 1 137
DS 



AS 1 2

CO CL5157Contig1 787 2 2 U
GGATTGTAGTCCTTACACACCGATTGGAATCGATCTTTTCGCTTGTCCTAAGAAGATAAA
CCACATTGCTCAGCACATTGAGCTCCCTAATTTGAAACAAGCTTCATCACAAGCCTGTGA
TGTCCCTAGTCTGTTGATAGTAAACATCCAGCTTCCAATGTATCCAACCTCCATGTTTGG
CGACTATGACGGTGAAGGACTTAGCTTAGTCTTATACTTCAAATTAAATGAGAATTATCA
CAAAGAGATCTCATCTCACTTTCAAGAAACCATCAAGAGATTTATGGATGATGAGATGGA
GAAGGTCAAAGGATTCACAAGAGAATCAACGGTTCCATTCAGAGAGAGGTTGAAGATCAT
GGCCGGTTTGGTGAATCCTGAGGATCTTCAGCTATGTTCTACCGAGAGAAAACTCATCAC
AGCTTACAACGATAGACCAGTTCTCTCTCGTCCACAGCACGATTTCTTTCGGGGACCAAA
CTACTTTGAGATCGATCTGGACATACACAGGTTCAGTTACATTTCGAGGAAAGGACTTGA
ATCTTTCAGAGATAGGATCAAGAATGGGATCCTTGATCTTGGTTTAACCATTCAGGCTCA
AACACCAGAGGAACTTCCAGAGCAAGTACTGTGTTGTGTCAGGCTGAACAAGATTGATTT
CGTGAATCACGGACAGATTCCTACGCTTTTGACTAACAAACAGTCATGAAATCCAAGGAT
CAACCAATCAATGGGGAGACGCAAAAGAGACAAAAGCAAAAGAAAAGAGAACAAAGAGAA
ACTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY09TF U 1
AF RR1DY09JQ C 91
BS 1 591 RR1DY09TF
BS 592 787 RR1DY09JQ

RD RR1DY09TF 591 0 0
GGATTGTAGTCCTTACACACCGATTGGAATCGATCTTTTCGCTTGTCCTAAGAAGATAAA
CCACATTGCTCAGCACATTGAGCTCCCTAATTTGAAACAAGCTTCATCACAAGCCTGTGA
TGTCCCTAGTCTGTTGATAGTAAACATCCAGCTTCCAATGTATCCAACCTCCATGTTTGG
CGACTATGACGGTGAAGGACTTAGCTTAGTCTTATACTTCAAATTAAATGAGAATTATCA
CAAAGAGATCTCATCTCACTTTCAAGAAACCATCAAGAGATTTATGGATGATGAGATGGA
GAAGGTCAAAGGATTCACAAGAGAATCAACGGTTCCATTCAGAGAGAGGTTGAAGATCAT
GGCCGGTTTGGTGAATCCTGAGGATCTTCAGCTATGTTCTACCGAGAGAAAACTCATCAC
AGCTTACAACGATAGACCAGTTCTCTCTCGTCCACAGCACGATTTCTTTCGGGGACCAAA
CTACTTTGAGATCGATCTGGACATACACAGGTTCAGTTACATTTCGAGGAAAGGACTTGA
ATCTTTCAGAGATAGGATCAAGAATGGGATCCTTGATCTTGGTTTAACCAT

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1DY09JQ 697 0 0
TTTGAAACAAGCTTCATCACAAGCCTGTGATGTCCCTAGTCTGTTGATAGTAAACATCCA
GCTTCCAATGTATCCAACCTCCATGTTTGGCGACTATGACGGTGAAGGACTTAGCTTAGT
CTTATACTTCAAATTAAATGAGAATTATCACAAAGAGATCTCATCTCACTTTCAAGAAAC
CATCAAGAGATTTATGGATGATGAGATGGAGAAGGTCAAAGGATTCACAAGAGAATCAAC
GGTTCCATTCAGAGAGAGGTTGAAGATCATGGCCGGTTTGGTGAATCCTGAGGATCTTCA
GCTATGTTCTACCGAGAGAAAACTCATCACAGCTTACAACGATAGACCAGTTCTCTCTCG
TCCACAGCACGATTTCTTTCGGGGACCAAACTACTTTGAGATCGATCTGGACATACACAG
GTTCAGTTACATTTCGAGGAAAGGACTTGAATCTTTCAGAGATAGGATCAAGAATGGGAT
CCTTGATCTTGGTTTAACCATTCAGGCTCAAACACCAGAGGAACTTCCAGAGCAAGTACT
GTGTTGTGTCAGGCTGAACAAGATTGATTTCGTGAATCACGGACAGATTCCTACGCTTTT
GACTAACAAACAGTCATGAAATCCAAGGATCAACCAATCAATGGGGAGACGCAAAAGAGA
CAAAAGCAAAAGAAAAGAGAACAAAGAGAAACTTTTC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

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AAACAGATCGGAGGAGGAAGTAGACATATCCCCGGAGAGAGAGAGTCACAGATTAACTAG
CTAGTAAGCAATGGATGTGATAAAGACGCAACAGATATCAGCGAGAACCATCGAGAAGGT
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CTCGCGCAAGCGCGTCGTCGGTGTTCTTCTAGGGAGCAGCTCCCGTGGTGTCGTTGACGT
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TGATCACAACTACCATGAGTCAATGTTCCACATGTTCAAGAGAATTAATGCGAAGGAGCA
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ACTGGGAATCCCCACTAAAGCTTACTATGCAGTTGAGGAGGTCAAGGAGAATGCTACTCA
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TGAGGTTACTGCCAAACTTACTGCTTTGAAGGGGCTGGACGCACGTCTTCGGGAGATCCG
GAGTTACCTTGACCTTGTAATTGAAGGAAAGCTCCCTCTTAATCATGAGATTTTATACCA
TCTGCAGGATGTCTTCAACTTGCTTCCAAACCTGAATGTGAACGAGTTAGTCAAGGCCTT
CTCAGTGAAAACAAATGACATGATGCTCGTTATCTATCTATCGTCCCTCATCAGGAGTGT
AATTGCGCTTCATAACTTGATCAACAACAAGTTACTGAACAAGGAACATGAAAAAGCAGA
GGACTCAAAGCCCGTGGCCATACCTATCATCAGCTAAACGGCGCTGATCAGATGTGATAT
TAGGTAGTCTTCATTGTCCCCAGCGATGAAGACGGCTGTTGGTGCTGTGTTTCTTCAAGA
ACGAACGAGACTGTTTCAGGGTGTTGAGTTTTTCAGTTTTGATTCAAAATGTGTGTCAAA
GAGTCTTTTTCTTTATTTTATCTTTCAAATTGGTTAGGGCTTGGGCCTTTTTATGAGGAG
GGTTCAAGATGATACAAAGTTTCAACGTTAATGTGTCGAAATATCAACCAAAAGGGTCAT
TATTATCCTATAATGACACTATCTATT


BQ
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AF RR1GA83JQ C 627
BS 1 689 RR1GA83TF
BS 690 1347 RR1GA83JQ

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QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1GA83JQ 721 0 0
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TGAAGACGGCTGTTGGTGCTGTGTTTCTTCAAGAACGAACGAGACTGTTTCAGGGTGTTG
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GTTAATGTGTCGAAATATCAACCAAAAGGGTCATTATTATCCTATAATGACACTATCTAT
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

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CGATTAGAATGTACGAACAGATGGCGACGCTTCAGGTGATGGACCACATCTTCTACGAAG
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CGCATCAGCCGCCGCTCTCAGTTCAGAAGACGTTGTGTTACCTCAGTACAGAGAGCCTGG
AGTGCTTCTATGGCGTGGCTTCACGTTAGAGGAGTTTGCGAATCAGTGCTTTGGTAACAA
AGCTGATTACGGAAAAGGCAGACAGATGCCTATCCATTACGGATCTAACCAACACAACTT
TCACTGTCTCCTCTCCAATCGCCACACAGCTTCCTCAAGCGGCTGGAGTTGGTTATGCTT
TGAAGATGGAGAAGAAGAACGCTTGTGCAGTAACATTCATTGGAGACGGTGGCACAAGCG
AGGGAGATTTTCACGCCGGTTTGAATTTTGCGGCGGTGATGGAAGCTCCGGTGGTGTTTA
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TCTTGCGGTTTACAGCGCGGTACGCTCAGCTAGAGAGATGGCTGTTACAGAACAAAGACT
GTCCTCATCGAGGCGATGACATATAGAGTAGGACATCATTCCACATCAGATGATTCAACT
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TCTAGCACAAGAAAACAGCTTCTACAAGCGATTCAGGTGGCGGAGAAGTGGGAGAAACAA
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ATCTGAATCTAGAGGAACTGTGAAGCTGAAGATCTCATTCTCATGTATGATGTATCATGT
ACATATATACTTCTCATCAAAGGCTATTTATATCGTTATAATCAAA


BQ
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AF RR1E022TF U 1
AF RR1E022JQ C 672
BS 1 732 RR1E022TF
BS 733 1246 RR1E022JQ

RD RR1E022TF 732 0 0
GATCTGAGATGAAATTCATACCGGGATCATCTTCTCGGAGAATTCCATGCTATCGAGTTC
TTAACGAACATGGAAGCATCATCTCCAACAGCGATTATGTTCCGGTGAGCGAGAAACTCG
CGATTAGAATGTACGAACAGATGGCGACGCTTCAGGTGATGGACCACATCTTCTACGAAG
CTCAACGTCAGGGAGAATCTCTTTCTACCTCACTTCCGTCGGAGAAGAAGCCATCAACAT
CGCATCAGCCGCCGCTCTCAGTTCAGAAGACGTTGTGTTACCTCAGTACAGAGAGCCTGG
AGTGCTTCTATGGCGTGGCTTCACGTTAGAGGAGTTTGCGAATCAGTGCTTTGGTAACAA
AGCTGATTACGGAAAAGGCAGACAGATGCCTATCCATTACGGATCTAACCAACACAACTT
TCACTGTCTCCTCTCCAATCGCCACACAGCTTCCTCAAGCGGCTGGAGTTGGTTATGCTT
TGAAGATGGAGAAGAAGAACGCTTGTGCAGTAACATTCATTGGAGACGGTGGCACAAGCG
AGGGAGATTTTCACGCCGGTTTGAATTTTGCGGCGGTGATGGAAGCTCCGGTGGTGTTTA
TATGTCGGAACAACGGTTGGGCTATCAGCACTCATATCTCAGAACAATTCAGAAGTGATG
GAATTGTTGTGAAAGTCAAGCTTACGGAATCCGAAGTATCCGAGTGGATGGTAACGATGC
TCTTGCGGTTTA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1E022JQ 575 0 0
AAG
GTCAAGCTTACGGAATCCGAAGTATCCGAGTGGATGGTAACGATGCTCTTGCGGTTTACA
GCGCGGTACGCTCAGCTAGAGAGATGGCTGTTACAGAACAAAGACTGTCCTCATCGAGGC
GATGACATATAGAGTAGGACATCATTCCACATCAGATGATTCAACTAAGTACAGGGAAGC
CGATGAAATCCAGTACTGGAAAATGTCGAGAAACCCTGTTAATAGGTTCAAGAAATGGGT
GGAGGATAATGGATGGTGGAGCGAAGAAGATGAATCCAAGCTAAGATCTAGCACAAGAAA
ACAGCTTCTACAAGCGATTCAGGTGGCGGAGAAGTGGGAGAAACAACCATTGACAGAGTT
GTTCAACGATGTGTATGATGTTAAGACAAAAAATCTTGAGGAGCAAGAACTTGGTCTAAA
GGGATTAGTAGAGAAACAACCTCAAGATTATCCTCCTGGTTTTCATATCTGAATCTAGAG
GAACTGTGAAGCTGAAGATCTCATTCTCATGTATGATGTATCATGTACATATATACTTCT
CATCAAAGGCTATTTATATCGTTATAATCAAA

QA 4 575 4 575
DS 



AS 1 2

CO CL5160Contig1 851 2 2 U
GGAATCTTGGCTACTGAGAAAGCAGTCTCCTTACCATTTTATATGTTATCGATCTTTATA
TTTTAGCTCTTGCAGACAAACTTCCAAGCTTCTTTCTTTCTATTTTCTGCACTTAAATAA
AGCTTTAATAAGCTATTTATTTTTCAATAAATCTCTGTTTTATATTTATCTTCATGGTAT
CAGAGCATCAGGGATTAGATCCTGAGGCTCATATTATTCTCCTCTAGTTTTCATTAAAAA
AAAAAAGTCTTGTTCGAGCTACTTACTACCTAGAGTAATCAACACAGTCCAAGCCCTAAC
CAGAGACGACTGGATCTACTGCTGCAGTTACTCAGCCTGAGAGAGCCACAACGAAGCTTT
CTCTGAAGCAAGCAGATGATGCCTCAAGATAAAGCTGAAGACTTCAACGCTCCTTACTGG
GCCAGACAAAGCCCGTTATCGGCCTAGGTGCAGGTCTGGAGCAAAAGAGAAGAACGCTCC
TGCCGTGTCTTCATCAGCATAAATCTTCTGGTATTTTATAAATGGTTTAGGGCTATAGGC
TTCCATTCTGGGAAGATAACGATTAGGCTGGATTGGGTTTGCTAGGATGTATGGCTACAA
GTACCTGGTTTAATGGAATGATGAAGAGAATAGCTGGTTTTAGAATGCAAAGTTTTGGTA
GCATATGGATTGGGAATAGAGAGTTGAGATTTAGGTTGTTGTAGGCTGGATATTCTCTTT
GGTGGTGAGATAGCTTAGTCCAGTTAGGAGGATAAAAAAAAAAAGAATCCCTAACTTGTT
GTGAGACATATAGGTCAAAAGAACCATGTTCTCACACTTTTGTCTATTCTCCAAGCTGAA
TAGAGTTATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ11TF U 1
AF RR1CJ11JQ C 235
BS 1 686 RR1CJ11TF
BS 687 851 RR1CJ11JQ

RD RR1CJ11TF 686 0 0
GGAATCTTGGCTACTGAGAAAGCAGTCTCCTTACCATTTTATATGTTATCGATCTTTATA
TTTTAGCTCTTGCAGACAAACTTCCAAGCTTCTTTCTTTCTATTTTCTGCACTTAAATAA
AGCTTTAATAAGCTATTTATTTTTCAATAAATCTCTGTTTTATATTTATCTTCATGGTAT
CAGAGCATCAGGGATTAGATCCTGAGGCTCATATTATTCTCCTCTAGTTTTCATTAAAAA
AAAAAAGTCTTGTTCGAGCTACTTACTACCTAGAGTAATCAACACAGTCCAAGCCCTAAC
CAGAGACGACTGGATCTACTGCTGCAGTTACTCAGCCTGAGAGAGCCACAACGAAGCTTT
CTCTGAAGCAAGCAGATGATGCCTCAAGATAAAGCTGAAGACTTCAACGCTCCTTACTGG
GCCAGACAAAGCCCGTTATCGGCCTAGGTGCAGGTCTGGAGCAAAAGAGAAGAACGCTCC
TGCCGTGTCTTCATCAGCATAAATCTTCTGGTATTTTATAAATGGTTTAGGGCTATAGGC
TTCCATTCTGGGAAGATAACGATTAGGCTGGATTGGGTTTGCTAGGATGTATGGCTACAA
GTACCTGGTTTAATGGAATGATGAAGAGAATAGCTGGTTTTAGAATGCAAAGTTTTGGTA
GCATATGGATTGGGAATAGAGAGTTG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1CJ11JQ 617 0 0
TAAAAAAAAAAAGTCTTGTTCGAGCTACTTACTACCTAGAGTAATCAACACAGTCCAAGC
CCTAACCAGAGACGACTGGATCTACTGCTGCAGTTACTCAGCCTGAGAGAGCCACAACGA
AGCTTTCTCTGAAGCAAGCAGATGATGCCTCAAGATAAAGCTGAAGACTTCAACGCTCCT
TACTGGGCCAGACAAAGCCCGTTATCGGCCTAGGTGCAGGTCTGGAGCAAAAGAGAAGAA
CGCTCCTGCCGTGTCTTCATCAGCATAAATCTTCTGGTATTTTATAAATGGTTTAGGGCT
ATAGGCTTCCATTCTGGGAAGATAACGATTAGGCTGGATTGGGTTTGCTAGGATGTATGG
CTACAAGTACCTGGTTTAATGGAATGATGAAGAGAATAGCTGGTTTTAGAATGCAAAGTT
TTGGTAGCATATGGATTGGGAATAGAGAGTTGAGATTTAGGTTGTTGTAGGCTGGATATT
CTCTTTGGTGGTGAGATAGCTTAGTCCAGTTAGGAGGATAAAAAAAAAAAGAATCCCTAA
CTTGTTGTGAGACATATAGGTCAAAAGAACCATGTTCTCACACTTTTGTCTATTCTCCAA
GCTGAATAGAGTTATCC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL5161Contig1 884 2 4 U
GGGTCTGTGAAAGAAGAAGAAAAATAAACCATTTGTTCTTTTCTTTGGCTGAGCGGCAAT
GGCTGAGGAGCAAAAGACAACTGCGGTTGACGTAGAATCACCGGCGGTTTTAGCTCCGGC
AAAGGAACCAACTCTTGCCCCGGTGGAAGCTTCTAAAGACGTTGCGGAGGAGAAAGTTCA
TAATCCACCTCCTCCTGACGAGTCCAAAGCTCTTGCCGTTGTAGAAAAACCCATTGAAGA
GGCTACACCAAAGAAAAGTTCATCTGGTTCCATGGATAGAGGTAAACTCTATCACATTTT
GTTGACTACTTTTGGTTACATAATTGACACTATAATGTGATGTGTGTCTTGGTCAGATGT
GAAACTTGCAGACTTGGAAAAAGAGAAGAAAACTTCATTCATCAATGCATGGGAAGAGAG
TGAGAAGTCAAAAGCAGAGAACAAGGCACAAAAGAAGGTATCTGATGTGCTTGCTTGGGA
GAACAGCCAAAAAGCAGCCATTGAAGCCCAACTAAGGAAGATAGAAGAAAAACTAGAGAA
GAAGAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCTGCGATCCACAAGCAAGC
AGAAGAGAAAAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAAGAGGAGAGGCCGAAGAAATGGCTGCCAA
GCACAGAGCCACTGGTATCGTTCCCAAGGCAACTTGTGGATGCTTCTAAGTTGTGTTCTC
AAGCCATTGGTCATTCATGTCTCTCTTTTTGGTGTTATTCTGCTACTTTTTCTTTGTTTG
TTGTCTTGTTTATATATTGGTGATCTTGTGTGTAAAAGAAGATCAGGGTTAAAGCATGTG
TGACTGCAGTTTCACATATAATCTGTAAATTTTAACATGTTGAT


BQ
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AF RR1AM51TF U 1
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DS 

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ACTAGAGAAGAAGAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCTGCGATCCC
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GGCTGCCAAGCACAGAGCCACTGGTATCGTTCCCAAGGCAACTTGTGGATGCTTTTAAGT
TGTGTTCTCAAGCCATTGGTCATTCATGTCTTTCTTTTTGGTGTTATTTTGCTACTTTTT
CTTTGTTTGTTGTCTTGTTTATATATTGGTGATCTTGTGTGTAAAAGAAGATCAGGGTTA
AAGCATGTGTGACTGCAGTTTCACATATAATCTGTAAATTTTAACATGTTGAT

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DS 



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TCTGTCTTGACTGTTTTTCCCTTATACTGTAGAATGCGTTAACTTTCTGTTTACTTACAT
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TG


BQ
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20 20 

AF RR1F343JQ C 1
AF RR1F343TF U 1
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TCTGTCTTGACTGTTTTTCCCTTATACTGTAGAATGCGTTAACTTTCTGTTTACTTACAT
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TG

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR1F343TF 482 0 0
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CACCAAGAAGGGCAAGGATTACCCTGTCGGTCCCATCCTCCTCGGCTTCTTTGTCTTCGT
CGTCATTGGTTCATCTCTCTTCCAGATCATCAGGACCGCAACAAGCAAAGGCATGGCGTA
AACGGAATCACTGTTCAAGCTTAGAGGAAGCGATGTTTTCAAGATTACTCTTCTTCTTCT
TCTGTCTTGACTGTTTTTCCCTTATACTGTAGAATGCGTTAACTTTCTGTTTACTTACAT
GTTATGAAGAATTTTGAGACTACTTTTTTTATAAATTATCCAATGTTTAAAATCTTGTCT
TG

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 2

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GTAG


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1EN87TF U 1
AF RR1EN87JQ C 176
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BS 658 664 RR1EN87JQ

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TGAATTTGAGTTTACTGATTCATCTTTTACAGAATCGATTCCCTACGAGAATATCTGGAG
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AATCCGAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGGGGTTATTACTC
ATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAATTAAGAAAAG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1EN87JQ 489 0 0
TTCGATGCTGGGTCATTCATAGCATTACTATACCTTCCCTATTCATTGCGGGCTGGTTAT
TCGTCAGCACCGGTTTAGCTTACGACGTGTTTGGGAGCCCTCGCCCAAACGAGTATTTTA
CAGAGAGCCGACAAGGCATTCCATTAATAACAGGCCGTTTTGATTCTTTGGAACAACTCG
ACGAATTTAGTAGATCTTTTTAGGAGGACCCAATGACTATAGATAGGACCTATCCAATTT
TTACAGTGCGCTGGTTGGCTGTTCATGGACTAGCTGTACCTACCGTTTTTTTTTTGGGGT
CAATATCAGCAATGCAGTTCATCCAACGATAAACCGAATTCAATTATAGAGCTATGACAC
AATCAAATCCGAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGGGGTTAT
TACTCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAATTAAGAAA
AGAGCGTAG

QA 1 489 1 489
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5166Contig1 1006 2 2 U
GGATATCAAGTAAAATTTGTATTTATTTTCAAGTATCGCTCTCTGATCAATACACTGTTT
TTGAAATCACCTCCCAAGGAACGAAAAGAAATGTCGACAGAGTCTTATGAAGATACCCTT
GAAAGACTAGGAGAGCTTCTCAGTTGTAAATCGGATCTCGGGAAAGTGGCGGCCGCAAAG
ATTGAGAAGTTATTTGGTGAGCTAGAGGAACATAAATCCAACAAGTCATCAGATGCCGTA
GAAAGAATCCGATCCGGATTTATCCATTTCAAGACACACAAATATTTGAAGAAGCCTTCG
TTGTACAATGCACCTGCCAAGAGCCAGAGCCCCAAGTTTCTGGTGTTTGCTTGTTCGGAT
TCTCGAGTTAGCCCATCTCACATCTTGAACTTCCAACCTGGGGAAGCATTTGAAATTAGA
AACATTGCAAACATGGTTCCAGTTTTTGACAAGACACAACACTCTGGTACTGGTGCGGCT
ATGGAATATCCAATTACAGAACTCAACGTGGAAAACATTCTGGTGATGGGTCACAGCCGT
TGTGGTGGAATAGAGGCACTCATGTCTATTAAAGATGATGCAGCTCCCCATAAGAGCGTC
TTCATAGAAAACTGGGTCAAGATCGGTACATCGGCAAAGAACAAGATTAAGCAAGAGTAT
GGAAACCTGAACTTCCAAGAACAGTGCACCCATTGTGAGAAGGAAGCGGTGAACGTTACA
CTGGGGAATCTGTTGTCTTACCCATTCGTGAGAGAAAGAGTGGAGAAGGGTAAGCTCGCC
TTAAGAGGGGCTCACTATGATTTCGTTAACGGAACGTTTGAACTTTGGGAACTCGACGTC
AAGACCACCCCAGCCTTCGTCTTTTCTTAATATATTCCTACTTACGTTTATTTTATGTTG
CTTCCAAGTGTGTTCTTACCATGTAATTGCTTCTGTTTCTTGTTTATGTCTATTGTTTAT
GTTTCTGTGTGAAAATAAATGAATAAGCTATAAAAAGCATTATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E395TF U 1
AF RR1E395JQ C 443
BS 1 678 RR1E395TF
BS 679 1006 RR1E395JQ

RD RR1E395TF 678 0 0
GGATATCAAGTAAAATTTGTATTTATTTTCAAGTATCGCTCTCTGATCAATACACTGTTT
TTGAAATCACCTCCCAAGGAACGAAAAGAAATGTCGACAGAGTCTTATGAAGATACCCTT
GAAAGACTAGGAGAGCTTCTCAGTTGTAAATCGGATCTCGGGAAAGTGGCGGCCGCAAAG
ATTGAGAAGTTATTTGGTGAGCTAGAGGAACATAAATCCAACAAGTCATCAGATGCCGTA
GAAAGAATCCGATCCGGATTTATCCATTTCAAGACACACAAATATTTGAAGAAGCCTTCG
TTGTACAATGCACCTGCCAAGAGCCAGAGCCCCAAGTTTCTGGTGTTTGCTTGTTCGGAT
TCTCGAGTTAGCCCATCTCACATCTTGAACTTCCAACCTGGGGAAGCATTTGAAATTAGA
AACATTGCAAACATGGTTCCAGTTTTTGACAAGACACAACACTCTGGTACTGGTGCGGCT
ATGGAATATCCAATTACAGAACTCAACGTGGAAAACATTCTGGTGATGGGTCACAGCCGT
TGTGGTGGAATAGAGGCACTCATGTCTATTAAAGATGATGCAGCTCCCCATAAGAGCGTC
TTCATAGAAAACTGGGTCAAGATCGGTACATCGGCAAAGAACAAGATTAAGCAAGAGTAT
GGAAACCTGAACTTCCAA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1E395JQ 564 0 0
TTTTTGACAAGACACAACACTCTGGTACTGGTGCGGCTATGGAATATCCAATTACAGAAC
TCAACGTGGAAAACATTCTGGTGATGGGTCACAGCCGTTGTGGTGGAATAGAGGCACTCA
TGTCTATTAAAGATGATGCAGCTCCCCATAAGAGCGTCTTCATAGAAAACTGGGTCAAGA
TCGGTACATCGGCAAAGAACAAGATTAAGCAAGAGTATGGAAACCTGAACTTCCAAGAAC
AGTGCACCCATTGTGAGAAGGAAGCGGTGAACGTTACACTGGGGAATCTGTTGTCTTACC
CATTCGTGAGAGAAAGAGTGGAGAAGGGTAAGCTCGCCTTAAGAGGGGCTCACTATGATT
TCGTTAACGGAACGTTTGAACTTTGGGAACTCGACGTCAAGACCACCCCAGCCTTCGTCT
TTTCTTAATATATTCCTACTTACGTTTATTTTATGTTGCTTCCAAGTGTGTTCTTACCAT
GTAATTGCTTCTGTTTCTTGTTTATGTCTATTGTTTATGTTTCTGTGTGAAAATAAATGA
ATAAGCTATAAAAAGCATTATTTT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL5167Contig1 652 2 5 U
GGGGACGAACGATGTCTGCGACAACAACTCCATATCTCTCTCTTCCGAGTTTCAGACCAA
GATTCCAAAATCCAGCTAAAACCCACCAATTATCTCCACTCTCTTGGTCTGTTTCAAGGA
GAAAGATCTTGTCTTCCGACAGACAACAAGCTCCTTCTGCTCTTCTTCTGCTTCACCAGG
AAAAAAAACAATCATGGAGACTGTCTGTAACTCCAGAGGAGATATCCCAGGAGATAGTTT
CTTCTGATACTTCTTCTACAGAAGCTATTGTCTCTGGTGGTGGTAGTCAAGATGGTGTTG
CTTTGATTATACAAGTGCTTCTCATTGTCGCTTTTCTTGCTCTCAGTGTTCTCACAATTG
GTGTTGTTTACATAGGAGTGACCGAGTTTCTTGGGAAGAGGGAGAGAGAGAAGTTTGAGA
AAGAAGAGGCAGCAAAGAAGTCCAAGAAAAGTGGCAAGAAGAAACCAACGAGGGCCAAAG
CTGGACCAAGGGGGTTCGGTCAGAAGATTGAAGATGATGACTTTGACATTGATCTTGAAT
GATTCTTTTTTGTTCAATTGCGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTGTTACT
CTTTGTTGTCTGTTATCGATTGGGGAAATCATGTAATGAACTTTTGGCGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C369TF U 1
AF RR1C369JQ C 163
BS 1 621 RR1C369TF
BS 622 622 RR1C369JQ
BS 623 623 RR1C369TF
BS 624 624 RR1C369JQ
BS 625 652 RR1C369TF

RD RR1C369TF 652 0 0
GGGGACGAACGATGTCTGCGACAACAACTCCATATCTCTCTCTTCCGAGTTTCAGACCAA
GATTCCAAAATCCAGCTAAAACCCACCAATTATCTCCACTCTCTTGGTCTGTTTCAAGGA
GAAAGATCTTGTCTTCCGACAGACAACAAGCTCCTTCTGCTCTTCTTCTGCTTCACCAGG
AAAAAAAACAATCATGGAGACTGTCTGTAACTCCAGAGGAGATATCCCAGGAGATAGTTT
CTTCTGATACTTCTTCTACAGAAGCTATTGTCTCTGGTGGTGGTAGTCAAGATGGTGTTG
CTTTGATTATACAAGTGCTTCTCATTGTCGCTTTTCTTGCTCTCAGTGTTCTCACAATTG
GTGTTGTTTACATAGGAGTGACCGAGTTTCTTGGGAAGAGGGAGAGAGAGAAGTTTGAGA
AAGAAGAGGCAGCAAAGAAGTCCAAGAAAAGTGGCAAGAAGAAACCAACGAGGGCCAAAG
CTGGACCAAGGGGGTTCGGTCAGAAGATTGAAGATGATGACTTTGACATTGATCTTGAAT
GATTCTTTTTTGTTCAATTGCGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTGTTACT
CTTTGTTGTCTGTTATCGATTTGTGAAATCATGTAATGAACTTTTGGCGGCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1C369JQ 490 0 0
TTCTTCTGCTTCACCAGGAAAAAAAACAATCATGGAGACTGTCTGTAACTCCAGAGGAGA
TATCCCAGGAGATAGTTTCTTCTGATACTTCTTCTACAGAAGCTATTGTCTCTGGTGGTG
GTAGTCAAGATGGTGTTGCTTTGATTATACAAGTGCTTCTCATTGTCGCTTTTCTTGCTC
TCAGTGTTCTCACAATTGGTGTTGTTTACATAGGAGTGACCGAGTTTCTTGGGAAGAGGG
AGAGAGAGAAGTTTGAGAAAGAAGAGGCAGCAAAGAAGTCCAAGAAAAGTGGCAAGAAGA
AACCAACGAGGGCCAAAGCTGGACCAAGGGGGTTCGGTCAGAAGATTGAAGATGATGACT
TTGACATTGATCTTGAATGATTCTTTTTTGTTCAATTGCGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAA
ATGATCTCTGTTGTTACTCTTTGTTGTCTGTTATCGATTGGGGAAATCATGTAATGAACT
TTTGGCGGCC

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 2

CO CL5168Contig1 675 2 1 U
GGACCAAAAGCCGTTTATGCACACAATGATGCTTCGAACATGAAACAATTATTCTAACTA
AGAACAAGGAAAGATGTCAGTGGCTTCACCTATTCAATGTATCAGGATTCTTAATCCATC
TTCCACAACAAATTCGTCGTCTTTCAGATTCTCGACGACTAAGCCATGTGTCTTGGTCAT
CAGATGTTCTCAGGCCGAAGGTCCTTTGAGAAGGCCGTCTGCTCCTCCTACTCTCCCTGA
GCCTTCACCTCCCCAAAAACCTGTTCCTCCTACGCCTTCTTCTCCTCCTCCTCAGAAATC
AGTGGCTGTTGATGGTAAGGGTGTAACCACGGTGGAGTTTCAGAGGCAGAAGGCAAAAGA
GCTTCAGGATTACTTTAAGCAGAAGAAGCTTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCCTTTATTTGG
TTTTCAACCCAAAAACGAGATCTCCAATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCGATTGG
AATGCTTACAGAGTATGCAACAGGCTCGGACCTTGTCGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTC
CAACTTCGGCATTATAGACTTGGAATAACCAGAGTTTTTTTTTTTTTTGTTAATTCTTCT
TCCTGTGTATTATTTATCTCTATAGATTTTCAAATACATGGACATTTGTGTATTCAATCA
TATAAATATGAACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CR75TF U 1
AF RR1CR75JQ C 154
BS 1 675 RR1CR75TF

RD RR1CR75TF 675 0 0
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TTCCACAACAAATTCGTCGTCTTTCAGATTCTCGACGACTAAGCCATGTGTCTTGGTCAT
CAGATGTTCTCAGGCCGAAGGTCCTTTGAGAAGGCCGTCTGCTCCTCCTACTCTCCCTGA
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AGTGGCTGTTGATGGTAAGGGTGTAACCACGGTGGAGTTTCAGAGGCAGAAGGCAAAAGA
GCTTCAGGATTACTTTAAGCAGAAGAAGCTTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCCTTTATTTGG
TTTTCAACCCAAAAACGAGATCTCCAATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCGATTGG
AATGCTTACAGAGTATGCAACAGGCTCGGACCTTGTCGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTC
CAACTTCGGCATTATAGACTTGGAATAACCAGAGTTTTTTTTTTTTTTGTTAATTCTTCT
TCCTGTGTATTATTTATCTCTATAGATTTTCAAATACATGGACATTTGTGTATTCAATCA
TATAAATATGAACTG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1CR75JQ 522 0 0
GACGACTAAGCCATGTGTTTTGGTCATCAGATGTTTTCAGGCCGAAGGTCCTTTGAGAAG
GCCGTTTGCTCCTCCTACTCTCCCTGAGCCTTCACCTCCCCAAAAACCTGTTCCTCCTAC
GCCTTTTTTTCCTCCTCCTCAGAAATCAGTGGCTGTTGATGGTAAGGGTGTAACCACGGT
GGAGTTTCAGAGGCAGAAGGCAAAAGAGCTTCAGGATTACTTTAAGCAGAAGAAGCTTGA
AGCTGCTGGTCAAGGTCCTTTATTTGGTTTTCAACCCAAAAACGAGATCTCCAATGGAAG
GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCGATTGGAATGCTTACAGAGTATGCAACAGGCTCGGACCT
TGTCGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAACTTCGGCATTATAGACTTGGAATAACCAGA
GTTTTTTTTTTTTTTGTTAATTCTTCTTCCTGTGTATTATTTATCTCTATAGATTTTCAA
ATACATGGACATTTGTGTATTCAATCATATAAATATGAACTG

QA 1 522 1 522
DS 



AS 1 2

CO CL5169Contig1 870 2 6 U
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TTTAGCAGCAATGAATGAGTATAGCGAGACCGTCAGGAATAAGATACAAGCGCTTGTTCA
TGTTATTAAAGTCGCTCGTGCCTATAGAGAAGACAATGTCCCTTCCCTTATACAAGAGGG
TCTTTATCTTGGATCCGTAGCAGCAGCTTGCAACAAGAACCTCTTGAAATCTTACAACGT
TACTCATATCCTAATCGTAGCTTCCTCCTTGAGACCTGCTCACCCTGACGATTTCATCTA
CAAGGTTGTTCGAGTTGTGGATAAGGAAGACACAAACTTGGAAATGTACTTCGATGAGTG
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TGGCAAATCACGCAGTGTCACTATAGTTGTTGCTTACCTCATGAAGAAACACGGAATGAC
TTTAACCCAAGCATTGCAACATGTTAAGAGCATTAGACCTGTGGCAAGTCCTAACGCCGG
TTTCATCAAGCAATTACAAGACCTCGAAAAGTCTTTACTAGAGGATCTTTACTTTGTTCC
TATGAAGCAACAACAGGAAAGTAAGATTTGAGTGACTGGAACTCGTAGCACGAAATCAAG
AACCGATTGCACAATGTCAAGCGTGAAGAACCTACCCATATTGTACATTTGGAGGAAACT
TGTATTTTTGACATGAATCATCAGATATTTTGTTGTTTCTCCTTTACAAAATATGGAAAT
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AGATAAAATAACCTGTAAATATTTTGAATT


BQ
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AF RR1BI66TF U 1
AF RR1BI66JQ C 302
BS 1 770 RR1BI66TF
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BS 809 820 RR1BI66TF
BS 821 870 RR1BI66JQ

RD RR1BI66TF 820 0 0
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TACTCATATCCTAATCGTAGCTTCCTCCTTGAGACCTGCTCACCCTGACGATTTCATCTA
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TATGAAGCAACAACAGGAAAGTAAGATTTGAGTGACTGGAACTCGTAGCACGAAATCAAG
AACCGATTGCACAATGTCAAGCGTGAAGAACCTACCCATATTGTACATTTGGAGGAAACT
TGTATTTTTGACATGAATCATCAGATATTTTGTTGTTTCTCCTTTACAAA*TATGGAAAT
GATTCTGTAAATTTTCACTGTTCATGA*TGTCATAGCCTT

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1BI66JQ 569 0 0
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TTAACCCAAGCATTGCAACATGTTAAGAGCATTAGACCTGTGGCAAGTCCTAACGCCGGT
TTCATCAAGCAATTACAAGACCTCGAAAAGTCTTTACTAGAGGATCTTTACTTTGTTCCT
ATGAAGCAACAACAGGAAAGTAAGATTTGAGTGACTGGAACTCGTAGCACGAAATCAAGA
ACCGATTGCACAATGTCAAGCGTGAAGAACCTACCCATATTGTACATTTGGAGGAAACTT
GTATTTTTGACATGAATCATCAGATATTTTGTTGTTTTTCCTTTACAAAATATGGAAATG
ATTCTGTAAATTTTCACTGTTCATGAATGTCATAGCCTTTAAGGTGAACAAAAAGCAAAA
GATAAAATAACCTGTAAATATTTTGAATT

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL5170Contig1 1155 2 4 U
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TTCCTATGATAATGGCTGTAGGCCTTACATGTGTGACACTAGCCACCGGCATTCCAACTG
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AGGCAAACCGAAGCTTACTTGCCCGTTATGCCGTGGAGATATAAAAGAATGGGTAGTTGT
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TAGCAGCTGGTCAGGTACGTCTAGAGCTAGGTCACATATAGGTGTGAGAAGAAGATCTTC
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GGAGAACAATAATCAGTCTTCTGATGGACAAGAGTCTGGAACTCAAAGGCGCCGTGTCAG
AAGAAGATATTACATTGAGGATGATGAGGATGATGATGAGGCGTAATGGCTCTCTCTCTC
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TAATAACCCCCAACTCGTTAAAACCTATTCTGTAAAATTTCTTTGCAGATTGAAAAAATT
TTCCTTCTTGTAGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ24TF U 1
AF RR1DZ24JQ C 562
BS 1 582 RR1DZ24TF
BS 583 583 RR1DZ24JQ
BS 584 640 RR1DZ24TF
BS 641 1155 RR1DZ24JQ

RD RR1DZ24TF 640 0 0
GCATGCCTAAAGAAGGAAACAACGCTCTGTATCTCACGAAAGGCTTAGAGGATCTCCACT
TTATTGTGAGTCAAGCCGTGCTTTGAAGAAGCCGAGCGAGAAGCAAGTTAAGGAATGGGA
AGAAGCTCGATGTCCTGTCTGTATGGAACATCCTCACAACGGAATCCTTCTCGTCTGTTC
TTCCTATGATAATGGCTGTAGGCCTTACATGTGTGACACTAGCCACCGGCATTCCAACTG
TTTCGATCAGTACCGCAAAGCTTCTAAACAGACAGAAGGTGCAGCAGTAGCTTCAGCTTC
AGCTTCCGAGGTGACAGTTGTGAATCCGAGAGAGGATGAAGAAGGCATTGTGGCAACCGA
AGGCAAACCGAAGCTTACTTGCCCGTTATGCCGTGGAGATATAAAAGAATGGGTAGTTGT
TGGGCCTGCTCGATGTTTCATGAACGCGAAACATAGAAGCTGTTCTTCCGAGACTTGTGA
GTTCAGCGGAACCTACTCTGATTTGAGAAAGCACGCGAGGCTGCTGCATCCGGGAGTGAG
GCCGTCAGAAGCTGATCCGGAGAGGCAGAGAAGCTGGAGGAG*CTAGAAAGGCAGAGAGA
CTTGGGTTATTTGCTTAGCACACTACAGTCTTCTTTTGGA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1DZ24JQ 594 0 0
GAGGCAGAGAAGCTGGAGGAGGCTAGAAAGGCAGAGAGACTTGGGTTATTTGCTTAGCAC
ACTACAGTCTTCTTTTGGAGTAGGAGGAGGAGAAGAAAGAAGCAGCAGCAGCAACGAAGA
TGGGATCATGTCGTTTGATGATGGTGGTTGGCTTACAGTGTTCTTCCTCATCCGCGTGTT
TAGGCCAGAGTCAAGTGGTGGGGCAAGGAGTAGTAGTAGTAGCAGCTGGTCAGGTACGTC
TAGAGCTAGGTCACATATAGGTGTGAGAAGAAGATCTTCAAGGCTTTGGGGAGAGAGCTA
TGAAGGTGGTGATACAGGAACATCATCAGCTAGAGATGGGGAGAACAATAATCAGTCTTC
TGATGGACAAGAGTCTGGAACTCAAAGGCGCCGTGTCAGAAGAAGATATTACATTGAGGA
TGATGAGGATGATGATGAGGCGTAATGGCTCTCTCTCTCAAAACATACAGTTTGGTTTTT
TAACTCTATGAAACAAAAATATTGGGGGAGACTTTGTATTAATAACCCCCAACTCGTTAA
AACCTATTCTGTAAAATTTCTTTGCAGATTGAAAAAATTTTCCTTCTTGTAGCC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

CO CL5171Contig1 1059 2 2 U
GGGGTTTCATGATTGCGGCGGTGAACGAGTTACAGATTCATCGCCTTTATCGCCTTCTTA
CCTCCGTAACTGATGTGAACACGATCTGACATTAAAGGCAATTTAACCCTCTGCAAGTCG
GTTTATTTGCGCTTATAAAAAAAAGAAGTCCGGCTGCTGGTCCTCCACCGTCCAAATAAG
AGGAGATTGAGATGTAGTGAACAGCTTTGTCGGCTTTCAGGTCTAAATAAGAGGAGATCG
AGAAGAAGATGGAGGTTTGGAAAAGGATTTAATCTCAGCTTTGTTATTTAGAAGAAGAGA
CCTAACGATTGGCGAGGGATCTGCCTTCGTCGACAGTAAGGAAGATATGATGACAGTGGA
AATTTATTCAATAGATACTTGATTGTATCGATGAGTTAGGTTTACCTACGGATTGATCGT
GATCGAAAGGTGATAATATACTCGGCAGCTAGAACTCCTACCCAACAAGGATCTGGCTAA
CTTGGCAAATGGAAGATCAACTTCGTCTCCACAAAGTGTCTCATGCCTCCACTAGAAAAA
CTATTCCTTTCCTGAAGAGTGTTGGAAGACTCAAGAGAGAGTGAGAGAGAAACAGAGAGT
AAGAGAAATAGATTAATCGAGTGTTGTGATGCACACGTAAGCTATCATTGGAGAACTGCT
TATGCTGTCGGCTAAAAGGCGTGATTTGCCTCAGGTTTGGAAGATCAATATGGGGAATAT
CCTCTGAGAACGAGTTGTTTGCAAGGTTCAAGACAAGTCTAGCCAAACTTGAAATTGAGA
GGCTGGGATGGCTCCTTGGCCTTCCCTTGAGTTTATTGTTAGAAATATGAAATATCAACA
ACCTTATGATTCTTTTTACTCCTAGAAAATCGCTGGTAGTGGATCCGAAAAGTAATTAGG
TGTAAGATAAGAGATAGTTAGCTTCTTGAGGTTGAAGACGTAAGAAACTTGCTTTTGTTT
TTATCTGTAACAAATAATCCTTTAGATGGAGAAATTTTGAAGATTAGAAATGTGTTATAT
ATTGTGTAATTGGAAAGATACGCTGGCAAGTTATAGCCC


BQ
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AF RR1H163TF U 1
AF RR1H163JQ C 422
BS 1 670 RR1H163TF
BS 671 1059 RR1H163JQ

RD RR1H163TF 673 0 0
GGGGTTTCATGATTGCGGCGGTGAACGAGTTACAGATTCATCGCCTTTATCGCCTTCTTA
CCTCCGTAACTGATGTGAACACGATCTGACATTAAAGGCAATTTAACCCTCTGCAAGTCG
GTTTATTTGCGCTTATAAAAAAAAGAAGTCCGGCTGCTGGTCCTCCACCGTCCAAATAAG
AGGAGATTGAGATGTAGTGAACAGCTTTGTCGGCTTTCAGGTCTAAATAAGAGGAGATCG
AGAAGAAGATGGAGGTTTGGAAAAGGATTTAATCTCAGCTTTGTTATTTAGAAGAAGAGA
CCTAACGATTGGCGAGGGATCTGCCTTCGTCGACAGTAAGGAAGATATGATGACAGTGGA
AATTTATTCAATAGATACTTGATTGTATCGATGAGTTAGGTTTACCTACGGATTGATCGT
GATCGAAAGGTGATAATATACTCGGCAGCTAGAACTCCTACCCAACAAGGATCTGGCTAA
CTTGGCAAATGGAAGATCAACTTCGTCTCCACAAAGTGTCTCATGCCTCCACTAGAAAAA
CTATTCCTTTCCTGAAGAGTGTTGGAAGACTCAAGAGAGAGTGAGAGAGAAACAGAGAGT
AAGAGAAATAGATTAATCGAGTGTTGTGATGCACACGTAAGCTATCATTGGAGAACTGCT
TATGCTGTCG
CTA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1H163JQ 638 0 0
ATCGAAAGGTGATAATATACTCGGCAGCTAGAACTCCTACCCAACAAGGATCTGGCTAAC
TTGGCAAATGGAAGATCAACTTCGTCTCCACAAAGTGTCTCATGCCTCCACTAGAAAAAC
TATTCCTTTCCTGAAGAGTGTTGGAAGACTCAAGAGAGAGTGAGAGAGAAACAGAGAGTA
AGAGAAATAGATTAATCGAGTGTTGTGATGCACACGTAAGCTATCATTGGAGAACTGCTT
ATGCTGTCGGCTAAAAGGCGTGATTTGCCTCAGGTTTGGAAGATCAATATGGGGAATATC
CTCTGAGAACGAGTTGTTTGCAAGGTTCAAGACAAGTCTAGCCAAACTTGAAATTGAGAG
GCTGGGATGGCTCCTTGGCCTTCCCTTGAGTTTATTGTTAGAAATATGAAATATCAACAA
CCTTATGATTCTTTTTACTCCTAGAAAATCGCTGGTAGTGGATCCGAAAAGTAATTAGGT
GTAAGATAAGAGATAGTTAGCTTCTTGAGGTTGAAGACGTAAGAAACTTGCTTTTGTTTT
TATCTGTAACAAATAATCCTTTAGATGGAGAAATTTTGAAGATTAGAAATGTGTTATATA
TTGTGTAATTGGAAAGATACGCTGGCAAGTTATAGCCC

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

CO CL5172Contig1 1174 2 4 U
TCTACAAGGACAAGAAGAGGCACGTGATCACCACGCAGACTGAGCACAAGTGCGTCCTCG
ATTCCTGCAGGCATCTCCAGCAGGAAGGCTTCGAGGTGACTTACTTACCGGTTAAAACCG
ACGGTTTAGTTGATTTAGAGATGTTAAAAGAGGCGATTAGACCGGATACCGGTTTAGTTT
CGGTTATGGCTGTGAATAATGAGATTGGCGTGGTTCAACCTATGGAGGAGATTGGTAGGA
TTTGTAAGGAGCATAAGATTCCGTTTCATACGGATGCAGCTCAAGCTATAGGGAAGATAC
CTGTTGATGTTGAGAAGTGGAACGTTAGTTTCATGTCGATGAGTGGGCACAAGATCTACG
GACCGAAAGGTGTTGGTGCTATGTACGTTAGGAGGAGGCCGAGGGTGAGACTCGAGCCTT
TGATGAACGGTGGAGGTCAGGAGAGGGGGCTTAGGAGCGGGACGTTGGCTACGCAGCAAG
TTGTTGGGTTCGGGGTTGCTTGTGAGCTGGCGATGAAGGAGATGGAGTATGATGAGAAGT
GGGTTAAGAAGTTGCAGGAGAGGTTACTGAATGGGGTTAGGGAGAAGCTTGATGGTGTTG
TGGTGAACGGTTCGTTGGAGAGTCGGTACGCTGGGAATTTGAATCTGTCGTTTGCTTATG
TTGAAGGGGAGAGTCTGCTGATGGATTTGAAGGAAGTTGCGGTGTCTAGTGGAAGTGCTT
GCACGAGTGCGAGTTTGGAGCCGTCTTATGTGTTGAGGGCTTTGGGTGTGGATGAGGACA
TGGCTCACACTTCGATTAGGTTTGGGATTGGTAGGTTTACCACGGAGGAGGAGATTGATA
AAGCGGTGGAGCTTACGGTTAGACAGGTTGAGAAGCTGAGGGAGATGAGTCCGCTTTATG
AGATGGTTAAAGAAGGTATCGATATCAAGAACATACAGTGGTCTCAGCACTGATACAGTG
CGTTACAAGAGGGAAGCTCGGGTCTCCGGTTATACCGGATGATCTGATCCTTGAGCTTGT
TACTATGTTATGTTGGTAATTTATTCTTATGTTTGCTTACTAGATAGATTTCGAGTGAGA
GAGTGTCTGTCTTTATTTATATGGTTTTGTAATAAACAACAGAGCACGAACAAAACTTTG
AGTTTCTATGTTGGACTTGCAGAATAAGAGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC80TF U 1
AF RR1GC80JQ C 423
BS 1 668 RR1GC80TF
BS 669 669 RR1GC80JQ
BS 670 687 RR1GC80TF
BS 688 1174 RR1GC80JQ

RD RR1GC80TF 689 0 0
TCTACAAGGACAAGAAGAGGCACGTGATCACCACGCAGACTGAGCACAAGTGCGTCCTCG
ATTCCTGCAGGCATCTCCAGCAGGAAGGCTTCGAGGTGACTTACTTACCGGTTAAAACCG
ACGGTTTAGTTGATTTAGAGATGTTAAAAGAGGCGATTAGACCGGATACCGGTTTAGTTT
CGGTTATGGCTGTGAATAATGAGATTGGCGTGGTTCAACCTATGGAGGAGATTGGTAGGA
TTTGTAAGGAGCATAAGATTCCGTTTCATACGGATGCAGCTCAAGCTATAGGGAAGATAC
CTGTTGATGTTGAGAAGTGGAACGTTAGTTTCATGTCGATGAGTGGGCACAAGATCTACG
GACCGAAAGGTGTTGGTGCTATGTACGTTAGGAGGAGGCCGAGGGTGAGACTCGAGCCTT
TGATGAACGGTGGAGGTCAGGAGAGGGGGCTTAGGAGCGGGACGTTGGCTACGCAGCAAG
TTGTTGGGTTCGGGGTTGCTTGTGAGCTGGCGATGAAGGAGATGGAGTATGATGAGAAGT
GGGTTAAGAAGTTGCAGGAGAGGTTACTGAATGGGGTTAGGGAGAAGCTTGATGGTGTTG
TGGTGAACGGTTCGTTGGAGAGTCGGTACGCTGGGAATTTGAATCTGTCGTTTGCTTATG
TTGAAGGG*AGAGTCTGCTGATGGATT
GA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1GC80JQ 752 0 0
ATGAACGGTGGAGGTCAGGAGAGGGGGCTTAGGAGCGGGACGTTGGCTACGCAGCAAGTT
GTTGGGTTCGGGGTTGCTTGTGAGCTGGCGATGAAGGAGATGGAGTATGATGAGAAGTGG
GTTAAGAAGTTGCAGGAGAGGTTACTGAATGGGGTTAGGGAGAAGCTTGATGGTGTTGTG
GTGAACGGTTCGTTGGAGAGTCGGTACGCTGGGAATTTGAATCTGTCGTTTGCTTATGTT
GAAGGGGAGAGTCTGCTGATGGATTTGAAGGAAGTTGCGGTGTCTAGTGGAAGTGCTTGC
ACGAGTGCGAGTTTGGAGCCGTCTTATGTGTTGAGGGCTTTGGGTGTGGATGAGGACATG
GCTCACACTTCGATTAGGTTTGGGATTGGTAGGTTTACCACGGAGGAGGAGATTGATAAA
GCGGTGGAGCTTACGGTTAGACAGGTTGAGAAGCTGAGGGAGATGAGTCCGCTTTATGAG
ATGGTTAAAGAAGGTATCGATATCAAGAACATACAGTGGTCTCAGCACTGATACAGTGCG
TTACAAGAGGGAAGCTCGGGTCTCCGGTTATACCGGATGATCTGATCCTTGAGCTTGTTA
CTATGTTATGTTGGTAATTTATTCTTATGTTTGCTTACTAGATAGATTTCGAGTGAGAGA
GTGTCTGTCTTTATTTATATGGTTTTGTAATAAACAACAGAGCACGAACAAAACTTTGAG
TTTCTATGTTGGACTTGCAGAATAAGAGAAGC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL5173Contig1 521 2 9 U
GTAGCATCTGCTGCTACTTTCTGGTCACCATGGCTTCATCAGCCGCTTTCTCTGTCCCCA
AACCATCTCTTCAGGGTTTCACTGAGTTCTCAGGATTGAGAAGCTCCTCTGCTTCTCTTC
CCTTAGGCAACAAGAAATTTTCTTCCGATGAGTTTGTCTCAGCCGTCACTTTCCAGACTT
CTGCAATGGGAAGCAGTGGTGGATACAGGAAAGGTGTGACCGAGGCTAAACTAAAAGTAG
CCATCAATGGCTTCGGTAGGATAGGGAGGAACTTCTTGAGATGCTGGCATGGACGCAAGG
ACTCTCCCTTTGATGTCATTGCCATCAACGACACTGGCGGTGTCAAGCAGGCTTCACATC
TCCTTAAGTACGACTCCACTCTCGGAATCTTTGACGCTGATGTGAAACCTTCTGGAGACG
CTGCTCTCTCTGTTGATGGAAAGATCATCAAGGTTGTGTCTAACCGCAACCCTTCTCTTC
TCCCCTGGAAAGAGTTGGGGATAGACATTGTCATTGAAAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H359TF U 1
AF RR1F441TF U 8
BS 1 43 RR1H359TF
BS 44 44 RR1F441TF
BS 45 124 RR1H359TF
BS 125 125 RR1F441TF
BS 126 220 RR1H359TF
BS 221 221 RR1F441TF
BS 222 490 RR1H359TF
BS 491 491 RR1F441TF
BS 492 521 RR1H359TF

RD RR1H359TF 521 0 0
GTAGCATCTGCTGCTACTTTCTGGTCACCATGGCTTCATCAGCTGCTTTCTCTGTCCCCA
AACCATCTCTTCAGGGTTTCACTGAGTTCTCAGGATTGAGAAGCTCCTCTGCTTCTCTTC
CCTTCGGCAACAAGAAATTTTCTTCCGATGAGTTTGTCTCAGCCGTCACTTTCCAGACTT
CTGCAATGGGAAGCAGTGGTGGATACAGGAAAGGTGTGACTGAGGCTAAACTAAAAGTAG
CCATCAATGGCTTCGGTAGGATAGGGAGGAACTTCTTGAGATGCTGGCATGGACGCAAGG
ACTCTCCCTTTGATGTCATTGCCATCAACGACACTGGCGGTGTCAAGCAGGCTTCACATC
TCCTTAAGTACGACTCCACTCTCGGAATCTTTGACGCTGATGTGAAACCTTCTGGAGACG
CTGCTCTCTCTGTTGATGGAAAGATCATCAAGGTTGTGTCTAACCGCAACCCTTCTCTTC
TCCCCTGGAAGGAGTTGGGGATAGACATTGTCATTGAAAGA

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1F441TF 508 0 0
GG
GCTGCTACTTTCTGGTCACCATGGCTTTATCAGCCGCTTTCTCTGTCCCCAAACCATCTC
TTCAGGGTTTCACTGAGTTCTCAGGATTGAGAAGCTCCTCTGCTTCTCTTCCCTTAGGCA
ACAAGAAATTTTCTTCCGATGAGTTTGTCTCAGCCGTCACTTTCCAGACTTCTGCAATGG
GAAGCAGTGGTGGATACAGGAAAGGTGTGACCGAGGCTAAACTAAAAGTAGCCATCAATG
GTTTCGGTAGGATAGGGAGGAACTTCTTGAGATGCTGGCATGGACGCAAGGACTCTCCCT
TTGATGTCATTGCCATCAACGACACTGGCGGTGTCAAGCAGGCTTCACATCTCCTTAAGT
ACGACTCCACTCTCGGAATCTTTGACGCTGATGTGAAACCTTCTGGAGACGCTGCTCTCT
CTGTTGATGGAAAGATCATCAAGGTTGTGTCTAACCGCAACCCTTCTCTTCTCCCCTGGA
AAGAGTTGGGGATAGACATTGTCATT

QA 3 508 3 508
DS 



AS 1 2

CO CL5174Contig1 335 2 1 U
GTACGTACCCGAGGTGAAAGGTGTAGAACAAGAGTTCGATGGGGAAGAAGAGGAGGGAAC
GTTGTCTGGAGAGGTGAGAGAGTAGAGTAAGACGTCTCCTCAAGCTTCTCTGCTCTTTTT
CCTCTTTTAGTGTACAGAAGAATAAATTCCAGTGAGTGAGTGAGTGAGTGAACTCTTTTC
TGTCACTTTTTGAGTTGATTTGTCGGTGTTTTGAGGCTTTTGAATTACAGTGAAGACTGT
TCTGAGAGATCACTAGTTGATCTGGTTTGTAACATTTGTTAACCTACATGAATAAGTTTT
TTGAATGGTTTCTTACAAGGAAAAAAATATTTTCT


BQ
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AF RR1GC56JQ C 1
AF RR1GC56TF U 1
BS 1 335 RR1GC56TF

RD RR1GC56JQ 335 0 0
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GTTGTCTGGAGAGGTGAGAGAGTAGAGTAAGACGTCTCCTCAAGCTTTTCTGCTCTTTTT
CCTCTTTTAGTGTACAGAAGAATAAATTCCAGTGAGTGAGTGAGTGAGTGAACTCTTTTC
TGTCACTTTTTGAGTTGATTTGTCGGTGTTTTGAGGCTTTTGAATTACAGTGAAGACTGT
TCTGAGAGATCACTAGTTGATCTGGTTTGTAACATTTGTTAACCTACATGAATAAGTTTT
TTGAATGGTTTCTTACAAGGAAAAAAATATTTTCT

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1GC56TF 335 0 0
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GTTGTCTGGAGAGGTGAGAGAGTAGAGTAAGACGTCTCCTCAAGCTTCTCTGCTCTTTTT
CCTCTTTTAGTGTACAGAAGAATAAATTCCAGTGAGTGAGTGAGTGAGTGAACTCTTTTC
TGTCACTTTTTGAGTTGATTTGTCGGTGTTTTGAGGCTTTTGAATTACAGTGAAGACTGT
TCTGAGAGATCACTAGTTGATCTGGTTTGTAACATTTGTTAACCTACATGAATAAGTTTT
TTGAATGGTTTCTTACAAGGAAAAAAATATTTTCT

QA 1 335 1 335
DS 



AS 1 2

CO CL5175Contig1 331 2 1 U
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GCGAGTAGCTTACACTGATCAATCAAATAAGTTCGCAAGATCTAAACTTTGTATGTCAGT
TTGAGGACGCATAAAGACAATTGGTCTCTTT


BQ
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AF RR1E554JQ C 1
AF RR1E554TF U 1
BS 1 331 RR1E554TF

RD RR1E554JQ 331 0 0
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TCTTTTTTCTTTCTTTTGTGTGTGTTTCATTGCTTTCGAAGAACCCACAGCAAATATTTT
GCGAGTAGCTTACACTGATCAATCAAATAAGTTCGCAAGATCTAAACTTTGTATGTCAGT
TTGAGGACGCATAAAGACAATTGGTCTCTTT

QA 1 331 1 331
DS 

RD RR1E554TF 331 0 0
GGGGAAGAAGACGTTCATGTTCATCCGTCTTGTCTCAGCAGCTGGAACTGGGTTCTTCTA
TGTCAAGAGGAAGAGTAGCAAGGGTCTTCTTGAGAAGCTTGAGTTCCGCAAGTACGATCC
TCGTGTCAACCGCCATGTCCTCTTCACTGAGCAGAAGATGAAGTGACTCAAAACTCAGCT
TCTTTTTTCTTTCTTTTGTGTGTGTTTCATTGCTTTCGAAGAACCCACAGCAAATATTTT
GCGAGTAGCTTACACTGATCAATCAAATAAGTTCGCAAGATCTAAACTTTGTATGTCAGT
TTGAGGACGCATAAAGACAATTGGTCTCTTT

QA 1 331 1 331
DS 



AS 1 2

CO CL5176Contig1 1083 2 2 U
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TTCATTTGGGGAGCTAAAGAAGATGTTGAGTGGACCAACGGGCATACACCATCAAGACCA
GAAGCTAATGTATAAAGACAAAGAAAGAGACTCGAAGGCATTTCTTGACGTTTCGGGAGT
GAAAGATAAATCCAAGATGGTGCTTATCGAAGACCCGATTAGCCAAGAGAAACGATTCTT
GGAGATGAGGAAACTCGCCAAAACAGAAAAGGCGTCTAAAGCGATTTCCGATATTAGCCT
CGAAGTTGATAGGCTCGGAGGACGTGTCTCGGCTTTTGAGATGGTTATTAAAAAAGGAGG
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GCTGGATGGGATTGTAGCTGAAGGAGATGTGAAGTTACAAAGAAAGATGCAGGTGAAGAG
AGTGCAGAACTATGTGGAAGCACTTGATGTTTTGAAGGTGAAGAACTTTATGGCTAATGG
GCAGCAGAAACAGTCTAGTCGTCAGAGACTTGCAACGATTCAAGAACATAGGCAAGAACA
GAAACCGATACAATCCCTTATGGATGACATGCCTATAAACTACAAACCTAAGAAGCAAGA
GATTGTGGAGGAGCCAGGAGCAGGACCAAATCTTATGGATTTTTTTACTAAATGGGAAAC
ATTTGATCATCATACCGCGACGACGACGACTCCATTGAGCTCGAATACTGCAAATAATCA
TGTCATCCCGCCCAGGTTCAATTGGGAATTCTTTGATTAAAGAACTCAAATTTGATGAGA
CCTTTTTTTTCTACTTGTATGCTTAATTCTTGTGTGGAGGTGTTCTTTTTTTTTTCCTTT
TTCATCTTCTACTTGTTCTTCTTTATCATCATCATGATTCTTTTCATGTACTTAGATTCT
TGTGGGCGTTGTTGTTGTGCGTTATAAGAAATAAACAGAGACGCTACTACAGATAATTTG
ACC


BQ
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10 10 10 

AF RR1FM63TF U 1
AF RR1FM63JQ C 328
BS 1 408 RR1FM63TF
BS 409 1083 RR1FM63JQ

RD RR1FM63TF 408 0 0
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GATTAGAGTCAGAGTCAAGTACGGTTCGGTCTACCATGAGATCAGTATTAGTTCTCACGC
TTCATTTGGGGAGCTAAAGAAGATGTTGAGTGGACCAACGGGCATACACCATCAAGACCA
GAAGCTAATGTATAAAGACAAAGAAAGAGACTCGAAGGCATTTCTTGACGTTTCGGGAGT
GAAAGATAAATCCAAGATGGTGCTTATCGAAGACCCGATTAGCCAAGAGAAACGATTCTT
GGAGATGAGGAAACTCGCCAAAACAGAAAAGGCGTCTAAAGCGATTTCCGATATTAGCCT
CGAAGTTGATAGGCTCGGAGGACGTGTCTCGGCTTTTGAGATGGTTAT

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR1FM63JQ 756 0 0
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GGTGATTGAACTGTTGATGAATGAGTTGATCAAGCTGGATGGGATTGTAGCTGAAGGAGA
TGTGAAGTTACAAAGAAAGATGCAGGTGAAGAGAGTGCAGAACTATGTGGAAGCACTTGA
TGTTTTGAAGGTGAAGAACTTTATGGCTAATGGGCAGCAGAAACAGTCTAGTCGTCAGAG
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CATGCCTATAAACTACAAACCTAAGAAGCAAGAGATTGTGGAGGAGCCAGGAGCAGGACC
AAATCTTATGGATTTTTTTACTAAATGGGAAACATTTGATCATCATACCGCGACGACGAC
GACTCCATTGAGCTCGAATACTGCAAATAATCATGTCATCCCGCCCAGGTTCAATTGGGA
ATTCTTTGATTAAAGAACTCAAATTTGATGAGACCTTTTTTTTCTACTTGTATGCTTAAT
TCTTGTGTGGAGGTGTTCTTTTTTTTTTCCTTTTTCATCTTCTACTTGTTCTTCTTTATC
ATCATCATGATTCTTTTCATGTACTTAGATTCTTGTGGGCGTTGTTGTTGTGCGTTATAA
GAAATAAACAGAGACGCTACTACAGATAATTTGACC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL5177Contig1 688 2 2 U
GGTAAACACCCAGAAACTGACGAAGTAGACCATGCGACAAAGAACCGATGAAGTCAAGCA
TGTGACAAGTCTACGTCAAAGAGAAGCAAGATATGACGAGGCTTCGATCAGACCTCTTGG
TTGAAGACAGGAAGCGTATCACTTCACACCGGCCAAAGACAATCTTGAGAACCAAGACGG
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TTTTGAAGATGAACCACCATACCGTTAATCAAATAGATCTGGAAATTACATCACAAATCT
AGCCAAAATCAGATCCGATCAACCCAGATCAGGATCTACAGATTAACAACTCCGAATTTA
CTATGGAAGGTATCTGGTTCTGTTCTTATCATGATAGAGCCACTTGGAGATTGAGGTGTC
TTGCTACTTTGGATATTCCATCATTGTGTTCATCTATGTTAGCTAGCTATATTTTGGGTT
TTTAGTTCTCAATCGGCATGTAATAATTTTCCAGGGATAGTTCTTTATCCACTGGCTTTG
GACTCTGGTGGTTTGTTTAACCACTAGCTTTGGACTCCGAGGTTTTGTTTAACTTGTCGG
CTTTGGTTCTGATGTTGTGCTTTATCCTCTGTTTACTTGCTGTTCTTGTGTAATATGGTT
CTCATATGAATATAATGTTTCAGTGTTT


BQ
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AF RR1G644TF U 1
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BS 670 688 RR1G644JQ

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CTCATATGA

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AAGGAACATGCAGTTTTGAAGATGAACCCCCATACCGTTAATCAAATAGATTTGGAAATT
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AGATTGAGGTGTCTTGCTACTTTGGATATTCCATCATTGTGTTCATCTATGTTAGCTAGC
TATATTTTGGGTTTTTAGTTCTCAATCGGCATGTAATAATTTTCCAGGGATAGTTCTTTA
TCCACTGGCTTTGGACTTTGGTGGTTTGTTTAACCACTAGCTTTGGACTCCGAGGTTTTG
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GTGTAATATGGTTTTCATATGAATATAATGTTTCAGTGTTT

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

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ATCAGGAGACAAAGAGCAGCAGTTTCATTTATGGTTTGATCCAACCCTTGACTTTCACAC
TTACTGCATCACATGGAACCCCGAAAGGATTATGTAAGTAAATCTTTTGATCCCTTGTAT
ATATATTATATAGCATAGTCTCACATGTTTTGAACCGAACCATTTTATCATGTGTAAAGT
GAAACGGTTGAATGATCCTATTTCTTAAAAAAAAGAAAAGAATCATTGGTTTTAAAAATT
ATGTTAATATTTTTTTGAACAGTGTTTATAAATAATTTGAGACTGAACCTATTTTGAAGC
TACGTGTTCATAAGTTAATATTCTCTATTTTTTTCTTCTTTTTCAGCTTTACAGTTGATG
GCATTCCCATCAGAGAATTCAAGAACTCCGAGTCGATTGGAATCCCTTTCCCAAAGATCC
AACCAATGAGGCTCTACGCGAGCCTTTGGGAAGCTGAGCATTGGGCTACAAGGGGAGGAT
TAGAGAAGACAGATTGGTCAAAAGCTCCTTTTACTGCTTTCTACAGAAACTATAATGTGG
AAGGATGTGTCTGGGCTAATGGTAAATCATCTTGCCCGGCTAATAACTCCCCATGGTTCA
CTCAGAAACTTGACCAGAGAGGCATGAACAGAGTGAAATGGGCGCAGCGTAAATACATGG
TCTACAACTATTGTAACGATAAGAAGAGGTTTCCTAATGGTGTTCCTGCAGTGTGCACTT
AAGCTATTGATTCTTTGATTCATGAATAAGTTACTTGGCGTTGTCTTAATTTGTAACTCA
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TAAGATATTTATAATAATAATGAA


BQ
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AF RR1CI44TF U 1
AF RR1CI44JQ C 516
BS 1 627 RR1CI44TF
BS 628 1284 RR1CI44JQ

RD RR1CI44TF 627 0 0
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GTTTGCGTTCTTGGTTCTCTTTCTCTTTGCGGTACAATCAGTATGCGTCTATGCCGGTAG
CTTCCACAAAGATGTGAAGATACACTGGGGTGGTGGTCGTGGAAAGATTCACGACAATGA
AGGAAAACTTCTTTCTCTTTCTCTTGACAAATCCTCTGGATCCGGTTTTCAGTCCAACGA
TGAGTTTCTTTATGGCAAAGCTGAGGTTCAAATGAAGCTTGTCCCTGGTAACTCTGCTGG
AACAGTCACAACTTTCTATCTTAAATCACCGGGTACTACGTGGGATGAGATTGACTTCGA
GTTCTTGGGAAACATTAGTGGTCATCCATATACTCTTCATACTAATGTTTACACAAAAGG
ATCAGGAGACAAAGAGCAGCAGTTTCATTTATGGTTTGATCCAACCCTTGACTTTCACAC
TTACTGCATCACATGGAACCCCGAAAGGATTATGTAAGTAAATCTTTTGATCCCTTGTAT
ATATATTATATAGCATAGTCTCACATGTTTTGAACCGAACCATTTTATCATGTGTAAAGT
GAAACGGTTGAATGATCCTATTTCTTA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1CI44JQ 769 0 0
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CGAACCATTTTATCATGTGTAAAGTGAAACGGTTGAATGATCCTATTTCTTAAAAAAAAG
AAAAGAATCATTGGTTTTAAAAATTATGTTAATATTTTTTTGAACAGTGTTTATAAATAA
TTTGAGACTGAACCTATTTTGAAGCTACGTGTTCATAAGTTAATATTCTCTATTTTTTTC
TTCTTTTTCAGCTTTACAGTTGATGGCATTCCCATCAGAGAATTCAAGAACTCCGAGTCG
ATTGGAATCCCTTTCCCAAAGATCCAACCAATGAGGCTCTACGCGAGCCTTTGGGAAGCT
GAGCATTGGGCTACAAGGGGAGGATTAGAGAAGACAGATTGGTCAAAAGCTCCTTTTACT
GCTTTCTACAGAAACTATAATGTGGAAGGATGTGTCTGGGCTAATGGTAAATCATCTTGC
CCGGCTAATAACTCCCCATGGTTCACTCAGAAACTTGACCAGAGAGGCATGAACAGAGTG
AAATGGGCGCAGCGTAAATACATGGTCTACAACTATTGTAACGATAAGAAGAGGTTTCCT
AATGGTGTTCCTGCAGTGTGCACTTAAGCTATTGATTCTTTGATTCATGAATAAGTTACT
TGGCGTTGTCTTAATTTGTAACTCAATGAGTTTTATTTATTCTCTTTAATTCATTTGTTG
CTCATGTGTGTTTGTGGTGTATGAGTAAGATATTTATAATAATAATGAA

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL5179Contig1 1354 2 2 U
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ACCAAAAACCTTAAAAACTAGCCGCATCTTAAAACAGTCATATCTCCCTAACCGTAACGA
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ACCTCGCGAGGATCCGATCTCAGACGCGCCGTCACGCTCTGTTTTATTGTGCGCCGTCAA
TTGCTCAAGAACTCTAATTTTGACGCAACTTCAAATCGATCGTTCTCGCAAACCATAACG
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ATTGCACAAGAACCCTAATTTTGACTCAACTTCAAATCGATCGTTCTCCCAAACCGTAAA
GATCCAGAAGACGTGCGACATATCAATTTGAAGCTATTGAAGAGGAGAATCCAACGCCGC
AGACCTCACCTCAATCCGTGATCAGACGCGTTCTCTACGACAGCTACAAGCCGTGCCGTC
AAAATCAGAAACTAAACCTAAGGCTGCAAACTTCTCTTTCTAGTTTGTTTATAGCCGATT
TATTATTTGATCTTACTAACTTCCTTTCATCAATTTGTTTAAGGAAAACAAAGGATCAAA
TCTAATCAGATCAATTGAGGTTGAGATTTCCAAAGGAACCAAGGAGCAAATCGAGATCTA
AAAGTTATAACATTGGATCCATACATGGATAGTTCTCAAACAAGCAGTATGCACACGTTG
GAAAACAAATATGAAGAAGTACGAGTCCAACCAAAGACATGTCAACCTGCTTCTTCACCA
TGTCTACAACATCACCACGTCCATGAGATCTTCCTATCAGTCCAGGACGTGCACATTAGA
AGACCAGCTCAGAGACTTGGCGCTCATGGAGTTACCACCAGTTTACTCATGCGCCAACCT
CAAGAGCATATACGGAGGTACAAATCAGGGGAAGTGATACATGTTGTACTCTTTTTCCTT
CACCATGGTTTTGTCCCACTGGGTTTTCCTGGTAAGGTTTTAATGAGGCAACACCAAGTA
ACTGATAAAGTGTATCACGAGCCCAAAAAGGATTTGGTATCTGGCGAACTCAAGATGGAT
TCAACATCCAGGGGAAGCGTTATGAACCGACTGGTTCAGGTGGATGTTTATCCAAAAGAT
ACTTACTAGGCTTTGGCCCATTAGTAGTCCATCTTATAATTCCCTATATAAGGAGTTCAT
ATTCGGCATTAATAAGACACATACATTCACAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BE80TF U 1
AF RR1BE80JQ C 542
BS 1 730 RR1BE80TF
BS 731 1354 RR1BE80JQ

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AGACCTCACCTCAATCCGTGATCAGACGCGTTCTCTACGACAGCTACAAGCCGTGCCGTC
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TATTATTTGATCTTACTAACTTCCTTTCATCAATTTGTTTAAGGAAAACAAAGGATCAAA
TCTAATCAGA

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DS 

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ATTATTTGATCTTACTAACTTCCTTTCATCAATTTGTTTAAGGAAAACAAAGGATCAAAT
CTAATCAGATCAATTGAGGTTGAGATTTCCAAAGGAACCAAGGAGCAAATCGAGATCTAA
AAGTTATAACATTGGATCCATACATGGATAGTTCTCAAACAAGCAGTATGCACACGTTGG
AAAACAAATATGAAGAAGTACGAGTCCAACCAAAGACATGTCAACCTGCTTCTTCACCAT
GTCTACAACATCACCACGTCCATGAGATCTTCCTATCAGTCCAGGACGTGCACATTAGAA
GACCAGCTCAGAGACTTGGCGCTCATGGAGTTACCACCAGTTTACTCATGCGCCAACCTC
AAGAGCATATACGGAGGTACAAATCAGGGGAAGTGATACATGTTGTACTCTTTTTCCTTC
ACCATGGTTTTGTCCCACTGGGTTTTCCTGGTAAGGTTTTAATGAGGCAACACCAAGTAA
CTGATAAAGTGTATCACGAGCCCAAAAAGGATTTGGTATCTGGCGAACTCAAGATGGATT
CAACATCCAGGGGAAGCGTTATGAACCGACTGGTTCAGGTGGATGTTTATCCAAAAGATA
CTTACTAGGCTTTGGCCCATTAGTAGTCCATCTTATAATTCCCTATATAAGGAGTTCATA
TTCGGCATTAATAAGACACATACATTCACAACT

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

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GAGCTTGTTT


BQ
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT76JQ C 1
AF RR1FT76TF U 1
BS 1 484 RR1FT76TF
BS 485 490 RR1FT76JQ

RD RR1FT76JQ 490 0 0
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CGGTGGAGCCGGGAAATCAGGTGGCGGAGATTCAAACATCTTGGCTCGGATCTCTAACTC
CGAGATCGTATCTCAAGGGAGACGCGCAGCTGGAGATGCCGTGGGAGTGTCGAAGCAACT
GATCTGGAGCACGGGAAAAGCGGCGTGGATCGCTGGTACGACTTTTCTCATCCTCGTTGT
TCCGTTGATCATCGAGATGGATCGTGAAGCGCAGCTCAACGAATTAGATCTTCAGCAGGC
AAGCCTCCTCGGAGCTCCCGCGTCTCCTGCGCAAAGGGGAATGTAGAAAACCCTAGATGG
GCCAACTTCGAGGCTTTTGCAATTAGGGTGGTTTATCTGTTTGTTTAATCTGTTTATGTT
ATGTTTTTTGTCGGATACGAGTTCTTACACACGGACACGGTGGATTCTCATTAAAGTTTC
GAGCTTGTTT

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1FT76TF 484 0 0
GGACAAACGATAAGGTGCAAAAGAAGAAAAAGTTATCTATCAATCGATGGCGAAGAGAAT
CGGTGGAGCCGGGAAATCAGGTGGCGGAGATTCAAACATCTTGGCTCGGATCTCTAACTC
CGAGATCGTATCTCAAGGGAGACGCGCAGCTGGAGATGCCGTGGGAGTGTCGAAGCAACT
GATCTGGAGCACGGGAAAAGCGGCGTGGATCGCTGGTACGACTTTTCTCATCCTCGTTGT
TCCGTTGATCATCGAGATGGATCGTGAAGCGCAGCTCAACGAATTAGATCTTCAGCAGGC
AAGCCTCCTCGGAGCTCCCGCGTCTCCTGCGCAAAGGGGAATGTAGAAAACCCTAGATGG
GCCAACTTCGAGGCTTTTGCAATTAGGGTGGTTTATCTGTTTGTTTAATCTGTTTATGTT
ATGTTTTTTGTCGGATACGAGTTCTTACACACGGACACGGTGGATTCTCATTAAAGTTTC
GAGC

QA 1 484 1 484
DS 



AS 1 2

CO CL5181Contig1 860 2 2 U
GGGGGAGATCTTGGAAATGCTAAAGACACAGTTCTGCTGGCACTTCAAGACGTGCTTGAG
CACAAGGACAAATCTGGAATTGGAGCTTGCTCTTCTCTCGGCCATCTTCTTAACGAGGTT
TTTGAACTTGTTGTAGAGCCAAAGCTTGTGCAGCCAACTTTTGTATTGGACTACCCAATC
GAGATATCTCCCTTGGCCAAGCCACACCGCGGTAATGCAGGTTTGACTGAAAGATTTGAG
CTGTTCATCTGTGGCCGTGAAATGGCAAACGCATTCTCTGAACTGACTGATCCTGTGGAC
CAGAGGAGGCGGTTGGAAGAGCAAGTAAGGCAGCATAACGCAAAGCGAGCAGCGGCTGCA
TCAAAGACTCCTGAGCAAAAGGCAAAGAAAGATGATGATGATGATGATGATGATGATGAT
GACGATTCATATGAAGTGACACTAGACGAAGACTTTCTCACTGCCCTGGAATACGGAATG
CCTCCTGCCTCTGGAATGGGGCTTGGTATTGACAGGCTGGTGATGCTGTTGACAAACTCT
GCGAGTATAAGAGACGTCATTGCGTTTCCTGTTCTGAAAGTTCAGCAGTAACACTTATGC
CGAACTTGGTAATACATGTTTGTAGTCTTAGCATTTCTCTGTGTATCTTTTGGGTTATTT
CTCCAGCAGAGGAGGTTGGAAGAAGCATACGCAATTAGATAGCAAAAAAATCAAATCCAA
TGATTTTATTCTTGATGCATGTATTAGACCACATGTTGAGGGTGTACTGAATAAACAATG
GTTCAGTTTTCTTGCAAGAAAATAGAAGCTTCACGCTCTCTACTCTCTTGCTTTTACTGA
TTTGCTAATTGATTATGGAC


BQ
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AF RR1DZ04TF U 1
AF RR1DZ04JQ C 375
BS 1 632 RR1DZ04TF
BS 633 860 RR1DZ04JQ

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CACAAGGACAAATCTGGAATTGGAGCTTGCTCTTCTCTCGGCCATCTTCTTAACGAGGTT
TTTGAACTTGTTGTAGAGCCAAAGCTTGTGCAGCCAACTTTTGTATTGGACTACCCAATC
GAGATATCTCCCTTGGCCAAGCCACACCGCGGTAATGCAGGTTTGACTGAAAGATTTGAG
CTGTTCATCTGTGGCCGTGAAATGGCAAACGCATTCTCTGAACTGACTGATCCTGTGGAC
CAGAGGAGGCGGTTGGAAGAGCAAGTAAGGCAGCATAACGCAAAGCGAGCAGCGGCTGCA
TCAAAGACTCCTGAGCAAAAGGCAAAGAAAGATGATGATGATGATGATGATGATGATGAT
GACGATTCATATGAAGTGACACTAGACGAAGACTTTCTCACTGCCCTGGAATACGGAATG
CCTCCTGCCTCTGGAATGGGGCTTGGTATTGACAGGCTGGTGATGCTGTTGACAAACTCT
GCGAGTATAAGAGACGTCATTGCGTTTCCTGTTCTGAAAGTTCAGCAGTAACACTTATGC
CGAACTTGGTAATACATGTTTGTAGTCTTAGC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1DZ04JQ 486 0 0
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AGTGACACTAGACGAAGACTTTCTCACTGCCCTGGAATACGGAATGCCTCCTGCCTCTGG
AATGGGGCTTGGTATTGACAGGCTGGTGATGCTGTTGACAAACTCTGCGAGTATAAGAGA
CGTCATTGCGTTTCCTGTTCTGAAAGTTCAGCAGTAACACTTATGCCGAACTTGGTAATA
CATGTTTGTAGTCTTAGCATTTCTCTGTGTATCTTTTGGGTTATTTCTCCAGCAGAGGAG
GTTGGAAGAAGCATACGCAATTAGATAGCAAAAAAATCAAATCCAATGATTTTATTCTTG
ATGCATGTATTAGACCACATGTTGAGGGTGTACTGAATAAACAATGGTTCAGTTTTCTTG
CAAGAAAATAGAAGCTTCACGCTCTCTACTCTCTTGCTTTTACTGATTTGCTAATTGATT
ATGGAC

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 2

CO CL5182Contig1 1159 2 2 U
TCTAATTTTCGAGAGGAAAATTAGGCCTAAGATGACACTACCAATTTTCTATAGGCTTCT
TGCTCTTGGAATACTAGAACCCCTTATGGACCAGAACTTCTACTACATAGGATTGAAATC
CACGTCAGCATCGTACACTTCTGCCTTTACCAATGCACTTCCAGCCGTCACCTTCATCCT
CGCCCTCATTTTCAGGCTTGAGACAGTGAACTTTAAAAAGATACACAGTATTGCAAAAGT
TGTAGGAACGGTAATAACGTTGGGAGGAGCTATGGTAATGACTTTGTACAAAGGTCCGGC
CATCGAAATCGTGAAAGCTGCACATTCTTCCTTCCACGGTGGCTCAACCACAGCCACTGG
CCAGCACTGGGTCACCGGAACCTTAGCCATCATGGGAAGTATCTCCACTTGGGCTGCTTT
CTTCATTTTACAGTCGTTCACGTTAAAACTTTACCCGGCTGAGTTATCCCTCGTGACGTT
GATATGTGGGATCGGATCGATCTTAAATTTTGCCGTTTCGATGATATTTGTCCGGGACTT
GAGCGCCTGGAAAATCGGCATGGATTCCGGGACGCTCGCAGCCGTTTACTCCGGGAGTGG
TTTGTTCAGGCATCGCGTATTACGTACAAAGCATTGTGATAAAGCAACGTGGCCCTGTGT
TTACGACGTCGTTTAGTCCTATGTGTATGGTTATTACTTCATTCCTCGGTGCCCTTGTTT
TGGCTGAGAAAATCCACCTCGGAAGTATAATTGGAGCAATTTTCATCGTCATTGGACTAT
ATAGTGTGGTCTGGGGAAAAAGCAAAGATGTAGTGAATCCCTTGGATGAGAAAATAGTAG
CTCAAGAGCTTCCGATCACTAATGTAGTCAAACAGCACGGTCATGATCTTTCGGGAGCAC
AACCGAACGGTCTTGATGTCTCGAGAGCACCAACTAACGGTGGGTCTGCAAATACCTAAA
TCAGCCCCGAAGAGAATAAGGAAGATACAAAGACAAAGATGTGATTGAAATTTTGATATC
TTTCTATGTTGTTCTTTGTTTTTAATACTTTTTTAATTTTCTAAATCGTCCTACCCTTAA
CTTTAGTATCATTACATATTTCTATGTTTTTACTTCTTGTATTTTGAAATTTCAAGGCAA
ATGATGAATGAATCATTTG


BQ
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AF RR1CK52TF U 1
AF RR1CK52JQ C 463
BS 1 717 RR1CK52TF
BS 718 1159 RR1CK52JQ

RD RR1CK52TF 717 0 0
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TGCTCTTGGAATACTAGAACCCCTTATGGACCAGAACTTCTACTACATAGGATTGAAATC
CACGTCAGCATCGTACACTTCTGCCTTTACCAATGCACTTCCAGCCGTCACCTTCATCCT
CGCCCTCATTTTCAGGCTTGAGACAGTGAACTTTAAAAAGATACACAGTATTGCAAAAGT
TGTAGGAACGGTAATAACGTTGGGAGGAGCTATGGTAATGACTTTGTACAAAGGTCCGGC
CATCGAAATCGTGAAAGCTGCACATTCTTCCTTCCACGGTGGCTCAACCACAGCCACTGG
CCAGCACTGGGTCACCGGAACCTTAGCCATCATGGGAAGTATCTCCACTTGGGCTGCTTT
CTTCATTTTACAGTCGTTCACGTTAAAACTTTACCCGGCTGAGTTATCCCTCGTGACGTT
GATATGTGGGATCGGATCGATCTTAAATTTTGCCGTTTCGATGATATTTGTCCGGGACTT
GAGCGCCTGGAAAATCGGCATGGATTCCGGGACGCTCGCAGCCGTTTACTCCGGGAGTGG
TTTGTTCAGGCATCGCGTATTACGTACAAAGCATTGTGATAAAGCAACGTGGCCCTGTGT
TTACGACGTCGTTTAGTCCTATGTGTATGGTTATTACTTCATTCCTCGGTGCCCTTG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1CK52JQ 697 0 0
GTTATCCCTCGTGACGTTGATATGTGGGATCGGATCGATCTTAAATTTTGCCGTTTCGAT
GATATTTGTCCGGGACTTGAGCGCCTGGAAAATCGGCATGGATTCCGGGACGCTCGCAGC
CGTTTACTCCGG*AGTGGTTTGTTCAGGCATCGCGTATTACGTACAAAGCATTGTGATAA
AGCAACGTGGCCCTGTGTTTACGACGTCGTTTAGTCCTATGTGTATGGTTATTACTTCAT
TCCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAGAAAATCCACCTCGGAAGTATAATTGGAGCAATTT
TCATCGTCATTGGACTATATAGTGTGGTCTGGGGAAAAAGCAAAGATGTAGTGAATCCCT
TGGATGAGAAAATAGTAGCTCAAGAGCTTCCGATCACTAATGTAGTCAAACAGCACGGTC
ATGATCTTTCGGGAGCACAACCGAACGGTCTTGATGTCTCGAGAGCACCAACTAACGGTG
GGTCTGCAAATACCTAAATCAGCCCCGAAGAGAATAAGGAAGATACAAAGACAAAGATGT
GATTGAAATTTTGATATCTTTCTATGTTGTTCTTTGTTTTTAATACTTTTTTAATTTTCT
AAATCGTCCTACCCTTAACTTTAGTATCATTACATATTTCTATGTTTTTACTTCTTGTAT
TTTGAAATTTCAAGGCAAATGATGAATGAATCATTTG

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL5183Contig1 1110 2 2 U
GGGTTGATCTTTAGACGAGTTATGGGGAAAGAGAGCAGCAAAGCCTCGAGCTTGAAAGCA
GAGCAGAAAGTTATTGTTCTCCGTTCGGTCGCTCAGTACTTGGAGCGATGTGGGTTTTCT
AAATGCTTCAAGAAGCTTCTCTCCGAAGCTGAAATCGAGAAGAAGGAGTTGAACAGTAGC
TTACCGGATTTAGAGGAAGTTTTCTGCGATTTTTTTAACAAGAGCCATGTTGAAGAATCT
GGTGATGATAATGAGGATGGGAAGAAGAAGAAGAAAGCAGCAAGTGTAGATGAGAATGCA
TCTGTTGATCACCAAAAGGACGAGAAGAAAGATAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGGAACCA
GAACTGGAGGTAACTAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGGTCAAAGAGACTGATGCTGAGATT
GAAGACGGACTGAAAGAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAACCAAGTCTGAGTCTTTG
GTTGAAGATGAGGATAAGGAGAAATCCTCCAAGAAAAGGAAAAGATCAGAGCCTGAAGAG
ACTAAAGAAGAGACCGAGGAGGAGGATGATGATGAGGGATCAAAACGGAGGAAGAAAGAA
GAGAATGTAGTGGAAGAAGCGCCTGTTAAGCAGCAGGCTGATGATGTTCAGGAAAACGGT
AACGTTGAGAAAAGCGAAAAGAAATCAGGAAAAGGCCTTTCTAACTCTAAAGAGCCGAAG
AAACCGTTTCAGAGAGTGAACGTTGAAGAGGTTGTCTTCACTGACGAGAGGCTAAAAGAT
AACTCTTACTGGGCAAAGGATGGTGCTGATTCGGGTTATGGTGCTAAAGCTCAAGAGGTT
CTAGGTCAAGTCAGAGGAAGGGGTTTCCGACATGAGAAGACGAAGAAGAAACGTGGTAGC
TACAGAGGAGGAGAGATCGATCTTCAGTCATATTCGGTTAAGTTTGAGTACTCAGACGAT
GAATGATGATCATTGATGAGCAATACACTTGTCTTTATCTTCATCTTTGTTTCTCTTTTT
AAATTATTACCCGCCATCTCTTTCTTTTGCTCTGCTTATCTCAAAATGTAAAACTATTCG
GATCTAATTAACCCGGAACTGGGTTCAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD24TF U 1
AF RR1GD24JQ C 425
BS 1 632 RR1GD24TF
BS 633 1110 RR1GD24JQ

RD RR1GD24TF 632 0 0
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GAGCAGAAAGTTATTGTTCTCCGTTCGGTCGCTCAGTACTTGGAGCGATGTGGGTTTTCT
AAATGCTTCAAGAAGCTTCTCTCCGAAGCTGAAATCGAGAAGAAGGAGTTGAACAGTAGC
TTACCGGATTTAGAGGAAGTTTTCTGCGATTTTTTTAACAAGAGCCATGTTGAAGAATCT
GGTGATGATAATGAGGATGGGAAGAAGAAGAAGAAAGCAGCAAGTGTAGATGAGAATGCA
TCTGTTGATCACCAAAAGGACGAGAAGAAAGATAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGGAACCA
GAACTGGAGGTAACTAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGGTCAAAGAGACTGATGCTGAGATT
GAAGACGGACTGAAAGAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAACCAAGTCTGAGTCTTTG
GTTGAAGATGAGGATAAGGAGAAATCCTCCAAGAAAAGGAAAAGATCAGAGCCTGAAGAG
ACTAAAGAAGAGACCGAGGAGGAGGATGATGATGAGGGATCAAAACGGAGGAAGAAAGAA
GAGAATGTAGTGGAAGAAGCGCCTGTTAAGCA

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1GD24JQ 686 0 0
ACGGACTGAAAGAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAACCAAGTCTGAGTCTTTGGTTG
AAGATGAGGATAAGGAGAAATCCTCCAAGAAAAGGAAAAGATCAGAGCCTGAAGAGACTA
AAGAAGAGACCGAGGAGGAGGATGATGATGAGGGATCAAAACGGAGGAAGAAGGAAGAGA
ATGTAGTGGAAGAAGCGCCTGTTAAGCAGCAGGCTGATGATGTTCAGGAAAACGGTAACG
TTGAGAAAAGCGAAAAGAAATCAGGAAAAGGCCTTTCTAACTCTAAAGAGCCGAAGAAAC
CGTTTCAGAGAGTGAACGTTGAAGAGGTTGTCTTCACTGACGAGAGGCTAAAAGATAACT
CTTACTGGGCAAAGGATGGTGCTGATTCGGGTTATGGTGCTAAAGCTCAAGAGGTTCTAG
GTCAAGTCAGAGGAAGGGGTTTCCGACATGAGAAGACGAAGAAGAAACGTGGTAGCTACA
GAGGAGGAGAGATCGATCTTCAGTCATATTCGGTTAAGTTTGAGTACTCAGACGATGAAT
GATGATCATTGATGAGCAATACACTTGTCTTTATCTTCATCTTTGTTTCTCTTTTTAAAT
TATTACCCGCCATCTCTTTCTTTTGCTCTGCTTATCTCAAAATGTAAAACTATTCGGATC
TAATTAACCCGGAACTGGGTTCAAGT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL5184Contig1 553 2 8 U
GGGCTCCTGCTCTCATCAGTTTTGGTAGGCTAAACTTTCCAATAGAAATGGGTGTATTCC
CTGGATTTGGTGCCTGGATCAATCAGAACAATCAAGAGTCTCCTAATGCCGAGTCCAAGA
GATCTGAAAATGTCGAATCCAAGTCCGCGTCAGAGAAAGACACTAATAATGCTCATTTTA
AGAAGAAGAAGAAGGATGTGATATATTATGATTATAGAGATTCGATCAGACAACAAGGGC
TTTGGTATGAAGCAGAGAAGAAGCATCCGTGGCATAATCCCCGTCCCAAGATCAAGGTGA
CAAATAAAAAGGGTCTTTACCATATGAACATAGAATTGACCGTGGGAACAGCTCCTGATA
CACTCTACGGATTGATGATTGAACCAAAAGGCGGTCCGTTTTTCGATTATGATAAGTGGC
GCGACCTAATGGTTTTCTTTACTAATCATTATATATATGATTCGAATGTGGTATTAAATA
TAGCCAATACTTGATATATATATTTTGCTATCTAGAGAAACACATCAAGAAAGGTTTTGA
AGGAGAATGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE77TF U 1
AF RR1H521TF U 7
BS 1 136 RR1DE77TF
BS 137 137 RR1H521TF
BS 138 145 RR1DE77TF
BS 146 146 RR1H521TF
BS 147 367 RR1DE77TF
BS 368 368 RR1H521TF
BS 369 471 RR1DE77TF
BS 472 553 RR1H521TF

RD RR1DE77TF 471 0 0
GGGCTCCTGCTCTCATCAGTTTTGGTAGGCTAAACTTTCCAATAGAAATGGGTGTATTCC
CTGGATTTGGTGCCTGGATCAATCAGAACAATCAAGAGTCTCCTAATGCCGAGTCCAAGA
GATCTGAAAATGTCGAGTCCAAGTCGGCGTCAGAGAAAGACACTAATAATGCTCATTTTA
AGAAGAAGAAGAAGGATGTGATATATTATGATTATAGAGATTCGATCAGACAACAAGGGC
TTTGGTATGAAGCAGAGAAGAAGCATCCGTGGCATAATCCCCGTCCCAAGATCAAGGTGA
CAAATAAAAAGGGTCTTTACCATATGAACATAGAATTGACCGTGGGAACAGCTCCTGATA
CACTCTATGGATTGATGATTGAACCAAAAGGCGGTCCGTTTTTCGATTATGATAAGTGGC
GCGACCTAATGGTTTTCTTTACTAATCATTATATATATGATTCGAATGTGG

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1H521TF 547 0 0
GG
GCTCTCATCAGTTTTGGTATGCTAAACTTTCCAATAGAAATGGGTGTATTCCCTGGATTT
GGTGCCTGGGTCAATCAGAACAATCAAGAGTCTCCTAATGCCGAGTCCAAGAGATCTGAA
AATGTCGAATCCAAGTCCGCGTCAGAGAAAGACACTAATAATGCTCATTTTAAGAAGAAG
AAGAAGGATGTGATATATTATGATTATAGAGATTCGATCAGACAACAAGGGCTTTGGTAT
GAAGCAGAGAAGAAGCATCCGTGGCATAATCCCCGTCCCAAGATCAAGGTGACAAATAAA
AAGGGTCTTTACCATATGAACATAGAATTGACCGTGGGAACAGCTCCTGATACACTCTAC
GGATTGATGATTGGACCAAAAGGCGGTCCGTTTTTCGATTATGATAAGTGGCGCGGCCTA
ATGGTTTTCTTTACTGATCATTATATATATGATTCGAATGTGGTATTAAATATAGCCAAT
ACTTGATATATATATTTTGCTATCTAGAGAAACACATCAAGAAAGGTTTTGAAGGAGAAT
GGTCC

QA 3 547 3 547
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5186Contig1 1154 2 6 U
GTGAAGGACATAACCGATAACTAAGGTTCAAAGTCCTTGATTGGTGAGGGCTCTTATGGA
AGAGTGTTCTACGGTGTTCTTAGAAGCGGCAAGGCTGCTGCCATTAAGAAACTTGATTCC
AGTAAGCAACCTGATCAAGAGTTTCTCGCCCAGGTATCAATGGTTTCGAGATTGCGACAA
GACAATGTTGTTGCACTTTTGGGATATTGCGTTGATGGCCCACTCCGTGTGCTCGCTTAT
GAGTTTGCTCCTAATGGCTCTCTTCATGATATTCTTCATGGTAGGAAAGGAGTGAAAGGA
GCACAGCCTGGACCTGTTCTGTCGTGAACCAGAGAGTTAAAATAGCGGTTGGTGCGGCTA
GGGGACTGGAGTACTTGCATGAGAAGGCGAACCCTCATGTTGTCCACCGAGACATCAAAT
CCAGCAATGTTCTTCTGTTTGACGATGATGTTGCTAAGATTGCTGATTTCGATCTCTCCA
ACCAAGCCCCTGACATGGCTGCTCGCCTTCACTCAACTCGTGTGTTGGGAACCTTCGGTT
ATCATGCTCCAGAGTATGCAATGACAGGAACATTGAGCACAAAGAGTGATGTGTATAGTT
TTGAGGTTGTTCTGCTAGAGCTCCTCACAGGTCGTAAACCAGTTGATCATACCTTACCCC
GAGGACAACAGAGTCTCGTTACATGGGCAACTCCTAAACTGAGTGAAGACAAGGTGAAGC
AGTGCGTCGATGCAAGACTAAACGGAGAATATCCTCCCAAGGCTGTTGCCAAGCTGGCTG
CTGTAGCTGCGCTATGTGTACAATATGAGGCAGACTTCAGGCCAAACATGAGCATAGTGG
TGAAGGCTCTTCAGCCTCTGCTCAATCCTCCTCGCTCTGCTCCTCAAACTCCTCACAGGA
ACAACCCCTATTGATTTGATATCCTCCAAATCTGATCCCACGCTTCATCATATCACTCAC
TATTTCATTTGTTTTTGTTTTGTTTGAATACAATTTGTGTAAATTCGTGAAAATAGGCTT
TTTAATTTCTCTCTCAAAAAAAAAAACCGGCAAGTCTCACTTGGAAACCTGAATGTTTTT
GTTATTTCATGCCTGCGGTGTAAGTTTCTACTAATTATTATACGATATGTGAGGAATGAA
TATCTATTTATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GAGGACAACAGAGTCTCGTTACATGGGCAACTCCTAAACTGAGTGAAGACAAG*TGAAGC
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QA 1 768 1 768
DS 

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TGCGGTGTAAGTTTCTACTAATTATTATACGATATGTGAGGAATGAATATCTATTTATAC
T

QA 1 661 1 661
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GCCTGATTCTCTGCAGCAGCAGCCTGAGAGAACGATGTCGTCATCGCCGGACATTGCCGG
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CAGGGAAACACGTCTTAGCTGTGTATCCAGGAACCACGGCGCTTTACAAGGCGACTGTAA
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GCCATCGCCAGTGATTTTTCAGATGGGTACACACTGAAATGAGAAACTCTTCATGTTTGA
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AF RR1AG72TF U 1
AF RR1AG72JQ C 649
BS 1 729 RR1AG72TF
BS 730 1458 RR1AG72JQ

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CGAGATCAATAAGATGCATAAGAAGCTTCAAGCTACGCCTGAGGTAGTTGAGAAGCCTGG
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AACGCAGTGTTTCAACCATTCTGCTCACCCAGTTGGATTCTCTGCTTCCATCTGGACCAA
CGGGGCAACAACGCAGAAAACTAGGTATACTTTGATTTACCATTTATACCTGGTGATGTT
TGCTCTTTTTGGGGCTTACATTGTTCTTGTGAGAAAGCAGAAGAACACTCTTTTGAGTCT
TAAACGTCTCCAAATGATTTTGATATATTTATATATATGTAAAGAGTGATTAAGATTTTT
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ATGCCAGTC

QA 1 729 1 729
DS 

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AAGTTGAAGTACTCGATGAAGAGCCAGGAGATGATGAAGAAGGAGGTGGCCAGAGGACTT
ATAAACTATCAATGTCATGTATATTACCCTTTCCCAAAAGGAATGATCCTTCAACCACAC
AAGAGTTTCAACCAGGGAAACACGTCTTAGCTGTGTATCCAGGAACCACGGCGCTTTACA
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ACGACGACGAAGAAGACGGAGCATTGCCACAAAGAACAGTGCCTTTCCACAAAGTGGTAG
CTTTACCAGAAGGCCATCGCCAGTGATTTTTCAGATGGGTACACACTGAAATGAGAAACT
CTTCATGTTTGATTACTTGGAGGCCAAAGCAAGTGTTAAAGGTTTGTTGCCTTGGTGTGT
GTTGTTGAAAGGATATCTCTTGGAAGAAGAAAAAGGTAAGTTGTTGTTTTTTTCTATTCA
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GTGGGTGGGGTATTTATATCATGTCGAGACACAATGTTGAACACAAAAGAAACTCCGTTT
TTGTTCGTGTGAAATTTACGTACTTTTAAG

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

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TCCTGGTTGGTAAGGATGGCTCTGTTTTGTTTGCGACCGATGCGTCGGTACGGTCGTATG
AACAGAGATGATGATGATGAAGACGACGACGGTGGTGATCATGAAGGCGACTCGCTGCTT
TGGTCTAGGGAGCTAGAGAGACATTCTTTCGGTGATTTCTCCATGGCCGTCGTGCAAGCT
AACGAGGTCGTTGAGGATCATAGCCAAGTCGAGACAGGGAAAGGAGCTGTCTTTGTCGGA
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CATCTCATGAGAGCATCGAAAGAACGTGGCGCCATTTCAGAGGAGACATTGAGGGCTGCG
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TTCGTGATATTCGCGTCGGATGGGCTATGGGAACAGATGAGCAACCAGCAAGCCGTGGAG
ATAGTCAGCAAGCATCCTCGTCCTGGGATAGCGAGGAGGCTGGTGAGAAGAGCGATGAGC
ATAGCAGCGAAGAAGAGAGAGATGAGGTACGATGATTTGAAGAAAGTGGAGAGAGGAGTG
AGGAGATTCTTTCATGATGATATAACGGTGGTTGTGATGTTCATAGACAGTGAGCTTCTT
ATGGTGGAGAAAGCTACTGTTCCTGAGCTCTCCGTTAAAGGTTTCTCTCATACCGTTGGA
CCTTCTAAGTTCAGTCTCTTCTTCTCTTAAAAATAAAAGTGTTTTTTTCTTCATCACATT
TGTTATTTTACTCCCACAGATATTTATTATTATGCTGAAACTGTAACTTTTATAGAGG


BQ
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AF RR1AH02TF U 1
AF RR1AH02JQ C 556
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TCCTGGTTGGTAAGGATGGCTCTGTTTTGTTTGCGACCGATGCGTCGGTACGGTCGTATG
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TTTTCCGCAACCGAGGAAGCGTTTCTCACGCTCGTGAGAAGGACTTGCTCGTTAAAACCC
TTGATCGCAGCCGTCGGATCTTGCTGTCTGGTCGGAGTTATCTGGAAAGGGACCTTGCTT
GTAGCCAACGTTGGTGATTCGCGTGCTGTCCTTGGCTCCTCCATGAGTAGTAGTAATAGG
TCGAACAAGATCGTAGCCGAGCAGCTGACTAGTGATCACAACGCTGCGTTGGAAGAAGTC
AGACAAGAGCTCAAGTCATTGCATCCCGATGATTCACACATCGTTGTACTCAAACACGGT
GTGTGGCGCATCAAAGGCATCATCCAGGTGTCT

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1AH02JQ 823 0 0
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GATTCGCGTGCTGTCCTTGGCTCCTCCATGAGTAGTAGTAATAGGTCGAACAAGATCGTA
GCCGAGCAGCTGACTAGTGATCACAACGCTGCGTTGGAAGAAGTCAGACAAGAGCTCAAG
TCATTGCATCCCGATGATTCACACATCGTTGTACTCAAACACGGTGTGTGGCGCATCAAA
GGCATCATCCAGGTGTCTAGATCAATAGGGGATGCGTACTTGAAACGTCCAGAGTTCTCA
CTCGATCCTTCGTTTCCGAAGTTCCATCTCACAGAACGGCTACAAAGACCGGTCCTATCA
GCAGAGCCATGCGTCTACACGAGAGTCTTGCAGACAAGCGATAAGTTCGTGATATTCGCG
TCGGATGGGCTATGGGAACAGATGAGCAACCAGCAAGCCGTGGAGATAGTCAGCAAGCAT
CCTCGTCCTGGGATAGCGAGGAGGCTGGTGAGAAGAGCGATGAGCATAGCAGCGAAGAAG
AGAGAGATGAGGTACGATGATTTGAAGAAAGTGGAGAGAGGAGTGAGGAGATTCTTTCAT
GATGATATAACGGTGGTTGTGATGTTCATAGACAGTGAGCTTCTTATGGTGGAGAAAGCT
ACTGTTCCTGAGCTCTCCGTTAAAGGTTTCTCTCATACCGTTGGACCTTCTAAGTTCAGT
CTCTTCTTCTCTTAAAAATAAAAGTGTTTTTTTCTTCATCACATTTGTTATTTTACTCCC
ACAGATATTTATTATTATGCTGAAACTGTAACTTTTATAGAGG

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 2

CO CL5189Contig1 1021 2 2 U
GTACTTCGGAGAAATGAGACGCGGCCTAGCCAGGCTTCATCTTTTGTCCAGCCTGAGGAA
AGAGTGGAACCCACAGAAGCAGAAAACTCCAAGCGTCCTCCTCGGCCAGCCAACACTCGA
GCAGGGAAAGATTATCATTTTTCTGCTTCCAACAGTGAAAAGCCAGAGAGGCTTGCAAGA
AACAAGGACAGACCTGATCGTGTTGTGTGGGCTCCTCGCCGTGCTGATGGTTCCAATATC
AGCGAGGATCAACCGACATCTTCAGCAGCAAACAATGGAGAAGTGGTGAACTCCTCTGGT
GGACACACTCTTGAGAATGGTTCTGCTAGACATTCTAGTCGCCGTATTGGAGCTCGCAAT
AGAAAAGAAGACGGCTTTGCATTGACTATTGAGGGTAAAACATCCCGGAGAGGTGGTGGT
GGTGGTGGGGGTCCCAGTTCACATGAGAAAAAGTGGATCCAAAAATCATCATCCGGTACT
TGATATATTCGCTTTACATATGGCTTTATATATCAAGCCAATTCCAATGGACTATGTCCT
TCAACGGGAATCTATAGATCTGAATCGAAATGGGGAGTAACACTCTATCAACATCACTCT
TGGTTTTTGGGGACTTTTGGTCCATCGTCGTAGGTCGTAGTATTGCAGATAAAAGAAACC
CTTCTCATAGTAGGAATCAGCTCAAGGTTTATGGTTGTAAGACAAGAAAGACTCGGTTGC
TACTTGCTTTTGAAGGCTTTTAGCAGTTCACGGTACCTGCATCCCCTTTTGGCTTGTGTT
GTGTTACAGACGAGTAGGTGAGAAGTGAGAACTTACTCCTAAGTAACGACTTAAAGTCAA
AGTGTATATGGAGCAGGAAACACTGTACGGGGTTATTATTTTTGGTTCCTGAGAGGTCTC
GGAATGTGATTTGCATATGATTTAACCATAATAGTTTTATCACTTTTCTTGTGGGAAGTG
GGTTTATTTCATCTGATTGTTATATAACTTATTCCACCAAAAGAATGTTTTGCATGCCAC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1CE93TF U 1
AF RR1CE93JQ C 307
BS 1 418 RR1CE93TF
BS 419 1021 RR1CE93JQ

RD RR1CE93TF 418 0 0
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AGAGTGGAACCCACAGAAGCAGAAAACTCCAAGCGTCCTCCTCGGCCAGCCAACACTCGA
GCAGGGAAAGATTATCATTTTTCTGCTTCCAACAGTGAAAAGCCAGAGAGGCTTGCAAGA
AACAAGGACAGACCTGATCGTGTTGTGTGGGCTCCTCGCCGTGCTGATGGTTCCAATATC
AGCGAGGATCAACCGACATCTTCAGCAGCAAACAATGGAGAAGTGGTGAACTCCTCTGGT
GGACACACTCTTGAGAATGGTTCTGCTAGACATTCTAGTCGCCGTATTGGAGCTCGCAAT
AGAAAAGAAGACGGCTTTGCATTGACTATTGAGGGTAAAACATCCCGGAGAGGTGGTG

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR1CE93JQ 715 0 0
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GGGGGTCCCAGTTCACATGAGAAAAAGTGGATCCAAAAATCATCATCCGGTACTTGATAT
ATTCGCTTTACATATGGCTTTATATATCAAGCCAATTCCAATGGACTATGTCCTTCAACG
GGAATCTATAGATCTGAATCGAAATGGGGAGTAACACTCTATCAACATCACTCTTGGTTT
TTGGGGACTTTTGGTCCATCGTCGTAGGTCGTAGTATTGCAGATAAAAGAAACCCTTCTC
ATAGTAGGAATCAGCTCAAGGTTTATGGTTGTAAGACAAGAAAGACTCGGTTGCTACTTG
CTTTTGAAGGCTTTTAGCAGTTCACGGTACCTGCATCCCCTTTTGGCTTGTGTTGTGTTA
CAGACGAGTAGGTGAGAAGTGAGAACTTACTCCTAAGTAACGACTTAAAGTCAAAGTGTA
TATGGAGCAGGAAACACTGTACGGGGTTATTATTTTTGGTTCCTGAGAGGTCTCGGAATG
TGATTTGCATATGATTTAACCATAATAGTTTTATCACTTTTCTTGTGGGAAGTGGGTTTA
TTTCATCTGATTGTTATATAACTTATTCCACCAAAAGAATGTTTTGCATGCCACC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5191Contig1 249 2 1 U
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AGCAACAAGAAATCTCCGTCGTTCAATCTGGCTCGGGAACTAAGGAACGGTTCGTGATCT
GAAACTTTAAAAAGTCAACTGACAAGTGGAGATTTGTTACTGGCTGTGAGAGTATTGAAC
CAAAAATTGCTTCGTCAATATTTAGTTGAATATGTACATAAGTTTTATTATTTATGGTTT
GGTGAATCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1E548TF U 1
AF RR1EV77TF U 1
BS 1 249 RR1E548TF

RD RR1E548TF 249 0 0
GGAGGAAGTTCGCCGGCGGCGAAGGAGTTCAAGAAGTTGTATGGACTTTTGAGGTTGAAA
AGCAACAAGAAATCTCCGTCGTTCAATCTGGCTCGGGAACTAAGGAACGGTTCGTGATCT
GAAACTTTAAAAAGTCAACTGACAAGTGGAGATTTGTTACTGGCTGTGAGAGTATTGAAC
CAAAAATTGCTTCGTCAATATTTAGTTGAATATGTACATAAGTTTTATTATTTATGGTTT
GGTGAATCA

QA 1 249 1 249
DS 

RD RR1EV77TF 249 0 0
GGAGGAAGTTCGCCGGCGGCGAAGGAGTTCAAGAAGTTGTATGGACTTTTGAGGTTGAAA
AGCAACAAGAAATCTCCGTCGTTCAATCTGGCTCGGGAACTAAGGAACGGTTCGTGATCT
GAAACTTTAAAAAGTCAACTGACAAGTGGAGATTTGTTACTGGCTGTGAGAGTATTGAAC
CAAAAATTGCTTCGTCAATATTTAGTTGAATATGTACATAAGTTTTATTATTTATGGTTT
GGTGAATCA

QA 1 249 1 249
DS 



AS 1 2

CO CL5192Contig1 1056 2 2 U
GCAAACGGAAACGGCGACGCGATCTTCGCCTCCGACGGGCCCACTCTTCCAGATCCGAAC
GAGATGCGGGAAGAGGGTTTCCAACGCCGTGAGTGGCGCCGTCAAAACGCACTTCACCTC
GAGGAGAAGGAAAAGAAAGAGAAGGAAATGCGGAATCAGATCATAGCTGAAGCTGAAGAG
TACAAGAAGGCTTTCTATGGGAAGAGAGAGAAGACCATCGAGACCAACAAGGCTGATAAC
CGCGAACGCGAGAAGCTATATTGGGTGAACCAAGAGAAGTTCCACAAAGAAGTTGACAAG
CACTACTGGAAATCGATCGCGGAGCTGATCCCGCGTGAGGTTCCCAACATTGAGAAGAAG
AGAGGCAAAAAGGATCCCGACAAGAAACCTTCAGTGAATGCTATCCAGGGTCCTAAACCG
GGGAAGCCTACTGATCTAGGGAGAATGAGGCAGATATTCTTGAAGCTCAAGACTAATCCA
CCACCCCACATGATGCCTCCTCCTCCTCCAGCCAAGGACGCGAAAGATGCCAAAGATGGT
AAAGATGCAAAAGGTGAGAAGAAGGACGCCAAAGATGTCAAAGATGGAAAACCCGCCGCA
GAGACAAAGGCGGCAGAGGAAAAACCTGCATCACCTGCCAAGGACGCAAGTGCTGAAACA
ACAGCGAAACCTGAGGCTGCTGCTGCTGCTGGCTCGGGAGAGGGGGAAAAGCCTGTGGCT
GAGGCTGAAGGAGCCAAGGCAGAGTGAAAGAAAAGGGTGTGTTAGCATTACTGTTGGAGG
GGGGGTTGGGGGGATAAATTGGTATTGGAGTTACAGTAGCTGCGGGACAAAATAAGAAGA
GGTTAACATGTGCACATAGAAGCTCTATTGGGGGATCTCTATGGCACACCATTTCTTCTT
CTGGAGAGAGAGAGATAATCTTAGTCCTTCCTTTTGGTTTTCTATTTTTATTCATTATTT
CTTTTGTTGTGCAAAATTTGGTGATGAGGATATTGTCTGGGATTATTCATTTACTTCCAC
GTTATTACATTTTTATAAGACTTGAGAAATACAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GU51TF U 1
AF RR1GU51JQ C 438
BS 1 549 RR1GU51TF
BS 550 1056 RR1GU51JQ

RD RR1GU51TF 549 0 0
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GAGATGCGGGAAGAGGGTTTCCAACGCCGTGAGTGGCGCCGTCAAAACGCACTTCACCTC
GAGGAGAAGGAAAAGAAAGAGAAGGAAATGCGGAATCAGATCATAGCTGAAGCTGAAGAG
TACAAGAAGGCTTTCTATGGGAAGAGAGAGAAGACCATCGAGACCAACAAGGCTGATAAC
CGCGAACGCGAGAAGCTATATTGGGTGAACCAAGAGAAGTTCCACAAAGAAGTTGACAAG
CACTACTGGAAATCGATCGCGGAGCTGATCCCGCGTGAGGTTCCCAACATTGAGAAGAAG
AGAGGCAAAAAGGATCCCGACAAGAAACCTTCAGTGAATGCTATCCAGGGTCCTAAACCG
GGGAAGCCTACTGATCTAGGGAGAATGAGGCAGATATTCTTGAAGCTCAAGACTAATCCA
CCACCCCACATGATGCCTCCTCCTCCTCCAGCCAAGGACGCGAAAGATGCCAAAGATGGT
AAAGATGCA

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1GU51JQ 619 0 0
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TCCTCCTCCTCCAGCCAAGGACGCGAAAGATGCCAAAGATGGTAAAGATGCAAAAGGTGA
GAAGAAGGACGCCAAAGATGTCAAAGATGGAAAACCCGCCGCAGAGACAAAGGCGGCAGA
GGAAAAACCTGCATCACCTGCCAAGGACGCAAGTGCTGAAACAACAGCGAAACCTGAGGC
TGCTGCTGCTGCTGGCTCGGGAGAGGGGGAAAAGCCTGTGGCTGAGGCTGAAGGAGCCAA
GGCAGAGTGAAAGAAAAGGGTGTGTTAGCATTACTGTTGGAGGGGGGGTTGGGGGGATAA
ATTGGTATTGGAGTTACAGTAGCTGCGGGACAAAATAAGAAGAGGTTAACATGTGCACAT
AGAAGCTCTATTGGGGGATCTCTATGGCACACCATTTCTTCTTCTGGAGAGAGAGAGATA
ATCTTAGTCCTTCCTTTTGGTTTTCTATTTTTATTCATTATTTCTTTTGTTGTGCAAAAT
TTGGTGATGAGGATATTGTCTGGGATTATTCATTTACTTCCACGTTATTACATTTTTATA
AGACTTGAGAAATACAGTT

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

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TCTTTACGAGAAGGGTCTCGATTTCGAGTTAGTCCCCGTAGACATGAAAGGCGGTGCTCA
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GCTTCAAGTTGAAGGTCAACAGTTTGACCCTATCGCCTCTAAGTTAGCCTACGAGCGTGT
CTTCAAAGGCATGCTTGGCATGACCACTGATCCAGCCGCTGCGGAAGAGCTCGAAGCTAA
GTTGGTCAAGGTCTTGGATATCTACGAGGCCAGGCTCTCCAAATCCCCCTTCTTGGCTGG
TGATTGCTTCACTCTGGCTGATCTCCACCACCTCCCAATCATCTATTACTTGATGAGCAC
CGACTCCAAGAAGCTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTAGCGAGTGGATCAAGAAGATCAC
TGCAAGGCCTGCTTGGGTTAAGGTTCTTAACCTCCAGAAGAAGTGACATGGTGCCTTTCT
TACATCTCTGAGATATTTTCATGTGGTTTGACATAAATGATTTGTTCCTTGTTGCTTAAT
TATCATTATTATTAGTTTATGTACCTCTTACTCTCCTTTCTCTTTGGTGTTATGTGTTTG
CTGTGCAATAAAAACAACGAAGATCATGTAGCC


BQ
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AF RR1H778TF U 1
AF RR1H778JQ C 255
BS 1 716 RR1H778TF
BS 717 717 RR1H778JQ
BS 718 732 RR1H778TF
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BS 734 744 RR1H778TF
BS 745 813 RR1H778JQ

RD RR1H778TF 754 0 0
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TCTTTACGAGAAGGGTCTCGATTTCGAGTTAGTCCCCGTAGACATGAAAGGCGGTGCTCA
CAAGCAGGAGCCTCTCATTTCTCTCAACCCCTTCGGTCAAATACCTGCTCTCCTAGACGG
TGATTTGACGCTTTTTGAGTCAAGAGCCATCACAGAGTACATAGCAGAGGAGTACAGCGA
CAAAGGCGAGAAGCTTCTCTGCCAAGGCTGCAAGAAACTGAAGGCCATCACAAAGGTGTG
GCTTCAAGTTGAAGGTCAACAGTTTGACCCTATCGCCTCTAAGTTAGCCTACGAGCGTGT
CTTCAAAGGCATGCTTGGCATGACCACTGATCCAGCCGCTGCGGAAGAGCTCGAAGCTAA
GTTGGTCAAGGTCTTGGATATCTACGAGGCCAGGCTCTCCAAATCCCCCTTCTTGGCTGG
TGATTGCTTCACTCTGGCTGATCTCCACCACCTCCCAATCATCTATTACTTGATGAGCAC
CGACTCCAAGAAGCTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTAGCGAGTGGATCAAGAAGATCAC
TGCAAGGCCTGCTTGGGTTAAGGTTCTTAACCTCCAGAAGAAGTGACATGGTGCCTTTCT
TACATCTCTGAGATATTTTCATGTGGTTTGACATAAATGATTTGTTCCTTGTTGCT*AAT
TATCATTATTAT*AGTTTATGTAC
TCTACTCTCT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1H778JQ 559 0 0
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TTGGCATGACCACTGATCCAGCCGCTGCGGAAGAGCTCGAAGCTAAGTTGGTCAAGGTCT
TGGATATCTACGAGGCCAGGCTCTCCAAATCCCCCTTCTTGGCTGGTGATTGCTTCACTC
TGGCTGATCTCCACCACCTCCCAATCATCTATTACTTGATGAGCACCGACTCCAAGAAGC
TCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTAGCGAGTGGATCAAGAAGATCACTGCAAGGCCTGCTT
GGGTTAAGGTTCTTAACCTCCAGAAGAAGTGACATGGTGCCTTTCTTACATCTCTGAGAT
ATTTTCATGTGGTTTGACATAAATGATTTGTTCCTTGTTGCTTAATTATCATTATTATTA
GTTTATGTACCTCTTACTCTCCTTTCTCTTTGGTGTTATGTGTTTGCTGTGCAATAAAAA
CAACGAAGATCATGTAGCC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL5194Contig1 1284 2 2 U
GGGAGTAAAGGAGGAGAGAAGCAGCGATGAAACCAGAAGAAGAGATAGAGCTTCATGCAA
GGCGAATCCATGTCTGCATCATGCTTGAGCAGAGCTTTGGATTCGATTCCCTGAAGCTCT
GAATCCTATTCCTGATTTGAAGATCAACAGACCGAAAGAGGAGATCAGTCGATCGGAAGG
TGTTGGAGTGCAGACTGGTGTTTCTCTCATTCCATATCCAGTAAATCGTTGATTGCCAAG
CTAGGAAGGAGAGAAATCGAGGTGGCCTTGAACTGAAGTGAGCAGGTAAAGCGATCATCT
GCTGGATAGAGTCAGGCCAGGTGCGTGTGGGATTGAGGGAGCAACGGCGGGTGCTATTCA
GCCACAGGTTGTAGGCGAAATCGCACTCAAAGTAGAGATGATTGCGAGACTCCGGTGACC
TGTTGCAAAGTAAGCAAGGCGCAAGGGACATGAAGACCCCATCGAAAAAGACGATCTCTA
GTTGGGCATCTGTCCAGAACGACTAGCCACGGAAGTTGTGTCTTGGTATCCCATAAGAAG
TCCACACCACGTTCGCCTAATCAACTTCATCGTGTTGTTCTCGGAGTTGTAGCTAAGGAT
TGGAGCGAGCAGGATGGAGACGCCACGAGCCTTTCTTGTATAGAGAAGCCACCGTTGCTT
GTCATGGAATGCCAAGCTTGGATGAGCTTGCATTCAGCAGAGTTTCAATACTGCCAAGAG
GTGACCAGTTATCGAACCAGAACCCTGCCGATAGTCCATTTTCAAACCGTAGTTTTACAG
TGGGAAGACAACATCTTTTAGTTTGAGGATCTTGTTCGTGAGCCAAGAGAAAGAAGCCTT
TGGCTTAGTAGTCCAGTAATTATGAATCGACCCCTTGAGCACTTCCTCAATAAACCAAGC
CAACCACAATGAACCTAACCTAAAGAAGAGGAGCCACACTAGCTTCAGACAGCATGCTCT
GTTCCATGTTTGAAGGTCTTTCACACCGAGTCCGCCTTGCTGTGTAGTAGGCACCACCGT
CTCCCAAGATACTCTCGCCGTGTTATGGCTTTCAATATCACCTTTCCAAAGAAAAACACT
GCAGAGAAAATTTATTCGAGTAATAAACGTTTTGGGAAAGATAAAAGCCGAGTACCAGAA
AATAGTAATGCTTGCTATTACCGTTTTTATTAGTAGAAAAGTTGTGTTTTTTTCTTGGTC
GAGCTATTTCATTAAACCCAAGTTGACAAAGGTGTACAAATGGTTTTGTTTCTGGAGCCA
TATCTTTAATATTTACAACAAATC


BQ
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AF RR1CU49TF U 1
AF RR1CU49JQ C 466
BS 1 701 RR1CU49TF
BS 702 1284 RR1CU49JQ

RD RR1CU49TF 701 0 0
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GGCGAATCCATGTCTGCATCATGCTTGAGCAGAGCTTTGGATTCGATTCCCTGAAGCTCT
GAATCCTATTCCTGATTTGAAGATCAACAGACCGAAAGAGGAGATCAGTCGATCGGAAGG
TGTTGGAGTGCAGACTGGTGTTTCTCTCATTCCATATCCAGTAAATCGTTGATTGCCAAG
CTAGGAAGGAGAGAAATCGAGGTGGCCTTGAACTGAAGTGAGCAGGTAAAGCGATCATCT
GCTGGATAGAGTCAGGCCAGGTGCGTGTGGGATTGAGGGAGCAACGGCGGGTGCTATTCA
GCCACAGGTTGTAGGCGAAATCGCACTCAAAGTAGAGATGATTGCGAGACTCCGGTGACC
TGTTGCAAAGTAAGCAAGGCGCAAGGGACATGAAGACCCCATCGAAAAAGACGATCTCTA
GTTGGGCATCTGTCCAGAACGACTAGCCACGGAAGTTGTGTCTTGGTATCCCATAAGAAG
TCCACACCACGTTCGCCTAATCAACTTCATCGTGTTGTTCTCGGAGTTGTAGCTAAGGAT
TGGAGCGAGCAGGATGGAGACGCCACGAGCCTTTCTTGTATAGAGAAGCCACCGTTGCTT
GTCATGGAATGCCAAGCTTGGATGAGCTTGCATTCAGCAGA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1CU49JQ 819 0 0
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GTTGTAGCTAAGGATTGGAGCGAGCAGGATGGAGACGCCACGAGCCTTTCTTGTATAGAG
AAGCCACCGTTGCTTGTCATGGAATGCCAAGCTTGGATGAGCTTGCATTCAGCAGAGTTT
CAATACTGCCAAGAGGTGACCAGTTATCGAACCAGAACCCTGCCGATAGTCCATTTTCAA
ACCGTAGTTTTACAGTGGGAAGACAACATCTTTTAGTTTGAGGATCTTGTTCGTGAGCCA
AGAGAAAGAAGCCTTTGGCTTAGTAGTCCAGTAATTATGAATCGACCCCTTGAGCACTTC
CTCAATAAACCAAGCCAACCACAATGAACCTAACCTAAAGAAGAGGAGCCACACTAGCTT
CAGACAGCATGCTCTGTTCCATGTTTGAAGGTCTTTCACACCGAGTCCGCCTTGCTGTGT
AGTAGGCACCACCGTCTCCCAAGATACTCTCGCCGTGTTATGGCTTTCAATATCACCTTT
CCAAAGAAAAACACTGCAGAGAAAATTTATTCGAGTAATAAACGTTTTGGGAAAGATAAA
AGCCGAGTACCAGAAAATAGTAATGCTTGCTATTACCGTTTTTATTAGTAGAAAAGTTGT
GTTTTTTTCTTGGTCGAGCTATTTCATTAAACCCAAGTTGACAAAGGTGTACAAATGGTT
TTGTTTCTGGAGCCATATCTTTAATATTTACAACAAATC

QA 1 819 1 819
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AACTTCGCTTAGAGTTTCCTATTCTAAACATCATCTTTCCTAGGGGTTCCTTTTTGCGCC
GAATGATTGAAATGGGGAGCAGGGAGACACTTTGTTTCGATTGAGGACGATCTTGTTGTT
GTTGTTGTTGTGTTCCTCAGGTGTAGAAGATCTGAGGTTTTGATACTTCGGAGGAAAAAT
GAGCGCTTCGAGGTTCATAAAGTGTGTTACCGTCGGTGACGGAGCAGTGGGTAAAACCTG
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TAACTTTAGCGCTAATGTTGTTGTTAACGGAGCCACTGTCAACCTTGGCTTGTGGGATAC
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CATCTTAGCCTTCTCCCTCATCAGTAAGGCTAGTTATGAGAATGTCTCCAAGAAGTGGAT
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TTTTAGGGATGACAAACAGTTTTTTGTTGACCCCCCTGGTGCTGTACCTATTACCACTGC
TCAGGGGGAGGAGCTAATGAAGCTAATTGGAGCTCCTTCGTACATCGAGTGCAGTTCAAA
ATCACAGGAGAACGTGAAGGGGGTGTTTGATGCAGCGATTAGAGTGGTACTTCAACCTCC
AAAGCAGAAGAAAAAGAAGGGAAAAGTACAAAAGGCCTGCTCCATTTTGTAATTGCTTTT
T


BQ
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10 

AF RR1F425TF U 1
AF RR1F425JQ C 536
BS 1 588 RR1F425TF
BS 589 841 RR1F425JQ

RD RR1F425TF 588 0 0
GGGATCACGTTCATTCTTCTTTGATCATACACACTTGTTCTCTCATTCTCTCACATTTCC
AACTTCGCTTAGAGTTTCCTATTCTAAACATCATCTTTCCTAGGGGTTCCTTTTTGCGCC
GAATGATTGAAATGGGGAGCAGGGAGACACTTTGTTTCGATTGAGGACGATCTTGTTGTT
GTTGTTGTTGTGTTCCTCAGGTGTAGAAGATCTGAGGTTTTGATACTTCGGAGGAAAAAT
GAGCGCTTCGAGGTTCATAAAGTGTGTTACCGTCGGTGACGGAGCAGTGGGTAAAACCTG
CTTGCCCATTTCTTACACTAGCAACACTTTCCCTACGGATTATGTTCCGACTGTTTTCGA
TAACTTTAGCGCTAATGTTGTTGTTAACGGAGCCACTGTCAACCTTGGCTTGTGGGATAC
CGCTGGGCAGGAGGATTATAACAGGTTAAGACCATTGAGTTACCGTGGTGCTGACGTTTT
CATCTTAGCCTTCTCCCTCATCAGTAAGGCTAGTTATGAGAATGTCTCCAAGAAGTGGAT
CCCTGAGCTGACTCACTATGCCCCTGATGTCCCAATTGTTCTTGTTGG

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1F425JQ 306 0 0
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CTAGATTTTAGGGATGACAAACAGTTTTTTGTTGACCCCCCTGGTGCTGTACCTATTACC
ACTGCTCAGGGGGAGGAGCTAATGAAGCTAATTGGAGCTCCTTCGTACATCGAGTGCAGT
TCAAAATCACAGGAGAACGTGAAGGGGGTGTTTGATGCAGCGATTAGAGTGGTACTTCAA
CCTCCAAAGCAGAAGAAAAAGAAGGGAAAAGTACAAAAGGCCTGCTCCATTTTGTAATTG
CTTTTT

QA 1 306 1 306
DS 



AS 1 2

CO CL5197Contig1 1003 2 2 U
GGGGCGAGAGTAGTTGCTGCTTTATTGTGGCCATTACATATGCTGGCCAAAATACTAATC
TACAAGAAAATTCATGCCTCTATTGGGATATCAAAGGCTGGTATCAGCGGAGGTGGTAGT
TTACCCATTCACATTGACAAGTTTTTTGAGGCCATCGGTGTGATTCTACAAAATGGTTAT
GGTTTGACAGAGACATCCCCGGTTATCTGTGCACGGACGCTTAGCTGTAATGTTCTTGGC
TCAGCTGGGTATCCAATGCATGGTACAGAGTTCAAAATTGTAGATCCTGAGACTAATGCT
GTTCTCCCTCCTGGTTCAAAGGGCATTGTCAAAGTCAGAGGCCCACAGATTATGAAAGGT
TATTATAAGAATCCAACAACCACAAAGCAAGTTCTAAATGAAAGTGGATGGTTCAACACA
GGAGATATGGGCTGGATCGCTCCTCATCACTCAACAGGAAGGAGTCGCCGCTGTGGAGGT
CTCATCGTTCTTGAAGGCCGTGCCAAAGACACTATTGTTCTCTCCACAGGTGAAAACGTG
GAACCATTGGAGATTGAAGAAGCTGCCATGAGAAGCAGATTGATTGATCAAATCGTGGTT
ATTGGACAGGATCAACGACGACTAGGAGCTATCATAATCCCAAACAAAGAGGAAGCAGAA
AAGCTCGATCCTGAAACATCCCAACTTAGCAGCGAAAAATTAAAGAGCTTAGTTTACCAA
GAACTGAGGAAATGGACATCAGAATGCTCGTTTCAAGTCGGACCAGTCTTGATCGTGGAC
GAGCTCTTCACGATAGACAATGGCTTAATGACACCAACGATGAAGATTAGAAGGGACAAG
GTCGTGGCTAAGTACAAAGACGAGATTAGTCAACTTTACAATTAACTACAATTTGATTAA
TCTTGTTCCTTTCTTGATGTAATTATAACAATAAAAGCATACTCTACTAAGAATATGCAA
ATAATTAACAATTAAAAAGCTGATAAATTCTTGTATTATTTCT


BQ
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TATTATAAGAATCCAACAACCACAAAGCAAGTTCTAAATGAAAGTGGATGGTTCAACACA
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ATTGGACAGGATCAACGACGACTAGGAGCTATCATAATCCCAAACAAAGAGGAAGCAGAA
AAGCTCGATCCTGAAACATCCCAACTTAGCAGCG

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DS 

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TCAAAATTGTAGATCCTGAGACTAATGCTGTTCTCCCTCCTGGTTCAAAGGGCATTGTCA
AAGTCAGAGGCCCACAGATTATGAAAGGTTATTATAAGAATCCAACAACCACAAAGCAAG
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CAACAGGAAGGAGTCGCCGCTGTGGAGGTCTCATCGTTCTTGAAGGCCGTGCCAAAGACA
CTATTGTTCTCTCCACAGGTGAAAACGTGGAACCATTGGAGATTGAAGAAGCTGCCATGA
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TCATAATCCCAAACAAAGAGGAAGCAGAAAAGCTCGATCCTGAAACATCCCAACTTAGCA
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TTCAAGTCGGACCAGTCTTGATCGTGGACGAGCTCTTCACGATAGACAATGGCTTAATGA
CACCAACGATGAAGATTAGAAGGGACAAGGTCGTGGCTAAGTACAAAGACGAGATTAGTC
AACTTTACAATTAACTACAATTTGATTAATCTTGTTCCTTTCTTGATGTAATTATAACAA
TAAAAGCATACTCTACTAAGAATATGCAAATAATTAACAATTAAAAAGCTGATAAATTCT
TGTATTATTTCT

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

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TTCCTGATGCTCATCAGCCCTTTTTAGCAATCGTTATAACAGACGAGGTTAGAGAATCGC
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GAGCTCTTGCCAAGAGTACCACGTTTGCTAAGAACCCAAGGCAACTGCAATTTGAAGCAG
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CGGACGCCGAAGAGATAATTGAGATGGCTGGTAAAACCTCTTTGTCTGAGCGGCAGAAAC
AAGTTCAAGACAACATTCACTACCAAGTTGAAAACTTCTGCTCTTTGATGGATGGAATCC
TCTGTCCTCCTGATGTTACCAAGTACGAGCCGGGATCACAAACAGCTAGCCCTCCTCGTC
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TCTACTCCCCTGCCTTCTACAGGTACATCCCAGGGTACCCTAAAGTTGACTCACAGAACT
CGTATCTCATCACCAGGTACGACGGGACTGTGATAAACGCTCAGCCCTGGGGTCTTGGAG
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GTTCGGGTAAAGCAAAAGAGGTTCTCGAGAGGAGAAACCCGTTGGCTTTTGGTCACTTAG
CTAACCACCCGGCGAATGAAACCAACCCAAACGTTATGATATGTCCCTATGACTTCCCCT
TGGCGTTGAAAGATCTGCGGCCTTACATTCCCAATGTATCTTTTGGAGATTCTGGAGAGG
TGAAGATGAAGAGATTTGGAAGCTTTTGGTTTAAGACAGGTGGTAACAACGGCTTGGACG
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AAGAGGAGGACCGGAGAAGATGGAGCTAAAACTTGTCCACTTTTCTCTTGTTATGTTCTT
TTTTGGAATTGAGTTTTGGGTTTTGATTATGGCAAATGCTTATTGACTCTTAAGTACAAT
TTTTAAATTGTTTTGTCAGGAATAAATTCAATAAGCA


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AF RR1BE41TF U 1
AF RR1BE41JQ C 737
BS 1 788 RR1BE41TF
BS 789 1477 RR1BE41JQ

RD RR1BE41TF 788 0 0
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TTCCTGATGCTCATCAGCCCTTTTTAGCAATCGTTATAACAGACGAGGTTAGAGAATCGC
TTGTTAATAAATCAGAAAAGAAGAAATGGCGTCTTTTCAACAAATTTCAAAAGGCTGTTG
GAGCTCTTGCCAAGAGTACCACGTTTGCTAAGAACCCAAGGCAACTGCAATTTGAAGCAG
ACATTAACAAACTGTTTATGTATACAAGTTTTAACCGGCTGGGAAGAGAAGCTGTGGAGA
CGGACGCCGAAGAGATAATTGAGATGGCTGGTAAAACCTCTTTGTCTGAGCGGCAGAAAC
AAGTTCAAGACAACATTCACTACCAAGTTGAAAACTTCTGCTCTTTGATGGATGGAATCC
TCTGTCCTCCTGATGTTACCAAGTACGAGCCGGGATCACAAACAGCTAGCCCTCCTCGTC
GTCAAAGCGGTCTTACTTTCGCTGTTGGTGGGAGTAATGCTGTTTTAGCTGCAGATAAGC
CTCTTGTTCCGGAGACGAAGCCTTTGAAACTCGCTGAAGTCTCACAGAGACTAATGGATC
AGCTCGGCTATACCCTTGAGATCAAACCTTCGGCAGTACCTCACAAAGACGCTGGTCAAG
GTTGTTTCATCAAAGGCGAAGCAGATGCTGGAACAGTCTTAGCGTTTTACCCTGGAGTCA
TCTACTCCCCTGCCTTCTACAGGTACATCCCAGGGTACCCTAAAGTTGACTCACAGAACT
CGTATCTC

QA 1 788 1 788
DS 

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GTACGACGGGACTGTGATAAACGCTCAGCCCTGGGGTCTTGGAGGAGAATGCAGAGAAGC
ATGGACTGGTTCCTACACACCTGCTGCGGTCAAAACAGACGCCAAAACAGCGGAAAACGG
TTCAGACAGGTTATGGAAAGCGTTGAGCAAGCCACTCCAAGGTGGTTCGGGTAAAGCAAA
AGAGGTTCTCGAGAGGAGAAACCCGTTGGCTTTTGGTCACTTAGCTAACCACCCGGCGAA
TGAAACCAACCCAAACGTTATGATATGTCCCTATGACTTCCCCTTGGCGTTGAAAGATCT
GCGGCCTTACATTCCCAATGTATCTTTTGGAGATTCTGGAGAGGTGAAGATGAAGAGATT
TGGAAGCTTTTGGTTTAAGACAGGTGGTAACAACGGCTTGGACGCTCCGGTTCTGAAGAC
ATTGGTTTTGGTGGCAACGAGGGCGTTGCGCGATGAGGAGCTTCTTCTGAATTACAGGTT
GAGCAACTCTAAGAGACGACCGGATTGGTATACTCCGGTTAACGAAGAGGAGGACCGGAG
AAGATGGAGCTAAAACTTGTCCACTTTTCTCTTGTTATGTTCTTTTTTGGAATTGAGTTT
TGGGTTTTGATTATGGCAAATGCTTATTGACTCTTAAGTACAATTTTTAAATTGTTTTGT
CAGGAATAAATTCAATAAGCA

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

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CAGGAGCAGCCACAGCTAAAGATCTCGGGAAGCCTCAGAACCCCGCCAAGCAACTGAAGC
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TCTTCACGATCCCGGGCCAATACGAAGAGGATCCGTCGAAAGGAGCGTTGCTTGGACAAG
CGCGCATAGCGAACAGAGCGCCGTTTCTTGTCTTCTTCGTTTTCGACAGCTTGGCGCTGT
TCATATCGTTGGCCGTCGTCGTGGTGCAGACTTCGGTGGTTGTGATCGAGCAGAAGGCGA
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GTGCTACTGTTATCGGCGGGACGATCATGTTGACGACGATCGGGGCCATGTGTTACTGTG
TGGTGAGGCATAGGATGGAGGAGTTTAAGCTGAGGAGTATAAGGAAAGAGAGGAGCAAGT
CTCAGTCTTTCTTTAT


BQ
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AF RR1EC81TF U 1
AF RR1EC81JQ C 460
BS 1 722 RR1EC81TF
BS 723 796 RR1EC81JQ

RD RR1EC81TF 722 0 0
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TCTTCACGATCCCGGGCCAATACGAAGAGGATCCGTCGAAAGGAGCGTTGCTTGGACAAG
CGCGCATAGCGAACAGAGCGCCGTTTCTTGTCTTCTTCGTTTTCGACAGCTTGGCGCTGT
TCATATCGTTGGCCGTCGTCGTGGTGCAGACTTCGGTGGTTGTGATCGAGCAGAAGGCGA
AGAAGAAGCTCGTGTTCGTGATCAACAAGCTCATGTGGTGCGCTTGTCTGTTCATTTCCA
TTGCGTTTGTGTCTCTCTCTTACATTGTCGTGGGGAAAGAGGAGATGTGGTTGGCCGTTT
GTGCTACTGTTATCGGCGGGACGATCATGTTGACGACGATCGGGGCCATGTGTTACTGTG
TG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1EC81JQ 337 0 0
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TTGTGATCGAGCAGAAGGCGAAGAAGAAGCTCGTGTTCGTGATCAACAAGCTCATGTGGT
GCGCTTGTCTGTTCATTTCCATTGCGTTTGTGTCTCTTTCTTACATTGTCGTGGGGAAAG
AGGAGATGTGGTTGGCCGTTTGTGCTACTGTTATCGGCGGGACGATCATGTTGACGACGA
TCGGGGCCATGTGTTACTGTGTGGTGAGGCATAGGATGGAGGAGTTTAAGCTGAGGAGTA
TAAGGAAAGAGAGGAGCAAGTCTCAGTCTTTCTTTAT

QA 1 337 1 337
DS 



AS 1 2

CO CL5200Contig1 989 2 2 U
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TGGTTCGGTCTTATTTCGGCTAGGACGCTATGCTCCACTGACTCGACCGGAACATTCTCT
TGCGCCACTGGAGACTGCGAATCCGGCAAGATCGAGTGTCCCGGCTCATACAGTTGGGCT
CCGGTGACTTATGCCTACTTTAGAATCGATAACGGCGGAGTAAATAGCCACACCGTCAGT
GTCGAGTACAGTTACAACCTTCCACTAATGGTTGTACCGTCAAAAAGTAGCCGGACATGT
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CCCACCGGGCTTATGCCCATGCCATTACAGGATTTTTAAGCGTCCACTTAAGGGCCCCTG
GTTACGCAAAGTGGTCTGGAGGGCGAGAGGAGCCCGGGTAAATCCTTTCGTGGCCAGCGC
GGATCGAACCCAAGGCGGGCACTCCAGCCGGAGTTCCTTTACCACTAGGCCAACAAGGGC
TGCACACTTGACTTCAAGTCAAAGCAAAACTGCAAGCCGACAGTGTACAATCAGAACTTC
AACCGTGCTTGTCCGCTTGCTCATATTTACGCCTATGACGACAATAAGAGCACCTTCACG
TGCCCTAAGTCTACTGACTACGTCATCACGTTTTGCTCTTCCTCTAAAACAACAACTAAA
TTTCAGTAAACATTACGATGTTTCTCAACACGTTTACTATTTTCGTATTATCCTATATGT
GACCACTTGGTATGGGACCATGAATTATAGCATGTTGTGCATTTGATGTAAGAAAAAATA
ATTAGTAAGATAAACAAAATTGGATTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK46TF U 1
AF RR1EK46JQ C 285
BS 1 530 RR1EK46TF
BS 531 989 RR1EK46JQ

RD RR1EK46TF 530 0 0
GCCACGACCGGCTTCGCTCTCAAGAAAGGAGAGGTGCGTGACATATACGCGCCGTCTTCA
TGGTTCGGTCTTATTTCGGCTAGGACGCTATGCTCCACTGACTCGACCGGAACATTCTCT
TGCGCCACTGGAGACTGCGAATCCGGCAAGATCGAGTGTCCCGGCTCATACAGTTGGGCT
CCGGTGACTTATGCCTACTTTAGAATCGATAACGGCGGAGTAAATAGCCACACCGTCAGT
GTCGAGTACAGTTACAACCTTCCACTAATGGTTGTACCGTCAAAAAGTAGCCGGACATGT
AGCAGCAGCGGTTGCGTGGTTGACGTGAACAAGACTTGCCCAAATGATCTTGTAAGAGTT
TCCATCAGAGGAGATCCAGTTGCATGTAGCAGCGCGTGCCAGGCGTCCAATACGCCCGAG
ACTTGCTGCACACTTTTTTTTTGATAATCCAGTATCTGACCACTAAGCGTGATCAACTAG
CCCACCGGGCTTATGCCCATGCCATTACAGGATTTTTAAGCGTCCACTTA

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR1EK46JQ 705 0 0
AAGTAGCCGGACATGTAGCAGCAGCGGTTGCGTGGTTGACGTGAACAAGACTTGCCCAAA
TGATCTTGTAAGAGTTTCCATCAGAGGAGATCCAGTTGCATGTAGCAGCGCGTGCCAGGC
GTCCAATACGCCCGAGACTTGCTGCACACTTTTTTTTTGATAATCCAGTATCTGACCACT
AAGCGTGATCAACTAGCCCACCGGGCTTATGCCCATGCCATTACAGGATTTTTAAGCGTC
CACTTAAGGGCCCCTGGTTACGCAAAGTGGTCTGGAGGGCGAGAGGAGCCCGGGTAAATC
CTTTCGTGGCCAGCGCGGATCGAACCCAAGGCGGGCACTCCAGCCGGAGTTCCTTTACCA
CTAGGCCAACAAGGGCTGCACACTTGACTTCAAGTCAAAGCAAAACTGCAAGCCGACAGT
GTACAATCAGAACTTCAACCGTGCTTGTCCGCTTGCTCATATTTACGCCTATGACGACAA
TAAGAGCACCTTCACGTGCCCTAAGTCTACTGACTACGTCATCACGTTTTGCTCTTCCTC
TAAAACAACAACTAAATTTCAGTAAACATTACGATGTTTCTCAACACGTTTACTATTTTC
GTATTATCCTATATGTGACCACTTGGTATGGGACCATGAATTATAGCATGTTGTGCATTT
GATGTAAGAAAAAATAATTAGTAAGATAAACAAAATTGGATTTCC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL5201Contig1 1000 2 8 U
GGAATGGAGTTTTACGACGAAGACAAGCCAAGATTCGTCTTCCAATCACGTCCCTCCTCT
TCTCGCAAGACGACGGAAGAGGACGACGATCCTAAAACCCCTAACAAGATCTCCATCTCA
ATCTCCGTCGTTATCTCTCTCCTCACTATATCACTCTCCTTCTTCTACTTCGAATCCGAG
CCCGCCCAGTCGCTCCTCTTATGGCTCGCCATCTCCTTCCTCGTCGGTCCTTTCGCGCCG
TCTTCTCTCACCGGCGGCAAAATCCGCGTCGGTTACGGTCAGATCCTGGAGCCGGAGGAG
CAGATCAACGACGAACAACACTCCACGGATAACGAACGCGAATCGAGGAGGAACAAGAGA
TCTAATAAATTGACGAAAAACGATAAACCGCCGGAGAATCCACCTCCGGTTGTGACAACG
AGTAAAGCGGTGGATCGAAATGGATCTGAGAAGGAAAGTAAGGAGTGGAGTGAAGAAGAG
ATGGAGATTCTGAAGAAGCAGCTTTTAAAGCATCCGGCGGGGAAGCCTGGGCGGTGGGAA
GCGGTTGCGTCTGCGTTTGGAGGGAAGTACAAGACGGAGAATGTGATCAAGAAGGCGAAA
GAGATCGGAGAGAAGAAAGTGTACGAGAGTGACGATTACGCTCAGTTTCTCAAGAACAGG
AAAGCTTCTTCGGATCCTAGATTGGCTGAAGAAGAAGACGTTGGAGAGGACGAGAGTTGG
AGTAATGGAGAAGACATTGCACTGCTCAATGCTCTTAAAGCTTTTCCCAAAGAAGCGGCT
ATGAGATGGGAGAAGGTTGCAGCTGCAGTTCCTGGCAAGTCCAAGGCAGCTTGTATGAAG
AGAGTTACTGAGCTTAAGAAAGGGTTTAGGAGCTCCAAGTCTGGTGCCAATTAGTTTGGG
ATAAGATCCTCTCTCTTTTTACTTTCCATTGTAGTTGTTGTTACCTTAGATGTTTTCTGA
ATAATTGTATGAGGCTTCGTGATCTCTCCATTATAGTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E888TF U 1
AF RR1E888JQ C 408
BS 1 594 RR1E888TF
BS 595 595 RR1E888JQ
BS 596 647 RR1E888TF
BS 648 648 RR1E888JQ
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BS 657 680 RR1E888TF
BS 681 1000 RR1E888JQ

RD RR1E888TF 680 0 0
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TCTCGCAAGACGACGGAAGAGGACGACGATCCTAAAACCCCTAACAAGATCTCCATCTCA
ATCTCCGTCGTTATCTCTCTCCTCACTATATCACTCTCCTTCTTCTACTTCGAATCCGAG
CCCGCCCAGTCGCTCCTCTTATGGCTCGCCATCTCCTTCCTCGTCGGTCCTTTCGCGCCG
TCTTCTCTCACCGGCGGCAAAATCCGCGTCGGTTACGGTCAGATCCTGGAGCCGGAGGAG
CAGATCAACGACGAACAACACTCCACGGATAACGAACGCGAATCGAGGAGGAACAAGAGA
TCTAATAAATTGACGAAAAACGATAAACCGCCGGAGAATCCACCTCCGGTTGTGACAACG
AGTAAAGCGGTGGATCGAAATGGATCTGAGAAGGAAAGTAAGGAGTGGAGTGAAGAAGAG
ATGGAGATTCTGAAGAAGCAGCTTTTAAAGCATCCGGCGGGGAAGCCTGGGCGGTGGGAA
GCGGTTGCGTCTGCGTTTGGAGGGAAGTACAAGACGGAGAATGTGATCAAGAAG*CGAAA
GAGATCGGAGAGAAGAAAGTGTACGAGAGTGACGATTACGCTCAGTT*CTCAAGA*CAGG
AAAGCTTCTTCGGATCCTAG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1E888JQ 593 0 0
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GAGTGAAGAAGAGATGGAGATTCTGAAGAAGCAGCTTTTAAAGCATCCGGCGGGGAAGCC
TGGGCGGTGGGAAGCGGTTGCGTCTGCGTTTGGAGGGAAGTACAAGACGGAGAATGTGAT
CAAGAAGGCGAAAGAGATCGGAGAGAAGAAAGTGTACGAGAGTGACGATTACGCTCAGTT
TCTCAAGAACAGGAAAGCTTCTTCGGATCCTAGATTGGCTGAAGAAGAAGACGTTGGAGA
GGACGAGAGTTGGAGTAATGGAGAAGACATTGCACTGCTCAATGCTCTTAAAGCTTTTCC
CAAAGAAGCGGCTATGAGATGGGAGAAGGTTGCAGCTGCAGTTCCTGGCAAGTCCAAGGC
AGCTTGTATGAAGAGAGTTACTGAGCTTAAGAAAGGGTTTAGGAGCTCCAAGTCTGGTGC
CAATTAGTTTGGGATAAGATCCTCTCTCTTTTTACTTTCCATTGTAGTTGTTGTTACCTT
AGATGTTTTCTGAATAATTGTATGAGGCTTCGTGATCTCTCCATTATAGTATG

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL5202Contig1 935 2 4 U
GGAACACACATACGACAACAAACTCATGGCGTCTCGGAGAGTCTTATCATCGCTTCTCCG
TTCATCATCCGGCAGATCCGCCGCCGAATTCGGGAGCCGAAACCCTAGGCTCCCGTCTCC
TTCCCCCGCTCGCTACGCCGCTCCTTTCGGTAACCTCCTCGGACGCGTCGCCGAGTATTC
CACCTCCTCACCAGCTCCGCCATCGTCATCTTCTGCTGCTCCAGCTAAGGATGAGGCGGC
GAAGAAGACTTACGATTACGGCGGAAAAGGCGCGATCGGGAAGGTCTGCCAGGTCATCGG
CGCTATCGTCGATGTGAGATTCGAAGATCAGGAAGGTCTGCCTCCGATCATGACGTCACT
CGAGGTGCAGGATCACCCGACGAGGCTGGTGCTTGAGGTGTCTCATCATTTGGGTCAGAA
TGTCGTGAGGACGATTGCTATGGATGGGACTGAGGGGCTTGTTCGTGGAAGGCGCGTGCT
CAACACCGGCGCTCCGATTACTGTTCCTGTTGGAAGAGCTACGCTTGGACGTATTATGAA
TGTTCTTGGAGAACCAATTGACGAGAGAGGCGAGATTAAGACCGAGCATTACTTACCTAT
TCACAGAGATGCTCCTGCTTTGGTTGATCTAGCCACTGGGCAAGAGATCCTTGCCACTGG
TATTAAGGTTGTTGATCTGCTTGCTCCTTACCAAAGAGGAGGAAAGATTGGGCTCTTTGG
TGGAGCAGGTGCTGGTGGTGGTTACCGAGCCAGTGGACTTCCTTGATGAGATCTATATGT
TTAACGTAAAAGCATGGAATGCAATGCATGGCAACACAAGCGTATTATGAAAAAAACATA
AAATATAATTTCACCTAAAATATGTCATTCATTCCATCATTTTGTGTCATTACGTTGTCA
TTATTATCGGTCTCTTAAGAAATAAACGATTAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DO14TF U 1
AF RR1DO14JQ C 180
BS 1 667 RR1DO14TF
BS 668 668 RR1DO14JQ
BS 669 688 RR1DO14TF
BS 689 935 RR1DO14JQ

RD RR1DO14TF 688 0 0
GGAACACACATACGACAACAAACTCATGGCGTCTCGGAGAGTCTTATCATCGCTTCTCCG
TTCATCATCCGGCAGATCCGCCGCCGAATTCGGGAGCCGAAACCCTAGGCTCCCGTCTCC
TTCCCCCGCTCGCTACGCCGCTCCTTTCGGTAACCTCCTCGGACGCGTCGCCGAGTATTC
CACCTCCTCACCAGCTCCGCCATCGTCATCTTCTGCTGCTCCAGCTAAGGATGAGGCGGC
GAAGAAGACTTACGATTACGGCGGAAAAGGCGCGATCGGGAAGGTCTGCCAGGTCATCGG
CGCTATCGTCGATGTGAGATTCGAAGATCAGGAAGGTCTGCCTCCGATCATGACGTCACT
CGAGGTGCAGGATCACCCGACGAGGCTGGTGCTTGAGGTGTCTCATCATTTGGGTCAGAA
TGTCGTGAGGACGATTGCTATGGATGGGACTGAGGGGCTTGTTCGTGGAAGGCGCGTGCT
CAACACCGGCGCTCCGATTACTGTTCCTGTTGGAAGAGCTACGCTTGGACGTATTATGAA
TGTTCTTGGAGAACCAATTGACGAGAGAGGCGAGATTAAGACCGAGCATTACTTACCTAT
TCACAGAGATGCTCCTGCTTTGGTTGATCTAGCCACTGGGCAAGAGATCCTTGCCACTGG
TATTAAG*TTGTTGATCTGCTTGCTCCT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1DO14JQ 756 0 0
TCCA
CTCCTCACCAGCTCCGCCATCGTCATCTTCTGCTGCTCCAGCTAAGGATGAGGCGGCGAA
GAAGACTTACGATTACGGCGGAAAAGGCGCGATCGGGAAGGTCTGCCAGGTCATCGGCGC
TATCGTCGATGTGAGATTCGAAGATCAGGAAGGTCTGCCTCCGATCATGACGTCACTCGA
GGTGCAGGATCACCCGACGAGGCTGGTGCTTGAGGTGTCTCATCATTTGGGTCAGAATGT
CGTGAGGACGATTGCTATGGATGGGACTGAGGGGCTTGTTCGTGGAAGGCGCGTGCTCAA
CACCGGCGCTCCGATTACTGTTCCTGTTGGAAGAGCTACGCTTGGACGTATTATGAATGT
TCTTGGAGAACCAATTGACGAGAGAGGCGAGATTAAGACCGAGCATTACTTACCTATTCA
CAGAGATGCTCCTGCTTTGGTTGATCTAGCCACTGGGCAAGAGATCCTTGCCACTGGTAT
TAAGGTTGTTGATCTGCTTGCTCCTTACCAAAGAGGAGGAAAGATTGGGCTCTTTGGTGG
AGCAGGTGCTGGTGGTGGTTACCGAGCCAGTGGACTTCCTTGATGAGATCTATATGTTTA
ACGTAAAAGCATGGAATGCAATGCATGGCAACACAAGCGTATTATGAAAAAAACATAAAA
TATAATTTCACCTAAAATATGTCATTCATTCCATCATTTTGTGTCATTACGTTGTCATTA
TTATCGGTCTCTTAAGAAATAAACGATTAGTT

QA 5 756 5 756
DS 



AS 1 2

CO CL5203Contig1 955 2 2 U
GGGTTGCTCGTGGTGATCTCGGTATGGAGATTCCGATAGAGAAGATCTTCTTGGCTCAAA
AGATGATGATCTACAAATGTAACCTTGCTGGCAAACCGGTGGTTACAGCCACTCAAATGC
TCGAGTCTATGATCAAATCTCCCAGACCAACACGAGCCGAAGCCACCGACGTGGCAAACG
CGGTTCTAGATGGCACGGACTGTGTCATGCTCAGCGGTGAAAGCGCCGCAGGAGCCTACC
CTGAGATAGCAGTGAAAACCATGGCTAAAATCTGCATCGAAGCAGAGTCATCCCTTGACT
ACAACACAATCTTCAAGGAGATGATTAGAGCAACTCCACTTCCGATGAGCACGCTTGAGA
GTCTTGCTTCATCCGCTGTAAGAACGGCAAACAAAGCCAGGGCCAAACTCATCATCGTGT
TGACCAGAGGAGGTACAACGGCGAAACTAGTGGCTAAGTATAGACCAGCTGTTCCGATTC
TCTCGGTGGTTGTTCCGGTTTTCATCAGCGATACGTTTAACTGGAGCTGCAGCGATGAAT
CTCCAGCGAGGCATAGTTTGATATACAGAGGTCTGATTCCGGTTTTGGCTGAAGGGTCTG
CGAAAGCTACTGACAGTGAATCTACAGAGGAGATTATCGAGTCTGCTTTGAAGTCGGCTA
CTGAGAAAGGACTCTGTAACCATGGTGATGCTGTGGTGGCTCTCCACCGTATTGGAGCTG
CTTCTGTTATCAAGATCTGTGTGGTCAAGTGATCTTTTTGCCTAATCATCATCATCAAGG
TTTATGCTTGATGATCAAATAAAGGACAGGAAACAGGTTCCTGACAGTGTTTTGGTGGAT
CTGTTGGCATCTCTTCTCTTTTGTTTTGGCATTTCTTCTCTCATTGTTACTCAAGTGGAG
CACCTAATCTACACAATGTAGCTTTTAACCACAATAATAGTGAGGACTTTGACCG


BQ
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AF RR1FB37TF U 1
AF RR1FB37JQ C 245
BS 1 745 RR1FB37TF
BS 746 955 RR1FB37JQ

RD RR1FB37TF 745 0 0
GGGTTGCTCGTGGTGATCTCGGTATGGAGATTCCGATAGAGAAGATCTTCTTGGCTCAAA
AGATGATGATCTACAAATGTAACCTTGCTGGCAAACCGGTGGTTACAGCCACTCAAATGC
TCGAGTCTATGATCAAATCTCCCAGACCAACACGAGCCGAAGCCACCGACGTGGCAAACG
CGGTTCTAGATGGCACGGACTGTGTCATGCTCAGCGGTGAAAGCGCCGCAGGAGCCTACC
CTGAGATAGCAGTGAAAACCATGGCTAAAATCTGCATCGAAGCAGAGTCATCCCTTGACT
ACAACACAATCTTCAAGGAGATGATTAGAGCAACTCCACTTCCGATGAGCACGCTTGAGA
GTCTTGCTTCATCCGCTGTAAGAACGGCAAACAAAGCCAGGGCCAAACTCATCATCGTGT
TGACCAGAGGAGGTACAACGGCGAAACTAGTGGCTAAGTATAGACCAGCTGTTCCGATTC
TCTCGGTGGTTGTTCCGGTTTTCATCAGCGATACGTTTAACTGGAGCTGCAGCGATGAAT
CTCCAGCGAGGCATAGTTTGATATACAGAGGTCTGATTCCGGTTTTGGCTGAAGGGTCTG
CGAAAGCTACTGACAGTGAATCTACAGAGGAGATTATCGAGTCTGCTTTGAAGTCGGCTA
CTGAGAAAGGACTCTGTAACCATGGTGATGCTGTGGTGGCTCTCCACCGTATTGGAGCTG
CTTCTGTTATCAAGATCTGTGTGGT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1FB37JQ 711 0 0
GATAGCAGTGAAAACCATGGCTAAAATCTGCATCGAAGCAGAGTCATCCCTTGACTACAA
CACAATCTTCAAGGAGATGATTAGAGCAACTCCACTTCCGATGAGCACGCTTGAGAGTCT
TGCTTCATCCGCTGTAAGAACGGCAAACAAAGCCAGGGCCAAACTCATCATCGTGTTGAC
CAGAGGAGGTACAACGGCGAAACTAGTGGCTAAGTATAGACCAGCTGTTCCGATTCTCTC
GGTGGTTGTTCCGGTTTTCATCAGCGATACGTTTAACTGGAGCTGCAGCGATGAATCTCC
AGCGAGGCATAGTTTGATATACAGAGGTCTGATTCCGGTTTTGGCTGAAGGGTCTGCGAA
AGCTACTGACAGTGAATCTACAGAGGAGATTATCGAGTCTGCTTTGAAGTCGGCTACTGA
GAAAGGACTCTGTAACCATGGTGATGCTGTGGTGGCTCTCCACCGTATTGGAGCTGCTTC
TGTTATCAAGATCTGTGTGGTCAAGTGATCTTTTTGCCTAATCATCATCATCAAGGTTTA
TGCTTGATGATCAAATAAAGGACAGGAAACAGGTTCCTGACAGTGTTTTGGTGGATCTGT
TGGCATCTCTTCTCTTTTGTTTTGGCATTTCTTCTCTCATTGTTACTCAAGTGGAGCACC
TAATCTACACAATGTAGCTTTTAACCACAATAATAGTGAGGACTTTGACCG

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL5204Contig1 471 2 1 U
TTTTTTCCCTTTCTCTTACGGTTCTTCTTATCTTTTGATTCTCTCTCAAATTTTCATAAC
AATTAATGTTGTTGTTGATGATAATCTTCGTCGAGGGAGGGATTACGTCCAAGGGATCCG
GTTTGGTTCATGTGATTAGGGTTTATTGTACCACCACCATTGTTACCGTAGGTATTCAGA
AAGGAAATGAGAAATGAGAAGATTTGAAGGACTGAACGAGAACCAGAGGAGGACAGCGTA
AAAGAAAGAGGAAAAAGGAGAGAAGAAAGAGGAAGACGAAGAGAAAAAGGGTGAGCGGCA
TGACGGAGATGTAGCCCGGCGTTCCGGTGTACTGTTACGGCAACATCTCAATCGTATAGT
CGCCGCTCCGGCTGTGGTGACCGTATACATAAATACATATATATGCGTAATATATATAAA
TTGTGTATTTGTATTTTATATAATTGATTAATAAAATATTTTTCAGTTTTT


BQ
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AF RR1F771JQ C 1
AF RR1F771TF U 1
BS 1 471 RR1F771TF

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QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1F771TF 471 0 0
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GTTTGGTTCATGTGATTAGGGTTTATTGTACCACCACCATTGTTACCGTAGGTATTCAGA
AAGGAAATGAGAAATGAGAAGATTTGAAGGACTGAACGAGAACCAGAGGAGGACAGCGTA
AAAGAAAGAGGAAAAAGGAGAGAAGAAAGAGGAAGACGAAGAGAAAAAGGGTGAGCGGCA
TGACGGAGATGTAGCCCGGCGTTCCGGTGTACTGTTACGGCAACATCTCAATCGTATAGT
CGCCGCTCCGGCTGTGGTGACCGTATACATAAATACATATATATGCGTAATATATATAAA
TTGTGTATTTGTATTTTATATAATTGATTAATAAAATATTTTTCAGTTTTT

QA 1 471 1 471
DS 



AS 1 2

CO CL5205Contig1 1221 2 2 U
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AATCAGAGGAAAAGTTCAATGCGTTGGAGCACAAGACCTGGAGAAAACTGAGACTGACTT
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AGCCAAAGACAGGAGCTTTGTTCAGGTATACTCAAGGACACCTAACCCGGGACCTGAGTT
CATAGCCAAGTACAAAGACTATTTGGCACAGTTTGGTTACGACCCGGAGAAAATAAAGGA
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AGGTATGGAGAAAACGCTGACAAACCAGTTTCCAGATCTTGAACTAAGAAAGGCAGTCCA
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ATATGAGCACAAAGTCTTATT


BQ
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AF RR1F760TF U 1
AF RR1F760JQ C 462
BS 1 637 RR1F760TF
BS 638 1221 RR1F760JQ

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GACTCCCATTGAAATCAAGGAGACTTTGAGACAGCATTTTGTTGTAGGCTTTGCTACCAT
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TGACCCAGTTAGGTACTCTGGAAGATGGTTTGAAGTAGCTTCTCTTAAGCGTGGCTTTGC
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ACCAGCTATAAGGGTAGACACGTTTTGTGTTCACGGTAGCCCTGATGGGTATATAACAGG
AATCAGAGGAAAAGTTCAATGCGTTGGAGCACAAGAC

QA 1 637 1 637
DS 

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ACACGTTTGATATGAAGGAACCAGCTATAAGGGTAGACACGTTTTGTGTTCACGGTAGCC
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AGAAAACTGAGACTGACTTAGAAAAGCAAGAGATGATTAAAGAGAAATGTTACCTTCGGT
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ACCCGGAGAAAATAAAGGATACTCCACAGGACTGTGAAGTGATGTCTGATGGTCAGCTAG
CTGCTATGATGTCCATGCCAGGTATGGAGAAAACGCTGACAAACCAGTTTCCAGATCTTG
AACTAAGAAAGGCAGTCCAGTTTGATCCCTTCACAAGTGTGTTTGAAACTTTGAAGAAAC
TGGTCCCACTCTATTTCAAGTAGAGAAGCTTTTCTGCCCCCTCAAGAGTCTTTTTGAATT
CTGAATGTAGATTATTTATGCTGCTTGTACACCTGACTGAGTGAGTGTATAGATATGAAT
TATTTTCTAAGATAAAGTCATATGAGCACAAAGTCTTATT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL5206Contig1 974 2 2 U
GGACATCACCCATTCTCATAATAACTTCTCATCTTCTCTCAAAAGCTTACATTTACGGTT
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TCCTACTTACGAAGAGATGATCAAGGATGCGATTGTATCGTTGAAGGAGAGGACTGGATC
TAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCACAAGGTGCTCTCGCCTTCGTT
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AGCTTCGAAATCAAAGAAATCCGCGGCGGTTAAACCCAAGGCGAAGCCGAAGGCAACTGT
TGCGCCCAAGAGGAAAGCTGTTTCTGCTGCTGCGAAACCCAAGGCTAAGGCGGCTAAGAC
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AGCTAAGAGGGCTTCGAAGAGGGGCGTGAAGTGAAAACTAGGGTTTTAGGAATACATGCT
TGTAGCTTTCTCTGTCTTGTAGGTTGGTAGTGTTTGTATAATCCGATCTTTCCTGTTGTT
GTTTGCTATGATGTTCTTGTAATCCATGGTTACTTGAGAACTATCCTCTGAATCATATAT
AATAGCTTAATCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EU71TF U 1
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BS 1 641 RR1EU71TF
BS 642 974 RR1EU71JQ

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CACGACGGTTACGACGGAGCCTGCCGCGAAGGGAGGCAAGTCGACGAAGAAAGCTAAGGA
AGTGAAGGCGAAGAAGAAGCCTGCTACTGCGGCTGCGAAGAAGAAGTCTGTCTCAACTCA
TCCTACTTACGAAGAGATGATCAAGGATGCGATTGTATCGTTGAAGGAGAGGACTGGATC
TAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCACAAGGTGCTCTCGCCTTCGTT
CAGGAAGCTCCTGCTTCTCAACCTCAAGAGACTCGTGGCCTCCGAGAAGCTCGTGAAGGT
GAAAGCCTCGTTTAAGATTCCGTCTGCTGCTAAGGCGGTTACGGAGAAGAAGAAACCTGC
AACCACCGCAGCAGCGGCGGTTAAACCCAAGGCGAAGGGGAAGAAGGTTACCACCGCAGC
AGCTTCGAAATCAAAGAAATCCGCGGCGGTTAAACCCAAGGCGAAGCCGAAGGCAACTGT
TGCGCCCAAGAGGAAAGCTGTTTCTGCTGCTGCGAAACCCA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1EU71JQ 723 0 0
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CGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCACAAGGTGCTCTCGCCTTCGTTCAGGAAGCTCC
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TTAAGATTCCGTCTGCTGCTAAGGCGGTTACGGAGAAGAAGAAACCTGCAACCACCGCAG
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CAAAGAAATCCGCGGCGGTTAAACCCAAGGCGAAGCCGAAGGCAACTGTTGCGCCCAAGA
GGAAAGCTGTTTCTGCTGCTGCGAAACCCAAGGCTAAGGCGGCTAAGACATCGACGGTGA
CATCTCCTGGTAAAAAGGCTGCTGGTGCTAAGAAGAAGGCTACCAAGGTGGTGGCGAAGA
AGAAGACTCCAGTGAAGAAGGTTGTGAAGCCGAAGACGGTAAAGTCTCCAGCTAAGAGGG
CTTCGAAGAGGGGCGTGAAGTGAAAACTAGGGTTTTAGGAATACATGCTTGTAGCTTTCT
CTGTCTTGTAGGTTGGTAGTGTTTGTATAATCCGATCTTTCCTGTTGTTGTTTGCTATGA
TGTTCTTGTAATCCATGGTTACTTGAGAACTATCCTCTGAATCATATATAATAGCTTAAT
CCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL5207Contig1 954 2 2 U
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GCAGATATTTCCACCGCATCAAGGAAACAATGCATCAAAGGGTTATCAAACTCTTCAGAC
CCCAACAGAAGGACCTGAACAGCAGCAGCCATCAAACAACTGGAAGGGATACTTTAACGT
CTACTCATACGCTCAGTACTTCAACGTGGACACCGACGTTGTTTTGAACAGATTGATGAG
TTCCTTGTACCCCACCACTGGTGATTTTTTCAGCAAGATTGATGCCAACCCTGATTTGTA
TGGCCTTGTCTGGATCTGCACTACGCTTGTGTTTGTGCTTTCCTCTCTCGGAAACTGTGC
CACGTACCTCGTGAAGAAACTAACCGACAGTGAAGCACCTTGGGTCTTTGATGTGAACTA
TATAAACTTGGCAGCCTCTTTGATCTATGGCTATGCAATAATTGTGCCGGCGGCGTTTTA
TTTCTCACTCCGGTACATGGGGTCCAGAGCTGATCTTCTAAGATTCTGGTGCCTCTGGGG
ATACTCTCTCTTCGTTTTCGTTCCAGCCACTCTTCCATTGCTTATTCCAGTGGAGTTTCT
GAGATGGGTGATTATACTCTTAGCTGGTGGCGCATCGTCTTGCTTTGTTGCCCTGAATCT
ACGGTCTTACCTTGAGGCGAGCAATGATCTTACGCCTGTTGTGGCTGCAGCGTTTGGTCT
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AACAATGAATTTGTCATTACAAGAGAACAAAACCCCACAAAGTACCATATACACTGAAGA
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BQ
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AF RR1D901TF U 1
AF RR1D901JQ C 272
BS 1 661 RR1D901TF
BS 662 954 RR1D901JQ

RD RR1D901TF 661 0 0
GAAGAGCACTAATGTGCATATAGCAAGCGTTAATGAAGCAGCAGGTCCTTCTGCAAACAT
GCAGATATTTCCACCGCATCAAGGAAACAATGCATCAAAGGGTTATCAAACTCTTCAGAC
CCCAACAGAAGGACCTGAACAGCAGCAGCCATCAAACAACTGGAAGGGATACTTTAACGT
CTACTCATACGCTCAGTACTTCAACGTGGACACCGACGTTGTTTTGAACAGATTGATGAG
TTCCTTGTACCCCACCACTGGTGATTTTTTCAGCAAGATTGATGCCAACCCTGATTTGTA
TGGCCTTGTCTGGATCTGCACTACGCTTGTGTTTGTGCTTTCCTCTCTCGGAAACTGTGC
CACGTACCTCGTGAAGAAACTAACCGACAGTGAAGCACCTTGGGTCTTTGATGTGAACTA
TATAAACTTGGCAGCCTCTTTGATCTATGGCTATGCAATAATTGTGCCGGCGGCGTTTTA
TTTCTCACTCCGGTACATGGGGTCCAGAGCTGATCTTCTAAGATTCTGGTGCCTCTGGGG
ATACTCTCTCTTCGTTTTCGTTCCAGCCACTCTTCCATTGCTTATTCCAGTGGAGTTTCT
GAGATGGGTGATTATACTCTTAGCTGGTGGCGCATCGTCTTGCTTTGTTGCCCTGAATCT
A

QA 1 661 1 661
DS 

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TTTGTGCTTTCCTCTCTCGGAAACTGTGCCACGTACCTCGTGAAGAAACTAACCGACAGT
GAAGCACCTTGGGTCTTTGATGTGAACTATATAAACTTGGCAGCCTCTTTGATCTATGGC
TATGCAATAATTGTGCCGGCGGCGTTTTATTTCTCACTCCGGTACATGGGGTCCAGAGCT
GATCTTCTAAGATTCTGGTGCCTCTGGGGATACTCTCTCTTCGTTTTCGTTCCAGCCACT
CTTCCATTGCTTATTCCAGTGGAGTTTCTGAGATGGGTGATTATACTCTTAGCTGGTGGC
GCATCGTCTTGCTTTGTTGCCCTGAATCTACGGTCTTACCTTGAGGCGAGCAATGATCTT
ACGCCTGTTGTGGCTGCAGCGTTTGGTCTGCGAATGGTTCTGTCTATCTTCATCAAAGTC
TGGTTCTTTCCTTAAGTGTCTCCACATCACACGATGAAACATATATAATGTTTGTAAAAA
ACGTTTTAGATTTTGATGTGATGTGGTAGAACAATGAATTTGTCATTACAAGAGAACAAA
ACCCCACAAAGTACCATATACACTGAAGAACTGAATCATCGGGATTCGTTTTGACTTGTT
TAGTTTCTTGTTTGCTTGTTTCT

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL5208Contig1 1058 2 6 U
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TCTATAATTTATAAATTGAGGCAAAAATTCTTCGAAAAATGCAGAGTATCGAGAGGATAA
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ATCAAGAACCGAGACAACATAATAGAACCCAGACCAATCAACAGTTTACCTAATCACAAA
CATTGCTTCTAAGAGATAAACTCTCTATCTCTCTTTTTCCTTAACTATTTTGTGAGTTTT
TTTTTGTGGAATGGTGCAGTGATAACCAACCAGGCAAATCAGAGCGTTATGAAAATAGCT
GAGAGGATGAACAGAAGTTTCCTTTCTGTAGTGGCTACGTCAGCAGGAGATATATGGTTT
AAGTTGCCTGGTAATACTGTCAGAGTGATGACTCGGAAGAGCTTGAATGATCCAGGAAGG
GCCTGTAGGGGTCATTCTCTATGCATCCACTTCGTTTTGGCTCCCGGTTCCTCCTAACAC
AGTCTTTGACTTCCTCAGAGATGCCAGCAATCGAACCAATTGGGATGTTATCACAACTGG
AGGGGAGGATGTGCAGTTGATGTCACAGACTGGAAATGGGAGAGACAGTAGGAAATGTGT
ATATTTTACTCCGGCCAGAAGAAGATGATGATGATGATGATTCAAGAGACCTCTACTGAC
CCAACATTGACAGAGAATGTTGTTCTCAAGGGAGGTGACCCTGACAAGGTGTCACTACGT
CCTACGGGTTTTGCTATTCTTCCAGATGGTACGGCTCAGCATGGAAGAGAAGGAGGGTCA
CTCATATGCGCTGCCTTTCAGGTTCTTGCACTCAAGAAATGAGCAACTCGCTGGTTTCTG
GCGGGCTGAGTGAGCAAGTTCACCTGCAAACGTTTCAAAAGACAGAGTGAAAGATGTTTA
ATTATGACCAGACAACCCTAATAATAGTAACAGAACTTGATCCTAACAATCCAAAAAGGA
TACTGTAAACAAAGCAAATCCGATATGGTAACAAGGCT


BQ
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AF RR1HA27TF U 1
AF RR1HA27JQ C 310
BS 1 650 RR1HA27TF
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RD RR1HA27TF 708 0 0
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TCTATAATTTATAAATTGAGGCAAAAATTCTTCGAAAAATGCAGAGTATCGAGAGGATAA
GCTAATCCTAAGGGCGGAAAACTCAATGCGATTCAGGAGCTGAGAAATCAAAAGAGGAAT
ATCAAGAACCGAGACAACATAATAGAACCCAGACCAATCAACAGTTTACCTAATCACAAA
CATTGCTTCTAAGAGATAAACTCTCTATCTCTCTTTTTCCTTAACTATTTTGTGAGTTTT
TTTTTGTGGAATGGTGCAGTGATAACCAACCAGGCAAATCAGAGCGTTATGAAAATAGCT
GAGAGGATGAACAGAAGTTTCCTTTCTGTAGTGGCTACGTCAGCAGGAGATATATGGTTT
AAGTTGCCTGGTAATACTGTCAGAGTGATGACTCGGAAGAGCTTGAATGATCCAGGAAGG
GCCTGTAGGGGTCATTCTCTATGCATCCACTTCGTTTTGGCTCCCGGTTCCTCCTAACAC
AGTCTTTGACTTCCTCAGAGATGCCAGCAATCGAACCAATTGGGATGTTATCACAACTGG
AGGGGAGGATGTGCAGTTGATGTCACAGACTGGAAATGGGAGAGACAGTATGAAATGTGT
ATATTTTACTCCGGCCAGAAGA*GATGATGATGATGATGATTCAAGAG

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1HA27JQ 749 0 0
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AACAGAAGTTTCCTTTCTGTAGTGGCTACGTCAGCAGGAGATATATGGTTTAAGTTGCCT
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CTTCCTCAGAGATGCCAGCAATCGAACCAATTGGGATGTTATCACAACTGGAGGGGAGGA
TGTGCAGTTGATGTCACAGACTGGAAATGGGAGAGACAGTAGGAAATGTGTATATTTTAC
TCCGGCCAGAAGAAGATGATGATGATGATGATTCAAGAGACCTCTACTGACCCAACATTG
ACAGAGAATGTTGTTCTCAAGGGAGGTGACCCTGACAAGGTGTCACTACGTCCTACGGGT
TTTGCTATTCTTCCAGATGGTACGGCTCAGCATGGAAGAGAAGGAGGGTCACTCATATGC
GCTGCCTTTCAGGTTCTTGCACTCAAGAAATGAGCAACTCGCTGGTTTCTGGCGGGCTGA
GTGAGCAAGTTCACCTGCAAACGTTTCAAAAGACAGAGTGAAAGATGTTTAATTATGACC
AGACAACCCTAATAATAGTAACAGAACTTGATCCTAACAATCCAAAAAGGATACTGTAAA
CAAAGCAAATCCGATATGGTAACAAGGCT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL5209Contig1 676 2 1 U
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AAGTAAAGAGATGGCAGAAGATAAGATACCTTCAGCTGATCCTGACGATCAGAGATTCTC
GGTTGCATTCACGGATCCTAACTATGCTCTAGACCCTACGAATCCACAGTTTAAAAGGAG
TGCGACGTATGTTAAGCAATTAACTCAAAAGCAAAAGCAAGATCCAAGAAGCCAAGAAGA
GCAAGTGAAAGATGTGGAGACAAAGACTACAGATGATGGCACGGTGGGACCTTCTAAGAA
AAGGAGTTTTGCAGAGTCTGCTACTGTCAAGTCGATGAAGCTCAAGATGCAGCAGAAGGG
TTCGGAGAAGAAGAAAGAAGGGACTGCCGAGTTGGCTCAGCGAGTGAAGAACAAAGCCAA
AGCTTTATCAAAAAAATAAAAATGTCTTTTGTTTCCTTCATTCACATCAATTTTGTTTAT
CTTTTTATTCAGAATTCATTGCACTGATGTTTTGAAATGTTAACAGTTTCAGTTTTGATT
CGACATTCAAATTGGA


BQ
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AF RR1DV07TF U 1
AF RR1DV07JQ C 283
BS 1 676 RR1DV07TF

RD RR1DV07TF 676 0 0
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GGGTTTAGAGGAGAAATTAGCAGCAGACGAGAAAAGCTTGGCGGAGCTTGAGTTGATAGT
AGCTGATGAGAATGTTAAAGGTCTAAAAGGGTATAACATTAAAGGAAAAGGTAAAAAGAG
AAGTAAAGAGATGGCAGAAGATAAGATACCTTCAGCTGATCCTGACGATCAGAGATTCTC
GGTTGCATTCACGGATCCTAACTATGCTCTAGACCCTACGAATCCACAGTTTAAAAGGAG
TGCGACGTATGTTAAGCAATTAACTCAAAAGCAAAAGCAAGATCCAAGAAGCCAAGAAGA
GCAAGTGAAAGATGTGGAGACAAAGACTACAGATGATGGCACGGTGGGACCTTCTAAGAA
AAGGAGTTTTGCAGAGTCTGCTACTGTCAAGTCGATGAAGCTCAAGATGCAGCAGAAGGG
TTCGGAGAAGAAGAAAGAAGGGACTGCCGAGTTGGCTCAGCGAGTGAAGAACAAAGCCAA
AGCTTTATCAAAAAAATAAAAATGTCTTTTGTTTCCTTCATTCACATCAATTTTGTTTAT
CTTTTTATTCAGAATTCATTGCACTGATGTTTTGAAATGTTAACAGTTTCAGTTTTGATT
CGACATTCAAATTGGA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1DV07JQ 394 0 0
TCCACAGTTTAAAAGGAGTGCGACGTATGTTAAGCAATTAACTCAAAAGCAAAAGCAAGA
TCCAAGAAGCCAAGAAGAGCAAGTGAAAGATGTGGAGACAAAGACTACAGATGATGGCAC
GGTGGGACCTTTTAAGAAAAGGAGTTTTGCAGAGTCTGCTACTGTCAAGTCGATGAAGCT
CAAGATGCAGCAGAAGGGTTCGGAGAAGAAGAAAGAAGGGACTGCCGAGTTGGCTCAGCG
AGTGAAGAACAAAGCCAAAGCTTTATCAAAAAAATAAAAATGTCTTTTGTTTCCTTCATT
CACATCAATTTTGTTTATCTTTTTATTCAGAATTCATTGCACTGATGTTTTGAAATGTTA
ACAGTTTCAGTTTTGATTCGACATTCAAATTGGA

QA 1 394 1 394
DS 



AS 1 2

CO CL5210Contig1 1124 2 2 U
GTTCAATAGACATGGGATCAATTTTAGGGCTTTCAATCAAGATCGCTGCTTTGGCCCTAG
TTTGAACTTGGGGTAATTGAATGAGTGTGGATCTTTGCTTCGGGTTCATGTAATTATGTG
TGATTGAACGGGAAAGTATCATCCTTTGTTATGGAAACAGTAGCAACATTTTGATTAGGA
TTTGGCTTTAGATCCATAACAAAGCCTTTATGAGCTCTTCAAATTTCGTATTTTAGAGTA
GAATCCCAGAACACCATGAATGAAGAACACAATAGGAATCCATTTGCAAGTGCAAGTGGA
AGAGCAGGGGGAAGTACAAGTGCGAGCCCAAACTCGAGCTTTAGTAGCAGCGTGGCGGAT
ACAGAGGATGATCAAACCATTGCGCGTATATTAGCTGAAGAGGAGAGCTTAAGAACAAGA
GACGGCAGGCTTGGGAAGAGACTCTCTCATTTAGATTCTATCCCTCATACTCCTCGGATT
AACACTAAAATACCTGATGTAAATGATGCAACATTAGACCATGAGCTCCTCTCTGTGAGG
TTGGCCACATATGGGTTAGCTGAACTACAGATGGAGGGGGATGGAAATTGCCAGTTCCGA
GCCCTGGCAGACCAGCTTTTCGGCAATCCAGATTACCATAAGCATGTACGGAAGCATATT
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CACTACGCCAGGAAGATGAAAAAAACCGGTGAATGGGGAGATCACGTTACTCTTCAAGCT
GCTGCAGATCGTTTCGACGCTAAGATCTGCTTACTCACATCATTTCGGGAACAATCCTAC
ATCGAGATACTTCCTCATAACAAGAAGCCTCTTCGTGAGGCTTGGCTTAGCTTCTGGAGC
GAAGTGCATTACAATTCGCTTTACTCTAGTGGAGATGTTCCCACAAGAAAACCCAGGAGG
AAGCATTGGCTCTTCTAGGATTCGATTCTGATTTGTATATTTATATATATGTATGTATAA
TATATCCTTCTCAGATTGTGTGTGAACTTCCTACTTTACCTCACTCTGTTGTATCATTGG
TTCCCTACTTGAAAATTCTGAATCATAATGAAAGACAACTAAGT


BQ
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BS 536 1124 RR1GP31JQ

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AGACGGCAGGCTTGGGAAGAGACTCTCTCATTTAGATTCTATCCCTCATACTCCTCGGAT
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CATCGAGATACTTCCTCATAACAAGAAGCCTCTTCGTGAGGCTTGGCTTAGCTTCTGGAG
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ATATATCCTTCTCAGATTGTGTGTGAACTTCCTACTTTACCTCACTCTGTTGTATCATTG
GTTCCCTACTTGAAAATTCTGAATCATAATGAAAGACAACTAAGT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

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TGAGTACTGATGTTTCAAAGCAATCAGAATGTGATTATTTATTTTTGT


BQ
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AF RR1D526TF U 1
AF RR1D526JQ C 270
BS 1 353 RR1D526TF
BS 354 354 RR1D526JQ
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CTACAAAATGGTGTTCATCATCATTACAAAACCATTTATTGTTCTTCTTCTGTTCTTCCT
CTCTTGCTATACTTCATCTGCTTTGTTCACTCCGCCAGATAACTATTTGATTTCTTGCGG
CGCATCGCAAAACATAACCTTCCAAGGCAGAACCTTTGTTCCAGATTCCCCCC*ACCCAT
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TCTCGATCAGATCATGGATAGTAACTTAACGGGGAAAGTGAACCCGGCGTCGCTTAAGAA
GTTTGGTGAAACGGCTGAGAAGTGTTTAGCGGAGTACGGTGTGGATAGGCCGTCGATGGG
AGATGTGTTGTGGAACTTGGAGTACGCGTTGCAGCTTGAAGAGACGTCTTCG*CTTTGAT
GGAGGCTGATGATAATAGTACGAACCATATTCCTGGGATACCGATGGCGCCGATGGAGCC
GTTTGATA
TAGT

QA 1 668 1 668
DS 

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TCCGTAACAGCAACCTCCACCAACCAGTCTCTCTCGATCAGATCATGGATAGTAACTTAA
CGGGGAAAGTGAACCCGGCGTCGCTTAAGAAGTTTGGTGAAACGGCTGAGAAGTGTTTAG
CGGAGTACGGTGTGGATAGGCCGTCGATGGGAGATGTGTTGTGGAACTTGGAGTACGCGT
TGCAGCTTGAAGAGACGTCTTCGGCTTTGATGGAGGCTGATGATAATAGTACGAACCATA
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GAGGAGGAGGAGGAGGAAACTCGGGGACAGGGACTGATGATGATGCGGAAGATGCGACTA
CTAGTGCTGTGTTTTCGCAGCTTGTTCATCCTCGTGGAAGGTAGAAAAGATTGAAAGAAG
AAATGATACAGAGACAAGACATTGTTTGTTTTGAAGTTTTACAGGAAAGATTAAGACAAA
AAAGAAAAAGACTTTTTGGGTTGGATGATCCAAAATTATTCATTCAGATGATTCTTATTT
CGAATTTTATATAATTTGTTATGTAATATAGTGAGTACTGATGTTTCAAAGCAATCAGAA
TGTGATTATTTATTTTTGT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL5212Contig1 952 2 2 U
GGGAACAGAACAACAACAACAACAACAACAAAGGAGATGGCGGCAGCGAGAAGAAAACGG
CGTCAGTGACCGTCGTTTTGAGGGTCAATATGCATTGCGATAGTTGCGCCTCAAAAATCG
TTAAATCCGTTCGTGCTTTCCAAGGCGTCCAGACCGTGAAAGCAGAGTCAGAGACCGGGA
AAGTAACGGTGACCGGAGTTGTAGATCCAGCTAAACTCCGGGAGCAACTTGAAGTGAATA
TAAAGAAGAAAGTCGAGTTGGTTTCTCCTCAACCCAATAAGGAGAAAGAGAAAGACAACA
ACAAGGACAATAAGGACAAGAACACAAGCAATGAAGACAAGAACAAAGAAAAGAAGAAAC
ACAAAGAGGCTCCGGTAACAACGGTGGTGCTGAAGGTGGACTTCCACTGTGAAGGGTGTA
TTGAGAAGATTCAAAAGACTGTCTCTAAAACCAAAGGTGTGAGTGGGTTATCATTAGATC
ACGAGAAGCATTTAGTGACAGTTAAAGGAACAATGGACGTGAAAAAGCTCGCCGAGAGTT
TGGCTAGGAAGCTAAAACGTGACGTGGAGATTGTGGCGCCGGCGAAGAAAGACAAAGATA
ATGGTAATGAAAAAGAGAAGGAGTCTGGTGATAAGAAGAAACGAGGTGGCGGCAGAGGAA
AGGATAACGCCGGTGACAAAGGCGGCGAGGGGATGAATACGATGGAACACGTGGCGGCTC
AGCCTGCACACGGCTCTATGTATGATCCAGATGAGGATGGATATTCGAATCAATTCTACG
CAGTCGCACGTGATCTACTCAGCGATGAAAATCCGAATTGCGTCGTTATGTGAAGCGGCG
GGAGGACATTGACGGGTGGTAGAATAGTCAGTATGCAATTAAGAATAATATTGTTTTTCT
AATCTAGTCTAGTTTCAATTGGTGTAATATAATATACTACTAATAATGCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ET74TF U 1
AF RR1ET74JQ C 265
BS 1 654 RR1ET74TF
BS 655 952 RR1ET74JQ

RD RR1ET74TF 654 0 0
GGGAACAGAACAACAACAACAACAACAACAAAGGAGATGGCGGCAGCGAGAAGAAAACGG
CGTCAGTGACCGTCGTTTTGAGGGTCAATATGCATTGCGATAGTTGCGCCTCAAAAATCG
TTAAATCCGTTCGTGCTTTCCAAGGCGTCCAGACCGTGAAAGCAGAGTCAGAGACCGGGA
AAGTAACGGTGACCGGAGTTGTAGATCCAGCTAAACTCCGGGAGCAACTTGAAGTGAATA
TAAAGAAGAAAGTCGAGTTGGTTTCTCCTCAACCCAATAAGGAGAAAGAGAAAGACAACA
ACAAGGACAATAAGGACAAGAACACAAGCAATGAAGACAAGAACAAAGAAAAGAAGAAAC
ACAAAGAGGCTCCGGTAACAACGGTGGTGCTGAAGGTGGACTTCCACTGTGAAGGGTGTA
TTGAGAAGATTCAAAAGACTGTCTCTAAAACCAAAGGTGTGAGTGGGTTATCATTAGATC
ACGAGAAGCATTTAGTGACAGTTAAAGGAACAATGGACGTGAAAAAGCTCGCCGAGAGTT
TGGCTAGGAAGCTAAAACGTGACGTGGAGATTGTGGCGCCGGCGAAGAAAGACAAAGATA
ATGGTAATGAAAAAGAGAAGGAGTCTGGTGATAAGAAGAAACGAGGTGGCGGCA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1ET74JQ 688 0 0
CTCCTCAACCCAATAAGGAGAAAGAGAAAGACAACAACAAGGACAATAAGGACAAGAACA
CAAGCAATGAAGACAAGAACAAAGAAAAGAAGAAACACAAAGAGGCTCCGGTAACAACGG
TGGTGCTGAAGGTGGACTTCCACTGTGAAGGGTGTATTGAGAAGATTCAAAAGACTGTCT
CTAAAACCAAAGGTGTGAGTGGGTTATCATTAGATCACGAGAAGCATTTAGTGACAGTTA
AAGGAACAATGGACGTGAAAAAGCTCGCCGAGAGTTTGGCTAGGAAGCTAAAACGTGACG
TGGAGATTGTGGCGCCGGCGAAGAAAGACAAAGATAATGGTAATGAAAAAGAGAAGGAGT
CTGGTGATAAGAAGAAACGAGGTGGCGGCAGAGGAAAGGATAACGCCGGTGACAAAGGCG
GCGAGGGGATGAATACGATGGAACACGTGGCGGCTCAGCCTGCACACGGCTCTATGTATG
ATCCAGATGAGGATGGATATTCGAATCAATTCTACGCAGTCGCACGTGATCTACTCAGCG
ATGAAAATCCGAATTGCGTCGTTATGTGAAGCGGCGGGAGGACATTGACGGGTGGTAGAA
TAGTCAGTATGCAATTAAGAATAATATTGTTTTTCTAATCTAGTCTAGTTTCAATTGGTG
TAATATAATATACTACTAATAATGCTAG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL5213Contig1 625 2 3 U
GGGCTCTGACCAAACACACGGTGGCGGTTATTTAGCACCGCCGTGCCCAAAGCGTCTACC
TGAGCACCGACCTCCGTCGCCTTTTTCCTAATCGTATCACCCGACATGTCCTCCTCTGAG
AATTTCTCTCCGTTGAGAAGCTCAGGGAAGTTAAGCCTCGCCGTCGGTCCTCTGAGGTAG
AAAACCGCCGAGCCATAGCCTTGTCCGCTTGTTAGGCTCTCGAATCTCCGCAACCCATTT
TCCCCACTTCCTCATCCTTATGCCCTTGTAAGGTCTCTCCCTCTTCCTCGTCGTCATGGC
CACTGCCACGTCAGCTACTCCGCCGCCGTCCATGGAGGATCTTAATTCTTAAACCCTCCA
AAGAGAGAGACTTTTGAGGTGTGTTCTGAGAAGTTGACCGATTTTCTGAAGAGAGAGAGA
TGATGATAGAGAATAAATATGTCGGAGCAGAGAAATAAAGGGGGAGGTTGCAGGGGTTAT
TATGGTGGATATGGCGGTGAGAAAATTCCAAATTCACCGACAAAAAAAAAAAAGTAAAGA
GAGAAGATAGTTGTATTTAGTTGGATTTAGCAGATAAAACTTGTCTTGGTGGTCGTGGAT
TCGTTTTGTAGTTATAGCATCAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EJ09TF U 1
AF RR1EJ09JQ C 230
BS 1 474 RR1EJ09TF
BS 475 475 RR1EJ09JQ
BS 476 625 RR1EJ09TF

RD RR1EJ09TF 625 0 0
GGGCTCTGACCAAACACACGGTGGCGGTTATTTAGCACCGCCGTGCCCAAAGCGTCTACC
TGAGCACCGACCTCCGTCGCCTTTTTCCTAATCGTATCACCCGACATGTCCTCCTCTGAG
AATTTCTCTCCGTTGAGAAGCTCAGGGAAGTTAAGCCTCGCCGTCGGTCCTCTGAGGTAG
AAAACCGCCGAGCCATAGCCTTGTCCGCTTGTTAGGCTCTCGAATCTCCGCAACCCATTT
TCCCCACTTCCTCATCCTTATGCCCTTGTAAGGTCTCTCCCTCTTCCTCGTCGTCATGGC
CACTGCCACGTCAGCTACTCCGCCGCCGTCCATGGAGGATCTTAATTCTTAAACCCTCCA
AAGAGAGAGACTTTTGAGGTGTGTTCTGAGAAGTTGACCGATTTTCTGAAGAGAGAGAGA
TGATGATAGAGAATAAATATGTCGGAGCAGAGAAATAAAGGGGGAGGTTGCAGGTGTTAT
TATGGTGGATATGGCGGTGAGAAAATTCCAAATTCACCGACAAAAAAAAAAAAGTAAAGA
GAGAAGATAGTTGTATTTAGTTGGATTTAGCAGATAAAACTTGTCTTGGTGGTCGTGGAT
TCGTTTTGTAGTTATAGCATCAGCT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1EJ09JQ 396 0 0
GCAACCCATTTTCCCCACTTCCTCATCCTTATGCCCTTGTAAGGTCTCTCCCTCTTCCTG
GTCGTCATGGCCACTGCCACGTCAGCTATTCCGCCGCCGTCCATGGAGGATCTTAATTCT
TAAACCCTCCAAAGAGAGAGACTTTTGAGGTGTGTTCTGAGAAGTTGACCGATTTTCTGA
AGAGAGAGAGATGATGATAGAGAATAAATATGTCGGAGCAGAGAAATAAAGGGGGAGGTT
GCAGGGGTTATTATGGTGGATATGGCGGTGAGAAAATTCCAAATTCACCGACAAAAAAAA
AAAAGTAAAGAGAGAAGATAGTTGTATTTAGTTGGATTTAGCAGATAAAACTTGTCTTGG
TGGTCGTGGATTCGTTTTGTAGTTATAGCATCAGCT

QA 1 396 1 396
DS 



AS 1 2

CO CL5214Contig1 773 2 2 U
GGATACTCTTAAACAGCAGTATCGGTTTGTTCCTGCTAAATACAAGGACTGCTACCTAGT
GTACATTTTGACTGAAATGCCTGACTCAACATCAATGATTTTCACCCGAACTTGTGGTGG
GACTCGTTTTATGGCTTTGATGCTTCGGAGCCTTGGTTTTAGAGCCATTCCTATCAGTGG
TCAAATGACTCAGTCAAAGAGATTAGGAGCGTTGAATAAGTTCAAAGCAGGGGAATGTAA
CATCTTGGTCTGCACGGATGTGGCTAGTGGAGGGCTCGATATCCCGTCGATTGATATGGT
TATCAATTACGACATTCCCACAAACTCAAAGGATTACATCCACAGAGTGGGAAGAACAGC
TCGTGCTGGACGTTCTGGTGTTGGGATATCACTAGTAAACCAGTATGAGCTAGAATGGTA
CTTGCAAATCGAAAAACTCATAGGCAAGAAGCTGCCTGAATATCCAGCTGAGGAGGACGA
AGTCTTGTCATTGTTGGAGAGGGTTTCAGAAGCTAAAAAGTTATCCGCAATGAATATGAA
AGAATCAGGAGGTAGGAAGAAGAGAAGAGGGGAAGACGATGAAGAGAGCGAGAGGTTCTT
GGATGGTAACAAAGGAGGAGGAGGTAACAGAGACAAGAAATCTTCCAAGAAGTTCAAACG
ATAAAAATGCTCTCTTATTAGTAATGTTTTCAAATAGACTCGCCAAAGTTTTGAACTATT
TTTTTGTATCCGTGATATTTGCCATGGTTTAACTTAAAAGAACTTTCTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E052TF U 1
AF RR1E052JQ C 162
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QA 1 337 1 337
DS 

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ACTTTCTCTCCC

QA 1 612 1 612
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1EV88JQ U 49
AF RR1EV88TF C 1
BS 1 48 RR1EV88TF
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BS 441 683 RR1EV88TF

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CCTCGTCGATGTACTGAACCTGGATGGCTGAT

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR1EV88TF 683 0 0
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CTCTCTGGTAAGGATCAGAAGGGAGGATAGGGTTCTTGTGAGACCAGACCTCGTCGATGT
ACTGAACCTGGATGGCTGATTCGCAGACCGGTTTACCGTTGTGGATGAGAACCGGAATCT
TCTTGTGGACCGGGTTCATCTGGAGAAGCAGAGGGCTCTTGTCCCTCAGATCCTCGTCCC
TGTACTCGAACTCGACACCTTTCTCCCTCAAAGCGATCCTTGTCCTCATGCCGTACATGC
TAGGCCAGAAATCAAGAAGGATCACCTCGTTCGCCATTTGTTGTATTTAGCGATCACTCA
AAGCTCACAGAAGAGAGATCCCC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DR08JQ U 269
AF RR1DR08TF C 1
BS 1 268 RR1DR08TF
BS 269 412 RR1DR08JQ
BS 413 591 RR1DR08TF

RD RR1DR08JQ 144 0 0
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AATAACACTGACGTTGAGCTCGCC

QA 1 144 1 144
DS 

RD RR1DR08TF 591 0 0
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TATTGAATGATCTAGCAACAGTGTGAAACTCATGTTTTAACTCTGACCAAGCTGACTCTG
GAGCCTGAGCATTCAGAGTATAAAGCCTGCCACCGCTAACGCAACAAACGGCCACGTTAT
GCCGCCGGAAAGACGGTGATTCCACTTTGAATTCCAACTCATAGTACTTCAAGCTCCTCT
CTGAATCTTGTCTGAGGTTTGCTTCCAGCAAAGTTCCTTTTAAATCTGTTCGTTGACTAG
ATCTTGTCACTGTTTTTACAATGGCCTCTCCTAATTCTTTTGGCCCTCCAAATGCTTCAA
TTGAGAAAGTGGGTGAGACAGGGGAGACAATAACACTGACGTTGAGCTCGCCGGTCGAAC
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GAGGAAGGTCTAGTGAAATATCCCGCTCTGTCTTCTCGGCCGCTCTATACAGGAGTGTCT
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DS 



AS 1 2

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CTTCGGATCTTGTTCTAAATTCTCTTAACGGTAAAAGAATCTTTTCTCGATTCGACCGCA
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AATCTTAACCTCGTAGGTTTCTCTCGTTTTTAGACTCCATTCTCTTGTGATCTTTCTAAT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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BQ
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AGGAACAGCGGCTTCAAATCGATTCCTTCATCGCTTCCCCCTTCCACAGATCTATGGACT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX33TF U 1
AF RR1DX33JQ C 165
BS 1 552 RR1DX33TF
BS 553 850 RR1DX33JQ

RD RR1DX33TF 552 0 0
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AGATTAGCGGAGATACAAGGAAGAACAACACTATGGGAATCGTGTGTGAGAAAGATATCT
AGGAACAGCGGCTTCAAATCGATTCCTTCATCGCTTCCCCCTTCCACAGATCTATGGACT
CTCTACTTGACCGAGCTAAAGCCACTGCTCAGAGCCAAGTGGAACTAGCGAATGTGAAAG
CGGATCTGAAAGAAGCAGAGTACGAGCTCGTTAAAGTGTTGTCAGCGAAAACCCATAAAG
AGGCGATGCAAATGGGTTTAAGGGACTCCATTTCCGCAACACAGTCTCGAATCCAAGTGC
TTAAAAGAACTCTGCAGTTACACAAGTCAAAGAAGGAAGAGCGTGCCAAAACTATCTCCC
AGAGAACAAGGTGTCTAAGGTTCAAGTGAATCGGCGACAGAAACGATCTAGCAATTCCCC
ACTCCAGTCTCCTGCACCCACGTCTTCCACTCGCCGTTCTTCTCGCCTTAAGGTACAGAC
ACACGATTATGT

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1DX33JQ 686 0 0
CACAGATCTATGGACTCTCTACTTGACCGAGCTAAAGCCACTGCTCAGAGCCAAGTGGAA
CTAGCGAATGTGAAAGCGGATCTGAAAGAAGCAGAGTACGAGCTCGTTAAAGTGTTGTCA
GCGAAAACCCATAAAGAGGCGATGCAAATGGGTTTAAGGGACTCCATTTCCGCAACACAG
TCTCGAATCCAAGTGCTTAAAAGAACTCTGCAGTTACACAAGTCAAAGAAGGAAGAGCGT
GCCAAAACTATCTCCCAGAGAACAAGGTGTCTAAGGTTCAAGTGAATCGGCGACAGAAAC
GATCTAGCAATTCCCCACTCCAGTCTCCTGCACCCACGTCTTCCACTCGCCGTTCTTCTC
GCCTTAAGGTACAGACACACGATTATGTTCTTAAAGTTGCACCAAAGCCAAATCTTCAGA
CTTTGAGGGACTATACTTCCCAAAAGCTAAGAAGTGAAGGTGGAGCTCTGTTTTCTTTTT
CCCCAGAATCAAGGAATTCACAAAAACTGAGATGTTGATGGTGTTTTGGAGACTTGACAA
CAATCTGTTGTTTGACTTTCCTATTAAATCAGACTACTGTTGTTATCACACTTATCTACA
ACTTTGATCAATGTACTAGTATTGGTGCTATGTTTATACAACTATGGATCTATATGTACA
TGTTGGTAAAATTATTAACAAGAAGG

QA 1 686 1 686
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5222Contig1 1049 2 2 U
GGGCGAGGGTTCGTGGAGAATTCGCCAATGGAGGAACCCAAAATCTCTGCTAGTCCAAGT
ATCTGCTTCAGGCCGATAAACCCTTCTGATTTAGAACGTCTGGAGCAAATCCATCGCGAC
ATATTCCAATCAGGTATGAGTCCGAGTTTTTTCAGAATGTTGTCAACGGTGGTGATATCC
TCTCTTGGGCTGCTGTTGATCGGAGCCGCCCTGATGGTCTTTCTGACGAACTTATTGGTT
TTGTTACTGCCAAAATCGGGCCTGCTAAAGAAACCGAAATATCAGATTTAATAAGATATG
ACTCGTGTAAGGGAGAGGAGACATTGGTGTACATCCTAACGCTTGGAGTTGTAGAAAGCT
ACAGAAAGCGTGGAATAGCTAAGTTGCTTATTAAGGAGGTCATCAAATATGCTTCTAGTA
TCCCTGTGTGCCGTGGTGTTTACCTTCATGTGATTGCACACAACAGTCCCGCAATCCGAT
TGTACAAAAGAATGTCTTTCTGATGTGTGAGGAGGTTACACGGATTCTACATAATCAATG
GCCAGCATTTCGATTCTTTCTTGTTCGTCTACTTTATCAACGGTTCTCGCTCTCCTTGCT
CACCCTTTGATCTTTTGGTGTTGGTTCTAATTATATGAGGAGCGGAATCAAATCAGTGGC
ATCAAAGCTAACAATGAAGCACGAAGAGAAAGGCTTGAAATGGATTAAATGCAAAGACAT
GACGCGGTGTCTCTTGCCTACTCAGACCAAAAGAAACCTTGCATCCGAAAGAGTATCATC
CGGCTACGATTACGTTTAGTATTTGGTCTCTGATCCATAGACTTTGTAAACTCATTCATT
TACATGTCTTCATTAAGCTCTGGTTATATGATCCTATTGTGGTACGTAATGAAAATGTAA
ATATTGTGTGATTAGAAAAAAGAACTTCTCTTTGGGAGGAAGGGTTCAATCAAAACATAT
TAAATTAGTTAGCTTGTTGAAAATATAGCTTTATGCTTTTTGTATGCAACTTCGGTTCAG
TTTAAACCAGATTGGATCAATCTTTCAGC


BQ
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AF RR1FU57TF U 1
AF RR1FU57JQ C 256
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BS 649 1049 RR1FU57JQ

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ATCTGCTTCAGGCCGATAAACCCTTCTGATTTAGAACGTCTGGAGCAAATCCATCGCGAC
ATATTCCAATCAGGTATGAGTCCGAGTTTTTTCAGAATGTTGTCAACGGTGGTGATATCC
TCTCTTGGGCTGCTGTTGATCGGAGCCGCCCTGATGGTCTTTCTGACGAACTTATTGGTT
TTGTTACTGCCAAAATCGGGCCTGCTAAAGAAACCGAAATATCAGATTTAATAAGATATG
ACTCGTGTAAGGGAGAGGAGACATTGGTGTACATCCTAACGCTTGGAGTTGTAGAAAGCT
ACAGAAAGCGTGGAATAGCTAAGTTGCTTATTAAGGAGGTCATCAAATATGCTTCTAGTA
TCCCTGTGTGCCGTGGTGTTTACCTTCATGTGATTGCACACAACAGTCCCGCAATCCGAT
TGTACAAAAGAATGTCTTTCTGATGTGTGAGGAGGTTACACGGATTCTACATAATCAATG
GCCAGCATTTCGATTCTTTCTTGTTCGTCTACTTTATCAACGGTTCTCGCTCTCCTTGCT
CACCCTTTGATCTTTTGGTGTTGGTTCTAATTATATGAGGAGCGGAAT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1FU57JQ 794 0 0
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CTTTCTGATGTGTGAGGAGGTTACACGGATTCTACATAATCAATGGCCAGCATTTCGATT
CTTTCTTGTTCGTCTACTTTATCAACGGTTCTCGCTCTCCTTGCTCACCCTTTGATCTTT
TGGTGTTGGTTCTAATTATATGAGGAGCGGAATCAAATCAGTGGCATCAAAGCTAACAAT
GAAGCACGAAGAGAAAGGCTTGAAATGGATTAAATGCAAAGACATGACGCGGTGTCTCTT
GCCTACTCAGACCAAAAGAAACCTTGCATCCGAAAGAGTATCATCCGGCTACGATTACGT
TTAGTATTTGGTCTCTGATCCATAGACTTTGTAAACTCATTCATTTACATGTCTTCATTA
AGCTCTGGTTATATGATCCTATTGTGGTACGTAATGAAAATGTAAATATTGTGTGATTAG
AAAAAAGAACTTCTCTTTGGGAGGAAGGGTTCAATCAAAACATATTAAATTAGTTAGCTT
GTTGAAAATATAGCTTTATGCTTTTTGTATGCAACTTCGGTTCAGTTTAAACCAGATTGG
ATCAATCTTTCAGC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL5223Contig1 1099 2 4 U
GGAGAGCGGGATCAGCGATTGTTATTGAACCATGGATTCGAGTAAACGGCGGAAGATATT
GGAGAAGAAGAAGAAGATTCACGACCTCATAAAAAGAGCTTCTTCCAGACTCGATCCTCT
TTCTCCCTTTGATTCCTTCCGCCGTTACACAAAAAACGACTTATCTGTCTACTTGGAACC
TGGCCGTGGGGACAGACTTTCCTCGTCCCTGAAACAACACATCCGAAAGCTCTTGAAGAA
CATGGAAGGATTCTACGGGTCTGATTGGCCAATTCAAGCAAAGGTGAAGCGTAAGGAGAT
GTCTTCTCCAGACGCACGCTATATATTTGTGCGGGAGCTGCGTTATGGCGAAACCTATGA
GGCGTCCACTCAAAGGATTTGCGAGGAAGGGTGTGATCAGATTGCTGGATTCGTGCATTA
CCGGTTTACGTTAGAGGAAGAGATACCCGTGCTTTATGTGTATGAAATACAGCTGGAGTC
TCGGATTCAAGGGAAAGGATTGGGAGAGTTTTTGATGCAGTTGATTGAGCTTATTGCTTC
CAAGAATCAGATGAGTGCTGTCGTGCTGACTGTTCAAACTTCCAATGCATTGGCAATGAG
TTTCTACATGAGCAAGCTAGGATACAGAATATCAAGCATTTCACCATCAAAAACTAATCT
TCCGAATTTCTCGGCGAAGTATGAGATACTTTGCAAAACATTTGATTCCGAAGCTAAATC
TGTGTTGGAGAATGACGGAGAACCAACAAAAGATTGCGTATCAAGCATGTAGTTGTATTG
TACCGTACAGTTATAAAACAGAGGCAGATGAAGACTTTGGTTCCTTGGATGGGCAGTTCG
TACGTTCAAACCAAGAGACAAGAAAACTGAAATGCGAAGTCATTTTGTTTTGCATTGAAC
ACCATTCTGAAAACCCGAGTCCTCCGCAACAAACCGGAGTAGTTAGACTATTTGTGGTGA
GCTGTGAGTAATTGTATGGTTTCTTAACCTTTAGAAGAGGTTGTACAGAGTTGTAAATTA
GGACTCGGGAGTGACTAGAGAGAGTGAGAAACGAATCTTGTACTGGGTTTTGATATTTTA
TGAAACAGATTAATTTGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E716TF U 1
AF RR1E716JQ C 298
BS 1 652 RR1E716TF
BS 653 653 RR1E716JQ
BS 654 697 RR1E716TF
BS 698 1099 RR1E716JQ

RD RR1E716TF 703 0 0
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GGAGAAGAAGAAGAAGATTCACGACCTCATAAAAAGAGCTTCTTCCAGACTCGATCCTCT
TTCTCCCTTTGATTCCTTCCGCCGTTACACAAAAAACGACTTATCTGTCTACTTGGAACC
TGGCCGTGGGGACAGACTTTCCTCGTCCCTGAAACAACACATCCGAAAGCTCTTGAAGAA
CATGGAAGGATTCTACGGGTCTGATTGGCCAATTCAAGCAAAGGTGAAGCGTAAGGAGAT
GTCTTCTCCAGACGCACGCTATATATTTGTGCGGGAGCTGCGTTATGGCGAAACCTATGA
GGCGTCCACTCAAAGGATTTGCGAGGAAGGGTGTGATCAGATTGCTGGATTCGTGCATTA
CCGGTTTACGTTAGAGGAAGAGATACCCGTGCTTTATGTGTATGAAATACAGCTGGAGTC
TCGGATTCAAGGGAAAGGATTGGGAGAGTTTTTGATGCAGTTGATTGAGCTTATTGCTTC
CAAGAATCAGATGAGTGCTGTCGTGCTGACTGTTCAAACTTCCAATGCATTGGCAATGAG
TTTCTACATGAGCAAGCTAGGATACAGAATATCAAGCATTTCACCATCAAAA*CTAATCT
TCCGAATTTCTCGGCGAAGTATGAGATACTTTGCAAA
CATTTG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1E716JQ 802 0 0
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TGAGGCGTCCACTCAAAGGATT*GCGAGGAAGGGTGTGATCAGATTGCTGGATTCGTGCA
TTACCGGTTTACGTTAGAGGAAGAGATACCCGTGCTTTATGTGTATGAAATACAGCTGGA
GTCTCGGATTCAAGGGAAAGGATTGGGAGAGTTTTTGATGCAGTTGATTGAGCTTATTGC
TTCCAAGAATCAGATGAGTGCTGTCGTGCTGACTGTTCAAACTTCCAATGCATTGGCAAT
GAGTTTCTACATGAGCAAGCTAGGATACAGAATATCAAGCATTTCACCATCAAAAACTAA
TCTTCCGAATTTCTCGGCGAAGTATGAGATACTTTGCAAAACATTTGATTCCGAAGCTAA
ATCTGTGTTGGAGAATGACGGAGAACCAACAAAAGATTGCGTATCAAGCATGTAGTTGTA
TTGTACCGTACAGTTATAAAACAGAGGCAGATGAAGACTTTGGTTCCTTGGATGGGCAGT
TCGTACGTTCAAACCAAGAGACAAGAAAACTGAAATGCGAAGTCATTTTGTTTTGCATTG
AACACCATTCTGAAAACCCGAGTCCTCCGCAACAAACCGGAGTAGTTAGACTATTTGTGG
TGAGCTGTGAGTAATTGTATGGTTTCTTAACCTTTAGAAGAGGTTGTACAGAGTTGTAAA
TTAGGACTCGGGAGTGACTAGAGAGAGTGAGAAACGAATCTTGTACTGGGTTTTGATATT
TTATGAAACAGATTAATTTGAC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL5224Contig1 807 2 2 U
GGATAGATATTCATGTATAATATAGAGAAAAAAAAAGATTTTTCTCCGCAAACGGACGAT
TTTTCTCTGCAAACGGACTAGGCGATGAAAACGGCGATCTAGGGCTCTCGATGGTATCGC
AACGATGGGATCCGGGGATCGGTGAGGCTGTTGGGTTGGAAGTAAATCGGGCTTACGAAG
GGGGCTCTAGAGAAAGGAAACAACGGGTACGACTAAATTTTTGGGAGGGGTGGTTTGATC
CAAAAGAAGGAAAGGGGATCCTTGCGAGGCTGAGGAAATCTTCAATATCATTACAGTGGA
TTACAATTGGGGTCACCATCAAGACAAAATCGAAAATCAACCAAGGTATTATTTCCGTTT
TCTCCATTCGTATCTGGACAAGGGAGATCGGAGAGATTCGAGTCCATTTGTATGTGACTC
GGAAAGGGTTATTAGAGGTATCAATTTGGAGACTGGATTGTGGCTGTGAGGTCGGTCATA
TCTTTTATGGAATATATGGTTTTAATGGTCAAAATATTTTGCGAGGAGACATAGTGGTGG
TCGTCATGGAGGTGGTGCCAAAAAGATGGAGGAGAAGGGTACTTCAAATCCGAAAGGGGG
ACAGCAGAAACTTTAATTTTATGGATATCATCTTCTCAATATTCAGTAAGCAGGTCCTGG
GTTTGGCGTTAGTTCTTTATAGCCTTTGGTTTTTCATAAGCTTCATGCGCATGTGTACTC
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TTAATTTCAATTTATATCAAAGGAATA


BQ
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AF RR1H225TF U 1
AF RR1H225JQ C 301
BS 1 513 RR1H225TF
BS 514 807 RR1H225JQ

RD RR1H225TF 513 0 0
GGATAGATATTCATGTATAATATAGAGAAAAAAAAAGATTTTTCTCCGCAAACGGACGAT
TTTTCTCTGCAAACGGACTAGGCGATGAAAACGGCGATCTAGGGCTCTCGATGGTATCGC
AACGATGGGATCCGGGGATCGGTGAGGCTGTTGGGTTGGAAGTAAATCGGGCTTACGAAG
GGGGCTCTAGAGAAAGGAAACAACGGGTACGACTAAATTTTTGGGAGGGGTGGTTTGATC
CAAAAGAAGGAAAGGGGATCCTTGCGAGGCTGAGGAAATCTTCAATATCATTACAGTGGA
TTACAATTGGGGTCACCATCAAGACAAAATCGAAAATCAACCAAGGTATTATTTCCGTTT
TCTCCATTCGTATCTGGACAAGGGAGATCGGAGAGATTCGAGTCCATTTGTATGTGACTC
GGAAAGGGTTATTAGAGGTATCAATTTGGAGACTGGATTGTGGCTGTGAGGTCGGTCATA
TCTTTTATGGAATATATGGTTTTAATGGTCAAA

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1H225JQ 507 0 0
TTACAATTGGGGTCACCATCAAGACAAAATCGAAAATCAACCAAGGTATTATTTCCGTTT
TCTCCATTCGTATCTGGACAAGGGAGATCGGAGAGATTCGAGTCCATTTGTATGTGACTC
GGAAAGGGTTATTAGAGGTATCAATTTGGAGACTGGATTGTGGCTGTGAGGTCGGTCATA
TCTTTTATGGAATATATGGTTTTAATGGTCAAAATATTTTGCGAGGAGACATAGTGGTGG
TCGTCATGGAGGTGGTGCCAAAAAGATGGAGGAGAAGGGTACTTCAAATCCGAAAGGGGG
ACAGCAGAAACTTTAATTTTATGGATATCATCTTCTCAATATTCAGTAAGCAGGTCCTGG
GTTTGGCGTTAGTTCTTTATAGCCTTTGGTTTTTCATAAGCTTCATGCGCATGTGTACTC
ACGTTGGGTCTAAGGTCTTGTTGGTTTTATCATATCTGTTTGCATGTTTTTCTGCAATGC
TTAATTTCAATTTATATCAAAGGAATA

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 2

CO CL5225Contig1 1151 2 8 U
GGACAACAATGCCAAGGGGAAAGTTAAAACTAGAACCCATAACTGATAACATTGCAAGGA
ACCAAAGTTTCAAGAAGAGGAAGAAAGGTATTATCAAGAAAGTCAACGAGCTGGCTACTC
TCTGTGGTGTCAAAGCTTGTGCGGTTATCAACAGCTGCGACAATACGGAGCCGGAGTTTT
CCCCGTCAAAGGAAGGCGCTAGAGAAGTGTGCTTGAAGTTTCTGAATGTTCTGCCGGAGC
AACGGTACAAGAAGATGTATGACCAAGAGAGGTATCTGTGGGAGAGGATCCAGAAAGGAA
GAGAGAAACTGATGAGGATAGATGAAGAGAATCGAGAGATTGAGGTTCAAGAGGTTATGT
TCGATCTTCTCAAGGGGAAAGCGATGTCGCCACATCACTATTCTGATCCAGGTTTTATTG
AAGCACTGAATCTTTTAATTGATGATAATGTCAATAAGCTAACTCACAGGACCAAGTTCC
TTGAGGCGATTGGTGCTCTTAATGTCGTTGTCACAGATGCATCTGGTCCTGTTGTTGGTG
ATGTGGACCCTTTTGCTGTCGGAACCGAGGGTTTGGTAAGTAACCCTACTGAAGTTTATC
ATCATATGCGTCAATATGATGGTATGGATATGAGTGTGAATGAGCAGGCTCATGGTGGTT
CTAATGATCATGTTCATCATCAGAATATGAATCTTCAAGAACCATTTCAATACCAATCTC
TTGGTAACTTTTATGATCAGACCCAGCCTAGGTTCAACGGTTCGAGCCAGGACATGTATA
CATGTTTGAGTCTTGATCAGGGACAGAGTTCAAATCAGTATCCAAATCAACACCAATCGT
TGTTGATGGGACAACCTCAGCAGATGAGTGATGTTCAAGCCAGCGTTGCTTCAATGGACG
ACAACAGCTACTGCTACCACCAATTACCAATCACCAGTCAGATGCCTGTCACAACCACCA
CCACCGCCGCACCTGCCGCCGATCTTTCTGATCATAGCATCGATAATAAGTGTTTGGACT
GAAATGTTTGCGTTTGTATTTTTGAAATTTCACATTGTAATGATTAAAGGTTTTTGCCTT
TAAATCAGTTATGCTATTATATATCATTGTCTGGCAATATTGTATCGTCTACCATATTGT
CTTTGGAAGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F766TF U 1
AF RR1F766JQ C 418
BS 1 647 RR1F766TF
BS 648 648 RR1F766JQ
BS 649 697 RR1F766TF
BS 698 698 RR1F766JQ
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BS 739 1151 RR1F766JQ

RD RR1F766TF 738 0 0
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AAGCACTGAATCTTTTAATTGATGATAATGTCAATAAGCTAACTCACAGGACCAAGTTCC
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ATGTGGACCCTTTTGCTGTCGGAACCGAGGGTTTGGTAAGTAACCCTACTGAAGTTTATC
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TTGGTAACTTTTATGATC

QA 1 738 1 738
DS 

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GTGATGTGGACCCTTTTGCTGTCGGAACCGAGGGTTTGGTAAGTAACCCTACTGAAGTTT
ATCATCATATGCGTCAATATGATGGTATGGATATGAGTGTGAATGAGCAGGCTCATGGTG
GTTCTAATGATCATGTTCATCATCAGAATATGAATCTTCAAGAACCATTTCAATACCAAT
CTCTTGGTAACTTTTATGATCAGACCCAGCCTAGGTTCAACGGTTCGAGCCAGGACATGT
ATACATGTTTGAGTCTTGATCAGGGACAGAGTTCAAATCAGTATCCAAATCAACACCAAT
CGTTGTTGATGGGACAACCTCAGCAGATGAGTGATGTTCAAGCCAGCGTTGCTTCAATGG
ACGACAACAGCTACTGCTACCACCAATTACCAATCACCAGTCAGATGCCTGTCACAACCA
CCACCACCGCCGCACCTGCCGCCGATCTTTCTGATCATAGCATCGATAATAAGTGTTTGG
ACTGAAATGTTTGCGTTTGTATTTTTGAAATTTCACATTGTAATGATTAAAGGTTTTTGC
CTTTAAATCAGTTATGCTATTATATATCATTGTCTGGCAATATTGTATCGTCTACCATAT
TGTCTTTGGAAGTT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL5226Contig1 1037 2 2 U
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GTCATCTTCAAGAAACCTTCCATGTGAAGTTATTTCCTTTGTTTTTAAGAAAAATAAAAA
ACAGAGCATCATGATCCAGACTCCAGAGAGAACCATGCATTTAGCGGACTTAATCTATGA
ACAAGCACTACAAGAAATTTTCGTTTTAAAATCAGAGCAGTATAGCGTTTTTTTCTGATT
GTGCCATGGTTGTTATACCTCTCGTTTAATGTAGCATAAAAATCGTAAAAAATGAGGAAA
GATCGCGGTGGCTGTTAGAGGGACACACATGAGGAGAACCCAAGCGACGTCATCTTACAT
GAGACTTCCGTAGATGGGAGTCAGTGTGCATTGCCACCGTACGACTCATCTTTTTCACAC
AAGGACAGAAGCCTCTTGAGATTAAGCGGCCTTCAAGCCTACAAATCTTTGGTTTTTGTT
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TTTGAAATTGTTTTTTATTTATCAGGTGAAAGATAATAAGAGAGTTTGATGATGAGGAAG
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GAGTAAAATTTAACAGCTGGGCTCCTCCAGCGTCCGGTGACTGAGGCGTACTCTGACCGA
TAACATAGAATGCTACGGACACTCGCTGCTAATCTGGACCCACCTCGGTGGGGGGATCAG
GACACACCAGGTTATTC


BQ
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AF RR1EO74TF U 1
AF RR1EO74JQ C 347
BS 1 725 RR1EO74TF
BS 726 1037 RR1EO74JQ

RD RR1EO74TF 725 0 0
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GTCATCTTCAAGAAACCTTCCATGTGAAGTTATTTCCTTTGTTTTTAAGAAAAATAAAAA
ACAGAGCATCATGATCCAGACTCCAGAGAGAACCATGCATTTAGCGGACTTAATCTATGA
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GTGCCATGGTTGTTATACCTCTCGTTTAATGTAGCATAAAAATCGTAAAAAATGAGGAAA
GATCGCGGTGGCTGTTAGAGGGACACACATGAGGAGAACCCAAGCGACGTCATCTTACAT
GAGACTTCCGTAGATGGGAGTCAGTGTGCATTGCCACCGTACGACTCATCTTTTTCACAC
AAGGACAGAAGCCTCTTGAGATTAAGCGGCCTTCAAGCCTACAAATCTTTGGTTTTTGTT
TAATCTGTTTTTTGGTGTTTGCTTAAGAGTTAAGAGTGTACGAATACTATGGCTGCACTA
TTTGAAATTGTTTTTTATTTATCAGGTGAAAGATAATAAGAGAGTTTGATGATGAGGAAG
AGAAAGAAATTTTTTTTTTCAGTCAAGAACACATGATCAAAGATGATTAACCCTAACTGT
AGCCACTTTTTTTCTTGTCCTGTTTATGAATGTACATTCTTCTTATGCTTCCTCTCTCTT
TATAT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1EO74JQ 691 0 0
ACGTCATCTTACATGAGACTTCCGTAGATGGGAGTCAGTGTGCATTGCCACCGTACGACT
CATCTTTTTCACACAAGGACAGAAGCCTCTTGAGATTAAGCGGCCTTCAAGCCTACAAAT
CTTTGGTTTTTGTTTAATCTGTTTTTTGGTGTTTGCTTAAGAGTTAAGAGTGTACGAATA
CTATGGCTGCACTATTTGAAATTGTTTTTTATTTATCAGGTGAAAGATAATAAGAGAGTT
TGATGATGAGGAAGAGAAAGAAATTTTTTTTTTCAGTCAAGAACACATGATCAAAGATGA
TTAACCCTAACTGTAGCCACTTTTTTTCTTGTCCTGTTTATGAATGTACATTCTTCTTAT
GCTTCCTCTCTCTTTATATTCAAAGGATATTGATTTAATTCATGAATCACCATCGACAAA
TTTCAAAAACAAAGCACAAAGGCAAACCAAGAATTCAAAAGGTTATTCTTTTTAACCAAG
CGAGAACGGCCCAGTGGCCTTGAGAGAGCTTCGGCCCCAATACAGACCCGGGTTCGAATC
TCTCTGGCCACTGGGAGTAAAATTTAACAGCTGGGCTCCTCCAGCGTCCGGTGACTGAGG
CGTACTCTGACCGATAACATAGAATGCTACGGACACTCGCTGCTAATCTGGACCCACCTC
GGTGGGGGGATCAGGACACACCAGGTTATTC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL5227Contig1 686 2 2 U
AGAGAAGACCCCTGACGGTCTTCCCAGAGTTACGAAGGCTAAGGTGAATGAGTACTATGA
AAAGATTGATGCTGTTGCTTCCAAAATAGCTGCTCAAGTCCCTGAAACAGAGATATCTGA
TGAAAATTATCCAAAGGATTCTTCTACCAGCGAAAGCTCTCCTAAAATAGAAGACGAGCC
TCGAAGCCCCTCTTCTCCACAGCTCAGAAGAAGAATCGTGTCTACAAGCTCCAAGGAGCA
AAGTGTTGATTCTGGTCCTTCAAAGGCAGTAAAACTAGACACTGCAGCTAAAGAACACAT
TGATAAACACAGAAAGCTTCAGGAGGATCTCACTGATGAAATGGTGGGACTTGCGAGACA
ACTCAAGGAGCGTAGTCTGATGATAAGTCAATCTGTGGAAAATACAGAGAAGATACTCGA
CTCTACTGAGGAGGCCATTGAGCAGAGCTTAGCAAGCACAGGACACGCAAATGTAAGGGC
GTCAAAGATATATTCAGAGAGTTCAAAGACGAGTTGTTTCCAGTGGCTATTGATCTTGGC
CATGATCTGTGTCTTCATTATGGTCGTCTTGTTGATCCGTGTCACATAGAACATATGGTC
CCGAGTGTAAACCAAGATTTATAAACAACTCATTTCAGTCTCTTTATTATAATATATCTC
TATTATTAAAAGAGAAATACACTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT66JQ C 1
AF RR1AY66TF U 493
BS 1 493 RR1FT66JQ
BS 494 686 RR1AY66TF

RD RR1FT66JQ 667 0 0
AGAGAAGACCCCTGACGGTCTTCCCAGAGTTACGAAGGCTAAGGTGAATGAGTACTATGA
AAAGATTGATGCTGTTGCTTCCAAAATAGCTGCTCAAGTCCCTGAAACAGAGATATCTGA
TGAAAATTATCCAAAGGATTCTTCTACCAGCGAAAGCTCTCCTAAAATAGAAGACGAGCC
TCGAAGCCCCTCTTCTCCACAGCTCAGAAGAAGAATCGTGTCTACAAGCTCCAAGGAGCA
AAGTGTTGATTCTGGTCCTTCAAAGGCAGTAAAACTAGACACTGCAGCTAAAGAACACAT
TGATAAACACAGAAAGCTTCAGGAGGATCTCACTGATGAAATGGTGGGACTTGCGAGACA
ACTCAAGGAGCGTAGTCTGATGATAAGTCAATCTGTGGAAAATACAGAGAAGATACTCGA
CTCTACTGAGGAGGCCATTGAGCAGAGCTTAGCAAGCACAGGACACGCAAATGTAAGGGC
GTCAAAGATATATTCAGAGAGTTCAAAGACGAGTTGTTTCCAGTGGCTATTGATCTTGGC
CATGATCTGTGTCTTCATTATGGTCGTCTTGTTGATCCGTGTCACATAGAACATATGGTC
CCGAGTGTAAACCAAGATTTATAAACAACTCATTTCAGTCTCTTTATTATAATATATCTC
TATTATT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1AY66TF 194 0 0
G
TCAGAGAGTTCAAAGACGAGTTGTTTCCAGTGGCTATTGATCTTGGCCATGATCTGTGTC
TTCATTATGGTCGTCTTGTTGATCCGTGTCACATAGAACATATGGTCCCGAGTGTAAACC
AAGATTTATAAACAACTCATTTCAGTCTCTTTATTATAATATATCTCTATTATTAAAAGA
GAAATACACTTTG

QA 2 194 2 194
DS 



AS 1 2

CO CL5228Contig1 358 2 2 U
AGAAAATGGAATCCTTTATTATGAAATGATAATTAAGTACATAACTCGATAGGCATTTTT
GGAAAAATGAAATTCTATCAACAAGAAATGGAGAAGTAAAAAGAAAAAACTGTTCTGTAA
ATTTTATCTCCCTCTAGATAGAGCTTTCTCAGCAGTCTCCATCTCTTCGAGAATCCTCGC
CTTCCTCTTCGCCGGTATCGGAGCCGTCGACCCAAAGCTCACGTAATGTCCCGACACCGC
ATTCAACGCCGCGTACATATCCCTGAACGACGCTTTCCCCAGCAGCGCTTTCTCTTTCCT
GTACTTTGCCACCCACGAGTTCGACGCCTCTCTCAGCTCCGCCACCGTATCCGCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A067TF C 1
AF RR1A067JQ U 15
BS 1 14 RR1A067TF
BS 15 358 RR1A067JQ

RD RR1A067TF 328 0 0
AGAAAATGGAATCCTTTATTATGAAATGATAATTAAGTACATAACTCGATAGGCATTTTT
GGAAAAATGAAATTCTATCAACAAGAAATGGAGAAGTAGAAAGAAGAAACTGTTCTGTAA
ATTTTATCTCCCTCTAGATAGAGCTTTCTCAGCAGTCTCCATCTCTTCGAGAATCCTCGC
CTTCCTCTTCGCCGGTATCGGAGCCGTCGACCCAAAGCTCACGTAATGTCCCGACACCGC
ATTCAACGCCGCGTACATATCCCTGAACGACGCTTTCCCCAGCAGCGCTTTCTCTTTCCT
GTACTTTGCCACCCACGAGTTCGACGCC

QA 1 328 1 328
DS 

RD RR1A067JQ 344 0 0
TTTATTATGAAATGATAATTAAGTACATAACTCGATAGGCATTTTTGGAAAAATGAAATT
CTATCAACAAGAAATGGAGAAGTAAAAAGAAAAAACTGTTCTGTAAATTTTATCTCCCTC
TAGATAGAGCTTTCTCAGCAGTCTCCATCTCTTCGAGAATCCTCGCCTTCCTCTTCGCCG
GTATCGGAGCCGTCGACCCAAAGCTCACGTAATGTCCCGACACCGCATTCAACGCCGCGT
ACATATCCCTGAACGACGCTTTCCCCAGCAGCGCTTTCTCTTTCCTGTACTTTGCCACCC
ACGAGTTCGACGCCTCTCTCAGCTCCGCCACCGTATCCGCCACC

QA 1 344 1 344
DS 



AS 1 2

CO CL5229Contig1 355 2 2 U
ATAGATAGAAATTTGGTATCAAACATAACGAGACAAAAGTCATACAGAGAAATGAAAATG
TCACACCGTAAATCCATAAAACGTGAGGAAATGCTAAAACAAACAGAAAAGATAAACTCT
TTTGGAGGAAGCTTTTCACTTAGAATCCGAGCTTGGTTCTACGCCAGTGCCTGCGCTTGG
CATTGTACCTGATGGTGTTGTCGGTACGAAGACGAATCCAGTGAGGAATAGGCCTGTTCT
GCCTCTGCTTCTTGGCCAGCTTCTTCTTGATCATAAACGACTTGTGCGACGGCATCTTGA
CGTCGTGCGAATTGCAGCTGCGAAGCGAAGCTAAATGAGTAGAACTACTGCAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DP91TF C 1
AF RR1DP91JQ U 23
BS 1 22 RR1DP91TF
BS 23 355 RR1DP91JQ

RD RR1DP91TF 355 0 0
ATAGATAGAAATTTGGTATCAAACATAACGAGACAAAAGTCATACAGAGAAATGAAAATG
TCACACCGTAAATCCATAAAACGTGAGGAAATGCTAAAACAAACAGAAAAGATAAACTCT
TTTGGAGGAAGCTTTTCACTTAGAATCCGAGCTTGGTTCTACGCCAGTGCCTGCGCTTGG
CATTGTACCTGATGGTGTTGTCGGTACGAAGACGAATCCAGTGAGGAATAGGCCTGTTCT
GCCTCTGCTTCTTGGCCAGCTTCTTCTTGATCATAAACGACTTGTGCGACGGCATCTTGA
CGTCGTGCGAATTGCAGCTGCGAAGCGAAGCTAAATGAGTAGAACTACTGCAGCC

QA 1 355 1 355
DS 

RD RR1DP91JQ 333 0 0
ACATAACGAGACAAAAGTCATACAGAGAAATGAAAATGTCACACCGTAAATCCATAAAAC
GTGAGGAAATGCTAAAACAAACAGAAAAGATAAACTCTTTTGGAGGAAGCTTTTCACTTA
GAATCCGAGCTTGGTTCTACGCCAGTGCCTGCGCTTGGCATTGTACCTGATGGTGTTGTC
GGTACGAAGACGAATCCAGTGAGGAATAGGCCTGTTCTGCCTCTGCTTCTTGGCCAGCTT
CTTCTTGATCATAAACGACTTGTGCGACGGCATCTTGACGTCGTGCGAATTGCAGCTGCG
AAGCGAAGCTAAATGAGTAGAACTACTGCAGCC

QA 1 333 1 333
DS 



AS 1 2

CO CL5230Contig1 1159 2 2 U
GCTCTGCTCTCAGACACAAACTCTTTACCGAACCAGACACCGAGTATACAGAACCGGTCA
CTGTACCGGACTTTCCATGGATTCGGGTTAATAGATGTGATCTCAGCATTGATACTCAAC
CTGGTCCAGACGCCGAACTATTCAGGGACCAAATCATGTCGAATACTACAAGTCATGGGT
TTCTAGTAAATAGCTTCGACGGGCTTGAGACAACATTCGTGGATTACAACAACAGCTTTG
AAACACCAAAGTCGTGGTGCATTGGGCCATTGTGTTTGGCTGATCTCTCTAAACCGGAGC
GTGCTAAACCGGATTGGATTCATTGGTTGGACCAGAAAGGAGAGGAAGGACGTCCAGTCT
TGTACGTGGCGTTTGGAACACAGGCAGAGATATCAAACGAGCAACTCAAGGAACTAGCTT
TAGGCTTAGAAGATTCCAAGGTAAACTTTTTATGGGTCACAAGAAAAGACGTGGACGAGA
TTATTGGAGAAGGATTCAAAGATAGAATAAGAGAGACTGGGATGATAGTGAAAGATTGGG
TGGACCAGTGGGAGATATTGTCACATGAAAGTGTCAAAGGTTTCTTGAGTCATTGTGGAT
GGAACTCAGCACTAGAAAGTATATGCATTGGGGTCCCGTTGTTGGCTTGGCCGATGATGG
CTGAGCAACCACTGAATGCGAAAATGGTGGTGGAAGAGATAAAGGTTGGAGTAAGAGTTG
AAACCCAATATGGTAATGTGCAAGGATTCGTAACAAGAAAGGAATTAAGCCAAAAGATTC
AAGAACTAATGGAAGGAGAAACGGGGAAAACAGCAAGAAAGAATGTAAAAGAATACTCAA
AAATGGCAAAAGCAGCGTTGATCCAAGAGACTGGTTCATCTTGGAAGAACTTAAATTTGC
TTCTTGAAAAGTTATGTAAGACTGGAGAGACAAGCGAGGGCAATAACTAGCAAGTATGAA
GACTGAGGACTGGTTAAATTAATTAACCAGTTTAGACCGGTTGGTATAATCAAATCAATA
TATCCAATATATGTATAAGGTTTGTTTTTTATTTTATCCGGAGATATCAGGAAAATGTGT
ACCAGGAGCCGGAATTTGTTTAAGCGCGAGAACTCTAAGTATGAGAACTTTTTAAAAAAA
AATCTAATTTGGTTCCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B549TF U 1
AF RR1B549JQ C 378
BS 1 764 RR1B549TF
BS 765 1159 RR1B549JQ

RD RR1B549TF 767 0 0
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CTGTACCGGACTTTCCATGGATTCGGGTTAATAGATGTGATCTCAGCATTGATACTCAAC
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TTCTAGTAAATAGCTTCGACGGGCTTGAGACAACATTCGTGGATTACAACAACAGCTTTG
AAACACCAAAGTCGTGGTGCATTGGGCCATTGTGTTTGGCTGATCTCTCTAAACCGGAGC
GTGCTAAACCGGATTGGATTCATTGGTTGGACCAGAAAGGAGAGGAAGGACGTCCAGTCT
TGTACGTGGCGTTTGGAACACAGGCAGAGATATCAAACGAGCAACTCAAGGAACTAGCTT
TAGGCTTAGAAGATTCCAAGGTAAACTTTTTATGGGTCACAAGAAAAGACGTGGACGAGA
TTATTGGAGAAGGATTCAAAGATAGAATAAGAGAGACTGGGATGATAGTGAAAGATTGGG
TGGACCAGTGGGAGATATTGTCACATGAAAGTGTCAAAGGTTTCTTGAGTCATTGTGGAT
GGAACTCAGCACTAGAAAGTATATGCATTGGGGTCCCGTTGTTGGCTTGGCCGATGATGG
CTGAGCAACCACTGAATGCGAAAATGGTGGTGGAAGAGATAAAGGTTGGAGTAAGAGTTG
AAACCCAATATGGTAATGTGCAAGGATTCGTAACAAGAAAGGAA
CTA

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1B549JQ 782 0 0
ACACAGGCAGAGATATCAAACGAGCAACTCAAGGAACTAGCTTTAGGCTTAGAAGATTCC
AAGGTAAACTTTTTATGGGTCACAAGAAAAGACGTGGACGAGATTATTGGAGAAGGATTC
AAAGATAGAATAAGAGAGACTGGGATGATAGTGAAAGATTGGGTGGACCAGTGGGAGATA
TTGTCACATGAAAGTGTCAAAGGTTTCTTGAGTCATTGTGGATGGAACTCAGCACTAGAA
AGTATATGCATTGGGGTCCCGTTGTTGGCTTGGCCGATGATGGCTGAGCAACCACTGAAT
GCGAAAATGGTGGTGGAAGAGATAAAGGTTGGAGTAAGAGTTGAAACCCAATATGGTAAT
GTGCAAGGATTCGTAACAAGAAAGGAATTAAGCCAAAAGATTCAAGAACTAATGGAAGGA
GAAACGGGGAAAACAGCAAGAAAGAATGTAAAAGAATACTCAAAAATGGCAAAAGCAGCG
TTGATCCAAGAGACTGGTTCATCTTGGAAGAACTTAAATTTGCTTCTTGAAAAGTTATGT
AAGACTGGAGAGACAAGCGAGGGCAATAACTAGCAAGTATGAAGACTGAGGACTGGTTAA
ATTAATTAACCAGTTTAGACCGGTTGGTATAATCAAATCAATATATCCAATATATGTATA
AGGTTTGTTTTTTATTTTATCCGGAGATATCAGGAAAATGTGTACCAGGAGCCGGAATTT
GTTTAAGCGCGAGAACTCTAAGTATGAGAACTTTTTAAAAAAAAATCTAATTTGGTTCCT
TT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL5231Contig1 981 2 2 U
GGATTGGCATAAAGTAGAACTCATTACTTTCTGCAAAGAAAAATAAACTATGGCTTCTCT
GAGAATCTCTGTCACCTTCCCTGCCCTCCTCTTCCTCCTCCTCTCTCTGTGGGTTGTGGA
GGCACACACGTCAAGAAAGCTGATATCAAACAATGATCAAGAAGGTCAAAATATCAGCCA
TTTGTTTAAAGATGGTGTATTCGAGGATCCTACTATGTACATGTTTTTCAAAATCGATGA
CCTAAAATTAGGAACCAATTTGCCCATTTACTTCGACAAAAACGATCTTCGAAAAGTTCC
GCCATTTCTCACAAGACAAGAAGCTGATCTCATCCCTTTCAGTGAGTCTAAGCTTGACTT
CCTTCTCAACCACTTCTCTATCTCCAAAGACTCTCCTCAAGGGAAAGCCATGAAGGAGAC
TTTGCAACGTTGTGATTTCAAGGGTATTGAAGGAGAGTACAAGTTTTGCGGTACTTCTTT
GGAGTCAATGCTTGATCTTGCCAAGAAAACAATAGCGTCAAATGCTGATCTCGAGGTCAT
GACGACTAAAGTAACGGTGCCGGACCAAAACACAATAAGTTATGCTTTGCATAACTACAC
ATTTGCCAAGGCTCCTAAGGCGCTACATGGGATTAAGGTTTTGGGGTGTCATAGAATGCC
ATACCCTTATGTAGTTTACTATTGCCATGGTCATAAAAGTTGAACCAAAGTCTTTGAGGT
TAATCTGATGAGTGAGGATGGGATACAACGAGTTGTGGGACCTGTTGTTTGCCACATGGA
CACGTCGATGTGGAACGCTGATCACGTGGCTTTTAAGGTGTTGAAGATAGAGCCAAGGTC
CGCACCGGTTTGTCACTTCTTCCCTCTTGATAACATTGTGTGGGTAGCAAAGTAGCTTTA
GTGGATATGAGTATTTGTATTCAAATAAGTAATAACTATGGCTTGAAATAAAATAAAGGC
CTTGTTGGCTTTGGACTTGGC


BQ
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AF RR1GU45TF U 1
AF RR1GU45JQ C 384
BS 1 559 RR1GU45TF
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GAGAATCTCTGTCACCTTCCCTGCCCTCCTCTTCCTCCTCCTCTCTCTGTGGGTTGTGGA
GGCACACACGTCAAGAAAGCTGATATCAAACAATGATCAAGAAGGTCAAAATATCAGCCA
TTTGTTTAAAGATGGTGTATTCGAGGATCCTACTATGTACATGTTTTTCAAAATCGATGA
CCTAAAATTAGGAACCAATTTGCCCATTTACTTCGACAAAAACGATCTTCGAAAAGTTCC
GCCATTTCTCACAAGACAAGAAGCTGATCTCATCCCTTTCAGTGAGTCTAAGCTTGACTT
CCTTCTCAACCACTTCTCTATCTCCAAAGACTCTCCTCAAGGGAAAGCCATGAAGGAGAC
TTTGCAACGTTGTGATTTCAAGGGTATTGAAGGAGAGTACAAGTTTTGCGGTACTTCTTT
GGAGTCAATGCTTGATCTTGCCAAGAAAACAATAGCGTCAAATGCTGATCTCGAGGTCAT
GACGACTAAAGTAACGGTG

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1GU45JQ 598 0 0
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GTATTGAAGGAGAGTACAAGTTTTGCGGTACTTCTTTGGAGTCAATGCTTGATCTTGCCA
AGAAAACAATAGCGTCAAATGCTGATCTCGAGGTCATGACGACTAAAGTAACGGTGCCGG
ACCAAAACACAATAAGTTATGCTTTGCATAACTACACATTTGCCAAGGCTCCTAAGGCGC
TACATGGGATTAAGGTTTTGGGGTGTCATAGAATGCCATACCCTTATGTAGTTTACTATT
GCCATGGTCATAAAAGTTGAACCAAAGTCTTTGAGGTTAATCTGATGAGTGAGGATGGGA
TACAACGAGTTGTGGGACCTGTTGTTTGCCACATGGACACGTCGATGTGGAACGCTGATC
ACGTGGCTTTTAAGGTGTTGAAGATAGAGCCAAGGTCCGCACCGGTTTGTCACTTCTTCC
CTCTTGATAACATTGTGTGGGTAGCAAAGTAGCTTTAGTGGATATGAGTATTTGTATTCA
AATAAGTAATAACTATGGCTTGAAATAAAATAAAGGCCTTGTTGGCTTTGGACTTGGC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL5232Contig1 931 2 2 U
GGCTTCAAGATAAGTTTATTCGCAAGTGGTTGATTTGATTGATTCTTCTGAGCAGCAAAG
ATGAACAGCTGTGGCGTTCAACAAAACGCTTTCGAGGTGATGAGGAGCAGAGACGCCGTC
GTTTGCCCTAGACCACGTCGTGTCGGTGTCCTAAACCACCACCACCTTTCTCGATCTCTC
CGTTGGCAAGTCAGTCACCAGATGGAGCTATGTGAATCGAATTCAAGAAGCGATATTTTG
GATTTCATACTCGCAAAGGGTGGTGGTTATGAACAAGATCCGACGTCGGAGCTATTCTTC
ACAGGGTCACCGCCGAGTAGAGTTTCTAACCCTTTAACCAAAGATTCACTCTTCCAGGAC
GAGCTTCTCGGAGTGGCTCCTCCTCCTCCGCCGACTCCACGAGCAACAAAGCTGCCACCA
CCGTCTTCTTCAAGGAACGGTGGCGGTTGCGTTAGGGCCACGACTAACTTCGGGAACAAT
CCTGCGGTTCGTGTCGTGGGATTTAATTGCCTTGACATGGACAGACGCAACAGTGTTCCT
ACTCTTGCATAAGAGTCCCAATAACATGCATATATAAAACAGAGAAGGCTAAAAAACCAT
TCGAAAGGTTTAGGAGTTGATGATAATGGGATTATGTGGGTTTTTTTGTCGAAAATTTGT
AAATATGTGGAAAAAGGGTAATCAAAAAGATATGTTATATATAAAATTAGGATTTGAAGT
CCAATTTGGGAGTTTTGTAAAAGTTAAAAAAAAAAGGAGATAGAAGGGTTTGTGAGTGTT
AGTGGAAGTAAGAGCATCAGTGTTTCTTCCTTATTGTAACAAAAGGAATGAGTTTTGAAA
TGTGAAGATATCATTTCTACTCTTTTTTTCAGTTGTCTCTTTTGTACAGATGTAAATTTT
CAGAGGAAATGAAAACTTCATAGTCTTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CU02TF U 1
AF RR1CU02JQ C 188
BS 1 574 RR1CU02TF
BS 575 931 RR1CU02JQ

RD RR1CU02TF 574 0 0
GGCTTCAAGATAAGTTTATTCGCAAGTGGTTGATTTGATTGATTCTTCTGAGCAGCAAAG
ATGAACAGCTGTGGCGTTCAACAAAACGCTTTCGAGGTGATGAGGAGCAGAGACGCCGTC
GTTTGCCCTAGACCACGTCGTGTCGGTGTCCTAAACCACCACCACCTTTCTCGATCTCTC
CGTTGGCAAGTCAGTCACCAGATGGAGCTATGTGAATCGAATTCAAGAAGCGATATTTTG
GATTTCATACTCGCAAAGGGTGGTGGTTATGAACAAGATCCGACGTCGGAGCTATTCTTC
ACAGGGTCACCGCCGAGTAGAGTTTCTAACCCTTTAACCAAAGATTCACTCTTCCAGGAC
GAGCTTCTCGGAGTGGCTCCTCCTCCTCCGCCGACTCCACGAGCAACAAAGCTGCCACCA
CCGTCTTCTTCAAGGAACGGTGGCGGTTGCGTTAGGGCCACGACTAACTTCGGGAACAAT
CCTGCGGTTCGTGTCGTGGGATTTAATTGCCTTGACATGGACAGACGCAACAGTGTTCCT
ACTCTTGCATAAGAGTCCCAATAACATGCATATA

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1CU02JQ 744 0 0
AAGTCAGTCACCAGATGGAGCTATGTGAATCGAATTCAAGAAGCGATATTTTGGATTTCA
TACTCGCAAAGGGTGGTGGTTATGAACAAGATCCGACGTCGGAGCTATTCTTCACAGGGT
CACCGCCGAGTAGAGTTTCTAACCCTTTAACCAAAGATTCACTCTTCCAGGACGAGCTTC
TCGGAGTGGCTCCTCCTCCTCCGCCGACTCCACGAGCAACAAAGCTGCCACCACCGTCTT
CTTCAAGGAACGGTGGCGGTTGCGTTAGGGCCACGACTAACTTCGGGAACAATCCTGCGG
TTCGTGTCGTGGGATTTAATTGCCTTGACATGGACAGACGCAACAGTGTTCCTACTCTTG
CATAAGAGTCCCAATAACATGCATATATAAAACAGAGAAGGCTAAAAAACCATTCGAAAG
GTTTAGGAGTTGATGATAATGGGATTATGTGGGTTTTTTTGTCGAAAATTTGTAAATATG
TGGAAAAAGGGTAATCAAAAAGATATGTTATATATAAAATTAGGATTTGAAGTCCAATTT
GGGAGTTTTGTAAAAGTTAAAAAAAAAAGGAGATAGAAGGGTTTGTGAGTGTTAGTGGAA
GTAAGAGCATCAGTGTTTCTTCCTTATTGTAACAAAAGGAATGAGTTTTGAAATGTGAAG
ATATCATTTCTACTCTTTTTTTCAGTTGTCTCTTTTGTACAGATGTAAATTTTCAGAGGA
AATGAAAACTTCATAGTCTTATCT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL5233Contig1 307 2 1 U
GGGGGAGCTGCCATCATCTTCAACAAGGACAACGCTTGGGACGACCATTGGGTGTTTTGG
GTTGGACCATTCATCGGTGCTGCACTTGCTGCTCTTTACCACGTAATAGTCATTAGAGCC
ATCCCATTCAAGTCCAGAAGCTGATTGAGTTACTCTTAAAGAACATGTTCTCTTTTAGTT
TGCTTTCTTTTGTGAATGTACTACTCCTACTAGTGTGCAACATTGTGTGTGTGTATGTGT
TGTTCCTCTTCTTTGCCTGATGCAAGACTCTTTATCTAAAACAAAGACATTCCCTAGAGA
TCCTTCT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AH31JQ C 1
AF RR1AH31TF U 1
BS 1 307 RR1AH31TF

RD RR1AH31JQ 307 0 0
GGGGGAGCTGCCATCATCTTCAACAAGGACAACGCTTGGGACGACCATTGGGTGTTTTGG
GTTGGACCATTCATCGGTGCTGCACTTGCTGCTCTTTACCACGTAATAGTCATTAGAGCC
ATCCCATTCAAGTCCAGAAGCTGATTGAGTTACTCTTAAAGAACATGTTCTCTTTTAGTT
TGCTTTCTTTTGTGAATGTACTACTCCTACTAGTGTGCAACATTGTGTGTGTGTATGTGT
TGTTCCTCTTCTTTGCCTGATGCAAGACTCTTTATCTAAAACAAAGACATTCCCTAGAGA
TCCTTCT

QA 1 307 1 307
DS 

RD RR1AH31TF 307 0 0
GGGGGAGCTGCCATCATCTTCAACAAGGACAACGCTTGGGACGACCATTGGGTGTTTTGG
GTTGGACCATTCATCGGTGCTGCACTTGCTGCTCTTTACCACGTAATAGTCATTAGAGCC
ATCCCATTCAAGTCCAGAAGCTGATTGAGTTACTCTTAAAGAACATGTTCTCTTTTAGTT
TGCTTTCTTTTGTGAATGTACTACTCCTACTAGTGTGCAACATTGTGTGTGTGTATGTGT
TGTTCCTCTTCTTTGCCTGATGCAAGACTCTTTATCTAAAACAAAGACATTCCCTAGAGA
TCCTTCT

QA 1 307 1 307
DS 



AS 1 2

CO CL5234Contig1 896 2 6 U
GGATTATCGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGAGGCAGAAACTGAAGAAACAGTTT
CTCTCTCTCCTCCCTTTGCGTTAACAACAACACCTAAGCCTGAACTCTGAAGGGCAATCC
AAGTAGCCTTCCCTTGATCACATGGCTTCCTTTGACGGACCAAAGTTCAAGATGACCGAT
GGCACTTACGTCCAGACAAAATCCATCGATGTCGGATCATCGACAGACATCTCACCACAC
CTCTCCCTCATAAGAGAAGACTCCATCTCGAACTCAAACAGAGCAGTAATCTTCGACGTT
AACTGGGAGACATCTACCAAAGCATCAAAGTGGAGTCTCTCCTCAGTGAAGCTCAGCACT
CGAAACCTCTGCCTCTTCCTCAAACTCCCCAACCCTCCTTTCCACGGCGACAACCTCAAC
GATCTCCACCGTTTCTTCGCTTCCAAGTTCGTGACCTTCGTCGGTGTCCAGATCCAGGAG
GACCTGAACTTGCTCAGAGAGAACCACGGTCTTGTAATAAGAAACGTGATCGAGGTCGGG
AAGCTAGCTGCGGTGGCTCACGGGACTCTGCTGCTCGAGTATCTTGGGACTAGAGAGTTG
GCTCACAGAGTGTTGTGGTCTGATTTGAGCACGCTTGATTCGATCGAGTCTAAATGGGAG
GAGAAAGGTTCTGAAGAACGTCTCGAGGCTGCGGCTATTGAAGGTTGGCTTATCTTCAAT
GTTTGGGATCAGTTATCCCAGTGAGATTCTACTACTTTGATTTGTGTCTTTGTGATCTTT
GTGATCTTGTGTATGTTTTGTTTGGTATGAATAAAACGAACGTTGCATCATTTACTAACA
TCTAGAATGCAAACATCAATGTTCTATTGTTATTTTTAGATTATACAATAAAAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BQ86TF U 1
AF RR1CR22TF U 318
BS 1 474 RR1BQ86TF
BS 475 475 RR1CR22TF
BS 476 559 RR1BQ86TF
BS 560 560 RR1CR22TF
BS 561 656 RR1BQ86TF
BS 657 896 RR1CR22TF

RD RR1BQ86TF 656 0 0
GGATTATCGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGAGGCAGAAACTGAAGAAACAGTTT
CTCTCTCTCCTCCCTTTGCGTTAACAACAACACCTAAGCCTGAACTCTGAAGGGCAATCC
AAGTAGCCTTCCCTTGATCACATGGCTTCCTTTGACGGACCAAAGTTCAAGATGACCGAT
GGCACTTACGTCCAGACAAAATCCATCGATGTCGGATCATCGACAGACATCTCACCACAC
CTCTCCCTCATAAGAGAAGACTCCATCTCGAACTCAAACAGAGCAGTAATCTTCGACGTT
AACTGGGAGACATCTACCAAAGCATCAAAGTGGAGTCTCTCCTCAGTGAAGCTCAGCACT
CGAAACCTCTGCCTCTTCCTCAAACTCCCCAACCCTCCTTTCCACGGCGACAACCTCAAC
GATCTCCACCGTTTCTTCGCTTCCAAGTTCGTGACCTTCGTCGGTGTCCAGATCGAGGAG
GACCTGAACTTGCTCAGAGAGAACCACGGTCTTGTAATAAGAAACGTGATCGAGGTCGGG
AAGCTAGCTGCGGTGGCTCGCGGGACTCTGCTGCTCGAGTATCTTGGGACTAGAGAGTTG
GCTCACAGAGTGTTGTGGTCTGATTTGAGCACGCTTGATTCGATCGAGTCTAAATG

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1CR22TF 579 0 0
G
AAAGCATCAAAGTGGAGTCTCTCCTCAGTGAAGCTCAGCACTCGAAGCCTCTGCCTCTTC
CTCAAACTCCCCAACCCTCCTTTCCACGGCGACAACCTCGACGATCTCCGCCGTTTCTTC
GCTTCCAAGTTCGTGACCTTCGTCGGTGTCCAGATCCAGGAGGACCTGAACTTGCTCAGA
GAGAACCACGGTCTTGTAATAAGAAACGTGATCGAGGTGGGGAAGCTAGCTGCGGTGGCT
CATGGGACTCTGCTGCTCGAGTATCTTGGGACTAGAGAGTTGGCTCACAGAGTGTTGTGG
TCTGATTTGAGCAGGCTTGATTCGATCGAGTCTAAATGGGAGGAGAAAGGTTCTGAAGAA
CGTCTCGAGGCTGCGGCTATTGAAGGTTGGCTTATCTTCAATGTTTGGGATCAGTTATCC
CAGTGAGATTCTACTACTTTGATTTGTGTCTTTGTGATCTTTGTGATCTTGTGTATGTTT
TGTTTGGTATGAATAAAACGAACGTTGCATCATTTACTAACATCTAGAATGCAAACATCA
ATGTTCTATTGTTATTTTTAGATTATACAATAAAAAAA

QA 2 579 2 579
DS 



AS 1 2

CO CL5235Contig1 393 2 1 U
GGAAAGGGCTGTAGATGCGAGGCTTTGTGACGATGGAGAATGCTCCCTTCGCCGTTCCTC
CATCAACCGCCACCGTACTTCCACCGCCTCCTCCAGCACCACCACCGCCGAGTCTCTCAC
AAGAAGGACACATCATTAGCGTTGCCGGCGGCATATGCATGTAAAAAGGTTGAGACATCT
TTAAAGCCTTGAGATCTTGGAGCTCTTTTAGAAGCCTTCTATTCTCATCTGTCAAAGTCT
CACAACATTTCTTCAAAAACTCACAATCCACTTCTGTTTGCTTTAGTTTTGTCCTATCCA
AATTTTTCATTTAAAAAAAATATATATATATAAGGAAAAGGGTAATATATGTGACCAAAA
TTTTCTTGAAATTTAATCATTTCAATTTTACCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1HB62JQ C 1
AF RR1HB62TF U 1
BS 1 393 RR1HB62TF

RD RR1HB62JQ 393 0 0
GGAAAGGGCTGTAGATGCGAGGCTTTGTGACGATGGAGAATGCTCCCTTCGCCGTTCCTC
CATCAACCGCCACCGTACTTCCACCGCCTCCTCCAGCACCACCACCGCCGAGTCTCTCAC
AAGAAGGACACATCATTAGCGTTGCCGGCGGCATATGCATGTAAAAAGGTTGAGACATCT
TTAAAGCCTTGAGATCTTGGAGCTCTTTTAGAAGCCTTCTATTTTCATCTGTCAAAGTCT
CACAACATTTCTTCAAAAACTCACAATCCACTTCTGTTTGCTTTAGTTTTGTCCTATCCA
AATTTTTCATTTAAAAAAAATATATATATATAAGGAAAAGGGTAATATATGTGACCAAAA
TTTTCTTGAAATTTAATCATTTCAATTTTACCT

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR1HB62TF 393 0 0
GGAAAGGGCTGTAGATGCGAGGCTTTGTGACGATGGAGAATGCTCCCTTCGCCGTTCCTC
CATCAACCGCCACCGTACTTCCACCGCCTCCTCCAGCACCACCACCGCCGAGTCTCTCAC
AAGAAGGACACATCATTAGCGTTGCCGGCGGCATATGCATGTAAAAAGGTTGAGACATCT
TTAAAGCCTTGAGATCTTGGAGCTCTTTTAGAAGCCTTCTATTCTCATCTGTCAAAGTCT
CACAACATTTCTTCAAAAACTCACAATCCACTTCTGTTTGCTTTAGTTTTGTCCTATCCA
AATTTTTCATTTAAAAAAAATATATATATATAAGGAAAAGGGTAATATATGTGACCAAAA
TTTTCTTGAAATTTAATCATTTCAATTTTACCT

QA 1 393 1 393
DS 



AS 1 2

CO CL5236Contig1 479 2 2 U
GGGAGGTGGGTATTCTGGTAACTACAACCAACACCATCAACAACATGAGCAGCAGCATTG
GCATGGTGAAGGTGGGTCTGAGCATTATAACAACCCACGAGAGTATGGTGGTCAGCAGCA
TCACCGTTATCATCAGCAGCAAGGTGGTGACCGCAGAGGAAGTCATCATCGTGATCGTTA
TTAAGCACAAGTGTGACGTTCTCTCTCTGATGCTAAGAGCGTATGAATCATCAGGTGTAG
TGTTGAGCTTCGTTTGTTGTATCATTTAGAATTTGGGCCCTGCTCTTGGTTTCTTTGATT
TAAAAGGGAGACAAGAGCACCTGAGGGAAAACTATAGGTTGGGGGGTTACACTAGTTTTG
CTTGCAACAATTTTTATTTGTATTTGTATTGTATCTTTATTTTTCAAAACAATTGTTTAT
CTTTGAATAAACTAAAACAATGGTTATTTGGATTAATAATTTCAGAGTTAATTTTCTAC


BQ
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AF RR1DL53TF U 1
AF RR1DL53JQ C 1
BS 1 380 RR1DL53TF
BS 381 479 RR1DL53JQ

RD RR1DL53TF 383 0 0
GGGAGGTGGGTATTCTGGTAACTACAACCAACACCATCAACAACATGAGCAGCAGCATTG
GCATGGTGAAGGTGGGTCTGAGCATTATAACAACCCACGAGAGTATGGTGGTCAGCAGCA
TCACCGTTATCATCAGCAGCAAGGTGGTGACCGCAGAGGAAGTCATCATCGTGATCGTTA
TTAAGCACAAGTGTGACGTTCTCTCTCTGATGCTAAGAGCGTATGAATCATCAGGTGTAG
TGTTGAGCTTCGTTTGTTGTATCATTTAGAATTTGGGCCCTGCTCTTGGTTTCTTTGATT
TAAAAGGGAGACAAGAGCACCTGAGGGAAAACTATAGGTTGGGGGGTTACACTAGTTTTG
CTTGCAACAATTTTTATTTG
ATT

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR1DL53JQ 479 0 0
GGGAGGTGGGTATTCTGGTAACTACAACCAACACCATCAACAACATGAGCAGCAGCATTG
GCATGGTGAAGGTGGGTCTGAGCATTATAACAACCCACGAGAGTATGGTGGTCAGCAGCA
TCACCGTTATCATCAGCAGCAAGGTGGTGACCGCAGAGGAAGTCATCATCGTGATCGTTA
TTAAGCACAAGTGTGACGTTCTCTCTCTGATGCTAAGAGCGTATGAATCATCAGGTGTAG
TGTTGAGCTTCGTTTGTTGTATCATTTAGAATTTGGGCCCTGCTCTTGGTTTCTTTGATT
TAAAAGGGAGACAAGAGCCCCTGAGGGAAAACTATAGGTTGGGGGGTTACACTAGTTTTG
CTTGCAACAATTTTTATTTGTATTTGTATTGTATCTTTATTTTTCAAAACAATTGTTTAT
CTTTGAATAAACTAAAACAATGGTTATTTGGATTAATAATTTCAGAGTTAATTTTCTAC

QA 1 479 1 479
DS 



AS 1 2

CO CL5237Contig1 613 2 3 U
GCCTTTTGCCAAATTTTCCATAGATAATTTCTCAGAGCCATGTATGTATCATTCTTTTGA
TCTTAGGACACTAGGAAACCTTCTAACTGATAATCCATATGACTTTTGTGTGTCCCATTG
TATCTTCTTAATATATAGATCAACCAATGAAGTAATGACCCGTCAAATAAAGAGCTCCTT
ATTATAGTATTAGCTGACGGGACACACAAATGGGTTCCAAGTGGGGAACGGTGTGCTAAG
AGAGAGTTGGTTTAATGACCCGTCAGATAAAGAGCTCCTTCACTTGCTGCCGTTACTTGA
ATGACTAATAAGGCCAATGATCGCGAACAAGTTTAATCTTAAGGAAAAGATTGATGCAGC
TTCACCTGAGTATCCTGCTAAGGCGGGTGATCCTTTCGAAAGGTAAAGAAGGCGGAATCT
GGCATAAAAGTTCGGTGACACATAGGAGAAGACTTGCTCTTTGGGAGAGTGCTTATAGAT
AGTTTCTCTTTCTTCCTCTTTGAGGTTGGAGGGACTAGAGTTGGAAGATATCAGACGTTG
TTTTGTTATTAGTTTAAAGAACATGATAGAAAGATCTTGCACGGCGGTTGGGGTAAAGAG
GGCGACGCGGCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT95JQ U 39
AF RR1CT95TF C 1
BS 1 38 RR1CT95TF
BS 39 348 RR1CT95JQ
BS 349 613 RR1CT95TF

RD RR1CT95JQ 312 0 0
CATGTATGTATCATTCTTTTGATCTTAGGACACTAGGAAACCTTCTAACTGATAATCCAT
ATGACTTTTGTGTGTCCCATTGTATCTTCTTAATATATAGATCAACCAATGAAGTAATGA
CCCGTCAAATAAAGAGCTCCTTATTATAGTATTAGCTGACGGGACACACAAATGGGTTCC
AAGTGGGGAACGGTGTGCTAAGAGAGAGTTGGTTTAATGACCCGTCAGATAAAGAGCTCC
TTCACTTGCTGCCGTTACTTGAATGACTAATAAGGCCAATGATCGCGAACAAGTTTAATC
TTAAGGAAAA
AA

QA 1 310 1 310
DS 

RD RR1CT95TF 613 0 0
GCCTTTTGCCAAATTTTCCATAGATAATTTCTCAGAGCCATGTATGTATCATTCTTTTGA
TCTTAGGACACTAGGAAACCTTCTAACTGATAATCCATATGACTTTTGTGTGTCCCATTG
TATCTTCTTAATATATAGATCAACCAATGAAGTAATGACCCGTCAGATAAAGAGCTCCTT
ATTATAGTATTAGCTGACGGGACACACAAATGGGTTCCAAGTGGGGAACGGTGTGCTAAG
AGAGAGTTGGTTTAATGACCCGTCAGATAAAGAGCTCCTTCACTTGCTGCCGTTACTTGA
ATGACTAATAAGGCCAATGATCGCGAACAAGTTTAATCTTAAGGAAAAGATTGATGCAGC
TTCACCTGAGTATCCTGCTAAGGCGGGTGATCCTTTCGAAAGGTAAAGAAGGCGGAATCT
GGCATAAAAGTTCGGTGACACATAGGAGAAGACTTGCTCTTTGGGAGAGTGCTTATAGAT
AGTTTCTCTTTCTTCCTCTTTGAGGTTGGAGGGACTAGAGTTGGAAGATATCAGACGTTG
TTTTGTTATTAGTTTAAAGAACATGATAGAAAGATCTTGCACGGCGGTTGGGGTAAAGAG
GGCGACGCGGCCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL5238Contig1 390 2 1 U
GGTCATCAAGGAGAAGGGTGTCAACGTGAGAGGATACTTTGCATGGTCTCTTGGAGATAA
TTATGAATTCTGTAAAGGTTTTACCGTCAGATTTGGACTCAGTTATGTTAATTGGGACGA
TATCGACGATAGAAACCTCAAAGAATCGGGTAAATGGTACCAGAGATTCATTAACGGGAC
CGCTAAAAATCATGCGAAACAAGATTTCCTCCGCTCAAGCCTTTCATCCCAGAGTCAGAA
GAAGAGGCTTGCTGCTGCATGAAACACTTTCCACCATCAGATCATCTCTGTGTCTCTCAC
TCTTCCTACATGCTCCATAGTTAAGGAGCTTCTTCTGTCTACAATGTACTAAATAAATAA
TCTTAATAAAAAGATGATCAATTACTAGTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BD62JQ C 1
AF RR1BD62TF U 1
BS 1 390 RR1BD62TF

RD RR1BD62JQ 390 0 0
GGTCATCAAGGAGAAGGGTGTCAACGTGAGAGGATACTTTGCATGGTCTCTTGGAGATAA
TTATGAATTCTGTAAAGGTTTTACCGTCAGATTTGGACTCAGTTATGTTAATTGGGACGA
TATCGACGATAGAAACCTCAAAGAATCGGGTAAATGGTACCAGAGATTCATTAACGGGAC
CGCTAAAAATCATGCGAAACAAGATTTCCTCCGCTCAAGCCTTTCATCCCAGAGTCAGAA
GAAGAGGCTTGCTGCTGCATGAAACACTTTCCACCATCAGATCATCTCTGTGTCTCTCAC
TCTTCCTACATGCTCCATAGTTAAGGAGCTTCTTCTGTCTACAATGTACTAAATAAATAA
TCTTAATAAAAAGATGATCAATTACTAGTG

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1BD62TF 390 0 0
GGTCATCAAGGAGAAGGGTGTCAACGTGAGAGGATACTTTGCATGGTCTCTTGGAGATAA
TTATGAATTCTGTAAAGGTTTTACCGTCAGATTTGGACTCAGTTATGTTAATTGGGACGA
TATCGACGATAGAAACCTCAAAGAATCGGGTAAATGGTACCAGAGATTCATTAACGGGAC
CGCTAAAAATCATGCGAAACAAGATTTCCTCCGCTCAAGCCTTTCATCCCAGAGTCAGAA
GAAGAGGCTTGCTGCTGCATGAAACACTTTCCACCATCAGATCATCTCTGTGTCTCTCAC
TCTTCCTACATGCTCCATAGTTAAGGAGCTTCTTCTGTCTACAATGTACTAAATAAATAA
TCTTAATAAAAAGATGATCAATTACTAGTG

QA 1 390 1 390
DS 



AS 1 2

CO CL5239Contig1 1028 2 6 U
GGATCTCCATCTGAAAGGTCTATTACAAGCCAGCCTCAACGTTTACTTATATATCTATCT
ATATATCGCAACATGTGTCACTAAATCTTAACTTGGTATTTTACTTGCTTTTAAAGCCTT
CCTCGGCTATCTTCCTTCACACCCTCTTTAAAAGTCACTTGACATTACTATCTCTCTTTT
TGTTTCTTTTTTATCTCTTTTCTTTCGATCCTCTGAGAGCATGCCTGAATGCAAAGAGAA
AGGGAGAGCCTTGAATCAGAGATAGGGAAGAAGAACAAAAGAGAAGCAGATGCTTTGCCT
CATCAAATGGCAGGAATTAGAAGACCAATATCCGGTCCTCTCGGAGCCCTTAATACCGTT
ACTCCTTGTGCGGCATGTAAACTTTTGCGCCGTAGATGCGCTCAAGAATGCCCTTTCTCG
CCTTATTTCTCCCCACATGAGCCTCTTAAGTTCGCATCCGTTCACAAAGTCTTTGGAGCT
AGCAACGTCTCCAAGATGCTAATGGAAGTACCTGAAGGTCATAGAGCAGACGCGGCTAAT
AGCCTCGTGTATGAAGCAAACGTGAGGCTAAGAGATCCAGTGTACGGCTGCATGGGAGCA
ATCGTAGCCCTACAACAACAAGTCCAAGCTTTACAAGCCGAACTGACAGCCGTACGATCT
GAGATTCTCAAGTACAAGCAACGAGAAGCTGTCGCCACTTTGATAGTACCTTCCAACTCC
CAAGTCGCCGGATATCACAACTCTGGCGACGTCTCCGTCATTGCACCGCCACCACAAACG
CCGTCAACTCCACCGCAACCTACGGCACCTTTTCCTGATCCGCCTCCTCCATCTTTTTGT
GTTTACTCTCAACCAACAACAAGAGCATTACAATACGGGGAGATTGAAAGTGAGAACAAC
TCCTACTTCGGTTAAAGTTTATTTCAATCATTCTATGAAAACACACAGATACATATAATT
TATTTCCATAATCTGTGGTCCGATTATTATAACTAAATTAAATAAATATAAGGGGGGAGG
TTGATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY80TF U 1
AF RR1EY80JQ C 380
BS 1 730 RR1EY80TF
BS 731 731 RR1EY80JQ
BS 732 786 RR1EY80TF
BS 787 787 RR1EY80JQ
BS 788 797 RR1EY80TF
BS 798 1028 RR1EY80JQ

RD RR1EY80TF 800 0 0
GGATCTCCATCTGAAAGGTCTATTACAAGCCAGCCTCAACGTTTACTTATATATCTATCT
ATATATCGCAACATGTGTCACTAAATCTTAACTTGGTATTTTACTTGCTTTTAAAGCCTT
CCTCGGCTATCTTCCTTCACACCCTCTTTAAAAGTCACTTGACATTACTATCTCTCTTTT
TGTTTCTTTTTTATCTCTTTTCTTTCGATCCTCTGAGAGCATGCCTGAATGCAAAGAGAA
AGGGAGAGCCTTGAATCAGAGATAGGGAAGAAGAACAAAAGAGAAGCAGATGCTTTGCCT
CATCAAATGGCAGGAATTAGAAGACCAATATCCGGTCCTCTCGGAGCCCTTAATACCGTT
ACTCCTTGTGCGGCATGTAAACTTTTGCGCCGTAGATGCGCTCAAGAATGCCCTTTCTCG
CCTTATTTCTCCCCACATGAGCCTCTTAAGTTCGCATCCGTTCACAAAGTCTTTGGAGCT
AGCAACGTCTCCAAGATGCTAATGGAAGTACCTGAAGGTCATAGAGCAGACGCGGCTAAT
AGCCTCGTGTATGAAGCAAACGTGAGGCTAAGAGATCCAGTGTACGGCTGCATGGGAGCA
ATCGTAGCCCTACAACAACAAGTCCAAGCTTTACAAGCCGAACTGACAGCCGTACGATCT
GAGATTCTCAAGTACAAGCAACGAGAAGCTGTCGCCACTTTGATAGTACCTTCCAACTCC
CAAGTCGCCG*ATATCACAACTCTGGCGACGTCTCCGTCATTGCACCGCCACCACAAACG
CCGTCA*CTCCACCGCA
CCT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1EY80JQ 649 0 0
AACTTTTGCGCCGTAGATGCGCTCAAGAATGCCCTTTCTCGCCTTATTTCTCCCCACATG
AGCCTCTTAAGTTCGCATCCGTTCACAAAGTCTTTGGAGCTAGCAACGTTTCCAAGATGC
TAATGGAAGTACCTGAAGGTCATAGAGCAGACGCGGCTAATAGCCTCGTGTATGAAGCAA
ACGTGAGGCTAAGAGATCCAGTGTACGGCTGCATGGGAGCAATCGTAGCCCTACAACAAC
AAGTCCAAGCTTTACAAGCCGAACTGACAGCCGTACGATTTGAGATTTTCAAGTACAAGC
AACGAGAAGCTGTCGCCACTTTGATAGTACCTTCCAACTCCCAAGTCGCCGGATATCACA
ACTCTGGGGACGTTTCCGTCATTGCACCGCCACCACAAACGCCGTCAACTCCACCGCAAC
CTACGGCACCTTTTCCTGATCCGCCTCCTCCATCTTTTTGTGTTTACTCTCAACCAACAA
CAAGAGCATTACAATACGGGGAGATTGAAAGTGAGAACAACTCCTACTTCGGTTAAAGTT
TATTTCAATCATTCTATGAAAACACACAGATACATATAATTTATTTCCATAATCTGTGGT
CCGATTATTATAACTAAATTAAATAAATATAAGGGGGGAGGTTGATGTT

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL5240Contig1 697 2 1 U
CCGGCTCTAGCGTTCTGCAAACTCCTCTGTCGATTTCAGCTGAGAGAGATGTCGGCATAC
GACAACGTTATTGGTGGGAAGCTAAAGCTAAAAGGGAAGGCTTTAGATGTGAAAGCAGGT
GGAGTCAAGAAGAAGAAGAAACAGAAGAAACACGAAGAGCAAGCTCTCAAAATTACCGAA
CATGAACTCATAGAAGGAGAAAACACTGAAGCTTTGGGTAAACTGATTGAAGAAGGAGAA
GAAGATGAAGCCGGTATGAGTGAATTGGCGAAATACAACGATGATCAGTTAACGCCTGCA
GAAAGAAGGTACATAGAGCAGAAGCAGAGACTTGATGTGCAGAAACTAGCCAAGGAAGCA
AACAAGTCTCACCGTAACAGGATTGAGGATTTCAATCAGTATCTTGCTAATATGAGTGAG
CACTATGATATCCCTAAAGTTGGACCTGGTTAATCTTACTCTTCATTGGCTTTCTTCAAC
TCTACTGATCGATTTGTCATTGTTAAAATAACTTATGTTGGATCTATATTGTGTTATTCC
CTTAAAACATTTCAATTATGTGATCTCGACTCTCTTTATGAGAAAAAATAAAAAACACAT
TGGAATCTTGTATCAACTCCTTTGAATCATCAGAGGCCTGCCAATAGCTTTATTGAGTTT
GAGTATGCAGGTCTATACTGTTTTTGTTTATGGAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE50TF U 431
AF RR1AM89TF U 1
BS 1 697 RR1AM89TF

RD RR1EE50TF 177 0 0
G
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ATTTGTCATTGTTAAAATAACTTATGTTGGATCTATATTGTGTTATTCCCTTAAAACATT
TCAATTATGTGATCTCGACTCTCTTTATGAGAAAAAATAAAAAACACATTGGAATC

QA 2 177 2 177
DS 

RD RR1AM89TF 697 0 0
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GACAACGTTATTGGTGGGAAGCTAAAGCTAAAAGGGAAGGCTTTAGATGTGAAAGCAGGT
GGAGTCAAGAAGAAGAAGAAACAGAAGAAACACGAAGAGCAAGCTCTCAAAATTACCGAA
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GAAAGAAGGTACATAGAGCAGAAGCAGAGACTTGATGTGCAGAAACTAGCCAAGGAAGCA
AACAAGTCTCACCGTAACAGGATTGAGGATTTCAATCAGTATCTTGCTAATATGAGTGAG
CACTATGATATCCCTAAAGTTGGACCTGGTTAATCTTACTCTTCATTGGCTTTCTTCAAC
TCTACTGATCGATTTGTCATTGTTAAAATAACTTATGTTGGATCTATATTGTGTTATTCC
CTTAAAACATTTCAATTATGTGATCTCGACTCTCTTTATGAGAAAAAATAAAAAACACAT
TGGAATCTTGTATCAACTCCTTTGAATCATCAGAGGCCTGCCAATAGCTTTATTGAGTTT
GAGTATGCAGGTCTATACTGTTTTTGTTTATGGAATC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL5241Contig1 370 2 2 U
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TATGTTTTTTTTTGCTCTATTCACATACCCACACATAATTATCGAAGTCAAATACTGTAT
ATATAAATTTAAAATACTATTATTCTCTCACAAACTTGGCAGAATTCTAAAATTTTCCCA
ATGACGTATCCCTCTGTGACGGGCTCCTCCAAAAACCTGCCCCATAAAAATGTTCCAATA
TGCCATCCTCAAGCACGAGAACATCGTTCGATTCGCATTTCGCTTCGTGTTTCTCAAGAA
CAACAATATCGGCCGTTAGATCTTCTTCATCGATGCGAGAGCCGAGATATCCGTTGCCGA
GAGTCGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EX09TF C 1
AF RR1EX09JQ U 65
BS 1 64 RR1EX09TF
BS 65 370 RR1EX09JQ

RD RR1EX09TF 370 0 0
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TATGTTTTTTTTTGCTCTATTCACATACCCACACATAATTATCGAAGTCAAATACTGTAT
ATATAAATTTAAAATACTATTATTCTCTCACAAACTTGGCAGAATTCTAAAATTTTCCCA
ATGACGTATCCCTCTGTGACGGGCTCCTCCAAAAACCTGCCCCATAAAAATGTTCCAATA
TGCCATCCTCAAGCACGAGAACATCGTTCGATTCGCATTTCGCTTCGTGTTTCTCAAGAA
CAACAATATCGGCCGTTAGATCTTCTTCATCGATGCGAGAGCCGAGATATCCGTTGCCGA
GAGTCGTTAC

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR1EX09JQ 306 0 0
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AAATTTAAAATACTATTATTCTCTCACAAACTTGGCAGAATTCTAAAATTTTCCCAATGA
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ATCCTCAAGCACGAGAACATCGTTCGATTCGCATTTCGCTTCGTGTTTCTCAAGAACAAC
AATATCGGCCGTTAGATCTTCTTCATCGATGCGAGAGCCGAGATATCCGTTGCCGAGAGT
CGTTAC

QA 1 306 1 306
DS 



AS 1 2

CO CL5242Contig1 1014 2 2 U
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CGACTTCTTCCCGAGAACATTCCATGTGCGAGACTTGAGAGGAAATGAACATGAAATGAT
GTCTGCTTTGTATTTACAAGTCAGTATTGTGAGCCAAGCTCTTATCTTCGTCACTCGATC
AAGAGGCTGGTCTTTTCTTGAACGACCTGGATGGCTCTTGCTTATTACCTTCTGGATTGC
ACAAGCGATGCAACGGGTGTTGCGGTTTTGGCAAATTGGGAGTTTGCTAGAATCAAAGGA
ATAGGGCTTGGATGGGCTGCTGTTATCTGGCTTTACAGTCTTGTCTTTTACATTCCTTTA
GACATGCTTAAGTTTGCAATCCGTTACATACTATCTGGAACCGCATGGAACAATCTCATC
GACAACAAGACTGCGTTTACGACTAAGCAAAAGTATGGTATAGAGGAGAGAGAGGCACAA
TGGGCTCTTGCACAGAGGAGTTTACACGGTCTTCAGAATCAAGAAACGAGTAATGTTTAC
CCTGAGAGAGGTGGTTACAAAGAAATTTCTGAGATCGCAGAGCAAGCCAAGAGACGAGCT
GAGATTTCAAGGCTTAGGGAACTTCATACGCTTAAAGGACATGTAGAGTCAGTGGTGAAG
CTGAAGGGTCTTGATATTGAGACGGCTGGTCACTACACCGTTTAATTAAAGATGGACTCA
GTTTTAACAGGAACATGGTTAAGGGAGAAGAAGAAGAAGGTTTTATAAGAAAAGAGGGAA
TAAGTACTTTTTATTGTTTTTAGTTTTGATGTTTCTGTTAAATTCCTTTAAACTTCTGGA
GTTTCTTTTAACTTCTTCCTTGATTTTAGACTTTAATTATAATTATGTTTCCAGTTTGCT
TTATGTTGGAGACAAAAAGATCATAGTATAATATACTGACATCTTACGGGGTTC


BQ
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AF RR1DD14TF U 1
AF RR1DD14JQ C 276
BS 1 668 RR1DD14TF
BS 669 1014 RR1DD14JQ

RD RR1DD14TF 668 0 0
GGTGGTGCCTTCCCCAACACCAGATAGCTGGAAACTCAAAGAAATCTTCGCAACCGGCAT
TGTCCTTGGTGGCTACATGGCTTTGATGACTGTTGTTTTCTTCTGGGCTGCTTACAGAAC
CGACTTCTTCCCGAGAACATTCCATGTGCGAGACTTGAGAGGAAATGAACATGAAATGAT
GTCTGCTTTGTATTTACAAGTCAGTATTGTGAGCCAAGCTCTTATCTTCGTCACTCGATC
AAGAGGCTGGTCTTTTCTTGAACGACCTGGATGGCTCTTGCTTATTACCTTCTGGATTGC
ACAAGCGATGCAACGGGTGTTGCGGTTTTGGCAAATTGGGAGTTTGCTAGAATCAAAGGA
ATAGGGCTTGGATGGGCTGCTGTTATCTGGCTTTACAGTCTTGTCTTTTACATTCCTTTA
GACATGCTTAAGTTTGCAATCCGTTACATACTATCTGGAACCGCATGGAACAATCTCATC
GACAACAAGACTGCGTTTACGACTAAGCAAAAGTATGGTATAGAGGAGAGAGAGGCACAA
TGGGCTCTTGCACAGAGGAGTTTACACGGTCTTCAGAATCAAGAAACGAGTAATGTTTAC
CCTGAGAGAGGTGGTTACAAAGAAATTTCTGAGATCGCAGAGCAAGCCAAGAGACGAGCT
GAGATTTC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1DD14JQ 739 0 0
TCTTGCTTATTACTTTCTGGATTGCACAAGCGATGCAACGGGTGTTGCGGTTTTGGCAAA
TTGGGAGTTTGCTAGAATCAAAGGAATAGGGCTTGGATGGGCTGCTGTTATCTGGCTTTA
CAGTCTTGTCTTTTACATTCCTTTAGACATGCTTAAGTTTGCAATCCGTTACATACTATC
TGGAACCGCATGGAACAATCTCATCGACAACAAGACTGCGTTTACGACTAAGCAAAAGTA
TGGTATAGAGGAGAGAGAGGCACAATGGGCTCTTGCACAGAGGAGTTTACACGGTCTTCA
GAATCAAGAAACGAGTAATGTTTACCCTGAGAGAGGTGGTTACAAAGAAATTTCTGAGAT
CGCAGAGCAAGCCAAGAGACGAGCTGAGATTTCAAGGCTTAGGGAACTTCATACGCTTAA
AGGACATGTAGAGTCAGTGGTGAAGCTGAAGGGTCTTGATATTGAGACGGCTGGTCACTA
CACCGTTTAATTAAAGATGGACTCAGTTTTAACAGGAACATGGTTAAGGGAGAAGAAGAA
GAAGGTTTTATAAGAAAAGAGGGAATAAGTACTTTTTATTGTTTTTAGTTTTGATGTTTC
TGTTAAATTCCTTTAAACTTCTGGAGTTTCTTTTAACTTCTTCCTTGATTTTAGACTTTA
ATTATAATTATGTTTCCAGTTTGCTTTATGTTGGAGACAAAAAGATCATAGTATAATATA
CTGACATCTTACGGGGTTC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

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TTATTTTTCACTTTCTCGGTCTCTTGTCTAGACTTGATAGTCTAGTTTATGTAATCTCAG
CTCAAGATTTTTTTCTTGTTTTCTGTGACTGTGATTCTTTGATATGCAAAAGAAGTAAAG
CGTTTAATATTTTATTCACAATTTACGTT


BQ
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TTATTTTTCACTTTCTCGGTCTCTTGTCTAGACTTGATAGTCTAGTTTATGTAATCTCAG
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QA 1 389 1 389
DS 

RD RR1GA45TF 389 0 0
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TGGTGATCTCATGGCTGTCTGAAGAAACCTTATTAACAATGGAGGAGCTTCCATTAGTTT
TTATTTTTCACTTTCTCGGTCTCTTGTCTAGACTTGATAGTCTAGTTTATGTAATCTCAG
CTCAAGATTTTTTTCTTGTTTTCTGTGACTGTGATTCTTTGATATGCAAAAGAAGTAAAG
CGTTTAATATTTTATTCACAATTTACGTT

QA 1 389 1 389
DS 



AS 1 2

CO CL5244Contig1 1126 2 2 U
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AAAAGGGGATAGTAAAGGCGATTAGGGTTTCACCACCCTTTCGCCGCCGTTGATTTCGCC
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CTGATACATTATTTTTCACGGGTTTCCTTCAGTTGTACGATCTATGGGTCGCAGTTACTT
TTCCCCATAAGTTCTCAGATCCAGATCTATGTTCGATAATTTCATATGAACTAGTTTCGT
TGGATCCGAGCTTTTCTGTGTTAGTTCCGACTGTTTCGGTTGCATTTCGTTATGCTGCCT
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TTACTGCAGTATGCAGGCTTACTTCCACCTTTGCTCTAATGGCTTTTGCAATGATAAGGC
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ATCTGGTTTGTTTGGGCAGTAATTGCCTTTATTTCTCCTTTAAGGAGTGTTTTGTCCTCC
CACATCTATCACTTGTTATTAGTGAAATTGTTATAGGGAGTATTGTTTTGAAGATGGTTC
TGTATGAAGCAGAAGCGAAGGTGTTTATCGTCTCTCGTTTAGATGGTGTCAACTGTCTGA
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BQ
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AF RR1D457TF U 1
AF RR1D457JQ C 365
BS 1 543 RR1D457TF
BS 544 1126 RR1D457JQ

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CTGATACATTATTTTTCACGGGTTTCCTTCAGTTGTACGATCTATGGGTCGCAGTTACTT
TTCCCCATAAGTTCTCAGATCCAGATCTATGTTCGATAATTTCATATGAACTAGTTTCGT
TGGATCCGAGCTTTTCTGTGTTAGTTCCGACTGTTTCGGTTGCATTTCGTTATGCTGCCT
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TTA

QA 1 543 1 543
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TGCAGTATGCAGGCTTACTTCCACCTTTGCTCTAATGGCTTTTGCAATGATAAGGCATTC
TCTCCTCTTGTGGCAGCTTGGAGTGAAAGTTCTTAAATTATGTATCCTTCCAGCAAATCT
GGTTTGTTTGGGCAGTAATTGCCTTTATTTCTCCTTTAAGGAGTGTTTTGTCCTCCCACA
TCTATCACTTGTTATTAGTGAAATTGTTATAGGGAGTATTGTTTTGAAGATGGTTCTGTA
TGAAGCAGAAGCGAAGGTGTTTATCGTCTCTCGTTTAGATGGTGTCAACTGTCTGACCTC
TTTGACCATGGAGGTTTTCATCTCTCCCCTTTATTGTTTCGAACAGGAATGTCAAGTTGA
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QA 1 762 1 762
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TGGAAGCATAGCCTTCCTCATGGGACCTGAGCAACAGATAAACATGATGTTGGACCCTGT
TCGTTTCTACGCTACCTCTATCTATGGTGGATGCGTCCTCCTTGCTCTCTTTTGCGCTCT
CTTGATCCACAGCAAAATTTTGACAGTGATTGCGATTCTATGCGAGACTTGTGCACTTAT
TTGGTACAGCCTCAGTTATATCCCCTTTGCACGAAGAATGGTCTCTGAAATCATGATCCG
TCTCTGCGACACCGAGCTATAAGCCAATCTCAATGGTTTTAGATATGATTCTTCTTCAAC
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TCTTATGGTTAAAAAAAAAGTTTTTTTT


BQ
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AF RR1DK35TF U 1
AF RR1DK35JQ C 323
BS 1 662 RR1DK35TF
BS 663 808 RR1DK35JQ

RD RR1DK35TF 662 0 0
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AAACGATAGCTTCCTTGAAGATGGATCGGAGGGTCTCTGTTCTCTCTCCACAACTCAGAG
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CGTGTTTGCAATCCCCATCAAGTTTGCACTGCTCTTCACATTCGGAAATGTTCTCGCTAT
TGGAAGCATAGCCTTCCTCATGGGACCTGAGCAACAGATAAACATGATGTTGGACCCTGT
TCGTTTCTACGCTACCTCTATCTATGGTGGATGCGTCCTCCTTGCTCTCTTTTGCGCTCT
CTTGATCCACAGCAAAATTTTGACAGTGATTGCGATTCTATGCGAGACTTGTGCACTTAT
TTGGTACAGCCTCAGTTATATCCCCTTTGCACGAAGAATGGTCTCTGAAATCATGATCCG
TCTCTGCGACACCGAGCTATAAGCCAATCTCAATGGTTTTAGATATGATTCTTCTTCAAC
ACTTCTTGATTTTTTTTTTTTTTGTTTGTTTGACCTGATCCGGTGGTTTGCGCATGAATC
ACAAGTAATGCAAATTGAGTTTCTGTTTGTTGCGATCTTGAAGCTCTTGTGTGTGTGTGT
GT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1DK35JQ 486 0 0
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ACAGTGATTGCGATTTTATGCGAGACTTGTGCACTTATTTGGTACAGCCTCAGTTATATC
CCCTTTGCACGAAGAATGGTTTTTGAAATCATGATCCGTTTTTGGGACACCGAGCTATAA
GCCAATTTCAATGGTTTTAGATATGATTTTTTTTCAACACTTCTTGATTTTTTTTTTTTT
TGTTTGTTTGACCTGATCCGGTGGTTTGCGCATGAATCACAAGTAATGCAAATTGAGTTT
CTGTTTGTTGCGATCTTGAAGCTCTTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTTTTGTTGCTTCAAG
CCCTTTTTCAGCTTTTGACTTAACAGTCGTTTGATATTGGAAAATGTAAAAACTTGAGTT
ATGTGTGATCTCTCCTTTTTATAGCTGTAATTGTGGTTTCTTATGGTTAAAAAAAAAGTT
TTTTTT

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 2

CO CL5247Contig1 1132 2 4 U
GATACAATAGAATATATGATGGTATCAACAATACAGTAAAATCCTCTGGCGGGCTGAAAG
AGAAGCTCTTCAATGCTGCCTATAATGCAAAGAAGCAGGCTCTCCTAAATGGAAAGAGTG
CTTCTCCAATATGGGACAGGTTGGTTTTTAATAAGATAAAGGACAAACTTGGAGGCCGGG
TTCGTTTTATGACGTCTGGGGCTTCACCTTTGTCTCCTGAAGTCATGGAATTTATGAAAA
TATGCTTTGGAGCAAGGATTTTAGAGGGATATGGAATGACTGAAACGGCTTGTGTTATAA
GTGGAATGGACGAGGGTGATAACCTCATTGGACATGTTGGCTCTCCTAATCCAGCTTGTG
AAATAAATCTTGTGGATGTCCCGGAAATGAACTACACATCAGCAGATCAGCCTCATCCCC
GCGGCGAAATTTGTGTGAGGGGTCCTATCGTTTTTAGAGGCTATTACAAAGATGAAGTTC
AAACGAGAGAAGTGGTTGATGAAGGTGGTTGGCTTCACACTGGAGATATAGGCCTGTGGC
TTCCGGGAGGACGTCTACAAATTATTGACAGGAAGAAGAACATCTTCAAATTGGCGCAAG
GAGAGTACATAGCTCCAGAGAAAATCGAAAACGTCTATGCCAAATGCAAATTTGTGGGGC
AATGCTTCATATATGGTGATAGCTTTAATTCATCATTGGTTGCTGTAGTATCGGTCGATC
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GTGCAATAACCCGAAAGTGAAAGCAGCAGTACTATCTGACTTGGACGCTGTTGGAAGAGA
AGCTAAGTTGAGAGGCTTTGAGTTTGCAAAAGCTGTGACGTTGGTGCTTGAGCCTTTCAC
GCTAGAAAATGGCTTGTTGACACCGACATTAAAGATTAAGAGATCACAAGCAAAGGAATA
TTTCGCAGAAGCAATAACAAACATGTACAAGGAGCTTGCCGCTTCTGATCCCTCCCGCCG
CTAATAAAGCTTTGTGATTCCAGAGTGATTAATAACAAGTCCACACCGAACTGTATTCTT
TTTCGTTTCTTTTTTATTCTTGCTACATATTTATTGAATACTCATAAACGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AQ61TF U 1
AF RR1AQ61JQ C 386
BS 1 764 RR1AQ61TF
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BS 766 791 RR1AQ61TF
BS 792 1132 RR1AQ61JQ

RD RR1AQ61TF 791 0 0
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AGAAGCTCTTCAATGCTGCCTATAATGCAAAGAAGCAGGCTCTCCTAAATGGAAAGAGTG
CTTCTCCAATATGGGACAGGTTGGTTTTTAATAAGATAAAGGACAAACTTGGAGGCCGGG
TTCGTTTTATGACGTCTGGGGCTTCACCTTTGTCTCCTGAAGTCATGGAATTTATGAAAA
TATGCTTTGGAGCAAGGATTTTAGAGGGATATGGAATGACTGAAACGGCTTGTGTTATAA
GTGGAATGGACGAGGGTGATAACCTCATTGGACATGTTGGCTCTCCTAATCCAGCTTGTG
AAATAAATCTTGTGGATGTCCCGGAAATGAACTACACATCAGCAGATCAGCCTCATCCCC
GCGGCGAAATTTGTGTGAGGGGTCCTATCGTTTTTAGAGGCTATTACAAAGATGAAGTTC
AAACGAGAGAAGTGGTTGATGAAGGTGGTTGGCTTCACACTGGAGATATAGGCCTGTGGC
TTCCGGGAGGACGTCTACAAATTATTGACAGGAAGAAGAACATCTTCAAATTGGCGCAAG
GAGAGTACATAGCTCCAGAGAAAATCGAAAACGTCTATGCCAAATGCAAATTTGTGGGGC
AATGCTTCATATATGGTGATAGCTTTAATTCATCATTGGTTGCTGTAGTATCGGTCGATC
AGATGTGCTTAAAAGCTGGGCTGCTTCACAACGCATTAAGCAGG*AGATCTGAAAGAATT
GTGCAATAACC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1AQ61JQ 747 0 0
AATGAACTACACATCAGCAGATCAGCCTCATCCCCGCGGCGAAATTTGTGTGAGGGGTCC
TATCGTTTTTAGAGGCTATTACAAAGATGAAGTTCAAACGAGAGAAGTGGTTGATGAAGG
TGGTTGGCTTCACACTGGAGATATAGGCCTGTGGCTTCCGGGAGGACGTCTACAAATTAT
TGACAGGAAGAAGAACATCTTCAAATTGGCGCAAGGAGAGTACATAGCTCCAGAGAAAAT
CGAAAACGTTTATGCCAAATGCAAATTTGTGGGGCAATGCTTCATATATGGTGATAGCTT
TAATTCATCATTGGTTGCTGTAGTATCGGTCGATCAGATGTGCTTAAAAGCTGGGCTGCT
TCACAACGCATTAAGCAGGGAGATCTGAAAGAATTGTGCAATAACCCGAAAGTGAAAGCA
GCAGTACTATCTGACTTGGACGCTGTTGGAAGAGAAGCTAAGTTGAGAGGCTTTGAGTTT
GCAAAAGCTGTGACGTTGGTGCTTGAGCCTTTCACGCTAGAAAATGGCTTGTTGACACCG
ACATTAAAGATTAAGAGATCACAAGCAAAGGAATATTTCGCAGAAGCAATAACAAACATG
TACAAGGAGCTTGCCGCTTCTGATCCCTCCCGCCGCTAATAAAGCTTTGTGATTCCAGAG
TGATTAATAACAAGTCCACACCGAACTGTATTCTTTTTCGTTTCTTTTTTATTCTTGCTA
CATATTTATTGAATACTCATAAACGTA

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL5248Contig1 1163 2 2 U
GGGTTGTTTTCTCTTTTCTCTGACTACAAAGTAAGCCATTCATTGAAACCACTTTCTCCG
TATTTTCGATTTCTGTCAACGACCCCCTCAATCTCCAAAACTCTTTCTTGGAATCCATTT
ATTGATCTAGTAAAGACTAACAATCTCAAAGATGGCACGTCATGATCCTAATCCATTTGC
TGATGAAGAGATCAATCCTTTTGCGAATTATACAAATGTTCCTCCTGCAAGCAACTCATA
TCTCAAGCCGCTTCCACCGGAACCTTATGACCGTGGTGCAACCGTTGATATCCCTTTGGA
TTCCGCCAAGGATCTTCGAGCTAGAGAGATGGAACTCCAGGCTAAAGAGAACGAGTTGAA
GCGGAAAGAGCAGGAGCTTAAAAGAAGAGAAGATGCAATAGCTCGAACTGGAGTAGTCAT
TGAGGAAAAGAATTGGCCAGATTTTTTCCCTTTAATTCATCATGACATTCCAAATGAGAT
TCCGGTTCATTTACAGAAGATTCAATATGTCGCATTCACCACATTGTTAGGATTAGTAGG
ATGTCTTTTGTGGAATTTTGTGGCAGTAACTGTGGCTTGGATCAAAGGAGAAGGTCCCAC
TATATGGCTTATGTCAATCATCTACTTCATTGCTGGGGTCCCTGGGGCTTACGTCTTATG
GTATCGTCCTCTTTACAGAGCTACCAGAACTGATAGTGCCCTGAAGTTTGGAGCTTTTTT
CTTCTTTTACGTGTTTCACATTGCGTTCTGCGGCTTTGCTGCAGTTGCTCCACCAGTCAT
CTTTCAAGGGAAGTCTCTCACAGGTTTCTTGCCGGCACTTGAGCTTCTAACTACTAATGC
TGCGGTCGGGATAATGTACCTCATTGGAGCGGGTTTCTTCTGCGTCGAAACACTTCTCAA
TATCTGGGTGATTCAGCAAGTATATGCATACTTCCGAGGGAGTGGCAAAGCTGCAGAGAT
GAAGCGCGAAGCTGCAAAGTCGACCTTGATGCGTGCACTTTGAAGACAACACTCCTCACT
GGAGAAATGTATCAAATGGTGGCTTGAGATCAAAACTTGATTTCTCCAAACAGACCCCTT
TTATCTGCAACGTTTAGCCTGGCAATTTATTTTGTTTGAATTACTTTGTAAAGACAAAAT
CGACTACATGGAGATCTCAAGGC


BQ
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GCGGAAAGAGCAGGAGCTTAAAAGAAGAGAAGATGCAATAGCTCGAACTGGAGTAGTCAT
TGAGGAAAAGAATTGGCCAGATTTTTTCCCTTTAATTCATCATGACATTCCAAATGAGAT
TCCGGTTCATTTACAGAAGATTCAATATGTCGCATTCACCACATTGTTAGGATTAGTAGG
ATGTCTTTTGTGGAATTTTGTGGCAGTAACTGTGGCTTGGATCAAAGGAGAAGGTCCCAC
TATATGGCTTATGTCAATCATCTACTTCATTGCTGGGGTCCCTGGGGCTTACGTCTTATG
GTATCGTCCTCTTTACAGAGCTACCAGAACTGATAGTGCCCTGAAGTTTGGAGCTTTTTT
CTTCTTTTACGTGTTTCACATTGCGT

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DS 

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TCAATATGTCGCATTCACCACATTGTTAGGATTAGTAGGATGTCTTTTGTGGAATTTTGT
GGCAGTAACTGTGGCTTGGATCAAAGGAGAAGGTCCCACTATATGGCTTATGTCAATCAT
CTACTTCATTGCTGGGGTCCCTGGGGCTTACGTCTTATGGTATCGTCCTCTTTACAGAGC
TACCAGAACTGATAGTGCCCTGAAGTTTGGAGCTTTTTTCTTCTTTTACGTGTTTCACAT
TGCGTTCTGCGGCTTTGCTGCAGTTGCTCCACCAGTCATCTTTCAAGGGAAGTCTCTCAC
AGGTTTCTTGCCGGCACTTGAGCTTCTAACTACTAATGCTGCGGTCGGGATAATGTACCT
CATTGGAGCGGGTTTCTTCTGCGTCGAAACACTTCTCAATATCTGGGTGATTCAGCAAGT
ATATGCATACTTCCGAGGGAGTGGCAAAGCTGCAGAGATGAAGCGCGAAGCTGCAAAGTC
GACCTTGATGCGTGCACTTTGAAGACAACACTCCTCACTGGAGAAATGTATCAAATGGTG
GCTTGAGATCAAAACTTGATTTCTCCAAACAGACCCCTTTTATCTGCAACGTTTAGCCTG
GCAATTTATTTTGTTTGAATTACTTTGTAAAGACAAAATCGACTACATGGAGATCTCAAG
GC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCACTTTTTATCCTTTTACCTCAAAAATCCAAAACGACTGATAAGCCAACCACACCTTCC
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CCTGTTTAGGAAGTGGGTACTTGCTTTACAAGCTATACAACACCCACACTCGTAACCTCG
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CTAGTATTATGGAGACTTTGAGTAAAGGAAAAGGAACGCTGCTTCCTTCTGAGAAGCTTC
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TCACTATGCTTAGTTTGTACATTAGGGTTCAAGTCAACATTTTGGGCAGACACTTATATA
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TTACAGGGATGCAGTTGGCGAAGCTCATACCACAGACTGAGAAGACGGTGCCGGAGATTT
CAGCTGTACCGGACGAGAACCGGTTCTTGCAACTCATCAGAGATTTGCCTGAAGTTCAAC
ACTTTTTTACTCTTTTATACTCAAACATGCCACTATAGTTGCAAATTGCCAAATTGATTT
TATGTTATGCATTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CM26TF U 1
AF RR1CM26JQ C 493
BS 1 672 RR1CM26TF
BS 673 1275 RR1CM26JQ

RD RR1CM26TF 672 0 0
ATTCATTTAATTCAGTAGATCGGAACTAAACAAAAACCATCTCTCGCCGGAAAAGTTGCA
TCACTTTTTATCCTTTTACCTCAAAAATCCAAAACGACTGATAAGCCAACCACACCTTCC
TTTCCTGTCCCATCCCTCCGACAGAACCTTCAGTAGGTCGTTGGTTCGAATCCAAAAAGG
CCATGGATTTAGTCAGGGGGTTATGGAGGAAGCACAGAAGGAAGATTGTGGTGACGACGA
CCTGTTTAGGAAGTGGGTACTTGCTTTACAAGCTATACAACACCCACACTCGTAACCTCG
CCGACATGGAGCGAGAGCTCGCCGACGAGCGTCACAACATTCAGATGATTGCTGATGTAA
CTACATTGCCTCACGCCTTGCGCCGCTTGAGTACCCGCATTTCTGAGGAGATCCATGTCT
CTAGTATTATGGAGACTTTGAGTAAAGGAAAAGGAACGCTGCTTCCTTCTGAGAAGCTTC
ACCTTTGGAACGAGCTCAAGATTTTGAGTTTCACGAGAATGGTTCTGTCGCTGTGGTCAG
TCACTATGCTTAGTTTGTACATTAGGGTTCAAGTCAACATTTTGGGCAGACACTTATATA
TCGACACTGCTACAGGTCTTACCTCCTCCCATTTACTTGAAGAGATAGATCTCATAGATA
GAGAGGACGAGA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1CM26JQ 783 0 0
AGCTCAAGATTT*GAGTTTCACGAGAATGGTTCTGTCGCTGTGGTCAGTCACTATGCTTA
GTTTGTACATTAGGGTTCAAGTCAACATTTTGGGCAGACACTTATATATCGACACTGCTA
CAGGTCTTACCTCCTCCCATTTACTTGAAGAGATAGATCTCATAGATAGAGAGGACGAGA
AAAAGTTCTTGACAAGTGCTGATTATCTTGCAACCAATGGCATGCCCAGTTTGACTCCCA
ATATCAAGAGGGCAGTGAAACAAGTTCTCAAGGGAAAGCAGTTAAAAGATGTGTTAACCA
CAAGGACTCTCGAAGAAACTGTGATTCGGATTCTTGATGTGTTTATGAGCAACGGAAGTC
CACATCACTGGGTTGATTATTTAATGATGGCGCAAGACACGACAATGAGTCCAAGAGACA
ACGCCACTGATGGTTCCTCTTCAGATGCAACTGGCACCAAGCTTCATCGACTCATTAACG
AGACACGGGAAGTACTCACAAGCACTGAGTTTACAAATGTAGCAGAGATCTCGCTCAAGT
CTTGTACCGTAGCGTTAGTAGAGGAGATGGAGAAGCAGGCAGGTTTGGTTACAGGGATGC
AGTTGGCGAAGCTCATACCACAGACTGAGAAGACGGTGCCGGAGATTTCAGCTGTACCGG
ACGAGAACCGGTTCTTGCAACTCATCAGAGATTTGCCTGAAGTTCAACACTTTTTTACTC
TTTTATACTCAAACATGCCACTATAGTTGCAAATTGCCAAATTGATTTTATGTTATGCAT
TTC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL5251Contig1 1207 2 10 U
GGGTGCGAAGAAGAATCAAAAAGAGATGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAAGTT
ATCATTCCTGGAGAATTACACCAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTC
TTCCTCCGACGTCGATGAGTTCATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCGTATATAT
ATCTCTCTATCTCTCTATGGTTGTTGTAGTATCCATATTGATTATTTGACTGATTTGTTG
TTGATATCTCCCTCGGGAGGTGGTACTTGATTTACTCATTGTGCCTTAAGATTGCTAAAA
GATTATTTGATTTTTTTTTATAATGTATTAGTGTTCGTGTTGATGGTGAATCAGTGATGA
ATATGTAGCATTTTTGATCTTTTTATCTAAAGCACAGAGCTATGCTATTATAGAAACTAG
AATACAAAGGAGCCACAGTGAATCCTTGTGGGTAAGAAGAAACTTGATGAAAGAGTAGGA
GAGGTAAGAAGAAGCTTTAGGAGTTAATATTATATAGTCACTAGAGCAGAATGTGATCAG
CACTGAGGGAACCCCTTTGTTCCATCTTTCACTTCTTGCTCAGTTTTAGCCTCCATACGC
ACGTGTTGTTTTGGTGTTTCTTACTCTAAGATATAGAGAGACGTTTTTAGTCCTCAGGAA
GCTTTTGACTTGCATTGTGTTGTTTCTCCATTTCCAGCTGAAAACAGCTAGGGAAGCTGC
GACTTTTGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCACTGCTGCTTTTGCTTGGAA
ATACTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTCTTTTTGGTTG
GACCTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGATGCAATTGTATAAGCTGGACACAATGGC
GGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTCTCAGGGAAGGTCCTGAACTCA
AAAAAACAGAGAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTTGTCTTGCAAACAACGTGAGA
TGGTGGCAGCAGTTAATCCATTTTCAGACTCTCTTTCGAACCTTTCTTTATGTTCTCACT
CTCGAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATTCAACAAGCTCCATGGAGAATGCTGA
GTAGATGAATCGAAACAAACTAAATGGTCTCATTTGGATTTTTATAATAAGAAGTTTATT
CAGTGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FV62TF U 1
AF RR1FV62JQ C 449
BS 1 657 RR1FV62TF
BS 658 658 RR1FV62JQ
BS 659 703 RR1FV62TF
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BS 705 747 RR1FV62TF
BS 748 748 RR1FV62JQ
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BS 760 760 RR1FV62JQ
BS 761 771 RR1FV62TF
BS 772 1207 RR1FV62JQ

RD RR1FV62TF 782 0 0
GGGTGCGAAGAAGAATCAAAAAGAGATGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAAGTT
ATCATTCCTGGAGAATTACACCAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTC
TTCCTCCGACGTCGATGAGTTCATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCGTATATAT
ATCTCTCTATCTCTCTATGGTTGTTGTAGTATCCATATTGATTATTTGACTGATTTGTTG
TTGATATCTCCCTCGGGAGGTGGTACTTGATTTACTCATTGTGCCTTAAGATTGCTAAAA
GATTATTTGATTTTTTTTTATAATGTATTAGTGTTCGTGTTGATGGTGAATCAGTGATGA
ATATGTAGCATTTTTGATCTTTTTATCTAAAGCACAGAGCTATGCTATTATAGAAACTAG
AATACAAAGGAGCCACAGTGAATCCTTGTGGGTAAGAAGAAACTTGATGAAAGAGTAGGA
GAGGTAAGAAGAAGCTTTAGGAGTTAATATTATATAGTCACTAGAGCAGAATGTGATCAG
CACTGAGGGAACCCCTTTGTTCCATCTTTCACTTCTTGCTCAGTTTTAGCCTCCATACGC
ACGTGTTGTTTTGGTGTTTCTTACTCTAAGATATAGAGAGACGTTTTTAGTCCTCAG*AA
GCTTTTGACTTGCATTGTGTTGTTTCTCCATTTCCAGCTGAAA*CAGCTAGGGAAGCTGC
GACTTTTGGTGCTACTGGAGCCGCACT*GGAGCTGTGTC*ACTGCTGCTTT
GCTGGAATACT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1FV62JQ 759 0 0
TGGGTAAGAAGAAACTTGATGAAAGAGTAGGAGAGGTAAGAAGAAGCTTTAGGAGTTAAT
ATTATATAGTCACTAGAGCAGAATGTGATCAGCACTGAGGGAACCCCTTTGTTCCATCTT
TCACTTCTTGCTCAGTTTTAGCCTCCATACGCACGTGTTGTTTTGGTGTTTCTTACTCTA
AGATATAGAGAGACGTTTTTAGTCCTCAGGAAGCTTTTGACTTGCATTGTGTTGTTTCTC
CATTTCCAGCTGAAAACAGCTAGGGAAGCTGCGACTTTTGGTGCTACTGGAGCCGCACTT
GGAGCTGTGTCCACTGCTGCTTTTGCTTGGAAATACTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCA
CTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTCTTTTTGGTTGGACCTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCAC
ACGATGCAATTGTATAAGCTGGACACAATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGG
GAACGCAAGTCTCAGGGAAGGTCCTGAACTCAAAAAAACAGAGAGACGGGTGCTACTTTC
TCGCCCAAGCTTGTCTTGCAAACAACGTGAGATGGTGGCAGCAGTTAATCCATTTTCAGA
CTCTCTTTCGAACCTTTCTTTATGTTCTCACTCTCGAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTC
AATAATTCAACAAGCTCCATGGAGAATGCTGAGTAGATGAATCGAAACAAACTAAATGGT
CTCATTTGGATTTTTATAATAAGAAGTTTATTCAGTGTT

QA 1 759 1 759
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5254Contig1 757 2 2 U
CCACGGCACTCGCGAAAATCACCTACAAAGTCCTGAGCCTCTTTGTAAGCTTCGAACTCA
GTAGAAAAAATTTCAGCCCTTCGGTTCATTTCGGCGGCAGCTCTTCTCCGTCCGCTCCTC
TCCGCGCGAACGAGGGCTCGAGCCTGGACTTCGGCTTGCCGGCGATTTTTCTCCTCCACC
TCCAATCGATACTTAGCAAATTTCCTTTCCGTTTCCTCCGCTTTGAAACGGGCCAACCGG
GCGGTGCGGAAACTCCCATCGATCGATGCATTCCAAACTCTCACGGCCTGCAAAGAAGCC
GAGGTCAAATAAAAAGAAAAGAGAAGTAACTCGAGTTTCGAGAACAAACCTCGTTGACCA
AGCGAGCACCCTCCGCAGTCACTTTGTCCCTTTCCTCGTTGTCCAAAGACTCGTCACGGG
AAAACGCCGGAGGGAGTTCGTCAAAGAAGTCACCCGGAGGAGGAACATCCCGACTCTCTG
AGGTAAAGCCAGGGTCGTATCTCGGCGTCGCGCCATCTCCCGACGAGGAATCAAAAGCGA
TCCCTTTATCTTTACGAGGTCTCCGCCTTTGCCTTAAAGGGGCAAAAACGTAGGACCTAT
CGTTGACGCAGGGACGTGTACCACCTCGCGATCGGAAAAGCGCGACCGCCCCTCGAATCC
GGTCGAGAGTGAAGGAGTTCCAGGAACAAGGCCTCGACCTAAAAAGATCCCTCCTTAACG
CAAGATCGGAAGGAACGTGCGCGAGACACCTGTTCTC


BQ
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AF RR1GH21TF U 1
AF RR1GH21JQ C 399
BS 1 588 RR1GH21TF
BS 589 757 RR1GH21JQ

RD RR1GH21TF 588 0 0
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GTAGAAAAAATTTCAGCCCTTCGGTTCATTTCGGCGGCAGCTCTTCTCCGTCCGCTCCTC
TCCGCGCGAACGAGGGCTCGAGCCTGGACTTCGGCTTGCCGGCGATTTTTCTCCTCCACC
TCCAATCGATACTTAGCAAATTTCCTTTCCGTTTCCTCCGCTTTGAAACGGGCCAACCGG
GCGGTGCGGAAACTCCCATCGATCGATGCATTCCAAACTCTCACGGCCTGCAAAGAAGCC
GAGGTCAAATAAAAAGAAAAGAGAAGTAACTCGAGTTTCGAGAACAAACCTCGTTGACCA
AGCGAGCACCCTCCGCAGTCACTTTGTCCCTTTCCTCGTTGTCCAAAGACTCGTCACGGG
AAAACGCCGGAGGGAGTTCGTCAAAGAAGTCACCCGGAGGAGGAACATCCCGACTCTCTG
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TCCCTTTATCTTTACGAGGTCTCCGCCTTTGCCTTAAAGGGGCAAAAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1GH21JQ 359 0 0
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CCCGACGAGGAATCAAAAGCGATCCCTTTATCTTTACGAGGTTTCCGCCTTTGCCTTAAA
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AGCGCGACCGCCCCTCGAATCCGGTCGAGAGTGAAGGAGTTCCAGGAACAAGGCCTCGAC
CTAAAAAGATCCCTCCTTAACGCAAGATCGGAAGGAACGTGCGCGAGACACCTGTTCTC

QA 1 359 1 359
DS 



AS 1 2

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AGAAAAGAAAGTGGGAGAAGGTGTTGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGCCAGAGATTGA
ATATGTTGAAGGATATGAAGAGCTTGAAGAAGAGGAAGAAGATATGGAGGATTTCTCTGG
TTTTCCCTCTAAGATGTCTGACTTCAACGATGATGAACATGATTCAGCTGATGAGGAGGA
AGATGATGACGGTGAGGAGCAAGTTGTGATTCATAAAAAAGGAAAGAGAGATTCAAGAAA
GTCTGATGATCTTGGGAAATCAAAGAAGAAGAAGAAGAGAGTGATTGTTGAGATGGAGCA
AGAAGATGGAGACGTGATACGGACCTTGAGAACCGCAAGCTGAGCTTAGATGCCAAAACG
CTGAAGCTGAAATGGCAGAGGAAAGTGTAGTTTGTTTTGTTTTGTTGTGCTACTGTGGGA
CAAGCTTTCTTCTTGACAGTGTACTACAGTTGAAAGATATCTTGAACGCTTTCCAGTTTT
GTACCCTTTTCATTTTCATGTATTGTAGGAACTTAATATGTTCTTCTGACGTTTGAATTT
TGTATACTTAGTTAAAATGAAGCATTTTCTTTGACTT


BQ
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AF RR1GZ93JQ C 1
AF RR1AU93TF U 312
BS 1 312 RR1GZ93JQ
BS 313 479 RR1AU93TF
BS 480 480 RR1GZ93JQ
BS 481 637 RR1AU93TF

RD RR1GZ93JQ 624 0 0
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AGAAAAGAAAGTGGGAGAAGGTGTTGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGCCAGAGATTGA
ATATGTTGAAGGATATGAAGAGCTTGAAGAAGAGGAAGAAGATATGGAGGATTTCTCTGG
TTTTCCCTCTAAGATGTCTGACTTCAACGATGATGAACATGATTCAGCTGATGAGGAGGA
AGATGATGACGGTGAGGAGCAAGTTGTGATTCATAAAAAAGGAAAGAGAGATTCAAGAAA
GTCTGATGATCTTGGGAAATCAAAGAGGAAGAAGAAGAGAGTGATTGTTGAGATGGAGCA
AGAAGATGGAGACGTGATACGGACCTTGAGAACCGCAAGCTGAGCTTAGATGCCAAAACG
CTGAAGCTGAAATGGCAGAGGAAAGTGTAGTTTGTTTTGTTTTGTTGTGCTACTGTGGGA
CAAGCTTTCTTCTTGACAGTGTACTACAGTTGAAAGATATCTTGAACGCTTTCCAGTTTT
GTACCCTTTTCATTTTCATGTATTGTAGGAACTTAATATGTTCTTCTGACGTTTGAATTT
TGTATACTTAGTTAAAATGAAGCA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1AU93TF 326 0 0
G
TGGGAAATCAAAGAAGAAGAAGAAGAGAGTGATTGTTGAGATGGAGCAAGAAGATGGAGA
CGTGATACGGACCTTGAGAACCGCAAGCTGAGCTTAGATGCCAAAACGCTGAAGCTGAAA
TGGCAGAGGAAAGTGTAGTTTGTTTTGTTTTGTTGTGCTACTGTGGGGCAAGCTTTCTTC
TTGACAGTGTACTACAGTTGAAAGATATCTTGAACGCTTTCCAGTTTTGTACCCTTTTCA
TTTTCATGTATTGTAGGAACTTAATATGTTCTTCTGACGTTTGAATTTTGTATACTTAGT
TAAAATGAAGCATTTTCTTTGACTT

QA 2 326 2 326
DS 



AS 1 2

CO CL5256Contig1 785 2 2 U
ACGACTACCAAGTCAAACGAGCGAAAGAACACAACAAGAAAGCTGGTTTGGACTCTCTAT
GCGACGTCGTTTGCGGTAACTTTTTAGAGATGCCGTTCGATGAAAACACGTTCGATGGTG
CGTACTCTATAGAAGCGACGTGTCACGCTCCCAAGCTAGAAGAAGTGTACGCGGAGATCT
TTAGGGTGATGAAACCAGGTTCTTTGTACGTTTCGTACGAGTGGGTCACGACGGATAAAT
ACAATGACGATGATCAAGAACACAAGGAGGTGATTCAAGGGATCGAGAGAGGAGATGCAC
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TTGTGGACGAGAAAGATTTGGCTATCCCTCCGGCTAAACCGTGGTGGAGCAGGCTTAAGA
TGGGTCGTGTTGCGTATTGGAGAAACCATGTTGTGGTTGTGGTTCTGTTTGCTATTGGGG
TTGCACCTAAAGGAACCGTTGATGTTCATGAGATGTTGTTTAAGACTGCTGATTATTTGA
CTAGAGGTGGTGAGACTGGAATCTTCTCACCCATGCATATGATCCTCTGTAGAAAACCAG
AGAAAGCTTTTGAATGATGAGAGAATCTTTTCTTCTTGTTCTTGTTCTTGTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTGGAATTCGAAATTTCATGTTTAACAATTGAAGAATCTTTTTTTAGTATCCT
ACTTGTATCACTTTGATGTTCGTGTACCCTTATATTTTTCTTAATTTGATTTGTTTTAAC
TTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1FH40TF U 1
AF RR1FH40JQ C 81
BS 1 388 RR1FH40TF
BS 389 785 RR1FH40JQ

RD RR1FH40TF 388 0 0
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GCGACGTCGTTTGCGGTAACTTTTTAGAGATGCCGTTCGATGAAAACACGTTCGATGGTG
CGTACTCTATAGAAGCGACGTGTCACGCTCCCAAGCTAGAAGAAGTGTACGCGGAGATCT
TTAGGGTGATGAAACCAGGTTCTTTGTACGTTTCGTACGAGTGGGTCACGACGGATAAAT
ACAATGACGATGATCAAGAACACAAGGAGGTGATTCAAGGGATCGAGAGAGGAGATGCAC
TTCCTGGTCTGAGAAGCTACGCTGACATCGCTGCGACGGCAAAGAAAGTAGGGTTTGAGA
TTGTGGACGAGAAAGATTTGGCTATCCC

QA 1 388 1 388
DS 

RD RR1FH40JQ 705 0 0
TTTTTAGAGATGCCGTTCGATGAAAACACGTTCGATGGTGCGTACTCTATAGAAGCGACG
TGTCACGCTCCCAAGCTAGAAGAAGTGTACGCGGAGATCTTTAGGGTGATGAAACCAGGT
TCTTTGTACGTTTCGTACGAGTGGGTCACGACGGATAAATACAATGACGATGATCAAGAA
CACAAGGAGGTGATTCAAGGGATCGAGAGAGGAGATGCACTTCCTGGTTTGAGAAGCTAC
GCTGACATCGCTGCGACGGCAAAGAAAGTAGGGTTTGAGATTGTGGACGAGAAAGATTTG
GCTATCCCTCCGGCTAAACCGTGGTGGAGCAGGCTTAAGATGGGTCGTGTTGCGTATTGG
AGAAACCATGTTGTGGTTGTGGTTCTGTTTGCTATTGGGGTTGCACCTAAAGGAACCGTT
GATGTTCATGAGATGTTGTTTAAGACTGCTGATTATTTGACTAGAGGTGGTGAGACTGGA
ATCTTCTCACCCATGCATATGATCCTCTGTAGAAAACCAGAGAAAGCTTTTGAATGATGA
GAGAATCTTTTCTTCTTGTTCTTGTTCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAATTCGAAA
TTTCATGTTTAACAATTGAAGAATCTTTTTTTAGTATCCTACTTGTATCACTTTGATGTT
CGTGTACCCTTATATTTTTCTTAATTTGATTTGTTTTAACTTTTT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL5257Contig1 1138 2 2 U
AGGAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTCTGGAAGGGATGCATTTATTA
GGTAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTTGCTCTGATGATCCATGATAACTCGACGGAT
CGCATGGCCTTTGTGCTGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGG
TAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAG
AGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAA
TCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTTGAGTCTGGTAAT
TGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCA
GCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTC
GTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGCCCGGTCCGCCTTCGGCGAGCACCGGTCGGCTTGTC
TCTTCTGTTGGCGATACGCTCCTGGTCTTAACTGGCCGGGTCGTGCCTCCTTCGCTGTTA
CTTTGAAGAAATTAGAGTGCTGCCAACTTCACCTCCCAGGTCATCATCATGAACCACCCT
GGTCAGATCGGTAACGGTTACGCTCCGGTTCTTGATTGCCACACATCCCACATTGCAGTC
AAGTTCTTTGAGATCCTCACCAAGATTGACAGGCGATTTGGTAAGGAGATCGAGAAGGAG
CCCAAGTTCTTGAAGAATGGTGATGCTGGTATGGTTAAGATGACTCCAACCAAGCCCATG
GTTGTCGAGACTTTCTCCGAGTACCCACCATTGGGTCGTTTCGCTGTTAGGGACATGAGG
CAGACGGTTGCTGTTGGTGTTATCAAGAGCGTCGACAAGAAGGACCCAACCGGTGCTAAG
GTCACCAAGGCCGCAGTCAAGAAGGGAGCTAAATGATGAGACTTCTCTCGTCTTTGGTTT
TTCTTTGCGTTACAACAAAACTTTGATGGCGTTTGAGCCTTTTTCTTAATTTTCTTCTAC
CTTGTTTTTGAATCTCTCAGACTATTTTGGTTTTCAATTATGCAGCTTTTGGATAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FX47TF U 1
AF RR1FX47JQ C 388
BS 1 561 RR1FX47TF
BS 562 1138 RR1FX47JQ

RD RR1FX47TF 561 0 0
AGGAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTCTGGAAGGGATGCATTTATTA
GGTAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTTGCTCTGATGATCCATGATAACTCGACGGAT
CGCATGGCCTTTGTGCTGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGG
TAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAG
AGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAA
TCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTTGAGTCTGGTAAT
TGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCA
GCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTC
GTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGCCCGGTCCGCCTTCGGCGAGCACCGGTCGGCTTGTC
TCTTCTGTTGGCGATACGCTC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1FX47JQ 751 0 0
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GCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGCCC
GGTCCGCCTTCGGCGAGCACCGGTCGGCTTGTCTCTTCTGTTGGCGATACGCTCCTGGTC
TTAACTGGCCGGGTCGTGCCTCCTTCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTGCCAAC
TTCACCTCCCAGGTCATCATCATGAACCACCCTGGTCAGATCGGTAACGGTTACGCTCCG
GTTCTTGATTGCCACACATCCCACATTGCAGTCAAGTTCTTTGAGATCCTCACCAAGATT
GACAGGCGATTTGGTAAGGAGATCGAGAAGGAGCCCAAGTTCTTGAAGAATGGTGATGCT
GGTATGGTTAAGATGACTCCAACCAAGCCCATGGTTGTCGAGACTTTCTCCGAGTACCCA
CCATTGGGTCGTTTCGCTGTTAGGGACATGAGGCAGACGGTTGCTGTTGGTGTTATCAAG
AGCGTCGACAAGAAGGACCCAACCGGTGCTAAGGTCACCAAGGCCGCAGTCAAGAAGGGA
GCTAAATGATGAGACTTCTCTCGTCTTTGGTTTTTCTTTGCGTTACAACAAAACTTTGAT
GGCGTTTGAGCCTTTTTCTTAATTTTCTTCTACCTTGTTTTTGAATCTCTCAGACTATTT
TGGTTTTCAATTATGCAGCTTTTGGATAATT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL5258Contig1 401 2 1 U
GGGAAGCGTAGAGGAAGAGGGAGATAGAGAGATGGCGACGGCTATGCAGTGGTGCGCGCC
ATGACGCGACGGATTATGATGATGCAGCGTATGTCTGCACAAGTGACGAGGTATTCTTCT
TCAGTATCACCGGCGGCGGCGGCGGGGATGGAAGAGTGCGGGAGAGGGGATAGTAAGACG
AAGAAAGGGAAAAGGTTCAAAGGATCGTACGGGAACTCGAGAGGGAAGAAGCAGAAGATG
ATTGAGAGAATCAAAGACAAGCTCGAACTCCCCAGATCCACTCCTTGGCCTCTCCCTTTC
AAGCTCATCTGATCAATCATCTCATTCTCTATTGCTCTTTTCTTATAAAACTGTCTGTAT
ACTTCTTCTTCTTTATGAATCATTCATCTGTGTTTTTGTCT


BQ
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AF RR1DK28JQ C 1
AF RR1DK28TF U 1
BS 1 401 RR1DK28TF

RD RR1DK28JQ 401 0 0
GGGAAGCGTAGAGGAAGAGGGAGATAGAGAGATGGCGACGGCTATGCAGTGGTGCGCGCC
ATGACGCGACGGATTATGATGATGCAGCGTATGTCTGCACAAGTGACGAGGTATTTTTCT
TCAGTATCACCGGCGGCGGCGGCGGGGATGGAAGAGTGCGGGAGAGGGGATAGTAAGACG
AAGAAAGGGAAAAGGTTCAAAGGATCGTACGGGAACTCGAGAGGGAAGAAGCAGAAGATG
ATTGAGAGAATCAAAGACAAGCTCGAACTCCCCAGATCCACTCCTTGGCCTCTCCCTTTC
AAGCTCATCTGATCAATCATCTCATTCTCTATTGCTCTTTTCTTATAAAACTGTCTGTAT
ACTTCTTCTTCTTTATGAATCATTCATCTGTGTTTTTGTCT

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1DK28TF 401 0 0
GGGAAGCGTAGAGGAAGAGGGAGATAGAGAGATGGCGACGGCTATGCAGTGGTGCGCGCC
ATGACGCGACGGATTATGATGATGCAGCGTATGTCTGCACAAGTGACGAGGTATTCTTCT
TCAGTATCACCGGCGGCGGCGGCGGGGATGGAAGAGTGCGGGAGAGGGGATAGTAAGACG
AAGAAAGGGAAAAGGTTCAAAGGATCGTACGGGAACTCGAGAGGGAAGAAGCAGAAGATG
ATTGAGAGAATCAAAGACAAGCTCGAACTCCCCAGATCCACTCCTTGGCCTCTCCCTTTC
AAGCTCATCTGATCAATCATCTCATTCTCTATTGCTCTTTTCTTATAAAACTGTCTGTAT
ACTTCTTCTTCTTTATGAATCATTCATCTGTGTTTTTGTCT

QA 1 401 1 401
DS 



AS 1 2

CO CL5259Contig1 1415 2 2 U
GGACTTCTCCGGCGATAAAAAAATCTTGACGAGAGACCAAGAAGAAGAAGAAGAACATGG
CGACATCTTTCTCTAAAATCATAACCAGATCGAAACCTCAAAGCCACATCTACTCCAACT
CCCATTCCCTCCAGAGACACTTCTCCGCCGTTGCCGACTCTTCCTTCTCTACCTCCGTCG
CCCTTGGAAGCCAAACGAGTCCTCCCTCTCCGACGCAAGACAATAACAAAAGAGGAGGGT
CGAAGTGGACACAACTGCTCTTGTTCTTGCCTGGAGCGATTACCTTCGGTCTCGGTTCCT
GGCAAATCGTCAGAAGGGAGGAAAAGATCAAAACACTGGAGTACCAACAACAACGGTTGA
AAATGGAACCGATGAAGCTAAACGCAGACCATCCTCCTGATAAGAATCTTGATGCCTTGG
AATTTAGACGGGTTAGTTGCAAGGGCGTGTTAGACGAGGATAAGTCTATATTTTTGGGTC
CACGGTCTAGGTCCATATCTGGAGTCACTGAAAATGGATACTATGTCATCACACCTCTAT
TGCCGATCCCTGGTGACCTGGATAGCATGCAGTCGCCTATTCTGGTGAATCGCGGATGGG
TTCCTCGTAGTTGGAGAGACAAGTCACAAGAATCTACAGAGTCTGTCTCCCTTGCAAATG
ACTCAACAATAGCTAAACCACTCTCCATTGACCAACCTTCATGGTGGAAATTTTGGTCTA
AGACGCCAGTGACTCCCAAGGAGCAAGTATCCACGGTTGTTAAGCCAGTAGGAGTTGTTG
GTGTGATCAGGGGAGGGGAGAACCCGAGCATATTTGTCCCGGCCAATGATCCAAGCACGG
GGCAGTGGTTCTACGTAGACGTACCTGCAATGGCTCGTGCCATGGGTCTTCCTGAAGACA
CAATTTACGTAGAGGACGTTCATGAGGACGTAGATCGGAGTCGACCGTATCCTGTCCCGA
AAGACATCAACACTTTGATCCTGAGTAAAGTCATGCCACAGGACCATCTCAATTACTGCA
TAACATGGTACTCTCTTTCGGCGGCTGTCACTTTCATGGCTTACAAGAGGCTCAAGCCAA
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ACCGAAAGAAAAACCATCAGCAAACGTTTATGTGAAATCTTTGTATTACTAGTTTACTAC
TAATAAAAAGTTCATTTGCTTGAAGTTGAAAATTGTGGTTTACTAGTGTTTATTCAATTA
GAGTTTGTCTTGGAAGACCAACGAACTCTAATTGTGTATGTTAATTTCTTTAAGTAATAC
TAAAATTTGAATATTCCTCTGTCGATGGGATCTTTGCTGCAATGTTGTTGACTCTTTCAT
TGTATTTTTCAAATCTACTGTTATTTCTTTTGTTT


BQ
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AF RR1BJ79TF U 1
AF RR1BJ79JQ C 593
BS 1 767 RR1BJ79TF
BS 768 1415 RR1BJ79JQ

RD RR1BJ79TF 767 0 0
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CGACATCTTTCTCTAAAATCATAACCAGATCGAAACCTCAAAGCCACATCTACTCCAACT
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CCCTTGGAAGCCAAACGAGTCCTCCCTCTCCGACGCAAGACAATAACAAAAGAGGAGGGT
CGAAGTGGACACAACTGCTCTTGTTCTTGCCTGGAGCGATTACCTTCGGTCTCGGTTCCT
GGCAAATCGTCAGAAGGGAGGAAAAGATCAAAACACTGGAGTACCAACAACAACGGTTGA
AAATGGAACCGATGAAGCTAAACGCAGACCATCCTCCTGATAAGAATCTTGATGCCTTGG
AATTTAGACGGGTTAGTTGCAAGGGCGTGTTAGACGAGGATAAGTCTATATTTTTGGGTC
CACGGTCTAGGTCCATATCTGGAGTCACTGAAAATGGATACTATGTCATCACACCTCTAT
TGCCGATCCCTGGTGACCTGGATAGCATGCAGTCGCCTATTCTGGTGAATCGCGGATGGG
TTCCTCGTAGTTGGAGAGACAAGTCACAAGAATCTACAGAGTCTGTCTCCCTTGCAAATG
ACTCAACAATAGCTAAACCACTCTCCATTGACCAACCTTCATGGTGGAAATTTTGGTCTA
AGACGCCAGTGACTCCCAAGGAGCAAGTATCCACGGTTGTTAAGCCA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1BJ79JQ 823 0 0
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TGCAAATGACTCAACAATAGCTAAACCACTCTCCATTGACCAACCTTCATGGTGGAAATT
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AGTTGTTGGTGTGATCAGGGGAGGGGAGAACCCGAGCATATTTGTCCCGGCCAATGATCC
AAGCACGGGGCAGTGGTTCTACGTAGACGTACCTGCAATGGCTCGTGCCATGGGTCTTCC
TGAAGACACAATTTACGTAGAGGACGTTCATGAGGACGTAGATCGGAGTCGACCGTATCC
TGTCCCGAAAGACATCAACACTTTGATCCTGAGTAAAGTCATGCCACAGGACCATCTCAA
TTACTGCATAACATGGTACTCTCTTTCGGCGGCTGTCACTTTCATGGCTTACAAGAGGCT
CAAGCCAAAGTCTGCTCGCAGATAAGCTTTCGTTGATCAAATCAAGCCTCATTCTTTTTT
TTTGTTACACCGAAAGAAAAACCATCAGCAAACGTTTATGTGAAATCTTTGTATTACTAG
TTTACTACTAATAAAAAGTTCATTTGCTTGAAGTTGAAAATTGTGGTTTACTAGTGTTTA
TTCAATTAGAGTTTGTCTTGGAAGACCAACGAACTCTAATTGTGTATGTTAATTTCTTTA
AGTAATACTAAAATTTGAATATTCCTCTGTCGATGGGATCTTTGCTGCAATGTTGTTGAC
TCTTTCATTGTATTTTTCAAATCTACTGTTATTTCTTTTGTTT

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 2

CO CL5260Contig1 1095 2 2 U
GGGGTTCAGAAAGTAGACATCCTGGAGTACCCTACATTGTTTTCCCGGGCAATGTTGGTA
GCAGCACAGCTCTTGCAGAAGTTGTGAAGTCCTGGTCAGTTGTAGCTGGACGCTCAACAA
AAGAGATGCTTCTTAACGCGGAAAATGGTGGATATGCGATTGGAGCATTTAATGTGTATA
ACCTGGAAGGAATAGAAGCTGTTGTAGAAGCTGCAGAGGAAGAAAACAGTCCAGCCATTT
TGCAGGTCCATCCAGGTGCGTTCAAGCACGGAGGTATTCCATTAGTATCATGTTGCATCT
CCGCAGCTGAACAAGCCAGGGTTCCGATATCAGTTCATTTTGACCATGGAACAACAAAAC
ATGAGCTATTAGAAGCTCTTGAACTCGGATTTGATTCGGTGATGGTAGATGGTTCTCATC
TTTCCTTCACGGAAAATGTTTCCTACACAAAAACGATAACAGACTTGGCACGTTCAAGAA
ACATGATGGTGGAAGCTGAATTAGGTAGACTCTCAGGTACAGAGGATGGCTTGACCGTTG
AAGATTATGAAGCAAAGTTCACCAACGTTCATCAGGCTCAGGAATTTATGGAGACTGGTA
TACATGCTCTGGCTGTGTGTATAGGAAATGTCCATGGAAAATACCCCGAGTCTGGCCCAA
ACCTCAAGCTTGACTTACTTAAGGAACTTCACAAGTTAAGTTCAAAGAAAGGCGTCTTTC
TTGTTCTTCATGGAGCTTCTGGTTTGCCTGAGAAACTTATCAAGGAATGCGTTGAGAATG
GAGTGAGGAAATTCAACGTGAACACAGAAGTAAGAAAGGCTTACATGGATGCTCTTACCT
CCGAGAAAAAGACAGACCTTGTTGACCTCATGTCGGCAACAAAAGCTGCCATGAAGGCTG
TGATCGCTGACAAGATCCGACTCTTTGGTTCTGCCGGAAAAGCTTGATTTGTTGAACAAC
GAACAATGCACAGTCCTTATGTTTTACAGTTTGTAAATTACATATTTACATCCAAAAAAC
CATCAACTGCGTTCTATGCAATGCACAACTGTTGAAAAATAAAGAAAACATTTTAAAGAA
AAAATCGAATTTCTT


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GM05TF U 1
AF RR1GM05JQ C 321
BS 1 679 RR1GM05TF
BS 680 1095 RR1GM05JQ

RD RR1GM05TF 679 0 0
GGGGTTCAGAAAGTAGACATCCTGGAGTACCCTACATTGTTTTCCCGGGCAATGTTGGTA
GCAGCACAGCTCTTGCAGAAGTTGTGAAGTCCTGGTCAGTTGTAGCTGGACGCTCAACAA
AAGAGATGCTTCTTAACGCGGAAAATGGTGGATATGCGATTGGAGCATTTAATGTGTATA
ACCTGGAAGGAATAGAAGCTGTTGTAGAAGCTGCAGAGGAAGAAAACAGTCCAGCCATTT
TGCAGGTCCATCCAGGTGCGTTCAAGCACGGAGGTATTCCATTAGTATCATGTTGCATCT
CCGCAGCTGAACAAGCCAGGGTTCCGATATCAGTTCATTTTGACCATGGAACAACAAAAC
ATGAGCTATTAGAAGCTCTTGAACTCGGATTTGATTCGGTGATGGTAGATGGTTCTCATC
TTTCCTTCACGGAAAATGTTTCCTACACAAAAACGATAACAGACTTGGCACGTTCAAGAA
ACATGATGGTGGAAGCTGAATTAGGTAGACTCTCAGGTACAGAGGATGGCTTGACCGTTG
AAGATTATGAAGCAAAGTTCACCAACGTTCATCAGGCTCAGGAATTTATGGAGACTGGTA
TACATGCTCTGGCTGTGTGTATAGGAAATGTCCATGGAAAATACCCCGAGTCTGGCCCAA
ACCTCAAGCTTGACTTACT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1GM05JQ 775 0 0
CAGCAGGTCGATTCAGTCA
TTGACCATGGAACAACAAAACATGAGCTATTAGAAGCTCTTGAACTCGGATTTGATTCGG
TGATGGTAGATGGTTCTCATCTTTCCTTCACGGAAAATGTTTCCTACACAAAAACGATAA
CAGACTTGGCACGTTCAAGAAACATGATGGTGGAAGCTGAATTAGGTAGACTCTCAGGTA
CAGAGGATGGCTTGACCGTTGAAGATTATGAAGCAAAGTTCACCAACGTTCATCAGGCTC
AGGAATTTATGGAGACTGGTATACATGCTCTGGCTGTGTGTATAGGAAATGTCCATGGAA
AATACCCCGAGTCTGGCCCAAACCTCAAGCTTGACTTACTTAAGGAACTTCACAAGTTAA
GTTCAAAGAAAGGCGTCTTTCTTGTTCTTCATGGAGCTTCTGGTTTGCCTGAGAAACTTA
TCAAGGAATGCGTTGAGAATGGAGTGAGGAAATTCAACGTGAACACAGAAGTAAGAAAGG
CTTACATGGATGCTCTTACCTCCGAGAAAAAGACAGACCTTGTTGACCTCATGTCGGCAA
CAAAAGCTGCCATGAAGGCTGTGATCGCTGACAAGATCCGACTCTTTGGTTCTGCCGGAA
AAGCTTGATTTGTTGAACAACGAACAATGCACAGTCCTTATGTTTTACAGTTTGTAAATT
ACATATTTACATCCAAAAAACCATCAACTGCGTTCTATGCAATGCACAACTGTTGAAAAA
TAAAGAAAACATTTTAAAGAAAAAATCGAATTTCTT

QA 20 775 20 775
DS 



AS 1 2

CO CL5261Contig1 818 2 4 U
GAGAATTTTCCCCGAAACACATAATCGCGGAACCAAGACTTAGCAGTTAAGGTCGCAAGA
TTTCGGTCGTGAAAATCATTTCATTACAGCCAGTCTTCATCATGAGAAGATTGCGCAACC
CTTTAGCTGGTTACGTTTACACAGGATTCATCTCGGATCTTGAGGAAACAAATCAGCGAC
ACACAAACGTTATTCGACGGGAAACCGCCGTAACGTACAGGGATGAGTTTGCATTGCAAT
CCATCCTAGATCTGGACTACAGGCAGTACGAGCAACATCTACAAGGTTGGTCGCGTAGTT
ATTACACCCCTGAGAAGCATCAGGAAGCAATTTTACAATACTCCCATCCAGACATACCAG
TTCAAGCCATTAAAATGGACGTATACAACGATTGTATCGCCCAGGTTCAGAACGAATTTC
GTAGCCTTCCAAACGTGAGGGCCTATAGCGTATTAACCCAATTAGATTTGGTTAAATACA
AGTCATCATCGGCGGCCGGTTACGGATACCAAGGTACTAAAGGAAATCCAGGTGAGTTAA
ATCACACCAGGGCTATTTCCCGAGCCAAAGCGGTTTTATGGTCAGCCATCGCAGCAGACG
GTGAAGGCATCGAACATGTCATCAAGACCTCAACGCCAGACATAGGCTACACACGTACCC
AGCTTACAGATCCCACAGAGAAGACGAAAGTCAGACAAGTATGGGGTAGAGCTTTTCATT
ACATCCTGTTAGAAGGATTGGTCGCAGACCCATTCATTCAAGCAGTAATGGAGAACAATA
CATTTATCCATGCTGGACGAGATCCAACACTCTGCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F392TF U 1
AF RR1HB35TF U 422
BS 1 561 RR1F392TF
BS 562 562 RR1HB35TF
BS 563 600 RR1F392TF
BS 601 818 RR1HB35TF

RD RR1F392TF 603 0 0
GAGAATTTTCCCCGAAACACATAATCGCGGAACCAAGACTTAGCAGTTAAGGTCGCAAGA
TTTCGGTCGTGAAAATCATTTCATTACAGCCAGTCTTCATCATGAGAAGATTGCGCAACC
CTTTAGCTGGTTACGTTTACACAGGATTCATCTCGGATCTTGAGGAAACAAATCAGCGAC
ACACAAACGTTATTCGACGGGAAACCGCCGTAACGTACAGGGATGAGTTTGCATTGCAAT
CCATCCTAGATCTGGACTACAGGCAGTACGAGCAACATCTACAAGGTTGGTCGCGTAGTT
ATTACACCCCTGAGAAGCATCAGGAAGCAATTTTACAATACTCCCATCCAGACATACCAG
TTCAAGCCATTAAAATGGACGTATACAACGATTGTATCGCCCAGGTTCAGAACGAATTTC
GTAGCCTTCCAAACGTGAGGGCCTATAGCGTATTAACCCAATTAGATTTGGTTAAATACA
AGTCATCATCGGCGGCCGGTTACGGATACCAAGGTACTAAAGGAAATCCAGGTGAGTTAA
ATCACACCAGGGCTATTTCCCTAGCCAAAGCGGTTTTATGGTCAGCCATCGCAGCAGACG
TGA

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1HB35TF 397 0 0
G
AGCCTTCCAAACGTGAGGGCCTATAGCGTATTAACCCAATTAGATTTGGTTAAATACAAG
TCATCATCGGCGGCCGGTTACGGATACCAAGGTACTAAAGGAAATCCAGGTGAGTTAAAT
CACACCAGGGCTATTTCCCGAGCCAAAGCGGTTTTATGGTCAGCCATCGCAGCAGACGGT
GAAGGCATCGAACATGTCATCAAGACCTCAACGCCAGACATAGGCTACACACGTACCCAG
CTTACAGATCCCACAGAGAAGACGAAAGTCAGACAAGTATGGGGTAGAGCTTTTCATTAC
ATCCTGTTAGAAGGATTGGTCGCAGACCCATTCATTCAAGCAGTAATGGAGAACAATACA
TTTATCCATGCTGGACGAGATCCAACACTCTGCGTT

QA 2 397 2 397
DS 



AS 1 2

CO CL5262Contig1 1131 2 4 U
GGGGGAAACCAGTCATTGGTGGTCTGGTGCATCTGGCTGTTCAGTCCCGTATCAGTCAGA
TATTGAAGAAGGATTCACATTTATGGCACAGCAAACTAGTTTCCCTTGTCAAGACAACGG
CAACTCCAATAAATTTTATGATTCAAATGCATGTTTGCAATATGTAGCAGCAGATCCGAG
CCCAGCGACACAGATCAATGGGTATTTAGGCTCTCTGACACAACAAGTAAACCAAGAACA
TATTCAACCAAGGAGCGTTGACTATAATTTCTCAAATGGGAGCTTTGAATCAGTTCAAAA
TCTATCTGGAGAAAGTATATCCGACAGTGATGATTCTGATGTCTACATAATAGAGCCTAA
TGGTCAATCCGTAAACCCGTATCGACCTCTAGCTATCAAAAGCCCGATGGTTTCTTCACA
GTATTCTTCAGTTGGTCATACTTTTAATCAACCTGGAGGCACGAGGCTCCAGTCAAACAA
AGAAAATATGATTTTTCAAGCTGCATTGCAGGATCTCTCTCTGCCTGATGCTGAAGCAAA
TGTTCCTGATGGTGTCTTGGCAGTTCCGCTTATGAGACATCAGCGAATTGCATTGTCATG
GATGTCCAATAAGGAGACAACTGGCTTCCCCTGTTCGGGAGGAATTCTTGCTGATGATCA
GGGCCTTGGGAAGACAATTTCCACCATAGCACTCATACTAAAGGAACGGTCTACACCTTC
CCGAACATGTGAAGAAAGTATCAAGAAAGAAGTTTTTGACTTAGAAAACGAGGGTGGAGA
ATGTGCGTCCTCAGAACCTAATGAACAGAGTGAACAAGTTGATGGAAATAGTGTGGATAA
GGTGAGGGGAAGGCCAGCTGCTGGAACGCTTGTTGTCTGTCCCACGAGTGTTGTGCGACA
GTGGGGTGATGAATTACGCAAGAAGGTAACTAGTGAAGCGAATCTCTCTGTACTTGTATA
CCATGGGTCCAGCAGAACAAAGGATCCTCATGAGTTGGCTAAATATGATGTTGTGGTTAC
TACATATTCTATCGTGAGCATGGAAGTACCAAAGCAGCCTCTTGTTGATGTTGAGGATGA
AGAGAAGGATGATTTACATAATGGTGAAGGAGCAGCTGGTGACCTTTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GS40TF U 1
AF RR1GS40JQ C 391
BS 1 613 RR1GS40TF
BS 614 614 RR1GS40JQ
BS 615 699 RR1GS40TF
BS 700 1131 RR1GS40JQ

RD RR1GS40TF 699 0 0
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TATTCAACCAAGGAGCGTTGACTATAATTTCTCAAATGGGAGCTTTGAATCAGTTCAAAA
TCTATCTGGAGAAAGTATATCCGACAGTGATGATTCTGATGTCTACATAATAGAGCCTAA
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GTATTCTTCAGTTGGTCATACTTTTAATCAACCTGGAGGCACGAGGCTCCAGTCAAACAA
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GATGTCCAATAAG*AGACAACTGGCTTCCCCTGTTCGGGAGGAATTCTTGCTGATGATCA
GGGCCTTGGGAAGACAATTTCCACCATAGCACTCATACT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1GS40JQ 741 0 0
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ACCTGGAGGCACGAGGCTCCAGTCAAACAAAGAAAATATGATTTTTCAAGCTGCATTGCA
GGATCTCTCTCTGCCTGATGCTGAAGCAAATGTTCCTGATGGTGTCTTGGCAGTTCCGCT
TATGAGACATCAGCGAATTGCATTGTCATGGATGTCCAATAAGGAGACAACTGGCTTCCC
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ACTCATACTAAAGGAACGGTCTACACCTTCCCGAACATGTGAAGAAAGTATCAAGAAAGA
AGTTTTTGACTTAGAAAACGAGGGTGGAGAATGTGCGTCCTCAGAACCTAATGAACAGAG
TGAACAAGTTGATGGAAATAGTGTGGATAAGGTGAGGGGAAGGCCAGCTGCTGGAACGCT
TGTTGTCTGTCCCACGAGTGTTGTGCGACAGTGGGGTGATGAATTACGCAAGAAGGTAAC
TAGTGAAGCGAATCTCTCTGTACTTGTATACCATGGGTCCAGCAGAACAAAGGATCCTCA
TGAGTTGGCTAAATATGATGTTGTGGTTACTACATATTCTATCGTGAGCATGGAAGTACC
AAAGCAGCCTCTTGTTGATGTTGAGGATGAAGAGAAGGATGATTTACATAATGGTGAAGG
AGCAGCTGGTGACCTTTGCCC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL5263Contig1 1199 2 2 U
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ATATCCCCGAGAGAAAAAAAAAGGAGGAGGATGGCGGAAGAGAAAAAAGTAGCTCCGATT
GGTGTGTGGAACACTGTGAAGCCCTTCGTCAATGGCGGTACCTCCGGTATGCTCGCTACC
TGCGTTATCCAGCCGATCGACATGATCAAGGTGAGGATTCAACTAGGTCAGGGATCCGCA
GCCAGTGTGACCTCTACCATGTTGAAGAATGAAGGCATCGGTGCTTTCTACAAGGGATTA
TCTGCTGGTTTGCTGAGGCAAGCAACTTACACCACTGCCCGTCTTGGATCATTCAAGATG
CTGACTGCAAAAGCAAGTGAGGCTAACGATGGGAAGCCACTACCTCTGTATCAGAAGGCT
CTGTGTGGTTTGACAGCTGGTGCGATTGGTGCTTGCGTCGGTAGTCCAGCTGATTTGGCG
CTTATCAGAATGCAAGCTGATAACACCTTGCCGTTAGCTCAGCGCAGGAACTATACCAAT
GCGTTCCATGCGCTTTACCGTATTAGCGCTGATGAAGGAGTCTTGGCACTTTGGAAAGGT
TGTGGTCCCACTGTTGTCAGAGCAATGGCTTTGAATATGGGAATGCTTGCTTCTTATGAT
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GACTGTGCCATGCAAACCTTGAAATCAGGAGGACCTCTGAAATTCTACACAGGTTTCCCT
GTTTACTGCGTCAGGATCGCCCCTCACGTCATGATGACATGGATCTTCCTGAACCAGATT
ACAAAGTTCCAAAAGACCATTGGTATGTGATCTTCAAGCGATCCTTGTGAAGTGAGGAGC
CAATAATAAGATGGGAAAGAACGAAAACACAATTGGAATTGTGTTCATTTACCTTTTTAA
CAATATACGTGCCTTAGAAGCATTATTGGAGCTGTTTGAGACCTGAGAGATATTCTTTTT
GCCGTAGTTCATTGGTCCGTGAACTTTTAAAATTTTAATTTGGTTTAAGATTTTTGGCC


BQ
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AF RR1AF70TF U 1
AF RR1AF70JQ C 410
BS 1 809 RR1AF70TF
BS 810 1199 RR1AF70JQ

RD RR1AF70TF 809 0 0
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ATATCCCCGAGAGAAAAAAAAAGGAGGAGGATGGCGGAAGAGAAAAAAGTAGCTCCGATT
GGTGTGTGGAACACTGTGAAGCCCTTCGTCAATGGCGGTACCTCCGGTATGCTCGCTACC
TGCGTTATCCAGCCGATCGACATGATCAAGGTGAGGATTCAACTAGGTCAGGGATCCGCA
GCCAGTGTGACCTCTACCATGTTGAAGAATGAAGGCATCGGTGCTTTCTACAAGGGATTA
TCTGCTGGTTTGCTGAGGCAAGCAACTTACACCACTGCCCGTCTTGGATCATTCAAGATG
CTGACTGCAAAAGCAAGTGAGGCTAACGATGGGAAGCCACTACCTCTGTATCAGAAGGCT
CTGTGTGGTTTGACAGCTGGTGCGATTGGTGCTTGCGTCGGTAGTCCAGCTGATTTGGCG
CTTATCAGAATGCAAGCTGATAACACCTTGCCGTTAGCTCAGCGCAGGAACTATACCAAT
GCGTTCCATGCGCTTTACCGTATTAGCGCTGATGAAGGAGTCTTGGCACTTTGGAAAGGT
TGTGGTCCCACTGTTGTCAGAGCAATGGCTTTGAATATGGGAATGCTTGCTTCTTATGAT
CAAAGTGCCGAATACATGAGAGATAACCTTGGTCTTGGGGAGACTTCCACAGTCGTAGGA
GCAAGTGCTGTTTCACGATTCTGCGCTGCGGCTTGCAGTCTCCCATTTGACTTTGTCAAA
ACTCAGATCCAGAAAATGCAACCGGACGC

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1AF70JQ 790 0 0
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CTGATTTGGCGCTTATCAGAATGCAAGCTGATAACACCTTGCCGTTAGCTCAGCGCAGGA
ACTATACCAATGCGTTCCATGCGCTTTACCGTATTAGCGCTGATGAAGGAGTCTTGGCAC
TTTGGAAAGGTTGTGGTCCCACTGTTGTCAGAGCAATGGCTTTGAATATGGGAATGCTTG
CTTCTTATGATCAAAGTGCCGAATACATGAGAGATAACCTTGGTCTTGGGGAGACTTCCA
CAGTCGTAGGAGCAAGTGCTGTTTCAGGATTCTGCGCTGCGGCTTGCAGTCTCCCATTTG
ACTTTGTCAAAACTCAGATCCAGAAAATGCAACCGGACGCTCAGGGTAAATATCCATACA
CGGGTTCGCTCGACTGTGCCATGCAAACCTTGAAATCAGGAGGACCTCTGAAATTCTACA
CAGGTTTCCCTGTTTACTGCGTCAGGATCGCCCCTCACGTCATGATGACATGGATCTTCC
TGAACCAGATTACAAAGTTCCAAAAGACCATTGGTATGTGATCTTCAAGCGATCCTTGTG
AAGTGAGGAGCCAATAATAAGATGGGAAAGAACGAAAACACAATTGGAATTGTGTTCATT
TACCTTTTTAACAATATACGTGCCTTAGAAGCATTATTGGAGCTGTTTGAGACCTGAGAG
ATATTCTTTTTGCCGTAGTTCATTGGTCCGTGAACTTTTAAAATTTTAATTTGGTTTAAG
ATTTTTGGCC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL5264Contig1 1074 2 2 U
GGACAACACAAAATGCAGGTGTAATTTCTCTTTCCCATATCTATTATATATATGTGTGAT
ATAAAGTATTGTGAGTCTGTTGAGGAATTGATTTTATATATCTTTTTTTTTCTTTTGTTG
AGAACAAATTCTGCAAGTAAGAAGATGGAAAAAGAAGAAGAGAAGGAAGATCTGAGAACT
GTGGAGTGTCTAAGAGGGAGACTACTTGCAGAGAGGCAAATTTCAAGGTCTGTAAAAGAT
GAAGCAGAGCTCATTGCCAGAAAGATGGAGGAGCTGGAGAAAAATCTGAAAGAAGAGATC
AGATTAAGGGAAAAAGCAGAGAAGAGACTAAAGTTTCTGATGAAAAAGCTTGAATTCATA
AAAGAGTCACGCAGTTCTGAGGGATCAGAGCAACTGAGTTCATCTGAAGTTTCTTGTTTG
TCATCGGTTTCCACCTCAGCATCCAAGCAAGAAGAAGTAACTCAAAAATGGATTTGTGGA
GGAAGAAAAAGTTGATCAAGCAACTGAACATGTTGCCTCCATAGAAGAAGAAGAAGAGTC
AAGTTCAAAGCTCAAAGATGTTTCTTCTGGTGAAGAAAGTGTTGTTGCTTCAACCTCAAG
TCATGAATCAGAATCACAGGCTAGTAATGACTTTTCTTAAGAGTTCAAGAATCAAGAATA
TCCATTACTCATCTCCTTAATAACCTTGACTTAGAACCGTTACTCTCAGGGTGAGCTACT
AATGCCATATTATAATACTTTTGTGGAAGTTATTGATGGGTACAAAGGAGAATGGAGGGA
GATAGGAAGGAGAAGGGCATGTGATCATAAAGGGATTGATTCGGCTTTACGACACCTTTG
AGTTTGACAGTATTAAATTCAAAGTGTTAGGGAAGGACGACAAGACACATACCTGTCTTT
TTCTTCTTTTGTTATCAGTGAAAGAAAGTGACGTTTCTTGAAAATTATGAATGTGATTGA
ACAAAGGAAGCAGTATACTTATTCTAACTGTATTATAAACTTAAATGACTTTAATGCATT
AGTATATGTAACCTTCTTATGATTTTTGAATAAAGTTTGCATTTGTTTAGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F135TF U 1
AF RR1F135JQ C 459
BS 1 763 RR1F135TF
BS 764 1074 RR1F135JQ

RD RR1F135TF 763 0 0
GGACAACACAAAATGCAGGTGTAATTTCTCTTTCCCATATCTATTATATATATGTGTGAT
ATAAAGTATTGTGAGTCTGTTGAGGAATTGATTTTATATATCTTTTTTTTTCTTTTGTTG
AGAACAAATTCTGCAAGTAAGAAGATGGAAAAAGAAGAAGAGAAGGAAGATCTGAGAACT
GTGGAGTGTCTAAGAGGGAGACTACTTGCAGAGAGGCAAATTTCAAGGTCTGTAAAAGAT
GAAGCAGAGCTCATTGCCAGAAAGATGGAGGAGCTGGAGAAAAATCTGAAAGAAGAGATC
AGATTAAGGGAAAAAGCAGAGAAGAGACTAAAGTTTCTGATGAAAAAGCTTGAATTCATA
AAAGAGTCACGCAGTTCTGAGGGATCAGAGCAACTGAGTTCATCTGAAGTTTCTTGTTTG
TCATCGGTTTCCACCTCAGCATCCAAGCAAGAAGAAGTAACTCAAAAATGGATTTGTGGA
GGAAGAAAAAGTTGATCAAGCAACTGAACATGTTGCCTCCATAGAAGAAGAAGAAGAGTC
AAGTTCAAAGCTCAAAGATGTTTCTTCTGGTGAAGAAAGTGTTGTTGCTTCAACCTCAAG
TCATGAATCAGAATCACAGGCTAGTAATGACTTTTCTTAAGAGTTCAAGAATCAAGAATA
TCCATTACTCATCTCCTTAATAACCTTGACTTAGAACCGTTACTCTCAGGGTGAGCTACT
AATGCCATATTATAATACTTTTGTGGAAGTTATTGATGGGTAC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1F135JQ 616 0 0
AACTCAAAAATGGATTTGTGGAGGAAGAAAAAGTTGATCAAGCAACTGAACATGTTGCCT
CCATAGAAGAAGAAGAAGAGTCAAGTTCAAAGCTCAAAGATGTTTCTTCTGGTGAAGAAA
GTGTTGTTGCTTCAACCTCAAGTCATGAATCAGAATCACAGGCTAGTAATGACTTTTCTT
AAGAGTTCAAGAATCAAGAATATCCATTACTCATCTCCTTAATAACCTTGACTTAGAACC
GTTACTCTCAGGGTGAGCTACTAATGCCATATTATAATACTTTTGTGGAAGTTATTGATG
GGTACAAAGGAGAATGGAGGGAGATAGGAAGGAGAAGGGCATGTGATCATAAAGGGATTG
ATTCGGCTTTACGACACCTTTGAGTTTGACAGTATTAAATTCAAAGTGTTAGGGAAGGAC
GACAAGACACATACCTGTCTTTTTCTTCTTTTGTTATCAGTGAAAGAAAGTGACGTTTCT
TGAAAATTATGAATGTGATTGAACAAAGGAAGCAGTATACTTATTCTAACTGTATTATAA
ACTTAAATGACTTTAATGCATTAGTATATGTAACCTTCTTATGATTTTTGAATAAAGTTT
GCATTTGTTTAGTGTT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL5265Contig1 675 2 3 U
ATAAACTCTACTGAGGGGCAAGACAATTTTGTAAACTCAGGAAAACGATATACCTGACTT
GCATCTTCGAAGAAGGGCAAAAAGTTCACTAAGTGCAGTTAACGAAAGAGCCAACAAGGA
AGTCTGAACGAGCAAGAAACCGTAAGTCGAGTGCTTCTTGCAGTGAGAAAACCGGAAAGT
GGTAGCAGCCAGAAGAAGAGATGTACTCTAGTTCCATATCTCAAAAGAATCAAATCCACG
CGCTTAATGTATGTAACCTGATAATGAACACGTAACAAAATCAATCAATATACAAAAGAA
GGCATAACAATTCAAAGTATTATCAAGATGGGAAATGAAATCCTGTTCCAATAAACTCCT
AATAATATAAGGAAACGCAATAACAAAACTCCCCCAATTGCAACCATTGATCCCACATAA
AATCGTAACCCTATACTAAAAATAATTTAAATACGTCAAATTCGATTGAGCGCAAGATAA
GAAAAGGGAACATCAGAGCGAAAAAAAAAATAATAATCGTAATCACAAAGATCTTTGATT
AACCTCAAGGGCCAATAGGCATAAGCTCCGTCACCTACGAAGACGGGGAAAAGACGTTAT
CCAGAAAGCTCCTCCTTCCCAAACTCCACCGCTCTCTATCTATCTACCGCGTATTTTTCT
GTGACTTCTCTCGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX74JQ U 194
AF RR1FX74TF C 1
BS 1 198 RR1FX74TF
BS 199 604 RR1FX74JQ
BS 605 675 RR1FX74TF

RD RR1FX74JQ 411 0 0
AAAAA
AGATGTACTCTAGTTCCATATCTCAAAAGAATCAAATCCACGCGCTTAATGTATGTAACC
TGATAATGAACACGTAACAAAATCAATCAATATACAAAAGAAGGCATAACAATTCAAAGT
ATTATCAAGATGGGAAATGAAATCCTGTTCCAATAAACTCCTAATAATATAAGGAAACGC
AATAACAAAACTCCCCCAATTGCAACCATTGATCCCACATAAAATCGTAACCCTATACTA
AAAATAATTTAAATACGTCAAATTCGATTGAGCGCAAGATAAGAAAAGGGAACATCAGAG
CGAAAAAAAAAATAATAATCGTAATCACAAAGATCTTTGATTAACCTCAAGGGCCAATAG
GCATAAGCTCCGTCACCTACGAAGACGGGGAAAAGACGTTATCCAG

QA 6 411 6 411
DS 

RD RR1FX74TF 675 0 0
ATAAACTCTACTGAGGGGCAAGACAATTTTGTAAACTCAGGAAAACGATATACCTGACTT
GCATCTTCGAAGAAGGGCAAAAAGTTCACTAAGTGCAGTTAACGAAAGAGCCAACAAGGA
AGTCTGAACGAGCAAGAAACCGTAAGTCGAGTGCTTCTTGCAGTGAGAAAACCGGAAAGT
GGTAGCAGCCAGAAGAAGAGATGTACTCTAGTTCCATATCTCAAAAGAATCAAATCCACG
CGCTTAATGTATGTAACCTGATAATGAACACGTAACAAAATCAATCAATATACAAAAGAA
GGCATAACAATTCAAAGTATTATCAAGATGGGAAATGAAATCCTGTTCCAATAGACTCCT
AATAATATAAGGAAACGCAATAACAAAACTCCCCCAATTGCAACCATTGATCCCACATAA
AATCGTAACCCTATACTAAAAATAATTTAGATACGTCAAATTCGATTGAGCGCAAGATAA
GAAAAGGGAACATCAGAGCGAAGAAAAAAATAATAATCGTAATCACAAAGATCTTTGATT
AACCTCAAGGGCCAATAGGCATAAGCTCCGTCACCTACGAAGACGGGGAAAAGACGTTAT
CCAGAAAGCTCCTCCTTCCCAAACTCCACCGCTCTCTATCTATCTACCGCGTATTTTTCT
GTGACTTCTCTCGTC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL5266Contig1 1216 2 8 U
GGTAGTTGACAGGACTTCTCTTAGTACTGGATGGGAGCTTGCTAAAATGTATGGTCGTGA
GTCGAAACATAAAGACATCAGACCAAAGGCACCTCCTTCGGTAGAGGAAGAAACCAAACA
TGACTCGTTGAAGAGCGTAAGACAAAGGCCTCAACCGCTTCCTCCTCTACCAGCTAGACC
AAAGTACTACAACATTGAAGGTTGGTGGGGTTGGGTGGCTGAGAGTGACAATGAGCCTGA
GAACACGGTTATTGAGTTGAGAACCAATGCTCACAAGCTGTTGTGGGAAGCGATTGATTA
CGTTGTGAGCGTTGAAGCTGATGTGTTCATCCCTGGTTTTGATCGTGATGAGAAAGGACA
TCCGAGTTTTGCTAGTTTGGTGATGGGTCATAGGCTTTATCAGTCAGCTTCTGCTAAGAC
ATTTAGACCAGACAGGAAACAAACTGCAATGCTTTTGGAAGAGATAAGATACCATATGTA
TGAGGCGAATCACACTTGGATAACATCTGTTAGGAAGCTTCTCAAGAGAAGTATACTTGA
GGGTCTAGTGGAATCTTCTAAAAGATCAAAAGCCTTTAGTTTTCTTTCGCATCCTGTACC
TGAGTGTTCTTGCATTAAGCGGGAGCATAGAGTTCTAAACGTCTCACTGGTTGAAGCGGA
TCTTGGGGTGACACACCGTTGTCCGCAAGGGATGGATGGTGTAGCTAAAAGATCAAAGGA
TAATAATAATGCAGAGAGAGAAGAGGATCTTGATGAAGAGGACTTGTCTTCTTCAGGATT
GTTCTTTGGTCACATGGGGAGTGGAGGGAGTAGTAATAGTAACAATGAGACTGTAAATTC
TGAAGCTAACAACAAGGAGGAAGGGCAGCTTGAAGATCAAGAAGAGCTTGAGGGTGGTGA
AAGATAATAAGCTCGAGAACTTGAATTGGTGTTTTTTGATTGAAAATGCAATAGCTTATT
AGACAAACGAGCAAGTCCTAGGTACACCACCAAGTAGATCTAACTAGGAAAGCTCACTTC
TTGGGTTACAGTATTTTCATCTTTTCTCAAAATTAGTTTATAGCCACTGGTTATTAGGTT
GGTGTATTAGAAGAGACATCTTTTTTGGTAATCAATTTTACAACAGTTCAGTGTGTGTTT
ATTAAGTGACTTCTATGAACATAGTTCTATTGTAACATGATCTCAGAGGCAAAGTTGGAT
GGTTCAACTTTATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB32TF U 1
AF RR1EB32JQ C 343
BS 1 350 RR1EB32TF
BS 351 351 RR1EB32JQ
BS 352 709 RR1EB32TF
BS 710 710 RR1EB32JQ
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BS 742 742 RR1EB32JQ
BS 743 758 RR1EB32TF
BS 759 1216 RR1EB32JQ

RD RR1EB32TF 758 0 0
GGTAGTTGACAGGACTTCTCTTAGTACTGGATGGGAGCTTGCTAAAATGTATGGTCGTGA
GTCGAAACATAAAGACATCAGACCAAAGGCACCTCCTTCGGTAGAGGAAGAAACCAAACA
TGACTCGTTGAAGAGCGTAAGACAAAGGCCTCAACCGCTTCCTCCTCTACCAGCTAGACC
AAAGTACTACAACATTGAAGGTTGGTGGGGTTGGGTGGCTGAGAGTGACAATGAGCCTGA
GAACACGGTTATTGAGTTGAGAACCAATGCTCACAAGCTGTTGTGGGAAGCGATTGATTA
CGTTGTGAGCGTTGAAGCTGATGTGTTCATCCCTGGTTTTGATCGTGATGGGAAAGGACA
TCCGAGTTTTGCTAGTTTGGTGATGGGTCATAGGCTTTATCAGTCAGCTTCTGCTAAGAC
ATTTAGACCAGACAGGAAACAAACTGCAATGCTTTTGGAAGAGATAAGATACCATATGTA
TGAGGCGAATCACACTTGGATAACATCTGTTAGGAAGCTTCTCAAGAGAAGTATACTTGA
GGGTCTAGTGGAATCTTCTAAAAGATCAAAAGCCTTTAGTTTTCTTTCGCATCCTGTACC
TGAGTGTTCTTGCATTAAGCGGGAGCATAGAGTTCTAAACGTCTCACTGGTTGAAGCGGA
TCTTGGGGTGACACACCGTTGTCCGCAAGGGATGGATGGTGTAGCTAAA*GATCAAAGGA
TAATAATAATGCAGAGAGAGA*GAGGATCTTGATGAAG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1EB32JQ 874 0 0
TCGTGATGAGAAAGGACATCCGAGTTT*GCTAGTTTGGTGATGGGTCATAGGCTTTATCA
GTCAGCTTCTGCTAAGACATTTAGACCAGACAGGAAACAAACTGCAATGCTTT*GGAAGA
GATAAGATACCATATGTATGAGGCGAATCACACTTGGATAACATCTGTTAGGAAGCTTCT
CAAGAGAAGTATACTTGAGGGTCTAGTGGAATCTTCTAAAAGATCAAAAGCCTTTAGTTT
TCTTTCGCATCCTGTACCTGAGTGTTCTTGCATTAAGCGGGAGCATAGAGTTCTAAACGT
CTCACTGGTTGAAGCGGATCTTGGGGTGACACACCGTTGTCCGCAAGGGATGGATGGTGT
AGCTAAAAGATCAAAGGATAATAATAATGCAGAGAGAGAAGAGGATCTTGATGAAGAGGA
CTTGTCTTCTTCAGGATTGTTCTTTGGTCACATGGGGAGTGGAGGGAGTAGTAATAGTAA
CAATGAGACTGTAAATTCTGAAGCTAACAACAAGGAGGAAGGGCAGCTTGAAGATCAAGA
AGAGCTTGAGGGTGGTGAAAGATAATAAGCTCGAGAACTTGAATTGGTGTTTTTTGATTG
AAAATGCAATAGCTTATTAGACAAACGAGCAAGTCCTAGGTACACCACCAAGTAGATCTA
ACTAGGAAAGCTCACTTCTTGGGTTACAGTATTTTCATCTTTTCTCAAAATTAGTTTATA
GCCACTGGTTATTAGGTTGGTGTATTAGAAGAGACATCTTTTTTGGTAATCAATTTTACA
ACAGTTCAGTGTGTGTTTATTAAGTGACTTCTATGAACATAGTTCTATTGTAACATGATC
TCAGAGGCAAAGTTGGATGGTTCAACTTTATACC

QA 1 874 1 874
DS 



AS 1 2

CO CL5267Contig1 725 2 3 U
ACTAACAGTTTGCATTGCAAAATGAGGGAGGAGAGTATACATATATGATATATGTGACAA
AAAGGATGTGATACGAGAAAGAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTGGGATCTATT
ATTCCTGCTTGGAACGAGCAAGCCTTGCACGATGCCTGAGCTCAGCTCTTTTCCATTTTA
CAATAAGGTAGCAAAGCGAGAACAGTGTGTTTATCAGGATTATGATTGCAATGACCAAAA
GTGGTCCTGACCAGAGAACAGATAGGAAGGCTCCGTGGGGGTCAAAGTAATTCTGAGTTG
AGAAGCTCTTCCAGTTCTTTCTCAAGACTCGGTTGAGACTCTCTGCAAAGTATACTCCAC
CCAAAGACAATAAGAACAAGAACATATGGAAGTTGAGATGCCTTCTCGAAACAAGAGTAA
CAATTAGCAGCAGAGCATGAAACGCCATTAATCCCATAATCCAAGGTTCCTTCCAATCAA
TGGCGTGGAAGATATCAATGAAATTATCGTAGGCAGGTTGCAATCCGGTTTGGAGTTCTC
CGGAGAGTTTCTGGACCAGATCCGCCATCAGATTCATCTGCTGTTCCATCGCTGATCTTA
TTTCTTCCATTCTCTCCTCAAATTCACCCTCTTTTAGTCTCGGCGCTGCTAAACAAATTC
ACACTCTCCAATAAAACCAAATCCCCTTTTCCTCCTTCGATTTTCTTTTTTTTTGCTCTC
AAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1EP02JQ U 187
AF RR1EP02TF C 1
BS 1 186 RR1EP02TF
BS 187 491 RR1EP02JQ
BS 492 725 RR1EP02TF

RD RR1EP02JQ 305 0 0
GGTAGCAAAGCGAGAACAGTGTGTTTATCAGGATTATGATTGCAATGACCAAAAGTGGTC
CTGACCAGAGAACAGATAGGAAGGCTCCGTGGGGGTCAAAGTAATTCTGAGTTGAGAAGC
TCTTCCAGTTCTTTCTCAAGACTCGGTTGAGACTCTCTGCAAAGTATACTCCACCCAAAG
ACAATAAGAACAAGAACATATGGAAGTTGAGATGCCTTCTCGAAACAAGAGTAACAATTA
GCAGCAGAGCATGAAACGCCATTAATCCCATAATCCAAGGTTCCTTCCAATCAATGGCGT
GGAAG

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR1EP02TF 725 0 0
ACTAACAGTTTGCATTGCAAAATGAGGGAGGAGAGTATACATATATGATATATGTGACAA
AAAGGATGTGATACGAGAAAGAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTGGGATCTATT
ATTCCTGCTTGGAACGAGCAAGCCTTGCACGATGCCTGAGCTCAGCTCTTTTCCATTTTA
CAATAAGGTAGCAAAGCGAGAACAGTGTGTTTATCAGGATTATGATTGCAATGACCAAAA
GTGGTCCTGACCAGAGAACAGATAGGAAGGCTCCGTGGGGGTCAAAGTAATTCTGAGTTG
AGAAGCTCTTCCAGTTCTTTCTCAAGACTCGGTTGAGACTCTCTGCAAAGTATACTCCAC
CCAAAGACAATAAGAACAAGAACATATGGAAGTTGAGATGCCTTCTCGAAACAAGAGTAA
CAATTAGCAGCAGAGCATGAAACGCCATTAATCCCATAATCCAAGGTTCCTTCCAATCAA
TGGCGTGGAAGATATCAATGAAATTATCGTAGGCAGGTTGCAATCCGGTTTGGAGTTCTC
CGGAGAGTTTCTGGACCAGATCCGCCATCAGATTCATCTGCTGTTCCATCGCTGATCTTA
TTTCTTCCATTCTCTCCTCAAATTCACCCTCTTTTAGTCTCGGCGCTGCTAAACAAATTC
ACACTCTCCAATAAAACCAAATCCCCTTTTCCTCCTTCGATTTTCTTTTTTTTTGCTCTC
AAAAA

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL5268Contig1 520 2 1 U
GGGAGTCTTGAATGGAGCGATTACAAGTCAATGCCATTCACACAATGCGTGGTTAACGAG
ACTCTGCGTATGGCTAACATCATCGGTGGTGTATTCAGACGTGCAATGACGGATGTCGAG
ATCAAAGGTTATAAGATTCCTAAAGGGTGGAAGGTTTTCTCATCGTTTAGAGCAGTTCAT
TTAGACCCAAACCACTTCAAAGATGCTCGCACTTTCAACCCTTGGAGATGGCAGAGCAAC
GTAACAACAAGCCCTTGTAATGTGTTCGCACCGTTTGGTGGTGGACCAAGGATATGCCCT
GGTTACGAGTTGGCTAGGGTTGCACTCTCTGTCTTCCTTCACCGCCTAGTGACTAGCTTC
AGTTGGGTTCCTGCGAAAAAGACAAGCTGGTCTTCTTTCCAACTACAAGAACAGAGAAAC
GGTATCCGATCATCGTGAGGCGCCGTGATGGTGGCTTATCTTCTACTCGGAAGATGAAAT
GACCATAAGATTTTCTATTTATAGAATAACAGCATTTCTC


BQ
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DS 

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AACAACAAGCCCTTGTAATGTGTTCGCACCGTTTGGTGGTGGACCAAGGATATGCCCTGG
TTACGAGTTGGCTAGGGTTGCACTTTCTGTCTTCCTTCACCGCCTAGTGACTAGCTTCAG
TTGGGTTCCTGCGAAAAAGACAAGCTGGTCTTCTTTCCAACTACAAGAACAGAGAAACGG
TATCCGATCATCGTGAGGCGCCGTGATGGTGGCTTATCTTCTACTCGGAAGATGAAATGA
CCATAAGATTTTCTATTTATAGAATAACAGCATTTCTC

QA 1 398 1 398
DS 



AS 1 2

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TCATTTGGCTGTTTTTGGGATTCTTGGGGCTATTACGAGATACTTGATGCAGAAACTTTT
TGGACCAAGTGTTGCTAGAGTAACCAGCGATGGGAGCATCTTGTACCTTGATCTTCCCTC
CAATATGGTGGGATCATTCTTGGTGGGTTGGTTTGGGGTCGTGTTCAAAGCAGATATAAC
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TGTGCTTGGCTTCCTGTTAGGATTGTTTCTTGCATCATACTCCATCATTCTTGGGATTGA
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AATGGTTGTGTTGCTTGTGGCTTTACTCGCATTGAGTGCCACCCAGCTTGTAAAAGAGTT
TGACAAAGGCACAAGCGAGGCTCAGCTTTGGTTAGGCTGCTTAGTTGCAGCCCCTGGTGT
CTGGCTCAGATGGTTTCTTGCTCGGCTCAACGGACGTGGGCTAGGGAAAGATGGACAGTA
TTTGAGGTGGGTCCCGTTAGGCACCGTTATTGCGAATGTTGTTGCAGCTTCTGCCATGGC
AGCTTTGGCCACATTAAAGAAATCGGTGGACACTACAACATGTAACACGGTTGCTTCTAG
TATACAGTTTGGTCTGTTGGGGTGTTTAAGCACAGTTTCAACCCTAATGGCTGAGTTCAA
TGCCATGAGAGAAAGTGACTATCCATGGAGAGCATATGCGTATGTATCTTTCACTATCGC
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TTACCCCTGTGCACAAAGTTTTAAGACTAAACGTGTATACTTATTATAATGATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CO74TF U 1
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TGAGCACATGACAGCATCTCCTTTACCTACTAAGTCACTCTTGTCACCTGAGACAAACAA
GACGGTAAAGAAGGATGAGCCTGTGTTACCAAAGTCCTTGGAATACATATCTTGCCTGAT
TCATTTGGCTGTTTTTGGGATTCTTGGGGCTATTACGAGATACTTGATGCAGAAACTTTT
TGGACCAAGTGTTGCTAGAGTAACCAGCGATGGGAGCATCTTGTACCTTGATCTTCCCTC
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CAGAGTTTCTGAGTTCTTAGCCATAGGATTATCAACTGGCTACTTGGGAAGCCTCACAAC
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TGTGCTTGGCTTCCTGTTAGGATTGTTTCTTGCATCATACTCCATCATTCTTGGGATTGA
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AATGGTTGTGTTGCTTGTGGCTTTACTCGCATTGAGTGCCACCCAGCTTGTAAA*GAGTT
TGACAA
GCACAGCGAGCTC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1CO74JQ 756 0 0
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GAAGTTGACACCTTCAAGAGCCATATCGTGTCTATGACCTTAATGGTTGTGTTGCTTGTG
GCTTTACTCGCATTGAGTGCCACCCAGCTTGTAAAAGAGTTTGACAAAGGCACAAGCGAG
GCTCAGCTTTGGTTAGGCTGCTTAGTTGCAGCCCCTGGTGTCTGGCTCAGATGGTTTCTT
GCTCGGCTCAACGGACGTGGGCTAGGGAAAGATGGACAGTATTTGAGGTGGGTCCCGTTA
GGCACCGTTATTGCGAATGTTGTTGCAGCTTCTGCCATGGCAGCTTTGGCCACATTAAAG
AAATCGGTGGACACTACAACATGTAACACGGTTGCTTCTAGTATACAGTTTGGTCTGTTG
GGGTGTTTAAGCACAGTTTCAACCCTAATGGCTGAGTTCAATGCCATGAGAGAAAGTGAC
TATCCATGGAGAGCATATGCGTATGTATCTTTCACTATCGCAGCTTCTTTTGCCATTGGA
ATTGTTATATACCCTGTCCCTATTTGGGTAGTAGGATTCAGTTAGTTAATATTCAAACTA
GATGACTCTTGTAAAGCAAAAGAGTTTGGTGACAAATCAAGTTACCCCTGTGCACAAAGT
TTTAAGACTAAACGTGTATACTTATTATAATGATAA

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL5270Contig1 1086 2 4 U
GAACGGTGTATGGAATCTATTTGGAGGGCGTCTGAACTGGGATGATAGGGCAGTAGTTGC
AGATGACCCTCATTTTCAGGGTAGAGGCAACAAGAGCAGTGGAGATAATTTCCATGCTGC
TCCAAACAGATCACTCACAGGACTTTGTTAGGAAGGATATCAAGGAATGGCTATGCTGGA
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GTTACGTCAAAGACTACATGGATGCTAGCAAACCCTACTTTGCGGTTGGTGAATACTGGG
ATTCCCTAAGTTACACTTACGGAGAAATGGATTACAATCAAGACGCACATCGTCAAAGGA
TTGTTGACTGGATCAATGCAACTAGTGGAGCTGCTGGTGCCTTTGATGTCACAACCAAAG
GAATTCTTCATACGGCGCTTCAAAAATGTGAATATTGGAGACTCTCAGACCCACAAGGGA
AGCCGCCTGGTGTAGTTGGATGGTGGCCATCTCGTGCTGTAACATTCATAGAGAATCATG
ACACTGGCTCTACTCAGGGTCACTGGAGATTCCCAGGAGGGAAGGAGATGCAAGGATATG
CTTACATCTTGACTCATCCAGGAACACCAGCTGTTTTCTTCGACCACATCTACTCAGACT
ACCGTTCCGAGATTTCTTCTCTTCTGTCTCTCAGGAACAGACAGAAACTTCACTGTCGGA
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TTGCAATGAAGATCGGACCAGGGCATTACGAACCACCAAGCGGATCTCAAAACTGGTCTG
TGGCCGTCGAAGGCAGAGACTATAAGGTGTGGGAAACATCTTAAGAAGGATGTATTATTC
TAATGTGTGTAGTAAATAAAAATGCTCCCTGGAGAAAATGTGAGAAATGTGTTATATATG
TATCTGTTTCAGGGAAGAACCAGAAATAAAGATTTACCCCGATTTTTATGAAACTTTAGA
ACATATTCATATTGTTGTATCAACACTGTGGCTGTTTGTAAAGTGTATCTGTTAAGGTGA
TAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1F961TF U 1
AF RR1F961JQ C 405
BS 1 694 RR1F961TF
BS 695 695 RR1F961JQ
BS 696 714 RR1F961TF
BS 715 1086 RR1F961JQ

RD RR1F961TF 714 0 0
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AGATGACCCTCATTTTCAGGGTAGAGGCAACAAGAGCAGTGGAGATAATTTCCATGCTGC
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TGAGAGAAGAAGTTGGGTATGATGGATGGAGGCTTGATTTCGTAAGAGGGTTCTGGGGAG
GTTACGTCAAAGACTACATGGATGCTAGCAAACCCTACTTTGCGGTTGGTGAATACTGGG
ATTCCCTAAGTTACACTTACGGAGAAATGGATTACAATCAAGACGCACATCGTCAAAGGA
TTGTTGACTGGATCAATGCAACTAGTGGAGCTGCTGGTGCCTTTGATGTCACAACCAAAG
GAATTCTTCATACGGCGCTTCAAAAATGTGAATATTGGAGACTCTCAGACCCACAAGGGA
AGCCGCCTGGTGTAGTTGGATGGTGGCCATCTCGTGCTGTAACATTCATAGAGAATCATG
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CTTACATCTTGACTCATCCAGGAACACCAGCTGTTTTCTTCGACCACATCTACTCAGACT
ACCGTTCCGAGATTTCTTCTCTTCTGTCTCTCAG*AACAGACAGAAACTTCACT

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DS 

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TCAGACCCACAAGGGAAGCCGCCTGGTGTAGTTGGATGGTGGCCATCTCGTGCTGTAACA
TTCATAGAGAATCATGACACTGGCTCTACTCAGGGTCACTGGAGATTCCCAGGAGGGAAG
GAGATGCAAGGATATGCTTACATCTTGACTCATCCAGGAACACCAGCTGTTTTCTTCGAC
CACATCTACTCAGACTACCGTTCCGAGATTTCTTCTCTTCTGTCTCTCAGGAACAGACAG
AAACTTCACTGTCGGAGTGAGGTGAACATAGTAAAGAGTGAGAGAGATGTGTATGCGGCT
ATAATAGATGAGAAAGTTGCAATGAAGATCGGACCAGGGCATTACGAACCACCAAGCGGA
TCTCAAAACTGGTCTGTGGCCGTCGAAGGCAGAGACTATAAGGTGTGGGAAACATCTTAA
GAAGGATGTATTATTCTAATGTGTGTAGTAAATAAAAATGCTCCCTGGAGAAAATGTGAG
AAATGTGTTATATATGTATCTGTTTCAGGGAAGAACCAGAAATAAAGATTTACCCCGATT
TTTATGAAACTTTAGAACATATTCATATTGTTGTATCAACACTGTGGCTGTTTGTAAAGT
GTATCTGTTAAGGTGATAAAGC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL5271Contig1 1038 2 2 U
GGGCTCCGAATCCAAAAATGAGGACGATCGCTTCGCGTTTGATCAAATTCAAATCGTCCA
TTCCCCAGACACGGTTCGTTCCTGCATCATACAGTGGCGGTGGGAGGTATCTCTCTACAG
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CTCCACCTCCAACTGAGAAGTTGCTTGTCCTTGGTGGAAATGGATTTGTGGGATCGCATG
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CTGATTCATTGAAAGATGCTCTTGATGGCGTGACTTCTGTGATATCTTGTGTTGGTGGTT
TTGGTTCAAACTCGTATATGTACAAGATTAACGGAACTGCAAGTATCAACGCAATTAGAG
CTGCCTCTGAGAAAGGTGTGAAAAGATTTGTCTATATCTCTGCTGCTGATTTTGGACTTG
CCAACTACTTGTTGAGCGGATACTACGAGGGAAAGCGGGCTGCTGAGACCGAGCTGCTCA
CAAGATTTGCTTATGGAGGGATAATCTTGAGGCCTGGTTTTATATATGGAACTCGCAGCG
TTGGGAGCATGAAGATCCCATTGGGAGTCTTTGGTTCACCCATGGAGATGGTTCTTCAAC
AAGCAAAACCGCTGAACCAGCTCCCGTTAGTCGGACCTTTGTTCACACCTCCGGTGAATG
TTGAATCGGTTGCAAAAGTTGCGGTTAGAGCATCTACTGATCCCGTCTTCCCTCCCGGGA
TTGTTGATGTTCATGGAATACAACGTTACAGCCAACAGAAATCGAGATAAGCATCTTTGA
TTATGCTGATATGGCTCTCTTGTCGTTTTTTGTAGAGTTTGGCTGCTTTGTACTCTTGTT
AGATTTCAACGGTGGGAAAATAAAACCGTTCAGTTTCTCTCACCATGAGTAAATAAAGAA
GACAAGCTTTTTATTGAC


BQ
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AF RR1DU92TF U 1
AF RR1DU92JQ C 323
BS 1 716 RR1DU92TF
BS 717 1038 RR1DU92JQ

RD RR1DU92TF 716 0 0
GGGCTCCGAATCCAAAAATGAGGACGATCGCTTCGCGTTTGATCAAATTCAAATCGTCCA
TTCCCCAGACACGGTTCGTTCCTGCATCATACAGTGGCGGTGGGAGGTATCTCTCTACAG
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TCTGTAAAGAAGCTTTAGATCGCGGCTTATCTGTCTCTAGTCTTAGCAGATCAGGTAAGT
CGTCTTTACGAGAATCATGGGCTACTAGAGTAACATGGCATCAAGGAAACCTTCTGTCTT
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TTGGTTCAAACTCGTATATGTACAAGATTAACGGAACTGCAAGTATCAACGCAATTAGAG
CTGCCTCTGAGAAAGGTGTGAAAAGATTTGTCTATATCTCTGCTGCTGATTTTGGACTTG
CCAACTACTTGTTGAGCGGATACTACGAGGGAAAGCGGGCTGCTGAGACCGAGCTGCTCA
CAAGATTTGCTTATGGAGGGATAATCTTGAGGCCTGGTTTTATATATGGAACTCGCAGCG
TTGGGAGCATGAAGATCCCATTGGGAGTCTTTGGTTCACCCATGGAGATGGTTCTT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1DU92JQ 716 0 0
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TGATGGCGTGACTTCTGTGATATCTTGTGTTGGTGGTTTTGGTTCAAACTCGTATATGTA
CAAGATTAACGGAACTGCAAGTATCAACGCAATTAGAGCTGCCTCTGAGAAAGGTGTGAA
AAGATTTGTCTATATCTCTGCTGCTGATTTTGGACTTGCCAACTACTTGTTGAGCGGATA
CTACGAGGGAAAGCGGGCTGCTGAGACCGAGCTGCTCACAAGATTTGCTTATGGAGGGAT
AATCTTGAGGCCTGGTTTTATATATGGAACTCGCAGCGTTGGGAGCATGAAGATCCCATT
GGGAGTCTTTGGTTCACCCATGGAGATGGTTCTTCAACAAGCAAAACCGCTGAACCAGCT
CCCGTTAGTCGGACCTTTGTTCACACCTCCGGTGAATGTTGAATCGGTTGCAAAAGTTGC
GGTTAGAGCATCTACTGATCCCGTCTTCCCTCCCGGGATTGTTGATGTTCATGGAATACA
ACGTTACAGCCAACAGAAATCGAGATAAGCATCTTTGATTATGCTGATATGGCTCTCTTG
TCGTTTTTTGTAGAGTTTGGCTGCTTTGTACTCTTGTTAGATTTCAACGGTGGGAAAATA
AAACCGTTCAGTTTCTCTCACCATGAGTAAATAAAGAAGACAAGCTTTTTATTGAC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL5272Contig1 1145 2 6 U
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CTGCTTCACTACGAGGGAGCTTTGGACTGTTGTGTTTCCTTCGGAGTCAGAGAAAATCAT
TTCAACACTAACACGAAAACCAAATGAGGTTGTTCATACGCAAGCCAAAGTAAGCACAGA
CCAAGACGTGTTGTATAAATATGTATCAAGAAACTTGCTGTTTGTGGCCACCGTGTCACC
AAAAGGCGCTGGCGAGATTGGTTCAGTTACACCAGAGGAGTCAGCACTTGTGGTATACCT
CATTGACACCATCACAGGGCGTATACTGCACCGTTTGTCACACCAAGGCTGCCAAGGGCC
TGTTCATGCTGTGTGTAGTGAGAACTGGGTTGTTTATCACTACTTCAATCTTCGAGCTCA
CAAGTACGAGGTTACGGTGGTTGAGATCTATGATCAGTCCAGGGCGGAGAACAAAAATGT
GTGGAAACTTGTTCTGGGAAAGCACAATCTAACAGCACCAATCTCTTCATACTCAAGACC
AGAGATGTTCACAAAGTCACAGTCATACTTCTTCCCTCAGTCCGTGAAAACCATCGCGGT
GACATCAACAGCTAAGGGTATAACTTCAAAGCAGCTTCTCATTGGTACCATCGGTGATCA
GATATTGGCACTTGATAAACGATTTGTGGATCCAAGACGGACACTTAACCCCTCACAAGC
TGAGAAAGAAGAAGGAATCATCCCTCTGACTGATTCATTACCTATAATTCCTCAGTCATA
CATCACACACTCCCTCAAAGTAGAAGGTTTAAGAGGCATAGTAACAGCTCCAGTCAAGCT
AGAGTCAACAACACACGTCTTTGCCTATGGAGTGGATCTCTTCTACACAAGGCTTGCTCC
TTCAAAGACCTACGACTCGCTGACGGATGACTTCAGCTACGCGCTTCTTTTGATCACGAT
TGTGGCACTCGTTGCAGCCATCTACATCACTTGGGCGATTTCAGAGAAGAAGGAACTAAG
TGAAAAATGGAGGTGACTGGATCCTTTCAAAAACCCTCTCTCTTTGTTTTTTTCACAGTT
GTAGAATGTTCATGGAAAAAAACAAAAATATTGGCTTAACTTAAATTCCTGATGTTAGGC
TCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1GL79TF U 1
AF RR1GL79JQ C 503
BS 1 699 RR1GL79TF
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BS 719 728 RR1GL79TF
BS 729 1145 RR1GL79JQ

RD RR1GL79TF 728 0 0
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TTCAACACTAACACGAAAACCAAATGAGGTTGTTCATACGCAAGCCAAAGTAAGCACAGA
CCAAGACGTGTTGTATAAATATGTATCAAGAAACTTGCTGTTTGTGGCCACCGTGTCACC
AAAAGGCGCTGGCGAGATTGGTTCAGTTACACCAGAGGAGTCAGCACTTGTGGTATACCT
CATTGACACCATCACAGGGCGTATACTGCACCGTTTGTCACACCAAGGCTGCCAAGGGCC
TGTTCATGCTGTGTGTAGTGAGAACTGGGTTGTTTATCACTACTTCAATCTTCGAGCTCA
CAAGTACGAGGTTACGGTGGTTGAGATCTATGATCAGTCCAGGGCGGAGAACAAAAATGT
GTGGAAACTTGTTCTGGGAAAGCACAATCTAACAGCACCAATCTCTTCATACTCAAGACC
AGAGATGTTCACAAAGTCACAGTCATACTTCTTCCCTCAGTCCGTGAAAACCATCGCGGT
GACATCAACAGCTAAGGGTATAACTTCAAAGCAGCTTCTCATTGGTACCATCGGTGATCA
GATATTGGCACTTGATAAACGATTTGTGGATCCAAGACG*ACACTTAACCCCTCACA*GC
TGAGAAAG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1GL79JQ 643 0 0
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TCATACTTCTTCCCTCAGTCCGTGAAAACCATCGCGGTGACATCAACAGCTAAGGGTATA
ACTTCAAAGCAGCTTCTCATTGGTACCATCGGTGATCAGATATTGGCACTTGATAAACGA
TTTGTGGATCCAAGACGGACACTTAACCCCTCACAAGCTGAGAAAGAAGAAGGAATCATC
CCTCTGACTGATTCATTACCTATAATTCCTCAGTCATACATCACACACTCCCTCAAAGTA
GAAGGTTTAAGAGGCATAGTAACAGCTCCAGTCAAGCTAGAGTCAACAACACACGTCTTT
GCCTATGGAGTGGATCTCTTCTACACAAGGCTTGCTCCTTCAAAGACCTACGACTCGCTG
ACGGATGACTTCAGCTACGCGCTTCTTTTGATCACGATTGTGGCACTCGTTGCAGCCATC
TACATCACTTGGGCGATTTCAGAGAAGAAGGAACTAAGTGAAAAATGGAGGTGACTGGAT
CCTTTCAAAAACCCTCTCTCTTTGTTTTTTTCACAGTTGTAGAATGTTCATGGAAAAAAA
CAAAAATATTGGCTTAACTTAAATTCCTGATGTTAGGCTCTGG

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

CO CL5273Contig1 305 2 1 U
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ATGAGTTTCATCAATGTGATATATTACGTGATATGTAGCTGGTCGTATGGTCCTTTGGTC
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GTTGGGAAAGGGTTCAAAAAGGAAGATCTAAGAGACGTTGTTAAAACAAATTAAAGGAAT
TAAAGATCTTGCAAGATTGTATTTTGTCTATACGATTGGTGTCTATTGCATTTGGTGTTA
TGGTC


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR1BR65JQ C 1
AF RR1BR65TF U 1
BS 1 305 RR1BR65TF

RD RR1BR65JQ 305 0 0
GGGGTTTCAGACAACATTAACAAGGGTCATTACAACTATTATTACTGGCTACTGGCGATT
ATGAGTTTCATCAATGTGATATATTACGTGATATGTAGCTGGTCGTATGGTCCTTTGGTC
GACCAGGTGAGGAATGGTAGGGTGAATGGTGTGAGAGAAGAAGAGGAGTTGCTTGACATT
GTTGGGAAAGGGTTCAAAAAGGAAGATCTAAGAGACGTTGTTAAAACAAATTAAAGGAAT
TAAAGATCTTGCAAGATTGTATTTTGTCTATACGATTGGTGTCTATTGCATTTGGTGTTA
TGGTC

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR1BR65TF 305 0 0
GGGGTTTCAGACAACATTAACAAGGGTCATTACAACTATTATTACTGGCTACTGGCGATT
ATGAGTTTCATCAATGTGATATATTACGTGATATGTAGCTGGTCGTATGGTCCTTTGGTC
GACCAGGTGAGGAATGGTAGGGTGAATGGTGTGAGAGAAGAAGAGGAGTTGCTTGACATT
GTTGGGAAAGGGTTCAAAAAGGAAGATCTAAGAGACGTTGTTAAAACAAATTAAAGGAAT
TAAAGATCTTGCAAGATTGTATTTTGTCTATACGATTGGTGTCTATTGCATTTGGTGTTA
TGGTC

QA 1 305 1 305
DS 



AS 1 2

CO CL5274Contig1 1240 2 2 U
GGAAATCGAGAGATATGTCCACTAGAGCTTCTAGTTCAAGAAGAGAAATGGACCTGTCTG
TCTTCTTCTTTTTCTCCTTCCTCTTAACTCTCACTGCTTTTGTGGAAGCCGCTGGCCGTG
GGGTTAACAACGATAATAACAAAAATGGAGGATTAGGAGCTTCGTTTATATTTGGAGATT
CTCTAGTGGATGCAGGAAACAATAACTATCTACCGACCTTGTCTAGGGCCAATATGAAGC
CTAATGGTATCGATTTCAAAGCTTCGGGAAGAACTCGGATCAGCAAACTATGCTATTCCA
TTCTTAGCACCAAACGCTACCGGAAAAGCTTTACTGGCCGGTGTAAACTACGCGTCTGGA
GGAGGAGGAATCATGAATGCAACCGGAAGAATCTTTGTGAACAGGTTAGGCATGGATGTA
CAAGTAGATTTCTTCAACACCACACGTAAACAATTCGTGAACTACTTGGAAAAGAGAAAG
CAAAAGAGTATATAAGCAAGAAATCAATATTCTCCATCACTATCGGAGCCAACGACTTCC
TCAACAACTATCTATTCCCTCTTCTCTCCATTGGAACACGGCTCACTCAAACTCCTGATA
ATTTTATCGACGACATGATCGACCATCTTCGCGACCAACTAACCAGGTTGTACCAATTGG
ATGCGAGAAAGTTTGTGATCGGGAACGTTGGACCTATCGGATGCATACCGTACCAGAAAA
CGATTAATCAACTAAACGAAAATGAGTGTGTGGACCTTGCTAATAAGCTAGCAAATCAAT
ACAATGTTCGACTTCAGAGTTTATTAGAGGACCTAAACAAGAAGCTTCCTGGAGCAATGT
TCGTGCATGCCAATGTCTACGATCTCGTCATGGAACTCATTACTAATTACGAAAAATATG
GGTTCAAAACGGCGACAAAAGCTTGTTGCGGTAATGGAGGACAGTTTGCGGGAATAATAC
CTTGCGGACCGACATCGAGTATGTGCGAGGAAAGGGACAAGTATGTGTTTTGGGATCCTT
ATCATCCTAGTGAAGCAGCAAATGTAATCATCGCTAAGCAATTCTTGTATGGTGATATTA
ACGTCATCTCTCCTGTTAATCTTAGCAAGCTTAGGGATATATGATTTGATTGTTTGGAGA
TTCTACACTTCATTTCTTGCATTTACGTTTCTTATAAGCAAAGTTAAAACCGATGTTTGT
ATGTATATGTGTTGTGGCTTTTAAGTTTAGTGACAAGATG


BQ
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AF RR1FY38TF U 1
AF RR1FY38JQ C 489
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BS 664 1240 RR1FY38JQ

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TCTTCTTCTTTTTCTCCTTCCTCTTAACTCTCACTGCTTTTGTGGAAGCCGCTGGCCGTG
GGGTTAACAACGATAATAACAAAAATGGAGGATTAGGAGCTTCGTTTATATTTGGAGATT
CTCTAGTGGATGCAGGAAACAATAACTATCTACCGACCTTGTCTAGGGCCAATATGAAGC
CTAATGGTATCGATTTCAAAGCTTCGGGAAGAACTCGGATCAGCAAACTATGCTATTCCA
TTCTTAGCACCAAACGCTACCGGAAAAGCTTTACTGGCCGGTGTAAACTACGCGTCTGGA
GGAGGAGGAATCATGAATGCAACCGGAAGAATCTTTGTGAACAGGTTAGGCATGGATGTA
CAAGTAGATTTCTTCAACACCACACGTAAACAATTCGTGAACTACTTGGAAAAGAGAAAG
CAAAAGAGTATATAAGCAAGAAATCAATATTCTCCATCACTATCGGAGCCAACGACTTCC
TCAACAACTATCTATTCCCTCTTCTCTCCATTGGAACACGGCTCACTCAAACTCCTGATA
ATTTTATCGACGACATGATCGACCATCTTCGCGACCAACTAACCAGGTTGTACCAATTGG
ATG

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DS 

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TATCTATTCCCTCTTCTCTCCATTGGAACACGGCTCACTCAAACTCCTGATAATTTTATC
GACGACATGATCGACCATCTTCGCGACCAACTAACCAGGTTGTACCAATTGGATGCGAGA
AAGTTTGTGATCGGGAACGTTGGACCTATCGGATGCATACCGTACCAGAAAACGATTAAT
CAACTAAACGAAAATGAGTGTGTGGACCTTGCTAATAAGCTAGCAAATCAATACAATGTT
CGACTTCAGAGTTTATTAGAGGACCTAAACAAGAAGCTTCCTGGAGCAATGTTCGTGCAT
GCCAATGTCTACGATCTCGTCATGGAACTCATTACTAATTACGAAAAATATGGGTTCAAA
ACGGCGACAAAAGCTTGTTGCGGTAATGGAGGACAGTTTGCGGGAATAATACCTTGCGGA
CCGACATCGAGTATGTGCGAGGAAAGGGACAAGTATGTGTTTTGGGATCCTTATCATCCT
AGTGAAGCAGCAAATGTAATCATCGCTAAGCAATTCTTGTATGGTGATATTAACGTCATC
TCTCCTGTTAATCTTAGCAAGCTTAGGGATATATGATTTGATTGTTTGGAGATTCTACAC
TTCATTTCTTGCATTTACGTTTCTTATAAGCAAAGTTAAAACCGATGTTTGTATGTATAT
GTGTTGTGGCTTTTAAGTTTAGTGACAAGATG

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL5275Contig1 1084 2 2 U
GGATCCAAGGGCTTAGCAGAATGTGGAAGTCAATGATTGATTGCCATCGAAGTCAGTGTG
AGGCTATTAAGGAAGCCAGAGGGTTAGGCTCCATCAGAGCGAGCCAAAAACTCCCTGATG
ATCATCTCGAGGCTACAAGGGTGCTTGGACACGAACTCATAAATTGGATTCTGAGTTTCT
CAAGCTGGGTTAGTGCGCAAAAGGGTTTTGTGAGAGGACTCAATAGTTGGCTTATGAAGT
GTCTTATCTACGAACCTGAGGAAACTCCTGATGGGATCGTTCCTTTTTCTCCTGGTCGTC
TCGGGGCTCCGATGATTTTCGTTATCTGTAACCAGTGGGAGCAAGCTTTGGATAGAATAT
CTGAGAAGGAAGTTGTGGAGGCCATGCGCAGATTCGCCACGAGCGTGCTTCATCTTTGGG
AACAAGATAGGTTAGAAACGCTGGAGAGGATGATAGGGCATGGTGGTGAGGAACAGCGGA
TACAGAAAGAGATTCAAGAAATGGAAAGGAAAATGGTTCTGGTCGGTGGAGGCGAAGATA
ACAGTGTTTACCAAAGCGACGCTAGTAGCGAAAGCTTACTGGTTAGTCTTCGGCGTATTT
TTGAAGCTATGGAGAGGTTTTCAGCGGAATCTATGAGAGCTTATGATGATCTCTTGGAAC
GTGCTGCTGAAAAAGATAGCAGCTCTCAAGAATCAGAGGGAGACTAACCAAAAAAAGGTG
GTTGTACACTTGTGGAGATGATCATTCTTATGGCTGGCCATGGTTGCATGAACTGCCCTA
ACTTGGCTCTGTGGAGGTCTGTAGACCGGAGCACCAGACCTGAACCATCTATGGTTGTAA
CTTAACTCACCGGGAAGTTAACATATCATCTTTCTCAAACTCAGGCCAGAACCGGTTGCT
GGGACATGGGATAAGAGATGGGTCGATGCTTGTACTAGTTAAGAACTGGATGGTTGGCTG
CATGCCATGCTTGATAACTTGCCACAGATGTGAAGGAGGGATGTATAGACTTCTTCTGTG
TTCATATTTCCTAACGGTTTCTTGATATTATTAGTTGCACGTATAATAACAGAAAATACT
TTAG


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1EL48TF U 1
AF RR1EL48JQ C 531
BS 1 705 RR1EL48TF
BS 706 1084 RR1EL48JQ

RD RR1EL48TF 705 0 0
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AGGCTATTAAGGAAGCCAGAGGGTTAGGCTCCATCAGAGCGAGCCAAAAACTCCCTGATG
ATCATCTCGAGGCTACAAGGGTGCTTGGACACGAACTCATAAATTGGATTCTGAGTTTCT
CAAGCTGGGTTAGTGCGCAAAAGGGTTTTGTGAGAGGACTCAATAGTTGGCTTATGAAGT
GTCTTATCTACGAACCTGAGGAAACTCCTGATGGGATCGTTCCTTTTTCTCCTGGTCGTC
TCGGGGCTCCGATGATTTTCGTTATCTGTAACCAGTGGGAGCAAGCTTTGGATAGAATAT
CTGAGAAGGAAGTTGTGGAGGCCATGCGCAGATTCGCCACGAGCGTGCTTCATCTTTGGG
AACAAGATAGGTTAGAAACGCTGGAGAGGATGATAGGGCATGGTGGTGAGGAACAGCGGA
TACAGAAAGAGATTCAAGAAATGGAAAGGAAAATGGTTCTGGTCGGTGGAGGCGAAGATA
ACAGTGTTTACCAAAGCGACGCTAGTAGCGAAAGCTTACTGGTTAGTCTTCGGCGTATTT
TTGAAGCTATGGAGAGGTTTTCAGCGGAATCTATGAGAGCTTATGATGATCTCTTGGAAC
GTGCTGCTGAAAAAGATAGCAGCTCTCAAGAATCAGAGGGAGACT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1EL48JQ 554 0 0
GGCGAAGATAACAGTGTTTACCAAAGCGACGCTAGTAGCGAAAGCTTACTGGTTAGTCTT
CGGCGTATTTTTGAAGCTATGGAGAGGTTTTCAGCGGAATCTATGAGAGCTTATGATGAT
CTCTTGGAACGTGCTGCTGAAAAAGATAGCAGCTCTCAAGAATCAGAGGGAGACTAACCA
AAAAAAGGTGGTTGTACACTTGTGGAGATGATCATTCTTATGGCTGGCCATGGTTGCATG
AACTGCCCTAACTTGGCTCTGTGGAGGTCTGTAGACCGGAGCACCAGACCTGAACCATCT
ATGGTTGTAACTTAACTCACCGGGAAGTTAACATATCATCTTTCTCAAACTCAGGCCAGA
ACCGGTTGCTGGGACATGGGATAAGAGATGGGTCGATGCTTGTACTAGTTAAGAACTGGA
TGGTTGGCTGCATGCCATGCTTGATAACTTGCCACAGATGTGAAGGAGGGATGTATAGAC
TTCTTCTGTGTTCATATTTCCTAACGGTTTCTTGATATTATTAGTTGCACGTATAATAAC
AGAAAATACTTTAG

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

CO CL5276Contig1 970 2 4 U
GATCGGAGGCGATTTACAAGTCCTGGAGCCGATCAAGTACAACGACGGTCTTGACCGGTT
CCGTCTGTCTCCGTCTCAGCTTCGTGAGGAGTTCACCAAGCGTGACGCAGACGCGGTTTT
CGCGTTCCAGCTTAGGAACCCGGTACACGATGGTCACGCCCTTCTCATGACCGATACTCG
AAGAAGACTCCTTGAGATGGGTTACAAAAACCCTGTCTTGTTGCTTAATCCACTTGGTGG
ATTCACTAAAGCCGATGATGTACCTCTCAGCTGGCGTATGAGGCAGCACGAGAAGGTGCT
TGAGGATGGTGTTCTTGGTCCAGAGACTACAGTGGTCTCCATCTTTCCATCTCCGATGCA
CTATGCTGGCCCCACCGAGGTACAGTGGCATGCCAAAGCTAGGATCAACGCGGGAGCCAA
TTTCTACATTGTTGGCCGTGATCCGGCAGGTATGGGCCATCCAACAGAGAAGAGGGATCT
ATATGATGCTGATCACGGGAAGCAAGTACTCAGCATGGCTCCAGGACTCGAACGCCTCAA
CATTCTTCCCTTTAAGGTTGCTGCGTATGATACAACTCAGGGGAAAATGGCTTTCTTTGA
TCCTTCCAGGTCTCAAGACTTCCTCTTCATATCAGGAACCAAGATGCGTGGCTTGGCGAA
GAAGAAAGAGAACCCACCAGACGGTTTCATGTGTCCCTCTGGTTGGAAAGTGCTGGTTGA
TTATTACGACAGTCTCAACGCAGAGTCTGGTAATGGAAGGGTTTCAGAAGCTGCCATTTC
TGCTTGAATGCAGAGATTCCGTGTCCCACAAGTTCACATTTCATGTTCAATAGTACCACT
TCGCTCAGAAGCTTCTGTTTGTGTATCAAAAAGCTTCCCAAATAAAACCACTGTAAGATT
GTATAAATGAACTGTGTGTTCTGCTCTCTGCGACAATAGATTTGTACCATATTTGTGTAT
TGTGGCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E977TF U 1
AF RR1E977JQ C 257
BS 1 635 RR1E977TF
BS 636 636 RR1E977JQ
BS 637 655 RR1E977TF
BS 656 970 RR1E977JQ

RD RR1E977TF 659 0 0
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CCGTCTGTCTCCGTCTCAGCTTCGTGAGGAGTTCACCAAGCGTGACGCAGACGCGGTTTT
CGCGTTCCAGCTTAGGAACCCGGTACACGATGGTCACGCCCTTCTCATGACCGATACTCG
AAGAAGACTCCTTGAGATGGGTTACAAAAACCCTGTCTTGTTGCTTAATCCACTTGGTGG
ATTCACTAAAGCCGATGATGTACCTCTCAGCTGGCGTATGAGGCAGCACGAGAAGGTGCT
TGAGGATGGTGTTCTTGGTCCAGAGACTACAGTGGTCTCCATCTTTCCATCTCCGATGCA
CTATGCTGGCCCCACCGAGGTACAGTGGCATGCCAAAGCTAGGATCAACGCGGGAGCCAA
TTTCTACATTGTTGGCCGTGATCCGGCAGGTATGGGCCATCCAACAGAGAAGAGGGATCT
ATATGATGCTGATCACGGGAAGCAAGTACTCAGCATGGCTCCAGGACTCGAACGCCTCAA
CATTCTTCCCTTTAAGGTTGCTGCGTATGATACAACTCAGGGGAAAATGGCTTTCTTTGA
TCCTTCCAGGTCTCAAGACTTCCTCTTCATATCAG*AACCAAGATGCGTGGCTTG
CGAA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1E977JQ 714 0 0
GATGTACCTCTCAGCTGGCGTATGAGGCAGCACGAGAAGGTGCTTGAGGATGGTGTTCTT
GGTCCAGAGACTACAGTGGTCTCCATCTTTCCATCTCCGATGCACTATGCTGGCCCCACC
GAGGTACAGTGGCATGCCAAAGCTAGGATCAACGCGGGAGCCAATTTCTACATTGTTGGC
CGTGATCCGGCAGGTATGGGCCATCCAACAGAGAAGAGGGATCTATATGATGCTGATCAC
GGGAAGCAAGTACTCAGCATGGCTCCAGGACTCGAACGCCTCAACATTCTTCCCTTTAAG
GTTGCTGCGTATGATACAACTCAGGGGAAAATGGCTTTCTTTGATCCTTCCAGGTCTCAA
GACTTCCTCTTCATATCAGGAACCAAGATGCGTGGCTTGGCGAAGAAGAAAGAGAACCCA
CCAGACGGTTTCATGTGTCCCTCTGGTTGGAAAGTGCTGGTTGATTATTACGACAGTCTC
AACGCAGAGTCTGGTAATGGAAGGGTTTCAGAAGCTGCCATTTCTGCTTGAATGCAGAGA
TTCCGTGTCCCACAAGTTCACATTTCATGTTCAATAGTACCACTTCGCTCAGAAGCTTCT
GTTTGTGTATCAAAAAGCTTCCCAAATAAAACCACTGTAAGATTGTATAAATGAACTGTG
TGTTCTGCTCTCTGCGACAATAGATTTGTACCATATTTGTGTATTGTGGCTTTT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL5277Contig1 830 2 2 U
CCTCGATGCCTCATGGTGTTAGTGGAGATGAATCCGTTGGGTCGATTCCGTTTCAGGTAC
TGAGTTGGAAACCGAGGGCTTTATATTTTCCGAATTTCGCAACTGCAGAACAATGCCAAG
CTATTATTGAGAGAGCAAAGGTTAATCTGAAACCTTCTGCTTTGGCTCTCCGGCTAGGAG
AGACTGCTGAGAGCACTCAGGGCACTAGAACAAGCTCAGGAACTTTTGTTAGTGCTTCAG
AAGAGAGTTCTGGTGCTTTGGAGTTTGTTGAAAAGAAAATCGCAAAAGCTACGATGATCC
CAAGGACTCATGGAGAGGCATTCAATATTTTAAGGTATGAGCTTGGGCAAAAGTATGATT
CCCACTATGATGTTTTTCAACCCCTACAGAATACGGACCACAAAAAAGCCAAAGGATTGC
TTCCTTCCTGCTCTACTTATCTGATGTAGAAGAAAGTGGTGAAACAATGTTCCCATTTGA
GAACGGTGCTAATATGGGCGCTGGATATGATTACAAGCAATGTATTGGGCTAAAAGTAAA
ACCTCGGAAAGGAGATGGTTTTTTTTTTTATTCAGTGTTTCCTAATGGCACAATTGATCA
GACTTCGCTTCACGGGAGTTGCCCGGTGACCAAAGGAGAGAAATGGGTAGCGACCAAATG
GATTAGAGATCAAGACCAAGAAGACTAAAAGCATTTCATTTTTTACATATGTGTATTTTT
CACAGCTTTTATTTTTTGCCTGAAAAAAAATTATTGATTTGTTATGTACAGTTTATTCAA
CAAGACAGTGTAACTATTGGGGTTATTTATATACAATGTGACGCAGTCCT


BQ
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AF RR1B632TF U 1
AF RR1B632JQ C 171
BS 1 460 RR1B632TF
BS 461 830 RR1B632JQ

RD RR1B632TF 460 0 0
CCTCGATGCCTCATGGTGTTAGTGGAGATGAATCCGTTGGGTCGATTCCGTTTCAGGTAC
TGAGTTGGAAACCGAGGGCTTTATATTTTCCGAATTTCGCAACTGCAGAACAATGCCAAG
CTATTATTGAGAGAGCAAAGGTTAATCTGAAACCTTCTGCTTTGGCTCTCCGGCTAGGAG
AGACTGCTGAGAGCACTCAGGGCACTAGAACAAGCTCAGGAACTTTTGTTAGTGCTTCAG
AAGAGAGTTCTGGTGCTTTGGAGTTTGTTGAAAAGAAAATCGCAAAAGCTACGATGATCC
CAAGGACTCATGGAGAGGCATTCAATATTTTAAGGTATGAGCTTGGGCAAAAGTATGATT
CCCACTATGATGTTTTTCAACCCCTACAGAATACGGACCACAAAAAAGCCAAAGGATTGC
TTCCTTCCTGCTCTACTTATCTGATGTAGAAGAAAGTGGT

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR1B632JQ 660 0 0
CGGCTAGGAGAGACTGCTGAGAGCACTCAGGGCACTAGAACAAGCTCAGGAACTTTTGTT
AGTGCTTCAGAAGAGAGTTTTGGTGCTTTGGAGTTTGTTGAAAAGAAAATCGCAAAAGCT
ACGATGATCCCAAGGACTCATGGAGAGGCATTCAATATTTTAAGGTATGAGCTTGGGCAA
AAGTATGATTCCCACTATGATGTTTT*CAACCC*TACAGAATACGGACCACAAAAAAGCC
AAAGGATTGCTTCCTTCCTGCTCTACTTATTTGATGTAGAAGAAGGTGGTGAAACAATGT
TCCCATTTGAGAACGGTGCTAATATGGGCGCTGGATATGATTACAAGCAATGTATTGGGC
TAAAAGTAAAACCTCGGAAAGGAGATGGTTTTTTTTTTTATTCAGTGTTTCCTAATGGCA
CAATTGATCAGACTTCGCTTCACGGGAGTTGCCCGGTGACCAAAGGAGAGAAATGGGTAG
CGACCAAATGGATTAGAGATCAAGACCAAGAAGACTAAAAGCATTTCATTTTTTACATAT
GTGTATTTTTCACAGCTTTTATTTTTTGCCTGAAAAAAAATTATTGATTTGTTATGTACA
GTTTATTCAACAAGACAGTGTAACTATTGGGGTTATTTATATACAATGTGACGCAGTCCT

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL5278Contig1 1238 2 2 U
GAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGAATTAGGG
TTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGC
GCAAATTACCCAATCCTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTTGAGTCTGGTAATTGG
AATGAGAGCATAAAAAGAACACAGAGGAGAATACCCCATCATCGATGTTAGTGTCTGAGA
ATGTTGGGACAGAGGATATGGTGACAACAGACGTTGCTAGAGAACCAGATACATGCTCCA
ACGAAGACAAAGAGCTAGTTCCGTGTGAAGCTGTTTCTGTATCCCAAGAAGGGTCTGATA
CTGACAAGGAACAAGAAACTCAAGTTAAGCATGTCATCCCAGACACTGAGAAGAACTTGG
AAACTCCTCACAATGCTTTGGGCTCCGAGGTCCAGTTCTCATCTCCTATTACTGGCTCAG
GAGATTCAACTGAGGTTGCTTTATCTGCTTTGAACAACATATTTGTCCAAAACTTGGCGG
GTGAAGAAATTATCAAAACAGACTCTAAAAACAGAGAAGAGCAAGTAGAGGCAAATGGTT
CGGATTCAACAGCTGATCTGCTTGATCCTTCTCCTGTATCTGGAACTCCCACATCCATCT
CTCCATCGAAAGGGATTCTGAAAAGGAGTATCAGGGGATGTAGAGGGATATGCTCTTGTT
TGAACTGCTCATCCTTCCGTCTAAACGCAGAAAGAGCATTCGAGTTCTCAAGGAATCAAC
TACAAGATACTGAAGTAATGGTTTTGGATCTTGTTGGGGAATTATCTCATCTCAGGGAGA
TGTTGGAGAAATATAGTTCAGCAGATCACAGTGAATCCAACAAAATTCAGGCTGGAGAGG
CTGCAAAGAGAGCTTCTGAAGCTGCAGAACTTGCAGAAAGCCGCCTTTATCAGATGAACA
ATGACCTTCAAGTTCACTGCAGAATCCCCAACGAACAACGAGCAAGAGTGAAATTCGCTC
ACTACGTCCACGAGAAGACCATCCTAGAAGCATCCCAATCTACACAACTTGACCCCTAGA
CCCACTCTGAACCAACTAGGATCCTTTTCAACTGTCTTACAGATTATCCAGTTTTCATGT
TCTTTTTTATTTTGAAAAGTAAAAGGTATCTTACCTGTCACTTTCATTTGTCACTCTTGA
GCAGAAAGAGAAACTATAGATCATAGATCAAGTTGCCG


BQ
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AF RR1EV10TF U 1
AF RR1EV10JQ C 497
BS 1 709 RR1EV10TF
BS 710 1238 RR1EV10JQ

RD RR1EV10TF 709 0 0
GAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGAATTAGGG
TTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGC
GCAAATTACCCAATCCTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTTGAGTCTGGTAATTGG
AATGAGAGCATAAAAAGAACACAGAGGAGAATACCCCATCATCGATGTTAGTGTCTGAGA
ATGTTGGGACAGAGGATATGGTGACAACAGACGTTGCTAGAGAACCAGATACATGCTCCA
ACGAAGACAAAGAGCTAGTTCCGTGTGAAGCTGTTTCTGTATCCCAAGAAGGGTCTGATA
CTGACAAGGAACAAGAAACTCAAGTTAAGCATGTCATCCCAGACACTGAGAAGAACTTGG
AAACTCCTCACAATGCTTTGGGCTCCGAGGTCCAGTTCTCATCTCCTATTACTGGCTCAG
GAGATTCAACTGAGGTTGCTTTATCTGCTTTGAACAACATATTTGTCCAAAACTTGGCGG
GTGAAGAAATTATCAAAACAGACTCTAAAAACAGAGAAGAGCAAGTAGAGGCAAATGGTT
CGGATTCAACAGCTGATCTGCTTGATCCTTCTCCTGTATCTGGAACTCCCACATCCATCT
CTCCATCGAAAGGGATTCTGAAAAGGAGTATCAGGGGATGTAGAGGGAT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1EV10JQ 742 0 0
TGCTTTATCTGCTTTGAACAACATATTTGTCCAAAACTTGGCGGGTGAAGAAATTATCAA
AACAGACTCTAAAAACAGAGAAGAGCAAGTAGAGGCAAATGGTTCGGATTCAACAGCTGA
TCTGCTTGATCCTTCTCCTGTATCTGGAACTCCCACATCCATCTCTCCATCGAAAGGGAT
TCTGAAAAGGAGTATCAGGGGATGTAGAGGGATATGCTCTTGTTTGAACTGCTCATCCTT
CCGTCTAAACGCAGAAAGAGCATTCGAGTTCTCAAGGAATCAACTACAAGATACTGAAGT
AATGGTTTTGGATCTTGTTGGGGAATTATCTCATCTCAGGGAGATGTTGGAGAAATATAG
TTCAGCAGATCACAGTGAATCCAACAAAATTCAGGCTGGAGAGGCTGCAAAGAGAGCTTC
TGAAGCTGCAGAACTTGCAGAAAGCCGCCTTTATCAGATGAACAATGACCTTCAAGTTCA
CTGCAGAATCCCCAACGAACAACGAGCAAGAGTGAAATTCGCTCACTACGTCCACGAGAA
GACCATCCTAGAAGCATCCCAATCTACACAACTTGACCCCTAGACCCACTCTGAACCAAC
TAGGATCCTTTTCAACTGTCTTACAGATTATCCAGTTTTCATGTTCTTTTTTATTTTGAA
AAGTAAAAGGTATCTTACCTGTCACTTTCATTTGTCACTCTTGAGCAGAAAGAGAAACTA
TAGATCATAGATCAAGTTGCCG

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL5279Contig1 1064 2 2 U
GCACATGACTGCCATTATCCAACCAATTCTTGAGAAGGGAATTGTCGACCACACCATCAC
ACACAAGTTGCTGATTGAGTACATGACTATAGCTGACAAGACTTCTGCTGCGTTTGTGAT
TCAGCAACTGTCAGGCCCGCTTCTTATACGTATGGTCCACACCCGTGATGGTTCTAGGCT
TGCTATGCTTTGTATCAAACATGGAAGCGCTAAGGAGAGAAAGAAGATTATCAAAGCAAT
GAAAACCGATGATAATATAAGCCATGTTGGAAGTATTGCTTCTGATCAGTATGGAAGTAT
GGTGCTTGCATGTATTTTTTCTTTAGTTGATGACACAAAGCTAATAACCAAGATTATTGT
TCGTGAGCTGGAGGCCAACTTGAAGAATCTTGTTATGGGAAAGAATGGAAGGAGACCACT
ATTGCAGTTACTTCATCCAAACTCTTCACGCTATTTCAGTCATGATGATTTGGCCTCTCT
TGATCTGTGTGGAGAACGCTGAGGAGTTCCTGAAGTCTAACTTGGCCAAAGAGGTCATGT
ATGAGGTTGCAGTGGGAGGCTGTGATGGTATTCTTTTGCCAACTCTGAGCGAGAAGCTGC
GTGAGCTCTACGAAGCCATTGCCTCTGTAGCAGCAGAGCCGAAACCCGATGAATCAGAGA
AGGGTTCACAGCACATTCTGGAAGACTTTCACTCGAACCGAACAATAAGAAAGGCTGGTT
TTGGACAGCCCTACTTTTGCTTCCATTCTTTTTAAGAAGGCCTTGTCTGGAAAATGTCGG
TCATGGGCTCAAGGACACTGTTCAAAGATATTAGCTGCGTTTTTAGAGACTCAAGATCTT
GAAGTTCGTGAGATGGCTAAGGGGGAGCTGCAAGTGTTGGTGAACGAAGGTGTGTTAAAG
ATCCCAGAAACCAAGAAGCCCTAATGATGCAGCCAGCATTATTACTGAATCACTTGGCTT
TTTTTTGTTAGTGTCTTTTCAAACAGGTTACTAGGTTTCAGAGACTTGGTTTATGTCTAC
AATTTTGTCCTTTCTTTCTACTATGTTTTATTATCTTAATGCAA


BQ
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AF RR1B944TF U 1
AF RR1B944JQ C 348
BS 1 755 RR1B944TF
BS 756 1064 RR1B944JQ

RD RR1B944TF 755 0 0
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ACACAAGTTGCTGATTGAGTACATGACTATAGCTGACAAGACTTCTGCTGCGTTTGTGAT
TCAGCAACTGTCAGGCCCGCTTCTTATACGTATGGTCCACACCCGTGATGGTTCTAGGCT
TGCTATGCTTTGTATCAAACATGGAAGCGCTAAGGAGAGAAAGAAGATTATCAAAGCAAT
GAAAACCGATGATAATATAAGCCATGTTGGAAGTATTGCTTCTGATCAGTATGGAAGTAT
GGTGCTTGCATGTATTTTTTCTTTAGTTGATGACACAAAGCTAATAACCAAGATTATTGT
TCGTGAGCTGGAGGCCAACTTGAAGAATCTTGTTATGGGAAAGAATGGAAGGAGACCACT
ATTGCAGTTACTTCATCCAAACTCTTCACGCTATTTCAGTCATGATGATTTGGCCTCTCT
TGATCTGTGTGGAGAACGCTGAGGAGTTCCTGAAGTCTAACTTGGCCAAAGAGGTCATGT
ATGAGGTTGCAGTGGGAGGCTGTGATGGTATTCTTTTGCCAACTCTGAGCGAGAAGCTGC
GTGAGCTCTACGAAGCCATTGCCTCTGTAGCAGCAGAGCCGAAACCCGATGAATCAGAGA
AGGGTTCACAGCACATTCTGGAAGACTTTCACTCGAACCGAACAATAAGAAAGGCTGGTT
TTGGACAGCCCTACTTTTGCTTCCATTCTTTTTAA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1B944JQ 717 0 0
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GAAGGAGACCACTATTGCAGTTACTTCATCCAAACTCTTCACGCTATTTCAGTCATGATG
ATTTGGCCTCTCTTGATCTGTGTGGAGAACGCTGAGGAGTTCCTGAAGTCTAACTTGGCC
AAAGAGGTCATGTATGAGGTTGCAGTGGGAGGCTGTGATGGTATTCTTTTGCCAACTTTG
AGCGAGAAGCTGCGTGAGCTTTACGAAGCCATTGCCTCTGTAGCAGCAGAGCCGAAACCC
GATGAATCAGAGAAGGGTTCACAGCACATTCTGGAAGACTTTCACTCGAACCGAACAATA
AGAA*GGCTGGTTTTGGACAGCCCTACTTTTGCTTCCATTCTTTTTAAGAAGGCCTTGTC
TGGAAAATGTCGGTCATGGGCTCAAGGACACTGTTCAAAGATATTAGCTGCGTTTTTAGA
GACTCAAGATCTTGAAGTTCGTGAGATGGCTAAGGGGGAGCTGCAAGTGTTGGTGAACGA
AGGTGTGTTAAAGATCCCAGAAACCAAGAAGCCCTAATGATGCAGCCAGCATTATTACTG
AATCACTTGGCTTTTTTTTGTTAGTGTCTTTTCAAACAGGTTACTAGGTTTCAGAGACTT
GGTTTATGTCTACAATTTTGTCCTTTCTTTCTACTATGTTTTATTATCTTAATGCAA

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL5280Contig1 466 2 4 U
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ACGGCTTAAAGCGAGATCAAGACGCCTCATTAACCGTTTAGAGCAGATTGAACCTTCTGG
TTGGAAAGATTTCATGCAGATAAGCAATGTGATTCACGAAAGCAGAGCGTTGGACATTAA
CACACACTTGATATTTCCTCTGGGTGAAACAGCTGCTGCAATCCGAGGAGAGAACGAGCT
CTGGCTTGCGATGGTTCTCCGGAACAAAGTCCTTGTCGATCTCAAGCCTCCTCAGCTAGC
TGGTGTATGTGCCAGTTTAGTCTCCGAAGGCATTAAAGTTCGACCGTGGAGAGACAACAA
CTATATATACGAGCCGTCTGATACAGTAATAGACGTGGTTAATTTC


BQ
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AF RR1G433TF U 1
AF RR1DF96TF U 200
BS 1 243 RR1G433TF
BS 244 244 RR1DF96TF
BS 245 424 RR1G433TF
BS 425 466 RR1DF96TF

RD RR1G433TF 424 0 0
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ACGGCTTAAAGCGAGATCAAGACGCCTCATTAACCGTTTAGAGCAGATTGAACCTTCTGG
TTGGAAAGATTTCATGCAGATAAGCAATGTGATTCACGAAAGCAGAGCGTTGGACATTAA
CACCCACTTGATATTTCCTCTGGGTGAAACAGCTGCTGCAATCCGAGGAGAGAACGAGCT
CTGGCTTGCGATGGTTCTCCGGAACAAAGTCCTTGTCGATCTCAAGCCTCCTCAGCTAGC
TGGTGTATGTGCCAGTTTAGTCTCCGAAGGCATTAAAGTTCGACCGTGGAGAGACAACAA
CTAT

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR1DF96TF 267 0 0
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CTGGGTGAAACAGCTGCTGCAATCCGCGGAGAGAACGAGCTCTGGCTTGCGATGGTTCTC
CGGAACAAAGTCCTTGTCGATCTCAAGCCTCCTCAGCTAGCTGGTGTATGTGCGAGTTTA
GTCTCCGAAGGCATTAAAGTTCGGCCGTGGAGAGACAACAACTATATATACGAGCCGTCT
GATACAGTAATAGACGTGGTTAATTTC

QA 1 267 1 267
DS 



AS 1 2

CO CL5281Contig1 969 2 2 U
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GATCCTTCCTCCTCGAACGCTGTAAAAGTTTCACAGAATCTGGTCACATGTATCTACCGT
TGCTGCATCAGAGGTAGGACTTGTTTGATCACAGTCACATGGACTAAGAATCTGATGGGT
CAGTGTGTGACCGTGGGAGTCGATGATTCTTGCAACAGAAGTCTCTGTAAAGCCGAGATC
AAGCCCTGGCTCTTCACTAAACGAAAAGGGTCCAAGAACCTAGAAGCGTATTCTTGTAAC
ATAGATGTCTATTGGGATCTCTCGTCTGCTAAATTCGGATCCAGCCCTGAACCTTTAGGT
GGGTTCTACGTAGGTGTTGTTGTGGATAAAGAGATGGTCCTTCTTCTTGGTGATATGAAG
AAGGAAGCTTTCAAAAAGACTACTGCACCATGTTCATCTCTTGGTGCTGTGTTTATTGCC
AAGAAAGAGCATGTTTTTGGTAAGAGAACGTTTGCGACAAAGGCTCAGTTCTCAGGTGAT
GGCAAAACACACGATCTTGTGATTGTGTGTGATACAAGTGTCACTGATCCTTGCCTTATT
GTTTGTGTTGATGGGAAGACGTTGATGGAGGTGAAGCGGCTTCGTTGGAAGTTCCGTGGG
AATGATACGATAGTTGTGAATAGGGTCTCTGTGGAAGTTTTCTGGGATGTTTATAGTTGG
TTCTTTGGGGTAACATCATCACCAGGGAGTGCTGTGTTTATGTTCAGGACTTGCCAAGCT
GTTGAGAAGACCTTATCTTCCACGCAGGTCCCAAAGAGCTTGAAACCTCAGAGTTTTGGG
TTTACATTGTTTCTGTACGCTTGGAGGAACGAGTAGTGGAGAAGTTTTGAGAAGATTAAA
AAAAATGAACTGTTGATTCTTGTTTATTTATATGTCATATGATCAGTTTCATATGTTAGA
CTATGTACA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E778TF U 1
AF RR1E778JQ C 284
BS 1 678 RR1E778TF
BS 679 969 RR1E778JQ

RD RR1E778TF 678 0 0
GGCCGTAAGAAAATGAAAGACTTTACTTCCTGCTCCGGTGAAAATGGCGTTCGGGTTACA
GATCCTTCCTCCTCGAACGCTGTAAAAGTTTCACAGAATCTGGTCACATGTATCTACCGT
TGCTGCATCAGAGGTAGGACTTGTTTGATCACAGTCACATGGACTAAGAATCTGATGGGT
CAGTGTGTGACCGTGGGAGTCGATGATTCTTGCAACAGAAGTCTCTGTAAAGCCGAGATC
AAGCCCTGGCTCTTCACTAAACGAAAAGGGTCCAAGAACCTAGAAGCGTATTCTTGTAAC
ATAGATGTCTATTGGGATCTCTCGTCTGCTAAATTCGGATCCAGCCCTGAACCTTTAGGT
GGGTTCTACGTAGGTGTTGTTGTGGATAAAGAGATGGTCCTTCTTCTTGGTGATATGAAG
AAGGAAGCTTTCAAAAAGACTACTGCACCATGTTCATCTCTTGGTGCTGTGTTTATTGCC
AAGAAAGAGCATGTTTTTGGTAAGAGAACGTTTGCGACAAAGGCTCAGTTCTCAGGTGAT
GGCAAAACACACGATCTTGTGATTGTGTGTGATACAAGTGTCACTGATCCTTGCCTTATT
GTTTGTGTTGATGGGAAGACGTTGATGGAGGTGAAGCGGCTTCGTTGGAAGTTCCGTGGG
AATGATACGATAGTTGTG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1E778JQ 686 0 0
AAGCGTATTCTTGTAACATAGATGTCTATTGGGATCTCTCGTCTGCTAAATTCGGATCCA
GCCCTGAACCTTTAGGTGGGTTCTACGTAGGTGTTGTTGTGGATAAAGAGATGGTCCTTC
TTCTTGGTGATATGAAGAAGGAAGCTTTCAAAAAGACTACTGCACCATGTTCATCTCTTG
GTGCTGTGTTTATTGCCAAGAAAGAGCATGTTTTTGGTAAGAGAACGTTTGCGACAAAGG
CTCAGTTCTCAGGTGATGGCAAAACACACGATCTTGTGATTGTGTGTGATACAAGTGTCA
CTGATCCTTGCCTTATTGTTTGTGTTGATGGGAAGACGTTGATGGAGGTGAAGCGGCTTC
GTTGGAAGTTCCGTGGGAATGATACGATAGTTGTGAATAGGGTCTCTGTGGAAGTTTTCT
GGGATGTTTATAGTTGGTTCTTTGGGGTAACATCATCACCAGGGAGTGCTGTGTTTATGT
TCAGGACTTGCCAAGCTGTTGAGAAGACCTTATCTTCCACGCAGGTCCCAAAGAGCTTGA
AACCTCAGAGTTTTGGGTTTACATTGTTTCTGTACGCTTGGAGGAACGAGTAGTGGAGAA
GTTTTGAGAAGATTAAAAAAAATGAACTGTTGATTCTTGTTTATTTATATGTCATATGAT
CAGTTTCATATGTTAGACTATGTACA

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL5282Contig1 901 2 2 U
GGATTTCAATCTCTGTGGGTTAAGTGGTCAAGTTCCTTACTATGACTATGCACTTGATCT
CATTCTAGATGTTGAGTCTTCAAACAGCGAGATGTTTACTGAAGAACAGAATGAACTAGT
GGAATCAGCTGCTGAGATGCTGTATGGTCTTATTCGTGTTCGTTACATTTTGACTACTAA
AGGAATGGCTGCAATGACTGAGAAGTACAAGAACTGTGACTTCGGGAGATGCCCTAGAGT
GTTCTGTTGCGGACATTCTTGTCTTCCTGTTGGACAGTCTGATATCCCGAGATCGAGTAC
TGTGAAGATATACTGCCCCAAATGCGAAGATATATCTTACCCGCGATCTAAGTTCCAAGG
CAATATTGATGGGGCTTACTTTGGAACCACGTTCCCTCATTTATTCTTGATGACGTATGG
GAACTTAAAGCCGCAGAAACCGACTCAGAAGTATGTTCCAAGAATATTTGGGTTTAAGGT
ACACAACATGATACACACTACTAGCGTATGATAGATACATCTAGTGGCTTGGTTTTTGCA
TCCGGGTGTGAGCAAATTTGAAACGGTAGTTGCGATTCAAGTGGAGGCACACACCATTCA
GTCACTGTAATCTGGAAAGAATCTGATCAGGTACCAAGAAAACTCATCACAACAGCCTGA
CTCGTTGGGGGAGAAGACAGACACCAATCTGTACTCCGAAATATTTTTCCCCAATTAGTT
AGATTTTTTGTTTTCCCTGTTGTTTGTGTCTTTTATGTTCTCTAAGCTTATTTGGTTATA
TTTAAAACTCAGAAATTCTTCAATTCAGCTGTAGCTTCTGAATACATTTAGTTGGTGTAC
TTATTGGAAGAGAGACTATTCTAAATGATCTTCTATATAATGATTAGTAGCTTCTGAATA
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1E703TF U 1
AF RR1E703JQ C 232
BS 1 626 RR1E703TF
BS 627 901 RR1E703JQ

RD RR1E703TF 626 0 0
GGATTTCAATCTCTGTGGGTTAAGTGGTCAAGTTCCTTACTATGACTATGCACTTGATCT
CATTCTAGATGTTGAGTCTTCAAACAGCGAGATGTTTACTGAAGAACAGAATGAACTAGT
GGAATCAGCTGCTGAGATGCTGTATGGTCTTATTCGTGTTCGTTACATTTTGACTACTAA
AGGAATGGCTGCAATGACTGAGAAGTACAAGAACTGTGACTTCGGGAGATGCCCTAGAGT
GTTCTGTTGCGGACATTCTTGTCTTCCTGTTGGACAGTCTGATATCCCGAGATCGAGTAC
TGTGAAGATATACTGCCCCAAATGCGAAGATATATCTTACCCGCGATCTAAGTTCCAAGG
CAATATTGATGGGGCTTACTTTGGAACCACGTTCCCTCATTTATTCTTGATGACGTATGG
GAACTTAAAGCCGCAGAAACCGACTCAGAAGTATGTTCCAAGAATATTTGGGTTTAAGGT
ACACAACATGATACACACTACTAGCGTATGATAGATACATCTAGTGGCTTGGTTTTTGCA
TCCGGGTGTGAGCAAATTTGAAACGGTAGTTGCGATTCAAGTGGAGGCACACACCATTCA
GTCACTGTAATCTGGAAAGAATCTGA

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1E703JQ 670 0 0
CCCTAGAGTGTTCTGTTGCGGACATTCTTGTCTTCCTGTTGGACAGTCTGATATCCCGAG
ATCGAGTACTGTGAAGATATACTGCCCCAAATGCGAAGATATATCTTACCCGCGATCTAA
GTTCCAAGGCAATATTGATGGGGCTTACTTTGGAACCACGTTCCCTCATTTATTCTTGAT
GACGTATGGGAACTTAAAGCCGCAGAAACCGACTCAGAAGTATGTTCCAAGAATATTTGG
GTTTAAGGTACACAACATGATACACACTACTAGCGTATGATAGATACATCTAGTGGCTTG
GTTTTTGCATCCGGGTGTGAGCAAATTTGAAACGGTAGTTGCGATTCAAGTGGAGGCACA
CACCATTCAGTCACTGTAATCTGGAAAGAATCTGATCAGGTACCAAGAAAACTCATCACA
ACAGCCTGACTCGTTGGGGGAGAAGACAGACACCAATCTGTACTCCGAAATATTTTTCCC
CAATTAGTTAGATTTTTTGTTTTCCCTGTTGTTTGTGTCTTTTATGTTCTCTAAGCTTAT
TTGGTTATATTTAAAACTCAGAAATTCTTCAATTCAGCTGTAGCTTCTGAATACATTTAG
TTGGTGTACTTATTGGAAGAGAGACTATTCTAAATGATCTTCTATATAATGATTAGTAGC
TTCTGAATAC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL5283Contig1 1295 2 2 U
GGACAGAGACAGAGTAGAGGAGAGGACTGACTCTCGTCTCGTCCCTTCGCTGCAACCAAT
AGCTCTTCTCTCTGCTCTTCAACGGATTCCTCTTTGGCCAGAAAAAGGTCTTGAGGATTC
TAAGGAGAATGCAACTTGCGTAGGTAGACTTATAGCAACTAAGAGAAGACTCGCCTGCCT
TGATTTATCTGAGGAGAAGTATAAAGTTTTGATCTTTGGAGATGGGTATGGACCTAGCTG
CTGATAAGGAGAACAACACAAGCTTACCTTCTTCATTTGAATCCTGCAACTGCTACAAAG
TCGCAAACCTCACAGAAACAATCCTAAACCCTGTGAACGTTTCTAATCTAAGAGACCGTT
ACGTGCTAGGGGAACAGCTAGGCTGGGGACAGTTCGGTGTGATCAGAGTCTGTTCCGACA
AGTCGACAGGAGAGAGGCTCGCTTGCAAGTCCATCTCAAAGGACAGGCTCGTGACGCGAG
ACGACATGAAGAGCATCAAGCTCGAGATTGCCATCATGACTAAGTTATCCGGACACCCTA
ACGTCGTGGATCTCAAGGCGGTTTACGAGGAGGAGGACTCGGTGCATCTCGTGATGGAGC
TTTGCGCGGGAGGCGAGCTTTTTCACAAGCTGGAGAAGTATGGGAGGTACTCTGAGGTTC
GTGCCAGGGTGCTGTTTAAGCATTTGATGCAGGTGGTTAAGTTTTGTCATGATAATGGTA
TTGTCCACCGGGACTTGAAGCCGGAGAACGTTCTCATGGCCACGGTGTCTTCTTCCTCTC
CCATCAAACTAGCTGACTTTGGTCTGGCAACTTACATCAAGCCCGGGGAGAAGCTAAGCG
GGACAGTTGGTAGTCCGTTTTATATAGCACCGGAGGTGTTGTCAGGGGGGTATAACGAAG
CAGCAGATGTATGGAGTGCAGGGGTTATTTTGTACATACTTCTCAGTGGAGTGCCTCCCT
TTTGGGGAAAGACTAAGTCAAAGATTTTTGATGCTGTCAGGGCTGCAGATTTGAGGTTTT
CTGGTGAGCCATGGGACAGTATCACTTCACACGCCAAGGATCTGATCCGTGGGATGCTCT
GTGTTGATCCTTCACAGAGGTTATCAGCTGATGATGTTCTAGCTCACTCATGGATGGAGG
AGTTAACTGAATCAGGAGAAGGACAACATGATCAAGATGGGTTTGGATGTAAAGGACTGG
AGAATGGTGGATGCTCTTTCTCCACAGGATATGTTTCTCGGGAGCAAGACTATAGCTTTA
GTAGCATGGGGCAGTTAGAGCCGTTGGCTGATAAC


BQ
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AF RR1AC65TF U 1
AF RR1A261TF U 624
BS 1 688 RR1AC65TF
BS 689 1295 RR1A261TF

RD RR1AC65TF 688 0 0
GGACAGAGACAGAGTAGAGGAGAGGACTGACTCTCGTCTCGTCCCTTCGCTGCAACCAAT
AGCTCTTCTCTCTGCTCTTCAACGGATTCCTCTTTGGCCAGAAAAAGGTCTTGAGGATTC
TAAGGAGAATGCAACTTGCGTAGGTAGACTTATAGCAACTAAGAGAAGACTCGCCTGCCT
TGATTTATCTGAGGAGAAGTATAAAGTTTTGATCTTTGGAGATGGGTATGGACCTAGCTG
CTGATAAGGAGAACAACACAAGCTTACCTTCTTCATTTGAATCCTGCAACTGCTACAAAG
TCGCAAACCTCACAGAAACAATCCTAAACCCTGTGAACGTTTCTAATCTAAGAGACCGTT
ACGTGCTAGGGGAACAGCTAGGCTGGGGACAGTTCGGTGTGATCAGAGTCTGTTCCGACA
AGTCGACAGGAGAGAGGCTCGCTTGCAAGTCCATCTCAAAGGACAGGCTCGTGACGCGAG
ACGACATGAAGAGCATCAAGCTCGAGATTGCCATCATGACTAAGTTATCCGGACACCCTA
ACGTCGTGGATCTCAAGGCGGTTTACGAGGAGGAGGACTCGGTGCATCTCGTGATGGAGC
TTTGCGCGGGAGGCGAGCTTTTTCACAAGCTGGAGAAGTATGGGAGGTACTCTGAGGTTC
GTGCCAGGGTGCTGTTTAAGCATTTGAT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1A261TF 672 0 0
CACAAGCTGGAGAAGTATGGGAGGTACTCTGAGGTTCGTGCCAGGGTGCTGTTTAAGCAT
TTGATGCAGGTGGTTAAGTTTTGTCATGATAATGGTATTGTCCACCGGGACTTGAAGCCG
GAGAACGTTCTCATGGCCACGGTGTCTTCTTCCTCTCCCATCAAACTAGCTGACTTTGGT
CTGGCAACTTACATCAAGCCCGGGGAGAAGCTAAGCGGGACAGTTGGTAGTCCGTTTTAT
ATAGCACCGGAGGTGTTGTCAGGGGGGTATAACGAAGCAGCAGATGTATGGAGTGCAGGG
GTTATTTTGTACATACTTCTCAGTGGAGTGCCTCCCTTTTGGGGAAAGACTAAGTCAAAG
ATTTTTGATGCTGTCAGGGCTGCAGATTTGAGGTTTTCTGGTGAGCCATGGGACAGTATC
ACTTCACACGCCAAGGATCTGATCCGTGGGATGCTCTGTGTTGATCCTTCACAGAGGTTA
TCAGCTGATGATGTTCTAGCTCACTCATGGATGGAGGAGTTAACTGAATCAGGAGAAGGA
CAACATGATCAAGATGGGTTTGGATGTAAAGGACTGGAGAATGGTGGATGCTCTTTCTCC
ACAGGATATGTTTCTCGGGAGCAAGACTATAGCTTTAGTAGCATGGGGCAGTTAGAGCCG
TTGGCTGATAAC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL5284Contig1 311 2 1 U
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GACATGTTTGGTCTCACCGCGCCTAGAGCCACCAGGCTCATCGCTGTTCCGAGCTACCGG
CTAAAATGTCCGATGGTGATTTGAAATGCGTGTTGTTTGATTCAACTGTTCGCTGTTTTC
ATGACTCCTTATACAATGTGTTGTTGTTTTGTTTTTGTTGAACTGTTTGCTGTTTCTCAA
CTGTTTGCTGTTTTCATGATACAATGTGTTGTTGTGGTTTAATATTCCAATCTGTTTGCC
CAATTATTCAC


BQ
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AF RR1AQ92JQ C 1
AF RR1AQ92TF U 1
BS 1 311 RR1AQ92TF

RD RR1AQ92JQ 311 0 0
GTCCATTCATTTGACTGGGAGTTGCCGGAAGGAGTTAGCTCCGGTGATCTGGATATGACC
GACATGTTTGGTCTCACCGCGCCTAGAGCCACCAGGCTCATCGCTGTTCCGAGCTACCGG
CTAAAATGTCCGATGGTGATTTGAAATGCGTGTTGTTTGATTCAACTGTTCGCTGTTTTC
ATGACTCCTTATACAATGTGTTGTTGTTTTGTTTTTGTTGAACTGTTTGCTGTTTCTCAA
CTGTTTGCTGTTTTCATGATACAATGTGTTGTTGTGGTTTAATATTCCAATCTGTTTGCC
CAATTATTCAC

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR1AQ92TF 311 0 0
GTCCATTCATTTGACTGGGAGTTGCCGGAAGGAGTTAGCTCCGGTGATCTGGATATGACC
GACATGTTTGGTCTCACCGCGCCTAGAGCCACCAGGCTCATCGCTGTTCCGAGCTACCGG
CTAAAATGTCCGATGGTGATTTGAAATGCGTGTTGTTTGATTCAACTGTTCGCTGTTTTC
ATGACTCCTTATACAATGTGTTGTTGTTTTGTTTTTGTTGAACTGTTTGCTGTTTCTCAA
CTGTTTGCTGTTTTCATGATACAATGTGTTGTTGTGGTTTAATATTCCAATCTGTTTGCC
CAATTATTCAC

QA 1 311 1 311
DS 



AS 1 2

CO CL5285Contig1 390 2 2 U
GGGCACAACAACCACCATGCGTTCGAGTCGTCAGCTAGACAAGGTCTCGAATGGTGGCAA
ATCGACATTTCTTGGTACATTGTCCGGTTTCTTGAGATTATCGGTTTAGCATATGACGTG
AAACTGCCAACGGAATCTCAGCGACGTCGTATGGCTATTGTTCGTTGAACTGCGGGAAAA
CAAAAAGAGGAGAGATTTATTCTATGTAATTAGAATAATTTCTAGTCCTAAAAAGAGTTT
ATTGTTTTTATTTTATTTATTTTACTTTGAAGTTTTGGGTAAACTCAATGAACGTTTCCG
ATGTGTTTGTGTTGGAACAAGTTGATTAAGATATTTGTCGTAATTTGGTTCTCATAATCC
TCGGTGCGGAGGCAAACGTTTACTAAAAAA


BQ
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AF RR1CT21JQ C 1
AF RR1CT21TF U 1
BS 1 384 RR1CT21TF
BS 385 390 RR1CT21JQ

RD RR1CT21JQ 390 0 0
GGGCACAACAACCACCATGCGTTCGAGTCGTCAGCTAGACAAGGTCTCGAATGGTGGCAA
ATCGACATTTCTTGGTACATTGTCCGGTTTCTTGAGATTATCGGTTTAGCATATGACGTG
AAACTGCCAACGGAATCTCAGCGACGTCGTATGGCTATTGTTCGTTGAACTGCGGGAAAA
CAAAAAGAGGAGAGATTTATTCTATGTAATTAGAATAATTTCTAGTCCTAAAAAGAGTTT
ATTGTTTTTATTTTATTTATTTTACTTTGAAGTTTTGGGTAAACTCAATGAACGTTTCCG
ATGTGTTTGTGTTGGAACAAGTTGATTAAGATATTTGTCGTAATTTGGTTCTCATAATCC
TCGGTGCGGAGGCAAACGTTTACTAAAAAA

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR1CT21TF 384 0 0
GGGCACAACAACCACCATGCGTTCGAGTCGTCAGCTAGACAAGGTCTCGAATGGTGGCAA
ATCGACATTTCTTGGTACATTGTCCGGTTTCTTGAGATTATCGGTTTAGCATATGACGTG
AAACTGCCAACGGAATCTCAGCGACGTCGTATGGCTATTGTTCGTTGAACTGCGGGAAAA
CAAAAAGAGGAGAGATTTATTCTATGTAATTAGAATAATTTCTAGTCCTAAAAAGAGTTT
ATTGTTTTTATTTTATTTATTTTACTTTGAAGTTTTGGGTAAACTCAATGAACGTTTCCG
ATGTGTTTGTGTTGGAACAAGTTGATTAAGATATTTGTCGTAATTTGGTTCTCATAATCC
TCGGTGCGGAGGCAAACGTTTACT

QA 1 384 1 384
DS 



AS 1 2

CO CL5286Contig1 1181 2 4 U
GTGTTCTTTAAGTTCGGACAGTCCCATCGAGGATCGGCGACGCGACCTTGAGAATGTTAC
AGATCATCTTAAGGGTCCTAGCCAGATCAATGAAAGGGCCTCTAAGTGTTTGTACTCGGT
TGTTCTTGGTTATCATCCTGTAACAAACCTAGTTGGCTCCATGTTGCTTCTTGTATACGT
AAGCTTCACCGTGAAAGATGTTCTTAGTTCCAAGGCTATCTCACCTCTCACCTTCTCGGT
CTTCACAACTGTGTCTACGTTTTCAAACTGCGGATTTGTCTCCACGAACGAGAACATGGT
CATCTTCCGCAAGAACTCAGGTCTCCTCTGGCTCTTAATTCCTCAAGTATTCATGGGAAA
CACTTTGTTTCCGTGCTTCTTGGTATTCATTATATGGGGACTTGGGAAGATCACAAAGCG
CGAAGAATTTGGTTATATTCTCAAGAATCACAAGAAGATGGGATACTCTCCTTTACTCTC
CGTTCGTCTCTGTGTCCTTCTTTGTTTGACAGCGTTAGGACTCGTGATGATACAATTTCT
TCTCTTCTGTACCTTTGAGTGGAACTCTGAGTCTCTTGAAGGAATGAACTCCTACCAGAA
GTCGGTTGGATCTTTTTTTCAAGTGGTGAACTCCAGACACACTGGAGAAACCATTGTCGA
TCTTTCCACACTTTCCCCAGCTATCTTGATACTCTTCATTTTTATGATGTATCTTCCTGC
CTATACATTGTTCATGCCGTTCGCCAAAGAGAATAATAAAAAAGAGGGAGAATATGATTC
CACTAACGAGAAAAAGGTAAAGAAGAATGGTATCTATGTGTCACAACTTGCCTTTCTGGT
GATATGTGTCTTTCTCATCTCGATCACCGAAAGTAAGAAAATAAGGCGAGATCCACTCAA
TTTCAGCGTCCTTAACATCACTCTCGAAGTTATCAGTGCTTATGGAAACGTGGGATTCTC
GACCGGTTACAGCTGTGAACGGCGCCTAGACATTAGAGATGGTAACTGCAAAGACGCAGG
TTATGGGTTCGCGGGACGATGGAGTCCTGTTGGAAAAATCATATTAATAATAGTAATGTT
TTATGGTAAATTTAAGCAGTTCTCGGCCAAATCTGGGCGAACGTGGATACTTTATCCTTC
CTCTCTCTAACATGTAAAGTAATAAAATAAAATATTTATCC


BQ
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AF RR1GG90TF U 1
AF RR1GG90JQ C 448
BS 1 752 RR1GG90TF
BS 753 753 RR1GG90JQ
BS 754 762 RR1GG90TF
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CACTTTGTTTCCGTGCTTCTTGGTATTCATTATATGGGGACTTGGGAAGATCACAAAGCG
CGAAGAATTTGGTTATATTCTCAAGAATCACAAGAAGATGGGATACTCTCCTTTACTCTC
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TCTTTCCACACTTTCCCCAGCTATCTTGATACTCTTCATTTTTATGATGTATCTTCCTGC
CTATACATTGTTCATGCCGTTCGCCAAAGAGA*TAATAAAAA

QA 1 762 1 762
DS 

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TGAGTCTCTTGAAGGAATGAACTCCTACCAGAAGTCGGTTGGATCTTTTTTTCAAGTGGT
GAACTCCAGACACACTGGAGAAACCATTGTCGATCTTTCCACACTTTCCCCAGCTATCTT
GATACTCTTCATTTTTATGATGTATCTTCCTGCCTATACATTGTTCATGCCGTTCGCCAA
AGAGAATAATAAAAAAGAGGGAGAATATGATTCCACTAACGAGAAAAAGGTAAAGAAGAA
TGGTATCTATGTGTCACAACTTGCCTTTCTGGTGATATGTGTCTTTCTCATCTCGATCAC
CGAAAGTAAGAAAATAAGGCGAGATCCACTCAATTTCAGCGTCCTTAACATCACTCTCGA
AGTTATCAGTGCTTATGGAAACGTGGGATTCTCGACCGGTTACAGCTGTGAACGGCGCCT
AGACATTAGAGATGGTAACTGCAAAGACGCAGGTTATGGGTTCGCGGGACGATGGAGTCC
TGTTGGAAAAATCATATTAATAATAGTAATGTTTTATGGTAAATTTAAGCAGTTCTCGGC
CAAATCTGGGCGAACGTGGATACTTTATCCTTCCTCTCTCTAACATGTAAAGTAATAAAA
TAAAATATTTATCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL5287Contig1 1178 2 4 U
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CCGAAGATCCGAACACTCAAGACGGATCATCTGATTCTGTTTTGGAGAATAATGAACCCC
GAGATAGCGAGTTTCGATTACTGGTTTAATTGGAGAGTGCTTCTCTGCGCGGTATGGGTG
CTGGCTCCGATGGTTGTTGCTCTCTTCGTTATATACAAGTACGAAGACAGCTCTGTTGAA
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GATGCTTGGAGACCTTGTTTTGAGCGAATCCACCCGGGTTGGTTGTTGGGTTTCCGGATC
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ATCTACTACTACTACACTCAGTGGACTTACACGTTGATAGCAATCTACTTTGGGATGGGA
TCAGTGCTTTCTGTTTACGGGTGTTTTCAACACAAGAAGCAACTGAGAACTAGACTAGCG
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AAGAGTAAAGCTTCTGATTCGAAGGCACTACAGTCCTCTGTCCATCTCTTCCAGATTATA
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CCGTTTCTGTCTTTACAAGACTATGAGATGGGTTTTCATGACTGTGAATTTGCATACTAG
CAACCTCTTTTTGCTGCTCTGTGACACAACTCTTAACCGTCTGAGGTTTCCCATGTTCAG
GTTCGCGTACTTCATCTTGTGGACAGGATGTTTCGTTATTTTCCAATGGATTCTCCATCT
TTTTGTCTTCGTTGGGTGGCCATATCCATTTCTCGACCTGTCACTTCCAATGGCTCCAGT
GTGGTATTTGTTGGTGGCACTCCTGCATCTTCCTTCTTATGGACTCTATGCATTATTCGT
CAGAATCAAATACAAACTGAAGAGTTTTGCGTCGTGAGAATCAATCTTCATTTCATTTTA
AAGGGTTTCAACAATGAATGTGAACATAAGTTTATTAGCATATATACCCATGTCTAAAAA
TTCTCAGAACAGATGAATATAATCACCACAGTTTTTTT


BQ
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AF RR1CN46TF U 1
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BS 1 737 RR1CN46TF
BS 738 738 RR1CN46JQ
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BS 783 1178 RR1CN46JQ

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GATGCTTGGAGACCTTGTTTTGAGCGAATCCACCCGGGTTGGTTGTTGGGTTTCCGGATC
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TCAGTGCTTTCTGTTTACGGGTGTTTTCAACACAAGAAGCAACTGAGAACTAGACTAGCG
GACGATGCAGAGAGTGGATTACGTTTGCCTCTTAATGGGGAGAAAATGGTTTTGCTCGAG
AAGAGTAAAGCTTCTGATTCGAAGGCACTACAGTCCTCTGTCCATCTCTTCCAGATTATA
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CA
CTCTTTTGCTGCTCTGTG

QA 1 782 1 782
DS 

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ACTGAGAACTAGACTAGCGGACGATGCAGAGAGTGGATTACGTTTGCCTCTTAATGGGGA
GAAAATGGTTTTGCTCGAGAAGAGTAAAGCTTCTGATTCGAAGGCACTACAGTCCTCTGT
CCATCTCTTCCAGATTATATTTCAGATGAGTGCTGGAGCAGCAGTGCTTACAGACAGTAT
TTACTGGACCGTGATTTTCCCGTTTCTGTCTTTACAAGACTATGAGATGGGTTTTCATGA
CTGTGAATTTGCATACTAGCAACCTCTTTTTGCTGCTCTGTGACACAACTCTTAACCGTC
TGAGGTTTCCCATGTTCAGGTTCGCGTACTTCATCTTGTGGACAGGATGTTTCGTTATTT
TCCAATGGATTCTCCATCTTTTTGTCTTCGTTGGGTGGCCATATCCATTTCTCGACCTGT
CACTTCCAATGGCTCCAGTGTGGTATTTGTTGGTGGCACTCCTGCATCTTCCTTCTTATG
GACTCTATGCATTATTCGTCAGAATCAAATACAAACTGAAGAGTTTTGCGTCGTGAGAAT
CAATCTTCATTTCATTTTAAAGGGTTTCAACAATGAATGTGAACATAAGTTTATTAGCAT
ATATACCCATGTCTAAAAATTCTCAGAACAGATGAATATAATCACCACAGTTTTTTT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL5288Contig1 1217 2 6 U
GGATCCCCAATGGTCCTATAAAGAAACAAGAACATCCCAAAAGAGAGAGACAAAATATAA
AAATGTTTATCCATGAAATTATATTCATGGTCATAACAACTATACAAATATTGACGAGAT
GCTATGCAAATGCCACCAACGAGACTATCAACAACGCATCAATGTTCCCGGCGATTCTTG
TGTTCGGAGACTCCACAATCGACACCGGAAACAACAACTACATTAGTACAATCATCCGGG
CTAACTTTCCTCCTTACGGCTGCAACTTCCCCGGCCATCACGCGACCGGAAGATTCTCTA
ACGGTAGACTCATCCCTGACTTCATTGCATCCCTTATGGGAATAAAAGACACGGTTCCTC
CATTCCTTGACCCGCATTTGTCGGATTCAGATATTCTCACCGGAGTGTGCTTTGCCTCGG
CCGGTTCAGGTTACGACAACTACACAGATCTCGCTACTTTAAGTCTATCCGTAGACAAAC
AGGCAGACATGTTCAGAAGTTACGTGGCAAGGCTGAGCAGGATCGTTGGTGAAGAGAAGG
CGGCTAAGATAGTCAGTGAGGCTCTGGTCATAGTAAGCTCGGGAACTAACGATTTTGATA
TAAATCTATACGATACACCTTCTCCTCGTATCAAGCTCGGTGTTGAAGGTTATCAAGATT
TCATTCTCTCGGGTGTACACAACTTCGTTCAAGGACTATATAATATTGGCTGCCGGAAAA
TAATGGTATTAGGACTACCACCGATTGGATGTTTACCGGTACAGATGACGTTTGCTAGGC
AAAAACAGAACGAGAGACGATGCATCGACAAACAAAACTCAGATTCACAAGAGTATAATG
AAAAACTAAAGAAGTCCTTGACGGATATTCAATCTAATCTCACTGGTAGTGTCATCTTCT
ACGCCGATATCTACGCAGCAATATTGGACATGGCTACCAATCCCCAAAGTTACGGAATAA
AGGAGACAACGAGAGGATGCTGCGGAACAGGAGAGCTGGAGCTATCATACTTGTGCAATC
CTTTAACTCGGACTTGTTCCGACGCTAATGACTACCTTTTCTGGGACGACATTCATCCTA
CACAACATGCTTACCTCGTCGTTAGTCTCAGTCTTGTAGATCAAATCCTTCACGTACTTC
AATGATAAAAAGATTCATTTGATATATCATCTGTATACATGAGGTTAGTTATAAGCAATG
TACTATACTATTTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP15TF U 1
AF RR1CP15JQ C 386
BS 1 648 RR1CP15TF
BS 649 649 RR1CP15JQ
BS 650 693 RR1CP15TF
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BS 716 1217 RR1CP15JQ

RD RR1CP15TF 715 0 0
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AAATGTTTATCCATGAAATTATATTCATGGTCATAACAACTATACAAATATTGACGAGAT
GCTATGCAAATGCCACCAACGAGACTATCAACAACGCATCAATGTTCCCGGCGATTCTTG
TGTTCGGAGACTCCACAATCGACACCGGAAACAACAACTACATTAGTACAATCATCCGGG
CTAACTTTCCTCCTTACGGCTGCAACTTCCCCGGCCATCACGCGACCGGAAGATTCTCTA
ACGGTAGACTCATCCCTGACTTCATTGCATCCCTTATGGGAATAAAAGACACGGTTCCTC
CATTCCTTGACCCGCATTTGTCGGATTCAGATATTCTCACCGGAGTGTGCTTTGCCTCGG
CCGGTTCAGGTTACGACAACTACACAGATCTCGCTACTTTAAGTCTATCCGTAGACAAAC
AGGCAGACATGTTCAGAAGTTACGTGGCAAGGCTGAGCAGGATCGTTGGTGAAGAGAAGG
CGGCTAAGATAGTCAGTGAGGCTCTGGTCATAGTAAGCTCGGGAACTAACGATTTTGATA
TAAATCTATACGATACACCTTCTCCTCGTATCAAGCTCGGTGTTGAAG*TTATCAAGATT
TCATTCTCTCGGGTGTACACAACTTCGTTCAAG*ACTATATAATATTGGCTGCCG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1CP15JQ 832 0 0
GATCAGATA
TCTCACCGGAGTGTGCTT*GCCTCGGCCGGTTCAGGTTACGACAACTACACAGATCTCGC
TACTTTAAGTCTATCCGTAGACAAACAGGCAGACATGTTCAGAAGTTACGTGGCAAGGCT
GAGCAGGATCGTTGGTGAAGAGAAGGCGGCTAAGATAGTCAGTGAGGCTCTGGTCATAGT
AAGCTCGGGAACTAACGATTTTGATATAAATCTATACGATACACCTTCTCCTCGTATCAA
GCTCGGTGTTGAAGGTTATCAAGATTTCATTCTCTCGGGTGTACACAACTTCGTTCAAGG
ACTATATAATATTGGCTGCCGGAAAATAATGGTATTAGGACTACCACCGATTGGATGTTT
ACCGGTACAGATGACGTTTGCTAGGCAAAAACAGAACGAGAGACGATGCATCGACAAACA
AAACTCAGATTCACAAGAGTATAATGAAAAACTAAAGAAGTCCTTGACGGATATTCAATC
TAATCTCACTGGTAGTGTCATCTTCTACGCCGATATCTACGCAGCAATATTGGACATGGC
TACCAATCCCCAAAGTTACGGAATAAAGGAGACAACGAGAGGATGCTGCGGAACAGGAGA
GCTGGAGCTATCATACTTGTGCAATCCTTTAACTCGGACTTGTTCCGACGCTAATGACTA
CCTTTTCTGGGACGACATTCATCCTACACAACATGCTTACCTCGTCGTTAGTCTCAGTCT
TGTAGATCAAATCCTTCACGTACTTCAATGATAAAAAGATTCATTTGATATATCATCTGT
ATACATGAGGTTAGTTATAAGCAATGTACTATACTATTTTTCG

QA 10 832 10 832
DS 



AS 1 2

CO CL5289Contig1 730 2 2 U
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AGTCCTCACCGGAAGCCAAAGCGGCCAACCACCGGAACTGAATGCCACTCACCGAGTAAC
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GATAAACCAGCCCACAACTGGGGAAGGAAAGACCATTCCGATGAAAATCGAAACCCAACT
GAATCTAGAGGTTAAACATGGAGGCTAGGAGTGGAGAAGAAAATATAAAAAACAAAAGAA
AAATAAAACAGCAGAAATATAAACGCCGGATGAACCAGTAAAGAGTCAGCCGTCTACACC
AAAGGATAAGGAGCAATGACAGAGTCAAGAGCCGGCAAACGATACTGAAAAAGCCATCTT
TTCTGGAAGGGAGTCCGATCACTCGGGAACCGAACTCATGTCATCTTCTATCTTCTAAAA
GATATATGATTTGATAAGAAAGTGGAAATAAAGAGAGTTTTCTCTCTCTAACAGAAAAGA
GAGAGAGATTGAAGCATTCAATTCAAGTTTTAGTTTGAGAAATTGTCTACTATATACCTA
AAAGCACAATTTTATTATTTAACCAAAAACATCCTCTTTATTTTTCTTCATATCTTTTTC
TAAATGTTCACTAAAAATTTTAATATCTTTTTAATTACTAGGAAAATAAAGCCTTTTAGT
TTTCCATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E959TF U 1
AF RR1E959JQ C 43
BS 1 412 RR1E959TF
BS 413 730 RR1E959JQ

RD RR1E959TF 412 0 0
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GATAAACCAGCCCACAACTGGGGAAGGAAAGACCATTCCGATGAAAATCGAAACCCAACT
GAATCTAGAGGTTAAACATGGAGGCTAGGAGTGGAGAAGAAAATATAAAAAACAAAAGAA
AAATAAAACAGCAGAAATATAAACGCCGGATGAACCAGTAAAGAGTCAGCCGTCTACACC
AAAGGATAAGGAGCAATGACAGAGTCAAGAGCCGGCAAACGATACTGAAAAA

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1E959JQ 688 0 0
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TGCCACTCACCGAGTAACAACACAAGCAGAAAAAGAGGGCAAGACCGCCATCACTTCAAA
GAAGAAGATAAGTTCGAAGATAAACCAGCCCACAACTGGGGAAGGAAAGACCATTCCGAT
GAAAATCGAAACCCAACTGAATCTAGAGGTTAAACATGGAGGCTAGGAGTGGAGAAGAAA
ATATAAAAAACAAAAGAAAAATAAAACAGCAGAAATATAAACGCCGGATGAACCAGTAAA
GAGTCAGCCGTCTACACCAAAGGATAAGGAGCAATGACAGAGTCAAGAGCCGGCAAACGA
TACTGAAAAAGCCATCTTTTCTGGAAGGGAGTCCGATCACTCGGGAACCGAACTCATGTC
ATCTTCTATCTTCTAAAAGATATATGATTTGATAAGAAAGTGGAAATAAAGAGAGTTTTC
TCTCTCTAACAGAAAAGAGAGAGAGATTGAAGCATTCAATTCAAGTTTTAGTTTGAGAAA
TTGTCTACTATATACCTAAAAGCACAATTTTATTATTTAACCAAAAACATCCTCTTTATT
TTTCTTCATATCTTTTTCTAAATGTTCACTAAAAATTTTAATATCTTTTTAATTACTAGG
AAAATAAAGCCTTTTAGTTTTCCATCCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL5290Contig1 1093 2 10 U
GGAATATTGAAAATAAAGACAACAATTTCTACCAAAAAAAAAAGGAAATGGTGTCATTGT
TCTCTGTTGTTTTTACTGGTCTTGCTCTTATTCTCATCCCTGGGCTCTTCATCTCTTGGC
GTCTAAGTGTGCCTATCTCCTTCAAAAATATCCTCGGATTCATTAAGCTCGCAACTTCTC
GGCACGATGATGAGGAAGAGAGGAACGAGAAACGTGACGAGGGAACTTATGTGAACCTGG
GAGAGGAGGGGACAACTTCAGGGCTTGTGAGAGAGCTGATGCCGAGACACGTGGCAGTGA
TAATGGACGGAAACAGGAGATGGGCCGAACGGGGCGGATTGCTGACGTTACAAGGCCACG
AGGCAGGAGCCAAACGGCTTTTAGAGTTCGCTGATCTCTGCTTCAAACTAGGGATAGAAA
CAGTGTCAGCTTTTGCTTTCTCCACTGAGAATTGGGGAAGACAAAAGGTCGAAGTTAATT
GCTTGATGTTTTTGTTCGAAAGATACCTCAACTCAAAGTTACAATATTTCAAAAGAGAGG
AAATCCGAGTTTCTGTTATTGGGAATCTTGGAAAGATCCCGGAATCTCTCCTCAAGACAA
TCAAAGAGCTAAAGGAATCTACGAAGAGCTACAAGAAGAAACATCTCATCTTGGCCATAG
ATTACAGCGGGAGATTCGACATCTTGCACGCCTGCAAGAGTCTTATGAAGAAATCACAAC
AAGGCTTGATCAGTGAGGAAGACGTGGACGAGACGCTTTTCGAGGGAGAGCTTGTGACAA
AGTGTGCTGAGTTCCCAAGTCCCGATCTATTGATTAGGACAAGTGGAGAACAGAGGATTA
GTAACTTCTTCTTGTGGCAGCTCGCTTATACGGAGCTCTTCTTCTCACCGGTCCTTTGGC
CTGATTTTAATGAAGACAAGTTGCTAGAGGCCCTGGTTTCGTACCAGTGCAGGGAAAGAC
GATTTGGACGTCGGCTTTGATGGCATATGATCCTATGTTCTATAGAAGAATCTAGGAGAT
CGTAAATATCATTGTTAATATTGGATATTCTGTAAGACCCGAACCCGGCTGGCTAGGCCG
CGGTCGATGCCTC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG62TF U 1
AF RR1GG62JQ C 489
BS 1 723 RR1GG62TF
BS 724 724 RR1GG62JQ
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BS 781 781 RR1GG62JQ
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BS 794 808 RR1GG62TF
BS 809 1093 RR1GG62JQ

RD RR1GG62TF 808 0 0
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TCTCTGTTGTTTTTACTGGTCTTGCTCTTATTCTCATCCCTGGGCTCTTCATCTCTTGGC
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GGCACGATGATGAGGAAGAGAGGAACGAGAAACGTGACGAGGGAACTTATGTGAACCTGG
GAGAGGAGGGGACAACTTCAGGGCTTGTGAGAGAGCTGATGCCGAGACACGTGGCAGTGA
TAATGGACGGAAACAGGAGATGGGCCGAACGGGGCGGATTGCTGACGTTACAAGGCCACG
AGGCAGGAGCCAAACGGCTTTTAGAGTTCGCTGATCTCTGCTTCAAACTAGGGATAGAAA
CAGTGTCAGCTTTTGCTTTCTCCACTGAGAATTGGGGAAGACAAAAGGTCGAAGTTAATT
GCTTGATGTTTTTGTTCGAAAGATACCTCAACTCAAAGTTACAATATTTCAAAAGAGAGG
AAATCCGAGTTTCTGTTATTGGGAATCTTGGAAAGATCCCGGAATCTCTCCTCAAGACAA
TCAAAGAGCTAAAGGAATCTACGAAGAGCTACAAGAAGAAACATCTCATCTTGGCCATAG
ATTACAGCGGGAGATTCGACATCTTGCACGCCTGCAAGAGTCTTATGAAGAAATCACAAC
AAG*CTTGATCAGTGAGGA*GACGTGGACGAGACGCTTTTCGAGGGAGAGCTTGTGACAA
*GTGTGCTGAGT*CCCAAGTCCCGATCT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1GG62JQ 605 0 0
TTTTTGTTCGAAAGATACCTCAACTCAAAGTTACAATATTTCAAAAGAGAGGAAATCCGA
GTTTCTGTTATTGGGAATCTTGGAAAGATCCCGGAATCTCTCCTCAAGACAATCAAAGAG
CTAAAGGAATCTACGAAGAGCTACAAGAAGAAACATCTCATCTTGGCCATAGATTACAGC
GGGAGATTCGACATCTTGCACGCCTGCAAGAGTCTTATGAAGAAATCACAACAAGGCTTG
ATCAGTGAGGAAGACGTGGACGAGACGCTTTTCGAGGGAGAGCTTGTGACAAAGTGTGCT
GAGTTCCCAAGTCCCGATCTATTGATTAGGACAAGTGGAGAACAGAGGATTAGTAACTTC
TTCTTGTGGCAGCTCGCTTATACGGAGCTCTTCTTCTCACCGGTCCTTTGGCCTGATTTT
AATGAAGACAAGTTGCTAGAGGCCCTGGTTTCGTACCAGTGCAGGGAAAGACGATTTGGA
CGTCGGCTTTGATGGCATATGATCCTATGTTCTATAGAAGAATCTAGGAGATCGTAAATA
TCATTGTTAATATTGGATATTCTGTAAGACCCGAACCCGGCTGGCTAGGCCGCGGTCGAT
GCCTC

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL5291Contig1 1302 2 2 U
ATAACCTTTTTTATATTTTTCGTTTTTTCTTTGATTTTTTTATCTGAAAAATGAAAAATT
TCTTTCTTTGGAATTTGTTTTTAAAAATGAAAATTTTGGAAGAATTTTGATCTTTTAAAG
GAAAAATAAAATTTTATTTTTACTTTTAGTTTCAAAATTAATTTTATAAAAAAATTCTTT
ATTTTCATATTTTTGGAATTTTAAAGACCTTTTAAATTTTTAGAGAATTTTTTTATATTC
ATAATCAGTACCAAATAAAACAAATGTGTTAACACATACATTGAATGTACCACTAGGCTA
GTGGTAAAAGGCTAGTGGTAAAATACTTTGCCATTTGATCCAAACAACCTGGGTTCGAAA
CCAGTTCTCTTCAGGTTTTTATTTTCAAATCGTGTAAAACGAAACGACGTTGTTTTACTT
AACGCCAACAGTTAATATTGAGTTAATGATGTCTTAATTCTCGTTTAATGGTGTGCTAAT
CTGGTTAGTTTTTATTGGCCATGCAAGTGTACATGATTTTTTTGGTAATTCCAGAAAAGT
TTAGGACCGAATTCCCAAATAAAAACACATTTTTAATATTTGTTATTGTGTAGTCAACAA
TTTGTTTTGTGCATGTCTTTTTGGGCGACAAGTTTCACAAACATACGTTACAAGTCGGAC
CTAGCCTCGGTGATTCCGCATTGACTGATTCGCCTGTCCAATTGGTGTTAGTAATTAATT
TATTACTCTTTGACTGATTCTAATTTATTACTCTTAAAAAACGTTTGACTAATTACTACG
AAAGCGCTATATATATGGACTGAATCTGTTGAGCCATCCCAAATTACTTCAAATTCAACT
CCAGTATAGCAATCATATTGAGAAATCCTGCATCAATGAAAAATTCACTAAAATTTTGTG
TTGCTTTTCTGATCATGGTTCTTTTGTTTGATCCGAGTCATGAGTTACCACCGTTTTGGC
CCCGAACCGTCCTCACGATGACAAATAATCTTGGAGGTCCACTTCTTACGGTTCATTGCA
AATCCAAAGATAACGATTTGGGGGTTCAAAAGTTGGCTGCCAACACAGATTACCACTTTT
CATTTCAGCCAAATATATGGAAATCAACACTGTTCTTCTGCAGCTTCCAATGGAACAATC
AGGTCAAGCATTTTGATATATTTGATGCTCAGAGAGATCAAGATGACGGTTATAAATTTA
CCTGGACTATCAAACCTGATGGCCCATGCAAGCTTGGTAAAAAAGTTAAATGTTTCCCAT
GGGAATGATTTGATAATATATGATTGTGTTGATAAATATATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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ATTTTCATATTTTTGGAATTTTAAAGACCTTTTAAATTTTTAGAGAATTTTTTTATATTC
ATAATCAGTACCAAATAAAACAAATGTGTTAACACATACATTGAATGTACCACTAGGCTA
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TTAGGACCGAATTCCCAAATAAAAACACATTTTTAATATTTGTTATTGTGTAGTCAACAA
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TATTACTCTTTGACTGATTCTAATTTATTACTCTT

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AATATATA

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

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TTTCCCACACCGCCGCGTCAGGTTTGTCTTCGTCTATTCTATCTTCTTCCCGAGTGATAA
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CATCCCGTGTGATTCACACCGTTGGACCTATCTATGACTCAGCTGTCAACCCTAAAGAAT
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BQ
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AF RR1BA61TF U 1
AF RR1BA61JQ C 537
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CCACTGTCTCATCATCCATGGCGGCTTCTGGAGGCGAAGGAGCTGTTTTCAATCTGTCCG
ATTCTAGCCTTCTCAAAATCCTCAAAGGCGACATCACCAAATGGTCCATCGGTGCATCCT
CCGATGCTATTGTGAATCCAGCAAATGAGCGAATGCTAGGTGGTGGTGGTGCAGATGGAG
CAATACATAGAGCTGCTGGGCCACAGCTTAGAGCAGCGTGCTATGAGGTCTCTGAAGTTC
GTCCTGGAGTTCGTTGTCCATTAGGTGAAGCAAGAATCACTCCGGGTTTTAACTTGCCTG
CATCCCGTGTGATTCACACCGTTGGACCTATCTATGACTCAGCTGTCAACCCTAAAGAAT
CCCTCACGAATTCTTACAGAAATAGTCTGAGAGTGGCTAAGGAAAACAACATCAAGTACA
TTGCATTTCCTGCCATATCTTGTGGGATTTACGGATATCCTTTTGATGAAGCTGCTGTGA
TCGGTATATCGACGATCAAAGAGTTCGCCAGTGACTTTAAAGAGGTGCATTTTGTTTTGT
TCGCTGACGATATCTATAGCGTGTGGGTAAACAAAGCAACGGAG*TGCTACAAAAAGCTT
AAGATTCCATTGCATGCTAGCCTAAGTAAACATGAATTGGAAAAATTGCTATGTTAACGT
TGTGTGATGAGAGACGTGTGATGATA*CTCCGCAAAGGAAACGTTTGCTATTTGTGT*GT
GTGATGCGTGCCTTGTGATTT
GAC

QA 1 861 1 861
DS 

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TACATTGCATTTCCTGCCATATCTTGTGGGATTTACGGATATCCTTTTGATGAAGCTGCT
GTGATCGGTATATCGACGATCAAAGAGTTCGCCAGTGACTTTAAAGAGGTGCATTTTGTT
TTGTTCGCTGACGATATCTATAGCGTGTGGGTAAACAAAGCAACGGAGGTGCTACAAAAA
GCTTAAGATTCCATTGCATGCTAGCCTAAGTAAACATGAATTGGAAAAATTGCTATGTTA
ACGTTGTGTGATGAGAGACGTGTGATGATAACTCCGCAAAGGAAACGTTTGCTATTTGTG
TTGTGTGATGCGTGCCTTGTGATTTTGACCGTAATGGTTTTGCTTTTTTTTTTAAGGATT
CAGCATCATTGTAAAAATGGTTTAACGTTACTGC

QA 1 394 1 394
DS 



AS 1 2

CO CL5293Contig1 902 2 2 U
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GCAACTTCAAACAGTCTACAACTTCTCATCCCGGTTCTACGAAGTTTAGGCAACTTTGTC
TCTGTTGATCCCAAAGCAATGTTAACCATACTTATCGGTGGACAGAACACTGAAGAAAAT
GTCATTGGTGTGCTTGCAAAGTGCTTAAGAAGCGACCACCGGGTCTTGAAGAAGGAAGCT
GCGTGGGTGTTATCTAATATAGCTGCAGGATCTATTGAACACAAGAGAATGATACATTCT
ACTGAAGCAATGCCATTGTTGCTACGGCTTCTCTCGACATCACCCTTTGATATAAGGAAA
GAAGCTGCCTATGTCTTGGGAAATCTGTGTGTGGAATCTGCAGAAGGAGACGCAAGACCG
AGGATAATTCAAGAGCACTTAGCTTCCATTGTCAGTGGCGGTTGCCTCCGGGGTTTTATT
GACCTGGTCAGATCTCCTGATATAGAAGCTGCTAGGCTTGGTCTTCAATTCATTGAGCTG
GTTTTAAGAGGAATGCCAAACGGGGAAGGACCAAAGCTTGTGGAAGGAGAAGACGGGATA
GATGCAATGGAGAGGTTCCAGTTCCATGAAAACGAAGAGCTGAGAGTCATGACAAACAGT
CTTGTGGATAAATACTTTGGTGAAGATTATGGAATCGATGAATGAAGTCCCCTCAGGCTC
AGTGTTCTAGTCTTGTGGGGGAGTAGAAACAAAGTGGGATGATGGAATCAAAAGAAAACC
AGTCATCGCCAACGAAAGAAAGTGTGTGAGAGAGAGTTGACATGTTTAGGGATTGGTTTC
TGTTTCGTTTGTGTTGTTGTAACTTTGTAATACAGTTTTGCCTCACAAGTTGGGATTTTT
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1GV01TF U 1
AF RR1GV01JQ C 209
BS 1 592 RR1GV01TF
BS 593 902 RR1GV01JQ

RD RR1GV01TF 592 0 0
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GCAACTTCAAACAGTCTACAACTTCTCATCCCGGTTCTACGAAGTTTAGGCAACTTTGTC
TCTGTTGATCCCAAAGCAATGTTAACCATACTTATCGGTGGACAGAACACTGAAGAAAAT
GTCATTGGTGTGCTTGCAAAGTGCTTAAGAAGCGACCACCGGGTCTTGAAGAAGGAAGCT
GCGTGGGTGTTATCTAATATAGCTGCAGGATCTATTGAACACAAGAGAATGATACATTCT
ACTGAAGCAATGCCATTGTTGCTACGGCTTCTCTCGACATCACCCTTTGATATAAGGAAA
GAAGCTGCCTATGTCTTGGGAAATCTGTGTGTGGAATCTGCAGAAGGAGACGCAAGACCG
AGGATAATTCAAGAGCACTTAGCTTCCATTGTCAGTGGCGGTTGCCTCCGGGGTTTTATT
GACCTGGTCAGATCTCCTGATATAGAAGCTGCTAGGCTTGGTCTTCAATTCATTGAGCTG
GTTTTAAGAGGAATGCCAAACGGGGAAGGACCAAAGCTTGTGGAAGGAGAAG

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1GV01JQ 694 0 0
GAAGCGACCACCGGGTCTTGAAGAAGGAAGCTGCGTGGGTGTTATCTAATATAGCTGCAG
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GTGTGGAATCTGCAGAAGGAGACGCAAGACCGAGGATAATTCAAGAGCACTTAGCTTCCA
TTGTCAGTGGCGGTTGCCTCCGGGGTTTTATTGACCTGGTCAGATCTCCTGATATAGAAG
CTGCTAGGCTTGGTCTTCAATTCATTGAGCTGGTTTTAAGAGGAATGCCAAACGGGGAAG
GACCAAAGCTTGTGGAAGGAGAAGACGGGATAGATGCAATGGAGAGGTTCCAGTTCCATG
AAAACGAAGAGCTGAGAGTCATGACAAACAGTCTTGTGGATAAATACTTTGGTGAAGATT
ATGGAATCGATGAATGAAGTCCCCTCAGGCTCAGTGTTCTAGTCTTGTGGGGGAGTAGAA
ACAAAGTGGGATGATGGAATCAAAAGAAAACCAGTCATCGCCAACGAAAGAAAGTGTGTG
AGAGAGAGTTGACATGTTTAGGGATTGGTTTCTGTTTCGTTTGTGTTGTTGTAACTTTGT
AATACAGTTTTGCCTCACAAGTTGGGATTTTTAC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL5294Contig1 971 2 2 U
GGGCCGTCGTCTTTCCTTTCTTTACTTTTGGATCTCTCTATCTTCCGATTCCGAGGGTGC
TTCGTGTTATCAGAAGAGAGAGAGAGAGTATCAATCAATCAATCAGAATGAGTGAGGTGT
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CTGCTATTTCCCTCCACGGAGAGCAAAAGAAGCAGAAGCTCTCTGAAATAAGGTCTGGCC
TCGATAATGCTGAAGCTTTGATTAGGAAAATGGATGTTGAGGCGAGGAGCCTCCCACCGA
GCGTTAAGACCACCCTCCTTGTCAAATTAAGAGAGTTCAAGTCTGATCTCAACAACTTCA
AAACCGAACTCAAGACTATCACCTCCTCTGCTAACTTGAACGCTGCTGCTCGTGACGACT
TGCTCGAGGCTGGCCTTGCTGACACTAAGACGGCTTCAGCTGATCAAAGAGCGAGATTGA
TGATGTCCACTGATCGATTGGGTCGTACCACTGATAGAATCAAGGACAGTCGAAGAATGA
TGATTGAGACTGAAGAGCTTGGCGTCTCTGTCCTCCAAGACTTGCACAGTCAGAGACAGT
CTCTCCTTCGCACTGGCGACACGCTTAGTGGAGTAGACGAAAATGTCGGAAAGAGCAAGA
AAATCTTGACGGGCATGACGAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAGCCATTA
TCACCGCTTTGGTCGCCGCTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAACTCACCAAATAATCCT
CTCTGTATCTATTAAAACACGACCAAATCTTTGTCCCTGATGAACGAATGGTGTGAATGT
TTTATTTATCCGTTTCTGGCTTTCTGTGTGATAAAAGTTATATGTCTTTGCTACCTTTTG
TATTATCTATCACGTTCTCTTGTTTGCGTTTACAGTTGTGTATTTTTATACTAAATGATG
CAAATTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN60TF U 1
AF RR1EN60JQ C 380
BS 1 763 RR1EN60TF
BS 764 971 RR1EN60JQ

RD RR1EN60TF 763 0 0
GGGCCGTCGTCTTTCCTTTCTTTACTTTTGGATCTCTCTATCTTCCGATTCCGAGGGTGC
TTCGTGTTATCAGAAGAGAGAGAGAGAGTATCAATCAATCAATCAGAATGAGTGAGGTGT
TTAACGGATACGAGCGCCAATACTGCGACCTCTCCGCCCATCTTTCCAAGAAATGCTCCT
CTGCTATTTCCCTCCACGGAGAGCAAAAGAAGCAGAAGCTCTCTGAAATAAGGTCTGGCC
TCGATAATGCTGAAGCTTTGATTAGGAAAATGGATGTTGAGGCGAGGAGCCTCCCACCGA
GCGTTAAGACCACCCTCCTTGTCAAATTAAGAGAGTTCAAGTCTGATCTCAACAACTTCA
AAACCGAACTCAAGACTATCACCTCCTCTGCTAACTTGAACGCTGCTGCTCGTGACGACT
TGCTCGAGGCTGGCCTTGCTGACACTAAGACGGCTTCAGCTGATCAAAGAGCGAGATTGA
TGATGTCCACTGATCGATTGGGTCGTACCACTGATAGAATCAAGGACAGTCGAAGAATGA
TGATTGAGACTGAAGAGCTTGGCGTCTCTGTCCTCCAAGACTTGCACAGTCAGAGACAGT
CTCTCCTTCGCACTGGCGACACGCTTAGTGGAGTAGACGAAAATGTCGGAAAGAGCAAGA
AAATCTTGACGGGCATGACGAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAGCCATTA
TCACCGCTTTGGTCGCCGCTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1EN60JQ 592 0 0
CACCTCCTCTGCTAACTTGAACGCTGCTGCTCGTGACGACTTGCTCGAGGCTGGCCTTGC
TGACACTAAGACGGCTTCAGCTGATCAAAGAGCGAGATTGATGATGTCCACTGATCGATT
GGGTCGTACCACTGATAGAATCAAGGACAGTCGAAGAATGATGATTGAGACTGAAGAGCT
TGGCGTCTCTGTCCTCCAAGACTTGCACAGTCAGAGACAGTCTCTCCTTCGCACTGGCGA
CACGCTTAGTGGAGTAGACGAAAATGTCGGAAAGAGCAAGAAAATCTTGACGGGCATGAC
GAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAGCCATTATCACCGCTTTGGTCGCCGC
TATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAACTCACCAAATAATCCTCTCTGTATCTATTAAAACA
CGACCAAATCTTTGTCCCTGATGAACGAATGGTGTGAATGTTTTATTTATCCGTTTCTGG
CTTTCTGTGTGATAAAAGTTATATGTCTTTGCTACCTTTTGTATTATCTATCACGTTCTC
TTGTTTGCGTTTACAGTTGTGTATTTTTATACTAAATGATGCAAATTGTTTT

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL5295Contig1 1019 2 8 U
GGTAGCCGAGCCAGCTTTTCTCCAAATCGCTCAGTACCGTGCCGGCATTGTCCCTGTCTC
TTTCCGAAGGTCCGTTTTACTTTTCTTGATACTTCACTCGCGAGTAACAGAATCGTGATT
GTTTCAAACGCTATTTTTGCAAATCGATTTCACATTTTTTTCAAAAGTGATGTGTAAATT
CAAAACACAATTTGAATTTGTCCTCGCAGTTGTATCATTTATAAGTTTCTACACATATTT
AAGAATAATTTTATCCTTTATTTTATCTTTTATTTATACATCAAATATTATTCTCATTCT
AGCTAATAAATTAAAACAATAGAGTTAAAAATGGATTTTTATTTGAACATTCAGCATTAA
ATATGACATAAAACAACTTTAAAACGATACTAAAATTTTGTGAAAAGTAGAAGTAGAAAA
TATGAATTAATTTGGAAAACATTAAAAACAATTAAAACTAAACTAATGAGTTATGTTGTT
GTGTAAATGCAGAGTACCGTGTATGAAGAAAGGAGGGATAAGGTTTACAATCAACGGACA
CTCTTACTTCAACCTTGTTCTGATTTCCAACGTAGGAGGAGCAGGAGACGTTCACGCTGT
CTCGATCAGAGGCTCAAAATCAGGGTCGTGGCAAGCAATGTCTAGGAACTGGGGGCAAAA
CTGGCAGAGCAATTCTTACCTCAACGACCAGAGCCTCTCGTTCCAGGTCACAACCAGCGA
TGGTCGCACCGTCGTCAGCAATGACGTGGCTCCTTCTAATTGGCAGTTCGGACAAACCTT
CCAAGGTGGTCAGTTCTGAGTCCTCTCTCATGCGTTTGGTGTGCCGATGTGGCTGCGTAT
TGCTGAGGTGGCTCATCAGCACCCGCTTGGCTTTCAAATGGTTGTATTTATCGTGCCTAC
GAAGAGCAAGTTTTTATTTTGTTTTACATGTTTATTGAACTTATTAGCCTTTTGGCATAC
TCAAAAATGTGCTAGTCAAATACATATTGCTTAAAGAAAGTCTTTTAAGGATCCAGCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU27TF U 1
AF RR1CU27JQ C 366
BS 1 618 RR1CU27TF
BS 619 619 RR1CU27JQ
BS 620 624 RR1CU27TF
BS 625 625 RR1CU27JQ
BS 626 659 RR1CU27TF
BS 660 660 RR1CU27JQ
BS 661 683 RR1CU27TF
BS 684 1019 RR1CU27JQ

RD RR1CU27TF 698 0 0
GGTAGCCGAGCCAGCTTTTCTCCAAATCGCTCAGTACCGTGCCGGCATTGTCCCTGTCTC
TTTCCGAAGGTCCGTTTTACTTTTCTTGATACTTCACTCGCGAGTAACAGAATCGTGATT
GTTTCAAACGCTATTTTTGCAAATCGATTTCACATTTTTTTCAAAAGTGATGTGTAAATT
CAAAACACAATTTGAATTTGTCCTCGCAGTTGTATCATTTATAAGTTTCTACACATATTT
AAGAATAATTTTATCCTTTATTTTATCTTTTATTTATACATCAAATATTATTCTCATTCT
AGCTAATAAATTAAAACAATAGAGTTAAAAATGGATTTTTATTTGAACATTCAGCATTAA
ATATGACATAAAACAACTTTAAAACGATACTAAAATTTTGTGAAAAGTAGAAGTAGAAAA
TATGAATTAATTTGGAAAACATTAAAAACAATTAAAACTAAACTAATGAGTTATGTTGTT
GTGTAAATGCAGAGTACCGTGTATGAAGAAAGGAGGGATAAGGTTTACAATCAACGGACA
CTCTTACTTCAACCTTGTTCTGATTTCCAACGTAGGAGGAGCAGGAGACGTTCACGCTGT
CTCGATCAGAGGCTCAAA*TCAGG*TCGTGGCAAGCAATGTCTAGGAACTGGGGGCAAA*
CTGGCAGAGCAATTCTTACCTCA
CGACAGAGCTCTCGT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1CU27JQ 654 0 0
ACATAAAACAACTTTAAAACGATACTAAAATTTTGTGAAAAGTAGAAGTAGAAAATATGA
ATTAATTTGGAAAACATTAAAAACAATTAAAACTAAACTAATGAGTTATGTTGTTGTGTA
AATGCAGAGTACCGTGTATGAAGAAAGGAGGGATAAGGTTTACAATCAACGGACACTCTT
ACTTCAACCTTGTTCTGATTTCCAACGTAGGAGGAGCAGGAGACGTTCACGCTGTCTCGA
TCAGAGGCTCAAAATCAGGGTCGTGGCAAGCAATGTCTAGGAACTGGGGGCAAAACTGGC
AGAGCAATTCTTACCTCAACGACCAGAGCCTCTCGTTCCAGGTCACAACCAGCGATGGTC
GCACCGTCGTCAGCAATGACGTGGCTCCTTCTAATTGGCAGTTCGGACAAACCTTCCAAG
GTGGTCAGTTCTGAGTCCTCTCTCATGCGTTTGGTGTGCCGATGTGGCTGCGTATTGCTG
AGGTGGCTCATCAGCACCCGCTTGGCTTTCAAATGGTTGTATTTATCGTGCCTACGAAGA
GCAAGTTTTTATTTTGTTTTACATGTTTATTGAACTTATTAGCCTTTTGGCATACTCAAA
AATGTGCTAGTCAAATACATATTGCTTAAAGAAAGTCTTTTAAGGATCCAGCGC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL5296Contig1 1291 2 2 U
GGAACGCAAGAGAGTGGCCGAAAGAAAAATACAATCTGCAATCGGGTTCCGTCATGTGAT
TGATCTGCTTTCTTCGGAGAAAAAGTTGATTGTTGGTCACAATTCTATCCTGGATATTGC
ACATGTATACAGCAAATTTGTGGGTCCTCTTCCTCCAACAGCTGAGGAATTCGTGGCCTC
CATCAGGGACCACTTTCCTTGCATTGTTGACACCAAAATACTCGTAAACGTGAATCCAAT
GTTGCATCAGAGGATGAAGAAGTCCAGTACATCACTCTCCTCTGCCTTCTCCTCGTTATG
TCCACAAATCGAGCTTCCTTCTCGAGGCTCCGACTCGTTTCTTCAGCAGCGTGTCAAGAT
TGACGTCCAAGTAGACAACGTTAGGTGTTCTAAGTGGAACGCAGGAGGAAAACACGAAGC
TGGTTATGATGCGTTCATGACAGGTTGCATCTTTGCACAGGCGTGTAGTCATCTAGGCTT
CGACTCCAACCGTCCATCAGTGGACTTTGCCCAGAACGAGAAACTTGAAAAGTACATTAA
CCGTCTTTATCTAAGCTGGTCGAGAGGAGATATCATCGACCTTCGAGAAAGCCATAGTAA
TGCAGAGAACTGGCGAGTCTCAAAGTTTAAATACGAGAAGATAGTACTCATCTGGAACTT
CCCACGAAAACTAAAGGCTAGAGAGATCAAAGAATGCATCTGCAAAGCCTTTGGCTCGAC
TTCCGTCACTTCTGTCTACCACTTGGACGACACTGCGGTTTTCGTCTTGTTCAAGAACTC
AGAACTCGTTTCAGAGTTCCTAAAGCTCAAGGAGCAGCTGGAGTCAGACGATGGTCCTGT
CAGGGTCATTCACCCTCTCTCCAAAATCCTTGAAGGAGGGAACACTGGAGCTGCAGACTA
CGAAGCCTACAAAGAGATTTGCAGCTCACACATTTCAAGGGTCCTATTCTCTGACCAAGC
TGAAACAGTGGGTGTCAAACCAAGAACAAGAGCCGACCCAAAAGGTGAGACAAGCCCTGA
GACTGGAAGAAAAGAGAAGATGGTCGCTGTGACTGATAAAGCTTCGGATTTGATCGATGC
CTTTTTGGCAAATACAGTTAAACTCGAAGCTGCTAGGATCAACTAACCACGTTACATTTC
TTATCAAATGCAGCGAGTCTCTCTTTTTTGAATGAAAATTTTGTCAACTCAACATGAAAG
GCATATAGTTTTGATACTACTTTGATACCCAAATGTTTGTTTTATATTTGGCGCAGTTAT
AGCTTTAAAAAGAATAAACACATGTGAACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C310TF U 1
AF RR1C310JQ C 584
BS 1 763 RR1C310TF
BS 764 1291 RR1C310JQ

RD RR1C310TF 763 0 0
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TGATCTGCTTTCTTCGGAGAAAAAGTTGATTGTTGGTCACAATTCTATCCTGGATATTGC
ACATGTATACAGCAAATTTGTGGGTCCTCTTCCTCCAACAGCTGAGGAATTCGTGGCCTC
CATCAGGGACCACTTTCCTTGCATTGTTGACACCAAAATACTCGTAAACGTGAATCCAAT
GTTGCATCAGAGGATGAAGAAGTCCAGTACATCACTCTCCTCTGCCTTCTCCTCGTTATG
TCCACAAATCGAGCTTCCTTCTCGAGGCTCCGACTCGTTTCTTCAGCAGCGTGTCAAGAT
TGACGTCCAAGTAGACAACGTTAGGTGTTCTAAGTGGAACGCAGGAGGAAAACACGAAGC
TGGTTATGATGCGTTCATGACAGGTTGCATCTTTGCACAGGCGTGTAGTCATCTAGGCTT
CGACTCCAACCGTCCATCAGTGGACTTTGCCCAGAACGAGAAACTTGAAAAGTACATTAA
CCGTCTTTATCTAAGCTGGTCGAGAGGAGATATCATCGACCTTCGAGAAAGCCATAGTAA
TGCAGAGAACTGGCGAGTCTCAAAGTTTAAATACGAGAAGATAGTACTCATCTGGAACTT
CCCACGAAAACTAAAGGCTAGAGAGATCAAAGAATGCATCTGCAAAGCCTTTGGCTCGAC
TTCCGTCACTTCTGTCTACCACTTGGACGACACTGCGGTTTTC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1C310JQ 708 0 0
CGAGAAAGCCATAGTAATGCAGAGAACTGGCGAGTCTCAAAGTTTAAATACGAGAAGATA
GTACTCATCTGGAACTTCCCACGAAAACTAAAGGCTAGAGAGATCAAAGAATGCATCTGC
AAAGCCTTTGGCTCGACTTCCGTCACTTCTGTCTACCACTTGGACGACACTGCGGTTTTC
GTCTTGTTCAAGAACTCAGAACTCGTTTCAGAGTTCCTAAAGCTCAAGGAGCAGCTGGAG
TCAGACGATGGTCCTGTCAGGGTCATTCACCCTCTCTCCAAAATCCTTGAAGGAGGGAAC
ACTGGAGCTGCAGACTACGAAGCCTACAAAGAGATTTGCAGCTCACACATTTCAAGGGTC
CTATTCTCTGACCAAGCTGAAACAGTGGGTGTCAAACCAAGAACAAGAGCCGACCCAAAA
GGTGAGACAAGCCCTGAGACTGGAAGAAAAGAGAAGATGGTCGCTGTGACTGATAAAGCT
TCGGATTTGATCGATGCCTTTTTGGCAAATACAGTTAAACTCGAAGCTGCTAGGATCAAC
TAACCACGTTACATTTCTTATCAAATGCAGCGAGTCTCTCTTTTTTGAATGAAAATTTTG
TCAACTCAACATGAAAGGCATATAGTTTTGATACTACTTTGATACCCAAATGTTTGTTTT
ATATTTGGCGCAGTTATAGCTTTAAAAAGAATAAACACATGTGAACGC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL5297Contig1 1195 2 2 U
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TCGCCTCTCGCGGTTCCCATCAAGATGACGCTCTTCCGTTCGCATGTAAGAGCTCTTCGG
ACAATCTAGCTAAAGAGGAAGGCGAGTCAACAACACAGGAGGAGCCGCTGCTGATAACTT
CTACCTCGGATTCAAACTTCCTGGGGTCTCTCTTCGAAGGAGATGATGATGATATGGAAG
TACTTCTTGCTCAAGGAGAAGGTGCTGTTAAGAAGAAGAGGAAGCCTAGAAGAGGCGAAG
ATTTCAAGGTTGGTCAAGTCTTCGTCAAGGCTGACTTCTGGCTCCTTTGGTTTACCTATT
TCCTAGGCATGGGTTCAGGTGTTACGGTCTCAAACAACTTGGCACAGATCGGATTCGCTT
TTGGTATTAAGGACACGACTATACTCCTCTGCCTCTTTAGCTTCTTTAACTTCATAGGCC
GTCTCGCTTCAGGTGCCATATCTGAGCACTTTGTCAAGTCAAGAACGCTTCCAAGAACAG
TGTGGATGGGAGTGGCACAGCTAGTTATGGTGTTCGCATTCCTCATCTCAGCCATGGCCA
TCGACCACACCATCTACGTGGCGACTGCTCTTATAGGGATAGGCATGGGGTTTCAGTTCT
TATCAATCGCCACAATATCGGAGCTGTTTGGTCTCAGACATTTTGGGATAAACTACAACG
TGATACTCTTGGGTAACCCGATAGGAGCCACCATATTTTCGGCCCTTCTTGCAGGACATT
TACGACAGGGAAGCAGAGAAGCAAGGGAACCCCACCTGCGTTGGTCCTGATTGCTTCAGA
GAAACGTTCTTGGTTCTAGCCGGAGTTTGTGGCCTTGGAACTCTACTTTCTGTTATATTG
ACTGTGAGAATCCGACCCGTCTATCAAGCTCTCTATGCGTCTGGCTCATTCAGGTTGCAG
CCCCAATCAGCCGGTCACTGATACTTCTAGGGAAAAGTAAGAGAGACGAAAGATGATATA
AAAGGAATAAAAATGTTATATGGACTTTGCATTGTATTGTATTCTAATATTTGTAAACTT
TATTGTTTTATTCAGCTGTAAACTGTGACTTAAACCGGCCAAGAACCGGTAGGGAGAACC
TTTATGTAACGGCTTATTGATCAGGTTGTAATGTTATTTGTATCTGTTTGATGCC


BQ
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AF RR1FZ66TF U 1
AF RR1FZ66JQ C 454
BS 1 633 RR1FZ66TF
BS 634 1195 RR1FZ66JQ

RD RR1FZ66TF 633 0 0
GATTCACTGCCGAGTATACTTAGATACGTTCTTGTGGCTGTCATGGTGTTGTTTTTGTTC
TCGCCTCTCGCGGTTCCCATCAAGATGACGCTCTTCCGTTCGCATGTAAGAGCTCTTCGG
ACAATCTAGCTAAAGAGGAAGGCGAGTCAACAACACAGGAGGAGCCGCTGCTGATAACTT
CTACCTCGGATTCAAACTTCCTGGGGTCTCTCTTCGAAGGAGATGATGATGATATGGAAG
TACTTCTTGCTCAAGGAGAAGGTGCTGTTAAGAAGAAGAGGAAGCCTAGAAGAGGCGAAG
ATTTCAAGGTTGGTCAAGTCTTCGTCAAGGCTGACTTCTGGCTCCTTTGGTTTACCTATT
TCCTAGGCATGGGTTCAGGTGTTACGGTCTCAAACAACTTGGCACAGATCGGATTCGCTT
TTGGTATTAAGGACACGACTATACTCCTCTGCCTCTTTAGCTTCTTTAACTTCATAGGCC
GTCTCGCTTCAGGTGCCATATCTGAGCACTTTGTCAAGTCAAGAACGCTTCCAAGAACAG
TGTGGATGGGAGTGGCACAGCTAGTTATGGTGTTCGCATTCCTCATCTCAGCCATGGCCA
TCGACCACACCATCTACGTGGCGACTGCTCTTA

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1FZ66JQ 742 0 0
TCTTTAGCTTCTTTAACTTCATAGGCCGTCTCGCTTCAGGTGCCATATCTGAGCACTTTG
TCAAGTCAAGAACGCTTCCAAGAACAGTGTGGATGGGAGTGGCACAGCTAGTTATGGTGT
TCGCATTCCTCATCTCAGCCATGGCCATCGACCACACCATCTACGTGGCGACTGCTCTTA
TAGGGATAGGCATGGGGTTTCAGTTCTTATCAATCGCCACAATATCGGAGCTGTTTGGTC
TCAGACATTTTGGGATAAACTACAACGTGATACTCTTGGGTAACCCGATAGGAGCCACCA
TATTTTCGGCCCTTCTTGCAGGACATTTACGACAGGGAAGCAGAGAAGCAAGGGAACCCC
ACCTGCGTTGGTCCTGATTGCTTCAGAGAAACGTTCTTGGTTCTAGCCGGAGTTTGTGGC
CTTGGAACTCTACTTTCTGTTATATTGACTGTGAGAATCCGACCCGTCTATCAAGCTCTC
TATGCGTCTGGCTCATTCAGGTTGCAGCCCCAATCAGCCGGTCACTGATACTTCTAGGGA
AAAGTAAGAGAGACGAAAGATGATATAAAAGGAATAAAAATGTTATATGGACTTTGCATT
GTATTGTATTCTAATATTTGTAAACTTTATTGTTTTATTCAGCTGTAAACTGTGACTTAA
ACCGGCCAAGAACCGGTAGGGAGAACCTTTATGTAACGGCTTATTGATCAGGTTGTAATG
TTATTTGTATCTGTTTGATGCC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL5298Contig1 875 2 2 U
GGTAAATACTATGGCCTAAAGGACGTGAATGTTGTAGCCATAACCAGTGGTGCTAACATG
AACTTTGACAAGCTGAGGATTGTGACGGAACTTGCTAATGTGGGTAGGCAACAGGAAGCT
GTTCTTGCTACTCTCTTGCCGGAAAAGCCTGGAAGCTTTAAGCAGTTCTGTGAATTGATT
GGACCAATGAACATAACCTAGTTCAAGTATAGATGTGGCTCTGAAAAGGAAGCTGTTGTA
CTATACAGTGTTGGAGTGCACACAGCCGGAGAGCTCAAAGCACTAGAGAAGAGAATGGAA
TCTTCTCAACTCAGAACTAAGAACCTAACCACCAGTGATTTAGTAAAAGATCATCTCCGT
TACTTGATGGGTGGAAGATCAAGTGTTGAAGAAGAGGTTCTATGTCGATTCATCTTCCCT
GAGAGACCCGGTGCCCTGATGAACTTCTTGGACTCTTTCAGTCCACGTTGGAACATTAGC
CTTTTCCATTACCGTGCAGAGGGTGGAGCAGGCGCAAACGTGCTGGTGGGGATCCAAGTC
TCGGTGCAAGAAATGGAAGAATTTCGAACCCGAGCCCAAGTTCTTGGATACGAGTACGTC
TTGGTAAGTGAAGACGCCATCTTCAACCTTCTAATGCACTGAGTTTGAAGCTGTGATGGA
GCGACCAAAACCGAGTAAGTAGAATAAGATATCAGAGTCTCACTTATGTCCACCACGGTT
GTTTTTGAGCACCTGTTAGAAACAAAGACTAGCTCAATGTGTAACCTTATTTCCCACGAG
CTCTCATCGCTATGTTAGTATGCTGTCGACTTTGGATTACCTTTCATCAAATAATTCGAG
GCTAACCTTGCAATAAAACTGGGCATTTTTTACGT


BQ
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AF RR1GA70TF U 1
AF RR1GA70JQ C 393
BS 1 709 RR1GA70TF
BS 710 875 RR1GA70JQ

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GTTCTTGCTACTCTCTTGCCGGAAAAGCCTGGAAGCTTTAAGCAGTTCTGTGAATTGATT
GGACCAATGAACATAACCTAGTTCAAGTATAGATGTGGCTCTGAAAAGGAAGCTGTTGTA
CTATACAGTGTTGGAGTGCACACAGCCGGAGAGCTCAAAGCACTAGAGAAGAGAATGGAA
TCTTCTCAACTCAGAACTAAGAACCTAACCACCAGTGATTTAGTAAAAGATCATCTCCGT
TACTTGATGGGTGGAAGATCAAGTGTTGAAGAAGAGGTTCTATGTCGATTCATCTTCCCT
GAGAGACCCGGTGCCCTGATGAACTTCTTGGACTCTTTCAGTCCACGTTGGAACATTAGC
CTTTTCCATTACCGTGCAGAGGGTGGAGCAGGCGCAAACGTGCTGGTGGGGATCCAAGTC
TCGGTGCAAGAAATGGAAGAATTTCGAACCCGAGCCCAAGTTCTTGGATACGAGTACGTC
TTGGTAAGTGAAGACGCCATCTTCAACCTTCTAATGCACTGAGTTTGAAGCTGTGATGGA
GCGACCAAAACCGAGTAAGTAGAATAAGATATCAGAGTCTCACTTATGT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1GA70JQ 483 0 0
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CTCTTTCAGTCCACGTTGGAACATTAGCCTTTTCCATTACCGTGCAGAGGGTGGAGCAGG
CGCAAACGTGCTGGTGGGGATCCAAGTCTCGGTGCAAGAAATGGAAGAATTTCGAACCCG
AGCCCAAGTTCTTGGATACGAGTACGTCTTGGTAAGTGAAGACGCCATCTTCAACCTTCT
AATGCACTGAGTTTGAAGCTGTGATGGAGCGACCAAAACCGAGTAAGTAGAATAAGATAT
CAGAGTCTCACTTATGTCCACCACGGTTGTTTTTGAGCACCTGTTAGAAACAAAGACTAG
CTCAATGTGTAACCTTATTTCCCACGAGCTCTCATCGCTATGTTAGTATGCTGTCGACTT
TGGATTACCTTTCATCAAATAATTCGAGGCTAACCTTGCAATAAAACTGGGCATTTTTTA
CGT

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

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GTGGTGTTACCATCAAGAAGACGACCATGGCTTTAGTCTTTGGTATCTATGAGGAACCGG
TGACTCCTGGACAGTGCAATATGGTTGTTGAGAGGCTCGGTGACTACTTGATTGAATCAG
GGCTCTGATCCCCCCAAAGTGATGCTGTATTCTTGTCCATCATGTTCTCTTCTAGTTGTG
TCGTGTGGGG


BQ
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AF RR1DY24JQ C 1
AF RR1DY24TF U 1
BS 1 310 RR1DY24TF

RD RR1DY24JQ 310 0 0
GCAACAAAGACTTCGCAGAGCCTGGAACACTTGCCCCAACGGGATTGTTCATCAATGGCG
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GTGGTGTTACCATCAAGAAGACGACCATGGCTTTAGTCTTTGGTATCTATGAGGAACCGG
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TCGTGTGGGG

QA 1 310 1 310
DS 

RD RR1DY24TF 310 0 0
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CAAAGTACATGGTTATCCAAGGAGAGCCAAATGCTGTGATTCGAGGAAAGAAGGGAGCTA
GTGGTGTTACCATCAAGAAGACGACCATGGCTTTAGTCTTTGGTATCTATGAGGAACCGG
TGACTCCTGGACAGTGCAATATGGTTGTTGAGAGGCTCGGTGACTACTTGATTGAATCAG
GGCTCTGATCCCCCCAAAGTGATGCTGTATTCTTGTCCATCATGTTCTCTTCTAGTTGTG
TCGTGTGGGG

QA 1 310 1 310
DS 



AS 1 2

CO CL5300Contig1 764 2 5 U
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AAATGAGAGAGAGCAGAGGAAACAAAAATGTGATGCATAATTTCCTTTTCCATCAGCATG
GAACTAAAACAGGGTTCTTATCCTTGTACATGAAATATCTAGTGCATAGCTTCCCCAAAG
TTGCAACCGAATGCTGCATCGAGTTTAGCTTCCTATCTCGGTACATGGCCTCAACGTCAT
CTCCACGTTTCTCGACCAAACGTCTAATATGAGTACGTTGCATAGTAATAAGGGGCTGTA
AAGGAGCACTCTTTCCATCTTTTCTTTGCTTCCCCAATGCTGTCTTAAAATCGTCTTCCT
CGAGCTCGCTGCCGGAATCGATGGGCTCGAACTCCTTGGCGATAGGATCATCGGTGGGCG
GCTCAGGAGGCGGAGGAACGTTGAGGGAGTCCTCCTGGATCATGTGCTCGGTTCGAGATC
GGATACCGAGCAAATTAGGGTTAGAGATGACGCCGAAGGATTTGTAGTTCTGGATGACGC
TAGCCTGGTCGTCCCACTCGGGGACGTCGTCGTCGGCCATGAGAGCGCGGAGCTTGGGAG
GGAAGTTGAAAGCTGGTTTGAAGATGTTTGGGTTTTTCTTGGGTAGAGCCACGCGTACTT
TGGCTCTCGAGTTCTTGTACTTTCTCCTTGACCTCGCCATCTCTGTCTCTCCCTCTCACA
GATTTTCTCTCTCTCTTTAGATGAAGAAGAAGAAGAAAGCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G343JQ U 77
AF RR1D940TF C 1
BS 1 76 RR1D940TF
BS 77 103 RR1G343JQ
BS 104 104 RR1D940TF
BS 105 510 RR1G343JQ
BS 511 764 RR1D940TF

RD RR1G343JQ 434 0 0
AGGAAACAAAAATGTGATGCATAATTTTCTTTTCCATCAGCATGGAACTAAAACAGGGTT
CTTATCCTTGTACATGAAATATCTAGTGCATAGCTTCCCCAAAGTTGCAACCGAATGCTG
CATCGAGTTTAGCTTCCTATCTCGGTACATGGCCTCAACGTCATCTCCACGTTTCTCGAC
CAAACGTCTAATATGAGTACGTTGCATAGTAATAAGGGGCTGTAAAGGAGCACTCTTTCC
ATCTTTTCTTTGCTTCCCCAATGCTGTCTTAAAATCGTCTTCCTCGAGCTCGCTGCCGGA
ATCGATGGGCTCGAACTCCTTGGCGATAGGATCATCGGTGGGCGGCTCAGGAGGCGGAGG
AACGTTGAGGGAGTCCTCCTGGATCATGTGCTCGGTTCGAGATCGGATACCGAGCAAATT
AGGGTTAGAGATGA

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR1D940TF 764 0 0
TATCTTTGGATTATAGAGAACTTGATAAACATAGTGTGCAGTGTTGTGTAAGATTAAACA
AAATGAGAGAGAGCAGAGGAAACAAAGATGTGATGCATAATTTC**TTTCCATCAGCATG
GAACTAAAACAGGGTTCTTATC*TTGTACATGAGATATCTAGTGCATAGCTTCCGCAAAG
TTGCAACCGAATGCTGCATCGAGTTTAGCTTCCTGTCTCGGTACATGGCCTCAACGTCAT
CTCCATGTTTCTCGACCAAACGTCTAATATGAGTACGTTGCATAGTAGTAAGGGGCTGTA
AAGGAGCACTCTTTCCATCTTTTCTTTGCTTCCCCAATGCTGTCTTAAGATCGTCTTCCT
CGAGCTCGCTGCCGGAATCGATGGGCTCGAACTCCTTGGCGATAGGATCATCGGTGGGCG
GCTCAGGAGGCGGAGGAACGTTGAGGGAGTCGTCCTGGATCATGTGCTCGGTTCGAGATC
GGATACCGAGCAGATTAGGGTTAGAGATGACGCCGAAGGATTTGTAGTTCTGGATGACGC
TAGCCTGGTCGTCCCACTCGGGGACGTCGTCGTCGGCCATGAGAGCGCGGAGCTTGGGAG
GGAAGTTGAAAGCTGGTTTGAAGATGTTTGGGTTTTTCTTGGGTAGAGCCACGCGTACTT
TGGCTCTCGAGTTCTTGTACTTTCTCCTTGACCTCGCCATCTCTGTCTCTCCCTCTCACA
GATTTTCTCTCTCTCTTTAGATGAAGAAGAAGAAGAAAGCTCCC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL5301Contig1 1052 2 2 U
TTTTTCATCTCTTGTTGATGCCCTCCTCCATGGCTGTTCCTCTCTCCATCTCATCAAACT
CTCTCACCTCCCGCCTCTTGTTCCCTCCCACTTCATTCAAGGGCAATGTAAGTGTCTTAG
GAGCAAACCCATCTCACCAGATCCTCTCTCTGAAACTCCACCACGATCGTAGAATCGGAA
AACAACAACAACAGCGAATCGCGAGACCTCTCGTTGTGACGGCGGCGACCTCTTCTTCTT
CTTCTCCGGAAGCAGCAGTGATGAGCTCGGAGAGGTTCCGTCTGGATAACCTCGGACCAC
AACCCGGTTCGAGAAAGAGGGCGAAGAGAAAGGGTAGAGGTATCTCCGCGGGACAAGGAG
CGAGCTGCGGGTTTGGGATGAGGGGACAGAAGTCGCGGTCTGGTCCTGGGATCATGAGAG
GCTTTGAAGGAGGTCAAACCGCTCTTTATCGCCGTCTTCCCAAACTTAGAGGAATCGCTG
GAGGTATGCGTGCAGGGTTACCCAAGTACGTACCGGTGAATCTCAAAGACATTGAAACAG
CTGGGTTTGAAGATGGAGATGAAGTGTCGCTAGAGACATTGAAGCAAAAGGGTTTGATCA
ATCCTTCTGGAAGGGAAAGGAAACTCCCTCTTAAGATTCTTGGTACGGGAGAACTTAGCG
TGAAGCTCACCTTCAAAGCCCGTGCTTTCTCGACATCGGCAAAGGAGAAGCTTGAAGCTT
CAGGTTGTACACTCACTGTGTTGCCCGGAAGAAAGAAGTGGGTGAAGCCATCGGTTGCTA
AGAACCAAGCGCGAGCAGATGAGTACTTTGCTAAGAAGAGAGCTGCTGCAGCCGAAGCAG
CTGCTTCAGAACCTGCAGCTTCTGCCTAATCTTTCTTACATTTTTCAAGCTCTTCGATGT
TGTAAAGCTGTAGAGATAATTTTAGCTTTGTCTATGAGAAGCGTTTGTTAATCTACAATT
CCGTTTCTTTCTTTATGTATGGTGAAGAAATTTACATTTTGTTGTTTATGAGTAATCGCT
ATCAGGAAGTTTTTGTAAAACTGTATTACACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GK23TF U 1
AF RR1GK23JQ C 350
BS 1 529 RR1GK23TF
BS 530 1052 RR1GK23JQ

RD RR1GK23TF 529 0 0
TTTTTCATCTCTTGTTGATGCCCTCCTCCATGGCTGTTCCTCTCTCCATCTCATCAAACT
CTCTCACCTCCCGCCTCTTGTTCCCTCCCACTTCATTCAAGGGCAATGTAAGTGTCTTAG
GAGCAAACCCATCTCACCAGATCCTCTCTCTGAAACTCCACCACGATCGTAGAATCGGAA
AACAACAACAACAGCGAATCGCGAGACCTCTCGTTGTGACGGCGGCGACCTCTTCTTCTT
CTTCTCCGGAAGCAGCAGTGATGAGCTCGGAGAGGTTCCGTCTGGATAACCTCGGACCAC
AACCCGGTTCGAGAAAGAGGGCGAAGAGAAAGGGTAGAGGTATCTCCGCGGGACAAGGAG
CGAGCTGCGGGTTTGGGATGAGGGGACAGAAGTCGCGGTCTGGTCCTGGGATCATGAGAG
GCTTTGAAGGAGGTCAAACCGCTCTTTATCGCCGTCTTCCCAAACTTAGAGGAATCGCTG
GAGGTATGCGTGCAGGGTTACCCAAGTACGTACCGGTGAATCTCAAAGA

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1GK23JQ 703 0 0
GGGACAAGGAGCGAGCTGCGGGTTTGGGATGAGGGGACAGAAGTCGCGGTCTGGTCCTGG
GATCATGAGAGGCTTTGAAGGAGGTCAAACCGCTCTTTATCGCCGTCTTCCCAAACTTAG
AGGAATCGCTGGAGGTATGCGTGCAGGGTTACCCAAGTACGTACCGGTGAATCTCAAAGA
CATTGAAACAGCTGGGTTTGAAGATGGAGATGAAGTGTCGCTAGAGACATTGAAGCAAAA
GGGTTTGATCAATCCTTCTGGAAGGGAAAGGAAACTCCCTCTTAAGATTCTTGGTACGGG
AGAACTTAGCGTGAAGCTCACCTTCAAAGCCCGTGCTTTCTCGACATCGGCAAAGGAGAA
GCTTGAAGCTTCAGGTTGTACACTCACTGTGTTGCCCGGAAGAAAGAAGTGGGTGAAGCC
ATCGGTTGCTAAGAACCAAGCGCGAGCAGATGAGTACTTTGCTAAGAAGAGAGCTGCTGC
AGCCGAAGCAGCTGCTTCAGAACCTGCAGCTTCTGCCTAATCTTTCTTACATTTTTCAAG
CTCTTCGATGTTGTAAAGCTGTAGAGATAATTTTAGCTTTGTCTATGAGAAGCGTTTGTT
AATCTACAATTCCGTTTCTTTCTTTATGTATGGTGAAGAAATTTACATTTTGTTGTTTAT
GAGTAATCGCTATCAGGAAGTTTTTGTAAAACTGTATTACACT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5303Contig1 630 2 4 U
CAGGATATACCACAAATTGATATTGCGACACAAGCCATTATACCTGAAGGAATTGTCATA
TCCCTCAGAATTGGTAATGGACGCCGAAAAAACAGACTAAAAACAATTTCAATATGCTCA
GTGGAAGGAGAAGTCGTTTATTTAGGAAAGCTCACGGCAAAAACAAACCCTTCACAGAAT
CTGCAATTGTCCACTGCTATTCTTACACTCTTCGTGCTTTCATCTCATCATAGCATCAAT
ATATTATAACGCAACCAAAAAGACAAACAAAAATTGTAAACATAAAAGAGCCTCAGTGTG
TGTAACAAATTCAGATCATTGATATAAACCCCACTGAAATCCGCTAAGATAATTGTTTTT
ATCATCATAAGCTCATCAAATATCCCATAGCCAACATCAATAAAAAAAGAAAACCGAATT
AATCAATATAATTAATAAAGGTTGTGAAAGGGAATACTCAGACAGCCAGGGTTACTCTTC
AACTTCTGGGTGAAGTGCCCAGATCTGAAACTCTAGTCCACAACATAATTGTATCATCAC
CATATACCCTTCCACACAAGAAACGAAACGAACTGTTTCTACAAAATTCTAAACAGACCA
ATAATAAAGAGACAAGACGGAGAAAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX64JQ U 1
AF RR1ES02TF C 123
BS 1 271 RR1GX64JQ
BS 272 272 RR1ES02TF
BS 273 467 RR1GX64JQ
BS 468 630 RR1ES02TF

RD RR1GX64JQ 467 0 0
CAGGATATACCACAAATTGATATTGCGACACAAGCCATTATACCTGAAGGAATTGTCATA
TCCCTCAGAATTGGTAATGGACGCCGAAAAAACAGACTAAAAACAATTTCAATATGCTCA
GTGGAAGGAGAAGTCGTTTATTTAGGAAAGCTCACGGCAAAAACAAACCCTTCACAGAAT
CTGCAATTGTCCACTGCTATTCTTACACTCTTCGTGCTTTCATCTCATCATAGCATCAAT
ATATTATAACGCAACCAAAAAGACAAACAAACATTGTAAACATAAAAGAGCCTCAGTGTG
TGTAACAAATTCAGATCATTGATATAAACCCCACTGAAATCCGCTAAGATAATTGTTTTT
ATCATCATAAGCTCATCAAATATCCCATAGCCAACATCAATAAAAAAAGAAAACCGAATT
AATCAATATAATTAATAAAGGTTGTGAAAGGGAATACTCAGACAGCC

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR1ES02TF 508 0 0
GGAAGGAGAAGTCGTTTATTTAGGAAAGCTCACGGCAAAAACAAACCCTTCACAGAATCT
GCAATTGTCCACTGCTCTTCTTACACTCTTCGTGCTTTCATCTCATCATAGCATCAATAT
ATTATAACGCAACCAAAAAGACAAACAAAAATTGTAAACATAAAAGAGCCTCAGTGTGTG
TAACAAATTCAGATCATTGATATAAACCTCACTGAAATCCGCTAAGATAATTGTTTTTAT
CATCATAAGCTCATCAAATATCCCATAGCCAACATCAATAAAAAAAGAAAACCGAATTAA
TCAATATAATTAATAAAGGTTGTGAAAGGGAATACTCAGACAGCCAGGGTTACTCTTCAA
CTTCTGGGTGAAGTGCCCAGATCTGAAACTCTAGTCCACAACATAATTGTATCATCACCA
TATACCCTTCCACACAAGAAACGAAACGAACTGTTTCTACAAAATTCTAAACAGACCAAT
AATAAAGAGACAAGACGGAGAAAGATCC

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 2

CO CL5304Contig1 707 2 2 U
GGATTTCTTACAATTCATATCAACAACAATGGCTCGCACTGACTCTCTCCTCCTCTCCCT
CCTCCTCATCGCCACCGTCTCTGTCGCGGCATTGGTCGAACAAGAATGCGTCTACACATT
TAAAATCAAAACCGGAACGAAAGATGACTCCGGCACCGATTCAATCATAGGGGCTTCAAT
CTCGGACAAAACTGGTCAGCACATCGACATTGGAGACCTAGAGAGATGGGGTGGTGTAAT
GGGACGAGGTCACGACTACTACGAGAACGGCAATCTTGATATTTTCAGTGGGACAGCGCG
GTGTCTTCCGAGCCCAGTGTGCTTTTTGAATCTGAACTCTGACGGCACCGGTGGTAAGCC
AGGCTGGTATATTGAATACGTGGAGGTAAAGACGACCAGAGCTGGAGCTGAGACCAAGCG
TCAGTACTTCGATGTAGAGCAGTGGCTTGCCGTCGACGAGCCGCCACATGAGCTGTCTGT
CGAACGGAACAACTGCCCGCAGACGGTGAGTGCCAGTGTTGGTGTAGGGTGTGAGAACAG
GAAGTGCATCTCTTCAATCGTCTGAAAGCGTCGAGGGGACGTAACACGGCAATATATAAT
GCAAAATCGAATAAAATTGTCTGTCAACGCATGATAGCAATAATGTAGACTGAATAAAAC
TGCCTCCTTGTGAGTGTGGGATGGCATTGATCTCAAAGTTCCAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DK32TF U 1
AF RR1DK32JQ C 323
BS 1 703 RR1DK32TF
BS 704 707 RR1DK32JQ

RD RR1DK32TF 706 0 0
GGATTTCTTACAATTCATATCAACAACAATGGCTCGCACTGACTCTCTCCTCCTCTCCCT
CCTCCTCATCGCCACCGTCTCTGTCGCGGCATTGGTCGAACAAGAATGCGTCTACACATT
TAAAATCAAAACCGGAACGAAAGATGACTCCGGCACCGATTCAATCATAGGGGCTTCAAT
CTCGGACAAAACTGGTCAGCACATCGACATTGGAGACCTAGAGAGATGGGGTGGTGTAAT
GGGACGAGGTCACGACTACTACGAGAACGGCAATCTTGATATTTTCAGTGGGACAGCGCG
GTGTCTTCCGAGCCCAGTGTGCTTTTTGAATCTGAACTCTGACGGCACCGGTGGTAAGCC
AGGCTGGTATATTGAATACGTGGAGGTAAAGACGACCAGAGCTGGAGCTGAGACCAAGCG
TCAGTACTTCGATGTAGAGCAGTGGCTTGCCGTCGACGAGCCGCCACATGAGCTGTCTGT
CGAACGGAACAACTGCCCGCAGACGGTGAGTGCCAGTGTTGGTGTAGGGTGTGAGAACAG
GAAGTGCATCTCTTCAATCGTCTGAAAGCGTCGAGGGGACGTAACACGGCAATATATAAT
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TGCCTCCTTGTGAGTGTGGGATGGCATTGATCTCAAAGTTCCA
TCC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1DK32JQ 385 0 0
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GAGGTAAAGACGACCAGAGCTGGAGCTGAGACCAAGCGTCAGTACTTCGATGTAGAGCAG
TGGCTTGCCGTCGACGAGCCGCCACATGAGCTGTCTGTCGAACGGAACAACTGCCCGCAG
ACGGTGAGTGCCAGTGTTGGTGTAGGGTGTGAGAACAGGAAGTGCATCTCTTCAATCGTC
TGAAAGCGTCGAGGGGACGTAACACGGCAATATATAATGCAAAATCGAATAAAATTGTCT
GTCAACGCATGATAGCAATAATGTAGACTGAATAAAACTGCCTCCTTGTGAGTGTGGGAT
GGCATTGATCTCAAAGTTCCAATCC

QA 1 385 1 385
DS 



AS 1 2

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GGAATCATATAGCCACACCAAGAGAGGAAAACATACAAAATCACCAAAAAATCCCTCAGA
TTCACCATAATGGATATTGCTAGTAATAAAAAAGCAACAAAGCTAAAAGTTATGGAGCAA
CTTGTTCAAGGCCACGAGCTGACCACTAAGGTTCAGCAACTCCTCTCTCAACACGAGTCG
GCCGGTCTGGGTCTAGCGAAGGGTCTCGTGGAGAAAATCTTGGGGTCTTTCAATGACACA
ATCTCTGCTCTTGATTCCTTTGAACCCATCTCCCCCTCTGTCACCGCCGTTGAAGGCTCT
CAAAATGCTTCCTGCGACAACGACGGCAAGCTTGAGGATTCTGGCGATAGTCAGAAAAGA
TTGGGACCAGTTAAGGGTAAAAGAGGATGCTACAAGAGAAAGAAGAAATCAGAGACGTGG
ACTGTAGAGTCTACCGTACTTGAGGACGCATTTTCTTGGAGGAAATATGGACAAAAACAG
ATTCTTAATACCAAATTCCCAAGAAGTTACTTTAGGTGCACACACAAATACACTCAAGGG
TGCAAGGCGACAAAGCAAGTGCAGAAGCTAGAATCCGAACCCAGGATGTTCAGCATCACA
TACATCGGAAACCACACGTGTAATACTAACGAAGTAACACCCAAAATCAAGCCTTGTATT
CATCATGATGAGATTATCATTGATTCCGAAGAGCTCAAGAGTCCTAGTTTGATGACCTCG
ATGAAGGAAGAGAATCACCATCATGGTTCGTCCACGGAGAGTGACTTGCAATTGGTGTGG
CAGGAAATGTTGGTCTTTCAAGAGGAACACCATCATCATCATGAGGCTGTTTACGGCTGT
GGTGAAACTAGTGCATCTATCAATGGTTTGGATTCTGCGGATCTGTGGAGTGCAGTTTTC
GGTTTAGCCACAGTGAGCAGCTCTCCTATTTCAAACGATGTTCGAATCTAGCTTGATTTT
ACATCACTATAGAATGAAACATCCATATTTTTGTCATCTTCAATAGGGAATTAATCATCA
GACTTGTAGAATGGAACATACATATATAATGTTATCTTCTTAAGTGAATGTAATGTAATA
TTTTAGAATATTGTAATAATACC


BQ
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AF RR1DR34TF U 1
AF RR1DR34JQ C 490
BS 1 539 RR1DR34TF
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BS 541 676 RR1DR34TF
BS 677 1103 RR1DR34JQ

RD RR1DR34TF 676 0 0
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TTCACCATAATGGATATTGCTAGTAATAAAAAAGCAACAAAGCTAAAAGTTATGGAGCAA
CTTGTTCAAGGCCACGAGCTGACCACTAAGGTTCAGCAACTCCTCTCTCAACACGAGTCG
GCCGGTCTGGGTCTAGCGAAGGGTCTCGTGGAGAAAATCTTGGGGTCTTTCAATGACACA
ATCTCTGCTCTTGATTCCTTTGAACCCATCTCCCCCTCTGTCACCGCCGTTGAAGGCTCT
CAAAATGCTTCCTGCGACAACGACGGCAAGCTTGAGGATTCTGGCGATAGTCAGAAAAGA
TTGGGACCAGTTAAGGGTAAAAGAGGATGCTACAAGAGAAAGAAGAAATCAGAGACGTGG
ACTGTAGAGTCTACCGTACTTGAGGACGCATTTTCTTGGAGGAAATATGGACAAAAACAG
ATTCTTAATACCAAATTCCCAAGAAGTTACTTTAGGTGCACACACAAATACACTCAAGG*
TGCAAGGCGACAAAGCAAGTGCAGAAGCTAGAATCCGAACCCAGGATGTTCAGCATCACA
TACATCGGAAACCACACGTGTAATACTAACGAAGTAACACCCAAAATCAAGCCTTGTATT
CATCATGATGAGATTA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1DR34JQ 614 0 0
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ACAAAGCAAGTGCAGAAGCTAGAATCCGAACCCAGGATGTTCAGCATCACATACATCGGA
AACCACACGTGTAATACTAACGAAGTAACACCCAAAATCAAGCCTTGTATTCATCATGAT
GAGATTATCATTGATTCCGAAGAGCTCAAGAGTCCTAGTTTGATGACCTCGATGAAGGAA
GAGAATCACCATCATGGTTCGTCCACGGAGAGTGACTTGCAATTGGTGTGGCAGGAAATG
TTGGTCTTTCAAGAGGAACACCATCATCATCATGAGGCTGTTTACGGCTGTGGTGAAACT
AGTGCATCTATCAATGGTTTGGATTCTGCGGATCTGTGGAGTGCAGTTTTCGGTTTAGCC
ACAGTGAGCAGCTCTCCTATTTCAAACGATGTTCGAATCTAGCTTGATTTTACATCACTA
TAGAATGAAACATCCATATTTTTGTCATCTTCAATAGGGAATTAATCATCAGACTTGTAG
AATGGAACATACATATATAATGTTATCTTCTTAAGTGAATGTAATGTAATATTTTAGAAT
ATTGTAATAATACC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GAAGCCAAAGGTTCGTTAGTTGACTCACTAGCGCCTTCAGCCTTAGACCCACGTGAGCTT
AAATCGGAAAGAATCTCAGAGCGGGATAAACACCATGATACCAACACTAGTCTTGGTGAT
ACGCGGAAAAGATGCCGAGAAGGTGAAGGTTATATCACTATGGATAAACCAGGGACAACA
AAGAAGGCTGCAGAAAGTTTCAGGGACAGCAAAGAAGGTTATTGCACAGAGAGTGAACCT
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GCGAATGAAGTGCAAGATCTTGGCGCTGCTGTTGAAGTAAAAACAAAAGAAAGCAGAAAC
AAGAGAAGACCTGCTAGAAAAGTGTCTATGGAGAGTAATAAAGAGGACTCAAAGGAACAT
CAAGATCCTATTAATAAGCTAGATACAAATAGTACAGACCAAGTTGAAGTCTTGAACCAC
GGCAGGGAGATATCTACTGCAAAGACAAAGGTAATGAGAAATGATAACCATGATGTTGGT
TCAAGAAACCAAAAGCAAAATGGAAGTACACATAATGATCATGTTGGCTCAAGCCCTTTG
AAAAAGGAAATTACGAGTCAGGCTGCATCCAACTCAATCAAAGAGGCTACAGACTTGAAA
CACATAGCTGATCGTCTTAAGAATGCTGGGAACAACCACGAGAGCATTGGTTTTTACTTT
CAGGCAGCGCTTAAGTTTCTTCATGGTACCTCCCTTTTGGAGTCCTCTGGCACTGAGAAT
GCCACACATAAGAGCATTGTCACATCCAAGCATATCTATGGCAGCACAGCAAAACTTTGC
AAATAAGTTTGGCATTCAGCAAGGTCTGACTTCACTGTGATGGTACTTGTTCATGTTGGC
CTCTCATGTTCGCTGAGTTTCTAGTATGTCCAAATGTTGTATTGAACCGAATCATGTTAT
AAAATCTAATACTGTTTATGTAACAGGTTCTGTGCACATGAATATGAGAAAGACAAAGAT
ATGGGGGCTGCTGCTTTGGCTTATAAATGTATGGAAGTGGCTTATCTAAGGATAACGTAT
TCCTCCCATGGAAACATAAACAGATATAAATCTGAGTTAGAAGCATCTCTGCAAGTGA


BQ
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AF RR1FN54TF U 1
AF RR1FN54JQ C 320
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BS 711 1138 RR1FN54JQ

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CAAGAAAAGAATAGAGAAGGGAGGTCATCTGCACCGTTGAAAGAGAATCACAGGGGTACA
GCGAATGAAGTGCAAGATCTTGGCGCTGCTGTTGAAGTAAAAACAAAAGAAAGCAGAAAC
AAGAGAAGACCTGCTAGAAAAGTGTCTATGGAGAGTAATAAAGAGGACTCAAAGGAACAT
CAAGATCCTATTAATAAGCTAGATACAAATAGTACAGACCAAGTTGAAGTCTTGAACCAC
GGCAGGGAGATATCTACTGCAAAGACAAAGGTAATGAGAAATGATAACCATGATGTTGGT
TCAAGAAACCAAAAGCAAAATGGAAGTACACATAATGATCATGTTGGCTCAAGCCCTTTG
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QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1FN54JQ 819 0 0
C
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AGTGTCTATGGAGAGTAATAAAGAGGACTCAAAGGAACATCAAGATCCTATTAATAAGCT
AGATACAAATAGTACAGACCAAGTTGAAGTCTTGAACCACGGCAGGGAGATATCTACTGC
AAAGACAAAGGTAATGAGAAATGATAACCATGATGTTGGTTCAAGAAACCAAAAGCAAAA
TGGAAGTACACATAATGATCATGTTGGCTCAAGCCCTTTGAAAAAGGAAATTACGAGTCA
GGCTGCATCCAACTCAATCAAAGAGGCTACAGACTTGAAACACATAGCTGATCGTCTTAA
GAATGCTGGGAACAACCACGAGAGCATTGGTTTTTACTTTCAGGCAGCGCTTAAGTTTCT
TCATGGTACCTCCCTTTTGGAGTCCTCTGGCACTGAGAATGCCACACATAAGAGCATTGT
CACATCCAAGCATATCTATGGCAGCACAGCAAAACTTTGCAAATAAGTTTGGCATTCAGC
AAGGTCTGACTTCACTGTGATGGTACTTGTTCATGTTGGCCTCTCATGTTCGCTGAGTTT
CTAGTATGTCCAAATGTTGTATTGAACCGAATCATGTTATAAAATCTAATACTGTTTATG
TAACAGGTTCTGTGCACATGAATATGAGAAAGACAAAGATATGGGGGCTGCTGCTTTGGC
TTATAAATGTATGGAAGTGGCTTATCTAAGGATAACGTATTCCTCCCATGGAAACATAAA
CAGATATAAATCTGAGTTAGAAGCATCTCTGCAAGTGA

QA 2 819 2 819
DS 



AS 1 2

CO CL5308Contig1 1122 2 12 U
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GGAGGGACTTATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGT
TAAAGAGTATAAATTGAATTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAGGATACTGATATCTT
GGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCTGCGGT
AGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGGCTTACCAGCCT
TGACCGTTACAAAGGCCGATGCTACCACATCGAGCCCGTTCCAGGAGAAGAAACTCAATT
TATTGCGTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGGTCTGTTACTAACATGTT
TACCTCAATTGTGGGTAACGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGGCTGCTCTACGTCTAGAGGA
TCTGCGAATCCCTCCGGCTTATACTAAAACTTTCCAGGGACCACCTCATGGTATCCAAGT
TGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGACGTCCCCTATTAGGATGTACTATTAAACCTAA
GTTGGGGTTATCCGCGAAGAACTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCTACGTGGTGGACT
TGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCTCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCG
TTTCTTATTTTGTGCCGAAGAAGAAGGCTTTGATCGAGGCTATGGAGAAAGCTGATGTGA
AGAACAATTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAGCTTATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTA
GCCTCAATGACTTCGATAGGTTCAAGATCATGTTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTTG
TCAGGCAAGAACTTGCCAAGCTCAAGAAGGAGATCACCGCTTGAGTACTATCTGCGAATC
TTGTTATTGTATTTTGGGTTTTGGATTTACTAGCGTTTTGCAATTTATCAACTCTGTTGA
ATGGATGTTAGTTTCAGTTTTGAAACCTTTACAACTTTCATCTTTCGTTTAATGTCAAAG
AACCTTTACGACTTCAATGTCTATACGACAACAGTTTTCTCG


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E933TF U 1
AF RR1E933JQ C 396
BS 1 741 RR1E933TF
BS 742 742 RR1E933JQ
BS 743 746 RR1E933TF
BS 747 747 RR1E933JQ
BS 748 758 RR1E933TF
BS 759 759 RR1E933JQ
BS 760 769 RR1E933TF
BS 770 770 RR1E933JQ
BS 771 783 RR1E933TF
BS 784 784 RR1E933JQ
BS 785 795 RR1E933TF
BS 796 1122 RR1E933JQ

RD RR1E933TF 802 0 0
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GGAGGGACTTATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGT
TAAAGAGTATAAATTGAATTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAGGATACTGATATCTT
GGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCTGCGGT
AGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGGCTTACCAGCCT
TGACCGTTACAAAGGCCGATGCTACCACATCGAGCCCGTTCCAGGAGAAGAAACTCAATT
TATTGCGTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGGTCTGTTACTAACATGTT
TACCTCAATTGTGGGTAACGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGGCTGCTCTACGTCTAGAGGA
TCTGCGAATCCCTCCGGCTTATACTAAAACTTTCCAGGGACCACCTCATGGTATCCAAGT
TGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGACGTCCCCTATTAGGATGTACTATTAAACCTAA
GTTGGGGTTATCCGCGAAGAACTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCTACGTGGTGGACT
TGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCTCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCG
TTTCTTATTTTGTGCCGAAGA*GAAG*CTTTGATCGAG*CTATGGAGAA*GCTGATGTGA
AGA*CAATTGGGAGA
GAGCTCA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1E933JQ 727 0 0
AAGAAGGGTCTGTTACTAACATGTTTACCTCAATTGTGGGTAACGTATTTGGGTTCAAAG
CCCTGGCTGCTCTACGTCTAGAGGATCTGCGAATCCCTCCGGCTTATACTAAAACTTTCC
AGGGACCACCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGACGTCCCC
TATTAGGATGTACTATTAAACCTAAGTTGGGGTTATCCGCGAAGAACTACGGTAGAGCAG
TTTATGAATGTCTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCTC
AACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGAAGAAGGCTTTGATC
GAGGCTATGGAGAAAGCTGATGTGAAGAACAATTGGGAGAAGAGCTCATGGGGTAGGAAG
CTTATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAATGACTTCGATAGGTTCAAGATCATGTTG
GCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTTGTCAGGCAAGAACTTGCCAAGCTCAAGAAGGAGATC
ACCGCTTGAGTACTATCTGCGAATCTTGTTATTGTATTTTGGGTTTTGGATTTACTAGCG
TTTTGCAATTTATCAACTCTGTTGAATGGATGTTAGTTTCAGTTTTGAAACCTTTACAAC
TTTCATCTTTCGTTTAATGTCAAAGAACCTTTACGACTTCAATGTCTATACGACAACAGT
TTTCTCG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL5309Contig1 711 2 5 U
GCTGTCTACTTTGGTTCCAGTGATGGATTGGTGAATTTTTGGGAGAGAGAGAAGCAGTTG
AACTACGGTGGTGTTTTAAAAGGGCACAAGCTTGCTGTTCTTTGCCTCGAAGTTGCCGGG
AGTCTTGTCTTTAGTGGATCTGCTGATAAGACGATATGTGTGTGGAAGAGGGATGCAAAT
ATTCATACATGTCTTTCTGTACTTACTGGTCACACGGGTCCTGTAAAATGTTTGGCGGTA
GAAGCAGATCGTGAAGTGTCGGAACATAAAGACAAAAAATGGATCGTATATAGTGGGAGT
CTGGATAAGTCGGTAAAAGTTTGGGGAGTTTCGGAATCTTTCATTGACATGAACCAGATC
GGCATGATGCACCAGCAGCAGCAAGAACAAGTCATATCGCATTCGGAGCCTTTTATGTCC
GAGGGCAGTGTCTCTTCGTCCACTGGTGGAGCCAGCAGTCATCGGAGACACTAGTCACGG
TTTGTGGTTTAATGCCCAAATAACAAGCTTGGTTGAACTTCGAGCGAATCGTTTACTTTA
ATATTAACTTTGAATGCAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAACAAATAGTTATCTGATGCAGTG
TTGCATAACGTGGAGTTAAGTTTGAACATTTTTTTATTATAAAGGTTTTTCTGTAATCTT
CCTATATTTGTGATTAAACCCTGTAACTTCTTCAAACTTGATAATAATTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN33TF U 424
AF RR1DW25JQ C 1
BS 1 423 RR1DW25JQ
BS 424 603 RR1AN33TF
BS 604 604 RR1DW25JQ
BS 605 644 RR1AN33TF
BS 645 711 RR1DW25JQ

RD RR1AN33TF 221 0 0
GGCAGTGTCTCTTCGTCCACTGGTGGAGCCAGCAGTCATCGGAGACACTAGTCACGGTTT
GTGGTTTAATGCCCAAATAACAAGCTTGGTTGAACTTCGAGCGAATCGTTTACTTTAATA
TTAACTTTGAATGCAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAACAAATAGTTATCTGATGCAGTGTTG
TATAACGTGGAGTTAAGTTTGAACATTTTTTTATTATAAAG

QA 1 221 1 221
DS 

RD RR1DW25JQ 711 0 0
GCTGTCTACTTTGGTTCCAGTGATGGATTGGTGAATTTTTGGGAGAGAGAGAAGCAGTTG
AACTACGGTGGTGTTTTAAAAGGGCACAAGCTTGCTGTTCTTTGCCTCGAAGTTGCCGGG
AGTCTTGTCTTTAGTGGATCTGCTGATAAGACGATATGTGTGTGGAAGAGGGATGCAAAT
ATTCATACATGTCTTTCTGTACTTACTGGTCACACGGGTCCTGTAAAATGTTTGGCGGTA
GAAGCAGATCGTGAAGTGTCGGAACATAAAGACAAAAAATGGATCGTATATAGTGGGAGT
CTGGATAAGTCGGTAAAAGTTTGGGGAGTTTCGGAATCTTTCATTGACATGAACCAGATC
GGCATGATGCACCAGCAGCAGCAAGAACAAGTCATATCGCATTCGGAGCCTTTTATGTCC
GAGGGCAGTGTCTCTTCGTCCACTGGTGGAGCCAGCAGTCATCGGAGACACTAGTCACGG
TTTGTGGTTTAATGCCCAAATAACAAGCTTGGTTGAACTTCGAGCGAATCGTTTACTTTA
ATATTAACTTTGAATGCAAAAGAAAAAGAAAAAAAAA*CAAATAGTTATCTGATGCAGTG
TTGCATAACGTGGAGTTAAGTTTGAACATTTTTTTATTATAAAGGTTTTTCTGTAATCTT
CCTATATTTGTGATTAAACCCTGTAACTTCTTCAAACTTGATAATAATTAT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL5310Contig1 741 2 4 U
GGAGAGAGAGAGAAGCAGAGAAGTCTTCCACCAAGTCGTGAGGAGAAGAAGAAGAAGATG
TCGTGGCAATCGTACGTGGACGACCACCTAATGTGCGATGTCGAAGGCAGCCACCTCACA
GCCGCCGCCATCCTCGGTCATGACGGCAGTGTCTGGGCTCAGAGCGCCGCTTTCCCTCAG
TTGAAGACTGAAGAAGTCAATGGGATCAACAAGGACTTCGAGGAGCCCGGGTTTCTTGCC
CCGACCGGTTTATTCTCGGTGGAGCGAAATACATGGTTATTCAAGGTGAACCAGGAGCTG
TCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGTGTTACTATCAAGAAGACGAACCAAGCCTTGG
TCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTGGAGGTCAATGCAATTTGGTTGTGGAGAGGC
TCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCTAAAAATTTATGTTTCGATGTCTCTTCTTTT
TAACTAAAAAAGAATGGTCATTGCCCCCTTTTTTCGTTGTGATTGATTGTAGTAACGCAA
TCGATCTGAACTTTAGAACCAAATATCTTTGTTTGGTCTTCTTGTTCCCGGGTTTGGGTT
TGTGTGTCTTGTAATGGCATTTGATGATATTATTTTTTTCTTTCATTATGTGTTTTCTTG
GATTTTGCTTCTTCGAAATTTCTTGGATGGATATGTGGTTTGAAATATTTTTTGGCTTGG
CAAACAAATCAAATTCATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C852TF U 1
AF RR1C852JQ C 470
BS 1 638 RR1C852TF
BS 639 639 RR1C852JQ
BS 640 677 RR1C852TF
BS 678 741 RR1C852JQ

RD RR1C852TF 683 0 0
GGAGAGAGAGAGAAGCAGAGAAGTCTTCCACCAAGTCGTGAGGAGAAGAAGAAGAAGATG
TCGTGGCAATCGTACGTGGACGACCACCTAATGTGCGATGTCGAAGGCAGCCACCTCACA
GCCGCCGCCATCCTCGGTCATGACGGCAGTGTCTGGGCTCAGAGCGCCGCTTTCCCTCAG
TTGAAGACTGAAGAAGTCAATGGGATCAACAAGGACTTCGAGGAGCCCGGGTTTCTTGCC
CCGACCGGTTTATTCTCGGTGGAGCGAAATACATGGTTATTCAAGGTGAACCAGGAGCTG
TCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGTGTTACTATCAAGAAGACGAACCAAGCCTTGG
TCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTGGAGGTCAATGCAATTTGGTTGTGGAGAGGC
TCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCTAAAAATTTATGTTTCGATGTCTCTTCTTTT
TAACTAAAAAAGAATGGTCATTGCCCCCTTTTTTCGTTGTGATTGATTGTAGTAACGCAA
TCGATCTGAACTTTAGAACCAAATATCTTTGTTTGGTCTTCTTGTTCCCGGGTTTGGGTT
TGTGTGTCTTGTAATGGCATTTGATGATATTATTTTTT*CTTTCATTATGTGTTTTCTTG
GATTTTGCTTCTTCGAA
TCTCTG

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1C852JQ 272 0 0
TTTT
TTCTTTTTAACTAAAAAAGAATGGTCATTGCCCCCTTTTTTCGTTGTGATTGATTGTAGT
AACGCAATCGATTTGAACTTTAGAACCAAATATCTTTGTTTGGTTTTTTTGTTCCCGGGT
TTGGGTTTGTGTGTCTTGTAATGGCATTTGATGATATTATTTTTTTCTTTCATTATGTGT
TTTCTTGGATTTTGCTTTTTCGAAATTTCTTGGATGGATATGTGGTTTGAAATATTTTTT
GGCTTGGCAAACAAATCAAATTCATCCT

QA 5 272 5 272
DS 



AS 1 2

CO CL5311Contig1 670 2 6 U
GCGTCTTGTTACATGTCTATGAATACAAAGACGTTTTTGCCTCGGTTTGTTGTTTTGGCT
CTATATTGTCTCCATATTTACCTTGAGGCAGAACTTGTTTTAGTGTTTGTCGGAGCAGTT
GTATCTACTCTTCTCGGCTGTGACATTGAGCCGGTTTTCAACGAGCCCTACCTAGCCACA
TCTCTACAAGACTTCTGGAGCCGCAGATGGAACCTTATGGTTTCAGCTGTCCTACGCTCA
GCCGTCCACATTCCAGTTAAGCGTCTTTTCATACGCTTTTTCAGTCCAAACACAGCTGTG
TTGGTCGGGGTCATGGCCTCGTTCCTTGTCTCTGGATTGATGCATGAGTTGATCTACTTG
TATGCAATACGTTTGCCTCCAACTTGGGAGGTAACTTGTTTCTTTGTGTTGCACGGTGTT
GCCACTACTACAGAGATAGTGGTGAAGAGAACACTCCGGTGGAGACCACCTCACCGGGCT
GTTTCGGGTCTCGCGGTTATGGCGTTTGTGAGCGTGACAGTTGTTTGGCTCTTCCTCCCT
CAACTGCTGCGGAACAATGTTCATGAGAGAGCGACTAGTGAATGTTTGTTGGTTATTGAA
TTTGCAAAACACGAGTTTTTCATTTCTTCTTCATGATCCCTTTTTGTTTTATATAGCTAC
AAATACTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CX64TF U 1
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BS 228 670 RR1CX64JQ

RD RR1CX64TF 227 0 0
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CTATATTGTCTCCATATTTACCTTGAGGCAGAACTTGTTTTAGTGTTTGTCGGAGCAGTT
GTATCTACTCTTCTCGGCTGTGACATTGAGCCG*TTTTCAACGAGCCCTACCTAGCCACA
TCTCTACA*GACTTCTGGAGCCGCAGATGGAACCTTATGGTTTCAGC

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR1CX64JQ 642 0 0
AAAGACG
TTTGCCTCGGTTTGTTGTTTTGGCTCTATATTGTCTCCATATTTACCTTGAGGCAGAACT
TGTTTTAGTGTTTGTCGGAGCAGTTGTATCTACTCTTCTCGGCTGTGACATTGAGCCGGT
TTTCAACGAGCCCTACCTAGCCACATCTCTACAAGACTTCTGGAGCCGCAGATGGAACCT
TATGGTTTCAGCTGTCCTACGCTCAGCCGTCCACATTCCAGTTAAGCGTCTTTTCATACG
CTTTTTCAGTCCAAACACAGCTGTGTTGGTCGGGGTCATGGCCTCGTTCCTTGTCTCTGG
ATTGATGCATGAGTTGATCTACTTGTATGCAATACGTTTGCCTCCAACTTGGGAGGTAAC
TTGTTTCTTTGTGTTGCACGGTGTTGCCACTACTACAGAGATAGTGGTGAAGAGAACACT
CCGGTGGAGACCACCTCACCGGGCTGTTTCGGGTCTCGCGGTTATGGCGTTTGTGAGCGT
GACAGTTGTTTGGCTCTTCCTCCCTCAACTGCTGCGGAACAATGTTCATGAGAGAGCGAC
TAGTGAATGTTTGTTGGTTATTGAATTTGCAAAACACGAGTTTTTCATTTCTTCTTCATG
ATCCCTTTTTGTTTTATATAGCTACAAATACTAAT

QA 8 642 8 642
DS 



AS 1 2

CO CL5312Contig1 508 2 2 U
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TGCCATAAGCTCAGGTACTGCAGGGTCTTCGTCTGATGGGGCTGAGAACACAGCAGCAAT
CGTAGGAGGCCTTGCCCTTATCGCAATCGCTGCTGCGTCCTCTATACTCCTCCAAGTCGG
CAAAGATGCCCCGGCTCGACCTAAACCAGTAGATTACAGTGGACCGTCTCTTAGCTACTA
CATCAACAAGTTCAAGCCTTCAGAAGTTGTTCAAGCCTCTTCACCCGCCCTCACTGAAGT
TCCACCCGTGGCTCAGGAAGAAACTTCACTGCCCGAAACCACAGCCAGTGAGGCTCAAAC
AGAGGAGGCATCTCCTGTTACGGCCACAAGTAGCACCTCTTAAGGGGTTATTATTAGCCT
AGGGCGAGGGATTCAACATATGTTGTGTAAAGATGAAATGAAAGCCTATACCAAGATCCA
TGCGTCTTGTTAATATTCGGATATAACC


BQ
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AF RR1A723TF C 1
AF RR1A723JQ U 322
BS 1 321 RR1A723TF
BS 322 508 RR1A723JQ

RD RR1A723TF 508 0 0
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TGCCATAAGCTCAGGTACTGCAGGGTCTTCGTCTGATGGGGCTGAGAACACAGCAGCAAT
CGTAGGAGGCCTTGCCCTTATCGCAATCGCTGCTGCGTCCTCTATACTCCTCCAAGTCGG
CAAAGATGCCCCGGCTCGACCTAAACCAGTAGATTACAGTGGACCGTCTCTTAGCTACTA
CATCAACAAGTTCAAGCCTTCAGAAGTTGTTCAAGCCTCTTCACCCGCCCTCACTGAAGT
TCCACCCGTGGCTCAGGAAGAAACTTCACTGCCCGAAACCACAGCCAGTGAGGCTCAGAC
AGAGGAGGCATCTCCTGTTACGGCCACAAGTAGCACCTCTTAAGGGGTTATTATTAGCCT
AGGGCGAGGGATTCAACATATGTTGTGTAAAGATGAAATGAAAGCCTATACCAAGATCCA
TGCGTCTTGTTAATATTCGGATATAACC

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR1A723JQ 187 0 0
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GGCCACAAGTAGCACCTCTTAAGGGGTTATTATTAGCCTAGGGCGAGGGATTCAACATAT
GTTGTGTAAAGATGAAATGAAAGCCTATACCAAGATCCATGCGTCTTGTTAATATTCGGA
TATAACC

QA 1 187 1 187
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5315Contig1 1023 2 6 U
GGAATTTCAATCGCTTTCGTTTCTGAAGAGCTGATTCTGAATCCAATCGGGCGATTAGGT
GGAATATCTGTTGTCAAATTTATGGCTCAAGCGGTGGAAGAATGGTACAAGCAGATGCCG
ATTATAACAAGATCGTATCTCACGGCTGCTGTTGTCACCACCGTCGGATGTTCCCTCGAG
ATAATATCACCGTATAATCTGTACCTGAATCCGACCCTTGTGGTGAAGCAGTACCAGTTA
TGGCGCCTCGTCACCAATTTTCTTTATTTCCGCAATATGGATTTGGACTTCTTGTTCCAT
ATGTTTTTTCTAGCTAGATACTGCAAACTCCTTGAAGAGAACTCCTTCAGGGGAAAGACT
GCTGATTTCCTTTACATGCTCTTGTTCGGGGCAACTGTTCTTACCGGCATTGTCCTAATT
GGCGGAACCATACCTTATTTGTCAGTCTCAATCTCCCAGATCATTTTCCTCAGCAACTCT
TTGACTTTCATGATGGTGTATGTATGGAGCAAACAGAATCCTTACGTCCACATGAGTTTC
CCTGGCCTTTTCACTTTTACTGCAGCGTATTTACCATGGGTGCTTCTTGGATTCTCTGTC
CTTGTTGGTGCAAGTCCCTGGGGGGATTTACTGGGAATGATAGCAGGTCACGCCTATTAC
TTTTTGGCATTTGTCTATCCACGAATGACCGATAGGCGACCCTTGAAGACTCCATCTTTC
CTCAAAGCCCTTTTCGCTGATGAGCCTGTGGTGATTGCACGGCCTGAAGATGTTAGGTTT
GCTCCTGCCCCTTTTGATGAAATCCACCAAGACTGAGCCTTCATCCTCCACACAGCACAG
TTTAAGTTAAGGGCACATGGTGTACACATTCATTGACTCTTGATTGTGGATAATGTGGAA
GTTTTTGTTAGTTTTTTTTTTCCCTTGTCCGACTTACATTTATGTGTTTATCTCTTTGTG
CATATATGAACGCAAATTGTGTACAAAATCTCTAAAAATTCAAATTTATAGTAGTCATTA
GAC


BQ
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10 10 10 

AF RR1AB07TF U 1
AF RR1AB07JQ C 454
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RD RR1AB07TF 845 0 0
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GGAATATCTGTTGTCAAATTTATGGCTCAAGCGGTGGAAGAATGGTACAAGCAGATGCCG
ATTATAACAAGATCGTATCTCACGGCTGCTGTTGTCACCACCGTCGGATGTTCCCTCGAG
ATAATATCACCGTATAATCTGTACCTGAATCCGACCCTTGTGGTGAAGCAGTACCAGTTA
TGGCGCCTCGTCACCAATTTTCTTTATTTCCGCAATATGGATTTGGACTTCTTGTTCCAT
ATGTTTTTTCTAGCTAGATACTGCAAACTCCTTGAAGAGAACTCCTTCAGGGGAAAGACT
GCTGATTTCCTTTACATGCTCTTGTTCGGGGCAACTGTTCTTACCGGCATTGTCCTAATT
GGCGGAACCATACCTTATTTGTCAGTCTCAATCTCCCAGATCATTTTCCTCAGCAACTCT
TTGACTTTCATGATGGTGTATGTATGGAGCAAACAGAATCCTTACGTCCACATGAGTTTC
CCTGGCCTTTTCACTTTTACTGCAGCGTATTTACCATGGGTGCTTCTTGGATTCTCTGTC
CTTGTTGGTGCAAGTCCCTGGGGGGATTTACTGGGAATGATAGCAGGTCACGCCTATTAC
TTTTTGGCATTTGTCTATCCACGAATGACCGATAGGCGACCCTTGAAGACTCCATCTTTC
CTCAAAGCCCTTTTCGCTGATGAGCCTGTGGTGATTGCACGGCCTGAAGATGTTAG*TTT
GCTCCTGCCCCTTTTGATGAAATCCACCAAGACTGAGCCTTCATCCTC*ACACAGCACAG
TTTAA

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR1AB07JQ 570 0 0
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CAGAATCCTTACGTCCACATGAGTTTCCCTGGCCTTTTCACTTTTACTGCAGCGTATTTA
CCATGGGTGCTTCTTGGATTCTCTGTCCTTGTTGGTGCAAGTCCCTGGGGGGATTTACTG
GGAATGATAGCAGGTCACGCCTATTACTTTTTGGCATTTGTCTATCCACGAATGACCGAT
AGGCGACCCTTGAAGACTCCATCTTTCCTCAAAGCCCTTTTCGCTGATGAGCCTGTGGTG
ATTGCACGGCCTGAAGATGTTAGGTTTGCTCCTGCCCCTTTTGATGAAATCCACCAAGAC
TGAGCCTTCATCCTCCACACAGCACAGTTTAAGTTAAGGGCACATGGTGTACACATTCAT
TGACTCTTGATTGTGGATAATGTGGAAGTTTTTGTTAGTTTTTTTTTTCCCTTGTCCGAC
TTACATTTATGTGTTTATCTCTTTGTGCATATATGAACGCAAATTGTGTACAAAATCTCT
AAAAATTCAAATTTATAGTAGTCATTAGAC

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

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GAATAGCATGAAACTGGTGGAGCAAGAAAAAGATAACATAAGACAACAGATCAAAGAGGG
GATGTGTAATTCTCTGTTCATCTCATAAACAGAACAAAACTGAGAGGAAAAGAGATCTCA
CAACAACGACTACTAGTGTCTATAGCCTCTCTCTCTACTCCTCCTCTCTTGTTAACAAAA
AGGAAAAATACAGCAACAACATGTGGATTACAATCTTTTTTTAATAGTTATGGATGGGGC
TCTCTTACTCATCATATTCGGAAGCCTGTCTTTGCAGTGTTCATGCGTTGCGTCCATTTC
TTCTTTGTATCTGTTTGTTGTTTCTTTGATGCAACCAGCTGGAACGGGTTCGGACCTGCA
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BQ
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AF RR1GI65TF C 1
AF RR1FV31JQ U 119
BS 1 118 RR1GI65TF
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RD RR1GI65TF 509 0 0
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GAATAGCATGAAACTGGTGGAGCAAGAAAAAGATAACATAAGACAACAGATCAAAGAGGG
GATGTGTAATTCTCTGTTCATCTCATAAACAGAACAAAACTGAGAGGAAAAGAGATCTCA
CAACAACGACTACTAGTGTCTATAGCCTCTCTCTCTACTCCTCCTCTCTTGTTAACAAAA
AGGAAAAATACAGCAGCAACATGTGGATTACAATCTTTTTTTAATAGTTATGGATGGGGC
TCTCTTACTCATCATATTCGGAAGCCTGTCTTTGCAGTGTTCATGCGTTGCGTCCATTTC
TTCTTTGTATCTGTTTGTTGTTTCTTTGATGCAACCAGCTGGAACGGGTTCGGACCTGCA
TACATCTCCTCTTTCATCCTTATCTTCTTTTTCTTCCCTCTATCATATTCTTCATCCCAC
TCATCTGCTACATATCCGATTCTTGACTC

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1FV31JQ 535 0 0
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CACAACAACGACTACTAGTGTCTATAGCCTCTCTCTCTACTCCTCCTCTCTTGTTAACAA
AAAGGCAAAATACAGCAACAACATGTGGATTACAATCTTTTTTTAATAGTTATGGATGGG
GCTCTCTTACTCATCATATTCGGAAGCCTGTCTTTGCAGTGTTCATGCGTTGCGTCCATT
TCTTCTTTGTATCTGTTTGTTGTTTCTTTGATGCAACCAGCTGGAACGGGTTCGGACCTG
CATACATCTCCTCTTTCATCCTTATCTTCTTTTTCTTCCCTCTATCATATTCTTCATCCC
ACTCATCTGCTACATATCCGATTCTTGACTCTTCACTGTTCCTCATCTTAAAAGCTGAAA
CTTCCTCATCCCATTTGCCAACAAATGTCTCTGGCAAACCCCGTGTGAAAACGGTCGCCT
CTTCTTCATCTTGTTTTTTTGAAAGCTCTCTCTTTCTTTTGGCGTTTTGGCTTGC

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 2

CO CL5317Contig1 1263 2 4 U
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AAATCTTCGGAATTCTTCTCAGAGAGAAACAACCTCGCGGTTTTTACATGTTCATTGGCT
ATTGGAGCTTTTGTCTCTATTCTAATTTCATTTCTACGTACATCTCCTACTGTCGGTTGG
AAGTTCATGATTACAAGCTTTGGTTTCGTTCTCTACATGCATTTCCTCGTAGAGAATGTA
TTCTGGAGTTTGCTACTCAAGCGAGATGAGTATCCTAGAAGCAAACGTTTTAGAAACCTT
TATGCACTTGGGAAAACTGTTCTTCAAACCTTTGTTTTGCTCTTCATAATACTCCTAGGA
GACGTCTCTCATTTCCTTGTTCTTGGTTTTGCCCACATTTTCCTCCATCTGGTTTTGTTT
TCAAAATTCTTCTATATGCTAGAAGACTTCGGGTTACTGGATGGGGCTTTCACTTTGTTT
TTTGGTACTTTAACCCATTCATATCGATCTCCTTTGGGACAATTTATTGTCATGCTATTT
GCGTATCTAGTGTTGCTTGCCTTGTATCTTCGCTACTCCACTTGCTGTGAAGAGAACCAT
GCCAAAAAGGAGGAGGAGAAAAGGGATCAAGAGGAAGCTGAGAAAATTGCTAAAGAGAAA
GATGAGGAAGAGAAGAGAAAGATCCAAGAGGAGAGAAAAGCCAGAGAGGAGGAAGAGAAG
AGTAAGGCGAGAGAGGAGGAGAAGAGGAAGGCCAGAGAGAAGGAAGGGAAGAGAAAAGCA
GCAGAAGAAGTGGTAAAAAAGGCTAGAGCCGAAGCTAAGAAGACCACAGAAGCATTTGTG
AAAGCCAGAGATGAAGCTCAGAAGGCCAGGGACGAAGTGAAGAAGGCCAGTGAGGAAGTG
GATAAGGCCAGAGAGAAGGAGGTGGTCGCAGATGATGAGAATTTGGAGGCTGAAGAAGAA
TTTGATAAGACCAGTAAGAAAAAAGCAGATAAGGCCGCTGAGGAAGATAATAAGGCGAGA
GAGAGAGGCGGAAGCCATAAAGGAAGAAGAAAAGGCCAGAGAGAGACTGGCGGAAGCCTT
AGGCGAATTAGAGAAGCTCCGGCGACGGGCCTGAGGGGAGGACGAAGACAGTGCGTGTAG
TCAATCAGAGTTTTCCGGTTTACCTTTCAGTACCTTTTTATTAAGTACGTTAGCTAAACA
TAAGAAATTCAGTCTGTTTTTATGTAAGTTTTTTTTTGCAATGAATTTAAGTAGTTTTAT
GTT


BQ
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10 10 10 

AF RR1G952TF U 1
AF RR1G952JQ C 536
BS 1 698 RR1G952TF
BS 699 699 RR1G952JQ
BS 700 722 RR1G952TF
BS 723 1263 RR1G952JQ

RD RR1G952TF 722 0 0
GGGGCACTGATGGTTACTTGGATAGAGTTTTGTGAGAGAAAGCTAGATAGGATATCTCTT
AAATCTTCGGAATTCTTCTCAGAGAGAAACAACCTCGCGGTTTTTACATGTTCATTGGCT
ATTGGAGCTTTTGTCTCTATTCTAATTTCATTTCTACGTACATCTCCTACTGTCGGTTGG
AAGTTCATGATTACAAGCTTTGGTTTCGTTCTCTACATGCATTTCCTCGTAGAGAATGTA
TTCTGGAGTTTGCTACTCAAGCGAGATGAGTATCCTAGAAGCAAACGTTTTAGAAACCTT
TATGCACTTGGGAAAACTGTTCTTCAAACCTTTGTTTTGCTCTTCATAATACTCCTAGGA
GACGTCTCTCATTTCCTTGTTCTTGGTTTTGCCCACATTTTCCTCCATCTGGTTTTGTTT
TCAAAATTCTTCTATATGCTAGAAGACTTCGGGTTACTGGATGGGGCTTTCACTTTGTTT
TTTGGTACTTTAACCCATTCATATCGATCTCCTTTGGGACAATTTATTGTCATGCTATTT
GCGTATCTAGTGTTGCTTGCCTTGTATCTTCGCTACTCCACTTGCTGTGAAGAGAACCAT
GCCAAAAAGGAGGAGGAGAAAAGGGATCAAGAGGAAGCTGAGAAAATTGCTAAAGAGAAA
GATGAGGAAGAGAAGAGAAAGATCCAAGAGGAGAGAAA*GCCAGAGAGGAGGAAGAGAAG
AG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1G952JQ 728 0 0
TATTTGCGTATCTAGTGTTGCTTGCCTTGTATCTTCGCTACTCCACTTGCTGTGAAGAGA
ACCATGCCAAAAAGGAGGAGGAGAAAAGGGATCAAGAGGAAGCTGAGAAAATTGCTAAAG
AGAAAGATGAGGAAGAGAAGAGAAAGATCCAAGAGGAGAGAAAAGCCAGAGAGGAGGAAG
AGAAGAGTAAGGCGAGAGAGGAGGAGAAGAGGAAGGCCAGAGAGAAGGAAGGGAAGAGAA
AAGCAGCAGAAGAAGTGGTAAAAAAGGCTAGAGCCGAAGCTAAGAAGACCACAGAAGCAT
TTGTGAAAGCCAGAGATGAAGCTCAGAAGGCCAGGGACGAAGTGAAGAAGGCCAGTGAGG
AAGTGGATAAGGCCAGAGAGAAGGAGGTGGTCGCAGATGATGAGAATTTGGAGGCTGAAG
AAGAATTTGATAAGACCAGTAAGAAAAAAGCAGATAAGGCCGCTGAGGAAGATAATAAGG
CGAGAGAGAGAGGCGGAAGCCATAAAGGAAGAAGAAAAGGCCAGAGAGAGACTGGCGGAA
GCCTTAGGCGAATTAGAGAAGCTCCGGCGACGGGCCTGAGGGGAGGACGAAGACAGTGCG
TGTAGTCAATCAGAGTTTTCCGGTTTACCTTTCAGTACCTTTTTATTAAGTACGTTAGCT
AAACATAAGAAATTCAGTCTGTTTTTATGTAAGTTTTTTTTTGCAATGAATTTAAGTAGT
TTTATGTT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL5318Contig1 190 2 1 U
GCTTTCTCCATTTGTTTGTTTCATTTCCCTTTGATTTCGTTTATGTGTGTGACAAACTCT
CTGGGTTTTACATTACGTCTGCGTTTCAAGAAACTTTTGCTTTTTAGTCCATTGTTTTGT
AGCCCTGAGTGATCGAATTGATATATGCCTCTTTATTCCTTATTTTTCCATAATTTCTTT
CTAAACTGGG


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ER02JQ C 1
AF RR1ER02TF U 1
BS 1 190 RR1ER02TF

RD RR1ER02JQ 190 0 0
GCTTTCTCCATTTGTTTGTTTCATTTCCCTTTGATTTCGTTTATGTGTGTGACAAACTCT
TTGGGTTTTACATTACGTTTGCGTTTCAAGAAACTTTTGCTTTTTAGTCCATTGTTTTGT
AGCCCTGAGTGATCGAATTGATATATGCCTCTTTATTCCTTATTTTTCCATAATTTCTTT
CTAAACTGGG

QA 1 190 1 190
DS 

RD RR1ER02TF 190 0 0
GCTTTCTCCATTTGTTTGTTTCATTTCCCTTTGATTTCGTTTATGTGTGTGACAAACTCT
CTGGGTTTTACATTACGTCTGCGTTTCAAGAAACTTTTGCTTTTTAGTCCATTGTTTTGT
AGCCCTGAGTGATCGAATTGATATATGCCTCTTTATTCCTTATTTTTCCATAATTTCTTT
CTAAACTGGG

QA 1 190 1 190
DS 



AS 1 2

CO CL5319Contig1 624 2 2 U
GGAATCCAAGAAAAGTAAATGGATTTTCAGACAATTCAGCCGACACAATGGGAGTGTGTT
CAGTCTTCACAATCTTTAAGTGGTAACCAAACTCCTCAAGAGAATCGTATCCGCTGGTTT
CAGTCTCCAGATTCTCACACTTTTTCGGTTGATTTTCCTGGTTTGAGGAAGGAACATATA
AAAGTTGAGATCGAGGATTCAATATATTTGGTCATACGAACGGAAACAACAGAGATCAGA
TCGCGGGTTAGGAGTTTGAAGAGGAAATTCCGGTTACCGGATTCGATAGATATGATCGGA
ATATCAGCTACTTATGAAAACGGTGTGTTGACTCTGATTGTACCAAAAAGGGTTTTGCGA
AGGAGAAGTTTCTTCATTGATCCTTCTGATGTTCCCGAAAGTCTTCACGTTCTTGCAAGA
GCTGCTTAAAACAAGCTTTCTTTTTCCTTTTGATCTTTGCTTTTCAAAGTCTGTTTTTCA
ACTAGTTTAATCTTTTTATTGCTACTTACCGTTATGTGCATTTTTATATATCAATACAAA
TCCTAAGTTTGTCTTATATGGTTACATGTTATAGAAAACACATATTGGTTTAATGTTATT
AGACTCGGTCTATCTTTCCCTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CC54JQ C 1
AF RR1CC54TF U 238
BS 1 237 RR1CC54JQ
BS 238 624 RR1CC54TF

RD RR1CC54JQ 624 0 0
GGAATCCAAGAAAAGTAAATGGATTTTCAGACAATTCAGCCGACACAATGGGAGTGTGTT
CAGTCTTCACAATCTTTAAGTGGTAACCAAACTCCTCAAGAGAATCGTATCCGCTGGTTT
CAGTCTCCAGATTCTCACACTTTTTCGGTTGATTTTCCTGGTTTGAGGAAGGAACATATA
AAAGTTGAGATCGAGGATTCAATATATTTGGTCATACGAACGGAAACAACAGAGATCAGA
TCGCGGGTTAGGAGTTTGAAGAGGAAATTCCGGTTACCGGATTCGATAGATATGATCGGA
ATATCAGCTACTTATGAAAACGGTGTGTTGACTCTGATTGTACCAAAAAGGGTTTTGCGA
AGGAGAAGTTTTTTCATTGATCCTTTTGATGTTCCCGAAAGTCTTCACGTTCTTGCAAGA
GCTGCTTAAAACAAGCTTTTTTTTTCCTTTTGATCTTTGCTTTTCAAAGTCTGTTTTTCA
ACTAGTTTAATCTTTTTATTGCTACTTACCGTTATGTGCATTTTTATATATCAATACAAA
TCCTAAGTTTGTCTTATATGGTTACATGTTATAGAAAACACATATTGGTTTAATGTTATT
AGACTCGGTCTATCTTTCCCTTCG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1CC54TF 387 0 0
AGATCGCGGGTTAGGAGTTTGAAGAGGAAATTCCGGTTACCGGATTCGATAGATATGATC
GGAATATCAGCTACTTATGAAAACGGTGTGTTGACTCTGATTGTACCAAAAAGGGTTTTG
CGAAGGAGAAGTTTCTTCATTGATCCTTCTGATGTTCCCGAAAGTCTTCACGTTCTTGCA
AGAGCTGCTTAAAACAAGCTTTCTTTTTCCTTTTGATCTTTGCTTTTCAAAGTCTGTTTT
TCAACTAGTTTAATCTTTTTATTGCTACTTACCGTTATGTGCATTTTTATATATCAATAC
AAATCCTAAGTTTGTCTTATATGGTTACATGTTATAGAAAACACATATTGGTTTAATGTT
ATTAGACTCGGTCTATCTTTCCCTTCG

QA 1 387 1 387
DS 



AS 1 2

CO CL5320Contig1 839 2 4 U
GTCGCGCGTGCACAAACCCTAATCGCCTTGTGCAGCACGGTACCTGGTTACTGGTTCACA
GTTGCATTTATCGACATCATGGGTAGATTTGCGATACAGATGATGGGGTTCTTCTTCATG
ACTGTCTTTATGTTCGCTCTCGCGATTCCTTACGAGCATTGGACTCACAAGGAAAACAGA
ATCGGGTTCGTGGTTATGTACTCGTTAACATTCTTCTTCGCAAACTTTGGACCTAATGCT
ACAACTTTCGTGGTGCCTGCTGAGATATTCCCCGCTAGGTTTCGATCAACGTGCCATGGA
ATCTCCGCGGCTTCTGGAAAACTAGGAGCAATGGTTGGTGCGTTTGGATTCCTGTACTTG
GCACAAAGTCCTGACAAGAACAAGACAGAACATGGATATCCTCCAGGGATTGGTGTCAAG
AACTCGCTCATTGTTTTGGGTGTGGTTAATCTTTTGGGGATGGTCTTTACATTGTTGGTT
CCCGAATCTAAAGGCAGGTCTTTGGAGGAAATTTGTGGGGAGAACGAGGACAATGATGAA
GGCAGCAGTTTCAGCAATAACCACTAAAACAGCACGGTATCAACTGCTAGAGATTCTTAA
AGACTTGTATTACTTTATTACTTGTATTTTTTGTTCACTGTATATCTTCAAATTTCTTGA
CACTAGAAGCTCGAGCTATTCTTTATATCCGGTTTTTATTGATTATTAAATGCTATAGGA
TCTCGTTCTTTTGCACATCTGTTTCAGTGTGGTTTTTGGATTTTTGTTTAGCCTCTTTTT
TCTCTGTGTAATTCGTTGTAACAAATGAAATAAACGGAATAGAAAGCTATTATGATGAC


BQ
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AF RR1DK34TF U 1
AF RR1DK34JQ C 306
BS 1 631 RR1DK34TF
BS 632 632 RR1DK34JQ
BS 633 691 RR1DK34TF
BS 692 839 RR1DK34JQ

RD RR1DK34TF 692 0 0
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GTTGCATTTATCGACATCATGGGTAGATTTGCGATACAGATGATGGGGTTCTTCTTCATG
ACTGTCTTTATGTTCGCTCTCGCGATTCCTTACGAGCATTGGACTCACAAGGAAAACAGA
ATCGGGTTCGTGGTTATGTACTCGTTAACATTCTTCTTCGCAAACTTTGGACCTAATGCT
ACAACTTTCGTGGTGCCTGCTGAGATATTCCCCGCTAGGTTTCGATCAACGTGCCATGGA
ATCTCCGCGGCTTCTGGAAAACTAGGAGCAATGGTTGGTGCGTTTGGATTCCTGTACTTG
GCACAAAGTCCTGACAAGAACAAGACAGAACATGGATATCCTCCAGGGATTGGTGTCAAG
AACTCGCTCATTGTTTTGGGTGTGGTTAATCTTTTGGGGATGGTCTTTACATTGTTGGTT
CCCGAATCTAAAGGCAGGTCTTTGGAGGAAATTTGTGGGGAGAACGAGGACAATGATGAA
GGCAGCAGTTTCAGCAATAACCACTAAAACAGCACGGTATCAACTGCTAGAGATTCTTAA
AGACTTGTATTACTTTATTACTTGTATTTTT*GTTCACTGTATATCTTCAAATTTCTTGA
CACTAGAAGCTCGAGCTATTCTTTATATCCG
T

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1DK34JQ 534 0 0
CGCGGCTTCTGGAAAACTAGGAGCAATGGTTGGTGCGTTTGGATTCCTGTACTTGGCACA
AAGTCCTGACAAGAACAAGACAGAACATGGATATCCTCCAGGGATTGGTGTCAAGAACTC
GCTCATTGTTTTGGGTGTGGTTAATCTTTTGGGGATGGTCTTTACATTGTTGGTTCCCGA
ATCTAAAGGCAGGTCTTTGGAGGAAATTTGTGGGGAGAACGAGGACAATGATGAAGGCAG
CAGTTTCAGCAATAACCACTAAAACAGCACGGTATCAACTGCTAGAGATTCTTAAAGACT
TGTATTACTTTATTACTTGTATTTTTTGTTCACTGTATATCTTCAAATTTCTTGACACTA
GAAGCTCGAGCTATTCTTTATATCCGGTTTTTATTGATTATTAAATGCTATAGGATCTCG
TTCTTTTGCACATCTGTTTCAGTGTGGTTTTTGGATTTTTGTTTAGCCTCTTTTTTCTCT
GTGTAATTCGTTGTAACAAATGAAATAAACGGAATAGAAAGCTATTATGATGAC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL5321Contig1 875 2 2 U
GATTCTCTGAGTCTGTGATTCGAGAAAAAAAAAAACCGGAAGTGACGACTTAAAAAAAAA
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ACACGGTGATGGAGATGATGTCAGGAGGACGTACGTTCTCAATCGAGGTCTCGGAATACG
GAAACGATCAGCCGGCGGCGACGGAGAAGGCTTCCTCCTCATCCTCTTCCGGTGACACTG
TGAACGAGGATGAAGCCGGTTTGAGTCGAATCTGGTCAGGGAAGACGGTGGATTACTCGT
CGGAAAGTTCATCGTCGATCGGAAGTCCGGGAGACAGCGAGGAAGACGAAGAAAGTGAAG
ACGAAGAGTTAGGGTTGTCTTCAATGAGCTCTCTAGAAGATTCCCTCCTCAGCAAAAGAG
GGTTATCGAATCACTACAAAGGGAAATCGAAATCGCTTGGGAACTTAGGAGAGATCGGGA
GTGTTAAAGAAGTACCAAAGCAAGAGAATCCATTGAACAAACGAAGAAGGTTACAGATCT
GTAATAAGTTAGCAAGAAGATCGTTCTACTCTTGGCAAAACCCTAAATCTATGCCTCTTT
TTCCGGTCAGCGAAGACCACGATGAGGAGGATGAAGAACTCAAATCTAGTGATGAAGAGC
GAGGAGGAGGTTTTTTTGCCAGGAAACCTTCGTTCAAGAACAGAGCGTTCAAGTCTCAGA
GTTGTTTTGCACTCTCGGATTTGCAGGAAGAAGAAGATGATGATGAGGATGATGATCAAT
AATGTAAATCGTTTATCTTTTTCTTTTGTTCATAGTTATTTTTTCTTTGTTTTAATCTTA
ATTTCTTTTCGTCGCGCGAATTAATGTTTCTTTCT


BQ
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AF RR1CP66TF U 1
AF RR1CP66JQ C 271
BS 1 661 RR1CP66TF
BS 662 875 RR1CP66JQ

RD RR1CP66TF 661 0 0
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ACACGGTGATGGAGATGATGTCAGGAGGACGTACGTTCTCAATCGAGGTCTCGGAATACG
GAAACGATCAGCCGGCGGCGACGGAGAAGGCTTCCTCCTCATCCTCTTCCGGTGACACTG
TGAACGAGGATGAAGCCGGTTTGAGTCGAATCTGGTCAGGGAAGACGGTGGATTACTCGT
CGGAAAGTTCATCGTCGATCGGAAGTCCGGGAGACAGCGAGGAAGACGAAGAAAGTGAAG
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GTGTTAAAGAAGTACCAAAGCAAGAGAATCCATTGAACAAACGAAGAAGGTTACAGATCT
GTAATAAGTTAGCAAGAAGATCGTTCTACTCTTGGCAAAACCCTAAATCTATGCCTCTTT
TTCCGGTCAGCGAAGACCACGATGAGGAGGATGAAGAACTCAAATCTAGTGATGAAGAGC
G

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1CP66JQ 605 0 0
ATCT
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AGAAGATTCCCTCCTCAGCAAAAGAGGGTTATCGAATCACTACAAAGGGAAATCGAAATC
GCTTGGGAACTTAGGAGAGATCGGGAGTGTTAAAGAAGTACCAAAGCAAGAGAATCCATT
GAACAAACGAAGAAGGTTACAGATCTGTAATAAGTTAGCAAGAAGATCGTTCTACTCTTG
GCAAAACCCTAAATCTATGCCTCTTTTTCCGGTCAGCGAAGACCACGATGAGGAGGATGA
AGAACTCAAATCTAGTGATGAAGAGCGAGGAGGAGGTTTTTTTGCCAGGAAACCTTCGTT
CAAGAACAGAGCGTTCAAGTCTCAGAGTTGTTTTGCACTCTCGGATTTGCAGGAAGAAGA
AGATGATGATGAGGATGATGATCAATAATGTAAATCGTTTATCTTTTTCTTTTGTTCATA
GTTATTTTTTCTTTGTTTTAATCTTAATTTCTTTTCGTCGCGCGAATTAATGTTTCTTTC
T

QA 5 605 5 605
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5323Contig1 1077 2 6 U
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CTTGGTGATTACTATTGTATGGCTGCTAAAGCCATTGGCTTGCCTTGTCCTGATTACAAA
CGAGTCCATGAAGGTTTCAAACTTGCTTACACTGACATGGCTCGAAAGTATCCCTGTTTC
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GAAGTTATTTTACCTGCCTTGGGTTTGAACAAAGGGTGAGTGGGATTTTGGTGTGTTCTC
TGGTATCGAAGGGGGTGGAGAAACCAGATCCGAGGATTTACAAGCTGGCGTTAGAGAGAG
CTGGGAACATTGCCCCTGAAGAGGCTTTGCATATTGGAGATAGTATGCGTAAAGATTATG
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TTTTGGAGTCTGGCAAGTTGAAATGTTGAAAAGTAAGAAGAGACTAGTATGAATCTGATG
TATTGTAGTATTGCACATTCTGTGCCCTTTCTTCCTATTCTCTTAGTTCTTATGAGTAGA
AAGAGTTTTTATAACAAGGTGAATCACAGAACAAGTGAAGTATATCTCTCTTTACTTTAT
TTTTGAGATGATTACCCAACACAACCTATGTTTACATTTATGACTTAAACAGCTGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BA28TF U 1
AF RR1BA28JQ C 473
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BS 573 573 RR1BA28JQ
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BS 615 615 RR1BA28JQ
BS 616 789 RR1BA28TF
BS 790 1077 RR1BA28JQ

RD RR1BA28TF 789 0 0
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TCAACGTTTGGTTCTGCTGCACCTTACTCTGTCTTTCAAGATTCTCAGCCCTTCTTGAGA
TGGGCACGCCAGAAAGGTCTTATTGTTGGACTTGTTAGCAACGCCGAGTATCGATATCAA
GAAGTTATTTTACCTGCCTTGGGTTTGAACAA*GGGTGAGTGGGATTTTGGTGTGTTCTC
TGGTATCGAAGGGG*TGGAGAAACCAGATCCGAGGATTTACAAGCTGGCGTTAGAGAGAG
CTGGGAACATTGCCCCTGAAGAGGCTTTGCATATTGGAGATAGTATGCGTAAAGATTATG
TTCCGGCAAAGAGTATTGGGATGCATGCTTTGTTGCTTGATAGGTTTAAGACTGAAGCTG
CTAAAGACT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1BA28JQ 605 0 0
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GATATCAAGAAGTTATTTTACCTGCCTTGGGTTTGAACAAAGGGTGAGTGGGATTTTGGT
GTGTTCTCTGGTATCGAAGGGGGTGGAGAAACCAGATCCGAGGATTTACAAGCTGGCGTT
AGAGAGAGCTGGGAACATTGCCCCTGAAGAGGCTTTGCATATTGGAGATAGTATGCGTAA
AGATTATGTTCCGGCAAAGAGTATTGGGATGCATGCTTTGTTGCTTGATAGGTTTAAGAC
TGAAGCTGCTAAAGACTGGAGGGATGCTGGAGCTATTGTGCTTCCTGATTTGGTTTCTGT
TCAACAGCTTTTGGAGTCTGGCAAGTTGAAATGTTGAAAAGTAAGAAGAGACTAGTATGA
ATCTGATGTATTGTAGTATTGCACATTCTGTGCCCTTTCTTCCTATTCTCTTAGTTCTTA
TGAGTAGAAAGAGTTTTTATAACAAGGTGAATCACAGAACAAGTGAAGTATATCTCTCTT
TACTTTATTTTTGAGATGATTACCCAACACAACCTATGTTTACATTTATGACTTAAACAG
CTGCT

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL5324Contig1 1269 2 6 U
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GACATCATAGATTTCATCGAATGTTCTTCTTCTTTAAATTTTGATTTGGTTAAAAAGTCA
TTAAAACTGGAAAAATAGTACGGAGAAGGTAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGATGGACCTAC
TACACCTACAGGAGGCTACTACTACTACTAGTACTGCTTGAATCTTTGGATGGTCACTTT
CAATGACTCTTGCTGTCCAGTGTGGGTTCCCCTGTTTCCTCTCACCCCTGACCCCATCTA
CTAATCACTCTTTCCAACTTGCTCTCTTATGAGAGAGAGAGAGAAACCTCATCTTTCAAA
TTTTTGATTATTTTCACTTTTACAGTCTATGAGAGAGAGAAGAAGCTCAGATTGTTTGTC
AACAAGATTTAGATTTGTGGAGCTCAAGTAGATCACAGATCTTCTGTTCATATGAAGAGA
TCTTTCCTTCTCTGGTATGTGCTCCTGGTACAAGCATTCCATGGTGCTTGGTACAATGTT
GGAGGAAGCCTGCATTGTGAATATTCAAATTCAGTTATTCTTCACCGGCCTCACAGCGTA
TCCATCACAGAGTTTGGAGCGGTTGGAGATGGTGTCACTCTAAACACTAAAGCCTTTCAG
AATGCTTTGTTCTACCTCAACTCTTTCTCTGATAAAGGCGGTGCCAAGCTTTTTGTTCCC
GCCGGTCAGTGGCTTACCGGTAGTTTCGACCTTATCAGCCACCTAACGTTATGGCTAGAC
AAGGGTGCCACCATTCTCGGCTCCACGAGCTCCGAGAATTGGCCTGTGGTTGATCCATTA
CCATCATATGGATGAGGAAGAGAGTTGCCTGGTAGAAGACACAGGAGTCTTATATATGGT
CAGAACCTCACTGATGTAGTCATAACAGGTGAGAACGGGACAATTGATGGTCAAGGAAGT
GTATGGTGGGATTGGTTTAGAAATGGAGGGCTAAACTATACAAGACCTCATCTTGTTGAG
CTCATAAACACTACTGGTCTTATCATCTCCAACCTCACCTTCTTGAATTCACCTTTTTGG
AACATTCATCCTGTTTATTGCAGAGATGTTGTTGTAAAGAATCTCACAATCTTGGCTCCT
CTAGACTCTCCAAATACAGACGGAGTTGATCCAGATTCATCAACTGACGTTTGCATAGAG
ACTGTTACATAGTTACTGGAGATGATTTAGTATCTATAAAAGTGGATGGGATGAGTATGG
ATATCCTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET82TF U 1
AF RR1D016TF U 473
BS 1 535 RR1ET82TF
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TTAAAACTGGAAAAATAGTACGGAGAAGGTAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGATGGACCTAC
TACACCTACAGGAGGCTACTACTACTACTAGTACTGCTTGAATCTTTGGATGGTCACTTT
CAATGACTCTTGCTGTCCAGTGTGGGTTCCCCTGTTTCCTCTCACCCCTGACCCCATCTA
CTAATCACTCTTTCCAACTTGCTCTCTTATGAGAGAGAGAGAGAAACCTCATCTTTCAAA
TTTTTGATTATTTTCACTTTTACAGTCTATGAGAGAGAGAAGAAGCTCAGATTGTTTGTC
AACAAGATTTAGATTTGTGGAGCTCAAGTAGATCACAGATCTTCTGTTCATATGAAGAGA
TCTTTCCTTCTCTGGTATGTGCTCCTGGTACAAGCATTCCATGGTGCTTGGTACAGTGTT
GGAGGAAGCCTGCATTGTGAATATTCAAATTCAGTTATTCTTCACCGGCCTCACAGCGTA
TCGATCACAGAGTTTGGAGCGGTTGGAGATGGTGTCACTCTAAACACTAAAGCCTTTCAG
AATGCTTTGTTCTACCTCAACTCTTTCTCTGATAAAG
TGG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1D016TF 797 0 0
G
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CAATGTTGGAGGAAGCCTGCATTGTGAATATTCAAATTCAGTTATTCTTCACCGGCCTCA
CAGCGTATCCATCACAGAGTTTGGAGCGGTTGGAGATGGTGTCACTCTAAACACTAAAGC
CTTTCAGAATGCTTTGTTCTACCTCAACTCTTTCTCTGATAAAGGCGGTGCCAAGCTTTT
TGTTCCCGCCGGTCAGTGGCTTACCGGTAGTTTCGACCTTATCAGCCACCTAACGTTATG
GCTAGACAAGGGTGCCACCATTCTCGGCTCCACGAGCTCCGAGAATTGGCCTGTGGTTGA
TCCATTACCATCATATGGATGAGGAAGAGAGTTGCCTGGTAGAAGACACAGGAGTCTTAT
ATATGGTCAGAACCTCACTGATGTAGTCATAACAGGTGAGAACGGGACAATTGATGGTCA
AGGAAGTGTATGGTGGGATTGGTTTAGAAATGGAGGGCTAAACTATACAAGACCTCATCT
TGTTGAGCTCATAAACACTACTGGTCTTATCATCTCCAACCTCACCTTCTTGAATTCACC
TTTTTGGAACATTCATCCTGTTTATTGCAGAGATGTTGTTGTAAAGAATCTCACAATCTT
GGCTCCTCTAGACTCTCCAAATACAGACGGAGTTGATCCAGATTCATCAACTGACGTTTG
CATAGAGACTGTTACATAGTTACTGGAGATGATTTAGTATCTATAAAAGTGGATGGGATG
AGTATGGATATCCTAC

QA 2 797 2 797
DS 



AS 1 2

CO CL5325Contig1 1367 2 10 U
GGCTCTCTCCTCTTCGAATCGCCCTCAGATTCTGTATCATCTCTTCCAGTTCCGTGTAGA
ATCTCACATTCTCCGGATCCTTAACTCCCAACCCTCGGTTTCGACTCAAATGTTAACCTA
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CCGAGTCGGATACGCTCTCGCAGCGAAGAAGCAGCAAAGCTTCATCCAGCCTTCGTTGAT
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GAGAGGAGGGGGAGCTTTGGGGGAGCTCGAGTTTCCTGTGATCGCTAAGCCCTTGGACGC
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TCTGTTTAACTTTGATGTGATTAGGGATGCGAGAGATGCGGATAGGTACCTTGTTATTGA
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CATTTGGATTATTGAACTTGTGCTTCTTCTTTTCTTTTCTTTTTTGTTATTGTTTCTTAG
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BQ
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AF RR1F591TF U 1
AF RR1F591JQ C 605
BS 1 667 RR1F591TF
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BS 800 1367 RR1F591JQ

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GAGAGGAGGGGGAGCTTTGGGGGAGCTCGAGTTTCCTGTGATCGCTAAGCCCTTGGACGC
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AGAGAAGATCGGGACGTCG

QA 1 799 1 799
DS 

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AAGATCGGGACGTCGAAAGGGTCTTTGCCGTTTTCGCAGATATCGAACTTGACTACTGCT
CAGGAGGAGAAGAACAAGGAGTATGGTTAGGATAGGAGCTTGGAGAAAGCGGAGATGCCT
CCTTCGAGTTTCTTGGAGGAGCTGGCTAAGGCGATGAGGGAATCGATGGGTCTTAATCTG
TTTAACTTTGATGTGATTAGGGATGCGAGAGATGCGGATAGGTACCTTGTTATTGATATT
AACTACTTTCCTGGGTATGCTAAGATGCCGTGTTATGAGCCTGTGTTGACGGACTTCTTC
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AGCGGGTACATTCCTTAGGGAGGGTTTCTACTATCTCAATCTGCCCTGCTAATTTTCATT
TGGATTATTGAACTTGTGCTTCTTCTTTTCTTTTCTTTTTTGTTATTGTTTCTTAGGTGT
TATTCTCTTGTTTGCTTCCAAGTTTTGGAAAGCCTTGTTCATTGTTCAGATGCATAACTG
TTGCTAGTTGCTACTATTGAGAAATGAGAATCATTGGATTTCT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL5326Contig1 1208 2 2 U
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GCAGGTCAACCGCCTGGGCCGTTCTTTTCTTCTGAGGAATGATCGAGTTTGTTTTTGACT
TGTCGGGACACACAAATGACTGCTCAGCATCAGATGTTGAGATGTCCATTGTCTGGTTAG
CGATTATGGAAGTAGAAGAGATGACCTGAGGGAAAATATATGGAGTAGTTGCCATCACTA
ATCATATGGTGCAATCATAGAATTACTATATATTCATTATAGTGCTAAATTTGACCTTCT
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TGGCAGTGGACTTGCTTTTAGCAAGCTCAGCTTTAAGATCTTCGATCTGTTTCGAAAACG
TGGACTTGCTTTCAGCAAGCTCAGCTTTAAGATTTTCGATCTGTTTCGAAAACGTGGACT
TGCTTTTAGCAAGCTCAGCTTTAAGATTTTCGATCTGTTTCGAAAACCTAACCACCTGTT
GCAAGGCCTCCATCGCCTGCCTGTGCTATTTTTTCAGCAACTACATGCTCATCAGCAGTT
CCCGTACTAGAAGCAGAGGCGCTCTTCCGTTTAGCCTGTCGAACAGAAGGAGGTACATCA
TTGAAATGCTTGCCTCCTGGCCAGCATCGGATTGTGAAAACGGGGTCATTGACAATGCAT
TCCATCAGATTATCCACCTCTGTATTTGCTTTATCATCAAACTTAATTTCATCCTCACTC
CCTTCCACTACAGGCAATGTCCCGGTCACAGAGGACTGACATAAACAAAAATAGTTGTTT
GATATAGTATATATATTTCTTATCTATACAGACAACTACATCTATCATATATATGGTGTT
CAAAGCCGGATTACCTTCCCTTTGCTGTACATGTCCTGGATTTTAGACATTAATATGGTT
AATGGCTT


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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BH11TF U 1
AF RR1BH11JQ C 451
BS 1 628 RR1BH11TF
BS 629 1208 RR1BH11JQ

RD RR1BH11TF 628 0 0
GGCAGATACCAACTTCAAACTTTTCAAAGCAGAATCGGAGAAAATCTTTACAAAAAGGTC
TCCTAATCATTGTCTTCTTACACTTAAGTTTTGTTCCTTCGAATCCTAGCTCAGAAGCTT
CTCTGAAATCAATTATGTTTGCAAGCAGGCCATTAAGATCAAGGACAAGAAGCTTTTTCC
TTGATACAGATACGTTGTCTTGGATCGAGTCACGTACAAGTATTCCCTTCCTTGTTTCGA
ACTTGTCTTTGTCCAGGGACTCCGAGGTAGATGTCTTCTGTACCTTACTTCTTGTTTGAG
GCAGGTCAACCGCCTGGGCCGTTCTTTTCTTCTGAGGAATGATCGAGTTTGTTTTTGACT
TGTCGGGACACACAAATGACTGCTCAGCATCAGATGTTGAGATGTCCATTGTCTGGTTAG
CGATTATGGAAGTAGAAGAGATGACCTGAGGGAAAATATATGGAGTAGTTGCCATCACTA
ATCATATGGTGCAATCATAGAATTACTATATATTCATTATAGTGCTAAATTTGACCTTCT
GTGTATCTATCTCCATGGCATTAGGACCATCACGTAAATCAGCATTCTCTCCATTTTCGG
TGGCAGTGGACTTGCTTTTAGCAAGCTC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1BH11JQ 758 0 0
GGAAAATATATGGAGTAGTTGCCATCACTAATCATATGGTGCAATCATAGAATTACTATA
TATTCATTATAGTGCTAAATTTGACCTTCTGTGTATCTATCTCCATGGCATTAGGACCAT
CACGTAAATCAGCATTCTCTCCATTTTCGGTGGCAGTGGACTTGCTTTTAGCAAGCTCAG
CTTTAAGATCTTCGATCTGTTTCGAAAACGTGGACTTGCTTTCAGCAAGCTCAGCTTTAA
GATTTTCGATCTGTTTCGAAAACGTGGACTTGCTTTTAGCAAGCTCAGCTTTAAGATTTT
CGATCTGTTTCGAAAACCTAACCACCTGTTGCAAGGCCTCCATCGCCTGCCTGTGCTATT
TTTTCAGCAACTACATGCTCATCAGCAGTTCCCGTACTAGAAGCAGAGGCGCTCTTCCGT
TTAGCCTGTCGAACAGAAGGAGGTACATCATTGAAATGCTTGCCTCCTGGCCAGCATCGG
ATTGTGAAAACGGGGTCATTGACAATGCATTCCATCAGATTATCCACCTCTGTATTTGCT
TTATCATCAAACTTAATTTCATCCTCACTCCCTTCCACTACAGGCAATGTCCCGGTCACA
GAGGACTGACATAAACAAAAATAGTTGTTTGATATAGTATATATATTTCTTATCTATACA
GACAACTACATCTATCATATATATGGTGTTCAAAGCCGGATTACCTTCCCTTTGCTGTAC
ATGTCCTGGATTTTAGACATTAATATGGTTAATGGCTT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL5327Contig1 922 2 2 U
GGACGCAAAGCAGAGACAAAAGTAAAGAAGAAGAAGAAGAAGCAGCAGGGAAGCTAAATC
GGGAGTGGCGCATTGCAGCAGTCCGATTACATCGGTGTCATCTCTTCTTCCGAATCGATG
GCTGCACCACCGGCTAGGGCCAGAGCCGATTACGATTATCTCATAAAGCTTCTTTTGATT
GGAGATAGCGGTGTGGGTAAAAGTTGCCTCCTCCTACGTTTCTCCGATGGCTCCTTCACC
ACTAGCTTCATTACCACCATTGGCATTGACTTTAAGATACGAACCATTGAGCTTGATGAC
AAACGTATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAACGCTTCCGCACCATCACT
ACTGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCTAGTGTATGATGTCACTGATGAGTCC
TCCTTCAACAACATAAGGAACTGGATTCGGAATATCGAACAGCACGCTTCAGATAATGTT
AACAAGATCTTGGTTGGGAACAAGGCTGACATGGACGAAAGCAAGAGGGCTGTACCTACT
GCCAAAGGTCAGGCTCTTGCTGATGAGTACGGAATTAAGTTCTTCGAAACTAGTGCCAAG
ACAAACCTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTCTCCATAGGGAGGGACATAAAACAGAGGCTT
TCGGACACTGACTCCAGGGCTGAGCCTGCGACGATCAAGATAAGCCAAACAGACCAGGCA
GCTGGATCCGGGCAAGCCACACAGAAGTCTGCATGTTGTGGAAGTTAATAAAGTTTTGAA
ATTGAATTGAAAACAAAAAGAACTGAAGATGTCGTGCTTGTGTAGTTTTCGTTTTTATCC
CAACATTACAGGTTCGTTCTTAATTGCCTTTCCCTATTTGTACGAAGGTTTAATCGAAAC
TAGTATTCTTCGTTTATTGTGT


BQ
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AF RR1FY65TF U 1
AF RR1FY65JQ C 247
BS 1 424 RR1FY65TF
BS 425 922 RR1FY65JQ

RD RR1FY65TF 424 0 0
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GGGAGTGGCGCATTGCAGCAGTCCGATTACATCGGTGTCATCTCTTCTTCCGAATCGATG
GCTGCACCACCGGCTAGGGCCAGAGCCGATTACGATTATCTCATAAAGCTTCTTTTGATT
GGAGATAGCGGTGTGGGTAAAAGTTGCCTCCTCCTACGTTTCTCCGATGGCTCCTTCACC
ACTAGCTTCATTACCACCATTGGCATTGACTTTAAGATACGAACCATTGAGCTTGATGAC
AAACGTATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAACGCTTCCGCACCATCACT
ACTGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCTAGTGTATGATGTCACTGATGAGTCC
TCCT

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR1FY65JQ 676 0 0
TTCATTACCACCATTGGCATTGACTTTAAGATACGAACCATTGAGCTTGATGACAAACGT
ATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAACGCTTCCGCACCATCACTACTGCT
TATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCTAGTGTATGATGTCACTGATGAGTCCTCCTTC
AACAACATAAGGAACTGGATTCGGAATATCGAACAGCACGCTTCAGATAATGTTAACAAG
ATCTTGGTTGGGAACAAGGCTGACATGGACGAAAGCAAGAGGGCTGTACCTACTGCCAAA
GGTCAGGCTCTTGCTGATGAGTACGGAATTAAGTTCTTCGAAACTAGTGCCAAGACAAAC
CTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTCTCCATAGGGAGGGACATAAAACAGAGGCTTTCGGAC
ACTGACTCCAGGGCTGAGCCTGCGACGATCAAGATAAGCCAAACAGACCAGGCAGCTGGA
TCCGGGCAAGCCACACAGAAGTCTGCATGTTGTGGAAGTTAATAAAGTTTTGAAATTGAA
TTGAAAACAAAAAGAACTGAAGATGTCGTGCTTGTGTAGTTTTCGTTTTTATCCCAACAT
TACAGGTTCGTTCTTAATTGCCTTTCCCTATTTGTACGAAGGTTTAATCGAAACTAGTAT
TCTTCGTTTATTGTGT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL5328Contig1 798 2 3 U
GGAGTGGATAACGAAGATTTACTTCATGTTTGACAAAAGTTATTACATGCAAGTTTGAGC
ATTTATACACCAAGTGCGCATCAAAGCTAGAGTAACAAATAGCTAGACCTATGTATAGTA
TTCTTTAACCGAGGCAAACCGTATGGTTCTTGGTGATGGAACTCCGAGAATCTTGGAGGG
AGAAGTTGGAATTGATGTCAGGAAGATGCATTGCAGAGTCCATAGAGGAAGACGAAGGAA
ACTGATCCTCGAACCATTGGATTGTGAGGGGTGATGTGTTGTTGCAAATAGTGTTTGGGG
CGAAGAAGAGAGTAGAGTAGTCTTTGGTAAGGCTTGCTTCTTGTGTTTCACATGCTTTCA
CTAGCATGCTCTCCATGTATTTCCCTTGTGCTTCTATCCTTTGATTCACCTGTCTTTCTA
CCTCTACCTCTTCCTCTATTCTTCTTTGCACTTCAGTTTGCATCTCGTTCATATTGTGAC
CAATGATGTGTGGAGTAGTGAATACAACATTCCTCTGAAGATCCAACATGGAAACTCTAT
TAGTATCCCTAATATTAATGGAGTGACCATGACTATGGTCCTTGTGAGGTTGCTTTCCAA
GTCTGGAGATGGCTCTTGAGATGGTAAAGTGTAAGACCTTTCACGCCCATCACTCTCATT
ATCGTCTTCGGTGTAGCCTTGTCAGGGCCTCCAAGGTGAGTAACGGCGTCAACGAAGCGT
TCATGAAGCTCAGCAGTCCAGCGAAGGCGAGGCTTAGGATCGGTGGTGAGGACTAGACCT
GGTGGGGACTCAGATCCC


BQ
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AF RR1AB82JQ U 318
AF RR1AB82TF C 1
BS 1 317 RR1AB82TF
BS 318 703 RR1AB82JQ
BS 704 798 RR1AB82TF

RD RR1AB82JQ 386 0 0
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TATTTCCCTTGTGCTTCTATCCTTTGATTCACCTGTCTTTCTACCTCTACCTCTTCCTCT
ATTCTTCTTTGCACTTCAGTTTGCATCTCGTTCATATTGTGACCAATGATGTGTGGAGTA
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CTTGTCAGGGCCTCCAAGGTGAGTAA

QA 1 386 1 386
DS 

RD RR1AB82TF 798 0 0
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CTAGCATGCTCTCCATGTATTTCCCTTGTGCTTCTATCCTTTGATTCACCTGTCTTTCTA
CCTCTACCTCTTCCTCTATTCTTCTTTGCACTTCAGTTTGCATCTCGTTCATATTGTGAC
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TAGTATCCCTAATATTAATGGAGTGACCATGACTATGGTCCTTGTGAGGTTGCTTTCCAA
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TCATGAAGCTCAGCAGTCCAGCGAAGGCGAGGCTTAGGATCGGTGGTGAGGACTAGACCT
GGTGGGGACTCAGATCCC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

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TATATACAAAGATTCATTTCACCAAG


BQ
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AF RR1A275JQ C 1
AF RR1A275TF U 1
BS 1 386 RR1A275TF

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TATATACAAAGATTCATTTCACCAAG

QA 1 386 1 386
DS 

RD RR1A275TF 386 0 0
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TGGAAAAAAACAAAATGCATAATCTTGAAGAATATATGCAGAGAATGTTAACATCAGGGT
ATCGCATCTCCTTGCCCGTAAAACTTTTCGGTCATTTGTTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTG
ATATACTTAGATAATTGTCATGTTCTTCTTAATGTGTTGTTTTTTAAGTTTATAAATGAA
CTACGAGTGATATTTGGTACTTAAGGCTCTGAATTTTTGTTTCCATGGACGGGTTTGATA
TATATACAAAGATTCATTTCACCAAG

QA 1 386 1 386
DS 



AS 1 2

CO CL5330Contig1 900 2 2 U
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AGAAGAATAGTACTGAGATGGCTGATAAAGATGCGAAACGGGAAGAGAAACTGCTTCTTA
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TTCTTAAAGAAAAGTTGCAACTTGAAAAGGAGCAGAAGCTGCTACAGAAGGCACTTAATG


BQ
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AF RR1DU71TF U 1
AF RR1DU71JQ C 198
BS 1 583 RR1DU71TF
BS 584 900 RR1DU71JQ

RD RR1DU71TF 583 0 0
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CTGATTCCTCCTCCTCCCCTTCCTCCTCTGTGAATTCAATGGTGGCGTTGTTGATGGAGG
AGACGAGCCTGCCCTTGTCGAAGCTCGTGGATGAGATTTTCTCGAAACTGAGAGAGAAGA
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GGTGCTGGGAGACGAGAGAGCTGAAGATGATGCCTAAATCTGTTCGTGGATTGCTCAAAG
TTCGACGGACTTGTCGAAAGAAGATTCATGAGAGGATTACTGC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1DU71JQ 703 0 0
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GAGCTGAAGATGATGCCTAAATCTGTTCGTGGATTGCTCAAAGTTCGACGGACTTGTCGA
AAGAAGATTCATGAGAGGATTACTGCTGTTTCTGCAATGTTAGGTGTGTTGCAAAGAGCA
GAGACTGACAAGTCGTTTAGATCTGATCTCAACAAAGCTGCTGAGAAGCTTGGGAAAGTA
CTGAGTGAAGTGGATATTCGATCGTTTATGGATAATATGTTGCAGAAGAATAGTACTGAG
ATGGCTGATAAAGATGCGAAACGGGAAGAGAAACTGCTTCTTAAACAATTGGAGAAAACT
AAATGTGAAGCTGAGAAGGAAAAGAAGAGGATGGAGCGTCAACTTCTTAAAGAAAAGTTG
CAACTTGAAAAGGAGCAGAAGCTGCTACAGAAGGCACTTAATG

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL5331Contig1 1015 2 2 U
GGATCACGAGAATCTGAACCAGACAGTTTCTCTGATCTTCTTTTTATCTCTGGAGGATCT
CTCGGAGCTAAGAACAATCTCACTCTCCTCTCTATCTCTACTGGTGCTGTTGCGGGTGAA
TTTAGATATGGCTGGAGTTGTTCGAATATCTTCGACGTCGGTTCAGGCCATTCGCGTCTC
TTCCTCCTTCACCTCCTTTGCAACCACTCTGAAACCTCGCTCACCTCCAAATCTGAATTC
CGACAAGAGAGTTCGTCAGCTCTCTTCTTCTCCCTCGTGCTCGTCTTCTCATTACACATC
TTTAGGTCTCGCTAGCCACATCCCCCCTAAACGATCCAACAGCAAGGTGGTTCACGTCAA
GGTAGATGAGAGTGTGGCGGAGACAGAGCCACCGAAATGGTGGGAGAGGAATGCTGGACC
AAACATGGTCGACATTCATTCCACTGAAGAATTCTTGAAGGCTTTAAGCGAAGCTGGCGA
AAGACTAGTCATTGTAGAGTTTTATGGAACTTGGTGTGCTTCTTGCAGAGCATTGTTCCC
CAAGCTTTGCAAGACAGCGGTAGAACATCCGGATATATTGTTCCTCAAAGTAAACTTTGA
TGAGAATAAACCAATGTGCAAGAGTTTGAACGTCAAAGTGCTTCCTTATTTCCACTTTTA
CCGTGGAGCTGATGGCCAGCTCGAGTCCTTCTCATGTTCTCTTGCAAAGTTCCAGAAGAT
AAAAGATGCCATCCGACTACACAACACAGATCGTTGCAGCATCGGTCCAGCCAAGGGACC
TGAAGGGTTTACGTTGTAATCTTTGTCCGTGCAGACGAATGCAGCCAAACCAGCTGGATC
AAGTTGAATTTGCCATACGTCTATAGATTCATAACTGCAACACTCTCTGATTGGTCAAGC
AAACACCGAGCTTTATATATTCTCTGTATATCTGTCACTTTATTGGTATAAAAGAATCCT
TCCTGTTCCTGAAGCGTGTTATGATACTTTTGCCAATAGGAAAAATTGCAAATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BV94TF U 1
AF RR1BV94JQ C 325
BS 1 718 RR1BV94TF
BS 719 1015 RR1BV94JQ

RD RR1BV94TF 718 0 0
GGATCACGAGAATCTGAACCAGACAGTTTCTCTGATCTTCTTTTTATCTCTGGAGGATCT
CTCGGAGCTAAGAACAATCTCACTCTCCTCTCTATCTCTACTGGTGCTGTTGCGGGTGAA
TTTAGATATGGCTGGAGTTGTTCGAATATCTTCGACGTCGGTTCAGGCCATTCGCGTCTC
TTCCTCCTTCACCTCCTTTGCAACCACTCTGAAACCTCGCTCACCTCCAAATCTGAATTC
CGACAAGAGAGTTCGTCAGCTCTCTTCTTCTCCCTCGTGCTCGTCTTCTCATTACACATC
TTTAGGTCTCGCTAGCCACATCCCCCCTAAACGATCCAACAGCAAGGTGGTTCACGTCAA
GGTAGATGAGAGTGTGGCGGAGACAGAGCCACCGAAATGGTGGGAGAGGAATGCTGGACC
AAACATGGTCGACATTCATTCCACTGAAGAATTCTTGAAGGCTTTAAGCGAAGCTGGCGA
AAGACTAGTCATTGTAGAGTTTTATGGAACTTGGTGTGCTTCTTGCAGAGCATTGTTCCC
CAAGCTTTGCAAGACAGCGGTAGAACATCCGGATATATTGTTCCTCAAAGTAAACTTTGA
TGAGAATAAACCAATGTGCAAGAGTTTGAACGTCAAAGTGCTTCCTTATTTCCACTTTTA
CCGTGGAGCTGATGGCCAGCTCGAGTCCTTCTCATGTTCTCTTGCAAAGTTCCAGAAG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1BV94JQ 691 0 0
CCCTAAACGATCCAACAGCAAGGTGGTTCACGTCAAGGTAGATGAGAGTGTGGCGGAGAC
AGAGCCACCGAAATGGTGGGAGAGGAATGCTGGACCAAACATGGTCGACATTCATTCCAC
TGAAGAATTCTTGAAGGCTTTAAGCGAAGCTGGCGAAAGACTAGTCATTGTAGAGTTTTA
TGGAACTTGGTGTGCTTCTTGCAGAGCATTGTTCCCCAAGCTTTGCAAGACAGCGGTAGA
ACATCCGGATATATTGTTCCTCAAAGTAAACTTTGATGAGAATAAACCAATGTGCAAGAG
TTTGAACGTCAAAGTGCTTCCTTATTTCCACTTTTACCGTGGAGCTGATGGCCAGCTCGA
GTCCTTTTCATGTTTTCTTGCAAAGTTCCAGAAGATAAAAGATGCCATCCGACTACACAA
CACAGATCGTTGCAGCATCGGTCCAGCCAAGGGACCTGAAGGGTTTACGTTGTAATCTTT
GTCCGTGCAGACGAATGCAGCCAAACCAGCTGGATCAAGTTGAATTTGCCATACGTCTAT
AGATTCATAACTGCAACACTCTCTGATTGGTCAAGCAAACACCGAGCTTTATATATTCTC
TGTATATCTGTCACTTTATTGGTATAAAAGAATCCTTCCTGTTCCTGAAGCGTGTTATGA
TACTTTTGCCAATAGGAAAAATTGCAAATCT

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL5332Contig1 448 2 1 U
GAGACCCGATAGCGACTCCAAACCTAAGCGACACAAGACGCTGGAAGCTCCAAAAGAACC
GCGTCGCCCTAAAACTCACTGGGACCATGTTATAGAGGAGATGATTTGGCTGTCAAAGGA
TTTTGAGTCGGAGAGGAAATGGAAGCTGGCGCAGGCGAAGAAAGTTGCTTTGAGGGCCAG
CAAAGGCATGTTAGATCAGGCTTCTAGGGAAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTGCAGAGA
TCATATGGGTTAAGTTTCTTGGTTCTCTTTAGAGAAGAGTTGAGATAATTGGTTGTCTTT
AGAGCAAGTCTGGCGCTCTTGTTGGTTAGTGTTTTGTACTCTGTGTTTATGTTCTGTTTC
AGACTTTGTGTGTTAGTTATATCCTCTGAGGTTATATCAAGAGAGAGGGGAAGACAAATA
ATGTTTATTTCTAATAAAATAACTTCCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1G960TF U 1
AF RR1FY70TF U 1
BS 1 448 RR1FY70TF

RD RR1G960TF 177 0 0
GAGACCCGATAGCGACTCCAAACCTAAGCGACACAAGACGCTGGAAGCTCCAAAAGAACC
GCGTCGCCCTAAAACTCACTGGGACCATGTTATAGAGGAGATGATTTGGCTGTCAAAGGA
TTTTGAGTCGGAGAGGAAATGGAAGCTGGCGCAGGCGAAGAAAGTTGCTTTGAGGGC

QA 1 177 1 177
DS 

RD RR1FY70TF 448 0 0
GAGACCCGATAGCGACTCCAAACCTAAGCGACACAAGACGCTGGAAGCTCCAAAAGAACC
GCGTCGCCCTAAAACTCACTGGGACCATGTTATAGAGGAGATGATTTGGCTGTCAAAGGA
TTTTGAGTCGGAGAGGAAATGGAAGCTGGCGCAGGCGAAGAAAGTTGCTTTGAGGGCCAG
CAAAGGCATGTTAGATCAGGCTTCTAGGGAAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTGCAGAGA
TCATATGGGTTAAGTTTCTTGGTTCTCTTTAGAGAAGAGTTGAGATAATTGGTTGTCTTT
AGAGCAAGTCTGGCGCTCTTGTTGGTTAGTGTTTTGTACTCTGTGTTTATGTTCTGTTTC
AGACTTTGTGTGTTAGTTATATCCTCTGAGGTTATATCAAGAGAGAGGGGAAGACAAATA
ATGTTTATTTCTAATAAAATAACTTCCA

QA 1 448 1 448
DS 



AS 1 2

CO CL5333Contig1 693 2 1 U
GGGACAATGCTGCGGAATGCAGATCCATTCTCTTACTTCATGCTCGTTGCCTTCGAAGCA
TGTGGTCTAATTCGTTTCGCCATCTTGCTGTTTCTTTGGCCCGTAATCACACTCCTTGAT
GTTTTCAGCTACAAGAACGCCTCTATCAAGCTCATGACTTTTGTAGGCACGGTTGGTTTA
CGCGAATTGGAGATTCAATCGGTGGCTAGAGCCGTCCTGCCTAAGTTCTACATGGATGAC
GTAAGCATGGACACTTGGAAGGTTTACAGCTCGTGCAAGAAGAAGGTCGTGGTGACGAGA
ATGCCTCGAGTTATGGTGGAGATGTTTGCAAAGGAGCATCTTAGAGCGGATGAGGTCATC
GGTTCAGAGCTGATCATTAACCGGTTCGGTTTTGTAACTGGTTTGATACGTGAAACTGAT
ATCGATCAATCTGTTTTGAGCCGTGTTGCTGATTTGTATGGTGATAGAAAGCCTCAGATA
GGTCTTGCAAGACCACCGCGCAAGACAATTTCTACAACTTTCTTATCTTTATGTGAGGAT
CATATTCATGCACCAATACCAGAGAACTACAACCACCGTAACAAACAATTTGAGCTACGG
CCACTTCCGGTAATCTTCCACGACGGACGCCTTGTCAAGCGGCCAACTCCACCCACCGCA
CTCCTCATCCTCACATGGATCCCATTAGGAATC


BQ
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AF RR1GV32TF U 1
AF RR1GL13TF U 1
BS 1 693 RR1GL13TF

RD RR1GV32TF 320 0 0
GGGACAATGCTGCGGAATGCAGATCCATTCTCTTACTTCATGCTCGTTGCCTTCGAAGCA
TGTGGTCTAATTCGTTTCGCCATCTTGCTGTTTCTTTGGCCCGTAATCACACTCCTTGAT
GTTTTCAGCTACAAGAACGCCTCTATCAAGCTCATGACTTTTGTAGGCACGGTTGGTTTA
CGCGAATTGGAGATTCAATCGGTGGCTAGAGCCGTCCTGCCTAAGTTCTACATGGATGAC
GTAAGCATGGACACTTGGAAGGTT*ACAGCTCGTGCAAGAAGAAGG*CGTGGTGACGAGA
ATGCCTCGAGTTATG
TGGAG

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR1GL13TF 693 0 0
GGGACAATGCTGCGGAATGCAGATCCATTCTCTTACTTCATGCTCGTTGCCTTCGAAGCA
TGTGGTCTAATTCGTTTCGCCATCTTGCTGTTTCTTTGGCCCGTAATCACACTCCTTGAT
GTTTTCAGCTACAAGAACGCCTCTATCAAGCTCATGACTTTTGTAGGCACGGTTGGTTTA
CGCGAATTGGAGATTCAATCGGTGGCTAGAGCCGTCCTGCCTAAGTTCTACATGGATGAC
GTAAGCATGGACACTTGGAAGGTTTACAGCTCGTGCAAGAAGAAGGTCGTGGTGACGAGA
ATGCCTCGAGTTATGGTGGAGATGTTTGCAAAGGAGCATCTTAGAGCGGATGAGGTCATC
GGTTCAGAGCTGATCATTAACCGGTTCGGTTTTGTAACTGGTTTGATACGTGAAACTGAT
ATCGATCAATCTGTTTTGAGCCGTGTTGCTGATTTGTATGGTGATAGAAAGCCTCAGATA
GGTCTTGCAAGACCACCGCGCAAGACAATTTCTACAACTTTCTTATCTTTATGTGAGGAT
CATATTCATGCACCAATACCAGAGAACTACAACCACCGTAACAAACAATTTGAGCTACGG
CCACTTCCGGTAATCTTCCACGACGGACGCCTTGTCAAGCGGCCAACTCCACCCACCGCA
CTCCTCATCCTCACATGGATCCCATTAGGAATC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL5334Contig1 982 2 2 U
GGAGATTTGACAGATAACAGAAAAAGGTTGAAACTGTGAAAGTTTGGTGGGAGGGAAAGG
CTTCTCATATTATTGCTTAATTACCCTTCCCGGAGGAGATCGGAGATAATGGCTGCTAAT
TTCTGGGAATCGTCTCAATGCAAACGGCTTCTGGAACAAGAAGAAGTGGATGCAGTTCAC
CCACTCGACAAAAACGTGGAATTACAGTTGAGGATTTCAAGCTCATCAAGTTCCATATGT
CTAATCATATAACGAAATTGGCTCAGCACATTAAAGTCCGACAAAGGGTTGTGGCTACCG
CAATTACGTATATGAGACGGGTTTATACCAAGAAGAGCATGGTGGAGTTTGATCCGCGTC
TTGTTGCTATTACATGCTTGTACCTGGCTTCCAAAGCTGAAGAGAGCATCGTCCAGGCCA
GGAATCTTGTTTTTTACATCAAAAGATTGTATCCGGATGAGTACAAGTATGAACTAAAAG
ATCTATTAGGAATGGAGATGAAGGTCTTAGAAGCACTCAACTATTCGTTTTTGCAAGATG
CTGCATTGAACGATGTAAATATGAACCAAATGACATGGGGAATTGTCAACGATACATATA
AGATGGACCTGATTCTTGTACACCCGCCGTATCGCATAGCGCTAGCGTGCATATACATAG
CAAGTGTCCACAGAGAGAAAGATATCACTGCATGGTTACAAGATCTTAACGAGGACACGA
ACTTGGTGAAGAACATTGCCATGGAGATTTTGGACTTCTACGAGAACTACAGAAGTATCA
CCGATGAAAAAGTGAGTTCTGCGTTCAACAAACTGACTATGAAGCCGTAGCAGCTGGGGA
TTCCCCTCCATCTCCATGATTTATCTGATGCTCTCATCTTACAGCTAGACTTTCTTCAGT
TGCCCATGTTAGTTTTGTGGCAGACATGTATGTAACATTGTTGAATCTACCAAACATAAA
TCTTAAAGTGATAACTTCATCT


BQ
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AF RR1DQ85TF U 1
AF RR1DQ85JQ C 374
BS 1 680 RR1DQ85TF
BS 681 982 RR1DQ85JQ

RD RR1DQ85TF 680 0 0
GGAGATTTGACAGATAACAGAAAAAGGTTGAAACTGTGAAAGTTTGGTGGGAGGGAAAGG
CTTCTCATATTATTGCTTAATTACCCTTCCCGGAGGAGATCGGAGATAATGGCTGCTAAT
TTCTGGGAATCGTCTCAATGCAAACGGCTTCTGGAACAAGAAGAAGTGGATGCAGTTCAC
CCACTCGACAAAAACGTGGAATTACAGTTGAGGATTTCAAGCTCATCAAGTTCCATATGT
CTAATCATATAACGAAATTGGCTCAGCACATTAAAGTCCGACAAAGGGTTGTGGCTACCG
CAATTACGTATATGAGACGGGTTTATACCAAGAAGAGCATGGTGGAGTTTGATCCGCGTC
TTGTTGCTATTACATGCTTGTACCTGGCTTCCAAAGCTGAAGAGAGCATCGTCCAGGCCA
GGAATCTTGTTTTTTACATCAAAAGATTGTATCCGGATGAGTACAAGTATGAACTAAAAG
ATCTATTAGGAATGGAGATGAAGGTCTTAGAAGCACTCAACTATTCGTTTTTGCAAGATG
CTGCATTGAACGATGTAAATATGAACCAAATGACATGGGGAATTGTCAACGATACATATA
AGATGGACCTGATTCTTGTACACCCGCCGTATCGCATAGCGCTAGCGTGCATATACATAG
CAAGTGTCCACAGAGAGAAA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1DQ85JQ 609 0 0
ATGCTTGTACCTGGCTTCCAAAGCTGAAGAGAGCATCGTCCAGGCCAGGAATCTTGTTTT
TTACATCAAAAGATTGTATCCGGATGAGTACAAGTATGAACTAAAAGATCTATTAGGAAT
GGAGATGAAGGTCTTAGAAGCACTCAACTATTCGTTTTTGCAAGATGCTGCATTGAACGA
TGTAAATATGAACCAAATGACATGGGGAATTGTCAACGATACATATAAGATGGACCTGAT
TCTTGTACACCCGCCGTATCGCATAGCGCTAGCGTGCATATACATAGCAAGTGTCCACAG
AGAGAAAGATATCACTGCATGGTTACAAGATCTTAACGAGGACACGAACTTGGTGAAGAA
CATTGCCATGGAGATTTTGGACTTCTACGAGAACTACAGAAGTATCACCGATGAAAAAGT
GAGTTCTGCGTTCAACAAACTGACTATGAAGCCGTAGCAGCTGGGGATTCCCCTCCATCT
CCATGATTTATCTGATGCTCTCATCTTACAGCTAGACTTTCTTCAGTTGCCCATGTTAGT
TTTGTGGCAGACATGTATGTAACATTGTTGAATCTACCAAACATAAATCTTAAAGTGATA
ACTTCATCT

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL5335Contig1 816 2 2 U
ATTTCAGCCTTTTTCTTTGGTCAGGGCTTGTGGCCCTATGAATTCTAGATCTGCTTCCTG
GTGTTCCTCTTGTTTTGTACAGAAAAGATGAGCACTAGACAAAAGGGAAGAGAAGTCAGT
TTTGGTTGGTGGTTTAGTAGTGATTTGCAGAGTTTTTAGACGTTCGTGGCTTTTGTATAT
TTTGAAAAAAAAAATGATATGAAATATTTTCTTGGTTCCCTTTGGGTTGTCTTAGGTAGC
CACAAAAATAGAAGTTTGACTATTTTCTTGTGTGTATCCGTGACCGTGAGCGTCTTGGAG
ATCAGAGACAATCTAAACTTTGGCAATGTGCATATGAACATTAAAAGCATTTGACAAATT
AATGCGAGAGTATGCATTACATGAATATACAGAACCCGTGATTCAGCATTACATCCATGG
CTTGAACACTGCATCTCAAACCATTAGGCTTGTACACTAGTTTGGTGGTTCCCATACTCC
AAAAATATTAAAGATGCCATCTTACAGTGACTAGGGAGGGATTCGCTGACAAATGTTCTC
ATCCATCTACAAAAGACTTGGAAATTTCTTAGAACCGGGTTAGGAGCCAACTTCACTGAA
CACAAATACACAACTATTACCTGATATATATATGTAACTAACTCTCATCAGTGAATGAAA
GGACGGGTAAATATTGACTGTGGTTCGCTAATTTCCAACTGATGGGAACATCAACTGCAA
CAATGATATGGGCAATTGCTAAGACAGACAGAAATCGAAGAAGAGTAGTTTATTCTCCTT
CATTTGTTAAAAGACAGAATGAAGTCTGTATGAGTT


BQ
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AF RR1DA69TF U 1
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GTGTTCCTCTTGTTTTGTACAGAAAAGATGAGCACTAGACAAAAGGGAAGAGAAGTCAGT
TTTGGTTGGTGGTTTAGTAGTGATTTGCAGAGTTTTTAGACGTTCGTGGCTTTTGTATAT
TTTGAAAAAAAAAATGATATGAAATATTTTCTTGGTTCCCTTTGGGTTGTCTTAGGTAGC
CACAAAAATAGAAGTTTGACTATTTTCTTGTGTGTATCCGTGACCGTGAGCGTCTTGGAG
ATCAGAGACAATCTAAACTTTGGCAATGTGCATATGAACATTAAAAGCATTTGACAAATT
AATGCGAGAGTATGCATTACATGAATATACAGAACCCGTGATTCAGCATTACATCCATGG
CTTGAACACTGCATCTCAAACCATTAGGCTTGTACACTAGTTTGGTGGTTCCCATACTCC
AAAAATATTAAAGATGCCATCTTACAGTGACTAGGGAGGGATTCGCTGACAAATGTTCT

QA 1 539 1 539
DS 

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TGGTTCCCTTTGGGTTGTCTTAGGTAGCCACAAAAATAGAAGTTTGACTATTTTCTTGTG
TGTATCCGTGACCGTGAGCGTCTTGGAGATCAGAGACAATCTAAACTTTGGCAATGTGCA
TATGAACATTAAAAGCATTTGACAAATTAATGCGAGAGTATGCATTACATGAATATACAG
AACCCGTGATTCAGCATTACATCCATGGCTTGAACACTGCATCTCAAACCATTAGGCTTG
TACACTAGTTTGGTGGTTCCCATACTCCAAAAATATTAAAGATGCCATCTTACAGTGACT
AGGGAGGGATTCGCTGACAAATGTTCTCATCCATCTACAAAAGACTTGGAAATTTCTTAG
AACCGGGTTAGGAGCCAACTTCACTGAACACAAATACACAACTATTACCTGATATATATA
TGTAACTAACTCTCATCAGTGAATGAAAGGACGGGTAAATATTGACTGTGGTTCGCTAAT
TTCCAACTGATGGGAACATCAACTGCAACAATGATATGGGCAATTGCTAAGACAGACAGA
AATCGAAGAAGAGTAGTTTATTCTCCTTCATTTGTTAAAAGACAGAATGAAGTCTGTATG
AGTT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL5336Contig1 552 2 5 U
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CATCAATTATTCATCAGGGGCTTTATAAAAGCCAAAACACAAACCATAAGTAGTTTTTAG
AAAGAAACAAGACACAAGACTTTTAATCCGAACACAGAGTTTTAGATACCACCACGGAGA
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TCCTCAAGCTGCTTTCCAGCGAAGATGAGACGCTGCTGGTCCGGAGGGATACCTTCCTTG
TCCTGGATCTTAGCCTTCACGTTGTCAATAGTGTCAGAGCTCTCAACCTCCAATGTGATA
GTCTTCCCGGTAAGAGTCTTGACAAAGATCTGCATGCCTCCACGTAGACGCAACACCAAG
TGAAGGGTCGACTCTTTCTGAATGTTGTAGTCAGCAAGAGTCCTCCCATCCTCCAACTGC
TTTCCGGCAAAGATCAACCTCTGCTGGTCAGGTGGGATCCCCTCCTTATCCTGAATCTTA
GCCTTGACGTTA


BQ
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AF RR1FQ23JQ U 43
AF RR1FQ23TF C 1
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RD RR1FQ23JQ 221 0 0
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TCTGCCAAGGTGCGACCATCCTCAAGCTGCTTTCCAGCGAA

QA 1 221 1 221
DS 

RD RR1FQ23TF 552 0 0
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TCCTCAAGCTGCTTTCCAGCGAAGATGAGACGCTGCTGGTCCGGAGGGATACCTTCCTTG
TCCTGGATCTTAGCCTTCACGTTGTCAATAGTGTCAGAGCTCTCAACCTCCAATGTGATA
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TGAAGGGTCGACTCTTTCTGAATGTTGTAGTCAGCAAGAGTCCTCCCATCCTCCAACTGC
TTTCCGGCAAAGATCAACCTCTGCTGGTCAGGTGGGATCCCCTCCTTATCCTGAATCTTA
GCCTTGACGTTA

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

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TCTGCATGTCATGGCTCTCCAGAGAGAGGATGAAGAGGTGAAAGAAGTAGCAATAGAGTT
TGCAAATGATTGGGATGAAAAAGAAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGATGATGATGATGACTA
TGAAGATTATGGAGATTTTGATGATTACATTGGAGAAATCTCAACTGATTGGATCTACGA
TGTATCGAGGCCTCGAAGTTACTGGGAAGGGTTAAGGAAAGAAAGGTATCTTGAGGTTCT
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TCACTTAAGCGTACCAATCAATCAAGAAGAAGGTGAAGATGACAAAGAAGAAGAAGAAGA
AGAGTGGGTTGAAGAGTGCTCAGCAAGGGACCAAGAAGATAACGAAACAGAGGAAAAACC
AGAGAAGACAAATCTTGAAGCTGCAAGCGACACAATTCTTGAAGCTGATCTTGACGCTTG
CAGCCAATCATCAGAAAGGAGTAGTACGTTGATGATCTCGTGGAGTTTCAGGGATCAAGA
TATTGACAAGGATCACGAACCGACAACGTCTTTATCTCTGCCTGAGCCTTCATCTGCCAC
AAGTCAAACTACGCAGGAAATGCAGATGATAAGTGATCTCAGGGAACAAATGGAGCAGCT
TCAACGAGAAATGCAAGAACTGCGAAACACCGTTAAATCTTGCACCGATATGCAACTTCA
TTTCCAGAAATCTGCGACTCAAGATTCTTGTCGCTCTGGCTCCTCCGCAGAACAACGAGT
AGAAAGTAAGAATCTGTTAAGACGCAAGTGCTGCGGTTGCTCTGAGATGCCTGTTGACTC
GCTTCTGTATAGGTGTGGGCATATGTGCGCGTGTCTGAAATGTGCTCATGAATTGCAATG
GAGCAGTAAGAAGTGTCCGATTTGTATGGCCCCAATCGTCGACGTTGTGAGAGCTTTTCT
TGATGCTTAGGATTAGTAAAAAACAAGAAGATCAATATTATTTTCTCTATTGGTTTGGAA
TCTGAATATACCTGATAACATTTGTTTGCCTTGTTGTTCTGCCATGTTGAGATCATTACA
ATAACACAGTTCCGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES84TF U 1
AF RR1ES84JQ C 544
BS 1 678 RR1ES84TF
BS 679 679 RR1ES84JQ
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BS 714 728 RR1ES84TF
BS 729 1276 RR1ES84JQ

RD RR1ES84TF 728 0 0
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AAAGATATCATTGAGGTGAAAGTCATGAGTTCTCAAGAAGTTATTACACCAGCACAAGAA
TCTGCATGTCATGGCTCTCCAGAGAGAGGATGAAGAGGTGAAAGAAGTAGCAATAGAGTT
TGCAAATGATTGGGATGAAAAAGAAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGATGATGATGATGACTA
TGAAGATTATGGAGATTTTGATGATTACATTGGAGAAATCTCAACTGATTGGATCTACGA
TGTATCGAGGCCTCGAAGTTACTGGGAAGGGTTAAGGAAAGAAAGGTATCTTGAGGTTCT
CAACACTGAATCAGATAAAAAGGACATATGTAACCTTATTCAGAGCCGAACAGTTTCCAA
CTTCTTGACGAGTGACTTGCGACAAAAAATCGATAATTTGATGACCAGTATCGTGCAAAA
TCACTTAAGCGTACCAATCAATCAAGAAGAAGGTGAAGATGACAAAGAAGAAGAAGAAGA
AGAGTGGGTTGAAGAGTGCTCAGCAAGGGACCAAGAAGATAACGAAACAGAGGAAAAACC
AGAGAAGACAAATCTTGAAGCTGCAAGCGACACAATTCTTGAAGCTGATCTTGACGCTTG
CAGCCAATCATCAGAAAG*AGTAGTACGTTGATGATCTCGTGGAGTTTCAGG*ATCAAGA
TATTGACA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1ES84JQ 733 0 0
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GAAGACAAATCTTGAAGCTGCAAGCGACACAATTCTTGAAGCTGATCTTGACGCTTGCAG
CCAATCATCAGAAAGGAGTAGTACGTTGATGATCTCGTGGAGTTTCAGGGATCAAGATAT
TGACAAGGATCACGAACCGACAACGTCTTTATCTCTGCCTGAGCCTTCATCTGCCACAAG
TCAAACTACGCAGGAAATGCAGATGATAAGTGATCTCAGGGAACAAATGGAGCAGCTTCA
ACGAGAAATGCAAGAACTGCGAAACACCGTTAAATCTTGCACCGATATGCAACTTCATTT
CCAGAAATCTGCGACTCAAGATTCTTGTCGCTCTGGCTCCTCCGCAGAACAACGAGTAGA
AAGTAAGAATCTGTTAAGACGCAAGTGCTGCGGTTGCTCTGAGATGCCTGTTGACTCGCT
TCTGTATAGGTGTGGGCATATGTGCGCGTGTCTGAAATGTGCTCATGAATTGCAATGGAG
CAGTAAGAAGTGTCCGATTTGTATGGCCCCAATCGTCGACGTTGTGAGAGCTTTTCTTGA
TGCTTAGGATTAGTAAAAAACAAGAAGATCAATATTATTTTCTCTATTGGTTTGGAATCT
GAATATACCTGATAACATTTGTTTGCCTTGTTGTTCTGCCATGTTGAGATCATTACAATA
ACACAGTTCCGAT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL5338Contig1 565 2 9 U
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ATATATAACCAAACAAGATATGGCCAAAACAAACAAATTGGAGAGATTCTGATTTGGGTA
GACAGTAAAATGTAAAAACCGCAGATTGTACCGCAAATTTCTCTGGCAAATCGGAGCAAC
GAAAAAAACCAACAGCAATCAAATAGGTTCTTTCTTCCTGTTCTCCAATGTTAAAACAAA
TTTACACATTTTAATGTGCTTTCTCTCACTTCTTACCGGACTCAGAACATGTAGACCACA
CTGTCGTGGATCCTCGACTTCTGGGTCTGTGCAACACACTCGGATATCCACATCAGGGTC
CTGATCTCCTGCTCCCTCAATCTCATGTACGCAAAGAACACCCCGTAATGGAACTGCTGC
TCAAAGGCTAAGCAAAGCCTTCTGACTTCTTCTTCATAAAATGCTTTGTCAAGCATCTGG
CTCTCTCCGTAAGACATCTTTGAAAATATTGCTTGGTAAGGAGGGTACTTCTCCATAACA
CCACGAACCTGATCTATGTCTTCGC


BQ
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AF RR1G789JQ U 11
AF RR1D778JQ U 1
BS 1 136 RR1D778JQ
BS 137 137 RR1G789JQ
BS 138 217 RR1D778JQ
BS 218 218 RR1G789JQ
BS 219 324 RR1D778JQ
BS 325 325 RR1G789JQ
BS 326 357 RR1D778JQ
BS 358 358 RR1G789JQ
BS 359 565 RR1D778JQ

RD RR1G789JQ 411 0 0
G
CCCATGATAAATAAGTAGTTTCATATTATTACAAGAGTTTTATTGGTAAATATATAACCA
AACAAGATATGGCCAAAACAAACAAATTGGAGAGATTCTGATTTGGGTAGACAGTAAAAT
GTAAAAACCGCAGATTGTACCGCAGATTTCTCTGGCAAATCGGAGCAACGAAGAAAACCA
ACAGCAATCAAATAGGTTCTTTCTTCCTGTTCTCCAATGTTAAAACAAATTTACACATTT
TAATGTGCTTTCTCTCACTTCTTACCGGACTCAGAACATGTAGACCACACTGTCGTGGAT
CCTCGACTTCTGGGTCTGTGCAACACACTCGGATATCCACATCAGGGTCCTGATCTCCTG
CTCCCTCAATCTCATGTACGCAAAGAACACCCCGTAATGGAACTGCTGCT

QA 2 411 2 411
DS 

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ATATATAACCAAACAAGATATGGCCAAAACAAACAAATTGGAGAGATTCTGATTTGGGTA
GACAGTAAAATGTAAAGACCGCAGATTGTACCGCAAATTTCTCTGGCAAATCGGAGCAAC
GAAAAAAACCAACAGCAATCAAATAGGTTCTTTCTTCTTGTTCTCCAATGTTAAAACAAA
TTTACACATTTTAATGTGCTTTCTCTCACTTCTTACCGGACTCAGAACATGTAGACCACA
CTGTCGTGGATCCTCGACTTCTGGTTCTGTGCAACACACTCGGATATCCACATCAGGTTC
CTGATCTCCTGCTCCCTCAATCTCATGTACGCAAAGAACACCCCGTAATGGAACTGCTGC
TCAAAGGCTAAGCAAAGCCTTCTGACTTCTTCTTCATAAAATGCTTTGTCAAGCATCTGG
CTCTCTCCGTAAGACATCTTTGAAAATATTGCTTGGTAAGGAGGGTACTTCTCCATAACA
CCACGAACCTGATCTATGTCTTCGC

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL5339Contig1 1046 2 2 U
GGGAGCCATGGATACCGAGTTTCTCAGAGCACTAGATCCTCAGATTCTCTTGGGTGCCTT
GGTGGCTCTCGTTGCCGTCGGTGCCGGTGCTGCTTACTATCTGTCCCCCTCCAAGAAACG
CAGAGGGTGTTTGGATCCTGAGAATTTCAAGGAGTTTAAGCTTGTTAAGAAGCAGCAACT
TAGCCACAATGTGGCTAAGTTCGTATTTGAGCTTCCAACTCCTACCTCTGTCTTGGGTCT
TCCCATTGGACAACACATCAGTTGCAGGGGAAAGGATGCTCAAGGAGAGGATGTTATTAA
GCCTTACACTCCCACAACCTTAGATTCTGACCTTGGACGTTTTGAACTTGTTATTAAGAT
GTATCCGCAAGGAAGGATGTCTCATCATTTCAGGGAGATGCGTGTTGGAGACCATCTTGC
TGTTAAGGGTCCAAAGGGAAGGTTCAAGTATCAGCCAGGTCAGTTTAGGGCTTTTGGAAT
GCTTGCTGGAGGTTCAGGGATTACTCCCATGTTCCAAGTTGCAAGAGCGATACTTGAAGA
CCCAACAGACAAGACAAAGGTCCACCTCATTTATGCTAATGTCACATACGATGACATTCC
CTTAAAGGATGAGTTGGATAGTCTTACCTCCAATTACCCAGATCAATTCAAAATCTACTA
TGTTCTGAACCAGCCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTAACCAAGGAAAT
GATCCAGGCTCATTGCCCTGCACCAGCATCCGATATTCAGATCTTAAGATGTGGACCACC
GCCAATGAACAAGGCCATGGCAGCAAACCTTGAAGCTCTTGGTTACACTCCAGAGATGCA
GTTCCAGTTCTGATCTAAACCTCTGCTTTATTGCTTGGAGTCATTTTTAAAAACTCATTT
AATCTGATCAATCACTTGTGTTACAATCCCAACTGAGAGTTGTTTCTTTATTGAGTAAGA
GTTGTGTTTCTGTTGGACGTTTCATAAAACCCCTTGTCCATTCGTTGTGTTATCCAATAG
GAAGTTCCGGTTAGGCATGTGGTTTA


BQ
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AF RR1FN21TF U 1
AF RR1FN21JQ C 324
BS 1 709 RR1FN21TF
BS 710 1046 RR1FN21JQ

RD RR1FN21TF 712 0 0
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GGTGGCTCTCGTTGCCGTCGGTGCCGGTGCTGCTTACTATCTGTCCCCCTCCAAGAAACG
CAGAGGGTGTTTGGATCCTGAGAATTTCAAGGAGTTTAAGCTTGTTAAGAAGCAGCAACT
TAGCCACAATGTGGCTAAGTTCGTATTTGAGCTTCCAACTCCTACCTCTGTCTTGGGTCT
TCCCATTGGACAACACATCAGTTGCAGGGGAAAGGATGCTCAAGGAGAGGATGTTATTAA
GCCTTACACTCCCACAACCTTAGATTCTGACCTTGGACGTTTTGAACTTGTTATTAAGAT
GTATCCGCAAGGAAGGATGTCTCATCATTTCAGGGAGATGCGTGTTGGAGACCATCTTGC
TGTTAAGGGTCCAAAGGGAAGGTTCAAGTATCAGCCAGGTCAGTTTAGGGCTTTTGGAAT
GCTTGCTGGAGGTTCAGGGATTACTCCCATGTTCCAAGTTGCAAGAGCGATACTTGAAGA
CCCAACAGACAAGACAAAGGTCCACCTCATTTATGCTAATGTCACATACGATGACATTCC
CTTAAAGGATGAGTTGGATAGTCTTACCTCCAATTACCCAGATCAATTCAAAATCTACTA
TGTTCTGAACCAGCCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTA
CCA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1FN21JQ 723 0 0
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ATCATTTCAGGGAGATGCGTGTTGGAGACCATCTTGCTGTTAAGGGTCCAAAGGGAAGGT
TCAAGTATCAGCCAGGTCAGTTTAGGGCTTTTGGAATGCTTGCTGGAGGTTCAGGGATTA
CTCCCATGTTCCAAGTTGCAAGAGCGATACTTGAAGACCCAACAGACAAGACAAAGGTCC
ACCTCATTTATGCTAATGTCACATACGATGACATTCCCTTAAAGGATGAGTTGGATAGTC
TTACCTCCAATTACCCAGATCAATTCAAAATCTACTATGTTCTGAACCAGCCTCCGGAAG
TATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTAACCAAGGAAATGATCCAGGCTCATTGCCCTGCAC
CAGCATCCGATATTCAGATCTTAAGATGTGGACCACCGCCAATGAACAAGGCCATGGCAG
CAAACCTTGAAGCTCTTGGTTACACTCCAGAGATGCAGTTCCAGTTCTGATCTAAACCTC
TGCTTTATTGCTTGGAGTCATTTTTAAAAACTCATTTAATCTGATCAATCACTTGTGTTA
CAATCCCAACTGAGAGTTGTTTCTTTATTGAGTAAGAGTTGTGTTTCTGTTGGACGTTTC
ATAAAACCCCTTGTCCATTCGTTGTGTTATCCAATAGGAAGTTCCGGTTAGGCATGTGGT
TTA

QA 1 723 1 723
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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TGCTTATGGGCATTTCGGGCGTGAGGATCCTGATTTCACTTGGGAGGTGATCAAGCCACT
CAAGCCAAAGGCTTAAAACGAAAAGGTGGCAGTTGGAAGAACTCTGAGTTGCTGAGAGAC
ACTCTCGCCTCACTGTTTGGGAAACCTATCCATTATATACCATTGTTATTGGGAAAGACT
TGAATAATGCTATACATTTTACATTTTGTTTTTTTTTTTGCTGCCATTGGAGTTCAAACA
CAAGGCTTATGTGTTAGTGAACGCAACAGAAGATTTGAGTTTTATGTTTTTGAATTTCCT
TTTTTTTTGCTTATGCTCTTGTATTGTAAGTTTGATTGTGTAATCGAGAAATCCATCTTT
GTCATCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT01TF U 1
AF RR1A214TF U 1
BS 1 277 RR1A214TF
BS 278 279 RR1CT01TF
BS 280 427 RR1A214TF

RD RR1CT01TF 408 0 0
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TGCTTATGGGCATTTCGGGCGTGAGGATCCTGATTTCACTTGGGAGGTGATCAAGCCACT
CAAGCCAAAGGCTTAAAACGAAAAGGTGGCAGTTGGAAGAACTCTGAGTTGCTGAGAGAC
ACTCTCGCCTCACTGTTTGGGAAACCTATCCATTATATACCATTGTTATTGGGAAAGATT
TGAATAATGCTATACATTTTACATTTTGTTTTTTTTTTTGCTGCCATTGGAGTTCAAACA
CAAGGCTTATGTGTTAGTGGACGCAACAGAAGATTTGAGTTTTATGTTTTTGAATTTCCT
TTTTTTT*GCTTATGCTCTTGTATTGTAAGTTTGATTGTGTAATCGAG

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR1A214TF 427 0 0
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TGCTTATGGGCATTTCGGGCGTGAGGATCCTGATTTCACTTGGGAGGTGATCAAGCCACT
CAAGCCAAAGGCTTAAAACGAAAAGGTGGCAGTTGGAAGAACTCTGAGTTGCTGAGAGAC
ACTCTCGCCTCACTGTTTGGGAAACCTATCCATTATATACCATTGTTATTGGGAAAGACT
TGAATAATGCTATACATTTTACATTTTGTTTTTTTTT**GCTGCCATTGGAGTTCAAACA
CAAGGCTTATGTGTTAGTGAACGCAACAGAAGATTTGAGTTTTATGTTTTTGAATTTCCT
TTTTTTTTGCTTATGCTCTTGTATTGTAAGTTTGATTGTGTAATCGAGAAATCCATCTTT
GTCATCT

QA 1 427 1 427
DS 



AS 1 2

CO CL5343Contig1 1167 2 4 U
GGGATCTCTTTGACACTCCCATCACTGTTCTCCGTCTTCCTCACAACCATGTTCTACCAA
ATCTCACCTCCACTGTTCACTCTCCACTCCCCTCTTCACCAAGATCCATGTCACTTCTGA
TCAGATCCTCCTACGTCTCTAAATTCTCAAAACCGTCCTCTTTCTCCGATCAAATCCCGT
CCAAACCACCCTTCTTCTCTCCATTCAAACACAACCCTCTCGCCAATTTGGTCTACAAAC
GCAACCCAACGATGCAATCTCTCCCCTTTCCTTCTCCAACGACCGTCAAGAGCTCCTTGA
TCGACCCAGACGGCGGGGAGCTAGTGGAACTCTTCGTACCCGAATCGGAGATCGATCTAA
AGAAGAAGGAAGCCGATTCCATGCCGAGAGTAAATCTTACGAAGATCGACCTGGAGTGGG
TGCACGTGATCAGCGAAGGCTGGGCTAGTCCGTTAAAAGGGTTCATGAGAGAAGACGAGT
ATCTCCAGAGTCTTCATTTCAACTCTCTAAGATTAAAAGATGGAACTCTCGTCAACATGT
CTCTTCCCATCGTTCTCGCCATCGACGACAAAACCAAAGAACACATCGGTGTGTCTAAAA
ACGCTGCTCTCGCAACCCCTCAAGGACACATCATCGGCTCTCTCCGCAGTGTGGAGATAT
ATAAACACAACAAGGAAGAAAGGATTGCTAGGACGTGGGGAACTACTTCTCAAGGGTTAC
CTTACGTGGAAGAACACATTACTCCGTCGGGGAACTGGTTGATCGGTGGAGATTTAGAAG
TTTTCCAGGCGGTTAAGTACAACGATGGGCTTGATCATTAGGCTGTCACCTAAACAGCTT
AGGAAAGAGTTCGACAACCGTAAAGCGGATGCTGTCTTTGCCTTCCAGCTGAGGAACCCT
GTGCACAACGGCCACGCTCTGTTGATGAACGATACGAGGAAAAGACTTTTGGAGATGGGT
TACAAGAACCCTGTTCTGTTGCTTCATCCTTTAGGAGGTTTCACTAAAGCTGATGATGTT
CCTCTTGATGTTCGAATGGAACAACATAGCAAGGTTCTTGAAGATGGGGTTCTTGACCCG
GAGACTACTATTGTCGCGATATTTCCGTCGCCGATGCACTATGCTGGTCCCACTGAAGTT
CAGTGGCACGCCAAGGCTAGGATCAAT


BQ
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AF RR1AB31TF U 1
AF RR1BT67TF U 560
BS 1 603 RR1AB31TF
BS 604 604 RR1BT67TF
BS 605 747 RR1AB31TF
BS 748 1167 RR1BT67TF

RD RR1AB31TF 747 0 0
GGGATCTCTTTGACACTCCCATCACTGTTCTCCGTCTTCCTCACAACCATGTTCTACCAA
ATCTCACCTCCACTGTTCACTCTCCACTCCCCTCTTCACCAAGATCCATGTCACTTCTGA
TCAGATCCTCCTACGTCTCTAAATTCTCAAAACCGTCCTCTTTCTCCGATCAAATCCCGT
CCAAACCACCCTTCTTCTCTCCATTCAAACACAACCCTCTCGCCAATTTGGTCTACAAAC
GCAACCCAACGATGCAATCTCTCCCCTTTCCTTCTCCAACGACCGTCAAGAGCTCCTTGA
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TGCACGTGATCAGCGAAGGCTGGGCTAGTCCGTTAAAAGGGTTCATGAGAGAAGACGAGT
ATCTCCAGAGTCTTCATTTCAACTCTCTAAGATTAAAAGATGGAACTCTCGTCAACATGT
CTCTTCCCATCGTTCTCGCCATCGACGACAAAACCAAAGAACACATCGGTGTGTCTAAAA
ACGTTGCTCTCGCAACCCCTCAAGGACACATCATCGGCTCTCTCCGCAGTGTGGAGATAT
ATAAACACAACAAGGAAGAAAGGATTGCTAGGACGTGGGGAACTACTTCTCAAGGGTTAC
CTTACGTGGAAGAACACATTACTCCGT

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DS 

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G
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ACTCCGTCGGGGAACTGGTTGATCGGTGGAGATTTAGAAGTTTTCCAGGCGGTTAAGTAC
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TAAAGCGGATGCTGTCTTTGCCTTCCAGCTGAGGAACCCTGTGCACAACGGCCACGCTCT
GTTGATGAACGATACGAGGAAAAGACTTTTGGAGATGGGTTACAAGAACCCTGTTCTGTT
GCTTCATCCTTTAGGAGGTTTCACTAAAGCTGATGATGTTCCTCTTGATGTTCGAATGGA
ACAACATAGCAAGGTTCTTGAAGATGGGGTTCTTGACCCGGAGACTACTATTGTCGCGAT
ATTTCCGTCGCCGATGCACTATGCTGGTCCCACTGAAGTTCAGTGGCACGCCAAGGCTAG
GATCAAT

QA 2 608 2 608
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATTCCAAGGCTTTGTTATCTCTGACTGGCTTGGAATCGATAGGATCACAACTCCACCCAG
AGCAAATTACACTTACTCTATCGAAGCTTCCATTAATGCCGGCATTGATATGGTTATGGT
TCCATGGGAGTACAGAGAGTTCTTGGAAAAATTGACAAACCTAGTGAACGGTGGATACAT
TCCTATGAGCCGTATAGATGATGCTGTTCGAAGAGTTTTAAGGGTCAAATTCTCTCTCGG
TCTCTTTGAGAATCCATTTGCAGGGGAAAGTACTCTTGCCACTGAGTTTGGATCTGAGGA
GCATAGAGAAGTAGCGAGAGAGGCGGTGAGGAAATCAATGGTGCTTCTAAAGAACGGGAA
GACAGACAACGATAAAATTATTCCGCTCCCGAAGAAGGTGAAAAAGATAGTTGTTGCGGG
CGCACACGCTAACAACATGGGTTGGCAATGTGGTGGCTTCACTCTCACTTGGCAAGGATT
CAACGGAACCGGAGAAAACATCGGTCGTAACAAAGCCTTGCATCTCCCTACCGGTAAAAC
CAGAGGAACCAAACAAAGATACAGCTAAGCTTCATGCCGACGCAGCATACACAATTGTGG
TTGTAGGTGAAGCTCCATATGCTGAGTCACAAGGGGACAGCACCACACTAAACATGGCTG
CACCAGGTCCAGACACGATCAGCCACACGTGTGCTAGTGGTATGAAGTGTGTAGTGGTTC
TAGTCACAGGACGTCCTCTCATGATCGAAGCGTACATTGACCACATCGACGCTGTTGCGG
TAGCTTGGCTTCCAGGAACCGAAGGACAAGGAGTCGCTGATGTTTTGTTTGGTGATCATC
CATTCACCGGCACTTTGCCTCGCACGTGGATGAAGAGTGTGGCTCAACTTCCAATGAACG
TTGGCGACTCGGCCTACGACCCTCTCTTCCCCTTCGGATTCGGAATTACAAATTAAATGA
AGAATCAAATCATCTATCATGTATGTTAAATATGTGAAAAAATGTTAAATGTAACGCTTC
TTCAATGAATATTGGATCACTTTATACTCTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FI79TF U 1
AF RR1FI79JQ C 323
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BS 712 1113 RR1FI79JQ

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CATGGCTG

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DS 

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CCACACGTGTGCTAGTGGTATGAAGTGTGTAGTGGTTCTAGTCACAGGACGTCCTCTCAT
GATCGAAGCGTACATTGACCACATCGACGCTGTTGCGGTAGCTTGGCTTCCAGGAACCGA
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CACGTGGATGAAGAGTGTGGCTCAACTTCCAATGAACGTTGGCGACTCGGCCTACGACCC
TCTCTTCCCCTTCGGATTCGGAATTACAAATTAAATGAAGAATCAAATCATCTATCATGT
ATGTTAAATATGTGAAAAAATGTTAAATGTAACGCTTCTTCAATGAATATTGGATCACTT
TATACTCTGCT

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

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CATCCTTTACTTAAAAACCATACCATCCAGATGAGACCGAGTTTCAGCCCGGAAAGTGAT
TCTACATACACCAAGAAAGAGGCAAAGACTATAACTCAGGTTTGGCACAAGGCTGGAGAG
TGTCCTGATATCACTGTTCCCATCCGAAGAACAAAGAAAGAAGATCTCTTAAGATCTAAA
TCCATGCAGAGATTTGGGAGAAAGCCTCATCATAGCATCCCACGAACTGCAACCTTTGAT
CCGACAAAAGGTCATCAGTACGCGATAATGGGTGCAATGAACGAAAATTTTTATGGGACA
GAAGTTGTGATAAATCTGTGGAAACCATATGTCCAAGTTCCCGACGAGTTTAGCTTGGCT
CAGACTTGGATTGTGTCCGGATCCGGCTCTAGTCTTAACACCATTGAAGCTGGTTGGCAG
GTTTATCCAGAACTATATGATGATAACAATCCAAGATTCTTTGTTTACTGGACGCGTGAT
GGGTATCGAACAACAGGGTGCTACAGCCTTCTGTGCTCCGGTTTTGTTCAGACAAGTAAT
CGATATTCAGTAGGTGGAGCTTACAACATCGTTTCACGCTACGGTGGAACTCAGTACGAA
CTCGCCATACTTATATGGAAGGACCGAAAAACAGGAAACTGGTGGCTAAGAGTTGGCAAA
GACATTATAGGTTACTGGCCTGGCAAGTTGTTCACTTCACTAGGAAATGGAGCTACGAGA
GTTCAATGGGGAGGTGAAATCGTTAACCTGGAGACTGGTGGGAAACACACGAGCACGGAC
ATGGGAAGTGGGCATTTTGCAGATGAAGGTTATAAGAAAGCGAGCTATGTCAGGAACCTT
AAGATAGTTGATGGAACTAATACTCTGAGAGAACCGAAGAGTCTTTACTACTTTGCTGAT
AAACATAACTGTTACAATGTGAAGACAGGAAATGCTGGAACTACTTGGGGAATTCATTTC
TTCTATGGTGGTCCTGGTCGTAACGTTAAGTGTCCTTGATTTAAATCTGTGTTCAGAAGG
TTTTTGTGGTATTAACATACATGTCTATATTTGAATAAGAATATGTTAATTC


BQ
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AF RR1CY08TF U 1
AF RR1CY08JQ C 571
BS 1 705 RR1CY08TF
BS 706 706 RR1CY08JQ
BS 707 732 RR1CY08TF
BS 733 733 RR1CY08JQ
BS 734 737 RR1CY08TF
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BS 739 763 RR1CY08TF
BS 764 1312 RR1CY08JQ

RD RR1CY08TF 763 0 0
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CTGATGGTGATAGGGGCAACAATAGCTATTCGAGTTGATGGAAATGAGTTCTCCCATCAC
CAGGAAGTTAAAATACTTAGACACTTGAAACGACTCAACAAGCCTGCTGTTAAATCCATT
AAGAGTGAAGATGGAGATGTTATAGATTGTGTTCCTATCACCAACCAACCAGCTTTTGAT
CATCCTTTACTTAAAAACCATACCATCCAGATGAGACCGAGTTTCAGCCCGGAAAGTGAT
TCTACATACACCAAGAAAGAGGCAAAGACTATAACTCAGGTTTGGCACAAGGCTGGAGAG
TGTCCTGATATCACTGTTCCCATCCGAAGAACAAAGAAAGAAGATCTCTTAAGATCTAAA
TCCATGCAGAGATTTGGGAGAAAGCCTCATCATAGCATCCCACGAACTGCAACCTTTGAT
CCGACAAAAGGTCATCAGTACGCGATAATGGGTGCAATGAACGAAAATTTTTATGGGACA
GAAGTTGTGATAAATCTGTGGAAACCATATGTCCAAGTTCCCGACGAGTTTAGCTTGGCT
CAGACTTGGATTGTGTCCGGATCCGGCTCTAGTCTTAACACCATTGAAGCTGGTTGGCAG
GTTTATCCAGAACTATATGATGATAACAATCCAAGATTCTTTGTT*ACTGGACGCGTGAT
GGGTATCGAACA*CAGG*TGCTACAGCCTTCTGTGCTCCGGTT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1CY08JQ 742 0 0
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AGTCTTAACACCATTGAAGCTGGTTGGCAGGTTTATCCAGAACTATATGATGATAACAAT
CCAAGATTCTTTGTTTACTGGACGCGTGATGGGTATCGAACAACAGGGTGCTACAGCCTT
CTGTGCTCCGGTTTTGTTCAGACAAGTAATCGATATTCAGTAGGTGGAGCTTACAACATC
GTTTCACGCTACGGTGGAACTCAGTACGAACTCGCCATACTTATATGGAAGGACCGAAAA
ACAGGAAACTGGTGGCTAAGAGTTGGCAAAGACATTATAGGTTACTGGCCTGGCAAGTTG
TTCACTTCACTAGGAAATGGAGCTACGAGAGTTCAATGGGGAGGTGAAATCGTTAACCTG
GAGACTGGTGGGAAACACACGAGCACGGACATGGGAAGTGGGCATTTTGCAGATGAAGGT
TATAAGAAAGCGAGCTATGTCAGGAACCTTAAGATAGTTGATGGAACTAATACTCTGAGA
GAACCGAAGAGTCTTTACTACTTTGCTGATAAACATAACTGTTACAATGTGAAGACAGGA
AATGCTGGAACTACTTGGGGAATTCATTTCTTCTATGGTGGTCCTGGTCGTAACGTTAAG
TGTCCTTGATTTAAATCTGTGTTCAGAAGGTTTTTGTGGTATTAACATACATGTCTATAT
TTGAATAAGAATATGTTAATTC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

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GAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGCTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAG
ACAGCGATCTAAGTAGAGAGAGAAAGTCTTCGCCTTTCAATCTGCATTTCTGTTTCTGTT
ACTTTTCTCTAAGTACTTATGTTTGATCTTGTTTCAGTTTTATGTTTTGTCGGCTTCGTT
CTTGTCGGATTTGTATGGATCCTTCATAAATGTTAAACCTTTATATCTATCTAATCACAT
TTTCACCAGTCC


BQ
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AF RR1G444JQ C 1
AF RR1G444TF U 1
BS 1 312 RR1G444TF

RD RR1G444JQ 312 0 0
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GAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGCTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAG
ACAGCGATCTAAGTAGAGAGAGAAAGTCTTCGCCTTTCAATCTGCATTTCTGTTTCTGTT
ACTTTTCTCTAAGTACTTATGTTTGATCTTGTTTCAGTTTTATGTTTTGTCGGCTTCGTT
CTTGTCGGATTTGTATGGATCCTTCATAAATGTTAAACCTTTATATCTATCTAATCACAT
TTTCACCAGTCC

QA 1 312 1 312
DS 

RD RR1G444TF 312 0 0
GGGTTACCGTCACCGTAAATCCGGCGATTAGGGTTTTAAGAAAAAGAGTTTCTCCGCCAT
GAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGCTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAG
ACAGCGATCTAAGTAGAGAGAGAAAGTCTTCGCCTTTCAATCTGCATTTCTGTTTCTGTT
ACTTTTCTCTAAGTACTTATGTTTGATCTTGTTTCAGTTTTATGTTTTGTCGGCTTCGTT
CTTGTCGGATTTGTATGGATCCTTCATAAATGTTAAACCTTTATATCTATCTAATCACAT
TTTCACCAGTCC

QA 1 312 1 312
DS 



AS 1 2

CO CL5348Contig1 1097 2 6 U
GGACCACACCACTTCCTCTGAACTAAAAAGATGGCGTCCATGAAACACGTCCATCTCTTC
CGTCGTTACCTCACCCTCGCTCTCACACTCTTTCAAAGCCTAATCTCCTGTCTCCTCAAT
TTCCCGATACTAATCAAGATCGCCGATTCGTTTCTATCACTATATTTCATGGTCTTCTGC
GATCTCCGACCCGTAACGGTCGATCTAGACGACGGAGAAACCACCGTCCATTTCTGGATC
TCCGGCCACCGAAGAATCTCACGTCCGAATCTCGTCATGCTCCACGGATACGGAGGAAAC
TCCAAATGGCAGTTCGTTCACCAAGTCTCCGATCTCTCCAAGTCATTTAATCTGTTCATC
CCCGATTTGGTGTTCTTCGGGAAATCATACACCAAGAATGCAGATCGGAGCGTCGAGATT
CAGGCGAGGAGCATCGTCGGAGGGTTGAGAAAACTAGGCTGCTGCGACGGAAGAGGAGGA
GGGGGAAGGATCTCGGTGTACTCGATCAGCTACGGTGGGTTCGTGGCGTATAAAATGGCG
GAGATGTGGCCGGAGATGATGGAGAAGCTGGTGATCGTGAGCAGCGGAGTGGGGTTTACT
CAGCAGCAGAAGACGGCGGAGATGAGGAAACACGGTGGAGACTGTTCGAAGATGCTTGTT
CCGAAAACTCCTATGGATCTACGGATGTTAGTTAAGATCTCTACTAACACCGGTTTACCG
TTTGTTGATTGGGTACCAGGTTTTATCCTCTCCCAATTCATAGCTGTAATGTATGAGAAA
AATAGGCAGTAGCTTCTCGAACTAGCTAAGAACTTGTTGGAAAGAGAGGAAGCAGAGTTG
CCTGTAATATCACAGAAAACGTTAATCGTTTGGGGAGACAAGGACAAAGTATTTCCACTG
GAGCATGGTTATCGGCTGCAAAGGCATCTGCAAAATTCAAGATTAGAGATTATCAAGGAA
ATTGGACATGCTGTTAACGTTGAAGCCCCAACTACTCTTAATAATTTGATTACATCGTTT
GTCTTAAACGTTTGATTTTTTAATTTTGTAATACCCTTCTAACTCTACCAACTATCTATA
TGTCAGCTGGTTTATAT


BQ
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AF RR1CP40TF U 1
AF RR1CP40JQ C 268
BS 1 626 RR1CP40TF
BS 627 627 RR1CP40JQ
BS 628 666 RR1CP40TF
BS 667 667 RR1CP40JQ
BS 668 679 RR1CP40TF
BS 680 1097 RR1CP40JQ

RD RR1CP40TF 679 0 0
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CGTCGTTACCTCACCCTCGCTCTCACACTCTTTCAAAGCCTAATCTCCTGTCTCCTCAAT
TTCCCGATACTAATCAAGATCGCCGATTCGTTTCTATCACTATATTTCATGGTCTTCTGC
GATCTCCGACCCGTAACGGTCGATCTAGACGACGGAGAAACCACCGTCCATTTCTGGATC
TCCGGCCACCGAAGAATCTCACGTCCGAATCTCGTCATGCTCCACGGATACGGAGGAAAC
TCCAAATGGCAGTTCGTTCACCAAGTCTCCGATCTCTCCAAGTCATTTAATCTGTTCATC
CCCGATTTGGTGTTCTTCGGGAAATCATACACCAAGAATGCAGATCGGAGCGTCGAGATT
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GGGGGAAGGATCTCGGTGTACTCGATCAGCTACGGTGGGTTCGTGGCGTATAAAATGGCG
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CCGAAA*CTCCTATGGATC

QA 1 679 1 679
DS 

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G
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CCGATCTCTCCAAGTCATTTAATCTGTTCATCCCCGATTTGGTGT*CTTCGGGAAATCAT
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GAAAACTAGGCTGCTGCGACGGAAGAGGAGGAGGGGGAAGGATCTCGGTGTACTCGATCA
GCTACGGTGGGTTCGTGGCGTATAAAATGGCGGAGATGTGGCCGGAGATGATGGAGAAGC
TGGTGATCGTGAGCAGCGGAGTGGGGTTTACTCAGCAGCAGAAGACGGCGGAGATGAGGA
AACACGGTGGAGACTGTTCGAAGATGCTTGTTCCGAAAACTCCTATGGATCTACGGATGT
TAGTTAAGATCTCTACTAACACCGGTTTACCGTTTGTTGATTGGGTACCAGGTTTTATCC
TCTCCCAATTCATAGCTGTAATGTATGAGAAAAATAGGCAGTAGCTTCTCGAACTAGCTA
AGAACTTGTTGGAAAGAGAGGAAGCAGAGTTGCCTGTAATATCACAGAAAACGTTAATCG
TTTGGGGAGACAAGGACAAAGTATTTCCACTGGAGCATGGTTATCGGCTGCAAAGGCATC
TGCAAAATTCAAGATTAGAGATTATCAAGGAAATTGGACATGCTGTTAACGTTGAAGCCC
CAACTACTCTTAATAATTTGATTACATCGTTTGTCTTAAACGTTTGATTTTTTAATTTTG
TAATACCCTTCTAACTCTACCAACTATCTATATGTCAGCTGGTTTATAT

QA 2 830 2 830
DS 



AS 1 2

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GGAGCTGGGAAGTCTAGAGACGATAGTGATTGGATTGGTCTGTTGAGGTCTCACAAGCTT
GTTCAAGTCACTCTCTTTCAGAAACCTATAGTGAAGATTAAACTGAACGATCTCATGGCC
GCTACCAACGAGTTCAGCTCCGGGAACATCGATGTTTCTTCGAGGACCGGTGTTTCCTAC
AAAGCGGATTTAGCCGATGGGTCTGCGCTTGCTGTTAAGAGGCTTAGTGCTTGTGGGGTT
GGTGGTGAGAAGCAGTTTAAGTCGGAGATGAGTAAGTTGGGTGAGCTTAGACATCCTAAC
TTGGTTCCTCTTCTAGGGTACTGCGTTGTGGAAGATGAGAGGTTGTTGGTGTATAAGCAC
ATGCCTAACGGTACGTTGTTCTCTCAGTTGCATAGCGGTGGATTCTGCGATGCGGTTTTG
GACTGGCCGGGTAGGCTTATGATAGGTGTGGGAGCTGCTAGAGGGTTAGCTTGGCTGCAC
CATGGATGTCAGCCGCCGTATTTGCATCAGTTTATCAGCTCCAATGTTATACTTCTTGAT
GATGACTTTGACGCGAGGATTACTGATTACGGTTTGGCTAAGCTGGTTGGGAGTCGTGAC
TCTAACGATAGCTCGTTTAATAACGGAGATTTGGGGGAGTTGGGTTACGTGGCGCCGGAG
TACTCGAGCACCATGGTCGCGTCTTTGAAAGGAGATGTGTATGGGTTTGGGATCGTGCTT
CTTGAGCTGGTCACGGGGCAGAAGCCGTTGTCGGTTATAAACGGGGTGGAAGGGTTTAAA
GGGAGTTTGGTGGACTGGGTGAGTCAGTTTTTGGGTACTGGTAGAAGCAAAGATGCTATT
GATAAAAGCATTAGCGGGAAAGGACATGATGAGGAGATATTGCAGTTCTTGAAAATCGCG
TGTAGCTGTGTCGTGTCTAGGCCTAAGGAGAGGCCGACGATGGTTCAGGTGTATGAGTCT
TTGAAGAACATGGCGGATAAACACGGTGTTTCGGAGCATTATGATGAGTTTCCACTGGTT
TTCAACAAACAAGAAGCTTGAGTAACTTTTTTAAAGCGCTGGAAAGGTATGAGGAGGAAT
CTACTCTGTATCAAAAAGCGTTTTTGTTACTTTTATATCTCATTCTTTGTTGCTTCTCTT
CCCACTGTTCTTACTTGTTAACCGTGTCAGTGTTCTTGTGTTGTCTTGTTTACTGCTTGT
TGTAAAATTATGTACATTCGTTGGGTCGTCAATGTACTCTTTTGAATGTATTTGATATG


BQ
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AF RR1BI04TF U 1
AF RR1BI04JQ C 486
BS 1 794 RR1BI04TF
BS 795 1319 RR1BI04JQ

RD RR1BI04TF 794 0 0
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GGAGCTGGGAAGTCTAGAGACGATAGTGATTGGATTGGTCTGTTGAGGTCTCACAAGCTT
GTTCAAGTCACTCTCTTTCAGAAACCTATAGTGAAGATTAAACTGAACGATCTCATGGCC
GCTACCAACGAGTTCAGCTCCGGGAACATCGATGTTTCTTCGAGGACCGGTGTTTCCTAC
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GGTGGTGAGAAGCAGTTTAAGTCGGAGATGAGTAAGTTGGGTGAGCTTAGACATCCTAAC
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ATGCCTAACGGTACGTTGTTCTCTCAGTTGCATAGCGGTGGATTCTGCGATGCGGTTTTG
GACTGGCCGGGTAGGCTTATGATAGGTGTGGGAGCTGCTAGAGGGTTAGCTTGGCTGCAC
CATGGATGTCAGCCGCCGTATTTGCATCAGTTTATCAGCTCCAATGTTATACTTCTTGAT
GATGACTTTGACGCGAGGATTACTGATTACGGTTTGGCTAAGCTGGTTGGGAGTCGTGAC
TCTAACGATAGCTCGTTTAATAACGGAGATTTGGGGGAGTTGGGTTACGTGGCGCCGGAG
TACTCGAGCACCATGGTCGCGTCTTTGAAAGGAGATGTGTATGGGTTTGGGATCGTGCTT
CTTGAGCTGGTCAC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1BI04JQ 834 0 0
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ATGTCAGCCGCCGTATTTGCATCAGTTTATCAGCTCCAATGTTATACTTCTTGATGATGA
CTTTGACGCGAGGATTACTGATTACGGTTTGGCTAAGCTGGTTGGGAGTCGTGACTCTAA
CGATAGCTCGTTTAATAACGGAGATTTGGGGGAGTTGGGTTACGTGGCGCCGGAGTACTC
GAGCACCATGGTCGCGTCTTTGAAAGGAGATGTGTATGGGTTTGGGATCGTGCTTCTTGA
GCTGGTCACGGGGCAGAAGCCGTTGTCGGTTATAAACGGGGTGGAAGGGTTTAAAGGGAG
TTTGGTGGACTGGGTGAGTCAGTTTTTGGGTACTGGTAGAAGCAAAGATGCTATTGATAA
AAGCATTAGCGGGAAAGGACATGATGAGGAGATATTGCAGTTCTTGAAAATCGCGTGTAG
CTGTGTCGTGTCTAGGCCTAAGGAGAGGCCGACGATGGTTCAGGTGTATGAGTCTTTGAA
GAACATGGCGGATAAACACGGTGTTTCGGAGCATTATGATGAGTTTCCACTGGTTTTCAA
CAAACAAGAAGCTTGAGTAACTTTTTTAAAGCGCTGGAAAGGTATGAGGAGGAATCTACT
CTGTATCAAAAAGCGTTTTTGTTACTTTTATATCTCATTCTTTGTTGCTTCTCTTCCCAC
TGTTCTTACTTGTTAACCGTGTCAGTGTTCTTGTGTTGTCTTGTTTACTGCTTGTTGTAA
AATTATGTACATTCGTTGGGTCGTCAATGTACTCTTTTGAATGTATTTGATATG

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 2

CO CL5350Contig1 1219 2 2 U
GGATCGAAAAAGACGAAGAAAGTGAACTCTGCGCTATCTCTACTCTCTACCTACTCCTCC
TCCGGTCAGAGAAGCTTCTGATGGCTCCCCTTACACTCTCTGTTGATGTGAAGAACTCTA
CATCCACTGCTCCCGATGTTTCGAGTAGGGTAGTGCAGATTCCACAGATCAAAAAGAGCA
AAGGCTTTGCTTCAGTCAGTACGCAAGACGAAAACCCTTTTGATTTCTTCCGCACTCTCT
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TTGATACTATAAAGACTAGACTTCAGGCAGCTCGTGGAGGTGGGAAGATTGTGTTGAAGG
GTCTCTATTCAGGATTAGCTGGAAATATCGCTGGTGTCTTACCGGCTTCGGCTTTATTTG
TGGGAGTTTATGAACCCACAAAGCAGAAACTGCTTAAGACCTTTCCTGATCATTTAAGCG
CAGTTGCTCACTTGACTGCAGGGGCAATCGGTGGACTTGCTGCCTCTCTGATTCGAGTGC
CTACAGAGGTTGTGAAGCAGAGAATGCAGACTGGACAGTTTGCATCAGCTCCCAACGCTG
TTCGAGTTATTGCATCACAAGAGGGCTTTAGGGGTCTCTATGCAGGATACCGATCCTTCC
TATTGAGAGATTTGCCGTTTGATGCTATTCAGTTCTGCATTTATGAGCAGCTATGCTTGG
GGTATAAAAAAGCAGCGCGTAGAGATCTTAATGATCCTGAGAACGCTCTCATTGGTGCAT
TTGCTGGTGCTTTGACAGGAGCTGTCACCACTCCGCTTGATGTTATTAAGACAAGATTAA
TGGTTCAGGGATCAGCTAAACAATATCAAGGAATAGTTGACTGTGTTCAAACAATTGTAA
GAGAGGAAGGAGCTTTTGCTCTCTTAAAGGGTATAGGGCCAAGAGTGTTGTGGATAGATA
TTGGTGGTTCAATCTTCTTTGGTGTCCTTGAGAGCACGAAGAGAACACTTGCAGAGAGAC
GTCCCAAGACGGTTAAAGAATCGAAAGAGGATTGAGTTTTCTTGCACATTATTCTTGAGG
ACTATAAAAATGGTTGAAAGGTGATACTGTTGGACATTCAACCGATCCCCTTTGTGTGAG
TTCTATGTTGATCAGACTGTGAATCATGTTCATTTCAACTTTAATTCCCCAGATAAAATA
AAGTGGCAAAATATCAGAG


BQ
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AF RR1H578TF U 1
AF RR1H578JQ C 462
BS 1 641 RR1H578TF
BS 642 1219 RR1H578JQ

RD RR1H578TF 641 0 0
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TCCGGTCAGAGAAGCTTCTGATGGCTCCCCTTACACTCTCTGTTGATGTGAAGAACTCTA
CATCCACTGCTCCCGATGTTTCGAGTAGGGTAGTGCAGATTCCACAGATCAAAAAGAGCA
AAGGCTTTGCTTCAGTCAGTACGCAAGACGAAAACCCTTTTGATTTCTTCCGCACTCTCT
TTGAGGGATTTATAGCAGGAGGTACAGCTGGAGTTGTAGTTGAAACAGCTTTATACCCTA
TTGATACTATAAAGACTAGACTTCAGGCAGCTCGTGGAGGTGGGAAGATTGTGTTGAAGG
GTCTCTATTCAGGATTAGCTGGAAATATCGCTGGTGTCTTACCGGCTTCGGCTTTATTTG
TGGGAGTTTATGAACCCACAAAGCAGAAACTGCTTAAGACCTTTCCTGATCATTTAAGCG
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CTACAGAGGTTGTGAAGCAGAGAATGCAGACTGGACAGTTTGCATCAGCTCCCAACGCTG
TTCGAGTTATTGCATCACAAGAGGGCTTTAGGGGTCTCTAT

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GCCTCTCTGATTCGAGTGCCTACAGAGGTTGTGAAGCAGAGAATGCAGACTGGACAGTTT
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GCAGGATACCGATCCTTCCTATTGAGAGATTTGCCGTTTGATGCTATTCAGTTCTGCATT
TATGAGCAGCTATGCTTGGGGTATAAAAAAGCAGCGCGTAGAGATCTTAATGATCCTGAG
AACGCTCTCATTGGTGCATTTGCTGGTGCTTTGACAGGAGCTGTCACCACTCCGCTTGAT
GTTATTAAGACAAGATTAATGGTTCAGGGATCAGCTAAACAATATCAAGGAATAGTTGAC
TGTGTTCAAACAATTGTAAGAGAGGAAGGAGCTTTTGCTCTCTTAAAGGGTATAGGGCCA
AGAGTGTTGTGGATAGATATTGGTGGTTCAATCTTCTTTGGTGTCCTTGAGAGCACGAAG
AGAACACTTGCAGAGAGACGTCCCAAGACGGTTAAAGAATCGAAAGAGGATTGAGTTTTC
TTGCACATTATTCTTGAGGACTATAAAAATGGTTGAAAGGTGATACTGTTGGACATTCAA
CCGATCCCCTTTGTGTGAGTTCTATGTTGATCAGACTGTGAATCATGTTCATTTCAACTT
TAATTCCCCAGATAAAATAAAGTGGCAAAATATCAGAG

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

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GAAAGAGAACAGAGTTTTATTGACAAGAGATACAAAATTGTTGAGACACCAAGATTTGGC
TAAGCATCAAATATATAGTGTGAAGAGCCTTTTGAAAAATGAGCAGCTACTTGAGGTGAT
AGAGACTTTCCAGCTAAAGATCAGCGAGAATCAATTGATGTCAAGATGCACTAAATGCAA
TGGAAAATTTATCCAGAAACCGCTGACCATTGAAGAAGCTATTGAAGCAGCAAAGGGTTT
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TCATC


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AF RR1D568TF U 13
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BS 301 365 RR1D568JQ

RD RR1D568TF 288 0 0
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AGTTTTATTGACAAGAGATACAAAATTGTTGAGACACCAAGATTTGGCTAAGCATCAAAT
ATATAGTGTGAAGAGCCTTTTGAAAAATGAGCAGCTACTTGAGGTGATAGAGACTTTCCA
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CCAGAAACCGCTGACCATTGAAGAAGCTATTGAAGCAGCAAAGGGTTT

QA 1 288 1 288
DS 

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TGATGCTGCAGTTCCACCCTCAAAGAAGCCAGATTCAAGGGAGTTGCTTGATCAAGCATT
GAAAGAGAACAGAGTTTTATTGACAAGAGATACAAAATTGTTGAGACACCAAGATTTGGC
TAAGCATCAAATATATAGTGTGAAGAGCCTTTTGAAAAATGAGCAGCTACTTGAGGTGAT
AGAGACTTTCCAGCTAAAGATCAGCGAGAATCAATTGATGTCAAGATGCACTAAATGCAA
TGGAAAATTTATCCAGAAACCGCTGACCATTGAAGAAGTTATTGAAGCAGCAAAGGGTTT
CCAAAGAATACCAAACTGCTTATTTAACAAAAATTTGGAGTTTTGGCAGTGCATGAACTG
TCATC

QA 1 365 1 365
DS 



AS 1 2

CO CL5352Contig1 1201 2 2 U
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TCGTACGTCAGCGATAGTCCCGTCTTCGACACGTAATCTGAGATCTAAAGCGAGATGTTC
GTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTCAGAGCTTCTCTCTCGAACGGCTTACT
CTCCCCGTACACCGGAGGAAGCATCTCTGTGACTTCTGCGGCGCCAAGCTTCGTACCGAA
TCGCTTAATCCGTTGAATATCTCCAGCTCGAAGCCTAAGCGCGGAGTTGTCACTATGGTT
ATACCTTTTTCAAAAGGGAGTGCACACGAACAGCCTCCTCCTGATTTGGCATCATATTTG
TTCAAAAACAGAATTGTATATTTGGGAATGTCTCTTGTGCCTTCCGTCACTGAGTTGATA
CTCGCCGAGTTTCTTTACCTTCAGTATGAAGACGAGGAAAAGCCTATTTACCTCTACATT
AACTCCACGGGGACGACCAGGAATGGTGAGAAGTTGGGCTATGATACCGAGGCTTTTGCA
ATTTATGATGTCATGGGTTATGTCAAACCACCAATCTTTACTCTTTGCGTTGGGAATGCT
TGGGGGTGAAGCTGCTTTGCTTCTGACTGCTGGTGCGAAAGGAAACCGTTCTGCATTGCC
CTCATCAACTATAATGATAAAACAGCCCATTGCTCGATTTCAAGGCCAAGCAACCGATGT
TGAAATCGCAAGGAAGATCAATCACATAAAGACAGAAATGGTCAAGCTGTATTCAAAGCA
TATTGGTAAATCCTCGGAGCAGATTGAGGCTGACATGAAACGCCCGAAATATTTTAGTCC
CAGTGAGGCTGTTGAATACGGAATCATTGATAAGGTTGTTTACAACGAAAGGAGCAGCCA
GGACAGAGGAGTTGTGTCCGACCTTAAAAAGGCACAACTCATCTAATTTCAGAATTGTCT
TCCCCCATGATTAACAGGTTGTTGGTTTGACCGCGGATCAAAGGAGGAATCGTTGGACCT
ATCATTGGCACAGAACAGAGGTGAACTCTTGAAAGATGTGAAAAAATGTTACTACTAATG
CTGAATTTTTAGGGTTATTCAATCATAGACAAACCTATTATGTGTAGGCTTGTGAATGCC
TAGAAACAGAATTGGTGTAGCTTTCAATGTTCTAAACTTTTTAAATGAATCAGCTTCGTC
C


BQ
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10 

AF RR1FG33TF U 1
AF RR1FG33JQ C 382
BS 1 704 RR1FG33TF
BS 705 1201 RR1FG33JQ

RD RR1FG33TF 709 0 0
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GTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTCAGAGCTTCTCTCTCGAACGGCTTACT
CTCCCCGTACACCGGAGGAAGCATCTCTGTGACTTCTGCGGCGCCAAGCTTCGTACCGAA
TCGCTTAATCCGTTGAATATCTCCAGCTCGAAGCCTAAGCGCGGAGTTGTCACTATGGTT
ATACCTTTTTCAAAAGGGAGTGCACACGAACAGCCTCCTCCTGATTTGGCATCATATTTG
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CTCGCCGAGTTTCTTTACCTTCAGTATGAAGACGAGGAAAAGCCTATTTACCTCTACATT
AACTCCACGGGGACGACCAGGAATGGTGAGAAGTTGGGCTATGATACCGAGGCTTTTGCA
ATTTATGATGTCATGGGTTATGTCAAACCACCAATCTTTACTCTTTGCGTTGGGAATGCT
TGGGGGTGAAGCTGCTTTGCTTCTGACTGCTGGTGCGAAAGGAAACCGTTCTGCATTGCC
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CCAAG

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DS 

RD RR1FG33JQ 820 0 0
ATT
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TATGAAGACGAGGAAAAGCCTATTTACCTCTACATTAACTCCACGGGGACGACCAGGAAT
GGTGAGAAGTTGGGCTATGATACCGAGGCTTTTGCAATTTATGATGTCATGGGTTATGTC
AAACCACCAATCTTTACTCTTTGCGTTGGGAATGCTTGGGG*TGAAGCTGCTTTGCTTCT
GACTGCTGGTGCGAAAGGAAACCGTTCTGCATTGCCCTCATCAACTATAATGATAAAACA
GCCCATTGCTCGATTTCAAGGCCAAGCAACCGATGTTGAAATCGCAAGGAAGATCAATCA
CATAAAGACAGAAATGGTCAAGCTGTATTCAAAGCATATTGGTAAATCCTCGGAGCAGAT
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CATTGATAAGGTTGTTTACAACGAAAGGAGCAGCCAGGACAGAGGAGTTGTGTCCGACCT
TAAAAAGGCACAACTCATCTAATTTCAGAATTGTCTTCCCCCATGATTAACAGGTTGTTG
GTTTGACCGCGGATCAAAGGAGGAATCGTTGGACCTATCATTGGCACAGAACAGAGGTGA
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ATAGACAAACCTATTATGTGTAGGCTTGTGAATGCCTAGAAACAGAATTGGTGTAGCTTT
CAATGTTCTAAACTTTTTAAATGAATCAGCTTCGTCC

QA 4 820 4 820
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5354Contig1 1139 2 6 U
GCTCAGTGTCTGCTCTGTGTTGCCATGTTGTTCTCTGCTGGAGCTTGGTGTTCAAGTTTG
GGCTTGGAAGCTTAGGTGCAGCTACTGCCATCAGTGTTTCTTACTGGCTTAACGCGACTG
TGCTTGGATTGTATATGACGTTTTCTTCTACCTGTCGCAAGACTCGTGGGAAGATCTCCA
TGAGTGTGTTTAAAGGAATGAGAGAGTTTTTCCGGTTTGGTATCCCATCTGCATCTATGA
TTTGCCTTGAGTGGTGGTCATCCGAGTTTCTTGTCTTGGTCTCTGGGTTGTTACCAAATC
CGAGGCTAGAAACCTCTGCTCTCTCTGTGTGTATATTAACAGTCTCCTCCTTGTACCAAA
TACCAGAGAGTCTAGGCGCAGCAGCAAGTACAAGAATTGCAAACGAACTAGGAGCTGGAA
AACCGAAAAGTGCTCGAATGGCGGTTTATACAGTGATGGTTATGACAGGAGTAGAATCAC
TAATGGTGAGTGCAATATTCTTTGCTTCAAGGAACGTATTTGGTTGCCTATTCAGCTCTG
AAACCGAAGTTGTGGATTATGTAAGAACAATGGCTCCTCTAGTTTCTTTATCAGTCATAT
TCGATGCCCTTCACGCAGTTCTTTCAGGTGTAGTTAGAGGATCAGGGAGGCAAGATATTG
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TACAAGCTGTTCTTCTCGGTCTTATTGTCACCTTCACCAACTGGAAACAACAGGCAAGGA
AGGCAAGAGAAAGAGTGATGGGTGATGAGTTTGAAGACGACGAACATATAGAGATCATCA
GTTAAAATCAAAAGAGTTATTCGATCATTTTATCATTTAATGTTGTGTTTTACTCCCTCC
GCTTCAAATTATATGTCGTTCTAGAGGAAATTTTTTGTTTCAAAATAAGTGTCGTTTTCG
GTTTTCAATGCAAAATTTATTGACAATATTTTCTTTTCTATTTTTCTATTGGTTGATACA
TGGTTAGGTGTATTGGTAATAGTGTTTTTATTTTGGAAATATGTAAAATTAAATGTTTT


BQ
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AF RR1CI06TF U 1
AF RR1CI06JQ C 309
BS 1 627 RR1CI06TF
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BS 647 647 RR1CI06JQ
BS 648 694 RR1CI06TF
BS 695 1139 RR1CI06JQ

RD RR1CI06TF 713 0 0
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TGAGTGTGTTTAAAGGAATGAGAGAGTTTTTCCGGTTTGGTATCCCATCTGCATCTATGA
TTTGCCTTGAGTGGTGGTCATCCGAGTTTCTTGTCTTGGTCTCTGGGTTGTTACCAAATC
CGAGGCTAGAAACCTCTGCTCTCTCTGTGTGTATATTAACAGTCTCCTCCTTGTACCAAA
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AACCGAAAAGTGCTCGAATGGCGGTTTATACAGTGATGGTTATGACAGGAGTAGAATCAC
TAATGGTGAGTGCAATATTCTTTGCTTCAAGGAACGTATTTGGTTGCCTATTCAGCTCTG
AAACCGAAGTTGTGGATTATGTAAGAACAATGGCTCCTCTAGTTTCTTTATCAGTCATAT
TCGATGCCCTTCACGCAGTTCTTTCAG*TGTAGTTAGAGGATCAGG*AGGCAAGATATTG
GTGCATATGTTAACCTAGCTGCATATTATCTTTT
GGATACATCCGCTGTTGTG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1CI06JQ 831 0 0
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AGTCTAGGCGCAGCAGCAAGTACAAGAATTGCAAACGAACTAGGAGCTGGAAAACCGAAA
AGTGCTCGAATGGCGGTTTATACAGTGATGGTTATGACAGGAGTAGAATCACTAATGGTG
AGTGCAATATTCTTTGCTTCAAGGAACGTATTTGGTTGCCTATTCAGCTCTGAAACCGAA
GTTGTGGATTATGTAAGAACAATGGCTCCTCTAGTTTCTTTATCAGTCATATTCGATGCC
CTTCACGCAGTTCTTTCAGGTGTAGTTAGAGGATCAGGGAGGCAAGATATTGGTGCATAT
GTTAACCTAGCTGCATATTATCTTTTTGGAATACCATCCGCTGTTGTGTTAGGATTTAGG
TTTAAAATGAGAGGAAGAGGACTCTGGATTGGTATTACAGTTGGGTCTTGTGTACAAGCT
GTTCTTCTCGGTCTTATTGTCACCTTCACCAACTGGAAACAACAGGCAAGGAAGGCAAGA
GAAAGAGTGATGGGTGATGAGTTTGAAGACGACGAACATATAGAGATCATCAGTTAAAAT
CAAAAGAGTTATTCGATCATTTTATCATTTAATGTTGTGTTTTACTCCCTCCGCTTCAAA
TTATATGTCGTTCTAGAGGAAATTTTTTGTTTCAAAATAAGTGTCGTTTTCGGTTTTCAA
TGCAAAATTTATTGACAATATTTTCTTTTCTATTTTTCTATTGGTTGATACATGGTTAGG
TGTATTGGTAATAGTGTTTTTATTTTGGAAATATGTAAAATTAAATGTTTT

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

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TGTTCAACTGCTAATCTGTACCGACGAATCTTACTTCTAATTAAGAAGAAGAAGAAAAAG
AAGAAGCCGTTGCCTGAACTCCCACGGACACCACAGCAGTCGACACCGATTTCGTCACTT
CCTGATGACTTACTCTTAACTTGCTTCGCACGCATCTCTAGGTCATACTACCCAACTCTC
TCCCTCGTCTCCAAAAGATTCCGATCTCTCCTTTCTTCGCCTGAGCTTTACGAGACCCGA
TCCCTCATAGGCCGCACCGAGAGATGTCTCTATCTCTGCTTACGGTTCCCTCCCGACCCC
AACACTCGCTGGTTCACTCTCTGTCGGAAGCCTGACCAAACCCTAACCAACAAGAAGAAG
TCAAGTGGCAATCTTATGGTTCCGGTCTCAGTTCTTAACGATCCTCCTGTTGATTGGACA
ACTCTCGTCGCGGTCGGTCCTTACATCTACGCCATCTGCGGACACATTGAAAAAGCTCCC
TGCTCTAACGTCCCGTTCCTTGACTGTCGAACTCACACGTGGCTCGAGGCTCCAAGCTTG
CGGCTTGCATACACTGATAGTGAACATGATGGTAAGATGTATTTAGCACGAATCGGTGAG
AATCCAACTTCTTTGAACTGTATTGAAGTGTTCAACACAACAACACGAACTTGGAAGCCC
GTGCCGCCCGGAAAACGTGAGCTACACGGTAGGAACATGGAAGGAAAGATGATCGTCGCG
AGCGTCAATAAGACTACTGGTGAGAAGGGTTTGGCTTTTAAGCCAAAGGAAGGGACAGGG
GAGTTGCTAGGATCGAATACGGATTGGGATTCTCCCTGTATGATAGAGAACATAGCCTAC
TACTATAGGTCCAGTGGCGAGTTTGAATGGTTTGACACCAAGAATGATAATTTTTTGGGG
AAATTACGAGGTTTAGATGGGCTACCAAAGTTTGCTGGTTACAGTTGTGTCAAATTGGTG
GAACACGGTGGAAAGATGTTGGTTTTGTGGGACATGTATGTCCCTGCAAGTGGGTTTAAG
GAGGTTATTATTTGGTGTGCTGAGATTACGCTTGAAAGGCGCAGCTGTGAAGAGATTCGG
GGGGAAGTCGAGTGGTTTGATGCTGTTCTTAGAGTGCCAAAGTCTTACGAATTTATGTAT
GCTATCTCTTCTACTGTTTGATGGTGTAACCCTTTCTGCTACTGTTTGGATAAATGGGCC
ATCTGACAAAAGTGTAATGTTGTTGTAGTTGTGAACATAAATGTGTTGCAAAACGGTTGA
TTATATCTAAGAACAGAACATGTGGCTTGTTTTTGC


BQ
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AF RR1B354TF U 1
AF RR1B354JQ C 563
BS 1 745 RR1B354TF
BS 746 1356 RR1B354JQ

RD RR1B354TF 745 0 0
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TGTTCAACTGCTAATCTGTACCGACGAATCTTACTTCTAATTAAGAAGAAGAAGAAAAAG
AAGAAGCCGTTGCCTGAACTCCCACGGACACCACAGCAGTCGACACCGATTTCGTCACTT
CCTGATGACTTACTCTTAACTTGCTTCGCACGCATCTCTAGGTCATACTACCCAACTCTC
TCCCTCGTCTCCAAAAGATTCCGATCTCTCCTTTCTTCGCCTGAGCTTTACGAGACCCGA
TCCCTCATAGGCCGCACCGAGAGATGTCTCTATCTCTGCTTACGGTTCCCTCCCGACCCC
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TCAAGTGGCAATCTTATGGTTCCGGTCTCAGTTCTTAACGATCCTCCTGTTGATTGGACA
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TGCTCTAACGTCCCGTTCCTTGACTGTCGAACTCACACGTGGCTCGAGGCTCCAAGCTTG
CGGCTTGCATACACTGATAGTGAACATGATGGTAAGATGTATTTAGCACGAATCGGTGAG
AATCCAACTTCTTTGAACTGTATTGAAGTGTTCAACACAACAACACGAACTTGGAAGCCC
GTGCCGCCCGGAAAACGTGAGCTAC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1B354JQ 794 0 0
ACTGTCGAACTCACACGTGGCTCGAGGCTCCAAGCTTGCGGCTTGCATACACTGATAGTG
AACATGATGGTAAGATGTATTTAGCAGGAATCGGTGAGAATCCAACTTCTTTGAACTGTA
TTGAAGTGTTCAACACAACAACACGAACTTGGAAGCCCGTGCCGCCCGGAAAACGTGAGC
TACACGGTAGGAACATGGAAGGAAAGATGATCGTCGCGAGCGTCAATAAGACTACTGGTG
AGAAGGGTTTGGCTTTTAAGCCAAAGGAAGGGACAGGGGAGTTGCTAGGATCGAATACGG
ATTGGGATTCTCCCTGTATGATAGAGAACATAGCCTACTACTATAGGTCCAGTGGCGAGT
TTGAATGGTTTGACACCAAGAATGATAATTTTTTGGGGAAATTACGAGGTTTAGATGGGC
TACCAAAGTTTGCTGGTTACAGTTGTGTCAAATTGGTGGAACACGGTGGAAAGATGTTGG
TTTTGTGGGACATGTATGTCCCTGCAAGTGGGTTTAAGGAGGTTATTATTTGGTGTGCTG
AGATTACGCTTGAAAGGCGCAGCTGTGAAGAGATTCGGGGGGAAGTCGAGTGGTTTGATG
CTGTTCTTAGAGTGCCAAAGTCTTACGAATTTATGTATGCTATCTCTTCTACTGTTTGAT
GGTGTAACCCTTTCTGCTACTGTTTGGATAAATGGGCCATCTGACAAAAGTGTAATGTTG
TTGTAGTTGTGAACATAAATGTGTTGCAAAACGGTTGATTATATCTAAGAACAGAACATG
TGGCTTGTTTTTGC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

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GATGAAAAGGCAAAGGGTTACATTTTATATTTGTTTGAAAGCAAGTCTACGTTACATTTT
ATGACACAATGCCTTGGAACTTCAAGTCCACTCGTTCCTCTCGTTGTGACCCTCCAAAAA
CATCCCCTAGAAACTTCGCAACAACAGATATAAACTCATCTGGCTTTTCCTCTTGAGGTA
GATGCCCACATCTCTTTATCACTTCGAACACCGATCCAGGGATGGCTCGTGACAGCCTCT
CTGCGTTCCATGCTGGCACAATCCGGTCCGTATCTCCGGTGACTATCAGCACAGGGCATT
TGATTTCTAGAAACCTTTTCGACAATGGAGGTTTCTTCTCTGAGCCATTGTTATCCGTTA
ATGTAGCCACCGTGAATTCCACAAGAGCTTTGTCCCATCCCTTGGCTTTTAGAGGCTTTG
TATAGCCCTGAACGACGTGATCCGTCACTTGTTTTGAGTCATACCATGCGTTTCTAACAG
CTGTTACTCCAAACTTATTGATTGCCATTCTCACCAGCATGACTCCAAGAGAGGATCTGA
GGAAAGCTGCTAAAGCTTTCTTGTAGAGAGAACTCAGCATACTCGCCATTCCAGTCAGAA
CTCTAGAAATCGCTCCTATAACGACTTTGCTTAACTCCACTAGAGTCCCTATAAACTTGT
TTCTCCTGGGACCTTTTTCGCCAGATTTATCATCTCCAGAACCAGCTGTGTTCACGGGGG
GACGAGGAGCGAATATAGCTGGAGCGATGAGAATGAGTGCAGCAACACGCTCTGGAGCTT
CAAAGTAAGAATCAACAGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT30JQ U 4
AF RR1CM45JQ U 1
BS 1 800 RR1CM45JQ

RD RR1DT30JQ 315 0 0
GG
AAAGGCAAAGGGTTACATTTTATATTTGTTTGAAAGCAAGTCTACGTTACATTTTATGAC
ACAATGCCTTGGAACTTCAAGTCCACTCGTTCCTCTCGTTGTGACCCTCCAAAAACATCC
CCTAGAAACTTCGCAACAACAGATATAAACTCATCTGGCTTTTCCTCTTGAGGTAGATGC
CCACATCTCTTTATCACTTCGAACACCGATCCAGGGATGGCTCGTGACAGCCTCTCTGCG
TTCCATGCTGGCACAATCCGGTCCGTATCTCCGGTGACTATCAGCACAGGGCATTTGATT
T*TAGAAACCTTT

QA 3 315 3 315
DS 

RD RR1CM45JQ 800 0 0
GATGAAAAGGCAAAGGGTTACATTTTATATTTGTTTGAAAGCAAGTCTACGTTACATTTT
ATGACACAATGCCTTGGAACTTCAAGTCCACTCGTTCCTCTCGTTGTGACCCTCCAAAAA
CATCCCCTAGAAACTTCGCAACAACAGATATAAACTCATCTGGCTTTTCCTCTTGAGGTA
GATGCCCACATCTCTTTATCACTTCGAACACCGATCCAGGGATGGCTCGTGACAGCCTCT
CTGCGTTCCATGCTGGCACAATCCGGTCCGTATCTCCGGTGACTATCAGCACAGGGCATT
TGATTTCTAGAAACCTTTTCGACAATGGAGGTTTCTTCTCTGAGCCATTGTTATCCGTTA
ATGTAGCCACCGTGAATTCCACAAGAGCTTTGTCCCATCCCTTGGCTTTTAGAGGCTTTG
TATAGCCCTGAACGACGTGATCCGTCACTTGTTTTGAGTCATACCATGCGTTTCTAACAG
CTGTTACTCCAAACTTATTGATTGCCATTCTCACCAGCATGACTCCAAGAGAGGATCTGA
GGAAAGCTGCTAAAGCTTTCTTGTAGAGAGAACTCAGCATACTCGCCATTCCAGTCAGAA
CTCTAGAAATCGCTCCTATAACGACTTTGCTTAACTCCACTAGAGTCCCTATAAACTTGT
TTCTCCTGGGACCTTTTTCGCCAGATTTATCATCTCCAGAACCAGCTGTGTTCACGGGGG
GACGAGGAGCGAATATAGCTGGAGCGATGAGAATGAGTGCAGCAACACGCTCTGGAGCTT
CAAAGTAAGAATCAACAGCT

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL5357Contig1 708 2 4 U
GGACGGAGGAGTCGCATTAGGAAGCATCAGCAAAAATGGCGGTTCCGTTGCTCACGAAGA
AGGTGGTGAAGAAGAGGTCCGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCGTAGAATAACCG
TCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCAAGGGTCAGAAGAAAGTTCAAAG
GTGTGACGTTGATGCCCAATGTCGGTTACGGATCCGACAAGAAGACACGTCACTATCTGC
CCAATGGATTCAAGAAGTTCGTTGTTCACAACACGAGTGATCTGGAGTTGTTGATGATGC
ACAACAGGACTTACTGCGCGGAGATTGCTCACAACGTCTCTACCAAGAAGAGGAAGGCCA
TTGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTAGACATTGTTGTTACCAACAGGCTTGCTAGGCTCCGTA
GCCAGGAAGACGAGTGAAGAAGGCAATACACTTGAGAGAGATATCTTATTGTTTCTGGTT
TATTACTACTGTGTTTTGTGTTTGCATTCAACAAACATGAGTTTTGGTTTTCAGACCGTT
TCTTTGATTATTTCTTATTTCAGTAGTTCTCAAAGGCTAGGCGTTTTATGGTCTCTCTCT
TACAAGATAAATCAATTGTTTCTTATCACAAAACTCAGAAAGCTTTCGACTTTGTGACAT
GACCAAATAAATGCCTATGAGAGATGTTTGTCTCTCACTAAATGAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE29TF U 1
AF RR1A806TF U 171
BS 1 278 RR1GE29TF
BS 279 279 RR1A806TF
BS 280 565 RR1GE29TF
BS 566 708 RR1A806TF

RD RR1GE29TF 569 0 0
GGACGGAGGAGTCGCATTAGGAAGCATCAGCAAAAATGGCGGTTCCGTTGCTCACGAAGA
AGGTGGTGAAGAAGAGGTCCGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCGTAGAATAACCG
TCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCAAGGGTCAGAAGAAAGTTCAAAG
GTGTGACGTTGATGCCCAATGTCGGTTACGGATCCGACAAGAAGACACGTCACTATCTGC
CCAATGGATTCAAGAAGTTCGTTGTTCACAACACGAGT*ATCTGGAGTTGTTGATGATGC
ACAACAGGACTTACTGCGCGGAGATTGCTCACAACGTCTCTACCAAGAAGAGGAAGGCCA
TTGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTAGACATTGTTGTTACCAACAGGCTTGCTAGGCTCCGTA
GCCAGGAAGACGAGTGAAGAAGGCAATACACTTGAGAGAGATATCTTATTGTTTCTGGTT
TATTACTACTGTGTTTTGTGTTTGCATTCAACAAACATGAGTTTTGGTTTTCAGACCGTT
TCTTTGATTATTTCTTATTTCAGTA
TTTC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1A806TF 538 0 0
G
AGTTCAAAGGTGTGACGTTGATGCCCAATGTCGGTTACGGATCCGACAAGAAGACACGTC
ACTATCTGCCCAATGGATTCAAGAAGTTCGTTGTTCACAACACGAGTGATCTGGAGTTGT
TGATGATGCACAACAGGACTTACTGCGCGGAGATTGCTCACAACGTCTCTACCAAGAAGA
GGAAGGCCATTGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTAGACATTGTTGTTACCAACAGGCTTGCTA
GGCTCCGTAGCCAGGAAGACGAGTGAAGAAGGCAATGCACTTGAGAGAGATATCTTATTG
TTTCTGGTTTATTACTACTGTGTTTTGTGTTTGCATTCAACAAACATGAGTTTTGGTTTT
CAGACCGTTTCTTTGATTATTTCTTATTTCAGTAGTTCTCAAAGGCTAGGCGTTTTATGG
TCTCTCTCTTACAAGATAAATCAATTGTTTCTTATCACAAAACTCAGAAAGCTTTCGACT
TTGTGACATGACCAAATAAATGCCTATGAGAGATGTTTGTCTCTCACTAAATGAAAT

QA 2 538 2 538
DS 



AS 1 2

CO CL5358Contig1 425 2 5 U
GGAAGTTTCAACACTAAATCAATAAACTTCAATAACATATTCACCAGTTTACATTAGAAA
ATCCTAGATGGAAACCAAGCCATCCAAGTCCAGCGTCCTCCTATACGTTCTTGTTCTTGT
GCTGGTCATGTCTCCAATACTCCCATGTCAAGCAGCTAGTGTGCATCTAGGAGGTGGAGG
GCGTAAGTTGATGGCACCGTCACCACCACTTCTCATGTGTCCACACTGTGTGTGTTGCGC
AGCGGCTCAACCTGGCTTTTGCTGCCCATGTAGCTGTCCCGGTGGTCCATAATGATTGTG
ACTTGGCTATTGGAGGGGATGTGAAGTGTTTGATATGATGATATCATTGTAATATCTTAT
ATGTATGAATAAGTGAGTAATCAAGTACTCTGTGTTTTTAATAAGAAAACTTTTGGGTTC
CGTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DR94TF U 1
AF RR1D946TF U 1
BS 1 79 RR1D946TF
BS 80 80 RR1DR94TF
BS 81 185 RR1D946TF
BS 186 186 RR1DR94TF
BS 187 425 RR1D946TF

RD RR1DR94TF 393 0 0
GGAAGTTTCAACACTAAATCAATAAACTTCAATAACATATTCACCAGTTTACATTAGAAA
ATCCTAGATGGAAACCAAGCCATCCAAGTCCAGCGTCCTCCTATACGTTCTTGTTCTTGT
GCTGGTCATGTCTCCAATACTCCCATGTCAAGCAGCTAGTGTGCATCTAGGAGGTGGAGG
GCGTAAGTTGATGGCACCGTCACCACCACTTCTCATGTGTCCACACTGTGTGTGTTGCGC
AGCGGCTCAACCTGGCTTTTGCTGCCCATGTAGCTGTCCCGGTGGTCCATAATGATTGTG
ACTTGGCTATTGGAGGGGATGTGAAGTGTTTGATATGATGATATCATTGTAATATCTTAT
ATGTATGAATAAGTGAGTAATCAAGTACTCTGT

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR1D946TF 425 0 0
GGAAGTTTCAACACTAAATCAATAAACTTCAATAACATATTCACCAGTTTACATTAGAAA
ATCCTAGATGGAAACCAAGTCATCCAAGTCCAGCGTCCTCCTATACGTTCTTGTTCTTGT
GCTGGTCATGTCTCCAATACTCCCATGTCAAGCAGCTAGTGTGCATCTAGGAGGTGGAGG
GCGTA*GTTGATGGCACCGTCACCACCACTTCTCATGTGTCCACACTGTGTGTGTTGCGC
AGCGGCTCAACCTGGCTTTTGCTGCCCATGTAGCTGTCCCGGTGGTCCATAATGATTGTG
ACTTGGCTATTGGAGGGGATGTGAAGTGTTTGATATGATGATATCATTGTAATATCTTAT
ATGTATGAATAAGTGAGTAATCAAGTACTCTGTGTTTTTAATAAGAAAACTTTTGGGTTC
CGTTG

QA 1 425 1 425
DS 



AS 1 2

CO CL5359Contig1 409 2 2 U
GAGACATTTGTTACTTCTTTTTTTCCTCTTCTTTTAAAGGTGTGTGCAGATGTATAGTTG
CCATTTTCTACTCTTTGCTACTGTTACAGTTTACAGATATGATACAGAAGAAGAGAGTAA
CCAGCTTGCTTGTCTGAATCTTATTTCGTACATTCATTGTCTCGCATATTCACCACACAT
GGTTTCCTTATTTTACCTGGATACACTTAACTTGGGAAGTAGAAGAGACGATCAAAAAAG
TTCTTAAATGGTGAAAGGCTCATGGAAGTTCAACTTGCTTAATATTCCATATGTCTTTGG
CATATTCGTGGATGGTCCGGTCACTGCTAAACTTGAATGAACCTGCTGTGTTCAAGATTG
ACATTCTCGTCCATTTTTTCTGGTCTCGGTATGCCTCGTCAACTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F729TF C 1
AF RR1F729JQ U 231
BS 1 230 RR1F729TF
BS 231 409 RR1F729JQ

RD RR1F729TF 409 0 0
GAGACATTTGTTACTTCTTTTTTTCCTCTTCTTTTAAAGGTGTGTGCAGATGTATAGTTG
CCATTTTCTACTCTTTGCTACTGTTACAGTTTACAGATATGATACAGAAGAAGAGAGTAA
CCAGCTTGCTTGTCTGAATCTTATTTCGTACATTCATTGTCTCGCATATTCACCACACAT
GGTTTCCTTATTTTACCTGGATACACTTAACTTGGGAAGTAGAAGAGACGATCAAAAAAG
TTCTTAAATGGTGAAAGGCTCATGGAAGTTCAACTTGCTTAATATTCCATATGTCTTTGG
CATATTCGTGGATGGTCCGGTCACTGCTAAACTTGAATGAACCTGCTGTGTTCAAGATTG
ACATTCTCGTCCATTTTTTCTGGTCTCGGTATGCCTCGTCAACTTTTTC

QA 1 409 1 409
DS 

RD RR1F729JQ 179 0 0
ATCAAAAAAGTTCTTAAATGGTGAAAGGCTCATGGAAGTTCAACTTGCTTAATATTCCAT
ATGTCTTTGGCATATTCGTGGATGGTCCGGTCACTGCTAAACTTGAATGAACCTGCTGTG
TTCAAGATTGACATTCTCGTCCATTTTTTCTGGTCTCGGTATGCCTCGTCAACTTTTTC

QA 1 179 1 179
DS 



AS 1 2

CO CL5360Contig1 601 2 3 U
TTTTTTTTGCGTTCCTCCACGTTATTATTCTAGATTTATCCGTTAGCTGAAGAGCAGACA
TGAGTTTTGTTCTCTGTGGGAATTTGTTGTCAATAGAATAAGTATAGACGAATGATACGG
TGCCATGTTCTTAAGATCATGCGTTTTGAGTTTTATGGTTTTATATGAATGCAGCAATAT
TCAGGTTGCTGTGGACATTGATTGCCACCAGAATATGTTAGCTTCCCACCTTAAGGGGAA
TCTGAAGGAAGTAAATGTTGGCTGGTACTTCTCATTTTCACAGTCTTAAACTGTGATTAT
CCCATCTCAAGTTGCTATCACATGATAAGTATGAAGCTTAATGATGATTAGTTGTGCTAC
TGGTTGTTTATGCATTTCCTCATTATGAAACGTCAGATCGTGCACGTGTTCAAGTACATA
TACGTTCCTTTCGACTAAAGGTAACAAGCAACTCATGTGGTTGTTCTTTACAGTTACAAT
ACTTGGTACTGTGCGTTCTTTATTCGATTTGGCTTGAATCTTTTCTTTGTAAGAGTCGTG
AATGCCATGTATTTTTTGACACATGCATGGAGAAAATGACAAGCTTAGTAGGAATAATTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1EU12JQ U 140
AF RR1EU12TF C 1
BS 1 139 RR1EU12TF
BS 140 532 RR1EU12JQ
BS 533 601 RR1EU12TF

RD RR1EU12JQ 393 0 0
TGCGTTTTGAGTTTTATGGTTTTATATGAATGCAGCAATATTCAGGTTGCTGTGGACATT
GATTGCCACCAGAATATGTTAGCTTCCCACCTTAAGGGGAATCTGAAGGAAGTAAATGTT
GGCTGGTACTTCTCATTTTCACAGTCTTAAACTGTGATTATCCCATCTCAAGTTGCTATC
ACATGATAAGTATGAAGCTTAATGATGATTAGTTGTGCTACTGGTTGTTTATGCATTTCC
TCATTATGAAACGTCAGATCGTGCACGTGTTCAAGTACATATACGTTCCTTTCGACTAAA
GGTAACAAGCAACTCATGTGGTTGTTCTTTACAGTTACAATACTTGGTACTGTGCGTTCT
TTATTCGATTTGGCTTGAATCTTTTCTTTGTAA

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR1EU12TF 601 0 0
TTTTTTTTGCGTTCCTCCACGTTATTATTCTAGATTTATCCGTTAGCTGAAGAGCAGACA
TGAGTTTTGTTCTCTGTGGGAATTTGTTGTCAATAGAATAAGTATAGACGAATGATACGG
TGCCATGTTCTTAAGATCATGCGTTTTGAGTTTTATGGTTTTATATGAATGCAGCAATAT
TCAGGTTGCTGTGGACATTGATTGCCACCAGAATATGTTAGCTTCCCACCTTAAGGTGAA
TCTGAAGGAAGTAAATGTTGGCTGGTACTTCTCATTTTCACAGTCTTAAACTGTGATTAT
CCCATCTCAAGTTGCTATCACATGATAAGTATGAAGCTTAGTGATGATTAGTTGTGCTAC
TGGTTGTTTATGCATTTCCTCATTATGAAACGTCAGATCGTGCACGTGTTCAAGTACATA
TACGTTCCTTTCGACTAAAGGTAACAAGCAACTCATGTGGTTGTTCTTTACAGTTACAAT
ACTTGGTACTGTGCGTTCTTTATTCGATTTGGCTTGAATCTTTTCTTTGTAAGAGTCGTG
AATGCCATGTATTTTTTGACACATGCATGGAGAAAATGACAAGCTTAGTAGGAATAATTC
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL5361Contig1 932 2 2 U
ATGATGTCGGCGATAGGGAAGTACAAAGCGACGTATCTTCCTCTGGTGCCACCGATCCTT
GCGGCGATGGTGAACGGCGCGGAGCAGATCAATGCTAAGTACGATCTGAGCTCTCTGCAT
ACGGTGTTGTGCGGAGGAGCTCCGTTGAGCAAGGAGGTGACGGAGGGGTTTATGGAAAGT
ATCCGACGGTCAAGATCTTGCAAGGGTATGGGTTGACCGAGTCAACGGGTATTGGAGCCT
CTACGGATACTGTTGAGGAGAGTCGGAGATACGGAACCGCGGGAAAATTATCCGCGAGCA
TGGAGGGGAGGATCGTGGATCCGGTTCCCGGTCGGGTTCTTGGACCGAACCGTACCGGTG
AGCTCTGGCTCAAGGGTCCTTCCATTATGAAAGGTTATTTTAGTAATGAAGAAGCTACGA
GCTCTACTCTTGATTCTGAAGGATGGTTAACAACTGGAGATCTCTGCTATATCGATGAAG
ATGGATTTATCTTTGTTGTTGATCGGTTAAAGGAACTCATCAAGTACAAAGGCTACCAGG
TCCCTCCAGCTGAGCTAGAGGCTTTGTTGCTCACTCATCCTGAAATCGCTGATGCCGCTG
TTATCCCGTTTCCGGACAAAGAAGTAGGGCAGTTTCCGATGGCGTACGTTGTAAGGAAAG
CAGGAAGCTTGTTATCAGAGAATTCTGTGATGGAGTTTGTTGCAAAACAAGTGGCACCGT
ACAAGAGGGTACGAAAGGTGGCTTTTGTATCCTCCATACCAAAAAATCCTTCAGGAAAGA
TTTTGCGCAAGGATCTCATCAAGCTCGCAACGTCCAACTCCAAACTTTGAAATTGTTAGG
AGTCTTGTGCTGTGAGCCAATCTCCGAGCATTATTGTTACTTTTGTTGTAGTAACTCTTG
TCAATTCTGTGAAGTATATTAGCCTGAAGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CO37TF U 1
AF RR1CO37JQ C 166
BS 1 477 RR1CO37TF
BS 478 932 RR1CO37JQ

RD RR1CO37TF 477 0 0
ATGATGTCGGCGATAGGGAAGTACAAAGCGACGTATCTTCCTCTGGTGCCACCGATCCTT
GCGGCGATGGTGAACGGCGCGGAGCAGATCAATGCTAAGTACGATCTGAGCTCTCTGCAT
ACGGTGTTGTGCGGAGGAGCTCCGTTGAGCAAGGAGGTGACGGAGGGGTTTATGGAAAGT
ATCCGACGGTCAAGATCTTGCAAGGGTATGGGTTGACCGAGTCAACGGGTATTGGAGCCT
CTACGGATACTGTTGAGGAGAGTCGGAGATACGGAACCGCGGGAAAATTATCCGCGAGCA
TGGAGGGGAGGATCGTGGATCCGGTTCCCGGTCGGGTTCTTGGACCGAACCGTACCGGTG
AGCTCTGGCTCAAGGGTCCTTCCATTATGAAAGGTTATTTTAGTAATGAAGAAGCTACGA
GCTCTACTCTTGATTCTGAAGGATGGTTAACAACTGGAGATCTCTGCTATATCGATG

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR1CO37JQ 767 0 0
GGGTTTATGGAAAGTATCCGACGGTCAAGATCTTGCAAGGGTATGGGTTGACCGAGTCAA
CGGGTATTGGAGCCTCTACGGATACTGTTGAGGAGAGTCGGAGATACGGAACCGCGGGAA
AATTATCCGCGAGCATGGAGGGGAGGATCGTGGATCCGGTTCCCGGTCGGGTTCTTGGAC
CGAACCGTACCGGTGAGCTCTGGCTCAAGGGTCCTTCCATTATGAAAGGTTATTTTAGTA
ATGAAGAAGCTACGAGCTCTACTCTTGATTCTGAAGGATGGTTAAGAACTGGAGATCTCT
GCTATATCGATGAAGATGGATTTATCTTTGTTGTTGATCGGTTAAAGGAACTCATCAAGT
ACAAAGGCTACCAGGTCCCTCCAGCTGAGCTAGAGGCTTTGTTGCTCACTCATCCTGAAA
TCGCTGATGCCGCTGTTATCCCGTTTCCGGACAAAGAAGTAGGGCAGTTTCCGATGGCGT
ACGTTGTAAGGAAAGCAGGAAGCTTGTTATCAGAGAATTCTGTGATGGAGTTTGTTGCAA
AACAAGTGGCACCGTACAAGAGGGTACGAAAGGTGGCTTTTGTATCCTCCATACCAAAAA
ATCCTTCAGGAAAGATTTTGCGCAAGGATCTCATCAAGCTCGCAACGTCCAACTCCAAAC
TTTGAAATTGTTAGGAGTCTTGTGCTGTGAGCCAATCTCCGAGCATTATTGTTACTTTTG
TTGTAGTAACTCTTGTCAATTCTGTGAAGTATATTAGCCTGAAGATG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL5362Contig1 845 2 2 U
GGATTACATCATATATGTTTTATCAAACTTAATGCCAGTTCATACATCAAAATAGTGGTT
ACATTACAGATCATAGTAACATATTAGTGGATATCAAGAAACAAGAGGAACATGACATAA
ACCAAAAGCATCATTACCAAAACAAGAACAAAGACTCACATTCAATCACAATGCCACACA
TTTTCCTACAGCTTGACCACTGGACACAAACACCTTTAAAATCCGGGTCACCAATTTATT
CTCAGACGCCAATCTCATACTCTCATAGTTTCAGAAACACAAACTCTTCGATCGCAGAGA
CACCACCAATCTTCTCGAGTGTCTTCTTCTCTGGTTCTTCATCCACTCCTATCGCCATGA
TAGCTTGCTTCCTCACAACCGTTCTTCCAACACTCATGAAACTCACATTCACGTTCTGCT
CCCCGAGTATGTTACCTACTTGTCCAATCATCCCTGGCTGATCCACCTGCCTGCACAGTA
TCAGATTCCCTTCAAGGCTCACGTCCACACCAAACGAACCAACGCAAGTCAAATGCGGCA
ATCCATATTTCACCTTCCCTTCTATACTTATAGCTCCAGCATCAGAGACAGCACCAGCGA
AACTTGACTCCACGTTGGAAATCTGAACTTGGATGGAGTCAACAGGGTACTCTGGTGAAG
ACTCGACCACGGTTCGTTCCTCGCTGATTCTGAGACCCTTTTGCTTAGCTATGAAGTCAG
CATTCACCAGGTTGACATAAGAGTCTGAGATGGGTTCAATGATTCCCTTTGTGATCATGG
CACGGAGTAGTCTAGTGTCCAAATCATCTCGGTCACGAGCTGAGCGGTACACGACCTTGA
TCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1H074JQ U 1
AF RR1B804TF C 188
BS 1 582 RR1H074JQ
BS 583 845 RR1B804TF

RD RR1H074JQ 582 0 0
GGATTACATCATATATGTTTTATCAAACTTAATGCCAGTTCATACATCAAAATAGTGGTT
ACATTACAGATCATAGTAACATATTAGTGGATATCAAGAAACAAGAGGAACATGACATAA
ACCAAAAGCATCATTACCAAAACAAGAACAAAGACTCACATTCAATCACAATGCCACACA
TTTTCCTACAGCTTGACCACTGGACACAAACACCTTTAAAATCCGGGTCACCAATTTATT
CTCAGACGCCAATCTCATACTCTCATAGTTTCAGAAACACAAACTCTTCGATCGCAGAGA
CACCACCAATCTTCTCGAGTGTCTTCTTCTCTGGTTCTTCATCCACTCCTATCGCCATGA
TAGCTTGCTTCCTCACAACCGTTCTTCCAACACTCATGAAACTCACATTCACGTTCTGCT
CCCCGAGTATGTTACCTACTTGTCCAATCATCCCTGGCTGATCCACCTGCCTGCACAGTA
TCAGATTCCCTTCAAGGCTCACGTCCACACCAAACGAACCAACGCAAGTCAAATGCGGCA
ATCCATATTTCACCTTCCCTTCTATACTTATAGCTCCAGCAT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1B804TF 658 0 0
ACAGCTTGACCACTGGACACAAACACCTTTAAAATCCGGGTCACCAATTTATTCTCAGAC
GCCAATCTCATACTCTCATAGTTTCAGAAACACAAACTCTTCGATCGCAGAGACACCACC
AATCTTCTCGAGTGTCTTCTTCTCTGGTTCTTCATCCACTCCTATCGCCATGATAGCTTG
CTTCCTCACAACCGTTCTTCCAACACTCATGAAACTCACATTCACGTTCTGCTCCCCGAG
TATGTTACCTACTTGTCCAATCATCCCTGGCTGATCCACCTGCCTGCACAGTATCAGATT
CCCTTCAAGGCTCACGTCCACACCAAACGAACCAACGCAAGTCAAATGCGGCACTCCATA
TTTCACCTTCCCTTCTATACTTATAGCTCCAGCATCAGAGACAGCACCAGCGAAACTTGA
CTCCACGTTGGAAATCTGAACTTGGATGGAGTCAACAGGGTACTCTGGTGAAGACTCGAC
CACGGTTCGTTCCTCGCTGATTCTGAGACCCTTTTGCTTAGCTATGAAGTCAGCATTCAC
CAGGTTGACATAAGAGTCTGAGATGGGTTCAATGATTCCCTTTGTGATCATGGCACGGAG
TAGTCTAGTGTCCAAATCATCTCGGTCACGAGCTGAGCGGTACACGACCTTGATCCCT

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL5363Contig1 1343 2 2 U
GGGAAAAAGTTGCATGTCTTGATGACAATGATGCTAGACTTGCGTTAGACTCCAACAACA
AATACAAGATCCAGACAAAGCCTCATGGTCATGGCGATGTACATTCGCTTCTCTATACCA
GTGGTCTTCTTGATAAATGGCTCGATGCTGGTCTTAAATGGGTTTTGTTTTTCCAAGATA
CAAATGGACTTCTCTTCAATGCAATTCCAGCTTCTCTGGGTGTGAGTGCTACTAAACAAT
ATCATGTTAACTCTCTGGCTGTTCCCCGCAAGGCGAAAGAAGCTATTGGAGGAATTACTA
AACTTACCCATGCTGATGGCAGATCTATGGTGATCAACGTGGAGTATAATCAACTTGATC
CTCTACTTAGAGCATCTGGTTTCCCTGACGGGGATGTTAATCCTGAGACAGGCTATTCCC
CTTTCCCTGGAAATATTAATCAATTGATTCTTGAACTTGGTCCATACAAAGAAGAGTTGC
AGAAAACTGGAGGGGCCATTAAGGAGTTTGTTAATCCAAAATACAAGGATAGCACCAAGA
CATCATTTAAATCTTCAACTCGTCTAGAGTGTATGATGCAAGACTATCCAAAGACATTGC
CACCAACAGCACGTGTTGGATTCACGGTGATGGATATATGGCTTGCTTATGCACCCGTTA
AGAATAACCCCGAGGATGCTGCTAAGGTACCAAAAGGAAACCCATACCACAGTGCAACTT
CTGGAGAAATGGCCATTTATCGTGCTAACAGCCGTATTCTTCAAAAGGCTGGTGTCAAAG
TGGAAGAGCCTGTGAAGCAGGTCTTGAACGGCCAAGAAGTTGAATTATGGTCTCGTATCA
CATGGAAACCCAAATGGGGAATGATTTTTTTTGATATCAAAACGAAAGTCAGTGGGAACT
GCGAGATCTCTCAGAGATCCACAATGGCTATTAAGGGTCGTAATGTGTTGGTTGAAAATC
TCTCCCTGGATGGTGCTCTTATTGTAGACTCCATTGATGATGCAGAGGTAAAACTTGGAG
GCTCGATCAAGAGCAATGGTTGGACCATGGAAACTGTAGACTACAAGGACACATCGGTTC
CAGAGGAAATAAGAATCAGAGGTTTTAGATTCAACAAAGTGGAGCAACTCGAAAAGAAGT
TCACTCAACCTGGGAAATTTTCTTTGGAGGATTAAAAAAGAGTTAGCAAATTTGGAAACG
CCAAATGATCTATTTGTCTTTCTTTTACACCTTCATTCATCCAACGAGACATGTTTTCTT
TACGATATTTACTTTAATGTTCATTTTACTAACGATATTCAATATTTGATTTTATGGTCT
TATGAAACATACTGGCGGTTTTT


BQ
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AF RR1AQ22TF U 1
AF RR1AQ22JQ C 495
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BS 797 1343 RR1AQ22JQ

RD RR1AQ22TF 796 0 0
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AACTTACCCATGCTGATGGCAGATCTATGGTGATCAACGTGGAGTATAATCAACTTGATC
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CTTTCCCTGGAAATATTAATCAATTGATTCTTGAACTTGGTCCATACAAAGAAGAGTTGC
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CATCATTTAAATCTTCAACTCGTCTAGAGTGTATGATGCAAGACTATCCAAAGACATTGC
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TGGAAGAGCCTGTGAA

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1AQ22JQ 849 0 0
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TCAACTCGTCTAGAGTGTATGATGCAAGACTATCCAAAGACATTGCCACCAACAGCACGT
GTTGGATTCACGGTGATGGATATATGGCTTGCTTATGCACCCGTTAAGAATAACCCCGAG
GATGCTGCTAAGGTACCAAAAGGAAACCCATACCACAGTGCAACTTCTGGAGAAATGGCC
ATTTATCGTGCTAACAGCCGTATTCTTCAAAAGGCTGGTGTCAAAGTGGAAGAGCCTGTG
AAGCAGGTCTTGAACGGCCAAGAAGTTGAATTATGGTCTCGTATCACATGGAAACCCAAA
TGGGGAATGATTTTTTTTGATATCAAAACGAAAGTCAGTGGGAACTGCGAGATCTCTCAG
AGATCCACAATGGCTATTAAGGGTCGTAATGTGTTGGTTGAAAATCTCTCCCTGGATGGT
GCTCTTATTGTAGACTCCATTGATGATGCAGAGGTAAAACTTGGAGGCTCGATCAAGAGC
AATGGTTGGACCATGGAAACTGTAGACTACAAGGACACATCGGTTCCAGAGGAAATAAGA
ATCAGAGGTTTTAGATTCAACAAAGTGGAGCAACTCGAAAAGAAGTTCACTCAACCTGGG
AAATTTTCTTTGGAGGATTAAAAAAGAGTTAGCAAATTTGGAAACGCCAAATGATCTATT
TGTCTTTCTTTTACACCTTCATTCATCCAACGAGACATGTTTTCTTTACGATATTTACTT
TAATGTTCATTTTACTAACGATATTCAATATTTGATTTTATGGTCTTATGAAACATACTG
GCGGTTTTT

QA 1 849 1 849
DS 



AS 1 2

CO CL5364Contig1 1164 2 2 U
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AATGGGTTGCCTCAGCAGTAAACACCGGCAAGAAGAAACCGCCGCAAAACCCTCAACTCC
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CCGAGATCCAGACACCATACTAGGCAAACCCTTCGAAGACATCAGAAAATTCTACAGCTT
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AGCGACCGACTTTGGATTGTCTGTCTTCATTGAAGAAAGAAAAGTTTACCGGGATATAGT
GGGGAGTGCTTACTACGTTGCTCCTGAAGTATTAAGGCGAAGTTACGGGAAGGAAATTGA
CATTTGGAGTGCTGGTGTTATCCTTTACATCCTACTCAGCGGTGTACCTCCTTTCTGGGC
TGAAAACGAGAAAGGAATATTCGATGAGGTTGTAAAAGGTGAGATTGACTTTGAAAGCCA
GCCATGGCCTTCTATATCTGATAGTGCTGTATTATCTCGTATGAAACAGTTCCGAGCCAT
GAACAAGCTCAAGAAGCTAGCCCTTAAGGTTATTGCGGAGAGCCTATCAGAAGAGGAAAT
CAAAAGTCTCAAGACCATGTTTGCGAACATAGATACCGACAAAAGCGGTACAATTACATA
CGAAGAACTGAAAACAGGCTAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL39TF U 1
AF RR1AC90TF U 344
BS 1 776 RR1AL39TF
BS 777 1164 RR1AC90TF

RD RR1AL39TF 776 0 0
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GGAGGATGTGAAGAGAGAGATTCAGATCATGCAGTACTTGTCTGGACAGGCCAACATCGT
TGAGATCAAGGGAGCTTATGAGGATAGACAGTCTGTGCATTTGGTGATGGAGCTCTGTGC
TGGTGGTGAGCTGCTTGATAGGATCATAGCCCAGGGTCATTACTCTGAGAGAGCTGCCGC
TGGGATTATTAGGTCCATTGTCAATGTCGTTCAGATTTGTCATTTTATGGGTGTTGTTCA
TAGAGATCTCAAGCCTGAGAATTTCTTGTTGTCGAGTAAAGAGGAGAACGCTATGCTTAA
AGCGACCGACTTTGGATTGTCTGTCTTCATTGAAGAAAGAAAAGTTTACCGGGATA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1AC90TF 821 0 0
G
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TGATGGAGCTCTGTGCTGGTGGTGAGCTGTTTGATAGGATCATAGCCCAGGGTCATTACT
CTGAGAGAGCTGCCGCTGGGATTATTAGGTCCATTGTCAATGTTGTTCAGATTTGTCATT
TTATGGGTGTTGTTCATAGAGATCTCAAGCCTGAGAATTTCTTGTTGTCGAGTAAAGAGG
AGAACGCTATGCTTAAGGCGACCGACTTTGGATTGTCTGTCTTCATTGAAGAAGGAAAAG
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ACGGGAAGGAAATTGACATTTGGAGTGCTGGTGTTATCCTTTACATCCTACTCAGCGGTG
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GCGGTACAATTACATACGAAGAACTGAAAACAGGCTAACT

QA 2 821 2 821
DS 



AS 1 2

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CTTAAAGAACATACTTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ET39JQ C 1
AF RR1ET39TF U 1
BS 1 318 RR1ET39TF

RD RR1ET39JQ 318 0 0
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ATATATCTTTGGATTCTGGTTTGGCGATTTGGGCGGTGACACTCGCCGGAATTCTTGCCG
GAGGGGCTCTTCTTGTGTACAACACTAGTGCTTTGGCACAGTAAAATCTTGAAAGTGTGT
GTACTTATGCTTATCTGTTTTTAGTGTCATTGTTCTGTTCTATGTAATGTTGTTAAGTAA
CTTAAAGAACATACTTTG

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR1ET39TF 318 0 0
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ATATATCTTTGGATTCTGGTTTGGCGATTTGGGCGGTGACACTCGCCGGAATTCTTGCCG
GAGGGGCTCTTCTTGTGTACAACACTAGTGCTTTGGCACAGTAAAATCTTGAAAGTGTGT
GTACTTATGCTTATCTGTTTTTAGTGTCATTGTTCTGTTCTATGTAATGTTGTTAAGTAA
CTTAAAGAACATACTTTG

QA 1 318 1 318
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5367Contig1 958 2 8 U
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GGTTACGTTGCTGAAGTCACTAACTTGTCTCCTCGAGCCACTGAGAAAGATGTTCATAGT
TTCTTCTCTCATTGCGGAATAGTCGAGCTTGTCGAGATCACTGGATGCGGAGGGAATGAT
GCGTTAACGGCTTATGTAACATTCAGAGATGCGTATGCTCTGGATATGGCCTTGTTACTT
AACGGAGCTACGATCGTTGATCAGACCGTGTGGATATCCATGTACGGTGTCTATCTACAC
GAATCTAACAATATCACACGAGAAGGAGACTATACTGTAACGGTTACTCAAAGTCACGCG
GATGCATTTGCTTCGTCGCCTGGAGAAGCAGTAACCATTGCTCAGCAAGTCGTCAAGACA
ATGATATCTAAAGGCTACGTTCTAAGCAAAGATGCATTCGGTAAAGCCAAGGCTTTGGAC
GAGTCTCAGAGATTCTCAAGCTCGGTAGCCAACAAATTGGCAGAGATCGGCCGTTACATT
GGCCTCACACAAAACATTCAGTCCAGTATGGAAGCCGTGAGGTCAGCGGACGACAAGTAT
CACTTCTCTGATTTCACAAAATCAGCGGTTCCTGTCACTGGCACGGCTGCTGTGGCTGCA
GCCACCATTACTGGAAAAGTGGCTGCTGCTGCTGCCACCACTGTGGTCAACAGTCGATAC
TTTGCTAACGGGGCTTTATGGTTTTCAGATGCTTTGGGCCGGGCTGCAAAAGCAGCGGCC
CATATGGGTGGTGGTGGTGGAAGCAGTTGATTATGTATCACAATATGAGGTTTTAAGCCA
TAAAGATGCTGGAATAAAAAAAAACATAAATGTATAATTAATACAATCACATGATTTCCC
TGCATGTTATATGAGAAATTGTAGACAAATTTTATAAATATTAAATAGTTATACATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT67TF U 1
AF RR1DT67JQ C 430
BS 1 581 RR1DT67TF
BS 582 582 RR1DT67JQ
BS 583 629 RR1DT67TF
BS 630 631 RR1DT67JQ
BS 632 645 RR1DT67TF
BS 646 646 RR1DT67JQ
BS 647 662 RR1DT67TF
BS 663 958 RR1DT67JQ

RD RR1DT67TF 666 0 0
GGTCCTTAAAAATCAAAAAATCAGGATATCTGGAGGTTTGTGTTAGAGATGTATCCCTGT
GGTTACGTTGCTGAAGTCACTAACTTGTCTCCTCGAGCCACTGAGAAAGATGTTCATAGT
TTCTTCTCTCATTGCGGAATAGTCGAGCTTGTCGAGATCACTGGATGCGGAGGGAATGAT
GCGTTAACGGCTTATGTAACATTCAGAGATGCGTATGCTCTGGATATGGCCTTGTTACTT
AACGGAGCTACGATCGTTGATCAGACCGTGTGGATATCCATGTACGGTGTCTATCTACAC
GAATCTAACAATATCACACGAGAAGGAGACTATACTGTAACGGTTACTCAAAGTCACGCG
GATGCATTTGCTTCGTCGCCTGGAGAAGCAGTAACCATTGCTCAGCAAGTCGTCAAGACA
ATGATATCTAAAGGCTACGTTCTAAGCAAAGATGCATTCGGTAAAGCCAAGGCTTTGGAC
GAGTCTCAGAGATTCTCAAGCTCGGTAGCCAACAAATTGGCAGAGATCGGCCGTTACATT
GGCCTCACACAAAACATTCAGTCCAGTATGGAAGCCGTGAG*TCAGCGGACGACAAGTAT
CACTTCTCTGATTTCACAAAATCAGCGGT**CTGTCACTGGCACG*CTGCTGTGGCTGCA
GC
ACAT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1DT67JQ 529 0 0
AAAGGCTACGTTCTAAGCAAAGATGCATTCGGTAAAGCCAAGGCTTTGGACGAGTCTCAG
AGATTCTCAAGCTCGGTAGCCAACAAATTGGCAGAGATCGGCCGTTACATTGGCCTCACA
CAAAACATTCAGTCCAGTATGGAAGCCGTGAGGTCAGCGGACGACAAGTATCACTTCTCT
GATTTCACAAAATCAGCGGTTCTTGTCACTGGCACGGCTGCTGTGGCTGCAGCCACCATT
ACTGGAAAAGTGGCTGCTGCTGCTGCCACCACTGTGGTCAACAGTCGATACTTTGCTAAC
GGGGCTTTATGGTTTTCAGATGCTTTGGGCCGGGCTGCAAAAGCAGCGGCCCATATGGGT
GGTGGTGGTGGAAGCAGTTGATTATGTATCACAATATGAGGTTTTAAGCCATAAAGATGC
TGGAATAAAAAAAAACATAAATGTATAATTAATACAATCACATGATTTCCCTGCATGTTA
TATGAGAAATTGTAGACAAATTTTATAAATATTAAATAGTTATACATGG

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

CO CL5368Contig1 876 2 2 U
GTACGCATCTAGCGAGACCGTCAGAGCAATAACTGCTGCTATTGAGAAGGACTTATGGGC
CTCCGGAACCGTGAATGACGAGTATCTAAAAGCTTTAAACTCTTTGTTTAACAACTTCCC
GCGTCTAAGAGCCACTGAGCCTGCAACACTAAGTATACCGCATCTAGTTACATCCCTCAA
GACAGGGTCAGAGGCAACTCAAGAAGCTGCCTTGGATGCGCTGTTTCTTCTCAGACAAGC
TTGGTCAGCGTGTCCAGCCGAAGTTTCTAGGGCCCAATCAGTTGCTGCTGCAGACGCCAT
CCCTTTACTTCAGTACCTAATCCAATCAGGTCCTCCACGGTTCCAGGAGAAAGCTGAATT
CCTCTTGCAGTGTTTGCCAGGTACTCTAGTGGTCACGATCAAACGCGGTAACAACATGAA
ACAATCCGTTGGTAACCCGAGCGTGTTTTGTAAGATAACACTCGGTAACACTCCTCCAAG
ACAAACCAAGGTTATATCGACTGGTCCAAATCCAGAGTGGGACGAGAGTTTCTCATGGTC
ATTTGAGAGCCCTCCCAAAGGTCAAAAACTCCACATTTCATGCAAGAACAAGAGCAAAAT
GGGAAAGAGTTCATTTGGGAAAGTAACGATCCAAATCGATCGAGTGGTAATGCTGGGAGC
AGTTGCAGGTGAATACAGTTTGTTACCAGAGAGCAAAAGTGGCCCCAGAAACCTTGAAAT
TGAATTCCAGTGGTCTAACAAGTAAAAACATCACTTTATTGTATACTCTTTTGTTTTTTG
AGGGCGAGAGTTCTTCAATCAAAACTAGTTTTTTGGCCAATTTTTTCTGTTTTTGTTTTG
ATTATTGTAATGCTACTATGTATAGTTTGTATTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F122TF U 1
AF RR1EL03JQ C 269
BS 1 438 RR1F122TF
BS 439 876 RR1EL03JQ

RD RR1F122TF 438 0 0
GTACGCATCTAGCGAGACCGTCAGAGCAATAACTGCTGCTATTGAGAAGGACTTATGGGC
CTCCGGAACCGTGAATGACGAGTATCTAAAAGCTTTAAACTCTTTGTTTAACAACTTCCC
GCGTCTAAGAGCCACTGAGCCTGCAACACTAAGTATACCGCATCTAGTTACATCCCTCAA
GACAGGGTCAGAGGCAACTCAAGAAGCTGCCTTGGATGCGCTGTTTCTTCTCAGACAAGC
TTGGTCAGCGTGTCCAGCCGAAGTTTCTAGGGCCCAATCAGTTGCTGCTGCAGACGCCAT
CCCTTTACTTCAGTACCTAATCCAATCAGGTCCTCCACGGTTCCAGGAGAAAGCTGAATT
CCTCTTGCAGTGTTTGCCAGGTACTCTAGTGGTCACGATCAAACGCGGTAACAACATGAA
ACAATCCGTTGGTAACCC

QA 1 438 1 438
DS 

RD RR1EL03JQ 608 0 0
AGGGCCCAATCAGTTGCTGCTGCAGACGCCATCCCTTTACTTCAGTACCTAATCCAATCA
GGTCCTCCACGGTTCCAGGAGAAAGCTGAATTCCTCTTGCAGTGTTTGCCAGGTACTCTA
GTGGTCACGATCAAACGCGGTAACAACATGAAACAATCCGTTGGTAACCCGAGCGTGTTT
TGTAAGATAACACTCGGTAACACTCCTCCAAGACAAACCAAGGTTATATCGACTGGTCCA
AATCCAGAGTGGGACGAGAGTTTCTCATGGTCATTTGAGAGCCCTCCCAAAGGTCAAAAA
CTCCACATTTCATGCAAGAACAAGAGCAAAATGGGAAAGAGTTCATTTGGGAAAGTAACG
ATCCAAATCGATCGAGTGGTAATGCTGGGAGCAGTTGCAGGTGAATACAGTTTGTTACCA
GAGAGCAAAAGTGGCCCCAGAAACCTTGAAATTGAATTCCAGTGGTCTAACAAGTAAAAA
CATCACTTTATTGTATACTCTTTTGTTTTTTGAGGGCGAGAGTTCTTCAATCAAAACTAG
TTTTTTGGCCAATTTTTTCTGTTTTTGTTTTGATTATTGTAATGCTACTATGTATAGTTT
GTATTGTA

QA 1 608 1 608
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5370Contig1 716 2 1 U
GGACACACCCAACCAACCAACCTTGATCTCTCTCTCAAAACACAAATCCTTGGCAAAGAA
AATGGCCGATCAACTCACCGATGATCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCTTTCAGCCTTTT
CGACAAGGACGGAGATGGTTGTATCACAACGAAAGAGCTAGGCACAGTGATGAGGTCACT
CGGACAGAACCCGACAGAGGCAGAGCTTCAAGACATGATCAACGAAGTGGATGCCGACGG
GAACGGGACCATAGACTTCCCCGAGTTCCTCAACCTGATGGCTCGTAAGATGAAGGACAC
GGATTCGGAGGAAGAGCTCAAAGAGGCTTTCAGGGTGTTCGACAAGGACCAGAACGGTTT
CATCTCCGCTGTGGAGCTGAGACATGTGATGACCAATTTGGGAGAGAAGTTGACTGATGA
AGAGGTGGATGAGATGATCAGAGAAGCTGATGTTGATGGAGATGGTCAGATCAATTATGA
AGAGTTTGTCAAAGTTATGATGGCAAAGAGAAGACGTAAGAGGAGTATGGCGGGGAATCA
TAGTAGCAGTACTGAACGCAAAGAAGAGAGACGTCGCCGAAAAAGCCATTGTCGTATTTT
CTGATCGCCAGGATTTCACTCTTCATTTGCTTTGTGTGTAGAATAAGAGATTTGAACCTC
AACCCAATAAAAAATCCTAAATTTGAATGTAAACTACTATATATTAACTTTTTACC


BQ
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AF RR1GZ86TFB U 1
AF RR1GZ86JQ C 379
BS 1 716 RR1GZ86TFB

RD RR1GZ86TFB 716 0 0
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AATGGCCGATCAACTCACCGATGATCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCTTTCAGCCTTTT
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CGGACAGAACCCGACAGAGGCAGAGCTTCAAGACATGATCAACGAAGTGGATGCCGACGG
GAACGGGACCATAGACTTCCCCGAGTTCCTCAACCTGATGGCTCGTAAGATGAAGGACAC
GGATTCGGAGGAAGAGCTCAAAGAGGCTTTCAGGGTGTTCGACAAGGACCAGAACGGTTT
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AGAGGTGGATGAGATGATCAGAGAAGCTGATGTTGATGGAGATGGTCAGATCAATTATGA
AGAGTTTGTCAAAGTTATGATGGCAAAGAGAAGACGTAAGAGGAGTATGGCGGGGAATCA
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DS 

RD RR1GZ86JQ 338 0 0
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CAGAGAAGCTGATGTTGATGGAGATGGTCAGATCAATTATGAAGAGTTTGTCAAAGTTAT
GATGGCAAAGAGAAGACGTAAGAGGAGTATGGCGGGGAATCATAGTAGCAGTACTGAACG
CAAAGAAGAGAGACGTCGCCGAAAAAGCCATTGTCGTATTTTCTGATCGCCAGGATTTCA
CTCTTCATTTGCTTTGTGTGTAGAATAAGAGATTTGAACCTCAACCCAATAAAAAATCCT
AAATTTGAATGTAAACTACTATATATTAACTTTTTACC

QA 1 338 1 338
DS 



AS 1 2

CO CL5371Contig1 1195 2 8 U
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AATGGAGGAGTCAGGTGAGCACATTGTTGCTGGTGCTGGAGAACTCCATCTTGAGATTTG
CTTGAAGGATCTTCAGGATGATTTCATGGGTGGTGCTGAGATTGTCAAGTCAGACCCTGT
TGTCTCATTCCGTGAGACTGTTTTGGAGCGATCTGTGCGTACCGTGATGAGCAAGTCCCC
TAACAAGCATAACCGTCTGTACATGGAGGCTAGGCCCTTGGAGGATGGTCTTGCGGAGGC
AATTGATGATGGCCGTATTGGTCCAAGAGATGATCCCAAGATACGTTCCAAGATCTTGGC
TGAGGAGTTTGGTTGGGACAAGGATCTTGCAAAGAAGATTTGGGCGTTTGGACCTGAAAC
CACAGGGCCCAACATGGTTGTTGACATGTGTAAGGGAGTTCAGTACCTGAACGAAATCAA
GGATTCTGTTGTTGCTGGGTTCCAGTGGGCTTCCAAGGAAGGTCCCCTTTGTGATGAGAA
CATGAGAGGAATCTGTTTTGAGGTTTGCGATGTGGTGCTCCACTCTGATGCTATCCACAG
AGGTGGTGGTCAGGTTATCCCAACAGCGAGGAGGGTTATCTACGCCTCGCAGCTCACTGC
CAAGCCCAGACTTTTGGAGCCTGTTTACATGGTGGAGATCCAAGCACCAGAAGGAGCTCT
TGGAGGAATCTACAGCGTGCTGAATCAGAAGCGTGGACACGTGTTTGAGGAGATGCAGAG
GCCAAGAACCCCGCCGTACAACATCAAGGCGTACCTACCAGTCGTTGAGTCATTTGGATT
CTCGAGTCAGCTTAGAGCAGCAACCTCAGGACAGGCTTTCCCTCAGTGTGTGTTTGATCA
CTGGGAGATGATGTCGTCTGACCCATTGGAGGCAGGATCTCAGGCTTCAACGCTGGTGGC
TGACATCAGGAAGAGGAAGGGTATGAAGGAGCAGATGACTCCATTGTCTGATTTCGAAGA
CAAGCTGTAAGCAGCAGCAGCCAACAAGCCTCGCTATGGTCGCCCTTTCTCTCTATCTCT
ACCGTATTTTGTTTACTGTTTACTCTGTTTCGGTGGTTATGATGCGACTTTATTTGTGTG
GCCACATACTCTTGAATGTTTTGTTTTTGTTTTAGTTGAAAACTGTTTTATCTCT


BQ
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AF RR1G774TF U 1
AF RR1G774JQ C 365
BS 1 713 RR1G774TF
BS 714 714 RR1G774JQ
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BS 807 1195 RR1G774JQ

RD RR1G774TF 806 0 0
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AATGGAGGAGTCAGGTGAGCACATTGTTGCTGGTGCTGGAGAACTCCATCTTGAGATTTG
CTTGAAGGATCTTCAGGATGATTTCATGGGTGGTGCTGAGATTGTCAAGTCAGACCCTGT
TGTCTCATTCCGTGAGACTGTTTTGGAGCGATCTGTGCGTACCGTGATGAGCAAGTCCCC
TAACAAGCATAACCGTCTGTACATGGAGGCTAGGCCCTTGGAGGATGGTCTTGCGGAGGC
AATTGATGATGGCCGTATTGGTCCAAGAGATGATCCCAAGATACGTTCCAAGATCTTGGC
TGAGGAGTTTGGTTGGGACAAGGATCTTGCAAAGAAGATTTGGGCGTTTGGACCTGAAAC
CACAGGGCCCAACATGGTTGTTGACATGTGTAAGGGAGTTCAGTACCTGAACGAAATCAA
GGATTCTGTTGTTGCTGGGTTCCAGTGGGCTTCCAAGGAAGGTCCCCTTTGTGATGAGAA
CATGAGAGGAATCTGTTTTGAGGTTTGCGATGTGGTGCTCCACTCTGATGCTATCCACAG
AGGTGGTGGTCAGGTTATCCCAACAGCGAGGAGGGTTATCTACGCCTCGCAGCTCACTGC
CAAGCCCAGACTTTTGGAGCCTGTTTACATGGTGGAGATCCAAGCACCAGAAG*AGCTCT
TGGAGGA*TCTACAGCGTGCTGAATCAGAAGCGTGGACACGTGTTTGAGGAGATGCAGAG
GC*AAGAACCCCGCCGTACAACATCA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1G774JQ 831 0 0
AGAG
TTGGTTGGGACAAGGATCT*GCAAAGAAGATTTGGGCGTT*GGAC*TGAAACCACAGGGC
CCAACATGGTTGTTGACATGTGTAAGGGAGTTCAGTACCTGAACGAAATCAAGGATTCTG
TTGTTGCTGGGTTCCAGTGGGCTTCCAAGGAAGGTCCCCTTTGTGATGAGAACATGAGAG
GAATCTGTTTTGAGGTTTGCGATGTGGTGCTCCACTCTGATGCTATCCACAGAGGTGGTG
GTCAGGTTATCCCAACAGCGAGGAGGGTTATCTACGCCTCGCAGCTCACTGCCAAGCCCA
GACTTTTGGAGCCTGTTTACATGGTGGAGATCCAAGCACCAGAAGGAGCTCTTGGAGGAA
TCTACAGCGTGCTGAATCAGAAGCGTGGACACGTGTTTGAGGAGATGCAGAGGCCAAGAA
CCCCGCCGTACAACATCAAGGCGTACCTACCAGTCGTTGAGTCATTTGGATTCTCGAGTC
AGCTTAGAGCAGCAACCTCAGGACAGGCTTTCCCTCAGTGTGTGTTTGATCACTGGGAGA
TGATGTCGTCTGACCCATTGGAGGCAGGATCTCAGGCTTCAACGCTGGTGGCTGACATCA
GGAAGAGGAAGGGTATGAAGGAGCAGATGACTCCATTGTCTGATTTCGAAGACAAGCTGT
AAGCAGCAGCAGCCAACAAGCCTCGCTATGGTCGCCCTTTCTCTCTATCTCTACCGTATT
TTGTTTACTGTTTACTCTGTTTCGGTGGTTATGATGCGACTTTATTTGTGTGGCCACATA
CTCTTGAATGTTTTGTTTTTGTTTTAGTTGAAAACTGTTTTATCTCT

QA 5 831 5 831
DS 



AS 1 2

CO CL5372Contig1 1008 2 2 U
GCAGCGGAAGATGTGAACACGAGTATAAATATTCATTCGAGAGGATGGACTAGTTCATAT
ATATATCCGGATCAACCGGTATTTCTAGGTTGTATTCCACCAGGAGGGCCAGAGGCGATG
GTTCAGCAACGGCGATGGGGGACGGGCATGCTCGAAGTCCTTTTCAACAAACAAAGCCCT
TTGATCGGTATCTTTAGCCAGAAAATGAAATTTCGACAACGGTTGTCTTATATTTACGTC
TTCACGTGGGGTTTAAGGTCAATCCCTGAGTTATTTTACTGCCTCTTGCCTGCTTATTGT
CTACTCCACAACTCTGCCTTGTTTCCAAAGGGAATTTGTTCAGGCATAACTGTCACACTT
GTGGGGATGCACTGCCTTTACACACTTTGGGAATTTATGAGCCTTGGATTTTCGGTACAT
TCATGGTATGCCTCCCAGTCATTTTGGAGGATAAAAGCTACTTGTATTTGGTTATTTAGT
GTCACTGATGTCATATTCAAGCTTCTTGGAGTTTCGAAAACCGTATTCATAGTTACAAAA
AAGACTTTCACCGAGACAAAATCAGGAGCTGGGGACGGACCATCTTGTAGTGCGGACCCA
AATGCTGGTAAATTTGAATTCGACGACTCAGTTTATTTTTTGCCTGGCACGTTCATTGTG
TTGGTCAATCTAGCCACTATAGCCGGGTTTTCAGTGGGTCTACAACGATTAAGTCATATC
TACGGAGGCGGTGGTTCTACTTTTGTAGAGGCTTGTGCATGCATTTTGGTGGTTATGTTG
TTTCTTCCATTTCTAAAGGGTTTATTTGAGAAGGGAAAATTTGGTATTCCATTGTTTACG
CTCTATAAAGCTGCCTTTTTAGCAGTGTTATTTGTTGTATTTTCTGTAGGAAAGTAGTTT
ATATAGCGATGTGGGTTTGTTATGCAACAAAACTAAGTTTATCATGACATTGTCCTAATG
AAGAATTAATGGTATTTTATTCAATTAGTTTTTATTATCTAGTCATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BW67TF U 1
AF RR1BW67JQ C 313
BS 1 724 RR1BW67TF
BS 725 1008 RR1BW67JQ

RD RR1BW67TF 725 0 0
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ATATATCCGGATCAACCGGTATTTCTAGGTTGTATTCCACCAGGAGGGCCAGAGGCGATG
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TTCACGTGGGGTTTAAGGTCAATCCCTGAGTTATTTTACTGCCTCTTGCCTGCTTATTGT
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GTGGGGATGCACTGCCTTTACACACTTTGGGAATTTATGAGCCTTGGATTTTCGGTACAT
TCATGGTATGCCTCCCAGTCATTTTGGAGGATAAAAGCTACTTGTATTTGGTTATTTAGT
GTCACTGATGTCATATTCAAGCTTCTTGGAGTTTCGAAAACCGTATTCATAGTTACAAAA
AAGACTTTCACCGAGACAAAATCAGGAGCTGGGGACGGACCATCTTGTAGTGCGGACCCA
AATGCTGGTAAATTTGAATTCGACGACTCAGTTTATTTTTTGCCTGGCACGTTCATTGTG
TTGGTCAATCTAGCCACTATAGCCGGGTTTTCAGTGGGTCTACAACGATTAAGTCATATC
TACG
A

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1BW67JQ 696 0 0
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TGCCTTTACACACTTTGGGAATTTATGAGCCTTGGATTTTCGGTACATTCATGGTATGCC
TCCCAGTCATTTTGGAGGATAAAAGCTACTTGTATTTGGTTATTTAGTGTCACTGATGTC
ATATTCAAGCTTCTTGGAGTTTCGAAAACCGTATTCATAGTTACAAAAAAGACTTTCACC
GAGACAAAATCAGGAGCTGGGGACGGACCATCTTGTAGTGCGGACCCAAATGCTGGTAAA
TTTGAATTCGACGACTCAGTTTATTTTTTGCCTGGCACGTTCATTGTGTTGGTCAATCTA
GCCACTATAGCCGGGTTTTCAGTGGGTCTACAACGATTAAGTCATATCTACGGAGGCGGT
GGTTCTACTTTTGTAGAGGCTTGTGCATGCATTTTGGTGGTTATGTTGTTTCTTCCATTT
CTAAAGGGTTTATTTGAGAAGGGAAAATTTGGTATTCCATTGTTTACGCTCTATAAAGCT
GCCTTTTTAGCAGTGTTATTTGTTGTATTTTCTGTAGGAAAGTAGTTTATATAGCGATGT
GGGTTTGTTATGCAACAAAACTAAGTTTATCATGACATTGTCCTAATGAAGAATTAATGG
TATTTTATTCAATTAGTTTTTATTATCTAGTCATAT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL5373Contig1 1392 2 2 U
GGAGCATCATCTCGTGTATCAATGGCGGCCGTAAGCATCGCACTCGCTTTCTCTTTCGAT
TCTCTCAAGCAAAACCAATCCGCAAAGTTCAACCTCTCGTCTAGATACCCTTCACTATAC
TCCTCTAGATCTCGCCACCGCTCCAATCTCAGATTCGCTTCACTTCCTTCCTCGCACTCT
CCTTCAATCTCAACCGCCACAGAAACAGGAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATCCACC
GGAAGCTACGATTTTCTCGAGGAAACCTTCCGCACGGGGAGGTTCTTAAGCAACGCGGAG
CTCGAGAAGCTCAAAGCCCTCGAAGGGTTTGCGTATTTCCAGGAGCTGGAGTCCGGATCC
ATGTGGGTTCGGGTCATGAGACAAGACGAGATTGATTCGACGGTGAGTCTCCTCGCCGAG
TCGTTCGGAGAGTCGATGATGTTGCCTTCCGGGTACCAGTCCGTGCTGAGGTTCTTGGTG
AAACAGTATCTGATCGAGAGGAGAGAAGTGTTGCCGCACGCAGTGACTTTAGTTGGTTTC
TTCAGGAGAAAAACTGATTCGTCGGAGGAGGTTGTTGAGATGGCGGGAACTGTTGAGGTT
TGTCTTGACAAACGAGGCGCTAATGCTTCTCCTCCTTCTCCTACTCCACCAAAGGAGTCG
CCTTATGTGTGTAACATGACTGTTAAAGAGGATCTTAGAAGGAGAGGGATTGGGTGGCAT
TTATTGAAGGCGAGTGAAGAGCTGATATCTCAGCTTAGTCCTTCGAAAGATGTCTACTTG
CATTGCAGGATGGTCGATGAGGCTCCTTTCAATATGTACAAGAAGGCAGGGTACGAGGTT
GTTATGACGGATACTGTTTTGGTCCTTTTGATGTTGCAGCGGCGTAAGCATTTGATGCGC
AAGAAGCTCCCACCGTGCACCACCATCAGTCCTTCAGATACAGACGATATGGTGGAGTCT
GATAATGAGCTGACCTCCTCTGCCACTGTGTGAACACGGGAACTACATTGGACTTTGAGT
TGTTACCACCTTCCATCCACTGTTGATGTTCCATTTTCTTGCTTCAACTTGCTGTTTATA
TGATCGTAGTAGAGGTTTCCGTTTTGCATATATTCATATACAAGGAAGCGGTGTTTGCCA
TCTGCACAGTAGCCAATCAAAGATACCAGATTTGGATGGTCGAGTCTACTCAATATATCC
ACCTCCACACGAAATTCTCTTTCTCCGTCAGCCTTCTTGAACGGAGGCAAATCCATCTTC
TTGATCGCAACAACCTTCAGATAGCAAAAAGGATCAAAGATAATACATATGTTCGTTTTT
CATCTTTAACAACATGTAACACTATAAAGCCTGTAAATCACACATTAAAATGAAGCGAGT
ATAGTTCATACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AP60TF U 1
AF RR1AP60JQ C 646
BS 1 726 RR1AP60TF
BS 727 1392 RR1AP60JQ

RD RR1AP60TF 726 0 0
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TCTCTCAAGCAAAACCAATCCGCAAAGTTCAACCTCTCGTCTAGATACCCTTCACTATAC
TCCTCTAGATCTCGCCACCGCTCCAATCTCAGATTCGCTTCACTTCCTTCCTCGCACTCT
CCTTCAATCTCAACCGCCACAGAAACAGGAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATCCACC
GGAAGCTACGATTTTCTCGAGGAAACCTTCCGCACGGGGAGGTTCTTAAGCAACGCGGAG
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ATGTGGGTTCGGGTCATGAGACAAGACGAGATTGATTCGACGGTGAGTCTCCTCGCCGAG
TCGTTCGGAGAGTCGATGATGTTGCCTTCCGGGTACCAGTCCGTGCTGAGGTTCTTGGTG
AAACAGTATCTGATCGAGAGGAGAGAAGTGTTGCCGCACGCAGTGACTTTAGTTGGTTTC
TTCAGGAGAAAAACTGATTCGTCGGAGGAGGTTGTTGAGATGGCGGGAACTGTTGAGGTT
TGTCTTGACAAACGAGGCGCTAATGCTTCTCCTCCTTCTCCTACTCCACCAAAGGAGTCG
CCTTATGTGTGTAACATGACTGTTAAAGAGGATCTTAGAAGGAGAGGGATTGGGTGGCAT
TTATTG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1AP60JQ 747 0 0
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GGGATTGGGTGGCATTTATTGAAGGCGAGTGAAGAGCTGATATCTCAGCTTAGTCCTTCG
AAAGATGTCTACTTGCATTGCAGGATGGTCGATGAGGCTCCTTTCAATATGTACAAGAAG
GCAGGGTACGAGGTTGTTATGACGGATACTGTTTTGGTCCTTTTGATGTTGCAGCGGCGT
AAGCATTTGATGCGCAAGAAGCTCCCACCGTGCACCACCATCAGTCCTTCAGATACAGAC
GATATGGTGGAGTCTGATAATGAGCTGACCTCCTCTGCCACTGTGTGAACACGGGAACTA
CATTGGACTTTGAGTTGTTACCACCTTCCATCCACTGTTGATGTTCCATTTTCTTGCTTC
AACTTGCTGTTTATATGATCGTAGTAGAGGTTTCCGTTTTGCATATATTCATATACAAGG
AAGCGGTGTTTGCCATCTGCACAGTAGCCAATCAAAGATACCAGATTTGGATGGTCGAGT
CTACTCAATATATCCACCTCCACACGAAATTCTCTTTCTCCGTCAGCCTTCTTGAACGGA
GGCAAATCCATCTTCTTGATCGCAACAACCTTCAGATAGCAAAAAGGATCAAAGATAATA
CATATGTTCGTTTTTCATCTTTAACAACATGTAACACTATAAAGCCTGTAAATCACACAT
TAAAATGAAGCGAGTATAGTTCATACC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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TTTTTCTCTCTCCACTTCCGAACACATCGGGTCTCAGAAAACCATTGATGCAGACCTCGA
TCTTTCTCCACTAGCTACTGATCTACACCCTTACACAAAACCGTACATACACATACATAC
TCTGTAAAAATCTTATGGCCGCCGTTTCCTCTAACCCTCGCACCGTCGAAGAGATCTTCA
AGGATTACACCGCTCGTCGCTCCGCTCTTCTCCGTGCTCTTACTAAAGATGTTGATGATT
TCTACTCTCAATGCGATCCGGAGAAGGAGAATTTGTGTTTGTATGGACATCCGAATGAGT
CATGGGAAGTGAATCTACCAGCGGAGGAAGTTCCTCCTGAGCTTCCTGAGCCTGCTCTTG
GTATCAATTTCGCTAGAGATGGTATGCAGAGGAAAGATTGGCTCTCGCTTGTTGCTGTCC
ATAGTGATTGTTGGTTGCTCTCTGTTTCTTTCTACTTTGGTGCTCGCCTTAACCGCAACG
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GTAGGAAACCCATCAAAGACAACAAGCCAAGCTCGGATTCCGGAAGCAAATCCAGAAACG
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GCTACGAGGATGAGGATGAAGAAGAAGACGAGCATGGAGACACTCTCTGTGGTATCTGTG
GAGGCAATTATACACAAGATGAGTTCTGGATTTGCTGTGATGTTTGTGAACGTTGGTACC
ACGGGAAATGCGTGAAGATCACTCCCGCCAAAGCAGAGAGCATCAAGCAGTATAAATGCC
CACCTTGCTGTGCAAAGAAAGGAAGACAGTGATCATGACCATCATCTCCATATCTCCCCC
AGAGACTCTGGTTCTTATGTCTTAATCGATATATTAATCAACCTTTTTCTTGTTTCTTTT
AGCCTTTTAATTTCAAAGCATACAAAAACTCTCTCTTTAGATTGCCAGAAGGGATTCCAA
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TTCTGTCAATTGTGTCATGGGATTTGTATATGTAGTCAAATTTTAGACATTGCACTCTAT
GTTTAATGTTCATTGATTAACTGTCTCCTTGACAAACC


BQ
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AF RR1FH17TF U 1
AF RR1FH17JQ C 313
BS 1 728 RR1FH17TF
BS 729 729 RR1FH17JQ
BS 730 747 RR1FH17TF
BS 748 1178 RR1FH17JQ

RD RR1FH17TF 747 0 0
TTTTTCTCTCTCCACTTCCGAACACATCGGGTCTCAGAAAACCATTGATGCAGACCTCGA
TCTTTCTCCACTAGCTACTGATCTACACCCTTACACAAAACCGTACATACACATACATAC
TCTGTAAAAATCTTATGGCCGCCGTTTCCTCTAACCCTCGCACCGTCGAAGAGATCTTCA
AGGATTACACCGCTCGTCGCTCCGCTCTTCTCCGTGCTCTTACTAAAGATGTTGATGATT
TCTACTCTCAATGCGATCCGGAGAAGGAGAATTTGTGTTTGTATGGACATCCGAATGAGT
CATGGGAAGTGAATCTACCAGCGGAGGAAGTTCCTCCTGAGCTTCCTGAGCCTGCTCTTG
GTATCAATTTCGCTAGAGATGGTATGCAGAGGAAAGATTGGCTCTCGCTTGTTGCTGTCC
ATAGTGATTGTTGGTTGCTCTCTGTTTCTTTCTACTTTGGTGCTCGCCTTAACCGCAACG
AGAGGAAGCGGCTATTCAGTCTGATCAACGATCTCCCAACTCTCTTTGATGTAGTGACTG
GTAGGAAACCCATCAAAGACAACAAGCCAAGCTCGGATTCCGGAAGCAAATCCAGAAACG
GCACTAAGAGATCAATAGAAGGGCAGACAAAGAGTCCAACACCAAGACTGATGGAAGAGA
GCTACGAGGATGAGGATGAAGAAGAAGACGAGCATGGAGACACTCTCTGTGGTATCTGTG
GAGGCAAT*ATACACAAGATGAGTTCT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1FH17JQ 866 0 0
ATCTACCAGCGGAGGAAGT*CCTC*TGAGCTTC*TGAGC*TGCTCTTGGTATCAATTTCG
CTAGAGATGGTATGCAGAGGAAAGATTGGCTCTCGCTTGTTGCTGTCCATAGTGATTGTT
GGTTGCTCTCTGTTTCTTTCTACTTTGGTGCTCGCCTTAACCGCAACGAGAGGAAGCGGC
TATTCAGTCTGATCAACGATCTCCCAACTCTCTTTGATGTAGTGACTGGTAGGAAACCCA
TCAAAGACAACAAGCCAAGCTCGGATTCCGGAAGCAAATCCAGAAACGGCACTAAGAGAT
CAATAGAAGGGCAGACAAAGAGTCCAACACCAAGACTGATGGAAGAGAGCTACGAGGATG
AGGATGAAGAAGAAGACGAGCATGGAGACACTCTCTGTGGTATCTGTGGAGGCAATTATA
CACAAGATGAGTTCTGGATTTGCTGTGATGTTTGTGAACGTTGGTACCACGGGAAATGCG
TGAAGATCACTCCCGCCAAAGCAGAGAGCATCAAGCAGTATAAATGCCCACCTTGCTGTG
CAAAGAAAGGAAGACAGTGATCATGACCATCATCTCCATATCTCCCCCAGAGACTCTGGT
TCTTATGTCTTAATCGATATATTAATCAACCTTTTTCTTGTTTCTTTTAGCCTTTTAATT
TCAAAGCATACAAAAACTCTCTCTTTAGATTGCCAGAAGGGATTCCAAGAAGTTAAGAGA
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TGTCATGGGATTTGTATATGTAGTCAAATTTTAGACATTGCACTCTATGTTTAATGTTCA
TTGATTAACTGTCTCCTTGACAAACC

QA 1 866 1 866
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5376Contig1 412 2 1 U
GCACATCCACATTTTAAACTTATCTCGCATACTCTCTCTCTCTACTTTCATAACCAACAA
GTAATCATGTATTTAGTCGCACACTTGGTCATTAAGAGCTTTGACGGTGATTCTGCAGTG
TATGTTGAAGATGTGGCGGATTCGTCTCGAGCGGCGAATAATAAAAATGGTGGTGATGAC
GATGATGGTGGCTACGATTATGCTCCTGCTGCATAATTTGCTTCCTATTAGTATAAAATG
TAAATTAGGAGGGGAAAGGGTGGTACTTATATACCTAGCTAGGCCATGTAGGTACAAGAT
AGTGTGGCGAGTCTTCTTAATTAGATAAAACATGGCTTCTCATAATGTAGAAGGGCATCT
CTTTGTTAATCAGAATCACTTTGTATTTCTTAATTTAATGTTACGGTTGACC


BQ
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AF RR1AL60JQ C 1
AF RR1AL60TF U 1
BS 1 412 RR1AL60TF

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QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1AL60TF 412 0 0
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GTAATCATGTATTTAGTCGCACACTTGGTCATTAAGAGCTTTGACGGTGATTCTGCAGTG
TATGTTGAAGATGTGGCGGATTCGTCTCGAGCGGCGAATAATAAAAATGGTGGTGATGAC
GATGATGGTGGCTACGATTATGCTCCTGCTGCATAATTTGCTTCCTATTAGTATAAAATG
TAAATTAGGAGGGGAAAGGGTGGTACTTATATACCTAGCTAGGCCATGTAGGTACAAGAT
AGTGTGGCGAGTCTTCTTAATTAGATAAAACATGGCTTCTCATAATGTAGAAGGGCATCT
CTTTGTTAATCAGAATCACTTTGTATTTCTTAATTTAATGTTACGGTTGACC

QA 1 412 1 412
DS 



AS 1 2

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TCGCCGTTGGCTTTATCCTCTTAGGTGAACTAACTAAGATTCAGGTTTCCCGTTTCGTCC
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CTTACAAGGATCCTGACGATGGAAGGCAACGATTCTTACTTGAACTTGAATTCATTCAGT
GTCTCGCCAATCCTACTTACATCCACTACCTGGCGCAGAATCGGTATTTTGAAGATGAAG
CATTTATTGAGTACCTCAAGTATCTTCAATACTGGCAGCGACCTGAGTACATCAAGTTCA
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CCATGGCCCCTCCAGCGAACAAGGAATTGGCACATAGGCAACAGTTTTACTATTGGAAGA
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CACAACCGCCACCTGCGCCTTCATCTTCTCTTCCTCCTGCCCCATCTGCACCTGCTGCTC
CCTCTCCAGCTATTTCTCCTATGCAGTACAATAATATGCTTCCTAAGAACGAGTCGGGTC
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TTATAAGATCTATGT


BQ
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BS 688 975 RR1AF39JQ

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GGAATATGGTTTCTGCTGGAATTGATC

QA 1 687 1 687
DS 

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QA 1 704 1 704
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1FO18JQ U 1
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DS 



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BQ
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AAA
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TCTTAAAGATGAAGAT

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DS 

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TTTTCTTCTTTAAGCTAATGTGAATAGGCTAACTATACATACCAAAAAGGAAGACAAAGA
TCATCCCAATAGGCCAGAAAAAAACAGAATCAAAAACAGATTTGATTGTTTACAGGTTTC
ATTTCTAACACCATTGAAGAGCATTCCTTTTTCTAAATTTTCTAAATCTTTGGTTCTTCC
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AAAATGACCTCTCCCGATCTCTCCTACTGACTCCCATCCCACTCTGAAACTGCATAACTT
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TTAATAGATTGATAGAATCC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTTCTTCTAATGGATAAGATGAGGCTACAAGAAGTGTATGTAATAAAAGACAGTTAAAAA
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TATTTTGTGCTTTAATTTCACTTTGCTTTGGTTTGGTTTCTCATGTGGTTGTTCCGGTTT
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ATATTATATATTATTATTAAGCCGTTTCTTAT


BQ
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AF RR1FN69TF U 1
AF RR1FN69JQ C 540
BS 1 704 RR1FN69TF
BS 705 705 RR1FN69JQ
BS 706 716 RR1FN69TF
BS 717 1352 RR1FN69JQ

RD RR1FN69TF 721 0 0
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GATCTCCCTTCTTCTTATCTACTTCAATATTTTTTTTTTGTTCTAAAACATAAAAAAGCT
CTGATCTTTGCTCTGGTTCCTCTGTTTCCTCTGTTCCGAAAACCCTAAAAGTCGATTACT
TTTGGAGGGAGGGAAGATATAATGGATTCCGGCGACCCGACAACTTTGCTTTTAACGAAA
ATAAGGATCTTGGAGCCAGATTACGCTCCGAAGATCATAGGGTATCTTCTGTTACAAGAC
TTTAGTGAGAAAGACTTGATGCGTCTCGCTCTTGGACCTGAATCAGTTCTTCAGTCCATT
ATCTCCAAAGTGAAGAGTCAGTTGGGTCTTTTCTTGTTGTCTTCTCCTTCTACTCCGACG
TCTCCTTCTCCGTTTAACCCCATCCCTCGACCACCCATTAACGGCATAGGAGGAGGAGGA
AGCCCTCTCGCTAATGGGTTTATGGATTTCAGAAGAAACTCTCCGTCTTCTTCTCCTTCT
TCGACCTCTCCGTGGTCGTCAGTCAACAGTGCGGGGCTTACTAATGGGAGCAGCATCTTG
AAGCCTTCCTTGAGCTCTCACCAACAGAGCAACAACGGAGACTCTGGTGCTGAGTCTGAT
TTGCTGGAGGATCAACTCAAAGAGTATTATTAGCAGCAACAACA*CTACTCAAACG
TGCAA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1FN69JQ 813 0 0
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GAAGCTTTCCTTGAGCTCTCACCAACAGAGCAACAACGGAGACTCTGGTGCTGAGTCTGA
TTTGCTGGAGGATCAACTCAAAGAGTATTATTAGCAGCAACAACAACTACTCAAACGGTG
CAAAAGAAGGGACCAACGAGAGTGAAACCGACACTGGAAGCCCTATAGAGCTTGTTCTTC
CTAGTAATCTCTTCCCTTGCGCAACAGCTGCTACTGATGATTCTGCTGAACATAATAATA
ATGCAAATGCTGGAGTCTCCGTCTCCTCTTCTACTAATGGAATTGATCCACCAGCTACTA
CTACTACCGGTAACCTCTTTCAGTAGTAGGCTATTTTCACCTCATAAATGCCAGAGGTCT
TTTTCTTCTAATGGATAAGATGAGGCTACAAGAAGTGTATGTAATAAAAGACAGTTAAAA
AAGCATACACAAGGAAGTAGGATGATGTATATGTAAGTTATATATATAATATATAAATGG
AGAACAGAAAGAAGTAGGAACGCATGAAGATCGCAAGTTTCATCAGGATGATACTATACT
ACTAACAAGCGAGGTTGCGTAAGACATACTTAAAAAAGGACAAATCTATATGGATCATTT
TTATTTTGTGCTTTAATTTCACTTTGCTTTGGTTTGGTTTCTCATGTGGTTGTTCCGGTT
TGTGTCACCACATGAGTCTCTGATTGTATCAAAGAAGAATAGAATGTTCTGCTACCTTAT
AATATTATATATTATTATTAAGCCGTTTCTTAT

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL5383Contig1 1094 2 4 U
GATTAATCCCCGGCCTCTGTCTCGGCGCGCTATGCGACCTCAGTCTCCCCCTAAAAGAAG
TTGTATCTGCCATAAAGTTCGAATGAAACTCTCCCGACAAGAAACACAACTGGTGAGCAT
CCACATCAGCCTCAGCTTCAGCTTCTACTCCTCCGCCAGAGCAGCACACGCTTCTTGCCG
GAGACCCTCCGGCGTAACGAGGTGTGCTTTGCGCCGTCGGGAATTTACTGCTGCAGTCCT
CCCATTCCGGTTTAGGCATTGATAAACGCGGTGGGACACGGCCAGAGAGCGGTGAAGAGA
GCGTGCGTCTAAACGGGTTGTCTAGAAAATCTGAACCTGATAAAACGGGTACTCGGATTC
TATAGTGTCCGGGTCGGATCCCTGTATCTACCTCTACTATTTTAGCTGTCTCTTCGCCGT
TGTTTCGGTTTTCTAGAGACCCAGAGAATCTTTCCTGTAAAATATTCCAAGATTTTTTTA
TAAAGAAGTAAAAAAAGTTTTCATCTTACTATACGTATATGATAATATATAATTAAAAAG
TTTCAATCTGTTACACAAAAGGTTTTCTTTTAAAAGCTTGAAAAAGCTTTGATCCAAAAA
AAAAGTTTGAGAAAGCTTACATAAAGGTTTTTTTTTTACATAAAGGTTACTGAATTATTT
CTGTGACAACTAAAAAGTTATGTAAGCGTGCAGTTGAGAATTTTACATGGTCATACAAAA
AGTTTTACTAATCTTTTCTTAAAAAATATACTTTATTTTGATGTATCAAATTATTCATCT
CTAAATCGGATACTTAACCGACTTCATAGCTGAGTTTGATATGCATAAAATAAAACACGT
CACGGTCAAACCGAAAAAGTAAGTATGTACCGTGGACTTTCTTGCCGGAGCACTGTTTCC
GATACGGCGGAGAGCTCTCTGAAACTTAACAGTGGCCTGAGCTCTAACAAGAGCCTCCAT
ACTCCGGAGAGTCGCCGCCGCTTGCTTCCGTACCAAAAAACCTCTCACTAACGCTTGTAT
CTTCACCACTCCTTTCAATGCTCTCAACGCTTTTCTCGCCTTCAACATTAAAACATCATG
CATCAAAATTCAGC


BQ
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AF RR1FE08TF U 1
AF RR1FE08JQ C 428
BS 1 720 RR1FE08TF
BS 721 721 RR1FE08JQ
BS 722 734 RR1FE08TF
BS 735 1094 RR1FE08JQ

RD RR1FE08TF 734 0 0
GATTAATCCCCGGCCTCTGTCTCGGCGCGCTATGCGACCTCAGTCTCCCCCTAAAAGAAG
TTGTATCTGCCATAAAGTTCGAATGAAACTCTCCCGACAAGAAACACAACTGGTGAGCAT
CCACATCAGCCTCAGCTTCAGCTTCTACTCCTCCGCCAGAGCAGCACACGCTTCTTGCCG
GAGACCCTCCGGCGTAACGAGGTGTGCTTTGCGCCGTCGGGAATTTACTGCTGCAGTCCT
CCCATTCCGGTTTAGGCATTGATAAACGCGGTGGGACACGGCCAGAGAGCGGTGAAGAGA
GCGTGCGTCTAAACGGGTTGTCTAGAAAATCTGAACCTGATAAAACGGGTACTCGGATTC
TATAGTGTCCGGGTCGGATCCCTGTATCTACCTCTACTATTTTAGCTGTCTCTTCGCCGT
TGTTTCGGTTTTCTAGAGACCCAGAGAATCTTTCCTGTAAAATATTCCAAGATTTTTTTA
TAAAGAAGTAAAAAAAGTTTTCATCTTACTATACGTATATGATAATATATAATTAAAAAG
TTTCAATCTGTTACACAAAAGGTTTTCTTTTAAAAGCTTGAAAAAGCTTTGATCCAAAAA
AAAAGTTTGAGAAAGCTTACATAAAGGTTTTTTTTTTACATAAAGGTTACTGAATTATTT
CTGTGACAACTAAAAAGTTATGTAAGCGTGCAGTTGAGAATTTTACATGGTCATACAAAA
*GTTTTACTAATCT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1FE08JQ 667 0 0
GTTTTCTAGAGACCCAGAGAATCTTTCCTGTAAAATATTCCAAGATTTTTTTATAAAGAA
GTAAAAAAAGTTTTCATCTTACTATACGTATATGATAATATATAATTAAAAAGTTTCAAT
CTGTTACACAAAAGGTTTTCTTTTAAAAGCTTGAAAAAGCTTTGATCCAAAAAAAAAGTT
TGAGAAAGCTTACATAAAGGTTTTTTTTTTACATAAAGGTTACTGAATTATTTCTGTGAC
AACTAAAAAGTTATGTAAGCGTGCAGTTGAGAATTTTACATGGTCATACAAAAAGTTTTA
CTAATCTTTTCTTAAAAAATATACTTTATTTTGATGTATCAAATTATTCATCTCTAAATC
GGATACTTAACCGACTTCATAGCTGAGTTTGATATGCATAAAATAAAACACGTCACGGTC
AAACCGAAAAAGTAAGTATGTACCGTGGACTTTCTTGCCGGAGCACTGTTTCCGATACGG
CGGAGAGCTCTCTGAAACTTAACAGTGGCCTGAGCTCTAACAAGAGCCTCCATACTCCGG
AGAGTCGCCGCCGCTTGCTTCCGTACCAAAAAACCTCTCACTAACGCTTGTATCTTCACC
ACTCCTTTCAATGCTCTCAACGCTTTTCTCGCCTTCAACATTAAAACATCATGCATCAAA
ATTCAGC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL5384Contig1 1315 2 10 U
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TTCGTTTTAACCTTCGAAACCACGGCAGATGCAGATTCCTCGTTTTCCTTTAACGGGTTC
GCGAAATCTCCTTCCTTTGACAACAACATTGCTCTGTTTCGAGACTCGAAGCTCGTCGTC
AACGGCGGCGGCGGTTCGTCGATTCAGCTGACCGGCTCAGTCATTCGTAGCGAAGGGCGG
GTCCTTTACAAGAAACCCATCAAACTATTCCAAGGTAACGACGGAAGAAACTTTTCAGGA
TCGTTCTCCACTAGCTTCTCCTTCTCCATGATGTCCTCCTCGTCCTCCAGAGAGATCGGT
AGCGTCCTGTCTTTTGTAATGGTTCCATCCGGTTTGGATCTTAGCCTGTTTGCTAGAAAG
GACAACAACACTTCCTCCTCTGGTCTAGGTTTCTTGTCGCGGAACGAGATCGTTGCTGTC
GAGTTTGGTATCTCCAAGAGAGGAAACCGGTGTTGGGGTCTTAGTCGGTCGACCCCAATC
CGCTAGAATTAGGAACTTATCATCTTTTGGTGGCGGTTTCGATGAAGTGAGTTGCTGGAT
TGATTACGAGGCGAGCTCTAAGAGAATAAAGGTTCGTCTGAGTGTATCAGATGCCTTGAA
GCCGGTGGATCCGTTTATCTCTTACTCGGTAGACTTGGGTAAGATATGGAGAGACGAGGA
GTTCATGGTGGGTTTGACATCTGCGAATGGAAACTCTTCCAAGCCACATTATCTACGTTC
ATGGAGCTTTAAGCTTAGGCATCCTCCGATGAGGACTCACTCGCAGCCCCTTGATCCAAA
CGCAGTTGTTTCCAAGACTGTTAAGGATGAGGAGAGGAAGACAGTGGAAGTGAAGGGGAA
GGGGAAGAGCAAGTGTGTTTGGAGAATGTTCAGTGCATTGGTTCTAGGTGGTGTTTGTGG
AACTTTAGGTGCCATGTTTGCGTTATATCTTTGGACAATATGGGGTAATAGGCGGTCCAT
GGCAGTGGTTCCTGAGGAATGTACTAATGAAAAATTAGATATCGTTGTGATGAAAGACGC
ATCTGTTGTTGATGAAGAAGCCAAGAATTAGTTTGGTGTTTTCTTAGAATGTTGTGTTTG
TCTTTGTGTTTTTGTAATATGTACATTCTTGTGTCCTTCTTCCTCTTGTTCTTCTGTTGT
TTTGTTTTGTTTTTTTATTAGTTGCAGGTTTGGTGAGATGAGCTTTCACATGTAGAAGAA
TATTACAATATGTATTAGTTAAGATCTTGAAATCTTGATCAATTCAATTCAATAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CR05TF U 1
AF RR1CR05JQ C 555
BS 1 631 RR1CR05TF
BS 632 632 RR1CR05JQ
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RD RR1CR05TF 748 0 0
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TTCGTTTTAACCTTCGAAACCACGGCAGATGCAGATTCCTCGTTTTCCTTTAACGGGTTC
GCGAAATCTCCTTCCTTTGACAACAACATTGCTCTGTTTCGAGACTCGAAGCTCGTCGTC
AACGGCGGCGGCGGTTCGTCGATTCAGCTGACCGGCTCAGTCATTCGTAGCGAAGGGCGG
GTCCTTTACAAGAAACCCATCAAACTATTCCAAGGTAACGACGGAAGAAACTTTTCAGGA
TCGTTCTCCACTAGCTTCTCCTTCTCCATGATGTCCTCCTCGTCCTCCAGAGAGATCGGT
AGCGTCCTGTCTTTTGTAATGGTTCCATCCGGTTTGGATCTTAGCCTGTTTGCTAGAAAG
GACAACAACACTTCCTCCTCTGGTCTAGGTTTCTTGTCGCGGAACGAGATCGTTGCTGTC
GAGTTTGGTATCTCCAAGAGAGGAAACCGGTGTTGGGGTCTTAGTCGGTCGACCCCAATC
CGCTAGAATTAGGAACTTATCATCTTTTGGTGGCGGTTTCGATGAAGTGAGTTGCTGGAT
TGATTACGAGGCGAGCTCTAAGAGAATAAAG*TTCGTCTGAGTGTATCAGATGCCTTGAA
GCCG*TGGATCCGTTTATCTCTTACTCG*TAGACTTGGGTAAGATATGGAGAGACGAG*A
GTTCATGGTGGGTTTGACATCTGCGAAT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1CR05JQ 761 0 0
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TGACATCTGCGAATGGAAACTCTTCCAAGCCACATTATCTACGTTCATGGAGCTTTAAGC
TTAGGCATCCTCCGATGAGGACTCACTCGCAGCCCCTTGATCCAAACGCAGTTGTTTCCA
AGACTGTTAAGGATGAGGAGAGGAAGACAGTGGAAGTGAAGGGGAAGGGGAAGAGCAAGT
GTGTTTGGAGAATGTTCAGTGCATTGGTTCTAGGTGGTGTTTGTGGAACTTTAGGTGCCA
TGTTTGCGTTATATCTTTGGACAATATGGGGTAATAGGCGGTCCATGGCAGTGGTTCCTG
AGGAATGTACTAATGAAAAATTAGATATCGTTGTGATGAAAGACGCATCTGTTGTTGATG
AAGAAGCCAAGAATTAGTTTGGTGTTTTCTTAGAATGTTGTGTTTGTCTTTGTGTTTTTG
TAATATGTACATTCTTGTGTCCTTCTTCCTCTTGTTCTTCTGTTGTTTTGTTTTGTTTTT
TTATTAGTTGCAGGTTTGGTGAGATGAGCTTTCACATGTAGAAGAATATTACAATATGTA
TTAGTTAAGATCTTGAAATCTTGATCAATTCAATTCAATAC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL5385Contig1 410 2 1 U
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AACCTGGCCCCTTGGGGATCATAGAACACAAGTTCACTGCTCAAGAGATTCGCGAGGCCA
AAGCTACAGTGTGTAGAGCTGTCGAGAATTGGCGTGGACATTCTAAGCTTGATCATGCTA
ATGGCGTTTTGAATGATCTCATCTCCAAGTGAAGAAACTGAGAGTGTTTGTTTCCTTTGT
TTTCATGGCTGATGGCATAAAAGCCTTTCCTTTTTCTTGAACAGTCCTTCAATGAAAAAG
CAAATGTTTCTCTTTTTAATTATGAATAAGCATTGCTGATACGTTTTCTC


BQ
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AF RR1C913JQ C 1
AF RR1C913TF U 1
BS 1 410 RR1C913TF

RD RR1C913JQ 410 0 0
CTCCTCAATTTCCTCTCCTACCGGCGACGATGTCTATCAACAGAATCGCCAGAGCTTTAC
CCTTCTCGGGCCTCTTCAGGCAACTTGAGAAAGAAGCTGAAACAGTGATCAACGTTCTGC
AACCTGGCCCCTTGGGGATCATAGAACACAAGTTCACTGCTCAAGAGATTCGCGAGGCCA
AAGCTACAGTGTGTAGAGCTGTCGAGAATTGGCGTGGACATTCTAAGCTTGATCATGCTA
ATGGCGTTTTGAATGATCTCATCTCCAAGTGAAGAAACTGAGAGTGTTTGTTTCCTTTGT
TTTCATGGCTGATGGCATAAAAGCCTTTCCTTTTTCTTGAACAGTCCTTCAATGAAAAAG
CAAATGTTTCTCTTTTTAATTATGAATAAGCATTGCTGATACGTTTTCTC

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR1C913TF 410 0 0
CTCCTCAATTTCCTCTCCTACCGGCGACGATGTCTATCAACAGAATCGCCAGAGCTTTAC
CCTTCTCGGGCCTCTTCAGGCAACTTGAGAAAGAAGCTGAAACAGTGATCAACGTTCTGC
AACCTGGCCCCTTGGGGATCATAGAACACAAGTTCACTGCTCAAGAGATTCGCGAGGCCA
AAGCTACAGTGTGTAGAGCTGTCGAGAATTGGCGTGGACATTCTAAGCTTGATCATGCTA
ATGGCGTTTTGAATGATCTCATCTCCAAGTGAAGAAACTGAGAGTGTTTGTTTCCTTTGT
TTTCATGGCTGATGGCATAAAAGCCTTTCCTTTTTCTTGAACAGTCCTTCAATGAAAAAG
CAAATGTTTCTCTTTTTAATTATGAATAAGCATTGCTGATACGTTTTCTC

QA 1 410 1 410
DS 



AS 1 2

CO CL5386Contig1 991 2 2 U
TATTTTCATCCTCTTCCAATCTGTTGAGATCTTCATGGTATCAGAGCTCAGCTAGTAGAT
CCATGGCAGACTCTCAAGAATCTCTTGTTTCTCTTAGTATCTCTCATTGTGTTACCTTAA
AGCTCTCTTCTTCAAACTATCTTCTATGGAAAACTCAGTTTGAGTCTTTGCTTCACTGGG
TCTAATACTAACCACACCCTCCGTTTCCGTAGGCGTTTTATATATAAGATTTTCTTGTCG
GGCACCAGCCTCTTGCAGTATAAACGGGGGTCTGTTGTAGCAAGGGCACAGGTACAATTG
TGGAGAATGGCTCGGATGATGGTAATGAACATGGAGACGCAGAGGCTGCTGATGTAAGGG
ACACAAATGGTGGTGCCATTATAAGGTCCCACGGATCATCCAAACACGTTTCCATGGCAA
TCAAACAAGGCAAAAAAGAGATAAATCAAGACCCCATGACAGTCTGGGAGAACTTTGGTG
GGGAGGAAGATATGATCTTCTGCGGTGTATTTGACGGTCACGGCCCCATGGGTCACAAGA
TCTCTCGTCACATATGTGACAATCTACCTTCAAGGGTCTATATCTATGTCAGTAGAGAAG
ATGAGTTTGTGGTTCTAGCCACCGATGGGATTTGGGATGTTTTGTCAAACGAATGGTGAA
GATTGTGGCTTCCTGCAAGGACAGGTCAGTGGCGGCAGAGACGTTGGTTCAGAGAGCAGC
TCGGACATGGAGAACGAAGTTTCCATTCAGTAACATGTGGACCACAAGAACATTGCATGT
AGCGAAGTTAAGAAGCGTCAAATAAATTGATACAAGACACATATCCATGTACAATCGAAA
TTTAGTTGCGACTTTCTGGTTAATGTACCTTGTCGAATTTGGCAGTTTTTGATTGGGTGG
TGGACTTGGCTCTGGGGTCGGCGTCATCATCCTCCTATCTCAATCTTGTACCAATAATAG
TATAATAATACAAATAAGTAAATATTAGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GM81TF U 1
AF RR1GM81JQ C 225
BS 1 638 RR1GM81TF
BS 639 991 RR1GM81JQ

RD RR1GM81TF 638 0 0
TATTTTCATCCTCTTCCAATCTGTTGAGATCTTCATGGTATCAGAGCTCAGCTAGTAGAT
CCATGGCAGACTCTCAAGAATCTCTTGTTTCTCTTAGTATCTCTCATTGTGTTACCTTAA
AGCTCTCTTCTTCAAACTATCTTCTATGGAAAACTCAGTTTGAGTCTTTGCTTCACTGGG
TCTAATACTAACCACACCCTCCGTTTCCGTAGGCGTTTTATATATAAGATTTTCTTGTCG
GGCACCAGCCTCTTGCAGTATAAACGGGGGTCTGTTGTAGCAAGGGCACAGGTACAATTG
TGGAGAATGGCTCGGATGATGGTAATGAACATGGAGACGCAGAGGCTGCTGATGTAAGGG
ACACAAATGGTGGTGCCATTATAAGGTCCCACGGATCATCCAAACACGTTTCCATGGCAA
TCAAACAAGGCAAAAAAGAGATAAATCAAGACCCCATGACAGTCTGGGAGAACTTTGGTG
GGGAGGAAGATATGATCTTCTGCGGTGTATTTGACGGTCACGGCCCCATGGGTCACAAGA
TCTCTCGTCACATATGTGACAATCTACCTTCAAGGGTCTATATCTATGTCAGTAGAGAAG
ATGAGTTTGTGGTTCTAGCCACCGATGGGATTTGGGAT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1GM81JQ 767 0 0
TAAGATTTTCTTGTCGGGCACCAGCCTCTTGCAGTATAAACGGGGGTCTGTTGTAGCAAG
GGCACAGGTACAATTGTGGAGAATGGCTCGGATGATGGTAATGAACATGGAGACGCAGAG
GCTGCTGATGTAAGGGACACAAATGGTGGTGCCATTATAAGGTCCCACGGATCATCCAAA
CACGTTTCCATGGCAATCAAACAAGGCAAAAAAGAGATAAATCAAGACCCCATGACAGTC
TGGGAGAACTTTGGTGGGGAGGAAGATATGATCTTCTGCGGTGTATTTGACGGTCACGGC
CCCATGGGTCACAAGATCTCTCGTCACATATGTGACAATCTACCTTCAAGGGTCTATATT
TATGTCAGTAGAGAAGATGAGTTTGTGGTTCTAGCCACCGATGGGATTTGGGATGTTTTG
TCAAACGAATGGTGAAGATTGTGGCTTCCTGCAAGGACAGGTCAGTGGCGGCAGAGACGT
TGGTTCAGAGAGCAGCTCGGACATGGAGAACGAAGTTTCCATTCAGTAACATGTGGACCA
CAAGAACATTGCATGTAGCGAAGTTAAGAAGCGTCAAATAAATTGATACAAGACACATAT
CCATGTACAATCGAAATTTAGTTGCGACTTTCTGGTTAATGTACCTTGTCGAATTTGGCA
GTTTTTGATTGGGTGGTGGACTTGGCTCTGGGGTCGGCGTCATCATCCTCCTATCTCAAT
CTTGTACCAATAATAGTATAATAATACAAATAAGTAAATATTAGTAT

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL5387Contig1 409 2 1 U
GGGAGATCACGCACTAGTTTCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAACAGCAGAGAAAACT
AATCAGCCATGGGGAAAGTACACGGATCTTTGGCTCGTGCCGGTAAAGTAAGAGGACAGA
CACCAAAGGTTGCTAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCCAGAGGCCGTGCTCACAAGCGTC
TCCAGCACAACCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCA
ACTCTTCTGAGAAGTAGAAGATCGATAGATATGCCTGTGAAAGGCGTCTCATATGGCTAG
TTTTTGTAACCTTTTGATATTTCCTTTTCGTTTGTATTGTTCATGTTTCTTTGGTACTTA
AAAACTTTATATGTTTTGATTCCAATCTATGAAATACGCGATTTTAGTT


BQ
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AF RR1FE42JQ C 1
AF RR1FE42TF U 1
BS 1 409 RR1FE42TF

RD RR1FE42JQ 409 0 0
GGGAGATCACGCACTAGTTTCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAACAGCAGAGAAAACT
AATCAGCCATGGGGAAAGTACACGGATCTTTGGCTCGTGCCGGTAAAGTAAGAGGACAGA
CACCAAAGGTTGCTAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCCAGAGGCCGTGCTCACAAGCGTC
TCCAGCACAACCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCA
ACTCTTCTGAGAAGTAGAAGATCGATAGATATGCCTGTGAAAGGCGTCTCATATGGCTAG
TTTTTGTAACCTTTTGATATTTCCTTTTCGTTTGTATTGTTCATGTTTCTTTGGTACTTA
AAAACTTTATATGTTTTGATTCCAATCTATGAAATACGCGATTTTAGTT

QA 1 409 1 409
DS 

RD RR1FE42TF 409 0 0
GGGAGATCACGCACTAGTTTCAGCTTATTGCAGCCGTCGGAAGAAACAGCAGAGAAAACT
AATCAGCCATGGGGAAAGTACACGGATCTTTGGCTCGTGCCGGTAAAGTAAGAGGACAGA
CACCAAAGGTTGCTAAACAAGATAAGAAGAAGAAACCCAGAGGCCGTGCTCACAAGCGTC
TCCAGCACAACCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCA
ACTCTTCTGAGAAGTAGAAGATCGATAGATATGCCTGTGAAAGGCGTCTCATATGGCTAG
TTTTTGTAACCTTTTGATATTTCCTTTTCGTTTGTATTGTTCATGTTTCTTTGGTACTTA
AAAACTTTATATGTTTTGATTCCAATCTATGAAATACGCGATTTTAGTT

QA 1 409 1 409
DS 



AS 1 2

CO CL5388Contig1 408 2 1 U
GGGATGGGACTTCTCACTACATGAAAGGATTGGTGCTCTTGCTCTGCTATATCATCATTG
CCATTTGTTTCTTCGTTGACAAACTTCCTCAGAAACAACCAAATGCTATTCACTTGGGAC
ATCAACCGATGAACAATGTTGCCGCTGCATTCGGCGAAGGTGTTTTCTCATCTTAAAAAG
AGGACAATTTCTTGATTCAGTTTCAGAAATTGGAAAACAACTTGTCAGAAAGATTCAAGG
TGTTGAGGGGGTCTTGATGAAGATAAGTTTCGAGAAAATTCTTGTTTAAGTTTTCGATTG
TCTATCTCTATGTATACTTTATATTGTCCCATCTATCAGTTATAAGTTCTCTTTTCAATG
TTAATCATTTTTCTGAGCAGTTAATAAGAAATTATGAATAATTGGGTC


BQ
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AF RR1F858JQ C 1
AF RR1F858TF U 1
BS 1 408 RR1F858TF

RD RR1F858JQ 408 0 0
GGGATGGGACTTCTCACTACATGAAAGGATTGGTGCTCTTGCTCTGCTATATCATCATTG
CCATTTGTTTCTTCGTTGACAAACTTCCTCAGAAACAACCAAATGCTATTCACTTGGGAC
ATCAACCGATGAACAATGTTGCCGCTGCATTCGGCGAAGGTGTTTTCTCATCTTAAAAAG
AGGACAATTTCTTGATTCAGTTTCAGAAATTGGAAAACAACTTGTCAGAAAGATTCAAGG
TGTTGAGGGGGTCTTGATGAAGATAAGTTTCGAGAAAATTCTTGTTTAAGTTTTCGATTG
TCTATCTCTATGTATACTTTATATTGTCCCATCTATCAGTTATAAGTTCTCTTTTCAATG
TTAATCATTTTTCTGAGCAGTTAATAAGAAATTATGAATAATTGGGTC

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR1F858TF 408 0 0
GGGATGGGACTTCTCACTACATGAAAGGATTGGTGCTCTTGCTCTGCTATATCATCATTG
CCATTTGTTTCTTCGTTGACAAACTTCCTCAGAAACAACCAAATGCTATTCACTTGGGAC
ATCAACCGATGAACAATGTTGCCGCTGCATTCGGCGAAGGTGTTTTCTCATCTTAAAAAG
AGGACAATTTCTTGATTCAGTTTCAGAAATTGGAAAACAACTTGTCAGAAAGATTCAAGG
TGTTGAGGGGGTCTTGATGAAGATAAGTTTCGAGAAAATTCTTGTTTAAGTTTTCGATTG
TCTATCTCTATGTATACTTTATATTGTCCCATCTATCAGTTATAAGTTCTCTTTTCAATG
TTAATCATTTTTCTGAGCAGTTAATAAGAAATTATGAATAATTGGGTC

QA 1 408 1 408
DS 



AS 1 2

CO CL5389Contig1 996 2 2 U
GACTACAATGTTAGACGCTTTAACGAATGAACTTGCTGTCCATCAAATGAGTGGAGTTGG
TGGAGGGATACTAAAAGATCTCTTTGAAGTTTCTGCTCATCTTCCTACTTTGAGTAGGAT
CTTCCCAAAGGACACACTTCTTTGGAAGGTGGAGTTGCTTAAGTCTGCTGTTGCATCTGC
CAATACTCACATACACGCGGTCAGAGCTGAAACAATGATACTTCTCAGTGGACGTGATCA
ATGGCTTCTGAACGAGGATGACATTAATAGGTACTCAAGCACATTGCGAAAATGCATTGT
CCGTAAGCTTAAAGACAATGGGCACTTTCTCTTTTTTGAGGAAGGTGTAGATCTGGTTTC
TATCATCAAGTGTACTTGTTTTTATCGCCGTGAGAGTTGCATCTAAATTTGGAGCTAAGA
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ATCAAAGGAACATTCCTATCCTAAAGCAATTTATGGAAGAAGCAACAAAGCAAGCTGGAA
ACTTAAGGGAAGGAGATGAGACTGAACTGGGAAAGCAGGACTGCTATCTCCCAGGACTTC
TACCTAAGATTCCTGGGCGATTCTACTTTTATTTTGGGAAGCCAATAGAAACTGCAGGCA
AGGAACAAGAGCTAAAAGACAAAGAGAAGGCTCAAGAGTTTTACTTGCAAGTCAAGTCTG
AGGTTGAACAATGCGTTGCCTATTTGAAAATGAAAAGAGAGATTGATCCATACAGACACT
TGGTGCCAAGGATGTTGTATCAGGCTTCACACGGTTCCTCTGCTGAAATTCCGACGTTTG
ATCTCTGAATTGATTCTGGCTTTGAGTATTTGCATAATTACAATATACTATAGCTATGTT
GTACGCAGACATTACTTGTTGAAAAAATAAATATAGATTTAATCATATGTAAATCTACAA
TTTTAAAGATATCTATAATTTTAAATAAAGAATCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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BS 658 996 RR1CE23JQ

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TACCTAAGATTCCTGGGCGATTCTACTTTTATTTTGGGAAGCCAATAGAAACTGCAG
C

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DS 

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TATCTATAATTTTAAATAAAGAATCTT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5391Contig1 1045 2 6 U
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CTCTCTCGAATTTATCTCTTTAATCCTCTCATTGTTCTTGATAAATCACCATATATTCTC
TCTTAATTCATACAAATTATCATGGTATCAGAGCATCAAAGCTCCTGAAACCTATTCTAA
CTTCCGCAAACTCTGTTCTTGTTCATCTTATCTCTGTTCTTAACTTTCTCTCTCATGTTC
TTGGCGATTTGAAAGAAAAATGGAGGAAAACAACAACAACAACAACAAACATCTCAACAT
ACCTGTGACCTTGAAAGGGATTAACTATCTCTTCTGGGCCAGGATGTTGAAGAGAGCCCT
TGGAGGAAAAGGTTTATGGAAGTATGCAACAACAGCATCAGCTCCAAAACAAACCGTCCA
AGGAGAAGATGGAAAGGAGATGGTGGTAGCTGATGAAGAGAAATGGGAACAAGAAGATCT
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CAGCTTCGCAGATGAGATTTCAAGCAACGAAAAAGGTTTGGTGGTGACTGAGGAAGACAT
AGATGGGGGCGGGGTGTCCGGTGGTCGGAGAAGTCAGGGAAAGATGATAGATTTTTTTGT
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GTTTAATAGTATCTTAAATTGTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E628TF U 1
AF RR1E628JQ C 326
BS 1 682 RR1E628TF
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CTCTCTCGAATTTATCTCTTTAATCCTCTCATTGTTCTTGATAAATCACCATATATTCTC
TCTTAATTCATACAAATTATCATGGTATCAGAGCATCAAAGCTCCTGAAACCTATTCTAA
CTTCCGCAAACTCTGTTCTTGTTCATCTTATCTCTGTTCTTAACTTTCTCTCTCATGTTC
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AGGAGAAGATGGAAAGGAGATGGTGGTAGCTGATGAAGAGAAATGGGAACAAGAAGATCT
CATGGTGCTCTCAGCTCTCCTTAGCTCACTTGAACCAGCCATTATGGAGTCTTACTCTTA
CTGTGAGACTACCAAGCAGTTGTGGGACACTCTTTACAAGGTGTATGGGAATGTGGAACT
TGGCGAAGCTATTAATCGTGAAGGAGACCAATACGAAGAACAGACTCGCCACAAACAGAA
TAGACATTTGATTTGGATGATA*CCTATTCA*TTTCTGGTCTCGAGTTTCTGCTTTTCAG
CAGCTTCGCAGATGAGATTTCA
GCACGA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1E628JQ 720 0 0
TATCTCTTCTGGGCCAGGATGTTGAAGAGAGCCCTTGGAGGAAAAGGTTTATGGAAGTAT
GCAACAACAGCATCAGCTCCAAAACAAACCGTCCAAGGAGAAGATGGAAAGGAGATGGTG
GTAGCTGATGAAGAGAAATGGGAACAAGAAGATCTCATGGTGCTCTCAGCTCTCCTTAGC
TCACTTGAACCAGCCATTATGGAGTCTTACTCTTACTGTGAGACTACCAAGCAGTTGTGG
GACACTCTTTACAAGGTGTATGGGAATGTGGAACTTGGCGAAGCTATTAATCGTGAAGGA
GACCAATACGAAGAACAGACTCGCCACAAACAGAATAGACATTTGATTTGGATGATAACC
TATTCAATTTCTGGTCTCGAGTTTCTGCTTTTCAGCAGCTTCGCAGATGAGATTTCAAGC
AACGAAAAAGGTTTGGTGGTGACTGAGGAAGACATAGATGGGGGCGGGGTGTCCGGTGGT
CGGAGAAGTCAGGGAAAGATGATAGATTTTTTTGTTAACATGTTCTGTTAATTAATAAAG
AGAGAAATAAGAAAAGTCAAACTAAAACGGAGAAACAAGGGAACTAGAATCATGTTCTCG
TTACACTTAGTTGAGAAAAAGTACCCTAGGAACAATAAGTGTTCTATAATGTAACAAAAA
GTCAAAAAATGACTTAGAGTGAAAATTTCTCAAAAGTTTAATAGTATCTTAAATTGTCGC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL5392Contig1 1005 2 2 U
GGGAACTCTTCTTGTGATCAAGGTCTCTCCTGAATCAGCAAGCCAGTTTGGGGAACTGGT
TGCAGATCCAGTTACTAATGAGCTGCTTCATTACACCGAGAAACCAGAAACTTTTGTCAG
TGACCGTATTAACTGCGGTGTTTATGTATTTACACCTGACATTTTTACTGCGATAAGAGA
TGTTTCCTCTCAAAGGAAAGATAGAGCAATTCTGAGACGTGTTTCCAGCTTTGAAGCTCT
TCAACCGGCAACAAGGATCCCAGCAGATTTTGTAAGACTGGATCAAGACATCCTTTCACC
TCTAGCTGGGAAGAAGCAGCTATATACTTACGAGACCATGGATTTCTGGGAGCAAATCAA
ATCTCCTGGAATGTCACTGAGGTGCTCGGAGCTCTATCTTTCCCAGTTCCGGTTGACTTC
TCCGCAAGTGCTGGCTAGTAGTGGTGATGGAACAAAGAGTGCAATAGTGATTGGTGATGT
TTACATACATCCTTCTGCAAAAATACACCCAACTGCAAAGATTGGTCCCAACGTATCGAT
CTCTGCAAATGCTCGTGTTGGGCCTGGTGTCAGGCTCATCAGCTGTATCATCCTTGACAA
CGTTGAGATCATGGAGAATGCAGTGGTGACTAACGCAATTGTTGGGTGGAAATCTTCTAT
TGGGAGATGGTCTCGTGTCCAGGCTGAAGGAGTCTACAACTCCAAACTAGGAGTTACTAT
TCTCGGAGACTCGGTTGCAGTTGAAGACGAGGTTGTGGTGACCAGCAGTATTGTTCTTCC
AAACAAGACACTCAACGTCAGTGTTCAAGACGAGATCATCTTGTAAATGAAGAAAGAAAA
CCATCCTTTAAGGATCCATACCATGTCCCTGTGATTCAATCTTCACTGGAGAATCACAAA
AGCAAGTATTTTCACATGAATCTTTTGTTTCAATTTGTACCAGATTCCATCATCTACAAC
TAAGTCACACCTACTGTAAATGCACTACATTTTGGCCCATGGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BS14TF U 1
AF RR1BS14JQ C 297
BS 1 706 RR1BS14TF
BS 707 1005 RR1BS14JQ

RD RR1BS14TF 706 0 0
GGGAACTCTTCTTGTGATCAAGGTCTCTCCTGAATCAGCAAGCCAGTTTGGGGAACTGGT
TGCAGATCCAGTTACTAATGAGCTGCTTCATTACACCGAGAAACCAGAAACTTTTGTCAG
TGACCGTATTAACTGCGGTGTTTATGTATTTACACCTGACATTTTTACTGCGATAAGAGA
TGTTTCCTCTCAAAGGAAAGATAGAGCAATTCTGAGACGTGTTTCCAGCTTTGAAGCTCT
TCAACCGGCAACAAGGATCCCAGCAGATTTTGTAAGACTGGATCAAGACATCCTTTCACC
TCTAGCTGGGAAGAAGCAGCTATATACTTACGAGACCATGGATTTCTGGGAGCAAATCAA
ATCTCCTGGAATGTCACTGAGGTGCTCGGAGCTCTATCTTTCCCAGTTCCGGTTGACTTC
TCCGCAAGTGCTGGCTAGTAGTGGTGATGGAACAAAGAGTGCAATAGTGATTGGTGATGT
TTACATACATCCTTCTGCAAAAATACACCCAACTGCAAAGATTGGTCCCAACGTATCGAT
CTCTGCAAATGCTCGTGTTGGGCCTGGTGTCAGGCTCATCAGCTGTATCATCCTTGACAA
CGTTGAGATCATGGAGAATGCAGTGGTGACTAACGCAATTGTTGGGTGGAAATCTTCTAT
TGGGAGATGGTCTCGTGTCCAGGCTGAAGGAGTCTACAACTCCAAA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1BS14JQ 709 0 0
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TCAAATCTCCTGGAATGTCACTGAGGTGCTCGGAGCTCTATCTTTCCCAGTTCCGGTTGA
CTTCTCCGCAAGTGCTGGCTAGTAGTGGTGATGGAACAAAGAGTGCAATAGTGATTGGTG
ATGTTTACATACATCCTTCTGCAAAAATACACCCAACTGCAAAGATTGGTCCCAACGTAT
CGATCTCTGCAAATGCTCGTGTTGGGCCTGGTGTCAGGCTCATCAGCTGTATCATCCTTG
ACAACGTTGAGATCATGGAGAATGCAGTGGTGACTAACGCAATTGTTGGGTGGAAATCTT
CTATTGGGAGATGGTCTCGTGTCCAGGCTGAAGGAGTCTACAACTCCAAACTAGGAGTTA
CTATTCTCGGAGACTCGGTTGCAGTTGAAGACGAGGTTGTGGTGACCAGCAGTATTGTTC
TTCCAAACAAGACACTCAACGTCAGTGTTCAAGACGAGATCATCTTGTAAATGAAGAAAG
AAAACCATCCTTTAAGGATCCATACCATGTCCCTGTGATTCAATCTTCACTGGAGAATCA
CAAAAGCAAGTATTTTCACATGAATCTTTTGTTTCAATTTGTACCAGATTCCATCATCTA
CAACTAAGTCACACCTACTGTAAATGCACTACATTTTGGCCCATGGTAT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL5393Contig1 1066 2 2 U
GCACTCAAATCACCAACAATGAACTTAAGCTTCATGAGAAAACGATTCCAGTTGACTTTT
ACGACTTCCCTCTGTTATCATTGGAGGTAACAATACATTTGCTTATCTATTTCTACTTCC
TTGTAAATCCAGCAATTCATTCTTTTTTTTTCTCACGAACGTTTTCAATCATTCATGCTT
ATTGTATTACATCTTGATTCTGGAAATTATACGCATATATGTATCTAATTTTATATGATA
TATATAATTACATATATATACGCACATAGTCATATACGATTTAGGTACTGTTTATATATA
TGATCATGTCCACGAGCTCATGTTTGTTTGGTAGGAACGCGTTAACATGTGACTATGTGT
TTCCTTTGCCAAGACTTATGTCAAGCTCTATAATTTTATATTCATATAATAAATCTAGTA
ATAATAAAGAAGAAGGTGTATTAGTTTGGTGACAAGACTCATCTTATTAATAATTTATAT
GATTCCGGACTCAGAAAAATACGAATGGCAAATTTTTTATTTTTTAAGAAGTAAAAAACA
AAAAGTTGTTTTGATTCTACTTAACAATGTTTAAAACACTGGCAATTAAGTGTGTATTGT
TCATTCAATATACGTATGATGCTTCTCACTCTTATCATATCTAATTATTCAACACGTTAC
TACAATAATTCAAACAATAGGAAAGTTTGCTACAATATTTTGATTTAAGCATTGTGTTTG
CTATGCAATGAGAACTAATAGAGCAAACTTGCTTGGACGTATTAATCTGGAGCTTATTTT
GAAATAGAGTTTTGGGTCTTATAGTCCCCTACATCTAATAAGATAGAAATGATCATTATA
CTTGGTTCCAGAAACACCTAAGAACAATCTTGCACACTATTACTATTTTCTTTATTCTTT
CTTCTTTGGCACTTGGTTGATCTTTGTATATTGGACCAAAGGAAATCAAGTCTACAATAT
CATGTACCATTGACTTCGGATCAAGCCTTCTATCATATAGGTTGTCACATACGTAACCGA
TGGTTGGTATAGGTTCTCTGCGTTGATCAGCACCAGTGGCGGAGGT


BQ
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AF RR1G033TF U 1
AF RR1G033JQ C 368
BS 1 669 RR1G033TF
BS 670 1066 RR1G033JQ

RD RR1G033TF 669 0 0
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ACGACTTCCCTCTGTTATCATTGGAGGTAACAATACATTTGCTTATCTATTTCTACTTCC
TTGTAAATCCAGCAATTCATTCTTTTTTTTTCTCACGAACGTTTTCAATCATTCATGCTT
ATTGTATTACATCTTGATTCTGGAAATTATACGCATATATGTATCTAATTTTATATGATA
TATATAATTACATATATATACGCACATAGTCATATACGATTTAGGTACTGTTTATATATA
TGATCATGTCCACGAGCTCATGTTTGTTTGGTAGGAACGCGTTAACATGTGACTATGTGT
TTCCTTTGCCAAGACTTATGTCAAGCTCTATAATTTTATATTCATATAATAAATCTAGTA
ATAATAAAGAAGAAGGTGTATTAGTTTGGTGACAAGACTCATCTTATTAATAATTTATAT
GATTCCGGACTCAGAAAAATACGAATGGCAAATTTTTTATTTTTTAAGAAGTAAAAAACA
AAAAGTTGTTTTGATTCTACTTAACAATGTTTAAAACACTGGCAATTAAGTGTGTATTGT
TCATTCAATATACGTATGATGCTTCTCACTCTTATCATATCTAATTATTCAACACGTTAC
TACAATAAT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1G033JQ 699 0 0
GCCAAGACTTATGTCAAGCTCTATAATTTTATATTCATATAATAAATCTAGTAATAATAA
AGAAGAAGGTGTATTAGTTTGGTGACAAGACTCATCTTATTAATAATTTATATGATTCCG
GACTCAGAAAAATACGAATGGCAAATTTTTTATTTTTTAAGAAGTAAAAAACAAAAAGTT
GTTTTGATTCTACTTAACAATGTTTAAAACACTGGCAATTAAGTGTGTATTGTTCATTCA
ATATACGTATGATGCTTCTCACTCTTATCATATCTAATTATTCAACACGTTACTACAATA
ATTCAAACAATAGGAAAGTTTGCTACAATATTTTGATTTAAGCATTGTGTTTGCTATGCA
ATGAGAACTAATAGAGCAAACTTGCTTGGACGTATTAATCTGGAGCTTATTTTGAAATAG
AGTTTTGGGTCTTATAGTCCCCTACATCTAATAAGATAGAAATGATCATTATACTTGGTT
CCAGAAACACCTAAGAACAATCTTGCACACTATTACTATTTTCTTTATTCTTTCTTCTTT
GGCACTTGGTTGATCTTTGTATATTGGACCAAAGGAAATCAAGTCTACAATATCATGTAC
CATTGACTTCGGATCAAGCCTTCTATCATATAGGTTGTCACATACGTAACCGATGGTTGG
TATAGGTTCTCTGCGTTGATCAGCACCAGTGGCGGAGGT

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL5394Contig1 1107 2 2 U
GTCTTTGGCGACTCACTCGTGGACAGTGGTAATAACAATTACTTAGTCACCACCGCTCGT
GCCGACTCTCCGCCGTACGGAATCGATTATCCGACTGGTCGTCCAACGGGGCGTTTCTCC
AACGGCTTGAACCTCCCTGACATCATCAGTGAGCAAATTGGATCCGAGCCAACGCTACCA
ATCCTTAGCCCTGAGCTCACTGGAGAGAATTTATTGATCGGAGCTAATTTTGCCTCTGCC
GGCATCGGAATTCTCAACGACACCGGTGTTCAGTTTTTGAACATACTAAGGATCGGTAGG
CAATTCGAGCTGTTCCAAGAGTATCAAGAGAGAGTGAGTGAGATTATAGGTTCAGACAAA
ACACAACAGCTTGTAAATGGAGCTTTTTCCTCATGACTCTTGGTGGCAACGATTTCGTCA
ACAACTACTTCTTGCCATTCTCTTCTAGAGGTCGACAGTCATCTCTCAGCGAATTTAGCC
AGCTTCTCATCTCCGAATACAGGAAAATACTCATGAGACTGTATGAGTTGGGAGCGAGGA
GGGTCATGGTTACAGGAACAGGACCGTTGGGTTGCGTACCGGCAGAGCTTGCTTCATCTA
GAAGCGCAAACGGAGAATGTGCTCCCGAGGCACAACAGGCTGCAGCCATATTTAATCCGC
TTTTGGATCAAATGCTTCAAGGACTTAACCGCGAAATCGGTTCTGATGTTTTCATTGGGG
CTAATGCGTTCAATATGAATGCAGATTTCATAAACAACCCCCAGAGATTTGGTTTCGTGA
CATCCAAGGTAGCGTGCTGCGGACAAGGGGCATACAACGGGCAAGGTGTTTGCACCCCGT
TGTCAAGCTTATGTCCAGACCGTAACGCCTATGCATTTCGGGACCCTTTCCACCCGACTG
AGAAAGCTACCCGACTCATCGTCCAACAGATCATGACTGGTTCGGTTGAGTACATGAACC
CCATGAACCTTAGCACGATCATGGCGTTAGATTCCAGAATATAATCAAGGGAAGTAATAT
TTTTCAGTATATATACTTGACACACGATGTCCAATGTGCAAGTGTAATTTAAACATATCT
ATTTGATTACTACTCAAATTATCATTA


BQ
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AF RR1D842TF U 1
AF RR1D842JQ C 465
BS 1 634 RR1D842TF
BS 635 1107 RR1D842JQ

RD RR1D842TF 634 0 0
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GCCGACTCTCCGCCGTACGGAATCGATTATCCGACTGGTCGTCCAACGGGGCGTTTCTCC
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ATCCTTAGCCCTGAGCTCACTGGAGAGAATTTATTGATCGGAGCTAATTTTGCCTCTGCC
GGCATCGGAATTCTCAACGACACCGGTGTTCAGTTTTTGAACATACTAAGGATCGGTAGG
CAATTCGAGCTGTTCCAAGAGTATCAAGAGAGAGTGAGTGAGATTATAGGTTCAGACAAA
ACACAACAGCTTGTAAATGGAGCTTTTTCCTCATGACTCTTGGTGGCAACGATTTCGTCA
ACAACTACTTCTTGCCATTCTCTTCTAGAGGTCGACAGTCATCTCTCAGCGAATTTAGCC
AGCTTCTCATCTCCGAATACAGGAAAATACTCATGAGACTGTATGAGTTGGGAGCGAGGA
GGGTCATGGTTACAGGAACAGGACCGTTGGGTTGCGTACCGGCAGAGCTTGCTTCATCTA
GAAGCGCAAACGGAGAATGTGCTCCCGAGGCACA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1D842JQ 643 0 0
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GAGTTGGGAGCGAGGAGGGTCATGGTTACAGGAACAGGACCGTTGGGTTGCGTACCGGCA
GAGCTTGCTTCATCTAGAAGCGCAAACGGAGAATGTGCTCCCGAGGCACAACAGGCTGCA
GCCATATTTAATCCGCTTTTGGATCAAATGCTTCAAGGACTTAACCGCGAAATCGGTTCT
GATGTTTTCATTGGGGCTAATGCGTTCAATATGAATGCAGATTTCATAAACAACCCCCAG
AGATTTGGTTTCGTGACATCCAAGGTAGCGTGCTGCGGACAAGGGGCATACAACGGGCAA
GGTGTTTGCACCCCGTTGTCAAGCTTATGTCCAGACCGTAACGCCTATGCATTTCGGGAC
CCTTTCCACCCGACTGAGAAAGCTACCCGACTCATCGTCCAACAGATCATGACTGGTTCG
GTTGAGTACATGAACCCCATGAACCTTAGCACGATCATGGCGTTAGATTCCAGAATATAA
TCAAGGGAAGTAATATTTTTCAGTATATATACTTGACACACGATGTCCAATGTGCAAGTG
TAATTTAAACATATCTATTTGATTACTACTCAAATTATCATTA

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

CO CL5395Contig1 835 2 4 U
GGGCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGCTACAATGAGAT
TGGTTTTTCAGTCCGAAGTCAAAACATGTCTACTTGTGAACATTTATAGACTTTGTAGGA
AAGTCTGCCAAGTTGCTTGCTAGGATGTGTTAAAGAGTAGTTTGTATTTAAATTCTTTCA
CTGGGCTTCATTGATCTTCCGTCCTCTCACGGGCGGGCGCCTTAGATCTATTTTGCTTCT
GAGCGTTGTTTTATTTATTTACCTGTACTTGGATTGGTGCTAGATTAGATTTAACACATG
TGCTGCTGCTTTCAATTAACGCTTGTTTCTCCCAAGCTCAATGCCAACACCGGAGACAAG
TGTGACTGTCCTTATAGTACTTTAGTTGGCATCTTTCATGTGTATGTGTGCTGTTTGATT
CATCTAACAGTGACCTGTTTTCTTGTAAAGGATAAAAAGAAAAGAAAAAACAATGGAATC
CAGCAGAGGAGGAGGAGGTGGAATTCAGCAGTTGCTTGCTGCTGAACAAGAAGCTCAACA
CATTGTCAATGCTGCTAGGACCGCAAAGATGGCAAGGCCGAAGCAAGCCAAGGAAGAGGC
TGAGAAAGAGATTGCCGAATACAAGGCTAAGACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGA
AGAGACAAGTGGAGACTCGGGTGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGCCAA
AATCGAACAGCTCAAGAACGAAGCTTCCAGGATTTCCAATGATGTTGTGGATATGCTCCT
CAAACATGTCACCACTGTCAAGAATTGAGAGTCATTTATCACTTCGAGTTTCTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER49TF U 1
AF RR1ER49JQ C 415
BS 1 578 RR1ER49TF
BS 579 579 RR1ER49JQ
BS 580 588 RR1ER49TF
BS 589 835 RR1ER49JQ

RD RR1ER49TF 588 0 0
GGGCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGCTACAATGAGAT
TGGTTTTTCAGTCCGAAGTCAAAACATGTCTACTTGTGAACATTTATAGACTTTGTAGGA
AAGTCTGCCAAGTTGCTTGCTAGGATGTGTTAAAGAGTAGTTTGTATTTAAATTCTTTCA
CTGGGCTTCATTGATCTTCCGTCCTCTCACGGGCGGGCGCCTTAGATCTATTTTGCTTCT
GAGCGTTGTTTTATTTATTTACCTGTACTTGGATTGGTGCTAGATTAGATTTAACACATG
TGCTGCTGCTTTCAATTAACGCTTGTTTCTCCCAAGCTCAATGCCAACACCGGAGACAAG
TGTGACTGTCCTTATAGTACTTTAGTTGGCATCTTTCATGTGTATGTGTGCTGTTTGATT
CATCTAACAGTGACCTGTTTTCTTGTAAAGGATAAAAAGAAAAGAAAAAACAATGGAATC
CAGCAGAGGAGGAGGAGGTGGAATTCAGCAGTTGCTTGCTGCTGAACAAGAAGCTCAACA
CATTGTCAATGCTGCTAGGACCGCAAAGATGGCAAGGCTGAAGCAAGC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1ER49JQ 421 0 0
TTGATTCATCTAACAGTGACCTGTTTTCTTGTAAAGGATAAAAAGAAAAGAAAAAACAAT
GGAATCCAGCAGAGGAGGAGGAGGTGGAATTCAGCAGTTGCTTGCTGCTGAACAAGAAGC
TCAACACATTGTCAATGCTGCTAGGACCGCAAAGATGGCAAGGCCGAAGCAAGCCAAGGA
AGAGGCTGAGAAAGAGATTGCCGAATACAAGGCTAAGACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAA
ACTTGAAGAGACAAGTGGAGACTCGGGTGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGA
TGCCAAAATCGAACAGCTCAAGAACGAAGCTTCCAGGATTTCCAATGATGTTGTGGATAT
GCTCCTCAAACATGTCACCACTGTCAAGAATTGAGAGTCATTTATCACTTCGAGTTTCTG
C

QA 1 421 1 421
DS 



AS 1 2

CO CL5396Contig1 220 2 2 U
CCACCGAAACTAGTTTGTGTCACATTTTCGAATTATTAAAACCGCAAAAAAAAAACAATC
AGAATTACTAATAATCTTTTAGGACTAAAATCCACTGAAAACGAGTTCGTATCAAAACAA
GATTGAGGAAACACACAAAAATATAACATAGATAAATGAGCTTCTGGTGATAAAACAGAT
CACTTGATCTTCTTCTTCGGCCTCAACTGGTTGCTGTGGC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EQ25TF C 1
AF RR1EQ25JQ U 6
BS 1 5 RR1EQ25TF
BS 6 220 RR1EQ25JQ

RD RR1EQ25TF 220 0 0
CCACCGAAACTAGTTTGTGTCACATTTTCGAATTATTAAAACCGCAAAAAAAAAACAATC
AGAATTACTAATAATCTTTTAGGACTAAAATCCACTGAAAACGAGTTCGTATCAAAACAA
GATTGAGGAAACACACAAAAATATAACATAGATAAATGAGCTTCTGGTGATAAAACAGAT
CACTTGATCTTCTTCTTCGGCCTCAACTGGTTGCTGTGGC

QA 1 220 1 220
DS 

RD RR1EQ25JQ 215 0 0
GAAACTAGTTTGTGTCACATTTTCGAATTATTAAAACCGCAAAAAAAAAACAATCAGAAT
TACTAATAATCTTTTAGGACTAAAATCCACTGAAAACGAGTTCGTATCAAAACAAGATTG
AGGAAACACACAAAAATATAACATAGATAAATGAGCTTCTGGTGATAAAACAGATCACTT
GATCTTCTTCTTCGGCCTCAACTGGTTGCTGTGGC

QA 1 215 1 215
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5398Contig1 967 2 2 U
GGACCTGATGGTAAGACGCAGGTCACCGTCGAGTACAAGAACGATGGTGGTGCCATGATT
CCTATTCGAGTCCACACGGTTCTCATCTCGACTCAGCACGATGAGACTGTGACCAACGAC
GAGATCGCTAAGGACTTGAAGCAGCACGTGATCAAGCCGGTGATTCCCGCTAAGTATCTT
GACGACAAGACCATCTTCCACCTTAACCCGTCTGGTCGGTTTGTCATCGGAGGGCCTCAC
GGTGATGCTGGACTCACCGGGAGGAAGATCATCATCGACACTTACGGTGGTTGGGGTGCT
CACGGTGGAGGTGCTTTCTCCGGGAAAGACCCGACCAAGGTTGATAGAAGCGGTGCTTAC
ATTGTTAGGCAGGCTGCGAAGAGTGTGGTTGCAGCGGGGCTAGCGCGCCGCTGCATTGTT
CAGGTGTCTTACGCTATCGGTGTGCCTGAGCCGCTCTCGGTGTTTGTTGACACGTACAAG
ACTGGGACTATCCCGGATAAGGATATCCTTGTGTTGATCAAGGAGGCTTTTGACTTCAGG
CCCGGGATGATGGCTATTAACCTTGACTTGAAGAGAGGAGGTAACTTCAGGTTCCAGAAA
ACGGCGGCGTATGGTCATTTTGGGCGTGAAGACCCTGATTTCACTTGGGAGGTGATTAAG
CCACTCAAGCCTAAGGCCTAGACAAGACAAAAAGGTGGCAATAGCAAGAACTGAGGAGTT
GAGACACTCTCTCTCTCCCACTACTACTACTGGGAACTTATCATTAGACTATTATTATTG
CAAAAGATTTGAATAATCCCATACTTTCACGTTTTGTTTTTTTTTTGCTGTCACTGGAGT
TCGAACACAAGGCCTCATTGGTGTTGAACTTTGACTTCAATGTTCTTATTTCCTGTTTTT
TTTCTTCTTAACCTCTTGTATTGTAATTTTGATTGTCAAGAAATGCATCGTTGTGGTGTT
AAATATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB08TF U 1
AF RR1EB08JQ C 266
BS 1 675 RR1EB08TF
BS 676 967 RR1EB08JQ

RD RR1EB08TF 679 0 0
GGACCTGATGGTAAGACGCAGGTCACCGTCGAGTACAAGAACGATGGTGGTGCCATGATT
CCTATTCGAGTCCACACGGTTCTCATCTCGACTCAGCACGATGAGACTGTGACCAACGAC
GAGATCGCTAAGGACTTGAAGCAGCACGTGATCAAGCCGGTGATTCCCGCTAAGTATCTT
GACGACAAGACCATCTTCCACCTTAACCCGTCTGGTCGGTTTGTCATCGGAGGGCCTCAC
GGTGATGCTGGACTCACCGGGAGGAAGATCATCATCGACACTTACGGTGGTTGGGGTGCT
CACGGTGGAGGTGCTTTCTCCGGGAAAGACCCGACCAAGGTTGATAGAAGCGGTGCTTAC
ATTGTTAGGCAGGCTGCGAAGAGTGTGGTTGCAGCGGGGCTAGCGCGCCGCTGCATTGTT
CAGGTGTCTTACGCTATCGGTGTGCCTGAGCCGCTCTCGGTGTTTGTTGACACGTACAAG
ACTGGGACTATCCCGGATAAGGATATCCTTGTGTTGATCAAGGAGGCTTTTGACTTCAGG
CCCGGGATGATGGCTATTAACCTTGACTTGAAGAGAGGAGGTAACTTCAGGTTCCAGAAA
ACGGCGGCGTATGGTCATTTTGGGCGTGAAGACCCTGATTTCACTTGGGAGGTGATTAAG
CCACTCAAGCCTAAG
CCTA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1EB08JQ 702 0 0
AGATCATCATCGACACTTACGGTGGTTGGGGTGCTCACGGTGGAGGTGCTTTCTCCGGGA
AAGACCCGACCAAGGTTGATAGAAGCGGTGCTTACATTGTTAGGCAGGCTGCGAAGAGTG
TGGTTGCAGCGGGGCTAGCGCGCCGCTGCATTGTTCAGGTGTCTTACGCTATCGGTGTGC
CTGAGCCGCTCTCGGTGTTTGTTGACACGTACAAGACTGGGACTATCCCGGATAAGGATA
TCCTTGTGTTGATCAAGGAGGCTTTTGACTTCAGGCCCGGGATGATGGCTATTAACCTTG
ACTTGAAGAGAGGAGGTAACTTCAGGTTCCAGAAAACGGCGGCGTATGGTCATTTTGGGC
GTGAAGACCCTGATTTCACTTGGGAGGTGATTAAGCCACTCAAGCCTAAGGCCTAGACAA
GACAAAAAGGTGGCAATAGCAAGAACTGAGGAGTTGAGACACTCTCTCTCTCCCACTACT
ACTACTGGGAACTTATCATTAGACTATTATTATTGCAAAAGATTTGAATAATCCCATACT
TTCACGTTTTGTTTTTTTTTTGCTGTCACTGGAGTTCGAACACAAGGCCTCATTGGTGTT
GAACTTTGACTTCAATGTTCTTATTTCCTGTTTTTTTTCTTCTTAACCTCTTGTATTGTA
ATTTTGATTGTCAAGAAATGCATCGTTGTGGTGTTAAATATT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL5399Contig1 1003 2 8 U
GGACATGAGAACACTCCAATAGTCTCTTCTCCTTCCTCTTGCCTCCATCTGTCAGAGTCT
CTCTCTATCTTTTCATCTCCCCCTGTCAAAAATGGAAATGCTGGGTTTGGTTTTATGTAT
TCTCACAATTTTTGCGGATTTCACAACAATTACTGAAGCAAGAATCCCAGGAGTTTACAA
TGGAGGTGGTTGGGAAACTGCTCATGCTACTTCCTACGGTGGCTCTGATGCCTCTGGCAC
CATGGGAGGTGCTTGTGGGTACGGTAACTTGTACAGCCAAGGCTACGGTGTGAACACGGC
GGCTCTAAGCACGGCTCTGTTTAACAACGGTTACAGTTGCGGCGCTTGTTTCGAGCTCAA
ATGCGCGAGTGACCCTAAGTGGTGTCACTCGGGTAGCCCTTCCATCTTCGTCACCGCGAC
CAACTTTTGCCCGCCCAACTTCGCCCAGCCCAGTGACAATGGCGGATGGTGCAACCCTCC
TAGGCCTCACTTCGATCTCGCTATGCCTATGTTCCTCAAGATCGCCGAGTATCGCGCCGG
AATTGTCCCCGTCTCTTTCCGCCGAGTGCCATGTCGGAAGATAGGAGGAATTAGGTTCAC
GATCAACGGTTTCCGTTACTTCAACTTGGTTCTGGTCACAAACGTTGCCGGCGCCGGGAA
CATAGTGCGGCTGAGCGTGAAAGGAACAAGAACTTCGTGGATGAGCATGAGCCGAAACTG
GGGGCAAAACTGGCAGTCTAACTCTTTTGGTTGGTCAAGCACTTTTTAGAGTCACAAGCA
GCGACCGTAGAAGCTCCACGTCATGGAACATCGCTCCCGCTCATTGGCAGTTTGGACAGA
CTTTCATGGGAAAGAACTTCAGAGTCTAAAGGCGAATCCATCTACCAATACCCCCGTTTA
TCACTTATTAGTATTATCTATGTATTATTATTACTATCAAAATTTCCAAGCCGAAGGCAA
CTAGTAATTGAGAAATTATTATATATAATATAGTATTATGTTC


BQ
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AF RR1FG25TF U 1
AF RR1FG25JQ C 309
BS 1 657 RR1FG25TF
BS 658 658 RR1FG25JQ
BS 659 685 RR1FG25TF
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BS 687 728 RR1FG25TF
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BS 730 740 RR1FG25TF
BS 741 1003 RR1FG25JQ

RD RR1FG25TF 741 0 0
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CTCTCTATCTTTTCATCTCCCCCTGTCAAAAATGGAAATGCTGGGTTTGGTTTTATGTAT
TCTCACAATTTTTGCGGATTTCACAACAATTACTGAAGCAAGAATCCCAGGAGTTTACAA
TGGAGGTGGTTGGGAAACTGCTCATGCTACTTCCTACGGTGGCTCTGATGCCTCTGGCAC
CATGGGAGGTGCTTGTGGGTACGGTAACTTGTACAGCCAAGGCTACGGTGTGAACACGGC
GGCTCTAAGCACGGCTCTGTTTAACAACGGTTACAGTTGCGGCGCTTGTTTCGAGCTCAA
ATGCGCGAGTGACCCTAAGTGGTGTCACTCGGGTAGCCCTTCCATCTTCGTCACCGCGAC
CAACTTTTGCCCGCCCAACTTCGCCCAGCCCAGTGACAATGGCGGATGGTGCAACCCTCC
TAGGCCTCACTTCGATCTCGCTATGCCTATGTTCCTCAAGATCGCCGAGTATCGCGCCGG
AATTGTCCCCGTCTCTTTCCGCCGAGTGCCATGTCGGAAGATAGGAGGAATTAGGTTCAC
GATCAACGGTTTCCGTTACTTCAACTTGGTTCTGGTCACAAACGTTGCCGGCGCCGG*AA
CATAGTGCGGCTGAGCGTGAAAGGA*CAAGAACTTCGTGGATGAGCATGAGCCGAAACTG
GGGGCAAA*CTGGCAGTCTA
C

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1FG25JQ 695 0 0
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GTGACCTTAAGTGGTGTCACTCGGGTAGCCCTTCCATCTTCGTCACCGCGACCAACTTTT
GCCCGCCCAACTTCGCCCAGCCCAGTGACAATGGCGGATGGTGCAACCCTCTTAGGCCTC
ACTTCGATCTCGCTATGCCTATGTTCCTCAAGATCGCCGAGTATCGCGCCGGAATTGTCC
CCGTCTCTTTCCGCCGAGTGCCATGTCGGAAGATAGGAGGAATTAGGTTCACGATCAACG
GTTTCCGTTACTTCAACTTGGTTCTGGTCACAAACGTTGCCGGCGCCGGGAACATAGTGC
GGCTGAGCGTGAAAGGAACAAGAACTTCGTGGATGAGCATGAGCCGAAACTGGGGGCAAA
ACTGGCAGTCTAACTCTTTTGGTTGGTCAAGCACTTTTTAGAGTCACAAGCAGCGACCGT
AGAAGCTCCACGTCATGGAACATCGCTCCCGCTCATTGGCAGTTTGGACAGACTTTCATG
GGAAAGAACTTCAGAGTCTAAAGGCGAATCCATCTACCAATACCCCCGTTTATCACTTAT
TAGTATTATCTATGTATTATTATTACTATCAAAATTTCCAAGCCGAAGGCAACTAGTAAT
TGAGAAATTATTATATATAATATAGTATTATGTTC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL5400Contig1 1439 2 2 U
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TTTTTCTCCACCCGAGGATCACGGCGAAGAAGAGCATGAGCCCGTCACTCCTCCTCCTCC
TGTCGGTATCGGATTTCTCAACTCTCCCTGCGACAAAACCAACGGCGTTTTCCGGTTTTC
TAGCTCCGGGTCTGCAGGGTCCGGATCCGGGTCTTCTCCCGGGTTTAGGAAGTGTTCAGG
GGTGTCATGCAAGGTTAAGGTTCGTGGACTGATGAAGCAGAAGGAGAAGAAGAAGATGAA
GAAGAAAAACAGTGGTGGTGGCTCTGAGATCGAGAACCGATCTGGAAGTGTTTTCTTGAA
AAAGGCGCGAACTTTGAGTGCTGCCTCCTCTGCTTCAAAACGTGGGTCGCGTTATGATAA
TAATCAAGGTTTGATCTTTTTTTGAAAACTGTTGATTATTTGTTAACTTTGAATCTCTTA
TGTAATTTATGTGCAGTCTCCAAAGGTGCTACTTCGCTTAGTAATGTTCATGTATATACT
TTGAGTTGTTGTCAATATCGTTAGTGCAAGAGTGATTTGAGCTTTGGTTAGTTAAGTTGA
TTCCAACAAAATAGATCTTTGTCTGTAGATAATTAAGCCATCACATTCCTTTTGGCTTTT
GTCTGTTATTATTGACAATTGATTATTCCATGTTTCAGATCGTTCCACTTTCAGCTCGGC
ACTTGGTGTCTGCATGATGTACATGATGTCGGCAGAGAAAAAAGAAATCAGTAAGCTGCA
TACAGCTACCGAAGAAACTGTCAAAGTCATACAGGAGCTTAAAGATGAACTTTCTAGGAT
ACAATCTTTACAGGGTTTCCATGAGGTTAAATCCAGTGGAATATCTAATCCCACTAAATC
AGAGATGGCGACTCTGGACACTAAGTCGGGTAATGATGGAGAATATGCTAGCAGCGTCCT
AACCGAGGAGCCAGAACATGATGAGGCAGTAGAAATGGAACAGTTGGAGATGGAGCTTGA
ATCTGAGCTTCAGAAACTGAACTTTGCTGAGGTTAGTGTGTTTCTCATAGTCAATGAGAA
CGAACATTTCTTTACGTTATGTTGTATTGAACTTTTACTTCTTTTTTTCCATTAGACAAG
TGAAGTTATGGAGGAATGTAAGGATGTGGTGAATGGATCTGGGTCATACCAATGTGGTGG
AATATCAGCATCTGAGCTGGACAAGAAACTAAGCCGCCTTCTCATTGAGCAACAAGAAGG
CCAGATCAATGAGCTTGAGTCTCAACTGCAGACTACTCAGTCCAAACTCCAAGATAAAGA
AGCCGAACTCCAAGCGCTTAAGGTCTGCGTTAGACGGCTGACCGAGTTTCCTCTCTTGGA
CCGTTCAGGTACGTTTGGTTCTTCTAATCTAAATCTTGTCATCAAGTCTCTCATTAGCG


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AF RR1AP07TF U 1
AF RR1AP07JQ C 589
BS 1 758 RR1AP07TF
BS 759 1439 RR1AP07JQ

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TAATCAAGGTTTGATCTTTTTTTGAAAACTGTTGATTATTTGTTAACTTTGAATCTCTTA
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TTGAGTTGTTGTCAATATCGTTAGTGCAAGAGTGATTTGAGCTTTGGTTAGTTAAGTTGA
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GTCTGTTATTATTGACAATTGATTATTCCATGTTTCAGATCGTTCCACTTTCAGCTCGGC
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DS 

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CCAAGATAAAGAAGCCGAACTCCAAGCGCTTAAGGTCTGCGTTAGACGGCTGACCGAGTT
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TCTCATTAGCG

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

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TTCCACCATCTTCTTTTCACAGCAGCGAAGTCCTTGTTTGATGATTCATTCCACATCCTT
CCTGAAACCTCAACCTTGGAAAAGACTAAATCTTTCGAGACCCTCTACTCTCACATTTGC
TCTTGCCGAATCAGATTCTCCTCAGCCTTTGGAAACAAGCTCGAAATCTCTTCTCTTACA
ACTCTCTAAGTGTTTCGATCTTCCATCAGATTACTTCCAGCAGCTACCAAGTGATCTTCG
TCTCGATTTAAATGATGCTGCCTTTGATCTCTCCAATGGACCCATCATCGATGAGTGTGG
TCAAGAGCTTGGGGAGACGTTACTGAATCTGTCCCGTGCTTGGGAACAAGCTGACACATC
AACCTCTCGTACTTTAGTGAAGAAACTTCCCCAACTGGAAACTTCATTAACGGCTGGTGC
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GTACGGTCAAGGTGAATTACAGAAGATTGCTGAAGCGATGATTACAACTGGAGAGGTCTT
ATCTGCAAATACATCACCTGCCCCAGTCGGTAATGAATCCAAGTCAAATACGAGGATGTT
TAAGTTTGGGGAGCCTCACGTTGCTGTGAGTCCAGAGAAAACATACGCTGGAGCTGCCAT
TGCATTCGTCTTTGGGATACTGTCATGGCAAATCAGTCAGGGAATCCAAAGCATACCAGA
GAGCTCATTGCAGTATGCTAATGACAATGCATTGCAACTCGCAAAGTCTCTAAGAGGGTC
TCTTCTAGCTACGTTTTATGCGTCAGCCGTCTTGTCAGGCCTCACAACAGCTGGGCTCCT
CCTTCTCGCTAAGCAGCTTTCATCAGAGAAAGACTCATCATAATCCTTCCGGGATGATCT
CTCTAATATGAATCATGTTTATTATTGTATCTACTACAATCTTTAATTCTGCCTGTTAAA
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GTGATCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH10TF U 1
AF RR1EH10JQ C 331
BS 1 700 RR1EH10TF
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BS 750 1087 RR1EH10JQ

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CCTGAAACCTCAACCTTGGAAAAGACTAAATCTTTCGAGACCCTCTACTCTCACATTTGC
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ACTCTCTAAGTGTTTCGATCTTCCATCAGATTACTTCCAGCAGCTACCAAGTGATCTTCG
TCTCGATTTAAATGATGCTGCCTTTGATCTCTCCAATGGACCCATCATCGATGAGTGTGG
TCAAGAGCTTGGGGAGACGTTACTGAATCTGTCCCGTGCTTGGGAACAAGCTGACACATC
AACCTCTCGTACTTTAGTGAAGAAACTTCCCCAACTGGAAACTTCATTAACGGCTGGTGC
CAAATCATTCTTTGGGAGGCGTCTGATATCTGCGGGAAAAAGGTTCAGGGGAATGGGACA
GTACGGTCAAGGTGAATTACAGAAGATTGCTGAAGCGATGATTACAACTGGAGAGGTCTT
ATCTGCAAATACATCACCTGCCCCAGTCGGTAATGAATCCAAGTCAAATACGAGGATGTT
TAAGTTTGGGGAGCCTCACGTTGCTGTGAGTCCAGAGAAA*CATACGCTGGAGCTGCCAT
TGCATTCGTCTTTGGGATACTGTCATGGC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1EH10JQ 757 0 0
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GTCCCGTGCTTGGGAACAAGCTGACACATCAACCTCTCGTACTTTAGTGAAGAAACTTCC
CCAACTGGAAACTTCATTAACGGCTGGTGCCAAATCATTCTTTGGGAGGCGTCTGATATC
TGCGGGAAAAAGGTTCAGGGGAATGGGACAGTACGGTCAAGGTGAATTACAGAAGATTGC
TGAAGCGATGATTACAACTGGAGAGGTCTTATCTGCAAATACATCACCTGCCCCAGTCGG
TAATGAATCCAAGTCAAATACGAGGATGTTTAAGTTTGGGGAGCCTCAGGTTGCTGTGAG
TCCAGAGAAAACATACGCTGGAGCTGCCATTGCATTCGTCTTTGGGATACTGTCATGGCA
AATCAGTCAGGGAATCCAAAGCATACCAGAGAGCTCATTGCAGTATGCTAATGACAATGC
ATTGCAACTCGCAAAGTCTCTAAGAGGGTCTCTTCTAGCTACGTTTTATGCGTCAGCCGT
CTTGTCAGGCCTCACAACAGCTGGGCTCCTCCTTCTCGCTAAGCAGCTTTCATCAGAGAA
AGACTCATCATAATCCTTCCGGGATGATCTCTCTAATATGAATCATGTTTATTATTGTAT
CTACTACAATCTTTAATTCTGCCTGTTAAACTGTGGAATGGGTTGAGTTGTATTTTGTTT
TCAGAGCAAATGAAATCTCATTTGATATGAGTGATCG

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL5402Contig1 961 2 2 U
GGGCGATCACAGGTGCAAAGACTCTCTGTCTCTGTCTCTGTATAATCCGAAGTTTTTTCG
ATGGCAGATTATCACTTCATCTACAAGGACGTGGAAGGAACGTCGACGCAATGGGACGAC
ATCCAACGGAAGCTAGGGAATCTCCCGGAGAAGGCTCCGGCGTTCAAACCGCCGGCTTAT
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TCGGTGACTCCCATCTCTAGCTCTGATTTCGTGAGGGAGGTTACGCAAGCTTCTGCTGAA
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TGTCTAGAGGAACTGGCTGGTAGATACCCGGGAACGAAGTTTGTTAAGATTGTATCAACT
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GTAGCCTTAGTTTTGTGTCAGTCAGAGCCAGTTTTCAACGATGTCAAAAGTGGAGACGAT
GACTCCTCAAGGGAAGCTGTGATGGCTGGCGTTCGAAGACAGTTCATAGAACGAGTGGTC
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C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1GZ23TFB U 1
AF RR1GZ23JQ C 437
BS 1 608 RR1GZ23TFB
BS 609 961 RR1GZ23JQ

RD RR1GZ23TFB 608 0 0
GGGCGATCACAGGTGCAAAGACTCTCTGTCTCTGTCTCTGTATAATCCGAAGTTTTTTCG
ATGGCAGATTATCACTTCATCTACAAGGACGTGGAAGGAACGTCGACGCAATGGGACGAC
ATCCAACGGAAGCTAGGGAATCTCCCGGAGAAGGCTCCGGCGTTCAAACCGCCGGCTTAT
ACTCCGGCACAAGACGAGGCTTCAGCTCCAAAGGACAAAGCTTGGTTCGATGAGAAAACA
GAGGAGGAGCTTGAGGATCTCGAGGACGACAAAGATCTCGACGACGATCGCTTCCTCGAA
GAATACAGGAAGAAGAGGTTGACTGAGCTGAGAGAAGCTGCTAAAGTTAGGAGGTATGGA
TCGGTGACTCCCATCTCTAGCTCTGATTTCGTGAGGGAGGTTACGCAAGCTTCTGCTGAA
GTTTGGGTTGTTGTGTGTCTCTACAAAGATGGTTTTGCAGAGTGTGGATTGTTATTGGGT
TGTCTAGAGGAACTGGCTGGTAGATACCCGGGAACGAAGTTTGTTAAGATTGTATCAACT
GATTGTATTCCCAACTACCCTGATTGCAATCTCCCTACCTTGCTTGTGTACCATCATGGT
GCTGTTAA

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1GZ23JQ 525 0 0
GTCTCTACAAAGATGGTTTTGCAGAGTGTGGATTGTTATTGGGTTGTCTAGAGGAACTGG
CTGGTAGATACCCGGGAACGAAGTTTGTTAAGATTGTATCAACTGATTGTATTCCCAACT
ACCCTGATTGCAATCTCCCTACCTTGCTTGTGTACCATCATGGTGCTGTTAAAGGAACTC
ATGTTGGCTTGAAGAGCGTTGGCCGTAGGTGTACCCCTGAGAGTGTAGCCTTAGTTTTGT
GTCAGTCAGAGCCAGTTTTCAACGATGTCAAAAGTGGAGACGATGACTCCTCAAGGGAAG
CTGTGATGGCTGGCGTTCGAAGACAGTTCATAGAACGAGTGGTCAAAGACCATGAAGACA
AGGATAATGATGATGATGGTTACAATAGCGATTAAGTCTCTTAAAAGCTTCTCTGTTTAT
CTGTGTTGGCTATGTTTGTTGCCTTTGTGACTGGTAAACAAGAGTGCTGTCTCCATTTGT
GTTGTACTGCTTTTCCACAACTATTTGATTCTCAAATTTCAAATC

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL5403Contig1 1197 2 4 U
GGGGCGGCGGCGACGGAAAATGACGACACCATCCTCGACAACCAGCTCAAACCAGATTCC
GAACCGGCTCCGGTCAAACCCTCCTCTCAACCCGAAGAGAAACCTCTCTCTAAAAACGCC
CAGAAGAAGCAGCTGAAGCAGCAAAGATACGAGGCGAAGAAGGCCTAGAAGAAGGCGCAG
GAGAAGGAGCACAAGAGGAAAGAAGGCGAGAGAAAGCACAAGGAGTGGGAAGAAACACTA
GCCAACGCGACGGAGGAAGAGAGGCTGAAGCTGATCGAGTCGAGGAGGAGCCTAAGAAAG
GAGAGAATGGAGAAGAGATCAGAGGAGAAAGGGAAGAAGATGGAACGGCTCACTAAAGCT
AAAGAAATCGGACAGAACATCGTCATAGATGTCGACTTCCCGCATCTAATGTCCGAGTCT
GAGATCTCCAGCCTCGTTCAGCAGATAATGTATTGTTATGCGGTGAATGGGAGGAGCACT
TCTCCTTTTCATCTATGGCTAACGGGAGTGCAAGGAGAGATGAGTACTCAGCTTGATAGG
CTTCCAGGTTTTGAGAAATGGTTTATAGAGAAGGAGAGTAGGTGTTACATTGAGGCCATG
GCTGATCGGAAAGAGAATTTGGTGTACCTTACGGCTGACTCCGAGACTGTTTTGGAGGAT
CTTGACCCTAAGGATATCTATATAATTGGTGGGTTGGTTGATCGGAACAGGTTCAAAGGG
ATCACCATGAACAAGGCACAAGAACAAGGGATTAAGACAGCTAAACTTCCTATAGGAGAG
TATATGAAAATGTCCAGTTCTCAGGTTCTCACTGTGAACCAAGTTTTGGAGATACTCGTG
AAGTTTCTTGAGACGAGGGACTGGAAAACATCCTTCTTCACTGTGATTCCACAGAGGAAA
AGAAGTGGAGTTGATCCTGTAGACTCTTCGAAACTTGAACCTCTCTCTGAAGAGCATCAA
GAGGAAGAACATGATGATTCTTCGGAGAGGAAAAAGGTATGCGTTGAAGCTCCGCTGCAA
AGTGGTAGTAGCTAGATGAAGATAAAATGCATGCTTCTGTTTCTGTTGAACGCTAGTTTC
TGTAGCTGAGAATTTGAATTTTGGAATGTTATGTCCTTCCTTATTATTATTTCTATGTTG
AGTCAAGACGCACTACAAGTCATTTCCCTATATTAAAGATCACACGTATGTTGTTCC


BQ
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AF RR1GE67TF U 1
AF RR1GE67JQ C 480
BS 1 672 RR1GE67TF
BS 673 673 RR1GE67JQ
BS 674 701 RR1GE67TF
BS 702 1197 RR1GE67JQ

RD RR1GE67TF 701 0 0
GGGGCGGCGGCGACGGAAAATGACGACACCATCCTCGACAACCAGCTCAAACCAGATTCC
GAACCGGCTCCGGTCAAACCCTCCTCTCAACCCGAAGAGAAACCTCTCTCTAAAAACGCC
CAGAAGAAGCAGCTGAAGCAGCAAAGATACGAGGCGAAGAAGGCCTAGAAGAAGGCGCAG
GAGAAGGAGCACAAGAGGAAAGAAGGCGAGAGAAAGCACAAGGAGTGGGAAGAAACACTA
GCCAACGCGACGGAGGAAGAGAGGCTGAAGCTGATCGAGTCGAGGAGGAGCCTAAGAAAG
GAGAGAATGGAGAAGAGATCAGAGGAGAAAGGGAAGAAGATGGAACGGCTCACTAAAGCT
AAAGAAATCGGACAGAACATCGTCATAGATGTCGACTTCCCGCATCTAATGTCCGAGTCT
GAGATCTCCAGCCTCGTTCAGCAGATAATGTATTGTTATGCGGTGAATGGGAGGAGCACT
TCTCCTTTTCATCTATGGCTAACGGGAGTGCAAGGAGAGATGAGTACTCAGCTTGATAGG
CTTCCAGGTTTTGAGAAATGGTTTATAGAGAAGGAGAGTAGGTGTTACATTGAGGCCATG
GCTGATCGGAAAGAGAATTTGGTGTACCTTACGGCTGACTCCGAGACTGTTTTGGAGGAT
CTTGACCCTAAG*ATATCTATATAATTGGTGGGTTGGTTGA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1GE67JQ 718 0 0
TTCTCCTTTTCATCTATGGCTAACGGGAGTGCAAGGAGAGATGAGTACTCAGCTTGATAG
GCTTCCAGGTTTTGAGAAATGGTTTATAGAGAAGGAGAGTAGGTGTTACATTGAGGCCAT
GGCTGATCGGAAAGAGAATTTGGTGTACCTTACGGCTGACTCCGAGACTGTTTTGGAGGA
TCTTGACCCTAAGGATATCTATATAATTGGTGGGTTGGTTGATCGGAACAGGTTCAAAGG
GATCACCATGAACAAGGCACAAGAACAAGGGATTAAGACAGCTAAACTTCCTATAGGAGA
GTATATGAAAATGTCCAGTTCTCAGGTTCTCACTGTGAACCAAGTTTTGGAGATACTCGT
GAAGTTTCTTGAGACGAGGGACTGGAAAACATCCTTCTTCACTGTGATTCCACAGAGGAA
AAGAAGTGGAGTTGATCCTGTAGACTCTTCGAAACTTGAACCTCTCTCTGAAGAGCATCA
AGAGGAAGAACATGATGATTCTTCGGAGAGGAAAAAGGTATGCGTTGAAGCTCCGCTGCA
AAGTGGTAGTAGCTAGATGAAGATAAAATGCATGCTTCTGTTTCTGTTGAACGCTAGTTT
CTGTAGCTGAGAATTTGAATTTTGGAATGTTATGTCCTTCCTTATTATTATTTCTATGTT
GAGTCAAGACGCACTACAAGTCATTTCCCTATATTAAAGATCACACGTATGTTGTTCC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL5404Contig1 304 2 2 U
GGAGGAGTTTGTGATCTTACGTTCTTCCAGTCAACACCTTTGAAGAAAGGGTGTCTCTTG
AGAGAAGCATAACCTTCTGAACCAGCTCCTGGTCTTCTACTAGGATCTGTGTCTAGTAAT
CGGTCAATGAGGTCTCTTGCTGCTTCTGAGAAATGATTAGGGAACTTTATATCTCTTGCT
ATGATCCTTTGGAAAATGAGCCATTCACTTGCATCCTTGAATGGAGAAGTTCCTGAAAGC
ATTTGGTACAGAGTGCAGCCAAGTGCCCAGAGATCGTTTCTGTTTTGTATATGTTCCATA
GATC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR1FQ64TF C 1
AF RR1FQ64JQ U 7
BS 1 6 RR1FQ64TF
BS 7 304 RR1FQ64JQ

RD RR1FQ64TF 304 0 0
GGAGGAGTTTGTGATCTTACGTTCTTCCAGTCAACACCTTTGAAGAAAGGGTGTCTCTTG
AGAGAAGCATAACCTTCTGAACCAGCTCCTGGTCTTCTACTAGGATCTGTGTCTAGTAAT
CGGTCAATGAGGTCTCTTGCTGCTTCTGAGAAATGATTAGGGAACTTTATATCTCTTGCT
ATGATCCTTTGGAAAATGAGCCATTCACTTGCATCCTTGAATGGAGAAGTTCCTGAAAGC
ATTTGGTACAGAGTGCAGCCAAGTGCCCAGAGATCGTTTCTGTTTTGTATATGTTCCATA
GATC

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR1FQ64JQ 298 0 0
GTTTGTGATCTTACGTTCTTCCAGTCAACACCTTTGAAGAAAGGGTGTCTCTTGAGAGAA
GCATAACCTTCTGAACCAGCTCCTGGTCTTCTACTAGGATCTGTGTCTAGTAATCGGTCA
ATGAGGTCTCTTGCTGCTTCTGAGAAATGATTAGGGAACTTTATATCTCTTGCTATGATC
CTTTGGAAAATGAGCCATTCACTTGCATCCTTGAATGGAGAAGTTCCTGAAAGCATTTGG
TACAGAGTGCAGCCAAGTGCCCAGAGATCGTTTCTGTTTTGTATATGTTCCATAGATC

QA 1 298 1 298
DS 



AS 1 2

CO CL5405Contig1 937 2 4 U
GCGTTAGATCTGTTCCATTACATGGTAACGCGGACGGGGATAAAACCAAACACGGTTACT
TTCGTCGGTTTTCTCACGGCTTGTAGCCACGCGGGACTTGTGGACCAAGGGCGTCAGATA
TTCGCTTCTATGCATCAGACATTCGGCGTTGAACCGACGCGTGACCTCTATACCTGTATG
GTCGATCTTCTAGGCCGTGCAGGAAGGTTGCAAGAAGCACTCGAAGTGATTGAAACGATG
TCTGTGGAGCCACACGGAGGTGTGTGGGGTGCGTTGCTCGGTGCCTGCAGGATCCACAAG
GATCCTGACGTTGCAGAGATTGCTGCAAGACATTTGTTTGAAATTGAACCGGATGTGATC
GGTAACTATATCTTGCTCTGTAACGTCTACGCTTCAGCTGGAGACTGGGACGGTGTTTTA
AGCGTGCGGAGACTGATTAAAGAAAAGGGTTTGAAGAAGACACCAGCGGTTAGTTGGGTT
GTGGATGACAAAGGTCAGACGCACAAGTTTTTCCCGGGAAACATGAACCATCCAATGTCG
GATAAGATTCAAGAGACGTTAGAAGAGCTTGTGCAGAGATTAACTGTGTTAGGTTATCAG
CCGGATTTAAGCTCTGTGCCTTACAACGCGAGTGATGATGAGAAGAGGTCATACTCATTA
GGCACACCGAGAAGCTGGCTTTAGCGTTCTCCTTGCTCACTACGAGCAGAGGTTGTACGA
TAAAGATAATGAAGAATCTGAGGATGTGTCAAGACTGTCACACGTTCATGCGTTTGGCTT
CGGATGTTACAGGGAGGGTGATTATAATGAGGGATAATATGAGATTCCACCATTTTAGGA
GTGGAGATTGTTCCTGTGGTGATTTTTGGTGAGAATCTGAGGTTATTCGGACCAAAATCG
ACCTCTTGAGTTCTGCAAAATGGATCTTACTTTATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH04TF U 1
AF RR1DH04JQ C 289
BS 1 660 RR1DH04TF
BS 661 661 RR1DH04JQ
BS 662 707 RR1DH04TF
BS 708 937 RR1DH04JQ

RD RR1DH04TF 707 0 0
GCGTTAGATCTGTTCCATTACATGGTAACGCGGACGGGGATAAAACCAAACACGGTTACT
TTCGTCGGTTTTCTCACGGCTTGTAGCCACGCGGGACTTGTGGACCAAGGGCGTCAGATA
TTCGCTTCTATGCATCAGACATTCGGCGTTGAACCGACGCGTGACCTCTATACCTGTATG
GTCGATCTTCTAGGCCGTGCAGGAAGGTTGCAAGAAGCACTCGAAGTGATTGAAACGATG
TCTGTGGAGCCACACGGAGGTGTGTGGGGTGCGTTGCTCGGTGCCTGCAGGATCCACAAG
GATCCTGACGTTGCAGAGATTGCTGCAAGACATTTGTTTGAAATTGAACCGGATGTGATC
GGTAACTATATCTTGCTCTGTAACGTCTACGCTTCAGCTGGAGACTGGGACGGTGTTTTA
AGCGTGCGGAGACTGATTAAAGAAAAGGGTTTGAAGAAGACACCAGCGGTTAGTTGGGTT
GTGGATGACAAAGGTCAGACGCACAAGTTTTTCCCGGGAAACATGAACCATCCAATGTCG
GATAAGATTCAAGAGACGTTAGAAGAGCTTGTGCAGAGATTAACTGTGTTAGGTTATCAG
CCGGATTTAAGCTCTGTGCCTTACAACGCGAGTGATGATGAGAAGAGGTCATACTCATTA
TGCACACCGAGAAGCTGGCTTTAGCGTTCTCCTTGCTCACTACGAGC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1DH04JQ 649 0 0
AGGATCCACAAGGATCCTGACGTTGCAGAGATTGCTGCAAGACATTTGTTTGAAATTGAA
CCGGATGTGATCGGTAACTATATCTTGCTCTGTAACGTCTACGCTTCAGCTGGAGACTGG
GACGGTGTTTTAAGCGTGCGGAGACTGATTAAAGAAAAGGGTTTGAAGAAGACACCAGCG
GTTAGTTGGGTTGTGGATGACAAAGGTCAGACGCACAAGTTTTTCCCGGGAAACATGAAC
CATCCAATGTCGGATAAGATTCAAGAGACGTTAGAAGAGCTTGTGCAGAGATTAACTGTG
TTAGGTTATCAGCCGGATTTAAGCTCTGTGCCTTACAACGCGAGTGATGATGAGAAGAGG
TCATACTCATTAGGCACACCGAGAAGCTGGCTTTAGCGTTCTCCTTGCTCACTACGAGCA
GAGGTTGTACGATAAAGATAATGAAGAATCTGAGGATGTGTCAAGACTGTCACACGTTCA
TGCGTTTGGCTTCGGATGTTACAGGGAGGGTGATTATAATGAGGGATAATATGAGATTCC
ACCATTTTAGGAGTGGAGATTGTTCCTGTGGTGATTTTTGGTGAGAATCTGAGGTTATTC
GGACCAAAATCGACCTCTTGAGTTCTGCAAAATGGATCTTACTTTATTG

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL5406Contig1 957 2 2 U
GACCATCAACTTCTCTATTACCAATAGCTTTCCTTTCTTCTCCTGTGTGAAAATGGGTGA
GTTTGTTAACCTAGAGGCAACCGAGCTGAGGCTGGGATTACCAGGAACAGACAATGTATG
TGAAGGAAGAGAAAGAGTCTCTTGCAATAAAAGAGCATTACAAGGTGCCGCTGAGAATGA
GACTGAATCATCAACGATGAAAACGGAAACGTCCCCTCCACGCAAGGCTCAGATTGTTGG
ATGGCCACCAGTTAGGTCTTTCAGGAAGAACATCGTTCAAACAAAGAAGAACGAATCTGA
GAGTGAGGGTGGTCGAGGACTCTATGTGAAAGTAGGTATGGATGGTGCACCATACTTGAG
GAAAATAGATTTGAGTTGTTACAAAGGATACTCAGAGTTACTAAAAGCTTTAGAGATGAT
GTTCAATTTCTCGGTGGGAGAGTATTTTGAGAGAGAAGGATATAAAGGTTCGGAGTTTGT
GCCTACTTATGAAGATAAAGATGGTGACTGGATGCTCATTGGAGATGTTCCATGGGAGAT
GTTTGTATGCACTTGCAAAAGACTGAGGATCATGAAAGGATCAGAGGCCAAAGGTTTAGG
ATGTGATGTATGAGACAAAGATTCATGAATCCTAAAAGAGGCACAAGAACCTAAAGAGAG
CAGAGTTTCTTTGGGTCAAGAAAAAATCCGGTTGTGCTCGGGTTGTCGGGGAAGACCTAT
GTTCAGGATACCTCATCGGTGAATTTGAATGTAGAGATGCTTAATGGTATTAAGCACATA
AAACTGGAACCTAAATACTTTTTTTTGTTTTTGTTTCAGAAACAGGGCAACGGTTGTCCT
TAAGTCTTTGGTTATGTACTACATTTTTAAATTTATGTGTTGTCTAGATTGAAGAGTTAT
TCTTATGTTTGTAGCATTCTGTTTTGTGTTCTCATTGATCAAAAGAGGTTTTCAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FA11TF U 1
AF RR1FA11JQ C 273
BS 1 686 RR1FA11TF
BS 687 957 RR1FA11JQ

RD RR1FA11TF 686 0 0
GACCATCAACTTCTCTATTACCAATAGCTTTCCTTTCTTCTCCTGTGTGAAAATGGGTGA
GTTTGTTAACCTAGAGGCAACCGAGCTGAGGCTGGGATTACCAGGAACAGACAATGTATG
TGAAGGAAGAGAAAGAGTCTCTTGCAATAAAAGAGCATTACAAGGTGCCGCTGAGAATGA
GACTGAATCATCAACGATGAAAACGGAAACGTCCCCTCCACGCAAGGCTCAGATTGTTGG
ATGGCCACCAGTTAGGTCTTTCAGGAAGAACATCGTTCAAACAAAGAAGAACGAATCTGA
GAGTGAGGGTGGTCGAGGACTCTATGTGAAAGTAGGTATGGATGGTGCACCATACTTGAG
GAAAATAGATTTGAGTTGTTACAAAGGATACTCAGAGTTACTAAAAGCTTTAGAGATGAT
GTTCAATTTCTCGGTGGGAGAGTATTTTGAGAGAGAAGGATATAAAGGTTCGGAGTTTGT
GCCTACTTATGAAGATAAAGATGGTGACTGGATGCTCATTGGAGATGTTCCATGGGAGAT
GTTTGTATGCACTTGCAAAAGACTGAGGATCATGAAAGGATCAGAGGCCAAAGGTTTAGG
ATGTGATGTATGAGACAAAGATTCATGAATCCTAAAAGAGGCACAAGAACCTAAAGAGAG
CAGAGTTTCTTTGGGTCAAGAAAAAA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1FA11JQ 685 0 0
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TAGGTATGGATGGTGCACCATACTTGAGGAAAATAGATTTGAGTTGTTACAAAGGATACT
CAGAGTTACTAAAAGCTTTAGAGATGATGTTCAATTTCTCGGTGGGAGAGTATTTTGAGA
GAGAAGGATATAAAGGTTCGGAGTTTGTGCCTACTTATGAAGATAAAGATGGTGACTGGA
TGCTCATTGGAGATGTTCCATGGGAGATGTTTGTATGCACTTGCAAAAGACTGAGGATCA
TGAAAGGATCAGAGGCCAAAGGTTTAGGATGTGATGTATGAGACAAAGATTCATGAATCC
TAAAAGAGGCACAAGAACCTAAAGAGAGCAGAGTTTCTTTGGGTCAAGAAAAAATCCGGT
TGTGCTCGGGTTGTCGGGGAAGACCTATGTTCAGGATACCTCATCGGTGAATTTGAATGT
AGAGATGCTTAATGGTATTAAGCACATAAAACTGGAACCTAAATACTTTTTTTTGTTTTT
GTTTCAGAAACAGGGCAACGGTTGTCCTTAAGTCTTTGGTTATGTACTACATTTTTAAAT
TTATGTGTTGTCTAGATTGAAGAGTTATTCTTATGTTTGTAGCATTCTGTTTTGTGTTCT
CATTGATCAAAAGAGGTTTTCAAGC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5408Contig1 1219 2 6 U
GAGAGAGAGAGGACATTCGTTTGGGTTTACACCGGTCAGATTACATGCTTGACGAGCAAA
CAAAATCGCTTCTTCAGATAGAGATGAATACTATTTCGTGTTCCTTTCCAGGCTTTGGTC
CTCTTGTTACCAAGCTACACCAGTCATTGCTAAGATCTTATGGGGATCATCTTGGGCTAG
ACTCAGAACGTGTACCTAAAAATGCATCAACAATCCAGTTTGCTGACGCAATGGCTAGAG
CTTGGTTGGAGTACAATAACCCAAGAGCGGTTGTTATGGTCGTTGTGCAGCCTGATGAGC
GCAACATGTACGATCAACATTGGCTAAGCAGTGTATTGAGAGAAAAGCACAATATAGTAA
CCATCAGGAAGTCTTTAGCAGAAGTTGAAAATGAAGGGCGTGTACATGAGGACGGTACTC
TTATTGTTGGCGGCCAAGCAGTCTCGGTGGTTTATTACAGATCAGGCTATACTCCTAGAG
ATTATCCCTCTGAATCAGAATGGAATGCTAGGTTGCTTATAGAGCAGTCAGCAGCTGTCA
AGTGCCCTTCTATATCTTATCACTTAGCTGGCACCAAGAAGATCCAGCAAGAACTCGCTA
AACCAGGTGTTCTCGAGAGGTTTATGGAGAACAAAGATGACATAGCTAAGCTGAGGAAAT
GCTTTGCTGGGCTTTGGAGCTTGGACGATCCAGAAATCATCAAGAAAGCTATTGAAAAAC
CTGAGTTGTTTGTCATGAAGCCTCAGAGAGAAGGAGGAGGTAATAACATCTATGGAGATG
ATGTGAGGGAAAATCTTCTGAGATTGCAGAGAGAAGGAGAGGAAGAAAACGCTGCGTATA
TCCTGATGCAGAGGATATTCCCAAAAGTGTCAAACGTGTTCTTGCTGCGAGACGGTGTTT
ACCATAAAGATCAAGCTATATCAGAACTAGGAGTCTATGGTGCTTACCTCAGGAACAAGG
AGAGAGTTATAATAAACGAGCAGAGTGGTTATCTGATGCGCACAAAGGTCTCTTCATCAG
ATGAAGGTGGTGTTGCGGCTGGTTATGCTGTATTGGACAGCATTTATCTGAATTGAGATG
GGATCACATTCACTAATCATCCTGATTGATTCATGTTTATGCTGGTTCATTTTCTTTTTT
TTCTTTAGTCTTCCTGCTTGCTTGTTTAAGATTTGTGTACTGATTCATGAAGATCTATAA
AACAAGATTAGACAGAGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AA62TF U 1
AF RR1AA62JQ C 429
BS 1 816 RR1AA62TF
BS 817 817 RR1AA62JQ
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BS 827 853 RR1AA62TF
BS 854 1219 RR1AA62JQ

RD RR1AA62TF 859 0 0
GAGAGAGAGAGGACATTCGTTTGGGTTTACACCGGTCAGATTACATGCTTGACGAGCAAA
CAAAATCGCTTCTTCAGATAGAGATGAATACTATTTCGTGTTCCTTTCCAGGCTTTGGTC
CTCTTGTTACCAAGCTACACCAGTCATTGCTAAGATCTTATGGGGATCATCTTGGGCTAG
ACTCAGAACGTGTACCTAAAAATGCATCAACAATCCAGTTTGCTGACGCAATGGCTAGAG
CTTGGTTGGAGTACAATAACCCAAGAGCGGTTGTTATGGTCGTTGTGCAGCCTGATGAGC
GCAACATGTACGATCAACATTGGCTAAGCAGTGTATTGAGAGAAAAGCACAATATAGTAA
CCATCAGGAAGTCTTTAGCAGAAGTTGAAAATGAAGGGCGTGTACATGAGGACGGTACTC
TTATTGTTGGCGGCCAAGCAGTCTCGGTGGTTTATTACAGATCAGGCTATACTCCTAGAG
ATTATCCCTCTGAATCAGAATGGAATGCTAGGTTGCTTATAGAGCAGTCAGCAGCTGTCA
AGTGCCCTTCTATATCTTATCACTTAGCTGGCACCAAGAAGATCCAGCAAGAACTCGCTA
AACCAGGTGTTCTCGAGAGGTTTATGGAGAACAAAGATGACATAGCTAAGCTGAGGAAAT
GCTTTGCTGGGCTTTGGAGCTTGGACGATCCAGAAATCATCAAGAAAGCTATTGAAAAAC
CTGAGTTGTTTGTCATGAAGCCTCAGAGAGAAGGAGGAGGTAATAACATCTATGGAGATG
ATGTGAGGGAAAATCTTCTGAGATTGCAGAGAGAAG*AGAGGAG**AAACGCTGCGTATA
TCCTGATGCAGAG
ATATTC

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR1AA62JQ 791 0 0
GGCGGCCAAGCAGTCTCGGTGGTTTATTACAGATCAGGCTATACTCCTAGAGATTATCCC
TCTGAATCAGAATGGAATGCTAGGTTGCTTATAGAGCAGTCAGCAGCTGTCAAGTGCCCT
TCTATATCTTATCACTTAGCTGGCACCAAGAAGATCCAGCAAGAACTCGCTAAACCAGGT
GTTCTCGAGAGGTTTATGGAGAACAAAGATGACATAGCTAAGCTGAGGAAATGCTTTGCT
GGGCTTTGGAGCTTGGACGATCCAGAAATCATCAAGAAAGCTATTGAAAAACCTGAGTTG
TTTGTCATGAAGCCTCAGAGAGAAGGAGGAGGTAATAACATCTATGGAGATGATGTGAGG
GAAAATCTTCTGAGATTGCAGAGAGAAGGAGAGGAAGAAAACGCTGCGTATATCCTGATG
CAGAGGATATTCCCAAAAGTGTCAAACGTGTTCTTGCTGCGAGACGGTGTTTACCATAAA
GATCAAGCTATATCAGAACTAGGAGTCTATGGTGCTTACCTCAGGAACAAGGAGAGAGTT
ATAATAAACGAGCAGAGTGGTTATCTGATGCGCACAAAGGTCTCTTCATCAGATGAAGGT
GGTGTTGCGGCTGGTTATGCTGTATTGGACAGCATTTATCTGAATTGAGATGGGATCACA
TTCACTAATCATCCTGATTGATTCATGTTTATGCTGGTTCATTTTCTTTTTTTTCTTTAG
TCTTCCTGCTTGCTTGTTTAAGATTTGTGTACTGATTCATGAAGATCTATAAAACAAGAT
TAGACAGAGCC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL5409Contig1 1262 2 4 U
GCAGGTGTATTGGTGGCGACGGAGCTCTCTCTCTCTCGGTGGCGGCTCCGGTTCGTCGAA
GCAGTGGTCCGGGACTGTCCTATGATGATATGGAGGAGAGGTTGGCGGGTGTTCCCGTTG
CTTCGACAAACACGTTTACTCAACCAGATGAAGATGCGGAGGCGTTGTTCAACAAGATGA
AGATTATGGAAGTCTCTGGGTTATGTTGTTCTGTAAGGAGGAAGATGCGGAGGCGTTGCT
CAACCAGATGAAGATTATAGACCCTCGGATTAAGAAAGAAGGTTCCAAAGTTGTTGCTCT
TGCTCTTTAGTAAGGTGTTCCAGTTAAAAGTTAATGGTGTGGCGTTTAGGTTGATTCTTG
AGTCTACTCAAGTTAAAAATGCTCTCAAGGTATGTTGATTTTGGTGTTAATAATATTGTT
ACAGATAATGTGTCAAGAGATTATGCATTATGTATTTGGCCTTAGATATTGTGCTGAGGT
TTCTGGTAAAACAAGCATTTTTTTTTCTTTAATCATCTCATCTATAGTTTGTTTTCTTCA
AAACTGCGCTACTAGCATTCAGTTTTGGTACATTTTTACACATTGGTCTTATGGATATGA
ACTTCTTTGTAGTAGTTGCGCGTAGTTTCTAAATGTATATCTCTTTGTAAACAAGCATTT
TTTTTCTTTAATTATCTCATCTATAGTTTGTGTAATCATCAGTTTTGATCCAAAAACCTT
TAATATATTGAGTGTTTTTATTTGAAAATATATTAAGTGTAAAGCTTCTGTTTTTATTTG
TTTGTTTGAAACATTAACTAGTTTCTGTGTGTTTGTGTGACTGTGTCTTAACATACGAGG
ATGGAGGGTAGAAGCCGAAGGAAGCTCATTCAAAGCAGAGGAGTACATTTGGTCTTCGCG
AGACAGAAATGGATAAACGAACGAGGTGGATACATTCGGTATGAGGTGGTGTGGATACAT
TCGGTATGATATTTCAGGGTTCCAAGATGGAGAAGGTTCACATGTCGATCTCAACTTTTC
TACAAATACAGATTCAATGATCCCCGATATGATTCCTACTGAAACTACAATTCGTGATAT
ACAAATGCATCAACAACTGAAAGATGATTTGGTTCAACATATATGGCATAAATTTGGACA
TGAAGGAGACAACAACTGATCTCGGGACCAGATTTCAAATTATTCTCTTTTATTTACTAA
TGTATTTTTTATGTTTTTATTTCAATCTATGTTTTAATTGTTATCTTTTAATATGTTTCA
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BQ
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TATAGTTTGTTT*CTTCAAAACTGCGCTACTAGCATTCAGTTTTGGTACATTTTTACACA
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CTTTGTAAACAAGCATTTTTTTTCTTTAATTATCTCATCTATAGTTTGTGTAATCATCAG
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DS 



AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DD95TF U 1
AF RR1DD95JQ C 285
BS 1 501 RR1DD95TF
BS 502 976 RR1DD95JQ

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TTCGGTTTGGGAAAGTTAACTGGTGTTTTAGTAATCAGTGTTGCTCTGCGGTCTAAAACA
GGAATTAAGGTTGATGATGTTATTCTGGCAGTTGATGATTACCCGGTTGGCAACAATGGC
GATGTTTATGTGACCGGAGGTTATGGGATAAACTTGTCTGGATATATAGCTTTTAGAGAA
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CACTTACGTAAGGCTCGCTTCGACCTTAGTAAATTCCTTGTGCCAGATTATTGTATTTTC
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CCATCAATATTGGATACACAA

QA 1 501 1 501
DS 

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AGATTATTGTATTTTCGGTGGACTCGTTTTTGTCGATAACCAATCCGGTTTCAAATAGCT
CAGGTACTTGAACATCCCATCAATATTGGATACACAAGGTTTGCCAAATACATTGTTTAC
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TCGGTGCAGTACTTGCGATTTGGTCTTAGAGGCGGACGAGTGGTAATCGTAGACCGAAGC
CGTTGCGAAGAGGCAAAAGATTCAATTTTGCTCAAAAATGGAATTATGAAGTACTGTTCA
GAAGGGATTGAAGTATAAAGTTGAAGAGGCGCCCGGGGAGCTAGCTAAGCACGCCGTCTC
TGAGGGGACTAAGGCTGTTACTAAGTTTACTAGCTCTTGAATCGTGTCGTGTTGGGTTTG
GCTTAGGGATCTAGATCTGGTCGCTTTTGGTTTTTATCTACTAAGAAAAAGTCGTATGGG
TTATGCTTTATCTAGTTTTTTTTAATGATTTGGTTTGTAATTGTCGGAAGAACATATGTT
ATGGTTTTAATGAATCTCAATCCCTTTTGTCC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL5411Contig1 1090 2 8 U
GGACACGACAAAGCATTTATCTTTCACGGCAAGAAACAACAAAGAGCACCGGTGAAAAAT
GGCTGTTTCCGCAACCAAGAAGCCTTTGTTGTTGTTGTCTCTCTTCTTCTTTGTCGTGGC
TGCATCTGCCGGAAACTTCTACGAGAGCTTTGATATCACTTGGGGAGAGGGTCGTGCCAA
AATACTCGAGGATGGACAGCTTCCCACTTGCACTCTTGACAAGACCTCCGGCTCGGGGTT
TCAATCCAAGAAGGAGTATTTGTACGGTAAGATCGACATGAAGCTCAAGCTTGTCGCTGG
AAACTCCGCTGGTACTGTAACCGCCTACTATCTTTCATCGAAAGGCGCGACATGGGATGA
GATTGACTTCGAGTTCTTGGGAAATCTCACCGGACAGCTTTACACCATCCACACCAATGT
CTTTACCGGAGGTAAAGGTGACCGCGAGATGCAGTTCCATCTCTGGTTCGATCCCACCGC
TGATTTCCACACATACACCGTCCACTGGAACCCTATTAATATCATCTTTCTTGTGGATGG
GATCCCAATCAGGGTGTTCAAGAACAACGAGAAAAGTGGGGTGGGTTTCCCTACGAGCCA
ACCGATGAAAATATACTCAAGCCTTTGGGAAGCTGATGACTGGGCTACGCAAGGCGGTCG
CGTGAAGATTGACTGGAGCAACGCACCATTCAGCGCCTCCTACAGGAGCTTCAACGACCA
AAGCGCATGTAGCAGAACCTCGAACGCAACATGGGTGGCTTGTGACGCAAACAAAGACTC
GTGGATGTGGACCTCTCTCAATAACCACCAGTACGGACAGATGAAGTGGGTGCAGGACGA
ATTTATGATCTACAACTATTGTACCGATTATAAGAGGTTCCCTCAGGGTCTTGCCAAGGA
GTGTAACCTTTAAACCAACTTGGTTAATTTTACTTTGAGAATTTTCGAGCATTTTCGTCA
ATGATTTCTTTTCCCTTTTTGTTTTACTTCATACTTGTGATGATACTTTGATTTATTCTT
TTGGTGTTTCTGGGATACGATAATACACATATATGCAATCTTACTGAGAAAATAACAAGT
TATACTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GM75TF U 1
AF RR1GM75JQ C 342
BS 1 705 RR1GM75TF
BS 706 706 RR1GM75JQ
BS 707 736 RR1GM75TF
BS 737 738 RR1GM75JQ
BS 739 743 RR1GM75TF
BS 744 744 RR1GM75JQ
BS 745 770 RR1GM75TF
BS 771 1090 RR1GM75JQ

RD RR1GM75TF 781 0 0
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GGCTGTTTCCGCAACCAAGAAGCCTTTGTTGTTGTTGTCTCTCTTCTTCTTTGTCGTGGC
TGCATCTGCCGGAAACTTCTACGAGAGCTTTGATATCACTTGGGGAGAGGGTCGTGCCAA
AATACTCGAGGATGGACAGCTTCCCACTTGCACTCTTGACAAGACCTCCGGCTCGGGGTT
TCAATCCAAGAAGGAGTATTTGTACGGTAAGATCGACATGAAGCTCAAGCTTGTCGCTGG
AAACTCCGCTGGTACTGTAACCGCCTACTATCTTTCATCGAAAGGCGCGACATGGGATGA
GATTGACTTCGAGTTCTTGGGAAATCTCACCGGACAGCTTTACACCATCCACACCAATGT
CTTTACCGGAGGTAAAGGTGACCGCGAGATGCAGTTCCATCTCTGGTTCGATCCCACCGC
TGATTTCCACACATACACCGTCCACTGGAACCCTATTAATATCATCTTTCTTGTGGATGG
GATCCCAATCAGGGTGTTCAAGAACAACGAGAAAAGTGGGGTGGGTTTCCCTACGAGCCA
ACCGATGAAAATATACTCAAGCCTTTGGGAAGCTGATGACTGGGCTACGCAAGGCGGTCG
CGTGAAGATTGACTGGAGCAACGCACCATTCAGCGCCTCCTACAG*AGCTTCAACGACCA
AAGCGCATGTAGCAGA**CTCGA*CGCAACATGGGTGGCTTGTGACGCAA
CAAGACTCGTG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1GM75JQ 749 0 0
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ACACCATCCACACCAATGTCTTTACCGGAGGTAAAGGTGACCGCGAGATGCAGTTCCATC
TCTGGTTCGATCCCACCGCTGATTTCCACACATACACCGTCCACTGGAACCCTATTAATA
TCATCTTTCTTGTGGATGGGATCCCAATCAGGGTGTTCAAGAACAACGAGAAAAGTGGGG
TGGGTTTCCCTACGAGCCAACCGATGAAAATATACTCAAGCCTTTGGGAAGCTGATGACT
GGGCTACGCAAGGCGGTCGCGTGAAGATTGACTGGAGCAACGCACCATTCAGCGCCTCCT
ACAGGAGCTTCAACGACCAAAGCGCATGTAGCAGGACCTCGAACGCAACATGGGTGGCTT
GTGACGCAAACAAAGACTCGTGGATGTGGACCTCTCTCAATAACCACCAGTACGGACAGA
TGAAGTGGGTGCAGGACGAATTTATGATCTACAACTATTGTACCGATTATAAGAGGTTCC
CTCAGGGTCTTGCCAAGGAGTGTAACCTTTAAACCAACTTGGTTAATTTTACTTTGAGAA
TTTTCGAGCATTTTCGTCAATGATTTCTTTTCCCTTTTTGTTTTACTTCATACTTGTGAT
GATACTTTGATTTATTCTTTTGGTGTTTCTGGGATACGATAATACACATATATGCAATCT
TACTGAGAAAATAACAAGTTATACTTGGT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL5412Contig1 1042 2 4 U
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GGTCCACTTGTTTCATCCGTGGAAGATGCTCTCTTGGTGTATGCAGCAATCTTGGGTTCT
TCATCTGCTGATAGACTTAACTTAAACCCGACGCCACCCTGTTTTCCGAAGTTAATGTCA
CACAACGGAGGCAATGCTATAGGATCACTACGACTAGGGAAATATACTAGTTGGTTCAAT
GATGTTAATTCAAGTGAAATCTCTGACAAATGCGAAGACATCCTTAAGCTCCTATCAGAC
AGCCATGGTTGTGAAGTAGTGAAAATAGTGGTTCCTGAACTAGAAGAGATGCGTGCAGCT
CATGTTGTGTCGATCGGATCTCCGGCACTGCGTTCTCTTACTCCTTACTGTGGGGCTGGG
AAAAATTCAAAATTACCTTATGATACTCGTACCAGCTTTGCGATCTTCCGGTCATTCTCT
GCTTCAGATTATATTTCTGCTCAGTGTATAAGGCGAAGATTGATGGAGTATCACATGGAT
ATCTTCAAAAACGTTGATGTTATAGTGACCCCTACAACTGGTATGACAGCCCCTGTAATA
CCTCCTGACGCTCTGAAAAATGGAGAAACTAATTTTCAAGTGACAGCTTATTTAATGCGC
TTTGTTTTAGCTGCAAATCTCCTGGGCTTCCCGGCTATATCTGTACCCGTTGGGTATGAT
AAGGAAGGGCTTCCAATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCTTGGGCTGAAGCTACCGTC
CTTGCTTTAGCTGCTGCTGTTGAGGAACTTGCTCCAGTTACCAAGAAGCCTGCTGTATTT
CACGATGTTCTCAATACAAAACAGAGTCCATACTGATTTGTCACAGAAGTGAAAAGGGCA
AAGATCTTCTCTGAATGCAATGGGATATATATCATTTATCTCTCTTATTACATTTTCATT
GATTGTGTGTATTTTCAGGTTAACTACCCTGACATTATTTATAAAGATTAAAAGCAATAA
GTAGTCTTGTATTTTGAGGTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EG03TF U 1
AF RR1EG03JQ C 296
BS 1 321 RR1EG03TF
BS 322 322 RR1EG03JQ
BS 323 719 RR1EG03TF
BS 720 1042 RR1EG03JQ

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GCATATGGTCGCACAGATATGACAGGGTCATTATGTGAAGGTGGAACAGTGGAAACTATT
GGTCCACTTGTTTCATCCGTGGAAGATGCTCTCTTGGTGTATGCAGCAATCTTGGGTTCT
TCATCTGCTGATAGACTTAACTTAAACCCGACGCCACCCTGTTTTCCGAAGTTAATGTCA
CACAACGGAGGCAATGCTATAGGATCACTACGACTAGGGAAATATACTAGTTGGTTCAAT
GATGTTAATTCAAGTGAAATCTCTGACAAATGCGAAGACATCCTTAAGCTCCTATCAGAC
AGCCATGGTTGTGAAGTAGTGGAAATAGTGGTTCCTGAACTAGAAGAGATGCGTGCAGCT
CATGTTGTGTCGATCGGATCTCCGGCACTGCGTTCTCTTACTCCTTACTGTGGGGCTGGG
AAAAATTCAAAATTACCTTATGATACTCGTACCAGCTTTGCGATCTTCCGGTCATTCTCT
GCTTCAGATTATATTTCTGCTCAGTGTATAAGGCGAAGATTGATGGAGTATCACATGGAT
ATCTTCAAAAACGTTGATGTTATAGTGACCCCTACAACTGGTATGACAGCCCCTGTAATA
CCTCCTGACGCTCTGAAAAATGGAGAAACTAATTTTCAAGTGACAGCTTATTTAATGCGC
TTTGTTTTAGCTGCAAATCTCCTGGGCTTCCCGGCTATATCTGTACCCGTTGGGTATGA

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1EG03JQ 747 0 0
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CAGCTCATGTTGTGTCGATCGGATCTCCGGCACTGCGTTCTCTTACTCCTTACTGTGGGG
CTGGGAAAAATTCAAAATTACCTTATGATACTCGTACCAGCTTTGCGATCTTCCGGTCAT
TCTCTGCTTCAGATTATATTTCTGCTCAGTGTATAAGGCGAAGATTGATGGAGTATCACA
TGGATATCTTCAAAAACGTTGATGTTATAGTGACCCCTACAACTGGTATGACAGCCCCTG
TAATACCTCCTGACGCTCTGAAAAATGGAGAAACTAATTTTCAAGTGACAGCTTATTTAA
TGCGCTTTGTTTTAGCTGCAAATCTCCTGGGCTTCCCGGCTATATCTGTACCCGTTGGGT
ATGATAAGGAAGGGCTTCCAATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCTTGGGCTGAAGCTA
CCGTCCTTGCTTTAGCTGCTGCTGTTGAGGAACTTGCTCCAGTTACCAAGAAGCCTGCTG
TATTTCACGATGTTCTCAATACAAAACAGAGTCCATACTGATTTGTCACAGAAGTGAAAA
GGGCAAAGATCTTCTCTGAATGCAATGGGATATATATCATTTATCTCTCTTATTACATTT
TCATTGATTGTGTGTATTTTCAGGTTAACTACCCTGACATTATTTATAAAGATTAAAAGC
AATAAGTAGTCTTGTATTTTGAGGTTA

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL5413Contig1 432 2 2 U
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CACCAATATATATCACACATTTATGTTTATACATTGTTTCCAAATCGCATGCATTGTTAC
ACACCCATGCATCGATCGTCTTACTACAGATTGCATGACTTTTATTTAATCGCGACCGAG
CTTAAGTACCAAGACACTCCACATACTTAATAATTATACATCACCATCATGCACCCGTCG
CATTTAAGTTCTAAATTAAACTCACATAAAATTCACATGCGTGCCGAATTTGAAGTGTTT
GGGAGAACTTGGGAGAGAGATCCAAAACTCTCTGAATCTCTTTCTTTCATCTTCTTAATT
TATGCGGTTGCGTGGAAGTTTATACCTATGAAGAGAAGCTATGACTGAGCATTCAAAGTG
TGTGGATGCTCC


BQ
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AF RR1H132TF C 1
AF RR1H132JQ U 18
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BS 18 432 RR1H132JQ

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CACCAATATATATCACACATTTATGTTTATACATTGTTTCCAAATCGCATGCATTGTTAC
ACACCCATGCATCGATCGTCTTACTACAGATTGCATGACTTTTATTTAATCGCGACCGAG
CTTAAGTACCAAGACACTCCACATACTTAATAATTATACATCACCATCATGCACCCGTCG
CATTTAAGTTCTAAATTAAACTCACATAAAATTCACATGCGTGCCGAATTTGAAGTGTTT
GGGAGAACTTGGGAGAGAGATCCAAAACTCTCTGAATCTCTTTCTTTCATCTTCTTAATT
TATGCGGTTGCGTGGAAGTTTATACCTATGAAGAGAAGCTATGACTGAGCATTCAAAGTG
TGTGGATGCTCC

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR1H132JQ 415 0 0
GGAACTAGACATATTTAACACAATAACATTAGTACATTACAACCACCAATATATATCACA
CATTTATGTTTATACATTGTTTCCAAATCGCATGCATTGTTACACACCCATGCATCGATC
GTCTTACTACAGATTGCATGACTTTTATTTAATCGCGACCGAGCTTAAGTACCAAGACAC
TCCACATACTTAATAATTATACATCACCATCATGCACCCGTCGCATTTAAGTTCTAAATT
AAACTCACATAAAATTCACATGCGTGCCGAATTTGAAGTGTTTGGGAGAACTTGGGAGAG
AGATCCAAAACTCTCTGAATCTCTTTCTTTCATCTTCTTAATTTATGCGGTTGCGTGGAA
GTTTATACCTATGAAGAGAAGCTATGACTGAGCATTCAAAGTGTGTGGATGCTCC

QA 1 415 1 415
DS 



AS 1 2

CO CL5414Contig1 1161 2 8 U
GGGATGGTTATGAAAAAATTATTAAGCGTTATTATGCTTATGCATGCAACCGTTGGACTT
TCTTCTAACGTGAGGGGCTTAAGTAAGAACTACTACATGAAGAGCTGTCCTACCGCAGAG
CAGATTGTGAAGAATAGTGTTAACAATGCTCTTCAAGCCGATCCCACTTTAGCCGCAGGT
CTTATCCGTATGTTCTTCCACGACTGTTTCGTTGAGGGATGTGACGCTTCGATTCTGCTA
GATTCAACAAATGACAACACTGCAGAAAAGGATTCGCCTGGGAATCTGAGTCTACGTGGC
TACGAGATCATAGATAATACAAAACAAGAAATCGAGAATAGTTGTCCAGGAGTTGTATCT
TGCGCAGACATACTTGCCATGGCTGCTAGAGATGCTGTTTTTTGGGCTGGTGGTCCATAT
TATCAAATATCTAAAGGAAGATTTGATGGTAAAAGATCCAAGATAGAAGATACAAAAAAT
CTTCTTCCGCCTTCTTTAAATGCCTCTCAACTCATTCAGGCTTTTGGCCGACGTGGGTTC
AGTCCGAAGGATGTTGTTGCTCTCTCTGGAGCTCATCCCCTTGGAGTTGCACGATGCTCA
TCCTTCAAGGCTAGACTTATGACCCCAGATTCTTCGGTGGACTCTTCCTTTGCAAACACT
CTCTCTAAAACTTGCAGTGCCGGTGACAATGCAGAGCAACCACTTGATGCCACACGCAAC
GATTTCGACAATGCTTATTTCAATGCGCTACAGATGAATTCAGGAGTCCTCTTTTCAGAC
CAAACCTTATTCAACACTCCAGTGACCAGGAATCTTGTTATTGGCTATGCCTTTAACCAA
TCCAAGTTTTTCTTTGATTTCCAAAAGGCCATGCGCAAAATGAGCAAGCTCAATGTCAAA
AATAGCTCTCAAGGTGACGTCCGTAAACATTGTCGCTGTCTTAACTAAGCATGTCCCAAA
TATATTTATGATTATCTGTACCATTGCTCCCACCATTGGTTATTATATGTATCTCTATGA
TATGATTCATGACGAATCACTTGTGCACCATGTAAAAACTTGGTGTCCGTTTTATGCTGT
TGTGTACTACTTATTGTTTGTGTATCTAATAAAAACGTCTGACGTTTGTCTATGTATATA
GCGAGTGTGTTTCCTTATTAG


BQ
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AF RR1DD46TF U 1
AF RR1DD46JQ C 495
BS 1 742 RR1DD46TF
BS 743 743 RR1DD46JQ
BS 744 780 RR1DD46TF
BS 781 781 RR1DD46JQ
BS 782 793 RR1DD46TF
BS 794 794 RR1DD46JQ
BS 795 806 RR1DD46TF
BS 807 1161 RR1DD46JQ

RD RR1DD46TF 808 0 0
GGGATGGTTATGAAAAAATTATTAAGCGTTATTATGCTTATGCATGCAACCGTTGGACTT
TCTTCTAACGTGAGGGGCTTAAGTAAGAACTACTACATGAAGAGCTGTCCTACCGCAGAG
CAGATTGTGAAGAATAGTGTTAACAATGCTCTTCAAGCCGATCCCACTTTAGCCGCAGGT
CTTATCCGTATGTTCTTCCACGACTGTTTCGTTGAGGGATGTGACGCTTCGATTCTGCTA
GATTCAACAAATGACAACACTGCAGAAAAGGATTCGCCTGGGAATCTGAGTCTACGTGGC
TACGAGATCATAGATAATACAAAACAAGAAATCGAGAATAGTTGTCCAGGAGTTGTATCT
TGCGCAGACATACTTGCCATGGCTGCTAGAGATGCTGTTTTTTGGGCTGGTGGTCCATAT
TATCAAATATCTAAAGGAAGATTTGATGGTAAAAGATCCAAGATAGAAGATACAAAAAAT
CTTCTTCCGCCTTCTTTAAATGCCTCTCAACTCATTCAGGCTTTTGGCCGACGTGGGTTC
AGTCCGAAGGATGTTGTTGCTCTCTCTGGAGCTCATCCCCTTGGAGTTGCACGATGCTCA
TCCTTCAAGGCTAGACTTATGACCCCAGATTCTTCGGTGGACTCTTCCTTTGCAAACACT
CTCTCTAAAACTTGCAGTGCCGGTGACAATGCAGAGCAACCACTTGATGCCACACGCAAC
GATTTCGACAATGCTTATTTCA*TGCGCTACAGATGAATTCAGGAGTCCTCTTTTCAGAC
*AAACCTTATTCA*CACTCCAGTGAC
AG

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1DD46JQ 667 0 0
TTTAAATGCCTCTCAACTCATTCAGGCTTTTGGCCGACGTGGGTTCAGTCCGAAGGATGT
TGTTGCTCTCTCTGGAGCTCATCCCCTTGGAGTTGCACGATGCTCATCCTTCAAGGCTAG
ACTTATGACCCCAGATTCTTCGGTGGACTCTTCCTTTGCAAACACTCTCTCTAAAACTTG
CAGTGCCGGTGACAATGCAGAGCAACCACTTGATGCCACACGCAACGATTTCGACAATGC
TTATTTCAATGCGCTACAGATGAATTCAGGAGTCCTCTTTTCAGACCAAACCTTATTCAA
CACTCCAGTGACCAGGAATCTTGTTATTGGCTATGCCTTTAACCAATCCAAGTTTTTCTT
TGATTTCCAAAAGGCCATGCGCAAAATGAGCAAGCTCAATGTCAAAAATAGCTCTCAAGG
TGACGTCCGTAAACATTGTCGCTGTCTTAACTAAGCATGTCCCAAATATATTTATGATTA
TCTGTACCATTGCTCCCACCATTGGTTATTATATGTATCTCTATGATATGATTCATGACG
AATCACTTGTGCACCATGTAAAAACTTGGTGTCCGTTTTATGCTGTTGTGTACTACTTAT
TGTTTGTGTATCTAATAAAAACGTCTGACGTTTGTCTATGTATATAGCGAGTGTGTTTCC
TTATTAG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL5415Contig1 500 2 2 U
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TGAAATATTGGTGCTTGAGAAGATCCTAGGAAGTAAGAATCCGGCAGACATGCTGACGAA
GACTGTGCCGTATGATAAGCTGAGGTTGTGTGCAACCTCAGTTGGCTTGTTAGAGTAACA
AGCTGGGAAGACCTGCTACATTGATCAATGTGTGAAGACAGATTGAAATCAGTCTTCAAG
TGGGAGATTGTAAGTTAAAAATCACGTTTTCATTATTGGACGGTGAAAAGAAAGTGGTTA
AATGGAGACATGGTGAAAATAAAGTCAAAAAGAAAGGTTGATGATTTTGTCAACAACTAC
TTCTCACCAACCTGTCAAGCTCTTCCTATAAATACGTGATGCATCTCGTTATTGCTCTTC
ATCCCAAAACAAAAACAAAGAGAGAACAAAAGAAGAAAAGAGTTCGTGGAGAAGAAAAGA
AAATAAATTTTTTTTTTTTC


BQ
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AF RR1GO95TF U 1
AF RR1GO95JQ C 1
BS 1 415 RR1GO95TF
BS 416 500 RR1GO95JQ

RD RR1GO95TF 415 0 0
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TGAAATATTGGTGCTTGAGAAGATCCTAGGAAGTAAGAATCCGGCAGACATGCTGACGAA
GACTGTGCCGTATGATAAGCTGAGGTTGTGTGCAACCTCAGTTGGCTTGTTAGAGTAACA
AGCTGGGAAGACCTGCTACATTGATCAATGTGTGAAGACAGATTGAAATCAGTCTTCAAG
TGGGAGATTGTAAGTTAAAAATCACGTTTTCATTATTGGACGGTGAAAAGAAAGTGGTTA
AATGGAGACATGGTGAAAATAAAGTCAAAAAGAAAGGTTGATGATTTTGTCAACAACTAC
TTCTCACCAACCTGTCAAGCTCTTCCTATAAATACGTGATGCATCTCGTTATTGC

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR1GO95JQ 500 0 0
GCACGCTCGGACGAAGCACATACATCGTCGATATCATTTCATCAGATCAGCGTTAGAAGA
TGAAATATTGGTGCTTGAGAAGATCCTAGGAAGTAAGAATCCGGCAGACATGCTGACGAA
GACTGTGCCGTATGATAAGCTGAGGTTGTGTGCAACCTCAGTTGGCTTGTTAGAGTAACA
AGCTGGGAAGACCTGCTACATTGATCAATGTGTGAAGACAGATTGAAATCAGTCTTCAAG
TGGGAGATTGTAAGTTAAAAATCACGTTTTCATTATTGGACGGTGAAAAGAAAGTGGTTA
AATGGAGACATGGTGAAAATAAAGTCAAAAAGAAAGGTTGATGATTTTGTCAACAACTAC
TTCTCACCAACCTGTCAAGCTCTTCCTATAAATACGTGATGCATCTCGTTATTGCTCTTC
ATCCCAAAACAAAAACAAAGAGAGAACAAAAGAAGAAAAGAGTTCGTGGAGAAGAAAAGA
AAATAAATTTTTTTTTTTTC

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 2

CO CL5416Contig1 1194 2 2 U
GGCTGAGGCGATCTTAAGGTCCAGAGCAGGACTTGGAAGGCCACAACAACCAACTGGATC
ATTCTTATTCCTTGGCCCAACTGGTGTTGGCAAAACTGAGCTTGCTAAGGCTCTTGCTGA
GCAGCTCTTTGATGACGAAAACCTCTTGGTTCGGATTGATATGTCTGAGTATATGGAACA
GCACTCTGTCTCTCGCCTCATTGGAGCACCGCCTGGCTATGTTGGTCACGAGGAAGGAGG
ACAATTAACTGAGGCTGTGAGGAGGCGACCTTACTGTGTAATACTCTTTGATGAAGTAGA
GAAAGCCCATGTTGCTGTCTTCAACACTTTGCTTCAAGTGTTGGACGATGGGAGATTGAC
AGACGGCCAAGGAAGGACTGTGGATTTCAGGAACTCGGTGATAATCATGACATCAAACCT
TGGTGCAGAGCATCTACTTTCAGGGCTAACTGGGAAAGTGTCTATGCAAGTGGCCCGGGA
ATGTGTGATGCAGGAGGTGAGAAAGCACTTCAGACCGGAGCTCCTTAACAGGCTTGACGA
GATTGTGGTGTTCGATCCCCTTTCGCATGACCAGTTGAGGAAAGTTGCCCGTCTCCAAAT
GAAAGACGTCGCTGTCCGGCTTGCTGAGAGAGGTGTTGCTCTTGCAGTCACCGATGCTGC
TTTAGACTACATTTTAGCTGAGAGTTATGACCCGGTGTATGGTGCTAGGCCAATAAAGGA
GATGGATGGAGAAGAAGGTGGTGACAGAGTTGTCAAAGATGGTTGTGCGTGAGGAGATCG
ATGAGAACTCCACCGTTTACATAGATGCAGGAAGTGGTGGATCTGATCTTGTGTACCGTG
TTGAGAAGAATGGAGGGCTAGTGAACGCTACTACAGGACAGAAGTCAGATGTGTTGATTC
ATATTGCTAATGGTCCGAAGAGAAGTGATGCAGCTCAAGCTGTGAAGAAGATGAGGATTG
AAGAAATAGAAGACGAGGAAATGGTTGAGGACTGAAGTCTTTGACCTGTTAAGTGTCTCC
AATGTTTTTTTCTTTGAGGTGTTTTAGTTTCAGCTTTTGGAGTGTGAAGAGACTCGTGCT
CTGTTTTTTATCCTTTCTGGATCGACTTCTTTGGTGGGCTTTGAAGTATATTACAAATGG
TGTTAAGCTGTAAAAAATCTACCTTATGATGAAATAAAATCAGTTTACTTATAT


BQ
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AF RR1AV67TF U 1
AF RR1AV67JQ C 426
BS 1 728 RR1AV67TF
BS 729 1194 RR1AV67JQ

RD RR1AV67TF 728 0 0
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ATTCTTATTCCTTGGCCCAACTGGTGTTGGCAAAACTGAGCTTGCTAAGGCTCTTGCTGA
GCAGCTCTTTGATGACGAAAACCTCTTGGTTCGGATTGATATGTCTGAGTATATGGAACA
GCACTCTGTCTCTCGCCTCATTGGAGCACCGCCTGGCTATGTTGGTCACGAGGAAGGAGG
ACAATTAACTGAGGCTGTGAGGAGGCGACCTTACTGTGTAATACTCTTTGATGAAGTAGA
GAAAGCCCATGTTGCTGTCTTCAACACTTTGCTTCAAGTGTTGGACGATGGGAGATTGAC
AGACGGCCAAGGAAGGACTGTGGATTTCAGGAACTCGGTGATAATCATGACATCAAACCT
TGGTGCAGAGCATCTACTTTCAGGGCTAACTGGGAAAGTGTCTATGCAAGTGGCCCGGGA
ATGTGTGATGCAGGAGGTGAGAAAGCACTTCAGACCGGAGCTCCTTAACAGGCTTGACGA
GATTGTGGTGTTCGATCCCCTTTCGCATGACCAGTTGAGGAAAGTTGCCCGTCTCCAAAT
GAAAGACGTCGCTGTCCGGCTTGCTGAGAGAGGTGTTGCTCTTGCAGTCACCGATGCTGC
TTTAGACTACATTTTAGCTGAGAGTTATGACCCGGTGTATGGTGCTAGGCCAATAAAGGA
GATGGATG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1AV67JQ 769 0 0
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TGATGCAGGAGGTGAGAAAGCACTTCAGACCGGAGCTCCTTAACAGGCTTGACGAGATTG
TGGTGTTCGATCCCCTTTCGCATGACCAGTTGAGGAAAGTTGCCCGTCTCCAAATGAAAG
ACGTCGCTGTCCGGCTTGCTGAGAGAGGTGTTGCTCTTGCAGTCACCGATGCTGCTTTAG
ACTACATTTTAGCTGAGAGTTATGACCCGGTGTATGGTGCTAGGCCAATAA*GGAGATGG
ATGGAGAAGAAGGTGGTGACAGAGTTGTCAAAGATGGTTGTGCGTGAGGAGATCGATGAG
AACTCCACCGTTTACATAGATGCAGGAAGTGGTGGATCTGATCTTGTGTACCGTGTTGAG
AAGAATGGAGGGCTAGTGAACGCTACTACAGGACAGAAGTCAGATGTGTTGATTCATATT
GCTAATGGTCCGAAGAGAAGTGATGCAGCTCAAGCTGTGAAGAAGATGAGGATTGAAGAA
ATAGAAGACGAGGAAATGGTTGAGGACTGAAGTCTTTGACCTGTTAAGTGTCTCCAATGT
TTTTTTCTTTGAGGTGTTTTAGTTTCAGCTTTTGGAGTGTGAAGAGACTCGTGCTCTGTT
TTTTATCCTTTCTGGATCGACTTCTTTGGTGGGCTTTGAAGTATATTACAAATGGTGTTA
AGCTGTAAAAAATCTACCTTATGATGAAATAAAATCAGTTTACTTATAT

QA 1 769 1 769
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TGAAAACTTTGATGATTTGCTTATTGGTGATTTGTAGTGTCGTGATAATAGGAAATGCAG
CAGAAGTGTCGGGTAAGCATTTAGATCCAGGGGTGCTTAACCGTTGCTTGGGTCCTAACC
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GTGGTTGCCAGAAAAGTCAACATTGCCGTCCAGATTAAAACTTTGTGGTGTTAAACTAAC
ATTAACCCAAGAATCCTAATACATGATTTCTGATACTATATTTACATATAGACAAAGATT
ATGCACTCTGTAATATGTTATTACTATTATTATTATTATTATCATATCGTTGTAC


BQ
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AF RR1B011JQ C 1
AF RR1B011TF U 1
BS 1 415 RR1B011TF

RD RR1B011JQ 415 0 0
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TGAAAACTTTGATGATTTGCTTATTGGTGATTTGTAGTGTCGTGATAATAGGAAATGCAG
CAGAAGTGTCGGGTAAGCATTTAGATCCAGGGGTGCTTAACCGTTGCTTGGGTCCTAACC
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DS 

RD RR1B011TF 415 0 0
GGATTTAAAAAAAAAAAACACAAGATTAAAATTTATTTTTGAATAAGAAGAGGATAATCA
TGAAAACTTTGATGATTTGCTTATTGGTGATTTGTAGTGTCGTGATAATAGGAAATGCAG
CAGAAGTGTCGGGTAAGCATTTAGATCCAGGGGTGCTTAACCGTTGCTTGGGTCCTAACC
CGCCACCCGGATGTCAGGTTCCCGATTCCAAGGAGAAAACTCCAGCTCACGATTATCGTC
GTGGTTGCCAGAAAAGTCAACATTGCCGTCCAGATTAAAACTTTGTGGTGTTAAACTAAC
ATTAACCCAAGAATCCTAATACATGATTTCTGATACTATATTTACATATAGACAAAGATT
ATGCACTCTGTAATATGTTATTACTATTATTATTATTATTATCATATCGTTGTAC

QA 1 415 1 415
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTCTTTTTTTTTGTTGCAGTCTTATTTGCATAAACATATAATTCGACTTGATCTTACC


BQ
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AF RR1BU70JQ C 1
AF RR1BU70TF U 1
BS 1 298 RR1BU70TF

RD RR1BU70JQ 298 0 0
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GATTTGTAACCTTTGGTTTTGCAGAGAGGCTTTCTCTGGTTTCGAAGCAGAGCTTGTCGC
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AGTCCTTGCAATTGTTGACAACTCTAAACAAATTCTCAAGGTATATATTGACATTGATAA
TTCTTTTTTTTTGTTGCAGTCTTATTTGCATAAACATATAATTCGACTTGATCTTACC

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR1BU70TF 298 0 0
GAGTTGAAGAGTGTCGTTGTGCTTCCTATCATCTTGTTCCTCTCTGAAACTTTTGGTCTA
GATTTGTAACCTTTGGTTTTGCAGAGAGGCTTTCTCTGGTTTCGAAGCAGAGCTTGTCGC
AGAGTTCAACGAGAAGAAGATACAGTCGATAGTCAACGACTATGGAATTGGCCTTAGCCA
AGTCCTTGCAATTGTTGACAACTCTAAACAAATTCTCAAGGTATATATTGACATTGATAA
TTCTTTTTTTTTGTTGCAGTCTTATTTGCATAAACATATAATTCGACTTGATCTTACC

QA 1 298 1 298
DS 



AS 1 2

CO CL5421Contig1 418 2 1 U
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GATTTCTTCAACAAGTTCGAAGATGATTTCGACGACACCGATATCAACTGATCTTCTTTA
GTTCTCTAAGGTTTCAGATTTCCCCTTGTTGCGTTTGAGTTTTATGTAATTTTCTGGAAT
AATCTATAAAACCCGTTAATTAGGGATTCTGTGTTTGCGACACCGATAAGTATGACTTTG
CGATTTGGTTTTATGGGGTTTTGCTTACTTGCTTATCCGATTCATCATTTGTGTACCG


BQ
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AF RR1C774JQ C 1
AF RR1C774TF U 1
BS 1 418 RR1C774TF

RD RR1C774JQ 418 0 0
GGGAAAGAGAAGAGAAGAGACGAGAAAAAGAGGAGAAGAGACGTGAGGCCGATGCAACTG
GATATGTTGGCGGAGATGGAGGATGCAGGTTCTTCAATGGCCATGGACGTAGATGACATC
GAAGCCATGGAGATGCTCAGCGAAGGAGGGCTTATCGCTGAGAACAAGCTCGCCGACGCC
GATTTTTTCAACAAGTTCGAAGATGATTTCGACGACACCGATATCAACTGATCTTCTTTA
GTTCTCTAAGGTTTCAGATTTCCCCTTGTTGCGTTTGAGTTTTATGTAATTTTCTGGAAT
AATCTATAAAACCCGTTAATTAGGGATTCTGTGTTTGCGACACCGATAAGTATGACTTTG
CGATTTGGTTTTATGGGGTTTTGCTTACTTGCTTATCCGATTCATCATTTGTGTACCG

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR1C774TF 418 0 0
GGGAAAGAGAAGAGAAGAGACGAGAAAAAGAGGAGAAGAGACGTGAGGCCGATGCAACTG
GATATGTTGGCGGAGATGGAGGATGCAGGTTCTTCAATGGCCATGGACGTAGATGACATC
GAAGCCATGGAGATGCTCAGCGAAGGAGGGCTTATCGCTGAGAACAAGCTCGCCGACGCC
GATTTCTTCAACAAGTTCGAAGATGATTTCGACGACACCGATATCAACTGATCTTCTTTA
GTTCTCTAAGGTTTCAGATTTCCCCTTGTTGCGTTTGAGTTTTATGTAATTTTCTGGAAT
AATCTATAAAACCCGTTAATTAGGGATTCTGTGTTTGCGACACCGATAAGTATGACTTTG
CGATTTGGTTTTATGGGGTTTTGCTTACTTGCTTATCCGATTCATCATTTGTGTACCG

QA 1 418 1 418
DS 



AS 1 2

CO CL5422Contig1 1196 2 2 U
GACCGCTCCCAAGTCTTCCTTAGAAACAAACAGAGAAGCTGCGTCTCTTGCGCGTTGGTC
CATGACGAAACCGATGTGGTTCCTGTGCAGAGCAGCGATCGTACGGACCACGAGGAAGGC
TCCTCCGTGGTGATGAGCAACGAGACGGAGAGAGATGTGAACGAACCGTTGGTTGTTGGG
TTTGGTGCTGAACAGCTTTCCTTTGAAGGGTTCCCTTCTTCTGCAGCAGCAGCTGACATG
GGAGACGACAAGAGTAGAGAGAGTGAAGAGATGGAGAAGATGATCGATAGGAGCATCAAC
GCCACGATCGTTCTAGCTGCTGGTACTTACGCCATCACCAAACTGCTCACCATCGATCAT
GATTATTGGCATGGATGGACACTGTTTGAGATACTAAGATACGCTCCTCAACATAACTGG
CTTGCTTACGAGGAAGCCTTAAAGAGAAACCCTGTTCTTGCCAAAATGGTCATAAGTGGA
GTTGTGTATTCTGTAGGAGATTGGATAGCTCAGTGTTACGAAGGCAAACCTTTGTTTGAG
ATTGACAGAGCAAGAACGTTGAGATCAGGGCTAGTGGGGTTCACTCTCCACGGCTCTTTG
TCTCATTTCTATTACCAGTTCTGCGAGGAGCTTTTCCCTTTCCAAGATTGGTGGGTTGTT
CCTGCTAAAGTCGCTTTTGATCAAACCGTGTGGTCTGCTATATGGAACAGTATTTACTTC
ACGGTTCTTGGGTTTCTTCGTCTTGAATCGCCTCTCAGCATCTTCAAAGAGTTGAAAGCT
ACGTTCTTGCCTATGCTAACAGCAGGGTGGAAGCTTTGGCCGTTTGCTCATTTGATCACA
TACGGTTTGGTTCCTGTAGAACAACGGCTACTTTGGGTTGATTGTGTGGAACTTATTTGG
GTCACTATACTTTCAACTTACTCAAACGAAAAATCAGAAGCTAGAATCTCGGAGTCTGTC
ATTGAGACTTTTTCGAGTTTTACTACTACATCCATTGATCCCTCCAAGGAATGAGAAAGC
AGCATGCCAAGATTGGGGTTTATGGTCGTGGTATTGTATATATATATACACAGAGTTAGC
CCAATAGAGTGACCAGAGATTTGAGATTGTTACAAAGAGGTGAAAATATTGAAAATTTCA
AATGGGTGGTTCTCTCCATGTGTAAGAAAGTTAACCAGTATCTTGAATATACCCAT


BQ
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BS 802 1196 RR1BF17JQ

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CTTGCTTACGAGGAAGCCTTAAAGAGAAACCCTGTTCTTGCCAAAATGGTCATAAGTGGA
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ATTGACAGAGCAAGAACGTTGAGATCAGGGCTAGTGGGGTTCACTCTCCACGGCTCTTTG
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CCTGCTAAAGTCGCTTTTGATCAAACCGTGTGGTCTGCTATATGGAACAGTATTTACTTC
ACGGTTCTTGGGTTTCTTCGTCTTGAATCGCCTCTCAGCATCTTCAAAGAGTTGAAAGCT
ACGTTCTTGCCTATGCTAACA

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DS 

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TGGTTTGCTATATGGAACAGTATTTACTTCACGGTTCTTGGGTTTCTTCGTCTTGAATCG
CCTCTCAGCATCTTCAAAGAGTTGAAAGCTACGTTCTTGCCTATGCTAACAGCAGGGTGG
AAGCTTTGGCCGTTTGCTCATTTGATCACATACGGTTTGGTTCCTGTAGAACAACGGCTA
CTTTGGGTTGATTGTGTGGAACTTATTTGGGTCACTATACTTTCAACTTACTCAAACGAA
AAATCAGAAGCTAGAATCTCGGAGTCTGTCATTGAGACTTTTTCGAGTTTTACTACTACA
TCCATTGATCCCTCCAAGGAATGAGAAAGCAGCATGCCAAGATTGGGGTTTATGGTCGTG
GTATTGTATATATATATACACAGAGTTAGCCCAATAGAGTGACCAGAGATTTGAGATTGT
TACAAAGAGGTGAAAATATTGAAAATTTCAAATGGGTGGTTCTCTCCATGTGTAAGAAAG
TTAACCAGTATCTTGAATATACCCAT

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

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GGAAACACGAAAAAGAGCATTCAATCTGACGCAACGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAGGAGG
CAGTTATATCAACTCCCCTCTGTTTCTGTAAACCGTCAAGTAGAAACACGACAAACGCGT
TCTCCACCCTCCATTCCCATCCCTCTTCCTCTTCTTCTACGTCGTGCTCTCAGTTTCTAT
TTTTGGTTCTCGATCCGCACCGCGTGTAAGCTTAATCAAAATCTTCAATTGTTCCGATGG
TATTTGGATCGCTTTTCGCTCCTCTCAAATTTTGGGGGAATACTCAGGAACAAGAGCCGC
AGAGAGGGAGGATGCAAGAGATAGATCTTGGCATTCACACAATAAGAAGCCACGGAGGAG
GTCTCGCCTCCAAACACAAGCACGACTGGATCATACTCGTGATCTTGGTCGGCATCGAGA
TCGGCTTGCAACTCATCTCTCCTTTCTACAGATACGTCGGCAAAGACATGATGACAGATC
TCAAGTACCCTTTCAACGACAACACCGTCCCTATCTGGTCAGTGCCCATCTACGCAGTCC
TGCTTCCTATCATAGTCTTCCTCTGCCTCTACATGAAGAGAACATGCGTGTACGATCTTC
ACCACAGCGTTCTCGGACTGCTGTTCACGGTTTTGATTACCGGTATCATCACTGACTCCA
TCAAGCTAGCAACCGGACGTCCTCGTCCTAACTTCTACTGGCGTTGTTTCCCTGATGGGA
AAGAGGTGTACGATGCGTTAGGTGGTGTGGTATGCCATGGTGAACCGGGAGAAGTTAAAG
AAGGTCATAAAAGCTTCCCGAGTGGACACACGTCTTGGTCATTCGCGGGACTTGGTTTCC
TCTCTCTCTACTTGTCTGGCAAAGTCAAGGCCTTTAACAGAGAAGGACATGTGGCTAAGC
TCTGCATCGTGTTCGCTCCTCTGCTCGCGGCTTGTCTTGTGGGGATATCGCGTGTGGATG
ACTACTGGCACCACTGGCAAGACGTCTTTGCTGGAGCTCTCATCGGTCTCTTTGTCGCCG
CTTTTTGTTACCGTCAGTTTTACCCTAACCCTTACCACGAAGAAGGATGGGGTCCTTATG
CGTATTTCAGAGCAGAGCAGGAACGAGGGTCGCAACAAAACGGTGAAGCGTTGAGGACGA
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CAAGATGATTTAATTCTTCTATTTTCATTATTTGCTATTTTCATTTTGGTCGATGGTGAG
AGCCTGTGTGGATGCTATAGTTTGCATGTGTGTACTTTTCTTTAACTGCTACGTGTACTC
TTTTACATTTGTAAGTAAATCAACGCCTTTTGACTGGAG


BQ
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AF RR1E605TF U 1
AF RR1E605JQ C 565
BS 1 725 RR1E605TF
BS 726 726 RR1E605JQ
BS 727 736 RR1E605TF
BS 737 1359 RR1E605JQ

RD RR1E605TF 736 0 0
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TTTTGGTTCTCGATCCGCACCGCGTGTAAGCTTAATCAAAATCTTCAATTGTTCCGATGG
TATTTGGATCGCTTTTCGCTCCTCTCAAATTTTGGGGGAATACTCAGGAACAAGAGCCGC
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TGCTTCCTATCATAGTCTTCCTCTGCCTCTACATGAAGAGAACATGCGTGTACGATCTTC
ACCACAGCGTTCTCGGACTGCTGTTCACGGTTTTGATTACCGGTATCATCACTGACTCCA
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AAGAG*TGTACGATGC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1E605JQ 795 0 0
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GTGTGGTATGCCATGGTGAACCGGGAGAAGTTAAAGAAGGTCATAAAAGCTTCCCGAGTG
GACACACGTCTTGGTCATTCGCGGGACTTGGTTTCCTCTCTCTCTACTTGTCTGGCAAAG
TCAAGGCCTTTAACAGAGAAGGACATGTGGCTAAGCTCTGCATCGTGTTCGCTCCTCTGC
TCGCGGCTTGTCTTGTGGGGATATCGCGTGTGGATGACTACTGGCACCACTGGCAAGACG
TCTTTGCTGGAGCTCTCATCGGTCTCTTTGTCGCCGCTTTTTGTTACCGTCAGTTTTACC
CTAACCCTTACCACGAAGAAGGATGGGGTCCTTATGCGTATTTCAGAGCAGAGCAGGAAC
GAGGGTCGCAACAAAACGGTGAAGCGTTGAGGACGATGTCTCTCCAGGTGGAACCAACCT
CTCTTGAAAACATGGAATCTGGCACTTCCACTGCTCCAAGATGATTTAATTCTTCTATTT
TCATTATTTGCTATTTTCATTTTGGTCGATGGTGAGAGCCTGTGTGGATGCTATAGTTTG
CATGTGTGTACTTTTCTTTAACTGCTACGTGTACTCTTTTACATTTGTAAGTAAATCAAC
GCCTTTTGACTGGAG

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

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TGTGAGGGGGAGAGATAGAGAGAGAGATGCAAGCTATCTCGAAAGTTTCTTATGCAGCCT
CCTTTTTTCTTTGTTCTATGAAGCTAACAAGTCAGCCATACGTGAGCCAGCTTAGCCTCA
GAAAAGGCTTTGTCTCTGGTGTGATGATGAAGTTGTTCTCTTCGCCTCTCAAGACTTTTT
GCGATGCTCCTGGAAGATCTGTCCACGTGTCAAGATTCTGCAGTGTCCCCAATATCTCTT
CCTCACTTCAAATTGAACTGGTGCCATGTCTTGAGGACAACTACGCTTATTTATTACACG
ACGAAGATACTGGTACGGTTGGTGTGGTTGACCCTTCCGAAGCTGCACCTGTTATGAATG
CCTTAAAGAAGAATGGTCGAAACCGCGTATATATTGAATACACATCACCATTATGATCAC
ACTGGTGGGAACTTGGAATTAAAAGACAAGTACGGTGCAAAGGTGGTTGGCTCAGCTGTA
GATAGGGAACGGATTCCTGGAATTGATATAGCTCTGAAAGATGGTGACAAGTGGGGGTTT
GCTGGCCATGAAGTTAATGTTATAGAAACTCCTGGCCACACAATAGGCCATATTAGTTTC
TACTTTCCAGGAGCACGAGCAGTTTTTAGTGGGGACACCTTATTTAGCTTATCATGTGGT
AAGCTCTTCGAAAGTACTCCAGAGCAGATGCTAGCTTCGCTACAGAGGATAGTTGCTTTG
CCAGATGACACAAGCATATATTGTGGCCATGAATACACACTGAGTAACTCCAAGTTTGCG
TTATCTGTAGAACCAGCTAACGAGGTACTCCAGTCTTACGCAGCCTACGTTGCAGAACTC
CGTGACAAGAAGTTACCTACGATTCCAACAACGATGAAGATGGAGAAAGCGTGTAACCCG
TTTCTTCGCACTGCGAATATGGATATTCGCCGGGTACTAGGTATTCCAGAGACTGCTGAT
GAAGCGGAAGCTCTGGGTGTTATTAGAAGAGCAAAGGACAATTTTAAAGCTTAAGCAATT
AGATAATTTTACCGACGTATAGAACTACAGATCATGAATAGTTTGGCTTAATAATGTTTT
CATTGTCCCTATAGCGTGCAATGTACTTAAAGTTTAGGTGTTTAAATCAGACCACCTTTA
CATATTCATGACAACAAATGGTTATCAACG


BQ
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AF RR1AC96TF U 1
AF RR1AC96JQ C 434
BS 1 850 RR1AC96TF
BS 851 1230 RR1AC96JQ

RD RR1AC96TF 850 0 0
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TGTGAGGGGGAGAGATAGAGAGAGAGATGCAAGCTATCTCGAAAGTTTCTTATGCAGCCT
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GAAAAGGCTTTGTCTCTGGTGTGATGATGAAGTTGTTCTCTTCGCCTCTCAAGACTTTTT
GCGATGCTCCTGGAAGATCTGTCCACGTGTCAAGATTCTGCAGTGTCCCCAATATCTCTT
CCTCACTTCAAATTGAACTGGTGCCATGTCTTGAGGACAACTACGCTTATTTATTACACG
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CCTTAAAGAAGAATGGTCGAAACCGCGTATATATTGAATACACATCACCATTATGATCAC
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GATAGGGAACGGATTCCTGGAATTGATATAGCTCTGAAAGATGGTGACAAGTGGGGGTTT
GCTGGCCATGAAGTTAATGTTATAGAAACTCCTGGCCACACAATAGGCCATATTAGTTTC
TACTTTCCAGGAGCACGAGCAGTTTTTAGTGGGGACACCTTATTTAGCTTATCATGTGGT
AAGCTCTTCGAAAGTACTCCAGAGCAGATGCTAGCTTCGCTACAGAGGATAGTTGCTTTG
CCAGATGACACAAGCATATATTGTGGCCATGAATACACACTGAGTAACTCCAAGTTTGCG
TTATCTGTAG

QA 1 850 1 850
DS 

RD RR1AC96JQ 797 0 0
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TGGAATTAAAAGACAAGTACGGTGCAAAGGTGGTTGGCTCAGCTGTAGATAGGGAACGGA
TTCCTGGAATTGATATAGCTCTGAAAGATGGTGACAAGTGGGGGTTTGCTGGCCATGAAG
TTAATGTTATAGAAACTCCTGGCCACACAATAGGCCATATTAGTTTCTACTTTCCAGGAG
CACGAGCAGTTTTTAGTGGGGACACCTTATTTAGCTTATCATGTGGTAAGCTCTTCGAAG
GTACTCCAGAGCAGATGCTAGCTTCGCTACAGAGGATAGTTGCTTTGCCAGATGACACAA
GCATATATTGTGGCCATGAATACACACTGAGTAACTCCAAGTTTGCGTTATCTGTAGAAC
CAGCTAACGAGGTACTCCAGTCTTACGCAGCCTACGTTGCAGAACTCCGTGACAAGAAGT
TACCTACGATTCCAACAACGATGAAGATGGAGAAAGCGTGTAACCCGTTTCTTCGCACTG
CGAATATGGATATTCGCCGGGTACTAGGTATTCCAGAGACTGCTGATGAAGCGGAAGCTC
TGGGTGTTATTAGAAGAGCAAAGGACAATTTTAAAGCTTAAGCAATTAGATAATTTTACC
GACGTATAGAACTACAGATCATGAATAGTTTGGCTTAATAATGTTTTCATTGTCCCTATA
GCGTGCAATGTACTTAAAGTTTAGGTGTTTAAATCAGACCACCTTTACATATTCATGACA
ACAAATGGTTATCAACG

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL5425Contig1 1168 2 2 U
GGACTCAGCAACCAACCCAACATTTCTCCCTCGTGACAAATCTCAATTTTGCGAGAGAAA
AAAGAAGAAGACAGAAACTGAAACTTAGTTTTCTTATCAATGATGTCAAGTTCTATGGAG
TGCTCTGATTCCGCCGCTACTCGGAGATTCTCCCGAAAGCCGGGCTTCTCCCTTACGTGT
AGTCGGCTGAGTCAGTACCTGAAAGAGAACGGTAGCTTTGGAGATCTGAGCTTAGGGATG
TCATGCAAGCCTCAGGTCAACGGCAACTCACGTCAGCCCACAACAACAATGAGTTTATTC
CCTTGTGAAGCTCCTTGACGATTGGTCAAGATATTAAACCGGAGAATCTGTTTACTCGGC
AACCAAGCTTCTCTTCCTCATCTTCCTCTCTCCCCAAGGAAGAAGATGTCCTCAAAACGA
CGCAAACCATTTCTACTACTAGATCTGTGAAACCAGAGCCACAAACTGCACCGTTGACTA
TATTCTACAACGGGGAGGTGATTGTGTTCAACGACTTTTCTGCTGAGAAAGCCAAAGAAG
TGATGAACTTGGCTAGCAAAGGAACCGCTAATAGCTTCACCGGTTTCACATCTACTCTTA
ACTTAGCCAAGAATCAAACCGAGGTCAGAGCTCCTACCTCTAACCAAGCTCCACATCTCA
TGAAAACTGCAGCACAACAAGAGCCAATAATATCCTCCTCAACTGCAATGGCATGCGAAC
TTCCTATTGCTAGAAGAGCTTCACTCCATCGGTTCTTGGCCAAGAGAAAGGATAGAGTTA
CGTCAAAGGCACCATACCAACTAAGCGATCCAGCCAAAGCGTCTTCAAACAACAACAACA
CCGTCTCTTGGCTCGGTTTAGCAGCTCAAATATGACTGAACCACCACCACAAACCTTACC
GAGGCCTATTCTTTCTGACGTTGCATCAATGAACAAGATTATATATAAAAGCTCATGCGT
CCATGATTCTCAACAACTATTCCAATTATTAGGAAACTTCATATATATATTTTGTATGTA
TTTGATTAATTCTTGTTAGTGTCTTGTCTTTTAGAAGGTGTTGTCTTATGTCTTTCTAAA
CACCCACTCTCTGGGTAAATCTCATAATTAGTAGATCTCGTATGTTACTGGTTTTGTAAG
AACAACAATTTTTGTTGAGGACTATACT


BQ
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CAAACAACAACAACACCGTCTCTTGGCTCGGTTTAGCAGCTCAAATATGACTGAACCACC
ACCACAAACCTTACCGAGGCCTATTCTTTCTGACGTTGCATCAATGAACAAGATTATATA
TAAAAGCTCATGCGTCCATGATTCTCAACAACTATTCCAATTATTAGGAAACTTCATATA
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TTATGTCTTTCTAAACACCCACTCTCTGGGTAAATCTCATAATTAGTAGATCTCGTATGT
TACTGGTTTTGTAAGAACAACAATTTTTGTTGAGGACTATACT

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DS 



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AF RR1F318TF U 1
AF RR1F318JQ C 366
BS 1 619 RR1F318TF
BS 620 620 RR1F318JQ
BS 621 657 RR1F318TF
BS 658 658 RR1F318JQ
BS 659 683 RR1F318TF
BS 684 1173 RR1F318JQ

RD RR1F318TF 684 0 0
GCCATTCGAAGTTCCATCATCCGCCAGATCTTCAGACTCGCCATGGAAGCTCACAGTGCG
GGTACGAGGAAGAACAAAGAGTGGCAGGAGAAGTTGCCTGTCGTTGTCTTAAAAGCCGAG
GAGATCATGTACTCCAAAGCCAACTCCGAGGAAGAGTATACAGATGCTGATACTATGTGG
AATAGAGTCAATGATGCTATTGACACTATTATTAGACGAGATGAAACCACTGAAACTGGT
CCTCTTTTGCCTCCTTGTGTTGAAGCTGCTCTTAACCTTGGGTGTATTGCTGTAAGAGCT
TCTAGGAGCCAACGACATAGTAACATAAGGACTTACCTCACTCCCAAGATCCAACAACCT
GTTTCTGCTTCCTCCAATGACCATCATGATTATCATCATCAAGCTCAAAGATCCACCAAA
CCCAGCCTTACTACTGTTCAAGCGCCAGCAATCCCGGTGGATGTTTCTGAGAACAGCAGC
AGCCGTGTTGCTCCACGCGGTTACCCCTTTATACATGAATCCATGCCGATGCAGCAAAAG
CCATTGGCTAGAAAACTAGGGACTAACACTGCTCCAGCTCCAATCAACTTGGGTTCAGTC
TATCCTTTGTATTGCGGAG*TAATGATCAAGTGGACATGTCTTTAAGAGTCCCTGAA*CG
CCCATAATCATTGGCATGCCTAT
G

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1F318JQ 808 0 0
CTGC
TCCTCCAATGACCATCATGATTATCATCATCAAGCTCAAAGATCCACCAAACCCAGC*TT
ACTACTGTTCAAGCGCCAGCAATCCCGGTGGATGTTTCTGAGAACAGCAGCAGCCGTGTT
GCTCCACGCGGTTACCCCTTTATACATGAATCCATGCCGATGCAGCAAAAGCCATTGGCT
AGAAAACTAGGGACTAACACTGCTCCAGCTCCAATCAACTTGGGTTCAGTCTATCCTTTG
TATTGCGGAGGTAATGATCAAGTGGACATGTCTTTAAGAGTCCCTGAAACGCCCATAATC
ATTGGCATGCCTATTGGAAAGGCCCCGGAAGAAGCAACAGAGAGGCTCTGCGATTTGTCA
CTTAGGCTTGGTATGTCTTCAGAACCACCCTCTACAAGAATAGATGCCGGGTCTAATCGA
GCTCACCGAGGAAGGCACCAAGAAGAGTTATGTTTATTTTCTGGGGCGAAGCAGAATGAT
AATATGTTTGATTGGCTTTCAAATTACGAGAGTTAAAAAGCACGAAGCATTTTGTGTACA
CTCCCTCCTCTAGGCTTTGCTTATCGTTACTTAAATCTTGTAAAAGCCTCAGCTTTATTG
ACTCTCTATTAGTCTAGCAAGGAACCACAAAGAAACAAAGGTTGCTCTGTTAACATCAAC
AGCACTTTGGCTTTTGTTAGTGTAATCTTCTGTAAACACATTGTTGTATTCTCAACTTTG
TGCTTGAGAAAATATGTTCCTATTGTTCATATACTTTAGTTAGTCCTTTGGTATTATTCC
ATATAAAAATGTGTGTTTGATCAG

QA 5 808 5 808
DS 



AS 1 2

CO CL5427Contig1 1134 2 6 U
GGGGCTTTCTCTTCACTCAAAATAAGCTCTGACGTAATCTCTTTACTCCCACTACACGCA
GAGATATAGAACTTTCTCCCAGAGAGAGAGAGATTTCAAGTCGGTCGGTTCTGTTTTTTT
TTAACTCGGTTAATTCCGGTTTAAGCGCGAATTTTTCTCATCATATGGATCATCTGACCC
AAGGGTTGTGCCGAGAAGCGGTGATCGGACTTGAATCGCTCAGTTTCAGCGACGAAATTC
AGCAGCTGGTGATGATGCCGCCGGAGATGAACACCGGTTCCTTCACGTCTTTGCTCGAGA
TGCCGGCGACTCAGGCCATGGAGCTTTTCGCTGGAGATATCGCTCGCTTCTCGGTGGTTG
CTGCTGAAGAGCAAAACGGAAACTTCTCCGGCGAGTCCGTACCTTCGAGTTCGACCGGCA
GAGTCAAGTCCGAGCCTTGTGAGACCGATTCATCTCAGCAGCTCGTGTCTTATCCAACGG
CTGAGAACCAGAATCAGAATCAGAACAAGAGGAAAGAGCGTGGGAAGAAGGTCAAAAGCT
CGATGAAGAAGAACAAGAGCTCTGATGAAGCAGAGAAGCTTCCTTATGTTCACGTTAGAG
CTCGTCGTGGTCAAGCTACTGATAACCATAGCTTAGCTGAGAGAGCAAGAAGGGAGAAGA
TAAACGCACGAATGAAGCTGCTACAGGAACTGGTCCCAGGCTGTGACAAGATTCAGGGCA
CTGCATTGGTACTGGATGAAATCATCAGCCATGTGCAGTCTTTACAGCGTCAAGTAGAGA
TGCTATCTATGAGGCTTGCTGCAGTAAACCCCATAATCGACTTCAATCTCGACAGCATAT
TGGCATCAGAAAACAATTCTCTTATGGATGGTAGCTTCAACGGAGAAGAATCTTATCATC
AGCTGCAACAGTGGACTCTCGATAGCTGCCTTCCGTTGGAGTGGGGAAGAGAAGAGGTTC
ATCATGAAGCCAATTTCTTGATGAGTTCAGCTACTTTGCACCCAAATCAGATGAAAATGG
AGCTATAAGTTTCCAAACGAGTTGACATGCTTTTGTATATATAAGAGAGATATTATCTCC
TGAGGTTTCGGTTGTTGAACTTTTTAGGTAGAAAATGAGTATGAACTTGCGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GC46TF U 1
AF RR1GC46JQ C 384
BS 1 688 RR1GC46TF
BS 689 689 RR1GC46JQ
BS 690 717 RR1GC46TF
BS 718 718 RR1GC46JQ
BS 719 804 RR1GC46TF
BS 805 1134 RR1GC46JQ

RD RR1GC46TF 804 0 0
GGGGCTTTCTCTTCACTCAAAATAAGCTCTGACGTAATCTCTTTACTCCCACTACACGCA
GAGATATAGAACTTTCTCCCAGAGAGAGAGAGATTTCAAGTCGGTCGGTTCTGTTTTTTT
TTAACTCGGTTAATTCCGGTTTAAGCGCGAATTTTTCTCATCATATGGATCATCTGACCC
AAGGGTTGTGCCGAGAAGCGGTGATCGGACTTGAATCGCTCAGTTTCAGCGACGAAATTC
AGCAGCTGGTGATGATGCCGCCGGAGATGAACACCGGTTCCTTCACGTCTTTGCTCGAGA
TGCCGGCGACTCAGGCCATGGAGCTTTTCGCTGGAGATATCGCTCGCTTCTCGGTGGTTG
CTGCTGAAGAGCAAAACGGAAACTTCTCCGGCGAGTCCGTACCTTCGAGTTCGACCGGCA
GAGTCAAGTCCGAGCCTTGTGAGACCGATTCATCTCAGCAGCTCGTGTCTTATCCAACGG
CTGAGAACCAGAATCAGAATCAGAACAAGAGGAAAGAGCGTGGGAAGAAGGTCAAAAGCT
CGATGAAGAAGAACAAGAGCTCTGATGAAGCAGAGAAGCTTCCTTATGTTCACGTTAGAG
CTCGTCGTGGTCAAGCTACTGATAACCATAGCTTAGCTGAGAGAGCAAGAAGGGAGAAGA
TAAACGCACGAATGAAGCTGCTACAGGA*CTGGTCCCAGGCTGTGACAAGATTCAGG*CA
CTGCATTGGTACTGGATGAAATCATCAGCCATGTGCAGTCTTTACAGCGTCAAGTAGAGA
TGCTATCTATGAGGCTTGCTGCAG

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1GC46JQ 751 0 0
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AACAAGAGGAAAGAGCGTGGGAAGAAGGTCAAAAGCTCGATGAAGAAGAACAAGAGCTCT
GATGAAGCAGAGAAGCTTCCTTATGTTCACGTTAGAGCTCGTCGTGGTCAAGCTACTGAT
AACCATAGCTTAGCTGAGAGAGCAAGAAGGGAGAAGATAAACGCACGAATGAAGCTGCTA
CAGGAACTGGTCCCAGGCTGTGACAAGATTCAGGGCACTGCATTGGTACTGGATGAAATC
ATCAGCCATGTGCAGTCTTTACAGCGTCAAGTAGAGATGCTATCTATGAGGCTTGCTGCA
GTAAACCCCATAATCGACTTCAATCTCGACAGCATATTGGCATCAGAAAACAATTCTCTT
ATGGATGGTAGCTTCAACGGAGAAGAATCTTATCATCAGCTGCAACAGTGGACTCTCGAT
AGCTGCCTTCCGTTGGAGTGGGGAAGAGAAGAGGTTCATCATGAAGCCAATTTCTTGATG
AGTTCAGCTACTTTGCACCCAAATCAGATGAAAATGGAGCTATAAGTTTCCAAACGAGTT
GACATGCTTTTGTATATATAAGAGAGATATTATCTCCTGAGGTTTCGGTTGTTGAACTTT
TTAGGTAGAAAATGAGTATGAACTTGCGACC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL5428Contig1 697 2 2 U
GGACACATCCAAAATTGTGAAGATCTTAACTTCAAATATAACTTTTCAGACAAAAAAATA
CATAGCTCTAGATTGTTCTTGTCTAGGGTGACAAGAAAAAATGGCGGAACAGCAGATGGA
ACCAGTGGCCTCTTTGCTTCTACTCCTGAATTTCTGCATGTACGCCATTGTTCTCGGAAT
TGGAGCATGGTCCATGAACAAAGCTATCAGCCATGGCTTCCCTATTGGTGCGGATTTCAG
TCTTCCCGCTCATTTTTCGCCCATATATTTTCCGATGGGCAATGCGGCCACTGGATTCTT
TGTGATGTTTGCTTTAATTGCCGGAGTTGCTGGAGCAGCCTCTGTTATCTCCGGTGTCAG
TCATCTCCAGTCCTGGACTACAGCTAGTCTTCCGGCAGCTGTCTCTGCTGCCATGATCGC
TTGGTCTCTTACAGTTCTAGCCATGGGATTTGGATGCAAGGAAATTGAACTTGGGATGAG
AAATGCCCGCCTGAGGACAATGGAGGCATTTCTGATAATACTTTCAGCGACACAACTTCT
CTATATCGCTGCTATATATGGAGTTCGGAACTAAAGAAATAAAACGGATTTCTTTTCTTT
TTATTTATTTGTTTTGTAAAATTTATATATACGCACCCAATTTCTTTATTTGAAGATGTG
TATTTGTGTGGTTTGGATTATTTGATTGGATTTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DX30TF U 1
AF RR1DX30JQ C 150
BS 1 569 RR1DX30TF
BS 570 697 RR1DX30JQ

RD RR1DX30TF 569 0 0
GGACACATCCAAAATTGTGAAGATCTTAACTTCAAATATAACTTTTCAGACAAAAAAATA
CATAGCTCTAGATTGTTCTTGTCTAGGGTGACAAGAAAAAATGGCGGAACAGCAGATGGA
ACCAGTGGCCTCTTTGCTTCTACTCCTGAATTTCTGCATGTACGCCATTGTTCTCGGAAT
TGGAGCATGGTCCATGAACAAAGCTATCAGCCATGGCTTCCCTATTGGTGCGGATTTCAG
TCTTCCCGCTCATTTTTCGCCCATATATTTTCCGATGGGCAATGCGGCCACTGGATTCTT
TGTGATGTTTGCTTTAATTGCCGGAGTTGCTGGAGCAGCCTCTGTTATCTCCGGTGTCAG
TCATCTCCAGTCCTGGACTACAGCTAGTCTTCCGGCAGCTGTCTCTGCTGCCATGATCGC
TTGGTCTCTTACAGTTCTAGCCATGGGATTTGGATGCAAGGAAATTGAACTTGGGATGAG
AAATGCCCGCCTGAGGACAATGGAGGCATTTCTGATAATACTTTCAGCGACACAACTTCT
CTATATCGCTGCTATATATGGAGTTCGGA

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1DX30JQ 548 0 0
ATTTCTGCATGTACGCCATTGTTCTCGGAATTGGAGCATGGTCCATGAACAAAGCTATCA
GCCATGGCTTCCCTATTGGTGCGGATTTCAGTCTTCCCGCTCATTTTTCGCCCATATATT
TTCCGATGGGCAATGCGGCCACTGGATTCTTTGTGATGTTTGCTTTAATTGCCGGAGTTG
CTGGAGCAGCCTCTGTTATCTCCGGTGTCAGTCATCTCCAGTCCTGGACTACAGCTAGTC
TTCCGGCAGCTGTTTCTGCTGCCATGATCGCTTGGTTTCTTACAGTTCTAGCCATGGGAT
TTGGATGCAAGGAAATTGAACTTGGGATGAGAAATGCCCGCCTGAGGACAATGGAGGCAT
TTCTGATAATACTTTCAGCGACACAACTTCTCTATATCGCTGCTATATATGGAGTTCGGA
ACTAAAGAAATAAAACGGATTTCTTTTCTTTTTATTTATTTGTTTTGTAAAATTTATATA
TACGCACCCAATTTCTTTATTTGAAGATGTGTATTTGTGTGGTTTGGATTATTTGATTGG
ATTTACAC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL5429Contig1 1052 2 4 U
GGTCTGACTATTAACTGAAATGGTTCTCAAATCACTTGATTAGACTCGTCTTTGTTTTCT
CCTCCTTCTTCTTGACCACCATCGTCGTTATCGTAAGTTACAATCAAAACTATGCTGTCT
GAAAAGTTTATTCGGAAGAGTGTGGGTATAATAGGAAATGCCATCGCATTATGTTTGTTT
CTATCACCAACGCCAACATTTAGAAGGATAATGAAAAATAAGTCAGTGGAGGAATACTCA
CCAATACCGTATTTAGCGACTCTAATAAACTGTCTCGTGTGGGTTCTCTATGGACTCCCT
ATGGTGCATCCTGACAGCACACTGGTCGTTACAATCAACGGTGCAGGCATCCTAATCGAA
GTTGTGTTCATTACCATCTTTTTCGTTTTTAGTGGCCGCTCAAAACAGAGATTGGTAATA
GCCGCTGTTTTAGCGGGTGAAACGCTGTTCGTGGCTATTCTCGTAGTCTTGGTCTTCACT
TTACAACACACTACCGCAGAACGTACGACGAGCGTTGGAATCATATGTTGCGTGTTCAAC
GTGATGATGTATGCTTCTCCATTGTCTGTTATGAAAATGGTAATAAGAACGAAAAGCGTG
GAGTTCATGCCGTTTTGGCTGTCGTTAGCTGCGTTTCTAAACGCGAGTGTTTGGACAGTT
TATGCACTCATGCTTTTTGATCCATTCATAGCTATACCAAATGGAATTGGATGTGTGTTT
GGACTGGCCCAATTAATATTGTACGCTGCATACTGCAAATCCACTAAAAGAATGATGGCA
GAAAGACAACAGATGATAGGTTTATCCAGTGCGGTCGTTCGTATTGGACCTGAGAAAGTT
GCGCAACAATCGGCTTAGCGGGCGTTTGGTTTTGATCTACTCGAACTATTCACCGTCCGG
TCATCATGCTTTTATTTTCAGTCTTCGTTTTAAGTAATTTGCGATGTCCGTTATTTGAGG
AGCAATGTGTTGTTTTGAAAACTATGTGGTGTGTAATGTTCCAACTTAAAGATTATGCGG
ACTAAAATAAAAATCTAAAAAGTGTCTTAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CO96TF U 1
AF RR1CO96JQ C 330
BS 1 594 RR1CO96TF
BS 595 595 RR1CO96JQ
BS 596 747 RR1CO96TF
BS 748 1052 RR1CO96JQ

RD RR1CO96TF 747 0 0
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CCTCCTTCTTCTTGACCACCATCGTCGTTATCGTAAGTTACAATCAAAACTATGCTGTCT
GAAAAGTTTATTCGGAAGAGTGTGGGTATAATAGGAAATGCCATCGCATTATGTTTGTTT
CTATCACCAACGCCAACATTTAGAAGGATAATGAAAAATAAGTCAGTGGAGGAATACTCA
CCAATACCGTATTTAGCGACTCTAATAAACTGTCTCGTGTGGGTTCTCTATGGACTCCCT
ATGGTGCATCCTGACAGCACACTGGTCGTTACAATCAACGGTGCAGGCATCCTAATCGAA
GTTGTGTTCATTACCATCTTTTTCGTTTTTAGTGGCCGCTCAAAACAGAGATTGGTAATA
GCCGCTGTTTTAGCGGGTGAAACGCTGTTCGTGGCTATTCTCGTAGTCTTGGTCTTCACT
TTACAACACACTACCGCAGAACGTACGACGAGCGTTGGAATCATATGTTGCGTGTTCAAC
GTGATGATGTATGCTTCTCCATTGTCTGTTATGAAAATGGTAATAAGAACGAAA*GCGTG
GAGTTCATGCCGTTTTGGCTGTCGTTAGCTGCGTTTCTAAACGCGAGTGTTTGGACAGTT
TATGCACTCATGCTTTTTGATCCATTCATAGCTATACCAAATGGAATTGGATGTGTGTTT
GGACTGGCCCAATTAATATTGTACGCT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1CO96JQ 723 0 0
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TAGTGGCCGCTCAAAACAGAGATTGGTAATAGCCGCTGTTTTAGCGGGTGAAACGCTGTT
CGTGGCTATTCTCGTAGTCTTGGTCTTCACTTTACAACACACTACCGCAGAACGTACGAC
GAGCGTTGGAATCATATGTTGCGTGTTCAACGTGATGATGTATGCTTCTCCATTGTCTGT
TATGAAAATGGTAATAAGAACGAAAAGCGTGGAGTTCATGCCGTTTTGGCTGTCGTTAGC
TGCGTTTCTAAACGCGAGTGTTTGGACAGTTTATGCACTCATGCTTTTTGATCCATTCAT
AGCTATACCAAATGGAATTGGATGTGTGTTTGGACTGGCCCAATTAATATTGTACGCTGC
ATACTGCAAATCCACTAAAAGAATGATGGCAGAAAGACAACAGATGATAGGTTTATCCAG
TGCGGTCGTTCGTATTGGACCTGAGAAAGTTGCGCAACAATCGGCTTAGCGGGCGTTTGG
TTTTGATCTACTCGAACTATTCACCGTCCGGTCATCATGCTTTTATTTTCAGTCTTCGTT
TTAAGTAATTTGCGATGTCCGTTATTTGAGGAGCAATGTGTTGTTTTGAAAACTATGTGG
TGTGTAATGTTCCAACTTAAAGATTATGCGGACTAAAATAAAAATCTAAAAAGTGTCTTA
GCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL5430Contig1 928 2 2 U
GATTGCTTAATGTAACGAATCAAAGTTGTGAACTCTTCACACCATCTGAGGTTGCTTTGC
TGGAATGGGCAGATGACTTGGAAGTGTTTATCCTCAAAGGTTATGGAAACTCCTTGAACT
ACAAAATGGGAGTTCCGTTGTTAGAAGATGTTTTGCATTCGATGGAAGTGCTATCAAGGC
CAGAGAAGACAAGCTCCCAGCTGGAAGCTACGAAAAAGCAAGACTTAGGTTTGCACATGC
GGAAACAATAGTTCCCTTCTCTTGTCTTCTTGGGCTCTTCCTAGGTGGATCTGATTATGA
GAAGATACAGAAGGAGAAGCCGTTGGAACTCCCTCCGCAGCCTCCTAAGACTAGGGACTT
TAAAGGCAGCACCATGGCTCCTTTTGGTGGGAACAACATGCTTGTCCTCTACAGTTGTCC
TGCAGCTTCTTCTCCCAAGTACTTTGTGCAGGTTCTGCACAACGAGCTTCCTATCGCACT
TCCAGGTTGTGATGGAAAAGACTTCTGTCCTCTTGAAGATTTCAAGGCCAAAGTGGTGAC
CCCTCATCTCAAGCATGCTTTTGACAACCTCTGCAATGCTAATCTAGATGACCCTAAAGA
GAAATCTTTGTGGAGTTGGCTGTTAGGGTCGAGCCAAAAAGCCGAGCTCTGATTAGTATC
TACTTGATAACTTTTCCTTACATTCTGGCTGAGCAATGTTGTCGGTCTTTTGTTTGTCCT
CCACCCTTGCCACAGTTCTTTGTAATCTGAAATGGTTCGAGAAGCATCCCAAGCTTCATT
TGATACCAGTAAGTAGTTCACTCACTAGTCAGAACTCTTATGTTGATTCTTGCTACGATA
AAACATTTTGTTGGTTCCTTTCGACTTGTTCTGAAGTCTCTTTTATTGAAACCAAATATA
AAAAGAAAGTCTCACGGTGATCAGCTCC


BQ
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AF RR1H943TF U 1
AF RR1H943JQ C 285
BS 1 696 RR1H943TF
BS 697 928 RR1H943JQ

RD RR1H943TF 696 0 0
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TGGAATGGGCAGATGACTTGGAAGTGTTTATCCTCAAAGGTTATGGAAACTCCTTGAACT
ACAAAATGGGAGTTCCGTTGTTAGAAGATGTTTTGCATTCGATGGAAGTGCTATCAAGGC
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GGAAACAATAGTTCCCTTCTCTTGTCTTCTTGGGCTCTTCCTAGGTGGATCTGATTATGA
GAAGATACAGAAGGAGAAGCCGTTGGAACTCCCTCCGCAGCCTCCTAAGACTAGGGACTT
TAAAGGCAGCACCATGGCTCCTTTTGGTGGGAACAACATGCTTGTCCTCTACAGTTGTCC
TGCAGCTTCTTCTCCCAAGTACTTTGTGCAGGTTCTGCACAACGAGCTTCCTATCGCACT
TCCAGGTTGTGATGGAAAAGACTTCTGTCCTCTTGAAGATTTCAAGGCCAAAGTGGTGAC
CCCTCATCTCAAGCATGCTTTTGACAACCTCTGCAATGCTAATCTAGATGACCCTAAAGA
GAAATCTTTGTGGAGTTGGCTGTTAGGGTCGAGCCAAAAAGCCGAGCTCTGATTAGTATC
TACTTGATAACTTTTCCTTACATTCTGGCTGAGCAA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1H943JQ 644 0 0
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CTAAGACTAGGGACTTTAAAGGCAGCACCATGGCTCCTTTTGGTGGGAACAACATGCTTG
TCCTCTACAGTTGTCCTGCAGCTTCTTCTCCCAAGTACTTTGTGCAGGTTCTGCACAACG
AGCTTCCTATCGCACTTCCAGGTTGTGATGGAAAAGACTTCTGTCCTCTTGAAGATTTCA
AGGCCAAAGTGGTGACCCCTCATCTCAAGCATGCTTTTGACAACCTCTGCAATGCTAATC
TAGATGACCCTAAAGAGAAATCTTTGTGGAGTTGGCTGTTAGGGTCGAGCCAAAAAGCCG
AGCTCTGATTAGTATCTACTTGATAACTTTTCCTTACATTCTGGCTGAGCAATGTTGTCG
GTCTTTTGTTTGTCCTCCACCCTTGCCACAGTTCTTTGTAATCTGAAATGGTTCGAGAAG
CATCCCAAGCTTCATTTGATACCAGTAAGTAGTTCACTCACTAGTCAGAACTCTTATGTT
GATTCTTGCTACGATAAAACATTTTGTTGGTTCCTTTCGACTTGTTCTGAAGTCTCTTTT
ATTGAAACCAAATATAAAAAGAAAGTCTCACGGTGATCAGCTCC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL5431Contig1 413 2 1 U
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GAGAGACTCAAAGGACCGACCGACCATGTATCTTCAGTGCTATATCAACGAAAAGGGCGA
GAAAGTTTACACCACTAAGAAAGAATCACCACTCGGGTTAGCCACTGAATCTGCTCATCC
AGCCCGATTCTCCCCTGATGATAAATACTCAAAGGAGAGAGTTACTTTGAAGAATCGCTT
CGGTCTCTTACCCATCCAGGGCGCACCTGTCAAGTACTGAAAGGCCTAAAACACTCTGTC
GTCCCTTTGGTTTTTTCATGTTTTGCTGCTACGTTGTTTCTTAATGAAACCGTCTTTGTA
ATTGTATCGTCTCCAAATAGTGGAGTGAACCTTAAAAGAAGCAAGACTTCGAG


BQ
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AF RR1E551JQ C 1
AF RR1E551TF U 1
BS 1 413 RR1E551TF

RD RR1E551JQ 413 0 0
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GAAAGTTTACACCACTAAGAAAGAATCACCACTCGGGTTAGCCACTGAATCTGCTCATCC
AGCCCGATTCTCCCCTGATGATAAATACTCAAAGGAGAGAGTTACTTTGAAGAATCGCTT
CGGTCTCTTACCCATCCAGGGCGCACCTGTCAAGTACTGAAAGGCCTAAAACACTCTGTC
GTCCCTTTGGTTTTTTCATGTTTTGCTGCTACGTTGTTTCTTAATGAAACCGTCTTTGTA
ATTGTATCGTCTCCAAATAGTGGAGTGAACCTTAAAAGAAGCAAGACTTCGAG

QA 1 413 1 413
DS 

RD RR1E551TF 413 0 0
GGGCCCTTGAGAAATACCCTAATTTACAAATTCTCAGGAAGGAGGATCAGGAAACATTTG
GAGAGACTCAAAGGACCGACCGACCATGTATCTTCAGTGCTATATCAACGAAAAGGGCGA
GAAAGTTTACACCACTAAGAAAGAATCACCACTCGGGTTAGCCACTGAATCTGCTCATCC
AGCCCGATTCTCCCCTGATGATAAATACTCAAAGGAGAGAGTTACTTTGAAGAATCGCTT
CGGTCTCTTACCCATCCAGGGCGCACCTGTCAAGTACTGAAAGGCCTAAAACACTCTGTC
GTCCCTTTGGTTTTTTCATGTTTTGCTGCTACGTTGTTTCTTAATGAAACCGTCTTTGTA
ATTGTATCGTCTCCAAATAGTGGAGTGAACCTTAAAAGAAGCAAGACTTCGAG

QA 1 413 1 413
DS 



AS 1 2

CO CL5432Contig1 1125 2 4 U
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TCTCGTTATAGCTTCCATTTCCTCAACCTCCAATGTCTTAGCCGATCAGATCTTTCCAAC
TCATCTAGTGGGAACATTCAGCCGAAACAACCGCGAACCAAAGTACACGATCGAGTTTCT
TCCCGAAGACTCACCGTTCCACCCGGGTGATAATCTGGAGTCTATGGTGATGCTTGACAA
GCAAGGGAGACGCTTCTTGTGTTTCTTACCGAAGGAGGAGGAAGCTACTAGCGGATGGAT
CTCTACTCAGCAGCAGAACGTTAGCACTGTGCTGATGGAAACGGATAAACAGGTGAAGCT
TAAGACTCCTGATGAGTTGCTTCAGCCACTGGATGAGAAATGCCTTGTCAGGCAAGAGGG
TTGGTGGTCATATGAGTTTTGTCATCTAGGGTCGGTGAGGCAGCTACACATTGAGGATGG
CACCAAGATTGTTCAAGAGTTTTCCTTGGGTAAGTATGACGCAGAGGCAACTGCTGCATT
CAATCAAAATGTATCTGATGCTTCTACAATGAAAGAGAGGTATCACTCTCATATATACAC
CAATGGGACCACCTGTGATCTTACAGGAACGCCTCGTGAAGTCGAGGTGAGGTTTGTATG
CGCTGAAACGAGGGCAATGGTCACTTCGATCACTGAGCTATCTACCTGCAAGTACGCATT
GACTGTTCAGTGCCCGACCTTGTGCAAGCATCCGCTGTTTCAGCTAGAGAAACCAATGTC
ACACACGATCCACTGCAATTTGATCCCGTTGGAAGAAGAGGCAACAAGAAACGAGGAAGA
ACGAGTCGTAGGCGAATCACCTACGGATGTTGATTCTTGAAAACCGCCTTACTGAATCAC
AGGAGTAACTCAGTTAAACAGTGACTGTATATATAAGAGCTAGTACACCTCCAGTGTCGG
TATTATAACTCGTTGAAGTGTTCTTGGTTAAGAGCCGGGTTTAGCTTACCGGTAGAATGG
TTATACTCTCTTTGTAGCCTTTAGTTTGTTCAGTTTGAAGTTTGGAACCGGTTGAATTTT
CTTCTGTGAAACTGATAATGGAATCACATGTTCGTCCCTGCAATT


BQ
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AF RR1BW74TF U 1
AF RR1BW74JQ C 385
BS 1 775 RR1BW74TF
BS 776 776 RR1BW74JQ
BS 777 803 RR1BW74TF
BS 804 1125 RR1BW74JQ

RD RR1BW74TF 803 0 0
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TCTCGTTATAGCTTCCATTTCCTCAACCTCCAATGTCTTAGCCGATCAGATCTTTCCAAC
TCATCTAGTGGGAACATTCAGCCGAAACAACCGCGAACCAAAGTACACGATCGAGTTTCT
TCCCGAAGACTCACCGTTCCACCCGGGTGATAATCTGGAGTCTATGGTGATGCTTGACAA
GCAAGGGAGACGCTTCTTGTGTTTCTTACCGAAGGAGGAGGAAGCTACTAGCGGATGGAT
CTCTACTCAGCAGCAGAACGTTAGCACTGTGCTGATGGAAACGGATAAACAGGTGAAGCT
TAAGACTCCTGATGAGTTGCTTCAGCCACTGGATGAGAAATGCCTTGTCAGGCAAGAGGG
TTGGTGGTCATATGAGTTTTGTCATCTAGGGTCGGTGAGGCAGCTACACATTGAGGATGG
CACCAAGATTGTTCAAGAGTTTTCCTTGGGTAAGTATGACGCAGAGGCAACTGCTGCATT
CAATCAAAATGTATCTGATGCTTCTACAATGAAAGAGAGGTATCACTCTCATATATACAC
CAATGGGACCACCTGTGATCTTACAGGAACGCCTCGTGAAGTCGAGGTGAGGTTTGTATG
CGCTGAAACGAGGGCAATGGTCACTTCGATCACTGAGCTATCTACCTGCAAGTACGCATT
GACTGTTCAGTGCCCGACCTTGTGCAAGCATCCGCTGTTTCAGCTAGAGAAACCA*TGTC
ACACACGATCCACTGCAATTTGA

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1BW74JQ 741 0 0
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TCTAGGGTCGGTGAGGCAGCTACACATTGAGGATGGCACCAAGATTGTTCAAGAGTTTTC
CTTGGGTAAGTATGACGCAGAGGCAACTGCTGCATTCAATCAAAATGTATCTGATGCTTC
TACAATGAAAGAGAGGTATCACTCTCATATATACACCAATGGGACCACCTGTGATCTTAC
AGGAACGCCTCGTGAAGTCGAGGTGAGGTTTGTATGCGCTGAAACGAGGGCAATGGTCAC
TTCGATCACTGAGCTATCTACCTGCAAGTACGCATTGACTGTTCAGTGCCCGACCTTGTG
CAAGCATCCGCTGTTTCAGCTAGAGAAACCAATGTCACACACGATCCACTGCAATTTGAT
CCCGTTGGAAGAAGAGGCAACAAGAAACGAGGAAGAACGAGTCGTAGGCGAATCACCTAC
GGATGTTGATTCTTGAAAACCGCCTTACTGAATCACAGGAGTAACTCAGTTAAACAGTGA
CTGTATATATAAGAGCTAGTACACCTCCAGTGTCGGTATTATAACTCGTTGAAGTGTTCT
TGGTTAAGAGCCGGGTTTAGCTTACCGGTAGAATGGTTATACTCTCTTTGTAGCCTTTAG
TTTGTTCAGTTTGAAGTTTGGAACCGGTTGAATTTTCTTCTGTGAAACTGATAATGGAAT
CACATGTTCGTCCCTGCAATT

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL5433Contig1 1234 2 4 U
GACCAATCCTCCCAACCACAACCATTGGTTCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGGG
TTCGCCGTGAGTACAAGGCCAAGAAAATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGG
AAGAGATCAAGAAGGTTGTTGACATCCAAGAGGATCTTGATATCGATGTTCTTGTCCATG
GAGAGCCTGAGAGAAACGACATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAGTTGTCAGGTTTTGCAT
TCACAGCAAACGGATGGGTTCAATCCTATGGATCTCGTTGTGTGAAGCCACCGATCATCT
ACGGTGACGTGAGCCGTCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCTTCAACAGCTCAGAGCA
TGACCAAACGTCCCATGAAAGGTATGCTTACAGGACCAGTCACGATTCTGAACTGGTCTT
TTGCCAGAAACGACCAGCCTAGGCACGAGACGTGCTACCAGATCGCTTTGGCTATCAAAG
ATGAAGTGGAAGACCTAGAGAAAGGCGGTATTGGAGTGATTCAGATCGATGAAGCTGCGC
TCAGAGAAGGGCTGCCTCTTAGGAAAGCAGAACACTCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTC
ATTCTTTCAGAATCACTAACTGTGGTGTTCAAGACAGTACTCAGATCCACACTCACATGT
GCTACTCACACTTTAATGACATCATCCACTCCATCATTGACATGGACGCTGATGTTATCA
CCATTGAGAACTCTCGTTCAGATGAGAAGCTTCTCTCTGTGTTCCGTGACGGAGTGAAGT
ACGGTGCAGGTATTGGTCCTGGTGTTTACGACATCCACTCGCCGAGAGTCCCATCCGCGG
ATGAGATTGCAGACAGGGTCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGAAGAACGTCTTGTGGG
TTAACCCTGACTGTGGTCTGAAGACGAGGAAGTACACTGAGGTTAAGCCAGCACTTAAGA
ACATGGTTGATGCGGCCAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCTCCAGTGCCAAGTGAAGAGGCT
TGAAGAAGACATTATATTTCATGGTTTGTGTTTTTGCTTGATTTCAATAACTTTTCTTCC
AAGAAAATATAGTAGCCAAAATTAGGTTTTGATGAAATATGTACCTCTCTGTTTTTCTTT
TGCAATGTTATATTATGTACGTATCTTTGTTTTCTCTGGCCACTTGAATGAGAATGGCGA
TTTTTATATTCAAGGAAATGGTTGCGTATTTGAC


BQ
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AF RR1EF32TF U 1
AF RR1EF32JQ C 576
BS 1 729 RR1EF32TF
BS 730 730 RR1EF32JQ
BS 731 747 RR1EF32TF
BS 748 1234 RR1EF32JQ

RD RR1EF32TF 747 0 0
GACCAATCCTCCCAACCACAACCATTGGTTCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGGG
TTCGCCGTGAGTACAAGGCCAAGAAAATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGG
AAGAGATCAAGAAGGTTGTTGACATCCAAGAGGATCTTGATATCGATGTTCTTGTCCATG
GAGAGCCTGAGAGAAACGACATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAGTTGTCAGGTTTTGCAT
TCACAGCAAACGGATGGGTTCAATCCTATGGATCTCGTTGTGTGAAGCCACCGATCATCT
ACGGTGACGTGAGCCGTCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCTTCAACAGCTCAGAGCA
TGACCAAACGTCCCATGAAAGGTATGCTTACAGGACCAGTCACGATTCTGAACTGGTCTT
TTGCCAGAAACGACCAGCCTAGGCACGAGACGTGCTACCAGATCGCTTTGGCTATCAAAG
ATGAAGTGGAAGACCTAGAGAAAGGCGGTATTGGAGTGATTCAGATCGATGAAGCTGCGC
TCAGAGAAGGGCTGCCTCTTAGGAAAGCAGAACACTCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTC
ATTCTTTCAGAATCACTAACTGTGGTGTTCAAGACAGTACTCAGATCCACACTCACATGT
GCTACTCACACTTTAATGACATCATCCACTCCATCATTGACATGGACGCTGATGTTATCA
CCATTGAGA*CTCTCGTTCAGATGAGA

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1EF32JQ 659 0 0
TCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCATTCTTTCAGAATCACTAACTGTGGTGTTCAAGAC
AGTACTCAGATCCACACTCACATGTGCTACTCACACTTTAATGACATCATCCACTCCATC
ATTGACATGGACGCTGATGTTATCACCATTGAGAACTCTCGTTCAGATGAGAAGCTTCTC
TCTGTGTTCCGTGACGGAGTGAAGTACGGTGCAGGTATTGGTCCTGGTGTTTACGACATC
CACTCGCCGAGAGTCCCATCCGCGGATGAGATTGCAGACAGGGTCAACAAGATGCTTGCG
GTTCTTGAGAAGAACGTCTTGTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTGAAGACGAGGAAGTAC
ACTGAGGTTAAGCCAGCACTTAAGAACATGGTTGATGCGGCCAAGCTTATCCGCTCCCAG
CTCTCCAGTGCCAAGTGAAGAGGCTTGAAGAAGACATTATATTTCATGGTTTGTGTTTTT
GCTTGATTTCAATAACTTTTCTTCCAAGAAAATATAGTAGCCAAAATTAGGTTTTGATGA
AATATGTACCTCTCTGTTTTTCTTTTGCAATGTTATATTATGTACGTATCTTTGTTTTCT
CTGGCCACTTGAATGAGAATGGCGATTTTTATATTCAAGGAAATGGTTGCGTATTTGAC

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL5434Contig1 1024 2 6 U
GCTCTCAAGAGCTTTAGCTGCAGAGCCTCTCCGGTCAGGATCTATAGATAGTAAAGCCTC
CAAAAGCGAAAGTACGTTGGTAGGCAAGTCCTTAAACATCTCAGCTACACGTCGTCCGTA
AGGAAGCGCGGGTCTAAACGCAGCTGAAGGTGGTAGCTTCAGTTTCCTCCAGTAATCTTC
TGTTGGTGAACCACACAGCTTGAAGATTTTATGCAGTTGCTCCACCTACAAAAAAAGAAG
ATTTCAGTTATACATAAAATCAGCTTTTCATTAGCTTTTAATGGAATGAGTGAAGAAAGT
ACCTCGGTTTTGCCAGGTAAGATGGGTTTCCCGGAATATAACTCGCCTAAGATACAGCCA
GCGCTCCACAAATCAACACCAACACCATAATGACAAGCTCCAAGAAGAAGCTCAGGTGGT
CGATACCAAAGAGTGACAACACGGCTAGTCAAGGGAACATGGTTCCGCGGGTCGAAAAAC
GTCGCTAAACCGAAATCCGCAATCTTCAAGATCCCGTTACTGTCAATCAGCAGGTTCGAT
CCCTTTATATCGCGGTGCAGAACACCCCGACTGTGACAGTGATGAAGCCCGCTTAGAAGC
TGTTTCATGTAACATTTCACCTAAAGTAGACACAGAACAAGTTGAGATTTATGAAAAGAA
AATTGATGGTAGCGTTAAGCAAGTGATTTAGTAGTTAGTACCTGAGGCTGAGAGAACTTG
ATACCGGGTAAGGAAGCAAGACCAACGAGATCATGATCCATATACTCGAAAACCAAGTAA
AGAGAAGAAGAAGCAGAGGCAGTGATCAAGCCTTGTAACTTGAGTACATTAGGATGATCA
AGCCTTCTCATTACAATGATCTCTCTAGCCATAAACTTAACACTTTCCAAATCGCTGAGA
TCGAACCGGACTTTTTTAAGCGCAACGATCTTGTTATCCAATAGATCGCGAGCCCTGTAT
ACACTGCTATACGTACCTTGTCCTATTTACGATCAATGAAACAAGTTAAGAAAACATTTT
AATT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1C272TF U 1
AF RR1C272JQ C 345
BS 1 706 RR1C272TF
BS 707 707 RR1C272JQ
BS 708 732 RR1C272TF
BS 733 733 RR1C272JQ
BS 734 771 RR1C272TF
BS 772 1024 RR1C272JQ

RD RR1C272TF 772 0 0
GCTCTCAAGAGCTTTAGCTGCAGAGCCTCTCCGGTCAGGATCTATAGATAGTAAAGCCTC
CAAAAGCGAAAGTACGTTGGTAGGCAAGTCCTTAAACATCTCAGCTACACGTCGTCCGTA
AGGAAGCGCGGGTCTAAACGCAGCTGAAGGTGGTAGCTTCAGTTTCCTCCAGTAATCTTC
TGTTGGTGAACCACACAGCTTGAAGATTTTATGCAGTTGCTCCACCTACAAAAAAAGAAG
ATTTCAGTTATACATAAAATCAGCTTTTCATTAGCTTTTAATGGAATGAGTGAAGAAAGT
ACCTCGGTTTTGCCAGGTAAGATGGGTTTCCCGGAATATAACTCGCCTAAGATACAGCCA
GCGCTCCACAAATCAACACCAACACCATAATGACAAGCTCCAAGAAGAAGCTCAGGTGGT
CGATACCAAAGAGTGACAACACGGCTAGTCAAGGGAACATGGTTCCGCGGGTCGAAAAAC
GTCGCTAAACCGAAATCCGCAATCTTCAAGATCCCGTTACTGTCAATCAGCAGGTTCGAT
CCCTTTATATCGCGGTGCAGAACACCCCGACTGTGACAGTGATGAAGCCCGCTTAGAAGC
TGTTTCATGTAACATTTCACCTAAAGTAGACACAGAACAAGTTGAGATTTATGAAAAGAA
AATTGATGGTAGCGTTAAGCAAGTGATTTAGTAGTTAGTACCTGAG*CTGAGAGAACTTG
ATACCGGGTAAG*AAGCAAGACCAACGAGATCATGATCCATATACTCGAAA
C

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1C272JQ 680 0 0
GCCTAAGATACAGCCAGCGCTCCACAAATCAACACCAACACCATAATGACAAGCTCCAAG
AAGAAGCTCAGGTGGTCGATACCAAAGAGTGACAACACGGCTAGTCAAGGGAACATGGTT
CCGCGGGTCGAAAAACGTCGCTAAACCGAAATCCGCAATTTTCAAGATCCCGTTACTGTC
AATCAGCAGGTTCGATCCCTTTATATCGCGGTGCAGAACACCCCGACTGTGACAGTGATG
AAGCCCGCTTAGAAGCTGTTTCATGTAACATTTCACCTAAAGTAGACACAGAACAAGTTG
AGATTTATGAAAAGAAAATTGATGGTAGCGTTAAGCAAGTGATTTAGTAGTTAGTACCTG
AGGCTGAGAGAACTTGATACCGGGTAAGGAAGCAAGACCAACGAGATCATGATCCATATA
CTCGAAAACCAAGTAAAGAGAAGAAGAAGCAGAGGCAGTGATCAAGCCTTGTAACTTGAG
TACATTAGGATGATCAAGCCTTCTCATTACAATGATCTCTCTAGCCATAAACTTAACACT
TTCCAAATCGCTGAGATCGAACCGGACTTTTTTAAGCGCAACGATCTTGTTATCCAATAG
ATCGCGAGCCCTGTATACACTGCTATACGTACCTTGTCCTATTTACGATCAATGAAACAA
GTTAAGAAAACATTTTAATT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL5435Contig1 704 2 4 U
GGAATGTGCATAAAATAAACACAGTATTGTAGGATCCTAAGCAAACAATCAATTTCCCTT
TATAAAACGAACTCATCCAGTCATCCGTCAACTTCTTCATCAAGACCTCAAAACTCAAAC
ATCAACAGCTTCAAAATCTGTCTCCAGAAAAAAAACTCAGAAGTCACAAGAAAATAAAAG
AAAGCAAACACTCAAAAATCTAAGGAAAGAGATAAGCCATGGGAAGAGATAACGAAGGAA
GCCCTCCAGTTCCACTACATCTCTGCGTCTTCGTCTTCATCCTCTTAATGTTCGTAACAA
TTTCATGGTATGCGAGCTATGAACCAGTTATAGAAGGTTTTACGGACCAGCTCAAGCTTG
CTCTCATGGCTTCTCCTCTGCTTTTGCTCTTGGCCGTTCATTTTCTATCCAATGGTGAAG
GAGGAAGGATGGTGACGTCATCGATACCTATGAATGAGAGAGAGTCTTTGTATAGAGCTG
GAGGAACGCCGTGGGGAGTGGCATTCATGCTTGTCTTCCTCTTCTTCATGGTTTCGTATA
AGTCTCAGTTTCAAGAACGTTGGTTTCCTCTAAGATGAAAAAGGAATCGTGTGTCTGTTT
ATTTCACTTTCTTGACTTTCTCATTGGGTGGTCTAGTATAGTAGATGCATGATAATGTAT
GTTTAAATTTCATCTTTCTTCTTATTTACCATACCATTTTGTTT


BQ
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AF RR1GR19TF U 1
AF RR1GR19JQ C 97
BS 1 248 RR1GR19TF
BS 249 249 RR1GR19JQ
BS 250 271 RR1GR19TF
BS 272 704 RR1GR19JQ

RD RR1GR19TF 271 0 0
GGAATGTGCATAAAATAAACACAGTATTGTAGGATCCTAAGCAAACAATCAATTTCCCTT
TATAAAACGAACTCATCCAGTCATCCGTCAACTTCTTCATCAAGACCTCAAAACTCAAAC
ATCAACAGCTTCAAAATCTGTCTCCAGAAAAAAAACTCAGAAGTCACAAGAAAATAAAAG
AAAGCAAACACTCAAAAATCTAAGGAAAGAGATAAGCCATGGGAAGAGATAACGAAGGAA
GCCCTCCA*TTCCACTACATCTCTGCGTCTT

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR1GR19JQ 608 0 0
TCATCAAGACCTCAAAACTCAAACATCAACAGCTTCAAAATCTGTCTCCAGAAAAAAAAC
TCAGAAGTCACAAGAAAATAAAAGAAAGCAAACACTCAAAAATCTAAGGAAAGAGATAAG
CCATGGGAAGAGATAACGAAGGAAGCCCTCCAGTTCCACTACATTTCTGCGTCTTCGTCT
TCATCCTCTTAATGTTCGTAACAATTTCATGGTATGCGAGCTATGAACCAGTTATAGAAG
GTTTTACGGACCAGCTCAAGCTTGCTCTCATGGCTTCTCCTCTGCTTTTGCTCTTGGCCG
TTCATTTTCTATCCAATGGTGAAGGAGGAAGGATGGTGACGTCATCGATACCTATGAATG
AGAGAGAGTCTTTGTATAGAGCTGGAGGAACGCCGTGGGGAGTGGCATTCATGCTTGTCT
TCCTCTTCTTCATGGTTTCGTATAAGTCTCAGTTTCAAGAACGTTGGTTTCCTCTAAGAT
GAAAAAGGAATCGTGTGTCTGTTTATTTCACTTTCTTGACTTTCTCATTGGGTGGTCTAG
TATAGTAGATGCATGATAATGTATGTTTAAATTTCATCTTTCTTCTTATTTACCATACCA
TTTTGTTT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL5436Contig1 897 2 2 U
GGGGAAAGAGAAAGCTGATGAAGTCTCTAGTATCTTGCTGGTTCGTCCTAACCCTGGCGA
GGAATATACTTTTACTGAGCTTAACAAAACAGGGTGGTTATTTGAAGATACGCCACAGAT
TCTTGTACCCATTGCAGAGGATTCAGAGGAGACTGAAGCTATAGCCCTTGCAGATATCCT
GAGGCGGGCAAAAGCAAATGTGGTGATTGCTGCAATTGGTAATAGTTTGGAAGTTGTAGG
ATCATGCAAAGTTAACCTAGTAGCAGATGTGCTTCTTGATGAGGTTTCAGAGAAGTCATT
CAATCTGATTGTGCTGCCTGGCGGTAATGGTGCTCAAAGATTGGCAAGCTGTGAGACACT
GGTGAATATGTTAAAGAAACAGGCAGAAGCAAACAAACCATACGGAGGAATCTGTAAAGC
GTCTGTATACGTCTTTGAGTCTAATGGTTTACTCAAGGGTAAGAAGGCTACTACTCATCC
AAGGGTGAGCAACGAGCTTTCAGACCAGAGTCACATTGAGCACAGAGTCGTGGTTGACGG
AAACGTCATAACGAGCAGAGCTCCAGGGACTGCAATGGAGTTTTCACTTGCGATTGTGGA
GAAGTTTTACGGCCGAGAGAAAGCGCTTCAGCTTGCAAAGGCAACGCTTGTTTGAGAAGC
TTCAGCCTTTGAGAAGTTGTTATGTATCTATCCTGGTGAGATGAGTTACTTTGTAATATG
AGCTAGTGTTTGTGTGTGTAATTTATGTCTTATCTATACTATTATTTGCGAACTGATTTT
TCGTGACAGGAGCTCTCACTTTAAAAATTAGACTGGTTAATATGTTTATATACTTAATAA
ATAAAATATAAAAATAATGTAAAAATCAAGGAAAAAATGAAAATAAATTTATTTGAT


BQ
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AF RR1GM95TF U 1
AF RR1GM95JQ C 273
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BS 572 897 RR1GM95JQ

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AAACGTCATAACGAGCAGAGCTCCAGGGACT

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DS 

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ACAAACCATACGGAGGAATCTGTAAAGCGTCTGTATACGTCTTTGAGTCTAATGGTTTAC
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CTGGTTAATATGTTTATATACTTAATAAATAAAATATAAAAATAATGTAAAAATCAAGGA
AAAAATGAAAATAAATTTATTTGAT

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

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TTGACACTTCGGATAATGGACAGGACGTTAAGCATATCGTGAAGGCTAGCATGGACGATA
CTAGAATTGACCATTATGCAATTGGGACATACCATGATTCTAATGGAACATGGGTCCCGG
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ATGCATCCAAGACATTTTACGATCAACATAAGGAACGTAGAATCTTATGGGGTTGGATTG
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CGAGAACTGTTCTCTTGGACACAAAGACGGGGAAGAACTTAATCCAGTGGCCAGTTAAGG
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TGGTTCCGGTCGATGTAGGTCCCGCAAGTCAGCTAGACATAGAGGCTGAGTTCAAGATCA
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GTTGGGAAAGTAGCGGTGGAGCCACCGCACGTGGGGCTTTAGGACCTTTTGGATTCTCTG
TTCTTGCTGACGAAAGCTTGTCGGAACAAACTCCGGTTTACTTCTATGTGACTAAGGGGA
AAGATTGTAAACTCAAGACTTTCTTCTGCACTGACACCTCAAGGTCGACCATGGCAAACG
ATGTTGTGAAACCAGTATACGGAAGCTTCGTACCTGTCCTAAAAGGAGAGAAATTGACCA
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TTACTTCACGGGTATATCCAACAAAAGCCATCTATGGAGCTGCAAAGCTATTCTTGTTCA
ATAACGCTATTGATGCGACTATCACGGCGTCTTTTAAGGTCTGGCAAATGAACAGCGCTT
TTATTCATCCTTAATCTGCTGCAGACGATCTCGGTGTTTCTTCTAGCACCTGATTATTAT
CTACAAACATTATCCTCTTTTTTTTCTCTACTATTTTGATTGTTGTTATATAATAATGGG
TGTGTGATTGATTCATCATATGATATGAGTCACGAAACTAAAAATGAAATTTCTTTCTCA
TTTT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1F123TF U 1
AF RR1F123JQ C 535
BS 1 656 RR1F123TF
BS 657 1264 RR1F123JQ

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TTGACACTTCGGATAATGGACAGGACGTTAAGCATATCGTGAAGGCTAGCATGGACGATA
CTAGAATTGACCATTATGCAATTGGGACATACCATGATTCTAATGGAACATGGGTCCCGG
ATAATCCCTCGATTGATGTCGGGATCAGTACCGGTTTGAGATACGATTACGGTAAATTTT
ATGCATCCAAGACATTTTACGATCAACATAAGGAACGTAGAATCTTATGGGGTTGGATTG
GTGAATCTGACAGCAAAGCAGCTGATGTACAGAAGGGTTGGTCTTCTGTTCAGGGAGTCC
CGAGAACTGTTCTCTTGGACACAAAGACGGGGAAGAACTTAATCCAGTGGCCAGTTAAGG
AAATCAAATCTCTAAGATTAACAAGCAGGAAGTTCCAAAAGAAGGTTAGACCAGGGACAG
TGGTTCCGGTCGATGTAGGTCCCGCAAGTCAGCTAGACATAGAGGCTGAGTTCAAGATCA
AGAAGGACGATCTCGAAGTAATCTTTGGAGATGACTCTGTGGAGGACGACAAGGAA

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1F123JQ 730 0 0
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AATTCAGTTGGGAAAGTAGCGGTGGAGCCACCGCACGTGGGGCTTTAGGACCTTTTGGAT
TCTCTGTTCTTGCTGACGAAAGCTTGTCGGAACAAACTCCGGTTTACTTCTATGTGACTA
AGGGGAAAGATTGTAAACTCAAGACTTTCTTCTGCACTGACACCTCAAGGTCGACCATGG
CAAACGATGTTGTGAAACCAGTATACGGAAGCTTCGTACCTGTCCTAAAAGGAGAGAAAT
TGACCATGAGAATCTTGGTGGATCATTCGATAGTCGAAGGATTTGGACAAGGTGGAAGAA
CATGTATTACTTCACGGGTATATCCAACAAAAGCCATCTATGGAGCTGCAAAGCTATTCT
TGTTCAATAACGCTATTGATGCGACTATCACGGCGTCTTTTAAGGTCTGGCAAATGAACA
GCGCTTTTATTCATCCTTAATCTGCTGCAGACGATCTCGGTGTTTCTTCTAGCACCTGAT
TATTATCTACAAACATTATCCTCTTTTTTTTCTCTACTATTTTGATTGTTGTTATATAAT
AATGGGTGTGTGATTGATTCATCATATGATATGAGTCACGAAACTAAAAATGAAATTTCT
TTCTCATTTT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5441Contig1 911 2 2 U
GGCTCTCCGGCTCTCCCTCTTGTGTTATCTTTCACCGAGAAAATGGTTGAGCAGAAAAAG
TATGCTCTGTTTCTAGCGACTCTTGATTCAGAGTTCGTGAAGAAAACGTACGGAGGATAC
CACAACGTGTTTGTGGAGACGTTTGGAGACGAAGGAGAGCACTGGGACTCGTTTAGGGTT
GTCGAAGGCGAGTTTCCTGAGGAAAAAGATCTTGAGAAGTACGATGGTTTCGTTATTAGC
GGAAGCTCTCATGATTCGTTCGAGAATGACCCTTGGATTCTTAAGCTATGTGACATCGTC
AAGAAACTTGATGAGATGAAGAAGAAAGTTCTTGGCATCTGCTTCGGTCATCAGATCATA
GCCAGAGTAAGAGGAGGAACAGTTGGAAGAGCAAGGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTGCG
GACATAACCATCGTGAAAGACGCGATTACACCGGGAAGTTACTTCGGAAACGAGATCCCA
GACAGCATAGCGATTATAAAATTGCACCAGGACGAAGTGTTAGTGTTGCCGGAAACTGCC
AAAGTACTAGCTTATTCCGACAAGTACGAGGTGGAGATGTACACCATTGAGGATCATTTC
TTCTGTCTTCAAGGACATCCCGAGTATAACAGAGACATTCTCTTCGAGATTGTTGATCGT
GTCCTTCGTCTTGGCTACATCACGCAAGAAATAGCGGATACGGCAAAGGCCACTCTGGAG
AAAAGAGGAGCAGACAGGAAACTTTTGGAGACGATTTGCAAGAATTTTCTCAAAGGCAGA
GTTCCAGCTAATTAGTTCCACTCCCATATGATCTATTTGGCTCTTCTTATATTTGTGGAT
TTATCAGCTTGCTTTATCCTTATTCAATGTATAATAATTACCTAATAATCTCAAGCGTGG
CATCTTTACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX96TF U 1
AF RR1DX96JQ C 201
BS 1 608 RR1DX96TF
BS 609 911 RR1DX96JQ

RD RR1DX96TF 608 0 0
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GTCGAAGGCGAGTTTCCTGAGGAAAAAGATCTTGAGAAGTACGATGGTTTCGTTATTAGC
GGAAGCTCTCATGATTCGTTCGAGAATGACCCTTGGATTCTTAAGCTATGTGACATCGTC
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GCCAGAGTAAGAGGAGGAACAGTTGGAAGAGCAAGGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTGCG
GACATAACCATCGTGAAAGACGCGATTACACCGGGAAGTTACTTCGGAAACGAGATCCCA
GACAGCATAGCGATTATAAAATTGCACCAGGACGAAGTGTTAGTGTTGCCGGAAACTGCC
AAAGTACTAGCTTATTCCGACAAGTACGAGGTGGAGATGTACACCATTGAGGATCATTTC
TTCTGTCT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1DX96JQ 711 0 0
GGAAAAAGATCTTGAGAAGTACGATGGTTTCGTTATTAGCGGAAGCTCTCATGATTCGTT
CGAGAATGACCCTTGGATTCTTAAGCTATGTGACATCGTCAAGAAACTTGATGAGATGAA
GAAGAAAGTTCTTGGCATCTGCTTCGGTCATCAGATCATAGCCAGAGTAAGAGGAGGAAC
AGTTGGAAGAGCAAGGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTGCGGACATAACCATCGTGAAAGA
CGCGATTACACCGGGAAGTTACTTCGGAAACGAGATCCCAGACAGCATAGCGATTATAAA
ATTGCACCAGGACGAAGTGTTAGTGTTGCCGGAAACTGCCAAAGTACTAGCTTATTCCGA
CAAGTACGAGGTGGAGATGTACACCATTGAGGATCATTTCTTCTGTCTTCAAGGACATCC
CGAGTATAACAGAGACATTCTCTTCGAGATTGTTGATCGTGTCCTTCGTCTTGGCTACAT
CACGCAAGAAATAGCGGATACGGCAAAGGCCACTCTGGAGAAAAGAGGAGCAGACAGGAA
ACTTTTGGAGACGATTTGCAAGAATTTTCTCAAAGGCAGAGTTCCAGCTAATTAGTTCCA
CTCCCATATGATCTATTTGGCTCTTCTTATATTTGTGGATTTATCAGCTTGCTTTATCCT
TATTCAATGTATAATAATTACCTAATAATCTCAAGCGTGGCATCTTTACCT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5443Contig1 769 2 4 U
GAACCTCCTCAAAAAACATTTTATCAACATAATACATATATGCTTAGCCTATCATGAGCA
ACATCCCTAGATCTCTCACCGACTCATCTCTCTCTATATTTCTTCTAACCATATCTTCTG
CAGTCGATCCTTGGCCCTTTTCTATCACCGTCTTTTAACACGAGCTGCTCTTCTCCGTCG
ACGTTAATCGTTTTTCAATCAATCTTCGTGTTTCTCTATAGGTGTTTTGGTAAGAGAGAC
TCGATCTTTTTGATGGGTTTTGAAGAACACGTACATAAACAGATGGTGTTCAAGTTTCAC
TTTCCTCATCTCCACATACTCCATCATAACCATCATCATGTTCCGAAAGGCTGTGTTGCG
ATCATGGTTGGTCACGAGGGAGATGAAGAAGGTCTACACAGATTCGTTGTTCCCTTGATG
TTCTTGAGCCATCCTCTGTTCTTGAGGCTCTTGAAAGAAGCTGAAGAAGAGTACGGTTTC
AAACACGCTGGTCCGATCACGATTCCTTGCCGTGTCGATGAGTTTAAGCATGTTCAGGAG
ATAATCGACGGGGAGACACATCGCCGTCATAGTCACGGTAACGGACACAACAACCACAAC
CACCACCACAACGACAACCATTTGCGATGTTTCTGAAGATCTGTGTTTGGTTTTGTTTGG
TTTGACATGTAATTGATATTGGTTTGGTTTGGTTTGACTTTTCGTTTGAGATTGGTTTAG
TTTGCTTAGTGATGATGATGATGAAAAATACAGAGTGCAATTGAATGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DJ49TF U 1
AF RR1DJ49JQ C 196
BS 1 552 RR1DJ49TF
BS 553 553 RR1DJ49JQ
BS 554 600 RR1DJ49TF
BS 601 769 RR1DJ49JQ

RD RR1DJ49TF 600 0 0
GAACCTCCTCAAAAAACATTTTATCAACATAATACATATATGCTTAGCCTATCATGAGCA
ACATCCCTAGATCTCTCACCGACTCATCTCTCTCTATATTTCTTCTAACCATATCTTCTG
CAGTCGATCCTTGGCCCTTTTCTATCACCGTCTTTTAACACGAGCTGCTCTTCTCCGTCG
ACGTTAATCGTTTTTCAATCAATCTTCGTGTTTCTCTATAGGTGTTTTGGTAAGAGAGAC
TCGATCTTTTTGATGGGTTTTGAAGAACACGTACATAAACAGATGGTGTTCAAGTTTCAC
TTTCCTCATCTCCACATACTCCATCATAACCATCATCATGTTCCGAAAGGCTGTGTTGCG
ATCATGGTTGGTCACGAGGGAGATGAAGAAGGTCTACACAGATTCGTTGTTCCCTTGATG
TTCTTGAGCCATCCTCTGTTCTTGAGGCTCTTGAAAGAAGCTGAAGAAGAGTACGGTTTC
AAACACGCTGGTCCGATCACGATTCCTTGCCGTGTCGATGAGTTTAAGCATGTTCAGGAG
ATAATCGACGGG*AGACACATCGCCGTCATAGTCACGGTAACGGACACAACAACCACAAC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1DJ49JQ 574 0 0
CAATCAATCTTCGTGTTTCTCTATAGGTGTTTTGGTAAGAGAGACTCGATCTTTTTGATG
GGTTTTGAAGAACACGTACATAAACAGATGGTGTTCAAGTTTCACTTTCCTCATCTCCAC
ATACTCCATCATAACCATCATCATGTTCCGAAAGGCTGTGTTGCGATCATGGTTGGTCAC
GAGGGAGATGAAGAAGGTCTACACAGATTCGTTGTTCCCTTGATGTTCTTGAGCCATCCT
CTGTTCTTGAGGCTCTTGAAAGAAGCTGAAGAAGAGTACGGTTTCAAACACGCTGGTCCG
ATCACGATTCCTTGCCGTGTCGATGAGTTTAAGCATGTTCAGGAGATAATCGACGGGGAG
ACACATCGCCGTCATAGTCACGGTAACGGACACAACAACCACAACCACCACCACAACGAC
AACCATTTGCGATGTTTCTGAAGATCTGTGTTTGGTTTTGTTTGGTTTGACATGTAATTG
ATATTGGTTTGGTTTGGTTTGACTTTTCGTTTGAGATTGGTTTAGTTTGCTTAGTGATGA
TGATGATGAAAAATACAGAGTGCAATTGAATGCT

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL5444Contig1 389 2 2 U
TTTTCCTCCTCCTCGGGGGACGACTGAGCAGGAGAAGATAGGAGAAGGGCAAAGACTTGG
GAAGACAACGACTTGCTCGAACATGTTCTGGGGAGAAGAAGCTGTAGCAGAGAGAACCAA
TGCAACGCCGAGATCAATGCCTGATCACAAACATTTTTTATGTACAGTGTGTGTGTGAGA
GAGAGAGAGAGGGAGAGAATCGATTTTCCTACACAGTCTTGTTTGTTTAGAGTTTTGAGA
GGCTTCAGATATAAAAAATTATGGTGGGGAGATTTGTAATTATCAATTATAATGATGGGG
TCATTTTCTTTCCCAGCTTTATTGTAATGCTATATTTGTAGATTGATTTATTATTCAATC
ATATCTTAGATTAGTATTAGTCTTAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GO83JQ C 1
AF RR1AP33TF U 194
BS 1 206 RR1GO83JQ
BS 207 389 RR1AP33TF

RD RR1GO83JQ 314 0 0
TTTTCCTCCTCCTCGGGGGACGACTGAGCAGGAGAAGATAGGAGAAGGGCAAAGACTTGG
GAAGACAACGACTTGCTCGAACATGTTCTGGGGAGAAGAAGCTGTAGCAGAGAGAACCAA
TGCAACGCCGAGATCAATGCCTGATCACAAACATTTTTTATGTACAGTGTGTGTGTGAGA
GAGAGAGAGAGGGAGAGAATCGATTTTCCTACACAGTCTTGTTTGTTTAGAGTTTTGAGA
GGCTTCAGATATAAAAAATTATGGTGGGGAGATTTGTAATTATCAATTATAATGATGGGG
TCATTTTCTTTCCC

QA 1 314 1 314
DS 

RD RR1AP33TF 196 0 0
GAGAATCGATGTC
TCCTACACAGTCTTGTTTGTTTAGAGTTTTGAGAGGCTTCAGATATAAAAAATTATGGTG
GGGAGATTTGTAATTATCAATTATAATGATGGGGTCATTTTCTTTCCCAGCTTTATTGTA
ATGCTATATTTGTAGATTGATTTATTATTCAATCATATCTTAGATTAGTATTAGTCTTAA
AAG

QA 14 196 14 196
DS 



AS 1 2

CO CL5445Contig1 852 2 2 U
GGGTCGTTGTCTCTCTCTAGCTTCTCCAAAGTTCCTCCGTTGGACGATCTTTCATCTTCA
TCATCCGGGACGAGGCAGTAACCGATTCCCCCTCATTAAGCCCTCCTTAATCAATCACAC
ATGATCTCCATTCAATGCGACCCTGGAGAGTGCAAGACGGTGGAGGCTCTACTATAAAAA
GAACCAGCCACTCCTCCTTCATCGTTGAAGTCCACTTGCTCCGCTTTACGTCCGCCGAGG
TAGAGAACAAGTCGGGCGTTTTTCTAACAAATTGGAGGTCCATCTGCACCGATTCTGGGA
ACCCAGAAAGGAAGAGAGCTTATGGGCCTGACATGCTCTTCCTTAACGAGAAGCCACGGT
TTACGCCCACTCACAGTTCTGTTAACTCCCACCGTCTGAAGAAGTACAAACACCTGATAT
GGAAGGCGGATGAGAGAGAGAGGCTGAAGAGAATATGTAGGAACATATAGAGAGAGATAA
CGTTGCGGGTAGAGAAGAGAAGATCCAGAAAACGTGCGGATCAGAAACAGAGACAGAGAG
ACACCATTTGTTGGCCGAGTTATCTTGAGAAGAAAAAAGAGAGGCTCAAAAGATACCAAT
GAATTATCAACAAAATCCTAAGGATGATAGATAGATAGGTACTGCAAATGAGAGATTATT
TTACGTATTGCAGGGAGAATGGTAAGGTAATAGAGTGAGATTTGATTGTGTTCTTAGTTT
TGGTTTACTGATTTCAGAAACTTATGATCTTGATTCTATGTATTGATTCTTCCTGCAATA
CATTTCTTTTGGGTATGATACACAAATGTAAAAACAGATTATTCCTGCAATTACGTATTG
ATTATTCCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G011TF U 1
AF RR1G011JQ C 300
BS 1 602 RR1G011TF
BS 603 852 RR1G011JQ

RD RR1G011TF 602 0 0
GGGTCGTTGTCTCTCTCTAGCTTCTCCAAAGTTCCTCCGTTGGACGATCTTTCATCTTCA
TCATCCGGGACGAGGCAGTAACCGATTCCCCCTCATTAAGCCCTCCTTAATCAATCACAC
ATGATCTCCATTCAATGCGACCCTGGAGAGTGCAAGACGGTGGAGGCTCTACTATAAAAA
GAACCAGCCACTCCTCCTTCATCGTTGAAGTCCACTTGCTCCGCTTTACGTCCGCCGAGG
TAGAGAACAAGTCGGGCGTTTTTCTAACAAATTGGAGGTCCATCTGCACCGATTCTGGGA
ACCCAGAAAGGAAGAGAGCTTATGGGCCTGACATGCTCTTCCTTAACGAGAAGCCACGGT
TTACGCCCACTCACAGTTCTGTTAACTCCCACCGTCTGAAGAAGTACAAACACCTGATAT
GGAAGGCGGATGAGAGAGAGAGGCTGAAGAGAATATGTAGGAACATATAGAGAGAGATAA
CGTTGCGGGTAGAGAAGAGAAGATCCAGAAAACGTGCGGATCAGAAACAGAGACAGAGAG
ACACCATTTGTTGGCCGAGTTATCTTGAGAAGAAAAAAGAGAGGCTCAAAAGATACCAAT
GA

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1G011JQ 553 0 0
AACCCAGAAAGGAAGAGAGCTTATGGGCCTGACATGCTCTTCCTTAACGAGAAGCCACGG
TTTACGCCCACTCACAGTTCTGTTAACTCCCACCGTCTGAAGAAGTACAAACACCTGATA
TGGAAGGCGGATGAGAGAGAGAGGCTGAAGAGAATATGTAGGAACATATAGAGAGAGATA
ACGTTGCGGGTAGAGAAGAGAAGATCCAGAAAACGTGCGGATCAGAAACAGAGACAGAGA
GACACCATTTGTTGGCCGAGTTATCTTGAGAAGAAAAAAGAGAGGCTCAAAAGATACCAA
TGAATTATCAACAAAATCCTAAGGATGATAGATAGATAGGTACTGCAAATGAGAGATTAT
TTTACGTATTGCAGGGAGAATGGTAAGGTAATAGAGTGAGATTTGATTGTGTTCTTAGTT
TTGGTTTACTGATTTCAGAAACTTATGATCTTGATTCTATGTATTGATTCTTCCTGCAAT
ACATTTCTTTTGGGTATGATACACAAATGTAAAAACAGATTATTCCTGCAATTACGTATT
GATTATTCCTGCC

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

CO CL5446Contig1 879 2 8 U
GGAGGGCTAGAAAGAAAAAAACTCTCTGAAACCCTCAAGTTCCATAAAAATTTGTTATCA
ACACTTTTTCAAGCCTCTTCTTCGATTCAGAGAGAAGAATCGATTGACAAATCTTAAATC
AGTTCGAGTTTCCATCAAAAGTCGAAAATGCCACTGTCGGCTACGGCGGATACAAGCAAG
ACGGTGAAGCTGGAGAGGTACAACAGCTACCTCCGCAAGATCCACAACACAAAAGTTCTA
AAGGCTTCTTCTAAAGTCCTTTTCCGAGCAACACTCCTCATCGCTCTAGTCCTTGTCCTA
CTCTTCGCTGTCAACTACCATCCACACTCCGACACCCACCATCTCCACCGTCGCAGCTTC
TTATCCACCGGACTCTTCTCCTCCTCCTCACTAGGCGAAGGAGCCGCTTGGGAGAAGCGC
GTGAGTCAATACTCGACAGCGAAACGACAGCATGGCCTCTCCGTCCTCGTCACCGGAGCC
GCCGGATTCGTCGGATCTCACTGCTCAATCGCTCTTAGAAAACGCGGCGACGGAGTTTTG
GGATTCGACAACTTCAACGACTACTACGATCCATCGCTCAAAAGAGCGAGGCAGCAGCTC
TTGGAGAAGAACCAAGTGTTCATCGTCCAAGGAGATCTCAACGACGGACCTCTCCTGCGT
AAGCTCTTCGACATCGTCCCATTCACTCACGTCCTCCACTTAGCAGCTCAAGCCGGAGTT
CGTTACGCCATGAAGAACCCTCAGTCTTACATCAGCTCCAACATCGCTGGTCTCGTTAAC
CTCCTCGAAGTAGCCAAAGCAGCTAACCCTCAGCCCGCGATCGTCTGGGCTTCGTCAAGC
TCCGTGTACGACTCACACCGAGATCCTTTCTCCGAGAGC


BQ
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AF RR1B142TF U 1
AF RR1BE17TF U 1
BS 1 808 RR1B142TF
BS 809 809 RR1BE17TF
BS 810 831 RR1B142TF
BS 832 832 RR1BE17TF
BS 833 842 RR1B142TF
BS 843 843 RR1BE17TF
BS 844 865 RR1B142TF
BS 866 879 RR1BE17TF

RD RR1B142TF 877 0 0
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AAGGCTTCTTCTAAAGTCCTTTTCCGAGCAACACTCCTCATCGCTCTAGTCCTTGTCCTA
CTCTTCGCTGTCAACTACCATCCACACTCCGACACCCACCATCTCCACCGTCGCAGCTTC
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DS 

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GGAGGGCTAGAAAGAAAAAAACTCTCTGAAACCCTCAAGTTCCATAAAAATTTGTTATCA
ACACTTTTTCAAGCCTCTTCTTCGATTCAGAGAGAAGAATCGATTGACAAATCTTAAATC
AGTTCGAGTTTCCATCAAAAGTCGAAAATGCCACTGTCGGCTACGGCGGATACAAGCAAG
ACGGTGAAGCTGGAGAGGTACAACAGCTACCTCCGCAAGATCCACAACACAAAAGTTCTA
AAGGCTTCTTCTAAAGTCCTTTTCCGAGCAACACTCCTCATCGCTCTAGTCCTTGTCCTA
CTCTTCGCTGTCAACTACCATCCACACTCCGACACCCACCATCTCCACCGTCGCAGCTTC
TTATCCACCGGACTCTTCTCCTCCTCCTCACTAGGCGAAGGAGCCGCTTGGGAGAAGCGC
GTGAGTCAATACTCGACAGCGAAACGACAGCATGGCCTCTCCGTCCTCGTCACCGGAGCC
GCCGGATTCGTCGGATCTCACTGCTCAATCGCTCTTAGAAAACGCGGCGACGGAGTTTTG
GGATTCGACAACTTCAACGACTACTACGATCCATCGCTCAAAAGAGCGAGGCAGCAGCTC
TTGGAGAAGAACCAAGTGTTCATCGTCCAAGGAGATCTCAACGACGGACCTCTCCTGCGT
AAGCTCTTCGACATCGTCCCATTCACTCACGTCCTCCACTTAGCAGCTCAAGCCGGAGTT
CGTTACGCCATGAAGAACCCTCAGTCTTACATCAGCTCCAACATCGCTGGTCTCGTTAAC
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TCCGTGTACGACTCACACCGAGATCCTTTCTCCGAGAGC

QA 1 879 1 879
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5448Contig1 1138 2 2 U
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TTTTCCTTTGGACTCTTTGACGCCGCCTGCGTCTCCGATTGATGGTGGGGGCATGGGAGT
GGGAAAATGCAACAGCGGGAGCGGTGGCAGGATTCGCAACAGTAGCTGCTATGCACCCTC
TTGATGTTGTCCGTACTCGATTCCAAGTGAACGACGGAAGAGGGTTAAGTGCTCTCCCCA
CGTACAAGAACACAGCTCATGCTCTCTTCACCATTGCCCGCCTTGAGGGATTGAGAGGAG
GACTTTATGCGGGTTTCTTCCCAGCTGTCATCGGTTCCACTCTTTCCTGGAGCTTATACT
TCTTCTTTTATGGCAGAGCGAAACAGAGATACGGTAGAGGCAGGGACGACGACAAACTCA
CCCCTCCTCTTCACCTCGCTTCTGCTGCTGAAGCTGGTGCCTTGGTCTGTTTCTGCACCA
ATCCTATTTGGCTTGTCAAGACTAGATTACAGCTTCAGACTCCTCTTCATCAAACCCCAC
CCTACTCCGGCCTTTTAGATGCCTTTAGAACCATAATCAAAGAGGAAGGACCCAGGGCCC
TCTATAAGGGTATTCTCCCTGCCCTTCTTCTGGTTTCTCATGGAGCTATTCAGTTCACAG
CGTACGAGGAACTCCGTAAACTCATTGTGGATTTCAAAGACAAGAGAAGAAATTCCGAAT
CCACTTCTGATAATTTATTGAACTCGGCGGATTATGCTGCACTCGGCGGCTCCTCCAAAG
TCGCAGCAGTTCTTCTTACATATCCATTTCAAGTTATTAGAGCACGATTACAGCAAAGAC
CTAGTACCAACGGAGTCCCAAGATATATAGACAGCTTACATGTCATAAGAGAAACCGCCA
GATTCGAGGGTGTCAGAGGTTTCTACAGGGGACTAACAGCTAATCTATTGAAAAATGTGC
CTGCTTCTTCCATCACCTTCATCGTCTACGAAAACGTTCTGAAATTGCTGAAACAACCTC
CAATGAAATAGGACCCGTCATCTTCTTCTTCTTCTTATTGAGAATTACATTTTTCTTCCT
TTTCCATGAAACAGTCTTGTCTTTTGCTCAATAAAAATCTATTATTTTCCTTTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AH78TF U 1
AF RR1AH78JQ C 461
BS 1 764 RR1AH78TF
BS 765 1138 RR1AH78JQ

RD RR1AH78TF 764 0 0
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TTTTCCTTTGGACTCTTTGACGCCGCCTGCGTCTCCGATTGATGGTGGGGGCATGGGAGT
GGGAAAATGCAACAGCGGGAGCGGTGGCAGGATTCGCAACAGTAGCTGCTATGCACCCTC
TTGATGTTGTCCGTACTCGATTCCAAGTGAACGACGGAAGAGGGTTAAGTGCTCTCCCCA
CGTACAAGAACACAGCTCATGCTCTCTTCACCATTGCCCGCCTTGAGGGATTGAGAGGAG
GACTTTATGCGGGTTTCTTCCCAGCTGTCATCGGTTCCACTCTTTCCTGGAGCTTATACT
TCTTCTTTTATGGCAGAGCGAAACAGAGATACGGTAGAGGCAGGGACGACGACAAACTCA
CCCCTCCTCTTCACCTCGCTTCTGCTGCTGAAGCTGGTGCCTTGGTCTGTTTCTGCACCA
ATCCTATTTGGCTTGTCAAGACTAGATTACAGCTTCAGACTCCTCTTCATCAAACCCCAC
CCTACTCCGGCCTTTTAGATGCCTTTAGAACCATAATCAAAGAGGAAGGACCCAGGGCCC
TCTATAAGGGTATTCTCCCTGCCCTTCTTCTGGTTTCTCATGGAGCTATTCAGTTCACAG
CGTACGAGGAACTCCGTAAACTCATTGTGGATTTCAAAGACAAGAGAAGAAATTCCGAAT
CCACTTCTGATAATTTATTGAACTCGGCGGATTATGCTGCACTC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1AH78JQ 678 0 0
CTTGGTCTGTTTCTGCACCAATCCTATTTGGCTTGTCAAGACTAGATTACAGCTTCAGAC
TCCTCTTCATCAAACCCCACCCTACTCCGGCCTTTTAGATGCCTTTAGAACCATAATCAA
AGAGGAAGGACCCAGGGCCCTCTATAAGGGTATTCTCCCTGCCCTTCTTCTGGTTTCTCA
TGGAGCTATTCAGTTCACAGCGTACGAGGAACTCCGTAAACTCATTGTGGATTTCAAAGA
CAAGAGAAGAAATTCCGAATCCACTTCTGATAATTTATTGAACTCGGCGGATTATGCTGC
ACTCGGCGGCTCCTCCAAAGTCGCAGCAGTTCTTCTTACATATCCATTTCAAGTTATTAG
AGCACGATTACAGCAAAGACCTAGTACCAACGGAGTCCCAAGATATATAGACAGCTTACA
TGTCATAAGAGAAACCGCCAGATTCGAGGGTGTCAGAGGTTTCTACAGGGGACTAACAGC
TAATCTATTGAAAAATGTGCCTGCTTCTTCCATCACCTTCATCGTCTACGAAAACGTTCT
GAAATTGCTGAAACAACCTCCAATGAAATAGGACCCGTCATCTTCTTCTTCTTCTTATTG
AGAATTACATTTTTCTTCCTTTTCCATGAAACAGTCTTGTCTTTTGCTCAATAAAAATCT
ATTATTTTCCTTTTCACC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL5449Contig1 1220 2 2 U
GGAGGGTTCCATCCTTTTCTTTCTTCCTGACAGAATCCGATCCGCCATATCTTTTTTCGC
TTCTGAAAAACTTTTGTTTCTCTTCTCATCTCTGAACTCGATCTCCCCGTTATCTCTTCA
CCTCCCATTAGGTTTGATATATAGGTTTTAATTCGTGAATCATTGATAATCACATTAGAG
ACAGTCACGATGTCGACGCCTCCGTTACCTTCACGCAAACTCTATATATATCAGCGGCTT
AGGGGGATGATTGACCCTTGGAACCACTGTCAATTTATTATTTTATAAAGCGTTGAAAGT
CACTCAGAGATGGCTTACTCCGATGTTGTTCTTGCGCACTCCCCCTTGACGCTCTCCGCC
TCGGTAGATCTGCCCAGATCATGTTGGTCGTCTCCTCCGTTTTTGGACTCGAAAAATCAA
GAAGCAAAGTGAATTCATGGAATCACTCTGCTCCTCTTTCATGAGAAGAATTTGGTTGTT
GATATTTTTGAGGTTGTAAGAGTCTCACGATTTGAGGCTTGCTCTTCATAAACTCTTGGT
TTTTTATTTTAAATTATTCTATTTTTTTCATCACATCGCAGATGTTGTTGGGCAAATTCA
ATCTGTCTAAGATTCGGACCTGAATGACGCTACAATTACGAGCCGAGTTGTTCGTTTCAC
CGAGGGTTGTCGTCTACCTTTCTTTGTGTGATGATGAAGCAGCAATGTTTAGGGGTCTCA
TTAACTCAGGTGATAGGTCACAGTCAGTCATGGTGGTTACTACTGTGAATCCCAAAATCT
TCGGAGGTACCCTATACAAAATTATATTTTTATCCAGCCCTTCAAGCCATCGCAGAGTTC
ACAGCTAAGTACAACTCATTATGTTTTAACTTTTACGGTTGAGCTAATATTCAGTTTTGT
GGCTGCTTAAACCAATGACGTTCTAACTTTCAAGACCAATGAAGTTGAATTTTCTGAGGT
AGAAGGTGGGGGGAAGCGTCTGGAACTGCCAGCAACAAGGTTAGAGGTGAATACAAGGAA
CCAAGTCCAACTACCTTGGGAGGCAAAGAGAATATCCCACCGTCAAGCCAACTCTGTTAT
TGTTTCATTAACATTTATCTAACGTATTATGCATTTCCTATTTTAGACTTTACAGTTATT
TTTCTATTTGAATGGTTTTGTTTTATTTATAGACTTCTGTTTTTTATCTTTAAAGAAAAA
GGGTGGACGTTATATTTTGC


BQ
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AF RR1AE91TF U 1
AF RR1AE91JQ C 405
BS 1 708 RR1AE91TF
BS 709 1220 RR1AE91JQ

RD RR1AE91TF 708 0 0
GGAGGGTTCCATCCTTTTCTTTCTTCCTGACAGAATCCGATCCGCCATATCTTTTTTCGC
TTCTGAAAAACTTTTGTTTCTCTTCTCATCTCTGAACTCGATCTCCCCGTTATCTCTTCA
CCTCCCATTAGGTTTGATATATAGGTTTTAATTCGTGAATCATTGATAATCACATTAGAG
ACAGTCACGATGTCGACGCCTCCGTTACCTTCACGCAAACTCTATATATATCAGCGGCTT
AGGGGGATGATTGACCCTTGGAACCACTGTCAATTTATTATTTTATAAAGCGTTGAAAGT
CACTCAGAGATGGCTTACTCCGATGTTGTTCTTGCGCACTCCCCCTTGACGCTCTCCGCC
TCGGTAGATCTGCCCAGATCATGTTGGTCGTCTCCTCCGTTTTTGGACTCGAAAAATCAA
GAAGCAAAGTGAATTCATGGAATCACTCTGCTCCTCTTTCATGAGAAGAATTTGGTTGTT
GATATTTTTGAGGTTGTAAGAGTCTCACGATTTGAGGCTTGCTCTTCATAAACTCTTGGT
TTTTTATTTTAAATTATTCTATTTTTTTCATCACATCGCAGATGTTGTTGGGCAAATTCA
ATCTGTCTAAGATTCGGACCTGAATGACGCTACAATTACGAGCCGAGTTGTTCGTTTCAC
CGAGGGTTGTCGTCTACCTTTCTTTGTGTGATGATGAAGCAGCAATGT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1AE91JQ 816 0 0
GGACTCGAAAAATCAAGAAGCAAAGTGAATTCATGGAATCACTCTGCTCCTCTTTCATGA
GAAGAATTTGGTTGTTGATATTTTTGAGGTTGTAAGAGTCTCACGATTTGAGGCTTGCTC
TTCATAAACTCTTGGTTTTTTATTTTAAATTATTCTATTTTTTTCATCACATCGCAGATG
TTGTTGGGCAAATTCAATCTGTCTAAGATTCGGACCTGAATGACGCTACAATTACGAGCC
GAGTTGTTCGTTTCACCGAGGGTTGTCGTCTACCTTTCTTTGTGTGATGATGAAGCAGCA
ATGTTTAGGGGTCTCATTAACTCAGGTGATAGGTCACAGTCAGTCATGGTGGTTACTACT
GTGAATCCCAAAATCTTCGGAGGTACCCTATACAAAATTATATTTTTATCCAGCCCTTCA
AGCCATCGCAGAGTTCACAGCTAAGTACAACTCATTATGTTTTAACTTTTACGGTTGAGC
TAATATTCAGTTTTGTGGCTGCTTAAACCAATGACGTTCTAACTTTCAAGACCAATGAAG
TTGAATTTTCTGAGGTAGAAGGTGGGGGGAAGCGTCTGGAACTGCCAGCAACAAGGTTAG
AGGTGAATACAAGGAACCAAGTCCAACTACCTTGGGAGGCAAAGAGAATATCCCACCGTC
AAGCCAACTCTGTTATTGTTTCATTAACATTTATCTAACGTATTATGCATTTCCTATTTT
AGACTTTACAGTTATTTTTCTATTTGAATGGTTTTGTTTTATTTATAGACTTCTGTTTTT
TATCTTTAAAGAAAAAGGGTGGACGTTATATTTTGC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL5450Contig1 930 2 2 U
TTCTTGTAGCGGCAGCTTGAAGTATGCTCATCGGAAGTGTGTTCAGCGTTGGTGTAATGA
GAAAGGTGACACTATCTGTGAAATATGCCACAAGTCTTATCAACCTGGCTACACCGCTCC
ACCACCTCCTCCCGCTGAAGATACTGTTATCGATATCGGTGAAGATTGGGCCAATGGTGT
TCCCTTAGACTTCAACGACCCTCGCATTTTTGCAATGGCGGCTGCAGAACGCCGTTTCTT
TGATCCGGACTATGACGAGTATGCTGATTCTAGCTCTAGCGGTGCTGCTTTCCTTCGCTC
CGCTGCTCTTATCTTAATGGCGCTTTTATTGCTGCGACACGCCATGAACCTTTCAAACAA
CAACTCAGACAACGAAGAAGAAGATGATCCATCAGCTTTCTTCTTTCTTTTCATGCTCCG
TGCTGCCGCTTTTCTCCTCCCTTGTTACATAATGGCTTGGGCCATCAGTATCTTACAACG
CCGAAGACAAAGACAGGAAGCGGCAGCTCTGGCCGCTGCAGAAGTTGCGTTTATGCTACA
CAGCGGGGCTGGCGGTGGAGGACAGCGCAGAGGAGGATTGCATTTCGCTGTAGCACCCGA
GCTGATACCGAATCCACAACACCAGCCTGAAGCCTCACCACAATGATTATATATATCCCT
GAGTACCGGTTAAAGAATCCAAAGTATCATCATTATCCACGACTTTGGTCTCTTCTCTCT
TCTCTCTCTCTCTCTCTTTCACTGTTTGTAGTAGCTGTTTGTTGTTTATGGGTTTATTCC
TATGAGCAAAAACACAGAAACTGAGTAAAACAAAATACGGGAAGTCTCTCTGTCTTATGT
TCTTACAGACGAGAAAATAAAGCTTCTTGATATGCTTATGTATATATACTTAATACTTGA
GAAATTACCAACGATCTTAAGAAGATATTC


BQ
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AF RR1BS06TF U 1
AF RR1BS06JQ C 338
BS 1 551 RR1BS06TF
BS 552 930 RR1BS06JQ

RD RR1BS06TF 551 0 0
TTCTTGTAGCGGCAGCTTGAAGTATGCTCATCGGAAGTGTGTTCAGCGTTGGTGTAATGA
GAAAGGTGACACTATCTGTGAAATATGCCACAAGTCTTATCAACCTGGCTACACCGCTCC
ACCACCTCCTCCCGCTGAAGATACTGTTATCGATATCGGTGAAGATTGGGCCAATGGTGT
TCCCTTAGACTTCAACGACCCTCGCATTTTTGCAATGGCGGCTGCAGAACGCCGTTTCTT
TGATCCGGACTATGACGAGTATGCTGATTCTAGCTCTAGCGGTGCTGCTTTCCTTCGCTC
CGCTGCTCTTATCTTAATGGCGCTTTTATTGCTGCGACACGCCATGAACCTTTCAAACAA
CAACTCAGACAACGAAGAAGAAGATGATCCATCAGCTTTCTTCTTTCTTTTCATGCTCCG
TGCTGCCGCTTTTCTCCTCCCTTGTTACATAATGGCTTGGGCCATCAGTATCTTACAACG
CCGAAGACAAAGACAGGAAGCGGCAGCTCTGGCCGCTGCAGAAGTTGCGTTTATGCTACA
CAGCGGGGCTG

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1BS06JQ 593 0 0
CACGCCATGAACCTTTCAAACAACAACTCAGACAACGAAGAAGAAGATGATCCATCAGCT
TTCTTCTTTCTTTTCATGCTCCGTGCTGCCGCTTTTCTCCTCCCTTGTTACATAATGGCT
TGGGCCATCAGTATCTTACAACGCCGAAGACAAAGACAGGAAGCGGCAGCTCTGGCCGCT
GCAGAAGTTGCGTTTATGCTACACAGCGGGGCTGGCGGTGGAGGACAGCGCAGAGGAGGA
TTGCATTTCGCTGTAGCACCCGAGCTGATACCGAATCCACAACACCAGCCTGAAGCCTCA
CCACAATGATTATATATATCCCTGAGTACCGGTTAAAGAATCCAAAGTATCATCATTATC
CACGACTTTGGTCTCTTCTCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCACTGTTTGTAGTAGCTG
TTTGTTGTTTATGGGTTTATTCCTATGAGCAAAAACACAGAAACTGAGTAAAACAAAATA
CGGGAAGTCTCTCTGTCTTATGTTCTTACAGACGAGAAAATAAAGCTTCTTGATATGCTT
ATGTATATATACTTAATACTTGAGAAATTACCAACGATCTTAAGAAGATATTC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL5451Contig1 1102 2 2 U
GAACACTCGGTGAGCTTGTAGGTGGACGTGTTGGTCTTGCTTATGCATCTGTTGGCGTCC
TTAAAATATCCGCCACGATTGCTATCCGTTACTCGCTGTTGAGGCAACAGTTCGGTCCTC
CAAAGCAACCTGAGGTCAGCATTCTTGATTACCAGTCTCAGCAACACAAGCTCATGCCGA
TGTTAGCCTCCACCTATGCGTACCATTTTGCAACCGTGTACCTCGTGGAGAAATATTCAG
AGATGAAGAAGACTCAGGAGGAGCAGTTGGTTGCTGATGTCCATGCGCTCTCTGCTGGGC
TCAAATCTTATATAACGTCGTACACCGCTAAGTCACTCTCGGTCTGCAGAGAAGCTTGTG
GAGGACATGGTTATGCAGCTGTTAACAGGTTTGGAAGCTTGAGAAACGATCATGACATTT
TCCAAACATTTGAAGGAGACAACACTGTGCTTCTGCAACAGGTGGCAGCTGATTTGCTTA
AGCGATACAAAGAGAAGTTTCAAGGTGGGACATTGACAGCTACGTGGAGTTACTTGAGAG
AGTCGATGAACGCTTACTTGTCTCAGCCAAATCCTGTTACAGCTCGTTGGGAAGGTGAAG
ATCATCTAAGAGATCCTAAATTCCAACTAGATGCTTTCCGGTATCGAACATCGCGTCTCC
TACAAAGTGTTGCAATGAGATTGACGAAACACACCAAGACCCTTGGACCATTCGGCGCTT
GGAACAGATGCTTGAATCATCTCTTGACACTTGCGGAGTCTCACATTGAATCAGTCATTC
TCGCCAAGTTCATTGAAGCTGTTCGAAAGTGTCCGGACCGGAGTGCAAGAGCTGGTCTGA
AACTAGCATGTGATCTTTACGCATTGGAGCGAATATGGAAAGATATAGGAACCTACCGTA
ACGTGGATTATGTGGCGCCTAACAAAGCCAAGGCGATTCATAAGTTGACCGAGTATTTGA
GTTTTCAAGTAAGGAATGTGGCCAAGGAACTAGTGGACGCTTTCGACCTACCGGATCATG
TTACTCGAGCGCCAATTGCTAGGCAGTCTGATGCTTATGCACAGTATACTCAAGTTGTTG
GATTCTGAAAAAAGGTGAAAGG


BQ
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AF RR1D595TF U 1
AF RR1D595JQ C 276
BS 1 676 RR1D595TF
BS 677 1102 RR1D595JQ

RD RR1D595TF 676 0 0
GAACACTCGGTGAGCTTGTAGGTGGACGTGTTGGTCTTGCTTATGCATCTGTTGGCGTCC
TTAAAATATCCGCCACGATTGCTATCCGTTACTCGCTGTTGAGGCAACAGTTCGGTCCTC
CAAAGCAACCTGAGGTCAGCATTCTTGATTACCAGTCTCAGCAACACAAGCTCATGCCGA
TGTTAGCCTCCACCTATGCGTACCATTTTGCAACCGTGTACCTCGTGGAGAAATATTCAG
AGATGAAGAAGACTCAGGAGGAGCAGTTGGTTGCTGATGTCCATGCGCTCTCTGCTGGGC
TCAAATCTTATATAACGTCGTACACCGCTAAGTCACTCTCGGTCTGCAGAGAAGCTTGTG
GAGGACATGGTTATGCAGCTGTTAACAGGTTTGGAAGCTTGAGAAACGATCATGACATTT
TCCAAACATTTGAAGGAGACAACACTGTGCTTCTGCAACAGGTGGCAGCTGATTTGCTTA
AGCGATACAAAGAGAAGTTTCAAGGTGGGACATTGACAGCTACGTGGAGTTACTTGAGAG
AGTCGATGAACGCTTACTTGTCTCAGCCAAATCCTGTTACAGCTCGTTGGGAAGGTGAAG
ATCATCTAAGAGATCCTAAATTCCAACTAGATGCTTTCCGGTATCGAACATCGCGTCTCC
TACAAAGTGTTGCAAT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1D595JQ 827 0 0
GATGTCCATGCGCTCTCTGCTGGGCTCAAATCTTATATAACGTCGTACACCGCTAAGTCA
CTCTCGGTCTGCAGAGAAGCTTGTGGAGGACATGGTTATGCAGCTGTTAACAGGTTTGGA
AGCTTGAGAAACGATCATGACATTTTCCAAACATTTGAAGGAGACAACACTGTGCTTCTG
CAACAGGTGGCAGCTGATTTGCTTAAGCGATACAAAGAGAAGTTTCAAGGTGGGACATTG
ACAGCTACGTGGAGTTACTTGAGAGAGTCGATGAACGCTTACTTGTCTCAGCCAAATCCT
GTTACAGCTCGTTGGGAAGGTGAAGATCATCTAAGAGATCCTAAATTCCAACTAGATGCT
TTCCGGTATCGAACATCGCGTCTCCTACAAAGTGTTGCAATGAGATTGACGAAACACACC
AAGACCCTTGGACCATTCGGCGCTTGGAACAGATGCTTGAATCATCTCTTGACACTTGCG
GAGTCTCACATTGAATCAGTCATTCTCGCCAAGTTCATTGAAGCTGTTCGAAAGTGTCCG
GACCGGAGTGCAAGAGCTGGTCTGAAACTAGCATGTGATCTTTACGCATTGGAGCGAATA
TGGAAAGATATAGGAACCTACCGTAACGTGGATTATGTGGCGCCTAACAAAGCCAAGGCG
ATTCATAAGTTGACCGAGTATTTGAGTTTTCAAGTAAGGAATGTGGCCAAGGAACTAGTG
GACGCTTTCGACCTACCGGATCATGTTACTCGAGCGCCAATTGCTAGGCAGTCTGATGCT
TATGCACAGTATACTCAAGTTGTTGGATTCTGAAAAAAGGTGAAAGG

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL5452Contig1 569 2 2 U
GGATTTTCACCTTAACCATGGCTTCGATTGTCTGCTGTTACGCTCCATACTCGATCCGAG
CATCTTCCGGATCCGGGTCGATGAAAAACCCGGATCCAAACCGCAAGAGAGCTGTTTCTT
GGTGGGCTCCTCTCTTCGGCATACCCTCGGAGCCGGATTACCTCAACATCGAAACCCCCT
CCTCCTCCGTGGCTCCGGAACCGAGCGGGTCGGGTCAGGATCCGGGTCAAAAGCTTCGTC
GTCGCGGTTGTCTTACTGAGGAGAAGGCTAGGGAGTTGAGGAAGAAAATCGCAGAAGCTT
CTACGTTCCACGAAGTCATGTATCATTCGGCGATTGCGTCTCGGCTTGCTTCTGACATCT
CCGGTCGGGTTAAGGATTAAAAACGGATCCGGGTCGCTGTTTTTCAGATCTAGAGATCAA
TTTGTCGGATCGAAAATGTTTCCTGTTTTAGTTGTTGTCGTGTTCATGTTTGTTTTCAGA
CCATCTTCTGTCGGTGCTTGTTTTTCATTAGAACCGTTGGATTGGGTATTGTCTCTTTTG
TTTGTTGTAAATGCTTGTTCTCAAGAACC


BQ
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AF RR1BZ48TF U 1
AF RR1BZ48JQ C 109
BS 1 215 RR1BZ48TF
BS 216 569 RR1BZ48JQ

RD RR1BZ48TF 215 0 0
GGATTTTCACCTTAACCATGGCTTCGATTGTCTGCTGTTACGCTCCATACTCGATCCGAG
CATCTTCCGGATCCGGGTCGATGAAAAACCCGGATCCAAACCGCAAGAGAGCTGTTTCTT
GGTGGGCTCCTCTCTTCGGCATACCCTCGGAGCCGGATTACCTCAACATCGAAACCCCCT
CCTCCTCCGTGGCTCCGGAACCGAGCGGGTCGGGT

QA 1 215 1 215
DS 

RD RR1BZ48JQ 461 0 0
GAGCTGTTTCTTGGTGGGCTCCTCTCTTCGGCATACCCTGGGAGCCGGATTACCTCAACA
TCGAAACCCCCTCCTCCTCCGTGGCTCCGGAACCGAGCGGGTCGGGTCAGGATCCGGGTC
AAAAGCTTCGTCGTCGCGGTTGTCTTACTGAGGAGAAGGCTAGGGAGTTGAGGAAGAAAA
TCGCAGAAGCTTCTACGTTCCACGAAGTCATGTATCATTCGGCGATTGCGTCTCGGCTTG
CTTCTGACATCTCCGGTCGGGTTAAGGATTAAAAACGGATCCGGGTCGCTGTTTTTCAGA
TCTAGAGATCAATTTGTCGGATCGAAAATGTTTCCTGTTTTAGTTGTTGTCGTGTTCATG
TTTGTTTTCAGACCATCTTCTGTCGGTGCTTGTTTTTCATTAGAACCGTTGGATTGGGTA
TTGTCTCTTTTGTTTGTTGTAAATGCTTGTTCTCAAGAACC

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 2

CO CL5453Contig1 1286 2 2 U
AGTTTCATTTTGGAAATTTGAGAAGAATCAGATCGAAAGAAAAAAGAGAATCAATCACCT
GACATGTCACTCGTGGACGTTGTTTCTTCATGTTTGTTTGAATCCAATCCAAGTGTCTCA
GAGTAATCTTCTGAACTGCATTGTTGGATATTCGGTTTCTCGGTTATCTGGTGACCAACA
AAGTCATGTGCCAGTGTCATTCTTGGAGTGTAATCCGGTGTGGAGAACTGAGGGAGAGCA
AGAATCTTCCCTAAGAGTCTTGGTACTTCCTTATCCGGCAAATCAACATTCATGTCTCCT
TCTGCAAGCATTTCAGATAGATGTTTCTTGGCTGCAATGTATATACCACACATACTCTTC
TTCGAATCTTCTCTTCCTTGGTTAGTATCTTCTTCATTAGCCTCACTTTTTGAAGAATTG
TCAGGCAATATTTCTCCATCTTCCAAACAAGAGTTTTGACTCATGGTAGACGACAATGCA
TCTGGATCTTGATCAGATTCATGTTGAGCATTGCATGGATTCTTTGCAGGTGTTAGTCTT
CTTCTGATTCTACTGAGAATGAAGCGAGAGCCGAATCTCTCGTTCTTGGCCTTGTTTCTT
CCAGGTGATGAACCGATATTCAAGCAGTTTGGCTCAGGTTTCAAAACTACAATTGTTTGT
GCTCTGCTTTCACTTGGAGAGCTTGTCTCTTTGTTTGGTGAAGTTCCAATGTTTAGGAAT
GATTCTTCTTTAGAATCATCATCATCATCCACAAGGTTCTTGCAGCTCTCTACCTCGCTT
TCCTTCTGATCTATCAACCGCCTTATCAACTCACTGAACTTCTCTTCTGAATCATCATTT
ATTGAATCAGCATCAATCTGAGAAGTTCTTGGACATTGATTCTCTGCATGGTCTTCATCA
TCACTGGCTTTGCTGCAGGTTCTACTTCTCCTCTTCTCGTTTCTGGCCTTTGTCTTTCCT
CTGCATTCAGTAGTATCACACCTTTGATGAGTCTTCTCATCAATCTCCTCTTCAATAAGT
TTCTTGACACTCTTCTGAGACAATAACAACAACAACACAAACCATCTACATCAATTTTTT
TATATTCCTCACAATAGAAAACAAGTTTAATTCTCAAAAATCCAACAAGAACTTAAACCA
AGACCCAGAAAAAAACTTAAACCAGACCTCACAGTCACAGGTTAGCTGCTTCTCCACCTT
AGTCTCAATATCTGCATTGTAACATTAACCAACAAAGTGAGAATCTTTTCTTGTTTCAAA
CACATTTTCTTAGTGTCAATGACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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TTTCTTGACACTCTTCTGAGACAATAACAACAACAACACAAACCATCTACATCAATTTTT
TTATATTCCTCACAATAGAAAACAAGTTTAATTCTCAAAAATCCAACAAGAACTTAAACC
AAGACCCAGAAAAAAACTTAAACCAGACCTCACAGTCACAGGTTAGCTGCTTCTCCACCT
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ACACATTTTCTTAGTGTCAATGACCCC

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AS 0 0

AS 1 2

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GCCGATCTTTCTCCACTTTTAGCCTTTTCCATCCTCATGAACAGTGTTCAACCTGTTCTC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BF66TF U 1
AF RR1BF66JQ C 276
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GTCCACTTGTTCTTGTCGTGGCTCCTAATGGTACATTTCTATTTTGGAATCACCGGTGCT
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TGCGGTGGGTGTAAGGACACGTGGAGAGGATTCTCTATGTTGGCTTTCAAAGATTTATGG
CCCGTTTTCAAACTATCCATGTCTTCCGGTGGAATGCTCTGCTTGGAGTTATGGTATAAC
TCGATCTTGGTACTGCTCACTGGAAATTTAAAAAACGCAGAGGTCGCTCTAGACGCACTT
GCTATCTGCCTCAACATAAATGGAATGGAGATGATGATAGCACTTGGTTTTTTGGCAGCA
GCAAGTGTAAGAGTGTCGAACGAGCTCGGTAGGGGAAACCCGAAAGGAGCCAAATTTGCA
ACATTGACAGCGGTTTTCACGTCACTCTCTATAGGAATAGTTCTATTCTTCGTCTTTTTG
TTTCTAAGAGGAAAAGTTTCCTATATTTTCACTACAAGTGAAGCTGTAGCAGCAGAAGTT
GCCGATCTTTCTCCACTTTTAGCCTTTTCCATCCTCATGAACAGTGTTCAACCTGTTCTC

QA 1 660 1 660
DS 

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CGCAGAGGTCGCTCTAGACGCACTTGCTATCTGCCTCAACATAAATGGAATGGAGATGAT
GATAGCACTTGGTTTTTTGGCAGCAGCAAGTGTAAGAGTGTCGAACGAGCTCGGTAGGGG
AAACCCGAAAGGAGCCAAATTTGCAACATTGACAGCGGTTTTCACGTCACTCTCTATAGG
AATAGTTCTATTCTTCGTCTTTTTGTTTCTAAGAGGAAAAGTTTCCTATATTTTCACTAC
AAGTGAAGCTGTAGCAGCAGAAGTTGCCGATCTTTCTCCACTTTTAGCCTTTTCCATCCT
CATGAACAGTGTTCAACCTGTTCTCTCAGGAGTTGCTGTTGGAGCAGGATGGCAAGGATA
TGTTACTTACGTTAACCTTGCTTGCTATTACCTTGTCGGAATTCCTACTGGTGTAATCCT
CGGTTACGTTGTCGGTTTGCAAGTCAAAGGTGTCTGGATAGGAATGCTCTTTGGAGTATT
CGTTCAAACTTGCGTGCTTACCATCATGACTCTGAGAACAGATTGGGATCAACAGGTGTA
TACATCGTTGAGACGTTTAAACCGGTGGGTTGTACCAGAATCTAGTGCCGTGAACAAAAC
TTCATCAGAGGAATAACTAATTTGGATTCTGCAAATTCACATGAGATGTCCTACCATTAT
ACATAAAAATCCGTGCAATCTTTTAAGCCTCTGAAAGCAAGATTGTAAGAGCATGATTAT
CCCTAGCAACTCTAGTGGGACTCTT

QA 1 805 1 805
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5457Contig1 778 2 4 U
GAATATAAACTAGACTCTGACCAGCTCATTCAAATGACGGGTATATTTATCAATACGTCA
TGGACTCATGTGCATGTTTTAGTATAATAGACTCAGAAAAGAAAACAAGCCATTTATTCA
TTAAAAAGGAAACATAACAAACATAGAGAAATTGTGTTCAAAAGAAAAAACAAACAAACA
TATAGGAAAGGAAACGGAAAGCAAATGAAGGATCGTACACATCACGAACCTTCCATTATT
GAATCACACACAACGCAAACATACTGAAGAAAAAAAGAATAAAAAAAAAGCCTTGATGAA
CAAAATTTGTTGCTGCAAGGACTGTAAAGATCAACTTAAGCAAACAGCCTTTGAAAGATA
CGAGCCCTGACAATACAAATTGTAATTGTATTGAATACTACCAACTATTGAAGTCCATTT
GTTATCTAACTTCTAAGCTTTTAAATGTGTCCCAGAAACAGTTATTTGTTCTAAGAAAGG
CCACACTATCTCTACAAGCTCTGTGTAGAAGTGACCCAGCTGAAACACTATTAACATGAG
CTTCAAGCCTTCAAGGAGTAAGACAATTTCTAACTCCTCAAGAGTTGTTTCTCTAACATA
AAGTATGGTTGTTGTGAGCAATTAAAACACATCTGATATAAGCATGATGAACAAAAACAT
CAAGGACATGAACCAAAACTTCCACGTAACAAAGAGGATCAACTATGCATCTGAAGCTGT
GGGAGCAGAGAGTGCACAACACATGAGCTAACAGAGGATTAAGTGATGAATGACTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CV60TF U 1
AF RR1CV60JQ C 337
BS 1 696 RR1CV60TF
BS 697 697 RR1CV60JQ
BS 698 750 RR1CV60TF
BS 751 778 RR1CV60JQ

RD RR1CV60TF 752 0 0
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TTAAAAAGGAAACATAACAAACATAGAGAAATTGTGTTCAAAAGAAAAAACAAACAAACA
TATAGGAAAGGAAACGGAAAGCAAATGAAGGATCGTACACATCACGAACCTTCCATTATT
GAATCACACACAACGCAAACATACTGAAGAAAAAAAGAATAAAAAAAAAGCCTTGATGAA
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CAAGGACATGAACCAAAACTTCCACGTAACAAAGAG*ATCAACTATGCATCTGAAGCTGT
GGGAGCAGAGAGTGCACAACACATGAGCTA
CA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1CV60JQ 442 0 0
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CTCAAGAGTTGTTTCTCTAACATAAAGTATGGTTGTTGTGAGCAATTAAAACACATCTGA
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GATCAACTATGCATCTGAAGCTGTGG*AGCAGAGAGTGCACAACACATGAGCTAACAGAG
GATTAAGTGATGAATGACTGCT

QA 1 442 1 442
DS 



AS 1 2

CO CL5458Contig1 171 2 1 U
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AAAGAACAAAACAACCTAATCCACCGATGAACTTTGTTTGGATCCCAAGCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BS39JQ C 1
AF RR1BS39TF U 1
BS 1 171 RR1BS39TF

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TCAACATATTGCTTCCTTAGCAATTGGTGTAAACCCTCAGAGACCCATTTCAAGAAACTC
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QA 1 171 1 171
DS 

RD RR1BS39TF 171 0 0
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TCAACATATTGCTTCCTTAGCAATTGGTGTAAACCCTCAGAGACCCATTTCAAGAAACTC
AAAGAACAAAACAACCTAATCCACCGATGAACTTTGTTTGGATCCCAAGCG

QA 1 171 1 171
DS 



AS 1 2

CO CL5459Contig1 1265 2 2 U
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CTCCCTCTCTCGTCACCGCATCCGAAACTCCGGCGACACCTGCAAACAGCGTCAGAACAA
ATCCGTCTCAGCCACCACCCGCTCCACCGCCACCGTCTTACAGATCCATAGCTCCGGTTC
AGCATGCTAATCCGATCCAACAAACTCACAACAACCTCCAGACACAGTCAATCCCGAACC
GACGCCCTAATTCGCCTCACCACCACCAAGACCCCTCGACGGTTCTTTACCCGTTCGCTC
CTCCTCCGTCGGGTCGAGGAGGGTTCTCGGTCCGACCCGTTCGGATGAGTTCACCGTTAG
TCGCTGCCGCCGCTGCTCCTCCTACCGTAACGGCGGCGGGTAATCAGAGCGGTTACACTC
TTCGCCCCGGTTTGGCTTACAATCACCGATTAGCGGAATCGATGATGCAGTTCATGAGGG
CGAGGAATCCTCCTCAGATTCATCATCATCATCCTCATCAGCTTTCTCATCCCGGGTCGG
GTCCCATGAGAGGTGTTCCTCACTTTCTTCAACCGCGGGTTGCCCCTCCCCCAACTTCAA
TTCTAGACACTGGCAGGAATAAAAATGCCAGAAGGCGGGACGCGCTTGTCCTTGTTAGAG
GGAGAAAGGTTAGAATCACTGATGATGCTTCTCTTTATTCCCTTAGTCGATCCTGGTTGA
GAAATGGTGCCCATGAAGGAATGCAGTCGCAAAGGATCGATACAATGAAACCGTTACCAA
AGCCTTTACCTCTGGACGTGATGGAAGCAACTGTGCCTAACGATACAGCTGAAAAAACTA
CTGATGCTGAAGATAAAGAGGACGAGGAATCTGTGAAGGAATTAACAGAGAAGGACCTTT
TGCAAGGACACATCGAGCGAGCTAAGAAGGTCCGCTCACGATTGCGAGAAGAACGGTCGA
GGAAGATTGCGAGGTACAGAGGAAGATTGGCTCTTCTTCTGCCACAATCTGGGGAGCAGT
GCACGAAGAACGATTAAAGTGTTCTGTACTTTAGGATCCTGAGGCCTTTACATGATTGTT
GTTAATTTTAGCATAGCACCACGTACTGTACGTCTAGGAAGGTGTGTTCTTTCTCTCATA
TAGATATATGGATATCTTTTTTTATCTGCATTCTCTAAATAGATTTGTGTTTTTTGTTAT
GTATCTTTTCTACACTTTGGTCATTTGCAATTCTCTTTATTCACTTCTTAACCCATGAGG
TAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1AM37TF U 1
AF RR1AM37JQ C 391
BS 1 695 RR1AM37TF
BS 696 1265 RR1AM37JQ

RD RR1AM37TF 695 0 0
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CTCCCTCTCTCGTCACCGCATCCGAAACTCCGGCGACACCTGCAAACAGCGTCAGAACAA
ATCCGTCTCAGCCACCACCCGCTCCACCGCCACCGTCTTACAGATCCATAGCTCCGGTTC
AGCATGCTAATCCGATCCAACAAACTCACAACAACCTCCAGACACAGTCAATCCCGAACC
GACGCCCTAATTCGCCTCACCACCACCAAGACCCCTCGACGGTTCTTTACCCGTTCGCTC
CTCCTCCGTCGGGTCGAGGAGGGTTCTCGGTCCGACCCGTTCGGATGAGTTCACCGTTAG
TCGCTGCCGCCGCTGCTCCTCCTACCGTAACGGCGGCGGGTAATCAGAGCGGTTACACTC
TTCGCCCCGGTTTGGCTTACAATCACCGATTAGCGGAATCGATGATGCAGTTCATGAGGG
CGAGGAATCCTCCTCAGATTCATCATCATCATCCTCATCAGCTTTCTCATCCCGGGTCGG
GTCCCATGAGAGGTGTTCCTCACTTTCTTCAACCGCGGGTTGCCCCTCCCCCAACTTCAA
TTCTAGACACTGGCAGGAATAAAAATGCCAGAAGGCGGGACGCGCTTGTCCTTGTTAGAG
GGAGAAAGGTTAGAATCACTGATGATGCTTCTCTT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1AM37JQ 875 0 0
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TAGCGGAATCGATGATGCAGTTCATGAGGGCGAGGAATCCTCCTCAGATTCATCATCATC
ATCCTCATCAGCTTTCTCATCCCGGGTCGGGTCCCATGAGAGGTGTTCCTCACTTTCTTC
AACCGCGGGTTGCCCCTCCCCCAACTTCAATTCTAGACACTGGCAGGAATAAAAATGCCA
GAAGGCGGGACGCGCTTGTCCTTGTTAGAGGGAGAAAGGTTAGAATCACTGATGATGCTT
CTCTTTATTCCCTTAGTCGATCCTGGTTGAGAAATGGTGCCCATGAAGGAATGCAGTCGC
AAAGGATCGATACAATGAAACCGTTACCAAAGCCTTTACCTCTGGACGTGATGGAAGCAA
CTGTGCCTAACGATACAGCTGAAAAAACTACTGATGCTGAAGATAAAGAGGACGAGGAAT
CTGTGAAGGAATTAACAGAGAAGGACCTTTTGCAAGGACACATCGAGCGAGCTAAGAAGG
TCCGCTCACGATTGCGAGAAGAACGGTCGAGGAAGATTGCGAGGTACAGAGGAAGATTGG
CTCTTCTTCTGCCACAATCTGGGGAGCAGTGCACGAAGAACGATTAAAGTGTTCTGTACT
TTAGGATCCTGAGGCCTTTACATGATTGTTGTTAATTTTAGCATAGCACCACGTACTGTA
CGTCTAGGAAGGTGTGTTCTTTCTCTCATATAGATATATGGATATCTTTTTTTATCTGCA
TTCTCTAAATAGATTTGTGTTTTTTGTTATGTATCTTTTCTACACTTTGGTCATTTGCAA
TTCTCTTTATTCACTTCTTAACCCATGAGGTAAAG

QA 1 875 1 875
DS 



AS 1 2

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AACAGATCAAAACCTGTCTCTGGAAAGTCAAACCCTTCAACAAAGCTACGCCACTAGAAG
ATAAAAAGTGTAGTATTTGTCAAGAAGAGTATGAGGCAAAGGACTAGGTAGGGAAACTAC
CATGTGGGCACAGATACCATATCATCTGTGTGAAACAATGGTTGCTGAGGAAAAACTCCT
GTCCTGTCTGTAAAACGATGCCATGTTTTCAAAGTCTTAGATAGATTACATCTCTTCTTT
TGATGATATGATTCTTGATTTCGTGATTGAACACCAATCACTCTATTTTAT


BQ
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AF RR1F093JQ C 1
AF RR1F093TF U 7
BS 1 6 RR1F093JQ
BS 7 351 RR1F093TF

RD RR1F093JQ 351 0 0
GGGAGCAACTTTTGGAGTTTGGAGATAAAATTGGGTATGTGAACACTGGACCTAATGAAA
AACAGATCAAAACCTGTTTCTGGAAAGTCAAACCCTTCAACAAAGCTACGCCACTAGAAG
ATAAAAAGTGTAGTATTTGTCAAGAAGAGTATGAGGCAAAGGACTAGGTAGGGAAACTAC
CATGTGGGCACAGATACCATATCATCTGTGTGAAACAATGGTTGCTGAGGAAAAACTCCT
GTCCTGTCTGTAAAACGATGCCATGTTTTCAAAGTCTTAGATAGATTACATCTCTTCTTT
TGATGATATGATTCTTGATTTCGTGATTGAACACCAATCACTCTATTTTAT

QA 1 351 1 351
DS 

RD RR1F093TF 345 0 0
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TCAAAACCTGTCTCTGGAAAGTCAAACCCTTCAACAAAGCTACGCCACTAGAAGATAAAA
AGTGTAGTATTTGTCAAGAAGAGTATGAGGCAAAGGACTAGGTAGGGAAACTACCATGTG
GGCACAGATACCATATCATCTGTGTGAAACAATGGTTGCTGAGGAAAAACTCCTGTCCTG
TCTGTAAAACGATGCCATGTTTTCAAAGTCTTAGATAGATTACATCTCTTCTTTTGATGA
TATGATTCTTGATTTCGTGATTGAACACCAATCACTCTATTTTAT

QA 1 345 1 345
DS 



AS 1 2

CO CL5461Contig1 870 2 2 U
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GCATAACTTCAGGCTAGACGAAGCAGGGATCCAGAGACAGCTCGGTATCGTGTCGAAAAT
CATCAAATCCAAAGACTCCCAACTCTACAAACACTTGGAGAATCTCCAGGCCGAGGATTG
TAGTTTCGTTTACAGGATGGTTTTGGTGATGTTTAGGAGGGAGTTGAGTTTTGAGCAGAC
GCTTTGTCTGTGGGAAGTGATGTGGGCTGATCAGGCTGCCATTAGAGCTGGAGTTGGGAA
GTCGCCGTGGAGTAGAATCAGGCAGCAAGCACCTCCTACTGATGATCTGTTGCTCTATGC
CATCGCGGCGTTGGTTCTGCGTCGGAAACTGATCATACAGAAGTACAGTAGTATGGATGA
GATTGTGGAAGAGTGTAATAGCATGGCTGGTCAGCTTGATGTCTGGAAGCTTCTTGATGA
TGCGCATCACCTTGTCGTCACGCTCCATGATAAGATCGAAACTCTTTCCTCTCAGTCTCT
CAGTATTTGATGGAGAAAGTGTTTTGTTCAAAGCCAGAAATGAAGTGCTCTCTGCTACAC
AAATGGATTCGTTTTGTCAAAGGTTAATCACGGTTTGGTTCTTTACCGTTTTATTTGTCC
CTCTGCTTTTCTTTCTTTCTGTTTTCATCATCACAGAGACAACATGATACTACTATTTAT
CTATCTATAAAGGTTATTGTAGTAGTACTGATGATAAGAAGGACAATATCATGTTGGGAA
AAAATGTAAGGGATGAGTCTAAACTAAAGCTACTGTCTTTTTCCACAATTGTATTATGGA
TAATATAAGTTCAATTGTTGTATCTTATTC


BQ
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AF RR1EP96TF U 1
AF RR1EP96JQ C 219
BS 1 618 RR1EP96TF
BS 619 870 RR1EP96JQ

RD RR1EP96TF 618 0 0
GGTCATCTCAGAGGACCACGAGGCCTTCTGGTGCTTCGTTGGTTTCATGGAGAAAGCTCG
GCATAACTTCAGGCTAGACGAAGCAGGGATCCAGAGACAGCTCGGTATCGTGTCGAAAAT
CATCAAATCCAAAGACTCCCAACTCTACAAACACTTGGAGAATCTCCAGGCCGAGGATTG
TAGTTTCGTTTACAGGATGGTTTTGGTGATGTTTAGGAGGGAGTTGAGTTTTGAGCAGAC
GCTTTGTCTGTGGGAAGTGATGTGGGCTGATCAGGCTGCCATTAGAGCTGGAGTTGGGAA
GTCGCCGTGGAGTAGAATCAGGCAGCAAGCACCTCCTACTGATGATCTGTTGCTCTATGC
CATCGCGGCGTTGGTTCTGCGTCGGAAACTGATCATACAGAAGTACAGTAGTATGGATGA
GATTGTGGAAGAGTGTAATAGCATGGCTGGTCAGCTTGATGTCTGGAAGCTTCTTGATGA
TGCGCATCACCTTGTCGTCACGCTCCATGATAAGATCGAAACTCTTTCCTCTCAGTCTCT
CAGTATTTGATGGAGAAAGTGTTTTGTTCAAAGCCAGAAATGAAGTGCTCTCTGCTACAC
AAATGGATTCGTTTTGTC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1EP96JQ 652 0 0
GGGAGTTGAGTTTTGAGCAGACGCTTTGTCTGTGGGAAGTGATGTGGGCTGATCAGGCTG
CCATTAGAGCTGGAGTTGGGAAGTCGCCGTGGAGTAGAATCAGGCAGCAAGCACCTCCTA
CTGATGATCTGTTGCTCTATGCCATCGCGGCGTTGGTTCTGCGTCGGAAACTGATCATAC
AGAAGTACAGTAGTATGGATGAGATTGTGGAAGAGTGTAATAGCATGGCTGGTCAGCTTG
ATGTCTGGAAGCTTCTTGATGATGCGCATCACCTTGTCGTCACGCTCCATGATAAGATCG
AAACTCTTTCCTCTCAGTCTCTCAGTATTTGATGGAGAAAGTGTTTTGTTCAAAGCCAGA
AATGAAGTGCTCTCTGCTACACAAATGGATTCGTTTTGTCAAAGGTTAATCACGGTTTGG
TTCTTTACCGTTTTATTTGTCCCTCTGCTTTTCTTTCTTTCTGTTTTCATCATCACAGAG
ACAACATGATACTACTATTTATCTATCTATAAAGGTTATTGTAGTAGTACTGATGATAAG
AAGGACAATATCATGTTGGGAAAAAATGTAAGGGATGAGTCTAAACTAAAGCTACTGTCT
TTTTCCACAATTGTATTATGGATAATATAAGTTCAATTGTTGTATCTTATTC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL5462Contig1 798 2 5 U
GGACATTTAAAAACATAATTTTTGTATTATTCCTTGAGTTAGTTAAATGTGAAGAAACTA
CATGACAAATACAGCACGAATCCAAACTGCAATTATGGTTTTGCACATGTCCCGTCCCTT
AGGAGGTCAAGTTTATTTGACGCACTTGCACAGTTGCACTTGCACTTGCACTTGCACTTT
GTTTTCCACGTAACATTTTTACCAAAGTAAACTCACAGACAACAAATAACAAACACTGCA
CAACCTTAAAGGCGGCTACGGCTCCGTGAAGCGGCAGGCTTGAAACTCGCGATCCCAGTT
ACTTCCCTCGCCGTCACTAAGGTGTTTATATCGTACGTCCCTTCGTATGTATAAATCGGT
TCAAGGTCACAGAAAGCCTTCGCCACCAGAAAATCCCCTAGAATTCCATTCCCACCGAGT
AATTCTCGGCCTAACGAAGCAGTCTCCCTTGCCTTTGATGAAATCCATGCCTTTCCTAAA
CTGGCTTGACCAGGAGTCATCTGACCCGTCTCATATAGCTTGCAGAGGCGCCAACCCATC
AGAAACATCGCTTGAACATTACATAGCATCTTCACAAGTTTCTGTTGATTTATCTGGAAA
GCAGCCAACTGTGCTCCAAACTGTTTCCTCTCCATCAGATACCTGTGGCACATATCGTAG
ACTCCCATTGATATACCTATTGGTTGCCAAGCCACCATTACACGTGAGACAGCCAGTACC
TTGCTTGTGTCTTGAAAAGAATTTACTCCAGGTAACCGCTCCTCATCAGGAACAAAGACA
TTCTGTAATAGAATATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GJ17JQ U 72
AF RR1AU04JQ U 1
BS 1 75 RR1AU04JQ
BS 76 76 RR1GJ17JQ
BS 77 240 RR1AU04JQ
BS 241 241 RR1GJ17JQ
BS 242 798 RR1AU04JQ

RD RR1GJ17JQ 361 0 0
CAGCACGAATCCAAACTGCAATTATGGTTTTGCACATGTCCCGTCCCTTAGGAGGTCAAG
TTTATTTGACGCACTTGCACAGTTGCACTTGCACTTGCACTTGCACTTTGTTTTCCACGT
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GCGGCTACGGCTCCGTGAAGCGGCAGGCTTGAAACTCGCGATCCCAGTTACTTCCCTCGC
CGTCACTAAGGTGTTTATATCGTACGTCCCTTCGTATGTATAAATCGGTTCAAGGTCACA
GAAAGCCTTCGCCACCAGAAAATCCCCTAGAATTCCATTCCCACCGAGTAATTCTCGGCC
T

QA 1 361 1 361
DS 

RD RR1AU04JQ 798 0 0
GGACATTTAAAAACATAATTTTTGTATTATTCCTTGAGTTAGTTAAATGTGAAGAAACTA
CATGACAAATACAGCGCGAATCCAAACTGCAATTATGGTTTTGCACATGTCCCGTCCCTT
AGGAGGTCAAGTTTATTTGACGCACTTGCACAGTTGCACTTGCACTTGCACTTGCACTTT
GTTTTCCACGTAACATTTTTACCAAAGTAAACTCACAGACAACAAATAACAAACACTGCA
*AACCTTAAAGGCGGCTACGGCTCCGTGAAGCGGCAGGCTTGAAACTCGCGATCCCAGTT
ACTTCCCTCGCCGTCACTAAGGTGTTTATATCGTACGTCCCTTCGTATGTATAAATCGGT
TCAAGGTCACAGAAAGCCTTCGCCACCAGAAAATCCCCTAGAATTCCATTCCCACCGAGT
AATTCTCGGCCTAACGAAGCAGTCTCCCTTGCCTTTGATGAAATCCATGCCTTTCCTAAA
CTGGCTTGACCAGGAGTCATCTGACCCGTCTCATATAGCTTGCAGAGGCGCCAACCCATC
AGAAACATCGCTTGAACATTACATAGCATCTTCACAAGTTTCTGTTGATTTATCTGGAAA
GCAGCCAACTGTGCTCCAAACTGTTTCCTCTCCATCAGATACCTGTGGCACATATCGTAG
ACTCCCATTGATATACCTATTGGTTGCCAAGCCACCATTACACGTGAGACAGCCAGTACC
TTGCTTGTGTCTTGAAAAGAATTTACTCCAGGTAACCGCTCCTCATCAGGAACAAAGACA
TTCTGTAATAGAATATCT

QA 1 798 1 798
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5464Contig1 399 2 1 U
GGTGTCTACTATGATAAGATCCATGCAGAGGGACGCGGTGTGACAGTGGTGACGTCTTTG
GTATTCAAGACTAACAAGCTAGTATCTCAACCATTTGGAATGACCGGTGGAGAATACGTT
GAACTCAAGGAAGAAGGTAACAAGATCGTTGGGTTCCATGGGAAAGCTAGCGATTGGGTT
CATCAAATTGGAGTCTATGTTGCACCAGTCACCAAATGAAAAGCTTGTTGTGGGTTGGTT
CTTTGATTTCCAAATATGAATAAAGTTATGTCAGAGGCCTACTGGTGGATTGAGGTCTCT
TGATGGCTATGTTTTTCTGTTTGTGCTTGAGTGTGATGTTTGTTGAGTGTGATGTTTGTG
TTGTCGCTTGTGGAATTTAATAAAAGGGGTTTTGCGTTT


BQ
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AF RR1B077JQ C 1
AF RR1B077TF U 1
BS 1 399 RR1B077TF

RD RR1B077JQ 399 0 0
GGTGTCTACTATGATAAGATCCATGCAGAGGGACGCGGTGTGACAGTGGTGACGTCTTTG
GTATTCAAGACTAACAAGCTAGTATCTCAACCATTTGGAATGACCGGTGGAGAATACGTT
GAACTCAAGGAAGAAGGTAACAAGATCGTTGGGTTCCATGGGAAAGCTAGCGATTGGGTT
CATCAAATTGGAGTCTATGTTGCACCAGTCACCAAATGAAAAGCTTGTTGTGGGTTGGTT
CTTTGATTTCCAAATATGAATAAAGTTATGTCAGAGGCCTACTGGTGGATTGAGGTCTCT
TGATGGCTATGTTTTTCTGTTTGTGCTTGAGTGTGATGTTTGTTGAGTGTGATGTTTGTG
TTGTCGCTTGTGGAATTTAATAAAAGGGGTTTTGCGTTT

QA 1 399 1 399
DS 

RD RR1B077TF 399 0 0
GGTGTCTACTATGATAAGATCCATGCAGAGGGACGCGGTGTGACAGTGGTGACGTCTTTG
GTATTCAAGACTAACAAGCTAGTATCTCAACCATTTGGAATGACCGGTGGAGAATACGTT
GAACTCAAGGAAGAAGGTAACAAGATCGTTGGGTTCCATGGGAAAGCTAGCGATTGGGTT
CATCAAATTGGAGTCTATGTTGCACCAGTCACCAAATGAAAAGCTTGTTGTGGGTTGGTT
CTTTGATTTCCAAATATGAATAAAGTTATGTCAGAGGCCTACTGGTGGATTGAGGTCTCT
TGATGGCTATGTTTTTCTGTTTGTGCTTGAGTGTGATGTTTGTTGAGTGTGATGTTTGTG
TTGTCGCTTGTGGAATTTAATAAAAGGGGTTTTGCGTTT

QA 1 399 1 399
DS 



AS 1 2

CO CL5465Contig1 1120 2 2 U
TTCTAGTTCGTATTCTTGCACTACTGCTATGGAGTCAGGTCATGATCCAAAGGTGGATGT
GAGTTTAATTCCTCAGAAGAATGTAACGGTAAATGACGAATCAATTGCTGACGAGAATCA
TGATGACGTCTGTTTGAAGACGGAGAAAAAGGATAGTCCCCTACAACCTGTTGTGAGTAC
AATTGTGGAACCAATACAGGAGCAGAAACTGGATGCTCGAGTAGAAACTAATTGCAATGC
GGATGAGAGTTCAGAGACTCTGCACGGTGGTGCTGTCTGGGACATTTTTCGAAGGGAGGA
TGTTCCAAAACTTATTGAGTATTTGAAAAGGCACAAGCATGAGTTTCGTCACCTCTACAA
CGAACCTGTGAAATCTGTGTCACATCCAATTCATGACCAGAGTATGTTCTTGAATGAAAA
ACAGAAGAAACAGCTGAAAGAGGAGTTTGATATAGAACCATGGACCTTTGAGCAACACCT
CGGTGAAGCTGTCTTTATCCCTGCAGGTTGTCCTCACCAAGTAAGGAACATACAGTCTTG
CATAAAGGTGGCACTAGATTTTGTTGCTCCTGAAAGTGTAGGGGAATGCCTTAGGCTAAC
AGAGGAGTTCCGGAGACTACCAAAAGACCACAGATCTAACGAGGATAAACTAGAGCTTAA
GAAGATAGTGCTGCATGCTGCCAGCTCAGCCATAAGAGATGCAAACGAGCTGATGCAAAA
GTCGATGACACAATGTGATACGTATGAGGCTTGCCGCCCTCCGATTATTTATCAGTATGC
ACGAAGAAAGGCCCACATGTCTAAGGAAGCCCAGCAGAAGAAGAGTACGTAAGGAGCAAG
TTTGACAAGAAGAAAATATCGTGAAAAGTAGTAGAGCACATGCGTGTGTGCAAGCAAGCC
TTAGTAATATATATGTAGGGAGTAGGAGAGTGAAGGGAGGTTATCATGTTGGATGATCAT
TGTTAGTGGGAGAGAGAGAGAGTCTCTCTAGAGTGGGATTTGTAACTGTGTTCATTCAAC
TTAAAGCAGCATCCTTTACATTTCTCTTTTGTGTCAAGAAGTTGTAGCTTGTAATACTTA
AACCATAACATAATGATGGCAAACAAAAGACTCAAGCTCT


BQ
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AF RR1B667TF U 1
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QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FV39TF U 1
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TCTCACCGCTGGTTACTTCGCCAAAAAGAGCGTAAAAGAAATTGGAACCACCGATGTTCC
TCAGCTCATCATCCAGTTCAAGACTGCTGTCACGAATATATACAAAGAAAGAGGGAGATA
CTTCTGGATTCACAACACAG*ACCCATCGGTTGTTTAGCTTATGTGATCGAATGGTTTCC
GCTCCCAGCATCAGACTTTGATGCACACGGATGTGCT*CTCCCTTGA*CCATTTGGCTCA
CA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1FV39JQ 835 0 0
AGTCGCGGAGGAATATATACGACA*TTCTGCCTGAAGCCAACAGTTTCTCCAAGGCGTTG
TACACTATTGACATTGGACAAAACGATCTCACCGCTGGTTACTTCGCCAAAAAGAGCGTA
AAAGAAATTGGAACCACCGATGTTCCTCAGCTCATCATCCAGTTCAAGACTGCTGTCACG
AATATATACAAAGAAGGAGGGAGATACTTCTGGATTCACAACACAGGACCCATCGGTTGT
TTAGCTTATGTGATCGAATGGTTTCCGCTCCCAGCATCAGACTTTGATGCACACGGATGT
GCTTCTCCCTTGAACCATTTGGCTCAACAGTTCAACGACGCCTTGTCACAAGCCGTGACC
GAGCTTAGAGCTTCTTTGTCTGAAGCTGCCATTACTTACGTAGATGTCTACTCTATCAAA
TACGAGTTGTTTGCTCACGCGCAGGAATATGGGTTCAGTAAGTCGTTGGTTTCTTGCTGT
GGCTACGGAGGGAAATACAATTACAACAGGAAGACTGGGTGTGGTAAGAAGATTATTGTG
GATGGCAACGAGGTTCTTATTGGAAAATCGTGTGATGAGCCTGACAAGGCTATTGTTTGG
GACGGTATACACTTCACTCAGGCTGCTAATAAAATCATATTCGATAAGATCGCAGCTGGG
TTGAGCATGGCCTGTCACAAGCAGTGACAAAAACAAGAACAAGAACAAGAGAGAGAGAAA
GAGAAGCTTTTCTTTGTTTTCCGAGTTTGTTTCTTTAGTGTCTTTAAGGACACAAGTTTG
TGTGAGACTCCTGTGTTTTGGCTGTACTGATTGGTAATAAGATTGTTGTTGATCC

QA 1 835 1 835
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5468Contig1 1074 2 2 U
CGGTAAATGGAAAATCCAATATGACAGCTGCTGGTGACAAATCAAACGTTGAGGAACCCA
TGATGTATGCTACTAAGCAGGAGGCTAAAGCTGCTTTCAAGTCTCTTTTGGAATCTGTAA
ATGTTCAGTCCGACTGGACATGGGAACAGACAACTAAAGAGATTGTTCATGATAAAAGAT
ATGGTGCTTTGAGGACACTCGGTGAGCGGAAACAAGCTTTTAACGAGTATCTCGGTCAAA
GGAAAAAAGTGGAAGCTGAGGAAAGGCGATGGAGACAGAAGAAAGCGCGGGAAGAATTTG
TCAAGATGCTAGAGGAGTGTGAAGAATTATCATCATCCCTGAAATGGAGCAAAGCTTTGA
GTTTGTTTGAAAATGATGAGCGTTTTAAAGCTGTTGATCGCCCAAGGGATCGTGAAGATC
TTTTTGACAATTATATTGTGGAACTAGAGAGGAAGGAAAGAGAGAAGGCAGTGGCAGAAC
ATCGGCAGAAGATGGCAGAATATCGGAAGTTTCTTGAAACCTGTGACTATATCAAAGCCA
GTACACAATGGCGCAAAATTCAGGATAGACTGGAGGATGATGAAAGAAGCGCATCTCTTG
AAAAGATAGATCGTTTGATTGGTTTTGAGGATTACATTAATGACCTGGAGAAGGAAGAAG
AGGAGCTGAAGAGGGTAGAGAAAGAACATGTTAGGCGGGCTGAGAAAAAAAACCGTGATG
CATTTCGTACACTATTGGAAGAACATGTCGCTGCTGGCATCCTTACAGCCAAGACCTATT
GGTTGGAGTATTGCATTGAGGTAAGAGACTTGCCTCAATACCAAGCTGTTGCATCTAATT
TGTCTGGCTCAACTCCGAAAGACCTATTCGAAGATATCACGGAAGAATTAGAGAAGCAGT
ATCACGAGGACAAGAGTCGCGTAAAGGATGCGATGAAGTCAAGGAAGGTTTCCATGGTCG
CCTCATGGATGTTTGAAGATTTTCGATCTGCTCTTTCAGAAGATCTCAGTTCTCAACCAA
TATCAGACATAAATTTAAAGCTTATATATAATGACTTGGTTGAGAGGATGAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H086TF U 1
AF RR1H086JQ C 387
BS 1 559 RR1H086TF
BS 560 1074 RR1H086JQ

RD RR1H086TF 559 0 0
CGGTAAATGGAAAATCCAATATGACAGCTGCTGGTGACAAATCAAACGTTGAGGAACCCA
TGATGTATGCTACTAAGCAGGAGGCTAAAGCTGCTTTCAAGTCTCTTTTGGAATCTGTAA
ATGTTCAGTCCGACTGGACATGGGAACAGACAACTAAAGAGATTGTTCATGATAAAAGAT
ATGGTGCTTTGAGGACACTCGGTGAGCGGAAACAAGCTTTTAACGAGTATCTCGGTCAAA
GGAAAAAAGTGGAAGCTGAGGAAAGGCGATGGAGACAGAAGAAAGCGCGGGAAGAATTTG
TCAAGATGCTAGAGGAGTGTGAAGAATTATCATCATCCCTGAAATGGAGCAAAGCTTTGA
GTTTGTTTGAAAATGATGAGCGTTTTAAAGCTGTTGATCGCCCAAGGGATCGTGAAGATC
TTTTTGACAATTATATTGTGGAACTAGAGAGGAAGGAAAGAGAGAAGGCAGTGGCAGAAC
ATCGGCAGAAGATGGCAGAATATCGGAAGTTTCTTGAAACCTGTGACTATATCAAAGCCA
GTACACAATGGCGCAAAAT

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1H086JQ 688 0 0
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GAGAGGAAGGAAAGAGAGAAGGCAGTGGCAGAACATCGGCAGAAGATGGCAGAATATCGG
AAGTTTCTTGAAACCTGTGACTATATCAAAGCCAGTACACAATGGCGCAAAATTCAGGAT
AGACTGGAGGATGATGAAAGAAGCGCATCTCTTGAAAAGATAGATCGTTTGATTGGTTTT
GAGGATTACATTAATGACCTGGAGAAGGAAGAAGAGGAGCTGAAGAGGGTAGAGAAAGAA
CATGTTAGGCGGGCTGAGAAAAAAAACCGTGATGCATTTCGTACACTATTGGAAGAACAT
GTCGCTGCTGGCATCCTTACAGCCAAGACCTATTGGTTGGAGTATTGCATTGAGGTAAGA
GACTTGCCTCAATACCAAGCTGTTGCATCTAATTTGTCTGGCTCAACTCCGAAAGACCTA
TTCGAAGATATCACGGAAGAATTAGAGAAGCAGTATCACGAGGACAAGAGTCGCGTAAAG
GATGCGATGAAGTCAAGGAAGGTTTCCATGGTCGCCTCATGGATGTTTGAAGATTTTCGA
TCTGCTCTTTCAGAAGATCTCAGTTCTCAACCAATATCAGACATAAATTTAAAGCTTATA
TATAATGACTTGGTTGAGAGGATGAAGG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL5469Contig1 1092 2 8 U
GGGTTTCTCTCCTTCACTTTCCTCTCCCGATTCCGTCTCTCGGACACTAAAAAACTGTCT
CAAAAGGTCGACACTTTCCCGGCGTTTCCGGTTTAACATCTCGACACTCTTTCTCGCGCA
GACCCCACGCCTCCTTCTCGCCTCGGCACAATCAAAGTCGTGTTCTTTCTTTCGTTCTTG
GTGTTAAACCAAACTTAAGTCTCTTGTACGATGAACGATCTTTTAAAGGGTTCGTTTGAG
CTTCCCCGGGGACAATCTTCTAGAGAAGGAGATGTCGAACTAGGGGAACAAGTAGGAGAT
CAGGGATTAGATGATTTCTTCAAAAAGGTTCAAGATATTGACAAACAATATGAAAAGCTA
AATAAGCTTCTTAAGAAACTTCAGGCTGCCCATGAGGAGTCCAAGGCTGTAACCAAAGCT
CCCGCCATGAAGGCAATAAAGAAGAAAATGGAAAAAGACGTTGATGAAGTCGGAAGTATT
GCTCGTTTCATAAAAGGGAAACTCGAGGAGCTGGACAGAGAGAACTTGGCAAATAGACAA
AAATCTGGGTGTGGGAAAGGATCTGGTGTGGATCGATCAAGAACAGCAACCACACTTTCC
TTGAAGAAGAAGTTAAAAGACAAGATGGCCGAGTTTCACGTCCTAAGAGAGAACATCCAA
CAAGAGTATCGAGAGGTTGTTGATAGGCGTATTTTTACAGTAACTGGACAGCGAGCGGAT
GAGGACACAATTGATGAGTTGATTGAAACTGGTAACAGCGAACAGATCTTCCAGAAAGCG
ATTCAGGAACAAGGAAGAGGACAGGTGATGGACACCTTGGCGGAAATTCAAGAACGTCAT
GATGCTGTCAGAGACTTGGAAAAGAAACTTCTCGACTTACAACAAATTTTCATGGATATG
GCAGTTTTGGTTGATGCACAAGGAGAAATGCTTGACAACATAGAATCTCAGGTGTCAAGT
GCAGTAGATCATGTGCAATCGGGAAACACGGCTCTTCAAAGAGCAAAGAGCTTACAGAAG
AACTCAAGAAAATGGATGTGCATTGCAATCATCATCCTTCTCATTGTTGTTGCTGTGATC
GTTGTTGGCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B020TF U 1
AF RR1B020JQ C 443
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BS 806 858 RR1B020TF
BS 859 1092 RR1B020JQ

RD RR1B020TF 858 0 0
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GACCCCACGCCTCCTTCTCGCCTCGGCACAATCAAAGTCGTGTTCTTTCTTTCGTTCTTG
GTGTTAAACCAAACTTAAGTCTCTTGTACGATGAACGATCTTTTAAAGGGTTCGTTTGAG
CTTCCCCGGGGACAATCTTCTAGAGAAGGAGATGTCGAACTAGGGGAACAAGTAGGAGAT
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GCTCGTTTCATAAAAGGGAAACTCGAGGAGCTGGACAGAGAGAACTTGGCAAATAGACAA
AAATCTGGGTGTGGGAAAGGATCTGGTGTGGATCGATCAAGAACAGCAACCACACTTTCC
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GATGCTGTCAGAGACTTG

QA 1 858 1 858
DS 

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CTGGTGTGGATCGATCAAGAACAGCAACCACACTTTCCTTGAAGAAGAAGTTAAAAGACA
AGATGGCCGAGTTTCAGGTCCTAAGAGAGAACATCCAACAAGAGTATCGAGAGGTTGTTG
ATAGGCGTATTTTTACAGTAACTGGACAGCGAGCGGATGAGGACACAATTGATGAGTTGA
TTGAAACTGGTAACAGCGAACAGATCTTCCAGAAAGCGATTCAGGAACAAGGAAGAGGAC
AGGTGATGGACACCTTGGCGGAAATTCAAGAACGTCATGATGCTGTCAGAGACTTGGAAA
AGAAACTTCTCGACTTACAACAAATTTTCATGGATATGGCAGTTTTGGTTGATGCACAAG
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TTGCAATCATCATCCTTCTCATTGTTGTTGCTGTGATCGTTGTTGGCGTT

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

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TACAAGAATCCGTCAACGGTGGAGGGAGGAAGAGGGTACTGGGTGGCGTCGAGACAGGGG
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BQ
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AF RR1EL15TF U 1
AF RR1EL15JQ C 180
BS 1 581 RR1EL15TF

RD RR1EL15TF 581 0 0
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ATGCTCGTCGTCTAGGGCTTCACAAGCATCATCACAAGATTCACAAGGTTGCTTCTTCAG
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TATGCTGTATTTCATGTGGAATGTGCTTTACTTTAGAACCG

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1EL15JQ 402 0 0
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GGAGAAGTAGTGGTCATGGATTATCCTCAGCCTCATCGTAAGCCTCCCATCCACAACGAG
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GTATGCTGTATTTCATGTGGAATGTGCTTTACTTTAGAACCG

QA 1 402 1 402
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCATACAAAGGTAATAAATCCTTCTGCTCACAGTGTTAGTAGCTACATGGGTTCCAAGGG
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AATGCGTTAATGATAATAATAACATCATTAGGCAGCCTTCACCACCTCCAGTACTTGCAG
AAGTTCAAGACTTGGCTCATGGGTTATGTCATGAAGCTAATGAAGTGGAATGTAAGATAG
ATAACTCCTTGCCCAGATGAGTCTCTACGGGCGGAATCTCCTCTTCAACTCCATATTGCA
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ATACCAAAACAAGAATCAACATTTAACTCGTGTCAGGCCACAAACGAAGAGGAGATATTT
GAAGTACAGGACAAGCAATCCCTTTTCCCACTTGGATGGATCCATACGCATCCGACACAG
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AAACTATGTTCAGTAAAAAAAACCCATCTTTCTTTACGATTGTAACTATATTTGATTGTA
TATCCGATTTTAATATGGGCTACGTAGTTTCGTG


BQ
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AF RR1BB54TF U 1
AF RR1BB54JQ C 590
BS 1 673 RR1BB54TF
BS 674 674 RR1BB54JQ
BS 675 766 RR1BB54TF
BS 767 1354 RR1BB54JQ

RD RR1BB54TF 766 0 0
GCGGCAACGGATCGAAGAACTCTATCCCAAGCCTTTACCTCGGTATAGTCTGCAAACTCT
TCCACCAAATGGTTCTCAACGCTGGTCTTCCGCTGTAAAACCGTCGTTAAGTAGCTATGA
TCATACAAAGGTAATAAATCCTTCTGCTCACAGTGTTAGTAGCTACATGGGTTCCAAGGG
TCAGCAATTCTTGAACGTTCCACCAATTGAACAGCGTTTCAGAAATATGTCAGTGAACTT
AATCCGACCTACAGAAGAAACCCTTTCCAAGCATTCTATCTTGGGTCCAACTGGACTCCG
TGCACAGTGGCAGCCTCCGAAGAATGACGTAAAGGTTCAGTATCCAAGCAATATAGATTT
TTCGCCTGTTGAAATCCCAAGCTTCCGACAACAATCCGTGGATAGCAAGCCTATGATAAC
AAACGGCAGTAGCAACGAACCCGAGAAGCCAATTGTGGAATCAAGCTCTACTCCAAAAAA
AAATCCAGAAAAATTACACGGAGGAACTTTCTTCAATGATTTCTTTCGAAGAAGAAAAAG
AATGCGTTAATGATAATAATAACATCATTAGGCAGCCTTCACCACCTCCAGTACTTGCAG
AAGTTCAAGACTTGGCTCATGGGTTATGTCATGAAGCTAATGAAGTGGAATGTAAGATAG
ATAACTCCTTGCC*AGATGAGTCTCTACGGGCGGAATCTCCTCTTCAACTCCATATTGCA
ACGACAATGATGGATGCTTTTATGAGGCTTGCCAACTCGAACACCA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1BB54JQ 765 0 0
AGTACTTGCAGAAGTTCAAGACTTGGCTCATGGGTTATGTCATGAAGCTAATGAAGTGGA
ATGTAAGATAGATAACTCCTTGCCCAGATGAGTCTCTACGGGCGGAATCTCCTCTTCAAC
TCCATATTGCAACGACAATGATGGATGCTTTTATGAGGCTTGCCAACTCGAACACCAAGA
AGGATTTAGAGACGTGTGGTATTCTTGCTGGTTCACTAAAAAACCGAAAGTTCTATATCA
CAGCTCTCATCATACCAAAACAAGAATCAACATTTAACTCGTGTCAGGCCACAAACGAAG
AGGAGATATTTGAAGTACAGGACAAGCAATCCCTTTTCCCACTTGGATGGATCCATACGC
ATCCGACACAGTCTTGTTTCATGTCATCCATTGATGTCCACACACACTATTCATACCAGA
TTATGTTACCAGAAGCTGTGGCAATCGTTATGGCGCCTCAAGACTTTTCAAGGAAACATG
GAATATTCAGGCTGACAACTCCGGGAGGAATGACGGTGATAAGGAATTGTGACCAGCGAG
GGTTTCACGCACACAGTTTTCCGGCAGACGGAGGACCAATTTACAATACGTTTACGGAAG
TTTACATGAACCCTGATTTCAGGTTCGATGTCATTGATTTCAGATAGCATCATTTGCACG
TTTGAAAATGAAAACTATGTTCAGTAAAAAAAACCCATCTTTCTTTACGATTGTAACTAT
ATTTGATTGTATATCCGATTTTAATATGGGCTACGTAGTTTCGTG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL5473Contig1 753 2 5 U
GGTCTCTTCTCAAAGCTACTCAAGGTGAAGCTATTAGAAACTATTACCATGATATGCATG
TTATTCTGGACATGCTTGTTCCTCTTTACAAGGTTGGTGATGCTCTCGAATGGGTTCACC
AAGAAATGGAGGTTTATCCCATTTGGCTTTGCCCACACAAACTCTACAAGACACCAATCA
AACAACAGATTTATCCAGAACCAGGGTTTGAGTATGAGAAGAGACAAGGAGACACAGATG
ATGCTCAGATGTACACTGACGTTGGAGCCTACTACGCACCGGGTCCTGTCCTAAGAGGTG
AAGAGTTTGATGGAGCAGAAGCTGTGCGTAAGTTGGAGAAGTGGCTGATTGAGAACCACG
GGTTCCAGCCTCAGTACGCTGTGTCTGAGCTCGACGAGAAGAGTTTCTGGAGGATGTTTG
ATGCTGACTTGTATGAGCATTGCCGTAAGAAGTACAGAGCTGTTGGAACGTTCATGAGTG
TTTACTATAAGTCTAAGAAAGGAAGGAAGACTGAGAAAGAAGTTAAAGAAGCAGAGCAAG
CTCATCTTGAAACAGCTTATGCAGAAGCAGATTAAGTAACGAAAATGTGGGGTTTGAGAG
AGGCTTGAGATTATTGTTATGGGTGTTAGTGTGTTGTTTCTTTGGAGATTTGTCTGTTAT
GTGTGTTTTCCTGTTTTAAGTGTAGTGTCTTGATGATGACTATCCTTGTTGGTTGTTTGG
ACTTATGGTTTGAATAAATGTTAGATTTTGAGG


BQ
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AF RR1DX68TF U 232
AF RR1B478JQ C 1
BS 1 232 RR1B478JQ
BS 233 267 RR1DX68TF
BS 268 268 RR1B478JQ
BS 269 640 RR1DX68TF
BS 641 753 RR1B478JQ

RD RR1DX68TF 409 0 0
G
CACAGATGATGCTCAGATGTACACTGACGTTGGAGTCTACTACGCACCGGGTCCTGTCCT
AAGAGGTGAAGAGTTTGATGGAGCAGAAGCTGTGCGTAAGTTGGAGAAGTGGCTGATTGA
GAACCACGGGTTCCAGCCTCAGTACGCTGTGTCTGAGCTCGACGAGAAGAGTTTCTGGAG
GATGTTTGATGCTGACTTGTATGAGCATTGCCGTAAGAAGTACAGAGCTGTTGGAACGTT
CATGAGTGTTTACTATAAGTCTAAGAAAGGAAGGAAGACTGAGAAAGAAGTTAAAGAAGC
AGAGCAAGCTCATCTTGAAACAGCTTATGCAGAAGCAGATTAAGTAACGAAAATGTGGGG
TTTGAGAGAGGCTTGAGATTATTGTTATGGGTGTTAGTGTGTTGTTTC

QA 2 409 2 409
DS 

RD RR1B478JQ 753 0 0
GGTCTCTTCTCAAAGCTACTCAAGGTGAAGCTATTAGAAACTATTACCATGATATGCATG
TTATTCTGGACATGCTTGTTCCTCTTTACAAGGTTGGTGATGCTCTCGAATGGGTTCACC
AAGAAATGGAGGTTTATCCCATTTGGCTTTGCCCACACAAACTCTACAAGACACCAATCA
AACAACAGATTTATCCAGAACCAGGGTTTGAGTATGAGAAGAGACAAGGAGACACAGATG
ATGCTCAGATGTACACTGACGTTGGAGCCTACTACGCACCGGGTCCTGTCCTAAGAGGTG
AAGAGTTTGATGGAGCAGAAGCTGTGCGTAAGTTGGAGAAGTGGCTGATTGAGAACCACG
GGTTCCAGCCTCAGTACGCTGTGTCTGAGCTCGACGAGAAGAGTTTTTGGAGGATGTTTG
ATGCTGACTTGTATGAGCATTGCCGTAAGAAGTACAGAGCTGTTGGAACGTTCATGAGTG
TTTACTATAAGTCTAAGAAAGGAAGGAAGACTGAGAAAGAAGTTAAAGAAGCAGAGCAAG
CTCATCTTGAAACAGCTTATGCAGAAGCAGATTAAGTAACGAAAATGTGGGGTTTGAGAG
AGGCTTGAGATTATTGTTATGGGTGTTAGTGTGTTGTTTCTTTGGAGATTTGTCTGTTAT
GTGTGTTTTCCTGTTTTAAGTGTAGTGTCTTGATGATGACTATCCTTGTTGGTTGTTTGG
ACTTATGGTTTGAATAAATGTTAGATTTTGAGG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL5474Contig1 1377 2 10 U
GGGGGCTCGACTTTCCACGAGGGGAAGAAAACTTTATAATTTTTATACAAAATCTCTGCT
CAGACCCCTAAAATGCTAATCTCTTTTCTTTCCGCTTCTCTCTTCTCAGATTCTCTGTAG
AAAATCAATGACTCCATCTCCTCCCCCTATCTAATAAGCTCCCTCTTCTTCTCTTCTATC
GTTTACTCTGTTTCAGAAGCTTCAATGGCGGAGTTCATCTGTTTATACGGAAAGGACAGT
GCATCGATTGTAATAAAACAACCAAAGAGATCGCCTCTGTTCTTAAGAATGATAGTTTTG
GTGTTTGCAATGGTCTGTGGTCTCTACATTTGCTCCGTCTGCTTAAAACAGTTTAGTTTC
CAAACCTCACAACTCGTTCCAAGCCCTATCACTACTCGGATTCATTACCCAAAGCCACAG
ACTTTCAACAGATCTGAATGCGGGCACAATCCCGGTGAGGTTCTTTGCGATACTCTCGAT
GCAGAGATCAGGAAGCGGCTGGTTCGAAACGCTGTTGAACAGCCACGACAATGTGAGCTC
TAACGGAGAGATCTTCTCGGTTTTGGACAGGAGAAGGAACGTTTCTTGCATCGTTCAGAC
GCTTGACAGAGTCTATAATCTTGACTGGTTTACGAGCGCTTCCAAGAACGAATGCTCTGC
TGCGATTGGATTCAAATGGATGCTTAACCAGGGATTGTTGGATAACCACGAAGAGATTGT
TGATTACTTTAACCGGAGAGGCGTCTCTGCCGTATTCTTGTTCAGAAGGAATCCTCTGAG
GAGAATGGTTTCTCTGCTGGCTAATGCTTATGATCGTTACGCTAAGCTTTGGAATGGAAC
TCATAAGTCTCATGTTCATTCTCCTGAAGAGGCAGATGCCCTTTCTAGGTACAAGCCTGT
GATCAACTCAACATCGTTGATCCATGATTTGCAAGAAACAGAGAGTTTAGCTGCAAAGGC
TTTGGAATGTTTTAATACCACTCGTCATATGGTTGTCTTCTATGAAGATCTTATAACGAA
TACAACGAGACTGGAACAAGTTCAAGAGTTTTTGAACATTCCTGTGAAGAATTTGTCAAG
CAGACAGGTGAAGATACACAGGGAAGATTTGTCAGTTCACATCAAGAACTGGGAAGATAT
AAACAAGACGTTGAGTGGGACTGAGTATGAGAAGTTTCTACGAGCAGATTACTAGTTTTT
TTTTTCTTTTTTTAACGATCCCAAGACTCTTTCTTCTACGTTTAATTAAAGGTTTTGCAT
GGTGCAAAATTGGGTCTTTCTTGTTTTGAAACTTCAATATTATTATCAACTGGCTGTATA
GGGGACTGGAAGGGTTTGTTTACTTTTAGAGTTAGTTGCTCCCTTTTAGAGATCATC


BQ
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AF RR1A492TF U 1
AF RR1A492JQ C 429
BS 1 452 RR1A492TF
BS 453 453 RR1A492JQ
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BS 834 855 RR1A492TF
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GCATCGATTGTAATAAAACAACCAAAGAGATCGCCTCTGTTCTTAAGAATGATAGTTTTG
GTGTTTGCAATGGTCTGTGGTCTCTACATTTGCTCCGTCTGCTTAAAACAGTTTAGTTTC
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TAACGGAGAGATCTTCTCGGTTTTGGACAGGAGAAGGAACGTTTCTTGCATCGTTCAGAC
GCTTGACAGAGTCTATAATCTTGACTGGTTTACGAGCGCTTCCAAGAACGAATGCTCTGC
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TGATTACTTTAACCGGAGAGGCGTCTCTGCCGTATTCTTGTTCAGAAG*AATCCTCTGAG
GAGAATGGTTTCTCTGCTGGCTAATGCTTATGATCGTTACGCTA*GCTTTG**ATGGAAC
TCATAAGTCTCATGT
CATCTCTG

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CAGGAAGCGGCTGGTTCGAAACGCTGTTGAACAGCCACGACAATGTGAGCTCTAACGGAG
AGATCTTCTCGGTTTTGGACAGGAGAAGGAACGTTTCTTGCATCGTTCAGACGCTTGACA
GAGTCTATAATCTTGACTGGTTTACGAGCGCTTCCAAGAACGAATGCTCTGCTGCGATTG
GATTCAAATGGATGCTTAACCAGGGATTGTTGGATAACCACGAAGAGATTGTTGATTACT
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TTTCTCTGCTGGCTAATGCTTATGATCGTTACGCTAAGCTTTTGAATGGAACTCATAAGT
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CAACATCGTTGATCCATGATTTGCAAGAAACAGAGAGTTTAGCTGCAAAGGCTTTGGAAT
GTTTTAATACCACTCGTCATATGGTTGTCTTCTATGAAGATCTTATAACGAATACAACGA
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TGAAGATACACAGGGAAGATTTGTCAGTTCACATCAAGAACTGGGAAGATATAAACAAGA
CGTTGAGTGGGACTGAGTATGAGAAGTTTCTACGAGCAGATTACTAGTTTTTTTTTTCTT
TTTTTAACGATCCCAAGACTCTTTCTTCTACGTTTAATTAAAGGTTTTGCATGGTGCAAA
ATTGGGTCTTTCTTGTTTTGAAACTTCAATATTATTATCAACTGGCTGTATAGGGGACTG
GAAGGGTTTGTTTACTTTTAGAGTTAGTTGCTCCCTTTTAGAGATCATC

QA 1 949 1 949
DS 



AS 1 2

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ATCACCGGCGTGCCCAATAAACCTCCCGCTAATGTTATGGAAAAGGCTTTGTCGCAAGAC
ATCATAAGACTCTCTTACAAAACCTTACCCTCAGCTGGCAGACCGATTTACTTGGCTCTA
TACTTCTCAGAGCCCGAAAGTCTAGTAGGTCGGACCATGACACGGTCGTTCAACGTTTTT
CTGGACAACAAACAACTGAATTCAGTTCCCATCGTACCGGTTCTCGGGAAAGCTACAGAG
TTCGTCACAAGAGACATCGTAGCCACTTCGGAGTCCAAGGTGAGCTTTAAATCTACCAAG
GACTCGACTTTGCCTCCAATCGTCAACGCTATCGAGCTATATTCGATAAGTAAGGTTGTC
GGTGGTGATTACGGAGGAGGAGGTGGACAAAGCGGTGACGACAGTACTGATGATCGTAAC
GAAGGTCGCCAAAAAAAGAAACCAAAACCAAACGAGAAAGCAATGGAAGAGGCTCGTTTG
AAATTCGAGGCAGCGAAGAAAGCTGCAATACAAACACAGAAGGCGAAACCCAAGGCCAAG
TTACCAGTCATTCTTGGCGCTTCGTTGGCCTCTGCCTTTGTGGCTGTCTCATCAGTGTTT
GCGGCTATTTTCTGTAAGAGGAGTCAAAATGCTAAGTCCCAGTCCAACACGGAACCAGCC
ACGTCGACAGGGTCTGCAGCAGAGGCAGGGGTAGAACCGCTGGTCGGACAACAATTGGCG
AGCGACAGCGCGCCACCCAGGAAATGATAAGACGGGTGTGGTTTGATTCAAATGTTGTTC
ATCTAAATGATCACCATCAGCAAGGAGCCGCCTAAACACCATTGCCTGGAATGAAAGCTG
TTCAAATTGTTTGTTGATGCAAAAATTAAGGGTCATAGTAAATATTCTTACGTCAAAAAT
ATACGTCAAAAATATAGTCAAATAAATGTAATTAACTATATATTGTTGTTGTCAAAGTTT
TGTATGGGAGTAAAAATGTTGTTGTCAATTAATTAAATGATAAATTTTGAG


BQ
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AF RR1F903TF U 1
AF RR1F903JQ C 375
BS 1 545 RR1F903TF
BS 546 1071 RR1F903JQ

RD RR1F903TF 545 0 0
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ATCACCGGCGTGCCCAATAAACCTCCCGCTAATGTTATGGAAAAGGCTTTGTCGCAAGAC
ATCATAAGACTCTCTTACAAAACCTTACCCTCAGCTGGCAGACCGATTTACTTGGCTCTA
TACTTCTCAGAGCCCGAAAGTCTAGTAGGTCGGACCATGACACGGTCGTTCAACGTTTTT
CTGGACAACAAACAACTGAATTCAGTTCCCATCGTACCGGTTCTCGGGAAAGCTACAGAG
TTCGTCACAAGAGACATCGTAGCCACTTCGGAGTCCAAGGTGAGCTTTAAATCTACCAAG
GACTCGACTTTGCCTCCAATCGTCAACGCTATCGAGCTATATTCGATAAGTAAGGTTGTC
GGTGGTGATTACGGAGGAGGAGGTGGACAAAGCGGTGACGACAGTACTGATGATCGTAAC
GAAGGTCGCCAAAAAAAGAAACCAAAACCAAACGAGAAAGCAATGGAAGAGGCTCGTTTG
AAATT

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1F903JQ 697 0 0
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AGGAGGAGGTGGACAAAGCGGTGACGACAGTACTGATGATCGTAACGAAGGTCGCCAAAA
AAAGAAACCAAAACCAAACGAGAAAGCAATGGAAGAGGCTCGTTTGAAATTCGAGGCAGC
GAAGAAAGCTGCAATACAAACACAGAAGGCGAAACCCAAGGCCAAGTTACCAGTCATTCT
TGGCGCTTCGTTGGCCTCTGCCTTTGTGGCTGTCTCATCAGTGTTTGCGGCTATTTTCTG
TAAGAGGAGTCAAAATGCTAAGTCCCAGTCCAACACGGAACCAGCCACGTCGACAGGGTC
TGCAGCAGAGGCAGGGGTAGAACCGCTGGTCGGACAACAATTGGCGAGCGACAGCGCGCC
ACCCAGGAAATGATAAGACGGGTGTGGTTTGATTCAAATGTTGTTCATCTAAATGATCAC
CATCAGCAAGGAGCCGCCTAAACACCATTGCCTGGAATGAAAGCTGTTCAAATTGTTTGT
TGATGCAAAAATTAAGGGTCATAGTAAATATTCTTACGTCAAAAATATACGTCAAAAATA
TAGTCAAATAAATGTAATTAACTATATATTGTTGTTGTCAAAGTTTTGTATGGGAGTAAA
AATGTTGTTGTCAATTAATTAAATGATAAATTTTGAG

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL5476Contig1 955 2 2 U
TGGCTCCGTCGTTTCTAAGCGTGGCCAAGTTCGTCGAAGCAATACTTCGCCGAAGATTCT
CCTCCGCTGGTCTCTCTCTCCGAAACCACCATACAATTCTGGGGCCCACCACCGTCTCTG
TCACCTGAAAACAAACAAAAACCGTCCCTCCTCCTCCTCCACGGTTTTGGCCCTTCCGCT
GTATGGCAATGGAGCCGGCAGGTATAGCCACTCTCTCTCGTCCTCCGTCTCTACATCCCA
GACCTTGTCTTCTTCGGCGGCTCCATCACGACTTCATCTTGCTCCGACGAGAATCGGTCG
GAGATGTTTCAGGCTTCGTGCATGGGGAAGCTGATGGAGAAGCTCGGTGTGGAGAGATTC
AGTGTTGTCGGGACGAGCTACGGCGGGTTTGTGGCGTATAACATGGCGAAAATGTTTCCG
GAGAAAGTGGACAAAGTGATACTTGCTAGTTCCGGCGTTAATATGCGGCGGAGTGACAAC
GAGGCTTTCATAGCGAGGGCCAAGTGCCACCGTATAACGGAGGTGATGCTTCCTTCCTCG
GGGACCGATCTCAGGAGATTCTCGGGGATGGTTTCTTCTAGGAGACTCAATTATGTCCCA
AATTTTGTCTTGAACGACTTTTGCCAGAAAATGTATTCGGAGAAGAGAGAGGAAAAGGCA
GAACTTCTGGAGGGGCTCAGTATTGGGAGGGACGACAAAACTAACGTTACTCCCATTCAA
CAGGATGTAATGCTGATATGGGGTGAGTATGATCAGGTTTTTCCTTTGAGAATGGCCCAT
GACCTCAAAGAGATGTTGGGGAAGAAAACGAAGCTAAAAGTGATACAAAAGACATCACAC
ATTCCCCAAACGGAAAAGCCCGAAGAATTCAATGGCACTATCGTGTCTTTCTTGTTATCT
CCCTCTCCTTCAATCTAATTGTAACATCCATATCAAACTAAAACCTTGCGTACGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H817TF U 1
AF RR1H817JQ C 383
BS 1 595 RR1H817TF
BS 596 955 RR1H817JQ

RD RR1H817TF 595 0 0
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CCTCCGCTGGTCTCTCTCTCCGAAACCACCATACAATTCTGGGGCCCACCACCGTCTCTG
TCACCTGAAAACAAACAAAAACCGTCCCTCCTCCTCCTCCACGGTTTTGGCCCTTCCGCT
GTATGGCAATGGAGCCGGCAGGTATAGCCACTCTCTCTCGTCCTCCGTCTCTACATCCCA
GACCTTGTCTTCTTCGGCGGCTCCATCACGACTTCATCTTGCTCCGACGAGAATCGGTCG
GAGATGTTTCAGGCTTCGTGCATGGGGAAGCTGATGGAGAAGCTCGGTGTGGAGAGATTC
AGTGTTGTCGGGACGAGCTACGGCGGGTTTGTGGCGTATAACATGGCGAAAATGTTTCCG
GAGAAAGTGGACAAAGTGATACTTGCTAGTTCCGGCGTTAATATGCGGCGGAGTGACAAC
GAGGCTTTCATAGCGAGGGCCAAGTGCCACCGTATAACGGAGGTGATGCTTCCTTCCTCG
GGGACCGATCTCAGGAGATTCTCGGGGATGGTTTCTTCTAGGAGACTCAATTATG

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1H817JQ 573 0 0
GCGGGTTTGTGGCGTATAACATGGCGAAAATGTTTCCGGAGAAAGTGGACAAAGTGATAC
TTGCTAGTTCCGGCGTTAATATGCGGCGGAGTGACAACGAGGCTTTCATAGCGAGGGCCA
AGTGCCACCGTATAACGGAGGTGATGCTTCCTTCCTCGGGGACCGATCTCAGGAGATTCT
CGGGGATGGTTTCTTCTAGGAGACTCAATTATGTCCCAAATTTTGTCTTGAACGACTTTT
GCCAGAAAATGTATTCGGAGAAGAGAGAGGAAAAGGCAGAACTTCTGGAGGGGCTCAGTA
TTGGGAGGGACGACAAAACTAACGTTACTCCCATTCAACAGGATGTAATGCTGATATGGG
GTGAGTATGATCAGGTTTTTCCTTTGAGAATGGCCCATGACCTCAAAGAGATGTTGGGGA
AGAAAACGAAGCTAAAAGTGATACAAAAGACATCACACATTCCCCAAACGGAAAAGCCCG
AAGAATTCAATGGCACTATCGTGTCTTTCTTGTTATCTCCCTCTCCTTCAATCTAATTGT
AACATCCATATCAAACTAAAACCTTGCGTACGG

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL5477Contig1 409 2 2 U
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TGTTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAATGGAAACGTTGCTGGCCGTTTCTCA
CCGGTTTCGCCGTAACCGGCGTCCTCATCACCAAGCTCACCGCTGGATTCACTGAGGAAG
ACGCCAAGAACTCAAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCACTTGTGTTTATGAAAA
CTATTCCGCCAGCGCTTCTGCTTTCAAACCTATTCCAATAACATCAGAAGAGAGACTCTT
CTCTTTTCCTTTCATATTTTTTTTTCACAACTCCTGAAACAAGCTTTTAAATAAAGCCTT
ACATTTGCGAATGATTGAATTCATCAACAAAGCATTTTGGTTCCTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1GP54TF U 1
AF RR1CQ27TF U 5
BS 1 405 RR1GP54TF
BS 406 409 RR1CQ27TF

RD RR1GP54TF 405 0 0
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TGTTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAATGGAAACGTTGCTGGCCGTTTCTCA
CCGGTTTCGCCGTAACCGGCGTCCTCATCACCAAGCTCACCGCTGGATTCACTGAGGAAG
ACGCCAAGAACTCAAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCACTTGTGTTTATGAAAA
CTATTCCGCCAGCGCTTCTGCTTTCAAACCTATTCCAATAACATCAGAAGAGAGACTCTT
CTCTTTTCCTTTCATATTTTTTTTTCACAACTCCTGAAACAAGCTTTTAAATAAAGCCTT
ACATTTGCGAATGATTGAATTCATCAACAAAGCATTTTGGTTCCT

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR1CQ27TF 405 0 0
GG
AACGCGAAGCAGTCAACAGGAGCCGAAGTTTTAGAGAGAGTATAGAGATGAGGTTGTTCG
ATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAATGGAAACGTTGCTGGCCGTTTCTCACCGGTT
TCGCCGTAACCGGCGTCCTCATCACCAAGCTCACCGCTGGATTCACTGAGGAAGACGCCA
AGAACTCAAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCACTTGTGTTTATGAAAACTATTC
CGCCAGCGCTTCTGCTTTCAAACCTATTCCAATAACATCAGAAGAGAGACTCTTCTCTTT
TCCTTTCATATTTTTTTTTCACAACTCCTGAAACAAGCTTTTAAATAAAGCCTTACATTT
GCGAATGATTGAATTCATCAACAAAGCATTTTGGTTCCTAGCT

QA 3 405 3 405
DS 



AS 1 2

CO CL5478Contig1 520 2 3 U
AGAAAATAAATGTTGCATAAATGTTCAGTAAGAAAAAACAGGAATATGAAATACAATAAA
AGAAAAAAAAGAAACAATTCTTTTACAAGATAACAATTGGTTCAAGATCAACAGACGAAT
CCCTGAGGAAGAGTCTTGCCACAAGAGTTGAGAAGCAAAGTGAGAGCAACAGGAAGTTTA
ACCGGAGCGACTCCGAGTAGGCTGGTTTTAAGGGCAGTGCAAAGACAAAGTGCAGCTTCA
AGACCAGCCAAACCTTTGACAAGTGAGCAACACTCCTGGCTCGGGGGGGTACCGATGACC
TCGTGAACTAAACCTAACCAGCTCCCACACACTCCAAACTTGACCGTGTCTCTTGGACAT
TTCATGGATGATTGTTTTGTGGGAGGAGGGCATTGCTTAACGGCATGACAAAACGAGGAT
GTTAAGTTGAGGACTAGCAACAAGACGAGAAGCAATGGAAAAGCTTTTGAGATAGCCATT
GGTTTGTTTGAGTTTCAAGCTATAGCTACGGGATAACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD70JQ U 249
AF RR1CD70TF C 1
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BS 249 433 RR1CD70JQ
BS 434 520 RR1CD70TF

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GAGGA

QA 1 185 1 185
DS 

RD RR1CD70TF 520 0 0
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AGAAAAAAAAGAAACAATTCTTTTACAAGATAACAATTGGTTCAAGATCAACAGACGAAT
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AGACCAGCCAAACCTTTGACAAGTGAGCAACACTCCTGGCTCGGTGGTGTACCGATGACC
TCGTGAACTAGACCTAACCAGCTCCCACACACTCCAAACTTGACCGTGTCTCTTGGACAT
TTCATGGATGATTGTTTTGTGGGAGGAGGGCATTGCTTAACGGCATGACAAAACGAGGAT
GTTAAGTTGAGGACTAGCAACAAGACGAGAAGCAATGGAAAAGCTTTTGAGATAGCCATT
GGTTTGTTTGAGTTTCAAGCTATAGCTACGGGATAACCCC

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 2

CO CL5479Contig1 737 2 6 U
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AAAACCCCCCTTTTTTAAATCCTCCTTTTTTAAATCAGCAAATGAAACAGTCACGGGCTG
TCCCCCCCTTTGGAAAAAAGTATCTGTTATACATCAAAACAAAATCAGCTGCTATGGCTT
CATTGTCTTGGTTCCTATGCCATGTGTACTGGGCGTGAGTCTTGTTCTTAATCTCGAGAA
AAGCATGACCAAAACTCGATTCCCTATACGCTGAGTAACTCGGTTGCGGATCAGTAAAAC
TATTTGCGATTCCTTCAATGTTTCCCCCATCTCCGATTGTGATGTAAATTGGAGCATTAG
GATCTTTCACTGGAGTGCTCAAGCCATTGGTGATATTATACTTAATATTGGAAACACGTT
CGGATCTTTCATACGCATGAACATGACCAGCCAAGACCAAATCAACCTTGCTGTTAACAA
ACCACGACTCAAACATTACCCTCATGCTCTCACCTTCCATGTAATGGTAGTTGACACTAT
TGTACCACGGAGAGTGGACCATAACAATCAACCATGGAGTCTCCTCTCTGTTCACTTTCT
TCAGCTCTTGCTCAAGCCACACGTATTGAGGTGTGTATTTGCCGTAGCCAGAGTAAGAGG
AGAGGACGATGATGTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D061JQ U 1
AF RR1FJ83JQ U 27
BS 1 98 RR1D061JQ
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BS 100 111 RR1D061JQ
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BS 113 470 RR1D061JQ
BS 471 737 RR1FJ83JQ

RD RR1D061JQ 470 0 0
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AATCTAAATTGAAAATTCCAAAACCTAAACATAAAACCCCAGAAAAAAAAA*GCAAACTA
AAAACCCCCCTTTTTTAAATCCTCCTTTTTTAAATCAGCAAATGAAACAGTCACGGGCTG
TCCCCCCCTTTGGAAAAAAGTATCTGTTATACATCAAAACAAAATCAGCTGCTATGGCTT
CATTGTCTTGGTTCCTATGCCATGTGTACTGGGCGTGAGTCTTGTTCTTAATCTCGAGAA
AAGCATGACCAAAACTCGATTCCCTATACGCTGAGTAACTCGGTTGCGGATCAGTAAAAC
TATTTGCGATTCCTTCAATGTTTCCCCCATCTCCGATTGTGATGTAAATTGGAGCATTAG
GATCTTTCACTGGAGTGCTCAAGCCATTGGTGATATTATACTTAATATTG

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR1FJ83JQ 711 0 0
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AAACATAAAACCACAGAAAAAAAAAAGCAAACTAAAAACCCTCCTTTTTTAAATCCTCCT
TTTTTAAATCAGCAAATGAAACAGTCACGGGCTGTCTCCTCCTTTGGAAAGAAGTATCTG
TTATACATCAAAACAGAATCAGCTGCTATGGCTTCATTGTCTTGGTTCCTATGCCATGTG
TACTGTGCGTGAGTCTTGTTCTTAATCTCGAGAAGAGCATGACCAAAACTCGATTCCCTA
TACGCTGAGTAACTCGGTTGCGGATCAGTAAAACTATTTGCGATTCCTTCAATGTTTCCT
CCATCTCCGATTGTGATGTAA*TTGGAGCATTAGGATCTTTCACTGGAGTGCTCAAGCCA
TTGGTGATATTATACTTAATATTGGAAACACGTTCGGATCTTTCATACGCATGAACATGA
CCAGCCAAGACCAAATCAACCTTGCTGTTAACAAACCACGACTCAAACATTACCCTCATG
CTCTCACCTTCCATGTAATGGTAGTTGACACTATTGTACCACGGAGAGTGGACCATAACA
ATCAACCATGGAGTCTCCTCTCTGTTCACTTTCTTCAGCTCTTGCTCAAGCCACACGTAT
TGAGGTGTGTATTTGCCGTAGCCAGAGTAAGAGGAGAGGACGATGATGTGA

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

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ACATGCCGGTCCTGCCGCTGATACCGTCTCCTCTACCGCCAAATCCGTCTACAACTGGTT
TGGTGACAGAGCTAAGGAATGGGGCCTCTAAACGATGTGTCTATGAACGGAGGAGTTGCG
GACTTGGGATAGAAAACATTCCCATGTATAAAACTTTGATCTCTATGTACCTATTTGATG
TAACATTAACATTATAAGAAAGAGATAGTCGATACT


BQ
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AF RR1GP62JQ C 1
AF RR1GP62TF U 1
BS 1 396 RR1GP62TF

RD RR1GP62JQ 396 0 0
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ACATGCCGGTCCTGCCGCTGATACCGTCTCCTCTACCGCCAAATCCGTCTACAACTGGTT
TGGTGACAGAGCTAAGGAATGGGGCCTCTAAACGATGTGTCTATGAACGGAGGAGTTGCG
GACTTGGGATAGAAAACATTCCCATGTATAAAACTTTGATCTCTATGTACCTATTTGATG
TAACATTAACATTATAAGAAAGAGATAGTCGATACT

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR1GP62TF 396 0 0
GGATAATATTTCAGAACTTTTACATTTTGGGGACAAGATGGAGAAGAAGGTAGCTTTGGT
TTTGTCGTTGATGTTGCTTATGTCTATGAACTCGGTGTTGGTTTCGGCTGAGGAAGCAGC
ACCAACGGTTGGACAGAGGGTAGACACAGCCATGAACGACGTTACCAACTTCTACAATGA
ACATGCCGGTCCTGCCGCTGATACCGTCTCCTCTACCGCCAAATCCGTCTACAACTGGTT
TGGTGACAGAGCTAAGGAATGGGGCCTCTAAACGATGTGTCTATGAACGGAGGAGTTGCG
GACTTGGGATAGAAAACATTCCCATGTATAAAACTTTGATCTCTATGTACCTATTTGATG
TAACATTAACATTATAAGAAAGAGATAGTCGATACT

QA 1 396 1 396
DS 



AS 1 2

CO CL5481Contig1 858 2 4 U
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TCCAGATGCGATCCGAGCGGCTTTTGCTGAGTTTTTCTCCATGGTCATATTCGTTTTCGC
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CGGTCTAGTGGCCGCGTCTTTGTCACATGCGTTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCCGTTGG
AGCAAACGTTTCAGGCGGTCACGTGAATCCCGCAGTTACGTTTGGAGCTTTTATAGGTGG
GAACATAACGTTGTTGAGAGCTATTCTTTATTGGATCGCTCAGTTACTTGGAGCAGTCGT
AGCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGTACTGGCGGGATGGAAACGGCAGCGTTTTCGCTCTC
TTACGGAGTCACACCGTGGAATGCCGTCGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTGGT
TTACACTGTTTATGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATTGGAATCATTGCTCC
TTTAGCGATTGGGCTAATTGTTGGAGCTAATATTCTCGTTGGTGGTGCGTTTGATGGTGC
GTCGATGAACCCAGCGGTTTCGTTCGGTCCTGCCGTGGTTAGCTAGACGTGGACGAACCA
TTGGGTCTATTGGGTTGGTCCGTTTATTGGGGCAGCCATTGCAGCTATCGTTTATGACAC
TATTTTTATTGATAGTAATGGACATGAACCACTTCCTTCAAGTGATTTTTAAGTTAGGGT
GTTGCTGATTTTTTCAGAAGCAAGAAAAATGATGTTGTACTGACTACCGGTATTGTGAGA
GAGGTGTATGTTTTTAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP13TF U 1
AF RR1EP13JQ C 435
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TCCAGATGCGATCCGAGCGGCTTTTGCTGAGTTTTTCTCCATGGTCATATTCGTTTTCGC
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CGGTCTAGTGGCCGCGTCTTTGTCACATGCGTTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCCGTTGG
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AGCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGTACTGGCGGGATGGAAACGGCAGCGTTTTCGCTCTC
TTACGGAGTCACACCGTGGAATGCCGTCGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTGGT
TTACACTGTTTATGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATTGGAATCATTGCTCC
TTTAGCGATTGGGCTAATTGTTGGAGCTAATATTCTCGTTGGTGGTGCGTTTGATGGTGC
GTCGATGAACCCAGCGGTTTCGTTCGGTCCTGCCGTGGTTAGCTAGACGTGGACGAACCA
TTGGGTCTATTGGGTTGGTCCGTTTATTGGTGCAGCCATTGCAGCTATCGTTTATGACAC
TAT
CT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1EP13JQ 424 0 0
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CTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATTGGAATCATTGCTCCTTTAGCGATTGGGC
TAATTGTTGGAGCTAATATTTTCGTTGGTGGTGCGTTTGATGGTGGGTCGATGAACCCAG
CGGTTTCGTTCGGTCCTGCCGTGGTTAGCTAGACGTGGACGAACCATTGGGTTTATTGGG
TTGGTCCGTTTATTGGGGCAGCCATTGCAGCTTTCGTTTATGACACTATTTTTATTGATA
GTAATGGACATGAACCACTTCCTTCAAGTGATTTTTAAGTTAGGGTGTTGCTGATTTTTT
CAGAAGCAAGAAAAATGATGTTGTACTGACTACCGGTATTGTGAGAGAGGTGTATGTTTT
TAAC

QA 1 424 1 424
DS 



AS 1 2

CO CL5482Contig1 1151 2 4 U
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TCACGAGCAAAAAGAAGCCAATCTAGTAGCAGAAAGGCTCCTGCAGTGAGGCTAGAAGGG
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TCTTCACCATGGAACATTCATAGAAACAAGGAGGTCTCAGAGGCAAACCAGTCATCTGCA
CCTATGAATGTTCCTGATTGGTCCAAGGTTTATGGTAACGCAAGGAGCAAGGAGAGTAGT
AGTCATAATTTGCATTCTCGTGATGAAGATGATGATGATGATGATGGTTGCATGGTTCCT
CCACATGAATGGGTTGCAAGAAAGCTAGCAAAAACACAGATCTCATCTTTTTCCATGTGC
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CATCCACATCATCATCATTATCAATGTCATTGTCGTCATCATCATGTGGGGATCACTAAA
CCAAGAGGCTCTTTTGTTGTTTAATTATTATTGTGTTTCAGTGTGTTATTTAGAGTAGAT
AAGTATCATAGTGGTGATGATGACTTGTCATCTCCATGCAGGGCCCCTTTAATTTTCTTC
TGTTGTTTATTTTGGGTTTCTCTTTGAAGTTTTTTATTATCTAAAATTAGAGCATAGCTA
GAGAATCATGTCCTTTAGAACCTTTAGTTGGAACCTCTTTGAGATTTTCACCATTTTTGG
TGAAAGTTTTTGTCTTTTGCTATAATGTTATATATTGAAGATATATCTTAATTTACATTT
GGATTGTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C120TF U 1
AF RR1C120JQ C 588
BS 1 666 RR1C120TF
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GGTTAAAAAAGCAAGAAAATTTGCATTAGTAGTTGAAGAAGATTTTTTTTCTTGGCTCTA
CTTGTGTATTATTTGGTGATTTAATCTATATCAGTCTCTCCCTTTTATCCATCTATGGAT
TCACGAGCAAAAAGAAGCCAATCTAGTAGCAGAAAGGCTCCTGCAGTGAGGCTAGAAGGG
GAAGATGAGTTTCAGGAGGAAGATGTGTGGTCAGTTTTGAGAGAAGTAAAAACTCCAGGT
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TCTTCACCATGGAACATTCATAGAAACAAGGAGGTCTCAGAGGCAAACCAGTCATCTGCA
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AGTCATAATTTGCATTCTCGTGATGAAGATGATGATGATGATGATGGTTGCATGGTTCCT
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GAAGGAGTTGGGAGAACACTCAAAGGAAGAGATCTAAGCAAAATGAGAAATGCTGTTTTG
ACAAAA*CTGGATTCTTGGAGTAAGTAAAATATAATATCTCATCATCATCATCCATGTGC
ATCGATCATGAATTCCATCTCTTGTTAACATTATCACCATGAAA
CTCTCACT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1C120JQ 564 0 0
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AAATGCTGTTTTGACAAAAACTGGATTCTTGGAGTAAGTAAAATATAATATCTCATCATC
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CTCAACTACAAGGCATCCACATCATCATCATTATCAATGTCATTGTCGTCATCATCATGT
GGGGATCACTAAACCAAGAGGCTCTTTTGTTGTTTAATTATTATTGTGTTTCAGTGTGTT
ATTTAGAGTAGATAAGTATCATAGTGGTGATGATGACTTGTCATCTCCATGCAGGGCCCC
TTTAATTTTCTTCTGTTGTTTATTTTGGGTTTCTCTTTGAAGTTTTTTATTATCTAAAAT
TAGAGCATAGCTAGAGAATCATGTCCTTTAGAACCTTTAGTTGGAACCTCTTTGAGATTT
TCACCATTTTTGGTGAAAGTTTTTGTCTTTTGCTATAATGTTATATATTGAAGATATATC
TTAATTTACATTTGGATTGTTTGG

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

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ATTCATGTATTTTACCAATCTACGAATTGTGGCGTAATCAGGCGGGAGCGTAAATGTTAC
GAATCGCTTATGACATGATGAGTATGAGACAGGTCTTTGCTTCTGCTGAAACTTCTTCTT
TTCTATATCCATTAATGATGACTCATCATCATCATCATTAGTGTGTTGGATCTGAGAGTA
ACTTGCTCCTAAATCAGAAACATGGAAGACCAAATCTCCTTCGTATCTGACAAGGACGAC
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CATGAGTTGAGTTTGAAAGCCAGGAAGAAGAGTGTGGAAGAACTGCGGGCGAAGAAGAAG
AAGCGTTGATTTCTCCATTACTGTTGAAGAAGCACTTTCTCTTGCCATCTCCCAACATAT
CAGATTTTGGACCCTCC


BQ
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AF RR1A193TF C 1
AF RR1A193JQ U 151
BS 1 150 RR1A193TF
BS 151 557 RR1A193JQ

RD RR1A193TF 557 0 0
ATTCATGTATTTTACCAATCTACGAATTGTGGCGTAATCAGGCGGGAGCGTAAATGTTAC
GAATCGCTTATGACATGATGAGTATGAGACAGGTCTTTGCTTCTGCTGAAACTTCTTCTT
TTCTATATCCATTAATGATGACTCATCATCATCATCATTAGTGTGTTGGATCTGAGAGTA
ACTTGCTCCTAAATCAGAAACATGGAAGACCAAATCTCCTTCGTATCTGACAAGGACGAC
GTTGCCGATCTGAAGATTGTTAGCGACGGCGAAGTCTCCCCAGCCATGATTAAGTATCCG
ACCGGTCAATTCGACTTTCCAGGTTATGTCGGAGGAGTCCGATTTGAGCTCCGCCGTAGT
CGTCGTCTCCGAGTCCAAGCTTGTTTCTTTGATGTAATTAGAGAAGAAGTCTGACGGAAT
CATGAGTTGAGTTTGAAAGCCAGGAAGAAGAGTGTGGAAGAACTGCGGGCGAAGAAGAAG
AAGCGTTGATTTCTCCATTACTGTTGAAGAAGCACTTTCTCTTGCCATCTCCCAACATAT
CAGATTTTGGACCCTCC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1A193JQ 407 0 0
ATCATCATTAGTGTGTTGGATCTGAGAGTAACTTGCTCCTAAATCAGAAACATGGAAGAC
CAAATCTCCTTCGTATCTGACAAGGACGACGTTGCCGATCTGAAGATTGTTAGCGACGGC
GAAGTCTCCCCAGCCATGATTAAGTATCCGACCGGTCAATTCGACTTTCCAGGTTATGTC
GGAGGAGTCCGATTTGAGCTCCGCCGTAGTCGTCGTCTCCGAGTCCAAGCTTGTTTCTTT
GATGTAATTAGAGAAGAAGTCTGACGGAATCATGAGTTGAGTTTGAAAGCCAGGAAGAAG
AGTGTGGAAGAACTGCGGGCGAAGAAGAAGAAGCGTTGATTTCTCCATTACTGTTGAAGA
AGCACTTTCTCTTGCCATCTCCCAACATATCAGATTTTGGACCCTCC

QA 1 407 1 407
DS 



AS 1 2

CO CL5484Contig1 737 2 2 U
GCATGGTCTGCATATGCTGACATTACAAATATCACAGTGGTGAAATTGATGATGTTGATC
GAAGTCCTTCTCGCAAAGAAGACACTTGTTGTCTGCGTAACCAGGGACTTCAACTCCAAG
TGACTTGAGTGGGTGTTGGGGATGGAAAGTGTGGTATGCTTCAGGAAACAAATCAAGACA
ATCCCTATGGATGACAAAATCTTTGCACTCTTGACATCTATAATGCTGAGCTGTCAGGTA
TATAATTGTCCCACAAGCTTTGCAGATTCTCTTTTCTGTCGGATCATAAGGCTGATAAGA
TACGAATTTGAGTGGATGCTCGTGTCCGTATGAATTTTCAGGAAGAACAAGTGGTTCTGG
TCTCTTCGCACACTCCAAATCCAACTTGGAATCACATATTGAACAATGATAACCGACTTT
GAAACTTCCTCCACAGAAACATGTATGTGGTTGCGAATCTTGTTGTGGAATGGTCGGGAT
GATAAGTTTGAGAGGGTGGTCGGGATGGAAAGAGTGGTTGATCTCTTTTAAGGGCTTGAA
ACACTCTTTATGGAACACATCATATACACAGCCCAGCTCATTGCAACAGTACCCTCCGTA
GATGTTATCAACTTCGGGAAATGTATGGTTGCACTCCTTGCACCGACTAGAAACAAAGCG
ATTAAAAGGTATCAAACGATGCTTGTGAAGTTGTGGCAACTCTACTCTTTCCATGCTCAT
TTGCTTAACTAGGTCCC


BQ
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AF RR1GD36TF U 1
AF RR1GD36JQ C 165
BS 1 570 RR1GD36TF
BS 571 737 RR1GD36JQ

RD RR1GD36TF 570 0 0
GCATGGTCTGCATATGCTGACATTACAAATATCACAGTGGTGAAATTGATGATGTTGATC
GAAGTCCTTCTCGCAAAGAAGACACTTGTTGTCTGCGTAACCAGGGACTTCAACTCCAAG
TGACTTGAGTGGGTGTTGGGGATGGAAAGTGTGGTATGCTTCAGGAAACAAATCAAGACA
ATCCCTATGGATGACAAAATCTTTGCACTCTTGACATCTATAATGCTGAGCTGTCAGGTA
TATAATTGTCCCACAAGCTTTGCAGATTCTCTTTTCTGTCGGATCATAAGGCTGATAAGA
TACGAATTTGAGTGGATGCTCGTGTCCGTATGAATTTTCAGGAAGAACAAGTGGTTCTGG
TCTCTTCGCACACTCCAAATCCAACTTGGAATCACATATTGAACAATGATAACCGACTTT
GAAACTTCCTCCACAGAAACATGTATGTGGTTGCGAATCTTGTTGTGGAATGGTCGGGAT
GATAAGTTTGAGAGGGTGGTCGGGATGGAAAGAGTGGTTGATCTCTTTTAAGGGCTTGAA
ACACTCTTTATGGAACACATCATATACACA

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1GD36JQ 573 0 0
GAAACAAATCAAGACAATCCCTATGGATGACAAAATCTTTGCACTCTTGACATCTATAAT
GCTGAGCTGTCAGGTATATAATTGTCCCACAAGCTTTGCAGATTCTCTTTTCTGTCGGAT
CATAAGGCTGATAAGATACGAATTTGAGTGGATGCTCGTGTCCGTATGAATTTTCAGGAA
GAACAAGTGGTTCTGGTCTCTTCGCACACTCCAAATCCAACTTGGAATCACATATTGAAC
AATGATAACCGACTTTGAAACTTCCTCCACAGAAACATGTATGTGGTTGCGAATCTTGTT
GTGGAATGGTCGGGATGATAAGTTTGAGAGGGTGGTCGGGATGGAAAGAGTGGTTGATCT
CTTTTAAGGGCTTGAAACACTCTTTATGGAACACATCATATACACAGCCCAGCTCATTGC
AACAGTACCCTCCGTAGATGTTATCAACTTCGGGAAATGTATGGTTGCACTCCTTGCACC
GACTAGAAACAAAGCGATTAAAAGGTATCAAACGATGCTTGTGAAGTTGTGGCAACTCTA
CTCTTTCCATGCTCATTTGCTTAACTAGGTCCC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL5485Contig1 303 2 1 U
GGAATCACCGACAAGAGTGGAAGGACAGAGGTTGTGCAAGAGGCAGAGTAGTACATGGTG
GGGAGTTTGTGGAAATAACGATGCATGCAGGAACCAGTGCAGTCGACTTGAGGGAGCACG
ACACGGATCTTGTAACTATATCTTCCCATATCACAGATGTATCTGTTACCACGCATGTTA
ATTTCCCAAAAGCTCTTGGTGTTTGTATTTTACATAAAATAAGTCCGTGTCACACTAGTG
GCCATAAATAAGTCTATTATAAGAGCGACTTCAATGGAAGTTTCTAATTAAGTTTTTCAT
ATT


BQ
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20 20 20 

AF RR1DC90JQ C 1
AF RR1DC90TF U 1
BS 1 303 RR1DC90TF

RD RR1DC90JQ 303 0 0
GGAATCACCGACAAGAGTGGAAGGACAGAGGTTGTGCAAGAGGCAGAGTAGTACATGGTG
GGGAGTTTGTGGAAATAACGATGCATGCAGGAACCAGTGCAGTCGACTTGAGGGAGCACG
ACACGGATCTTGTAACTATATCTTCCCATATCACAGATGTATCTGTTACCACGCATGTTA
ATTTCCCAAAAGCTCTTGGTGTTTGTATTTTACATAAAATAAGTCCGTGTCACACTAGTG
GCCATAAATAAGTCTATTATAAGAGCGACTTCAATGGAAGTTTCTAATTAAGTTTTTCAT
ATT

QA 1 303 1 303
DS 

RD RR1DC90TF 303 0 0
GGAATCACCGACAAGAGTGGAAGGACAGAGGTTGTGCAAGAGGCAGAGTAGTACATGGTG
GGGAGTTTGTGGAAATAACGATGCATGCAGGAACCAGTGCAGTCGACTTGAGGGAGCACG
ACACGGATCTTGTAACTATATCTTCCCATATCACAGATGTATCTGTTACCACGCATGTTA
ATTTCCCAAAAGCTCTTGGTGTTTGTATTTTACATAAAATAAGTCCGTGTCACACTAGTG
GCCATAAATAAGTCTATTATAAGAGCGACTTCAATGGAAGTTTCTAATTAAGTTTTTCAT
ATT

QA 1 303 1 303
DS 



AS 1 2

CO CL5486Contig1 1317 2 2 U
GATCTCAAACACTTTCTCATTCTCTACAATCACACTACCAAAACCCTTTATTATCCCTTC
CAAGACAAAGAGCAAAGAGTTAACGTACATAATGGCAAACGGCGGCGATCTCCGCCTACC
GCCGCAGGAGCATCCATCGAACGAGAGTCTCTAGCTGTCCCTCCTCCTCCTCCACGTGCA
ACCCCCACCGCCAACATCCCCCCTCCAAGATTGATCACCGCACCAAACGGAGTCAATCTT
ACTGAAGCGAATCAATCTTTACTCAACTCAATTCTCTCCGCCACCCCCTTAACTCCTCAA
GAAAGCAACACGTGTATGCAGTTGCTGTTCAACTTAATGACTAGCGGCCAAGAAGACGGT
GCGGCTCAGTTTAGAGAGGTGGTCTCAAGAAGCGGTCTTCGGAGGATGGCCTCGTTGCTG
ACGTCAGATCTCGATCGTTTCTTGGAGATGGCAAGAAACAGGAACGGCTCCAACCGCATA
TATGAGCTACTCGGAAGAAGAGACGACTTGGACACCTTCTTCCACAACGCTATAATGCAC
CGCTTCGTCCACATCATGACCGACTACGAGGCGTCCAGCGTTGGGCCCAAGGGATGCAAG
TTTTCAGCCAGGAGAAGCAAATCACCATGTTCGACTACGTTCTCCGCCACGCGATTCACC
TGGCGTGTGACCCACTCGGCTACGCCGTGCTGAAAAAAATCATAGACGGCTTGGGCAATT
TTTACTACAGAGGCTGGCTCTTGGACATAGTCGCGCAGAACGCTCTCCCCTTAAGCTACC
ACGCTCATGGGAACTACGTGGTCCAACACGTGCTTGAATTGCATGACTTGCGTTGCACGC
ATAACGTTTCAGCTAGCCTCAGTGGCCGTTGTTTTGGCCTCTCGTTTACCAAGTTTGGAA
GCTACGTCGTGCAGAAGCTTTTGGATACAGAGGAGGGTGCGGTTAGGGTGGTGGTAGAGC
TGGAGCGGTGCGATGAGGAGAGTTTGGTGAGGCTGGCGATGAGTGATTACGGGAATTACG
TGGTGTTGAAGGCACTGAGAGTGATGCAGGAGAGGAATAGGATGTATTTGTTATGGGGTT
TGGCGGGTAAGCTCATGCCCTCCGTTCATCTCTTGCGTGGACGCAGGATTGGTGAGTTCT
TGTACTCGCTTTGTTAGATTTGTCACAATGCCATGCAGGCTCTATTGCTACGATATATGC
TTAAAGTTGTTAGGTTTTGTGGTTTGCTTAATTCCTGTAATGAGATTTGTCAGTAATGAT
GGTAAGCCATCTACATTCGATTCAACATAACAAACAGAGAGGAAAATTTCCATTTCG


BQ
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AF RR1CD74TF U 1
AF RR1CD74JQ C 526
BS 1 696 RR1CD74TF
BS 697 1317 RR1CD74JQ

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CAAGACAAAGAGCAAAGAGTTAACGTACATAATGGCAAACGGCGGCGATCTCCGCCTACC
GCCGCAGGAGCATCCATCGAACGAGAGTCTCTAGCTGTCCCTCCTCCTCCTCCACGTGCA
ACCCCCACCGCCAACATCCCCCCTCCAAGATTGATCACCGCACCAAACGGAGTCAATCTT
ACTGAAGCGAATCAATCTTTACTCAACTCAATTCTCTCCGCCACCCCCTTAACTCCTCAA
GAAAGCAACACGTGTATGCAGTTGCTGTTCAACTTAATGACTAGCGGCCAAGAAGACGGT
GCGGCTCAGTTTAGAGAGGTGGTCTCAAGAAGCGGTCTTCGGAGGATGGCCTCGTTGCTG
ACGTCAGATCTCGATCGTTTCTTGGAGATGGCAAGAAACAGGAACGGCTCCAACCGCATA
TATGAGCTACTCGGAAGAAGAGACGACTTGGACACCTTCTTCCACAACGCTATAATGCAC
CGCTTCGTCCACATCATGACCGACTACGAGGCGTCCAGCGTTGGGCCCAAGGGATGCAAG
TTTTCAGCCAGGAGAAGCAAATCACCATGTTCGACTACGTTCTCCGCCACGCGATTCACC
TGGCGTGTGACCCACTCGGCTACGCCGTGCTGAAAA

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DS 

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CCCAAGGGATGCAAGTTTTCAGCCAGGAGAAGCAAATCACCATGTTCGACTACGTTCTCC
GCCACGCGATTCACCTGGCGTGTGACCCACTCGGCTACGCCGTGCTGAAAAAAATCATAG
ACGGCTTGGGCAATTTTTACTACAGAGGCTGGCTCTTGGACATAGTCGCGCAGAACGCTC
TCCCCTTAAGCTACCACGCTCATGGGAACTACGTGGTCCAACACGTGCTTGAATTGCATG
ACTTGCGTTGCACGCATAACGTTTCAGCTAGCCTCAGTGGCCGTTGTTTTGGCCTCTCGT
TTACCAAGTTTGGAAGCTACGTCGTGCAGAAGCTTTTGGATACAGAGGAGGGTGCGGTTA
GGGTGGTGGTAGAGCTGGAGCGGTGCGATGAGGAGAGTTTGGTGAGGCTGGCGATGAGTG
ATTACGGGAATTACGTGGTGTTGAAGGCACTGAGAGTGATGCAGGAGAGGAATAGGATGT
ATTTGTTATGGGGTTTGGCGGGTAAGCTCATGCCCTCCGTTCATCTCTTGCGTGGACGCA
GGATTGGTGAGTTCTTGTACTCGCTTTGTTAGATTTGTCACAATGCCATGCAGGCTCTAT
TGCTACGATATATGCTTAAAGTTGTTAGGTTTTGTGGTTTGCTTAATTCCTGTAATGAGA
TTTGTCAGTAATGATGGTAAGCCATCTACATTCGATTCAACATAACAAACAGAGAGGAAA
ATTTCCATTTCG

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

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GGATGTGGCGGCGGATATGGGTGGGAACAAGCTCACGGTGGTCGTAAAGATAGATCCGGT
GAAACTCCGGGAGAAGTTGGAGGAGAGAATGAAGAGAAAGGTGGTACTCACCAACCCACC
ACCACCACCGTCCAAAGTAGGCGCACCTGCCGCCACCGCCGCTGGAGAGAAGAAATCCGA
CGGTGTAGATAAGGCGGCTCCTACTCCTCCTCCTCCGGCCGCTCCCAAAGAGAGCTCGGT
GGCTTTTAAGATCAGACTACATTGTGAGGGATGTATTCAGAAAATCAAGAAAATAATATT
GAAAATCAAAGGGGTCGAGACAGTGGCATTTGACGCAGCCAAAGACATGGTAACAGTCAA
AGGAACAATGGATGTTAAAGAACTTGTACCTCTCCTCACTAAAAAGCTCAAACGAAACGT
CGAGCCTGTTCTTCCGGCCAAGAAAGATGACGGAGCCGCCGATAAAAATAAGTCAGAACC
CGCTCCCCCCCCCGCAAAGAAAGAAGAACCGGCTGGTGGTGTTACCGAAGCAAAGAAGGA
AGGAAGTGAAGCCGGAGAGAAGAAGAAAGAAGGTGGAGACGGAGGAGATAAGAAGAAAGA
GGGTGCAGACGCCGGAGAGAAGAAAAAAGAAGCTGAAACCGTCGGAGATAAAAAGAAAGA
GGTCGGAGACGGTGAGAAGAAGGAAGGTGGCGCGCCGGCGGTGGCTACGGTGAATAAGAT
GGATTACTATGGATACTCGCATCCGACGGTTCCAATGTATTGGCAAGAAGGACACGTGTA
CGGTCATACTTATTCAACAGAGGGTCAGACTTATCCAATAGGGGGTCAGAGTTATCCAGG
TTCAGGATATAATTACGCAAGCCAAAGCTACGTGCCTTACCCTCAACCAAACATGAACGC
GGCTCCTGGAATGTTCAGCGATGAGAACCCGAACGGTTGCTCCGTCATGTAACCATGGAC
CGAATTGTAAATATATGAAACTTCAAGGGTCGGGACGTAAAATGTGAAACATTCGCAAGT
GGTAACTTTAGATAAAACTTAGAAACTGAGATGGAACCAGCAGGTTTTGACGTGTAATGT
GTAACTTTGTTCCTTTGTTAGTTAGTTCTTTCAAATATTTAAATAATTAGTTTTTTAAAA
T


BQ
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10 

AF RR1AO06TF U 1
AF RR1AO06JQ C 425
BS 1 824 RR1AO06TF
BS 825 825 RR1AO06JQ
BS 826 835 RR1AO06TF
BS 836 1141 RR1AO06JQ

RD RR1AO06TF 835 0 0
GGATGTGGCGGCGGATATGGGTGGGAACAAGCTCACGGTGGTCGTAAAGATAGATCCGGT
GAAACTCCGGGAGAAGTTGGAGGAGAGAATGAAGAGAAAGGTGGTACTCACCAACCCACC
ACCACCACCGTCCAAAGTAGGCGCACCTGCCGCCACCGCCGCTGGAGAGAAGAAATCCGA
CGGTGTAGATAAGGCGGCTCCTACTCCTCCTCCTCCGGCCGCTCCCAAAGAGAGCTCGGT
GGCTTTTAAGATCAGACTACATTGTGAGGGATGTATTCAGAAAATCAAGAAAATAATATT
GAAAATCAAAGGGGTCGAGACAGTGGCATTTGACGCAGCCAAAGACATGGTAACAGTCAA
AGGAACAATGGATGTTAAAGAACTTGTACCTCTCCTCACTAAAAAGCTCAAACGAAACGT
CGAGCCTGTTCTTCCGGCCAAGAAAGATGACGGAGCCGCCGATAAAAATAAGTCAGAACC
CGCTCCCCCCCCCGCAAAGAAAGAAGAACCGGCTGGTGGTGTTACCGAAGCAAAGAAGGA
AGGAAGTGAAGCCGGAGAGAAGAAGAAAGAAGGTGGAGACGGAGGAGATAAGAAGAAAGA
GGGTGCAGACGCCGGAGAGAAGAAAAAAGAAGCTGAAACCGTCGGAGATAAAAAGAAAGA
GGTCGGAGACGGTGAGAAGAAGGAAGGTGGCGCGCCGGCGGTGGCTACGGTGAATAAGAT
GGATTACTATGGATACTCGCATCCGACGGTTCCAATGTATTGGCAAGAAGGACACGTGTA
CGGTCATACTTATTCAACAGAGGGTCAGACTTATCCAATAGGGG*TCAGAGTTAT

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR1AO06JQ 717 0 0
CCTGTTCTTCCGGCCAAGAAAGATGACGGAGCCGCCGATAAAAATAAGTCAGAACCCGCT
CCCCCCCCCGCAAAGAAAGAAGAACCGGCTGGTGGTGTTACCGAAGCAAAGAAGGAAGGA
AGTGAAGCCGGAGAGAAGAAGAAAGAAGGTGGAGACGGAGGAGATAAGAAGAAAGAGGGT
GCAGACGCCGGAGAGAAGAAAAAAGAAGCTGAAACCGTCGGAGATAAAAAGAAAGAGGTC
GGAGACGGTGAGAAGAAGGAAGGTGGCGCGCCGGCGGTGGCTACGGTGAATAAGATGGAT
TACTATGGATACTCGCATCCGACGGTTCCAATGTATTGGCAAGAAGGACACGTGTACGGT
CATACTTATTCAACAGAGGGTCAGACTTATCCAATAGGGGGTCAGAGTTATCCAGGTTCA
GGATATAATTACGCAAGCCAAAGCTACGTGCCTTACCCTCAACCAAACATGAACGCGGCT
CCTGGAATGTTCAGCGATGAGAACCCGAACGGTTGCTCCGTCATGTAACCATGGACCGAA
TTGTAAATATATGAAACTTCAAGGGTCGGGACGTAAAATGTGAAACATTCGCAAGTGGTA
ACTTTAGATAAAACTTAGAAACTGAGATGGAACCAGCAGGTTTTGACGTGTAATGTGTAA
CTTTGTTCCTTTGTTAGTTAGTTCTTTCAAATATTTAAATAATTAGTTTTTTAAAAT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL5488Contig1 1261 2 2 U
GACCTTCCAGCTGGCTGGCAACCTGGAATTCAAGAAGGGGCAGCTCTCTGGGATGAAGAA
TGGGATAAGTTTGAAGATGAAGGATTTGGCAATGAGATCACTTTTGACAAATCAAAAGAG
CAAAACTCGTCTGGTGAGAAGGAAAACGGTACGGTGGATGGTGGCAGTGGACCACCTGTT
TCACCAACCCATTTAGATGAGAACTATGGACCCTTTTCAGAAACCCCAGACCGCCACCAT
GAGAGTGAATATGGGACAACTCACAGTGAAGATGATTCAGGCAGAAGCCCCAGGGACAGT
CCTCTCTCTAGGACTGGTACTGAGATCCCTTCTCCAGATTCTCGTGGAAAAAATTCTGAA
TTCCTTGATGACTCCAATTGGGCAAGTGCATTTGATGACACTAACGATGATGTCGATTCT
GTCTGGGGATTTGATGCATCAAAAAGCCAGGATGGAGATTACTTTGGATCTGGTGGCGAT
TTTGGTGGAAACTCAGGGGGAGTAGATTCTCCAAGTTCAAGAAGTTTCACCGGTCAGAGA
AAGAGCCCATTTGGATTTGATGACTCAGTTCCCAGCACTCCACTCTCGAGACTCGGGAAC
TCTCCTCCTCGGTACAGCGACGCGTCAGTAGCCAGAGACGGAAACTTCGATAGCTTCTCC
AGATTCGATTCTTTCAACACCACCAGTGAAGCTGGCGCAGGTTTCTCCTCCTCCCAACCT
GAAAGACTGTCGCGGTTCGACTCTATCAACAGCTCCAAAGACTTTGGAGGAGCTGCCTTC
TCCAGGTTCGATTCAATCAACAGTAGCAGAGACTTTGGTGGTCCCTCGCTTTCGAGATTC
GACTCGATGAATAGCACAAAGGATTTCAGTGGGAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCA
GACCCGTTTGGTTCCACAGGTCCCTTCAAAGTCTCCTCTGATGATCAGAGCCCCAAGAAA
AAGTCAGATAACTGGAACTCCTTCTAGCCAGCCACGGTATATGATTTGATTATATTATCT
TTTTTTTTCTTTTTCTTTTTCCCATATTTCCTCGCTTTGATGAACTTGTGATTGTTTCCT
TGAAAAATCTTATAATTTTTTCTCCCAAATTCTGGTTTTTTTTCTGGATGAGACAATAGC
TTTAGACTATTTGTAATGTGTAAAGTTTGTCTTTGTTCTGGTTTCCTACTGAGTACTGTA
TCTCTGTTCTGTGCTTGTGAATTCATTTGCTTTATTATTGTCATAACAACATTTTGTCAC
C


BQ
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10 

AF RR1FO48TF U 1
AF RR1FO48JQ C 539
BS 1 691 RR1FO48TF
BS 692 1261 RR1FO48JQ

RD RR1FO48TF 691 0 0
GACCTTCCAGCTGGCTGGCAACCTGGAATTCAAGAAGGGGCAGCTCTCTGGGATGAAGAA
TGGGATAAGTTTGAAGATGAAGGATTTGGCAATGAGATCACTTTTGACAAATCAAAAGAG
CAAAACTCGTCTGGTGAGAAGGAAAACGGTACGGTGGATGGTGGCAGTGGACCACCTGTT
TCACCAACCCATTTAGATGAGAACTATGGACCCTTTTCAGAAACCCCAGACCGCCACCAT
GAGAGTGAATATGGGACAACTCACAGTGAAGATGATTCAGGCAGAAGCCCCAGGGACAGT
CCTCTCTCTAGGACTGGTACTGAGATCCCTTCTCCAGATTCTCGTGGAAAAAATTCTGAA
TTCCTTGATGACTCCAATTGGGCAAGTGCATTTGATGACACTAACGATGATGTCGATTCT
GTCTGGGGATTTGATGCATCAAAAAGCCAGGATGGAGATTACTTTGGATCTGGTGGCGAT
TTTGGTGGAAACTCAGGGGGAGTAGATTCTCCAAGTTCAAGAAGTTTCACCGGTCAGAGA
AAGAGCCCATTTGGATTTGATGACTCAGTTCCCAGCACTCCACTCTCGAGACTCGGGAAC
TCTCCTCCTCGGTACAGCGACGCGTCAGTAGCCAGAGACGGAAACTTCGATAGCTTCTCC
AGATTCGATTCTTTCAACACCACCAGTGAAG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1FO48JQ 723 0 0
GAAAGAGCCCATTTGGATTTGATGACTCAGTTCCCAGCACTCCACTCTCGAGACTCGGGA
ACTCTCCTCCTCGGTACAGCGACGCGTCAGTAGCCAGAGACGGAAACTTCGATAGCTTCT
CCAGATTCGATTCTTTCAACACCACCAGTGAAGCTGGCGCAGGTTTCTCCTCCTCCCAAC
CTGAAAGACTGTCGCGGTTCGACTCTATCAACAGCTCCAAAGACTTTGGAGGAGCTGCCT
TCTCCAGGTTCGATTCAATCAACAGTAGCAGAGACTTTGGTGGTCCCTCGCTTTCGAGAT
TCGACTCGATGAATAGCACAAAGGATTTCAGTGGGAGCCATGGATACTCGTTTGATGATG
CAGACCCGTTTGGTTCCACAGGTCCCTTCAAAGTCTCCTCTGATGATCAGAGCCCCAAGA
AAAAGTCAGATAACTGGAACTCCTTCTAGCCAGCCACGGTATATGATTTGATTATATTAT
CTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTCCCATATTTCCTCGCTTTGATGAACTTGTGATTGTTTC
CTTGAAAAATCTTATAATTTTTTCTCCCAAATTCTGGTTTTTTTTCTGGATGAGACAATA
GCTTTAGACTATTTGTAATGTGTAAAGTTTGTCTTTGTTCTGGTTTCCTACTGAGTACTG
TATCTCTGTTCTGTGCTTGTGAATTCATTTGCTTTATTATTGTCATAACAACATTTTGTC
ACC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL5489Contig1 410 2 1 U
GGGATTAGTTTAGTACACATCTCGTCTGGTATTTTGTGATTAACAGGTACTAGAATATGT
TGCGAACATGTCTAGCATGAAGAAAGAAGACCTCGCTGAGTTAACTTATGGAAACACTGT
AAGGTTGTTCTCTTATCCAGGTTCTAAATTGCTTGAAGCCCAATAAATTGTGTGTCTCTA
CAACATCATCTCTTGTCTAAGAGACAAAGAACACTCATCATCTTCTGCTTCTGCTGTTAT
TTATTTTTTTGTTGCTAAAAAAACTTATCCCTCTGCCAAAATTGTTGCTTCTGTAACATG
GTGGATGTTGCAACCATTTCTTCTACTAATTAATATGTATTTTTATTTTCTATTCTTGTG
TAAACCAGTTATGTTGTTACTACTATCATAATAATAAAAGTGATTATGCG


BQ
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AF RR1D257JQ C 1
AF RR1D257TF U 1
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DS 

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TTATTTTTTTGTTGCTAAAAAAACTTATCCCTCTGCCAAAATTGTTGCTTCTGTAACATG
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QA 1 410 1 410
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GI67TF U 1
AF RR1GI67JQ C 452
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BS 617 884 RR1GI67JQ

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TACTTTCTCTGTTCTA

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DS 

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QA 1 433 1 433
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AG83JQ C 1
AF RR1AG83TF U 1
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DS 

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TCTTCACGGATATATATACTGTGTAAGTTCTCTCTCTCTCTCAAGAAGCCTTTCACGGCC
TATTACAATTCTTTTAAACCCAACTAACCAAATCCAAAATAAATACATGTATTAGGGAAT
TTAGATTTAGTCATAAGATAAAATTTATTTATATTAAATTACTGTGTAACAATTTCATTG
CAAAAATATTTGGGAAAAATGAAAATCTATTCTATTAAGTTAAGAACC

QA 1 408 1 408
DS 



AS 1 2

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CCTAATAAACTTTGGGACTTCATGCGCGTTTG


BQ
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AF RR1G409JQ U 1
AF RR1GB22JQ U 1
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BS 253 427 RR1G409JQ
BS 428 572 RR1GB22JQ

RD RR1G409JQ 427 0 0
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GTCACAAACGATCAAGTCTGCATAAGCTCAATCTTAAGAACCTTTTTGTTGCTAAACTCT
TTTTTGGAAATATTGAAGTAATATCTAACATTTATTATCATCCGCATATTCAACAAGACG
GAAGAAAAGTACAGAAAAAAAACAAGTAAAAAAAAGAAGAACCTGATCAAGTTGCAATTA
GAAGGGAATCAGATCAGGTAACGTGTGAGTCAAGTAAACTGGCTCATCGATAGCTATAAA
AGGCAACAGACTGGGATCCACGTTAGAGTTTCTAGGTTGATCAGTTTCTTTAATATTCTT
ACATGTGAAACAATATTCGTCTTCAAAAACCTCCCATTCATCGGTTATGATAGTCTGAAA
CTTTGGT

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR1GB22JQ 572 0 0
AGATGTTGGGAATTTATTATGAATTTGGTACACTACATTAAAATGATCGGCTTAAAGACT
GTCACAAACGATCAAGTCTGCATAAGCTCAATCTTAAAAACCTTTTTGTTGCTAAACTCT
TTTTTGGAAATATTGAAGTAATATCTAACATTTATTATCATCCGCATATTCAACAAGACG
GAAGAAAAGTACAGAAGAAAAACAAGTAAAAAAAAGAAGAACCTGATCAAGTTGCAATTA
GAAGGTAATCAAATCAGGTAACGTGTGAGTCAAGTAAACTGGCTCATCGATAGCTATAAG
AGGCAACAGACTGGGATCCACGTTAGAGTTTCTAGGTTGATCAGTTTCTTTAATATTCTT
ACATGTGAAACAATATTCGTCTTCAAAAACCTCCCATTCATCGGTTATGATAGTCTGAAA
CTTTGGTCTCTCAGCTAATATGATATTCTTTTCTTCCACTACTTCCCCCTCATGATCCTC
CTCTTTCTCTTTCACTCCTTTTATGGCTTTCTCCATTGCTTCAATGTTTTCTTGCGGGAT
CCTAATAAACTTTGGGACTTCATGCGCGTTTG

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

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TCAAAGAGCATGAACGAAAGAGAGACTCACAAGATCGATTGGTGAAACAGAGTGGGTTTT
TGTTTTTTTTTCTGAATTTCAAGCTCCGGAGTTAAGAGCAAGCTCTATTTCCTCAAGTGA
CCGTCCTTTAGTCTCCACCACGTTTCCTGCAATGTAGATGACGGCAAGGACACATACTCC
TGCGAAACCTAAGTAGACACTGCTGATTCCGAATTTAGTCAACGCTTAGGAAGTAGAGTC
CAATCACAAAGTTTGATATCCAGTGCATGCCGAGAGAAAGAGCAACAGCTTTTGCTCTGA
TCCGGGATGCGAATATCTCTGGAAGGAGAAGAGCCGGAAATGGGCCAGCACCAAGTGAGA
ATGACAGGACATACAAAACAGTTCCAACAACGGCAAGGGTTCCAGAATATGCAGCAAGAG
CCTTCCATGTGAAGGATAAAGAGAGCAAAAGCATCGACAAAGCCATTCCACCGAAGCTTG
TGAGTAGAAGACTTTTCCTTCCCATTTTGTCCATCAAGGACGAAGCAACAGCAGTGCCAA
AGACGTTTGATGCTCCAACGAGAGCACTGGCTGCAACATCAGATTGGATTCCAGCGCTAC
GGAACACTGATGTAGAGTAGTACACCACTGCGTTTATCCCAGCTAACTGTTGAAACAAGA
AGAGAGCCGCACCTACGCTTACAACTTTCCAGTAGCGGCTGCTGAATAGATCAAACCATC
CTGCCTCTGGCTCAGAAGAACCTTTGCCAGAGGTTGATAAGTCACGCACTAGTTCAACCA
CTTTTTCTTTACCATACAGAGTTTTGATCGCCTTTTCAGCTCCAGAAACTTTACCTTGCT
GAACAAGCCACCTTGGACTCTCTGGAGAAAAACCCATTCCTATGGCTAACAGAACGGAAG
GGATGACAGCAACACCAAACATTGTCCTCCACCATAGAGGGTTTGCTGCAAGAGGTAATC
CAGCTATCAAGGCTGCAAGTATTCCTATACATATGAACAACTGGTTCACAGATCCAAGTG
CTCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA91JQ U 1
AF RR1E233TF C 277
BS 1 726 RR1EA91JQ
BS 727 1087 RR1E233TF

RD RR1EA91JQ 726 0 0
GGTGGTGATGAATCGATTTCTCATTATTGATTTACTTACTTAGTCCATTGTACAAGTTAT
TCAAAGAGCATGAACGAAAGAGAGACTCACAAGATCGATTGGTGAAACAGAGTGGGTTTT
TGTTTTTTTTTCTGAATTTCAAGCTCCGGAGTTAAGAGCAAGCTCTATTTCCTCAAGTGA
CCGTCCTTTAGTCTCCACCACGTTTCCTGCAATGTAGATGACGGCAAGGACACATACTCC
TGCGAAACCTAAGTAGACACTGCTGATTCCGAATTTAGTCAACGCTTAGGAAGTAGAGTC
CAATCACAAAGTTTGATATCCAGTGCATGCCGAGAGAAAGAGCAACAGCTTTTGCTCTGA
TCCGGGATGCGAATATCTCTGGAAGGAGAAGAGCCGGAAATGGGCCAGCACCAAGTGAGA
ATGACAGGACATACAAAACAGTTCCAACAACGGCAAGGGTTCCAGAATATGCAGCAAGAG
CCTTCCATGTGAAGGATAAAGAGAGCAAAAGCATCGACAAAGCCATTCCACCGAAGCTTG
TGAGTAGAAGACTTTTCCTTCCCATTTTGTCCATCAAGGACGAAGCAACAGCAGTGCCAA
AGACGTTTGATGCTCCAACGAGAGCACTGGCTGCAACATCAGATTGGATTCCAGCGCTAC
GGAACACTGATGTAGAGTAGTACACCACTGCGTTTATCCCAGCTAACTGTTGAAACAAGA
AGAGAG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1E233TF 811 0 0
TAGTCACACGCTA
GAAGTAGAGTCCA*TCACAAAGTT*GATATCCAGTGCATGCCGAGAGAAAGAGCAACAGC
TTT*GCTCTGATCCGGGATGCGAATATCTCTGGAAG*AGAAGAGC*GGAACTGGGCCAGC
ACCAAGTGAGAATGACAGGACATACAAAACAGTTCCAACAACGGCAAGGGTTCCAGAATA
TGCAGCAAGAGCTTTCCATGTGAAGGATAAAGAGAGCAAAAGCATCGACAAAGCCATTCC
ACCGAAGCTTGTGAGTAGAAGACTTTTCCTTCCCATTTTGTCCATCAAGGACGAAGCAAC
AGCAGTGCCAAAGACGTTTGATGCTCCAACGAGAGCACTGGCTGCAACATCAGATTGGAT
TCCAGCGCTACGGAACACTGATGTAGAGTAGTACACCACTGCGTTTATCCCAGCTAACTG
TTGAAACAAGAAGAGAGCCGCACCTACGCTTACAACTTTCCAGTAGCGGCTGCTGAATAG
ATCAAACCATCCTGCCTCTGGCTCAGAAGAACCTTTGCCAGAGGTTGATAAGTCACGCAC
TAGTTCAACCACTTTTTCTTTACCATACAGAGTTTTGATCGCCTTTTCAGCTCCAGAAAC
TTTACCTTGCTGAACAAGCCACCTTGGACTCTCTGGAGAAAAACCCATTCCTATGGCTAA
CAGAACGGAAGGGATGACAGCAACACCAAACATTGTCCTCCACCATAGAGGGTTTGCTGC
AAGAGGTAATCCAGCTATCAAGGCTGCAAGTATTCCTATACATATGAACAACTGGTTCAC
AGATCCAAGTGCTCCACC

QA 14 811 14 811
DS 



AS 1 2

CO CL5494Contig1 1130 2 8 U
GGGCACTTTGAAAAAGTTAAAGAGGAAGATCAATACTTTGATCGATCTTCTTCCACCCCC
AAGGAGAAAGAGAAAGATGGGTTCTCATGTTCTTAGGTCTCCCATTACCTTGCGCTCTTA
CAGCAGCTCCCTCGTTGGCTTCTTCTCCAAATCTCCTAATCCTCTTCTCTCTGCGAGATG
GGTTAAAGCAAGAGAAGGCAGTTCCATCAGATGTTTTGCTTCTGCTATACGTGGAAAGAA
CAAGAAACAGAGACTGGATGAGGCATGTCTCGAAAGGTATCAAGAATACAGTCGCACACT
AATACAATCATGGATTCTACAAGGCAAAGTGCTTGTAGATGGGAAAAGAGCTAGTAAAGC
TGGGATGCCTGTAGGCAATGATGTATCCATAAAGATTACAGCTGAGGTTCCCAAATACGT
ATGTAGAGGTGGGCTGAAGCTTGAAGCTGCAATAGAGAAGCTAGATGTTGATGTTTCTGA
GAAAGTGGTTCTTGATTCTGGACTCTCTACAGGAGGGTTTACAGATTGTTTGCTTCGTTA
TGGTGCTGCTCATGTGTATGGTGTAGATGTTGGTTATGGTCAGGTTGCGGATAAAATTCG
TAATGACAAGAGAGTGACTGTTATGGAAAGGACAAATGTGAGATACCTCCCAGGTCTCCC
TCAAAAAGTCGATGTAGTGACGCTAGATCTCTCCTTCATTTCCATTCTCAAGGTGATGCC
AGCTGTTATGAATGTGATGAATGAAGATGCAACTTTAGTTACCCTTGTTAAACCCCAATT
TGAAGCTCGGCGATCGCAGGTTGGGAAGGGTGGGATAGTGAGAGACCCTGAAGTACATCA
GGAGGTTCTTGAGAGGATAATAAATGGTGTTGAGAGCTGTGGCTTCACCAACAAAGGGTT
TATCGAATCTCCAATCAAGGGTGCCGATGGAAACATTGAGTTCTTGGTTCACTTCGACCG
GGGGACAGTTAAAAAACCCGAAGAAGAAGAGTAGTACTAAGACTTCATATATTTTCGTTG
CTGGGGAAATGCTATTGTTTCTTGTCACTCTTCATTTTTGAACTATTATCTTGTTATGGT
GATATCACTTATCCCAAAGATAAAAATTCCAAAGTAATCTCAAGTTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C572TF U 1
AF RR1C572JQ C 374
BS 1 666 RR1C572TF
BS 667 667 RR1C572JQ
BS 668 712 RR1C572TF
BS 713 713 RR1C572JQ
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BS 765 795 RR1C572TF
BS 796 1130 RR1C572JQ

RD RR1C572TF 795 0 0
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AAGGAGAAAGAGAAAGATGGGTTCTCATGTTCTTAGGTCTCCCATTACCTTGCGCTCTTA
CAGCAGCTCCCTCGTTGGCTTCTTCTCCAAATCTCCTAATCCTCTTCTCTCTGCGAGATG
GGTTAAAGCAAGAGAAGGCAGTTCCATCAGATGTTTTGCTTCTGCTATACGTGGAAAGAA
CAAGAAACAGAGACTGGATGAGGCATGTCTCGAAAGGTATCAAGAATACAGTCGCACACT
AATACAATCATGGATTCTACAAGGCAAAGTGCTTGTAGATGGGAAAAGAGCTAGTAAAGC
TGGGATGCCTGTAGGCAATGATGTATCCATAAAGATTACAGCTGAGGTTCCCAAATACGT
ATGTAGAGGTGGGCTGAAGCTTGAAGCTGCAATAGAGAAGCTAGATGTTGATGTTTCTGA
GAAAGTGGTTCTTGATTCTGGACTCTCTACAGGAGGGTTTACAGATTGTTTGCTTCGTTA
TGGTGCTGCTCATGTGTATGGTGTAGATGTTGGTTATGGTCAGGTTGCGGATAAAATTCG
TAATGACAAGAGAGTGACTGTTATGGAAAGGACAAATGTGAGATACCTCCCAGGTCTCCC
TCAAAA*GTCGATGTAGTGACGCTAGATCTCTCCTTCATTTCCATTCTCAAG*TGATGCC
AGCTGTTATGAATGTGATGAATGAAGATGCAACTTTAGTTACC*TTGTTAAACCCCAATT
TGAAGCTCGGCGATC

QA 1 795 1 795
DS 

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CTGAAGCTTGAAGCTGCAATAGAGAAGCTAGATGTTGATGTTTCTGAGAAAGTGGTTCTT
GATTCTGGACTCTCTACAGGAGGGTTTACAGATTGTTTGCTTCGTTATGGTGCTGCTCAT
GTGTATGGTGTAGATGTTGGTTATGGTCAGGTTGCGGATAAAATTCGTAATGACAAGAGA
GTGACTGTTATGGAAAGGACAAATGTGAGATACCTCCCAGGTCTCCCTCAAAAAGTCGAT
GTAGTGACGCTAGATCTCTCCTTCATTTCCATTCTCAAGGTGATGCCAGCTGTTATGAAT
GTGATGAATGAAGATGCAACTTTAGTTACCCTTGTTAAACCCCAATTTGAAGCTCGGCGA
TCGCAGGTTGGGAAGGGTGGGATAGTGAGAGACCCTGAAGTACATCAGGAGGTTCTTGAG
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ATCAAGGGTGCCGATGGAAACATTGAGTTCTTGGTTCACTTCGACCGGGGGACAGTTAAA
AAACCCGAAGAAGAAGAGTAGTACTAAGACTTCATATATTTTCGTTGCTGGGGAAATGCT
ATTGTTTCTTGTCACTCTTCATTTTTGAACTATTATCTTGTTATGGTGATATCACTTATC
CCAAAGATAAAAATTCCAAAGTAATCTCAAGTTAACC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TATTACTACAGAGACCGTTGCTCTCACGGAGAAGAAAATGGACATGTCTTTAGATGCTAT
TATCAAGATGTCAAAGAGCAGTACCAATAATGGCAATAAAGGCAAGAAACAGAGAGCTTC
GAATAAAAAGGAGAGTTTTAATAGTGCTGCCAAAAACAGTACGGTAAAAGCTCAGCGTTA
TATGGACTCACGGTCTGATGTTAGACAGGGTGCTTTTGCTAAGAGAAGGTCAAGTTTCCA
AGGAAACCACTTTCCTGTCACAACAACCATTGCTGGTAAAGCCGCTTCTGGTGCTCCCCT
CCGTGGTAGACCTTATAATGCTGGAAGGATGGCTAATACGAATCAATCGAGGTTCATTAC
TCCACCAGCTCAGTATGGATCTGCACCAAGAGGGTTTGTCGCCAAGCAGCAGCAGAGGGA
GAAGATAGGGGAGAAGCAAGCAAATGGAGGAGGACAGAGGCAAGGGCCTCAAACACTGGA
CTCACGGTTTGCATACATGAAGGAAGAGAGGATGAAAATGAAAAGGTTTGCAGAAAAGGG
AAGCAATGTAGTCAACAATGGTGCTGGATGGCAGCAGCAACAACATCCCTGGGGAAGAAG
AGCCACAAGATTCCCCAACTGATTTATGTGATCCGCAGCGTTACATGTAGTTTGGTTTGG
ATTCAGTGTTTGAAGTGTACAACATTCATTTGTCAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCTTCTTGAAGACTAGCAGAAGAGGAGATATTGAAACTTGGTTGTACTTGGTGTGTTCAT
TGGTCAAGGAGGGA


BQ
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AF RR1G295TF U 1
AF RR1G295JQ C 447
BS 1 546 RR1G295TF
BS 547 854 RR1G295JQ

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GGACTGTTGACAGTCGACTTCCCCCTACGATTTCATTTCACGGATGGCGAGTGAAAATCC
TATTACTACAGAGACCGTTGCTCTCACGGAGAAGAAAATGGACATGTCTTTAGATGCTAT
TATCAAGATGTCAAAGAGCAGTACCAATAATGGCAATAAAGGCAAGAAACAGAGAGCTTC
GAATAAAAAGGAGAGTTTTAATAGTGCTGCCAAAAACAGTACGGTAAAAGCTCAGCGTTA
TATGGACTCACGGTCTGATGTTAGACAGGGTGCTTTTGCTAAGAGAAGGTCAAGTTTCCA
AGGAAACCACTTTCCTGTCACAACAACCATTGCTGGTAAAGCCGCTTCTGGTGCTCCCCT
CCGTGGTAGACCTTATAATGCTGGAAGGATGGCTAATACGAATCAATCGAGGTTCATTAC
TCCACCAGCTCAGTATGGATCTGCACCAAGAGGGTTTGTCGCCAAGCAGCAGCAGAGGGA
GAAGATAGGGGAGAAGCAAGCAAATGGAGGAGGACAGAGGCAAGGGCCTCAAACACTGGA
CTCACG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1G295JQ 408 0 0
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GAGGAGGACAGAGGCAAGGGCCTCAAACACTGGACTCACGGTTTGCATACATGAAGGAAG
AGAGGATGAAAATGAAAAGGTTTGCAGAAAAGGGAAGCAATGTAGTCAACAATGGTGCTG
GATGGCAGCAGCAACAACATCCCTGGGGAAGAAGAGCCACAAGATTCCCCAACTGATTTA
TGTGATCCGCAGCGTTACATGTAGTTTGGTTTGGATTCAGTGTTTGAAGTGTACAACATT
CATTTGTCAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTTGAAGACTAGCAGAAGAGGA
GATATTGAAACTTGGTTGTACTTGGTGTGTTCATTGGTCAAGGAGGGA

QA 1 408 1 408
DS 



AS 1 2

CO CL5497Contig1 407 2 1 U
GCACCAAGGAGTAAGGTGATTGTTTCTAGCTCCACTGTTCTCTCCTTTTGGTCTCCTTGT
AAGCTTTCTCCACTATCTCTCTCCCTGGGTATATATTTTTATAATTGTATAATGCTATAT
ATGTGCATGTGATGACTATAGAACGAGCTTTGTTTAAGTTTTTTTTTTTTGCTTAACATT
TGGCTTTGTTTAAGTTGAATCATATTTGATTTTATCTATGTTTTAAGGAATCTACTGACC
AAGTTTAATTTTACATTTGTTGTTGTTGTGTAGAGGGAGGGAACATGCGGCTTCACCGTG
TTAACTCATTGGGAGTGATTCATCATTTGTTTTATGTTATGAGCAATTATATTTCATTAT
CGTATTTTGTATTATTATAATTTATGTGATATGAAAAAAGCCTTTTG


BQ
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AF RR1G087JQ C 1
AF RR1G087TF U 1
BS 1 407 RR1G087TF

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DS 

RD RR1G087TF 407 0 0
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AAGCTTTCTCCACTATCTCTCTCCCTGGGTATATATTTTTATAATTGTATAATGCTATAT
ATGTGCATGTGATGACTATAGAACGAGCTTTGTTTAAGTTTTTTTTTTTTGCTTAACATT
TGGCTTTGTTTAAGTTGAATCATATTTGATTTTATCTATGTTTTAAGGAATCTACTGACC
AAGTTTAATTTTACATTTGTTGTTGTTGTGTAGAGGGAGGGAACATGCGGCTTCACCGTG
TTAACTCATTGGGAGTGATTCATCATTTGTTTTATGTTATGAGCAATTATATTTCATTAT
CGTATTTTGTATTATTATAATTTATGTGATATGAAAAAAGCCTTTTG

QA 1 407 1 407
DS 



AS 1 2

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ATCGTAAGCAAAGGTCCAAGCAGCAAAGATAAACGCTGTAACTGCTTCTTAGTGTGTTTC
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TTGTTTTCTGCTCAACAAGATATTGAAAGTCCAAGAGAGGAATCAGGGGAGATCAGAGGA
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TCAGCTAGCTTCATGGGATTGTGGTCTCGCTTGTGTTCTCATGGTTCTCCGAGCTACCGG
CATCACTACCTGCTCTATTCAGGATTTGGCCGACATTTGCTCCACGAATAGCATTTGGAC
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TCTGCTCCGTGTGGATTTACTCTTCAGAAAAGCACATGAATCTGGCGTTATTATACAGTG
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CTTTACATATATACACATATTCATATAGAGAGAGGTACATGGATCGCCAGTGAACTCAAG
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TTGTACAAATTGGTTTTGTCATAAAGTTCCTTAGGATGTGAATGCATATAACATTTGATT
GATTCAAGTTTTCGAGT


BQ
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AF RR1G973JQ C 562
BS 1 732 RR1G973TF
BS 733 1277 RR1G973JQ

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AGAAGAGCATGATGGAGATTCCATTTCTCCTAAATATTCTCCCTTTGTAACAACAACTAG
TCATGGAAAAAACCTCAATGCTCCTCCATCCTCGTCCCACATGGAAGTCCCTCATGTACA
TCAGCTAGCTTCATGGGATTGTGGTCTCGCTTGTGTTCTCATGGTTCTCCGAGCTACCGG
CATCACTACCTGCTCTATTCAGGATTTGGCCGACATTTGCTCCACGAATAGCATTTGGAC
TGTTGATCTCGCATATTTACTGCAAAGGTTCTGCGTGGAATTTTCTTATTGCACAATCAC
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TCTGCTCCGTGTGGATTTACTCTTCAGAAAAGCACATGAATCTGGCGTTATTATACAGTG
CAGATCAGTTAGTATCCATGAGATCTCTTGTTTGCTATTGTCTGGGAACTATATCGCCAT
TGCATTAGTCGA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1G973JQ 716 0 0
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GCTGAGCAAGTCTTGGTTGGAGGAAGTGTTTGTCGCTGGTCTTCACAACAGCAACTCCAG
CTACACTGGTCACTACATTGTGATATGTGGCTACGATGCTGTTAAGAATGAGTTCGAGAT
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CCGGAAATCGTTTGGTACAGACGAAGATCTTCTCCTGATAAACTTGGAGAACATTAACAA
GCAGAAAGAATAATTTCTCATCGTCATGATCATCATCAAATCAGTCTGGATTATAATGAA
AAACCACCCGAGTGTTCTATCCCAGAAAGAGCTATACTTCTTTACATATATACACATATT
CATATAGAGAGAGGTACATGGATCGCCAGTGAACTCAAGAGTATAGGCTTGACATGGATC
AGATTTGTCTCTGTTTCTAAGCAGTTATAGTTATTCCTTTTGTACAAATTGGTTTTGTCA
TAAAGTTCCTTAGGATGTGAATGCATATAACATTTGATTGATTCAAGTTTTCGAGT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL5499Contig1 1136 2 4 U
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AAGAGTAAAGAGAGCAGGGTGCATACAAGCTCAGGGACTTTCGTTAGGAATGGAAGGGAC
AAAATCATTAAGACAACTGAGAGAAGAATTGCATATTACACCTTTAATCCAGCAGATCAT
GGAATACGCAAAATATATACACTAAAAAGAGGCCACATTGATGATCTCCCGCTCAGCCGC
TCATCTCCGCTATTGGCTTGCCGAAGCACTAAGTAACCTGAATATAACGTTAAGGTTAAA
CTATCTCAGTTTTCCAAGTTCAGGTATGTAAAATTACAATGGAGTTCTTGATTCTTTCAC
CAAAGTTCTGGAACAATGCGGGATTTGAATGTAGTTCTAAATGCTCTGTATGAGCAGAAT
GACAAGCCTTCCTCTGCTTTAGAATTCATCCAACAGAAGCTAGGAGGTCCTTCAGTTTCT
GATTACAAGAAGCTTCATTCTGAGAAGTCTGATTTTCAAATAAAGTACAATGAGGTTTTC
GCTAAACATCAAAGAACGTTGAGAGAGAATTTCTATATGATTGGTTGGAATGGTAATGGA
GTGTACAGAGTACTAAAGATAGAGCGGCTTGATGCGTCGGAGCTTAACCTCAGTGAGGAT
CCCACATGCCAAAAAAGAATGCTACGAGCTGCTTAAACGGATACACGAAGGAAGCAAGGC
ACATGCGGCCTCAAACTTGTCACTTTCTGTTATGGCATCATTGGGTGTATGAAGTGTCCA
AGAGTGAGATCATTTCTGTGCGAAATTCTATCGTGCTTTGCAACTTGGCAAACTCGAGAG
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GCTTATTGTTGAAGAAAGTATCTGTTTATCTTTTCTGTTTGGTGAAAAGAGAGTGAGTAC
GTGTGTTCATTTATTATACCCTTCCCCCTTTTTTATGAACTAAAGTCATTTATCCC


BQ
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AF RR1ES41TF U 1
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BS 710 710 RR1ES41JQ
BS 711 778 RR1ES41TF
BS 779 1136 RR1ES41JQ

RD RR1ES41TF 778 0 0
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GAAGTGCTCTCTTGGAAATCTAGAGCTTTCGTCTGCCACAACTTCTTGTCGAAGGAAGAA
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AAAATCATTAAGACAACTGAGAGAAGAATTGCATATTACACCTTTAATCCAGCAGATCAT
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TCATCTCCGCTATTGGCTTGCCGAAGCACTAAGTAACCTGAATATAACGTTAAGGTTAAA
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CAAAGTTCTGGAACAATGCGGGATTTGAATGTAGTTCTAAATGCTCTGTATGAGCAGAAT
GACAAGCCTTCCTCTGCTTTAGAATTCATCCAACAGAAGCTAGGAGGTCCTTCAGTTTCT
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QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1ES41JQ 581 0 0
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CATTCTGAGAAGTCTGATTTTCAAATAAAGTACAATGAGGTTTTCGCTAAACATCAAGGA
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AAGATAGAGCGGCTTGATGCGTCGGAGCTTAACCTCAGTGAGGATCCCACATGCCAAAAA
AGAATGCTACGAGCTGCTTAAACGGATACACGAAGGAAGCAAGGCACATGCGGCCTCAAA
CTTGTCACTTTCTGTTATGGCATCATTGGGTGTATGAAGTGTCCAAGAGTGAGATCATTT
CTGTGCGAAATTCTATCGTGCTTTGCAACTTGGCAAACTCGAGAGACGAGAACATGTGTT
TAATATATCTTTTACTATATTTTGTCTTCTTGTTGTTTGTCCCAAGCTTATTGTTGAAGA
AAGTATCTGTTTATCTTTTCTGTTTGGTGAAAAGAGAGTGAGTACGTGTGTTCATTTATT
ATACCCTTCCCCCTTTTTTATGAACTAAAGTCATTTATCCC

QA 1 581 1 581
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCTTGATCGGCTTGAAGAGTATGGTCCTTGTTGATGGATTTTGCAGGTAGAGTTTCATTT
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BQ
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AF RR1B834JQ U 29
AF RR1DS27JQ U 1
BS 1 40 RR1DS27JQ
BS 41 41 RR1B834JQ
BS 42 116 RR1DS27JQ
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BS 203 653 RR1DS27JQ

RD RR1B834JQ 238 0 0
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GTAAAGTATATGCTAAAAGTAGTCAAAAAAAGCAAAAGGTACCTTCCATATAATAAAATC
AAAACCGTTGAGTGAGCCATGGCCTTAAAGCAAATTGTCGAGTTGGGTCTGCAAATCTTG
AATGGATATCATATTGATGTTGGCTTGTTCTTCTGCTGAGTACTCGGCTTTCAGTAAA

QA 1 238 1 238
DS 

RD RR1DS27JQ 653 0 0
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AATATTTATATATCTAAAGTGAACTCTTGTAAAGTATATGCTAAAAGTAGTCAAAAGAAG
CAAAAGGTACTTTCCATATAATAAAATCAAAACCGTGGCGTGAGCCATGGCCTTAAAGCA
AATTGTCGAGTTGGGTCTGCAGATCTTGAATGGATATCATATTGATGTTGGCTTGTTCTT
CTGCTGAGTACTCGGCTTTCAGTAAAGACTCCACTTGTGTATGAGCTTCCACAATATTTG
TCTTGATCGGCTTGAAGAGTATGGTCCTTGTTGATGGATTTTGCAGGTAGAGTTTCATTT
TTGCTAAAATTGGAAGCAACTCTTGTTGTATTGCAGCATATACCTTCTGAACAAGTTCAG
CCACCTTATCTGGAGTAGCGAAAGCTTGTTCCTTTAGCGGCTTAGCCATGACAGAGTCAA
CTTTTTGACTCTGAGTTCCAGTGGATAGAGAAACTTTTATGGCTGTCACCTTGGTTACGA
ATGAAAGCATAGGATCCACAAATAGCTTAGTGACTGACATGATGAACTCCTCACAAGTTG
TCTTAAGACATTTTTCTAGTTCCTTCTTGGCATCTATTTGGCTCTCCAAAACT

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL5502Contig1 675 2 2 U
ATTTTCTTCTCGGTTTACAAACTTAAAGCTTCAAAAGAGTCAAACGATGAAGAATGTCAC
ACTTATTCTTGCTATGATCCTTTTCTCAAGCTGTGTCACATCCAAAGTCACAGCAGGAGA
ACTGGAGTCTTCAACTAACGAAGAGCCAAATTGGTTCTTCCGTGTCTCCAGAATAGTATT
GCCGAGGATCCCTGCAGGCGACTTCCGACCAATCTCGTTCCATTCGCCACCTGAAGTCAC
TAAATGCTTGTCTGGCAAGGAAGAGATAAGAACATGTCTTCATGGTCTTGCTAGGAAAGC
CGATATTGGGTCAGAATGTTGCGCCGCGATCAAGAAGATGAAGGAAGATTGTAAGAATAC
CGTCTATGGATCTTACAATAAGCCCTTCTGGGCCGGCTATTTCAGGCTACATTGCACCAC
CGACGTTGTTGGATCTACTTAACCTGCTCCTTCTCCTTTACCGGCTCAGGAATTTTAACT
ATTTATTAGAATGTTCAAGTGTTGAGTTTTTTTTTTTTCAATTTGATCTCTTGCTTACAC
TGAACTTTGTTTTTTTTTCTTCTACAAAAATTGTATTTAGTACTTTATCAATTTTAAATT
AAAGGTTACGAAACTGCTGTTAACCGGTTTTGTGACTGTACCAGAAACGTAAACGGCTAC
AGCCGCTATACGCCC


BQ
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AF RR1DX17TF U 1
AF RR1DX17JQ C 143
BS 1 558 RR1DX17TF
BS 559 675 RR1DX17JQ

RD RR1DX17TF 563 0 0
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ACTTATTCTTGCTATGATCCTTTTCTCAAGCTGTGTCACATCCAAAGTCACAGCAGGAGA
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GCCGAGGATCCCTGCAGGCGACTTCCGACCAATCTCGTTCCATTCGCCACCTGAAGTCAC
TAAATGCTTGTCTGGCAAGGAAGAGATAAGAACATGTCTTCATGGTCTTGCTAGGAAAGC
CGATATTGGGTCAGAATGTTGCGCCGCGATCAAGAAGATGAAGGAAGATTGTAAGAATAC
CGTCTATGGATCTTACAATAAGCCCTTCTGGGCCGGCTATTTCAGGCTACATTGCACCAC
CGACGTTGTTGGATCTACTTAACCTGCTCCTTCTCCTTTACCGGCTCAGGAATTTTAACT
ATTTATTAGAATGTTCAAGTGTTGAGTTTTTTTTTTTTCAATTTGATCTCTTGCTTACAC
TGAACTTTGTTTTTTTTT
TCTTC

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1DX17JQ 533 0 0
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TTCCGACCAATCTCGTTCCATTCGCCACCTGAAGTCACTAAATGCTTGTCTGGCAAGGAA
GAGATAAGAACATGTCTTCATGGTCTTGCTAGGAAAGCCGATATTGGGTCAGAATGTTGC
GCCGCGATCAAGAAGATGAAGGAAGATTGTAAGAATACCGTTTATGGATCTTACAATAAG
CCCTTTTGGGCCGGCTATTTCAGGCTACATTGCACCACCGACGTTGTTGGATTTACTTAA
CCTGCTCCTTCTCCTTTACCGGCTCAGGAATTTTAACTATTTATTAGAATGTTCAAGTGT
TGAGTTTTTTTTTTTTCAATTTGATCTCTTGCTTACACTGAACTTTGTTTTTTTTTCTTC
TACAAAAATTGTATTTAGTACTTTATCAATTTTAAATTAAAGGTTACGAAACTGCTGTTA
ACCGGTTTTGTGACTGTACCAGAAACGTAAACGGCTACAGCCGCTATACGCCC

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

CO CL5503Contig1 1065 2 8 U
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CCAAACCTCAAGGACGGTTTGTGAGAATGTTCTTAGGACCAGTCAATGTCCGAGCCTCGA
GGAAAGATATACAGCTTAAAGTCAAAGAAGAATACAATAGCTACAGAGATAGAACAGCTC
TTCTCTTTCTTGTTTTCCCTGCTATACTTTTGACCCTAAGATCTTATGTCTGGGAGGGAT
GTCTGCCTGCTTTCCCTGTTCAGCTCTATCAGGCTTGGCTTATGTTCCTTTATGCTGGTT
TGGCTATGCGAGAGAACATATTGAGAGCCAATGGGAGCGATATCCGTTCATGGTGGCTTT
ATCATCATTATTGTGCCATGGCCATGGCCCTTGTCAGTCTCACATGGGAGATCAAAGGTC
AACCAAATTGCGTTCAGAAGCAGAAAGGAGTCCGTCTTTTCCTCCAATGGGCTATGATGC
AAGGTGTTGCGATGCTTCTGCAGAACAGATATCAGCGCCAAAGACTATACACTCGCATTG
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BQ
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AF RR1GB81TF U 1
AF RR1GB81JQ C 306
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RD RR1GB81TF 723 0 0
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CCAAACCTCAAGGACGGTTTGTGAGAATGTTCTTAGGACCAGTCAATGTCCGAGCCTCGA
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TTCTCTTTCTTGTTTTCCCTGCTATACTTTTGACCCTAAGATCTTATGTCTGGGAGGGAT
GTCTGCCTGCTTTCCCTGTTCAGCTCTATCAGGCTTGGCTTATGTTCCTTTATGCTGGTT
TGGCTATGCGAGAGAACATATTGAGAGCCAATGGGAGCGATATCCGTTCATGGTGGCTTT
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AAGGTGTTGCGATGCTTCTGCAGAACAGATATCAGCGCCAAAGACTATACACTCGCATTG
CACTAGGAAAGGCTAAGAGGATGGACGTTGTATGGGGAGAAACGGCTGGAGTAGACGGGC
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GCA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1GB81JQ 760 0 0
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GGAAAGGCTAAGAGGATGGACGTTGTATGGGGAGAAACGGCTGGAGTAGACGGGCAATTA
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CTTCTGGTAGTGATGGCCATTGGAAACTTCATAAGCACAGTAGAGACATTGATGGTGAAG
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AAACTTATATTAACTACAGCTTCATAGTTCCCAACTTTGGATCTTTCTCCCCATTGTTTA
TTTTACTTGATAATTTTTTGTATACTTGGGGCACACGTGACCTAAGGCTCTGGAAAAAGC
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AAATTTTCAAAATTGTTACAAAAGTCAAGTTTTTACGTGT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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GTCCACTTACCTCAGAACCTTCAAGGTCGGAGATTACGTCGATGTTAAAGTGAACGGTGC
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GACCGTCACCCCAATCCCCTACGATGTCGTCAACGATCTCAAAGGAGGCTATTAGTTCTT
ACTTTTCTTCCCTATTCTTGCTGTCTGTTTTTGGAACTCTGCATTTGTAACGAATTAAAA
TTCTTATATGATTTATATGAGAAATTTTAGC


BQ
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AF RR1F058TF U 1
AF RR1F058JQ C 8
BS 1 411 RR1F058TF
BS 412 631 RR1F058JQ

RD RR1F058TF 411 0 0
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TCGTGCTCGAACGAGGGATCTGTTCGCGAGGGGGTTCAGAAAGAAGGGTACAATCCCATT
GTCCACTTACCTCAGAACCTTCAAGGTCGGAGATTACGTCGATGTTAAAGTGAACGGTGC
GATCCATAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACTGGTCGTGTCTGGAACGT
CACTAAACGCGCCGTTGGTGTCGAAGTTAACAAACAGATCGGAAACAGGATCATAAAGAA
GAGGCTTCACGTGCGTGTGGAACATGTGCAGCAGTCTAGATGTGCTGAGGAGTTCAAACT
GAGAAAGAAGAAGAACGATGAGCTCAAAGCTGCAGCCAAAGCCAGGGGAGA

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR1F058JQ 624 0 0
TTCTAGCAGTTTCACTTGTTCGCACGGGAAAAAATGCCGGCAGGACATGGAGTTCGTGCT
CGAACGAGGGATCTGTTCGCGAGGGGGTTCAGAAAGAAGGGTACAATCCCATTGTCCACT
TACCTCAGAACCTTCAAGGTCGGAGATTACGTCGATGTTAAAGTGAACGGTGCGATCCAT
AAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACTGGTCGTGTCTGGAACGTCACTAAA
CGCGCCGTTGGTGTCGAAGTTAACAAACAGATCGGAAACAGGATCATAAAGAAGAGGCTT
CACGTGCGTGTGGAACATGTGCAGCAGTCTAGATGTGCTGAGGAGTTCAAACTGAGAAAG
AAGAAGAACGATGAGCTCAAAGCTGCAGCCAAAGCCAGGGGAGAGACGATAAGCACCAAG
AGGCAGCCTAAAGGACCCAAACCTGGATTCATGGTTGAAGGTATGACCTTGGAGACCGTC
ACCCCAATCCCCTACGATGTCGTCAACGATCTCAAAGGAGGCTATTAGTTCTTACTTTTC
TTCCCTATTCTTGCTGTCTGTTTTTGGAACTCTGCATTTGTAACGAATTAAAATTCTTAT
ATGATTTATATGAGAAATTTTAGC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL5505Contig1 573 2 7 U
GTGGAAGACCTTGAGGAGCTAGCAAAGCAGCTAGAGACTGCTTCTCCTCTTGAAATCATG
GACAAGGCTCTTGAAAAATTCGAAAACGACATTGCAATTGCCTTTAGTGGAGCAGAAGAT
GTTGCTCTGATAGAGTATGCTCATTTAACAGGAAGACCGTACAGGGTATTCGGTTTAGAG
CTGATGGTGACCAGAAGAAGTTTGCTAAAAGCGAGTTGCAGCTAGGGAGCTTTCCGACGA
ATACTTGTGTTCCCGAAGAACTCTTCGAGACCAATCAAGTATCCATCTGAGAAGAGAGAT
GTTGATTCTTTGACATCTTTCTTGAATCTTGTTAGGTGAGAATCAGTCGACTTCACTGAT
GTGAAAGAGATGAGTTAAAAGAACCATTCAGTCTTGTTCCAGATTGCTAGAACAGATGAA
GATCATGTGATCCTCTAATGAATGTTTAATTGTGGTTAAAATGTTTGCTTTTTGTGCTTA
TATTTTTTGTTAACAAACTTCTCAGTTTTGTGCTCTGTTTGCTTATATGATTATGTAAAC
AAGTTTTCCAACATGGCTTTAATATTGGAGTGC


BQ
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AF RR1GA28JQ C 1
AF RR1GA28TF U 120
BS 1 119 RR1GA28JQ
BS 120 487 RR1GA28TF
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BS 542 573 RR1GA28JQ

RD RR1GA28JQ 573 0 0
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GACAAGGCTCTTGAAAAATTCGAAAACGACATTGCAATTGCCTTTAGTGGAGCAGAAGAT
GTTGTTCTGATAGAGTATGCTCATTTAACAGGAAGACCGTACAGGGTATTCGGTTTAGAG
CTGATGGTGACCAGAAGAAGTTTGCTAAAAGCGAGTTGCAGCTAGGGAGCTTTCCGACGA
*TACTTGTGTTCCCGAAGAACTCTTCGAGACCAATCAAGTATCCATCTGAGAAGAGAGAT
GTTGATTCTTTGACATCTTTCTTGAATCTTGTTAGGTGAGAATCAGTCGACTTCACTGAT
GTGAAAGAGATGAGTTAAAAGAACCATTCAGTCTTGTTCCAGATTGCTAGAACAGATGAA
GATCATGTGATCCTCTAATGAATGTTTAATTGTGGTTAAAATGTTTGCTTTTTGTGCTTA
TATTTTTTGTTAACAAACTTCTCAGTTTTGTGCTCTGTTTGCTTATATGATTATGTAAAC
AAGTTTTCCAACATGGCTTTAATATTGGAGTGC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1GA28TF 422 0 0
TGTTGCTCTGATAGAGTATGCTCATTTAACAGGAAGACCGTACAGGGTATTCGGTTTAGA
GCTGATGGTGACCAGAAGAAGTTTGCTAAAAGCGAGTTGCAGCTAGGGAGCTTTCCGACG
AATACTTGTGTTCCCGAAGAACTCTTCGAGACCAATCAAGTATCCATCTGAGAAGAGAGA
TGTTGATTCTTTGACATCTTTCTTGAATCTTGTTAGGTGAGAATCAGTCGACTTCACTGA
TGTGAAAGAGATGAGTTAAAAGAACCATTCAGTCTTGTTCCAGATTGCTAGAACAGATGA
AGATCATGTGATCCTCTAATGAATGTTTAATTGTGGTTAAAATGTTTGCTTTTTGTGCTT
ATATTTTT*GTTA*CAAACTTCTCAGTTTTGTGCTCTGTTTGCTTATATGATTATGTAAA
CA

QA 1 422 1 422
DS 



AS 1 2

CO CL5506Contig1 1068 2 8 U
GACAAAGACTAGAGGCTAGTGATTTCGCAACGTTGCCTGAAGCTCATGCATGCACTGCAG
GATTGAAGTCTATGACTACCTCAGCAACCTCTGATGGTATTGAAGAATGTCGCAAGCTAT
GTGGTGGACATGGCTACTTGTGGTGCAGTGGCCTTCCTGAGCTGTTTGCTGTATATGTTC
CTGCTTGCACTTATGAGGGAGACAATGTAGTGTTGCAATTACAGGTTGCTAGATTTTTGA
TGAAGACAGTTTCACAGTTGGGTTCTGGAAAGGCTCCTGCTGGAACAACTGCATATATGG
GCAGAGCAAAACATCTTTTGCAATGCCGTTCAAGCATTCGAAAAGCTGAGGATTGGCTAA
ACCCTGCTATGGTGCTGGAAGCTTTTGAAGCAAGGGCTTTGAGAATGGCTGTTTCTTGTG
CTAACAATCTAAGCAAGTTTGAGAATCAAGAACAAGGATTCTCTGAGCTATTGGCTGATC
TTGTTGAGGCCGCCATTGCACATTGCCAGTTGATTGTTGTTTCCAAGTTTATAGTCAAAC
TAGAGGGTGAGATCAAAGGAAAAGGAGTCAAGAATCAGATGAAGAATCTATGCTATATCT
ATGCACTCCATCTCATTCACAAACACCTTGGGGATTTTCTAAGCACTAACTCCATCACTT
CTGAACAAGCCTCACTCGCCAACCACCAGCTTCGGTCACTCTACTCTCAGGTTCGACCAA
ACGCAGTCGCTCTCGTGGACGCATTTGACTACACAGACCACTATCTTGGCTCGGTGCTGG
GCCGTTATGATGGAAACGTTTACCCAAAGCTGTTCGAGGAAGCACTGAAAGATCCACTCA
ATGACACAGTGGTCCCTGATGGCTACCATGAATACATCCGACCGTTGATTAAGCAGAACC
TCCGCTCAGCTAGACTCTAACTCCTGAGCCACGAGGTTATTTGGAATTCTATTTGCGGCT
GAAAGAGGCATTGGTTATTTAAGATTTTATTCACGTTTTTTTAATGTAAAATAAAGAAGT
ACCTTAACAAACGCATTCTATACTTCAGTGGTTATAATTGGACGAGAG


BQ
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AF RR1DA90TF U 1
AF RR1DA90JQ C 368
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BS 695 695 RR1DA90JQ
BS 696 710 RR1DA90TF
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BS 759 759 RR1DA90JQ
BS 760 785 RR1DA90TF
BS 786 1068 RR1DA90JQ

RD RR1DA90TF 785 0 0
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GATTGAAGTCTATGACTACCTCAGCAACCTCTGATGGTATTGAAGAATGTCGCAAGCTAT
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CTGCTTGCACTTATGAGGGAGACAATGTAGTGTTGCAATTACAGGTTGCTAGATTTTTGA
TGAAGACAGTTTCACAGTTGGGTTCTGGAAAGGCTCCTGCTGGAACAACTGCATATATGG
GCAGAGCAAAACATCTTTTGCAATGCCGTTCAAGCATTCGAAAAGCTGAGGATTGGCTAA
ACCCTGCTATGGTGCTGGAAGCTTTTGAAGCAAGGGCTTTGAGAATGGCTGTTTCTTGTG
CTAACAATCTAAGCAAGTTTGAGAATCAAGAACAAGGATTCTCTGAGCTATTGGCTGATC
TTGTTGAGGCCGCCATTGCACATTGCCAGTTGATTGTTGTTTCCAAGTTTATAGTCAAAC
TAGAGGGTGAGATCAAAGGAAAAGGAGTCAAGAATCAGATGAAGAATCTATGCTATATCT
ATGCACTCCATCTCATTCACAAACACCTTGGGGATTTTCTAAGCACTAACTCCATCACTT
CTGAACAAGCCTCACTCGCCAACCACCAGCTTCG*TCACTCTACTCTCAG*TTCGACCAA
ACGCAGTCGCTCTCGTGGACGCATTTGACTACACAGAC*ACTATCTTGGCTCGGTGCTGG
GCCGT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1DA90JQ 701 0 0
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TCTAAGCAAGTTTGAGAATCAAGAACAAGGATTCTCTGAGCTATTGGCTGATCTTGTTGA
GGCCGCCATTGCACATTGCCAGTTGATTGTTGTTTCCAAGTTTATAGTCAAACTAGAGGG
TGAGATCAAAGGAAAAGGAGTCAAGAATCAGATGAAGAATCTATGCTATATCTATGCACT
CCATCTCATTCACAAACACCTTGGGGATTTTCTAAGCACTAACTCCATCACTTCTGAACA
AGCCTCACTCGCCAACCACCAGCTTCGGTCACTCTACTCTCAGGTTCGACCAAACGCAGT
CGCTCTCGTGGACGCATTTGACTACACAGACCACTATCTTGGCTCGGTGCTGGGCCGTTA
TGATGGAAACGTTTACCCAAAGCTGTTCGAGGAAGCACTGAAAGATCCACTCAATGACAC
AGTGGTCCCTGATGGCTACCATGAATACATCCGACCGTTGATTAAGCAGAACCTCCGCTC
AGCTAGACTCTAACTCCTGAGCCACGAGGTTATTTGGAATTCTATTTGCGGCTGAAAGAG
GCATTGGTTATTTAAGATTTTATTCACGTTTTTTTAATGTAAAATAAAGAAGTACCTTAA
CAAACGCATTCTATACTTCAGTGGTTATAATTGGACGAGAG

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL5507Contig1 1095 2 2 U
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AAGGTGGGGTGGGTTCGAGACTCTGGAGAAATGGGTGACTGGTGCTTTCGCCGGTCACAC
TGCTGTTTGTCTGAAGGATGATTTGGGGAAGCTTTGGGTTGGTGAATCTGGTCATGAGAA
CGAGAAGGGTGAAGAGATCATTGTTGTGATTCCTTGGGATGAATGGTGGGCTCTCACGTT
GAAGGATAACTCAAACCCACAAGTAGCTTTGCTTCCTCTGCATCCGGATGTCCGAGGAAA
GTTCAACAACACAGCTGCGTGGGAGTATGCACGGAGCATGTTGGGGAAGCCTTACGGATA
TCACAACATGATCTTCAGCTGGATCGACACTCTTGGTGATAACTACCCGCCTCCCCTTGA
TGCTCACTTGGTTATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTCGTGTGCAGCCTGCGTATGCTGC
TAATATGTGGAACGAGGCGCTCAATAAACGTCTCGGTACTGAGGATCTTGATTTGTATGG
GATTCTTGAAGAAACCGCCAGGCGTGGGATGTCGTTTGATGAGCTGCTGACCATCCCTGA
ACAGGATGAGTGGGTTTATAGCGACGGGAAGTCAACTACATGTGTTGCTTTCATCCTTGC
AATGTATAAAGCCGCTGGTGTGTTTGGTCCTCTTGCTGATCATATTCAAGTCACTGAGTT
CACTATCCGAGATGCTTACACGCTGAGGCTGTTTGAAGATAACCAGACGAGGCTACCGAG
ATGGTGTAACACAGAGAAAGGGAAGCTTGAGTTCTGTCAGATTCTAGGTGAATACAGAAT
GGAGTTGCCTGGCTATAACACCATTGATCCTTATCCAAACATGAATGAGAATTGTCCTTC
TTTGCCTCCTGATTATGAGAGGCCTTCTAAGTGTTAGAAAAAAATAATTAATCAAACATG
TTTGTCTCTTTGTTTGTGTTCGTCTGCTTCATGTTTGTTTATTTACCGAGCTTTTACCCT
TTTAGTTATTAGGGAAATAGAGTTTTATGTGAACAAACTTTATGTGAATATATATGATGA
TGTTTTATCTTTATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EJ48TF U 1
AF RR1EJ48JQ C 347
BS 1 747 RR1EJ48TF
BS 748 1095 RR1EJ48JQ

RD RR1EJ48TF 753 0 0
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AAGGTGGGGTGGGTTCGAGACTCTGGAGAAATGGGTGACTGGTGCTTTCGCCGGTCACAC
TGCTGTTTGTCTGAAGGATGATTTGGGGAAGCTTTGGGTTGGTGAATCTGGTCATGAGAA
CGAGAAGGGTGAAGAGATCATTGTTGTGATTCCTTGGGATGAATGGTGGGCTCTCACGTT
GAAGGATAACTCAAACCCACAAGTAGCTTTGCTTCCTCTGCATCCGGATGTCCGAGGAAA
GTTCAACAACACAGCTGCGTGGGAGTATGCACGGAGCATGTTGGGGAAGCCTTACGGATA
TCACAACATGATCTTCAGCTGGATCGACACTCTTGGTGATAACTACCCGCCTCCCCTTGA
TGCTCACTTGGTTATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTCGTGTGCAGCCTGCGTATGCTGC
TAATATGTGGAACGAGGCGCTCAATAAACGTCTCGGTACTGAGGATCTTGATTTGTATGG
GATTCTTGAAGAAACCGCCAGGCGTGGGATGTCGTTTGATGAGCTGCTGACCATCCCTGA
ACAGGATGAGTGGGTTTATAGCGACGGGAAGTCAACTACATGTGTTGCTTTCATCCTTGC
AATGTATAAAGCCGCTGGTGTGTTTGGTCCTCTTGCTGATCATATTCAAGTCACTGAGTT
CACTATCCGAGATGCTTACACGCTGAG
CTGTTT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1EJ48JQ 749 0 0
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CCGCCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTTATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTCGTGTGCAG
CCTGCGTATGCTGCTAATATGTGGAACGAGGCGCTCAATAAACGTCTCGGTACTGAGGAT
CTTGATTTGTATGGGATTCTTGAAGAAACCGCCAGGCGTGGGATGTCGTTTGATGAGCTG
CTGACCATCCCTGAACAGGATGAGTGGGTTTATAGCGACGGGAAGTCAACTACATGTGTT
GCTTTCATCCTTGCAATGTATAAAGCCGCTGGTGTGTTTGGTCCTCTTGCTGATCATATT
CAAGTCACTGAGTTCACTATCCGAGATGCTTACACGCTGAGGCTGTTTGAAGATAACCAG
ACGAGGCTACCGAGATGGTGTAACACAGAGAAAGGGAAGCTTGAGTTCTGTCAGATTCTA
GGTGAATACAGAATGGAGTTGCCTGGCTATAACACCATTGATCCTTATCCAAACATGAAT
GAGAATTGTCCTTCTTTGCCTCCTGATTATGAGAGGCCTTCTAAGTGTTAGAAAAAAATA
ATTAATCAAACATGTTTGTCTCTTTGTTTGTGTTCGTCTGCTTCATGTTTGTTTATTTAC
CGAGCTTTTACCCTTTTAGTTATTAGGGAAATAGAGTTTTATGTGAACAAACTTTATGTG
AATATATATGATGATGTTTTATCTTTATC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL5508Contig1 989 2 4 U
GGAAGAAACTGTCTAAACAACTCAAGTTTGACGTTTTTGACAGAGTTGAAAAAAAATACA
TTTTCCAAGATATACTATTTGGGTATTGGATTTGTAGGAAATGCCGATCCTATCCACCTT
TAATTCTTATAGTTTTGATTACACTTTTTTCGTTGTAGTTAGTTCTTAGATTTTCCATAA
AGTTTCTCTCTCATTCTCTTTTAGAGAGAGATTTCTCTCTCGATTCCTCTTCTTCTTTTT
AGAGGTTTGAGATAATTTTGAGGGTGTTAGAGATTGGTGGGTTCTTTTTCTGATTTCGGG
AGTGAGAAATTATCATAGCTCTCGTCGCTGGCTATGATTTCGGGGGTGGAGACTCCAAAA
TTCCACGCCGCCGGCTTTAAAAAGAAAGAGCCATCATCTTATCTTTGAAGGCGGTGGCGG
ATGGCTTTTTGGAAGGTGGTTTTGGTTGGAATCGGTGTTGGTGTATCGGATGAGATCTCG
TAGTAGTACGGGTGAAGCTCTCCGATGGATGGTGGTGTTGACGCAGCTGAAGCTTCTTCT
CTCTCTGTGTTTGTGATTTAGAGCGTGGGATGAGATCTCGAACAGTCGATGGAAGCTCTT
TTTTGCTCTGATCGAAGAAGGTGAAAGCGTGCGTCTTGAAGTGGTTGGTGATTGTGAGCC
GGTTTCCCGACGGTGTTTCTCCGGCGGTTATTTTCGGCGCTCTCACCGGGGAAGAATGGG
GAAGATTGGTGGGACACGTGTCCTCTCGTTTGGCTGAGGGATCTACACGTGTTCCGGTTT
CGTGTGGAAAACAGACGGTTTTGGTCGGTCTTAGACTTAGACGCGTGGCGTTGTTTTGCC
GCGTGGGTTTCGGTTTGGGCTTCAAGCCCATTTTAGTGTGCCCTTTATGTCGGGTTAATG
TTGTAATCGGGCTTTTAGGGTCTTGTTCTTTTCGGTTTGGGCTTGGTCCGGTTGGGCCAA
GTTCCTTTAATAAAATATAATACTAGAGG


BQ
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AF RR1EL53TF U 1
AF RR1EL53JQ C 426
BS 1 618 RR1EL53TF
BS 619 619 RR1EL53JQ
BS 620 664 RR1EL53TF
BS 665 989 RR1EL53JQ

RD RR1EL53TF 667 0 0
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TTTTCCAAGATATACTATTTGGGTATTGGATTTGTAGGAAATGCCGATCCTATCCACCTT
TAATTCTTATAGTTTTGATTACACTTTTTTCGTTGTAGTTAGTTCTTAGATTTTCCATAA
AGTTTCTCTCTCATTCTCTTTTAGAGAGAGATTTCTCTCTCGATTCCTCTTCTTCTTTTT
AGAGGTTTGAGATAATTTTGAGGGTGTTAGAGATTGGTGGGTTCTTTTTCTGATTTCGGG
AGTGAGAAATTATCATAGCTCTCGTCGCTGGCTATGATTTCGGGGGTGGAGACTCCAAAA
TTCCACGCCGCCGGCTTTAAAAAGAAAGAGCCATCATCTTATCTTTGAAGGCGGTGGCGG
ATGGCTTTTTGGAAGGTGGTTTTGGTTGGAATCGGTGTTGGTGTATCGGATGAGATCTCG
TAGTAGTACGGGTGAAGCTCTCCGATGGATGGTGGTGTTGACGCAGCTGAAGCTTCTTCT
CTCTCTGTGTTTGTGATTTAGAGCGTGGGATGAGATCTCGAACAGTCGATGGAAGCTCTT
TTTTGCTCTGATCGAAGA*GGTGAAAGCGTGCGTCTTGAAGTGGTTGGTGATTGTGAGCC
GGTT
CCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1EL53JQ 564 0 0
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GTACGGGTGAAGCTCTCCGATGGATGGTGGTGTTGACGCAGCTGAAGCTTCTTCTCTCTC
TGTGTTTGTGATTTAGAGCGTGGGATGAGATCTCGAACAGTCGATGGAAGCTCTTTTTTG
CTCTGATCGAAGAAGGTGAAAGCGTGCGTCTTGAAGTGGTTGGTGATTGTGAGCCGGTTT
CCCGACGGTGTTTCTCCGGCGGTTATTTTCGGCGCTCTCACCGGGGAAGAATGGGGAAGA
TTGGTGGGACACGTGTCCTCTCGTTTGGCTGAGGGATCTACACGTGTTCCGGTTTCGTGT
GGAAAACAGACGGTTTTGGTCGGTCTTAGACTTAGACGCGTGGCGTTGTTTTGCCGCGTG
GGTTTCGGTTTGGGCTTCAAGCCCATTTTAGTGTGCCCTTTATGTCGGGTTAATGTTGTA
ATCGGGCTTTTAGGGTCTTGTTCTTTTCGGTTTGGGCTTGGTCCGGTTGGGCCAAGTTCC
TTTAATAAAATATAATACTAGAGG

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

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ACACCGAAGGTGGCGAAGCAAGATAAGAAGAAGAAACCCAGAGGCCGTGCTCACAAGCGT
CTCCAGCACAATCGCCGTTTCGTTGCCGCCGTTGCTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCC
AACTCTTCTGAGAAGTAGAGAAGATTTGATAGATATGCCTGTAAAAGCCGTCTCATATGG
CTAGTTTTTGTAACCTTTTGAATTTCCTTTACGTTTGTATTAGTCAATTCCTTTGGTACT
TTATGTCTTCTGATTCCATTCTATGAAATACGATTTTAGTTTCG


BQ
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AF RR1C589JQ C 1
AF RR1C589TF U 1
BS 1 404 RR1C589TF

RD RR1C589JQ 404 0 0
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AACTCTTCTGAGAAGTAGAGAAGATTTGATAGATATGCCTGTAAAAGCCGTCTCATATGG
CTAGTTTTTGTAACCTTTTGAATTTCCTTTACGTTTGTATTAGTCAATTCCTTTGGTACT
TTATGTCTTCTGATTCCATTCTATGAAATACGATTTTAGTTTCG

QA 1 404 1 404
DS 

RD RR1C589TF 404 0 0
GGGAGATTACACAGGAGTTTCAGCTTATTTGCAGCCGTCAGAAGAAACAGCAGAGAAAGC
TAATCAGCCATGGGAAAAGTACACGGATCTTTGGCACGTGTCGGTAAAGTAAGAGGACAG
ACACCGAAGGTGGCGAAGCAAGATAAGAAGAAGAAACCCAGAGGCCGTGCTCACAAGCGT
CTCCAGCACAATCGCCGTTTCGTTGCCGCCGTTGCTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCC
AACTCTTCTGAGAAGTAGAGAAGATTTGATAGATATGCCTGTAAAAGCCGTCTCATATGG
CTAGTTTTTGTAACCTTTTGAATTTCCTTTACGTTTGTATTAGTCAATTCCTTTGGTACT
TTATGTCTTCTGATTCCATTCTATGAAATACGATTTTAGTTTCG

QA 1 404 1 404
DS 



AS 1 2

CO CL5510Contig1 1071 2 14 U
GGAAGCTAAAACTAAAAACAAAGAAGCAAAGAGAGAGAGAAAAAAATCCCGTCTCTCCTT
TTTTTTCTCCTACCATAAACTGAATATCAACTCTCCTTTTTTTTGGTCTACAACATATAA
TTTGTAAGCCAATCATTTTCTCTTCAAGCCCGATGGATTCGCCTAGTACCCAAAAGGCTA
AACCGAGAAAGATGAAGGCTGTTGTGAAGAAGTCTCGAGTCCAAAAACTATTGGATTTGT
TTTACCGAGTGGTCGAGATAACTGTAGTTATGGTTACAGTGGCCAAGCTCTGTTACCAAC
TAGTCACCATGTTCGAGGACTCTGGTCTCACACGTTTTCTCATCAACCGTCACCTTGCTT
TCCTCTTGGGGAACGCGATAGTCATCGCTGTAGTCGCCAAGTGCGGTCTTTTTGCGAATC
AAGAACCACACGCACGGAGAAACAGCAATGATTTTTACGACGAGTTTGTTCGGGAGAGCT
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AAGACATATCAAAACAGAGCATGTTGGAAAAGAACAGGGCAAAACAGAGTACTGAAGATA
ACAGAGAGAAACAGAGTACTGAGAAGAAGGACATAAGTGTAAAGAGACACAAACAAGTCG
TCACCCAAAAACAGGAAAGCCCGAGGAAGAGTTACGAAAGGAGTGGGTGTGAGAAGCTCG
AGGGCTCGAAGAAGAGTTCTTGTTGTGGAAGATTGAAGAGATCGGAGACTGAGAGACCTG
CTGAGGTTTCTGATGAGGAACTCAGGTACAAGATCGAGTCTTTCATTGCGAGACAGAGGA
GGAACCAAAAGGATGAAGAGTTTTGTATTGTTTAGATAAGTACTAAAAAAAAGCAAGGAG
AAAAAAAAGAAGAAGAAAAACTTTTTTGTTTATGCAACAAATATCATTCACATATGTGTG
TTTGTAAATATAAGGGTGAAAATATTTGAAAGCCCCAGCATAAAATGTTGTTTTAGCTTT
TCTCTTTCTTTTTTTCCTTTGTAAAATTTTGTTCCATCTTATAAGCTATAT


BQ
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AF RR1H627TF U 1
AF RR1H627JQ C 352
BS 1 670 RR1H627TF
BS 671 671 RR1H627JQ
BS 672 685 RR1H627TF
BS 686 686 RR1H627JQ
BS 687 692 RR1H627TF
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BS 694 732 RR1H627TF
BS 733 733 RR1H627JQ
BS 734 737 RR1H627TF
BS 738 738 RR1H627JQ
BS 739 756 RR1H627TF
BS 757 757 RR1H627JQ
BS 758 777 RR1H627TF
BS 778 1071 RR1H627JQ

RD RR1H627TF 793 0 0
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TTTTTTCTCCTACCATAAACTGAATATCAACTCTCCTTTTTTTTGGTCTACAACATATAA
TTTGTAAGCCAATCATTTTCTCTTCAAGCCCGATGGATTCGCCTAGTACCCAAAAGGCTA
AACCGAGAAAGATGAAGGCTGTTGTGAAGAAGTCTCGAGTCCAAAAACTATTGGATTTGT
TTTACCGAGTGGTCGAGATAACTGTAGTTATGGTTACAGTGGCCAAGCTCTGTTACCAAC
TAGTCACCATGTTCGAGGACTCTGGTCTCACACGTTTTCTCATCAACCGTCACCTTGCTT
TCCTCTTGGGGAACGCGATAGTCATCGCTGTAGTCGCCAAGTGCGGTCTTTTTGCGAATC
AAGAACCACACGCACGGAGAAACAGCAATGATTTTTACGACGAGTTTGTTCGGGAGAGCT
CGAGAAGAGAGCAGAGTTTACATGCAGATGTGACATTCAGAAAAAAAAAGAGCAGCGAAG
AAGACATATCAAAACAGAGCATGTTGGAAAAGAACAGGGCAAAACAGAGTACTGAAGATA
ACAGAGAGAAACAGAGTACTGAGAAGAAGGACATAAGTGTAAAGAGACACAAACAAGTCG
TCACCCAAAA*CAGGAAAGCCCGAG*AAGAGT*ACGAAAGGAGTGGGTGTGAGAAGCTCG
AGGGCTCGAAGA*GAGT*CTTGTTGTGGAAGATTGA*GAGATCGGAGACTGAGAGAC
TGCTGAGTTTTGATGA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1H627JQ 720 0 0
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TTGCGAATCAAGAACCACACGCACGGAGAAACAGCAATGATTTTTACGACGAGTTTGTTC
GGGAGAGCTCGAGAAGAGAGCAGAGTTTACATGCAGATGTGACATTCAGAAAAAAAAAGA
GCAGCGAAGAAGACATATCAAAACAGAGCATGTTGGAAAAGAACAGGGCAAAACAGAGTA
CTGAAGATAACAGAGAGAAACAGAGTACTGAGAAGAAGGACATAAGTGTAAAGAGACACA
AACAAGTCGTCACCCAAAAACAGGAAAGCCCGAGGAAGAGTTACGAAAGGAGTGGGTGTG
AGAAGCTCGAGGGCTCGAAGAAGAGTTCTTGTTGTGGAAGATTGAAGAGATCGGAGACTG
AGAGACCTGCTGAGGTTTCTGATGAGGAACTCAGGTACAAGATCGAGTCTTTCATTGCGA
GACAGAGGAGGAACCAAAAGGATGAAGAGTTTTGTATTGTTTAGATAAGTACTAAAAAAA
AGCAAGGAGAAAAAAAAGAAGAAGAAAAACTTTTTTGTTTATGCAACAAATATCATTCAC
ATATGTGTGTTTGTAAATATAAGGGTGAAAATATTTGAAAGCCCCAGCATAAAATGTTGT
TTTAGCTTTTCTCTTTCTTTTTTTCCTTTGTAAAATTTTGTTCCATCTTATAAGCTATAT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL5511Contig1 1115 2 12 U
GGAACGGAGCTGAGAACGGTATTATTATATCGTCTTCTTCTTCCTCGTCGTCGTCGTCTC
TCAAGTAATCTCCTCTCCTATCATCATCTGAATAGTAGCCACGATCGGCAGGAGATTCTT
CTTCGTGTTTCATCTCAACCGCCCAATCAAACCCTCCTAAACCTTCACGGCTGCTCGCAA
ACTTCTTCATCTGACCTAATGACGGCACCGCCGCGGATGAAACCACCGTAACCGGATGTT
CAGTGGCCGCGGCGGGATGTGACTTTCTCGATGAGTTACCACCACCTCCAGCAGCCGACG
ACGACGAGAACGAGAAGAGACGTTTGATCATCGAGACACCTCGACCTTTTTCATCTCCTT
TTGTTAGAGAAGACGACGACGTTTTGTTGGGGATCTTGGGAATCGCGGGTCTGTTTTTCT
TAGGGGAGGAGGAGGAGCGTTTTGACTTGACGCGCTTAATCTGCCCGATGCATGAGACTT
TAGGCGAAGTGGGCTCGCTCCAGACGGCGTCGCTTTTGTTTCTCCGGACACGAGCTGCTT
TAGGAACCAAAGGGACCATGGGACCGGAGAAAAACGCTTTGTTTGAAGACGTCGTGTTGT
GGTGGTGGTGGAGATCTCTTCCGGGACTAAACGGGGGTACGCGATGTCCGAACGACATAG
CTTTGGGAAGCATCTTCAAGAGCTTGTTCTTGTTCTTTGGTTTCGAAGTTGAGGTTTGGT
GTTTAGTGTCCATTGATTGATTCTCAGCAAAAAAAAATTGAAGATAAGAGCAGAGGAACT
CTGTTTTTTTTTTTTGGTATTGTGTCATATGAGATGTGGGAGAAAGGAAAGAGAGAGGAA
CACAAGTTTGAAAAAGTCAACGATGATGCCTGTATTGGAGGAGTTTTGGTCAAATCATTT
GAGCTAAAAGGAAAGAAACACCTTTGTGTTTTATACGGCCGACTTTTATAAATATCAAAT
GTTTAATGCATGTTGTTTGTTACTACTAGCTAGAAGGCAAATTAAACTTATTTTTATATT
TGTTAGTGACTGATTAGAGTTAAATGCGGGCCTTAATAATCCAAAAATCAAAAATAGTGT
TACTTTGGAAGCGGTGGTGATTAGTTTGGACTCAC


BQ
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AF RR1ES40TF U 1
AF RR1ES40JQ C 363
BS 1 713 RR1ES40TF
BS 714 714 RR1ES40JQ
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BS 779 790 RR1ES40TF
BS 791 1115 RR1ES40JQ

RD RR1ES40TF 790 0 0
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TCAAGTAATCTCCTCTCCTATCATCATCTGAATAGTAGCCACGATCGGCAGGAGATTCTT
CTTCGTGTTTCATCTCAACCGCCCAATCAAACCCTCCTAAACCTTCACGGCTGCTCGCAA
ACTTCTTCATCTGACCTAATGACGGCACCGCCGCGGATGAAACCACCGTAACCGGATGTT
CAGTGGCCGCGGCGGGATGTGACTTTCTCGATGAGTTACCACCACCTCCAGCAGCCGACG
ACGACGAGAACGAGAAGAGACGTTTGATCATCGAGACACCTCGACCTTTTTCATCTCCTT
TTGTTAGAGAAGACGACGACGTTTTGTTGGGGATCTTGGGAATCGCGGGTCTGTTTTTCT
TAGGGGAGGAGGAGGAGCGTTTTGACTTGACGCGCTTAATCTGCCCGATGCATGAGACTT
TAGGCGAAGTGGGCTCGCTCCAGACGGCGTCGCTTTTGTTTCTCCGGACACGAGCTGCTT
TAGGAACCAAAGGGACCATGGGACCGGAGAAAAACGCTTTGTTTGAAGACGTCGTGTTGT
GGTGGTGGTGGAGATCTCTTCCGGGACTAAACGGGGGTACGCGATGTCCGAACGACATAG
CTTTGGGAAGCATCTTCAAGAGCTTGTTCTTGTTCTTTGGTTTCGAAGTTGAG*TTTGGT
GTTTAGTGTCCATTGATTGAT*CTCAGCAAAAAAA**TTGAAGATA*GAGCAGAGGA*CT
CTGTTTTTTT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1ES40JQ 753 0 0
GTTAGAGAAGACGACGACGTTTTGTTGGGGATCTTGGGAATCGCGGGTCTGTTTTTCTTA
GGGGAGGAGGAGGAGCGTTTTGACTTGACGCGCTTAATCTGCCCGATGCATGAGACTTTA
GGCGAAGTGGGCTCGCTCCAGACGGCGTCGCTTTTGTTTCTCCGGACACGAGCTGCTTTA
GGAACCAAAGGGACCATGGGACCGGAGAAAAACGCTTTGTTTGAAGACGTCGTGTTGTGG
TGGTGGTGGAGATTTCTTCCGGGACTAAACGGGGGTACGCGATGTCCGAACGACATAGCT
TTGGGAAGCATCTTCAAGAGCTTGTTCTTGTTCTTTGGTTTCGAAGTTGAGGTTTGGTGT
TTAGTGTCCATTGATTGATTCTCAGCAAAAAAAAATTGAAGATAAGAGCAGAGGAACTCT
GTTTTTTTTTTTTGGTATTGTGTCATATGAGATGTGGGAGAAAGGAAAGAGAGAGGAACA
CAAGTTTGAAAAAGTCAACGATGATGCCTGTATTGGAGGAGTTTTGGTCAAATCATTTGA
GCTAAAAGGAAAGAAACACCTTTGTGTTTTATACGGCCGACTTTTATAAATATCAAATGT
TTAATGCATGTTGTTTGTTACTACTAGCTAGAAGGCAAATTAAACTTATTTTTATATTTG
TTAGTGACTGATTAGAGTTAAATGCGGGCCTTAATAATCCAAAAATCAAAAATAGTGTTA
CTTTGGAAGCGGTGGTGATTAGTTTGGACTCAC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL5512Contig1 1081 2 2 U
GGACTCTTGAGCCGCCTTAGTTCGTTCGTGTAAAGATGAGTTCTGCAGATCTGAAGAGAA
AGCCGAAGAAGAAAAACCCTAAACCCGTTCAAATAAACCCTAATTGGTCTCTCCTCCAAC
AAAAGCTGGAATCTGATTCGAATAACTCGGGCAATCGAAAATCTTCAAACAATGAGGACT
CAGATGATCCCAGGTCCATATTAGGGAAGCGGAAAGAGAGACCTGATTCGGAGGTGGATG
TTCTTAAGGTTAATCCCTTAGCTCCGGTTAACGACGATTGCAGTTTGACAGATGAAGTGG
CTATGGACTGTGAAATGGTTGGTGTCAGTCAAGGAACCAAAAGCGCCCTCGGACGTGTTA
CCCTGATAAACAAATGGGGAAATGTTCTATACGATGAGTTTGTCCGTCCAGTGGAACGTG
TTGTTGACTTTCGAACGCATATTAGTGGGATTCGACCTAGAGACTTAAGAAAGGCCAAAG
ATTTCCGAGTGGCTCAGACCAAAGTGGCGGAGTTGATCAAGGGAAAGATTCTCGTGGGAC
ATGCCTTGCATAACGATCTCAAGGTTTTACTGTTAACTCACCCGAAAAAAGACATAAGGG
ACACAGCAGAGTATCAGCCCTTTCTCAAGGACAAAACAAGAAAGTTTCTGAAACATCTAG
CATCTGAGTTCCTAGGGGCCGACATTCAAAACGGAGAGCACTGTCCTATTGATGACGCAC
GAGCTGCAATGCTGCTTTACCAGAAGAACAGAAGATAGTGGGAGAGAAACGTGAAGGACC
AGACACGGATGAGGCTGAAACAAAAGAAGCGTAAACCTAAGAAGAAAGTAAAAGTATATC
ATGTTTGAATCAATCATCAATCAAGCTAAAGCAAACACAATAGCTGAAAAGTTTTGTTCG
TTTCTTCCATTTTTGATGTGGGATTTGAATTACCCTTTACTTCTTAGCATCAGGTTCCCA
CAATGTATCATCTTGTTGTATACAAGTTCATCACGACGTTATACCATATTAGCTCCTGTA
TTATCAAAATACTCTTTTCCCATGTGGAGTTATTTTTATTTTACTCGGTTCGGTTTTGCC
C


BQ
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10 

AF RR1GL51TF U 1
AF RR1GL51JQ C 367
BS 1 625 RR1GL51TF
BS 626 1081 RR1GL51JQ

RD RR1GL51TF 625 0 0
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AGCCGAAGAAGAAAAACCCTAAACCCGTTCAAATAAACCCTAATTGGTCTCTCCTCCAAC
AAAAGCTGGAATCTGATTCGAATAACTCGGGCAATCGAAAATCTTCAAACAATGAGGACT
CAGATGATCCCAGGTCCATATTAGGGAAGCGGAAAGAGAGACCTGATTCGGAGGTGGATG
TTCTTAAGGTTAATCCCTTAGCTCCGGTTAACGACGATTGCAGTTTGACAGATGAAGTGG
CTATGGACTGTGAAATGGTTGGTGTCAGTCAAGGAACCAAAAGCGCCCTCGGACGTGTTA
CCCTGATAAACAAATGGGGAAATGTTCTATACGATGAGTTTGTCCGTCCAGTGGAACGTG
TTGTTGACTTTCGAACGCATATTAGTGGGATTCGACCTAGAGACTTAAGAAAGGCCAAAG
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ATGCCTTGCATAACGATCTCAAGGTTTTACTGTTAACTCACCCGAAAAAAGACATAAGGG
ACACAGCAGAGTATCAGCCCTTTCT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1GL51JQ 715 0 0
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ACTTTCGAACGCATATTAGTGGGATTCGACCTAGAGACTTAAGAAAGGCCAAAGATTTCC
GAGTGGCTCAGACCAAAGTGGCGGAGTTGATCAAGGGAAAGATTCTCGTGGGACATGCCT
TGCATAACGATCTCAAGGTTTTACTGTTAACTCACCCGAAAAAAGACATAAGGGACACAG
CAGAGTATCAGCCCTTTCTCAAGGACAAAACAAGAAAGTTTCTGAAACATCTAGCATCTG
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CAATGCTGCTTTACCAGAAGAACAGAAGATAGTGGGAGAGAAACGTGAAGGACCAGACAC
GGATGAGGCTGAAACAAAAGAAGCGTAAACCTAAGAAGAAAGTAAAAGTATATCATGTTT
GAATCAATCATCAATCAAGCTAAAGCAAACACAATAGCTGAAAAGTTTTGTTCGTTTCTT
CCATTTTTGATGTGGGATTTGAATTACCCTTTACTTCTTAGCATCAGGTTCCCACAATGT
ATCATCTTGTTGTATACAAGTTCATCACGACGTTATACCATATTAGCTCCTGTATTATCA
AAATACTCTTTTCCCATGTGGAGTTATTTTTATTTTACTCGGTTCGGTTTTGCCC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

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TAAATTTTCTGATCTCTCTGTTTCCCGAAGAGACGCGATCAATCTCAAACCCTAGCGATT
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GGTGGAGAGGATGTGATCGAACAGAACAAGGCTTGTTGTAACGACAAGAAGACTTGCGCC
GATTGTGGTACAAGCAAAACTCCTCTCTGGCGTGGCGGTCCCGCCGGTCCAAAGGTCAGA
GAACCAATAATAAACCCTAACCGAGTTGGATCTGATCCGATCTGATCTGATGTTTGGTTC
TTTTCTTCTTGTGTAGTCGCTTTGTAACGCGTGTGGGATCAGAAACAGGAAGAAAAGAAG
AGGAGGAGGGGAAGACAAGAAGCAGCCGAAGAAACCAAACTCCTGCGGCGGCGGCGGCGG
CGGCGATCTGAAAAGAAACCCTAAATTTGGTGAATCACTTAGGATGATGGATTTGGGGAT
GACGAAACGATCGACGGTGGAGAAGCAGCTGCGGAAGCTCGGGGAGGAAGAGCAAGCGGC
GGTGCTTCTCATGGCTCTCTCTTATGGTTCAGTTTACGCTTAGGTGGTTTTGAGAGCAGT
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GAAATTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB54TF U 1
AF RR1HB54JQ C 59
BS 1 453 RR1HB54TF
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BS 455 468 RR1HB54TF
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RD RR1HB54TF 468 0 0
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TAAATTTTCTGATCTCTCTGTTTCCCGAAGAGACGCGATCAATCTCAAACCCTAGCGATT
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GGTGGAGAGGATGTGATCGAACAGAACAAGGCTTGTTGTAACGACAAGAAGACTTGCGCC
GATTGTGGTACAAGCAAAACTCCTCTCTGGCGTGGCGGTCCCGCCGGTCCAAAGGTCAGA
GAACCAATAATAAACCCTAACCGAGTTGGATCTGATCCGATCTGATCTGATGTTTGGTTC
TTTTCTTCTTGTGTAGTCGCTTTGTAACGCGTGTGGGATCAGAAACAGGAAGAAAAGAAG
AGGAGGAGGGGAAGACAAGAAGCAGCCGAAGAA*CCAAACTCCTGCGG

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR1HB54JQ 669 0 0
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TTCTGATCATAGGAAGTGGAGAAATGCTAGATCACAGCGAGAAGGATTCGGAGAGAAGAA
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CCGATTGTGGTACAAGCAAAACTCCTCTCTGGCGTGGCGGTCCCGCCGGTCCAAAGGTCA
GAGAACCAATAATAAACCCTAACCGAGTTGGATCTGATCCGATCTGATCTGATGTTTGGT
TCTTTTCTTCTTGTGTAGTCGCTTTGTAACGCGTGTGGGATCAGAAACAGGAAGAAAAGA
AGAGGAGGAGGGGAAGACAAGAAGCAGCCGAAGAAACCAAACTCCTGCGGCGGCGGCGGC
GGCGGCGATCTGAAAAGAAACCCTAAATTTGGTGAATCACTTAGGATGATGGATTTGGGG
ATGACGAAACGATCGACGGTGGAGAAGCAGCTGCGGAAGCTCGGGGAGGAAGAGCAAGCG
GCGGTGCTTCTCATGGCTCTCTCTTATGGTTCAGTTTACGCTTAGGTGGTTTTGAGAGCA
GTTATGATTGATGATAACTAACAAAAAGAATGTTGTAATCTTTCATCTCTTTTTTTTTGT
CGGAAATTG

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL5514Contig1 1343 2 2 U
GGATATCTACATTACTCGAAACCCTAATCCCCAATTCCTCTTCCAATATTTCAATCACAA
TCATCTGAGAAAAAAAATCAAATTACGAAAAAACTTCCTCATCCAAACATTCCGAAAGTT
ATTAAAGTGGACTGAGTTATCATGAGATTCAGAAAAGGAAGTAGAGTTGAGGTATTTAGC
AGCAAAGAGGCACCTTACGGTGCGTGGCGATGTGCTGAGATTATTTCTGGTAATGGGCAT
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CTGGTGGAAGTTCTTGATGATTTCTCCTGGAAAGCTGCCACTGTTCGAGAAGAGCTATCC
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AACGTCAGGGTTCGACAGTCGTGGCAAGATGAGAAATGGGTTGCAATTGGAAAGGTATTA
GGTTCTGGGAAGTCATCAACACTCACTGGATCAGACCTACAAGGGAAGAAGCTACAGCCC
CAAATGAAAAGCATACTTCTCCGCGAGCCAAGTGTTGTCTCTCCTAGAGTATTAAAGAGG
CCGTTACCTCACAACTTGACTGAATGTGCTGAATCATACACAGGAAACCCTAAGAAGATA
CGATCACTGGAAGAAGCTAATCCCCAAACGGTCAGGTTAAGACCAAAAGGTTATAGTGAA
AGTGTTCCTGTGGGAAGCTTCTTAGTCGCTGATGATTGTTACGATAGCGATGGATGCTCA
GTTGGTAGTTGTAGCGCCACTAGTTATGATGGGAGTAACATGCGACCTTGTATGCCAGAT
GGCTCTAGACAGCAGCAGGCAGGATCATGTAGCAGCGATGCTGAATCTTATTGCGGTGTT
GAGGAAGAAGCAAGGCGAAAGCATTCATTGGTGGGGGATGGAGCAAGAAGTTCATGTAGG
TCTGAACTATATACTTACCGCAGTACTTTGGGGGACTTGTTCGCTTCTGGTCCGCTAAGT
TGGGAACAAGAAACGTCATTAACTGATCTCCGTCTTTCGCTTAATATATCAGATGATGAA
CATTTGATGGAGGTAAGAAATTTGATATCTGCTGGTACACGCAGTCAATTTTGCTAGTAT
CAATCAGAATTTATTCTTTTTTTCTTTTTGTCCCTGAAATGTGGAATCAATTGTCATATA
TTGTTCTTTTCCATAGTGTATAGACAGCAGAATATAAGTGTGTACTGAAACTCTGATTAG
AATGAAAAGTTCTGAGGTTCATC


BQ
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CAATTGTCATATATTGTTCTTTTCCATAGTGTATAGACAGCAGAATATAAGTGTGTACTG
AAACTCTGATTAGAATGAAAAGTTCTGAGGTTCATC

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CGTCATCTGGATCAGATCAGACCTAGACACTGCTGTACAAGAGGGACTGGTGTTGACAAA
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TATTTGATTGGCTTGTTCCCATCTGGGCGTTTAAAAAGATGGAAGGTATAGTTAGAAGAG
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BQ
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AF RR1CK40TF U 1
AF RR1CK40JQ C 380
BS 1 400 RR1CK40TF
BS 401 401 RR1CK40JQ
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BS 697 1196 RR1CK40JQ

RD RR1CK40TF 698 0 0
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GATTATAACCGTGAAATGAGATTTGTCACTGCTTATGAGATGAATCTGCCAGCTTCTACA
ATGAGGTCTAGACTGGGTCTACAATGCCGCCACCGCCTATCAATGTGAGGAATACAACGG
ATTGGAGTAGTCGCCCTGCGGACTTGCAGTAGCACCCAAAACCGACAACAACGCCTGGAA
GAACACCGACCAGTGGAACACCTTCTGGAAGGACCCCTGCTCTGAAGAAGCCAAAGGCAA
ACGAACCGAATAAAAGAGATATGACGTATGAAGAGAAGCAGAAGCTTAGTGGCCACTTAC
AGAATTTGCCTCCAGACAAATTAGATGCGATTGTACAAATTGTTAACAGGAGGAACACCG
CTGTGAAGCTAAGGGATGAAGAAATTGAAGTCGATATTGATAGTGTTGATCCGGAGACGC
TGTGGGAGTTGGACAGATTTGTAATAAACTACAAAAAGGGATTGAGCAAGAAAAAGAGAA
AAGCTGAGCTGGCTATGCAAGCTAGAGCAGAAGCCGAGAGGAATGGCCAACAACAGATGG
CTCCAGCACCAGTGGCACGTGAGTTTTCTAGGGAGGGTGGCAACACATCTAAAAAGACAC
TCCCTACACCGTTACCTTCTCAAGTGGAGAAGCAAA
CA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1CK40JQ 817 0 0
ATTAGATGCGATTGTACAAATG**TAACAGG*GGAACACCGCTGTGAAGCTAAGGGATGA
AGAAATTGAAGTCGATATTGATAGTGTTGATCCGGAGACGCTGTGGGAGTTGGACAGATT
TGTAATAAACTACAAAAAGGGATTGAGCAAGAAAAAGAGAAAAGCTGAGCTGGCTATGCA
AGCTAGAGCAGAAGCCGAGAGGAATGGCCAACAACAGATGGCTCCAGCACCAGTGGCACG
TGAGTTTTCTAGGGAGGGTGGCAACACATCTAAAAAGACACTCCCTACACCGTTACCTTC
TCAAGTGGAGAAGCAAAACAATGAGGCAAGTCGATCAAGTAGTTCGAGCAGCTCTTCCAG
TGGTTCCAGCTCTTCTAGTGATTCAGACAGCGATAGCTCTTCGTCATCTGGATCAGATCA
GACCTAGACACTGCTGTACAAGAGGGACTGGTGTTGACAAATATGTAAGATTTCAACGGC
ATCTTACTTGGCTCTGTTTTGGCATGGTTGTAATACATTTGTATTTGATTGGCTTGTTCC
CATCTGGGCGTTTAAAAAGATGGAAGGTATAGTTAGAAGAGCATTTGGGAGGTTGAAGAT
GAGGTGACGTACAGGCTTGAGGCAGAAGTATTGCAACGTGGTTTTGTGGAAGGAAAGATT
GTATTATATTCACGACTGTTAAGAGTAAAAAGTAATATATTCTTTTTTTTCTTTTAGAGT
TGGTTTTGATTATGTGGTTGGGGTGTCTACTTTTAGATGTAACCGTAGGGTTGGTTTGGT
CTGTTTTGATACTTTTGTATATCTCTGCCTCTCCCTC

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL5516Contig1 1169 2 4 U
GACGATTTGGGGGTTTGTAGAAGAAGATGACAAGTGTCAAGAGGAAACTAGACGATGAAC
TGTCGTCTCCTTGGTTCTACACCGTTTGCACCATGGGAGGAATGCTCAGTGCCGGAACAA
CACATCTTGCTATCACTCCTCTTGATGTCCTCAAAGTCAACATGCAGGTGAATCCTGTGA
AGTACAATAGCATTCCCTCAGGTTTCTCCACTCTCTTAAGAGAACATGGCCGTTCCTATC
TCTGGAGAGGTTGGTCAGGGAAGCTCTTAGGCTATGGTGTTCAAGGCGGATGCAGATTCG
GTCTCTACGAGTACTTCAAGACACTCTACACCAATGTCTTGCCTAACAACAACAGAACTT
CCATTTATTTTCTCAGCAGCGCTTCCGCTCAGATATTCGCAGATATGGCCTTGTGTCCTT
TCGAAGCCATTAAAGTTAGAGTTCAGACGCAGCCCATGTTTGCAAAAGGGTTGCTTGATG
GGTTTCCACGAGTATATAGAAACGAAGGTCTTGCTGGCTTCCACAGGGGGCTTTTCCCGC
TCTGGTGTCGCAATCTTCCATTTTCTATGGTGATGTTCTCAACGTTTGAGCAGTCGGTGG
AGTTTATATATCGGAACATCATCCAGAAAAGGAAGCAAGATTGCTCTAAAGCTCAGCAAC
TCGGTGTCACATGTCTTGCTGGCTACACTGCTGGAGCCGTTGGTACAATCATCTCTAACC
CCGCAGATGTGGTTGTTTCGTCTCTCTACAACAACAAAGCCAATAACGTGTTGCAGGCTG
TGAGGAATATTGGGTTTGTTGGTCTCTTCACTAGAAGTCTTCCTGTTCGAATCACCATCG
TGGGGCCTGTCATAACCTTGCAATGGTTCTTTTATGACGCCATCAAAGTCTTGAGTGGAT
TCCCTACAAGTGGAGGAGTTGAGAAACCGGTGGATGCAACTAAGTTAGCAGTCTGAGGCT
TAGAAGAGTAGATTTATAAGTATCTGTCAACATCAGAACCAGAAACTCAAATACATATTA
TTATTATGTAAGATTGTTATGCAAGTAGAATACCACATCTTGCGAGTGTGTTGTGTAGCG
ATTCAAATGAGCGTTTTGATCTGTTTTTTTTTCTTTTTCACTTGTTCAAACCGCTGGATT
TGGATTGTAAGTAAAGTTCCAATAATGAT


BQ
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AF RR1DH51TF U 1
AF RR1DH51JQ C 548
BS 1 707 RR1DH51TF
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BS 709 721 RR1DH51TF
BS 722 1169 RR1DH51JQ

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TGTCGTCTCCTTGGTTCTACACCGTTTGCACCATGGGAGGAATGCTCAGTGCCGGAACAA
CACATCTTGCTATCACTCCTCTTGATGTCCTCAAAGTCAACATGCAGGTGAATCCTGTGA
AGTACAATAGCATTCCCTCAGGTTTCTCCACTCTCTTAAGAGAACATGGCCGTTCCTATC
TCTGGAGAGGTTGGTCAGGGAAGCTCTTAGGCTATGGTGTTCAAGGCGGATGCAGATTCG
GTCTCTACGAGTACTTCAAGACACTCTACACCAATGTCTTGCCTAACAACAACAGAACTT
CCATTTATTTTCTCAGCAGCGCTTCCGCTCAGATATTCGCAGATATGGCCTTGTGTCCTT
TCGAAGCCATTAAAGTTAGAGTTCAGACGCAGCCCATGTTTGCAAAAGGGTTGCTTGATG
GGTTTCCACGAGTATATAGAAACGAAGGTCTTGCTGGCTTCCACAGGGGGCTTTTCCCGC
TCTGGTGTCGCAATCTTCCATTTTCTATGGTGATGTTCTCAACGTTTGAGCAGTCGGTGG
AGTTTATATATCGGAACATCATCCAGAAAAGGAAGCAAGATTGCTCTAAAGCTCAGCAAC
TCGGTGTCACATGTCTTGCTGGCTACACTGCTGGAGCCGTTGGTACA*TCATCTCTAACC
C
GCAGA

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1DH51JQ 622 0 0
TCGCAATCTTCCATTTTCTATGGTGATGTTCTCAACGTTTGAGCAGTCGGTGGAGTTTAT
ATATCGGAACATCATCCAGAAAAGGAAGCAAGATTGCTCTAAAGCTCAGCAACTCGGTGT
CACATGTCTTGCTGGCTACACTGCTGGAGCCGTTGGTACAATCATCTCTAACCCCGCAGA
TGTGGTTGTTTCGTCTCTCTACAACAACAAAGCCAATAACGTGTTGCAGGCTGTGAGGAA
TATTGGGTTTGTTGGTCTCTTCACTAGAAGTCTTCCTGTTCGAATCACCATCGTGGGGCC
TGTCATAACCTTGCAATGGTTCTTTTATGACGCCATCAAAGTCTTGAGTGGATTCCCTAC
AAGTGGAGGAGTTGAGAAACCGGTGGATGCAACTAAGTTAGCAGTCTGAGGCTTAGAAGA
GTAGATTTATAAGTATCTGTCAACATCAGAACCAGAAACTCAAATACATATTATTATTAT
GTAAGATTGTTATGCAAGTAGAATACCACATCTTGCGAGTGTGTTGTGTAGCGATTCAAA
TGAGCGTTTTGATCTGTTTTTTTTTCTTTTTCACTTGTTCAAACCGCTGGATTTGGATTG
TAAGTAAAGTTCCAATAATGAT

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL5517Contig1 1046 2 4 U
GGATCATAATCATCACCGCTTGCTCTGTCATCACAACTCTGTTTCTCCTCACTTTAGTCG
CTCTCTGTTTCAAGTGGTACAACAGGAGGAGAAGATCAATATCGTTATCAAGAAGCATAG
AGGAAGCTAGGAATTGGGATTTTGTTGGACCATCATCACCTGTTATTGTAGATCATCCGA
TTTGGCATATCAGGACCGTTGGTTTGAATCCAACGGTTATAAGTTCGATCAAAGTGTGTA
AGTATAGTAAAAGAGATGGTGTTGTGGAAGGAACTGATTGTTCGGTTTGTTTAAGTGAGT
TTGAAGAAGAAGAGATGCTTAGATTGTTACCAAAGTGTAGACATGCTTCTCATCTTTCTT
GTATTGATACTTGGCTTAGATCACACACCAACTGTCCTCTTTGTCGTGCTCCTATTGTGT
TGGTCAATGATGACGATGGAGACGATATAGAGGAGACCCTTGTGAGTATGAATGGAGATA
TCGATGAGGGGACCGAGAGAGATGATGGGGAAGAAGCTGATGGTTTTGTTGGTATAGATA
TTAGAGATGGGGAAGCAGATAAGTCGCAGGAGCGAGTGAGACGATCTGTGTCGTTGGATT
CAGTGTCGGGTTTAAGGGTAAGTGAAGTTGGTGTTGTTGCTGGTAGAGGGAAAGAGAAGG
TGAAGAGAGGCAATGGTGTTGGACCTTCTATTGTTGAGAGGCCAAGTTTCTTGAAGAGAT
CAATTTCTGACATTGGTAAGTAGTAGGAGCTCTATACACATGAACAAAAGAAGTAAGCTT
CTTGGAGCCAATGAAGAAAACCAAATCAAACCCGAAAGATAGGTAGATCATATGTATTAA
AGTGATGTAAAGAAGACTATGATTGTGCATTTTGTTGTTTATCAAGGCTTTGCTACTCTT
GTACTCAAGTGAATAGAGTTGTTACAGCTTTTATTTGGCCTTAGCTCGTATTCAAATGTG
TTTTCTGATAATGGATTTACACCTTTTTTGGAGCTTTAGCGTTATATGAACATTTGTATT
AACTATTAAGCAGTTACATTATTATT


BQ
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AF RR1DV87TF U 1
AF RR1DV87JQ C 398
BS 1 659 RR1DV87TF
BS 660 660 RR1DV87JQ
BS 661 702 RR1DV87TF
BS 703 1046 RR1DV87JQ

RD RR1DV87TF 702 0 0
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CTCTCTGTTTCAAGTGGTACAACAGGAGGAGAAGATCAATATCGTTATCAAGAAGCATAG
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TTTGGCATATCAGGACCGTTGGTTTGAATCCAACGGTTATAAGTTCGATCAAAGTGTGTA
AGTATAGTAAAAGAGATGGTGTTGTGGAAGGAACTGATTGTTCGGTTTGTTTAAGTGAGT
TTGAAGAAGAAGAGATGCTTAGATTGTTACCAAAGTGTAGACATGCTTCTCATCTTTCTT
GTATTGATACTTGGCTTAGATCACACACCAACTGTCCTCTTTGTCGTGCTCCTATTGTGT
TGGTCAATGATGACGATGGAGACGATATAGAGGAGACCCTTGTGAGTATGAATGGAGATA
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TTAGAGATGGGGAAGCAGATAAGTCGCAGGAGCGAGTGAGACGATCTGTGTCGTTGGATT
CAGTGTCGGGTTTAAGGGTAAGTGAAGTTGGTGTTGTTGCTGGTAGAGGGAAAGAGAAG*
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QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1DV87JQ 649 0 0
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GCCTTAGCTCGTATTCAAATGTGTTTTCTGATAATGGATTTACACCTTTTTTGGAGCTTT
AGCGTTATATGAACATTTGTATTAACTATTAAGCAGTTACATTATTATT

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL5518Contig1 1043 2 2 U
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AATGGCTGATCGGAGCAGAGGATTCATGAGAGATGAATTCGTGACCTATGCTTACATTCT
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CTTGTGCTTTCTTCTTACCAAAGTTCTCAAGATCGTGAAGGTTGAGGAAGGGATGACAGT
AGAAATATACGTTACATCAGTTATTCCAATAGGTGCCATGTTTGCGATGACCCTCTGGTT
GGGAAACACTGCCTATCTCTACATCTCAGTTGCATTTGCCCAGATGTTGAAAGCTATAAT
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TTTTCTTGGTGATCTCTCACACGAGCGCTCTCACTATCCGAGTCGCTGGCGTTGTCAAGG
ATTGGGTGGTTGTTTTGGTCTCAGCTCTTCTCTTTGCCGACACGAAACTCACGGTCATCA
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TGTCACTGCCCAATACAGAGAGAGGAGAGGATGATGTTGTTTCTCATCGGTCTTGAGGTA
ATCTTCGATTGTTTTTTTTTTTAAATGAAATGTACCATCCGAATTATATAAACAACTCAT
ACGAAAGAAAAAAGATCCAATCAGTTTGTCCAATTCACATGATTTTTCAGTAACTATATA
ATGTAATTTCTTATGTAATTGAT


BQ
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AF RR1AI60TF U 1
AF RR1AI60JQ C 299
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BS 704 1043 RR1AI60JQ

RD RR1AI60TF 703 0 0
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AATGGCTGATCGGAGCAGAGGATTCATGAGAGATGAATTCGTGACCTATGCTTACATTCT
TCTCTACATCGCTCTCTCTAGCGGTCAAATCTTCTTCAATAAGTGGGTTTTGTCATCTAA
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GCTTGTTTGTACCGTGGATCTTCCTGGAGAAGTCGAAGATGGATGGCAATGGCCCATGGA
ACTTCCATTTCGTAGTCTTGTCCCTCAACTCCCTCTGTACATTTGCTCTCAACTTGTCGG
TTTTCTTGGTGATCTCTCACACGAGCGCTCTCACTATCCGAGTCGCTGGCGTTGTCAAGG
ATTGGGTGGTTGTTTTGGTCTCAGCTCTTCTCTTTGCCGACAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1AI60JQ 745 0 0
GTCTTGTGCTTTCTTCTTACCAAAGTTCTCAAGATCGTGAAGGTTGAGGAAGGGATGACA
GTAGAAATATACGTTACATCAGTTATTCCAATAGGTGCCATGTTTGCGATGACCCTCTGG
TTGGGAAACACTGCCTATCTCTACATCTCAGTTGCATTTGCCCAGATGTTGAAAGCTATA
ATGCTTGTTTGTACCGTGGATCTTCCTGGAGAAGTCGAAGATGGATGGCAATGGCCCATG
GAACTTCCATTTCGTAGTCTTGTCCCTCAACTCCCTCTGTACATTTGCTCTCAACTTGTC
GGTTTTCTTGGTGATCTCTCACACGAGCGCTCTCACTATCCGAGTCGCTGGCGTTGTCAA
GGATTGGGTGGTTGTTTTGGTCTCAGCTCTTCTCTTTGCCGACACGAAACTCACGGTCAT
CAACCTTTTTGGTTACGCCATTGCCACTGCCGGTGTAGCAGCTTATAACAACCATAAGCT
GAAGAAGGAAGCATCTCGAGTTACCTCCGAAACTCCAGGAGATGGTGAATCGATACCGTT
GGTGTCACTGCCCAATACAGAGAGAGGAGAGGATGATGTTGTTTCTCATCGGTCTTGAGG
TAATCTTCGATTGTTTTTTTTTTTAAATGAAATGTACCATCCGAATTATATAAACAACTC
ATACGAAAGAAAAAAGATCCAATCAGTTTGTCCAATTCACATGATTTTTCAGTAACTATA
TAATGTAATTTCTTATGTAATTGAT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL5519Contig1 852 2 4 U
GGAACCAGATCCAAAACCAATAGCAAGACAAAAAAAAGTCTTTTCTCTCTATACTCTCTA
CTTGTTAATATCCTAACAACATGGCAATGCTCACCAGAAACAAAAACATAACCTTCTCAA
TGGTCTTGATATGTCTAATTCTTGTGTCTACAATGGCTAAGGCTCAACTTGATGGGCTTC
TTGGCAGGGATCGTAATATCTCCAGTATACAAGGGCGTATCATGTGCTCTATCGATGGTA
ATCCGACTTCCACTCCTCCTGCTGGGCTTGTCACGTGCTCTATCAATGGCAGCGTCTCTA
CTAATGGGACTGTCATTCCTCCTTTCGCCGGTGTACCCGTTGTGCTTCAGTGTGCTGGGC
AAAATGTTTCAACTACGACTACGGGAGCTAATGGAGTATTCTCGTTTTCTTCCACTACAG
TATTTCCGATCTCGCTGCTTTCCACACTCCTTGCCTCCGGTTGTAGGGTCATTGTCACGG
CCCCTCTCTCCAGATGCAACGCCAGCCTCCCTACCAACGGACTCCTCACGGCACCGGTAA
ATCTCGTAGGAAGCACCGTAACCGGCGGCATCAGCATCTTGCAATTCGTCAATGGCCTCT
TTAGGCTCCTCTAACTGATTTAAAACCAAGTATCCCTTCTTGGTTTGGTTACGGTGTTTT
TCCTTTCTGTTGTTTTATGTTTTGTGTCATGGCCATTAACATGTATGCTTACGTATGCAT
GCATGAAATAAGGTCTATTATGCGTATGTCTCTACTTTCAAAGTATTGTGGTTGTAACTT
CTTGTCCAGGTCTTCATTTGCATGCATAGTGCTGCAATGAAATGTAACGAAAGAAAATAA
AATAGTTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS44TF U 1
AF RR1CS44JQ C 299
BS 1 645 RR1CS44TF
BS 646 646 RR1CS44JQ
BS 647 724 RR1CS44TF
BS 725 852 RR1CS44JQ

RD RR1CS44TF 724 0 0
GGAACCAGATCCAAAACCAATAGCAAGACAAAAAAAAGTCTTTTCTCTCTATACTCTCTA
CTTGTTAATATCCTAACAACATGGCAATGCTCACCAGAAACAAAAACATAACCTTCTCAA
TGGTCTTGATATGTCTAATTCTTGTGTCTACAATGGCTAAGGCTCAACTTGATGGGCTTC
TTGGCAGGGATCGTAATATCTCCAGTATACAAGGGCGTATCATGTGCTCTATCGATGGTA
ATCCGACTTCCACTCCTCCTGCTGGGCTTGTCACGTGCTCTATCAATGGCAGCGTCTCTA
CTAATGGGACTGTCATTCCTCCTTTCGCCGGTGTACCCGTTGTGCTTCAGTGTGCTGGGC
AAAATGTTTCAACTACGACTACGGGAGCTAATGGAGTATTCTCGTTTTCTTCCACTACAG
TATTTCCGATCTCGCTGCTTTCCACACTCCTTGCCTCCGGTTGTAGGGTCATTGTCACGG
CCCCTCTCTCCAGATGCAACGCCAGCCTCCCTACCAACGGACTCCTCACGGCACCGGTAA
ATCTCGTAGGAAGCACCGTAACCGGCGGCATCAGCATCTTGCAATTCGTCAATGGCCTCT
TTAGGCTCCTCTAACTGATTTAAAACCAAGTATCCCTTCTTGGTT*GGTTACGGTGTTTT
TCCTTTCTGTTGTTTTATGTTTTGTGTCATGGCCATTAACATGTATGCTTACGTATGCAT
GCAT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1CS44JQ 554 0 0
TACTAATGGGACTGTCATTCCTCCTTTCGCCGGTGTACCCGTTGTGCTTCAGTGTGCTGG
GCAAAATGTTTCAACTACGACTACGGGAGCTAATGGAGTATTTTCGTTTTTTTCCACTAC
AGTATTTCCGATCTCGCTGCTTTCCACACTCCTTGCCTCCGGTTGTAGGGTCATTGTCAC
GGCCCCTCTTTCCAGATGCAACGCCAGCCTCCCTACCAACGGACTCCTCACGGCACCGGT
AAATTTCGTAGGAAGCACCGTAACCGGCGGCATCAGCATCTTGCAATTCGTCAATGGCCT
CTTTAGGCTCCTCTAACTGATTTAAAACCAAGTATCCCTTCTTGGTTTGGTTACGGTGTT
TTTCCTTTCTGTTGTTTTATGTTTTGTGTCATGGCCATTAACATGTATGCTTACGTATGC
ATGCATGAAATAAGGTCTATTATGCGTATGTCTCTACTTTCAAAGTATTGTGGTTGTAAC
TTCTTGTCCAGGTCTTCATTTGCATGCATAGTGCTGCAATGAAATGTAACGAAAGAAAAT
AAAATAGTTTCCCC

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

CO CL5520Contig1 900 2 2 U
GGAGTTGTCGGAATCCTTGTAGTTTCGGCCGTGGAGATTGTCGGAATCCTAATATGCTAA
GGAGAAGATTAAGAATACCCGGTCCGACTGTGGACGAATTGTGTGCCCATTTGTTGGAGA
AGCACATGCACAAGCCTTCAAAGGGATCCACGTTTTTCAAGGATTGCATCGTAGGATTGA
GGGACCAGAACGCATCAATAGATTTTATCGTGTTTTTTGATCGACTGCTGCCGTGCATTC
AAACTCTGCAGTCAATTAAGCCGGATTCAGAATTCATCTTCTCAACACTTGTCTCTGAAT
TGCAACAAAGGGAAGCAAGATTCTCTCTTGATTCCGTCCTCAGTTTGATTGCTGCTTTAT
CAGAAGATCTCAAGGAGAAATTTGTTCCCTTCCTTCCACAGGTTGTCTACACATTATTAA
TTCTCTTGAATAATGGTGGTCTGGAAAATGCAGAGACTGTTGAGCAGATATTCACATCCT
GGTCTAAAATAATAGAAAGCCTAAGGTTTTGTTTCGCACGCGACATCCAATTTGCTCTCA
GGAGTACATTGGAGCTGAGGTACTACCCCAGTGACATTATCAATGAAAAAGTATCAAAAT
CGATGTCATGTGTGGTTGATCTAGCTCGGCCCAGTCAGCTTCAAAAAGGGATCAAGATGA
TCCTTTCTGAAGTTGCAGAGCAACCGGAAAGAGCTGCCAGAGCTGGTTTTCTCTATTATG
ATATGATCGTGAATCTGCAGAAATCTTAAAAATGAAGCCGGCAAAACAACAGATTTTGTG
TGTTTTGGTTTTTAAGTGTGTGTTGATTTCAAGTCGGCTCTATAAGTTTCATTATATTCA
AGATTTGAAATTTTCATATTATTTTTAAGAACTTATTAGTGATGATTCTTAGATCTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EQ60TF U 1
AF RR1EQ60JQ C 299
BS 1 679 RR1EQ60TF
BS 680 900 RR1EQ60JQ

RD RR1EQ60TF 679 0 0
GGAGTTGTCGGAATCCTTGTAGTTTCGGCCGTGGAGATTGTCGGAATCCTAATATGCTAA
GGAGAAGATTAAGAATACCCGGTCCGACTGTGGACGAATTGTGTGCCCATTTGTTGGAGA
AGCACATGCACAAGCCTTCAAAGGGATCCACGTTTTTCAAGGATTGCATCGTAGGATTGA
GGGACCAGAACGCATCAATAGATTTTATCGTGTTTTTTGATCGACTGCTGCCGTGCATTC
AAACTCTGCAGTCAATTAAGCCGGATTCAGAATTCATCTTCTCAACACTTGTCTCTGAAT
TGCAACAAAGGGAAGCAAGATTCTCTCTTGATTCCGTCCTCAGTTTGATTGCTGCTTTAT
CAGAAGATCTCAAGGAGAAATTTGTTCCCTTCCTTCCACAGGTTGTCTACACATTATTAA
TTCTCTTGAATAATGGTGGTCTGGAAAATGCAGAGACTGTTGAGCAGATATTCACATCCT
GGTCTAAAATAATAGAAAGCCTAAGGTTTTGTTTCGCACGCGACATCCAATTTGCTCTCA
GGAGTACATTGGAGCTGAGGTACTACCCCAGTGACATTATCAATGAAAAAGTATCAAAAT
CGATGTCATGTGTGGTTGATCTAGCTCGGCCCAGTCAGCTTCAAAAAGGGATCAAGATGA
TCCTTTCTGAAGTTGCAGA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1EQ60JQ 602 0 0
ATTGCAACAAAGGGAAGCAAGATTCTCTCTTGATTCCGTCCTCAGTTTGATTGCTGCTTT
ATCAGAAGATCTCAAGGAGAAATTTGTTCCCTTCCTTCCACAGGTTGTCTACACATTATT
AATTCTCTTGAATAATGGTGGTCTGGAAAATGCAGAGACTGTTGAGCAGATATTCACATC
CTGGTCTAAAATAATAGAAAGCCTAAGGTTTTGTTTCGCACGCGACATCCAATTTGCTCT
CAGGAGTACATTGGAGCTGAGGTACTACCCCAGTGACATTATCAATGAAAAAGTATCAAA
ATCGATGTCATGTGTGGTTGATCTAGCTCGGCCCAGTCAGCTTCAAAAAGGGATCAAGAT
GATCCTTTCTGAAGTTGCAGAGCAACCGGAAAGAGCTGCCAGAGCTGGTTTTCTCTATTA
TGATATGATCGTGAATCTGCAGAAATCTTAAAAATGAAGCCGGCAAAACAACAGATTTTG
TGTGTTTTGGTTTTTAAGTGTGTGTTGATTTCAAGTCGGCTCTATAAGTTTCATTATATT
CAAGATTTGAAATTTTCATATTATTTTTAAGAACTTATTAGTGATGATTCTTAGATCTCT
GC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

CO CL5521Contig1 1171 2 2 U
AGGGCAAGTGTGTGCCAGTCCTGTACCAGCAACGCTACTAGTCCCTAAAGGTGAGTTCTT
GACTGGTCCAGTAATTTTTGCTGGTCCATGCAAGAGCAAAGTGACCATCGATGTTCAAGG
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CGACAATGTCCTCGTCACCGGACCCGGCACATTCCACGGCAAAGGTGAAGCCGTTTGGAA
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BQ
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BS 782 1171 RR1A940JQ

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A

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QA 1 754 1 754
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FM58TF U 1
AF RR1FM58JQ C 552
BS 1 719 RR1FM58TF
BS 720 720 RR1FM58JQ
BS 721 733 RR1FM58TF
BS 734 734 RR1FM58JQ
BS 735 763 RR1FM58TF
BS 764 1345 RR1FM58JQ

RD RR1FM58TF 763 0 0
GGATAGAACAAAGTTTAAGTACTACTTAGTAAGTAAGAATTCCACACCATGGCTTCCAAC
TTAGAGCTTTCAGAAGCAGCCCAAAACAACAAAGAATCAGTCCAAGAGCAGAGAAGGAGG
AAGTGGACTACATGCAGAGAGCTCAGTGGCTAAGAGCTGCCTTGCTCGGAGCCAACGATG
GTCTGGTCACAGTCGCGTCGCTCATGATGGGTGTTGGTTCTATCAAAGAAGACGTTAAAG
CAATGTTGCTTGTTGGTTTTGCCGGCCTTGTAGCAGGTGCGTGCAGTATGGCCATTGGAG
AGTTTGTGTCTGTCTGCACACAAAGGGATATTGAAACTGCTCAGATGAAGAGAGCCATTG
AGACTAAGACATCACTATCAGCAATCGACGAACAAGATGAGGTAAAGCGTATATACACAG
TAACCATGTGGTGTCTAAACACTAAACTTTAATTACTCACATAAATAAAAACAAATGACA
TTACGCAATTCCCATAGAAATATAATTGCCACGGTTTAGTGAAAGAATGGTAATTCGTCA
CTATTTTTTGTATCTGAAAATTAATGCATCCCAATATATAGCATAAAACTTGCTTCCATA
TGTGTAAGATTGATATAAATTTGTTGTTTATTTTCAAGCCGACCGCAGCATTATGTTAAA
CAAATATGTTTGCGTTTGAATTTTCACTGTCTTTCTGAAAAATATTTGTGTTGGCAAAA*
GTATATAATTTTT*GACATATGAATGCTAACATATAAAGTGGC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1FM58JQ 794 0 0
ATCTGAAAATTAATGCATCCCAATATATAGCATAAAACTTGCTTCCATATGTGTAAGATT
GATATAAATTTGTTGTTTATTTTCAAGCCGACCGCAGCATTATGTTAAACAAATATGTTT
GCGTTTGAATTTTCACTGTCTTTCTGAAAAATATTTGTGTTGGCAAAAAGTATATAATTT
TTTGACATATGAATGCTAACATATAAAGTGGCATTTTTAAACACTTGAAATTCTAACATT
CTATATATATAAGAGCTATATACCAATAGGTTCTGGGATGATACTGGGACCTTAATGACA
TGACATATGTAAACTTAATGGCAGGAGGAGAAGAAAGAGCGGCTACCAAATCCAGGACAA
GCAGCGTTGGCATCAGCGTTAGCATTTTCAGTGGGAGCAGCAATGCCGCTTCTTGCAGCT
TTATTCATAGAGAATCATAAGGTAAGAATGGCGGTGGTAGCGATCGTGGCCACCCTGGCA
TTGTTGGTGTTTGGAGTGACCGGTGCGGTTCTGGGAAAGACAAGTGTGTTCAAGTCAAGC
GTTAGGGTGGTCATTGGTGGCTGGATGGCTATGGCTCTTACCTTTGGTCTTACCAAGTTC
ATTGGTTCCGAAGCCATGCAAATCTAGACACTCTTTCGGTGATCATCTTGTTTTCATGCA
TCTCAATTAATAATGTTTGTTGTGTTTGTATCATATAAGCCCACTATCTCACCTCAACTA
TGTATGGAATGATTAATACATCAAGTGCACAACAAACACCAAAAAGGTTAAATAAATGGT
CTTGTTAATCGATC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL5524Contig1 875 2 2 U
GGTGAGAAAACGTCAAAACAAAAAAAACAGAACAGAACTAATGTTTTAGAAGTATTGTCA
TCCCAAGTTCTTGGAACATTCAAATAAAAAACATTATTTCATTGTTGAATATAACTGGTC
TCAAGAACAAACTCATTAAGACAAAACATGGGAGCATATAGAGCAGAAGATGATTACGAT
TACCTCTTCAAGGTGGTATTAACCGGAGACTCTGGCGTGGGAAAATCCAATCTGTTGTCT
CGTTTCACCAGGAATGACTTCAGCAACGACTCACGTGCCACCATTGGTGTTGAGTTCGCC
ACGCGTAGCATCCAATGCGACGACAAGATCGTCAAGGCTCAGATATGGGATACCGCTGGC
CAAGAACGGTACCGAGCCATCACGAGCGCATATTACCGAGGAGCCGTCGGTGCGTTGCTA
GTTTACGACGTGACGCGTCACGTGACGTTCGAGAACGTCGAGAGATGGCTAAAGGAGCTG
AGGTACCACACCGACGCAAACATTGTGATAATGCTCGTTGGTAACAAAGCTGATCTCCGT
CATCTTCGAGCCATCTCTACCGAAGATGCCAAGGGGTTTGCGGAGAGAGAGAATACTTTT
TTCATGGAGACTTCTGCGCTTGAGGCACTGAACGTTGAGAATGCGTTCACAGAAGTTCTC
ACGGAGATTTACAGAGTGGTTAGCAAGAAAGCGCTCGAAGCTGGAGATGATCCAACCACT
GCTTTGCCTAAGGGGCAGACGATTAACGTCGGAGGCAGAGATGATATCTCGGCTGTTAAA
AAACCTGGTTGCTGCTCTGCTTAATACACTTTGTCTTCTATTTCTTTCTTGTATTTTTAT
TTATTCCAACATCAACATTTTCACTAATTTCTTGC


BQ
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AF RR1BU31TF U 1
AF RR1BU31JQ C 127
BS 1 321 RR1BU31TF
BS 322 875 RR1BU31JQ

RD RR1BU31TF 321 0 0
GGTGAGAAAACGTCAAAACAAAAAAAACAGAACAGAACTAATGTTTTAGAAGTATTGTCA
TCCCAAGTTCTTGGAACATTCAAATAAAAAACATTATTTCATTGTTGAATATAACTGGTC
TCAAGAACAAACTCATTAAGACAAAACATGGGAGCATATAGAGCAGAAGATGATTACGAT
TACCTCTTCAAGGTGGTATTAACCGGAGACTCTGGCGTGGGAAAATCCAATCTGTTGTCT
CGTTTCACCAGGAATGACTTCAGCAACGACTCACGTGCCACCATTGGTGTTGAGTTCGCC
ACGCGTAGCATCCAATGCGAC

QA 1 321 1 321
DS 

RD RR1BU31JQ 749 0 0
ACAAACTCATTAAGACAAAACATGGGAGCATATAGAGCAGAAGATGATTACGATTACCTC
TTCAAGGTGGTATTAACCGGAGACTCTGGCGTGGGAAAATCCAATCTGTTGTCTCGTTTC
ACCAGGAATGACTTCAGCAACGACTCACGTGCCACCATTGGTGTTGAGTTCGCCACGCGT
AGCATCCAATGCGACGACAAGATCGTCAAGGCTCAGATATGGGATACCGCTGGCCAAGAA
CGGTACCGAGCCATCACGAGCGCATATTACCGAGGAGCCGTCGGTGCGTTGCTAGTTTAC
GACGTGACGCGTCACGTGACGTTCGAGAACGTCGAGAGATGGCTAAAGGAGCTGAGGTAC
CACACCGACGCAAACATTGTGATAATGCTCGTTGGTAACAAAGCTGATCTCCGTCATCTT
CGAGCCATCTCTACCGAAGATGCCAAGGGGTTTGCGGAGAGAGAGAATACTTTTTTCATG
GAGACTTCTGCGCTTGAGGCACTGAACGTTGAGAATGCGTTCACAGAAGTTCTCACGGAG
ATTTACAGAGTGGTTAGCAAGAAAGCGCTCGAAGCTGGAGATGATCCAACCACTGCTTTG
CCTAAGGGGCAGACGATTAACGTCGGAGGCAGAGATGATATCTCGGCTGTTAAAAAACCT
GGTTGCTGCTCTGCTTAATACACTTTGTCTTCTATTTCTTTCTTGTATTTTTATTTATTC
CAACATCAACATTTTCACTAATTTCTTGC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL5525Contig1 739 2 7 U
GAGTATTATCAAGCTCCTTTCTTCCCAGTTTTTTTGAAAGAAATACAGAAAAATAGAGGC
ACTCGAGCTACAAAACAATGTGGACTACAACGCAAATCCAAAGCTGTTTCTTGAAACGCA
GACGTAAAGTAAAACCCAGAGAGTTTTGTCACACAAAAGTGCATAGAAACGATAACGAAA
AGAAAGCAAATGAAACAAACAAATGGAGAAGCAAATAGAAACAAACAAAAAAAAGAAGAA
ACTTTGATCCCATTCATAATACCCAGCTTGTGTAGCCTTCTCACTGAGAGAGAGAGAGAG
CTTAAAAGCATTTTCTGTGAACAATCCCTGGACCTGCCTCATCATACTCAGCCTTGGAGA
TCCACATCTGCTGGAATGTGCTGAGGGAAGCAAGAATGGAACCACCGATCCAGACACTGT
ACTTCCTCTCGGGAGGTGCAACGACCTTAATCTTCATGCTGCTTGATGCGAGCGCCGTGA
TCTCTTTGCTCATACGGTCTGCAATCCCCGAGAACATAGTGGTTCCACCACTGAGCACAA
TGTTACCGTACAAGTCCTTCCTGATATCCACGTCACACTTCATGATCGAGTTGTAGGTCG
TCTCGTGGATTCCAGCAGCTTCCATTCCCACGAACGAAGGCTGGAACAGAACCTCCGGGC
ACCTGAATCTCTCGGCACCGATGGTGATCACTTGTCCGTCGGGTAACTCGTAGTTCTTCT
CGATGGAGGAGCTGGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY67JQ U 148
AF RR1G155JQ U 1
BS 1 295 RR1G155JQ
BS 296 299 RR1DY67JQ
BS 300 304 RR1G155JQ
BS 305 305 RR1DY67JQ
BS 306 465 RR1G155JQ
BS 466 466 RR1DY67JQ
BS 467 739 RR1G155JQ

RD RR1DY67JQ 376 0 0
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GAAGCAAATAGAAACAAACAAAAAAAAGAAGAAACTTTGATCCCATTCATAATACCCAGC
TTGTGTAGCCTTCTCACTGAGAGAGAGAGAGAGCTTAAAAGCATTTTCTGTGAACAATCC
CTGGACCTGCCTCATCATACTCAGCCTTGGAGATCCACATCTGCTGGAATGTGCTGAGGG
AAGCAAGAATGGAACCACCGATCCAGACACTGTACTTCCTCTCGGGAGGTGCAACGACCT
TAATCTTCATGCTGCTTGATGCGAGCGCCGTGATCTCTTTGCTCATACGGTCTGCAATCC
CCGAGAACATAGTGGT

QA 1 376 1 376
DS 

RD RR1G155JQ 739 0 0
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ACTCGAGCTACAAAACAATGTGGACTACAACGCAAATCCAAAGCTGTTTCTTGAAACGCA
GACGTAAAGTAAAACCCAGAGAGTTTTGTCACACAAAAGTGCATAGAAACGATAACGAAA
AGAAAGCAAATGAAACAAACAAATGGAGAAGCAAATAGAAACAAACAAAAAAAAGAAGAA
ACTTTGATCCCATTCATAATACCCAGCTTGTGTAGCCTTCTCACTGAGAGAGAGA****G
CTTAGAAGCATTTTCTGTGAACAATCCCTGGACCTGCCTCATCATACTCAGCCTTGGAGA
TCCACATCTGCTGGAATGTGCTGAGGGAAGCAAGAATGGAACCACCGATCCAGACACTGT
ACTTCCTCTCGGGAGGTGCAACGACCTTAATCTTCATGCTGCTTGGTGCGAGCGCCGTGA
TCTCTTTGCTCATACGGTCTGCAATCCCCGAGAACATAGTGGTTCCACCACTGAGCACAA
TGTTACCGTACAAGTCCTTCCTGATATCCACGTCACACTTCATGATCGAGTTGTAGGTCG
TCTCGTGGATTCCAGCAGCTTCCATTCCCACGAACGAAGGCTGGAACAGAACCTCCGGGC
ACCTGAATCTCTCGGCACCGATGGTGATCACTTGTCCGTCGGGTAACTCGTAGTTCTTCT
CGATGGAGGAGCTGGATTT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL5526Contig1 1067 2 2 U
GGGCTTCCAGTTTCATGGAAACTACTACTGATTCGGTGACTCTGCTCTTTCACCGTCCTC
ATGGCGTCGCTCACTCTCCCACCTTTTCTGCCTCACCGTCGTCTCCGACGGAATCATCTC
CCCGCCGATCACCGGAGGAACCGATGCAGATGTTGTTTGTCTTCCGCAACGAATGAGTCT
TCCACGGCGGTTGTGTGGTTCAAGCAAGATCTTCGCGTTGATGATCATCCTGGCCTCCTC
GCAGCGTCAAAGCACAGAGCAGTCATACCTCTCTACGTCCTCGACCGTCGCATTCTCTCG
CGATACACTACGGACACTCTAGAGCTAGCTATTGTAGCATTGGAAGAGTTGAGAAGCTCC
CTGAAGAAGCAAGGTTCAGATCTTATGCTCAGATACGGGAACGCAGAGAATGTCATTGAA
GATCTTGTCAAAGAGGTCCGAGATCCCTTGGTCTTTGTTGAAGAAGAGGTGGAACACCAT
CTGTGTGAGGTTTTGGACGCTGTTAAGAAGAAAATGGATGGCGTTGCGCTTCCTGGAGAA
TCGCCTAGGGTTGTTGTGTGGAGGACTCCTTTTTATGAGACTCGAAATTTGTCGGATCTG
CCACACTCTTGGGAAGAGTTTAAGAAACTAAAGCTGCCTATCACTTCGCCATTTCCTGCA
GCAAGACTGTCATCCCCGGAAATTGAAATGCGATGGGGTTCTGTGCCAACACTAGATGAC
GTGAAGGATTACATGAAGGAAAGCTTATGCGAGAAAGAAAAGAGGTGGAGGGAGATGGCA
CATGCATCCGCCGAAAGAATACTAATGGAAAGGAACTTGGAGCCAGATGTTGATGAAACT
TTAGGGAAGAAGAAAGTGCACAACTCTGCTTTTATCACGAGAAGTAGAGATACTGTTGGA
GGTGGAACTGAGGCTGTAGTGAACGCCCTAGCAGGTTACTTGAGGTACTTGGAGGGCACA
AGTCGAGATGACTGGCAAGAGGTTCATGCAAGGCTTCGTGATGCCGAGACTAGGCCTGGA
GCTTCGTTTTTTAAACTTTTTGGACCTGTCCTCTGTCTTGGTATAGT


BQ
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AF RR1CJ46TF U 1
AF RR1CJ46JQ C 365
BS 1 726 RR1CJ46TF
BS 727 1067 RR1CJ46JQ

RD RR1CJ46TF 734 0 0
GGGCTTCCAGTTTCATGGAAACTACTACTGATTCGGTGACTCTGCTCTTTCACCGTCCTC
ATGGCGTCGCTCACTCTCCCACCTTTTCTGCCTCACCGTCGTCTCCGACGGAATCATCTC
CCCGCCGATCACCGGAGGAACCGATGCAGATGTTGTTTGTCTTCCGCAACGAATGAGTCT
TCCACGGCGGTTGTGTGGTTCAAGCAAGATCTTCGCGTTGATGATCATCCTGGCCTCCTC
GCAGCGTCAAAGCACAGAGCAGTCATACCTCTCTACGTCCTCGACCGTCGCATTCTCTCG
CGATACACTACGGACACTCTAGAGCTAGCTATTGTAGCATTGGAAGAGTTGAGAAGCTCC
CTGAAGAAGCAAGGTTCAGATCTTATGCTCAGATACGGGAACGCAGAGAATGTCATTGAA
GATCTTGTCAAAGAGGTCCGAGATCCCTTGGTCTTTGTTGAAGAAGAGGTGGAACACCAT
CTGTGTGAGGTTTTGGACGCTGTTAAGAAGAAAATGGATGGCGTTGCGCTTCCTGGAGAA
TCGCCTAGGGTTGTTGTGTGGAGGACTCCTTTTTATGAGACTCGAAATTTGTCGGATCTG
CCACACTCTTGGGAAGAGTTTAAGAAACTAAAGCTGCCTATCACTTCGCCATTTCCTGCA
GCAAGACTGTCATCCCCGGAAATTGAAATGCGATGGGGTTCTGTGCCAACACTAGATGAC
GTGAAG
ATACATGA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1CJ46JQ 703 0 0
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TTGTCAAAGAGGTCCGAGATCCCTTGGTCTTTGTTGAAGAAGAGGTGGAACACCATCTGT
GTGAGGTTTTGGACGCTGTTAAGAAGAAAATGGATGGCGTTGCGCTTCCTGGAGAATCGC
CTAGGGTTGTTGTGTGGAGGACTCCTTTTTATGAGACTCGAAATTTGTCGGATTTGCCAC
ACTCTTGGGAAGAGTTTAAGAAACTAAAGCTGCCTATCACTTCGCCATTTCCTGCAGCAA
GACTGTCATCCCCGGAAATTGAAATGCGATGGGGTTCTGTGCCAACACTAGATGACGTGA
AGGATTACATGAAGGAAAGCTTATGCGAGAAAGAAAAGAGGTGGAGGGAGATGGCACATG
CATCCGCCGAAAGAATACTAATGGAAAGGAACTTGGAGCCAGATGTTGATGAAACTTTAG
GGAAGAAGAAAGTGCACAACTCTGCTTTTATCACGAGAAGTAGAGATACTGTTGGAGGTG
GAACTGAGGCTGTAGTGAACGCCCTAGCAGGTTACTTGAGGTACTTGGAGGGCACAAGTC
GAGATGACTGGCAAGAGGTTCATGCAAGGCTTCGTGATGCCGAGACTAGGCCTGGAGCTT
CGTTTTTTAAACTTTTTGGACCTGTCCTCTGTCTTGGTATAGT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL5527Contig1 669 2 3 U
GAAGAATATTCACAGATTACTATCATGGCAATTATAAATGAATTACAAATGGTATGCTAA
TCGATTTTCACAAGTTGATCATTTTTTACAAAATTTTACAAATGTTCAAATATCTTTGTA
AATACTATAGTCCTAGAGTCTAGAATCTAGAGCAACACACATAACACTTATAAACCATAA
AATACCTCCTAATTGTTTGCTGTCCCCATATATACCCCAATTTTTGATTAGTTCCGGTTT
CCACATTCAGAAATTCCAATAGCAATCGACCTCCACCGAACCGGCCGAACCAGCCAGACC
GTAACAGTCCCAAGAACTTGTGGTTAATGCGTTTTCAACAGCACCGAAATCCTGGATACT
CTTCTTAAACTTGGTTTCTTCACCGTCAAGCAACATCTTCACTATTGAAGAATTATCTTG
CATAAACAGAGGATCAGAGTATAGCAGGGAACCAATGTTCGGTATTAAACGAGTCGATGA
TGAACCGAGCATGGTAAGGTTACATTCGTCTTTCGGCTCCGAGACGTGACTCTTGTCCTC
AACGGTTGTTTGGTCGGAGAAGCAGGTCACGTTAGACAACGATCCAGCGAAAGAGGAGTC
CATCAGCGGAGGCAAACCAGCCGGCTCGACTTGGTTAATCCCTGAACCGAGCCCCTGGTA
GAGATGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ84JQ U 27
AF RR1H261JQ U 1
BS 1 219 RR1H261JQ
BS 220 220 RR1DJ84JQ
BS 221 669 RR1H261JQ

RD RR1DJ84JQ 370 0 0
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TACAAAATTTTACAAATGTTCAAATATCTTTGTAAATCCTATAGTCCTAGAGTCTAGAAT
CTAGAGCAACACACATAACACTTATAAACCATAAAATACCTCCTAATTGTTTGCTGTCCC
CATATATACCCCAATTTTTGATTAGTTCCGGTTTCCACATTCAGAAATTCCAATAGCAAT
CGACCTCCACCGAACCGGCCGAACCAGCCAGACCGTCACAGTCCCAAGAACTTGTGGTTA
ATGCGTTTTCAACAGCACCGAAATCCTGGATACTCTTCTTAAACTTGGTTTCTTCACCGT
CAAGCAACAT

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR1H261JQ 669 0 0
GAAGAATATTCACAGATTACTATCATGGCAATTATAAATGAATTACAAATGGTATGCTAA
TCGATTTTCACAAGTTGATCATTTTTTACAAAATTTTACAAATGTTCAAATATCTTTGTA
AATACTATAGTCCTAGAGTCTAGAATCTAGAGCAACACACATAACACTTATAAACCATAA
AATACCTCCTAATTGTTTGCTGTCCCCATATATACCCCAGTTTTTGATTAGTTCCGGTTT
CCACATTCAGAAATTCCAATAGCAATCGACCTCCACCGAACCGGCCGAACCAGCCAGACC
GTAACAGTCCCAAGAACTTGTGGTTAATGCGTTTTCAACAGCACCGAAATCCTGGATACT
CTTCTTAAACTTGGTTTCTTCACCGTCAAGCAACATCTTCACTATTGAAGAATTATCTTG
CATAAACAGAGGATCAGAGTATAGCAGGGAACCAATGTTCGGTATTAAACGAGTCGATGA
TGAACCGAGCATGGTAAGGTTACATTCGTCTTTCGGCTCCGAGACGTGACTCTTGTCCTC
AACGGTTGTTTGGTCGGAGAAGCAGGTCACGTTAGACAACGATCCAGCGAAAGAGGAGTC
CATCAGCGGAGGCAAACCAGCCGGCTCGACTTGGTTAATCCCTGAACCGAGCCCCTGGTA
GAGATGCAT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL5528Contig1 1107 2 2 U
GGAGTTGGAGAATTAACGAAGAATAACGAAGAGACTCAAGAAGATCATCATCTCAAGATT
ATTAAATAAACGCAAAGTATGGGTTACTGGAAAACAAGGGTTGTTCCAACAATAAAGAAA
TTGTTCGAGAGAAGCCCAACAAAGAAAGCTGTCGTTGTTGAGGCTAGCAAGAGCTTAGCC
TTTGATGATTCTAAGGAAGCAATAAACAAGGAGATTGAGGAGAAGAGGACCGAACTGGAA
GCCAAGGTCGTGGAAATCTACGAAGCCACGTCTGCTGAATTCAGGGCCTTGGTGAGGGAG
CCTAAGGAGGACGGGTTAACGAAACACTCTGCCGAAGTGCACAAATTCCTCGAGGCACTT
GTAGAAATTGGATTTCCCGGATCAAAGGCTGCATGTGACACTTCGCCAACCAGTTCCGGA
CCAGTAATCTTCATATTTGAGAAAGTATGTTTGTTTCTCCCGGCGGCGGAAAAGTCACGA
GAGGTAGAAGTTGTGGAGGGAGTCGTGAAAACTGATGAAACTTCCAAGGAAGAGGGAACT
ACAAATAGTGTGAAAGAGATAGAAATAGAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGATTAAACCGATA
GTGGTTCCTGCTCCCGCGGCTGTGGAGGAGAAAAAGCTAGCCGTGGAAGAGGAGAAGAAG
GTGGCGGTAGAAGAGAAGAAGCCAGCCGTGAAAGAGGAAAAGAAGGCGATGGTAGAAGAG
AAGAAACCAGCATTGTTAGAGGAGAAGAAGCCAGTGGAGGAGAAGAAAGCCGTCGTGGAA
GAGGAGAAGAAGGCGGCAGTGGAGGAGAAGAAGCCAGCCGTGGAAGACAAGAAAGAAGTT
GTTGCCCCAGCACCAGTAGCTGAAAGTCCATCCACCAAGGTCACAGCAGCTCCAGTGGTT
GTAACTCCGGCCAAGGCTCCAGAAACTCTTGCAACTGCGCCACAAAAAGCTTGAATTGTT
TTTTGATACATTTCTTTAAGAAAATATTGCTTGTCTTGTGTTGTGTCGATGATTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTGTGTCGATGATTTATTTTGTTTGCTTAATATATTTATTATCCATGTAA
CTTTTCTATAATTAATTTGCTTGCTTG


BQ
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AF RR1DH85TF U 1
AF RR1DH85JQ C 441
BS 1 635 RR1DH85TF
BS 636 1107 RR1DH85JQ

RD RR1DH85TF 635 0 0
GGAGTTGGAGAATTAACGAAGAATAACGAAGAGACTCAAGAAGATCATCATCTCAAGATT
ATTAAATAAACGCAAAGTATGGGTTACTGGAAAACAAGGGTTGTTCCAACAATAAAGAAA
TTGTTCGAGAGAAGCCCAACAAAGAAAGCTGTCGTTGTTGAGGCTAGCAAGAGCTTAGCC
TTTGATGATTCTAAGGAAGCAATAAACAAGGAGATTGAGGAGAAGAGGACCGAACTGGAA
GCCAAGGTCGTGGAAATCTACGAAGCCACGTCTGCTGAATTCAGGGCCTTGGTGAGGGAG
CCTAAGGAGGACGGGTTAACGAAACACTCTGCCGAAGTGCACAAATTCCTCGAGGCACTT
GTAGAAATTGGATTTCCCGGATCAAAGGCTGCATGTGACACTTCGCCAACCAGTTCCGGA
CCAGTAATCTTCATATTTGAGAAAGTATGTTTGTTTCTCCCGGCGGCGGAAAAGTCACGA
GAGGTAGAAGTTGTGGAGGGAGTCGTGAAAACTGATGAAACTTCCAAGGAAGAGGGAACT
ACAAATAGTGTGAAAGAGATAGAAATAGAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGATTAAACCGATA
GTGGTTCCTGCTCCCGCGGCTGTGGAGGAGAAAAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1DH85JQ 667 0 0
GAAAGTATGTTTGTTTCTCCCGGCGGCGGAAAAGTCACGAGAGGTAGAAGTTGTGGAGGG
AGTCGTGAAAACTGATGAAACTTCCAAGGAAGAGGGAACTACAAATAGTGTGAAAGAGAT
AGAAATAGAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGATTAAACCGATAGTGGTTCCTGCTCCCGCGGC
TGTGGAGGAGAAAAAGCTAGCCGTGGAAGAGGAGAAGAAGGTGGCGGTAGAAGAGAAGAA
GCCAGCCGTGAAAGAGGAAAAGAAGGCGATGGTAGAAGAGAAGAAACCAGCATTGTTAGA
GGAGAAGAAGCCAGTGGAGGAGAAGAAAGCCGTCGTGGAAGAGGAGAAGAAGGCGGCAGT
GGAGGAGAAGAAGCCAGCCGTGGAAGACAAGAAAGAAGTTGTTGCCCCAGCACCAGTAGC
TGAAAGTCCATCCACCAAGGTCACAGCAGCTCCAGTGGTTGTAACTCCGGCCAAGGCTCC
AGAAACTCTTGCAACTGCGCCACAAAAAGCTTGAATTGTTTTTTGATACATTTCTTTAAG
AAAATATTGCTTGTCTTGTGTTGTGTCGATGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGTCGAT
GATTTATTTTGTTTGCTTAATATATTTATTATCCATGTAACTTTTCTATAATTAATTTGC
TTGCTTG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL5529Contig1 1050 2 2 U
GGATGAACTCAGGAGGTTTGAGTAGAGGGTTTGGTTTTGTCGCGTATTCTACTCCTGAAG
AAGCGTCAAAAGCTATGAATGAAATGAATGGGAAGATGATAGGAACGAAACCTCTTTACA
TTGCTCTGGCTCAACGTAAGGAAGAGAGACGGACTCACCTTCAGACTAAGTTCTCTCATA
TCAGACCAAGTGGGACAATGACTCCAATGACAATGCCTGGGTTCCATCATCACCCACCAG
GAGGGGCAATTGCAGGGCCACCACATCAACAAGTGTACCTAGGCCAGAACGGTCAAGGTC
TGATGCCGTCACAGCCTATGGGATATGGCTACCAACTTCAGTTCATGCCTCGTCCGAGGT
ATGGCCCGGCCAACTTTGTGGTGCCTTACCCTCCTCATAGGCATAACCAGCATGGTCCTC
GGGTTGGGTTCAGGCGTGGCGCTACTAACATGCACCAGCAGCACTTCCAGCAACAACAAC
CGTGGGAGATGATGCAGCAAAACGCAAGCTCAGGAATGAGATACTTGGGAGGCGCAGGCA
ACAGGAGGAATGGGATGGAATCATCTGCAGCTCCACAAGGCATTGTCTCTTTGCCATTGG
ATACATCTGCAATCTCTCACAATGCTTCTCAAAACCCACAGAAGCCACCACTCCTCCCCA
TTTCTAAGCTCTCCTCTGCCTTGGCTCTGGCCAGCCCCGCCAATCACCCACAGATGCTCG
GGGAACAGCTCTTCCCCCTTGTGGAGAAGGAGGAGCCAGTTCATACCGCCAAAGTTACAG
GAATGTTGCTGCAGATGGATCAAGCGGAGATCTTGCACCTTCTCGAGTCACCTGAAGCCC
TTAAGGCTAAAGTGTCAGAGGCTTTGGATGCGCTCAGACTCTCTGCTAATCCACCAGCTG
TGTCCTCCGTTGATGACCAGTTTGCTCCCTCCTCAACTGAGTGAACCAGCTCTTTATTAT
TAGTCAAGACAAACATTTGTTCTGGCTTTTATTAGACAGTCTTAAAAAAACTTTTAGGAA
CTCCTCTTAAACTAGTTATCTTGTTTTTTT


BQ
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AF RR1B987TF U 1
AF RR1B987JQ C 382
BS 1 745 RR1B987TF
BS 746 1050 RR1B987JQ

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TCAGACCAAGTGGGACAATGACTCCAATGACAATGCCTGGGTTCCATCATCACCCACCAG
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TGATGCCGTCACAGCCTATGGGATATGGCTACCAACTTCAGTTCATGCCTCGTCCGAGGT
ATGGCCCGGCCAACTTTGTGGTGCCTTACCCTCCTCATAGGCATAACCAGCATGGTCCTC
GGGTTGGGTTCAGGCGTGGCGCTACTAACATGCACCAGCAGCACTTCCAGCAACAACAAC
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GGGAACAGCTCTTCCCCCTTGTGGA

QA 1 745 1 745
DS 

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CTACTAACATGCACCAGCAGCACTTCCAGCAACAACAACCGTGGGAGATGATGCAGCAAA
ACGCAAGCTCAGGAATGAGATACTTGGGAGGCGCAGGCAACAGGAGGAATGGGATGGAAT
CATCTGCAGCTCCACAAGGCATTGTCTCTTTGCCATTGGATACATCTGCAATCTCTCACA
ATGCTTCTCAAAACCCACAGAAGCCACCACTCCTCCCCATTTTTAAGCTCTCCTCTGCCT
TGGCTCTGGCCAGCCCCGCCAATCACCCACAGATGCTCGGGGAACAGCTCTTCCCCCTTG
TGGAGAAGGAGGAGCCAGTTCATACCGCCAAAGTTACAGGAATGTTGCTGCAGATGGATC
AAGCGGAGATCTTGCACCTTCTCGAGTCACCTGAAGCCCTTAAGGCTAAAGTGTCAGAGG
CTTTGGATGCGCTCAGACTCTCTGCTAATCCACCAGCTGTGTCCTCCGTTGATGACCAGT
TTGCTCCCTCCTCAACTGAGTGAACCAGCTCTTTATTATTAGTCAAGACAAACATTTGTT
CTGGCTTTTATTAGACAGTCTTAAAAAAACTTTTAGGAACTCCTCTTAAACTAGTTATCT
TGTTTTTTT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL5530Contig1 1175 2 2 U
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TTCTTAGTTAGAGGAAATATATAAACAGATGGCGACACTTCAGGACATTGGTGTATCAGC
TGGGATAAACAGATGGCGACACTTCAGGACATTGGATTTATTGGTTTTGGACACATAGTG
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ATGCAAACAAGCTCTCGCTGATTTCGTAGAAAAGAAGAAGAAGAAGCTGCAGAACTGGCT
CGGCAAGGCATGAGAAGAGATGTTAATGTGTTGATCTTTCTCGACATCAAGAAAGCTCTT
GAAGCTCTTCAGTGTCTCTCTCCTTTCCATCTACACGACTTTGGAAGGTTTCAACTGTGA
GGAATCTTCATGGCAAATAAAGGTGATAAGAAGTTGACTTGGCTGATAAAGAGTCTCTCC
TCTTGCCCTTCTCTTATCTTTAGCCCATTTGTGAATGGTGTCTGCAAACGATACTCAGAT
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TTATGCCAATCACTCGAGGAGCTCTCTAGTGAAGATCTTGTGGAAGCAGATGTTGCACTG
ACGTACTTGAAAGACGCTGGTTTTAAGGTGGAATGGTTGGAGAAGAAGTTGGACCATGTG
AAAGTAAAGAAGGAGAAAGAACAGTTTTGTGTGGCTCGGCTACAGGAAATGGAGGATAGT
TTATTGAATCTCTGGAAAAAATGTTCAGACCTGGATGCCCTAGTGGAGATGGAAGAGGAA
GAGTTGTCGGCCACGAGAACTCCTCTGTCATTTGATGATGTTGTTTGGTTACTTGAGTTC
TTAGGCATTTTGTGTTCTTTTGTCTAGTTTCTCACTTTGGTTTTAAAACAAAGAGTTCCT
CTGATTTGATGATTGAGCCTAATGACATTTGTGTC


BQ
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AF RR1DU74TF U 1
AF RR1DU74JQ C 454
BS 1 647 RR1DU74TF
BS 648 1175 RR1DU74JQ

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TGGGATAAACAGATGGCGACACTTCAGGACATTGGATTTATTGGTTTTGGACACATAGTG
ATTATTACATGCTTCCTCGGTTCTTACTTTGTCTGCAAAACACTATGTAGCTCGTCTGCA
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CGGCAAGGCATGAGAAGAGATGTTAATGTGTTGATCTTTCTCGACATCAAGAAAGCTCTT
GAAGCTCTTCAGTGTCTCTCTCCTTTCCATCTACACGACTTTGGAAGGTTTCAACTGTGA
GGAATCTTCATGGCAAATAAAGGTGATAAGAAGTTGACTTGGCTGATAAAGAGTCTCTCC
TCTTGCCCTTCTCTTATCTTTAGCCCATTTGTGAATGGTGTCTGCAAACGATACTCAGAT
GCATCAGACAAATCTGAAAAGGAAAGCATGGATGTTAGTGGCTTTCA
GTCTCCTC

QA 1 647 1 647
DS 

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TTGACTTGGCTGATAAAGAGTCTCTCCTCTTGCCCTTCTCTTATCTTTAGCCCATTTGTG
AATGGTGTCTGCAAACGATACTCAGATGCATCAGACAAATCTGAAAAGGAAAGCATGGAT
GTTAGTGGCTTTCAAGTTCTTCCTTCACAGGTAGAAGCTGTAAGACTTATCTTTAAAAGA
CATCCGGACATTGCAGTAGAGTTCCGTGCAAAGAACCAACATCTGAGGAAAGCATGCATG
GATTTCCTGCTCAGCTTAATCGAGACTTTATGCCAATCACTCGAGGAGCTCTCTAGTGAA
GATCTTGTGGAAGCAGATGTTGCACTGACGTACTTGAAAGACGCTGGTTTTAAGGTGGAA
TGGTTGGAGAAGAAGTTGGACCATGTGAAAGTAAAGAAGGAGAAAGAACAGTTTTGTGTG
GCTCGGCTACAGGAAATGGAGGATAGTTTATTGAATCTCTGGAAAAAATGTTCAGACCTG
GATGCCCTAGTGGAGATGGAAGAGGAAGAGTTGTCGGCCACGAGAACTCCTCTGTCATTT
GATGATGTTGTTTGGTTACTTGAGTTCTTAGGCATTTTGTGTTCTTTTGTCTAGTTTCTC
ACTTTGGTTTTAAAACAAAGAGTTCCTCTGATTTGATGATTGAGCCTAATGACATTTGTG
TC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL5531Contig1 641 2 3 U
GAACCCAGTCTGCAGCGAGGGGCAAGTTGAGTTTTGTGGATCTTGCTGGTTCTGAGAGAG
TAAAAAAGTCAGGCTCTGCTGGTTGCCAACTCAAGGAAGCTCAAAGTATCAACAAGTCAC
TTTCTACATTAGGTGATGTCATTGGTGCTTTATCTTCGGGCAACCAGCATATTCCTTACC
GAAATCACAAGTTAACAATGTTGATGAGCGATTCATTGGGCGGCAATGCGAAGACGTTAA
TGTTTGTTAATGTGTCTCCAGCCGAATCAAATTTGGACGAGACATACAATTCTCTTATAT
ATGCATCGAGAGTGAGAACGATCGTGAATGATCCTAGCAAACATATTTCATCCAAAGAAA
TGGTGCGACTGAAAAAGTTAGTAGCATATTGGAAAGAGCAAGCCGGTAAAAAAAGTGAGG
AAGAAGACTTGTTGGATATCGAAGAATATCGAATGCTAAGAGACGAGGGAGATAGTTGAA
TAATGCTATGAAATTTGTGTAGGTGACATTGAGATGATTTTATCAATGCTTTTCACCATT
CTTTTGTAGAAAGTTCCTACTCTAAAAGTAGAGTTCCTCTATTGAAAGTGTAATGTTATG
CTCAAACTCTCTCTTTTGACAAGACTTTCATTACTGCGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR1CW72TF U 116
AF RR1CW72JQ C 1
BS 1 115 RR1CW72JQ
BS 116 414 RR1CW72TF
BS 415 641 RR1CW72JQ

RD RR1CW72TF 299 0 0
GTCACTTTCTACATTAGGTGATGTCATTGGTGCTTTATCTTCGGGCAACCAGCATATTCC
TTACCGAAATCACAAGTTAACAATGTTGATGAGCGATTCATTGGGCGGCAATGCGAAGAC
GTTAATGTTTGTTAATGTGTCTCCAGCCGAATCAAATTTGGACGAGACATACAATTCTCT
TATATATGCATCGAGAGTGAGAACGATCGTGAATGATCCTAGCAAACATATTTCATCCAA
AGAAATGGTGCGACTGAAAAAGTTAGTAGCATATTGGAAAGAGCAAGCCGGTAAAAAAA

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR1CW72JQ 641 0 0
GAACCCAGTCTGCAGCGAGGGGCAAGTTGAGTTTTGTGGATCTTGCTGGTTCTGAGAGAG
TAAAAAAGTCAGGCTCTGCTGGTTGCCAACTCAAGGAAGCTCAAAGTATCAACAAGTCAC
TTTCTACATTAGGTGATGTCATTGGTGCTTTATCTTCGGGCAACCAGCATATTCCTTACC
GAAATCACAAGTTAACAATGTTGATGAGCGATTCATTGGGCGGCAATGCGAAGACGTTAA
TGTTTGTTAATGTGTCTCCAGCCGAATCAAATTTGGACGAGACATACAATTCTCTTATAT
ATGCATCGAGAGTGAGAACGATCGTGAATGATCCTAGCAAACATATTTCATCCAAAGAAA
TGGTGCGACTGAAAAAGTTAGTAGCATATTGGAAAGAGCAAGCCGGTAAAAAAAGTGAGG
AAGAAGACTTGTTGGATATCGAAGAATATCGAATGCTAAGAGACGAGGGAGATAGTTGAA
TAATGCTATGAAATTTGTGTAGGTGACATTGAGATGATTTTATCAATGCTTTTCACCATT
CTTTTGTAGAAAGTTCCTACTCTAAAAGTAGAGTTCCTCTATTGAAAGTGTAATGTTATG
CTCAAACTCTCTCTTTTGACAAGACTTTCATTACTGCGAAA

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL5532Contig1 345 2 1 U
GGGGTTCGGGAAAGATAGGCTCACCTCTGGTTCAAGGTCGCCTTGATCTTGTGCGAATGT
TATGATAATATGATGTTGAATACTTCTGGTGCTCTCGTAGAGGCAACAAGGATACTTCTT
CTTGTACTGCATAAACTGCTTTTGTGTGCCAAGTTCTGTTGACTCTTTTCAAATTGAATA
TCTCTTGTCGCCTCTGTAATTTTAATTTCCACAGCTTCTCTTTTTTCTTTCTTCTTAGTA
GCTCATTTTATGCTCCGACGTTGTTATAAATACTACAACATCATCACAATATCCTCATGT
TGAGTTTGGGGTTTGCTTTCTTAATATCAGTATCCTTTTGTGTGT


BQ
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AF RR1G953JQ C 1
AF RR1G953TF U 1
BS 1 345 RR1G953TF

RD RR1G953JQ 345 0 0
GGGGTTCGGGAAAGATAGGCTCACCTCTGGTTCAAGGTCGCCTTGATCTTGTGCGAATGT
TATGATAATATGATGTTGAATACTTCTGGTGCTCTCGTAGAGGCAACAAGGATACTTCTT
CTTGTACTGCATAAACTGCTTTTGTGTGCCAAGTTCTGTTGACTCTTTTCAAATTGAATA
TCTCTTGTCGCCTCTGTAATTTTAATTTCCACAGCTTCTCTTTTTTCTTTCTTCTTAGTA
GCTCATTTTATGCTCCGACGTTGTTATAAATACTACAACATCATCACAATATCCTCATGT
TGAGTTTGGGGTTTGCTTTCTTAATATCAGTATCCTTTTGTGTGT

QA 1 345 1 345
DS 

RD RR1G953TF 345 0 0
GGGGTTCGGGAAAGATAGGCTCACCTCTGGTTCAAGGTCGCCTTGATCTTGTGCGAATGT
TATGATAATATGATGTTGAATACTTCTGGTGCTCTCGTAGAGGCAACAAGGATACTTCTT
CTTGTACTGCATAAACTGCTTTTGTGTGCCAAGTTCTGTTGACTCTTTTCAAATTGAATA
TCTCTTGTCGCCTCTGTAATTTTAATTTCCACAGCTTCTCTTTTTTCTTTCTTCTTAGTA
GCTCATTTTATGCTCCGACGTTGTTATAAATACTACAACATCATCACAATATCCTCATGT
TGAGTTTGGGGTTTGCTTTCTTAATATCAGTATCCTTTTGTGTGT

QA 1 345 1 345
DS 



AS 1 2

CO CL5533Contig1 1439 2 2 U
GGGAAACTGAAGTTAAAAAACCATATCTGTAATCAACTTCCTTCTATTCTCCTTAGGAAA
GTTACAGAAAGATGAAGCTCTGCTTCTGCGTCTTCTTCTTCTTCATGATCATCTTCACCG
CATCTGCTTATGATCCATTGGATCCTAATGGGAACATAACAATCAAATGGGATATCATGT
CATGGACAGCAGATGGCTATGTGGCTGTTGTAACCATGAACAACTTCCAAATCTACCGGC
ACATACAATCCCCAGGTTGGACACTAGGCTGGGCGTGGGCAAAGAAAGAAGTGATATGGT
CAATGGTTGGCGCACAAGCAACAGAGCAAGGAGACTGTTCCAAGTTCAAAGGAAACGTAC
CTCACTGCTGTAAGAAAGCCCCGACCGTCGTCGATCTCTTGCCAGGTGTCCCTTACAATC
AGCAGATCTCAAACTGCTGCAAAGGCGGTGTGGTTGGAGCCTGGGGTCAAGACCCATCAT
CCGCTGTGTCACAGTTTCAGGTCAGCGTTGGTGTGGCTGGTATCACGAACAAGACCGTCA
AGCTCCCTAAGAACTTCACGTTGCTTGGTCCTGGTCCTGGTTACACTTGCGGTCCTGCCA
AAATCGTGCCGTCTACTGTTTTTCTCACCACTGACAAACGGAGGAAGACACAAGCTTTGA
TGACGTGGAATGTTACATGCACATACTCACAGTTTCTAGCGAGAAAGCATCCGAGTTGTT
GCGTCTCTTTCTCTTCTTTCTACAACGACACCATAACTCCTTGCCCTTCTTGTGCTTGTG
GCTGCTAGAACAAAAGGAGCTGCGTCAAGGCTGATTCTAAGATTCTAACCAAGAAAGGAC
TCAACACACCGAGGAAAGACAACGTTCCGTTGCTACAATGCACACACCACATGTGCCCGA
TTAGAGTTCACTGGCACGTTAAAACTAACTACAAAGAATATTGGCGTGTGAAGATAGCTA
TAACAAACTTTAACTACCGGATGAACCATACGCTGTGGACTTTAGCAGTTCAGCACCCGA
ATCTCAACAACGTGACTCAAGTTTTCAGCTTTGATTACAAATCAGTTGCTCCTTATGGAT
CCATAAATGATACAGGAATGTTCTTTGGAACTAAGTTTTACGACGATCTTTTGATGGAAG
CGGGGCCTTCAGGGAATGTGCAATCAGAGGCGTTGCTTCAGAAAGATCAGAAGACATTTA
CTTTCAAGCAAGGTTGGGCTTTTCCTAGGAAAGTTTACTTTAATGGCGATGAGTGTATGT
TACCTTCACCAGATTCGTACCCTTTTCTACCAAACTCTGCAAGAAGAAGCTTGGCTTCTC
TCTCTACGCTATCACTCACTATTCTTGTTCTTGTGTTGATCTCAGTCTGGTGATTTGAAA
ATGTATTTTGTAACAAGACCAGAAAATGTTTTTTCGTAACAGAGTGTTTTTAGATGTAC


BQ
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CATGGACAGCAGATGGCTATGTGGCTGTTGTAACCATGAACAACTTCCAAATCTACCGGC
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GCTGCTA

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TGCAATCAGAGGCGTTGCTTCAGAAAGATCAGAAGACATTTACTTTCAAGCAAGGTTGGG
CTTTTCCTAGGAAAGTTTACTTTAATGGCGATGAGTGTATGTTACCTTCACCAGATTCGT
ACCCTTTTCTACCAAACTCTGCAAGAAGAAGCTTGGCTTCTCTCTCTACGCTATCACTCA
CTATTCTTGTTCTTGTGTTGATCTCAGTCTGGTGATTTGAAAATGTATTTTGTAACAAGA
CCAGAAAATGTTTTTTCGTAACAGAGTGTTTTTAGATGTAC

QA 1 821 1 821
DS 



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BQ
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AF RR1E552JQ C 1
AF RR1E552TF U 1
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DS 

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TCAACAATCTTCCACCCCTTTGTTCGCTTAGTCTCAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGG
ACTGTTCTCAGTTCAGAAACATGAAGGAACTCGATGCTGAAAAGCTAAATTAGTTACAAG
TATATGTATGAATAGTGGAAATGGAAGACTTGTAATAGCTATGCATGATATATAATCGAA
CTTATTGTATTAGTGACCAGTGTGACAAAAAATAATACGAATTTGAATTAGTC

QA 1 353 1 353
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CACAATGAGAGGAGGAGGAAGATATCTGGTGACAGTTTCGGAGAAGGGTCAGGCCGGAGC
GGGATTAGCTTGACCCAGACTCAAGAAAGAAGAAGGATAGACATGAAACTTCCTATGACC
AACTCATCATTCAAGCGACCACAGATCAGATAAACAACACCAACACACCTGCCCGCCCCC
TTTTTTCTGTCATCTACTTATGCTCTATATCTACAGTTTTCTTGTTATCCAAATAATGAC
ATTTAAGTACCATGTCAAGAGAAGTGAATCGTGGTATTGAATCCTAGACAAATATTTAAC
TGCAAAATTTTAGTACCCTTTATGTTATCATGTTAAGGATGCCTATCCCCAAACTCTTTT
TTTTTTCTTGGTAAAATCTATCCCCAAACTCTTGTATCCTCTACTTATGTTTATTTGTCT
TGTATGATCCGATAAATGATTATGATGTGTTTTTTT


BQ
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AF RR1B009TF U 1
AF RR1B009JQ C 161
BS 1 518 RR1B009TF
BS 519 936 RR1B009JQ

RD RR1B009TF 518 0 0
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TCTCAACATCACAGCTTAAAATCTTTACTAGAGATGGAGGGTCAGAGATCACGACAGTGG
GGTTACTTGAAAGACAAGGCTATAGCCACCAACCTTGCTGAAGAAGAAATGGAGAATGGC
ATGGATGGAGAAGAGAATGATGGAGGTGATGAAGACAAAAGGAAGAGAGTGATGGAGAGA
GCTAGAGGTCCTAGCACAGACCGTGTTCCCTTGCGGCTGTGCCTGGTCGATAGGTGCACG
GCTAACCTAACTGAGGCCAAGCAGTATTACCACAGACACAGAGTCTGTGAAGTTCATGCA
AAGGCATCTTCTGCAACTGTTGCAGGAGTCAAGCAACGTTTTTGCCAACAATGCAGCAGG
TTTCGTGAGCTAGCAGAGTTTGATGAAACTAAAAGAAGTTGCCGGAGGCGCTTAGCTGGA
CACAATGAGAGGAGGAGGAAGATATCTGGTGACAGTTT

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1B009JQ 776 0 0
AAGAAGAAATGGAGAATGGCATGGATGGAGAAGAGAATGATGGAGGTGATGAAGACAAAA
GGAAGAGAGTGATGGAGAGAGCTAGAGGTCCTAGCACAGACCGTGTTCCCTTGCGGCTGT
GCCTGGTCGATAGGTGCACGGCTAACCTAACTGAGGCCAAGCAGTATTACCACAGACACA
GAGTCTGTGAAGTTCATGCAAAGGCATTTTTTGCAACTGTTGCAGGAGTCAAGCAACGTT
TTTGCCAACAATGCAGCAGGTTTCGTGAGCTAGCAGAGTTTGATGAAACTAAAAGAAGTT
GCCGGAGGCGCTTAGCTGGACACAATGAGAGGAGGAGGAAGATATTTGGTGACAGTTTCG
GAGAAGGGTCAGGCCGGAGCGGGATTAGCTTGACCCAGACTCAAGAAAGAAGAAGGATAG
ACATGAAACTTCCTATGACCAACTCATCATTCAAGCGACCACAGATCAGATAAACAACAC
CAACACACCTGCCCGCCCCCTTTTTTCTGTCATCTACTTATGCTCTATATCTACAGTTTT
CTTGTTATCCAAATAATGACATTTAAGTACCATGTCAAGAGAAGTGAATCGTGGTATTGA
ATCCTAGACAAATATTTAACTGCAAAATTTTAGTACCCTTTATGTTATCATGTTAAGGAT
GCCTATCCCCAAACTCTTTTTTTTTTCTTGGTAAAATCTATCCCCAAACTCTTGTATCCT
CTACTTATGTTTATTTGTCTTGTATGATCCGATAAATGATTATGATGTGTTTTTTT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL5537Contig1 999 2 2 U
GGAAAACCTAAAGTGTTCTCCAATTCTATTCCCATATAACCCTATAAGCCGAGATGAATA
CCCGAGAAGAAGTAGGTGAATTCTCTAAACTCTTCAATGGTTTCATGACTCTAATGAGAA
GATTCATATTCAAAGTTCTATGCGTTGGTCCAATCCCTAATCACATCTCATTCATCATAG
ATGGAAACCGAAGATTCGCCAAGAAACACAATCTTCAAGGCCTAGACGCAGGACACAGAG
CTGGTTTCGTATCCGTAACATATATTCTTCAGTACTGCCAAGAGATTGGTGTACCGTACG
TCACACTCTACGCCTTTGGTCACGATAATTTCAAGAGAGAACCCGAAGAAGTCAAGTGTG
TGATGGATCTCATGCTGGAGAAAATCGAGCTCACAATCGATCGAGCTATCTCAGGGAATC
TAAACAATTTGAAAGTGATATTTGTTGGTGATTTGAATATGTTAAACGAGCGTCTTAAAG
CAGCAGCGCAGATACTGATGGAAGTTACTGAGGAAAACAGAGGTTTAATGGTTGTTGTTT
GCGTTGCGTACAGCACAAGTCACGAGATTGTTCAGGCTATTAGAGAATCTTGTCTAGGGA
AGTGTGAGGGTGGAGATAGTCCTCTAGTTTTGGAGTTGAGTGATGTTGAAGAGTGTATGT
ATACATCAATTCTTCCTGATCCTGCTCTTGTAATAAGAACAGGAGGACGAGATCGGCTGA
GTAACTTCATGACTTGGCAGACTTCAAGTTCTCTCCTTCATACCACGGCGGCTCTTTGGC
CGGAGCTAGGTCTTTGGCATTTGGTTTGGGCTATTCTTAATTTCCAAAGGATGCAAAATT
ACTTGCAGAAGAAGCAAAAACTCGACTAAATAGGTTTAACTTAAATATTAGCATGGTTGG
ACTTAAAGATTTATGACGACATAAACATATTAAATTAGTTATTAATAACATTTTGTTTTT
TACAAAATAGATGCATAGAGCCTATATATAAGAGTTCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FS13TF U 1
AF RR1FS13JQ C 340
BS 1 699 RR1FS13TF
BS 700 999 RR1FS13JQ

RD RR1FS13TF 699 0 0
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ATGGAAACCGAAGATTCGCCAAGAAACACAATCTTCAAGGCCTAGACGCAGGACACAGAG
CTGGTTTCGTATCCGTAACATATATTCTTCAGTACTGCCAAGAGATTGGTGTACCGTACG
TCACACTCTACGCCTTTGGTCACGATAATTTCAAGAGAGAACCCGAAGAAGTCAAGTGTG
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TAAACAATTTGAAAGTGATATTTGTTGGTGATTTGAATATGTTAAACGAGCGTCTTAAAG
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GCGTTGCGTACAGCACAAGTCACGAGATTGTTCAGGCTATTAGAGAATCTTGTCTAGGGA
AGTGTGAGGGTGGAGATAGTCCTCTAGTTTTGGAGTTGAGTGATGTTGAAGAGTGTATGT
ATACATCAATTCTTCCTGATCCTGCTCTTGTAATAAGAA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1FS13JQ 660 0 0
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TGTTAAACGAGCGTCTTAAAGCAGCAGCGCAGATACTGATGGAAGTTACTGAGGAAAACA
GAGGTTTAATGGTTGTTGTTTGCGTTGCGTACAGCACAAGTCACGAGATTGTTCAGGCTA
TTAGAGAATCTTGTCTAGGGAAGTGTGAGGGTGGAGATAGTCCTCTAGTTTTGGAGTTGA
GTGATGTTGAAGAGTGTATGTATACATCAATTCTTCCTGATCCTGCTCTTGTAATAAGAA
CAGGAGGACGAGATCGGCTGAGTAACTTCATGACTTGGCAGACTTCAAGTTCTCTCCTTC
ATACCACGGCGGCTCTTTGGCCGGAGCTAGGTCTTTGGCATTTGGTTTGGGCTATTCTTA
ATTTCCAAAGGATGCAAAATTACTTGCAGAAGAAGCAAAAACTCGACTAAATAGGTTTAA
CTTAAATATTAGCATGGTTGGACTTAAAGATTTATGACGACATAAACATATTAAATTAGT
TATTAATAACATTTTGTTTTTTACAAAATAGATGCATAGAGCCTATATATAAGAGTTCCT

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL5538Contig1 892 2 10 U
TGGGGGAGGACTTGTTTCCTCAACCAGTGTTATACTTTATTCAAATCCTCTTTTTCTCTA
TCTCACTCATGGCTTCTTTTTCTTCTTCTTCCTCTACTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT
CTTCTTCTTCTTCTCACGTTAAGAAACACTATGTCTTCCCGAGCTTCCACGGGCCAGATG
TTCGTAGAGGAGTCCTCAGTCACTTTCACAATCTCTTTGAAAGGAAAGAGATCACGATGT
TCAAGGATCAGGAGATTGAGAGAGGCCACGTGATCGGATCTGAACTCGTACAAGCCATTA
GAGAAGCCAAAGCATCGATTGTTTTGCTCTCAAAGAATTACGCTTCCTCGAGCTGGTGTT
TAGATGAACTGCATGAAATCTTGGAGTGCAAAGTAACTTCCGGGCAGATCGCGATTCCCA
TTTTTTTATGACGTTGATCCGTCAGATGTACGGAAACAAAAGGGAGACTTCGGGGTCGCA
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ACATCTATAGCAACCATAGCTGGAGAACACTCTTGTAACTGGAAGGATGAAGCTGCGATG
CTCGAAAAAATTTCCATAGATATGATGAGAAAACTAAAAGCGAAATTGATGAAGGAAGAA
TTTCAGACTATAGACTTAGACCACGATGGTTTCATAACTGCACCAGAACTTCGATATGTG
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GATGTTGATGGTGATGGTCGGATAAGCTATGAAGAATTCGTCAAAGTCATTGAAAAGTGA
GTGATTTTAAACCCATATTAAAAGTCCTTAATCTGGAGAGAAAAGGTTGCTC


BQ
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AF RR1DL65TF U 1
AF RR1DL65JQ C 390
BS 1 654 RR1DL65TF
BS 655 655 RR1DL65JQ
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BS 730 744 RR1DL65TF
BS 745 745 RR1DL65JQ
BS 746 766 RR1DL65TF
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RD RR1DL65TF 776 0 0
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TCTCACTCATGGCTTCTTTTTCTTCTTCTTCCTCTACTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT
CTTCTTCTTCTTCTCACGTTAAGAAACACTATGTCTTCCCGAGCTTCCACGGGCCAGATG
TTCGTAGAGGAGTCCTCAGTCACTTTCACAATCTCTTTGAAAGGAAAGAGATCACGATGT
TCAAGGATCAGGAGATTGAGAGAGGCCACGTGATCGGATCTGAACTCGTACAAGCCATTA
GAGAAGCCAAAGCATCGATTGTTTTGCTCTCAAAGAATTACGCTTCCTCGAGCTGGTGTT
TAGATGAACTGCATGAAATCTTGGAGTGCAAAGTAACTTCCGGGCAGATCGCGATTCCCA
TTTTTTTATGACGTTGATCCGTCAGATGTACGGAAACAAAAGGGAGACTTCGGGGTCGCA
TTTGAGAAATCCTGTGATGGTGAAACAGAGGAACGTAAGCGGAGATGGACCGAAGCTTTG
ACATCTATAGCAACCATAGCTGGAGAACACTCTTGTAACTGGAAGGATGAAGCTGCGATG
CTCGAAAAAATTTCCATAGATATGATGAGAAAACTAAAAGCGAAATTGATGAAG*AAGAA
TTTCAGACTATAGACTTAGACCACGATGGTTTCATAACTGCAC*AGAACTTCGATATGTG
CTAACAAA*GATGGGGACACGGTA*CCGACGAGCATGTTCGCTACT
CATCAAGATG

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DS 

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GGAACGTAAGCGGAGATGGACCGAAGCTTTGACATCTATAGCAACCATAGCTGGAGAACA
CTCTTGTAACTGGAAGGATGAAGCTGCGATGCTCGAAAAAATTTCCATAGATATGATGAG
AAAACTAAAAGCGAAATTGATGAAGGAAGAATTTCAGACTATAGACTTAGACCACGATGG
TTTCATAACTGCACCAGAACTTCGATATGTGCTAACAAAAGATGGGGACACGGTAACCGA
CGAGCATGTTCGCTACTTCATCCAAGAATGTGATGTTGATGGTGATGGTCGGATAAGCTA
TGAAGAATTCGTCAAAGTCATTGAAAAGTGAGTGATTTTAAACCCATATTAAAAGTCCTT
AATCTGGAGAGAAAAGGTTGCTC

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

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AGTTTGATTCACCTCTTCATGTTCTCTTCGATACTCCATGGAAGAAAGTCTCTAGAGTTG
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TCTGCAAGGCTGCTGCTGCTAATGTGAGCCCTCGCAAAGGTAATAACTTTACGGTGTCTT
ACCTCGTTGAATCTCTGGGTTTAACTACAAAGCTCGCAGAATCCGTCTCTAGGAAAGTGG
ACAAGAGCAATCTTGATTCAGTTCTTAGTCTCTTTAGAAGTTACGGGTTCACAGATGCCG
AGAGTTCTCTTGCTCCCAAGCTTCAGCTTTTGAAGTCAAGAGGAGCTTCAACCTCCGAGC
TTACCGAGTTTCTTTCAAAAGCTCCCAAGATCTTGAGAATCAAAAAGGACAAATCTTTCA
GTAGATACTATGATTTCGTCAAAGATATTGTTGTAGAAGCCGACAAGAGTTCCGAGTTGT
GTCATTCTTCTCTGCCTCAGGGGAGTAGGCAGGAGAATAAACTCAGAAACGTTTCGGTTC
TGAGAGAGCTGGGAGTGCCTCAAAAGTCGTTACTGTCACTCCTCATCTCCAGTCACCATG
TCTGTTGTGGGAAAGACAAGTTTGAAGAATCCCTCAAGAAAGTCCTTGAGATGGGTTTTC
GATCCCACCACCTCAAAGTTTGTCCGAGCCCTCTGCATGATTTACGAGATGAGTGATGAA
ACAATACAAGAAAAGCTCAGTTTCTATAAAGGTTTAGGCTTTGCTGTGTGTGAAGTATGG
GCAATGTTCAAGAAGAATCCAAGCTCTCATGTCCAAAGGACTGCTTGGAAGTGAACTCCC
TTCAGTTGGGTCTGTTTTGGTATGTACCAATGAGATGTATTTAGAAAGGTATGTGATGAA
GCATGATGGTGATAAGATGCTTGTGGCTAAATTGATGGCTATCTTCACAGGAGATGGTGT
TTCGTAGATCAGAAGGATTGTCAAGTTGTTAGTTTTAATTTATTAAAAACTTGAAAACTC
GGATTTAAGTTACTGGTGCGTGAGTTGATGATGGCCATCTTCACCAAATATTGTGGTGAA
ACTTTGTTGCTGCATTCGGGATCCGGAAGCTCAGCTCCAAAAGGCTTTATATGGTGCTGC
ATAAGTCGTATCCATGGACATATACAACTCGTTTTGTTGCATTTCACTGATTTACTGCAA
ACTTGTGTTATATTTGTTGAAATCTATTTTAGACTTTTGTAATCTTAGTTTGATGTGGAC
CTCCCCCATTTTTATATGAAAATTTGTAATCTTTAACGTTAGTGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A824TF U 1
AF RR1A824JQ C 642
BS 1 817 RR1A824TF
BS 818 818 RR1A824JQ
BS 819 840 RR1A824TF
BS 841 1366 RR1A824JQ

RD RR1A824TF 840 0 0
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TCTGCAAGGCTGCTGCTGCTAATGTGAGCCCTCGCAAAGGTAATAACTTTACGGTGTCTT
ACCTCGTTGAATCTCTGGGTTTAACTACAAAGCTCGCAGAATCCGTCTCTAGGAAAGTGG
ACAAGAGCAATCTTGATTCAGTTCTTAGTCTCTTTAGAAGTTACGGGTTCACAGATGCCG
AGAGTTCTCTTGCTCCCAAGCTTCAGCTTTTGAAGTCAAGAGGAGCTTCAACCTCCGAGC
TTACCGAGTTTCTTTCAAAAGCTCCCAAGATCTTGAGAATCAAAAAGGACAAATCTTTCA
GTAGATACTATGATTTCGTCAAAGATATTGTTGTAGAAGCCGACAAGAGTTCCGAGTTGT
GTCATTCTTCTCTGCCTCAGGGGAGTAGGCAGGAGAATAAACTCAGAAACGTTTCGGTTC
TGAGAGAGCTGGGAGTGCCTCAAAAGTCGTTACTGTCACTCCTCATCTCCAGTCACCATG
TCTGTTGTGGGAAAGACAAGTTTGAAGAATCCCTCAAGAAAGTCCTTGAGATGGGTTTTC
GATCCCACCACCTCAAAGTTTGTCCGAGCCCTCTGCATGATTTACGAGATGAGTGATGAA
ACAATACAAGAAAAGCTCAGTTTCTATAAAGGTTTAG*CTTTGCTGTGTGTGAAGTATGG

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR1A824JQ 725 0 0
CTCATCTCCAGTCACCATGTCTGTTGTGGGAAAGACAAGTTTGAAGAATCCCTCAAGAAA
GTCCTTGAGATGGGTTTTCGATCCCACCACCTCAAAGTTTGTCCGAGCCCTCTGCATGAT
TTACGAGATGAGTGATGAAACAATACAAGAAAAGCTCAGTTTCTATAAAGGTTTAGGCTT
TGCTGTGTGTGAAGTATGGGCAATGTTCAAGAAGAATCCAAGCTCTCATGTCCAAAGGAC
TGCTTGGAAGTGAACTCCCTTCAGTTGGGTCTGTTTTGGTATGTACCAATGAGATGTATT
TAGAAAGGTATGTGATGAAGCATGATGGTGATAAGATGCTTGTGGCTAAATTGATGGCTA
TCTTCACAGGAGATGGTGTTTCGTAGATCAGAAGGATTGTCAAGTTGTTAGTTTTAATTT
ATTAAAAACTTGAAAACTCGGATTTAAGTTACTGGTGCGTGAGTTGATGATGGCCATCTT
CACCAAATATTGTGGTGAAACTTTGTTGCTGCATTCGGGATCCGGAAGCTCAGCTCCAAA
AGGCTTTATATGGTGCTGCATAAGTCGTATCCATGGACATATACAACTCGTTTTGTTGCA
TTTCACTGATTTACTGCAAACTTGTGTTATATTTGTTGAAATCTATTTTAGACTTTTGTA
ATCTTAGTTTGATGTGGACCTCCCCCATTTTTATATGAAAATTTGTAATCTTTAACGTTA
GTGGC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL5540Contig1 1322 2 4 U
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CGCCATCATACATCCAGATCTCGGAATAGGTGGAGCAGAGAGATTGATCGTCGATGCGGC
GGTTGAGCTTGCGTCGCAGGGTCATCAAGTCCATGTCTTCACCTCTCACCACGATAAATC
TCGATGCTTCGAGGAAACTCTCTCTGGCATCTTTCAAGTTACGGTGTATGGTTCTTTCCT
GCCACGTCACATCTTCTACCGTCTGCACGCGGTTTGTGCGTACCTGAGGTGCTTGTTCGT
TGCGCTTTGTGTTCTCTTGGGATGGTCTTCCTTCGATGTTGTACTAGCTGACCAGGTTTC
AGTCGTTGTCCCTTTGCTGAAACTCAAAAGGTCATCAAAGGTTGTTTTCTACTGCCATTT
TCCGGATCTCTTGTTAGCTAAGCATACGACTGCACTTAGGAGGATGTATCGGAAACCCAT
TGACTTTATTGAAGAACAAACCACAGGAATGGCTGATATGATCCTTGTTAACAGCAACTT
CACAGCATCAACATTTGCAAAGACGTTTAAGCGTCTTCATGCACGAGGAAGTCGCCCTGC
TGTTCTTTACCCTGCAGTCAATGTCGATCAGTTCAATGAACCTCATGCGCATAAGTTGAA
TTTCCTCTCCATAAACCGCTTTGAGAGGAAGAAGAACATTGATCTAGCTGTTTCAGCTTT
TGCTATTCTCTGCAAACATAAGCAAACTCTGAGTGATGATGTTACTCTTACTGTTGCTGG
CGGATATGACGAGCGGTTGAAAGAGAATGTAGAGTACTTGGAGGAGCTCAAAAGCTTAGC
GGAGAAAGAAGGGGTTTCTAATCGAGTAAACTTCATCACATCTTGTTCAACCGCTGAAAG
AAACGAACTCCTCTCAAGCTGCTTGTGCGTCCTCTACACACCAACGGATGAACATTTCGG
TATTGTTCCGTTAGAAGCAATGGCTGCATACAAACCGGTGATAGCATGCAACAGCGGTGG
TCCCGTGGAGACTGTAAAGAGTGGAGAAACAGGGTATCTATGTGAACCGACTCCAGAAGA
TTTCAGTTCGGCCATGGCTAAGTTCATCGAGGATCCTGAGCTGGGGAGTAGAATGGGAAG
GGAAGCGAGGAGACATGTGGTTGAATCGTTCTCCGTGAAGACGTTTGGACACAAGTTGAA
TCAGTATCTAGTAGATGTAGTATCAAGTCCTAAAGAAGACTGAGTACAACATATATACTA
TTAGAGGCTAGCTTTGTTGTTTGATCAATCATCTTGAATCTGAAGATTGGTTAGTCTCGG
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1FL71TF U 1
AF RR1FL71JQ C 601
BS 1 692 RR1FL71TF
BS 693 693 RR1FL71JQ
BS 694 801 RR1FL71TF
BS 802 1322 RR1FL71JQ

RD RR1FL71TF 801 0 0
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CGCCATCATACATCCAGATCTCGGAATAGGTGGAGCAGAGAGATTGATCGTCGATGCGGC
GGTTGAGCTTGCGTCGCAGGGTCATCAAGTCCATGTCTTCACCTCTCACCACGATAAATC
TCGATGCTTCGAGGAAACTCTCTCTGGCATCTTTCAAGTTACGGTGTATGGTTCTTTCCT
GCCACGTCACATCTTCTACCGTCTGCACGCGGTTTGTGCGTACCTGAGGTGCTTGTTCGT
TGCGCTTTGTGTTCTCTTGGGATGGTCTTCCTTCGATGTTGTACTAGCTGACCAGGTTTC
AGTCGTTGTCCCTTTGCTGAAACTCAAAAGGTCATCAAAGGTTGTTTTCTACTGCCATTT
TCCGGATCTCTTGTTAGCTAAGCATACGACTGCACTTAGGAGGATGTATCGGAAACCCAT
TGACTTTATTGAAGAACAAACCACAGGAATGGCTGATATGATCCTTGTTAACAGCAACTT
CACAGCATCAACATTTGCAAAGACGTTTAAGCGTCTTCATGCACGAGGAAGTCGCCCTGC
TGTTCTTTACCCTGCAGTCAATGTCGATCAGTTCAATGAACCTCATGCGCATAAGTTGAA
TTTCCTCTCCATAAACCGCTTTGAGAGGAAGA*GAACATTGATCTAGCTGTTTCAGCTTT
TGCTATTCTCTGCAAACATAAGCAAACTCTGAGTGATGATGTTACTCTTACTGTTGCTGG
CGGATATGACGAGCGGTTGAA

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1FL71JQ 722 0 0
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TTTCCTCTCCATAAACCGCTTTGAGAGGAAGAAGAACATTGATCTAGCTGTTTCAGCTTT
TGCTATTCTCTGCAAACATAAGCAAACTCTGAGTGATGATGTTACTCTTACTGTTGCTGG
CGGATATGACGAGCGGTTGAAAGAGAATGTAGAGTACTTGGAGGAGCTCAAAAGCTTAGC
GGAGAAAGAAGGGGTTTCTAATCGAGTAAACTTCATCACATCTTGTTCAACCGCTGAAAG
AAACGAACTCCTCTCAAGCTGCTTGTGCGTCCTCTACACACCAACGGATGAACATTTCGG
TATTGTTCCGTTAGAAGCAATGGCTGCATACAAACCGGTGATAGCATGCAACAGCGGTGG
TCCCGTGGAGACTGTAAAGAGTGGAGAAACAGGGTATCTATGTGAACCGACTCCAGAAGA
TTTCAGTTCGGCCATGGCTAAGTTCATCGAGGATCCTGAGCTGGGGAGTAGAATGGGAAG
GGAAGCGAGGAGACATGTGGTTGAATCGTTCTCCGTGAAGACGTTTGGACACAAGTTGAA
TCAGTATCTAGTAGATGTAGTATCAAGTCCTAAAGAAGACTGAGTACAACATATATACTA
TTAGAGGCTAGCTTTGTTGTTTGATCAATCATCTTGAATCTGAAGATTGGTTAGTCTCGG
TG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL5541Contig1 1022 2 2 U
GGAGATGAGATTCCTGATTTGCTCAAGCTTGATGATGTTATTGATCTGGTGATCCCAAGA
GGCAGCAACAAGCTTGTTTCTCAGATTAAAAACTCAACGAAAATCCCAGTGTTAGGGCAT
GCCGATGGTATCTGTCATGTGTATGTTGACAAGTCTTGTAAAGTGGACATGGCAAAGCGT
GTAGTTTCAGATGCAAAGTTAGACTATCCAGCAGCCTGTAACGCCATGGAAACCCTTCTT
GTACATAAGGATCTGGAGCAGAATGGTGTGCTCAACGAGCTTATATATTCCCTCCAGGCC
AATGGTGTCACTTTGTATGGTGGGCCAAAAGCAAGTGGTAAACTGAATATTCCGGAAACA
AAATCATTTCATCACGAGTACAGTTCCAAGGCATGCACCGTTGAAATTGTAGAAGACGTA
CATGGTGCTATAGATCATATTCACCAACATGGGAGTGCACACACTGATTGCATAGTGACA
GAAGATAAAGAAGTCGCAGAGATATTCCTCCGCCAAGTGGACAGTACTGCTGTTTTCCAC
AATGCGAGCACAAGATTCTGTGATGGTTTTCGATTTGGACTTGGTGCTGAGGTGGGAATA
AGCACAAGCAGGATCCATGCCCGTGGTCCAGTTGGAGTCGAAGGATTATTGACTACGAGA
TGGATAATGAGAGGAAAAGGACAAGTGGTGGATGGAGACAATGGAGTCGTTTACACCCAT
AAGGACCTTCCTGTCTTAGAAAGGACAAAGGCACTGGAGAACGGGCATTAGTTCTATGCT
AATGTCGTGAAATATTTTACTCTTTTCTTATGGTTTGAAGTTATTTTTTTACTTTCGTTT
ACTAGGATTGATATAGTATTGTGGATTTGCAATAATATAAGAAGGGTTCCTCTACCTTGG
TGGTCTTTTGATAATAGTAAAGTGTTGTATTAGTTTCTCTTCATGTCAAAAAAAAAAACT
CGGTTAATAAGCCAATGTAACATTTCTATTTCTATCGTTTTCCATGGAAAAGATGCCACT
AC


BQ
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10 10 

AF RR1EP09TF U 1
AF RR1EP09JQ C 321
BS 1 583 RR1EP09TF
BS 584 1022 RR1EP09JQ

RD RR1EP09TF 583 0 0
GGAGATGAGATTCCTGATTTGCTCAAGCTTGATGATGTTATTGATCTGGTGATCCCAAGA
GGCAGCAACAAGCTTGTTTCTCAGATTAAAAACTCAACGAAAATCCCAGTGTTAGGGCAT
GCCGATGGTATCTGTCATGTGTATGTTGACAAGTCTTGTAAAGTGGACATGGCAAAGCGT
GTAGTTTCAGATGCAAAGTTAGACTATCCAGCAGCCTGTAACGCCATGGAAACCCTTCTT
GTACATAAGGATCTGGAGCAGAATGGTGTGCTCAACGAGCTTATATATTCCCTCCAGGCC
AATGGTGTCACTTTGTATGGTGGGCCAAAAGCAAGTGGTAAACTGAATATTCCGGAAACA
AAATCATTTCATCACGAGTACAGTTCCAAGGCATGCACCGTTGAAATTGTAGAAGACGTA
CATGGTGCTATAGATCATATTCACCAACATGGGAGTGCACACACTGATTGCATAGTGACA
GAAGATAAAGAAGTCGCAGAGATATTCCTCCGCCAAGTGGACAGTACTGCTGTTTTCCAC
AATGCGAGCACAAGATTCTGTGATGGTTTTCGATTTGGACTTG

QA 1 583 1 583
DS 

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TCACCAACATGGGAGTGCACACACTGATTGCATAGTGACAGAAGATAAAGAAGTCGCAGA
GATATTCCTCCGCCAAGTGGACAGTACTGCTGTTTTCCACAATGCGAGCACAAGATTCTG
TGATGGTTTTCGATTTGGACTTGGTGCTGAGGTGGGAATAAGCACAAGCAGGATCCATGC
CCGTGGTCCAGTTGGAGTCGAAGGATTATTGACTACGAGATGGATAATGAGAGGAAAAGG
ACAAGTGGTGGATGGAGACAATGGAGTCGTTTACACCCATAAGGACCTTCCTGTCTTAGA
AAGGACAAAGGCACTGGAGAACGGGCATTAGTTCTATGCTAATGTCGTGAAATATTTTAC
TCTTTTCTTATGGTTTGAAGTTATTTTTTTACTTTCGTTTACTAGGATTGATATAGTATT
GTGGATTTGCAATAATATAAGAAGGGTTCCTCTACCTTGGTGGTCTTTTGATAATAGTAA
AGTGTTGTATTAGTTTCTCTTCATGTCAAAAAAAAAAACTCGGTTAATAAGCCAATGTAA
CATTTCTATTTCTATCGTTTTCCATGGAAAAGATGCCACTAC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

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GGCTAGACATTGCTATGAACCAATACAAGTCTCTCTGGACTAAATACGTCGATAACGAAA
TGGAGTTTGTGCAGATGTGCAATTTTGGTCTCTAAAGAAAGATATCGATGAGAGGTAACC
TCAGAATCGATATGTCTTCACTCATTTCAGGGCATTCTTTAACTATATACGTTTATCTTT
TATATATTATATAGGGTTACAAAGCGTTTTCCTTGTTCTCTCTGTCATAGTTTTGTTCTT
TATTTATATTTTGTGTAACTCTTTCGCAAAACCATTATCCAAAACTACAATGTCTCCC


BQ
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AF RR1CK95JQ C 1
AF RR1CK95TF U 1
BS 1 358 RR1CK95TF

RD RR1CK95JQ 358 0 0
GGAGCATGGATGAGATCAAAAAGGCAGCAGTGATACACTACAATGGGAACATGAAACCAT
GGCTAGACATTGCTATGAACCAATACAAGTCTCTCTGGACTAAATACGTCGATAACGAAA
TGGAGTTTGTGCAGATGTGCAATTTTGGTCTCTAAAGAAAGATATCGATGAGAGGTAACC
TCAGAATCGATATGTCTTCACTCATTTCAGGGCATTCTTTAACTATATACGTTTATCTTT
TATATATTATATAGGGTTACAAAGCGTTTTCCTTGTTCTCTCTGTCATAGTTTTGTTCTT
TATTTATATTTTGTGTAACTCTTTCGCAAAACCATTATCCAAAACTACAATGTCTCCC

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1CK95TF 358 0 0
GGAGCATGGATGAGATCAAAAAGGCAGCAGTGATACACTACAATGGGAACATGAAACCAT
GGCTAGACATTGCTATGAACCAATACAAGTCTCTCTGGACTAAATACGTCGATAACGAAA
TGGAGTTTGTGCAGATGTGCAATTTTGGTCTCTAAAGAAAGATATCGATGAGAGGTAACC
TCAGAATCGATATGTCTTCACTCATTTCAGGGCATTCTTTAACTATATACGTTTATCTTT
TATATATTATATAGGGTTACAAAGCGTTTTCCTTGTTCTCTCTGTCATAGTTTTGTTCTT
TATTTATATTTTGTGTAACTCTTTCGCAAAACCATTATCCAAAACTACAATGTCTCCC

QA 1 358 1 358
DS 



AS 1 2

CO CL5543Contig1 1102 2 2 U
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AGCCCAAAAACGATTCGGGTTCGGACCAAACCTCTGAACGCGACACCAATCCACCACCAC
CGCCTACGCCGCAATCTCAACCGCCTCCATCGCAAACGCAACAACAATCTTACCCACCCG
TTATGGGCTTTCCAGGCTACCCTCAAGCCCCATACCCAAACTACCCAAACGCACCTTACA
ATCACAACCAATACGCCTACGCACAAGCCCCACCCGCTTCCTATTACGGTTCTTCATACC
CACCACCTCAGCAAAACCCGGTTTACCAAAGACCACCACCTCCGTCCGGTTTCTTCAGAG
GGATCCTCACCGGTTTAGTCATTTTAGCCGTCTTCATTTGCATCTCCACCACCATAACAT
GGCTCGTCCTCCGTCCTCAAATCCCGGTTTTCTCCGTAACCAATTTCTCCGTCTCCAATT
TCAACCTAACCGAACCGGTATTCTCCGCGCAATGGACGGCTAATCTCACCGTCGAGAATC
CGAACTCGAAACTAACAGCCTACTTCAATCGAATCCAAGGATTCATCTACAACGAAGACG
CGGTCGCGGTAGAGGATTTCTTGGCCATGGAGTATTTCCAACCGGTTTACGTGGAGACCA
AGAAATCGGTTTCGGTAGGAGAAACCCTAACGGCGGGAGAGACGGGACAGCGGAAAGTTC
CGAGCTGGGTCGGGGAAGAGATGAAGAAAGAGAGAGATACGGGAACGGTGTCGTTTAATC
TGTGGATGGCTGTCTCGGTCACTTTTAAAACCGAGGGTTGGTCGGCGCGGGAGAGAGGGC
TTAAGGTGTTTTGCGGGAAGTTGAGAGTTGCGTTTGAAGGAGGGTCCGGAAACGGTGCCG
TTTTGTTGCCTAAGCCTCTTCCTTGTGTGGTTTACGTTTGATCCCTCCTTTTGCCTTGGA
ATTTTTTCTTCTTATTGATATCTCTTGTAATGTTTTATTGTTTACAAGAGATATTAAATG
AAATTATTAAATCAATCTTGTAATCGTCTTAATGTGTACAACAAGAATGTGATATAAATC
CCTGATTCAGATATGTTTGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A496TF U 1
AF RR1A496JQ C 370
BS 1 727 RR1A496TF
BS 728 1102 RR1A496JQ

RD RR1A496TF 727 0 0
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TTATGGGCTTTCCAGGCTACCCTCAAGCCCCATACCCAAACTACCCAAACGCACCTTACA
ATCACAACCAATACGCCTACGCACAAGCCCCACCCGCTTCCTATTACGGTTCTTCATACC
CACCACCTCAGCAAAACCCGGTTTACCAAAGACCACCACCTCCGTCCGGTTTCTTCAGAG
GGATCCTCACCGGTTTAGTCATTTTAGCCGTCTTCATTTGCATCTCCACCACCATAACAT
GGCTCGTCCTCCGTCCTCAAATCCCGGTTTTCTCCGTAACCAATTTCTCCGTCTCCAATT
TCAACCTAACCGAACCGGTATTCTCCGCGCAATGGACGGCTAATCTCACCGTCGAGAATC
CGAACTCGAAACTAACAGCCTACTTCAATCGAATCCAAGGATTCATCTACAACGAAGACG
CGGTCGCGGTAGAGGATTTCTTGGCCATGGAGTATTTCCAACCGGTTTACGTGGAGACCA
AGAAATCGGTTTCGGTAGGAGAAACCCTAACGGCGGGAGAGACGGGACAGCGGAAAGTTC
CGAGCTG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1A496JQ 733 0 0
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CCGAACCGGTATTCTCCGCGCAATGGACGGCTAATCTCACCGTCGAGAATCCGAACTCGA
AACTAACAGCCTACTTCAATCGAATCCAAGGATTCATCTACAACGAAGACGCGGTCGCGG
TAGAGGATTTCTTGGCCATGGAGTATTTCCAACCGGTTTACGTGGAGACCAAGAAATCGG
TTTCGGTAGGAGAAACCCTAACGGCGGGAGAGACGGGACAGCGGAAAGTTCCGAGCTGGG
TCGGGGAAGAGATGAAGAAAGAGAGAGATACGGGAACGGTGTCGTTTAATCTGTGGATGG
CTGTCTCGGTCACTTTTAAAACCGAGGGTTGGTCGGCGCGGGAGAGAGGGCTTAAGGTGT
TTTGCGGGAAGTTGAGAGTTGCGTTTGAAGGAGGGTCCGGAAACGGTGCCGTTTTGTTGC
CTAAGCCTCTTCCTTGTGTGGTTTACGTTTGATCCCTCCTTTTGCCTTGGAATTTTTTCT
TCTTATTGATATCTCTTGTAATGTTTTATTGTTTACAAGAGATATTAAATGAAATTATTA
AATCAATCTTGTAATCGTCTTAATGTGTACAACAAGAATGTGATATAAATCCCTGATTCA
GATATGTTTGTAC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

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GGCTCGTCAGAGGTATGGCTGGAGAGAAGAACCAACTATACTAGAAGTTTAGCCGTTATG
AGTATGGTTGGTTATATTCTTGGATTAGGTGATCGACACCCAAGTAACCTTATGCTAGAT
AGATACAGTGGGAAAATCTTGCATATTGATTTCGGAGATTGTTTTGAGGCGTCTATGAAT
AGAGAGAAGTTTCCTGAAAAGGTTCCGTTCCGTCTGACAAGAATGCTTGTCAGAGCAATG
GAAGTAAGTGGCATCGAAGGAAATTTCAGGTCGACATGCGAAAATGTTATGCAAGTTCTC
AGAACCAACAAAGACAGCGTTATGGCAATGATGGAGGCGTTTGTGCACGATCCTTTGATC
AATTGGCGTCTTTTTAATTTCAATGAAGTCCCTCAACTGGCCCTGCTCGGTAACAACAAT
CCCAACGGTCCTGCTAATGTTGAACCTGAGGAAGTAGATGAAGATCCCGCTGACGCAGAC
CTTCCTCAGCCTCAAAGGAGTACTCGAGAGAAGGAAATTCTTCAGGCTGTGAATATGCTT
GGAGATGCAAATGAGGTATTGAACGAGCGTGCAGTAGTTGTAATGGCTCGTATGAGTCAT
AAGCTCACGGGCCGTGATTTCTCGACGTCTGCAATTCCAAGCAATCCCATTGCTGATCAC
AATAACTTGCTCGGAGGAGATTCTCACGAAGTCGAACATGGTTTGTCTGTGAAAGTTCAG
GTTCAAAAGCTAATTGATCAAGCCACTTCCCATGAAAATCTCTGTCAAAACTATGTTGGG
TGGTGCCCTTTCTGGTGAGAAGGATCATCGGCTATGTTTGTTGTAAATAGGCTTTTGTAA
AATTTCACCTAAGTTGCATTTCTTTGGACTTGACTCGATGATAAACTATGGGTCTTTTTA
ATGTACATAAATGTGTTAGTTAGGTCGGTTTGGAGTTTCGTTTTGGTTTATGATGTTCCC
TACGTTAGGCTTAGTCTCCGGGGAAACTTGTTTCGCCGGCTTAGCATCGGGGACATCCTT
TATCAACGTCGTCTTGTATATTTTTCATGTTTCAATCAAAGTACTTTGAAGTG


BQ
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AF RR1EM17TF U 1
AF RR1EM17JQ C 310
BS 1 661 RR1EM17TF
BS 662 662 RR1EM17JQ
BS 663 672 RR1EM17TF
BS 673 1073 RR1EM17JQ

RD RR1EM17TF 672 0 0
GGCTCGTCAGAGGTATGGCTGGAGAGAAGAACCAACTATACTAGAAGTTTAGCCGTTATG
AGTATGGTTGGTTATATTCTTGGATTAGGTGATCGACACCCAAGTAACCTTATGCTAGAT
AGATACAGTGGGAAAATCTTGCATATTGATTTCGGAGATTGTTTTGAGGCGTCTATGAAT
AGAGAGAAGTTTCCTGAAAAGGTTCCGTTCCGTCTGACAAGAATGCTTGTCAGAGCAATG
GAAGTAAGTGGCATCGAAGGAAATTTCAGGTCGACATGCGAAAATGTTATGCAAGTTCTC
AGAACCAACAAAGACAGCGTTATGGCAATGATGGAGGCGTTTGTGCACGATCCTTTGATC
AATTGGCGTCTTTTTAATTTCAATGAAGTCCCTCAACTGGCCCTGCTCGGTAACAACAAT
CCCAACGGTCCTGCTAATGTTGAACCTGAGGAAGTAGATGAAGATCCCGCTGACGCAGAC
CTTCCTCAGCCTCAAAGGAGTACTCGAGAGAAGGAAATTCTTCAGGCTGTGAATATGCTT
GGAGATGCAAATGAGGTATTGAACGAGCGTGCAGTAGTTGTAATGGCTCGTATGAGTCAT
AAGCTCACGGGCCGTGATTTCTCGACGTCTGCAATTCCAAGCAATCCCATTGCTGATCAC
A*TAACTTGCTC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1EM17JQ 764 0 0
AAAGACAGCGTTATGGCAATGATGGAGGCGTTTGTGCACGATCCTTTGATCAATTGGCGT
CTTTTTAATTTCAATGAAGTCCCTCAACTGGCCCTGCTCGGTAACAACAATCCCAACGGT
CCTGCTAATGTTGAACCTGAGGAAGTAGATGAAGATCCCGCTGACGCAGACCTTCCTCAG
CCTCAAAGGAGTACTCGAGAGAAGGAAATTCTTCAGGCTGTGAATATGCTTGGAGATGCA
AATGAGGTATTGAACGAGCGTGCAGTAGTTGTAATGGCTCGTATGAGTCATAAGCTCACG
GGCCGTGATTTCTCGACGTCTGCAATTCCAAGCAATCCCATTGCTGATCACAATAACTTG
CTCGGAGGAGATTCTCACGAAGTCGAACATGGTTTGTCTGTGAAAGTTCAGGTTCAAAAG
CTAATTGATCAAGCCACTTCCCATGAAAATCTCTGTCAAAACTATGTTGGGTGGTGCCCT
TTCTGGTGAGAAGGATCATCGGCTATGTTTGTTGTAAATAGGCTTTTGTAAAATTTCACC
TAAGTTGCATTTCTTTGGACTTGACTCGATGATAAACTATGGGTCTTTTTAATGTACATA
AATGTGTTAGTTAGGTCGGTTTGGAGTTTCGTTTTGGTTTATGATGTTCCCTACGTTAGG
CTTAGTCTCCGGGGAAACTTGTTTCGCCGGCTTAGCATCGGGGACATCCTTTATCAACGT
CGTCTTGTATATTTTTCATGTTTCAATCAAAGTACTTTGAAGTG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL5545Contig1 964 2 2 U
GCATCATAAACCACTAGCTTCATCAAGCGCAAAGACCGTTGTAAGATTGCTGTTAAAATG
GAGTTTTTCAAAGCGTGAAGATTGCAGTCCTCTAGTCTTTTCTTTACGAAAAAGACTACT
CAAATTTCCTCATGCCCAGGGCCATGAGAGATCCTTTCCACATGTCCTCCTACTGTTAGG
AGATAAAACTACCACCAAAAGTCTTCTCTATGGTGCTGTGTACATTTCTGCAGAGGACCA
AGACGTCATTGAGACAGTATATTCGGCTGGTATGTCTGATATCAGCAAAAATCGTTGGCT
CCGACACGGAAATGTTGGCAGCCAAAGTCTCTTCTTAACATCAGCTATTGCCTCGCCGTC
AAATACTGTCAAGCTCATCAACCTCTACGCAGTTATGAAGGTGGCTTGTCCTTCCTTGCC
GGATTTAAAACACCCTCCTCTCGCCATCACTATCCACGTCCAGCAGCTGTCAGGATCTTT
AACAAGCACACATGTCCATGTTCGTCTCACTCAAAGTTTAGCTCGGAGTCAGTCATTGCT
TGAAGCTTGCAGTCCCGCAGCCTTGTTACAAAAGGTGAATCAAACCTCATCATGACGGGG
CCATGAGAGATCGTTTTCCCCCGTCCTTCTCTTTGTAAGAGAAACACCTTCCGCCAAAAC
TCCTCGCTATACAACGGAACTCATTCCAGTTAGACCCGAGGCCTTGGAGCATTCAACGTC
ACGACATACGGTGACTATTCTCAAGTCTGAAAAACTCAAAGTACGCAGTAATTTTTTCAT
GTGGTTACTCGCGAGTGACATCTTTGTAACCTTTTACGACATCCTATCAAACTTGTCTAA
GTTTGTGTTTCTATCCTTGCATTGTTTTGTTCTTGATTTTCCTAAAAAGACTACACATCA
CTGTTTCGATGTTGCTAGTATCCATGTAAATGTTTAACATATGAATGAAAAGCATCAGTT
TCGC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1FZ37TF U 1
AF RR1FZ37JQ C 358
BS 1 560 RR1FZ37TF
BS 561 964 RR1FZ37JQ

RD RR1FZ37TF 560 0 0
GCATCATAAACCACTAGCTTCATCAAGCGCAAAGACCGTTGTAAGATTGCTGTTAAAATG
GAGTTTTTCAAAGCGTGAAGATTGCAGTCCTCTAGTCTTTTCTTTACGAAAAAGACTACT
CAAATTTCCTCATGCCCAGGGCCATGAGAGATCCTTTCCACATGTCCTCCTACTGTTAGG
AGATAAAACTACCACCAAAAGTCTTCTCTATGGTGCTGTGTACATTTCTGCAGAGGACCA
AGACGTCATTGAGACAGTATATTCGGCTGGTATGTCTGATATCAGCAAAAATCGTTGGCT
CCGACACGGAAATGTTGGCAGCCAAAGTCTCTTCTTAACATCAGCTATTGCCTCGCCGTC
AAATACTGTCAAGCTCATCAACCTCTACGCAGTTATGAAGGTGGCTTGTCCTTCCTTGCC
GGATTTAAAACACCCTCCTCTCGCCATCACTATCCACGTCCAGCAGCTGTCAGGATCTTT
AACAAGCACACATGTCCATGTTCGTCTCACTCAAAGTTTAGCTCGGAGTCAGTCATTGCT
TGAAGCTTGCAGTCCCGCAG

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1FZ37JQ 607 0 0
GTCAAATACTGTCAAGCTCATCAACCTCTACGCAGTTATGAAGGTGGCTTGTCCTTCCTT
GCCGGATTTAAAACACCCTCCTCTCGCCATCACTATCCACGTCCAGCAGCTGTCAGGATC
TTTAACAAGCACACATGTCCATGTTCGTCTCACTCAAAGTTTAGCTCGGAGTCAGTCATT
GCTTGAAGCTTGCAGTCCCGCAGCCTTGTTACAAAAGGTGAATCAAACCTCATCATGACG
GGGCCATGAGAGATCGTTTTCCCCCGTCCTTCTCTTTGTAAGAGAAACACCTTCCGCCAA
AACTCCTCGCTATACAACGGAACTCATTCCAGTTAGACCCGAGGCCTTGGAGCATTCAAC
GTCACGACATACGGTGACTATTCTCAAGTCTGAAAAACTCAAAGTACGCAGTAATTTTTT
CATGTGGTTACTCGCGAGTGACATCTTTGTAACCTTTTACGACATCCTATCAAACTTGTC
TAAGTTTGTGTTTCTATCCTTGCATTGTTTTGTTCTTGATTTTCCTAAAAAGACTACACA
TCACTGTTTCGATGTTGCTAGTATCCATGTAAATGTTTAACATATGAATGAAAAGCATCA
GTTTCGC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

CO CL5546Contig1 696 2 11 U
GGATTTTCTAATATTCCCGCTATCAAAGAGAAGTTTTACGCAGAGATAGAGAAGAAACTG
AAAGAACGAGAGTGATTCAAGAAGATGGCGATGCAAATAGCGACACCGGCCCCTGCACCG
ATCACAGCACCGGAGATAAACATCATCCTCACGCCAGCAAAGACGGAGACACACAAGAAG
AACAGGATCCAAGTCTCCAACACCAAGAAGCCACTGTTCTTCTACGTCAATCTCGCCAAG
AGGTACATTCAGCAACACAATGAGGTCGAACTCTCTGCACTCGGAATGGCAATTACGACG
GTGGTAACAATCTCTGAGATCTTGAAGAACAATGGATTGGCTACAGAGAAGAAAGTGTTG
ACATCCACTGTGGGAATGAAGGATGAGACCAAAGGAAAGATGGTTCAGAAAGCAAAGATT
GAGATAGTGTTGGGGAAATCAGACAAGTTCGACTCTTTGGTGCCACCTGTGACCAATGGC
AAGACTCCTGAGGAAGTAGCTAAGGCAGAGACGGAGGCTGCTGTTGAAGCACAAGAATCT
GCAGCCACCCAAGTCTAGGACTGATCCTGCTAACCACATAACAATGCTTGTTCCATCTTT
TTTTTTTTAAATATGTTTGTTGTTTTTGTTTCAGTTGTGACAATTCGAACATAATACTAC
TCTAGATATGTAATATAATAAGTAAAATGATGGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AS21TF U 76
AF RR1FT10TF U 1
BS 1 114 RR1FT10TF
BS 115 115 RR1AS21TF
BS 116 170 RR1FT10TF
BS 171 171 RR1AS21TF
BS 172 266 RR1FT10TF
BS 267 267 RR1AS21TF
BS 268 302 RR1FT10TF
BS 303 303 RR1AS21TF
BS 304 425 RR1FT10TF
BS 426 426 RR1AS21TF
BS 427 696 RR1FT10TF

RD RR1AS21TF 409 0 0
AAG
AAGAAGATGGCGATGCAAATAGCGACACCGGCCCCTGCACCGATCACGGCACCGGAGATA
AACATCATCCTCACGCCAGCAAAGACGGAGACACACAAGAAGAACAGTATTCAAGTCTCC
AACACGAAGAAGCCACTGTTCTTCTACGTTAATCTCGCCAAGAGGTACATTCAGCAACAC
AATGAGGTCGAACTCTCTGCACTCGGAATGGCAATTACGACGGTGGTAACAATCTCTGAG
ATCTTGAAGAACAATGGATTGGCTACAGAGAAGAAAGTGTTGACATCCACTGTGGGAATG
AAGGATGAGACCAAAGGAAAGATGGTTCAGAAAGCAAAGATTGAGATAGTGTTGGGGAAA
TCAGACAAGTTTGATTCTTTGGTGCCACCTGTGACCAATGGCAAGA

QA 4 409 4 409
DS 

RD RR1FT10TF 696 0 0
GGATTTTCTAATATTCCCGCTATCAAAGAGAAGTTTTACGCAGAGATAGAGAAGAAACTG
AAAGAACGAGAGTGATTCAAGAAGATGGCGATGCAAATAGCGACACCGGCCCCTTCACCG
ATCACAGCACCGGAGATAAACATCATCCTCACGCCAGCAAAGACGGAGACTCACAAGAAG
AACAGGATCCAAGTCTCCAACACCAAGAAGCCACTGTTCTTCTACGTCAATCTCGCCAAG
AGGTACATTCAGCAACACAATGAGGTTGAACTCTCTGCACTCGGAATGGCAATTACGACG
GTTGTAACAATCTCTGAGATCTTGAAGAACAATGGATTGGCTACAGAGAAGAAAGTGTTG
ACATCCACTGTGGGAATGAAGGATGAGACCAAAGGAAAGATGGTTCAGAAAGCAAAGATT
GAGATTGTGTTGGGGAAATCAGACAAGTTCGACTCTTTGGTGCCACCTGTGACCAATGGC
AAGACTCCTGAGGAAGTAGCTAAGGCAGAGACGGAGGCTGCTGTTGAAGCACAAGAATCT
GCAGCCACCCAAGTCTAGGACTGATCCTGCTAACCACATAACAATGCTTGTTCCATCTTT
TTTTTTTTAAATATGTTTGTTGTTTTTGTTTCAGTTGTGACAATTCGAACATAATACTAC
TCTAGATATGTAATATAATAAGTAAAATGATGGTCG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL5547Contig1 859 2 2 U
GTATTGTTTTCTTCCTAAACTACTCGGAATGAATCTTGGAGGAAAGATGGTGCAGAAGAA
GGTGGCTATCCTCTACCATTACCCTTGCCACGACGGTGTCTTCGCCGCCTTGGCAGCACA
TCTATACTTCTCAGCAAACTCAATCCCTTCTCTCTTCTTCCCCAACACAGTCTACTCTCC
ACTTGCAAAAACGTCACCAAAGTTTTGGATATGATAAGAAGCGGAGCTACCATTGCGTTT
GACTATTTTACTCAGAAGCTGAAGGAAGAGTCTCGGGGAAGTTGCAGAGAGATGAGTGAT
TTCAAGAGGATGAGGCGTGTTTTCGAGTACATCGAAGACGCGGATATCTGGAAGTGGAAA
CTACCAGAGAGTAAAGCGTTCAACAGTGGGATCATAGACTTAGGGATCGAGTATGATTTC
AATCAGAATAAGTCACTGTTTCAGCAGCTGCTCTCGTTGGATCATGACAGTGTGATCAAC
AGAGGGAGAGAGAGTCTGTATAGGAAACTTAAACGGATCCAGCAGGCGCTTGAACAGTCC
TATGAGATTGTTCTTGGAGGTGCTGATGAAGAGTTTGGTCGGTGTTTGGCTGTAAACGGA
GACGAGATTGCAGAGCTTAGAAGCGAATTAGGAAACCAATTGGCGGAGAAGAGTAAGGGT
ATGAGACTCAGAGGTGTCGGAGCTGTTGTTTACAAAGTCCCTGAGCTTGGGGATGAGACC
AAACTGAAGATAAGTTTGAGGAGTGTTGAAGAAGAAGACACAACAGTGGTTTCGCAGAGA
TTCGGAGGTGGTGGTCATAGAAACGCAAGCTCTTTCCTGTTGAGCTCAATAGAGTTCGAG
CAATGGAAAGCGAAAAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CW30TF U 1
AF RR1CW30JQ C 282
BS 1 627 RR1CW30TF
BS 628 859 RR1CW30JQ

RD RR1CW30TF 627 0 0
GTATTGTTTTCTTCCTAAACTACTCGGAATGAATCTTGGAGGAAAGATGGTGCAGAAGAA
GGTGGCTATCCTCTACCATTACCCTTGCCACGACGGTGTCTTCGCCGCCTTGGCAGCACA
TCTATACTTCTCAGCAAACTCAATCCCTTCTCTCTTCTTCCCCAACACAGTCTACTCTCC
ACTTGCAAAAACGTCACCAAAGTTTTGGATATGATAAGAAGCGGAGCTACCATTGCGTTT
GACTATTTTACTCAGAAGCTGAAGGAAGAGTCTCGGGGAAGTTGCAGAGAGATGAGTGAT
TTCAAGAGGATGAGGCGTGTTTTCGAGTACATCGAAGACGCGGATATCTGGAAGTGGAAA
CTACCAGAGAGTAAAGCGTTCAACAGTGGGATCATAGACTTAGGGATCGAGTATGATTTC
AATCAGAATAAGTCACTGTTTCAGCAGCTGCTCTCGTTGGATCATGACAGTGTGATCAAC
AGAGGGAGAGAGAGTCTGTATAGGAAACTTAAACGGATCCAGCAGGCGCTTGAACAGTCC
TATGAGATTGTTCTTGGAGGTGCTGATGAAGAGTTTGGTCGGTGTTTGGCTGTAAACGGA
GACGAGATTGCAGAGCTTAGAAGCGAA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1CW30JQ 578 0 0
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GGATATCTGGAAGTGGAAACTACCAGAGAGTAAAGCGTTCAACAGTGGGATCATAGACTT
AGGGATCGAGTATGATTTCAATCAGAATAAGTCACTGTTTCAGCAGCTGCTCTCGTTGGA
TCATGACAGTGTGATCAACAGAGGGAGAGAGAGTCTGTATAGGAAACTTAAACGGATCCA
GCAGGCGCTTGAACAGTCCTATGAGATTGTTCTTGGAGGTGCTGATGAAGAGTTTGGTCG
GTGTTTGGCTGTAAACGGAGACGAGATTGCAGAGCTTAGAAGCGAATTAGGAAACCAATT
GGCGGAGAAGAGTAAGGGTATGAGACTCAGAGGTGTCGGAGCTGTTGTTTACAAAGTCCC
TGAGCTTGGGGATGAGACCAAACTGAAGATAAGTTTGAGGAGTGTTGAAGAAGAAGACAC
AACAGTGGTTTCGCAGAGATTCGGAGGTGGTGGTCATAGAAACGCAAGCTCTTTCCTGTT
GAGCTCAATAGAGTTCGAGCAATGGAAAGCGAAAAGAA

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL5548Contig1 1122 2 2 U
GGGAGCCGGAGGCAGTGACTGGAAGCATTACGTCAGAAGAAAACCTCATGTGGTCAAAAG
GCGGATTCGAAAAGGGATCCCTGATTGCTTAAGGGGTCTTGTCTGGCAGTTGATCTCCGG
AAGCCGAGACCTTTTGCTTATGAATCCCGGTGTTTATGAGCAACTGGTGGTTTATGAGAC
GTCAGCTTCAGAGCTCGACATCATCCGGGACATATCCCGGACTTTCCCGTCGCATGTTTT
CTTCCAGAAGAGACATGGACCAGGCCAAAGATCACTGTACAATGTTCTGAAAGCGTACTC
TGTCTATGACAGAGATGTCGGATACGTTCAGGGAATGGGGTTCGTAGCCGGTTTGTTGCT
TCTTTATATGAGCGAAGAAGATGCCTTCTGGTTACTAGTTGCATTACTCAAAGGAGCTGT
TCACTCCCCAATGGAAGGATTGTATCAGGCAGGGCTTCCTCTGGTACAGAAATATCTGTT
ACAGTTTGATCAGTTGGTAAGAGAGCTAATGCCAAAACTAGGAGAACACTTCACTCAAGA
AATGATCAATCCGAGTATGTATGCAAGCCAGTGGTTCATAACAGTCTTCTCCTACTCGTT
TCCTTTCCACTCAGCTCTAAGAATCTGGGATGTGTTTCTAGCAGAGGGTATAATTATTGT
GTTCAAAGTGGGGTTAGCATTGTTGAAGCATTGCCATGATGATTTGGTGAAATTGCCATT
TGAGGAACTGATGCATGCTTTAAGGAACTTTCCTGAAGATGCCATGGATCCTGATACTTT
ACTTCCATTGGCTTACTCCATCAAGGTAGCAAAGCGTTTGGAAGAAATGAAACAGGATGG
TGAGAAGACCGTAGCTAAACCGGCCAAAACGACCAACCCGGTTCAGCAATGATCTTGAGC
CCCATGGGTCTCTCTTTTACTCAATTCTTCTTTTGTGCAACTCACGTGTGAAGAAAGCAT
AGTAGTTTTTTTAATTCTTTTGTATTTAAATTCCAAGAAAATCAAACTTCCTAGTTTCTC
CTTTCTATTTTTTTGGCATGATTTTTTGTTTGTTTGTTGTGTTTAACATGCTTCTGTAAC
GTCCAAGTCACGATGTATTGCATCTTTAGAAAGTTCAAATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EM20TF U 1
AF RR1EM20JQ C 393
BS 1 589 RR1EM20TF
BS 590 1122 RR1EM20JQ

RD RR1EM20TF 589 0 0
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GCGGATTCGAAAAGGGATCCCTGATTGCTTAAGGGGTCTTGTCTGGCAGTTGATCTCCGG
AAGCCGAGACCTTTTGCTTATGAATCCCGGTGTTTATGAGCAACTGGTGGTTTATGAGAC
GTCAGCTTCAGAGCTCGACATCATCCGGGACATATCCCGGACTTTCCCGTCGCATGTTTT
CTTCCAGAAGAGACATGGACCAGGCCAAAGATCACTGTACAATGTTCTGAAAGCGTACTC
TGTCTATGACAGAGATGTCGGATACGTTCAGGGAATGGGGTTCGTAGCCGGTTTGTTGCT
TCTTTATATGAGCGAAGAAGATGCCTTCTGGTTACTAGTTGCATTACTCAAAGGAGCTGT
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ACAGTTTGATCAGTTGGTAAGAGAGCTAATGCCAAAACTAGGAGAACACTTCACTCAAGA
AATGATCAATCCGAGTATGTATGCAAGCCAGTGGTTCATAACAGTCTTC

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DS 

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GCCATGATGATTTGGTGAAATTGCCATTTGAGGAACTGATGCATGCTTTAAGGAACTTTC
CTGAAGATGCCATGGATCCTGATACTTTACTTCCATTGGCTTACTCCATCAAGGTAGCAA
AGCGTTTGGAAGAAATGAAACAGGATGGTGAGAAGACCGTAGCTAAACCGGCCAAAACGA
CCAACCCGGTTCAGCAATGATCTTGAGCCCCATGGGTCTCTCTTTTACTCAATTCTTCTT
TTGTGCAACTCACGTGTGAAGAAAGCATAGTAGTTTTTTTAATTCTTTTGTATTTAAATT
CCAAGAAAATCAAACTTCCTAGTTTCTCCTTTCTATTTTTTTGGCATGATTTTTTGTTTG
TTTGTTGTGTTTAACATGCTTCTGTAACGTCCAAGTCACGATGTATTGCATCTTTAGAAA
GTTCAAATGT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL5549Contig1 1363 2 4 U
GGAGAGTAAGTTTCGTGTACTCTCCAATCTCTTCTTCCCACAAAAATGATAACACCACAA
CCAACAGCAATAATACCAATTACGTCCTGGTTACAAATACTCATAACAACAATCATCAAC
AACACATGTTATTCCCACATATGAGCTCTCTTCTTCCTCAAACGACGACTGAGAATTGTT
TCCGATCCGATCATGATCAGCCTACCAACGCATCTGTTAAATCAGAAGCAAGCTCCTCAA
GAATCAATCACTACTCTATGTTGATGAAAGCAATCCACAATACTCAAGAAGATAACAACA
ACAACAACAACAACAACAATGATACGGAATCCATGAAAGCTAAGATAATCGCTCATCCCC
ACTACCCCACCCTCCTACACGCCTACTTAGACTGCCAGAAGATTGGAGCACCACCTGAGG
TAGTTGATAAAATTACGGCGGCAAGGAAAGATTTCGAGGCGAGGCAGCAGCGGCCAATAG
CGTCCGTGACTGCGCTGTCTAGAGACCCTGAATTGGATCAATTTATGGAAGCATACTGTG
ACATGCTGGTCAAATATCAAGAGGAGCTAACACGGCCCATTGAAGAAGCAATGGAGTATA
TACGTCGTATTGAATCTCAAATTAGCATGTTGTGTCAGGGTCCCAATCACATCCTCAACA
ATCCTGATGGGAAAAGTGAAGGAATGGAATCATCAGACGAAGAGCAAGAGAATAATAACA
GTGGAGGGGAAGCAGAATTACCGGAAATAGACCCGCGGGCGGAAGATCGGGAACTCAAGA
ATCACTTGCTGAAGAAGTATAGTGGATACTTGAGCAGTCTAAAGCAAGAACTCTCCAAGA
AAAAAAAGAAAGGTAAACTTCCCAAAGAAGCAAGGCAGAAGCTTCTCACGTGGTGGGAAT
TGCATTACAAGTGGCCATATCCTTCTGAATCAGAGAAGGTCGCGTTGGCGGAATCAACGG
GGTTAGATCAGAAACAGATCAACAATTGGTTCATAAACCAAAGAAAACGTCACTGGAAAC
CATCCGAAGACATGCAGTTTATGGTGATGGATGGTCTACAGCACCCGCACCACGCAGCTC
TATACATGGATGGTCATTACATGGGCGATGGTCCTTATCGTCTTGGACCATAAGAGACCG
CTTGCAGATATCCAGAAGGGTTAGCCATATAATAACAACCTTTTGTTGCTCTCTCGTTTA
CAGTTTATGGCAACTTTCCTTCACAAGTTTGCTACCTATAGCTTTTTTACCCGTATTTAA
TGTCTTATATCGTTCAAGGGGTTTGAGACTTCCTAGTCATTTAATTTCACTTCTTTTTTT
TGTATTTTTCATAATGTTTTATTTATAATATATGTGTTTTAAT


BQ
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AF RR1BD80TF U 1
AF RR1BD80JQ C 540
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RD RR1BD80TF 741 0 0
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CCAACAGCAATAATACCAATTACGTCCTGGTTACAAATACTCATAACAACAATCATCAAC
AACACATGTTATTCCCACATATGAGCTCTCTTCTTCCTCAAACGACGACTGAGAATTGTT
TCCGATCCGATCATGATCAGCCTACCAACGCATCTGTTAAATCAGAAGCAAGCTCCTCAA
GAATCAATCACTACTCTATGTTGATGAAAGCAATCCACAATACTCAAGAAGATAACAACA
ACAACAACAACAACAACAATGATACGGAATCCATGAAAGCTAAGATAATCGCTCATCCCC
ACTACCCCACCCTCCTACACGCCTACTTAGACTGCCAGAAGATTGGAGCACCACCTGAGG
TAGTTGATAAAATTACGGCGGCAAGGAAAGATTTCGAGGCGAGGCAGCAGCGGCCAATAG
CGTCCGTGACTGCGCTGTCTAGAGACCCTGAATTGGATCAATTTATGGAAGCATACTGTG
ACATGCTGGTCAAATATCAAGAGGAGCTAACACGGCCCATTGAAGAAGCAATGGAGTATA
TACGTCGTATTGAATCTCAAATTAGCATGTTGTGTCAGGGTCCCAATCACATCCTCAACA
ATCCTGATGGGAAAAGTGAAGGAATGGAATCATCAGACGAAGAGCAAGAGAATAATAACA
GTGGAGGGGAAGCAGATTTAC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1BD80JQ 824 0 0
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ATACGTCGTATTGAATCTCAAATTAGCATGTTGTGTCAGGGTCCCAATCACATCCTCAAC
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AGTGGAGGGGAAGCAGAATTACCGGAAATAGACCCGCGGGCGGAAGATCGGGAACTCAAG
AATCACTTGCTGAAGAAGTATAGTGGATACTTGAGCAGTCTAAAGCAAGAACTCTCCAAG
AAAAAAAAGAAAGGTAAACTTCCCAAAGAAGCAAGGCAGAAGCTTCTCACGTGGTGGGAA
TTGCATTACAAGTGGCCATATCCTTCTGAATCAGAGAAGGTCGCGTTGGCGGAATCAACG
GGGTTAGATCAGAAACAGATCAACAATTGGTTCATAAACCAAAGAAAACGTCACTGGAAA
CCATCCGAAGACATGCAGTTTATGGTGATGGATGGTCTACAGCACCCGCACCACGCAGCT
CTATACATGGATGGTCATTACATGGGCGATGGTCCTTATCGTCTTGGACCATAAGAGACC
GCTTGCAGATATCCAGAAGGGTTAGCCATATAATAACAACCTTTTGTTGCTCTCTCGTTT
ACAGTTTATGGCAACTTTCCTTCACAAGTTTGCTACCTATAGCTTTTTTACCCGTATTTA
ATGTCTTATATCGTTCAAGGGGTTTGAGACTTCCTAGTCATTTAATTTCACTTCTTTTTT
TTGTATTTTTCATAATGTTTTATTTATAATATATGTGTTTTAAT

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

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GTGTGAAGAGGGTTGTGCATTGTAGCAGGTGTAACCAGACTGGTCATTTCAGAACCACTT
GTGCTGCACCCATTTGATGGTTACAGACGCTTGAAGAATATCTTACTTGTTTGTTATATT
TATTTTTACTTTTTTCCATTTATATTTGTATGCTTGTAGCAGTATTGTATGCATAATAAA
CTCTTCTGTTTGTTTTTTTTTCGTTTTAATAAGTAATGAGATCATATATTTATTTTCG


BQ
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AF RR1HA15JQ C 1
AF RR1HA15TF U 1
BS 1 358 RR1HA15TF

RD RR1HA15JQ 358 0 0
GTCCGAGTGTGAGTAATAAAGCGGGTCTTGATGTTGCTGTTGTTGTTATAAACCCGCCTA
AGTCGCTGAGACCGGCTGGTAGGCCGAGGAAGAGACGGGCGAGGGCTGAAGATAGAGGAC
GTGTGAAGAGGGTTGTGCATTGTAGCAGGTGTAACCAGACTGGTCATTTCAGAACCACTT
GTGCTGCACCCATTTGATGGTTACAGACGCTTGAAGAATATCTTACTTGTTTGTTATATT
TATTTTTACTTTTTTCCATTTATATTTGTATGCTTGTAGCAGTATTGTATGCATAATAAA
CTCTTCTGTTTGTTTTTTTTTCGTTTTAATAAGTAATGAGATCATATATTTATTTTCG

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1HA15TF 358 0 0
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AGTCGCTGAGACCGGCTGGTAGGCCGAGGAAGAGACGGGCGAGGGCTGAAGATAGAGGAC
GTGTGAAGAGGGTTGTGCATTGTAGCAGGTGTAACCAGACTGGTCATTTCAGAACCACTT
GTGCTGCACCCATTTGATGGTTACAGACGCTTGAAGAATATCTTACTTGTTTGTTATATT
TATTTTTACTTTTTTCCATTTATATTTGTATGCTTGTAGCAGTATTGTATGCATAATAAA
CTCTTCTGTTTGTTTTTTTTTCGTTTTAATAAGTAATGAGATCATATATTTATTTTCG

QA 1 358 1 358
DS 



AS 1 2

CO CL5551Contig1 1009 2 2 U
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TCTAGATATTTAGTCATGTCTTCTATTTTGATTTTCTGCAGGATATAAAAATGCAGGTTC
AATATGCAGGAAAGAAAAGAAGAATATATATGAAGTTCACAAAGACATATAGTAAGTACT
GAGTCAAATTTAGTAGCGTTTGCTTAAAAAAATAAATTAACATGTTGGAGATCTAATTAT
ACAGTTTTCAATTTTGTAGTGATCAATGCTAATATGTTGTCAATGCTAATATGTTGTCTT
CGGGAGAAAATTTTGCTAAAATTCTCCATCAGCATGGCAAGAGCCAAATGAGAGCATAGT
AATATGTTAACTGACGTGAGCCATAATCGGAGCTTATAGAGGTAAATTTATCTGCTCTAA
TTATTTATATATATACAGACTATTGCTAGCTATCACTACCATATTAAACCAAACCAACAT
TATTTTGAGTAGAACTGTTTGGTATGTAATTACCGAAGCTCGTGTTGAAGGAAACTCCAA
TTAGAAGAAGAGTCATACAAACAGATTTAAGCATCCATATCAACTAAACAGGTAAATCTA
TTTTCTTCATATTTCAAAACTGATTTTGATTAATTTGTTTTTGTCAGCTGATGAAATTTT
CTTATTTTCTGGGTTCATTCATATTAATACTTGCCAAGAGTGTTATAGTTAGGTTCGTGA
ACCCTATTTTTCAATAAACTATTATTTTGAAACTCTCGGATTTTTCTCTAGGGCTAATCT
TGATTTGTTATTATCTTAACAGAATTATACTCAAGGAAAACCAGATGGTTAGCTCCGTAA
AATCATTTACTTTCAACAAAAAAATGATACAAACAAATCTTACAACAGAAAATCTACGTC
CCTAAATACAAGTCAATATTTACTAAGCATATTCTTTTAACAATATTGCAACAGAAAACA
TTAATCACGCTAACCACCCGAAACTGTATTAACCAAATATTCCTCTTCC


BQ
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AF RR1GF23TF U 1
AF RR1GF23JQ C 390
BS 1 747 RR1GF23TF
BS 748 1009 RR1GF23JQ

RD RR1GF23TF 747 0 0
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GAGTCAAATTTAGTAGCGTTTGCTTAAAAAAATAAATTAACATGTTGGAGATCTAATTAT
ACAGTTTTCAATTTTGTAGTGATCAATGCTAATATGTTGTCAATGCTAATATGTTGTCTT
CGGGAGAAAATTTTGCTAAAATTCTCCATCAGCATGGCAAGAGCCAAATGAGAGCATAGT
AATATGTTAACTGACGTGAGCCATAATCGGAGCTTATAGAGGTAAATTTATCTGCTCTAA
TTATTTATATATATACAGACTATTGCTAGCTATCACTACCATATTAAACCAAACCAACAT
TATTTTGAGTAGAACTGTTTGGTATGTAATTACCGAAGCTCGTGTTGAAGGAAACTCCAA
TTAGAAGAAGAGTCATACAAACAGATTTAAGCATCCATATCAACTAAACAGGTAAATCTA
TTTTCTTCATATTTCAAAACTGATTTTGATTAATTTGTTTTTGTCAGCTGATGAAATTTT
CTTATTTTCTGGGTTCATTCATATTAATACTTGCCAAGAGTGTTATAGTTAGGTTCGTGA
ACCCTATTTTTCAATAAACTATTATTT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1GF23JQ 620 0 0
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CTATCACTACCATATTAAACCAAACCAACATTATTTTGAGTAGAACTGTTTGGTATGTAA
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AGCATCCATATCAACTAAACAGGTAAATCTATTTTCTTCATATTTCAAAACTGATTTTGA
TTAATTTGTTTTTGTCAGCTGATGAAATTTTCTTATTTTCTGGGTTCATTCATATTAATA
CTTGCCAAGAGTGTTATAGTTAGGTTCGTGAACCCTATTTTTCAATAAACTATTATTTTG
AAACTCTCGGATTTTTCTCTAGGGCTAATCTTGATTTGTTATTATCTTAACAGAATTATA
CTCAAGGAAAACCAGATGGTTAGCTCCGTAAAATCATTTACTTTCAACAAAAAAATGATA
CAAACAAATCTTACAACAGAAAATCTACGTCCCTAAATACAAGTCAATATTTACTAAGCA
TATTCTTTTAACAATATTGCAACAGAAAACATTAATCACGCTAACCACCCGAAACTGTAT
TAACCAAATATTCCTCTTCC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5553Contig1 1235 2 2 U
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CGACTAGATCACCGAGCACTTCCTCTCGGAACAGTCTTCTTCTTCCTTCATTTCTGGTCA
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GGAGGTACTTAGCGTACAAAGAGCATGGAGTTCCAAGAGAGAAAGCTCGCCGCAAAGTCA
TCTTCATCCACGGATCCGATTCTTGTCGACACGACGCCGTTTACGCCACTCGCCTCTCGC
CGGGTTTAATTGAGGAGCTTGGCATGTATCTGGTTTCGTTTGACCGACCCGGTTACGGAG
AGAGCGACCCGGATCCGAACCGTACCCCAAAGAGCTTGGCTTTAGACGTTCAAGAGCTTG
CAGATCAGTTGCATCTTGGAGAGAAGTTCTACGTGGTCGGTTACTCCATGGGAGGACAAG
CTACATGGGGATGTCTCAAGTACATCCCTCACCGGCTAGCCGGAGTGACTCTCGTTGCTC
CGGTGGTTAACTACTGGTGGAAGAACTTGCCTTTGAATGTTTCCACTCAAGGTTACACCT
TGCAACCAAAGAGAGATCAGTGGGCGGTTCGTGTTGCTCACTACGCTCCTTGGCTTATCT
ACTGGTGGAACAGTCAGAAGTGGTTCCCCGGTTCGAGTGTCGCGAACCGAGATGGTAGTA
GCTTCTCACAGCCGGATAAAGATATCGTTTTGAAGCTTGGTTCTTCTAGGAAACCGCATT
TGGCGGAAGTGAGGCCACAAGGGTTGCATGAGAGTATTAACCGTGACATGGTTGTTGGGT
TTGGGAGTTGGGAGTTTGATCCTATTGAACTCGAGGATCCGTTTTTGAAGAGCCATCGAG
GCTCTGTTCATCTGTGGCAAGGAGATGATGATATGTTAGTGCCTGTGATGCCGCAGCGTT
ACATTGCTGAGAAGCTTCCGTGGATTCACTATCACGAGTTTCCGGGAAGTGGCCACTTCC
TCCACTACAGTGAAGGTATGGTTGATGACATTGTAAAGACGCTCTTCAAAACCGATACTG
AGAACTGATGAACTACCACAATGGTCTGAAAATGAAATGTTTGTATTTTGTTGTATTTGT
AAGATCCAATAATAAAGTTAAGTGTTTACAGTTAC


BQ
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AF RR1AU89JQ C 433
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BS 791 1235 RR1AU89JQ

RD RR1AU89TF 790 0 0
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TGCAACCAAAGAGAGATCAGTGGGCGGTTCGTGTTGCTCACTACGCTCCTTGGCTTATCT
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GCTTCTCACA

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DS 

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ATCTTGGAGAGAAGTTCTACGTGGTCGGTTACTCCATGGGAGGACAAGCTACATGGGGAT
GTCTCAAGTACATCCCTCACCGGCTAGCCGGAGTGACTCTCGTTGCTCCGGTGGTTAACT
ACTGGTGGAAGAACTTGCCTTTGAATGTTTCCACTCAAGGTTACACCTTGCAACCAAAGA
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GTCAGAAGTGGTTCCCCGGTTCGAGTGTCGCGAACCGAGATGGTAGTAGCTTCTCACAGC
CGGATAAAGATATCGTTTTGAAGCTTGGTTCTTCTAGGAAACCGCATTTGGCGGAAGTGA
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AGTTTGATCCTATTGAACTCGAGGATCCGTTTTTGAAGAGCCATCGAGGCTCTGTTCATC
TGTGGCAAGGAGATGATGATATGTTAGTGCCTGTGATGCCGCAGCGTTACATTGCTGAGA
AGCTTCCGTGGATTCACTATCACGAGTTTCCGGGAAGTGGCCACTTCCTCCACTACAGTG
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CTACCACAATGGTCTGAAAATGAAATGTTTGTATTTTGTTGTATTTGTAAGATCCAATAA
TAAAGTTAAGTGTTTACAGTTAC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL5554Contig1 913 2 2 U
GGGATCTTTAACAGGGGTAGAATTTTCTAGAGGAGAAGAGATTCTTTTTTGTTTTGTAAA
TATTCGATCATATCTGTGATCGATTTTGTTGTATTAAAGTCTTTCGCGGTGGCGATAATA
ATATTCGCGGTGGCGAATTTTTGGTGTGTATTTCAATCTTGATTGAAGCTAAACTTCAAG
GCTCTGTTCTGTTGTTCTTCAATTCAGATTGATACTAGTATATATGTTTCTCCTCTTTCA
CGGATTGATTAATAAATCACGTTTGTTTTATGGAGTCTCTTTTTATTTCTTGGATTAACA
CGTACCCTTTCTTAAGGGAGTCAATCTTCATTCTGTTTAAAGATAGAGCTGATGATGAGG
CTCTTGAGTGAAGTTTCCTAGATAGAAAGGCGGAGGTGATGCTGGAGTAACCTTGATTGA
TTCGATAGAGATTTAGATGAATCGGCATACTCCCTATATCGGAGATGGTCCGATAAGATC
TTCTATTGGATTGATTGAGTAATCCCTGAAGTTATTATCCATTGAAGCTTGAAAGAGACT
CTCGTAAAATTGATGGTTGGTTGAAAGATAGGAGATTGAGGAGTATAAAGCTTTGTTCGG
AGACCATGATGCTAATACTGGCGGTGGGGCGCTCCGATCACCTCTCATCCCATGCGGTGG
CGCGTCAAGCGTACGTCAGGTCCAGAAACTAAAAGATTCATGTAAACGAAGATGAAGACG
CGTGGCACTTTTACACCATGATGAAGACGCGTGTTTTTACTTGCGTGGAACTCGAAAAAG
ATGATTATGGAACTTAATAATATCTTATTTTGCTTAAATTTCGAGTTATATTGATGAGAT
ATGGGCTTTACTCTCCTCTTGTAATTGCCCATTATTGCCCATTGGGCTCTTTCTAATGAA
AGAAACAGTTGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX50TF U 1
AF RR1DX50JQ C 236
BS 1 578 RR1DX50TF
BS 579 913 RR1DX50JQ

RD RR1DX50TF 578 0 0
GGGATCTTTAACAGGGGTAGAATTTTCTAGAGGAGAAGAGATTCTTTTTTGTTTTGTAAA
TATTCGATCATATCTGTGATCGATTTTGTTGTATTAAAGTCTTTCGCGGTGGCGATAATA
ATATTCGCGGTGGCGAATTTTTGGTGTGTATTTCAATCTTGATTGAAGCTAAACTTCAAG
GCTCTGTTCTGTTGTTCTTCAATTCAGATTGATACTAGTATATATGTTTCTCCTCTTTCA
CGGATTGATTAATAAATCACGTTTGTTTTATGGAGTCTCTTTTTATTTCTTGGATTAACA
CGTACCCTTTCTTAAGGGAGTCAATCTTCATTCTGTTTAAAGATAGAGCTGATGATGAGG
CTCTTGAGTGAAGTTTCCTAGATAGAAAGGCGGAGGTGATGCTGGAGTAACCTTGATTGA
TTCGATAGAGATTTAGATGAATCGGCATACTCCCTATATCGGAGATGGTCCGATAAGATC
TTCTATTGGATTGATTGAGTAATCCCTGAAGTTATTATCCATTGAAGCTTGAAAGAGACT
CTCGTAAAATTGATGGTTGGTTGAAAGATAGGAGATTG

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1DX50JQ 678 0 0
TTTCACGGATTGATTAATAAATCACGTTTGTTTTATGGAGTCTCTTTTTATTTCTTGGAT
TAACACGTACCCTTTCTTAAGGGAGTCAATCTTCATTCTGTTTAAAGATAGAGCTGATGA
TGAGGCTCTTGAGTGAAGTTTCCTAGATAGAAAGGCGGAGGTGATGCTGGAGTAACCTTG
ATTGATTCGATAGAGATTTAGATGAATCGGCATACTCCCTATATCGGAGATGGTCCGATA
AGATCTTCTATTGGATTGATTGAGTAATCCCTGAAGTTATTATCCATTGAAGCTTGAAAG
AGACTCTCGTAAAATTGATGGTTGGTTGAAAGATAGGAGATTGAGGAGTATAAAGCTTTG
TTCGGAGACCATGATGCTAATACTGGCGGTGGGGCGCTCCGATCACCTCTCATCCCATGC
GGTGGCGCGTCAAGCGTACGTCAGGTCCAGAAACTAAAAGATTCATGTAAACGAAGATGA
AGACGCGTGGCACTTTTACACCATGATGAAGACGCGTGTTTTTACTTGCGTGGAACTCGA
AAAAGATGATTATGGAACTTAATAATATCTTATTTTGCTTAAATTTCGAGTTATATTGAT
GAGATATGGGCTTTACTCTCCTCTTGTAATTGCCCATTATTGCCCATTGGGCTCTTTCTA
ATGAAAGAAACAGTTGAC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL5555Contig1 459 2 2 U
GGAGAATAAGATGCAGATTGAGTTTGGGGTGCGGAAATGGAAGAGAGAATGATAATGGAG
AAAATAAGAGAGCATCTTCAGCTGAGCGAAGACGTTGACGTCGGCGACGCACCGCGAAAA
GTAGAGAAAGGAAGAAGCTTCTACGAGGACTTCAGCCTCAGAGACATCCGAGTCAACCGA
GTCGACCCTGGTTTCGTTTCCTGCTCTTTCAAGGTTCCTCTCCGTTTGACGGACAGAGAA
GGGTATCTAGCAAATGGTGCAATTGCAAATCTTGTTGATGAAGTTGGTGGAGCAGTTGTA
TATGTGGAAGGTTTACCTATGAATGTTTCAGTGGACATGTCCATTGCTTTCCCTTTCAAA
AGCTAAGCTTGGTGTATGTTTTTCTATCTTTACTTGGGACTGTTTGTTGCTAAAGATCAT
ATGATGAATTTTGGGAGAAACAAGATGTATTTTTCTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EZ46JQ C 1
AF RR1EZ46TF U 100
BS 1 99 RR1EZ46JQ
BS 100 459 RR1EZ46TF

RD RR1EZ46JQ 459 0 0
GGAGAATAAGATGCAGATTGAGTTTGGGGTGCGGAAATGGAAGAGAGAATGATAATGGAG
AAAATAAGAGAGCATCTTCAGCTGAGCGAAGACGTTGACGTCGGCGACGCACCGCGAAAA
GTAGAGAAAGGAAGAAGCTTTTACGAGGACTTCAGCCTCAGAGACATCCGAGTCAACCGA
GTCGACCCTGGTTTCGTTTCCTGCTCTTTCAAGGTTCCTCTCCGTTTGACGGACAGAGAA
GGGTATCTAGCAAATGGTGCAATTGCAAATCTTGTTGATGAAGTTGGTGGAGCAGTTGTA
TATGTGGAAGGTTTACCTATGAATGTTTCAGTGGACATGTCCATTGCTTTCC*TTTCAAA
AGCTAAGCTTGGTGTATGTTTTTCTATCTTTACTTGGGACTGTTTGTTGCTAAAGATCAT
ATGATGAATTTTGGGAGAAACAAGATGTATTTTTCTTTG

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1EZ46TF 360 0 0
GTCGGCGACGCACCGCGAAAAGTAGAGAAAGGAAGAAGCTTCTACGAGGACTTCAGCCTC
AGAGACATCCGAGTCAACCGAGTCGACCCTGGTTTCGTTTCCTGCTCTTTCAAGGTTCCT
CTCCGTTTGACGGACAGAGAAGGGTATCTAGCAAATGGTGCAATTGCAAATCTTGTTGAT
GAAGTTGGTGGAGCAGTTGTATATGTGGAAGGTTTACCTATGAATGTTTCAGTGGACATG
TCCATTGCTTTCCCTTTCAAAAGCTAAGCTTGGTGTATGTTTTTCTATCTTTACTTGGGA
CTGTTTGTTGCTAAAGATCATATGATGAATTTTGGGAGAAACAAGATGTATTTTTCTTTG

QA 1 360 1 360
DS 



AS 1 2

CO CL5556Contig1 1186 2 2 U
GACGGCAACTTCTACTGCTCTTCCACTCTTTTCCTCTGAGCCTACCTCTTCTAAACTCTC
CTCTCTGTCTCATGATTCTTCTTCCAGGTTCCCCAAGATGGGGAGCTTCTTTAGCTGGGC
ACAGTGGCAAGAGCTTGAACTACAGGCACTGATCTACAGGTACATGATGGCTGGAGCTGC
TATTCCACAAGAACTCCTTTTACCGATCAAGAAAAGTCTTCTCCATCTACCTCCTTCCTA
CTTTCTTCACCACCCTCTTCACCACCTCCCTCACTACCAGCCTTCTTGGTATATGGGAAA
GGGGGCGATGGATCCTGAGCCAGGGAGATGCAGGAGAACGGATGGTAAGAAGTGGAGATG
TTCAAGGGACGTCTTCCCTGGCCACAAGTACTGCGAGCGCCACATGCACCGTGGCCGCAA
CCGTTCAAGAAAGCCTGTGGAAACTCCTACCGTCAATGCCACCACCACCACCACTTCCAT
TGCTCCCGCTTCCGCACCCGCTGCAAAAGCATCTTTGTTTGCTTTTGGCGGTGGTGGTGA
GGAAGTGGGTCAAGGAGAATCTTCTTGTTTCTTCTTCTCTGGCTCTTCTTCCAGTTCTTC
ATCTCAACTTCTCAACCTTAGTCAAAGTTCAGAGCTGAAGCAAGGAAGCAACAACAATAA
GAGGCCATACGAATCCCATAATGGATTTGGCAACAACAGCTCAGACGGAGGACACACTTT
GAGGCACTTCTTTGACGACTGGCCTCGTTCTGAAGCCGACAATAGTTCAAGCCCCATGAG
CTCAACCCCTTGTCTCTCCATCTCCATGCCCGTAAACTCTTCCTCGGACGTCTCTCTAAA
GCTGTCTACAGGCAACGAAGAGGAGGAAGCTAGGAGTAACAACAATAGGAGGGACCAGCA
AAACATGGGCTGGTGGAGCGGTGGAGGGTCACTTCCCAACCACCACAACATGGGCGGACC
ATTGGCCGAAGCCTTGAGATCTTCATCATCATCTTCCCCAACCAGTGCTCTCCATCAGCT
CTGGAGAACAGTGTAATAACCAACATAACATTGCAGTATTTTCTACTGTTTTTTTTTAAT
TCAAATATTCGCTTTATGAACAGAGAAGGCTTTTGTTGTCATCTTCCTTTTTTTCTTAAA
GCGGTTCTCTGTATCTGTTACAGTTCTCTGCAGATTTTCCTCAACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FV77TF U 1
AF RR1FV77JQ C 507
BS 1 703 RR1FV77TF
BS 704 1186 RR1FV77JQ

RD RR1FV77TF 703 0 0
GACGGCAACTTCTACTGCTCTTCCACTCTTTTCCTCTGAGCCTACCTCTTCTAAACTCTC
CTCTCTGTCTCATGATTCTTCTTCCAGGTTCCCCAAGATGGGGAGCTTCTTTAGCTGGGC
ACAGTGGCAAGAGCTTGAACTACAGGCACTGATCTACAGGTACATGATGGCTGGAGCTGC
TATTCCACAAGAACTCCTTTTACCGATCAAGAAAAGTCTTCTCCATCTACCTCCTTCCTA
CTTTCTTCACCACCCTCTTCACCACCTCCCTCACTACCAGCCTTCTTGGTATATGGGAAA
GGGGGCGATGGATCCTGAGCCAGGGAGATGCAGGAGAACGGATGGTAAGAAGTGGAGATG
TTCAAGGGACGTCTTCCCTGGCCACAAGTACTGCGAGCGCCACATGCACCGTGGCCGCAA
CCGTTCAAGAAAGCCTGTGGAAACTCCTACCGTCAATGCCACCACCACCACCACTTCCAT
TGCTCCCGCTTCCGCACCCGCTGCAAAAGCATCTTTGTTTGCTTTTGGCGGTGGTGGTGA
GGAAGTGGGTCAAGGAGAATCTTCTTGTTTCTTCTTCTCTGGCTCTTCTTCCAGTTCTTC
ATCTCAACTTCTCAACCTTAGTCAAAGTTCAGAGCTGAAGCAAGGAAGCAACAACAATAA
GAGGCCATACGAATCCCATAATGGATTTGGCAACAACAGCTCA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1FV77JQ 680 0 0
AAGCATCTTTGTTTGCTTTTGGCGGTGGTGGTGAGGAAGTGGGTCAAGGAGAATCTTCTT
GTTTCTTCTTCTCTGGCTCTTCTTCCAGTTCTTCATCTCAACTTCTCAACCTTAGTCAAA
GTTCAGAGCTGAAGCAAGGAAGCAACAACAATAAGAGGCCATACGAATCCCATAATGGAT
TTGGCAACAACAGCTCAGACGGAGGACACACTTTGAGGCACTTCTTTGACGACTGGCCTC
GTTCTGAAGCCGACAATAGTTCAAGCCCCATGAGCTCAACCCCTTGTCTCTCCATCTCCA
TGCCCGTAAACTCTTCCTCGGACGTCTCTCTAAAGCTGTCTACAGGCAACGAAGAGGAGG
AAGCTAGGAGTAACAACAATAGGAGGGACCAGCAAAACATGGGCTGGTGGAGCGGTGGAG
GGTCACTTCCCAACCACCACAACATGGGCGGACCATTGGCCGAAGCCTTGAGATCTTCAT
CATCATCTTCCCCAACCAGTGCTCTCCATCAGCTCTGGAGAACAGTGTAATAACCAACAT
AACATTGCAGTATTTTCTACTGTTTTTTTTTAATTCAAATATTCGCTTTATGAACAGAGA
AGGCTTTTGTTGTCATCTTCCTTTTTTTCTTAAAGCGGTTCTCTGTATCTGTTACAGTTC
TCTGCAGATTTTCCTCAACA

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL5557Contig1 358 2 1 U
GAACTTACCGTGTCCACGGTTTCTGTTTCTGTGTTCAATCTTCTAAGTACAATCCAGTTC
ATTTGCTCGGGAGAGTCGACAGTTTCATAAAAGACATCGAAGCCCTGCTGGTAAGTTTGG
AATCAAAACGAAAATAAAGAGCATTGTTCATTCATTTCTCAACGCAATCTTCAAATATTG
ACATTACAGGAACAACTCGATGAAGAGTCCTTTGGAGATTATAGAAGCGGTATGATTGCT
AAATTGCTGGAAAAGGATCCCTCTCTTTTGTCTGAGACAAATGAGTTATGGAGTCAGATT
GTCGACAAAAGGTAAAGAAAGGATCTCAATGAGTTGCTTGGTTCCATATCAATGACCC


BQ
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AF RR1GM02JQ C 1
AF RR1GM02TF U 1
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RD RR1GM02TF 358 0 0
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AAATTGCTGGAAAAGGATCCCTCTCTTTTGTCTGAGACAAATGAGTTATGGAGTCAGATT
GTCGACAAAAGGTAAAGAAAGGATCTCAATGAGTTGCTTGGTTCCATATCAATGACCC

QA 1 358 1 358
DS 



AS 1 2

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TATTTGTCGGTTCCTGATCTTTTAGATCCAAGGGATGGCTCACCTTTGGCTTTTCTTGTT
CTATTCTCTCTCATGCATGTAAATATTCGGTGAGATTAATCTAATTTCTAGTTCTTCTCC
TGGCCTTTGGTTACTGGATCTTTTTGGATCCATGCTCCCACTCTCCCTTGATTGATCTAT
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GAAACCGGTGCTCCATTGTTAATTTGTGCTATTTCACTATAGGAGGAAGCTGTTATCAAC
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QA 1 637 1 637
DS 



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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1CY58TF U 1
AF RR1CY58JQ C 383
BS 1 728 RR1CY58TF
BS 729 731 RR1CY58JQ

RD RR1CY58TF 728 0 0
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TCCATGCTTGCAGAGGTTTTTAAAATTTGATCAATATTTGAAGAAACAGTTCATAAGAAT
AAGAAGAAGAAGAGAGATATATATATATGGAGGTGGAGAAGAGAATAATGGTCAATGGAG
GCATGAAACTACCAGTTGGATACAGATTTCACCCAACGGAGCAGGAGCTTATCCTTCATT
ACTTGCTCCCAAAGGCCCTCGCTTCTCCTTTGCCTTCTTCCATCATCCCTGTCTTTGACG
TTTTCTTCTCTCATCCTCTCACTTTTCCAGGGGATCAAGAGGAGACGCAGAGGTACTTCT
TTTGCAAGAAGAAACAAGAAGTTTCAGGTAATGCACACAGAATCAAGACTTCATCTGGTG
ATGGTTATTGGAAAGCTATTAGGAAAGAAAGAGAAGTCATTGCTCGTGGTAGAACAGTTG
GGATTAGAAGAACACTTGTTTTCTATGGAACAAACAACTCTTCGGCTAACTGCAACAAAA
CCAGATGGTGCATGACAGAGTATTCCCTTGCCGGTTTTGCATCAACTAAAGTGTTTGGAG
AATGGGCAGTGTACAAAGTGTATAAGAGGAAAGAATCAAAAGGAAGAAGGCAGAGGATAT
CAGAAGGGAGAGATCATGAAGAAGAAGACTTGAATTGCATCCACTTTACTATTGGGACTG
ATCATGAA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1CY58JQ 349 0 0
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GAAAGAAAGAGAAGTCATTGCTCGTGGTAGAACAGTTGGGATTAGAAGAACACTTGTTTT
CTATGGAACAAACAACTCTTCGGCTAACTGCAACAAAACCAGATGGTGCATGACAGAGTA
TTCCCTTGCCGGTTTTGCATCAACTAAAGTGTTTGGAGAATGGGCAGTGTACAAAGTGTA
TAAGAGGAAAGAATCAAAAGGAAGAAGGCAGAGGATATCAGAAGGGAGAGATCATGAAGA
AGAAGACTTGAATTGCATCCACTTTACTATTGGGACTGATCATGAAACC

QA 1 349 1 349
DS 



AS 1 2

CO CL5560Contig1 1024 2 2 U
TTCATGTTTCTAGTCACATCTTCCCTTCTAGGCTACATATATTCACCTCAGTTGGACTCT
CCTCCTCCACGTTGGGTTCACTTCGCACATGGTTTACTTCTATTCCTGTATCAGACATTC
GATGCGGTTGATGGGAAGCAAGCTAGAAGGACAAACTCCTCTAGCCCATTGGGAGAGCTC
TTCGATCACGGTTGTGATGCACTTGCTTGTGCGGTATGTAAACTATACTATTTATCTTTT
TTTCTTGTACATCTTACTCGTCCAGGAATCGATGTTGAAAGTTTTAACAATTAAAACAGT
TTGAAGCCATGGCATTTGGGAGCACTGCAATGTGTGGAAGAGATACTTTTTGGTTCTGGG
TTATTTCAGCTATTCCCTTCTATGGAGCTACATGGGAGCAGTAAGTCCCTGCTTTTAACT
CTCTGCTTATGTCTCTTAACTCGTTCATACTTAGAGAAAATGGTTAAGATCTATTCTAAA
CATTCTACTTAACACTTCTCTAGCTATTTCACCAACACTCTTATTCTTCCGGTCATCAAT
GGACCTACAGAGGGTCTTGCACTTATATTCGTCAGCCACTTCTTCACAGCCATTGTCGGT
ATGCTAATTTCTTTTTTTTTTCTTGCAATCTTTGGTAACTCTACTGCTAGTTATAGCCTA
TCTTTAAGTATTTTCATTTCAGACCGATGTCTTTCTATAGTTGTGACTGGTCTTGACTTC
CACTCTTTATCTTTTTTTTTTTTCTGTATTGTCTAAAGGTGCTGAATGGTGGGCTCAGCA
ATTGGGGCAGTCCATACCATTGTTTAGTTGGGTGCCATTTGTTAATGGTAAAATTATATT
TCTATTGCTTTTTCTCCAAATTTTCTTACCGTTACCGCCTTTGCTTTCTTGAATTAAATT
TTGAGTCCTCTGTTTTAGAGATTCAAACTTCCAGAGCAGTCCTTTACATGATGATAGCGT
TCGCTGTTATACCAACAGTGGCATTCAAGTGAGTCTTCCAAAACTTGATGTTAATTTTCA
GTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1BY59TF U 1
AF RR1BY59JQ C 367
BS 1 709 RR1BY59TF
BS 710 1024 RR1BY59JQ

RD RR1BY59TF 709 0 0
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CCTCCTCCACGTTGGGTTCACTTCGCACATGGTTTACTTCTATTCCTGTATCAGACATTC
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TTCGATCACGGTTGTGATGCACTTGCTTGTGCGGTATGTAAACTATACTATTTATCTTTT
TTTCTTGTACATCTTACTCGTCCAGGAATCGATGTTGAAAGTTTTAACAATTAAAACAGT
TTGAAGCCATGGCATTTGGGAGCACTGCAATGTGTGGAAGAGATACTTTTTGGTTCTGGG
TTATTTCAGCTATTCCCTTCTATGGAGCTACATGGGAGCAGTAAGTCCCTGCTTTTAACT
CTCTGCTTATGTCTCTTAACTCGTTCATACTTAGAGAAAATGGTTAAGATCTATTCTAAA
CATTCTACTTAACACTTCTCTAGCTATTTCACCAACACTCTTATTCTTCCGGTCATCAAT
GGACCTACAGAGGGTCTTGCACTTATATTCGTCAGCCACTTCTTCACAGCCATTGTCGGT
ATGCTAATTTCTTTTTTTTTTCTTGCAATCTTTGGTAACTCTACTGCTAGTTATAGCCTA
TCTTTAAGTATTTTCATTTCAGACCGATGTCTTTCTATAGTTGTGACTG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1BY59JQ 658 0 0
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TTATGTCTCTTAACTCGTTCATACTTAGAGAAAATGGTTAAGATCTATTCTAAACATTCT
ACTTAACACTTCTCTAGCTATTTCACCAACACTCTTATTCTTCCGGTCATCAATGGACCT
ACAGAGGGTCTTGCACTTATATTCGTCAGCCACTTCTTCACAGCCATTGTCGGTATGCTA
ATTTCTTTTTTTTTTCTTGCAATCTTTGGTAACTCTACTGCTAGTTATAGCCTATCTTTA
AGTATTTTCATTTCAGACCGATGTCTTTCTATAGTTGTGACTGGTCTTGACTTCCACTCT
TTATCTTTTTTTTTTTTCTGTATTGTCTAAAGGTGCTGAATGGTGGGCTCAGCAATTGGG
GCAGTCCATACCATTGTTTAGTTGGGTGCCATTTGTTAATGGTAAAATTATATTTCTATT
GCTTTTTCTCCAAATTTTCTTACCGTTACCGCCTTTGCTTTCTTGAATTAAATTTTGAGT
CCTCTGTTTTAGAGATTCAAACTTCCAGAGCAGTCCTTTACATGATGATAGCGTTCGCTG
TTATACCAACAGTGGCATTCAAGTGAGTCTTCCAAAACTTGATGTTAATTTTCAGTAG

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL5561Contig1 865 2 4 U
GGATCACGTACCCACGCCGGTTAAAGATGTGCCGAATCCTGATGGGATTATTGGACCCGG
CCCGTTTTATTTCGGGTTTGATCGGCTGGGTGTTCGGGTTCCTACTTTCCTTATCTCTCC
TTGGATCGAGAAGGGCACTGTGATACATGAACCTGAGGGTCCTACACCACATTCACAGTA
CGAGCATTCTTCTATACCAGCAACTGTGAAGAAACTCTTCAACCTTAAGTCTCATTTCCT
TACCAAGAGAGATGCATGGGCTGGTACATTTGAGAAATACTTCCGTATCCGTGACTCTCC
TCGCCAAGATTGTCCAGAGAAACTAGCAGAAGTTGAACGATCACTAAGGCCATGGGGAGC
AAAAGAAGACGCAAAGCTCTCAGAGTTCCAGGTGGAGCTGATCCAGCTCGCTTCCCAGCT
CGTTGGAGACCATCTGCTAAACTCATATCCAGACATTGGGAAGAACATGACAGTACGTGA
AGGCAACAAATACGCAGAGGATGCTGTTGAGAAGTTTTTAGAAGCTGGTAAGGCTGCACT
GAAAGCAGGAGCAGACGAGAACACCATAGTCACTATGAGGCCGTCTCTGACTACCAGGAC
CAGTCCTAGTGAAGGGACCAACAAGTATATTTAAAAATATTGAAAAAATCTACAAATAAT
GGAATGAATGATATGTAAATACATGTGGCCACCTCTATGTTCCCCACGTCACTTGGATAC
ATTCTATGATGTGGAAAAAAAGGGTATATACTTACGTATGGTTATGTAATGGATCAAAAG
ACATGGTAACGTTATGTTGCTCTCCGGACCTCCATTTCCTTAGTAGGAATAAGATGGAGA
GTTTTTGTATTTATTAATACATATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AF29TF U 1
AF RR1AF29JQ C 402
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BS 812 865 RR1AF29JQ

RD RR1AF29TF 811 0 0
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CCCGTTTTATTTCGGGTTTGATCGGCTGGGTGTTCGGGTTCCTACTTTCCTTATCTCTCC
TTGGATCGAGAAGGGCACTGTGATACATGAACCTGAGGGTCCTACACCACATTCACAGTA
CGAGCATTCTTCTATACCAGCAACTGTGAAGAAACTCTTCAACCTTAAGTCTCATTTCCT
TACCAAGAGAGATGCATGGGCTGGTACATTTGAGAAATACTTCCGTATCCGTGACTCTCC
TCGCCAAGATTGTCCAGAGAAACTAGCAGAAGTTGAACGATCACTAAGGCCATGGGGAGC
AAAAGAAGACGCAAAGCTCTCAGAGTTCCAGGTGGAGCTGATCCAGCTCGCTTCCCAGCT
CGTTGGAGACCATCTGCTAAACTCATATCCAGACATTGGGAAGAACATGACAGTACGTGA
AGGCAACAAATACGCAGAGGATGCTGTTGAGAAGTTTTTAGAAGCTGGTAAGGCTGCACT
GAAAGCAGGAGCAGACGAGAACACCATAGTCACTATGAGGCCGTCTCTGACTACCAGGAC
CAGTCCTAGTGAAGGGACCAACAAGTATATTTAAAACTATTGAAAAAATCTACAAATAAT
GGAATGAATGATATGTAAATACATGTGGCCACCTCTATGTTCCCCACGTCACTTGGATAC
ATTCTATGATGTGGAAAAAAAGGGTATATACTTACGTATGGTTATGTAATGGATCAAAAG
ACATGGTAACGTTATGTTGCTCTCCGGACCT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR1AF29JQ 464 0 0
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AGAACATGACAGTACGTGAAGGCAACAAATACGCAGAGGATGCTGTTGAGAAGTTTTTAG
AAGCTGGTAAGGGTGCACTGAAAGCAGGAGCAGACGAGAACCCCATAGTCACTATGAGGC
CGTTTTTGATTACCAGGACCAGTCCTAGTGAAGGGACCAACAAGTATATTTAAAAATATT
GAAAAAATTTACAAATAATGGAATGAATGATATGTAAATACATGTGGCCCCCTTTATGTT
CCCCACGTCACTTGGATACATTTTATGATGTGGAAAAAAAGGGTATATACTTACGTATGG
TTATGTAATGGATCAAAAGACATGGTAACGTTATGTTGCTTTCCGGACCTCCATTTCCTT
AGTAGGAATAAGATGGAGAGTTTTTGTATTTATTAATACATATT

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL5562Contig1 362 2 1 U
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GAAGGATAAGTTTGAGAACGACGAGAAGATCAAAATCGACATCGACGAGTCCCTCTTCTC
CAATTAGAGTCTTTCCTTCACTTCTTCTCACTGTAATTCTATTCGAACAGATGCTGCAAC
TCTTTGTTTGTTATTAAACATCTCCTCTTTCTTGTTTTAATTGATAGATGTTTCGGTAAT
ATGAGTGATTGATTCTTAACTTCGTTTTATAAAAGAAAATCTAAAGAAAGAGTTAGACAT
TG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 

AF RR1BN40JQ C 1
AF RR1BN40TF U 1
BS 1 362 RR1BN40TF

RD RR1BN40JQ 362 0 0
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ACGGAACAAGAATAAAGGAAGAGGTCCGCAGAGAGTTCCTGTCCCTCCTGCTCCACCGAG
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CAATTAGAGTCTTTCCTTCACTTCTTCTCACTGTAATTCTATTCGAACAGATGCTGCAAC
TCTTTGTTTGTTATTAAACATCTCCTCTTTCTTGTTTTAATTGATAGATGTTTCGGTAAT
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TG

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1BN40TF 362 0 0
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GAAGGATAAGTTTGAGAACGACGAGAAGATCAAAATCGACATCGACGAGTCCCTCTTCTC
CAATTAGAGTCTTTCCTTCACTTCTTCTCACTGTAATTCTATTCGAACAGATGCTGCAAC
TCTTTGTTTGTTATTAAACATCTCCTCTTTCTTGTTTTAATTGATAGATGTTTCGGTAAT
ATGAGTGATTGATTCTTAACTTCGTTTTATAAAAGAAAATCTAAAGAAAGAGTTAGACAT
TG

QA 1 362 1 362
DS 



AS 1 2

CO CL5563Contig1 952 2 4 U
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TTGGAAGATTTCAGGTGTTCGTCTACGAGGATTGGTTCGGATGGCGGTGTTGCGCTTGCT
GCGGCGCTTGCATCTTGTAGCCGCTTGAAGAAACTTGATCTTCGTGACAACATGTTTGGA
GTCGAAGGTGGAGTTGCCCTGGCGGAGACCTTGTCAGTGTTGACTGAGTTGACTGAGATC
TATATGAGTTACCTGAACTTGGAGGATGAGGGAGCAGAGGCACTTTCCGAAGCTCTGATT
AAGTCTGCTCCTCGTCATGAAGTTGTGGAGTTGGCTGGGAACGATATTACTGTGAAATCC
ACTGGGAAATTGGCGGAGTGCATCGCCTCGAAACAGTCTCTTTCGAAGCTAAATTTATCT
GAGAATGAACTGAAAGACGAAGGGACGATCTTGATCGCAAAGGCAGTTGAAAGTCTTGAC
CAGTTGGTTGAAGTTGATATGAGCACCAACATGATGAGAAGAGCTGGGGCAAGGGCCTTG
GCACAAAGTGTTTTGAAGAAACAGAGTTTCAAGCTTCTGAACATCAATGGGAACTTCATA
TCTGAGGAAGGTGTTGACGAGGTGAATGACATGTTTAAGGGCTCCCCGGAAAAGCTTGGT
CCTCTGGATGATAATGACCCTGAAGGAGAAGATTTTGAAGATGAAGACGAAGAAGAGGAA
GGTGAAGAAGACAATGAGCTGGAAGCAAAACTCGGAGGTCTGAAAACCAAGCAAGAGGAG
GAATAGGGAGAGGTAACATGAGTTGGTGCTCTTGTTGCTATATTAGGTAGGTTCAGTTTG
ATCTCTCTCTCTCTTGCACTCTTTCTGGTTAACGTATTTTTAGTAATGTAAGGAAGGATC
TAAGAGTGTCTTTTGATGATCTATTTACTTGAAATTAAATTGTTTTATCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GI68TF U 1
AF RR1GI68JQ C 340
BS 1 685 RR1GI68TF
BS 686 686 RR1GI68JQ
BS 687 704 RR1GI68TF
BS 705 952 RR1GI68JQ

RD RR1GI68TF 711 0 0
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GCGGCGCTTGCATCTTGTAGCCGCTTGAAGAAACTTGATCTTCGTGACAACATGTTTGGA
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AAGTCTGCTCCTCGTCATGAAGTTGTGGAGTTGGCTGGGAACGATATTACTGTGAAATCC
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GAGAATGAACTGAAAGACGAAGGGACGATCTTGATCGCAAAGGCAGTTGAAAGTCTTGAC
CAGTTGGTTGAAGTTGATATGAGCACCAACATGATGAGAAGAGCTGGGGCAAGGGCCTTG
GCACAAAGTGTTTTGAAGAAACAGAGTTTCAAGCTTCTGAACATCAATGGGAACTTCATA
TCTGAGGAAGGTGTTGACGAGGTGAATGACATGTTTAAGGGCTCCCCGGAAAAGCTTGGT
CCTCTGGATGATAATGACCCTGAAG*AGAAGATTTTGAAGATGA
GACGAGA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1GI68JQ 613 0 0
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CTTTCGAAGCTAAATTTATCTGAGAATGAACTGAAAGACGAAGGGACGATCTTGATCGCA
AAGGCAGTTGAAAGTCTTGACCAGTTGGTTGAAGTTGATATGAGCACCAACATGATGAGA
AGAGCTGGGGCAAGGGCCTTGGCACAAAGTGTTTTGAAGAAACAGAGTTTCAAGCTTCTG
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GGCTCCCCGGAAAAGCTTGGTCCTCTGGATGATAATGACCCTGAAGGAGAAGATTTTGAA
GATGAAGACGAAGAAGAGGAAGGTGAAGAAGACAATGAGCTGGAAGCAAAACTCGGAGGT
CTGAAAACCAAGCAAGAGGAGGAATAGGGAGAGGTAACATGAGTTGGTGCTCTTGTTGCT
ATATTAGGTAGGTTCAGTTTGATCTCTCTCTCTCTTGCACTCTTTCTGGTTAACGTATTT
TTAGTAATGTAAGGAAGGATCTAAGAGTGTCTTTTGATGATCTATTTACTTGAAATTAAA
TTGTTTTATCTTC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL5564Contig1 628 2 3 U
AGGGCGACACGAAGATAATGGCGGAACAGCGGATGCAACCAGTGGCATCTTTACTTCTAC
TCCTAAATTTCTGCATGTACGCCATTGTTCTCGGAATTGGAGCATGGTCCATGAACAAAG
CTATCAGCCATGGCTTCCATATTGATTACAGCCTTCCCACTCATTTCTCGCCAATATATT
TTCCGATGGGTAATGCGGCCACCGGATTCTTTGTGATGTTTGCCTTAATTGCCGGAATTG
CTGGAGCTGCCTCTGTTATTTCCGGTGTTAGTCATTTCCAGTCATCCACTACAGCCAGTT
TTCCGGCTGCTGTTTTTGCCGCCACCATTGCTTGGTCGCTCACAGTTTTAGCCATGGGAT
TTGGCTGCAAGGAAATTGAACTTGGAATTAGAAATGCCCGTTTGAGGACAATGGAGGCAT
TCCTAATCATTTTTTTGGCAACACAACTTATCTATATAGCTGCTATATATGTAATTTGAA
AATAAATCGAGAAAAAAAAAAAAAACTGATTTCTTTTCTTCTTATTTTTTTGTTTTGTAA
TTTATATTTTCCTATCCAGTTTGGTTATTTGAAGATGTGTATGCGTATGGTTTGTATTAT
TTTATTGACTTTACTCAAAAATATATAT


BQ
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AF RR1BH15TF U 44
AF RR1BH15JQ C 1
BS 1 43 RR1BH15JQ
BS 44 259 RR1BH15TF
BS 260 628 RR1BH15JQ

RD RR1BH15TF 220 0 0
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CTTAATTGCCGGAATTGCTGGAGCTGCCTCTGTTAT
CTCC

QA 1 216 1 216
DS 

RD RR1BH15JQ 628 0 0
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TCCTAAATTTCTGCATGTACGCCATTGTTCTCGGAATTGGAGCATGGTCCATGAACAAAG
CTATCAGCCATGGCTTCCATATTGATTACAGCCTTCCCACTCATTTCTCGCCAATATATT
TTCCGATGGGTAATGCGGCCACCGGATTTTTTGTGATGTTTGCCTTAATTGCCGGAGTTG
CTGGAGCTGCCTTTGTTATTTCCGGTGTTAGTCATTTCCAGTCATCCACTACAGCCAGTT
TTCCGGCTGCTGTTTTTGCCGCCACCATTGCTTGGTCGCTCACAGTTTTAGCCATGGGAT
TTGGCTGCAAGGAAATTGAACTTGGAATTAGAAATGCCCGTTTGAGGACAATGGAGGCAT
TCCTAATCATTTTTTTGGCAACACAACTTATCTATATAGCTGCTATATATGTAATTTGAA
AATAAATCGAGAAAAAAAAAAAAAACTGATTTCTTTTCTTCTTATTTTTTTGTTTTGTAA
TTTATATTTTCCTATCCAGTTTGGTTATTTGAAGATGTGTATGCGTATGGTTTGTATTAT
TTTATTGACTTTACTCAAAAATATATAT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL5565Contig1 751 2 2 U
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TCGTTCACTGAGGACTACCCAAACAAACCACCAGTAGTTCGCTTTGTTTCAAGGATGTTT
CATCCAAACATTTATGCTGATGGAAGCATTTGCTTGGATATATTACAAAACCAGTGGAGT
CCCATATATGATGTCTCAGCAATCCTCACATCTATTCAGTCTCTGCTTTGTGATCCAAAT
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TGATTGAAAGAACTTCTAGTTCTGCCCTGTG


BQ
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AF RR1FZ25TF U 1
AF RR1FZ25JQ C 251
BS 1 604 RR1FZ25TF
BS 605 751 RR1FZ25JQ

RD RR1FZ25TF 604 0 0
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TTCATCGTCTCCTTTGCTGGATTGTTCTTCAATCAAGCTTTGAATTTCAGTCTTGTTTGT
TTTCAAGCAAATGGCAACTCCGGCTCGGAAGAGACTCATGTGGGACTTCAAGAGACTACA
GAAAGATCCTCCCTTGGGGATCAGTGGAGCTCCTCAAGATAACAACATCATGCATTGGAA
CGCTCTCATCTTTGGACCTGATGACAGTCCATGGGATGGAGGTACCTTCAAGTTGACTCT
TCGTTCACTGAGGACTACCCAAACAAACCACCAGTAGTTCGCTTTGTTTCAAGGATGTTT
CATCCAAACATTTATGCTGATGGAAGCATTTGCTTGGATATATTACAAAACCAGTGGAGT
CCCATATATGATGTCTCAGCAATCCTCACATCTATTCAGTCTCTGCTTTGTGATCCAAAT
CCTAACTCGCCAGCGAACTCTGAAGCTGCGAGGCTGTTCAGTGAGAACAAACGAGAGTAC
AACAGGAAAGTTATGGAGATTGTGGAGCAGAGCTATGCATAATAATAATATGATTTAACT
ATGT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1FZ25JQ 501 0 0
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AGGACTACCCAAACAAACCACCAGTAGTTCGCTTTGTTTCAAGGATGTTTCATCCAAACA
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ATGTCTCAGCAATCCTCACATCTATTCAGTTTTTGCTTTGTGATCCAAATCCTAACTCGC
CAGCGAACTCTGAAGCTGCGAGGCTGTTCAGTGAGAACAAACGAGAGTACAACAGGAAAG
TTATGGAGATTGTGGAGCAGAGCTATGCATAATAATAATATGATTTAACTATGTATTTAT
TGACTGTTAAGTAATATTTTATCTTATTAGTTGAAAACTACAATCACCATTAGAACTCAA
TCTTCTGATTCTTGAACAACCTTCTGTATCATCATCCTCTTGATTCCTATTGATTGAAAG
AACTTCTAGTTCTGCCCTGTG

QA 1 501 1 501
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5568Contig1 1133 2 4 U
TCGCCGTCGAGCTCGAGAGAATCATCCATGGATTCTTCGCCGGCTGTTCGACTCGATATC
TTCGAGATATACCGCAGATTCTGTGAGATTCAATCAAGTCAAGGTCTATGTAATATCTAT
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TTCTTCATGTGCCGTGAGAATGGACAGAAGAGTATAACTGTAGGTAGAGCTATTACCGCA
TGGAAACTGGTTTTGGTTGGGAGATTTAGGTTACTTAACCACTGGTGTGACTACATTGAG
AAAAACCAACGGTACAATATTACAGAAGATACTTGGCAACAAGTCTTGGTGTTTAGTCGT
TGTGTACATGAGAATCTAGAAGGATATGACTCTCAAGGTTCTTGGCCTGTCCTCATCGAT
GAGTTTGTTGAGCATATGTACAGCATTTTGGGACCGAGAAAGGACACTACCTTGTCATGT
AACTGTGGTGACGCACAATCTGAAACATGCCTTTATGAAGATCCTCTTTCAGATGAGCAT
CAGAGAGATTATCGTCGATGCCACACAGGTCTAAGAAATGTTCCAGGCTTAAAGAGAAAA
ACATCTACAGATGATGATGATGAAGAAGAAGTATCAGGAAGTCAGTACTCTTGTTTTGCT
CCATACATGAAACGATTCAAATCGGAGGACAGTCCAAAATGTTCATTTAAGTCTCATTGC
GCGGTTGAGAGAAGTCTATCACAAGGGTTTGCGAGTCTTTCATCGACTGGAGATAGGCCA
TGTAACGCAAAACACCATCCAACATAAGCACTGGTTAGTAATATACAAAACAAAGGAGGT
CTCAAGTTGAAGTTGAGTTCTTAGTTGTTGTAAGCTTATATAACATTTGCTATACCCAAT
CGATTCATAAATTGTTTTTTTTTAAGTTGAGTTGCAATGCTGCTAGTCGGATGAATTTTA
TTGTGTAATCAAAGTCAAATCTTACGATTAATTCGTGATTTAATTTATGGATT


BQ
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AF RR1GX44TF U 1
AF RR1GX44JQ C 347
BS 1 688 RR1GX44TF
BS 689 689 RR1GX44JQ
BS 690 702 RR1GX44TF
BS 703 1133 RR1GX44JQ

RD RR1GX44TF 702 0 0
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TTCGAGATATACCGCAGATTCTGTGAGATTCAATCAAGTCAAGGTCTATGTAATATCTAT
AAACCCCACGAGGAATCACAAAGAGCTAACTATCTTAAAGAAGCATTGACTCAGCTCTTA
ACTCTAGTCCACGACAAGTTTCAACCAAGAATCTCCATTTTTGATGAACTCTTCAAGCTG
ACGTCACGCCTGGACTTAATGGTTGACTTCTCAGAGTTCACTCGCTTTTATGATTTTGTT
TTCTTCATGTGCCGTGAGAATGGACAGAAGAGTATAACTGTAGGTAGAGCTATTACCGCA
TGGAAACTGGTTTTGGTTGGGAGATTTAGGTTACTTAACCACTGGTGTGACTACATTGAG
AAAAACCAACGGTACAATATTACAGAAGATACTTGGCAACAAGTCTTGGTGTTTAGTCGT
TGTGTACATGAGAATCTAGAAGGATATGACTCTCAAGGTTCTTGGCCTGTCCTCATCGAT
GAGTTTGTTGAGCATATGTACAGCATTTTGGGACCGAGAAAGGACACTACCTTGTCATGT
AACTGTGGTGACGCACAATCTGAAACATGCCTTTATGAAGATCCTCTTTCAGATGAGCAT
CAGAGAGATTATCGTCGATGCCACACAG*TCTAAGAAATGTT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1GX44JQ 787 0 0
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GTGACTACATTGAGAAAAACCAACGGTACAATATTACAGAAGATACTTGGCAACAAGTCT
TGGTGTTTAGTCGTTGTGTACATGAGAATCTAGAAGGATATGACTCTCAAGGTTCTTGGC
CTGTCCTCATCGATGAGTTTGTTGAGCATATGTACAGCATTTTGGGACCGAGAAAGGACA
CTACCTTGTCATGTAACTGTGGTGACGCACAATTTGAAACATGCCTTTATGAAGATCCTC
TTTCAGATGAGCATCAGAGAGATTATCGTCGATGCCACACAGGTTTAAGAAATGTTCCAG
GCTTAAAGAGAAAAACATCTACAGATGATGATGATGAAGAAGAAGTATCAGGAAGTCAGT
ACTCTTGTTTTGCTCCATACATGAAACGATTCAAATCGGAGGACAGTCCAAAATGTTCAT
TTAAGTCTCATTGCGCGGTTGAGAGAAGTCTATCACAAGGGTTTGCGAGTCTTTCATCGA
CTGGAGATAGGCCATGTAACGCAAAACACCATCCAACATAAGCACTGGTTAGTAATATAC
AAAACAAAGGAGGTCTCAAGTTGAAGTTGAGTTCTTAGTTGTTGTAAGCTTATATAACAT
TTGCTATACCCAATCGATTCATAAATTGTTTTTTTTTAAGTTGAGTTGCAATGCTGCTAG
TCGGATGAATTTTATTGTGTAATCAAAGTCAAATCTTACGATTAATTCGTGATTTAATTT
ATGGATT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL5569Contig1 1441 2 10 U
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AATAAGTGAGTTACAGGCTACAATAGCTTCCATCGAGGATGATAGTTTGCCTAGTTCAGC
TGGCTTAAAAACACAAGAACTCGATGATGCAAAATTGTTGGTTGAAGAGATCACAAACGA
GCTCGAAAGTCTCTCCCGAAGCATTGATGAGAAGACTAAGCAGGTCAAGAAATTTAAAGA
TGAGAAAGCAAAGTTAAAGGCATTGCAAGATGACTGTGAGACGACAGTGCAAGATGCAAA
TAAAAAGTTGGAGGAACTATTCAGCCTTCGCAACACACTCCTCGCTAAGCAAGAAGAGTA
TACGAAGAAAATTAGGGGATTAGGTCCATTGTCATCTGACGCTTTTGACACGTATAAACG
GAAAAATATCAAGGAGCTGCAGAAGATGCTACACCGGTGCAGTGAGCAACTGCAACAATT
CAGCCATGTAAACAAGAAAGCGCTTGATCAATATGTAAATTTCACAGAACAACGAGAAGA
ACTTCAGCAACGGCAAGCGGAGCTTGATGCAGGAGATGAGAAAATTAAAGAACTGATAAC
AGTCCTGGATCAGAGGAAAGATGAATCTATAGAACGTACTTTCAAAGGGGTTGCACGCAA
CTTCCGGGAAGTATTCTCTAAGCTTGTGCAAGGTGGGCATGGTCACCTTGTCATGACGAA
GAAAAAGGACCGCGATCATGACGATGAAGATGATGAGGATGATGGAGGTCGTGAGGCTGA
TGCAGAGGGAAGGGTTGAGAAATACCTTGGCGTAACAGTGAAGGTGTCGTTCACTGGTCA
AGGGGAGACGCAGTCAATGAAACAACTGTCGGGAGGCCAAAAGACCGTCGTTGCTCTCGC
ATTAATCTTTGCCATCCAGAGATGCGACCCTGCACCATTCTATCTTTTTGATGAGATTGA
TGCGGCGCTCGATCCTCAGTATCGAACTGCTGGGCAACATGATTCGTGGTCTAGCTGATG
ACAGTGTAAGCACGCAGTTCATTACCACAACTTTCCGTCCCGAGCTTGTGAAGGTTGCGG
ATAAGATATACGGAGTATTTCATAAGAACAGAGTGAGTAAAGTGCAAGTTATATCAAAGG
ATCAGGCGTTGGACTTCATCGAGAAAGATCAGTCCCATGATACTTGATCATCCCTCTACT
CAGGGAAGTTGGTGCGTTTGCATGTCTTGAGAGAGAGCTTGTGTAACACTTGTTTAAAAT
GGATTTGACATTGTTATCAAGGTTTGCTTCTAGGATTATAATATCTCTAATGTGCAGCTC
AGGTTTGTATAATTATCTCCAAGTATACCTGATAAATTACGGTTTCCTTTTTCTCAGTGT
TGACTCTGTGCTTACTTTCCAGGATTTGATGCATTAATGGTAGTAATACTAATATCTAAT
T


BQ
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10 

AF RR1AU58TF U 1
AF RR1AU58JQ C 575
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RD RR1AU58TF 779 0 0
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AATAAGTGAGTTACAGGCTACAATAGCTTCCATCGAGGATGATAGTTTGCCTAGTTCAGC
TGGCTTAAAAACACAAGAACTCGATGATGCAAAATTGTTGGTTGAAGAGATCACAAACGA
GCTCGAAAGTCTCTCCCGAAGCATTGATGAGAAGACTAAGCAGGTCAAGAAATTTAAAGA
TGAGAAAGCAAAGTTAAAGGCATTGCAAGATGACTGTGAGACGACAGTGCAAGATGCAAA
TAAAAAGTTGGAGGAACTATTCAGCCTTCGCAACACACTCCTCGCTAAGCAAGAAGAGTA
TACGAAGAAAATTAGGGGATTAGGTCCATTGTCATCTGACGCTTTTGACACGTATAAACG
GAAAAATATCAAGGAGCTGCAGAAGATGCTACACCGGTGCAGTGAGCAACTGCAACAATT
CAGCCATGTAAACAAGAAAGCGCTTGATCAATATGTAAATTTCACAGAACAACGAGAAGA
ACTTCAGCAACGGCAAGCGGAGCTTGATGCAGGAGATGAGAAAATTAAAGAACTGATAAC
AGTCCTGGATCAGAGGAAAGATGAATCTATAGAACGTACTTTCAAAGGGGTTGCACGCAA
CTTCCGGGAAGTATTCTCTAAGCTTGTGCAAG*TGGGCATGGTCACCTTGTCATGACGAA
GAAAA*GGACCGCGATCATGACGATGA*GATGATGAG*ATGATGGAGGTCGTGAGGCTG

QA 1 779 1 779
DS 

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ACAGTGAAGGTGTCGTTCACTGGTCAAGGGGAGACGCAGTCAATGAAACAACTGTCGGGA
GGCCAAAAGACCGTCGTTGCTCTCGCATTAATCTTTGCCATCCAGAGATGCGACCCTGCA
CCATTCTATCTTTTTGATGAGATTGATGCGGCGCTCGATCCTCAGTATCGAACTGCTGGG
CAACATGATTCGTGGTCTAGCTGATGACAGTGTAAGCACGCAGTTCATTACCACAACTTT
CCGTCCCGAGCTTGTGAAGGTTGCGGATAAGATATACGGAGTATTTCATAAGAACAGAGT
GAGTAAAGTGCAAGTTATATCAAAGGATCAGGCGTTGGACTTCATCGAGAAAGATCAGTC
CCATGATACTTGATCATCCCTCTACTCAGGGAAGTTGGTGCGTTTGCATGTCTTGAGAGA
GAGCTTGTGTAACACTTGTTTAAAATGGATTTGACATTGTTATCAAGGTTTGCTTCTAGG
ATTATAATATCTCTAATGTGCAGCTCAGGTTTGTATAATTATCTCCAAGTATACCTGATA
AATTACGGTTTCCTTTTTCTCAGTGTTGACTCTGTGCTTACTTTCCAGGATTTGATGCAT
TAATGGTAGTAATACTAATATCTAATT

QA 1 867 1 867
DS 



AS 1 2

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TGGACTTTGGAAGATTATCATCAGGGATTGGAATTGGCTTGATTAGCTATGTGGTACCTG
TCTACATAGCCGAAATTGCGCCAAAACATGTTCGCGGTACATTTACCTTTTCTAATCAGC
TTCTTCAAAACGCTGGAGTCGCCATGGTTTATTTTGGCGGGAATTTCTTGAACTGGGGGA
TGATGGCTTTACTAGGTGGTTTACCATGCGCCATTCAAGCAGTCGGTTTATTCTTTGTAC
CAGAATCCCCAAGATGGCTGGCAAAAGTTGGTACGGAAAAAGAACTAGAAAATTCACTGC
TTCGGCTTAGAGGGAGAGATGCTGATATTTCACACGAAGCTTCAGAGATTCAAGTTATGA
CCAGAATTGTAGCAAGTGATTCAAAGTCGAGCTTTTCTGATTTGTTCCAGAAAAAGTATA
GACATACTCTCGTGGTAGGGGTCGGACTAATGTTGATACAGCAGTTCTCAGGAAGTGCTG
CTGTAATCTCTTATGCAAGTACCATTTTTAGAAAAGCTGGTTTTTCGGTGGCCATTGGAT
CTACGATGTTAGGCCTATTCATGATACCAAAAGCCATGATTGGTCTAATTCTTGTAGATA
AATGGGGCAGACGGCCCCTCTTGTTGACTTCTGCGTGTGGGATGAGCATAACTTGCATGC
TTCTTGGGATCGTTTTCGCATTACAGAAAATGCAATTACTTCCAGAACTAACTCCAGTAT
TCACGTTTATATGCGTTACGCTGTATATTGCAACTTATGCAATAGGCGTGGGAGGCCTCC
CTTGGGTAATTATGTCAGAGATATTTCCAATAAATATAAAAGTAACAGCAGGGAGTTTAG
TTACGTTAGCCTCATGGTCAAGTAGTTCCATCGTCACTTACGCTTTCAACTTTCTATTCG
AATGGAGCACTCAAGGGACATTTTACATATTTGGGGCTATCGGAGGAGGAGCGTTGCTTT
TTATTTGGTTGCTCGTTCCGGAAACGAAAGGATTGTCACTTGAAGAAATACAAATTTCAC
TTACTGGTCAGCCCGACGAGATAAGTCATATGTAGATTGAAATGTTTATATTTTTATTTA
AGATTATTAAATGCAATAAATGATGTTATGCTCATCGACAAAGATATTCTGTGATTAGTA
TTTTAGTTTTTCTAATACTTAATTAGCCATTTTCATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE76TF U 1
AF RR1EE76JQ C 371
BS 1 612 RR1EE76TF
BS 613 613 RR1EE76JQ
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BS 751 762 RR1EE76TF
BS 763 1238 RR1EE76JQ

RD RR1EE76TF 777 0 0
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TTCTTGGGATCGTTTTCGCATTACAGAAA*TGCAATTACTTC
AGACTACTCAGTATC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1EE76JQ 868 0 0
GA
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TGGTAGGGGTCGGACTAATGTTGATACAGCAGTTCTCAGGAAGTGCTGCTGTAATCTCTT
ATGCAAGTACCATTTTTAGAAAAGCTGGTTTTTCGGTGGCCATTGGATCTACGATGTTAG
GCCTATTCATGATACCAAAAGCCATGATTGGTCTAATTCTTGTAGATAAATGGGGCAGAC
GGCCCCTCTTGTTGACTTCTGCGTGTGGGATGAGCATAACTTGCATGCTTCTTGGGATCG
TTTTCGCATTACAGAAAATGCAATTACTTCCAGAACTAACTCCAGTATTCACGTTTATAT
GCGTTACGCTGTATATTGCAACTTATGCAATAGGCGTGGGAGGCCTCCCTTGGGTAATTA
TGTCAGAGATATTTCCAATAAATATAAAAGTAACAGCAGGGAGTTTAGTTACGTTAGCCT
CATGGTCAAGTAGTTCCATCGTCACTTACGCTTTCAACTTTCTATTCGAATGGAGCACTC
AAGGGACATTTTACATATTTGGGGCTATCGGAGGAGGAGCGTTGCTTTTTATTTGGTTGC
TCGTTCCGGAAACGAAAGGATTGTCACTTGAAGAAATACAAATTTCACTTACTGGTCAGC
CCGACGAGATAAGTCATATGTAGATTGAAATGTTTATATTTTTATTTAAGATTATTAAAT
GCAATAAATGATGTTATGCTCATCGACAAAGATATTCTGTGATTAGTATTTTAGTTTTTC
TAATACTTAATTAGCCATTTTCATGT

QA 3 868 3 868
DS 



AS 1 2

CO CL5571Contig1 343 2 1 U
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AACCTGGAATTTGACCTTTGGTTACTTATTAACTCATTTGTGCATCCTTGATTTTGTTGC
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ED47JQ C 1
AF RR1ED47TF U 1
BS 1 343 RR1ED47TF

RD RR1ED47JQ 343 0 0
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AGATCGCAGGTCATGTCTCACTTAATTAATACTTGTTCACTCCTCAGACTGAATGTTAGG
TCAAGCCTTGGAATAGCTAGTCGAGATTAGTTGTATGAGCAAAAGAAGAAAGGCTTTTGG
AACCTGGAATTTGACCTTTGGTTACTTATTAACTCATTTGTGCATCCTTGATTTTGTTGC
AAAGAGCTTAACTCCACGGTGGAATTGAAACCTAGTTACAACTTTTGAATTAGTGAACTG
TTTTTCAAATTTACTTGGGGCTTCTATAAAGTCATAAATAGAT

QA 1 343 1 343
DS 

RD RR1ED47TF 343 0 0
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AGATCGCAGGTCATGTCTCACTTAATTAATACTTGTTCACTCCTCAGACTGAATGTTAGG
TCAAGCCTTGGAATAGCTAGTCGAGATTAGTTGTATGAGCAAAAGAAGAAAGGCTTTTGG
AACCTGGAATTTGACCTTTGGTTACTTATTAACTCATTTGTGCATCCTTGATTTTGTTGC
AAAGAGCTTAACTCCACGGTGGAATTGAAACCTAGTTACAACTTTTGAATTAGTGAACTG
TTTTTCAAATTTACTTGGGGCTTCTATAAAGTCATAAATAGAT

QA 1 343 1 343
DS 



AS 1 2

CO CL5572Contig1 594 2 2 U
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GCTATTTCGATGAATGAATCGGAGACGGGCTTCGTGAGTTGGATGGAGGTGGAGAAACGA
GTCCGGGAGGTAGTGGAGGAGGGTCCGGTTAGGGAGAGAACCAAGGCCATGAAGAATGCG
GCTGAATCAGCCTTGGTCGAAACCGGTTCGTCTAGTCACGCGTTGACTGCTTTACTCCAG
TCGTGGAGTTCAAAACAAGCTTAGACTTTGCGTCAGGTTAAGTTTTGTGATAAGAAAGCA
CTTGGTGCGAATAAGGTGAAGTGTGTGTGGCTGAAGAAGACTATGACCGATTGATATGCA
ATTGAAATCAATGGTTAAGATTGGAAAATAAAACGGCTATGTTTTTGTAACAAGCAAATG
TTACTTACTTGGTCTGAGTTTGAATAAGTTCTCCTTCATTATTATAGGAGGTTAAACAAG
TTTTTTTTTTTTGATAAAAGAAAAAACAAGTCTTTTTTTTCGGTTTGGTGTTTGGTTTCT
ATTTCAGTTGTAATGTTTAAAAACCTATTTGTGAGATCATTTACTTTTGAGTTC


BQ
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AF RR1GN42TF U 1
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BS 147 594 RR1GN42JQ

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GCTATTTCGATGAATGAATCGGAGACGGGCTTCGTGAGTTGGATGGAGGTGGAGAAACGA
GTCCGGGAGGTAGTGGAGGAGGGTCCGGTTAGGGAGAGAACCAAGGCCATGAAGAATGCG
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CTTGGTGCGAATAAGGTGAAGTGTGTGTGGCTGAAGAAGACTATGACCGATTGATATGCA
ATTGAAATCAATGGTTAAGATTGGAAAATAAAACGGCTATGTTTTTGTAACAAGCAAATG
TTACTTACTTGGTCTGAGTTTGAATAAGTTCTCCTTCATTATTATAGGAGGTTAAACAAG
TTTTTTTTTTTTGATAAAAGAAAAAACAAGTCTTTTTTTTCGGTTTGGTGTTTGGTTTCT
ATTTCAGTTGTAATGTTTAAAAACCTATTTGTGAGATCATTTACTTTTGAGTTC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

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CCCTCCTCAAAGTCATCATCCTCGGCGATAGCGGGGTGGGGAAAACGTCTTTGATGAATC
AATATGTTAATAAAAAGTTCAGCAACCAGTACAAGGCCACCATCGGAGCTGACTTCTTGA
CTAAGGAAGTTCAGTTTGAAGACCGACTTTTCACTTTGCAGATCTGGGATACAGCTGGAC
AAGAAAGGTTTCAGAGCCTTGGTGTAGCTTTCTACAGGGGTGCCGATTGCTGTATTCTTG
TATATGATGTCAACTCCATGAAGTCATTTGAAAATCTCAACAACTGGAGAGAAGAGTTTC
TCATCCAGGCGAGTCCATCGGATCCAGAGAACTTTCCGTTTGTTCTTATTGGAAACAAGG
TCGACGTGGATGGTGGAAACAGCAGAGTGGTTTCAGAGAAAAAGGCTAAAGCTTGGTGTG
CTTCAAAGGGAAACATCCCTTACTTTGAGACCTCTGCTAAGGAAGGCACCAATGTAGAGG
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AAGGGATTTGATTCTCTCCCAGAAGAATGCTTTTGAGTTCAACAATGGGAAGTTTGTCTC
TCCACCCATTACATCTTTTCTTAACCAGTTCCCTCTCTAAAGATATCATATTAAATGGCT
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TTTT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1HB40TF U 1
AF RR1HB40JQ C 322
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TATATGATGTCAACTCCATGAAGTCATTTGAAAATCTCAACAACTGGAGAGAAGAGTTTC
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AAGCTTTCCAATGCATCGCCAAGAACGCATTGAAGAGCGGAGAAGAGGA*GAGCTATACT
TGCCAGACACAATCGATGTCGG
ACAG

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DS 

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ACTTTGAGACCTCTGCTAAGGAAGGCACCAATGTAGAGGAAGCTTTCCAATGCATCGCCA
AGAACGCATTGAAGAGCGGAGAAGAGGAAGAGCTATACTTGCCAGACACAATCGATGTCG
GGACAAGCAATCAACAGAGGTCTACAGGGTGTGAATGCTAAGGGATTTGATTCTCTCCCA
GAAGAATGCTTTTGAGTTCAACAATGGGAAGTTTGTCTCTCCACCCATTACATCTTTTCT
TAACCAGTTCCCTCTCTAAAGATATCATATTAAATGGCTGTACATTGTTCTTTCTTTTGT
GGGTAAAAGAACCCTTCAAAGCGATTTAACTTTTAATAAGTATATTATGGTTTGAAAAAC
GTTATTATGCATCTTTGGATATTTAATTATAAACAGTTTTTTT

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

CO CL5574Contig1 614 2 1 U
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ATTGAGCAGCCGCCTTCGTTATCGGAGCGTTTATTGATCCCCACTCTTCTCGCAGGAGTA
ACAGGGGGAGGAGTTGGTTTACCCTCAAAACGTAGGAAAGCTCATCCCAATATACCAGCT
ACCTATGCTACTAATTCTGCCATCGTTGCTGCTTGCTATTGCGGGGTTCGTGAATTGGTT
AAAGTAACTAGAAAATCACAAGACGATGACTTAATGAATTCAGCCATTGGTGGTCTTTTC
AGTGGTGCTTTATTAGGACGACTTCAAGGAGGGCCTCGCGGTGCATTTCGATACTCTATA
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GAGAGAGTGCGTAACATGGATTCTATCACGTTACCTGTGTGGTTTCCTATACAAATTCTC
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AAAGAAGAATCTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FV86TF U 19
AF RR1GS45TF U 1
BS 1 614 RR1GS45TF

RD RR1FV86TF 372 0 0
GG
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GAAACTCTCAGAAGAGGCGATTCAGCTTCCAACGTCAACGATTGAGCAGCCGCCTTCGTT
ATCGGAGCGTTTATTGATCCCCACTCTTCTCGCAGGAGTAACAGGGGGAGGAGTTGGTTT
ACTCTCAAAACGTAGGAAAGCTCATCCCAATATACCAGCTACCTATGCTACTAATTCTGC
CATCGTTGCTGCTTGCTATTGCGGGGTTCGTGAATTGGTTAGAGTAACTAGAAAATCACA
AGACGATGACTTAATGAATTCAGCCATTGGTGGTCTTTTCAGTGGTGCTTTATTAGGACG
ACTTCAAGGA

QA 3 372 3 372
DS 

RD RR1GS45TF 614 0 0
GACTAGCATTTGATCGAGTCACACCAGTAACAACACAAATTGGAGTCGGGAAGGAGCTCC
GAAATGCAGCCGGATGATCCGAAACTCTCAGAAGAGGCGATTCAGCTTCCAACGTCAACG
ATTGAGCAGCCGCCTTCGTTATCGGAGCGTTTATTGATCCCCACTCTTCTCGCAGGAGTA
ACAGGGGGAGGAGTTGGTTTACCCTCAAAACGTAGGAAAGCTCATCCCAATATACCAGCT
ACCTATGCTACTAATTCTGCCATCGTTGCTGCTTGCTATTGCGGGGTTCGTGAATTGGTT
AAAGTAACTAGAAAATCACAAGACGATGACTTAATGAATTCAGCCATTGGTGGTCTTTTC
AGTGGTGCTTTATTAGGACGACTTCAAGGAGGGCCTCGCGGTGCATTTCGATACTCTATA
GCTTTTGCTACGTTTGGCACGGCATTTGATTACGCTAGCCTTAAATCCAAACCTTTATTA
GAGAGAGTGCGTAACATGGATTCTATCACGTTACCTGTGTGGTTTCCTATACAAATTCTC
GACGAAGAAGCCCTTGCTAAAAAGAAAGCCAAGGAACAGAAACTCTTCACAAGATTGAAC
AAAGAAGAATCTTG

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL5575Contig1 918 2 2 U
GGGAGATTGTGCTGATTTCAGTGAACCGCAGGCACCCTGATTACTCATCCTTCAAGCCGG
AGAAAAAGAAGGCAGAAGTCTCTGAGTCTTCCGTCTCCAGCTCTACAGCACCAGCTCAGT
CAGACAAAATGCTTGAAATCATTGAGGTTTACAAACCAAGCATACACAACAGCGCAATAT
TCGCATCAGTCGGGGAAGACAAAGGGAAGCTATACACAGCTTCAGAAGCCTCTGATGTCG
TGTTCAAATACATCGAGAAAGAAAATCTGGTGAAGCCAACAAACAAGTCAATGGTGGTGC
TGGATCCGATACTATGCGATGCATTGTTCAAAGGAGCCATCAAGAAGGGGTCAGCGTATC
CGTCAGAGATCCACAAAAAGGATGTGGGATCGACCTTCATAGGGAGGATGCAGCCTCATC
AGGTAGTGATGAGAGGCGGATGTGAACCGGTGGTTCGTAAAGGAGCTATAAAGCCTGTTC
AGATAATGACGGAGCGAAGACAAGGGAACAAGAAAGTGACCAAGGTCTCAGGTATAGAGA
CGTTCTTGATGGATCCTGACTCGTTTGGATCGGAACTGCAGAAGAAGTTTGCTTGCAGTA
CTTCAGTTAACGAACTTCCAGGTAAGAAAGGGTACGAGGTTCTGATACAGGGAGGAGTGA
TTGAAGATGTGGCGAGGTATATGGTTGAACACTACGGAGTTCCAAAGAGATACATTGAAG
TTCTTGATAAGACTAGGAAATGATTTCATTTACTGCTCTACCTCTCCTCCTGTTTACTTT
TTTTTTCATTTTGTGTTCTAAACTTCTAATTTTAATCCTCAGGGGTTACTTTACTCAGTT
ATGGAACAAATGTTTTGTTTTTTGCTTTACTAAAGTACGTTTGTGAAAATAAAAGATAAA
TAGAAGTATCAAATAATC


BQ
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AF RR1EM10TF U 1
AF RR1EM10JQ C 273
BS 1 634 RR1EM10TF
BS 635 918 RR1EM10JQ

RD RR1EM10TF 634 0 0
GGGAGATTGTGCTGATTTCAGTGAACCGCAGGCACCCTGATTACTCATCCTTCAAGCCGG
AGAAAAAGAAGGCAGAAGTCTCTGAGTCTTCCGTCTCCAGCTCTACAGCACCAGCTCAGT
CAGACAAAATGCTTGAAATCATTGAGGTTTACAAACCAAGCATACACAACAGCGCAATAT
TCGCATCAGTCGGGGAAGACAAAGGGAAGCTATACACAGCTTCAGAAGCCTCTGATGTCG
TGTTCAAATACATCGAGAAAGAAAATCTGGTGAAGCCAACAAACAAGTCAATGGTGGTGC
TGGATCCGATACTATGCGATGCATTGTTCAAAGGAGCCATCAAGAAGGGGTCAGCGTATC
CGTCAGAGATCCACAAAAAGGATGTGGGATCGACCTTCATAGGGAGGATGCAGCCTCATC
AGGTAGTGATGAGAGGCGGATGTGAACCGGTGGTTCGTAAAGGAGCTATAAAGCCTGTTC
AGATAATGACGGAGCGAAGACAAGGGAACAAGAAAGTGACCAAGGTCTCAGGTATAGAGA
CGTTCTTGATGGATCCTGACTCGTTTGGATCGGAACTGCAGAAGAAGTTTGCTTGCAGTA
CTTCAGTTAACGAACTTCCAGGTAAGAAAGGGTA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1EM10JQ 646 0 0
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GGAGCCATCAAGAAGGGGTCAGCGTATCCGTCAGAGATCCACAAAAAGGATGTGGGATCG
ACCTTCATAGGGAGGATGCAGCCTCATCAGGTAGTGATGAGAGGCGGATGTGAACCGGTG
GTTCGTAAAGGAGCTATAAAGCCTGTTCAGATAATGACGGAGCGAAGACAAGGGAACAAG
AAAGTGACCAAGGTCTCAGGTATAGAGACGTTCTTGATGGATCCTGACTCGTTTGGATCG
GAACTGCAGAAGAAGTTTGCTTGCAGTACTTCAGTTAACGAACTTCCAGGTAAGAAAGGG
TACGAGGTTCTGATACAGGGAGGAGTGATTGAAGATGTGGCGAGGTATATGGTTGAACAC
TACGGAGTTCCAAAGAGATACATTGAAGTTCTTGATAAGACTAGGAAATGATTTCATTTA
CTGCTCTACCTCTCCTCCTGTTTACTTTTTTTTTCATTTTGTGTTCTAAACTTCTAATTT
TAATCCTCAGGGGTTACTTTACTCAGTTATGGAACAAATGTTTTGTTTTTTGCTTTACTA
AAGTACGTTTGTGAAAATAAAAGATAAATAGAAGTATCAAATAATC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL5576Contig1 1009 2 2 U
GGGAGAGAGAAATCGCTTTTGGCTAATTCGATCTAACTAACCGGTGGAGTCTCAGGAGAT
GGTGTCGCCCGAAAACCCTAATTGGATATCCGACCTGATCGATGCCGAGCTTGGAAGCTT
CACCATTCAAGGCCCTGGTTTCTCTTGGCCCCTTCACCAACAACCTCTTGGAAACGTTTC
TCCAAATTCCAGCGCGGGAGTTGATGGTTCGGCTGGAAATTCAGAAGCCAGCAAGGAGCC
TGGCTCCAAAAAGAGGGCGAGATGTGAATCATCCTCTGCCACTAGCTCAAAAGCATGTAG
AGAGAAGCAGCGTCGAGACAGGCTGAATGACAAGTTTACCGAATTGAGTGTAATTCTGGA
GCCTGGAAATCCTCCCAAAACAGACAAGGCTGCAATCTTGGTCGATGCTGTCCGCATGGT
GACTCAGCTACGCGGCGAGGCTCAGAAGTTGAAGGACTCCAATTCAAGTCTTCAGGACAA
AATCAAAGAGTTAAAGACCGAGAAAAACGAGCTGCGAGATGAGAAACAGAGGCTGAAGAC
AGAGAAAGAGAAGCTGGAGCAGCAGCTGAAAGCCATGAATGCTCCTCAACCAAGCTTTTT
CCCAGCTCCACCTATGATGCCAACTGCTTTTGCTTCTGCGCAAGGCCAAGCTCCCGGAAA
CAAGATGGTGCCAATCATCAGTTACCCTGGAGTTGCCATGTGGCAGTTCATGCCTCCTAC
TTCGGTCGATACCTCTCAGGATCATGTCCTTCGTCCACCAGTTGCTTAAATTGGACAAAA
AAAAAGAAATCATCAACTGGTTTGCTTCTTGCTTCCGCTGAAAAAGAAAGAAAGAAAAGT
CCATTTGTTTTGCTCACTTCCTCTTTCTCAGCTTTCTTAGTCTTATCGTTGCTTTTGCTT
TATCGTGTTATGGTCGTATGAACAACTGTTATCTGCTGAACAATGATATGCACATTGTAA
ACTCCTATTGCTTGGCGCAATGTTATCTATTTACATGTAAATTTTAAGT


BQ
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AF RR1DY46TF U 1
AF RR1DY46JQ C 283
BS 1 644 RR1DY46TF
BS 645 1009 RR1DY46JQ

RD RR1DY46TF 648 0 0
GGGAGAGAGAAATCGCTTTTGGCTAATTCGATCTAACTAACCGGTGGAGTCTCAGGAGAT
GGTGTCGCCCGAAAACCCTAATTGGATATCCGACCTGATCGATGCCGAGCTTGGAAGCTT
CACCATTCAAGGCCCTGGTTTCTCTTGGCCCCTTCACCAACAACCTCTTGGAAACGTTTC
TCCAAATTCCAGCGCGGGAGTTGATGGTTCGGCTGGAAATTCAGAAGCCAGCAAGGAGCC
TGGCTCCAAAAAGAGGGCGAGATGTGAATCATCCTCTGCCACTAGCTCAAAAGCATGTAG
AGAGAAGCAGCGTCGAGACAGGCTGAATGACAAGTTTACCGAATTGAGTGTAATTCTGGA
GCCTGGAAATCCTCCCAAAACAGACAAGGCTGCAATCTTGGTCGATGCTGTCCGCATGGT
GACTCAGCTACGCGGCGAGGCTCAGAAGTTGAAGGACTCCAATTCAAGTCTTCAGGACAA
AATCAAAGAGTTAAAGACCGAGAAAAACGAGCTGCGAGATGAGAAACAGAGGCTGAAGAC
AGAGAAAGAGAAGCTGGAGCAGCAGCTGAAAGCCATGAATGCTCCTCAACCAAGCTTTTT
CCCAGCTCCACCTATGATGCCAACTGCTTTTGCTTCTGCGCAAG
CCAA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1DY46JQ 727 0 0
TAGCTCAAAAGCATGTAGAGAGAAGCAGCGTCGAGACAGGCTGAATGACAAGTTTACCGA
ATTGAGTGTAATTCTGGAGCCTGGAAATCCTCCCAAAACAGACAAGGCTGCAATCTTGGT
CGATGCTGTCCGCATGGTGACTCAGCTACGCGGCGAGGCTCAGAAGTTGAAGGACTCCAA
TTCAAGTCTTCAGGACAAAATCAAAGAGTTAAAGACCGAGAAAAACGAGCTGCGAGATGA
GAAACAGAGGCTGAAGACAGAGAAAGAGAAGCTGGAGCAGCAGCTGAAAGCCATGAATGC
TCCTCAACCAAGCTTTTTCCCAGCTCCACCTATGATGCCAACTGCTTTTGCTTCTGCGCA
AGGCCAAGCTCCCGGAAACAAGATGGTGCCAATCATCAGTTACCCTGGAGTTGCCATGTG
GCAGTTCATGCCTCCTACTTCGGTCGATACCTCTCAGGATCATGTCCTTCGTCCACCAGT
TGCTTAAATTGGACAAAAAAAAAGAAATCATCAACTGGTTTGCTTCTTGCTTCCGCTGAA
AAAGAAAGAAAGAAAAGTCCATTTGTTTTGCTCACTTCCTCTTTCTCAGCTTTCTTAGTC
TTATCGTTGCTTTTGCTTTATCGTGTTATGGTCGTATGAACAACTGTTATCTGCTGAACA
ATGATATGCACATTGTAAACTCCTATTGCTTGGCGCAATGTTATCTATTTACATGTAAAT
TTTAAGT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL5577Contig1 362 2 1 U
GTAACGGAGGAGGACTTGGAATGGTGATAGAGTGTTCGTCGAGGCCGCAGAAGAAATCGA
CGGCTCATCACAGGAAGACGAGGCCGAAGAAGACTCAGCCTTGGGACATTAAGGGAAAGC
CTACAGTGTATGCTCCTCTTCCTCCTCTCCCTCCGGATTGGACTCCGCTCGCTCTTTCTT
CCGACGACGGTGGTGTCACCGCCGTCGCTTCTCCCGCCGGAGATTTGGCCTCAGGCGGCG
CCGCATAGTTATGAGAGCTATGTTGGTGTCTATTTCTGTTTTCAGTTCTCTTCTGGTCTG
TTTATTCTTCTTGTGTTTGTGAACTTTGAACGGTCAAACTGCTAAACTATCCTCTGTTTT
CG


BQ
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20 20 

AF RR1CI27JQ C 1
AF RR1CI27TF U 1
BS 1 362 RR1CI27TF

RD RR1CI27JQ 362 0 0
GTAACGGAGGAGGACTTGGAATGGTGATAGAGTGTTCGTCGAGGCCGCAGAAGAAATCGA
CGGCTCATCACAGGAAGACGAGGCCGAAGAAGACTCAGCCTTGGGACATTAAGGGAAAGC
CTACAGTGTATGCTCCTCTTCCTCCTCTCCCTCCGGATTGGACTCCGCTCGCTCTTTCTT
CCGACGACGGTGGTGTCACCGCCGTCGCTTCTCCCGCCGGAGATTTGGCCTCAGGCGGCG
CCGCATAGTTATGAGAGCTATGTTGGTGTCTATTTCTGTTTTCAGTTCTCTTCTGGTCTG
TTTATTCTTCTTGTGTTTGTGAACTTTGAACGGTCAAACTGCTAAACTATCCTCTGTTTT
CG

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1CI27TF 362 0 0
GTAACGGAGGAGGACTTGGAATGGTGATAGAGTGTTCGTCGAGGCCGCAGAAGAAATCGA
CGGCTCATCACAGGAAGACGAGGCCGAAGAAGACTCAGCCTTGGGACATTAAGGGAAAGC
CTACAGTGTATGCTCCTCTTCCTCCTCTCCCTCCGGATTGGACTCCGCTCGCTCTTTCTT
CCGACGACGGTGGTGTCACCGCCGTCGCTTCTCCCGCCGGAGATTTGGCCTCAGGCGGCG
CCGCATAGTTATGAGAGCTATGTTGGTGTCTATTTCTGTTTTCAGTTCTCTTCTGGTCTG
TTTATTCTTCTTGTGTTTGTGAACTTTGAACGGTCAAACTGCTAAACTATCCTCTGTTTT
CG

QA 1 362 1 362
DS 



AS 1 2

CO CL5578Contig1 994 2 2 U
GGACTCTCCTTCTCTCTCGCTTTCTCTTTCTCTTTCTCTTTCTCTCTCTCAGAACTTACA
CACGATCCAATGACGACGAGCAACAACGTGAGCGGATGTTTTGGAGACACGAAGCTGACC
AAAGTGTTTGTAGGAGGATTGGCTTGGGACACTAACAAAGAAGCAATGCATGATCATTTC
ATCAAGTACGGTGATATCTTGGAGGCAGTCATCATCTCAGACAAACTCACTCGCCGTTCC
AAAGGCTACGGCTTTGTGACTTTCAAAGATGCTGAAGCCGCGAAGAAGTCTTGTGAAGAC
TCGACTCCTATCATCAATGGCCGCCGTGCCAACTGCAATCTTGCCTCCCTCGGTGGCCGC
CTTCGTAGATCTCCCACCGGGGCCTCTCCTCGACAAGGATCTAAGCACGTGGGTAGGGCC
ACGTCTGGACATGTAGGTAATAATCAAGCTCAATGGTACTACCCTGCGGGATTCACGCAC
CAGCAACATCAACTTCAACAGCAAAACCATCATCAGACCGTTCCTTTCTATGGGTACCCT
CCCTCCTATGTCGCCCCGAACATGACCTTCAATCAAAAAGTCGGATACGTTGGAGGTACC
TATATGAACGGGTACTATGCACATCCGCAACCACAATCGCTACCGCTACCGTTGCCACGG
CCACAATATTACCACCACCATCACATGTATAGTGGAGGACGAGTAATGGTTGGGGCAAAC
CCGATGATGCCTCTTTACACTGTCTACCCTTATCATCAATCTCAGGCCATCGGTTTTCCT
CAACCCCCTTATATGAAACCCATATCAGGAACAGTTGGAGGAGGAGATAGCATAATGAAG
AAGGCCATAAGTTGCTGGGCTACACAACAAGTTGTTGAAGATACGATCAGCTCAAGATTA
TTCATTTTCTCCAACTCATAATGTTTAATTTTTACTATAGACAAATCATTGTTGAATTAA
TTCCTTTACATTTCATAATCTATTCATTAAAGCT


BQ
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AF RR1H135TF U 1
AF RR1H135JQ C 315
BS 1 501 RR1H135TF
BS 502 994 RR1H135JQ

RD RR1H135TF 501 0 0
GGACTCTCCTTCTCTCTCGCTTTCTCTTTCTCTTTCTCTTTCTCTCTCTCAGAACTTACA
CACGATCCAATGACGACGAGCAACAACGTGAGCGGATGTTTTGGAGACACGAAGCTGACC
AAAGTGTTTGTAGGAGGATTGGCTTGGGACACTAACAAAGAAGCAATGCATGATCATTTC
ATCAAGTACGGTGATATCTTGGAGGCAGTCATCATCTCAGACAAACTCACTCGCCGTTCC
AAAGGCTACGGCTTTGTGACTTTCAAAGATGCTGAAGCCGCGAAGAAGTCTTGTGAAGAC
TCGACTCCTATCATCAATGGCCGCCGTGCCAACTGCAATCTTGCCTCCCTCGGTGGCCGC
CTTCGTAGATCTCCCACCGGGGCCTCTCCTCGACAAGGATCTAAGCACGTGGGTAGGGCC
ACGTCTGGACATGTAGGTAATAATCAAGCTCAATGGTACTACCCTGCGGGATTCACGCAC
CAGCAACATCAACTTCAACAG

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR1H135JQ 680 0 0
CAATGGCCGCCGTGCCAACTGCAATCTTGCCTCCCTCGGTGGCCGCCTTCGTAGATCTCC
CACCGGGGCCTCTCCTCGACAAGGATCTAAGCACGTGGGTAGGGCCACGTCTGGACATGT
AGGTAATAATCAAGCTCAATGGTACTACCCTGCGGGATTCACGCACCAGCAACATCAACT
TCAACAGCAAAACCATCATCAGACCGTTCCTTTCTATGGGTACCCTCCCTCCTATGTCGC
CCCGAACATGACCTTCAATCAAAAAGTCGGATACGTTGGAGGTACCTATATGAACGGGTA
CTATGCACATCCGCAACCACAATCGCTACCGCTACCGTTGCCACGGCCACAATATTACCA
CCACCATCACATGTATAGTGGAGGACGAGTAATGGTTGGGGCAAACCCGATGATGCCTCT
TTACACTGTCTACCCTTATCATCAATCTCAGGCCATCGGTTTTCCTCAACCCCCTTATAT
GAAACCCATATCAGGAACAGTTGGAGGAGGAGATAGCATAATGAAGAAGGCCATAAGTTG
CTGGGCTACACAACAAGTTGTTGAAGATACGATCAGCTCAAGATTATTCATTTTCTCCAA
CTCATAATGTTTAATTTTTACTATAGACAAATCATTGTTGAATTAATTCCTTTACATTTC
ATAATCTATTCATTAAAGCT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5581Contig1 1169 2 2 U
GGAGAAACCTCAAATCAGATGGAGATCTGCACTTACTTCAGTTCCCAGCCGACATGGCTC
CTCCTCCTCTTCGCCCTCGGCTCCCTCCAACTCCTCAAACTCACCCTCTCCCTCCTCACC
TCCCTCTACATCTACTTCCTCCGCCCCGCCAAAAACCTCCGCCTGCTACGGCTCCTGGGC
CATCATCACCGGCCCCACCGACGGCATCGGCAAAGCCTTCGCCTTTCAGCTCGCCCGCAA
AGGCCTCAACCTCGTCCTCGTCGCCCGCAACCCCGACAAGCTCGCCGACGTCTCCGACTC
CATCAGATCCAAGCACCCCGGCGTCCAGATCAAGACCGTGCTCATGGACTTCTCCGGGGA
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GTTGGTTAAGGGTTTGATTAAGATTAATGTGGAAGGGACGACGAAGGTGACGCAGGCTGT
GTTGCCTGGGATGTTGGAGAGGAGGAGGGGGGCGATTGTTAATATGGGTTCTGGCGCTGC
TGCTCTTATCCCTTCGTATCCTTTCTACTCTGTTACGCCGGTGCTAAGACGTATGTGGAT
CAGTTCACGAGGTGTCTACATGTTGAGTACAAGAAGAGTGGGATTGATGTTCAATGCCAG
GTACCCTTGTATGTTGCGACGAAGATGACTTCGATAAGAAGAGCATCGTTTTTAGTGGCG
TCTCCAGAGGGTTACGCAAAGGCAGCAATGCGTTTTATAGGGTATGAAGCACGCTGCACA
CCGTACTGGCCTCACGCCCTCATGGGTTATGTTGTCTTTGCATTGCCCGAGAGCGTTTTT
GAATCCTTTAACATTAAGAGGTGCCTCCAGATCAGGAAGAAGGGTATGCTTAAAGACTCC
AGGAAAAAGGAATGAAACTTTTACAAGGGTGCAAGATTTTCTTTTGCCGTTTGCAAGTTT
CTGTTTAGACTTCGTAAGACTTGTACGCTTTAGTTTCCGATGTTTCCAAGGTTGTTTCCT
TCTTTTTAAAAATTAAAAACCATAACGTCCACTGATCATTCATGTCCTCTCTGTTTTTAT
TTATTTATTTAAATAAAACCGAATATTTG


BQ
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BS 669 1169 RR1A878JQ

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AGGCCTCAACCTCGTCCTCGTCGCCCGCAACCCCGACAAGCTCGCCGACGTCTCCGACTC
CATCAGATCCAAGCACCCCGGCGTCCAGATCAAGACCGTGCTCATGGACTTCTCCGGGGA
CATCGACGAAGGCGTGAGGCGGATCAAGGAGACGATCGAAGGGTTGGAGGTTGGTGTTCT
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GTTGCCTGGGATGTTGGAGAGGAGGAGGGGGGCGATTGTTAATATGGGTTCTGGCGCTGC
TGCTCTTATCCCTTCGTATCCTTTCTACTCTGTTACGCCGGTGCTAAGACGTATGTGGAT
CAGTTCAC

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DS 

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TGAGTACAAGAAGAGTGGGATTGATGTTCAATGCCAGGTACCCTTGTATGTTGCGACGAA
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TATTTG

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 2

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TCCCAAAGCTGGTCAGCCCCATACTACTCAAAGCTATTACAAGAATATGACGCAATAGTA
CTTTTCTCGTCGTTATCTGATAAACTCTCGAGCATTTTCTCGCAAGAAGAAGCTCATGTT
TTGATGCAACCTATTCAAATCATAGTAGCTAGCAATGCACAAGAGTCTCCTCATATCCTT
GCTTCTTCCAACACCGTTGAAGAATCAGGTCCTAAAGTTGTACTGTTCACCAGAAAGGAC
TTGTTTGCAGCCAGCAGTAGCGGGGGTTGAAACCGTGTTGTTGGAGAATATAAATTTGGA
TTCCATTTTGGATTACTGTTATGGCCGTTGTCTATGCAGTGTCTTGTTAGATTTGAGGGG
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GTTTTGCCGGAATGGTGCGCCAATGATGAGAGTCAGGTCTCGTCCATGAACTGGTTAAAA
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TATCTTTGATGTTTTGATGTATCAATGTGTTAAGTTCTTCAACTTTAAAGTGTTACTGAA
AGTCTTACCTTACATGTTTTTAATTGCATTAATATGTAAATTAGAAAATTATTACTGCAT
CCTTACTAAACTCAAGTAATAAAGTGAGTTAAATACTGGTGGTTTTGCAGCTTATTTTAT
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CTTTAAAACTTTTTTCACTTGTTTCTTTTTGAACTTTCACATGCTGAAGAAGTGATTCGA
CCACTTTCTGTGCCCTACCATACACGTAATAGGTATCCTAAGATCAGATGTTTTTGTAAT
TGGCTCCTATACCATTAGCTTATTTTAAGGATGCATAGTAATAGAGTATGAAGTAACAGT
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TTTGGATTTCAATGGGAATTTACTAATGGAGGACAAGAAACCTTTTATTAAGCATATTGG
ATTTTTTTTTTTCTGTTGAAACCAACATATCTGGAGATGTTCAG


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AF RR1FF37TF U 1
AF RR1FF37JQ C 520
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BS 700 700 RR1FF37JQ
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RD RR1FF37TF 731 0 0
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TCCCAAAGCTGGTCAGCCCCATACTACTCAAAGCTATTACAAGAATATGACGCAATAGTA
CTTTTCTCGTCGTTATCTGATAAACTCTCGAGCATTTTCTCGCAAGAAGAAGCTCATGTT
TTGATGCAACCTATTCAAATCATAGTAGCTAGCAATGCACAAGAGTCTCCTCATATCCTT
GCTTCTTCCAACACCGTTGAAGAATCAGGTCCTAAAGTTGTACTGTTCACCAGAAAGGAC
TTGTTTGCAGCCAGCAGTAGCGGGGGTTGAAACCGTGTTGTTGGAGAATATAAATTTGGA
TTCCATTTTGGATTACTGTTATGGCCGTTGTCTATGCAGTGTCTTGTTAGATTTGAGGGG
AGCATTAAAGACCCTGAAGTGCTTCTTAGAGATGGTTTTGAGCAGAAGATAGTGGTTAAG
GTTTTGCCGGAATGGTGCGCCAATGATGAGAGTCAGGTCTCGTCCATGAACTGGTTAAAA
TATGTAGCTGTGAGAGATTTGCAGTCTAGGCAATTAGATAATAGCGTTTTGCTAGAGTGC
TATCTTTGATGTTTTGATGTATCAATGTGTTAAGTTCTTCAACTTTAAAGTGTTACTGAA
AGTCTTACCTTACATGTTTTTAATTGCATTAATATGTAA*TTAGAAAATTATTACTGCAT
CCTTACTAAAC

QA 1 731 1 731
DS 

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CAACTTTAAAGTGTTACTGAAGGTCTTACCTTACATGTTTTTAATTGCATTAATATGTAA
ATTAGAAAATTATTACTGCATCCTTACTAAACTCAAGTAATAAAGTGAGTTAAATACTGG
TGGTTTTGCAGCTTATTTTATATAAGTGTGAAAACTTGAAACATGGATTGTTCTTTGAAG
TTACAGACGAATATGCTGTTACTTTAAAACTTTTTTCACTTGTTTCTTTTTGAACTTTCA
CATGCTGAAGAAGTGATTCGACCACTTTCTGTGCCCTACCATACACGTAATAGGTATCCT
AAGATCAGATGTTTTTGTAATTGGCTCCTATACCATTAGCTTATTTTAAGGATGCATAGT
AATAGAGTATGAAGTAACAGTAAAAATAAATTGTTGATGTCGATTGCATTACATAGTGGA
CTAATAACATTTGACAAGTATTTTGGATTTCAATGGGAATTTACTAATGGAGGACAAGAA
ACCTTTTATTAAGCATATTGGATTTTTTTTTTTCTGTTGAAACCAACATATCTGGAGATG
TTCAG

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

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CTTCTTCATCTACTTCTCAGAAGAGTTGGGTCCTCTCTTCTTACCAAAGCCCACAACGGC
GGTAACGAAACGGCGATTGTGCTGGAGACGCTTGCGAGCACGTCCTCTAGGTTTCTTCTT
CTTATCTTGCTTCGCTACCTTTGGTGTCTGCCCTCTCACTTTACAGGCACGTGCCAAAGA
TCCGTGAACTTTGCCCATGGCTGTTTTTGCGTCACTGTTTTTTTTCTACTGACGGCTGCA
GTAAGCTGATACGAGTGCTTAATCTCC


BQ
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AF RR1G108TF C 1
AF RR1G108JQ U 44
BS 1 43 RR1G108TF
BS 44 387 RR1G108JQ

RD RR1G108TF 387 0 0
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CTTCTTCATCTACTTCTCAGAAGAGTTGGGTCCTCTCTTCTTACCAAAGCCCACAACGGC
GGTAACGAAACGGCGATTGTGCTGGAGACGCTTGCGAGCACGTCCTCTAGGTTTCTTCTT
CTTATCTTGCTTCGCTACCTTTGGTGTCTGCCCTCTCACTTTACAGGCACGTGCCAAAGA
TCCGTGAACTTTGCCCATGGCTGTTTTTGCGTCACTGTTTTTTTTCTACTGACGGCTGCA
GTAAGCTGATACGAGTGCTTAATCTCC

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR1G108JQ 344 0 0
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TTCACAGCACATATTATCTTCTTCATCTACTTCTCAGAAGAGTTGGGTCCTCTCTTCTTA
CCAAAGCCCACAACGGCGGTAACGAAACGGCGATTGTGCTGGAGACGCTTGCGAGCACGT
CCTCTAGGTTTCTTCTTCTTATCTTGCTTCGCTACCTTTGGTGTCTGCCCTCTCACTTTA
CAGGCACGTGCCAAAGATCCGTGAACTTTGCCCATGGCTGTTTTTGCGTCACTGTTTTTT
TTCTACTGACGGCTGCAGTAAGCTGATACGAGTGCTTAATCTCC

QA 1 344 1 344
DS 



AS 1 2

CO CL5584Contig1 1064 2 2 U
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ATCCTCCTTGTCTTAACGCTCCTTTCATCGATCGCCATGGCCGAATCCACCGGAGAAGCA
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GAGTATCATCTCCGTACCCTTTCCTCCGCTCTCGGCAGGTCTGTTAAAAGAAAAAAAAAA
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TGTCTTGTGGTCTGATTGCAGCGAGGAAGCTGCGAAGGATGCTTTGATTTACAGTTACAA
GGAAGCTGCTTCTGGTTTCTCTGCTAAGCTCACACCTGCGCAAGTCGAAGTGATATCCAG
TACGTGTTTCTGTTCTCTTCTCATCAGATTCATTGTTTGGTCCTGTCCTGACTCATCCTA
TACTTGTTACTTAGAAAGGTTTCACCTTTTCATGAAAAATGTTATGACTTGTGCAAATGT
TCTGAGATATAATTTGCTTATACTATGATATTTTAGAGTATAGATAGGCATGTGTGAGAG
ATTTCAAGCCAGTAGAAATATAATCATATATAAGTCATGATTATTGCACATTTTTTTGGA
GTATGTAGACTCGAAAAAGAAGATAAAATGTCTTAACTTCTTACCTGTGTTTTTTGTTAC
CGATAGTTTTTTTGTTCATACTCTGTTTTGTTTTTTCTGATATTATTTTTGTGGGGTTTG
GTGTGTGTTGCAGAGCAACCAGGTGTGATTCAAGTTGTGCCGAGCCAGACTTACCAGTTG
CACAAACCTGTTGGTGCTGGTGGTTTCAAGCTGACCTAAGTTTGACTTTGTGTAGCGTCT
TGTTGTTGTAAATGTCGTGGCTTTGAGAACTGGTATCTAACTAAAATAATTGCCATGAGT
TTGCTTTGGATTCGACTTGTTCTGTGTTGTTGAGAGAATTGGGTTTTATAAATATATTAT
GATTTTAAGATAAATCTTTATTCTGTATTGACTATTGAGATGTG


BQ
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AF RR1DP55TF U 1
AF RR1DP55JQ C 315
BS 1 675 RR1DP55TF
BS 676 1064 RR1DP55JQ

RD RR1DP55TF 675 0 0
GGGATCAAAGAAATGCAAACATCATCATCTACTCCTCCTCCAAGAAGAAGTCTTTGTCTG
ATCCTCCTTGTCTTAACGCTCCTTTCATCGATCGCCATGGCCGAATCCACCGGAGAAGCA
TCGTCGGACGCGAAGGTTCACATCGTCTACACAGAGAAACCCACCGATGAGGAACCTAAA
GAGTATCATCTCCGTACCCTTTCCTCCGCTCTCGGCAGGTCTGTTAAAAGAAAAAAAAAA
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TGTCTTGTGGTCTGATTGCAGCGAGGAAGCTGCGAAGGATGCTTTGATTTACAGTTACAA
GGAAGCTGCTTCTGGTTTCTCTGCTAAGCTCACACCTGCGCAAGTCGAAGTGATATCCAG
TACGTGTTTCTGTTCTCTTCTCATCAGATTCATTGTTTGGTCCTGTCCTGACTCATCCTA
TACTTGTTACTTAGAAAGGTTTCACCTTTTCATGAAAAATGTTATGACTTGTGCAAATGT
TCTGAGATATAATTTGCTTATACTATGATATTTTAGAGTATAGATAGGCATGTGTGAGAG
ATTTCAAGCCAGTAGAAATATAATCATATATAAGTCATGATTATTGCACATTTTTTTGGA
GTATGTAGACTCGAA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1DP55JQ 750 0 0
ATTGCAGCGAGGAAGCTGCGAAGGATGCTTTGATTTACAGTTACAAGGAAGCTGCTTCTG
GTTTCTCTGCTAAGCTCACACCTGCGCAAGTCGAAGTGATATCCAGTACGTGTTTCTGTT
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AAAGGTTTCACCTTTTCATGAAAAATGTTATGACTTGTGCAAATGTTCTGAGATATAATT
TGCTTATACTATGATATTTTAGAGTATAGATAGGCATGTGTGAGAGATTTCAAGCCAGTA
GAAATATAATCATATATAAGTCATGATTATTGCACATTTTTTTGGAGTATGTAGACTCGA
AAAAGAAGATAAAATGTCTTAACTTCTTACCTGTGTTTTTTGTTACCGATAGTTTTTTTG
TTCATACTCTGTTTTGTTTTTTCTGATATTATTTTTGTGGGGTTTGGTGTGTGTTGCAGA
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TGCTGGTGGTTTCAAGCTGACCTAAGTTTGACTTTGTGTAGCGTCTTGTTGTTGTAAATG
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ACTTGTTCTGTGTTGTTGAGAGAATTGGGTTTTATAAATATATTATGATTTTAAGATAAA
TCTTTATTCTGTATTGACTATTGAGATGTG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

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CCGATCAGTTCCTTGCACTGGCAGTGGCACTCAAGGCAATAGTCTTGGTTCCATTGTGTC
ACAAGCTTTCTTTAACAATATTATCAACCGAGCTGATAATGGCTGCGCCGGAAAAAGATT
CTACACACGTGATTCTTTCATTAATGCCGCTAATACGTTCCCCAACTTTGCTAATTCCGT
TACTAGGCGTGAAATTGCAACTATGTTTGCTCATTTCACCCAGGAGGTCGGATGTAAGAA
CTCCTTATCTTTCTCCAAAATATGTATTTTATTTTGTTCAGATGTTTTATCCGAGCATCA
ACACCAAAAGCATATACCGTAGTACATGTAATAACGACATAACCAAATATTCTAAAAAGC
GAACTTGTTATTTTGACCTTAGTATGGTTAATACTTGAAATTTATAAATGATTTATGATT
ACAGTATAATAACACGCTAAGAGTTAAAACAATCATGATATTAGTTATATAATATTACGA
GGAAACTTTTGATATATATTTGTTTAGATTTCTGCTACATAGAAGAGATAAACGGAGCGT
CACGAAACTATTGCGACGACAGGAATTTCCCACAATACCCATGTGCACCGGGTAAAACCT
ACTACGGTCGTGGTCCGATTCAGCTATCATGGAATTACAACTACCCACAGTGTGGTCAGA
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TCAGGACAGCTTTGTGGTTTTGGGTGAATAACGTAAGGCCGGTACTAAACCAAGGATTTG
GAGCCACCATTAGGGCCATCAATGGAGACTTAGAGTGTAATGGTAGGAGTCCAGAAAAGG
TTAATGCAAGGATTAGCTACTACAGAGACTACTGTGGGCAGCTTGGTGTGGACCCTGGTC
CTAACCTTAGCTGCTAAAAAGCTCTTTAATGGTGACTATTGTTGGACCTTAGTGTTTATG
CTGAAACAAATAAATGAGATGATAAAATTAAATCTCATGCATGTAATTTGTGTTGGGTTT
CAATGTTTCCTGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A232JQ C 428
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BS 777 1215 RR1A232JQ

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CT

QA 1 776 1 776
DS 

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CATTAGGGCCATCAATGGAGACTTAGAGTGTAATGGTAGGAGTCCAGAAAAGGTTAATGC
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TCCTGCTC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

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CCATGGACAATTTCTTGCAGCGACTGCTCGACGATTGCAGACGAGATGGAGAGAGCAACA
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CGATCAAAGGCCTGATGCTCAGCATGATGCTTGCGGGGACGGATACCGCAGCCGTGACGC
TAGAATGGGCGATGGCGAGTTTGTTAAAAAATCCTGAAGTGTTGAAGAAGGCGAAAGCCG
AGATAGATGATAAGATTGGACATGAACGTTTGGTCGACGAACCGGACATTGTGAATCTCC
CTTATCTCCAAAACATAGTTTCCGAGACCTTCCGGTTATGTCCTGCCGCACCACTCCTTG
TCCCCCGTTGTCCTTCTGAAGACCTCAAGATTGGCGGATACGACGTACCTCGTGGCAGCA
TCGTACTAGTGAATGCTTGGGCCATCCATAGAGATCCGAAGCTATGGGATGAGCCTGAGA
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CTTTGGGATCGTTGATTCAATGCTTTGACTGGGAAAAAGTTAACGGCGAGGAAATTGATA
TGGCCGAGAATCCAGGGATGGCTATGCGTAAGCTCGTGCCGTTGCGAGCCGTTTGTCATC
AGCGTCCCGTTCTGGCTAATCTTTTGGCTTAAAATGACTCCGTTCACCCTTTGATGATTG
ATTACTGGTTCAAGCTGCTTTCATTCATAATTTGTTTGATTTTTTTGGGTGTGATTATTT
TAAAGATATTAAAATAATGTAAGATTCAAAGAAGATGCAATGTTGTCAACATATCCGATC
ACGAAAGAACAAGAGTTTGTTGATACTATAGATT


BQ
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AF RR1BR13TF U 1
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BS 640 994 RR1BR13JQ

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CCATGGACAATTTCTTGCAGCGACTGCTCGACGATTGCAGACGAGATGGAGAGAGCAACA
CAATGCTTAGTCATTTGTTGTCTTTACAAGTAGACCAACCCAAGTATTACAGTGACGTCA
CGATCAAAGGCCTGATGCTCAGCATGATGCTTGCGGGGACGGATACCGCAGCCGTGACGC
TAGAATGGGCGATGGCGAGTTTGTTAAAAAATCCTGAAGTGTTGAAGAAGGCGAAAGCCG
AGATAGATGATAAGATTGGACATGAACGTTTGGTCGACGAACCGGACATTGTGAATCTCC
CTTATCTCCAAAACATAGTTTCCGAGACCTTCCGGTTATGTCCTGCCGCACCACTCCTTG
TCCCCCGTTGTCCTTCTGAAGACCTCAAGATTGGCGGATACGACGTACCTCGTGGCAGCA
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TTGGGAATGGAAGAAGGACGTGTCCTGGTGCGGCTTTAG
ACA

QA 1 639 1 639
DS 

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GAACCGGACATTGTGAATCTCCCTTATCTCCAAAACATAGTTTCCGAGACCTTCCGGTTA
TGTCCTGCCGCACCACTCCTTGTCCCCCGTTGTCCTTCTGAAGACCTCAAGATTGGCGGA
TACGACGTACCTCGTGGCAGCATCGTACTAGTGAATGCTTGGGCCATCCATAGAGATCCG
AAGCTATGGGATGAGCCTGAGAGGTTCATGCCAGAGCGGTTTGAAGACAAAGAAGCTGCG
AACACTAATAAGCTTATGATGTTTGGGAATGGAAGAAGGACGTGTCCTGGTGCGGCTTTA
GGACAGAGGATGGTGTTGTTGGCTTTGGGATCGTTGATTCAATGCTTTGACTGGGAAAAA
GTTAACGGCGAGGAAATTGATATGGCCGAGAATCCAGGGATGGCTATGCGTAAGCTCGTG
CCGTTGCGAGCCGTTTGTCATCAGCGTCCCGTTCTGGCTAATCTTTTGGCTTAAAATGAC
TCCGTTCACCCTTTGATGATTGATTACTGGTTCAAGCTGCTTTCATTCATAATTTGTTTG
ATTTTTTTGGGTGTGATTATTTTAAAGATATTAAAATAATGTAAGATTCAAAGAAGATGC
AATGTTGTCAACATATCCGATCACGAAAGAACAAGAGTTTGTTGATACTATAGATT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

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GTGAATCCAGTGAACAGAAATCCCAACAGAGGTAATACTCAGGAAGACGTCAGAGAAACT
TGCCACACGAAATGTGCTGCCAAGGCAAGCTCCTCCACGTCAGGGCAAAGGTCTGACAGA
AACGAAGTTTTCGATACGTCCTGTGAAGATGCGGATGCTACTCAGAAGCATGATTGCGAT
ATCATGAGTCAGGAAGGCCAGAACACCCAAGAAGCCGACTATACAAGCTCCGACAAAGTC
TCGAAAGGTGGGTTTGGCTCAGATATAGGTGGTACTGGTACAGCACCCACTTTGGGAACA
GACCCTGTAGGGACAGAGCAAGTTGACGAAACCCAGAGTCCAGGGAATGACCATCTGAGG
AGTCTGGTGATACAATGCAAATAGACTTCGAAACTCAGGTGCATGAAGGTGATCAGAACG
ATGGAGCTGTTCTCATGGTAACGAACCCCTTGAACGATCGAAGGGATACGCAAGACACAG
AGGGAGTAGGCACTATAAGAACGTCAGATCTTCTAGCTTCCGAAGTTGCTGGGAGTTGGG
CTCATAGCACAGCTCCTTCTGTACATTTTGAAAACGAAGCCGAAAGAAGTAGAGAAGATG
AAGAGAGTCAGACTCAAAGAATCAAGGAATTGGCCGCTCAAGTTGGTGAGAGTCAAACTA
AGCCGACAGTTCCTGAGGTCCTGGTCACTGAGCATGTAGCAGCTGTTAAGGAGACAATGG
GGATCACTGAACAGGGAAAACCAAATCATGGTAATGATTTTTCGGACTTTGAGACACAGA
GTTGTTTTGATACAGATGATGACCATGGGAAGGAGAAACTCGGTCCAGTTTCAGACTCGG
ACACAGAGGGCTTTGATATGAATGACGACAAGAGAGCAAACTCTTTGGATTCGGATAGTG
AAGGAAGCCATGAAGCTGATGGGGTCCAAAAACAGGTGGACACGATGGACGAAGATGATA
AACCTACTTAGCATGATCTTGTCAAATCCATTTTTGTTTAATTTCATGCATTAGTTGTGT
AGATAAGGCATTGCAAATGGTAAGGTTGTAACGTGGGGACTTGTAATTTACGTGAGAAAT
TGGAAGCCAAACGAATTGATTAACTAAAAAACTAGTATTTGGG


BQ
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AF RR1EZ62TF U 1
AF RR1EZ62JQ C 346
BS 1 706 RR1EZ62TF
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ATCATGAGTCAGGAAGGCCAGAACACCCAAGAAGCCGACTATACAAGCTCCGACAAAGTC
TCGAAAGGTGGGTTTGGCTCAGATATAGGTGGTACTGGTACAGCACCCACTTTGGGAACA
GACCCTGTAGGGACAGAGCAAGTTGACGAAACCCAGAGTCCAGGGAATGACCATCTGAGG
AGTCTGGTGATACAATGCAAATAGACTTCGAAACTCAGGTGCATGAAGGTGATCAGAACG
ATGGAGCTGTTCTCATGGTAACGAACCCCTTGAACGATCGAAGGGATACGCAAGACACAG
AGGGAGTAGGCACTATAAGAACGTCAGATCTTCTAGCTTCCGAAGTTGCTGGGAGTTGGG
CTCATAGCACAGCTCCTTCTGTACATTTTGAAAACGAAGCCGAAAGAAGTAGAGAAGATG
AAGAGAGTCAGACTCAAAGAATCAAGGAATTGGCCGCTCAAGTTGGTGAGAGTCAAACTA
AGCCGACAGTTCCTGAGGTCCTGGTCACTGAGCATGTAGCAGCTGT

QA 1 706 1 706
DS 

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ATACGCAAGACACAGAGGGAGTAGGCACTATAAGAACGTCAGATCTTCTAGCTTCCGAAG
TTGCTGGGAGTTGGGCTCATAGCACAGCTCCTTCTGTACATTTTGAAAACGAAGCCGAAA
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GTGAGAGTCAAACTAAGCCGACAGTTCCTGAGGTCCTGGTCACTGAGCATGTAGCAGCTG
TTAAGGAGACAATGGGGATCACTGAACAGGGAAAACCAAATCATGGTAATGATTTTTCGG
ACTTTGAGACACAGAGTTGTTTTGATACAGATGATGACCATGGGAAGGAGAAACTCGGTC
CAGTTTCAGACTCGGACACAGAGGGCTTTGATATGAATGACGACAAGAGAGCAAACTCTT
TGGATTCGGATAGTGAAGGAAGCCATGAAGCTGATGGGGTCCAAAAACAGGTGGACACGA
TGGACGAAGATGATAAACCTACTTAGCATGATCTTGTCAAATCCATTTTTGTTTAATTTC
ATGCATTAGTTGTGTAGATAAGGCATTGCAAATGGTAAGGTTGTAACGTGGGGACTTGTA
ATTTACGTGAGAAATTGGAAGCCAAACGAATTGATTAACTAAAAAACTAGTATTTGGG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

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TAAACAAAGCCGTTTGCCCTTTCTACTGCAGTGTTAATGGATATGAGGATGAGTTGCTCT
GGGGAGCTGCATGGCTGAGAAGAGCGACTGGTAATGATTATTACCTAGAGTATTTGGTGA
ACAATCGTCAAGCTTTCGGTCAAGATTTCAATTATTTGGAGTTTGGCTGGGACAACAAAT
ATGGGGGAGTTAATGTTCTCATTGCCAAGGAAATATTTGAAAATGACGTAACTGCGTTAA
CAGCATATAAAGATGCGACAGAGGAAATGATGTGTGCATTTTTTCCGGAAACCTCTGGTC
CACACATGAGTTATACACCGGGCGGTCTTCTCTACAAACCGGGCAGTAGCCAGCTCCAGA
ACACGGCCGCTTTGTCTTTCCTCCTCCTTACCTACGCGGATTACCTCTCTAAATCCTCTC
AGCAACTTAATTGCGGCAACCACCAGTTTCCACCGGATTCTCTTCGTCGCATAGTCAAAC
AACAGGCGGACTACATTTTGGGTGATAATCCAGTGAAGTTGTCATACATGGTTGGGTACG
GTAATCAGTACCCGCGACAGATCCACCACCGTGGGGCGTCTATACCGTCTGTTAAGGTTC
ATAGGAATGCGATCGGGTGCCTACAAGGATGGAATATATTCGCATCACCCAACCCAGACC
CCAACATTTTAGTAGGAGCGGTGGTTGGCGGGCCTAACATAGATGATACATTCGTTGGAA
AGCGAACAAATGCTAGCGATACCGAGCCAACAACGTACATAAATGCACCTTTAGTTGGTG
TCTTTGCGTACTTTAAAAGCAATCCCAACTTCTCTTGATTTCAGTTTCCTTTTCAGTATC
TGGAATGTAAAAAACTCAATACATACAAATCAATATATTTTCAGAAATATAGTTT


BQ
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AF RR1GN63TF U 1
AF RR1GN63JQ C 389
BS 1 656 RR1GN63TF
BS 657 955 RR1GN63JQ

RD RR1GN63TF 659 0 0
GCATTGAAACATTTAAGTACGCAGATTCACATCGAGGTCGTTACACTGATAATCCAAATG
TAAACAAAGCCGTTTGCCCTTTCTACTGCAGTGTTAATGGATATGAGGATGAGTTGCTCT
GGGGAGCTGCATGGCTGAGAAGAGCGACTGGTAATGATTATTACCTAGAGTATTTGGTGA
ACAATCGTCAAGCTTTCGGTCAAGATTTCAATTATTTGGAGTTTGGCTGGGACAACAAAT
ATGGGGGAGTTAATGTTCTCATTGCCAAGGAAATATTTGAAAATGACGTAACTGCGTTAA
CAGCATATAAAGATGCGACAGAGGAAATGATGTGTGCATTTTTTCCGGAAACCTCTGGTC
CACACATGAGTTATACACCGGGCGGTCTTCTCTACAAACCGGGCAGTAGCCAGCTCCAGA
ACACGGCCGCTTTGTCTTTCCTCCTCCTTACCTACGCGGATTACCTCTCTAAATCCTCTC
AGCAACTTAATTGCGGCAACCACCAGTTTCCACCGGATTCTCTTCGTCGCATAGTCAAAC
AACAGGCGGACTACATTTTGGGTGATAATCCAGTGAAGTTGTCATACATGGTTGGGTACG
GTAATCAGTACCCGCGACAGATCCACCACCGTGGGGCGTCTATACCGTCTGTTAAG
TTC

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1GN63JQ 567 0 0
TCTCTACAAACCGGGCAGTAGCCAGCTCCAGAACACGGCCGCTTTGTCTTTCCTCCTCCT
TACCTACGCGGATTACCTCTCTAAATCCTTTCAGCAACTTAATTGCGGCAACCACCAGTT
TCCACCGGATTTTTTTCGTCGCATAGTCAAACAACAGGCGGACTACATTTTGGGTGATAA
TCCAGTGAAGTTGTCATACATGGTTGGGTACGGTAATCAGTACCCGCGACAGATCCACCA
CCGTGGGGCGTCTATACCGTCTGTTAAGGTTCATAGGAATGCGATCGGGTGCCTACAAGG
ATGGAATATATTCGCATCACCCAACCCAGACCCCAACATTTTAGTAGGAGCGGTGGTTGG
CGGGCCTAACATAGATGATACATTCGTTGGAAAGCGAACAAATGCTAGCGATACCGAGCC
AACAACGTACATAAATGCACCTTTAGTTGGTGTCTTTGCGTACTTTAAAAGCAATCCCAA
CTTCTCTTGATTTCAGTTTCCTTTTCAGTATCTGGAATGTAAAAAACTCAATACATACAA
ATCAATATATTTTCAGAAATATAGTTT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL5589Contig1 933 2 2 U
GCATGCCCATGCACATGGTCGTCCAACTCTAAAGAACTTGGTTCAGGCTTGGAATAAAAC
GCTGCAGAAGGAAGTTGAGCAAGCTCCATCTTCTAAAACCGATGCCGCAAGTGCGTTTTT
GGCTTCTCTTGAGGATTCAAAGCTCACGAGTTTATCTGATGCATCCAAAAAGCCTCCAAT
CGAGATTCTCCCTCCCGGAATGTCTTCAATCTTTGCTTCCATCTCTGCTCCCAAAAAACC
ACTACCCACACTGAAGACGCCTGAACCCGTTACAACAACAGTGAAACCAACAGAGAATGC
AGCAACGGGGAGGCAGCAAGTAACGTATCCTCCAATTGAAGCTCCTCCATCTTCTGAGCA
ACCACAGACCGAGTCTACGCCTGAAACTGCAGCTGATCCCGAGTCAGCTGCACCAGAAAC
TGCAGCTAACTCTGAGTCAGCTGCACCGGAAACTGCAGCTGTTTCCGAGACAGAAGCACG
AGAAACTGCCGCTGATTCTGAATCAGCAGCACCGGAAGCTGCAGCTGTTGCTGAGGCAGC
AGCACATGTTGATGGACCAGTGACAGAGACAGTATCTGAGCCTCCTGTGGTCGAGGAAAC
TCCTTCGGAAGAAAAAAGCGATCCATCTTCAACTCCAAACACAGAGACAGTTCTAGCCGC
CACAGAAGGTAATAGCCAAACAATGCCGCAGCCACCGCCGCCTGAACCCGTTACAACAAC
AGTGAAACCAAGTTTGCACAGAAGATCCCAAAACTAAAGACAACGGGTGTGTATATCTTT
TTAGATATACATTCCATAATCAAAGCCTTGCGGCCATGTTGACTAGAGGAAGAAGAAGAA
GAAGATGCTATTCATCACAGTATCCCTATTATGTAATGTGTCATTTTCGTTTTCATATTT
GTTGGTTTGTATTATTATTAAACAGAACAAAAG


BQ
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AF RR1BI48TF U 1
AF RR1BI48JQ C 434
BS 1 810 RR1BI48TF
BS 811 933 RR1BI48JQ

RD RR1BI48TF 810 0 0
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GCTGCAGAAGGAAGTTGAGCAAGCTCCATCTTCTAAAACCGATGCCGCAAGTGCGTTTTT
GGCTTCTCTTGAGGATTCAAAGCTCACGAGTTTATCTGATGCATCCAAAAAGCCTCCAAT
CGAGATTCTCCCTCCCGGAATGTCTTCAATCTTTGCTTCCATCTCTGCTCCCAAAAAACC
ACTACCCACACTGAAGACGCCTGAACCCGTTACAACAACAGTGAAACCAACAGAGAATGC
AGCAACGGGGAGGCAGCAAGTAACGTATCCTCCAATTGAAGCTCCTCCATCTTCTGAGCA
ACCACAGACCGAGTCTACGCCTGAAACTGCAGCTGATCCCGAGTCAGCTGCACCAGAAAC
TGCAGCTAACTCTGAGTCAGCTGCACCGGAAACTGCAGCTGTTTCCGAGACAGAAGCACG
AGAAACTGCCGCTGATTCTGAATCAGCAGCACCGGAAGCTGCAGCTGTTGCTGAGGCAGC
AGCACATGTTGATGGACCAGTGACAGAGACAGTATCTGAGCCTCCTGTGGTCGAGGAAAC
TCCTTCGGAAGAAAAAAGCGATCCATCTTCAACTCCAAACACAGAGACAGTTCTAGCCGC
CACAGAAGGTAATAGCCAAACAATGCCGCAGCCACCGCCGCCTGAACCCGTTACAACAAC
AGTGAAACCAAGTTTGCACAGAAGATCCCAAAACTAAAGACAACGGGTGTGTATATCTTT
TTAGATATACATTCCATAATCAAAGCCTTG

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1BI48JQ 500 0 0
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GGACCAGTGACAGAGACAGTATTTGAGCCTCCTGTGGTCGAGGAAACTCCTTCGGAAGAA
AAAAGCGATCCATTTTCAACTCCAAACACAGAGACAGTTTTAGCCGCCACAGAAGGTAAT
AGCCAAACAATGCCGCAGCCACCGCCGCCTGAACCCGTTACAACAACAGTGAAACCAAGT
TTGCACAGAAGATCCCAAAACTAAAGACAACGGGTGTGTATATCTTTTTAGATATACATT
CCATAATCAAAGCCTTGCGGCCATGTTGACTAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGATGCTATTC
ATCACAGTATCCCTATTATGTAATGTGTCATTTTCGTTTTCATATTTGTTGGTTTGTATT
ATTATTAAACAGAACAAAAG

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 2

CO CL5590Contig1 517 2 2 U
TTTTTTCTCTGTAAGGTCTTCTTAGATTGTTTTCTCACTTGAAACTTGAAAGTAACTGTT
GCCTTTGTCTGCACTGGTGGAGCTAGCTTGATGATGAAGGCAAGAACAATCAACAATGTC
CAGTCCAAGCGATCCACCAAGAGTGGAAGGAAAGATCAGAAGCTGCAGAAGACTAATAGC
CAGAAAAAATCGTCAGAACAAGAGAAACACAAGGACGTAGTAGAGTCTAACAATCTCTCA
ACAGTAGCTAGTGATTCAACCACACAGTCAGATCCTTCCGAGGCTTACGAGACGGTAGAT
GTCCGTTACTTGGATGATGTAACTGCAAGAAAAGAGAAAGATGATGCTGATGCTGACGAT
GATGAACAAGAAGTTAAAGGTGTCAATGCTGCAGATGTCTGGGAAGATGCTTCTAACGGT
GCTCTTAGTGCTGGAAGCGAGAACAAGTCCCCTGATGTGACAGAGAACAGTGGTGAGCAC
TTTGAGGATGGTTCTTTGAAAGAGAAGATTGAGCATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY21TF U 1
AF RR1BJ96TF U 253
BS 1 449 RR1FY21TF
BS 450 517 RR1BJ96TF

RD RR1FY21TF 457 0 0
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CAGTCCAAGCGATCCACCAAGAGTGGAAGGAAAGATCAGAAGCTGCAGAAGACTAATAGC
CAGAAAAAATCGTCAGAACAAGAGAAACACAAGGACGTAGTAGAGTCTAACAATCTCTCA
ACAGTAGCTAGTGATTCAACCACACAGTCAGATCCTTCCGAGGCTTACGAGACGGTAGAT
GTCCGTTACTTGGATGATGTAACTGCAAGAAAAGAGAAAGATGATGCTGATGCTGACGAT
GATGAACAAGAAGTTAAAGGTGTCAATGCTGCAGATGTCTGGGAAGATGCTTCTAACGGT
GCTCTTAGTGCTGGAAGCGAGAACAAGTC
AAAACAGG

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR1BJ96TF 265 0 0
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GATGATGTAACTGCAAGAAAAGAGAAAGATGATGCTGATGCTGACGATGATGAACAAGAA
GTTAAAGGTGTCAATGCTGCAGATGTCTGGGAAGATGCTTCTAACGGTGCTCTTAGTGCT
GGAAGCGAGAACGAGTCCCCTGATGTGACAGAGAACAGTGGTGAGCACTTTGAGGATGGT
TCTTTGAAAGAGAAGATTGAGCATC

QA 1 265 1 265
DS 



AS 1 2

CO CL5591Contig1 997 2 2 U
GGGGAGAAGAAAGGCTCTTGTCGTTCTGTGACTGGTTCGAATTTCAGTAGAAGAAAGTGT
TCTCCTCATTCTCCTGATGAGTCTTTGTCACCTGAGTCGCGGACTCTTGGTGGGTCTTTT
AGTGGATATGATTCTCCTCTTGAGTCCTCGCCGCGTAGTTCTTGTAACTTTGATGGGAGG
AGTGTGAACCGGAAACTATGGAGAACTAATGGAGCGGTTGATATCTCTTTGAAGGATGGT
TTGTTCTCTGGGGACACCACTGTGTCTGATTCACCTCTTGTCCCCTATGATCATTGTGAC
AATGGAGGTGATGAGTTTGAAGGTTTTGTGATGGGAAGTTTGAGGAACAGGAGGGTGCAG
AACTCAACTCCTACTAGTCCACAGAGACAGTGTCGTTCAAGAAACATGAATGCTGAAGAT
TTCAACATCTATAGCACACCAAGGAAGCTAATCAGTTCTCTTCAGTATCCTGATGATATG
GGATTGGATCATTCTGACATTCAGAGTCCAATGCCATCTCGCCAGAAGACTAAACTCAGG
AAGCAAGCTCCAACCGTGGCGGAAGTGGAAACAATCTCATCATCATCAACTGTCATATAT
CATAGAGAAGAAACAACACCTCAATCACAGCTGTTAATGAGTAGTAAGAAGAAGAAGAAG
AACATGAGTTATGGCAAACTCATGTTTGCTATATCCTTTTTTGTGGTGGTGCTGTTTACA
AGTCTGATGATGCTCAATCAAGATGATGATGTTGGTTACCACACTGTTCCAACATGATGA
TTCCACCTCTCTTTGTTGGTCAGTTTAAATCCTAGTGTAACGGGGAGACAAGGTTATTTA
GTTATCCAATTCACATGTTGGTTGTTTGTAATGTACTTTTAGTACAAGATGTAAAATCTT
CTTCTACTCTTTGTTGTCATTTTGGTTTTAATGCAAATCTGTTGAAATGAAAACTATTTT
TGCTTTTTAGTATAAAACCAGGTGCTTTTTTTGCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DD90TF U 1
AF RR1DD90JQ C 450
BS 1 653 RR1DD90TF
BS 654 997 RR1DD90JQ

RD RR1DD90TF 653 0 0
GGGGAGAAGAAAGGCTCTTGTCGTTCTGTGACTGGTTCGAATTTCAGTAGAAGAAAGTGT
TCTCCTCATTCTCCTGATGAGTCTTTGTCACCTGAGTCGCGGACTCTTGGTGGGTCTTTT
AGTGGATATGATTCTCCTCTTGAGTCCTCGCCGCGTAGTTCTTGTAACTTTGATGGGAGG
AGTGTGAACCGGAAACTATGGAGAACTAATGGAGCGGTTGATATCTCTTTGAAGGATGGT
TTGTTCTCTGGGGACACCACTGTGTCTGATTCACCTCTTGTCCCCTATGATCATTGTGAC
AATGGAGGTGATGAGTTTGAAGGTTTTGTGATGGGAAGTTTGAGGAACAGGAGGGTGCAG
AACTCAACTCCTACTAGTCCACAGAGACAGTGTCGTTCAAGAAACATGAATGCTGAAGAT
TTCAACATCTATAGCACACCAAGGAAGCTAATCAGTTCTCTTCAGTATCCTGATGATATG
GGATTGGATCATTCTGACATTCAGAGTCCAATGCCATCTCGCCAGAAGACTAAACTCAGG
AAGCAAGCTCCAACCGTGGCGGAAGTGGAAACAATCTCATCATCATCAACTGTCATATAT
CATAGAGAAGAAACAACACCTCAATCACAGCTGTTAATGAGTAGTAAGAAGAA

QA 1 653 1 653
DS 

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AATGCCATCTCGCCAGAAGACTAAACTCAGGAAGCAAGCTCCAACCGTGGCGGAAGTGGA
AACAATCTCATCATCATCAACTGTCATATATCATAGAGAAGAAACAACACCTCAATCACA
GCTGTTAATGAGTAGTAAGAAGAAGAAGAAGAACATGAGTTATGGCAAACTCATGTTTGC
TATATCCTTTTTTGTGGTGGTGCTGTTTACAAGTCTGATGATGCTCAATCAAGATGATGA
TGTTGGTTACCACACTGTTCCAACATGATGATTCCACCTCTCTTTGTTGGTCAGTTTAAA
TCCTAGTGTAACGGGGAGACAAGGTTATTTAGTTATCCAATTCACATGTTGGTTGTTTGT
AATGTACTTTTAGTACAAGATGTAAAATCTTCTTCTACTCTTTGTTGTCATTTTGGTTTT
AATGCAAATCTGTTGAAATGAAAACTATTTTTGCTTTTTAGTATAAAACCAGGTGCTTTT
TTTGCACC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL5592Contig1 362 2 1 U
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TTTCATATGAATCTTAGAATCTAAGGTTTCAGTGTGAGCCTCATCGTGACTTTTCTTTCC
TGTATTTTTGTTTAGTTACTCTTTCTACTTTGTTGGACATTCTGAGACGTTTGGTTGGAA
TTTTATGAATCATGCTTCTTTGAAGTGTGTATTGGGAAGAGAGAGATTAAGAATGTTGGA
CT


BQ
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20 20 

AF RR1CM63JQ C 1
AF RR1CM63TF U 1
BS 1 362 RR1CM63TF

RD RR1CM63JQ 362 0 0
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TTTCATATGAATCTTAGAATCTAAGGTTTCAGTGTGAGCCTCATCGTGACTTTTCTTTCC
TGTATTTTTGTTTAGTTACTCTTTCTACTTTGTTGGACATTCTGAGACGTTTGGTTGGAA
TTTTATGAATCATGCTTCTTTGAAGTGTGTATTGGGAAGAGAGAGATTAAGAATGTTGGA
CT

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1CM63TF 362 0 0
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GATGTGAGGCTGTGAAGACAATGATGAACTACATAGAAGAGTCATTAGATACTCTGCAAG
TTTCATATGAATCTTAGAATCTAAGGTTTCAGTGTGAGCCTCATCGTGACTTTTCTTTCC
TGTATTTTTGTTTAGTTACTCTTTCTACTTTGTTGGACATTCTGAGACGTTTGGTTGGAA
TTTTATGAATCATGCTTCTTTGAAGTGTGTATTGGGAAGAGAGAGATTAAGAATGTTGGA
CT

QA 1 362 1 362
DS 



AS 1 2

CO CL5593Contig1 1439 2 4 U
GGGGCTGAGTTTTCTATAGACAAAAAAAAAAAGAACCTTTCTTCCCTTCCTCTGGGCACG
ATAAAGAGTAAACCGAGCGATTATGATGCACGCTGCTTTCAAATGTGCAAGAGCAGCAGC
AGCAGCAGCTGCCGCAAGGATTCGTGGCCGCGCGATCCCCGTTAGAAGCAGCCTCGTCAG
ATACTCGAAGCCGTTGAGATCGATTCACGGTGAAATCAGCGTTCCAAACGCGAACCATGT
TGCGATTCAGATGGTCAATTACGCTCTTTCTCACGCTAGGTCTCAAAGTTCAGATGAATC
GTATGCTCAAGGGATGTTAGTGCTTGAGCAGTGCCTTGGGAATCAAGCTGACGATGACGA
GGTTTCTCAGGTCTCTAAAGCAACAGTCTTGCTCGCTATGTCTGATCTATTATACGAAAG
TGGGAATAGTAGTGAGGCCATTGAACGCCTCAAGCAAGTCATGACTCTGACACTCTCTTC
CTTGTATATTAGAGTTGTTGCTGTGGAAGCTCTTGTTGGTCTCCTGATTCAGTCTGGACA
GGATGATGCTTCGTTGGATGTTGCTGATGGATTTCTGGAACTGGTTAAAGAGAGAGGCCA
TGATAATCTTCAGGATGTGGCTGCGACAGCTAAAACGATCAAAGGCCTTGCTGAACTTGT
GATAGGAAGTATTGAATCCGCCGAATCTTTGTATAGAGGAGTTGAGAACCATGAGATCTG
CAAAGGTAACGTTGCTCTTTCTTATGGTGAGTACTTGCACGCCACTGGAAACTTTGAAAT
GGCGAAGGAGATGTATCAAAAGGCAATTCAAGGATTGAAAGACACCAAAGAATCCATGAG
TTCTTGTAATATGAATTTGAAAGCAGTTTCACTGGCAGCCACATTTGCTCTTGGGCAGCT
CGAGTCACACATTGGAAACTTTGGTGATGCGGAGGAAACACTGACAAGTGCATTGACAAG
CGCTGAGGAACATTATGGACACAATCATCCCAAGGTTGGCATGATTTTAACTGGAGTAGC
TCTCATGTATAGGAACAAAGCAAAGCAAGAACGCTCGAGTTCTATTTTGATTCAAGAGGG
ACTCTTTAGAAGAGCATTGGAGCTCATGAAAGCGCCTCCACTAGATTCAGAAGGAGGGAT
AATAAACATTGAAACTCAGGAAGTAATGGCTCTAGCAAGAGGAGGGTATGCGGAGCTGCT
ACTGATTCAAGAGAACAGAAAAAGCGAAGGAGAGAAGATGAAATCATGGGCTGAATCTGC
ATGGAGAAACAGACGTATCTCTCTTTCAGAGGCATTGACTCTCTTTGAACCATTAGGTCA
AGTAGCCATCGTAGATGCAAGAACCACTCGCGTACTCTAAAGTGGTTGTGAAGAATATAT
AAATAAACAAGTTTTACATTATGATGTGTGAGTAATGCTCAAGAGTTTTTTACATTTCG


BQ
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AF RR1B321TF U 1
AF RR1B321JQ C 582
BS 1 723 RR1B321TF
BS 724 724 RR1B321JQ
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BS 779 1439 RR1B321JQ

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AGCAGCAGCTGCCGCAAGGATTCGTGGCCGCGCGATCCCCGTTAGAAGCAGCCTCGTCAG
ATACTCGAAGCCGTTGAGATCGATTCACGGTGAAATCAGCGTTCCAAACGCGAACCATGT
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GTATGCTCAAGGGATGTTAGTGCTTGAGCAGTGCCTTGGGAATCAAGCTGACGATGACGA
GGTTTCTCAGGTCTCTAAAGCAACAGTCTTGCTCGCTATGTCTGATCTATTATACGAAAG
TGGGAATAGTAGTGAGGCCATTGAACGCCTCAAGCAAGTCATGACTCTGACACTCTCTTC
CTTGTATATTAGAGTTGTTGCTGTGGAAGCTCTTGTTGGTCTCCTGATTCAGTCTGGACA
GGATGATGCTTCGTTGGATGTTGCTGATGGATTTCTGGAACTGGTTAAAGAGAGAGGCCA
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CAA*GGTAACGTTGCTCTTTCTTATGGTGAGTACTTGCACGCCACTGGAAACTTTGAA
TGG

QA 1 778 1 778
DS 

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AAGGCCTTGCTGAACTTGTGATAGGAAGTATTGAATCCGCCGAATCTTTGTATAGAGGAG
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CCACTGGAAACTTTGAAATGGCGAAGGAGATGTATCAAAAGGCAATTCAAGGATTGAAAG
ACACCAAAGAATCCATGAGTTCTTGTAATATGAATTTGAAAGCAGTTTCACTGGCAGCCA
CATTTGCTCTTGGGCAGCTCGAGTCACACATTGGAAACTTTGGTGATGCGGAGGAAACAC
TGACAAGTGCATTGACAAGCGCTGAGGAACATTATGGACACAATCATCCCAAGGTTGGCA
TGATTTTAACTGGAGTAGCTCTCATGTATAGGAACAAAGCAAAGCAAGAACGCTCGAGTT
CTATTTTGATTCAAGAGGGACTCTTTAGAAGAGCATTGGAGCTCATGAAAGCGCCTCCAC
TAGATTCAGAAGGAGGGATAATAAACATTGAAACTCAGGAAGTAATGGCTCTAGCAAGAG
GAGGGTATGCGGAGCTGCTACTGATTCAAGAGAACAGAAAAAGCGAAGGAGAGAAGATGA
AATCATGGGCTGAATCTGCATGGAGAAACAGACGTATCTCTCTTTCAGAGGCATTGACTC
TCTTTGAACCATTAGGTCAAGTAGCCATCGTAGATGCAAGAACCACTCGCGTACTCTAAA
GTGGTTGTGAAGAATATATAAATAAACAAGTTTTACATTATGATGTGTGAGTAATGCTCA
AGAGTTTTTTACATTTCG

QA 1 858 1 858
DS 



AS 1 2

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CATGATAAAGAAAAAGCTGGCAAAGAAGATGAGGCAGAACAGGCCCATTCCACACTGGAT
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CAAACTTGGATTCTAAGCTTTGTTCTTTCTAAGACTTGTGTTTTGTCTCGATTTTGATTG
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BQ
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AF RR1AK03JQ C 1
AF RR1AK03TF U 1
BS 1 370 RR1AK03TF

RD RR1AK03JQ 370 0 0
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CATGATAAAGAAAAAGCTGGCAAAGAAGATGAGGCAGAACAGGCCCATTCCACACTGGAT
TCGTCTTCGCACTGACAATACCATCAGGTACAACGCAAAGCGTAGGCACTGGCGCAGAAC
CAAACTTGGATTTTAAGCTTTGTTCTTTTTAAGACTTGTGTTTTGTCTCGATTTTGATTG
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ATGTCCTTCCATGAGTACTTATTGTCGGGTTGAGTTTATCTTCTCCATTTCGAAGATTGT
GGAAATGACC

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR1AK03TF 370 0 0
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CATGATAAAGAAAAAGCTGGCAAAGAAGATGAGGCAGAACAGGCCCATTCCACACTGGAT
TCGTCTTCGCACTGACAATACCATCAGGTACAACGCAAAGCGTAGGCACTGGCGCAGAAC
CAAACTTGGATTCTAAGCTTTGTTCTTTCTAAGACTTGTGTTTTGTCTCGATTTTGATTG
TGACTATTACGTTGTTTACGTTTGTGTAAAACAAATCTTTTAATTAGTTATGTTTTGGAA
ATGTCCTTCCATGAGTACTTATTGTCGGGTTGAGTTTATCTTCTCCATTTCGAAGATTGT
GGAAATGACC

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 2

CO CL5595Contig1 1017 2 4 U
GGCCCTCTCTGCCTTACATTCTCTGTCTCGAATCCATTGCCTCCATGGCTTCCTGTAGCC
TAGGAGTCCCTAAGATTAAAATCTCAGCAGTAGACCTCAGTAGGGTGAGATCTGGAAGCT
TACAGGTACCATGCAATCAAAGAGTGTTGATTGGTCAAAGGCCGGTTAAGTACTTGAGTC
TCAGGACAACTCTTGGATCTGTGAAAGCTGTCCAAGTGTCTACTGTCACACCTGCTGAAT
CTGCAGCTACTCTAAAAGTAGAAGACGCTGAGAAGGCGAAGCCATCTCCATTGAACGCTC
AGCTCGTTCCCAAGCCCTCTGAGGTGGAAGCTCTTGTAACTGAAATATGCGATTCCTCAT
CAATTGCAGAGTTTGAACTGAAACTGGGGGGTTTCCGCCTATATGTAGCAAGGAACTTAG
CTGACAACAACAGTATCCCACCACAACCTCAGCCCATTCCTGCTGCCGTTTCTGCAAATG
CAACCACGGAGAGTGTTGATTCGAATGGATCAGCTTCCTCTACTTCACTGGCTATCATAA
AACCAAAATCCTCAGCTGCTGATCAGGGTTTGGTGGTTCTCCAATCTCAAAAAGTAGGGT
TCTTTAGGAGATCCAAAACCATAAAGGGTAAACGTACTCCTTCGTTATGTAAAGAGAAAG
ACCAAGTGAAAGAAGGTCAAGTTCTTTGCTACATTGAACAACTCGGTGGCCAATTCCCTA
TCGAGTCTGATGTTACTGGCGAGGTTGTCAAAATACTCCGAGAGGATGGAGAGCCTGTAG
GATACAATGATGCTCTCATCTCGATCCTTCCTTCCTTCCCTGGGATCAAGAAGCTTCAGT
AGTACTAAGAACCAGACCTGAGCTGGTTTTTTGAGTTGTGAAACTGTCCCTTGTGTATGT
TTTTCTTTAGAACAAATAAAACTTCATTCATGTCCCCATGTTTCTGTTTGTCTTTTTACT
TGTCTGAAAGTTCTTTCTCAAGACACTGTTTTATTTTCTTCTTTTTTTTATATATAT


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AF RR1DW46TF U 1
AF RR1DW46JQ C 321
BS 1 588 RR1DW46TF
BS 589 589 RR1DW46JQ
BS 590 605 RR1DW46TF
BS 606 1017 RR1DW46JQ

RD RR1DW46TF 605 0 0
GGCCCTCTCTGCCTTACATTCTCTGTCTCGAATCCATTGCCTCCATGGCTTCCTGTAGCC
TAGGAGTCCCTAAGATTAAAATCTCAGCAGTAGACCTCAGTAGGGTGAGATCTGGAAGCT
TACAGGTACCATGCAATCAAAGAGTGTTGATTGGTCAAAGGCCGGTTAAGTACTTGAGTC
TCAGGACAACTCTTGGATCTGTGAAAGCTGTCCAAGTGTCTACTGTCACACCTGCTGAAT
CTGCAGCTACTCTAAAAGTAGAAGACGCTGAGAAGGCGAAGCCATCTCCATTGAACGCTC
AGCTCGTTCCCAAGCCCTCTGAGGTGGAAGCTCTTGTAACTGAAATATGCGATTCCTCAT
CAATTGCAGAGTTTGAACTGAAACTGGGGGGTTTCCGCCTATATGTAGCAAGGAACTTAG
CTGACAACAACAGTATCCCACCACAACCTCAGCCCATTCCTGCTGCCGTTTCTGCAAATG
CAACCACGGAGAGTGTTGATTCGAATGGATCAGCTTCCTCTACTTCACTGGCTATCATAA
AACCAAAATCCTCAGCTGCTGATCAGGGTTTGGTGGTTCTCCAATCTCCAAAAGTAGGGT
TCTTT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1DW46JQ 697 0 0
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AAACTGGGGGGTTTCCGCCTATATGTAGCAAGGAACTTAGCTGACAACAACAGTATCCCA
CCACAACCTCAGCCCATTCCTGCTGCCGTTTCTGCAAATGCAACCACGGAGAGTGTTGAT
TCGAATGGATCAGCTTCCTCTACTTCACTGGCTATCATAAAACCAAAATCCTCAGCTGCT
GATCAGGGTTTGGTGGTTCTCCAATCTCAAAAAGTAGGGTTCTTTAGGAGATCCAAAACC
ATAAAGGGTAAACGTACTCCTTCGTTATGTAAAGAGAAAGACCAAGTGAAAGAAGGTCAA
GTTCTTTGCTACATTGAACAACTCGGTGGCCAATTCCCTATCGAGTCTGATGTTACTGGC
GAGGTTGTCAAAATACTCCGAGAGGATGGAGAGCCTGTAGGATACAATGATGCTCTCATC
TCGATCCTTCCTTCCTTCCCTGGGATCAAGAAGCTTCAGTAGTACTAAGAACCAGACCTG
AGCTGGTTTTTTGAGTTGTGAAACTGTCCCTTGTGTATGTTTTTCTTTAGAACAAATAAA
ACTTCATTCATGTCCCCATGTTTCTGTTTGTCTTTTTACTTGTCTGAAAGTTCTTTCTCA
AGACACTGTTTTATTTTCTTCTTTTTTTTATATATAT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL5596Contig1 1077 2 2 U
GGACACGAACAATATGAGAAAGTTCGTAGAATTCTCTTTTAAAAGCTAGATTTTTTTAAA
GATTACAGAAGGCGACTCCATGGAAGAGTGCCGGTTCGAGACGAGCGAGTTACAGGCCTC
GTTCATGATGTCGACTCCTTTATGGTCCAACTCATGGAGTTTATGCAACGCCGCTGATTC
CGCCAGAAACATTCAGATCCAGCACGTGGCTCGGATCATGTACGTTGCTATACCAAAGGT
GGAGATGAATCAACCAGGGGATCTTGTGGGCGTAGAAGTTGGTGGAGATGCGCTTTTCTC
GGCCTTGTCCTCATCATTGCCCTCCGGTGAGCCTCCGCTTATGGTCAACGGTGCAATACA
TGACCTTTTTGTTTCATCGTGTCTCCTCATTCAATCACAGATCACGCAAGGATTGGAACA
GGAAGAAACTAAACAAGTGGTAATTACCGGACATTCAACTGGCGGCGCCTTAGCCGCACT
CACCACACTTTGGATTCTCTCACAACCTTCTCCGCCGCCATTCCGCCTCCTCTGCATCAC
CTTCGGCTCTCCTTTGCTTGGAAACCAATCTCTCTCTTCCTCAGTGTCCCGATCACGTTT
GGCGCACAAGTTCTGCCACGTGGTCTCCGTCCACGACCACGTTCCCAGAGGAAATGATGA
TCGGTTCTGGCCCTTTGGAACCTATCTCTTCTGCCCCGACAGTGGAGGTCTTTGCTTAGA
CAATGCTGATTCAGTTCGTGGGATGTTCCGTATACTCAACTCGACAGGAACTCCGAACAT
CGAGGAACATCAGAGGTACGGACATTACGTGTCCACACTCTCTCACCAGTCTCTCATATC
TAGAAGCTTTCGTGGTGGACGTATCCCAGAGAATAGCTACGAAGCTGGTGTTGCGTTAGC
TGTTGAGTCTCTAGGATTTTCTTATGATCAAGAAAGTGGTGTGTCAGTGAAAGGGTGCAT
AGAAGCAGCTACAGAAAAAGTCGCGCTCCGATTTTGAGAGCGAGTGAGTTGGCTATTGAG
CTTGGTATGTCTTGCATCGAGACTAGATATTCATGGTACAAAGACAGTTGTGAGCGT


BQ
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AF RR1AZ09TF U 1
AF RR1CK88TF U 312
BS 1 670 RR1AZ09TF
BS 671 1077 RR1CK88TF

RD RR1AZ09TF 670 0 0
GGACACGAACAATATGAGAAAGTTCGTAGAATTCTCTTTTAAAAGCTAGATTTTTTTAAA
GATTACAGAAGGCGACTCCATGGAAGAGTGCCGGTTCGAGACGAGCGAGTTACAGGCCTC
GTTCATGATGTCGACTCCTTTATGGTCCAACTCATGGAGTTTATGCAACGCCGCTGATTC
CGCCAGAAACATTCAGATCCAGCACGTGGCTCGGATCATGTACGTTGCTATACCAAAGGT
GGAGATGAATCAACCAGGGGATCTTGTGGGCGTAGAAGTTGGTGGAGATGCGCTTTTCTC
GGCCTTGTCCTCATCATTGCCCTCCGGTGAGCCTCCGCTTATGGTCAACGGTGCAATACA
TGACCTTTTTGTTTCATCGTGTCTCCTCATTCAATCACAGATCACGCAAGGATTGGAACA
GGAAGAAACTAAACAAGTGGTAATTACCGGACATTCAACTGGCGGCGCCTTAGCCGCACT
CACCACACTTTGGATTCTCTCACAACCTTCTCCGCCGCCATTCCGCCTCCTCTGCATCAC
CTTCGGCTCTCCTTTGCTTGGAAACCAATCTCTCTCTTCCTCAGTGTCCCGATCACGTTT
GGCGCACAAGTTCTGCCACGTGGTCTCCGTCCACGACCACGTTCCCAGAGGAAATGATGA
TCGGTTCTGG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1CK88TF 766 0 0
AGG
CATTGCCCTCCGGTGAGCCTCCGCTTATGGTCAACGGTGCAATACATGACCTTTTTGTTT
CATCGTGTCTCCTCATTCAATCACAGATCACGCAAGGATTGGAACAGGAAGAAACTAAAC
AAGTGGTAATTACCGGACATTCAACTGGCGGCGCCTTAGCCGCACTCACCACACTTTGGA
TTCTCTCACAACCTTCTCCGCCGCCATTCCGCCTCCTCTGCATCACCTTCGGCTCTCCTT
TGCTTGGAAATCAATCTCTCTCTTCCTCAGTGTCCCGATCACGTTTGGCGCACAAGTTCT
GCCACGTGGTCTCCGTCCACGATCACGTTCCCGGAGGAAATGATGATCGGTTCTGGCCCT
TTGGAACCTATCTCTTCTGCCCCGACAGTGGAGGTCTTTGCTTAGACAATGCTGATTCAG
TTCGTGGGATGTTCCGTATACTCAACTCGACAGGAACTCCGAACATCGAGGAACATCAGA
GGTACGGACATTACGTGTCCACACTCTCTCACCAGTCTCTCATATCTAGAAGCTTTCGTG
GTGGACGTATCCCAGAGAATAGCTACGAAGCTGGTGTTGCGTTAGCTGTTGAGTCTCTAG
GATTTTCTTATGATCAAGAAAGTGGTGTGTCAGTGAAAGGGTGCATAGAAGCAGCTACAG
AAAAAGTCGCGCTCCGATTTTGAGAGCGAGTGAGTTGGCTATTGAGCTTGGTATGTCTTG
CATCGAGACTAGATATTCATGGTACAAAGACAGTTGTGAGCGT

QA 4 766 4 766
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AGGGTTTCGTTCTTCAACTTCCACAAAACAAAGTCGTTTCCTAACCTACTCTTTGCTTGA
ATTGATTGAAACACCAATGCTACGGTGTTGCCCTGGAGATCTCCGCCGTCCCTCGCCGCT
GGTAGGATGCCTCGTCCCTCAATCTCATTATCCCTTCTCCGGTGGTGGCTTCAGTTCGAG
CTCGATCAATGGAAACTTCAATCCCGAGTTACTATTACCTCAGAGAGGAAGATGAAGAAG
TAGGCTGGTGGTGATTTGTGGAACGTTGACGGCGTATCACGACGGTCCCAGTCGTCGCCC
ATCTCAACCTCGCCTCCTTCAGTTTCTCATCTCTGTCGAGAATTATTTTACGCCTTTTGG
AGGTGATTTGATTGGAGAGTTGAAGAATGCACTTTTGAAGCAGAGAACGACCAGAGCATC
AGGCTCTCGATTGGAAAAAAAAGCAGTATAATCAGAATAAGAGTCTTATCCAACGCCACT
TATCCGAATAAGAGACATCTAAAATCAGTATGGTGTCGTTGGGAGATTTTGTTCATCATA
GCTTCTCTGCATTTGCTCTATTTGGTGTTTCCCATTTTATCAGGGAATAAAAGTTATAGA
TGAATCTCATGAGCAATATACCACAGATCTTGATAATTCCTTTGGTTATTTTGTTTTCTG
TTTTCTGCAGTGTCAGTGGAGAAAACAAGCATTACAAGTCTCTCCCACAGATCTTTGGAG
GATCTTCTAGGAAATGCAGTAGCTTTTGAATAATGCAAGGGTTGATCTTTGGTGATTTCT
TCTTGACTTGGTTTGCGTCTCTTCTCACCTCTCATGCAGACAGTGGAGTGTCTTTGTGTG
GGAAGTTACCTCTCTTGCAGAGATTCCAGCGATCTTATGATTGTTTTGTAGGTTGGAGAT
GAAGTCACTAGGCTTAGGAATTGTTTTGGTTTTTGTGTATTTGGATTGAACACTGGAATA
TATATGCAGGGTGTTGCATTAACATAAGAAAACTCGTTGATGGATAGATTTGATGGCTAC
ATGTTCTCCTATGGAGTTCATGTGTTTCATGTATTGATTTGTATGTTTTGATCTTTAATG
GAAAAGTATATGGTATTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D215TF U 1
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RD RR1D215TF 640 0 0
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AGGGTTTCGTTCTTCAACTTCCACAAAACAAAGTCGTTTCCTAACCTACTCTTTGCTTGA
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GGTAGGATGCCTCGTCCCTCAATCTCATTATCCCTTCTCCGGTGGTGGCTTCAGTTCGAG
CTCGATCAATGGAAACTTCAATCCCGAGTTACTATTACCTCAGAGAGGAAGATGAAGAAG
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ATCTCAACCTCGCCTCCTTCAGTTTCTCATCTCTGTCGAGAATTATTTTACGCCTTTTGG
AGGTGATTTGATTGGAGAGTTGAAGAATGCACTTTTGAAGCAGAGAACGACCAGAGCATC
AGGCTCTCGATTGGAAAAAAAAGCAGTATAATCAGAATAAGAGTCTTATCCAACGCCACT
TATCCGAATAAGAGACATCTAAAATCAGTATGGTGTCGTTGGGAGATTTTGTTCATCATA
GCTTCTCTGCATTTGCTCTATTTGGTGTTTCCCATTTTAT

QA 1 640 1 640
DS 

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ATAATCAGAATAAGAGTCTTATCCAACGCCACTTATCCGAATAAGAGACATCTAAAATCA
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TCTTGATAATTCCTTTGGTTATTTTGTTTTCTGTTTTCTGCAGTGTCAGTGGAGAAAACA
AGCATTACAAGTCTCTCCCACAGATCTTTGGAGGATCTTCTAGGAAATGCAGTAGCTTTT
GAATAATGCAAGGGTTGATCTTTGGTGATTTCTTCTTGACTTGGTTTGCGTCTCTTCTCA
CCTCTCATGCAGACAGTGGAGTGTCTTTGTGTGGGAAGTTACCTCTCTTGCAGAGATTCC
AGCGATCTTATGATTGTTTTGTAGGTTGGAGATGAAGTCACTAGGCTTAGGAATTGTTTT
GGTTTTTGTGTATTTGGATTGAACACTGGAATATATATGCAGGGTGTTGCATTAACATAA
GAAAACTCGTTGATGGATAGATTTGATGGCTACATGTTCTCCTATGGAGTTCATGTGTTT
CATGTATTGATTTGTATGTTTTGATCTTTAATGGAAAAGTATATGGTATTTACG

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL5599Contig1 568 2 3 U
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AATTCAACCTCCAGTTCATCATCTTCCTCGAACAGTTTCAACAGTCGAGCATACTGCTCG
TCTCTTTTCTTCTTCTGCCATAGCTTGTATAGGAAGAAGGAGAACATAGCTACAGCCACA
AATCCGACCAGTATGAGGATTACTTTTGTACCTGTCCTGCTGGAAGAAGTGTGAGACTCT
GCCTTAGCTCCTGTATTTGCATCCTTGGAATCACCTGATAGACCTAATACGAAGTGCAGA
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ATTTCTCTCTTTCTATATCTGTAATCTCTCCCTCTGACTCTTTCGATCTCTCTACCGATG
AAGCTTTGCTTGTACGCAATGTGAGATCGAGCTTGTGTGCTGTAAGCAAAGAACAGATTC
TTGTGGTATGATTCAACTTTTTTGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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AF RR1H656JQ U 120
AF RR1H656TF C 1
BS 1 119 RR1H656TF
BS 120 225 RR1H656JQ
BS 226 568 RR1H656TF

RD RR1H656JQ 106 0 0
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GTCTCTTTTCTTCTTCTGCCATAGCTTGTATAGGAAGAAGGAGAAC

QA 1 106 1 106
DS 

RD RR1H656TF 568 0 0
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CTTACATGTAAAAGACACAACCAAAAATACATATATTTTTGTGTTTAATCTCGAAGGCCT
AATTCAACCTCCAGTTCATCATCTTCCTCGAACAGTTTCAACAGTCGAGCATACTGCTCG
TCTCTTTTCTTCTTCTGCCATAGCTTGTATAGGAAGAAGGAGAACATAGCTACAGCCACA
AATCCGACCAGTATGAGGATTACTTTTGTACCTGTCCTGCTGGAAGAAGTGTGAGACTCT
GCCTTAGCTCCTGTATTTGCATCCTTGGAATCACCTGATAGACCTAATACGAAGTGCAGA
GCAATCGAGGCGAAGAATGCCACGCGCCGCCATGAAAGACCACTCGTCGAGGTCTCTCTC
ATTTCTCTCTTTCTATATCTGTAATCTCTCCCTCTGACTCTTTCGATCTCTCTACCGATG
AAGCTTTGCTTGTACGCAATGTGAGATCGAGCTTGTGTGCTGTAAGCAAAGAACAGATTC
TTGTGGTATGATTCAACTTTTTTGGTCC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL5600Contig1 806 2 2 U
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ACACATTCACACCATATTCCGGAACCCTTCCCCCTGGTGCCCTTCGCGACGCCCACGATC
ATATCAGTAGGCTCCAGAGATGGAACAAGGCTCAGGATAGGACGATTGAGAAGCTCAAGA
AGAAGTGCAAGGAAATGAGCAAGACTGCGAAGCGGAAGGCGAAGGCAACATCCAAGATCT
TGAGAAAGATAGCTGATGTCTTGACTAGGGGAGGTATTGCGGGATGTAGCAGAGCGGACT
TTGAGTTCCTAGGCGACCCTGTACCCCAGCCTCCACCAAACCCCTCAGCCCTTGGCTTCC
CTCTCACTGAAAGGCAGCAACAGCGTCGCTGGAGAAACCCACCCATCCTCCCCTCTTCCT
CGGGCAACAAATCACCCTCCCTTGCTGATTCTGAGGAGGAGATCGAGATCGAAGAGATCT
CTAGCCAGCCACGATTCGAGGAGCACAGCACCATGCCAGGCGGCTACTACACCACGTTCC
CCCCTGACACCATGAGTACGAGGCATCTGCCTCTACTAGCTACCCATAGGAGGTACTCTG
TCACCTTCTCTTGTATATACTAGCTTTTCTTTGTTTTTTAGGATTTATTTTCGGTATCTC
TCTCAGCTTAATAACACAGAGACTGTGTGACTTAAGTTTGGGGGAGGTACCAAGTATTTA
ACCATGTTTGCTTTGATGGTCTTGCATTGAGTCTTGCATTTCACAATACTTATTTGCATA
GAAAAGCCAAAAAAATTTGAAAATCT


BQ
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TCCCCCCTGACACCATGAGTACGAGGCATCTGCCTCTACTAGCTACCCATAGGAGGTACT
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DS 



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DS 



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AGAAAAGAATGAAACGTGCAACTGATCATGATAATAATAGATATATACTCAAAATAATGT
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AGTATATATGGACTGAGATTGGCAACAGAGAATTTTATGTAGAGTACTGGTTGACCTCA

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DS 

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AGCGACGGTTAGGGATTTTAACCTCTCTCGATTCAGTTTATATGTTTGGTGATGTTCTTA
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DS 



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CCATTTTGTATTATGATCGTAACGATTTTACTTGTCATTCTCTTGCTTCATTCTTATCGT
CATCATAACTATCACCGAAACAAGGCCAAACAGTCTCATGTTAAGCTCAAGGGTTAATTA
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CAGATTTGTTACT


BQ
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AF RR1AY20TF U 1
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CGGTGTTGGGATCAAGAGGAGCCT

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DS 

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ATGGAGGAATGCAAGAGACTCGGGCTTGCAAAGTGTATAGGAGTGAGCAACTTCTCCTGC
AAGAAGCTTCAACACATCCTTTCTATCGCCACAATCCCGCCTAGCGTCAATCAATTATTT
TGTTTATGTGTGAGGAAGGTGGAGATGAGTCCAGTATGGCAACAGAGGAAACTAAATGAG
CTTTGCAAGTCGAA*GGGCATTGTTTTGACAGCTTACCCGGTGTTGGGATCAAGAGGAGC
CTTTTGGGGAACTCCCAAAATCATGGAGTCTGATGTTCTTAAAGAAATTGCTGACGCCAA
GGGCAAAACAGTGGCACAGGTGAGTATGAGATGGGCGTACGAGGAAGGAGTGAGCATGGT
GGTGAAGAGCTTTACAAAACAGAGACTAGAGGAGAATCTTAAGATATTCGATTGGTCTTT
GACTGAAGAAGAGATGCATAGGATCTCGACAGAGATTCCTCAGTGCAGAATCGTCGGCGG
TGAGGTTTATATCTCCAAGAAGGGCCCCATTAAATCTCTAGACGAAATGTGGGATGGTGA
GATCTAAATCACTTCGTGTGGAAGTGACCCAGTAGATCCCATTTTGTATTATGATCGTAA
CGATTTTACTTGTCATTCTCTTGCTTCATTCTTATCGTCATCATAACTATCACCGAAACA
AGGCCAAACAGTCTCATGTTAAGCTCAAGGGTTAATTATATCAGACCCAAATAATGACAA
TCTTTCTCGTTGTGTTTTGTGAGCTCATAAATAAAAAACAGATTTGTTACT

QA 1 891 1 891
DS 



AS 1 2

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AAAGTGCTTATAACTGTGGTGTTGTGACCATCAGTTTGGCTGTTGCATTTGGAAGGCTCA
GGACAATGTTTGGCTGTTGCAAATACAACATCAAATTTGCCGAAAGTTGTGAACGGCTCG
AGGAAGAAACCCTACGACTCTCCACCATCTGCGAGAGGCGAACCCGCGGCAGAGCTTCTC
TTCCTCGGTAGCAGAGACGGAGAAGACAGAGGAAGAGGACGACGGCGGTGAAGATATAGT
GGCCATATCATCTCACCGACTGTGGTTTTCAGTCTACTCCTCAAGGTGAGAGGTTGCAGC
AGTCTATGTTAATATCTTTGATCCATTTCTCTTGTCTGGACTGTTTTTAAAAAATATTAT
TACTAGCTTTTCAGGATGGAGGAGAAGACATATCCAGCAGATGCTTGCTGTTGGGTTCTT
TTGTTGTAAACTTTCCAGGTTCTTATGTTGCTAGGTGACCAGATACTTGCTGTTGGGTTT
GAGGAGGCTGTGGAGTCTGATTCTTGAGAATCTCCCACAGAACTACAGAAGAGACAAAGC
ATGCTTTTCTCAGAAACTATGCCTACTTGGGTGAAGAAGTTGGCGAGGAAGTACCTTGAC
AATCCTCTGAATATCTTTCCTGATCAGAGGAAAGATTGACTCTCACTTGTTCCTGTCCAT
AGTGATGGTCTCTGTTTCTTTCTTTTGACCTTGCTGTAATTTTTTCCAGGTTGGCTATTT
TGATTGCGTTTTTGGCTGCTTTGTTTGTATTGTCACATACCTTGTTACCCTGGTTTCTAA
AGCTCACGACAAGCATTTCTTCTCAGTGTAGTTGCAAGCTCAGTCTAAGTCTTGAATTGG
GTTCCACTGCGGCAGGAGTGATGATATCAACAACTGATTTCGCCCAGCACACTCTTAAGA
GTTGAGAAGCGATAGAATTCGAAGATGGCAGAGAAAGGTAAACACTGGACGTTCGAAGAA
GATGAGACGTGGAGATGGCAAGAGGAAGAAGAGTTTAGTTTTTTTTTTGTTTCTGGTTTT
ACTTAGATTTTCTTAATTCTGGTTAGTTTTATAAACTGGAATTTATGTGTAAACCAAATT
TAGTTTATAAATAAAATTTGTTTTCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW62TF U 1
AF RR1BW62JQ C 334
BS 1 685 RR1BW62TF
BS 686 1168 RR1BW62JQ

RD RR1BW62TF 685 0 0
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GGACAATGTTTGGCTGTTGCAAATACAACATCAAATTTGCCGAAAGTTGTGAACGGCTCG
AGGAAGAAACCCTACGACTCTCCACCATCTGCGAGAGGCGAACCCGCGGCAGAGCTTCTC
TTCCTCGGTAGCAGAGACGGAGAAGACAGAGGAAGAGGACGACGGCGGTGAAGATATAGT
GGCCATATCATCTCACCGACTGTGGTTTTCAGTCTACTCCTCAAGGTGAGAGGTTGCAGC
AGTCTATGTTAATATCTTTGATCCATTTCTCTTGTCTGGACTGTTTTTAAAAAATATTAT
TACTAGCTTTTCAGGATGGAGGAGAAGACATATCCAGCAGATGCTTGCTGTTGGGTTCTT
TTGTTGTAAACTTTCCAGGTTCTTATGTTGCTAGGTGACCAGATACTTGCTGTTGGGTTT
GAGGAGGCTGTGGAGTCTGATTCTTGAGAATCTCCCACAGAACTACAGAAGAGACAAAGC
ATGCTTTTCTCAGAAACTATGCCTACTTGGGTGAAGAAGTTGGCGAGGAAGTACCTTGAC
AATCCTCTGAATATCTTTCCTGATC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1BW62JQ 835 0 0
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GGTGACCAGATACTTGCTGTTGGGTTTGAGGAGGCTGTGGAGTCTGATTCTTGAGAATCT
CCCACAGAACTACAGAAGAGACAAAGCATGCTTTTCTCAGAAACTATGCCTACTTGGGTG
AAGAAGTTGGCGAGGAAGTACCTTGACAATCCTCTGAATATCTTTCCTGATCAGAGGAAA
GATTGACTCTCACTTGTTCCTGTCCATAGTGATGGTCTCTGTTTCTTTCTTTTGACCTTG
CTGTAATTTTTTCCAGGTTGGCTATTTTGATTGCGTTTTTGGCTGCTTTGTTTGTATTGT
CACATACCTTGTTACCCTGGTTTCTAAAGCTCACGACAAGCATTTCTTCTCAGTGTAGTT
GCAAGCTCAGTCTAAGTCTTGAATTGGGTTCCACTGCGGCAGGAGTGATGATATCAACAA
CTGATTTCGCCCAGCACACTCTTAAGAGTTGAGAAGCGATAGAATTCGAAGATGGCAGAG
AAAGGTAAACACTGGACGTTCGAAGAAGATGAGACGTGGAGATGGCAAGAGGAAGAAGAG
TTTAGTTTTTTTTTTGTTTCTGGTTTTACTTAGATTTTCTTAATTCTGGTTAGTTTTATA
AACTGGAATTTATGTGTAAACCAAATTTAGTTTATAAATAAAATTTGTTTTCATT

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 2

CO CL5605Contig1 730 2 2 U
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CTCTTACCACTGTGTATAATCGTTTGCAGCCTATTAATTATTCATCTCCCTATGCGTTTC
TTCAAGCCTTATTCTTCCCTGAGTATCCTGCTGGTGTGCTTCATGTAGAGAAGATTTTAC
CACCTGGGAGAGACTTAACAGCTGTTGGCATATGTAGTTTTAACAATGGGGTTCCTGAAA
TCAAGTCTTGCCAAGATCTCCCTTATTTCTTATCAGATATGACTAAGGACAAGATGATAG
TGGACCTTACGGAGACTACCAGTGTATTATTCTGGGGCGGTGTGATCCTGGGCTGTTTGT
CTGTTGGCATCCTTGGCTTTGCTGCTGTCAGGGCCTGGAATAGATGGAAACTACGGAACC
ATCAGAGAGACAGAGGACGACCAGACCAACACATGGTCGATGATGATACAGAAGAAGATG
CAGATGAGATTCCAGATGGAGAATTGTGTGTGATCTGTGTGACGAGAAGGAGAATTCCTG
CGTTCATTCCATGTGGACATGTAGTATGTTGCAGATACTGCGCCTTAACTGTGGAACGAA
AGTCGAACCCCAAGTGTCCTGTTTGTCTCCAGAGCATTAGAGGGTCCATGCGGATATGTT
TCTCTTAGTGAATGCTTATCTTCTTACCTCATTTGTGTATATGTAAATCTCAGATAACCA
GAAAATGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H289TF U 1
AF RR1H289JQ C 273
BS 1 628 RR1H289TF
BS 629 730 RR1H289JQ

RD RR1H289TF 628 0 0
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CTCTTACCACTGTGTATAATCGTTTGCAGCCTATTAATTATTCATCTCCCTATGCGTTTC
TTCAAGCCTTATTCTTCCCTGAGTATCCTGCTGGTGTGCTTCATGTAGAGAAGATTTTAC
CACCTGGGAGAGACTTAACAGCTGTTGGCATATGTAGTTTTAACAATGGGGTTCCTGAAA
TCAAGTCTTGCCAAGATCTCCCTTATTTCTTATCAGATATGACTAAGGACAAGATGATAG
TGGACCTTACGGAGACTACCAGTGTATTATTCTGGGGCGGTGTGATCCTGGGCTGTTTGT
CTGTTGGCATCCTTGGCTTTGCTGCTGTCAGGGCCTGGAATAGATGGAAACTACGGAACC
ATCAGAGAGACAGAGGACGACCAGACCAACACATGGTCGATGATGATACAGAAGAAGATG
CAGATGAGATTCCAGATGGAGAATTGTGTGTGATCTGTGTGACGAGAAGGAGAATTCCTG
CGTTCATTCCATGTGGACATGTAGTATGTTGCAGATACTGCGCCTTAACTGTGGAACGAA
AGTCGAACCCCAAGTGTCCTGTTTGTCT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1H289JQ 458 0 0
TCAGATATGACTAAGGACAAGATGATAGTGGACCTTACGGAGACTACCAGTGTATTATTC
TGGGGCGGTGTGATCCTGGGCTGTTTGTCTGTTGGCATCCTTGGCTTTGCTGCTGTCAGG
GCCTGGAATAGATGGAAACTACGGAACCATCAGAGAGACAGAGGACGACCAGACCAACAC
ATGGTCGATGATGATACAGAAGAAGATGCAGATGAGATTCCAGATGGAGAATTGTGTGTG
ATCTGTGTGACGAGAAGGAGAATTCCTGCGTTCATTCCATGTGGACATGTAGTATGTTGC
AGATACTGCGCCTTAACTGTGGAACGAAGGTCGAACCCCAAGTGTCCTGTTTGTCTCCAG
AGCATTAGAGGGTCCATGCGGATATGTTTCTCTTAGTGAATGCTTATCTTCTTACCTCAT
TTGTGTATATGTAAATCTCAGATAACCAGAAAATGTTG

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 2

CO CL5606Contig1 1230 2 2 U
GGATTTATAGGAATAAGTTCCTTACGGTCAAGAGAGAGAGAGAGAAACAGTTTTCTCTCG
AGCGTCTCTCCCACCAACGCCGTCAAACCCTAATTCTCAGAAATCAATTCTTGCTTGAGG
GGATCGTGGGCTTCTGTCGCCTCCGGTCTCCTCCCCCATCTGTGTCTGCTCTTCTTAGCC
ACTATCACCGACCCATCAACCCCATCAACTGCCGTTAAACCTTCTTTGTCGTGTACTCTG
GATCTCTACTTCGGTGGATCTAATCGGAAGCTAGAGGCGTGTGTCTCTCTTCTCTGGAAT
ACAGACGAGGGTGTAATGTGTGGCTTGATACTCGGTGGCCTTGATTCTCTTTCTCCTCTG
ATTGTTGGCGTAAGATCTGGGTCAGATCTTAATTCAAGTTTGGTGATTTTTCGGGAGCGT
AGCTACCTCTCTTCTCATCGCCGCCTTGCCTCCCAACAGTTCAAGGGTCTTGCAGCTTCA
AGGTTCAATAGAGCCTCTCCTCTGGAATTTGTTTTCTGAGAGCGGCGGAGCCGTGGTTCT
CTGCTGAGAGCCTCTTCTCTTAGCCTCAAGTGTCAGCTTCCATGGTAATATCTGTTGATG
CTCTGTTTCTCTCCGTTGTGTTTTGATGGTCGATGCTCAGGGTCCTTGAGGACAGACCCA
ATGTGTCTCTAAAAGTCACTCTGGAAGAGACTTGCTTTTGATGGATTTCACCTGTTTTTG
AGAAGTTGTATGGCTTCTCCTGGTCTTCAACTCCGTCTACAAGCTCCGGCATGCTCCTCT
TTCGAGTGTGAGCTTCCCGAGAGGCTTCTGGTTTTGGTTTCAACAGAGCACCTCAGCCTG
CACCGGAGTGGATTGCCTGGCCCTCCGTCGTCGCGGCCGAGAGAATCTGTGGAGTCTTCC
TAAGCCTGCACCGGAGTGGTAGCTGTCCCTCCGTCGTCGCGGCAAAGAAACTCTTTGGAT
TTCCTCTACGTAAACCAACTCTGTATAGCCTTCTCCTCGTCACCTCCCTTGGTACTTGGA
AGCGCTTGTAAGGAACCTTTGCTGATGTTTGTTGCTTAACTGTTAGGTCAAAGTCTTGTT
CTCTTGATCAAACTTGATCTTAATTAGATGTTTAGGGCTTTTTTTTTTTTCTTGCGGCTC
TTTTCATCTGAATGGCTTAGTTGCAGATGTTGATTGCAAATCCTTGTAATCAGACCTTCA
TTATCTTGTTAATGATATTTACCCTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC61TF U 1
AF RR1FC61JQ C 540
BS 1 740 RR1FC61TF
BS 741 1230 RR1FC61JQ

RD RR1FC61TF 740 0 0
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AGCGTCTCTCCCACCAACGCCGTCAAACCCTAATTCTCAGAAATCAATTCTTGCTTGAGG
GGATCGTGGGCTTCTGTCGCCTCCGGTCTCCTCCCCCATCTGTGTCTGCTCTTCTTAGCC
ACTATCACCGACCCATCAACCCCATCAACTGCCGTTAAACCTTCTTTGTCGTGTACTCTG
GATCTCTACTTCGGTGGATCTAATCGGAAGCTAGAGGCGTGTGTCTCTCTTCTCTGGAAT
ACAGACGAGGGTGTAATGTGTGGCTTGATACTCGGTGGCCTTGATTCTCTTTCTCCTCTG
ATTGTTGGCGTAAGATCTGGGTCAGATCTTAATTCAAGTTTGGTGATTTTTCGGGAGCGT
AGCTACCTCTCTTCTCATCGCCGCCTTGCCTCCCAACAGTTCAAGGGTCTTGCAGCTTCA
AGGTTCAATAGAGCCTCTCCTCTGGAATTTGTTTTCTGAGAGCGGCGGAGCCGTGGTTCT
CTGCTGAGAGCCTCTTCTCTTAGCCTCAAGTGTCAGCTTCCATGGTAATATCTGTTGATG
CTCTGTTTCTCTCCGTTGTGTTTTGATGGTCGATGCTCAGGGTCCTTGAGGACAGACCCA
ATGTGTCTCTAAAAGTCACTCTGGAAGAGACTTGCTTTTGATGGATTTCACCTGTTTTTG
AGAAGTTGTATGGCTTCTCC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1FC61JQ 691 0 0
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GCTCTGTTTCTCTCCGTTGTGTTTTGATGGTCGATGCTCAGGGTCCTTGAGGACAGACCC
AATGTGTCTCTAAAAGTCACTCTGGAAGAGACTTGCTTTTGATGGATTTCACCTGTTTTT
GAGAAGTTGTATGGCTTCTCCTGGTCTTCAACTCCGTCTACAAGCTCCGGCATGCTCCTC
TTTCGAGTGTGAGCTTCCCGAGAGGCTTCTGGTTTTGGTTTCAACAGAGCACCTCAGCCT
GCACCGGAGTGGATTGCCTGGCCCTCCGTCGTCGCGGCCGAGAGAATCTGTGGAGTCTTC
CTAAGCCTGCACCGGAGTGGTAGCTGTCCCTCCGTCGTCGCGGCAAAGAAACTCTTTGGA
TTTCCTCTACGTAAACCAACTCTGTATAGCCTTCTCCTCGTCACCTCCCTTGGTACTTGG
AAGCGCTTGTAAGGAACCTTTGCTGATGTTTGTTGCTTAACTGTTAGGTCAAAGTCTTGT
TCTCTTGATCAAACTTGATCTTAATTAGATGTTTAGGGCTTTTTTTTTTTTCTTGCGGCT
CTTTTCATCTGAATGGCTTAGTTGCAGATGTTGATTGCAAATCCTTGTAATCAGACCTTC
ATTATCTTGTTAATGATATTTACCCTTTAGC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL5607Contig1 780 2 2 U
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CGAGAGGAGGATAGCTGAATTACAAGAAGCGTACCAAAGAAAGTTTCATGAGGTAGAAGC
TGAACATGCAGCCAGAAAGACGAAGTTACAGACGAGGAAGAATCTTGTTATAATGAACAA
GTTCTTGTCGATTGCGTTCTTGTCTAAATGTACGAGCAGAGTCTCCTCTCATTCCTCAGC
ATCTCCAAGGGGTAGAATCCAGCAGCTAGCACAGAGAGCAACACAAGTGAGCTCACCGAG
ATATCATACTGCTTCAGCTCCTCCAGTTTCTCGCCCATCAGACCTTCCTCCTCTGACTTC
AGCGTACAGCACAATGCCTCAGCCAAGACAGCCTCTCATCTCCAATACATATTCATCTTC
GTCATTTCAGCAGCAAGAACAACAACAGAACTTGGGGAGTGGATTGCAGAGGAGCAATGA
TGTGGTCTGTCTCTCTGATGACGAGTGATCTAATCTCCTGGTGTCTAGGGTATAACAGTT
GGTTTAGAGTTGCATATAAAAAAAGTAAGTTCCCTTAATACTGAAAAAAATAGTCTGTTA
ATTGATGATTGGGGGCCATCATCAAAGTTTCTTATTACCCTGTCTCTTGTAAATGAAGCT
TTCGTTTCCGTGATCAAGTGAGTGTGAGGGTAGGTAGAGGTTTAGTCTCCCCCCTTTAGT
TTAAAAGCTCTCATCACATATGTCTATGTTTCTAGGCTTTTATAATACATTTTTCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE02TF U 1
AF RR1DE02JQ C 352
BS 1 564 RR1DE02TF
BS 565 780 RR1DE02JQ

RD RR1DE02TF 564 0 0
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CGAGAGGAGGATAGCTGAATTACAAGAAGCGTACCAAAGAAAGTTTCATGAGGTAGAAGC
TGAACATGCAGCCAGAAAGACGAAGTTACAGACGAGGAAGAATCTTGTTATAATGAACAA
GTTCTTGTCGATTGCGTTCTTGTCTAAATGTACGAGCAGAGTCTCCTCTCATTCCTCAGC
ATCTCCAAGGGGTAGAATCCAGCAGCTAGCACAGAGAGCAACACAAGTGAGCTCACCGAG
ATATCATACTGCTTCAGCTCCTCCAGTTTCTCGCCCATCAGACCTTCCTCCTCTGACTTC
AGCGTACAGCACAATGCCTCAGCCAAGACAGCCTCTCATCTCCAATACATATTCATCTTC
GTCATTTCAGCAGCAAGAACAACAACAGAACTTGGGGAGTGGATTGCAGAGGAGCAATGA
TGTGGTCTGTCTCTCTGATGACGAGTGATCTAATCTCCTGGTGTCTAGGGTATAACAGTT
GGTTTAGAGTTGCATATAAAAAAA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1DE02JQ 429 0 0
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TTCATTTTCGTCATTTCAGCAGCAAGAACAACAACAGAACTTGGGGAGTGGATTGCAGAG
GAGCAATGATGTGGTCTGTCTTTCTGATGACGAGTGATCTAATCTCCTGGTGTCTAGGGT
ATAACAGTTGGTTTAGAGTTGCATATAAAAAAAGTAAGTTCCCTTAATACTGAAAAAAAT
AGTCTGTTAATTGATGATTGGGGGCCATCATCAAAGTTTCTTATTACCCTGTCTCTTGTA
AATGAAGCTTTCGTTTCCGTGATCAAGTGAGTGTGAGGGTAGGTAGAGGTTTAGTCTCCC
CCCTTTAGTTTAAAAGCTCTCATCACATATGTCTATGTTTCTAGGCTTTTATAATACATT
TTTCTTCCC

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 2

CO CL5608Contig1 931 2 2 U
GGACTCTGATCCACAGATCACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAGAAGATGAAGCTGAAAG
TGTATGCGGATCGTATGTCACAGCCATCTCGTGCTGTAATCATATTCTGCAAGGTTAATG
GAATCCAATTCGATGAGGTTTTGATTAACTTGGCGAAGCGTCAGCAATTATCCCCTGAAT
TCAAAGAGATTAACCCATTGGGGAAGGTTCCAGCTATTGTTGACGGCAGATTTAAGCTCT
TCGAGAGTCACGCCATCTTGATTTATCTTGCCTCAGCATTCCCAAGTGTAGCTGATCATT
GGTACCCAAATGATCTTTCCAAGAGAGCCAAGATTCACTCTGTCTTGGATTGGCATCACA
CCAACTTACGCCCTGGTGCAGCTGGATATGTAATGAATAGTGTTCTAGCTCCATTTCTTG
GCCGTTCTCTGGATTCGAAAGCAGCTGCTGAAGCTGAGAAGCTACTAACCAAGTCTCTGT
CCACTCTGGAGACTTTTTGGCTTAAGGGCAATGGTAAATTCTTGCTGGGAAGCAACCAAC
CATCCGTAGCTGATCTCAACCTTGTATGCGAGCTTATGCAGCTCCAGGTTTTGGATGAGA
AAGATCGTTTCAGGTTGTTTAGTCCTTACAAGAAAGTTGAAGAATGGATTGAGAATACGA
GGAAGGCGACACAGCCTCACTTTGATGTGGTTCACAAAATCCTTTACGGAGCCAAAGACA
AATTTGACAAGCAGCTGAAGATGTTTAAACCGGGTTTTCAATTTAAGATGTAAGAAGAAG
AAAAAAAAACTTGAATTGGGGACGGTTTGTGCAAAACCGGTCTAAGGGATAACTGTAATA
ACTCGGTTCAACATTCACATTGTTGTAACCGAAACCAAAGTATGTAATCATACTCCCTTT
ATCAGGGCTTTTAATAAATGAGACATCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AE52TF U 1
AF RR1AE52JQ C 359
BS 1 710 RR1AE52TF
BS 711 931 RR1AE52JQ

RD RR1AE52TF 710 0 0
GGACTCTGATCCACAGATCACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAGAAGATGAAGCTGAAAG
TGTATGCGGATCGTATGTCACAGCCATCTCGTGCTGTAATCATATTCTGCAAGGTTAATG
GAATCCAATTCGATGAGGTTTTGATTAACTTGGCGAAGCGTCAGCAATTATCCCCTGAAT
TCAAAGAGATTAACCCATTGGGGAAGGTTCCAGCTATTGTTGACGGCAGATTTAAGCTCT
TCGAGAGTCACGCCATCTTGATTTATCTTGCCTCAGCATTCCCAAGTGTAGCTGATCATT
GGTACCCAAATGATCTTTCCAAGAGAGCCAAGATTCACTCTGTCTTGGATTGGCATCACA
CCAACTTACGCCCTGGTGCAGCTGGATATGTAATGAATAGTGTTCTAGCTCCATTTCTTG
GCCGTTCTCTGGATTCGAAAGCAGCTGCTGAAGCTGAGAAGCTACTAACCAAGTCTCTGT
CCACTCTGGAGACTTTTTGGCTTAAGGGCAATGGTAAATTCTTGCTGGGAAGCAACCAAC
CATCCGTAGCTGATCTCAACCTTGTATGCGAGCTTATGCAGCTCCAGGTTTTGGATGAGA
AAGATCGTTTCAGGTTGTTTAGTCCTTACAAGAAAGTTGAAGAATGGATTGAGAATACGA
GGAAGGCGACACAGCCTCACTTTGATGTGGTTCACAAAATCCTTTACGGA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1AE52JQ 573 0 0
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TGGCCGTTCTCTGGATTCGAAAGCAGCTGCTGAAGCTGAGAAGCTACTAACCAAGTCTCT
GTCCACTCTGGAGACTTTTTGGCTTAAGGGCAATGGTAAATTCTTGCTGGGAAGCAACCA
ACCATCCGTAGCTGATCTCAACCTTGTATGCGAGCTTATGCAGCTCCAGGTTTTGGATGA
GAAAGATCGTTTCAGGTTGTTTAGTCCTTACAAGAAAGTTGAAGAATGGATTGAGAATAC
GAGGAAGGCGACACAGCCTCACTTTGATGTGGTTCACAAAATCCTTTACGGAGCCAAAGA
CAAATTTGACAAGCAGCTGAAGATGTTTAAACCGGGTTTTCAATTTAAGATGTAAGAAGA
AGAAAAAAAAACTTGAATTGGGGACGGTTTGTGCAAAACCGGTCTAAGGGATAACTGTAA
TAACTCGGTTCAACATTCACATTGTTGTAACCGAAACCAAAGTATGTAATCATACTCCCT
TTATCAGGGCTTTTAATAAATGAGACATCAATC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5611Contig1 1209 2 4 U
GGACACAAAAACACATTATAACACACTCTTTGTGCAAACTTCAAATTTCAAATAATCTTT
TAGTCTCGTCGACTTATAGTTGCTAAAATTATTCAACAAAAATGTCAATGTCATCCTCGG
AGGAGGAGAATCACCGGAAAACTGTGGAGGACAAGGCTGAGATGGGGAGGAGAAAAAGGG
CAATTTGGGCAAGAAAGTGGAAAAGATTGGACATTGTGAAAGCTTTCGCTTCTCTCTTTG
TGCATTTCCTCTGTCTCCTAGCTCCTTTCCATTTCACTTGGCCAGCCTTACGGGTTGCAT
TCGTTGTCTATACGGTGGGTGGGCTCGGTATCACCGTCTCTTACCACCGTAACCTGGCTC
ACAGGAGCTTCAAAGTCCCTAAATGGCTCGAGTATTTGTTTGCTTATTGTGGTCTTCTTG
CCATTCAGGGAGATCCAATTGATTGGGTCAGCACACATCGATACCATCACCAGTTTACAG
ATTCAGTTAGGGACCCACATAGCCCTAATGAAGGTTTCTGGTTCAGCCATCTCCTATGGC
TATTTGATACTGGTTATCTTGTAGAAAAGTGTGGAAGAAAGACAAATGTGGAGGACTTGA
AGAGGCAGTGGTTCTATAAGTTCCTTCAAAAAACGGTTATGTACCACATTCTAGCATTTG
GTTTCCTCCTCTATTACTTCGGTGGTTTGTCTTTTCTTACGTGGGGAATGGGTATTGGAG
TAGCAATGGAGCATCATGTGACTTGCCTCATCAACTCTTTTTGCCATATTTGGGGAAGCC
GAACTTGGAAGACCAACGACACTTCTCGTAATGTTTGGTGGCATCGGTATTCTCATTTGG
GGAGAGCTGGCACAACAATCACCATGCCTTTGAGTCGTCAGCGAGACAAGGCCTAGAGTG
GTGGCAAATCGACATCTCTTGGTACATCGTCCGCTTTCTCGAAATTATCGGTTTGGCTAC
AGACGTGAAGCTGCCTTCAGAGAGTCAACGACGTCGTATGGCATTGGTTCGTTGAGCCTT
CAGAGAGTTAACGACGTCGTATGGCATTGGTTCGTTGAATGAGGATATTCGACTTATCGT
CTTTATTCAGTATCATTTAAATGTCTACGTACGTTTCAAGGTTTTGGTAAGGCTAAAATT
CGTAATATTGAGTTACCCGGTGTTGTGTTGTGTGTTGGAACCAATTTGCTTAATTACGCT
CGTTTTCGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT02TF U 1
AF RR1CT02JQ C 395
BS 1 707 RR1CT02TF
BS 708 708 RR1CT02JQ
BS 709 753 RR1CT02TF
BS 754 1209 RR1CT02JQ

RD RR1CT02TF 755 0 0
GGACACAAAAACACATTATAACACACTCTTTGTGCAAACTTCAAATTTCAAATAATCTTT
TAGTCTCGTCGACTTATAGTTGCTAAAATTATTCAACAAAAATGTCAATGTCATCCTCGG
AGGAGGAGAATCACCGGAAAACTGTGGAGGACAAGGCTGAGATGGGGAGGAGAAAAAGGG
CAATTTGGGCAAGAAAGTGGAAAAGATTGGACATTGTGAAAGCTTTCGCTTCTCTCTTTG
TGCATTTCCTCTGTCTCCTAGCTCCTTTCCATTTCACTTGGCCAGCCTTACGGGTTGCAT
TCGTTGTCTATACGGTGGGTGGGCTCGGTATCACCGTCTCTTACCACCGTAACCTGGCTC
ACAGGAGCTTCAAAGTCCCTAAATGGCTCGAGTATTTGTTTGCTTATTGTGGTCTTCTTG
CCATTCAGGGAGATCCAATTGATTGGGTCAGCACACATCGATACCATCACCAGTTTACAG
ATTCAGTTAGGGACCCACATAGCCCTAATGAAGGTTTCTGGTTCAGCCATCTCCTATGGC
TATTTGATACTGGTTATCTTGTAGAAAAGTGTGGAAGAAAGACAAATGTGGAGGACTTGA
AGAGGCAGTGGTTCTATAAGTTCCTTCAAAAAACGGTTATGTACCACATTCTAGCATTTG
GTTTCCTCCTCTATTACTTCGGTGGTTTGTCTTTTCTTACGTGGGGA*TGGGTATTGGAG
TAGCAATGGAGCATCATGTGACTTGCCTCATCA
CT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1CT02JQ 815 0 0
TTTGTTTGCTTATTGTGGTCTTCTTGCCATTCAGGGAGATCCAATTGATTGGGTCAGCAC
ACATCGATACCATCACCAGTTTACAGATTCAGTTAGGGACCCACATAGCCCTAATGAAGG
TTTCTGGTTCAGCCATCTCCTATGGCTATTTGATACTGGTTATCTTGTAGAAAAGTGTGG
AAGAAAGACAAATGTGGAGGACTTGAAGAGGCAGTGGTTCTATAAGTTCCTTCAAAAAAC
GGTTATGTACCACATTCTAGCATTTGGTTTCCTCCTCTATTACTTCGGTGGTTTGTCTTT
TCTTACGTGGGGAATGGGTATTGGAGTAGCAATGGAGCATCATGTGACTTGCCTCATCAA
CTCTTTTTGCCATATTTGGGGAAGCCGAACTTGGAAGACCAACGACACTTCTCGTAATGT
TTGGTGGCATCGGTATTCTCATTTGGGGAGAGCTGGCACAACAATCACCATGCCTTTGAG
TCGTCAGCGAGACAAGGCCTAGAGTGGTGGCAAATCGACATCTCTTGGTACATCGTCCGC
TTTCTCGAAATTATCGGTTTGGCTACAGACGTGAAGCTGCCTTCAGAGAGTCAACGACGT
CGTATGGCATTGGTTCGTTGAGCCTTCAGAGAGTTAACGACGTCGTATGGCATTGGTTCG
TTGAATGAGGATATTCGACTTATCGTCTTTATTCAGTATCATTTAAATGTCTACGTACGT
TTCAAGGTTTTGGTAAGGCTAAAATTCGTAATATTGAGTTACCCGGTGTTGTGTTGTGTG
TTGGAACCAATTTGCTTAATTACGCTCGTTTTCGT

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL5612Contig1 984 2 2 U
GCAGCTAGGGAGTTCATGTTTCTCGGAATAAAAGAAAAGGCAACGAAATCAAAGGAGAGG
GATAGATGCTCGATGTCTCGGGCGATTCCGTAGAGATCTGTCGGGTAGTTCTTCGAGGTG
ATGCTAGCAACGAGTGCTTGACAATCTGATTTGATACAGATTCTTGAGTAGCCGGCTGTC
CGTGCGTGTAAGAGAGCCGATCTTATGGCGAGTCCTTCTGCCATCTGAGGAGTCGAGGTG
TGCTCAAATATGGAAGTTCCTTGGTCTAGTCGTTCCCCTTGAAGTGTGAAGAAGATCCAT
CCACACCCTGTGCGCTGGGATGTAGCTTGCCAAGCTGCATCAGAGAAACAAACAAGGGTA
TTAGGAGGCAAAGGATTAAGCAAACCATATGTTGAAGGCGATCGTTGTTGTGCGACATTT
GCTTGCGCCATGGTCCACTCTTGTGCGTTTCTGATTGCCTTTGCGATGAGCTCTGCTGGC
GTAGATACTCTGTTTTCAAAGACAAATAGGTTCCTTGCTATCCAGAGTCCGCAGATTATC
CATGGGAAGATGTTCCCTGTCACTCCGAGAGGAGGTAAATTTTTCAGCTGGATTGTCGAG
AGGAAAGCTTCACCGAAAGAGGCGCAGTGTGATGGCTTGAAGTCCGTGGTCCATAAATGA
ATGAGGTCCCATACTTGTCTAGCAACATTGCAGTGTAGAAAGACGTGGTTGGCCGTTTCC
AATTCCACGCAGTGCTTACAGGTAACGTTGGTAGTGAGTCCTCTTTTTGCCAGATTTTCC
CCTAATGCAAGAGCTCCTTTGTTGGGGTCAAAATCGGTCAAGACGAAATCGATGTCCGAA
AATCTCGGAAAAACATGAAAAATGTTAGAGCAACCTCGAGAGACTAATTGTTAATCGAGA
AACCTCGGGAAAGTATTAAGTTCGAGATTAATCATCTCGAAATCAACTGCTAGAAACATT
TTCTACACAAGGAAAAACCTACGG


BQ
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AF RR1DQ24TF U 1
AF RR1DQ24JQ C 325
BS 1 678 RR1DQ24TF
BS 679 984 RR1DQ24JQ

RD RR1DQ24TF 678 0 0
GCAGCTAGGGAGTTCATGTTTCTCGGAATAAAAGAAAAGGCAACGAAATCAAAGGAGAGG
GATAGATGCTCGATGTCTCGGGCGATTCCGTAGAGATCTGTCGGGTAGTTCTTCGAGGTG
ATGCTAGCAACGAGTGCTTGACAATCTGATTTGATACAGATTCTTGAGTAGCCGGCTGTC
CGTGCGTGTAAGAGAGCCGATCTTATGGCGAGTCCTTCTGCCATCTGAGGAGTCGAGGTG
TGCTCAAATATGGAAGTTCCTTGGTCTAGTCGTTCCCCTTGAAGTGTGAAGAAGATCCAT
CCACACCCTGTGCGCTGGGATGTAGCTTGCCAAGCTGCATCAGAGAAACAAACAAGGGTA
TTAGGAGGCAAAGGATTAAGCAAACCATATGTTGAAGGCGATCGTTGTTGTGCGACATTT
GCTTGCGCCATGGTCCACTCTTGTGCGTTTCTGATTGCCTTTGCGATGAGCTCTGCTGGC
GTAGATACTCTGTTTTCAAAGACAAATAGGTTCCTTGCTATCCAGAGTCCGCAGATTATC
CATGGGAAGATGTTCCCTGTCACTCCGAGAGGAGGTAAATTTTTCAGCTGGATTGTCGAG
AGGAAAGCTTCACCGAAAGAGGCGCAGTGTGATGGCTTGAAGTCCGTGGTCCATAAATGA
ATGAGGTCCCATACTTGT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1DQ24JQ 660 0 0
GCTTGCCAAGCTGCATCAGAGAAACAAACAAGGGTATTAGGAGGCAAAGGATTAAGCAAA
CCATATGTTGAAGGCGATCGTTGTTGTGCGACATTTGCTTGCGCCATGGTCCACTCTTGT
GCGTTTCTGATTGCCTTTGCGATGAGCTCTGCTGGCGTAGATACTCTGTTTTCAAAGACA
AATAGGTTCCTTGCTATCCAGAGTCCGCAGATTATCCATGGGAAGATGTTCCCTGTCACT
CCGAGAGGAGGTAAATTTTTCAGCTGGATTGTCGAGAGGAAAGCTTCACCGAAAGAGGCG
CAGTGTGATGGCTTGAAGTCCGTGGTCCATAAATGAATGAGGTCCCATACTTGTCTAGCA
ACATTGCAGTGTAGAAAGACGTGGTTGGCCGTTTCCAATTCCACGCAGTGCTTACAGGTA
ACGTTGGTAGTGAGTCCTCTTTTTGCCAGATTTTCCCCTAATGCAAGAGCTCCTTTGTTG
GGGTCAAAATCGGTCAAGACGAAATCGATGTCCGAAAATCTCGGAAAAACATGAAAAATG
TTAGAGCAACCTCGAGAGACTAATTGTTAATCGAGAAACCTCGGGAAAGTATTAAGTTCG
AGATTAATCATCTCGAAATCAACTGCTAGAAACATTTTCTACACAAGGAAAAACCTACGG

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL5613Contig1 367 2 2 U
GGCAGTTATACCAAATATATAGCAGCAGAAGATGGTTACTCTGTTCCGTGTTAGATACAA
ACCACCATAGAGACTTTCAAAGATATTCTATACAAAGAGATTGAACACTCCAATTCTAAA
ATAAAACAAAAAGCAAACAGAATAAACAAAAGGGAGGGGAGGTAGAAGAAAACACCTTCC
CCTAGCCTTTTCATTATACACAACGCCCCAAGCATTTCTATGTTGGTTTTGGCTACTCAC
ACTGACACACTTCTTCATGATCATTTTTTCTTCCTTATCAGATGATGCTCTCAAACGCCA
CATGTGCATGTGAGGATGAGGATGATGCGGATGTTTGTTCATACTCTGGCTTCGAGCTGC
TCGACGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FI42TF C 1
AF RR1FI42JQ U 167
BS 1 166 RR1FI42TF
BS 167 367 RR1FI42JQ

RD RR1FI42TF 367 0 0
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ACCACCATAGAGACTTTCAAAGATATTCTATACAAAGAGATTGAACACTCCAATTCTAAA
ATAAAACAAAAAGCAAACAGAATAAACAAAAGGGAGGGGAGGTAGAAGAAAACACCTTCC
CCTAGCCTTTTCATTATACACAACGCCCCAAGCATTTCTATGTTGGTTTTGGCTACTCAC
ACTGACACACTTCTTCATGATCATTTTTTCTTCCTTATCAGATGATGCTCTCAAACGCCA
CATGTGCATGTGAGGATGAGGATGATGCGGATGTTTGTTCATACTCTGGCTTCGAGCTGC
TCGACGC

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR1FI42JQ 201 0 0
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TTTTGGCTACTCACACTGACACACTTCTTCATGATCATTTTTTCTTCCTTATCAGATGAT
GCTCTCAAACGCCACATGTGCATGTGAGGATGAGGATGATGCGGATGTTTGTTCATACTC
TGGCTTCGAGCTGCTCGACGC

QA 1 201 1 201
DS 



AS 1 2

CO CL5614Contig1 639 2 5 U
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TCTTAAAGTTGTCGACGTTGGTGATTGTGTGCATGTTAGTGTCAGCTCCAATGGCCTCCG
AGGCAGCAATCTCTTGCGGCGCTGTCGCGAGCAACTTAGGCCAATGTATTAACTACCTGA
CCCGAGGTGGTTTCGTTCCTCGAGGGTGCTGTTCTGGCGTTAGGAGGCTAAACGGCATGG
CTCGTACCACCCGTGACCGCCAACAAGCTTGTCGCTGCATCCAAGGAGCAGCTAGAGCCT
TGGGTTCCAGACTTAACCCAGGACGTGCTGCTCGTCTTCCTGGTGCTTGCCGTGTTAGGA
TCGCTTACCCCATCAGCGCAAGAACCAACTGTAACAAAGTCAGGTGAGCATGAGAGTATA
TCGACGTCGTTGAAGGTTTTTCTTTTAATGTAATCGTTGAGATCAGAGTATTAAAGAATA
ATTAAGATGTCACTAGTAAGTGTATCATTTTACTGTTGTGTGCTGTTTTTAAAATTTGTG
TGTTTCGTGTCTTTCTTTATATACGACTGTCCATTTAACTCGTCGTCTGTTTTATGTATA
CCTCCAATGATATATGGAATTACGATATGTATTGTTTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA76TF U 3
AF RR1FP38JQ C 1
BS 1 2 RR1FP38JQ
BS 3 8 RR1GA76TF
BS 9 9 RR1FP38JQ
BS 10 216 RR1GA76TF
BS 217 639 RR1FP38JQ

RD RR1GA76TF 214 0 0
ATCCAAGCTCATTACTAACTTAAGCAAAAGAGATAAAGCTTAAAGATTATGGAGGAGCTC
TTAAAGTTGTCGACGTTGGTGATTGTGTGCATGTTAGTGTCAGCTCCAATGGCCTCCGAG
GCAGCAATCTCTTGCGGCGCTGTCGCGAGCAACTTAGGCCAATGTATTAACTACCTGACC
CGAGGTGGTTTCGTTCCTCGAGGGTGCTGTTCTG

QA 1 214 1 214
DS 

RD RR1FP38JQ 639 0 0
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TCTTAAAGTTGTCGACGTTGGTGATTGTGTGCATGTTAGTGTCAGCTCCAATGGCCTCCG
AGGCAGCAATCTCTTGCGGCGCTGTCGCGAGCAACTTAGGCCAATGTATTAACTACCTGA
CCCGAGGTGGTTTCGTTCCTCGAGGGTGCTGTTCTGGCGTTAGGAGGCTAAACGGCATGG
CTCGTACCACCCGTGACCGCCAACAAGCTTGTCGCTGCATCCAAGGAGCAGCTAGAGCCT
TGGGTTCCAGACTTAACCCAGGACGTGCTGCTCGTCTTCCTGGTGCTTGCCGTGTTAGGA
TCGCTTACCCCATCAGCGCAAGAACCAACTGTAACAAAGTCAGGTGAGCATGAGAGTATA
TCGACGTCGTTGAAGGTTTTTCTTTTAATGTAATCGTTGAGATCAGAGTATTAAAGAATA
ATTAAGATGTCACTAGTAAGTGTATCATTTTACTGTTGTGTGCTGTTTTTAAAATTTGTG
TGTTTCGTGTCTTTCTTTATATACGACTGTCCATTTAACTCGTCGTCTGTTTTATGTATA
CCTCCAATGATATATGGAATTACGATATGTATTGTTTCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL5615Contig1 577 2 1 U
TCCGATATCAGTGAAATCCAGGTGGACGGATTGCAGAACTTGGATTATCTTGACCAACTA
AAGAAGAGAACACGTTTCACTGATCATGACAAGTCTATAACTTTTAAATCTCAGTTTGAC
AGGATATACCTAAGCACTCCAAATGACATCAGAATCGTGGACAAGAAGAAACAGAAGACT
ATTGTTGTATACAAAGAGGGACAAGTTGATGCTGTGGTGTGGAACCCATGGGAGAAGAAA
GTGGAGGACTTGGGAACTGAAGACTACAGGCGTTTTGTAACGGTGGAAAGTGCTGCGGTA
GAGAAACCGATCATAGTGAATCCAGGACAAGAGTGGAAAGGAATACTCCAAATGAGTGTG
GTTCCTTCGAGTTGATCCAGTAGAGAGCTTGATATAAAGAAAGTCATGTATTCATATTTC
TCCTCATACTAAAAAAAAATATATAAAAAAGTATACTTATGTCAGGATCCAAACCAGACA
TTGGTTTTGTAAAATTTAGAATCCTGTACTAAACTCTAAAAAAACAAAAGTACTGTAAGT
GTTTTTAAAGGGACACAAAAGTTTATGATGTTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GU38TF U 1
AF RR1GU38JQ C 225
BS 1 577 RR1GU38TF

RD RR1GU38TF 577 0 0
TCCGATATCAGTGAAATCCAGGTGGACGGATTGCAGAACTTGGATTATCTTGACCAACTA
AAGAAGAGAACACGTTTCACTGATCATGACAAGTCTATAACTTTTAAATCTCAGTTTGAC
AGGATATACCTAAGCACTCCAAATGACATCAGAATCGTGGACAAGAAGAAACAGAAGACT
ATTGTTGTATACAAAGAGGGACAAGTTGATGCTGTGGTGTGGAACCCATGGGAGAAGAAA
GTGGAGGACTTGGGAACTGAAGACTACAGGCGTTTTGTAACGGTGGAAAGTGCTGCGGTA
GAGAAACCGATCATAGTGAATCCAGGACAAGAGTGGAAAGGAATACTCCAAATGAGTGTG
GTTCCTTCGAGTTGATCCAGTAGAGAGCTTGATATAAAGAAAGTCATGTATTCATATTTC
TCCTCATACTAAAAAAAAATATATAAAAAAGTATACTTATGTCAGGATCCAAACCAGACA
TTGGTTTTGTAAAATTTAGAATCCTGTACTAAACTCTAAAAAAACAAAAGTACTGTAAGT
GTTTTTAAAGGGACACAAAAGTTTATGATGTTTGTCC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1GU38JQ 353 0 0
CCCATGGGAGAAGAAAGTGGAGGACTTGGGAACTGAAGACTACAGGCGTTTTGTAACGGT
GGAAAGTGCTGCGGTAGAGAAACCGATCATAGTGAATCCAGGACAAGAGTGGAAAGGAAT
ACTCCAAATGAGTGTGGTTCCTTCGAGTTGATCCAGTAGAGAGCTTGATATAAAGAAAGT
CATGTATTCATATTTCTCCTCATACTAAAAAAAAATATATAAAAAAGTATACTTATGTCA
GGATCCAAACCAGACATTGGTTTTGTAAAATTTAGAATCCTGTACTAAACTCTAAAAAAA
CAAAAGTACTGTAAGTGTTTTTAAAGGGACACAAAAGTTTATGATGTTTGTCC

QA 1 353 1 353
DS 



AS 1 2

CO CL5616Contig1 394 2 2 U
CGAGAAAAACGCGGTGATTGCTTTTTCTTTTCCAACCTTGAATTTTATAAATATTTGAGA
TTCGAACCCATTATTTTTTTGTTACCAGAATGTTGACCCAACATGTAATTACAAACTTTT
CCCACAAAGAAAGAACAGATTGCTATCAAGACTAGGTGAGCCATTTTATCGAACAGCTTG
TACGCACTAGATACATCTCCACAATTATATAGCATAGCAGAGAGTTATGATCAAACAACA
ACGAGGCCTAAGACGAGGTGTTTGCCAAGGTCGGTGTCGGTGGGTGGTTGAGACGCCATG
TCGGATTGGAAAAAGCATGGAGTTTCTTCAACAGAGATTTGATGCATTTCCTGCAAAAAC
ACAAGAGGTTTCGATATTTCCCTCTATTTCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CT78TF C 1
AF RR1CT78JQ U 2
BS 1 5 RR1CT78TF
BS 6 394 RR1CT78JQ

RD RR1CT78TF 357 0 0
CGAGAAAAACGCGGTGATTGCTTTTTCTTTTCCAACCTTGAATTTTATAAATATTTGAGA
TTCGAACCCATTATTTTTTTGTTACCAGAATGTTGACCCAACATGTAATTACAAACTTTT
CCCACAAAGAAAGAACAGATTGCTATCAAGACTAGGTGAGCCATTTTATCGAACAGCTTG
TACGCACTAGATACATCTCCACAATTATATAGCATAGCAGAGAGTTATGATCAAACAACA
ACGAGGCCTAAGACGAGGTGTTTGCCAAGGTCGGTGTCGGTGGGTGGTTGAGACGCCATG
TCGGATTGGAAAAAGCATGGAGTTTCTTCAACAGAGATTTGATGCATTTCCTGCA
GA

QA 1 355 1 355
DS 

RD RR1CT78JQ 393 0 0
CGAG
AAAACGCGGTGATTGCTTTTTCTTTTCCAACCTTGAATTTTATAAATATTTGAGATTCGA
ACCCATTATTTTTTTGTTACCAGAATGTTGACCCAACATGTAATTACAAACTTTTCCCAC
AAAGAAAGAACAGATTGCTATCAAGACTAGGTGAGCCATTTTATCGAACAGCTTGTACGC
ACTAGATACATCTCCACAATTATATAGCATAGCAGAGAGTTATGATCAAACAACAACGAG
GCCTAAGACGAGGTGTTTGCCAAGGTCGGTGTCGGTGGGTGGTTGAGACGCCATGTCGGA
TTGGAAAAAGCATGGAGTTTCTTCAACAGAGATTTGATGCATTTCCTGCAAAAACACAAG
AGGTTTCGATATTTCCCTCTATTTCGTCC

QA 5 393 5 393
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5618Contig1 1155 2 2 U
GTGAGCCTTCAAAATTGACGCCAAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGACGACGACGA
CGACCACCACTCTCTACCGGAAAACGATTGAACCGCGGGAGATCTCATCAGAATGAGTAA
CGCGCTTCTCGACATCGATCCTATCGACCTTCAATTCCCTTTTGAATTGAAGAAGCAGAT
CTCTTGCTCTCTCTATTTGGCTAACAAGACCGACAGTTATGTAGCCTTCAAGGTTAAAAC
GACGAATCCAAAGAAGTACTGCGTGAGGCCTAACACTGGCGTTGTTCTTCCCAGATCCTC
TTCTGAAGTTCTTGTGACGATGCAAGCGCAGAAGGAAGCTCCTGCTGATATGCAGTGCAA
AGACAAGTTCTTGCTTCAATGTGTTGTGGCTACTCCCGGTGTCACTCCCAAGGATGTTAC
TCCCGAGATGTTTAGCAAAGAGGCGGGGAATCGAGTTGAGGAGACGAAACTGAGAGTTGT
CTATGTTGATCCACCACGACCACCTTCACCGGTTCATGAAGGATCAGAAGAGGGCTCTTC
ACCAAGAGCTTCTGTCTCTGACAATGGGAACAACAACAACGCTTCTGACTTTACTGCTGC
TCCAAGATTTAGCGTGGACAGGCTTGAACCTCAGGATAACCCATCTGAGGCGAGAGCGCT
CATCACAAGGCTCACCGAGGAAAAGAACTCTGCGGTTCAACTGAACAATAGACTTCAACA
AGAATTGGAGCAGTTGAAGCGTGGAAGCAATAGAAGTCAGAGTGGTGGTGGGATCCCGTT
CATGTACGTTCTTTTGGTAGGACTAATAGGTCTAGTCTTGGGATACATTATGAAGAGGAC
ATGATCACGTTCGAAAACTATAATACCGTCAGAATGACATTCAGTCTTGGTCTTATCGTC
TGTTATTTCACCTTTGGTTGAATCTTAAACCTAGTTTGCGTTAGTGGATTGATTGTGCTA
CGGTTTTCATATTTTTTTTGTAACACGTGTTACGGTTTTCGTAGTACTTACAATTTTCCT
CCTTTTTTTTCAACATTTGTAATCCAAAAGACATTTTGTTTCTGTATGTTCTGTTCTCGC
CTACTCTTAACTTCTTCTCGTCTCCGTTTTATGTACTTGTTAGAAATAAAATAAAATAAA
AAAACATTTTTATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO73TF U 1
AF RR1EO73JQ C 486
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BS 695 1155 RR1EO73JQ

RD RR1EO73TF 694 0 0
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CGACCACCACTCTCTACCGGAAAACGATTGAACCGCGGGAGATCTCATCAGAATGAGTAA
CGCGCTTCTCGACATCGATCCTATCGACCTTCAATTCCCTTTTGAATTGAAGAAGCAGAT
CTCTTGCTCTCTCTATTTGGCTAACAAGACCGACAGTTATGTAGCCTTCAAGGTTAAAAC
GACGAATCCAAAGAAGTACTGCGTGAGGCCTAACACTGGCGTTGTTCTTCCCAGATCCTC
TTCTGAAGTTCTTGTGACGATGCAAGCGCAGAAGGAAGCTCCTGCTGATATGCAGTGCAA
AGACAAGTTCTTGCTTCAATGTGTTGTGGCTACTCCCGGTGTCACTCCCAAGGATGTTAC
TCCCGAGATGTTTAGCAAAGAGGCGGGGAATCGAGTTGAGGAGACGAAACTGAGAGTTGT
CTATGTTGATCCACCACGACCACCTTCACCGGTTCATGAAGGATCAGAAGAGGGCTCTTC
ACCAAGAGCTTCTGTCTCTGACAATGGGAACAACAACAACGCTTCTGACTTTACTGCTGC
TCCAAGATTTAGCGTGGACAGGCTTGAACCTCAGGATAACCCATCTGAGGCGAGAGCGCT
CATCACAAGGCTCACCGAGGAAAAGAACTCTGCG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1EO73JQ 670 0 0
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GAGCTTCTGTCTCTGACAATGGGAACAACAACAACGCTTCTGACTTTACTGCTGCTCCAA
GATTTAGCGTGGACAGGCTTGAACCTCAGGATAACCCATTTGAGGCGAGAGCGCTCATCA
CAAGGCTCACCGAGGAAAAGAACTTTGCGGTTCAACTGAACAATAGACTTCAACAAGAAT
TGGAGCAGTTGAAGCGTGGAAGCAATAGAAGTCAGAGTGGTGGTGGGATCCCGTTCATGT
ACGTTCTTTTGGTAGGACTAATAGGTCTAGTCTTGGGATACATTATGAAGAGGACATGAT
CACGTTCGAAAACTATAATACCGTCAGAATGACATTCAGTCTTGGTCTTATCGTCTGTTA
TTTCACCTTTGGTTGAATCTTAAACCTAGTTTGCGTTAGTGGATTGATTGTGCTACGGTT
TTCATATTTTTTTTGTAACACGTGTTACGGTTTTCGTAGTACTTACAATTTTCCTCCTTT
TTTTTCAACATTTGTAATCCAAAAGACATTTTGTTTCTGTATGTTCTGTTCTCGCCTACT
CTTAACTTCTTCTCGTCTCCGTTTTATGTACTTGTTAGAAATAAAATAAAATAAAAAAAC
ATTTTTATTG

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL5619Contig1 435 2 1 U
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CAGCTTGTGACCCCATGCCTTCTAAACTGTGATGATCGATGTGCATTAGACGCAAAAGAG
CTTGTTGTAGTCCCAGGGATCGATACAAGATAAAACTACAAAATATGTGATTGGAGGTAG
ATTTCAAATAAATAAATCCGATTTTTATGCTGTAATTTTCGTTTGTACTATTCAATAAAA
ATAAAGAAGCAGAGAATGGCTTCATTTCGTTACAATTTCTTTTTTTTTCCATCCCAATTA
CTTTAACTTCAACTAGATTTTGACCCACCCTTTAAAGGACGGATATATTTTTGTTTTAAT
TTAATTTTCATATTTATATTTTCTTTGTGATTATATTCGTATTTTTTTGTAATCATATTT
GTGTATAAATCTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DN64TF U 1
AF RR1DN64JQ C 84
BS 1 435 RR1DN64TF

RD RR1DN64TF 435 0 0
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CAGCTTGTGACCCCATGCCTTCTAAACTGTGATGATCGATGTGCATTAGACGCAAAAGAG
CTTGTTGTAGTCCCAGGGATCGATACAAGATAAAACTACAAAATATGTGATTGGAGGTAG
ATTTCAAATAAATAAATCCGATTTTTATGCTGTAATTTTCGTTTGTACTATTCAATAAAA
ATAAAGAAGCAGAGAATGGCTTCATTTCGTTACAATTTCTTTTTTTTTCCATCCCAATTA
CTTTAACTTCAACTAGATTTTGACCCACCCTTTAAAGGACGGATATATTTTTGTTTTAAT
TTAATTTTCATATTTATATTTTCTTTGTGATTATATTCGTATTTTTTTGTAATCATATTT
GTGTATAAATCTTAA

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR1DN64JQ 352 0 0
AAACTGTGATGATCGATGTGCATTAGACGCAAAAGAGCTTGTTGTAGTCCCAGGGATCGA
TACAAGATAAAACTACAAAATATGTGATTGGAGGTAGATTTCAAATAAATAAATCCGATT
TTTATGCTGTAATTTTCGTTTGTACTATTCAATAAAAATAAAGAAGCAGAGAATGGCTTC
ATTTCGTTACAATTTCTTTTTTTTTCCATCCCAATTACTTTAACTTCAACTAGATTTTGA
CCCACCCTTTAAAGGACGGATATATTTTTGTTTTAATTTAATTTTCATATTTATATTTTC
TTTGTGATTATATTCGTATTTTTTTGTAATCATATTTGTGTATAAATCTTAA

QA 1 352 1 352
DS 



AS 1 2

CO CL5620Contig1 952 2 2 U
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GAGGGATTGATCCGGTTAAGTGATTGTGGCAGAGAATCAAATTGGAGAGCTCCGGTAAGG
ATCCGATGGACGGAGAAAGGCTCCCGGTTAGCTGATTGTAGCTCAAATCGAGCGTTCTGA
GACGGCGAACCTCGCCTAGACTCGCCGGAATCTCGCCGGAGATGAAATTTCTGCTGATTG
CGAGGAAACGGAGGTCTTTCAGCTGAGAGATTGTAGCCGGTAAAGCGCCCATGATACGCC
CGGGGACAATGGAGAGCTCCGTGAGAGCAGAGAGCTTGCCGATAGCCGGGTCGATCCTAC
CCGATAAACCGGTTGAACCGGCTCTGGGATCGCCGAGGTTGAGAGAAATCACTTTATCTC
CGTCGCAGTAGACGCCGGCGAAGCCGCAGGGGTCAGAGGTGAAGTCCCATGAGTGGAAGA
AATTGGAACCTGGCAAATCGTGGAGAGACTTACGAATCGCTTGGAGAGCCAAGAAGTCAA
CAGGGTCGAGCATCGCATCCGCAAAGAAGCTGGACTGAAGGAGAAGCATCAAACACCAAA
TCAACTGAGTGAATCTCATTATCTTCTTCTTGTAAGTGAGCTTTAGACTGTAATATATGT
GTATATATATACAAAAAGAAGGAAGTAGAGAGACAATCTGTAAAGTGGGTTTAATTTCTG
CTTTCTCGTGAGAAGCAAGTGAAGTTGTGGAGGTGAGCTTCCGTGAGAGCTTTAATGGGG
TGAGATTATCGAAAGAAGAGAAAGAGTGGCTTGAGAGAGAAGCCAAAACAAGAGGTGGAT
GAATATTCTCCGTCTTCTTCTTCTTCCCTCTTTACTCGTTTTCTCTGCTTTTTTTTTATT
TTGCTTTGGTGTCTTGTGATGGAAGACGATATGAAACTAATAAAAATCTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D674TF U 1
AF RR1D674JQ C 456
BS 1 657 RR1D674TF
BS 658 952 RR1D674JQ

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GAGGGATTGATCCGGTTAAGTGATTGTGGCAGAGAATCAAATTGGAGAGCTCCGGTAAGG
ATCCGATGGACGGAGAAAGGCTCCCGGTTAGCTGATTGTAGCTCAAATCGAGCGTTCTGA
GACGGCGAACCTCGCCTAGACTCGCCGGAATCTCGCCGGAGATGAAATTTCTGCTGATTG
CGAGGAAACGGAGGTCTTTCAGCTGAGAGATTGTAGCCGGTAAAGCGCCCATGATACGCC
CGGGGACAATGGAGAGCTCCGTGAGAGCAGAGAGCTTGCCGATAGCCGGGTCGATCCTAC
CCGATAAACCGGTTGAACCGGCTCTGGGATCGCCGAGGTTGAGAGAAATCACTTTATCTC
CGTCGCAGTAGACGCCGGCGAAGCCGCAGGGGTCAGAGGTGAAGTCCCATGAGTGGAAGA
AATTGGAACCTGGCAAATCGTGGAGAGACTTACGAATCGCTTGGAGAGCCAAGAAGTCAA
CAGGGTCGAGCATCGCATCCGCAAAGAAGCTGGACTGAAGGAGAAGCATCAAACACCAAA
TCAACTGAGTGAATCTCATTATCTTCTTCTTGTAAGTGAGCTTTAGACTGTAATATA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1D674JQ 497 0 0
GAGGTGAAGTCCCATGAGTGGAAGAAATTGGAACCTGGCAAATCGTGGAGAGACTTACGA
ATCGCTTGGAGAGCCAAGAAGTCAACAGGGTCGAGCATCGCATCCGCAAAGAAGCTGGAC
TGAAGGAGAAGCATCAAACACCAAATCAACTGAGTGAATCTCATTATCTTCTTCTTGTAA
GTGAGCTTTAGACTGTAATATATGTGTATATATATACAAAAAGAAGGAAGTAGAGAGACA
ATCTGTAAAGTGGGTTTAATTTCTGCTTTCTCGTGAGAAGCAAGTGAAGTTGTGGAGGTG
AGCTTCCGTGAGAGCTTTAATGGGGTGAGATTATCGAAAGAAGAGAAAGAGTGGCTTGAG
AGAGAAGCCAAAACAAGAGGTGGATGAATATTCTCCGTCTTCTTCTTCTTCCCTCTTTAC
TCGTTTTCTCTGCTTTTTTTTTATTTTGCTTTGGTGTCTTGTGATGGAAGACGATATGAA
ACTAATAAAAATCTGAC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 2

CO CL5621Contig1 418 2 1 U
GGAGCGTCGTCCTCGTCGTCGCCTCCAGCAGCAGAGCCAGAGAAGCAAAGAAGATTCTCT
GTAATCGACCATGGGAAAGGTGCACGGTTCATTGGCTCGTGCCGGGAAGGTGAGAGGTCA
GACACCGAAAGTGGCTAAGCAGGACAAGAAGAAGAAGCCTCGTGGCCGCGCTCACAAGCG
ATTGCAACACAACCGCCGTTTCGTCACTGCAGTTGTTGGCTTTGGCAAAAAGAGAGGACC
AAACTCATCAGAGAAGTAGAGACAAAACCAAGACTTCTGGTGTGGTTTTCCCTCGGATTA
TTTTGATGTTTTGATAATGCGTTTTAGTTCCGGTATGGTAATGAGTCGATGTTTGTTGTC
AATTTTATTCGTGTTTCTCCTTGGATTATTTTTATTATATTAAAGAAACTCAAACTCC


BQ
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AF RR1GJ91TF U 1
AF RR1GJ91JQ C 66
BS 1 418 RR1GJ91TF

RD RR1GJ91TF 418 0 0
GGAGCGTCGTCCTCGTCGTCGCCTCCAGCAGCAGAGCCAGAGAAGCAAAGAAGATTCTCT
GTAATCGACCATGGGAAAGGTGCACGGTTCATTGGCTCGTGCCGGGAAGGTGAGAGGTCA
GACACCGAAAGTGGCTAAGCAGGACAAGAAGAAGAAGCCTCGTGGCCGCGCTCACAAGCG
ATTGCAACACAACCGCCGTTTCGTCACTGCAGTTGTTGGCTTTGGCAAAAAGAGAGGACC
AAACTCATCAGAGAAGTAGAGACAAAACCAAGACTTCTGGTGTGGTTTTCCCTCGGATTA
TTTTGATGTTTTGATAATGCGTTTTAGTTCCGGTATGGTAATGAGTCGATGTTTGTTGTC
AATTTTATTCGTGTTTCTCCTTGGATTATTTTTATTATATTAAAGAAACTCAAACTCC

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR1GJ91JQ 353 0 0
CGC
CCATGGGAAAGGTGCACGGTTCATTGGCTCGTGCCGGGAAGGTGAGAGGTCAGACACCGA
AAGTGGCTAAGCAGGACAAGAAGAAGAAGCCTCGTGGCCGCGCTCACAAGCGATTGCAAC
ACAACCGCCGTTTCGTCACTGCAGTTGTTGGCTTTGGCAAAAAGAGAGGACCAAACTCAT
CAGAGAAGTAGAGACAAAACCAAGACTTCTGGTGTGGTTTTCCCTCGGATTATTTTGATG
TTTTGATAATGCGTTTTAGTTCCGGTATGGTAATGAGTCGATGTTTGTTGTCAATTTTAT
TCGTGTTTCTCCTTGGATTATTTTTATTATATTAAAGAAACTCAAACTCC

QA 4 353 4 353
DS 



AS 1 2

CO CL5622Contig1 1168 2 2 U
GGAAAGCTGATATGGTTAATCTTCGCTTCGGGAGGCTCTCTTTGGGTCTCTTGGGTCAGG
CGCAACTTGATAGGTGAGCAGAATTTCTGGGAGTTGGATGCTAGTAATGGAAGTTGGATA
TGGAAGAATCTATGTAAATTGAGACCCATAGCTCGACCTTTCATTTTTTGTGATGTTGCC
TCAGGAATCACTGCCAGTTTCTGGCATGATGATTGGACGAATCTGGGTCCGTTGATAGAC
ATTACGGGACCGCAAGGACCTGCTACAACGGGTTTAAGCATTGGGGCTGTGGTGTCCGAT
GCAATTTGGTCTGATAGATGGTGGATAAATGATTCAAGAAGTAGAAACCCAATCATTGTC
TTCTTAAAGGATTGTTTTCCTGATTGTACTCCCATTGCAAACTCTGTAGAGGATGATAAG
TATCTTTGGAGAACGGGTGTAGGTGCCCCAAAGAATAGCTCCTCGTCGGCTGAGACTTGG
AAAGTCTTATATCCAGAAGGTGTGAGAGTCCTATGGCATGATCAGGTGTGGTTTAAAGGG
CGCATACCCAAGCATGCCTTCCTCACTTGGGTTGCAGTGAGGGATAGGCTGGTAACTCGG
GACAGATTGAGGTCATGGGGACTTCAAGTACCGTCGGTGTGTCTTCTCTGTAATGTGGCA
GAAGAATCAAGGCAACACCTGTTCTTTGATTGTGTTTACTCTGGGGAAATCTGGTCTTTT
TTCTGCTCACGCTTCCATCTTTCTCCTCCTCCTTCCTTTGAAGATGGACTGAGATGGCTA
AAAGACCCGATACAAGACCCCAACAAGAAGCTGATACTTCTCCTCCTATACCAAGCCGCA
ATCTACCATGTTTGGAAAGAAAGGAATGCTAGACTGCACTCAAGCATTTTCAGACAACCT
CAGCATATTATCTCGGATATCAGGCAACAGATTCAGTTGAGACTTGACCCTCTCTCGAGA
GCTCAGCGTGCGGCTCCGGGTTTCTCTCTTTTGGCTACTTGGTTTGGGCTGTTTATAAGC
TAACGGTAGTTTAGTTTTTTGTATCTTTTTGTGCCATGCTTGTGCATGGTTTTGTGGCCT
GTGGTTTTTTGTCCCCGTCCTACGGGAGGCCCATTGTATCTGGGCTTGGCCCCTCTTTTT
CGGATTATATAAAAATGGACTTACAAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D392TF U 1
AF RR1D392JQ C 264
BS 1 632 RR1D392TF
BS 633 1168 RR1D392JQ

RD RR1D392TF 632 0 0
GGAAAGCTGATATGGTTAATCTTCGCTTCGGGAGGCTCTCTTTGGGTCTCTTGGGTCAGG
CGCAACTTGATAGGTGAGCAGAATTTCTGGGAGTTGGATGCTAGTAATGGAAGTTGGATA
TGGAAGAATCTATGTAAATTGAGACCCATAGCTCGACCTTTCATTTTTTGTGATGTTGCC
TCAGGAATCACTGCCAGTTTCTGGCATGATGATTGGACGAATCTGGGTCCGTTGATAGAC
ATTACGGGACCGCAAGGACCTGCTACAACGGGTTTAAGCATTGGGGCTGTGGTGTCCGAT
GCAATTTGGTCTGATAGATGGTGGATAAATGATTCAAGAAGTAGAAACCCAATCATTGTC
TTCTTAAAGGATTGTTTTCCTGATTGTACTCCCATTGCAAACTCTGTAGAGGATGATAAG
TATCTTTGGAGAACGGGTGTAGGTGCCCCAAAGAATAGCTCCTCGTCGGCTGAGACTTGG
AAAGTCTTATATCCAGAAGGTGTGAGAGTCCTATGGCATGATCAGGTGTGGTTTAAAGGG
CGCATACCCAAGCATGCCTTCCTCACTTGGGTTGCAGTGAGGGATAGGCTGGTAACTCGG
GACAGATTGAGGTCATGGGGACTTCAAGTACC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1D392JQ 905 0 0
TACAACGGGTTTAAGCATTGGG*CTGTG*TGTCCGATGCAATTTG*TCTGATAGATGG*G
GATAAATGATTCAAGAAGTAGAAACCCAATCATTGTCTTCTTAAAGGATTGTTTTCCTGA
TTGTACTCCCATTGCAAACTCTGTAGAGGATGATAAGTATCTTTGGAGAACGGGTGTAGG
TGCCCCAAAGAATAGCTCCTCGTCGGCTGAGACTTGGAAAGTCTTATATCCAGAAGGTGT
GAGAGTCCTATGGCATGATCAGGTGTGGTTTAAAGGGCGCATACCCAAGCATGCCTTCCT
CACTTGGGTTGCAGTGAGGGATAGGCTGGTAACTCGGGACAGATTGAGGTCATGGGGACT
TCAAGTACCGTCGGTGTGTCTTCTCTGTAATGTGGCAGAAGAATCAAGGCAACACCTGTT
CTTTGATTGTGTTTACTCTGGGGAAATCTGGTCTTTTTTCTGCTCACGCTTCCATCTTTC
TCCTCCTCCTTCCTTTGAAGATGGACTGAGATGGCTAAAAGACCCGATACAAGACCCCAA
CAAGAAGCTGATACTTCTCCTCCTATACCAAGCCGCAATCTACCATGTTTGGAAAGAAAG
GAATGCTAGACTGCACTCAAGCATTTTCAGACAACCTCAGCATATTATCTCGGATATCAG
GCAACAGATTCAGTTGAGACTTGACCCTCTCTCGAGAGCTCAGCGTGCGGCTCCGGGTTT
CTCTCTTTTGGCTACTTGGTTTGGGCTGTTTATAAGCTAACGGTAGTTTAGTTTTTTGTA
TCTTTTTGTGCCATGCTTGTGCATGGTTTTGTGGCCTGTGGTTTTTTGTCCCCGTCCTAC
GGGAGGCCCATTGTATCTGGGCTTGGCCCCTCTTTTTCGGATTATATAAAAATGGACTTA
CAAGT

QA 1 905 1 905
DS 



AS 1 2

CO CL5623Contig1 1006 2 2 U
GGATTTCCTCCCATTGTTCTTCCCCTTCTCTTCTTTCTCTCTCTCCCGTACTTCTAGGGT
TTCGTTCGATCACATCTCCGCTCATCTCAATTCATCTTTTTTTATAAAAAAAAAGATCCT
GTAAGAAGCTGAGGAAAATGGATTCCAATTCATCATGGATCAATTGTCCTTCCGTTTTCT
CATCCTCTTCTTCTGCTTCTCGACGATGTCAACAATCCCGATCAGATTTGTATATAGGTG
CAGGAGGAGGAGGGTACGAGGATCTGGAAGGAGAAGACGATTTAAAATCGGAGTTCATCT
GCCCGTTTTGCGCTGAAGTCTTCGACATCGTCGGGCTCTGCTGTCACATTGACGAAGAGC
ATCCTGTCGAGGCCAAGAACGGGGTCTGTCCTGTATGCACAAAAAGAGTGGGATTAGATA
TCGTCGGCCATATCACGACACAACATGCCAACTTTTTCAAGGTGCAGCGAAGGGGAAGGT
TGAGAAAAGGTGGTGGTGGATACAGCTCTGCTTATCTCGCCTTGAAGAAAGAGCTCCGGG
AAGCTAACTTACAGTCACTTCTCGGTGGATCCTCGAGTTACACTTCTTCTACCAATTTAG
ATTCTGATCCGTTGCTGTCGTCTTTTATGTTTAGTTCTCCTTCAAGCAAATCTGCTACAC
CTGTTGTAGCAGGTACCTCAGATACAAAACTCTCGCAGAAAGAATCTCTCAAAAGAGACG
TTCGAGAAGCTCCACTTTCAGGGGAAGATCGAGAGAAGGCGAAGAAGAGCGAGTTTGTGA
GAGGTTTGTTCTTGTCAACCATGCTTGGTGAGGATTACTAATGAAAGCCTACTCGCCTTT
TGTTGTGGGTGATTTTATGAGAAAGTGAGCAATCTTGTGAGGTTAAAAATTGTTAGAGCT
TGTAATTTAAGGAGGGGAGGCAGAGTTAAATCCATATATGTTATTGTCATCGTACTACCA
CCTTATAATGTTTATAAACGGAAACAAAGTACTGTACTTTCTTTTC


BQ
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AF RR1GP69TF U 1
AF RR1GP69JQ C 325
BS 1 668 RR1GP69TF
BS 669 1006 RR1GP69JQ

RD RR1GP69TF 668 0 0
GGATTTCCTCCCATTGTTCTTCCCCTTCTCTTCTTTCTCTCTCTCCCGTACTTCTAGGGT
TTCGTTCGATCACATCTCCGCTCATCTCAATTCATCTTTTTTTATAAAAAAAAAGATCCT
GTAAGAAGCTGAGGAAAATGGATTCCAATTCATCATGGATCAATTGTCCTTCCGTTTTCT
CATCCTCTTCTTCTGCTTCTCGACGATGTCAACAATCCCGATCAGATTTGTATATAGGTG
CAGGAGGAGGAGGGTACGAGGATCTGGAAGGAGAAGACGATTTAAAATCGGAGTTCATCT
GCCCGTTTTGCGCTGAAGTCTTCGACATCGTCGGGCTCTGCTGTCACATTGACGAAGAGC
ATCCTGTCGAGGCCAAGAACGGGGTCTGTCCTGTATGCACAAAAAGAGTGGGATTAGATA
TCGTCGGCCATATCACGACACAACATGCCAACTTTTTCAAGGTGCAGCGAAGGGGAAGGT
TGAGAAAAGGTGGTGGTGGATACAGCTCTGCTTATCTCGCCTTGAAGAAAGAGCTCCGGG
AAGCTAACTTACAGTCACTTCTCGGTGGATCCTCGAGTTACACTTCTTCTACCAATTTAG
ATTCTGATCCGTTGCTGTCGTCTTTTATGTTTAGTTCTCCTTCAAGCAAATCTGCTACAC
CTGTTGTA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1GP69JQ 682 0 0
ACATCGTCGGGCTCTGCTGTCACATTGACGAAGAGCATCCTGTCGAGGCCAAGAACGGGG
TCTGTCCTGTATGCACAAAAAGAGTGGGATTAGATATCGTCGGCCATATCACGACACAAC
ATGCCAACTTTTTCAAGGTGCAGCGAAGGGGAAGGTTGAGAAAAGGTGGTGGTGGATACA
GCTCTGCTTATCTCGCCTTGAAGAAAGAGCTCCGGGAAGCTAACTTACAGTCACTTCTCG
GTGGATCCTCGAGTTACACTTCTTCTACCAATTTAGATTCTGATCCGTTGCTGTCGTCTT
TTATGTTTAGTTCTCCTTCAAGCAAATCTGCTACACCTGTTGTAGCAGGTACCTCAGATA
CAAAACTCTCGCAGAAAGAATCTCTCAAAAGAGACGTTCGAGAAGCTCCACTTTCAGGGG
AAGATCGAGAGAAGGCGAAGAAGAGCGAGTTTGTGAGAGGTTTGTTCTTGTCAACCATGC
TTGGTGAGGATTACTAATGAAAGCCTACTCGCCTTTTGTTGTGGGTGATTTTATGAGAAA
GTGAGCAATCTTGTGAGGTTAAAAATTGTTAGAGCTTGTAATTTAAGGAGGGGAGGCAGA
GTTAAATCCATATATGTTATTGTCATCGTACTACCACCTTATAATGTTTATAAACGGAAA
CAAAGTACTGTACTTTCTTTTC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5626Contig1 1107 2 6 U
GGACACCACTCCAAAAACAACTGATTCTAATTTGATCCTTTTCATTTGCAATGGATACCG
AGTTTCTCCGAACCTTAGATCGCCAGATTCTCTTGGGCGTCTTCGTTGCTTTCGTCGCCG
TCAGTGCCGGTGCTGCTTTTTATCTCTCCTCCTCCAAGAAACGCAGAGGGTGTTTGGATC
CAGAGAATTTCAAAGAGTTCAAGCTTGTTAAGAAGCAGCAACTCAGTCACAATGTCGCCA
AATTCGTTTTTGAACTCCCTTCTTCTACTGCTGCGTTGGGTCTTCCCATTGGACAACACA
TCAGTTGCAGGGGAAAGGATGCTCAAGGAGAGGATGTTATTAAGCCTTACACTCCCACTA
CGTTAGATTCAGATCTTGGACGCTTTGAGCTTGTCATTAAGATGTATCCACAAGGAAGGA
TGTCTCATCATTTCAGGGAGATGCGTGTTGGAGACCATCTTGCTGTAAAAGGACCAAAGG
GGAGGTTCAAGTATCAGCCAGGTCAGTTTAGGGCATTTGGAATGCTTGCTGGAGGTTCAG
GCATCACTCCCATGTTCCAAGTTGCAAGAGCGATTCTTGAAAACCCAACAGACAAGACAA
AGGTGCATCTCATTTACGCCAATGTCACATACGATGACATTCTCTTAAGGGAAGAATTGG
AGAGTCTTACAGCCAATTACCCAGATCAATTCAAAATCTACTATGTTTTGAACCAGCCTC
CGGAGACATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCAAAGGAAATGATCCAGGCTCATTGCC
CTGCACCTGCATCCGATATTCAGGTCTTGAGATGTGGACCACCGCCAATGAACAAGGCCA
TGGCTGCAAACCTTGAAGCTCTTGGTTACTCTCCAGAGATGCAATTCCAATTCTAATTGG
TCCTAAAAAGATGGAACTATTAAAAAAAAAACACTTTTTTCTTTGATCAAATAAGTTTTT
TTGTTACAATTTCAGTTGAGACTTGTGTCTTCTGTTGTGTTATCCCATAGGGAGTTCCGG
TTTGCTTTTTAACGATTTGGTTAGGCATATTGTCTTACATGTATCGGTTTGGTTTGATAT
CATATAAAGACTTGATAGTGACATCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FG49TF U 1
AF RR1FG49JQ C 382
BS 1 652 RR1FG49TF
BS 653 653 RR1FG49JQ
BS 654 695 RR1FG49TF
BS 696 696 RR1FG49JQ
BS 697 756 RR1FG49TF
BS 757 1107 RR1FG49JQ

RD RR1FG49TF 756 0 0
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AGTTTCTCCGAACCTTAGATCGCCAGATTCTCTTGGGCGTCTTCGTTGCTTTCGTCGCCG
TCAGTGCCGGTGCTGCTTTTTATCTCTCCTCCTCCAAGAAACGCAGAGGGTGTTTGGATC
CAGAGAATTTCAAAGAGTTCAAGCTTGTTAAGAAGCAGCAACTCAGTCACAATGTCGCCA
AATTCGTTTTTGAACTCCCTTCTTCTACTGCTGCGTTGGGTCTTCCCATTGGACAACACA
TCAGTTGCAGGGGAAAGGATGCTCAAGGAGAGGATGTTATTAAGCCTTACACTCCCACTA
CGTTAGATTCAGATCTTGGACGCTTTGAGCTTGTCATTAAGATGTATCCACAAGGAAGGA
TGTCTCATCATTTCAGGGAGATGCGTGTTGGAGACCATCTTGCTGTAAAAGGACCAAAGG
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GCATCACTCCCATGTTCCAAGTTGCAAGAGCGATTCTTGAAAACCCAACAGACAAGACAA
AGGTGCATCTCATTTACGCCAATGTCACATACGATGACATTCTCTTAAGGGA*GAATTGG
AGAGTCTTACAGCCAATTACCCAGATCAATTCAAA*TCTACTATGTTTTGAACCAGCCTC
CGGAGACATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCAA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1FG49JQ 726 0 0
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TGCGTGTTGGAGACCATCTTGCTGTAAAAGGACCAAAGGGGAGGTTCAAGTATCAGCCAG
GTCAGTTTAGGGCATTTGGAATGCTTGCTGGAGGTTCAGGCATCACTCCCATGTTCCAAG
TTGCAAGAGCGATTCTTGAAAACCCAACAGACAAGACAAAGGTGCATTTCATTTACGCCA
ATGTCACATACGATGACATTTTCTTAAGGGAAGAATTGGAGAGTTTTACAGCCAATTACC
CAGATCAATTCAAAATTTACTATGTTTTGAACCAGCCTCCGGAGACATGGGATGGTGGTG
TTGGATTTGTATCAAAGGAAATGATCCAGGCTCATTGCCCTGCACCTGCATCCGATATTC
AGGTCTTGAGATGTGGACCACCGCCAATGAACAAGGCCATGGCTGCAAACCTTGAAGCTC
TTGGTTACTCTCCAGAGATGCAATTCCAATTCTAATTGGTCCTAAAAAGATGGAACTATT
AAAAAAAAAACACTTTTTTCTTTGATCAAATAAGTTTTTTTGTTACAATTTCAGTTGAGA
CTTGTGTCTTCTGTTGTGTTATCCCATAGGGAGTTCCGGTTTGCTTTTTAACGATTTGGT
TAGGCATATTGTCTTACATGTATCGGTTTGGTTTGATATCATATAAAGACTTGATAGTGA
CATCCG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL5627Contig1 1325 2 2 U
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GAGGGTCAAGAGTTTAATTTTACTATCAAGAGAGGTGTCTCAATGAAAGACACCGTCAGT
GTCAATTATGATGATTTTGTTAACGATGTCGAAGTTGGGGACATTCTTTTGGTGGATGGT
GGAATGATGTCACTAGCTGTTAAGTCCAAGACTAGCGATTTGGTGAAATGTGTAGTTGTT
GACGGTGGAGAGCTTCAGTCTAGACGTCACTTGAATGTTCGAGGAAAGAGTGCCACTCTT
CCTTCTATAACAGACAAGGATTGGGAAGACATCAAATTTGGAGTGGACAACCAAGTTGAT
TTCTATGCTGTCTCTTTTGTTAAGGATGCTAAAGTTGTCCATGAGTTGAAAAACTATCTC
AAAAGCTGCAGTGCGGATATCTCTGTGATTGTGAAAATTGAAAGCGCAGATTCTATAAAG
AATCTTCCTTCTATTATATCTGCTTCTGATGGGGCAATGGTTGCTCGTGGAGATCTTGGA
GCTGAACTTCCCATTGAGGAGGTCCCCTTGTTACAGGAAGAGATAATCAGAAGTGTAGGA
ACATTCATAAACCAGTGATTGTCGCCACAAACATGCTAGAGAGTATGATTAATCATCCAA
CACCTACAAGAGCTGAAGTATCTGACATTGCAATTGCAGTGCGTGAAGGTGCTGATGCAA
TCATGCTTTCTGGTGAAACCGCACACGTAAAGTTTCCTCTGAAAGCTGTTAACGTGATGC
ATACCGTGGCTTTGAGAACTGAGGCTAGTCTACCTGTCAGAACCTTAGCAATCCGCACCA
CTGCTTACAAGGGTCGCATGGGCCAGATGTTTGCTTTTCATGCTTCTATAATGGCGAATA
CGCTGAACACACCGATCATTGTGTTCACGAGAACTGGATCCATGGCAGTGCTGCTGAGCC
ATTACCGCCCTTCCTCAACAATTTTTGCCTTCACAAACCAGAGAAGAATAATGCAGAGGC
TTGCTCTTTACCAAGGTGTCATGCCTATATACATGGATTTTTCTGATGATGCAGAAGATA
CATATGCCCGTTCTTTGAAACTCTTACAGGACGAGAATATGCTCAAGGAAGGACAACATG
TAACGCTTGTCCAAAGTGGTGCGCAACCCATTTGGCGTGAAGAATCAACACATCTCATAC
AAGTCCGTAAGATTAAGATAGGTTGATCTTTTTACTACTTGAGCTTCTACATCTCTTACT
TTATTTTTTTCTACACAGTGAAACCATATATATTTGTTTTAAGTTATTGAACAGTCTTTT
CGATG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1GU15TF U 1
AF RR1GU15JQ C 638
BS 1 702 RR1GU15TF
BS 703 1325 RR1GU15JQ

RD RR1GU15TF 702 0 0
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GAGGGTCAAGAGTTTAATTTTACTATCAAGAGAGGTGTCTCAATGAAAGACACCGTCAGT
GTCAATTATGATGATTTTGTTAACGATGTCGAAGTTGGGGACATTCTTTTGGTGGATGGT
GGAATGATGTCACTAGCTGTTAAGTCCAAGACTAGCGATTTGGTGAAATGTGTAGTTGTT
GACGGTGGAGAGCTTCAGTCTAGACGTCACTTGAATGTTCGAGGAAAGAGTGCCACTCTT
CCTTCTATAACAGACAAGGATTGGGAAGACATCAAATTTGGAGTGGACAACCAAGTTGAT
TTCTATGCTGTCTCTTTTGTTAAGGATGCTAAAGTTGTCCATGAGTTGAAAAACTATCTC
AAAAGCTGCAGTGCGGATATCTCTGTGATTGTGAAAATTGAAAGCGCAGATTCTATAAAG
AATCTTCCTTCTATTATATCTGCTTCTGATGGGGCAATGGTTGCTCGTGGAGATCTTGGA
GCTGAACTTCCCATTGAGGAGGTCCCCTTGTTACAGGAAGAGATAATCAGAAGTGTAGGA
ACATTCATAAACCAGTGATTGTCGCCACAAACATGCTAGAGAGTATGATTAATCATCCAA
CACCTACAAGAGCTGAAGTATCTGACATTGCAATTGCAGTGC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1GU15JQ 688 0 0
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AGTGCGTGAAGGTGCTGATGCAATCATGCTTTCTGGTGAAACCGCACACGTAAAGTTTCC
TCTGAAAGCTGTTAACGTGATGCATACCGTGGCTTTGAGAACTGAGGCTAGTCTACCTGT
CAGAACCTTAGCAATCCGCACCACTGCTTACAAGGGTCGCATGGGCCAGATGTTTGCTTT
TCATGCTTCTATAATGGCGAATACGCTGAACACACCGATCATTGTGTTCACGAGAACTGG
ATCCATGGCAGTGCTGCTGAGCCATTACCGCCCTTCCTCAACAATTTTTGCCTTCACAAA
CCAGAGAAGAATAATGCAGAGGCTTGCTCTTTACCAAGGTGTCATGCCTATATACATGGA
TTTTTCTGATGATGCAGAAGATACATATGCCCGTTCTTTGAAACTCTTACAGGACGAGAA
TATGCTCAAGGAAGGACAACATGTAACGCTTGTCCAAAGTGGTGCGCAACCCATTTGGCG
TGAAGAATCAACACATCTCATACAAGTCCGTAAGATTAAGATAGGTTGATCTTTTTACTA
CTTGAGCTTCTACATCTCTTACTTTATTTTTTTCTACACAGTGAAACCATATATATTTGT
TTTAAGTTATTGAACAGTCTTTTCGATG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL5628Contig1 749 2 4 U
GGAACTCATTATTGTTATAGTCTCAAATACGCTTTGCTTTGTTCATATACTACTTTTTAA
CCTTTCTAGAGAGTTTCTATAGAGATGGCGGGTCGGGGAAAACAACTTGGATCTGGCGCG
GCGAAGAAGGCCACTTCTCGTAGTAGCAAGGCGGGGCTCCAATTCCCTGTTGGTCGTATA
GCTCGATTCCTCAAGGCTGGAAAGTACGCCGAGCGTGTTGGAGCTGGAGCTCCGGTTTAC
CTCGCCGCCGTTCTTGAATACCTTGCCGCTGAGGTGCTTGAGCTCGCTGGGAACGCGGCC
AGAGATAACAAAAAGACAAGGATTGTGCCTCGTCACATTCAGCTTGCTGTGAGGAACGAC
GAGGAGCTAAGTAAGCTACTTGGAGATGTGACGATTGCTAATGGAGGAGTGATGCCTAAC
ATCTACAATCTCCTTCTCCCCAACAAGTAGGCTGGCTCATCTAAGCCTACCGATGAAGAT
TAGGATATCCTAAGTGACAAAGAAGATAACGATGGATAAATGGTGTGATGTCAGAGTGAA
ACACGCAATGATAGTAGAGGACGGTTACACAACAGCTGTGTGGTTGGGTTGGATTAGTAG
TAGTTGCAAGTTATATTTTGTTTCTGTTGTGTGAATATATGAAGAACAACATGTTTCCTT
TCGTTTCCGGACACTTACATGCTTTAGGGATTCGTACTGTAATAATACTCCACTTTGTTG
ACTTATTGCAGTGGCTTGATGTTTATCCG


BQ
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AF RR1H895TF U 1
AF RR1H895JQ C 227
BS 1 540 RR1H895TF
BS 541 541 RR1H895JQ
BS 542 580 RR1H895TF
BS 581 749 RR1H895JQ

RD RR1H895TF 580 0 0
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CCTTTCTAGAGAGTTTCTATAGAGATGGCGGGTCGGGGAAAACAACTTGGATCTGGCGCG
GCGAAGAAGGCCACTTCTCGTAGTAGCAAGGCGGGGCTCCAATTCCCTGTTGGTCGTATA
GCTCGATTCCTCAAGGCTGGAAAGTACGCCGAGCGTGTTGGAGCTGGAGCTCCGGTTTAC
CTCGCCGCCGTTCTTGAATACCTTGCCGCTGAGGTGCTTGAGCTCGCTGGGAACGCGGCC
AGAGATAACAAAAAGACAAGGATTGTGCCTCGTCACATTCAGCTTGCTGTGAGGAACGAC
GAGGAGCTAAGTAAGCTACTTGGAGATGTGACGATTGCTAATGGAGGAGTGATGCCTAAC
ATCTACAATCTCCTTCTCCCCAACAAGTAGGCTGGCTCATCTAAGCCTACCGATGAAGAT
TAGGATATCCTAAGTGACAAAGAAGATAACGATGGATAAATGGTGTGATGTCAGAGTGAA
TCACGCAATGATAGTAGAGGACGGTTACACAACAGCTGTG

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1H895JQ 523 0 0
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GAGTGATGCCTAACATCTACAATCTCCTTCTCCCCAACAAGTAGGCTGGCTCATCTAAGC
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GATGTCAGAGTGAAACACGCAATGATAGTAGAGGACGGTTACACAACAGCTGTGTGGTTG
GGTTGGATTAGTAGTAGTTGCAAGTTATATTTTGTTTCTGTTGTGTGAATATATGAAGAA
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ACTCCACTTTGTTGACTTATTGCAGTGGCTTGATGTTTATCCG

QA 1 523 1 523
DS 



AS 1 2

CO CL5629Contig1 939 2 2 U
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ACGGCTCATACGGCGGAACGCTGCGGCGGAAGACCCTTTAGGTAAAACCAGCCATGCTCT
TTTGAACCTTAGGCGACTGCAATCGAGGCCTCAGTTTCTTGGGAGAGGAAAGCAAACCGG
GCACTCACCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCATTCCTCGTCTGTTGGTTTCGTGGGATGGTA
TCTTGGTATGGTGAAATCACGCCCAGTTCTCACCAAAAGCGTCACTTCTTCCCTTATTTA
CATCGCCGCCGATTTGTCTTCTCAGACGATTGCAAAAAAATCATCAGACTCTTACGACTT
GGTGAGAACATCGAGGATGGGTGGATATGGTCTATGTGTCTTGGGTCCAACACTTCACTG
TTGGTTCAATTTCATGTCAAAACTCTTACCCAAACAGGATTTCATCACAACTTTTAAGAA
AATGGCCATGGGAAATATAATCTACGGGCCTATTATGATGGTCACTTTCTTCTCACTGAA
TGCATTACTGCAGGGTGAAGGCGGATCAGACATAGTTGCCAGATTGAAAAGGGACTTTCT
CCCTGCGATGCGGAACTGTGTCATGTATTGGCCTATATGTGATTTTATTACATTCAAGTT
CTTCCCCGTTCATTTACAGCCTCTTGTAAGCAACGCGTTTTCCTATTTGTGGACAATCTA
CATGACTTACATGGGAAACCGTAAAAAACCAGACGCCCTTTCAAGCTGAAACACTCTTTG
AGATCTTCTACAAAGCCATGTTTTTTGTTCCACTATGAGTTTTGGTTTCCCCTTGTCTGA
ATTATGATGTTAAGACAGAGTCTATCGAGGACTTGGATGTTAAAATTTTATTTTGCTTTC
ATGAAAAATTTGTTACATTGAATTACAGAAAAAGAAGTT


BQ
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AAATGGCCATGGGAAATATAATTTACGGGCCTATTATGATGGTCACTTTCTTCTCACTGA
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TCCCTGCGATGCGGAACTGTGTCATGTATTGGCCTATATGTGATTTTATTACATTCAAGT
TCTTCCCCGTTCATTTACAGCCTCTTGTAAGCAACGCGTTTTCCTATTTGTGGACAATCT
ACATGACTTACATGGGAAACCGTAAAAAACCAGACGCCCTTTCAAGCTGAAACACTCTTT
GAGATCTTCTACAAAGCCATGTTTTTTGTTCCACTATGAGTTTTGGTTTCCCCTTGTCTG
AATTATGATGTTAAGACAGAGTCTATCGAGGACTTGGATGTTAAAATTTTATTTTGCTTT
CATGAAAAATTTGTTACATTGAATTACAGAAAAAGAAGTT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

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GAATCCGTCTTCTCCCGCCGATGTCAGCATACAATAACAGAGTAAATCTGTGATTCTGTA
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AAGTAGAGGAGATTTAGAGAGCGGATTCTCAGGATTCATCCCCGAGAGACGAGCTATGCG
TGTTCATGGAGCTCGACCTGTGAACTCTAATTCCCTCGCTTTTCTTGTCACTGTTCTTCT
GCTGTTTATGATTCTCAACTCGCATCAGATGCCTCCTAATTTCCTGCTCTGGCTTGTGCT
TGGGGTGTTTTTGATGGCGACGACTCTTCGGATGTATGCGACTTGCCAGCAACTTCAAGC
TCAGGCTCAGGCTCATGTTGCCGCAGCTAGTGGCCTCTTCAGCCACACTGAGCTCAGGTT
GCATGTGCCTCCCTCCATTGCTCTTGCTACCAGAGGGCGTCTTCAAGGACTTAGGCTCCA
GCTGGCTCTTCTTGATTGGGAGTTTGATGACTTAGATTATGAAGCTCTAAGAGCACTTGA
TTCTGATAATGTCCCCACAAATTCTATGAGCGAGGAAGAGATAAATGCACTTCCAGTACA
CAAGTACAAGGTCTTGGATCCTGAAAATGGTTCCTCTTTGACAAAGCAGGCATCAACCTC
ATCCTCAGCGGAGAAGAAGCAAGATTTTGTCAGTGCGAGTAAAAAAGGAACGGAAGATGA
GCTCACTTGTAGTGTTTGCCTCGAACAAGTTACCGTTGGGGAGGTTGTTCGCACCCTACC
TTGCCTGCATCAGTTTCATGCAGTCTGTATCGATCCATGGCTTAGACAGCAAGGAACATG
TCCTGTCTGTAAATTCAAGGCGCACTCAGGATGGCAAGAACAAGACGACGGGACAGATGA
TGATGATGATGATGATGAAGCTTCCGTCATGGTTTGAGAGTTCGGTTTTTGGACACTTGT
TATGTTATTAATGTGTGTATTGAAAAATGGAGCCCCCAAAACAAATCATGTAATGGTTGA
TGAGTTTTTAACTGTTTGATTAGATAC


BQ
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AF RR1F107TF U 1
AF RR1F107JQ C 556
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DS 

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TTGATTAGATAC

QA 1 552 1 552
DS 



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BQ
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AF RR1G240TF U 1
AF RR1G240JQ C 266
BS 1 617 RR1G240TF
BS 618 916 RR1G240JQ

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TTGCTATTTCTTCTAACGCGAGTTCCGAACAACACCAAAACCAACTTTACAAATCTGAGA
TCGAACACAATGAAATGTTACAAAGGATCGGCCATTCTCGCAACTGATCACTACCCATTC
CTCTACAAACTACCAATCTCCTCTCTTCCCGCTTCGTTTCCATCTACCACTACTGTCTCT
TACCCGACCCGAACCCGATTCTTATCCACCCGGATCCAAGCCAGACTCACCCACGACGAT
CCGGTTAAACAATCCGAGGATTTAAGCTTCTATGATCTCCTCGGCGTCACGGAATCCGTT
ACTCTCCCGGAAATCAAACAAGCGTATAAACAGCTTGCTCGTAAGTATCATCCCGATGTT
TCGCCACCTGATCAGGTCGAGGAATACACTGATCGGTTTATTATGGTTCAAGAAGCTTAC
GAGACTCTCTCTGATCCTCGACGGAGAGTTCTCTACGACCGTGATTTGTCTATGGGATTC
TCATTTTCGTTCTCGGGTCGACGCAGGAATCGATACGATAAGGAAGTTGTGGAAGAGAAG
AGGGAGTGGAAGAAAAA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1G240JQ 651 0 0
CCACCCGGATCCAAGCCAGACTCACCCACGACGATCCGGTTAAACAATCCGAGGATTTAA
GCTTCTATGATCTCCTCGGCGTCACGGAATCCGTTACTCTCCCGGAAATCAAACAAGCGT
ATAAACAGCTTGCTCGTAAGTATCATCCCGATGTTTCGCCACCTGATCAGGTCGAGGAAT
ACACTGATCGGTTTATTATGGTTCAAGAAGCTTACGAGACTCTCTCTGATCCTCGACGGA
GAGTTCTCTACGACCGTGATTTGTCTATGGGATTCTCATTTTCGTTCTCGGGTCGACGCA
GGAATCGATACGATAAGGAAGTTGTGGAAGAGAAGAGGGAGTGGAAGAAAAAATGGCAAA
CTCAGCTCTCAGGGTTAAAGAAAATAAGCCATCAGAAAGAAAACAACTCAATGTCTTGGG
CTGCTAGAATGCGCCGTCAACATCACACGTCTGAAGATTCTTCTTCATAACTCTAAACAC
CAAATTTATTCGCCTCGTTAATGTATAGGTTTCTAAATTGTTGATGTAATATAGAAAGCA
TAGCATAATTATCCACGAATTTGTATATATGTATATAGTCTTTGGTGTACCTTTGCCAAT
CGGCAAGCATATCAAAAACCCTGATTACTAAATAAGTGTCTTTTGTTTGCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL5632Contig1 1092 2 2 U
GGAGATTTCAATCATCGACTCGATTTCAGATCCGAGATACAAACTCCGAACATGTCTACC
TTCAGCGGCGATGAAACAGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCCACAGCCGCACTCGTC
TTCTCCTGTATGGGAGCTGCATACGGAACAGCAAAGAGTGGTGTAGGTGTGGCTTCGATG
GGAGTGATGAGACCCGAGCTTGTGATGAAATCCATCGTCCCTGTCGTTATGGCTGGTGTG
TTGGGTATCTACGGTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGGATTAACCCCAAGGCT
AAGTCTTACTACCTCTTCGACGGCTACGCACATCTCTCCTCCGGTCTTGCCTGTGGTCTT
GCTGGTCTTTCCGCTGGAATGGCCATTGGGATTGCACTAGGAAAGCTTGGAAGATCTGGT
GTCAGCTCGTTGGAGACGATAGCATGAAATGGGATCCAGAAACTGGTAGTTTCGGTGCAA
CAGAAGAGGAATGGCGAAACTATATTCGGGAGAACCCAAGAGCAGGACAGTTTCGCCACA
AGGAAGTTCCCCATGCTGACAAACTCTCAATCATCTTCAGTGGAGTTATAGAACCAGGAG
AGACATACACTCCCCCCTCTCGGAAGAAACTCCTCCGTGATCGTTCCGAGTCACCGCGGT
TCCGAGAAGATGAAGCGAATCACAACGTGAAACCGGCTAAAAGGTTGGATGTTGTGATGG
GTATGTTGCAGGAGAGTCCAGTACGCGTTGAGATAGAATCAGCAAAGCGGATGTACTGTA
TTGGAGAATGCATTGAAAGCCTCAACGCGATGAAGGAGGTGGAGGAAGGGAGTGATCTCT
ACATGTTTGCGTTGGATCAGTTTCTGAAGAGGGAGTATAGAGAGATCTTCTTAGAGCTGA
AGAAGCCTAGTTTGAAAATCGCATGGTTGCAGAGACTTCGAGCTGCTGCGGTTTCTAATA
CTACAACTTAGTTTCATTCTAGTCTTCGAAGTACACTTGAAAACCTCTGTTTCAGTCTGG
TGTCTATACCCAAAAGTATATTTCATTTGTTACACTTTGATTGAATCTACAAGTGGAAGT
ATGATGAACTAG


BQ
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AF RR1DU95TF U 1
AF RR1DU95JQ C 412
BS 1 613 RR1DU95TF
BS 614 1092 RR1DU95JQ

RD RR1DU95TF 613 0 0
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TTCAGCGGCGATGAAACAGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCCACAGCCGCACTCGTC
TTCTCCTGTATGGGAGCTGCATACGGAACAGCAAAGAGTGGTGTAGGTGTGGCTTCGATG
GGAGTGATGAGACCCGAGCTTGTGATGAAATCCATCGTCCCTGTCGTTATGGCTGGTGTG
TTGGGTATCTACGGTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGGATTAACCCCAAGGCT
AAGTCTTACTACCTCTTCGACGGCTACGCACATCTCTCCTCCGGTCTTGCCTGTGGTCTT
GCTGGTCTTTCCGCTGGAATGGCCATTGGGATTGCACTAGGAAAGCTTGGAAGATCTGGT
GTCAGCTCGTTGGAGACGATAGCATGAAATGGGATCCAGAAACTGGTAGTTTCGGTGCAA
CAGAAGAGGAATGGCGAAACTATATTCGGGAGAACCCAAGAGCAGGACAGTTTCGCCACA
AGGAAGTTCCCCATGCTGACAAACTCTCAATCATCTTCAGTGGAGTTATAGAACCAGGAG
AGACATACACTCC

QA 1 613 1 613
DS 

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TCGGTGCAACAGAAGAGGAATGGCGAAACTATATTCGGGAGAACCCAAGAGCAGGACAGT
TTCGCCACAAGGAAGTTCCCCATGCTGACAAACTCTCAATCATCTTCAGTGGAGTTATAG
AACCAGGAGAGACATACACTCCCCCCTCTCGGAAGAAACTCCTCCGTGATCGTTCCGAGT
CACCGCGGTTCCGAGAAGATGAAGCGAATCACAACGTGAAACCGGCTAAAAGGTTGGATG
TTGTGATGGGTATGTTGCAGGAGAGTCCAGTACGCGTTGAGATAGAATCAGCAAAGCGGA
TGTACTGTATTGGAGAATGCATTGAAAGCCTCAACGCGATGAAGGAGGTGGAGGAAGGGA
GTGATCTCTACATGTTTGCGTTGGATCAGTTTCTGAAGAGGGAGTATAGAGAGATCTTCT
TAGAGCTGAAGAAGCCTAGTTTGAAAATCGCATGGTTGCAGAGACTTCGAGCTGCTGCGG
TTTCTAATACTACAACTTAGTTTCATTCTAGTCTTCGAAGTACACTTGAAAACCTCTGTT
TCAGTCTGGTGTCTATACCCAAAAGTATATTTCATTTGTTACACTTTGATTGAATCTACA
AGTGGAAGTATGATGAACTAG

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL5633Contig1 1097 2 2 U
AATCTTTCGTTACTCTCAAAGAATCTGAAGCATCAAAGATCAAAGCTTTAAGTAAATATG
GAGATGGGTTTCCAGGAAAACCAAGAACTTACAAATCTCATGGAGATTGGATCTGGGCAT
TACGGGTGCTCACATTACAGAAGACGATGTAAGATTAGAGCACCTTGTTGTGATGAAGTT
TTCGATTGTAGACACTGCCACAACGAAGCTAAGGACTCTCTTCAAACTGAACAGCTTCTT
AGACATGATCTCCCTCGACATGATGTTTCAAAGGTCATTTGCTCGCTTTGTGAGACAGAA
CAAGACGTCCAGCAGAACTGCATCAGTTGTGGCGTATGTATGGGGAAGTACTTTTGCTCA
AAATGCAAGTTCTTTGACGATGATCTTTCCAAGAAGCAATATCACTGCGATGAATGTGGG
ATTTGCAGGACCGGAGGAGAAGAAAACTTCTTCCATTGCAAAAGATGTCGATGTTGCTAC
TCCAAAGTCATGGAAGACAAGCACCGATGTGTGGAAGGCGCAATGCATCACAATTGCCCT
GTTTGTTTTGAGTATCTGTTTGATTCCACAAGAGATATCACGGTGTTGAGATGTGGTCAC
ACGATGCATTTACAATGCACCAAAGATATGGGGCTGCATAACCGATACACATGCCCTGTA
TGCTCTAAATCCATATGTGACATGTCCAACATGTGGAAGAAACTTGATGAAGAGGTTGCT
GCATACCCAATGCCAAAAGTGTACGAAGACAAGATGGTGTGGATACTTTGCAATGACTGT
GGTTCAAACTTGAATGTTCGGTTTCATTTGATTGCGCATAAGTGCACTAGCTGCGGTTCC
TACAACACTAGACAGACGCAGAGAGGACCTGATACTACTCACCCTTGCTCTTCAGGAGTT
CCTCAGGTTGTTGGTTCAACCGGTTAATTAAGACCTGAACCGGAGCTGGTTCGGTGTCTG
AATCTCCCAAGGGAAATTATTTATGTACTTTCTTAACTATATCAGTACATATTCAAATGC
CTATGACGACTGTGTTATAACCACTTCGACTCGCGGGTCTAGATGATCTATAATAAAACG
TAAAAATAGATTCTGAG


BQ
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AF RR1F072TF U 1
AF RR1F072JQ C 383
BS 1 732 RR1F072TF
BS 733 1097 RR1F072JQ

RD RR1F072TF 732 0 0
AATCTTTCGTTACTCTCAAAGAATCTGAAGCATCAAAGATCAAAGCTTTAAGTAAATATG
GAGATGGGTTTCCAGGAAAACCAAGAACTTACAAATCTCATGGAGATTGGATCTGGGCAT
TACGGGTGCTCACATTACAGAAGACGATGTAAGATTAGAGCACCTTGTTGTGATGAAGTT
TTCGATTGTAGACACTGCCACAACGAAGCTAAGGACTCTCTTCAAACTGAACAGCTTCTT
AGACATGATCTCCCTCGACATGATGTTTCAAAGGTCATTTGCTCGCTTTGTGAGACAGAA
CAAGACGTCCAGCAGAACTGCATCAGTTGTGGCGTATGTATGGGGAAGTACTTTTGCTCA
AAATGCAAGTTCTTTGACGATGATCTTTCCAAGAAGCAATATCACTGCGATGAATGTGGG
ATTTGCAGGACCGGAGGAGAAGAAAACTTCTTCCATTGCAAAAGATGTCGATGTTGCTAC
TCCAAAGTCATGGAAGACAAGCACCGATGTGTGGAAGGCGCAATGCATCACAATTGCCCT
GTTTGTTTTGAGTATCTGTTTGATTCCACAAGAGATATCACGGTGTTGAGATGTGGTCAC
ACGATGCATTTACAATGCACCAAAGATATGGGGCTGCATAACCGATACACATGCCCTGTA
TGCTCTAAATCCATATGTGACATGTCCAACATGTGGAAGAAACTTGATGAAGAGGTTGCT
GCATACCCAATG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1F072JQ 715 0 0
ATCTTTCCAAGAAGCAATATCACTGCGATGAATGTGGGATTTGCAGGACCGGAGGAGAAG
AAAACTTCTTCCATTGCAAAAGATGTCGATGTTGCTACTCCAAAGTCATGGAAGACAAGC
ACCGATGTGTGGAAGGCGCAATGCATCACAATTGCCCTGTTTGTTTTGAGTATCTGTTTG
ATTCCACAAGAGATATCACGGTGTTGAGATGTGGTCACACGATGCATTTACAATGCACCA
AAGATATGGGGCTGCATAACCGATACACATGCCCTGTATGCTCTAAATCCATATGTGACA
TGTCCAACATGTGGAAGAAACTTGATGAAGAGGTTGCTGCATACCCAATGCCAAAAGTGT
ACGAAGACAAGATGGTGTGGATACTTTGCAATGACTGTGGTTCAAACTTGAATGTTCGGT
TTCATTTGATTGCGCATAAGTGCACTAGCTGCGGTTCCTACAACACTAGACAGACGCAGA
GAGGACCTGATACTACTCACCCTTGCTCTTCAGGAGTTCCTCAGGTTGTTGGTTCAACCG
GTTAATTAAGACCTGAACCGGAGCTGGTTCGGTGTCTGAATCTCCCAAGGGAAATTATTT
ATGTACTTTCTTAACTATATCAGTACATATTCAAATGCCTATGACGACTGTGTTATAACC
ACTTCGACTCGCGGGTCTAGATGATCTATAATAAAACGTAAAAATAGATTCTGAG

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL5634Contig1 1066 2 2 U
GGATCACATATCATTTTCTAACTTCCTGTTTTCTTCTATTTCTTCTATTTTTCCTTCCTA
AAACAGACCATAACAATTCAAGATGGTATTGTGGGTGTTCGGATATGGATCTTTAATATG
GAACCCAGGTTTCGATTTTGAAGAGAAACTCATTGGGTATATCAAAGACTACAAACGCGT
CTTCGATCTCGCGTGTATTGATCATAGAGGCACGCCTGAACATCCTGCACGAACTTGCAC
GTTGGAGCAATCCCCCGGAGCTATATGCTGGGGTGCTGCTTATTGTGTTCGTGGAGGACC
TGAGAAGGAGAAGCTAGCCATGGAGTACTTGGAGCGAAGAGAGTGTGAATACGACTCTAA
AACCCTTGTCGAGTTTTACACGGAAACTGACACATCCGAACCAGTCTTGACCGGAGTTTT
AGTCTTTACGTCAACTCCAGTCTCCAGATAAAGTGTCGAGCAGATACTACTTGGGCCCAG
CTCCACTGGAGGAGATGGCCAAGCAAATCGCCACAGCTTCTGGACCTTGTGGGAACAACC
GGGAGTACCTTTTCAAGCTGGAGAAAGCAATGCACGACATTGAGCATGAAGAAGAGTTTG
TGATAAACTTGGCGAACGCGGTGAGGAAACAGCTAGACTTACCAAAGGAAGTGAAGGCAT
TGTTGAAGCCTGTTGTTTCTCGTGTACCCATGAAGTCTCAGTCTCAAGCTCATGTGTTTC
CACTCTTCATAAATGACCAAAGAAAAACTCAATCTATTCGCAATTAAAGATGCTTCCCTA
AACGACATCACCGGCAAATAACTTGGGAAGACTGATTCTCTCAGAAATAGATTAAAGTGA
ACTCAGTGAACGAAAGCAACTTAAACAAATTGACAACGGGATTTGAATGAAGGGCAAGTG
GAGAGCAATTTATTTCAATCTTCATCGAAGATAAAACAAAAACTTTTAGTACTAAGATGT
ACAATAAGATGTGTATGTATAGCCGACAAAATATTTACTGGTTTTCAACAAAGAAAGTTT
GAAAATAAGGAGAAGTTTGAAGAAGAAGTTTATAGCTTTGAATATG


BQ
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AF RR1GU94TF U 1
AF RR1GU94JQ C 343
BS 1 543 RR1GU94TF
BS 544 1066 RR1GU94JQ

RD RR1GU94TF 543 0 0
GGATCACATATCATTTTCTAACTTCCTGTTTTCTTCTATTTCTTCTATTTTTCCTTCCTA
AAACAGACCATAACAATTCAAGATGGTATTGTGGGTGTTCGGATATGGATCTTTAATATG
GAACCCAGGTTTCGATTTTGAAGAGAAACTCATTGGGTATATCAAAGACTACAAACGCGT
CTTCGATCTCGCGTGTATTGATCATAGAGGCACGCCTGAACATCCTGCACGAACTTGCAC
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TGAGAAGGAGAAGCTAGCCATGGAGTACTTGGAGCGAAGAGAGTGTGAATACGACTCTAA
AACCCTTGTCGAGTTTTACACGGAAACTGACACATCCGAACCAGTCTTGACCGGAGTTTT
AGTCTTTACGTCAACTCCAGTCTCCAGATAAAGTGTCGAGCAGATACTACTTGGGCCCAG
CTCCACTGGAGGAGATGGCCAAGCAAATCGCCACAGCTTCTGGACCTTGTGGGAACAACC
GGG

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1GU94JQ 724 0 0
GTGTGAATACGACTCTAAAACCCTTGTCGAGTTTTACACGGAAACTGACACATCCGAACC
AGTCTTGACCGGAGTTTTAGTCTTTACGTCAACTCCAGTCTCCAGATAAAGTGTCGAGCA
GATACTACTTGGGCCCAGCTCCACTGGAGGAGATGGCCAAGCAAATCGCCACAGCTTCTG
GACCTTGTGGGAACAACCGGGAGTACCTTTTCAAGCTGGAGAAAGCAATGCACGACATTG
AGCATGAAGAAGAGTTTGTGATAAACTTGGCGAACGCGGTGAGGAAACAGCTAGACTTAC
CAAAGGAAGTGAAGGCATTGTTGAAGCCTGTTGTTTCTCGTGTACCCATGAAGTCTCAGT
CTCAAGCTCATGTGTTTCCACTCTTCATAAATGACCAAAGAAAAACTCAATCTATTCGCA
ATTAAAGATGCTTCCCTAAACGACATCACCGGCAAATAACTTGGGAAGACTGATTCTCTC
AGAAATAGATTAAAGTGAACTCAGTGAACGAAAGCAACTTAAACAAATTGACAACGGGAT
TTGAATGAAGGGCAAGTGGAGAGCAATTTATTTCAATCTTCATCGAAGATAAAACAAAAA
CTTTTAGTACTAAGATGTACAATAAGATGTGTATGTATAGCCGACAAAATATTTACTGGT
TTTCAACAAAGAAAGTTTGAAAATAAGGAGAAGTTTGAAGAAGAAGTTTATAGCTTTGAA
TATG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

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ACAATAACAATCTTGCGACGTCTCAAATCGAATTTTGCTCCTTATGGTTCAGACTTTGGC
TCCTGCTTATAAGGGATTATCAGAAGAACAAAAGAACAATATCTCAACTGGTATTAATTA
TGCTTCTGCTAGTTGTGGGATTTTTAATGATACAGGAAAGCTATTGGGAGAATGTCTCTC
GTTGAGTGTCCAAGTCGATCCATTCAAAGAAACCATCGATAATAATCTGAACAAAATGTT
TAAGACGAAGTCAGAGCTCACTAAACACTTGGCTGGATCGTTGTTCATGACAGCTATTGG
AATTAACGATTACGCTTTCTACTATAATACGACAACCACCGATCCAAATGAATTCGCAGA
CAAGCTTCTTAATGATTTCTTGATACAAATTCAGAGATTGCATGGGTTAGGAGCTAGAAA
GTTCTTCATCAACAACCTTAAACCATTAGGATGTTACCCAAACATAATAGCTAAAACAGG
TGGAAGCTGCTACGAAAGTTTAAACCTGGCGGTTGCCAATTACAACGCCAAGCTAAGGAA
AAGCCTGACTCAATTGAAAGAGAAATTATCCGACACTTCTTTCTTATATTCAGATTACTT
CAATTTCATGTTGGGACTTCGAGGACCTTCGACCAATCAAGTTAGTTCGAATCTAATGAA
CTCGACAAGCCCTTGTTGCCCTAGCATTTATGATGGAGGTAGAAGGACGAGTTGCACGCC
AGGATCAAGCTCGTGCAAAGTACCAGATACACATATTTTTTTCGATCCATTTCATCCGAC
TCAATTGGCGAATTTCATGTACTCGATTGGATGCTTCCAGCAGAGAAAAGTTTGCAAAGT
TGTGTGAGTAAATAAATTTAACTTTACTCAGCAACAATCTTAAGAAAATTACAACTTTAC
TTGTTGCTGTCGTTGTTTATTTTGTTCTCATGATCAATATGTTTCGAAACATTTGTGTAC
CTAACCTTAACGTTTTAGAATATTTGTCAATTGCGATGGTGTCAGTTTTCTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CJ94TF U 1
AF RR1CJ94JQ C 371
BS 1 726 RR1CJ94TF
BS 727 1073 RR1CJ94JQ

RD RR1CJ94TF 726 0 0
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TGCTTCTGCTAGTTGTGGGATTTTTAATGATACAGGAAAGCTATTGGGAGAATGTCTCTC
GTTGAGTGTCCAAGTCGATCCATTCAAAGAAACCATCGATAATAATCTGAACAAAATGTT
TAAGACGAAGTCAGAGCTCACTAAACACTTGGCTGGATCGTTGTTCATGACAGCTATTGG
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CAAGCTTCTTAATGATTTCTTGATACAAATTCAGAGATTGCATGGGTTAGGAGCTAGAAA
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TGGAAGCTGCTACGAAAGTTTAAACCTGGCGGTTGCCAATTACAACGCCAAGCTAAGGAA
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CAATTTCATGTTGGGACTTCGAGGACCTTCGACCAATCAAGTTAGTTCGAATCTAATGAA
CTCGAC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1CJ94JQ 703 0 0
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AACAACCTTAAACCATTAGGATGTTACCCAAACATAATAGCTAAAACAGGTGGAAGCTGC
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TCGTGCAAAGTACCAGATACACATATTTTTTTCGATCCATTTCATCCGACTCAATTGGCG
AATTTCATGTACTCGATTGGATGCTTCCAGCAGAGAAAAGTTTGCAAAGTTGTGTGAGTA
AATAAATTTAACTTTACTCAGCAACAATCTTAAGAAAATTACAACTTTACTTGTTGCTGT
CGTTGTTTATTTTGTTCTCATGATCAATATGTTTCGAAACATTTGTGTACCTAACCTTAA
CGTTTTAGAATATTTGTCAATTGCGATGGTGTCAGTTTTCTAA

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL5636Contig1 1107 2 2 U
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TCAGGCGTCTCGAAGCTTCTCGACAGCCTTGAACTACCACCTGGATTCTCCTGATAACAA
ACCGGATCTTCCATGGGAGTTTTCTGAGGCTAACAAATCTAAGGTTAAGGAGATACTCTC
TTACTATCCCTCAAACTACAAGCAGTCTGCTGTGATTCCTCTTCTTGATCTTGCCCAACA
ACAGCATGGAGGCTGGCTCCCTGTTTCAGCAATGAATGCGGTTGCTAAAGTTATAGAAGT
GGCTCCTATCCGTGTTTATGAGGTTGCAACGTTTTACTCCATGTTCAACAGGGCAAAGGT
CGGAAAGTACCACCTGCTAGTTGTGGCACAACACCTTGCATGATCCGTGGTTCACGAGAT
ATCGAATCAGCTTTGCTAGACCACTTGGGTGTGAAGCGCGGCGAAGTCACAAAGGATGGT
TTATTCTCTGTTGGAGAGATGGAATGCATGGGATGCTGTGTTAATGCGCCCATGATCACT
GTGGCAGATTACTCCAATGGATCAGAAGGATATACATATAACTATTTCGAAGATGTTACA
CCTGAGAAAGTTGTAGAGATTGTTGAAAAGCTGAGAAAAGGAGAAAAGCCACCGCATGGG
ACTCAAAATCCAAAGAGGATCAAGTGCGGTCCTGAAGGAGGAAACACTACACTGCTCGGC
GAGCCAAAGCCACCACAGTTCCGTGATCTTGACGCTTGCTAAGCTGAGTTCTTATACGCC
GACGTTTTTTCTTTTTCTTTTGAGGTTCAATAACGCAAAAGGCTATAGTGATGTTTGAAG
CCTATAGCATCAAACTGAGATTGCATACTCTTTGTAGTTTGTCTTCTTGGTTTTGGAATA
TCGACCCCATTTTAAAACAAATGACCAAAGAGCATTCTCTTTTGTTATTATCTCCCTTCC
AAGATTCCAAGGTTTATGGTGAAAGTGAATTTTGTTGTAATAAAGACTTGTATGTGTTTC
TATTTTCTTGATTTATCATTCTTTTAC


BQ
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CCTGAGAAAGTTGTAGAGATTGTTGAAAAGCTGAGAAAAGGAGAAAAGCCACCGCATGGG
ACTCA

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DS 

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CTGAGATTGCATACTCTTTGTAGTTTGTCTTCTTGGTTTTGGAATATCGACCCCATTTTA
AAACAAATGACCAAAGAGCATTCTCTTTTGTTATTATCTCCCTTCCAAGATTCCAAGGTT
TATGGTGAAAGTGAATTTTGTTGTAATAAAGACTTGTATGTGTTTCTATTTTCTTGATTT
ATCATTCTTTTAC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTCTCTTGTGGAACTCTTTTGGTACCATTGCTGCTTTGTTGCAGGAGATAGTTTCGATCT
ACTCTGTTCTTGCACCTCCAACCGTGTTTGCAATTCACTTGCCCTACTTCAGTGTGTAGC
GTCTCATTCCGACACCAGAATGTTATTCCTCAAGGCTCACATCCCATTGTACCTCTACCC
CTTCCTTAATACAACCAGCAAGTCCAGACCTTTCGAGTACTTGCGCCTCACTAGCTTAGG
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CAATGTTGGAGTTGGTCGAGTCCCAACACATCAAGGTGGAGGATTTGAGCACATGCTTTG
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AATTTATTTTTGTGCTTTTGATGCCTTGACTTAGATGATGATGATGATGATGAGTTATAG
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GATATAAAGGAATGTTTAC


BQ
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AF RR1CD29JQ C 506
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BS 723 1099 RR1CD29JQ

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TGCGACATTCATAGTTCAGAAGATCTTGTTGGATGATGTGGGGATGGATTACATCTGCAC
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GGAGCAGCCTTCTCCACGCCTTCTGAAGCATATCATTCGTTGTTACCTCCGTTTATCAGT
CA
CCCAAA

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DS 

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ACACATCAAGGTGGAGGATTTGAGCACATGCTTTGATTTGAATGCATTTCAGCCTATTTC
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TTGACTTAGATGATGATGATGATGATGAGTTATAGGCTTTTTAATCTGTTTGAAATTCTT
ATTGTAATTATTTTATTAAACATTAGAACGCGCTCGATATAAAGGAATGTTTAC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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TGCTGCTCTTTGTGATGAAGCCTCTTGTCCAAAAGATATTTTCGAAACAACTGGTGATTC
TGCAGTTTACAGAGCTGATGGAGACAAAGATACATCAGATATGGAGGAACAGGAAGAAGA
CAAAGAAGGGACTCAGGAGGATCTACCTGTAGGTTTAAGGATGAGAGCGTCAGTGGCAAC
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GGAAACAATTCTCCAAGAGAGGATTAGCGTTTTGCAATGCGCGTTTGGTGACGGTATTAC
AAAACGTTGGGATAATATGTACGTGAAGTAGTGATTCTTTGTTGGTCCGTAGGAGGATGA
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ATTAAATGCAGAAGCAAAGAGGGTTTAATTG


BQ
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AF RR1AP62TF U 1
AF RR1AP62JQ C 327
BS 1 676 RR1AP62TF
BS 677 677 RR1AP62JQ
BS 678 688 RR1AP62TF
BS 689 1111 RR1AP62JQ

RD RR1AP62TF 688 0 0
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AGCAGATGATTTCAAGCTTATTGGGAGCTCTGGTACAGCTGCGTGGACCGAGGAGGAGAC
CCTTCTCTTGCTGGAGTCTGTGCTTAAACATGGAGACGATTGGGAGCTCATTGCACAGAG
TGTTTCTACGAAGACTAGGCTTGATTGCATTTCCAAGCTCATCGAGCTTCCATTTGGAGA
GTTTCTGATGGGGTCTGCCTCTGGAAGACTCAGATCCTCTATCCCCACCTCTGAGGATGG
AAACATTTCGTCTCCTTCCAATCTTGTTGAACGTATGAAGGTTGACGGTCAAGAACAGAA
GGAGACAGAGACGAGGGAAGAAAAGGAAGAAGATCGTGTCGTCGATGAAGATGAGCCTCC
AGCAAAAAGGAAACATGTTGCAATGCTATCAGATGGTGATTGTTCACTTTTGAAACAGGT
CGCAGCAATGGCATGCAAAGTTGGTCCATCTGTCACAACCGCTGCTGCAAAAGCTGCAAT
TGCTGCTCTTTGTGATGAAGCCTCTTGTCCAAAAGATATTTTCGAAACAACTGGTGATTC
TGCAGTTTACAGAGCTGATGGAGACAAAGATACATCAGATATGGAGGAACAGGAAGAAGA
CAAAGAAGGGACTCAG*AGGATCTACCT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1AP62JQ 785 0 0
TTGAACGTATGAAGGTTGACGGTCAAGAACAGAAGGAGACAGAGACGAGGGAAGAAAAGG
AAGAAGATCGTGTCGTCGATGAAGATGAGCCTCCAGCAAAAAGGAAACATGTTGCAATGC
TATCAGATGGTGATTGTTCACTTTTGAAACAGGTCGCAGCAATGGCATGCAAAGTTGGTC
CATCTGTCACAACCGCTGCTGCAAAAGCTGCAATTGCTGCTCTTTGTGATGAAGCCTCTT
GTCCAAAAGATATTTTCGAAACAACTGGTGATTCTGCAGTTTACAGAGCTGATGGAGACA
AAGATACATCAGATATGGAGGAACAGGAAGAAGACAAAGAAGGGACTCAGGAGGATCTAC
CTGTAGGTTTAAGGATGAGAGCGTCAGTGGCAACAGCTCTTGGAGCTGCGGCGGCACACG
CAAAAATACTGGCTGATCAAGAAGAAAGAGAGATGGAACTGTTAGCTGCGAGTATAATAG
ATCAACAGCTGAAGAAGATGAAGAGCAAGTTGAAGTTTCTGGACCACTTGGAATTGATAA
TGGACGCGGAAGAACAAGTGATGGATGGTGTAAAGGAAACAATTCTCCAAGAGAGGATTA
GCGTTTTGCAATGCGCGTTTGGTGACGGTATTACAAAACGTTGGGATAATATGTACGTGA
AGTAGTGATTCTTTGTTGGTCCGTAGGAGGATGATGTTTGAGATTAAAAGAGGATGTTGC
AAGACTTTTGTCCGTTTGGGTGGTCTCTCTTGTTATTAAATGCAGAAGCAAAGAGGGTTT
AATTG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL5642Contig1 1243 2 2 U
GGATCTCTCTCTTAAGGTTGAAGATGATGACAACAGTAGGATTTGCTCAATCGAATCCTT
TTCTTGTTTCCTTCAAAATTGAATCCATCGAAAAGACTAAAGCTTTGCGAGCAAAAAGGG
TCACTTGTTCTTCTTCTTTTTCTCATACTCCATTATCGTCCTCTTCCAATGAGGCATTTC
ATCGAACAGAATACGGACAAGCTATTGGTAAGGATGTCGAGAGTGAAGGGAGCAGGAAGA
AAAAGAGAAGGGTCTTCTTCTTAGACGTTAGTCCACTCTGCTACGAAGGAAACAAGCCAA
GTTCAAAAGCTTTTGGTCACTGGCTTTCACTCTTCTTCTCTCAAGTCAGCCTCACCGATC
CTGTCATAGCTGTTCTTGATGGAGAAGAAGGTAACAAGCGACGCCGAGAGTTACTGCCTT
CTTATAAAGCGCATAGGAAATCACCAAATCCTGGAAAATACTCCAAAAGGCCACACCAAT
TCGTCGAAGATGTTCTCACGAAATGCAATGTGCCAGTTGTTAGACTACAAGGGCATGAAG
CAGACGACGTGGTGGCTACCTTGATGGAACAAGCCGTTCAAAGAGGGTACCGCGCGGTTA
TTGCATCGCCTGACAAAGACTTCAAGCAGTTAATCTCAGAAAATGTTCAGATTGTCATTC
CTTTGTCTGATCTCAGAAGATGGTCTTTCTACACACTGAAACACTACCATGCTCAGTATA
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TTCCAGGGATTCAGCATGTTGTCCCGGCGTTTGGAAGAAAAACAGCGATGAAACTTGTGA
GGAAACATGGTTCCCTAGAGAGTTTACTAAGCGCTGCAGCTGTAAGAACTGTGGGGAGAC
CATATGCTCAAGAAGCCCTTACGAAATATGCAGATTACTCGAGAAGAAACTATCAAGTTC
TTGCCTTGAAAAGAGATGTGAAGGTACAGATTGAAGAGGAATGGCTGGTGGAGAGAGATA
CAAGCAATGATTCACAAGTACTGTCAAGCTTCTTCTCAACCTTGCATGGATGATACTGAG
AAACCTCAAGCACACCAACACATATTGCTGCTAACCATTCAATTGGATAATCTACTCAAG
AACTGATGTTAGCTTTTGCTAGCAGCTAATCATAAGTTTTAAGTAAAATCTTTTAGTTAA
TTCTCAAGTTCAGAGTGTAGTCGCATATTGGATTTGGTTACAG


BQ
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AF RR1A045TF U 1
AF RR1A045JQ C 427
BS 1 759 RR1A045TF
BS 760 1243 RR1A045JQ

RD RR1A045TF 759 0 0
GGATCTCTCTCTTAAGGTTGAAGATGATGACAACAGTAGGATTTGCTCAATCGAATCCTT
TTCTTGTTTCCTTCAAAATTGAATCCATCGAAAAGACTAAAGCTTTGCGAGCAAAAAGGG
TCACTTGTTCTTCTTCTTTTTCTCATACTCCATTATCGTCCTCTTCCAATGAGGCATTTC
ATCGAACAGAATACGGACAAGCTATTGGTAAGGATGTCGAGAGTGAAGGGAGCAGGAAGA
AAAAGAGAAGGGTCTTCTTCTTAGACGTTAGTCCACTCTGCTACGAAGGAAACAAGCCAA
GTTCAAAAGCTTTTGGTCACTGGCTTTCACTCTTCTTCTCTCAAGTCAGCCTCACCGATC
CTGTCATAGCTGTTCTTGATGGAGAAGAAGGTAACAAGCGACGCCGAGAGTTACTGCCTT
CTTATAAAGCGCATAGGAAATCACCAAATCCTGGAAAATACTCCAAAAGGCCACACCAAT
TCGTCGAAGATGTTCTCACGAAATGCAATGTGCCAGTTGTTAGACTACAAGGGCATGAAG
CAGACGACGTGGTGGCTACCTTGATGGAACAAGCCGTTCAAAGAGGGTACCGCGCGGTTA
TTGCATCGCCTGACAAAGACTTCAAGCAGTTAATCTCAGAAAATGTTCAGATTGTCATTC
CTTTGTCTGATCTCAGAAGATGGTCTTTCTACACACTGAAACACTACCATGCTCAGTATA
ACTGTGATCCACAGTCTGATTTGAGCTTTCGATGTATAA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1A045JQ 817 0 0
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AAGATGTTCTCACGAAATGCAATGTGCCAGTTGTTAGACTACAAGGGCATGAAGCAGACG
ACGTGGTGGCTACCTTGATGGAACAAGCCGTTCAAAGAGGGTACCGCGCGGTTATTGCAT
CGCCTGACAAAGACTTCAAGCAGTTAATCTCAGAAAATGTTCAGATTGTCATTCCTTTGT
CTGATCTCAGAAGATGGTCTTTCTACACACTGAAACACTACCATGCTCAGTATAACTGTG
ATCCACAGTCTGATTTGAGCTTTCGATGTATAATGGGTGATGAGGTGGATGGAGTTCCAG
GGATTCAGCATGTTGTCCCGGCGTTTGGAAGAAAAACAGCGATGAAACTTGTGAGGAAAC
ATGGTTCCCTAGAGAGTTTACTAAGCGCTGCAGCTGTAAGAACTGTGGGGAGACCATATG
CTCAAGAAGCCCTTACGAAATATGCAGATTACTCGAGAAGAAACTATCAAGTTCTTGCCT
TGAAAAGAGATGTGAAGGTACAGATTGAAGAGGAATGGCTGGTGGAGAGAGATACAAGCA
ATGATTCACAAGTACTGTCAAGCTTCTTCTCAACCTTGCATGGATGATACTGAGAAACCT
CAAGCACACCAACACATATTGCTGCTAACCATTCAATTGGATAATCTACTCAAGAACTGA
TGTTAGCTTTTGCTAGCAGCTAATCATAAGTTTTAAGTAAAATCTTTTAGTTAATTCTCA
AGTTCAGAGTGTAGTCGCATATTGGATTTGGTTACAG

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

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TGGTGAGAGAGATAGAAGCGATGAGAATGGGGATGGAAATGAAGAGGACAAAGATGATTT
TGGAGTCGCAACAACGGATTGTCGAGACATTTGCTAAAACTATGTCGGAGATGAGGAAGA
AGACGAAAGCAACAAGAGTATCTTCAATGGAGTAATTAATTGTGAGTATGTTGTTGAGCT
TAGTGTGTGTAAAGTATCATCCACCTTTTAGTTTCCGCATGAATGTTATGTGACATTAAG
AGACGTGTATGAACTTCTTCATTGACTTCTCTTTCAATACAAGCCTACTTTTCACAC


BQ
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AF RR1E869JQ C 1
AF RR1E869TF U 1
BS 1 357 RR1E869TF

RD RR1E869JQ 357 0 0
GGAGTGCGATCAAGCTACTCGGAGATGGGATGTTGAGGACTGAGGAGAAGAAGATGGAGA
TGGTGAGAGAGATAGAAGCGATGAGAATGGGGATGGAAATGAAGAGGACAAAGATGATTT
TGGAGTCGCAACAACGGATTGTCGAGACATTTGCTAAAACTATGTCGGAGATGAGGAAGA
AGACGAAAGCAACAAGAGTATCTTCAATGGAGTAATTAATTGTGAGTATGTTGTTGAGCT
TAGTGTGTGTAAAGTATCATCCACCTTTTAGTTTCCGCATGAATGTTATGTGACATTAAG
AGACGTGTATGAACTTCTTCATTGACTTCTCTTTCAATACAAGCCTACTTTTCACAC

QA 1 357 1 357
DS 

RD RR1E869TF 357 0 0
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TGGTGAGAGAGATAGAAGCGATGAGAATGGGGATGGAAATGAAGAGGACAAAGATGATTT
TGGAGTCGCAACAACGGATTGTCGAGACATTTGCTAAAACTATGTCGGAGATGAGGAAGA
AGACGAAAGCAACAAGAGTATCTTCAATGGAGTAATTAATTGTGAGTATGTTGTTGAGCT
TAGTGTGTGTAAAGTATCATCCACCTTTTAGTTTCCGCATGAATGTTATGTGACATTAAG
AGACGTGTATGAACTTCTTCATTGACTTCTCTTTCAATACAAGCCTACTTTTCACAC

QA 1 357 1 357
DS 



AS 1 2

CO CL5644Contig1 891 2 2 U
GGAATATAGAGAGAGAAAAAAACTATCTTCATCGCCGTTCTCTCTCTCCCCCTCAAGAAC
TGGATATATAAATACTCGTTTGACGATGGATTTGACGTGGTTGGGTGCTCTAATCGTTGG
AGCTGCACTTGGATTCTGCATTGGCACCACTCGTCGTTCCAAACATCATCCTTCTGTTGC
GGCTGCTGCTGTTGATGGAGATGATACCAAACTGATTCCAAAGAGTCCTCTCGAGATTGA
GAAACTCGCTGATATCCTCGATGATTTCAAAATGGTTTTGGTTGTGAGGAATGATCTTAA
AATGGGCAAAGGCAAGATTGCTGCACAATGCAGTCATGCAACTTTAGGTTTATACAAAAA
GCTTGTTCGTCGAGCTCCAAAAGCATTGGACTGCTGGGAGGAGTGTGCACAGCCAAAGGT
TGTTGTGAAAATCGAGGGCGAGGATGAGATGCTAGAGTTGCAGGAAAGAGCCAAATCCCT
TAAACTGCCTACCCATATCACCATCGATGCCGGAAGGACCCAGATTGCTCCAAATTCAAG
GACAGTTATGGCTATTCTTGATGTTGCTTTTGCAGGACCAGTCCAAGTTGTTGATGAAGT
AACAGGTGGACTGAAGCTTCTTTAGCAGCTTCAAATTGCTACGTTACACCTCTTCAATCC
AATCTTTCAGATGGATCAAAAAGAAGGGGAGAGACGTGAACTCTACCTTTTTTCAGATGT
AATCTGTTAACTCATTCCTGATGATGACGAAAAATCCCAATTTTAAGCAATTTTCCCAAC
TTTTCATGAACATATACAATTTGTCTCTTTGGGATCAGATTGATTAACCAACGGTGGTAT
AAATATTTGTTTCTTTTTTTTGTATTAGTGTTACCAAAGGTCGAGTCTGTT


BQ
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AF RR1GS05TF U 1
AF RR1GS05JQ C 370
BS 1 569 RR1GS05TF
BS 570 891 RR1GS05JQ

RD RR1GS05TF 571 0 0
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TGGATATATAAATACTCGTTTGACGATGGATTTGACGTGGTTGGGTGCTCTAATCGTTGG
AGCTGCACTTGGATTCTGCATTGGCACCACTCGTCGTTCCAAACATCATCCTTCTGTTGC
GGCTGCTGCTGTTGATGGAGATGATACCAAACTGATTCCAAAGAGTCCTCTCGAGATTGA
GAAACTCGCTGATATCCTCGATGATTTCAAAATGGTTTTGGTTGTGAGGAATGATCTTAA
AATGGGCAAAGGCAAGATTGCTGCACAATGCAGTCATGCAACTTTAGGTTTATACAAAAA
GCTTGTTCGTCGAGCTCCAAAAGCATTGGACTGCTGGGAGGAGTGTGCACAGCCAAAGGT
TGTTGTGAAAATCGAGGGCGAGGATGAGATGCTAGAGTTGCAGGAAAGAGCCAAATCCCT
TAAACTGCCTACCCATATCACCATCGATGCCGGAAGGACCCAGATTGCTCCAAATTCAAG
GACAGTTATGGCTATTCTTGATGTTGCTT
CT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1GS05JQ 522 0 0
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AATCGAGGGCGAGGATGAGATGCTAGAGTTGCAGGAAAGAGCCAAATCCCTTAAACTGCC
TACCCATATCACCATCGATGCCGGAAGGACCCAGATTGCTCCAAATTCAAGGACAGTTAT
GGCTATTCTTGATGTTGCTTTTGCAGGACCAGTCCAAGTTGTTGATGAAGTAACAGGTGG
ACTGAAGCTTCTTTAGCAGCTTCAAATTGCTACGTTACACCTCTTCAATCCAATCTTTCA
GATGGATCAAAAAGAAGGGGAGAGACGTGAACTCTACCTTTTTTCAGATGTAATCTGTTA
ACTCATTCCTGATGATGACGAAAAATCCCAATTTTAAGCAATTTTCCCAACTTTTCATGA
ACATATACAATTTGTCTCTTTGGGATCAGATTGATTAACCAACGGTGGTATAAATATTTG
TTTCTTTTTTTTGTATTAGTGTTACCAAAGGTCGAGTCTGTT

QA 1 522 1 522
DS 



AS 1 2

CO CL5645Contig1 1269 2 6 U
TCCGGATTCTCGACCCGAATCTCTCTTACCCGTCTACTATTCTTGGCCGTGAGAGAGCCA
TTGTGTTGAATCTGGAGCATATCAAGGCGATTATCACTTCCGATGAGGTTTTGCTTAGGG
ATCCATCAGATGAGAATGTTATTCCGGTTCTCAAGGAGCTTGAAAGACGCTTACCTGTTG
GAAACGAAGCACAGCTTGGTCAAGGAGATTGCAAAGAGAGCTCTGCTGCACATAATGACG
CTGATGCTGGTGAAGAAGATGATTCCCCTTTTGAGTTTCGAGCGCTGGAAGTTTTCTTGG
AAGCAATCTGCAGCTTCTTAGCTGCAAGGACAACAGAGTTAGAAACAGCTGCTTATCCTG
CTTTGGATGAGCTTACCTCTAAGATTAGTAGCCGTAACTTGGATAGAGTTCGGAAGTTGA
AGAGTGCCATGACTCGGTTGACAGCTCGAGTTCAAAAGGTAAGAGATGAGCTCGAACAGT
TGCTGGATGATGACGATGACATGGCGGAACTTTACCTTTCAAGGAAACTCTCTAGTGCTT
CCTCAGCGTCTAGTAGTCCAAACTGCTATCTTACTTCCCCGACGATAGGTTCCAAGATTT
CAAGAGCAAGCAGAGCGAGTCTAGCCACAGCTCGTGGGGATGAAAATGATGTCGAAGAAC
TTGAAATGTTGCTCGAGGCATACTTCATGCAAATCGACAGCACTTTGAACAGATTGACAA
CACTACGTGAGTACATCGATGACACAGAGGATTACATTAACATCCAGCTAGACAATCATC
GTAATCAGCTGATTCAGTTGGAGCTTGTGTTAAGTTCTGGAACAGTTTGCTCAGCATTTT
ACTCTCTTGTTGCTGGAATCTTCGGGATGAACATTCCATGCACATGGAATGATAACCATG
GATACATGTTCAAATATCCTCGTTGTCTTTGCAGGTCGTGATCCTGACGGGAGCAATTTG
TGTAATCTTGTTCACGTTCATAATGTCACACGCTCGGTACAAAGGACTTGTGGGATCTTG
ATGGGTGAGTTTGGGGGCAGAGAGAGAGGTTTTATGGTTAGAGATAGTTTAAAGAGACTT
CTAATTGTAAAGATGTGCTTTATATTACTTTACTACACATCGATTCCTTACAATTGAAGC
ATATTTAAAAATGTTTTTTTTAATATATAAAGAAAACAAGCTTTTGGTCCATGTTAGATT
TTTCCCAAACTGTACAACTTTTGAGAATTTTGAGGTTAAAGAAACTAAAAGTATACATAT
TATTATACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E217TF U 1
AF RR1E217JQ C 588
BS 1 752 RR1E217TF
BS 753 753 RR1E217JQ
BS 754 783 RR1E217TF
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BS 785 793 RR1E217TF
BS 794 1269 RR1E217JQ

RD RR1E217TF 800 0 0
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TTGTGTTGAATCTGGAGCATATCAAGGCGATTATCACTTCCGATGAGGTTTTGCTTAGGG
ATCCATCAGATGAGAATGTTATTCCGGTTCTCAAGGAGCTTGAAAGACGCTTACCTGTTG
GAAACGAAGCACAGCTTGGTCAAGGAGATTGCAAAGAGAGCTCTGCTGCACATAATGACG
CTGATGCTGGTGAAGAAGATGATTCCCCTTTTGAGTTTCGAGCGCTGGAAGTTTTCTTGG
AAGCAATCTGCAGCTTCTTAGCTGCAAGGACAACAGAGTTAGAAACAGCTGCTTATCCTG
CTTTGGATGAGCTTACCTCTAAGATTAGTAGCCGTAACTTGGATAGAGTTCGGAAGTTGA
AGAGTGCCATGACTCGGTTGACAGCTCGAGTTCAAAAGGTAAGAGATGAGCTCGAACAGT
TGCTGGATGATGACGATGACATGGCGGAACTTTACCTTTCAAGGAAACTCTCTAGTGCTT
CCTCAGCGTCTAGTAGTCCAAACTGCTATCTTACTTCCCCGACGATAGGTTCCAAGATTT
CAAGAGCAAGCAGAGCGAGTCTAGCCACAGCTCGTGGGGATGAAAATGATGTCGAAGAAC
TTGAAATGTTGCTCGAGGCATACTTCATGCAAATCGACAGCACTTTGAACAGATTGACAA
CACTACGTGAGTACATCGATGACACAGAGGAT*ACATTAACATCCAGCTAGACAATCATC
GTA*TCAGCTGAT
CAGTTGG

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1E217JQ 682 0 0
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GATGTCGAAGAACTTGAAATGTTGCTCGAGGCATACTTCATGCAAATCGACAGCACTTTG
AACAGATTGACAACACTACGTGAGTACATCGATGACACAGAGGATTACATTAACATCCAG
CTAGACAATCATCGTAATCAGCTGATTCAGTTGGAGCTTGTGTTAAGTTCTGGAACAGTT
TGCTCAGCATTTTACTCTCTTGTTGCTGGAATCTTCGGGATGAACATTCCATGCACATGG
AATGATAACCATGGATACATGTTCAAATATCCTCGTTGTCTTTGCAGGTCGTGATCCTGA
CGGGAGCAATTTGTGTAATCTTGTTCACGTTCATAATGTCACACGCTCGGTACAAAGGAC
TTGTGGGATCTTGATGGGTGAGTTTGGGGGCAGAGAGAGAGGTTTTATGGTTAGAGATAG
TTTAAAGAGACTTCTAATTGTAAAGATGTGCTTTATATTACTTTACTACACATCGATTCC
TTACAATTGAAGCATATTTAAAAATGTTTTTTTTAATATATAAAGAAAACAAGCTTTTGG
TCCATGTTAGATTTTTCCCAAACTGTACAACTTTTGAGAATTTTGAGGTTAAAGAAACTA
AAAGTATACATATTATTATACC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL5646Contig1 1157 2 8 U
GGCACTGATTCTACCGAAAAGTATCCTCTTATAAACGTCCCTGACAATATGCTTACACCT
GAGCAGCTTAAGGACAAGAAGAAGCAGTTATTTCTTAAAACAACAACAGAGGGACGGCTA
CGAGCTAGACAAAAGCGTAACGAGGAGGAACTGGAGAGAGAGAAGAAATCAATTAGAGGA
GGAAAGACGTCGGGAGAACCCAGAGTTCTACTTAGAGGAGATGCGAGCTCAGTACAAGGA
AGTGTTGGAGAGAGTCGAGCAAAAGAAACGGCTGAAAACAAACGGATCAAACACAAACGG
GAATCCAAAATCTGGAAACGTGGGACGAGGGGAACGACTCAGCGCTGCGAAGAGGGAGAG
AATGCGTCTGCTAACAACAGCAGCGTTTGATAGAGGCAAAGGAGAAGATACGTTTGGTGC
TAAAGACGAAGACTGGCAGCTCTACAAACTCATGAGCAAGGATCACGACGAAGACGACGA
ACGACCTGACTCAGACGAGGCTGAGCTAGCTCATTTGTCATCCAGGCTTCAGGAAATAGA
CCCGACGTTCGAGCAGAAAGCAGAGGGAGAGTTGAGACAGACACCGGGGGAGGCTCCAGG
TGTTCGTCCGCTAACAGAGGAAGACTACAAGATAGTGATCGGTGTCGAACGATTCAGGTG
TCCTGAGATCTTGTTCCATCCTAACCTCGTTGGGATTGAACAAGTGGGGTTAGACGAGAT
GACCGGTGCATCGATCAGAAGGCTACCACACGGTGATAAAGAGTTAGAGGAGAGGCTAAC
GAGCTCGATATTGATGACCGGTGGGTGCAGCCTTGTACAGGGGATGAAAGAGCGGTTGGA
ATGTGGGATTAGGATGATAAGACCGTGTGGGTCGACCATAAACGTGGTTCAAGCTGAGGA
TCCAGTGCTGGACGCATGGCGTGGAGCATCTGCGTTTGCTGCTGATTTGAACTTCTTGGG
GAATGCATTTACCAAGAAAGATTACTACGAGAAAGGTGAAGAGTGGCTTGGGAGATACCA
GATTCAATACAACACTTTGTGATCCCTCCTCTCCCTATTGTCGACTTGTCTATTCGGTCA
ACTCTTTAGCTCTCTCTATTGTTATTTGCATAACTCAGTTCAAGGATGTTGTAGATTGAA
TATAAAGTGGTTTGGAC


BQ
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AF RR1CL81TF U 1
AF RR1CL81JQ C 369
BS 1 657 RR1CL81TF
BS 658 658 RR1CL81JQ
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BS 725 739 RR1CL81TF
BS 740 1157 RR1CL81JQ

RD RR1CL81TF 752 0 0
GGCACTGATTCTACCGAAAAGTATCCTCTTATAAACGTCCCTGACAATATGCTTACACCT
GAGCAGCTTAAGGACAAGAAGAAGCAGTTATTTCTTAAAACAACAACAGAGGGACGGCTA
CGAGCTAGACAAAAGCGTAACGAGGAGGAACTGGAGAGAGAGAAGAAATCAATTAGAGGA
GGAAAGACGTCGGGAGAACCCAGAGTTCTACTTAGAGGAGATGCGAGCTCAGTACAAGGA
AGTGTTGGAGAGAGTCGAGCAAAAGAAACGGCTGAAAACAAACGGATCAAACACAAACGG
GAATCCAAAATCTGGAAACGTGGGACGAGGGGAACGACTCAGCGCTGCGAAGAGGGAGAG
AATGCGTCTGCTAACAACAGCAGCGTTTGATAGAGGCAAAGGAGAAGATACGTTTGGTGC
TAAAGACGAAGACTGGCAGCTCTACAAACTCATGAGCAAGGATCACGACGAAGACGACGA
ACGACCTGACTCAGACGAGGCTGAGCTAGCTCATTTGTCATCCAGGCTTCAGGAAATAGA
CCCGACGTTCGAGCAGAAAGCAGAGGGAGAGTTGAGACAGACACCGGGGGAGGCTCCAGG
TGTTCGTCCGCTAACAGAGGAAGACTACAAGATAGTGATCGGTGTCGAACGATTCAG*TG
TCCTGAGATCTTGT*CCATCCTAACCTCGTTGGGATTGAACAAGTGGGGTTAGACGAGAT
GAC*GGTGCATCGATCAGA
GCTACACACGTGA

QA 1 739 1 739
DS 

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TGCTAACAACAGCAGCGTTTGATAGAGGCAAAGGAGAAGATACGTTTGGTGCTAAAGACG
AAGACTGGCAGCTCTACAAACTCATGAGCAAGGATCACGACGAAGACGACGAACGACCTG
ACTCAGACGAGGCTGAGCTAGCTCATTTGTCATCCAGGCTTCAGGAAATAGACCCGACGT
TCGAGCAGAAAGCAGAGGGAGAGTTGAGACAGACACCGGGGGAGGCTCCAGGTGTTCGTC
CGCTAACAGAGGAAGACTACAAGATAGTGATCGGTGTCGAACGATTCAGGTGTCCTGAGA
TCTTGTTCCATCCTAACCTCGTTGGGATTGAACAAGTGGGGTTAGACGAGATGACCGGTG
CATCGATCAGAAGGCTACCACACGGTGATAAAGAGTTAGAGGAGAGGCTAACGAGCTCGA
TATTGATGACCGGTGGGTGCAGCCTTGTACAGGGGATGAAAGAGCGGTTGGAATGTGGGA
TTAGGATGATAAGACCGTGTGGGTCGACCATAAACGTGGTTCAAGCTGAGGATCCAGTGC
TGGACGCATGGCGTGGAGCATCTGCGTTTGCTGCTGATTTGAACTTCTTGGGGAATGCAT
TTACCAAGAAAGATTACTACGAGAAAGGTGAAGAGTGGCTTGGGAGATACCAGATTCAAT
ACAACACTTTGTGATCCCTCCTCTCCCTATTGTCGACTTGTCTATTCGGTCAACTCTTTA
GCTCTCTCTATTGTTATTTGCATAACTCAGTTCAAGGATGTTGTAGATTGAATATAAAGT
GGTTTGGAC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL5647Contig1 361 2 1 U
GGTCAACATGGGAGCTTCAAACTTTTAAAGAACGATGGAACCGAGCGGTTGAGGAAGGCA
AGAACTGGATTGACCGGTCTTCATCGACCAGGAACCGTATTAGCAATAACCGGAGATTTA
AGCGGAGTAGTGTGATTTCGAGTTTATTGAGGAGGCAAGCTGAAGAGAGTAGAAAATAAA
TCACATACAGTTTTTTTTTTTAAATCAGAAAAAAATATAGAAAAAGGGGTTTTGCTCATT
GTTAAATAGTTCAAGTTAATATTTAATCATCGTTCTCTTTGATTAGCGTAGTTTTTATTA
TCCTTGTTATATGTGGCTCAGTCTTTCTTCATCTTTGATTATTTCTCTAGTTGATTCGAT
C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1ER22JQ C 1
AF RR1ER22TF U 1
BS 1 361 RR1ER22TF

RD RR1ER22JQ 361 0 0
GGTCAACATGGGAGCTTCAAACTTTTAAAGAACGATGGAACCGAGCGGTTGAGGAAGGCA
AGAACTGGATTGACCGGTTTTCATCGACCAGGAACCGTATTAGCAATAACCGGAGATTTA
AGCGGAGTAGTGTGATTTCGAGTTTATTGAGGAGGCAAGCTGAAGAGAGTAGAAAATAAA
TCACATACAGTTTTTTTTTTTAAATCAGAAAAAAATATAGAAAAAGGGGTTTTGCTCATT
GTTAAATAGTTCAAGTTAATATTTAATCATCGTTCTCTTTGATTAGCGTAGTTTTTATTA
TCCTTGTTATATGTGGCTCAGTCTTTCTTCATCTTTGATTATTTCTCTAGTTGATTCGAT
C

QA 1 361 1 361
DS 

RD RR1ER22TF 361 0 0
GGTCAACATGGGAGCTTCAAACTTTTAAAGAACGATGGAACCGAGCGGTTGAGGAAGGCA
AGAACTGGATTGACCGGTCTTCATCGACCAGGAACCGTATTAGCAATAACCGGAGATTTA
AGCGGAGTAGTGTGATTTCGAGTTTATTGAGGAGGCAAGCTGAAGAGAGTAGAAAATAAA
TCACATACAGTTTTTTTTTTTAAATCAGAAAAAAATATAGAAAAAGGGGTTTTGCTCATT
GTTAAATAGTTCAAGTTAATATTTAATCATCGTTCTCTTTGATTAGCGTAGTTTTTATTA
TCCTTGTTATATGTGGCTCAGTCTTTCTTCATCTTTGATTATTTCTCTAGTTGATTCGAT
C

QA 1 361 1 361
DS 



AS 1 2

CO CL5648Contig1 347 2 1 U
GGATACTCAGTTCCACTGCAAGCAGAAAAGATAAGACGAGGCCGAAGAAGACGCAGCCTT
GGGACATTAAGAGGAAGCCCACCGTTTACGCTCCTCTTCCTCCTCTCCCTCCTGATTGGT
CTCCTCTCGCTCTTTCTTCCGACGACGGTGGTGCCACCGCCGCCGCCGCTGCCGGAGAAT
TGGTTTCAGGCGGTGCCGCCGCCTAGTTATGAGTTGTCTACTGTTCGGGTGTTGGAACCT
AGTTGAGAATTTGTGTCTGTGTCTGTTAATGTGTTTCTGTTTCATGCTGTCTGCTTCTTC
TTATGGACTTTTGTTGTCTGAACGGTGAATGAATGGACCAAACTTTG


BQ
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AF RR1H638JQ C 1
AF RR1H638TF U 1
BS 1 347 RR1H638TF

RD RR1H638JQ 347 0 0
GGATACTCAGTTCCACTGCAAGCAGAAAAGATAAGACGAGGCCGAAGAAGACGCAGCCTT
GGGACATTAAGAGGAAGCCCACCGTTTACGCTCCTCTTCCTCCTCTCCCTCCTGATTGGT
CTCCTCTCGCTCTTTCTTCCGACGACGGTGGTGCCACCGCCGCCGCCGCTGCCGGAGAAT
TGGTTTCAGGCGGTGCCGCCGCCTAGTTATGAGTTGTCTACTGTTCGGGTGTTGGAACCT
AGTTGAGAATTTGTGTCTGTGTCTGTTAATGTGTTTCTGTTTCATGCTGTCTGCTTCTTC
TTATGGACTTTTGTTGTCTGAACGGTGAATGAATGGACCAAACTTTG

QA 1 347 1 347
DS 

RD RR1H638TF 347 0 0
GGATACTCAGTTCCACTGCAAGCAGAAAAGATAAGACGAGGCCGAAGAAGACGCAGCCTT
GGGACATTAAGAGGAAGCCCACCGTTTACGCTCCTCTTCCTCCTCTCCCTCCTGATTGGT
CTCCTCTCGCTCTTTCTTCCGACGACGGTGGTGCCACCGCCGCCGCCGCTGCCGGAGAAT
TGGTTTCAGGCGGTGCCGCCGCCTAGTTATGAGTTGTCTACTGTTCGGGTGTTGGAACCT
AGTTGAGAATTTGTGTCTGTGTCTGTTAATGTGTTTCTGTTTCATGCTGTCTGCTTCTTC
TTATGGACTTTTGTTGTCTGAACGGTGAATGAATGGACCAAACTTTG

QA 1 347 1 347
DS 



AS 1 2

CO CL5649Contig1 774 2 3 U
TTCCGTCGACTATAAAATGTAAATTCAAAGCAGCAGCATACTCCTTATTCTCTCTACTTA
CTCACACAACACTTTTGACATAAGTCCATAAATACCAAAACCAACATGACGCCAGAGACT
TTCTTGATGAAGCAGCAACAACTGATAAAAGATAAAGAGAAAAGTAATTATATATTTATG
TTTCAAATACCAACTGGGATTTTCTTCCTCCAAAACTGTGTTCCATCTTACTTGTGACTT
GTGGGTCACAACGGCTGTGAACTCCGAATCTGTTGAGTCATGTTCTCAGCTGGAAGCTTA
GCAGCAGCAGCAGAGCCATCAGGCAATACCATGGCAGGTGGAGGACCGGTCATTGTCTGG
TACTGTGTGTGTCCCACAGGTTGCGTGTAGAACATCTACTTGTGAGCATTGTCAGCGTAT
TCATATCCGTAGTTGGGAATCGCAGCTGAACCAGACTGAGGTGGGTGGTGGATCTGCGAG
TAGCCCATGAATTGCTGCTGGCTTGTAGGGATCTGGTGAACCATCTGAGCACCGGGCATA
CCTTGTGGTGTTGTATAAACCCCAGCCTCATGTTTGCCACCAGGAACACTTCTCAGCTGG
TTGTTAGGAGGAGGTGGAGGCATCATGGTGGAATTAAGAGGTGGCTGAGGATGGTTAGAA
GGGACAGACCCTGGAGCCTCGCTCACACTACCAGATTGTGGCACACCCATACTGTAAGGC
CTAGGTGGGACCGGAGAAGTGACATAGTAAACAGCAAGATAAGGCTGTTGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FL76JQ U 515
AF RR1FL76TF C 1
BS 1 514 RR1FL76TF
BS 515 714 RR1FL76JQ
BS 715 774 RR1FL76TF

RD RR1FL76JQ 200 0 0
GGTGAACCATCTGAGCACCGGGCATACCTTGTGGTGTTGTATAAACCCCAGCCTCATGTT
TGCCACCAGGAACACTTCTCAGCTGGTTGTTAGGAGGAGGTGGAGGCATCATGGTGGAAT
TAAGAGGTGGCTGAGGATGGTTAGAAGGGACAGACCCTGGAGCCTCGCTCACACTACCAG
ATTGTGGCACACCCATACTG

QA 1 200 1 200
DS 

RD RR1FL76TF 774 0 0
TTCCGTCGACTATAAAATGTAAATTCAAAGCAGCAGCATACTCCTTATTCTCTCTACTTA
CTCACACAACACTTTTGACATAAGTCCATAAATACCAAAACCAACATGACGCCAGAGACT
TTCTTGATGAAGCAGCAACAACTGATAAAAGATAAAGAGAAAAGTAATTATATATTTATG
TTTCAAATACCAACTGGGATTTTCTTCCTCCAAAACTGTGTTCCATCTTACTTGTGACTT
GTGGGTCACAACGGCTGTGAACTCCGAATCTGTTGAGTCATGTTCTCAGCTGGAAGCTTA
GCAGCAGCAGCAGAGCCATCAGGCAATACCATGGCAGGTGGAGGACCGGTCATTGTCTGG
TACTGTGTGTGTCCCACAGGTTGCGTGTAGAACATCTACTTGTGAGCATTGTCAGCGTAT
TCATATCCGTAGTTGGGAATCGCAGCTGAACCAGACTGAGGTGGGTGGTGGATCTGCGAG
TAGCCCATGAATTGCTGCTGGCTTGTAGGGATCTGGTGAACCATCTGAGCACCGGGCATA
CCTTGTGGTGTTGTATAAACCCCAGCCTCATGTTTGCCACCAGGAACACTTCTCAGCTGG
TTGTTAGGAGGAGGTGGAGGCATCATGGTGGAATTAAGAGGTGGCTGAGGATGGTTAGAA
GGGACAGACCCTGGAGCCTCGCTCACACTACCAGATTGTGGCACACCCATACTGTAAGGC
CTAGGTGGGACCGGAGAAGTGACATAGTAAACAGCAAGATAAGGCTGTTGTTGC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL5650Contig1 1078 2 12 U
CCGGAAAACCGACGTAGAATCGTCATCTCGTCGTCGTCTTCTTTTGCATCTCGTCGGAAT
CAATTCGATTCGGAATATCCTTTGTATAATCTTCACCGATTAATCAATTTTCCCCTTGGA
ATTAATTGCTCTGATCTCTTTCTGGATTCTCTTCGGTTTTTAATTCGTTGAAAATTGGGA
ATCTTTAGTTTTCGATAGAGAGAATATGGATTCAGATTCGTGGACTGATCGTCTTGCATC
GGCTTCAAGAAGATACCAGCTCGATTTCTTGTCCCGATCTGATAATTTCTTGGGGTTTGA
GGAGATAGAGGGAGAAGATGATTTCAGGGAGGAGTATGCTTGTCCCTTCTGCTCTGACTA
CTTTGATATCGTCTCCCCTCTGCTGCCACATCGACGAAGATCATCCTATGAACACTATTA
ACGGGGTATGCCCCGTTTGTGCGGTGAAAGTGAGCTCTGATATGGTTGCTCATATAACAC
TTCAGCATGCAAACATGTTTAAGGTGACTACGACTACGCGGAAAAGGAAAGCAAGAAGAG
GAGGTGGAGGTGGGGCTCAGTCCATGCTATCAATCTTGAAGAGGGAGTTTCCTGATGGAA
ACTTTCAGAGCTTGTTTGAAGGATCCTCGCGTGTTGCTGTGCCTCCTCCTTCGTCGTCTT
CCACTATAGCTGCTGACCCTTTGCTCTCTCCCTTTATTACGCCAATGGCAGATGAACTTT
TTGTTTCAGATTCAGCCAAGAAGGCATTGAATCAGAGTTTGCCTCAACGGAATGTTGAAA
AGAAGTCACTTTCAGCAGAGGATCACAGAGAAAGTTGAAACAGAGCGAGTTCGTTCAAGG
GATCTTCAGCTCTATGATTCTTAATGATTGTTTATAAAAGGAGAAAAGATAAACTTATCT
ACGGTTTGTTAGATCGATCATTCAGCGATTGGAAACAAAAAAGAGTGTAACAGAGTTGTT
TATGTGATCTGGGGGAAGGGTTCAGGGATAACCAGAATAATGTTAGTGAACTTTGTAAGA
GTCAAGAGAGACATGAATAATGAAGTATTATTTATCTTATTCAACACTTACTTTCTCC


BQ
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AF RR1GD53TF U 1
AF RR1GD53JQ C 351
BS 1 377 RR1GD53TF
BS 378 378 RR1GD53JQ
BS 379 621 RR1GD53TF
BS 622 622 RR1GD53JQ
BS 623 661 RR1GD53TF
BS 662 662 RR1GD53JQ
BS 663 691 RR1GD53TF
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BS 694 721 RR1GD53TF
BS 722 722 RR1GD53JQ
BS 723 731 RR1GD53TF
BS 732 1078 RR1GD53JQ

RD RR1GD53TF 736 0 0
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CAATTCGATTCGGAATATCCTTTGTATAATCTTCACCGATTAATCAATTTTCCCCTTGGA
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ATCTTTAGTTTTCGATAGAGAGAATATGGATTCAGATTCGTGGACTGATCGTCTTGCATC
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CTTTGATATCGTCTCCC*TCTGCTGCCACATCGACGAAGATCATCCTATGAACACTATTA
ACGGGGTATGCCCCGTTTGTGCGGTGAAAGTGAGCTCTGATATGGTTGCTCATATAACAC
TTCAGCATGCAAACATGTTTAAGGTGACTACGACTACGCGGAAAAGGAAAGCAAGAAGAG
GAGGTGGAGGTGGGGCTCAGTCCATGCTATCAATCTTGAAGAGGGAGTTTCCTGATGGAA
ACTTTCAGAGCTTGTTTGAAG*ATCCTCGCGTGTTGCTGTGCCTCCTCCTTCGTCGTCTT
C*ACTATAGCTGCTGACCCTTTGCTCTCTCC**TTATTACGCCAATGGCAGATGAACTTT
T*GTTTCAGAT
CAGCC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1GD53JQ 728 0 0
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AACACTATTAACGGGGTATGCCCCGTTTGTGCGGTGAAAGTGAGCTCTGATATGGTTGCT
CATATAACACTTCAGCATGCAAACATGTTTAAGGTGACTACGACTACGCGGAAAAGGAAA
GCAAGAAGAGGAGGTGGAGGTGGGGCTCAGTCCATGCTATCAATCTTGAAGAGGGAGTTT
CCTGATGGAAACTTTCAGAGCTTGTTTGAAGGATCCTCGCGTGTTGCTGTGCCTCCTCCT
TCGTCGTCTTCCACTATAGCTGCTGACCCTTTGCTCTCTTCCTTTATTACGCCAATGGCA
GATGAACTTTTTGTTTCAGATTCAGCCAAGAAGGCATTGAATCAGAGTTTGCCTCAACGG
AATGTTGAAAAGAAGTCACTTTCAGCAGAGGATCACAGAGAAAGTTGAAACAGAGCGAGT
TCGTTCAAGGGATCTTCAGCTCTATGATTCTTAATGATTGTTTATAAAAGGAGAAAAGAT
AAACTTATCTACGGTTTGTTAGATCGATCATTCAGCGATTGGAAACAAAAAAGAGTGTAA
CAGAGTTGTTTATGTGATCTGGGGGAAGGGTTCAGGGATAACCAGAATAATGTTAGTGAA
CTTTGTAAGAGTCAAGAGAGACATGAATAATGAAGTATTATTTATCTTATTCAACACTTA
CTTTCTCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL5651Contig1 537 2 6 U
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ACAAGACACAGTGCAAAAGCGTGTTACACAGATTAAGAATCTTATTGAGCAAGCAGAGCA
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GATTCAGGTGGGAGCACAAACAGAAACAGAACTCAAAGAGAACAAACTGAGAGTTGAAGA
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BQ
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AF RR1CO82TF U 1
AF RR1D661TF U 315
BS 1 462 RR1CO82TF
BS 463 463 RR1D661TF
BS 464 507 RR1CO82TF
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BS 509 521 RR1CO82TF
BS 522 537 RR1D661TF

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TTTGGCGACCCTTGTTGTTAACAAGCTTAGAGGCACACTGAAGATTGCAGCTCTCAAAGC
TCCAGGTTTTGGAGAGCGCAAGAGCCAGTACCTTGATGATATTGCCATTCTCACTGGAGC
AACTGTGATACGTGAGGAAGTTGGTCTTTCACTTGACAAAGCTGGAAAAGAGGTTCTTGG
TAATGCCGCAAAAGTCGTCCTCACGAAGGAGACTTCGACCATTGTAGGTGATGGGACAAC
ACAAGACACAGTGCAAAAGCGTGTTACACAGATTAAGAATCTTATTGAGCAAGCAGAGCA
AGATTATGAGAAGGAAAAATTGAATGAGAGAATTGCAAAGCTCTCTGGTGGAGTTGCTGT
GATTCAGGTGGGAGCACAAACAGAAACAGAACTCAAAGAGAAGAAACTGAGAGTTGAAGA
TGCTCTTAATGCTACAAAGGCTGCTGTTGAGGAAGGTATTG

QA 1 521 1 521
DS 

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CAAAGGCTGCTGTCGAGGAAGGTATTGTTGTTGGTGGTGGTTG

QA 1 223 1 223
DS 



AS 1 2

CO CL5652Contig1 358 2 1 U
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TTTTGTTATGCTCACAATTCTTCTGTTCGGAGAAACGGTGATTGCACAGAAAAGAAAACT
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GTATTGCCGATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTTATCTACACTAAAACTCAAA
AAATATTTTTAATAATACAACGACTTTGTCATAGAAATGAATAAAACTTTTAATAAAT


BQ
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AF RR1AJ46JQ C 1
AF RR1AJ46TF U 1
BS 1 358 RR1AJ46TF

RD RR1AJ46JQ 358 0 0
GGAAAACACTATCATTTCATTAGAAAATATGAAAAACGCGTTTAAACTTTCGCTTATTGG
TTTTGTTATGCTCACAATTCTTCTGTTCGGAGAAACGGTGATTGCACAGAAAAGAAAACT
ACCATGTTATTCAAACAAAATGGGAACATGTGAAATCAAGAGCTGCAAAGCTCACTGTGC
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GTATTGCCGATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTTATCTACACTAAAACTCAAA
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QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1AJ46TF 358 0 0
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ACCATGTTATTCAAACAAAATGGGAACATGTGAAATCAAGAGCTGCAAAGCTCACTGTGC
CCAAAAGCATAAAAAAATACTAATTGGTACTATGTGCATTACAGAAAAAGACGGGACAAC
GTATTGCCGATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTTATCTACACTAAAACTCAAA
AAATATTTTTAATAATACAACGACTTTGTCATAGAAATGAATAAAACTTTTAATAAAT

QA 1 358 1 358
DS 



AS 1 2

CO CL5653Contig1 1096 2 2 U
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TCTAGTCGCGACCCATAAGAGAATGCGAACCAAGAAAATAACAAAAGTAGAGACAAGCCT
TTTGATTTTCTGCACAAAAATTTTGGAAAGATATATCGTTTTACAAGTTTGTAGCCCGGA
ATTATACATCTTCGAAATCTATATGATTCCGTTCCTTTGGTAATAGGAACCCTAACTTCT
CCCATAACAATGTATGCATTAGCAAGTTGAAGCTGACCTCATCGATGAAGGGTCTATTAA
AAGGATTGAGGTATATTGCTCGCATCTTCGAGGATAATAAGGAACCAGAGATGCAGATTG
GAAAACCGACCGATGTGAAACATGTTGCTCATATAGGATGGGAAGGGCCCTCTGCTACGA
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ACTCACCTGCAGAGTCTCCATCAAGGGTAGGAGGTTCAACAAGGCCATCAAGACGAAGCA
CGGGTAAACAGAGAGAACAGAGCACGGGTTCAGGGTCGGAGTCAGGTTCAGGGTTAGACT
TACCTCAACAGAATGATCAGCCTGTGGGACAGAAACAAACGCGGCAGAAGAAGTCAAAAG
GAACAAAAGGAGGAGGAGGAGGATCGTCTGTTGGGCCTGCAAAGACAAAAGAAACAGATA
TATCCGTGCGTGCGGCTATTCCTTGTGTGGGAGGTCTTGGAAGTTCTACAGGAAGATGAG
AGATGAGAAAATGACAGTTTTTTTCTTCAAGTTTAGACTAGAGTGGTGGTTTTGTTTTTC
TTCTCATAATCTACACACTTTTGTCTTTTCTCTCCATCTTTTTTGAGATGTCTTTGCACA
ACTAGACCAGCTTTTTATCAGACGAGAGAGAGAGATAGACCTCTATGAGATTTCGATTGT
GTTGTCGCATTATGATTTTTTTTTTTGCTCAGTTAAACGCAACCACAGCTTTTAATATAT
TAAACAAAATTTATAT


BQ
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AF RR1DP43TF U 1
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DS 

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CTTGTGTGGGAGGTCTTGGAAGTTCTACAGGAAGATGAGAGATGAGAAAATGACAGTTTT
TTTCTTCAAGTTTAGACTAGAGTGGTGGTTTTGTTTTTCTTCTCATAATCTACACACTTT
TGTCTTTTCTCTCCATCTTTTTTGAGATGTCTTTGCACAACTAGACCAGCTTTTTATCAG
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TTTTTGCTCAGTTAAACGCAACCACAGCTTTTAATATATTAAACAAAATTTATAT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1DL76JQ C 1
AF RR1DL76TF U 1
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QA 1 357 1 357
DS 

RD RR1DL76TF 357 0 0
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CCATGACCGCCGTCATGGCTATTGAGGAAGCCGGAGCTCCTGCACCAGGACCCTCTTCCG
CCGCCTCGGTCGCCCTCCCGGCTCTTGGCTCTTTGGTCGGGGCTTCCCTCGCGTCCCTCT
TCAGCTACTACATGCACTAAGCTATATCTTTATGTAATAATACCATTTATGTGATCCTTT
TCATTTCCTACTTATTTCCATTTCACTTGTCAACTAATAAAACTGAGAAAGTAATTC

QA 1 357 1 357
DS 



AS 1 2

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AAACCAATTCTGGATGATAGAGATTATCCTCAGTTAATGGACCCGAGTTTACTAGCTGAC
AACGATGGTGACCAGATGGAGAGGATGGCGTTAGCTGCCACTCTTTGCATAAGACATAAT
CCTCAATCTAGGCCAGAGATGGGAATGGTTTTAGATCTTCTTAAAGGTGACATGGAGATG
CTAAAGTGGGCAAAGGAGGAAACTAGCAACGATTTAGAGGATTCAAAGCTGCTCAAAGAC
GAGAAACTGCATAGGTCAAATCTACTACAGTCACATCTAAACCTAGCGTTCCTTGACATG
GAAGACGACGCTCACTCCATGGTAAGCATGGATCAAGGCATCTCCGTGGAGGATTATCTT
AATGGCAGGGAAAGTCGCTCATCAAGCTTCAACTGAGCATTGTTCCATTTTTCAACAACA
ACAAAGCACAACTGAAAAAACTTTCCAAGCTGAGACAAGTCAAGACTCTCTCTTGTACGT
GACTCACAAGGTACCTGTGTCAATGTCAGAGTGTAAGTGTATATTATATTATGAAAGAAG
AAGTGTCTTTTCATTTGGATAGGGTGGTGGATGAGAGGTGGATGTGTTGTGGGTTCTATT
ACCCCTCCTCCCTGCCTTGGTTTAGAGTTATGGGGTCTGTTTTACAACTTTTGCATTTGT
TGGGGGCAAAATAGAAATGCAATATGTGCATTCCTTGATCCTAATGGATCAAAGTGAATT
TTCTTTGTCATGTATTTGCTCATACCTGTCACTGTCTAACATTATCTTCTTGAAATGCGT
TATTTCATTCATAGTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX79TF U 1
AF RR1BX79JQ C 327
BS 1 619 RR1BX79TF
BS 620 620 RR1BX79JQ
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BS 672 704 RR1BX79TF
BS 705 978 RR1BX79JQ

RD RR1BX79TF 715 0 0
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AAGATGAACAACAAGATAGATGTCTATGCATATGGTGTTGTACTCCTCGAGCTTCTTTCT
GGAAGAAAACCTATAAATAGCGAATCTCCAAAGGCTCGAGAGAGTCTTGTTACGTGGGCG
AAACCAATTCTGGATGATAGAGATTATCCTCAGTTAATGGACCCGAGTTTACTAGCTGAC
AACGATGGTGACCAGATGGAGAGGATGGCGTTAGCTGCCACTCTTTGCATAAGACATAAT
CCTCAATCTAGGCCAGAGATGGGAATGGTTTTAGATCTTCTTAAAGGTGACATGGAGATG
CTAAAGTGGGCAAAGGAGGAAACTAGCAACGATTTAGAGGATTCAAAGCTGCTCAAAGAC
GAGAAACTGCATAGGTCAAATCTACTACAGTCACATCTAAACCTAGCGTTCCTTGACATG
GAAGACGACGCTCACTCCATGGTAAGCATGGATCAAGGCATCTCCGTGGAGGATTATCTT
AATGGCAGGGAAAGTCGCTCATCAAGCTTCAACTGAGCATTGTTCCATTTTTCAACAACA
ACAAAGCACAACTGAAAAA*CTTTCCAAGCTGAGACAAGTCAAGACTCTCTCTTGTACGT
GACTCACAAG*TACCTGTGTCAATGTCAGAGTGTAAGTGTATAT
ATATATGAAAG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1BX79JQ 652 0 0
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CAACGATTTAGAGGATTCAAAGCTGCTCAAAGACGAGAAACTGCATAGGTCAAATTTACT
ACAGTCACATCTAAACCTAGCGTTCCTTGACATGGAAGACGACGCTCACTCCATGGTAAG
CATGGATCAAGGCATCTCCGTGGAGGATTATTTTAATGGCAGGGAAAGTCGCTCATCAAG
CTTCAACTGAGCATTGTTCCATTTTTCAACAACAACAAAGCACAACTGAAAAAACTTTCC
AAGCTGAGACAAGTCAAGACTCTTTTTTGTACGTGACTCACAAGGTACCTGTGTCAATGT
CAGAGTGTAAGTGTATATTATATTATGAAAGAAGAAGTGTCTTTTCATTTGGATAGGGTG
GTGGATGAGAGGTGGATGTGTTGTGGGTTCTATTACCCCTCCTCCCTGCCTTGGTTTAGA
GTTATGGGGTCTGTTTTACAACTTTTGCATTTGTTGGGGGCAAAATAGAAATGCAATATG
TGCATTCCTTGATCCTAATGGATCAAAGTGAATTTTCTTTGTCATGTATTTGCTCATACC
TGTCACTGTCTAACATTATCTTCTTGAAATGCGTTATTTCATTCATAGTGCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL5657Contig1 1144 2 2 U
GGGACGAAGAAATGGCGGGACTTCTAGCTTGGGCCGCCGACGTCGGTCGTCGGCAAAAAC
GGAAAAGATGAAAGCGACGAGAAGGATCGGATCCCGTTAGTTTTCACGGAGGAGCAGCAG
AAGTACGTCGATGAGCTTGGCCGAAAAGCGACAACGCTCAGGCGTTCGACCCAAGATCTG
CGGCTCAGATTGCCTCCACGGGACATCTCCAGCGCCTTCCTCATCTTCACGCTCACTCCT
TACTAAGGAGTCCTTAGCCTCCAATGCAGCCTCTCACTCTTCAGCTTGATTCCCACTCGT
GAACAGTCTCAAATGAGAGAGCAGAAGATGCTAGAAGATGTTGAGGGAAAGCTTGAAATT
TGAGCAAGAAGCTTCTCTAGATGAAAGGCAGACTCCAAGAGCTCTGGTGAATCTGTTACC
CAGCCTGATGGGGATTGTAAAGACCTAGCTGATACAGAGGCTATGAAGTCTTTTATTTTT
ATTTCTACTTTTTTTTTTGTTTTTTGCATGGAATTCTCTAATCATGTATACCTGACTTTG
GTGTTAGTCATTTGATTCTTTAGAGGTTAATGGAAGAGAAGGTTCAGGAGGTATGAGAGG
AGTTGGACTGTTATACAGGAAAGAGCACTTAAGCAGTCTTCTCCAGCTCAGAGAGAGAAG
ACACTGGATAAACAACTCCATACTCTAATCGAGCAATTAGCTGCAAAGCAGGGCACAAGC
AGAGGGGATTGTTGGTGAGATTCATTCGAATGAGATGGAGTTAGAGAGACTGAACAATTT
GTGGAGAAGATATGAGAGCTTTAACGTCGTCGAGGGGAACGCTGCAAGGAATAGATTCAA
ACCATGACATGAGGTTGATGCTCATTCCTACCTTCCATATTCAACTGCTACAAGAACTGA
GACCCAAAACAAGGCTCATGTATCTCAGGTCAGCTTTTGTGGCTTTGCACGTCCTCCTTT
TCATCAAGATTTCCTTTTGAGATATTATGTACGACTGCTTTAAGTTTGCATATAAAATTT
GTAGGAATATGATGACTGTTCGCAAATGGTTTTCCGTCCGTGCATATGAATGAATATACA
TGGGCAATCAAATACTAAGACTTCTACAGGAATCTTTCTTTTTGTATGATTTAAAATTGG
TCCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1FN14TF U 1
AF RR1FN14JQ C 354
BS 1 695 RR1FN14TF
BS 696 1144 RR1FN14JQ

RD RR1FN14TF 695 0 0
GGGACGAAGAAATGGCGGGACTTCTAGCTTGGGCCGCCGACGTCGGTCGTCGGCAAAAAC
GGAAAAGATGAAAGCGACGAGAAGGATCGGATCCCGTTAGTTTTCACGGAGGAGCAGCAG
AAGTACGTCGATGAGCTTGGCCGAAAAGCGACAACGCTCAGGCGTTCGACCCAAGATCTG
CGGCTCAGATTGCCTCCACGGGACATCTCCAGCGCCTTCCTCATCTTCACGCTCACTCCT
TACTAAGGAGTCCTTAGCCTCCAATGCAGCCTCTCACTCTTCAGCTTGATTCCCACTCGT
GAACAGTCTCAAATGAGAGAGCAGAAGATGCTAGAAGATGTTGAGGGAAAGCTTGAAATT
TGAGCAAGAAGCTTCTCTAGATGAAAGGCAGACTCCAAGAGCTCTGGTGAATCTGTTACC
CAGCCTGATGGGGATTGTAAAGACCTAGCTGATACAGAGGCTATGAAGTCTTTTATTTTT
ATTTCTACTTTTTTTTTTGTTTTTTGCATGGAATTCTCTAATCATGTATACCTGACTTTG
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AGTTGGACTGTTATACAGGAAAGAGCACTTAAGCAGTCTTCTCCAGCTCAGAGAGAGAAG
ACACTGGATAAACAACTCCATACTCTAATCGAGCA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1FN14JQ 791 0 0
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TGTTACCCAGCCTGATGGGGATTGTAAAGACCTAGCTGATACAGAGGCTATGAAGTCTTT
TATTTTTATTTCTACTTTTTTTTTTGTTTTTTGCATGGAATTCTCTAATCATGTATACCT
GACTTTGGTGTTAGTCATTTGATTCTTTAGAGGTTAATGGAAGAGAAGGTTCAGGAGGTA
TGAGAGGAGTTGGACTGTTATACAGGAAAGAGCACTTAAGCAGTCTTCTCCAGCTCAGAG
AGAGAAGACACTGGATAAACAACTCCATACTCTAATCGAGCAATTAGCTGCAAAGCAGGG
CACAAGCAGAGGGGATTGTTGGTGAGATTCATTCGAATGAGATGGAGTTAGAGAGACTGA
ACAATTTGTGGAGAAGATATGAGAGCTTTAACGTCGTCGAGGGGAACGCTGCAAGGAATA
GATTCAAACCATGACATGAGGTTGATGCTCATTCCTACCTTCCATATTCAACTGCTACAA
GAACTGAGACCCAAAACAAGGCTCATGTATCTCAGGTCAGCTTTTGTGGCTTTGCACGTC
CTCCTTTTCATCAAGATTTCCTTTTGAGATATTATGTACGACTGCTTTAAGTTTGCATAT
AAAATTTGTAGGAATATGATGACTGTTCGCAAATGGTTTTCCGTCCGTGCATATGAATGA
ATATACATGGGCAATCAAATACTAAGACTTCTACAGGAATCTTTCTTTTTGTATGATTTA
AAATTGGTCCC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL5658Contig1 753 2 2 U
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ATATCCATCACAGCCGCACATCGAAAATGTAACGCCACGAAATTATTCTACACCGTTAGA
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GAATTTCACTTAAGATTTTGTTTTGTTTTTGTTTACTCAACTGCTGGAAAGTTTTGGTTT
TTTTTTTTGTTCGTCTCTTATTAATTTTCTGCTTTTCCTTGGTACTTTTATCTTCCATTG
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TTTCGTAATGATCATATAACATGTTATGTTTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GQ68TF U 1
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C

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DS 

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QA 1 443 1 443
DS 



AS 1 2

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BQ
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BS 691 707 RR1E364JQ

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GGGTGGCAAGAGCACTCTGGACAACTGTCAGGTTCTGCAGGCAAAGGTAAACCGATCGAA
GGGAAATAAAACCGACATTTCTAGAGCCGAGCTTATCCAGAGGAGTTCCTACTGCCGAGT
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TTCGCTTATATTTGCGTACTTCTTTTTATTGTAAAGATGTATTGATCGAAAGAAAATGAA
AAGATTTATCAGG

QA 1 373 1 373
DS 



AS 1 2

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GGTAGTTGTTCCGTCTAGGAATGTTATTAGCTAAGCTGTATTGTAGATGCCCTTTCTCGA
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ATTGTTTTGTGACACCCAGTCTGATCTGCTTCTGCAGAATTGAGTGGTTTGCCAATGTCC
TCTGATCCTAATTTCAAATCATATGACTTGTGTTTTTATTGCAAAGTGGGGAATGAGGAT
GTTTATTAAACCATACGTCTGCAAATCTGAACTACTGTGTAGATTCATAGACATGCACTA
CCATCTGACCTCAGGTTTTCTAACTATTTTTTGCTTCTATTTTTCTTAAACCTGTTTTAT
AATTTGGTTTGCTGCAATCGATGATGAATAAAATCGTCCATATTTAATGATAATCCCATG
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TTTTCCTTGTAAGAAATTTTCAATGGTATTTGATGTACACTGTTAGGTTAGCGTTTCTCT
TGTCGTAGTTTGCAGGTTGCTTTTCATATCTTTTATATTGTTCTTTTGCAGGTTATTTAC
ATCTGAGACGGCAATATGTCTTCGATTTCATTTTTTGATGATGGATAATAACCAAGAAAT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU53TF U 1
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BS 627 989 RR1CU53JQ

RD RR1CU53TF 626 0 0
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ATTATTAAACACTAGATCACCATCTT

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DS 

RD RR1CU53JQ 723 0 0
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AATAAAATCGTCCATATTTAATGATAATCCCATGATTATTAAACACTAGATCACCATCTT
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TATTTGATGTACACTGTTAGGTTAGCGTTTCTCTTGTCGTAGTTTGCAGGTTGCTTTTCA
TATCTTTTATATTGTTCTTTTGCAGGTTATTTACATCTGAGACGGCAATATGTCTTCGAT
TTCATTTTTTGATGATGGATAATAACCAAGAAATATCTCTGTGAATTTTCTGTTGTTTCA
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GTTTGCTTTATTTTTATGTGATTGCAAGTTATAACATTTGATCAGAAATAACATTTGATC
AGG

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL5661Contig1 1205 2 2 U
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AATCCGGTTTTCTTCGACGGGTTTGTGGATTCTAATCCGATTCCATTACCTATCGGACCG
GAGATAACCATGGGTGATGAGTTGGATAAAATTCATGAAGATAGGTTGGTCATAAACGCC
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TTCTTGGATTATGACCCTGTTATGTCTCCGGATAATCCTTTCTCCGAACCCACAAAAGCT
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GTTGCAAAGAAGGTAACTGTGACGGGAGACGTAACACCATTAACTGTGTTGTCGACTATT
TCCAAAGTTAAAAACGCACAGTTCTGGCCTGAGATTATTAAGAAGTGAGTGATATCTTTC
TAATATGTTTTCTCTTCTTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTGCAAAAGGATTA
TACTTTGTTCTCTTTATGTCTGGAAGACAACCTCTGTGAAAATGGTGCTCTCTTTTATGA
GTTTGTGTTTGGTAATGGCATGGGAATTTCACAAATTTTATTTAGAGATTGCTATTAAGG
AATCC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1A848TF U 1
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BS 1 756 RR1A848TF
BS 757 1205 RR1A848JQ

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TCACCAATTGATTGTTTTAGCAGTGACACTCCTCAAGGCTCTTCAAGGTACTTATTGAGC
AATCCGGTTTTCTTCGACGGGTTTGTGGATTCTAATCCGATTCCATTACCTATCGGACCG
GAGATAACCATGGGTGATGAGTTGGATAAAATTCATGAAGATAGGTTGGTCATAAACGCC
TCTAAGTATCTCTCTTCTTCTTCTTTCTTGGAGAAGAAGCAACCTGATTTCTTCGATGGG
TTCTTGGATTATGACCCTGTTATGTCTCCGGATAATCCTTTCTCCGAACCCACAAAAGCT
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TTCTCTCCCCCACAACCTCCGCCACCTCCTCCTCCA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1A848JQ 650 0 0
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CAAGTGGTAGTTCTCAGAGTGTCACTTCACTGCAAAGGCTGTGCAGGGAAAGTCAAGAAA
CATCTTTCGAAATTGAAAGGAGTGACCTCGTTTAACATAGACTTCGTTGCAAAGAAGGTA
ACTGTGACGGGAGACGTAACACCATTAACTGTGTTGTCGACTATTTCCAAAGTTAAAAAC
GCACAGTTCTGGCCTGAGATTATTAAGAAGTGAGTGATATCTTTCTAATATGTTTTCTCT
TCTTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTGCAAAAGGATTATACTTTGTTCTCTTT
ATGTCTGGAAGACAACCTCTGTGAAAATGGTGCTCTCTTTTATGAGTTTGTGTTTGGTAA
TGGCATGGGAATTTCACAAATTTTATTTAGAGATTGCTATTAAGGAATCC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL5662Contig1 487 2 3 U
GGAATCTGCTGTGAGATAGCTTTCGATCTTGCTTCTCAATCTCGTCTCGTCGTCTCGAAT
CGATCAAAAGAATCGGAGAATGGCATCGACTGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGG
GATGACGTATATAACGTACTCAAACATCTGCGCGAATCTGGTCAGGAACTGTCTCAAAGA
ACCCTTCAAGGCTGAATCGATGAGCCGCGAGAAGGTTCACTTCTCCCTCTCCAAATGGGC
CGATGGAAAGCCCCAGAAACCAGTTTTGCGGTCAGACGCACCTCAAGTTTGAGGCTTTTG
ATCAAAGCATGGATGGATAAAAGGGATGCTGTAACGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTTGACAATTTGTTTCCTTCTGTTTGTTGTCTGCAATGAAAACTTTA
TGCTCAGGCAATCAATAATGAAAAACACTTCTTCTGTTTCTTGCTCAATACAAATTATTT
TTTTGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F008TF U 6
AF RR1FO33TF U 1
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GG
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TATATAACGTACTCAAACATCTGCGCGAATCTGGTCAGGAACTGTCTCAAAGAACCCTTC
AAGGCTGAATCGATGAGCCGCGAGAAGGTTCACTTCTCCCTCTCCAAATGGGCCGATGGA
AAGCCCCAGAAACCAGTTTTGCGGTCAGACGCACCTCAAGTTTGAGGCTTTTGATCAAAG
CATGGATGGATAAAAGGGATGCTGTAACGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
TGACAAT

QA 3 362 3 362
DS 

RD RR1FO33TF 487 0 0
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CGATCAAAAGAATCGGAGAATGGCATCGACTGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGG
GATGACGTATATAACGTACTCAAACATCTGCGCGAATCTGGTCAGGAACTGTCTCAAAGA
ACCCTTCAAGGCTGAATCGATGAGCCGCGAGAAGGTTCACTTCTCCCTCTCCAAATGGGC
CGATGGAAAGCCCCAGAAACCAGTTTTGCGGTCAGACGCACCTCAAGTTTGAGGCTTTTG
ATCAAAGCATGGATGGATAAAAGGGATGTTGTAACGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
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TGCTCAGGCAATCAATAATGAAAAACACTTCTTCTGTTTCTTGCTCAATACAAATTATTT
TTTTGTT

QA 1 487 1 487
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AGAGTCATGGATTCCTTGAAAGTCTTTTCAGGTATTTTAAATTTATTTTGTTTTTTTTTT
TTGATATCTCTGGTGTCTGGGCAGCCACTTTCCCAAATATCCCCCGAAGGGGTCCAGCGC
CCCAGCAGTAAGGATGTTAAATCGCTGTGGCCGGGTTTCGAAGCTGGGTGGCGGGCACCT
CAGCCGAGGTTCCATTACCACCAGGCTACGAAGCCCGGTTGTTAAATTTATTTTGTTGGT
TTTGTTTCTTTGTGTTGGGGGGAAGGAAAAAAAGACAGAACATTCTTTTTATTTTGTGTT
TGATGGCTTTGTGTGGTTATAAATTTTATGTCTGTAAAACCTACAAAGATTTGGCTTTGT
GTTATGGATGTGTGTTTGACAAATTTCTTTCAACATTTATTGTATTCATTCAATTAGC


BQ
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AF RR1BY66TF U 1
AF RR1BY66JQ C 183
BS 1 538 RR1BY66TF

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AGAGTCATGGATTCCTTGAAAGTCTTTTCAGGTATTTTAAATTTATTTTGTTTTTTTTTT
TTGATATCTCTGGTGTCTGGGCAGCCACTTTCCCAAATATCCCCCGAAGGGGTCCAGCGC
CCCAGCAGTAAGGATGTTAAATCGCTGTGGCCGGGTTTCGAAGCTGGGTGGCGGGCACCT
CAGCCGAGGTTCCATTACCACCAGGCTACGAAGCCCGGTTGTTAAATTTATTTTGTTGGT
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TGATGGCTTTGTGTGGTTATAAATTTTATGTCTGTAAAACCTACAAAGATTTGGCTTTGT
GTTATGGATGTGTGTTTGACAAATTTCTTTCAACATTTATTGTATTCATTCAATTAGC

QA 1 538 1 538
DS 

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CAGCAGTAAGGATGTTAAATCGCTGTGGCCGGGTTTCGAAGCTGGGTGGCGGGCACCTCA
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TGTTTCTTTGTGTTGGGGGGAAGGAAAAAAAGACAGAACATTCTTTTTATTTTGTGTTTG
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QA 1 356 1 356
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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CTCTTAATGAATTCGTATCACCTCCCTTTCTTTCTCTTCCTTTATAAACTGCTTCGTCTA
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AACAATGGGCCCTAACAGTTCTAAAGCTAAAGCGCATGAACCGTATCCTCCTCCAGTTAC
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TCTGCTGGGATATACATCCGGACCTCCACCTCAAACGCCTTCGCGTCCTCCTCACGAATG
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ATACAATCACTGCCCTGCTATCATGATCATAAGCAACGAACGAATCGTTCCAACTCCATC
TTTTTATCACCCCCTCTAATATGATTCTCTTAATCCAAACTCATTTCAATATATTGCTTT
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ATCCAAACGCTGGACTGAAAGTTCTTTTCAGTAATCGCTTTGCTAACGCCACTGTGAGTT
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GGTCTGAGAGAGTATCGGCTGTATTAGTGGTGGATGAAGCAATAGAATAGAACCAGGAGA
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GTCTAAGAACCCTACCTCAGCTCAAAGCGAAGCTTTCTTCCTCCCAATGGAAAATACATT
CTCGCGTACACATCGTTCGTGGGATAAATCCTGTTAGTAAAAGTCGATGAGATCTCACCA
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TCATACTTTTGTGGTTACGCAATATCGCATTGAATCCCAAATTCTACATTTGTTTATGTA
ACAAGAATAAACTTAGATTATGAAAATGCGATCAAC


BQ
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AF RR1B859TF U 1
AF RR1B859JQ C 463
BS 1 818 RR1B859TF
BS 819 1236 RR1B859JQ

RD RR1B859TF 818 0 0
GGATAGTAAACTTCTGTTACAGCTTTGATCTCTTCAACAATCTATTAATTCTTCACTCCC
CTCTTAATGAATTCGTATCACCTCCCTTTCTTTCTCTTCCTTTATAAACTGCTTCGTCTA
AACTTACTTACAAAGAAACCCAAAACTCTTCTAAGCAAGTTATGACGACGAAACCCAATC
AACAATGGGCCCTAACAGTTCTAAAGCTAAAGCGCATGAACCGTATCCTCCTCCAGTTAC
CAATCTGAGTATCTTCTGCTGGGATATACATACGGACATCCAAATGAGGTTGACATCAGA
AGGAAGGAGCTGCTTCCGGTGTTTGACAAGTTTCACAGTGTTTATTCCAAGGATTTCCCG
TGGAAAGAGATTCTTCTTCTTCTTCTTCTGAGCCTGGACGAGTTACCAATCTGAGTATCT
TCTGCTGGGATATACATCCGGACCTCCACCTCAAACGCCTTCGCGTCCTCCTCACGAATG
AGCCTATCAGGAGTACTTCTCAGTAGGCTTTCCGCCTCTGCCTCAACCTCCACTGCAGCA
ATACAATCACTGCCCTGCTATCATGATCATAAGCAACGAACGAATCGTTCCAACTCCATC
TTTTTATCACCCCCTCTAATATGATTCTCTTAATCCAAACTCATTTCAATATATTGCTTT
AGATTCCTAATGTTCAATGTAATTTTTGCAGGAAGAAAATTGTAAAGGCAGTCACTGCAG
ATCCAAACGCTGGACTGAAAGTTCTTTTCAGTAATCGCTTTGCTAACGCCACTGTGAGTT
CATCTTTCACTTTATCTGGCGAATTTTATAGCCAGGAT

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR1B859JQ 774 0 0
GCGTCCTCCTCACGAATGAGCCTATCAGGAGTACTTCTCAGTAGGCTTTCCGCCTCTGCC
TCAACCTCCACTGCAGCAATACAATCACTGCCCTGCTATCATGATCATAAGCAACGAACG
AATCGTTCCAACTCCATCTTTTTATCACCCCCTCTAATATGATTCTCTTAATCCAAACTC
ATTTCAATATATTGCTTTAGATTCCTAATGTTCAATGTAATTTTTGCAGGAAGAAAATTG
TAAAGGCAGTCACTGCAGATCCAAACGCTGGACTGAAAGTTCTTTTCAGTAATCGCTTTG
CTAACGCCACTGTGAGTTCATCTTTCACTTTATCTGGCGAATTTTATAGCCAGGATTCAG
GATGTAGAATATGAGTGGGGTCTGAGAGAGTATCGGCTGTATTAGTGGTGGATGAAGCAA
TAGAATAGAACCAGGAGACAGAGGTTCTAAAGCGATTAGAGTTGTTGTACTGAACATATC
TCTAATTGCGCAGCTTAAGTCTAAGAACCCTACCTCAGCTCAAAGCGAAGCTTTCTTCCT
CCCAATGGAAAATACATTCTCGCGTACACATCGTTCGTGGGATAAATCCTGTTAGTAAAA
GTCGATGAGATCTCACCATCGACAAATATTCTGGTAATCAAAGCTTTGAATTAAATGATA
TCAGAAAACATTTTGGATTCATACTTTTGTGGTTACGCAATATCGCATTGAATCCCAAAT
TCTACATTTGTTTATGTAACAAGAATAAACTTAGATTATGAAAATGCGATCAAC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL5668Contig1 348 2 1 U
GGTGCAGCAGAGCCGTGGATGGGTCCATTACGCCATTCATCGTCCAGAGCCACACATCAT
GTTGTTCAGGAGGACTCTCAATTACCAGCAGCAGCAGCAGGAGAACCAAGCTCAAAACCT
GCTCGCTAAGTGAATCTGAGTTGTGCTGCGCTACAAACATTGGTTTGTTGTTAGCTATTA
TGTTTCTTGTAAACATGGGTTTGTGAACCACAACCTCTAATAACTTTGTGTTCATGTTAT
CTATCCTTGGTTGGAGAAAAACATGCGAGTGAATGAGTGATAATCTGACTACTTTGATGT
TATGCATTGTCTTTGTTCATCATGGATTATATCTTCTTCTTTCTGCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GE30JQ C 1
AF RR1GE30TF U 1
BS 1 348 RR1GE30TF

RD RR1GE30JQ 348 0 0
GGTGCAGCAGAGCCGTGGATGGGTCCATTACGCCATTCATCGTCCAGAGCCACACATCAT
GTTGTTCAGGAGGACTCTCAATTACCAGCAGCAGCAGCAGGAGAACCAAGCTCAAAACCT
GCTCGCTAAGTGAATCTGAGTTGTGCTGCGCTACAAACATTGGTTTGTTGTTAGCTATTA
TGTTTCTTGTAAACATGGGTTTGTGAACCACAACCTCTAATAACTTTGTGTTCATGTTAT
CTATCCTTGGTTGGAGAAAAACATGCGAGTGAATGAGTGATAATCTGACTACTTTGATGT
TATGCATTGTCTTTGTTCATCATGGATTATATCTTCTTCTTTCTGCCT

QA 1 348 1 348
DS 

RD RR1GE30TF 348 0 0
GGTGCAGCAGAGCCGTGGATGGGTCCATTACGCCATTCATCGTCCAGAGCCACACATCAT
GTTGTTCAGGAGGACTCTCAATTACCAGCAGCAGCAGCAGGAGAACCAAGCTCAAAACCT
GCTCGCTAAGTGAATCTGAGTTGTGCTGCGCTACAAACATTGGTTTGTTGTTAGCTATTA
TGTTTCTTGTAAACATGGGTTTGTGAACCACAACCTCTAATAACTTTGTGTTCATGTTAT
CTATCCTTGGTTGGAGAAAAACATGCGAGTGAATGAGTGATAATCTGACTACTTTGATGT
TATGCATTGTCTTTGTTCATCATGGATTATATCTTCTTCTTTCTGCCT

QA 1 348 1 348
DS 



AS 1 2

CO CL5669Contig1 201 2 1 U
GCTCGATGGATGGTGTGGTTCCATGGACTCGTGAAGATGAGTTCAAAGTTGTTTTATACT
TTTGATTACGTAGTTTGAGTGGTGAAACATAAGATTGTGTTTATGTCTTATTGTATGTAT
CTTTGTTCCATCTCGATTCAAAAGTAATCATGTTTGTTATGCTTATACTTTTTTTTAGAG
ATGTGGTCTTCTCTTTATTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AM90JQ C 1
AF RR1AM90TF U 1
BS 1 201 RR1AM90TF

RD RR1AM90JQ 201 0 0
GCTCGATGGATGGTGTGGTTCCATGGACTCGTGAAGATGAGTTCAAAGTTGTTTTATACT
TTTGATTACGTAGTTTGAGTGGTGAAACATAAGATTGTGTTTATGTCTTATTGTATGTAT
CTTTGTTCCATCTCGATTCAAAAGTAATCATGTTTGTTATGCTTATACTTTTTTTTAGAG
ATGTGGTCTTCTCTTTATTCC

QA 1 201 1 201
DS 

RD RR1AM90TF 201 0 0
GCTCGATGGATGGTGTGGTTCCATGGACTCGTGAAGATGAGTTCAAAGTTGTTTTATACT
TTTGATTACGTAGTTTGAGTGGTGAAACATAAGATTGTGTTTATGTCTTATTGTATGTAT
CTTTGTTCCATCTCGATTCAAAAGTAATCATGTTTGTTATGCTTATACTTTTTTTTAGAG
ATGTGGTCTTCTCTTTATTCC

QA 1 201 1 201
DS 



AS 1 2

CO CL5670Contig1 357 2 1 U
AGGGACTCGATTTCACTGTAAGCTTCTTGAGCACCCGCCGCATCAATATCCAACAGAATG
GATTCTCAGATCAAGCATGCTGTGGTAGTGAAAGTGATGGGGAGGACTGGTTCGCGTGGT
CAGGTGACTCAGGTGAGAGTGAAGTTCACTGACTCAGACCGTTTTATCATGAGGAATGTG
AAAGGACCTGTGAGGGAAGGAGACATCCTCACTCTCCTCGAGTCCGAGAGAGAAGCCAGA
AGACTCCGTTGATTCTTACATTTTGATGGTCATTTAGTTTCTTCTTTTTTTGTCGAAGTA
TCTGCTCTGTTTTAATTATTAAGACAATGTCTCGTCTAGAAATGAAATTTTGAAGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D355JQ C 1
AF RR1D355TF U 1
BS 1 357 RR1D355TF

RD RR1D355JQ 357 0 0
AGGGACTCGATTTCACTGTAAGCTTCTTGAGCACCCGCCGCATCAATATCCAACAGAATG
GATTCTCAGATCAAGCATGCTGTGGTAGTGAAAGTGATGGGGAGGACTGGTTCGCGTGGT
CAGGTGACTCAGGTGAGAGTGAAGTTCACTGACTCAGACCGTTTTATCATGAGGAATGTG
AAAGGACCTGTGAGGGAAGGAGACATCCTCACTCTCCTCGAGTCCGAGAGAGAAGCCAGA
AGACTCCGTTGATTCTTACATTTTGATGGTCATTTAGTTTCTTCTTTTTTTGTCGAAGTA
TCTGCTCTGTTTTAATTATTAAGACAATGTCTCGTCTAGAAATGAAATTTTGAAGAC

QA 1 357 1 357
DS 

RD RR1D355TF 357 0 0
AGGGACTCGATTTCACTGTAAGCTTCTTGAGCACCCGCCGCATCAATATCCAACAGAATG
GATTCTCAGATCAAGCATGCTGTGGTAGTGAAAGTGATGGGGAGGACTGGTTCGCGTGGT
CAGGTGACTCAGGTGAGAGTGAAGTTCACTGACTCAGACCGTTTTATCATGAGGAATGTG
AAAGGACCTGTGAGGGAAGGAGACATCCTCACTCTCCTCGAGTCCGAGAGAGAAGCCAGA
AGACTCCGTTGATTCTTACATTTTGATGGTCATTTAGTTTCTTCTTTTTTTGTCGAAGTA
TCTGCTCTGTTTTAATTATTAAGACAATGTCTCGTCTAGAAATGAAATTTTGAAGAC

QA 1 357 1 357
DS 



AS 1 2

CO CL5671Contig1 1026 2 4 U
GGCACCCAAGGAGGTATCCACCTCATGGTTCCAAAGAAGCAAGGAAAGTTGTGGTACGCC
ATTGTCAGCCAAACCAGGGGCACGCCATTGTCCAATGCTTAGGCCAGAAAAGTGACATCC
CAAAGGCCATTGATATGAGTAGAAGTGTTGGCCAAAACACTTTCATCAGGATCAAACCAA
AACCAGTGCAAGATACTATGCAAGTAAAGGCTAAGGTATTAAATAGCCTATATCCCACGG
AGATGACACACCAAGAGCAAGCTTTCTAATGGAGCAGAAGGAAAAGCAATCAAAGTTGCT
TAAAGAAGCAAAACCAGTAACAAAAGTATCAAACCAAGGTAAGTGTCTAACAAAAGTATC
ACGGAGGAAGAAGTTATGAATTTTACAAACCGTAGGTTCTCCAGCCAGTCCATCTGCGAG
CACCAGACTTTAGAAGATGATTTCAGCCCGACCATGGAGCGGCCCTTTCCAGAATCAATC
ATGGGCTTCAAGAGTGATTTATTAGCTATCCATAGATACCAAAATCAGGCGAATTGGTCA
AGTGAAAACCAAGATACAATCAATTTCCCAAAACCGGCCAAACCGACATCAATTTGGGAA
AGTTGCCAACCAATTCGATGTGGTCCGACCCAAACCTATTTGTGGAAACCAGGAGATACT
CTAAGCCAACCAGAAGACATACAAGACTCTATGCCATGCACCAGCAGCCAGAGTATCAGG
AGGATTCTCATGCAATCACACTTACCATATTTGGAGCAAACCGACATTAATGTCCAACAG
CTCTTTTCTGCTCAAACCAGGAACGTGATCAGCTCCTATCTAGCCATAAAGAAGATTCTC
AGGATGCTTTTCTATCCTCTCAAACCATCCAGATTCAAGAAGAAGAAAGATCTCCATTTA
TGGCCCAAGCAAATCACCTCCAACAGCCATATTCCCTCCTAGATCAGCTCCATTGAAGAC
CAAACTTTATTTTCAAGTTATTAGCTTTCCTTTTATTGTTTGTGACCGTTTGGTCTTGTT
CAGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR83TF U 1
AF RR1FR83JQ C 368
BS 1 719 RR1FR83TF
BS 720 720 RR1FR83JQ
BS 721 737 RR1FR83TF
BS 738 1026 RR1FR83JQ

RD RR1FR83TF 737 0 0
GGCACCCAAGGAGGTATCCACCTCATGGTTCCAAAGAAGCAAGGAAAGTTGTGGTACGCC
ATTGTCAGCCAAACCAGGGGCACGCCATTGTCCAATGCTTAGGCCAGAAAAGTGACATCC
CAAAGGCCATTGATATGAGTAGAAGTGTTGGCCAAAACACTTTCATCAGGATCAAACCAA
AACCAGTGCAAGATACTATGCAAGTAAAGGCTAAGGTATTAAATAGCCTATATCCCACGG
AGATGACACACCAAGAGCAAGCTTTCTAATGGAGCAGAAGGAAAAGCAATCAAAGTTGCT
TAAAGAAGCAAAACCAGTAACAAAAGTATCAAACCAAGGTAAGTGTCTAACAAAAGTATC
ACGGAGGAAGAAGTTATGAATTTTACAAACCGTAGGTTCTCCAGCCAGTCCATCTGCGAG
CACCAGACTTTAGAAGATGATTTCAGCCCGACCATGGAGCGGCCCTTTCCAGAATCAATC
ATGGGCTTCAAGAGTGATTTATTAGCTATCCATAGATACCAAAATCAGGCGAATTGGTCA
AGTGAAAACCAAGATACAATCAATTTCCCAAAACCGGCCAAACCGACATCAATTTGGGAA
AGTTGCCAACCAATTCGATGTGGTCCGACCCAAACCTATTTGTGGAAACCAGGAGATACT
CTAAGCCAACCAGAAGACATACAAGACTCTATGCCATGCACCAGCAGCCAGAGTATCAG*
AGGATTCTCATGCAATC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1FR83JQ 659 0 0
AAGAAGTTATGAATTTTACAAACCGTAGGTTCTCCAGCCAGTCCATCTGCGAGCACCAGA
CTTTAGAAGATGATTTCAGCCCGACCATGGAGCGGCCCTTTCCAGAATCAATCATGGGCT
TCAAGAGTGATTTATTAGCTATCCATAGATACCAAAATCAGGCGAATTGGTCAAGTGAAA
ACCAAGATACAATCAATTTCCCAAAACCGGCCAAACCGACATCAATTTGGGAAAGTTGCC
AACCAATTCGATGTGGTCCGACCCAAACCTATTTGTGGAAACCAGGAGATACTTTAAGCC
AACCAGAAGACATACAAGACTTTATGCCATGCACCAGCAGCCAGAGTATCAGGAGGATTC
TCATGCAATCACACTTACCATATTTGGAGCAAACCGACATTAATGTCCAACAGCTCTTTT
CTGCTCAAACCAGGAACGTGATCAGCTCCTATCTAGCCATAAAGAAGATTCTCAGGATGC
TTTTCTATCCTCTCAAACCATCCAGATTCAAGAAGAAGAAAGATCTCCATTTATGGCCCA
AGCAAATCACCTCCAACAGCCATATTCCCTCCTAGATCAGCTCCATTGAAGACCAAACTT
TATTTTCAAGTTATTAGCTTTCCTTTTATTGTTTGTGACCGTTTGGTCTTGTTCAGAGT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL5672Contig1 477 2 4 U
GGAGTTCTTAGGTAAGGAATGTAGAATGTGTGTGTGAGATTGTAAGATAGAGAGAAGGTG
ATAAGTGAGAGAGAGAGAAAAATGAAGTTCTTGTTCCAGTGTCCATGCTGCTCTTGCTTC
TGCTTCATGAAACCAAAGCAGGGTAAACCAAAAGCTGTAGATTCAAAACCAAAGGAAGAG
AAGAAAAAAGAGGAGAAGAAGCCTGAGAAGAAAGAAGAAAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAA
GAGAAGAAAGAAACCAAAGCAGAGAAGGCCGAGTGAAAGCTCTACTCTCAAGAAAACGTA
ATTGATTATCCAGTTTTATTTTAATTTCGATGCTATGTGATGCTTGAGTAACTTGTAATT
TTTCTTGATTAATAAATTGTCTTTTTTTTGCCAATATGGTTTATCTCTATTTTATCAGTG
ATGCTCGTTTGATATGTGTACTCTTATGAATTCGTGAAAGCTATGATTATTGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CY93TF U 1
AF RR1CQ26TF U 30
BS 1 229 RR1CY93TF
BS 230 230 RR1CQ26TF
BS 231 392 RR1CY93TF
BS 393 477 RR1CQ26TF

RD RR1CY93TF 392 0 0
GGAGTTCTTAGGTAAGGAATGTAGAATGTGTGTGTGAGATTGTAAGATAGAGAGAAGGTG
ATAAGTGAGAGAGAGAGAAAAATGAAGTTCTTGTTCCAGTGTCCATGCTGCTCTTGCTTC
TGCTTCATGAAACCAAAGCAGGGTAAACCAAAAGCTGTAGATTCAAAACCAAAGGAAGAG
AAGAAAAAAGAGGAGAAGAAGCCTGAGAAGAAAGAAGAAAAGAAAGAAGGGAAGAAAGAA
GAGAAGAAAGAAACCAAAGCAGAGAAGGCCGAGTGAAAGCTCTACTCTCAAGAAAACGTA
ATTGATTATCCAGTTTTATTTTAATTTCGATGCTATGTGATGCTTGAGTAACTTGTAATT
TTTCTTGATTAATAAATTGTCTTTTTTTTGCC

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR1CQ26TF 448 0 0
GG
GTGTGAGATTGTAAGATAGAGAGAAGGTGATAAGTGAGAGAGAGAGAAAAATGAAGTTCT
TGTTCCAGTGTCCATGCTGCTCTTGCTTCTGCTTCATGAAACCAAAGCAGGGTAAACCAA
AAGCTGTAGATTCAAAACCAAAGGAAGAGAAGAAAAAAGAGGAGAAGAAGCCTGAGAAGA
AAGAAGAAAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAACCAAAGCAGAGAAGGCCG
AGTGAAAGCTCTACTCTCAAGAAAACGTAATTGATTATCCAGTTTTATTTTAATTTCGAT
GCTATGTGATGCTTGAGTAACTTGTAATTTTTCTTGATTAATAAATTGTCTTTTTTTTGC
CAATATGGTTTATCTCTATTTTATCAGTGATGCTCGTTTGATATGTGTACTCTTATGAAT
TCGTGAAAGCTATGATTATTGTTCCC

QA 3 448 3 448
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5674Contig1 856 2 2 U
GGGTCGAGCAGCAGTAGCAGCAGCCCTGTTGTCAGGTTGAGACGCCATGGGAAGAAGACC
GGCTAGGTGTTACCGTCAGATCAAGGGTAAACCATACCCTAAATCTCGCTACTGCCGTGG
TGTCCCTGATCCCAAGATCAGGATCTACGATGTCGGAATGAAGAGGAAGGGTGTCGATGA
GTTCCCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCATGGGAGAAGGAGAACGTCTCAAGCGAAGCACT
CGAAGCTGCGCGTATCGCTTGCAACAAGTACATGGTGAAATCCGCTGGGAAAGATGCGTT
CCATCTCAGGATTAGGGTTCACCCTTTCCATGTTTTGAGGATCAACAAGATGCTTTCGTG
TGCTGGAGCTGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGAGGTGCTTTTGGAAAGGCGTTGGGTAC
TTGTGCTCGTGTTGCGATTGGTAGGTGCTTTTGTCTGTGAGGTGCGAGGATGCTCATGGT
CATCATGCTCAAGAGGCTTTGAGGAGGGCTAAGTTTAAGTTCCCCGGTCGTCAGAAGATT
ATCGTCAGCAGGAAATGGGGTTTTACCAAGTTTAACAGAGCAGACTTTACCAAGTTGAGG
CAAGAGAAGCGTGTTGTCCCTGATGGTGTTAATGCTAAGTTCCTCTCATGTCATGGACCT
TTGGCTAACCGTCAGCCGGGAAGTGCATTTTTGCCAGCCACCTATTAAAGTTTCAGGACT
GTAGTCTACTCTTTCCTCTCCCGTCAAGAGTTATATTGAGTCCGAATCATTTTACTTTTA
TCCTTGAAATTATTGTTAAGTTTTTTAGTTTGGACACATTCAGTATTATGAATCTTTGTG
AAATGATATTTTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G236TF U 1
AF RR1G236JQ C 102
BS 1 302 RR1G236TF
BS 303 856 RR1G236JQ

RD RR1G236TF 302 0 0
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GGCTAGGTGTTACCGTCAGATCAAGGGTAAACCATACCCTAAATCTCGCTACTGCCGTGG
TGTCCCTGATCCCAAGATCAGGATCTACGATGTCGGAATGAAGAGGAAGGGTGTCGATGA
GTTCCCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCATGGGAGAAGGAGAACGTCTCAAGCGAAGCACT
CGAAGCTGCGCGTATCGCTTGCAACAAGTACATGGTGAAATCCGCTGGGAAAGATGCGTT
CC

QA 1 302 1 302
DS 

RD RR1G236JQ 755 0 0
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AGAGGAAGGGTGTCGATGAGTTCCCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCATGGGAGAAGGAGA
ACGTCTCAAGCGAAGCACTCGAAGCTGCGCGTATCGCTTGCAACAAGTACATGGTGAAAT
CCGCTGGGAAAGATGCGTTCCATCTCAGGATTAGGGTTCACCCTTTCCATGTTTTGAGGA
TCAACAAGATGCTTTCGTGTGCTGGAGCTGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGAGGTGCTT
TTGGAAAGGCGTTGGGTACTTGTGCTCGTGTTGCGATTGGTAGGTGCTTTTGTCTGTGAG
GTGCGAGGATGCTCATGGTCATCATGCTCAAGAGGCTTTGAGGAGGGCTAAGTTTAAGTT
CCCCGGTCGTCAGAAGATTATCGTCAGCAGGAAATGGGGTTTTACCAAGTTTAACAGAGC
AGACTTTACCAAGTTGAGGCAAGAGAAGCGTGTTGTCCCTGATGGTGTTAATGCTAAGTT
CCTCTCATGTCATGGACCTTTGGCTAACCGTCAGCCGGGAAGTGCATTTTTGCCAGCCAC
CTATTAAAGTTTCAGGACTGTAGTCTACTCTTTCCTCTCCCGTCAAGAGTTATATTGAGT
CCGAATCATTTTACTTTTATCCTTGAAATTATTGTTAAGTTTTTTAGTTTGGACACATTC
AGTATTATGAATCTTTGTGAAATGATATTTTTGCT

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL5675Contig1 700 2 3 U
GGTATGTAAATGAGATTTTCATTCAATGTTATTCTGAATTTTCCAAACACCAAAAGTTTC
AGGAGAAGAATAGCAATGCGTGGATACAGATACTAGTAAAACAACTAGGACAAGGACAAA
GTAGAAGATTCTTGAGACATTAAAAGAAAATGACAGGAAAAATATGAAGACAACAAACAC
AAAGCCTTTATGGTTTTAACTTTCATTGAGAGGTGGCTATTATACTAAATTACTTCTTCA
GTCCCACGAGCTCTTCAATGAGTTCAGCAGCTTGCTCCACAGTTGCAATCTTCTGTGCTC
TCTCTTCCGCCATTTCGATATCAAACGCTTCCTCTAAACCCATCACTATCTCAACCGTGT
CGAGAGAATCTGCTCCAAGATCAGCAAACTTGGTTTCCACAACGACTTTTTGATCGTCTT
TGAGTGATAGTTGCTTCTTGACAATCTCAAACACTTTCGCTACAGTCTCCGGTTTGGCCG
CGCAAGAGACTGAGAGACGAGTGGGGATTGAACGGCGTACGTTGAAGGAAAGATTAGTCC
TTGCCAAAGCTGGCTTCTGGAGACTAATCCTTGATGGTGTTGCCAGAGAAGTGGCTTGCA
TGGAGACAGAGGCGCTGAAAGTGGTCGCCATTGTCGTTGTTCACGAGAGAGATCTGCTCG
AGAGAGAGATGGGAAAGATGGCGGAGTGTACAAAGAGCCC


BQ
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AF RR1CX34JQ U 130
AF RR1CX34TF C 1
BS 1 129 RR1CX34TF
BS 130 481 RR1CX34JQ
BS 482 700 RR1CX34TF

RD RR1CX34JQ 355 0 0
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ATGGTTTTAACTTTCATTGAGAGGTGGCTATTATACTAAATTACTTCTTCAGTCCCACGA
GCTCTTCAATGAGTTCAGCAGCTTGCTCCACAGTTGCAATCTTCTGTGCTCTCTCTTCCG
CCATTTCGATATCAAACGCTTCCTCTAAACCCATCACTATCTCAACCGTGTCGAGAGAAT
CTGCTCCAAGATCAGCAAACTTGGTTTCCACAACGACTTTTTGATCGTCTTTGAGTGATA
GTTGCTTCTTGACAATCTCAAACACTTTCGCTACAGTCTCCGGTTTGGCCGC
CCA

QA 1 352 1 352
DS 

RD RR1CX34TF 700 0 0
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AGGAGAAGAATAGCAATGCGTGGATACAGATACTAGTAAAACAACTAGGACAAGGACAAA
GTAGAAGATTCTTGAGACATTAAAAGAAAATGACAGGAAAAATATGAAGACAACAAACAC
AAAGCCTTTATGGTTTTAACTTTCATTGAGAGGTGGCTATTATACTAAATTACTTCTTCA
GTCCCACGAGCTCTTCAATGAGTTCAGCAGCTTGCTCCACAGTTGCAATCTTCTGTGCTC
TCTCTTCCGCCATTTCGATATCAAACGCTTCCTCTAAACCCATCACTATCTCAACCGTGT
CGAGAGAATCTGCTCCAAGATCAGCAAACTTGGTTTCCACAACGACTTTTTGATCGTCTT
TGAGTGATAGTTGCTTCTTGACAATCTCAGACACTTTCGCTACAGTCTCCGGTTTGGCCG
CGCAAGAGACTGAGAGACGAGTGGGGATTGAACGGCGTACGTTGAAGGAAAGATTAGTCC
TTGCCAAAGCTGGCTTCTGGAGACTAATCCTTGATGGTGTTGCCAGAGAAGTGGCTTGCA
TGGAGACAGAGGCGCTGAAAGTGGTCGCCATTGTCGTTGTTCACGAGAGAGATCTGCTCG
AGAGAGAGATGGGAAAGATGGCGGAGTGTACAAAGAGCCC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL5676Contig1 1052 2 2 U
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ATCTCTATGCCAATGATGCTTTCGGAACTGCTCACAGAGCTCATGCTTCCACTGAAGGAG
TCACTAAGTTCTTGAAGCCTTCTGTTGCTGGCTTCCTTCTCCAAAAGGAGCTTGATTACC
TTGTGGGAGCGGTTTCAAACCCAAAGAGACCATTTGCAGCCATAGTGGGTGGTTCCAAGG
TCTCGTCCAAGATTGGAGTTATTGAATCGCTTCTTGAGAAGTGTGACATCCTTCTTCTTG
GCGGTGGAATGATCTTTACATTCTACAAGGCGCAGGGTCTCTCTGTTGGCTCGTCACTTG
TCGAAGAAGACAAACTCGAACTGGCTACATCTCTCCTCGCCAAAGCTAAGGCCAAAGGCG
TCTCTCTTTTGTTGCCAACCGATGTTGTGGTTGCTGACAAGTTCGCTGCTGATGCCAACA
GCAAGGTTGTGTTTGCATCAGGCATTGAGGACGGATGGATGGGATTAGAAGTTTGCTGCA
GGGACAGAGGCGGTTGCGAATAAACTATCAGAGCTAAGTGAAAAAGGAGTGACGACTATA
ATAGGAGGAGGAGACTCAGTGGCTGCAGTGGAGAAAGTAGGAGTTGCAGGTGTCATGAGT
CACATCTCCACTGGTGGTGGAGCCAGCTTGGAGCTTTTGGAAGGCAAAGTACTTCCCGGT
GTCATCGCCCTTGATGAGGCTTAATAGAAACTTTAGAACATTTTGATCAGGAACAAACTA
TGTATAACCATTGAGTTTCTTTTGCTGCAAATCTATGAGTATTCAATACTTCTGACTTTA
TATTCAAAAAAAACTCATACTCCCTCCGTTTC


BQ
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AF RR1D077TF U 1
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GGCTGTCTGAGCTTCTTGGTATTGAGGTCAAGAAAGCTGACGACTGTATTGGTCCTGAAG
TTGAAAGCTTGGTGGGTTCTCTCCCTGAAGGTGGAGTTTTGCTTCTTGAGAACGTTAGGT
TTTACAAGGAGGAAGAGAAGAACGATCCAGAGTTCGCCAAGAAGCTTGCTTCGTTAGCTG
ATCTCTATGCCAATGATGCTTTCGGAACTGCTCACAGAGCTCATGCTTCCACTGAAGGAG
TCACTAAGTTCTTGAAGCCTTCTGTTGCTGGCTTCCTTCTCCAAAAGGAGCTTGATTACC
TTGTGGGAGCGGTTTCAAACCCAAAGAGACCATTTGCAGCCATAGTGGGTGGTTCCAAGG
TCTCGTCCAAGATTGGAGTTATTGAATCGCTTCTTGAGAAGTGTGACATCCTTCTTCTTG
GCGGTGGAATGATCTTTACATTCTACAAGGCGCAGGGTCTCTCTGTTGGCTCGTCACTTG
TCGAAGAAGACAAACTCGAACTGGCTACATCTCTCCTCGCCAAAGCTAAGGCCAAAGGCG
TCTCTCTTTTGTTGCCAACCGATGTTGTGGTTGCTGACAAGTTCGCTGCTGATGCCAACA
GCAAG
TTGTGTCTGCA

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DS 

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TTTTGTTGCCAACCGATGTTGTGGTTGCTGACAAGTTCGCTGCTGATGCCAACAGCAAGG
TTGTGTTTGCATCAGGCATTGAGGACGGATGGATGGGATTAGAAGTTTGCTGCAGGGACA
GAGGCGGTTGCGAATAAACTATCAGAGCTAAGTGAAAAAGGAGTGACGACTATAATAGGA
GGAGGAGACTCAGTGGCTGCAGTGGAGAAAGTAGGAGTTGCAGGTGTCATGAGTCACATC
TCCACTGGTGGTGGAGCCAGCTTGGAGCTTTTGGAAGGCAAAGTACTTCCCGGTGTCATC
GCCCTTGATGAGGCTTAATAGAAACTTTAGAACATTTTGATCAGGAACAAACTATGTATA
ACCATTGAGTTTCTTTTGCTGCAAATCTATGAGTATTCAATACTTCTGACTTTATATTCA
AAAAAAACTCATACTCCCTCCGTTTC

QA 1 446 1 446
DS 



AS 1 2

CO CL5677Contig1 1323 2 4 U
AAAGCGTCATTCTTACGTTTTATAGCTTCACAGAGAAAAACAAAAAAAAAAAACAAAAAG
GGAGAAACTCTTTTGAAAGCAAATCATCATCTTCTTTTTCTATATTTCAACGACACTTTC
AACCAACACTTCTTATCTTTAGTTGTTGTTTCTTTGTTCTCTTAAGATCTCTTTTTTTAA
AGTCTTATCCTTTGGGTTTTGATTAGATATCACTTTCTTTCTGATCTGGGTTTTCCTCTC
TGTGCCGGGTTTAGTTGTTAGATCAGTTGAAAGTACCAATAAAGATTAGAAAAGAGTAGC
CCTTTATAGGTTTTATTGGGGTTTTGTCTCATTTTGAGAAATGGGTTCACAGGTGAGTCT
CTGTTTCTCTCTCTGTTTGTTTTTGGTGGTAGTGATCCTATGTTGACTGTTCTGGATAAG
TCTAAAGAGATTTAGAGACTGTTCATGCAACTAGTGAGCTTGCTTGTAGCTTGTTTGAGG
TTACTACTAAGTTGGAAAGTTTAGGTTTTGAAAGAGATCAAATTGTTCAGTGTCTAGTTA
CTCAAGGTTGCTTTGACATATTACCTAAGCCTCCTCAAAACAATTGTTTAAATTTTAAAC
CGGTTTCATTGTGTTGTTGTCCCTTTTTCAGAGCTAGGATACTGCATGTAACTGAAAAGG
ATTGAAAAGAAACAACCTTTTCACTTGGAGGGTTCTTGTCTAGTTGCTTTTAGGCTTTTT
GGTTTGGTAGAGAAATTGAATTAGTGGTAATGAGAAGAGGTAGAGGGAAAAGAAAGAGGC
AGAATGCTACTGCTAGAGAAGATGGTGATGAAGAAGAAGAAAAGATTCCAGCTTACAGGA
GAAGAGGGAGGCCACAAAAGCCGGTTATAGATGAAGCCGAAGGAGGAGAAGAAGAGATTG
TGGAGAAGGAGGATGATAATACAAACGGTTCAGTAACAAGCAAAGAAGATGTGGCAGAGA
ATGGGAGGAAGAGGGAGAAACCAGTAGAAGAGTTTAAAGAGAGCAATGTAACAGAAGAAG
AGAAGGTGTTAGGATCGAAATCAAGCACAGATGATTCAGTGAAGTCATCGTTGTCCACAG
GGTTTAGACAAGTTGGGAGTAGAAGGAAGAACAAACCAAGACGAGCTGCAGAAGCTGTTG
TTGAATGTAATGGTGTTTGAAGAAAGAGATTCTTAGAGACTGCCTTTTTGATTTGTTTTT
TGTTGACTTGAATATTACCTTTTTGTGGTAAGGACTTTTGATGCAGTTGCGTTTTAGTTT
TCATACATGGAATCAGATTTTATCAACTTTCCACAACAGTAGCACTTTGCCTGAGTTGCT
ATG


BQ
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10 10 10 

AF RR1A766TF U 1
AF RR1A766JQ C 600
BS 1 713 RR1A766TF
BS 714 714 RR1A766JQ
BS 715 770 RR1A766TF
BS 771 1323 RR1A766JQ

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GGAGAAACTCTTTTGAAAGCAAATCATCATCTTCTTTTTCTATATTTCAACGACACTTTC
AACCAACACTTCTTATCTTTAGTTGTTGTTTCTTTGTTCTCTTAAGATCTCTTTTTTTAA
AGTCTTATCCTTTGGGTTTTGATTAGATATCACTTTCTTTCTGATCTGGGTTTTCCTCTC
TGTGCCGGGTTTAGTTGTTAGATCAGTTGAAAGTACCAATAAAGATTAGAAAAGAGTAGC
CCTTTATAGGTTTTATTGGGGTTTTGTCTCATTTTGAGAAATGGGTTCACAGGTGAGTCT
CTGTTTCTCTCTCTGTTTGTTTTTGGTGGTAGTGATCCTATGTTGACTGTTCTGGATAAG
TCTAAAGAGATTTAGAGACTGTTCATGCAACTAGTGAGCTTGCTTGTAGCTTGTTTGAGG
TTACTACTAAGTTGGAAAGTTTAGGTTTTGAAAGAGATCAAATTGTTCAGTGTCTAGTTA
CTCAAGGTTGCTTTGACATATTACCTAAGCCTCCTCAAAACAATTGTTTAAATTTTAAAC
CGGTTTCATTGTGTTGTTGTCCCTTTTTCAGAGCTAGGATACTGCATGTAACTGAAAAGG
ATTGAAAAGAAACAACCTTTTCACTTGGAGGGTTCTTGTCTAGTTGCTTTTAG*CTTTTT
GGTTTGGTAGAGAAATTGAATTAGTGGTAATGAGAAGAGGTAGAGGGAAA
GAAGA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1A766JQ 724 0 0
CCGGTTTCATTGTGTTGTTGTCCCTTTTTCAGAGCTAGGATACTGCATGTAACTGAAAAG
GATTGAAAAGAAACAACCTTTTCACTTGGAGGGTTCTTGTCTAGTTGCTTTTAGGCTTTT
TGGTTTGGTAGAGAAATTGAATTAGTGGTAATGAGAAGAGGTAGAGGGAAAAGAAAGAGG
CAGAATGCTACTGCTAGAGAAGATGGTGATGAAGAAGAAGAAAAGATTCCAGCTTACAGG
AGAAGAGGGAGGCCACAAAAGCCGGTTATAGATGAAGCCGAAGGAGGAGAAGAAGAGATT
GTGGAGAAGGAGGATGATAATACAAACGGTTCAGTAACAAGCAAAGAAGATGTGGCAGAG
AATGGGAGGAAGAGGGAGAAACCAGTAGAAGAGTTTAAAGAGAGCAATGTAACAGAAGAA
GAGAAGGTGTTAGGATCGAAATCAAGCACAGATGATTCAGTGAAGTCATCGTTGTCCACA
GGGTTTAGACAAGTTGGGAGTAGAAGGAAGAACAAACCAAGACGAGCTGCAGAAGCTGTT
GTTGAATGTAATGGTGTTTGAAGAAAGAGATTCTTAGAGACTGCCTTTTTGATTTGTTTT
TTGTTGACTTGAATATTACCTTTTTGTGGTAAGGACTTTTGATGCAGTTGCGTTTTAGTT
TTCATACATGGAATCAGATTTTATCAACTTTCCACAACAGTAGCACTTTGCCTGAGTTGC
TATG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL5678Contig1 1167 2 6 U
GGGTCAAAGAAAAAAATAAGATAAAAGAGGAAACAAAATCTCGAAGAGGAAAGAGAGATA
TGGGTGAGGTGGCTTATATGGACGAAGGGGACTTGGAAGCAATCGTGAGAGGCTACTCTG
GCTCGGGAGAAAGCTCCGGCGGGTTTTGCCTTCCATTTGAGACGGCTAGTTTCTACGAAC
CGGAGATTGAGACAACCGGTTTAGATGAACTCGGTGAATTCTACCAACCTTTTTATCCTT
TCTCTTCTCAAACTATCCTCACGAGCTCCGTCTCTGTTCCCGAAGATTCAAGAAGTTTCC
AAGATGATAAGAAACAACGAACACATGGCTGTCTTCTGTCTAACGGATCAAGAGTTGATC
ATATCAGAATCACAGAGTCCAAATCGAAGAAGAGCAAGAAGAACCAACAGAAGAGAGTTG
TTGAGCAAGTGAAAGAAGAAAATCTGTTGTCGGACGCAAGGGCGTGGCGTAAATACGGGC
AGAAACCCATCAAAGGATCTCCTTACCCAAGGAGTTATTACAGGTGTAGCAGTTCAAAGG
GGTGTCTAGCAAGAAAACAAGTTGAGAGAAATCCTCAGAACCCGGAAAAGTTCACCATAA
CGTATACGAACGAGCACAATCATGAGCTACCAACCCGGAGAAACTCATTAGCCGGTTCAA
CTCGAGCCAAATCTTCCCAACCCAAACCGTCTCTGACCAAGAAAACCGGAAAGCAAGTGG
TTTCTTCCCCCACAAGCAACCCCATGATCACATCTACTGATGAATCTTCCGTTGCGGTTC
AAGACATGGGGATTTCAGAAATGAGTCCCTACCAAGCAACCGAAGTTATAGAAGGCATGA
GTACCAGTTTGCCATCGGATTTGTTATCTGGAATCGGAAATTTTCCAAGCTTTACTGGTG
ACTTCGATGAACTATTGAATAGTCAAGAGTTCCTCAATGGGTACTTATGGAATTATTAGA
GAACGTTAGGTGTGTATGAATATATAGTCAAACTTATATTATAGTTGCATTGCGGCCTTT
GAGAGAAATGTGTAAATGTCTAATCTCTATAGGAGATTAGAGCGTCGTAGTTTTCGTCTC
GTTTCCAGCTTAACTTTTGAATTGAACCTAATAAAATTCGTTCTTCTTTTCTCGTCATAT
GAATGCTAAGACAATCCATTTTACCCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG25TF U 1
AF RR1CG25JQ C 353
BS 1 699 RR1CG25TF
BS 700 702 RR1CG25JQ
BS 703 711 RR1CG25TF
BS 712 712 RR1CG25JQ
BS 713 730 RR1CG25TF
BS 731 1167 RR1CG25JQ

RD RR1CG25TF 731 0 0
GGGTCAAAGAAAAAAATAAGATAAAAGAGGAAACAAAATCTCGAAGAGGAAAGAGAGATA
TGGGTGAGGTGGCTTATATGGACGAAGGGGACTTGGAAGCAATCGTGAGAGGCTACTCTG
GCTCGGGAGAAAGCTCCGGCGGGTTTTGCCTTCCATTTGAGACGGCTAGTTTCTACGAAC
CGGAGATTGAGACAACCGGTTTAGATGAACTCGGTGAATTCTACCAACCTTTTTATCCTT
TCTCTTCTCAAACTATCCTCACGAGCTCCGTCTCTGTTCCCGAAGATTCAAGAAGTTTCC
AAGATGATAAGAAACAACGAACACATGGCTGTCTTCTGTCTAACGGATCAAGAGTTGATC
ATATCAGAATCACAGAGTCCAAATCGAAGAAGAGCAAGAAGAACCAACAGAAGAGAGTTG
TTGAGCAAGTGAAAGAAGAAAATCTGTTGTCGGACGCAAGGGCGTGGCGTAAATACGGGC
AGAAACCCATCAAAGGATCTCCTTACCCAAGGAGTTATTACAGGTGTAGCAGTTCAAAGG
GGTGTCTAGCAAGAAAACAAGTTGAGAGAAATCCTCAGAACCCGGAAAAGTTCACCATAA
CGTATACGAACGAGCACAATCATGAGCTACCAACCCGGAGAAACTCATTAGCCGGTTCAA
CTCGAGCCAAATCTTCCCAACCCAAACCGTCTCTGACCA**GAAACCGGAA*GCAAGTGG
TTTCTTCCCC
A

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1CG25JQ 815 0 0
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GAGAGTTGTTGAGCAAGTGAAAGAAGAAAATCTGTTGTCGGACGCAAGGGCGTGGCGTAA
ATACGGGCAGAAACCCATCAAAGGATCTCCTTACCCAAGGAGTTATTACAGGTGTAGCAG
TTCAAAGGGGTGTCTAGCAAGAAAACAAGTTGAGAGAAATCCTCAGAACCCGGAAAAGTT
CACCATAACGTATACGAACGAGCACAATCATGAGCTACCAACCCGGAGAAACTCATTAGC
CGGTTCAACTCGAGCCAAATCTTCCCAACCCAAACCGTCTCTGACCAAGAAAACCGGAAA
GCAAGTGGTTTCTTCCCCCACAAGCAACCCCATGATCACATCTACTGATGAATCTTCCGT
TGCGGTTCAAGACATGGGGATTTCAGAAATGAGTCCCTACCAAGCAACCGAAGTTATAGA
AGGCATGAGTACCAGTTTGCCATCGGATTTGTTATCTGGAATCGGAAATTTTCCAAGCTT
TACTGGTGACTTCGATGAACTATTGAATAGTCAAGAGTTCCTCAATGGGTACTTATGGAA
TTATTAGAGAACGTTAGGTGTGTATGAATATATAGTCAAACTTATATTATAGTTGCATTG
CGGCCTTTGAGAGAAATGTGTAAATGTCTAATCTCTATAGGAGATTAGAGCGTCGTAGTT
TTCGTCTCGTTTCCAGCTTAACTTTTGAATTGAACCTAATAAAATTCGTTCTTCTTTTCT
CGTCATATGAATGCTAAGACAATCCATTTTACCCG

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL5679Contig1 364 2 1 U
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TGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAG
ACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACAGATGCGATTACTTCAGCGAAGAGAACCCACAA
AGCTGCTCCATCATGTAATATTATTATGATTCCTTCCCTTATTCACTCTCTTTGTATCCT
TTATATATTTTTCTTCAAAATCTTTTTTTCTTCAGATACAAATAATAAAAAGAATATATA
GAGAGATGTTTAAATGTAACGTTGTATTTTAAAAGCTGTAACCGTAAACATTAATAAGAA
AACT


BQ
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20 20 20 20 

AF RR1DY52JQ C 1
AF RR1DY52TF U 1
BS 1 364 RR1DY52TF

RD RR1DY52JQ 364 0 0
GGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAAC
TGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAG
ACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACAGATGCGATTACTTCAGCGAAGAGAACCCACAA
AGCTGCTCCATCATGTAATATTATTATGATTCCTTCCCTTATTCACTCTCTTTGTATCCT
TTATATATTTTTCTTCAAAATCTTTTTTTCTTCAGATACAAATAATAAAAAGAATATATA
GAGAGATGTTTAAATGTAACGTTGTATTTTAAAAGCTGTAACCGTAAACATTAATAAGAA
AACT

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR1DY52TF 364 0 0
GGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAAC
TGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAG
ACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACAGATGCGATTACTTCAGCGAAGAGAACCCACAA
AGCTGCTCCATCATGTAATATTATTATGATTCCTTCCCTTATTCACTCTCTTTGTATCCT
TTATATATTTTTCTTCAAAATCTTTTTTTCTTCAGATACAAATAATAAAAAGAATATATA
GAGAGATGTTTAAATGTAACGTTGTATTTTAAAAGCTGTAACCGTAAACATTAATAAGAA
AACT

QA 1 364 1 364
DS 



AS 1 2

CO CL5680Contig1 336 2 1 U
GGTGATGAAACTCTCCGATGGCGATGACGAAGACAAGAGAAGAAAGAAGAGTGTGTGGAT
GAGATCTCGGTTTGTCCGATTGATGCTCTCGGTGGAAGGTCTCCGGTGGTGGAGAGATTT
ACAGTGACTAGATCCGATGTGGCGCCGTTCAAGTTGCGGCGGATCTGTCGGTGGAGGCAG
AGAAGGAGTGAGGCGACACGTATCTAGGGTTTCGGCCCGTGTTGGTGGTTTTGTCTGGGC
TTGAGGCCTGTTATGTATTTTATTTCGGTTTTTTTTTTTGGGCTTTTGGGCCTTGTAAGG
TTTCGGACCTTGGTTCCTTTTAATTAAATTTGACGG


BQ
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AF RR1BF08TF U 1
AF RR1DR61TF U 1
BS 1 336 RR1BF08TF

RD RR1BF08TF 336 0 0
GGTGATGAAACTCTCCGATGGCGATGACGAAGACAAGAGAAGAAAGAAGAGTGTGTGGAT
GAGATCTCGGTTTGTCCGATTGATGCTCTCGGTGGAAGGTCTCCGGTGGTGGAGAGATTT
ACAGTGACTAGATCCGATGTGGCGCCGTTCAAGTTGCGGCGGATCTGTCGGTGGAGGCAG
AGAAGGAGTGAGGCGACACGTATCTAGGGTTTCGGCCCGTGTTGGTGGTTTTGTCTGGGC
TTGAGGCCTGTTATGTATTTTATTTCGGTTTTTTTTTTTGGGCTTTTGGGCCTTGTAAGG
TTTCGGACCTTGGTTCCTTTTAATTAAATTTGACGG

QA 1 336 1 336
DS 

RD RR1DR61TF 336 0 0
GGTGATGAAACTCTCCGATGGCGATGACGAAGACAAGAGAAGAAAGAAGAGTGTGTGGAT
GAGATCTCGGTTTGTCCGATTGATGCTCTCGGTGGAAGGTCTCCGGTGGTGGAGAGATTT
ACAGTGACTAGATCCGATGTGGCGCCGTTCAAGTTGCGGCGGATCTGTCGGTGGAGGCAG
AGAAGGAGTGAGGCGACACGTATCTAGGGTTTCGGCCCGTGTTGGTGGTTTTGTCTGGGC
TTGAGGCCTGTTATGTATTTTATTTCGGTTTTTTTTTTTGGGCTTTTGGGCCTTGTAAGG
TTTCGGACCTTGGTTCCTTTTAATTAAATTTGACGG

QA 1 336 1 336
DS 



AS 1 2

CO CL5681Contig1 851 2 2 U
AGCCAAGAACCGTGCTAACAGCTCTGGTTCTCAAGTTACTGCAATTGAAGACTTTGAGGA
AAATGAACTCCTAGAGGCTGACAAAATGATAAAGGAGGAGGCACAATTTCTTTGCGCGGC
AATGGGAAACGAGAGCAAGACATTTGACGAGTTCGTAGTAGCTCACGACGATTGCGTGAA
GGATATCATGTACTTCCCCACTCGAAATGCTTACGGGCCCTCAAGTGTTGCCGTGAAGGC
AGAGAAAGTTGCAGCGTTGCAAGTGGAGATGGAGAATGCGAAGAAAAAGATGGAAGAGGA
TGAGAAGAAGGCAGAACACATGAAGGCTAAGTATAAAACTTATACAAAGGGTCATGAGAA
AAGGGCAGAGACTGTGTGGAGCCAAATAGAGGCGAGTTTAAAGCAGATTGAGATCGGTGG
AACAGAAGTAGAGTGCTTTAAAGCATTGAAGAGGCAAGAAGAGATGGCTGCGTCTTTCAG
GAAGAAGAATCTGGAGGAAGAAGTGATAAAGCAAAAGGAGACGGAGCGGAAACTGCAAGC
ACGCTATGGGGAGCTGTTGTCGACGCTTGAAAAAGCAGAGGAGTTAATGGTCGGGTTCCG
AGCACAAGCACTGAAACAGGCGGATGTCGTCGAGGATTCTCACAAACCAAAAGAAGCTAA
ACTAGCCACTGGAGAGGAAGAGGACGGAGCCATTTCCATGGACGCTTTTGCGTAAACATC
AAATCTTTACGTACTTGAGTTTTGTATTGGTTCCATGTTTTAAGGAGACGCAGCTTGACT
TTGTATGAGTAAAATGACTTTGTAAAGAATGTGATGCTCTTTTGTATACTTTGCAATGGT
CAAGAAGTTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA11TF U 1
AF RR1HA11JQ C 408
BS 1 615 RR1HA11TF
BS 616 851 RR1HA11JQ

RD RR1HA11TF 615 0 0
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AAATGAACTCCTAGAGGCTGACAAAATGATAAAGGAGGAGGCACAATTTCTTTGCGCGGC
AATGGGAAACGAGAGCAAGACATTTGACGAGTTCGTAGTAGCTCACGACGATTGCGTGAA
GGATATCATGTACTTCCCCACTCGAAATGCTTACGGGCCCTCAAGTGTTGCCGTGAAGGC
AGAGAAAGTTGCAGCGTTGCAAGTGGAGATGGAGAATGCGAAGAAAAAGATGGAAGAGGA
TGAGAAGAAGGCAGAACACATGAAGGCTAAGTATAAAACTTATACAAAGGGTCATGAGAA
AAGGGCAGAGACTGTGTGGAGCCAAATAGAGGCGAGTTTAAAGCAGATTGAGATCGGTGG
AACAGAAGTAGAGTGCTTTAAAGCATTGAAGAGGCAAGAAGAGATGGCTGCGTCTTTCAG
GAAGAAGAATCTGGAGGAAGAAGTGATAAAGCAAAAGGAGACGGAGCGGAAACTGCAAGC
ACGCTATGGGGAGCTGTTGTCGACGCTTGAAAAAGCAGAGGAGTTAATGGTCGGGTTCCG
AGCACAAGCACTGAA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1HA11JQ 444 0 0
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CTGCGTCTTTCAGGAAGAAGAATCTGGAGGAAGAAGTGATAAAGCAAAAGGAGACGGAGC
GGAAACTGCAAGCACGCTATGGGGAGCTGTTGTCGACGCTTGAAAAAGCAGAGGAGTTAA
TGGTCGGGTTCCGAGCACAAGCACTGAAACAGGCGGATGTCGTCGAGGATTCTCACAAAC
CAAAAGAAGCTAAACTAGCCACTGGAGAGGAAGAGGACGGAGCCATTTCCATGGACGCTT
TTGCGTAAACATCAAATCTTTACGTACTTGAGTTTTGTATTGGTTCCATGTTTTAAGGAG
ACGCAGCTTGACTTTGTATGAGTAAAATGACTTTGTAAAGAATGTGATGCTCTTTTGTAT
ACTTTGCAATGGTCAAGAAGTTCG

QA 1 444 1 444
DS 



AS 1 2

CO CL5682Contig1 1322 2 8 U
GGACTCCTCTCTCTCTCTTTCAACAACCAAGAAGCGAGACACAGAGGAGAGAGACTTCTT
TGTTTTGCCTCTCTGGCTTATATATTCAGACACTGTCTTAACATAAACAAAACAACACAA
CACAAAAATTGTGTTCTTTTGACTCTTCTTTTCTCCTTTTAAGACATCAATGGCTGGGAC
TGGAATTTTCACAGAGATTCTAGACGGAGAAGTCTACAAGTACTACTCTGATGGAGAGTG
GAAAACTTCTTCCTCCGGTAAGAGTGTGGCCATCGTTAACCCAGCCACGAGGAAGACACA
GTACAAGGTTCAAGCATGCACGCAAGAAGAAGTGAACAAGGTGATGGAGATTGGCGATTT
CCTCACCATGCACCCTGCTGTTAACTGCATTAGTTTCACTGGCGGCGATACCGGAATCTC
AATCTCCAAGAAAGCTGGAATGATCCCTCTCCAGATGGAACTTGGAGGAAAAGATGCATC
CATTGTCCTGGAGGATGCTGATCTTGATTTAGTGGCTTCCAATATCATCAAAGGAGGATT
CTCCTACAGTGGGCAGAGATGCACTGCGGTTAAGGTGGTCCTAGTGATGGAATCAGTGGC
GGATGAGCTTGTTGAGAAGGTGAAAGCTAAAGTGGCGAAACTCACGGTGGGACCGCCTGA
AGAGAACTGTGATATTACAGCCGTGGTGTCGGAATCCTCAGCTAATTTCATTGAAAGATT
GGTGATGGATGCTAAAGAGAAAGGAGCAACGTTCTGTCAAGAGTATAAAAGAGAAGGTAA
CTTGATTTGGCCGTTGCTTTTGGACAATGTCAGACCGGACATGAGGATTGCTTGGGAGGA
ACCTTTCGGTCCTGTCTTGCCTGTCTTGAGGATCAGTTCTGTTGAGGAAGGCATTAATCA
CTGCAATGCTAGTAACTTTGGCCTCCAGGGATGTGTGTTCACTAAAGACATCAATAAGGC
AATGCTGATCAGTGATGCAATGGAGACAGGAACGGTTCAGATCAACTTTGCGCCAGCTCG
TGGACCAGACCATTTCCCTTTCCAGGGACTAAAGGACAGTGGAATAGGATCACAAGGTGT
GACAAATAGCATCAATTTGATGACCAAAGTGAAGACCACTGTCATTAACTTGCCTACACC
CTCATACTCTATGGGAGCCGGTTTCATCTCGCGACTGTGATTGAAGCACAAAGATCCTTT
TGATGAGTATTTGGAGTTTATAACTTTTAGCTTTTTCATACTGAAATAATGATTTGGGAC
CAGTCTCATCGATCTCTCCGATGGAATATTTTTATTATAATGAAGAGGACGTCGAATTTA
GC


BQ
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10 10 

AF RR1BF55TF U 1
AF RR1BF55JQ C 613
BS 1 693 RR1BF55TF
BS 694 694 RR1BF55JQ
BS 695 776 RR1BF55TF
BS 777 777 RR1BF55JQ
BS 778 806 RR1BF55TF
BS 807 807 RR1BF55JQ
BS 808 818 RR1BF55TF
BS 819 1322 RR1BF55JQ

RD RR1BF55TF 818 0 0
GGACTCCTCTCTCTCTCTTTCAACAACCAAGAAGCGAGACACAGAGGAGAGAGACTTCTT
TGTTTTGCCTCTCTGGCTTATATATTCAGACACTGTCTTAACATAAACAAAACAACACAA
CACAAAAATTGTGTTCTTTTGACTCTTCTTTTCTCCTTTTAAGACATCAATGGCTGGGAC
TGGAATTTTCACAGAGATTCTAGACGGAGAAGTCTACAAGTACTACTCTGATGGAGAGTG
GAAAACTTCTTCCTCCGGTAAGAGTGTGGCCATCGTTAACCCAGCCACGAGGAAGACACA
GTACAAGGTTCAAGCATGCACGCAAGAAGAAGTGAACAAGGTGATGGAGATTGGCGATTT
CCTCACCATGCACCCTGCTGTTAACTGCATTAGTTTCACTGGCGGCGATACCGGAATCTC
AATCTCCAAGAAAGCTGGAATGATCCCTCTCCAGATGGAACTTGGAGGAAAAGATGCATC
CATTGTCCTGGAGGATGCTGATCTTGATTTAGTGGCTTCCAATATCATCAAAGGAGGATT
CTCCTACAGTGGGCAGAGATGCACTGCGGTTAAGGTGGTCCTAGTGATGGAATCAGTGGC
GGATGAGCTTGTTGAGAAGGTGAAAGCTAAAGTGGCGAAACTCACGGTGGGACCGCCTGA
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GGTGATGGATGCTAAAGAGAAAGGAGCAACGTTCTGTCAAGAGTATAAAAGAGAAG*TAA
CTTGATTTGGCCGTTGCTTTTGGACA*TGTCAGACCGG

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DS 

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GTTGCTTTTGGACAATGTCAGACCGGACATGAGGATTGCTTGGGAGGAACCTTTCGGTCC
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TAACTTTGGCCTCCAGGGATGTGTGTTCACTAAAGACATCAATAAGGCAATGCTGATCAG
TGATGCAATGGAGACAGGAACGGTTCAGATCAACTTTGCGCCAGCTCGTGGACCAGACCA
TTTCCCTTTCCAGGGACTAAAGGACAGTGGAATAGGATCACAAGGTGTGACAAATAGCAT
CAATTTGATGACCAAAGTGAAGACCACTGTCATTAACTTGCCTACACCCTCATACTCTAT
GGGAGCCGGTTTCATCTCGCGACTGTGATTGAAGCACAAAGATCCTTTTGATGAGTATTT
GGAGTTTATAACTTTTAGCTTTTTCATACTGAAATAATGATTTGGGACCAGTCTCATCGA
TCTCTCCGATGGAATATTTTTATTATAATGAAGAGGACGTCGAATTTAGC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

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GGATCGATCTCCGACGTTATCCTTCGACTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGTCAAAAT
CAGCTGTGATTCTCGCCGGCGGCTTTTCCAGTAATCTCCAGCCCCTAGTCTCCAAGGAAG
TCCCTAAGGCGCTGCTCCCCGTGGCGAATCGTCCGGTGTTATCTTATGCTCTGGATCTGC
TCGAGAACAGTAACCTCAAGGATCTGATCGTCGTACGCCTTATTATTATTATCATTTCAT
ACAATTGCTTATTGTGCTAGATTGAATGATTTTGGTTGAGACTTCAGATTTTTTTCCGCT
TGGATCGTTACTGGTAACAAGTTGTTGAAGGAGAAGATGCAGCTCTGAAAGTTGGTGGAT
GGATATCTTCTGCCTGTGTTGATCGTTTACATGTTGAGATGTGGCTGTGGGATTAGGCAA
GGAGTTAAGCAGCGTGAAGAAGATATCTGAGGAGCTTAGAGCTCAGGTTGGAAACCTGCA
AAGTCATCTGTCAAAAGCTGGTGAAACAAGAAGGCACTTGAGACAGAGCTCCGAGAGAAG
CTTGATTTGATTGAGTAGTTACAAGACCAGATCAACTTGCTTAGTTTGGAGCTGAAAGAT
AGTGAAGAAAAGGCTCAACATGTTAGCACATCGCTAGCTGAGAAAGAAGCAGAACTGAAG
AAACTCAACTCTGTTTATGCTCAAACTAGCAGAAATCTTGCTGAAGCAAAGCTAGAAATC
AAACAGCTTAAGGAGGAAGTCACGAGAAGACAGACTGAAATAAACTCCAAGAACTCTGCT
ATTGAGGAATTAGACACCAGAATAAGCACTTTAGTGGCTGAGAATGAGAGTTACATCAAA
AAGCTTGACGATGTTACAAAAGATTACAGTGCTTTGAAACTGACTTCTGAAACGCGAGCA
GCTGCTGATGCTGAGCTCATAAGAAAGAAAGAGGAAGAGATTCAGCAGCTTAATGAAAAG
CTGGATGATGCGCTAAAGGATGTGAATGAGAGTAAAGACAAAGTTGCTGACCTTACTGAG
AAATACGAAGATGCAAAGAGAATGCTAGAGATAGAACTCACTAGTGTGCAAAATTTGAGA
CATGAGCTCGAAGGAACAAAGAAAACACTCCATACTGTCTTGTCTTATTATAGGTGGCTA
TGGATAGCTATCCTAAATAAAAATTGTCTTAAGATTGTCATGATAATTATTTTTTGGAAT
GCTTTTCTGAAACTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES83TF U 1
AF RR1ES83JQ C 459
BS 1 666 RR1ES83TF
BS 667 1218 RR1ES83JQ

RD RR1ES83TF 666 0 0
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TCGAGAACAGTAACCTCAAGGATCTGATCGTCGTACGCCTTATTATTATTATCATTTCAT
ACAATTGCTTATTGTGCTAGATTGAATGATTTTGGTTGAGACTTCAGATTTTTTTCCGCT
TGGATCGTTACTGGTAACAAGTTGTTGAAGGAGAAGATGCAGCTCTGAAAGTTGGTGGAT
GGATATCTTCTGCCTGTGTTGATCGTTTACATGTTGAGATGTGGCTGTGGGATTAGGCAA
GGAGTTAAGCAGCGTGAAGAAGATATCTGAGGAGCTTAGAGCTCAGGTTGGAAACCTGCA
AAGTCATCTGTCAAAAGCTGGTGAAACAAGAAGGCACTTGAGACAGAGCTCCGAGAGAAG
CTTGATTTGATTGAGTAGTTACAAGACCAGATCAACTTGCTTAGTTTGGAGCTGAAAGAT
AGTGAAGAAAAGGCTCAACATGTTAGCACATCGCTAGCTGAGAAAGAAGCAGAACTGAAG
AAACTC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1ES83JQ 760 0 0
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TGAGACAGAGCTCCGAGAGAAGCTTGATTTGATTGAGTAGTTACAAGACCAGATCAACTT
GCTTAGTTTGGAGCTGAAAGATAGTGAAGAAAAGGCTCAACATGTTAGCACATCGCTAGC
TGAGAAAGAAGCAGAACTGAAGAAACTCAACTCTGTTTATGCTCAAACTAGCAGAAATCT
TGCTGAAGCAAAGCTAGAAATCAAACAGCTTAAGGAGGAAGTCACGAGAAGACAGACTGA
AATAAACTCCAAGAACTCTGCTATTGAGGAATTAGACACCAGAATAAGCACTTTAGTGGC
TGAGAATGAGAGTTACATCAAAAAGCTTGACGATGTTACAAAAGATTACAGTGCTTTGAA
ACTGACTTCTGAAACGCGAGCAGCTGCTGATGCTGAGCTCATAAGAAAGAAAGAGGAAGA
GATTCAGCAGCTTAATGAAAAGCTGGATGATGCGCTAAAGGATGTGAATGAGAGTAAAGA
CAAAGTTGCTGACCTTACTGAGAAATACGAAGATGCAAAGAGAATGCTAGAGATAGAACT
CACTAGTGTGCAAAATTTGAGACATGAGCTCGAAGGAACAAAGAAAACACTCCATACTGT
CTTGTCTTATTATAGGTGGCTATGGATAGCTATCCTAAATAAAAATTGTCTTAAGATTGT
CATGATAATTATTTTTTGGAATGCTTTTCTGAAACTACAC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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ATTATAACAGGTGGAGCCAGTGGGATTGGAGCGGAAGCCGCTAGGCTGTTCACCGAGCAT
GGAGCCAAGGTGGTCATCGTTGACATACAAGAAGAGCTTGGTCAGAACGTTGCCGTGTCT
ATCGGACTAGACAAAGCATGTTTTTACCGTCGCGATATAACAGACGAGACAGAAGTGGAG
AACGCGGTTAAGTTCACGGTGGAAAAACATGGAAAGCTCGACGTTCTGTTTAGTAACGCA
GGTGTCATGGAACAGCCTGGAAGCATCCTCGACTTGGATCTCAAACAGTTCGACCGGACA
ATCTCGGTCAACGTTCGCGGCGCGGCAGCGTTTATCAAACATGCAGCGCGTGCAATGGTG
GAGAAGGGCACGCGCGGGTCGATTGTCTGTACGACGAGCGTGGCGGCGGAGATCGGTGGT
CCTGGACCTCACGCGTACACGGCGTCGAAGCACGCACTTGCAGGGCTGATTAAGACGGCA
TGTGGCGGGCTGGGGAAGTACGGGATAAGAGTCAACGGCGTTGCACCGTACTGTGTGGCG
ACGGGGATAAATAGCCGTGACGAGGAAACGGCGAGGATGGTGGAGGGATATTGCGCGGCC
ACAGGGATACTCAAAGGTGTGGTGCTCAAGGCTAGCCACGTGGCTCTAGCAGCTTTGTTT
TTGGCGTCAGATGATTCAGCTTACGTTAGCGGGCAGAATCTGGCAGTCGACGGTGGTTAC
AGCGTGGTTAAGCCGCTGTGAAGAAATTAATAAAAGAATTGGGGACGCAGACTTTTTTGT
GTTGAATAATCAATTTTGCATTGTCTTCCAAATCTATTCGGTATAATTTATGTTCTTTGA
GAAAATGTTAGTGTGAGATCATGCCCAATGATTTAAATAAAAACTTTATTTACTTAAAGT
T


BQ
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10 

AF RR1BW03TF U 1
AF RR1BW03JQ C 380
BS 1 665 RR1BW03TF
BS 666 666 RR1BW03JQ
BS 667 676 RR1BW03TF
BS 677 677 RR1BW03JQ
BS 678 690 RR1BW03TF
BS 691 691 RR1BW03JQ
BS 692 721 RR1BW03TF
BS 722 722 RR1BW03JQ
BS 723 772 RR1BW03TF
BS 773 961 RR1BW03JQ

RD RR1BW03TF 780 0 0
CTTCTTTGAACTCAATCAGCAATGTCCGGACTCATGAGCAGATTGGATGGCAAGATAGCT
ATTATAACAGGTGGAGCCAGTGGGATTGGAGCGGAAGCCGCTAGGCTGTTCACCGAGCAT
GGAGCCAAGGTGGTCATCGTTGACATACAAGAAGAGCTTGGTCAGAACGTTGCCGTGTCT
ATCGGACTAGACAAAGCATGTTTTTACCGTCGCGATATAACAGACGAGACAGAAGTGGAG
AACGCGGTTAAGTTCACGGTGGAAAAACATGGAAAGCTCGACGTTCTGTTTAGTAACGCA
GGTGTCATGGAACAGCCTGGAAGCATCCTCGACTTGGATCTCAAACAGTTCGACCGGACA
ATCTCGGTCAACGTTCGCGGCGCGGCAGCGTTTATCAAACATGCAGCGCGTGCAATGGTG
GAGAAGGGCACGCGCGGGTCGATTGTCTGTACGACGAGCGTGGCGGCGGAGATCGGTGGT
CCTGGACCTCACGCGTACACGGCGTCGAAGCACGCACTTGCAGGGCTGATTAAGACGGCA
TGTGGCGGGCTGGGGAAGTACGGGATAAGAGTCAACGGCGTTGCACCGTACTGTGTGGCG
ACGGGGATAAATAGCCGTGACGAGGAAACGGCGAGGATGGTGGAGGGATATTGCGCGGCC
ACAGG*ATACTCAAAG*TGTGGTGCTCAAG*CTAGCCACGTGGCTCTAGCAGCTTTGTTT
T*GGCGTCAGATGATTCAGCTTACGTTAGCGGGCAGAATCTGGCAGTCGACG
TGGTTACA

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1BW03JQ 582 0 0
GCGCGGCAGCGTTTATCAAACATGCAGCGCGTGCAATGGTGGAGAAGGGCACGCGCGGGT
CGATTGTCTGTACGACGAGCGTGGCGGCGGAGATCGGTGGTCCTGGACCTCACGCGTACA
CGGCGTCGAAGCACGCACTTGCAGGGCTGATTAAGACGGCATGTGGCGGGCTGGGGAAGT
ACGGGATAAGAGTCAACGGCGTTGCCCCGTACTGTGTGGCGACGGGGATAAATAGCCGTG
ACGAGGAAACGGCGAGGATGGTGGAGGGATATTGCGCGGCCACAGGGATACTCAAAGGTG
TGGTGCTCAAGGCTAGCCACGTGGCTCTAGCAGCTTTGTTTTTGGCGTCAGATGATTCAG
CTTACGTTAGCGGGCAGAATCTGGCAGTCGACGGTGGTTACAGCGTGGTTAAGCCGCTGT
GAAGAAATTAATAAAAGAATTGGGGACGCAGACTTTTTTGTGTTGAATAATCAATTTTGC
ATTGTCTTCCAAATCTATTCGGTATAATTTATGTTCTTTGAGAAAATGTTAGTGTGAGAT
CATGCCCAATGATTTAAATAAAAACTTTATTTACTTAAAGTT

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL5685Contig1 989 2 2 U
GGATGGTTTTAGCTCAGCTCCCGAGGTTCCATCTCTCCATCTTCGCTAAATCCCATTTCT
CTCTCGCCTCTTCGCATTTCATAAACCCTAACCCGCCGGTTAAACTAGCCAGAACCCTAT
TCTCACTCCCGCCCAGATCCAATCTCGCCACTGTTGAACCCATACCGGCTCCATCCGATC
TGGAAGATGCTCCGGTGGAGATTTCGCTCGACAGGCTCTTTATTCCGCCGGAGACGGATA
TCTCCGGGGAGGAACCGTCGAGGCTGACGGCTAGGATACTGAAGGGCTCGAACATAGTGC
TGAGCAGGTACGTGAGGGACGCGCAGGTGGTTCAGGCAGACTATGTGAAGAGCAGTGTCC
GGACGGATGATTGTCCGGCCGATGGGCTGCCTGAGTTTTCGCTTGTCGGGAGGTCAAATG
TCGGGAAATCGTCGCTTCTCAATTCGTTGGTTAAAAGGAAACGACTTGCCTTGACCTCTA
AGAAACCTGGAAAGACGCAATGCATTAATCATTTCCGGATCAACGACAATTGGTACTTGG
TCGATTTGCCTGGCTACGGGTATGCAACAGCACCGCATGAACTCAAAAAAGACTGGAACA
AATTCACCAAAGACTATTTCCTAAACCGATCAACATTAGTCTCAGTGTTTTTGCTAGTTG
ATGCCAGCATTCCTCCAAAGCAAATCGACCTCGACTACGCTAGCTGGCTTGGTCAAAACC
AGGTTCCGATGACTATGGTATTCACGAAATGCGACAAGAGGAAGAAGAAGAAAAACGGAG
GGAAGAGACCGGAGGAGAATATAAAGGAGTTCCAAGATTTGATCCAAGGGTTCTTTGAGA
CAACACCACCATGGATAATGACCAGCAGTGTGACAAACCAAGGCAGGGACGAGATATTGT
TGCATATGGCTCAGCTAAGAAACTACTGGCTCAAACACTAAAGCACCCAACCACACTTCT
CCAGATTATTATCATTAATAGGATCCTAC


BQ
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AF RR1E710TF U 1
AF RR1E710JQ C 449
BS 1 566 RR1E710TF
BS 567 989 RR1E710JQ

RD RR1E710TF 566 0 0
GGATGGTTTTAGCTCAGCTCCCGAGGTTCCATCTCTCCATCTTCGCTAAATCCCATTTCT
CTCTCGCCTCTTCGCATTTCATAAACCCTAACCCGCCGGTTAAACTAGCCAGAACCCTAT
TCTCACTCCCGCCCAGATCCAATCTCGCCACTGTTGAACCCATACCGGCTCCATCCGATC
TGGAAGATGCTCCGGTGGAGATTTCGCTCGACAGGCTCTTTATTCCGCCGGAGACGGATA
TCTCCGGGGAGGAACCGTCGAGGCTGACGGCTAGGATACTGAAGGGCTCGAACATAGTGC
TGAGCAGGTACGTGAGGGACGCGCAGGTGGTTCAGGCAGACTATGTGAAGAGCAGTGTCC
GGACGGATGATTGTCCGGCCGATGGGCTGCCTGAGTTTTCGCTTGTCGGGAGGTCAAATG
TCGGGAAATCGTCGCTTCTCAATTCGTTGGTTAAAAGGAAACGACTTGCCTTGACCTCTA
AGAAACCTGGAAAGACGCAATGCATTAATCATTTCCGGATCAACGACAATTGGTACTTGG
TCGATTTGCCTGGCTACGGGTATGCA

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1E710JQ 541 0 0
GGTTAAAAGGAAACGACTTGCCTTGACCTCTAAGAAACCTGGAAAGACGCAATGCATTAA
TCATTTCCGGATCAACGACAATTGGTACTTGGTCGATTTGCCTGGCTACGGGTATGCAAC
AGCACCGCATGAACTCAAAAAAGACTGGAACAAATTCACCAAAGACTATTTCCTAAACCG
ATCAACATTAGTCTCAGTGTTTTTGCTAGTTGATGCCAGCATTCCTCCAAAGCAAATCGA
CCTCGACTACGCTAGCTGGCTTGGTCAAAACCAGGTTCCGATGACTATGGTATTCACGAA
ATGCGACAAGAGGAAGAAGAAGAAAAACGGAGGGAAGAGACCGGAGGAGAATATAAAGGA
GTTCCAAGATTTGATCCAAGGGTTCTTTGAGACAACACCACCATGGATAATGACCAGCAG
TGTGACAAACCAAGGCAGGGACGAGATATTGTTGCATATGGCTCAGCTAAGAAACTACTG
GCTCAAACACTAAAGCACCCAACCACACTTCTCCAGATTATTATCATTAATAGGATCCTA
C

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 2

CO CL5686Contig1 771 2 2 U
GGTTGCAGATTGAAAGAAAAACAAATATCCATACAAACACAATACATATTTGAGAGACAC
AGAGGAAGAGAATAACCCATTCGTAGTTTTCTTGCAAAATAGAAAAAAACAATCCAAAAA
TCAGAACGAGAAGATGGGAGTTGGAGGGACATTAGAGTATATATCTGAGCTAATAGGAAG
TGGAGGAAGTCATAGCTATGGCAAGAGGAAGAAGAAGAAGCAGTTTCAGACAGTGGAGCT
CAAAGTGAGAATGGATTGTGATGGTTGTGTCCTCAAAGTCAAGAACTCTCTTTCTTCTCT
AAAAGGAGTTAAATCGGTGGAGATAAACAAGAAGCAGCAAAAGGTGACGGTGAGTGGTTA
CGCGGAACCGAGCAAGGTGCTGAAGAAGGCCAAAGCGACGGGGAAGAAGGCTGAGATATG
GCCATACGTTCCCTACAACTTGGTGGCTCAGCCCTACATAGCTCAGGCTTACGACAAGAA
GGCGCCGCCTGGTTACGTCAGAAAAGTCGACCCATACGCCACCACGGGACGATGGCTGTT
TACAACGATGACTCTTCTTACACTTCTATGTTTAGTGATGATAATCCTAATGCTTGCTCC
ATTATGTAATTACTAAATCAATAATACAGACGGTTTATATGTATATGTATAAATATGAGT
TATATAGATTTTGGTGTCTTTTTGTTCAGGATTTTGTCTTCTTTTGCATGTGCTTTCTGT
TTGTGTTACAAGAATGTTAATTAATTTTAATAAATGCCTATTATATAGACC


BQ
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AF RR1GH95TF U 1
AF RR1GH95JQ C 301
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BS 680 771 RR1GH95JQ

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AGAGGAAGAGAATAACCCATTCGTAGTTTTCTTGCAAAATAGAAAAAAACAATCCAAAAA
TCAGAACGAGAAGATGGGAGTTGGAGGGACATTAGAGTATATATCTGAGCTAATAGGAAG
TGGAGGAAGTCATAGCTATGGCAAGAGGAAGAAGAAGAAGCAGTTTCAGACAGTGGAGCT
CAAAGTGAGAATGGATTGTGATGGTTGTGTCCTCAAAGTCAAGAACTCTCTTTCTTCTCT
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TATATAGATTTTGGTGTCT

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DS 

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AAAAGGAGTTAAATCGGTGGAGATAAACAAGAAGCAGCAAAAGGTGACGGTGAGTGGTTA
CGCGGAACCGAGCAAGGTGCTGAAGAAGGCCAAAGCGACGGGGAAGAAGGCTGAGATATG
GCCATACGTTCCCTACAACTTGGTGGTTCAGCCCTACATAGCTCAGGCTTACGACAAGAA
GGCGCCGCCTGGTTACGTCAGAAAAGTCGACCCATACGCCACCACGGGACGATGGCTGTT
TACAACGATGACTCTTCTTACACTTCTATGTTTAGTGATGATAATCCTAATGCTTGCTCC
ATTATGTAATTACTAAATCAATAATACAGACGGTTTATATGTATATGTATAAATATGAGT
TATATAGATTTTGGTGTCTTTTTGTTCAGGATTTTGTCTTCTTTTGCATGTGCTTTCTGT
TTGTGTTACAAGAATGTTAATTAATTTTAATAAATGCCTATTATATAGACC

QA 1 471 1 471
DS 



AS 1 2

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CTTCTTCGTCTTTCGATCATATATTTGGTCCAAGAGTCTCTTCTTCATCTTCTTCAGCAA
CCACTGGATTGTTCACAACCATCTTCCCACGACCCTCTGCGGGGATGTTGGGGAGGCAAA
TGGACTTTCCAAGTCAAGGTGGACATGTGAAGTATCAATCTGCAAATGAACGAGGAAAAA
GAAGCAACATAAAGGAGAAAAACAGTTACCATAACGAGGAAACAGAACCACCATGCAACT
TGAGCTCTTCAATTTACTATGGAGGCCAAGAGAAATATTCGTCTACAACGAATACTAACA
AAGATACTGTAAGTCGTAGTCGCAACTATCATACACATAACACCTACTACAAGAAAGATG
CACAGGAAGGCGATTCCAAAAGCGCATCAAGAGGTAACTGGTGGGAAGGGTCGCTTTATT
ACTAACATGCACTGCATGTCACGCAATACTGATTTGAGCAACCGGTAAGGGAATAAGAGA
CATCATGGTCTAACCTTAATATGAAATCTGAATGAAACCTACATAAATGCCCTTACAAAA
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TTGTTTGTTTACGTAAAACGCAACGCTAAAGACAAGCCTCTTTTTGATGATTTTAAAGTT
TGTCTAATATTGTCTATGTGAAATGATGTTTTATGAATAATTGTAATGGTACTTTATATT
TTACATCATAATGAAGCACATTTGTTACTGCCC


BQ
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AF RR1EN42TF U 1
AF RR1EN42JQ C 222
BS 1 600 RR1EN42TF
BS 601 813 RR1EN42JQ

RD RR1EN42TF 600 0 0
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GAAGCAACATAAAGGAGAAAAACAGTTACCATAACGAGGAAACAGAACCACCATGCAACT
TGAGCTCTTCAATTTACTATGGAGGCCAAGAGAAATATTCGTCTACAACGAATACTAACA
AAGATACTGTAAGTCGTAGTCGCAACTATCATACACATAACACCTACTACAAGAAAGATG
CACAGGAAGGCGATTCCAAAAGCGCATCAAGAGGTAACTGGTGGGAAGGGTCGCTTTATT
ACTAACATGCACTGCATGTCACGCAATACTGATTTGAGCAACCGGTAAGGGAATAAGAGA
CATCATGGTCTAACCTTAATATGAAATCTGAATGAAACCTACATAAATGCCCTTACAAAA

QA 1 600 1 600
DS 

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TCTACAACGAATACTAACAAAGATACTGTAAGTGGTAGTCGCAACTATCATACACATAAC
ACCTACTACAAGAAAGATGCACAGGAAGGCGATTCCAAAAGCGCATCAAGAGGTAACTGG
TGGGAAGGGTCGCTTTATTACTAACATGCACTGCATGTCACGCAATACTGATTTGAGCAA
CCGGTAAGGGAATAAGAGACATCATGGTCTAACCTTAATATGAAATCTGAATGAAACCTA
CATAAATGCCCTTACAAAATGAAAGAGTGGTATATTTAATTTGCATAAACAAAGAGTGAC
TTGTTCTTGAGATGTTGATTTGTTTGTTTACGTAAAACGCAACGCTAAAGACAAGCCTCT
TTTTGATGATTTTAAAGTTTGTCTAATATTGTCTATGTGAAATGATGTTTTATGAATAAT
TGTAATGGTACTTTATATTTTACATCATAATGAAGCACATTTGTTACTGCCC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5689Contig1 886 2 4 U
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GAGAACCGGCCCCCACCGTCGGTCATCGCCTCCACACAGATGTTCTCTTGAAAAACCTCT
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TCTGTTTTTTCCCACGGTTAGATAGAGAGGGAGGATGTCGACACCAGCAAGGAAGAGGTT
GATGAGGGATTTCAAGAGGTTGTAGCAAGACCCACCTGCGGGTATAAGCGGTGCTCCACA
GGACAATAACATCATGCTCTGGAACGCTGTCATATTCGGGCCTGATGACACACCATGGGA
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GGACATTCTGCAAAACCAGTGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCTATACTTACCTCCAT
CCAGTCGTTGCTCTGTGACCCTAATCCTAATTCTCCTGCAAACTCGGAAGCCGCTCGGAT
GTACAGCGAAAGCAAGCGTGAGTACAACAGAAGAGTGCGCGATGTTGTTGAGCAAAGCTG
GACTGCTGACTAGTTGTGTTGTTTGTTTGTTGTAATCTTTGTAACTCTCTCCTACTCTCA
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TTTCAAAACTCTTTTAGTGTGTGGAGATTTATGATCTTCCTTGTACCTGTTTCTTTGCTC
TCTTTGTGTATGAACCGGTCACAAAAGGAATCAAAGTAAAGAATGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G480TF U 1
AF RR1G480JQ C 386
BS 1 703 RR1G480TF
BS 704 704 RR1G480JQ
BS 705 729 RR1G480TF
BS 730 886 RR1G480JQ

RD RR1G480TF 729 0 0
GGATACGTAAGAGTTCCACCAATTCATTCTCTCTCTCTCTCTCATCGCACGGTGAAACCC
GAGAACCGGCCCCCACCGTCGGTCATCGCCTCCACACAGATGTTCTCTTGAAAAACCTCT
CTCCTTCTCCTACCCTCTTCCTTTAAACGCCAGCTTATTATTACTCAAACAACAACAAGA
TCTGTTTTTTCCCACGGTTAGATAGAGAGGGAGGATGTCGACACCAGCAAGGAAGAGGTT
GATGAGGGATTTCAAGAGGTTGTAGCAAGACCCACCTGCGGGTATAAGCGGTGCTCCACA
GGACAATAACATCATGCTCTGGAACGCTGTCATATTCGGGCCTGATGACACACCATGGGA
TGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTCTCTGAAGATTATCCTAATAAACCTCCAAC
AGTTCGTTTTGTGTCACGGATGTTCCATCCAAACATTTATGCAGATGGGAGTATTTGCTT
GGACATTCTGCAAAACCAGTGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCTATACTTACCTCCAT
CCAGTCGTTGCTCTGTGACCCTAATCCTAATTCTCCTGCAAACTCGGAAGCCGCTCGGAT
GTACAGCGAAAGCAAGCGTGAGTACAACAGAAGAGTGCGCGATGTTGTTGAGCAAAGCTG
GACTGCTGACTAGTTGTGTTGTTTGTTTGTTGTAATCTTTGTA*CTCTCTCCTACTCTCA
AAATGTCAC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1G480JQ 501 0 0
CAGTTTTCTGAAGATTATCCTAATAAACCTCCAACAGTTCGTTTTGTGTCACGGATGTTC
CATCCAAACATTTATGCAGATGGGAGTATTTGCTTGGACATTCTGCAAAACCAGTGGAGC
CCTATATATGATGTTGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCGTTGCTCTGTGACCCTAAT
CCTAATTCTCCTGCAAACTCGGAAGCCGCTCGGATGTACAGCGAAAGCAAGCGTGAGTAC
AACAGAAGAGTGCGCGATGTTGTTGAGCAAAGCTGGACTGCTGACTAGTTGTGTTGTTTG
TTTGTTGTAATCTTTGTAACTCTCTCCTACTCTCAAAATGTCACCTTTAAAAGCAACAAA
CTTTCACTTATCTTTTCCATTCATGTCTTTTGTGTTTTCAAAACTCTTTTAGTGTGTGGA
GATTTATGATCTTCCTTGTACCTGTTTCTTTGCTCTCTTTGTGTATGAACCGGTCACAAA
AGGAATCAAAGTAAAGAATGC

QA 1 501 1 501
DS 



AS 1 2

CO CL5690Contig1 335 2 1 U
GAGTGCCGTTTCTTGGGAAAGTTCCTTTGGATCCACAGCTTTGCAAAGCAGCTGAACAAG
GTAAGTCGTGCTTTGAGGGGAACAACAAGTGTTCTGTTAGCGCACCTGCGCTCAAGAGCA
TCATACAGAAGGTTCTTGCTTCGATGACCGAGTGAAGAATTCCACTAAATAGATCCGGTG
GCTGGATCCGTGCTACTATGAAAGGTGTGTAGGCTTTTTGTGCAAGCTATAGGCATTGTC
TTCGCATGTGTAATACGATTGGTTTTTATGAGATTGGACCATTAAATTCTTGTCGACCAT
AATTACTATCGTTGAAATTCATTTGAGTATTATTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GA33TF U 1
AF RR1GB02TF U 1
BS 1 335 RR1GA33TF

RD RR1GA33TF 335 0 0
GAGTGCCGTTTCTTGGGAAAGTTCCTTTGGATCCACAGCTTTGCAAAGCAGCTGAACAAG
GTAAGTCGTGCTTTGAGGGGAACAACAAGTGTTCTGTTAGCGCACCTGCGCTCAAGAGCA
TCATACAGAAGGTTCTTGCTTCGATGACCGAGTGAAGAATTCCACTAAATAGATCCGGTG
GCTGGATCCGTGCTACTATGAAAGGTGTGTAGGCTTTTTGTGCAAGCTATAGGCATTGTC
TTCGCATGTGTAATACGATTGGTTTTTATGAGATTGGACCATTAAATTCTTGTCGACCAT
AATTACTATCGTTGAAATTCATTTGAGTATTATTC

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1GB02TF 335 0 0
GAGTGCCGTTTCTTGGGAAAGTTCCTTTGGATCCACAGCTTTGCAAAGCAGCTGAACAAG
GTAAGTCGTGCTTTGAGGGGAACAACAAGTGTTCTGTTAGCGCACCTGCGCTCAAGAGCA
TCATACAGAAGGTTCTTGCTTCGATGACCGAGTGAAGAATTCCACTAAATAGATCCGGTG
GCTGGATCCGTGCTACTATGAAAGGTGTGTAGGCTTTTTGTGCAAGCTATAGGCATTGTC
TTCGCATGTGTAATACGATTGGTTTTTATGAGATTGGACCATTAAATTCTTGTCGACCAT
AATTACTATCGTTGAAATTCATTTGAGTATTATTC

QA 1 335 1 335
DS 



AS 1 2

CO CL5691Contig1 836 2 2 U
GACGTCTCTCAATCGCGCTTCTCACCGACGAAGGATCGGCGGAATCTCCTCTTTGTTGTT
ACCGGTAGTTCGATCCCCCATGAATCCTGAATATGACTATCTGTTCAAGCTTTTGCTAGT
TGGTGATTCTGGTGCTGGCAAATCATGTTTGCTTCTAAGGTTTGCTGACGATTCCTACCT
GGATAACTACATCAGCACCATTGGTGTTGACTTTAAAATCCGCACTGTCGAACAAGATGG
AAAGACCATCAAACTCCAGATTTGGGACACGGCAAGTCAAGAGCGTTTCAGAACGATCAC
CAGCAGTTACTACAGAGGAGCTCATGGGATCATTGTGACTTACGATGTAACAGACCAAGA
GAGCTTCAACAATGTCAAGCAATGGCTTAACGAAATCGACCGCTACGCCAGTGAGAATGT
GAACAAGCTACTGGTTGGCAACAAAAACGATCTCACTTCACAGAAAGTTGTATCCACTGA
AACTGCCAAGGCTTTTGCAGATGAACTTGGGATCCCGTTCTTGGAGACAAGTGCCAAGAA
CGCTACCAATGTCGAAGAAGCTTTCATGGCCATGACTGCTGCAATCAAGACAAGAATGGC
GAGCCAACCTTCAGGAGGATCCAAGCCAGCAACCGTCCAGATCCGAGGACAACCTGTAAA
CCAGCAATCAGGCTGCTGCTCTTTTTAATTCTCTTTTCAAAACACATATATTATCTAATC
CGAATGTGAACATCGTCTCTCTTCTTCATTTTATGTGTTTTTTTTTTTCAATCACTATGT
CCAAAAAGCTTCTTAATTCTTTGTAATGTACTTGGAACACAATAAACTTAGTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT52TF U 1
AF RR1DT52JQ C 231
BS 1 607 RR1DT52TF
BS 608 836 RR1DT52JQ

RD RR1DT52TF 607 0 0
GACGTCTCTCAATCGCGCTTCTCACCGACGAAGGATCGGCGGAATCTCCTCTTTGTTGTT
ACCGGTAGTTCGATCCCCCATGAATCCTGAATATGACTATCTGTTCAAGCTTTTGCTAGT
TGGTGATTCTGGTGCTGGCAAATCATGTTTGCTTCTAAGGTTTGCTGACGATTCCTACCT
GGATAACTACATCAGCACCATTGGTGTTGACTTTAAAATCCGCACTGTCGAACAAGATGG
AAAGACCATCAAACTCCAGATTTGGGACACGGCAAGTCAAGAGCGTTTCAGAACGATCAC
CAGCAGTTACTACAGAGGAGCTCATGGGATCATTGTGACTTACGATGTAACAGACCAAGA
GAGCTTCAACAATGTCAAGCAATGGCTTAACGAAATCGACCGCTACGCCAGTGAGAATGT
GAACAAGCTACTGGTTGGCAACAAAAACGATCTCACTTCACAGAAAGTTGTATCCACTGA
AACTGCCAAGGCTTTTGCAGATGAACTTGGGATCCCGTTCTTGGAGACAAGTGCCAAGAA
CGCTACCAATGTCGAAGAAGCTTTCATGGCCATGACTGCTGCAATCAAGACAAGAATGGC
GAGCCAA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1DT52JQ 606 0 0
AACAAGATGGAAAGACCATCAAACTCCAGATTTGGGACACGGCAAGTCAAGAGCGTTTCA
GAACGATCACCAGCAGTTACTACAGAGGAGCTCATGGGATCATTGTGACTTACGATGTAA
CAGACCAAGAGAGCTTCAACAATGTCAAGCAATGGCTTAACGAAATCGACCGCTACGCCA
GTGAGAATGTGAACAAGCTACTGGTTGGCAACAAAAACGATCTCACTTCACAGAAAGTTG
TATCCACTGAAACTGCCAAGGCTTTTGCAGATGAACTTGGGATCCCGTTCTTGGAGACAA
GTGCCAAGAACGCTACCAATGTCGAAGAAGCTTTCATGGCCATGACTGCTGCAATCAAGA
CAAGAATGGCGAGCCAACCTTCAGGAGGATCCAAGCCAGCAACCGTCCAGATCCGAGGAC
AACCTGTAAACCAGCAATCAGGCTGCTGCTCTTTTTAATTCTCTTTTCAAAACACATATA
TTATCTAATCCGAATGTGAACATCGTCTCTCTTCTTCATTTTATGTGTTTTTTTTTTTCA
ATCACTATGTCCAAAAAGCTTCTTAATTCTTTGTAATGTACTTGGAACACAATAAACTTA
GTTGCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL5692Contig1 1030 2 2 U
GAACGCAGAGCATATTGGGAAGGCTAAGAGAACAAATAGAGAAGGGAGTAGCAATAATAG
GGGGAGGCGCTGGGACGGGAATATCAGCAAAGTTTGAGGAAGCTGGTGGGATTGATCCGA
TAGTGATATACAACTCTGGACGTTTCCGGATGGCTGGAAGAGGATCTTTAGCAGGCTTAC
TTCCATTTGCTGACGCCAATGCAGTCGTCCTTGAAATGGCTAATGAAGTTTTGCCCGTAG
TGAAGGCGGTGCCTGTTCTTGCTGGGGTATGCGCTACCGATCCATTTCGACGTATGGACT
ATTTTCTCAAGCAGTTGGAGTCCATTGGGTTCGTTGGTGTCCAGAACTTTCCAACCGTCG
GTCTCTTTGATGGTAATTTTAGACAAAATCTTGAAGAGACCGGAATGGGATATGGCCTGG
AAGTCAAGATGATCGCAGAGGCGCATAAAATGGGGCTGTTGACAACACCATATGCTTTCA
ACCCAAAAGAAGGAGAAGAAATGGCGAAAGCAGGAGCTGATATAATAGTAGCACATATGG
GTCTAACTACATCTGGAAACATCGGGGCGAAGACTGCAGTGTCGCTGGAAGAAAGCGTAG
TTCGTGTGCAAGCTATTGCAGATGCTGCTCGTAGGTTCAACCCAGACATCATAGTGCTCT
GCCACGGAGGTCCGATATCGGGTCCAGAGGAGGCAGAGTATGTGTTGAAGAGAACAAAAG
GTTGTGTACATGGATTCTATGGAGCATCAAGCATGGAAAGGCTACCTGTAGAGCAAGCTA
TAACAGGCACTGTTCAAAAGTACAAGTCCATTGCAATGAAGTGAATAAATAAGTAAGTTC
ACATTTATGTAATTTTGTGTGTTTCCTCTTTTGTGTATTGTGGGCCGTTTGTTGCATTTG
GTTTTCGTTGTGATGTGACTGCAGAGTCTTTTGGTTGCCCTATGCTTCTTTCTCTTTTCT
ACTACTATCTCTACTTTTGTAACGGTGATTTTTCTATATTTTTCGAAATAAAATAAATCC
GTTTCCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F449TF U 1
AF RR1F449JQ C 257
BS 1 633 RR1F449TF
BS 634 1030 RR1F449JQ

RD RR1F449TF 633 0 0
GAACGCAGAGCATATTGGGAAGGCTAAGAGAACAAATAGAGAAGGGAGTAGCAATAATAG
GGGGAGGCGCTGGGACGGGAATATCAGCAAAGTTTGAGGAAGCTGGTGGGATTGATCCGA
TAGTGATATACAACTCTGGACGTTTCCGGATGGCTGGAAGAGGATCTTTAGCAGGCTTAC
TTCCATTTGCTGACGCCAATGCAGTCGTCCTTGAAATGGCTAATGAAGTTTTGCCCGTAG
TGAAGGCGGTGCCTGTTCTTGCTGGGGTATGCGCTACCGATCCATTTCGACGTATGGACT
ATTTTCTCAAGCAGTTGGAGTCCATTGGGTTCGTTGGTGTCCAGAACTTTCCAACCGTCG
GTCTCTTTGATGGTAATTTTAGACAAAATCTTGAAGAGACCGGAATGGGATATGGCCTGG
AAGTCAAGATGATCGCAGAGGCGCATAAAATGGGGCTGTTGACAACACCATATGCTTTCA
ACCCAAAAGAAGGAGAAGAAATGGCGAAAGCAGGAGCTGATATAATAGTAGCACATATGG
GTCTAACTACATCTGGAAACATCGGGGCGAAGACTGCAGTGTCGCTGGAAGAAAGCGTAG
TTCGTGTGCAAGCTATTGCAGATGCTGCTCGTA

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1F449JQ 774 0 0
TCTTGCTGGGGTATGCGCTACCGATCCATTTCGACGTATGGACTATTTTCTCAAGCAGTT
GGAGTCCATTGGGTTCGTTGGTGTCCAGAACTTTCCAACCGTCGGTCTCTTTGATGGTAA
TTTTAGACAAAATCTTGAAGAGACCGGAATGGGATATGGCCTGGAAGTCAAGATGATCGC
AGAGGCGCATAAAATGGGGCTGTTGACAACACCATATGCTTTCAACCCAAAAGAAGGAGA
AGAAATGGCGAAAGCAGGAGCTGATATAATAGTAGCACATATGGGTCTAACTACATCTGG
AAACATCGGGGCGAAGACTGCAGTGTCGCTGGAAGAAAGCGTAGTTCGTGTGCAAGCTAT
TGCAGATGCTGCTCGTAGGTTCAACCCAGACATCATAGTGCTCTGCCACGGAGGTCCGAT
ATCGGGTCCAGAGGAGGCAGAGTATGTGTTGAAGAGAACAAAAGGTTGTGTACATGGATT
CTATGGAGCATCAAGCATGGAAAGGCTACCTGTAGAGCAAGCTATAACAGGCACTGTTCA
AAAGTACAAGTCCATTGCAATGAAGTGAATAAATAAGTAAGTTCACATTTATGTAATTTT
GTGTGTTTCCTCTTTTGTGTATTGTGGGCCGTTTGTTGCATTTGGTTTTCGTTGTGATGT
GACTGCAGAGTCTTTTGGTTGCCCTATGCTTCTTTCTCTTTTCTACTACTATCTCTACTT
TTGTAACGGTGATTTTTCTATATTTTTCGAAATAAAATAAATCCGTTTCCATCC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL5693Contig1 1034 2 8 U
GCACGTATCTACCAGGCTGCTCCAATGTAGCTTGCGCGGTGGCGGATGTAGATGCCGCCA
CGAAACTAGCAGCAGAAGCTGACGCGACGGTGCTTGTTATAGGTGCAGATCAGTCTATCG
AGGCAGAGAGCCGCGACAGAATCGATCTGAACCTTCCCGGGAAACAACAAGACCTTGTGA
CCCAAGTGGCTAAAGCAGCCAAAGGACCGGTCTTGCTAGTTATCATGTCCGGTGGAGGTT
TCGACATTACCTTCGCCAAAAACGATCCGAAGATCGCCGGAATATTATGGGTTGGTTATC
CTGGAGAAGCTGGCGGCATCGCCATAGCTGATGTCATCTTTGGCCGTTACAATCCAAGTG
GAAGATTACCGATGACGTGGTATCCACAATCCTACGTGGAGAAAGTACCGATGACGAACA
TGAACATGAGACCCGATACATCAAACGGGTATCCGGGTCGGACGTACCGGTTCTACACCG
GAGAAACAGTTTACGCCTTCGGAGACGGGCTCAGCTACGCCAAGTTCAGCCACAGCTTAG
CCAAAGCTCCTCCACGTGCTGTCTCTCTCCGTCTTGAAGAGAACCACGTTTGCCGATCAT
CGGAATGTCAGTCGCTGGACGCATTAGGACCGCACTGCGAAAAGAACACTGTCGGAACGG
CGTTTGAGGTTCATGTTAAGGTACGGAACGGTGGAGACAGAGAAGGGATCCACACGGTGT
TTTTGTTCACGACGCCTCCGGCGGTTCACGGGTCGCCGAGGAAGCATCTTTTGGGGTTTG
AGAAGATTCGTTTGGGGAAGATGGAAGAAGCGGTGGTTAAGTTTGAGGTCGATGTCTGCA
AGGATCTTAGCGTTGTTGATGAAGTTGGGAAGAGGAAGATTGGTTTGGGTCAGCATCTTC
TACATGTAGGGGACTTGAAACATTCTTTGAGCATTAGAATCTGATTTCTATAGATTCTAA
ATTTTTATAATTTAAAGAAAAAAACTATAAATATGCTTATTGATTAAGCTTTATGCAATT
GGGAGAGATGAATA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C220TF U 1
AF RR1C220JQ C 316
BS 1 668 RR1C220TF
BS 669 669 RR1C220JQ
BS 670 680 RR1C220TF
BS 681 681 RR1C220JQ
BS 682 687 RR1C220TF
BS 688 688 RR1C220JQ
BS 689 706 RR1C220TF
BS 707 1034 RR1C220JQ

RD RR1C220TF 710 0 0
GCACGTATCTACCAGGCTGCTCCAATGTAGCTTGCGCGGTGGCGGATGTAGATGCCGCCA
CGAAACTAGCAGCAGAAGCTGACGCGACGGTGCTTGTTATAGGTGCAGATCAGTCTATCG
AGGCAGAGAGCCGCGACAGAATCGATCTGAACCTTCCCGGGAAACAACAAGACCTTGTGA
CCCAAGTGGCTAAAGCAGCCAAAGGACCGGTCTTGCTAGTTATCATGTCCGGTGGAGGTT
TCGACATTACCTTCGCCAAAAACGATCCGAAGATCGCCGGAATATTATGGGTTGGTTATC
CTGGAGAAGCTGGCGGCATCGCCATAGCTGATGTCATCTTTGGCCGTTACAATCCAAGTG
GAAGATTACCGATGACGTGGTATCCACAATCCTACGTGGAGAAAGTACCGATGACGAACA
TGAACATGAGACCCGATACATCAAACGGGTATCCGGGTCGGACGTACCGGTTCTACACCG
GAGAAACAGTTTACGCCTTCGGAGACGGGCTCAGCTACGCCAAGTTCAGCCACAGCTTAG
CCAAAGCTCCTCCACGTGCTGTCTCTCTCCGTCTTGAAGAGAACCACGTTTGCCGATCAT
CGGAATGTCAGTCGCTGGACGCATTAGGACCGCACTGCGAAAAGAACACTGTCGGAACGG
CGTTTGAG*TTCATGTTAAG*TACGGA*CGGTGGAGACAGAGAAGG
ATCA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1C220JQ 719 0 0
GCATCGCCATAGCTGATGTCATCTTTGGCCGTTACAATCCAAGTGGAAGATTACCGATGA
CGTGGTATCCACAATCCTACGTGGAGAAAGTACCGATGACGAACATGAACATGAGACCCG
ATACATCAAACGGGTATCCGGGTCGGACGTACCGGTTCTACACCGGAGAAACAGTTTACG
CCTTCGGAGACGGGCTCAGCTACGCCAAGTTCAGCCACAGCTTAGCCAAAGCTCCTCCAC
GTGCTGTCTCTCTCCGTCTTGAAGAGAACCACGTTTGCCGATCATCGGAATGTCAGTCGC
TGGACGCATTAGGACCGCACTGCGAAAAGAACACTGTCGGAACGGCGTTTGAGGTTCATG
TTAAGGTACGGAACGGTGGAGACAGAGAAGGGATCCACACGGTGTTTTTGTTCACGACGC
CTCCGGCGGTTCACGGGTCGCCGAGGAAGCATCTTTTGGGGTTTGAGAAGATTCGTTTGG
GGAAGATGGAAGAAGCGGTGGTTAAGTTTGAGGTCGATGTCTGCAAGGATCTTAGCGTTG
TTGATGAAGTTGGGAAGAGGAAGATTGGTTTGGGTCAGCATCTTCTACATGTAGGGGACT
TGAAACATTCTTTGAGCATTAGAATCTGATTTCTATAGATTCTAAATTTTTATAATTTAA
AGAAAAAAACTATAAATATGCTTATTGATTAAGCTTTATGCAATTGGGAGAGATGAATA

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL5694Contig1 906 2 2 U
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CAACTGTAGCAGAGTACATGGTTGATGGTTCTCTAAGACATGTTCTACTCAGAAAAGATA
GACACCTGGATCGTCGTAAGAGACTAATCATTGCTATGGACGCTGCATTTGGAATGGAAT
ATTTGCACGCCAAGAACATTGTTCACTTCGATTTGAAATGTGACAACTTACTTGTGAACC
TCAAAGATCCTTCTCGCCCAATCTGCAAGGTTGGTGACTTTGGCTTGTCAAAAATTAAAA
GAAATACTTTGGTATCTGGTGGTGTACGTGGAACCCTTCCATGGATGGCACCAGAGCTTC
TAAACGGCAGCAGCAGCAAAGTTTCAGAGAAGGTCGATGTCTTCTCTTTTGGTATAGTCT
TGTGGGAGATTCTAACTGGAGAGGAACCATATGCTAATATGCACTATGGTGCTATAATAG
GTGGGATAGTGAACAACACACTGAGGCCGACCATACCAAGTTACTGTGACTCGGACTGGA
GAGTACTAATGGAGGAATGTTGGGCGCCTATTCAACGGCAAGGCCATCCTTCACGGAGAT
AGCTGATCGTTTACGTGTGATGTCAACTGCTGCAACTTCCAACCAATCAAAACCACCAGC
TCACAATAAGGCTTCAAAGTAAAAGAGTCTTTCTTCTTTGTAGACTTTCTATACTCGTGT
TTGTGGGTCAGGAGGAAGATATTTGTTGACCCTTTTCTCCTTACCCTTTTCTTTACCAAA
ACCAAAAAAAAACAAGTTACGTAATAAAATTGGTTTGAGGCTGTTGTATCAACATGGGAA
GTAGTTTACTTTAATCTCATAGTATTTGTTCTTACTAATGTGGAAAAAAGAACTTTTGAC
AGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG38TF U 1
AF RR1DG38JQ C 253
BS 1 553 RR1DG38TF
BS 554 906 RR1DG38JQ

RD RR1DG38TF 553 0 0
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CAACTGTAGCAGAGTACATGGTTGATGGTTCTCTAAGACATGTTCTACTCAGAAAAGATA
GACACCTGGATCGTCGTAAGAGACTAATCATTGCTATGGACGCTGCATTTGGAATGGAAT
ATTTGCACGCCAAGAACATTGTTCACTTCGATTTGAAATGTGACAACTTACTTGTGAACC
TCAAAGATCCTTCTCGCCCAATCTGCAAGGTTGGTGACTTTGGCTTGTCAAAAATTAAAA
GAAATACTTTGGTATCTGGTGGTGTACGTGGAACCCTTCCATGGATGGCACCAGAGCTTC
TAAACGGCAGCAGCAGCAAAGTTTCAGAGAAGGTCGATGTCTTCTCTTTTGGTATAGTCT
TGTGGGAGATTCTAACTGGAGAGGAACCATATGCTAATATGCACTATGGTGCTATAATAG
GTGGGATAGTGAACAACACACTGAGGCCGACCATACCAAGTTACTGTGACTCGGACTGGA
GAGTACTAATGGA

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1DG38JQ 654 0 0
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GCAGCAAAGTTTCAGAGAAGGTCGATGTCTTCTCTTTTGGTATAGTCTTGTGGGAGATTC
TAACTGGAGAGGAACCATATGCTAATATGCACTATGGTGCTATAATAGGTGGGATAGTGA
ACAACACACTGAGGCCGACCATACCAAGTTACTGTGACTCGGACTGGAGAGTACTAATGG
AGGAATGTTGGGCGCCTATTCAACGGCAAGGCCATCCTTCACGGAGATAGCTGATCGTTT
ACGTGTGATGTCAACTGCTGCAACTTCCAACCAATCAAAACCACCAGCTCACAATAAGGC
TTCAAAGTAAAAGAGTCTTTCTTCTTTGTAGACTTTCTATACTCGTGTTTGTGGGTCAGG
AGGAAGATATTTGTTGACCCTTTTCTCCTTACCCTTTTCTTTACCAAAACCAAAAAAAAA
CAAGTTACGTAATAAAATTGGTTTGAGGCTGTTGTATCAACATGGGAAGTAGTTTACTTT
AATCTCATAGTATTTGTTCTTACTAATGTGGAAAAAAGAACTTTTGACAGATAC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL5695Contig1 1116 2 4 U
GGGTTTGCGGCTCTGCTCTTAATTATGGTTTCCGTAGAGGGTTTATGATCTTTTAAGTGG
AAATTTCCTGAAGAACACCGACAGATTTTTGGAATCTGATGTTCTGTGTATGAGTTTAGG
GCTTTGTGGGACGAAGTAGCGATTCTTTTTTTTTCCTTCTTCCATTGATTTGGGTGAGGA
ACAGAGGTAGAGAGTGTAGGTTTTTTGTTTGTTGAGTTATAGTTTATGGTCGATGAAGAA
GATGATTGGGAGTCCAGGAACAATGAGCGGGTTGATATTGAGGTTAGGGCAGTGTGCGAC
TGCTGCTGCTTCCATCGGTGTTATGGTTTCTGCTCCTGGCTTCTCTAGCTACACTGCTTT
CTGCTTCTTAGTTGCATCTATGGGTCTTCAAATGATTTGGAGCTTTGGACTTGCTTGTCT
TGACGTATATGCAATAAGGCGAATAAGTGATTTACAAAGCCCCCATCTTATTGAGCCTAT
TCGCAGTTGGTGATTGGGTCACTGCACTTCTCTCCCTTGCAGCTGCGTGTTCATCTGCAG
GAGTTACGGTTTTATTCACAAAAGACACTGTATTTTGCAAGCAGGCCTCTCTCTCTTGCA
ATTGGTTTCAGCTCTCTGTCGCTTTAGCTTTCTTCAATTGGTGTTTGGCTGCTGTATCGT
CTCATGCAATGTTTTGGATCTTGATATGACATTGAAGTTGAACACACAACCCACCCCCTT
TTCTTTACAAAGATCCGTTTCTGTGAATCGTTTCTTTTTCTCTCTTTTCTTTTGATCTAA
CTCATAACCGGAAACGAGGGAAATGGTACAAAGTCATTTTTGGTGAATGCTCAAGTGTCA
AGACAACTAGGACTCAGTAACCTCTTGTGATAGAATTTTGATGATGTGTTCGATCTCATC
AGCAACCCTCCGGTTTTGTCTCCGCACGTTAAGGCATGCGGATGCTACAAACCTGTGTTT
TTTTTTTCTTCTAATTTTTAACGAAAGATTGTATCACTAGAGTTATGTACACACACAATT
CAGCTGTTCATTTCATATATTCTAATAGGAGTATATACTTAGGCTTATATCATGTCTTCA
TGTCAACATAAGAATTTTAAAAAAATTTGATTACGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GN37TF U 1
AF RR1GN37JQ C 367
BS 1 463 RR1GN37TF
BS 464 464 RR1GN37JQ
BS 465 580 RR1GN37TF
BS 581 1116 RR1GN37JQ

RD RR1GN37TF 580 0 0
GGGTTTGCGGCTCTGCTCTTAATTATGGTTTCCGTAGAGGGTTTATGATCTTTTAAGTGG
AAATTTCCTGAAGAACACCGACAGATTTTTGGAATCTGATGTTCTGTGTATGAGTTTAGG
GCTTTGTGGGACGAAGTAGCGATTCTTTTTTTTTCCTTCTTCCATTGATTTGGGTGAGGA
ACAGAGGTAGAGAGTGTAGGTTTTTTGTTTGTTGAGTTATAGTTTATGGTCGATGAAGAA
GATGATTGGGAGTCCAGGAACAATGAGCGGGTTGATATTGAGGTTAGGGCAGTGTGCGAC
TGCTGCTGCTTCCATCGGTGTTATGGTTTCTGCTCCTGGCTTCTCTAGCTACACTGCTTT
CTGCTTCTTAGTTGCATCTATGGGTCTTCAAATGATTTGGAGCTTTGGACTTGCTTGTCT
TGACGTATATGCAATAAGGCGAATAAGTGATTTACAAAGCCCC*ATCTTATTGAGCCTAT
TCGCAGTTGGTGATTGGGTCACTGCACTTCTCTCCCTTGCAGCTGCGTGTTCATCTGCAG
GAGTTACGGTTTTATTCACAAAAGACACTGTATTTTGCAA

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1GN37JQ 750 0 0
CTTAGTTGCATCTATGGGTCTTCAAATGATTTGGAGCTTTGGACTTGCTTGTCTTGACGT
ATATGCAATAAGGCGAATAAGTGATTTACAAAGCCCCCATCTTATTGAGCCTATTCGCAG
TTGGTGATTGGGTCACTGCACTTCTCTCCCTTGCAGCTGCGTGTTCATCTGCAGGAGTTA
CGGTTTTATTCACAAAAGACACTGTATTTTGCAAGCAGGCCTCTCTCTCTTGCAATTGGT
TTCAGCTCTCTGTCGCTTTAGCTTTCTTCAATTGGTGTTTGGCTGCTGTATCGTCTCATG
CAATGTTTTGGATCTTGATATGACATTGAAGTTGAACACACAACCCACCCCCTTTTCTTT
ACAAAGATCCGTTTCTGTGAATCGTTTCTTTTTCTCTCTTTTCTTTTGATCTAACTCATA
ACCGGAAACGAGGGAAATGGTACAAAGTCATTTTTGGTGAATGCTCAAGTGTCAAGACAA
CTAGGACTCAGTAACCTCTTGTGATAGAATTTTGATGATGTGTTCGATCTCATCAGCAAC
CCTCCGGTTTTGTCTCCGCACGTTAAGGCATGCGGATGCTACAAACCTGTGTTTTTTTTT
TCTTCTAATTTTTAACGAAAGATTGTATCACTAGAGTTATGTACACACACAATTCAGCTG
TTCATTTCATATATTCTAATAGGAGTATATACTTAGGCTTATATCATGTCTTCATGTCAA
CATAAGAATTTTAAAAAAATTTGATTACGG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL5696Contig1 765 2 2 U
GGACGTATCTCTTCTTCACTTGTGAGTTTGCACAGCAGGTTTGGACACAAGCCCCATGGT
CAAGGCCCCTCATGTCTCTCCAAACCTAATCTTTCGCGGAAGAGCTAGAAAAATCTCGAC
TCCGTACCAACCTTCCACCGATTGGCTCCAACATTAACCTTTTCCCGTGGATCGTTTGGT
ACATCTGGACGGCTAGAAACCAATTCCTCTTCGAAAAGCGAACATCGTCACCAGCAGATT
TCCTTAGCAGAGCCATAAGTGCTGCTAGGGAATGGATCACAGCCCAAGTATCAGAGCAAA
CGCCTCAACAGAATCATCTGCATGCTCCGATTGAACCACCATTACTCCCGCCAATACCCT
CGGATCTTCTTTCAATGACCCTCATCTTCAACAACGATGCCTCGTGGAAATAGGCAGAGG
ATCGAAATATCAGGAACATGTTCCATCGGCGCTGCTAGCAGAGTGCTTGGCGGTGAGGGA
AGCCTTACTCCACGCGATCTCCCTTGGAACCACACATATCTGGCTCAGATCAGACTCTCA
AGTGCTTGTAAAAGCAATCATCGAGAACCGACGTACGACGGAGCTCTACGGGAATCTCTC
CGATATCGCTTCTCTAGGTTCATCTTTTTTTTTGTCGTTACAGTTTCATCCCAAGGCTTC
AGAATGGACCAGCAGATGCTATTGCAAAATCATGTCATTGTAATGGGTTTGCTGGGCCAT
AAACTTTCTATTTGGACCTCTTTATTTTAATGCAATCATCAGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS38TF U 1
AF RR1GS38JQ C 427
BS 1 614 RR1GS38TF
BS 615 765 RR1GS38JQ

RD RR1GS38TF 614 0 0
GGACGTATCTCTTCTTCACTTGTGAGTTTGCACAGCAGGTTTGGACACAAGCCCCATGGT
CAAGGCCCCTCATGTCTCTCCAAACCTAATCTTTCGCGGAAGAGCTAGAAAAATCTCGAC
TCCGTACCAACCTTCCACCGATTGGCTCCAACATTAACCTTTTCCCGTGGATCGTTTGGT
ACATCTGGACGGCTAGAAACCAATTCCTCTTCGAAAAGCGAACATCGTCACCAGCAGATT
TCCTTAGCAGAGCCATAAGTGCTGCTAGGGAATGGATCACAGCCCAAGTATCAGAGCAAA
CGCCTCAACAGAATCATCTGCATGCTCCGATTGAACCACCATTACTCCCGCCAATACCCT
CGGATCTTCTTTCAATGACCCTCATCTTCAACAACGATGCCTCGTGGAAATAGGCAGAGG
ATCGAAATATCAGGAACATGTTCCATCGGCGCTGCTAGCAGAGTGCTTGGCGGTGAGGGA
AGCCTTACTCCACGCGATCTCCCTTGGAACCACACATATCTGGCTCAGATCAGACTCTCA
AGTGCTTGTAAAAGCAATCATCGAGAACCGACGTACGACGGAGCTCTACGGGAATCTCTC
CGATATCGCTTCTC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1GS38JQ 339 0 0
ATATCAGGAACATGTTCCATCGGCGCTGCTAGCAGAGTGCTTGGCGGTGAGGGAAGCCTT
ACTCCACGCGATCTCCCTTGGAACCACACATATCTGGCTCAGATCAGACTCTCAAGTGCT
TGTAAAAGCAATCATCGAGAACCGACGTACGACGGAGCTTTACGGGAATCTCTCCGATAT
CGCTTCTCTAGGTTCATCTTTTTTTTTGTCGTTACAGTTTCATCCCAAGGCTTCAGAATG
GACCAGCAGATGCTATTGCAAAATCATGTCATTGTAATGGGTTTGCTGGGCCATAAACTT
TCTATTTGGACCTCTTTATTTTAATGCAATCATCAGTTG

QA 1 339 1 339
DS 



AS 1 2

CO CL5697Contig1 1033 2 4 U
GGATAAACGCCGTCATTTAGTAAAGAGACCTCCAAATTTATCCTCTTCCAATTTTCACAG
ACAAATTAAAAATCATCAATAGATCCGGAGATTGTTGGTCGTCACACTGTCTTTTTCGAG
AAGATTCGATGGCTACGTTCGTAAACTCCCCGACGGCGCTCGTTGACTGGGACAGCCACC
GGTACGATGTTCTTCACCTCCTCTCTTCCCTTCCACATCCGCATATAAAGCGCCGCTGTT
TGACGACTCCGACTTGGAATCGGATCTCGATCAAGAGCGTTGAGTTGATTTATTGGCGGA
TCTCCATATCTTTCGCATGATGGAGAGGTAAAGAGAGGAATCTCCCATTTATTTATAGGG
AACCAACACTGCCTCTCAGATCTAAGCGACCCTTTCAAGACCCGTGGAGAGTGAATCAAT
AAAATTAAACACGAAACATTTGCTTGAACCGTTTCGGATGGTGAGAAGAAGCTCAAACGG
CATCGGTCGCCATCGCAGGAAGAGAGACTTGTTTGCATCCGTATTAGGGTTAGGATATCT
ATTCGATTGGGCCAAACACATATTCAAAATTCTCAGCCCAAATCCACAAAACGTGAATGA
AGTCCATCAAGCATAGAATAAAACGACCCTTTTTAACCTGACAAGTGTCGACTTCTGGAG
ACTTGAGTTTGTGACATGGCGTCTGACGTGTCAACAGGAACAGGAGAGAAACAACTCTTC
TTTATATAATAAGATAGACTTTTAAACTAACGTATGGCCCATGAGAAACTCGACTCTTGT
CAGTACGATGATGATGATGTGTAATGACAGAAACGAAAAGAAAGAAGATAAGTCCTAATC
CAAAACTCGTGGTCGTGATTTCGTTTTTATTACATCCTTGTAAAAAATGTATTGCTTTAT
TTTTATTTTTTTTAAATTAAGGAGACGAGAAGCAGCGTACCGATCGTTATTTTCATGTCC
CAGTAGATGGATTCTGCTTTGTCTCCCCGTATCTTTTTCGCACACAGCTTCGTTAGTTCA
AGGTTTTGATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C128TF U 1
AF RR1C128JQ C 304
BS 1 635 RR1C128TF
BS 636 636 RR1C128JQ
BS 637 693 RR1C128TF
BS 694 1033 RR1C128JQ

RD RR1C128TF 693 0 0
GGATAAACGCCGTCATTTAGTAAAGAGACCTCCAAATTTATCCTCTTCCAATTTTCACAG
ACAAATTAAAAATCATCAATAGATCCGGAGATTGTTGGTCGTCACACTGTCTTTTTCGAG
AAGATTCGATGGCTACGTTCGTAAACTCCCCGACGGCGCTCGTTGACTGGGACAGCCACC
GGTACGATGTTCTTCACCTCCTCTCTTCCCTTCCACATCCGCATATAAAGCGCCGCTGTT
TGACGACTCCGACTTGGAATCGGATCTCGATCAAGAGCGTTGAGTTGATTTATTGGCGGA
TCTCCATATCTTTCGCATGATGGAGAGGTAAAGAGAGGAATCTCCCATTTATTTATAGGG
AACCAACACTGCCTCTCAGATCTAAGCGACCCTTTCAAGACCCGTGGAGAGTGAATCAAT
AAAATTAAACACGAAACATTTGCTTGAACCGTTTCGGATGGTGAGAAGAAGCTCAAACGG
CATCGGTCGCCATCGCAGGAAGAGAGACTTGTTTGCATCCGTATTAGGGTTAGGATATCT
ATTCGATTGGGCCAAACACATATTCAAAATTCTCAGCCCAAATCCACAAAACGTGAATGA
AGTCCATCAAGCATAGAATAAAACGACCCTTTTTA*CCTGACAAGTGTCGACTTCTGGAG
ACTTGAGTTTGTGACATGGCGTCTGACGTGTCA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1C128JQ 730 0 0
CCATATCTTTCGCATGATGGAGAGG*AAAGAGAGGAATCTCCCATTTATTTATAGGGAAC
CAACACTGCCTCTCAGATCTAAGCGACCCTTTCAAGACCCGTGGAGAGTGAATCAATAAA
ATTAAACACGAAACATTTGCTTGAACCGTTTCGGATGGTGAGAAGAAGCTCAAACGGCAT
CGGTCGCCATCGCAGGAAGAGAGACTTGTTTGCATCCGTATTAGGGTTAGGATATCTATT
CGATTGGGCCAAACACATATTCAAAATTTTCAGCCCAAATCCACAAAACGTGAATGAAGT
CCATCAAGCATAGAATAAAACGACCCTTTTTAACCTGACAAGTGTCGACTTCTGGAGACT
TGAGTTTGTGACATGGCGTCTGACGTGTCAACAGGAACAGGAGAGAAACAACTCTTCTTT
ATATAATAAGATAGACTTTTAAACTAACGTATGGCCCATGAGAAACTCGACTCTTGTCAG
TACGATGATGATGATGTGTAATGACAGAAACGAAAAGAAAGAAGATAAGTCCTAATCCAA
AACTCGTGGTCGTGATTTCGTTTTTATTACATCCTTGTAAAAAATGTATTGCTTTATTTT
TATTTTTTTTAAATTAAGGAGACGAGAAGCAGCGTACCGATCGTTATTTTCATGTCCCAG
TAGATGGATTCTGCTTTGTCTCCCCGTATCTTTTTCGCACACAGCTTCGTTAGTTCAAGG
TTTTGATGAT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL5698Contig1 1012 2 2 U
GGCCCTAAGAATGGAGTGTCAGCAGTCAAAGCGACCCACTTGCCCTGCTTGCGCTAAACC
CACGAAGCTCTGCCTCTGCAACAGGATCCGATCTCCGCCGCTGGATAACGAGGTGAGTGT
TACTATCCTTCAGCACAGCCTCGAGAGAAAGCACGCGCTTAATTCGACTAGAATCGCTAG
GTTAGGGCTTAGGAATGTTACTGTCACCACCGTCTTCGATGTCGATGACGAGGCAGAGTT
CTTGATAAGAGGTAAAGGAGCTTCCTTGGAGCTTGCTGATGGCTCAAACTTAGGTTCTGA
CAAGAAAGCGTTGGTTGCTGATAATGAAAGGTTGAAAATTGGTGAAGGTTTGAAGATTTA
TCAACATTCAGATGATAAGATAGGCTCTTGTGAAGAGGATTTGATCAGATTCTCTATGAA
GAAACGAGCTGTTATCAGCAATGTCTCCACCTCTTTGATGGAAGATGCTAGTTTTGATGG
AATATTGGCTTCTCCTGCAGCAATGGATGTGTTGGCAAAAGGGTTTGTGGTAACAAAGCT
CTCTGAAGGGAAGGAAGAGTTCGAGCTAGAGGTTCCTCCTGGAACAGCGCTGTTGTTCCC
AAGCGAAAGATCGGTGATGATCAATGAACTTAAAGAGAGAGGTTTGAAGGTGAGGAATCT
GATAGTTCTTGACGGGACGTGGTCAAAGGCGAGGAGAATGTACCTTGAGAACCCGTGGCT
GAAGCTTTTGTGTAGCCATGTGAAGCTGAAAATCGAAGGTGCGAGTTTGTACAGAGAAGT
TAGGAGACAGCCGAGAGAGGGGTATTTGTCGACGATAGAGAGTATTGTACACGCGATGAA
GGAGATGGGTGAAGATCCTGAGGGTTTGGATAACATGTTGGATGTTTTTGAATCCATGGT
TGGAGATCAGAGAAGATGTAAAGATGAGAACTTTGGAAAAATTCTCTGAAAGGCAGTGAT
TTTGGTCTTGTAACATTTAAGCTGGCATTGATAATTGTTAAGTGTTCCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB47TF U 1
AF RR1DB47JQ C 269
BS 1 647 RR1DB47TF
BS 648 1012 RR1DB47JQ

RD RR1DB47TF 647 0 0
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GTTAGGGCTTAGGAATGTTACTGTCACCACCGTCTTCGATGTCGATGACGAGGCAGAGTT
CTTGATAAGAGGTAAAGGAGCTTCCTTGGAGCTTGCTGATGGCTCAAACTTAGGTTCTGA
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TCAACATTCAGATGATAAGATAGGCTCTTGTGAAGAGGATTTGATCAGATTCTCTATGAA
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AATATTGGCTTCTCCTGCAGCAATGGATGTGTTGGCAAAAGGGTTTGTGGTAACAAAGCT
CTCTGAAGGGAAGGAAGAGTTCGAGCTAGAGGTTCCTCCTGGAACAGCGCTGTTGTTCCC
AAGCGAAAGATCGGTGATGATCAATGAACTTAAAGAGAGAGGTTTGA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1DB47JQ 744 0 0
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TGTGAAGAGGATTTGATCAGATTCTCTATGAAGAAACGAGCTGTTATCAGCAATGTCTCC
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GTGTTGGCAAAAGGGTTTGTGGTAACAAAGCTCTCTGAAGGGAAGGAAGAGTTCGAGCTA
GAGGTTCCTCCTGGAACAGCGCTGTTGTTCCCAAGCGAAGGATCGGTGATGATCAATGAA
CTTAAAGAGAGAGGTTTGAAGGTGAGGAATCTGATAGTTCTTGACGGGACGTGGTCAAAG
GCGAGGAGAATGTACCTTGAGAACCCGTGGCTGAAGCTTTTGTGTAGCCATGTGAAGCTG
AAAATCGAAGGTGCGAGTTTGTACAGAGAAGTTAGGAGACAGCCGAGAGAGGGGTATTTG
TCGACGATAGAGAGTATTGTACACGCGATGAAGGAGATGGGTGAAGATCCTGAGGGTTTG
GATAACATGTTGGATGTTTTTGAATCCATGGTTGGAGATCAGAGAAGATGTAAAGATGAG
AACTTTGGAAAAATTCTCTGAAAGGCAGTGATTTTGGTCTTGTAACATTTAAGCTGGCAT
TGATAATTGTTAAGTGTTCCATTT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5700Contig1 374 2 1 U
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CTGTGCCAACATCTGCCGTGGAGAAGGCTTTTCCGGTGGCCGTTGTCGTGGTTTCCGCCG
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TTGAAATGTTGTTCCTGTGTTCTTCATTTCCCATTTCGAGTAGTAATAATAATTACAATG
TTTCTTGTTTTCGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B769JQ C 1
AF RR1B769TF U 1
BS 1 374 RR1B769TF

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TTTCGCTGCCTTCTTCTTGTTTCTCGTCCTCTTCTCATCTCAGGAGATTATTGGGATAGA
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CTGTGCCAACATCTGCCGTGGAGAAGGCTTTTCCGGTGGCCGTTGTCGTGGTTTCCGCCG
CCGTTGCTTCTGTACTCGTCTTTGCTAATTACTTGTTCTCTTTTCTTTTCCATTAAAAAA
TTGAAATGTTGTTCCTGTGTTCTTCATTTCCCATTTCGAGTAGTAATAATAATTACAATG
TTTCTTGTTTTCGT

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR1B769TF 374 0 0
GGCGCCAACTCATCACTTGCACGTTTCTAGCATTTTCATATATACAATGGTGAACAAAGT
TTTCGCTGCCTTCTTCTTGTTTCTCGTCCTCTTCTCATCTCAGGAGATTATTGGGATAGA
GGGAAGGATGTGCCAGTCAAAGAGCCATCACTTCAGGCGCACGTGTTTGTCCAACCACAA
CTGTGCCAACATCTGCCGTGGAGAAGGCTTTTCCGGTGGCCGTTGTCGTGGTTTCCGCCG
CCGTTGCTTCTGTACTCGTCTTTGCTAATTACTTGTTCTCTTTTCTTTTCCATTAAAAAA
TTGAAATGTTGTTCCTGTGTTCTTCATTTCCCATTTCGAGTAGTAATAATAATTACAATG
TTTCTTGTTTTCGT

QA 1 374 1 374
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5702Contig1 336 2 1 U
GGATCTTCTCCATAGCAAATGCATCACCTCTGTCTTGTCGTTCTCACTTCTTTGCTTGGA
TCTCTTGTTTTTGTGCCAATTCCAGTTCTTCCACAAATCCTAATAAAGAAGAAGTTCCGA
GTTGGTGAAATTTATTGTGTCAAAATCAACGGTTTCGAGCAACATATCAGAACAACGGTT
TAGAGGTTATCTGATTAGAAGATGGAGAACGGAGGGTCAAGGTTTCCACCTTTACAGAAT
TGATGCGTATCAATAGCGAACGGTATACGGTATACGTATTTCTCATTTTTTTAACAAAAT
TTTAATTTTAAATAAGAACTATTTGATCGTTTGCCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EI52JQ C 1
AF RR1EI52TF U 1
BS 1 336 RR1EI52TF

RD RR1EI52JQ 336 0 0
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TCTCTTGTTTTTGTGCCAATTCCAGTTCTTCCACAAATCCTAATAAAGAAGAAGTTCCGA
GTTGGTGAAATTTATTGTGTCAAAATCAACGGTTTCGAGCAACATATCAGAACAACGGTT
TAGAGGTTATCTGATTAGAAGATGGAGAACGGAGGGTCAAGGTTTCCACCTTTACAGAAT
TGATGCGTATCAATAGCGAACGGTATACGGTATACGTATTTCTCATTTTTTTAACAAAAT
TTTAATTTTAAATAAGAACTATTTGATCGTTTGCCG

QA 1 336 1 336
DS 

RD RR1EI52TF 336 0 0
GGATCTTCTCCATAGCAAATGCATCACCTCTGTCTTGTCGTTCTCACTTCTTTGCTTGGA
TCTCTTGTTTTTGTGCCAATTCCAGTTCTTCCACAAATCCTAATAAAGAAGAAGTTCCGA
GTTGGTGAAATTTATTGTGTCAAAATCAACGGTTTCGAGCAACATATCAGAACAACGGTT
TAGAGGTTATCTGATTAGAAGATGGAGAACGGAGGGTCAAGGTTTCCACCTTTACAGAAT
TGATGCGTATCAATAGCGAACGGTATACGGTATACGTATTTCTCATTTTTTTAACAAAAT
TTTAATTTTAAATAAGAACTATTTGATCGTTTGCCG

QA 1 336 1 336
DS 



AS 1 2

CO CL5703Contig1 335 2 2 U
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AAGTTTAAGATAGAGAAAATCAAGATTATGGCTTTGGATTTGAAAAGAGAAACAAGAAGC
ATTGTAATCACGAAAGGTGAAGAAGCAATTAGTCTTGGCTCTATTTGTCATCAGGTACAT
ACAACACATTATAAGCAAGCAAAAGCATGGTTAGAAGAAAAATCATTTGATGAGCTTTGA
AACTTGCACCTGTATGTTCCTACTTCTGTAATCTTTTTATTTTCGTTTGTTTTGTTTCTC
ATTGGCAGATGATATCAAAAGGAAAGTTATCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CZ03JQ C 1
AF RR1CZ03TF U 40
BS 1 39 RR1CZ03JQ
BS 40 335 RR1CZ03TF

RD RR1CZ03JQ 335 0 0
GAGGCAACACAAAACTATGTTCCAAGAGTATTTGGGTTCAAATTACACAAGCCGTGAAGG
AAGTTTAAGATAGAGAAAATCAAGATTATGGCTTTGGATTTGAAAAGAGAAACAAGAAGC
ATTGTAATCACGAAAGGTGAAGAAGCAATTAGTCTTGGCTCTATTTGTCATCAGGTACAT
ACAACACATTATAAGCAAGCAAAAGCATGGTTAGAAGAAAAATCATTTGATGAGCTTTGA
AACTTGCACCTGTATGTTCCTACTTCTGTAATCTTTTTATTTTCGTTTGTTTTGTTTCTC
ATTGGCAGATGATATCAAAAGGAAAGTTATCTTTT

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1CZ03TF 296 0 0
AAATTACACAAGCCGTGAAGGAAGTTTAAGATAGAGAAAATCAAGATTATGGCTTTGGAT
TTGAAAAGAGAAACAAGAAGCATTGTAATCACGAAAGGTGAAGAAGCAATTAGTCTTGGC
TCTATTTGTCATCAGGTACATACAACACATTATAAGCAAGCAAAAGCATGGTTAGAAGAA
AAATCATTTGATGAGCTTTGAAACTTGCACCTGTATGTTCCTACTTCTGTAATCTTTTTA
TTTTCGTTTGTTTTGTTTCTCATTGGCAGATGATATCAAAAGGAAAGTTATCTTTT

QA 1 296 1 296
DS 



AS 1 2

CO CL5704Contig1 1039 2 4 U
GGTTTCACCTAAGGCAAAGATAAGCTCTTTATTAGTTCTCTCCAAAAGTCTATGGCGTAA
ATCACCATGGCATCTCCTTCTGTTATCTGTGGACCTAATTAGTTTAGAATACTTCTGACA
ATTTGGAAGAAGTATATTTGATATAGTAATATCAATACAATATTTTCTATGTCTGTGTTT
TGTCTAGGATTAGTCTCTTCAATTTGTTCAAAGTGCTTCTCTTCAGATTGATCATATAAT
TTGGAAGCTTAATTAAATCTATTATATTTGCTCCGTGTTTGATTATCTTTTCTCTAGGCA
CTTCTCTACCCGGATGTTCTGTCCAACATTGCTCCAGCAAGTAGTGAACCTTATGCCATA
ACAACAGTACGAGGTACTAAAGCTGCAACAAGCTCTCAAGCAAGACCACATGGTGCAGCC
TTCATAGCACTCAGGGACAAGCAACCGGGTTGGTCGGTTTCATTTGACTGAAACTTGCAG
AAATGAACATGGTTTCCCACACTCAAGTTACCAAAACAAGAATAAGCTCTCTCTCCAAGT
ATACACTGCAGAGAACAGAAATTTATCGGGTCTTCTTTTGTAGATCTGGAATATGGGGCC
TTTCTGCAAGAAGAATTATCTATGAATGTGGGTTTTGTCTGTTTTTTTATAGAGAGAGAA
TGATGAGAAACAGTATTTTGTTCCAGATTCTTAAATACAGACTGGAATAGGTGAGACTTA
CCATTGCAGACCTGAGGGAAGGAAAGAATGCTATATGACTGTTCAATATCAGTGAGGAAG
CAGTCGTTGATGCTACAAATAAAGGGATTATAGCTCGGCTTATTAACCATTAGTAAGCAG
TTCCATGTAATGTTTCTAAGACCCTCTTAGGAGATTTTGTTACACTGCAGTAACTGATTG
AGACGTTTTTATTTCTACTCCCTCTCAAGGTAACACTCAGAAGGATGTTACTTTGTTCCG
GGTAATGTTTCTTTTCATTAGAATATATGCTGGTTCCATCACTCCTCCTTTAAGTGTAAG
ATGCAGCGGTTTTTGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FM76TF U 1
AF RR1FM76JQ C 278
BS 1 647 RR1FM76TF
BS 648 648 RR1FM76JQ
BS 649 659 RR1FM76TF
BS 660 1039 RR1FM76JQ

RD RR1FM76TF 667 0 0
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ATCACCATGGCATCTCCTTCTGTTATCTGTGGACCTAATTAGTTTAGAATACTTCTGACA
ATTTGGAAGAAGTATATTTGATATAGTAATATCAATACAATATTTTCTATGTCTGTGTTT
TGTCTAGGATTAGTCTCTTCAATTTGTTCAAAGTGCTTCTCTTCAGATTGATCATATAAT
TTGGAAGCTTAATTAAATCTATTATATTTGCTCCGTGTTTGATTATCTTTTCTCTAGGCA
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ACAACAGTACGAGGTACTAAAGCTGCAACAAGCTCTCAAGCAAGACCACATGGTGCAGCC
TTCATAGCACTCAGGGACAAGCAACCGGGTTGGTCGGTTTCATTTGACTGAAACTTGCAG
AAATGAACATGGTTTCCCACACTCAAGTTACCAAAACAAGAATAAGCTCTCTCTCCAAGT
ATACACTGCAGAGAACAGAAATTTATCGGGTCTTCTTTTGTAGATCTGGAATATGGGGCC
TTTCTGCAAGAAGAATTATCTATGAATGTGGGTTTTGTCTGTTTTTT*ATAGAGAGAGA
TGTGAGAC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1FM76JQ 762 0 0
TTTGATTATCTTT*CTCTAGGCACTTCTCTACCCGGATGTTCTGTCCAACATTGCTCCAG
CAAGTAGTGAACCTTATGCCATAACAACAGTACGAGGTACTAAAGCTGCAACAAGCTCTC
AAGCAAGACCACATGGTGCAGCCTTCATAGCACTCAGGGACAAGCAACCGGGTTGGTCGG
TTTCATTTGACTGAAACTTGCAGAAATGAACATGGTTTCCCACACTCAAGTTACCAAAAC
AAGAATAAGCTCTCTCTCCAAGTATACACTGCAGAGAACAGAAATTTATCGGGTCTTCTT
TTGTAGATCTGGAATATGGGGCCTTTCTGCAAGAAGAATTATCTATGAATGTGGGTTTTG
TCTGTTTTTTTATAGAGAGAGAATGATGAGAAACAGTATTTTGTTCCAGATTCTTAAATA
CAGACTGGAATAGGTGAGACTTACCATTGCAGACCTGAGGGAAGGAAAGAATGCTATATG
ACTGTTCAATATCAGTGAGGAAGCAGTCGTTGATGCTACAAATAAAGGGATTATAGCTCG
GCTTATTAACCATTAGTAAGCAGTTCCATGTAATGTTTCTAAGACCCTCTTAGGAGATTT
TGTTACACTGCAGTAACTGATTGAGACGTTTTTATTTCTACTCCCTCTCAAGGTAACACT
CAGAAGGATGTTACTTTGTTCCGGGTAATGTTTCTTTTCATTAGAATATATGCTGGTTCC
ATCACTCCTCCTTTAAGTGTAAGATGCAGCGGTTTTTGAAGC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL5705Contig1 912 2 2 U
GGAAATCAATTCCTTCTCTAGCTTTCTGGGTTTTGTCGCTCTGTTTCTGAGGCAGGAAGG
AGTTTGAATTTCTCGATGTGTTTGATAATGGAAGCGGCGGCGGATGATCACGTCGTCGAC
GGTGGTGTTTTAGCTGCGCCGTCTAATTTCTCGATGGTCGAAGACGGGATTTACCGGTCC
GGGTTTCCTAAACCGGAGAATTTCGGCTTCCTCTCAACCCTCAATCTTCGTTCCATCATC
TATCTTTGTCCTGAACCATACCCGGAGGAGAATCTCATGTTTCTTGAGGCTACCAACATT
AAGCTTTTCCAATTTGGAATCGAAGGCAAAACGGATCCTCCAACTCCTATGCCAAAAGAT
ACAGTTTTGGATGCTCTCAGAGTCTTAGTTGATGTAAGAAACCATCCGATCCTCATTCAT
TGCAAAGCTGGAAAGCATAGGACAGGCTGTTTGGCGGGATGCTTAAGAAAAGTCCAGAGC
TGGTGTCTATCATCGGTTCTCGAGGAATACCAGAAGAACGCTGGTGTGAAGTGGAGGCAA
AGGGATTTGAATTTTATAGAGGCGTTTGATACCGCGAGCTTGAGACAGTGTCTCTTGAGC
ATTATGTATCGTTACCACGGTTACGGCTTCAAGAGGAAAAGGCTGGTGTACGAAGAAGAA
AACGTACAGACGCCGAAACCGCAGGCTACTAAAGTTTGAGAAAAAAACGAGAGCTAACCA
GTGTGGGATATGGTTCATGTTTCTTTTTAATTTGACGTTCCATTTATCGGTCACTGGATG
ATTCTTTTAGGATGATGTATTCAAGAAGTTTCATTTGGGTTGGTTTTACTTTTAGCTAAT
AGTAAAGTGTATAGAAAGGCTACTCTACTCTTCATTAGAGGTTAATTAACTCAATGACCA
CTAATGCTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1HB26TF U 1
AF RR1HB26JQ C 255
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BS 622 912 RR1HB26JQ

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AGTTTGAATTTCTCGATGTGTTTGATAATGGAAGCGGCGGCGGATGATCACGTCGTCGAC
GGTGGTGTTTTAGCTGCGCCGTCTAATTTCTCGATGGTCGAAGACGGGATTTACCGGTCC
GGGTTTCCTAAACCGGAGAATTTCGGCTTCCTCTCAACCCTCAATCTTCGTTCCATCATC
TATCTTTGTCCTGAACCATACCCGGAGGAGAATCTCATGTTTCTTGAGGCTACCAACATT
AAGCTTTTCCAATTTGGAATCGAAGGCAAAACGGATCCTCCAACTCCTATGCCAAAAGAT
ACAGTTTTGGATGCTCTCAGAGTCTTAGTTGATGTAAGAAACCATCCGATCCTCATTCAT
TGCAAAGCTGGAAAGCATAGGACAGGCTGTTTGGCGGGATGCTTAAGAAAAGTCCAGAGC
TGGTGTCTATCATCGGTTCTCGAGGAATACCAGAAGAACGCTGGTGTGAAGTGGAGGCAA
AGGGATTTGAATTTTATAGAGGCGTTTGATACCGCGAGCTTGAGACAGTGTCTCTTGAGC
ATTATGTATCGTTACCACGGT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1HB26JQ 658 0 0
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TGGAATCGAAGGCAAAACGGATCCTCCAACTCCTATGCCAAAAGATACAGTTTTGGATGC
TCTCAGAGTCTTAGTTGATGTAAGAAACCATCCGATCCTCATTCATTGCAAAGCTGGAAA
GCATAGGACAGGCTGTTTGGCGGGATGCTTAAGAAAAGTCCAGAGCTGGTGTCTATCATC
GGTTCTCGAGGAATACCAGAAGAACGCTGGTGTGAAGTGGAGGCAAAGGGATTTGAATTT
TATAGAGGCGTTTGATACCGCGAGCTTGAGACAGTGTCTCTTGAGCATTATGTATCGTTA
CCACGGTTACGGCTTCAAGAGGAAAAGGCTGGTGTACGAAGAAGAAAACGTACAGACGCC
GAAACCGCAGGCTACTAAAGTTTGAGAAAAAAACGAGAGCTAACCAGTGTGGGATATGGT
TCATGTTTCTTTTTAATTTGACGTTCCATTTATCGGTCACTGGATGATTCTTTTAGGATG
ATGTATTCAAGAAGTTTCATTTGGGTTGGTTTTACTTTTAGCTAATAGTAAAGTGTATAG
AAAGGCTACTCTACTCTTCATTAGAGGTTAATTAACTCAATGACCACTAATGCTTCTT

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL5706Contig1 611 2 2 U
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CTGAAAGATGTAGCAGGAGGAAAAGTTAACCAGAAGCATCTAGATCGCGCCAAGGCAGCC
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AGGCAGATACTTACATACGGAGAGAGGAAACCAGTTGAGCAGTTCTTGAAGACAGTAGAC
GAACTTACGTTGAAGGACATTACAGATTTCACCAGCAAGATAATTTCAAAGCCTTTGACA
ATGGGTTCCTTTGGAGATGTGTTGTCTGTTCCGAGTTACGACACCGTAAGCAGCAAGTTT
TGTTGAAGCAGGAAAATATTTGCTAGACAAATCAACAATGTTTTGAGACATGTAAAATAA
ATCTTTTGGGGCGAAGAGAAGAAGACCCAACCAAATTTTATTATTTTTATTTAAATGGAA
TTTTGTAGTCAATAAATATTTTCTTACTACATTAACACTAATAAGTACACAGTCACAGTG
GTTCTGTGATG


BQ
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AF RR1H412JQ C 1
AF RR1GP72TF U 177
BS 1 177 RR1H412JQ
BS 178 611 RR1GP72TF

RD RR1H412JQ 551 0 0
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AGGCAGATACTTACATACGGAGAGAGGAAACCAGTTGAGCAGTTCTTGAAGACAGTAGAC
GAACTTACGTTGAAGGACATTACAGATTTCACCAGCAAGATAATTTCAAAGCCTTTGACA
ATGGGTTCCTTTGGAGATGTGTTGTCTGTTCCGAGTTACGACACCGTAAGCAGCAAGTTT
TGTTGAAGCAGGAAAATATTTGCTAGACAAATCAACAATGTTTTGAGACATGTAAAATAA
ATCTTTTGGGGCGAAGAGAAGAAGACCCAACCAAATTTTATTATTTTTATTTAAATGGAA
TTTTGTAGTC
C

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1GP72TF 435 0 0
G
GCCACAAAATCTGCAGTTCTGATGAATTTGGAATCTCGGATGATTGCAGCAGAAGACATT
GGCAGGCAGATACTTACATACGGAGAGAGGAAACCAGTTGAGCAGTTCTTGAAGACAGTA
GACGAACTTACGTTGAAGGACATTACAGATTTCACCAGCAAGATAATTTCAAAGCCTTTG
ACAATGGGTTCCTTTGGAGATGTGTTGTCTGTTCCGAGTTACGACACCGTAAGCAGCAAG
TTTTGTTGAAGCAGGAAAATATTTGCTAGACAAATCAACAATGTTTTGAGACATGTAAAA
TAAATCTTTTGGGGCGAAGAGAAGAAGACCCAACCAAATTTTATTATTTTTATTTAAATG
GAATTTTGTAGTCAATAAATATTTTCTTACTACATTAACACTAATAAGTACACAGTCACA
GTGGTTCTGTGATG

QA 2 435 2 435
DS 



AS 1 2

CO CL5707Contig1 1139 2 2 U
CTGAAAGTTTTTCATTTACTCTCAGCGATTCTCTTCCTTAATAGATCCTCTCTTTCTCTC
TCTCTACAAGAGAAGCTTCAGAGACAGAATAAGAAGACAACTTTCTCGAACTCACAAGAT
CTTTCTTCTTGTTCTTCTCTGTCGTAAAGTTTCCAACTTTTTTCTTCCGATGAGGTGCAA
GAGACACACAGTTGATTTCAGTAGCAGTATCGGCGTCTGCGCTTCTTGTCTCCGCGAACG
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GCAAGTAAACTCCACCGGCGCCGGAGGAGGAGGAGAACCAACGTCGTCGGAGAAAGTCTT
CGACTCCGGCAGATCGTATAAGAAGAAACAGAGCAAGCTATCTCGTTTCTCTAGCTTGTT
CAGGTCGAGATCCGACGAGTTTCGAGACTCCTTCTCTCCTCTTCCGTCGTCCTCCTCCTC
CTCGTGGCTCACGAAAGTTCTCTCCTTTCGATCGAAAAAACCATCGCCCAACGACACGTG
CTACATCGAGGATTTGATCGCGTCCGAGTCAAGTCATCGCCCCAGACAGAGATACTGCAG
AGGAATGTTGCCGGCGACGGTGGATTACGACGTCGAGGAAACTCCCGAGAGAGTGAAAAG
AACGCCGGCGGCGATGGGGACTCCGGGAAGAAGAAAGACGGCGATGATCGGCACGGGGAT
GGGTTTTTGCTTGAGTCCACTGGTGAGAGCGAAACCTAACTGCTTTTCTAACTGGAAAGG
GAAACTTCCGCCGGAATTTGGGTTCGCCGGTGGTGAGATGAAGTTTCCGGCGAGGCCTCA
CATTTCGACGGCGGCTTCTTTTTGCGCGAACCGGTTTAAGAAGTTTGTCGATTTAGGACG
GGTTGATCCGCGCCGTTGATGTTCTGTTTTTTCTTCTTCTTTGTGTTTGGTCGTTATCAG
ACCGTTCTATACGTAATTACATGAATACCCTTCACAAGATTCATATGAATAGTTTTATT


BQ
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AF RR1FW16TF U 1
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TCTCTACAAGAGAAGCTTCAGAGACAGAATAAGAAGACAACTTTCTCGAACTCACAAGAT
CTTTCTTCTTGTTCTTCTCTGTCGTAAAGTTTCCAACTTTTTTCTTCCGATGAGGTGCAA
GAGACACACAGTTGATTTCAGTAGCAGTATCGGCGTCTGCGCTTCTTGTCTCCGCGAACG
ACTCTTCTCTCTCGCCGCTTCAACCGCCGCGTCTGAAGATAATCGTCACCCTCCTCCTCC
TCGTCCTCTGGTTTTCCCTCGCTCTGTTTCTCCTTACGTCTCCGCTAGAAAATCCGACGC
CGCCGCAAGAGGAGGAGACAGCTCGTTACCTTCTTCTCACAACAGATTCTTCCAAACGCC
GCAAGTAAACTCCACCGGCGCCGGAGGAGGAGGAGAACCAACGTCGTCGGAGAAAGTCTT
CGACTCCGGCAGATCGTATAAGAAGAAACAGAGCAAGCTATCTCGTTTCTCTAGCTTGTT
CAGGTCGAGATCCGACGAGTTTCGAGACTCCTTCTCTCCTCTTCCGTCGTCCTCCTCCTC
CTCGTGGCTCACGAAAGTTCTCTCCTTTCGATCGAAAAAACCATCGCCCAACGACACGTG
CTACATCGAGGAT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1FW16JQ 558 0 0
TTCCGTCGTCCTCCTCCTCCTCGTGGCTCACGAAAGTTCTCTCCTTTCGATCGAAAAAAC
CATCGCCCAACGACACGTGCTACATCGAGGATTTGATCGCGTCCGAGTCAAGTCATCGCC
CCAGACAGAGATACTGCAGAGGAATGTTGCCGGCGACGGTGGATTACGACGTCGAGGAAA
CTCCCGAGAGAGTGAAAAGAACGCCGGCGGCGATGGGGACTCCGGGAAGAAGAAAGACGG
CGATGATCGGCACGGGGATGGGTTTTTGCTTGAGTCCACTGGTGAGAGCGAAACCTAACT
GCTTTTCTAACTGGAAAGGGAAACTTCCGCCGGAATTTGGGTTCGCCGGTGGTGAGATGA
AGTTTCCGGCGAGGCCTCACATTTCGACGGCGGCTTCTTTTTGCGCGAACCGGTTTAAGA
AGTTTGTCGATTTAGGACGGGTTGATCCGCGCCGTTGATGTTCTGTTTTTTCTTCTTCTT
TGTGTTTGGTCGTTATCAGACCGTTCTATACGTAATTACATGAATACCCTTCACAAGATT
CATATGAATAGTTTTATT

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 2

CO CL5708Contig1 672 2 3 U
TTTTTCTTCTTTCCGACGCCTTTCCTCTTTTTTTTCAAAAATCTCATCAACTTTTTTTCT
TTGTTTAGAGACCCTTTGGATCATCGGAAAAGCTCTTTTTGAAGTCACCCCAACTAATAG
TTGTTGAATCTATTTCTTCTTCCTCCTCTCAAAATTCTCCCTTTCTCTCTCTGTGGATCC
CTTTTTGGAGATCTGATTGTTTCTCAATCCTTATCATTTGGGTTTTGTCTTGAACAAGAA
GCTCGATTCTTAGAGGAAGAGCTAGAGCAACTTGAAAAGATGGATACTGCATCAGCTTCT
TACAAAGAGTGAGAGGAAACTTTCTTCATATCTGGTTCACGAATAATAATCTGTTTTTCA
ATAAGCTTCATTCATTTCTGCTAATGGATATACAGGTTCTTAGATAGCGTTGAGAGCAAA
CCAGATCCTCTTCTTCCCGAAACAATAGGGCCAGTGAATGCAACATGGGACCAATGGTTC
GCAGGCCCTCCGGAAGCAAAAGGATGTGGCTGCTTCATTCTTTAACTCTTCATTTCCTCT
CCTACGCTTACCCTTTTTCTCCACACAGCTAGTTCTGCGTTTTCTTTACATTCCTGAGCT
CTGTTAAATTCATGTAATTTGGAAAAACAAAAAAAATGATTCATTTGTGCAGATAAAATG
TATTGATATCCT


BQ
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AF RR1GK16TF U 1
AF RR1GK16JQ C 282
BS 1 635 RR1GK16TF
BS 636 636 RR1GK16JQ
BS 637 672 RR1GK16TF

RD RR1GK16TF 672 0 0
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TTGTTTAGAGACCCTTTGGATCATCGGAAAAGCTCTTTTTGAAGTCACCCCAACTAATAG
TTGTTGAATCTATTTCTTCTTCCTCCTCTCAAAATTCTCCCTTTCTCTCTCTGTGGATCC
CTTTTTGGAGATCTGATTGTTTCTCAATCCTTATCATTTGGGTTTTGTCTTGAACAAGAA
GCTCGATTCTTAGAGGAAGAGCTAGAGCAACTTGAAAAGATGGATACTGCATCAGCTTCT
TACAAAGAGTGAGAGGAAACTTTCTTCATATCTGGTTCACGAATAATAATCTGTTTTTCA
ATAAGCTTCATTCATTTCTGCTAATGGATATACAGGTTCTTAGATAGCGTTGAGAGCAAA
CCAGATCCTCTTCTTCCCGAAACAATAGGGCCAGTGAATGCAACATGGGACCAATGGTTC
GCAGGCCCTCCGGAAGCAAAAGGATGTGGCTGCTTCATTCTTTAACTCTTCATTTCCTCT
CCTACGCTTACCCTTTTTCTCCACACAGCTAGTTCTGCGTTTTCTTTACATTCCTGAGCT
CTGTTAAATTCATGTAATTTGGAAAAACAAAAAAA*TGATTCATTTGTGCAGATAAAATG
TATTGATATCCT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1GK16JQ 391 0 0
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AATAATAATCTGTTTTTCAATAAGCTTCATTCATTTCTGCTAATGGATATACAGGTTTTT
AGATAGCGTTGAGAGCAAACCAGATCCTCTTCTTCCCGAAACAATAGGGCCAGTGAATGC
AACATGGGACCAATGGTTCGCAGGCCCTCCGGAAGCAAAAGGATGTGGCTGCTTCATTCT
TTAACTCTTCATTTCCTCTCCTACGCTTACCCTTTTTCTCCACACAGCTAGTTTTGCGTT
TTCTTTACATTCCTGAGCTCTGTTAAATTCATGTAATTTGGAAAAACAAAAAAAATGATT
CATTTGTGCAGATAAAATGTATTGATATCCT

QA 1 391 1 391
DS 



AS 1 2

CO CL5709Contig1 1104 2 6 U
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AGGACGACTCTGCTCCGGAGAGACCTAAAAGAACTCTATTGGGTTGGAAAGACAAGAACG
AAGATGCTGAGGAACCTAAAGCAGTGTCTGCGCCTGGGTTCAGGAACAAAGAGAAGGTTC
TCGTTACTTGCTCCCGACGTATCAGTTTCAGATACCAACACCTGATGTTGAACATTGTGT
CGCTTCTCCCTCACTGTAAGAAAGATAGTAAGGTTGAAGCTAAGAGCAGTAAAGGCGCCA
CTCTTAATGAGCTTGTTGAGCTTAAGGGCTCTTCTTCCTGCTTGTTCTTTGAGTGTAGGA
AGCATAAAGATCTTTACATGTGGATGGTTAAGTCTCCTAGTGGTCCCTCTGTTAAGTTCT
TGGTTAATGCTGTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGGAAACCATCTGAAAGGGT
CGCGCCCTCTCTTGACCTTTTCTTCCAATTTTGATAAAGATGTACACTGGAAGCTTTTGA
AAGAGATGTTAACACAGTTATTTGGAATCCCCAAGGAACATAGAAAGTCAAAACCTTACC
ATGACCATGTGTTTGCTTTCTCAATTGTTGATGACCATATATGGTTCCGTAATTACCAGA
TATCGGTACCTCATAACGAGGCAGACAAGGTTGCAAGAGGTGGTCTTGATAAAATGACCC
TTGTCGAGGTTGGTCCAAGGTTCTGTTTAAATCCGATTAAGATCTTTGGAGGAAGCTTTG
GAGGTCCAACTCTTTACGAGAACCCATTTTACGTTTCTCCAAACCAGATCCGAGCATTGG
AGAAAAGAAATAAAGCTGGGAAATTTGCAAAGAAAATAAAGGCAAAAACGAGAAGAAAGA
TGCATGAACTCTCTAACCCATTGGAGCCTGATGAGTTTGTAGACATGTGGAAGGATGAAT
GAATGATAAAAAAGGTCAATCAAGTCATATAAACTTCCTAGTTCACATTTTTGTCTCTAA
TGTTCCTTGTTCTGTTTTCATCTCTCCCTCTTATGCATCAAAATTGTGTACTGTTTTATT
TGCAATGTAAAGTGCTTTTGCTTC


BQ
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AF RR1C961TF U 1
AF RR1C961JQ C 343
BS 1 689 RR1C961TF
BS 690 690 RR1C961JQ
BS 691 699 RR1C961TF
BS 700 700 RR1C961JQ
BS 701 726 RR1C961TF
BS 727 1104 RR1C961JQ

RD RR1C961TF 726 0 0
GGAACAAAATGGGGAAGAAAAGAAAGCACAGCGAGACAGAAGCGGCGGCGCCGGCGAAGA
AGGACGACTCTGCTCCGGAGAGACCTAAAAGAACTCTATTGGGTTGGAAAGACAAGAACG
AAGATGCTGAGGAACCTAAAGCAGTGTCTGCGCCTGGGTTCAGGAACAAAGAGAAGGTTC
TCGTTACTTGCTCCCGACGTATCAGTTTCAGATACCAACACCTGATGTTGAACATTGTGT
CGCTTCTCCCTCACTGTAAGAAAGATAGTAAGGTTGAAGCTAAGAGCAGTAAAGGCGCCA
CTCTTAATGAGCTTGTTGAGCTTAAGGGCTCTTCTTCCTGCTTGTTCTTTGAGTGTAGGA
AGCATAAAGATCTTTACATGTGGATGGTTAAGTCTCCTAGTGGTCCCTCTGTTAAGTTCT
TGGTTAATGCTGTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGGAAACCATCTGAAAGGGT
CGCGCCCTCTCTTGACCTTTTCTTCCAATTTTGATAAAGATGTACACTGGAAGCTTTTGA
AAGAGATGTTAACACAGTTATTTGGAATCCCCAAGGAACATAGAAAGTCAAAACCTTACC
ATGACCATGTGTTTGCTTTCTCAATTGTTGATGACCATATATGGTTCCGTAATTACCAGA
TATCGGTACCTCATAACGAGGCAGACAAG*TTGCAAGAG*TGGTCTTGATAAAATGACCC
TTGTCG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1C961JQ 762 0 0
TGTTCTTTGAGTGTAGGAAGCATAAAGATCTTTACATGTGGATGGTTAAGTCTCCTAGTG
GTCCCTCTGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTG
GAAACCATCTGAAAGGGTCGCGCCCTCTCTTGACCTTTTCTTCCAATTTTGATAAAGATG
TACACTGGAAGCTTTTGAAAGAGATGTTAACACAGTTATTTGGAATCCCCAAGGAACATA
GAAAGTCAAAACCTTACCATGACCATGTGTTTGCTTTCTCAATTGTTGATGACCATATAT
GGTTCCGTAATTACCAGATATCGGTACCTCATAACGAGGCAGACAAGGTTGCAAGAGGTG
GTCTTGATAAAATGACCCTTGTCGAGGTTGGTCCAAGGTTCTGTTTAAATCCGATTAAGA
TCTTTGGAGGAAGCTTTGGAGGTCCAACTCTTTACGAGAACCCATTTTACGTTTCTCCAA
ACCAGATCCGAGCATTGGAGAAAAGAAATAAAGCTGGGAAATTTGCAAAGAAAATAAAGG
CAAAAACGAGAAGAAAGATGCATGAACTCTCTAACCCATTGGAGCCTGATGAGTTTGTAG
ACATGTGGAAGGATGAATGAATGATAAAAAAGGTCAATCAAGTCATATAAACTTCCTAGT
TCACATTTTTGTCTCTAATGTTCCTTGTTCTGTTTTCATCTCTCCCTCTTATGCATCAAA
ATTGTGTACTGTTTTATTTGCAATGTAAAGTGCTTTTGCTTC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5711Contig1 907 2 2 U
GGGAAGAACAAGTAGCAGAGGCTGTTGAACCTCATAGTTCACCTCCAGAGGAAAGCAATA
CTGTGGCTGAAAAAGTGAAGGATAGAACCGATGGGAGATACTGGAACAGGATCCTCCTCT
AAACTGGTTGAAGAAGAGAAGCTGAAGCAAGACAAAGAGATTCTTGAAGTTCCTTCTAGT
GGAACAATTCCACAAGAGACTCTATCTGATGATGTTACGGTGGTTCAACCAACAATAACA
GAAACCCATGAGGAAGAAGCAACGGTTGCACAGACAAGAGATATTGAAACTCTTGTGACT
GATAAATTCTCTATACATCAGGAGGAGGAACAAGCCAATGAGGAAAGCCTCAGAAAGAAG
GTCATTTCAGCAGAGGAAGGAGAAACACAAATAAGAGAGCATGAAGAAGAAAAAATGGTT
GATTCTTCTGGGAAGAATGATAATGAGACACTAATTGCAGAGACAAAGAAAGAAGATGAA
GATGAAACAGTGGGTTTAGATGATGCTTCAAAGACATCAGAAAATGAATGCAGTAAGCAA
GAAGAGTTTGAGAATCTTGAAACCCCAAAGGTAGAGGACAAGAGCCAGCTGGAAGTTTCC
GAGACCATAGAAGAAATAGAAACTACAAGTCCATCCTTTATCACAGAACTAGAAGACCAA
ATTCCAAAGCAAATTAAGGAGATTCATGAAGAAGAAATAAAGGAAGCTCAAGCTGTGGTT
GATCAGACTTCATCCTTGGTTTCAGAACAAGTTGAAGAGATTCATGAAGAAGAAACAAAG
GAATCACACAAGGTAGAAGATCTGAGTGGTCAGAATATTCCAGTTGAAGCATCACAGACT
CTGTCTTCAGAACTTGATAATAAAACTGCAAAGCAGGTTGAACAAGAAACAAAGGCACAT
AAGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK39TF U 1
AF RR1EK39JQ C 300
BS 1 674 RR1EK39TF
BS 675 907 RR1EK39JQ

RD RR1EK39TF 674 0 0
GGGAAGAACAAGTAGCAGAGGCTGTTGAACCTCATAGTTCACCTCCAGAGGAAAGCAATA
CTGTGGCTGAAAAAGTGAAGGATAGAACCGATGGGAGATACTGGAACAGGATCCTCCTCT
AAACTGGTTGAAGAAGAGAAGCTGAAGCAAGACAAAGAGATTCTTGAAGTTCCTTCTAGT
GGAACAATTCCACAAGAGACTCTATCTGATGATGTTACGGTGGTTCAACCAACAATAACA
GAAACCCATGAGGAAGAAGCAACGGTTGCACAGACAAGAGATATTGAAACTCTTGTGACT
GATAAATTCTCTATACATCAGGAGGAGGAACAAGCCAATGAGGAAAGCCTCAGAAAGAAG
GTCATTTCAGCAGAGGAAGGAGAAACACAAATAAGAGAGCATGAAGAAGAAAAAATGGTT
GATTCTTCTGGGAAGAATGATAATGAGACACTAATTGCAGAGACAAAGAAAGAAGATGAA
GATGAAACAGTGGGTTTAGATGATGCTTCAAAGACATCAGAAAATGAATGCAGTAAGCAA
GAAGAGTTTGAGAATCTTGAAACCCCAAAGGTAGAGGACAAGAGCCAGCTGGAAGTTTCC
GAGACCATAGAAGAAATAGAAACTACAAGTCCATCCTTTATCACAGAACTAGAAGACCAA
ATTCCAAAGCAAAT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1EK39JQ 608 0 0
TGATAAATTCTCTATACATCAGGAGGAGGAACAAGCCAATGAGGAAAGCCTCAGAAAGAA
GGTCATTTCAGCAGAGGAAGGAGAAACACAAATAAGAGAGCATGAAGAAGAAAAAATGGT
TGATTCTTCTGGGAAGAATGATAATGAGACACTAATTGCAGAGACAAAGAAAGAAGATGA
AGATGAAACAGTGGGTTTAGATGATGCTTCAAAGACATCAGAAAATGAATGCAGTAAGCA
AGAAGAGTTTGAGAATCTTGAAACCCCAAAGGTAGAGGACAAGAGCCAGCTGGAAGTTTC
CGAGACCATAGAAGAAATAGAAACTACAAGTCCATCCTTTATCACAGAACTAGAAGACCA
AATTCCAAAGCAAATTAAGGAGATTCATGAAGAAGAAATAAAGGAAGCTCAAGCTGTGGT
TGATCAGACTTCATCCTTGGTTTCAGAACAAGTTGAAGAGATTCATGAAGAAGAAACAAA
GGAATCACACAAGGTAGAAGATCTGAGTGGTCAGAATATTCCAGTTGAAGCATCACAGAC
TCTGTCTTCAGAACTTGATAATAAAACTGCAAAGCAGGTTGAACAAGAAACAAAGGCACA
TAAGTTAC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL5712Contig1 1303 2 2 U
AGGGGAGATGAGATTACGCACACTCCGGGGAGCTGTTGAGCACTGACGGCGATGGAGACT
GGTGTGGGTCACGTGAAAGTTTGGATTTTTAGGGTTTGAAGATTCCAAAAAAAAAGCAGT
TCAAATTTTGAATAAAGGCTCAAGTGATCTTCATTCAAATGGCAAATTCAGTTAGCTTAA
GAGAAGAGGATCCTCTGTTGAAGGATCTGAGTGAGAAGAAGCAGAGTTTCAGGAGAAATG
TTGTGTCTTTGGCTGCTGACTTGAAACAAGCAAGGACTCGTCTCGCTCAACAGGAGCGTT
CCTGTTCACAAGAAGCCATGTCGAGGCAGGAAGCAGAAACAAGAGTTAAGAGAATGGAAG
ATGAAATGCTCGAACTTTCTAAGGAATTAAACAAGAAAGTTGAGCAGATCCGTGCCTCGG
ATGTTGCTACTGAGAAGTATGTGAGGGAACTAGGTGATATCAAGTCACAGCTTGCAGCAA
CACAGGCAACTGCAGAGGCAAGTGCTTTGTCAGCTGAATCAGCTCAGTCTCAGTGCATGC
TGCTCTCCAAACATTTGCACTAGAGGACTGGTTCATTGAAAGAGCAAGAGGACCAAGTAA
CTCGACTCGGTGAGCAGCTAGAGAATCTACAAAAGGAGCTGAAAGCTAGAGAATCTTCAC
AGAAGCAGCTAATAGATGATGTTTCGAAAGTTGAAGGTGACGTTATGCGTGTTGCACTTG
CGTCAGAGGTCAGTACAAAGGAGAATTCGGAGCTAGATGAAGATTCTCCAAAGAATTTTG
AAAGAATCGACAAACTTTTGAGGGTCAAAGATGATGAGATAGCAAGACTGAGAGATGAAC
TAAAGATTATATCTGCTCACTGGAGGTTTAAGACACAGGAGTTAGAAGATCAGGTGGAGA
ATCAAAGGAGGATTAACCAGGAGCTTAAAAAGAAGGTGCTGAAGCTAGAGTTTTGCCTTG
GCGAAACACGCATCCAAACTCGAAAACTTCGTAAGATAGGAGAGCGAAACGACGTGGCGA
TACAAGAACTCAAGAAGCAACTGGCTGCGAAAAAGCAGCATGAAGCTGATCCTTTTAGCA
ACCAAAACTTCTGGGACAAATCAGGTTTCAAGGTTGTTGTCTCCATGTCGATGCTGATTT
TAGTTGCCTTTTCTAGGCGTTAAATTATCGAAAGAATTCATTTTAGATTATGTATCAAAG
TAGATAGACCGTATCCTACCCTACATTGTATGAAGGATTAAAGTTCACACCTCTTTGTTC
CTAATGAGAGATGCTTAGAAGGAAACAACAGGAAGTTTTCTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CK61TF U 1
AF RR1CK61JQ C 504
BS 1 688 RR1CK61TF
BS 689 1303 RR1CK61JQ

RD RR1CK61TF 688 0 0
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GGTGTGGGTCACGTGAAAGTTTGGATTTTTAGGGTTTGAAGATTCCAAAAAAAAAGCAGT
TCAAATTTTGAATAAAGGCTCAAGTGATCTTCATTCAAATGGCAAATTCAGTTAGCTTAA
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TTGTGTCTTTGGCTGCTGACTTGAAACAAGCAAGGACTCGTCTCGCTCAACAGGAGCGTT
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ATGAAATGCTCGAACTTTCTAAGGAATTAAACAAGAAAGTTGAGCAGATCCGTGCCTCGG
ATGTTGCTACTGAGAAGTATGTGAGGGAACTAGGTGATATCAAGTCACAGCTTGCAGCAA
CACAGGCAACTGCAGAGGCAAGTGCTTTGTCAGCTGAATCAGCTCAGTCTCAGTGCATGC
TGCTCTCCAAACATTTGCACTAGAGGACTGGTTCATTGAAAGAGCAAGAGGACCAAGTAA
CTCGACTCGGTGAGCAGCTAGAGAATCTACAAAAGGAGCTGAAAGCTAGAGAATCTTCAC
AGAAGCAGCTAATAGATGATGTTTCGAA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1CK61JQ 800 0 0
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AATCTACAAAAGGAGCTGAAAGCTAGAGAATCTTCACAGAAGCAGCTAATAGATGATGTT
TCGAAAGTTGAAGGTGACGTTATGCGTGTTGCACTTGCGTCAGAGGTCAGTACAAAGGAG
AATTCGGAGCTAGATGAAGATTCTCCAAAGAATTTTGAAAGAATCGACAAACTTTTGAGG
GTCAAAGATGATGAGATAGCAAGACTGAGAGATGAACTAAAGATTATATCTGCTCACTGG
AGGTTTAAGACACAGGAGTTAGAAGATCAGGTGGAGAATCAAAGGAGGATTAACCAGGAG
CTTAAAAAGAAGGTGCTGAAGCTAGAGTTTTGCCTTGGCGAAACACGCATCCAAACTCGA
AAACTTCGTAAGATAGGAGAGCGAAACGACGTGGCGATACAAGAACTCAAGAAGCAACTG
GCTGCGAAAAAGCAGCATGAAGCTGATCCTTTTAGCAACCAAAACTTCTGGGACAAATCA
GGTTTCAAGGTTGTTGTCTCCATGTCGATGCTGATTTTAGTTGCCTTTTCTAGGCGTTAA
ATTATCGAAAGAATTCATTTTAGATTATGTATCAAAGTAGATAGACCGTATCCTACCCTA
CATTGTATGAAGGATTAAAGTTCACACCTCTTTGTTCCTAATGAGAGATGCTTAGAAGGA
AACAACAGGAAGTTTTCTGT

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL5713Contig1 212 2 1 U
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GTTGCATGTTGCTTTGTTAAATTCTACGTAGATGTTCCATGTTTCTATTTTTACGTTTAT
TTTTCTCTATATGTTTTAATAAAAAATGTAATATCTCTTTGTGTTTATTTCTATTAAAAA
TCTTTAATGTACGAGAAGTATCAATTCTTTAC


BQ
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AF RR1FR19JQ C 1
AF RR1FR19TF U 1
BS 1 212 RR1FR19TF

RD RR1FR19JQ 212 0 0
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TCTTTAATGTACGAGAAGTATCAATTCTTTAC

QA 1 212 1 212
DS 

RD RR1FR19TF 212 0 0
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GTTGCATGTTGCTTTGTTAAATTCTACGTAGATGTTCCATGTTTCTATTTTTACGTTTAT
TTTTCTCTATATGTTTTAATAAAAAATGTAATATCTCTTTGTGTTTATTTCTATTAAAAA
TCTTTAATGTACGAGAAGTATCAATTCTTTAC

QA 1 212 1 212
DS 



AS 1 2

CO CL5714Contig1 731 2 4 U
GGTGAAAGTCTCATACACCTCAGCAAGAGCCACTGATGATCTCGACACGAGACTGCTCCG
GGCCATGATCACCAAGGGAATCATCGAGCCGATCTCCGACGTATACGTCAACTTGGTCAA
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CGGGTCGCCAGAGAACCCCTTGGAGACCATAACTGTTCAGCTAGGCAACGTGGAGTCCAA
GTTCGCTAGTTCCTTGTCTGAGTCAGGAGAGGTGAAAGTGGAAGGAAGGGTTAAAGATGG
AATCCCGCATTTGACAAAGGTTGGGTCTTTTGAATTGGATGTGACTCTTGAAGGTAGTAT
CATACTGTGCAGGCAGGTTGATCAGCCGGGTATGATTGGGACGGTGGGTAGCATTCTTGG
AGAGTCTAATGTGAATGTTAACTTCATGAGCGTTGGGAGGATTGCGCCGAGGAAGCAAGC
GATCATGGCGATTGGTGTAGATTATCAGCCAAGCAAGGAGACGCTTAAGAAGATTGGAGA
GATCCCAGCGGTCGAGGAGTTTGTTTTCCTCAAGCTCTAAGTTTGCTGCATTGTTGTTGT
TGTTGTTGATTTTTGAACCTTGAATCTTGAATGTGAGGGAGGGAGGGAGGATTTGATGAA
GTGTTTTACCTTTACTGGGTTTTAGGCAATAAAGTTTCTTTTGGCATTACTCGAGTGCTT
CTTTATTCTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H991TF U 1
AF RR1H991JQ C 260
BS 1 608 RR1H991TF
BS 609 609 RR1H991JQ
BS 610 638 RR1H991TF
BS 639 731 RR1H991JQ

RD RR1H991TF 638 0 0
GGTGAAAGTCTCATACACCTCAGCAAGAGCCACTGATGATCTCGACACGAGACTGCTCCG
GGCCATGATCACCAAGGGAATCATCGAGCCGATCTCCGACGTATACGTCAACTTGGTCAA
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CATACTGTGCAGGCAGGTTGATCAGCCGGGTATGATTGGGACGGTGGGTAGCATTCTTGG
AGAGTCTAATGTGAATGTTAACTTCATGAGCGTTGGGAGGATTGCGCCGAGGAAGCAAGC
GATCATGGCGATTGGTGTAGATTATCAGCCAAGCAAGGAGACGCTTAAGAAGATTGGAGA
GATCCCAGCGGTCGAGGAGTTTGTTTTCCTCAAGCTCTAAGTTTGCTGCATTGTTGTTGT
TGTTGTTG*TTTTTGAACCTTGAATCTTGAATGTGAGG

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1H991JQ 472 0 0
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GTTGGGTCTTTTGAATTGGATGTGACTCTTGAAGGTAGTATCATACTGTGCAGGCAGGTT
GATCAGCCGGGTATGATTGGGACGGTGGGTAGCATTCTTGGAGAGTCTAATGTGAATGTT
AACTTCATGAGCGTTGGGAGGATTGCGCCGAGGAAGCAAGCGATCATGGCGATTGGTGTA
GATTATCAGCCAAGCAAGGAGACGCTTAAGAAGATTGGAGAGATCCCAGCGGTCGAGGAG
TTTGTTTTCCTCAAGCTCTAAGTTTGCTGCATTGTTGTTGTTGTTGTTGATTTTTGAACC
TTGAATCTTGAATGTGAGGGAGGGAGGGAGGATTTGATGAAGTGTTTTACCTTTACTGGG
TTTTAGGCAATAAAGTTTCTTTTGGCATTACTCGAGTGCTTCTTTATTCTCT

QA 1 472 1 472
DS 



AS 1 2

CO CL5715Contig1 716 2 2 U
GCATAGATTTTGAGATAGCAGAAGGAGAATTAGAGAGGACACGAGCTTTATATGAGCGAC
TATTGGACCGCACAAAGCATTACAAGGTGTGGGTTAGTTTTGCAAAGTTTGAAGCTTCTG
CTGCAGAACAAGAAGAAGACGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGCAAGAACAAACAGCTGCTA
CTGAAGGCAAGAAAGAGTGCATCAGACGCGCCAGAGCGATTTTCGACAGAGCCAACAGCT
ACTTCAAAGATTCTGCACCAGAGCTGAAAGAAGAAAGAGCTACACTCTTGTAGGATTGGC
TTAACATGGAGACAAACTTTGGTAATCTCGGGGACGTGAGTGTCGTACGATCTAAGCTCC
CGAAGAAGCTCAAGAAGAGAAAGCCGATCAAAGAGAAGATGGCTCTACAGAGTATGAAGA
GTACATTGACTATCTATATCCAGAAGAATCACAGACAACGAATCTCAAGATTCTTGAAGC
AGCTTACAAATGGAAGAAGCAGAAGCTTGCTACTTCTGAGGAGGATTACGATTAACTAAA
GTTGCTTTTGACTTATATCAAAACTGTGAGTTGTTGTTTTGTATTCTTTTTTAGTTCTAT
ATACATCGCCACTCATCTTTATGATTTAGCAGTAATCTTTTATTGTGTTAGCAAAAAAAA
AAACATTATGTTACTGTTTTTGTTCTTTTTTGGTATTAGACCTTTTGGTTTGCGTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CE29TF U 1
AF RR1CE29JQ C 1
BS 1 385 RR1CE29TF
BS 386 716 RR1CE29JQ

RD RR1CE29TF 385 0 0
GCATAGATTTTGAGATAGCAGAAGGAGAATTAGAGAGGACACGAGCTTTATATGAGCGAC
TATTGGACCGCACAAAGCATTACAAGGTGTGGGTTAGTTTTGCAAAGTTTGAAGCTTCTG
CTGCAGAACAAGAAGAAGACGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGCAAGAACAAACAGCTGCTA
CTGAAGGCAAGAAAGAGTGCATCAGACGCGCCAGAGCGATTTTCGACAGAGCCAACAGCT
ACTTCAAAGATTCTGCACCAGAGCTGAAAGAAGAAAGAGCTACACTCTTGTAGGATTGGC
TTAACATGGAGACAAACTTTGGTAATCTCGGGGACGTGAGTGTCGTACGATCTAAGCTCC
CGAAGAAGCTCAAGAAGAGAAAGCC

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR1CE29JQ 716 0 0
GCATAGATTTTGAGATAGCAGAAGGAGAATTAGAGAGGACACGAGCTTTATATGAGCGAC
TATTGGACCGCACAAAGCATTACAAGGTGTGGGTTAGTTTTGCAAAGTTTGAAGCTTCTG
CTGCAGAACAAGAAGAAGACGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGCAAGAACAAACAGCTGCTA
CTGAAGGCAAGAAAGAGTGCATCAGACGCGCCAGAGCGATTTTCGACAGAGCCAACAGCT
ACTTCAAAGATTTTGCACCAGAGCTGAAAGAAGAAAGAGCTACACTCTTGTAGGATTGGC
TTAACATGGAGACAAACTTTGGTAATTTCGGGGACGTGAGTGTCGTACGATTTAAGCTCC
CGAAGAAGCTCAAGAAGAGAAAGCCGATCAAAGAGAAGATGGCTCTACAGAGTATGAAGA
GTACATTGACTATCTATATCCAGAAGAATCACAGACAACGAATCTCAAGATTCTTGAAGC
AGCTTACAAATGGAAGAAGCAGAAGCTTGCTACTTCTGAGGAGGATTACGATTAACTAAA
GTTGCTTTTGACTTATATCAAAACTGTGAGTTGTTGTTTTGTATTCTTTTTTAGTTCTAT
ATACATCGCCACTCATCTTTATGATTTAGCAGTAATCTTTTATTGTGTTAGCAAAAAAAA
AAACATTATGTTACTGTTTTTGTTCTTTTTTGGTATTAGACCTTTTGGTTTGCGTG

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL5716Contig1 1067 2 12 U
GGACAACACAATTACACAAAACATGGTTCTCACAAAATTATCCTTAGTCCTTTTCCTCTG
CCTCTTAGGTTTATACTCTGAAACCGTCAAGTCTCAAAACTGCGGTTGTGCCCCAAACCT
GTGTTGCAGTCAGTTCGGTTACTGCGGTTCCACCGACGCTTATTGTGGTACTGGGTGCCG
ATCAGGCCCTTGCAGAAGCCCTGGTGGAACCACTCCCGCTGGTGGTGGATCAGTTGGTAG
CATTGTGACACAAGCTTTCTTTAACGGTATTATCAACCAAGCCGGTGGTGGTTGCGCCGG
AAAGAATTTCTACACCCGTTATTCTTTCGTTAACGCCGCAAATACTTTCTCCAACTTTGC
CAATTCCGTTACAAGACGTGAAATTGCAACCATGTTTGCTCATTTCACCCACGAGACTGG
ACATTTCTGCTACACAGAAGAAATAAACGGAGCTTCACGTGACTACTGCGACGAAAACAA
CAGGCAGTACCCATGTGCACCGGGCAAAGGCTACTTCGGTCGTGGTCCAATTCAACTATC
ATGGAACTACAACTACGGAGCTTGTGGCCAGAGTCTTAACCTCAACCTCTTAGGCCAGCC
CGAGCTAGTGAGTAGCAACCCAACTGTCGCTTTCAGGACGGGTCTGTGGTTTTGGATGAA
TAGCGTGAGACCAGTACTAAACCAAGGGTTTGGAGCCACCATTAGAGCCATCAATGGAAT
GGAATGTAACGGTGGGAACTCAGGTGCGGTCAATGCAAGGATTAAGTACTATAGATACTA
TTGTGGACAGCTTGGTGTGGACCCTGGTCCTAACCTTAGCTGCTAAAAATCTATTCGAAA
CAATCACGCACACATGACGTGGGTAGTGATGGAGAAAGTTGAAGTTATGAAATAATAAAT
GAGATAATAAAGTTAGATCTCATCTATGCTCTTGGGTTGGGTCTTAGTGTTTCCTGCGTC
ACAAGCAATAAGTAGTTGTAATAATCTTGTGAAAATGATTTTCTTATAAATGTACTATGA
AGTGAATGCAACATTAATAAATGCCTAAGAAAGATAATTACCGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DT35TF U 1
AF RR1DT35JQ C 431
BS 1 636 RR1DT35TF
BS 637 637 RR1DT35JQ
BS 638 708 RR1DT35TF
BS 709 709 RR1DT35JQ
BS 710 743 RR1DT35TF
BS 744 744 RR1DT35JQ
BS 745 752 RR1DT35TF
BS 753 753 RR1DT35JQ
BS 754 762 RR1DT35TF
BS 763 764 RR1DT35JQ
BS 765 792 RR1DT35TF
BS 793 1067 RR1DT35JQ

RD RR1DT35TF 797 0 0
GGACAACACAATTACACAAAACATGGTTCTCACAAAATTATCCTTAGTCCTTTTCCTCTG
CCTCTTAGGTTTATACTCTGAAACCGTCAAGTCTCAAAACTGCGGTTGTGCCCCAAACCT
GTGTTGCAGTCAGTTCGGTTACTGCGGTTCCACCGACGCTTATTGTGGTACTGGGTGCCG
ATCAGGCCCTTGCAGAAGCCCTGGTGGAACCACTCCCGCTGGTGGTGGATCAGTTGGTAG
CATTGTGACACAAGCTTTCTTTAACGGTATTATCAACCAAGCCGGTGGTGGTTGCGCCGG
AAAGAATTTCTACACCCGTTATTCTTTCGTTAACGCCGCAAATACTTTCTCCAACTTTGC
CAATTCCGTTACAAGACGTGAAATTGCAACCATGTTTGCTCATTTCACCCACGAGACTGG
ACATTTCTGCTACACAGAAGAAATAAACGGAGCTTCACGTGACTACTGCGACGAAAACAA
CAGGCAGTACCCATGTGCACCGGGCAAAGGCTACTTCGGTCGTGGTCCAATTCAACTATC
ATGGAACTACAACTACGGAGCTTGTGGCCAGAGTCTTAACCTCAACCTCTTAGGCCAGCC
CGAGCTAGTGAGTAGCAACCCAACTGTCGCTTTCAG*ACGGGTCTGTGGTTTTGGATGAA
TAGCGTGAGACCAGTACTAAACCAAGGGTTTGGAGCCACCATTAGAGC*ATCAATGGAAT
GGAATGTAACGGTGGGAACTCAG*TGCGGTCA*TGCAAGGAT**AGTACTATAGATACTA
TTGTGGACAGCT
GGTGT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1DT35JQ 637 0 0
TACACAGAAGAAATAAACGGAGCTTCACGTGACTACTGCGACGAAAACAACAGGCAGTAC
CCATGTGCACCGGGCAAAGGCTACTTCGGTCGTGGTCCAATTCAACTATCATGGAACTAC
AACTACGGAGCTTGTGGCCAGAGTCTTAACCTCAACCTCTTAGGCCAGCCCGAGCTAGTG
AGTAGCAACCCAACTGTCGCTTTCAGGACGGGTCTGTGGTTTTGGATGAATAGCGTGAGA
CCAGTACTAAACCAAGGGTTTGGAGCCACCATTAGAGCCATCAATGGAATGGAATGTAAC
GGTGGGAACTCAGGTGCGGTCAATGCAAGGATTAGGTACTATAGATACTATTGTGGACAG
CTTGGTGTGGACCCTGGTCCTAACCTTAGCTGCTAAAAATCTATTCGAAACAATCACGCA
CACATGACGTGGGTAGTGATGGAGAAAGTTGAAGTTATGAAATAATAAATGAGATAATAA
AGTTAGATCTCATCTATGCTCTTGGGTTGGGTCTTAGTGTTTCCTGCGTCACAAGCAATA
AGTAGTTGTAATAATCTTGTGAAAATGATTTTCTTATAAATGTACTATGAAGTGAATGCA
ACATTAATAAATGCCTAAGAAAGATAATTACCGTGTC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL5717Contig1 940 2 2 U
GGACGTAACGTGAAGCAATCTCCAAATCGACCTCATCATTGTCGAGTCTCTGTCTCTCTG
CATTACTGTTTTGTCTGTGTAAGCGGAGATGGCGAGTATTCGTTGCGGCGGAGGAAGAGG
AGGAAGCGCATGTGCCGTTCGTTGTGATCGGCGAACGGTGACAGTTCGATCATCGTGCGT
GGTTCCGGTGATTAATCGACGGAGTTGGGTAGAGACCGGGAAGATTTCGATGACGACGAT
GATGGCGGAGTTGACGCCGGTGAAGAACGGTGGAAGGAAGCGTGGTGGAGCGGTCGTGTC
GCGAGAGAAGCTCGAGCAGTGGTTGAGGGATTCGGTTGTTGAGATCGTGAAGAATCTGAG
AGAGTCGCCGTTGTTGTTGCACCTGTACGCGGAGGCGAACGGAGGTTTGAATACGACGGC
GACGACGAATCCAGTGGAGGGAGATTGGGAGGCGATGGAAGGAAGGTGGGATAGAGGAGA
GGAGAAGACGCCAGAGGGAGTGATCTTCGTTGAGAAGCTAGCGGACGATGAGGAGGATGA
TCACGATGCTGATGGTGAATACAACGGTGGAGAAAGAAGTGGAACAAGCGCTTGGGGGAT
AGTGGCGCAGGGAAGAGGAACTGACTGTGGACCGGTTTGCTACCTGTTGAAAACGACCCG
GGTCGGATCGGGTATGGGGACGGTTTGCACACATTTCTGTTTGGTTAAGGTGAAGAGTTT
TAGGGAGACGGCTTTGTCACAGTTGAATAACTCGTGGTTGGTGCAGACTGGTCAATGAAT
CAGAGAATAATAGGTTTCATGGTTCCTTATTTATACAGTGGTTAAAGGATCGATCGTGTA
ATTATTCTCTTTGGGTTGAATTATAAAACCCTTATTGATGATCAGAGCACCTTTGTTATT
GTTACAGTATATATACATAATACATTCATCTTTCAACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI63TF U 1
AF RR1BI63JQ C 209
BS 1 577 RR1BI63TF
BS 578 940 RR1BI63JQ

RD RR1BI63TF 577 0 0
GGACGTAACGTGAAGCAATCTCCAAATCGACCTCATCATTGTCGAGTCTCTGTCTCTCTG
CATTACTGTTTTGTCTGTGTAAGCGGAGATGGCGAGTATTCGTTGCGGCGGAGGAAGAGG
AGGAAGCGCATGTGCCGTTCGTTGTGATCGGCGAACGGTGACAGTTCGATCATCGTGCGT
GGTTCCGGTGATTAATCGACGGAGTTGGGTAGAGACCGGGAAGATTTCGATGACGACGAT
GATGGCGGAGTTGACGCCGGTGAAGAACGGTGGAAGGAAGCGTGGTGGAGCGGTCGTGTC
GCGAGAGAAGCTCGAGCAGTGGTTGAGGGATTCGGTTGTTGAGATCGTGAAGAATCTGAG
AGAGTCGCCGTTGTTGTTGCACCTGTACGCGGAGGCGAACGGAGGTTTGAATACGACGGC
GACGACGAATCCAGTGGAGGGAGATTGGGAGGCGATGGAAGGAAGGTGGGATAGAGGAGA
GGAGAAGACGCCAGAGGGAGTGATCTTCGTTGAGAAGCTAGCGGACGATGAGGAGGATGA
TCACGATGCTGATGGTGAATACAACGGTGGAGAAAGA

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1BI63JQ 732 0 0
GTAGAGACCGGGAAGATTTCGATGACGACGATGATGGCGGAGTTGACGCCGGTGAAGAAC
GGTGGAAGGAAGCGTGGTGGAGCGGTCGTGTCGCGAGAGAAGCTCGAGCAGTGGTTGAGG
GATTCGGTTGTTGAGATCGTGAAGAATCTGAGAGAGTCGCCGTTGTTGTTGCACCTGTAC
GCGGAGGCGAACGGAGGTTTGAATACGACGGCGACGACGAATCCAGTGGAGGGAGATTGG
GAGGCGATGGAAGGAAGGTGGGATAGAGGAGAGGAGAAGACGCCAGAGGGAGTGATCTTC
GTTGAGAAGCTAGCGGACGATGAGGAGGATGATCACGATGCTGATGGTGAATACAACGGT
GGAGAAAGAAGTGGAACAAGCGCTTGGGGGATAGTGGCGCAGGGAAGAGGAACTGACTGT
GGACCGGTTTGCTACCTGTTGAAAACGACCCGGGTCGGATCGGGTATGGGGACGGTTTGC
ACACATTTCTGTTTGGTTAAGGTGAAGAGTTTTAGGGAGACGGCTTTGTCACAGTTGAAT
AACTCGTGGTTGGTGCAGACTGGTCAATGAATCAGAGAATAATAGGTTTCATGGTTCCTT
ATTTATACAGTGGTTAAAGGATCGATCGTGTAATTATTCTCTTTGGGTTGAATTATAAAA
CCCTTATTGATGATCAGAGCACCTTTGTTATTGTTACAGTATATATACATAATACATTCA
TCTTTCAACATT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL5718Contig1 901 2 4 U
GGACAAGCTTCTACTCAAGATCCATCTTAAAGTTTAAAACCTTTTGTTTCATACTTCAGA
TCGTCCTCTTTCACTCGAACACTTTAAGTCTTTGGAAATGGCAACGGCGTCGTTTAACAT
GCAGTCAGTCTTCGCCGGTGGATTGACCATTCGCAAGATCAACACAAACAACCTTTTCTT
CGCCGGAAACTTCCCTAATCTCAAGAGGAAGTTTCCTGTGGGAGTGAGATGCATGGCTGA
GGGAGAACCAATGAAGGATGAGTCTGCCCCGTCGACCTCGGCGGCTCAGCCTTTGCCTAA
GTCATCGTCCCCACCACCACCACCACCTCCTCCTACTAAGCCTAAGGCGAGCACCAAGTT
TAGCGACTTGCTAGCGTTTAGCGGTCCAGCACCAGAGAGAATAAATGGCCGTTTAGCGAT
GGTTGGATTCGTAGCTGCGTTGGCAGTTGAACTTTCCAAAGGAGAAAATGTTTTCGCCCA
GACCTCCGACGGTGGAGTCTCGTGGTTCCTTGGCACGACAGCTATCTTGACACTTGCGTC
GCTTGTGCCACTTTTCCAAGGCGTCACCGTTGAGTCGAAGTCCAAAGGTTTCATGACATC
AAACGTTGAGCTTTGGGATGGGCGATTCGCAATGCTTGGTTTAGTCGCTTTGGCGTTCAC
TGAGTTCGTCAAGGGCGGAACCCTCATCTGAGGAAATATAATTTTGGTTTGCCCCTGAAT
TCTGTAAAGTAAAATCTGGCTTGCTCTTTATGTCCAGTTATGTACTAGTGAGTTTGGGTT
ATATGAAAAACTTTTGGTTATATAACATATGTATAATCATCTTAGCAAAAAAATATCATT
TTTATAACAGTAAAAACGAAAAAACAAGTACATTGTCCATTTGCTATAAATCTCTTTTTG
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1CK55TF U 1
AF RR1CK55JQ C 490
BS 1 692 RR1CK55TF
BS 693 693 RR1CK55JQ
BS 694 704 RR1CK55TF
BS 705 901 RR1CK55JQ

RD RR1CK55TF 704 0 0
GGACAAGCTTCTACTCAAGATCCATCTTAAAGTTTAAAACCTTTTGTTTCATACTTCAGA
TCGTCCTCTTTCACTCGAACACTTTAAGTCTTTGGAAATGGCAACGGCGTCGTTTAACAT
GCAGTCAGTCTTCGCCGGTGGATTGACCATTCGCAAGATCAACACAAACAACCTTTTCTT
CGCCGGAAACTTCCCTAATCTCAAGAGGAAGTTTCCTGTGGGAGTGAGATGCATGGCTGA
GGGAGAACCAATGAAGGATGAGTCTGCCCCGTCGACCTCGGCGGCTCAGCCTTTGCCTAA
GTCATCGTCCCCACCACCACCACCACCTCCTCCTACTAAGCCTAAGGCGAGCACCAAGTT
TAGCGACTTGCTAGCGTTTAGCGGTCCAGCACCAGAGAGAATAAATGGCCGTTTAGCGAT
GGTTGGATTCGTAGCTGCGTTGGCAGTTGAACTTTCCAAAGGAGAAAATGTTTTCGCCCA
GACCTCCGACGGTGGAGTCTCGTGGTTCCTTGGCACGACAGCTATCTTGACACTTGCGTC
GCTTGTGCCACTTTTCCAAGGCGTCACCGTTGAGTCGAAGTCCAAAGGTTTCATGACATC
AAACGTTGAGCTTTGGGATGGGCGATTCGCAATGCTTGGTTTAGTCGCTTTGGCGTTCAC
TGAGTTCGTCAAGGGCGGAACCCTCATCTGAG*AAATATAATTT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1CK55JQ 412 0 0
CGGTGGAGTCTCGTGGTTCCTTGGCACGACAGCTATCTTGACACTTGCGTCGCTTGTGCC
ACTTTTCCAAGGCGTCACCGTTGAGTCGAAGTCCAAAGGTTTCATGACATCAAACGTTGA
GCTTTGGGATGGGCGATTCGCAATGCTTGGTTTAGTCGCTTTGGCGTTCACTGAGTTCGT
CAAGGGCGGAACCCTCATCTGAGGAAATATAATTTTGGTTTGCCCCTGAATTCTGTAAAG
TAAAATCTGGCTTGCTCTTTATGTCCAGTTATGTACTAGTGAGTTTGGGTTATATGAAAA
ACTTTTGGTTATATAACATATGTATAATCATCTTAGCAAAAAAATATCATTTTTATAACA
GTAAAAACGAAAAAACAAGTACATTGTCCATTTGCTATAAATCTCTTTTTGC

QA 1 412 1 412
DS 



AS 1 2

CO CL5719Contig1 1095 2 4 U
GGGAATCCTTAATTGTGGATTCTCAATTCCGCTCTCGTTCTCGAATTCCACAATGCTAAG
ATGGAGAAGCCTCCTCTCGCTGAAAAGCTCGTTTTCATCATTTTCGGCGGCCACGAAAAC
CATCCTCGCTCCATTTCATTCGACCAGTGTTCTGTCTGAGAAATCGAGGAAGCACTTTGG
TTCCGATAGAGCTTCCAAGGGTGGTGCTGGTACAACTTCTGAATCTTCTTCAAAGAACTC
GTCCATAAGGTTCACATGTACCGTAAAGGAGAAGGGTCGTCGCACTAGTGCTAAAAAGAC
TGTAGACAAGCTTCTCTTCCACCGTGGACTTAACGATCCGCTTCAGAATGAGTGGAACAT
TGGTCCAAATCCGCTTATCCGAGATAGGCATATGAAGAAAAAATCTCCACCTGGCAGGGG
AAAGAAGCCTCGTGATAAGAAAACAAAACGGTGGCACAGAGAAGGAAACACAGACGATGA
CTTCGGCGCTGATGCTACTACTAACAAATTTGAGAACAAATGGAGAGAAGCCTGGACAAA
CCAATCTCAGAAGGCCTCCCCGTATTCGAGGGACTCGGCATCATCGGGGTTTCAATGGAG
AGAAGGATGGAGCTGGACAACTCAGTCTCAAAGGACCAAAACCTGGAACAATAATGGGTC
TTGCGATGATGAGCCTTTGATGGTTGGGTCTCAGTCTGATAGGAAAGCTCTTGGTCTACC
TCTAGCTGGTCCCCTCAAACTAGAAGATGTTAAGAACGCCTACCGTTTATCAGCTAAGAA
ATGGCATCCTGATACAAACCAGGGGCCTTCTCAGGCAGCGGCTCAAGAGAAGTTTAAACT
CTGCGTTGATGCATACAACTCTCTCTGTTCTGCACTCTCTTGACATTTACACAGAGTCAT
TGATTGATACATCATTCTTTAGTAGGAATCTAGAGTTTTTTGAAGTTGCTTAGGCTGCTT
ACGAGAGATCCAATGGTTATCTCATATGATGGATTTGAGTCATCAGAATACGTGTCTCTC
AACCTTTCCATGCATTTGATAACCAGAAAAAAGACGATAATATATGAAATTGATTTACTT
TAAAGTATTTAAATC


BQ
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AF RR1CI43TF U 1
AF RR1CI43JQ C 327
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BS 646 646 RR1CI43JQ
BS 647 656 RR1CI43TF
BS 657 1095 RR1CI43JQ

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ATGGAGAAGCCTCCTCTCGCTGAAAAGCTCGTTTTCATCATTTTCGGCGGCCACGAAAAC
CATCCTCGCTCCATTTCATTCGACCAGTGTTCTGTCTGAGAAATCGAGGAAGCACTTTGG
TTCCGATAGAGCTTCCAAGGGTGGTGCTGGTACAACTTCTGAATCTTCTTCAAAGAACTC
GTCCATAAGGTTCACATGTACCGTAAAGGAGAAGGGTCGTCGCACTAGTGCTAAAAAGAC
TGTAGACAAGCTTCTCTTCCACCGTGGACTTAACGATCCGCTTCAGAATGAGTGGAACAT
TGGTCCAAATCCGCTTATCCGAGATAGGCATATGAAGAAAAAATCTCCACCTGGCAGGGG
AAAGAAGCCTCGTGATAAGAAAACAAAACGGTGGCACAGAGAAGGAAACACAGACGATGA
CTTCGGCGCTGATGCTACTACTAACAAATTTGAGAACAAATGGAGAGAAGCCTGGACAAA
CCAATCTCAGAAGGCCTCCCCGTATTCGAGGGACTCGGCATCATCGGGGTTTCAATGGAG
AGAAGGATGGAGCTGGACAACTCAGTCTCAAAGGACCAAAACCTG*AACAATAATG

QA 1 656 1 656
DS 

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GGCATATGAAGAAAAAATCTCCACCTGGCAGGGGAAAGAAGCCTCGTGATAAGAAAACAA
AACGGTGGCACAGAGAAGGAAACACAGACGATGACTTCGGCGCTGATGCTACTACTAACA
AATTTGAGAACAAATGGAGAGAAGCCTGGACAAACCAATCTCAGAAGGCCTCCCCGTATT
CGAGGGACTCGGCATCATCGGGGTTTCAATGGAGAGAAGGATGGAGCTGGACAACTCAGT
CTCAAAGGACCAAAACCTGGAACAATAATGGGTCTTGCGATGATGAGCCTTTGATGGTTG
GGTCTCAGTCTGATAGGAAAGCTCTTGGTCTACCTCTAGCTGGTCCCCTCAAACTAGAAG
ATGTTAAGAACGCCTACCGTTTATCAGCTAAGAAATGGCATCCTGATACAAACCAGGGGC
CTTCTCAGGCAGCGGCTCAAGAGAAGTTTAAACTCTGCGTTGATGCATACAACTCTCTCT
GTTCTGCACTCTCTTGACATTTACACAGAGTCATTGATTGATACATCATTCTTTAGTAGG
AATCTAGAGTTTTTTGAAGTTGCTTAGGCTGCTTACGAGAGATCCAATGGTTATCTCATA
TGATGGATTTGAGTCATCAGAATACGTGTCTCTCAACCTTTCCATGCATTTGATAACCAG
AAAAAAGACGATAATATATGAAATTGATTTACTTTAAAGTATTTAAATC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL5720Contig1 995 2 2 U
GGGTTAAATCACAGACGGGTACACTTTATTTGTTATATTGTTAATCTCACATGAAAGATC
CTTTTTATCATTACTCTTCCTCTCGCGCCTCTTCATCTTAAAAAAAGAATTATCATCGCC
TCCTCCCTATCTCTCCTCCCTCTCTTTCTTGGTCTTCTTCTCCAGCGAGAAATCAGACCC
AAACATGTCTAAAGTTACCACGGAGCTCGACTTCTTTGGTCTTGAGAAGAAGCAGACCAA
CAACGCTCCAAAGCCTAAGTTCAAGAAATTTCTTGACCGCCGTCGTAGTTTCCGAGAAAT
TCAAGGTGCGATTTCGAGAATGGACCCAGAGATTATCAAATCGCTGCTGGCTTCTGGTGC
TAACCCTTCCGATACATCCACTAGATCTCCTTCAGTTCCATATACTCCAAAGGAAGATCA
TCCTCATATCCCGATTTCTCCAGTCAACGCGCCGCGCACTAGGCCCGGTATAGAACCTGT
CTGTGGAACTGCTCCTATGACCATATTCTACAATGGGACCGTCTCCGTTTTCCAAGTGTC
TCCTAACAAAGCTGAGGATATTATGAAGTTGGCCATGGAAACATCGCCAAAGAAAGACAA
GTCTATGGAGAAAGATCTCTCGGTAATTCCTCAGACCAACTTAAGAACAAAGCTCTTTGG
CCAGAATCTAGATGGAGATCTTCCCATTGCAAGGAGGAAGTCACTGCAAAGGTTTCTTGA
GAAGCGCAAGGAGAGAGTAGTATCAACATCTCCCTACTTTCCGACATCTGCCTAAACAGA
GCCATTATCTCTTTTTTTTATTGGGACACGAAACCAAATGGTCTTGTCACCCATCCAAGA
CATCGATGCTCGTTTTGCGTTTGGCTTCTCCTCAATCTTTTGGAATCCCCTATCTTTTGC
AGATTAGTATGCTATATAATAGTAAATGTTTGCTATTTTCTTAAATGTTTATGATTTCTA
ATGTACATTGACGCTATGCGCTATGGTATAAGTAT


BQ
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AF RR1CG70TF U 1
AF RR1CG70JQ C 280
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BS 665 995 RR1CG70JQ

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GGGTTAAATCACAGACGGGTACACTTTATTTGTTATATTGTTAATCTCACATGAAAGATC
CTTTTTATCATTACTCTTCCTCTCGCGCCTCTTCATCTTAAAAAAAGAATTATCATCGCC
TCCTCCCTATCTCTCCTCCCTCTCTTTCTTGGTCTTCTTCTCCAGCGAGAAATCAGACCC
AAACATGTCTAAAGTTACCACGGAGCTCGACTTCTTTGGTCTTGAGAAGAAGCAGACCAA
CAACGCTCCAAAGCCTAAGTTCAAGAAATTTCTTGACCGCCGTCGTAGTTTCCGAGAAAT
TCAAGGTGCGATTTCGAGAATGGACCCAGAGATTATCAAATCGCTGCTGGCTTCTGGTGC
TAACCCTTCCGATACATCCACTAGATCTCCTTCAGTTCCATATACTCCAAAGGAAGATCA
TCCTCATATCCCGATTTCTCCAGTCAACGCGCCGCGCACTAGGCCCGGTATAGAACCTGT
CTGTGGAACTGCTCCTATGACCATATTCTACAATGGGACCGTCTCCGTTTTCCAAGTGTC
TCCTAACAAAGCTGAGGATATTATGAAGTTGGCCATGGAAACATCGCCAAAGAAAGACAA
GTCTATGGAGAAAGATCTCTCGGTAATTCCTCAGACCAACTTAAGAACAAAGCTCTTTGG
CCAG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1CG70JQ 716 0 0
CCGTCGTAGTTTCCGAGAAATTCAAGGTGCGATTTCGAGAATGGACCCAGAGATTATCAA
ATCGCTGCTGGCTTCTGGTGCTAACCCTTCCGATACATCCACTAGATCTCCTTCAGTTCC
ATATACTCCAAAGGAAGATCATCCTCATATCCCGATTTCTCCAGTCAACGCGCCGCGCAC
TAGGCCCGGTATAGAACCTGTCTGTGGAACTGCTCCTATGACCATATTTTACAATGGGAC
CGTCTCCGTTTTCCAAGTGTCTCCTAACAAAGCTGAGGATATTATGAAGTTGGCCATGGA
AACATCGCCAAAGAAAGACAAGTCTATGGAGAAAGATCTCTCGGTAATTCCTCAGACCAA
CTTAAGAACAAAGCTCTTTGGCCAGAATCTAGATGGAGATCTTCCCATTGCAAGGAGGAA
GTCACTGCAAAGGTTTCTTGAGAAGCGCAAGGAGAGAGTAGTATCAACATCTCCCTACTT
TCCGACATCTGCCTAAACAGAGCCATTATCTCTTTTTTTTATTGGGACACGAAACCAAAT
GGTCTTGTCACCCATCCAAGACATCGATGCTCGTTTTGCGTTTGGCTTCTCCTCAATCTT
TTGGAATCCCCTATCTTTTGCAGATTAGTATGCTATATAATAGTAAATGTTTGCTATTTT
CTTAAATGTTTATGATTTCTAATGTACATTGACGCTATGCGCTATGGTATAAGTAT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL5721Contig1 874 2 2 U
GGACATCTACACTTACAGAGCAGTTTTCGCTTACTCTCACCACGGAATCTTTGTCGGGGG
ATCCAAGGTTGTTCATTTCAGACCTGAGCACAACCTTAATTCACCTTCTTCTTCTTCCTC
CGAAGACATCTGCCCGACGTTTCCAGACTGTGGTTTCAGACAACCAGAGCTGAGTGGTCC
TTTCTTGCTTGGACTGCTTCCTCAAGAACGGCTCGCTCTACCGCTTCGAATACGGAGTCA
GCCCCTCGGTTTTCCTGACCAAAGTCCGAGGAGGCACCTGCACAACCGCGCAGTCGGACC
CGACTGATTCGGTCATCCACAGGGCAATGTACCTTCTCCAAAACGGGTTTGGCAACTACG
ACGTTTTCAAGAACGACTGCGAGGATTTCGCGCTCTATTGCAAGACGGGTCTGCTCATAA
TGGATAAGCTGGGTGTGGGGAGAAGCGGTCAAGCTTCGTCAGTTGTGGGTGCTCCTTTGG
CGGCAGTCCTGTCTTCTCCTTTCAGTCTGCTGATTCCGAACCCCATCGGTGTGGCGACGG
TGACAGCTGGAATGTATTGTATGAGTAGGTATGCGACTGATATAGGTGTTAGAAGAGATG
TGGTGAAGGTTTCCGTAGAGGATCTGGCTCTCCACCTTGACGTGAAGAGCAGCATTGAGC
AAATTGAAGAGGAAGAAGATTCTGACACTGACTTGGTTAGGGTGACTATATGATCGTTTT
GAGTCAGTGTTAATGTCGTGAATCATGTTACTGAGTGTTTTGTGTTGGAATAGTGTCAAG
ACTTTTAGCAAAGAATCAATAACTTGTAACACTCAAATAATTGTTTAGTTTGTTGTCAAA
TGCTAAGTAGGAACCAAACGCTACCGTTTCATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FU33TF U 1
AF RR1FU33JQ C 231
BS 1 564 RR1FU33TF
BS 565 874 RR1FU33JQ

RD RR1FU33TF 564 0 0
GGACATCTACACTTACAGAGCAGTTTTCGCTTACTCTCACCACGGAATCTTTGTCGGGGG
ATCCAAGGTTGTTCATTTCAGACCTGAGCACAACCTTAATTCACCTTCTTCTTCTTCCTC
CGAAGACATCTGCCCGACGTTTCCAGACTGTGGTTTCAGACAACCAGAGCTGAGTGGTCC
TTTCTTGCTTGGACTGCTTCCTCAAGAACGGCTCGCTCTACCGCTTCGAATACGGAGTCA
GCCCCTCGGTTTTCCTGACCAAAGTCCGAGGAGGCACCTGCACAACCGCGCAGTCGGACC
CGACTGATTCGGTCATCCACAGGGCAATGTACCTTCTCCAAAACGGGTTTGGCAACTACG
ACGTTTTCAAGAACGACTGCGAGGATTTCGCGCTCTATTGCAAGACGGGTCTGCTCATAA
TGGATAAGCTGGGTGTGGGGAGAAGCGGTCAAGCTTCGTCAGTTGTGGGTGCTCCTTTGG
CGGCAGTCCTGTCTTCTCCTTTCAGTCTGCTGATTCCGAACCCCATCGGTGTGGCGACGG
TGACAGCTGGAATGTATTGTATGA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1FU33JQ 644 0 0
TACGGAGTCAGCCCCTCGGTTTTCCTGACCAAAGTCCGAGGAGGCACCTGCACAACCGCG
CAGTCGGACCCGACTGATTCGGTCATCCACAGGGCAATGTACCTTCTCCAAAACGGGTTT
GGCAACTACGACGTTTTCAAGAACGACTGCGAGGATTTCGCGCTCTATTGCAAGACGGGT
CTGCTCATAATGGATAAGCTGGGTGTGGGGAGAAGCGGTCAAGCTTCGTCAGTTGTGGGT
GCTCCTTTGGCGGCAGTCCTGTCTTCTCCTTTCAGTCTGCTGATTCCGAACCCCATCGGT
GTGGCGACGGTGACAGCTGGAATGTATTGTATGAGTAGGTATGCGACTGATATAGGTGTT
AGAAGAGATGTGGTGAAGGTTTCCGTAGAGGATCTGGCTCTCCACCTTGACGTGAAGAGC
AGCATTGAGCAAATTGAAGAGGAAGAAGATTCTGACACTGACTTGGTTAGGGTGACTATA
TGATCGTTTTGAGTCAGTGTTAATGTCGTGAATCATGTTACTGAGTGTTTTGTGTTGGAA
TAGTGTCAAGACTTTTAGCAAAGAATCAATAACTTGTAACACTCAAATAATTGTTTAGTT
TGTTGTCAAATGCTAAGTAGGAACCAAACGCTACCGTTTCATGC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL5722Contig1 1281 2 6 U
GACAGCTTCTGATATTATGAGCGGTCATCAGTCGGCTATTGTTCCAGTCATATTTCTCTC
CAGATTTGAGGATGACAAACAGATTTCAAGCCTCTTTGAGGAGGTGTGGGAAGACATCAC
AAGTGGTGAAAGGGTCACGTTACAGTTGTTTCTGCCAGAAATTGTGAATCATATTTGCGA
GAGCATTACATCATCCTCGTGGGCAAGCAAAAAGAAGGCTGGTAAGGCAATTTCCAAGCT
AACTGAAGTCTTGGGTGATTCATTATCGCCGCATACAACAAATTGCTGCAGTGTCTTATC
AATGAACTCCCTGGACGCTTATGGGAGGGAAAGGAAGCTCTATTGGATGCCCTGGGCGGT
CTTTCAGTCTCTTGCCACGAGGCAATAACTAAGGAAGATCCGAAAACTCCCACTGTCATC
TTGAATCTTATTTGTTCTGCATGCAAAAAGAAAGTCAAGAAATATCGCGAGTCAGCCTTT
TCCTGCCTGGAGAAGGTCATTATAGCTTTTGGCGATCCAGAGTTTTTCAATGCCGTTTTC
CCAATGTTATATGAGATGTGTAATACTGCCTCCGTCAAAACGAATTCTCAAGTTCCGTCT
GCTAGTGATGCTGTCAAAACAGAGTCAGAAAATGGAGAAGACGGACATGTCCCACTTGAA
AAGATTATGGAGTGCGTCAAGTCATGCATCCAAGTAGCAACCATAGACGACATTATCAGC
CGGAAAGCTGATTTGATTCATGTTCTTGTAATTTCCTTATCACCTGGTTTTCTATGGAAT
GTAAAAATGTCTGGGATTACATGTGTTGGAAAGCTTTGCTCAAGGTTTCATAGTCTATGG
AATGACTCTATGGATGGCCCTTTACCTAGTGATGCCACGAAATTCGCTCATGAGTTATTT
CACTCGCTGGTTCCTAAACTACTGGAATGCATAAACACAGTGAAGATAGCGCAGGTTCAT
GTGGCTGCTTCGCAATGCATGTTTGAGCTCGTCGAAGTGTATAGCAAGGTATCATCATTG
CATCCTGTGGAAGTAGATTTCAAGGGTGAGATTAACTCTTTGATTGAACTAGAGAAGAGT
GAAGAAGCTAAGTCGTTGTTGAGAAAATCCAGAGATGCGCTTGCAAATCTTCCCTCATTA
AACTAAGAATTTAGTTTTCGTACCCGCCATTATGTGATACAATTTCCATTTGAAAGAAAA
AAAAGACAAACTTGTCGTCTAAGTCGACGTGTAATAAAAGATGTTGTATTAACAAGAGAT
GTAGACAAAAGTTAGTTTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EQ66TF U 1
AF RR1EQ66JQ C 577
BS 1 661 RR1EQ66TF
BS 662 662 RR1EQ66JQ
BS 663 737 RR1EQ66TF
BS 738 738 RR1EQ66JQ
BS 739 748 RR1EQ66TF
BS 749 1281 RR1EQ66JQ

RD RR1EQ66TF 748 0 0
GACAGCTTCTGATATTATGAGCGGTCATCAGTCGGCTATTGTTCCAGTCATATTTCTCTC
CAGATTTGAGGATGACAAACAGATTTCAAGCCTCTTTGAGGAGGTGTGGGAAGACATCAC
AAGTGGTGAAAGGGTCACGTTACAGTTGTTTCTGCCAGAAATTGTGAATCATATTTGCGA
GAGCATTACATCATCCTCGTGGGCAAGCAAAAAGAAGGCTGGTAAGGCAATTTCCAAGCT
AACTGAAGTCTTGGGTGATTCATTATCGCCGCATACAACAAATTGCTGCAGTGTCTTATC
AATGAACTCCCTGGACGCTTATGGGAGGGAAAGGAAGCTCTATTGGATGCCCTGGGCGGT
CTTTCAGTCTCTTGCCACGAGGCAATAACTAAGGAAGATCCGAAAACTCCCACTGTCATC
TTGAATCTTATTTGTTCTGCATGCAAAAAGAAAGTCAAGAAATATCGCGAGTCAGCCTTT
TCCTGCCTGGAGAAGGTCATTATAGCTTTTGGCGATCCAGAGTTTTTCAATGCCGTTTTC
CCAATGTTATATGAGATGTGTAATACTGCCTCCGTCAAAACGAATTCTCAAGTTCCGTCT
GCTAGTGATGCTGTCAAAACAGAGTCAGAAAATGGAGAAGACGGACATGTCCCACTTGAA
A*GATTATGGAGTGCGTCAAGTCATGCATCCAAGTAGCAACCATAGACGACATTATCAGC
CGGAAAGCTGATTTGAT*CATGTTCTTG

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1EQ66JQ 705 0 0
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GAAGACGGACATGTCCCACTTGAAAAGATTATGGAGTGCGTCAAGTCATGCATCCAAGTA
GCAACCATAGACGACATTATCAGCCGGAAAGCTGATTTGATTCATGTTCTTGTAATTTCC
TTATCACCTGGTTTTCTATGGAATGTAAAAATGTCTGGGATTACATGTGTTGGAAAGCTT
TGCTCAAGGTTTCATAGTCTATGGAATGACTCTATGGATGGCCCTTTACCTAGTGATGCC
ACGAAATTCGCTCATGAGTTATTTCACTCGCTGGTTCCTAAACTACTGGAATGCATAAAC
ACAGTGAAGATAGCGCAGGTTCATGTGGCTGCTTCGCAATGCATGTTTGAGCTCGTCGAA
GTGTATAGCAAGGTATCATCATTGCATCCTGTGGAAGTAGATTTCAAGGGTGAGATTAAC
TCTTTGATTGAACTAGAGAAGAGTGAAGAAGCTAAGTCGTTGTTGAGAAAATCCAGAGAT
GCGCTTGCAAATCTTCCCTCATTAAACTAAGAATTTAGTTTTCGTACCCGCCATTATGTG
ATACAATTTCCATTTGAAAGAAAAAAAAGACAAACTTGTCGTCTAAGTCGACGTGTAATA
AAAGATGTTGTATTAACAAGAGATGTAGACAAAAGTTAGTTTCCG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL5723Contig1 1047 2 2 U
GGAACCTTAGCGACAGAGAGGCTGAACAAAAAAAACACCTTTTGTTTTTTTTTCGATTCA
CAACATCTGTGTGCTCTGCTCTACTCCTCCTCCTCCGATTTCATACGTATTGTCTGTATG
GGTACCTAGGAGAAGAAGGAACTTGTTGTGGCAGGAGGCAAGGATCAGATGCATAGTTTT
AGCTCCAACCCCGCTGGTGACCTTGAGAAGCAGTAGCAGGACAAGGCTCAAGAGAAGCAG
AGCGAGTCAGTAGTACATGAGTCTGCCAAGGAAGTGAACCACCTCACCATTGTTGTCTGC
AATGGAGATTCAAGTGGGGCACGTGAAACCGTAGAGTTGGCTCAGATCTATGGGCCAGCA
GCTGAGAGGGAAGAGTCCCCCAAAAAGGTTTGCTTGTCCAGAAACTCCAGCTCTCACGAG
CAGTGCAGGGTTTGTCAGCAAGAGAAAGAAGAGGCTTTGATAGAACTGGGGTGCCTATGT
CGTGGTGGCCTTGCTAAATCCCATAGGTCATGCATAGATGCTTGGTTTCGCACAAAAGGC
TCTAATCAGTGCGAGATCTGCCAGGCAGTGGCTGTCAACGTGCCACCTCCAGAGACCCAT
CCAACTACAAATTACTGGGTTTGGAGGATTGATCCCAGCTATAGACAAGAGCATCGTGAG
AGAGGATGTTTCAATCCTCTATGGGTAGCATTCTCGATTTTGATAGGCGGTTTAATGCTG
GATGTGTTAATATCAATCACACTTGGTGTGTTTGCACTCCCGGTTAACATAATCATTGGA
GTGATAGTGGTGCTAGGGCTAGGAACAGCACTAAGGCTGACATTGGAGTTTTGCTACGAG
TGGAGCTTGAGAAGAGCGGTTCAGAGGGCAGTGCAGAGGAGTGAAACAGCCTTTAATAAC
ATTGCATATCCACCTGCCTTGTAAGAGAGATAAATGTCAAAGCTGGAAACATCTTGTGTG
TGTTAGTGTGTTATGTAAAAAAAGTTGCGTGAAGACAAAAGTGTGATTGTTTTTACATAC
AATTATGCTGAATTCGTTTGGAGCATC


BQ
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AF RR1D765TF U 1
AF RR1D765JQ C 398
BS 1 607 RR1D765TF
BS 608 1047 RR1D765JQ

RD RR1D765TF 607 0 0
GGAACCTTAGCGACAGAGAGGCTGAACAAAAAAAACACCTTTTGTTTTTTTTTCGATTCA
CAACATCTGTGTGCTCTGCTCTACTCCTCCTCCTCCGATTTCATACGTATTGTCTGTATG
GGTACCTAGGAGAAGAAGGAACTTGTTGTGGCAGGAGGCAAGGATCAGATGCATAGTTTT
AGCTCCAACCCCGCTGGTGACCTTGAGAAGCAGTAGCAGGACAAGGCTCAAGAGAAGCAG
AGCGAGTCAGTAGTACATGAGTCTGCCAAGGAAGTGAACCACCTCACCATTGTTGTCTGC
AATGGAGATTCAAGTGGGGCACGTGAAACCGTAGAGTTGGCTCAGATCTATGGGCCAGCA
GCTGAGAGGGAAGAGTCCCCCAAAAAGGTTTGCTTGTCCAGAAACTCCAGCTCTCACGAG
CAGTGCAGGGTTTGTCAGCAAGAGAAAGAAGAGGCTTTGATAGAACTGGGGTGCCTATGT
CGTGGTGGCCTTGCTAAATCCCATAGGTCATGCATAGATGCTTGGTTTCGCACAAAAGGC
TCTAATCAGTGCGAGATCTGCCAGGCAGTGGCTGTCAACGTGCCACCTCCAGAGACCCAT
CCAACTA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1D765JQ 650 0 0
CCAGAAACTCCAGCTCTCACGAGCAGTGCAGGGTTTGTCAGCAAGAGAAAGAAGAGGCTT
TGATAGAACTGGGGTGCCTATGTCGTGGTGGCCTTGCTAAATCCCATAGGTCATGCATAG
ATGCTTGGTTTCGCACAAAAGGCTCTAATCAGTGCGAGATCTGCCAGGCAGTGGCTGTCA
ACGTGCCACCTCCAGAGACCCATCCAACTACAAATTACTGGGTTTGGAGGATTGATCCCA
GCTATAGACAAGAGCATCGTGAGAGAGGATGTTTCAATCCTCTATGGGTAGCATTCTCGA
TTTTGATAGGCGGTTTAATGCTGGATGTGTTAATATCAATCACACTTGGTGTGTTTGCAC
TCCCGGTTAACATAATCATTGGAGTGATAGTGGTGCTAGGGCTAGGAACAGCACTAAGGC
TGACATTGGAGTTTTGCTACGAGTGGAGCTTGAGAAGAGCGGTTCAGAGGGCAGTGCAGA
GGAGTGAAACAGCCTTTAATAACATTGCATATCCACCTGCCTTGTAAGAGAGATAAATGT
CAAAGCTGGAAACATCTTGTGTGTGTTAGTGTGTTATGTAAAAAAAGTTGCGTGAAGACA
AAAGTGTGATTGTTTTTACATACAATTATGCTGAATTCGTTTGGAGCATC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL5724Contig1 589 2 2 U
GGATCCGCCGCATCACAGGATCTTCTCCGTACGCAGGTATCGCAATAGGAAGCGAAACAT
CAGGAGGAATCAAGAACATCGTAGCAGAACACATCAGTCTCTCCAATATGGGCATTGGAG
TCAACATCAAGACAAACATTGGTCGTGGAGGATACATCAAAAACATCAAAATCTCTAACG
TCTATGTTGAAAACGCAAAGTACGGGATCAAGATCGCTGGCGACACGGGAGATCACCCTG
ACGCGTATTATAACCCGAACGCTCTTCCAGTCGTTAAAGGAATACATATTAATAACGTTT
GGGGGGTTAACGTTCAAAACGCCGGTTCCATTCAAGGCCTTAAGGGTTCACCTTTTACAG
CGATATGTCTGAGTGAGATTAATCTACATGGAAGCTTGAACTCGTATCGCACGTGGAAGT
GTTCCGACGTTATTGGAACTTCGCTCAAAGTCAGCCCTTGGCCTTGTTCAGAGCTGAGAA
CTACCGGCGGATCATATTCGTGTTCTTCCACCTTCTGATGTTTTCTATATAGTTTACCAA
AAAAAAATGTTTTTCTATATATAAGTTTGTATTTTCTAAATTTAACTCA


BQ
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AF RR1GU68TF U 1
AF RR1F066TF U 35
BS 1 415 RR1GU68TF
BS 416 589 RR1F066TF

RD RR1GU68TF 415 0 0
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CAGGAGGAATCAAGAACATCGTAGCAGAACACATCAGTCTCTCCAATATGGGCATTGGAG
TCAACATCAAGACAAACATTGGTCGTGGAGGATACATCAAAAACATCAAAATCTCTAACG
TCTATGTTGAAAACGCAAAGTACGGGATCAAGATCGCTGGCGACACGGGAGATCACCCTG
ACGCGTATTATAACCCGAACGCTCTTCCAGTCGTTAAAGGAATACATATTAATAACGTTT
GGGGGGTTAACGTTCAAAACGCCGGTTCCATTCAAGGCCTTAAGGGTTCACCTTTTACAG
CGATATGTCTGAGTGAGATTAATCTACATGGAAGCTTGAACTCGTATCGCACGTG

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR1F066TF 555 0 0
G
GGTATCGCAATAGGAAGCGAAACATCAGGAGGAATCAAGAACATCGTAGCAGAACACATC
AGTCTCTCCAATATGGGCATTGGAGTCAACATCAAGACAAACATTGGTCGTGGAGGATAC
ATCAAAAACATCAAAATCTCTAACGTCTATGTTGAAAACGCAAAGTACGGGATCAAGATC
GCTGGCGACACGGGAGATCACCCTGACGCGTATTATAACCCGAACGCTCTTCCAGTCGTT
AAAGGAATACATATTAATAACGTTTGGGGGGTTAACGTTCAAAACGCCGGTTCCATTCAA
GGCCTTAAGGGTTCACCTTTTACAGCGATATGTCTGAGTGAGATTAATCTACATGGAAGC
TTGAACTCGTATCGCACGTGGAAGTGTTCCGACGTTATTGGAACTTCGCTCAAAGTCAGC
CCTTGGCCTTGTTCAGAGCTGAGAACTACCGGCGGATCATATTCGTGTTCTTCCACCTTC
TGATGTTTTCTATATAGTTTACCAAAAAAAAATGTTTTTCTATATATAAGTTTGTATTTT
CTAAATTTAACTCA

QA 2 555 2 555
DS 



AS 1 2

CO CL5725Contig1 353 2 1 U
AGGCAAACCAATCAAGAAAAGGAAAAAAAAATGAATCTTTCATCTCCTATCAAGATGATC
TCGGAGTATATCGATACCCCAACAAAGGTCACTGGCCTGGTAACAGCACTGGTCGTAGCC
TTCTTCTGGCTCAGGTCAGGCCCGACGATGAAGCCTCCGGGAGGAAATGGTGGTCGTATT
TTCAGGAAGTCATTTGAAAAGAACCCCAAAGGTTACTTCAGGGATCTGCGCAAGAAGTAA
ACATCAGACAGAGTATGTGGAAGTACTAATAATTACAACTTTTGTTGCTATGCGTTTAAT
AATACTACATGGATGCCATATGTATGTTCCATTCCCTGTCGTGGATCTGTATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CL15JQ C 1
AF RR1CL15TF U 1
BS 1 353 RR1CL15TF

RD RR1CL15JQ 353 0 0
AGGCAAACCAATCAAGAAAAGGAAAAAAAAATGAATCTTTCATCTCCTATCAAGATGATC
TCGGAGTATATCGATACCCCAACAAAGGTCACTGGCCTGGTAACAGCACTGGTCGTAGCC
TTTTTCTGGCTCAGGTCAGGCCCGACGATGAAGCCTCCGGGAGGAAATGGTGGTCGTATT
TTCAGGAAGTCATTTGAAAAGAACCCCAAAGGTTACTTCAGGGATCTGCGCAAGAAGTAA
ACATCAGACAGAGTATGTGGAAGTACTAATAATTACAACTTTTGTTGCTATGCGTTTAAT
AATACTACATGGATGCCATATGTATGTTCCATTCCCTGTCGTGGATCTGTATG

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR1CL15TF 353 0 0
AGGCAAACCAATCAAGAAAAGGAAAAAAAAATGAATCTTTCATCTCCTATCAAGATGATC
TCGGAGTATATCGATACCCCAACAAAGGTCACTGGCCTGGTAACAGCACTGGTCGTAGCC
TTCTTCTGGCTCAGGTCAGGCCCGACGATGAAGCCTCCGGGAGGAAATGGTGGTCGTATT
TTCAGGAAGTCATTTGAAAAGAACCCCAAAGGTTACTTCAGGGATCTGCGCAAGAAGTAA
ACATCAGACAGAGTATGTGGAAGTACTAATAATTACAACTTTTGTTGCTATGCGTTTAAT
AATACTACATGGATGCCATATGTATGTTCCATTCCCTGTCGTGGATCTGTATG

QA 1 353 1 353
DS 



AS 1 2

CO CL5726Contig1 627 2 4 U
AGAAATTGTGTTATCATGTAGTTTAAGAGAGATCATATAACTTGACGAACAAACAACCTT
ATCCACAAATGAAATAACAAAATAGTATCCACCCTATACATCCTAACTTTGCTGTGTAGA
ATCAGAAACCTTCATACAAAGTCCACAGACAAATCAACTCTGAAGTTTCAAGTTTCAAGT
TTCAAAAGCTCCCCTCCTCTCTTCCCATATGATCAGAAACATGTGTAGAATGCGCTCTCA
AGTCTTCAAGTGCGTTACTTGATAATTATATACCTTTCTGTACAAAGCTTTACTGGTCTA
TCTTCAGACTAATCAGCTGAAGTCTTGATTAGCTCTGGAACTTGATCTAGCAAACGATTC
ATGTCATCAGGGAACTCGTTCTTGGCTCTGTTGGTTCTTCCCCCCACCACCAATGTTGTT
CCGTTTTGCAGTGCCCATATCTGTGAATGAGATAAGTAACTGATACAGGTTGTGAGCATT
AGAGCACCAAAACCAGCATACACCACTGGTACTCCTGGGTCAGTCTTTAACTCAAGACCA
GTGCTTCCTATTGCATCCTCAATCACAATCTTCATACCATCAATCTCAATAGGAAGCTTG
GAGTTTTGGTCTCCTTATTCCTGCGAA


BQ
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AF RR1CK43TF C 1
AF RR1BX26JQ U 423
BS 1 422 RR1CK43TF
BS 423 539 RR1BX26JQ
BS 540 540 RR1CK43TF
BS 541 627 RR1BX26JQ

RD RR1CK43TF 614 0 0
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ATCCACAAATGAAATAACAAAATAGTATCCACCCTATACATCCTAACTTTGCTGTGTAGA
ATCAGAAACCTTCATACAAAGTCCACAGACAAATCAACTCTGAAGTTTCAAGTTTCAAGT
TTCAAAAGCTCCCCTCCTCTCTTCCCATATGATCAGAAACATGTGTAGAATGCGCTCTCA
AGTCTTCAAGTGCGTTACTTGATAATTATATACCTTTCTGTACAAAGCTTTACTGGTCTA
TCTTCAGACTAATCAGCTGAAGTCTTGATTAGCTCTGGAACTTGATCTAGCAAACGATTC
ATGTCATCAGGGAACTCGTTCTTGGCTCTGTTGGTTCTTCCCCCCACCACCAATGTTGTT
CCGTTTTGCAGTGCCCATATCTGTGAATGAGATAAGTAACTGATACAGGTTGTGAGCATT
AGAGCACCAAAACCAGCATACACCACTGGTACTCCTGGGTCAGTCTTTAACTCAAGACCA
GTGCTTCCTATTGCATCCTCAATCACAATCTTCATACCATCAATCTCAATAGGAAGCTTG
GAGTTT
GGTCTCCC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1BX26JQ 205 0 0
GTTTTGCAGTGCCCATATCTGTGAATGAGATAAGTAACTGATACAGGTTGTGAGCATTAG
AGCACCAAAACCAGCATACACCACTGGTACTCCTGGGTCAGTCTTTAACTCAAGACCGGT
GCTTCCTATTGCATCCTCAATCACAATCTTCATACCATCAATCTCAATAGGAAGCTTGGA
GTTTTGGTCTCCTTATTCCTGCGAA

QA 1 205 1 205
DS 



AS 1 2

CO CL5727Contig1 1191 2 2 U
GATGGTATCTACGGTTGGGCACTTCCGGTCATCTCCAGCAACTCCCTTGCGGTTAAGATC
CTTTACCCTATCTTCTGGGGGCTAATGACTCTCAGCACATTCGGGAATGATCTTGAGCCC
ACAAGCAACTGGCTTGAGGTTGTTTTCAGCATAGTTATGGTCCTTAGTGGTTTATTACTC
TTCACGTTGTTGATCGGAAACATTCAGGTGTTTTTGCATGCGGTGATGGCAAAGAAGAGG
AAAATGCAGATACGGTGTAGGGATATGGAATGGTGGATGAAACGTAGGCAGTTGCCTTCT
CGGTTAAGACAGAGAGTTAGGAGATTTGAGCGGCAGAGATGGACTGCCTTAGGTGGAGAA
GACGAGCTGGAACTTATACAAGATCTGCCTCCGGGTCTTCGGAGAGATATTAAGCGATAT
CTTTGCGTTGATCTTATTGAGAAGGTACCATTGTTCAGGGGCATGGACGATTTGATCCTA
GACAACATTTGCGATCGTGCTAAGCCTCGTGTCTACTCTAAAGACGAAAAGATCATTCGG
GAAGGAGATCCTGCACAGAGAATGATATTCATCATGCGTGGAAGAGTCAAACGTGACCAG
AGCCTAAGCAAAGGCGTGGTAGCGACTAGTACGATTGAACCAGGTGGTTACTTCGGCGAC
GAGCTACTCTCATGGTGCCTACGGCGTCCATTTATCGACCGTCTCCCTCCTTCCACCGCA
ACATTTGTCTGTCTAGACAACATCGAGGCGTTCTCCCTCGGATCAGAAGATCTTAGGTAC
ATAACGGATCATTTCCGTTATAAATTCGCAAACGAGCGTCTTAAGCGGACGGCGAGATAC
TACTCCTCGAACTGGAGGACGTGGGCTGCGGTGAATATCCAAATGTCGTGGCGCCGGTAC
AGGAAGAGAACCTCTGGTGGTGTAGGTGGTTCGATGAGTCCTGTGTCGGAACATAGCGTC
GAAGGTAACAGTGAACGCCGTTTGCTTCAGTATGCCGCGATGTTCATGTCCATCCGACCG
CATGATCATCTTGAGTGAAAGTTTCTTAAATATGTATGTCGAAATAATTGTTTGTATCCA
TTGTTCATCCTCGATTGTTTTCGTTGCATTGGTTGTTTAAACTAAAATCTCTTTTCCGAT
GATATGTATGTCCCCTTATTTGAGTTTTCTCTTAATGTACATCTTTACAGT


BQ
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AF RR1AE06TF U 1
AF RR1AE06JQ C 442
BS 1 775 RR1AE06TF
BS 776 1191 RR1AE06JQ

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CTTTGCGTTGATCTTATTGAGAAGGTACCATTGTTCAGGGGCATGGACGATTTGATCCTA
GACAACATTTGCGATCGTGCTAAGCCTCGTGTCTACTCTAAAGACGAAAAGATCATTCGG
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QA 1 775 1 775
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AAGCCTCGTGTCTACTCTAAAGACGAAAAGATCATTCGGGAAGGAGATCCTGCACAGAGA
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GCGACTAGTACGATTGAACCAGGTGGTTACTTCGGCGACGAGCTACTCTCATGGTGCCTA
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AAATTCGCAAACGAGCGTCTTAAGCGGACGGCGAGATACTACTCCTCGAACTGGAGGACG
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CGTTGCATTGGTTGTTTAAACTAAAATCTCTTTTCCGATGATATGTATGTCCCCTTATTT
GAGTTTTCTCTTAATGTACATCTTTACAGT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1H712JQ U 71
AF RR1H712TF C 1
BS 1 70 RR1H712TF
BS 71 285 RR1H712JQ
BS 286 642 RR1H712TF

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TCTGATCGATGTGACACCATTTTTTAGAAAAAAATATAAAATTTTTAGAGAGAGCCAATG
CTCCCTAAGGCATTCACATTGTAAAATCCAGACGAGAAAAACGCAGACAGACCCGCCGAC
ATTTGAGGAGCATTGAACACTTCCTCATCCAACGG

QA 1 215 1 215
DS 

RD RR1H712TF 642 0 0
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AGAGCCAATGCTCCCTAAGGCATTCACATTGTAAAATCCAGACGAGAAAAACGCAGACAG
ACCCGCCGACATTTGAGGAGCATTGAACACTTCCTCATCCAACGGTGAGTAGTACTCACG
GATCCCTTCTTCCAAAGGCTCAGGATTCATCTCCACCTGTTGAGGATCTGCCGCGGCGTA
AGTGGTGGCCTCCTGAGGTAGATCGGCGGCGTCTTGACCAGTGAGTTCTTGAACAAGCTC
TCTGAACTTAGAAGGGCAAGTCTCTACTCTCATAGGATTCGATATGTAACGGACTTTGAT
GGGTTTGTTATCGTTAGTCGTCGTGGCTTTCCTCTTCTGCTTCGGTTGTTTTCTTGTCGG
AGATGAAGATGGCTGTCTCTGGTTTAAGCTTGTGAGCAAGGTTGATGATGACTTCATCTT
CTTGATTCTTTTGTGAAGAACCCAAAAAGAAAGAAGAAAAAA

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

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AGCTAAACGAGGATCTGTTCCCATTTTCAAGGCCAAAAGGCATAAACCAGTTTTCCCTGG
TTCGTCTTCCATAAAACCCACCCCTTACCATCCTGCGGATCAACAAACTCCACGAGGACA
AGTCATGAACAGATTACCATCAGGTCCTTCCGGTTCAAGTGAACCCACAAAAGGAACTGG
ACCTGAGTCTTTTGTAGGAAGAAGAGTTAGAACAAGGTGGCCAGAAGACAATACATTTTA
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TGAGTGGATAGGAGAGGATCCTGGGATTTGTAATCGACATGGTCTGAACAGAAGTACAGG
ACCCAACAATGTTCCACAACGAGGAAGCAGTTTGGCAAAGACCACTATCAAAAACGATCT
CAGAACATCACAGAATGGAGCTGGGAAAAGGAAACATGTCGATATACGTCTCCGTCCGAC
CAATGTCCTAATCAGAGAGGTGGAGAGAGTTCTTGGTTCACACAATCCAGATCCTCAAGA
AGTTGAAATGGCTAAGAGAGTTTTGGAGGAGCAAGAACGTGCGCTTGTGGGTGCAATAAC
AAAGCTTGGAGATATATCCAATGGAGAGAACGTTTTGCCAAGGCACGGTGCAATGCAGAC
CATAAGGAGCAGCTGATGAAGAAGAAGAAAGCATTGGTTGAGATGGAAAGTCAAAGAGTC
TCTAACTTCTTTGATGTTGCCTTTTCTTTGGTATCTGACTGTAATTTTTTTTGCTAACGT
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AAAATATAACCAAAACATACTC


BQ
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AF RR1E240TF U 1
AF RR1E240JQ C 505
BS 1 714 RR1E240TF
BS 715 1222 RR1E240JQ

RD RR1E240TF 714 0 0
GATCACTTGGGAAAAAGAGGGTCTAATAACTGAAATGCGTAAAGAGCTGAGAGTATCGCA
TGAGGAGCATAGAGAGCTTCTTGCTCGTGTAAACGCTGATGATACTATACGAAAGATAAG
GGAATGGAGACAATCTGGAGGTATGCAACGCAATGCTGCTCAAGTGATTCACGATACGTT
GCCAAGCCCTTCTGTTAAGAAGCACAAACCGAACCAGCCAATTCATTCCCAACCATTCGC
CAATTCTTCACCTTCTTCTCACCCTCAAGCTGATCCCACTCACACGTTGGCCTCATCGGC
AGCTAAACGAGGATCTGTTCCCATTTTCAAGGCCAAAAGGCATAAACCAGTTTTCCCTGG
TTCGTCTTCCATAAAACCCACCCCTTACCATCCTGCGGATCAACAAACTCCACGAGGACA
AGTCATGAACAGATTACCATCAGGTCCTTCCGGTTCAAGTGAACCCACAAAAGGAACTGG
ACCTGAGTCTTTTGTAGGAAGAAGAGTTAGAACAAGGTGGCCAGAAGACAATACATTTTA
CGAAGCTGCCATCTCCAAGTATGATCCAGTTGAGGGCCGTCATGCTTTAGTATATGACAT
TGGAACACTTAATGAGGCATGGGAATGGGTTAAACTCGCAGAGATATCTCCTAGGGATAT
TGAGTGGATAGGAGAGGATCCTGGGATTTGTAATCGACATGGTCTGAACAGAAG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1E240JQ 718 0 0
AGTTAGAACAAGGTGGCCAGAAGACAATACATTTTACGAAGCTGCCATCTCCAAGTATGA
TCCAGTTGAGGGCCGTCATGCTTTAGTATATGACATTGGAACACTTAATGAGGCATGGGA
ATGGGTTAAACTCGCAGAGATATCTCCTAGGGATATTGAGTGGATAGGAGAGGATCCTGG
GATTTGTAATCGACATGGTCTGAACAGAAGTACAGGACCCAACAATGTTCCACAACGAGG
AAGCAGTTTGGCAAAGACCACTATCAAAAACGATCTCAGAACATCACAGAATGGAGCTGG
GAAAAGGAAACATGTCGATATACGTCTCCGTCCGACCAATGTCCTAATCAGAGAGGTGGA
GAGAGTTCTTGGTTCACACAATCCAGATCCTCAAGAAGTTGAAATGGCTAAGAGAGTTTT
GGAGGAGCAAGAACGTGCGCTTGTGGGTGCAATAACAAAGCTTGGAGATATATCCAATGG
AGAGAACGTTTTGCCAAGGCACGGTGCAATGCAGACCATAAGGAGCAGCTGATGAAGAAG
AAGAAAGCATTGGTTGAGATGGAAAGTCAAAGAGTCTCTAACTTCTTTGATGTTGCCTTT
TCTTTGGTATCTGACTGTAATTTTTTTTGCTAACGTTAGAGATTAGCTTTACCCAAAATG
CTGGATATAATGTTCAGTGGAACGGTTTCAATCATCAAAATATAACCAAAACATACTC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL5730Contig1 728 2 5 U
AAAAGCCAAACAAAAGCAGAAGAAATTAAAAGGAAAAGATAACGTTCCAGTTTCATGTCA
AAAGGTGGAAGGAGAAGTATTGACGACGATATGCCGAAAAGGACGATGGACATCACCACC
CACCACCGTGTTTAACAAACTCAGCAGGTGTCAAGAAACTACCATGGCAAATGCACATGG
TCCTGACTTCCTCTCCTTTACCGTACTTGTATAGAATCCCATCGACACGTCTACCGTTTG
GACCGTATCCTTTGGTGAACACACACGGCATGTCGAACAAACCAGTAAACGTAGCAGCCG
TCCCTTTGCCTTTACCATTCTCGTTGTCGCTGTTATTAAATGAACATCTTGTCATCATCT
TGGGGCTTCTCTCGTCACCACCACAACTGTTTGATGAACCTTGTTGGTTCTTGTTGTTGT
CCAGCTCCGACAAGCTGGACGAGCTACCTCCTCTCACTACTCCATCGGAATCAACAACAC
ACGCTTGTCTATGAGAAACCAAATGTCTCCGTAGAAACCCGCTTTTACTAGCGGTGACAC
ATCTCTCAGACTCAAACGACGTCGTTTGGGAACTCTGTTGTTTCTCGCATCTCCTCCTCT
TAGCTTCCATTCTCCTAAGCGACTGCATCTCTTTCCTTTTCCTCCATTCCTCCTCCATCT
CCGCTGGTAACGACGTCGTTCTCGCTAAACCCACCGTGTAATTCTCCGGCGGCTCAACCT
CCTCCCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CQ36JQ U 92
AF RR1CQ36TF C 1
BS 1 91 RR1CQ36TF
BS 92 120 RR1CQ36JQ
BS 121 121 RR1CQ36TF
BS 122 438 RR1CQ36JQ
BS 439 728 RR1CQ36TF

RD RR1CQ36JQ 347 0 0
TGCCGAAAAGGACGATGGACATCACCACC*ACCACCGTGTTTAACAAACTCAGCAGGTGT
CAAGAAACTACCATGGCAAATGCACATGGTCCTGACTTCCTCTCCTTTACCGTACTTGTA
TAGAATCCCATCGACACGTCTACCGTTTGGACCGTATCCTTTGGTGAACACACACGGCAT
GTCGAACAAACCAGTAAACGTAGCAGCCGTCCCTTTGCCTTTACCATTCTCGTTGTCGCT
GTTATTAAATGAACATCTTGTCATCATCTTGGGGCTTCTCTCGTCACCACCACAACTGTT
TGATGAACCTTGTTGGTTCTTGTTGTTGTCCAGCTCCGACAAGCTGG

QA 1 347 1 347
DS 

RD RR1CQ36TF 728 0 0
AAAAGCCAAACAAAAGCAGAAGAAATTAAAAGGAAAAGATAACGTTCCAGTTTCATGTCA
AAAGGTGGAAGGAGAAGTATTGACGACGATATGCCGAAAAGGACGATGGACATCACCACC
CACCACCGTGTTTAACAAACTCAGCAGGTGTCAAGAAACTACCATGGCAAATGCACATGG
TCCTGACTTCCTCTCCTTTACCGTACTTGTATAGAATCCCATCGACACGTCTACCGTTTG
GACCGTATCCTTTGGTGAACACACACGGCATGTCGAACAAACCAGTAGACGTAGCAGCCG
TCCCTTTGCCTTTACCATTCTCGTTGTCGCTGTTATTAGATGAACATCTTGTCATCATCT
TGGGGCTTCTCTCGTCACCACCACAACTGTTTGATGAACCTTGTTGGTTCTTGTTGTTGT
CCAGCTCCGACAAGCTGGACGAGCTACCTCCTCTCACTACTCCATCGGAATCAACAACAC
ACGCTTGTCTATGAGAAACCAAATGTCTCCGTAGAAACCCGCTTTTACTAGCGGTGACAC
ATCTCTCAGACTCAAACGACGTCGTTTGGGAACTCTGTTGTTTCTCGCATCTCCTCCTCT
TAGCTTCCATTCTCCTAAGCGACTGCATCTCTTTCCTTTTCCTCCATTCCTCCTCCATCT
CCGCTGGTAACGACGTCGTTCTCGCTAAACCCACCGTGTAATTCTCCGGCGGCTCAACCT
CCTCCCTC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL5731Contig1 435 2 1 U
AACTAAAAAAAACTGATACACACCATATATATTATTTCTTTTACACACACTATATATACA
TATTTTATCAATTATCCATATTCTTAAACTAAGTTTTAACTGACATTAAAACTATTGCCA
AAAATAACTGACCGTATATGGTTTACATGAAAAAAAATAAAACGTTTCTGGTTCTAGTTT
CCTTGGCTAGGACATCAGCGTGAAAGTTGAGCTCTAGGAACGTTACACACCATATGTATA
TAGTTTTTCGTCTCTTGGATAGCTGGAAGCTCTCCAAAAAGTATATTCTCCGATCTTATT
CATTACATTATATCACTTATTGGTATAGTAGTTTCACAGCATGACTTTATGAAAGGCAAG
AAGCTGCCGAATTAGCAATATGTAGCCACAGAAACGACTTCAAAATCAACTCCCACATAC
AGTTTATCATTCACC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1DT27JQ U 1
AF RR1FV50JQ U 51
BS 1 435 RR1DT27JQ

RD RR1DT27JQ 435 0 0
AACTAAAAAAAACTGATACACACCATATATATTATTTCTTTTACACACACTATATATACA
TATTTTATCAATTATCCATATTCTTAAACTAAGTTTTAACTGACATTAAAACTATTGCCA
AAAATAACTGACCGTATATGGTTTACATGAAAAAAAATAAAACGTTTCTGGTTCTAGTTT
CCTTGGCTAGGACATCAGCGTGAAAGTTGAGCTCTAGGAACGTTACACACCATATGTATA
TAGTTTTTCGTCTCTTGGATAGCTGGAAGCTCTCCAAAAAGTATATTCTCCGATCTTATT
CATTACATTATATCACTTATTGGTATAGTAGTTTCACAGCATGACTTTATGAAAGGCAAG
AAGCTGCCGAATTAGCAATATGTAGCCACAGAAACGACTTCAAAATCAACTCCCACATAC
AGTTTATCATTCACC

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR1FV50JQ 385 0 0
TATATATACATATTTTATCAATTATCCATATTCTTAAACTAAGTTTTAACTGACATTAAA
ACTATTGCCAAAAATAACTGACCGTATATGGTTTACATGAAAAAAAATAAAACGTTTCTG
GTTCTAGTTTCCTTGGCTAGGACATCAGCGTGAAAGTTGAGCTCTAGGAACGTTACCCAC
CATATGTATATAGTTTTTCGTCTCTTGGATAGCTGGAAGCTCTCCAAAAAGTATATTCTC
CGATCTTATTCATTACATTATATCACTTATTGGTATAGTAGTTTCACAGCATGACTTTAT
GAAAGGCAAGAAGCTGCCGAATTAGCAATATGTAGCCACAGAAACGACTTCAAAATCAAC
TCCCACATACAGTTTATCATTCACC

QA 1 385 1 385
DS 



AS 1 2

CO CL5732Contig1 902 2 2 U
GGAACATAGAGAGAGATTGTGAAATTAGGGTTCCCTAAACAAAAAAAATTGTGGATCCTC
TTCGGAAACAATGTTCACGCCGCAGAGAAAACAGTGGATGTCTCCGGCGATGACGCCGAG
AAGCGAGACGCGCCATTCCAACGCGGATAGAAAGGGAAAGGCGATTGCGTTCAGCGAGGA
CCACCCGGTGAATTCGACTCTCCCGCCGCCGCCTCCGATTGGAACTCTGACCGGAGAGGG
CTTTTCCAGGGGTCAGGCTGATGATTATACGGATATGGGGGACTGGAGAAGGTTTAGGGA
AGTGGGTTTGCTGGACGAGGCTTCGATGGAGAGGAAAGATCGAGAAGCGCTTCTTGAAAA
GATCTCCACACTCGAAAAGGAGTTATATGGCTACCAGCATAATATGGGACTTCTTCTGAT
GGAGAATAAGGAGTGGGCTTCGAAGCATGAGCAACTGAACCAGGCGTTACAAGAAGCTCA
AGAGATTCTTAAGAGAGAACAGTCATCACATCTGTACGCATTGACTACTGTGGAACAGCG
GGAAGAAAACTTGAGAAAGGCCTTGGGTTTGGAAAAGCAATGTGTGGAAGAGCTTGAAAA
GGCTCTTCGTGAAATTCAAGAGGATAATAACAAGACGAGGCTCGCTTCTGAAGTTAAGTT
AGCTGAAGCAAATGCTCTGGTTGCTAGTGTTACCGGTAGATCTTCTGATGTGGAAAGCAA
GATTTATTCTGCTGAAAGCAAACTCGCAGAGGCAACTAGGAAGAGCTTTGAGCTGGAAAT
GAGATTGAAGGAAGTGGAGACTCGTGAGAGGGTCCTGCAACAAGAGCGACTTTCTTTTGC
TAAAGAGCGAGAATCATATGAAGAGACTTTCCACAAGCAAAGAGAGTACCTTCATGAATG
GG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1DN62TF U 1
AF RR1DN62JQ C 419
BS 1 601 RR1DN62TF
BS 602 902 RR1DN62JQ

RD RR1DN62TF 602 0 0
GGAACATAGAGAGAGATTGTGAAATTAGGGTTCCCTAAACAAAAAAAATTGTGGATCCTC
TTCGGAAACAATGTTCACGCCGCAGAGAAAACAGTGGATGTCTCCGGCGATGACGCCGAG
AAGCGAGACGCGCCATTCCAACGCGGATAGAAAGGGAAAGGCGATTGCGTTCAGCGAGGA
CCACCCGGTGAATTCGACTCTCCCGCCGCCGCCTCCGATTGGAACTCTGACCGGAGAGGG
CTTTTCCAGGGGTCAGGCTGATGATTATACGGATATGGGGGACTGGAGAAGGTTTAGGGA
AGTGGGTTTGCTGGACGAGGCTTCGATGGAGAGGAAAGATCGAGAAGCGCTTCTTGAAAA
GATCTCCACACTCGAAAAGGAGTTATATGGCTACCAGCATAATATGGGACTTCTTCTGAT
GGAGAATAAGGAGTGGGCTTCGAAGCATGAGCAACTGAACCAGGCGTTACAAGAAGCTCA
AGAGATTCTTAAGAGAGAACAGTCATCACATCTGTACGCATTGACTACTGTGGAACAGCG
GGAAGAAAACTTGAGAAAGGCCTTGGGTTTGGAAAAGCAATGTGTGGAAGAGCTTGAAAA
G
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1DN62JQ 484 0 0
ATGGAGAATAAGGAGTGGGCTTCGAAGCATGAGCAACTGAACCAGGCGTTACAAGAAGCT
CAAGAGATTCTTAAGAGAGAACAGTCATCACATCTGTACGCATTGACTACTGTGGAACAG
CGGGAAGAAAACTTGAGAAAGGCCTTGGGTTTGGAAAAGCAATGTGTGGAAGAGCTTGAA
AAGGCTCTTCGTGAAATTCAAGAGGATAATAACAAGACGAGGCTCGCTTCTGAAGTTAAG
TTAGCTGAAGCAAATGCTCTGGTTGCTAGTGTTACCGGTAGATCTTCTGATGTGGAAAGC
AAGATTTATTCTGCTGAAAGCAAACTCGCAGAGGCAACTAGGAAGAGCTTTGAGCTGGAA
ATGAGATTGAAGGAAGTGGAGACTCGTGAGAGGGTCCTGCAACAAGAGCGACTTTCTTTT
GCTAAAGAGCGAGAATCATATGAAGAGACTTTCCACAAGCAAAGAGAGTACCTTCATGAA
TGGG

QA 1 484 1 484
DS 



AS 1 2

CO CL5733Contig1 1237 2 2 U
GGAGAGCCAACAGTAAACTAAGGAGAGATTTGCGGATGGAAACACAAGGCAAAGTCATCA
CTTGCAGAGCGGCTGTGGCATGGGGAGCAGGAGACGCTCTAGTGATGGAGGATGTAAAAG
CGGATCCTCCTCAGAGATTGGAAGTTAGACTACGAATCCTCTTCACTTCTATCTGTCACA
CTGATCTTAGCGCATGGAAAGGCGAGGACGAGGCTCAGCAAGCATACCCTCGAATCCTTG
GTCATGAGGCTGCAGGGATAGTGGAGAGCGTAGGGGAAGGAGTGGAAGATATGAAGGCAG
GGGATCATGTGCTCCCTATTTTCACAGGAGAATGTGGTGATTGCAGAGTCTGCAAACGGG
ACGGAGCCAATCTGTGCGAGAGATTCCGAGTGGATCCAATGAAGAAGGTGATGGTAGGTG
ATGGGAAGACCAGGTTCTTCACCAGCAAAGACAACAAACCCATCTACCATTTCCTTAACA
CATCCACCTTCTCCGAGTACACGGTCATAGACTCGGCATGTGTGGTCAAGGTGGACCCTC
GGTTTCCTCTAGAGAAGATGAGCCTCCTCAGCTGCGGTGTCTCAACCGGAGTGGGTGCGG
CCTGGAACGTGGCTAATATTCAGCCTGGCTCCACCGTGGCTATCTTTGGGCTGGGTGCTG
TTGGGCTTGCGGTAGCTGAAGGTGCAAAAGCAAGGGGGGCCTCAAAAATAATTGGGATTG
ACATCAACCCTGACAAGTTCCCATTAGGGAGAGAAGTAGGAATCAGTGAGTTCATAAACC
CAAAGGAATGTGACAATACGGTTCATGAGAGAGTGATGGAGATAACAGAGGGAGGAGTGG
AGTACAGCTTCGAGTGTGCGGGAAGAATTGAAGCACTTCGAGAGGCTTTTTTGTCAACAC
ACTCTGGAGTGGGGAAGACAGTGTTGCTTGGCGTTCACGCAAGCCCACAGCTTCTCCCTA
TCCATCCCATGGAGCTCTTCCAAGGCAGATCAATCACTGCCTCTGTTTTTGGAGGTTTCA
AACCCAAAACACAGTTGCCTCTTCTATTCACCCAGTGCCTCCAAGGTCAGCTCAATCTAG
ACCTCTTCATCTCTCACCAGCTTCCTTTCAATGATATTAACAAAGCCATGCAACTCCTCC
ACCAAGGCAAGGCTCTCCGTTGTCTTATCCGCCTTTGATAATCTATTTCCTATTTATGTG
CGTTACAAATTGTCGTAATGATGATTTGATTATGTTT


BQ
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AF RR1FC39TF U 1
AF RR1FC39JQ C 498
BS 1 678 RR1FC39TF
BS 679 1237 RR1FC39JQ

RD RR1FC39TF 678 0 0
GGAGAGCCAACAGTAAACTAAGGAGAGATTTGCGGATGGAAACACAAGGCAAAGTCATCA
CTTGCAGAGCGGCTGTGGCATGGGGAGCAGGAGACGCTCTAGTGATGGAGGATGTAAAAG
CGGATCCTCCTCAGAGATTGGAAGTTAGACTACGAATCCTCTTCACTTCTATCTGTCACA
CTGATCTTAGCGCATGGAAAGGCGAGGACGAGGCTCAGCAAGCATACCCTCGAATCCTTG
GTCATGAGGCTGCAGGGATAGTGGAGAGCGTAGGGGAAGGAGTGGAAGATATGAAGGCAG
GGGATCATGTGCTCCCTATTTTCACAGGAGAATGTGGTGATTGCAGAGTCTGCAAACGGG
ACGGAGCCAATCTGTGCGAGAGATTCCGAGTGGATCCAATGAAGAAGGTGATGGTAGGTG
ATGGGAAGACCAGGTTCTTCACCAGCAAAGACAACAAACCCATCTACCATTTCCTTAACA
CATCCACCTTCTCCGAGTACACGGTCATAGACTCGGCATGTGTGGTCAAGGTGGACCCTC
GGTTTCCTCTAGAGAAGATGAGCCTCCTCAGCTGCGGTGTCTCAACCGGAGTGGGTGCGG
CCTGGAACGTGGCTAATATTCAGCCTGGCTCCACCGTGGCTATCTTTGGGCTGGGTGCTG
TTGGGCTTGCGGTAGCTG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1FC39JQ 740 0 0
TACACGGTCATAGACTCGGCATGTGTGGTCAAGGTGGACCCTCGGTTTCCTCTAGAGAAG
ATGAGCCTCCTCAGCTGCGGTGTCTCAACCGGAGTGGGTGCGGCCTGGAACGTGGCTAAT
ATTCAGCCTGGCTCCACCGTGGCTATCTTTGGGCTGGGTGCTGTTGGGCTTGCGGTAGCT
GAAGGTGCAAAAGCAAGGGGGGCCTCAAAAATAATTGGGATTGACATCAACCCTGACAAG
TTCCCATTAGGGAGAGAAGTAGGAATCAGTGAGTTCATAAACCCAAAGGAATGTGACAAT
ACGGTTCATGAGAGAGTGATGGAGATAACAGAGGGAGGAGTGGAGTACAGCTTCGAGTGT
GCGGGAAGAATTGAAGCACTTCGAGAGGCTTTTTTGTCAACACACTCTGGAGTGGGGAAG
ACAGTGTTGCTTGGCGTTCACGCAAGCCCACAGCTTCTCCCTATCCATCCCATGGAGCTC
TTCCAAGGCAGATCAATCACTGCCTCTGTTTTTGGAGGTTTCAAACCCAAAACACAGTTG
CCTCTTCTATTCACCCAGTGCCTCCAAGGTCAGCTCAATCTAGACCTCTTCATCTCTCAC
CAGCTTCCTTTCAATGATATTAACAAAGCCATGCAACTCCTCCACCAAGGCAAGGCTCTC
CGTTGTCTTATCCGCCTTTGATAATCTATTTCCTATTTATGTGCGTTACAAATTGTCGTA
ATGATGATTTGATTATGTTT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL5734Contig1 1082 2 4 U
AGGGGGAATAGCAGCCGTCAGATAACACGCGGTTGATCTGAAGAACCTCTGCAGAGAGAA
TTCAAAACGACCAGCTTTCCATCGACGATACAATACGACCAAATCTCCTCCTCCTCCTCA
CGGTTCCTGTCGTAAAAACTCTTTCTTCTTACTATCTTTCCAAGAAAAGTTGTATCAGTC
TTTTGCTGTGGGATAAAGGTTGCAATGGCGAGGATAAAGCCTCAGGCTCTTCTTAATCAA
AGCAAGAAGAAAAAGGGTCCAAGTCGTATAAGTATCTCCACGATTGTCGTGTGTAATCTT
GTAGTTGCTGTAGTCGTCCTTTCCTTGGTCACTACTTATCGTCATTGGTCCCAGAGGTCA
AGAAACACACTTGAAACCCAGAGTCATAGATTTGAGGACACAAACGCTGCATCAGAACAA
AAGAGTTACGATCTTCCTGGTTATGCTGATATAAACACATCAAAAGGTCTCATAACTGTT
GAACTCTTTAAAGATGCTTCCCCTGAAGCTGTTGACAGGTTTCTAGATCTATGTCAAAAA
GATCACTTCAAGGGAATGCCGTTTCATCGGGTTATAAAAAACTACTTGGTGCAAGCTGGT
CACTCCCAGAGCTCGATACCTGTTGAAGAATGGACATCTAAAGGAAAGCTCCGTGGTCGT
CTTAACACAAGCCCAAAACATTAAGCATTCATGTTGGGGACACCAAAAACAAAAGGGAAC
AACAAGAACAAGGACTTCGAGCTTCTGATCGCAACGGCGCCAATCCCTGATCTGAATGAT
CAGCTTATAGTGTTTGGAATAGTACTTAAGGGAGAGGATGTAGTACAGGAGATTGAGGAA
GTGGATACAGATGAGCATTACCAGCCGAAATCACAAATAGGGATCATTAGCGTTATACTG
AAACGAGAATTATGAAAAATGAAAATCTTTCTTCCTCTCTTCCTCTGTATATGAGGTCCA
TCTTCATACTCACTGTTTGTCACAATCCTCTTTTGAGGTTTTTTTTTTTTAAACTGATTA
TTTCCTTTTGTTTTGTAATTTTATTTGATCTTCTTGAGGAAATAGAATCTTTGTTTAAGT
CC


BQ
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10 10 

AF RR1FG17TF U 1
AF RR1FG17JQ C 433
BS 1 629 RR1FG17TF
BS 630 630 RR1FG17JQ
BS 631 646 RR1FG17TF
BS 647 1082 RR1FG17JQ

RD RR1FG17TF 655 0 0
AGGGGGAATAGCAGCCGTCAGATAACACGCGGTTGATCTGAAGAACCTCTGCAGAGAGAA
TTCAAAACGACCAGCTTTCCATCGACGATACAATACGACCAAATCTCCTCCTCCTCCTCA
CGGTTCCTGTCGTAAAAACTCTTTCTTCTTACTATCTTTCCAAGAAAAGTTGTATCAGTC
TTTTGCTGTGGGATAAAGGTTGCAATGGCGAGGATAAAGCCTCAGGCTCTTCTTAATCAA
AGCAAGAAGAAAAAGGGTCCAAGTCGTATAAGTATCTCCACGATTGTCGTGTGTAATCTT
GTAGTTGCTGTAGTCGTCCTTTCCTTGGTCACTACTTATCGTCATTGGTCCCAGAGGTCA
AGAAACACACTTGAAACCCAGAGTCATAGATTTGAGGACACAAACGCTGCATCAGAACAA
AAGAGTTACGATCTTCCTGGTTATGCTGATATAAACACATCAAAAGGTCTCATAACTGTT
GAACTCTTTAAAGATGCTTCCCCTGAAGCTGTTGACAGGTTTCTAGATCTATGTCAAAAA
GATCACTTCAAGGGAATGCCGTTTCATCGGGTTATAAAAAACTACTTGGTGCAAGCTGGT
CACTCCCAGAGCTCGATACCTGTTGAAGA*TGGACATCTAAAGGAA
GCTCGTGTC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1FG17JQ 650 0 0
CTTCCTGGTTATGCTGATATAAACACATCAAAAGGTCTCATAACTGTTGAACTCTTTAAA
GATGCTTCCCCTGAAGCTGTTGACAGGTTTCTAGATCTATGTCAAAAAGATCACTTCAAG
GGAATGCCGTTTCATCGGGTTATAAAAAACTACTTGGTGCAAGCTGGTCACTCCCAGAGC
TCGATACCTGTTGAAGAATGGACATCTAAAGGAAAGCTCCGTGGTCGTCTTAACACAAGC
CCAAAACATTAAGCATTCATGTTGGGGACACCAAAAACAAAAGGGAACAACAAGAACAAG
GACTTCGAGCTTCTGATCGCAACGGCGCCAATCCCTGATCTGAATGATCAGCTTATAGTG
TTTGGAATAGTACTTAAGGGAGAGGATGTAGTACAGGAGATTGAGGAAGTGGATACAGAT
GAGCATTACCAGCCGAAATCACAAATAGGGATCATTAGCGTTATACTGAAACGAGAATTA
TGAAAAATGAAAATCTTTCTTCCTCTCTTCCTCTGTATATGAGGTCCATCTTCATACTCA
CTGTTTGTCACAATCCTCTTTTGAGGTTTTTTTTTTTTAAACTGATTATTTCCTTTTGTT
TTGTAATTTTATTTGATCTTCTTGAGGAAATAGAATCTTTGTTTAAGTCC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL5735Contig1 381 2 1 U
GCTCTTAAGTGGCGCAAACGTATTGGTCATCTTTTCCGTGTCATCAAACTCAGATCAGGA
TTGCCCACCTCTTCTTGTCATGTGGCATCATCCAAGGTCGAAGGAACCAAAGTGAGGAAA
CATGGTTGGATGGTTAGGACTTTAACCAGAAGAAAATCCAGGAAAAATAAAACATAGAAT
TTTTATTTTTCATATGTTTATTTATTAAACTTAGATAAAAGTTTCTATATTATTTTTTCT
GAGTTTAATATTGGTTTGGTCGTTATTTCAATGGTTGATGCTTTTGTTTAAAGAAGAAAT
ATGTTGAAGCTTTTGTTGTAAGTAATGATGATAATACATGGATTGAAAAACGACAGAAAA
ATCGATAAATTAATTTGTTAT


BQ
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AF RR1BS61JQ C 1
AF RR1BS61TF U 1
BS 1 381 RR1BS61TF

RD RR1BS61JQ 381 0 0
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TTTTATTTTTCATATGTTTATTTATTAAACTTAGATAAAAGTTTCTATATTATTTTTTCT
GAGTTTAATATTGGTTTGGTCGTTATTTCAATGGTTGATGCTTTTGTTTAAAGAAGAAAT
ATGTTGAAGCTTTTGTTGTAAGTAATGATGATAATACATGGATTGAAAAACGACAGAAAA
ATCGATAAATTAATTTGTTAT

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR1BS61TF 381 0 0
GCTCTTAAGTGGCGCAAACGTATTGGTCATCTTTTCCGTGTCATCAAACTCAGATCAGGA
TTGCCCACCTCTTCTTGTCATGTGGCATCATCCAAGGTCGAAGGAACCAAAGTGAGGAAA
CATGGTTGGATGGTTAGGACTTTAACCAGAAGAAAATCCAGGAAAAATAAAACATAGAAT
TTTTATTTTTCATATGTTTATTTATTAAACTTAGATAAAAGTTTCTATATTATTTTTTCT
GAGTTTAATATTGGTTTGGTCGTTATTTCAATGGTTGATGCTTTTGTTTAAAGAAGAAAT
ATGTTGAAGCTTTTGTTGTAAGTAATGATGATAATACATGGATTGAAAAACGACAGAAAA
ATCGATAAATTAATTTGTTAT

QA 1 381 1 381
DS 



AS 1 2

CO CL5736Contig1 996 2 2 U
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AGTTTTGCTCCGGCGGCCGCATCGTCCTCTCGCGGTCGTCGGAGGCGCTCTTCGCTACTC
CTTATATATCGTCTCTGTTCTTTATCCGGTGATTCATGTCTCTTTCTCGGCGGAAGAGAG
ATCTTGCTATGCTCAGATCTATGAGTCTTTGTGTTAGATCTAGCAGTTTTCGGTGGTTTG
GCGGGCATGAAGATGGTGTCCTCCTTCTCTCAGGTTTACTTCCTGGTCGCCTTGGTTCTC
TGCTCGCTTTCTCGTGTTGTGGTGATCCTCTCATGAACACGGGTGGTGTGGGCTGGTTTC
TCCGGCATATGTCTCGGCTTATGGGAGAACTCAGTGTTTATTAATGTTATGGTTCATTAT
GTCCGTTTCACTGTTTCACTTATGTTTCCTCCGGGTGGTAGCGCATGGTGGACAGTGGTG
AGGTGGTGAAGAAATTGTGCTTATTTTGGTCTTGGTGGCAACGGTTCAGTCATGGTGTTA
ATCGTAGTTAATGGAAAACTATTGGCTGAGTTTCTCCGGCTCTAACACAACGGTTTGGTG
TTTCAGTTCATGTTTACTTATATCTTGGGAAGTCACAAATGGACTTCCATAGCTTCGTAC
TATTATCATAATGGAAGCAAATGGTTCTTAATGTTGTTTCTCAGTATAGAGATGATTTCA
ACTTCGGTTATGACCGTAAACGCAAGTCTTCTCAAGATTCTATGCTGGTGTTTAGTCTCA
GGGAGGAAGCAGTTTCAAACTATGACCTGGCAGTGAGTGATGCATACGCTCAGCTGGCTC
TTGGTTGGGAGCAGTCTTTGTATTCCTGTTTCTTATTGTGAAGTCATCATATGGCATCTA
TTGATGTTACTTCTAGACCTTATTGGAATTCTCTGTATGTGGAGAACATCCCCACTATTC
TGTAACTCTTTTATTTTGATATACAAACCCAGCGTT


BQ
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AF RR1F741TF U 1
AF RR1F741JQ C 295
BS 1 504 RR1F741TF
BS 505 996 RR1F741JQ

RD RR1F741TF 504 0 0
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AGTTTTGCTCCGGCGGCCGCATCGTCCTCTCGCGGTCGTCGGAGGCGCTCTTCGCTACTC
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GCGGGCATGAAGATGGTGTCCTCCTTCTCTCAGGTTTACTTCCTGGTCGCCTTGGTTCTC
TGCTCGCTTTCTCGTGTTGTGGTGATCCTCTCATGAACACGGGTGGTGTGGGCTGGTTTC
TCCGGCATATGTCTCGGCTTATGGGAGAACTCAGTGTTTATTAATGTTATGGTTCATTAT
GTCCGTTTCACTGTTTCACTTATGTTTCCTCCGGGTGGTAGCGCATGGTGGACAGTGGTG
AGGTGGTGAAGAAATTGTGCTTAT

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR1F741JQ 702 0 0
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GGTTTCTCCGGCATATGTCTCGGCTTATGGGAGAACTCAGTGTTTATTAATGTTATGGTT
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TCGTACTATTATCATAATGGAAGCAAATGGTTCTTAATGTTGTTTCTCAGTATAGAGATG
ATTTCAACTTCGGTTATGACCGTAAACGCAAGTCTTCTCAAGATTCTATGCTGGTGTTTA
GTCTCAGGGAGGAAGCAGTTTCAAACTATGACCTGGCAGTGAGTGATGCATACGCTCAGC
TGGCTCTTGGTTGGGAGCAGTCTTTGTATTCCTGTTTCTTATTGTGAAGTCATCATATGG
CATCTATTGATGTTACTTCTAGACCTTATTGGAATTCTCTGTATGTGGAGAACATCCCCA
CTATTCTGTAACTCTTTTATTTTGATATACAAACCCAGCGTT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL5737Contig1 877 2 6 U
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GCGTAATTACTCCCAGCGTCTTTGATTCGTCGTCTGTGTGTATAAATAGGGTTTGGTGTT
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ATCTTAAATCCACGGTTTATCGTTCTCTACAGCAAGCTCCGCTACGGTCAACCAACAATG
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TAATGTCAGATTCATCTTGCTCACCATGGTCATCATCTCTACTGCAGGAGGGTGACATAT
ATCATAGATTCAATCACTATGCTTACTTTGAAATTTCTTGGTCTCAATCATTGTTGACAC
GTTAGTAACACTTGACTCCATGTTCAGGGGAGACTCCTTCGCCTATTTTCAGGAAGGGGA
CGGCTATCCTGGAGGTGATGTGCCTTTTGCCACATGTAGCTCCTGCAACTGCTCAGATGG
TGATAAAACAGCTACTAATCAGATCACCGGAGGTGATTGCAATCTCTCAAACGACCTCGG
TGCATCGGATGCAACAGCCGCTGTGAGCAGCCCACTTCTGGCGGAAGCAATGCAAAGGAA
CAACTGGTTCCAGCAGCAGGAAACACACTCTTTAAAGCACGAACGAAATAGTTGCTCAAG
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TTCGCTTCTTTTTCCATAAATAAAAACGTCTTTCTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EX94TF U 1
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DS 

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GCAATGCAAAGGAACAACTGGTTCCAGCAGCAGGAAACACACTCTTTAAAGCACGAACGA
AATAGTTGCTCAAGTGATGGAACTGAAGACCCTAATATTTTTCTTAATCATCCTTGACGT
CATATTTTTTTCCATCAAATTTTGTGATTTCTTTATTTTTGTTCTCTCCATCAAGTTTAA
TGATATGAACCATGTTCGCTTCTTTTTCCATAAATAAAAACGTCTTTCTAC

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 2

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TGAAGGATTTTTTGTTATGGGTTGAACAAGATCTAGGGCCTTGGGGACCTCTTGCCCTAG
CTGTTGCGTACGTTCCTCTAACAGTTTTGGCTGTTCCTGCCTCTGTCCTAACGATCGGTG
GTGGCTATCTTTTTGGACTGCCAATTGGTTTTGTGGCGGACTCGGTCGGTGCTACGCTTG
GCTCAGGCGCAGCGTTTCTTCTAGGCCGTACCATTGGAAAGCCTTTTGTAGTTGCAAAAC
TGAAGGACTATCCTCAGTTTCAGTCAGTGGCACTCGCGATTGAGAAATCAGGTTTCAAGA
TATGCTTGTTGCTCCGGCTTGCTCCTCTTCTCCCCTTCAGCATGTTGAACTACCTCTTAT
CTGTAACGCCGATAACGCTGGGCCCATACTTGCTTTCTTCTTGGCTAGGGATGATGCCAA
TAACACTTGCGTTAGTGTATGCTGGAACAACACTAAAAGACCTTTCTGATGTGACTCACA
AGTGGAGCGAGTTCTATAGGCCGATGGGCGTTCTTGATCTCAAGCCTTGTGATATCCGTG
ATATTAATGGTGTGTGTAACGAAGGTAGCACAGAACGCTCTAAGAAAAGCATTAGCAGAG
CACGAAGGTGACATGAACGGAGCTGTTGCAGCCTCGCCCGAGCTGAACGCTACCGACGAT
ACTCCAAGTGATTTGAATGAGCCTCTGTTAATAAAGATAGAGCCTCAATCACCTCAGAAC
CAAGAAAACAATAGTCATTAAAGAAGCTCCTGTTTAATTACTTTGTACAATAATCTTATC
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ATAAAATAATATGGTTGTTCTAGTTTTTCGATTTCTTGGTTTTGTATAATAACATAGATT
AAATAAATTATTCAAAAATGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F570TF U 1
AF RR1F570JQ C 339
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BS 728 746 RR1F570TF
BS 747 1041 RR1F570JQ

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TGAAGGACTATCCTCAGTTTCAGTCAGTGGCACTCGCGATTGAGAAATCAGGTTTCAAGA
TATGCTTGTTGCTCCGGCTTGCTCCTCTTCTCCCCTTCAGCATGTTGAACTACCTCTTAT
CTGTAACGCCGATAACGCTGGGCCCATACTTGCTTTCTTCTTGGCTAGGGATGATGCCAA
TAACACTTGCGTTAGTGTATGCTGGAACAACACTAAAAGACCTTTCTGATGTGACTCACA
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CACGA**GTGACATGAACGGAGCTGT
GCAGCT

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DS 

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TCTTGGCTAGGGATGATGCCAATAACACTTGCGTTAGTGTATGCTGGAACAACACTAAAA
GACCTTTCTGATGTGACTCACAAGTGGAGCGAGTTCTATAGGCCGATGGGCGTTCTTGAT
CTCAAGCCTTGTGATATCCGTGATATTAATGGTGTGTGTAACGAAGGTAGCACAGAACGC
TCTAAGAAAAGCATTAGCAGAGCACGGAGGTGACATGAACGGAGCTGTTGCAGCCTCGCC
CGAGCTGAACGCTACCGACGATACTCCAAGTGATTTGAATGAGCCTCTGTTAATAAAGAT
AGAGCCTCAATCACCTCAGAACCAAGAAAACAATAGTCATTAAAGAAGCTCCTGTTTAAT
TACTTTGTACAATAATCTTATCTTTGTTAACTTACAAAATACAGAAGCATAGGTTCTCTG
GAGTCGGCCCGTTAATGCACAGATAAAATAATATGGTTGTTCTAGTTTTTCGATTTCTTG
GTTTTGTATAATAACATAGATTAAATAAATTATTCAAAAATGT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATTCTTTGATCATAGAGGCAATCAAGCAAAACACTTTTCTTGATTAATCCAAACTATAAC
GATCCTATAAAACATCTTCCACCATCTAAAGTAACTAACGCTTCTGCAACAACTTATACA
CATTGATCAAATATAATGTATCCAATAAACTTCAAACACTGAAAGATAGACCAAACTAAG
TCGACGGGAAGACATCTTTGACAGCAGATGCAGCAGTCAAGTAATTGAGCGTATTCCTCA
GCGTCTCCCTCTCTCTCTTCAACCTAGCCGCCGTGTCCTCAAGCTCCAGCAACGCCTGCT
GCTCCATCGGCGCCCCTTCGAACGTGCTCCCAACGAAAAACGAGAACGGAGTCGGGAACT
GATTCTTCCTCAGATCCCTCGACTTCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTTCTTCCCGTTCAACC
TGTTCGACAACCGAATCACCTCCTTCATCAGAACCTCCACCTCCCCCGCCAGCTCCTCGA
GATTATTATTCTCCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AG41JQ U 3
AF RR1AG41TF C 1
BS 1 2 RR1AG41TF
BS 3 224 RR1AG41JQ
BS 225 556 RR1AG41TF

RD RR1AG41JQ 222 0 0
AAGCCAACTCAAGAAGCAACGATTTGGTATTAAAAACTTCAACTTGCATCACTAAACTAT
TCTTTGATCATAGAGGCAATCAAGCAAAACACTTTTCTTGATTAATCCAAACTATAACGA
TCCTATAAAACATCTTCCACCATCTAAAGTAACTAACGCTTCTGCAACAACTTATACACA
TTGATCAAATATAATGTATCCAATAAACTTCAAACACTGAAA

QA 1 222 1 222
DS 

RD RR1AG41TF 556 0 0
CTAAGCCAACTCAAGAAGCAACGATTTGGTATTAAGAACTTCAACTTGCATCACTAGACT
ATTCTTTGATCATAGAGGCAATCAAGCAAAACACTTTTCTTGATTAATCCAAACTATAAC
GATCCTATAAAACATCTTCCACCATCTAGAGTAACTAACGCTTCTGCAACAACTTATACA
CATTGATCAAATATAATGTATCCAATAAACTTCAAACACTGAAAGATAGACCAAACTAAG
TCGACGGGAAGACATCTTTGACAGCAGATGCAGCAGTCAAGTAATTGAGCGTATTCCTCA
GCGTCTCCCTCTCTCTCTTCAACCTAGCCGCCGTGTCCTCAAGCTCCAGCAACGCCTGCT
GCTCCATCGGCGCCCCTTCGAACGTGCTCCCAACGAAAAACGAGAACGGAGTCGGGAACT
GATTCTTCCTCAGATCCCTCGACTTCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTTCTTCCCGTTCAACC
TGTTCGACAACCGAATCACCTCCTTCATCAGAACCTCCACCTCCCCCGCCAGCTCCTCGA
GATTATTATTCTCCTC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL5741Contig1 823 2 2 U
GGACTTCAGGGAGCAAATTGATTGAGGGGGAGAGAGAGCCGTACGAATCGGAGATGTCGT
CGAACGATACGGATCAGTCGCGGAAGCGTGCGGCGCCGGGAGACAACAATTGGTTGCCTC
CTGGTTGGAGAGTTGAAGATAAAGTTCGAACCTCCGGTGCTACTGCTGGTTCCGTTGATA
AGTACTATTACGAACCAATCACAGGACGTAAGTTTCGATCCAGGACCGAAGTGCTCTACT
ACTTGGAACATGGGACAGAAAAAAGAAAGGAAGCAAGAAACCAGACAACACTGATTCCAA
TTCAGACAATTTCGAAGGGCAAGGAAGCAATAAATCCAGCAGAAAAGCTAATAAAGAGCA
GCCTCCTCCGCCGCCGCGGCCACCATCGCCACCGTTGAAGTTTGATTTTGAGAATCCGCC
GGAGAAGGTAAGCTGGTCTGCTGCGGCAAAAGCAGGAGAGGAAGCTTGGACACCTTTTGT
TGGGGACGACAAGGTTCAAGATTCGTTGAGAAGAGAATGGTGCACTGCTTTTAACGTTAT
CACGACCAAGAACCCAACTAAACTGTCGTCGTTGAGACGATGATGATGATGATAGACAAG
GTGGCGTTTTCGTTTTTTGGTTGGTGCATATGTTGTAACATAAACGGGGATGGATGGTAG
GAGCTACTTAACCGGGTGATGTTTGCTTAGTGTTCACATAAGTTAAAGTTAGTTTTGCAC
TCTAATTTTTCCTAGCTTGTTTTTGAGGGATGTGATAATGGGATGGATACACATATCTGA
GTTTGCGTTTAACACGCTATGGATATCGCTTTTTTTTTTGCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF88TF U 1
AF RR1GF88JQ C 244
BS 1 578 RR1GF88TF
BS 579 823 RR1GF88JQ

RD RR1GF88TF 578 0 0
GGACTTCAGGGAGCAAATTGATTGAGGGGGAGAGAGAGCCGTACGAATCGGAGATGTCGT
CGAACGATACGGATCAGTCGCGGAAGCGTGCGGCGCCGGGAGACAACAATTGGTTGCCTC
CTGGTTGGAGAGTTGAAGATAAAGTTCGAACCTCCGGTGCTACTGCTGGTTCCGTTGATA
AGTACTATTACGAACCAATCACAGGACGTAAGTTTCGATCCAGGACCGAAGTGCTCTACT
ACTTGGAACATGGGACAGAAAAAAGAAAGGAAGCAAGAAACCAGACAACACTGATTCCAA
TTCAGACAATTTCGAAGGGCAAGGAAGCAATAAATCCAGCAGAAAAGCTAATAAAGAGCA
GCCTCCTCCGCCGCCGCGGCCACCATCGCCACCGTTGAAGTTTGATTTTGAGAATCCGCC
GGAGAAGGTAAGCTGGTCTGCTGCGGCAAAAGCAGGAGAGGAAGCTTGGACACCTTTTGT
TGGGGACGACAAGGTTCAAGATTCGTTGAGAAGAGAATGGTGCACTGCTTTTAACGTTAT
CACGACCAAGAACCCAACTAAACTGTCGTCGTTGAGAC

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1GF88JQ 580 0 0
TGGAACATGGGACAGAAAAAAGAAAGGAAGCAAGAAACCAGACAACACTGATTCCAATTC
AGACAATTTCGAAGGGCAAGGAAGCAATAAATCCAGCAGAAAAGCTAATAAAGAGCAGCC
TCCTCCGCCGCCGCGGCCACCATCGCCACCGTTGAAGTTTGATTTTGAGAATCCGCCGGA
GAAGGTAAGCTGGTCTGCTGCGGCAAAAGCAGGAGAGGAAGCTTGGACACCTTTTGTTGG
GGACGACAAGGTTCAAGATTCGTTGAGAAGAGAATGGTGCACTGCTTTTAACGTTATCAC
GACCAAGAACCCAACTAAACTGTCGTCGTTGAGACGATGATGATGATGATAGACAAGGTG
GCGTTTTCGTTTTTTGGTTGGTGCATATGTTGTAACATAAACGGGGATGGATGGTAGGAG
CTACTTAACCGGGTGATGTTTGCTTAGTGTTCACATAAGTTAAAGTTAGTTTTGCACTCT
AATTTTTCCTAGCTTGTTTTTGAGGGATGTGATAATGGGATGGATACACATATCTGAGTT
TGCGTTTAACACGCTATGGATATCGCTTTTTTTTTTGCCG

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL5742Contig1 944 2 10 U
GATTGTATACTGAGCAATCTGCAGAGAGTACTCAACTAGAGGATGGTGGTAATGCATCCT
CCAAAGGTAGTCAATCCAAGCAGAAGAGCCAGAAGCGCCATGGAAGGCATCACAAGAGTG
ATTGTATGTGTGCGGTATGTATTTTGAAGCGACGTAAAAGAGAACGTCACAGTTCTCAAG
GACCAGTAGAGGAATCTTCACCTGTGAGAAGTCCGTCTATGGATAATTCATCTATAAATA
TGCATGAGGAGCAGGACATGGATGTTGATGTTGACAACAAAACTGGACAAGCAGGAAAAA
CAGAGATCGTGGAACTAGATGATAGTCCAGTGGCGAAAAGACAAAGAGTTGGTGAAAATG
TGGAGGAAGTGGAAACCATTGAGGTGTAGAGTGAAACTAAAACCAAACCTACTGTCGAGG
ATAAGACTCAATCGATTGATAGATCGACAGAAGAGACTGGTGACGAGCCCCTGACCAGTG
CTGCAGAGAAACTGGTTGTTTTAGCTTCTGTTGAAGGTCCAAAATCAACTCAGAATGATG
AGGAAGACAAGGCAAAACGACTCCGAGAGCAGAAGGAGCTGCAGGAGTTAGAACGTAAAA
AATGGAGAGCTAAGATGCATGAGAAGTTCCAACTCAGAAACCCTCAGCTGCTAAATCTCT
GCGAGACTATCTTTCCTAACAGCAAAAACCACAGTTCTGTCTGGAACGGACCTCACTCAC
TGTTTAAACGTCCAGAAGACTCAAATCGTACTAGTTCCTTACACAAAGCAGTTGAGGCCT
TGATGAGAAGTAGCAATTAAGGATTCACATGTAACATATAACGCTTTGCCTGTTTAGATA
TGTTTGATTGATACTTCAAATGTTAAAACACCATAAGATTGCTTATCACTGAACGCAGAA
ACATCAATCTGTTCATGAATTTTTATGACACTGGATTCGCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN77TF U 1
AF RR1DN77JQ C 336
BS 1 584 RR1DN77TF
BS 585 585 RR1DN77JQ
BS 586 601 RR1DN77TF
BS 602 602 RR1DN77JQ
BS 603 687 RR1DN77TF
BS 688 688 RR1DN77JQ
BS 689 705 RR1DN77TF
BS 706 706 RR1DN77JQ
BS 707 731 RR1DN77TF
BS 732 944 RR1DN77JQ

RD RR1DN77TF 731 0 0
GATTGTATACTGAGCAATCTGCAGAGAGTACTCAACTAGAGGATGGTGGTAATGCATCCT
CCAAAGGTAGTCAATCCAAGCAGAAGAGCCAGAAGCGCCATGGAAGGCATCACAAGAGTG
ATTGTATGTGTGCGGTATGTATTTTGAAGCGACGTAAAAGAGAACGTCACAGTTCTCAAG
GACCAGTAGAGGAATCTTCACCTGTGAGAAGTCCGTCTATGGATAATTCATCTATAAATA
TGCATGAGGAGCAGGACATGGATGTTGATGTTGACAACAAAACTGGACAAGCAGGAAAAA
CAGAGATCGTGGAACTAGATGATAGTCCAGTGGCGAAAAGACAAAGAGTTGGTGAAAATG
TGGAGGAAGTGGAAACCATTGAGGTGTAGAGTGAAACTAAAACCAAACCTACTGTCGAGG
ATAAGACTCAATCGATTGATAGATCGACAGAAGAGACTGGTGACGAGCCCCTGACCAGTG
CTGCAGAGAAACTGGTTGTTTTAGCTTCTGTTGAAGGTCCAAAATCAACTCAGAATGATG
AGGAAGACAAGGCAAAACGACTCCGAGAGCAGAAGGAGCTGCAG*AGTTAGAACGTAAAA
A*TGGAGAGCTAAGATGCATGAGAAGTTCCAACTCAGAAACCCTCAGCTGCTAAATCTCT
GCGAGACTATCTTTCCTAACAGCAAAA*CCACAGTTCTGTCTGGA*CGGACCTCACTCAC
TGTTTAAACGT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1DN77JQ 609 0 0
AAAAGACAAAGAGTTGGTGAAAATGTGGAGGAAGTGGAAACCATTGAGGTGTAGAGTGAA
ACTAAAACCAAACCTACTGTCGAGGATAAGACTCAATCGATTGATAGATCGACAGAAGAG
ACTGGTGACGAGCCCCTGACCAGTGCTGCAGAGAAACTGGTTGTTTTAGCTTCTGTTGAA
GGTCCAAAATCAACTCAGAATGATGAGGAAGACAAGGCAAAACGACTCCGAGAGCAGAAG
GAGCTGCAGGAGTTAGAACGTAAAAAATGGAGAGCTAAGATGCATGAGAAGTTCCAACTC
AGAAACCCTCAGCTGCTAAATCTCTGCGAGACTATCTTTCCTAACAGCAAAAACCACAGT
TCTGTCTGGAACGGACCTCACTCACTGTTTAAACGTCCAGAAGACTCAAATCGTACTAGT
TCCTTACACAAAGCAGTTGAGGCCTTGATGAGAAGTAGCAATTAAGGATTCACATGTAAC
ATATAACGCTTTGCCTGTTTAGATATGTTTGATTGATACTTCAAATGTTAAAACACCATA
AGATTGCTTATCACTGAACGCAGAAACATCAATCTGTTCATGAATTTTTATGACACTGGA
TTCGCTTTT

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL5743Contig1 768 2 4 U
GGGCTGCAGCCCTGGAGATTAAAAATGCTGCTGAGAAAGAGATCCAAGAGAAAGAAGGTG
CCGCACGCAAGGAACTTGCTGAACAAGAAGCAATCATGGATAAGGTTGTCCAAGAATCAA
AGCTTCTACAGAAGGAGGCAGAGGAAAATTCCAAGCTGCGAGAGTTCCTTATGGAGCGTG
GTCGGATTGTTGATTCCTTACAAGGAGAAATCTATGTGATCTGTAAAGACATCCGGCTCT
TGAAAGAGAAATTCGACAATGGTGTGCCGTTGAGCCAATCAATCACCTCAAGCCAGACAA
GCTGTAAGCTAGCTTCTTCTGTATCATCCATGAAGAGCTTGTTGCTTGAGAAGCCGCTTG
ACCTATCTTATGAAGCACCTGAATCCTCAGGCAACAGCAAGAGCCCAGAAGAAGCTTCGG
TTAACGAGGAAAAAGAGGACGAACGTAAGGAGCTCCTGGAAGATGGCTGGGACATATTTG
ACAAAGAAATAGAACTCTAAGTGTCTTCTTTACAGGAGGAAGATTCAATAATGTCTTTGT
AGAAATAAATTTGGTGTTAAGAATTAAAGAGATGTGAGATGGATTTTGGGTTCTACGTTT
ATTATCTACTTTGCAGAGTTTGCAGAGCAAAAATATAACGTGAAAAGGGGAACACGAACA
ACTTAAGTTTTCTTGTGCATATTTCCTGTTATTTTTTGTTAAAATTTTCATCCTATAGTT
GTCATGGATTTATATTATTAAAAGAGAAATACAAATATAGATTGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL25TF U 1
AF RR1AL25JQ C 258
BS 1 632 RR1AL25TF
BS 633 633 RR1AL25JQ
BS 634 695 RR1AL25TF
BS 696 768 RR1AL25JQ

RD RR1AL25TF 699 0 0
GGGCTGCAGCCCTGGAGATTAAAAATGCTGCTGAGAAAGAGATCCAAGAGAAAGAAGGTG
CCGCACGCAAGGAACTTGCTGAACAAGAAGCAATCATGGATAAGGTTGTCCAAGAATCAA
AGCTTCTACAGAAGGAGGCAGAGGAAAATTCCAAGCTGCGAGAGTTCCTTATGGAGCGTG
GTCGGATTGTTGATTCCTTACAAGGAGAAATCTATGTGATCTGTAAAGACATCCGGCTCT
TGAAAGAGAAATTCGACAATGGTGTGCCGTTGAGCCAATCAATCACCTCAAGCCAGACAA
GCTGTAAGCTAGCTTCTTCTGTATCATCCATGAAGAGCTTGTTGCTTGAGAAGCCGCTTG
ACCTATCTTATGAAGCACCTGAATCCTCAGGCAACAGCAAGAGCCCAGAAGAAGCTTCGG
TTAACGAGGAAAAAGAGGACGAACGTAAGGAGCTCCTGGAAGATGGCTGGGACATATTTG
ACAAAGAAATAGAACTCTAAGTGTCTTCTTTACAGGAGGAAGATTCAATAATGTCTTTGT
AGAAATAAATTTGGTGTTAAGAATTAAAGAGATGTGAGATGGATTTTGGGTTCTACGTTT
ATTATCTACTTTGCAGAGTTTGCAGAGCAAAACTATAACGTGAAAAGGGGAACACGAACA
ACTTAAGTTTTCTTGTGCATATTTCCTGTTATTTT
CTGT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1AL25JQ 511 0 0
AATGGTGTGCCGTTGAGCCAATCAATCACCTCAAGCCAGACAAGCTGTAAGCTAGCTTTT
TTTGTATCATCCATGAAGAGCTTGTTGCTTGAGAAGCCGCTTGACCTTTTTTATGAAGCC
CCTGAATCCTCAGGCAACAGCAAGAGCCCAGAAGAAGCTTCGGTTAACGAGGAAAAAGAG
GACGAACGTAAGGAGCTCCTGGAAGATGGGTGGGACATATTTGACAAAGAAATAGAACTT
TAAGTGTTTTTTTTACAGGAGGAAGATTCAATAATGTTTTTGTAGAAATAAATTTGGTGT
TAAGAATTAAAGAGATGTGAGATGGATTTTGGGTTTTACGTTTTTTATTTACTTTGCAGA
GTTTGCAGAGCAAAAATATAACGTGAAAAGGGGAACACGAACAACTTAAGTTTTTTTGTG
CATATTTCCTGTTATTTTTTGTTAAAATTTTCATCCTATAGTTGTCATGGATTTATATTA
TTAAAAGAGAAATACAAATATAGATTGATTT

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL5744Contig1 1016 2 8 U
CAGAAGAAGAAGAATGAGGAGGAAGTTGAGGGTTGTATCAAGCCAGCGGGTGATGTACTA
AAGGATCTAAGCAAGGCAAAGATTTTGTGCAAGAGGACGGTAGATCTCGCGGGTATACGC
GGGTCTGTTGAGGTCTTGAACAAGCAGTTGCAGGAAGAAAAGGATGCACTTGAGAAGACT
CGCGAGAGACTCATGCAAAGGTCTTTGAAGGTGGTGGAGAATGATGCGTTTGGAATGATG
GATGAGGTTCAAAGACTCGGCCGCGAAGCTCAAGAGTTCAGGAAGACGGGAGAGAACGCA
CGGGAGGAGATTGTGAAAGCAGTGGCGGAGATTGAAGACACTAGAGAGAAGATCAAAGCG
GCTAAGATAAGGTTGGTTGCTGCTAGAAAGATGAAGGAAGCTGCCAGAGGTGCTGAGGCT
GTTGCACTCGCAGAGATTAAGGCAGTGGAGGAAGCTGTGGAGAGAGTGGACATTGCAAAT
GCTACAAAACACGAAGCAGAAGATGTGGTACGAAACTCGCAGAAAGACAAAGGACAGAGG
AGAAGATTATCTTCATCAGTGAACAACACTGCCAAGTTCAAGAGCAGAAGATAGAGTGCA
ACAACACCAAGAGCAACGCGTCTGATGGATGTAAACGGACTGCATCTGACATATGATGAT
GTTGCTGTTGTTGGTTCATCATCTTCGGCCCCCGTCTTGAAGCCGACAATGTCAATAGGG
CAAATACTCAGCAAGAAGCTACTTGTTGCTGAGGAATCAGATATGATGAATGTTGCTAGC
GAGAGGAAGAAAATGTCGTTGGGTCAGATGCTGGCAAATAATGATGAAACTTGGAGCAAG
AAGAGTGAAGGGAAGGAGAATGGAAAAAGATCAGTGACTCGAAAGAGGTTTGCTAAGATC
GCTATGTTGTTGAAGAAACAGAGCAAGGACAAGAAGAAGATAGCTGTGAAGTTGAGGTGA
TAGAAATGATCAATGTGTGTTTTGTTACAAACATTCTATTAAGAAGTCTCTTCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DD32TF U 1
AF RR1DD32JQ C 401
BS 1 692 RR1DD32TF
BS 693 693 RR1DD32JQ
BS 694 753 RR1DD32TF
BS 754 755 RR1DD32JQ
BS 756 769 RR1DD32TF
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BS 771 795 RR1DD32TF
BS 796 1016 RR1DD32JQ

RD RR1DD32TF 795 0 0
CAGAAGAAGAAGAATGAGGAGGAAGTTGAGGGTTGTATCAAGCCAGCGGGTGATGTACTA
AAGGATCTAAGCAAGGCAAAGATTTTGTGCAAGAGGACGGTAGATCTCGCGGGTATACGC
GGGTCTGTTGAGGTCTTGAACAAGCAGTTGCAGGAAGAAAAGGATGCACTTGAGAAGACT
CGCGAGAGACTCATGCAAAGGTCTTTGAAGGTGGTGGAGAATGATGCGTTTGGAATGATG
GATGAGGTTCAAAGACTCGGCCGCGAAGCTCAAGAGTTCAGGAAGACGGGAGAGAACGCA
CGGGAGGAGATTGTGAAAGCAGTGGCGGAGATTGAAGACACTAGAGAGAAGATCAAAGCG
GCTAAGATAAGGTTGGTTGCTGCTAGAAAGATGAAGGAAGCTGCCAGAGGTGCTGAGGCT
GTTGCACTCGCAGAGATTAAGGCAGTGGAGGAAGCTGTGGAGAGAGTGGACATTGCAAAT
GCTACAAAACACGAAGCAGAAGATGTGGTACGAAACTCGCAGAAAGACAAAGGACAGAGG
AGAAGATTATCTTCATCAGTGAACAACACTGCCAAGTTCAAGAGCAGAAGATAGAGTGCA
ACAACACCAAGAGCAACGCGTCTGATGGATGTAAACGGACTGCATCTGACATATGATGAT
GTTGCTGTTGTTGGTTCATCATCTTCGGCCCC*GTCTTGAAGCCGACAATGTCAATAGGG
CAAATACTCAGCAAGAAGCTACTTGTTGCTGAG**ATCAGATATGATGA*TGTTGCTAGC
GAGAGGAAGAAAATG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1DD32JQ 616 0 0
CTGCCAGAGGTGCTGAGGCTGTTGCACTCGCAGAGATTAAGGCAGTGGAGGAAGCTGTGG
AGAGAGTGGACATTGCAAATGCTACAAAACACGAAGCAGAAGATGTGGTACGAAACTCGC
AGAAAGACAAAGGACAGAGGAGAAGATTATCTTCATCAGTGAACAACACTGCCAAGTTCA
AGAGCAGAAGATAGAGTGCAACAACACCAAGAGCAACGCGTCTGATGGATGTAAACGGAC
TGCATCTGACATATGATGATGTTGCTGTTGTTGGTTCATCATCTTCGGCCCCCGTCTTGA
AGCCGACAATGTCAATAGGGCAAATACTCAGCAAGAAGCTACTTGTTGCTGAGGATTCAG
ATATGATGAATGTTGCTAGCGAGAGGAAGAAAATGTCGTTGGGTCAGATGCTGGCAAATA
ATGATGAAACTTGGAGCAAGAAGAGTGAAGGGAAGGAGAATGGAAAAAGATCAGTGACTC
GAAAGAGGTTTGCTAAGATCGCTATGTTGTTGAAGAAACAGAGCAAGGACAAGAAGAAGA
TAGCTGTGAAGTTGAGGTGATAGAAATGATCAATGTGTGTTTTGTTACAAACATTCTATT
AAGAAGTCTCTTCTAT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL5745Contig1 955 2 4 U
GGGAAGATTGTCTGGTCTTAAATTCAACCAGGCCCATCTAAGGGATCTGGAACAATCTTT
GTCTCTGGTACTTGTCTGATCAACAGAGCAATAACAAAAAAAAATGGATTCCTCTGTCTC
CAGATCCACCTCTGTAGTCTCGAATTTGAGTTTCTTGGCTGTGTTGATCGTCTTCTTGAT
TTCTTCCTCTTCTCTTACTTCAACAGAAGCATATGATGCGCTTGATCCAGAAGGTAACAT
TACAATGAAATGGGATGTCATGAGCTGGACTCCTGATGGCTATGTTGCCGTGGTTACCAT
GTTCAACTTCCAGAAATACAGACACATTCCATCTCCTGGATGGACATTAGGTTGGAAATG
GGCAAAGAAAGAAGTCATATGGAGTATGGTCGGTGCGCAAACAACCGAACAAGGGGATTG
TTCAAAGTACAAAGGAAACATACCACATTGTTGCAAAAAAGATCCAACGGTTGTAGATTT
GCTCCCCGGGACGCCTTACAACCAGCAGATTGCTAATTGCTGCAAAGGCGGTGTACTGAA
CTCATGGGTTCAAGACCCTGGCAATGCTGCTAGCTCCTTCCAGATCAGTGTTGGTGCAGC
TGGAACCACAAACAAAACGGTCCGCGTGCCGAGAAACTTCACTCTCATGGGCCCTGGTCC
TGGCTACACTTGTGGCCCAGCTAAGGTCGTTAGACCAACCAAGTTTGTCACCACTGACTC
TCGCAGAACCACTCAGGCTATGATGACATGGAACATTACATGCACATACTCACAGTTCCT
TGCTCAAAGAACACCAACTTGCTGCGTTTCTTTGTCTTCTTTCTACAACGAAACCATTGT
TGGATGTCCAACTTGCGCTTGCGGATGCCAAAACAACAGAACAGAGTCTGGTGCCTGTCT
CGACCCTGATACACCGCACTTGGCTTCTGTTGTCTCACCACCGACCAAGAAAGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D719TF U 1
AF RR1E801TF U 233
BS 1 459 RR1D719TF
BS 460 460 RR1E801TF
BS 461 572 RR1D719TF
BS 573 955 RR1E801TF

RD RR1D719TF 572 0 0
GGGAAGATTGTCTGGTCTTAAATTCAACCAGGCCCATCTAAGGGATCTGGAACAATCTTT
GTCTCTGGTACTTGTCTGATCAACAGAGCAATAACAAAAAAAAATGGATTCCTCTGTCTC
CAGATCCACCTCTGTAGTCTCGAATTTGAGTTTCTTGGCTGTGTTGATCGTCTTCTTGAT
TTCTTCCTCTTCTCTTACTTCAACAGAAGCATATGATGCGCTTGATCCAGAAGGTAACAT
TACAATGAAATGGGATGTCATGAGCTGGACTCCTGATGGCTATGTTGCCGTGGTTACCAT
GTTCAACTTCCAGAAATACAGACACATTCCATCTCCTGGATGGACATTAGGTTGGAAATG
GGCAAAGAAAGAAGTCATATGGAGTATGGTCGGTGCGCAAACAACCGAACAAGGGGATTG
TTCAAAGTACAAAGGAAACATACCACATTGTTGCAAAAA*GATCCAACGGTTGTAGATTT
GCTCCCCGGGACGCCTTACAACCAGCAGATTGCTAATTGCTGCAAAGGCGGTGTACTGAA
CTCATGGGTTCAAGACCCTGGCAATGCTGCTA

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1E801TF 723 0 0
GGTAACATTACAATGAAATGGGATGTCATGAGCTGGACTCCTGATGGCTATGTTGCCGTG
GTTACCATGTTCAACTTCCAGAAATACAGACACATTCCATCTCCTGGATGGACATTAGGT
TGGAAATGGGCAAAGAAAGAAGTCATATGGAGTATGGTCGGTGCGCAAACAACCGAACAA
GGGGATTGTTCAAAGTACAAAGGAAACATACCACATTGTTGCAAAAAAGATCCAACGGTT
GTAGATTTGCTCCCCGGGACGCCTTACAACCAGCAGATTGCTAATTGCTGCAAAGGCGGT
GTACTGAACTCATGGGTTCAAGACCCTGGCAATGCTGCTAGCTCCTTCCAGATCAGTGTT
GGTGCAGCTGGAACCACAAACAAAACGGTCCGCGTGCCGAGAAACTTCACTCTCATGGGC
CCTGGTCCTGGCTACACTTGTGGCCCAGCTAAGGTCGTTAGACCAACCAAGTTTGTCACC
ACTGACTCTCGCAGAACCACTCAGGCTATGATGACATGGAACATTACATGCACATACTCA
CAGTTCCTTGCTCAAAGAACACCAACTTGCTGCGTTTCTTTGTCTTCTTTCTACAACGAA
ACCATTGTTGGATGTCCAACTTGCGCTTGCGGATGCCAAAACAACAGAACAGAGTCTGGT
GCCTGTCTCGACCCTGATACACCGCACTTGGCTTCTGTTGTCTCACCACCGACCAAGAAA
GGA

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL5746Contig1 378 2 1 U
GGGGGGCGTCGAGCATCTCGCTCTTCGACACGGGCTACGACTTCTCGTCTCTCTCCACCG
TGAAAGTCCCCACGGTGGCGTTTCATTTCACCGGAGGTAAGTCGATCGATCTGCCGGCGA
AGAACTACTTGATCCCTGTGGACGATGCGGGGACGTTCTGCTTCGCTTTCGCTCCGACGT
CGTCTTCGTTGTCGATCATAGGGAACGTGCAGCAGCAAGGGACGCGTATCACTTACGATC
TGGCGAATAATCTTATCGGGTTGTCAGCGAATCAATGCTAAAAAGGAAAGTGGATGATGA
TGATTAGTGGTTTTACAGTTCTATCAGTAAAACTCTTTATTTGTTCTTGTGTTCTTTAAT
ATGGATTACAAAAATCTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B061JQ C 1
AF RR1B061TF U 1
BS 1 378 RR1B061TF

RD RR1B061JQ 378 0 0
GGGGGGCGTCGAGCATCTCGCTCTTCGACACGGGCTACGACTTCTCGTCTCTCTCCACCG
TGAAAGTCCCCACGGTGGCGTTTCATTTCACCGGAGGTAAGTCGATCGATCTGCCGGCGA
AGAACTACTTGATCCCTGTGGACGATGCGGGGACGTTCTGCTTCGCTTTCGCTCCGACGT
CGTCTTCGTTGTCGATCATAGGGAACGTGCAGCAGCAAGGGACGCGTATCACTTACGATC
TGGCGAATAATCTTATCGGGTTGTCAGCGAATCAATGCTAAAAAGGAAAGTGGATGATGA
TGATTAGTGGTTTTACAGTTCTATCAGTAAAACTCTTTATTTGTTCTTGTGTTCTTTAAT
ATGGATTACAAAAATCTC

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR1B061TF 378 0 0
GGGGGGCGTCGAGCATCTCGCTCTTCGACACGGGCTACGACTTCTCGTCTCTCTCCACCG
TGAAAGTCCCCACGGTGGCGTTTCATTTCACCGGAGGTAAGTCGATCGATCTGCCGGCGA
AGAACTACTTGATCCCTGTGGACGATGCGGGGACGTTCTGCTTCGCTTTCGCTCCGACGT
CGTCTTCGTTGTCGATCATAGGGAACGTGCAGCAGCAAGGGACGCGTATCACTTACGATC
TGGCGAATAATCTTATCGGGTTGTCAGCGAATCAATGCTAAAAAGGAAAGTGGATGATGA
TGATTAGTGGTTTTACAGTTCTATCAGTAAAACTCTTTATTTGTTCTTGTGTTCTTTAAT
ATGGATTACAAAAATCTC

QA 1 378 1 378
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5748Contig1 379 2 1 U
GGAAGTTCAAAAGGAGGTTAGTCGCCGTTTCTTCTAGCTCATCTTCGCTTCCCCTCCAGC
TGCTGCACATCGCACGACGTCAAGATGCCGTTGCACAAGTCGTTTATGATCAAGAAGAAG
CTGGCCAAGAAGATGAGGCAGAACAGGCCTATTCCTCACTGGATTCGTCTTCGTACGGAC
AACACTATCAGGTACAATGCCAAGCGCAGGCACTGGCGCAGAACCAAGCTCGGATTCTAA
GTGAAAGATCTAGACTTGTTGTCTTCTGTTGGATTTAGCATTTCCTCAAGTTTTCTTGAT
TTTTGTTATGACATTTTTACATTTCTGCAAGGCACGATGTTACCAGATTTTATATTTATA
AGAGTTGCTCCTTAGCACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AB94JQ C 1
AF RR1AB94TF U 1
BS 1 379 RR1AB94TF

RD RR1AB94JQ 379 0 0
GGAAGTTCAAAAGGAGGTTAGTCGCCGTTTCTTCTAGCTCATCTTCGCTTCCCCTCCAGC
TGCTGCACATCGCACGACGTCAAGATGCCGTTGCACAAGTCGTTTATGATCAAGAAGAAG
CTGGCCAAGAAGATGAGGCAGAACAGGCCTATTCCTCACTGGATTCGTCTTCGTACGGAC
AACACTATCAGGTACAATGCCAAGCGCAGGCACTGGCGCAGAACCAAGCTCGGATTCTAA
GTGAAAGATCTAGACTTGTTGTCTTCTGTTGGATTTAGCATTTCCTCAAGTTTTCTTGAT
TTTTGTTATGACATTTTTACATTTCTGCAAGGCACGATGTTACCAGATTTTATATTTATA
AGAGTTGCTCCTTAGCACT

QA 1 379 1 379
DS 

RD RR1AB94TF 379 0 0
GGAAGTTCAAAAGGAGGTTAGTCGCCGTTTCTTCTAGCTCATCTTCGCTTCCCCTCCAGC
TGCTGCACATCGCACGACGTCAAGATGCCGTTGCACAAGTCGTTTATGATCAAGAAGAAG
CTGGCCAAGAAGATGAGGCAGAACAGGCCTATTCCTCACTGGATTCGTCTTCGTACGGAC
AACACTATCAGGTACAATGCCAAGCGCAGGCACTGGCGCAGAACCAAGCTCGGATTCTAA
GTGAAAGATCTAGACTTGTTGTCTTCTGTTGGATTTAGCATTTCCTCAAGTTTTCTTGAT
TTTTGTTATGACATTTTTACATTTCTGCAAGGCACGATGTTACCAGATTTTATATTTATA
AGAGTTGCTCCTTAGCACT

QA 1 379 1 379
DS 



AS 1 2

CO CL5749Contig1 651 2 2 U
AGGGATGAACAACTCAGATGAAGATGACGACGACGACGATGATTTGGGGAATGATCTGTC
CCCTGAAGAAATGGAAGTTGCTCAAATGGTAGCTGAGCTCGTGTCTGATACCATCGCGGT
GATAAAAGAACTCATCCGAGTTATCACGGGGATGATCAAGCTGGAGAATCCCAAGGATAA
CGGGTTTGTGGACTCGCTTGAGAAGCTGCTGAAGCTGTGTAAAAGAGCCGGAGATCAAAT
CGATGAGATTGGAGCTTGCGTTTATCCTCCGCAGGAGATTGTCAAGATGAAGCATGCGCT
GAAGATAATACGAGGAAATCTAGGTGAAGTCGAGGCTGAGGTCGAGGGTTTGAAGAATTC
TTCAGAGCCGTTTACGGGAGCTTGCGGGAAGCTAAGATGCTCGATGAAACAGATGGAAGC
TGAGCTAGACAAGAGATGTGAGGATGAAGTAGTTGTTGAAATGCAGAATGTTACTCTCGG
CAGTTAAAGAGGGTTTTGGGAATTTTATAAGGTTTCCTTCAAAGTTAAATTTTTGTGTGT
GTTTATTACATCGTGGACTTTATGTTCCTGTCGGGAAGTAGAACATTCATGTAATATGCA
TTGTTCGATGTGCTGCGTTATATTGCATAAACTTTATAGATATGTTTGCTT


BQ
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AF RR1HA47TF U 1
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BS 1 507 RR1HA47TF
BS 508 651 RR1HA47JQ

RD RR1HA47TF 507 0 0
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CCCTGAAGAAATGGAAGTTGCTCAAATGGTAGCTGAGCTCGTGTCTGATACCATCGCGGT
GATAAAAGAACTCATCCGAGTTATCACGGGGATGATCAAGCTGGAGAATCCCAAGGATAA
CGGGTTTGTGGACTCGCTTGAGAAGCTGCTGAAGCTGTGTAAAAGAGCCGGAGATCAAAT
CGATGAGATTGGAGCTTGCGTTTATCCTCCGCAGGAGATTGTCAAGATGAAGCATGCGCT
GAAGATAATACGAGGAAATCTAGGTGAAGTCGAGGCTGAGGTCGAGGGTTTGAAGAATTC
TTCAGAGCCGTTTACGGGAGCTTGCGGGAAGCTAAGATGCTCGATGAAACAGATGGAAGC
TGAGCTAGACAAGAGATGTGAGGATGAAGTAGTTGTTGAAATGCAGAATGTTACTCTCGG
CAGTTAAAGAGGGTTTTGGGAATTTTA

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1HA47JQ 523 0 0
AACTCATCCGAGTTATCACGGGGATGATCAAGCTGGAGAATCCCAAGGATAACGGGTTTG
TGGACTCGCTTGAGAAGCTGCTGAAGCTGTGTAAAAGAGCCGGAGATCAAATCGATGAGA
TTGGAGCTTGCGTTTATCCTCCGCAGGAGATTGTCAAGATGAAGCATGCGCTGAAGATAA
TACGAGGAAATCTAGGTGAAGTCGAGGCTGAGGTCGAGGGTTTGAAGAATTCTTCAGAGC
CGTTTACGGGAGCTTGCGGGAAGCTAAGATGCTCGATGAAACAGATGGAAGCTGAGCTAG
ACAAGAGATGTGAGGATGAAGTAGTTGTTGAAATGCAGAATGTTACTCTCGGCAGTTAAA
GAGGGTTTTGGGAATTTTATAAGGTTTCCTTCAAAGTTAAATTTTTGTGTGTGTTTATTA
CATCGTGGACTTTATGTTCCTGTCGGGAAGTAGAACATTCATGTAATATGCATTGTTCGA
TGTGCTGCGTTATATTGCATAAACTTTATAGATATGTTTGCTT

QA 1 523 1 523
DS 



AS 1 2

CO CL5750Contig1 837 2 2 U
GGGCTGATTTCCTCTGAAAATTCACCTTTCAATGGCTTCTTCTTCTTCTTCACTATCGTC
TCTCTCTCTCCCACTGATGAAATCCCCCACAAAGTCGGGTCTTTCCACAAGAACGATCCC
AGCATCGGTACGGGACTCGTCGGAGCTCCAGCCTGCGGTGATGTGATGAAGCTTCAGATC
AAGGTCGACGAGAATACCCGTCAGATCGTTGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGC
TCCGCTATCGTCTCTTCATCTGTTGGTATGTTTCCATCTGTAACGGATTCGAGATTCGAA
TTTCAGTTGGGGATTTTGATTTACTTGTTCTGAAATTGATGAATTAGGTCTTAAATTGAT
TGTTTTTTTATTAATTAGGTTTCAGATTGATTGGTTCACTGTGGAGGTGGTGTTCGAATT
GATTGGTTCTTGATGATTTATGTTTGATATTAATCGGTTCTTGTTCATTGGGAAGTATAT
CCAAGTGCCACCTTCGTTGAATTACCTTTTGGTGACTACGACATTGCTTGTAGGTGCTGC
TGGCGCTGGTGCTTCAGTTCTTGGAATGATAGCAGCTTCCATCATCATAGTAGGCTTGTA
AAACTTGCTGCAGCCAGTTGATATAGTTTTATATCAACAGGAGTTGGATGAGATGAAGAA
GCGACTGAAAGAGATTGAGGATGAAGCTGCTGCTCTTCGTGAGATGCAGGCCAAGGTTAA
GAGGGATACGGGACTTCACGGTTTGTTCTGATTTTAAAGCTATGATCTTTAATGAAACCA
TCAATTAAGCATTAATCATGTTTTTCATTTCCTTGTTTTTAATGAAAGTGTATTCAC


BQ
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AF RR1F124TF U 1
AF RR1F124JQ C 157
BS 1 535 RR1F124TF
BS 536 837 RR1F124JQ

RD RR1F124TF 535 0 0
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TCTCTCTCTCCCACTGATGAAATCCCCCACAAAGTCGGGTCTTTCCACAAGAACGATCCC
AGCATCGGTACGGGACTCGTCGGAGCTCCAGCCTGCGGTGATGTGATGAAGCTTCAGATC
AAGGTCGACGAGAATACCCGTCAGATCGTTGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGC
TCCGCTATCGTCTCTTCATCTGTTGGTATGTTTCCATCTGTAACGGATTCGAGATTCGAA
TTTCAGTTGGGGATTTTGATTTACTTGTTCTGAAATTGATGAATTAGGTCTTAAATTGAT
TGTTTTTTTATTAATTAGGTTTCAGATTGATTGGTTCACTGTGGAGGTGGTGTTCGAATT
GATTGGTTCTTGATGATTTATGTTTGATATTAATCGGTTCTTGTTCATTGGGAAGTATAT
CCAAGTGCCACCTTCGTTGAATTACCTTTTGGTGACTACGACATTGCTTGTAGGT

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR1F124JQ 681 0 0
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CGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTATCGTCTCTTCATCTGTTGGTATGTTTCCA
TCTGTAACGGATTCGAGATTCGAATTTCAGTTGGGGATTTTGATTTACTTGTTCTGAAAT
TGATGAATTAGGTCTTAAATTGATTGTTTTTTTATTAATTAGGTTTCAGATTGATTGGTT
CACTGTGGAGGTGGTGTTCGAATTGATTGGTTCTTGATGATTTATGTTTGATATTAATCG
GTTCTTGTTCATTGGGAAGTATATCCAAGTGCCACCTTCGTTGAATTACCTTTTGGTGAC
TACGACATTGCTTGTAGGTGCTGCTGGCGCTGGTGCTTCAGTTCTTGGAATGATAGCAGC
TTCCATCATCATAGTAGGCTTGTAAAACTTGCTGCAGCCAGTTGATATAGTTTTATATCA
ACAGGAGTTGGATGAGATGAAGAAGCGACTGAAAGAGATTGAGGATGAAGCTGCTGCTCT
TCGTGAGATGCAGGCCAAGGTTAAGAGGGATACGGGACTTCACGGTTTGTTCTGATTTTA
AAGCTATGATCTTTAATGAAACCATCAATTAAGCATTAATCATGTTTTTCATTTCCTTGT
TTTTAATGAAAGTGTATTCAC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL5751Contig1 821 2 2 U
GGACGAAAACCGAGTAGCGATTCTCTCTTCTCACTTATCGCCCGTCATGGCTTCAGAGAA
AGAGGCTGCTTTAGCCGCCACTCCTTCCGATGATTCCCCCACCATATTTGACAAGATCAT
CAGTAAAGAAATTCCATCCACCGTTGTTTTTGAGGATGACAAGGTCTTGGCTTTTAGGGA
CATAACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTGAGGGATGGCTTAAC
TGGCCTCTCTAAGGTACCTGATTCACTTACACCTCTCCAAGTTGAACCACTCAAACCAAT
CCAGACAGAATTAAAGCTAGAAAGCATGAGAATTGATGAACTTTGAACTCAAAAAAACGC
AAGCTAATAACGTATTGCAATGCTACTTGCAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGG
GCCGCCTTCTATACACTGCCAAGCTTGTAGCAAAACAAGAAGGCCTAGATGAGGGTTTCA
GAATTGTGATCAATGATGGTCCTCGAGGCTGTCAGTCGGTGTATCACATTCGTGTTCACC
TCATCGGAGGACGCCAAATGAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAGATATCATCATCTACTAGT
GATTCTTGTCCTGGTTATAAGAGGAACCCTACCCTGAGTTGCTATTGTCTTCTTCTGTCT
TTATGAATAAAAGGCTTGGGACATAACTTTTTATGATTGAAATCTAAACCTTAGTCTATG
GTGTGAAGAGAATATTCGACTGTTCTCTTTTGTAGAATCCTCTTTTTTATTGTTGACTTT
GTAAAACATTTCAATGGTAAAAAAGCTTTGAATAAAAAAAA


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AF RR1CT76TF U 1
AF RR1CT76JQ C 98
BS 1 480 RR1CT76TF
BS 481 821 RR1CT76JQ

RD RR1CT76TF 480 0 0
GGACGAAAACCGAGTAGCGATTCTCTCTTCTCACTTATCGCCCGTCATGGCTTCAGAGAA
AGAGGCTGCTTTAGCCGCCACTCCTTCCGATGATTCCCCCACCATATTTGACAAGATCAT
CAGTAAAGAAATTCCATCCACCGTTGTTTTTGAGGATGACAAGGTCTTGGCTTTTAGGGA
CATAACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTGAGGGATGGCTTAAC
TGGCCTCTCTAAGGTACCTGATTCACTTACACCTCTCCAAGTTGAACCACTCAAACCAAT
CCAGACAGAATTAAAGCTAGAAAGCATGAGAATTGATGAACTTTGAACTCAAAAAAACGC
AAGCTAATAACGTATTGCAATGCTACTTGCAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGG
GCCGCCTTCTATACACTGCCAAGCTTGTAGCAAAACAAGAAGGCCTAGATGAGGGTTTCA

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR1CT76JQ 724 0 0
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GACAAGGTCTTGGCTTTTAGGGACATAACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATT
CCAAAAGTGAGGGATGGCTTAACTGGCCTCTCTAAGGTACCTGATTCACTTACACCTCTC
CAAGTTGAACCACTCAAACCAATCCAGACAGAATTAAAGCTAGAAAGCATGAGAATTGAT
GAACTTTGATCTCAAAAAAACGCAAGCTAATAACGTATTGCAATGCTACTTGCAGGCTGA
GGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTATACACTGCCAAGCTTGTAGCAAAACA
AGAAGGCCTAGATGAGGGTTTCAGAATTGTGATCAATGATGGTCCTCGAGGCTGTCAGTC
GGTGTATCACATTCGTGTTCACCTCATCGGAGGACGCCAAATGAACTGGCCTCCTGGCTA
AAAAGATATCATCATCTACTAGTGATTCTTGTCCTGGTTATAAGAGGAACCCTACCCTGA
GTTGCTATTGTCTTCTTCTGTCTTTATGAATAAAAGGCTTGGGACATAACTTTTTATGAT
TGAAATCTAAACCTTAGTCTATGGTGTGAAGAGAATATTCGACTGTTCTCTTTTGTAGAA
TCCTCTTTTTTATTGTTGACTTTGTAAAACATTTCAATGGTAAAAAAGCTTTGAATAAAA
AAAA

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL5752Contig1 827 2 4 U
TTACAGAAAAAAAAAAAACAGCATCATGGAGTATGTAGAAGCATTCCTAAGCGATTTCTC
CGTCGATGACCTTCTTGACTTCTCTAACACGGACGCCTTCGTACGAGAGAAGTCTTCACC
AAGAGAAGAAGAACGTGAGGAGGCTAACAGCTCTCCCGACCAAATTACACTTCATTCACC
TCTTGATGATATCTTATCTCTTCCCGGCTCTGATTCTAAGCTCGACGTTCCAGTTGGTGA
TTTGGAAGACCTGGAGTGGCTATCCAATTTCGTGGATGATTCTTTTTCCGAGTCTTATTT
TTCCGGTGACTTTCCGGTGAATCCAGTTGCGTCGGTGGTGGAGGTTCAGAAGCAGTGCAT
TCCTGTTAAACCCCGAAGCAAACGACGTCGTACCAATGGCCATCTATGGTCTCTTGGGTC
GCCGTATACCTCACTCTACACCGGAAAGAAGAAGAGAGGTAGACCCAAGGCAGAGACGTC
GTCCGGGGACGGTGTCCAGCAGCAGCTGAGGCGGTACTGCAGCCATTGTGGGGTCCAGAA
AACGCCTCAATGGAGGATGGGTCCGTTAGGTGCGAAGACGCTGTGTAATGCTTGTGGGGT
CAGGTTTAAGTCGGGTCGGCTTTTACCGGAATATAGACCCGCTTGTAGCCCGACATTCTC
GACCGAGATTCACTCTAACTCACACAGGAAAGTGTTTGAGCTGCGACTGATGAAAGCGGC
GGATCAGGGTCAGTGTTGACCCGTTGGAACAGAGGTTTTCGATTTACTAGTTTCATGTCG
TTGTTACATATGCATAACGTAATCTTGCTTTTTTTTTCTTGAAAAAA


BQ
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AF RR1G970TF U 1
AF RR1G970JQ C 212
BS 1 569 RR1G970TF
BS 570 570 RR1G970JQ
BS 571 594 RR1G970TF
BS 595 827 RR1G970JQ

RD RR1G970TF 594 0 0
TTACAGAAAAAAAAAAAACAGCATCATGGAGTATGTAGAAGCATTCCTAAGCGATTTCTC
CGTCGATGACCTTCTTGACTTCTCTAACACGGACGCCTTCGTACGAGAGAAGTCTTCACC
AAGAGAAGAAGAACGTGAGGAGGCTAACAGCTCTCCCGACCAAATTACACTTCATTCACC
TCTTGATGATATCTTATCTCTTCCCGGCTCTGATTCTAAGCTCGACGTTCCAGTTGGTGA
TTTGGAAGACCTGGAGTGGCTATCCAATTTCGTGGATGATTCTTTTTCCGAGTCTTATTT
TTCCGGTGACTTTCCGGTGAATCCAGTTGCGTCGGTGGTGGAGGTTCAGAAGCAGTGCAT
TCCTGTTAAACCCCGAAGCAAACGACGTCGTACCAATGGCCATCTATGGTCTCTTGGGTC
GCCGTATACCTCACTCTACACCGGAAAGAAGAAGAGAGGTAGACCCAAGGCAGAGACGTC
GTCCGGGGACGGTGTCCAGCAGCAGCTGAGGCGGTACTGCAGCCATTGTGGGGTCCAGAA
AACGCCTCAATGGAGGATGGGTCCGTTAG*TGCGAAGACGCTGTGTAATGCTTG

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1G970JQ 616 0 0
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GTGGATGATTCTTTTTCCGAGTCTTATTTTTCCGGTGACTTTCCGGTGAATCCAGTTGCG
TCGGTGGTGGAGGTTCAGAAGCAGTGCATTCCTGTTAAACCCCGAAGCAAACGACGTCGT
ACCAATGGCCATCTATGGTCTCTTGGGTCGCCGTATACCTCACTCTACACCGGAAAGAAG
AAGAGAGGTAGACCCAAGGCAGAGACGTCGTCCGGGGACGGTGTCCAGCAGCAGCTGAGG
CGGTACTGCAGCCATTGTGGGGTCCAGAAAACGCCTCAATGGAGGATGGGTCCGTTAGGT
GCGAAGACGCTGTGTAATGCTTGTGGGGTCAGGTTTAAGTCGGGTCGGCTTTTACCGGAA
TATAGACCCGCTTGTAGCCCGACATTCTCGACCGAGATTCACTCTAACTCACACAGGAAA
GTGTTTGAGCTGCGACTGATGAAAGCGGCGGATCAGGGTCAGTGTTGACCCGTTGGAACA
GAGGTTTTCGATTTACTAGTTTCATGTCGTTGTTACATATGCATAACGTAATCTTGCTTT
TTTTTTCTTGAAAAAA

QA 1 616 1 616
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5754Contig1 335 2 1 U
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TGCAAGACCTGTCTATGGCCAACATACAAACCTGGAACACTGACAGTTGGTGAAATCATG
CGGTTCAGATTTGAGTAATGGATATTTACTATTCAAAGTTGATTTAGGGTTCATTGCCCC
TTTCAGTCTTTTTTGAGAATTTAAATAATTATGTAAACATACCTATGTCTTTGCCATGTA
CTAAGACGCGCTTGAAAACGTGTTTCATTTGGTTTATGGCTTTCCCGTGTGCTAGACTTT
CTGGAGACGCAGAGAATGTTAAGAACCATTATGAT


BQ
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AF RR1DI54JQ C 1
AF RR1DI54TF U 1
BS 1 335 RR1DI54TF

RD RR1DI54JQ 335 0 0
GGAACCCTAATATGTTTCGTTTGTTCTGGGTTTCTCTCGCCTCTCCTCCGTATAGAACTA
TGCAAGACCTGTCTATGGCCAACATACAAACCTGGAACACTGACAGTTGGTGAAATCATG
CGGTTCAGATTTGAGTAATGGATATTTACTATTCAAAGTTGATTTAGGGTTCATTGCCCC
TTTCAGTCTTTTTTGAGAATTTAAATAATTATGTAAACATACCTATGTCTTTGCCATGTA
CTAAGACGCGCTTGAAAACGTGTTTCATTTGGTTTATGGCTTTCCCGTGTGCTAGACTTT
CTGGAGACGCAGAGAATGTTAAGAACCATTATGAT

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1DI54TF 335 0 0
GGAACCCTAATATGTTTCGTTTGTTCTGGGTTTCTCTCGCCTCTCCTCCGTATAGAACTA
TGCAAGACCTGTCTATGGCCAACATACAAACCTGGAACACTGACAGTTGGTGAAATCATG
CGGTTCAGATTTGAGTAATGGATATTTACTATTCAAAGTTGATTTAGGGTTCATTGCCCC
TTTCAGTCTTTTTTGAGAATTTAAATAATTATGTAAACATACCTATGTCTTTGCCATGTA
CTAAGACGCGCTTGAAAACGTGTTTCATTTGGTTTATGGCTTTCCCGTGTGCTAGACTTT
CTGGAGACGCAGAGAATGTTAAGAACCATTATGAT

QA 1 335 1 335
DS 



AS 1 2

CO CL5755Contig1 979 2 4 U
GGCTCGATGTCTGGCTTTACCCTTCCCGCACGGTTGTTTCTCGCCTGTCCCTCACGCGCT
CTGCATCGTCTTCACCACGCGAAGCTTCTGCTGCTACGCTGCAAAATGTCTTCTTCTTCT
TCTTCCTCTCTCACTCACTCCATCACGCTTCGGAACCAACCCACCGATCCTGTGAATGTC
GCTGCAGCCGCGGGTGTCTCTTCCTCTGATTTCAGAAACGCGATAGATTCGTCCTTGTTC
AAGAAATGGCTAAGAAACTTGGAATCAGAGAATGGAATTTTAGCTGACGGGACAATGACA
CTGAAGCAAGTTATCATTCAGGGAGTTGATATGTTTGGCACACGAATTGGCTTTCTCAAA
TTTAAAGCCGATATTTTGGACAAAGAATCTGGTCACAAGGTTCCAGGTATTGTGTTTGCA
AGAGGACCAGCTGTAGCTGTGCTCATTCTCTTGGAGTCTGATGATGGTGAGACTTACGCT
GTTCTCACTGAGCAGGTTAGGGTTCCTACAGGGAAGGTTGTGCTGGAATTACCTGCTGGA
ATGTTGGATGATGATGAAGGTGATTTTGTTGGTACTGCTGTTCGTGAGGTAGAAGAGGAG
ATTGGTATAAAATTGAAGAAAGAAGATATGTTTGATCTCACTGCTTTCCTTGACCCATCT
ACAGGCCACCGGATCTTCCCTTCTCCTGGTGGCTGTGATGAAGAGATGAGTGTGTTTCTC
TACAGACTTCGAGTGGAACAAGAGACAATCAGACAGCTTCAAGGTAAAGAGACAGGACTC
CGCGAACATGGCGAGTTTATCAAAGTCCGACTACTCCCTTACAGAGAGCTCTGGCGCAAA
ACAGCTGATGCTAAGGTTCTTACGAGCATTGGTCTCTACGAAATGGCTCTGAGAGAAGTC
TCGTCCCCAGGCACTGAAACTAAACTGTGGTCTGTGGATCTCGTCTTAGATATGTGACAA
CTAGATTGACTCAACTGGA


BQ
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EP90TF U 1
AF RR1BT71TF U 474
BS 1 664 RR1EP90TF
BS 665 665 RR1BT71TF
BS 666 731 RR1EP90TF
BS 732 979 RR1BT71TF

RD RR1EP90TF 731 0 0
GGCTCGATGTCTGGCTTTACCCTTCCCGCACGGTTGTTTCTCGCCTGTCCCTCACGCGCT
CTGCATCGTCTTCACCACGCGAAGCTTCTGCTGCTACGCTGCAAAATGTCTTCTTCTTCT
TCTTCCTCTCTCACTCACTCCATCACGCTTCGGAACCAACCCACCGATCCTGTGAATGTC
GCTGCAGCCGCGGGTGTCTCTTCCTCTGATTTCAGAAACGCGATAGATTCGTCCTTGTTC
AAGAAATGGCTAAGAAACTTGGAATCAGAGAATGGAATTTTAGCTGACGGGACAATGACA
CTGAAGCAAGTTATCATTCAGGGAGTTGATATGTTTGGCACACGAATTGGCTTTCTCAAA
TTTAAAGCCGATATTTTGGACAAAGAATCTGGTCACAAGGTTCCAGGTATTGTGTTTGCA
AGAGGACCAGCTGTAGCTGTGCTCATTCTCTTGGAGTCTGATGATGGTGAGACTTACGCT
GTTCTCACTGAGCAGGTTAGGGTTCCTACAGGGAAGGTTGTGCTGGAATTACCTGCTGGA
ATGTTGGATGATGATGAAGGTGATTTTGTTGGTACTGCTGTTCGTGAGGTAGAAGAGGAG
ATTGGTATAAAATTGAAGAAAGAAGATATGTTTGATCTCACTGCTTTCCTTGACCCATCT
ACAG*CCACCGGATCTTCCCTTCTCCTGGTGGCTGTGATGAAGAGATGAGTGTGTTTCTC
TACAGACTTCG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1BT71TF 506 0 0
G
TACGCTGTTCTCACTGAGCAGGTTAGGGTTCCTACAGGGAAGGTTGTGCTGGAATTACCT
GCTGGAATGTTGGATGATGATGAAGGTGATTTTGTTGGTACTGCTGTTCGTGAGGTAGAA
GAGGAGATTGGTATAAAATTGAAGAAAGAAGATATGTTTGATCTCACTGCTTTCCTTGAC
CCATCTACAGGCCACCGGATCTTCCCTTCTCCTGGTGGCTGTGATGAAGAGATGAGTGTG
TTTCTCTACAGACTTCGAGTGGAACAAGAGACAATCAGACAGCTTCAAGGTAAAGAGACA
GGACTCCGCGAACATGGCGAGTTTATCAAAGTCCGACTACTCCCTTACAGAGAGCTCTGG
CGCAAAACAGCTGATGCTAAGGTTCTTACGAGCATTGGTCTCTACGAAATGGCTCTGAGA
GAAGTCTCGTCCCCAGGCACTGAAACTAAACTGTGGTCTGTGGATCTCGTCTTAGATATG
TGACAACTAGATTGACTCAACTGGA

QA 2 506 2 506
DS 



AS 1 2

CO CL5756Contig1 849 2 2 U
GTAAATATGTGAAGAATATGTATCCGGAGTTGGATGTGGTCGGTGGGAACGTGGTGACGA
TGTACCAGGCAGAGAACTTGATCAAAGCTGGAGTTGATGGGCTGAGAGTTGGTATGGGGT
CTGGGTCTATATGCACTACTCAAGAGGTTTGTGCTGTTGGACGCGGACAGGCTACTGCTG
TGTACAAAGTCTCAACGCTTGCTGCTCAGCACGGTGTACCTGTTATCGCGGATGGTGGTA
TCTCAAACTCAGGTCACATTGTGAAGGCTCTAGTCCTTGGAGCATCGACTGTGATGATGG
GAAGCTTCTTAGCTGGAAGCACTGAGGCTCCTGGAGCTTACGAATACCGAAACGGTAGGA
GGGTGAAAAAGTACCGAGGCATGGGTTCATTAGAAGCGATGACAAAAGGAAGCGACCAAA
GATACTTGGGAGACACCGCGAAGCTCAAGATTGCACAAGGAGTGGTGGGAGCGGTGGCGG
ATAAAGGCTCGGTGTTGAAGTTCATACCTTACACAATGCATGCCGTGAAACAAGGTTTCC
AAGATCTGGGTGCTTCCTCTTTGCAATCTGCTCACGAGCTATTGAGAGAAAAAGTCCTTA
GACTAGAGGCTCGTACAGGTGCAGTACAGATTGAAGGAGGAGTCCACGGACTGGTTTCTT
ACGAAAAGAAATCATTTTAGTTTTTCATGAATTTACTATCTTATGTCACGCTGCACTAGC
AGTGTCTGTTTACTACAAGGAAGCACTTGTCCCACTTAATATTTGGTGTAATCTTATTGT
CGGGTATCGTCATGTTCGGGGTTTCAGTTTTGTATTAAACACAAAAATAAGAAAGCTGCT
TGATGGTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP48TF U 1
AF RR1DP48JQ C 160
BS 1 537 RR1DP48TF
BS 538 849 RR1DP48JQ

RD RR1DP48TF 537 0 0
GTAAATATGTGAAGAATATGTATCCGGAGTTGGATGTGGTCGGTGGGAACGTGGTGACGA
TGTACCAGGCAGAGAACTTGATCAAAGCTGGAGTTGATGGGCTGAGAGTTGGTATGGGGT
CTGGGTCTATATGCACTACTCAAGAGGTTTGTGCTGTTGGACGCGGACAGGCTACTGCTG
TGTACAAAGTCTCAACGCTTGCTGCTCAGCACGGTGTACCTGTTATCGCGGATGGTGGTA
TCTCAAACTCAGGTCACATTGTGAAGGCTCTAGTCCTTGGAGCATCGACTGTGATGATGG
GAAGCTTCTTAGCTGGAAGCACTGAGGCTCCTGGAGCTTACGAATACCGAAACGGTAGGA
GGGTGAAAAAGTACCGAGGCATGGGTTCATTAGAAGCGATGACAAAAGGAAGCGACCAAA
GATACTTGGGAGACACCGCGAAGCTCAAGATTGCACAAGGAGTGGTGGGAGCGGTGGCGG
ATAAAGGCTCGGTGTTGAAGTTCATACCTTACACAATGCATGCCGTGAAACAAGGTT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1DP48JQ 690 0 0
GACGCGGACAGGCTACTGCTGTGTACAAAGTCTCAACGCTTGCTGCTCAGCACGGTGTAC
CTGTTATCGCGGATGGTGGTATCTCAAACTCAGGTCACATTGTGAAGGCTCTAGTCCTTG
GAGCATCGACTGTGATGATGGGAAGCTTCTTAGCTGGAAGCACTGAGGCTCCTGGAGCTT
ACGAATACCGAAACGGTAGGAGGGTGAAAAAGTACCGAGGCATGGGTTCATTAGAAGCGA
TGACAAAAGGAAGCGACCAAAGATACTTGGGAGACACCGCGAAGCTCAAGATTGCACAAG
GAGTGGTGGGAGCGGTGGCGGATAAAGGCTCGGTGTTGAAGTTCATACCTTACACAATGC
ATGCCGTGAAACAAGGTTTCCAAGATCTGGGTGCTTCCTCTTTGCAATCTGCTCACGAGC
TATTGAGAGAAAAAGTCCTTAGACTAGAGGCTCGTACAGGTGCAGTACAGATTGAAGGAG
GAGTCCACGGACTGGTTTCTTACGAAAAGAAATCATTTTAGTTTTTCATGAATTTACTAT
CTTATGTCACGCTGCACTAGCAGTGTCTGTTTACTACAAGGAAGCACTTGTCCCACTTAA
TATTTGGTGTAATCTTATTGTCGGGTATCGTCATGTTCGGGGTTTCAGTTTTGTATTAAA
CACAAAAATAAGAAAGCTGCTTGATGGTTC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL5757Contig1 426 2 1 U
GGCGGGAGCGAACGTGCTGGTCGGGATCCAAGTCCCGGAACAAGAAATGGAGGAATTTCG
AAACCGAGCTCAAGTTCTTGGATACGAGTATGTCTTGGTAAGTGAGGACATCAATTTCAA
GCTTTTGATGCAGTGATTTTGGAGCTATCTGTGATGGAGAAACCGAAACCGAGGAAGTAG
AAGAACACATCAGAGTCGTCCATGGTTGTTTTTGAGCTCTTGGTCTTGCTGTTAAACAAA
CAACTCTCGTGCTACTCTTCCATTACTCTCGGGGTGTATTTGGATGGGCTTTGTCACGGG
CCTGTTACACTGGCCAGTGTGCCTTTATTTTTGTAAGAGCGCTAATCGCTATGCATTAGA
CTTTTGTACCTTTCAGCAACTAATGTAAGGCTAACCTCCAATAAAAGAAACATTGGTATG
TTGACC


BQ
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1CZ15TF U 1
AF RR1CZ15JQ C 49
BS 1 426 RR1CZ15TF

RD RR1CZ15TF 426 0 0
GGCGGGAGCGAACGTGCTGGTCGGGATCCAAGTCCCGGAACAAGAAATGGAGGAATTTCG
AAACCGAGCTCAAGTTCTTGGATACGAGTATGTCTTGGTAAGTGAGGACATCAATTTCAA
GCTTTTGATGCAGTGATTTTGGAGCTATCTGTGATGGAGAAACCGAAACCGAGGAAGTAG
AAGAACACATCAGAGTCGTCCATGGTTGTTTTTGAGCTCTTGGTCTTGCTGTTAAACAAA
CAACTCTCGTGCTACTCTTCCATTACTCTCGGGGTGTATTTGGATGGGCTTTGTCACGGG
CCTGTTACACTGGCCAGTGTGCCTTTATTTTTGTAAGAGCGCTAATCGCTATGCATTAGA
CTTTTGTACCTTTCAGCAACTAATGTAAGGCTAACCTCCAATAAAAGAAACATTGGTATG
TTGACC

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR1CZ15JQ 378 0 0
GGAGGAATTTCGAAACCGAGCTCAAGTTCTTGGATACGAGTATGTCTTGGTAAGTGAGGA
CATCAATTTCAAGCTTTTGATGCAGTGATTTTGGAGCTATCTGTGATGGAGAAACCGAAA
CCGAGGAAGTAGAAGAACACATCAGAGTCGTCCATGGTTGTTTTTGAGCTCTTGGTCTTG
CTGTTAAACAAACAACTCTCGTGCTACTCTTCCATTACTCTCGGGGTGTATTTGGATGGG
CTTTGTCACGGGCCTGTTACACTGGCCAGTGTGCCTTTATTTTTGTAAGAGCGCTAATCG
CTATGCATTAGACTTTTGTACCTTTCAGCAA*TAATGTAAGGCTAACCTCCAATAAAAGA
AACATTGGTATGTTGACC

QA 1 378 1 378
DS 



AS 1 2

CO CL5758Contig1 718 2 2 U
TTTTTCTAGCCGACGGATAGGCTTCCACAGCCACCGTCGGCTCGGATTTATTATTTCTTT
GTTCGCTATCGTTCCTTTACTCGATCTGGTGTGTTTTTTAGACTGTAAGGGACTGTTTTT
TCTCTGTTTAGCTTGGTTACTGGGAGGTGGAGGCTCTGTTAGATCCGCCGTCGCCGGCTT
GTGTATCCGGAAGTGGAGGCTCTCTTAGCTCTGCTTCGCCGGCATCTGTGGCCTTTGTTT
GTGAAGGCGTTGGTGGTTTTGCTCTGTGGGAGTCGGTGTAGTCGGCTTTGGTGTCTCGAG
GGATGGACGCTTTCCAACAGTCAGAAGATGAATCTGAGAGTGGTGGCTTCGTTTGTGCTC
AGGATGAGATCTCGATCTAGATCGATTGATGCTCTCCGTTAGAAGAAGCGTTGGTGATGT
AGGGGCTTGCGGTGTAGATGCATGTCCCTGGTTTGGCCGGTGAGACGCCGTTCTAGTTCC
GGCGTAGTCTTGGCGGTGGCGACGAAGCGGCTTCGTAACGCGTGCAATGTCAAGATGAGG
CGGCTGTGACGCGTGTTCAGACGTGCAGCTGCTAGGGTTTTCATCGGTTTGGGCTTTATA
GGCCCATTCCGTTCTTTTGTATTGGTTTTGTGTATCCGGTTTTAAGTTTAGTTGGTTTAT
GGGCCTTAATTTGTATTATCTGGGTTTTGCCCTTTTTTAATTAAAAATCTTTAGACGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GH60TF U 1
AF RR1GH60JQ C 269
BS 1 634 RR1GH60TF
BS 635 718 RR1GH60JQ

RD RR1GH60TF 634 0 0
TTTTTCTAGCCGACGGATAGGCTTCCACAGCCACCGTCGGCTCGGATTTATTATTTCTTT
GTTCGCTATCGTTCCTTTACTCGATCTGGTGTGTTTTTTAGACTGTAAGGGACTGTTTTT
TCTCTGTTTAGCTTGGTTACTGGGAGGTGGAGGCTCTGTTAGATCCGCCGTCGCCGGCTT
GTGTATCCGGAAGTGGAGGCTCTCTTAGCTCTGCTTCGCCGGCATCTGTGGCCTTTGTTT
GTGAAGGCGTTGGTGGTTTTGCTCTGTGGGAGTCGGTGTAGTCGGCTTTGGTGTCTCGAG
GGATGGACGCTTTCCAACAGTCAGAAGATGAATCTGAGAGTGGTGGCTTCGTTTGTGCTC
AGGATGAGATCTCGATCTAGATCGATTGATGCTCTCCGTTAGAAGAAGCGTTGGTGATGT
AGGGGCTTGCGGTGTAGATGCATGTCCCTGGTTTGGCCGGTGAGACGCCGTTCTAGTTCC
GGCGTAGTCTTGGCGGTGGCGACGAAGCGGCTTCGTAACGCGTGCAATGTCAAGATGAGG
CGGCTGTGACGCGTGTTCAGACGTGCAGCTGCTAGGGTTTTCATCGGTTTGGGCTTTATA
GGCCCATTCCGTTCTTTTGTATTGGTTTTGTGTA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1GH60JQ 450 0 0
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TGAATCTGAGAGTGGTGGCTTCGTTTGTGCTCAGGATGAGATCTCGATCTAGATCGATTG
ATGCTCTCCGTTAGAAGAAGCGTTGGTGATGTAGGGGCTTGCGGTGTAGATGCATGTCCC
TGGTTTGGCCGGTGAGACGCCGTTCTAGTTCCGGCGTAGTCTTGGCGGTGGCGACGAAGC
GGCTTCGTAACGCGTGCAATGTCAAGATGAGGCGGCTGTGACGCGTGTTCAGACGTGCAG
CTGCTAGGGTTTTCATCGGTTTGGGCTTTATAGGCCCATTCCGTTCTTTTGTATTGGTTT
TGTGTATCCGGTTTTAAGTTTAGTTGGTTTATGGGCCTTAATTTGTATTATCTGGGTTTT
GCCCTTTTTTAATTAAAAATCTTTAGACGG

QA 1 450 1 450
DS 



AS 1 2

CO CL5759Contig1 376 2 1 U
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ACCAAAATCAAATACAAGGGAAATAAAATAAAACCTTAAACCTAACATCAAAGGGGTAGG
TATTGAGCGGAAGCATCATAAAATAGTGCAACAACATGACCACAAGCTCTGAACAAAACC
TTCTCATTCAAACACGGTCATTTAAATAAAATCAGCTACATTCATTGGCATCTCATCAAT
CTGAGTACTGTAGTACTGCTCAATGTCCCGGAGGATCTTAATGTCCTCCCTTTTAACAAA
GTTGATCGCAACACCCTTACCCCCAAAACGACCAAATCGTCCAATACGATGGATGTAAAG
CTCACGGTTGTTGGGG


BQ
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AF RR1G611JQ U 1
AF RR1G592JQ U 1
BS 1 376 RR1G592JQ

RD RR1G611JQ 209 0 0
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ACCAAAATCAAATACAAGGGAAATAAAATAAAACCTTAAACCTAACATCAAAGGGGTAGG
TATTGAGCGGAAGCATCATAAGATAGTGCAACAACATGACCACAAGCTCTGAACAAAACC
TTCTCATTCAAACACGGTCATTTAAATAA

QA 1 209 1 209
DS 

RD RR1G592JQ 376 0 0
ACCTAGTAAAAAAATATAAGCAAAATTATACAGCTTAGTGAACCATTTTGAGTGTAAAAC
ACCAAAATCAAATACAAGGGAAATAAAATAAAACCTTAAACCTAACATCAAAGGGGTAGG
TATTGAGCGGAAGCATCATAAAATAGTGCAACAACATGACCACAAGCTCTGAACAAAACC
TTCTCATTCAAACACGGTCATTTAAATAAAATCAGCTACATTCATTGGCATCTCATCAAT
CTGAGTACTGTAGTACTGCTCAATGTCCCGGAGGATCTTAATGTCCTCCCTTTTAACAAA
GTTGATCGCAACACCCTTACCCCCAAAACGACCAAATCGTCCAATACGATGGATGTAAAG
CTCACGGTTGTTGGGG

QA 1 376 1 376
DS 



AS 1 2

CO CL5760Contig1 1017 2 2 U
GGACACTCGTGGATTTTCAGACTTTCAGAGTAATCTCATCGAGCATGCTACTCCATACGT
TATCTCCATCGTCTCCTCCCATTCACCGCCTCTATCTCCATCACTCTCAGATTCTCCCTT
CTTCTCCCGTATCGCTCAAGCTCCATCCCAAAACGATATCTTTACAGATACATGGAAGGA
CTAAAGCAGAACTTGCTGCTAGAGGGTTACCGGTTTTGAAAAAAGCTTCTTTGAAGAAGC
TACCGAGCAAAGGATCTACCTTTCTGCTGGGGCGTAGCTTGTTGATAGTCTCTGCTTATC
CACAGCTGGCAGCAGCGTCAGAGATCGTGAAGCCTGAACCTATTTACGAAGTTGGAGAGT
TGTTTGAGCTAGGGATTCAGCTTTCTTACTTGCTGTTGCTACTGGGTTTGCTCGGAGTTG
GTACTTTCTATGTCATTCGCCAAGTACTTGTCCGCAGAGAACTTGACCTCTCTGCCAAAG
AACTACAGGAACAAGTAAGGAGCGGGGATGCAAGTGCAACAGAGCTCTTTGAGCTCGGTG
CGGTGATGCTGAGACGCAAATTTTATCCTGCAGCCAACAAGTTCTTGCTTCAAGCCATCC
AGAAATGGGACGGTGACGATCAAGATCTTGCTCAGGTCTACAACGCTCTCGGAGTGAGTT
ATGTCCGAGAGGACAAACTGGACAAAGGAATCGCTCAGTTTGAGATGGCGGTGAAGATTC
AGCCTGGTTATGTAACGGCTTGGAACAACCTTGGAGATGCTTACGAGAAGAAGAAGGAGC
TGCCTTTGGCGTTGAAAGCGTTTGAAGAGGTTTTGTTGTTTGATCCGAACAACAAGGTGG
CTCGGCCTCGAAGAGATGCGTTGAAGGATCGCGTTAAGCTCTATAAAGACGTTGTGGCGG
TTAAGTCCAAGAAACGGTGACGAAGAAACCAATAAACGGTGTCTCTCTCTTATGTTTATT
TTGTAAGGACATTTTGTGTTACTCTTAAACAATAAAATCACTCATCTTATTATTCAG


BQ
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AF RR1EM95TF U 1
AF RR1EM95JQ C 344
BS 1 709 RR1EM95TF
BS 710 1017 RR1EM95JQ

RD RR1EM95TF 709 0 0
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TATCTCCATCGTCTCCTCCCATTCACCGCCTCTATCTCCATCACTCTCAGATTCTCCCTT
CTTCTCCCGTATCGCTCAAGCTCCATCCCAAAACGATATCTTTACAGATACATGGAAGGA
CTAAAGCAGAACTTGCTGCTAGAGGGTTACCGGTTTTGAAAAAAGCTTCTTTGAAGAAGC
TACCGAGCAAAGGATCTACCTTTCTGCTGGGGCGTAGCTTGTTGATAGTCTCTGCTTATC
CACAGCTGGCAGCAGCGTCAGAGATCGTGAAGCCTGAACCTATTTACGAAGTTGGAGAGT
TGTTTGAGCTAGGGATTCAGCTTTCTTACTTGCTGTTGCTACTGGGTTTGCTCGGAGTTG
GTACTTTCTATGTCATTCGCCAAGTACTTGTCCGCAGAGAACTTGACCTCTCTGCCAAAG
AACTACAGGAACAAGTAAGGAGCGGGGATGCAAGTGCAACAGAGCTCTTTGAGCTCGGTG
CGGTGATGCTGAGACGCAAATTTTATCCTGCAGCCAACAAGTTCTTGCTTCAAGCCATCC
AGAAATGGGACGGTGACGATCAAGATCTTGCTCAGGTCTACAACGCTCTCGGAGTGAGTT
ATGTCCGAGAGGACAAACTGGACAAAGGAATCGCTCAGTTTGAGATGGC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1EM95JQ 674 0 0
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GGGTTTGCTCGGAGTTGGTACTTTCTATGTCATTCGCCAAGTACTTGTCCGCAGAGAACT
TGACCTCTCTGCCAAAGAACTACAGGAACAAGTAAGGAGCGGGGATGCAAGTGCAACAGA
GCTCTTTGAGCTCGGTGCGGTGATGCTGAGACGCAAATTTTATCCTGCAGCCAACAAGTT
CTTGCTTCAAGCCATCCAGAAATGGGACGGTGACGATCAAGATCTTGCTCAGGTCTACAA
CGCTCTCGGAGTGAGTTATGTCCGAGAGGACAAACTGGACAAAGGAATCGCTCAGTTTGA
GATGGCGGTGAAGATTCAGCCTGGTTATGTAACGGCTTGGAACAACCTTGGAGATGCTTA
CGAGAAGAAGAAGGAGCTGCCTTTGGCGTTGAAAGCGTTTGAAGAGGTTTTGTTGTTTGA
TCCGAACAACAAGGTGGCTCGGCCTCGAAGAGATGCGTTGAAGGATCGCGTTAAGCTCTA
TAAAGACGTTGTGGCGGTTAAGTCCAAGAAACGGTGACGAAGAAACCAATAAACGGTGTC
TCTCTCTTATGTTTATTTTGTAAGGACATTTTGTGTTACTCTTAAACAATAAAATCACTC
ATCTTATTATTCAG

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL5761Contig1 665 2 3 U
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GCTCATCATCAGTCTCATCCAGATCTCCTTTCTCCATCGACCACTCTGCCTTCTTTAGCC
CCTCGATAACAGAATCTTTATAGTTTTCCGCACAACTCTTGAAACATGGTTTCTTTGGAG
AACCGAGTAGAAGCATCGTGTGCTCTGCCTTCTCCATCGCCAGAGACAAAGAAACCTTAG
CCAAATCAAATACGGTTGATGCGGAAACTGTGTGCTGATTAGAGGTTAGGGATTCTATAC
ATTCTTGTTCTTGGGATGATATAGATGCCGTACCTTTGCAAGCCTTCGATATCAACAAGG
ACGGAAACGGGCATGTCGTTTGTTTCATTGGTAAGTGTAAGTGGCTAGAAATCATGGATT
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ATGCATAAGGGGGATAATAAGAAACCATTGTATGTTAGCAATGCTTTTCTTTGCTCTTAA
AGCCC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1GI91JQ U 7
AF RR1GI91TF C 1
BS 1 6 RR1GI91TF
BS 7 372 RR1GI91JQ
BS 373 665 RR1GI91TF

RD RR1GI91JQ 366 0 0
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ATGTAATACGATTATAAACATCTTTGTTGGCCGAAAAAACCGGAGATCTTGCATCGTCTG
GATCAACCGACAAAACCATATGACAATAATCGGCTGCGTCACGAGCGAGGCTAAGCTCAT
CATCAGTCTCATCCAGATCTCCTTTCTCCATCGACCACTCTGCCTTCTTTAGCCCCTCGA
TAACAGAATCTTTATAGTTTTCCGCACAACTCTTGAAACATGGTTTCTTTGGAGAACCGA
GTAGAAGCATCGTGTGCTCTGCCTTCTCCATCGCCAGAGACAAAGAAACCTTAGCCAAAT
CAAATA

QA 1 366 1 366
DS 

RD RR1GI91TF 665 0 0
TTTTTTCGTATTTGAATGATAGTTAGAAATTTGGACTCTACAACAAGTCCGCCACACTCA
TGGCATATGTAATACGATTATAAACATCTTTGTTGGCCGAAAAAACCGGAGATCTTGCAT
CGTCTGGATCAACCGACAAAACCATATGACAATAATCGGCTGCGTCACGAGCGAGGCTAA
GCTCATCATCAGTCTCATCCAGATCTCCTTTCTCCATCGACCACTCTGCCTTCTTTAGCC
CCTCGATAACAGAATCTTTATAGTTTTCCGCACAACTCTTGAAACATGGTTTCTTTGGAG
AACCGAGTAGAAGCATCGTGTGCTCTGCCTTCTCCATCGCCAGAGACAAAGAAACCTTAG
CCAAATCAAATACGGTTGATGCGGAAACTGTGTGCTGATTAGAGGTTAGGGATTCTATAC
ATTCTTGTTCTTGGGATGATATAGATGCCGTACCTTTGCAAGCCTTCGATATCAACAAGG
ACGGAAACGGGCATGTCGTTTGTTTCATTGGTAAGTGTAAGTGGCTAGAAATCATGGATT
TTGCGGTTGTAGATGACCATCGCGAGAGGAGAAGAAAAGTTACAATATTGATCGTTATGT
ATGCATAAGGGGGATAATAAGAAACCATTGTATGTTAGCAATGCTTTTCTTTGCTCTTAA
AGCCC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL5762Contig1 861 2 2 U
GGCCGGATGTCGATTTTCCAGATTAGGGTCGTCTTCTTCGAGATCCTTCGTACGGAGCGC
TTCCTCTTCCACCGTTTTGTTTTTCGATCATTATGAACCTAAGCACAATCACTGTCGACG
TCGCGAATCAACTTCCTGTAACCTTACCTCCAGCTTCCTATATATTGAGATCGTACATGG
CAGGATCACCTAATAGTGGATCATGGAAAGGAGCAATCTCAGCAGCTTCGCTAGCACCAG
GACCTTCAGCTGATTTCTCTGATTACCCCTTCTAATAGCACCGCAGGGCGATAATAAAAC
CCTAGGCATCATCAACCTGTCCGAACTTCAAAAACACATGATTTTGATTCAAATCTTCTA
CTCCTAATTTGTGTGTCATTCTCCTATCATCTATCCACGCCGCGTTCTCTCTCTTTCACT
CTTCTTCGATTTCCCCTCTTAACACACACGCTCTGTGCTTAGCTTCCTCAGGTAATTTTT
ATAGGATTTGATTAGGGATTCTCATGGTTTAAGCTGGTTAGAAATCATCATTGCCATCAC
AGGATCATCTAGGAAGATAGCCTGATGGGTCAACAGGAAAAGTCTAGGAACAATCACAGC
TCTAAAAAGAAAGGAATGGGTAGGAAGGGCCAGAAAGGTGGTCGTGATTTTGATGGAGAT
AGTAACAAGAGGAACCAATCCGGTGGTGAAGCCAATGCAAAGGCAGAACAAACCGAATTT
GAGCATCAGAATCAGTTTGTCAGGTAATTGGAGACTTTGAATCGGAGGACTAATTAGATT
TGTGTAATTTTTTGTTATTTGTACAAAAAGCTTCTGGATTATGATAAATTTTTGCAGGAA
ATATATTGATCCAGAAACTTC


BQ
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AF RR1DO75TF U 1
AF RR1DO75JQ C 422
BS 1 608 RR1DO75TF
BS 609 861 RR1DO75JQ

RD RR1DO75TF 608 0 0
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TTCCTCTTCCACCGTTTTGTTTTTCGATCATTATGAACCTAAGCACAATCACTGTCGACG
TCGCGAATCAACTTCCTGTAACCTTACCTCCAGCTTCCTATATATTGAGATCGTACATGG
CAGGATCACCTAATAGTGGATCATGGAAAGGAGCAATCTCAGCAGCTTCGCTAGCACCAG
GACCTTCAGCTGATTTCTCTGATTACCCCTTCTAATAGCACCGCAGGGCGATAATAAAAC
CCTAGGCATCATCAACCTGTCCGAACTTCAAAAACACATGATTTTGATTCAAATCTTCTA
CTCCTAATTTGTGTGTCATTCTCCTATCATCTATCCACGCCGCGTTCTCTCTCTTTCACT
CTTCTTCGATTTCCCCTCTTAACACACACGCTCTGTGCTTAGCTTCCTCAGGTAATTTTT
ATAGGATTTGATTAGGGATTCTCATGGTTTAAGCTGGTTAGAAATCATCATTGCCATCAC
AGGATCATCTAGGAAGATAGCCTGATGGGTCAACAGGAAAAGTCTAGGAACAATCACAGC
TCTAAAAA

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1DO75JQ 440 0 0
TTCTTCGATTTCCCCTCTTAACACACACGCTCTGTGCTTAGCTTCCTCAGGTAATTTTTA
TAGGATTTGATTAGGGATTCTCATGGTTTAAGCTGGTTAGAAATCATCATTGCCATCACA
GGATCATCTAGGAAGATAGCCTGATGGGTCAACAGGAAAAGTCTAGGAACAATCACAGCT
CTAAAAAGAAAGGAATGGGTAGGAAGGGCCAGAAAGGTGGTCGTGATTTTGATGGAGATA
GTAACAAGAGGAACCAATCCGGTGGTGAAGCCAATGCAAAGGCAGAACAAACCGAATTTG
AGCATCAGAATCAGTTTGTCAGGTAATTGGAGACTTTGAATCGGAGGACTAATTAGATTT
GTGTAATTTTTTGTTATTTGTACAAAAAGCTTCTGGATTATGATAAATTTTTGCAGGAAA
TATATTGATCCAGAAACTTC

QA 1 440 1 440
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5764Contig1 711 2 2 U
GGATGAGGATGATGCTAGTGCTGAGTGTGTATATGAGTTTTGGTTCTTCAGTAACTTGAT
TCATGTGTCAAAGATTCTGATGGTTGGTATCAGCCACACATAAGGTTTCTGTATCGTGTA
CAGGTGTTGGGTGGGGTTTGTAGACAATGAGAAGAGGTAGAGGGAAAGGGAAGAAGCAGA
GTGCATCATCTGCAAGGGAAGATCATGGAAGCGGTGAAGAAGATGAGAAGATTCCAGCTT
ACAGGAGAAGAGGAAGGCCACAGAAACCTATGAAAGATGATTTCGAAGAGGAGGAGGAAG
ATGAAGAGTTGGTAGAGAAGATGGAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGATGATTCAG
TAACAAGTAAAAAAGAAGAGAAGGAGAGGAAGAGGAAGATGGTTAATGGAAGCAACACTG
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CCACATCTACTGGTTTCAGACAGAACGGGAGCAGGAGAAAAAGCAAGCCGAGAAGAGCTG
CTGAAGCTGTTGTGGAATGTAATGGAGTTTGAGCAAAACTTCTTTGGTCAAGAACCGTCA
AGAAACATGATGGACACATTAACTTGAGGCTTCCTTTTCTTTCTGGTTATTTTACAATTT
TTTTTTTTTAAGTTGAGAACTTTGGAAATCTTTTGGTGTATCAATCTGCAT


BQ
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AF RR1D576TF U 1
AF RR1D576JQ C 218
BS 1 591 RR1D576TF
BS 592 711 RR1D576JQ

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GGATGAGGATGATGCTAGTGCTGAGTGTGTATATGAGTTTTGGTTCTTCAGTAACTTGAT
TCATGTGTCAAAGATTCTGATGGTTGGTATCAGCCACACATAAGGTTTCTGTATCGTGTA
CAGGTGTTGGGTGGGGTTTGTAGACAATGAGAAGAGGTAGAGGGAAAGGGAAGAAGCAGA
GTGCATCATCTGCAAGGGAAGATCATGGAAGCGGTGAAGAAGATGAGAAGATTCCAGCTT
ACAGGAGAAGAGGAAGGCCACAGAAACCTATGAAAGATGATTTCGAAGAGGAGGAGGAAG
ATGAAGAGTTGGTAGAGAAGATGGAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGATGATTCAG
TAACAAGTAAAAAAGAAGAGAAGGAGAGGAAGAGGAAGATGGTTAATGGAAGCAACACTG
ATGTCAATGAAGAAGAGAATAGGTTAGGATCAAAATCAAGTAGGGATGATTCCACCCAGT
CCACATCTACTGGTTTCAGACAGAACGGGAGCAGGAGAAAAAGCAAGCCGAGAAGAGCTG
CTGAAGCTGTTGTGGAATGTAATGGAGTTTGAGCAAAACTTCTTTGGTCAA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1D576JQ 494 0 0
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TGATTTCGAAGAGGAGGAGGAAGATGAAGAGTTGGTAGAGAAGATGGAAGATGAAGAAGA
AGAAGAAGAAGAGGATGATTCAGTAACAAGTAAAAAAGAAGAGAAGGAGAGGAAGAGGAA
GATGGTTAATGGAAGCAACACTGATGTCAATGAAGAAGAGAATAGGTTAGGATCAAAATC
AAGTAGGGATGATTCCCCCCAGTCCACATTTACTGGTTTCAGACAGAACGGGAGCAGGAG
AAAAAGCAAGCCGAGAAGAGCTGCTGAAGCTGTTGTGGAATGTAATGGAGTTTGAGCAAA
ACTTCTTTGGTCAAGAACCGTCAAGAAACATGATGGACACATTAACTTGAGGCTTCCTTT
TCTTTCTGGTTATTTTACAATTTTTTTTTTTTAAGTTGAGAACTTTGGAAATCTTTTGGT
GTATCAATCTGCAT

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 2

CO CL5765Contig1 1063 2 2 U
GGGACCACAGCTTCTTGATTGATCAATTCAACAAGAATGATGTCCCTGCGCGTTCCTGCT
CCTTCATCCTTCAATCTCCAACGGTTTACCGAGAAACGATGGAGGCTAGGTAGAGACTGC
TTCCTCTCCTTCTCTCCGAGTTGCGTGGAGAATCGAATCGGACTGATCGGAGTCAGAGCT
GCCAAATCGGAGATGACGGCGTTTACCGCGGCGGAGGAAGAAACTCTCCCGGAGGGACTC
CAGGCGGAGCTGATGCCGAAGCACGTGGCGGTTATAATGGACGGAAACGGGAGATGGGCG
AAGAATCAAGGTCTACAACCTTGGGACGGTCACAGAGCCGGCGTTGAAGCTTTGAGAGAG
ATCGTTGAGCTTTGCGGCAAATGGGGTATTCAAGTCTTAACAGTCTTCGCCTTCTCTACA
GATAACTGGATTAGACCTAAGATCGAGATTGATTTCTTGTTGAGTTTGTTCGAGAGAACT
CTCAAATCAGAACTTGAGACTTTAGCCAAGAACAATGTTCGGATCTCTATAATTGGTGAC
TCATCGAAACTTCCGAAATCTCTTTTAAAAGTGATAAACGAAGTTGAGGAAGTGACAAAG
AACAACACGAGGCTTCAGCTAATCGTAGCCGTTGGTTACAGCGGGAAGTACGATGTTCTA
CAAGCGTGTAGAGGCATTGCGCAGAGAGTGAAAGATGGTGAGATCGATGTTGAGGAGATT
GATGAGGAACTTATCGAGCAAGAACTTGAGACGAACGTTACTGTGTTTCCTTACCCGGAT
CTGCTGATTAGAACGAGTGGTGAGCTAAGAGTGAGTAACTTCTTGTTGTGGCAGTTGGCT
TATACAGAGCTCTTCTTTGCTCAAGAACTCTGGCCTGATTTTGGGAGGAACGGTTTTGTT
GAAGCCTTGATGTCGTTTCAGCAGGGACAGCGTCGCTTTGGTGGTCGGAAATCCTGAGGT
TTTTTCTTTAACAACGAACAAGTTGGTGTAATAAAAACTGTATATGATGTGTAATAATGG
ACGTTTAATACCTCAAGAACTAGGCTTTTTGAGATAATCTAGT


BQ
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AF RR1BV61TF U 1
AF RR1BV61JQ C 344
BS 1 709 RR1BV61TF
BS 710 1063 RR1BV61JQ

RD RR1BV61TF 709 0 0
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CCTTCATCCTTCAATCTCCAACGGTTTACCGAGAAACGATGGAGGCTAGGTAGAGACTGC
TTCCTCTCCTTCTCTCCGAGTTGCGTGGAGAATCGAATCGGACTGATCGGAGTCAGAGCT
GCCAAATCGGAGATGACGGCGTTTACCGCGGCGGAGGAAGAAACTCTCCCGGAGGGACTC
CAGGCGGAGCTGATGCCGAAGCACGTGGCGGTTATAATGGACGGAAACGGGAGATGGGCG
AAGAATCAAGGTCTACAACCTTGGGACGGTCACAGAGCCGGCGTTGAAGCTTTGAGAGAG
ATCGTTGAGCTTTGCGGCAAATGGGGTATTCAAGTCTTAACAGTCTTCGCCTTCTCTACA
GATAACTGGATTAGACCTAAGATCGAGATTGATTTCTTGTTGAGTTTGTTCGAGAGAACT
CTCAAATCAGAACTTGAGACTTTAGCCAAGAACAATGTTCGGATCTCTATAATTGGTGAC
TCATCGAAACTTCCGAAATCTCTTTTAAAAGTGATAAACGAAGTTGAGGAAGTGACAAAG
AACAACACGAGGCTTCAGCTAATCGTAGCCGTTGGTTACAGCGGGAAGTACGATGTTCTA
CAAGCGTGTAGAGGCATTGCGCAGAGAGTGAAAGATGGTGAGATCGATG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1BV61JQ 720 0 0
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TCTTCGCCTTCTCTACAGATAACTGGATTAGACCTAAGATCGAGATTGATTTCTTGTTGA
GTTTGTTCGAGAGAACTCTCAAATCAGAACTTGAGACTTTAGCCAAGAACAATGTTCGGA
TCTCTATAATTGGTGACTCATCGAAACTTCCGAAATCTCTTTTAAAAGTGATAAACGAAG
TTGAGGAAGTGACAAAGAACAACACGAGGCTTCAGCTAATCGTAGCCGTTGGTTACAGCG
GGAAGTACGATGTTCTACAAGCGTGTAGAGGCATTGCGCAGAGAGTGAAAGATGGTGAGA
TCGATGTTGAGGAGATTGATGAGGAACTTATCGAGCAAGAACTTGAGACGAACGTTACTG
TGTTTCCTTACCCGGATCTGCTGATTAGAACGAGTGGTGAGCTAAGAGTGAGTAACTTCT
TGTTGTGGCAGTTGGCTTATACAGAGCTCTTCTTTGCTCAAGAACTCTGGCCTGATTTTG
GGAGGAACGGTTTTGTTGAAGCCTTGATGTCGTTTCAGCAGGGACAGCGTCGCTTTGGTG
GTCGGAAATCCTGAGGTTTTTTCTTTAACAACGAACAAGTTGGTGTAATAAAAACTGTAT
ATGATGTGTAATAATGGACGTTTAATACCTCAAGAACTAGGCTTTTTGAGATAATCTAGT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

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GATTTTTAATCAGATGGTTCACATCTTCCACTTAAATATGTATTTTTGTGTGTTCTATAA
AGTAGATCTATATAATCTTCCACTCATTTTCTCTGTTTTAAGTCATTTGAACATTTTTTG
GATATTCAGGTTTTTCAGATCTGAATTTGGATATGCTCTAGATCTGACTTTGAAGACTTT
TGGAAAGTCTTCTAAAATATAATAATGCAATAGAAGACTTCCAAGAAGTCTTCCAGAAGA
GTTCATGTAAGTTTTCCGACGTAGTTTTCTCCCATGTCTCTTCCTTGATAACAGATCTAA
GCATTTTGGTAGATTATCTTTGATTTTCTATATTAATTAACCTCTTGTTGCATAAAGCTC
TTACCTTTTTTCAAACTAAAATTCTCCAACGGTCCAACCTCTCTCTTATCTCTTTAAACT
TGAAAACACAAAAATTTATATCAATTTTTCATTTTTTATCTCATGTTTTTCTTACTAATT
TATCTTGTTTTTTCAATTTTTTATAGCATGGTTCTCATCTTCTACTCTTTTAAAGGTATA
TCTAAATTTTTTGGATATGAATTTTTGTGTGTGTTTAAGGTAAATCTATCTCATCTTGCA
CTTATTTTCTCTTTTTGAAGCCATATGAACATTTTTTGGATTTTTAGGTTTTTCAGATTT
GAGTGAGATTTTGGAAGACTTCCGGGAAATCTTCTCGAAAGTTTTCTAACATATAATGCG
GTAGAAATTTTTTTGGAAACCTTCTAACGATTCTTCTCCCATATCAAATGGATTCCAAGA
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GTGTATTCTTTTAGATG


BQ
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AF RR1FA01TF U 1
AF RR1FA01JQ C 411
BS 1 605 RR1FA01TF
BS 606 977 RR1FA01JQ

RD RR1FA01TF 605 0 0
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ACTTTATATGAATTTATCATTTTTTATCTCATGTTTTTCTCATTAATCTATTTTTTTATA
GATTTTTAATCAGATGGTTCACATCTTCCACTTAAATATGTATTTTTGTGTGTTCTATAA
AGTAGATCTATATAATCTTCCACTCATTTTCTCTGTTTTAAGTCATTTGAACATTTTTTG
GATATTCAGGTTTTTCAGATCTGAATTTGGATATGCTCTAGATCTGACTTTGAAGACTTT
TGGAAAGTCTTCTAAAATATAATAATGCAATAGAAGACTTCCAAGAAGTCTTCCAGAAGA
GTTCATGTAAGTTTTCCGACGTAGTTTTCTCCCATGTCTCTTCCTTGATAACAGATCTAA
GCATTTTGGTAGATTATCTTTGATTTTCTATATTAATTAACCTCTTGTTGCATAAAGCTC
TTACCTTTTTTCAAACTAAAATTCTCCAACGGTCCAACCTCTCTCTTATCTCTTTAAACT
TGAAAACACAAAAATTTATATCAATTTTTCATTTTTTATCTCATGTTTTTCTTACTAATT
TATCT

QA 1 605 1 605
DS 

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TCTTTAAACTTGAAAACACAAAAATTTATATCAATTTTTCATTTTTTATCTCATGTTTTT
CTTACTAATTTATCTTGTTTTTTCAATTTTTTATAGCATGGTTCTCATCTTCTACTCTTT
TAAAGGTATATCTAAATTTTTTGGATATGAATTTTTGTGTGTGTTTAAGGTAAATCTATC
TCATCTTGCACTTATTTTCTCTTTTTGAAGCCATATGAACATTTTTTGGATTTTTAGGTT
TTTCAGATTTGAGTGAGATTTTGGAAGACTTCCGGGAAATCTTCTCGAAAGTTTTCTAAC
ATATAATGCGGTAGAAATTTTTTTGGAAACCTTCTAACGATTCTTCTCCCATATCAAATG
GATTCCAAGATTGTCTTTGTGGATGAATGATCCATAATAATTTTGTTTCTGTTTTTTTCG
TGATTTGTATGTGTATTCTTTTAGATG

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL5767Contig1 775 2 2 U
TTGCTTCCAGTCTCTGGGTTTCTTCTTGTGTATTGAGTTTTGTATCATACTTATTCCGAT
TTTCCTTTTCAATTTACTCTGTTTTATTCTCAGTGATTTTTTTCTATGAACAATCTTTAA
AGAGCTCAAAGTTTAAGCTTTTTATTTTTCCGCAATTGATATGCTGATGGAATATTTTTA
CACTATGCTTTTAATTAAATCTCTTTTATTTTTTTCACAATTTCCAGATATTCTGCGATC
GAGAATTTTTTGAATTAAACGATGGGTTATCGAAACCAAGATTTTTCTATGATTTTTTTT
GTTTCTGGCGATGATGGAGGCCACTTTTGAAGGAGAAAAGATTTTTCTTTATTTCTACAT
TTTTAAAGCTCTGTGAGGTTTCTTTTGAGGTGTCCGTCAAAATACATGTGATCTACCGTA
CTGTTAGGATTTTTAATGTGGTTTTGTTCGAGATCAATGACATCATGGGTAGGTTGAAGC
AAACTGGAGAAGTTAGGTACTTCATATGGGTTTTGTGGCATCTTATAACTTGGTTGAGAT
CGGCAACCTGGAGATAAGAACGCATCACAATTTTGTGAATCAGAGGTGATGAGGAGAATT
CTAAATATACATTCAAGGAGATAAAACGAAGGTTATATAATTTCATTTTACTTTACAACT
TTGTCTTGCGTTTCAACCTGATTTCCTACGATTGCCCACGGTCAGAACAGGAACTCCAAT
CAAGAAGCAGAGAAAGGAACCGAACCTGTGAGTTTGGAGGAAGAAGAGAGTTTAA


BQ
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AF RR1BZ28TF U 1
AF RR1BZ28JQ C 103
BS 1 285 RR1BZ28TF
BS 286 775 RR1BZ28JQ

RD RR1BZ28TF 292 0 0
TTGCTTCCAGTCTCTGGGTTTCTTCTTGTGTATTGAGTTTTGTATCATACTTATTCCGAT
TTTCCTTTTCAATTTACTCTGTTTTATTCTCAGTGATTTTTTTCTATGAACAATCTTTAA
AGAGCTCAAAGTTTAAGCTTTTTATTTTTCCGCAATTGATATGCTGATGGAATATTTTTA
CACTATGCTTTTAATTAAATCTCTTTTATTTTTTTCACAATTTCCAGATATTCTGCGATC
GAGAATTTTTTGAATTAAACGATGGGTTATCGAAACCAAGATTTT
CTATGAT

QA 1 285 1 285
DS 

RD RR1BZ28JQ 673 0 0
TCTATGAACAATCTTTAAAGAGCTCAAAGTTTAAGCTTTTTATTTTTCCGCAATTGATAT
GCTGATGGAATATTTTTACACTATGCTTTTAATTAAATCTCTTTTATTTTTTTCACAATT
TCCAGATATTCTGCGATCGAGAATTTTTTGAATTAAACGATGGGTTATCGAAACCAAGAT
TTTTCTATGATTTTTTTTGTTTCTGGCGATGATGGAGGCCACTTTTGAAGGAGAAAAGAT
TTTTCTTTATTTCTACATTTTTAAAGCTCTGTGAGGTTTCTTTTGAGGTGTCCGTCAAAA
TACATGTGATCTACCGTACTGTTAGGATTTTTAATGTGGTTTTGTTCGAGATCAATGACA
TCATGGGTAGGTTGAAGCAAACTGGAGAAGTTAGGTACTTCATATGGGTTTTGTGGCATC
TTATAACTTGGTTGAGATCGGCAACCTGGAGATAAGAACGCATCACAATTTTGTGAATCA
GAGGTGATGAGGAGAATTCTAAATATACATTCAAGGAGATAAAACGAAGGTTATATAATT
TCATTTTACTTTACAACTTTGTCTTGCGTTTCAACCTGATTTCCTACGATTGCCCACGGT
CAGAACAGGAACTCCAATCAAGAAGCAGAGAAAGGAACCGAACCTGTGAGTTTGGAGGAA
GAAGAGAGTTTAA

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL5768Contig1 1105 2 2 U
GGTAGTCAAGCTAGTGACTCAAAACAAGCTCACTTGGGAGGAATTCCCATGGTTATCCTT
GTATATAAATTTGCAATTTCATTTCTTTATGTTTTCAATAAGTGTGGCAGAAGTTTAAGG
CCAGCTCAAAGCTCAAGCTCTAGACACCCATTACCACACTTCACTCTCCACTTGAGGTAT
CACTCCAACCCTTCTTTCTACATACCATTGCCTTTATCATATTTTCGGTATCTCCTTCTC
TCTTACTCACACAGAGACTGTGTGATTTAAGTTTGGGGGAGGTATCAAGTATTTGATCAT
GTTTGCTTTGTTGATTGTGAGTCTCATGCATTGCATTGTACATTCATATATGCATAGAAA
AACCATAAAAATTAAATTTTTTGAAAAGTGCATATAAAATCATGTAGTTGCACCACTTGC
ATTTTTAGGATTGAGTCTAGATCATATAGGTTGCATTCACTTGCATATGGAGAAGCTATT
GATACCTTGTAAAGAACACTTGTTTGCACTGAATTTGACACCCTAGTTAAGCATATCAAG
TAGCCTAAGCATCTCTTTAAAACCTTGCACGCTTCGAGCCTTGAAAACTCTTCTTGAAAC
TTGTATGCTTGCTTGCCATTGACATTGTTCTGAAAACCAGCTCCGAACTGAACTTAGGCT
TAAATGAACTTAATTTCTCTCACTTATGGGCATTTGCATACTTGATCATGGTTCCCATAC
ACATTTGGGTTATCTTTTTCCATTGTACCACTCTTTGTTAACCCAAATGGTACTCCCTCA
CCCTTGAACCCTTACCTTTCTTTGAAGCCAACATTGATTTGCATGAGTGAGGCCTTTTTT
GATAGCTTGTCATGTGCAAAATCTTGAGAGTATTGGAGGCGACATGGATTTGTTCTCATC
TCTTGCTAGCATAGGATCATGATTTGAGCTAGCTTCTAGGATGATGGTTGGGTTTATGTC
CTTTATAAGCTTGTATCTTGGGTTTGGGTAGTGAGAAAGTTGAGAAAGATGAACAAAAGA
GTGTAGATTGATAAGAAAAGCCTTAGGGACCTTAGAATAAAGAAAAAAAAAATCTCTAGA
TTGTGGTCTTTGACTCCTTCCCCCT


BQ
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AF RR1C991TF U 1
AF RR1C991JQ C 284
BS 1 653 RR1C991TF
BS 654 1105 RR1C991JQ

RD RR1C991TF 653 0 0
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GTATATAAATTTGCAATTTCATTTCTTTATGTTTTCAATAAGTGTGGCAGAAGTTTAAGG
CCAGCTCAAAGCTCAAGCTCTAGACACCCATTACCACACTTCACTCTCCACTTGAGGTAT
CACTCCAACCCTTCTTTCTACATACCATTGCCTTTATCATATTTTCGGTATCTCCTTCTC
TCTTACTCACACAGAGACTGTGTGATTTAAGTTTGGGGGAGGTATCAAGTATTTGATCAT
GTTTGCTTTGTTGATTGTGAGTCTCATGCATTGCATTGTACATTCATATATGCATAGAAA
AACCATAAAAATTAAATTTTTTGAAAAGTGCATATAAAATCATGTAGTTGCACCACTTGC
ATTTTTAGGATTGAGTCTAGATCATATAGGTTGCATTCACTTGCATATGGAGAAGCTATT
GATACCTTGTAAAGAACACTTGTTTGCACTGAATTTGACACCCTAGTTAAGCATATCAAG
TAGCCTAAGCATCTCTTTAAAACCTTGCACGCTTCGAGCCTTGAAAACTCTTCTTGAAAC
TTGTATGCTTGCTTGCCATTGACATTGTTCTGAAAACCAGCTCCGAACTGAAC

QA 1 653 1 653
DS 

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TCATATATGCATAGAAAAACCATAAAAATTAAATTTTTTGAAAAGTGCATATAAAATCAT
GTAGTTGCACCACTTGCATTTTTAGGATTGAGTCTAGATCATATAGGTTGCATTCACTTG
CATATGGAGAAGCTATTGATACCTTGTAAAGAACACTTGTTTGCACTGAATTTGACACCC
TAGTTAAGCATATCAAGTAGCCTAAGCATCTCTTTAAAACCTTGCACGCTTCGAGCCTTG
AAAACTCTTCTTGAAACTTGTATGCTTGCTTGCCATTGACATTGTTTTGAAAACCAGCTC
CGAACTGAACTTAGGCTTAAATGAACTTAATTTCTCTCACTTATGGGCATTTGCATACTT
GATCATGGTTCCCATACACATTTGGGTTATCTTTTTCCATTGTACCACTCTTTGTTAACC
CAAATGGTACTCCCTCACCCTTGAACCCTTACCTTTCTTTGAAGCCAACATTGATTTGCA
TGAGTGAGGCCTTTTTTGATAGCTTGTCATGTGCAAAATCTTGAGAGTATTGGAGGCGAC
ATGGATTTGTTCTCATCTCTTGCTAGCATAGGATCATGATTTGAGCTAGCTTCTAGGATG
ATGGTTGGGTTTATGTCCTTTATAAGCTTGTATCTTGGGTTTGGGTAGTGAGAAAGTTGA
GAAAGATGAACAAAAGAGTGTAGATTGATAAGAAAAGCCTTAGGGACCTTAGAATAAAGA
AAAAAAAAATCTCTAGATTGTGGTCTTTGACTCCTTCCCCCT

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

CO CL5769Contig1 711 2 2 U
ATGAGGATCCATGCGCACTCAAATAAAAGTAGCTTGCGTATTGGGTTATCCACGGTGTTA
GGTGCTCCATTGCACCCTCATGTGGAGGGTAGGATAATTTGGACTCTTTTGGAGCACTAT
ACCCCGAAAGATCCTATCCCTCCTCCTCTTCTTTCAGTCGAGACTTCCTCCTAGTGAGGT
GTTGCCTATCCAGGTATGGAAGTATTCAATGAATACACTCTGTACCATGGGTGGATGAAG
CTTTATCTGGAGTATCAAAGATGGAATTGTATGCTAAGGCTTAGTGCCAGTATAGAGCTT
GAAGTCTTTATGGATGTGCCGATCTTTATCCGTACATATTACCGACCTGCGAACATGGAT
GATTCGTTCAGGTACGGGATAATATTTAGGATGTACGATTTGGCTGTCCAGTTACAGTGG
GGCAATGTCATGAAATTGCTACCAGTAACTAAGACTCAAGTGGAGACAAAAAAAAAGCAC
TCAATTTGAATGTAAGTAGAACACGGGATGGAAGAGGAGGCCTGAACCAACAGGAATGAA
ACAGTATAGAATTCCCCTGGGCGAAGCAAGTCACCGATTAGTAACCTAAGAAAGAGTTGT
CAACGGGCGAGTGTCCTGCTATAAGGTAAACTCCTACTATTTCAGCTTCTTTTCCCGTGG
TCGAAAGCTAAATATCTCAAGATGAGATTTTCCAAACTCTCGACAAGCAGC


BQ
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AF RR1F650TF U 1
AF RR1F650JQ C 147
BS 1 512 RR1F650TF
BS 513 711 RR1F650JQ

RD RR1F650TF 512 0 0
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GGTGCTCCATTGCACCCTCATGTGGAGGGTAGGATAATTTGGACTCTTTTGGAGCACTAT
ACCCCGAAAGATCCTATCCCTCCTCCTCTTCTTTCAGTCGAGACTTCCTCCTAGTGAGGT
GTTGCCTATCCAGGTATGGAAGTATTCAATGAATACACTCTGTACCATGGGTGGATGAAG
CTTTATCTGGAGTATCAAAGATGGAATTGTATGCTAAGGCTTAGTGCCAGTATAGAGCTT
GAAGTCTTTATGGATGTGCCGATCTTTATCCGTACATATTACCGACCTGCGAACATGGAT
GATTCGTTCAGGTACGGGATAATATTTAGGATGTACGATTTGGCTGTCCAGTTACAGTGG
GGCAATGTCATGAAATTGCTACCAGTAACTAAGACTCAAGTGGAGACAAAAAAAAAGCAC
TCAATTTGAATGTAAGTAGAACACGGGATGGA

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1F650JQ 565 0 0
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CAATGAATACACTCTGTACCATGGGTGGATGAAGCTTTATCTGGAGTATCAAAGATGGAA
TTGTATGCTAAGGCTTAGTGCCAGTATAGAGCTTGAAGTCTTTATGGATGTGCCGATCTT
TATCCGTACATATTACCGACCTGCGAACATGGATGATTCGTTCAGGTACGGGATAATATT
TAGGATGTACGATTTGGCTGTCCAGTTACAGTGGGGCAATGTCATGAAATTGCTACCAGT
AACTAAGACTCAAGTGGAGACAAAAAAAAAGCACTCAATTTGAATGTAAGTAGAACACGG
GATGGAAGAGGAGGCCTGAACCAACAGGAATGAAACAGTATAGAATTCCCCTGGGCGAAG
CAAGTCACCGATTAGTAACCTAAGAAAGAGTTGTCAACGGGCGAGTGTCCTGCTATAAGG
TAAACTCCTACTATTTCAGCTTCTTTTCCCGTGGTCGAAAGCTAAATATCTCAAGATGAG
ATTTTCCAAACTCTCGACAAGCAGC

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL5770Contig1 1146 2 6 U
GGGATTGTAATAAAAGTTTTGAATCTGAAAAAAACTCATTCCGATACTCCAAACCAAAAG
GCTTCCATAGATTTCCGTTTGGTTCTATAGGGTTCTCCGACTGAATTTTGGTTGCGGGCG
AATTGGATTGGAAAATGGCGCAGGGTGTAGAAGAATGGTACAAACAGATGCCGATCATCA
CTCGCTCCTATCTCACGGCCGCTGTTGTCACCACCGTCGGATGTTCCCTCGATATAATAT
CACCGTATAGTCTCTACTTGAATCCGACCCTTGTGGTGAAGCAACACCAGTACTGGCGTC
TCTTTACCAACTTCTTGTATTTCAGGAAGATGGATTTGGACTTCATGTTCCATATGTTCT
TTCTCGCACGTTACTGCAAACTCCTTGAAGAAAACTCCTTCAGGGGAAAGACTGCTGATT
TCCTTTACATGCTCCTCTTTGGTGCTACTGTACTTACTGGTATTGTTCTCCTCGGCGGTA
TGATTCCCTACTTATCCGCATCCTTTGCTAAAATCATCTTCCTCAGCAACTCTTTAACTT
TCATGATGGTATATGTGTGGAGCAAACAGAATCCTTATATTCACATGAGTTTCCTTGGTC
TTTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGGTGCTTCTTGGGTTCTCTGTCCTTGTTG
GTGCCAGTCCTTGGGTGGATCTTCTGGGTATGATAGCAGGTCATGCTTACTACTTTCTGT
CCGAGGTGTATCCGCGAATGACTAATCGTCGTCCTTTAAAGACTCCAGCTTTCCTCAAAG
CCCTGTTTGCAGATGAACCAGTCGTGGTGGCACGGCCAGAGAACGTTAGGTTTGCCGCTG
CACCTTTCGATGAAATCCACCAAGACTGATCACTACAATTTCAAAACCGGAACACCGATT
TCGTTTGGTCAGATATAAAATGGTATGCAGTGGAAGAAGATAATAGCACAAAGCCTATTG
ACTATGACACGCTAGTTGTGAAGAAAGTGTTAGTCTCAAGTAGTCTGGTGTCTCTTGGTT
CCTTCTGGTTTCTCTCATCGTGTTGTGTATACAGATTTGCTTTCATTTTAGCGCTTATGT
TCTCTTTATTGACACACTCAAGTTGTACACGAACCTCCAGTTATGTCTAAAATGTTAATT
ATTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1D603TF U 1
AF RR1D603JQ C 406
BS 1 699 RR1D603TF
BS 700 700 RR1D603JQ
BS 701 725 RR1D603TF
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BS 727 753 RR1D603TF
BS 754 1146 RR1D603JQ

RD RR1D603TF 757 0 0
GGGATTGTAATAAAAGTTTTGAATCTGAAAAAAACTCATTCCGATACTCCAAACCAAAAG
GCTTCCATAGATTTCCGTTTGGTTCTATAGGGTTCTCCGACTGAATTTTGGTTGCGGGCG
AATTGGATTGGAAAATGGCGCAGGGTGTAGAAGAATGGTACAAACAGATGCCGATCATCA
CTCGCTCCTATCTCACGGCCGCTGTTGTCACCACCGTCGGATGTTCCCTCGATATAATAT
CACCGTATAGTCTCTACTTGAATCCGACCCTTGTGGTGAAGCAACACCAGTACTGGCGTC
TCTTTACCAACTTCTTGTATTTCAGGAAGATGGATTTGGACTTCATGTTCCATATGTTCT
TTCTCGCACGTTACTGCAAACTCCTTGAAGAAAACTCCTTCAGGGGAAAGACTGCTGATT
TCCTTTACATGCTCCTCTTTGGTGCTACTGTACTTACTGGTATTGTTCTCCTCGGCGGTA
TGATTCCCTACTTATCCGCATCCTTTGCTAAAATCATCTTCCTCAGCAACTCTTTAACTT
TCATGATGGTATATGTGTGGAGCAAACAGAATCCTTATATTCACATGAGTTTCCTTGGTC
TTTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGGTGCTTCTTGGGTTCTCTGTCCTTGTTG
GTGCCAGTCCTTGGGTGGATCTTCTGGGTATGATAGCAG*TCATGCTTACTACTTTCTGT
CCGAG*TGTATCCGCGAATGACTAATCGTCGTC
TTTA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1D603JQ 741 0 0
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TTCTCCTCGGCGGTATGATTCCCTACTTATCCGCATCCTTTGCTAAAATCATCTTCCTCA
GCAACTCTTTAACTTTCATGATGGTATATGTGTGGAGCAAACAGAATCCTTATATTCACA
TGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGGTGCTTCTTGGGT
TCTCTGTCCTTGTTGGTGCCAGTCCTTGGGTGGATCTTCTGGGTATGATAGCAGGTCATG
CTTACTACTTTCTGTCCGAGGTGTATCCGCGAATGACTAATCGTCGTCCTTTAAAGACTC
CAGCTTTCCTCAAAGCCCTGTTTGCAGATGAACCAGTCGTGGTGGCACGGCCAGAGAACG
TTAGGTTTGCCGCTGCACCTTTCGATGAAATCCACCAAGACTGATCACTACAATTTCAAA
ACCGGAACACCGATTTCGTTTGGTCAGATATAAAATGGTATGCAGTGGAAGAAGATAATA
GCACAAAGCCTATTGACTATGACACGCTAGTTGTGAAGAAAGTGTTAGTCTCAAGTAGTC
TGGTGTCTCTTGGTTCCTTCTGGTTTCTCTCATCGTGTTGTGTATACAGATTTGCTTTCA
TTTTAGCGCTTATGTTCTCTTTATTGACACACTCAAGTTGTACACGAACCTCCAGTTATG
TCTAAAATGTTAATTATTGTC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL5771Contig1 246 2 1 U
CGGGACTTGTGTGTAGTCGCATTATTTCCTGGAAAAGTGACTGAGGCCGCAGACAGCAGC
CCTTTCTAGCACTTCTGTGGTGGTCTATATGTGTAATAGTCATTTTATTCACTTTACTAT
AATGATAGTTGCATGAGAGATATAACTATATATCCTACGAAATTACATGAAAGATTATGG
AGTTGTTTACGAATATTCCACGTGAGTGTTTGTTGGGTTACGTAGCAATTGTAAAGTTGC
AAGATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1CB48JQ C 1
AF RR1CB48TF U 1
BS 1 246 RR1CB48TF

RD RR1CB48JQ 246 0 0
CGGGACTTGTGTGTAGTCGCATTATTTCCTGGAAAAGTGACTGAGGCCGCAGACAGCAGC
CCTTTCTAGCACTTCTGTGGTGGTCTATATGTGTAATAGTCATTTTATTCACTTTACTAT
AATGATAGTTGCATGAGAGATATAACTATATATCCTACGAAATTACATGAAAGATTATGG
AGTTGTTTACGAATATTCCACGTGAGTGTTTGTTGGGTTACGTAGCAATTGTAAAGTTGC
AAGATG

QA 1 246 1 246
DS 

RD RR1CB48TF 246 0 0
CGGGACTTGTGTGTAGTCGCATTATTTCCTGGAAAAGTGACTGAGGCCGCAGACAGCAGC
CCTTTCTAGCACTTCTGTGGTGGTCTATATGTGTAATAGTCATTTTATTCACTTTACTAT
AATGATAGTTGCATGAGAGATATAACTATATATCCTACGAAATTACATGAAAGATTATGG
AGTTGTTTACGAATATTCCACGTGAGTGTTTGTTGGGTTACGTAGCAATTGTAAAGTTGC
AAGATG

QA 1 246 1 246
DS 



AS 1 2

CO CL5772Contig1 263 2 1 U
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GTCTCTGAACATAGTAAACCAGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1G456JQ C 1
AF RR1G456TF U 1
BS 1 263 RR1G456TF

RD RR1G456JQ 263 0 0
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AAAGAAATTTTTTTTTTTTTTGATTAACCTGGGGGTATCTGACCTATGGAAGGGCCCAGA
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GTCTCTGAACATAGTAAACCAGT

QA 1 263 1 263
DS 

RD RR1G456TF 263 0 0
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AAAGAAATTTTTTTTTTTTTTGATTAACCTGGGGGTATCTGACCTATGGAAGGGCCCAGA
CTAATCCCCAAAGGGAGGTGCAGCCCACGACAACGAAAGAAAAATTACATGGAACTCAAG
GTCTCTGAACATAGTAAACCAGT

QA 1 263 1 263
DS 



AS 1 2

CO CL5773Contig1 1222 2 2 U
GCTCTTAGTGTGAAGCTCGTACAAGCTCTAAGTTCTGGATCAAAGAGTTCTTCTGTAATT
AACAACCAGGAGCTTAAGTTCGACGCTGTCAGCGCAACATACTTTTTGGACTCCTTTCCC
AAGAACTTTGATGTTGGAAAGTATACGTTTGTATTTGAGATTTTGTTAGATGAGTCAGCA
AATGAAAAAGCATACGTAACCGAAGCTCAAACAAAAGTGCCTGTAGCCGCCACAGGAGCT
ATCACCATTGAGGATGCAGAAATTGCTGTACTTGACAGTGAAGTTGGGAGCGTTGAATCC
CAGAAAAAGCTAGATTTAACTAAAGATGGAGCAGTATCATTATCAGCAAACCATCTCCAA
AAGCTGCGCCTGTCGCTCCAGTTAACTACTCCACTTGGCCATGTGTTTAAGCCACACCAG
GCATTTCTCAAGCTGAAACATGAGTCACAGGTCGAGCATATCTTTCTCGTGAAAACTTCT
GGAAAGAAGTCTGAATTAGTTCTAGATTTTCTTGGATTGGTAGAAAAGCTCTACTACCTT
TCTGGCAAATATGAGATCCAGTTAACTATTGGAGATGCTTCCATGGAAAACTCTTTATTG
AGTAATATTGGCCACATCGATCTAGACCTACCACAACGTCCGGAGAAGGCGGCTAGTCCT
CCTCTACAGCCTACTGATCCTTACTCAAGATATGGGCCAAAGGCTGAGATATCACACATC
TTCAGGGTTCCAGAAAAGCTTCCAGCGAAGCAGCTTTCACTAATTTTCTTGGATCTTATA
GTTCTTCCATTCATCGGCTTCTTGATTGGGCTTACGCGGTTGGGAGTGAACATAAAGAGC
TTCCCATCATCGGTTGGAGCTGCAACATCCGCTTTACTTTTCCATGGTGGCATTGGAGCT
GTTCTGCTTCTCTATGTGCTCTTCTGGGTGAAGTTGGATCTGTTCACGACTCTAAAGGCA
CTGTCATTGTTGGGAGTATTTCTGTTGTTCGTTGGACACAGAACACTGTCTCACCTCGCA
GCAGCATCGAACAAGCTGAAATCTGCTTGAAGAATATATATTGTCAGTATGATGGATCTT
CTATGGGTTCCTGTGTCTCTGTGGAGCAGTTTCGTATCTCAGTTTTGTAGCAGTAACTTA
TATAGATTATGGTAATAAGACAATTCCAAAAGATTACAGAGTTTCAGTTTAGTCTTAAGA
GTTACCAAGAAGAGTTGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV83TF U 1
AF RR1EV83JQ C 485
BS 1 670 RR1EV83TF
BS 671 1222 RR1EV83JQ

RD RR1EV83TF 670 0 0
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AACAACCAGGAGCTTAAGTTCGACGCTGTCAGCGCAACATACTTTTTGGACTCCTTTCCC
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AATGAAAAAGCATACGTAACCGAAGCTCAAACAAAAGTGCCTGTAGCCGCCACAGGAGCT
ATCACCATTGAGGATGCAGAAATTGCTGTACTTGACAGTGAAGTTGGGAGCGTTGAATCC
CAGAAAAAGCTAGATTTAACTAAAGATGGAGCAGTATCATTATCAGCAAACCATCTCCAA
AAGCTGCGCCTGTCGCTCCAGTTAACTACTCCACTTGGCCATGTGTTTAAGCCACACCAG
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GGAAAGAAGTCTGAATTAGTTCTAGATTTTCTTGGATTGGTAGAAAAGCTCTACTACCTT
TCTGGCAAATATGAGATCCAGTTAACTATTGGAGATGCTTCCATGGAAAACTCTTTATTG
AGTAATATTGGCCACATCGATCTAGACCTACCACAACGTCCGGAGAAGGCGGCTAGTCCT
CCTCTACAGC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1EV83JQ 738 0 0
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GCAAATATGAGATCCAGTTAACTATTGGAGATGCTTCCATGGAAAACTCTTTATTGAGTA
ATATTGGCCACATCGATCTAGACCTACCACAACGTCCGGAGAAGGCGGCTAGTCCTCCTC
TACAGCCTACTGATCCTTACTCAAGATATGGGCCAAAGGCTGAGATATCACACATCTTCA
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TTCCATTCATCGGCTTCTTGATTGGGCTTACGCGGTTGGGAGTGAACATAAAGAGCTTCC
CATCATCGGTTGGAGCTGCAACATCCGCTTTACTTTTCCATGGTGGCATTGGAGCTGTTC
TGCTTCTCTATGTGCTCTTCTGGGTGAAGTTGGATCTGTTCACGACTCTAAAGGCACTGT
CATTGTTGGGAGTATTTCTGTTGTTCGTTGGACACAGAACACTGTCTCACCTCGCAGCAG
CATCGAACAAGCTGAAATCTGCTTGAAGAATATATATTGTCAGTATGATGGATCTTCTAT
GGGTTCCTGTGTCTCTGTGGAGCAGTTTCGTATCTCAGTTTTGTAGCAGTAACTTATATA
GATTATGGTAATAAGACAATTCCAAAAGATTACAGAGTTTCAGTTTAGTCTTAAGAGTTA
CCAAGAAGAGTTGCTTCC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL5774Contig1 1095 2 8 U
GGACACTTCTCACTCTATCTCTCTATCTCAAAGTCCACTTGCTTTGTCTGTCCACTTCAT
AAACTACTAGGTCCGTTTCCACATAGTTGTACGATCGATCATGGTAGTAGCGGAAACAGC
CGAGGCCACGATGGTTTTCACCACGGAGGGACCTCGCATTTCCTTCTCCGCCGATCTGTC
GTCATCAGACAGCGAGGGAGACTACATCTGCATCAACCCGGACAATCTGCTTCCACAAGA
CAGAAGCTCGGTGAAAGTCACCGGAGACTTTGAGTTTCTGTCGAACACCCAAACGATGCT
CACCGCCGCAGACGAGCTGTTCTCCGAAGGGAAGCTGCTTCCTTTCTGGCAGGTCAAACA
CTCTGAGAAGCTTCAAAACGTTACCTTGAAAACAAAAGTCGTCGACGTCGAAGAAGAGGT
AGAAGAAGAAGATCGTAAAGTGGTTAAAGAAGAGACTGTTCACAACAACAACAGCACCAA
GGAGCAGGAGAGTAATAATAACAATAACAGAGGAAGCTGGTTTCTTGACGATGATCCTTC
TCCTCGTCCACCAAACTGCACTGTTCTTTGGAAAGAGCTTTTGCGGCTGAAGAAACAGAG
GACCACTAAGACTACGACCACGGTTTCTTCGACTAAGGCATCTACTCTCTCGCCGTCTTC
ATCTTCGAGCTCGACTTCGTCTTCCTCGAGCTCCATCGGGGATGCTGTGAAGGAGGAGAG
CGAGAAGAAAGGGAAGAAAGGGTTAGAGAGGACGAGATCTGTGACTATGAGGATAAGACC
CTTGATTCATGTCCCTGTTTGTACTCCCTCTAAGCCTCCTCTGTTTCCTCTAAGGCTTCA
GAGAAACAGAGCAGAGAAACGAACTTGATGAATAGTTGTGATGAACATTGTTTTTTTTTA
AATCTATTTGTCTTTGTATTATCAACCTTTCTTTTTGGTTAGGTTTTGTGATTAGATCAA
TGGATTTTGTGTTTTCTAGTTGAGCTTTTGTGATTGAGATCTGAGGTGTGACAGTGTATA
AATGTGAAGACATTTTCATACCCAGCACAATAAGAGATTCATCATTGAATACAATACACC
CATTTTTATGCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO51TF U 1
AF RR1BO51JQ C 336
BS 1 590 RR1BO51TF
BS 591 591 RR1BO51JQ
BS 592 637 RR1BO51TF
BS 638 638 RR1BO51JQ
BS 639 693 RR1BO51TF
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BS 695 707 RR1BO51TF
BS 708 1095 RR1BO51JQ

RD RR1BO51TF 707 0 0
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AAACTACTAGGTCCGTTTCCACATAGTTGTACGATCGATCATGGTAGTAGCGGAAACAGC
CGAGGCCACGATGGTTTTCACCACGGAGGGACCTCGCATTTCCTTCTCCGCCGATCTGTC
GTCATCAGACAGCGAGGGAGACTACATCTGCATCAACCCGGACAATCTGCTTCCACAAGA
CAGAAGCTCGGTGAAAGTCACCGGAGACTTTGAGTTTCTGTCGAACACCCAAACGATGCT
CACCGCCGCAGACGAGCTGTTCTCCGAAGGGAAGCTGCTTCCTTTCTGGCAGGTCAAACA
CTCTGAGAAGCTTCAAAACGTTACCTTGAAAACAAAAGTCGTCGACGTCGAAGAAGAGGT
AGAAGAAGAAGATCGTAAAGTGGTTAAAGAAGAGACTGTTCACAACAACAACAGCACCAA
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TCCTCGTCCACCAAACTGCACTGTTCTTTGGAAAGAGCTTTTGCGGCTGA*GAAACAGAG
GACCACTAAGACTACGACCACGGTTTCTTCGACTAAG*CATCTACTCTCTCGCCGTCTTC
ATCTTCGAGCTCGACTTCGTCTTCCTCGAGCTC*ATCGGGGATGCTG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1BO51JQ 760 0 0
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AAGTCGTCGACGTCGAAGAAGAGGTAGAAGAAGAAGATCGTAAAGTGGTTAAAGAAGAGA
CTGTTCACAACAACAACAGCACCAAGGAGCAGGAGAGTAATAATAACAATAACAGAGGAA
GCTGGTTTCTTGACGATGATCCTTCTCCTCGTCCACCAAACTGCACTGTTCTTTGGAAAG
AGCTTTTGCGGCTGAAGAAACAGAGGACCACTAAGACTACGACCACGGTTTTTTCGACTA
AGGCATCTACTCTCTCGCCGTCTTCATCTTCGAGCTCGACTTCGTTTTTTTCGAGCTCCA
TCGGGGATGCTGTGAAGGAGGAGAGCGAGAAGAAAGGGAAGAAAGGGTTAGAGAGGACGA
GATCTGTGACTATGAGGATAAGACCCTTGATTCATGTCCCTGTTTGTACTCCCTCTAAGC
CTCCTCTGTTTCCTCTAAGGCTTCAGAGAAACAGAGCAGAGAAACGAACTTGATGAATAG
TTGTGATGAACATTGTTTTTTTTTAAATCTATTTGTCTTTGTATTATCAACCTTTCTTTT
TGGTTAGGTTTTGTGATTAGATCAATGGATTTTGTGTTTTCTAGTTGAGCTTTTGTGATT
GAGATCTGAGGTGTGACAGTGTATAAATGTGAAGACATTTTCATACCCAGCACAATAAGA
GATTCATCATTGAATACAATACACCCATTTTTATGCTTTT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5776Contig1 920 2 2 U
TGGGGAGTCTTTAGTAGTAGTGAAAGAGAATGTTAGAGATTGTAAACTTGTCGCCGTCTC
TGAGATCTTTAAAACCAAAGGTCTCACCTTTGGTTCCTCCTCTTCCTCGGCAAGTCTCGA
GCTCGTCGCCGAAGAGATTAAAGTTTCTATCTTTTCCCGGGAAAATCAGTTTGGCAACGG
GAAGAATCCGAGCAATCGACGCCGAGGAGAAGCTGCAAGAGGTAGATGATGATGACTCGC
CGGTCTCGATCGAGCTAGGTCCGATAAGTAGCGAGAGCCACTTCGATGAGGTGATGGAGG
AAGCTCAGAAGCTCGGCGAATCTGTTGTGATCGTCTGGATGGCAGCTTGGTGCAGGAAAT
GTATTTACTTGAGGCCCAAACTCGAAAAGCTCGCTGCTGAGTTCTACCCAAGACTGAGGT
TTTATCATGTTGATGTCAACGCTGTGCCATACAGACTCGTGTCTCGTGCAGGAGTTACGG
TAAGTAAAGCCTCTAATTGTATGAAATGAACCTTCCTATTTATTGTTGATATAAACAACA
AACTGAAATGAAATTTTTTTGTTTGGAACAACTTCGCAGAAAATGCCAACGATACAGGTG
ATTTTAAATCTGTTTCCCCACCCATGTCTTATATTTTGGGTATTGAACTCTTTCTGATTT
ATGTTTCGTGTTCACTCTGCAGCTATGGAGAGATGACCAGAAACAAGCAGAAGTCATCGG
TGGTCACAAAGCGCATTTTGTGGTTAACGAAGTGCGAGAGATGATAGAGAACGATTCAAT
CACTTGAAAAGTTAACGGGATACTCTGCTCTCTTTTTCTCCCCCTCTGATTGTTCTTAGT
TTTTGGTAGTCCTCCTGGTTTTGAAAGACAACGATTGTAGTAGATTAGTAGGATATTGCA
ATATCAAACGCTCTTTTGGC


BQ
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AF RR1GA68TF U 1
AF RR1GA68JQ C 342
BS 1 711 RR1GA68TF
BS 712 920 RR1GA68JQ

RD RR1GA68TF 711 0 0
TGGGGAGTCTTTAGTAGTAGTGAAAGAGAATGTTAGAGATTGTAAACTTGTCGCCGTCTC
TGAGATCTTTAAAACCAAAGGTCTCACCTTTGGTTCCTCCTCTTCCTCGGCAAGTCTCGA
GCTCGTCGCCGAAGAGATTAAAGTTTCTATCTTTTCCCGGGAAAATCAGTTTGGCAACGG
GAAGAATCCGAGCAATCGACGCCGAGGAGAAGCTGCAAGAGGTAGATGATGATGACTCGC
CGGTCTCGATCGAGCTAGGTCCGATAAGTAGCGAGAGCCACTTCGATGAGGTGATGGAGG
AAGCTCAGAAGCTCGGCGAATCTGTTGTGATCGTCTGGATGGCAGCTTGGTGCAGGAAAT
GTATTTACTTGAGGCCCAAACTCGAAAAGCTCGCTGCTGAGTTCTACCCAAGACTGAGGT
TTTATCATGTTGATGTCAACGCTGTGCCATACAGACTCGTGTCTCGTGCAGGAGTTACGG
TAAGTAAAGCCTCTAATTGTATGAAATGAACCTTCCTATTTATTGTTGATATAAACAACA
AACTGAAATGAAATTTTTTTGTTTGGAACAACTTCGCAGAAAATGCCAACGATACAGGTG
ATTTTAAATCTGTTTCCCCACCCATGTCTTATATTTTGGGTATTGAACTCTTTCTGATTT
ATGTTTCGTGTTCACTCTGCAGCTATGGAGAGATGACCAGAAACAAGCAGA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1GA68JQ 579 0 0
GCAGCTTGGTGCAGGAAATGTATTTACTTGAGGCCCAAACTCGAAAAGCTCGCTGCTGAG
TTCTACCCAAGACTGAGGTTTTATCATGTTGATGTCAACGCTGTGCCATACAGACTCGTG
TTTCGTGCAGGAGTTACGGTAAGTAAAGCCTCTAATTGTATGAAATGAACCTTCCTATTT
ATTGTTGATATAAACAACAAACTGAAATGAAATTTTTTTGTTTGGAACAACTTCGCAGAA
AATGCCAACGATACAGGTGATTTTAAATCTGTTTCCCCACCCATGTCTTATATTTTGGGT
ATTGAACTCTTTCTGATTTATGTTTCGTGTTCACTCTGCAGCTATGGAGAGATGACCAGA
AACAAGCAGAAGTCATCGGTGGTCACAAAGCGCATTTTGTGGTTAACGAAGTGCGAGAGA
TGATAGAGAACGATTCAATCACTTGAAAAGTTAACGGGATACTCTGCTCTCTTTTTCTCC
CCCTCTGATTGTTCTTAGTTTTTGGTAGTCCTCCTGGTTTTGAAAGACAACGATTGTAGT
AGATTAGTAGGATATTGCAATATCAAACGCTCTTTTGGC

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 2

CO CL5777Contig1 1319 2 2 U
GGGTTTGTGTTCAGCGTATCCTTTCGATCGGCGGTGACGATTGTGATTCCTCTGTCTTTA
ATTTACAAATACATGAACCCCAATTTAATTCTTCGTACTCATCACCAGTTTCATCCACCT
TTCAGACTCTGGCGTGAGGCGTTTTGCTCCTCGCCTTCGGATCATCTTTCTCTATGTAGT
GAGCGAGTTCCCATCAGAAGCAGGAGATTCCAAGTCTCTGCTGCTAGCTCTGCTAATGGC
GCTCCGCCCAAGAGTTTTTATTACGATCTGATCATCATCGGAGCTGGTGTTGGCGGCCAC
GGAGCTGTTTACACGCCGTTGAAAAGGGACTTAAGACTGCCATCATTGAAGGAGATGCTG
TTGGAGCGAATTGCGTTAACAGAGGCTGTGTGTGCCTTCCAAAGCTTACTTGCATTAATC
TTTGCGGTCCTCACAAAATGTTTTCGACCGACTCCTATCTTAAGAAAGAAGGTGAATTCA
TGGGATCTTCCTACTGCTTCTTTATGAAAAGCTGCTGGATCCAACTAACATTGAATTAGG
GAGGATCTACCACCTTACAGTTTTCAGTATTTCTCTCTGCGATCTCTTTGTAATTTCACA
TAAGATTGCTAGATATAGAGTTTCTAGCAATCAGATGATATCTTAATTTCTCTCCAGTTA
GTTGGCAGAGAAGCAAGCCAAATTAATAGTCAATTTTTTTATTATTTGTGTTGCTCTGAC
CCATATATTGAAACATCTATGTATGACATGCACACACTGCCATCCACCAATCTAGCAGGA
ACTGTTTTCATGTAGTGAAGGTTGTGAAAGTGCAGTTAAGAGATGTGGTGGTTGCCTTCG
GGTGCAGGGAAATATGGAGTGCCATTTCTCTTCATAATATCATTTGTAGTTCTCGGTTTA
TTTACGGTTATGGTTATAATAAGATATTGGTTGCAACCATGGTTGATAAACAATCTTTGC
ATCACCATGACCATATTATAGCTAAAAGAATGTTAACAAAGGATTTCCCTGGAAGATGAT
GGGATTTGCATGGTCACCACGGACTTCACCGTCTGAGCATGTCTACCATCTGAAGACGCT
TAGCCTTTGGAAATTTTATGAATTGTCATAGATGTTTCAACTGCTCACAGGGAAATCCAT
CTGACCGAGTGGTGAGAAAGAACTCAAGATTTAAAACTTATGTAGACATTTTTTAGGGAT
TCTTTTTGTTTGCAAAGAAATACTCGAACGTTAGATTCAGACCTCTCCCGTTGACGAATT
GAACATTTGAGAGGATGTTTAATTCTAACATTTTTATAGCCAAATACTAAATATCCACC


BQ
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GTTGGCAGAGAAGCAAGCCAAATTAATAGTCAATTTTTTTATTATTTGTGTTGCTCTGAC
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QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

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CCGCCTCTTCCGCCTCCTCCTCCTCAGTATCCGCCGCCGCCGCGGCGTCAGAGAAACGCG
AGAGCAGCTTCTCCGTCGTCTATGGTGGTGCTCAATCGCTGGGTGAGAGAGGAAGGTACG
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AACTGCGGATGTCACGTCATCTTCGTCTTCTTTATGGATCAACTTCTTGCATATCTTCTG
AT

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DS 

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GTTTTGTGCGTGATATCGTTTTCGATCGTGGCGGCTGATAAAACTAGAGGATGGAGCGGT
GACTCATATGATCGCTACAAAGAGTACAGGTATTGTTTGTTTGTGAACGTTATAGCATTC
GTTTACTCTGCATTTGAAGTTTGTGTCGCTGCTTGCTACATCGCGAAAGAGACTTACATG
TTAAACTGCGGATGTCACGTCATCTTCGTCTTCTTTATGGATCAACTTCTTGCATATCTT
CTGATGTCGGCTTCCTCATGTGCTGCTACTCGAGTCGATGATTGGATATCTAATTGGGGT
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GCGTTTGCGGTCAGCGCTTTGATTTCTTCTTACAGGCTCTTCACTCATGCTCCCTCTTAG
TTATAATCAGCTTTTGTGCTGTCTGAGACCAGATATGACTCTCGTCTTCGTACAGTCTCT
CTTATAGCTTAGGAAACCAGCATGGTAATGGTTCTTGCTACTCTTTGTGTGTAGAAGTAT
ATATATTTTTAAATAAGGCAAGCAATCAAATGACTGAGGTTGTGTATCAAGTCTTGACTT
ATTTTATTTAATAACTAACTATTATTAAACC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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CTTCTTCTTCTCCTCATCCATCCTCCTCCATGGATCTCCTCTTCGACTTCTCGATCCGTA
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CTATGCTAGATTTGTGGAAATGATAGAATGCACTATCAGATGTTTATATAACAACAACAA
ATAATGTGATATGTAACTCCTTAATATAAATAACTCACAATAGTTTTATTTTCCG


BQ
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AF RR1GY08TF U 1
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AGTTTCTCATCAAGCCAACATAACTCCTTGTTTATTTTCTTTTCCTCTAGGACTTCCACT
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TAAGGAGGAGGAGTTCTGAGAGCGGAGCTTGAAGACGACAACAGAGATTTTGATGAAGAT
GATGTCGTTGTGGTGGTTGGATTAGGTCTGCTTGAACTCAAGAAATTGCTGATACTGCTT
CTTCTTCTTCTCCTCATCCATCCTCCTCCATGGATCTCCTCTTCGACTTCTCGATCCGTA
GGCTTTGACTTTGTTTTGCTCTTCTTAGAACCCGCTTGATGAAACAAAGAGTTCAAGAAG
CTGACGATTTTCCCACCCG*TGAGCTTGGTTGCTTGTGTCTCACGTTACCAGTCCTCTCT
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DS 

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CGATCCGTAGGCTTTGACTTTGTTTTGCTCTTCTTAGAACCCGCTTGATGAAACAAAGAG
TTCAAGAAGCTGACGATTTTCCCACCCGGTGAGCTTGGTTGCTTGTGTCTCACGTTACCA
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ATTGGCAAATCCAAGCTTATTCTTCTCCCTCCTCCTAAGATTCCCCATCTCCTTCGATTC
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TCGTTGCGCTTGTGGAAAGATATTCTCTTTGAGATCTTATCTGGTTCTACTGATGAGATC
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TCCG

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

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CTTTTTAATCTCTCTCATGAAACAAAGTCAGATTTTTGGGCAAGGGTTTACGAAGGGTTT
AAGCAAGTGATTCCATGGAGGCGTAAGCAAGAGAATCTACAAAGGACGAATTCTTCCACT
ATTTAAATCGAATCTCTATTCAATTTCTTCTAACTTTATGTATAGACTATAGTTGATATA
CTAATTAACTAGTCTTCTCTTGTGTATACTTTATTTATATATAATATGGCAATGAAACAA
CTTGTATTTATAGTTTAGAACTAATATCTAGGGATTTCGATTTTTATTACATGTATATGA
TACTTTTATTGGATAGAAATTGGGGCTCATATAC


BQ
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AF RR1FU62TF U 1
AF RR1FU62JQ C 339
BS 1 665 RR1FU62TF
BS 666 994 RR1FU62JQ

RD RR1FU62TF 665 0 0
GGAACCCATTTTATATAACGTCAAAAACATTATTGGGTTTCATTACAAGAACACAAAGAT
ATGAGAGTTACTAAAGATCAAGATCGGTTCTGTTCGACGCCTAAGCTTCTTATGTTTCCA
TATCCAATGAACAGACCATATGAAACGCCGGGATTAGCTACACCGCCCGTTAACATAGCC
GGTTCTGTTCCTTTTCTATGGGAAGAAGCTCCCGGAAAGCCTCGTTCCTCCGTTAGAAAA
CTGCCGAGAAGGAACCAGACCGGAGAAAACAGAGGAGCTACGAGATGCTTGGACCTTCCT
CCTAGGCTTGTTTTGCCCGGAGAAGCTTGTAAATCGTCCACGCCGAACGAGCCTTCTCCT
ACCACTGTTCTCGACGGTCCGAACGATTTACGTCGCCGTTCACTGCCGCTTCCCAGATCG
GCGGCTGTGATCAGGAAGTTGAGAGGTGTTCCCGCGCCGGGGGAAAAGAGACCGTTTGGG
TCAAGTAGATGGGGAAGTTTCGGGAATTGCAAAGAGGTGTCTGAGGGTGTATATGACTTT
TCACGTTTTAGAGACGGTGGCTGCGATTGCCGGAAGGATTGGGCTGGAGTAGGATATGAC
TTCGCCGGTGACGGCGGTACAAAATTAAAACTTTTCAGAAGACTTCAAAGAAAAGGAAAC
CTTTT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1FU62JQ 656 0 0
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TTCACTGCCGCTTCCCAGATCGGCGGCTGTGATCAGGAAGTTGAGAGGTGTTCCCGCGCC
GGGGGAAAAGAGACCGTTTGGGTCAAGTAGATGGGGAAGTTTCGGGAATTGCAAAGAGGT
GTCTGAGGGTGTATATGACTTTTCACGTTTTAGAGACGGTGGCTGCGATTGCCGGAAGGA
TTGGGCTGGAGTAGGATATGACTTCGCCGGTGACGGCGGTACAAAATTAAAACTTTTCAG
AAGACTTCAAAGAAAAGGAAACCTTTTTAATCTCTCTCATGAAACAAAGTCAGATTTTTG
GGCAAGGGTTTACGAAGGGTTTAAGCAAGTGATTCCATGGAGGCGTAAGCAAGAGAATCT
ACAAAGGACGAATTCTTCCACTATTTAAATCGAATCTCTATTCAATTTCTTCTAACTTTA
TGTATAGACTATAGTTGATATACTAATTAACTAGTCTTCTCTTGTGTATACTTTATTTAT
ATATAATATGGCAATGAAACAACTTGTATTTATAGTTTAGAACTAATATCTAGGGATTTC
GATTTTTATTACATGTATATGATACTTTTATTGGATAGAAATTGGGGCTCATATAC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL5781Contig1 796 2 2 U
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CGTTTGGATTAGTGGGAGACACTTTTTTTAGGGTTTTTGGTTAGGGGTGGAAGAACAATG
TCCTCTTTTTCGGTAATTACACCAGAAGACGTGCTCGAATCTCTTATGAACGATGGCACC
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ACTAGACGAGAACTCTTTGATGCTCTTCGCCAAGAACTCGAAGGGCCAGTGCTAGAGAAA
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GAAACAGTAGAACGCGTCTTTTGTCGTCTGAGCGGGCGAGAACCGCCCTTGTTTTCATCA
TCAAACGTGGAAAACCAGATGGTGATAGAGAAAGAGATGGAAACAAAGGAGGACAATAGC
TCAAATACGGAAGCCAAGAAAAGAAGTCTTAGCGAGGTGAATCACTCCGAAGTTACAATG
AGGAAGAAGAAGCAACAAGGGGATTCCTCCAATGATCATGTAACGCCATGAGCCTGGTTA
TGAGACATTCATCATGTAACGTTCTGTTCATGTTTTTTATTTGTGAAATATCTCTTCCCA
GCAATATCTCATGTAATTTATGTTTGCATAAAACATTGGACCGAATTAGTAATTACCATC
ACGTCACATTTCTGCC


BQ
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AF RR1EV23TF U 1
AF RR1EV23JQ C 327
BS 1 669 RR1EV23TF
BS 670 796 RR1EV23JQ

RD RR1EV23TF 669 0 0
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TCCTCTTTTTCGGTAATTACACCAGAAGACGTGCTCGAATCTCTTATGAACGATGGCACC
ATCGATGCCCTTCGACTAAAGATCATCAATCAACTCAAAGCCAATGAAGAGTTGAAGAGC
ACAACCATTAAGATGGCGGAGGAGAGCAAAGTTCTTAACACACCTGGTGCTGAGAAACAG
ACTAGACGAGAACTCTTTGATGCTCTTCGCCAAGAACTCGAAGGGCCAGTGCTAGAGAAA
GCATCAAAATCGGTTTGGGAATTGATTCTTGAGAAAGACGGGTTAGGGAAAGAGATAAAT
GAAACAGTAGAACGCGTCTTTTGTCGTCTGAGCGGGCGAGAACCGCCCTTGTTTTCATCA
TCAAACGTGGAAAACCAGATGGTGATAGAGAAAGAGATGGAAACAAAGGAGGACAATAGC
TCAAATACGGAAGCCAAGAAAAGAAGTCTTAGCGAGGTGAATCACTCCGAAGTTACAATG
AGGAAGAAGAAGCAACAAGGGGATTCCTCCAATGATCATGTAACGCCATGAGCCTGGTTA
TGAGACATT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1EV23JQ 470 0 0
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TCTTGAGAAAGACGGGTTAGGGAAAGAGATAAATGAAACAGTAGAACGCGTCTTTTGTCG
TCTGAGCGGGCGAGAACCGCCCTTGTTTTCATCATCAAACGTGGAAAACCAGATGGTGAT
AGAGAAAGAGATGGAAACAAAGGAGGACAATAGCTCAAATACGGAAGCCAAGAAAAGAAG
TCTTAGCGAGGTGAATCACTCCGAAGTTACAATGAGGAAGAAGAAGCAACAAGGGGATTC
CTCCAATGATCATGTAACGCCATGAGCCTGGTTATGAGACATTCATCATGTAACGTTCTG
TTCATGTTTTTTATTTGTGAAATATCTCTTCCCAGCAATATCTCATGTAATTTATGTTTG
CATAAAACATTGGACCGAATTAGTAATTACCATCACGTCACATTTCTGCC

QA 1 470 1 470
DS 



AS 1 2

CO CL5782Contig1 671 2 3 U
TTTTTTTACTGTGAGTATGATTATTATAAAGATTTTACACAGAGAAGAAGAGTAGCGTAT
GATTTGTGCTAAACAGCTAAACAATCCTTTGCGTAAATTTAAGGGCTGAGGAAGACAATA
AATGGAAACATTGGGTTTATTCATGAAGAAGATGAATAAGAAAGAATAGGTATGAAGGGG
AAGAGATCCCGACTCAAGGGTATGTTTTCAGGACATTGGCATCGGTTTGTTCTCTAAAAA
CGCTCTGAAAATAATAAAGGCTTGACGAGGACGATGTAGAGGCACTTCATGACTAGCTCC
TGTCACTGTTACTAACGTAAGCCCTTTGTACACTTGACTCCATCCACCAACAAGTAGCGA
AGTTCTCATACAGGCTCGATCACATCTTCCATTTACAGGGCATGAGACACCAAAGTCTCA
ACAAAATGTTTCCTCATGACTGATTCGTCTGGATAGGAAATCCCTTTAGACGAAATCGAA
CGAGCTTGAGCGAAGGAGCTTTGACGAAGACAGATGGTGGATGAATTGATCTTCGTGCTC
GTGATGGTGTACGAATATAATCAGATCCACGTAGATCCTGAAGAGCTCAGAGAAATATCA
TCGTCATGGTCATCTGAGAAGACGAGAAATCGAGTTTTGAGAAGATGAGAAAACAACGCC
TTTTACCATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR25JQ U 8
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BS 8 371 RR1DR25JQ
BS 372 671 RR1DR25TF

RD RR1DR25JQ 364 0 0
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ACATTGGGTTTATTCATGAAGAAGATGAATAAGAAAGAATAGGTATGAAGGGGAAGAGAT
CCCGACTCAAGGGTATGTTTTCAGGACATTGGCATCGGTTTGTTCTCTAAAAACGCTCTG
AAAATAATAAAGGCTTGACGAGGACGATGTAGAGGCACTTCATGACTAGCTCCTGTCACT
GTTACTAACGTAAGCCCTTTGTACACTTGACTCCATCCACCAACAAGTAGCGAAGTTCTC
ATAC

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR1DR25TF 671 0 0
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GATTTGTGCTAAACAGCTAAACAATCCTTTGCGTAAATTTAAGGGCTGAGGAAGACAATA
AATGGAAACATTGGGTTTATTCATGAAGAAGATGAATAAGAAAGAATAGGTATGAAGGGG
AAGAGATCCCGACTCAAGGGTATGTTTTCAGGACATTGGCATCGGTTTGTTCTCTAAAAA
CGCTCTGAAAATAATAAAGGCTTGACGAGGACGATGTAGAGGCACTTCATGACTAGCTCC
TGTCACTGTTACTAACGTAAGCCCTTTGTACACTTGACTCCATCCACCAACAAGTAGCGA
AGTTCTCATACAGGCTCGATCACATCTTCCATTTACAGGGCATGAGACACCAAAGTCTCA
ACAAAATGTTTCCTCATGACTGATTCGTCTGGATAGGAAATCCCTTTAGACGAAATCGAA
CGAGCTTGAGCGAAGGAGCTTTGACGAAGACAGATGGTGGATGAATTGATCTTCGTGCTC
GTGATGGTGTACGAATATAATCAGATCCACGTAGATCCTGAAGAGCTCAGAGAAATATCA
TCGTCATGGTCATCTGAGAAGACGAGAAATCGAGTTTTGAGAAGATGAGAAAACAACGCC
TTTTACCATCC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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AAGAGCTTCTTGTTCAGTATCTCTGTCGGAAAGTTGCAGGCTATCATTTCTCTCTCCAGA
TCATCGGAGATATCGATCTCTACAAGTTCGATCCTTGGGATTTGCCAAGTAAAGCTTTGT
TTGGGGAGAAAGAATGGTACTTCTTTAGCCCGAGAGACCGGAAATATCCAAACGGGTCAA
GACCAATCGAGTAGCCGGGTCTGGTTATTGGAAAGCAACGGGTACTGACAAAGTCATCAC
GTCGGATGGTCACCGTGTCGGGATTAAAAAAGCTCTGGTTTTCTACGCCGGAAAAGCTCC
AAAAGGCACGATAACGAACTGGATCATGCACGAGTATCGACTCATCGAGCATTCTCGTAG
CCATGGAAGCTCCAAGTTGGATGATTGGGTGTTATGCCGAATCTACTACAAGAAGATGTC
GGGATCTCATCAGAGACAAGCTGTTGTTGCTCCAGTACAAGCTTGTCTCGAAGATCAGAG
CACGAACGGGTCGCCGTCGTCTTCTTCGTCTCAGCTCGACGACGTTCTTGATTCGTTTCC
TGAGATGAAAGATGTGTCTTTTAATCTTCCTCGGATGAATTCACTCAGGACGATTCTCAA
CGGTAATTTCGATTGGGCTAGCTTAGCAAGTCTTAACCACGTACCGGAGCTAGCTCCGAC
GACCAACGGATTATCGAATTACGGCAGTTACCACGCGTTCCGAGCGGCGGAAGGTGAGGT
GGAGAGCGGGTGTAGTAATGTTCAGCAGAACTCGAGCGAGTTGACTCAGAGTTTCGGGTA
CAGTTCGAGCCGGTTCGGACTTTCGGGCCAAATATACGAGTTTAGGTAATAAAAGAGATT
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GAGGTCGCACGAGAAAGTACTCACTGTTTTAAGTTTTAACTATACAGTACTTGTTATCCG
ATTTGCTCCATCTAAATATTATAAATTTTGTCCG


BQ
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AF RR1FE13TF U 1
AF RR1FE13JQ C 407
BS 1 708 RR1FE13TF
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TCATCGGAGATATCGATCTCTACAAGTTCGATCCTTGGGATTTGCCAAGTAAAGCTTTGT
TTGGGGAGAAAGAATGGTACTTCTTTAGCCCGAGAGACCGGAAATATCCAAACGGGTCAA
GACCAATCGAGTAGCCGGGTCTGGTTATTGGAAAGCAACGGGTACTGACAAAGTCATCAC
GTCGGATGGTCACCGTGTCGGGATTAAAAAAGCTCTGGTTTTCTACGCCGGAAAAGCTCC
AAAAGGCACGATAACGAACTGGATCATGCACGAGTATCGACTCATCGAGCATTCTCGTAG
CCATGGAAGCTCCAAGTTGGATGATTGGGTGTTATGCCGAATCTACTACAAGAAGATGTC
GGGATCTCATCAGAGACAAGCTGTTGTTGCTCCAGTACAAGCTTGTCTCGAAGATCAGAG
CACGAACGGGTCGCCGTCGTCTTCTTCGTCTCAGCTCGACGACGTTCTTGATTCGTTTCC
TGAGATGAAAGATGTGTCTTTTAATCTTCCTCGGATGAATTCACTCAG*ACGATTCTCAA
CGGTAATTTCGATTGGGCTAGCTTAGCAAGTCTTAACCACGTACCGGAGCTAGCT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1FE13JQ 708 0 0
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GAGCATTCTCGTAGCCATGGAAGCTCCAAGTTGGATGATTGGGTGTTATGCCGAATCTAC
TACAAGAAGATGTCGGGATCTCATCAGAGACAAGCTGTTGTTGCTCCAGTACAAGCTTGT
CTCGAAGATCAGAGCACGAACGGGTCGCCGTCGTCTTCTTCGTCTCAGCTCGACGACGTT
CTTGATTCGTTTCCTGAGATGAAAGATGTGTCTTTTAATCTTCCTCGGATGAATTCACTC
AGGACGATTCTCAACGGTAATTTCGATTGGGCTAGCTTAGCAAGTCTTAACCACGTACCG
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GCGGAAGGTGAGGTGGAGAGCGGGTGTAGTAATGTTCAGCAGAACTCGAGCGAGTTGACT
CAGAGTTTCGGGTACAGTTCGAGCCGGTTCGGACTTTCGGGCCAAATATACGAGTTTAGG
TAATAAAAGAGATTAAATGTGATTGGTGACCATATGGTAAAAAGGTAACAAAAATTCCTT
GAGAGGGCAGGGTAGAGGTCGCACGAGAAAGTACTCACTGTTTTAAGTTTTAACTATACA
GTACTTGTTATCCGATTTGCTCCATCTAAATATTATAAATTTTGTCCG

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

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AAGTTCCCGTGATTGGGCTGCCAAGGGTCCAATGCTTCTGGGAGTGAAAGCTGTGATCTC
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CAATCACGGAGGTATATTGCAATACGTAATCAGGAATCTGATCAAACAGTAATAAATCTG
GTAAGCCACGAGGGACTTCATGTCAATGTGAACTTTGCTTACTTTTTCTCTCAGTCTTAT
GTTTGTACTTCATCTTTTGCTTCTTGCTAGTCAGTCACTTGAAACCATTGTCACTATCAA
GTCGTTTTCTTCTTCTTAAATTTGAAATAAAAAGAAGCACTCTTTTGTTTTTCCGAGAAG
GTATACATTTATTTATTGTGTATCAAACTATAAGCTTAGTTTTAAGTT


BQ
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AF RR1FB56TF U 1
AF RR1FB56JQ C 227
BS 1 344 RR1FB56TF
BS 345 345 RR1FB56JQ
BS 346 646 RR1FB56TF
BS 647 648 RR1FB56JQ

RD RR1FB56TF 646 0 0
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AAGTTCCCGTGATTGGGCTGCCAAGGGTCCAATGCTTCTGGGAGTGAAAGCTGTGATCTC
AAAGAGCTTTGAGAGGATTCACCGAAGCAATCTGGTGGGAATGGGAATCATTCCATTGTG
CTTCAAGACAGGAGAAGATGCGGAGACTCTAGGGTTAACAGGCGAGGAGCTTTACACCAT
TGAGCTCCCAAGCAATGTTAGTGAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACGGTTATCACAAA
CAATGGCAAATCTTTTACATGTACACTCCGATTCGATACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTT
CAATCACGGAGGTATATTGCAATACGTAATCAGGAATCTGATCAAACAGTAATAAATCTG
GTAAGCCACGAGGGACTTCATGTCAATGTGAACTTTGCTTACTTTTTCTCTCAGTCTTAT
GTTTGTACTTCATCTTTTGCTTCTTGCTAGTCAGTCACTTGAAACCATTGTCACTATCAA
GTCGTTTTCTTCTTCTTAAATTTGAAATAAAAAGAAGCACTCTTTTGTTTTTCCGAGAAG
GTATACATTTATTTATTGTGTATCAAACTATAAGCTTAGTTTTAAG

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1FB56JQ 422 0 0
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ACGGTTTTCACAAACAATGGCAAATTTTTTACATGTACACTCCGATTCGATACAGAGGGG
GAGTTGGCTTATTTCAATCACGGGGGTATATTGCAATACGTAATCAGGAATTTGATCAAA
CAGTAATAAATTTGGTAAGCCCCGAGGGACTTCATGTCAATGTGAACTTTGCTTACTTTT
TTTTTCAGTCTTATGTTTGTACTTCATCTTTTGCTTCTTGCTAGTCAGTCACTTGAAACC
ATTGTCACTATCAAGTCGTTTTTTTTTTTTTAAATTTGAAATAAAAAGAAGCACTTTTTT
GTTTTTCCGAGAAGGTATACATTTATTTATTGTGTATCAAACTATAAGCTTAGTTTTAAG
TT

QA 1 422 1 422
DS 



AS 1 2

CO CL5785Contig1 974 2 2 U
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TAAATGGCCGGGGCAAAGAGCTTTGTCCATTTTCAGGGCATAAGATATGATGCCATTGGG
AGACTTAAATCCTACAAGCATGATTGGAGCAGTGGTTTCAGATATGGATTAAGGGTATTC
AGGAAGGAGAAGATAAATTGAGTTATATTTAGTTATGTAGAGCATCATGTTTCACAGTGC
CTTGAACAAGACATGAACCAAGATCGCTTGGTCTCATGGAGCCAACATAGCGAAACTTAT
AAAGAGGAAAGAAGGCTGATCATCAGCAGAACACAAGGATCGATGACAATATGGCGACGC
TGGAGACTTTCACCCTACAGGTAAAAGCGTTGTGAAGTGCTTTCCAGACAAACAATTTAA
CTTTTGGTGCTGCTTTGATGTTCCGGACGTCCTTATACCAGTTGGTTTGATGATTCTGAG
AAGTTTGGGACTCTTGATCTTTGCATTCCAGCCCATAAAGATACCCAGATTTATTGCTAT
CATCTCCTGATGGAATCTTAAGCCACACCAGTCTGTCCGGAGCCCCGATCAAGCTTGGTT
TGATGAGTCTGATACTTTGTTGCTCTGTTGGCGGTACTCTTCAATCGAAGCAAACTCAAC
ATAGGTAAATTCACAGAAACGGCCACCGCGTCCTATAGCCATTGTAACATTAACAGTTTG
GACAGCTTATTTGAAGAAGCTTCTCGCTGGAGGAAAACAATAGTAAAATCAATGGAAAAC
TTTCAAAAAATGACCAAAGGTTTTATAGTTGCATATCCAATCTTTGATAATTGGTATATG
AGATTCTAACGTTTCAAGTGTGGTTCCAACGTACAAGTGTGGTTCCAATGTTTTCTCGAA
ATGGTGACATGTATTGTTTGTTGTTCAAGTATTGTCTTTATTAAGTTTATTGAAAATAAT
TTTTTTTGGCACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E895TF U 1
AF RR1E895JQ C 297
BS 1 660 RR1E895TF
BS 661 974 RR1E895JQ

RD RR1E895TF 660 0 0
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TAAATGGCCGGGGCAAAGAGCTTTGTCCATTTTCAGGGCATAAGATATGATGCCATTGGG
AGACTTAAATCCTACAAGCATGATTGGAGCAGTGGTTTCAGATATGGATTAAGGGTATTC
AGGAAGGAGAAGATAAATTGAGTTATATTTAGTTATGTAGAGCATCATGTTTCACAGTGC
CTTGAACAAGACATGAACCAAGATCGCTTGGTCTCATGGAGCCAACATAGCGAAACTTAT
AAAGAGGAAAGAAGGCTGATCATCAGCAGAACACAAGGATCGATGACAATATGGCGACGC
TGGAGACTTTCACCCTACAGGTAAAAGCGTTGTGAAGTGCTTTCCAGACAAACAATTTAA
CTTTTGGTGCTGCTTTGATGTTCCGGACGTCCTTATACCAGTTGGTTTGATGATTCTGAG
AAGTTTGGGACTCTTGATCTTTGCATTCCAGCCCATAAAGATACCCAGATTTATTGCTAT
CATCTCCTGATGGAATCTTAAGCCACACCAGTCTGTCCGGAGCCCCGATCAAGCTTGGTT
TGATGAGTCTGATACTTTGTTGCTCTGTTGGCGGTACTCTTCAATCGAAGCAAACTCAAC

QA 1 660 1 660
DS 

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ACGCTGGAGACTTTCACCCTACAGGTAAAAGCGTTGTGAAGTGCTTTCCAGACAAACAAT
TTAACTTTTGGTGCTGCTTTGATGTTCCGGACGTCCTTATACCAGTTGGTTTGATGATTC
TGAGAAGTTTGGGACTCTTGATCTTTGCATTCCAGCCCATAAAGATACCCAGATTTATTG
CTATCATCTCCTGATGGAATCTTAAGCCACACCAGTCTGTCCGGAGCCCCGATCAAGCTT
GGTTTGATGAGTCTGATACTTTGTTGCTCTGTTGGCGGTACTCTTCAATCGAAGCAAACT
CAACATAGGTAAATTCACAGAAACGGCCACCGCGTCCTATAGCCATTGTAACATTAACAG
TTTGGACAGCTTATTTGAAGAAGCTTCTCGCTGGAGGAAAACAATAGTAAAATCAATGGA
AAACTTTCAAAAAATGACCAAAGGTTTTATAGTTGCATATCCAATCTTTGATAATTGGTA
TATGAGATTCTAACGTTTCAAGTGTGGTTCCAACGTACAAGTGTGGTTCCAATGTTTTCT
CGAAATGGTGACATGTATTGTTTGTTGTTCAAGTATTGTCTTTATTAAGTTTATTGAAAA
TAATTTTTTTTGGCACAT

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL5786Contig1 656 2 1 U
GGGAAGAAAAAAATGAAGCTCCTTAGCTCAGCTACCGCTATCCTCTTCTTAACGATGATC
GTGGTATCATCAGCGATGGATATGTCAATCATTTCCTACGACAAAAACCACCGCACCGTC
TCTTCCAGAAGCGATGCCGAAGTTTCAAGACTATACAAGGAGTGGTTAGTGAAACACGGG
AAGGCTCAGAATTCTCTTACAGAGAAAGATCGACGGTTCGAGATCTTTAAAGACAATCTC
CGTTTCATAGACGAACACAACGGGAAGAATCTTAGTTACAGACTGGGTCTTACGAAGTTC
GCGGATCTCACTAACGATGAGTATAGATCCATGTACCTCGGGTCTAGGCTCAAGAGGAAA
GCCACGAAGACCAGCCTTCGCTACGAGGCGCGTGTAGGTGACGCTATCCCGGAGAGCGTT
GACTGGAGGAAGGAAGGTGCTGTCGCTGAGGTTAAAGATCAGGGAAGCTGCGGGAGTTGT
TGGGCGTTTTCAACAATCGGAGCAGTGGAGGGCATAAACAAGGTCGTGACCGGAGACTTA
ATATCATTATCTGAACAAGAATTGGTCGACTGTGACACTTCATACAATGAAGGTTGTAAC
GGAGGTCTCATGGACTATGCTTTTGAATTCATTATCAACAACGGTGGAATCGATAC


BQ
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AF RR1GD34TF U 374
AF RR1F751TF U 1
BS 1 656 RR1F751TF

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AACTAGAATTG

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DS 

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AAGGCTCAGAATTCTCTTACAGAGAAAGATCGACGGTTCGAGATCTTTAAAGACAATCTC
CGTTTCATAGACGAACACAACGGGAAGAATCTTAGTTACAGACTGGGTCTTACGAAGTTC
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GCCACGAAGACCAGCCTTCGCTACGAGGCGCGTGTAGGTGACGCTATCCCGGAGAGCGTT
GACTGGAGGAAGGAAGGTGCTGTCGCTGAGGTTAAAGATCAGGGAAGCTGCGGGAGTTGT
TGGGCGTTTTCAACAATCGGAGCAGTGGAGGGCATAAACAAGGTCGTGACCGGAGACTTA
ATATCATTATCTGAACAAGAATTGGTCGACTGTGACACTTCATACAATGAAGGTTGTAAC
GGAGGTCTCATGGACTATGCTTTTGAATTCATTATCAACAACGGTGGAATCGATAC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

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CCCGCTGGCGAAATAAATTACGTTGCCAAAGATTTAAAGGCGGTTTTGAGCGATGAGGAA
GTGTACAACGAGGCGGCCATGGAGGCGTTTCCAGTGTACAACAAGTCTCACATGATTTGC
CTTGAAATGCCCAGTAGGGCTGGTGATGTGATTATTTCATCTTACAGTGAAATTACTGAG
AATGAGTACATTGATCCAAGAACTGCCCAGGTTGCCATAGTTGATCACGTTAAACAGATT
TGTACAAAAGTAAGACCTGCTTATGATGAAGAACTTCCATCTTCCTATATTGAGGAATTC
AGATCTGCTCTTGACGCTGAAATCCAGAGATACGTAAGTTAATCTTACCCGAAAGGTGTG
TGTACCGTTAACTGTGTGAAAGGGAAAGATGCCGATGGTCCAGGGTCGGACTTTGAGCTC
GTCGTTATAATTACTGCTAGAAAACTCAGTCCTCAGAACTTCTGTAATGGAAGTTGGAGA
TCTGTATGGAACATTGAGTTCCAGGATGAATCTCAGGTGCTTGACATGAAAGGGAAAGTG
CAGGTAGGAGCCCATTATTTCGAAGAGGGGAATGTGGAGCTAGATGCAAAGAAAGAGTTC
CAGGATTCGACAATATTTCAGTCTGCGGATGACTGCGCGATCGCCATAGCCAATATCATC
AGGCACCATGAGACAGAGTACCTTGCAGCTCTAGAGGTAGCCTATTCTAAATTACCGGAT
AACACTTTCAAGGATCTGAGGAGGAAACTTCCAGTGACAAGAACTCTGTTCCCATGGCAG
AACACTTTACAGTTCAGCCTAACCAGAGAGGTAGAGAAAGAACTTGGACTTGGTGGCAAG
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GGGAATAGTATCATCGATTTTGTTTCTGTTGTGTCTGTATTTGTTTCTTCGTTTGTGAGT
TATGTACAAAACTGCATGCAAGTGTTGAATCATTGATATTGTTAGTGGAGTTCAAGAAAT
GAGTTTGAAACGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA92TF U 1
AF RR1FA92JQ C 420
BS 1 636 RR1FA92TF
BS 637 637 RR1FA92JQ
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CCCGCTGGCGAAATAAATTACGTTGCCAAAGATTTAAAGGCGGTTTTGAGCGATGAGGAA
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CTTGAAATGCCCAGTAGGGCTGGTGATGTGATTATTTCATCTTACAGTGAAATTACTGAG
AATGAGTACATTGATCCAAGAACTGCCCAGGTTGCCATAGTTGATCACGTTAAACAGATT
TGTACAAAAGTAAGACCTGCTTATGATGAAGAACTTCCATCTTCCTATATTGAGGAATTC
AGATCTGCTCTTGACGCTGAAATCCAGAGATACGTAAGTTAATCTTACCCGAAAGGTGTG
TGTACCGTTAACTGTGTGAAAGGGAAAGATGCCGATGGTCCAGGGTCGGACTTTGAGCTC
GTCGTTATAATTACTGCTAGAAAACTCAGTCCTCAGAACTTCTGTAATGGAAGTTGGAGA
TCTGTATGGAACATTGAGTTCCAGGATGAATCTCAG*TGCTTGACATGAAAGGGAAAGTG
CAG*TAGGAGCCCATTATTTCGAAGAGGGGAATGTGGAGCTAGATGCAAAGAA*GAGTTC
CAGGATTCGACAATATTTCAGTCTGCGGATGACTGCGCGATCGCCATAGCCAATATCATC
AG*CACCATGAGACAGAGTACC

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DS 

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GTGTACCGTTAACTGTGTGAAAGGGAAAGATGCCGATGGTCCAGGGTCGGACTTTGAGCT
CGTCGTTATAATTACTGCTAGAAAACTCAGTCCTCAGAACTTCTGTAATGGAAGTTGGAG
ATCTGTATGGAACATTGAGTTCCAGGATGAATCTCAGGTGCTTGACATGAAAGGGAAAGT
GCAGGTAGGAGCCCATTATTTCGAAGAGGGGAATGTGGAGCTAGATGCAAAGAAAGAGTT
CCAGGATTCGACAATATTTCAGTCTGCGGATGACTGCGCGATCGCCATAGCCAATATCAT
CAGGCACCATGAGACAGAGTACCTTGCAGCTCTAGAGGTAGCCTATTCTAAATTACCGGA
TAACACTTTCAAGGATCTGAGGAGGAAACTTCCAGTGACAAGAACTCTGTTCCCATGGCA
GAACACTTTACAGTTCAGCCTAACCAGAGAGGTAGAGAAAGAACTTGGACTTGGTGGCAA
GTGACTAATTATCAGACCTCAACCTCATTTTTTTCCGTTTTGTTAGCAAGTTTCTGTGAA
GGGGAATAGTATCATCGATTTTGTTTCTGTTGTGTCTGTATTTGTTTCTTCGTTTGTGAG
TTATGTACAAAACTGCATGCAAGTGTTGAATCATTGATATTGTTAGTGGAGTTCAAGAAA
TGAGTTTGAAACGC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

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CGAGAGAGCTAAAGAAAGAAGGGCATAAGGTGGTGGTGATGGAGCAAAACGACGACGTGG
GAGGACAATGGCTATACCAACCAAACGTTGAAGAAGAAGATCCATTGTGAAAAACTAAAG
CCCTAAAAGTGCATAGCAGCATTTACTCATCCTTGAGGTTGATTTCGCCGAGAGAGGTAA
TGGGTTTCTCTGATTTTCCGTTCACAGCTAAGGAACGAAGAGACACGAGGAGATTTCCTG
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TGATTAGGTTTAATGTTAGGGTTGAGTTTGTGGGGATGGTGAATGATCATAAAGATGTTG
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AAGAAGTGTTTGATGCTGTTGTTGTTGCCTCTGGTCATTACTCTTATCCTAGATTGCCTT
CCATTAGAGGAATGGATTTGTGGAAGAGGAAGCAACTTCATAGCCATGTCTACAGAGTGC
CCGGTCCTTTTCGTGATGAGGTGGTGGTGGTCGTTGGTTGCCCGATGAGTGGACAAGACA
TATCAATAGAGCTTGTGGAAGTTGCAAAAGAAGTTCATCTAAGTGCCAAATCACTTGACG
TTGCTCCTGGCTTGTCTAAAGTCATTTCAAAACATCATAACTTCCATCTTCATCTTGAGA
TTGAATCTCTAGAGGAAGACGGACGGGTCATTTTCGTTGATGGGTCTTGTATCGTAGCTG
ACACCATTTTGTACTGTACTGGGTAAGTTTATCTTCATCTTTTACATCATGGTAAATTAG
TTTTTGTTATTAAAAATCAATACGTATTTGTGGCCTTTAAACGTAATTTTTGAAAAATGT
AACTATATACTAGAAGAATCAACAAAATATATTAATGTGGGCCATATAACTCTTATTATA
TAAGTATATATCATTTATATTTTG


BQ
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AF RR1FH43TF U 1
AF RR1FH43JQ C 399
BS 1 690 RR1FH43TF
BS 691 691 RR1FH43JQ
BS 692 730 RR1FH43TF
BS 731 731 RR1FH43JQ
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BS 742 742 RR1FH43JQ
BS 743 754 RR1FH43TF
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RD RR1FH43TF 754 0 0
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CCGGTCCTTT*CGTGATGAGG*GGTGGTGGTCGT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1FH43JQ 766 0 0
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TACTCTTATCCTAGATTGCCTTCCATTAGAGGAATGGATTTGTGGAAGAGGAAGCAACTT
CATAGCCATGTCTACAGAGTGCCCGGTCCTTTTCGTGATGAGGTGGTGGTGGTCGTTGGT
TGCCCGATGAGTGGACAAGACATATCAATAGAGCTTGTGGAAGTTGCAAAAGAAGTTCAT
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AACTTCCATCTTCATCTTGAGATTGAATCTCTAGAGGAAGACGGACGGGTCATTTTCGTT
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CTTTTACATCATGGTAAATTAGTTTTTGTTATTAAAAATCAATACGTATTTGTGGCCTTT
AAACGTAATTTTTGAAAAATGTAACTATATACTAGAAGAATCAACAAAATATATTAATGT
GGGCCATATAACTCTTATTATATAAGTATATATCATTTATATTTTG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL5789Contig1 1069 2 4 U
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ATCCCATCCCATTCCTCTTTGTTCCTCATATATTGATGAATAAAGAAGAAGTATTTTCCT
CTTCTAAATTTGAGAAGGAACGTTTGTTCCTCTATATTTAACTTTTTTTTTAAATTCAAT
TCTTTAAATGGAAATTTGTTCAATTTTTTGTATTCATTTCATTCATTTTCATTGTCACCA
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ATTAGAGAGGGGACCAGTTTTGAATTTGTTGAGGTCGATAAAGCAAATCTGTTCAGGGAT
AAAGGATATACTTACTTCATCACCTTTGTAGCCAAGGATTCTTGTAACAAGACCAAAGTC
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AAACCCGTAGAATGCTACGAAGATTCTAAGAGAGTTGTGAAGAAACCAAAGTATAACACA
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ACTAACTACTAAAAAATTAAAATTTTATCCATTTGTTTTCTGTTTTCGT


BQ
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AF RR1EH09TF U 1
AF RR1EH09JQ C 344
BS 1 683 RR1EH09TF
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RD RR1EH09TF 719 0 0
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AGAGAAACCGATAGGAAGTTTTTCGGAAGATTGGCTCACGAATCCATTGCGGATTACAAC
ATTAGAGAGGGGACCAGTTTTGA*TTTGTTGAGGTCGATAAAGCAAATCTGTTCAGG
AT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1EH09JQ 726 0 0
TTTTTTTTAAATTCAATTCTTTAAATGGAAATTTGTTCAATTTTTTGTATTCATTTCATT
CATTTTCATTGTCACCAATTCGAGCCATCTATTACCTTCTCAGAATCTCTGATTTGATTT
GATTCGATTCGATTTGATAGTTTCTAAGATGTTTTCACTTTTGTTTAAAAAAGGGATTTG
ACGTGGATTTTTCCAAGTTCCGATGCCTTTTCGATTTCTACCCTTCGTTTCTCGATGAAT
GCCATTCAACCTTAATAAGAGAAACCGATAGGAAGTTTTTCGGAAGATTGGCTCAGGAAT
CCATTGCGGATTACAACATTAGAGAGGGGACCAGTTTTGAATTTGTTGAGGTCGATAAAG
CAAATCTGTTCAGGGATAAAGGATATACTTACTTCATCACCTTTGTAGCCAAGGATTCTT
GTAACAAGACCAAAGTCTTTCAAGCTAAGGTCTGCAATGTTTTATGTAGAGAGATTGAGC
ACAGTTTCTGCAGGCTTAAACCCGTAGAATGCTACGAAGATTCTAAGAGAGTTGTGAAGA
AACCAAAGTATAACACAAGATCGAACAACAAGCGTGCGGGTGTCATTACCAATGTGTCTT
AGATAATGCATCAACCATTGTCGGAGATATTGTCTGTTTTCCATTGTCGTAGATAATTTT
ATGTGCGACTTTTTAGGACTAACTACTAAAAAATTAAAATTTTATCCATTTGTTTTCTGT
TTTCGT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL5790Contig1 886 2 2 U
GAATCTATTGGAACTGCGAGAGATTGATCACCGGTTAGAAAGGCTAGAGTACACAGGGGT
TATGGAACTCGCATCTGACGTGCAGTATATGCTAAGGGGAGCAATGCAATTCTATGGATT
CTCACACGAGGTGAGATCTGAAGCAAAGAAAGTTCACAACCTGTTCTTTGATCTGCTGAA
GATGTCTTTTCCGGACACAGATTTCCGAGAAGCAAGGAATGCTCTTTCCTTCTCTGGCCC
AACCCCGACTTTGGTATCCACACTATCCCCGAGAGCAGCAGGTAGTAGTCAGGGTAAGAA
GCAAAAGCCTGTATATGAGGAGGAACCGGAGCCAAGCTCTCCTCAGAGACCTCAACAACG
CGAGAATTCAAGGATCAGAGTACAGATACCTCAGAAAGAAACAAAGCTCGGCGGGACATC
AAGCCACACCGATGACTCTCCAATTTTAACTCATCCAGGGGAACTAGTAATCTGCAAGAA
GAAGAGGAAAGACAGAGAAAAGTCTGCTCCAAGAACCCGAACCGCTGGCTCAAGCAGCCC
GGTCTCACCTCCAGCTATGGTAGGTCGTGGTCTTAGAAGTCCGGTGTCTGGTTCAAGTAC
AAGGGAGACAAGGCTAGCTCAGCAGCAGCAACGATGGCCAAACCAAAGCACTCATCCAAA
CAACAGCGGTACGGCTGGTGATTCAGTGGGATGGGCTAATCCGGTGAAGAGGTTAAGAAC
CGATGCTGGTAAAAGAAGGCCGAGCCATTTGTAAACAGATTAAGCCTCTTTTATCCTTTT
AGTGCTTAGAGGTGGTGGGTGGTATGCAATGTGGCAATTGAAAGCAATCTAGCAGCGAGT
CTTGGACTTACCTTAGTAAAACAAATAATAATTCTCCTTTCTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DM83TF U 1
AF RR1DM83JQ C 170
BS 1 515 RR1DM83TF
BS 516 886 RR1DM83JQ

RD RR1DM83TF 515 0 0
GAATCTATTGGAACTGCGAGAGATTGATCACCGGTTAGAAAGGCTAGAGTACACAGGGGT
TATGGAACTCGCATCTGACGTGCAGTATATGCTAAGGGGAGCAATGCAATTCTATGGATT
CTCACACGAGGTGAGATCTGAAGCAAAGAAAGTTCACAACCTGTTCTTTGATCTGCTGAA
GATGTCTTTTCCGGACACAGATTTCCGAGAAGCAAGGAATGCTCTTTCCTTCTCTGGCCC
AACCCCGACTTTGGTATCCACACTATCCCCGAGAGCAGCAGGTAGTAGTCAGGGTAAGAA
GCAAAAGCCTGTATATGAGGAGGAACCGGAGCCAAGCTCTCCTCAGAGACCTCAACAACG
CGAGAATTCAAGGATCAGAGTACAGATACCTCAGAAAGAAACAAAGCTCGGCGGGACATC
AAGCCACACCGATGACTCTCCAATTTTAACTCATCCAGGGGAACTAGTAATCTGCAAGAA
GAAGAGGAAAGACAGAGAAAAGTCTGCTCCAAGAA

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR1DM83JQ 717 0 0
GATCTGCTGAAGATGTCTTTTCCGGACACAGATTTCCGAGAAGCAAGGAATGCTCTTTCC
TTCTCTGGCCCAACCCCGACTTTGGTATCCACACTATCCCCGAGAGCAGCAGGTAGTAGT
CAGGGTAAGAAGCAAAAGCCTGTATATGAGGAGGAACCGGAGCCAAGCTCTCCTCAGAGA
CCTCAACAACGCGAGAATTCAAGGATCAGAGTACAGATACCTCAGAAAGAAACAAAGCTC
GGCGGGACATCAAGCCACACCGATGACTCTCCAATTTTAACTCATCCAGGGGAACTAGTA
ATCTGCAAGAAGAAGAGGAAAGACAGAGAAAAGTTTGCTCCAAGAACCCGAACCGCTGGC
TCAAGCAGCCCGGTCTCACCTCCAGCTATGGTAGGTCGTGGTCTTAGAAGTCCGGTGTCT
GGTTCAAGTACAAGGGAGACAAGGCTAGCTCAGCAGCAGCAACGATGGCCAAACCAAAGC
ACTCATCCAAACAACAGCGGTACGGCTGGTGATTCAGTGGGATGGGCTAATCCGGTGAAG
AGGTTAAGAACCGATGCTGGTAAAAGAAGGCCGAGCCATTTGTAAACAGATTAAGCCTCT
TTTATCCTTTTAGTGCTTAGAGGTGGTGGGTGGTATGCAATGTGGCAATTGAAAGCAATC
TAGCAGCGAGTCTTGGACTTACCTTAGTAAAACAAATAATAATTCTCCTTTCTTGAT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL5791Contig1 866 2 2 U
GGAGTTGGTAAAGGAACGCTTATAGCGATGCTCATGAAAGAGTTTCCTTCCATGTTTGGA
TTCTCCGTGAGCCACACGACTCGTTCTCCGAGGTGCATGGAGAAGAACGGTGTTCATTAC
CATTTCACTGATAAAACTGTGATGGAGAAAGAGATCAACGACGGGAAGTTTCTTGGGTTC
GCTTCTGTTCATGGGAATCTGTATGGAACTAGCATTGAGTCTGTTGAGGTCGTTACGGAT
TCAGGAAAGAGATGTATTCTTGACATTGATGTACAAGGAGCGAGGTCTGTGAAGGCGAGT
TCTCTTGATGCTATATTCATATTCGTATGTCCTCCTTCAATGAAGGAGCTTGAAGATAGG
CTCCGTGCCAGAGGAACAGAGACAGAGGAGCAGATTCAAAAGCGGCTTAGAAACGCTGAA
GCTGAGATCAAAGCGGGGAAATCCTCTGGCATTTTTGAACATATCCTTTATAATGACAAC
CTTGAGGAATGCTACAAGAACCTTAAGAATCTCTTGGGGATAAACGATGACGCTCCTGTG
AATGGTGTAGAAGTAGAAGGGATCAATCTTCCCAAGGAGCACACAGTTACAAAGAAGGAA
GATAAGATTTTGATTCAAGAAACAGGGGAAGCAACTAAGAACGACATGATCGTGTTGGAT
TTAGCTTCAATTAATGGGGGAGCACCAGGGAGAACAAGAGGGATAGTTCTGGACACCGTA
AAGTCCAGTTAACAAAAAGTCTTTGATCCTTTCTCCGCTGAAAGCCAAAGAGGGAAACCA
TTTAGATGATGATGATTAGCATTGCTTTTTGTTTCTTTTTTATTTCTGTTCTTGTTTACT
GAAAAGATTAAGGTTTTCTCGCGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D094TF U 1
AF RR1D094JQ C 208
BS 1 572 RR1D094TF
BS 573 866 RR1D094JQ

RD RR1D094TF 572 0 0
GGAGTTGGTAAAGGAACGCTTATAGCGATGCTCATGAAAGAGTTTCCTTCCATGTTTGGA
TTCTCCGTGAGCCACACGACTCGTTCTCCGAGGTGCATGGAGAAGAACGGTGTTCATTAC
CATTTCACTGATAAAACTGTGATGGAGAAAGAGATCAACGACGGGAAGTTTCTTGGGTTC
GCTTCTGTTCATGGGAATCTGTATGGAACTAGCATTGAGTCTGTTGAGGTCGTTACGGAT
TCAGGAAAGAGATGTATTCTTGACATTGATGTACAAGGAGCGAGGTCTGTGAAGGCGAGT
TCTCTTGATGCTATATTCATATTCGTATGTCCTCCTTCAATGAAGGAGCTTGAAGATAGG
CTCCGTGCCAGAGGAACAGAGACAGAGGAGCAGATTCAAAAGCGGCTTAGAAACGCTGAA
GCTGAGATCAAAGCGGGGAAATCCTCTGGCATTTTTGAACATATCCTTTATAATGACAAC
CTTGAGGAATGCTACAAGAACCTTAAGAATCTCTTGGGGATAAACGATGACGCTCCTGTG
AATGGTGTAGAAGTAGAAGGGATCAATCTTCC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1D094JQ 659 0 0
ACTAGCATTGAGTCTGTTGAGGTCGTTACGGATTCAGGAAAGAGATGTATTCTTGACATT
GATGTACAAGGAGCGAGGTCTGTGAAGGCGAGTTCTCTTGATGCTATATTCATATTCGTA
TGTCCTCCTTCAATGAAGGAGCTTGAAGATAGGCTCCGTGCCAGAGGAACAGAGACAGAG
GAGCAGATTCAAAAGCGGCTTAGAAACGCTGAAGCTGAGATCAAAGCGGGGAAATCCTCT
GGCATTTTTGAACATATCCTTTATAATGACAACCTTGAGGAATGCTACAAGAACCTTAAG
AATCTCTTGGGGATAAACGATGACGCTCCTGTGAATGGTGTAGAAGTAGAAGGGATCAAT
CTTCCCAAGGAGCACACAGTTACAAAGAAGGAAGATAAGATTTTGATTCAAGAAACAGGG
GAAGCAACTAAGAACGACATGATCGTGTTGGATTTAGCTTCAATTAATGGGGGAGCACCA
GGGAGAACAAGAGGGATAGTTCTGGACACCGTAAAGTCCAGTTAACAAAAAGTCTTTGAT
CCTTTCTCCGCTGAAAGCCAAAGAGGGAAACCATTTAGATGATGATGATTAGCATTGCTT
TTTGTTTCTTTTTTATTTCTGTTCTTGTTTACTGAAAAGATTAAGGTTTTCTCGCGGTT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL5792Contig1 1105 2 2 U
TAACGTTAGTTTTAAAACTATTAATTCCATCTTCAATTCTTCATTACGCTCCGCTCACCT
CTCTTCCCTCTCTGCCATTTAATTTCAATAAGAGCAGCTTCTGTAACTGATTGAAGCTTC
CCCTATAAATAAGGGTTTTTGGGGCAATGGAGATTTACACAGTTTTGATTTATTGCTTCT
CTACAAAACATCCGCGAGCCCTTCGAAAATGGTGTCTTCCATTATGAAAATATGAAAATA
TACGCAGGTGAGAGTGAATATGGATAGTGCCGTGAAGAGCCTCTAAAAGAAGAGACGGGT
CCTCTGCAAAGAGATATTGTGATCCCTAAGCGTTTTACCCTGTAACTTATTGTCCGACAG
GTAAGTACCACGTTTTCTAAACCTCTCTGCATTGCCACAAAATATAATTTCATCTGAGGT
TCTATCTTCTTAATAGGTTGCTGCAGATGGTACTCACTCTGTAGTTTGACACGCGAAAGT
TATATGTGGAGTTGGGGTCATCCGTGACTTCTCCATGACATGTATAGATTAAAATTAAAT
GTTCGATTTTGTTTTACTCTTTACTGTAGAAAACAAATATTTGTTCCAGTGTCAAGGTCC
TGAAAATTTCTGTTGAAGCATTTTGTAATGTGGCTCTTGAAGAAGATGGATAGGCTCTTG
GCACAACCCCTCATCCTGTCCCAGTCCGAGGCCTCAATGATCTCACTTGGGTTTGTTTCT
TTCTCTTCCTTTTATTGAATCATTTACTGCTCATTAAAACCTTCAAAAAGGGACTCTGTT
GTCAAAACTCATGTTTAGTTGATATTGATGCTGGTGGCTTGCATTCAACCGCTTTAACTG
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ACAGAAAGTCAATCTTATCCCTGACGAAGATATCATTCAGGTTGTAAAGCCTTAAACTTT
AATTATCTTGAATCTCTAAAAGAGG


BQ
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AGATGGATAGGCTCTTGGCACAACCCCTCATCCTGTCCCAGTCCGAGGCCTCAATGATCT
CACTTGGGTTTGTTTCTTTCTCTTCCTTTTATTGAATCATTTACTGCTCATTAAAACCTT
CAAAAAGGGACTCTGTTGTCAAAACTCATGTTTAGTTGATATTGATGCTGGTGGCTTGCA
TTCAACCGCTTTAACTGGTCAAGGAGAGATATTAAAACGAGTTCTCAAAGTTTATTTTCT
CGCCATGTTCTAGATCCTCCTTTTCATCAAGAATAATTATTTGTTTGGTCTTCTAATTTT
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QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

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TGATTCTTGGCGTATTTTTATGTATTTATATCAAATAATTCTTGTAAGAATGTTGCAAGG
AAAATATAATATGTTTATATATGTAAGTTTCAACT


BQ
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AATATGTTTATATATGTAAGTTTCAACT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

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TTCTGAGAGTCTTATGAAGAAGGTGAAAGAGATGTCACATCAATTCTTCAAGCTTCCATA
TGAGGAGAAACTTAAGATCAAGATTAAACCAGCAGCTGGATACAGAGGATATCAGAGAAT
TGGAGAAAACTTTACGAATGGGAAACAAGATTTTCACGAAGCAATTGATTGTTACAGAGA
GTTCGAGCAAGGAAAGTATGGAGAAACTGGAAAGGTCATGGAAGGGCCGAACCAGTGGCC
AGATAATCCTCAAGACTACAAAGAAGTGATGGATGAGTATATTAAGCTATGCATAGATCT
ATCTAGAAACATCCTCAGAGGAATCTCCTTAGCTCTTGGGGGATCACCTTATGAATTTGA
GGGAAAACTGGTTGGAGACCCTTTTTGGATAATGCGTATTATTGGTTATCCAGGTGTAAA
CCAAGAAAATGTTATCGGATGTGGAGCTCACACTGACTATGGCTTGTTGTCGCTAATAAA
TCAAGATGATGATAAAACTGCTCTTCAGGTGAAGAACTTGGCCGGTGGTTGGATATCAGT
TACTCCGATCCCTGGATCATTTATTTGCAACATCGGTGACATGTTAAAGATACTTTCAAA
TGGAGTATATGAATCCACAATTCATAGAGTGATCAATAACTTTCCTCGATACCGTGTATG
CGTCGGATTTTTTTACGAGTTCAACTTTGATGCAATGGCTGAACCATTGGATATTTTCAA
AGGCCCGGGAAATAAAAGATTTCAAGTTTCCAAAAGAGTTGTTTACGGAGAGCATTTGGT
TAACAAACTCCAGGCTACCTTCGCAAATTCAATGGAAAACATTTAGTTTGATTGGTTGGG
CTTTCAATTGCAATTTTTTTATTTGGATTTTTAGTTTTAATAAAAAAACATTACTAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D170TF U 1
AF RR1D170JQ C 519
BS 1 676 RR1D170TF
BS 677 1080 RR1D170JQ

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TCAAGATGATGATAAA
CTGCTCTT

QA 1 676 1 676
DS 

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ACATTTAGTTTGATTGGTTGGGCTTTCAATTGCAATTTTTTTATTTGGATTTTTAGTTTT
AATAAAAAAACATTACTAAACT

QA 1 562 1 562
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CCGCCATTTCAAGGTGATTCTTGACGAATTTGTGAAACCGGACAAACCTATAGTTGACTA
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TGATATTCAGGAAACTTTGCAGCCATTTCTTTCAAATGGTGCGATTCTGGTTGGTCATAG
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GACAGCAAAGACCTCGAGAGGTTGCTATTGTGCGTTTGCTGTTTTCCATAGCTCAAAAGA
AGCAGATCAAGCGTTTGAAAACGTTGATGGAGACCAAGGACAGGATTCATTTGGTTTGCC
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AATGCTTCAAGATGGTTCCGCTTAGAGATCTCCTCCTGTCACTACTACAAAGACAGTTCT
CCCAGAAGAAAAAAAAAAGTTAGGCAGTGCAGGGGTAAGCTAACTATTTGTTATTTTGAT
TAAGATTCTCTAATAGAAAACAGTGGCAAACAATGTTCATCTTTGCATTTGACAAGAACA
ACATGAGTTATCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A191TF U 1
AF RR1A191JQ C 592
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BS 730 730 RR1A191JQ
BS 731 800 RR1A191TF
BS 801 1454 RR1A191JQ

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DS 

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TGGTCATAGTTTGAACAAAGACTTGGAAGTGTTGAAGATAGATCATCCCAAAGTAATCGA
CACCTCACTTGTATTCAAGTATTCAAATGCAAGGAGGCCCAAAGGAGCTTCACTTAACAG
CCTTTGCAAGTCTATTTTGGGTTATGAAGTTCGAAAGGCAGGCGTCTCTCATGATTGTGT
ACACGACGCAACAGCTGCGATGAAACTTGCACTTGCTGTTATTGAGAAAAGAGCTAACAC
AACTATCCCACCATCTAAAGAGATGTTGGAGGTTGAGAGAGCAAAGCTTTTTATACATAA
AATCCCTCACAATGTGACATCTAAAGAGCTGGAGCAAGTTCTTTCTGGAGAGTTTACACT
TGATGTTAAGACAGCAAAGACCTCGAGAGGTTGCTATTGTGCGTTTGCTGTTTTCCATAG
CTCAAAAGAAGCAGATCAAGCGTTTGAAAACGTTGATGGAGACCAAGGACAGGATTCATT
TGGTTTGCCACAAAAACTGGTTATATTTAAGCTGACTTCTGGTTCAAGAGTTAGTATATA
TGTCCGTAAAATGCTTCAAGATGGTTCCGCTTAGAGATCTCCTCCTGTCACTACTACAAA
GACAGTTCTCCCAGAAGAAAAAAAAAAGTTAGGCAGTGCAGGGGTAAGCTAACTATTTGT
TATTTTGATTAAGATTCTCTAATAGAAAACAGTGGCAAACAATGTTCATCTTTGCATTTG
ACAAGAACAACATGAGTTATCCT

QA 1 863 1 863
DS 



AS 1 2

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CAAATACACACCTCTCTTTCTTCGACCTGTCGGTGATTTTGTTTCTCTTCCGCCGTGGAT
CCATTTGACAGGCAGGAAGCTGCAAAGAATCTAAATGTCCCGTGGAAGAGTTCCTTACAT
GGATCTGAAACGAGCTTATGATGTTGAACAAGCATGCTCTATTATGCCAAACACATTCGA
AGATGATGATGATGATGGTGATGATCTATGGCCGCTTGGCGAGATTGATCCCAAAAAGCT
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CATTGGCCATGTCGGTCTTTGCAGAGAAGACGGAGTCATCTTTGACTTTGCTGGTTCTAA
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AAAACAGTGTTGCATGCCACCGAACTTGGGTGGGCACACTTGCAAGTACGGGTACAAACA
CACAGAGTTTGGGACCTCGGTCACATGGGATGATGCACTGAGCGCGAGCGCGCGTAGCTG
TGAACATAAAACTTACAACCTCTTCACCTGTAACTGCCATTCGTTCGTTGCTAACTGTCT
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TCTCACGAGAGGGAAATGGGTCAGCGCGTCATCGGTAGTCCGGTCGTTTTTGCCCTGTGC
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TTTCTCGATGTTACTCGTTGCCTGGTTCATAATTGCTACTTACTGTTTTAAGAACATAAT
GTCTTGAACCAGTAGAAAAAAAACTATACATATTTATATTATCTTTGAGTTGTTCT


BQ
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AF RR1GQ70TF U 1
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CAAATACACACCTCTCTTTCTTCGACCTGTCGGTGATTTTGTTTCTCTTCCGCCGTGGAT
CCATTTGACAGGCAGGAAGCTGCAAAGAATCTAAATGTCCCGTGGAAGAGTTCCTTACAT
GGATCTGAAACGAGCTTATGATGTTGAACAAGCATGCTCTATTATGCCAAACACATTCGA
AGATGATGATGATGATGGTGATGATCTATGGCCGCTTGGCGAGATTGATCCCAAAAAGCT
GAAATTCCCTTGCTGTATAGTCTGGACTCCTCTCCCTGTTGTCTCTTGGTTGGCTCCTTT
CATTGGCCATGTCGGTCTTTGCAGAGAAGACGGAGTCATCTTTGACTTTGCTGGTTCTAA
CTTCATCAGTGTTGATGATTTCGCTTTTGGTCCTCCTGCTCGCTATCTCCAACTCGATCG
AAAACAGTGTTGCATGCCACCGAACTTGGGTGGGCACACTTGCAAGTACGGGTACAAACA
CACAGAGTTTGGGACCTCGGTCACATGGGATGATGCACTGAGCGCGAGCGCGCGTAGCTG
TGAACATAAAACTTACAACCTCTTCACCTGTAACTGCCATTCGTTCGTTGCTAACTGTCT
CA*CCGTCTTTGC

QA 1 673 1 673
DS 

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GCTCCTTTCATTGGCCATGTCGGTCTTTGCAGAGAAGACGGAGTCATCTTTGACTTTGCT
GGTTCTAACTTCATCAGTGTTGATGATTTCGCTTTTGGTCCTCCTGCTCGCTATCTCCAA
CTCGATCGAAAACAGTGTTGCATGCCACCGAACTTGGGTGGGCACACTTGCAAGTACGGG
TACAAACACACAGAGTTTGGGACCTCGGTCACATGGGATGATGCACTGAGCGCGAGCGCG
CGTAGCTGTGAACATAAAACTTACAACCTCTTCACCTGTAACTGCCATTCGTTCGTTGCT
AACTGTTTCAACCGTCTTTGCTACGGGGGTTCGATGGAGTGGAAGATGGTGAATGTTGCT
GTTCTGATTCTCACGAGAGGGAAATGGGTCAGCGCGTCATCGGTAGTCCGGTCGTTTTTG
CCCTGTGCTGTGGTTACGTGTCTTGGTGTGTTATTTGTGGGGTGGCCTTTCTTGATCGGC
CTCTTCTCTTTCTCGATGTTACTCGTTGCCTGGTTCATAATTGCTACTTACTGTTTTAAG
AACATAATGTCTTGAACCAGTAGAAAAAAAACTATACATATTTATATTATCTTTGAGTTG
TTCT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL5798Contig1 1269 2 6 U
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AGATTCTCGTCCTGTTGTTGATCCACACAACCAATCCCCATCTTGTGCAGGTTTCATGCC
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CCATCGTCATCACACTCACCAAGACCACAAGGAACAAGTGAAGACGCCATTGGAAGCTGA
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TTTCGATCCCACCTCTCCATGGAATCCTCTAACGAGCGAGAAAGCTGCGCCGTGGTGGCG
GACTACAGATAAAGATGAGTTAGCTTCCTTGGTTGCACTGAGGTCTCTAGACTTTGTTGA
GAACTGTGACCTGCCAACACCACAGAAGATGAACCGCTCTTACTACGGTAGTCCACGTTC
TTTCGACTCTGATGCATTCCGGGATCACTCTGTCCCTAACCAGACCCCCCCACGTGCCAA
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AATCCGAGCTTCTAGAAGCGCTGAGGCGTTCTCAGACAAGAGCTAGGGAAGCTGAAACCA
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CAGAGCTTTTCGGGTATAAGCAGTTGCTGCGGCTGCTCCAGCTCGAATCGCTTTACCTCC
AAATCAAGAGCAAGAAGATCGAGGACAGCAAGGAACCGCTACCACCGGGTTCCATCCCTT
GGAGCAATAATACCAAAGCAAGAAAACAGGGGAGAAAGAGAAGAAGCAAAAGGAGTAAAC
CGAATGGGTTTGTTGGTTTAGCATTGGGGATGAGTCTTGTTGGTGCTGGTTTGCTTCTGG
GATGGACTGTTGGATGGATGCAGATGCTTTCTTTCTAAGTTTGAGAAAAGAAGAGAAGAG
ACAGAGACCTCCAAATTTCAACTCTTTTTTTTTCTTCTTACTGAGCAGCTTTGATAAATG
AGTTTGTAAAACTGTTGAAAGAATTTTGTTAATATTGTGTTTCTAGTTGGATAGTAAAAT
GATCTTTCATGTAATATATGCATATGTTTCTTTCATGTACACACAAAAATAGCTTATGTA
TCTTTCATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX56TF U 1
AF RR1BX56JQ C 495
BS 1 590 RR1BX56TF
BS 591 591 RR1BX56JQ
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BS 686 686 RR1BX56JQ
BS 687 698 RR1BX56TF
BS 699 1269 RR1BX56JQ

RD RR1BX56TF 701 0 0
AGTTAACTACCTCTTGCCAATCTTCTTCATCATCATTACTGTTCCATCTAAACAGGTTGA
AGATTCTCGTCCTGTTGTTGATCCACACAACCAATCCCCATCTTGTGCAGGTTTCATGCC
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CCATCGTCATCACACTCACCAAGACCACAAGGAACAAGTGAAGACGCCATTGGAAGCTGA
GGCTGAGGGAGCCAAGTCCGAAAGGTTTCAAGAGTTTATAGAGTTGATGGAGACAAGGGA
GAGTTATGGTTCGGTTGGGAATGATGAGTCCTCTGAGAAAAAGTTAACAAGTGAGCTAGC
TTTCGATCCCACCTCTCCATGGAATCCTCTAACGAGCGAGAAAGCTGCGCCGTGGTGGCG
GACTACAGATAAAGATGAGTTAGCTTCCTTGGTTGCACTGAGGTCTCTAGACTTTGTTGA
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TTTCGACTCTGATGCATTCCGGGATCACTCTGTCCCTAACCAGACCCCCC*ACGTGCCAA
GGAGAGGAAACAGCTTCAAGAACAGAGCAGAGGAGGCTTCCTCTGAGTCTGACTTGAGCA
AATCCGAGCTTCTAGAAGCGCTGAG*CGTTCTCAGACA
GAG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1BX56JQ 775 0 0
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CATTCCGGGATCACTCTGTCCCTAACCAGACCCCCCCACGTGCCAAGGAGAGGAAACAGC
TTCAAGAACAGAGCAGAGGAGGCTTCCTCTGAGTCTGACTTGAGCAAATCCGAGCTTCTA
GAAGCGCTGAGGCGTTCTCAGACAAGAGCTAGGGAAGCTGAAACCATGGCTAAGGAAGCG
TGCGCAGAGAAAGAGCACTTGGTGAAGCTCTTGTTGAAGCAAGCCTCAGAGCTTTTCGGG
TATAAGCAGTTGCTGCGGCTGCTCCAGCTCGAATCGCTTTACCTCCAAATCAAGAGCAAG
AAGATCGAGGACAGCAAGGAACCGCTACCACCGGGTTCCATCCCTTGGAGCAATAATACC
AAAGCAAGAAAACAGGGGAGAAAGAGAAGAAGCAAAAGGAGTAAACCGAATGGGTTTGTT
GGTTTAGCATTGGGGATGAGTCTTGTTGGTGCTGGTTTGCTTCTGGGATGGACTGTTGGA
TGGATGCAGATGCTTTCTTTCTAAGTTTGAGAAAAGAAGAGAAGAGACAGAGACCTCCAA
ATTTCAACTCTTTTTTTTTCTTCTTACTGAGCAGCTTTGATAAATGAGTTTGTAAAACTG
TTGAAAGAATTTTGTTAATATTGTGTTTCTAGTTGGATAGTAAAATGATCTTTCATGTAA
TATATGCATATGTTTCTTTCATGTACACACAAAAATAGCTTATGTATCTTTCATG

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL5799Contig1 650 2 11 U
ATAGATAATTCAGTAACATGGCACATTTTAAGCACACAAGAGAAGAGTTTTTCAATCCGA
CAATAAAAGAGATCCCAGTTCGAATGTTTCAAATAGCAAAGAAACTAAACACAACACATG
ACACAGAGAGTTTGACTACATCATCCTACTTTTGATGTATCGTATCCACTTTTCATTCAC
TCTTCAGCTGGAGGCGAACGAGACCGGCTCTTCTGCATCGGGGGGCTATCTGCACCATCG
TAACCACCATCACTGTCCCTTCTCCCTATAAAGCCAGGGCTTTCAACTTGCCCATTCTCA
GGGCTAAACCTTGATCTCCCCCCCCTTGGGCTATCAACTTCACCATCTCCGTTCTTCAAA
CTCTCCTTCTTAAACGGGCTGCGATCAGGACTCACCCTCTCTCTCTTGTTGTCAGGACTT
CGACTGTACCTGGGGCTTGCAACTCTCTCCCTCCTCCGGGGGCTCTCATTGCCTCTGTGG
CGGTGGTCGCGACCATACTCTGGACTACTACGCCTTGTTCTCTTGTAAGGGCTCGGGCTA
CGTCTTCTGCCGTAGTCAGGACTGGTCCTTTCCCTTTTGTACGCAGCAACAGGACTACCC
CCTCGGCCATAATCAGGGCTCCCTCTCTCTCTCTTGTAAGGACTAGGTGA


BQ
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AF RR1AQ36JQ U 202
AF RR1BL10JQ U 1
BS 1 242 RR1BL10JQ
BS 243 243 RR1AQ36JQ
BS 244 270 RR1BL10JQ
BS 271 271 RR1AQ36JQ
BS 272 306 RR1BL10JQ
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BS 308 318 RR1BL10JQ
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BS 320 322 RR1BL10JQ
BS 323 323 RR1AQ36JQ
BS 324 650 RR1BL10JQ

RD RR1AQ36JQ 180 0 0
A
ACCGGCTCTTCTGCATCGGGGGGCTATCTGCACCATCGTAACCCCCATCACTGTCCCTTC
TCCCTATAAAGCCAGGGCTTTCAACTTGCCCATTCTCAGGGCTAAACCTTGATCTCCCCC
CCCTTGGGCTATCAACTTCACCATCTCCGTTCTTCAAACTCTCCTTCTTAAACGGGCTG

QA 2 180 2 180
DS 

RD RR1BL10JQ 650 0 0
ATAGATAATTCAGTAACATGGCACATTTTAAGCACACAAGAGAAGAGTTTTTCAATCCGA
CAATAAAAGAGATCCCAGTTCGAATGTTTCAAATAGCAAAGAAACTAAACACAACACATG
ACACAGAGAGTTTGACTACATCATCCTACTTTTGATGTATCGTATCCACTTTTCATTCAC
TCTTCAGCTGGAGGCGAACGAGACCGGCTCTTCTGCATCGGGGGGCTATCTGCACCATCG
TAGCCACCATCACTGTCCCTTCTCCCTATAGAGCCAGGGCTTTCAACTTGCCCATTCTCA
GGGCTAGACCTTGATCTCTCCCTCCTTGGGCTATCAACTTCACCATCTCCGTTCTTCAAA
CTCTCCTTCTTAAACGGGCTGCGATCAGGACTCACCCTCTCTCTCTTGTTGTCAGGACTT
CGACTGTACCTGGGGCTTGCAACTCTCTCCCTCCTCCGGGGGCTCTCATTGCCTCTGTGG
CGGTGGTCGCGACCATACTCTGGACTACTACGCCTTGTTCTCTTGTAAGGGCTCGGGCTA
CGTCTTCTGCCGTAGTCAGGACTGGTCCTTTCCCTTTTGTACGCAGCAACAGGACTACCC
CCTCGGCCATAATCAGGGCTCCCTCTCTCTCTCTTGTAAGGACTAGGTGA

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL5800Contig1 743 2 8 U
GGATAAAAACCATCACTATTTATCTCAAAGGAAAAAAATATCTATAACAATGAAATTTTC
ATATTCTTTCCCTATTTTGGCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGAA
CCTTACTAATGAATATCTCAACCACAAATGTCCCTTTAATCAAGGGAAATATAATTCTGG
AAGTGAGTACGAAAAAACCTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTGAG
AATGTCGGTTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCCTT
CTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACATGC
CTTGACACCGCAATTTTAGGGTTTCGTAAGAAATGTCCGAGTATCAAAGGAGGAATGATA
TGGTACGACCAATGTTTTCTCCATGTTAGTGCGATTGGTATAGAATTTCCAAGCAGGACT
AATTACGAGAATGTTTTTTCTATGCACAATACAAATAATGTGAAAGGGGATGCAAAACTA
TTTGCCAAGAGAGCATTGGATTTTTTCTCTGAGCTAACACTTAAAGTCGAGAAAACCACC
AGAGACGGCCTTCGCGTCATATTTTACGCCGCAGGAGAAGAAAAGCTCGGGAAAAATACA
TTATATGCAATGGTGCAATGTATAGAATCAACAATAGATTGTAAAACTTGTTTGACATGG
AGTATCACAAACCTTTTCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB58TF U 1
AF RR1CB58JQ C 330
BS 1 634 RR1CB58TF
BS 635 635 RR1CB58JQ
BS 636 655 RR1CB58TF
BS 656 656 RR1CB58JQ
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BS 688 735 RR1CB58TF
BS 736 743 RR1CB58JQ

RD RR1CB58TF 735 0 0
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ATATTCTTTCCCTATTTTGGCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGAA
CCTTACTAATGAATATCTCAACCACAAATGTCCCTTTAATCAAGGGAAATATAATTCTGG
AAGTGAGTACGAAAAAACCTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTGAG
AATGTCGGTTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCCTT
CTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACATGC
CTTGACACCGCAATTTTAGGGTTTCGTAAGAAATGTCCGAGTATCAAAGGAGGAATGATA
TGGTACGACCAATGTTTTCTCCATGTTAGTGCGATTGGTATAGAATTTCCAAGCAGGACT
AATTACGAGAATGTTTTTTCTATGCACAATACAAATAATGTGAAAGGGGATGCAAAACTA
TTTGCCAAGAGAGCATTGGATTTTTTCTCTGAGCTAACACTTAAAGTCGAGAAAACCACC
AGAGACGGCCTTCGCGTCATATTTTACGCCGCAG*AGAAGAAAAGCTCGGGAAAA*TACA
TTATATGCAATGGTGCAATGTATAGA*TCAACAATAGATTGTAAAACTTGTTTGACATGG
AGTATCACAAACCTT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1CB58JQ 414 0 0
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GAAATGTCCGAGTATCAAAGGAGGAATGATATGGTACGACCAATGTTTTTTCCATGTTAG
TGCGATTGGTATAGAATTTCCAAGCAGGACTAATTACGAGAATGTTTTTTCTATGCACAA
TACAAATAATGTGAAAGGGGATGCAAAACTATTTGCCAAGAGAGCATTGGATTTTTTTTT
TGAGCTAACACTTAAAGTCGAGAAAACCACCAGAGACGGCCTTCGCGTCATATTTTACGC
CGCAGGAGAAGAAAAGCTCGGGAAAAATACATTATATGCAATGGTGCAATGTATAGAATC
AACAATAGATTGTAAAACTTGTTTGACATGGAGTATCCCAAACCTTTTCAAAAA

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 2

CO CL5801Contig1 956 2 2 U
GGATTCAACGGTGCTGGCTTATGTATTATCAGAGCTAAACAGACGTCATAGTTACGGTCT
GGACCTTTTTCTTCTCTCCATCGATGAAGGCATTACTGGTTACCGTGATGATTCTCTCGA
GACCGTTAAAAGAAACGAACTCCAATATGGGTTGCCTCTACAGATTCTTTCATACAAAGA
TCTGTATGGATGGACGATGGACGATATTGTGAAGATGATTGGTCTGAAGAACAATTGCAC
CTTTTGTGGTGTATTCCGCCGCCAGGCGCTTGATCGTGGAGCTGCGTTGTTGAAAGTAGA
TAAGCTGGTCACTGGACATAACGCAGATGATATAGCTGAAACAGTTCTCTTAAACATACT
CCGAGGGGATATCGCTAGATTGAGTAGGTGCACATCGATCACTACAGGTGAAGATGGTCC
AATTCCAAGATGTAAACCTTTCAAATATACATACGAGAAGGAGATTGTTATGTATGCTTA
TTTCAAGAAGCTGGATTACTTCTCAACCGAATGCATATACTCTCCAAATGCGTATCGTGG
GTTTGCCCGTGAGTTCATCAAAGACTTGGAAAGACTAAGCCAAGAGCTATTCTGGATATC
ATCAAATCCGGTGAAGACTTCAGAATTGCGACAACCACGAAAATGCCTGAGCAAGGGACG
TGTGAGCGATGCGGTTACATTTCTAGCCAGAAATGGTGCAAAGCTTGTGTGTTGTTGGAT
GGATTGAAACGTGGTTTGCCTAAGATGGGCATTGGAAGAGCCCGAGGAGGTGTCAATGGT
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CAATGTGGATCTCTGGATTTCTAAAATCAATAGAGAAATGGTCTATAAAAATGCAGAAAT
TTGGTTCTGTATAAAAGAAACTGTTTTAACACATCATTGTTGTAGGAAGAAATGCC


BQ
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AF RR1EV22TF U 1
AF RR1EV22JQ C 340
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BS 711 956 RR1EV22JQ

RD RR1EV22TF 710 0 0
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GGACCTTTTTCTTCTCTCCATCGATGAAGGCATTACTGGTTACCGTGATGATTCTCTCGA
GACCGTTAAAAGAAACGAACTCCAATATGGGTTGCCTCTACAGATTCTTTCATACAAAGA
TCTGTATGGATGGACGATGGACGATATTGTGAAGATGATTGGTCTGAAGAACAATTGCAC
CTTTTGTGGTGTATTCCGCCGCCAGGCGCTTGATCGTGGAGCTGCGTTGTTGAAAGTAGA
TAAGCTGGTCACTGGACATAACGCAGATGATATAGCTGAAACAGTTCTCTTAAACATACT
CCGAGGGGATATCGCTAGATTGAGTAGGTGCACATCGATCACTACAGGTGAAGATGGTCC
AATTCCAAGATGTAAACCTTTCAAATATACATACGAGAAGGAGATTGTTATGTATGCTTA
TTTCAAGAAGCTGGATTACTTCTCAACCGAATGCATATACTCTCCAAATGCGTATCGTGG
GTTTGCCCGTGAGTTCATCAAAGACTTGGAAAGACTAAGCCAAGAGCTATTCTGGATATC
ATCAAATCCGGTGAAGACTTCAGAATTGCGACAACCACGAAAATGCCTGAGCAAGGGACG
TGTGAGCGATGCGGTTACATTTCTAGCCAGAAATGGTGCAAAGCTTGTGT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1EV22JQ 617 0 0
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CACTACAGGTGAAGATGGTCCAATTCCAAGATGTAAACCTTTCAAATATACATACGAGAA
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CTCTCCAAATGCGTATCGTGGGTTTGCCCGTGAGTTCATCAAAGACTTGGAAAGACTAAG
CCAAGAGCTATTCTGGATATCATCAAATCCGGTGAAGACTTCAGAATTGCGACAACCACG
AAAATGCCTGAGCAAGGGACGTGTGAGCGATGCGGTTACATTTCTAGCCAGAAATGGTGC
AAAGCTTGTGTGTTGTTGGATGGATTGAAACGTGGTTTGCCTAAGATGGGCATTGGAAGA
GCCCGAGGAGGTGTCAATGGTGGTGGTGATCATAAGAAGGAAACAAAGGCTGGATTTACT
GTGAAATCTCTAGAGAGCAAGCAATGTGGATCTCTGGATTTCTAAAATCAATAGAGAAAT
GGTCTATAAAAATGCAGAAATTTGGTTCTGTATAAAAGAAACTGTTTTAACACATCATTG
TTGTAGGAAGAAATGCC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL5802Contig1 886 2 2 U
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TCCTACAGAAGAACATAACATGGCATCCTCAGAAGACCACAACGAGTTTACAGTTACTTC
TGATACCAAAATCTCGATGTTAAAAGGATCACCGCTTCATCATCATGCTGATACTGTAAT
GGAGCAGGACAAAGCTGAAGAAGAACAGGACAAAGCTGAAAAAGAACAGGACATGATATC
CTCAGGAGATCATAACGAGTTTCCAGTAACTACTGACACCAAAAAAGGAGGAGAAACCAA
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TAGTTGAGTACGTTAACAAGAAAATCGGGAAGCATGCTGCGGTTGTCAAGCAAGATCCGT
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AGATATTCAGTGATGAGAACCCCAACGCTTGTACCATGATGTAGTAAATCGTTTGTTTAA
GAAGTTACAACTTTTACTCTATTTATGTCGTTAAATGGATTTATTT


BQ
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AF RR1D868TF U 1
AF RR1D868JQ C 181
BS 1 551 RR1D868TF
BS 552 886 RR1D868JQ

RD RR1D868TF 551 0 0
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TCCTACAGAAGAACATAACATGGCATCCTCAGAAGACCACAACGAGTTTACAGTTACTTC
TGATACCAAAATCTCGATGTTAAAAGGATCACCGCTTCATCATCATGCTGATACTGTAAT
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CTCAGGAGATCATAACGAGTTTCCAGTAACTACTGACACCAAAAAAGGAGGAGAAACCAA
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GTGAAGCATGTGCCATGGAGATCCAAAAGAGAATCATGAGAATGAAAGGAGTGGAGTCTG
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TAGTTGAGTACGTTAACAAGAAAATCGGGAAGCATGCTGCGGTTGTCAAGCAAGATCCGT
CCCCAAAACCG

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1D868JQ 706 0 0
GGAGCAGGACAAAGCTGAAGAAGAACAGGACAAAGCTGAAAAAGAACAGGACATGATATC
CTCAGGAGATCATAACGAGTTTCCAGTAACTACTGACACCAAAAAAGGAGGAGAAACCAA
AACCTCAAGAGAAAAAAGAAGAGCAGGTAGTGACAGTGGTACTGAGAGTTCACATGCATT
GTGAAGCATGTGCCATGGAGATCCAAAAGAGAATCATGAGAATGAAAGGAGTGGAGTCTG
TGGAACCAGATTTTAAAGCATCACAAGTGAGCGTGAAAGGAGTTTTTACACCGGAAAAGC
TAGTTGAGTACGTTAACAAGAAAATCGGGAAGCATGCTGCGGTTGTCAAGCAAGATCCGT
CCCCAAAACCGGAGAAAGAAAAAGAAACAAAAGACAAAGACAAAGACGAGAAGAAAAAGG
AAGAGGAACAACCCAAAGAAAGTAAAGAGGCTAAGGAAGACGGTGGTGGAGTGGCCAAAT
CGGCGGCCGGAGATGGGGGTGCTGCAGCGGGGGAAGGTGACAAAGTGGTGGATTTAAAGA
AGAATGAGTATCAATACCAGCCACCGAGGTATCCTGTGGAGATGTTTGCGTATCCACCAC
AGATATTCAGTGATGAGAACCCCAACGCTTGTACCATGATGTAGTAAATCGTTTGTTTAA
GAAGTTACAACTTTTACTCTATTTATGTCGTTAAATGGATTTATTT

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL5803Contig1 629 2 20 U
GGAACTCTCCGACCCACCGCCTTCACATTTCTCTAATACTATTTCTCTATCTCCTATGCT
ATAAAACCACTATCACGTTTCTCTACGATCGTACCCGTCTCTACAAGCATCATCTTCATC
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GACGGTGATACTCTTCGTGATGCTCACGCCAGGACTTCTGTTTCAGTTGCCTGGACGACA
AAGATACGTTGAGTTCGGTAATTTTCAGACAAGTGCTGTCTCCGTCATCGTCCATTCTCT
TCTCTACTTCTCCCTTGCTTGCGTCTTCCTCCTCGCACTCAAGATTCACATCTACATCGG
CTAAGTCCACATCCCCCTTCATTTTCTACGTTTCGATATGTTGTTTCCAAGTTTTCTTAT
AAAATTTTCGAACCTTTCCTTAAAATCGTTTTCATAGTCCAGGTCTTTGCATCGGACACT
TTTGCTTTTTATATGTGCTTTTACCTTTTTCTCTTCTTGTAAACGCAAAGATTGGTTCAA
ATAATCATGTCATTTGAATTCATTCAAAAAAAAAAAAAATCTTGTCATTTGTAACATTTA
ATACCTGAGATTAATCCCACAAGATGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EV08TF U 1
AF RR1B957TF U 92
BS 1 98 RR1EV08TF
BS 99 99 RR1B957TF
BS 100 125 RR1EV08TF
BS 126 126 RR1B957TF
BS 127 131 RR1EV08TF
BS 132 132 RR1B957TF
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BS 139 147 RR1EV08TF
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BS 149 177 RR1EV08TF
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BS 179 255 RR1EV08TF
BS 256 256 RR1B957TF
BS 257 409 RR1EV08TF
BS 410 410 RR1B957TF
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BS 547 629 RR1B957TF

RD RR1EV08TF 546 0 0
GGAACTCTCCGACCCACCGCCTTCACATTTCTCTAATACTATTTCTCTATCTCCTATGCT
ATAAAACCACTATCACGTTTCTCTACGATCGTACCCGTTTCTACAAGCATCATCTTCATC
AGCGTTAAACATA****TAAAAAGAAACAAGAAGATGTCTGATTGGGGTCCGATTCTCGT
GACGGTGATACTCTTCGTGATGCTCACGCCAGGACTTCTGTTTCAGTTGCCTGGACGACA
AAGATACGTTGAGTTTGGTAATTTTCAGACAAGTGCTGTCTCCGTCATCGTCCATTCTCT
TCTCTACTTCTCCCTTGCTTGCGTCTTCCTCCTCGCACTCAAGATTCACATCTACATCGG
CTAAGTCCACATCCCCCTTCATTTTCTACGTTTCGATATGTTGTTTCCACGTTTTCTTAT
AAAATTTTCGAACCTTTCCTTAAAATCGTTTTCATAGTCCAGGTCTTTGCATCGGACACT
TTTGCTTTTTATATGTGCTTTTACCTTTTTCTCTTCTTGTAAGCGCAAAGATTGGTTCAA
ATAATC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1B957TF 538 0 0
G
ACCCGTCTCTACAAGCATCATCTTCATCAGCGTAAAACAGAGAGACAAAAAGCAAAAAGA
AGATGTCTGATTGGGGTCCGATTCTAGTGACGGTGATACTCTTCGTGATGCTCACGCCAG
GACTTCTGTTTCAGTTGCCTGGACGACAAAGATACGTTGAGTTCGGTAATTTTCAGACAA
GTGCTGTCTCCGTCATCGTCCATTCTCTTCTCTACTTCTCCCTTGCTTGCGTCTTCCTCC
TCGCACTCAAGATTCACATTTACATCGGCTAAGTCCACATCCCCCTTTATTTTCTACGTT
TCGATATGTTGTTTCCAAGTTTTCTTATAAAGTTTTCGAACCTTTCCTTAAA*TCGTTTT
CATAGTCCAGTTCTTTGCATCGGACCCTTTTGCTTTTTATATGTGCTTTTACCTTTTTCT
CTTCTTGTAAACGCAAAGATTGGTTCAAATAATCATGTCATTTGAATTCATTCAAAAAAA
AAAAAAATCTTGTCATTTGTAACATTTAATACCTGAGATTAATCCCACAAGATGAAT

QA 2 538 2 538
DS 



AS 1 2

CO CL5804Contig1 1105 2 2 U
GGGAGATGCAGAGCTCTTTGGATTGACCAACGACGTTTGTCTCTGAAATGGAGAGTTTCG
ACTCCGAGGACGACGACAATGTACTCACCAACAGCACTTCGAGGAAGAGGCAACGTTCTC
CGACCGAACGCACAGCGACGCTGCAGGATCTGGATGTTACAGACTGTCCCATTTGCTTTC
ATCCTCTCACCATTCCCATCTTCCAGTGTGATAATGGCCATATAGCATGCTCCACTTGCT
GCGAAAAGCTGAGCCAGAAGTGTGCAACATGCACCTTACCAACCCTTTCCCGCAACAGAG
CGATGGAGCGGGTTATTGAACTACTTACAGTTCGATGCCCCAATGCTGGTTGCTCCGTGG
TCGTCTCTTGTTCCGAAACATCATCACATGTCAATAATCACTGTCCTTTCACCCAACGTA
ATTGCCCCTTTAGCGGCTGTGACTTTACTTGCTCCTTCAAGGATTTATACAAACACAGCC
TCGCTAAACACAGCCTTGCCGCACCTTGCGTTGCTAAACTTCACAAGTCCTTTCCCTCGC
GCATGTTTAAATGTGGAACACCCGAGCCTCTGTATTTTGCAACGGATAAGAGGACCATTC
TAAAGGAACGGACTACACAAGGAGAAGGAGAAATTGTGGTTGTGGAGTGGTTCGACATGC
CAGACGGTCGGGTGCTCTATGCATGCTGTATTGGACCCGGAGCAGACAAGTTCTCCTACC
AACTGAAGCTGACTTCAGTTTACGGTGATGACTTGTTGTTTAACTCAAACCTCTAAAGAG
TCTGTGAAGTGAGCAATGAACCACCACGTGCGCGTTTTATGTTGGCTCCTTCATGTATGT
TGCCTTACCGCGAGTGTTCTATATGCATCAAGCGGGAAACTCAGTAGGATCATCAAGACG
CTACTACACTCTTCATCACTCATCATTAGTCATCAACCACACTGATGCTCTTAACTAATA
TATGTTTTGTACTGTAATCGCTATTTAATGTGTGATGTTGATCTACTTTTAAGTTGTGTG
AATTAAGTTGACTTTTATCCAAAATCGTTGTAACTGCTCTTTTACCAAACCAAATGAATA
TGTAATAGAGAAAATTACCAGGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DA41TF U 1
AF RR1DA41JQ C 410
BS 1 615 RR1DA41TF
BS 616 1105 RR1DA41JQ

RD RR1DA41TF 615 0 0
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ACTCCGAGGACGACGACAATGTACTCACCAACAGCACTTCGAGGAAGAGGCAACGTTCTC
CGACCGAACGCACAGCGACGCTGCAGGATCTGGATGTTACAGACTGTCCCATTTGCTTTC
ATCCTCTCACCATTCCCATCTTCCAGTGTGATAATGGCCATATAGCATGCTCCACTTGCT
GCGAAAAGCTGAGCCAGAAGTGTGCAACATGCACCTTACCAACCCTTTCCCGCAACAGAG
CGATGGAGCGGGTTATTGAACTACTTACAGTTCGATGCCCCAATGCTGGTTGCTCCGTGG
TCGTCTCTTGTTCCGAAACATCATCACATGTCAATAATCACTGTCCTTTCACCCAACGTA
ATTGCCCCTTTAGCGGCTGTGACTTTACTTGCTCCTTCAAGGATTTATACAAACACAGCC
TCGCTAAACACAGCCTTGCCGCACCTTGCGTTGCTAAACTTCACAAGTCCTTTCCCTCGC
GCATGTTTAAATGTGGAACACCCGAGCCTCTGTATTTTGCAACGGATAAGAGGACCATTC
TAAAGGAACGGACTA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1DA41JQ 696 0 0
CACCCAACGTAATTGCCCCTTTAGCGGCTGTGACTTTACTTGCTCCTTCAAGGATTTATA
CAAACACAGCCTCGCTAAACACAGCCTTGCCGCACCTTGCGTTGCTAAACTTCACAAGTC
CTTTCCCTCGCGCATGTTTAAATGTGGAACACCCGAGCCTCTGTATTTTGCAACGGATAA
GAGGACCATTCTAAAGGAACGGACTACACAAGGAGAAGGAGAAATTGTGGTTGTGGAGTG
GTTCGACATGCCAGACGGTCGGGTGCTCTATGCATGCTGTATTGGACCCGGAGCAGACAA
GTTCTCCTACCAACTGAAGCTGACTTCAGTTTACGGTGATGACTTGTTGTTTAACTCAAA
CCTCTAAAGAGTCTGTGAAGTGAGCAATGAACCACCACGTGCGCGTTTTATGTTGGCTCC
TTCATGTATGTTGCCTTACCGCGAGTGTTCTATATGCATCAAGCGGGAAACTCAGTAGGA
TCATCAAGACGCTACTACACTCTTCATCACTCATCATTAGTCATCAACCACACTGATGCT
CTTAACTAATATATGTTTTGTACTGTAATCGCTATTTAATGTGTGATGTTGATCTACTTT
TAAGTTGTGTGAATTAAGTTGACTTTTATCCAAAATCGTTGTAACTGCTCTTTTACCAAA
CCAAATGAATATGTAATAGAGAAAATTACCAGGACT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL5805Contig1 1029 2 2 U
CGTCATCACGATCCAAATCCCTTCGATGAAGAAGAAGACGAAATCGTCAATCCCTTCTCG
AAAGGAGGTGGCGGCGCTGGAAGGCCTGTGGCGGCATCTAGGCCGTTTAACGTTGATGCT
ACCGTCGATATTCCATTGGATACTGTGAATGACTCTTCAAAGAAACAGAGAGAGCTTTCT
GATTGGGAATCTGAGCTTAAGAAGAGAGAAATGGATATTAAAAGAAGAGAAGATGCTGTT
GCTAAATCTGGCGTGAAGACGAGCAATAAAAACTGGCCACCTTTTTTCCCTATTATACAC
CACGACATTGCTAATGAGATACCAGTTCATGCTCAGAAACTCCAATATCTGGCGTTTGCT
AGTTGGTTGGGTATAGTTTTGTGTCTCGTATTCAATGTCATTGCAGTGATAGTCTGCTGG
ATTAAAGGCGGAGGTGTCAAAATCTTTTTTCTTGCCACGATCTATGCGCTCCTTGGATGT
CCAATTTCGTATCTATTATGGTATAGGCCTCTCTACCGAGCTATGAGGACTGACAGCGCT
CTGAAGTTCGGTTGGTTTTTCTTCTTCTACCTGATTCACATTGGCTTCTGCATCTTTGCC
GCCATTGCTCCTCCAATCTTTTTCCGCGGCTTATCATTAACGGGTGTGCTGGCAGCAATT
GATGTAATCAGAGCCAGTTTACTAGCCGGGATCTTTTACTTTGTCGGCTTCGGTCTGTTC
TGCTTGGAGGCGCTTCTCAGTGTGTGGGTTCTCCAGAAAATATACATCTACTTCAGGGGA
AACAAGTAAACAATGCATATACACTAGAGCAAAAGGCCATACTTCTCCAACGATACCGCT
CTCTTAGAAGGTTTGAGTATAGTACTATACTATCATGCTACTAATGTAATTACCATTTGT
GCACTTGTCTGGGATAATACTCTGTTGTGATGTGTTTGTATTTTGTTTTATTGTGTGGTG
CTGTCTTCGTTTAGTAGTTGCAGTGGCAAAATAAATACTCTATGTTCTGTTATTACGTTG
AGGATTGAC


BQ
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AF RR1CS82TF U 1
AF RR1CS82JQ C 294
BS 1 664 RR1CS82TF
BS 665 1029 RR1CS82JQ

RD RR1CS82TF 664 0 0
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AAAGGAGGTGGCGGCGCTGGAAGGCCTGTGGCGGCATCTAGGCCGTTTAACGTTGATGCT
ACCGTCGATATTCCATTGGATACTGTGAATGACTCTTCAAAGAAACAGAGAGAGCTTTCT
GATTGGGAATCTGAGCTTAAGAAGAGAGAAATGGATATTAAAAGAAGAGAAGATGCTGTT
GCTAAATCTGGCGTGAAGACGAGCAATAAAAACTGGCCACCTTTTTTCCCTATTATACAC
CACGACATTGCTAATGAGATACCAGTTCATGCTCAGAAACTCCAATATCTGGCGTTTGCT
AGTTGGTTGGGTATAGTTTTGTGTCTCGTATTCAATGTCATTGCAGTGATAGTCTGCTGG
ATTAAAGGCGGAGGTGTCAAAATCTTTTTTCTTGCCACGATCTATGCGCTCCTTGGATGT
CCAATTTCGTATCTATTATGGTATAGGCCTCTCTACCGAGCTATGAGGACTGACAGCGCT
CTGAAGTTCGGTTGGTTTTTCTTCTTCTACCTGATTCACATTGGCTTCTGCATCTTTGCC
GCCATTGCTCCTCCAATCTTTTTCCGCGGCTTATCATTAACGGGTGTGCTGGCAGCAATT
GATG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1CS82JQ 736 0 0
TATACACCACGACATTGCTAATGAGATACCAGTTCATGCTCAGAAACTCCAATATCTGGC
GTTTGCTAGTTGGTTGGGTATAGTTTTGTGTCTCGTATTCAATGTCATTGCAGTGATAGT
CTGCTGGATTAAAGGCGGAGGTGTCAAAATCTTTTTTCTTGCCACGATCTATGCGCTCCT
TGGATGTCCAATTTCGTATCTATTATGGTATAGGCCTCTCTACCGAGCTATGAGGACTGA
CAGCGCTCTGAAGTTCGGTTGGTTTTTCTTCTTCTACCTGATTCACATTGGCTTCTGCAT
CTTTGCCGCCATTGCTCCTCCAATCTTTTTCCGCGGCTTATCATTAACGGGTGTGCTGGC
AGCAATTGATGTAATCAGAGCCAGTTTACTAGCCGGGATCTTTTACTTTGTCGGCTTCGG
TCTGTTCTGCTTGGAGGCGCTTCTCAGTGTGTGGGTTCTCCAGAAAATATACATCTACTT
CAGGGGAAACAAGTAAACAATGCATATACACTAGAGCAAAAGGCCATACTTCTCCAACGA
TACCGCTCTCTTAGAAGGTTTGAGTATAGTACTATACTATCATGCTACTAATGTAATTAC
CATTTGTGCACTTGTCTGGGATAATACTCTGTTGTGATGTGTTTGTATTTTGTTTTATTG
TGTGGTGCTGTCTTCGTTTAGTAGTTGCAGTGGCAAAATAAATACTCTATGTTCTGTTAT
TACGTTGAGGATTGAC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL5806Contig1 645 2 2 U
GCAACTTTCAGCAATCTCTCTTTTTTTGTTTTCCCCCAAATTGGACCTCTTCGTCGCACT
ATCTTAGGGTTTCGTATTTCGCTCTTCCTCGAGGAATCGATCTTGCGCAGTTACAGCAAT
GGGGAAAAGGAAGTCAAGGGCAAAGCTTGCTACAACGAAGCGTATGGACAAGCTTGACAC
TGTCTTTAGTTGTCCTTTCTGCAATCACGGCTCTAGTGTCGAATGCCAAATTGATATGAA
GGAGATGATTGGTATTGCAACTTGTAGAATCTGTGAAGAAAGCTTTAGCACAACTATTAC
AGCTTTGAGTGAAGCTATAGACATCTATAGTGAATGGATTGGCGAGTGCGAGAGGGTTAA
CACTGTGGAAGATGATGTTGAGCAAGAAGAGGAAGCTGAAGAAGAAGAAGTTTATGAAGA
AGAGGAAGAAGAAGATGAAGAGGAAGATGACCGTGTGTCTGTCAAAAGGAAGTTTAACTA
CCGAGACGATTAATCTTTTATCCAAAAAACCAGGCAAGTCCTGTTAGACATTTGCCTTTT
GTATTCTAGTATCTATCTATCTGTTGGAAATTGCAAGAACAGTCTTTAGTGTTTTCTCAG
TGTCTGGTAAAAGAACAACAGTTTGTGATGGTTGCCAAATGAATT


BQ
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AF RR1FX31TF U 1
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BS 392 645 RR1FX31JQ

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CACTGTGGAAGATGATGTTGAGCAAGAAGAG

QA 1 391 1 391
DS 

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GGGTTAACACTGTGGAAGATGATGTTGAGCAAGAAGAGGAAGCTGAAGAAGAAGAAGTTT
ATGAAGAAGAGGAAGAAGAAGATGAAGAGGAAGATGACCGTGTGTCTGTCAAAAGGAAGT
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QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

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TATCGTAACCCTCGATTAGGGTTTCCGATTTCGAAATCGAAAGAAATCAATTGGGGGGAG
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TCTCACAGCGTCTCCTCTCCACGTCTCTCTCTTTTCGCCGCATCTCTTATCCGTCTCTCT
CTCTCCGCCGGGTCTCGTCTCCGTCTCTCTCTCTCCGCCGCGTCTCCTCTCCGTCTCTCT
CTCACCGCGTCTCCTCTTCGCGTCTCTTTCTCGCACCGCAGCTCACTCTCCTCCTCTCTC
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ATGAAGTACAGTTTGTGAGACTTATCTTCTTATATGAGAATCAACTTTTGGTTTGGTGAA
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GCTGTTTTTTTAAACTTTATATCACATTATGTTACGTGGGTTTTCATTTTTTAGATTTAA
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ATACTTTGAAACTTTATTACG


BQ
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AF RR1FH64TF U 1
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RD RR1FH64TF 196 0 0
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GCCGCCGCCGTCAAATCTCGCCGGAGATCTGCCGCCGTTTCCTAATCCGCCGAAGTCTTG
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GTTT*GCGCATCTCCT

QA 1 196 1 196
DS 

RD RR1FH64JQ 735 0 0
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GCCGTCAAATCTCGCCGGAGATCTGCCGCCGTTTCCTAATCCGCCGAAGTCTTGTATCGT
AACCCTCGATTAGGGTTTCCGATTTCGAAATCGAAAGAAATCAATTGGGGGGAGGTTTTG
CGCATCTCCTTTCCGCCTCTCTCTCTCACCGCGTATCCTCTCCTCGTCTCTCTCTCTCAC
AGCGTCTCCTCTCCACGTCTCTCTCTTTTCGCCGCATCTCTTATCCGTCTCTCTCTCTCC
GCCGGGTCTCGTCTCCGTCTCTCTCTCTCCGCCGCGTCTCCTCTCCGTCTCTCTCTCACC
GCGTCTCCTCTTCGCGTCTCTTTCTCGCACCGCAGCTCACTCTCCTCCTCTCTCTCTCAA
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QA 1 735 1 735
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5809Contig1 789 2 6 U
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TCTTTGGCACATCATCTTCTGCTTATCAGTATGAAGGTGCGTACTTAACCGATGGAAAAG
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ATGGAGACATAGCTGTTGATCAATATAATCGATACATGGTTAATTAAGTTTTTCTGTTAA
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TAATTTGGGAACAGAATATTTATCTATATATTGCGAAAAACTGGAGAACAAAAAATATAC
ATTGAGAAAAAGTGATTGAATGTAGTTTAAGTTATTCACTTCTTATGCTTACAGGAGGAT
ATCCAATCAATGAAATATCTTGGCGTCAACAGTTACAGACTTTCAATATCTTGGTCTAGA
GTCTTACCCTAGTAAGTCTTCTTTTTTGTAAACACTTTCTAAATCATGGTTTTTAATAGT
TAAAATTATTTGTTTACCATCGAACAATCATTCATATACGAGATGTCGCTAACGCCAATT
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GATACAATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A068TF U 1
AF RR1A068JQ C 491
BS 1 657 RR1A068TF
BS 658 658 RR1A068JQ
BS 659 674 RR1A068TF
BS 675 675 RR1A068JQ
BS 676 686 RR1A068TF
BS 687 789 RR1A068JQ

RD RR1A068TF 695 0 0
ACAGTTCATGTCTTCATCAAAATTCTTCAGATGATTCATCTCCATTTCCTTCTGATTTCC
TCTTTGGCACATCATCTTCTGCTTATCAGTATGAAGGTGCGTACTTAACCGATGGAAAAG
GTTTGAACAATTGGGATGTCTTTAGCCATGAAAACCCTGGGAGAATAATGGATGGGGGCA
ATGGAGACATAGCTGTTGATCAATATAATCGATACATGGTTAATTAAGTTTTTCTGTTAA
GTTAAAAATTTTTGGGCCGAAACTCAAATATTTTTGGGCCAGCAACAAAACCGTTGTTAA
ATTTCCCTCCCCCATATTTACTTTGAGACTCAAACCTGATAATAAAAAACTTTCTTATAA
TAATTTGGGAACAGAATATTTATCTATATATTGCGAAAAACTGGAGAACAAAAAATATAC
ATTGAGAAAAAGTGATTGAATGTAGTTTAAGTTATTCACTTCTTATGCTTACAGGAGGAT
ATCCAATCAATGAAATATCTTGGCGTCAACAGTTACAGACTTTCAATATCTTGGTCTAGA
GTCTTACCCTAGTAAGTCTTCTTTTTTGTAAACACTTTCTAAATCATGGTTTTTAATAGT
TAAAATTATTTGTTTACCATCGAACAATCATTCATATACGAGATGTCGCTAACGCCATTT
TTATGTGGTTAGAA*TATCATTTGAG
AAATGATTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1A068JQ 299 0 0
TGAAATATCTTGGCGTCAACAGTTACAGACTTTCAATATCTTGGTCTAGAGTCTTACC*T
AGTAAGTCTTCTTTTTTGTAAACACTTTCTAAATCATGGTTTTTAATAGTTAAAATTATT
TGTTTACCATCGAACAATCATTCATATACGAGATGTCGCTAACGCCAATTTTATGTGGTT
AGAAATATCATTTGAGGAAAATGATTTTGGTTGAAATTCCTCAATTTATAAAGAAAAAAA
TTGTTAGAAATGTTGTTTCTGACTTCTAATTATATTATAAACTGTGAGAAGATACAATC

QA 1 299 1 299
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5811Contig1 1110 2 2 U
GGAGAGTTAGTTACACAAACAAAGATGATGATCCGTTCAAGATCCGTCGCGGTTAAGTCC
TTGGGCTACCTCCGCCACTCCTCCGCACTCGTTAACTCTCCACTCCTCTCCGGCGCCACC
GCGACTACTCCCTCTGTCCGCCACTTCACCTCCCCCGGCCACGCTTTCAACAGCTACCAA
ATCAAGCCGCCGGTGAACTGGGGGATCCGAATCGTCCCGGAGAAGAGAGCGTGCGTGATT
GAGCGGTTCGGAAAGTACGTCAAGACACTGGAGTCAGGGATCCACTTCCTCGTCCCCGGC
GTGGATCGAATCGCGTACGTTCACTCGCTCAAGGAGGAGGCGATTCCGATTGGGAACCAG
ACTGCGATTACCAAGGATAACGTCAGCATCCACATCGATGGCGTTCTTTACGTCAAGGAA
GCCATCAACGTTGCTGCAAAAGATTGGGGTCTTGAGTGCCTTCTTTATGAGATAAGTGAC
TCATTTTTTTCTTCTCTGTCTTTTGGTGGATTCTCTTGTTAGGCTGTTTCTGAGTATACA
TGTGTTGTGTCTTTCCAGGGGATATCATGCCTCCTAATGGAGTGAGGGTTGCTATGGAAA
TGCAAGCTGAAGCTGAACGTAAAAAGAGAGCCCAGATTCTCGAGTCCGAAGGAGAACGTC
AAGCCCGTATCAACATAGCTGATGGTAAGAAGAGTTCTGTAATCTTGGAATCCGAAGCTG
CAAAGATGGACCAAGTTAATCTAGCATCAGGTGAGGCAGAAGCAATATTAGCTAGAGCAC
AAGCAACGGCCAGGGGGTTGGCCATGTTATCTCAATCCCTCAAGGAAACTGGTGGAGTTG
AGGGTCCAACGATGCTGCTTCCGAGTTCAGCTGCGAATCCTGCAAACATGATCGCTCAAG
CCTTGACAATGTACAAAAGCCTCGTCCCCAACCGTGGTATCGTCCAGGAAACTTCAGCAG
TGGACTCCTCGTTTAATGCGAAATAGAAGAGGAGGTGGTGGTGGTAGAAGAAGAAGAAGA
AGAAAGAACTAGGAACAATAATAATTCTTTTTACCTGTGATTTTACTGTGAACCGCTTTT
CAGTATTGATATATGAAAAACAGTTTTATC


BQ
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AF RR1CS12TF U 1
AF RR1CS12JQ C 484
BS 1 668 RR1CS12TF
BS 669 1110 RR1CS12JQ

RD RR1CS12TF 668 0 0
GGAGAGTTAGTTACACAAACAAAGATGATGATCCGTTCAAGATCCGTCGCGGTTAAGTCC
TTGGGCTACCTCCGCCACTCCTCCGCACTCGTTAACTCTCCACTCCTCTCCGGCGCCACC
GCGACTACTCCCTCTGTCCGCCACTTCACCTCCCCCGGCCACGCTTTCAACAGCTACCAA
ATCAAGCCGCCGGTGAACTGGGGGATCCGAATCGTCCCGGAGAAGAGAGCGTGCGTGATT
GAGCGGTTCGGAAAGTACGTCAAGACACTGGAGTCAGGGATCCACTTCCTCGTCCCCGGC
GTGGATCGAATCGCGTACGTTCACTCGCTCAAGGAGGAGGCGATTCCGATTGGGAACCAG
ACTGCGATTACCAAGGATAACGTCAGCATCCACATCGATGGCGTTCTTTACGTCAAGGAA
GCCATCAACGTTGCTGCAAAAGATTGGGGTCTTGAGTGCCTTCTTTATGAGATAAGTGAC
TCATTTTTTTCTTCTCTGTCTTTTGGTGGATTCTCTTGTTAGGCTGTTTCTGAGTATACA
TGTGTTGTGTCTTTCCAGGGGATATCATGCCTCCTAATGGAGTGAGGGTTGCTATGGAAA
TGCAAGCTGAAGCTGAACGTAAAAAGAGAGCCCAGATTCTCGAGTCCGAAGGAGAACGTC
AAGCCCGT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1CS12JQ 627 0 0
TTTTTTTCTTCTCTGTCTTTTGGTGGATTCTCTTGTTAGGCTGTTTCTGAGTATACATGT
GTTGTGTCTTTCCAGGGGATATCATGCCTCCTAATGGAGTGAGGGTTGCTATGGAAATGC
AAGCTGAAGCTGAACGTAAAAAGAGAGCCCAGATTCTCGAGTCCGAAGGAGAACGTCAAG
CCCGTATCAACATAGCTGATGGTAAGAAGAGTTCTGTAATCTTGGAATCCGAAGCTGCAA
AGATGGACCAAGTTAATCTAGCATCAGGTGAGGCAGAAGCAATATTAGCTAGAGCACAAG
CAACGGCCAGGGGGTTGGCCATGTTATCTCAATCCCTCAAGGAAACTGGTGGAGTTGAGG
GTCCAACGATGCTGCTTCCGAGTTCAGCTGCGAATCCTGCAAACATGATCGCTCAAGCCT
TGACAATGTACAAAAGCCTCGTCCCCAACCGTGGTATCGTCCAGGAAACTTCAGCAGTGG
ACTCCTCGTTTAATGCGAAATAGAAGAGGAGGTGGTGGTGGTAGAAGAAGAAGAAGAAGA
AAGAACTAGGAACAATAATAATTCTTTTTACCTGTGATTTTACTGTGAACCGCTTTTCAG
TATTGATATATGAAAAACAGTTTTATC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL5812Contig1 1060 2 4 U
GGGAGGGCATGGTAACTGACTTGACATTGGCAAGAGAGAACCAAACCAGTTTTGAGGAGT
ATCTAGGCAACAACCCCGCTGCAAACCCAGGGATTGATTTGACCGTAACTGTTCTTACCA
CTGGTTTCTGGCCAAGCTACAAATCATTCGACATAAATCTACCCAGTGAAATGGTCAAGT
GTGTTGAAGTTTTCAAAGGGTTTTATGAGACGAAAACGAAACATAGGAAACTTACATGGA
TCTACTCACTAGGAACTTGTCACCTCAACGGAAAGTTTGATCACAAGCCCATTGAGTTAG
TTGTGTCTACTTACCAGGCTGCTGTTCTTCTGCTGTTCAACACCACAGACAAATTGAGCT
ACAACGATATCCTAACTCAACTGAACCTAAGCCACGAAGATCTAGTGAGGTTGCTTCATT
CCCTGTCATGTGCTAGGTACAAGATCCTTCTCAAGGAGCCAAGCACAAAGACCGTTACGC
AGACTGATTCATTTGAATTCAATGCCAAATTCACAGACAGAATGCGCAGAATCAAGATCC
CTCTCCCTCCTGTTGATGAAAGGAAGAAGGTTGTGGAAGATGTGGACAAAGACAGACGCT
ATGCGATTGATGCTGCCATTGTTAGGATCATGAAGAGCACGAAAGTATTGGGACATCAAC
AACTCGTCTCTGAGTGCGTTGAGCAACTGAGCCGAATGTTCAAGCCTGATATCAAAGCGA
TCAAGAAGCGTATGGAGGATCTAATTACGAGGGATTATTTGGAGAGGGACAAGGAGAACC
CTAACATGTTTAGGTACTTGGCTTAGAGGCAAAGAAAAAACAACTATGGAGGTGGTTTGC
TGGCTCATGAAAGAACGAAGCATCTCTCTGCTCTTCTCTGCTTGTATATGAAAATCTTAT
TTGGATACTTCTACCCTAAGAAAAAACTTTGGTTTCTTTATTAACAATCGGTCTGTGCTT
TTTTATTCTTGGGATGCAAATTACTTTTTGGGGGTTTTTGTTTCTTGGATATGAATGGAG
ATGGAACTGATGATCTCTGCTGTTAAATACGTTCATCTTC


BQ
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AF RR1D919TF U 1
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TCTACTCACTAGGAACTTGTCACCTCAACGGAAAGTTTGATCACAAGCCCATTGAGTTAG
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CTCTCCCTCCTGTTGATGAAAGGAAGAAGGTTGTGGAAGATGTGGACAAAGACAGACGCT
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AACTCGTCTCTGAGTGCGTTGAGCAACTGAGCCGAATGTTCAAGCCTGATATCAAAGCGA
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DS 

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TGAAGAGCAGGAAAGTATTGGGACATCAACAACTCGTCTCTGAGTGCGTTGAGCAACTGA
GCCGAATGTTCAAGCCTGATATCAAAGCGATCAAGAAGCGTATGGAGGATCTAATTACGA
GGGATTATTTGGAGAGGGACAAGGAGAACCCTAACATGTTTAGGTACTTGGCTTAGAGGC
AAAGAAAAAACAACTATGGAGGTGGTTTGCTGGCTCATGAAAGAACGAAGCATCTCTCTG
CTCTTCTCTGCTTGTATATGAAAATCTTATTTGGATACTTCTACCCTAAGAAAAAACTTT
GGTTTCTTTATTAACAATCGGTCTGTGCTTTTTTATTCTTGGGATGCAAATTACTTTTTG
GGGGTTTTTGTTTCTTGGATATGAATGGAGATGGAACTGATGATCTCTGCTGTTAAATAC
GTTCATCTTC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

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GATCATCAACAGATCTATTCGGTTTCAATCAAAAACGCTGCAGCCTCATTACTTTTTCCG
TATTAAAGTCGAGTATGCAGTTTTTTGTTCCTTTTTCATGATATCGCCGCTCTCTGTGCA
GTGTTGTCAATTTGATATTTTTTCTGATTATCTGATAATGGTTTCTCTTGCTGATTCCAG
GCACTGAAAAAAGAAAAATGGTGAAGGGACAGAGGAAAGCGGCGACATGAGAGGAAAGGA
AGGGGATGAAGGCGGTGAAGGATAAAGAGCAGAATGGTGACTTGAATGTCGGGCGTTCAA
GCAACCTTTTGATTACCATGGTGTTCAGCAATTGAATTTTGTTTTCATTAACGACAATGA
TTCTGATGTTTTGGAGTTTCCAGTTACGCAGAAAAAAAAACTTCCAAGCATGTGATTGAA
GAAACAACTCAATTATGTTCTTCACTGCAGAGTCTGAACCGTGGCATTAGAATCTTCTTA
TGGATGAGTAAAAATCACACTTTTAAGCTAAGGAAGACAAAGGACTGGAAACAGCTAACA
AATGGCTCGACTACAAGCTTCAAGACACTGCTAACTTAGCCACAACGCCAAGTTGTTCAG
TTCTGTCCAGTTGTCGAACAACCTCAGTGATGTCGGGATCCTCTGCCATGTCGGGATCAT
CACATTTGAGCAGTAGAGGAGAGATGTCTGCTAGAACCTGGATGTTGAGTGAAGATTTGA
TTCTGAGCAAATGAGAATAGATTCATGGTGTTTGGTTAGTACCGATGACTGGAACCACTT
AGAGTGGACATGAAGAAGTTGTTCCAGTTAGAGATTGCCACTAAAGCAGCTCCAAAGGGA
GAGTTTCTAATTGTTTTTTTGTGTGTTTAATATATATTTTCCTATGTCAATTCGTAAGCA
ACTTTATAGACGGAGTTTCATATACAAGTTTAAAAATATTGTATTATATTATTCTTTACA
AAGGACTTTGTAATATAGATTCTATAGTTTTTCTGTGTATATACTTTTTATAATAATTTT
CCATTATTTTCTTATCC


BQ
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AF RR1G560TF U 1
AF RR1G560JQ C 401
BS 1 772 RR1G560TF
BS 773 1097 RR1G560JQ

RD RR1G560TF 772 0 0
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GATCATCAACAGATCTATTCGGTTTCAATCAAAAACGCTGCAGCCTCATTACTTTTTCCG
TATTAAAGTCGAGTATGCAGTTTTTTGTTCCTTTTTCATGATATCGCCGCTCTCTGTGCA
GTGTTGTCAATTTGATATTTTTTCTGATTATCTGATAATGGTTTCTCTTGCTGATTCCAG
GCACTGAAAAAAGAAAAATGGTGAAGGGACAGAGGAAAGCGGCGACATGAGAGGAAAGGA
AGGGGATGAAGGCGGTGAAGGATAAAGAGCAGAATGGTGACTTGAATGTCGGGCGTTCAA
GCAACCTTTTGATTACCATGGTGTTCAGCAATTGAATTTTGTTTTCATTAACGACAATGA
TTCTGATGTTTTGGAGTTTCCAGTTACGCAGAAAAAAAAACTTCCAAGCATGTGATTGAA
GAAACAACTCAATTATGTTCTTCACTGCAGAGTCTGAACCGTGGCATTAGAATCTTCTTA
TGGATGAGTAAAAATCACACTTTTAAGCTAAGGAAGACAAAGGACTGGAAACAGCTAACA
AATGGCTCGACTACAAGCTTCAAGACACTGCTAACTTAGCCACAACGCCAAGTTGTTCAG
TTCTGTCCAGTTGTCGAACAACCTCAGTGATGTCGGGATCCTCTGCCATGTCGGGATCAT
CACATTTGAGCAGTAGAGGAGAGATGTCTGCTAGAACCTGGATGTTGAGTGA

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1G560JQ 697 0 0
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CTTCCAAGCATGTGATTGAAGAAACAACTCAATTATGTTCTTCACTGCAGAGTCTGAACC
GTGGCATTAGAATCTTCTTATGGATGAGTAAAAATCACACTTTTAAGCTAAGGAAGACAA
AGGACTGGAAACAGCTAACAAATGGCTCGACTACAAGCTTCAAGACACTGCTAACTTAGC
CACAACGCCAAGTTGTTCAGTTCTGTCCAGTTGTCGAACAACCTCAGTGATGTCGGGATC
CTCTGCCATGTCGGGATCATCACATTTGAGCAGTAGAGGAGAGATGTCTGCTAGAACCTG
GATGTTGAGTGAAGATTTGATTCTGAGCAAATGAGAATAGATTCATGGTGTTTGGTTAGT
ACCGATGACTGGAACCACTTAGAGTGGACATGAAGAAGTTGTTCCAGTTAGAGATTGCCA
CTAAAGCAGCTCCAAAGGGAGAGTTTCTAATTGTTTTTTTGTGTGTTTAATATATATTTT
CCTATGTCAATTCGTAAGCAACTTTATAGACGGAGTTTCATATACAAGTTTAAAAATATT
GTATTATATTATTCTTTACAAAGGACTTTGTAATATAGATTCTATAGTTTTTCTGTGTAT
ATACTTTTTATAATAATTTTCCATTATTTTCTTATCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL5814Contig1 342 2 2 U
GCATATATATATCAAACTCGGTTTAAACAAAACATAACCAATAAAACCGGATCACAATGA
TATAAGAAGTCCAGACAGCTCTGTTCAAAAGTCTGATCCCACCATAAAGCACAAACAAAC
AAGTCTTTCATTTAACTTTTACACATTATTTTTAAACATCAGAGATTCAGCCCTCATTCT
CTTAACCTCTTTTCCTTATTCCTCATCATCATCATCATCTTCCTTCTTCAAACGAGTCTC
ACCACCTTCTTCTTCTTTTTCATCCTCCTCCTTGTGAGCTCTGTCAACGATTTCAACTTT
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BQ
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QA 1 337 1 337
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AS 0 0

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BQ
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BQ
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AF RR1AW69TF U 1
AF RR1AW69JQ C 610
BS 1 824 RR1AW69TF
BS 825 1371 RR1AW69JQ

RD RR1AW69TF 824 0 0
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TTCTGTTAGTTTGTGTTCCTTGTCTCTGTTTCGGACATGGCGGTTCCTGCGGCTCTTGTA
TTTATCCCTGTTGGTGTCCTCTTCTTGATCTCAGGCCTCATCGTCAATCTCATTCAGCTT
GTGTTCTTCATCATTGTTCGTCCATTCTCCAAAAGCTTATATAGAAGAATCAACAAAACC
GTTGTGGAGTTACTTTGGTTGCAGCTTATATGGCTGATTGATTGGTGGGCTTGTATAAAG
GTTAATTTATACGCTGATGCAGATACTCTGCAGTTACTTGGGAAAGAACATGCACTTGTT
TTATCAAACCATAGAAGTGATATTGATTGGCTTATTGGATGGGTCATGGCTCAGCGTGCA
GGTTGTCTTGGAAGCTCTCTAGCTATCATGAAAAAAGAAGCCAAGTACCTTCCAATCATA
GGTTGGTCCATGTGGTTTTCGGATTACATTTTCTTGGAAAGAAGCTGGGATAAAGATGAG
AAGACCCTCGAGGCAGGTTTTAAACGGTTTGAGGACTTTCCTATGACATTCTGGTTGGCT
CTTTTCGTCGAAGGAACTCGTTTCACTCAGGAGAAGCTTGAAGCTGCTCAAGAATACGCC
TCTATCAGAAGCTTACCATCTCCTCGAAATGTCTTGATTCCTCGTACAAAGGGATTTGTA
TCGGCGGTGTCTCACATAAAGTCATTTGTCCCTGCGGTTTATGATTGTACCTTAACTGTT
CGCAACAATCAGCCTACACCAACTCTCCCTTAGGATGTTCAGTG

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR1AW69JQ 762 0 0
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AGCTTACCATCTCCTCGAAATGTCTTGATTCCTCGTACAAAGGGATTTGTATCGGCGGTG
TCTCACATAAGGTCATTTGTCCCTGCGGTTTATGATTGTACCTTAACTGTTCGCAACAAT
CAGCCTACACCAACTCTCC*TTAGGATGTTCAGTGGACAATCATTTGAGTTGAATTTGCA
GCTAAGACGTCACAAGATGAGTGACTTGCCAGAAACTGATGATGGTATTGCACAATGGTG
CCGAGATCTATTTATCACCAAGGATGCTCAACTTGAGACATACTTCACAAAAGACGTGTT
CAGCGACTTGGATGTTCACCAAATCAACCGGCCAATCAAACCATTGATCGTGGTGATAGT
TTGGGTATGTCTTCTTATGTTGGGTGGTTTCAAGCTGCTTCAATGGCTCTCTATGGTGGC
CTCGTGGGAGATCATTTGTTTGTTTGTGATCCTCTTGGTAATTGCAACAATTACAATGCA
AGTACTTATTCAGTTTTTTGAGTCACACCGTTCAACTCCTGCCAAGAGACCTCTACAAGA
ACAGCTTATTTTTGCGTAGGAGAAGAAGAGAAATATATGTTCAAGCCACTTTGTTCATTT
GCTCATGTTTAATATCTGTGTCAATATAACCAGAATTACTATTTGATTTATGATTAGTCA
TATATATCTTCAGTATACATATTACTTGGTTTTGTTTTCTGG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

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GTTTACAAGAAGCTGGTGATAAACTAGCTGAAGCACTTAGATCTTTGTGTTGGAGATACT
ACGGTATTCAAGCTGAGGAAGTGAAGCTGATAGGGTTAGATTCCCTTGGTTTTGACCTCA
GGCTTTGCGCAGGAGCAAAGATTGAGTCATTGCGGTTTGCATTCTCGACACGGGCAACAT
CAGAAGATGACGCAGAGGAACAAATAAAAGAACTATTATTCCCGACAAGAGACCCGTCGA
AGCCGCCACTGGGAACAAGTCAGAAGGAGGCTTCTTAGTGCTCTCTAGTGATCATTTAAT
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TTTTTTTGGGTTTACTTTGCACAAATTGAGCACTCTAGTTTCAACTCATTCGTTAGCAAA
GCTATTGCATCAAGATTGACATAGCTCAAAATAAATCCATCTT


BQ
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AF RR1GD30TF U 1
AF RR1E369JQ C 196
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BS 548 584 RR1GD30TF
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RD RR1GD30TF 584 0 0
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GTTTACAAGAAGCTGGTGATAAACTAGCTGAAGCACTTAGATCTTTGTGTTGGAGATACT
ACGGTATTCAAGCTGAGGAAGTGAAGCTGATAGGGTTAGATTCCCTTGGTTTTGACCTCA
GGCTTTGCGCAGGAGCAAAGATTGAGTCATTGCGGTTTGCATTCTCGACACGGGCAACAT
CAGAAGATGACGCAGAGGAACAAATAAAAGAACTATTATTCCCGACAAGAGACCCGTCGA
AGCCGCCACTGGGAACAAGTCAGAAGGAGGCTTCTTAGTGCTCTCTAGTGATCATTTAAT
GAAAGCTGCTAGGAGGAAACAGTAATCCAAACTGCAAATGCATTGTCTGTGGGGCAAACA
TGAACAAGGGTGGGTTGAAGCATTCAATTGATTTCGAAGCTGTAATTGCTGTTTCAAGTT
TTTTTT*GGGTTTACTTTGCACAAATTGAGCACTCTAGTTTCAA

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1E369JQ 448 0 0
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AGGAACAAATAAAAGAATTATTATTCCCGACAAGAGACCCGTCGAAGCCGCCACTGGGAA
CAAGTCAGAAGGAGGCTTCTTAGTGCTCTCTAGTGATCATTTAATGAAAGCTGCTAGGAG
GAAACAGTAATCCAAACTGCAAATGCATTGT*TGTGGGGCAAACATGAACAAGGGTGGGT
TGAAGCATTCAATTGATTTCGAAGCTGTAATTGCTGTTTCAAGTTTTTTTTTGGGTTTAC
TTTGCACAAATTGAGCACTCTAGTTTCAACTCATTCGTTAGCAAAGCTATTGCATCAAGA
TTGACATAGCTCAAAATAAATCCATCTT

QA 1 448 1 448
DS 



AS 1 2

CO CL5820Contig1 1180 2 4 U
GGAAAAAGAGAAGAGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTAACTTTCTGAAG
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TCTGGATCTGAGCTGCTGGATTAATGGCGTACGTGGATCATGCGTTCTCGATATCGGACG
AGGACATGATTTGGGACTGCATACACCGTGAATAACCGACCGCCGGTAAAGGAGATCGCG
CTCGCGGTGGCTCTTCTGGTGTTCGGAACCTTGGGAATCGTATCAGGCTTCTTCATGGCG
TACAATCTAGTTGGTGGTGATCGAGGCCACGGTGCGATTTCGATATATCTTTGTTGCTAA
TTAATTCTTCTCCCGAAAGCTAGATCCTAGGTGTGGAAAATGGAGATTGATGAGAATCTA
AGAGAGTTTATTAGTTCTGAAGAAAAAAACTTTAGATTAGAGTAATCTGGTTAGCTATGC
ATTGCTGCTGCTAGAAACATTTCGATTTGATTTCATCCTGAGATTGTGTAATTGTTTAGT
ATGAACTTCAGTAAAGTTTGCAATCTGAAATGATTTTCCAAATTGACAAGTGCTTATAAG
AGATGAGATTTTACTTTTTGAATTAGTAGTAATCCTGCTCTTATGTGGCCCTGTCTTAAC
AAGTATTAACTTTTCAAGGTCATTCATTGATGCATATCCAACTCATATGAAAGCAAAAAT
ACATAGTAAACGTGATCTGATTTTTCTTTTGTTCGGATTTGGATCAAAAACGTATGGTTT
CTATTTGTGATTTGGGGGCATGAGGAGCTCAGGTAATGAGTGGATTCATTCATTCTTTCT
TTTGTTGTTTAACAGGGATTTTCTTCATGGTACTGGGGTGTCTTCTGTTCATCCCAGGGT
TTTACTATACTCGGATCGCCTATTACGCTTACAAAGGATACCAAGGTTTCTCCTTCTCCA
ACATACCCCCCGTTTAGTCCCCTAATGTATGTATAGAGATGATGTTTACGCAATGGCCTC
ACCTGTTTTCATTCTAGTGTACTAGTTTTAGAGGAGTTGTTAAAGTGAGTCCATGTTTAA
TACAATATCTTTCCCTTGTTGCTTTCCTCCTTTACTCTTGCAAGTCTGTGACAATTAGTC
CGATACATATTTACATATATATAATATACCTGGTTCATAG


BQ
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AF RR1F815TF U 1
AF RR1F815JQ C 369
BS 1 718 RR1F815TF
BS 719 719 RR1F815JQ
BS 720 740 RR1F815TF
BS 741 1180 RR1F815JQ

RD RR1F815TF 740 0 0
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TCTGGATCTGAGCTGCTGGATTAATGGCGTACGTGGATCATGCGTTCTCGATATCGGACG
AGGACATGATTTGGGACTGCATACACCGTGAATAACCGACCGCCGGTAAAGGAGATCGCG
CTCGCGGTGGCTCTTCTGGTGTTCGGAACCTTGGGAATCGTATCAGGCTTCTTCATGGCG
TACAATCTAGTTGGTGGTGATCGAGGCCACGGTGCGATTTCGATATATCTTTGTTGCTAA
TTAATTCTTCTCCCGAAAGCTAGATCCTAGGTGTGGAAAATGGAGATTGATGAGAATCTA
AGAGAGTTTATTAGTTCTGAAGAAAAAAACTTTAGATTAGAGTAATCTGGTTAGCTATGC
ATTGCTGCTGCTAGAAACATTTCGATTTGATTTCATCCTGAGATTGTGTAATTGTTTAGT
ATGAACTTCAGTAAAGTTTGCAATCTGAAATGATTTTCCAAATTGACAAGTGCTTATAAG
AGATGAGATTTTACTTTTTGAATTAGTAGTAATCCTGCTCTTATGTGGCCCTGTCTTAAC
AAGTATTAACTTTTCAAGGTCATTCATTGATGCATATCCAACTCATATGAAAGCAAAA*T
ACATAGTAAACGTGATCTGA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1F815JQ 812 0 0
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TATTAGTTCTGAAGAAAAAAACTTTAGATTAGAGTAATCTGGTTAGCTATGCATTGCTGC
TGCTAGAAACATTTCGATTTGATTTCATCCTGAGATTGTGTAATTGTTTAGTATGAACTT
CAGTAAAGTTTGCAATCTGAAATGATTTTCCAAATTGACAAGTGCTTATAAGAGATGAGA
TTTTACTTTTTGAATTAGTAGTAATCCTGCTCTTATGTGGCCCTGTCTTAACAAGTATTA
ACTTTTCAAGGTCATTCATTGATGCATATCCAACTCATATGAAAGCAAAAATACATAGTA
AACGTGATCTGATTTTTCTTTTGTTCGGATTTGGATCAAAAACGTATGGTTTCTATTTGT
GATTTGGGGGCATGAGGAGCTCAGGTAATGAGTGGATTCATTCATTCTTTCTTTTGTTGT
TTAACAGGGATTTTCTTCATGGTACTGGGGTGTCTTCTGTTCATCCCAGGGTTTTACTAT
ACTCGGATCGCCTATTACGCTTACAAAGGATACCAAGGTTTCTCCTTCTCCAACATACCC
CCCGTTTAGTCCCCTAATGTATGTATAGAGATGATGTTTACGCAATGGCCTCACCTGTTT
TCATTCTAGTGTACTAGTTTTAGAGGAGTTGTTAAAGTGAGTCCATGTTTAATACAATAT
CTTTCCCTTGTTGCTTTCCTCCTTTACTCTTGCAAGTCTGTGACAATTAGTCCGATACAT
ATTTACATATATATAATATACCTGGTTCATAG

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 2

CO CL5821Contig1 964 2 6 U
GGCCACGGCTTCCTCCTTCCGCCACCTTCCATGAATCCGACGATGACAAATCCGACGATC
CTCCTTCCGCCTGGCACCGTCCAACCTCTAGTCTCTCCGCATTGCCCTCTCAAGATCCTC
CACCACACCATTGGCGTAACCATTCTCTTAATCTCTCTCCAATCCTGGCCACACCTTCCC
GGTCTCTCCCTCCTCCCCATTCAATCCCTGAGCTAGAGACTTACGTTGTCCAGGTACCGA
GAGATCAAGTCTATTGGACTCCTCCTCCTGAACACGCAAAATACGTCCAAGAACGCCGTA
ACAACCCGGAGAAAAACAAAAGGAATGGGTGTTCCAAACGTCTTATGTGGTTCTTTATTA
TCCTGATCTTTTTTGGATTCATAATTGGTGCAATCACCGTTATCCTTCATTTCGTGTTCA
ACCCCACTCTTCCACTTTTTGAAGTCGAGAGATTAACGGCAAAACCTAGTACTATCGAAA
TCACGTTGAGAGCTGAGAATCCGACGTCTAACATGGGGGTAACCTATACGATGGGAAGAA
ACGGTATGATTTCATTAACGTACAAGAACAAGAGCCTAGGACGCGGGAAATTCCCAAAGA
TGTCCCTGGCGGCGACTGGATCCAGCAACGTCAATGTAAAGTTCAGTGGGTCGATCAAGA
ACGCCGTTATGCCACCTCGGGGATCGAAACAACCGGTGAGTTTGGTGCTGATGATGGAGC
TAAAGGCGGACTATGAAGCAGGACCAGTGAAAAAGAACAGGGAAGTGGTGGTGACTTGTG
ATGTTAAGGTTAAGGGATTATTAGATGCCAAGAAGGTCGAGATTGTGTCGGAGAATTGTG
AGAGTGAGTTCAAGAACTGACAGTCTATATTATATAAGGTGATTGTGTCGTTAGCGTTAC
AGTGTGCTGTAATTTTTTATACTTATGATGTAATGTTCAATTGTTTATTTTAAATTTATT
CCCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1EL74TF U 1
AF RR1EL74JQ C 369
BS 1 689 RR1EL74TF
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BS 727 741 RR1EL74TF
BS 742 964 RR1EL74JQ

RD RR1EL74TF 752 0 0
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CTCCTTCCGCCTGGCACCGTCCAACCTCTAGTCTCTCCGCATTGCCCTCTCAAGATCCTC
CACCACACCATTGGCGTAACCATTCTCTTAATCTCTCTCCAATCCTGGCCACACCTTCCC
GGTCTCTCCCTCCTCCCCATTCAATCCCTGAGCTAGAGACTTACGTTGTCCAGGTACCGA
GAGATCAAGTCTATTGGACTCCTCCTCCTGAACACGCAAAATACGTCCAAGAACGCCGTA
ACAACCCGGAGAAAAACAAAAGGAATGGGTGTTCCAAACGTCTTATGTGGTTCTTTATTA
TCCTGATCTTTTTTGGATTCATAATTGGTGCAATCACCGTTATCCTTCATTTCGTGTTCA
ACCCCACTCTTCCACTTTTTGAAGTCGAGAGATTAACGGCAAAACCTAGTACTATCGAAA
TCACGTTGAGAGCTGAGAATCCGACGTCTAACATGGGGGTAACCTATACGATGGGAAGAA
ACGGTATGATTTCATTAACGTACAAGAACAAGAGCCTAGGACGCGGGAAATTCCCAAAGA
TGTCCCTGGCGGCGACTGGATCCAGCAACGTCAATGTAAAGTTCAGTGGGTCGATCAAGA
ACGCCGTTATGCCACCTCGGGGATCGAAA*AACCGGTGAGTTTGGTGCTGATGATGGAGC
TAAAG*CGGACTATGAAGCAG
ACAGTGAAAAG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1EL74JQ 596 0 0
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CTTCCACTTTTTGAAGTCGAGAGATTAACGGCAAAACCTAGTACTATCGAAATCACGTTG
AGAGCTGAGAATCCGACGTCTAACATGGGGGTAACCTATACGATGGGAAGAAACGGTATG
ATTTCATTAACGTACAAGAACAAGAGCCTAGGACGCGGGAAATTCCCAAAGATGTCCCTG
GCGGCGACTGGATCCAGCAACGTCAATGTAAAGTTCAGTGGGTCGATCAAGAACGCCGTT
ATGCCACCTCGGGGATCGAAACAACCGGTGAGTTTGGTGCTGATGATGGAGCTAAAGGCG
GACTATGAAGCAGGACCAGTGAAAAAGAACAGGGAAGTGGTGGTGACTTGTGATGTTAAG
GTTAAGGGATTATTAGATGCCAAGAAGGTCGAGATTGTGTCGGAGAATTGTGAGAGTGAG
TTCAAGAACTGACAGTCTATATTATATAAGGTGATTGTGTCGTTAGCGTTACAGTGTGCT
GTAATTTTTTATACTTATGATGTAATGTTCAATTGTTTATTTTAAATTTATTCCCC

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

CO CL5822Contig1 868 2 3 U
GGGAAGTGTATATGACTATCTACACAAGCAAAAGGGCGTCTTTAAGCTTCCAGCTCTGTT
AAAAGTAGCTATAGATATCTGCAAAGGGATGAACTACTTGCACCAAAATAATATAATTCA
CAGAGATTTAAAGGCTGCCAACCTTTTAATGGACGAGCATGAGGTAGTTAAGGTTGCTGA
CTTTGGAGTGGCTAGAGTAAAAGCACAAACAGGAGTGATGGCGGCTGAAACAGGAACATA
TCGCTGGATGGCTCCGGAGGTGATAGAACACAAGCCATATGATCACAAGGCAGACGTTTT
CAGCTACGGGATTGTGCTATGGGAGCTGTTGACTGGCAAGATTCCATATGAATACATGAC
GCCATTGCAGGCAGCAGTAGGGGTGGTTCAGAAGGGACTACAGCCTACAATCGCTAAGAA
GACGCATCCGAAAATGAGAGAGCTGATGGAGAGATTGTGGGAGAAGGATCCAACGCTGAG
ACCAGACTTTTCAGAGATAATAGATCAGCTACAAGAGATATCCAAGGAAGTAGAAGAAGA
GGAGGAGGAGAAGAAAAGATCACCAACGGGAGGAGGAGGTATCTTTGCGGCTCTCAGGAG
AACTGCAACACATCACTAAATACATTGCATTGATCCCACCCACCCAGTACTTGCTTCCAG
AAAAGATTGATTTGCAGAGTTTTTGTGTTGCTTACCTGCTGTTATTCAATTGATTTTGTT
TCCTTTCTGTAAGTTATAATACCCCACACACCCACACACACACACACTCATTGTCCATTT
CATCCAACATTTCAAGTTGTTGATGAAAGAAAACTTCATGTACAAGTAAAACTTCAGTGG
TTAGAAAAATAAACTCTTCCTTTAGCCC


BQ
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AF RR1AS70TF U 640
AF RR1AS70JQ C 1
BS 1 639 RR1AS70JQ
BS 640 812 RR1AS70TF
BS 813 868 RR1AS70JQ

RD RR1AS70TF 173 0 0
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TGTTATTCAATTGATTTTGTTTCCTTTCTGTAAGTTATAATACCCCACACACCCACACAC
ACACACACTCATTGTCCATTTCATCCAACATTTCAAGTTGTTGATGAAAGAAA

QA 1 173 1 173
DS 

RD RR1AS70JQ 868 0 0
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AAAAGTAGCTATAGATATCTGCAAAGGGATGAACTACTTGCACCAAAATAATATAATTCA
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CTTTGGAGTGGCTAGAGTAAAAGCACAAACAGGAGTGATGGCGGCTGAAACAGGAACATA
TCGCTGGATGGCTCCGGAGGTGATAGAACACAAGCCATATGATCACAAGGCAGACGTTTT
CAGCTACGGGATTGTGCTATGGGAGCTGTTGACTGGCAAGATTCCATATGAATACATGAC
GCCATTGCAGGCAGCAGTAGGGGTGGTTCAGAAGGGACTACAGCCTACAATCGCTAAGAA
GACGCATCCGAAAATGAGAGAGCTGATGGAGAGATTGTGGGAGAAGGATCCAACGCTGAG
ACCAGACTTTTCAGAGATAATAGATCAGCTACAAGAGATATCCAAGGAAGTAGAAGAAGA
GGAGGAGGAGAAGAAAAGATCACCAACGGGAGGAGGAGGTATCTTTGCGGCTCTCAGGAG
AACTGCAACACATCACTAAATACATTGCATTGATCCCACCCACCCAGTACTTGCTTCCAG
AAAAGATTGATTTGCAGAGTTTTTGTGTTGCTTACCTGCTGTTATTCAATTGATTTTGTT
TCCTTTCTGTAAGTTATAATACCCCACACACCCACACACACACACACTCATTGTCCATTT
CATCCAACATTTCAAGTTGTTGATGAAAGAAAACTTCATGTACAAGTAAAACTTCAGTGG
TTAGAAAAATAAACTCTTCCTTTAGCCC

QA 1 868 1 868
DS 



AS 1 2

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AACCGCTATGGATGGTTCTATGCAGCCTGCTTTGGGTGCTGATGGAAAGAGGGTAGAAAC
TCAGAGCAACGTTCTGCTTGCGTTGATTGAGAATATGCAGTACGCTGTCACCGTGGATGT
TCTTCACACGGTGTTTTCCGCTTATGGAACTGTGCAGAAGATTGCAACATTTGAGAAAAA
TGGTTCAACGCAAGCCTTAATTCAATACTCTGACATACCAACGGCGACAATAGCGAAAGA
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TGATCTAAGCCAACTGGTGGGGCAAAAAGTTCCAGGAGTGGCTGCAGCTAGTGGGCCAAC
AGATGGTTGGCACAATGGGCAGGTGCAGACTCAATACGCGGGAAGTTCATATATGTACTC
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CATATACTCTGTTTTCTACTTTATATAAATTTCGGATTATGTTAAAGACTGAACTGGGAG
AATGGGAGTTTCCATGTTTTAGGTTTTTGTTAAAAGTGTGATTGTTCTTTT


BQ
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AF RR1EI79TF U 1
AF RR1EI79JQ C 342
BS 1 680 RR1EI79TF
BS 681 711 RR1EI79JQ

RD RR1EI79TF 680 0 0
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AACCGCTATGGATGGTTCTATGCAGCCTGCTTTGGGTGCTGATGGAAAGAGGGTAGAAAC
TCAGAGCAACGTTCTGCTTGCGTTGATTGAGAATATGCAGTACGCTGTCACCGTGGATGT
TCTTCACACGGTGTTTTCCGCTTATGGAACTGTGCAGAAGATTGCAACATTTGAGAAAAA
TGGTTCAACGCAAGCCTTAATTCAATACTCTGACATACCAACGGCGACAATAGCGAAAGA
AGCACTGGAAGGACACTGCATATATGACGGTGGCTACTGTAAGCTTCGACTAACATACTC
TCGTCATACTGATCTCAATGTTAAGGCATTTAGCGACAAAAGCAGAGACTACACACTTCC
TGATCTAAGCCAACTGGTGGGGCAAAAAGTTCCAGGAGTGGCTGCAGCTAGTGGGCCAAC
AGATGGTTGGCACAATGGGCAGGTGCAGACTCAATACGCGGGAAGTTCATATATGTACTC
ACCAGCTGATCCCACAGGAGCTTCACCTTCTTCTGGTCATCCTCCTTACTATGGTTGATC
CATATACTCTGTTTTCTACTTTATATAAATTTCGGATTATGTTAAAGACTGAACTGGGAG
AATGGGAGTTTCCATGTTTT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1EI79JQ 370 0 0
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CTGCAGCTAGTGGGCCAACAGATGGTTGGCACAATGGGCAGGTGCAGACTCAATACGCGG
GAAGTTCATATATGTACTCACCAGCTGATCCCACAGGAGCTTCACCTTCTTCTGGTCATC
CTCCTTACTATGGTTGATCCATATACTCTGTTTTCTACTTTATATAAATTTCGGATTATG
TTAAAGACTGAACTGGGAGAATGGGAGTTTCCATGTTTTAGGTTTTTGTTAAAAGTGTGA
TTGTTCTTTT

QA 1 370 1 370
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5825Contig1 599 2 2 U
GATGTTTTGAGTAAAAGCAAGAAAACAGCATTGCTTGAGGCCCTTGATGAACTCAATGAG
CGAATGCCTTCTCTTCTTGATGTTGATCATCCATGTGCACAAAGAGAAATCGCTACAGCA
CGCCAGCTGGTCGAGACAATCCCTGAACAAGAGAACAATAATCTTCTTCTGGAATATTCA
CGAGGACGGAGACCCTCGTTTGAGTCAATATCCTCAGGCGAAACCGATGTGTCGCAGTGG
AACGTTTTGCAGTTCAACACAGGCTCTTCAGACCCGTTCATCATAAAATGTGGAGGCAAC
ACAAACTCGGAGCTGGTGATCAAGGCCGATGCACGAGTCCAAGAGCCCAAAGTAGGTGAG
CTTGTCAGGGTTGTCCCGAGACCTTCTGTTCTGGTGAACATGAGCTTAGAGGAAATGAAA
CAAATGTTTACTCAGTTGCCCGAAGCTCTAACCGTGCTGGCTTTAGCTAAAAATGCTGAT
GCCACGAGAGCTCGCTACTCTAGGCTCTACAAAACTCTGGCCATGAAGGTTCCCTCTCTC
AGGGACGTTGTTGCTGATCTTGAGAAAGATACCTAAGTCATGAAAACGGCATAGAGATG


BQ
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AF RR1BL79TF U 1
AF RR1BL79JQ C 171
BS 1 537 RR1BL79TF
BS 538 599 RR1BL79JQ

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CGAATGCCTTCTCTTCTTGATGTTGATCATCCATGTGCACAAAGAGAAATCGCTACAGCA
CGCCAGCTGGTCGAGACAATCCCTGAACAAGAGAACAATAATCTTCTTCTGGAATATTCA
CGAGGACGGAGACCCTCGTTTGAGTCAATATCCTCAGGCGAAACCGATGTGTCGCAGTGG
AACGTTTTGCAGTTCAACACAGGCTCTTCAGACCCGTTCATCATAAAATGTGGAGGCAAC
ACAAACTCGGAGCTGGTGATCAAGGCCGATGCACGAGTCCAAGAGCCCAAAGTAGGTGAG
CTTGTCAGGGTTGTCCCGAGACCTTCTGTTCTGGTGAACATGAGCTTAGAGGAAATGAAA
CAAATGTTTACTCAGTTGCCCGAAGCTCTAACCGTGCTGGCTTTAGCTAAAAATGCTGAT
GCCACGAGAGCTCGCTACTCTAGGCTCTACAAAACTCTGGCCATGAAGGTTCCCTCT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1BL79JQ 429 0 0
GGAATATTCACGAGGACGGAGACCCTCGTTTGAGTCAATATCCTCAGGCGAAACCGATGT
GTCGCAGTGGAACGTTTTGCAGTTCAACACAGGCTCTTCAGACCCGTTCATCATAAAATG
TGGAGGCAACACAAACTCGGAGCTGGTGATCAAGGCCGATGCACGAGTCCAAGAGCCCAA
AGTAGGTGAGCTTGTCAGGGTTGTCCCGAGACCTTCTGTTCTGGTGAACATGAGCTTAGA
GGAAATGAAACAAATGTTTACTCAGTTGCCCGAAGCTCTAACCGTGCTGGCTTTAGCTAA
AAATGCTGATGCCACGAGAGCTCGCTACTCTAGGCTCTACAAAACTCTGGCCATGAAGGT
TCCCTCTCTCAGGGACGTTGTTGCTGATCTTGAGAAAGATACCTAAGTCATGAAAACGGC
ATAGAGATG

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 2

CO CL5826Contig1 639 2 2 U
GGAAACACAAACACACACATCTTTCTTCCAGAAAAACTTTTTCCTTCTCCCAAGAATCTG
AATCTGCTTCACTTTTGTTAGATCGTGATGAACATCATCGACGATACGACGTCTCCAATG
GCCCACCCGGTTGATCCATCTCAACCTCCTTCCGACCAAACCCAACAAGATCCAAGTTCG
CCCAATGAAGCTTCTTCGGTTGCCGACAAGAAAGATGATCAAGCTTTGCCCGAAGAGAAA
CGGAAGCAGAATCAAGAAGAAGAGAGAGTTGACACTGGGAGAGAGAAGCTAAAGAAGCAC
CGGAGAGAGGTCGCAGGAAATGTTTGGATACCGGACATATGGGGACAAGAAGATCTTCTT
AAGGATTGGATCGACTGTTCAACCTTTGACACGTGTCTAGTCCCTGCCGGAATCTCGTCG
GCACGTGCAGCTCTCGTAGAGGAAGCTAGGCGAGCTGCTTCAGCTTCTGGTGGGTCACAT
AATCGTTGCTTGATCTCACGCTGAATTTTTATATAAATATCATATATAAATGTGGTTCTT
GTTCCTCAATAAATTATGTTAGACGCTATTGTTATATTGTTGATATATAGAGTCTTCTTT
TTTTTTTCATTTTTACCAATAATTATATAGAACATTGCC


BQ
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AF RR1DS67TF U 1
AF RR1DS67JQ C 151
BS 1 522 RR1DS67TF
BS 523 639 RR1DS67JQ

RD RR1DS67TF 522 0 0
GGAAACACAAACACACACATCTTTCTTCCAGAAAAACTTTTTCCTTCTCCCAAGAATCTG
AATCTGCTTCACTTTTGTTAGATCGTGATGAACATCATCGACGATACGACGTCTCCAATG
GCCCACCCGGTTGATCCATCTCAACCTCCTTCCGACCAAACCCAACAAGATCCAAGTTCG
CCCAATGAAGCTTCTTCGGTTGCCGACAAGAAAGATGATCAAGCTTTGCCCGAAGAGAAA
CGGAAGCAGAATCAAGAAGAAGAGAGAGTTGACACTGGGAGAGAGAAGCTAAAGAAGCAC
CGGAGAGAGGTCGCAGGAAATGTTTGGATACCGGACATATGGGGACAAGAAGATCTTCTT
AAGGATTGGATCGACTGTTCAACCTTTGACACGTGTCTAGTCCCTGCCGGAATCTCGTCG
GCACGTGCAGCTCTCGTAGAGGAAGCTAGGCGAGCTGCTTCAGCTTCTGGTGGGTCACAT
AATCGTTGCTTGATCTCACGCTGAATTTTTATATAAATATCA

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1DS67JQ 489 0 0
TCCGACCAAACCCAACAAGATCCAAGTTCGCCCAATGAAGCTTCTTCGGTTGCCGACAAG
AAAGATGATCAAGCTTTGCCCGAAGAGAAACGGAAGCAGAATCAAGAAGAAGAGAGAGTT
GACACTGGGAGAGAGAAGCTAAAGAAGCACCGGAGAGAGGTCGCAGGAAATGTTTGGATA
CCGGACATATGGGGACAAGAAGATCTTCTTAAGGATTGGATCGACTGTTCAACCTTTGAC
ACGTGTCTAGTCCCTGCCGGAATTTCGTCGGCACGTGCAGCTCTCGTAGAGGAAGCTAGG
CGAGCTGCTTCAGCTTCTGGTGGGTCACATAATCGTTGCTTGATCTCACGCTGAATTTTT
ATATAAATATCATATATAAATGTGGTTCTTGTTCCTCAATAAATTATGTTAGACGCTATT
GTTATATTGTTGATATATAGAGTCTTCTTTTTTTTTTCATTTTTACCAATAATTATATAG
AACATTGCC

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 2

CO CL5827Contig1 1333 2 4 U
GAGGAAGATAATGTCCGGTTTCCATGGGCTGCGAAAGTGGATCCAGCTGCTCGAAATCTC
TATAGAGCTGCAGAACCTCTATTCTTAGATGATGGAACACCAAAGGTAATCATTCCTAAA
CATGTCCTGCTTCAGGGTGTAGAGAACCAGAGAGATTATATACTTGGCCAATTCTTTAGA
TGTGTGCCTCCCCCTGGTGGTCTTATCCATGCTGTTCTCAACAAGATTTGGGACAGAAAG
TATACAATCTCCATCAAGAAACTGGAAGACTCCAAATATCTATTCTATATCCCTGACGCA
GACACTAGAAGATGGGTTCTTCAAAGGAGACTTTGGCATGTTGACGATTGCCTTATGTTC
GTTGCACCATGGGTCCAACAAACAAGTCTTGCTATCCCTGAGATAAGAACAGTTCCGATT
TGGGTAACCCTAAAGAATATTCCAAATATTCTTTATTCGATCTCAGGAATCAGTCACATA
ACCTCTGGATTGGGAGCTCCTATTGCGACTCATAAGCCAAGGTTAGATCCCTTTTTCATG
GGTGAAGCAAAGATACTTGTGGAAGTTGAATTGTGCAAAGCATTTCCACCTAGGATTGCT
GCAAGTGATGAAACAGGTTTCATCGCGATGGTCTATGTGGAGTACGCTTGGCTACCATCT
ACGTGTGGTCGTTGTGGTCAGCTTGGGCATAAGGAAAAGCGTTGTTTGGAACCAGCTAAA
GTAAATGGCACTGTTATGGACAATTCTCTTGACCCTATCGATGACACAGCAACAGTGAGT
GCCAATCAATCTCCAAAAAAGACTGCCTCAACAATTTCCACGAAGGAAAAAAACTTTGAA
AATATAGTGTCTCCATCAAACATGGCGACTACTGCTACTCTTTCAACTCCTACAACTAAT
AAGGAAAACAGTGTTGTGCAGAATCCATCTATCTCCCAAACTGGCCGTATCAGAAGATCG
GCATCAACAAATGACCTGGTCTTAGCTGGTTCACTCACGCACTTGCAAGAGGGAGAAATG
ATGGTAATGATGTGGAGGAAGAGACTTCTAGTTACCTAACTAGAGGAGACAGATCAATCA
AACCAACTCAAAAGATTCAAGATATGGGATGGAAAAAGGTAGGTGGAAGAGGTAGAGGTC
GCCGAGGCCGAGGAAACAAAAACCACTGAATATTGTCTTTCGATCTCTTGATGCTTATGA
TCGTATGATTCTTAACCGAATCGTTCATTAGAGTTGTTGTAACTCTCTTTCTTTTTCAAA
ACTTTCTAAAACTTATGAGTGAGAACTCATACTTGTAACCTTTTTTATGCATTTATTATG
AAAGCCTTTTACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ78TF U 1
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TGTGTGCCTCCCCCTGGTGGTCTTATCCATGCTGTTCTCAACAAGATTTGGGACAGAAAG
TATACAATCTCCATCAAGAAACTGGAAGACTCCAAATATCTATTCTATATCCCTGACGCA
GACACTAGAAGATGGGTTCTTCAAAGGAGACTTTGGCATGTTGACGATTGCCTTATGTTC
GTTGCACCATGGGTCCAACAAACAAGTCTTGCTATCCCTGAGATAAGAACAGTTCCGATT
TGGGTAACCCTAAAGAATATTCCAAATATTCTTTATTCGATCTCAGGAATCAGTCACATA
ACCTCTGGATTGGGAGCTCCTATTGCGACTCATAAGCCAAGGTTAGATCCCTTTTTCATG
GGTGAAGCAAAGATACTTGTGGAAGTTGAATTGTGCAAAGCATTTCCACCTAGGATTGCT
GCAAGTGATGAAACAGGTTTCATCGCGATGGTCTATGTGGAGTACGCTTGGCTACCATCT
ACGTGTGGTCGTTGTGGTCAGCTTGGGCATAAG*AAAAGCGTTGTTTGGAACCAGCTAAA
GTAAATGGCACTGTTATG

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DS 

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TCTACGTGTGGTCGTTGTGGTCAGCTTGGGCATAAGGAAAAGCGTTGTTTGGAACCAGCT
AAAGTAAATGGCACTGTTATGGACAATTCTCTTGACCCTATCGATGACACAGCAACAGTG
AGTGCCAATCAATCTCCAAAAAAGACTGCCTCAACAATTTCCACGAAGGAAAAAAACTTT
GAAAATATAGTGTCTCCATCAAACATGGCGACTACTGCTACTCTTTCAACTCCTACAACT
AATAAGGAAAACAGTGTTGTGCAGAATCCATCTATCTCCCAAACTGGCCGTATCAGAAGA
TCGGCATCAACAAATGACCTGGTCTTAGCTGGTTCACTCACGCACTTGCAAGAGGGAGAA
ATGATGGTAATGATGTGGAGGAAGAGACTTCTAGTTACCTAACTAGAGGAGACAGATCAA
TCAAACCAACTCAAAAGATTCAAGATATGGGATGGAAAAAGGTAGGTGGAAGAGGTAGAG
GTCGCCGAGGCCGAGGAAACAAAAACCACTGAATATTGTCTTTCGATCTCTTGATGCTTA
TGATCGTATGATTCTTAACCGAATCGTTCATTAGAGTTGTTGTAACTCTCTTTCTTTTTC
AAAACTTTCTAAAACTTATGAGTGAGAACTCATACTTGTAACCTTTTTTATGCATTTATT
ATGAAAGCCTTTTACG

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

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CTACGACTCAACCCAACAAACTCTCTCTCTTCCCACTACTCTCCCTCCTCTGCTTCATCT
CCATCTTCTTCCTCCTCTCCCTATCCAAACGCGCTTCCCTCTCCTCCCCAACAACAACAA
ACACCCACCGCTCCTCCACCTTCTCCCTTCCCCTCCGCACCTGCGACCTCTCCTCCGGCT
CATGGATCTACGACCCAAACCCCAGATCCGCCAGGTACGACGGCAGCTGCAAAGAGATCT
TCAAAGGATGGAACTGCCTCCGCAGCAACAAAACCAACGCCCTCGACATCTCCAAGTGGC
GTTGGAAGCCAAACGACTGTGATCTCCCGTCGTTTGATCCGCTCCAGTTCCTCGAATCTC
ATCGAGATACAACATCGGATTTGTGGGTGATTCTTTGAATAGGAACATGTTTGTGTCACT
CTTCTGCGTGTTAAAGACTGTGTCCACTGATCTTAAGAAGTGGCGGCCAGCTGGTGCCGA
TCGTGGATTCACCTTCTTGCGTTATAATCTCACCATTGCGTACCATCGAACTAATCTCTT
GGCGCGTTATGGTAGGTGGTCAGCTGATAAAGCTAATGGAGGTGAGTTAGAAGCTCTTGG
ATTCAAAGAGGGGTATAGAGTTGATGTTGATGTTCCAGAAAGCTCATGGGCCACGGCTCC
AAGCTTCCATCACATTCTCATTTTTAACACCGGCCACTGGTGGTGGGCGCCATCAAAGTT
TGATCCTTTAAAATCTCCAATGCTTTTCTTTGAAGGCGGCAGACCAATACTTCCTCCTCT
ACCTCCTGCTGACGGCCTAGATCGGGTTCTGAGCACCATGGTAAACTTTGTGGAGAAAAC
AAAGCGACCTGGGGGGATCTTATTCTTCCGGACGCAATCACCTAGGCATTTTGAAGGAGG
TGACTGGAACCAAGGTGGTACTTGTCAAAGACTGCAACCTTTGTTACCTAGAGAAGCTGA
AGAACTGTTTTCTGTGAAGAACAATGGAACAAATGTTGAGGTTCGTTTGGTGAATCAACA
CCTTTACAACTCCCTCGAGAACAGGAGCGGTTTCCACGTTTTGGACATAACTCAAGTGAG
CGAGTACAGAGCAGATGCTCATCCGGCAACATCTGGTGGAAAGAATCATGATGACTGTAT
GCATTGGTGCCTCCCGGGCCTGTCTGACACTTGGAATGATTTGTTCGTCGCAACTCTCGG
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TAAAGTCGTAGTTGATTTTTTTAGTACTCTTGTAAACTTTTATGTTTTTGTCCAACAAAA
AATATTATATGTTAGTTCTCTC


BQ
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AF RR1AB42TF U 1
AF RR1AB42JQ C 485
BS 1 815 RR1AB42TF
BS 816 816 RR1AB42JQ
BS 817 832 RR1AB42TF
BS 833 1402 RR1AB42JQ

RD RR1AB42TF 832 0 0
GGGATAGCTGAAGAAGAGCTTCTGAGAAATGCGCTAAAACATCAACCAATAAGCCAATGG
CTACGACTCAACCCAACAAACTCTCTCTCTTCCCACTACTCTCCCTCCTCTGCTTCATCT
CCATCTTCTTCCTCCTCTCCCTATCCAAACGCGCTTCCCTCTCCTCCCCAACAACAACAA
ACACCCACCGCTCCTCCACCTTCTCCCTTCCCCTCCGCACCTGCGACCTCTCCTCCGGCT
CATGGATCTACGACCCAAACCCCAGATCCGCCAGGTACGACGGCAGCTGCAAAGAGATCT
TCAAAGGATGGAACTGCCTCCGCAGCAACAAAACCAACGCCCTCGACATCTCCAAGTGGC
GTTGGAAGCCAAACGACTGTGATCTCCCGTCGTTTGATCCGCTCCAGTTCCTCGAATCTC
ATCGAGATACAACATCGGATTTGTGGGTGATTCTTTGAATAGGAACATGTTTGTGTCACT
CTTCTGCGTGTTAAAGACTGTGTCCACTGATCTTAAGAAGTGGCGGCCAGCTGGTGCCGA
TCGTGGATTCACCTTCTTGCGTTATAATCTCACCATTGCGTACCATCGAACTAATCTCTT
GGCGCGTTATGGTAGGTGGTCAGCTGATAAAGCTAATGGAGGTGAGTTAGAAGCTCTTGG
ATTCAAAGAGGGGTATAGAGTTGATGTTGATGTTCCAGAAAGCTCATGGGCCACGGCTCC
AAGCTTCCATCACATTCTCATTTTTAACACCGGCCACTGGTGGTGGGCGCCATCAAAGTT
TGATCCTTTAAAATCTCCAATGCTTTTCTTTGAAG*CGGCAGACCAATACTT

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR1AB42JQ 918 0 0
CTGCGTG
TAAAGACTGTGTCCACTGATCTTAAGAAGTGGCGGCCAGCTGGTGCCGATCGTGGATTCA
CTTTCTTGCGTTATAATCTCACCATTGCGTACCATCGAACTAATCTCTTGGCGCGTTATG
GTAGGTGGTCAGCTGATAAAGCTAATGGAGGTGAGTTAGAAGCTCTTGGATTCAAAGAGG
GGTATAGAGTTGATGTTGATGTTCCAGAAAGCTCATGGGCCACGGCTCCAAGCTTCCATC
ACATTCTCATTTTTAACACCGGCCACTGGTGGTGGGCGCCATCAAAGTTTGATCCTTTAA
AATCTCCAATGCTTTTCTTTGAAGGCGGCAGACCAATACTTCCTCCTCTACCTCCTGCTG
ACGGCCTAGATCGGGTTCTGAGCACCATGGTAAACTTTGTGGAGAAAACAAAGCGACCTG
GGGGGATCTTATTCTTCCGGACGCAATCACCTAGGCATTTTGAAGGAGGTGACTGGAACC
AAGGTGGTACTTGTCAAAGACTGCAACCTTTGTTACCTAGAGAAGCTGAAGAACTGTTTT
CTGTGAAGAACAATGGAACAAATGTTGAGGTTCGTTTGGTGAATCAACACCTTTACAACT
CCCTCGAGAACAGGAGCGGTTTCCACGTTTTGGACATAACTCAAGTGAGCGAGTACAGAG
CAGATGCTCATCCGGCAACATCTGGTGGAAAGAATCATGATGACTGTATGCATTGGTGCC
TCCCGGGCCTGTCTGACACTTGGAATGATTTGTTCGTCGCAACTCTCGGTAGGATTGAAG
GTTTGTAACCTAAATCACATGCTTTGGGTCGATGGGATTTTTCTCCTTTTAAAGTCGTAG
TTGATTTTTTTAGTACTCTTGTAAACTTTTATGTTTTTGTCCAACAAAAAATATTATATG
TTAGTTCTCTC

QA 8 918 8 918
DS 



AS 1 2

CO CL5829Contig1 1221 2 2 U
GGGACTCTCCTCTCTTTCTCATCGCTCTCCACTCTCTCATCTCTCTGGATCCCACCACGT
CAACGAGATCATCTCGCGGAACACAATGATCCCTTACGCAACGATCGAAGATGCCTCGAT
GGCCTTAGGCCGAAACCTAACGACCCTGGAGACGCTCTGGTTCGAATACTCCGCCACGAA
GTCAGATTACTACCTCTACTGCCACAACATCCTCTTCCTCTTCCTCATCTTCTCCCTCGT
CCCTCTCCCTCTCGTCTTCCTCGAACTGGCTCGATCCGCCTGGTTCGATCGGTACAAGAT
CCAGCCCAAGGTCAAGAACTCCTTCTCCGACATGTTCCGTTGCTACCGAGACGTCATGAA
GATGTTCCTCCTCGTCGTCGGCCCTCTCCAGCTCGTCTCTTATCCTTCCATCCAGATGAT
TGAGATTCGAAGTGGGTTGCCGTTACCGTCTTTCGGGGAGATTGCGGCGCAGTTAGTGGT
TTACTTTTTGGTAGAGGATTATACGAACTATTGGGTTCATAGATTCTTTCATAGCAAGTG
GGGTTATGAGAAGATTCATCATATCCATCATGAGTACACTGCTCCTATTGGGTATGCTGC
TCCTTACGCCCATTGGGCTGAGGTTTTGCTTCTTGGGGTTCCGACTTTTCTTGGACCTGC
TATTGCTCCTGGTCACATGATTACCTTCTGGCTGTGGATTGCTTTACGCCAGATTGAAGC
CATTGAGACTCACAGCGGATATGATTTTCCATGGACTCTGACGAAATTCATTCCGTTCTA
CGGTGGAGCTGAGTATCATGATTACCATCATTACGTTGGAGGACAAAGCCAAAGCAACTT
TGCTTCAGTTTTCACTTACTGCGATTACATCTATGGAACTGACAAAGGTTACCGATTCCA
AAAGAAGCTTCTTCAGCAGATAAAGGAGGAGTCCAAGAAGAGCAACAAGCAGAATGGAGG
AGATAAATTAGATTAGTAAAAACCTGAAATTTCTTACGGAGGGTTGAGTTTACTTGTCAT
AAAGATAAGTTTATAAGCAGTCTGCTAATCTAATCAAAGTCAAGAGTCGCAAAAGAAAGT
GTAGTTTTAGTTTTCTTCTCTTTTCTGCTATGTGTTGTCACATGGAAATGCTCCATCGTT
TTCCATTGGTGTGCGTCTTTTTCGTATTGTTTTTCTTTGTTTAAACTCTTTTTACGTAAG
GCATTTATTATTTTGTATGGC


BQ
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AF RR1A833TF U 1
AF RR1A833JQ C 425
BS 1 798 RR1A833TF
BS 799 1221 RR1A833JQ

RD RR1A833TF 798 0 0
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GGCCTTAGGCCGAAACCTAACGACCCTGGAGACGCTCTGGTTCGAATACTCCGCCACGAA
GTCAGATTACTACCTCTACTGCCACAACATCCTCTTCCTCTTCCTCATCTTCTCCCTCGT
CCCTCTCCCTCTCGTCTTCCTCGAACTGGCTCGATCCGCCTGGTTCGATCGGTACAAGAT
CCAGCCCAAGGTCAAGAACTCCTTCTCCGACATGTTCCGTTGCTACCGAGACGTCATGAA
GATGTTCCTCCTCGTCGTCGGCCCTCTCCAGCTCGTCTCTTATCCTTCCATCCAGATGAT
TGAGATTCGAAGTGGGTTGCCGTTACCGTCTTTCGGGGAGATTGCGGCGCAGTTAGTGGT
TTACTTTTTGGTAGAGGATTATACGAACTATTGGGTTCATAGATTCTTTCATAGCAAGTG
GGGTTATGAGAAGATTCATCATATCCATCATGAGTACACTGCTCCTATTGGGTATGCTGC
TCCTTACGCCCATTGGGCTGAGGTTTTGCTTCTTGGGGTTCCGACTTTTCTTGGACCTGC
TATTGCTCCTGGTCACATGATTACCTTCTGGCTGTGGATTGCTTTACGCCAGATTGAAGC
CATTGAGACTCACAGCGGATATGATTTTCCATGGACTCTGACGAAATTCATTCCGTTCTA
CGGTGGAGCTGAGTATCA

QA 1 798 1 798
DS 

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TTTTTGGTAGAGGATTATACGAACTATTGGGTTCATAGATTCTTTCATAGCAAGTGGGGT
TATGAGAAGATTCATCATATCCATCATGAGTACACTGCTCCTATTGGGTATGCTGCTCCT
TACGCCCATTGGGCTGAGGTTTTGCTTCTTGGGGTTCCGACTTTTCTTGGCCCTGCTATT
GCTCCTGGTCACATGATTACCTTCTGGCTGTGGATTGCTTTACGCCAGATTGAAGCCATT
GAGACTCACAGCGGATATGATTTTCCATGGACTCTGACGAAATTCATTCCGTTCTACGGT
GGAGCTGAGTATCATGATTACCATCATTACGTTGGAGGACAAAGCCAAAGCAACTTTGCT
TCAGTTTTCACTTACTGCGATTACATCTATGGAACTGACAAAGGTTACCGATTCCAAAAG
AAGCTTCTTCAGCAGATAAAGGAGGAGTCCAAGAAGAGCAACAAGCAGAATGGAGGAGAT
AAATTAGATTAGTAAAAACCTGAAATTTCTTACGGAGGGTTGAGTTTACTTGTCATAAAG
ATAAGTTTATAAGCAGTCTGCTAATCTAATCAAAGTCAAGAGTCGCAAAAGAAAGTGTAG
TTTTAGTTTTCTTCTCTTTTCTGCTATGTGTTGTCACATGGAAATGCTCCATCGTTTTCC
ATTGGTGTGCGTCTTTTTCGTATTGTTTTTCTTTGTTTAAACTCTTTTTACGTAAGGCAT
TTATTATTTTGTATGGC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL5830Contig1 370 2 1 U
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CCATAGAGTTTCGAGTGATATTTTCTCTCCTTATAAATTTAAAGTCGATAAGAGATCGTC
AATTTGGAGTTATGAATGACGAAAGAATTTCTCTGCTCAAAACTGCGATCAGATGATGTG
TGTCTGAGAATCTGATTCAAATTCCAGAATCTGTTACTTGTCGTGAGTGGAAATCCCGGA
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GTGTCTCTAC


BQ
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AF RR1EX66JQ C 1
AF RR1EX66TF U 1
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DS 

RD RR1EX66TF 370 0 0
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GCGGATCAAAGAAGACCGCTTGAGTTTTCTTTTCCAGGGAGTTTTGACTAAACTTTGTTA
CCATAGAGTTTCGAGTGATATTTTCTCTCCTTATAAATTTAAAGTCGATAAGAGATCGTC
AATTTGGAGTTATGAATGACGAAAGAATTTCTCTGCTCAAAACTGCGATCAGATGATGTG
TGTCTGAGAATCTGATTCAAATTCCAGAATCTGTTACTTGTCGTGAGTGGAAATCCCGGA
ATCCGTCTTTAGGAAGGGCTTGTCTGGTTTTGTCTACAGAATTTCTTCCTTTTCCTAATT
GTGTCTCTAC

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 2

CO CL5831Contig1 927 2 2 U
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CTGGCATTGACAAGCTTGCTGATGCTGTTGGTCTCACTCTTGGCCCTAGAGGGAGAAATG
TTGTGCTGGATGAGTTTGGAAGCCCCAAGGTTGTGAATGACGGAGTCACCATTGCTAGGG
CTATTGAGTTACCTGATGCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCGCTTATCCGTGAGGTTGCTA
GTAAGACTAATGACTCAGCTGGTGATGGGACAACAACTGCATCTGTCCTTGCTGGGGAAA
TAATCAAACACGGGTTATTGAGTGGCACCAGCTTCACTTATTGCTCAGAACGCTGGAATC
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ATGACTGATAACTATGAGAATCTGTTGGAAGCTGGAGTGATTGATCCAGCTAAAGTCACG
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TAGTGGGAAAATTACACACTTTTTACCATATGGTCATATTTGTTGACCCCAATGATCTCA
CAATGTTTTTTTTTTTTTTTTTACTTTCTTCGTTGGGGGATATGAGTAATTTTTTTAACG
GCAACAACAAATAAATTCACTTTGATT


BQ
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AF RR1DA50TF U 1
AF RR1DA50JQ C 313
BS 1 690 RR1DA50TF
BS 691 927 RR1DA50JQ

RD RR1DA50TF 690 0 0
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CGTCCACAAACGCTCTCTCTTCCGCCTCCGTCCTCTGCTCCTCACGACAGGGAAAGCTGA
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GTGTTAGAGCTAATGTAAAGGAAATTTCTTTCGACCAGAGCTCAAGAGCTGCTCTTCAAG
CTGGCATTGACAAGCTTGCTGATGCTGTTGGTCTCACTCTTGGCCCTAGAGGGAGAAATG
TTGTGCTGGATGAGTTTGGAAGCCCCAAGGTTGTGAATGACGGAGTCACCATTGCTAGGG
CTATTGAGTTACCTGATGCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCGCTTATCCGTGAGGTTGCTA
GTAAGACTAATGACTCAGCTGGTGATGGGACAACAACTGCATCTGTCCTTGCTGGGGAAA
TAATCAAACACGGGTTATTGAGTGGCACCAGCTTCACTTATTGCTCAGAACGCTGGAATC
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ATGACTGATAACTATGAGAATCTGTTGGAAGCTGGAGTGATTGATCCAGCTAAAGTCACG
AGATGTGCGCTTCAGAACGCTGCATCGGTT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1DA50JQ 615 0 0
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CTGATGCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCGCTTATCCGTGAGGTTGCTAGTAAGACTAATG
ACTCAGCTGGTGATGGGACAACAACTGCATCTGTCCTTGCTGGGGAAATAATCAAACACG
GGTTATTGAGTGGCACCAGCTTCACTTATTGCTCAGAACGCTGGAATCGAAGGAGAAGTT
GTAGTTGAAAAGATTATGTTCAGTGAATGGGAGATAGGGTACAACGCCATGACTGATAAC
TATGAGAATTTGTTGGAAGCTGGAGTGATTGATCCAGCTAAAGTCACGAGATGTGCGCTT
CAGAACGCTGCATCGGTTGCAGGAATGGTACTGACAACTCAGGCCATTGTTGTTGACAAA
CCGAAACCTAAGGCTCCTGCTGCTGCTCCTCCTCAGGGTCTCATGGTGTAGTGGGAAAAT
TACACACTTTTTACCATATGGTCATATTTGTTGACCCCAATGATCTCACAATGTTTTTTT
TTTTTTTTTTACTTTCTTCGTTGGGGGATATGAGTAATTTTTTTAACGGCAACAACAAAT
AAATTCACTTTGATT

QA 1 615 1 615
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5833Contig1 901 2 8 U
TTTTTCCCTTGCGTTACCTTCCTCTTCAGCTAGCGACACATAACAAAACACGAAACAAGA
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CATACATATCGTTTTAGAGTTTGCAATCCAGAAACTCATAGCTCTTGGAAATCTTTCTGA
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GAAGAGTACCTCACCAATGAAGGGTTTCTTAAAAGGGTTGAGGTACATTGCTCGTATCTT
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TCATATAGGATGGGAAGGGCCCTCTGCTACGACCCCAAGCTGGATGCATGAGTATAAGTC
TCCAGATTCAAAAGGAAGTTCCAACAAGAAAGAGAAGCAAAGGAACAAGGGGAGGCGTAA
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CTCCCTTTTGTTGGGGATGCATTTGTATAACAAGACCAATGTTTTTATCAAGTGATTTAC
C


BQ
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10 

AF RR1FQ38TF U 1
AF RR1FQ38JQ C 299
BS 1 580 RR1FQ38TF
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RD RR1FQ38TF 643 0 0
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TTCAGTTTCTTTGTTAATAGAGTTTTATCTCCTCCCATAACATGTATGCATCTGCAAGTT
GAAGAGTACCTCACCAATGAAGGGTTTCTTAAAAGGGTTGAGGTACATTGCTCGTATCTT
CGAGGATGTGAAGGAACCAGAGATACAGATTGGAGAACCGACCGATGTCAAACATGTTGC
TCATATAGGATGGGAAGGGCCCTCTGCTACGACCCCAAGCTGGATGCATGAGTATAAGTC
TCCAGATTCAAAAGGAAGTTCCAACAAGAAAGAGAAGCAAAGGAACAAGGGGAGGCGTAA
ATCATCTACAAACACAAACAACTCACCTGCAGAGTCTCCATCAAGGGTGGGAGGATCAAC
GAGGCCATCAAGACGCAGCACGGGTAAGCAGAAAGAGCAG*ACAGGGGTGAAGGGTCAGA
GTCAG*TTCAGGGATAGACTTACCTCAACAAA*TGATCAGTCC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1FQ38JQ 603 0 0
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GCTCATATAGGATGGGAAGGGCCCTCTGCTACGACCCCAAGCTGGATGCATGAGTATAAG
TCTCCAGATTCAAAAGGAAGTTCCAACAAGAAAGAGAAGCAAAGGAACAAGGGGAGGCGT
AAATCATCTACAAACACAAACAACTCACCTGCAGAGTCTCCATCAAGGGTGGGAGGATCA
ACGAGGCCATCAAGACGCAGCACGGGTAAGCAGAAAGAGCAGGACAGGGGTGAAGGGTCA
GAGTCAGGTTCAGGGATAGACTTACCTCAACAAAATGATCAGTCCTTGGGACAGAAAAAA
TCTAGGCAGAAGAAGTCAAAAGGGGCAACAGGTGGAGGAGGACGAGGCAGTGAACCTGCA
AAGTCAAAAGAAAAAGACATATCGGTGCGGGGTGAGAAGGAGAGTTTTCCTTGATCAAGT
TTAGACTAGAGTGGTGGTTTTGTTTTTCTTCTCATCATCTACATACCTTTTTCTTTTCTG
ATCTCCCTTTTGTTGGGGATGCATTTGTATAACAAGACCAATGTTTTTATCAAGTGATTT
ACC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL5834Contig1 1197 2 6 U
GGACGTAAAAAGAGAGAGAGAATATGAAAGAAGAATGAACAGCGAGGAAGAGAAGACGGT
GCGTGTGACAGGAGCTTCAGGTTACATCGCTTCATGGATCGTAAAGCTTCTCCTTCTTCG
TGGCTACACCGTGAAAGCCTCTGTTCGTGATCCAAATGATCCAAGGAAAACAGAGCATTT
GCTTGCATTAGAAGGTGCAGAGGAAAGGCTTCAATTGTTCAAAGCAAACTTGTTAGAAGA
AGGCTCTTTCGATTCAGCCATTGATGGCTGCCAAGGTGTTTTCCACACCGCCTCACCATT
CTATCACGATGTCAAAGATCCTCAGGCTGAGTTATTAGATCCAGCGGTGAAAGGAACAAT
CAATGTTCTAAGCACTTGCTTGAAGACTCCCTCTGTTAAGAGAGTCGTCTTAACCTCATC
TATTGCAGCTGTGGCTTTCAATGGCATGCCTCGAACACCCGATACCATAGTTGATGAGTC
ATGGTTCGCTGATCCTGAATATTGCAGAGCTGCCAAGCTATGGTATGTACTGTCCAAGAC
ATTAGCTGAAAACGCAGCGTGGAAGTTCGCCAAAGAGAACGATATGCAGTTGGTTTCGAT
AAACGCAGCAATGGTGATTGGTCCTCTTTTACAACCAACGCTCAACACTAGTGCTGCTGC
AGTACTGAGTTTGATCAAAGGAGCACAGACGTTTCCTAATGCGACGTTTGGGTGGGTTAA
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ATACTGTTTAGTGGAGAGAGTTGCTCATTACTCTGAAGTTGTTAATATTTTGCATGATCT
TTACCCTGATTTTCAACTCCCTGAGAAGTGTTCAGATGAAAAGATATTTATTCCAACCTA
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CATAAAGGAGACTGTTGAGAGTTTGCAAGACAAAGGGTTCATCAGGTTCTGAGTTTCAAG
CCAGAGCCAAATTTGGATGTGTTTGTGTTTCGTCTTTTTTTTTTCTATAGTTTGGTGGTT
GTTTTTTTTCCTTAATTTAGATATGGACTGCAATGTTGCCTATTGACATTTTGAAAGTTT
GTTTTCTTGGCATCATTTGAAAATGATGGAATAAACTATTGTATTCTCATTGGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BQ56TF U 1
AF RR1BQ56JQ C 375
BS 1 680 RR1BQ56TF
BS 681 681 RR1BQ56JQ
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BS 761 773 RR1BQ56TF
BS 774 1197 RR1BQ56JQ

RD RR1BQ56TF 774 0 0
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TGGCTACACCGTGAAAGCCTCTGTTCGTGATCCAAATGATCCAAGGAAAACAGAGCATTT
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CAATGTTCTAAGCACTTGCTTGAAGACTCCCTCTGTTAAGAGAGTCGTCTTAACCTCATC
TATTGCAGCTGTGGCTTTCAATGGCATGCCTCGAACACCCGATACCATAGTTGATGAGTC
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ATTAGCTGAAAACGCAGCGTGGAAGTTCGCCAAAGAGAACGATATGCAGTTGGTTTCGAT
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AGTACTGAGTTTGATCAAAG*AGCACAGACGTTTCCTAATGCGACGTTTGGGTGGGTTAA
CGTTAAAGATGTAGCAAACGCTCATATTCAAGCGTTTGA*AATCCAGATGCTA
T

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DS 

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CACTGC
TGAAGACTCCCTCTGT*AAGAGAGTCGTCTTAACCTCATCTAT*GCAGCTGTG*CTTTCA
ATGGCATGCCTCGAACACCCGATACCATAGTTGATGAGTCATGGTTCGCTGATCCTGAAT
ATTGCAGAGCTGCCAAGCTATGGTATGTACTGTCCAAGACATTAGCTGAAAACGCAGCGT
GGAAGTTCGCCAAAGAGAACGATATGCAGTTGGTTTCGATAAACGCAGCAATGGTGATTG
GTCCTCTTTTACAACCAACGCTCAACACTAGTGCTGCTGCAGTACTGAGTTTGATCAAAG
GAGCACAGACGTTTCCTAATGCGACGTTTGGGTGGGTTAACGTTAAAGATGTAGCAAACG
CTCATATTCAAGCGTTTGAGAATCCAGATGCTAATGGAAGATACTGTTTAGTGGAGAGAG
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GTTTGCAAGACAAAGGGTTCATCAGGTTCTGAGTTTCAAGCCAGAGCCAAATTTGGATGT
GTTTGTGTTTCGTCTTTTTTTTTTCTATAGTTTGGTGGTTGTTTTTTTTCCTTAATTTAG
ATATGGACTGCAATGTTGCCTATTGACATTTTGAAAGTTTGTTTTCTTGGCATCATTTGA
AAATGATGGAATAAACTATTGTATTCTCATTGGAATT

QA 7 823 7 823
DS 



AS 1 2

CO CL5835Contig1 1175 2 10 U
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AATGAAAGGAGAAGAGATAGAAGCTCTCGTGGAGAAAATCAGTAACATCGAGGTTAAGCT
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GGTGACTCATGAGACATATCGAGGTATGATAAAAGCGATAGCTGAGAAAGTGAACGCAAC
ACTTGATGGGTTTCAATCAGTGTCGGAAAAAATCACGGAGAAGCAAGGAAAGTACGAGAA
GACGGTAATGGAGGCATCTAAATTACTGTGGACTGCTACAAATTGGGTGATTGAGAGGAA
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TGGAGAAAAGGTACGAAAAGATGAAAAGGAGAAGGAGGCGATGAAGGAGACTTTGATGGG
ACTTGGAGAAGAGAAAAGAGAAGCTATAAGGCAATTATGTGTGTGGATCGACCACCATAG
AGGTCGCTGTGAATATCTTGAAGAGATTTTGTCTAAGACTGTTGTGGCTCGAGGACAAAG
ACAGTCGCAGCGAGCCTAAGAGCTCGTGTCATCATCGGAGACCGTACGGTACGTTGCATT
TCTTTCCCCCCCTTACATGAATTCAAACAATGTATATGTGGTTCTTAGGTTCTGGTCAAT
CAAGAAGTTGAACTTTCGGAAAACTTCTGGTCGAGAGGATATTTTTGGTGTGTTTGTGTA
ATTCCTTTTGCATTAATATTCGTTGGCCCTGTGTTTGTTGCTGTAGTTTTTGTAAGTCAA
ATTGTTCTTTTTTTCTTTGTGGGCAAAGTTTGTTTGGTGGTGGGATTTAATGGGAATAAA
GGGCGTCACAGAAATGAATTTGATATTTTACTTTTGGAGGGTGGGATTGTACAGAACGAA
TGATTAATGTTTTTGGTGTGATAGTATTATTCGTC


BQ
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AF RR1FJ78TF U 1
AF RR1FJ78JQ C 365
BS 1 646 RR1FJ78TF
BS 647 647 RR1FJ78JQ
BS 648 690 RR1FJ78TF
BS 691 691 RR1FJ78JQ
BS 692 722 RR1FJ78TF
BS 723 723 RR1FJ78JQ
BS 724 732 RR1FJ78TF
BS 733 733 RR1FJ78JQ
BS 734 751 RR1FJ78TF
BS 752 1175 RR1FJ78JQ

RD RR1FJ78TF 751 0 0
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AGCAGAAGATCACAAAGAAGCCCAAAAATTGTTGGAGGAGACAGGCAATGAAGTAACATT
CAGAGATTCTGCAATCGCAGGTCATGAAGAAACGATGGAGAGTTTACGTAACGAGCTGGA
AATGAAAGGAGAAGAGATAGAAGCTCTCGTGGAGAAAATCAGTAACATCGAGGTTAAGCT
TCGTTTATCGAACCAGAAACTGAGGGTAACCGAACAGATGTTAACAGAGAAAGAGGAAAC
TTTCAGGAGAGAAGAAGCTAAGCACATAGAGGAACAAGCATTGCTTGAGAAAAGCCTCAC
GGTGACTCATGAGACATATCGAGGTATGATAAAAGCGATAGCTGAGAAAGTGAACGCAAC
ACTTGATGGGTTTCAATCAGTGTCGGAAAAAATCACGGAGAAGCAAGGAAAGTACGAGAA
GACGGTAATGGAGGCATCTAAATTACTGTGGACTGCTACAAATTGGGTGATTGAGAGGAA
TCACGAGAAGGAGAAGATAAAGAAAGAGATGGAGAGGAAAGAAGAGGAGATAAAGAAGCT
TGGAGAAAAGGTACGAAAAGATGAAAAGGAGAAGGAGGCGATGAAG*AGACTTTGATGGG
ACTTGGAGAAGAGAAAAGAGAAGCTATAAG*CAATTATGTGTGTGGATCGACCACCATAG
AG*TCGCTGTGA*TATCTTGAAGAGATTTTG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1FJ78JQ 811 0 0
ACTCATGAGACATATCGAGGTATGATAAAAGCGATAGCTGAGAAAGTGAACGCAACACTT
GATGGGTTTCAATCAGTGTCGGAAAAAATCACGGAGAAGCAAGGAAAGTACGAGAAGACG
GTAATGGAGGCATCTAAATTACTGTGGACTGCTACAAATTGGGTGATTGAGAGGAATCAC
GAGAAGGAGAAGATAAAGAAAGAGATGGAGAGGAAAGAAGAGGAGATAAAGAAGCTTGGA
GAAAAGGTACGAAAAGATGAAAAGGAGAAGGAGGCGATGAAGGAGACTTTGATGGGACTT
GGAGAAGAGAAAAGAGAAGCTATAAGGCAATTATGTGTGTGGATCGACCACCATAGAGGT
CGCTGTGAATATCTTGAAGAGATTTTGTCTAAGACTGTTGTGGCTCGAGGACAAAGACAG
TCGCAGCGAGCCTAAGAGCTCGTGTCATCATCGGAGACCGTACGGTACGTTGCATTTCTT
TCCCCCCCTTACATGAATTCAAACAATGTATATGTGGTTCTTAGGTTCTGGTCAATCAAG
AAGTTGAACTTTCGGAAAACTTCTGGTCGAGAGGATATTTTTGGTGTGTTTGTGTAATTC
CTTTTGCATTAATATTCGTTGGCCCTGTGTTTGTTGCTGTAGTTTTTGTAAGTCAAATTG
TTCTTTTTTTCTTTGTGGGCAAAGTTTGTTTGGTGGTGGGATTTAATGGGAATAAAGGGC
GTCACAGAAATGAATTTGATATTTTACTTTTGGAGGGTGGGATTGTACAGAACGAATGAT
TAATGTTTTTGGTGTGATAGTATTATTCGTC

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

CO CL5836Contig1 1404 2 2 U
GCTCGTTACACAACAAAATCATTTAGGTCAACACTGCGTGTAGGAGATGGAAGAGTAAAG
AAATTTATGTCTTCGAAGTATTGTAAAGTCTCTTCAAATCAGAAAGATACAATGGTAGCT
AGCTCAGACCTGGACTTGAAGCCTGGTTATTACAGCAAGAAACATTGTCTCAAAAGCTTA
AGATCAGAGAAATTTCCAATCAAGAAAAGAAGATACTTTGCTGGTTATACAGCCTCACAA
TCAGAAGAAACAGTTAGAAATGAAGGCCTTTCTGGTTCACCTCAAAAGGCTTTCCTGTCA
ACCATAGCTTGCCAGAAGCAGCCAGCTTTCCAGTCAAAAGATTCTCATGTGAAACTTGGA
ATCAAGTCCTTCAAAGTTCCTGAACTATTCATTGACATTCCAGAGACTGCTACTATTGGT
TCCCTTAAGAGGACAGTCTTGGAAGCTGTGACCACCATACTTGAAGGTGGATTACGCATA
GGTGTTCATATTCATGGGAAAAAGGTTAGAGACGACAATAAACTGCTTGTTCAAACTGGA
ATCTCTCTAGACACTCTTTCAGATACCTTAAGCTTTTGTCTTGAGCCCAATCCTCCACAG
TCCACAAAACCACTTTGTCCTAAAGAGTATGATTCTGTGCGTCTATGTAATGTACCCCAC
ACTCTAACTAGGTGTCTCCCATCACTGGGGAAACATGCTAAGCCAAGTGACTCTGCAGAA
AGTGACCTTGACTCCAAACCTACTGCACCATTTGGGGCTAAACCATTCTACTCCAGGGCT
TTGGTTCCTGTCTCTCCTCCTCTGCATGCTCAGGCTTTAAACGTAGTCCCACCTCGGAAA
CCTAAGCGATCCGAGGTGGCACAGCGCAGAATCCGTCGACCTTTCTCTGTTGCAGAAGTA
GAGGCGCTGGTTCAAGCTGTGGAAAGACTTGGGACCGGAAGGTGGCGTGACGTAAAGCTG
AGAGCTTTTGATAATGCAAAGCACCGGACTTATGTTGATTTGAAGGACAAATGGAAGACG
CTGGTGCATACAGCGAGAATATCACCGCAGCAAAGGAGAGGTGAGCCAGTTCCACAGGAG
CTCTTGGACCGGGTACTATTGGCTCATGCCTACTGGTCCCAACAACAGGGGAAACAACAG
TTGCTAGAGGGACCTCAGAATCTTGAGACCAGTCTTGGTCTATAGACCGGGGAAAAAGTG
CTGGAGGGATGAGCTGGAATTTTACTATCATATTATACCTTTTGTTTATTTGTTTATTTG
TTTTGTTATGTATTTGAAACGAGTCATTGTATAAGAAGAAGAAAAAAAAGGAACTAAAGG
TGGTGAAGAGAAGAGGATAGAGATGAAGATATGTGTAATTGTCACAGTGCTTGGTTATAT
AATAACATGCTTATTCTTTTTGTT


BQ
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AF RR1ET26TF U 1
AF RR1ET26JQ C 579
BS 1 752 RR1ET26TF
BS 753 1404 RR1ET26JQ

RD RR1ET26TF 752 0 0
GCTCGTTACACAACAAAATCATTTAGGTCAACACTGCGTGTAGGAGATGGAAGAGTAAAG
AAATTTATGTCTTCGAAGTATTGTAAAGTCTCTTCAAATCAGAAAGATACAATGGTAGCT
AGCTCAGACCTGGACTTGAAGCCTGGTTATTACAGCAAGAAACATTGTCTCAAAAGCTTA
AGATCAGAGAAATTTCCAATCAAGAAAAGAAGATACTTTGCTGGTTATACAGCCTCACAA
TCAGAAGAAACAGTTAGAAATGAAGGCCTTTCTGGTTCACCTCAAAAGGCTTTCCTGTCA
ACCATAGCTTGCCAGAAGCAGCCAGCTTTCCAGTCAAAAGATTCTCATGTGAAACTTGGA
ATCAAGTCCTTCAAAGTTCCTGAACTATTCATTGACATTCCAGAGACTGCTACTATTGGT
TCCCTTAAGAGGACAGTCTTGGAAGCTGTGACCACCATACTTGAAGGTGGATTACGCATA
GGTGTTCATATTCATGGGAAAAAGGTTAGAGACGACAATAAACTGCTTGTTCAAACTGGA
ATCTCTCTAGACACTCTTTCAGATACCTTAAGCTTTTGTCTTGAGCCCAATCCTCCACAG
TCCACAAAACCACTTTGTCCTAAAGAGTATGATTCTGTGCGTCTATGTAATGTACCCCAC
ACTCTAACTAGGTGTCTCCCATCACTGGGGAAACATGCTAAGCCAAGTGACTCTGCAGAA
AGTGACCTTGACTCCAAACCTACTGCACCATT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1ET26JQ 826 0 0
GTC
TGAGCCCAATCCTCCACAGTCCACAAAACCACTTTGTC*TAAAGAGTATGATTCTGTGCG
TCTATGTAATGTACCCCACACTCTAACTAGGTGTCTCCCATCACTGGGGAAACATGCTAA
GCCAAGTGACTCTGCAGAAAGTGACCTTGACTCCAAACCTACTGCACCATTTGGGGCTAA
ACCATTCTACTCCAGGGCTTTGGTTCCTGTCTCTCCTCCTCTGCATGCTCAGGCTTTAAA
CGTAGTCCCACCTCGGAAACCTAAGCGATCCGAGGTGGCACAGCGCAGAATCCGTCGACC
TTTCTCTGTTGCAGAAGTAGAGGCGCTGGTTCAAGCTGTGGAAAGACTTGGGACCGGAAG
GTGGCGTGACGTAAAGCTGAGAGCTTTTGATAATGCAAAGCACCGGACTTATGTTGATTT
GAAGGACAAATGGAAGACGCTGGTGCATACAGCGAGAATATCACCGCAGCAAAGGAGAGG
TGAGCCAGTTCCACAGGAGCTCTTGGACCGGGTACTATTGGCTCATGCCTACTGGTCCCA
ACAACAGGGGAAACAACAGTTGCTAGAGGGACCTCAGAATCTTGAGACCAGTCTTGGTCT
ATAGACCGGGGAAAAAGTGCTGGAGGGATGAGCTGGAATTTTACTATCATATTATACCTT
TTGTTTATTTGTTTATTTGTTTTGTTATGTATTTGAAACGAGTCATTGTATAAGAAGAAG
AAAAAAAAGGAACTAAAGGTGGTGAAGAGAAGAGGATAGAGATGAAGATATGTGTAATTG
TCACAGTGCTTGGTTATATAATAACATGCTTATTCTTTTTGTT

QA 4 826 4 826
DS 



AS 1 2

CO CL5837Contig1 340 2 3 U
GTAGATAAAGAGTCTTGCATCAGGCAAAGAAGAGGAACAACATACACAAAATGTTTCACA
CTAGTAGGGGTAGTACATTCACAAAAGAAAGCAAACTAAAAGAAAACATGTTGTTTAAAA
ATAACTCAAATCAGCTTCTGGACTTGAATGGGATGGCTCTGATGACAATCACGTGGTAAA
GGGCAGCAAGTGCAGCACCGATGAATGGTCCAACCCAAAACACCCAATGGTCGTCCCAAG
CGTTGTCCTTGTTGAAGGTGATGGCAGCTCCAAAACTTCTTGCTGGGTTGATTCCAGTTC
CCGTGATTGGGATGGTTGCTAAGTGGACCAAGAACACCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP30TF C 1
AF RR1GP30JQ U 41
BS 1 40 RR1GP30TF
BS 41 330 RR1GP30JQ
BS 331 340 RR1GP30TF

RD RR1GP30TF 340 0 0
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CTAGTAGGGGTAGTACATTCACAAAAGAAAGCAAACTAAAAGAGAACATGTTGTTTAAGA
GTAACTCAAATCAGCTTCTGGACTTGAATGGGATGGCTCTGATGACAATCACGTGGTAAA
GGGCAGCAAGTGCAGCACCGATGAATGGTCCAACCCAAAACACCCAATGGTCGTCCCAAG
CGTTGTCCTTGTTGAAGGTGATGGCAGCTCCAAGACTTCTTGCTGGGTTGATTCCAGTTC
CCGTGATTGGGATGGTTGCTAAGTGGACCAAGAACACCCT

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR1GP30JQ 290 0 0
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AGAAAACATGTTGTTTAAAAATAACTCAAATCAGCTTCTGGACTTGAATGGGATGGCTCT
GATGACAATCACGTGGTAAAGGGCAGCAAGTGCAGCACCGATGAATGGTCCAACCCAAAA
CACCCAATGGTCGTCCCAAGCGTTGTCCTTGTTGAAGGTGATGGCAGCTCCAAAACTTCT
TGCTGGGTTGATTCCAGTTCCCGTGATTGGGATGGTTGCTAAGTGGACCA

QA 1 290 1 290
DS 



AS 1 2

CO CL5838Contig1 330 2 1 U
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ATGGATGAAGAAGTCGCTTGGTGGAGAACATCCTGTGGCTACTACAGAAGGAGATGATCT
GGTTGCTCAGATGTAATAGCAGCAAACAAAGAAACTGTGGTAGACTGTGTGTTGTGTAAA
CACTTTACGTTTCCTTCTGTAACTTGATCTCTAAAGAAAACTATATGTAGGGGTCGTACA
GGTTCGTGCAAGTCAAAACGCTTATGAACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GG67JQ C 1
AF RR1GG67TF U 1
BS 1 330 RR1GG67TF

RD RR1GG67JQ 330 0 0
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GGTTGCTCAGATGTAATAGCAGCAAACAAAGAAACTGTGGTAGACTGTGTGTTGTGTAAA
CACTTTACGTTTCCTTCTGTAACTTGATCTCTAAAGAAAACTATATGTAGGGGTCGTACA
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QA 1 330 1 330
DS 

RD RR1GG67TF 330 0 0
GGATGGTAAAGAAGCAGGCAAGTTAAAGAGTTATGAACAACTCAGTTTCCTCAAGGTGCA
CGATGCGGGACACATGGTTCCAATGGACCAGCCAAAAGCTGCGTTGAAAATGTTGGAGGG
ATGGATGAAGAAGTCGCTTGGTGGAGAACATCCTGTGGCTACTACAGAAGGAGATGATCT
GGTTGCTCAGATGTAATAGCAGCAAACAAAGAAACTGTGGTAGACTGTGTGTTGTGTAAA
CACTTTACGTTTCCTTCTGTAACTTGATCTCTAAAGAAAACTATATGTAGGGGTCGTACA
GGTTCGTGCAAGTCAAAACGCTTATGAACC

QA 1 330 1 330
DS 



AS 1 2

CO CL5839Contig1 286 2 1 U
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ATATACAAAAATTCAGTCATATAATAAGCAAAGAACAAATATGTTCTTTTATCTTATTCA
TTAGTTTATGCTTTGATATATTACTAGCCGCACGGAAGTTTAGTAAAACAAGTGCAACCA
TAGCCGTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1DL56JQ U 1
AF RR1DZ88JQ U 143
BS 1 286 RR1DL56JQ

RD RR1DL56JQ 286 0 0
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AATTATATAGAATAAAAGGTTATTAAATTTCTAAATAAAAGTATAAAACAAAAGACTGAC
ATATACAAAAATTCAGTCATATAATAAGCAAAGAACAAATATGTTCTTTTATCTTATTCA
TTAGTTTATGCTTTGATATATTACTAGCCGCACGGAAGTTTAGTAAAACAAGTGCAACCA
TAGCCGTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

QA 1 286 1 286
DS 

RD RR1DZ88JQ 143 0 0
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ACTAGCCGCACGGAAGTTTAGTAAAACAAGTGCAACCATAGCCGTCCTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

QA 1 143 1 143
DS 



AS 1 2

CO CL5840Contig1 860 2 8 U
GGATGACGAACTCAAACGGAGACGGCGACAATCTTCGAAACCCTAATCAGAGATCAAAGG
GTTGCGAAACCTTCCAGGTTTCTATGTAAAGTTTTAACCTTTTTGGCTTTCTCTCTCTCT
CTCTGTTTGAATCTGTAAACGGAGAAAACTAGAGACTGAACAAAGAGTGTTTTTTTTCCC
TTCTTCTCCGAATCTGCAATGATGGGCTCTCTATACATTGCATGTGTTGAAAATCTCCGA
TCTTTGATACTAGAAGCCGTTTCGTAGTTAGGTTAATCTGTGAAAGAAACGTAGAAGAAG
TAGAAAGAGGCTCACCATTTGAATGCAAAGAAGCTTTGATTTGATTCTGCAGCTATGGAA
GGGAACTACACTGATAAGACAAGAGTGTTGGACATCAAACCCATTGCGTACTCTAAGACC
TGTCTTCCCCAGCGGAAACCAAGCTCCCCCTTTTGTCTGCGCACCTCCTTTTGGTCCCTT
TCCATCTGGATTCTCACCTCTCTATCCCTTTACCTCGTCTCAAGTGAACGAACAAACACC
AGATCTCTCTCAAGCTCAAAACCCACCTCAACATCAGCCTCAGGTTCCACCTCAAACTCA
ACATCAGCCTCTTGTTCCACTTCAACAGCAGCCTTTGTTGGTTACTTCTTTGAGACCATT
TAGATCTTTTGATACAACGTCTAATGGAGACATAGAACCCGAGGGGTCAACTTTGAAAAG
AAAGATCCCTAAAAAGCGTCAGCTTGCTAACTTCGAGAGTGGGATCAGCGTGGTTCATTT
GGTTGATGGTAAAAACGTGAAAAAGGGTATAGTGTTCTTTTAAGCCTTTTCTTCAACGGC
ATAAGACGCAAGTTGTGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 
0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL57TF U 1
AF RR1BL57JQ C 288
BS 1 401 RR1BL57TF
BS 402 402 RR1BL57JQ
BS 403 718 RR1BL57TF
BS 719 721 RR1BL57JQ
BS 722 734 RR1BL57TF
BS 735 735 RR1BL57JQ
BS 736 769 RR1BL57TF
BS 770 860 RR1BL57JQ

RD RR1BL57TF 769 0 0
GGATGACGAACTCAAACGGAGACGGCGACAATCTTCGAAACCCTAATCAGAGATCAAAGG
GTTGCGAAACCTTCCAGGTTTCTATGTAAAGTTTTAACCTTTTTGGCTTTCTCTCTCTCT
CTCTGTTTGAATCTGTAAACGGAGAAAACTAGAGACTGAACAAAGAGTGTTTTTTTTCCC
TTCTTCTCCGAATCTGCAATGATGGGCTCTCTATACATTGCATGTGTTGAAAATCTCCGA
TCTTTGATACTAGAAGCCGTTTCGTAGTTAGGTTAATCTGTGAAAGAAACGTAGAAGAAG
TAGAAAGAGGCTCACCATTTGAATGCAAAGAAGCTTTGATTTGATTCTGCAGCTATGGAA
GGGAACTACACTGATAAGACAAGAGTGTTGGACATCAAACC*ATTGCGTACTCTAAGACC
TGTCTTCCCCAGCGGAAACCAAGCTCCCCCTTTTGTCTGCGCACCTCCTTTTGGTCCCTT
TCCATCTGGATTCTCACCTCTCTATCCCTTTACCTCGTCTCAAGTGAACGAACAAACACC
AGATCTCTCTCAAGCTCAAAACCCACCTCAACATCAGCCTCAGGTTCCACCTCAAACTCA
ACATCAGCCTCTTGTTCCACTTCAACAGCAGCCTTTGTTGGTTACTTCTTTGAGACCATT
TAGATCTTTTGATACAACGTCTAATGGAGACATAGAACCCGAGGGGTCAACTTTGAAA**
GAAGATCCCTAAAA*GCGTCAGCTTGCTAACTTCGAGAGTGGGATCAGC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1BL57JQ 573 0 0
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TGCAGCTATGGAAGGGAACTACACTGATAAGACAAGAGTGTTGGACATCAAACCCATTGC
GTACTCTAAGACCTGTCTTCCCCAGCGGAAACCAAGCTCCCCCTTTTGTCTGCGCACCTC
CTTTTGGTCCCTTTCCATCTGGATTCTCACCTCTCTATCCCTTTACCTCGTCTCAAGTGA
ACGAACAAACACCAGATCTCTCTCAAGCTCAAAACCCACCTCAACATCAGCCTCAGGTTC
CACCTCAAACTCAACATCAGCCTCTTGTTCCACTTCAACAGCAGCCTTTGTTGGTTACTT
CTTTGAGACCATTTAGATCTTTTGATACAACGTTTAATGGAGACATAGAACCCGAGGGGT
CAACTTTGAAAAGAAAGTTCCCTAAAAAGCGTCAGCTTGCTAACTTCGAGAGTGGGTTCA
GCGTGGTTCATTTGGTTGATGGTAAAAACGTGAAAAAGGGTATAGTGTTCTTTTAAGCCT
TTTCTTCAACGGCATAAGACGCAAGTTGTGATG

QA 1 573 1 573
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5842Contig1 1065 2 2 U
GGTACTCCATAACATGTTGCTTGCACATGCATCGACCGCGAGATTGTATAAGCAAAATTA
TAAGCATAAGCAAAATGGATCTGTAGGTATAACCTTTTTTGCATTCTGGATGGTTCCTTT
TACTACCTCTGAAGAGGACGAGATTGCAACTCAGAGAGCCAAAGATTTCTTATTAGGCTG
GGTTTTGCATCCGTTGGTGTTTGGGGACTATCCTAATGCAATGAGGAGAATCGTGGGCAA
GAGACTGCCATGTTTTTCGGAATAAGAATCATATCTTGTTAAAGACTTATCCGACTTCTT
GGGAGTCATACACTACACAACAACCTACACCACGGCAGACTTATCCAGTCCCAGCCAAAG
AGATTTTCTTTCAGATATGGCTGCATCAATGATCCCCATTGGGAATTCCACACTGTTCAC
TATTGATGTGCTTCCATGGGGTCTTGAAGGAGTGTTGGAATACATAAAGCAAAACTATGG
CAATCCTCCTGTCTACATTCTTGAAAACGGTCGACCTACCAACCACCACTCATCGCTTAA
TGATGTGGAAAGAATTGAATACCTTCATGCTTACATCGCTGCTGTGCTTAATTCAGTGAG
GAATGGGTCAGAGACAAAAGGCTACTTCCAGTGGTCTTTCATGGATTTGTTCGAGTTTAT
CAATTCCAATTATACATATGGGTTATACTATGTGAATTTCAGCGATCCGGAACGTAAGAG
ATGGAGCTTTTTTATTTTCTGGTTACCATTTGTTTGAGTTTGGCTTTCTCCGGGAGATGC
AGTGATGACTATAGCAGGAATGATTTCCCGGAGGGATTCGTCTTCGGATCCGCAGTTTCA
GCTTTTCAGTGGGAAGGAGCTGTTGATGAAGACGGACGGATGCCTAGTGTATTGGATACA
ACCGTTCACTCTAGTAATGGATCTAGCGGAATTATAGCTTGTGATGGGTATCTTCTTCTC
CTGGTCTTTCATCTTCTTAACTATTAGCATTTTCTCTTCTATTTTATGTACTATTAGGAT
AAACCCGCCCTACAGACGGGCAAACGTATAAATAATATTGATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D261TF U 1
AF RR1D261JQ C 329
BS 1 780 RR1D261TF
BS 781 1065 RR1D261JQ

RD RR1D261TF 780 0 0
GGTACTCCATAACATGTTGCTTGCACATGCATCGACCGCGAGATTGTATAAGCAAAATTA
TAAGCATAAGCAAAATGGATCTGTAGGTATAACCTTTTTTGCATTCTGGATGGTTCCTTT
TACTACCTCTGAAGAGGACGAGATTGCAACTCAGAGAGCCAAAGATTTCTTATTAGGCTG
GGTTTTGCATCCGTTGGTGTTTGGGGACTATCCTAATGCAATGAGGAGAATCGTGGGCAA
GAGACTGCCATGTTTTTCGGAATAAGAATCATATCTTGTTAAAGACTTATCCGACTTCTT
GGGAGTCATACACTACACAACAACCTACACCACGGCAGACTTATCCAGTCCCAGCCAAAG
AGATTTTCTTTCAGATATGGCTGCATCAATGATCCCCATTGGGAATTCCACACTGTTCAC
TATTGATGTGCTTCCATGGGGTCTTGAAGGAGTGTTGGAATACATAAAGCAAAACTATGG
CAATCCTCCTGTCTACATTCTTGAAAACGGTCGACCTACCAACCACCACTCATCGCTTAA
TGATGTGGAAAGAATTGAATACCTTCATGCTTACATCGCTGCTGTGCTTAATTCAGTGAG
GAATGGGTCAGAGACAAAAGGCTACTTCCAGTGGTCTTTCATGGATTTGTTCGAGTTTAT
CAATTCCAATTATACATATGGGTTATACTATGTGAATTTCAGCGATCCGGAACGTAAGAG
ATGGAGCTTTTTTATTTTCTGGTTACCATTTGTTTGAGTTTGGCTTTCTCCGGGAGATGC

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1D261JQ 737 0 0
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ATGATCCCCATTGGGAATTCCACACTGTTCACTATTGATGTGCTTCCATGGGGTCTTGAA
GGAGTGTTGGAATACATAAAGCAAAACTATGGCAATCCTCCTGTCTACATTCTTGAAAAC
GGTCGACCTACCAACCACCACTCATCGCTTAATGATGTGGAAAGAATTGAATACCTTCAT
GCTTACATCGCTGCTGTGCTTAATTCAGTGAGGAATGGGTCAGAGACAAAAGGCTACTTC
CAGTGGTCTTTCATGGATTTGTTCGAGTTTATCAATTCCAATTATACATATGGGTTATAC
TATGTGAATTTCAGCGATCCGGAACGTAAGAGATGGAGCTTTTTTATTTTCTGGTTACCA
TTTGTTTGAGTTTGGCTTTCTCCGGGAGATGCAGTGATGACTATAGCAGGAATGATTTCC
CGGAGGGATTCGTCTTCGGATCCGCAGTTTCAGCTTTTCAGTGGGAAGGAGCTGTTGATG
AAGACGGACGGATGCCTAGTGTATTGGATACAACCGTTCACTCTAGTAATGGATCTAGCG
GAATTATAGCTTGTGATGGGTATCTTCTTCTCCTGGTCTTTCATCTTCTTAACTATTAGC
ATTTTCTCTTCTATTTTATGTACTATTAGGATAAACCCGCCCTACAGACGGGCAAACGTA
TAAATAATATTGATTTG

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL5843Contig1 971 2 2 U
GGGAAAGAAAAGAGAATAAATCTGAAAATGAAATTTGTAATTCCGAAACTACCCTTCGCT
CTTTCTCTCTTCTTCTCACTCTCTCCTCCTCGTATTCCTCTTCGCCTTCCCCTTAACTTC
CCTCCGCCGTCCTATCTCCTCCTCCGTCACCGCAACCGTCGCCGACGAAGAAATACGGAT
CCGTCATGGATACACCTCCTACGAGGCTTACATCCAGCACCAGCTCAACAAAACTCAGAA
CCCGAAGCTACGGAAGGTGTGGACGACGCGAGACTGGGACAGGAAGGTGCGCGTGTTCTC
CACCTTCTTCCAGCGCCTCAGCGATCGCGGCCTCCTCTCGAACGGATCGAAAGCGCTCTC
GATCGGAGCTCGGGTTGGCCAGGAGGTCGCGGCGCTGAGGCTGATCGGCGTGGAGGACTC
CATCGGGTTAGATCTGGTGCCGCGTCCGCCTCTGGTGGTGAGAGGCGACTTCCACGCGCA
GCCGTTCGACGCGGAGACGTTCGATTTCGAGTTCTCTAACGTATTCGATCACGCGCTTTA
CCCGGAGAAGTTCGTTGGGGAGATCGAACGGACGCTGAAGCCGGGAGGTGTTTGCGTGAT
ACACGTGTCGCTTCACGGGAAGACGGATAAGTACTCGGCGAATGATCTGTACAGTGTGAA
ACCGTTGGTGAAGCTGTTCAAGAGATCGGAGGTGGTGGAGGTGAGGGAGATCGATGGGTT
TGGGCTTGACACGGAGATTGTTTTTAGAAAGAACAAAGATTAAAGTTTTTTTTTTTGAAC
GAAACAAAGATTAAAGTTATTAAGTTGTAATTTTGATTCATTTGATACTATAGATTCGTT
GTTAAAGCTGTTTATTTTCCTCTTTTGGATGTATTGTTCATTTTTTCTTACCATTCATTT
TTTACTATTTTACTTAAAATGTTTTTACTACTGTTTGCCGACATTAATAAAGTACAGATT
TCTTTCTTAGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE69TF U 1
AF RR1DE69JQ C 346
BS 1 621 RR1DE69TF
BS 622 971 RR1DE69JQ

RD RR1DE69TF 621 0 0
GGGAAAGAAAAGAGAATAAATCTGAAAATGAAATTTGTAATTCCGAAACTACCCTTCGCT
CTTTCTCTCTTCTTCTCACTCTCTCCTCCTCGTATTCCTCTTCGCCTTCCCCTTAACTTC
CCTCCGCCGTCCTATCTCCTCCTCCGTCACCGCAACCGTCGCCGACGAAGAAATACGGAT
CCGTCATGGATACACCTCCTACGAGGCTTACATCCAGCACCAGCTCAACAAAACTCAGAA
CCCGAAGCTACGGAAGGTGTGGACGACGCGAGACTGGGACAGGAAGGTGCGCGTGTTCTC
CACCTTCTTCCAGCGCCTCAGCGATCGCGGCCTCCTCTCGAACGGATCGAAAGCGCTCTC
GATCGGAGCTCGGGTTGGCCAGGAGGTCGCGGCGCTGAGGCTGATCGGCGTGGAGGACTC
CATCGGGTTAGATCTGGTGCCGCGTCCGCCTCTGGTGGTGAGAGGCGACTTCCACGCGCA
GCCGTTCGACGCGGAGACGTTCGATTTCGAGTTCTCTAACGTATTCGATCACGCGCTTTA
CCCGGAGAAGTTCGTTGGGGAGATCGAACGGACGCTGAAGCCGGGAGGTGTTTGCGTGAT
ACACGTGTCGCTTCACGGGAA

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1DE69JQ 626 0 0
ATCGAAAGCGCTCTCGATCGGAGCTCGGGTTGGCCAGGAGGTCGCGGCGCTGAGGCTGAT
CGGCGTGGAGGACTCCATCGGGTTAGATCTGGTGCCGCGTCCGCCTCTGGTGGTGAGAGG
CGACTTCCACGCGCAGCCGTTCGACGCGGAGACGTTCGATTTCGAGTTCTCTAACGTATT
CGATCACGCGCTTTACCCGGAGAAGTTCGTTGGGGAGATCGAACGGACGCTGAAGCCGGG
AGGTGTTTGCGTGATACACGTGTCGCTTCACGGGAAGACGGATAAGTACTCGGCGAATGA
TCTGTACAGTGTGAAACCGTTGGTGAAGCTGTTCAAGAGATCGGAGGTGGTGGAGGTGAG
GGAGATCGATGGGTTTGGGCTTGACACGGAGATTGTTTTTAGAAAGAACAAAGATTAAAG
TTTTTTTTTTTGAACGAAACAAAGATTAAAGTTATTAAGTTGTAATTTTGATTCATTTGA
TACTATAGATTCGTTGTTAAAGCTGTTTATTTTCCTCTTTTGGATGTATTGTTCATTTTT
TCTTACCATTCATTTTTTACTATTTTACTTAAAATGTTTTTACTACTGTTTGCCGACATT
AATAAAGTACAGATTTCTTTCTTAGG

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

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GGTGGGCTACAAGGTCTTGGCTTGAGACCTCTAAACTCGCCAAATCCAGTTTCAAGCAAC
GGTTACGACCAGCTTATTCAGCAGTATCGGCAGCAGAGACAAAACCAATCCCAGTTTCCT
GTCCAACAAATGTCATCTATGAACCAGTTTAGAGATTCTGAGTTGAAATCGGCACAGGCT
GAGGCAGATCCTTTCTGCTTGCTTGGCTTGCTAGAGGTACTAAACGGGAGCAACCCTGAA
CTGACCTCTCTTGCTCTTGGCATCGACTTAACGACGCTAGGGTTGGATTTGAATTCAACT
GGGAAACTTTACAAGACCTTTGCTTCCCCTTGGACCAATGAGCCAGCAAAGACTGAGGTC
GAGTTCACGGTACCGAGTTGTTACTACGCAACACCACCTCCACCTCTAACGAGAGCTAGT
TTCAAAAGGTTCTCCTATGAGTTATTGTTCTACACATTTTACAGTATGCCAAAAGACGAA
GCACAGCTTTACGCAGCAGATGAACTATATGAAAGAGGTTGGTTTTACCACAAGGAACTC
AGATTATGGTTCTTCAGAGTTGGGGAGCCTTTGGTAAGAACAGCTGCATATGAAAGAGGA
ACATACGAGTGCCTGGATCCAAACTCGTTCAAAACAGTCAGAAAGGAACATTTTGTTGTC
CAGTACGAGCACATGGAAAAGAGACCAAGCTTGCTGCAGCATTGACTTCAAGTAGGTTTG
TTCAATTATTAGCATCTTTACAATGTAAAGCTTTGTTATCTTTTTTTCTTTCTTCTGTTT
CGTGCAAGCTCAATTATTTAGGATTTCAACAATTTTCAATTTTCAACCGCAGATGACTGC
CATATAAAGATTATATTTTAATTTCCTTCTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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BS 656 934 RR1F945JQ

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GAGGCAGATCCTTTCTGCTTGCTTGGCTTGCTAGAGGTACTAAACGGGAGCAACCCTGAA
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QA 1 655 1 655
DS 

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TTTCAACAATTTTCAATTTTCAACCGCAGATGACTGCCATATAAAGATTATATTTTAATT
TCCTTCTTCTC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL5845Contig1 1144 2 2 U
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TGACCCCTGTCAAACAATTCCAACATTCACAACAGGCAACATTCAGTGATACGTTATGCG
TTAGTTGAAAGTACTCACTCTCCCCCAACTCCCAGCATTAGCAACATTGAGATTGTTAAC
ATGGGAATTCACAACATTGTTCCGGGCTGACCTCAGCTACAGTCTTTCCCTAACATTAGC
ATTAGCAACAGGGGAATTCTCTACACTAAACAGATAACAAGGGTTCTCCTAATTAGCCAG
ATTATGTCGGAGTCAAGCAAAGATTGTATGAAAGCAGAGAAGTATTAAGTAGTGACGAAG
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TCCAGCTTAAGCTTGACGTTGAATGGGAATTTAGAGCTCCAGTCCAGCTAGAAGAAGCGT
TGTTAGAAGCGGCAAAAGCTATGAGATTCGAATCATAGGCAAGGAGTTGTGTCAAGAAAA
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ACCG


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1CC32TF U 1
AF RR1CC32JQ C 440
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BS 650 1144 RR1CC32JQ

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TTAGTAAGATAGCTCATGAATGAAGCTTTCAAACCACTTCCTAATTTCAGGAGTTTAGGA
GTACATATGAGTTCATGAGTGCATGAGTCAATGTGCCCGCTGTGGTGTATGAGCAAGTGA
TCTGATCCTATGCGCCTTTCTCCTGGTTATCCCATTCCTTGGCTTACATGGGAAAGACTA
ACCTCCCATTCTGACTTTCCTTCCCCTTTCCTCGATTGAAGATTGTTTCATCACAAAGTC
TGACCCCTGTCAAACAATTCCAACATTCACAACAGGCAACATTCAGTGATACGTTATGCG
TTAGTTGAAAGTACTCACTCTCCCCCAACTCCCAGCATTAGCAACATTGAGATTGTTAAC
ATGGGAATTCACAACATTGTTCCGGGCTGACCTCAGCTACAGTCTTTCCCTAACATTAGC
ATTAGCAACAGGGGAATTCTCTACACTAAACAGATAACAAGGGTTCTCCTAATTAGCCAG
ATTATGTCGGAGTCAAGCAAAGATTGTATGAAAGCAGAGAAGTATTAAGTAGTGACGAAG
GACAGGGATAAGTACTGAACAACAAACAGAAGTAGCAGAAAGATCTATT

QA 1 649 1 649
DS 

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TCTACACTAAACAGATAACAAGGGTTCTCCTAATTAGCCAGATTATGTCGGAGTCAAGCA
AAGATTGTATGAAAGCAGAGAAGTATTAAGTAGTGACGAAGGACAGGGATAAGTACTGAA
CAACAAACAGAAGTAGCAGAAAGATCTATTCAAAAAGGCAGATAGGAATGATTGAAGGTA
GGCGTTCCTCGGAAGGTTGGGGAAGGGATAGCAGTATACAAAGTTCCTATAGCTGTGAAA
CGGTTATCCTCCAAGGAGGAACCTAGCTTTTTCAGCGAAGCTGAAGGAACCCCTATATTG
TCCAGGGATGTAAATCAAGTTGGCTGGTTAAAAAACATTGGTCCAGCTTAAGCTTGACGT
TGAATGGGAATTTAGAGCTCCAGTCCAGCTAGAAGAAGCGTTGTTAGAAGCGGCAAAAGC
TATGAGATTCGAATCATAGGCAAGGAGTTGTGTCAAGAAAAAACAAAAGACAATCGAAAT
GGACAATCGGACGGATGGCAAAAAGATTCAATAACTGAGAAAGACAAAACAAAGATTCTT
TTCGAGAAAATAGAAATAAGACAAGATATATGAGCAAGAAATCTGCCAAAGGTCTTCGAG
ATCTTGTATTTATATGTCGCTCTATTAACAGAGCCGTGTATACCG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5848Contig1 837 2 2 U
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GGGTTTTTTTCTTTTCTTCCTTATTCTTGCGGCCATGGAAACACAAATCGATACACCGAA
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CCTGAACCCAAGTGACGGCGGCTTCACGCCGCATCATCTCTCTCGACTCCTTCGCGATGA
GCAAGTTCCCGAGTCTCAGTTTCTAGGTCAAAAGATCGCTCTTGATATCAATCGCGAACT
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AGAGACACGTTTGATTTTTCCGCCCGACGAACCTACTCCGTCGAGAGGTTCTTCTCGTGA
AGTTTTCCAGAGGTTAGCGGACGAACAGAGGTTTGAAGTCGAGAACAACGAGATTCAGTG
TTCCAATTTGTATTGAGGATTTGTCCAAGAATCATCAAGAAGTCATTGAGATGCCTAAAT
GTTTGCATAGGTTTCATCAAGATTGTCTCTTTGAGTGGCTTGCTCGGCAAAACTCATGTC
CCTTGTGCCGGAGTGTTCCCTACGGCTTGGATCAAGAAACAGACTCTTGAAAAGATATCA
GATTAGGGTTTGGAGGGTATAGATCGGTTTAGGGTTTTTGAATAATTTTCTGTATTAAGG
TATATGTTTGGAAATTTTGTAACTTTTTAGTATAAATCTTGAAATAATTGTTCTGGC


BQ
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AF RR1DV22TF U 1
AF RR1DV22JQ C 122
BS 1 587 RR1DV22TF
BS 588 837 RR1DV22JQ

RD RR1DV22TF 587 0 0
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GGGTTTTTTTCTTTTCTTCCTTATTCTTGCGGCCATGGAAACACAAATCGATACACCGAA
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AGTTTTCCAGAGGTTAGCGGACGAACAGAGGTTTGAAGTCGAGAACAACGAGATTCAGTG
TTCCAATTTGTATTGAGGATTTGTCCAAGAATCATCAAGAAGTCATT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1DV22JQ 716 0 0
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CTGAACCCAAGTGACGGCGGCTTCACGCCGCATCATCTCTCTCGACTCCTTCGCGATGAG
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GTTAACGACGTTTCCCTTAGAGAGCCTGCTTTCGTATTCGTCACTGTCGATTTCATCAGA
GAGACACGTTTGATTTTTCCGCCCGACGAACCTACTCCGTCGAGAGGTTCTTCTCGTGAA
GTTTTCCAGAGGTTAGCGGACGAACAGAGGTTTGAAGTCGAGAACAACGAGATTCAGTGT
TCGA*TTTGTATTGAGGATTTGTCCAAGAATCATCAAGAAGTCATTGAGATGCCTAAATG
TTTGCATAGGTTTCATCAAGATTGTCTCTTTGAGTGGCTTGCTCGGCAAAACTCATGTCC
CTTGTGCCGGAGTGTTCCCTACGGCTTGGATCAAGAAACAGACTCTTGAAAAGATATCAG
ATTAGGGTTTGGAGGGTATAGATCGGTTTAGGGTTTTTGAATAATTTTCTGTATTAAGGT
ATATGTTTGGAAATTTTGTAACTTTTTAGTATAAATCTTGAAATAATTGTTCTGGC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL5849Contig1 1009 2 2 U
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TAAGCGGTCATATTTTCATCCAATCATGCCAATCTTTGGGGGATCTTCTGATTCTGAAGA
CGAAAGAACAATGCATCAAACGACTAAGTTCTTCAATCGCCAACGATCAATTCACTCTAT
ATTTGGAGGAGGCAAATTTGCGGATATTTTGTTATGGAGAGAGCCAAAAATAGCTGCAAC
TTTGGTGATAGGAGTTAGTCTCTTCTGGTTCTTGATGGAAGTAGTGGAATACAATTTCAT
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TTCTGATTTTCTCAATTGGGAAAGGCCAATTATACCAGAAGTGGTACTAGACGAATCTTC
TTTCAAGGAATTGACAAGAAACTTTCACGATAGATTCAACAAAATCCTCTCCAAGCTTCT
AGACATTGCTTGTGGAAGAGATCCTCCACTCTTTTTCCTCACAACCGTCTCACTTTATAT
CATCTCCATCATCGGGACATATTTCAACTTTATGAATCTTTTGTTCATAGGGTTTATAAG
CATGCAAACGTTGCCGGTTATGTACGAGCTGTACGAGGATGACGTTGATAGAGTGGTGAG
GAAGCTGTACAGAAAAATTGACTCGAACGTTCTTAGCAAGATCGCAAGAGGAACTGTCAA
AAGCAAGAAACATACTTAAAATATTTTTTTATATATTAATTCATGTATAATCAGAATTTA
TATGCATATATTGTGTGCCCTAATCCATTGCTTAACTATGCCTATGCTCTGGGCCGGACT
TGCTTTCCGGCAAGGCGGCAACAATTCTGTAACTGTAAGACATACACACTATACTGGTTA
TCCTTTTCTAATGGTTCCTGAGTGGAATCCACTTCTAGCCAAATATCAACTGTGATTTCT
TCCTAATGAAATCAGTCCAATAATATGGTCCAATATATGATCTTTTGGC


BQ
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AF RR1FZ09TF U 1
AF RR1FZ09JQ C 512
BS 1 654 RR1FZ09TF
BS 655 1009 RR1FZ09JQ

RD RR1FZ09TF 654 0 0
GGAAACCCATCACTACGAGTTTACATATACATATCAATATCAGAACATTAATTTAATTTG
TAAGCGGTCATATTTTCATCCAATCATGCCAATCTTTGGGGGATCTTCTGATTCTGAAGA
CGAAAGAACAATGCATCAAACGACTAAGTTCTTCAATCGCCAACGATCAATTCACTCTAT
ATTTGGAGGAGGCAAATTTGCGGATATTTTGTTATGGAGAGAGCCAAAAATAGCTGCAAC
TTTGGTGATAGGAGTTAGTCTCTTCTGGTTCTTGATGGAAGTAGTGGAATACAATTTCAT
ACCCCTAATTTGTCATGCTTCCATGACTTCTATGATTCTTTTCTTTATTTGGTCCACTGC
TTCTGATTTTCTCAATTGGGAAAGGCCAATTATACCAGAAGTGGTACTAGACGAATCTTC
TTTCAAGGAATTGACAAGAAACTTTCACGATAGATTCAACAAAATCCTCTCCAAGCTTCT
AGACATTGCTTGTGGAAGAGATCCTCCACTCTTTTTCCTCACAACCGTCTCACTTTATAT
CATCTCCATCATCGGGACATATTTCAACTTTATGAATCTTTTGTTCATAGGGTTTATAAG
CATGCAAACGTTGCCGGTTATGTACGAGCTGTACGAGGATGACGTTGATAGAGT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1FZ09JQ 498 0 0
TTTTTCCTCACAACCGTCTCACTTTATATCATCTCCATCATCGGGACATATTTCAACTTT
ATGAATCTTTTGTTCATAGGGTTTATAAGCATGCAAACGTTGCCGGTTATGTACGAGCTG
TACGAGGATGACGTTGATAGAGTGGTGAGGAAGCTGTACAGAAAAATTGACTCGAACGTT
CTTAGCAAGATCGCAAGAGGAACTGTCAAAAGCAAGAAACATACTTAAAATATTTTTTTA
TATATTAATTCATGTATAATCAGAATTTATATGCATATATTGTGTGCCCTAATCCATTGC
TTAACTATGCCTATGCTCTGGGCCGGACTTGCTTTCCGGCAAGGCGGCAACAATTCTGTA
ACTGTAAGACATACACACTATACTGGTTATCCTTTTCTAATGGTTCCTGAGTGGAATCCA
CTTCTAGCCAAATATCAACTGTGATTTCTTCCTAATGAAATCAGTCCAATAATATGGTCC
AATATATGATCTTTTGGC

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 2

CO CL5850Contig1 1027 2 2 U
GCTAGTCCTCTTGTTCACCTTTCTATCACTCGTAGTGGAGTGCACTTACTTCTCAGCCGT
GCTCTTCAAGGTTAACCAAGGCGGGTGGGTCCCACTCGTCATCGCGGCGGCGTTTCTCAT
CATCATGTACGTCTGGCATTACGGAACGCTCAAGAGGTATGAGTTCGAAATGCATAGTAA
AGTCTCCATGGCTTGGATTCTCGGTCTAGGACCTAGCCTTGGTCTTGTCCGTGTTCCCGG
GATTGGTCTTGTTTACACCGAGTTAGCTAGCGGTGTCCCTCACATCTTCTCTCATTTCAT
CACAAACTTGCCGGCTATTCACTCCGTTGTGGTCTTTGTGTGCGTCAAGAACCTTCCTGT
CTACACTGTCCCCGAGGAAGAACGGTTCCTTGTGAAAAGAATCGGACCGAAGAACTTCCA
CATGTTCCGCTGTGTGGCGAGGTATGGATACAGAGACTTGCATAAGAAGGACGACAACTT
TGAGAAACGGCTCTTTGAAAGCCTCTTCCTATTCATCCGCCTTGAGTCCATGATGGAAGG
CTGCTCTGACTCAGACGATTACAGCATCTGTGGAAGCCAGCAACAGCACAGAGACGGGAA
TGAGAGTAAGAACTTTAGCACTTTTGATACGTTTGGTTCTGTAGAGTCTGTTATGGCACC
TCCTGTGGGGGTAACTAAACGGACGAGCCACACGGTGACCGGGTCAAGCCAGATGAGTGG
AGGAGGGGACGAGCTGGAGTTTATAAATGGGTGCAGAGACGCAGGAGTGGTGCACATAAT
GGGGAACACAGTGATTCGAGCAAGAAGGGAAGCGAGGTTCTACAAGAGATTAGCTATTGA
TTATGTGTATGCGTTTCTTAGGAAAATTTGTAGAGAAAATAGTGCTATCTTCAATGTTCC
TCAGGAAAGCCTCTTGAATGTTGGTCAGATTTTTTATGTGTAACTAGATTTTGATCTGCT
TGTCGGTGAAATATTTGTTTTCATTAGGTATCGGCATTCGGGTCTCAATCGGGTTTCGGT
TTTATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC96TF U 1
AF RR1EC96JQ C 315
BS 1 588 RR1EC96TF
BS 589 1027 RR1EC96JQ

RD RR1EC96TF 588 0 0
GCTAGTCCTCTTGTTCACCTTTCTATCACTCGTAGTGGAGTGCACTTACTTCTCAGCCGT
GCTCTTCAAGGTTAACCAAGGCGGGTGGGTCCCACTCGTCATCGCGGCGGCGTTTCTCAT
CATCATGTACGTCTGGCATTACGGAACGCTCAAGAGGTATGAGTTCGAAATGCATAGTAA
AGTCTCCATGGCTTGGATTCTCGGTCTAGGACCTAGCCTTGGTCTTGTCCGTGTTCCCGG
GATTGGTCTTGTTTACACCGAGTTAGCTAGCGGTGTCCCTCACATCTTCTCTCATTTCAT
CACAAACTTGCCGGCTATTCACTCCGTTGTGGTCTTTGTGTGCGTCAAGAACCTTCCTGT
CTACACTGTCCCCGAGGAAGAACGGTTCCTTGTGAAAAGAATCGGACCGAAGAACTTCCA
CATGTTCCGCTGTGTGGCGAGGTATGGATACAGAGACTTGCATAAGAAGGACGACAACTT
TGAGAAACGGCTCTTTGAAAGCCTCTTCCTATTCATCCGCCTTGAGTCCATGATGGAAGG
CTGCTCTGACTCAGACGATTACAGCATCTGTGGAAGCCAGCAACAGCA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1EC96JQ 713 0 0
CTATTCACTCCGTTGTGGTCTTTGTGTGCGTCAAGAACCTTCCTGTCTACACTGTCCCCG
AGGAAGAACGGTTCCTTGTGAAAAGAATCGGACCGAAGAACTTCCACATGTTCCGCTGTG
TGGCGAGGTATGGATACAGAGACTTGCATAAGAAGGACGACAACTTTGAGAAACGGCTCT
TTGAAAGCCTCTTCCTATTCATCCGCCTTGAGTCCATGATGGAAGGCTGCTCTGACTCAG
ACGATTACAGCATCTGTGGAAGCCAGCAACAGCACAGAGACGGGAATGAGAGTAAGAACT
TTAGCACTTTTGATACGTTTGGTTCTGTAGAGTCTGTTATGGCACCTCCTGTGGGGGTAA
CTAAACGGACGAGCCACACGGTGACCGGGTCAAGCCAGATGAGTGGAGGAGGGGACGAGC
TGGAGTTTATAAATGGGTGCAGAGACGCAGGAGTGGTGCACATAATGGGGAACACAGTGA
TTCGAGCAAGAAGGGAAGCGAGGTTCTACAAGAGATTAGCTATTGATTATGTGTATGCGT
TTCTTAGGAAAATTTGTAGAGAAAATAGTGCTATCTTCAATGTTCCTCAGGAAAGCCTCT
TGAATGTTGGTCAGATTTTTTATGTGTAACTAGATTTTGATCTGCTTGTCGGTGAAATAT
TTGTTTTCATTAGGTATCGGCATTCGGGTCTCAATCGGGTTTCGGTTTTATCC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL5851Contig1 1003 2 4 U
TTTTTTTACTTGTTTCTCCCTTTTAGGTGAAGAGGCGTCGGGAACTTTCTCTTCCTCCGA
TGGCGCCTCGTCTTTTATCTTGTTTCGGCGTCAAAGGATCCTCAACTTCCACCACCGGAA
AAGGCATCTCAGGACATAACGCTGCCGTCGTGGCTGCGGATGTTCCCGCCGGTGACGGAC
CTGTTCTCGTTCAGCTCTTCTCGTCTCAGGGATGTAAGACTTCTCCTGAGGCCGAGATGC
TCGTGTCCCGCCTTGGCCGTGGAGATTTCAACGGTCAGATTCGTCGTGAAGGTGGGTCTG
GTTCTCCGGCTGTGGTTCTTGTTTTCCACGTTGATTATTGGGATTACTTGGGGTGGAAGG
ATCCTTATGGATCGAGCCAATGGACGGTGAGACAAAAGGCTTACATCGAGGCGTTGAATC
AAGATACGATGTTCACTCCGCAGTTTGTGGTTCAAGGTCGCGTCCAGTTCCTAGGCAATG
AGGAAGAAACTCTGCTCAAGTCCATCGTCGAAGCGCATAGGTTTCCTTCTCCGGCATTTC
AGGCTACATTCCAAAGACCAACCTCAGAAACCCTTCAAGTATCTCTAACAGGAGCTTTGA
GGATGAAAGTGGACTCGAGTGGGATCGATATAATGGTGGCGTTATACGAGAACGGAATAG
TGACTGATTGCCCTCGAGGAGAGAACTCGGGAAGAGTCTTGTCCAATGACTACGTTGTAA
GAAAGCTAGAAAAGTTATGCACCGTTAAAGATTTAACGGCCAAGAAAACGGTCTCGGAGA
CTGCTCATTTCACGGTATGGGATGGGTTCAACAGTGCTAAATGTGGAGTCGCTGTTTTCC
TACAGAACACATCTCTTCAAATTTTTGGTACGCAGAGTTTTCAATTGCCTAATGAGATTT
GACCAAAAAAGAACAAACAAAAATTGTGAATCTAAAGGACATTTTCCCTTTCTTTGTTCG
TTCATATTTGTTTTATTAAATCATATGACTTTTTAAACTGCTG


BQ
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AF RR1EA05TF U 1
AF RR1EA05JQ C 270
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BS 591 591 RR1EA05JQ
BS 592 726 RR1EA05TF
BS 727 1003 RR1EA05JQ

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AAGATACGATGTTCACTCCGCAGTTTGTGGTTCAAGGTCGCGTCCAGTTCCTAGGCAATG
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TGACTGATTGCCCTCGAGGAGAGAACTCGGGAAGAGTCTTGTCCAATGACTACGTTGTAA
GAAAGC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1EA05JQ 734 0 0
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GTTCAAGGTCGCGTCCAGTTCCTAGGCAATGAGGAAGAAACTCTGCTCAAGTCCATCGTC
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ATAATGGTGGCGTTATACGAGAACGGAATAGTGACTGATTGCCCTCGAGGAGAGAACTCG
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TTTTTAAACTGCTG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAATAATATATCTATGAAGTTAAACCTT


BQ
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AF RR1DV19TF U 1
AF RR1DV19JQ C 210
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BS 663 688 RR1DV19JQ

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AAGACAACAAGAGTCTCAAACTCTGGTGGCAAAACCGGGAAGAAGAATGAGAAACCTTTG
GCCCGAGATGGCAACGGGAAGACAGCTCAGGTAGAGTGGAAGAGATGATATTCATCTGGT
ATTCAAAGAAGTCTCTAATGTTTCCCACTCCACAGATATGTTTACCATCTATCTATATAG
TTAGAGTATGTAATTTCTGTTTGTGTTTGTGTTGAGAATGTACATCATCGGTTTGTTTTC
TTTTTGTGTGTGTGGCAAGTTCATTTTCTGTTTTCATGCTACATTCCTTCTGTTATTACC
TTGAAAATCAACTTTGGATGTTTATGAATTATGATATATGTATTCTCAACTCCTAAAATA
AA

QA 1 662 1 662
DS 

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CCACAGATATGTTTACCATCTATCTATATAGTTAGAGTATGTAATTTCTGTTTGTGTTTG
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GTTTTCATGCTACATTCCTTCTGTTATTACCTTGAAAATCAACTTTGGATGTTTATGAAT
TATGATATATGTATTCTCAACTCCTAAAATAAAATAATATATCTATGAAGTTAAACCTT

QA 1 479 1 479
DS 



AS 1 2

CO CL5854Contig1 887 2 4 U
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AGACCATTTGTTTAATCAGTATGCCAATTCATCTTCCAATCTCATTGATCCTGAAGGAAT
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CGACTACAAAGTCATAAACATGGATCAATGGATGGGCTTTTACAGGTTCTGCAATGAGAT
AAGTTTTCCGGAGATGACGGAATACAATCCAGAGCTTGCATGGCCTTTGGTTCTCGACAA
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TGTTTGGTTTTTGCAGGATCGTTGGTTCCTTCTCAACAAACAGATTCAGCAAGAATTTTA
TTTCGGTTTCTTCAATCCTTCAAAACATTGTTTAAAAAAACAACAACACATTATATGATT
TTTGTTACATGTGATTAACTTCAATATAGGGGAACACACTATGTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DE63TF U 1
AF RR1DE63JQ C 326
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AGAGGAGCTCTGTTCCAATTTGGATGTTCCTCATACTGATATCAGAATCTTGATGCTTGC
TTGGAAAATGAAATCTGAGAAACAAGGCTACTTTACTCAGGAGGAGTGGAGAAGAGGCCT
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AACAGAGGAAAAACAGAAGAGCATAGACATAGAGACTATATGTCAACTCCTGGAGATTGT
CATGGGATCTACATTCCGACCCCAAGTTGACTACTTTGTCGACTACTTAAAGATCCAAAA
CGACTACAAAGTCATAAACATGGATCAATGGATGGGCTTTTACAG*TTCTGCAATGAGAT
AAGT

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DS 

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GCAGATTTCTATGCTTATGCCTTCCGCTATTGCTTAACAGAGGAAAAACAGAAGAGCATA
GACATAGAGACTATATGTCAACTCCTGGAGATTGTCATGGGATCTACATTCCGACCCCAA
GTTGACTACTTTGTCGACTACTTAAAGATCCAAAACGACTACAAAGTCATAAACATGGAT
CAATGGATGGGCTTTTACAGGTTCTGCAATGAGATAAGTTTTCCGGAGATGACGGAATAC
AATCCAGAGCTTGCATGGCCTTTGGTTCTCGACAATTTTGTTGAGTGGATTCGTGAAAAA
CAAGCCTGAAAAAGCTTTTACCCTGTATCGGTCGGTGTTTGGTTTTTGCAGGATCGTTGG
TTCCTTCTCAACAAACAGATTCAGCAAGAATTTTATTTCGGTTTCTTCAATCCTTCAAAA
CATTGTTTAAAAAAACAACAACACATTATATGATTTTTGTTACATGTGATTAACTTCAAT
ATAGGGGAACACACTATGTTTG

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

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ATCGGCCTCGACCCGTGAAACCCTAATCTCGATTTCCATCTACAGTTTTTTTTTTGTTTT
CTTTTTTAAAATCTCTCTCTATCAAAGATGTTGCTCTACAACAAGCAGAAGAAGAACGCT
AAGGGAAACCGGATCCTAATCAGCGTAACCGTTCTCGGCAGCGCCGGTCCGATCCGGTTC
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TTTACTCTGTGTAAGAAACCAGAGGAGAAGAAGGTTGTGGCCAAGGAAGGAGCGAGGAAA
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AAACGCTTTTTTGTATTTTTTTTTTTCAGACAAAGACAAGATCAGTTTTTATGTTTTTTG
CATTTATGATTTGATTCCAATTGTCAAAAAAGCTTCCATTGGCATTGATGAAGCCTCGTT
TCTTTTATATCTATCATTCAACGGAAATAAAAGTTTAATTTCTTTCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CU06TF U 1
AF RR1CU06JQ C 176
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ATCGGCCTCGACCCGTGAAACCCTAATCTCGATTTCCATCTACAGTTTTTTTTTTGTTTT
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TTTACTCTGTGTAAGAAACCAGAGGAGAAGAAG
TTGTGGC

QA 1 633 1 633
DS 

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GTTTTCTTTTTTAAAATCTCTCTCTATCAAAGATGTTGCTTTACAACAAGCAGAAGAAGA
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GGTTCGTTGCTTACGAGGAAGATCTCGTCGCTTCTGTTATCGACACTGCTCTCAAGTGCT
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GGAACTTTACTCTGTGTAAGAAACCAGAGGAGAAGAAGGTTGTGGCCAAGGAAGGAGCGA
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TTTTGCATTTATGATTTGATTCCAATTGTCAAAAAAGCTTCCATTGGCATTGATGAAGCC
TCGTTTCTTTTATATCTATCATTCAACGGAAATAAAAGTTTAATTTCTTTCCT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL5856Contig1 671 2 2 U
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TGGCGTCCTCAGCAAGCATACTGCAATGCAGCTTGACGGGAGGCAATCGAAGATGTTTTG
CGATTTCCGCGTTCTTAATGGTCATAACTTCCGATACAGTTTTGCCCTTGATCCATTCAA
AAGCGACGGAAGAAGCGGCGATGGCGGCGCCCCAGCCAAAGGTCTTGAATCGAGAATCAG
TGATGTGACCGGACTCATCGACCTTAATCTGGAGGGTCATCAAGTCCCCGCAGGCAGGAG
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GTTTCGTTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BW84TF C 1
AF RR1BW84JQ U 212
BS 1 211 RR1BW84TF
BS 212 671 RR1BW84JQ

RD RR1BW84TF 671 0 0
ATGAAAAAAGTAAATTTATTATACTTCAGTATGATGATCAAGATCACACTGCAACGTTCC
ATTAAAAAAAAACTCAGGACATGCCAGTCTAATAGCTAATAAACATTGTGAGTTAGCTGT
TGGAAGCAAGTAATTAAACAGTACACATGTAAGAAATCATAGATCATCATCCGTAGAATC
AAGCCACGGAGGCATCGGCAATTGCTTTCTTCTCCTTGTAGTTTTGGACGGCGGACTTGA
TGGCGTCCTCAGCAAGCATACTGCAATGCAGCTTGACGGGAGGCAATCGAAGATGTTTTG
CGATTTCCGCGTTCTTAATGGTCATAACTTCCGATACAGTTTTGCCCTTGATCCATTCAG
AAGCGACGGAAGAAGCGGCGATGGCGGCGCCGCAGCCAAAGGTCTTGAATCGAGAATCAG
TGATGTGACCGGACTCATCGACCTTAATCTGGAGGGTCATCAAGTCCCCGCAGGCAGGAG
ATCCAACCAATCCTGTGCCTACGTCAGGATCGTCCCTCTTGAAGGACCCAACATTCCTAG
GATTTTCAAAGTGATCTATCACCTTCTCGTGGTAGAATCGGCGCCCCGCCGTCGAACTCC
GGAGCCCTAGAAAAGTCTTTTTCGCAGTTTGCTTCAGCATCATTGGCGGAGTCATTTAGG
GTTTCGTTTCC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1BW84JQ 460 0 0
CTCCTTGTAGTTTTGGACGGCGGACTTGATGGCGTCCTCAGCAAGCATACTGCAATGCAG
CTTGACGGGAGGCAATCGAAGATGTTTTGCGATTTCCGCGTTCTTAATGGTCATAACTTC
CGATACAGTTTTGCCCTTGATCCATTCAAAAGCGACGGAAGAAGCGGCGATGGCGGCGCC
CCAGCCAAAGGTCTTGAATCGAGAATCAGTGATGTGACCGGACTCATCGACCTTAATCTG
GAGGGTCATCAAGTCCCCGCAGGCAGGAGATCCAACCAATCCTGTGCCTACGTCAGGATC
GTCCCTCTTGAAGGACCCAACATTCCTAGGATTTTCAAAGTGATCTATCACCTTCTCGTG
GTAGAATCGGCGCCCCGCCGTCGAACTCCGGAGCCCTAGAAAAGTCTTTTTCGCAGTTTG
CTTCAGCATCATTGGCGGAGTCATTTAGGGTTTCGTTTCC

QA 1 460 1 460
DS 



AS 1 2

CO CL5857Contig1 807 2 4 U
GGATCAGAAAATATGAAAAACAAATCCCAAATCGAAGCAGCTCCGGCTCAGCAGCAGGGA
AGTATGTTTTCTTTTTTCAATTTGTTCCCTTTTCTCCTCCCGACATTTGAGGTTATCAAG
ATGGTTGTTGCTTCCGTTGCCTCAGCAGTCTATTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCAGT
GGTTCAGCCGTGGCATTAGCCGTATCTACCCCCCTTTTCATCATATTCAGTCCGATTCTC
TTACCTGCCATTGCAGCCACTACTGTTCTAGCCGCTGGGCTCGGCGGTAAAAAAGCGGAT
CAGCAGGCTCAGGCAGGTTCGCCATCCCTATCTCTGTTGGGCATACCAGAGGCTATTAAA
CCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAA
CCAAGTAATATTATACCAGAGGGTATTAAACCAAGTACTATTAAGGACAAAATCAAGGAA
ACGATAGGCAAAGTCAAGAATAAGATCAAAGAGAAAAAGGAAGAAAAATCTAAAGAAAAA
GGTAAATCTGAAGGTGGAGGTTCTCCTAAGGGTGGAGATTCGTCTTCTTCGGATGAGAGT
AAACACAAAAGTGAAGGTAAACACATGTGAGTAAACGTGAATTCATGGAAGAATAAAAGA
CATTGGTGGACCTATTCCAATGTTTAGCATATGACGTGTCATGAATTGTACGGCATTGTA
AGGGAAAAAAAACTTTTTACAATTTTTATGTTAATATATGTAATGGTTAAAACTGATTAA
TATGATAAGACAGAAAGACTATTATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT72TF U 1
AF RR1B310TF U 158
BS 1 181 RR1FT72TF
BS 182 182 RR1B310TF
BS 183 612 RR1FT72TF
BS 613 807 RR1B310TF

RD RR1FT72TF 612 0 0
GGATCAGAAAATATGAAAAACAAATCCCAAATCGAAGCAGCTCCGGCTCAGCAGCAGGGA
AGTATGTTTTCTTTTTTCAATTTGTTCCCTTTTCTCCTCCCGACATTTGAGGTTATCAAG
ATGGTTGTTGCTTCCGTTGCCTCAGCAGTCTATTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCAGT
GTTTCAGCCGTGGCATTAGCCGTATCTACCCCCCTTTTCATCATATTCAGTCCGATTCTC
TTACCTGCCATTGCAGCCACTACTGTTCTAGCCGCTGGGCTCGGCGGTAAAAAAGCGGAT
CAGCAGGCTCAGGCAGGTTCGCCATCCCTATCTCTGTTGGGCATACCAGAGGCTATTAAA
CCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAA
CCAAGTAATATTATACCAGAGGGTATTAAACCAAGTACTATTAAGGACAAAATCAAGGAA
ACGATAGGCAAAGTCAAGAATAAGATCAAAGAGAAAAAGGAAGAAAAATCTAAAGAAAAA
GGTAAATCTGAAGGTGGAGGTTCTCCTAAGGGTGGAGATTCGTCTTCTTCGGATGAGAGT
AAACACAAAAGT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1B310TF 650 0 0
GCTTCGCCGGTGTAACACTCAGTGGTTCAGCCGTGGCATTAGCCGTATCTACCCCCCTTT
TCATCATATTCAGTCCGATTCTCTTACCTGCCATTGCAGCCACTACTGTTCTAGCCGCTG
GGCTCGGCGGTAAAAAAGCGGATCAGCAGGCTCAGGCAGGTTCGCCATCCCTATCTCTGT
TGGGCATACCAGAGGCTATTAAACCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTA
ATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTAATATTATACCAGAGGGTATTAAACCAAGTA
CTATTAAGGACAAAATCAAGGAAACGATAGGCAAAGTCAAGAATAAGATCAAAGAGAAAA
AGGAAGAAAAATCTAAAGAAAAAGGTAAATCTGAAGGTGGAGGTTCTCCTAAGGGTGGAG
ATTCGTCTTCTTCGGATGAGAGTAAACACAAAAGTGAAGGTAAACACATGTGAGTAAACG
TGAATTCATGGAAGAATAAAAGACATTGGTGGACCTATTCCAATGTTTAGCATATGACGT
GTCATGAATTGTACGGCATTGTAAGGGAAAAAAAACTTTTTACAATTTTTATGTTAATAT
ATGTAATGGTTAAAACTGATTAATATGATAAGACAGAAAGACTATTATGA

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL5858Contig1 1377 2 6 U
GGATCTCATCGAAAAATGTTGAAGCTTTCGTGTAATGTGACTAACCACTTACACACCTTC
TTCTTCTTCTCCTCCGATTCCTCCCTTTTGATCCCGGTTAATCGCCGTACCATCGCCGTC
TCGTCTTCTCAGCCAAGGAAGCCGGCTTTAGATCCCCTACGGGCAGTTATCTCCGCCGAT
TAGGGAAGCATCAGTCCTGTCAATTCGGGTACACCCGCGGATCGGTTCCGAGCTGGTCGA
TTGATGGAAGATGGTTATTCTTATAAAGAGAAGTTCATTGTTAGAAGCTACGAGGTTGGA
ACTAACAAAACCGCCACCGTTGAGACAATTGCTAATCTATTACAGGAGGTGGCATGTAAC
CATGTTCAGAACGTGGGATTCTCGACCGATGGATTTGCGACAACACTCACCATGAGGAAA
TTGCATCTCATATGGGTCACTGCGAGAATGCACATTGAGATCTACAAATATCCAGCTTGG
AGTGATGTGGTTGAGATAGAGACATGGTGCCAGAGTGAAGGAAGGATTGGAACAAGACGT
GATTGGATTCTAAGGGACTCTGCTACAAATGAAGTTATTGGGCGTGCTACAAGCAAGTGG
GTGATGATGAACCAAGACACAAGGCGGCTTCAAAGAGTTACAGATGAAGTTAGGGACGAG
TACTTGGTTTTCTGTCCTCGAGAACCCAGACTAGCGTTTCCAGAAGAGAACAATAGCAGC
TTAAAGAAAATCCCAAAACTAGAAGATCCAGCTCAGTATTCTATGCTAGGGCTTAAGCCT
CGTCGAGCTGATCTGGACATGAACCAACACGTGAATAACGTCACCTACATCGGATGGGTG
CTTGAGAGCATACCTCAAGAAATCATTGATACGCATGAGCTTCAAGTTATAACTCTAGAT
TACAGAAGAGAATGCCAGCAAGATGACATTGTAGATTCACTCACCACCTCTGAAGTCCCT
GACGACCCGATCTCAAAGCTTCCGGGGACCAACGGATCTGCCACGACAAGCGTACAAGGA
CACAACGAGAGCCAATTCTTGCATATGCTGAGGTTGTCAGAAAATGGCCAGGAGATCAAT
CGTGGGAGAACACAATGGAGAAAGAAATCCTCACAATGATTTTCTTATGCTTCTCCAGTG
TTAGTGAAGTTACTGCTTCACGTTTATAGTTTTATTGTGTCTTCTGATCAGATCCCTTTT
GGGGTTTAAGATGGTACTGGATTATTGGTGTAGTGTCGCGTCTGTTTTGTTCATTTTCTG
TCCAAATTTTGGGCTTTAAGCCAAAACGTTTCTTAGGTCTTAATCTTTGCCTGCTTGTAT
CTTTTCATAAACTAGATTTGTTCATCCAATTACATAAGCTGAGTTTTTTATTCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG26TF U 1
AF RR1FG26JQ C 577
BS 1 686 RR1FG26TF
BS 687 687 RR1FG26JQ
BS 688 700 RR1FG26TF
BS 701 701 RR1FG26JQ
BS 702 729 RR1FG26TF
BS 730 1377 RR1FG26JQ

RD RR1FG26TF 731 0 0
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TAGGGAAGCATCAGTCCTGTCAATTCGGGTACACCCGCGGATCGGTTCCGAGCTGGTCGA
TTGATGGAAGATGGTTATTCTTATAAAGAGAAGTTCATTGTTAGAAGCTACGAGGTTGGA
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CATGTTCAGAACGTGGGATTCTCGACCGATGGATTTGCGACAACACTCACCATGAGGAAA
TTGCATCTCATATGGGTCACTGCGAGAATGCACATTGAGATCTACAAATATCCAGCTTGG
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GATTGGATTCTAAGGGACTCTGCTACAAATGAAGTTATTGGGCGTGCTACAAGCAAGTGG
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TACTTGGTTTTCTGTCCTCGAGAACC*AGACTAGCGTTTC*AGAAGAGAACAATAGCAGC
TTAAAGAAA
TC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1FG26JQ 801 0 0
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GAGCTTCAAGTTATAACTCTAGATTACAGAAGAGAATGCCAGCAAGATGACATTGTAGAT
TCACTCACCACCTCTGAAGTCCCTGACGACCCGATCTCAAAGCTTCCGGGGACCAACGGA
TCTGCCACGACAAGCGTACAAGGACACAACGAGAGCCAATTCTTGCATATGCTGAGGTTG
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TGATTTTCTTATGCTTCTCCAGTGTTAGTGAAGTTACTGCTTCACGTTTATAGTTTTATT
GTGTCTTCTGATCAGATCCCTTTTGGGGTTTAAGATGGTACTGGATTATTGGTGTAGTGT
CGCGTCTGTTTTGTTCATTTTCTGTCCAAATTTTGGGCTTTAAGCCAAAACGTTTCTTAG
GTCTTAATCTTTGCCTGCTTGTATCTTTTCATAAACTAGATTTGTTCATCCAATTACATA
AGCTGAGTTTTTTATTCCTCC

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

CO CL5859Contig1 810 2 2 U
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GTATCAACGGTATTCCTCTAGGTACCGGTTTATCCGGTACAGCTTTTTCAGGTCAGAATC
TAAATGGGATTCAGACACAACTGGGACCTGATGGTCTGAGTCTTGGCTTTGGGACGATCA
CGGTGATTGACGACATAATCACATCCGGTCCTGACTTGGGTTCTCAGCCGCTTGGTAAAG
CTCAGGGGGTGTATGTTGCAAGCTCAGCAGATGGAAGCACACAGATGATGGCTTTCACAG
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GAAGCGCCATGTCGCATCTGTCTGTGACTGGAGGAACCGGAAGGTTCAAGAACGCTTGTG
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CCCTTTGTGAGTTGAAAAATGTTTTCTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO72TF U 1
AF RR1EO72JQ C 191
BS 1 640 RR1EO72TF
BS 641 810 RR1EO72JQ

RD RR1EO72TF 640 0 0
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CGGTGATTGACGACATAATCACATCCGGTCCTGACTTGGGTTCTCAGCCGCTTGGTAAAG
CTCAGGGGGTGTATGTTGCAAGCTCAGCAGATGGAAGCACACAGATGATGGCTTTCACAG
CTATGCTTGAAGGTGGAGAGTACAATGATAATCTCAATTTCTATGGAATTTACAGAATCG
GAAGCGCCATGTCGCATCTGTCTGTGACTGGAGGAACCGG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1EO72JQ 620 0 0
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TCAGACACAACTGGGACCTGATGGTCTGAGTCTTGGCTTTGGGACGATCACGGTGATTGA
CGACATAATCACATCCGGTCCTGACTTGGGTTTTCAGCCGCTTGGTAAAGCTCAGGGGGT
GTATGTTGCAAGCTCAGCAGATGGAAGCACACAGATGATGGCTTTCACAGCTATGCTTGA
AGGTGGAGAGTACAATGATAATCTCAATTTCTATGGAATTTACAGAATCGGAAGCGCCAT
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GTTGAAAAATGTTTTCTAGT

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

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CTTTGAATTGCTTTGTATTTTCTTTTTCCCTTTGTAAGTTTGAACTCTGTGACTGTCAAT
TTCAGTTTGTTTTTAATACTCTAGTACCAATATTTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AH33JQ C 1
AF RR1AH33TF U 1
BS 1 459 RR1AH33TF

RD RR1AH33JQ 459 0 0
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AATCCCAAAAAGGAGGAGAAAATTAAATTGTTTGGGAGCAAGAGGGATGACTAAAGAAGA
AGACTCCATCTTTCAGTAATCTCAACGTTTCCTTGTTTGGAGCTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTACGGTTTAAAACTTTGTATGCATCCTTTGGGTACATTGATGTTGATTGGTTTGAAA
CTTTGAATTGCTTTGTATTTTCTTTTTCCCTTTGTAAGTTTGAACTCTGTGACTGTCAAT
TTCAGTTTGTTTTTAATACTCTAGTACCAATATTTTTTT

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1AH33TF 459 0 0
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CCACTTCAGGAAGGTATAAAGAGGACAATAGACTCATTCTCACACTTGAAGGCTCAAAAC
AATCCCAAAAAGGAGGAGAAAATTAAATTGTTTGGGAGCAAGAGGGATGACTAAAGAAGA
AGACTCCATCTTTCAGTAATCTCAACGTTTCCTTGTTTGGAGCTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTACGGTTTAAAACTTTGTATGCATCCTTTGGGTACATTGATGTTGATTGGTTTGAAA
CTTTGAATTGCTTTGTATTTTCTTTTTCCCTTTGTAAGTTTGAACTCTGTGACTGTCAAT
TTCAGTTTGTTTTTAATACTCTAGTACCAATATTTTTTT

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 2

CO CL5861Contig1 1320 2 6 U
GGGGGTGATAGATAACAAGGGAGCAAGTGCATCTGCATTTTTGTGTCAAGTCAAAAGAAA
GCTCAACGGAGAAGAATATAACAGGTTCCTTGGATACGTGCAAGGATTGAAGAAGAAAGA
GCTTAAATTAGTAAACGTGATGGAGTCCATTGTGCAACTCTTGTGTGGGAGTGGGAGTGG
GACAGAGACAGAACATCTTCTCATGGGATTCGAGGACTTTGTGCCAACAAAACATCGTCC
TGCATATGAGCAGTGCATCGAAATGAGAAAGAGAGAAGCTTAATCACTTGATGTTTGCTA
AAACTCTACCCCCCTTTTTTTAAAAATATATAAAGACTGAGAAGAAAGAAAGTAACTATT
ATTTTGTTTTGTTCAGTTGATGGAACGTTTTGAATTAACAACAAAGAAAAAAAAAGGAAA
AGAAAAGAAAAGAAGAAGCGTGAGTTAGTTAGTTAGTTGCGAAAGGCGGCCATCCTCTTC
CTAAGCCTCTCCCTGGCGGCGCGAGAACTGAGAGACCTGACGAGGCCTTTCCTGGTGATG
CTCTTCTCCTTGTCACGGAGAGAGATGATGAGATCGACGAATGCGCTGAGTATGAACTTG
TGTGATTTCTTGTTGTTGAGATCGAGATAGCAGAAGAGAAGCTCTTCCATCAAGTCCCAG
TCCACCTCGCTCCCTCCTAACTTGGACTCCATCATCTCCACCATCGACCTCTTGAAATCC
TCCTGAGGCTCTGCAGTGTACCTCAGCACCGCGATGCAGTTCTCAGGCAGCACCAAGCTG
GATGAGTTGGACCTCGACGAAGGTCCCTCCTCCGATGTTGTTGTATACATGCTTGGCCTG
CCCTCCGATGATCCAGGCGGTGGAGACAGTCTCTCTGTTCTAGGCAGTTTGGGGGAGTCG
TAGACGGCCGGTCCCCATGTCCTCTCGAATCTGTGACGATACTCATCCTCGTCCTCGTCT
GAAGAGGAGGAAGAGGACTGTTCCCTTTTCCCCTTATTTTTGTCATCCTCCCCCTCCTCA
TCTCTGATGCAGAGGGATTTGAAGTTTTCCTCAAGGAAACGGTCTATGTCGGACAAGGTG
GCGGCGTGACCAGGATCCTGGTAAACGTGTTCGTCGTTGAATCTTGTCTTGCTGGGGCGT
CGTCTGTGTTTGAAGGAGAAGGAGAGCTTCTTAGGATGCTTACAGCCAGCAAGCACCCAC
TTCTTGGATGATGAGAATGAATTCGACACTTGCAGCTTCCCTGTCTCTTTTTTTATCTTT
GACAGGTATCCATTCAACGATTCTGCAATGGGTTTGGCATTTTTCTTTTCCTCTGCCCCC


BQ
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AF RR1CI76TF U 1
AF RR1CI76JQ C 529
BS 1 727 RR1CI76TF
BS 728 728 RR1CI76JQ
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BS 743 760 RR1CI76TF
BS 761 1320 RR1CI76JQ

RD RR1CI76TF 768 0 0
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GCTCAACGGAGAAGAATATAACAGGTTCCTTGGATACGTGCAAGGATTGAAGAAGAAAGA
GCTTAAATTAGTAAACGTGATGGAGTCCATTGTGCAACTCTTGTGTGGGAGTGGGAGTGG
GACAGAGACAGAACATCTTCTCATGGGATTCGAGGACTTTGTGCCAACAAAACATCGTCC
TGCATATGAGCAGTGCATCGAAATGAGAAAGAGAGAAGCTTAATCACTTGATGTTTGCTA
AAACTCTACCCCCCTTTTTTTAAAAATATATAAAGACTGAGAAGAAAGAAAGTAACTATT
ATTTTGTTTTGTTCAGTTGATGGAACGTTTTGAATTAACAACAAAGAAAAAAAAAGGAAA
AGAAAAGAAAAGAAGAAGCGTGAGTTAGTTAGTTAGTTGCGAAAGGCGGCCATCCTCTTC
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CTCTTCTCCTTGTCACGGAGAGAGATGATGAGATCGACGAATGCGCTGAGTATGAACTTG
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TCCTGAG*CTCTGCAGTGTAC*TCAGCACCGCGATGCAGT
CTCAGCAG

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1CI76JQ 792 0 0
TTCCTGGTGATGCTCTTCTCCTTGTCACGGAGAGAGATGATGAGATCGACGAATGCGCTG
AGTATGAACTTGTGTGATTTCTTGTTGTTGAGATCGAGATAGCAGAAGAGAAGCTCTTCC
ATCAAGTCCCAGTCCACCTCGCTCCCTCCTAACTTGGACTCCATCATCTCCACCATCGAC
CTCTTGAAATCCTCCTGAGGCTCTGCAGTGTACCTCAGCACCGCGATGCAGTTCTCAGGC
AGCACCAAGCTGGATGAGTTGGACCTCGACGAAGGTCCCTCCTCCGATGTTGTTGTATAC
ATGCTTGGCCTGCCCTCCGATGATCCAGGCGGTGGAGACAGTCTCTCTGTTCTAGGCAGT
TTGGGGGAGTCGTAGACGGCCGGTCCCCATGTCCTCTCGAATCTGTGACGATACTCATCC
TCGTCCTCGTCTGAAGAGGAGGAAGAGGACTGTTCCCTTTTCCCCTTATTTTTGTCATCC
TCCCCCTCCTCATCTCTGATGCAGAGGGATTTGAAGTTTTCCTCAAGGAAACGGTCTATG
TCGGACAAGGTGGCGGCGTGACCAGGATCCTGGTAAACGTGTTCGTCGTTGAATCTTGTC
TTGCTGGGGCGTCGTCTGTGTTTGAAGGAGAAGGAGAGCTTCTTAGGATGCTTACAGCCA
GCAAGCACCCACTTCTTGGATGATGAGAATGAATTCGACACTTGCAGCTTCCCTGTCTCT
TTTTTTATCTTTGACAGGTATCCATTCAACGATTCTGCAATGGGTTTGGCATTTTTCTTT
TCCTCTGCCCCC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL5862Contig1 1212 2 2 U
GGATTACATCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCAGTTTTGTGAGACTGTTTCTTTCTTAGG
GGTTTCTTAGGTATTTTTCCTTTAAAAGCTCTCTTAGGGTTTTGTGAAGAATCTTTGTCG
TACGTCTCCCCTTGTACGCACAGTTCTATAAGCGAGACAAGGACTGTTCTTGCGTTGTAA
CAATAACCAATGGAAGGTTGTCCAAGAAACAGAGAAACATGTCCTAAACTCCTTGATTTG
ATTCATCAAGAAAGAAAATGGTACCATGACGAAGAGAAGAACAACAGCACAGATCAAGAA
AAGAAACTTGAGCTAAGGCTTGCACCACCTGGTGGTGACGAAGAAGGTGGTTCTGCGATG
AAGAAGAAGAACGTAGACACAAGAAACAACATCAAGAAGGAAGCAGAAGAGAAATCTATC
TTCAATCTCAGTGGAAACCATTTATCTTATTCCAATAAAACCACTTATGCTCCTCCTCAC
ATCTCTCATAAAAGAACTGCTCCTGGTCCAGTGGTGGGATGGCCTCCGGTTCGTTCCTTC
AGAAAGAATCTAGCGAGCTCAAGCTCTTCAAAGCTCGGAAACGATCAAATCAACAAAAGT
GGTGATGAAGAGAAGCAAGTTCAACCTAAGAGGGAAGGAATGTTTGTAAAGATCAACATG
GATAGTGTTCTAATAGGTAGAAAAGTCGATCTCAATGCTTACAGTAGCTACGAACAGCTA
TCTTTTGCCGTTGACAAACTCTTCAGAGGTCTACTCGCAGCTCAAAGAGATGCCTCTGGT
GGTGAAGGAGAGGGGAAACCGATCATTGGTTTATTGGATGGTAAAGGAGAATTTATTTTT
AACATATGAAGACAATGAAGGAGACAAGATGCTTGTTGGGGATGTTCCTTGGCAAATGTT
TGTTTCAACTGTGAAGAGACTGCGCGTGATTAAAAGCTCTGAGATTTCATCTGCCTTGAG
ATTTGGATGCAGTAAGCAGGACAAGATGAAGAACTGAAGAGGCTTTCAGAAACTTATGTC
TATCTCGAAGGGTCTCACAGTTTTTAATATGTACATTAGGATTTTGTTATAAAGAGATAA
TGATTGGCTTTGTCCAGAGAGACATTTGATCTGATCTTTGATATAATCTTCCCATGTTTT
AAGACACTCAACTATGAGATTACGGAAGCGATATGTGTGTAAGAAAGCATTTAATTTACA
AAATGCTTTTAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AA84TF U 1
AF RR1AA84JQ C 450
BS 1 673 RR1AA84TF
BS 674 1212 RR1AA84JQ

RD RR1AA84TF 673 0 0
GGATTACATCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCAGTTTTGTGAGACTGTTTCTTTCTTAGG
GGTTTCTTAGGTATTTTTCCTTTAAAAGCTCTCTTAGGGTTTTGTGAAGAATCTTTGTCG
TACGTCTCCCCTTGTACGCACAGTTCTATAAGCGAGACAAGGACTGTTCTTGCGTTGTAA
CAATAACCAATGGAAGGTTGTCCAAGAAACAGAGAAACATGTCCTAAACTCCTTGATTTG
ATTCATCAAGAAAGAAAATGGTACCATGACGAAGAGAAGAACAACAGCACAGATCAAGAA
AAGAAACTTGAGCTAAGGCTTGCACCACCTGGTGGTGACGAAGAAGGTGGTTCTGCGATG
AAGAAGAAGAACGTAGACACAAGAAACAACATCAAGAAGGAAGCAGAAGAGAAATCTATC
TTCAATCTCAGTGGAAACCATTTATCTTATTCCAATAAAACCACTTATGCTCCTCCTCAC
ATCTCTCATAAAAGAACTGCTCCTGGTCCAGTGGTGGGATGGCCTCCGGTTCGTTCCTTC
AGAAAGAATCTAGCGAGCTCAAGCTCTTCAAAGCTCGGAAACGATCAAATCAACAAAAGT
GGTGATGAAGAGAAGCAAGTTCAACCTAAGAGGGAAGGAATGTTTGTAAAGATCAACATG
GATAGTGTTCTAA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1AA84JQ 763 0 0
TTCCAATAAAACCACTTATGCTCCTCCTCACATCTCTCATAAAAGAACTGCTCCTGGTCC
AGTGGTGGGATGGCCTCCGGTTCGTTCCTTCAGAAAGAATCTAGCGAGCTCAAGCTCTTC
AAAGCTCGGAAACGATCAAATCAACAAAAGTGGTGATGAAGAGAAGCAAGTTCAACCTAA
GAGGGAAGGAATGTTTGTAAAGATCAACATGGATAGTGTTCTAATAGGTAGAAAAGTCGA
TCTCAATGCTTACAGTAGCTACGAACAGCTATCTTTTGCCGTTGACAAACTCTTCAGAGG
TCTACTCGCAGCTCAAAGAGATGCCTCTGGTGGTGAAGGAGAGGGGAAACCGATCATTGG
TTTATTGGATGGTAAAGGAGAATTTATTTTTAACATATGAAGACAATGAAGGAGACAAGA
TGCTTGTTGGGGATGTTCCTTGGCAAATGTTTGTTTCAACTGTGAAGAGACTGCGCGTGA
TTAAAAGCTCTGAGATTTCATCTGCCTTGAGATTTGGATGCAGTAAGCAGGACAAGATGA
AGAACTGAAGAGGCTTTCAGAAACTTATGTCTATCTCGAAGGGTCTCACAGTTTTTAATA
TGTACATTAGGATTTTGTTATAAAGAGATAATGATTGGCTTTGTCCAGAGAGACATTTGA
TCTGATCTTTGATATAATCTTCCCATGTTTTAAGACACTCAACTATGAGATTACGGAAGC
GATATGTGTGTAAGAAAGCATTTAATTTACAAAATGCTTTTAG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL5863Contig1 946 2 4 U
GGAGCTTAGACTCTTCTTCTTCAGGGGGCACAGAGAGTTGGTAAAATCTCCACTTTTAGA
TCCGTTCAGCATTTAATCTCTTTCCGATTTCGATGCCTTCCCGTAGACGTACCCTCCTCA
AAGTCATCATCCTCGGCGATAGCGGGGTGGGGAAAACCTCTTTGATGAATCAATATGTTA
ACAAAAAGTTCAGCAACCAGTACAAGGCCACCATTGGAGCTGACTTCTTGACTAAGGAAG
TCCACTTTGAAGATCGTCTTTTCACTTTACAGATATGGGATACAGCTGGACAGGAAAGGT
TCCAGAGCCTTGGTGTAGCTTTCTACCGGGGTGCTGATTGCTGTGTACTTGTATATGATG
TCAACTCCATGAAATCATTTGAAAACCTCAACAACTGGCGTGAAGAGTTTCTCATCCAGG
CTAGTCCATCTGATCCAGAGAATTTTCCTTTTGTTCTTATCGGAAACAAGGTCGACGTGG
ATGGTGGAAACAGCAGAGTGGTTTCAGAGAAAAAGGCTAAAGCTTGGTGTGCTTCAAAGG
GAAACATTCCCTACTTTGAGACCTCTGCTAAGGAAGGCACCAATGTTGAGGAAGCTTTCC
AGTGCATTGCCAGCAACGCGCTCAAGAGCGGCGAAGAGGAAGAGCTATACTTGCCAGACA
CAATCGACGTGGGGACAAGCAATCAACCGAGATCTTCAGGGTGTGAATGCTAAAAGGGTT
TGTATCTATCTCTCGAGAAGAATGCTTTTGAGTTCAACAATGTGTTTTGGTCTCTCCCCT
CTCTTCACCAGCTATCTCTTCAAGTTTATTACATGCTGTAAAAAAATTTCTTTTGTGTGA
AAAAAAGAATCCTTCCTTCAAAACCATTTGATTTGTTCAGTGTTCCTTCTTTTTCATAAC
ATAACAAGTTGTTTTGAAAGTTTTTTTTTTAAATATAAGCTTTTCC


BQ
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AF RR1GB65TF U 1
AF RR1GB65JQ C 291
BS 1 741 RR1GB65TF
BS 742 742 RR1GB65JQ
BS 743 753 RR1GB65TF
BS 754 946 RR1GB65JQ

RD RR1GB65TF 753 0 0
GGAGCTTAGACTCTTCTTCTTCAGGGGGCACAGAGAGTTGGTAAAATCTCCACTTTTAGA
TCCGTTCAGCATTTAATCTCTTTCCGATTTCGATGCCTTCCCGTAGACGTACCCTCCTCA
AAGTCATCATCCTCGGCGATAGCGGGGTGGGGAAAACCTCTTTGATGAATCAATATGTTA
ACAAAAAGTTCAGCAACCAGTACAAGGCCACCATTGGAGCTGACTTCTTGACTAAGGAAG
TCCACTTTGAAGATCGTCTTTTCACTTTACAGATATGGGATACAGCTGGACAGGAAAGGT
TCCAGAGCCTTGGTGTAGCTTTCTACCGGGGTGCTGATTGCTGTGTACTTGTATATGATG
TCAACTCCATGAAATCATTTGAAAACCTCAACAACTGGCGTGAAGAGTTTCTCATCCAGG
CTAGTCCATCTGATCCAGAGAATTTTCCTTTTGTTCTTATCGGAAACAAGGTCGACGTGG
ATGGTGGAAACAGCAGAGTGGTTTCAGAGAAAAAGGCTAAAGCTTGGTGTGCTTCAAAGG
GAAACATTCCCTACTTTGAGACCTCTGCTAAGGAAGGCACCAATGTTGAGGAAGCTTTCC
AGTGCATTGCCAGCAACGCGCTCAAGAGCGGCGAAGAGGAAGAGCTATACTTGCCAGACA
CAATCGACGTGGGGACAAGCAATCAACCGAGATCTTCAGGGTGTGAATGCTAAAAGGGTT
TGTATCTATCTCTCGAGAAGA*TGCTTTTGAGT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1GB65JQ 656 0 0
CAGGAAAGGTTCCAGAGCCTTGGTGTAGCTTTCTACCGGGGTGCTGATTGCTGTGTACTT
GTATATGATGTCAACTCCATGAAATCATTTGAAAACCTCAACAACTGGCGTGAAGAGTTT
TTCATCCAGGCTAGTCCATCTGATCCAGAGAATTTTCCTTTTGTTTTTATCGGAAACAAG
GTCGACGTGGATGGTGGAAACAGCAGAGTGGTTTCAGAGAAAAAGGCTAAAGCTTGGTGT
GCTTCAAAGGGAAACATTCCCTACTTTGAGACCTCTGCTAAGGAAGGCACCAATGTTGAG
GAAGCTTTCCAGTGCATTGCCAGCAACGCGCTCAAGAGCGGCGAAGAGGAAGAGCTATAC
TTGCCAGACACAATCGACGTGGGGACAAGCAATCAACCGAGATCTTCAGGGTGTGAATGC
TAAAAGGGTTTGTATCTATCTCTCGAGAAGAATGCTTTTGAGTTCAACAATGTGTTTTGG
TCTCTCCCCTCTCTTCACCAGCTATCTCTTCAAGTTTATTACATGCTGTAAAAAAATTTC
TTTTGTGTGAAAAAAAGAATCCTTCCTTCAAAACCATTTGATTTGTTCAGTGTTCCTTCT
TTTTCATAACATAACAAGTTGTTTTGAAAGTTTTTTTTTTAAATATAAGCTTTTCC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL5864Contig1 600 2 3 U
GCACAATTGCTGTGTATGTTGTTACTCATAGAATATACTTACAAAATAACCCAGAGCTTA
TGATATAAAACATGAAAGGTGTATTCAAAACAAAACAGTGATATCTTCTGTTTTTACAAA
GGATGAATCTGCTCGAGTCTGCAAATGAAATCTCACTCTCATTTTGATTTTTCTTTCGTC
TGTGGGGGTTTTCACTTTCAATGTTGATTGATTCAATTTTTCCCTTCATTTCCAAGGAAA
CTTAAACGTGTCTTTCCACCAACCCTGCTTAAAACAGTTTGCAACTATTATCTCCAGTCG
AAAAATAATCTCAAAAAATGTTGGCCTCACACTTATATCTGGATGCCAACATTCCTCTCA
ACTCTTTCAGTTCTGGAGGGTAGCTCTTCCATTTCGTTTTGATTGTTGGTCTCCTTCCTT
CCATACATATCGACTCCGCAATCTCTTCAGGCGATTTAGGATGAAAAATAAATACTCCCT
CAGTCATCTCATACAAAATGACACCAAATGAATGCACATCGACCCTTTTATCAAAAATAT
TGTCTTTGTAAATTTCGGGTGCAACATAGTAATTTGATTTATCGATATGAGCTTCGTGCT


BQ
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AF RR1EB71JQ U 1
AF RR1E558JQ U 1
BS 1 315 RR1E558JQ
BS 316 316 RR1EB71JQ
BS 317 600 RR1E558JQ

RD RR1EB71JQ 454 0 0
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TGATATAAAACATGAAAGGTGTATTCAAAACAAAACAGTGATATCTTCTGTTTTTACAAA
GGATGAATCTGCTCGAGTCTGCAAATGAAATCTCACTCTCATTTTGATTTTTCTTTCGTC
TGTGGGGGTTTTCACTTTCAATGTTGATTGATTCAATTTTTCCCTTCATTTCCAAGGAAA
CTTAAACGTGTCTTTCCACCAACCCTGCTTAAAACAGTTTGCAACTATTATCTCCAGTCG
AAAAATAATCTCAAAAAATGTTGGCCTCACACTTATATCTGGATGCCAACATTCCTCTCA
ACTCTTTCAGTTCTGGAGGGTAGCTCTTCCATTTCGTTTTGATTGTTGGTCTCCTTCCTT
CCATACATATCGACTCCGCAATCTCTTCAGGCGA

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR1E558JQ 600 0 0
GCACAATTGCTGTGTATGTTGTTACTCATAGAATATACTTACAAAATAACCCAGAGCTTA
TGATATAAAACATGAAAGGTGTATTCAAAACAAAACAGTGATATCTTCTGTTTTTACAAA
GGATGAATCTGCTCGAGTCTGCAAATGAAATCTCACTCTCATTTTGATTTTTCTTTCGTC
TGTGGGGGTTTTCACTTTCAATGTTGATTGATTCAATTTTTCCCTTCATTTCCAAGGAAA
CTTAAACGTGTCTTTCCACCAACCCTGCTTAAAACAGTTTGCAACTATTATCTCCAGTCG
AAAAATAATCTCAAAGAATGTTGGCCTCACACTTATATCTGGATGCCAACATTCCTCTCA
ACTCTTTCAGTTCTGGAGGGTAGCTCTTCCATTTCGTTTTGATTGTTGGTCTCCTTCCTT
CCATACATATCGACTCCGCAATCTCTTCAGGCGATTTAGGATGAAAAATAAATACTCCCT
CAGTCATCTCATACAAAATGACACCAAATGAATGCACATCGACCCTTTTATCAAAAATAT
TGTCTTTGTAAATTTCGGGTGCAACATAGTAATTTGATTTATCGATATGAGCTTCGTGCT

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL5865Contig1 1248 2 4 U
GCATCTCAACCAAACTCCTCTCTATTTCTCCGCACGATAACATATTAGAGATAGAGAAAG
GCAGATTTGTATAATATAGAGTGTAAGCGTTACAAAAGAACAACTAAACATGAATTCTCG
TCGTTCGGTGGCGACTCTGTGTTTTCTATTGTATATCTGCACCACCACGAACGGTGAGCT
TCCGAGATTTATCGAGCCAGCCAAAAGCGACGGCTCCGTTAATTTTATAACCATCGGAGA
TTGGGGACGCCGTGGCGACTTCAACCAGTCTAAAGTAGCTTATCAGATGGGAAGAGTAGG
AGAAAAGATAGGTTTAGATTTCGTGGTGTCTACGGGAGATAACTTCTACGACAATGGATT
GTTTAGTGAACACGATCCCAACTTCAAAGAATCTTTCTCTGATATCTACACTGCTTCAAG
TCTCCAGAAACAGTGGTACAGTGTCTTGGGGAACCATGATTATAGAGGTGATTCAGAAGC
TCAGCTAAGCTCTGTTCTCAGAGAAATCGACAGTCGTTGGATATGTCTCCGGTCATTCGT
CGTGGACGCAGAGTTAGTCGAGATCTTCTTCGTCGACACCACTCCTTTCGTTAAAGAATA
CTACACAGAAGAAGACGGTCACACGTACGACTGGCGTGCGGTCCCATCTCGCAACTCTTA
CGTCAAGTCTCTCCTCCGTGACCTCCAGGCTTCCTTAAAGAGATCAAAAGCTACGTGGAA
GATCGTCGTTGGTCACCACGCGATGAGAAGCATTGGTCACCATGGAGACACTAAAGAGCT
CGTCGAGGAGCTTCTTCCGATAATGAAAGAGAACGGTGTTGATCTCTATATGAACGGGCA
CGACCATTGTCTTGAACATATCAGCGACGAAGACAGTCCTATTCAGTTTCTGACTAGCGG
TGCTGGATCCAAGGCTTGGAGAGGAGATGTTGACCCGACGACCAATGATCCCAAGTCTGT
GAGATTCTATTACGATGGTCAAGGGTTCATGTCCGCTAGATTCACTCCCTCAGATGCAGA
GATAGTCTTCTACAATGTCTTCGGCGAGGTTTTGCATAAATGGGTTACTTCTAAACAGCT
TCCTCATTCCTCTGTTTGATCCAAATCCGGTTTGTAATTTTTTGTAACAAAACATTTAAG
ATCTTAAGTTTTAGCATCCCGTATCACTCTTTAGCTAATAGCTTGTTACAATCAAAATAT
TATTATATAAATGTAATGATTCCCTTAATAGTTAAAGTCATTTGTATT


BQ
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AF RR1CX43TF U 1
AF RR1CX43JQ C 521
BS 1 736 RR1CX43TF
BS 737 737 RR1CX43JQ
BS 738 748 RR1CX43TF
BS 749 1248 RR1CX43JQ

RD RR1CX43TF 752 0 0
GCATCTCAACCAAACTCCTCTCTATTTCTCCGCACGATAACATATTAGAGATAGAGAAAG
GCAGATTTGTATAATATAGAGTGTAAGCGTTACAAAAGAACAACTAAACATGAATTCTCG
TCGTTCGGTGGCGACTCTGTGTTTTCTATTGTATATCTGCACCACCACGAACGGTGAGCT
TCCGAGATTTATCGAGCCAGCCAAAAGCGACGGCTCCGTTAATTTTATAACCATCGGAGA
TTGGGGACGCCGTGGCGACTTCAACCAGTCTAAAGTAGCTTATCAGATGGGAAGAGTAGG
AGAAAAGATAGGTTTAGATTTCGTGGTGTCTACGGGAGATAACTTCTACGACAATGGATT
GTTTAGTGAACACGATCCCAACTTCAAAGAATCTTTCTCTGATATCTACACTGCTTCAAG
TCTCCAGAAACAGTGGTACAGTGTCTTGGGGAACCATGATTATAGAGGTGATTCAGAAGC
TCAGCTAAGCTCTGTTCTCAGAGAAATCGACAGTCGTTGGATATGTCTCCGGTCATTCGT
CGTGGACGCAGAGTTAGTCGAGATCTTCTTCGTCGACACCACTCCTTTCGTTAAAGAATA
CTACACAGAAGAAGACGGTCACACGTACGACTGGCGTGCGGTCCCATCTCGCAACTCTTA
CGTCAAGTCTCTCCTCCGTGACCTCCAGGCTTCCTTAAAGAGATCAAAAGCTACGTGGAA
GATCGTCGTTGGTCAC*ACGCGATGAGA
GCAT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1CX43JQ 728 0 0
ATATGTCTCCGGTCATTCGTCGTGGACGCAGAGTTAGTCGAGATCTTCTTCGTCGACACC
ACTCCTTTCGTTAAAGAATACTACACAGAAGAAGACGGTCACACGTACGACTGGCGTGCG
GTCCCATCTCGCAACTCTTACGTCAAGTCTCTCCTCCGTGACCTCCAGGCTTCCTTAAAG
AGATCAAAAGCTACGTGGAAGATCGTCGTTGGTCACCACGCGATGAGAAGCATTGGTCAC
CATGGAGACACTAAAGAGCTCGTCGAGGAGCTTCTTCCGATAATGAAAGAGAACGGTGTT
GATCTCTATATGAACGGGCACGACCATTGTCTTGAACATATCAGCGACGAAGACAGTCCT
ATTCAGTTTCTGACTAGCGGTGCTGGATCCAAGGCTTGGAGAGGAGATGTTGACCCGACG
ACCAATGATCCCAAGTCTGTGAGATTCTATTACGATGGTCAAGGGTTCATGTCCGCTAGA
TTCACTCCCTCAGATGCAGAGATAGTCTTCTACAATGTCTTCGGCGAGGTTTTGCATAAA
TGGGTTACTTCTAAACAGCTTCCTCATTCCTCTGTTTGATCCAAATCCGGTTTGTAATTT
TTTGTAACAAAACATTTAAGATCTTAAGTTTTAGCATCCCGTATCACTCTTTAGCTAATA
GCTTGTTACAATCAAAATATTATTATATAAATGTAATGATTCCCTTAATAGTTAAAGTCA
TTTGTATT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL5866Contig1 447 2 1 U
GGGAGAGAAAGAGAGAAAAGAAAAGCAAAGAAAAAGAAGAATGATGAAGAAGCAAATGAC
AATAGCGGCGGCTCTTCTGATTCTGATGGCTTTATCTTCCAATTTGGATATGGTTGCTGA
GGCTCAGTTAGGCCCTGGAGACTGCTACGACGGTTGCTCCACCGCTTGCGTCCAGCGCGA
CTCGAGAAAGACGGCCCGATGCGATCGCAAGTGCTCCATTCGGTGTGGCCCAGATGCTAA
AAATGCAAGAGAGACTGGTGCTTGAACTTTTATATTTACTAAGACCCATTTTAGATTTAA
TTATGTTGTAATCTTCGTTTAATAATTTTATCTATGCAAAACAAATTATGTATTGTTTAT
GTTGCTGTTAGCTACTAGTACCATAATGATAATGTAATAAACTTTGAAATCTAATGAAAA
CGGGACCAGCCGGTCTATGTAATATCC


BQ
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AF RR1GB55JQ C 1
AF RR1GB55TF U 1
BS 1 447 RR1GB55TF

RD RR1GB55JQ 447 0 0
GGGAGAGAAAGAGAGAAAAGAAAAGCAAAGAAAAAGAAGAATGATGAAGAAGCAAATGAC
AATAGCGGCGGCTCTTCTGATTCTGATGGCTTTATCTTCCAATTTGGATATGGTTGCTGA
GGCTCAGTTAGGCCCTGGAGACTGCTACGACGGTTGCTCCACCGCTTGCGTCCAGCGCGA
CTCGAGAAAGACGGCCCGATGCGATCGCAAGTGCTCCATTCGGTGTGGCCCAGATGCTAA
AAATGCAAGAGAGACTGGTGCTTGAACTTTTATATTTACTAAGACCCATTTTAGATTTAA
TTATGTTGTAATCTTCGTTTAATAATTTTATCTATGCAAAACAAATTATGTATTGTTTAT
GTTGCTGTTAGCTACTAGTACCATAATGATAATGTAATAAACTTTGAAATCTAATGAAAA
CGGGACCAGCCGGTCTATGTAATATCC

QA 1 447 1 447
DS 

RD RR1GB55TF 447 0 0
GGGAGAGAAAGAGAGAAAAGAAAAGCAAAGAAAAAGAAGAATGATGAAGAAGCAAATGAC
AATAGCGGCGGCTCTTCTGATTCTGATGGCTTTATCTTCCAATTTGGATATGGTTGCTGA
GGCTCAGTTAGGCCCTGGAGACTGCTACGACGGTTGCTCCACCGCTTGCGTCCAGCGCGA
CTCGAGAAAGACGGCCCGATGCGATCGCAAGTGCTCCATTCGGTGTGGCCCAGATGCTAA
AAATGCAAGAGAGACTGGTGCTTGAACTTTTATATTTACTAAGACCCATTTTAGATTTAA
TTATGTTGTAATCTTCGTTTAATAATTTTATCTATGCAAAACAAATTATGTATTGTTTAT
GTTGCTGTTAGCTACTAGTACCATAATGATAATGTAATAAACTTTGAAATCTAATGAAAA
CGGGACCAGCCGGTCTATGTAATATCC

QA 1 447 1 447
DS 



AS 1 2

CO CL5867Contig1 670 2 1 U
AAACAATTGTATTCTTGGGGTACAACGAAGAGAGGGAGATTCCTTCATTGTGTAAAAGTG
TGTTTGATGCAACTTGCTACCTAATGGAGGAGAAACTAGCCTATTCCGGAAATGAGCAGG
ACATGGTGCTTCTGCATCACGAAGTAGAAGTGGAGTTCCCTGAAAGCAAACGTACAGAGA
AGCATAGTGCAACTCTCTTGGAGTTTGGGGAAATCAAGAACGGGCAAATGACGACTGCTA
TGGCCAAGACCGTTGGGATCCCTGCAGCTATTGGAGCTCTGTTGCTAATTGAAGACAAGA
TCAAGACAAGAGGAGTCTTACGACCTCTTGAGCCAGAAGTCTATTTGCCAGCTTTGGATA
TATTGCAAGCTTATGGTATAAAGCTGATGGAGAAGACAGAATAATTTTTTTCTTTCAAAG
AACTCTTTATACTGTTTCTCTATAGCTTGAAGACTAAACTGAAGGAGACAATAGAGATAA
GCCTCGGAACCTTGGATCGATAGCGAGAGGAACTTTTCAGATATATGTATTATATGTGTA
TACGAATGTGTGTACAAAAGAACTTGTGTCCACAAATCTCGTGGATGTATAGTACGTAAT
CATATTATGTGTGTATACAAATATCTAAATAGTTTTTAGGCCTAATATGATTGCTATTTC
CAAGTGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BW32TF U 1
AF RR1BW32JQ C 199
BS 1 670 RR1BW32TF

RD RR1BW32TF 670 0 0
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TGTTTGATGCAACTTGCTACCTAATGGAGGAGAAACTAGCCTATTCCGGAAATGAGCAGG
ACATGGTGCTTCTGCATCACGAAGTAGAAGTGGAGTTCCCTGAAAGCAAACGTACAGAGA
AGCATAGTGCAACTCTCTTGGAGTTTGGGGAAATCAAGAACGGGCAAATGACGACTGCTA
TGGCCAAGACCGTTGGGATCCCTGCAGCTATTGGAGCTCTGTTGCTAATTGAAGACAAGA
TCAAGACAAGAGGAGTCTTACGACCTCTTGAGCCAGAAGTCTATTTGCCAGCTTTGGATA
TATTGCAAGCTTATGGTATAAAGCTGATGGAGAAGACAGAATAATTTTTTTCTTTCAAAG
AACTCTTTATACTGTTTCTCTATAGCTTGAAGACTAAACTGAAGGAGACAATAGAGATAA
GCCTCGGAACCTTGGATCGATAGCGAGAGGAACTTTTCAGATATATGTATTATATGTGTA
TACGAATGTGTGTACAAAAGAACTTGTGTCCACAAATCTCGTGGATGTATAGTACGTAAT
CATATTATGTGTGTATACAAATATCTAAATAGTTTTTAGGCCTAATATGATTGCTATTTC
CAAGTGTGTC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1BW32JQ 472 0 0
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TACGACCTCTTGAGCCAGAAGTTTATTTGCCAGCTTTGGATATATTGCAAGCTTATGGTA
TAAAGCTGATGGAGAAGACAGAATAATTTTTTTTTTTCAAAGAACTCTTTATACTGTTTT
TTTATAGCTTGAAGACTAAACTGAAGGAGACAATAGAGATAAGCCTCGGAACCTTGGATC
GATAGCGAGAGGAACTTTTCAGATATATGTATTATATGTGTATACGAATGTGTGTACAAA
AGAACTTGTGTCCACAAATTTCGTGGATGTATAGTACGTAATCATATTATGTGTGTATAC
AAATATCTAAATAGTTTTTAGGCCTAATATGATTGCTATTTCCAAGTGTGTC

QA 1 472 1 472
DS 



AS 1 2

CO CL5868Contig1 1264 2 2 U
GCATCATCCTCCCCCAGAAGAAAACCAGGGATGAAATCTCGCGGCATGCAGCAGTCTGAA
GACCGTTTAAGTGATGAGAGCAGTGACTTGAGAAGTCTAAGGTCTGACAGCAACTTAAGC
TCGGCCTCTATCCTTGACATTGAGGTTACAAGCAGATATAAATGTGACTTAACGGAGCAG
CAGCACACACCAAAACAAAGGAGTCCAGAACTTGGAATGAGGCCACTGCCAAAACCTCTG
AAAATAACGGTGGAGCAGCCTAGTCCAGTTTCAATTCTTGATGTTGCCTTCGACGACGAT
GAGTCACCATCCCCTGTAAGGAAGATATCCATCGTCTTTAAAGACGACGATCATATACGT
TCTGAAGAGTCTCTGTGGGTGAACAAGCACAATAACTTATGTAGATCTATTGTGTGGCCT
GAGAGTAACACGAGTCTAAATCAGCCTGATGCTGAACTTACTGAGAGTTTGATGGAAGAA
GGTGCAGAACTAAGAAATGGTGACCACAAGTACATCTCAGAGATACTGTTTGCGTCAGGG
CTTCTTAAAGATATCGACTACAACATGCTAAGCATCCAGCTGCACCAAGCACACCTACCA
ATCAATCCGAGCCTTTTCTTTGTCCTGGAACAGAACAAGACAGGCAGTGCGACACATGGC
AACAAACACAGAGGCAGAGGATTCGGACAACAACAGGCGGCGAACCTGATAGAGAGAAGC
AGGAGGAAGCTCGTGTTTGACACCGTCAACGAGATCTTAGCTCGTAAATTCGCAGCAGAA
GGGTGCACAAAACAGCCATACATAACATCATCCATCAGCTCGCTAATGACAACAGACAAA
AGTTCAAGAGGGAAAGAACTTCTGGAATCTCTGTGTTCAGAGATTGATCGATTACAAGAT
AACTCAAACTGTATCTTGGATGAGGATGATGAAGACCTCATTTGGGAGGACCTGCAAAGC
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AGACTAATCTTCAAGGACTTGATAAGTGAAGTCGTGACAAGTGAGGTTGCAGCTTTTCCA
GGAATGCTCAGTGGGCAACCCAGGCAGCTTTTCCATTGCTAATATGCCTACGTATAACTG
TAAGAAGGATCTAAATCATCAATTTAAAGTGTAGAAAACATGTGATTTGTTGGTTCTCTG
AACCCTTTCCTAATTTTTTTTATGTAAAGACTCAACTTAAGATAAAGGTACATGATGCGT
GATC


BQ
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10 10 10 10 

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CAGCACACACCAAAACAAAGGAGTCCAGAACTTGGAATGAGGCCACTGCCAAAACCTCTG
AAAATAACGGTGGAGCAGCCTAGTCCAGTTTCAATTCTTGATGTTGCCTTCGACGACGAT
GAGTCACCATCCCCTGTAAGGAAGATATCCATCGTCTTTAAAGACGACGATCATATACGT
TCTGAAGAGTCTCTGTGGGTGAACAAGCACAATAACTTATGTAGATCTATTGTGTGGCCT
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CTTCTTAAAGATATCGACTACAACATGCTAAGCATCCAGCTGCACCAAGCACACCTACCA
ATCAATCCGAGCCTTTTCTTTGTCCTGGAACAG

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DS 

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TCTTAAAGATATCGACTACAACATGCTAAGCATCCAGCTGCACCAAGCACACCTACCAAT
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CAAACACAGAGGCAGAGGATTCGGACAACAACAGGCGGCGAACCTGATAGAGAGAAGCAG
GAGGAAGCTCGTGTTTGACACCGTCAACGAGATCTTAGCTCGTAAATTCGCAGCAGAAGG
GTGCACAAAACAGCCATACATAACATCATCCATCAGCTCGCTAATGACAACAGACAAAAG
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CCCTTTCCTAATTTTTTTTATGTAAAGACTCAACTTAAGATAAAGGTACATGATGCGTGA
TC

QA 1 842 1 842
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAGGGTTTCGTCGGGAGCCTCCATGATGAAAGGCAAGGAACATGAGAAGGGCAGCCGAAG
TATCTTGGAGCCGATTCCTCTTGATCTGAAGAAGAAGATGGATACACTGACTAGATCGCC
TGCAAAGAGAGTGACCCATCACCAAAAAGAAATCTGTGACTCAAGGGACAAAGGCGTTGG
AAGCGACAAGAGCCGGCCAGGTAAGAAGCTACATGTCCTCCTCCCTTACGATATGGAGAT
GGAGATACTGATTAGATTGCCTGGAAAGTCGCTTATGAGGTTCCTATGCGTGTCCAAGAC
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CTCGGGAGAGGAAGAGGTAACTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTGGTTGCCAATCTAGACAT
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TATGGCTGTTAATGATGGGTTAAAGTTCATTATATGTAACCCTAGCACCGGGCAAGTCAT
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TCCCCGCCTTATCACCCTATAACTAGGGGACGATGCATCAACGGTTTCATTTATTATGCT
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GAGACGATACTAAGTTTTATCCCAACGCCTAGGGAGGTCCTGTTTTGGCAGGCTTTGACA
TCATTGATTGATTACAAAGGGAAGCTTGCTGTCGTTGTACCAATCTGTCAGGGACGTGGT
TCTTCTTTCGACCGTTTTAATCTATGGATACTGGAGGATGTGACGAAACAGGAGTGGTCC
AAACAAACATTTGAACTTCCCTTGTCTCTTCCCTTCAATATTGGGATGGGTAAGCGTATG
ATTTCCCAAGGAACCAACAAGGCTGGTGAAATCATTTTCTCCCCAGCAACTCTGCCAGAC
CGTGCCCAGCCCTTTTATGTTTTTTACTTCAACCCTGTCACCAAGAGCATGAGAAGAGTC
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TGTGCCGCCTCTTTCTCGCCCCATCACGTTGATAGTATTGCTTTTTTATAAATGTCAATT
TTTTTTTATGTGTAAGAGCTTGCTTGACAAACAAACATAAACTCTGTTGATGGTTTATTT
TAATGTGTAAGAAACATGAAATTAAGAGTGGCTTATTGTACTAGGG


BQ
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AF RR1B706TF U 1
AF RR1B706JQ C 709
BS 1 789 RR1B706TF
BS 790 790 RR1B706JQ
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RD RR1B706TF 861 0 0
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TGCAAAGAGAGTGACCCATCACCAAAAAGAAATCTGTGACTCAAGGGACAAAGGCGTTGG
AAGCGACAAGAGCCGGCCAGGTAAGAAGCTACATGTCCTCCTCCCTTACGATATGGAGAT
GGAGATACTGATTAGATTGCCTGGAAAGTCGCTTATGAGGTTCCTATGCGTGTCCAAGAC
TTGGTCTTCCCTCATCCGAAGCCAAAGATTCGTGGCTTCTTACTACGCTGCCAAGCCACC
CCGTTTTACAGTCACTTTCACCAACGGTGTACTTTGTAAACCCAAGCGTCTCTTCATCTT
CTCGGGAGAGGAAGAGGTAACTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTGGTTGCCAATCTAGACAT
GACAATACCCTCAGTGACGTTGAATCACAGCGGCTTCAAGTATTCTTCCGTCCATGGCTT
TATGGCTGTTAATGATGGGTTAAAGTTCATTATATGTAACCCTAGCACCGGGCAAGTCAT
TACCTTTCACTGCAAGGCAACGGACACATGCTTGGGATATGATCCTGTTGGTGATCAATT
CAAGCATTGACCCTGTTGACATCTACGTATGATCATATGCATAACCCTAGTTTGATGTGC
ACGCACGAG*TTATAAGACTTGGAAGAGGAGGACGAGTAGTATCTCGTACCCAAATTACC
TCCC*GCCTTATCACCCTATA

QA 1 861 1 861
DS 

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DS 



AS 1 2

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TATAATGAAAGTCCTACCTTCAGGTGTCTATGAGTACAGGTTCATCGTTGATGGACAGTG
GAGGCATGCCCCTGAGCTCCCTCTCGCTCGTGATGACGCTGGCAACACTTTCAACCTTTT
AGACCTCCAGGACTATGTACCAGAAGACATTGAAAGCATATCTGGTTTTGAGCCACCGCA
ATCACCAGAAGCTAGTTACAGCAGCTTGCTTCTAGGAGCTGAGGACTACTCCAAAGAACC
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CATTCCGTCACCGCTGCCGAGACCTCAGCACGTCATCCTCAACCATCTTTACATGCAGAA
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CGTTACTGTGGTGCTCTACAAGTCCCTCCAGAGGTGAGAAAAGATGATAGTGCTCAGTTC
TCGTAAGCATGTGGGGAAACTCAGACATGCTTAGTATCTAATTTCATGGAGAATGAATGA
ATGTGAGGCTATAATAGGATATGCGAAGAAGAGGAAGAAGAGTTTTATCATCATCATCAC
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ATTTCAACACTTTTTTTTTTATCATCATCTCTTCTCTTTTCTTAGAATAATTTAG


BQ
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AGACCTCCAGGACTATGTACCAGAAGACATTGAAAGCATATCTGGTTTTGAGCCACCGCA
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QA 1 699 1 699
DS 

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GCATTTGCAGATGACGCTGCTGAACTTGCCTCCAGCCAGCCCTGACATTCCGTCACCGCT
GCCGAGACCTCAGCACGTCATCCTCAACCATCTTTACATGCAGAAAGGCAAAAGCGGTCC
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CTACAAGTCCCTCCAGAGGTGAGAAAAGATGATAGTGCTCAGTTCTCGTAAGCATGTGGG
GAAACTCAGACATGCTTAGTATCTAATTTCATGGAGAATGAATGAATGTGAGGCTATAAT
AGGATATGCGAAGAAGAGGAAGAAGAGTTTTATCATCATCATCACAGGCAAAAAGTATTT
TCCCTCTCAATAAGCTCGAATTTTGTTGTCTTTTAAAACTTGTCAATAAGGTTTTTTTAG
CAACATAATGAAAGATGCATTATTCAGTCATGTGTTATCTTTTTGATTTCAACACTTTTT
TTTTTATCATCATCTCTTCTCTTTTCTTAGAATAATTTAG

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DS 



AS 1 2

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TGACAACCAGATTGCGAAGCTTATGGTCGAACTGTCCCGGAGTCAGGATTACGAAATTGG
TGACGGCACAACAGGTGTTGTCGTCATGGCTGGTGCACTTCTGGAGCAAGCTGAACGTCA
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GTGGGGATTCGATGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BE15TF U 1
AF RR1G924TF U 260
BS 1 336 RR1BE15TF
BS 337 337 RR1G924TF
BS 338 351 RR1BE15TF
BS 352 352 RR1G924TF
BS 353 381 RR1BE15TF
BS 382 382 RR1G924TF
BS 383 444 RR1BE15TF
BS 445 445 RR1G924TF
BS 446 462 RR1BE15TF
BS 463 463 RR1G924TF
BS 464 552 RR1BE15TF
BS 553 553 RR1G924TF
BS 554 555 RR1BE15TF
BS 556 556 RR1G924TF
BS 557 576 RR1BE15TF
BS 577 577 RR1G924TF
BS 578 728 RR1BE15TF
BS 729 975 RR1G924TF

RD RR1BE15TF 728 0 0
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GAAAATGGCGTTGGCGTTCGATGAGTTCGGGCGTCCGTTCATCATTCTAAGGGAGCAGGA
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CGTGGCTCGGATCCTCCGCTCCTCTCTCGGACCTAAGGGAATGGATAAGATGCTTCAAGG
ACCTGACGGAGACGTCACCATCTCAAACGATGGTGCAACCATCTTGGAGCAAATGGATGT
TGACAACCAGATTGCGAAGCTTATGGTCGAACTGTCGCGGAGTCAGGATTATGAAATTGG
TGACGGCACAACAGGTGTTGTTGTCATGGCTGGTGCACTTCTGGAGCAAGCTGAACGTCA
ATTAGATAGGGGAATCCATCCTATTCGTATCGCTGAAGGATATGAGATGGCTTCTAGAGT
AGCAGTTGAACATTTGGAGCGTATAGCACAAAAGTTTGAGTTCGACGTTGATAACTACGA
GCCGTTGGTTCAGACTTGCATGACTACTCTATCCTCGAAGATTGTGAATCGATGCAAGCG
CAGTTTAGCTGAGATTGCTGTGAAAGCAGTTCTTGCTGTTGCTGATTTAGAGAGAAAGGG
ACGTTAACTTGGATTTGATAAAAGTAGAGGGCAAAGTCGGGGGAAAGTTGGAGGACACTG
AGCTTATA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1G924TF 716 0 0
ATCTCAAACGATGGTGCAACCATCTTGGAGCAAATGGATGTTGACAACCAGATTGCGAAG
CTTATGGTCGAACTGTCCCGGAGTCAGGATTACGAAATTGGTGACGGCACAACAGGTGTT
GTCGTCATGGCTGGTGCACTTCTGGAGCAAGCTGAACGTCAGTTAGATAGGGGAATCCAT
CCTATCCGTATCGCTGAAGGATACGAGATGGCTTCTAGAGTAGCAGTTGAACATTTGGAG
CGTATAGCTCAGAAGTTTGAGTTCGATGTTGATAACTACGAGCCGTTGGTTCAAACGTGC
ATGACTACTCTATCCTCAAAGATTGTGAATCGATGCAAGCGCAGTTTAGCTGAGATTGCT
GTGAAAGCAGTTCTTGCTGTTGCTGATTTAGAGAGAA*GGGACGTTAACTTGGATTTGAT
AAAAGTAGAGGGCAAAGTCGGGGGAAATTTGGTGGACACTGAGCTTATATACGGAATACT
TGTTGACAAAGACATGAGCCATCCACAAATGCCAAAGCAAATTGAAGATGCTCACATTGC
AATTCTGACTTGCCCCTTTGAGCCACCGAAGCCGAAGACTAAGCATAAGGTGGACATTGA
CACGGTGGAGAAGTTTGAGACATTGCGCAAGCAAGAGCAGCAGTATTTCGATGAGATGGT
TCAAAAGTGCAAGATGTTGGTGCTACACTGGTTATTTGCCAGTGGGGATTCGATGA

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL5873Contig1 1042 2 2 U
TTTTTTTCTCTAAGTTGTTTCATGATGAAGAGTTCCCAGCGATCTGCTCTCCTAGTGAGG
ACCTTGTCCATCATCTTCTTCTTCATCCCGGTTACAATCTCTGTTCCATTCATCCTTTTA
CACGGGATTCGAGATCAATGCTCCAACGGTGGAATCAGTAGCGTCACACAGCTCCTTAGC
AACCTCTCCAACTCCCATGGCTCTTGCTTAGAAATAGGAAATGGGGAACAAGATTCTGTG
TCCATGCCGCTTATGCAACAAGCGAGTATAGCGTGTGAGAAAGTGAAACAGATGAAAGAG
TTGAGTCAAGGTTACAACATTGTTGCACAGTCTCAAGGCAACTTAGTCGCTAGAGGCCTA
ATCCAGTTCTGCGACAATGCTCCTCCTGTCTTCAACTATGTCTCCTTAGGAGGTCCTCAC
GCTGGCATAGCTGACATACCCAAGTGTACTCTCCAGTGTGCCAGCTACTGAAAACAGATG
TCTACAGCGACTATGTTCAGGATCATATTGCTCCAAGTGGTTATATCAAGATCCCTAATG
ATATGTCAAAGTACTTGGAACACTCCAAGTATCTGCCAAAACTCAACAACGAGAGACCTA
ACCAGAGGAACTCCATTTATAAAGAACGTTTCACCAGCTTGCACAGCTTGATCCTAGTCA
TGTTCCAGGGGGATAGAGTAGTGATGCCTAAAGAAAGTTGTTGGTTCGGATATTACCCTG
ATGGAGCTACAACACCACTTTTGCCTCCTCAACAGACGAAGCTCTATACTGAGGATTGGA
TTGGTCTGAAAACATTGGATGCTGCTGGAAAAGTGAAGTTTGTCAGTGTCCCTGGAGAGC
ACCTTCAGATGGCGCATGATGACGTTGTGAAGCACGTCGTGCCTTACCTCCAGAACCATC
CTACGTTTCCTTCTTGATGCAGTCTCGACCGAGATTTAGTGGAAGACGTTATCTTACTAA
TTATCAAGCTTCAATACATGAAATACAAAATAGAGATGTTTAGAAACAAGGATAGTATTT
TTAATGAAATGTGTTTGGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EB17TF U 1
AF RR1EB17JQ C 252
BS 1 706 RR1EB17TF
BS 707 1042 RR1EB17JQ

RD RR1EB17TF 706 0 0
TTTTTTTCTCTAAGTTGTTTCATGATGAAGAGTTCCCAGCGATCTGCTCTCCTAGTGAGG
ACCTTGTCCATCATCTTCTTCTTCATCCCGGTTACAATCTCTGTTCCATTCATCCTTTTA
CACGGGATTCGAGATCAATGCTCCAACGGTGGAATCAGTAGCGTCACACAGCTCCTTAGC
AACCTCTCCAACTCCCATGGCTCTTGCTTAGAAATAGGAAATGGGGAACAAGATTCTGTG
TCCATGCCGCTTATGCAACAAGCGAGTATAGCGTGTGAGAAAGTGAAACAGATGAAAGAG
TTGAGTCAAGGTTACAACATTGTTGCACAGTCTCAAGGCAACTTAGTCGCTAGAGGCCTA
ATCCAGTTCTGCGACAATGCTCCTCCTGTCTTCAACTATGTCTCCTTAGGAGGTCCTCAC
GCTGGCATAGCTGACATACCCAAGTGTACTCTCCAGTGTGCCAGCTACTGAAAACAGATG
TCTACAGCGACTATGTTCAGGATCATATTGCTCCAAGTGGTTATATCAAGATCCCTAATG
ATATGTCAAAGTACTTGGAACACTCCAAGTATCTGCCAAAACTCAACAACGAGAGACCTA
ACCAGAGGAACTCCATTTATAAAGAACGTTTCACCAGCTTGCACAGCTTGATCCTAGTCA
TGTTCCAGGGGGATAGAGTAGTGATGCCTAAAGAAAGTTGTTGGTT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1EB17JQ 791 0 0
TATGCAACAAGCGAGTATAGCGTGTGAGAAAGTGAAACAGATGAAAGAGTTGAGTCAAGG
TTACAACATTGTTGCACAGTCTCAAGGCAACTTAGTCGCTAGAGGCTTAATCCAGTTCTG
CGACAATGCTCCTCCTGTCTTCAACTATGTCTCCTTAGGAGGTCCTCACGCTGGCATAGC
TGACATACCCAAGTGTACTCTCCAGTGTGCCAGCTACTGAAAACAGATGTCTACAGCGAC
TATGTTCAGGATCATATTGCTCCAAGTGGTTATATCAAGATCCCTAATGATATGTCAAAG
TACTTGGAACACTCCAAGTATCTGCCAAAACTCAACAACGAGAGACCTAACCAGAGGAAC
TCCATTTATAAAGAACGTTTCACCAGCTTGCACAGCTTGATCCTAGTCATGTTCCAGGGG
GATAGAGTAGTGATGCCTAAAGAAAGTTGTTGGTTCGGATATTACCCTGATGGAGCTACA
ACACCACTTTTGCCTCCTCAACAGACGAAGCTCTATACTGAGGATTGGATTGGTCTGAAA
ACATTGGATGCTGCTGGAAAAGTGAAGTTTGTCAGTGTCCCTGGAGAGCACCTTCAGATG
GCGCATGATGACGTTGTGAAGCACGTCGTGCCTTACCTCCAGAACCATCCTACGTTTCCT
TCTTGATGCAGTCTCGACCGAGATTTAGTGGAAGACGTTATCTTACTAATTATCAAGCTT
CAATACATGAAATACAAAATAGAGATGTTTAGAAACAAGGATAGTATTTTTAATGAAATG
TGTTTGGAACC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL5874Contig1 315 2 1 U
GGGGATCTTAAGGACACAAGAAGAATGGGTGGGATGTGCATGTCTTCGTGTTGTAGTGGT
GGTGGTGGTGGCGACGACGATGTTTCGAGTTTACTACTACATCTCCTCATCATGGTGGTC
GTCTGTCTCTCTGTCATGGCTGTCTGCACCTCCAACGAACGCCGTACAGCCGTTCGTGTT
GTCCGGTGCCGTTGACCAACTATCTAGCTATCAGATCACAACAACCCTATACAAAGATTA
CTTCGGATCCTTTTTTTTATACATGTATGTGTTTGGTTCTTGATCAGTGATGAATAACAG
TATCTGGTTTTGGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CL70JQ C 1
AF RR1CL70TF U 1
BS 1 315 RR1CL70TF

RD RR1CL70JQ 315 0 0
GGGGATTTTAAGGACACAAGAAGAATGGGTGGGATGTGCATGTCTTCGTGTTGTAGTGGT
GGTGGTGGTGGCGACGACGATGTTTCGAGTTTACTACTACATCTCCTCATCATGGTGGTC
GTCTGTCTTTCTGTCATGGCTGTTTGCACCTCCAACGAACGCCGTACAGCCGTTCGTGTT
GTCCGGTGCCGTTGACCAACTATCTAGCTATCAGATCACAACAACCCTATACAAAGATTA
CTTCGGATCCTTTTTTTTATACATGTATGTGTTTGGTTCTTGATCAGTGATGAATAACAG
TATCTGGTTTTGGTT

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR1CL70TF 315 0 0
GGGGATCTTAAGGACACAAGAAGAATGGGTGGGATGTGCATGTCTTCGTGTTGTAGTGGT
GGTGGTGGTGGCGACGACGATGTTTCGAGTTTACTACTACATCTCCTCATCATGGTGGTC
GTCTGTCTCTCTGTCATGGCTGTCTGCACCTCCAACGAACGCCGTACAGCCGTTCGTGTT
GTCCGGTGCCGTTGACCAACTATCTAGCTATCAGATCACAACAACCCTATACAAAGATTA
CTTCGGATCCTTTTTTTTATACATGTATGTGTTTGGTTCTTGATCAGTGATGAATAACAG
TATCTGGTTTTGGTT

QA 1 315 1 315
DS 



AS 1 2

CO CL5875Contig1 972 2 6 U
GGCCCTTTCTTCTTCTCCTCCACAAAGAACAGCCGTCACGTTCCTTCACCCTCCTCCGCG
ATAACAATGGTGAAACGGAAGCAACTCTCGGAGGCACCACAACAACAACAACAACAACCA
TCCCCAGCCGAAGAAAACTGCAAATCCCTGATAAAGAAGCTCGCCTCCTGCAAGCAAACC
ATCCGCGACCGCTCCCTGCGAACCCTCCTCCGCACATGGCTCCCGGAGCAGACCTCGATC
CCCGACGAGGACATGAGGAAGCTCTGGCAAGGCATCTTCTACTGCATGTGGCACGCCGAC
AAGTCTCTCTACCAGTCGCAGCTCATCGACCGCCTCTCCGCCGCTCTGCACTCCCTCCCT
CTCCCTCTCTCCGTCCACTACTTCGCCGTCTTCCTGTTCACCATGCGCCGCGAGTGGTCC
CGCATCGATCGGCTGAGGTTGGACAAGTTCTACCTCTTGATCCGCAGGTTCTTGCACGGG
CTCTTCGCTCTCTCGGATTCGAGCTCGTGGGATTTGGATCTGACGAGGCGGTTGGTGGGC
GTTTTGTTCGACGGGACGTTTCTGGCTGGGGATAAGTTTCGGGGGAACGGGGTTAACTAC
CACGTGGCGTCTGTTTTCGTTGAGGAGGTTAGGTCGTTTCTTCCGTTGAGGAAGGAAGTT
TTGGAGATTTTGTTTGGGCCTTTTGTGAGGGTTATGGGGGTTGTTGGTGATAAGGTTTTG
GTTGGGAAGATTAAGAGTAATTTGTTTGATGAGTTGCTTAAGATGGGGAAGAGGAGTGAA
GACAATCAAGAATAAGAAAGTGTCTCCATGAGTAGTGGAATGTTGAGTTACTTTTGTTTG
GGTTGCTGCTTGCTTTTCTTTCAAATTTTGTTTTAGTTCCAACTATTTAATACAATTTCT
AGATTTTGTTTTTTTACTGATTTGAGTATTAAGAGAAACATCTTTGCCATCAAAAAGGAA
GATTTTATGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC08TF U 1
AF RR1EC08JQ C 211
BS 1 627 RR1EC08TF
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BS 657 674 RR1EC08TF
BS 675 972 RR1EC08JQ

RD RR1EC08TF 678 0 0
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ATAACAATGGTGAAACGGAAGCAACTCTCGGAGGCACCACAACAACAACAACAACAACCA
TCCCCAGCCGAAGAAAACTGCAAATCCCTGATAAAGAAGCTCGCCTCCTGCAAGCAAACC
ATCCGCGACCGCTCCCTGCGAACCCTCCTCCGCACATGGCTCCCGGAGCAGACCTCGATC
CCCGACGAGGACATGAGGAAGCTCTGGCAAGGCATCTTCTACTGCATGTGGCACGCCGAC
AAGTCTCTCTACCAGTCGCAGCTCATCGACCGCCTCTCCGCCGCTCTGCACTCCCTCCCT
CTCCCTCTCTCCGTCCACTACTTCGCCGTCTTCCTGTTCACCATGCGCCGCGAGTGGTCC
CGCATCGATCGGCTGAGGTTGGACAAGTTCTACCTCTTGATCCGCAGGTTCTTGCACGGG
CTCTTCGCTCTCTCGGATTCGAGCTCGTGGGATTTGGATCTGACGAGGCGGTTGGTGGGC
GTTTTGTTCGACGGGACGTTTCTGGCTGGGGATAAGTTTCGGGGGAACGGGGTTAACTAC
CACGTGGCGTCTGTTTTCGTTGAGGAG*TTAGGTCGTTTCTTCCGTTGAGGAAG**AGTT
TTGGAGATTTTGTT
GGGC

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1EC08JQ 762 0 0
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CGCCTCTCCGCCGCTCTGCACTCCCTCCCTCTCCCTCTCTCCGTCCACTACTTCGCCGTC
TTCCTGTTCACCATGCGCCGCGAGTGGTCCCGCATCGATCGGCTGAGGTTGGACAAGTTC
TACCTCTTGATCCGCAGGTTCTTGCACGGGCTCTTCGCTCTCTCGGATTCGAGCTCGTGG
GATTTGGATCTGACGAGGCGGTTGGTGGGCGTTTTGTTCGACGGGACGTTTCTGGCTGGG
GATAAGTTTCGGGGGAACGGGGTTAACTACCACGTGGCGTCTGTTTTCGTTGAGGAGGTT
AGGTCGTTTCTTCCGTTGAGGAAGGAGGTTTTGGAGATTTTGTTTGGGCCTTTTGTGAGG
GTTATGGGGGTTGTTGGTGATAAGGTTTTGGTTGGGAAGATTAAGAGTAATTTGTTTGAT
GAGTTGCTTAAGATGGGGAAGAGGAGTGAAGACAATCAAGAATAAGAAAGTGTCTCCATG
AGTAGTGGAATGTTGAGTTACTTTTGTTTGGGTTGCTGCTTGCTTTTCTTTCAAATTTTG
TTTTAGTTCCAACTATTTAATACAATTTCTAGATTTTGTTTTTTTACTGATTTGAGTATT
AAGAGAAACATCTTTGCCATCAAAAAGGAAGATTTTATGCTG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL5876Contig1 1017 2 2 U
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GTAAAGTCTCAACAATGTTACTCCGTCGTGCAACCGCCGTACTACCCAAAACCCTACAAA
ACCTCCGGCTATACTCCCCGGCAGCCGCCTCCGCTATACCCCTAGAACTCACCCAACTAG
ACTACCTCCCCGGATTCCCTCGACCCGATCCGAAGCACGCGGAGACGATCCTAGCCGTTC
CGCGGTCAGATTCCGGCAAGAACATATCGGCGAAAGAGCGCAAAGCGGGCCGAGTGCCTT
CGATCATATTCGAGCAGGAGGATGGGCAGCACGGGGGAAACAAGAGGCTCGTCTCGGTTC
AGACGAATCAGATCAGGAAGCTCGTCACTCACATGGGTTACTCTTTCTTCCTCTCTAGGG
TTTTCGATGTCGAGGTTCGGTCTGAGCTTGGTTCCGATGTGGTCGTTGAGAAAGTCAGGG
CCTTGCCTAGATCGATTCATTTGCACTCTGGAAGTGATGCACCGCTGAATGTGACGTTCA
TAAGAGCTCCTCCTGGTACTTTGTTGAAGGTTGATATCCCTCTTGTCTTCATTGGAGATG
ATGTTTCTCCTGGTTTAAAGAAAGGAGCATCTCTGAATACGATCAAAAGAACGGTAAAGT
TCCTATGTCCGGCTGAGATAATCCCTCCATATATAGAAGTAGACCTCAGCCACTTGGACG
TTGGACAAAAGCTAGTTACCGGAGGCCTCAAGGTTCATCCAGCGCTTAAGCTCATAAAGT
CCAAAGACGAACCGGTTGTTAAGATCGCCGGAGGACGTGTCAGTGACCAGCAAAAGGATC
AGGCAAAGAAGGACCAACCAAAGAAAGACCAATCAAAAAAATAAACCGGTGAGCTATTCA
TATTAACCGGTTCAAACCAAAACGTTTTGCTCATATCAAAATTTTTCTTTTTTTTACATG
TGAACTGAGTTTTATTTACAGACATTTTTATAAATAAAGAGTAGACATTGATCTTTC


BQ
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AF RR1E042TF U 1
AF RR1E042JQ C 445
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ACTACCTCCCCGGATTCCCTCGACCCGATCCGAAGCACGCGGAGACGATCCTAGCCGTTC
CGCGGTCAGATTCCGGCAAGAACATATCGGCGAAAGAGCGCAAAGCGGGCCGAGTGCCTT
CGATCATATTCGAGCAGGAGGATGGGCAGCACGGGGGAAACAAGAGGCTCGTCTCGGTTC
AGACGAATCAGATCAGGAAGCTCGTCACTCACATGGGTTACTCTTTCTTCCTCTCTAGGG
TTTTCGATGTCGAGGTTCGGTCTGAGCTTGGTTCCGATGTGGTCGTTGAGAAAGTCAGGG
CCTTGCCTAGATCGATTCATTTGCACTCTGGAAGTGATGCACCGCTGAATGTGACGTTCA
TAAGAGCTCCTCCTGGTACTTTGTTGAAGGTTGATATCCCTCTTGTCTTCATTGGAGATG
ATGTTTCTCCTGGTTTAAAGAAAGGAGCATCTCTGAATACGATCAAAAGA

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DS 

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ACTCTGGAAGTGATGCACCGCTGAATGTGACGTTCATAAGAGCTCCTCCTGGTACTTTGT
TGAAGGTTGATATCCCTCTTGTCTTCATTGGAGATGATGTTTCTCCTGGTTTAAAGAAAG
GAGCATCTCTGAATACGATCAAAAGAACGGTAAAGTTCCTATGTCCGGCTGAGATAATCC
CTCCATATATAGAAGTAGACCTCAGCCACTTGGACGTTGGACAAAAGCTAGTTACCGGAG
GCCTCAAGGTTCATCCAGCGCTTAAGCTCATAAAGTCCAAAGACGAACCGGTTGTTAAGA
TCGCCGGAGGACGTGTCAGTGACCAGCAAAAGGATCAGGCAAAGAAGGACCAACCAAAGA
AAGACCAATCAAAAAAATAAACCGGTGAGCTATTCATATTAACCGGTTCAAACCAAAACG
TTTTGCTCATATCAAAATTTTTCTTTTTTTTACATGTGAACTGAGTTTTATTTACAGACA
TTTTTATAAATAAAGAGTAGACATTGATCTTTC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL5877Contig1 251 2 1 U
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GTCATGTCTGGATTGAAACAAGGCTGTTCTTTTGATTTTTCTATATAGATAAAAAGGGGA
TCATTTGAATATTTTGGTCTTGTCTATATTGACAGCTCTTTTAAGGTTTATCTGATTCGA
CTATTCAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DO09TF U 1
AF RR1DO09JQ C 6
BS 1 251 RR1DO09TF

RD RR1DO09TF 251 0 0
GAATCTTTCTCTGATTTGGGGAAGAAAACAAAAAGTAAAAGATCATATTTATTTGAGGGG
ATGGAAATTATTAGTTTGCATTTTGGTGTGAAAGGAGACAAGACTTTTTATTTTGCATGT
GTCATGTCTGGATTGAAACAAGGCTGTTCTTTTGATTTTTCTATATAGATAAAAAGGGGA
TCATTTGAATATTTTGGTCTTGTCTATATTGACAGCTCTTTTAAGGTTTATCTGATTCGA
CTATTCAAATT

QA 1 251 1 251
DS 

RD RR1DO09JQ 246 0 0
TTTTTT
TGATTTGGGGAAGAAAACAAAAAGTAAAAGATCATATTTATTTGAGGGGATGGAAATTAT
TAGTTTGCATTTTGGTGTGAAAGGAGACAAGACTTTTTATTTTGCATGTGTCATGTTTGG
ATTGAAACAAGGCTGTTTTTTTGATTTTTTTATATAGATAAAAAGGGGATCATTTGAATA
TTTTGGTCTTGTCTATATTGACAGCTCTTTTAAGGTTTATTTGATTCGACTATTCAAATT

QA 7 246 7 246
DS 



AS 1 2

CO CL5878Contig1 1017 2 2 U
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TTTTCTTAGTTCAGTTCTTTTTTGCCTTGTGTTCTTCTTCCTAATTTTTTTTAATGTAAA
ACAAAATCTCTGCGACACCTTCCTCCGGCATCCATGTACTAGCCGCCATGAACTTCTCGT
CGATGAAGATTCTCCGGTCGTTGATTCCGGCATCTGCCCTCCTTCTTTCATCCACATAGA
TTCTCCGGCGTTGATTTTGGAATCGCTCAGTTGCAGCCGTCAACTCCATCCTTCAACACC
CATTTTGTTCTCAGAGCATCTTCTTCCACTTTCTATCTTCGAGATATATTCACCATCCTT
ATTCTTTCCAACACTTATCTTTTCATATTTTTATTGGAACTTTCACTTTAGATTTCGTAA
GTCCTACAGATGCCACTAAAATAGATTAATGAACTTTTATCTTTAAATATTTTAGTTCTC
TTTTCTCTTTATGCGACCACGGGATCCGGCGGGTCTTTGAATCTTTTCAAGGACTTCTTT
GTTTATTTACACCTCTTTATTGGTCGGTTTTGCTAATCCAAACTCTTACAAGCTTGAATC
TGCAAAATCCATAGCGTCCCCACTTGGCTGGTGATTTTGGTTATGCCCACGCTGTACAAG
ATTGATATGCTTCTGTTTTGAGCTTCTAAGTGATGCCGAAGATAGCGTCAGATTTTCTGT
AGCTCATGGCTGTATCTGGCAAAGTGTTGATAGCATCCAAGGAAGATAAGAACATAATAG
AGTGTACTGATGTTGCGTTTCTGACCCACGAACATGAAGATGCCCCTCTGTGACAATTAA
GACTGATAAAGATTTGATTTTGTGTTATAAGTTATTTTTGTTTTGGTAGTATGATACTGC
CCTCTTTGTATTTGTATATATTTGGAAGATTCTTCAGCCCAAAGTTGCAGGCTTTTATGT
AAAGTTTCAAAAAAAAGGTCAGTACCATTCATGTATACATTGTTTATATCTGTCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H974TF U 1
AF RR1H974JQ C 300
BS 1 757 RR1H974TF
BS 758 1017 RR1H974JQ

RD RR1H974TF 757 0 0
TTTTTGCACACTAAATCATGCATATTGCTTATTCAAATGACAAATATATCCTTTTTCTTG
TTTTCTTAGTTCAGTTCTTTTTTGCCTTGTGTTCTTCTTCCTAATTTTTTTTAATGTAAA
ACAAAATCTCTGCGACACCTTCCTCCGGCATCCATGTACTAGCCGCCATGAACTTCTCGT
CGATGAAGATTCTCCGGTCGTTGATTCCGGCATCTGCCCTCCTTCTTTCATCCACATAGA
TTCTCCGGCGTTGATTTTGGAATCGCTCAGTTGCAGCCGTCAACTCCATCCTTCAACACC
CATTTTGTTCTCAGAGCATCTTCTTCCACTTTCTATCTTCGAGATATATTCACCATCCTT
ATTCTTTCCAACACTTATCTTTTCATATTTTTATTGGAACTTTCACTTTAGATTTCGTAA
GTCCTACAGATGCCACTAAAATAGATTAATGAACTTTTATCTTTAAATATTTTAGTTCTC
TTTTCTCTTTATGCGACCACGGGATCCGGCGGGTCTTTGAATCTTTTCAAGGACTTCTTT
GTTTATTTACACCTCTTTATTGGTCGGTTTTGCTAATCCAAACTCTTACAAGCTTGAATC
TGCAAAATCCATAGCGTCCCCACTTGGCTGGTGATTTTGGTTATGCCCACGCTGTACAAG
ATTGATATGCTTCTGTTTTGAGCTTCTAAGTGATGCCGAAGATAGCGTCAGATTTTCTGT
AGCTCATGGCTGTATCTGGCAAAGTGTTGATAGCATC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1H974JQ 718 0 0
CCATTTTGTTCTCAGAGCATCTTCTTCCACTTTCTATCTTCGAGATATATTCACCATCCT
TATTCTTTCCAACACTTATCTTTTCATATTTTTATTGGAACTTTCACTTTAGATTTCGTA
AGTCCTACAGATGCCACTAAAATAGATTAATGAACTTTTATCTTTAAATATTTTAGTTCT
CTTTTCTCTTTATGCGACCACGGGATCCGGCGGGTCTTTGAATCTTTTCAAGGACTTCTT
TGTTTATTTACACCTCTTTATTGGTCGGTTTTGCTAATCCAAATTCTTACAAGCTTGAAT
CTGCAAAATCCATAGCGTCCCCACTTGGCTGGTGATTTTGGTTATGCCCACGCTGTACAA
GATTGATATGCTTCTGTTTTGAGCTTCTAAGTGATGCCGAAGATAGCGTCAGATTTTCTG
TAGCTCATGGCTGTATCTGGCAAAGTGTTGATAGCATCCAAGGAAGATAAGAACATAATA
GAGTGTACTGATGTTGCGTTTCTGACCCACGAACATGAAGATGCCCCTCTGTGACAATTA
AGACTGATAAAGATTTGATTTTGTGTTATAAGTTATTTTTGTTTTGGTAGTATGATACTG
CCCTCTTTGTATTTGTATATATTTGGAAGATTCTTCAGCCCAAAGTTGCAGGCTTTTATG
TAAAGTTTCAAAAAAAAGGTCAGTACCATTCATGTATACATTGTTTATATCTGTCCAC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5880Contig1 1234 2 4 U
GGAATCATTATTATCCAATCATAGAAGTAACAAGAAAGAAACAGGTTGCGTTTGTGACTT
TCTCCACAAGAATCAAACATCTTCTTCTTCTTCTTCTTTCATTCCATCAATCTCTCTAAG
TAAAGATGAATAAAGGCAGCAGCTTTAAGCTTGATAACGATTTCGAGGAAAGCTGAAGCA
GGAAGGATCATAGAGAAGTACCCTGATGGAATACCGGTATGGTCTCTTCCTTTAAGGGTT
TATTATGCCTTTATACCTATGTCTGTATTAAATTGCACCAACATGATCATGAATCTTGGA
TTTGTATGTTGCTGATCTCAAATTTTTGACTTTGTGGCATTCATGTTTTTTTTTAATATA
AATGTTGCTGATCACAAGCTTCTCTTCTTGTTCTTTTCCTCCGCTAATAGATAAAAGAGT
CAGAACTAGATTAAATTCAGACAATCGAACATTAGATATGTCTGATAATCCTATACTGCT
TCAACCCTTTGTTTCTGCTTGAATATTTTGTTTACTTATCTTATACGTTATAATGATCAC
TCAATTAATGGGATCATGTGTTCTGTATATTGCTGATCACAAGTTTCTGACTTTGTGGCA
TTTATGTTGTTGTATGTTGCTGATCACAAGTTTCTCTTCTTTTTCTTTTTGTCTGCTAAT
AGATAAAAGAATGAGAACTAGATTACACATTCAAACAACAGAACATTAGATTTGTCTGAG
AATCTAATCCTGTTTCTGCTTCAAGATTTTGTTTACATTGTATTGATCACTCAATGAATG
GTGTGCATTTTGTTGCAGGTGATTGTGGAAAAGGCTGAGAAAAGTGATATCCCAGACATT
GACAAGAAAAAATACCTTGTGCCATCAGACCTAACAGTTGGGCAATTTGTGTATGTGATT
CGGAATAGAATCAAACTAAGTGCAGAAAAAGCTATCTTCATATTCGTAGATAATGTCCTT
CCTCCTACAGGAGAGATTATGTCAAGCGTCTATGAGGAGAAGAAAGACCAAGATGGCTTC
CTATACATCACTTACAGTGGCGAGAACACATTTGGTGCTTCCTCAATCTAAACCCCACTG
ATGTTCCCCTTTTTCAATTTGTGTATATAGTTCTAATAATAATTTATGGTCTATCTATGT
TCTTGCACTTTGTTAGAATGTATAAAGACTAATATTGAAACATCCTCGTAATTCGCTTTA
TTATCTTATGGTATATTTTAAATAATTATCTTGT


BQ
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CT

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AU23TF U 1
AF RR1AU23JQ C 534
BS 1 587 RR1AU23TF
BS 588 588 RR1AU23JQ
BS 589 812 RR1AU23TF
BS 813 1396 RR1AU23JQ

RD RR1AU23TF 812 0 0
GGAACACAAAGAAAAAACAAGCCATTACTTCTATTCCATCAATATTTCAGAGATGGAAAG
CTTGGAAATTCCTAAGCAAGAAGTTCATATCAAAATTGATGATTCAATATCCAGCAGTAA
AGAGAGAAGCACTGACCTTCCTCATACCAAACCCATTGTTCTGATGTCTGTTTTGAGTAG
TATCCATGCAGGATATTTTAGAATAAGCCTCTCCCTCTGCAGCCAAGCTCTGCTTTGGAA
GATGATGATCGCACCTGATTCACCAAGCATGTCCCGTTTGCAAAGCAATCTCCCGTCTTT
GGCGTTCCATCTCCTTTGGTGCCTAGCACTTGCAACACAAGTGTCACTCTGTCTTTTGTA
CGCGTTGAAGTGTTTCTTCTTCTTTGAAATAGTGAAGGAAGAGTTCTCACATTATATTGG
AGTGAACTATCTTTACGCTCCATCAATCTCGTGGCTTATCTTGCTTCAGTCATCTCCAAT
GATGGAACCACAGTGCGTTTTGTATCAGACATTATTCTTGGTGTTTACTCTCCCAGTATT
GGCCCTCGACACAAAGCTTTATGGACAGTGGTTCACAACAGAGAAAA*GATTCCTGTCGA
TGATGGCAAACCCGGCAAGCCAAGTATCAGTAATCGCAAACCTGGTGGCTGCACGGGGAG
CTGCAGAGATGGGCTGGAAAGAGTGTGCTCTATTTTTGTTCTCGCTGGGGATGATTCACT
ATTTGGTTATCTTTGTTACACTTTACCAACGCCTACCGGGCGGTAAGAACTTCCCAACAA
AGCTGAGGCCGGTTTTCTTCTTGTTCTTTGCT

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1AU23JQ 863 0 0
CAGTATTGGCCCTCGACACAAAGCTTTATGGACAGTGGTTCACAACAGAGAAAAAGATTC
CTGTCGATGATGGCAAACCCGGCAAGCCAAGTATCAGTAATCGCAAACCTGGTGGCTGCA
CGGGGAGCTGCAGAGATGGGCTGGAAAGAGTGTGCTCTATTTTTGTTCTCGCTGGGGATG
ATTCACTATTTGGTTATCTTTGTTACACTTTACCAACGCCTACCGGGCGGTAAGAACTTC
CCAACAAAGCTGAGGCCGGTTTTCTTCTTGTTCTTTGCTGCACCAGCCATGGGAAGTCTA
GCTTGGAACTCCATTTGTGGAACATTTGATCCTCTAACGAAGATGTTGTTCTTTCTTTCG
CTCTTCATTTTCATGTCCTTGGTCTGTAGGCCAAACCTTTTCAAGAAGGCAATGAAAAGA
TTCAATGTCGCATGGTGGGCTTACTCGTTCCCCATCACCTTTCTTGCTTTAGACTCAGTT
CAGTATGCGCAAAATGTGAAAGATCAGGTCGCTTCTGGAATGATGCTTATCTTCTCATCA
ATCTCCGTTTTGATCTTCCTTGGTGTGACGGTACTGACAGCAGCAAATAGCAATAGACTA
TTCAGACGTGATCATGTCCTCAGTTCTAAAACCAGTCCAAAAGACAAGCAAAAGTCATCT
CGGCTCAGCGTGGCTACGTTAACAAAGGCAAAGCTAGTCTGCTCCAGCTTTTCCACTTAG
AAAACCAAGTGCTCTTCATAGTTTCTATGCCCTTCCTTCTTATGCATAACTCTCTCAATG
TAATGATGAAACCACTATGGTTTTAACACAGCAGATCAGACGACTAAGTTACATATTTGA
AACCCAAACCGCAATTATCAGTG

QA 1 863 1 863
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5883Contig1 273 2 1 U
GAGAACAAGCGTGTGCAGGTGAATATACACGTGTGTAAGTATTTAAGTGTAGTGGACCGG
GCCGGGATCCGAAGGATACCGATCGGTGATCATGGGATTCATATTGGAGATGAGAGTCAT
ACCGTCTCGCTTCAAGCTTCTATTCTTGGAGTCATCAGGTCTTGATTCTGCTTTTTTCTT
GTTATTGAATAACTGTCAAGAAATTAAAATGTTTCTAAAGAAACAAATGGATTGTTGTAT
CATATCGATTGATGTGAGGATAACCTTTTAAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BJ81JQ C 1
AF RR1BJ81TF U 1
BS 1 273 RR1BJ81TF

RD RR1BJ81JQ 273 0 0
GAGAACAAGCGTGTGCAGGTGAATATACACGTGTGTAAGTATTTAAGTGTAGTGGACCGG
GCCGGGATCCGAAGGATACCGATCGGTGATCATGGGATTCATATTGGAGATGAGAGTCAT
ACCGTCTCGCTTCAAGCTTCTATTCTTGGAGTCATCAGGTCTTGATTCTGCTTTTTTCTT
GTTATTGAATAACTGTCAAGAAATTAAAATGTTTCTAAAGAAACAAATGGATTGTTGTAT
CATATCGATTGATGTGAGGATAACCTTTTAAGG

QA 1 273 1 273
DS 

RD RR1BJ81TF 273 0 0
GAGAACAAGCGTGTGCAGGTGAATATACACGTGTGTAAGTATTTAAGTGTAGTGGACCGG
GCCGGGATCCGAAGGATACCGATCGGTGATCATGGGATTCATATTGGAGATGAGAGTCAT
ACCGTCTCGCTTCAAGCTTCTATTCTTGGAGTCATCAGGTCTTGATTCTGCTTTTTTCTT
GTTATTGAATAACTGTCAAGAAATTAAAATGTTTCTAAAGAAACAAATGGATTGTTGTAT
CATATCGATTGATGTGAGGATAACCTTTTAAGG

QA 1 273 1 273
DS 



AS 1 2

CO CL5884Contig1 849 2 6 U
TTCTTCAACAGCAGTTGATCCACTAGCAGCACTGGGAGAGATAGCAAAGAGAAATGAGAT
GTGGTTTCACGTGGATGCAGCGTATGCTGGAAGTGCTTGTATATGTCCAGAGTATAGACA
GCACATTGACGGTGTAGAAACTGCAGACTCTTTTAACATGAATGCTCACAAATGGTTGCT
CACTAACTTCGATTGTTCCCTACTTTGGGTGAAGGACCAGTATGCTCTCACTGAAGCTCT
TTCAACAAATCCAGAGTTTCTCAAAAACAAGGCGTCTCAGGCAAACTTGGTTGTTGACTA
CAAAGATTGGCAAATACCTCTCGGAAGAAGATTCAGGTCATTGAAACTATGGATGGTTTT
AAGGCTCTATGGAGCTGAGATCTTGAAGAACTATATTAGAAACCATATCAAACTGGCTAA
AGATTTCGAACAACTTGTCTCTCAAGATCCTAACTTTGAGGTTGTCACTCCTAGGACCTT
TTCTCTGGTCTGTTTCCGTATCGCGCCTGTGGATAACGATGAAAAGACATGCAACAACCT
AAACCGCAACCTCCTAGAGGCATTGAACTCTTCAGGGAAACTCTTCATTTCTCACACTAT
CTTGTCGGGAAAATTCGTACTACGTGTCGCCATAGGAGCGCCATTGACTGAGGAGAAGCA
CGTGATGGAGGCATGGAAAGTTATCCAGGAAGAAGCATCAAACATACTTGCTTCTCAAGT
AAACTAAGCTAAGAAAAGCTTTATGAGAAAAAAAACCTCCTGTTCTTACCAACAAACAGA
AGCACTTGTTTCGTTTGGTTTAATTTGATTTGATATCATTATAAAATCATACTAGAGATT
GATCTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO91TF U 1
AF RR1FO91JQ C 235
BS 1 652 RR1FO91TF
BS 653 653 RR1FO91JQ
BS 654 681 RR1FO91TF
BS 682 682 RR1FO91JQ
BS 683 701 RR1FO91TF
BS 702 849 RR1FO91JQ

RD RR1FO91TF 703 0 0
TTCTTCAACAGCAGTTGATCCACTAGCAGCACTGGGAGAGATAGCAAAGAGAAATGAGAT
GTGGTTTCACGTGGATGCAGCGTATGCTGGAAGTGCTTGTATATGTCCAGAGTATAGACA
GCACATTGACGGTGTAGAAACTGCAGACTCTTTTAACATGAATGCTCACAAATGGTTGCT
CACTAACTTCGATTGTTCCCTACTTTGGGTGAAGGACCAGTATGCTCTCACTGAAGCTCT
TTCAACAAATCCAGAGTTTCTCAAAAACAAGGCGTCTCAGGCAAACTTGGTTGTTGACTA
CAAAGATTGGCAAATACCTCTCGGAAGAAGATTCAGGTCATTGAAACTATGGATGGTTTT
AAGGCTCTATGGAGCTGAGATCTTGAAGAACTATATTAGAAACCATATCAAACTGGCTAA
AGATTTCGAACAACTTGTCTCTCAAGATCCTAACTTTGAGGTTGTCACTCCTAGGACCTT
TTCTCTGGTCTGTTTCCGTATCGCGCCTGTGGATAACGATGAAAAGACATGCAACAACCT
AAACCGCAACCTCCTAGAGGCATTGAACTCTTCAGGGAAACTCTTCATTTCTCACACTAT
CTTGTCGGGAAAATTCGTACTACGTGTCGCCATAGGAGCGCCATTGACTGAG*AGAAGCA
CGTGATGGAGGCATGGAAAGT*ATCCAGGAAGAAGCATCAA
CA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1FO91JQ 615 0 0
AGCTCTTTCAACAAATCCAGAGTTTCTCAAAAACAAGGCGTCTCAGGCAAACTTGGTTGT
TGACTACAAAGATTGGCAAATACCTCTCGGAAGAAGATTCAGGTCATTGAAACTATGGAT
GGTTTTAAGGCTCTATGGAGCTGAGATCTTGAAGAACTATATTAGAAACCATATCAAACT
GGCTAAAGATTTCGAACAACTTGTCTCTCAAGATCCTAACTTTGAGGTTGTCACTCCTAG
GACCTTTTCTCTGGTCTGTTTCCGTATCGCGCCTGTGGATAACGATGAAAAGACATGCAA
CAACCTAAACCGCAACCTCCTAGAGGCATTGAACTCTTCAGGGAAACTCTTCATTTCTCA
CACTATCTTGTCGGGAAAATTCGTACTACGTGTCGCCATAGGAGCGCCATTGACTGAGGA
GAAGCACGTGATGGAGGCATGGAAGGTTATCCAGGAAGAAGCATCAAACATACTTGCTTC
TCAAGTAAACTAAGCTAAGAAAAGCTTTATGAGAAAAAAAACCTCCTGTTCTTACCAACA
AACAGAAGCACTTGTTTCGTTTGGTTTAATTTGATTTGATATCATTATAAAATCATACTA
GAGATTGATCTATCC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL5885Contig1 841 2 2 U
GAAAGGCAAAGGCATCGATCATCTTGCCAGAGAGAGAAAGGTTTAGGGTTAGGGTTGCAG
AGAAGCAGGGGAAGGAGGATTCTAAGAATCGAACCGACTCTGTATTCGTCTGTCCCTCCC
TTTCTTTTAAATCTTCTCCATAAAAAACCAATGGGGCTTCAATCTTTTCCTATCTCTGAA
ATGGACACGACCGACGATATACACGAAGCCATGTTTGCGAAGCGAGGTTGTTGTTTCCTC
CTCCCATGTCTTGGATCATCTCAGCCTTCTGGTCCAGGTGGTAACGTATGGTGGCAACGA
ATCAGAACGGTGGATAAGTTGGAGCCCGACGAGCGTTGGTGGATCTCCGGGTGGAACAAG
ATGAGGGAGTGGTCTGAAATCTTGGCTGGCCCCAAGTGGAAGACCTTCATCCGCCGCGTT
GGCCGCACTCACTTCTGCGGCTGCGCAGGAGACGGGGGTAGTAGTAAGCCGGATCAGGTT
GGTTTCCGGTACGATTCATCGAGTTACTCGTTGAATTTTGACGACGGTAAACAGATGGGA
CATTTCGAAGACGAGTTTCCTTACCGTGATTACTCAATGAGGTTCACCGCACCGTTGTCT
CTGCCGGTCTCCACCAAATGCTCCATTGATTCCGACAACGATCCGATGATTAAGTAAAGG
CCACACGTTTTTGTTTTTGTGGGTTGTCTTCTAACGTGCACCTATGAAAGATATCGGATT
TTATGAAGAATTATTATTTTATACATTTTTCTTTTCTTTTCAGATTTTGTAATATCATTT
CACTTTGAATGCACTCAGTTTTTAGATGATAATATGTTCTCAAAGAAGTGATTTTCCTTG
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1C083TF U 1
AF RR1C083JQ C 174
BS 1 632 RR1C083TF
BS 633 841 RR1C083JQ

RD RR1C083TF 632 0 0
GAAAGGCAAAGGCATCGATCATCTTGCCAGAGAGAGAAAGGTTTAGGGTTAGGGTTGCAG
AGAAGCAGGGGAAGGAGGATTCTAAGAATCGAACCGACTCTGTATTCGTCTGTCCCTCCC
TTTCTTTTAAATCTTCTCCATAAAAAACCAATGGGGCTTCAATCTTTTCCTATCTCTGAA
ATGGACACGACCGACGATATACACGAAGCCATGTTTGCGAAGCGAGGTTGTTGTTTCCTC
CTCCCATGTCTTGGATCATCTCAGCCTTCTGGTCCAGGTGGTAACGTATGGTGGCAACGA
ATCAGAACGGTGGATAAGTTGGAGCCCGACGAGCGTTGGTGGATCTCCGGGTGGAACAAG
ATGAGGGAGTGGTCTGAAATCTTGGCTGGCCCCAAGTGGAAGACCTTCATCCGCCGCGTT
GGCCGCACTCACTTCTGCGGCTGCGCAGGAGACGGGGGTAGTAGTAAGCCGGATCAGGTT
GGTTTCCGGTACGATTCATCGAGTTACTCGTTGAATTTTGACGACGGTAAACAGATGGGA
CATTTCGAAGACGAGTTTCCTTACCGTGATTACTCAATGAGGTTCACCGCACCGTTGTCT
CTGCCGGTCTCCACCAAATGCTCCATTGATTC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1C083JQ 668 0 0
CTCTGAAATGGACACGACCGACGATATACACGAAGCCATGTTTGCGAAGCGAGGTTGTTG
TTTCCTCCTCCCATGTCTTGGATCATCTCAGCCTTCTGGTCCAGGTGGTAACGTATGGTG
GCAACGAATCAGAACGGTGGATAAGTTGGAGCCCGACGAGCGTTGGTGGATCTCCGGGTG
GAACAAGATGAGGGAGTGGTCTGAAATCTTGGCTGGCCCCAAGTGGAAGACCTTCATCCG
CCGCGTTGGCCGCACTCACTTCTGCGGCTGCGCAGGAGACGGGGGTAGTAGTAAGCCGGA
TCAGGTTGGTTTCCGGTACGATTCATCGAGTTACTCGTTGAATTTTGACGACGGTAAACA
GATGGGACATTTCGAAGACGAGTTTCCTTACCGTGATTACTCAATGAGGTTCACCGCACC
GTTGTTTCTGCCGGTCTCCACCAAATGCTCCATTGATTCCGACAACGATCCGATGATTAA
GTAAAGGCCACACGTTTTTGTTTTTGTGGGTTGTCTTCTAACGTGCACCTATGAAAGATA
TCGGATTTTATGAAGAATTATTATTTTATACATTTTTCTTTTCTTTTCAGATTTTGTAAT
ATCATTTCACTTTGAATGCACTCAGTTTTTAGATGATAATATGTTCTCAAAGAAGTGATT
TTCCTTGC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL5886Contig1 992 2 2 U
GGGATTCAAACCCTAATCACAATCACAATGGTGCCCTCCTTGAAAGCCGTCGTCTTTGCG
AGGCAGATGGCGAAGAAGATTCGTGGCACGACGCCGTTTTCTCGCTTTCTCTCAACGGGC
GACGACAAAAAGCAGCAGAACCCGCCAGAGCCATTACCCAACAGACCCTTGCGTGGGGAG
AGATCTCCTTCCAACTCCACTAAGCCTTCTCAAACCCCTAAACTTGAAAACACACTATCC
GACCATGGCCTCCTCGAACAGTTCAAGCTTGGTGTATCCCATCAGGAAGAGGAGCAAAAG
CCCCAGGAGGAGGAAACAAGCCAGCCATTACCGGATCCTCAAGACTCGGACGAGATCTTC
AAGGCGATGAAGGAAGGAGGTCTGATTCCCAACGCTGTAGCCATGCTTGATGGGCTTTGC
AAAGATGGGCTTGTACAGGAAGCCATGAAGCTGTTCGGGACGATGCGTGACAAGGGTACA
ATCCCTGAGGTGGTTATCTACACTGCTGTTGTGGAGGGCTTTTGCAAGGCTCATAAAATC
GATGACGCTAAGAGGATTTTCAGGAAGATGCAGACCGTTGGGATCTCTCCGAATGCGTTT
AGCTATGGTGTCTTGGTTCAGGGATTGTACACTTGCAACATGCTTGACGATGCTGTTGAT
TTCTGCGTTGAGATACTCGAGTCTGGTCACTCTCCCAACATCCCCACTTTCGTTGGATTG
GTTGATGCCTTGTGCAGAGAAAAGGGCGTCGAACAAGCCCGGTCCGCTATTGACACGTTC
AGCCAGAAAGGATTTGCGGTTAATTTAAAGACCGTCAAGGAGTTTATGGAGAAAACGGCG
CCGTTTCCGTTTCTGGCTTGGGAAGCCATTTTCAAGAAGAAATCAGTCGAGAAACCTTTC
TGATTGTTGCAGTCTCCATTAGTGTGTACGTGACTTGTAGTAGCAACCCCGGGAAAAAAA
GTATAATAAAGACCTGAGTTTTCAGATTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR10TF U 1
AF RR1GR10JQ C 386
BS 1 524 RR1GR10TF
BS 525 992 RR1GR10JQ

RD RR1GR10TF 524 0 0
GGGATTCAAACCCTAATCACAATCACAATGGTGCCCTCCTTGAAAGCCGTCGTCTTTGCG
AGGCAGATGGCGAAGAAGATTCGTGGCACGACGCCGTTTTCTCGCTTTCTCTCAACGGGC
GACGACAAAAAGCAGCAGAACCCGCCAGAGCCATTACCCAACAGACCCTTGCGTGGGGAG
AGATCTCCTTCCAACTCCACTAAGCCTTCTCAAACCCCTAAACTTGAAAACACACTATCC
GACCATGGCCTCCTCGAACAGTTCAAGCTTGGTGTATCCCATCAGGAAGAGGAGCAAAAG
CCCCAGGAGGAGGAAACAAGCCAGCCATTACCGGATCCTCAAGACTCGGACGAGATCTTC
AAGGCGATGAAGGAAGGAGGTCTGATTCCCAACGCTGTAGCCATGCTTGATGGGCTTTGC
AAAGATGGGCTTGTACAGGAAGCCATGAAGCTGTTCGGGACGATGCGTGACAAGGGTACA
ATCCCTGAGGTGGTTATCTACACTGCTGTTGTGGAGGGCTTTTG

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1GR10JQ 607 0 0
TTCCCAACGCTGTAGCCATGCTTGATGGGCTTTGCAAAGATGGGCTTGTACAGGAAGCCA
TGAAGCTGTTCGGGACGATGCGTGACAAGGGTACAATCCCTGAGGTGGTTATCTACACTG
CTGTTGTGGAGGGCTTTTGCAAGGCTCATAAAATCGATGACGCTAAGAGGATTTTCAGGA
AGATGCAGACCGTTGGGATCTCTCCGAATGCGTTTAGCTATGGTGTCTTGGTTCAGGGAT
TGTACACTTGCAACATGCTTGACGATGCTGTTGATTTCTGCGTTGAGATACTCGAGTCTG
GTCACTCTCCCAACATCCCCACTTTCGTTGGATTGGTTGATGCCTTGTGCAGAGAAAAGG
GCGTCGAACAAGCCCGGTCCGCTATTGACACGTTCAGCCAGAAAGGATTTGCGGTTAATT
TAAAGACCGTCAAGGAGTTTATGGAGAAAACGGCGCCGTTTCCGTTTCTGGCTTGGGAAG
CCATTTTCAAGAAGAAATCAGTCGAGAAACCTTTCTGATTGTTGCAGTCTCCATTAGTGT
GTACGTGACTTGTAGTAGCAACCCCGGGAAAAAAAGTATAATAAAGACCTGAGTTTTCAG
ATTATCC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

CO CL5887Contig1 797 2 4 U
CTCCCACACTCTGGGGGGGTTAACAACTGGACCATCAAGACCGCACTCGTGTTCCTCCCA
CCCTTCAAGCGCATGTACTATCCCACCAACTCTCCATGCGCTCATCAATCTCCTCCCCAG
CCAGTTCTCACAAGAATCGATGTTTTGAGCAGAGTCAGGGATGATCATAGCCGGAGTGGT
ATGGTAAAAGCAGTCCTTTCGAAGTTGAATAGGAGGAAACTGTGAGAAAGGAAAAAAACG
AGTTCCTTTTGTTGCCATCTTCTGCTCTTCTTTGCTTAACCCATCTCCCACCAACCAAAT
CATTGGGGAGTAATCGGTTGTGAGCACCAGATTTTCTTTACAATGCCCGCCAAGGTATCC
GGCTAGCATGCAATGCTCTTCCTCACATAACATCATCACCTTGATGCCATTTTGGCAAAG
AGAAGTGACAATGGCACGAGCAACTTCTGTGATTTTTCCTCGAAAGAGAACTTCTCTAGT
GCCAATGGGAATACTATGGACCACCACCTCAGCTGCAAGACTGCTACCGTCTACTATCCT
TATCTTTAGCTTTGGGTGCTTCCTTAAATACATTTCTCCGTAGCCATTTAATTCTTCTCC
CTGGTTCAATAGCCCCAAACTCATTACTTTCACACTCCTCTTGTCCGCTTCAATGATAGC
CGTCTCTATCATTTTGTTGATAGATTCTTTACACTGCTGCGATATGTAATGAGAGGAGAA
CTTGGGAAGGAAGTGGGAGTGAATGGTGAGATCACGGAAGCGGTTTCTCTCAAAGACAAA
GGTTCGGGAAGAGAATC


BQ
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AF RR1GF82JQ U 1
AF RR1EE94TF C 31
BS 1 107 RR1GF82JQ
BS 108 108 RR1EE94TF
BS 109 328 RR1GF82JQ
BS 329 797 RR1EE94TF

RD RR1GF82JQ 328 0 0
CTCCCACACTCTGGGGGGGTTAACAACTGGACCATCAAGACCGCACTCGTGTTCCTCCCA
CCCTTCAAGCGCATGTACTATCCCACCAACTCTCCATGCGCTCATCACTCTCCTCCCCAG
CCAGTTCTCACAAGAATCGATGTTTTGAGCAGAGTCAGGGATGATCATAGCCGGAGTGGT
ATGGTAAAAGCAGTCCTTTCGAAGTTGAATAGGAGGAAACTGTGAGAAAGGAAAAAAACG
AGTTCCTTTTGTTGCCATCTTCTGCTCTTCTTTGCTTAACCCATCTCCCACCAACCAAAT
CATTGGGGAGTAATCGGTTGTGAGCACC

QA 1 328 1 328
DS 

RD RR1EE94TF 767 0 0
ACCATCAAGACCGCACTCGTGT*CCTCCCACC*TTCAAGCGCATGTACTATCCCACCAAC
TCTCCATGCGCTCATCAATCTCCTCCCCAGCCAGTTCTCACAAGAATCGATGTTTTGAGC
AGAGTCAGGGATGATCATAGCCGGAGTGGTATGGTAAAAGCAGTCCTTTCGAAGTTGAGT
AGGAGGAAACTGTGAGAAAGGAAGAAAACGAGTTCCTTTTGTTGCCATCTTCTGCTCTTC
TTTGCTTAGCCCATCTCCCACCAACCAAATCATTGGGGAGTAATCGGTTGTGAGCACCAG
ATTTTCTTTACAATGCCCGCCAAGGTATCCGGCTAGCATGCAATGCTCTTCCTCACATAA
CATCATCACCTTGATGCCATTTTGGCAAAGAGAAGTGACAATGGCACGAGCAACTTCTGT
GATTTTTCCTCGAAAGAGAACTTCTCTAGTGCCAATGGGAATACTATGGACCACCACCTC
AGCTGCAAGACTGCTACCGTCTACTATCCTTATCTTTAGCTTTGGGTGCTTCCTTAAATA
CATTTCTCCGTAGCCATTTAATTCTTCTCCCTGGTTCAATAGCCCCAAACTCATTACTTT
CACACTCCTCTTGTCCGCTTCAATGATAGCCGTCTCTATCATTTTGTTGATAGATTCTTT
ACACTGCTGCGATATGTAATGAGAGGAGAACTTGGGAAGGAAGTGGGAGTGAATGGTGAG
ATCACGGAAGCGGTTTCTCTCAAAGACAAAGGTTCGGGAAGAGAATC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL5888Contig1 1059 2 2 U
GGAAGTGTTGAAAGAGATGAGTTCGTCTACACCTCTTAGACTCCTCTCCCATACACCTTC
CTTGCTTCCTCCTTATCCTTCGCCACCATTCAAATCATCGCTAAACCCTAATTTCATTCG
CTGCTCCTCCTCTTCTACCACCACCACCACCTCGTGTTCTTCTTCCCAGTGTCAGTTTTT
CCCTGTGCGAAGTCAGCGATTCAGATCCTACTCTCCGTCTATTCCCATGTGCTTGCCTAA
AGGCCAAGACAACTTAGATATTTGGAGAAATGAAGATGATCTTGTTACATGTGGGCTTGA
ATCAGATGAAGATTCCGGGGGGCTTCGGATTCCAACTCAGGCTCAGGCTATAGTTGAAGG
CTCTGGTTCAGTTGCTGTCTCAGAGCTTAAACCCGCCGCTGATGTAGATTACATACAAGA
GCTATTGGCGATACAGCAACAAGGGCCTAGATCAATTGGCTTCTTTGGTACAAGGAACAT
GGGTTTCATGCATCAGGAACTCATCGAGATACTTACTACGCCATGGTTATTACAAAAAAC
CATATATACACTTCAGGTGCATCTGGAACCAATGCGGCTGTTATCAGAGGTGCATTGCGA
GCAGAGAGACCAGAGCTTCTTACGGTGATTTTACCTCAAAGTTTGAAAAAACAACCTCAT
GAGAGCCAAGAACTCTTGTCTAAAGTACAAAACGTCGTAGAAAAGCCATATAATGATCAT
TTGCCATTACTAGAAGCCAGCAGGCTGTGTAATATGGACATCATATCACAAGTACAGCAA
GTAATATGCTTTGCGTTTCATGACAGTAAGCTTCTCATGGAGACATGTCAAGAAGCTAAA
AATCTCCGCAAGATTGTCACACTCTTCTACCTTGATTGATTCCACTATATCTTATTCAAG
GAACAGACAAGTAGTTGTAAATTGTGAATCTCATCAAAAAAAAACATAGGATTCATTCTT
TTGTCTAAATTATGATTTTATAGGATTTTTATTTCTCAAGCTTTGTAACTTCACATGATA
ACATTGTTTCTATGCATTTCAAGTTATTTGAGCTTAATT


BQ
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AF RR1GU95TF U 1
AF RR1GU95JQ C 430
BS 1 539 RR1GU95TF
BS 540 1059 RR1GU95JQ

RD RR1GU95TF 539 0 0
GGAAGTGTTGAAAGAGATGAGTTCGTCTACACCTCTTAGACTCCTCTCCCATACACCTTC
CTTGCTTCCTCCTTATCCTTCGCCACCATTCAAATCATCGCTAAACCCTAATTTCATTCG
CTGCTCCTCCTCTTCTACCACCACCACCACCTCGTGTTCTTCTTCCCAGTGTCAGTTTTT
CCCTGTGCGAAGTCAGCGATTCAGATCCTACTCTCCGTCTATTCCCATGTGCTTGCCTAA
AGGCCAAGACAACTTAGATATTTGGAGAAATGAAGATGATCTTGTTACATGTGGGCTTGA
ATCAGATGAAGATTCCGGGGGGCTTCGGATTCCAACTCAGGCTCAGGCTATAGTTGAAGG
CTCTGGTTCAGTTGCTGTCTCAGAGCTTAAACCCGCCGCTGATGTAGATTACATACAAGA
GCTATTGGCGATACAGCAACAAGGGCCTAGATCAATTGGCTTCTTTGGTACAAGGAACAT
GGGTTTCATGCATCAGGAACTCATCGAGATACTTACTACGCCATGGTTATTACAAAAAA

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR1GU95JQ 630 0 0
GATACAGCAACAAGGGCCTAGATCAATTGGCTTCTTTGGTACAAGGAACATGGGTTTCAT
GCATCAGGAACTCATCGAGATACTTACTACGCCATGGTTATTACAAAAAACCATATATAC
ACTTCAGGTGCATCTGGAACCAATGCGGCTGTTATCAGAGGTGCATTGCGAGCAGAGAGA
CCAGAGCTTCTTACGGTGATTTTACCTCAAAGTTTGAAAAAACAACCTCATGAGAGCCAA
GAACTCTTGTCTAAAGTACAAAACGTCGTAGAAAAGCCATATAATGATCATTTGCCATTA
CTAGAAGCCAGCAGGCTGTGTAATATGGACATCATATCACAAGTACAGCAAGTAATATGC
TTTGCGTTTCATGACAGTAAGCTTCTCATGGAGACATGTCAAGAAGCTAAAAATCTCCGC
AAGATTGTCACACTCTTCTACCTTGATTGATTCCACTATATCTTATTCAAGGAACAGACA
AGTAGTTGTAAATTGTGAATCTCATCAAAAAAAAACATAGGATTCATTCTTTTGTCTAAA
TTATGATTTTATAGGATTTTTATTTCTCAAGCTTTGTAACTTCACATGATAACATTGTTT
CTATGCATTTCAAGTTATTTGAGCTTAATT

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL5889Contig1 897 2 4 U
GGAAACGAACTTTGATTCCTTTTGTGATCCACTGATCTGAAAGCAAAGGAAAAAAGAGAG
AACAAATGGCGTTTACAGGGACATTAGACAAATGCAAGGCGTGTGACAAGACGGTATACG
CTATGGATCTGATGACTTTGGAAGGTATGCCTTACCACAAGTCATGCTTCAGGTGCAGCC
ATTGCAATGGCACTCTCGTGATTAGTAACTACTCATCCATGATGGAGTTCTATACTGCAA
GCCCCATTTTGAACAGCTCTTCAAAGAATCTGGAAACTTCAGCAAGAATTTTCAGACAGG
AAAGACCGATAAATCGAATGAAATGGTATGCACATATATTTCCTCTGTTTTTGTTTCTCC
TCCCTTATCTTTTTCAAAAATACGATTTTTATGTTTTGAATCTAGACTAGGGCTCCAAGC
AAGTTATCATCCTTCTTTAGCGGAACACAAGACAAATGTGCAGCTTGTAAGAAAACTGTT
TATCCTCTAGAGAAGATCACAATGGAAGGAGAATCTTACCACAAGACTTGCTTTAGATGT
GCAACCGGTGGTTGTCCATTAACACATTCTTCATATGTTGCTCTCAATGGCATCCTTTAC
TGTAAGGTCCATTTCAATCAGCTTTTCCTAGAGAAAGGTAAATACAATCATGTCCTTCAA
GCCGCTGCTAACCACAAACGCACACCTGATGAAGACAAAACTGAACCCAACGAAAATGAA
GCAAACCCTACAGAAGAAGAAGCTTTTGGTGCAGTCCCGGAAGCAGGTGAAGAACATCAT
GAGTCCTAAGTTAATGTTGGTCCTATACACATACAGTTTTTACATTTTAACATGGTCAAA
AACATTTTTAGGTTAATCCTTAATAAATATTTTTGACAATTTGGGAACCATATGATT


BQ
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AF RR1AF38TF U 1
AF RR1AF38JQ C 577
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BS 736 897 RR1AF38JQ

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AAGTTATCATCCTTCTTTAGCGGAACACAAGACAAATGTGCAGCTTGTAAGAAAACTGTT
TATCCTCTAGAGAAGATCACAATGGAAGGAGAATCTTACCACAAGACTTGCTTTAGATGT
GCAACCGGTGGTTGTCCATTAACACATTCTTCATATGTTGCTCTCAATGGCATCCTTTAC
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GCCGCTGCTAACCACAAACGCACACCTGATGAAGACAAAACTGAACCCAACGAAAATGAA
GCAAACCCTACAGAA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1AF38JQ 321 0 0
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AAAACTGAACCCAACGAAAATGAAGCAAACCCTACAGAAGAAGAAGCTTTTGGTGCAGTC
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TTTTTACATTTTAACATGGTCAAAAACATTTTTAGGTTAATCCTTAATAAATATTTTTGA
CAATTTGGGAACCATATGATT

QA 1 321 1 321
DS 



AS 1 2

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AACCCTATAAAATACTGTCATCCTTTCAGTTTCAGATTTCTTTATTTTCTCGTTCATTGG
ACACTGAATGTGATACAAGAAAAAAGGTTTAAAAGTTAGATCGATGGAGGTTGTTGTTCT
TGCATCCAACAAGAGAATTCTGTTTCTAATCTTTCTGGTTTCTGTGGTCCTCTTTCGGAG
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BQ
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AF RR1DU26JQ C 1
AF RR1DU26TF U 1
BS 1 459 RR1DU26TF

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GCTATTGTAACTTTTTTAGTATCTCTATTTCATTTTCTTGTATGGTCCTCCTGTCATCTT
AACCCTATAAAATACTGTCATCCTTTCAGTTTCAGATTTCTTTATTTTCTCGTTCATTGG
ACACTGAATGTGATACAAGAAAAAAGGTTTAAAAGTTAGATCGATGGAGGTTGTTGTTCT
TGCATCCAACAAGAGAATTCTGTTTCTAATCTTTCTGGTTTCTGTGGTCCTCTTTCGGAG
TCAGAAGTTTACACATGTTTCAGCCGTTAACTACACCAAAACACATAGACAAGTCAGTAG
CCTGAGAGCTGAGAGGATCCAAAACCACTTGACCAAGATCAACAAGCCTCCTGTCTTCAC
CATCCAGAGTCCAGATGGTGATGTAATAGATTGTATACC

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1DU26TF 459 0 0
GTCCTCATTTATAACAAACCCATTTATATACATAGTTTACATTTTTATATATTTGGACTC
GCTATTGTAACTTTTTTAGTATCTCTATTTCATTTTCTTGTATGGTCCTCCTGTCATCTT
AACCCTATAAAATACTGTCATCCTTTCAGTTTCAGATTTCTTTATTTTCTCGTTCATTGG
ACACTGAATGTGATACAAGAAAAAAGGTTTAAAAGTTAGATCGATGGAGGTTGTTGTTCT
TGCATCCAACAAGAGAATTCTGTTTCTAATCTTTCTGGTTTCTGTGGTCCTCTTTCGGAG
TCAGAAGTTTACACATGTCTCAGCCGTTAACTACACCAAAACACATAGACAAGTCAGTAG
CCTGAGAGCTGAGAGGATCCAAAACCACTTGACCAAGATCAACAAGCCTCCTGTCTTCAC
CATCCAGAGTCCAGATGGTGATGTAATAGATTGTATACC

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 2

CO CL5891Contig1 1189 2 2 U
GATACCATGTCGACCAACGAACCCGTCACTACCGGTGAGAATACCGATTTTCAAGGAGAC
TCTTCAATTAGAGATCATCCCCGCCCATTTGACGGTTTTGATTTACCCACTGATCGTTCA
ATATATTCTTATGGGTTGAGACACTTTGAGTACGCGCGGCACTGGTACCCTTCACATTGC
GCCCTTGTTAAGGTCTATGCGGAGCTGGGACTTCACCGGTACAATCTATTAGAGGGGACT
AACTACCAGTTCGCTTGCTTAAAAACTTACAACACGCGTAGGAATAGAACCGGCGCTGCC
CCGTTCTACCTTACCCTGTTTGCACTCAATCCAGATTCTGGTGATCTGCTCTGTTTCCAT
GCGCTTGTTAGTGAAAACCGCATCGGCCGTTTAGATATCTCGGTCCCGATATCTAGACTC
AAAGGTTCACAGGAGCCGCCTCGACTTTGCCGACCAAACTACACAATAGGTAGTCGCGCT
CTACCTCGCTGGCCCTCTCCCGAGATGTTTGACCAGCGGCGTTTTTACATGTTGAATGAA
CACGAGGTGCGGAACACCGATTGGGTTCGTTTGTATTTAGATCTTGTACACAGTACCTGC
GATAGGGGTCTGACTCAGAGCGGACTCTCTGATTTCTACATTGAGAAAGTGGCCATCCGA
AGTCTCAGTGATGCGGAGGAGCCGCCGAGACTCGACTCCAAGAGCGCTGTCATCTACATG
GTCTACAAAGACTTGGCCAAGGATCGGCTTGGTGAGCCGTGTTACCGCAAAGCCATCATT
AGACGTAGATACGATGAGTCTTCAGGATCATTAACTTTCCAGGGTAAGCATTGGAGCTTT
TCTGAGGAGGAGGAGAAGAAGAAGAAAGAAAAGGAGAAGAAGAGATTTGAACTGATCAGG
AAACGTTTAGGTGTTCACGGAGTCTGGCGTTTGGGCGGGCTCGATTTTTACAGGAAACGT
GGCATCCGCTCTTCTTCGCGCACTTGTTGATCAGTGATTTATCCGAGTACTCCTACTACA
ACTTCTATGTTATTTTGTGCTTTTTGTGATCTTAAGTGGATCTGTCTTCGCACGTTGTTT
AGTTCAGCACTTATGTCTTGACTATTTTTTCTTACAAAAAAAATTTGACTTTGTTATGCA
TTCATCTATTTTTTTGTCGTATTATGTCTGCAATTTGATAAAAAGACTG


BQ
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AF RR1A433TF U 1
AF RR1A433JQ C 343
BS 1 767 RR1A433TF
BS 768 1189 RR1A433JQ

RD RR1A433TF 767 0 0
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TCTTCAATTAGAGATCATCCCCGCCCATTTGACGGTTTTGATTTACCCACTGATCGTTCA
ATATATTCTTATGGGTTGAGACACTTTGAGTACGCGCGGCACTGGTACCCTTCACATTGC
GCCCTTGTTAAGGTCTATGCGGAGCTGGGACTTCACCGGTACAATCTATTAGAGGGGACT
AACTACCAGTTCGCTTGCTTAAAAACTTACAACACGCGTAGGAATAGAACCGGCGCTGCC
CCGTTCTACCTTACCCTGTTTGCACTCAATCCAGATTCTGGTGATCTGCTCTGTTTCCAT
GCGCTTGTTAGTGAAAACCGCATCGGCCGTTTAGATATCTCGGTCCCGATATCTAGACTC
AAAGGTTCACAGGAGCCGCCTCGACTTTGCCGACCAAACTACACAATAGGTAGTCGCGCT
CTACCTCGCTGGCCCTCTCCCGAGATGTTTGACCAGCGGCGTTTTTACATGTTGAATGAA
CACGAGGTGCGGAACACCGATTGGGTTCGTTTGTATTTAGATCTTGTACACAGTACCTGC
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AGTCTCAGTGATGCGGAGGAGCCGCCGAGACTCGACTCCAAGAGCGCTGTCATCTACATG
GTCTACAAAGACTTGGCCAAGGATCGGCTTGGTGAGCCGTGTTACCG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1A433JQ 847 0 0
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GTCCCGATATCTAGACTCAAAGGTTCACAGGAGCCGCCTCGACTTTGCCGACCAAACTAC
ACAATAGGTAGTCGCGCTCTACCTCGCTGGCCCTCTCCCGAGATGTTTGACCAGCGGCGT
TTTTACATGTTGAATGAACACGAGGTGCGGAACACCGATTGGGTTCGTTTGTATTTAGAT
CTTGTACACAGTACCTGCGATAGGGGTCTGACTCAGAGCGGACTCTCTGATTTCTACATT
GAGAAAGTGGCCATCCGAAGTCTCAGTGATGCGGAGGAGCCGCCGAGACTCGACTCCAAG
AGCGCTGTCATCTACATGGTCTACAAAGACTTGGCCAAGGATCGGCTTGGTGAGCCGTGT
TACCGCAAAGCCATCATTAGACGTAGATACGATGAGTCTTCAGGATCATTAACTTTCCAG
GGTAAGCATTGGAGCTTTTCTGAGGAGGAGGAGAAGAAGAAGAAAGAAAAGGAGAAGAAG
AGATTTGAACTGATCAGGAAACGTTTAGGTGTTCACGGAGTCTGGCGTTTGGGCGGGCTC
GATTTTTACAGGAAACGTGGCATCCGCTCTTCTTCGCGCACTTGTTGATCAGTGATTTAT
CCGAGTACTCCTACTACAACTTCTATGTTATTTTGTGCTTTTTGTGATCTTAAGTGGATC
TGTCTTCGCACGTTGTTTAGTTCAGCACTTATGTCTTGACTATTTTTTCTTACAAAAAAA
ATTTGACTTTGTTATGCATTCATCTATTTTTTTGTCGTATTATGTCTGCAATTTGATAAA
AAGACTG

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 2

CO CL5892Contig1 1010 2 6 U
GGAGCCAGGGACCGTACAAGGTTACGGTCAAGCTTTCATCTTCTCTGAAGATCAGAAGCT
TGATTGGTGCAACATGTTTGCTCTTGGTGTTCATCCTCCTTCTATTCGCAACCCCAAACT
ATGGCCTTCTAAACCGGCCCGGTTCAGTGAAAATCTTGAAGGTTACTCAAAAGAGATAAG
GAAATTATGCAAGAGGTTGTTGAAGTACATAGCAATAAGCTTGGATCTAAAGGAAGAGAA
ATTTGAAGAAATGTTTGGGGAAGCAGTGCAAGCAGTAAGGATGAACTATTACCCACCATG
TTCACGTCCTGATCTTGTCTTGGGACTCAGCCCACATTCTGATGGCAGTGCTCTCACTGT
TCTTCAACAGAGTAAGAACAGCTGTGTTGGGCTTCAGATCCTCAAGGACAACACTTGGGT
CCCTGTACTACCTCTTCCCAATGCCCTTGTCATCAACATTGGTGATACAATTGAGGTGTT
AACTAATGGGAAGTACAAGAGTGTAGAGCATAGAGCAGTGACAAACAGAGAAAGGGAGAG
GCTTACCATAGTGACATTCTATGCACCAAACTACGAGGTTAAAATAGAGCCAATGGGTGA
GTTGGTTGATGATGAAACCAACCCATGCAAGTATAGAAGCTACAATCATGGTGACTATAG
TTATCACTATGTCTCCAACAAGCTCCAAGGCAAGAAGTCACTTGATTTTGCCAAGATTCT
CAATTAACTATATTATTTTCACACCCCTTTCCCCTTCCATTAACTAGTTACCACTTAATT
TGTTTTAATTTTAAGAATTTAGTTGTGGGACTCTTGTGAGTATAATGTACAGGAATGTTT
CCCACTTAGGGGGTTTAGTGTCATGATTAAATCCCCCAATGTAACTACAACTTGTAATAT
ATTATGTGTGTGTGTGTATGGTGGAGTTGGGTGTGTTTATGTGTTCATATGTATGCCGAG
AAGGAACATAAAGAATAAGAAAGAACAAGATCAGATCCATGTTTATGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C305TF U 1
AF RR1C305JQ C 261
BS 1 689 RR1C305TF
BS 690 690 RR1C305JQ
BS 691 722 RR1C305TF
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BS 724 732 RR1C305TF
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RD RR1C305TF 732 0 0
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TGATTGGTGCAACATGTTTGCTCTTGGTGTTCATCCTCCTTCTATTCGCAACCCCAAACT
ATGGCCTTCTAAACCGGCCCGGTTCAGTGAAAATCTTGAAGGTTACTCAAAAGAGATAAG
GAAATTATGCAAGAGGTTGTTGAAGTACATAGCAATAAGCTTGGATCTAAAGGAAGAGAA
ATTTGAAGAAATGTTTGGGGAAGCAGTGCAAGCAGTAAGGATGAACTATTACCCACCATG
TTCACGTCCTGATCTTGTCTTGGGACTCAGCCCACATTCTGATGGCAGTGCTCTCACTGT
TCTTCAACAGAGTAAGAACAGCTGTGTTGGGCTTCAGATCCTCAAGGACAACACTTGGGT
CCCTGTACTACCTCTTCCCAATGCCCTTGTCATCAACATTGGTGATACAATTGAGGTGTT
AACTAATGGGAAGTACAAGAGTGTAGAGCATAGAGCAGTGACAAACAGAGAAAGGGAGAG
GCTTACCATAGTGACATTCTATGCACCAAACTACGAGGTTAAAATAGAGCCAATGGGTGA
GTTGGTTGATGATGAAACCAACCCATGCAAGTATAGAAGCTACAATCATGGTGACTATAG
TTATCACTATGTCTCCAACAAGCTCCAAG*CAAGAAGTCACTTGATTTTGCCAAGATTCT
CA*TTAACTATA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1C305JQ 750 0 0
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TGGGACTCAGCCCACATTCTGATGGCAGTGCTCTCACTGTTCTTCAACAGAGTAAGAACA
GCTGTGTTGGGCTTCAGATCCTCAAGGACAACACTTGGGTCCCTGTACTACCTCTTCCCA
ATGCCCTTGTCATCAACATTGGTGATACAATTGAGGTGTTAACTAATGGGAAGTACAAGA
GTGTAGAGCATAGAGCAGTGACAAACAGAGAAAGGGAGAGGCTTACCATAGTGACATTTT
ATGCACCAAACTACGAGGTTAAAATAGAGCCAATGGGTGAGTTGGTTGATGATGAAACCA
ACCCATGCAAGTATAGAAGCTACAATCATGGTGACTATAGTTATCACTATGTTTCCAACA
AGCTCCAAGGCAAGAAGTCACTTGATTTTGCCAAGATTCTCAATTAACTATATTATTTTC
ACACCCCTTTCCCCTTCCATTAACTAGTTACCACTTAATTTGTTTTAATTTTAAGAATTT
AGTTGTGGGACTCTTGTGAGTATAATGTACAGGAATGTTTCCCACTTAGGGGGTTTAGTG
TCATGATTAAATCCCCCAATGTAACTACAACTTGTAATATATTATGTGTGTGTGTGTATG
GTGGAGTTGGGTGTGTTTATGTGTTCATATGTATGCCGAGAAGGAACATAAAGAATAAGA
AAGAACAAGATCAGATCCATGTTTATGTCG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5894Contig1 1013 2 2 U
GGGCAATGGAAGCGAGATTCATCAACCAAATTCAAATCCCGAAAAACCCTAATCGCAGAT
TCACTCGTCCTCCCCACGATTTCCCGCGCTTTATCAGAGCTTCTTCTTCAACCTCACAGG
AGCCGAAAAGCTACAGAGGTCCGAAACCGAGCAAGAACTTGGTGGCTGATTTCGTTGCCA
GGAACGATGACTCGGTCCGGAGCTTGCCTATCTACGTCGGAGGCGCTTCCCTCTTGGCCG
TTCTCTTCAATCGCGCTCTTTCCGGTATCGCTCCTGTTGCCGATGCCAGCAGCTCACAGT
CAAGAGCGGATCTACTGGCGCTTGGGTTGGCAGTAACCAATTTATTGACCGGTTTAGTCT
GGTTATCGATCCGACCGAAGACCATAACACCAGTGGAACCTGAAGGTGTGGACTGCAAAG
TCTTGGAACCCAATCTTCCTGCAACAATAGTCTCCGAGTTGTTATGGGCTGGGGAATCTC
TTAAGGTGGCAACATGTTGTAAGTCTCTGGTTATTGTCTACAATGGCATCTGCCTTATTC
AAATCGGGATGGCTGCTAAATCACCAGAAGATAAGAAAGCAGTCGTTGTAAACAGTGATA
AGCTGATGACAGGATCGGTTTACCGAGGGGTAATGAAATCAAAAGCACAAAGTTACTTGG
CAAATCTTTCTCTTTATCCTGGGAGATCAGAGCTACCATTTCTGCCTCCAAATACTCAGG
CGGTGATTTTGCAGCCTCTTGGTGATAAAGGAGTTGCAGTTATCGGCGGAAACACTATTA
GAGGCTTCACTTCTTCAGACCAGGCATGGATATCTTCAGTTGGGGAGAAGCTAGATGCGA
CATTAGGGAGATGTTTTATTGATTCGAATGAGAGTTCCCAAGAAACAGATCAGTAAAGGT
AACACAAACAATGTAAAGAACTTTGATCATGTGTTTACACAAAGTGGAAATGTAAAAATA
GCTTCAAAGAAATCATGAACTAAACACTTATACATCAGCTTAGAGTTCAATGT


BQ
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AF RR1GO89TF U 1
AF RR1GO89JQ C 305
BS 1 577 RR1GO89TF
BS 578 1013 RR1GO89JQ

RD RR1GO89TF 577 0 0
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TCACTCGTCCTCCCCACGATTTCCCGCGCTTTATCAGAGCTTCTTCTTCAACCTCACAGG
AGCCGAAAAGCTACAGAGGTCCGAAACCGAGCAAGAACTTGGTGGCTGATTTCGTTGCCA
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TTCTCTTCAATCGCGCTCTTTCCGGTATCGCTCCTGTTGCCGATGCCAGCAGCTCACAGT
CAAGAGCGGATCTACTGGCGCTTGGGTTGGCAGTAACCAATTTATTGACCGGTTTAGTCT
GGTTATCGATCCGACCGAAGACCATAACACCAGTGGAACCTGAAGGTGTGGACTGCAAAG
TCTTGGAACCCAATCTTCCTGCAACAATAGTCTCCGAGTTGTTATGGGCTGGGGAATCTC
TTAAGGTGGCAACATGTTGTAAGTCTCTGGTTATTGTCTACAATGGCATCTGCCTTATTC
AAATCGGGATGGCTGCTAAATCACCAGAAGATAAGAA

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1GO89JQ 709 0 0
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ATCGATCCGACCGAAGACCATAACACCAGTGGAACCTGAAGGTGTGGACTGCAAAGTCTT
GGAACCCAATCTTCCTGCAACAATAGTCTCCGAGTTGTTATGGGCTGGGGAATCTCTTAA
GGTGGCAACATGTTGTAAGTCTCTGGTTATTGTCTACAATGGCATCTGCCTTATTCAAAT
CGGGATGGCTGCTAAATCACCAGAAGATAAGAAAGCAGTCGTTGTAAACAGTGATAAGCT
GATGACAGGATCGGTTTACCGAGGGGTAATGAAATCAAAAGCACAAAGTTACTTGGCAAA
TCTTTCTCTTTATCCTGGGAGATCAGAGCTACCATTTCTGCCTCCAAATACTCAGGCGGT
GATTTTGCAGCCTCTTGGTGATAAAGGAGTTGCAGTTATCGGCGGAAACACTATTAGAGG
CTTCACTTCTTCAGACCAGGCATGGATATCTTCAGTTGGGGAGAAGCTAGATGCGACATT
AGGGAGATGTTTTATTGATTCGAATGAGAGTTCCCAAGAAACAGATCAGTAAAGGTAACA
CAAACAATGTAAAGAACTTTGATCATGTGTTTACACAAAGTGGAAATGTAAAAATAGCTT
CAAAGAAATCATGAACTAAACACTTATACATCAGCTTAGAGTTCAATGT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5896Contig1 1018 2 4 U
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TTCGCAGTCACCTTGTCGAGGATCAATAATCTCCGATTTCATCCTCCCGCCGAAGTCCCG
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GCGATCCAGTTTCTTCGATCTGGACGAAGAATTCGAGGCTGATTTCAAAGGGTTCAAGGA
TGATGATTATTCTTCTTTTGACTGCGAAGATGAAACCTTCGTGGATGTGAAGAAGCCCTT
TTTCTTCACTGCACCTACCAAACTCGTAGCTTCCCGTCCAACCACCTTTGCCACCACTGC
TATGGTTCATGAGAAGAATCTTTTGTAGCTTGAATCCATAAAAAATCAGTCAAAGATGAA
ACCCAATTCTTCTGTTCTCTGTAAACGCTAGCTCTCAGTTCTGTGGAGTAGCGGAGATAA
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AGTTCCCGGTGAAGTGGCACACCATCAAAGACGTTCCGAACAGTCAGTTCCGCCACATTA
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GAGTTCACTGTTGTTATGTTTTAGGATTTTGTATCAATCGCTGAAAATTGTTGGGTTT


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AF RR1GL57TF U 1
AF RR1GL57JQ C 302
BS 1 739 RR1GL57TF
BS 740 740 RR1GL57JQ
BS 741 755 RR1GL57TF
BS 756 1018 RR1GL57JQ

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TTCGCAGTCACCTTGTCGAGGATCAATAATCTCCGATTTCATCCTCCCGCCGAAGTCCCG
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GCGATCCAGTTTCTTCGATCTGGACGAAGAATTCGAGGCTGATTTCAAAGGGTTCAAGGA
TGATGATTATTCTTCTTTTGACTGCGAAGATGAAACCTTCGTGGATGTGAAGAAGCCCTT
TTTCTTCACTGCACCTACCAAACTCGTAGCTTCCCGTCCAACCACCTTTGCCACCACTGC
TATGGTTCATGAGAAGAATCTTTTGTAGCTTGAATCCATAAAAAATCAGTCAAAGATGAA
ACCCAATTCTTCTGTTCTCTGTAAACGCTAGCTCTCAGTTCTGTGGAGTAGCGGAGATAA
TAGGACCTGTGGATTTTGAGAAGAGCGTTGATTACTGGCAACAAGACAAATGGAACGGAC
AGTTCCCGGTGAAGTGGCACACCATCAAAGACGTTCCGAACAGTCAGTTCCGCCACATTA
TATTGGAGAACAATGACAATAAGCCTGTGACGAACACTCGAGACACTCAAGAAGTGAAAC
TAGAAGGCATTGAGATGCTGAAGATTTTCAAGAACTACGATGCTGAGACTTCAATCTTGG
ATGATTTTGGGTTTTATGA*GAGAGGGAGAAGATA
TTCAAGACGGAGGCA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1GL57JQ 717 0 0
TTCTTCACTGCACCTACCAAACTCGTAGCTTCCCGTCCAACCACCTTTGCCACCACTGCT
ATGGTTCATGAGAAGAATCTTTTGTAGCTTGAATCCATAAAAAATCAGTCAAAGATGAAA
CCCAATTCTTCTGTTCTCTGTAAACGCTAGCTCTCAGTTCTGTGGAGTAGCGGAGATAAT
AGGACCTGTGGATTTTGAGAAGAGCGTTGATTACTGGCAACAAGACAAATGGAACGGACA
GTTCCCGGTGAAGTGGCACACCATCAAAGACGTTCCGAACAGTCAGTTCCGCCACATTAT
ATTGGAGAACAATGACAATAAGCCTGTGACGAACACTCGAGACACTCAAGAAGTGAAACT
AGAAGGCATTGAGATGCTGAAGATTTTCAAGAACTACGATGCTGAGACTTCAATCTTGGA
TGATTTTGGGTTTTATGAAGAGAGGGAGAAGATAATTCAAGAACGGAAGGCAAGAAGGCA
GCCAAGCTTGCCATCTACAGGAGAGTAGGAGAAAACGAACATAAACCCGCTGCTGCTGCT
GCATTGCAGACAGACTTTATCAAGAACATGTCTAAAAGTTTTGCTCAAGTCGTCCGCTTG
GAGGAGGGAAGTTTTACACTGTGTTATAAATTTCATGGTATTCAGTTTCCAGCTTCATAG
AGTTCACTGTTGTTATGTTTTAGGATTTTGTATCAATCGCTGAAAATTGTTGGGTTT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL5897Contig1 937 2 2 U
GGGACCGAACCTTTTCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTTATTT
GTTCGCGTCGGGAAAATGGGGAAATACATGAGGAAGAGCAAACTCGATAGAGAAGCTATA
TCATCTTTGATGGATGTTTCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCGCTCGGTGTTCTC
ACTCGAGCTAAGTCATTGGCTCTCCTTCAAAAACAGCTACCAACTTCATTTGAGGAGTTT
CAGGACAGTGAAAGGAGCACAAGGGAATCCACACCATGCACTTTGAAAAGAGAGGCTGAG
ATCAACACAAGCCTGGGATCATCCACAAAGCTTAACCATGGTATTAGTGACAACAGCGAC
CAAGAAAAAATAGTTTGTCAGGCAGTCACCGTCCAACTACATCTGATATGGACAGTTTTC
TCGGGTGCTGAAGAAGAACAACAAAGGCAGTTCATTGAAAAGTACAACTTTGACCCTGTC
AACGAACAACCACTCCCAGGAAGGTTTGAATGGGAGAAGATAGATAATTGATAGAAGGGA
TTAATAGTTAATACTTAAATACATAGTTTAGTTACATTTTCATGCTAATCATCAGTTTGA
TCTTTATATCCATCATCCGTTTCTTAACCTTTTTCCAACATGTAAATAAGTTAGGATAAA
AAAGAAAGGTCCATGTAGCGTTTTCAAATTGGTGTCTGTAACATAAGTGGGTGTAAAGGG
GTTTGTGTAACACATAACTGATACCAGCCCCTTTTAAGACTAAACAGATCACCTTAGTAG
TAGTAGCGTTTAGGGGGTTAAAGTTATGTCGGCTAATGGGTAGTGTGAGTCTTGCATTCT
CTTGTAACTCTGTCATGTAAAACCATTTTTAAATCTATCCTTTTTGTGTGTAAACATAAC
ATGTACTCATCATCTCAATAAAGATTTACCCTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EC76TF U 1
AF RR1EC76JQ C 209
BS 1 662 RR1EC76TF
BS 663 937 RR1EC76JQ

RD RR1EC76TF 662 0 0
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CAGGACAGTGAAAGGAGCACAAGGGAATCCACACCATGCACTTTGAAAAGAGAGGCTGAG
ATCAACACAAGCCTGGGATCATCCACAAAGCTTAACCATGGTATTAGTGACAACAGCGAC
CAAGAAAAAATAGTTTGTCAGGCAGTCACCGTCCAACTACATCTGATATGGACAGTTTTC
TCGGGTGCTGAAGAAGAACAACAAAGGCAGTTCATTGAAAAGTACAACTTTGACCCTGTC
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TTAATAGTTAATACTTAAATACATAGTTTAGTTACATTTTCATGCTAATCATCAGTTTGA
TCTTTATATCCATCATCCGTTTCTTAACCTTTTTCCAACATGTAAATAAGTTAGGATAAA
AA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1EC76JQ 729 0 0
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CCACACCATGCACTTTGAAAAGAGAGGCTGAGATCAACACAAGCCTGGGATCATCCACAA
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AGTTCATTGAAAAGTACAACTTTGACCCTGTCAACGAACAACCACTCCCAGGAAGGTTTG
AATGGGAGAAGATAGATAATTGATAGAAGGGATTAATAGTTAATACTTAAATACATAGTT
TAGTTACATTTTCATGCTAATCATCAGTTTGATCTTTATATCCATCATCCGTTTCTTAAC
CTTTTTCCAACATGTAAATAAGTTAGGATAAAAAAGAAAGGTCCATGTAGCGTTTTCAAA
TTGGTGTCTGTAACATAAGTGGGTGTAAAGGGGTTTGTGTAACACATAACTGATACCAGC
CCCTTTTAAGACTAAACAGATCACCTTAGTAGTAGTAGCGTTTAGGGGGTTAAAGTTATG
TCGGCTAATGGGTAGTGTGAGTCTTGCATTCTCTTGTAACTCTGTCATGTAAAACCATTT
TTAAATCTATCCTTTTTGTGTGTAAACATAACATGTACTCATCATCTCAATAAAGATTTA
CCCTTTCTT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL5898Contig1 1326 2 2 U
AGGGGAAACTGTTTTCATCGGCGAGACTGTCTCCTCTTCTACTCTAGGATTGAACTTGTT
GCTGTGGAGGAAAGCTCCGGTGGTCTTCTTTGCCAGAGATGTTGAATGCGTCCGGGCTAA
CCGTAACTCCGCCCAGGTTTCACTTTCGCTGGCGTTCAGGTCGTTCTGGTACATCTCAGA
GAAGCTCTCAGGCTTTTACTCTTACTCCATAGGTTCAGTTGTTTTTCCTCGGATCAATGT
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AGCCAGGAACTTTCTCATTCACCACTACGCTGCTCACAAACCCAGTGTTGACGCTATCGA
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CTTGACCAAGAAGGTCCGGGAAGTCAGACAGTCCAAAGCTGCGATATTTTTCTTCCAGAG
ATTCCAAACTCCTGCCACTGCTTTCCTTGTCAAAACGGCTGTCACCTTTGCAGTTCTCGG
TGCTCTCACGGTTCTGTTCCCCACAGAAGAAGGACCCACTCTGCAGGTTTTGTTATCGGT
GATAGCTACGTTTTACTTCATCCACCAAAGGATGAAGAAGAAGAAGAAACTCTGGTCTTT
CCTTTACGGGAGTGGATCTTTCATCTTCTCGTGGCTGATTGGGACCTTCTTGATGGTATC
TGTGGTCCCGCCCTTCATCAAAGGACCAAGAGGTTTTGAAAGTCATGTCTTCGCTCTTAA
GCTATGTTTTGCTTTGGGTGTCTTCCAGCTACCCTAGGTACTAGCATTCTCTCTCTAGCT
CTTTTCTTAACTTCTTATCTCGAATATGTGAAAACACACACACACACACACACAAAAAAA
AGAGATATTGCATTATCTTCATGTGGCATAGAGAAAAGAGTTTTTTGTTTGTTCTTGGAG
TTCCTTATTTAGCTTGAGACTTCACTGTTGCCGGCGGCTACTTCATTCATTTTCTTTATA
GATAAAATTGATTATAATGTGTTAAGTTGGATTAGAATATGCTAAGCTTTGTATAAATTT
AGTTTAGAAATAGACAAAATAGTTGCCAATGAGTATATTAACTTATGTTCATTGGACAAA
GTGACATTTTGGCACATTCTCTAGAAAATGGTAATTTGTTTAGGCATCACAACAACAGTA
ACATATGCATCAACAACATATTACTCACTTGTACTATCCTTCTTGGATCATTTTGTACTG
GGTACTTTACGTTAACTTTTATAGTTTCCATGTGAGATTCCTAACATAATTCTTTAAGAC
GTTTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1A948TF U 1
AF RR1A948JQ C 615
BS 1 757 RR1A948TF
BS 758 1326 RR1A948JQ

RD RR1A948TF 757 0 0
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GCTGTGGAGGAAAGCTCCGGTGGTCTTCTTTGCCAGAGATGTTGAATGCGTCCGGGCTAA
CCGTAACTCCGCCCAGGTTTCACTTTCGCTGGCGTTCAGGTCGTTCTGGTACATCTCAGA
GAAGCTCTCAGGCTTTTACTCTTACTCCATAGGTTCAGTTGTTTTTCCTCGGATCAATGT
CAAAGATCCATACAAGCGGCTTGGGATAAGCCGGATGGCCTCAGAGGATGAGATTCAAGG
AGCCAGGAACTTTCTCATTCACCACTACGCTGCTCACAAACCCAGTGTTGACGCTATCGA
ATCAGCTCATGACAAGATTATCATGCACAAGTTCCATCAGAGGAAGAACCCCAAGATCGA
CTTGACCAAGAAGGTCCGGGAAGTCAGACAGTCCAAAGCTGCGATATTTTTCTTCCAGAG
ATTCCAAACTCCTGCCACTGCTTTCCTTGTCAAAACGGCTGTCACCTTTGCAGTTCTCGG
TGCTCTCACGGTTCTGTTCCCCACAGAAGAAGGACCCACTCTGCAGGTTTTGTTATCGGT
GATAGCTACGTTTTACTTCATCCACCAAAGGATGAAGAAGAAGAAGAAACTCTGGTCTTT
CCTTTACGGGAGTGGATCTTTCATCTTCTCGTGGCTGATTGGGACCTTCTTGATGGTATC
TGTGGTCCCGCCCTTCATCAAAGGACCAAGAGGTTTT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1A948JQ 712 0 0
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GATCTTTCATCTTCTCGTGGCTGATTGGGACCTTCTTGATGGTATCTGTGGTCCCGCCCT
TCATCAAAGGACCAAGAGGTTTTGAAAGTCATGTCTTCGCTCTTAAGCTATGTTTTGCTT
TGGGTGTCTTCCAGCTACCCTAGGTACTAGCATTCTCTCTCTAGCTCTTTTCTTAACTTC
TTATCTCGAATATGTGAAAACACACACACACACACACACAAAAAAAAGAGATATTGCATT
ATCTTCATGTGGCATAGAGAAAAGAGTTTTTTGTTTGTTCTTGGAGTTCCTTATTTAGCT
TGAGACTTCACTGTTGCCGGCGGCTACTTCATTCATTTTCTTTATAGATAAAATTGATTA
TAATGTGTTAAGTTGGATTAGAATATGCTAAGCTTTGTATAAATTTAGTTTAGAAATAGA
CAAAATAGTTGCCAATGAGTATATTAACTTATGTTCATTGGACAAAGTGACATTTTGGCA
CATTCTCTAGAAAATGGTAATTTGTTTAGGCATCACAACAACAGTAACATATGCATCAAC
AACATATTACTCACTTGTACTATCCTTCTTGGATCATTTTGTACTGGGTACTTTACGTTA
ACTTTTATAGTTTCCATGTGAGATTCCTAACATAATTCTTTAAGACGTTTCG

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL5899Contig1 1059 2 6 U
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ATTTTCTTCGATGTCCCTTCTCGGTTCAGCTTACAGTCGCTTAGGACACTGCGCCTTCGA
GATGTTAAGTACGCTGACGAGGAATCTTTCGTTAGGCTTATATCCAGCTCCCCTGTTCTT
GAAAACCTGGTTGTTCACAGCTGTAGCGATGACAATGTCGAGACGTTCACCATCGATGTG
CCTTCCCTCCGGAGTTTGACTGTTTGGAACACATTGCAAGACTCGGGGCCTAATTACAGT
CTGTTTGTGATACATCCCCATTCTCTGAAGCATTTGGATATTGTATCCGAGTATGGTAAA
GTTAATGTGATGGGTAAAATGCCCAAGCTTGTGGAGGCAAACCTTCATACTTTTGCAACC
CCAGGGAATGCTTTGGAATCTCTTGCCTTTGCCAAACGTCTTTCTCTGACCTTATACGGA
ATGCGGGCTCAGGATCCTGTTGGTAGCATTTTCTTTCAGCTTGTGCGTTTGGAGTTCCGC
GGATGTGATAATAACTGGTCGAATTTGCTTATGGACGTCCTCCAACATTCCCCTGTACTT
CAAATTCTCAAACTTGTTGTACTGGACAATGGCCTGAACAGCTGGAATATTGGGCGAGGT
ATCAAGGTCTGTTGGATTCAGCCGAGCTGTGTTCCGGAATGTTTGTTGTTCCATCTCAAA
ACCTTTGAGTGGATAGACTACACTGGAATGGAAGATGAGAAAGAAGTGGCGGTTTATATA
CTCAAGAACGCGAGGCGATTAGTGACCGCAACTCTCTTCCCTGAGTCACTCGTGGCGTTT
GAGGAATTGGAAATTGCAACTAGGGGTTCAAGAGCATGTGAGCTCACAATGGGTTAAAAT
AAAAAAACTGTCTTTTTCACTGTCCAGAAGTTATAAGCTTCGTTATGTCATATTATTGCT
TCTATCTTGTTTGTAATTTTCGGATCAGAAACTTATTTGAATGGTGTGGATTCCTTTGTA
TCAGACGCTATTATAACTTTAGATCATCGCTCTGCAACC


BQ
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AF RR1BR75TF U 1
AF RR1BR75JQ C 297
BS 1 698 RR1BR75TF
BS 699 699 RR1BR75JQ
BS 700 720 RR1BR75TF
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BS 722 759 RR1BR75TF
BS 760 1059 RR1BR75JQ

RD RR1BR75TF 759 0 0
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ATTTTCTTCGATGTCCCTTCTCGGTTCAGCTTACAGTCGCTTAGGACACTGCGCCTTCGA
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GAAAACCTGGTTGTTCACAGCTGTAGCGATGACAATGTCGAGACGTTCACCATCGATGTG
CCTTCCCTCCGGAGTTTGACTGTTTGGAACACATTGCAAGACTCGGGGCCTAATTACAGT
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CCAGGGAATGCTTTGGAATCTCTTGCCTTTGCCAAACGTCTTTCTCTGACCTTATACGGA
ATGCGGGCTCAGGATCCTGTTGGTAGCATTTTCTTTCAGCTTGTGCGTTTGGAGTTCCGC
GGATGTGATAATAACTGGTCGAATTTGCTTATGGACGTCCTCCAACATTCCCCTGTACTT
CAAATTCTCAAACTTGTTGTACTGGACAATGGCCTGAACAGCTGGAATATTGGGCGAGGT
ATCAAGGTCTGTTGGATTCAGCCGAGCTGTGTTCCGGA*TGTTTGTTGTTCCATCTCAAA
*CCTTTGAGTGGATAGACTACACTGGAATGGAAGATGAG

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1BR75JQ 763 0 0
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TAAAGTTAATGTGATGGGTAAAATGCCCAAGCTTGTGGAGGCAAACCTTCATACTTTTGC
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CGGAATGCGGGCTCAGGATCCTGTTGGTAGCATTTTCTTTCAGCTTGTGCGTTTGGAGTT
CCGCGGATGTGATAATAACTGGTCGAATTTGCTTATGGACGTCCTCCAACATTCCCCTGT
ACTTCAAATTCTCAAACTTGTTGTACTGGACAATGGCCTGAACAGCTGGAATATTGGGCG
AGGTATCAAGGTCTGTTGGATTCAGCCGAGCTGTGTTCCGGAATGTTTGTTGTTCCATCT
CAAAACCTTTGAGTGGATAGACTACACTGGAATGGAAGATGAGAAAGAAGTGGCGGTTTA
TATACTCAAGAACGCGAGGCGATTAGTGACCGCAACTCTCTTCCCTGAGTCACTCGTGGC
GTTTGAGGAATTGGAAATTGCAACTAGGGGTTCAAGAGCATGTGAGCTCACAATGGGTTA
AAATAAAAAAACTGTCTTTTTCACTGTCCAGAAGTTATAAGCTTCGTTATGTCATATTAT
TGCTTCTATCTTGTTTGTAATTTTCGGATCAGAAACTTATTTGAATGGTGTGGATTCCTT
TGTATCAGACGCTATTATAACTTTAGATCATCGCTCTGCAACC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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GGAAGTCAGTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTCTTTGGCTTTTAGTTTTTTTTAGCTTCCG
TAAAGAAGCCTTCAAAGTCTTTGTCTTGTTCAAGTGTAGATTCTGAAATAATTGATTACA
AAAGCTTTTTTATTGGTGACGTCTGAGTTATGATAGAAGCTGCAAAGGATTGCTAGTGTC
GATATCGAATGTTTGAAACAGTTTTGACGAGATGGGGTGGGTGCTTACAAATTTCTTTAA
AATCGAAACTTTCTATTATTTCAGCAGCTTTTGATTGAGACTTGTTTTGTAGTATGTTAA
TTATCCACATGTGTTTTAAGCTCTGTGTTCTCTATTCATTCTTCGCCTTTTTGGGTTTTG
TACTGAAAAAAGTTCAGAGTTATTGTAAAGTTAAGATTTTGAATGTTGTTTAAATGTTTT
ATAATGTCCTATGGTCTCTTGCTCATCAGATTGATTTCTTACAAAAGTTTTTTAAAAAAT
CTTGATCATGCTGCCGACTTGTTTTATTTTTCTATGTCGTACGCAGATATCAGATTTAAT
AAGATATGACTCGTCCAAGGGAGAGGAGACTTTGGTGTATATCCTAACACTCGGAGTTGT
AGAAACCTACAGAAAACTCGGAGTAGCTAAGTCACTTATTAAGGAAGTCATCAAATACGC
TTCTAGTATCCCCGTGTGCCGTGGTGTTTACCTTCATGTGATTGCGCACAACAACCCCGC
AATCAGATTGTACAAAAGAATGTCTTTCAGATGTGTACGGAGGCTACACGGATTCTACCT
AATCAACGGCCAGCATTTCGATTCTTACTTGTTCGTCTACTTTGTCAACGGTTCTCGCTC
TCCTTGCTCACCCTTAGATCTTGTGGTGTTGGTTCTGAACTATGTGAGGAGCGGGATCAA
AGTAGTGGCATCAAAGCTGGCAATGAAGCAGGAAGAGAAAGGCTTGAAAGGGCTTAAATG
CAAAGACAACTCGCGGTGTCTATTGCCAACTCAGACCAAAAGAAACCTTGCATCATCCGA
AAGAGTATCATCAGGGTACGATTACGTTTAGTGTTTTTTAAACTTAATTCATTGTCCATG
TCTTCATATGATCCTTAATAATTTAATGTAATAAAAATGTAAATATTGTGAATGATGTAG
TCGAAAAACTTAATCTTTTGGAGAAGGGAGGTGATACTATCATGCTTATT


BQ
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ATAATGTCCTATGGTCTCTTGCTCATCAGATTGATTTCTTACAAAAGTTTTTTAAAAAAT
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AAGATATGACTCGTCCAAGGGAGAGGAGACTTTGGTGTATATCCTAACACTCGGAGTTGT
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AATCAGATTG

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DS 

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ACTTGTTCGTCTACTTTGTCAACGGTTCTCGCTCTCCTTGCTCACCCTTAGATCTTGTGG
TGTTGGTTCTGAACTATGTGAGGAGCGGGATCAAAGTAGTGGCATCAAAGCTGGCAATGA
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TTTAGTGTTTTTTAAACTTAATTCATTGTCCATGTCTTCATATGATCCTTAATAATTTAA
TGTAATAAAAATGTAAATATTGTGAATGATGTAGTCGAAAAACTTAATCTTTTGGAGAAG
GGAGGTGATACTATCATGCTTATT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

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TCATAGCCATATGCGAATGATTCATCTCGTTATGCTTAGGACTGGCTCTGTTCATTAGCA
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AAGACTGATTCAACAAGCTCTGCACCATGATGCAGCCTTCCAAGTTAGTACTTATACATT
TTGGGAGGAGAGCTCTCCGATTGTAGCCTTGTAGGTTATATGTATTGTCTTATTCCTAGC
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CTTACCATCTATTATTATCCTTTTGTATTGAATGTAACTATAGTAATTTAAAATTCATAA
TCAGTTTGTCACATACAGTCTCTTGCACATACATATATACCTTTTTATGTAAACACAAAC
CCCTTTTAGAACTTTCATAGCGCCAATGGTACAGTATTGATTATATACTGGTCGTAACCA
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CAAGTTGCCACCACTTTAGGCCATGTCTAGCTGAGAACTCAAAAGCATGGTGATTATTGT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET76TF U 1
AF RR1ET76JQ C 459
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BS 606 606 RR1ET76JQ
BS 607 610 RR1ET76TF
BS 611 1273 RR1ET76JQ

RD RR1ET76TF 610 0 0
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CACCGATTCTATTTTATTATTGACAGAACATGGTACATGTTGTTTTATTTTTGAAAAAAA
AATATCCGCTCCGTTTCATATTGAATGTTGTTGTAGAGAAATTTTTTTCGTTAATCAGAG
TTGGCCATGACTAGAACGGAGGTGCATAATGTCCCACCACCAGAAAACGGTGCAGGACTA
ACGGTCTTTAATCAGAGTTGGCCATGAAATTTATAGAGTTTGAGACAATTACTAAACATA
TATTTTTCTTAATTATTTATGGTCAAATGATATAACATAATTTCGACATTTTTTTGGGGA
TCATAGCCATATGCGAATGATTCATCTCGTTATGCTTAGGACTGGCTCTGTTCATTAGCA
ACCGGATCAGATCAATAGCCAAGGTGAGGTGAAGTTTGATACAGCAATTGCACCCAAAAA
AAGACTGATTCAACAAGCTCTGCACCATGATGCAGCCTTCCAAGTTAGTACTTATACATT
TTGGGAGGAGAGCTCTCCGATTGTAGCCTTGTAGGTTATATGTATTGTCTTATTCCTAGC
TAGTATGTGA

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DS 

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TATGTATTGTCTTATTCCTAGCTAGTAGGTGAAAAGGTTAAGCCGTAGTGCCATTAATTA
GATTTTTTTTTATCACAATATTCTTACCATCTATTATTATCCTTTTGTATTGAATGTAAC
TATAGTAATTTAAAATTCATAATCAGTTTGTCACATACAGTCTCTTGCACATACATATAT
ACCTTTTTATGTAAACACAAACCCCTTTTAGAACTTTCATAGCGCCAATGGTACAGTATT
GATTATATACTGGTCGTAACCACGTAGTTTTAAGATCAGTCACTAGTCAATGCCATTCGT
TGTTTTTGAACTTTTGATGGCAGCTTAACATCGGTTGCTAATCCAAGGGCTTGGAGGAAT
CTAACGACATACCAAGTCATATCAAGTTGCCACCACTTTAGGCCATGTCTAGCTGAGAAC
TCAAAAGCATGGTGATTATTGTGCCATCCTTCTCCAAACGCAAGAGCTGCTACCAACCTG
AAACAGCATAACTCAGAATAGAGTTATATATATAACCCTTTCAAACGATTGACTTTATTA
ATTAAGGAAATGATGGATGATAAAGTAATTATACCAGTTGTTTTTAGACAGATCGCCAGT
GTTCCATGCTTGTTCCCCCCATACATGACAAGCTGAGTTTACTAACCAAGTTATATGATA
CACCCATACTATTCTTACACCCTGCAATCCTCTCG

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL5902Contig1 1142 2 2 U
GGGTCCCCTCTAAAACGTTACAAAACAAAGTCATCAAATTCGAAATCCCAAACCTCTCTT
CTCTCTATCTATTTGATATCCGAGTCCATTCGTTAGACAGAAATAAAACACAAAATGTTT
CGAGTAAGCAACTTCGTTGTGGGTCAACACGTTGGTAATGCTAGTGGGCGCATCAGCCAC
TGGTTACTCCATTTACATGTTCGTTCATCAAGACGTGACTGACTGTGAATCAGCCATTCG
TGCACCACTCCTCACTACAGGGATCATCCTCTTAGTGGTGTCTTTAATCGGAGTGATAGG
ATCTTGCTTCAAGGAGAATGTCGCAATGGTCTCGTACTTGGTCATACTCTTTGCGGGCAT
TGCTGCGTTAATGGCTTTCTCTATATTTCTCTTCTTTGTTACGAATAAAGGAGCCGGTCA
TGTGGTCTCTGGTCGAGGCTATAGAGAGTACCATACGGTGGATTTCTCCACTTGGCTTAA
CGGTTTTGTTGGTGGGAAGAGATGGGTTGGTATAAGGTCTTGTCTGGCTGAGGCTAGCGT
TTGCGATGAACTGAGTGATGGTCGTGTTAGTCAGATCGCTGACGCGTTTTATCACAAGAA
CTTGTCTCCAATCCAGTCAGGTTGTTGTAAGCCACCGTCGGACTGCAACTTCCAGTTCAA
AAACGCGACGTTTTGGATGCCGCCGGGGAAAAATGCGACGAAAGTTACGACGGAGAACGG
CGATTGCGACGCGTGGAGTAACGTGCAAACGGAGTTATGTTTTAACTGCAACGCATGCAA
AGCGGGTGTGTTAGCCAACATAAGAGAGAAGTGGAGGCATCTTCTTGTTTTCAACATGTC
TCCTCATACTGATCATCGCCGTCTGTTCCTGCGGTTGCCGTGCTCGTCGTAACAATCTCA
CGGCTACGGAAAGTGACCGTGCCTGATCACACTAATGTTTTAAGTTGTGTCTTTTGTTTT
CCTTTGTTGGTTTAGTTTCTAGTTAATTATCTTTTGTTTTCTTAGGATTGTCATGTTTGT
TTCGAACCAATCATAACTCCTTTTATTGTATAATTATCCAAACATTTTAGTGACTTGTCA
GTTACAAGTGATCATGCACGATCATTTGTTAGTTGGTTTCGTTTTAATGATTTTTAGTTT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1AB93TF U 1
AF RR1AB93JQ C 354
BS 1 809 RR1AB93TF
BS 810 1142 RR1AB93JQ

RD RR1AB93TF 814 0 0
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TGGTTACTCCATTTACATGTTCGTTCATCAAGACGTGACTGACTGTGAATCAGCCATTCG
TGCACCACTCCTCACTACAGGGATCATCCTCTTAGTGGTGTCTTTAATCGGAGTGATAGG
ATCTTGCTTCAAGGAGAATGTCGCAATGGTCTCGTACTTGGTCATACTCTTTGCGGGCAT
TGCTGCGTTAATGGCTTTCTCTATATTTCTCTTCTTTGTTACGAATAAAGGAGCCGGTCA
TGTGGTCTCTGGTCGAGGCTATAGAGAGTACCATACGGTGGATTTCTCCACTTGGCTTAA
CGGTTTTGTTGGTGGGAAGAGATGGGTTGGTATAAGGTCTTGTCTGGCTGAGGCTAGCGT
TTGCGATGAACTGAGTGATGGTCGTGTTAGTCAGATCGCTGACGCGTTTTATCACAAGAA
CTTGTCTCCAATCCAGTCAGGTTGTTGTAAGCCACCGTCGGACTGCAACTTCCAGTTCAA
AAACGCGACGTTTTGGATGCCGCCGGGGAAAAATGCGACGAAAGTTACGACGGAGAACGG
CGATTGCGACGCGTGGAGTAACGTGCAAACGGAGTTATGTTTTAACTGCAACGCATGCAA
AGCGGGTGTGTTAGCCAACATAAGAGAGA
GTGGA

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1AB93JQ 789 0 0
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CCGGTCATGTGGTCTCTGGTCGAGGCTATAGAGAGTACCATACGGTGGATTTCTCCACTT
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CTAGCGTTTGCGATGAACTGAGTGATGGTCGTGTTAGTCAGATCGCTGACGCGTTTTATC
ACAAGAACTTGTCTCCAATCCAGTCAGGTTGTTGTAAGCCACCGTCGGACTGCAACTTCC
AGTTCAAAAACGCGACGTTTTGGATGCCGCCGGGGAAAAATGCGACGAAGGTTACGACGG
AGAACGGCGATTGCGACGCGTGGAGTAACGTGCAAACGGAGTTATGTTTTAACTGCAACG
CATGCAAAGCGGGTGTGTTAGCCAACATAAGAGAGAAGTGGAGGCATCTTCTTGTTTTCA
ACATGTCTCCTCATACTGATCATCGCCGTCTGTTCCTGCGGTTGCCGTGCTCGTCGTAAC
AATCTCACGGCTACGGAAAGTGACCGTGCCTGATCACACTAATGTTTTAAGTTGTGTCTT
TTGTTTTCCTTTGTTGGTTTAGTTTCTAGTTAATTATCTTTTGTTTTCTTAGGATTGTCA
TGTTTGTTTCGAACCAATCATAACTCCTTTTATTGTATAATTATCCAAACATTTTAGTGA
CTTGTCAGTTACAAGTGATCATGCACGATCATTTGTTAGTTGGTTTCGTTTTAATGATTT
TTAGTTTCC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL5903Contig1 1189 2 2 U
GGACAACCATTGACAGTTTAATACTTTAGAAGTGACTGTAAAACAAAATGGCGAGATTCG
GGTTAGTTGTAGTGACGATTCTTGTGATTCTAGGGCTTGTGAGCTTTTCAGAAGCTCAAC
TGAAGCTAGGGTTCTACGAAAAAAACTTGCCCTAACGCAGAGAAGATCGTACAAGCTGTT
GTCAACCAACATATCCGCAAAGTACCATCTTTGGCTGCTGGCCTTATTAGGATGCATTTC
CATGATTGCTTTGTTCGGGGCTGTGATGGTTCGATCTTGATCAACGCGACATCGAGCAAC
CAACAAGTGGAGAAGGTTGCTCCCCCAAATCTAACTGTTAGAGGTTTTGACTTTATCGAT
TTAGTGAAGGCTGTTCTGGAGAAGAAGTGTCCAGGAGTAGTTTCATGCGCCGATATCATT
ACTCTCGCGACTAGAGACTCCGTTGCTGCCATTGGTGGACCGACATGGAACGTCCCAACA
GGACGCAGAGACGGACGGATCTCTAATGCTACCGAGGCTTTGAACAATATTCCTCCTCCT
TTCGGAAACTTCACTACTCTGATTACTCTATTTGGAAACCAAGGATTTGATGTGAAAGAC
CTTGTCTTGTTATCCGGTGCGCACACAATCGGAGTGTCTCATTGTTCCTCCTTCTCAAAC
CGTCTCTTCAACTTTACCGGCGTAGGAGACCAAGATCCGTCGCTTGACAGCGAATATGCA
GACAATCTCAAGTCACGGAAATGTTTATCTATTGCCGACAATACCACACAGGTTGAAATG
GATCCTGGTAGTAGAAACACCTTTGATCTTAGCTACTTCAAGCTCGTTTTGAAACGCCGT
GGGCTTTTTGAGTCTGATGCGGCGTTGACTAAGGATCCCACGGCCTTGGGTCAGGTCAGA
GGCTTCGCCGGAGGATCTCTGCAAGATTTCTTTGTCGAATTTGGCAAGTCAATGGAGAAA
ATGGGAAGGATTGGGGTGAAAACCGGGTCGGATGGAGAGATCCGAAGAACCTGTTCAGTG
GTTAATTGAAAAGCTTTCTTTTGTTTTATTTTTATTTTTGGTGATTTTGGGTGTTTTTGT
TTTTCGACTACTTTGGGTGTTTACGATTTCGAAATGTTTATTTGTGTATGTGGTCGAAAT
GTTATTTTCGAATAAGCTCACGTTTGTGAAGTCGTTGTAATAAATTTTC


BQ
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AF RR1AP31TF U 1
AF RR1AP31JQ C 227
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BS 685 1189 RR1AP31JQ

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CATGATTGCTTTGTTCGGGGCTGTGATGGTTCGATCTTGATCAACGCGACATCGAGCAAC
CAACAAGTGGAGAAGGTTGCTCCCCCAAATCTAACTGTTAGAGGTTTTGACTTTATCGAT
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ACTCTCGCGACTAGAGACTCCGTTGCTGCCATTGGTGGACCGACATGGAACGTCCCAACA
GGACGCAGAGACGGACGGATCTCTAATGCTACCGAGGCTTTGAACAATATTCCTCCTCCT
TTCGGAAACTTCACTACTCTGATTACTCTATTTGGAAACCAAGGATTTGATGTGAAAGAC
CTTGTCTTGTTATCCGGTGCGCACACAATCGGAGTGTCTCATTGTTCCTCCTTCTCAAAC
CGTCTCTTCAACTTTACCGGCGTA

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DS 

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CGACATCGAGCAACCAACAAGTGGAGAAGGTTGCTCCCCCAAATCTAACTGTTAGAGGTT
TTGACTTTATCGATTTAGTGAAGGCTGTTCTGGAGAAGAAGTGTCCAGGAGTAGTTTCAT
GCGCCGATATCATTACTCTCGCGACTAGAGACTCCGTTGCTGCCATTGGTGGACCGACAT
GGAACGTCCCAACAGGACGCAGAGACGGACGGATCTCTAATGCTACCGAGGCTTTGAACA
ATATTCCTCCTCCTTTCGGAAACTTCACTACTCTGATTACTCTATTTGGAAACCAAGGAT
TTGATGTGAAAGACCTTGTCTTGTTATCCGGTGCGCACACAATCGGAGTGTCTCATTGTT
CCTCCTTCTCAAACCGTCTCTTCAACTTTACCGGCGTAGGAGACCAAGATCCGTCGCTTG
ACAGCGAATATGCAGACAATCTCAAGTCACGGAAATGTTTATCTATTGCCGACAATACCA
CACAGGTTGAAATGGATCCTGGTAGTAGAAACACCTTTGATCTTAGCTACTTCAAGCTCG
TTTTGAAACGCCGTGGGCTTTTTGAGTCTGATGCGGCGTTGACTAAGGATCCCACGGCCT
TGGGTCAGGTCAGAGGCTTCGCCGGAGGATCTCTGCAAGATTTCTTTGTCGAATTTGGCA
AGTCAATGGAGAAAATGGGAAGGATTGGGGTGAAAACCGGGTCGGATGGAGAGATCCGAA
GAACCTGTTCAGTGGTTAATTGAAAAGCTTTCTTTTGTTTTATTTTTATTTTTGGTGATT
TTGGGTGTTTTTGTTTTTCGACTACTTTGGGTGTTTACGATTTCGAAATGTTTATTTGTG
TATGTGGTCGAAATGTTATTTTCGAATAAGCTCACGTTTGTGAAGTCGTTGTAATAAATT
TTC

QA 1 963 1 963
DS 



AS 1 2

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AAGCAGATAACAAGGGTTGTGCACCGGGAAAATGCATGGGTCAGGCTAACCCATATACAC
CTGGTTGTGAAGCTGGTCAAAGATGTCGTCATGGTTGAGATTATAATTTTTTCTGGTAAA
TGAAAAACTTATGACTCGAATAGTAATTTACTTTGTAATTACTTTCTGGAACTACAAAAT
AAATAATTATTGTAACTATATTTTGAGACTACTGTCTAAGCAGTAGGTGGTTTATATTAG
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TTGTTATAAATATGGTTTTC


BQ
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AF RR1H872TF U 1
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BS 1 440 RR1H872TF

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AAGCAGATAACAAGGGTTGTGCACCGGGAAAATGCATGGGTCAGGCTAACCCATATACAC
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TGAAAAACTTATGACTCGAATAGTAATTTACTTTGTAATTACTTTCTGGAACTACAAAAT
AAATAATTATTGTAACTATATTTTGAGACTACTGTCTAAGCAGTAGGTGGTTTATATTAG
TATTGTAAGCTTATATCGGCTAACTTGGTACTAAAATGTTTGTATAGCTATACCAGCCAT
TTGTTATAAATATGGTTTTC

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DS 

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AATGCATGGGTCAGGCTAACCCATATACACCTGGTTGTGAAGCTGGTCAAAGATGTCGTC
ATGGTTGAGATTATAATTTTTTTTGGTAAATGAAAAACTTATGACTCGAATAGTAATTTA
CTTTGTAATTACTTTCTGGAACTACAAAATAAATAATTATTGTAACTATATTTTGAGACT
ACTGTTTAAGCAGTAGGTGGTTTATATTAGTATTGTAAGCTTATATCGGCTAACTTGGTA
CTAAAATGTTTGTATAGCTATACCAGCCATTTGTTATAAATATGGTTTTC

QA 1 350 1 350
DS 



AS 1 2

CO CL5905Contig1 1223 2 2 U
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GGTTCCGTGTGTGGCGCTCTGACGGCTCGCCCCTGTTTATATGCCTTGCTGATCTTGTCC
TCTTTTCCTCCTTTGGGTTGAGATGGTGGCTCGTCTGTTTCTGTAACGCCGGTTCTAGTC
AGATGTCGGGGATGTGAGGACTGTCCCGAGTCTGGTGAAGATCCGGTGACTGGAACTAGA
TAACTCACCTCGGATTGGTGGCTACTGTCTCTGCCACTTGTGTCTTCTCCAACGTGGGGT
TGCGGCTTGGGCGGATCTCTAGGGTTTGAGTTTTAGCGGCGAGGGCTCCCATCGCGACGG
CTATGAGGTTGCTTCAATGGAGGTGGATTTCAGAGCTCCTCCTTCAGTTATTTGCTCTCC
GGTTTTATTCTCAGATTTATGGTAGATCCGGTGTGGCCCCTTCACATCTTACGTTGTTTG
TTTAGTTTTCGACTATTGTTTGACGGGTATTAGAGAGGTTCTTTTCCGGAAGTTTGAGTC
TCGTTGAAGCTCCGGTGGTGATTTGGTGTGGAATAGAGGCGGTGATCCTAATTTTAACAG
CTTTTCGACTTTTGTGGGAGATGATCCTCGTGACTTCTTTAGTTCGAGGATGACGGTTGG
AGGCGGCTCTCTGACTGTCCGTAGAAGCTCCCGTGCCGCCAGTGGTTTGATGGTTGTTGT
TTTGACTTCGTTTTTGTGTTAGTTTTCGGAGAAGCTGTAGGTACTCTCTGCATTCAAGGT
TTTGAGGATGGATCTTTTTTTGAGATGCTCGTGGCAAATAAGATGGGAACTCCAGTTTTT
CGAAACTGTGGCAACTATACAAATTTCCAGGTTTGGAAGCTTGGAATCGGTGTTTCCTCA
TCAGAGATCTCTTGGTTAAATTGCTAAAATGTGTGCTCTTTTTTTGTGGTTCTGTCTCTT
TAAATTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTAAAAGTCTCTTTAAATTTGCTGCAAC
ATAGTATTTGCTTGTAGTTTCTTTTTTTTCTTCTGTTTTCTTTGTTGTGTCCCTGTAACT
TCTGTCAAAAACTTAAAATTGGT


BQ
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DS 

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CTTTTTTTGAGATGCTCGTGGCAAATAAGATGGGAACTCCAGTTTTTCGAAACTGTGGCA
ACTATACAAATTTCCAGGTTTGGAAGCTTGGAATCGGTGTTTCCTCATCAGAGATCTCTT
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TTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTAAAAGTCTCTTTAAATTTGCTGCAACATAGTATTTGCTT
GTAGTTTCTTTTTTTTCTTCTGTTTTCTTTGTTGTGTCCCTGTAACTTCTGTCAAAAACT
TAAAATTGGT

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

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CGGATGACATTGTTGATGACTTTGAGCTTGGGAAGGACGAAGTGGTGGATATTAAGGACA
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CTGGCAATATCAGATCTTGATGATTTGAGTTCTTTGGATCATAGCAGATGGGAGACTTTC
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GCATTGTTTAGATATGTTGTTGTTGTTGCTGGCTACTTCGTATGTTTTTATTGTTTAGAA
ATACAATCAGTTTTATCTTTTATTAAGCACC


BQ
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AF RR1AN68TF U 1
AF RR1AN68JQ C 381
BS 1 784 RR1AN68TF
BS 785 785 RR1AN68JQ
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AGTTAAAGATGGGAGAGCTTGGTGCTGAACAATCCCAACTACAAGATCACAGCCCTTCTC
GACCATCTAGCCATGATCACAGTTCAGTCAGACTCTCGTGGAATCTTTGATTGCAAGCCA
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QA 1 848 1 848
DS 

RD RR1AN68JQ 791 0 0
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AAACTGCTTGTTCTAGATATTGACTACACTTTGTTTGATCACCGTTCCACTGCTGAGAAC
CCCTTGCAGCTTATGCGTCCTTATCTTCATGAGTTTCTTACTGCTGCTTATGCAGAATAT
GATATCATCATATGGTCTGCCACTAGCATGAAGTGGGTTGAGTTAAAGATGGGAGAGCTT
GGTGCTGAACAATCCCAACTACAAGATCACAGCCCTTCTCGACCATCTAGCCATGATCAC
AGTTCAGTCAGACTCTCGTGGAATCTTTGATTGCAAGCCACTAGGCTTAATTTGGGCACT
TTTGCCTGAGTTCTACAACTCCCAAAACACTATCATGTTCGATGATCTGCGAAGGAATTT
TGTGATGAACCCTCAAAACGGTCTCAAAATCAGGCCGTTTAGGAAAGCTCATGTGAACCG
AGACAAGGATGACGAGCTTGTATTGCTGACTCGGTACCTTCTGGCAATATCAGATCTTGA
TGATTTGAGTTCTTTGGATCATAGCAGATGGGAGACTTTCTCAGAAGACAGTGTCAAAAG
GCGCAGGCACACATAACTTTCCTAACTTTTTTTCTTATTGGCATTGTTTAGATATGTTGT
TGTTGTTGCTGGCTACTTCGTATGTTTTTATTGTTTAGAAATACAATCAGTTTTATCTTT
TATTAAGCACC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL5907Contig1 558 2 1 U
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TATCGCCGTATCGCCGGATTACAATCGTCGCCGGAAAAGCTTCCACGATGTGCTTCTGAG
CATGAGATTTGGATTAACGCGAGATCTCTCTCTGAAACGGTCCTTAGCCAACAACTATTA
TTCCGTGTCTCGACAACAACACCCCAAGTCGCCCATCACCATGGTCACCAAGAGCGAGAA
GAATTCCACGGAGGAGAAGGATAAGAAAGAGGAGGTTTCACTCCCTCCGCCGCCGGAGAA
ACCAGAGCCTGGCGATTGTTGCGGTAGCGGATGCGTGCGATGCGTTTGGGATGTGTATTA
CGAAGAGCTCCAAGAATACAACAAGCTTTCTACATCCGTTCCTGGACAAACTAAATCCAA
TTGAATGCTGGAAAAATAATTAAATTTTTGTGTGCAAATGTGTTTGTCTTCATCACTTCA
TGTTTGAGAAGTCGAAGATGATATGTTTGAACATTATTGGATCATTATCGTTACTAATGA
CTTGTCAAGTTTTTACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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BS 1 558 RR1GS56TF

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GAATTCCACGGAGGAGAAGGATAAGAAAGAGGAGGTTTCACTCCCTCCGCCGCCGGAGAA
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DS 

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CCTGGACAAACTAAATCCAATTGAATGCTGGAAAAATAATTAAATTTTTGTGTGCAAATG
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QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 2

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AATATCATGATTTCTGAATTTAACTTATGTAAACACTAAATACATGAGGTCAAATGCAAA
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GATGTCTCAAACAATACTCCCATGTAACAATAAATGTCGATTTATACATTTTGGGTTTAT
AATAAGTATTCTTTAAACTGGTTTTTGCATGATATCATATAAAATTTCAAAAAAAATGCA
AATCAGTTTCAAAAAAAAACAAAATTCAAAAATGAATTTGACTAAAAATCATTTTTATGT
TTATATTTTGTTTAACATGGAGGTATCTCGGTCGAGATCCAAATAATTTCCAAGAAGGAC
AAGTACAGGCGACTAGTTTGACCCCGGGTTTTCTAATGAAACCTAAACCATAGCCCCATT
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GTTCCACCACCATGGTTGGTGGTATGCTTCGTTTACGATCTGATTTAATAAAATGGTTGT
TATATATATATGAGACATTATAAAAAGGTAACCACATTGTGTGGTCTAGTGGTCTCCACT
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AAAAAAAGAGTAACTTTTTTTGTAAAAAAAAAACATTATAAAAAAGTATGTTACTGAAAT
AAAAAATGGTACAAGTACAAAAATGTCTATCAATATGTTATCCCTAAATATCGACGTACG
TAGTTTGCAATCTACAACCATCTAAAACTAGCATTTATTGTGTTTTATGCTAAAAACTAT
GATGGTATAGAACGACGTGTTAGAATACAAACACTAACATTTATATGTTTTGTGCTAAAA
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CTATATTATTCAGATTATAAGATATTACATAGTTCTTTATAAAGTATGCTTCTCAATCAG
CTCTACACAATATTTAGAAGGAGAGAAGCCAAAGGGGGTTTGAAAAGCAGCCATTACAAT
TTACAGCCTCAACATTTCACAACAACCATTGATTAAAACATCTGCATTCAACTTTTTTAT
TCCGTTTTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AD62TF U 1
AF RR1AD62JQ C 762
BS 1 861 RR1AD62TF
BS 862 1451 RR1AD62JQ

RD RR1AD62TF 861 0 0
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AATATCATGATTTCTGAATTTAACTTATGTAAACACTAAATACATGAGGTCAAATGCAAA
ACAATGTCACTAAACCCTAATAACATAGCAGATCAATACTCCCTCCATTTTATTAAGATA
GATGTCTCAAACAATACTCCCATGTAACAATAAATGTCGATTTATACATTTTGGGTTTAT
AATAAGTATTCTTTAAACTGGTTTTTGCATGATATCATATAAAATTTCAAAAAAAATGCA
AATCAGTTTCAAAAAAAAACAAAATTCAAAAATGAATTTGACTAAAAATCATTTTTATGT
TTATATTTTGTTTAACATGGAGGTATCTCGGTCGAGATCCAAATAATTTCCAAGAAGGAC
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TTCGTCTAGCCAAGCAATGACAACTTAATTCTTGGCAAAACTCGAACTCATGACCGACGA
ATTAAAGCTTTTCCCCAAGTTCTCCTTTTAGATTTATCAAGTTTATCTGTTATTTTTAGT
GTTCCACCACCATGGTTGGTGGTATGCTTCGTTTACGATCTGATTTAATAAAATGGTTGT
TATATATATATGAGACATTATAAAAAGGTAACCACATTGTGTGGTCTAGTGGTCTCCACT
AGAAGAAGAGTGCTTTGTTGGTCCAGGCCAGAGTTCAACTCTTTTCTAGTGCGAGATTAT
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GAGAGAGTTCATCCGTGGGTT

QA 1 861 1 861
DS 

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GACTCATTTGAATATTCGGGAGAGAGTTCATCCGTGGGTTACACCTCTCACACGAGGATT
AGATGAGAGGTGCAGCCCAAAAAAAAGAGTAACTTTTTTTGTAAAAAAAAAACATTATAA
AAAAGTATGTTACTGAAATAAAAAATGGTACAAGTACAAAAATGTCTATCAATATGTTAT
CCCTAAATATCGACGTACGTAGTTTGCAATCTACAACCATCTAAAACTAGCATTTATTGT
GTTTTATGCTAAAAACTATGATGGTATAGAACGACGTGTTAGAATACAAACACTAACATT
TATATGTTTTGTGCTAAAAACTATGATGGAAATTGGAAACAAGAGAAGATTTTTTTTCTT
TCTTGTAGTTACTCTTCTAAAATCCGAACTACGTTAGTGAAGGAACTCTTCAATGTACGT
CGAAATTGGAAAATATAGTCTATATTATTCAGATTATAAGATATTACATAGTTCTTTATA
AAGTATGCTTCTCAATCAGCTCTACACAATATTTAGAAGGAGAGAAGCCAAAGGGGGTTT
GAAAAGCAGCCATTACAATTTACAGCCTCAACATTTCACAACAACCATTGATTAAAACAT
CTGCATTCAACTTTTTTATTCCGTTTTGCC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL5909Contig1 706 2 4 U
GCTGCGGAACCGCCGAAGAAGGCGACCAAGAAGAATAGGGTTTGGGATGATGCGGCTCCT
AAACAGGTGAAGTTGGACTTTACTGATTCCGTTGATGAGAGTGGGAACGGTGATCATGTG
GATGTTGCGGCTGCTGACCAAGGAGAGAGTATGATGGATAAGGAAGAGGTTTTTAGCAGT
GATGGTGAAAGTGAAGATGATGATGATGACGAACCAAGAAGTGATGAGAAGCCTGAGGCT
AAGAAGAAGGGATGGTTTTCTACGGTTTTCCAGAGTATTACTGGGAAGGCGAATCTTGAA
AGAACAGACCTTGAACCGGCCTTGAAAGCTCTGAAGGAACGGCTCATGACCAAGAATGTG
GCTGAAGAGATAGCTGAGAAGCTTTGTGAATCAGTGGAAGCAAGTCTTGAAGGAAAGAAG
TTGGCATCGTTCACGAGGATCTCCTCAACCGTTCAGGGAGCAATGGAGGATGCTCTGATT
CGCATATTGACTCCGAGACGCTCCATTGATATTATGCGAGACGTTCATGCTGCCAAAGAA
CAGAGGAGGCCTTATGTGGTCGTGTTTGTTGGAGTCAACGGAGTTGGGAAATCCACCAAT
CTGGCCAAAGTGGCGTATTGGCTTCAGCAGCATAAGGTCAGTGTAATGATGGCTGCTCGT
GACACATTCCGTTCTGGTGCTGTTGAGCAGTTGAGGACTCATGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DH10TF U 1
AF RR1GT51TF U 170
BS 1 302 RR1DH10TF
BS 303 303 RR1GT51TF
BS 304 631 RR1DH10TF
BS 632 706 RR1GT51TF

RD RR1DH10TF 631 0 0
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AAGAAGAAGGGATGGTTTTCTACGGTTTTCCAGAGTATTACTGGGAAGGCGAATCTTGAA
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GCTGAAGAGATAGCTGAGAAGCTTTGTGAATCAGTGGAAGCAAGTCTTGAAGGAAAGAAG
TTGGCATCGTTCACGAGGATCTCCTCAACCGTTCAGGGAGCAATGGAGGATGCTCTGATT
CGCATATTGACTCCGAGACGCTCCATTGATATTATGCGAGACGTTCATGCTGCCAAAGAA
CAGAGGAGGCCTTATGTGGTCGTGTTTGTTGGAGTCAACGGAGTTGGGAAATCCACCAAT
CTGGCCAAAGTGGCGTATTGGCTTCAGCAGC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1GT51TF 537 0 0
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CCAAGAATGTGGCTGAAGAGATAGCTGAGAAGCTTTGTGAATCAGTGGAAGCAAGTCTTG
AAGGAAAGAAGTTGGCATCGTTCACGAGGATCTCCTCAACCGTTCAGGGAGCAATGGAGG
ATGCTCTGATTCGCATATTGACTCCGAGACGCTCCATTGATATTATGCGAGACGTTCATG
CTGCCAAAGAACAGAGGAGGCCTTATGTGGTCGTGTTTGTTGGAGTCAACGGAGTTGGGA
AATCCACCAATCTGGCCAAAGTGGCGTATTGGCTTCAGCAGCATAAGGTCAGTGTAATGA
TGGCTGCTCGTGACACATTCCGTTCTGGTGCTGTTGAGCAGTTGAGGACTCATGCTC

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

CO CL5910Contig1 1581 2 4 U
GGATTTTACAATGGAGATAAGATCTGTGAGAAGAAAGAAGAAGAAGAGAGAAGAGATTAT
CAAAGTAGATAGGATCAGTAACCTCCCTGACTCTCTTCTTCATCAGATTCTTCTCTTACT
TCCTCTACAATCCGCAGCTATAACCAGCTCACTCTCGAAACGATGGAGATCTCTCTTTCT
CTCATTGCCTGATCTTGATTTCACTTCCATCAATGAAAACCCTAAACCACCATCTTTCTC
TTCAAACTCCATTTACCAACTGCTTTCTCTTCGTCATCACCGTGATGCCAACAATCTCAG
GTCACTTCGTTTCCGCACTCCAATCACATTCACGAGTCTCAACTCCTTGATCCGTTTAGC
TGTTACTCATCAGGTTCAAGAACTTGACGTTGAAGTCACTACCAGAGACTACTTCAACTT
CCCTCGCTGGATTGTTACATCACAAAAGTTAAGAGCCTTGAAGCTCAAGTCATCTTACCC
TGGTTTTAGATTACCTCCTTCATCATCAATCTTTGGAGGTTTTCAAAAACTCACCTCACT
CTCTTTGTCTCTTGTGATTCTGTACAACCAACCTCATCTCTCAGATTTCTTCACAGACCC
AAACTTTCCTCTCCTAGAGAAACTAGCCCTAGAAAATTGCTTAGGACTCAAGGAACTTAG
GGTTTGTTGCCGTCTTCTCCAAGAGTTTACTCTAAAAAAACTCTTTACAGCTTGATAGCT
TAGAGGTTTCTGGTAATAAACTTCATAGACTTAAAGGTAGTGAGTTGCTTCCATTCATAC
TCCAAGGAGAGCATTGTGAAGATTAACACTCCAAATCTCAAAACGTTCCTCTGGAACTTA
AACGCAGTCACTACAACTGTTCATTTCTTGGACAAGTTAGTTTGTCTGAGAAAGGCTTTC
GTTGGAGTTATGTTGCTTCATCAAGATATCAATTCTCAGACACAGTGCTTACTCACTCTC
TTGTCTGAACTCGGAAATTCCTATAAACTACAACTTGGAAACCAATCTGTAGAGATTTTG
TCAAGCAAGAAGGGATTAGTGAAGATTCATCTTCTACCTTTTCACAACATGAGATTCTTG
GAACTGCAAACACGTTTCGACAGACACAATGTTCAAGCACTGTCATGTTTGTTCAAGAGC
TGTCCAATGCTTAACATACTTCTTCTAAAAATCATTAATGATCAAACGAGTGAAAGAAGG
CAATGGAATAAGGACTTGTGGGATATGTCTAACTCAGAGATTCAGTACTGGGAATTTCAG
ACCTATGAAGTGGAATCTTTCTTGAACAATTTGGAGTTTGTGGAGATTCATGGATTCTTA
GAGTGTGAGAATGAGATGAGCCTTGCTATCTTTCTGCTGAGACATGGAAAGGCTTTGATC
AAGATGACTCTGAGATCAAGTTTCCTCTGTAGAGACAACCTTCGGAGACAGATGATAAGG
TCACAGTTAATGGGATTCTCAAAGGCATCTTCCAAAGCCAAAATCTCCTTCCATTAAAAG
TTATATGCATAATCACTCTCTGTCTGAGGTTGAGTAGCTATTACAGTTTTCTCTCTCTGT
TGAAAACATATATGCTTCAAG


BQ
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AF RR1AB19TF U 1
AF RR1AB19JQ C 742
BS 1 868 RR1AB19TF
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BS 870 890 RR1AB19TF
BS 891 1581 RR1AB19JQ

RD RR1AB19TF 890 0 0
GGATTTTACAATGGAGATAAGATCTGTGAGAAGAAAGAAGAAGAAGAGAGAAGAGATTAT
CAAAGTAGATAGGATCAGTAACCTCCCTGACTCTCTTCTTCATCAGATTCTTCTCTTACT
TCCTCTACAATCCGCAGCTATAACCAGCTCACTCTCGAAACGATGGAGATCTCTCTTTCT
CTCATTGCCTGATCTTGATTTCACTTCCATCAATGAAAACCCTAAACCACCATCTTTCTC
TTCAAACTCCATTTACCAACTGCTTTCTCTTCGTCATCACCGTGATGCCAACAATCTCAG
GTCACTTCGTTTCCGCACTCCAATCACATTCACGAGTCTCAACTCCTTGATCCGTTTAGC
TGTTACTCATCAGGTTCAAGAACTTGACGTTGAAGTCACTACCAGAGACTACTTCAACTT
CCCTCGCTGGATTGTTACATCACAAAAGTTAAGAGCCTTGAAGCTCAAGTCATCTTACCC
TGGTTTTAGATTACCTCCTTCATCATCAATCTTTGGAGGTTTTCAAAAACTCACCTCACT
CTCTTTGTCTCTTGTGATTCTGTACAACCAACCTCATCTCTCAGATTTCTTCACAGACCC
AAACTTTCCTCTCCTAGAGAAACTAGCCCTAGAAAATTGCTTAGGACTCAAGGAACTTAG
GGTTTGTTGCCGTCTTCTCCAAGAGTTTACTCTAAAAAAACTCTTTACAGCTTGATAGCT
TAGAGGTTTCTGGTAATAAACTTCATAGACTTAAAGGTAGTGAGTTGCTTCCATTCATAC
TCCAAGGAGAGCATTGTGAAGATTAACACTCCAAATCTCAAAACGTTCCTCTGGAACTTA
AACGCAGTCACTACAACTGTTCATTTCT*GGACAAGTTAGTTTGTCTGAG

QA 1 890 1 890
DS 

RD RR1AB19JQ 840 0 0
TTCATAGACTTAA*GGTAGTGAGTTGCTTCCATTCATACTCCAAGGAGAGCATTGTGAAG
ATTAACACTCCAAATCTCAAAACGTTCCTCTGGAACTTAAACGCAGTCACTACAACTGTT
CATTTCTTGGACAAGTTAGTTTGTCTGAGAAAGGCTTTCGTTGGAGTTATGTTGCTTCAT
CAAGATATCAATTCTCAGACACAGTGCTTACTCACTCTCTTGTCTGAACTCGGAAATTCC
TATAAACTACAACTTGGAAACCAATCTGTAGAGATTTTGTCAAGCAAGAAGGGATTAGTG
AAGATTCATCTTCTACCTTTTCACAACATGAGATTCTTGGAACTGCAAACACGTTTCGAC
AGACACAATGTTCAAGCACTGTCATGTTTGTTCAAGAGCTGTCCAATGCTTAACATACTT
CTTCTAAAAATCATTAATGATCAAACGAGTGAAAGAAGGCAATGGAATAAGGACTTGTGG
GATATGTCTAACTCAGAGATTCAGTACTGGGAATTTCAGACCTATGAAGTGGAATCTTTC
TTGAACAATTTGGAGTTTGTGGAGATTCATGGATTCTTAGAGTGTGAGAATGAGATGAGC
CTTGCTATCTTTCTGCTGAGACATGGAAAGGCTTTGATCAAGATGACTCTGAGATCAAGT
TTCCTCTGTAGAGACAACCTTCGGAGACAGATGATAAGGTCACAGTTAATGGGATTCTCA
AAGGCATCTTCCAAAGCCAAAATCTCCTTCCATTAAAAGTTATATGCATAATCACTCTCT
GTCTGAGGTTGAGTAGCTATTACAGTTTTCTCTCTCTGTTGAAAACATATATGCTTCAAG

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

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TTGTTCAGTTTTGTTTTCGTTTCTTCTCTTTAGATCTCTTTCTTTAAAGTCTTATCCTTT
GGATTCTGATTCGATATCTTCTGTTTTGTTTTAGATTTTATCACTTTCTTCAGAATCTCA
GTCTTTTCTTCTGATCTGGGTTTTTCTTCTCTCTGTTAACTTTAGCTGTTTGGTTGCAGA
AACTTGTGAGTGTAGATCAGTTGAAACCCTAACAAAGATTAGAAAAGAGAAACCTTTTTG
TCTCATTCTGAGAAATGGGTTCACAGATTGTTAAGATGGATTGAAAAGAAACAACCTTTT
CACCTACAGGTTGCTTGTCTAGTTGCTTGAGGCTTTTTGGTTTGGTAGAGAACTGAACTA
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CAAATGGTTCAGTAACAAGTAAAGAAGATGTGACAGAGAATGGAAGGAAGAGGAAGAAAG
CAGTAGAGTCTAAAGAGAGCAATGTAACCGAAGAGGAGAACGTGTTAGGTTCAAAATCAA
GCACAGATGATTCAGTGAAGTCATCTTTGTCGATAGGGTTTAGACAAGTTGGGAGCAGAA
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AAAAAAGAGCTTCTTAAAACTCTTTTGAAACCCGCCCTTTTGGGTTTTTTTATTGTTGAC
TTGAATCTCTTTTGTTGTTAGGACCCCTGAGTTTGATGCGGGTTGCGTTTCTGTTTCATA
TACATGGAATCGTAATTCGTAATTTTGGAT


BQ
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AF RR1D862TF U 1
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BS 554 990 RR1D862JQ

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TTGTTCAGTTTTGTTTTCGTTTCTTCTCTTTAGATCTCTTTCTTTAAAGTCTTATCCTTT
GGATTCTGATTCGATATCTTCTGTTTTGTTTTAGATTTTATCACTTTCTTCAGAATCTCA
GTCTTTTCTTCTGATCTGGGTTTTTCTTCTCTCTGTTAACTTTAGCTGTTTGGTTGCAGA
AACTTGTGAGTGTAGATCAGTTGAAACCCTAACAAAGATTAGAAAAGAGAAACCTTTTTG
TCTCATTCTGAGAAATGGGTTCACAGATTGTTAAGATGGATTGAAAAGAAACAACCTTTT
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GAGTTATGAGAAGAGGTAGAGGGAAAGGCAAGAGGCAGAATGCTACAGCTAGAGAAGATC
GTGGAAGCGGTGAAGAAGAAGAAGAAAAGATTCCAGCTTATAAGAGAAGAGGGAGGCCAC
AGAAGCCGGTGAA

QA 1 553 1 553
DS 

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AGGCTTTTTGGTTTGGTAGAGAACTGAACTAGAGTTATGAGAAGAGGTAGAGGGAAAGGC
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ATTCCAGCTTATAAGAGAAGAGGGAGGCCACAGAAGCCGGTGAAAGATGAAGCCGAAGGA
GAAGAAGAGATCTTAGAGAAGGATGATGATACAAATGGTTCAGTAACAAGTAAAGAAGAT
GTGACAGAGAATGGAAGGAAGAGGAAGAAAGCAGTAGAGTCTAAAGAGAGCAATGTAACC
GAAGAGGAGAACGTGTTAGGTTCAAAATCAAGCACAGATGATTCAGTGAAGTCATCTTTG
TCGATAGGGTTTAGACAAGTTGGGAGCAGAAGGAAGAACAAACCAAGACGAGCTGCAGAA
GCTGTTGTTGAATGTCATGGGTTTTGAAAAAAAAAAAGAGCTTCTTAAAACTCTTTTGAA
ACCCGCCCTTTTGGGTTTTTTTATTGTTGACTTGAATCTCTTTTGTTGTTAGGACCCCTG
AGTTTGATGCGGGTTGCGTTTCTGTTTCATATACATGGAATCGTAATTCGTAATTTTGGA
T

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL5912Contig1 929 2 2 U
GGAGTTTCTGGAGGTTGAAGAAGATGACTGATCCAAAGAAGGGGCGTGTACAATGGGACG
AAGCTAATATAGTGGAGATTGAATCTAACAAACCTGTTAGGCAGAAGATCACTGAACCTA
AGACTCCCTACCATCCCATGATTCATGATGATGATGATGATGATGTTGATGATGGTTTGT
CTATTTCTCTTTATTTAGTTACTGTTTTTGTTAGAGCTTATGATACACTTATGAGCGTGC
GTGTATCTGCTTATGTCATTGTCAATTATGGATATAGTGTTGATACATACTTGTCATCAT
CCAAATAACTAGTATGTGTTTCAGACATACTTTCTTTTTAATGATTGTACCAGGTACTTT
GTCTCCAAGAGGAGGAAGATCGTTCAACGAATGCGTTGATGATATGCAACGTGCGGAAGA
ACTGAAGAACGCTCTGAATGGTGGACCAGCTTCTTCCAGTAGAAATGCTAGCCAGGGCTC
TGGTTCTGGTGGTGGCTGGAGCTCGGCTGAGGATGAAGAAGCAAATCCAATGGATCAAGA
TGGTGAAGGTTTGGAAGGTGAGAAAAATGAGAGGTTCAGTGAACACAGAAGAGTGCATTA
CAATGAGTTCCACAAAGTGAAGGAACTTAGGTCCTTGGGGTCCTTCTATGATGATGAAGA
AGAAGAGGACGAGGATGATGATGGCTCGAAAGGAAGTGAAGCAGAGACAACAACCTCACC
ACACAGTAAAGACGTTAACAAAGAGGTAGACGCAGCTGGAAAGTCATCTTCATCCTCCAA
CTGATGATATGATATGATACCACTGTGTTCAATCAAAATGTGTACTCTTGTCCAGGTCTT
ATAGATCTCTCCCTCTCTATCTTTAAACTTTTTTGAAAGGAAGAGGAAACTATGTTATGT
TGTTACAGCATTTTAATGCAATTGCTTAC


BQ
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AF RR1H772TF U 1
AF RR1H772JQ C 212
BS 1 668 RR1H772TF
BS 669 929 RR1H772JQ

RD RR1H772TF 668 0 0
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AAGCTAATATAGTGGAGATTGAATCTAACAAACCTGTTAGGCAGAAGATCACTGAACCTA
AGACTCCCTACCATCCCATGATTCATGATGATGATGATGATGATGTTGATGATGGTTTGT
CTATTTCTCTTTATTTAGTTACTGTTTTTGTTAGAGCTTATGATACACTTATGAGCGTGC
GTGTATCTGCTTATGTCATTGTCAATTATGGATATAGTGTTGATACATACTTGTCATCAT
CCAAATAACTAGTATGTGTTTCAGACATACTTTCTTTTTAATGATTGTACCAGGTACTTT
GTCTCCAAGAGGAGGAAGATCGTTCAACGAATGCGTTGATGATATGCAACGTGCGGAAGA
ACTGAAGAACGCTCTGAATGGTGGACCAGCTTCTTCCAGTAGAAATGCTAGCCAGGGCTC
TGGTTCTGGTGGTGGCTGGAGCTCGGCTGAGGATGAAGAAGCAAATCCAATGGATCAAGA
TGGTGAAGGTTTGGAAGGTGAGAAAAATGAGAGGTTCAGTGAACACAGAAGAGTGCATTA
CAATGAGTTCCACAAAGTGAAGGAACTTAGGTCCTTGGGGTCCTTCTATGATGATGAAGA
AGAAGAGG

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1H772JQ 718 0 0
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ATATAGTGTTGATACATACTTGTCATCATCCAAATAACTAGTATGTGTTTCAGACATACT
TTCTTTTTAATGATTGTACCAGGTACTTTGTCTCCAAGAGGAGGAAGATCGTTCAACGAA
TGCGTTGATGATATGCAACGTGCGGAAGAACTGAAGAACGCTCTGAATGGTGGACCAGCT
TCTTCCAGTAGAAATGCTAGCCAGGGCTCTGGTTCTGGTGGTGGCTGGAGCTCGGCTGAG
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AGGTTCAGTGAACACAGAAGAGTGCATTACAATGAGTTCCACAAGGTGAAGGAACTTAGG
TCCTTGGGGTCCTTCTATGATGATGAAGAAGAAGAGGACGAGGATGATGATGGCTCGAAA
GGAAGTGAAGCAGAGACAACAACCTCACCACACAGTAAAGACGTTAACAAAGAGGTAGAC
GCAGCTGGAAAGTCATCTTCATCCTCCAACTGATGATATGATATGATACCACTGTGTTCA
ATCAAAATGTGTACTCTTGTCCAGGTCTTATAGATCTCTCCCTCTCTATCTTTAAACTTT
TTTGAAAGGAAGAGGAAACTATGTTATGTTGTTACAGCATTTTAATGCAATTGCTTAC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5914Contig1 1040 2 2 U
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TCTCACGCCCAGCCTTTACTTCTTCTCTTTGTTTCCCTCTTTTTTATACCAGCTGCTTTC
GGCACAAACATCGAATTCTATAACCGCCCCCCAGACAATATAAATTCGGGTGTCGTTAAG
GTCACTAAAGTGGAGATAATTCCGTACCCGATTAATTTTCACGATAATCCAATATTTAAG
ATAACCGGTGTTACATCCGAAAGCCTCGGAGAGAGATTGTTATTTGTGTATTTTAATCTC
GGACGCGAGAATGGTGTAGGGAGTTTATCGAGTAGATATTACAACCTCTGTCATGTAACA
AAATGTCCTATTGCGCCTGGCCCCTTTGTGCTTACTTTAACTAACATATACTCCGTGCAG
AGGAATGATCATCTATCAGGAGAATATAATATTTCAATGTACCTTCACGAATCGCTGTCA
GCTATGTCGCTGTCAAGCATGTGCACAAGTTTCAAGTTTCACGCCAGTGCTTTGGCGGAA
TTCACCAACATCCAGATAGCTGATGGCGCTAATGCCAGTAAAGTGGAAATCTTGCCATTT
CACGTTACTGTTAAGGATAATCCAGTCTTTAGGATAACCGCTGTTACACCCAAAACCATC
TCATCTTCTTCAACGTTATCAGCAATAATGATTTTCGAGGGAGGATCAGAGCTATTTCCC
AGGTTTTCGAGAAGGGGTTACAAACTCTGTGATTCTAGCTACCACTGCCCAGTTTTACCT
GGTCCCTTTGTGCTTACTATTCCTCACCCATACTGGAGGTACAAGATGGAAGCAGGTAGA
TATCGTGTTGAAGTCCAGATTGTAAACCAGAACTTTCCGTTCCACGTAACTATGAACCTC
CTTTTCTGGTTTCGGGTTAGTGAAGCCTAGCTAGAGAGTGAAACTATATGTTTGAAAGAG
TCTCTCTCTGGTGTATGATAATACAATCACTATGTTTGTATCCTTTTTATGTCATCCAAC
AAATAAATAAGCGTTGTTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU05TF U 1
AF RR1CU05JQ C 223
BS 1 684 RR1CU05TF
BS 685 1040 RR1CU05JQ

RD RR1CU05TF 684 0 0
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TCTCACGCCCAGCCTTTACTTCTTCTCTTTGTTTCCCTCTTTTTTATACCAGCTGCTTTC
GGCACAAACATCGAATTCTATAACCGCCCCCCAGACAATATAAATTCGGGTGTCGTTAAG
GTCACTAAAGTGGAGATAATTCCGTACCCGATTAATTTTCACGATAATCCAATATTTAAG
ATAACCGGTGTTACATCCGAAAGCCTCGGAGAGAGATTGTTATTTGTGTATTTTAATCTC
GGACGCGAGAATGGTGTAGGGAGTTTATCGAGTAGATATTACAACCTCTGTCATGTAACA
AAATGTCCTATTGCGCCTGGCCCCTTTGTGCTTACTTTAACTAACATATACTCCGTGCAG
AGGAATGATCATCTATCAGGAGAATATAATATTTCAATGTACCTTCACGAATCGCTGTCA
GCTATGTCGCTGTCAAGCATGTGCACAAGTTTCAAGTTTCACGCCAGTGCTTTGGCGGAA
TTCACCAACATCCAGATAGCTGATGGCGCTAATGCCAGTAAAGTGGAAATCTTGCCATTT
CACGTTACTGTTAAGGATAATCCAGTCTTTAGGATAACCGCTGTTACACCCAAAACCATC
TCATCTTCTTCAACGTTATCAGCA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1CU05JQ 818 0 0
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TTTGTGTATTTTAATCTCGGACGCGAGAATGGTGTAGGGAGTTTATCGAGTAGATATTAC
AACCTCTGTCATGTAACAAAATGTCCTATTGCGCCTGGCCCCTTTGTGCTTACTTTAACT
AACATATACTCCGTGCAGAGGAATGATCATCTATCAGGAGAATATAATATTTCAATGTAC
CTTCACGAATCGCTGTCAGCTATGTCGCTGTCAAGCATGTGCACAAGTTTCAAGTTTCAC
GCCAGTGCTTTGGCGGAATTCACCAACATCCAGATAGCTGATGGCGCTAATGCCAGTAAA
GTGGAAATCTTGCCATTTCACGTTACTGTTAAGGATAATCCAGTCTTTAGGATAACCGCT
GTTACACCCAAAACCATTTCATTTTCTTCAACGTTATCAGCAATAATGATTTTCGAGGGA
GGATCAGAGCTATTTCCCAGGTTTTCGAGAAGGGGTTACAAACTCTGTGATTCTAGCTAC
CACTGCCCAGTTTTACCTGGTCCCTTTGTGCTTACTATTCCTCACCCATACTGGAGGTAC
AAGATGGAAGCAGGTAGATATCGTGTTGAAGTCCAGATTGTAAACCAGAACTTTCCGTTC
CACGTAACTATGAACCTCCTTTTCTGGTTTCGGGTTAGTGAAGCCTAGCTAGAGAGTGAA
ACTATATGTTTGAAAGAGTCTCTCTCTGGTGTATGATAATACAATCACTATGTTTGTATC
CTTTTTATGTCATCCAACAAATAAATAAGCGTTGTTGG

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 2

CO CL5915Contig1 145 2 1 U
GTGTTATATCTTTTCTTTTATTCTTCTTTGGTGGTGTTCAAAATGGTGTGTCACAGTTGA
GAAGGACAGCTTGGTCTCTCTCGTTTGCAGTTCTTGTTGTTTAGTCCTTTTGATTGTAGA
TTCTTTTAATTCATTGGCTTCTAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AO88JQ C 1
AF RR1AO88TF U 1
BS 1 145 RR1AO88TF

RD RR1AO88JQ 145 0 0
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GAAGGACAGCTTGGTCTCTCTCGTTTGCAGTTCTTGTTGTTTAGTCCTTTTGATTGTAGA
TTCTTTTAATTCATTGGCTTCTAAC

QA 1 145 1 145
DS 

RD RR1AO88TF 145 0 0
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GAAGGACAGCTTGGTCTCTCTCGTTTGCAGTTCTTGTTGTTTAGTCCTTTTGATTGTAGA
TTCTTTTAATTCATTGGCTTCTAAC

QA 1 145 1 145
DS 



AS 1 2

CO CL5916Contig1 1490 2 6 U
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TAACCGCAACAGCCAAGAGGAGGAAGAGATGAGGTGGCAGTACATGAGGAAGAGAGTGTT
GCAGAAGCTTCACAGGTTGTTCGGTGGATCTGATGAAGACAACTACGCTTTGAGCTTAGA
GAACGTTACTGCTACTGAGATGTTCTTCTTGGCTTCCATGTATTTCTTTTTTAATCACAG
AGAAGGTGGTCCGGGGAGGTGTTACGCTTCGGGGAGACACGTGTGGTTATCAGATGCGGT
TAACTCCGGTTCTGATTACTGTTTCAGGTCTTTTATGGTTAAGAGAGCTGGGATCAGGAC
GGTTGTTATGGTTCCTACTGACGCTGGTGTTCTCGAGCTTGGTTCCGTTTGGTCTTTGCC
TGAGAATGTAGAGTTGGTTAAGTCTGTTCAAGGTTTGTTCATGAGGAGAGTTAAGCCGCC
GCCTTCGGTGGTGGTTCACAAGCTTTTCGGACAAGAACTGAATAGCTCGCATCAAGTGCA
AGAGAATGTGAGCGTGGTTGCTGTAGAGGATAAGAATCACAAGGTGAAGAAGACTTCTTG
TACAGAGACAAGACCAGCGAGTTTAACAGGAGCAGTGTCTGTTGTGGAGGAGAAGAGACC
GAGGAAACGAGGGAGGAAGCCTGCAAACGGGAGAGAAGAGGCGTTGAACCATGTGGAAGC
TGAGAGGCAGAGACGAGAGAAGCTTAACCAGAGATTCTACGCTTTACGAGCTGTTGTTCC
AAACATTTCTAAGATGGACAAGGCTTCTCTTCTTGGAGACGCCATCTCTTACATCAAAGA
GCTTCGAGAGAAGGTAAAGATCATTGAAGCCGAAGGAGTTGGAACAGAGACCACTGGGGC
AGAAGAGAGTCACGAAGTTGTTGACATTCAAGCTGGGGAAGAAGAGGTTGTTGTGAGAGT
GATCTCACCGTTGGAGTCGCATCCAGCTTCGAGAATCATACAAGCATTGAGAAACTCAGA
GGTTATGGAATCTAATCTTTCATTAGCTGAAGACACATTGTTTCACACTTTTGTGGTAAA
GTCTAATAACAACGGGTCTGATCCGTTGACGAAAGAGAAGCTTATAGCAGCGGCTTACCC
GCCAACCAGCTTGACACAGCACCTGCTACCACCATCTTCTACTTCACAGGTTTCTGGTGA
TTTGTAGCTTTCAAGCTTCTTCTCTTGTGCAGGTATAGGAAGACTTGAGGTTCAAGTAGA
AATTAGATAAAAACGTTTTATTTGTTTTTTCTCTTTCTTAGGTGAAAAGTAATCCAATTT
TCATATAGTAATTTTCTAACGTTGTAATCTATTAAAGTGAAAGTAATACAGTCTTCCTGA
TGCGAGAGAGAAGCTAGTTAAGTCATTAGTTTTACATATTTGTATCTTGAAATTATTATT
TTTGTCCAAATCAAATAAATAAGAAAAATATAATTTGACCTTTTTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AB13TF U 1
AF RR1AB13JQ C 692
BS 1 782 RR1AB13TF
BS 783 783 RR1AB13JQ
BS 784 837 RR1AB13TF
BS 838 838 RR1AB13JQ
BS 839 847 RR1AB13TF
BS 848 1490 RR1AB13JQ

RD RR1AB13TF 847 0 0
GGCTTGGGGAGACGGGTGTTGCCGCGAGCCCAAGGAAGAGGAAGAATCCACCTTCTGTTA
TAACCGCAACAGCCAAGAGGAGGAAGAGATGAGGTGGCAGTACATGAGGAAGAGAGTGTT
GCAGAAGCTTCACAGGTTGTTCGGTGGATCTGATGAAGACAACTACGCTTTGAGCTTAGA
GAACGTTACTGCTACTGAGATGTTCTTCTTGGCTTCCATGTATTTCTTTTTTAATCACAG
AGAAGGTGGTCCGGGGAGGTGTTACGCTTCGGGGAGACACGTGTGGTTATCAGATGCGGT
TAACTCCGGTTCTGATTACTGTTTCAGGTCTTTTATGGTTAAGAGAGCTGGGATCAGGAC
GGTTGTTATGGTTCCTACTGACGCTGGTGTTCTCGAGCTTGGTTCCGTTTGGTCTTTGCC
TGAGAATGTAGAGTTGGTTAAGTCTGTTCAAGGTTTGTTCATGAGGAGAGTTAAGCCGCC
GCCTTCGGTGGTGGTTCACAAGCTTTTCGGACAAGAACTGAATAGCTCGCATCAAGTGCA
AGAGAATGTGAGCGTGGTTGCTGTAGAGGATAAGAATCACAAGGTGAAGAAGACTTCTTG
TACAGAGACAAGACCAGCGAGTTTAACAGGAGCAGTGTCTGTTGTGGAGGAGAAGAGACC
GAGGAAACGAGGGAGGAAGCCTGCAAACGGGAGAGAAGAGGCGTTGAACCATGTGGAAGC
TGAGAGGCAGAGACGAGAGAAGCTTAACCAGAGATTCTACGCTTTACGAGCTGTTGTTCC
AA*CATTTCTAAGATGGACAAGGCTTCTCTTCTTGGAGACGCCATCTCTTACATCAA*GA
GCTTCGA

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1AB13JQ 799 0 0
AGAGAAGAGGCGTTGAACCATGTGGAAGCTGAGAGGCAGAGACGAGAGAAGCTTAACCAG
AGATTCTACGCTTTACGAGCTGTTGTTCCAAACATTTCTAAGATGGACAAGGCTTCTCTT
CTTGGAGACGCCATCTCTTACATCAAAGAGCTTCGAGAGAAGGTAAAGATCATTGAAGCC
GAAGGAGTTGGAACAGAGACCACTGGGGCAGAAGAGAGTCACGAAGTTGTTGACATTCAA
GCTGGGGAAGAAGAGGTTGTTGTGAGAGTGATCTCACCGTTGGAGTCGCATCCAGCTTCG
AGAATCATACAAGCATTGAGAAACTCAGAGGTTATGGAATCTAATCTTTCATTAGCTGAA
GACACATTGTTTCACACTTTTGTGGTAAAGTCTAATAACAACGGGTCTGATCCGTTGACG
AAAGAGAAGCTTATAGCAGCGGCTTACCCGCCAACCAGCTTGACACAGCACCTGCTACCA
CCATCTTCTACTTCACAGGTTTCTGGTGATTTGTAGCTTTCAAGCTTCTTCTCTTGTGCA
GGTATAGGAAGACTTGAGGTTCAAGTAGAAATTAGATAAAAACGTTTTATTTGTTTTTTC
TCTTTCTTAGGTGAAAAGTAATCCAATTTTCATATAGTAATTTTCTAACGTTGTAATCTA
TTAAAGTGAAAGTAATACAGTCTTCCTGATGCGAGAGAGAAGCTAGTTAAGTCATTAGTT
TTACATATTTGTATCTTGAAATTATTATTTTTGTCCAAATCAAATAAATAAGAAAAATAT
AATTTGACCTTTTTTTCTC

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL5917Contig1 413 2 10 U
TTTATTTGATTTGATTAGGGGTTAATTATTTCCACTTATTAATCATACAAATATACTTCA
CGCAACAAACCATAGGATATTAATATATTATTCTCAAGCTACACACATATAAAATACATG
CATGAACATACCCACACATGCAGTATGGATATGAAATCATAAAGCACATACAAAATCACC
ATTTTTCTCATCTTCATCATCATCATCCACCTCATCATCAATATCATCAAAATCAATCAT
GCTTCCATCTATTAACCCTAATCCACCATTAGCATCATTCTTACCATTCACATCCTTTCT
CCCCTCTTCTATTATCTTCACTATTTCTTCAACACTCTGTCTACTCTTCTCTTCTTCTTC
TTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCACTATTTTCTTTTCTGAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ER60JQ U 1
AF RR1DW52JQ U 107
BS 1 131 RR1ER60JQ
BS 132 132 RR1DW52JQ
BS 133 161 RR1ER60JQ
BS 162 162 RR1DW52JQ
BS 163 230 RR1ER60JQ
BS 231 231 RR1DW52JQ
BS 232 301 RR1ER60JQ
BS 302 302 RR1DW52JQ
BS 303 408 RR1ER60JQ
BS 409 413 RR1DW52JQ

RD RR1ER60JQ 408 0 0
TTTATTTGATTTGATTAGGGGTTAATTATTTCCACTTATTAATCATACAAATATACTTCA
CGCAACAAACCATAGGATATTAATATATTATTCTCAAGCTACACACATATAAAATACATG
CATGAACATACGCACACATGCAGTATGGATATGAAATCATAGAGCACATACAAAATCACC
ATTTTTCTCATCTTCATCATCATCATCCACCTCATCATCAATATCATCAAGATCAATCAT
GCTTCCATCTATTAACCCTAATCCACCATTAGCATCATTCTTACCATTCACATCCTTTCT
CGCCTCTTCTATTATCTTCACTATTTCTTCAACACTCTGTCTACTCTTCTCTTCTTCTTC
TTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCACTATTTTCTTTTCTGA

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR1DW52JQ 307 0 0
ATAA
AAAATACATGCATGAACATACCCACACATGCAGTATGGATATGAAATCATAAAGCACATA
CAAAATCCCCATTTTTCTCATCTTCATCATCATCATCCACCTCATCATCAATATCATCAA
AATCAATCATGCTTCCATCTATTAACCCTAATCCACCATTAGCATCATTCTTACCATTCA
CATCCTTTCTCCCCTCTTCTATTATCTTCACTATTTCTTCAACACTCTGTCTACTCTTCT
CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCACTATTTTCTTTTCTGAAA
AAA

QA 5 307 5 307
DS 



AS 1 2

CO CL5918Contig1 933 2 4 U
GGAGAGTGGTGAAATCGATGGCGGATTATCATTTCGTGTACAAGGACGTGGAAGGAACGT
CGACGCAATGGGACGATATCCAGCGGAAGCTGGGGAATCTCCCGGAGAAGGCTCCGGCGT
TCAAACCTCCGGCTTATACTCCGGAGCAAGACGTGTCTTCAGCTCCAAAGGACCAAGCTT
GGTTCGATAAGAAAACAGAGGAGGAGCTTGAGGATCTTGAGGACGACAAGGGTCTCGACG
ACGATCGCTTCCTCGAAGAATACAGGAAGAAGAGGTTAACAGAGTTGAGAGAAGCTGCTA
AAGTTAGGAGGTATGGATCAGTGACTCCCATCTCGAGCTCTGACTTCGTGCGGGAGGTTA
CACAAGCTTCTGCTGAAGTTTGGGTTGTTCTCTGTCTCTACAAAGATGGTTTTGCAGAGT
GTGGTTTGCTATTGGGTTGTCTAGATGAATTGGCTGGCAGATACCCGGCAACGAAGTTTG
TTAAGATTATATCCACTGATTGTATTCCTAACTACCCTGATTGCAATCTGCCTACCTTGT
TGGTGTACCATCACGGCGCCGTTAAAGGAACCCATGTAGGCTTGAAGAGTGTTGGCCGTA
GGTGCACCCCAGGAGTGTAGCCTTAATTTTGTGTCAGTCGGAGTCGGTTCTTAACGATGG
CAAAAGTGGAGACGATGATTCTTCAAGGGAGGCTGTGATGGCTGGAGTTCGAAGACAGTT
CATAGAACGAGTGGTGAAAGACCATGAAGATAAGGATAATGATGATGATGGTTACAATAG
CAATTAGATAACTCTTAAAGCTTCTCTATTTTTTCTCTGTTTGTTTTGCTTGTTGCGGTT
GTGACCGGTAAACACAAAAGTGTTGATTTCATTTGTGTTGTAATACTTTCTCAAAAGTCT
TCTTGTTATTTTAAATGAACCAATCTTCTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP84TF U 1
AF RR1DP84JQ C 255
BS 1 601 RR1DP84TF
BS 602 602 RR1DP84JQ
BS 603 636 RR1DP84TF
BS 637 933 RR1DP84JQ

RD RR1DP84TF 636 0 0
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CGACGCAATGGGACGATATCCAGCGGAAGCTGGGGAATCTCCCGGAGAAGGCTCCGGCGT
TCAAACCTCCGGCTTATACTCCGGAGCAAGACGTGTCTTCAGCTCCAAAGGACCAAGCTT
GGTTCGATAAGAAAACAGAGGAGGAGCTTGAGGATCTTGAGGACGACAAGGGTCTCGACG
ACGATCGCTTCCTCGAAGAATACAGGAAGAAGAGGTTAACAGAGTTGAGAGAAGCTGCTA
AAGTTAGGAGGTATGGATCAGTGACTCCCATCTCGAGCTCTGACTTCGTGCGGGAGGTTA
CACAAGCTTCTGCTGAAGTTTGGGTTGTTCTCTGTCTCTACAAAGATGGTTTTGCAGAGT
GTGGTTTGCTATTGGGTTGTCTAGATGAATTGGCTGGCAGATACCCGGCAACGAAGTTTG
TTAAGATTATATCCACTGATTGTATTCCTAACTACCCTGATTGCAATCTGCCTACCTTGT
TGGTGTACCATCACGGCGCCGTTAAAGGAACCCATGTAGGCTTGAAGAGTGTTGGCCGTA
G*TGCACCCCAGGAGTGTAGCCTTAATTTTGTGTCA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1DP84JQ 679 0 0
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GGATCAGTGACTCCCATCTCGAGCTCTGACTTCGTGCGGGAGGTTACACAAGCTTCTGCT
GAAGTTTGGGTTGTTCTCTGTCTCTACAAAGATGGTTTTGCAGAGTGTGGTTTGCTATTG
GGTTGTCTAGATGAATTGGCTGGCAGATACCCGGCAACGAAGTTTGTTAAGATTATATCC
ACTGATTGTATTCCTAACTACCCTGATTGCAATCTGCCTACCTTGTTGGTGTACCATCAC
GGCGCCGTTAAAGGAACCCATGTAGGCTTGAAGAGTGTTGGCCGTAGGTGCACCCCAGGA
GTGTAGCCTTAATTTTGTGTCAGTCGGAGTCGGTTCTTAACGATGGCAAAAGTGGAGACG
ATGATTCTTCAAGGGAGGCTGTGATGGCTGGAGTTCGAAGACAGTTCATAGAACGAGTGG
TGAAAGACCATGAAGATAAGGATAATGATGATGATGGTTACAATAGCAATTAGATAACTC
TTAAAGCTTCTCTATTTTTTCTCTGTTTGTTTTGCTTGTTGCGGTTGTGACCGGTAAACA
CAAAAGTGTTGATTTCATTTGTGTTGTAATACTTTCTCAAAAGTCTTCTTGTTATTTTAA
ATGAACCAATCTTCTTATC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL5919Contig1 793 2 2 U
GACCATAGGATTCAACACTGGTGAGCCTCAAATACAACTCTACTTCCTTCTTGGTCTTGT
TTATGCAGCAGTTAGCCCCATCCTTCTTCCCTTCATCATCCTCTTCTTCGCCCTGGCTTA
CGTCGTGTACCGTCATCAGGTTATAAACGTGTATAACCAAAAGTATGAGAGCGCAGGGAA
GTTCTGGCCTGACGTCCACAGGCGTGTGGTGACCGCACTGATCGTTTCGCAACTTCTCTT
GATGGGTCTACTAAGCACGAAAGGAGCTCATAAGTCTACTCCTTTGCTTCTTGTGCTTCC
GGTTCTAACCATTGGGTTTCACATCCACTGCAAATGCCGTTACCAATCCGCCTTTGTCAC
TTACTCTTTAAAGGAAGCGATGATCAAAGATACACTGGAGCGCACACGTGAGCCAAACCT
AAACCTTAAGGCTTTCTTTCGAAATGCGTACGCCCACCCAGAGTTCAGAGTTGGAGAAAA
TCTAGATCTAGAGATGGCCATGGAGAAGCCTGATAAGCTACCAGAGCTAGTGGCCACTAA
GCGTGGTTCATGGAGGAATACATCTTTGCCTAGTAAACATATCTGACATTATTCACCACC
CGAGCTTTGTTTTTCAACCTTTTAACTGTGATTCTTTTATGCTCTATGTACATATGAGTG
ACTCTACTACATATCAACATTTTTACTTTCATCAACTTATTTTAAACTTCCAAGGGTTAG
CGTGACTAAGATTTTGTACATTTTAATTCTCAATTTTTAAAAAAGAAATAGATTATTATG
TACGTTTGTGGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB69TF U 1
AF RR1GB69JQ C 237
BS 1 694 RR1GB69TF
BS 695 793 RR1GB69JQ

RD RR1GB69TF 694 0 0
GACCATAGGATTCAACACTGGTGAGCCTCAAATACAACTCTACTTCCTTCTTGGTCTTGT
TTATGCAGCAGTTAGCCCCATCCTTCTTCCCTTCATCATCCTCTTCTTCGCCCTGGCTTA
CGTCGTGTACCGTCATCAGGTTATAAACGTGTATAACCAAAAGTATGAGAGCGCAGGGAA
GTTCTGGCCTGACGTCCACAGGCGTGTGGTGACCGCACTGATCGTTTCGCAACTTCTCTT
GATGGGTCTACTAAGCACGAAAGGAGCTCATAAGTCTACTCCTTTGCTTCTTGTGCTTCC
GGTTCTAACCATTGGGTTTCACATCCACTGCAAATGCCGTTACCAATCCGCCTTTGTCAC
TTACTCTTTAAAGGAAGCGATGATCAAAGATACACTGGAGCGCACACGTGAGCCAAACCT
AAACCTTAAGGCTTTCTTTCGAAATGCGTACGCCCACCCAGAGTTCAGAGTTGGAGAAAA
TCTAGATCTAGAGATGGCCATGGAGAAGCCTGATAAGCTACCAGAGCTAGTGGCCACTAA
GCGTGGTTCATGGAGGAATACATCTTTGCCTAGTAAACATATCTGACATTATTCACCACC
CGAGCTTTGTTTTTCAACCTTTTAACTGTGATTCTTTTATGCTCTATGTACATATGAGTG
ACTCTACTACATATCAACATTTTTACTTTCATCA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1GB69JQ 557 0 0
TCTTGATGGGTCTACTAAGCACGAAAGGAGCTCATAAGTTTACTCCTTTGCTTCTTGTGC
TTCCGGTTCTAACCATTGGGTTTCACATCCACTGCAAATGCCGTTACCAATCCGCCTTTG
TCACTTACTCTTTAAAGGAAGCGATGATCAAAGATACACTGGAGCGCACACGTGAGCCAA
ACCTAAACCTTAAGGCTTTCTTTCGAAATGCGTACGCCCACCCAGAGTTCAGAGTTGGAG
AAAATCTAGATCTAGAGATGGCCATGGAGAAGCCTGATAAGCTACCAGAGCTAGTGGCCA
CTAAGCGTGGTTCATGGAGGAATACATCTTTGCCTAGTAAACATATTTGACATTATTCAC
CACCCGAGCTTTGTTTTTCAACCTTTTAACTGTGATTCTTTTATGCTCTATGTACATATG
AGTGACTTTACTACATATCAACATTTTTACTTTCATCAACTTATTTTAAACTTCCAAGGG
TTAGCGTGACTAAGATTTTGTACATTTTAATTCTCAATTTTTAAAAAAGAAATAGATTAT
TATGTACGTTTGTGGGG

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

CO CL5920Contig1 795 2 2 U
GGGCACAGGTCCTGCCATGAAGGTTGAGAAGGCACATGATGCTGATCTTCACTGTGTCGA
TTGGAATCCTCATGACAACAATCTGATCCTGACAGGGTCAGCAGATAACACTGTCCGTTT
GTTCGACCGCCGAAACCTGACCTCAAATGGAGTTGGCTCTCCTATCTACAAATTTGAAGG
CCACAAAGCTTCTGTTCTTTCTGTTCAGTGGTCTCCTGATAAATTATCTGTTTTTGGGAG
TTCTGCAGAAGATGGTCTCTTGAACATATGGGATTATGATAAAGTGGGCAGGAAGCCTGC
GCGTGCACCCAAAAGCCCTGCTGGACTTTTCTTCCAGCATGCTGGTCACAGGGACAACGT
GGTCGACTTCCACTGGAACGTATTGGAACCTTGGACTATTGTCAGTGTTTCTGGTAACTG
TGAGAGTAACGGTGGGGGTGGTACGCTGCAGATATGGCGGATGAGCGACTTGATTTACAG
ACCGGAAGATGAAGTACTGACAGAGCTAGAGAACTTCAAGTCACAGGTTTTCTCATGCGC
CTCCAGGCCTTGTTGAGGAAGCAAACCCCGTGACTATTAGTACGTTGACGTGGTTTAGGT
GTCTTCAGTTTTTTTGCGGAGGAACATTTGGCTCACGTATATGCGGTTTAAATATTAATG
TTGGGGATGGATTACTTTGGTATATGTACGCCAGTAATTTAAAAATATTTGGTAGGCTTA
GGGCACTTCCGGAATCGTGTAGGGTAACCATTGTCGTGAATCACAAATCAAGAATTGAAG
TACTTGACTTGACAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H814TF U 1
AF RR1H814JQ C 368
BS 1 594 RR1H814TF
BS 595 795 RR1H814JQ

RD RR1H814TF 594 0 0
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TTGGAATCCTCATGACAACAATCTGATCCTGACAGGGTCAGCAGATAACACTGTCCGTTT
GTTCGACCGCCGAAACCTGACCTCAAATGGAGTTGGCTCTCCTATCTACAAATTTGAAGG
CCACAAAGCTTCTGTTCTTTCTGTTCAGTGGTCTCCTGATAAATTATCTGTTTTTGGGAG
TTCTGCAGAAGATGGTCTCTTGAACATATGGGATTATGATAAAGTGGGCAGGAAGCCTGC
GCGTGCACCCAAAAGCCCTGCTGGACTTTTCTTCCAGCATGCTGGTCACAGGGACAACGT
GGTCGACTTCCACTGGAACGTATTGGAACCTTGGACTATTGTCAGTGTTTCTGGTAACTG
TGAGAGTAACGGTGGGGGTGGTACGCTGCAGATATGGCGGATGAGCGACTTGATTTACAG
ACCGGAAGATGAAGTACTGACAGAGCTAGAGAACTTCAAGTCACAGGTTTTCTCATGCGC
CTCCAGGCCTTGTTGAGGAAGCAAACCCCGTGACTATTAGTACGTTGACGTGGT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1H814JQ 428 0 0
TTCCACTGGAACGTATTGGAACCTTGGACTATTGTCAGTGTTTCTGGTAACTGTGAGAGT
AACGGTGGGGGTGGTACGCTGCAGATATGGCGGATGAGCGACTTGATTTACAGACCGGAA
GATGAAGTACTGACAGAGCTAGAGAACTTCAAGTCACAGGTTTTTTCATGCGCCTCCAGG
CCTTGTTGAGGAAGCAAACCCCGTGACTATTAGTACGTTGACGTGGTTTAGGTGTCTTCA
GTTTTTTTGCGGAGGAACATTTGGCTCACGTATATGCGGTTTAAATATTAATGTTGGGGA
TGGATTACTTTGGTATATGTACGCCAGTAATTTAAAAATATTTGGTAGGCTTAGGGCACT
TCCGGAATCGTGTAGGGTAACCATTGTCGTGAATCACAAATCAAGAATTGAAGTACTTGA
CTTGACAC

QA 1 428 1 428
DS 



AS 1 2

CO CL5921Contig1 1013 2 6 U
GGAATTCAAACTACTTGCAGTCTCCTTTCAGCGAACACAAATCGCGACACCAATGGCGGC
GACAGAGGAAGAGATGCCGACGACGACGAAGGAAGGCGCCAACCTACTGGGGAAGCCAAA
GTATAAGAAGCTGGAGAACGGGAGATTCAGATGCGTGCAAACGGGTCACGAGCTCCTCGA
GAAAGACAAGAAGGTCTATTCAGAGTGCAAACGGTGCCGTTTAGGGCTTATCGACCACGC
CTTGTCCCACAGCAAGCCCCCTCTTAACTTGTTTGAGAAAGACCCTAGCTCTCGTTCAAA
GCTGCTGTGTAAGCTTACGGGTGACACGGTGAACAAGACTGAGGAGCATATTTGGAAGCA
TATCAATGGACGCCGCTTCCTTAACAAGCTAGAGGAGAAGGAATGAGAGAAAGAATCTGG
GATTGTTCCTGAGGAAGGTGGAGAAACTGTGGCGAAAGAGGATGGCGTGAAGGAAGGGAA
GAAGAAGAACAAAAAGAAGAAGAAGAAGGATAAGAAAAAAAGAAGAACAAGGAGTTAGAT
AAAAAGGAAGAGAGTGGAGAGGATGTTACTGATGGAGCTGAACATGGAAATGATGAAGAT
GTTGAGGAGAGAGAGCTTGACTTTTGGATGCCACCAGATGGAGAGAGGTGGGACTTTGAT
GATGGTGGAGACCGGTGGGGATCTGATTCGGACTCGGAAGATGATCCAATAGGTGAAATT
GATGAAGGTGGAAAGACTAGTTTGGATGACTGCATAATAGGTGAAGTTGATGAAGATGGC
GAAAATAGTTTGGATGAGACTCTTGAAAGTAAAAAGAGGAAACCTGAAGAAGTCAGTTCC
AGCAACCTTCCTTCGAAGAAGAACAAGAAGGTCAAAACAACAGTGTCATAAGTCTTATCT
GCTCTCTCTCTTTCTCTCTGTTGTTGTTCCTTTTTTGTGTATTACTCTGTTCTTCAATTC
ACGGGATCAGTTTTGATAATATTTTATTTAATGGCTGTTATAGAAAACAGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BQ36TF U 1
AF RR1BQ36JQ C 265
BS 1 698 RR1BQ36TF
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BS 724 1013 RR1BQ36JQ

RD RR1BQ36TF 723 0 0
GGAATTCAAACTACTTGCAGTCTCCTTTCAGCGAACACAAATCGCGACACCAATGGCGGC
GACAGAGGAAGAGATGCCGACGACGACGAAGGAAGGCGCCAACCTACTGGGGAAGCCAAA
GTATAAGAAGCTGGAGAACGGGAGATTCAGATGCGTGCAAACGGGTCACGAGCTCCTCGA
GAAAGACAAGAAGGTCTATTCAGAGTGCAAACGGTGCCGTTTAGGGCTTATCGACCACGC
CTTGTCCCACAGCAAGCCCCCTCTTAACTTGTTTGAGAAAGACCCTAGCTCTCGTTCAAA
GCTGCTGTGTAAGCTTACGGGTGACACGGTGAACAAGACTGAGGAGCATATTTGGAAGCA
TATCAATGGACGCCGCTTCCTTAACAAGCTAGAGGAGAAGGAATGAGAGAAAGAATCTGG
GATTGTTCCTGAGGAAGGTGGAGAAACTGTGGCGAAAGAGGATGGCGTGAAGGAAGGGAA
GAAGAAGAACAAAAAGAAGAAGAAGAAGGATAAGAAAAAAAGAAGAACAAGGAGTTAGAT
AAAAAGGAAGAGAGTGGAGAGGATGTTACTGATGGAGCTGAACATGGAAATGATGAAGAT
GTTGAGGAGAGAGAGCTTGACTTTTGGATGCCACCAGATGGAGAGAGGTGGGACTTTGAT
GATGGTGGAGACCGGTGGGGATCTGATTCGGACTCGGA*GATGATCCAATAG*TGAAATT
GAT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1BQ36JQ 749 0 0
TAACTTGTTTGAGAAAGACCCTAGCTCTCGTTCAAAGCTGCTGTGTAAGCTTACGGGTGA
CACGGTGAACAAGACTGAGGAGCATATTTGGAAGCATATCAATGGACGCCGCTTCCTTAA
CAAGCTAGAGGAGAAGGAATGAGAGAAAGAATCTGGGATTGTTCCTGAGGAAGGTGGAGA
AACTGTGGCGAAAGAGGATGGCGTGAAGGAAGGGAAGAAGAAGAACAAAAAGAAGAAGAA
GAAGGATAAGAAAAAAAGAAGAACAAGGAGTTAGATAAAAAGGAAGAGAGTGGAGAGGAT
GTTACTGATGGAGCTGAACATGGAAATGATGAAGATGTTGAGGAGAGAGAGCTTGACTTT
TGGATGCCACCAGATGGAGAGAGGTGGGACTTTGATGATGGTGGAGACCGGTGGGGATTT
GATTCGGACTCGGAAGATGATCCAATAGGTGAAATTGATGAAGGTGGAAAGACTAGTTTG
GATGACTGCATAATAGGTGAAGTTGATGAAGATGGCGAAAATAGTTTGGATGAGACTCTT
GAAAGTAAAAAGAGGAAACCTGAAGAAGTCAGTTCCAGCAACCTTCCTTCGAAGAAGAAC
AAGAAGGTCAAAACAACAGTGTCATAAGTCTTATCTGCTCTCTCTCTTTCTCTCTGTTGT
TGTTCCTTTTTTGTGTATTACTCTGTTCTTCAATTCACGGGATCAGTTTTGATAATATTT
TATTTAATGGCTGTTATAGAAAACAGGTT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL5922Contig1 1143 2 8 U
GGCCCTTTACAAAACAAAAGGAAATCAACAATAAATCAGAACAAACTGATGAGTCAAGAG
AAAGCCATGTCTTGTTGCTGTGTTCTTGATGCTTCCACTTATGTGGGTTTCTGGATTCTC
AAGAAATTGCTCAACAGAGGCTACTCTGTTCGTGCAGCCATCCGTAAAAACGGGGAGAGT
ATGCTTGAGGAGAGTATCAGGAACATGCAAGCCACAGAGGAGAGATTAGTGGTTTACGAT
GTGGATGTGTTGGATTACCAGAGCATCCTTGTTTCTCTCAACAACTGTAACGCTGTGTTC
TGTTGCTTGGACAATCCTGAAGGGTACGATGAAATGGAAGTTGATTTGGAGGTGAGAGGA
GCGATTAATGTGGTGGAGGCATGTGCAAGAACAGAAAGTATAGACAAGGTTATCTTCTCT
TCTTCACTAACTGCTGCGATATGGAGAGATAACATTGGAACTCAAAAAGATGTTGATGAG
AAGTCTTGGAGTGATCTAAACTTTTGTCTCGAAAAGAAGCTATGGCATGCTCTGGCCAAG
ACACAATCTGAGAAGGCGGCTTGGGCATTAGCCATGGACCGTATGGTCAACATGGTGTCA
GTTAACCCAGGGCTCATTGTTGGACCCTCAGTGACTCAACACAACCCTAGACCCACCATG
TCTTTCCTCAAAGGAGCTGCACAGATGTACGAGAACGGTGTGTTAGCCTACGTGGACGTG
GAGTTTGTAGCAGATGTTCACATTCGAGTTTTCGAGGATATTTCGGCTTGTGGTAGATAC
TTTTGCTTCAACCAAATTGTGAATACCGAAGAAGAAGCTCTCAAACTTGTGGAGATTCTA
TCTCCTTTAATTCCTATGCCACCAAGGTATGAGAAAGAGATGCAAGGAAGTGAAGTTCAT
GCAGAGAGGTTGAGAAACAATAAACTCAACAAGCTGGTAGAAGCTGGCTCTGCTTGTTAA
TTAGATGGATAATTGGAGAGAGTACAATGTTATATATAAAACTTTTAAGAGAAACAAAAA
GATACATAATATGTTATCATAAGAATAGTTTATTTACTCTCTTTTGTCTGTTGCTTGCAA
TCTCAATTCAGTTTAGATAATATTTTCTTGTACCCTTAAATTGAAAAATATGCTATATAA
AAA


BQ
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10 10 10 

AF RR1CG27TF U 1
AF RR1CG27JQ C 353
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DS 

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TGGTGTCAGTTAACCCAGGGCTCATTGTTGGACCCTCAGTGACTCAACACAACCCTAGAC
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TGGACGTGGAGTTTGTAGCAGATGTTCACATTCGAGTTTTCGAGGATATTTCGGCTTGTG
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AAGTTCATGCAGAGAGGTTGAGAAACAATAAACTCAACAAGCTGGTAGAAGCTGGCTCTG
CTTGTTAATTAGATGGATAATTGGAGAGAGTACAATGTTATATATAAAACTTTTAAGAGA
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GCTTGCAATCTCAATTCAGTTTAGATAATATTTTCTTGTACCCTTAAATTGAAAAATATG
CTATATAAAAA

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL5923Contig1 941 2 8 U
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AATTACATATCGGTTTATCTGGTTATGTCCAATCAAGTTTGTTTAACCGGGAGGAACACT
GTATTCTCTACGCTACGACTTCAAGAGAATAATAAACAAGC


BQ
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AF RR1H418TF U 1
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ACTTCCTCCACCCAGGCCTGCATTCACGTCTCTTTCTCGCCACTTGCGGACGATTCCTTT
TTTCCGGCGGGCTGTACGGGAAGCTAAGGTACATAAGCAGAGTTGAGTACTTGTGGGAAC
ACGTGAGGAGGAACGAGATAGAGATGCCGGAGTTTGTGTACGATCACGACGATGATCTGG
AGTACCGTCCGATGATGGATTACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGCCGGAG
CCGCCGTTGATTCTTCAGTCTCCAGTTTCTCCATGAG*TGTATCTCTTAGCGCAGATCAC
GGATCGTGTATTATAAACCATATAATATACGATTAAGAAA*TAT*AAATATAGATGTGCT
TTT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1H418JQ 678 0 0
GTACAGAGGAGCGAGAATTTCCCGGGAATCTCAGCTCTACGGGCGATCTGCGACGCGGTT
CCGGTTAACGTAAGAGACAATAATCTCCAGGAGGTTTACTTCCTCCACCCAGGCCTGCAT
TCACGTCTCTTTCTCGCCACTTGCGGACGATTCCTTTTTTCCGGCGGGCTGTACGGGAAG
CTAAGGTACATAAGCAGAGTTGAGTACTTGTGGGAACACGTGAGGAGGAACGAGATAGAG
ATGCCGGAGTTTGTGTACGATCACGACGATGATCTGGAGTACCGTCCGATGATGGATTAC
GGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGCCGGAGCCGCCGTTGATTCTTCAGTCTCC
AGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTAGCGCAGATCACGGATCGTGTATTATAAACCATAT
AATATACGATTAAGAAAATATTAAATATAGATGTGCTTTTCGAAGTCAGTGAGCGCTTTT
CACGGAAAAGATTAGACAGCTGTTGGCGTTTTGTATTAGGAGAGGTTGAGAATCTGTAGA
TTTTTTTTTCTTCTTAAACCTGTTCTCTTTTGTTTTTAATTACATATCGGTTTATCTGGT
TATGTCCAATCAAGTTTGTTTAACCGGGAGGAACACTGTATTCTCTACGCTACGACTTCA
AGAGAATAATAAACAAGC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL5924Contig1 846 2 2 U
GGACCGAAAATGTCGTCGTCAAACCTCACGGTGGAATCGTGTAAAGTTGATTCGGAGGAA
GGGGTGAAGCTTCACACGAGAATCTTCAAACCCAGAGACGCCGACGCCGACGCCGACGAT
GACAAAAATCTGGTGATAGTGTTGGTCCATCCCTTCTCGCTCATGGGTGGTTGTCAAGCT
TTGCTCAAGGGCATCGCTTCCGATTTGGCCTCTAAGGGCTTCTGCTCTGTCACTTTCGAC
ACGAGAGGCGCTGGGAAGTCCACGGGAAGGGCTACTCTTACTGGCTTCGCTGAGGTCAAG
GACGTGATCGCCGTTTGTCGGTGGCTTTCTCAGGAATTCGAGGTTGATAGGATCTTGCTC
GTGGGTTCTTCTGCCGGTGCACCAATTGCAGGATCAGCAGTGGAGCAAGTAGAGCAAGTG
GTGGGATATGTGAGTTTGGGATACCCATTTGGTCTACTAGCCTCGGTTCTATTTGGACGG
CACCACAAGGCCATTCTCTCATCCCCTAAGCCCAAACTCTTCGTTATGGGAACAAAATAC
GGCTTCACTAGCGTTAGCCAGCTCAAGAAGAAGCTGAAATCTGCAGCGGGACGCACAGAA
ACACACCTCATCGAAGGCGTTAGCCATTTCCAGATGGAAGGGCCTGAATATGATTTTCCA
ATGGCCGATGTCATTTGCAACTTTATTTCATCCATGTAAAAGAAGTCATACGCAACCTGG
TGATGAGTATCCATGTAAGAGTTAAACGTAACTTGTGTCACATAATACAGAATGGAGGAT
AACAACAATCATTGCAGATATTATATATTCATATTATTCGTTACATAAAACGCTGACATT
ATATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1H672TF U 1
AF RR1H672JQ C 369
BS 1 655 RR1H672TF
BS 656 846 RR1H672JQ

RD RR1H672TF 656 0 0
GGACCGAAAATGTCGTCGTCAAACCTCACGGTGGAATCGTGTAAAGTTGATTCGGAGGAA
GGGGTGAAGCTTCACACGAGAATCTTCAAACCCAGAGACGCCGACGCCGACGCCGACGAT
GACAAAAATCTGGTGATAGTGTTGGTCCATCCCTTCTCGCTCATGGGTGGTTGTCAAGCT
TTGCTCAAGGGCATCGCTTCCGATTTGGCCTCTAAGGGCTTCTGCTCTGTCACTTTCGAC
ACGAGAGGCGCTGGGAAGTCCACGGGAAGGGCTACTCTTACTGGCTTCGCTGAGGTCAAG
GACGTGATCGCCGTTTGTCGGTGGCTTTCTCAGGAATTCGAGGTTGATAGGATCTTGCTC
GTGGGTTCTTCTGCCGGTGCACCAATTGCAGGATCAGCAGTGGAGCAAGTAGAGCAAGTG
GTGGGATATGTGAGTTTGGGATACCCATTTGGTCTACTAGCCTCGGTTCTATTTGGACGG
CACCACAAGGCCATTCTCTCATCCCCTAAGCCCAAACTCTTCGTTATGGGAACAAAATAC
GGCTTCACTAGCGTTAGCCAGCTCAAGAAGAAGCTGAAATCTGCAGCGGGACGCACAGAA
ACACACCTCATCGAAGGCGTTAGCCATTTCCAGATGGAAGGGCCTGAATATGATT
C

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1H672JQ 478 0 0
TTCTGCCGGTGCACCAATTGCAGGATCAGCAGTGGAGCAAGTAGAGCAAGTGGTGGGATA
TGTGAGTTTGGGATACCCATTTGGTCTACTAGCCTCGGTTCTATTTGGACGGCACCACAA
GGCCATTCTCTCATCCCCTAAGCCCAAACTTTTCGTTATGGGAACAAAATACGGCTTCAC
TAGCGTTAGCCAGCTCAAGAAGAAGCTGAAATTTGCAGCGGGACGCACAGAAACACACCT
CATCGAAGGCGTTAGCCATTTCCAGATGGAAGGGCCTGAATATGATTTTCCAATGGCCGA
TGTCATTTGCAACTTTATTTCATCCATGTAAAAGAAGTCATACGCAACCTGGTGATGAGT
ATCCATGTAAGAGTTAAACGTAACTTGTGTCACATAATACAGAATGGAGGATAACAACAA
TCATTGCAGATATTATATATTCATATTATTCGTTACATAAAACGCTGACATTATATAT

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL5925Contig1 925 2 2 U
GAGGGGATGGAAGATGTATTAGCCAATCAAGTCATTTGTGCCATATACAAACTTCCAGAT
GATCTTAGAGGAACTGACATTGCTCGTCCACCTCCAGGAGTGGTGTTGCCTAAAAAGACT
GTACAACTAGCGGATTTGAAAGGTGGAGCTAATCTATGGCATGAAGATGGTGATCGAAGA
CGAGCTCCTGCAAAGATTATAAAAATAAAGCGGTATAACCCACAAGGATCCATTACGGGG
GATAGGCTTGGGAAGGCAGCGCACAGACTTGTGTTACAGACAATAGATTCCCAACCGGGT
AAGACGCACATCAACTCGGAACCAGCATTGTGTCCGAATACTATATTCCACAACATTCAG
GTGACGAAGAAAGTCGCATCATTCCGGGGGAGTGTGGTACAGAAGAAACACCCTCAGTGT
GAGTTAGCTTTGAAGAAAAACAGAAGCCATCAAAGTGAATTCACCGAGGAGAAGACTGCG
TTCAGAAAGCGCAAGGAAAAGGAGAAAAGAGGGAGAAATTTGGCTAACAGAAAGGGAGAG
AGCGAAGAATGAGCAGCAAGGAAACAAAGGAGAAAGCATTCTGGAAAACAAAAGGCGTCG
AAGTGAAGTCAATGAGGACAACAGACTGGAACACAAAAGGCCTCGACTCACCGAGGAGAG
AAACATAAACACTGAGGGGAAGGAAGGAAACAAATGCGCTCAAGCTGAACTCACTGAGGA
GGAGAAGAGTGCAAAACGAAAGCTAAGGAAAAGGAGAAGACAGAAGAAAGACATTTAGGT
AGTAGAAGAAACAGAACCAAAATATGAGCTAGCAAACGAAGGAGAAGTTTTTTTTGAACC
AAACAGTTTTGATACTCAATGTTTTAGCGATCGTTCCATGTCTTTAATTTTACATGCTAC
CTAAAAAGAAAACCAGTTTCCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G519TF U 1
AF RR1G519JQ C 99
BS 1 565 RR1G519TF
BS 566 925 RR1G519JQ

RD RR1G519TF 565 0 0
GAGGGGATGGAAGATGTATTAGCCAATCAAGTCATTTGTGCCATATACAAACTTCCAGAT
GATCTTAGAGGAACTGACATTGCTCGTCCACCTCCAGGAGTGGTGTTGCCTAAAAAGACT
GTACAACTAGCGGATTTGAAAGGTGGAGCTAATCTATGGCATGAAGATGGTGATCGAAGA
CGAGCTCCTGCAAAGATTATAAAAATAAAGCGGTATAACCCACAAGGATCCATTACGGGG
GATAGGCTTGGGAAGGCAGCGCACAGACTTGTGTTACAGACAATAGATTCCCAACCGGGT
AAGACGCACATCAACTCGGAACCAGCATTGTGTCCGAATACTATATTCCACAACATTCAG
GTGACGAAGAAAGTCGCATCATTCCGGGGGAGTGTGGTACAGAAGAAACACCCTCAGTGT
GAGTTAGCTTTGAAGAAAAACAGAAGCCATCAAAGTGAATTCACCGAGGAGAAGACTGCG
TTCAGAAAGCGCAAGGAAAAGGAGAAAAGAGGGAGAAATTTGGCTAACAGAAAGGGAGAG
AGCGAAGAATGAGCAGCAAGGAAAC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1G519JQ 827 0 0
AGGAGTGGTGTGCT
AAAAGACTGTACAACTAGCGGATT*GAAAGGTGGAGCTAATCTATGGCATGAAGATGGTG
ATCGAAGACGAGCTCCTGCAAAGATTATAAAAATAAAGCGGTATAACCCACAAGGATCCA
TTACGGGGGATAGGCTTGGGAAGGCAGCGCACAGACTTGTGTTACAGACAATAGATTCCC
AACCGGGTAAGACGCACATCAACTCGGAACCAGCATTGTGTCCGAATACTATATTCCACA
ACATTCAGGTGACGAAGAAAGTCGCATCATTCCGGGGGAGTGTGGTACAGAAGAAACACC
CTCAGTGTGAGTTAGCTTTGAAGAAAAACAGAAGCCATCAAAGTGAATTCACCGAGGAGA
AGACTGCGTTCAGAAAGCGCAAGGAAAAGGAGAAAAGAGGGAGAAATTTGGCTAACAGAA
*GGGAGAGAGCGAAGAATGAGCAGCAAGGAAACAAAGGAGAAAGCATTCTGGAAAACAAA
AGGCGTCGAAGTGAAGTCAATGAGGACAACAGACTGGAACACAAAAGGCCTCGACTCACC
GAGGAGAGAAACATAAACACTGAGGGGAAGGAAGGAAACAAATGCGCTCAAGCTGAACTC
ACTGAGGAGGAGAAGAGTGCAAAACGAAAGCTAAGGAAAAGGAGAAGACAGAAGAAAGAC
ATTTAGGTAGTAGAAGAAACAGAACCAAAATATGAGCTAGCAAACGAAGGAGAAGTTTTT
TTTGAACCAAACAGTTTTGATACTCAATGTTTTAGCGATCGTTCCATGTCTTTAATTTTA
CATGCTACCTAAAAAGAAAACCAGTTTCCATCC

QA 15 827 15 827
DS 



AS 1 2

CO CL5926Contig1 278 2 1 U
GAGCATATTAATTTTGAAGTCATAGAGACTTTTATTTTAAGTTTTGATATCGTGATTCAT
GAGAATCATAGGTTTGGTCAGTCCCAACTGAACTATATTACTATGTATATATAGCGTTTG
AACAACTTAATAAGTGTGTTTGGACAAATTTTAAGATTAGGCATATCTCGAACTCTTAAA
ATTGCATGTGTAGACTAGTTTTTTTGCTAAACTGTAAATATCATTAATATGAAAGTAGAT
CATACAAAGTAGAATCTAATGTTTGAAACCATCTTGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FD79JQ C 1
AF RR1FD79TF U 1
BS 1 278 RR1FD79TF

RD RR1FD79JQ 278 0 0
GAGCATATTAATTTTGAAGTCATAGAGACTTTTATTTTAAGTTTTGATATCGTGATTCAT
GAGAATCATAGGTTTGGTCAGTCCCAACTGAACTATATTACTATGTATATATAGCGTTTG
AACAACTTAATAAGTGTGTTTGGACAAATTTTAAGATTAGGCATATCTCGAACTCTTAAA
ATTGCATGTGTAGACTAGTTTTTTTGCTAAACTGTAAATATCATTAATATGAAAGTAGAT
CATACAAAGTAGAATCTAATGTTTGAAACCATCTTGGC

QA 1 278 1 278
DS 

RD RR1FD79TF 278 0 0
GAGCATATTAATTTTGAAGTCATAGAGACTTTTATTTTAAGTTTTGATATCGTGATTCAT
GAGAATCATAGGTTTGGTCAGTCCCAACTGAACTATATTACTATGTATATATAGCGTTTG
AACAACTTAATAAGTGTGTTTGGACAAATTTTAAGATTAGGCATATCTCGAACTCTTAAA
ATTGCATGTGTAGACTAGTTTTTTTGCTAAACTGTAAATATCATTAATATGAAAGTAGAT
CATACAAAGTAGAATCTAATGTTTGAAACCATCTTGGC

QA 1 278 1 278
DS 



AS 1 2

CO CL5927Contig1 589 2 1 U
TTTTTCAATCCTGCATCGATCCGACCTCTTAAGAGGGGATTTTTGTCTTCATCGTCGATG
CTTTCTCTCGATGTTTCTTTGTTCACCAGCGAACGATCAAGCTAAGAATATGGAGACTGA
ATCCGATGAAATCAAATCTGCTCGGTCTCTTCGGCATAGACCTTGGATCAGTTATGCCGG
ATATGATGATGAATGCTGTAAACGATGACAATGCCTCCTCTCAAAATCTAGATTAATTTA
GTTCTTTGGTATTGGTTCCTTTTTCCTCATTATAAACGATGACAATGCCTCCTCGCCACG
TTCCTCTCTATATCTGCCTTCGTATGTAGATTGCTACAACATCTTGTTTTCATATAATGT
GAATTGGTTTTCTTTATCTATATCTGCCTTCGTATGTAGGGGGCTGGGAAGGCAATTATG
CTCGACGAAAATCATTAACAATGTGTAGTCACTTCAATTCCAGATAGAGCCATAGAGGTT
TATGTTTTGTTTTGCATAGTTTATGTTCTGGATGTATCTTCCTTACTTTGTACGCAGCTT
TTTCAGCTGTAGACATGTTCTGCGATTGAGAGCATGAGCTTAGAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FK55TF U 1
AF RR1FK55JQ C 143
BS 1 589 RR1FK55TF

RD RR1FK55TF 589 0 0
TTTTTCAATCCTGCATCGATCCGACCTCTTAAGAGGGGATTTTTGTCTTCATCGTCGATG
CTTTCTCTCGATGTTTCTTTGTTCACCAGCGAACGATCAAGCTAAGAATATGGAGACTGA
ATCCGATGAAATCAAATCTGCTCGGTCTCTTCGGCATAGACCTTGGATCAGTTATGCCGG
ATATGATGATGAATGCTGTAAACGATGACAATGCCTCCTCTCAAAATCTAGATTAATTTA
GTTCTTTGGTATTGGTTCCTTTTTCCTCATTATAAACGATGACAATGCCTCCTCGCCACG
TTCCTCTCTATATCTGCCTTCGTATGTAGATTGCTACAACATCTTGTTTTCATATAATGT
GAATTGGTTTTCTTTATCTATATCTGCCTTCGTATGTAGGGGGCTGGGAAGGCAATTATG
CTCGACGAAAATCATTAACAATGTGTAGTCACTTCAATTCCAGATAGAGCCATAGAGGTT
TATGTTTTGTTTTGCATAGTTTATGTTCTGGATGTATCTTCCTTACTTTGTACGCAGCTT
TTTCAGCTGTAGACATGTTCTGCGATTGAGAGCATGAGCTTAGAATTCC

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1FK55JQ 447 0 0
CGGTCTCTTCGGCATAGACCTTGGATCAGTTATGCCGGATATGATGATGAATGCTGTAAA
CGATGACAATGCCTCCTCTCAAAATCTAGATTAATTTAGTTCTTTGGTATTGGTTCCTTT
TTCCTCATTATAAACGATGACAATGCCTCCTCGCCACGTTCCTCTCTATATCTGCCTTCG
TATGTAGATTGCTACAACATCTTGTTTTCATATAATGTGAATTGGTTTTCTTTATCTATA
TCTGCCTTCGTATGTAGGGGGCTGGGAAGGCAATTATGCTCGACGAAAATCATTAACAAT
GTGTAGTCACTTCAATTCCAGATAGAGCCATAGAGGTTTATGTTTTGTTTTGCATAGTTT
ATGTTCTGGATGTATCTTCCTTACTTTGTACGCAGCTTTTTCAGCTGTAGACATGTTCTG
CGATTGAGAGCATGAGCTTAGAATTCC

QA 1 447 1 447
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5930Contig1 922 2 2 U
GTGTCCTTTTCATGGGAGCAGTTACTCGGCCTCCTAATTTCTCCATCCTGACAGAGTTCC
TACCCAGGGGGAGTTTGTATAGATTACTCCATCGACCAAATCATCAGCTTGATGAGAAGA
GACGAATGCGTATGGCACTTGATGTGGCAAAGGGTATGAACTATTTGCACACCAGCCACC
CAACTGTTGTACATAGGGACTTAAAGTCACCGAACCTTCTTGTCGATAAAAACTGGGTCG
TCAAGGTTTGCGACTTTGGATTGTCACGCATGAAACATCACACTTATTTGTCTTCAAAAT
CAACTGCAGGAACGCCCGAGTGGATGGCTCCAGAAGTGTTGAGGAATGAACCAGCTAATG
AGAAATGTGACGTGTACAGCTTTGGTGTTATATTGTGGGAACTAGCTACTTCACGCATAC
CTTGGAAAGGTTTAAACCCGATGCAAGTCGTTGGAGCTGTGGGATTCCAGAATCGACGCC
TTGAAATCCCAGATGATATTGATCCAACCGTTGCACAGATAATCCGTGATTGTTGGCAAA
TGGAACCGCATTTACGGCCATCATTTACACAACTGATGCGAAGTCTGAAGCGGCTTCAGG
GACTAAACATAAGCAACAGAGGGAACACAAGTGAAAGTTTGATGTAAAGATATTTTTAGA
CAGAAGCTGATGGATGCATATCACCTGGTCTGGTTCAAAGAGCCAATTGGTGAGGGATTT
GCCATTATTTTTCTTTCTTTTGCTTTTTATTTGTGGTTGGTTTTACGGTCAGATGATGAG
AGGAAAAGAAAGATTGTCGGGTCTAGGGAAAAGCTTGTGGAGTTCATTCGAAGTGGGAGC
TCAACAACATAAAAAAAAGAAAGCCCTATTAAAACCCTTCCTTTGTAGCTATCACTATTA
TTATTGTCGCCACTTGTAACGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE88TF U 1
AF RR1AT92TF U 275
BS 1 553 RR1DE88TF
BS 554 922 RR1AT92TF

RD RR1DE88TF 553 0 0
GTGTCCTTTTCATGGGAGCAGTTACTCGGCCTCCTAATTTCTCCATCCTGACAGAGTTCC
TACCCAGGGGGAGTTTGTATAGATTACTCCATCGACCAAATCATCAGCTTGATGAGAAGA
GACGAATGCGTATGGCACTTGATGTGGCAAAGGGTATGAACTATTTGCACACCAGCCACC
CAACTGTTGTACATAGGGACTTAAAGTCACCGAACCTTCTTGTCGATAAAAACTGGGTCG
TCAAGGTTTGCGACTTTGGATTGTCACGCATGAAACATCACACTTATTTGTCTTCAAAAT
CAACTGCAGGAACGCCCGAGTGGATGGCTCCAGAAGTGTTGAGGAATGAACCAGCTAATG
AGAAATGTGACGTGTACAGCTTTGGTGTTATATTGTGGGAACTAGCTACTTCACGCATAC
CTTGGAAAGGTTTAAACCCGATGCAAGTCGTTGGAGCTGTGGGATTCCAGAATCGACGCC
TTGAAATCCCAGATGATATTGATCCAACCGTTGCACAGATAATCCGTGATTGTTGGCAAA
TGGAACCGCATTT

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1AT92TF 648 0 0
G
CATCACACTTATTTGTCTTCAAAATCAACTGCAGGAACGCCCGAGTGGATGGCTCCAGAA
GTGTTGAGGAATGAACCAGCTAATGAGAAATGTGACGTGTACAGCTTTGGTGTTATATTG
TGGGAACTAGCTACTTCACGCATACCTTGGAAAGGTTTAAACCCGATGCAAGTCGTTGGA
GCTGTGGGATTCCAGAATCGACGCCTTGAAATCCCAGATGATATTGATCCAACCGTTGCA
CAGATAATCCGTGATTGTTGGCAAATGGAACCGCATTTACGGCCATCATTTACACAACTG
ATGCGAAGTCTGAAGCGGCTTCAGGGACTAAACATAAGCAACAGAGGGAACACAAGTGAA
AGTTTGATGTAAAGATATTTTTAGACAGAAGCTGATGGATGCATATCACCTGGTCTGGTT
CAAAGAGCCAATTGGTGAGGGATTTGCCATTATTTTTCTTTCTTTTGCTTTTTATTTGTG
GTTGGTTTTACGGTCAGATGATGAGAGGAAAAGAAAGATTGTCGGGTCTAGGGAAAAGCT
TGTGGAGTTCATTCGAAGTGGGAGCTCAACAACATAAAAAAAAGAAAGCCCTATTAAAAC
CCTTCCTTTGTAGCTATCACTATTATTATTGTCGCCACTTGTAACGA

QA 2 648 2 648
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5932Contig1 689 2 2 U
GGAGGAATTTTGATAAGACTATTCGTTACACTGTCAGGAAGGAGGTAGCATTGAGAATGC
AGCGTAAGAAGGGTCAGTTCACATCTACCAAGTCAAGCAATGAGGATTCTGCATCCACTG
GATCGGATTGGGGGTCAGGCCAGAGCTGGGCCTTGGAAGGGTCTGAGTCTCAGAAGCCAG
AGGCTTTATGTCGGCACTGTGGAACCAGTGAGAAGTCAACTCCTATGATGCGACGTGGAC
CTGAAGGGCCAAGGACACTTTGTAATGCATGTGGATTAATGTGGGCAAACAAGGGGGCAC
TTAGAGACTTATCCAAAGCCCCTCCTCCTCCAACAGCCCAGAATCTGCCTGCAAATAAAA
TTGATGAATCAATTCTTGAGGCTGAGCTAGCTGGTGACATTAGCAACTCACAGTGAGAGA
AGTGGGTAAACCCATTGTACGCTATAAAAAAAAAGATGTGAGTTTGGTTGAGGGTTCTTT
GGGACACTCATAATCTGTTGTTGTATAATTTAGAAAGATCACTCATGAGAAGAAACAAGA
AAAAAAACATATTTGCTCAGTCTCTTCCATCTGTAAGTTTGATTTGTTTCAGAAGTCTTT
TTTATTTTTTATATTTTTTTCATGTGGTAGAAACAGTGAACTTGTTGTAGCTTTTCAAAT
TTTACTGACACCAAATAAAACATTTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB89TF U 1
AF RR1BZ17JQ C 165
BS 1 606 RR1GB89TF
BS 607 689 RR1BZ17JQ

RD RR1GB89TF 606 0 0
GGAGGAATTTTGATAAGACTATTCGTTACACTGTCAGGAAGGAGGTAGCATTGAGAATGC
AGCGTAAGAAGGGTCAGTTCACATCTACCAAGTCAAGCAATGAGGATTCTGCATCCACTG
GATCGGATTGGGGGTCAGGCCAGAGCTGGGCCTTGGAAGGGTCTGAGTCTCAGAAGCCAG
AGGCTTTATGTCGGCACTGTGGAACCAGTGAGAAGTCAACTCCTATGATGCGACGTGGAC
CTGAAGGGCCAAGGACACTTTGTAATGCATGTGGATTAATGTGGGCAAACAAGGGGGCAC
TTAGAGACTTATCCAAAGCCCCTCCTCCTCCAACAGCCCAGAATCTGCCTGCAAATAAAA
TTGATGAATCAATTCTTGAGGCTGAGCTAGCTGGTGACATTAGCAACTCACAGTGAGAGA
AGTGGGTAAACCCATTGTACGCTATAAAAAAAAAGATGTGAGTTTGGTTGAGGGTTCTTT
GGGACACTCATAATCTGTTGTTGTATAATTTAGAAAGATCACTCATGAGAAGAAACAAGA
AAAAAAACATATTTGCTCAGTCTCTTCCATCTGTAAGTTTGATTTGTTTCAGAAGTCTTT
TTTATT

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1BZ17JQ 525 0 0
GAGTTTCAGAAGCCAGAGGCTTTATGTCGGCACTGTGGAACCAGTGAGAAGTCAACTCCT
ATGATGCGACGTGGACCTGAAGGGCCAAGGACACTTTGTAATGCATGTGGATTAATGTGG
GCAAACAAGGGGGCACTTAGAGACTTATCCAAAGCCCCTCCTCCTCCAACAGCCCAGAAT
CTGCCTGCAAATAAAATTGATGAATCAATTCTTGAGGCTGAGCTAGCTGGTGACATTAGC
AACTCACAGTGAGAGAAGTGGGTAAACCCATTGTACGCTATAAAAAAAAAGATGTGAGTT
TGGTTGAGGGTTCTTTGGGACACTCATAATCTGTTGTTGTATAATTTAGAAAGATCACTC
ATGAGGAGAAACAAGAAAAAAAACATATTTGCTCAGTCTCTTCCATCTGTAAGTTTGATT
TGTTTCAGAAGTCTTTTTTATTTTTTATATTTTTTTCATGTGGTAGAAACAGTGAACTTG
TTGTAGCTTTTCAAATTTTACTGACACCAAATAAAACATTTTTAC

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL5933Contig1 784 2 2 U
GGGTTCCCCTCCACACAGCATCCATATAACTTGACCAGATTCTCATGCTGTATTTTGGAT
ATCACGTTGATCTCGGTCAGGAACTCTTTAACACCTTGTCTTGACTCAGCCGAGAGGATT
TTGATAGCTGCCATCTTTCCATCTTTAAGATGGCCCTAAAAAGTAAACAAAAAGTTTCCC
CCACCCAAAGAGTTTAAGAAAAGAGGATTTTTTAAGAGAAGAGTAAGCAAGTGATTTTCT
TTTTTTCATTTACCTTGTACACAGAACCAAACCCTCCTTCTCCAATTTTATTAAGGGGAT
TGAAATCATCTGTGGCCTGGCGAATCTCTTTGTATTTGTAAATCTTTACGCTTTGTATCG
ATGTGATTCCTGTTTGCAATAAAAAAAGAAAGAAAAAAAAACAGACTAAAATTAGAGGAA
AACAGCAACATGACTACGAAGTGTTAAAGCTCAGAAAGATATGCAGAAAGTAGTAATCAT
CCTAGATAGTGTATATGTACGTACCTCCATCATCAACTTCCGAAGGTCTTCCTCCACTTT
TGTGGCGTGAGAACCAAGAGCAACCCATCAACGTAAGACAGACCTGTCGAACTGTTTATG
CCGTTAATTACAATGATTAATCACGTTGTTGACCAAAAAAAAAAAAAGAATGATTAATCA
CGTTAAAAGAAAAACTAACGTAATTAAGAGATTTTGACTATTAATTAGCAAACCAGACAT
AGATCTATTTCAGTTACAACTCAATTCATCAGATAGAAGAATCTCTGTCCAAGTAAGAAA
CACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1GH20TF U 1
AF RR1GH20JQ C 553
BS 1 634 RR1GH20TF
BS 635 784 RR1GH20JQ

RD RR1GH20TF 634 0 0
GGGTTCCCCTCCACACAGCATCCATATAACTTGACCAGATTCTCATGCTGTATTTTGGAT
ATCACGTTGATCTCGGTCAGGAACTCTTTAACACCTTGTCTTGACTCAGCCGAGAGGATT
TTGATAGCTGCCATCTTTCCATCTTTAAGATGGCCCTAAAAAGTAAACAAAAAGTTTCCC
CCACCCAAAGAGTTTAAGAAAAGAGGATTTTTTAAGAGAAGAGTAAGCAAGTGATTTTCT
TTTTTTCATTTACCTTGTACACAGAACCAAACCCTCCTTCTCCAATTTTATTAAGGGGAT
TGAAATCATCTGTGGCCTGGCGAATCTCTTTGTATTTGTAAATCTTTACGCTTTGTATCG
ATGTGATTCCTGTTTGCAATAAAAAAAGAAAGAAAAAAAAACAGACTAAAATTAGAGGAA
AACAGCAACATGACTACGAAGTGTTAAAGCTCAGAAAGATATGCAGAAAGTAGTAATCAT
CCTAGATAGTGTATATGTACGTACCTCCATCATCAACTTCCGAAGGTCTTCCTCCACTTT
TGTGGCGTGAGAACCAAGAGCAACCCATCAACGTAAGACAGACCTGTCGAACTGTTTATG
CCGTTAATTACAATGATTAATCACGTTGTTGACC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1GH20JQ 232 0 0
ACCAAGAGCAACCCATCAACGTAAGACAGCCCTGTCGAACTGTTTATGCCGTTAATTACA
ATGATTAATCACGTTGTTGACCAAAAAAAAAAAAAGAATGATTAATCACGTTAAAAGAAA
AACTAACGTAATTAAGAGATTTTGACTATTAATTAGCAAACCAGACATAGATCTATTTCA
GTTACAACTCAATTCATCAGATAGAAGAATCTCTGTCCAAGTAAGAAACACC

QA 1 232 1 232
DS 



AS 1 2

CO CL5934Contig1 398 2 4 U
AACGGAATTCTTTCCCTTCGTTACCACGCATTTTCATAGCAATAGTTCTGAATATTAATA
TCACCAATATGCAAATTTTACAGAAATTAAATAAGTCTTGAATTTTTTTTCACAACCACA
CTGGTTTCTCCACAATTAGCTCACGTGCGTGAAAGCTTTCTCTTGTCTTTTACTTTTGCA
TAAAAAAAAACAACACACGGCAATCTAGCACTCAGCCTTTATGAACTCGTTCCAGCATTG
GCTCCTGGGGTTAGATCTTCTAGTTCATCAACAATGGCCTTGTAGCAAAAAAAGTATTGA
TCCATGGTTTGAACCATGCCAATGCATTGTCTGCGGAATGTTGTCACGGTTTTAGCAAGA
TCCAACGCAGACATATCCCCAACAAGAATCCTCTGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU75JQ U 1
AF RR1GU27JQ U 35
BS 1 325 RR1GU75JQ
BS 326 326 RR1GU27JQ
BS 327 338 RR1GU75JQ
BS 339 398 RR1GU27JQ

RD RR1GU75JQ 338 0 0
AACGGAATTCTTTCCCTTCGTTACCACGCATTTTCATAGCAATAGTTCTGAATATTAATA
TCACCAATATGCAAATTTTACAGAAATTAAATAAGTCTTGAATTTTTTTTCACAACCACA
CTGGTTTCTCCACAATTAGCTCACGTGCGTGAAAGCTTTCTCTTGTCTTTTACTTTTGCA
TAAAAAAAAACAACACACGGCAATCTAGCACTCAGCCTTTATGAACTCGTTCCAGCATTG
GCTCCTGGGGTTAGATCTTCTAGTTCATCAACAATGGCCTTGTAGCAAAAAAAGTATTGA
TCCATGGTTTGAACCATGCCAATGCGTTGTCTGCGGAA

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR1GU27JQ 364 0 0
G
ATAGCAATAGTTCTGAATATTAATATCACCAATATGCAAATTTTACAGAAATTAAATAAG
TCTTGAATTTTTTTTCACAACCACACTGGTTTCTCCACAATTAGCTCACGTGCGTGAAAG
CTTTCTCTTGTCTTTTACTTTTGCATAAGAGAAGACAACACACGGCAATCTAGCACTCAG
CCTTTATGAACTCGTTCCAGCATTGGCTCCTGTGGTTAGATCTTCTAGTTCATCAACAAT
GGCCTTGTAGCAAAAGAAGTATTGATCCATGGTTTGAACCATGCCAATGCATTGTCTGCG
GAATGTTGTCACGGTTTTAGCAAGATCCAACGCAGACATATCCCCAACAAGAATCCTCTG
GAT

QA 2 364 2 364
DS 



AS 1 2

CO CL5935Contig1 724 2 2 U
GGCTAAGGTTATTTCTGTTTGCAGCCACTTTGACATCAATTGTGGTGATGGTTACGAGTA
AACAGACCAAGACTATTCCTGGAATTCCCATTCCTAGGGAAGCAAAGTTCACACACTCAC
CGGCTTTTATATACTTTGTGGTAGCATTATCGGTGGCTTGCTTTTACAGCATTCTATCTA
CACTTGCCACCGTATCTGCTTTCAAGAAGCCTTCCTCTTGCTCTGCGATTCTCTTGCTTA
ATCTTGCCATTATGGACGCGGTGATGGTAGGTATAGTAGCTTCAGCGACCGGAGCATCAG
GTGGAGTAGCGTACATTGGTCTGAAGGGCATCAAATACGTACAGTGGAGAGAAATCTGTG
ATTTCTACGACACGTTTTGCCGTCACGTCGGAGGCGCAGTCGCAGTCTCACTGGTTGCTT
CTATCCTTCTCCTCCTCCTCTCCATCATCTCTGTCCTCTCCCTCTACAAGAGAATCCGCT
GATTCATTCTCTCTGTCTTTGAATCTTTCATAGTCAACTCATATTGATCTCATTCTTGGT
TTTGCTTTGGTGATCTGTCGAAGTTAATCTTTGTGTTTTTTAATTCTAGTAGTGTTGTCT
TGTTTTCTTTGATTTTGTATAATTGTGTGTTTAGTTTATTTGTAAACCGATTTTTAGTTA
ATATTTGAATGTTGTTTATGTTTTGTATTGAATATTTCCTTCATAGTTAAATGGTTCTTT
GTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1BH36TF U 1
AF RR1BH36JQ C 225
BS 1 674 RR1BH36TF
BS 675 724 RR1BH36JQ

RD RR1BH36TF 674 0 0
GGCTAAGGTTATTTCTGTTTGCAGCCACTTTGACATCAATTGTGGTGATGGTTACGAGTA
AACAGACCAAGACTATTCCTGGAATTCCCATTCCTAGGGAAGCAAAGTTCACACACTCAC
CGGCTTTTATATACTTTGTGGTAGCATTATCGGTGGCTTGCTTTTACAGCATTCTATCTA
CACTTGCCACCGTATCTGCTTTCAAGAAGCCTTCCTCTTGCTCTGCGATTCTCTTGCTTA
ATCTTGCCATTATGGACGCGGTGATGGTAGGTATAGTAGCTTCAGCGACCGGAGCATCAG
GTGGAGTAGCGTACATTGGTCTGAAGGGCATCAAATACGTACAGTGGAGAGAAATCTGTG
ATTTCTACGACACGTTTTGCCGTCACGTCGGAGGCGCAGTCGCAGTCTCACTGGTTGCTT
CTATCCTTCTCCTCCTCCTCTCCATCATCTCTGTCCTCTCCCTCTACAAGAGAATCCGCT
GATTCATTCTCTCTGTCTTTGAATCTTTCATAGTCAACTCATATTGATCTCATTCTTGGT
TTTGCTTTGGTGATCTGTCGAAGTTAATCTTTGTGTTTTTTAATTCTAGTAGTGTTGTCT
TGTTTTCTTTGATTTTGTATAATTGTGTGTTTAGTTTATTTGTAAACCGATTTTTAGTTA
ATATTTGAATGTTG

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1BH36JQ 500 0 0
GCGATTCTCTTGCTTAATCTTGCCATTATGGACGCGGTGATGGTAGGTATAGTAGCTTCA
GCGACCGGAGCATCAGGTGGAGTAGCGTACATTGGTCTGAAGGGCATCAAATACGTACAG
TGGAGAGAAATCTGTGATTTTTACGACACGTTTTGCCGTCACGTCGGAGGCGCAGTCGCA
GTCTCACTGGTTGCTTCTATCCTTCTCCTCCTCCTCTCCATCATCTCTGTCCTCTCCCTC
TACAAGAGAATCCGCTGATTCATTCTCTCTGTCTTTGAATCTTTCATAGTCAACTCATAT
TGATCTCATTCTTGGTTTTGCTTTGGTGATCTGTCGAAGTTAATCTTTGTGTTTTTTAAT
TCTAGTAGTGTTGTCTTGTTTTCTTTGATTTTGTATAATTGTGTGTTTAGTTTATTTGTA
AACCGATTTTTAGTTAATATTTGAATGTTGTTTATGTTTTGTATTGAATATTTCCTTCAT
AGTTAAATGGTTCTTTGTCC

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 2

CO CL5936Contig1 956 2 4 U
GGGGAAAAAAGTGGCGTTGCCCCTGTGGCTGAAGAGAAATACGCGGAGCCTAAAGAAGTA
GAGAAACTTGTGATTAATCCTGTGAAGAAAGAACTGGGTCTTGCATTCAAGGGAACTCAG
AAGAATGTGGTTGAATCTTTGGAGGCGATGAATGTGAAAGAAGCTATGGAGATGAAGGCA
ACCCTGGAATCCAAGGGGGAAGTGGAGTTCTACGTGTGTACCCTCGGGAAAAACGTGAGC
ATCAAGAAGAACATGGTGTCAATCTCAAAGGAGAAGAAGAAAGAGCACCAGCGTGTTTTC
ACACCGTCAGTGATCGAACCATCTTTCGGGATTGGTCGAATCATATATTGTCTGTACGAG
CACTGTTTCAGCACAAGACCAAGCAAAGCAGGGGATGAACAGCTGAACGTGTTCCGGTTC
CCTCCTCTTGTGGCTCCCATCAAGTGCACGGTTTTCCCGCTGGTTCAGAACCAACAATTC
GAGGAAGCAACCAAAGTCATTTCCAAGGAACTCACTTCTGTTGGCATCTCACATAAGATT
GACATCACTGGTACATCGATAGGGAAAAGGTATGCGAGAACGGATGAGCTAGGAGTGCCA
TTTGCAATAACAGTGGACTCGGATACATCGGTGACAGTCAGAGAAAGAGACAGCAAAGAC
CAAGTCCGAGTTAGCTTGAAAGAGGCAGCCTCTGTGGTGAGCTCAGTCGCGGAGGGGAAG
ATGACATGGCAAGACGTGTGGGCAAGCTTCCCTCACCACTTTTTTGCTGCTGCAGACGAG
CAGGAGTGATTAGCTCCTCTACTTATCTTGGAAAAATTAAAGTACAATTTTAAACCTATG
CTTTGTGAAAATCGTTTACTGGACCTGCTCATTTTTATGTTTTTATAATGTCTGTTTTTT
CCTCGAACTTTCCCTTTTTGCCTCTGTGGTTTCCTCGGAAAAAAACGTTTTTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK48TF U 1
AF RR1FK48JQ C 333
BS 1 338 RR1FK48TF
BS 339 339 RR1FK48JQ
BS 340 617 RR1FK48TF
BS 618 956 RR1FK48JQ

RD RR1FK48TF 617 0 0
GGGGAAAAAAGTGGCGTTGCCCCTGTGGCTGAAGAGAAATACGCGGAGCCTAAAGAAGTA
GAGAAACTTGTGATTAATCCTGTGAAGAAAGAACTGGGTCTTGCATTCAAGGGAACTCAG
AAGAATGTGGTTGAATCTTTGGAGGCGATGAATGTGAAAGAAGCTATGGAGATGAAGGCA
ACCCTGGAATCCAAGGGGGAAGTGGAGTTCTACGTGTGTACCCTCGGGAAAAACGTGAGC
ATCAAGAAGAACATGGTGTCAATCTCAAAGGAGAAGAAGAAAGAGCACCAGCGTGTTTTC
ACACCGTCAGTGATCGAACCATCTTTCGGGATTGGTCGGATCATATATTGTCTGTACGAG
CACTGTTTCAGCACAAGACCAAGCAAAGCAGGGGATGAACAGCTGAACGTGTTCCGGTTC
CCTCCTCTTGTGGCTCCCATCAAGTGCACGGTTTTCCCGCTGGTTCAGAACCAACAATTC
GAGGAAGCAACCAAAGTCATTTCCAAGGAACTCACTTCTGTTGGCATCTCACATAAGATT
GACATCACTGGTACATCGATAGGGAAAAGGTATGCGAGAACGGATGAGCTAGGAGTGCCA
TTTGCAATAACAGTGGA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1FK48JQ 624 0 0
TGGTCGAATCATATATTGTCTGTACGAGCACTGTTTCAGCACAAGACCAAGCAAAGCAGG
GGATGAACAGCTGAACGTGTTCCGGTTCCCTCCTCTTGTGGCTCCCATCAAGTGCACGGT
TTTCCCGCTGGTTCAGAACCAACAATTCGAGGAAGCAACCAAAGTCATTTCCAAGGAACT
CACTTCTGTTGGCATCTCACATAAGATTGACATCACTGGTACATCGATAGGGAAAAGGTA
TGCGAGAACGGATGAGCTAGGAGTGCCATTTGCAATAACAGTGGACTCGGATACATCGGT
GACAGTCAGAGAAAGAGACAGCAAAGACCAAGTCCGAGTTAGCTTGAAAGAGGCAGCCTC
TGTGGTGAGCTCAGTCGCGGAGGGGAAGATGACATGGCAAGACGTGTGGGCAAGCTTCCC
TCACCACTTTTTTGCTGCTGCAGACGAGCAGGAGTGATTAGCTCCTCTACTTATCTTGGA
AAAATTAAAGTACAATTTTAAACCTATGCTTTGTGAAAATCGTTTACTGGACCTGCTCAT
TTTTATGTTTTTATAATGTCTGTTTTTTCCTCGAACTTTCCCTTTTTGCCTCTGTGGTTT
CCTCGGAAAAAAACGTTTTTAGCT

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL5937Contig1 1139 2 6 U
TTTTTTAATATAGGATAACCCGCTAATTAAGATAAACCTAGAACTTTCTGAGATTGCAAT
TTTCGTTCTTCAGTTTGGTTATATCTCAAATCGATTGCTTTCCTCATTATTTGATTGCCG
CGAACTTATTGTGCTCTGGAAAAGTGATCGTATTTCAAAACAGCATTTTGCTATTGTAAA
ATCCTTGTTTTAATTTCCAAAAATCCTTGTTTTAGCATCTTCTTAATTTTTTTTCATTTT
CTATTTCCGATACTAGCTAGCATTTGTTTTCTTCATTTTCTTATGTAAATAAATAGAAAC
ACACCCGACTTCAGGATCTATGCAACTTACAATGGCAAGCTCAAGTATGAAAAGCCTATT
GAAAGGCCTCCGATACATTTCTCAAGTATTTGAAAGCGGAAAAGAAGAAGAAGAAGAGAT
AGAGATAGGGAATCCAACGGACGTAAAGCATGTTGCCCATATTGGTTGGGATGGACCATC
TGCTACTCCTGCCTCTGCGCCAAGCTGGATGAACGAGTTCAAAAGTAGTGATGGATTCAA
ATCTGGCCAAGGAGGCGGAGAAGATGATTCATCTGCGAGATGTATGTCTGAATGTGGCGG
TCAGACCAGAGATTTACCAAAACTACCAAAATCTACGAGGAAAGCGGCTTCCGAAAAAGG
TTCTCCGACAAGGGAAATATCATCGGACAAAACTAAACGCAGGTCTTCGAAAAAAGGAAC
AACATCATCGTCAAGAAGACAAAAGGAAGTGTCTGAACTAAAAGAGTTTTCTTCGTGGTC
TAGTCCAAGTACAGGAACATTACCGGAAGTTCCTAAGAAATCAAGGAGGAAGAAGAAGGC
GAAAGAAGCTGGAGGAGGAGGATCAACTAGATCAATTAGAAGATCTGATGTGGATAACAT
GTCTGAGACTGGTTCTGTGAGATCTATGCCTCAATTCGACAACAGAGATGACTTTTGAAA
ATAAGAGACAGAAGAAGAGTTTTTCATGCTTGGACATGTATGGCTAATCAATCCTCACTG
AACATACCAATATTAGAATATCTTCTTTAGCCTCCAGTCTTTGTACTATTACCATTCACT
TTAATTACAACAATACTCTTATTTTTTTTTTTCTATATATAACCGGAGAACTTGAACCT


BQ
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AF RR1EA76TF U 1
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TCTTCGAA

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CCGGAAGTTCCTAAGAAATCAAGGAGGAAGAAGAAGGCGAAAGAAGCTGGAGGAGGAGGA
TCAACTAGATCAATTAGAAGATCTGATGTGGATAACATGTCTGAGACTGGTTCTGTGAGA
TCTATGCCTCAATTCGACAACAGAGATGACTTTTGAAAATAAGAGACAGAAGAAGAGTTT
TTCATGCTTGGACATGTATGGCTAATCAATCCTCACTGAACATACCAATATTAGAATATC
TTCTTTAGCCTCCAGTCTTTGTACTATTACCATTCACTTTAATTACAACAATACTCTTAT
TTTTTTTTTTCTATATATAACCGGAGAACTTGAACCT

QA 1 757 1 757
DS 



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CAGTACATCTCGTACTATTACCAGTTTCAAAAGAGCGAGGGTTTCGAGATAGATTGGGAT
AAACTGGACTACCTGTTCGACACGATGCCTATGATTGATCCATATCGTGCCAGTGAATAT
AAGACCAACGATGAAATAATCCGTGAAGGGACCTCTCTTGCCATTGCCCGACACAATTCC
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TTCATACCCAACGTTGTCTTCACTAGGATTCTTGCTCAAGTGGCTGTCTCGTTGCCAGAA
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TGTGTTTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTTAATTTGGATATATTAGTTTATGGCAAGTGTTTA
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CAATACGTTGAGAATTTTTTTATAAAAAGTTTTTGG


BQ
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GGCGTGCTTTACTATGTTACATTCTGGGCCATGGATTTGGCTTCATCCAGTCCCGTCCCA
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AATGAAGATATCCCAGAACGACCCACTGTATTGTTCACTGTA

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DS 

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ACTTTATCAATCAAACTTTCGCCGGTGTGGACCCACATTTTGTGAGGTTTATCTCTTCAG
GCTTAAACCAACGGACCAAGAGATTGCTGCTGTTCAGGTGGATCCTCCTCCTCCATTGAA
TGAAGATATCCCAGAACGACCCACTGTATTGTTCACTGTAACGGGTCCAGGGTCTGGGTT
CATACCCAACGTTGTCTTCACTAGGATTCTTGCTCAAGTGGCTGTCTCGTTGCCAGAATC
ATCCTCACCATCCCTTCTTGTTACCTAACTACGCAAGTTTGTTGCACTCAGCCGTTTATG
TGTTTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTTAATTTGGATATATTAGTTTATGGCAAGTGTTTAAC
TGTAATAAAGTGACTGATGTCGTCTCATTCGTTGTTAATTTGTTATCGTTTTTCATGGCA
ATACGTTGAGAATTTTTTTATAAAAAGTTTTTGG

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL5939Contig1 1198 2 8 U
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ACACACAGTCCTGCAATGGCTTCTTCTTCAATAATAACGTCAACCTTGAAGCCTCTAGCC
ATGGCGGATTCTTCCTCTTCTACCTTTCTCTCCCATCCTTCACTCTCCACTATCATCTTA
TCCTCCAAAACTCGCTGCTGCTCCAACTTTTCTCTCCTCACCGGACGCACTAACCTACCC
TTCTCCTTCTCCAGCTTCTCCCTCTCTCTCAACACCAAAACCCACCTCAAAAGATCCCCC
TTTGTCTCCTCCGTCGCACAGACTTCGGATTGGGCTCAGCCAGACGGGGAGGAAAGCGGA
GACGTGAGCGCTTCGGTCGCCGTTGAGGAGGAGAACGACCCTGAAGCCACGTTCTCGGAA
GAGGAAGGAGACGTTAGCGAAAGTGCTGGCGATTTCCCGGAGCCACCGGAAGAAGCTAAG
CTCTTCGTCGGAAACTTGGCTTACGACGTTGACAGCCAGGCCTTGGCTATGCTCTTTGAG
CAAGCTGGTACTGTTGAAATCGCCGAGGTTATCTACAATAGGGAAACCGATCAGAGTCGT
GGATTTGGATTTGTGACGATGAGTACTGTGGAAGAAGCTGAGGCTGCTGTTGAGAAGTTT
AACCGTTATGATTTGAATGGACGGGCTTTGACAGTGAACAAGGCAGCTCCAAGAGGCTCA
CGCCCAGAACGCCAGCCTCGGGTATACGAGCCTGCATTCAGGGTCTACGTGGGAAACCTA
CCTTGGGATGTTGACAACGGTCGTCTAGAACAAGTATTCAGTGAGCATGGCAAAGTAGTG
GAAGCTCGTGTGGTTTATGACCGTGAGACAGGTCGTTCGCGTGGGTTCGGGTTTGTCACA
ATGTCTAACGAGACTGAACTCAACGACGCTATCGCTGCTCTTGATGGACAGAACATGGAG
GGTAGAGCTATCAGAGTAAATGTAGCGGAGGAGCGCCCGAGGCGATTTTAAGACTCACAT
CTCTTTGTACCCTTACTCTCTCTTCACACCTCTTGCGTTTTGTTTAGACGAGATTCTTAC
ACTCTTTTGGCGATTTTTTTTTTGTTTGTTTAAATTCTGAATGCGAAGCTTCTTCTAAAA
GTAATTTATATGTGATGGTTAAGCAATATGGATGGGTAATAATCAAAGGTGAAGGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EH40TF U 1
AF RR1EH40JQ C 480
BS 1 702 RR1EH40TF
BS 703 703 RR1EH40JQ
BS 704 715 RR1EH40TF
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BS 759 773 RR1EH40TF
BS 774 1198 RR1EH40JQ

RD RR1EH40TF 773 0 0
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ACACACAGTCCTGCAATGGCTTCTTCTTCAATAATAACGTCAACCTTGAAGCCTCTAGCC
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TCCTCCAAAACTCGCTGCTGCTCCAACTTTTCTCTCCTCACCGGACGCACTAACCTACCC
TTCTCCTTCTCCAGCTTCTCCCTCTCTCTCAACACCAAAACCCACCTCAAAAGATCCCCC
TTTGTCTCCTCCGTCGCACAGACTTCGGATTGGGCTCAGCCAGACGGGGAGGAAAGCGGA
GACGTGAGCGCTTCGGTCGCCGTTGAGGAGGAGAACGACCCTGAAGCCACGTTCTCGGAA
GAGGAAGGAGACGTTAGCGAAAGTGCTGGCGATTTCCCGGAGCCACCGGAAGAAGCTAAG
CTCTTCGTCGGAAACTTGGCTTACGACGTTGACAGCCAGGCCTTGGCTATGCTCTTTGAG
CAAGCTGGTACTGTTGAAATCGCCGAGGTTATCTACAATAGGGAAACCGATCAGAGTCGT
GGATTTGGATTTGTGACGATGAGTACTGTGGAAGAAGCTGAGGCTGCTGTTGAGAAGTTT
AACCGTTATGATTTGAATGGACGGGCTTTGACAGTGAACAAG*CAGCTCCAAGAG*CTCA
CGCCCAGAACGCCAGCCTCGGGTATACGAGCCTGCAT*CAGGGTCTACGTGGG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1EH40JQ 719 0 0
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TAACCGTTATGATTTGAATGGACGGGCTTTGACAGTGAACAAGGCAGCTCCAAGAGGCTC
ACGCCCAGAACGCCAGCCTCGGGTATACGAGCCTGCATTCAGGGTCTACGTGGGAAACCT
ACCTTGGGATGTTGACAACGGTCGTCTAGAACAAGTATTCAGTGAGCATGGCAAAGTAGT
GGAAGCTCGTGTGGTTTATGACCGTGAGACAGGTCGTTCGCGTGGGTTCGGGTTTGTCAC
AATGTCTAACGAGACTGAACTCAACGACGCTATCGCTGCTCTTGATGGACAGAACATGGA
GGGTAGAGCTATCAGAGTAAATGTAGCGGAGGAGCGCCCGAGGCGATTTTAAGACTCACA
TCTCTTTGTACCCTTACTCTCTCTTCACACCTCTTGCGTTTTGTTTAGACGAGATTCTTA
CACTCTTTTGGCGATTTTTTTTTTGTTTGTTTAAATTCTGAATGCGAAGCTTCTTCTAAA
AGTAATTTATATGTGATGGTTAAGCAATATGGATGGGTAATAATCAAAGGTGAAGGTGT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

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ATAAGAGTAAAGCTTTTTGTTTGTTGTTTTTTTTTTTTGGATCTCTCAGGTAAAGAATTT
ACATGTAATCATTGCTCCGGAGCTACCAAATCCGACTCCAACAGTTCTCTTGCTCATGTT
AGCTCTCTGCACCAACACAACCAACGCCTGCACCC


BQ
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AF RR1CY18TF C 1
AF RR1CY18JQ U 26
BS 1 25 RR1CY18TF
BS 26 395 RR1CY18JQ

RD RR1CY18TF 388 0 0
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TGTTGTCTGTTGTTGTTATTCTCTCAGTTTTATGAAAAATAAGAATAAAAAGAAGAAAAC
TTTGGTTTGTTGTTGATCGTCTCTCGTCTCTTGTCACTTGTTCTCCTCCGACTCAAAATA
ATAAGAGTAAAGCTTTTTGTTTGTTGTTTTTTTTTTTTGGATCTCTCAGGTAAAGAATTT
ACATGTAATCATTGCTCCGGAGCTACCAGATCCGACTCCAACAGTTCTCTTGCTCATGTT
AGCTCTCTGCACCAACACAACCAACGCC

QA 1 388 1 388
DS 

RD RR1CY18JQ 370 0 0
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AAAGAAACACATGAGATTGTACACTGCGTAAAGGTTGTTGTCTGTTGTTGTTATTCTCTC
AGTTTTATGAAAAATAAGAATAAAAAGAAGAAAACTTTGGTTTGTTGTTGATCGTCTCTC
GTCTCTTGTCACTTGTTCTCCTCCGACTCAAAATAATAAGAGTAAAGCTTTTTGTTTGTT
GTTTTTTTTTTTTGGATCTCTCAGGTAAAGAATTTACATGTAATCATTGCTCCGGAGCTA
CCAAATCCGACTCCAACAGTTCTCTTGCTCATGTTAGCTCTCTGCACCAACACAACCAAC
GCCTGCACCC

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 2

CO CL5941Contig1 771 2 4 U
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CTGCAGAGCCTCTGGAGCTTTGCATTGTGGTATCAACAATGGAGGATGCTGGAGAGAAAC
CCGAGGCAGCTACACTTACTCTGCTTGCGTAGATGATCATTCAAATGGTTGCAAATGCCC
CACTTGAGTTCAAGGGCGATGGAGTAAAGAGCTGTGAAGATATGGACGAGTGCAAAGAAA
AAAAGGTTTGCCAGTGCGTAGACTGTAAATGTAAAAACACATGGGGAAGTTATGAATGCA
GCTGCAAGAATGGTTTGCTCTACATGCGTGAACACGACACGTGTATAGGTTCAAACAAAG
TTGGAACTACAAAGCTCAGCTGGAGCTTTTTGTGGTTTCTTATAATCGGAGTGGGTGTTG
CAGGTCTTGCTGGATATGCCGTCTACAAATACAGGATCAGGACTTACATGGATGCGGAGA
TAAGAGGCATCATGGCGCAGTACATGCCATTGGAGAGCCAACCTACCCCAAGTGGTCCTC
ATATGGATATATGAGTGAAGTTGTCAACACAAACCAAGTGTCTCTCTTTCCACGGGAAGC
TTTTTCTGTGTTTCCTCCATGTAAATGAATTTAATAGACTTGAGAGAAGCCACACAAAAA
ATAATAATTTAAGTGTATTTGCGCTTTTTGTAAGGGATGTGGATTTGAAGATGGAATCAC
TCTTTTGTCTGCAATTACTCCTGCAATGTAAAATAAAGACTTTAATGGACG


BQ
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AF RR1GS27TF U 1
AF RR1GS27JQ C 164
BS 1 180 RR1GS27TF
BS 181 181 RR1GS27JQ
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BS 588 771 RR1GS27JQ

RD RR1GS27TF 587 0 0
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*ACTTGAGTTCAAGGGCGATGGAGTAAAGAGCTGTGAAGATATGGACGAGTGCAAAGAAA
AAAAGGTTTGCCAGTGCGTAGACTGTAAATGTAAAAACACATGGGGAAGTTATGAATGCA
GCTGCAAGAATGGTTTGCTCTACATGCGTGAACACGACACGTGTATAGGTTCAAACAAAG
TTGGAACTACAAAGCTCAGCTGGAGCTTTTTGTGGTTTCTTATAATCGGAGTGGGTGTTG
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TAAGAGGCATCATGGCGCAGTACATGCCATTGGAGAGCCAACCTACCCCAAGTGGTCCTC
ATATGGATATATGAGTGAAGTTGTCAACACAAACCAAGTGTCTCTCT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1GS27JQ 608 0 0
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TATAGGTTCAAACAAAGTTGGAACTACAAAGCTCAGCTGGAGCTTTTTGTGGTTTCTTAT
AATCGGAGTGGGTGTTGCAGGTCTTGCTGGATATGCCGTCTACAAATACAGGATCAGGAC
TTACATGGATGCGGAGATAAGAGGCATCATGGCGCAGTACATGCCATTGGAGAGCCAACC
TACCCCAAGTGGTCCTCATATGGATATATGAGTGAAGTTGTCAACACAAACCAAGTGTCT
CTCTTTCCACGGGAAGCTTTTTCTGTGTTTCCTCCATGTAAATGAATTTAATAGACTTGA
GAGAAGCCACACAAAAAATAATAATTTAAGTGTATTTGCGCTTTTTGTAAGGGATGTGGA
TTTGAAGATGGAATCACTCTTTTGTCTGCAATTACTCCTGCAATGTAAAATAAAGACTTT
AATGGACG

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

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TGTTTGGTTTTGACGCTTTTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTC
ACCAAATAAATTACCATCAATCCTCTCTTCTTTTCATTTCATCTCCTTGAACAACTGTTT
CCTTGTTAATGGACTTTGTTGTGTGGTTGTTGATTTGTAACTATTGAATAAAATTCAATA
TTACTATGGAACATTAATTTCTTCTTGTTCCATAGATGATAAGGTTATTGTACTTTGGTG
TTTATATTCTACCAATAAGAAAAATTCATTACG


BQ
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AF RR1D884JQ C 1
AF RR1D884TF U 1
BS 1 453 RR1D884TF

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GCAACTTCTTAACGCTTAAGAAAAATGGGAACAGCTACTTTCATAGATATTCTTCTCGCT
ATCCTCTTGCCTCCTCTTGGTGTCTTTTTTAGATATGGTTGCGAGGTTGAATTTTGGATA
TGTTTGGTTTTGACGCTTTTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTC
ACCAAATAAATTACCATCAATCCTCTCTTCTTTTCATTTCATCTCCTTGAACAACTGTTT
CCTTGTTAATGGACTTTGTTGTGTGGTTGTTGATTTGTAACTATTGAATAAAATTCAATA
TTACTATGGAACATTAATTTCTTCTTGTTCCATAGATGATAAGGTTATTGTACTTTGGTG
TTTATATTCTACCAATAAGAAAAATTCATTACG

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1D884TF 453 0 0
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GCAACTTCTTAACGCTTAAGAAAAATGGGAACAGCTACTTTCATAGATATTCTTCTCGCT
ATCCTCTTGCCTCCTCTTGGTGTCTTTCTTAGATATGGTTGCGAGGTTGAATTTTGGATA
TGTTTGGTTTTGACGCTTTTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTC
ACCAAATAAATTACCATCAATCCTCTCTTCTTTTCATTTCATCTCCTTGAACAACTGTTT
CCTTGTTAATGGACTTTGTTGTGTGGTTGTTGATTTGTAACTATTGAATAAAATTCAATA
TTACTATGGAACATTAATTTCTTCTTGTTCCATAGATGATAAGGTTATTGTACTTTGGTG
TTTATATTCTACCAATAAGAAAAATTCATTACG

QA 1 453 1 453
DS 



AS 1 2

CO CL5943Contig1 737 2 2 U
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TCTTCTGCATAATAGAGAAAGCAGAGCCGGAAAGGTGGGACAAGCTTATCCGTGGTGGGA
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CTGGAATGGGCGGAATGGGTGGAATGGGTGGTATGGGTGGGATGGGCGGAATGGGTGGTA
TGGGTGGAATGGGTGGCCTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGTGGACTTGGTGGCATGGCTG
GACTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGTGGTATGGGAGGTATGGGAGGCATGGGTGGAATGG
GTGGTATGGAAGAGTTTGAAGACAGTGATGATGAAGAAGAAACCGCCCAATCTGGAGACA
AGAAATATGAAGCTGTTAAGGAAGAAGGCAAAGCAGAAGAGCAAACAACGTCTGCTAAGG
AAGACAAGTGAAGACACTGTTTCAGTGAGGAAACCATGTGGTTGGTACTGTTAGCTTTCA
GGGTTTATGAAACTCTTTTCTGTTTACTTTTCTCTTAAAATGTTGTCCCTCTGTTTTGCT
TTTATGGATTTGTTTTTCACTTGTTGTGTGGTTTATATGGTTGGTTCCAGATGATATTAG
ACTTGCAATTTTTGGCC


BQ
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AF RR1BX96TF U 1
AF RR1BX96JQ C 31
BS 1 311 RR1BX96TF
BS 312 737 RR1BX96JQ

RD RR1BX96TF 311 0 0
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TCTTCTGCATAATAGAGAAAGCAGAGCCGGAAAGGTGGGACAAGCTTATCCGTGGTGGGA
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ACGCTGGTGCCGGAGATATGGATATGGGAGGAATGGGTGGAATGGATTTCTCAAGCTTGG
CTGGAATGGGCGGAATGGGTGGAATGGGTGGTATGGGTGGGATGGGCGGAATGGGTGGTA
TGGGTGGAATG

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR1BX96JQ 707 0 0
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AAAGGTGGGACAAGCTTATCCGTGGTGGGAAAGCGCCACACTATGTCAAGGTGGATTGGG
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GTATGGGTGGGATGGGCGGAATGGGTGGTATGGGTGGAATGGGTGGCCTTGAAGGACTTG
GCGGCATGGGTGGACTTGGTGGCATGGCTGGACTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGTGGTA
TGGGAGGTATGGGAGGCATGGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGAGTTTGAAGACAGTGATG
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AAGCAGAAGAGCAAACAACGTCTGCTAAGGAAGACAAGTGAAGACACTGTTTCAGTGAGG
AAACCATGTGGTTGGTACTGTTAGCTTTCAGGGTTTATGAAACTCTTTTCTGTTTACTTT
TCTCTTAAAATGTTGTCCCTCTGTTTTGCTTTTATGGATTTGTTTTTCACTTGTTGTGTG
GTTTATATGGTTGGTTCCAGATGATATTAGACTTGCAATTTTTGGCC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

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GTGTTTCAGAAGAACTGTTCAAAAGAAAAGCAAAAGACTTTTTTTGACAAAACAATGATT
TAAAACACGGGAGAAGAAAAAAAAGGGGCAAAATTTACGAGTCCTTTTCTTCTGGGTCGG
TGTTCCGTGTTCGTCGAGATCGTGCAACCAACTAAAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAAAAAA
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CTCTATTCCTCCTAAATTTTAAAGAGAGAAAGTTGTGTGGACCTTGTGGGGTTATCATAA
AGTACAGATCTTTACTTTTCAGCACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CH08TF C 1
AF RR1CH08JQ U 315
BS 1 314 RR1CH08TF
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RD RR1CH08TF 627 0 0
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TAGAAGAAAATATCAAAAAAAAAAGCAGAGAAATAAATCAAATAATAATAATTCACCTTT
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TAAAACACGGGAGAAGAAGAAAAAGGTGCAGAATTTACGAGTCCTTTTCTTCTGGGTCGG
TGTTCCGTGTTCGTCGAGATCGTGCAACCAACTAAAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAAAAAA
AACTTTTCTTTAGGTTATTTAACGAAGGTGGTGGTGAGGGCTTTTCTTCGTCTCCTTGCT
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CTCTATTCCTCCTAGATTTTAGAGAGAGAAAGTTGTGTGGACCTTGTGGGGTTATCATAA
AGTACAGATCTTTACTTTTCAGCACCC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1CH08JQ 313 0 0
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CAAAATTTAAAATGGCAGTTTAATAATGTTACCCTCCCTTTTTCTCCTCTATTCCTCCTA
AATTTTAAAGAGAGAAAGTTGTGTGGACCTTGTGGGGTTATCATAAAGTACAGATCTTTA
CTTTTCAGCACCC

QA 1 313 1 313
DS 



AS 1 2

CO CL5945Contig1 566 2 1 U
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AAAACCCATCTTGACAAGAAGTTTCACAACAAAACCTACTTCGTATCCTTCCTCGGAACC
CATCTTTAGACGGAGTTTCTCTGCTAAACCCACTTCTTCAAAATCTCCGTTTCTGTCAAG
AAGTGGTTCCACGAAATGCCAAGCTGACACATCTTCCACGAAGTGTTCCATCTCTCGCAG
CTTGTCTCATAAAGGCGCTTCCGTGACCCGAAAGTGTCGTGATGTGGCGAAGGAGCACAA
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AATATACACTTCATCTGTTTCAAGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GG79TF U 1
AF RR1GG79JQ C 267
BS 1 566 RR1GG79TF

RD RR1GG79TF 566 0 0
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TCTCTTCAAAACCCGACGTTTTCACACGAAGCTTCTCAACAAAAACTTCTTCTCATCCTC
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AATATACACTTCATCTGTTTCAAGCC

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1GG79JQ 300 0 0
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AGATTCTGTTAATTATTTACAGTGTATTTAATTACTGGTTTTATCTTTTCATCTTTTCAC
TCATCCATTATTGTTATTTTATATATTTTGTATTAATATACACTTCATCTGTTTCAAGCC

QA 1 300 1 300
DS 



AS 1 2

CO CL5946Contig1 446 2 1 U
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TGATTCTTGAATCGTTTGGATCGTGTAAAAAGGTTTGAGTCTTTTCATCATTTGTGTGTT
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CD08JQ C 1
AF RR1CD08TF U 1
BS 1 446 RR1CD08TF

RD RR1CD08JQ 446 0 0
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GAGGTGAAGAAAGATCATGGTGACACTCTTGAGTACAATAACTTTTGCAGTACGGCTCTT
AGACCAGCTCTCAAAGACATTTTCTGGACTTCGACACCTGTTTAAATCTTTGTGTGTTTA
TGTTCCTGTCTGAAAAAGAAGTATTGTTGGATTCTAGATTCGGTTCGTGATTCTTGTTCT
TGATTCTTGAATCGTTTGGATCGTGTAAAAAGGTTTGAGTCTTTTCATCATTTGTGTGTT
CTGTCTCCTTGTTGTCGATATGTTGCTTCACGAAGCAGAGCTTGTTGTGTGGTTCTGTTC
CTGTGGTTCAGCATGGTGTCTTAAAGATTCCGTATCAACAAATGATATTTATGATATTAA
GAATGTTCAATAGTCAATTCTTATGC

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR1CD08TF 446 0 0
GAAGGGAAGTTGGCGGTGGAGGCGGAGATATTCGCGGTGGCTCCGTCGTTTGTTGTCGTG
GAGGTGAAGAAAGATCATGGTGACACTCTTGAGTACAATAACTTTTGCAGTACGGCTCTT
AGACCAGCTCTCAAAGACATTTTCTGGACTTCGACACCTGTTTAAATCTTTGTGTGTTTA
TGTTCCTGTCTGAAAAAGAAGTATTGTTGGATTCTAGATTCGGTTCGTGATTCTTGTTCT
TGATTCTTGAATCGTTTGGATCGTGTAAAAAGGTTTGAGTCTTTTCATCATTTGTGTGTT
CTGTCTCCTTGTTGTCGATATGTTGCTTCACGAAGCAGAGCTTGTTGTGTGGTTCTGTTC
CTGTGGTTCAGCATGGTGTCTTAAAGATTCCGTATCAACAAATGATATTTATGATATTAA
GAATGTTCAATAGTCAATTCTTATGC

QA 1 446 1 446
DS 



AS 1 2

CO CL5947Contig1 785 2 5 U
TTTTAATGTGTTGAGAGATGCCAAGTCATTGAGGTTCAAGGAGTTGTCAGTGCATGAGCA
TAACAATACCGGCTTGGCCTCTGCATCACACACGCCAGCGAGAGCGTGTCTTCTTCTCAG
TTCCCACTTTTCTCTCAACCATAAACTTCAACCATTTGCAGCCTAGTCTTCACTGAAAGT
AATTTGTAGGTTCATCAACAAAAAATATGCAGGGCTCAAGCTAATTACTCGAGCATCATC
AGTCAGGAGCAATGGCCTTCAAACTGAAACTTGTGGTGAAGAAAATGGGCCCATATACTC
TTCGATGATCTTTTGTTCTCCATGCAGTTCTGTTATTGCGTGAAATAAGACTCGCATCAA
CCCTAAAAATTAATAGGCATCCCTCGCCATCACATGTCAAGTCACGATCAAACCAGGTGT
ACCAAAGGCCACCTCCATAAGTTTGAACACCAACCTCCAAGCATCCACCTTTAGTTATCT
TTGAAACGGGCTTGAGTTTGAGGAAAGGGCTATCAGTGTGAGCACCAATAATATGGAATC
CGTTTCCAGCTACATATCCATCCTCCTTCAGCAGAACCTTAGTAAGATGTGAAATGCTTC
CCATAGCAGCATCCGAAAAACTCAGTGCACTTCTCAAGTGCTGCGATGGGTTTCCGTCTT
CTTTGCAGTTTCGGCAATCTCTTTCCCCATATCGGAAGCGTCCCTTACACAGACCATTGT
GTCTGATCCAATTATAAGAGTGATACAGAGAGATCACTGAAGGCCTCTCTCTTTGATAGA
TCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1AY54JQ U 104
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ATTACTCGAGCATCATCAGTCAGGAGCAA

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DS 

RD RR1AY54TF 785 0 0
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TAACAATACCGGCTTGGCCTCTGCATCACACACGCCAGCGAGAGCGTGTCTTCTTCTCAG
TTCCCACTTTTCTCTCAACCATAGACTTCAACCATTTGCAGCCTAGTCTTCACTGAGAGT
AATTTGTAGGTTCATCAACAAAGAATATGCAGTGCTCAAGCTAATTACTCGAGCATCATC
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TTGAAACGGGCTTGAGTTTGAGGAAAGGGCTATCAGTGTGAGCACCAATAATATGGAATC
CGTTTCCAGCTACATATCCATCCTCCTTCAGCAGAACCTTAGTAAGATGTGAAATGCTTC
CCATAGCAGCATCCGAAAAACTCAGTGCACTTCTCAAGTGCTGCGATGGGTTTCCGTCTT
CTTTGCAGTTTCGGCAATCTCTTTCCCCATATCGGAAGCGTCCCTTACACAGACCATTGT
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TCTCC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AGAGCTATACCAATGGCGGAACCTAGGAAGCTGAGAGGCCACAAAGCGACTGCCACGTGT
TGCATAGCTTCTCGTGGCCGGCCTGGACTTGTTGTCAGTTCCGGCGAGGATGGTTGCATT
TGCTGGTTTGATTTGCGATGTAAAGATGTCCAGTTCACCATTGACGTTGGGACAGAACCA
GTTCCATCTCTTTGTTTCAAGACAGGTAACGAGGACGTTCTCTATGCTTCTCATGGAAAC
GAAATCAAGTCTTTCGATGTTCATACGCTAAGTGCTGGTTCTTGGAAGCCATTAGAGAGT
TACAGTTACAACAAAGATGAAGTTAACCAGGTAGTATGCAACGGAAGATCGTCTTTTCTT
GCTTCTGCTGATGATTCTGGTGATGTCAAGATTATCGACCTTGGTCAGAAGTGTCTTTAT
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BQ
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AF RR1FO10TF U 1
AF RR1FO10JQ C 581
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GCTTCTGCTGATGATTCTGGTGATGTCAAGATTATCGACCTTGGTCAGAAGTGTCTTTAT
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TTAGGCAAGATA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1FO10JQ 658 0 0
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ACAAGAATAACGATAACAGAGATCTCCTCCTTCATTTGAATATTGACCTGAACAAGAAGG
TGAATTGGCTATGCACGAATCAGTCTGATTCTGAGAATCTTGTGGTCTGTGATACAACAA
GAGTAGTCAAGGTTTACTCAATCTCTTGAGTCTTTGACTTTATTGTCTCTTACTGTTCAC
TTTGTTACTAGGCTTTATGGGGCCTCTATGAATAGACTCAAGTGGTTGCTTGATCCAC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL5950Contig1 1106 2 6 U
GGGATCTCGAAGCAGCCATCATCAAAGCAACCTCCCACGACGACTCCTCCGTCGACTATT
CGAACGCTCAGCGCGTCTACAAATGGATCAAAGCTTCTCCTCTCAACCTCAAAACTCTAA
TCCACTCATTATCCACCCGCGTCAACCATACCCGAAGCTGGATCGTCGCGCTCAAATCCC
TGATGCTTCTCCACGGTGTGCTCTTGTGCAAAGTCTCTTCCGTCGTCGGAGAGATTCGAC
GTCTTCCTTTCGATCTCTCCGATTTTTCGGACGGACATTCGGCTCTCAGCAAAACATGGG
GGTTCAACATCTTTGTTCGAGCTTACTTTGCTTTCCTTGACAACTACTCTTCCTTCACAT
CTGATCAAATTCATCGTAACCGCGCGAATCTACGATCGGATAAAGTCGATTCGGTGAAGC
ACCAGCTCGATAGGATCCAGAGACTTCAGTCTCTTCTTGATTTGATTCTTCAGATACGTC
CCATTGCTGATAACATGAAGAGAGCGTTGATCCTAGAAGCAATGGACTGCATTGTCCTCT
CGAGCATCAATATTTACGGTCGAATATGCAGCGGAATCATCAAAATCCTCCCGACTGCCG
GGAAGACAGACGCCGCCATGACTTTAAAGATCGTCAAGAAGGCGACGTCTCAGGGAGAAG
ATCTCGCTTTGTACTTTGAATTCTGCAGAGGCTTTGGCGTCCCGAACGCGCGGGATACGC
CTCAGTTCGTTAGTATACCAACGGCTGAAGTAGAAGCGATGGAGAAAATGGTCAAGAAGA
GCGTCGAAAAGGATGAACAAGAGCAAGAAGAAGAAGTAGTGGAGGAGGAAGAGAAAGCTA
TTGTACTGTTGGAGAAACCGAGATTGCAGACGATCATAACAGACGAATGGGAGATTTTCG
AAGACGATGAGCATTGCTTTAATGAAAAAGTCATTCAAGAATATCATCAAGATCCCCTGC
CTCTTGTAGTATGGAACCAACCAGTTGTTTACACAATGCCAGATTTGATTACGTTCTAGA
GAACGTTTTCAGTAAATCTGGATGAGATTTGATTCTTTTTTTCACCTGGTTCTGGTTCTG
TACATAATACAATTTTTTTTACCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GZ07TFB U 1
AF RR1GZ07JQ C 398
BS 1 641 RR1GZ07TFB
BS 642 642 RR1GZ07JQ
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BS 656 686 RR1GZ07TFB
BS 687 1106 RR1GZ07JQ

RD RR1GZ07TFB 686 0 0
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CGAACGCTCAGCGCGTCTACAAATGGATCAAAGCTTCTCCTCTCAACCTCAAAACTCTAA
TCCACTCATTATCCACCCGCGTCAACCATACCCGAAGCTGGATCGTCGCGCTCAAATCCC
TGATGCTTCTCCACGGTGTGCTCTTGTGCAAAGTCTCTTCCGTCGTCGGAGAGATTCGAC
GTCTTCCTTTCGATCTCTCCGATTTTTCGGACGGACATTCGGCTCTCAGCAAAACATGGG
GGTTCAACATCTTTGTTCGAGCTTACTTTGCTTTCCTTGACAACTACTCTTCCTTCACAT
CTGATCAAATTCATCGTAACCGCGCGAATCTACGATCGGATAAAGTCGATTCGGTGAAGC
ACCAGCTCGATAGGATCCAGAGACTTCAGTCTCTTCTTGATTTGATTCTTCAGATACGTC
CCATTGCTGATAACATGAAGAGAGCGTTGATCCTAGAAGCAATGGACTGCATTGTCCTCT
CGAGCATCAATATTTACGGTCGAATATGCAGCGGAATCATCAAAATCCTCCCGACTGCCG
GGAAGACAGACGCCGCCATGACTTTAAAGATCGTCAAGAAG*CGACGTCTCAGG*AGAAG
ATCTCGCTTTGTACTTTGAATTCTGC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1GZ07JQ 709 0 0
GGATAAAGTCGATTCGGTGAAGCACCAGCTCGATAGGATCCAGAGACTTCAGTCTCTTCT
TGATTTGATTCTTCAGATACGTCCCATTGCTGATAACATGAAGAGAGCGTTGATCCTAGA
AGCAATGGACTGCATTGTCCTCTCGAGCATCAATATTTACGGTCGAATATGCAGCGGAAT
CATCAAAATCCTCCCGACTGCCGGGAAGACAGACGCCGCCATGACTTTAAAGATCGTCAA
GAAGGCGACGTCTCAGGGAGAAGATCTCGCTTTGTACTTTGAATTCTGCAGAGGCTTTGG
CGTCCCGAACGCGCGGGATACGCCTCAGTTCGTTAGTATACCAACGGCTGAAGTAGAAGC
GATGGAGAAAATGGTCAAGAAGAGCGTCGAAAAGGATGAACAAGAGCAAGAAGAAGAAGT
AGTGGAGGAGGAAGAGAAAGCTATTGTACTGTTGGAGAAACCGAGATTGCAGACGATCAT
AACAGACGAATGGGAGATTTTCGAAGACGATGAGCATTGCTTTAATGAAAAAGTCATTCA
AGAATATCATCAAGATCCCCTGCCTCTTGTAGTATGGAACCAACCAGTTGTTTACACAAT
GCCAGATTTGATTACGTTCTAGAGAACGTTTTCAGTAAATCTGGATGAGATTTGATTCTT
TTTTTCACCTGGTTCTGGTTCTGTACATAATACAATTTTTTTTACCAGT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5952Contig1 1056 2 2 U
GTTTCCCGTACAAAATTGGAAAAAAAATGTCATCGTTTCTCAATTTTCCGGCCATTTCAC
CTCGTCCATCTGCTTTTCCCGGCGCTTCATTTCGTCCTCGCTTTTCATCTCCACGATTGT
TCAAGTCTTGTGTTAAGTGCACTTATGCTGAAGAAGCTACAATTGACATTGTGGCAGATG
TCAGATCTGAAAGGGTTGTAGTTCTTGGAGGCAATGGTTTCGTTGGCTCAGCTATCTGCA
AAGAAGCAATCTCCAACGGAATCGAGGTTGTAAGTGTCAGCAGGTCTGGTCGTCCTAGCT
TGCAAGATTCATGGTTGGATCAGGTTACATGGGTTACTGGTGATGTTTTCTATTTGAACT
GGGATGAAGTACTTCTCGGTGCCACTGCTGTAGTTTCGACCATTGGTGGTTTTGGTAATG
AAGAACAGATGAAAAGAATCAACGGTGAAGCTAACGTTATCGCTGTGAATGCTGCTAAAG
ATTTCGGTGTTCCTAAGTTTGTCTTGATCACTGTTCACGACTACAATCTTCCACCATTTG
TTCTATCAAGCGGTTACTTCACCGGAAAGCGTAGCTCAGAGGCAGAACTCCTCTCCAAAT
ATCCCAACTCCGGAGTTGTGCTGAGACCAGGTTTCATATACGGGAAACGAAAAGTGAACG
GATTCGAGGTCCCGCTTGATCTGGTCGGGGAGCCACTAGACAAGATTTACGATGCTGCAG
AGAGGTTCATTAGGCCTTTGAGGTCTCTCCCTGCGTCTGATCTCATCTTGGCTCCACCGG
TTAAAGTCGATGATCTAGCACTTGCTGTGATTAACGCCGTTAAAGATGACGACATCTTTG
GCATTTTCACTATTGAGCAGATCAAAGAAGCAGCTGCAAAGATGAGAGCCTTTAGCTACT
AAAACAGCTTCTTCCTGTTCCTCTCCCTTATACATACTTTGTAACCGTAAAATACCGTAT
ATATATTTGCTTGTTTCGCGACGAGCGAGCAATCGTAAAATTTCGGGACCGGAGATTTAT
GTTATAACTAGGCCTTGCCCGCGTAAATGATATCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CL92TF U 1
AF RR1CL92JQ C 360
BS 1 639 RR1CL92TF
BS 640 1056 RR1CL92JQ

RD RR1CL92TF 639 0 0
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CTCGTCCATCTGCTTTTCCCGGCGCTTCATTTCGTCCTCGCTTTTCATCTCCACGATTGT
TCAAGTCTTGTGTTAAGTGCACTTATGCTGAAGAAGCTACAATTGACATTGTGGCAGATG
TCAGATCTGAAAGGGTTGTAGTTCTTGGAGGCAATGGTTTCGTTGGCTCAGCTATCTGCA
AAGAAGCAATCTCCAACGGAATCGAGGTTGTAAGTGTCAGCAGGTCTGGTCGTCCTAGCT
TGCAAGATTCATGGTTGGATCAGGTTACATGGGTTACTGGTGATGTTTTCTATTTGAACT
GGGATGAAGTACTTCTCGGTGCCACTGCTGTAGTTTCGACCATTGGTGGTTTTGGTAATG
AAGAACAGATGAAAAGAATCAACGGTGAAGCTAACGTTATCGCTGTGAATGCTGCTAAAG
ATTTCGGTGTTCCTAAGTTTGTCTTGATCACTGTTCACGACTACAATCTTCCACCATTTG
TTCTATCAAGCGGTTACTTCACCGGAAAGCGTAGCTCAGAGGCAGAACTCCTCTCCAAAT
ATCCCAACTCCGGAGTTGTGCTGAGACCAGGTTTCATAT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1CL92JQ 697 0 0
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GAAGAACAGATGAAAAGAATCAACGGTGAAGCTAACGTTATCGCTGTGAATGCTGCTAAA
GATTTCGGTGTTCCTAAGTTTGTCTTGATCACTGTTCACGACTACAATCTTCCACCATTT
GTTCTATCAAGCGGTTACTTCACCGGAAAGCGTAGCTCAGAGGCAGAACTCCTCTCCAAA
TATCCCAACTCCGGAGTTGTGCTGAGACCAGGTTTCATATACGGGAAACGAAAAGTGAAC
GGATTCGAGGTCCCGCTTGATCTGGTCGGGGAGCCACTAGACAAGATTTACGATGCTGCA
GAGAGGTTCATTAGGCCTTTGAGGTCTCTCCCTGCGTCTGATCTCATCTTGGCTCCACCG
GTTAAAGTCGATGATCTAGCACTTGCTGTGATTAACGCCGTTAAAGATGACGACATCTTT
GGCATTTTCACTATTGAGCAGATCAAAGAAGCAGCTGCAAAGATGAGAGCCTTTAGCTAC
TAAAACAGCTTCTTCCTGTTCCTCTCCCTTATACATACTTTGTAACCGTAAAATACCGTA
TATATATTTGCTTGTTTCGCGACGAGCGAGCAATCGTAAAATTTCGGGACCGGAGATTTA
TGTTATAACTAGGCCTTGCCCGCGTAAATGATATCAT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL5953Contig1 445 2 1 U
GGATTTCTAATTCGACCAAAAAAAAAGAAGAAGAAAAATTATATATCCCTTTCCTCAAGA
AATCTACCCAATGTTCTCTCCTGAAGAACGCTTCGCGACTCAGTTGCAACAGCTGCAAGA
AATGGGATTCTATGACAGAGCTGAGAACATAAGGGCTTTGCTTGCAACCAATGGAAACGT
TAACGCTGCTGTAGAACGACTCTTGGGGAGTATTGGTCAGTAGTAGCAGCAGGTTCGTGA
ACTGACTGTCTCCATCCCATGTCTGTGGCATTCTCTCTCAGTTATAGAATAAACAGCCTT
TTGAAAATGTGTTTCGGTAATGAATGATGATATTCATGGAATTTTTATAAAACTATATTT
ATGATAGGATCATGAAAGTTGTGGATAAAGATATATTTCGAGTCATCGTGGTATCATCTT
TCAGTTTTTATTTGAGGTGTGTTAC


BQ
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AF RR1F537JQ C 1
AF RR1F537TF U 1
BS 1 445 RR1F537TF

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AATGGGATTCTATGACAGAGCTGAGAACATAAGGGCTTTGCTTGCAACCAATGGAAACGT
TAACGCTGCTGTAGAACGACTCTTGGGGAGTATTGGTCAGTAGTAGCAGCAGGTTCGTGA
ACTGACTGTCTCCATCCCATGTCTGTGGCATTCTCTCTCAGTTATAGAATAAACAGCCTT
TTGAAAATGTGTTTCGGTAATGAATGATGATATTCATGGAATTTTTATAAAACTATATTT
ATGATAGGATCATGAAAGTTGTGGATAAAGATATATTTCGAGTCATCGTGGTATCATCTT
TCAGTTTTTATTTGAGGTGTGTTAC

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1F537TF 445 0 0
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AATCTACCCAATGTTCTCTCCTGAAGAACGCTTCGCGACTCAGTTGCAACAGCTGCAAGA
AATGGGATTCTATGACAGAGCTGAGAACATAAGGGCTTTGCTTGCAACCAATGGAAACGT
TAACGCTGCTGTAGAACGACTCTTGGGGAGTATTGGTCAGTAGTAGCAGCAGGTTCGTGA
ACTGACTGTCTCCATCCCATGTCTGTGGCATTCTCTCTCAGTTATAGAATAAACAGCCTT
TTGAAAATGTGTTTCGGTAATGAATGATGATATTCATGGAATTTTTATAAAACTATATTT
ATGATAGGATCATGAAAGTTGTGGATAAAGATATATTTCGAGTCATCGTGGTATCATCTT
TCAGTTTTTATTTGAGGTGTGTTAC

QA 1 445 1 445
DS 



AS 1 2

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TCAAACGAATGAATGATACTGCTCACCTTAGATTGTTGTAGTTTGAAAAAAAAAAAATTT
ATTTTACTGGTTAAAAAAAGTTTTCATATGTATACAATGATGAATCGGTAAGTTCAAGAA
CAAAGGTTATGCAGATGACATGCCACGGCCTCTTCTTTGTAATGTTTGTTTGGAAACTAA
GGGGAAAAATATATTCATTGAGTTTGATC


BQ
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AF RR1CO88JQ C 1
AF RR1CO88TF U 1
BS 1 449 RR1CO88TF

RD RR1CO88JQ 449 0 0
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TCTGTGTGGAGGACTCTTCGGTGACGGTGTTACAGCATTCTTGGAGAAATGGGTGGCAGG
TCAAACGAATGAATGATACTGCTCCCCTTAGATTGTTGTAGTTTGAAAAAAAAAAAATTT
ATTTTACTGGTTAAAAAAAGTTTTCATATGTATACAATGATGAATCGGTAAGTTCAAGAA
CAAAGGTTATGCAGATGACATGCCACGGCCTCTTCTTTGTAATGTTTGTTTGGAAACTAA
GGGGAAAAATATATTCATTGAGTTTGATC

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR1CO88TF 449 0 0
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ACGTTAATCAAAATCACATCGACATGGTGTCGAGTTGCGTTGGGGTTTTCACGCATTCGT
TGCCTATAAAGTGTCTTCTGACCGGAGTCCTCGGGTGCAGTCCTGTAATGACTCATAAGA
TCTGTGTGGAGGACTCTTCGGTGACGGTGTTACAGCATTCTTGGAGAAATGGGTGGCAGG
TCAAACGAATGAATGATACTGCTCACCTTAGATTGTTGTAGTTTGAAAAAAAAAAAATTT
ATTTTACTGGTTAAAAAAAGTTTTCATATGTATACAATGATGAATCGGTAAGTTCAAGAA
CAAAGGTTATGCAGATGACATGCCACGGCCTCTTCTTTGTAATGTTTGTTTGGAAACTAA
GGGGAAAAATATATTCATTGAGTTTGATC

QA 1 449 1 449
DS 



AS 1 2

CO CL5955Contig1 1252 2 4 U
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CGTTCGATTGCTAGGGGAAATAAATAAGAAGAGCAGGCGAAGTGAAGAGCTTTTGTGATT
TAGGATTTTTTTTTTGCGTGGGTCTGATTCCGAAATCAAGAAGCTCGATTTCATTTAGTT
CCTAAGGTCAACAATACATGGCAATAGCGCGAACTGGAGTTTATGTTGATGATTACCTTG
AGTATGCTAGCACTTTCCCTGCGGAGCTTCAGAGATTGCTGAATACAGTTCGCGAACTGG
ACGAGAGATCTCAATCGCTCATAAACCAGACGAGGCAGCAAACTAAGTATTGCTTAGGGC
TTGCCTCACAAAGTTCCAAGAAGGGCAGTGGCAATAATCATTACAACACTGGTCTTGATG
AAGAAGAAACCATTGATAAAATGCGTAAAGAGATTGAGTCCAGCCAGGAAAATGCGTTAA
GTTTGTGTACGGAGAAGGTCTTATTGGCCCGGCAAGCTTATGATCTTATTGACAGTCACA
TAAAACGACTTGATGAAGATCTCAATAATTTTGCTGAAGATTTGAAGCAAGAGGGGAAAA
TTCCACCAGACGAGCCCTCTGTTCTTCCTCCACTACCTATAGCTCCTAAGCAGGAAAAGC
GCAAGTCTTTTTATGGCACACCACAGCCTAAGAAGATTGATTACAGAGATAGAGAGTGGG
ATCGTGACAGGGACTTCGAGCTCATGCCTCCTCCAGGAAGCCATCGGAAAGACTTCACCC
TTATTGATGAGCAGCCAATCGATCCAAACGAACCGACGTACTGTGTCTGCCATCAGGTGT
CCTTTGGGGACATGATTGCCTGTGACAATGAGAATTGTCAAGGAGGTGAATGGTTTCACT
ATACATGCGTTGGCCTCACCCCCGAAACCAGATTCAAAGGGAAATGGTATTGCCCTACCT
GCAGGATCCTCCCACAGTCACATTAGTATCATTCGTTCTTGTTGTGACAAGGTGGCAGTG
ACATCTTCTTTCGTACCTTTTCTTCTAGACCTGTCTCCATCTTTATTGCAATTATGTCAT
GTTTAATACAACCTCGGATTAATCCTAATTTCTCAAATACTAATACTGCTGTGTCATCTC
CTGTTACAATGGATAAGACATTGGAGTCAGATGGAGATGAAATATTTGAAGC


BQ
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AF RR1C574TF U 1
AF RR1C574JQ C 427
BS 1 655 RR1C574TF
BS 656 656 RR1C574JQ
BS 657 709 RR1C574TF
BS 710 1252 RR1C574JQ

RD RR1C574TF 709 0 0
GGATATAGATCCGGTAGCCAAGCACTTGTTCCCCACCGGCACCACAGACGATTTCTAGAG
AGGTTAGGATTCAAGGGTTTGGGGGTTTCGGGTTCGTTCGTGTTTCTTGTGTCCTCTGTT
CGTTCGATTGCTAGGGGAAATAAATAAGAAGAGCAGGCGAAGTGAAGAGCTTTTGTGATT
TAGGATTTTTTTTTTGCGTGGGTCTGATTCCGAAATCAAGAAGCTCGATTTCATTTAGTT
CCTAAGGTCAACAATACATGGCAATAGCGCGAACTGGAGTTTATGTTGATGATTACCTTG
AGTATGCTAGCACTTTCCCTGCGGAGCTTCAGAGATTGCTGAATACAGTTCGCGAACTGG
ACGAGAGATCTCAATCGCTCATAAACCAGACGAGGCAGCAAACTAAGTATTGCTTAGGGC
TTGCCTCACAAAGTTCCAAGAAGGGCAGTGGCAATAATCATTACAACACTGGTCTTGATG
AAGAAGAAACCATTGATAAAATGCGTAAAGAGATTGAGTCCAGCCAGGAAAATGCGTTAA
GTTTGTGTACGGAGAAGGTCTTATTGGCCCGGCAAGCTTATGATCTTATTGACAGTCACA
TAAAACGACTTGATGAAGATCTCAATAATTTTGCTGAAGATTTGAAGCAAGAGGG*AAAA
TTCCACCAGACGAGCCCTCTGTTCTTCCTCCACTACCTATAGCTCCTAA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1C574JQ 826 0 0
CACAAAGTTCCAAGAAGGGCAGTGGCAATAATCATTACAACACTGGTCTTGATGAAGAAG
AAACCATTGATAAAATGCGTAAAGAGATTGAGTCCAGCCAGGAAAATGCGTTAAGTTTGT
GTACGGAGAAGGTCTTATTGGCCCGGCAAGCTTATGATCTTATTGACAGTCACATAAAAC
GACTTGATGAAGATCTCAATAATTTTGCTGAAGATTTGAAGCAAGAGGGGAAAATTCCAC
CAGACGAGCCCTCTGTTCTTCCTCCACTACCTATAGCTCCTAAGCAGGAAAAGCGCAAGT
CTTTTTATGGCACACCACAGCCTAAGAAGATTGATTACAGAGATAGAGAGTGGGATCGTG
ACAGGGACTTCGAGCTCATGCCTCCTCCAGGAAGCCATCGGAAAGACTTCACCCTTATTG
ATGAGCAGCCAATCGATCCAAACGAACCGACGTACTGTGTCTGCCATCAGGTGTCCTTTG
GGGACATGATTGCCTGTGACAATGAGAATTGTCAAGGAGGTGAATGGTTTCACTATACAT
GCGTTGGCCTCACCCCCGAAACCAGATTCAAAGGGAAATGGTATTGCCCTACCTGCAGGA
TCCTCCCACAGTCACATTAGTATCATTCGTTCTTGTTGTGACAAGGTGGCAGTGACATCT
TCTTTCGTACCTTTTCTTCTAGACCTGTCTCCATCTTTATTGCAATTATGTCATGTTTAA
TACAACCTCGGATTAATCCTAATTTCTCAAATACTAATACTGCTGTGTCATCTCCTGTTA
CAATGGATAAGACATTGGAGTCAGATGGAGATGAAATATTTGAAGC

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 2

CO CL5956Contig1 1048 2 2 U
GGATATAGAAAAGAAAAAAAGAAGAAAAAACTTGTAGTCGCCTGGAGAGAAGAAGAAGAT
TGATTGTGGTGGCGGGGTGCAGCAAAAGGATGAAAATTGGGGGTTTAGGGTTGTTGGTAG
TAAATTGAATTAGTCGAAAAAACATTTTACAAGTTGGGGGAAAGATGGGAAGCGTGGTGA
AGGCGTACTGTCAGTACAAGATGCCCTCCTCCTTTCACCATTATTACAGACCTTCCAACC
CTATTTCTCTCTTCGCCATCACTTCTCCGTCCATTTCACCCTCTGACCCTTCTTCTCCTC
CTCCTCCTAGTAATAGTAATGGTTTCAAAATCCAATTCGGGGGCCACTTGATCGTTCCCG
CCGTGGCAGTCGCAGCTTCCGCCTGGTTCTTCCTTCGCCTCCACCGATACCCTCCAATCA
TCACCGCTCCTGTTGATCTAGAACTGGAGGAAGAAGGTGCGGTCAAAGAGCTACCTTTGA
AGCACAAGCCGGGGGGTCATGTCAAAGCTCTCCACTTTTACAAAACCAAGCCAGGTACTG
TCTTCAAACTCTACTCCTCTGATGATGGTAACTACGAATCCCTGAAAGCACGGATTCGCT
TGTCCGCCGAGTGGCTAGAAAGGGCGAGGAGAGAGTTGGAGGAGGTGGTGGAGAGAGACC
CGGGTCGGGTCATGGAGTATTCTCAGGTGGCTGACGAGCTGATGGATCTCCTGAGGGATA
TGGAGGTTTATGTGGATCAATGCCAGAAGGACAAGGTTAAGGGTTACCTTACATCTTGCA
ATCGGTTGCTTGCTCGTGTCAGGAAAATGGAAGCTCGGATTCTCAATGCCCTCAAACACC
TTCACGATGATGATGATGATGATGACGAACCAGGAGGACACAACTAGCATTGGGACCCTC
TCTCACTCTTGTCTTCTTGTCACTTGTCATTTCTTTTTTTTTAATTTTAAAAGTTTTCAT
GAGAGTATTATGCTTTGCTTCTATGAATGGAACTATGATGCTTCATTAGCTCTGTAGGAT
GGTAAACAAGTCCAACTCTCTCTCTCCC


BQ
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AF RR1F380TF U 1
AF RR1F380JQ C 398
BS 1 620 RR1F380TF
BS 621 1048 RR1F380JQ

RD RR1F380TF 620 0 0
GGATATAGAAAAGAAAAAAAGAAGAAAAAACTTGTAGTCGCCTGGAGAGAAGAAGAAGAT
TGATTGTGGTGGCGGGGTGCAGCAAAAGGATGAAAATTGGGGGTTTAGGGTTGTTGGTAG
TAAATTGAATTAGTCGAAAAAACATTTTACAAGTTGGGGGAAAGATGGGAAGCGTGGTGA
AGGCGTACTGTCAGTACAAGATGCCCTCCTCCTTTCACCATTATTACAGACCTTCCAACC
CTATTTCTCTCTTCGCCATCACTTCTCCGTCCATTTCACCCTCTGACCCTTCTTCTCCTC
CTCCTCCTAGTAATAGTAATGGTTTCAAAATCCAATTCGGGGGCCACTTGATCGTTCCCG
CCGTGGCAGTCGCAGCTTCCGCCTGGTTCTTCCTTCGCCTCCACCGATACCCTCCAATCA
TCACCGCTCCTGTTGATCTAGAACTGGAGGAAGAAGGTGCGGTCAAAGAGCTACCTTTGA
AGCACAAGCCGGGGGGTCATGTCAAAGCTCTCCACTTTTACAAAACCAAGCCAGGTACTG
TCTTCAAACTCTACTCCTCTGATGATGGTAACTACGAATCCCTGAAAGCACGGATTCGCT
TGTCCGCCGAGTGGCTAGAA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1F380JQ 651 0 0
CCTCCACCGATACCCTCCAATCATCACCGCTCCTGTTGATCTAGAACTGGAGGAAGAAGG
TGCGGTCAAAGAGCTACCTTTGAAGCACAAGCCGGGGGGTCATGTCAAAGCTCTCCACTT
TTACAAAACCAAGCCAGGTACTGTCTTCAAACTCTACTCCTCTGATGATGGTAACTACGA
ATCCCTGAAAGCACGGATTCGCTTGTCCGCCGAGTGGCTAGAAAGGGCGAGGAGAGAGTT
GGAGGAGGTGGTGGAGAGAGACCCGGGTCGGGTCATGGAGTATTCTCAGGTGGCTGACGA
GCTGATGGATCTCCTGAGGGATATGGAGGTTTATGTGGATCAATGCCAGAAGGACAAGGT
TAAGGGTTACCTTACATCTTGCAATCGGTTGCTTGCTCGTGTCAGGAAAATGGAAGCTCG
GATTCTCAATGCCCTCAAACACCTTCACGATGATGATGATGATGATGACGAACCAGGAGG
ACACAACTAGCATTGGGACCCTCTCTCACTCTTGTCTTCTTGTCACTTGTCATTTCTTTT
TTTTTAATTTTAAAAGTTTTCATGAGAGTATTATGCTTTGCTTCTATGAATGGAACTATG
ATGCTTCATTAGCTCTGTAGGATGGTAAACAAGTCCAACTCTCTCTCTCCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL5957Contig1 1007 2 4 U
AGGGGAACGCCGTTTTCTCCTTTATCATCATCTTGTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCGG
ATCTTAGCAGCTTCCGCGAGGAGATCCTCAATCATACTCTCTGTGGTTTTAATAGTAATC
CCGCGAATGTACCAAGAAAGTGGAGGTGGAGTAAGTATAGCAGAAGGCTGAAACATCTGA
TCCATTGTCACCTTCGACCCTATCCTTCCTCGTCCGTTGCTGCAAGTATCATATTCTTCT
CGAGTTTTTGGTTTCATGCGGTCACACAAATGTCCGTCTATAAACAATGGCTCTACTCTC
CAACAACCCTCAAATACTTTCATGAACATTGTTTTCTCTTGCTTATATTTTGACTGCCCT
CAGTAAGAAATAAAAAAAATGATTTGAAGTGTGGTGAAGACAGAACAAACATATTGATTC
TTGTAAGGAAGATTAATATATATCTTACGGTAAGATTTTTTCGGTTTTCTTGAACAATTA
GATGTACAGGAAAAGTACCAGACCACCAAAGGAACTTCCAGGCCGCAGCTTGCTTCACCT
CGACGGTTTGCATTGGTCCTTCCTCCATCAAAACTTTTCTTGATATGCATTCCTGATTAG
AATTAATTAAAATATTTCTATTTTACTAAATTCAAACCATACAAGACAGAGACCATGCAA
GAAGCACCTTGATGTTCTTGAAGTATCTTTTGTTGTCTGGATGCGTGAAAATGTTGTAGA
CTGATTCAGGAGGCAGTCCCACGTTAACTTCTATATTCAAATGACAAAAAGAACCGTTTT
GTGTTTTCACCTGCAAAAAATATCAACTTTTTGTTTGAATACTACCTACTCTATGTTTTG
AGATGTTTTTCTTTTTTTTTGGTTATGAACATACCTGAACCTTCGGAGGTTGATCAATCC
ATGAAGGATTAGTTCTCCAAGCTTGTAATTGCTTCTCTAACTTCTCATATCTATGGTTAT
CATGAGTAGTCTCTTTCTCTGCCTTGAGACTCTTAACCAAGTTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1G803TF U 1
AF RR1G803JQ C 292
BS 1 729 RR1G803TF
BS 730 730 RR1G803JQ
BS 731 745 RR1G803TF
BS 746 1007 RR1G803JQ

RD RR1G803TF 745 0 0
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ATCTTAGCAGCTTCCGCGAGGAGATCCTCAATCATACTCTCTGTGGTTTTAATAGTAATC
CCGCGAATGTACCAAGAAAGTGGAGGTGGAGTAAGTATAGCAGAAGGCTGAAACATCTGA
TCCATTGTCACCTTCGACCCTATCCTTCCTCGTCCGTTGCTGCAAGTATCATATTCTTCT
CGAGTTTTTGGTTTCATGCGGTCACACAAATGTCCGTCTATAAACAATGGCTCTACTCTC
CAACAACCCTCAAATACTTTCATGAACATTGTTTTCTCTTGCTTATATTTTGACTGCCCT
CAGTAAGAAATAAAAAAAATGATTTGAAGTGTGGTGAAGACAGAACAAACATATTGATTC
TTGTAAGGAAGATTAATATATATCTTACGGTAAGATTTTTTCGGTTTTCTTGAACAATTA
GATGTACAGGAAAAGTACCAGACCACCAAAGGAACTTCCAGGCCGCAGCTTGCTTCACCT
CGACGGTTTGCATTGGTCCTTCCTCCATCAAAACTTTTCTTGATATGCATTCCTGATTAG
AATTAATTAAAATATTTCTATTTTACTAAATTCAAACCATACAAGACAGAGACCATGCAA
GAAGCACCTTGATGTTCTTGAAGTATCTTTTGTTGTCTGGATGCGTGAAAATGTTGTAGA
CTGATTCAG*AGGCAGTCCCACGTT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1G803JQ 716 0 0
TCTACTCTCCAACAACCCTCAAATACTTTCATGAACATTGTTTTCTCTTGCTTATATTTT
GACTGCCCTCAGTAAGAAATAAAAAAAATGATTTGAAGTGTGGTGAAGACAGAACAAACA
TATTGATTCTTGTAAGGAAGATTAATATATATCTTACGGTAAGATTTTTTCGGTTTTCTT
GAACAATTAGATGTACAGGAAAAGTACCAGACCACCAAAGGAACTTCCAGGCCGCAGCTT
GCTTCACCTCGACGGTTTGCATTGGTCCTTCCTCCATCAAAACTTTTCTTGATATGCATT
CCTGATTAGAATTAATTAAAATATTTCTATTTTACTAAATTCAAACCATACAAGACAGAG
ACCATGCAAGAAGCACCTTGATGTTCTTGAAGTATCTTTTGTTGTCTGGATGCGTGAAAA
TGTTGTAGACTGATTCAGGAGGCAGTCCCACGTTAACTTCTATATTCAAATGACAAAAAG
AACCGTTTTGTGTTTTCACCTGCAAAAAATATCAACTTTTTGTTTGAATACTACCTACTC
TATGTTTTGAGATGTTTTTCTTTTTTTTTGGTTATGAACATACCTGAACCTTCGGAGGTT
GATCAATCCATGAAGGATTAGTTCTCCAAGCTTGTAATTGCTTCTCTAACTTCTCATATC
TATGGTTATCATGAGTAGTCTCTTTCTCTGCCTTGAGACTCTTAACCAAGTTTTGC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL5958Contig1 571 2 3 U
TACTGGTTTGAAGGAGTTCGGACTTAATACGGACATGGCTTCGAAATTACGTGTAGCTAT
CCGGATTAACGTTAAACCGTAAGAATACATGGAGTATCGTAAACTTTGTGGAACTAATCC
GTTGACTTCCATCGTCGGATCCCCACGGTTATAAAAAAAAACTGAAAATAAAATCATATG
ACAAAATGTTTATCCCATCGAAGACATTAAATTGGATACTACTCCCTCTATTTTAAAATA
ATACATATTTTAGGATTTTCACACTTATTAAGAAAACACATTAAAACTTAGTTATTAATG
TAAATTTTTTTTGTAATTTTATATTTTTCTATATTTTAAACTAATAAAGTTTTAAGAAAT
GCAATTAATATTTTTTGAAATACACAATTTTTTATTATTGGTTAACAAAAAATACATTAA
AAATATGAAAAATACATTTTTTTGAAACAATTTTTTTTCTAAAACATGCATCTTTCTCAA
ACGGATGGAGTATATGAGGCAGCTTTGGCTTAGTTTTTTCTTTTAACTAAGCTTTGGCTT
AGTTGGGAACTTGGGATGCCCATTGACGATC


BQ
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AF RR1FN22JQ U 45
AF RR1FN22TF C 1
BS 1 44 RR1FN22TF
BS 45 201 RR1FN22JQ
BS 202 571 RR1FN22TF

RD RR1FN22JQ 157 0 0
AATTACGTGTAGCTATCCGGATTAACGTTAAACCGTAAGAATACATGGAGTATCGTAAAC
TTTGTGGAACTAATCCGTTGACTTCCATCGTCGGATCCCCACGGTTATAAAAAAAAACTG
AAAATAAAATCATATGACAAAATGTTTATCCCATCGA

QA 1 157 1 157
DS 

RD RR1FN22TF 571 0 0
TACTGGTTTGAAGGAGTTCGGACTTAATACGGACATGGCTTCGAAATTACGTGTAGCTAT
CCGGATTAACGTTAAACCGTAAGAATACATGGAGTATCGTAGACTTTGTGGAACTAATCC
GTTGACTTCGATCGTCGGATCCCGACGGTTATAAAAAAAAACTGAAAATAAAATCATATG
ACAAAATGTTTATCCCATCGAAGACATTAAATTGGATACTACTCCCTCTATTTTAAAATA
ATACATATTTTAGGATTTTCACACTTATTAAGAAAACACATTAAAACTTAGTTATTAATG
TAAATTTTTTTTGTAATTTTATATTTTTCTATATTTTAAACTAATAAAGTTTTAAGAAAT
GCAATTAATATTTTTTGAAATACACAATTTTTTATTATTGGTTAACAAAAAATACATTAA
AAATATGAAAAATACATTTTTTTGAAACAATTTTTTTTCTAAAACATGCATCTTTCTCAA
ACGGATGGAGTATATGAGGCAGCTTTGGCTTAGTTTTTTCTTTTAACTAAGCTTTGGCTT
AGTTGGGAACTTGGGATGCCCATTGACGATC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

CO CL5959Contig1 635 2 3 U
GACATAAATTATAAGGAGTCCCTACCAAAAATTTTCTATAGAGTTAAACAGACAACTTGA
AACAACACAAATTCTCAGAAGCTAAAAACCCTCATGGACTCAAACTCTTCTCCTCAGAAT
CCCAAAAAGAACATTTAGTTTGTGTCCCCCGCCTCTTGCTTGCCGGCCTCTTCCTTGGCA
GGTTCTTCCTTGTTAGCCTCTTCTACAGCTGCTTCCTCTTGCTGAGCTTCCTCAGAGCTT
TTTCTCCAACTTCCGTCAGTACGATCGTCCTTACGGCCGTTGCCAAGACCAAACCCCATC
TTCCCAGGAGACCTCTCATCAGGCTTCTCAACGGCAGCAGCAGCAGCAACCTCCTTCAAC
TTGACAGCCTCGAGCTTCTCGTCAATCTCTTTCCAGTCCTGTCCCTTCTCAGCCAAAACC
TCCTCCCTAGGCCTCGCGTTCCCAAAAGGATTCGCCCCTTTAGGTCTCTCCACAATCACA
GGCCTCTCTACAACAGCAACAGCCACCGGACTCTCCGGCTTCACTTCAACAGCAGCCACA
GGAAGCGTTCGCGGCTGCAACACCAACCTCGGCCGCGAGCCGCCACCACCGCCGCTAGGA
GCCGGCGGCGCAGTCTCCTCTCTCCTCCTCCCCCC


BQ
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AF RR1BK79TF C 1
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RD RR1BK79TF 635 0 0
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AACAACACAAATTCTCAGAAGCTAAAAACCCTCATGGACTCAAACTCTTCTCCTCAGAAT
CCCAAAAAGAACATTTAGTTTGTGTCCCCCGCCTCTTGCTTGCCGGCCTCTTCCTTGGCA
GGTTCTTCCTTGTTAGCCTCTTCTACAGCTGCTTCCTCTTGCTGAGCTTCCTCAGAGCTT
TTTCTCCAACTTCCGTCAGTACGATCGTCCTTACGGCCGTTGCCAAGACCAAACCCCATC
TTCCCAGGAGACCTCTCATCAGGCTTCTCAACGGCAGCAGCAGCAGCAACCTCCTTCAAC
TTGACAGCCTCGAGCTTCTCGTCAATCTCTTTCCAGTCCTGTCCCTTCTCAGCCAAAACC
TCCTCCCTAGGCCTCGCGTTCCCAAAAGGATTCGCCCCTTTAGGTCTCTCCACAATCACA
GGCCTCTCTACAACAGCAACAGCCACCGGACTCTCCGGCTTCACTTCAACAGCAGCCACA
GGAAGCGTTCGCGGCTGCAACACCAACCTCGGCCGCGAGCCGCCACCACCGCCGCTAGGA
GCCGGCGGCGCAGTCTCCTCTCTCCTCCTCCCCCC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1BK79JQ 449 0 0
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TTCCTCTTGCTGAGCTTCCTCAGAGCTTTTTCTCCAACTTCCGTCAGTACGATCGTCCTT
ACGGCCGTTGCCAAGACCAAACCCCATCTTCCCAGGAGACCTCTCATCAGGCTTCTCAAC
GGCAGCAGCAGCAGCAACCTCCTTCAACTTGACAGCCTCGAGCTTCTCGTCAATCTCTTT
CCAGTCCTGTCCCTTCTCAGCCAAAACCTCCTCCCTAGGCCTCGCGTTCCCAAAAGGATT
CGCCCCTTTAGGTCTCTCCACAATCACAGGCCTCTCTACAACAGCAACAGCCACCGGACT
CTCCGGCTTCACTTCAACAGCAGCCACAGGAAGCGTTCGCGGCTGCAACACCAACCTCGG
CCGCGAGCCGCCACCACCGCCGCTAGGAG

QA 1 449 1 449
DS 



AS 1 2

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GTTCGTCTTCTTCTCCATCGTTAACCTCTGAGCTTTTTGGTTCCAGAGATAATCCTTCTT
CTTCTTCTTCTTCTGGGTTTTTCGGATCTATTTTTGCTCCTCCTTCTCATAAGGTTATGC
GACAAGAGACTGTGACTGGTGGTGGCTGGAACGATAAATCCTCCAAGACTGGTGATGCTG
ACAGAAACAGAGAAGAGCAAGACAACTATGGTTCAGTTTATCATCAGGAACAAGAGAGAG
TTCAACCTTGCCATCTCAGCTCTTCCATCTATTACGGTGGCCCTGATGTCTATATCCAGC
CTCAGAATTCCGGCGTCAATTCTACGAAGAAGAAAGAGGGAGGCGAAGATGATTCCGGAA
GTGCTTCCAGAGGAAATTGGTGGCAAGGTATCATCTTTTTTTTCTTTGCGAGTAAATCTC
GTTTCATTATCTAACTGCCCTTGAAAACCTTTGCAACTTATTATAGGGTCTCTGTATTAC
TAAGTAGAGTTGTTGCTACTTAAGCCAGTGTTATACTACAAAAGCAGCCAGGTATTGTAT
TCCATTTCAACAATTCTACTCCCGGTTCTAAGACAGAAAAAACGTCTGATGTGTGGTTTG
GTTCCGGTCTTTGGACTTCGCAGGGTATATAGGAAGGAAGGAAAAAAAGTAGAGTAGCAG
TGGATCCGTTGGTATTAGTAAAACTTCTCTATCTTATTATTACAAAAAAAGTATGGAAGA
AGTTTGTAAGGGTTGGTTAGATGCAAAGACGCCAGGAAAGCTTGTCTGAGGGGTTTTTTT
TGGTCGTGGTTTAGTTATTAACCCGACCGCTTCAGATTTAGCTTCCGTAGTATGTATAAT
GGATAAAAACAATGATATGGTTTTGTAAGAAAACTACTCTAGTAAGTTTCTACATTTACA
AGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1EK87TF U 1
AF RR1EK87JQ C 302
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BS 702 702 RR1EK87JQ
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RD RR1EK87TF 767 0 0
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CTTCTTCTTCTTCTGGGTTTTTCGGATCTATTTTTGCTCCTCCTTCTCATAAGGTTATGC
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GTTTCATTATCTAACTGCCCTTGAAAACCTTTGCAACTTATTATAGGGTCTCTGTATTAC
TAAGTAGAGTTGTTGCTACTTAAGCCAGTGTTATACTACAAAAGCAGCCAGGTATTGTAT
TCCATTTCAACAATTCTACTCCCGGTTCTAAGACAGAAAAA*CGTCTGATGTGTGGTTTG
GTTCCG*TCTTTGGACTTCGCAGG*TATATAGGA*GGAAGGAAAAAA

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DS 

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TTTCATTATCTAACTGCCCTTGAAAACCTTTGCAACTTATTATAGGGTCTCTGTATTACT
AAGTAGAGTTGTTGCTACTTAAGCCAGTGTTATACTACAAAAGCAGCCAGGTATTGTATT
CCATTTCAACAATTCTACTCCCGGTTCTAAGACAGAAAAAACGTCTGATGTGTGGTTTGG
TTCCGGTCTTTGGACTTCGCAGGGTATATAGGAAGGAAGGAAAAAAAGTAGAGTAGCAGT
GGATCCGTTGGTATTAGTAAAACTTCTCTATCTTATTATTACAAAAAAAGTATGGAAGAA
GTTTGTAAGGGTTGGTTAGATGCAAAGACGCCAGGAAAGCTTGTCTGAGGGGTTTTTTTT
GGTCGTGGTTTAGTTATTAACCCGACCGCTTCAGATTTAGCTTCCGTAGTATGTATAATG
GATAAAAACAATGATATGGTTTTGTAAGAAAACTACTCTAGTAAGTTTCTACATTTACAA
GC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

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CCAAGGTTAAGACCAAGTTTTGCAGAGATTATGAACTCTCTAAAGCAGCTACAGAAACCT
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GTAACAAACTGTAAAAAGGAAGAATGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H848TF U 1
AF RR1H848JQ C 198
BS 1 641 RR1H848TF
BS 642 689 RR1H848JQ

RD RR1H848TF 649 0 0
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ATTGTACATCGTGATCTTAAATCTCCAAACCTTCTAGTTGACAAAAACTGGGTTGTCAAG
GTGTGCGATTTTGGATTGTCTAGAATGAAACTAAGCACATACCTCTCTTCAAAGTCAACA
GCTGGCACGGCTGAGTGGATGGCTCCAGAAGTACTTAGAAACGAACCTGCGGATGAAAAG
TGTGATGTGTACAGCTATGGAGTAATTCTATGGGAACTCTTTACGTTACAGCAACCATGG
GGAAAGATGAACCCAATGCAAGTTGTTGGTGCGTTTGGGTTTCAACATCGACGACTAGAA
ATCCCTGAATCTGTGGATCCTAGGATTGCAGATATCATCAGTAAATGTTGGCAGACGGAT
CCAAGGTTAAGACCAAGTTTTGCAGAGATTATGAACTCTCTAAAGCAGCTACAGAAACCT
ATAATGAGTCCAAACATACAAAGAGCTACTCCCAGTTCTTCGTCAATGATCACTGAGCAG
GAACAATAATAGGGAGTTGAAGAAGATGACTAAAGTGATGATGATGGTGGGATCATTCTG
TGCATGTTTTGTTGTGGTGTGCTGGTTCATGTGAACTTTCC
AATGTTAT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1H848JQ 492 0 0
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TGGAGTAATTCTATGGGAACTCTTTACGTTACAGCAACCATGGGGAAAGATGAACCCAAT
GCAAGTTGTTGGTGCGTTTGGGTTTCAACATCGACGACTAGAAATCCCTGAATCTGTGGA
TCCTAGGATTGCAGATATCATCAGTAAATGTTGGCAGACGGATCCAAGGTTAAGACCAAG
TTTTGCAGAGATTATGAACTCTCTAAAGCAGCTACAGAAACCTATAATGAGTCCAAACAT
ACAAAGAGCTACTCCCAGTTCTTCGTCAATGATCACTGAGCAGGAACAATAATAGGGAGT
TGAAGAAGATGACTAAAGTGATGATGATGGTGGGATCATTCTGTGCATGTTTTGTTGTGG
TGTGCTGGTTCATGTGAACTTTCCCAATGTTATTTTTTTTTGCGTAACAAACTGTAAAAA
GGAAGAATGCAG

QA 1 492 1 492
DS 



AS 1 2

CO CL5962Contig1 449 2 1 U
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CTCCAATGTTCACAGGGAATGAGGATGATGTTTCTTTCAGTGATCTCGAAGGAGACGATG
ATATAAGTAGCTTAGCACTCAAGTCTAAGATTACCTCAAAGGGCACGGACCAAAAAGCAA
CATGAAACATCATCTCGGTCTTGTTGCTTTGTCCTACCTCAAGACCAAATCAATGGGAAC
TGAACATAAAAGGATTTGTACCGAGTCAAAGCGTGAAGTTTTTGGGTGAGTTTGAGTGTT
TGTCAAATGAAAAGAAAAAAAAGAAGAAGGTTTTGAAACATGTACAGAAGATTTATTCAG
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AATGATATACTATGTGAAACGTGTTTACT


BQ
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AF RR1BK59JQ C 1
AF RR1BK59TF U 1
BS 1 449 RR1BK59TF

RD RR1BK59JQ 449 0 0
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CTCCAATGTTCACAGGGAATGAGGATGATGTTTCTTTCAGTGATCTCGAAGGAGACGATG
ATATAAGTAGCTTAGCACTCAAGTCTAAGATTACCTCAAAGGGCACGGACCAAAAAGCAA
CATGAAACATCATCTCGGTCTTGTTGCTTTGTCCTACCTCAAGACCAAATCAATGGGAAC
TGAACATAAAAGGATTTGTACCGAGTCAAAGCGTGAAGTTTTTGGGTGAGTTTGAGTGTT
TGTCAAATGAAAAGAAAAAAAAGAAGAAGGTTTTGAAACATGTACAGAAGATTTATTCAG
TCACTTCAATTGCATTTGTAATGTTTTTCTTTATCACCAATGTAAGGAAATATTGGAAGC
AATGATATACTATGTGAAACGTGTTTACT

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR1BK59TF 449 0 0
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CTCCAATGTTCACAGGGAATGAGGATGATGTTTCTTTCAGTGATCTCGAAGGAGACGATG
ATATAAGTAGCTTAGCACTCAAGTCTAAGATTACCTCAAAGGGCACGGACCAAAAAGCAA
CATGAAACATCATCTCGGTCTTGTTGCTTTGTCCTACCTCAAGACCAAATCAATGGGAAC
TGAACATAAAAGGATTTGTACCGAGTCAAAGCGTGAAGTTTTTGGGTGAGTTTGAGTGTT
TGTCAAATGAAAAGAAAAAAAAGAAGAAGGTTTTGAAACATGTACAGAAGATTTATTCAG
TCACTTCAATTGCATTTGTAATGTTTTTCTTTATCACCAATGTAAGGAAATATTGGAAGC
AATGATATACTATGTGAAACGTGTTTACT

QA 1 449 1 449
DS 



AS 1 2

CO CL5963Contig1 715 2 10 U
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AACAAGGCCAACGAGACTGCAGAGAAAACAGGACCTCCAGCAATGATATTTCTACCTTCC
GAATCAACTCCAGAGCTTTATAGCCTAATCTCTCAATCAAAAACCAGAGTTGCCCTCACG
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GATGACTCTTACTATTTTCGTGTTTCACTCCCTGGTGTTTCAAGAGATGAAAAGGAGTTC
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AAGACAGTGTGCAAACACAATCAGGTGTTCAAGATGCTATCGCAAAACTTATGCCCTCCA
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AATTTTGGTGCAGATGGTGTTCTTGAGGGAGTTGTGAAGAAGCTCTACTACGAAGACTGA
ACACATCCGGATATTGCTACTAGAGATGGTTCATTAGTGTATGCCTGACTGATTC


BQ
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AF RR1F540TF U 1
AF RR1G527TF U 28
BS 1 113 RR1F540TF
BS 114 114 RR1G527TF
BS 115 129 RR1F540TF
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BS 131 200 RR1F540TF
BS 201 201 RR1G527TF
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BS 353 500 RR1F540TF
BS 501 715 RR1G527TF

RD RR1F540TF 500 0 0
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AACAAGGCCAACGAGACTGCGGAGAAAACAGGACCTCCAGCAATGATATTTCTACCTTCC
GAATCAACTCCAGAGCTTTATAGCCTAATCTCTCAATCAAAAACCAGAGTTGCCCTCACG
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GATGACTCTTACTATTTTCGTGTTTCACTCCCTGGTGTTTCAAGAGATGAAAAGGAGTTC
AGCTGCGAAATAGAACCAGACGGCAAGATTCTGATCAAAGGAGTAACAACCACGGGAGAG
AAGACAGTGTGCAAACACAA

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1G527TF 688 0 0
G
ACCTTATCTCCATCTCTGAGTAGCATCCAAGGTCTTCAAGTGGTCAAAACGAGATGAGAG
AGAGCAACGGTTTTCCACAAGTCCTCGAAGTTGCTCCGTTGAACAGTTTGCCTTACGTCG
GTCCATTAAATGGTAATTCATCCATGTCTGGTAACAAGGCCAACGAGACTGCAGAGAAAA
CAGGACCTCCAGCAATGATATTTCTACCTTCCGAATCAACTCCAGAGCTTTATAGCCTAA
TCTCTCAATCAAAAACCGGAGTTGCCCTCACGGGAAGTGCAGCCATGGGGAAGGTCGGAC
CAACTATTGGTTTGGTTGATATTACTGAATCCGATGACTCTTACTATTTTCGTGTTTCAC
TCTCTGGTGTTTCAAGAGATGAAAAGGAGTTCAGCTGCGAAATAGAACCAGACGGCAAGA
TTCTGATCAAAGGAGTAACAACCACGGGAGAGAAGACAGTGTGCAAACACAATCAGGTGT
TCAAGATGCTATCGCAAAACTTATGCCCTCCAGGCCACTTCACCATCTCTTTCCAGCTTC
CCGGTCCTGTCAGCAACGAAGATTTCAGCGGTAATTTTGGTGCAGATGGTGTTCTTGAGG
GAGTTGTGAAGAAGCTCTACTACGAAGACTGAACACATCCGGATATTGCTACTAGAGATG
GTTCATTAGTGTATGCCTGACTGATTC

QA 2 688 2 688
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5965Contig1 983 2 4 U
GGGATTCACAATCCAGAATCTATAAACAAGCAAACAAAATTGAAACTGCTTCCGGTGGCC
GGTGTGCAATTCGCCACCAGTCGCCACCCCTTTTTTGTTTCTTAATCTTGTATCATATTA
TATCTACTTTTCTTGATCTTGTTCGCATATGCGATTCTCTTTTTCCGTTTGCGGATTCTC
TTATTCGCACAGGCGATTTTTGTTTTGTAGTTTCATCCAATCGGAGTGCTTATCATTCCT
ATCTTTTCCGCTAAGGATGAAAATAAATAATGATCCGTAAAAATTTTCCTTTCGCAGTTC
TTCATATAATTCCATCAGTTATTTGATTAGAAGCTTGATTCTTAGTTTCAACTGAACATC
CTTCCATAAGAATCAGTCTTTACCGTTTTAATATAGCCATGAATTGGCGCTTCTGGGTAA
AGCTTCTTGGTCGAGGGATGATTGAGTTTTATTGGGTTTCTTAGGTCTTTTTGAAGACGA
TTTAGTAAAGTTGGCGTTTTGATAACGGTCCAATAAAAGATCTATCTTCATCCGACTGAT
TTTTCCCCTGTTTAAATCAGCAAGGAATCAAGTTTTTTTATCAAATGATTGAGGCTTGAG
CGAAAGGTTTGTTGGCGTTGGCGTTTTAATCAAGTATAGACAGATAGAGTCCCCATCTAA
ATTTCCAGGAGATTTATGGTTATTAAATGGAGTAAAAGCCGTTGCCGTTTTTACTCTGTT
TTAAATTCCGACGAGATAATACGGTGGGGAGAGGAGCTCAAGTTGCGGTGCAGGGAGTTT
TTCCGATGTTGAAGCTCCATAGAGATGACTGTGACAACCGTTTGTTACAGGTGAGACACG
TGTTAGAGACGAAGCATAGAGATTGGACACGTGGCTTCTGAAGCTTCTCGGAGTTTTTTT
TTTTAAAAAGGCTGTAATTTATTAATTCTCTGTTGGGCTTTAAAGTTGTAAAACCCGATG
CCAACTTGTAAACAATACTTTTG


BQ
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ATCTTTTCCGCTAAGGATGAAAATAAATAATGATCCGTAAAAATTTTCCTTTCGCAGTTC
TTCATATAATTCCATCAGTTATTTGATTAGAAGCTTGATTCTTAGTTTCAACTGAACATC
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AGCTTCTTGGTCGAGGGATGATTGAGTTTTATTGGGTTTCTTAGGTCTTTTTGAAGACGA
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T**AATTCCGACGAGATA

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DS 

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CTTAGGTCTTTTTGAAGACGATTTAGTAAAGTTGGCGTTTTGATAACGGTCCAATAAAAG
ATCTATCTTCATCCGACTGATTTTTCCCCTGTTTAAATCAGCAAGGAATCAAGTTTTTTT
ATCAAATGATTGAGGCTTGAGCGAAAGGTTTGTTGGCGTTGGCGTTTTAATCAAGTATAG
ACAGATAGAGTCCCCATCTAAATTTCCAGGAGATTTATGGTTATTAAATGGAGTAAAAGC
CGTTGCCGTTTTTACTCTGTTTTAAATTCCGACGAGATAATACGGTGGGGAGAGGAGCTC
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TTAAAGTTGTAAAACCCGATGCCAACTTGTAAACAATACTTTTG

QA 1 704 1 704
DS 



AS 0 0

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BQ
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TTTTTTCATTTTTCATTGCAAGTGTAAAGCCATTGCTTTCTGCTAAGCTTTTTTGCCATT
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TATTCACAAACATGTACGTGAAAGACTGCGGAGTTGAGTCATTTGGAGCAGACAGAAAAG
AACTCAAAGTCACACTTACATAAAACCTTGATCCATAGGAGATGAAGGTTCTCAATAAAT
GCATACACAATTCTTGAGTCTTGCTACCAAAATTGTTTCTGTTTTTTTTTTTCATTTTTC
ATTGCAAGTGTAAAGCCATTGCTTTCTGCTAAGCTTTTTTGCCATTTTTATACACACTTC
TACAATATTGTTATTGACACGAAGTAATAAGCTACGGACATCAGTTTTCCTCTGTGTGAG
AAATGATACGAGATGCAAGAAGAGAGCAGTTCAT

QA 1 454 1 454
DS 



AS 1 2

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TTTGATAAGAAATGTATTTTAGATATTTAT


BQ
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AF RR1G827JQ C 1
AF RR1G827TF U 1
BS 1 450 RR1G827TF

RD RR1G827JQ 450 0 0
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GTGTAGCTACACCAGGACCAGTTTTCCAGCATGGCTTAAGGAAGCAACCAGCGGTTAAGA
AAGAGGAGAAACGAGAATTTGGATACAAAAACTTGGAGGGAAAGACAAGTAGTGATGTGG
TTCCTGGGAGAAAAGAAGTTGCAGTGAGGGTGGAGAGATATAAGAAGAAGGAGAAGGAAG
GAATTGAAAAGAAAATTGATGAGCTTGATGAAGATTACAGAGAAGTGATACCTCATGGGA
CACTGAAAGTAGATGAACTAGCTAAACTACTTGCCTAATGTTGTTATCTGTATTATATTT
GTCCTTTGTTGAGTTAATGTATAATGTAGTCTAGTTATCATTATCAGAAATATGTGTAAC
TTTGATAAGAAATGTATTTTAGATATTTAT

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR1G827TF 450 0 0
GGTTAGACGCTGCTGATCTTGACGCTGACACAGTCTTCGCAAAAGCCGTGGCCTTCTCGA
GTGTAGCTACACCAGGACCAGTTTTCCAGCATGGCTTAAGGAAGCAACCAGCGGTTAAGA
AAGAGGAGAAACGAGAATTTGGATACAAAAACTTGGAGGGAAAGACAAGTAGTGATGTGG
TTCCTGGGAGAAAAGAAGTTGCAGTGAGGGTGGAGAGATATAAGAAGAAGGAGAAGGAAG
GAATTGAAAAGAAAATTGATGAGCTTGATGAAGATTACAGAGAAGTGATACCTCATGGGA
CACTGAAAGTAGATGAACTAGCTAAACTACTTGCCTAATGTTGTTATCTGTATTATATTT
GTCCTTTGTTGAGTTAATGTATAATGTAGTCTAGTTATCATTATCAGAAATATGTGTAAC
TTTGATAAGAAATGTATTTTAGATATTTAT

QA 1 450 1 450
DS 



AS 1 2

CO CL5969Contig1 1195 2 2 U
GTAGAAAGGTCTTGTTTGTTAATTTCATTAGGGTGCGCTGGTTTAGAACCCTATACACAA
CAAAGGGATTTTCCTTTCAAATGACAACTGCCTCTTCCTGTTGCGAGGGCCTTGCACGAA
ACCAAACCGCCCCCCCGCCCCAATCAAGTACCAGTTGCTTCGCAGCGCGGGTAGCCTACT
TAGGTTAGGAGGAAGAACCCCTCAGTTCTTACTAACCTCCGGTGTGTAATCAACATGTTG
CTAGCTTCAACTCGGTTGAATAAGAATCATTGATTCTCTCTCCTGTCCATTTCTTATTCA
TTCAGGGCGCTCGGCCGGTGTTCCTTTCTCAAACCAAAACGACTCTGAACGTTAGGGAAG
ATAAGACCACCTGAGCGAACCGATCAAAGGGACTTGACTTATCCGAACCGAACAATAGCA
GCTTAAAGCTAAGCCTCTCACGAGCAGCGTCGCTGCGCGGGGAGGAGCATCTCAAAGTAT
GGGGCAAAGGATCAAGCGCTTTGACTTTGTCTCCCGGGATCCACCACAGGTTGGGTTTGA
GAGCCGTGTGATGGGTGACTATCCAGCACGGTTCGGAGAGCACTTTTAGTCTTTGTTGGT
GAATGGAAGCCCCCCTATCAAGCAAAAAAGAAGCGGCTCTTTCTACGGTGGGGTCACTAT
TGACTCTATTTATTATTATGGTAAATTTGTGTATCAAGATGTCAATCTGAGATCTTATTT
CGGTTCGATACGTCCACCTACGAGACTCACCTTTGGCTTTCGTCTCGGTAGGTGTATTCT
TCTACATTTTCCTAAAAGAACATTCATTCATTTCTTTCTTCCCCGTCGACCACGACGACT
GAAACGACGTGAAAAAACTAGACCCGGAAAGGAGAAGGGCCGGTGGTGGACGACATTCGG
GAAAGCCGGGCCGATCGGGTGTCTTCGCGACGATACAGAAGAAGAACGAAACGAAGTGAG
AGGCCGGGGGGCAAGGAAAAGAGTCGAGTCGATCAGGCTCGACGACCGAAAGAAGCAAAA
CGAAATCCGGGGGTGGCCGAAAAAAAAACAACGCTATGGATACCATGACCGATCACCATC
GATAAAGAAGAATCTTTTTAAATTACTTCGGATCAGCGGGACCTTCAAGCATCCGAAATA
CGCCGGGGTTGTAAATGACATAGCGTTCCTGATAGAAAATGACGACTCCTTCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AS22TF U 1
AF RR1AS22JQ C 367
BS 1 820 RR1AS22TF
BS 821 1195 RR1AS22JQ

RD RR1AS22TF 820 0 0
GTAGAAAGGTCTTGTTTGTTAATTTCATTAGGGTGCGCTGGTTTAGAACCCTATACACAA
CAAAGGGATTTTCCTTTCAAATGACAACTGCCTCTTCCTGTTGCGAGGGCCTTGCACGAA
ACCAAACCGCCCCCCCGCCCCAATCAAGTACCAGTTGCTTCGCAGCGCGGGTAGCCTACT
TAGGTTAGGAGGAAGAACCCCTCAGTTCTTACTAACCTCCGGTGTGTAATCAACATGTTG
CTAGCTTCAACTCGGTTGAATAAGAATCATTGATTCTCTCTCCTGTCCATTTCTTATTCA
TTCAGGGCGCTCGGCCGGTGTTCCTTTCTCAAACCAAAACGACTCTGAACGTTAGGGAAG
ATAAGACCACCTGAGCGAACCGATCAAAGGGACTTGACTTATCCGAACCGAACAATAGCA
GCTTAAAGCTAAGCCTCTCACGAGCAGCGTCGCTGCGCGGGGAGGAGCATCTCAAAGTAT
GGGGCAAAGGATCAAGCGCTTTGACTTTGTCTCCCGGGATCCACCACAGGTTGGGTTTGA
GAGCCGTGTGATGGGTGACTATCCAGCACGGTTCGGAGAGCACTTTTAGTCTTTGTTGGT
GAATGGAAGCCCCCCTATCAAGCAAAAAAGAAGCGGCTCTTTCTACGGTGGGGTCACTAT
TGACTCTATTTATTATTATGGTAAATTTGTGTATCAAGATGTCAATCTGAGATCTTATTT
CGGTTCGATACGTCCACCTACGAGACTCACCTTTGGCTTTCGTCTCGGTAGGTGTATTCT
TCTACATTTTCCTAAAAGAACATTCATTCATTTCTTTCTT

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1AS22JQ 829 0 0
ACCA
CTGAGCGAACCGATCAAAGGGACTTGACTTATCCGAACCGAACAATAGCAGCTTAAAGCT
AAGCCTCTCACGAGCAGCGTCGCTGCGCGGGGAGGAGCATCTCAAAGTATGGGGCAAAGG
ATCAAGCGCTTTGACTTTGTCTCCCGGGATCCACCACAGGTTGGGTTTGAGAGCCGTGTG
ATGGGTGACTATCCAGCACGGTTCGGAGAGCACTTTTAGTCTTTGTTGGTGAATGGAAGC
CCCCCTATCAAGCAAAAAAGAAGCGGCTCTTTCTACGGTGGGGTCACTATTGACTCTATT
TATTATTATGGTAAATTTGTGTATCAAGATGTCAATCTGAGATCTTATTTCGGTTCGATA
CGTCCACCTACGAGACTCACCTTTGGCTTTCGTCTCGGTAGGTGTATTCTTCTACATTTT
CCTAAAAGAACATTCATTCATTTCTTTCTTCCCCGTCGACCACGACGACTGAAACGACGT
GAAAAAACTAGACCCGGAAAGGAGAAGGGCCGGTGGTGGACGACATTCGGGAAAGCCGGG
CCGATCGGGTGTCTTCGCGACGATACAGAAGAAGAACGAAACGAAGTGAGAGGCCGGGGG
GCAAGGAAAAGAGTCGAGTCGATCAGGCTCGACGACCGAAAGAAGCAAAACGAAATCCGG
GGGTGGCCGAAAAAAAAACAACGCTATGGATACCATGACCGATCACCATCGATAAAGAAG
AATCTTTTTAAATTACTTCGGATCAGCGGGACCTTCAAGCATCCGAAATACGCCGGGGTT
GTAAATGACATAGCGTTCCTGATAGAAAATGACGACTCCTTCAGT

QA 5 829 5 829
DS 



AS 1 2

CO CL5970Contig1 1079 2 6 U
GGGAATCGAAGGAAGGAAGGAAGGGAGGAAGGAAGGATGTGGGTGGAGATAATATGCGCT
CTGGCGATCTACAAACTCGTTCGCCTTTTCTTCTCCAACGACGACTTCTCCGACGTAGAA
ACCTCCGACTCCACTGCTCTCTTCTCCGTTGCTCACAGACTGGAGAAGGTATATGGGGGA
AAAGCATATGTAGGGCTTCGAATTCCAGATGCAGACACTTCTTCTAGACAGGACATCGAT
CTTGTCCTCGTCACTAATGGACAAGTTGAGGTGGTCGGTGTTAAGAATCTACATGGAATT
GTCACGGTAACGAGGGATGGAATCTGGGTTTGTGAAGGTGGCAAGCATCATCATTCCACC
CACACTTACCCTGATCCTCTGGCTGAAGTGAAGAAACAAGCTTCAGTTCTTGAGTCATAT
CTTGAACAGAGGGGCGTTACTTTACTTGAAGAAAATATCTCTTGCAAAGTTGTCATTCCC
AATCCAAATTTTCGTACAATGCATGCATTTCCTCGTGAGGTAATAACCTACGAAGAGTGG
CAGCATCTGAAACCAGTCTCAAGAAACATTCTTTCTGGTTGGGTCAAAGGCGCATTCAGC
AGCACAGGAAAAGAGATGCAAGACTCTTCGCATCAAAAACTTAACTTCATCCTTGGCTCG
GCACCAGTCTGGGATAGGGTGGAGCTTAAAAACAGCAAGATTGTGTTAGGAGAATTCCTG
GAGTTTAAAGGAAAGGAGGAAGACACTTCGGCTTTGAGACATATCAAAAGATCAAAAGTT
GACCGTATCTCTATTCAGCAAACTAGCATGCTTGGTTTCGCTCCAACAAGGTTACAGGTT
CTGTACTCGTATAGGGACTACAGAAGTGAAGGCAGTTCAGGATCAGAGACGAAGGAAGTG
ACTGTAAGGTCGAGCACCGAGGTTGTGTTCCAGCCTCGAGACTCTGGAAAGATTAAGAAG
TTCAAGTTATCGTCCATCCTCTCTGTTTCACTAAGTGCCTAACTGTTCTGTCAACAGATA
AAAAGGCTGTTAATGTCTTACTATATTATGACTTATTACATAGACCAATCCTGAAAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CQ56TF U 1
AF RR1CQ56JQ C 380
BS 1 638 RR1CQ56TF
BS 639 639 RR1CQ56JQ
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BS 693 701 RR1CQ56TF
BS 702 1079 RR1CQ56JQ

RD RR1CQ56TF 701 0 0
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CTGGCGATCTACAAACTCGTTCGCCTTTTCTTCTCCAACGACGACTTCTCCGACGTAGAA
ACCTCCGACTCCACTGCTCTCTTCTCCGTTGCTCACAGACTGGAGAAGGTATATGGGGGA
AAAGCATATGTAGGGCTTCGAATTCCAGATGCAGACACTTCTTCTAGACAGGACATCGAT
CTTGTCCTCGTCACTAATGGACAAGTTGAGGTGGTCGGTGTTAAGAATCTACATGGAATT
GTCACGGTAACGAGGGATGGAATCTGGGTTTGTGAAGGTGGCAAGCATCATCATTCCACC
CACACTTACCCTGATCCTCTGGCTGAAGTGAAGAAACAAGCTTCAGTTCTTGAGTCATAT
CTTGAACAGAGGGGCGTTACTTTACTTGAAGAAAATATCTCTTGCAAAGTTGTCATTCCC
AATCCAAATTTTCGTACAATGCATGCATTTCCTCGTGAGGTAATAACCTACGAAGAGTGG
CAGCATCTGAAACCAGTCTCAAGAAACATTCTTTCTGGTTGGGTCAAAGGCGCATTCAGC
AGCACAGGAAAAGAGATGCAAGACTCTTCGCATCAAAA*CTTAACTTCATCCTTGGCTCG
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QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1CQ56JQ 700 0 0
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CTTTACTTGAAGAAAATATCTCTTGCAAAGTTGTCATTCCCAATCCAAATTTTCGTACAA
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CAAGAAACATTCTTTCTGGTTGGGTCAAAGGCGCATTCAGCAGCACAGGAAAAGAGATGC
AAGACTCTTCGCATCAAAAACTTAACTTCATCCTTGGCTCGGCACCAGTCTGGGATAGGG
TGGAGCTTAAAAACAGCAAGATTGTGTTAGGAGAATTCCTGGAGTTTAAAGGAAAGGAGG
AAGACACTTCGGCTTTGAGACATATCAAAAGATCAAAAGTTGACCGTATCTCTATTCAGC
AAACTAGCATGCTTGGTTTCGCTCCAACAAGGTTACAGGTTCTGTACTCGTATAGGGACT
ACAGAAGTGAAGGCAGTTCAGGATCAGAGACGAAGGAAGTGACTGTAAGGTCGAGCACCG
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TCTCTGTTTCACTAAGTGCCTAACTGTTCTGTCAACAGATAAAAAGGCTGTTAATGTCTT
ACTATATTATGACTTATTACATAGACCAATCCTGAAAATG

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1EY52TF U 1
AF RR1H560TF U 214
BS 1 313 RR1EY52TF
BS 314 314 RR1H560TF
BS 315 575 RR1EY52TF
BS 576 576 RR1H560TF
BS 577 671 RR1EY52TF
BS 672 776 RR1H560TF

RD RR1EY52TF 671 0 0
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ATCATATCCTACTTCAACTCAAAAATTACCTTTTCTTTTGTTCCTTTAAGTCTGCACGCA
TCTGTCGTTCTCTAAACTGAATCAAGAATATTATCCCTAATTGGCATCAACCTAAACAAA
CCTTCTTCTCTCCTCTCTTCATCCTGTCTTCATCATCCAAAAGCTTCTTTCCGAAACATC
TCTTTTCCATTTTATTGAGATTTGAGGAAGAAGGAATTCCGAGAAATACAAATCTTTATG
TAATGGAGATTTGGGGAAGGAGATATTGAAAAATTGAGAGACTAATGGTGGAGGATTGGC
GAAATGGGTTTCAAGAGGTGAGGAATTTGAAGCCTCTGTTCGTGACGATCTATGCGATGA
TCTGCAAAGTTCGATTTCAAAATCCAGATCTGCAAAAGATGTGGACGGGTAGCGTGTGGA
TGGGGGTTGCGTGGATAGGTGGTGTGTGGATAACTGGAGCGTGGATGGTTGAATAGATCT
CTGGTGACTAGTGGGTGGCTTCTAGTGGTGTCTTGTTTGGTGAAGTTGTTGCAAGTGAGC
CGTCCACATACAATGTTTTTCTTCTATGTTATTGATTTGATACCCATATTCCGCTCTTAT
TGATTCAGTTA

QA 1 671 1 671
DS 

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G
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AATTCCGAGAAATACAAATCTTTATGTAATGGAGATTTGAGGAAGGAGATATTGAAAAAT
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AAAGATGTGGACGGGTAGCGTGTGGATGGGGGTTGCGTGGATAGGTGGTGTGTGGATAAC
TGGAGCGTGGATGGTTGAATAGATCTCTGGTGACTAGTGGGTGGCTTCTAGTGGTGTCTT
GCTTGGTGAAGTTGTTGCAAGTGAGCCGTCCACATACAATGTTTTTCTTCTATGTTATTG
ATTTGATACCCATATTCCGCTCTTATTGATTCAGTTAAGAGGTGATGTAAAATATGTTCC
TTTTTTCTTGTGCTTCTTGTTTCGTTGGTTCTTGTTGTACGGATATAATGAATGATCGTC
GCAAATTATTGATTTATTAATG

QA 2 563 2 563
DS 



AS 1 2

CO CL5972Contig1 1197 2 4 U
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CCTCTGCTTCCAGTTACAGGAGAAGATATAGGTTGAATCGTGTGATCGCAGCAGGTATGG
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TGTTCATTCCAGGGAATCCAGGTGTGGTGTCATTTTACAATGACTTCTTGGAATCTCTAC
ATCAGTTTCTTGATTGTAATGCATCGATAACAGCTGTTGGCCAAATATCTCACACCAGCA
CGGACTGGGAATCTGGTAAGCTGTTTTCCTTGCAACAACAAATCGATCATAAGGTTGAGT
TTATTAGACAGGAGTTGGAGAGTGTGAAAGTTCCAATTATATTGGTTGGGCATTCTATTG
GTTCTTATATATCCATTGAAATATTAAGGAAGTGCTCGGAGAAGGTTGTATATTGCATTG
GCCTATATCCATTTTTGACTTTGAACCAACAATCAACAAAGCAATCACTAATTGGGAAAC
TTGCTGCGTCTTCTCTTCTGTCTGCTACAGCAAGTTTTCTGATTGCATCACTGGGACTGT
TACCTATGTGGGCTGCACGTCGTCTTGTATCCAACTCCCTTGGAGCTTCATGGTCTGATA
CTGCTGTTCAAGCTACTTGCACTCACTTGAGGCAGTATCACACTATGCGCAATGTTCTCT
ATATGGCAATGAAAGAGTTTAGAGAGCTCGCAGCAGAGCCAGATTGGGAGTTCATGAGAG
AGAACAGAGCAAGCTTGCATTTTTATTTGGCATTGATGATCATTGGGGTCCACTGCAACT
CTTTGAAGAGATTTCAAAGCGAGCGCCTGGTACTTCCTTATCTATCGAGAGGGAAGGCCA
CACTCATGGATTCTGCTGCACCGTGGCTGGCTCCGTGTGGGTTGCGCAGCACGTAGCCAC
TCTGATCAAGAACCGGTTTACTCATCATCTGTAAATGTAAAATTTCACGGTCTCTTCCTT
AAACCCTCTAAACCGGTCTGTTATTTTACATTCCTGACCATTAAAAGCGTTTATAAC


BQ
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AF RR1AN69TF U 1
AF RR1AN69JQ C 373
BS 1 811 RR1AN69TF
BS 812 812 RR1AN69JQ
BS 813 827 RR1AN69TF
BS 828 1197 RR1AN69JQ

RD RR1AN69TF 827 0 0
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CTCTCCTCTCCTGCTTTCTTCCTCCGATCGCTGGTTCGATTCTCCAATTTGCTTACTCCT
CCTCTGCTTCCAGTTACAGGAGAAGATATAGGTTGAATCGTGTGATCGCAGCAGGTATGG
AGAGTAAGAAGGAATTGATCAACAAAGCTAAAAGACATGTTATTTCCAGATTGTGCAGAG
TCTCTGGTACGATGACGGAAGTGATGGAGATTCAAGCTGAGACTCCCAAGTTTCATATAC
TGTTCATTCCAGGGAATCCAGGTGTGGTGTCATTTTACAATGACTTCTTGGAATCTCTAC
ATCAGTTTCTTGATTGTAATGCATCGATAACAGCTGTTGGCCAAATATCTCACACCAGCA
CGGACTGGGAATCTGGTAAGCTGTTTTCCTTGCAACAACAAATCGATCATAAGGTTGAGT
TTATTAGACAGGAGTTGGAGAGTGTGAAAGTTCCAATTATATTGGTTGGGCATTCTATTG
GTTCTTATATATCCATTGAAATATTAAGGAAGTGCTCGGAGAAGGTTGTATATTGCATTG
GCCTATATCCATTTTTGACTTTGAACCAACAATCAACAAAGCAATCACTAATTGGGAAAC
TTGCTGCGTCTTCTCTTCTGTCTGCTACAGCAAGTTTTCTGATTGCATCACTGGGACTGT
TACCTATGTGGGCTGCACGTCGTCTTGTATCCAACTCCCTTGGAGCTTCATGGTCTGATA
CTGCTGTTCAAGCTACTTGCACTCACTTGAG*CAGTATCACACTATG

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1AN69JQ 825 0 0
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CTGGTAAGCTGTTTTCCTTGCAACAACAAATCGATCATAAGGTTGAGTTTATTAGACAGG
AGTTGGAGAGTGTGAAAGTTCCAATTATATTGGTTGGGCATTCTATTGGTTCTTATATAT
CCATTGAAATATTAAGGAAGTGCTCGGAGAAGGTTGTATATTGCATTGGCCTATATCCAT
TTTTGACTTTGAACCAACAATCAACAAAGCAATCACTAATTGGGAAACTTGCTGCGTCTT
CTCTTCTGTCTGCTACAGCAAGTTTTCTGATTGCATCACTGGGACTGTTACCTATGTGGG
CTGCACGTCGTCTTGTATCCAACTCCCTTGGAGCTTCATGGTCTGATACTGCTGTTCAAG
CTACTTGCACTCACTTGAGGCAGTATCACACTATGCGCAATGTTCTCTATATGGCAATGA
AAGAGTTTAGAGAGCTCGCAGCAGAGCCAGATTGGGAGTTCATGAGAGAGAACAGAGCAA
GCTTGCATTTTTATTTGGCATTGATGATCATTGGGGTCCACTGCAACTCTTTGAAGAGAT
TTCAAAGCGAGCGCCTGGTACTTCCTTATCTATCGAGAGGGAAGGCCACACTCATGGATT
CTGCTGCACCGTGGCTGGCTCCGTGTGGGTTGCGCAGCACGTAGCCACTCTGATCAAGAA
CCGGTTTACTCATCATCTGTAAATGTAAAATTTCACGGTCTCTTCCTTAAACCCTCTAAA
CCGGTCTGTTATTTTACATTCCTGACCATTAAAAGCGTTTATAAC

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL5973Contig1 1028 2 2 U
GGAAAGATAAAGTGAGAAGAAAAGAGTTTAACTTCAAAGATCTGCTCTTGGATTTCGGAT
TCTGCTACAAACGAAGAAAGCCAAAGTGTTCATCTGTTCACTTTCATATTCTCTAAGCTC
AGTTAGTAAAAGATGATGCAAATGGAGGGTGGTGATAGGCTAAGAGTGACGTTACTAGAT
TGTATGGAGACTGGCCGGAGCTCAATACCGGGATTGACTCTTGAAGCTATTCTAATGGCC
GACAGAAACGGAGCCTCGCCGCAGCCTCTGCCTTCGAGGAACCAATCAAATCGGACACTT
CTTGATGTAATGCAGAGAGAGCACCGACACGACTACAGCCCCCGGGACAAGACCGCTTGG
AAGTCTCTCCGCGAAAAGCTCCGCCTCAAACGCAATGCTACCGTTTGGATCTCGTTGAAT
CCTATCCCGAGTTTGAATACTCCTGTCCTTAACCGGGACAATAGTAACAGTCACCAGCTC
GGTTCTCTCCTCTCCAACTCCAGAAACGAAGGGGGACAATCACAACCGGAGTCTGCTCCC
AGCGGCGGAGTAACGGCGGAGGGGAGGTTACAATTAGGAGCGGTGTTGGCGGAGGAGAGA
GCCTTGTCAGCTAGGGAAGAGGAAACGCCGCCGGTGATGACAGACATGCAGCCGGCAAGG
ATGTCGTTGATGGAGTTGTTGGATGAGAACGAAGGGCAAATGAACTTGGTAGGAGGAGGA
GACGGAGAGGAAGAGGAGAGAGGAGCGGTGGATGAGACGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCG
GAGATAAGTTGTTGTGTTTGTATGGTAAGAAGCAAAGGAGCAGCGTTTATCCCGTGTGGT
CATACGTTTTGCAGGTTGTGTTCGAGAGAGCTTTGGGTTCAAAGAGGAAACTGTCCCCTG
TGCAACACCTCCATTTCAGAAATTCTTGATCTCTTTTAGTCATTTTCTTTTCTCGTTTAA
TTATCATATTTAGGTTGTTTTATTTCTTGTTGTAATGTGTTGTTGAAAACTGAAGAGAAA
CTTTGATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AJ63TF U 1
AF RR1AJ63JQ C 236
BS 1 689 RR1AJ63TF
BS 690 1028 RR1AJ63JQ

RD RR1AJ63TF 689 0 0
GGAAAGATAAAGTGAGAAGAAAAGAGTTTAACTTCAAAGATCTGCTCTTGGATTTCGGAT
TCTGCTACAAACGAAGAAAGCCAAAGTGTTCATCTGTTCACTTTCATATTCTCTAAGCTC
AGTTAGTAAAAGATGATGCAAATGGAGGGTGGTGATAGGCTAAGAGTGACGTTACTAGAT
TGTATGGAGACTGGCCGGAGCTCAATACCGGGATTGACTCTTGAAGCTATTCTAATGGCC
GACAGAAACGGAGCCTCGCCGCAGCCTCTGCCTTCGAGGAACCAATCAAATCGGACACTT
CTTGATGTAATGCAGAGAGAGCACCGACACGACTACAGCCCCCGGGACAAGACCGCTTGG
AAGTCTCTCCGCGAAAAGCTCCGCCTCAAACGCAATGCTACCGTTTGGATCTCGTTGAAT
CCTATCCCGAGTTTGAATACTCCTGTCCTTAACCGGGACAATAGTAACAGTCACCAGCTC
GGTTCTCTCCTCTCCAACTCCAGAAACGAAGGGGGACAATCACAACCGGAGTCTGCTCCC
AGCGGCGGAGTAACGGCGGAGGGGAGGTTACAATTAGGAGCGGTGTTGGCGGAGGAGAGA
GCCTTGTCAGCTAGGGAAGAGGAAACGCCGCCGGTGATGACAGACATGCAGCCGGCAAGG
ATGTCGTTGATGGAGTTGTTGGATGAGAA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1AJ63JQ 793 0 0
TGGCCGACAGAAACGGAGCCTCGCCGCAGCCTCTGCCTTCGAGGAACCAATCAAATCGGA
CACTTCTTGATGTAATGCAGAGAGAGCACCGACACGACTACAGCCCCCGGGACAAGACCG
CTTGGAAGTCTCTCCGCGAAAAGCTCCGCCTCAAACGCAATGCTACCGTTTGGATCTCGT
TGAATCCTATCCCGAGTTTGAATACTCCTGTCCTTAACCGGGACAATAGTAACAGTCACC
AGCTCGGTTCTCTCCTCTCCAACTCCAGAAACGAAGGGGGACAATCACAACCGGAGTTTG
CTCCCAGCGGCGGAGTAACGGCGGAGGGGAGGTTACAATTAGGAGCGGTGTTGGCGGAGG
AGAGAGCCTTGTCAGCTAGGGAAGAGGAAACGCCGCCGGTGATGACAGACATGCAGCCGG
CAAGGATGTCGTTGATGGAGTTGTTGGATGAGAACGAAGGGCAAATGAACTTGGTAGGAG
GAGGAGACGGAGAGGAAGAGGAGAGAGGAGCGGTGGATGAGACGGCGGCGGCGGCGGCGG
CGGCGGAGATAAGTTGTTGTGTTTGTATGGTAAGAAGCAAAGGAGCAGCGTTTATCCCGT
GTGGTCATACGTTTTGCAGGTTGTGTTCGAGAGAGCTTTGGGTTCAAAGAGGAAACTGTC
CCCTGTGCAACACCTCCATTTCAGAAATTCTTGATCTCTTTTAGTCATTTTCTTTTCTCG
TTTAATTATCATATTTAGGTTGTTTTATTTCTTGTTGTAATGTGTTGTTGAAAACTGAAG
AGAAACTTTGATG

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL5974Contig1 960 2 2 U
GGAGCGCAGCACACCTTTCTTTGCACAAACCCTAGAAGAATCCTCCGGAAATGTCGTTAT
TATTTTGTCGAGCTTCTTCGTCTACAGTTGCCGCTCGTCCCTTCAGAGCGGTTAGATCTC
CGGTGAATCTCCGAGCTGGTGCCCAGAGAGTGACTCTTGGTGGTGGTAGCTATCAGTTCA
GCCGCTCATCATCGCTGATGTCATTCTCGAGGGGTTCGAAGCTAAGTGCTATCACCGCCG
ACGCTAATCTGGTTAGCGTTCTCGAATCTGAAATCGAAGGCACCTTTGTTAACGAAGATC
CTGAGTTGCCAGAAGGGTTTCCTTTCCGCATCAATGATCTGACATGGCAACAAGATATAC
GTATGATTAGAGAGTTTAAGGATGAAACCATTTTTGTCGAAATTGACCCTTATGCGCCGT
TTGATAAGGAAGAACTATTAAAAGAAGGAATTGCCATGATCATCAATGTTACGAAAAAAG
ATGATGGTCCCTGTCTTGAGTTTGAAGTCGAAGCTTTTGTATGCGTCCTACAACCCCATG
AACCTACGTACCCCTACAAAGGCCCTGACTTTGAGTATGTTTTGATTTACTGCCCTCTTT
CTCTCTCTCTCTCTCTAGATATATATGTCTATGAGATTTGATATGTTATTTGACTGGCTT
TTGGGTTTTTTTGGCAGTGACTTGGATGAGAATTTGCAAAAGGCTTTCCACAGGTTTTTG
GAGATCAGAGGGTTCAAGCCCACCATCACTGAGTTTATGGCTGATTATATGGCCAACAAA
GACAGCAGGGAGCGTCGTCAGTGGCTCTATGATGTCCAGTCTTTTGTTGAGATGTGAAAT
TTTTAGGTGAAAATTTATCTTGGATGAACTTGTTATCACCATTATCTTGCAATGAGTTGC
TAGTTGTTTTGACAATATTTGTTTCAATTTCCCCAATGAAAACTTGTCACTTTTCGTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E472TF U 1
AF RR1E472JQ C 249
BS 1 696 RR1E472TF
BS 697 960 RR1E472JQ

RD RR1E472TF 696 0 0
GGAGCGCAGCACACCTTTCTTTGCACAAACCCTAGAAGAATCCTCCGGAAATGTCGTTAT
TATTTTGTCGAGCTTCTTCGTCTACAGTTGCCGCTCGTCCCTTCAGAGCGGTTAGATCTC
CGGTGAATCTCCGAGCTGGTGCCCAGAGAGTGACTCTTGGTGGTGGTAGCTATCAGTTCA
GCCGCTCATCATCGCTGATGTCATTCTCGAGGGGTTCGAAGCTAAGTGCTATCACCGCCG
ACGCTAATCTGGTTAGCGTTCTCGAATCTGAAATCGAAGGCACCTTTGTTAACGAAGATC
CTGAGTTGCCAGAAGGGTTTCCTTTCCGCATCAATGATCTGACATGGCAACAAGATATAC
GTATGATTAGAGAGTTTAAGGATGAAACCATTTTTGTCGAAATTGACCCTTATGCGCCGT
TTGATAAGGAAGAACTATTAAAAGAAGGAATTGCCATGATCATCAATGTTACGAAAAAAG
ATGATGGTCCCTGTCTTGAGTTTGAAGTCGAAGCTTTTGTATGCGTCCTACAACCCCATG
AACCTACGTACCCCTACAAAGGCCCTGACTTTGAGTATGTTTTGATTTACTGCCCTCTTT
CTCTCTCTCTCTCTCTAGATATATATGTCTATGAGATTTGATATGTTATTTGACTGGCTT
TTGGGTTTTTTTGGCAGTGACTTGGATGAGAATTTG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1E472JQ 712 0 0
CTGGTTAGCGTTCTCGAATCTGAAATCGAAGGCACCTTTGTTAACGAAGATCCTGAGTTG
CCAGAAGGGTTTCCTTTCCGCATCAATGATCTGACATGGCAACAAGATATACGTATGATT
AGAGAGTTTAAGGATGAAACCATTTTTGTCGAAATTGACCCTTATGCGCCGTTTGATAAG
GAAGAACTATTAAAAGAAGGAATTGCCATGATCATCAATGTTACGAAAAAAGATGATGGT
CCCTGTCTTGAGTTTGAAGTCGAAGCTTTTGTATGCGTCCTACAACCCCATGAACCTACG
TACCCCTACAAAGGCCCTGACTTTGAGTATGTTTTGATTTACTGCCCTCTTTCTCTCTCT
CTCTCTCTAGATATATATGTCTATGAGATTTGATATGTTATTTGACTGGCTTTTGGGTTT
TTTTGGCAGTGACTTGGATGAGAATTTGCAAAAGGCTTTCCACAGGTTTTTGGAGATCAG
AGGGTTCAAGCCCACCATCACTGAGTTTATGGCTGATTATATGGCCAACAAAGACAGCAG
GGAGCGTCGTCAGTGGCTCTATGATGTCCAGTCTTTTGTTGAGATGTGAAATTTTTAGGT
GAAAATTTATCTTGGATGAACTTGTTATCACCATTATCTTGCAATGAGTTGCTAGTTGTT
TTGACAATATTTGTTTCAATTTCCCCAATGAAAACTTGTCACTTTTCGTTAG

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL5975Contig1 821 2 2 U
GGGGATTTCAACTCAGCGTTCTGTATTCGAGGTCCAGAAATCACACGGTTGGATTGAAAT
CCTAATCAGAGTTGGTTCGCTGCTTCGTCGTCTTCACTCCTCTTCGATCGGCAACAGACG
ATCCACATTCCGTAACGGTGAGCGTTTTGATGTATTCGTCTTAAATCGTCTTAAATCGTG
ATCCCATTACGAGACCTTCCGCTGATCTGTATGTTGGCGTAATCGGGTATAAATATCCAA
AGATATCTTCTCTGCAAATCGCGCTCTCCATATCTATATTCCACGCATCTTGCTCATATT
CATATTTTTGCTCATCTCTCTTAATGGCTAGATCAAACGTTTTCTTTTCCGATTTGAAGT
CATGGCGGTGCTCATCAGTTGTGGAGGCCAGATTGCTTCGTTTCTGTGACACTAGGAACA
GTTAATAATTCCGAATTAAAGTCAAAATTTTCCTACAACCTTCGTGAAACCGAGTATGGC
GTCTTCTTAAAGCGGCAAGAAGGCTTTGTGGTGCTAGGAGACAAACTCTTCATCGTCATT
GAGAAGGAATGTGACCCAGGAGAGAGATGAAAAGGCCAGTGATTGCTTCTCTGGTGTTCA
GATGCGCTTGGATCACTCCCGAATCTGATAATAGTCCTCTTTCAATTGTCCTTATAATAG
CAGTTGAAGTTCATGCTTGGCTTTACTGGTTAAGCAACTGAAGAGTCATTGTTTTCCTTA
TGATTCTGAGCTTGAGTAGTTTAAAAGATTTGGTATGAAGTTTGGAAGTTAGTGTTTGAA
TTGAATGTAGAGCAGAAATCTTGAGTATTACTATGTGATCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D012TF U 1
AF RR1D012JQ C 211
BS 1 632 RR1D012TF
BS 633 821 RR1D012JQ

RD RR1D012TF 632 0 0
GGGGATTTCAACTCAGCGTTCTGTATTCGAGGTCCAGAAATCACACGGTTGGATTGAAAT
CCTAATCAGAGTTGGTTCGCTGCTTCGTCGTCTTCACTCCTCTTCGATCGGCAACAGACG
ATCCACATTCCGTAACGGTGAGCGTTTTGATGTATTCGTCTTAAATCGTCTTAAATCGTG
ATCCCATTACGAGACCTTCCGCTGATCTGTATGTTGGCGTAATCGGGTATAAATATCCAA
AGATATCTTCTCTGCAAATCGCGCTCTCCATATCTATATTCCACGCATCTTGCTCATATT
CATATTTTTGCTCATCTCTCTTAATGGCTAGATCAAACGTTTTCTTTTCCGATTTGAAGT
CATGGCGGTGCTCATCAGTTGTGGAGGCCAGATTGCTTCGTTTCTGTGACACTAGGAACA
GTTAATAATTCCGAATTAAAGTCAAAATTTTCCTACAACCTTCGTGAAACCGAGTATGGC
GTCTTCTTAAAGCGGCAAGAAGGCTTTGTGGTGCTAGGAGACAAACTCTTCATCGTCATT
GAGAAGGAATGTGACCCAGGAGAGAGATGAAAAGGCCAGTGATTGCTTCTCTGGTGTTCA
GATGCGCTTGGATCACTCCCGAATCTGATAAT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1D012JQ 611 0 0
ATGTTGGCGTAATCGGGTATAAATATCCAAAGATATCTTCTCTGCAAATCGCGCTCTCCA
TATCTATATTCCACGCATCTTGCTCATATTCATATTTTTGCTCATCTCTCTTAATGGCTA
GATCAAACGTTTTCTTTTCCGATTTGAAGTCATGGCGGTGCTCATCAGTTGTGGAGGCCA
GATTGCTTCGTTTCTGTGACACTAGGAACAGTTAATAATTCCGAATTAAAGTCAAAATTT
TCCTACAACCTTCGTGAAACCGAGTATGGCGTCTTCTTAAAGCGGCAAGAAGGCTTTGTG
GTGCTAGGAGACAAACTCTTCATCGTCATTGAGAAGGAATGTGACCCAGGAGAGAGATGA
AAAGGCCAGTGATTGCTTCTCTGGTGTTCAGATGCGCTTGGATCACTCCCGAATCTGATA
ATAGTCCTCTTTCAATTGTCCTTATAATAGCAGTTGAAGTTCATGCTTGGCTTTACTGGT
TAAGCAACTGAAGAGTCATTGTTTTCCTTATGATTCTGAGCTTGAGTAGTTTAAAAGATT
TGGTATGAAGTTTGGAAGTTAGTGTTTGAATTGAATGTAGAGCAGAAATCTTGAGTATTA
CTATGTGATCA

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL5976Contig1 502 2 1 U
GGAGCCTCCTCAGCGTGTGAGCGAAGAAGCAGCGGAGAAAAAAATGGTTCAGCGTCTTGT
ATACCGTTCGCGTCACAGCTACGCCACCAAATCTAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCCC
AGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACTAAGAAGCGTGCAAGTTGACCCAAATGTCCTGT
CACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTAG
ATTGTCTAGAAACAGGAGGACCGTGAACCGTGCTTATGGTGGTGTTTTATCTGCTTTGGC
TGTTAGAGAAAGATTGTGAAGAAGGTTTTGAAGCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGTTTGCT
CCCAGGAGCTAGATTATCATATAAGCTTCTTTTGGAAAAAAAATGTTTAATGGCATCTGT
TCTAGCAATAGTACTCTGGTTGCAGAAGTTTGAGAGAAATACTTTTTTTTTTCGTTATCC
ATTGAGTTTTGATTCTGTCGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CV13TF U 1
AF RR1CV13JQ C 24
BS 1 502 RR1CV13TF

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AGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACTAAGAAGCGTGCAAGTTGACCCAAATGTCCTGT
CACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTAG
ATTGTCTAGAAACAGGAGGACCGTGAACCGTGCTTATGGTGGTGTTTTATCTGCTTTGGC
TGTTAGAGAAAGATTGTGAAGAAGGTTTTGAAGCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGTTTGCT
CCCAGGAGCTAGATTATCATATAAGCTTCTTTTGGAAAAAAAATGTTTAATGGCATCTGT
TCTAGCAATAGTACTCTGGTTGCAGAAGTTTGAGAGAAATACTTTTTTTTTTCGTTATCC
ATTGAGTTTTGATTCTGTCGAC

QA 1 502 1 502
DS 

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CCACCAAATTTAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCCCAGGTGGTAAATTGACATTCCAGA
CCACTAAGAAGCGTGCAAGTTGACCCAAATGTCCTGTCACCGGCAAGGGTATTCAGGGTA
TCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTTTAGATTGTTTAGAAACAGGAGGACCG
TGAACCGTGCTTATGGTGGTGTTTTATTTGCTTTGGCTGTTAGAGAAAGATTGTGAAGAA
GGTTTTGAAGCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGTTTGCTCCCAGGAGCTAGATTATCATATA
AGCTTTTTTTGGAAAAAAAATGTTTAATGGCATTTGTTCTAGCAATAGTACTCTGGTTGC
AGAAGTTTGAGAGAAATACTTTTTTTTTTCGTTATCCATTGAGTTTTGATTCTGTCGAC

QA 1 479 1 479
DS 



AS 1 2

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GAGCCTGCCGAGAGCGGTGGTGTGGCTGAGTCTAGCTTGTGTGAAGATGATGGAAGCAAA
GAGTCCAGTGACAATGAGGCCCAGTTGGTGCAGGGTCATGGAGGAAGGTGAAGCGTCTAG
GGGTGCATATAAAGATTCCAGCAGAGACACAGAGGTGAAGGGAATGAAGGAATGTTTGGA
ATCTGTACGTCCCAAGTAGCAGTGGTTGGTTGGTAACATTAAAAAAAAAAAGTATCTTGT
GGTTTTTCTTTCTTTGCATTTTGACTTTCTCTGGAGGATTTTATGTTTTGCCACGTGGCA
ATCTGTGTATTTGACCAATTTCTGAGACACATTCTGGATTGAACATCTCGCTCTTTCCTA
ATCGTTTATTGCTTTATTGGGGAC


BQ
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AF RR1D415TF U 1
AF RR1D415JQ C 53
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GCAGGTGGGAACAACCGAGGCGTTAGCTTTCAGCTGTTTGGGAAGGTGATAAACGTGCAG
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GAGTCCAGTGACAATGAGGCCCAGTTGGTGCAGGGTCATGGAGGAAGGTGAAGCGTCTAG
GGGTGCATATAAAGATTCCAGCAGAGACACAGAGGTGAAGGGAATGAAGGAATGTTTGGA
ATCTGTACGTCCCAAGTAGCAGTGGTTGGTTGGTAACATTAAAAAAAAAAAGTATCTTGT
GGTTTTTCTTTCTTTGCATTTTGACTTTCTCTGGAGGATTTTATGTTTTGCCACGTGGCA
ATCTGTGTATTTGACCAATTTCTGAGACACATTCTGGATTGAACATCTCGCTCTTTCCTA
ATCGTTTATTGCTTTATTGGGGAC

QA 1 504 1 504
DS 

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GCGTCTAGGGGTGCATATAAAGATTCCAGCAGAGACACAGAGGTGAAGGGAATGAAGGAA
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TATCTTGTGGTTTTTCTTTCTTTGCATTTTGACTTTCTCTGGAGGATTTTATGTTTTGCC
ACGTGGCAATCTGTGTATTTGACCAATTTTTGAGACACATTCTGGATTGAACATCTCGCT
CTTTCCTAATCGTTTATTGCTTTATTGGGGAC

QA 1 452 1 452
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5979Contig1 1475 2 4 U
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AGGAGAGTGTTCAGACTCCTGCTGGTGAGCCGGAGAAAGAGATACCTGCAGATGTGGAGT
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TTAAAGAATCAAGCCTTGTAAAAGAGGGTGTTGCAGAGGTTAATGTTCAAGCAGAAGATG
AAAATGGTGAGGAGAAGGTAGCTGAACAAGTGGAGCCTAAAGAACCAACCCTTGTGAAAG
AGAGTGTTGAAGAAGTTAAGATTGAAAATGTTGGTGTGGAGAAAGCAGAAGAGAAGCGAG
CCGTGGAGAGTGTGGTTGAAGAAGAGCCCAAGGGTAAGGAGGAGGAGAAGATGGTTGATG
TTTCTGAATCAACAGATGAAGTAGGAAGCAAACAGGTGGAACCAGTTGATTTTCAACATC
CTAGAGAAGTATCTGCAGAGACTGTAGATGTTGAGGTTCTTGAAGTTGAGCCAAAACCAG
ACACTTCTGAATCTGGTTCTGCTTTGTGCCCTGAGGAAATTGTACCAATAAACCAAGATT
CAGACACTGCTCCCAAAAAGGAAACTGAAGAAGACGCTTCTTCTCTTTCTGATGTCATTG
AGAAGGCCATTACTGAAGTGAATCATGTCGTGGATGAACCATCAAAGGATGAAAAAGCTT
CTGAATCTGTTTCTGCTTTGTGCCCTGAGAGAGTTGTACCGTCAAATCAAGATTCAGACA
CATCTCTCGAAAAGGAAGCTGAAGGAGACGTTTCTTCTCCTCCTGATGTCATCGAGAAGG
CCAAAACTGAAGAGAAGGATGTGGTGGAAGAACCATCAAAGGATGAAAAAGAGAAAGTGA
GTGAAGAAGCCAAAGATGTTGTAACTAAACTAGCTACAGAAGATGAGAACATCAAGAAAG
AAAATGATACAGAAACAACAGAAGTAAACAAACAAGAGGAATCAATTACAGATAAAGTAG
CAGAGGTTGTAGAAGCAGAAACTGTTGCTAAAGAGAGCGATGAGCCAAAACAAGAACCAG
AAATCACAACGGAAGAAGTTTCTGTTAAGCCAAAACATTCAAACAGCATTATGTCAAAGG
TGAAGCAGTCTCTTGTTAAGGCAAAGAAAGCAATCATTGGGAAGTCTCCAAGCTCTAAGA
CTATCACAACTGAAGAAACCAAAGAAGAGGTCAAAGCCAAGTGATAGGTTTCTTGAAGTC
TTTCAAGTATTTAAATTTTTTTTTGTTGGTTTCTGTTTCGTGTGGGAGAAGAAAGCAGAA
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AGGTTTGGCTTTGTGTTATGGACGTGTGTTGAGAT


BQ
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AF RR1BH13TF U 1
AF RR1BH13JQ C 611
BS 1 725 RR1BH13TF
BS 726 726 RR1BH13JQ
BS 727 761 RR1BH13TF
BS 762 1475 RR1BH13JQ

RD RR1BH13TF 761 0 0
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CTGTGGATGCGGTTAAAGATAAACCGGTTTCAGATTCAAACCCGATGGTTGAGAAGGAGG
AGGAGAGTGTTCAGACTCCTGCTGGTGAGCCGGAGAAAGAGATACCTGCAGATGTGGAGT
AGGCTGCAGCAGTTGTGAAAGATGAAAATGGTGAGGAGAAGGTAGCTGAGCAAGGGGAAT
TTAAAGAATCAAGCCTTGTAAAAGAGGGTGTTGCAGAGGTTAATGTTCAAGCAGAAGATG
AAAATGGTGAGGAGAAGGTAGCTGAACAAGTGGAGCCTAAAGAACCAACCCTTGTGAAAG
AGAGTGTTGAAGAAGTTAAGATTGAAAATGTTGGTGTGGAGAAAGCAGAAGAGAAGCGAG
CCGTGGAGAGTGTGGTTGAAGAAGAGCCCAAGGGTAAGGAGGAGGAGAAGATGGTTGATG
TTTCTGAATCAACAGATGAAGTAGGAAGCAAACAGGTGGAACCAGTTGATTTTCAACATC
CTAGAGAAGTATCTGCAGAGACTGTAGATGTTGAGGTTCTTGAAGTTGAGCCAAAACCAG
ACACTTCTGAATCTGGTTCTGCTTTGTGCCCTGAGGAAATTGTACCAATAAACCAAGATT
CAGACACTGCTCCCAAAAAGGAAACTGAAGAAGACGCTTCTTCTCTTTCTGATGTCATTG
AGAAG*CCATTACTGAAGTGAATCATGTCGTGGATGAACCA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1BH13JQ 865 0 0
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TACTGAAGTGAATCATGTCGTGGATGAACCATCAAAGGATGAAAAAGCTTCTGAATCTGT
TTCTGCTTTGTGCCCTGAGAGAGTTGTACCGTCAAATCAAGATTCAGACACATCTCTCGA
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AGAGAAGGATGTGGTGGAAGAACCATCAAAGGATGAAAAAGAGAAAGTGAGTGAAGAAGC
CAAAGATGTTGTAACTAAACTAGCTACAGAAGATGAGAACATCAAGAAAGAAAATGATAC
AGAAACAACAGAAGTAAACAAACAAGAGGAATCAATTACAGATAAAGTAGCAGAGGTTGT
AGAAGCAGAAACTGTTGCTAAAGAGAGCGATGAGCCAAAACAAGAACCAGAAATCACAAC
GGAAGAAGTTTCTGTTAAGCCAAAACATTCAAACAGCATTATGTCAAAGGTGAAGCAGTC
TCTTGTTAAGGCAAAGAAAGCAATCATTGGGAAGTCTCCAAGCTCTAAGACTATCACAAC
TGAAGAAACCAAAGAAGAGGTCAAAGCCAAGTGATAGGTTTCTTGAAGTCTTTCAAGTAT
TTAAATTTTTTTTTGTTGGTTTCTGTTTCGTGTGGGAGAAGAAAGCAGAACATTCTTTTT
CTTTGTTGTATGGCTTTGAGTGGTTATAACTTGTATCTGTAATCATACAAAGGTTTGGCT
TTGTGTTATGGACGTGTGTTGAGAT

QA 1 865 1 865
DS 



AS 1 2

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GAAGTTACAGATTGTACGGAAAAGAAGGTTACCCACTAGTGGATATAATGACAGGAGAGA
ATGAACCACCTCCAAAGGTTGGTGAGCGTTTACTGTGTCGTCATCCTTTTAATGAATCCA
AAAGAGCATATGTAGTGCCACAACGTGTTGAAGAGCTTCTCAAATGTTATTGGCGTGGAA
GTTCAGATGAAGCAAGAGAAGAATTACCACCATTGAAAGAGATAAGAGACCGTTGCATCA
AACAGCTTGAAAACATGCGACCTGATCATATGAGAAGATTAAATCCAACTCCTTACAAGG
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TTGGTGAATTACAGTGACGACCACAGAAGAAGAGACGACCAACACGAAGAAGATAAATCT
TGTTTTGGTTGGAGTAATGTATATAATCATATACCACATCATTAGAACGTGCAATAAGAG
TTTTTCACTTATTACTTTTTTTTTTTGTTTTACAAACATTTGATTGATTTCATGTATTTT
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TGTTTTGGATTTGATTCATATTAATAGTTGAAATGAATTTCAACAC


BQ
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AF RR1BH27TF U 1
AF RR1BH27JQ C 552
BS 1 710 RR1BH27TF
BS 711 826 RR1BH27JQ

RD RR1BH27TF 710 0 0
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AAAGAGCATATGTAGTGCCACAACGTGTTGAAGAGCTTCTCAAATGTTATTGGCGTGGAA
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AACAGCTTGAAAACATGCGACCTGATCATATGAGAAGATTAAATCCAACTCCTTACAAGG
TTAGCGTCAGCGCGAAGCTGTACGATTTCATTCACTTCCTATGGCTCAACGAGGCACCTG
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TGTTTTGGTTGGAGTAATGTATATAATCATATACCACATCATTAGAACGTGCAATAAGAG
TTTTTCACTTATTACTTTTTTTTTTTGTTTTACAAACATTTGATTGATTT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1BH27JQ 275 0 0
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GAGTAATGTATATAATCATATACCACATCATTAGAACGTGCAATAAGAGTTTTTCACTTA
TTACTTTTTTTTTT*GTTTTACAAACATTTGATTGATTTCATGTATTTTTGTCGTAATAA
GTTTCATCTTCTTGAAGAGGAAAGAAACTTATTGCGCTCACTTGACATTTGTTTTGGATT
TGATTCATATTAATAGTTGAAATGAATTTCAACAC

QA 1 275 1 275
DS 



AS 1 2

CO CL5981Contig1 1052 2 2 U
GAGGTTGTGCAGGACTGAAGCCTACTGTTGCTGCAATTGAAGCAGGAAAAGACATTGCTC
TTGCAAACAAAGAGACGTTAATAGCAGGCGGTCCTTTTGTGCTTCCACTAGCCAACAAAC
ATAATGTTAAGATTCTTCCAGCAGATTCAGAACATTCAGCCATATTCCAGTGTATTCAAG
GCTTGCCTGAAGGCGCTTTGCGCAAGATAATCTTGACTGCATCTGGTGGAGCTTTTAGGG
ATTGGCCTGTTGAAAAGCTCAAGGAGGTTAAAGTAGCAGATGCGTTGAAGCATCCTAACT
GGAACATGGGAAAGAAAATCACAGTGGACTCAGCTACGCTTTTCAACAAGGGTCTTGAGG
TCATTGAAGCTCATTATTTGTTTGGAGCCGAGTATGATGATATAGAGATTGTCATTCATC
CTCAAAGTATCATTCACTCTATGATTGAAACACAGGATTCATCTGTGCTTGCTCAGTTAG
GATGGCCTGACATGCGTTTACCTATTCTCTACACCATGTCATGGCCTGATAGGGTTCCTT
GCTCTGAAGTAACTTGGCCAAGACTTGACCTTTGCAAACTTGGTTCCTTGACATTCAAGA
AACCAGACAATGTGAAATACCCATCAATGGATCTCGCTTATGCTGCTGGACGAGCTGGTG
GTACTATGACTGGAGTTCTCAGTGCAGCTAACGAGAAAGCTGTTGAGATGTTCATTGATG
AAAAGATAAGCTATTCGGATATCTTCAAGGTTGTGGAGTTAACATGCGACAAACATAGAA
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AGTACGCTGCGAATGTACAGCTTTCTTCTGGTGCAAGGCCAGTTCCTGCCTGATGCATAG
TTCTTGAACGGATATTGATTAGTGGAAGTGATTAAATGTGTTGTTTTAACACCGTTTTGG
CAAGGATTACATATTCTAAGTTGTACCTAGTATATAAAAGATCCAAACAAGTCAAACTGA
AATTTTAAACCCCATTAAATAGAATGGAACAT


BQ
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AF RR1A535TF U 1
AF RR1A535JQ C 299
BS 1 745 RR1A535TF
BS 746 1052 RR1A535JQ

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GATGGCCTGACATGCGTTTACCTATTCTCTACACCATGTCATGGCCTGATAGGGTTCCTT
GCTCTGAAGTAACTTGGCCAAGACTTGACCTTTGCAAACTTGGTTCCTTGACATTCAAGA
AACCAGACAATGTGAAATACCCATCAATGGATCTCGCTTATGCTGCTGGACGAGCTGGTG
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AAAAGATAAGCTATTCGGATATCTT

QA 1 745 1 745
DS 

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AGGATGGCCTGACATGCGTTTACCTATTCTCTACACCATGTCATGGCCTGATAGGGTTCC
TTGCTCTGAAGTAACTTGGCCAAGACTTGACCTTTGCAAACTTGGTTCCTTGACATTCAA
GAAACCAGACAATGTGAAATACCCATCAATGGATCTCGCTTATGCTGCTGGACGAGCTGG
TGGTACTATGACTGGAGTTCTCAGTGCAGCTAACGAGAAAGCTGTTGAGATGTTCATTGA
TGAAAAGATAAGCTATTCGGATATCTTCAAGGTTGTGGAGTTAACATGCGACAAACATAG
AACCGAGTTAGTAACATCACCGTCTCTTGAAGAGATTGTTCACTATGACTTGTGGGCGCG
TGAGTACGCTGCGAATGTACAGCTTTCTTCTGGTGCAAGGCCAGTTCCTGCCTGATGCAT
AGTTCTTGAACGGATATTGATTAGTGGAAGTGATTAAATGTGTTGTTTTAACACCGTTTT
GGCAAGGATTACATATTCTAAGTTGTACCTAGTATATAAAAGATCCAAACAAGTCAAACT
GAAATTTTAAACCCCATTAAATAGAATGGAACAT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

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TGAGAGAAGCGCTCCTCTTCAACAACGACACGCTTCTTTGCCTAGAGAGAGAGTACCTGC
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BQ
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AF RR1EF62TF U 1
AF RR1EF62JQ C 152
BS 1 598 RR1EF62TF
BS 599 713 RR1EF62JQ

RD RR1EF62TF 598 0 0
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TCATCCTCAGATGCTACAAGAATATCTTCGAGGTGGAGAACAGACGAGCTTCATGTACCC
TAGTGGTGTTGATCGGTTTAAGAGACAGTTTGCACATCTTGAAGAACACTACGGTAAGGG
TGAGAGAAGCGCTCCTCTTCAACAACGACACGCTTCTTTGCCTAGAGAGAGAGTACCTGC
GCCTAAGGAAGAGAACAGACCTGCAGCTTCTTTAGCCACTACACCCGAAAGCCCTCAAAA
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GAGCTTGCTGAAAAGTAACAGTATCAGTGCATCTAAATGCATTGGCGTGAAACAAAGGAA
CCAGTCCGAGCACGGGGAATCGAACAATGATGCAAGTGATGCTTTGTCTCAAAAGGTTGC
GGCTCTCCACACTTGATTGTGATTATGGGGAGTGAAACTTCTTGCTAACAGTAGCGGC

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DS 

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GCACATCTTGAAGAACACTACGGTAAGGGTGAGAGAAGCGCTCCTCTTCAACAACGACAC
GCTTCTTTGCCTAGAGAGAGAGTACCTGCGCCTAAGGAAGAGAACAGACCTGCAGCTTCT
TTAGCCACTACACCCGAAAGCCCTCAAAATTCTCAACACGAGGGCTCGAATTACATGAAC
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TCTAAATGCATTGGCGTGAAACAAAGGAACCAGTCCGAGCACGGGGAATCGAACAATGAT
GCAAGTGATGCTTTGTCTCAAAAGGTTGCGGCTCTCCACACTTGATTGTGATTATGGGGA
GTGAAACTTCTTGCTAACAGTAGCGGCTGATTCATATATACATCTCTCACAGTGAAGAGA
AAGAAGAAGAGAAGAGATAGCATGTGTCTCTGGTTCTGTACTGCATACATTTACAAACTA
ATCTTTATAACTTCTGAGAGAC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL5983Contig1 869 2 2 U
AGAGATAAAAACGTTTGAATGTCTGGTAGATGAAACACTTTTTTCATAACACATATCAAA
TATAAAAATAACTTAGGTTCTTTTCTCAACACACACACAAGAGCTTCTTTTATTGTAGAT
TAACATGATACATAAACAAATCCACCTTAAAATTCAGGTTCAGGTTCTTCTTCAACTGCA
GCAATGACCCATTCACCATTTTCATCCTTGATCATTCCTTTGTTCTTCTCTACCCACCAA
GAACCTGGAACTAAACACTCATCTTTCAAGAACTCACATGACTTGTTCACTAGTGCAATA
CTTCTCTTCACCATCAGCTTAAACTCTCCTTTCTTACCATTCCATCCTGCAACCACATGG
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TTCTTTGTATCAATCACAAAGTTGGTTCCTATATCAACATACCCCAAGAGTCCTCCTGGA
TATCGAGTCAAGAGATCAATCGTGTTCCTCACATGAAGGATCTTCAAGTTCTTGTGACGC
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ACCGGAACATCATCACCGGAAGCGTTCTCAGCTATGTCATAGGCTGCGAGGACAGCCTCA
GTGGCTCCCAAGCTATGTCCAGTCAACACAATGCTCGGCTTCTCGTCCTTATACTTCAAC
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TCTGAGTGATCAGAAGTGTAGATTGTGAGCCATCCGAGCATCACCTTACACCCTTCTTCG
TCTTCACTGTCGCTACCAAAAGTACTACC


BQ
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AF RR1FU13JQ U 1
AF RR1C454JQ U 45
BS 1 491 RR1FU13JQ
BS 492 869 RR1C454JQ

RD RR1FU13JQ 491 0 0
AGAGATAAAAACGTTTGAATGTCTGGTAGATGAAACACTTTTTTCATAACACATATCAAA
TATAAAAATAACTTAGGTTCTTTTCTCAACACACACACAAGAGCTTCTTTTATTGTAGAT
TAACATGATACATAAACAAATCCACCTTAAAATTCAGGTTCAGGTTCTTCTTCAACTGCA
GCAATGACCCATTCACCATTTTCATCCTTGATCATTCCTTTGTTCTTCTCTACCCACCAA
GAACCTGGAACTAAACACTCATCTTTCAAGAACTCACATGACTTGTTCACTAGTGCAATA
CTTCTCTTCACCATCAGCTTAAACTCTCCTTTCTTACCATTCCATCCTGCAACCACATGG
AGCATTGCCTGAAGATTGTGCCAGTCCCCTGGATTCCTTGAATCCTTCAGGTAAGGTGAC
TTCTTTGTATCAATCACAAAGTTGGTTCCTATATCAACATACCCCAAGAGTCCTCCTGGA
TATCGAGTCAA

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1C454JQ 825 0 0
CATAACACATATCAAATATAAAAATAACTTAGGTTCTTTTCTCAACACACACACAAGAGC
TTCTTTTATTGTAGATTAACATGATACATAAACAAATCCACCTTAAAATTCAGGTTCAGG
TTCTTCTTCAACTGCAGCAATGACCCATTCACCATTTTCATCCTTGATCATTCCTTTGTT
CTTCTCTACCCACCAAGAACCTGGAACTAAACACTCATCTTTCAAGAACTCACATGACTT
GTTCACTAGTGCAATACTTCTCTTCACCATCAGCTTAAACTCTCCTTTCTTACCATTCCA
TCCTGCAACCACATGGAGCATTGCCTGAAGATTGTGCCAGTCCCCTGGATTCCTTGAATC
CTTCAGGTAAGGTGACTTCTTTGTATCAATCACAAAGTTGGTTCCTATATCAACATACCC
CAAGAGTCCTCCTGGATATCGAGTCAAGAGATCAATCGTGTTCCTCACATGAAGGATCTT
CAAGTTCTTGTGACGCGTTACTTCGTCCTTGAACTCCCTGTTACCCACCTGTGGACAGCC
GAACACGATCCCAGTGACCGGAACATCATCACCGGAAGCGTTCTCAGCTATGTCATAGGC
TGCGAGGACAGCCTCAGTGGCTCCCAAGCTATGTCCAGTCAACACAATGCTCGGCTTCTC
GTCCTTATACTTCAACAGAAGCTCCTTGATCCTAGTTAACAACTGTAGCCGTAGACTTAT
CTTAGTGAACTTCGATTCTGAGTGATCAGAAGTGTAGATTGTGAGCCATCCGAGCATCAC
CTTACACCCTTCTTCGTCTTCACTGTCGCTACCAAAAGTACTACC

QA 1 825 1 825
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GACACTCTCCCCATTCACCTCCCTCCCAAGACGCCTTGCCATCACCGCCCGATCCCACCG
ACATAGGAGACCTCCTGATAGGAGAGAAATGTCCTCCTCCATAGCTTCAATCCCGGAGCT
TCCTCGCAGAAGGGATTCTGAGGAATCTCTGCTTCTTGATTCCAGAATTAGTGTAGCTGA
AGGAGATACTGTGAAGACAGATGTCGAAGGAGGCAGAGACGGTTCTATTAGAACACAGAC
GCGTAAAGGAAGAAACTTTAGTAGCAGAAAAAAAGTTCTGGGTGTTGAGTCGTCGCCAGA
CAATTTTGCTGTAGCGATGGTTTATTTTGTTCAAGGTGTTTTAGGACTCGCTAGGCTCGC
TGTTAGTTTCTATCTTAAAGACGACTTGCATCTTGATCCTGCTGAGACAGCTGTGATAAC
GGGGCTTTCTTCATTGCCATGGCTTGTTAAACCTCTCTACGGATTTATCAGTGATTCTGT
GCCTCTATTTGGTTACCGAAGGAGATCGTATCTAGTTCTCTCAGGACTTCTTGGTGCATT
CTCCTGGAGCTTGATGGCTGGTTTTGTTGACAGTAAATATAGTGCCGCTTCTTGTATACT
TCTTGGTTCCCTCTCCGTTGCCTTTTCTGATGTTGTAGTAGACTCAATGGTGGTGGAACG
TGCTCGTGGCGAGTCACAAAGCGTGTCGGGATCACTGCAGTCCTTATGCTGGGGATCCTC
AGCTTTTGGTGGAATCGTGAGTTCCTACTTTAGCGGCTCCCTCGTGGAATCGTATGGTGT
GAGCTGTTAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D544TF U 1
AF RR1GA74TF U 45
BS 1 290 RR1D544TF
BS 291 291 RR1GA74TF
BS 292 520 RR1D544TF
BS 521 793 RR1GA74TF

RD RR1D544TF 520 0 0
GACACTCTCCCCATTCACCTCCCTCCCAAGACGCCTTGCCATCACCGCCCGATCCCACCG
ACATAGGAGACCTCCTGATAGGAGAGAAATGTCCTCCTCCATAGCTTCAATCCCGGAGCT
TCCTCGCAGAAGGGATTCTGAGGAATCTCTGCTTCTTGATTCCAGAATTAGTGTAGCTGA
AGGAGATACTGTGAAGACAGATGTCGAAGGAGGCAGAGACGGTTCTATTAGAACACAGAC
GCGTAAAGGAAGAAACTTTAGTAGCAGAAAAAAAGTTCTGGGTGTTGAGTTGTCGCCAGA
CAATTTTGCTGTAGCGATGGTTTATTTTGTTCAAGGTGTTTTAGGACTCGCTAGGCTCGC
TGTTAGTTTCTATCTTAAAGACGACTTGCATCTTGATCCTGCTGAGACAGCTGTGATAAC
GGGGCTTTCTTCATTGCCATGGCTTGTTAAACCTCTCTACGGATTTATCAGTGATTCTGT
GCCTCTATTTGGTTACCGAAGGAGATCGTATCTAGTTCTC

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR1GA74TF 749 0 0
GG
GCCCGATCCCACCGACATAGGAGACCTCCTGATAGGAGAGAAATGTCCTCCTCCATAGCT
TCAATCCCGGAGCTTCCTCGCAGAAGGGATTCTGAGGAATCTCTGCTTCTTGATTCCAGA
ATTAGTGTAGCTGAAGGAGATACTGTGAAGACAGATGTCGAAGGAGGCAGAGACGGTTCT
ATTAGAACACAGACGCGTAAAGGAAGAAACTTTAGTAGCAGAAAAAAAGTTCTGGGTGTT
GAGTCGTCGCCAGACAATTTTGCTGTAGCGATGGTTTATTTTGTTCAAGGTGTTTTAGGA
CTCGCTAGGCTCGCTGTTAGTTTCTATCTTAAAGACGACTTGCATCTTGATCCTGCTGAG
****CTGTGATAACGGGGCTTTCTTCATTGCCATGGCTTGTTAAACCTCTCTACGGATTT
ATCAGTGATTCTGTGCCTCTATTTGGTTACCGAAGGATATCGTATCTAGTTCTCTCAGGA
CTTCTTGGTGCATTCTCCTGGAGCTTGATGGCTGGTTTTGTTGACAGTAAATATAGTGCC
GCTTCTTGTATACTTCTTGGTTCCCTCTCCGTTGCCTTTTCTGATGTTGTAGTAGACTCA
ATGGTGGTGGAACGTGCTCGTGGCGAGTCACAAAGCGTGTCGGGATCACTGCAGTCCTTA
TGCTGGGGATCCTCAGCTTTTGGTGGAATCGTGAGTTCCTACTTTAGCGGCTCCCTCGTG
GAATCGTATGGTGTGAGCTGTTAAACC

QA 3 749 3 749
DS 



AS 1 2

CO CL5986Contig1 1313 2 2 U
GGGGCACAAGAATAATAATGGAAGAATTGGACATAGTGATAGTGGGAGGAGGCATTGCTG
GTCTTGCGACTTCCCTTGCTCTTCACAGAAAGGGTATAAAGAGCACTGTGTTGGAGAGTT
CAGAGTCTGTAAGATCAGAAGGAGCAGCATTTGGCATTCAGACTAATGGATGGCTTGCTC
TTCAGCAGCTCGGCGTGGCCGATAAGCTCCGTCTCAATTCTCTCCCGATTCATCAGATAA
GAGATGTAATGATCGAGAAAGGGATCAAACGAAGAGAATCAGTCGGACCAGCATCGCATG
GGGAAGTAAGAGGTGTAATAAGGAATGATATGGTCCGAGCTTTGGCTCATGCTCTTCCTA
TTGGGACTCTCCGGCTTGGTAGCCAAATTGTGTCGGTTAAGCGGGACGAAGCTACGTCGT
TTCCAATTGTTCACCTCAGAAACGGACAAGATATCAAAGCAAAGGTTTTGATTGGCTGTG
ACGGATCAAATTCTATCGTTTCAAAATTTTTGGGACTAAACCCGACTAAAGCCCTGGGTT
CTCGGGCGGTGAGAGGATTCACAAACTATCCAAACGGCCATGGATTCCAGCAAGAGTTTA
TAAGAATCAAGATGGACAACGTCGTAAGCGGACGACTTCCTATAACTCACAATCTCGTCT
TTTGGTTTGTTGTTATGCTGAAGTGTCCCCAAGACTCGACCAATTTTAAAAATCAAGAGG
ATGTCGCAAGATTGACACTAGCATCGGTCTGCGAATTCTCAGAGGAATGGAAAGAGATGG
TGAAGAACTGCGATATCGACACCTTATATATCAGCCGTTTAAGGTACCGTTCACCATGGG
ACGTTATGTCCAGTAAGTTCCGACGAGGCACTGTGACAGTGGCTGGAGACAGTATGCATC
TGATGGGTCCATTCATAGGACAAGGATGTTCGGCTGCGCTCGAAGACGGTGTTGTTTTGG
CTAGGTGCTTGTGGAGCAAGTTAGGACAAGATGGTATGAACAATGGCTCTTCAAGGAAGC
AAATTCAAGAAGCGATTGATGAGTACGTTAGAGAAAGAAGAGGGAGACTCGTGGGGCTCT
CGACACAGACACATCTTACCGGTAGGTTAATTGAAGCTTCGTCCCCGGCAACGAAGCTCT
TGCTTATACTTTTACTGATGATTCTGTTTCGTGACCATATTGGTCACACTCGATATGATT
GTGGCCCTCTTTAATAGGAAACATATATCTTATGGACGTACGGTTTAAGTGAGAGAGTGT
GTGAGATGTTTCATCAGGGGGTTTATTCAAATCGCGAGTGTATTTTTCCTCTC


BQ
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AF RR1B604TF U 1
AF RR1B604JQ C 529
BS 1 818 RR1B604TF
BS 819 1313 RR1B604JQ

RD RR1B604TF 818 0 0
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TTCAGCAGCTCGGCGTGGCCGATAAGCTCCGTCTCAATTCTCTCCCGATTCATCAGATAA
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GGGAAGTAAGAGGTGTAATAAGGAATGATATGGTCCGAGCTTTGGCTCATGCTCTTCCTA
TTGGGACTCTCCGGCTTGGTAGCCAAATTGTGTCGGTTAAGCGGGACGAAGCTACGTCGT
TTCCAATTGTTCACCTCAGAAACGGACAAGATATCAAAGCAAAGGTTTTGATTGGCTGTG
ACGGATCAAATTCTATCGTTTCAAAATTTTTGGGACTAAACCCGACTAAAGCCCTGGGTT
CTCGGGCGGTGAGAGGATTCACAAACTATCCAAACGGCCATGGATTCCAGCAAGAGTTTA
TAAGAATCAAGATGGACAACGTCGTAAGCGGACGACTTCCTATAACTCACAATCTCGTCT
TTTGGTTTGTTGTTATGCTGAAGTGTCCCCAAGACTCGACCAATTTTAAAAATCAAGAGG
ATGTCGCAAGATTGACACTAGCATCGGTCTGCGAATTCTCAGAGGAATGGAAAGAGATGG
TGAAGAACTGCGATATCGACACCTTATATATCAGCCGT

QA 1 818 1 818
DS 

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AAGCCCTGGGTTCTCGGGCGGTGAGAGGATTCACAAACTATCCAAACGGCCATGGATTCC
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AAAATCAAGAGGATGTCGCAAGATTGACACTAGCATCGGTCTGCGAATTCTCAGAGGAAT
GGAAAGAGATGGTGAAGAACTGCGATATCGACACCTTATATATCAGCCGTTTAAGGTACC
GTTCACCATGGGACGTTATGTCCAGTAAGTTCCGACGAGGCACTGTGACAGTGGCTGGAG
ACAGTATGCATCTGATGGGTCCATTCATAGGACAAGGATGTTCGGCTGCGCTCGAAGACG
GTGTTGTTTTGGCTAGGTGCTTGTGGAGCAAGTTAGGACAAGATGGTATGAACAATGGCT
CTTCAAGGAAGCAAATTCAAGAAGCGATTGATGAGTACGTTAGAGAAAGAAGAGGGAGAC
TCGTGGGGCTCTCGACACAGACACATCTTACCGGTAGGTTAATTGAAGCTTCGTCCCCGG
CAACGAAGCTCTTGCTTATACTTTTACTGATGATTCTGTTTCGTGACCATATTGGTCACA
CTCGATATGATTGTGGCCCTCTTTAATAGGAAACATATATCTTATGGACGTACGGTTTAA
GTGAGAGAGTGTGTGAGATGTTTCATCAGGGGGTTTATTCAAATCGCGAGTGTATTTTTC
CTCTC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL5987Contig1 916 2 4 U
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TATCCGGAGCTACATCCCAAAGCAGAGACCAATCTCCTCAAGTTAGCTGGTGTCGTGAAC
GGTAGAGACTTTGTCAACATTTATCTCCCATCTTCTTATCCTAAAGATCCTCCTGACGTG
TGGTTAGTTTGCCAATACGGTTCCGCCATCAACCCTGACCTCACAAACGTAGCTCCTAAC
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GGCATACCACTGTCTCGTGAACAGATGGGGTTAGTGAAGATCGTGCTAGACTTTAGGCTT
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GGTGGTGTGAAAAATTACATCAACACTGTGGCAGAGATCCTTGGACTGCCTCCGAAGACC
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CTGTGTGATGTACTTAAAATCAACGTACGGATGCTTTTGTTGTGTTTATTTTCTTCAAGA
ATCTGTAATGGTGTGTTTTAGTCTCCGTAACATATATTATCTGCAACTGGTCACGTTAAT
TAAATGGTATGTATCT


BQ
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AF RR1BR40TF U 1
AF RR1BR40JQ C 285
BS 1 661 RR1BR40TF
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BS 738 916 RR1BR40JQ

RD RR1BR40TF 737 0 0
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TATCCGGAGCTACATCCCAAAGCAGAGACCAATCTCCTCAAGTTAGCTGGTGTCGTGAAC
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TGGTTAGTTTGCCAATACGGTTCCGCCATCAACCCTGACCTCACAAACGTAGCTCCTAAC
GGCCTCGTGGCTATTCCTTACATGTCGAACTGGGATGAAGATAAGTCCACTCTCGTATCA
CTCATCTCGCATCTCCAAGTGGAGTTTACTCGTAAACCGCCTACGTTCGTTATTGATGTT
GGCATACCACTGTCTCGTGAACAGATGGGGTTAGTGAAGATCGTGCTAGACTTTAGGCTT
ATGCATCTTTACTATGGAATTCAAGACTTAACTTCCGAAAAGACCTCTGCTTTTTTCAAA
GAGGTTACTGGTCGATATCCTAAGGGTTTAGAGGATTTAGCTGACCACATGACTAGCAAA
G*TGGTGTGAAAAATTACATCAACACTGTGGCAGAGATCCTTGGACTGCCTCCGAAGACC
AGATTCACAGTGGATGT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1BR40JQ 632 0 0
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AAACGTAGCTCCTAACGGCCTCGTGGCTATTCCTTACATGTCGAACTGGGATGAAGATAA
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GTTCGTTATTGATGTTGGCATACCACTGTCTCGTGAACAGATGGGGTTAGTGAAGATCGT
GCTAGACTTTAGGCTTATGCATCTTTACTATGGAATTCAAGACTTAACTTCCGAAAAGAC
CTCTGCTTTTTTCAAAGAGGTTACTGGTCGATATCCTAAGGGTTTAGAGGATTTAGCTGA
CCACATGACTAGCAAAGGTGGTGTGAAAAATTACATCAACACTGTGGCAGAGATCCTTGG
ACTGCCTCCGAAGACCAGATTCACAGTGGATGTTGCGAATCATCGTTTCCTCCCGTGATC
TTAGACATGTCGAACACTGTGTGATGTACTTAAAATCAACGTACGGATGCTTTTGTTGTG
TTTATTTTCTTCAAGAATCTGTAATGGTGTGTTTTAGTCTCCGTAACATATATTATCTGC
AACTGGTCACGTTAATTAAATGGTATGTATCT

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL5988Contig1 433 2 1 U
GGACCATCAACAAACACAAAAGCAATATACCAATACCTAGAATCTTTTCATACATCTACA
GAAGAAGTTTCAAAAGGTTTCTAACTTTCAGAAAAAAAAGAAACAAGAAATGGCTTTCCT
GAGAAATCTATTGGGTGCCAATCTCATACTTGAGCCAGCCTTCCTTTCAAGCTCTACTCA
GTAAATCTGAAGAAGAATTTGGTTTCGATCATCCAATGGGTCGCTTAACAATCCCTTGTC
CTGAAGATATCTTCATCAATGTTATGTCTAGGCTCCAATGATGATGATCAAACATATTGT
TCTTCTAGTTAGAGATTACTTTGTTCCTTGTAAATAGAGAATAGTTTTTTTTCCTCTCTT
TCCCCCGGAAGAGTTCTAAAATTTGAAAATGGAATACAATTTTTATGCTATAAACACAGC
ATAATTCATTTTC


BQ
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AF RR1AD55JQ C 1
AF RR1AD55TF U 1
BS 1 433 RR1AD55TF

RD RR1AD55JQ 433 0 0
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CTGAAGATATCTTCATCAATGTTATGTCTAGGCTCCAATGATGATGATCAAACATATTGT
TCTTCTAGTTAGAGATTACTTTGTTCCTTGTAAATAGAGAATAGTTTTTTTTCCTCTCTT
TCCCCCGGAAGAGTTCTAAAATTTGAAAATGGAATACAATTTTTATGCTATAAACACAGC
ATAATTCATTTTC

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR1AD55TF 433 0 0
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GAAGAAGTTTCAAAAGGTTTCTAACTTTCAGAAAAAAAAGAAACAAGAAATGGCTTTCCT
GAGAAATCTATTGGGTGCCAATCTCATACTTGAGCCAGCCTTCCTTTCAAGCTCTACTCA
GTAAATCTGAAGAAGAATTTGGTTTCGATCATCCAATGGGTCGCTTAACAATCCCTTGTC
CTGAAGATATCTTCATCAATGTTATGTCTAGGCTCCAATGATGATGATCAAACATATTGT
TCTTCTAGTTAGAGATTACTTTGTTCCTTGTAAATAGAGAATAGTTTTTTTTCCTCTCTT
TCCCCCGGAAGAGTTCTAAAATTTGAAAATGGAATACAATTTTTATGCTATAAACACAGC
ATAATTCATTTTC

QA 1 433 1 433
DS 



AS 1 2

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TCAGGTTCCAGACCCGGATCAACATGGCTTGTGTCAACCCTGAAACTGGAGTGGTTGAAC
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TTAAGCTG


BQ
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AF RR1GM43JQ C 1
AF RR1GM43TF U 1
BS 1 428 RR1GM43TF

RD RR1GM43JQ 428 0 0
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ATATCTATATGCAGTCCTGGACTGGCACCATTCTCGGCCCTCACAATACTGCATACGAAG
GAAAAATCTTCCAGCTGAAGCTCTTCTGTGGCAAGGAGTACCCTGAAAGTCCACCAACTG
TCAGGTTCCAGACCCGGATCAACATGGCTTGTGTCAACCCTGAAACTGGAGTGGTTGAAC
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TTAAGCTG

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR1GM43TF 428 0 0
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TGACTACGGAGGAAGCTAAGGTCGTCGTGCCAAGGAACTTTAGATTGTTGGAGGAGCTGG
AGAGAGGTGAGAAAGGGATCGGAGATGGTACGGTAAGCTATGGAATGGATGATGCTGATG
ATATCTATATGCAGTCCTGGACTGGCACCATTCTCGGCCCTCACAATACTGCATACGAAG
GAAAAATCTTCCAGCTGAAGCTCTTCTGTGGCAAGGAGTACCCTGAAAGTCCACCAACTG
TCAGGTTCCAGACCCGGATCAACATGGCTTGTGTCAACCCTGAAACTGGAGTGGTTGAAC
CGAGCCTCTTCCCTATGCTCGCAAACTGGCGGCGAGAATACACAATGGAGGACATTCTGA
TTAAGCTG

QA 1 428 1 428
DS 



AS 1 2

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TTGACGCCGTGGTCGGATCAGAAAGGCTAATGACTGAAGCAGACATCCCAAAACCGCCGT
ATCTGCAATGCGTGGTCAAAGAGGCACTGAGACTTCACCCGTCAACACCAACAATGCTTC
CACACAAAGCAAGTGAAACGGTGTGGTTAGGTGGGTATAAGGTTCCTAAAGGAACCACGG
CTTATGTCCACGTGAAGGAGATAGGAAGGGATCCAGTGAACTGGATAAACCCTTTGGAGT
TCAGACCGGAGCGGTTCCTACTAGAGGACACTGATGTCAAGGGTCGAGACTTCAGGGTTC
TTCCGTTTGGCTCGGGGAGGAGAGTGTGTCCAGCTGCACAGCTCAGCATGAACCTGATGG
CATTGGTGATGGGGAACTTGTTGCAATGCTTCTCGTGGAGTTCCCCTATTCCTCCGGAGA
GTATTGACATGAGCGAGATTCCTGGATTACTTTGTGTCATGAAGACTCCAGTGGAAGCAC
TAGCTTCGCCGAGAGCTGCCACAAGAGTTATACCTTTAAATATGGGTTGAATAAATAAGA
TAATGGATCATGAAAAATCATTAAGGAGAAGAAGATGTAGTCATGTGAAAGGCACTAGAT
GCATGGCACAGTTTACTACATGGCTGAAACTGGTTTCATAAAATAAAAATGTAGCTGATG
TATATGGAAAATAAAAGTATTAACTTTCCTC


BQ
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AF RR1EM54TF U 1
AF RR1CT92JQ C 134
BS 1 338 RR1EM54TF
BS 339 871 RR1CT92JQ

RD RR1EM54TF 338 0 0
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ATCTGCAATGCGTGGTCAAAGAGGCACTGAGACTTCACCCGTCAACACCAACAATGCTTC
CACACAAAGCAAGTGAAACGGTGTGGTTAGGTGGGTAT

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR1CT92JQ 738 0 0
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GTTCCTACTAGAGGACACTGATGTCAAGGGTCGAGACTTCAGGGTTCTTCCGTTTGGCTC
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AGCTGCCACAAGAGTTATACCTTTAAATATGGGTTGAATAAATAAGATAATGGATCATGA
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TACTACATGGCTGAAACTGGTTTCATAAAATAAAAATGTAGCTGATGTATATGGAAAATA
AAAGTATTAACTTTCCTC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL5991Contig1 812 2 2 U
GGGACACCATTCCATCTCCTTCCTCCCTCTTCTGTCTTTCAGAGATTTGTTCTGTCGCGT
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TGGTTTCACGATGGCAAATCCTCTGTTTACAAGTCCGAAGGGAAGAAACTCGAGCTAAAG
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ACCACCAACAAAACCACATCTCAGAAAAGAACTGCTCCTGGTCCAGTGGTGGGTTGGCCT
CCGGTTAGATCATTCAGGAAGAACTTAACAAATGGAAGCTCTTCAAAGCTTGGAAACGAG
TCCACCTCCAATGATGTTGTCCTCAAGAACCAGAAGTGTGATGATGATAATGGCCGAGAA
AAGCCAATGGGAGCAAAGAGGCGAGGAGGCTTGTTCGTGAAGATCAACATGCACGGCGTT
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GAGAAAACCAATCACTGGATTGTTGGATGGGAATGGAGAATATACTCTTACTTACGAGGA
CAATGAAGGAGACAAGATGCTTGTAGGAGATG


BQ
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AF RR1B072TF U 1
AF RR1B072JQ C 549
BS 1 694 RR1B072TF
BS 695 812 RR1B072JQ

RD RR1B072TF 694 0 0
GGGACACCATTCCATCTCCTTCCTCCCTCTTCTGTCTTTCAGAGATTTGTTCTGTCGCGT
GAACAAGTTGTTGACTTTCAGACAAGCACTTATATATTTCCTTGTCGTAATCTCTTTCTT
TCGGTCCAAGAAGAGCAATTTTCTCTAAAAAAAAACATAATGGAGGGTTACACAAGAAAC
TGGTTTCACGATGGCAAATCCTCTGTTTACAAGTCCGAAGGGAAGAAACTCGAGCTAAAG
CTTGGTCCACCTGGTGAAGACGAAGATGGTTCATCGATTATAAGACACGTCAAGAAAGAA
CCAAAAGACAAATCTATCCTCTCCCTCGCTGCCAACCACTTCTCTTCTCCTTCTCCCACC
ACCACCAACAAAACCACATCTCAGAAAAGAACTGCTCCTGGTCCAGTGGTGGGTTGGCCT
CCGGTTAGATCATTCAGGAAGAACTTAACAAATGGAAGCTCTTCAAAGCTTGGAAACGAG
TCCACCTCCAATGATGTTGTCCTCAAGAACCAGAAGTGTGATGATGATAATGGCCGAGAA
AAGCCAATGGGAGCAAAGAGGCGAGGAGGCTTGTTCGTGAAGATCAACATGCACGGCGTT
CCCATTGGTCGTAAAGTCGACCTCAACGCACATAATAGCTATGAACAGTTATCTCTCACT
GTAGACAAGCTCTTTAGAGGTCTTCTTGCAGCCC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1B072JQ 264 0 0
GGGAGCAAAGAGGCGAGGAGGCTTGTTCGTGAAGATCAACATGCACGGCGTTCCCATTGG
TCGTAAAGTCGACCTCAACGCACATAATAGCTATGAACAGTTATCTCTCACTGTAGACAA
GCTCTTTAGAGGTCTTCTTGCAGCCCAAAAAGAGTCATCATTTGGAGAAGAAGAGAAAAC
CAATCACTGGATTGTTGGATGGGAATGGAGAATATACTCTTACTTACGAGGACAATGAAG
GAGACAAGATGCTTGTAGGAGATG

QA 1 264 1 264
DS 



AS 1 2

CO CL5992Contig1 707 2 9 U
ACCAGCCTGGTCCACGTGTTGGGTTCAGGCGTGGTGCTACTAACATGCAGCAGCACTTCC
AGCAACAACAACAGATGATGCAGCAAAATGCAAGTCCGGGAATGAGATACATGGGTGGCC
CAGGCAACAGGAGGAATGGAATGGAAGGAACTGCTCCACAAGGCATCATCCCTTTGCCAT
TGGATGCATCTGCAATCTCTCACAATGGTTCTCAAAACCCACAGAAGCCACCACTCCTCC
CCATTTCTAAGCTCATGTCTGCCTTGGCTCTTGCTAACCCTGCTAATCACCCACAGATGC
TCGGGGAGCAGCTCTACCCACTTGTGGAGAAGCAGGAGCCAGTTCATACGGCCAAAGTCA
CCGGGATGTTGCTGGAGATGGACCAAGCCGAGATCCTGCACCTTCTCGAGTCACCTGAAG
CTCTTAAAGCCAAAGTCTCTGAGGCGCTGGATGTGCTCAGGCTCTCTGCTAATCCACCAG
CCGTCTCTTCCGTTGATGACCAGTTCGCCCCCTCGTCAACAGAGTGAACTGACTCCTTAA
CTCTCAAGACATTATCTCCTGTCTTTTTAGTAAACAATCTCTTTTTCGAAAAAACTTTTA
GGAATCGCTTTCTCTATTTTGCAACTTTAGTTTGTTTTCAAGTTCTACTCTTTTTATCAT
CATTTCTTTGTTTTGGGTCTTATCTAATGATTTAACTCATTCAAGTC


BQ
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AF RR1FG61JQ C 1
AF RR1FG12TF U 228
BS 1 228 RR1FG61JQ
BS 229 242 RR1FG12TF
BS 243 243 RR1FG61JQ
BS 244 266 RR1FG12TF
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BS 268 647 RR1FG12TF
BS 648 648 RR1FG61JQ
BS 649 700 RR1FG12TF
BS 701 707 RR1FG61JQ

RD RR1FG61JQ 707 0 0
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AGCAACAACAACAGATGATGCAGCAAAATGCAAGTCCGGGAATGAGATACATGGGTGGCC
CAGGCAACAGGAGGAATGGAATGGAAGGAACTGCTCCACAAGGCATCATCCCTTTGCCAT
TGGATGCATCTGCAATCTCTCACAATGGTTCTCAAAACCCACAGAAGCCACCACTCCTCC
CCATTTCTAAGCTCATGTCTGCCTTGGCTCTTGCTAACCCTGCTAATCACCCACAGATGC
TCGGGGAGCAGCTCTACCCACTTGTGGAGAAGCAGGAGCCAGTTCATACGGCCAAAGTCA
CCGGGATGTTGCTGGAGATGGACCAAGCCGAGATCCTGCACCTTCTCGAGTCACCTGAAG
CTCTTAAAGCCAAAGTTTCTGAGGCGCTGGATGTGCTCAGGCTTTCTGCTAATCCATCAG
CCGTCTCTTCCGTTGATGACCAGTTCGCCCCCTCGTCAACAGAGTGAACTGACTCCTTAA
CTCTCAAGACATTATCTCCTGTCTTTTTAGTAAACAATCTCTTTTTCGAAAAAACTTTTA
GGAATCGCTTTCTCTATTTTGCAACTTTAGTTTGTTTTCAAGTTCTACTCTTTTTATCAT
CATTTCTTTGTTTTGGGTCTTATCTAATGATTTAACTCATTCAAGTC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1FG12TF 473 0 0
G
CACCACTCCTCCCCGTTTCTAAGCTCATGTCTGCCTTGTCTCTTGCTAACCCTGCTAATC
ACCCACAGATGCTCGGGGAGCAGCTCTACCCACTTGTGGAGAAGCAGGAGCCAGTTCATA
CGGCCAAAGTCACCGGGATGTTGCTGGAGATGGACCAAGCCGAGATCCTGCACCTTCTCG
AGTCACCTGAAGCTCTTAAAGCCAAAGTCTCTGAGGCGCTGGATGTGCTCAGGCTCTCTG
CTAATCCACCAGCCGTCTCTTCCGTTGATGACCAGTTCGCCCCCTCGTCAACAGAGTGAA
CTGACTCCTTAACTCTCAAGACATTATCTCCTGTCTTTTTAGTAAACAATCTCTTTTTCG
AAAAAACTTTTAGGAATCGCTTTCTCTATTTTGCAACTTTAGTTTGTTTTCAAGTTCTAT
TCTTTTTATCATCATTTCTTTGTTTTGGGTCTTATCTAATGATTTAACTCAT

QA 2 473 2 473
DS 



AS 1 2

CO CL5993Contig1 1070 2 4 U
ATATGCTTTCTTCTCTGGCGCAACTCCTGTCCGCATCAGCAGGAGCAACCTCTTCTTCGC
TGTACGGACGACTTCTCACCGGAATACTAAACTGTTCCCCGAGCCTATCCTCCTCCGCCA
CGTCACCTCTCCTCGGTGGTCAAACTTGGAGACCGCGCGGGATTGTAGAGCTCATGCGTC
CTCTATCGGATCATACGAAGACAGCAGCTCCTCTTCTACAGACGACCAAGAAGCCGCCAA
TTCCAACGGTTTCGATTTGAACAGCTTGGTTTCTTTCGCGGAGGTGCTTTGTATCGTATC
CTCCGCGGTGATCTCGGTGGTTCTCGCGGCGAACTACGTGGCGGTTGGTGAAATCGGGAG
AAAGGTGCTGTCTTTGGGTTTTGTCGGGTTGTTGGGCTCGGTCGCGTCTGGTTCTTGGCT
TAGACGGCGGCAATGGATGAGGATTTGCAGAGGAACGAGAGACTACGGCGAGGGGACGAA
TCTGATTCGGCGGTTGGAGAAACTTGAAGATGATTTGAAAACGTCGACCACGATTGTTAG
AGTTCTGTCGAGGCATCTGGAGAAACTGGGGATCCGGTTTCGAATCACCCGAAAAGCTCT
CAAGGAACCCATTTCTGAGACTGCAGCTTTGGCTCAAAAGAACTCTGAGGCGACAAGAGT
ATTAGCTGCACAACAAGAGATTCTAGAGAAGGAGCTTGGCGAGATTCAAAAGGTTCTGCT
GGCTATGCAGGATCAACAGCGAAAGCAACTTGAGCTTATCCTAACAATTGCAAAGAACGG
GAAGCTGTTTGAGAGCACTAGTAGCAAGCCAGCAAGTGACTGACGGAAAGACAACAAAGC
AGAAGAGCCCTCGACATCCAAGCAGATACTCTTTCTATAAACCTGACCAAATGAAAATGT
GAGAGGTTTTTTCTTGTTGACAAAGCTGTTTCATGGATTCTTGAAGCCAAGAGCCTTGAG
AACGCCAAAAATGGATAAGTCACTGTGGTTTTATTGATGTATTGTAGTCATATTGTGTAG
TACACTTGTTTTGATTTCATTTTCTCCCTCTAATAAGAGAGTTTTTGATG


BQ
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AF RR1AN74TF U 1
AF RR1AN74JQ C 238
BS 1 649 RR1AN74TF
BS 650 650 RR1AN74JQ
BS 651 690 RR1AN74TF
BS 691 1070 RR1AN74JQ

RD RR1AN74TF 691 0 0
ATATGCTTTCTTCTCTGGCGCAACTCCTGTCCGCATCAGCAGGAGCAACCTCTTCTTCGC
TGTACGGACGACTTCTCACCGGAATACTAAACTGTTCCCCGAGCCTATCCTCCTCCGCCA
CGTCACCTCTCCTCGGTGGTCAAACTTGGAGACCGCGCGGGATTGTAGAGCTCATGCGTC
CTCTATCGGATCATACGAAGACAGCAGCTCCTCTTCTACAGACGACCAAGAAGCCGCCAA
TTCCAACGGTTTCGATTTGAACAGCTTGGTTTCTTTCGCGGAGGTGCTTTGTATCGTATC
CTCCGCGGTGATCTCGGTGGTTCTCGCGGCGAACTACGTGGCGGTTGGTGAAATCGGGAG
AAAGGTGCTGTCTTTGGGTTTTGTCGGGTTGTTGGGCTCGGTCGCGTCTGGTTCTTGGCT
TAGACGGCGGCAATGGATGAGGATTTGCAGAGGAACGAGAGACTACGGCGAGGGGACGAA
TCTGATTCGGCGGTTGGAGAAACTTGAAGATGATTTGAAAACGTCGACCACGATTGTTAG
AGTTCTGTCGAGGCATCTGGAGAAACTGGGGATCCGGTTTCGAATCACCCGAAAAGCTCT
CAAGGAACCCATTTCTGAGACTGCAGCTTTGGCTCAAAAGAACTCTGAG*CGACAAGAGT
ATTAGCTGCACAACAAGAGATTCTAGAGAA
A

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1AN74JQ 833 0 0
CAATTCCAACGGTTTCGATTTGAACAGCTTGGTTTCTTTCGCGGAGGTGCTTTGTATCGT
ATCCTCCGCGGTGATCTCGGTGGTTCTCGCGGCGAACTACGTGGCGGTTGGTGAAATCGG
GAGAAAGGTGCTGTCTTTGGGTTTTGTCGGGTTGTTGGGCTCGGTCGCGTCTGGTTCTTG
GCTTAGACGGCGGCAATGGATGAGGATTTGCAGAGGAACGAGAGACTACGGCGAGGGGAC
GAATCTGATTCGGCGGTTGGAGAAACTTGAAGATGATTTGAAAACGTCGACCACGATTGT
TAGAGTTCTGTCGAGGCATCTGGAGAAACTGGGGATCCGGTTTCGAATCACCCGAAAAGC
TCTCAAGGAACCCATTTCTGAGACTGCAGCTTTGGCTCAAAAGAACTCTGAGGCGACAAG
AGTATTAGCTGCACAACAAGAGATTCTAGAGAAGGAGCTTGGCGAGATTCAAAAGGTTCT
GCTGGCTATGCAGGATCAACAGCGAAAGCAACTTGAGCTTATCCTAACAATTGCAAAGAA
CGGGAAGCTGTTTGAGAGCACTAGTAGCAAGCCAGCAAGTGACTGACGGAAAGACAACAA
AGCAGAAGAGCCCTCGACATCCAAGCAGATACTCTTTCTATAAACCTGACCAAATGAAAA
TGTGAGAGGTTTTTTCTTGTTGACAAAGCTGTTTCATGGATTCTTGAAGCCAAGAGCCTT
GAGAACGCCAAAAATGGATAAGTCACTGTGGTTTTATTGATGTATTGTAGTCATATTGTG
TAGTACACTTGTTTTGATTTCATTTTCTCCCTCTAATAAGAGAGTTTTTGATG

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL5994Contig1 903 2 2 U
GGAATGGGAGACAAGCCGGTGTTCAAGCAACTAGAGCCATGGTGTGAGCTTAAAGACAAA
GTGGTTCTTCTGACCGGAGCTTCTTCTGGTATAGGAAGAGAGGTCTGTCTCGATCTGGGC
AAAGCTGGCTGTAAGATTATCGCAGCAGCTCGCCGTGTAGATCGTCTCGAATCTCTCTGC
TCTGAAATCAACAGCTTAAGTCCAACGGGAAACAAATTAGCCGCGCCTCTCTAGCTAGAC
GTTTCATCAGACGCAGCAACCATTCAAAAAGCTGTCAAAGAAGCTTGGGAGATCTTTTGA
AAGATCGATGTATTGATCAACAACGCTGGAATCAGAGGCGATGTCAAGACGAGTTTGGAT
TTGTCTGAAGACGAATGGCATAGAGTGTTCAGAACAAACTTAACCGGTACTTGGTTAGTA
TCCCAATACGTCTGCAGTTTAATGCGAGACGCTAAACGCGGCGGCTCGGTGATAAACGTC
TCGTCCATCGCCGGTCTCCACCGCGGTCTGTTACCCGGTGGACTCGCTTATGCTTGTTCC
AAAGGCGGCGTTGACACCATGACGAGGATGATGGCTATTGAGTTAGGTGTGTACAACATA
AGAGTGAACTCAATAGCCCCGGGGCTTCCCAGGTCAGAGATTACACAAGCTCTTATGCAA
AAAGAGTGGCTGAAGAACGTGACCGAGAGGAGTATCCCCTTAAAGGTGCAACAGACAGTG
GATCCAGGACTTACCTCGCTGGTTCGCTATCTCATTCATGACTCCTCTCGATATGTTTCC
GGCAACACATACATTCTCGACTCCGGAGCTACAATACCTGGCCTGCCCATTTTTTTTTCT
CTTTGAGCCTCAAAATCTTGTGTTGTGTGTGCAATAATAATAAGTGAATACATTTATTTA
CAC


BQ
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10 10 10 

AF RR1EF04TF U 1
AF RR1EF04JQ C 201
BS 1 663 RR1EF04TF
BS 664 903 RR1EF04JQ

RD RR1EF04TF 663 0 0
GGAATGGGAGACAAGCCGGTGTTCAAGCAACTAGAGCCATGGTGTGAGCTTAAAGACAAA
GTGGTTCTTCTGACCGGAGCTTCTTCTGGTATAGGAAGAGAGGTCTGTCTCGATCTGGGC
AAAGCTGGCTGTAAGATTATCGCAGCAGCTCGCCGTGTAGATCGTCTCGAATCTCTCTGC
TCTGAAATCAACAGCTTAAGTCCAACGGGAAACAAATTAGCCGCGCCTCTCTAGCTAGAC
GTTTCATCAGACGCAGCAACCATTCAAAAAGCTGTCAAAGAAGCTTGGGAGATCTTTTGA
AAGATCGATGTATTGATCAACAACGCTGGAATCAGAGGCGATGTCAAGACGAGTTTGGAT
TTGTCTGAAGACGAATGGCATAGAGTGTTCAGAACAAACTTAACCGGTACTTGGTTAGTA
TCCCAATACGTCTGCAGTTTAATGCGAGACGCTAAACGCGGCGGCTCGGTGATAAACGTC
TCGTCCATCGCCGGTCTCCACCGCGGTCTGTTACCCGGTGGACTCGCTTATGCTTGTTCC
AAAGGCGGCGTTGACACCATGACGAGGATGATGGCTATTGAGTTAGGTGTGTACAACATA
AGAGTGAACTCAATAGCCCCGGGGCTTCCCAGGTCAGAGATTACACAAGCTCTTATGCAA
AAA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1EF04JQ 703 0 0
TCCAACGGGAAACAAATTAGCCGCGCCTCTCTAGCTAGACGTTTCATCAGACGCAGCAAC
CATTCAAAAAGCTGTCAAAGAAGCTTGGGAGATCTTTTGAAAGATCGATGTATTGATCAA
CAACGCTGGAATCAGAGGCGATGTCAAGACGAGTTTGGATTTGTCTGAAGACGAATGGCA
TAGAGTGTTCAGAACAAACTTAACCGGTACTTGGTTAGTATCCCAATACGTCTGCAGTTT
AATGCGAGACGCTAAACGCGGCGGCTCGGTGATAAACGTTTCGTCCATCGCCGGTTTCCA
CCGCGGTCTGTTACCCGGTGGACTCGCTTATGCTTGTTCCAAAGGCGGCGTTGACACCAT
GACGAGGATGATGGCTATTGAGTTAGGTGTGTACAACATAAGAGTGAACTCAATAGCCCC
GGGGCTTCCCAGGTCAGAGATTACACAAGCTCTTATGCAAAAAGAGTGGCTGAAGAACGT
GACCGAGAGGAGTATCCCCTTAAAGGTGCAACAGACAGTGGATCCAGGACTTACCTCGCT
GGTTCGCTATCTCATTCATGACTCCTCTCGATATGTTTCCGGCAACACATACATTCTCGA
CTCCGGAGCTACAATACCTGGCCTGCCCATTTTTTTTTCTCTTTGAGCCTCAAAATCTTG
TGTTGTGTGTGCAATAATAATAAGTGAATACATTTATTTACAC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL5995Contig1 762 2 4 U
GGGAAGCAGAGCTTTTGACAAGGGGGAGGAAGCAATGTCGAGGATATGGGGGAGAGTACC
TGGATTGTTCAGAAGCAAGAGTTTCATCGGAGCAGACAAGACCGGTAACAAGTACTTTTC
CAGAACGGAGCAGGTTGACGGTCTGGGCGATAAAGGAGAAAAGATGGGTTGTCTTTAGAA
GAGAAGAAGACCCAACTTCTATTCCTGTTGAATGGATATGTTGGCTCAATGGGCTGCGAA
AAAGAGCTCCTACTCCAGAGGAAATGGCTGAACTTGATGCACGGCGTGAGCGTGTTAAGC
TTAATGTTGCTCTTCTCAAGAAAGAAGAGGAGGAGAAGAACGCCAGAGAAGGAACTGTGC
GCAAAATCACGAGCATTGGTAAAGTTGAGGGTCCCGATTTGACAAGCTTTGTTCGCCATT
TCCCAGCGGAGGATTCAAAAGGTGATAAAGCAGAGGAAGCTAGTAAAGAAGCAGATCAAT
CAAGGGTCAAGGAACATGAACCCGAGATAGCCACTGCAGAACCACCTGAACTAAAGACAA
CAGAGCCATCAGGGTCTGGATCATCATTTAGGCCCGGAACATGGCAACCACCATCCTGAA
GACATCTCATGTTCACGTTGATAAACAACCAACTGATCTTTTTGTGCAATCATCTGTTTG
TTGTAGTCTACATTAATCGATTGGTTCGAGATGATTAAAATAGCTATTGAGCACCCTAAA
GTTGTGATTTCGGATCCAACATCAATGAAAAGCAATTTATTT


BQ
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AF RR1G147TF U 1
AF RR1G147JQ C 206
BS 1 574 RR1G147TF
BS 575 575 RR1G147JQ
BS 576 672 RR1G147TF
BS 673 762 RR1G147JQ

RD RR1G147TF 672 0 0
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AAAGAGCTCCTACTCCAGAGGAAATGGCTGAACTTGATGCACGGCGTGAGCGTGTTAAGC
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GCAAAATCACGAGCATTGGTAAAGTTGAGGGTCCCGATTTGACAAGCTTTGTTCGCCATT
TCCCAGCGGAGGATTCAAAAGGTGATAAAGCAGAGGAAGCTAGTAAAGAAGCAGATCAAT
CAAGGGTCAAGGAACATGAACCCGAGATAGCCACTGCAGAACCACCTGAACTAAAGACAA
CAGAGCCATCAGGGTCTGGATCATCATTTAGGCC*GGAACATGGCAACCACCATCCTGAA
GACATCTCATGTTCACGTTGATAAACAACCAACTGATCTTTTTGTGCAATCATCTGTTTG
TTGTAGTCTACA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1G147JQ 557 0 0
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GGCTGAACTTGATGCACGGCGTGAGCGTGTTAAGCTTAATGTTGCTCTTCTCAAGAAAGA
AGAGGAGGAGAAGAACGCCAGAGAAGGAACTGTGCGCAAAATCACGAGCATTGGTAAAGT
TGAGGGTCCCGATTTGACAAGCTTTGTTCGCCATTTCCCAGCGGAGGATTCAAAAGGTGA
TAAAGCAGAGGAAGCTAGTAAAGAAGCAGATCAATCAAGGGTCAAGGAACATGAACCCGA
GATAGCCACTGCAGAACCACCTGAACTAAAGACAACAGAGCCATCAGGGTCTGGATCATC
ATTTAGGCCCGGAACATGGCAACCACCATCCTGAAGACATCTCATGTTCACGTTGATAAA
CAACCAACTGATCTTTTTGTGCAATCATCTGTTTGTTGTAGTCTACATTAATCGATTGGT
TCGAGATGATTAAAATAGCTATTGAGCACCCTAAAGTTGTGATTTCGGATCCAACATCAA
TGAAAAGCAATTTATTT

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

CO CL5996Contig1 1179 2 2 U
TTTTTCATTGGCTCAGTTGGTACATGATTTTTTCACCATAATTTGTCAGGAAAATCGGCA
GTCAGCTAACTCGAAAATGCCGTGTAAGAAAAACCGCCTCTGTTTCCTCCGGTCAGCTTC
TTCCATAAGAGGAAGCATATCGGCGAGTGCGGAGAGAAAAAAGAGAGGGATGATGGGTAT
TACGCATAAGAGAAACGCCACCGTTGAAGATAAGAAAATTTCCATGGCCGCAGCTTCAGC
CATTAATGGCAGCAGAAGGAAATCACTTAGAGGGAGGACATCACTTGGTGGTTTCGGGGT
TTGTTTGTGTTACGGCCCCCTGCTGATCAGTACTGATCACTTCTTATCATTGAGAATGAT
TTGTGTGTAGCATGAAGCTATGCAGAAAAGCTAAAAGCTTTTCAAAATATAAGGAGAAGC
TGAAAAATCTGGAGATTGGCAGAGAATGTGTTGCCTCTGATTCCATACAGCCATTGACTG
AAACGTTATTAGCTAGCTTGGAAGCACCGACTCAAGAAGACAAGCATTAGGCTCACAAGC
CAAAGATCCTAAGCTGAGTCAGTCATGCTTATGCATTTCTCTGCTGTTTTAACCTTTAAA
CATATACATACTTCAAAACTCTAACTTTTTGTGCAATTCACTATGATATGTGCAGCTCAT
TTTAAGGCACATTTACCTATCTACATGGACACTAGATCAGAGAACCAACCAGAGTCAGAC
AAGTCAAACCAGAGTTTGGTTCTTATCTCATGCTTGAGGCAGCACACAGAGGAACGAGGA
AAATAATTCCTTAGCTGGAAACTGGACAACACAAGGTTTTTATCGACAAAGAAGAATGTA
TAGAGTAAGTGAGAATATCAAAGTTATCTTCTTACCCCCTTTTCACCTTAGAATTGAGCG
GGAAGAAAGATTAAAACATCTCATCATCATCAAATTCTCTGCCGTTTGATGATGACCTTG
AGATTAAGGAGTAGTAATAATTCTCTACTTGATTCATTCACAAAAACAAGACTGTTTGAA
ATAATGAAAGATGATAAGTTGTATGTTCTATATCGATGTTCTCAGGTTACATGAATCAAG
TTTCTGTGGAGGATGATGTGGTCTACAATGCAGTGGTTGAAGTTTTAGGCAGATCAGTTG
AAACTATTATATACTATTTTGTATGTTCTCAAATATATT


BQ
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AF RR1CO14TF U 1
AF RR1CO14JQ C 428
BS 1 662 RR1CO14TF
BS 663 1179 RR1CO14JQ

RD RR1CO14TF 663 0 0
TTTTTCATTGGCTCAGTTGGTACATGATTTTTTCACCATAATTTGTCAGGAAAATCGGCA
GTCAGCTAACTCGAAAATGCCGTGTAAGAAAAACCGCCTCTGTTTCCTCCGGTCAGCTTC
TTCCATAAGAGGAAGCATATCGGCGAGTGCGGAGAGAAAAAAGAGAGGGATGATGGGTAT
TACGCATAAGAGAAACGCCACCGTTGAAGATAAGAAAATTTCCATGGCCGCAGCTTCAGC
CATTAATGGCAGCAGAAGGAAATCACTTAGAGGGAGGACATCACTTGGTGGTTTCGGGGT
TTGTTTGTGTTACGGCCCCCTGCTGATCAGTACTGATCACTTCTTATCATTGAGAATGAT
TTGTGTGTAGCATGAAGCTATGCAGAAAAGCTAAAAGCTTTTCAAAATATAAGGAGAAGC
TGAAAAATCTGGAGATTGGCAGAGAATGTGTTGCCTCTGATTCCATACAGCCATTGACTG
AAACGTTATTAGCTAGCTTGGAAGCACCGACTCAAGAAGACAAGCATTAGGCTCACAAGC
CAAAGATCCTAAGCTGAGTCAGTCATGCTTATGCATTTCTCTGCTGTTTTAACCTTTAAA
CATATACATACTTCAAAACTCTAACTTTTTGTGCAATTCACTATGATATGTGCAGCTCAT
TT
A

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1CO14JQ 752 0 0
TCTGGAGATTG*CAGAGAATGTGTTGC*TCTGATTCCATACAGCCATTGACTGAAACGTT
ATTAGCTAGCTTGGAAGCACCGACTCAAGAAGACAAGCATTAGGCTCACAAGCCAAAGAT
CCTAAGCTGAGTCAGTCATGCTTATGCATTTCTCTGCTGTTTTAACCTTTAAACATATAC
ATACTTCAAAACTCTAACTTTTTGTGCAATTCACTATGATATGTGCAGCTCATTTTAAGG
CACATTTACCTATCTACATGGACACTAGATCAGAGAACCAACCAGAGTCAGACAAGTCAA
ACCAGAGTTTGGTTCTTATCTCATGCTTGAGGCAGCACACAGAGGAACGAGGAAAATAAT
TCCTTAGCTGGAAACTGGACAACACAAGGTTTTTATCGACAAAGAAGAATGTATAGAGTA
AGTGAGAATATCAAAGTTATCTTCTTACCCCCTTTTCACCTTAGAATTGAGCGGGAAGAA
AGATTAAAACATCTCATCATCATCAAATTCTCTGCCGTTTGATGATGACCTTGAGATTAA
GGAGTAGTAATAATTCTCTACTTGATTCATTCACAAAAACAAGACTGTTTGAAATAATGA
AAGATGATAAGTTGTATGTTCTATATCGATGTTCTCAGGTTACATGAATCAAGTTTCTGT
GGAGGATGATGTGGTCTACAATGCAGTGGTTGAAGTTTTAGGCAGATCAGTTGAAACTAT
TATATACTATTTTGTATGTTCTCAAATATATT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL5997Contig1 544 2 3 U
GTGAAATCTAAAATCTCAATGTTTAGATCTCTTTAGAGATAGAGAAAAACAAGAATGATG
TAGGACTCATGAGTCTGATCAAAATCAAATTATTCAAGCTCATAACTGGACACATTGCAT
TTGCAAGATATGATTGTTAAACTGTTCAGAATAGTGAAAGGTCTCCAGCATCAACGGATC
TCTTCACAAGCTTAGCCCATGATTCATTTGTTTCATGGATGATCTTCAAAGCATAGTCTT
TGTTTGCTGGTTTGTCTCCAAGACCAAACCTGTTAGCAGGCTTTCCATCTGGGATCTTGT
AGTCTCTAAACCAGTCTCTAATGGCTGTTAATGTACCCGGGAAATGTTTCTCAACATCAT
CAACATCATTGACAAGATGAGCTTTTGGGTCATCCAAAGAAATGGCAACAATCTTCCAGT
CTAACTCTCCTTCATCAATCATAGCTAAAGCAGCCAAAGGCTTGATCTTTAGGACCTCGC
CTATCTTCCTTTGAGCCTCCACAATCTCAACAACATCAACTGGATCATTATCACCAAAAG
CTCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1CC31JQ U 381
AF RR1EN53JQ U 1
BS 1 423 RR1EN53JQ
BS 424 424 RR1CC31JQ
BS 425 544 RR1EN53JQ

RD RR1CC31JQ 145 0 0
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ATAGCTAAAGCAGCCCAAGGCTTGATCTTTAGGACCTCGCCTATCTTCCTTTGAGCCTCC
CCAATCTCAACAACATCAACTGGAT

QA 1 145 1 145
DS 

RD RR1EN53JQ 544 0 0
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TAGGACTCATGAGTCTGATCAAAATCAAATTATTCAAGCTCATAACTGGACACATTGCAT
TTGCAAGATATGATTGTTAAACTGTTCAGAATAGTGAAAGGTCTCCAGCATCAACGGATC
TCTTCACAAGCTTAGCCCATGATTCATTTGTTTCATGGATGATCTTCAAAGCATAGTCTT
TGTTTGCTGGTTTGTCTCCAAGACCAAACCTGTTAGCAGGCTTTCCATCTGGGATCTTGT
AGTCTCTAAACCAGTCTCTAATGGCTGTTAATGTACCCGGGAAATGTTTCTCAACATCAT
CAACATCATTGACAAGATGAGCTTTTGGGTCATCCAAAGAAATGGCAACAATCTTCCAGT
CTAGCTCTCCTTCATCAATCATAGCTAAAGCAGCCAAAGGCTTGATCTTTAGGACCTCGC
CTATCTTCCTTTGAGCCTCCACAATCTCAACAACATCAACTGGATCATTATCACCAAAAG
CTCC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL5998Contig1 552 2 4 U
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GACGATGGCGAAGAGAATCGGTGGAACCGGGAAAAATAGGGGGGAAGACTCAACCATCTT
GGGGAGGATCTCCAACTCCGAGATCGTATCTCACGGAAGACGCGCCGCCGGAGAAGCCGT
CGGAGTGTCGAAGAAATTGCTGTGGAGCACCGGAAAAGCGGCGTGGATCGCTGGTACGAC
GTTTCTCATCCTCGTTGTTCCGTTGATCATCGAGATGGATCGTGAAGCGCAGCTCAACGA
AATAGATCTTCAACAGGCTAGTCTCCTCGGAGCTCCGGCGCAGCCTATGCAAAGGGGTTT
CTAGTTAAACCCTATGAACTGAGGGTTCTTGCTGTTTTGTCTGATTTTTTTTCTTTATTA
CTAGTTTCTATTGTGGTTTTGTCGGATTTGGATTCTTATAACATGTTGTGATTTCTTTGA
ATGGCTTAACCTGCTTAAAACATTGATGGTGTTCGTCTTCACGTTATCATTAAACACTTC
TGTTTCGATGCT


BQ
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AF RR1E011TF U 1
AF RR1EQ56TF U 363
BS 1 448 RR1E011TF
BS 449 449 RR1EQ56TF
BS 450 496 RR1E011TF
BS 497 552 RR1EQ56TF

RD RR1E011TF 496 0 0
GGTCGCTCGCTCTCACCTCCTCCTTTCCGCAAAGCCAAATAAAAAAAGTCAATATCAGTG
GACGATGGCGAAGAGAATCGGTGGAACCGGGAAAAATAGGGGGGAAGACTCAACCATCTT
GGGGAGGATCTCCAACTCCGAGATCGTATCTCACGGAAGACGCGCCGCCGGAGAAGCCGT
CGGAGTGTCGAAGAAATTGCTGTGGAGCACCGGAAAAGCGGCGTGGATCGCTGGTACGAC
GTTTCTCATCCTCGTTGTTCCGTTGATCATCGAGATGGATCGTGAAGCGCAGCTCAACGA
AATAGATCTTCAACAGGCTAGTCTCCTCGGAGCTCCGGCGCAGCCTATGCAAAGGGGTTT
CTAGTTAAACCCTATGAACTGAGGGTTCTTGCTGTTTTGTCTGATTTTTTTTCTTTATTA
CTAGTTTCTATTGTGGTTTTGTCGGATT*GGATTCTTATAACATGTTGTGATTTCTTTGA
ATGGCTTAACCTGCTT

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1EQ56TF 190 0 0
AGTTAAACCCTATGAACTGAGGGTTCTTGCTGTTTTGTCTGATTTTTTTTCTTTATTACT
AGTTTCTATTGTGGTTTTGTCGGATTTGGATTCTTATAACATGTTGTGATTTCTTTGAAT
GGCTTAACCTGCTTAAAACATTGATGGTGTTCGTCTTCACGTTATCATTAAACACTTCTG
TTTCGATGCT

QA 1 190 1 190
DS 



AS 1 2

CO CL5999Contig1 1345 2 6 U
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GCTCTAATGCCGAGAAACCGCCACAGAAGAAGAAGAAAGTGCATGGTCCGAGGCCATCTT
CGCTCTTGCTACTTCCAGATGAATTATCTCTGAACTGTTTAGCACGCGTGCCTCGATGTT
ACCACCCGTCGGTCTCACTGGTGTCCACAACCTTGAGGCGTCTCATCGCTTCGCCGCAGA
TTTACGTAGAAAGGTCACTACTTCGCCGGACGGAGCACGTCCTTTACGTTGCGCTTAGAT
CTGAAGTTACAGAAACCCCTCGATGGTACACTCTCAATCTCAAACCTTTCGGACAACAAC
AAGCGTCTGGAGTAGTTAAACGCAGTCTGGTTCCTGTCCCGTCGTTCCCTTCGGTTCCTC
CCTGGGGAATGTCTATCGTCACCGTCGGTTCAGAGATTTATGTTATCGGTGGATGCGTCG
ACGAAAAGTTCGTCTCCACTGGGTTTGTCATCGACTGTCCATCGTACACGTGTCGCTTCC
TCCCTAGCATGAAGCAAGAACGCGGCTGCGCCGCCGCAGGAATCGTGGACGGGAAGTTAT
ATGTGATAGGAGGGTGTAACCCTCGGTCTTTGAACTGGGTGGAGGCTTTTGATCTCGAAA
CTCAAACTTGGGAGACTGTGAAGGGTGAGTACAACAACGTGGAGGTGTACGAGAAAATGA
TTAGGAGTTTCGTGATGGGCGATAAGATCTGCGTCATGGATCGAAAGAGTAGCTTTGTTT
ACGATCCCAAAGAAGGAATTTTTGAGAAGGACCCGTTGTTGAACAAACAGTGGAGTGTGG
GTTCTTGCGTCATTGATGACAAGTTGTACTCGTTTGGTCGGGAGAATGCGTTTGGTCGGA
AGAATACTATATGGGAGTTTGATACTGTCGGGAGGGTTTGGAGGGAAGTGAAGGGTCTTA
AAGATCTTCCTGATAAGACTGAAGGATCCAAAATGGTGAATTATGGTGGCAAACTTGTGA
TTTTGTGTAACCTTCAAGAGCGTTCGACGGAGATTTGGTATACAGAGATTGAATTGGAAA
GGAGGGAAGGAGGAGAGGTTTGGGGGACCATCTTGTGTTCTAGTCTTGTGCTGGCTTTGG
AAGATCCATATGTTGTCTTACGATCTCTAGCTGTGTTATATTGAAAACGTAATGGAGCAG
CTTGGTCTGGTCTGTCGAGATGAAAATCTAAGGCTATAAACTATTGGATGTTGAATTTTC
TTGCCCTTGTTTCTTTCTGGAAGTTGTTATATTTATTTATGAATAGCTTTGTGACCTTAT
CGACAGAAGTGTTTTTGAATTGTCG


BQ
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AF RR1EU72TF U 1
AF RR1EU72JQ C 583
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BS 705 705 RR1EU72JQ
BS 706 716 RR1EU72TF
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GCTCTAATGCCGAGAAACCGCCACAGAAGAAGAAGAAAGTGCATGGTCCGAGGCCATCTT
CGCTCTTGCTACTTCCAGATGAATTATCTCTGAACTGTTTAGCACGCGTGCCTCGATGTT
ACCACCCGTCGGTCTCACTGGTGTCCACAACCTTGAGGCGTCTCATCGCTTCGCCGCAGA
TTTACGTAGAAAGGTCACTACTTCGCCGGACGGAGCACGTCCTTTACGTTGCGCTTAGAT
CTGAAGTTACAGAAACCCCTCGATGGTACACTCTCAATCTCAAACCTTTCGGACAACAAC
AAGCGTCTGGAGTAGTTAAACGCAGTCTGGTTCCTGTCCCGTCGTTCCCTTCGGTTCCTC
CCTGGGGAATGTCTATCGTCACCGTCGGTTCAGAGATTTATGTTATCGGTGGATGCGTCG
ACGAAAAGTTCGTCTCCACTGGGTTTGTCATCGACTGTCCATCGTACACGTGTCGCTTCC
TCCCTAGCATGAAGCAAGAACGCGGCTGCGCCGCCGCAGGAATCGTGGACGGGAAGTTAT
ATGTGATAGGAGGGTGTAACCCTCGGTCTTTGAACTGGGTGGAGGCTTTTGATCTCGAAA
CTCAAACTTGGGAGACTGTGAAGG*TGAGTACAACAACGTGGAG*TGTACGAGAAA
TGATTAGG

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1EU72JQ 763 0 0
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AGGCTTTTGATCTCGAAACTCAAACTTGGGAGACTGTGAAGGGTGAGTACAACAACGTGG
AGGTGTACGAGAAAATGATTAGGAGTTTCGTGATGGGCGATAAGATCTGCGTCATGGATC
GAAAGAGTAGCTTTGTTTACGATCCCAAAGAAGGAATTTTTGAGAAGGACCCGTTGTTGA
ACAAACAGTGGAGTGTGGGTTCTTGCGTCATTGATGACAAGTTGTACTCGTTTGGTCGGG
AGAATGCGTTTGGTCGGAAGAATACTATATGGGAGTTTGATACTGTCGGGAGGGTTTGGA
GGGAAGTGAAGGGTCTTAAAGATCTTCCTGATAAGACTGAAGGATCCAAAATGGTGAATT
ATGGTGGCAAACTTGTGATTTTGTGTAACCTTCAAGAGCGTTCGACGGAGATTTGGTATA
CAGAGATTGAATTGGAAAGGAGGGAAGGAGGAGAGGTTTGGGGGACCATCTTGTGTTCTA
GTCTTGTGCTGGCTTTGGAAGATCCATATGTTGTCTTACGATCTCTAGCTGTGTTATATT
GAAAACGTAATGGAGCAGCTTGGTCTGGTCTGTCGAGATGAAAATCTAAGGCTATAAACT
ATTGGATGTTGAATTTTCTTGCCCTTGTTTCTTTCTGGAAGTTGTTATATTTATTTATGA
ATAGCTTTGTGACCTTATCGACAGAAGTGTTTTTGAATTGTCG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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TAACTATAACTTCAGGACTGAGAACCACACTGACTTTGAATATCTTTTCACAGACATCAG
CTTCAAGCAGATCAAACTGAAACTGGAAAAAAATGAGAGGCATGAAATGTTCTCCCTCCG
AAGCTCTCTTCTGTAACCGAGCAGCGATCACCTCTGCATTACCTTCCAGTAACACAAATT
TCACCTTGCAACTAAAATAGCTTCCAGGTTTGTAATCAGGGTCAGAGCCTCTCAAGATTT
CTCTATACTGTTTTCTCAACGAAGAGCACGCGAGAACAACGGTTTGTCCATTGAGCAAAC
GCTCTCGCAAACTATCTTGTATTGTTTGGAGCCATGGCATCCGGTCTTCATCTGAAAGAG
CAATGCCTTGGCGCATCTTCTCTCC


BQ
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AF RR1BQ17JQ U 195
AF RR1BQ17TF C 1
BS 1 194 RR1BQ17TF
BS 195 344 RR1BQ17JQ
BS 345 505 RR1BQ17TF

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AACCGAGCAGCGATCACCTCTGCATTACCTTCCAGTAACACAAATTTCACCTTGCAACTA
AAATAGCTTCCAGGTTTGTAATCAGGGTCA
AAACC

QA 1 150 1 150
DS 

RD RR1BQ17TF 505 0 0
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TAACTATAACTTCAGGACTGAGAACCACACTGACTTTGAATATCTTTTCACAGACATCAG
CTTCAAGCAGATCAAACTGAGACTGGAGAAGAGTGAGAGGCATGAAATGTTCTCCCTCCG
AAGCTCTCTTCTGTAACCGAGCAGCGATCACCTCTGCATTACCTTCCAGTAACACAAATT
TCACCTTGCAACTAGAATAGCTTCCAGGTTTGTAATCAGGGTCAGAGCCTCTCAAGATTT
CTCTATACTGTTTTCTCAACGAAGAGCACGCGAGAACAACGGTTTGTCCATTGAGCAAAC
GCTCTCGCAAACTATCTTGTATTGTTTGGAGCCATGGCATCCGGTCTTCATCTGAAAGAG
CAATGCCTTGGCGCATCTTCTCTCC

QA 1 505 1 505
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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GGAAGAAGCATGTTGTACAACTCTCTAAATTCGATTACAGGCTGGCCAACCAGCTGGATT
CAGAGCTACAGAAGCTGAGGTGTAGAGTGAACTACCATGCGGTGAGATATACGGAGACTA
TCAACAAGATGGGCCAAACTCTGGTTGACCGGATGAGAACTAAATCCAAACACTTTGTTG
CCCTTCATCTCAGGTTCGAACCTGATATGCTGGCCTTCTCCGGATGCTATTACGGGGGAG
GTCAGAAAGAGAGACTTGAACTCGGAGCTATGAGAAGAAGGTGGAAAACTTTACACGCGG
CAAACCCTGACAAGGTACGGGAGCACGGGAGATGTCCCCTGACTCCAGAGGAGATCGGTC
TGATGCTCAGGGGCTTAGGCTTTGGCAGAGAAGTTCACTTGTACGTTGCATCAGGCGAGG
TATACGGAGGGGATGCTACACTAGCACCATTAAGAGCTCTGTTTCCAAATATCCATACAA
AATAGACATTGACTTCTAAGAAAGAGCTAGCTCCGTTTGCACGCTTCTCATCACGCATGG
CTGCTCTTGACTTCATCGTGTGTGATGAGAGCGACGCATTTGTCACTAACAACAACGGCA
ACATGGCTAGAATCTTAGCCGGAAGAAGAAGATACATGGGACATAAAGTAACCATCCGTC
CAAACGCCAAGAAACTCCATAAAATCTTCACAAACAGACACAACGTGACATGGGATGAAT
TCTCAACCAAGGTCCGGAAATACCAAACAGGGTTCATGGGGGAGCCAGATGAAATGAAAG
CAGGAGAAGGAGAGTTCCATGAGAACCCGACCTCCTGCATTTGTCAAAAGAAGAAGAAGA
AGAAGAAGAAGGATAATGAAAAACTAAAAGAGGACGAGCAAGACTCATGGCCATGGGAGT
ACTCAGACATTGGCAATGTCCCCATGGCCACTAGAAGCGAGTTTGAATCATCAACCAGAA
GTTGACCATGATGAGATCTTCTGACTAATCTTTTCTCCCTTTCTTTTTTTCTTTTGTGCT
CTTTATGCAAAGAAACAAACATTCTTTTCCAAAACACAAAATGTAATGTCATTTGAAGGG
TTACAAGTAGAAAGAAAGGTGGTCCTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C262TF U 1
AF RR1C262JQ C 288
BS 1 731 RR1C262TF
BS 732 1107 RR1C262JQ

RD RR1C262TF 744 0 0
GGAAGAAGCATGTTGTACAACTCTCTAAATTCGATTACAGGCTGGCCAACCAGCTGGATT
CAGAGCTACAGAAGCTGAGGTGTAGAGTGAACTACCATGCGGTGAGATATACGGAGACTA
TCAACAAGATGGGCCAAACTCTGGTTGACCGGATGAGAACTAAATCCAAACACTTTGTTG
CCCTTCATCTCAGGTTCGAACCTGATATGCTGGCCTTCTCCGGATGCTATTACGGGGGAG
GTCAGAAAGAGAGACTTGAACTCGGAGCTATGAGAAGAAGGTGGAAAACTTTACACGCGG
CAAACCCTGACAAGGTACGGGAGCACGGGAGATGTCCCCTGACTCCAGAGGAGATCGGTC
TGATGCTCAGGGGCTTAGGCTTTGGCAGAGAAGTTCACTTGTACGTTGCATCAGGCGAGG
TATACGGAGGGGATGCTACACTAGCACCATTAAGAGCTCTGTTTCCAAATATCCATACAA
AATAGACATTGACTTCTAAGAAAGAGCTAGCTCCGTTTGCACGCTTCTCATCACGCATGG
CTGCTCTTGACTTCATCGTGTGTGATGAGAGCGACGCATTTGTCACTAACAACAACGGCA
ACATGGCTAGAATCTTAGCCGGAAGAAGAAGATACATGGGACATAAAGTAACCATCCGTC
CAAACGCCAAGAAACTCCATAAAATCTTCACAAACAGACACAACGTGACATGGGATGAAT
TCTCAACCAAG
TCCGGAATACCAA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1C262JQ 820 0 0
AAC
TTACACGCGGCAAAC**TGACAAGGTACGGGAGCACGGGAGATGTCCC*TGACTCCAGAG
GAGATCGGTCTGATGCTCAGGGGCTTAGGCTTTGGCAGAGAAGTTCACTTGTACGTTGCA
TCAGGCGAGGTATACGGAGGGGATGCTACACTAGCACCATTAAGAGCTCTGTTTCCAAAT
ATCCATACAAAATAGACATTGACTTCTAAGAAAGAGCTAGCTCCGTTTGCACGCTTCTCA
TCACGCATGGCTGCTCTTGACTTCATCGTGTGTGATGAGAGCGACGCATTTGTCACTAAC
AACAACGGCAACATGGCTAGAATTTTAGCCGGAAGAAGAAGATACATGGGACATAAAGTA
ACCATCCGTCCAAACGCCAAGAAACTCCATAAAATCTTCACAAACAGACACAACGTGACA
TGGGATGAATTTTCAACCAAGGTCCGGAAATACCAAACAGGGTTCATGGGGGAGCCAGAT
GAAATGAAAGCAGGAGAAGGAGAGTTCCATGAGAACCCGACCTCCTGCATTTGTCAAAAG
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGATAATGAAAAACTAAAAGAGGACGAGCAAGACTCATGG
CCATGGGAGTACTCAGACATTGGCAATGTCCCCATGGCCACTAGAAGCGAGTTTGAATCA
TCAACCAGAAGTTGACCATGATGAGATCTTCTGACTAATCTTTTCTCCCTTTCTTTTTTT
CTTTTGTGCTCTTTATGCAAAGAAACAAACATTCTTTTCCAAAACACAAAATGTAATGTC
ATTTGAAGGGTTACAAGTAGAAAGAAAGGTGGTCCTG

QA 4 820 4 820
DS 



AS 1 2

CO CL6005Contig1 592 2 1 U
GGAGACAAAACCAGGCATCATCGAACCAGTTGTCTCGTCACCTAAATAAGAAACCTTTAA
GGCTTCTGGCAGCATTGGGCACACTTCTCTGTGGAAAAAAGATTCCAACTTTGTGTCTCT
TTCGAACTTCCGAGTCATCTTTCAAACGTACACAGGACCAGGTTATAAAAAAGACTTTGT
GAAACAATGTCAGGATTTCCAGGTTTGAGTTTTCTAGGCCCCAAAAGCAAGAACGCGGTT
GTAGCGGGAGGCTTGACAGCTTTTGTATTTGGGGTATATTTCTACACGATGAAAGCCGTT
GGTGGCACAGACGAGCTTCAAATGGCTATAGACAAGTTCGAAGACCAAAAACATGTTGAG
ACCGACCCCAAGCTTCCATCAAAAGCATGAAGATCTTCACTTGCTTGATATGTCAAAGGA
AACTCATTGCCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTGTTTCAAAAGCATCGATTGGC
ATCTGTGTTTCCAGTCCTTAATACAATGGTCCGAATAAGAGAATGTCCAAGACTTCGTTT
TGATGTTATTAACATTGTGTTAAGTTGTCATCATAATCTCGTACCTATATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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AF RR1DR37TF U 1
AF RR1DR37JQ C 118
BS 1 592 RR1DR37TF

RD RR1DR37TF 592 0 0
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GGCTTCTGGCAGCATTGGGCACACTTCTCTGTGGAAAAAAGATTCCAACTTTGTGTCTCT
TTCGAACTTCCGAGTCATCTTTCAAACGTACACAGGACCAGGTTATAAAAAAGACTTTGT
GAAACAATGTCAGGATTTCCAGGTTTGAGTTTTCTAGGCCCCAAAAGCAAGAACGCGGTT
GTAGCGGGAGGCTTGACAGCTTTTGTATTTGGGGTATATTTCTACACGATGAAAGCCGTT
GGTGGCACAGACGAGCTTCAAATGGCTATAGACAAGTTCGAAGACCAAAAACATGTTGAG
ACCGACCCCAAGCTTCCATCAAAAGCATGAAGATCTTCACTTGCTTGATATGTCAAAGGA
AACTCATTGCCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTGTTTCAAAAGCATCGATTGGC
ATCTGTGTTTCCAGTCCTTAATACAATGGTCCGAATAAGAGAATGTCCAAGACTTCGTTT
TGATGTTATTAACATTGTGTTAAGTTGTCATCATAATCTCGTACCTATATGT

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1DR37JQ 475 0 0
TCTTTCGAACTTCCGAGTCATCTTTCAAACGTACACAGGACCAGGTTATAAAAAAGACTT
TGTGAAACAATGTCAGGATTTCCAGGTTTGAGTTTTCTAGGCCCCAAAAGCAAGAACGCG
GTTGTAGCGGGAGGCTTGACAGCTTTTGTATTTGGGGTATATTTTTACACGATGAAAGCC
GTTGGTGGCACAGACGAGCTTCAAATGGCTATAGACAAGTTCGAAGACCAAAAACATGTT
GAGACCGACCCCAAGCTTCCATCAAAAGCATGAAGATCTTCACTTGCTTGATATGTCAAA
GGAAACTCATTGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTGTTTCAAAAGCATCGATT
GGCATCTGTGTTTCCAGTCCTTAATACAATGGTCCGAATAAGAGAATGTCCAAGACTTCG
TTTTGATGTTATTAACATTGTGTTAAGTTGTCATCATAATCTCGTACCTATATGT

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 2

CO CL6006Contig1 956 2 12 U
GGGAGTCTCATCTCTGTGTTTCCCCTTTGCTCGATCTCGAGCTCCAACCACCACTCTGTC
ATCTCCACTCACCCGCAATCAAACACGGTGGCGCCTCTTGTCCACTCTCGAACCTCACCG
CCGTGTCTCTGCCCATCAATCCGCCGTTCTCTGCTTCACGCCACAACGGTCTCGCCGTCG
TCGTCACGTCTGGAGCTCTCATCCATATAATCCATCGCTGAGTTCGTGACCAAACCACCA
CACGATACCACCTGCTCCGAATCAAGCTTCTCTGGCGCGTTCTTGCTTCACAACTGGCAT
CTCCGTCTTGTTCTGTTCTCGTCATCACCAGAATCATGCCTCACCGTCGGGATCTAAGTG
GAGAAGAGCAACAATGGTGATCTTTGAACTATTTGCAGATATGGTCCTTCATCTTTGAGA
AGGAGAAGCACTACAAGTGAAAGCAGCCAAGAAAGTTGTTATAAAATTGCCAGTGGATGA
TGCTTGTTTAGTTAAGAGCTGAGCTTGTCTTGTGTCTAAATCGCCTTGTGCTGTGACTGT
ATTGAAACTGCAGTTTGATAGCTTTTGATTAATGAACCCATCTTAAAGGCTGCTAGGTAT
TGATTTAGTGGGAATGGTGTAGAGCCTGATGATTGAAGAAGCTTCGAGGGTTGCAAGTGC
CAGAGTTGTTAAACGAATCCAGCACAAACTCGACCTTGCAGGAAACGAGGAGGACATTGA
GAAGTACAGCAAACGACTTGTGGCAATGCAGGAAACAAGCAGGACTTTGGTATCAGACTT
GCGACTTTTGACTGCATTTTACCATTTTGGTATCAATGTAGGTATCAAATACCAGAGGAA
TTGCCATACAATGAAGCTCGTGCACTATTTAAAGAGCCTGATATATAGATCAAATTGCAA
TGTATAGACGATAATTAGAGTTTTGTTATAAAATAGTTTATATATCATTGTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FC45TF U 1
AF RR1FC45JQ C 310
BS 1 701 RR1FC45TF
BS 702 702 RR1FC45JQ
BS 703 745 RR1FC45TF
BS 746 746 RR1FC45JQ
BS 747 751 RR1FC45TF
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BS 759 788 RR1FC45TF
BS 789 789 RR1FC45JQ
BS 790 799 RR1FC45TF
BS 800 956 RR1FC45JQ

RD RR1FC45TF 799 0 0
GGGAGTCTCATCTCTGTGTTTCCCCTTTGCTCGATCTCGAGCTCCAACCACCACTCTGTC
ATCTCCACTCACCCGCAATCAAACACGGTGGCGCCTCTTGTCCACTCTCGAACCTCACCG
CCGTGTCTCTGCCCATCAATCCGCCGTTCTCTGCTTCACGCCACAACGGTCTCGCCGTCG
TCGTCACGTCTGGAGCTCTCATCCATATAATCCATCGCTGAGTTCGTGACCAAACCACCA
CACGATACCACCTGCTCCGAATCAAGCTTCTCTGGCGCGTTCTTGCTTCACAACTGGCAT
CTCCGTCTTGTTCTGTTCTCGTCATCACCAGAATCATGCCTCACCGTCGGGATCTAAGTG
GAGAAGAGCAACAATGGTGATCTTTGAACTATTTGCAGATATGGTCCTTCATCTTTGAGA
AGGAGAAGCACTACAAGTGAAAGCAGCCAAGAAAGTTGTTATAAAATTGCCAGTGGATGA
TGCTTGTTTAGTTAAGAGCTGAGCTTGTCTTGTGTCTAAATCGCCTTGTGCTGTGACTGT
ATTGAAACTGCAGTTTGATAGCTTTTGATTAATGAACCCATCTTAAAGGCTGCTAGGTAT
TGATTTAGTGGGAATGGTGTAGAGCCTGATGATTGAAGAAGCTTCGAGGGTTGCAAGTGC
CAGAGTTGTTAAACGAATCCAGCACAAACTCGACCTTGCAG*AAACGAGGAGGACATTGA
GAAGTACAGCAAACGACTTGTGGCA*TGCAG**AACA*GCAGGACTTTGGTATCAGACTT
GCGACTTT*GACTGCATTT

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1FC45JQ 647 0 0
GTTCTGTTCTCGTCATCACCAGAATCATGCCTCACCGTCGGGATCTAAGTGGAGAAGAGC
AACAATGGTGATCTTTGAACTATTTGCAGATATGGTCCTTCATCTTTGAGAAGGAGAAGC
ACTACAAGTGAAAGCAGCCAAGAAAGTTGTTATAAAATTGCCAGTGGATGATGCTTGTTT
AGTTAAGAGCTGAGCTTGTCTTGTGTCTAAATCGCCTTGTGCTGTGACTGTATTGAAACT
GCAGTTTGATAGCTTTTGATTAATGAACCCATCTTAAAGGCTGCTAGGTATTGATTTAGT
GGGAATGGTGTAGAGCCTGATGATTGAAGAAGCTTCGAGGGTTGCAAGTGCCAGAGTTGT
TAAACGAATCCAGCACAAACTCGACCTTGCAGGAAACGAGGAGGACATTGAGAAGTACAG
CAAACGACTTGTGGCAATGCAGGAAACAAGCAGGACTTTGGTATCAGACTTGCGACTTTT
GACTGCATTTTACCATTTTGGTATCAATGTAGGTATCAAATACCAGAGGAATTGCCATAC
AATGAAGCTCGTGCACTATTTAAAGAGCCTGATATATAGATCAAATTGCAATGTATAGAC
GATAATTAGAGTTTTGTTATAAAATAGTTTATATATCATTGTTATCC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

CO CL6007Contig1 773 2 4 U
TTTTTTCAAACCAAACCTCTCTTCTCTCTTTAGTCTCTGTAATGGCGCGTCTTCTCTTTC
GTCTTCTCCAAGAAACCAATTCTCCGTCGTCACCGGCCTTATATTCCGATCTCGTACTCG
TCATAGCTGCTCTTCTCTGTGCACTGATCTGCGTTCTCGGCTTACTCGCCGTCTCTCGTT
GCGTCTGGCTCCGTCGTCTCGCCAACAGATCCGCCGCGAGTTCCGATCAACCGCCGGCTA
ACAAAGGGCTGAAGAAGAAAGTCCTAAAGTCTCTGCCGAAGCTCACCTACTCGCCGGAAT
CTCCACCGGCTGAGAAACTCGCCGAGTGTGCCATCTGTCTCACGGAATACGCCGCCGGCG
ACGAGCTCAGGGTGTTGCCACAGTGCGGTCACGGCTTCCACGTGTCATGTATTGACACGT
GGCTAGGGTCTCATTCTTCTTGTCCTTCCTGCCGTCAGATCTTGGTGGTGGTTGCCAGGT
GTCAAAAATGCGGCGGGTTACCCGGTAGCTCAATCTCAGGACCGGAGCCTGATACCCAAA
TCAAGCAAGATGATCCTAATAGTAATAATAATGATAATTTATTAGCTTAATTGCTTTGTA
GAAATTTCCATTAAAAGTGTTCCTTGTGTTATATTTACATTTATTGTGATGTCGATTATA
GAAAGTCTTGCTCACCAAGATTTACTTGTACTTGGTCTCCAAGCTAAACCCTCTCATTGT
ATCACTATATAAAGAGTACATTATTCATGGAATAAGACCCACCAATTCCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG05TF U 1
AF RR1CG05JQ C 283
BS 1 682 RR1CG05TF
BS 683 683 RR1CG05JQ
BS 684 750 RR1CG05TF
BS 751 773 RR1CG05JQ

RD RR1CG05TF 750 0 0
TTTTTTCAAACCAAACCTCTCTTCTCTCTTTAGTCTCTGTAATGGCGCGTCTTCTCTTTC
GTCTTCTCCAAGAAACCAATTCTCCGTCGTCACCGGCCTTATATTCCGATCTCGTACTCG
TCATAGCTGCTCTTCTCTGTGCACTGATCTGCGTTCTCGGCTTACTCGCCGTCTCTCGTT
GCGTCTGGCTCCGTCGTCTCGCCAACAGATCCGCCGCGAGTTCCGATCAACCGCCGGCTA
ACAAAGGGCTGAAGAAGAAAGTCCTAAAGTCTCTGCCGAAGCTCACCTACTCGCCGGAAT
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ACGAGCTCAGGGTGTTGCCACAGTGCGGTCACGGCTTCCACGTGTCATGTATTGACACGT
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GTCAAAAATGCGGCGGGTTACCCGGTAGCTCAATCTCAGGACCGGAGCCTGATACCCAAA
TCAAGCAAGATGATCCTAATAGTAATAATAATGATAATTTATTAGCTTAATTGCTTTGTA
GAAATTTCCATTAAAAGTGTTCCTTGTGTTATATTTACATTTATTGTGATGTCGATTATA
GAAAGTCTTGCTCACCAAGATT*ACTTGTACTTGGTCTCCAAGCTAAACCCTCTCATTGT
ATCACTATATAAAGAGTACATTATTCATGG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1CG05JQ 491 0 0
TCACCTACTCGCCGGAATCTCCACCGGCTGAGAAACTCGCCGAGTGTGCCATCTGTCTCA
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TGTCATGTATTGACACGTGGCTAGGGTCTCATTCTTCTTGTCCTTCCTGCCGTCAGATCT
TGGTGGTGGTTGCCAGGTGTCAAAAATGCGGCGGGTTACCCGGTAGCTCAATCTCAGGAC
CGGAGCCTGATACCCAAATCAAGCAAGATGATCCTAATAGTAATAATAATGATAATTTAT
TAGCTTAATTGCTTTGTAGAAATTTCCATTAAAAGTGTTCCTTGTGTTATATTTACATTT
ATTGTGATGTCGATTATAGAAAGTCTTGCTCACCAAGATTTACTTGTACTTGGTCTCCAA
GCTAAACCCTCTCATTGTATCACTATATAAAGAGTACATTATTCATGGAATAAGACCCAC
CAATTCCTCCC

QA 1 491 1 491
DS 



AS 1 2

CO CL6008Contig1 879 2 6 U
GGGACCTCGTAGACACCGATTCTTCTTTCTTTTATCTTTCCTTCTTCCTTCCTTCTTATT
CATGTTTCTCGTCTTCTAAAATTATTAAAAAATTTTAAAAAATGCAGCGATCACGAAATT
GCAAGATCTGTGGGAACGAAGCCATAAACTTTTGCCTTCTTTCGATCTCTAATCTCAAAG
TTCTATTCGTTTTTGAATCTTCGCTATTAAATAATAATAATTCGATCTCTCGTTTTCACG
ATGAGCTGGTCCTATAAGCGTGTTCCCTCCGATCTCTGCAGATTTTCGAATTTCCTCTTT
TATCAGATCGTTTAGTTATTTCTTTTTCACCAATTTTGAAAATCTCTCTCTCTCTCTTCA
ATGGATTCGTTTACCAATGATCTTCCTGATGGCACAATCTCAGCGCTTCTGCAGAAACAG
AACAATGTGGTGCAGCCACGTGTGGTCGTGATTGGGAGTGGTATATCAGGCCTAGCTGCT
GCTAGGAACCTCTCTGAAGCTTCTTTTAACGTGACTGTTCTGGAGTCACGTGATAGGATC
GGTGGTCGCATCCATACCGATTACTCTTTTGGTTGTCCTGTTGATTTGGGTGCTTCTTGG
TCAGTTTTTTTTAATCAAATATCTGCAGCCTTTATGATTTTTTTTTAGCAACGTTCTAAA
AACTAGGCGGTGGTTAGACGTTTTATAGAGGATTATTATTTACGCGGACGGTTAGGCCAA
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AGGCAGACGCCTAAGCGCCGCCTAGACCGATTGTTAGTATTTGTTGGTGTGGAATGGATA
TATATGCAAGACTGGATCTAAGATTTTGAGCACTTGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT20TF U 1
AF RR1FT20JQ C 190
BS 1 611 RR1FT20TF
BS 612 612 RR1FT20JQ
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BS 646 646 RR1FT20JQ
BS 647 661 RR1FT20TF
BS 662 879 RR1FT20JQ

RD RR1FT20TF 661 0 0
GGGACCTCGTAGACACCGATTCTTCTTTCTTTTATCTTTCCTTCTTCCTTCCTTCTTATT
CATGTTTCTCGTCTTCTAAAATTATTAAAAAATTTTAAAAAATGCAGCGATCACGAAATT
GCAAGATCTGTGGGAACGAAGCCATAAACTTTTGCCTTCTTTCGATCTCTAATCTCAAAG
TTCTATTCGTTTTTGAATCTTCGCTATTAAATAATAATAATTCGATCTCTCGTTTTCACG
ATGAGCTGGTCCTATAAGCGTGTTCCCTCCGATCTCTGCAGATTTTCGAATTTCCTCTTT
TATCAGATCGTTTAGTTATTTCTTTTTCACCAATTTTGAAAATCTCTCTCTCTCTCTTCA
ATGGATTCGTTTACCAATGATCTTCCTGATGGCACAATCTCAGCGCTTCTGCAGAAACAG
AACAATGTGGTGCAGCCACGTGTGGTCGTGATTGGGAGTGGTATATCAGGCCTAGCTGCT
GCTAGGAACCTCTCTGAAGCTTCTTTTAACGTGACTGTTCTGGAGTCACGTGATAGGATC
GGTGGTCGCATCCATACCGATTACTCTTTTGGTTGTCCTGTTGATTTGGGTGCTTCTTGG
TCAGTTTTTTT*AATCAAATATCTGCAGCCTTTATGATTTTTTTT*AGCAACGTTCTAAA
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1FT20JQ 690 0 0
TTTTTGAATCTTCGCTATTAAATAATAATAATTCGATCTCTCGTTTTCACGATGAGCTGG
TCCTATAAGCGTGTTCCCTCCGATCTCTGCAGATTTTCGAATTTCCTCTTTTATCAGATC
GTTTAGTTATTTCTTTTTCACCAATTTTGAAAATCTCTCTCTCTCTCTTCAATGGATTCG
TTTACCAATGATCTTCCTGATGGCACAATCTCAGCGCTTCTGCAGAAACAGAACAATGTG
GTGCAGCCACGTGTGGTCGTGATTGGGAGTGGTATATCAGGCCTAGCTGCTGCTAGGAAC
CTCTCTGAAGCTTCTTTTAACGTGACTGTTCTGGAGTCACGTGATAGGATCGGTGGTCGC
ATCCATACCGATTACTCTTTTGGTTGTCCTGTTGATTTGGGTGCTTCTTGGTCAGTTTTT
TTTAATCAAATATCTGCAGCCTTTATGATTTTTTTTTAGCAACGTTCTAAAAACTAGGCG
GTGGTTAGACGTTTTATAGAGGATTATTATTTACGCGGACGGTTAGGCCAATTTAAGCCT
AGACCGATTTTTCGTTTAAAAAATCGTTTCGCTCATACCTGATTTGCGATTAGGCAGACG
CCTAAGCGCCGCCTAGACCGATTGTTAGTATTTGTTGGTGTGGAATGGATATATATGCAA
GACTGGATCTAAGATTTTGAGCACTTGAAA

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL6009Contig1 1034 2 4 U
GGTAAACAAAAATATTCTTAGTATTTCTCTTGAGATCTTGAAGCTTTTATTACAAAGATC
ATTTTCTTTTCTTCAGATGGGTCTTGATGATTCATGCAACACAGGTCTTGTTCTTGGTTT
AGGCTTCTCACCAACGCATAATAGTTACAATTATGCCATCAAGAAGTCCTCCGCCACTGT
TGACCACCATGTCAATCCGTCGTTGACCCTAAGCCTCTCCGGTGAGAGTTACAAGGTTGA
GATGACGGTCTCCCGTGCCGGAGACCAGATTTATGGGCAGACTTCGTCCCACAGCGGAAT
CTCATCGTTCTCGAGCGGAAGGATAAAGAGAGAAAGAGAAGTTTGTGGCGACGGCGAAGA
AGAGGCGGAGGAGACGTCGAAAAGAGTGGTGTGTTCGAGAGTGAGGGATGATCATGAAAA
CGAAGAAGGAGTTAGTGCTCGTAAAAAGCTTAGACTCAATAAACAACAATCTGCTCTTCT
TGAAGATAGCTTCAAACTGCATAGCACTCTTAATCCCAAGCAAAAACAAGTTCTTGCGAG
ACAGTTGAATCTAAGGCCCAGGCAAGTTGAAGTATGGTTCCAAAACATGAGAGCCAGGAC
AAAACTAAAGCAAACAGAAGTGGACTGTGAGTTTTTGAAGAAATGTTGTGAGACTTCGAC
GGATGAGAATAGAAGGCTTCTAAAAGAGCTCCAAGATCTCAAGGCTTTAAAGATGTCTCA
ACCTTTTTACATGCATATGCCGCCGGCAACGCTAATGATGTGTCCTTCTTGTGAGAGACT
CGGCGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGCGGTGGAAGTACGGTGGCGGTTGATGGAGGAACGGC
GAAGGGAGCATTCTCCATCGTCACAAAGCCTCGCATCTACAGCCCTTTCATGAAGCCTTC
TGCAGCTTGTTAATTACTTATTAATTAATTTGTTTCTGTTTTTTATATCTAATTAGGAAT
GGGGTATAGTCTTCATAGATAAGACTCTTCAACGATCCCACTTAATTTTTCGGTGGGATC
GTTCATTGTTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D990TF U 1
AF RR1D990JQ C 351
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BS 663 675 RR1D990TF
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ATTTTCTTTTCTTCAGATGGGTCTTGATGATTCATGCAACACAGGTCTTGTTCTTGGTTT
AGGCTTCTCACCAACGCATAATAGTTACAATTATGCCATCAAGAAGTCCTCCGCCACTGT
TGACCACCATGTCAATCCGTCGTTGACCCTAAGCCTCTCCGGTGAGAGTTACAAGGTTGA
GATGACGGTCTCCCGTGCCGGAGACCAGATTTATGGGCAGACTTCGTCCCACAGCGGAAT
CTCATCGTTCTCGAGCGGAAGGATAAAGAGAGAAAGAGAAGTTTGTGGCGACGGCGAAGA
AGAGGCGGAGGAGACGTCGAAAAGAGTGGTGTGTTCGAGAGTGAGGGATGATCATGAAAA
CGAAGAAGGAGTTAGTGCTCGTAAAAAGCTTAGACTCAATAAACAACAATCTGCTCTTCT
TGAAGATAGCTTCAAACTGCATAGCACTCTTAATCCCAAGCAAAAACAAGTTCTTGCGAG
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AAAACTAAAGCAAACAGAAGTGGACTGTGAGTTTTTGAAGAAATGTTGTGAGACTTCGAC
G*ATGAGAATAGAAG
CTTC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1D990JQ 684 0 0
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ATCATGAAAACGAAGAAGGAGTTAGTGCTCGTAAAAAGCTTAGACTCAATAAACAACAAT
CTGCTCTTCTTGAAGATAGCTTCAAACTGCATAGCACTCTTAATCCCAAGCAAAAACAAG
TTCTTGCGAGACAGTTGAATCTAAGGCCCAGGCAAGTTGAAGTATGGTTCCAAAACATGA
GAGCCAGGACAAAACTAAAGCAAACAGAAGTGGACTGTGAGTTTTTGAAGAAATGTTGTG
AGACTTCGACGGATGAGAATAGAAGGCTTCTAAAAGAGCTCCAAGATCTCAAGGCTTTAA
AGATGTCTCAACCTTTTTACATGCATATGCCGCCGGCAACGCTAATGATGTGTCCTTCTT
GTGAGAGACTCGGCGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGCGGTGGAAGTACGGTGGCGGTTGATG
GAGGAACGGCGAAGGGAGCATTCTCCATCGTCACAAAGCCTCGCATCTACAGCCCTTTCA
TGAAGCCTTCTGCAGCTTGTTAATTACTTATTAATTAATTTGTTTCTGTTTTTTATATCT
AATTAGGAATGGGGTATAGTCTTCATAGATAAGACTCTTCAACGATCCCACTTAATTTTT
CGGTGGGATCGTTCATTGTTGGTT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL6010Contig1 906 2 8 U
GGATGGATGAAATGGCTGTGATTGCTACTGAAGAGTACCGTTCTGTTGTCTTCAAGGAGC
CTCGTTTCGTTGAGTACTTCCGTCTGGCAACACCTGAGCTTGAATATGGAAGGATGAACA
TAGGAAGCAGACCATCAAAGCGGAAACCGAGTGGAGGAATCGAATCTCTACGTGCAATCC
CATGGATCTTTGCGTGGACTCAGACGAGGTTTCACTTGCCAGTGTGGCTAGGCATTGGAG
CGGCATTCAAACGTGTGATCCAGAAGGACGCAAAGAATCTCAACATGCTCAAAGAGATGT
ACAACCAGTGGCCTTTCTTCCGTGTCACAATCGATCTAGTCGAAATGGTTTTCGCTAAAG
GAGATCCTGGAATCGCTGCTCTTTACGACCGTCTACTCGTCTCTGAAGAACTTCAACCCT
TTGGTGAACAGCTTCGAGTTAACTACCTAGAGACCAGACGCCTCCTCCTCCAGGTTGCTG
GTCACAAAGACATTCTTGAAGGTGATCCCTACTTGAGGCAAAGGCTGCAGCTACGTGACC
CATACATCACGACATTGAACGTGTGCCAAGCCTACACGCTGAAGCAGATACGTGACCCGA
GCTTCCACGTTAAAGTGAGGCCACATTTGTCTAAAGACTACATGGAGTCTAGTAAACCAG
CGGCTGAGCTCGTTAAGCTGAATCCAAAGAGCGAGTATGCACCTGGACTTGAAGACACTG
TTATCCTCACCATGAAGGGTATAGCCGCTGGTATGCAGAACACCGGTTAAGACATTTTAA
TTTTATTATTTCAAACCGTCTTTGTACTATTCCCTAAAATTTCTGCCAAGTATTATTATT
CTACCATGTGATAATCCTACGTACGCTTTTCTTACGAGTATGATATGATAATTTCTTGTT
AAGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN29TF U 1
AF RR1CN29JQ C 469
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GGATGGATGAAATGGCTGTGATTGCTACTGAAGAGTACCGTTCTGTTGTCTTCAAGGAGC
CTCGTTTCGTTGAGTACTTCCGTCTGGCAACACCTGAGCTTGAATATGGAAGGATGAACA
TAGGAAGCAGACCATCAAAGCGGAAACCGAGTGGAGGAATCGAATCTCTACGTGCAATCC
CATGGATCTTTGCGTGGACTCAGACGAGGTTTCACTTGCCAGTGTGGCTAGGCATTGGAG
CGGCATTCAAACGTGTGATCCAGAAGGACGCAAAGAATCTCAACATGCTCAAAGAGATGT
ACAACCAGTGGCCTTTCTTCCGTGTCACAATCGATCTAGTCGAAATGGTTTTCGCTAAAG
GAGATCCTGGAATCGCTGCTCTTTACGACCGTCTACTCGTCTCTGAAGAACTTCAACCCT
TTGGTGAACAGCTTCGAGTTAACTACCTAGAGACCAGACGCCTCCTCCTCCAGGTTGCTG
GTCACAAAGACATTCTTGAAGGTGATCCCTACTTGAGGCAAAGGCTGCAGCTACGTGACC
CATACATCACGACATTGAACGTGTGCCAAGCCTACACGCTGAAGCAGATACGTGACCCGA
GCTTCCACGTTAAAGTGAGGCCACATTTGTCTAAAGACTACATGGAGTCTAGTAAACCAG
CGGCTGAGCTCGTTAAGCTGA*TCCAAAGAGCGAGTATGCACCTGGACTTGA*GACACTG
TTATCCTCACCATGAAGG*TATAGCCGCTG
TATG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1CN29JQ 438 0 0
TCCAGGTTGCTGGTCACAAAGACATTCTTGAAGGTGATCCCTACTTGAGGCAAAGGCTGC
AGCTACGTGACCCATACATCACGACATTGAACGTGTGCCAAGCCTACACGCTGAAGCAGA
TACGTGACCCGAGCTTCCACGTTAAAGTGAGGCCACATTTGTCTAAAGACTACATGGAGT
CTAGTAAACCAGCGGCTGAGCTCGTTAAGCTGAATCCAAAGAGCGAGTATGCACCTGGAC
TTGAAGACACTGTTATCCTCACCATGAAGGGTATAGCCGCTGGTATGCAGAACACCGGTT
AAGACATTTTAATTTTATTATTTCAAACCGTCTTTGTACTATTCCCTAAAATTTCTGCCA
AGTATTATTATTCTACCATGTGATAATCCTACGTACGCTTTTCTTACGAGTATGATATGA
TAATTTCTTGTTAAGCTC

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 2

CO CL6011Contig1 270 2 1 U
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AACAAACAAGACAAGAAAGCACCACAAAAGGAATGAAAAAAAAGCAAAGGAGAAAGAGAG
GAGAGAGCTTGTAATGATGAAAGTTTCAATGCATAAAGAAAAAGAGAAACAAGCTTTAAT
ACTTGGATCAAGGACCGTTAATGGAGGGCCACAAGCTTCTTATGAAATATTCTCCAAATA
GGACTTGCTTTATGTGAAGAAACTTATATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BG66JQ C 1
AF RR1BG66TF U 1
BS 1 270 RR1BG66TF

RD RR1BG66JQ 270 0 0
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AACAAACAAGACAAGAAAGCACCACAAAAGGAATGAAAAAAAAGCAAAGGAGAAAGAGAG
GAGAGAGCTTGTAATGATGAAAGTTTCAATGCATAAAGAAAAAGAGAAACAAGCTTTAAT
ACTTGGATCAAGGACCGTTAATGGAGGGCCACAAGCTTCTTATGAAATATTCTCCAAATA
GGACTTGCTTTATGTGAAGAAACTTATATG

QA 1 270 1 270
DS 

RD RR1BG66TF 270 0 0
GAAGCAGTGGATCAATCGCAAAGAAGCTTAGTAAAGAGACAATAGCATCAAGAACACAGT
AACAAACAAGACAAGAAAGCACCACAAAAGGAATGAAAAAAAAGCAAAGGAGAAAGAGAG
GAGAGAGCTTGTAATGATGAAAGTTTCAATGCATAAAGAAAAAGAGAAACAAGCTTTAAT
ACTTGGATCAAGGACCGTTAATGGAGGGCCACAAGCTTCTTATGAAATATTCTCCAAATA
GGACTTGCTTTATGTGAAGAAACTTATATG

QA 1 270 1 270
DS 



AS 1 2

CO CL6012Contig1 1134 2 4 U
CTCCCCCTTCTTCCCACTTCCAGATATGTCACATGTAGCAGGGAAGAACATGAAAGAACT
TCAAGCCATGGCCAAAGGACGCGTCGTCGAAGAGAAGAAAGCAGAACAGAAGATGAAAGA
AGAGTACCCGTTTTCTCCTCCTAAAGTCAAAGTTGAAGACACACAAAAAGACAGGAGTTT
TGGAGGAAAGAAACCTGTTGCCCCTCCGGGAAACAACTCTTTGGTTGAGTTGAGTAATTA
CAACCACAAAAGAGAAGAGTTCGACCCTGAGTATGACAATGATGCTGAGCAGCTCTTGGC
TGAGATGGAGTTCAAAGACAACGATACTCCTGAAGAAAGAGACCTCAAGCTGCGTGTCTT
GCGTATCTATTCGAAAAGGCTTGATGAGAGGAAACGTAGAAAGGAGTTCATACTAGAAAG
AAACCTCTTGTACCCAAATCCATTCGAGAAGGACCTTTCTCAGGAAGAGAAAATGCAGTG
TCGGCGTTTAGACGTGTTCATGCGTTTTCATTCAAAAGAGGAGCATGAGGAGCTACTCCG
CAGTGTTGTGAGCGAGTACCGCATGGTGAAACGGCTCAAAGAACTCAAGGAAGCTCAAAT
GGCAGGGTGTCGCTCCACGGCTGAAGCAGAGAGGTATCTGGCGAGGAAGAGGAAGCGAGA
GAACGAAGAGGGGATGAACAGAGGGAAAGAGAGCGGAGGGGAAATGGGAACTAGACCACC
TGTGCAAGCATCTTCAAGCTATGTCAATGATCTTGACCTGATTGGGTTCACTGAGTCACA
ACTGCTGTCTGAATCCGAGAAGCGTCTATGCAGCGAGGCCAAGTTGGTTCCACCGGTTTA
TCTACATATGCAACAAGTGATGTCACATGAGATATTCAAAGGGAATGTAACGAAGAAGTC
GGATGCATATAGCTTGTTCAAGATTGATCCGACCAAAGTGGACAGAGTTTACGATATGCT
TGTGAAGAAAGGTATTGCTCAGCTATAAGACTTTGTGTGTTGTATCATGTAATCTATCTA
TCTCTCTCTCTATGTGTGAGCTCTATTTGAGTTATTTATATGTTCCTCTGTCACAATTGT
GGTTTATACTCTGTTCTACATGTCATTTAGTCATCATCAATGTTGTGCTTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK13TF U 1
AF RR1DK13JQ C 548
BS 1 653 RR1DK13TF
BS 654 654 RR1DK13JQ
BS 655 680 RR1DK13TF
BS 681 1134 RR1DK13JQ

RD RR1DK13TF 680 0 0
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TCAAGCCATGGCCAAAGGACGCGTCGTCGAAGAGAAGAAAGCAGAACAGAAGATGAAAGA
AGAGTACCCGTTTTCTCCTCCTAAAGTCAAAGTTGAAGACACACAAAAAGACAGGAGTTT
TGGAGGAAAGAAACCTGTTGCCCCTCCGGGAAACAACTCTTTGGTTGAGTTGAGTAATTA
CAACCACAAAAGAGAAGAGTTCGACCCTGAGTATGACAATGATGCTGAGCAGCTCTTGGC
TGAGATGGAGTTCAAAGACAACGATACTCCTGAAGAAAGAGACCTCAAGCTGCGTGTCTT
GCGTATCTATTCGAAAAGGCTTGATGAGAGGAAACGTAGAAAGGAGTTCATACTAGAAAG
AAACCTCTTGTACCCAAATCCATTCGAGAAGGACCTTTCTCAGGAAGAGAAAATGCAGTG
TCGGCGTTTAGACGTGTTCATGCGTTTTCATTCAAAAGAGGAGCATGAGGAGCTACTCCG
CAGTGTTGTGAGCGAGTACCGCATGGTGAAACGGCTCAAAGAACTCAAGGAAGCTCAAAT
GGCAGGGTGTCGCTCCACGGCTGAAGCAGAGAGGTATCTGGCGAGGAAGAGGA*GCGAGA
GAACGAAGAGGGGATGAACA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1DK13JQ 587 0 0
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TGTCGCTCCACGGCTGAAGCAGAGAGGTATCTGGCGAGGAAGAGGAAGCGAGAGAACGAA
GAGGGGATGAACAGAGGGAAAGAGAGCGGAGGGGAAATGGGAACTAGACCACCTGTGCAA
GCATCTTCAAGCTATGTCAATGATCTTGACCTGATTGGGTTCACTGAGTCACAACTGCTG
TCTGAATCCGAGAAGCGTCTATGCAGCGAGGCCAAGTTGGTTCCACCGGTTTATCTACAT
ATGCAACAAGTGATGTCACATGAGATATTCAAAGGGAATGTAACGAAGAAGTCGGATGCA
TATAGCTTGTTCAAGATTGATCCGACCAAAGTGGACAGAGTTTACGATATGCTTGTGAAG
AAAGGTATTGCTCAGCTATAAGACTTTGTGTGTTGTATCATGTAATCTATCTATCTCTCT
CTCTATGTGTGAGCTCTATTTGAGTTATTTATATGTTCCTCTGTCACAATTGTGGTTTAT
ACTCTGTTCTACATGTCATTTAGTCATCATCAATGTTGTGCTTATGC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL6013Contig1 463 2 1 U
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ACCATGAGCGACCCAAGTGGCCAATCCTCAACAACTGCCGGTGGAAACGGTAACGGTGGT
GGTAATAGCGGCGGCGGAAGCGGTGGTTCGTTTGCTAGTCAGCCGCAGAGAGCAAAGGTG
AGGACGCAAGTCTGGGCTGGAGTTCTCGGCATCTCTACCAACAAATAATTTTATTTTATT
TTTCTTGTGACAACAAAATGTCTAAGTGGAAAATGGTGGTGGTGATTAATATGCTTTTGA
TCGTTGTTTTTTTTTTCTTTGTGAACTACTTTTGATCTTTGTTCATGTTAACTTGATTGT
ATCTAAATAAGCCAGCGACATAATGACCATCATCATCGTCATTGTATTTCTTTTTAAAAT
ATGTTAAATTTATTCAATCGTCATTGTAATGATGTTTATTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AF92JQ C 1
AF RR1AF92TF U 1
BS 1 463 RR1AF92TF

RD RR1AF92JQ 463 0 0
GGGTGAGCACTCTTAGCACCGACGAGTCCATAGAGAGTCAGAGACAAAACAAGAAACAAA
ACCATGAGCGACCCAAGTGGCCAATCCTCAACAACTGCCGGTGGAAACGGTAACGGTGGT
GGTAATAGCGGCGGCGGAAGCGGTGGTTCGTTTGCTAGTCAGCCGCAGAGAGCAAAGGTG
AGGACGCAAGTCTGGGCTGGAGTTCTCGGCATCTCTACCAACAAATAATTTTATTTTATT
TTTCTTGTGACAACAAAATGTCTAAGTGGAAAATGGTGGTGGTGATTAATATGCTTTTGA
TCGTTGTTTTTTTTTTCTTTGTGAACTACTTTTGATCTTTGTTCATGTTAACTTGATTGT
ATCTAAATAAGCCAGCGACATAATGACCATCATCATCGTCATTGTATTTCTTTTTAAAAT
ATGTTAAATTTATTCAATCGTCATTGTAATGATGTTTATTTTC

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR1AF92TF 463 0 0
GGGTGAGCACTCTTAGCACCGACGAGTCCATAGAGAGTCAGAGACAAAACAAGAAACAAA
ACCATGAGCGACCCAAGTGGCCAATCCTCAACAACTGCCGGTGGAAACGGTAACGGTGGT
GGTAATAGCGGCGGCGGAAGCGGTGGTTCGTTTGCTAGTCAGCCGCAGAGAGCAAAGGTG
AGGACGCAAGTCTGGGCTGGAGTTCTCGGCATCTCTACCAACAAATAATTTTATTTTATT
TTTCTTGTGACAACAAAATGTCTAAGTGGAAAATGGTGGTGGTGATTAATATGCTTTTGA
TCGTTGTTTTTTTTTTCTTTGTGAACTACTTTTGATCTTTGTTCATGTTAACTTGATTGT
ATCTAAATAAGCCAGCGACATAATGACCATCATCATCGTCATTGTATTTCTTTTTAAAAT
ATGTTAAATTTATTCAATCGTCATTGTAATGATGTTTATTTTC

QA 1 463 1 463
DS 



AS 1 2

CO CL6014Contig1 556 2 3 U
CTCTCAATGGGAAGAGATCGCCGTCCCTAAAAATGTGAGATCAGTTGTGGCATTGAATCT
CCAAAGCTATGGAAGTGGAAGTCATCCATGGGGTAACTTAAAACCAGACTACCTAGAGAA
GAGAGGATTTGTTGAGGCGCATTCTGATGATGGTTTGATAGAGATCTTTGCTTTCAAGCA
TGGATGGCATGCGTCATTTGTCATGACTGAGCTCATCTCAGCCAAGCACATAGCTCAGGC
TGCTGCCGTTAGATTCGAGCTAAGAGGAGGTGACTGGAAAGATGCCTTCTTGCAAATGGA
TGGAGAGCCATGGAAGCAACCCATGAATCCTGAGTACTCAACGTTTGTGGAGATTAAAAA
AGTTCCATTTCAGTCTCTGATGATAAATGGTGCATGATCGCTATTCAAAGCTGGATTCTT
TTTAGAAAAAAAAGCTAATTGGTTTGGTAATTTGGATATGATTATTTAGACAGCATAGAT
AGCTGCTATGCTTATTGTGACTGTTGGTTGTTGTAAATCTCTTGTGTTGTGAGAAATGAA
GTTTGCGTTTGTACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1H861JQ C 1
AF RR1BY13TF U 90
BS 1 89 RR1H861JQ
BS 90 555 RR1BY13TF
BS 556 556 RR1H861JQ

RD RR1H861JQ 556 0 0
CTCTCAATGGGAAGAGATCGCCGTCCCTAAAAATGTGAGATCAGTTGTGGCATTGAATCT
CCAAAGCTATGGAAGTGGAAGTCATCCATGGGGTAACTTAAAACCAGACTACCTAGAGAA
GAGAGGATTTGTTGAGGCGCATTCTGATGATGGTTTGATAGAGATCTTTGCTTTCAAGCA
TGGATGGCATGCGTCATTTGTCATGACTGGGCTCATCTCAGCCAAGCACATAGCTCAGGC
TGCTGCCGTTAGATTCGAGCTAAGAGGAGGTGACTGGAAAGATGCCTTCTTGCAAATGGA
TGGAGAGCCATGGAAGCAACCCATGAATCCTGAGTACTCAACGTTTGTGGAGATTAAAAA
AGTTCCATTTCAGTCTCTGATGATAAATGGTGCATGATCGCTATTCAAAGCTGGATTCTT
TTTAGAAAAAAAAGCTAATTGGTTTGGTAATTTGGATATGATTATTTAGACAGCATAGAT
AGCTGCTATGCTTATTGTGACTGTTGGTTGTTGTAAATCTCTTGTGTTGTGAGAAATGAA
GTTTGCGTTTGTACCG

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1BY13TF 466 0 0
GGGGTAACTTAAAACCAGACTACCTAGAGAAGAGAGGATTTGTTGAGGCGCATTCTGATG
ATGGTTTGATAGAGATCTTTGCTTTCAAGCATGGATGGCATGCGTCATTTGTCATGACTG
AGCTCATCTCAGCCAAGCACATAGCTCAGGCTGCTGCCGTTAGATTCGAGCTAAGAGGAG
GTGACTGGAAAGATGCCTTCTTGCAAATGGATGGAGAGCCATGGAAGCAACCCATGAATC
CTGAGTACTCAACGTTTGTGGAGATTAAAAAAGTTCCATTTCAGTCTCTGATGATAAATG
GTGCATGATCGCTATTCAAAGCTGGATTCTTTTTAGAAAAAAAAGCTAATTGGTTTGGTA
ATTTGGATATGATTATTTAGACAGCATAGATAGCTGCTATGCTTATTGTGACTGTTGGTT
GTTGTAAATCTCTTGTGTTGTGAGAAATGAAGTTTGCGTTTGTACC

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 2

CO CL6015Contig1 1007 2 4 U
GAGATCGAACGGTTTGCATATGCACGAGAATGTTCTCCGGAAAGGGATTAATCCTCGCAC
AAGGGAGCAGCAACTCCAGGATCTGATTCAGTACAAAGGTATATCGCATTATGTAGGAGA
TGAAGCAAGCAACCACACAGCGCTTCCATGCCCTGGTGAGTTACTTGTTGAGGAGCATCA
CAGCAACTACGGTGAGCCTTGGGCTGGTGGGCGTGACGTCTTTGAGTTCTTTGCCGAAGC
GTCCCGGCTAAAACCCAACGCCAGAGTCCTCGAGATAGGGTGCGGTACGCTCCGTGTTGG
TCTGCATTTCATCCGTTACCTCGGCCCTGGGAACTTCCACTGCCTCGAAAAAGACGAGCT
CTCTCTGGTGGCTGCGTTGAGGTACGAGCTTCCTTCTCAAGGTCTTCTGCATAAGCGGCC
TCTTATACTCAGAGGGGAAGATATGGAGTTCAGCAAGTTCGGTTCGGATGTGGGCTATGA
TCTGATATACGCTAGTGCGGTGTTCTTGCACATGCCTGACGAGCTGGTTTGGAGTGGAGT
CGAGAGGCTGGTTGATAAGTTGAAGCCGTACGAGGGGAGAATGTTTGTGTCGCATAACAT
AAAGTTTTGTACGCGTTTAGGAGGAGAGAAATGCGCAGAGAGACTAGCGAGGTTGGGACT
CGAGTCCCTGGGGAGACAGACGCATGACAGTTTGTTGTTTAATCACTACGAGATCTGGTT
CGGGTTTAGACGGATCAAAGGATAAAGTTTAGTTTATGATTTTGATCCCCCACGGCATGT
AACGGCTCCATCCTAAGAGAAGACTGGTTCGATAGATGATTGTGTTGTGGAGTAAGTTAC
TACGAGTCTTTGGAGCAAGAGAGCTCACAAAAAAGCATGAAGTACGCGAATGGTGATGGA
GACTCATGTATTGATGATATATTAGCCAATTGATTTTTTATTTGTTTGTTTCAAATAGTT
GTTGTATTGTTGTGTGTTTGTAATTCTGTTTGTAGTTCGAGTTACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH30TF U 1
AF RR1CH30JQ C 249
BS 1 701 RR1CH30TF
BS 702 702 RR1CH30JQ
BS 703 715 RR1CH30TF
BS 716 1007 RR1CH30JQ

RD RR1CH30TF 715 0 0
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AAGGGAGCAGCAACTCCAGGATCTGATTCAGTACAAAGGTATATCGCATTATGTAGGAGA
TGAAGCAAGCAACCACACAGCGCTTCCATGCCCTGGTGAGTTACTTGTTGAGGAGCATCA
CAGCAACTACGGTGAGCCTTGGGCTGGTGGGCGTGACGTCTTTGAGTTCTTTGCCGAAGC
GTCCCGGCTAAAACCCAACGCCAGAGTCCTCGAGATAGGGTGCGGTACGCTCCGTGTTGG
TCTGCATTTCATCCGTTACCTCGGCCCTGGGAACTTCCACTGCCTCGAAAAAGACGAGCT
CTCTCTGGTGGCTGCGTTGAGGTACGAGCTTCCTTCTCAAGGTCTTCTGCATAAGCGGCC
TCTTATACTCAGAGGGGAAGATATGGAGTTCAGCAAGTTCGGTTCGGATGTGGGCTATGA
TCTGATATACGCTAGTGCGGTGTTCTTGCACATGCCTGACGAGCTGGTTTGGAGTGGAGT
CGAGAGGCTGGTTGATAAGTTGAAGCCGTACGAGGGGAGAATGTTTGTGTCGCATAACAT
AAAGTTTTGTACGCGTTTAGGAGGAGAGAAATGCGCAGAGAGACTAGCGAGGTTGGGACT
CGAGTCCCTGGGGAGACAGACGCATGACAGTTTGTTGTTTA*TCACTACGAGATC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1CH30JQ 759 0 0
TAAAACCCAACGCCAGAGTCCTCGAGATAGGGTGCGGTACGCTCCGTGTTGGTCTGCATT
TCATCCGTTACCTCGGCCCTGGGAACTTCCACTGCCTCGAAAAAGACGAGCTCTCTCTGG
TGGCTGCGTTGAGGTACGAGCTTCCTTCTCAAGGTCTTCTGCATAAGCGGCCTCTTATAC
TCAGAGGGGAAGATATGGAGTTCAGCAAGTTCGGTTCGGATGTGGGCTATGATCTGATAT
ACGCTAGTGCGGTGTTCTTGCACATGCCTGACGAGCTGGTTTGGAGTGGAGTCGAGAGGC
TGGTTGATAAGTTGAAGCCGTACGAGGGGAGAATGTTTGTGTCGCATAACATAAAGTTTT
GTACGCGTTTAGGAGGAGAGAAATGCGCAGAGAGACTAGCGAGGTTGGGACTCGAGTCCC
TGGGGAGACAGACGCATGACAGTTTGTTGTTTAATCACTACGAGATCTGGTTCGGGTTTA
GACGGATCAAAGGATAAAGTTTAGTTTATGATTTTGATCCCCCACGGCATGTAACGGCTC
CATCCTAAGAGAAGACTGGTTCGATAGATGATTGTGTTGTGGAGTAAGTTACTACGAGTC
TTTGGAGCAAGAGAGCTCACAAAAAAGCATGAAGTACGCGAATGGTGATGGAGACTCATG
TATTGATGATATATTAGCCAATTGATTTTTTATTTGTTTGTTTCAAATAGTTGTTGTATT
GTTGTGTGTTTGTAATTCTGTTTGTAGTTCGAGTTACCT

QA 1 759 1 759
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6017Contig1 1473 2 2 U
GGAAAACAGAGAGAAACACAGCAACAACAAAATGGTAACTAGAGAAAAAAAACCAGTGAT
CTTTCTCTTTATTTTCCCTCTACAAGGTCACTTAAACCCTAATTTTCAACTTGCCAACAT
CCTATTCAACAGAGGCTTCTCCATCACTGTAATTCACACTGAGTTCAACGCGCCAAACTC
TTCCAACTTCCCTCATTTCACTTTCGTTTCCATACCTGACGGTTTGTCTGAATCCGAAGC
CTCGAATCCCGACGTCATCGAGCTTCTCCATGACCTCAATACCAAGTGCGTTGCTCCATT
TGGTGATTGCTTGAAGAAACTTTTGTCACAAGAACCAACTGCTGCTTGTGTGATTGTAGA
TGCTCTTTGGTACTTCACTGATGGTTTAACCGAGAAGTTCGGTATCCCGAGGATGGTTCT
CCGGACGGTTAACCTCTCGGCTTTTGTTGCTTTCTCAAAGTTTCATGTCTTACGGGAGAA
AGGTTATCTTTCCCTACAAGAGTCTCAAGCCAACTTACCAGTTCCAGAGCTTCCACATCT
TAGAATGAAAGATCTTCCATGGTTCCAGACAGATGATCCAAGATCAGGAGATAAATTAAA
GAAAGGTGTGCTGAAGTCACTAAAGTCATCCTCAGGAATCATATTCAACGCTATTCAAGA
TATTGAGCCAGAACAGCTAAAACAAACTCACAAAGAGTTCCCTGTCCCGCTCTTCTGTGC
TGGACCGTTTCACAGGCACGTCTCGCCTTCATCCAGCAGCTTACTTACACAAGACATGAC
CTGTCTCTCCTGGCTAGACAATCAAGAACCGAACTCCGTGATCTACGTAAGTCTTGGAAG
CATTGCTTCGATAGACGAATCTGAGTTCTTGGAGATTGCTTGGGGTCTAAGAAACAGCAA
CCAGCCTTTTCTATGGGTGGTTAGACCCGGCTTGGTCCGCGGCACGGAGTGGATTGAGAT
TCTCCCTAAAGGGTTCATCGAAAGCTTTGAAGGTATGGGTAAGATCGTGAAATGGGCGCC
TCAGATAGAGGTTTTAGCTCACCGCGCAACAGGAGGGTTTCTTGACACATTGTGGATGGA
ACTCGACGATTGAGAGCATATGTGAAGGTGTACCGTTGATATGCAAACCTTCTTTTGGGG
ACCAGAGGGTGAATGCAAGGTACATTAGTGATGTTTGGAGGATCGGTCTGCATTTGGAGA
ACAAGATTGAGAGACTGGAGATAGAAAGTGCTGTTAGAACACTGATGAAGAGCTCACAAG
GAGAAGAGATTCGTAAGAGGATCATGCCCATGAAGGAAACTGCTGAGAAATGCCTTGAGC
CTGGAGGTTCATCGTTTCGGAATCTTGAAAAGTTAATTGCTCATGTATTGTCTTTTTAAA
TGTCCACCTCTTGTTTGCTTTGTTTAAATTTGATATGAACTCCAAAAATAAGACACATCT
GATTTGTCACATATCGATAATAAATCTTTCTCG


BQ
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AS 1 2

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AF RR1AE60TF U 1
AF RR1BP50TF U 540
BS 1 765 RR1AE60TF
BS 766 943 RR1BP50TF

RD RR1AE60TF 765 0 0
GGACTTCTCTCTCACCGTCTCACCGCTTTCGAAAGTAACAATGCCGCAGGGAGATTATAT
CGATTTGCACCAGAAGAGGCATGGACGCCGACTCGATTACGAAGAGCGCAAGCGCAAGAA
GGAGGCGCGTGCAGTTCACAAGCGCTCCAAACAGGCTCAGAATTCTATAGGTATAAAGGG
TAAGATGATTGCTAAGAAAAACTATGCTGAGAAAGCTCAAATGAAGAAAACATTGAAGAT
GCATGAGGAGAGTTCATCAAGGCGTAAAACTGATGAGGATGTTCAGGAAGGAGCTGTTCC
TGCTTATCTTCTTGATCGTGAGAATACCTCTCGGGCCAAGGTTCTTAGCAACACTATTAA
ACAAAAGAGGAAAGAGAAAGCTGGCAAGTGGGAGGTTCCTCTGCCAAAGGTCCGTCCCGT
GGCTGAAGATGAGATGTTCAGAGTCATCAGATCTGGGAAGAGGAAAACAAAACAGTGGAA
GAGGATGGTTACAAAAGCTACATTTGTTGGACCTGGTTTCACTAGGAAGCCGCCAAAGTA
CGAGCGATTCATCCGCCCTTCTGGACTTCGTTTCACCAAGGCCCACGTCACTCACCCTGA
ACTAAGATGCACTTTCTGTCTTGAGATCATCGGAATCAAGAAGAATCCCAACGGTCCAAT
GTATACATCGCTTGGTGTCATGACCAGAGGAACAATCATCGAGGTCAATGTGAGTGAGCT
TGGTCTTGTTACACCAGCTGGAAAAGTTGTCTGGGGGAAGTACGC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1BP50TF 404 0 0
ACGAGCGATTCATCCGCCCTTCTGGACTTCGTTTCACCAAGGCCCACGTCACTCACCCTG
AACTAAGATGCACTTTCTGTCTTGAGATCATCGGAATCAAGAAGAATCCCAACGGTCCAA
TGTATACATCGCTTGGTGTCATGACCAGAGGAACAATCATCGAGGTCAATGTGAGTGAGC
TTGGTCTTGTTACACCAGCTGGAAAAGTTGTCTGGGGGAAGTACGCTCAGGTGACAAACA
ATCCAGAGAATGACGGGTGTATAAACGCTGTTCTGCTTGTGTAATCAAAATCTCCGGCGA
GAATCATGTTGTTTACTTTTTTTTTTGTTCTCTACTGAAACAATTTTGTCTTTAACTCAA
GCTTTTTATTTATCGGTGTTCTTTATTACATTTTAAGCAAGCCT

QA 1 404 1 404
DS 



AS 1 2

CO CL6019Contig1 1085 2 2 U
CATCATCATCATTTAATCTCAACATTACTCTCTTCATTCTACATCTCTTCTTTCATCCAT
CACCGTATAACTTAAGAGCTGATATAGAGAACATGAGCAGAACGGAGTCAGTGGGCTTGA
CCAGAGGAGGAATGTTGCAGTCAAGTAGTTGCAATCGCCTTATGAACTGTTCTGAGTCCT
TCAAGAGGGACAGTGTGATTAGCAACGGTGGTTCAGCTGAAGTGAGGGGAAGCTTGGAGC
GCAAGAAATCAAAGAGTTTTAAGGAAGGAGAAAGTTATCCTTCTTGTCTCATAACGGAGG
CTCCTGGGAGTATAGCCGCCGTGAGGAGGGAGCAAGTGGCTGCACAACAAGCCCTAAGGA
GACTGAAGATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACCCTAACTAATTTCAACTCATCCA
AAGTTGTCCCTCTTATTCATCCTCAACCTCATCCTCAAAGATGCAGCTTCCTTACCCCTA
CTTCTGATCCTTTTTACGTTGCCTACCATGATGAAGAATGGGGAGTCCCTGCCCATGATG
ACAAGACTTTGTTCGAGCTTCTTACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGTTCTGATTGGACGT
CAACCTTGAGAAAACGCCATGACTTCAAGAAGGCGTTTATGGAGTTTGAGGCGGAAGCGG
TTGCCAAACTTAGCGAGAAAAAGATGAATGCAATAAGCATCGAATACAAGATAGAGATGA
GCAAAGTGAGAGGTGTTGTAGAGAATGCTACAAAGATCATAGAGGTCAAGAAAACGTTCG
GGTCACTAGAGAGATACCTTTGGGGGTTTGTGAACCACAAGCCCATTTCCACGAACTACA
AGTTAGGCCACAAGATTCCTGTCAAGACATCGAAGTCGGAGAGCATAAGCAAAGACATGG
TCCGTCGAGGCTTCCGGTTCGTAGGTCCCACTGTTGTTCACTCCTTCATGCAAGCCGCTG
GTTTAACCAATGACCACTTGCTCACTTGTTACCGTCACATTCCTTGCACTTTCCTCACTA
CTAATCCTTAATTTTTGTTTTTATGTTCTATTTCTTTACTTAATTGAAAGTGCTTTTTTT
TTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1CT64TF U 1
AF RR1CT64JQ C 491
BS 1 625 RR1CT64TF
BS 626 1085 RR1CT64JQ

RD RR1CT64TF 625 0 0
CATCATCATCATTTAATCTCAACATTACTCTCTTCATTCTACATCTCTTCTTTCATCCAT
CACCGTATAACTTAAGAGCTGATATAGAGAACATGAGCAGAACGGAGTCAGTGGGCTTGA
CCAGAGGAGGAATGTTGCAGTCAAGTAGTTGCAATCGCCTTATGAACTGTTCTGAGTCCT
TCAAGAGGGACAGTGTGATTAGCAACGGTGGTTCAGCTGAAGTGAGGGGAAGCTTGGAGC
GCAAGAAATCAAAGAGTTTTAAGGAAGGAGAAAGTTATCCTTCTTGTCTCATAACGGAGG
CTCCTGGGAGTATAGCCGCCGTGAGGAGGGAGCAAGTGGCTGCACAACAAGCCCTAAGGA
GACTGAAGATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACCCTAACTAATTTCAACTCATCCA
AAGTTGTCCCTCTTATTCATCCTCAACCTCATCCTCAAAGATGCAGCTTCCTTACCCCTA
CTTCTGATCCTTTTTACGTTGCCTACCATGATGAAGAATGGGGAGTCCCTGCCCATGATG
ACAAGACTTTGTTCGAGCTTCTTACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGTTCTGATTGGACGT
CAACCTTGAGAAAACGCCATGACTT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1CT64JQ 595 0 0
TTTTTACGTTGCCTACCATGATGAAGAATGGGGAGTCCCTGCCCATGATGACAAGACTTT
GTTCGAGCTTCTTACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGTTTTGATTGGACGTCAACCTTGAG
AAAACGCCATGACTTCAAGAAGGCGTTTATGGAGTTTGAGGCGGAAGCGGTTGCCAAACT
TAGCGAGAAAAAGATGAATGCAATAAGCATCGAATACAAGATAGAGATGAGCAAAGTGAG
AGGTGTTGTAGAGAATGCTACAAAGATCATAGAGGTCAAGAAAACGTTCGGGTCACTAGA
GAGATACCTTTGGGGGTTTGTGAACCACAAGCCCATTTCCACGAACTACAAGTTAGGCCA
CAAGATTCCTGTCAAGACATCGAAGTCGGAGAGCATAAGCAAAGACATGGTCCGTCGAGG
CTTCCGGTTCGTAGGTCCCACTGTTGTTCACTCCTTCATGCAAGCCGCTGGTTTAACCAA
TGACCACTTGCTCACTTGTTACCGTCACATTCCTTGCACTTTCCTCACTACTAATCCTTA
ATTTTTGTTTTTATGTTCTATTTCTTTACTTAATTGAAAGTGCTTTTTTTTTTTT

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL6020Contig1 1021 2 2 U
GGGGGTGAATCTTCTAGACAAAGTGATGTCGAGCTAGGTGAACAAGGAGGTGATCAAGGT
TTAGAAGATTTCTTCAAGAAGGTTCAAGACATTGACAAACAATATGAAAAGCTTAATAAG
CTTCTTAAGAAACTTCAGGCTGCCCATGAGGAGTCCAAGGCTGTGACCAAAGCTCCTGCC
ATGAAGGCAATAAAGAAGAAAATGGAAAAAGACGTTGATGAAGTCGGAAGTATTGCTCGT
TTCATAAAGGGCAAACTCGAGGAGCTAGACAGAGAGAACTTGGCAAATAGACAAAAACCT
GGTTGCGGGAAAGGGTCTGGTGTGGATCGATCAAGAACAGCGACCACACTTTCCTTAAAG
AAAAAGTTTAAAGACAAGATGGCTGAGTTCCAGGTTCTAAGAGAAAACATCCAACAAGAG
TACCGCGAGGTGGTTGACAGGCGTATTTATACAGTAACTGGAGAGCGAGCAGATGAAGAT
ACAATTGATGAGTTGATCGAAACTGGAAACAGCGAACAGATCTTCCAGAAAGCGATTCAG
GAGCAAGGAAGAGGACAGGTGATGGACACGTTGGCCGAAATTCAAGAACGTCATGATGCT
GTCAGAGACTTGGAAAAGAAACTTCTTGACTTACAACAAATTTTCATGGACGTGGCAGTG
TTGGTTGATGCACAAGGAGAAATGCTTGACAACATAGAATTTCAGTTGTCAAATGCGGTA
GATCACGTGCAATCAGGGAACACGGCTCTTTAAAGAGCAAAGAGCTTACAGAAGAGCTCA
AGAAAATGGATGTGTATCGCAATCATCATACTACTCATTGTTGTCGCAGTGATCGTTGTT
GGTGTCCTCAAGCCTTGGCAAAACAAGAATGCTTGAAGAGGAAAACAAAGCATGTATTAA
CAAACAGACAAACCATCACTACGTTACGTACGGCTTTGATTGAATTGAGTGTTTGTGAAA
TGTGTGAGTGAAGCTTGTGTGTTTTTTACCAAGATACCCAAAAAATGAAATTTTATAATA
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1DH19TF U 1
AF RR1DH19JQ C 404
BS 1 537 RR1DH19TF
BS 538 1021 RR1DH19JQ

RD RR1DH19TF 537 0 0
GGGGGTGAATCTTCTAGACAAAGTGATGTCGAGCTAGGTGAACAAGGAGGTGATCAAGGT
TTAGAAGATTTCTTCAAGAAGGTTCAAGACATTGACAAACAATATGAAAAGCTTAATAAG
CTTCTTAAGAAACTTCAGGCTGCCCATGAGGAGTCCAAGGCTGTGACCAAAGCTCCTGCC
ATGAAGGCAATAAAGAAGAAAATGGAAAAAGACGTTGATGAAGTCGGAAGTATTGCTCGT
TTCATAAAGGGCAAACTCGAGGAGCTAGACAGAGAGAACTTGGCAAATAGACAAAAACCT
GGTTGCGGGAAAGGGTCTGGTGTGGATCGATCAAGAACAGCGACCACACTTTCCTTAAAG
AAAAAGTTTAAAGACAAGATGGCTGAGTTCCAGGTTCTAAGAGAAAACATCCAACAAGAG
TACCGCGAGGTGGTTGACAGGCGTATTTATACAGTAACTGGAGAGCGAGCAGATGAAGAT
ACAATTGATGAGTTGATCGAAACTGGAAACAGCGAACAGATCTTCCAGAAAGCGATT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1DH19JQ 618 0 0
AAAACATCCAACAAGAGTACCGCGAGGTGGTTGACAGGCGTATTTATACAGTAACTGGAG
AGCGAGCAGATGAAGATACAATTGATGAGTTGATCGAAACTGGAAACAGCGAACAGATCT
TCCAGAAAGCGATTCAGGAGCAAGGAAGAGGACAGGTGATGGACACGTTGGCCGAAATTC
AAGAACGTCATGATGCTGTCAGAGACTTGGAAAAGAAACTTCTTGACTTACAACAAATTT
TCATGGACGTGGCAGTGTTGGTTGATGCACAAGGAGAAATGCTTGACAACATAGAATTTC
AGTTGTCAAATGCGGTAGATCACGTGCAATCAGGGAACACGGCTCTTTAAAGAGCAAAGA
GCTTACAGAAGAGCTCAAGAAAATGGATGTGTATCGCAATCATCATACTACTCATTGTTG
TCGCAGTGATCGTTGTTGGTGTCCTCAAGCCTTGGCAAAACAAGAATGCTTGAAGAGGAA
AACAAAGCATGTATTAACAAACAGACAAACCATCACTACGTTACGTACGGCTTTGATTGA
ATTGAGTGTTTGTGAAATGTGTGAGTGAAGCTTGTGTGTTTTTTACCAAGATACCCAAAA
AATGAAATTTTATAATAT

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL6021Contig1 270 2 1 U
GCAACGGGTTTTATCGTAACTTGGTGAAAGAGTTCTTAGACGCAGGGGCTGAGCTTGAAG
CGATTCAGAAGCGGATGGCGGTTGAAGCGGCTTCGTTTGCGGTTCCGGGTTTTGGTTTAT
CTTTCGCCTCTATGTCAGTTCATGACCGAGCACCACGTCAGTTTACTGGATAGTAATATT
GATGATCATATTCATATTAATTTTCATAAGTATTACCTTTGTTGTTGTTGTAATTGTATC
TTATAAACTAATTTTTAAATCATTTTGCGT


BQ
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AF RR1EX13JQ C 1
AF RR1EX13TF U 1
BS 1 270 RR1EX13TF

RD RR1EX13JQ 270 0 0
GCAACGGGTTTTATCGTAACTTGGTGAAAGAGTTCTTAGACGCAGGGGCTGAGCTTGAAG
CGATTCAGAAGCGGATGGCGGTTGAAGCGGCTTCGTTTGCGGTTCCGGGTTTTGGTTTAT
CTTTCGCCTCTATGTCAGTTCATGACCGAGCACCACGTCAGTTTACTGGATAGTAATATT
GATGATCATATTCATATTAATTTTCATAAGTATTACCTTTGTTGTTGTTGTAATTGTATC
TTATAAACTAATTTTTAAATCATTTTGCGT

QA 1 270 1 270
DS 

RD RR1EX13TF 270 0 0
GCAACGGGTTTTATCGTAACTTGGTGAAAGAGTTCTTAGACGCAGGGGCTGAGCTTGAAG
CGATTCAGAAGCGGATGGCGGTTGAAGCGGCTTCGTTTGCGGTTCCGGGTTTTGGTTTAT
CTTTCGCCTCTATGTCAGTTCATGACCGAGCACCACGTCAGTTTACTGGATAGTAATATT
GATGATCATATTCATATTAATTTTCATAAGTATTACCTTTGTTGTTGTTGTAATTGTATC
TTATAAACTAATTTTTAAATCATTTTGCGT

QA 1 270 1 270
DS 



AS 1 2

CO CL6022Contig1 596 2 1 U
GGGGTCATTACGACGTCGTTAAGGTTCTTCTTAGCAGGAGAGCTAACATCGATGCTCGTG
ACCGTTGGGGCAGTACGGCGGCTGTTGATGCCAAATATTATGGAAATAGCGAAGTGTATA
ATCTCTTGAAAGCTCGAGGAGCTAAAGCCCCGAAAACAAGAAAGACTCCAATGACGGTGG
GAAATCCAAAAGAAGTCCCTGAGTATGAGCTTAATCCACTCGAGCTTCAAGTCAGGAAAG
TTGATGGCATCTCAAAGGGAACATATCAAGTTGCTAAATGGAATGAGACTCGAGTCTCAG
TAAAAATATTCGATAAAGATAGTTATTCAGATCCTGAACGAGTAAATGCGTTCAACCATG
AATTAACTTTGCTAGCTAAAGCTCGGCATCAAAATATAGTTCAATTTGTTGGATCTGTCA
CTCAAAATCTACCTATGATGACTGTGGTTGAGCATAATCCAAAAGGTGATCTAGGTGGTT
ATCTTCAAAAGAAAGGTCGCCTTTCTCCTTCAAAGGCTCTGAGATTTGCTCTTGATATTG
CCAGAGCATGAACTATCTTCATGAATGTAAACCGGACCCGGTCATCCACTGCGATT


BQ
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AF RR1EB71TF U 1
AF RR1E558TF U 1
BS 1 596 RR1E558TF

RD RR1EB71TF 461 0 0
GGGGTCATTACGACGTCGTTAAGGTTCTTCTTAGCAGGAGAGCTAACATCGATGCTCGTG
ACCGTTGGGGCAGTACGGCGGCTGTTGATGCCAAATATTATGGAAATAGCGAAGTGTATA
ATCTCTTGAAAGCTCGAGGAGCTAAAGCCCCGAAAACAAGAAAGACTCCAATGACGGTGG
GAAATCCAAAAGAAGTCCCTGAGTATGAGCTTAATCCACTCGAGCTTCAAGTCAGGAAAG
TTGATGGCATCTCAAAGGGAACATATCAAGTTGCTAAATGGAATGAGACTCGAGTCTCAG
TAAAAATATTCGATAAAGATAGTTATTCAGATCCTGAACGAGTAAATGCGTTCAACCATG
AATTAACTTTGCTAGCTAAAGCTCGGCATCAAAATATAGTTCAATTTGTTGGATCTGTCA
CTCAAAATCTACCTATGATGACTGTGGTTGAGCATAATCCA

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR1E558TF 596 0 0
GGGGTCATTACGACGTCGTTAAGGTTCTTCTTAGCAGGAGAGCTAACATCGATGCTCGTG
ACCGTTGGGGCAGTACGGCGGCTGTTGATGCCAAATATTATGGAAATAGCGAAGTGTATA
ATCTCTTGAAAGCTCGAGGAGCTAAAGCCCCGAAAACAAGAAAGACTCCAATGACGGTGG
GAAATCCAAAAGAAGTCCCTGAGTATGAGCTTAATCCACTCGAGCTTCAAGTCAGGAAAG
TTGATGGCATCTCAAAGGGAACATATCAAGTTGCTAAATGGAATGAGACTCGAGTCTCAG
TAAAAATATTCGATAAAGATAGTTATTCAGATCCTGAACGAGTAAATGCGTTCAACCATG
AATTAACTTTGCTAGCTAAAGCTCGGCATCAAAATATAGTTCAATTTGTTGGATCTGTCA
CTCAAAATCTACCTATGATGACTGTGGTTGAGCATAATCCAAAAGGTGATCTAGGTGGTT
ATCTTCAAAAGAAAGGTCGCCTTTCTCCTTCAAAGGCTCTGAGATTTGCTCTTGATATTG
CCAGAGCATGAACTATCTTCATGAATGTAAACCGGACCCGGTCATCCACTGCGATT

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

CO CL6023Contig1 679 2 2 U
GGGCTTCTTCTCTTTTCTGAAAATGGCGTCAAAATCGTGTCTAGCTTTCAAGAGACTTCT
CTCTTCCTCCACCGTCGTCTCTCGATCCGTTCGTCCAGCGGCTGCTGCTTATCGCCTCTT
CAATACCAAATCAGGCTTATACGAACCGATTACACCAGCGATGAGCTTGAACCACGTGGT
TAAACCCCTAAAGGACGAAGCCGCTCTGGTAGTAGCAACGGGTGGAAGAATTGGGTGGGA
TGTGAAAGAGAAAGAGAATGCGTTACACGTGAGGATTGATATGCCGGGGCTTGGCAGAGA
GGATGTGAAGGTGTCGTTGGAAGAGGACACACTTGTGATCAAAGGGGAAACTCAGGAGGA
CGAAGGACGTAAGTTTTCAAGCAGGATAGAGTTGCCCGAAGAAGAATACAAGGCGGATGA
GATAAAGGCGGAGATGAAAAACGGCGTGCTGCGAGTGGTGGTTCCTAAGATCATACAGCG
AGACTGTGACGATGCTCTCCACATCGAGGTCGACTAGAGTTTAATCTCTCCTTTGGTTAA
TCAAATTATATCCAGTTTCTTGGGACTTTGTCAATTGATCGTTTTGGTGGCCATGTTTGA
AATGTCATTTCTTCGCCTGAAACTCTTAAATTCAGCTCTCCACTGTTAGATTACGATTTA
AGTGTGACCACAAAAATCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA82TF U 1
AF RR1EA82JQ C 9
BS 1 139 RR1EA82TF
BS 140 679 RR1EA82JQ

RD RR1EA82TF 139 0 0
GGGCTTCTTCTCTTTTCTGAAAATGGCGTCAAAATCGTGTCTAGCTTTCAAGAGACTTCT
CTCTTCCTCCACCGTCGTCTCTCGATCCGTTCGTCCAGCGGCTGCTGCTTATCGCCTCTT
CAATACCAAATCAGGCTTA

QA 1 139 1 139
DS 

RD RR1EA82JQ 671 0 0
TCTCTTTTCTGAAAATGGCGTCAAAATCGTGTCTAGCTTTCAAGAGACTTCTCTCTTCCT
CCACCGTCGTCTCTCGATCCGTTCGTCCAGCGGCTGCTGCTTATCGCCTCTTCAATACCA
AATCAGGCTTATACGAACCGATTACACCAGCGATGAGCTTGAACCACGTGGTTAAACCCC
TAAAGGACGAAGCCGCTCTGGTAGTAGCAACGGGTGGAAGAATTGGGTGGGATGTGAAAG
AGAAAGAGAATGCGTTACACGTGAGGATTGATATGCCGGGGCTTGGCAGAGAGGATGTGA
AGGTGTCGTTGGAAGAGGACACACTTGTGATCAAAGGGGAAACTCAGGAGGACGAAGGAC
GTAAGTTTTCAAGCAGGATAGAGTTGCCCGAAGAAGAATACAAGGCGGATGAGATAAAGG
CGGAGATGAAAAACGGCGTGCTGCGAGTGGTGGTTCCTAAGATCATACAGCGAGACTGTG
ACGATGCTCTCCACATCGAGGTCGACTAGAGTTTAATCTCTCCTTTGGTTAATCAAATTA
TATCCAGTTTCTTGGGACTTTGTCAATTGATCGTTTTGGTGGCCATGTTTGAAATGTCAT
TTCTTCGCCTGAAACTCTTAAATTCAGCTCTCCACTGTTAGATTACGATTTAAGTGTGAC
CACAAAAATCT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL6024Contig1 1016 2 2 U
AAATTCAAAAGGATTTCGAGACTTGTGATGTGATCTCAACACCATCTTCTAAGAGCAAAG
AAGGAAGAAGAAGAAGAGTAGAAGGAAGGAAAGAAGGAGGAGGGATTGTTAACCAGTGAG
GAGTCATGGACTGGCCGCAAGTTTCCTCTAGATCAAGCTCTCTTACCGTTGGAGAGCAAC
TCTGCGCCGTATTCATACCTATCTTTGCCATTTTTGATTTCCTTTTCTCCACCGTGGGAC
AATGCTTCGATTGCCGCAGCCGCCGCCGATCGCCTCAGACATGCCAGCAGGCGAATCTGG
CTCTTCTTGCCCTTGACTCTCCATTTTCAGTCAATGAAGTTGAAGCATTGTATGGGTTAT
TCAAGAAACTTAACTGTTCAATTATTGATGATGGCTTGATTCACAAGGAAGAGCTTCAGC
TGGCGCTTTTCCAAGCTCCATATGGTGAGAACCTCTTTCTTGATAGGGTTTTTGATTTGT
TTGATGAAAAGAAGAATGGAGTTATTGAGTTTGAGGAATTTATACATGCCTTGAGTGTGT
TTCATCCCTACGCACCAATTGATGAGAAGATCGACTTTGCGTTTAGGCTCTATGATCTTA
GACAAACAGGGTTTATAGAGCGAGAAGAGGTGCATCAAATGGTGGCTGCTATTCTGATGG
AATCTGAAATGATTCTGTCCGATGAACTTCTGACCATGATCATTGATAAAACATTTGCTG
ATGCAGATTCTGACAAAGACGGTAAAATAAGCAAGGAGGAATGGAAAGTGTATGTGCTTA
AGCATCCAACCTTGTTGAAGAACATGACTCTTCCTTACCTAAAGGATGTGATGACTGCAT
TCCCAAGTTTTGTATTCAACACCGAGGTTGAAGACTGAGACGACAACAACAGCACCGGTT
ATCTCTTTCTTCTTGACTTTTTTTACGTACAGAAAAACAGAGTTGTAAATGTGAGGTTGC
TGATATCGTCATTGTTGACTGTTCCATTGAAAGTAATAAAAAATTATTTCTTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E971TF U 1
AF RR1E971JQ C 269
BS 1 398 RR1E971TF
BS 399 1016 RR1E971JQ

RD RR1E971TF 398 0 0
AAATTCAAAAGGATTTCGAGACTTGTGATGTGATCTCAACACCATCTTCTAAGAGCAAAG
AAGGAAGAAGAAGAAGAGTAGAAGGAAGGAAAGAAGGAGGAGGGATTGTTAACCAGTGAG
GAGTCATGGACTGGCCGCAAGTTTCCTCTAGATCAAGCTCTCTTACCGTTGGAGAGCAAC
TCTGCGCCGTATTCATACCTATCTTTGCCATTTTTGATTTCCTTTTCTCCACCGTGGGAC
AATGCTTCGATTGCCGCAGCCGCCGCCGATCGCCTCAGACATGCCAGCAGGCGAATCTGG
CTCTTCTTGCCCTTGACTCTCCATTTTCAGTCAATGAAGTTGAAGCATTGTATGGGTTAT
TCAAGAAACTTAACTGTTCAATTATTGATGATGGCTTG

QA 1 398 1 398
DS 

RD RR1E971JQ 748 0 0
GATCG
CTCAGACATGCCAGCAGGCGAATCTGGCTCTTCTTGCCCTTGACTCTCCATTTTCAGTCA
ATGAAGTTGAAGCATTGTATGGGTTATTCAAGAAACTTAGCTGTTCAATTATTGATGATG
GCTTGATTCACAAGGAAGAGCTTCAGCTGGCGCTTTTCCAAGCTCCATATGGTGAGAACC
TCTTTCTTGATAGGGTTTTTGATTTGTTTGATGAAAAGAAGAATGGAGTTATTGAGTTTG
AGGAATTTATACATGCCTTGAGTGTGTTTCATCCCTACGCACCAATTGATGAGAAGATCG
ACTTTGCGTTTAGGCTCTATGATCTTAGACAAACAGGGTTTATAGAGCGAGAAGAGGTGC
ATCAAATGGTGGCTGCTATTCTGATGGAATCTGAAATGATTCTGTCCGATGAACTTCTGA
CCATGATCATTGATAAAACATTTGCTGATGCAGATTCTGACAAAGACGGTAAAATAAGCA
AGGAGGAATGGAAAGTGTATGTGCTTAAGCATCCAACCTTGTTGAAGAACATGACTCTTC
CTTACCTAAAGGATGTGATGACTGCATTCCCAAGTTTTGTATTCAACACCGAGGTTGAAG
ACTGAGACGACAACAACAGCACCGGTTATCTCTTTCTTCTTGACTTTTTTTACGTACAGA
AAAACAGAGTTGTAAATGTGAGGTTGCTGATATCGTCATTGTTGACTGTTCCATTGAAAG
TAATAAAAAATTATTTCTTCTGC

QA 6 748 6 748
DS 



AS 1 2

CO CL6025Contig1 1191 2 2 U
GGCTCAAAACATTCTCTCCCAAAGGAGATTAGATTCTACGCACGCGCCACCGGAGAGGAA
GATTAGCGTGGACTGGGGAAAAAAAAAGAGAGAATCGATTCGTTTTCCCAATCGGATTGG
CTTAGGAGATGGTGACAGGCGCGGTCTCCGCCATGGCGGCGAAACAAGCCGAGCGGTTAA
AGGAAGACGGCAACAATTGCTTCAAGAAGGAACGTTTCGGCGCCGCCATTGATGCTTATA
CAGAGGCGATAACTTTGTCACCCAAGGTTCCTGTTTACTGGACTAATCGAGCTCTCTGCC
ACATGAAGCGAAAGGATTGGACTAGGGTTGAAGAGGACTGTCGTAAAGCTATTCAGCTTG
ACCATGATTCTGTTAAGGCTCACTACATGCTAGGACTTGCTTTATTGCAGAGGGAAGATT
ATGCTGATGGAGTCAAAGCGTTGCAAAGGGCTTTAGATTTTGGAAGAGGCGCAAATCCAA
CAGGGTACATGGTAGAAGAAATATGGGAAGAGCTGTCGAAAGCAAAATACATGGAGTGGG
AACTGCTTTCTGCTAGGCGCTCGTGGGAATTGAACAGTTTGAAGGAAACCTGCGTGGCGG
CTCTTAATCAACAACGTGCTTTAGATATGTCTCGAACAGAAGAGTCCTCGGAAGAAGACT
ATTCTTCCCATACTGAGCAGCTGAGATCTCTTGACCGAGTGTTTGAGAAAGCTGCAGAAG
AGGACAAACCAACCGAGGTGCCAGATTACTTGTGTTGCAACATTACTCTTTAGATATTCC
GGGATCCTGTGATTTCTCCAAGTGGGGTTACATATGAAAGAGCAGCTATCCTTGAACATA
TTAACAAGGTGGGAAGGTTTGATCCTATAACGCGTGAGAAACTCGATCCATCCAAACTCG
TTCCAAATTTGGCTATCAAAGAGGCAGTGGCTGCTTATCTAGAGAAGCACGTTTGGGCTT
ACAAGATGGGTAGTTGATTCAAAATGGGGCTTGAACATACACACAATGAAGCGGAAGAGA
TATATCTAGTTTGAACAAAACAGACCGCCCGTTTTTACCTTTTCAGTTTCTGTGTGTTTT
TTGCTTGCCCAATGGGTTTAAGTGTAAGATACTCTTACCTTGTATATATATTTATATATT
GCACAATGTGGCTTTTGGGTTTAACCATGGGGAATAGTCCAAACCAGAACC


BQ
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AF RR1CN40JQ C 463
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ATTCT

QA 1 665 1 665
DS 

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AGAAGCACGTTTGGGCTTACAAGATGGGTAGTTGATTCAAAATGGGGCTTGAACATACAC
ACAATGAAGCGGAAGAGATATATCTAGTTTGAACAAAACAGACCGCCCGTTTTTACCTTT
TCAGTTTCTGTGTGTTTTTTGCTTGCCCAATGGGTTTAAGTGTAAGATACTCTTACCTTG
TATATATATTTATATATTGCACAATGTGGCTTTTGGGTTTAACCATGGGGAATAGTCCAA
ACCAGAACC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

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AAGAGTGATATTACTGCAACAACCCTCAAACATAATGGGTCAGAGAAAGTTTATCCCGGC
CAAAGATGCGTGCTCTATACAGTGGGACGTGCTATGGACTGATCTGGTAACCATGGAACT
GACTGACGGGAAAAGAGACCAACCTAACTCCCCACCTTCCCGTCTTATTCTCTATCTGAG
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CCGTATTGTCAAATGCAGTCCAAACACCAAGCAGGCCTTTGAGGTTTACTCAGCCATCGA
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AAAGCCGTACTCCCCAATGTCCGAGAGTTCTTGGGCTGAAAGAAGTTCTCAACAAATGCC
AGCTTCAGTTACACCATCTTCAACCTTTGGCACAATCCCAACGACCAGCTCGGGTTAAGG
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CTGGTAAAGACTCTTTCCCGCTTCTCCTTGAACAAAGCTTTACTTTTGTTTTCTTACAAC
CGTCTGAAAACACCAGTGTCTCCATTCTGCAAATTCGTCTGATCTTTAATAGACATGTAT
TTGTTTTCAGGTGGGGGAGAAGAAGCACAGCTTTGGTTTAAAAAATACATTTTCGTTTTC
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TGTATATAAACGTTTGCAGTACAGACTTCTCAAACATTAGACTGGTGTTGATCAACACAT
GTATACGACGCCACGGGCTGCCTTATATAAAATTTATTAATTCTTTCG


BQ
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AF RR1H169TF U 1
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AGCTTCAGTTACACCATCTTCAACCTTTGGCACA*TCCCA*CGACCAGCTCGG

QA 1 713 1 713
DS 

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CATTAACTCGTACGGCCAAAAAGCTTCAAAGGGATTGGTGAAAAACAAAGTGACAAGGCC
GTACTCCCCAATGTCCGAGAGTTCTTGGGCTGAAGGAAGTTCTCAACAAATGCCAGCTTC
AGTTACACCATCTTCAACCTTTGGCACAATCCCAACGACCAGCTCGGGTTAAGGTTTTAA
ATGTATGAATCTTTGAGCTCTGTTTCCTTCCAATGTTCCCATTCTCCTCCTGGTCTGGTA
AAGACTCTTTCCCGCTTCTCCTTGAACAAAGCTTTACTTTTGTTTTCTTACAACCGTCTG
AAAACACCAGTGTCTCCATTCTGCAAATTCGTCTGATCTTTAATAGACATGTATTTGTTT
TCAGGTGGGGGAGAAGAAGCACAGCTTTGGTTTAAAAAATACATTTTCGTTTTCTTCTAA
TTTTCCTGGTGTAGGATTTTTGCAATAGTATCGTGGAAATATAAAATATGTTTGTGTATA
TAAACGTTTGCAGTACAGACTTCTCAAACATTAGACTGGTGTTGATCAACACATGTATAC
GACGCCACGGGCTGCCTTATATAAAATTTATTAATTCTTTCG

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL6027Contig1 690 2 2 U
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ATTCTCCTTTCGAACTCTCTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGAGACGCCAAGCAAAG
TCATTTTCTTTGTGGATATACAAAGATGACAACAATCGAAACAGGTCCAAAAACTCAAAA
GCCATCATCTCCTTCCACTACTCTCAAGCAACCATCTTCCTCTTCATCGTTTAAAAGGTG
GGGAAGGAGACACCCTTTTGTTAGATACGGACTTCCCATGATCTCTCTCACTGTTTTTGG
AGCCCTTGGACTCAGCCAACTCCTCCAAGGCAGTAAGGACATTGCAAAGGTGAAAGACGA
CCAGGAATGGGAGATTATCGAGACGAGAAAGGCTCTTTCTAGAACTGGACCTGTCGATGC
TTACAAACCTAAAAACACTTCCATCGAAGACGAGCTCAAGGCTATGCAAGGGAAGGTGGA
CATAAACTCGTACGAATACAAGAAAATCCCAAAGCTAAACGAAGGCAAGTCGAGTTGAGT
GAAATCTTGTAACGAATAATTTTACTGTATCAGAATCTTCTTTCTTCTTAGATGCGTTTC
TTGTTTTAGCTTTATGAAGACAAGTAGAATGCCAAGTAAGATTTTTGACCTTTCCTAAAC
CATTAACAGAGATGGGTTGATATATTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP29TF U 1
AF RR1EP29JQ C 218
BS 1 679 RR1EP29TF
BS 680 690 RR1EP29JQ

RD RR1EP29TF 679 0 0
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ATTCTCCTTTCGAACTCTCTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGAGACGCCAAGCAAAG
TCATTTTCTTTGTGGATATACAAAGATGACAACAATCGAAACAGGTCCAAAAACTCAAAA
GCCATCATCTCCTTCCACTACTCTCAAGCAACCATCTTCCTCTTCATCGTTTAAAAGGTG
GGGAAGGAGACACCCTTTTGTTAGATACGGACTTCCCATGATCTCTCTCACTGTTTTTGG
AGCCCTTGGACTCAGCCAACTCCTCCAAGGCAGTAAGGACATTGCAAAGGTGAAAGACGA
CCAGGAATGGGAGATTATCGAGACGAGAAAGGCTCTTTCTAGAACTGGACCTGTCGATGC
TTACAAACCTAAAAACACTTCCATCGAAGACGAGCTCAAGGCTATGCAAGGGAAGGTGGA
CATAAACTCGTACGAATACAAGAAAATCCCAAAGCTAAACGAAGGCAAGTCGAGTTGAGT
GAAATCTTGTAACGAATAATTTTACTGTATCAGAATCTTCTTTCTTCTTAGATGCGTTTC
TTGTTTTAGCTTTATGAAGACAAGTAGAATGCCAAGTAAGATTTTTGACCTTTCCTAAAC
CATTAACAGAGATGGGTTG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1EP29JQ 473 0 0
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ATGATCTCTCTCACTGTTTTTGGAGCCCTTGGACTCAGCCAACTCCTCCAAGGCAGTAAG
GACATTGCAAAGGTGAAAGACGACCAGGAATGGGAGATTATCGAGACGAGAAAGGCTCTT
TCTAGAACTGGACCTGTCGATGCTTACAAACCTAAAAACACTTCCATCGAAGACGAGCTC
AAGGCTATGCAAGGGAAGGTGGACATAAACTCGTACGAATACAAGAAAATCCCAAAGCTA
AACGAAGGCAAGTCGAGTTGAGTGAAATCTTGTAACGAATAATTTTACTGTATCAGAATC
TTCTTTCTTCTTAGATGCGTTTCTTGTTTTAGCTTTATGAAGACAAGTAGAATGCCAAGT
AAGATTTTTGACCTTTCCTAAACCATTAACAGAGATGGGTTGATATATTTGAT

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 2

CO CL6028Contig1 600 2 2 U
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AAACAAGGTTGTCGTTTTTTTTAAAAAAAAAAAACTTCTTAGAGAGAGAAGAAGAAGAAT
CCGAGGGCGGCGACAGTGCCGGCGATGGAGAGCTTCACGTTAGTGGCGCTGCCATCAAGT
ACCTCGGGGCCAGGGGTGGGTGCATCGGATGATGGTCCATCAGCCGAAGCCTCTGGGGTA
GGAGCTGGTGGGGAGGAGACGGTGGGTCCCTCGACAGATTCAGTGGGGCTGTTTCCTGTG
TAATCGTCTTCGGCTGTTGGTTCCTCTGCCACAGGGGACGATGCTTTGGGTGCGGAGGCT
GAGGTGGAGGATTTGGGTGCAGCAGCCGGAGCCTTGGTGGCGGGTGCCTTGGTAGGGGAG
GCGGTGGGAGCAGCTGAGGGTGCCTCAGCAACGAATGCGGTGGCCACCACCAAAGCCAAT
AGACCAAATACTACAAATTGACGTGCCATTTTTTTTCTGTAAAAGGATTAAAGGTGTTCC
AAAGCTTAAGCAGTATGTATTATTTATTTATTTTCTTAATACTGCAAAAGCTTTAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BX14TF C 1
AF RR1BX14JQ U 139
BS 1 138 RR1BX14TF
BS 139 600 RR1BX14JQ

RD RR1BX14TF 600 0 0
GATAACAATTGGCATATAAGTAAGATTTGGTCACACAAAGTCAGTCATATGATTCGTCCC
AAACAAGGTTGTCGTTTTTTTTAAAAAAAAAAAACTTCTTAGAGAGAGAAGAAGAAGAAT
CCGAGGGCGGCGACAGTGCCGGCGATGGAGAGCTTCACGTTAGTGGCGCTGCCATCAAGT
ACCTCGGGGCCAGGGGTGGGTGCATCGGATGATGGTCCATCAGCCGAAGCCTCTGGGGTA
GGAGCTGGTGGGGAGGAGACGGTGGGTCCCTCGACAGATTCAGTGGGGCTGTTTCCTGTG
TAATCGTCTTCGGCTGTTGGTTCCTCTGCCACAGGGGACGATGCTTTGGGTGCGGAGGCT
GAGGTGGAGGATTTGGGTGCAGCAGCCGGAGCCTTGGTGGCGGGTGCCTTGGTAGGGGAG
GCGGTGGGAGCAGCTGAGGGTGCCTCAGCAACGAATGCGGTGGCCACCACCAAAGCCAAT
AGACCAAATACTACAAATTGACGTGCCATTTTTTTTCTGTAAAAGGATTAAAGGTGTTCC
AAAGCTTAAGCAGTATGTATTATTTATTTATTTTCTTAATACTGCAAAAGCTTTAGATCC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1BX14JQ 462 0 0
CCGGCGATGGAGAGCTTCACGTTAGTGGCGCTGCCATCAAGTACCTCGGGGCCAGGGGTG
GGTGCATCGGATGATGGTCCATCAGCCGAAGCCTCTGGGGTAGGAGCTGGTGGGGAGGAG
ACGGTGGGTCCCTCGACAGATTCAGTGGGGCTGTTTCCTGTGTAATCGTCTTCGGCTGTT
GGTTCCTCTGCCACAGGGGACGATGCTTTGGGTGCGGAGGCTGAGGTGGAGGATTTGGGT
GCAGCAGCCGGAGCCTTGGTGGCGGGTGCCTTGGTAGGGGAGGCGGTGGGAGCAGCTGAG
GGTGCCTCAGCAACGAATGCGGTGGCCACCACCAAAGCCAATAGACCAAATACTACAAAT
TGACGTGCCATTTTTTTTCTGTAAAAGGATTAAAGGTGTTCCAAAGCTTAAGCAGTATGT
ATTATTTATTTATTTTCTTAATACTGCAAAAGCTTTAGATCC

QA 1 462 1 462
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6030Contig1 808 2 2 U
TTTTTGTGGTTGGTTAGTTAGGGGGATAAGGGAGAGTGCGAGAGAGATGGGACACGTAAT
TCGACAGCTGCTGATAAACCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTCCTTCTTCTTTGCCCCTTCT
CATCAGGTGCCGGACTACAACTCTCGACTCAAACTATGTCTTCTCTCTCCGAACCTCAAT
TACCAAAAGCAAGGCCAGATTCTCTTGTCTTTTCTCCGGCGGCAACCAGAGGGAGGAGCA
AGCTCGTAAAGCATTGGAAAGCGCTCTTGGTGGTAAGAAAAATGAGTTCGACAAATGGGA
CCAAGAAATCAAGAAAAGACAAGAATCCGGTGGTGACGGTAATGCTGCCAATGGTGGAGG
AGGCTGGTTTGGAGGAGGAGGTTGGTTTGGAGGCTGGTTCAGTGGCGATCATTTCTGGAA
TGAAGCACAGCAGATCACCATTACTCTCTTAGTAATTCTTTTCGTGTATATGATAGTTGC
GAAAGGTGAAGTAATGGCTGCATTTGTGCTAAACCCTTTGTTGTACGCGTTGCGAGGAAC
ACGAGAAGGTCTGACTTCTCTAAGCTCCAAGCTCATGGGAAGACAAGCTTCTAAAGTGAA
TGGTGGTAACTCAGAGGAGATGTGGAAGAATGAAGGTTTCGTCTCTGCTAAAGAAAGCGT
TGTCCGAAAATGGGGAACTGACTGAATCAGAGTTCAAGAAGAAAGACTTTGAATGTTTTT
TTTCTTCTTCCGATTTGTTTTAAAACGTCAAGATGAGATGAAAACCTCTTTTCAGTTTTG
TAATAAAGGATAGGTACATTTTTCTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DX48TF U 1
AF RR1DX48JQ C 164
BS 1 625 RR1DX48TF
BS 626 808 RR1DX48JQ

RD RR1DX48TF 625 0 0
TTTTTGTGGTTGGTTAGTTAGGGGGATAAGGGAGAGTGCGAGAGAGATGGGACACGTAAT
TCGACAGCTGCTGATAAACCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTCCTTCTTCTTTGCCCCTTCT
CATCAGGTGCCGGACTACAACTCTCGACTCAAACTATGTCTTCTCTCTCCGAACCTCAAT
TACCAAAAGCAAGGCCAGATTCTCTTGTCTTTTCTCCGGCGGCAACCAGAGGGAGGAGCA
AGCTCGTAAAGCATTGGAAAGCGCTCTTGGTGGTAAGAAAAATGAGTTCGACAAATGGGA
CCAAGAAATCAAGAAAAGACAAGAATCCGGTGGTGACGGTAATGCTGCCAATGGTGGAGG
AGGCTGGTTTGGAGGAGGAGGTTGGTTTGGAGGCTGGTTCAGTGGCGATCATTTCTGGAA
TGAAGCACAGCAGATCACCATTACTCTCTTAGTAATTCTTTTCGTGTATATGATAGTTGC
GAAAGGTGAAGTAATGGCTGCATTTGTGCTAAACCCTTTGTTGTACGCGTTGCGAGGAAC
ACGAGAAGGTCTGACTTCTCTAAGCTCCAAGCTCATGGGAAGACAAGCTTCTAAAGTGAA
TGGTGGTAACTCAGAGGAGATGTGG

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1DX48JQ 645 0 0
TCTCTCCGAACCTCAATTACCAAAAGCAAGGCCAGATTCTCTTGTCTTTTCTCCGGCGGC
AACCAGAGGGAGGAGCAAGCTCGTAAAGCATTGGAAAGCGCTCTTGGTGGTAAGAAAAAT
GAGTTCGACAAATGGGACCAAGAAATCAAGAAAAGACAAGAATCCGGTGGTGACGGTAAT
GCTGCCAATGGTGGAGGAGGCTGGTTTGGAGGAGGAGGTTGGTTTGGAGGCTGGTTCAGT
GGCGATCATTTCTGGAATGAAGCACAGCAGATCACCATTACTCTCTTAGTAATTCTTTTC
GTGTATATGATAGTTGCGAAAGGTGAAGTAATGGCTGCATTTGTGCTAAACCCTTTGTTG
TACGCGTTGCGAGGAACACGAGAAGGTCTGACTTCTCTAAGCTCCAAGCTCATGGGAAGA
CAAGCTTCTAAAGTGAATGGTGGTAACTCAGAGGAGATGTGGAAGAATGAAGGTTTCGTC
TCTGCTAAAGAAAGCGTTGTCCGAAAATGGGGAACTGACTGAATCAGAGTTCAAGAAGAA
AGACTTTGAATGTTTTTTTTCTTCTTCCGATTTGTTTTAAAACGTCAAGATGAGATGAAA
ACCTCTTTTCAGTTTTGTAATAAAGGATAGGTACATTTTTCTGTG

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL6031Contig1 270 2 1 U
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TCGCGGTTACGAGTTCTATTGAGTCCCTATAAATTACATCTAAGAAATTGAATTTGTGAT
GTTTTCGTTTTCAACTTCTTTTTTCATCTTGCTCGAGTAAGTTTCCCTCTATAATAAAAG
ATCGATCATTGTAACTCTTACCACGTATTGGACTGATTAGAGTGAATCAATATGTCGATC
ATTTACTCAAATAAGAAACCAAAATTCAGC


BQ
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AF RR1FA68JQ C 1
AF RR1FA68TF U 1
BS 1 270 RR1FA68TF

RD RR1FA68JQ 270 0 0
AGTTTGGTTACCTACAACGTCAGCCACCATCCAAGCCAGCGACTCTAGCTCGTCAGCAAG
TCGCGGTTACGAGTTCTATTGAGTCCCTATAAATTACATCTAAGAAATTGAATTTGTGAT
GTTTTCGTTTTCAACTTCTTTTTTCATCTTGCTCGAGTAAGTTTCCCTCTATAATAAAAG
ATCGATCATTGTAACTCTTACCACGTATTGGACTGATTAGAGTGAATCAATATGTCGATC
ATTTACTCAAATAAGAAACCAAAATTCAGC

QA 1 270 1 270
DS 

RD RR1FA68TF 270 0 0
AGTTTGGTTACCTACAACGTCAGCCACCATCCAAGCCAGCGACTCTAGCTCGTCAGCAAG
TCGCGGTTACGAGTTCTATTGAGTCCCTATAAATTACATCTAAGAAATTGAATTTGTGAT
GTTTTCGTTTTCAACTTCTTTTTTCATCTTGCTCGAGTAAGTTTCCCTCTATAATAAAAG
ATCGATCATTGTAACTCTTACCACGTATTGGACTGATTAGAGTGAATCAATATGTCGATC
ATTTACTCAAATAAGAAACCAAAATTCAGC

QA 1 270 1 270
DS 



AS 1 2

CO CL6032Contig1 953 2 2 U
GGGGTTTCTGGTCAAGCCATATACAATGACTCCTACTTGTTGCTTTCAATGTTATTCTCA
CTTCTCTTCCGGTCATCTCCCTTGGAGTTTTTGAGCAAGACGTGTCTTCAGAAGTTTGCT
TGCAGTTCCCTGCATTGTACCAGCAAGGCCCCAAGAACCTGTTCTTCGACTGGTACAGAA
TCCTCGGGTGGATGGGAAATGGAGTCTACGCATCCGTAGTAATCTTCGCCCTCAACCTTG
GCATCTTCCATGTCCAATCTTTCTGTTCCAATGGCCAAACAGCAGACATGAACACAATGG
GAACCGCAATGTTCACTTGCATCATCTGGGCAGTGAATGTACAGATCGCTTTAACCATGA
GCCACTTCACTTGGATCCAACACGCCTTGATCTGGGGAAGTATCTTCACCTGGTACATCT
TCCTTGCCCTGTTCGGCATGTTACCTCCGAAAATATCAGGCAACATCTTCCACATGCTCC
TCGAAGCTCTAGCACCTGCACCAATCTTCTGGCTCACCACACTCCTGGTCATAGCCGCCA
CAACACTTCCTTACCTGGCTCACATCTCGTTCCAGAGATCGGTAAACCCTCTGGACCACC
ACATCATCCAAGAGATCAAGCATTTCAGAATCGACGTCCAGGACGAGCGTATGTGGACAA
GAGAGAGGTCCAAGGCAAGACAGAAGACCAAGATTGGATTCACAGCTCGTGTTGATGCCA
AGATCCGCCAGCTGAGAGGGAAGCTCCAGAGGAAACACTCTATTTTGAGTGTTATGAGCG
GTACGAGCGCGGCCTCAGCATCAAGTGAGACGACAACGTCCACCACACATCATAGTTGAT
CCAGTAAGTTGTTTTTTCTTCTTTTTCTTCTTCTGGTATCCTCTTTCTTGAGAAAAGATG
AATGATAGGAAATAAAGAATCTGTACTGTGCGAGTTCGTGTGTATACTAACAG


BQ
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AF RR1FG29TF U 1
AF RR1FG29JQ C 204
BS 1 677 RR1FG29TF
BS 678 953 RR1FG29JQ

RD RR1FG29TF 677 0 0
GGGGTTTCTGGTCAAGCCATATACAATGACTCCTACTTGTTGCTTTCAATGTTATTCTCA
CTTCTCTTCCGGTCATCTCCCTTGGAGTTTTTGAGCAAGACGTGTCTTCAGAAGTTTGCT
TGCAGTTCCCTGCATTGTACCAGCAAGGCCCCAAGAACCTGTTCTTCGACTGGTACAGAA
TCCTCGGGTGGATGGGAAATGGAGTCTACGCATCCGTAGTAATCTTCGCCCTCAACCTTG
GCATCTTCCATGTCCAATCTTTCTGTTCCAATGGCCAAACAGCAGACATGAACACAATGG
GAACCGCAATGTTCACTTGCATCATCTGGGCAGTGAATGTACAGATCGCTTTAACCATGA
GCCACTTCACTTGGATCCAACACGCCTTGATCTGGGGAAGTATCTTCACCTGGTACATCT
TCCTTGCCCTGTTCGGCATGTTACCTCCGAAAATATCAGGCAACATCTTCCACATGCTCC
TCGAAGCTCTAGCACCTGCACCAATCTTCTGGCTCACCACACTCCTGGTCATAGCCGCCA
CAACACTTCCTTACCTGGCTCACATCTCGTTCCAGAGATCGGTAAACCCTCTGGACCACC
ACATCATCCAAGAGATCAAGCATTTCAGAATCGACGTCCAGGACGAGCGTATGTGGACAA
GAGAGAGGTCCAAGGCA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1FG29JQ 750 0 0
GTCTACGCATCCGTAGTAATCTTCGCCCTCAACCTTGGCATCTTCCATGTCCAATCTTTC
TGTTCCAATGGCCAAACAGCAGACATGAACACAATGGGAACCGCAATGTTCACTTGCATC
ATCTGGGCAGTGAATGTACAGATCGCTTTAACCATGAGCCACTTCACTTGGATCCAACAC
GCCTTGATCTGGGGAAGTATCTTCACCTGGTACATCTTCCTTGCCCTGTTCGGCATGTTA
CCTCCGAAAATATCAGGCAACATTTTCCACATGCTCCTCGAAGCTCTAGCACCTGCACCA
ATTTTTTGGCTCACCACACTCCTGGTCATAGCCGCCACAACACTTCCTTACCTGGCTCAC
ATCTCGTTCCAGAGATCGGTAAACCCTCTGGACCACCACATCATCCAAGAGATCAAGCAT
TTCAGAATCGACGTCCAGGACGAGCGTATGTGGACAAGAGAGAGGTCCAAGGCAAGACAG
AAGACCAAGATTGGATTCACAGCTCGTGTTGATGCCAAGATCCGCCAGCTGAGAGGGAAG
CTCCAGAGGAAACACTCTATTTTGAGTGTTATGAGCGGTACGAGCGCGGCCTCAGCATCA
AGTGAGACGACAACGTCCACCACACATCATAGTTGATCCAGTAAGTTGTTTTTTCTTCTT
TTTCTTCTTCTGGTATCCTCTTTCTTGAGAAAAGATGAATGATAGGAAATAAAGAATCTG
TACTGTGCGAGTTCGTGTGTATACTAACAG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL6033Contig1 853 2 2 U
GCATCCCATCACTCGTTATGTGATGAACTACCTCCGAGCTGCGTGTAGGTCGAGGGAGAC
GCTGGAGCAAGTGTTTGAGGAAAGTAATAACGGTGTGCCGTCTAAAGATTCGACGTTGTT
GACTGTGCAGTTGTCTTGGATCATGGAGCTTTTGGAGAGTAACTTGGAGGTTAAATCGAA
AGTGTATAAAGATCCAGCCTTGTGTTATGTGCTTCTGATGAACAACGGGAGGTACATTGT
TCAGAAGGTGAAGGACGGGGAGCTAGGGTTGCTCTTAGGAGAGGACTGGATCCGGAAACA
CAATGCTAAAGTTAGACAGTATCATTCGAGTTATCAGAGAAGCGCGTGGAATAAGATGCT
GGGGTTGCTGAAGGTGGACAACACAGCTGCGGGCATGAACGGGTTAGGGAAAACCATGAA
GGAGAAGCTGAAGCAGTTCAATAGTCAGTTCGACGAGACGTGTAAAGTGCATTCGACGTG
GGTTGTGTTCGACGAGCAGCTCAGAGAGGAGCTGAGAATCTCGCTGGCGAGGCTGCTGTT
GCCGGCGCACGGGAACTTCATAGGGAGGTTTCAGAACCTTGGAGATTTAGGGAAAGGGAA
AAACGCGGACAAGTACATCAAGTTTGGAGTTGAGGACATAGAGACGCGTATCAACGAGCT
GTTTAAAGGGTCTACGGGTGCAAGAAAATGAAGGTGAGTTTGTAAAATGTTTGTAACGGA
ACCATCTGCTAATGACCAATTGCGAAGCCTTGCATGGTGGGATTTGTAAAATGTATTGTT
TTAGACTATTAGCTTAGCTCTATTGTGTTGTGTTATGATGTTGTATTGTACTAAATCAGA
GGTTTTTTATTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D148TF U 1
AF RR1D148JQ C 142
BS 1 603 RR1D148TF
BS 604 853 RR1D148JQ

RD RR1D148TF 603 0 0
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GCTGGAGCAAGTGTTTGAGGAAAGTAATAACGGTGTGCCGTCTAAAGATTCGACGTTGTT
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GGGGTTGCTGAAGGTGGACAACACAGCTGCGGGCATGAACGGGTTAGGGAAAACCATGAA
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GGTTGTGTTCGACGAGCAGCTCAGAGAGGAGCTGAGAATCTCGCTGGCGAGGCTGCTGTT
GCCGGCGCACGGGAACTTCATAGGGAGGTTTCAGAACCTTGGAGATTTAGGGAAAGGGAA
AAA

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1D148JQ 712 0 0
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GTGTTATGTGCTTCTGATGAACAACGGGAGGTACATTGTTCAGAAGGTGAAGGACGGGGA
GCTAGGGTTGCTCTTAGGAGAGGACTGGATCCGGAAACACAATGCTAAAGTTAGACAGTA
TCATTCGAGTTATCAGAGAAGCGCGTGGAATAAGATGCTGGGGTTGCTGAAGGTGGACAA
CACAGCTGCGGGCATGAACGGGTTAGGGAAAACCATGAAGGAGAAGCTGAAGCAGTTCAA
TAGTCAGTTCGACGAGACGTGTAAAGTGCATTCGACGTGGGTTGTGTTCGACGAGCAGCT
CAGAGAGGAGCTGAGAATCTCGCTGGCGAGGCTGCTGTTGCCGGCGCACGGGAACTTCAT
AGGGAGGTTTCAGAACCTTGGAGATTTAGGGAAAGGGAAAAACGCGGACAAGTACATCAA
GTTTGGAGTTGAGGACATAGAGACGCGTATCAACGAGCTGTTTAAAGGGTCTACGGGTGC
AAGAAAATGAAGGTGAGTTTGTAAAATGTTTGTAACGGAACCATCTGCTAATGACCAATT
GCGAAGCCTTGCATGGTGGGATTTGTAAAATGTATTGTTTTAGACTATTAGCTTAGCTCT
ATTGTGTTGTGTTATGATGTTGTATTGTACTAAATCAGAGGTTTTTTATTGT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL6034Contig1 1024 2 6 U
GACCAAATCCTGAAATTACAACCTAAAACCTAAAGCTTTCACTCTCTGTCTCCTCTCGTT
TGCCGTCAACATGATTTCATCATCTCAAGCAGATCGCCATGAAATCACCATAGCTTGAGC
TCTCTCCCTCTCCGCCGCATCTCCTCTCGTCTCTCTCTCCGCCGCGTCTCCACCTCTCTC
TCTCTCACCGCGTCTCCTCTCCACGTCTCTCCCTCACCGCGTCTCCTCTCCACGTCTCTC
TCTCTCCGCCGCGTCTCGTTTCCGTCTCTCTCTCCACCACGTCTCCTCTCCGCCTCTCTC
TCACCGCTTCTCCTCTCCGCGTCTCTCTCTCTCACCGCAGCTCACTCTGCCTCTCTCTCT
CTCAAGTATATCTCTCGCATATCATTGATGGGTTTGCTCAGTTTGCTCGGTTTGTTGTTC
ATTGATGGGTGTGATAGAATCTCATAGCTTGTGAATCTTAAGCAAGAGATCTCGTGATGA
GTTTGCTTGTTCTCTTATTTGCTTAGCTTAGCTTACTGACATTGCTCATAAACCATAGTT
TTAGGCTCACTTAAAGTGCTATGTGCAGTTTTTATGTTGTGATACAACTAGCCTTTTTCA
ATGTGATTTGAATGTTCTCTGATTTGCTTAGCTTAGTTTAGCTTATCTCATTAGTTTTCA
AGACGTTTTTTGTACTGAGTTATGATATGTGCAGCGTTTTATGAACGGGGTGAAGGTTTT
CAGTATGTGCAGCGTTTTATAAGCTCTCGTACTTCCTTGACTTCATGCTTGTGCTAGTTC
TCGTGGGTTCTTGTTTACTTGCATACTGAGAACTCGACATTATGCTTGTGCTAGTTCTCG
TGGGTTGTTGTTTACTTGCATATTGAGAACTTGACATTATGCTTGTGCTAGTTCTCGTGG
AGTATTGTTTTAATTGGATCATCTCGTGGAGTGTTATGTCTTACAGATTGACATTTTGCT
CTCATTTGACAGATTGGATCATCTCTTGGAGTGTTATGTCTTACAGATTGACATTTTGCT
TTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1CG61TF U 1
AF RR1CG61JQ C 303
BS 1 715 RR1CG61TF
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RD RR1CG61TF 775 0 0
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TGCCGTCAACATGATTTCATCATCTCAAGCAGATCGCCATGAAATCACCATAGCTTGAGC
TCTCTCCCTCTCCGCCGCATCTCCTCTCGTCTCTCTCTCCGCCGCGTCTCCACCTCTCTC
TCTCTCACCGCGTCTCCTCTCCACGTCTCTCCCTCACCGCGTCTCCTCTCCACGTCTCTC
TCTCTCCGCCGCGTCTCGTTTCCGTCTCTCTCTCCACCACGTCTCCTCTCCGCCTCTCTC
TCACCGCTTCTCCTCTCCGCGTCTCTCTCTCTCACCGCAGCTCACTCTGCCTCTCTCTCT
CTCAAGTATATCTCTCGCATATCATTGATGGGTTTGCTCAGTTTGCTCGGTTTGTTGTTC
ATTGATGGGTGTGATAGAATCTCATAGCTTGTGAATCTTAAGCAAGAGATCTCGTGATGA
GTTTGCTTGTTCTCTTATTTGCTTAGCTTAGCTTACTGACATTGCTCATAAACCATAGTT
TTAGGCTCACTTAAAGTGCTATGTGCAGTTTTTATGTTGTGATACAACTAGCCTTTTTCA
ATGTGATTTGAATGTTCTCTGATTTGCTTAGCTTAGTTTAGCTTATCTCATTAGTTTTCA
AGACGTTTTTTGTACTGAGTTATGATATGTGCAGCGTTTTATGAACGGGGTGAAG*TTTT
CAGTATGTGCAGCGTTTTATAAGCTCTCGTACTTCCT*GACTTCATGCTTGTGCT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1CG61JQ 722 0 0
ACCGCTTCTCCTCTCCGCGTCTCTCTCTCTCACCGCAGCTCACTCTGCCTCTCTCTCTCT
CAAGTATATCTCTCGCATATCATTGATGGGTTTGCTCAGTTTGCTCGGTTTGTTGTTCAT
TGATGGGTGTGATAGAATCTCATAGCTTGTGAATCTTAAGCAAGAGATCTCGTGATGAGT
TTGCTTGTTCTCTTATTTGCTTAGCTTAGCTTACTGACATTGCTCATAAACCATAGTTTT
AGGCTCACTTAAAGTGCTATGTGCAGTTTTTATGTTGTGATACAACTAGCCTTTTTCAAT
GTGATTTGAATGTTCTCTGATTTGCTTAGCTTAGTTTAGCTTATCTCATTAGTTTTCAAG
ACGTTTTTTGTACTGAGTTATGATATGTGCAGCGTTTTATGAACGGGGTGAAGGTTTTCA
GTATGTGCAGCGTTTTATAAGCTCTCGTACTTCCTTGACTTCATGCTTGTGCTAGTTCTC
GTGGGTTCTTGTTTACTTGCATACTGAGAACTCGACATTATGCTTGTGCTAGTTCTCGTG
GGTTGTTGTTTACTTGCATATTGAGAACTTGACATTATGCTTGTGCTAGTTCTCGTGGAG
TATTGTTTTAATTGGATCATCTCGTGGAGTGTTATGTCTTACAGATTGACATTTTGCTCT
CATTTGACAGATTGGATCATCTCTTGGAGTGTTATGTCTTACAGATTGACATTTTGCTTT
CG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL6035Contig1 922 2 2 U
GGGATTTCATTCGTCACCTAAAAGGCTAAAAACTGAATCTCTCTGTTCGAATTCAAATAA
CGAGGCTCCTCCGTCCGACAGATCTCGCCGGCATTTCACAATGGATAATCCTATTCAAGA
GATTCTGGAGAAGCAGCTTCTGACGGTGGCGAAAACGATGGAGGATAAGCTCGATGGGAG
ATCGCGTCGCTGGAGAAGCCCGACGAGGACGATCTGGAGGTTTTGAGGGAGAGGAGGCTG
CAGCAGATGAAGAAGATGGCGGAGAAAAGGAAACGTTGGATGAGTAATGGACACGTAGAG
TACACCGAGATCCCATCGGAGAAAGACTTCTTCGCCGCCGTCAAGGCCAGCGAACGCGTC
GTCTGCCATTTCTACCGCGAGAATTGGCCTTGCAAAGTGATGGATAAGCACTTGGGTATA
TTGGCAAAGCAGCACATTGAGACACGTTTTGTGAAGATCCAAGCTGAGAAAAGTCCCTTC
TTGGCTGAGAGGCTCAAGATTGTGGTTCTTCCCACTCTTGCACTCATCAAGAACACTAAA
GTGGATGATTATGTGGTTGGGTTCAATGAGCTGGGAGGGAAAGACGATTTCAGCACAGAG
GATCTGGAAGAGAGATTAGCTAGAGCTCAAGTCATCCATTACGAGGGAGAATCATCTCAT
AAGGCAAAGTCTACTACACAAACCAGGAGGAGCGTCAGGCAGAGTGCTCGTTCAGATTCT
GACTCGGATGAATAAATCCCAAGTTTTTTTTAACAAAGGCCGTCGTCAATATCTTCAACC
TTTTCTTGTGTGTCTGCCTATTATATGCAAAAGAGGAATATATAAGCGCTTGTTCGTGAG
TTGTATTGAACGCATTAAGTTGTGTAATTTGATGCTATGGATTTTGACCTTTCCTTAAAT
GTTTAGAGCATAATGTTATTGG


BQ
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AF RR1GE82TF U 1
AF RR1GE82JQ C 331
BS 1 525 RR1GE82TF
BS 526 922 RR1GE82JQ

RD RR1GE82TF 525 0 0
GGGATTTCATTCGTCACCTAAAAGGCTAAAAACTGAATCTCTCTGTTCGAATTCAAATAA
CGAGGCTCCTCCGTCCGACAGATCTCGCCGGCATTTCACAATGGATAATCCTATTCAAGA
GATTCTGGAGAAGCAGCTTCTGACGGTGGCGAAAACGATGGAGGATAAGCTCGATGGGAG
ATCGCGTCGCTGGAGAAGCCCGACGAGGACGATCTGGAGGTTTTGAGGGAGAGGAGGCTG
CAGCAGATGAAGAAGATGGCGGAGAAAAGGAAACGTTGGATGAGTAATGGACACGTAGAG
TACACCGAGATCCCATCGGAGAAAGACTTCTTCGCCGCCGTCAAGGCCAGCGAACGCGTC
GTCTGCCATTTCTACCGCGAGAATTGGCCTTGCAAAGTGATGGATAAGCACTTGGGTATA
TTGGCAAAGCAGCACATTGAGACACGTTTTGTGAAGATCCAAGCTGAGAAAAGTCCCTTC
TTGGCTGAGAGGCTCAAGATTGTGGTTCTTCCCACTCTTGCACTC

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR1GE82JQ 592 0 0
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TGCAAAGTGATGGATAAGCACTTGGGTATATTGGCAAAGCAGCACATTGAGACACGTTTT
GTGAAGATCCAAGCTGAGAAAAGTCCCTTCTTGGCTGAGAGGCTCAAGATTGTGGTTCTT
CCCACTCTTGCACTCATCAAGAACACTAAAGTGGATGATTATGTGGTTGGGTTCAATGAG
CTGGGAGGGAAAGACGATTTCAGCACAGAGGATCTGGAAGAGAGATTAGCTAGAGCTCAA
GTCATCCATTACGAGGGAGAATCATCTCATAAGGCAAAGTCTACTACACAAACCAGGAGG
AGCGTCAGGCAGAGTGCTCGTTCAGATTCTGACTCGGATGAATAAATCCCAAGTTTTTTT
TAACAAAGGCCGTCGTCAATATCTTCAACCTTTTCTTGTGTGTCTGCCTATTATATGCAA
AAGAGGAATATATAAGCGCTTGTTCGTGAGTTGTATTGAACGCATTAAGTTGTGTAATTT
GATGCTATGGATTTTGACCTTTCCTTAAATGTTTAGAGCATAATGTTATTGG

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL6036Contig1 771 2 2 U
GGGCTCACTCTGCATTTATATACTCCACTCTTCTTCTCTCCACTTCACACAAAGGAAGAA
AATAAAAAAATGGGAAACTCTCTGGTCTTTCTTTTCCCAATCTTCCACTTGTTGGTGTTA
TTAGGATCCTCAGTAAATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTACTGGCCAAGCTCCAAG
GTTGGCTCCTTGAGCTTCTACAAAGGTTTTAAGAATCTTTGGGGTCCTCAGCATCAGAGA
ATGGACCAAGATGGCCTCACCATTTGGCTCGATAGAACCTCAGGAAGTGGATTCAAGTCA
GTGAAGCCATTCAGATCAGGCTACTTTGGAGCTTCCATCAAGCTTCAGCCTGGCTACACT
GCCGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAGTGAGGCACATCCAGGATTCCATGAT
GAAGTGGACATAGAATTTTTGGGGACGACATTTGGAAAACCATACACACTTCAGACAAAT
GTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGTGAGATGAAGTTTCGCTTG
TGGTTTGATCCAACTTCGGGGTTTCACCACTATGCTATTCTTTGGAACCCTAGAGAAATC
ATTTTTTTGGTGGATGACATTCCCATAAGAAGTTACCCAAAAAAAGAGTGCAGCTACATT
TCCTCTAAGACCAATGTGGCTTTATGGTTCCATATGGGACGCTTCTTCTTGGGCAACTGA
AGATGGTAAATACAAAGCCGACTATAAATATCAGCCTTTTACTGCCAATAC


BQ
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AF RR1FJ75TF U 1
AF RR1CI09TF U 48
BS 1 177 RR1FJ75TF
BS 178 771 RR1CI09TF

RD RR1FJ75TF 177 0 0
GGGCTCACTCTGCATTTATATACTCCACTCTTCTTCTCTCCACTTCACACAAAGGAAGAA
AATAAAAAAATGGGAAACTCTCTGGTCTTTCTTTTCCCAATCTTCCACTTGTTGGTGTTA
TTAGGATCCTCAGTAAATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTACTGGCCAAGCTCC

QA 1 177 1 177
DS 

RD RR1CI09TF 724 0 0
AGG
AAAGGAAGAAAATAAAAAAATGGGAAACTCTCTGGTCTTTCTTTTCCCAATCTTCCACTT
GTTGGTGTTATTAGGATCCTCAGTAAATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTACTGGCC
AAGCTCCAAGGTTGGCTCCTTGAGCTTCTACAAAGGTTTTAAGAATCTTTGGGGTCCTCA
GCATCAGAGAATGGACCAAGATGGCCTCACCATTTGGCTCGATAGAACCTCAGGAAGTGG
ATTCAAGTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGGCTACTTTGGAGCTTCCATCAAGCTTCAGCC
TGGCTACACTGCCGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAGTGAGGCACATCCAGG
ATTCCATGATGAAGTGGACATAGAATTTTTGGGGACGACATTTGGAAAACCATACACACT
TCAGACAAATGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGTGAGATGAA
GTTTCGCTTGTGGTTTGATCCAACTTCGGGGTTTCACCACTATGCTATTCTTTGGAACCC
TAGAGAAATCATTTTTTTGGTGGATGACATTCCCATAAGAAGTTACCCAAAAAAAGAGTG
CAGCTACATTTCCTCTAAGACCAATGTGGCTTTATGGTTCCATATGGGACGCTTCTTCTT
GGGCAACTGAAGATGGTAAATACAAAGCCGACTATAAATATCAGCCTTTTACTGCCAATA
C

QA 4 724 4 724
DS 



AS 1 2

CO CL6037Contig1 464 2 1 U
GGATCCAACGCCTTTCATCGCCATGGACGCCATTGATTCCGTCGTTGATCCTCTCAGAGA
CTTCGCCAAGGATAGCATCCGTCTCGTTAAGCGTTGCCACAAACCAGATCGCAAAGAGTT
CACGAAAGTTGCAGTTCGTACGACGATAGGGTTTGTAGTGATGGGATTCGTTGGCTTCTT
TGTGAAACTCATCTTTATTCCCATCAACAACATCATCGTCGGCGCCACTTAGGAATCAAG
GAACAGAGTTTTGAGAGAGAACAATTAGAGTTTTGCTGTTACAAGAAGTCACATGTCAGT
TCAATGTTTTATGCAATCGGATTCCATTTGTTTCTATGTTTTTCTTTCTTTCTTGATTTG
TTCACAACTCAAAAATCGGAATTGTCTTGAATGTAGAGCAAACTAAATTCAGGAAGGTAT
GACCTAGGATCATATATACACTTAGTATGTCTCTCTTTTACACG


BQ
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AF RR1AM17JQ C 1
AF RR1AM17TF U 1
BS 1 464 RR1AM17TF

RD RR1AM17JQ 464 0 0
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CTTCGCCAAGGATAGCATCCGTCTCGTTAAGCGTTGCCACAAACCAGATCGCAAAGAGTT
CACGAAAGTTGCAGTTCGTACGACGATAGGGTTTGTAGTGATGGGATTCGTTGGCTTCTT
TGTGAAACTCATCTTTATTCCCATCAACAACATCATCGTCGGCGCCACTTAGGAATCAAG
GAACAGAGTTTTGAGAGAGAACAATTAGAGTTTTGCTGTTACAAGAAGTCACATGTCAGT
TCAATGTTTTATGCAATCGGATTCCATTTGTTTCTATGTTTTTCTTTCTTTCTTGATTTG
TTCACAACTCAAAAATCGGAATTGTCTTGAATGTAGAGCAAACTAAATTCAGGAAGGTAT
GACCTAGGATCATATATACACTTAGTATGTCTCTCTTTTACACG

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1AM17TF 464 0 0
GGATCCAACGCCTTTCATCGCCATGGACGCCATTGATTCCGTCGTTGATCCTCTCAGAGA
CTTCGCCAAGGATAGCATCCGTCTCGTTAAGCGTTGCCACAAACCAGATCGCAAAGAGTT
CACGAAAGTTGCAGTTCGTACGACGATAGGGTTTGTAGTGATGGGATTCGTTGGCTTCTT
TGTGAAACTCATCTTTATTCCCATCAACAACATCATCGTCGGCGCCACTTAGGAATCAAG
GAACAGAGTTTTGAGAGAGAACAATTAGAGTTTTGCTGTTACAAGAAGTCACATGTCAGT
TCAATGTTTTATGCAATCGGATTCCATTTGTTTCTATGTTTTTCTTTCTTTCTTGATTTG
TTCACAACTCAAAAATCGGAATTGTCTTGAATGTAGAGCAAACTAAATTCAGGAAGGTAT
GACCTAGGATCATATATACACTTAGTATGTCTCTCTTTTACACG

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL6038Contig1 840 2 2 U
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ATAGAATGGGTATCGAAGAAGGCCAACACAAGGGGGAACGGAAGCCCCTCCTCGCATGGT
GCCAAAAGTTCTACAGGTCCTTCGTTTTTGTTTGCTTGGTAGCCTGTTTTATTTGTGTCA
TGGTTTATACGATCAAACTATCTTCTCGCAAAGAACCAGTTCCGAAGATAGAACTAGCTT
CAATGGATTTCACGGTGCTTAATATTACAGACACTCGTTTAAGTGCCAAGTGGGATATGT
CGATACGGATCCCCGATGATCTTCCTAGTGACTATATATGTCTTCAGGGAGACCTTCAAG
CTTCCTTCCTTTACAAGAATGTTACTCTTGCTACCTCTTCCCCACAAAAATACATGGATC
TCGAATACGGCCAACCTCAGGTTCTTAGGGTTTTAGCGGGTGTCTCGGCAGAAGATCATA
TCGAAGGTTTGATTGGTAAAGATATCACTGAAGCTATCAACGAGAAGAAGGAAGTGCGGT
TTGGAACGCGTTTTTATCTCACTGATTGCAGGGAAAATAAATCAGGTACTATGAGATATG
CATGTGATGAGGTCATCTTGCGTTTCGAACCTGGTTCCGGAATGAAGGCGGCTTTGTTTG
GGAAGAACCCTAGCTGTGTCAATTATTGACCTCCACCTCATCACCAGTTCGTTGCTTTTT
GTTTTTTTTTGTTTCTTGTGTTTTTCATCGGAGTGTTACGATGGAAAAAAGTAGGGTTTT
ACTTCATTTTTTCTCAAGTAATAACAATATTTTTAATTAAATAATACTGTTACAAATCTT


BQ
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AF RR1E388TF U 1
AF RR1E388JQ C 177
BS 1 445 RR1E388TF
BS 446 840 RR1E388JQ

RD RR1E388TF 445 0 0
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ATAGAATGGGTATCGAAGAAGGCCAACACAAGGGGGAACGGAAGCCCCTCCTCGCATGGT
GCCAAAAGTTCTACAGGTCCTTCGTTTTTGTTTGCTTGGTAGCCTGTTTTATTTGTGTCA
TGGTTTATACGATCAAACTATCTTCTCGCAAAGAACCAGTTCCGAAGATAGAACTAGCTT
CAATGGATTTCACGGTGCTTAATATTACAGACACTCGTTTAAGTGCCAAGTGGGATATGT
CGATACGGATCCCCGATGATCTTCCTAGTGACTATATATGTCTTCAGGGAGACCTTCAAG
CTTCCTTCCTTTACAAGAATGTTACTCTTGCTACCTCTTCCCCACAAAAATACATGGATC
TCGAATACGGCCAACCTCAGGTTCT

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1E388JQ 664 0 0
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GCTTCAATGGATTTCACGGTGCTTAATATTACAGACACTCGTTTAAGTGCCAAGTGGGAT
ATGTCGATACGGATCCCCGATGATCTTCCTAGTGACTATATATGTCTTCAGGGAGACCTT
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CGGTTTGGAACGCGTTTTTATCTCACTGATTGCAGGGAAAATAAATCAGGTACTATGAGA
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TTTGGGAAGAACCCTAGCTGTGTCAATTATTGACCTCCACCTCATCACCAGTTCGTTGCT
TTTTGTTTTTTTTTGTTTCTTGTGTTTTTCATCGGAGTGTTACGATGGAAAAAAGTAGGG
TTTTACTTCATTTTTTCTCAAGTAATAACAATATTTTTAATTAAATAATACTGTTACAAA
TCTT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL6039Contig1 1276 2 2 U
GGGAGCTCGGACAACACGCGTTTGGAGAAAAGCTTGGACTCTACATAGTCGTGCCGCAAC
AGCTGATCGTGGAAATAGGCGTTTGCATTGTGTATATGGTCACTGGAGGCAAATCGCTAA
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GCGTTTCTCTCGCCGCCGCGGTTATGTCTCTAAGCTACTCAACAATCGCATGGGCAGCTT
CGGCGAGTAAAGGTGTTCAAGAAGAAGTTGAATACGGTTACAAAGCAAAATCAACGGCCG
GTACGGTATTCAATTTCTTCAGTGGTTTAGGTGATGTTGCATTCGCTTACGCGGGCCACA
ACGTGGTCCTTGAGATCCAAGCAACGATCCCTTCGACTCCCGAGAAGCCTTCAAAAGGTC
CGATGTGGAAAGGAGTCATCGTTGCTTACATCGTCGTCGCGCTCTGTTACTTTCCGGTGG
CCTTCGTTGGATATTATATTTTCGGGAACGGTGTTGAAGACAATATCCTCATGTCACTTA
AGAAACCGGCTTGGTTAATCGCGACAGCTAACATGTTCGTTGTGATTCACGTTATTGGTA
GTTACCAGATTTATGCTATGCCGGTTTTTGACATGATGGAAACTTTGTTGGTCAAGAAGC
TTAATTTCAGACCGACCACGATTCTCCGGTTCTGTGTTCGCAGTTTCTATGTTGCGGCAA
CAATGTTTCTTGGTATGACGTTTCCTTTCTTTGGTGGGCTCTTAGCGTTCTTTGGCGGAT
TCGCGTTTGCTCCAACGACATACTTCCTTCCTTGCATAATTTGGTTAGCTATCTACAAAC
CTAGGAAGTTCGGTTTATCTTGGTGGGCCAACTGGGTATGTATCGTGTTTGGTATTTTCT
TGATGGTATTGTCGCCGATTGGAGGGCTAAGGACGATCGTCATTCAAGCAAAGGAATACA
CGTTTTACTCGTAATTGCCATGTAATATGACTAAGCAACATTAATATGCGTTAAGTTTTT
TTCTCAAAAAAAAAAAGAGACATTAATGTGTGAAGAAGATTTTAAAATATCAACATGACA
CATAAAATCAGTGGTCTAATGCATGAGTTCTGAATTTGAAATCACTTTAGCGTTTGTATT
TGTGTGTGTTACTGTGTGTGTATCTTCTTTTTTTTATTTGGAACACTACTGTGTTTGTAT
CTATTACTATTATATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW51TF U 1
AF RR1AW51JQ C 517
BS 1 743 RR1AW51TF
BS 744 1276 RR1AW51JQ

RD RR1AW51TF 743 0 0
GGGAGCTCGGACAACACGCGTTTGGAGAAAAGCTTGGACTCTACATAGTCGTGCCGCAAC
AGCTGATCGTGGAAATAGGCGTTTGCATTGTGTATATGGTCACTGGAGGCAAATCGCTAA
AGAAGTTTCATGATCTTGTTTGTGATGATTGTAAGCCCATCAAACTTACTTACTTCATCA
TGATCTTCGCTTCTGTTCACTTCGTCCTCTCGCATCTCCCCAATTTCAATTCAATCTCTG
GCGTTTCTCTCGCCGCCGCGGTTATGTCTCTAAGCTACTCAACAATCGCATGGGCAGCTT
CGGCGAGTAAAGGTGTTCAAGAAGAAGTTGAATACGGTTACAAAGCAAAATCAACGGCCG
GTACGGTATTCAATTTCTTCAGTGGTTTAGGTGATGTTGCATTCGCTTACGCGGGCCACA
ACGTGGTCCTTGAGATCCAAGCAACGATCCCTTCGACTCCCGAGAAGCCTTCAAAAGGTC
CGATGTGGAAAGGAGTCATCGTTGCTTACATCGTCGTCGCGCTCTGTTACTTTCCGGTGG
CCTTCGTTGGATATTATATTTTCGGGAACGGTGTTGAAGACAATATCCTCATGTCACTTA
AGAAACCGGCTTGGTTAATCGCGACAGCTAACATGTTCGTTGTGATTCACGTTATTGGTA
GTTACCAGATTTATGCTATGCCGGTTTTTGACATGATGGAAACTTTGTTGGTCAAGAAGC
TTAATTTCAGACCGACCACGATT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1AW51JQ 760 0 0
TCGCGCTCTGTTACTTTCCGGTGGCCTTCGTTGGATATTATATTTTCGGGAACGGTGTTG
AAGACAATATCCTCATGTCACTTAAGAAACCGGCTTGGTTAATCGCGACAGCTAACATGT
TCGTTGTGATTCACGTTATTGGTAGTTACCAGATTTATGCTATGCCGGTTTTTGACATGA
TGGAAACTTTGTTGGTCAAGAAGCTTAATTTCAGACCGACCACGATTCTCCGGTTCTGTG
TTCGCAGTTTCTATGTTGCGGCAACAATGTTTCTTGGTATGACGTTTCCTTTCTTTGGTG
GGCTCTTAGCGTTCTTTGGCGGATTCGCGTTTGCTCCAACGACATACTTCCTTCCTTGCA
TAATTTGGTTAGCTATCTACAAACCTAGGAAGTTCGGTTTATCTTGGTGGGCCAACTGGG
TATGTATCGTGTTTGGTATTTTCTTGATGGTATTGTCGCCGATTGGAGGGCTAAGGACGA
TCGTCATTCAAGCAAAGGAATACACGTTTTACTCGTAATTGCCATGTAATATGACTAAGC
AACATTAATATGCGTTAAGTTTTTTTCTCAAAAAAAAAAAGAGACATTAATGTGTGAAGA
AGATTTTAAAATATCAACATGACACATAAAATCAGTGGTCTAATGCATGAGTTCTGAATT
TGAAATCACTTTAGCGTTTGTATTTGTGTGTGTTACTGTGTGTGTATCTTCTTTTTTTTA
TTTGGAACACTACTGTGTTTGTATCTATTACTATTATATT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL6040Contig1 891 2 2 U
GGATCAAAAACTATACTCTTTATTCTGTTTCTCAAGCTAAACCAAGCAGAGTACAGATAG
ATGCTCTGAAGACTGAACTGAAGACATTCTTTGGAGACAATCCATTAGACTCCAAGGACT
TGTCGCGGATAGTGAACTCTTTCCACTTCAAACGCTTGGAGAGTATGATGAAAGAGAACG
GAGTTGCTGACAAGATTGTTCATGGAGGCCACAATGGAAGATAAACTAAAAATATCTCCA
ACGATACTTGTTGATGTGCCGGAGGAGTCTACAATGATGCATGAAGAGATATTTGGACCA
TTACTTCCTGTGATAACCGTATCAAAGATTGAAGATGGGTTTCAGGTTATACGGTCAAAG
CCAAAGCCTTTGGCGGCGTATCTCTTCACGGACAACAAAGAGTTGCAGAACCAGTTCGTG
CAGAACGTGTCTGCAGGAGGAATGAGCATAAATGAGACCGTCTTACATGTGACTTTGAAA
GATTTACCGTTTGGAGGAGTTGGGGAGAGTGGGATTGGGGCTTACCACGGTAAATTCTCG
TATGAGACGTTTAGCCATAGGAAAGGAGTTCTTTACAGGAGCTTTGATGGTGACTCGGAT
TTAAGATACCCTCCTTACACACCCGAGAAGAAGAGGGTGCTTAAGGCTTTGCTCTCTTCA
GACATATTTGGTGCCATTTTGGCTTTCTTTGGTTTCTCTAAAGACTCGTGATCACATGAA
TAAAAATATTACCTCTCATTGAGGCGTGGTTGTACTTGAAAATTATAACATAGTAGAGTA
CTGATTAGTAATCCGTATATGAGCATAGTTAGTTCTTCATTTGTACTTGCAAATGATACG
ATCGGATTCTAAACTCAATCAATATGCTGCTATGCAGCATGATTTAGTGCC


BQ
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AF RR1EM52TF U 1
AF RR1EM52JQ C 206
BS 1 332 RR1EM52TF
BS 333 891 RR1EM52JQ

RD RR1EM52TF 332 0 0
GGATCAAAAACTATACTCTTTATTCTGTTTCTCAAGCTAAACCAAGCAGAGTACAGATAG
ATGCTCTGAAGACTGAACTGAAGACATTCTTTGGAGACAATCCATTAGACTCCAAGGACT
TGTCGCGGATAGTGAACTCTTTCCACTTCAAACGCTTGGAGAGTATGATGAAAGAGAACG
GAGTTGCTGACAAGATTGTTCATGGAGGCCACAATGGAAGATAAACTAAAAATATCTCCA
ACGATACTTGTTGATGTGCCGGAGGAGTCTACAATGATGCATGAAGAGATATTTGGACCA
TTACTTCCTGTGATAACCGTATCAAAGATTGA

QA 1 332 1 332
DS 

RD RR1EM52JQ 686 0 0
AGGCCACAATGGAAGATAAACTAAAAATATCTCCAACGATACTTGTTGATGTGCCGGAGG
AGTCTACAATGATGCATGAAGAGATATTTGGACCATTACTTCCTGTGATAACCGTATCAA
AGATTGAAGATGGGTTTCAGGTTATACGGTCAAAGCCAAAGCCTTTGGCGGCGTATCTCT
TCACGGACAACAAAGAGTTGCAGAACCAGTTCGTGCAGAACGTGTCTGCAGGAGGAATGA
GCATAAATGAGACCGTCTTACATGTGACTTTGAAAGATTTACCGTTTGGAGGAGTTGGGG
AGAGTGGGATTGGGGCTTACCACGGTAAATTCTCGTATGAGACGTTTAGCCATAGGAAAG
GAGTTCTTTACAGGAGCTTTGATGGTGACTCGGATTTAAGATACCCTCCTTACACACCCG
AGAAGAAGAGGGTGCTTAAGGCTTTGCTCTCTTCAGACATATTTGGTGCCATTTTGGCTT
TCTTTGGTTTCTCTAAAGACTCGTGATCACATGAATAAAAATATTACCTCTCATTGAGGC
GTGGTTGTACTTGAAAATTATAACATAGTAGAGTACTGATTAGTAATCCGTATATGAGCA
TAGTTAGTTCTTCATTTGTACTTGCAAATGATACGATCGGATTCTAAACTCAATCAATAT
GCTGCTATGCAGCATGATTTAGTGCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL6041Contig1 464 2 1 U
CCTCGAGATGGAGCGGGAGGACGCCACGTTGCGGAGGAGACACGCGGAGAAAGTGAGTGA
GCGATACGGTGCGTTTCGAGAGGAGAGGTTTCTGCGTGGAGAGAGTGGCGGGAAAGGGAG
TAAACGGAGGCCGTTCATCACGCATTTCACGGGGTGTCAGCCTTGTAATGGGGACCACAA
TAAGATGTACGATGGTGACACGTGCTGGAATAGCATGATCAAAGCCATTAATTTTGCTGA
CAATCAAGTGATGCGTAGGTATGGGTTCGTACACTCGGATCTAGGCAAGACGTCTCCTCT
TCAACCTGTACCGTTTGATTATCCTGATGAGCCCTGGTGATTTTTTTTAAATGAAATTTT
ATCCCTATGTGGCTCTTGTTGTGTGTTTTAATTTTGTTTTTGAACTCTTTAGATGGTGGT
TTTATAATTTTATATGAGTTTACTATTATAATATATGATTTGGG


BQ
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AF RR1BM85JQ C 1
AF RR1BM85TF U 1
BS 1 464 RR1BM85TF

RD RR1BM85JQ 464 0 0
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GCGATACGGTGCGTTTCGAGAGGAGAGGTTTCTGCGTGGAGAGAGTGGCGGGAAAGGGAG
TAAACGGAGGCCGTTCATCACGCATTTCACGGGGTGTCAGCCTTGTAATGGGGACCACAA
TAAGATGTACGATGGTGACACGTGCTGGAATAGCATGATCAAAGCCATTAATTTTGCTGA
CAATCAAGTGATGCGTAGGTATGGGTTCGTACACTCGGATCTAGGCAAGACGTCTCCTCT
TCAACCTGTACCGTTTGATTATCCTGATGAGCCCTGGTGATTTTTTTTAAATGAAATTTT
ATCCCTATGTGGCTCTTGTTGTGTGTTTTAATTTTGTTTTTGAACTCTTTAGATGGTGGT
TTTATAATTTTATATGAGTTTACTATTATAATATATGATTTGGG

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1BM85TF 464 0 0
CCTCGAGATGGAGCGGGAGGACGCCACGTTGCGGAGGAGACACGCGGAGAAAGTGAGTGA
GCGATACGGTGCGTTTCGAGAGGAGAGGTTTCTGCGTGGAGAGAGTGGCGGGAAAGGGAG
TAAACGGAGGCCGTTCATCACGCATTTCACGGGGTGTCAGCCTTGTAATGGGGACCACAA
TAAGATGTACGATGGTGACACGTGCTGGAATAGCATGATCAAAGCCATTAATTTTGCTGA
CAATCAAGTGATGCGTAGGTATGGGTTCGTACACTCGGATCTAGGCAAGACGTCTCCTCT
TCAACCTGTACCGTTTGATTATCCTGATGAGCCCTGGTGATTTTTTTTAAATGAAATTTT
ATCCCTATGTGGCTCTTGTTGTGTGTTTTAATTTTGTTTTTGAACTCTTTAGATGGTGGT
TTTATAATTTTATATGAGTTTACTATTATAATATATGATTTGGG

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL6042Contig1 1238 2 2 U
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ATTCCAAAACGAAGTTGGTGACGAAGCAAGTTAGTATCGAGCAGGTGTTCTCTAGGAGGA
AGAAGAAAGTAGATGCTAGTCTTGACCTTGAAGAGAAGGAGAGTGGAAATGAAGTTGACG
GTGAAGAGAACTCTAGCAAGCAGAAGGACGCTAAAGAAGGAGATGATTATGTATGGTTTG
TCTCATCTGATTCTGAACCACCATCTAGTGAACCAGTGAGTCAGCAAGTGACTATGGCAA
CTGTAAAGGATGAGGATATTGTTATTCAACCTAAAGAGGGAGAACCTGCGGTTAAGAAGG
CTCAAAAGAAAAAATCTCCGAAGAAAAAGGCAAATAGTGACCGCCAGTCACCCAAGAAAG
AAGACAGTCCACAAGAAATTTTGAAAACTGAAGATAAAGATACAGATGCAACAGTAGCCG
AAGAAGTAAAAAAGGATAAGAATGTCAAGCCTTCTTCTGGCTCAAGTTCAAGGTTGCCTT
TGGTACTTTCTGAGAAGGTGAATCGCACAAAGGTACTCGTTGAATGTGAAGGGGATTCTA
TAGATTTGAGTGGAGACATGGGGGCTGTTGGGCGTGTGGTTGTGTCAGACACAACCGAGG
ACGTGTACTTGGACTTGAAAGGAACCATATACAAATCAACAATCGTTCCATCCAGAACGT
TTTGCATTGTTAACGTTGGCCAGTCAGAGGCAAAGATTGAAGCTATTATGAATGATTTCA
TACAGCTAACGCCACAATTTAATGTATATGAAGCAGAAACAATGATGGAAGGCACTCTGG
AGGGATTCTCGTTCGATCCAGACGATGAATCTAACAAAAACGGCAAGACGGCTTCAAAGC
CAGCTGATCAAAGTGGAAGTGCAGCGGAGGTAACCAACGCAAATGGCAAAGGCAAAGCCA
AAGCTAAAGGCGAAAATGTAGTAGGGAAAAAGAGAGGAAGACCAACCAAAGAGAAGCAGC
AACCAGCAAAGAAGGCTAGAAGCTCTGCTCCTAAGAAAACAAAACCCAAGAAATGAGTTA
TGATTTTGATTTATCCCTTTATTTGTTTTTTTTTTTAACTTGTAATTTTCTTTATTCAGT
TGAGACAAAACTATATACATGAAATAGACAAGTTTTACATATATGAGTTGTGAAGCCTAT
TCAGACAATTCAAGGTAATAAAAAGGACTTTGATGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B440TF U 1
AF RR1B440JQ C 407
BS 1 633 RR1B440TF
BS 634 1238 RR1B440JQ

RD RR1B440TF 633 0 0
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TCTCATCTGATTCTGAACCACCATCTAGTGAACCAGTGAGTCAGCAAGTGACTATGGCAA
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AAGAAGTAAAAAAGGATAAGAATGTCAAGCCTTCTTCTGGCTCAAGTTCAAGGTTGCCTT
TGGTACTTTCTGAGAAGGTGAATCGCACAAAGGTACTCGTTGAATGTGAAGGGGATTCTA
TAGATTTGAGTGGAGACATGGGGGCTGTTGGGC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1B440JQ 832 0 0
GTCACCCAAGAAAGAAGACAGTCCACAAGAAATTTTGAAAACTGAAGATAAAGATACAGA
TGCAACAGTAGCCGAAGAAGTAAAAAAGGATAAGAATGTCAAGCCTTCTTCTGGCTCAAG
TTCAAGGTTGCCTTTGGTACTTTCTGAGAAGGTGAATCGCACAAAGGTACTCGTTGAATG
TGAAGGGGATTCTATAGATTTGAGTGGAGACATGGGGGCTGTTGGGCGTGTGGTTGTGTC
AGACACAACCGAGGACGTGTACTTGGACTTGAAAGGAACCATATACAAATCAACAATCGT
TCCATCCAGAACGTTTTGCATTGTTAACGTTGGCCAGTCAGAGGCAAAGATTGAAGCTAT
TATGAATGATTTCATACAGCTAACGCCACAATTTAATGTATATGAAGCAGAAACAATGAT
GGAAGGCACTCTGGAGGGATTCTCGTTCGATCCAGACGATGAATCTAACAAAAACGGCAA
GACGGCTTCAAAGCCAGCTGATCAAAGTGGAAGTGCAGCGGAGGTAACCAACGCAAATGG
CAAAGGCAAAGCCAAAGCTAAAGGCGAAAATGTAGTAGGGAAAAAGAGAGGAAGACCAAC
CAAAGAGAAGCAGCAACCAGCAAAGAAGGCTAGAAGCTCTGCTCCTAAGAAAACAAAACC
CAAGAAATGAGTTATGATTTTGATTTATCCCTTTATTTGTTTTTTTTTTTAACTTGTAAT
TTTCTTTATTCAGTTGAGACAAAACTATATACATGAAATAGACAAGTTTTACATATATGA
GTTGTGAAGCCTATTCAGACAATTCAAGGTAATAAAAAGGACTTTGATGAAT

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL6043Contig1 867 2 2 U
GGAACCGAAGTTTCATCGACGGTTGGACTACATTCCGTTCTGCTACTTTTGCTGTGAGCG
GGAGAGGATTTCTCGCACGGGACATAACGTTTCAAAACACAGCAGGACCGGAAAAACATC
AAGCAGTTGCAATCCGGTCAGACTCGGATCTCGGAGTTTTTTACCGATGTGCGATGAGAG
GTTATCAAGATACTCTCTACGCCCACACAATGCGTCAATTCTTTAGAGAATGCGTTATAA
CGGGCACCGTGGATTTCATGTTTGGAGACGCTACAGCTGTATTTCAAGACTGTCAAATCA
AAGCAAAACAAGGCCTACCAAACCAGAAGAACAGCATCACGGCTCAAGGACGTAAAGATC
CTAACCAGCCAACCGGATTCATGATCCAATTTAGTAACATAACGGCTGACACAGACCTAC
TTCCAAACTTAAATACCACTGCTACTTACCTGGGTCGGCCATGGAAACTATATTCTAGAA
CAGTGTTCATGCAAAACTACATGAGTGATGTGCTCAAGCCCGAAGGATGGCTCGAATGGA
ACGGCAATTTTGCGTTGGACACGTTGTACTATGCCGAATATATGAACAACGGACCGGGGG
CTAGCCTTGACCGTCGTGTTGAGTGGCCAGGGTACCATCTGTTGAATAATTCGGCAGAAG
CTATCAACTTTACGGTGGCACAGTTCATAAAAGGGAACTTATGGCTGCCTGCAACTGGTA
TCAAATACATTGCTGGTCTATCTTCGTAAATTAATCAAGTTGGATATAACCCCTTTCATA
CAGATGTCTATGTTTTCTTTCTCATTTTACTGTATTTATTATATACAGTTTCTGTAAAAG
TTGAACTGCTCTAAAGTTTAATACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DE15TF U 1
AF RR1DE15JQ C 226
BS 1 689 RR1DE15TF
BS 690 867 RR1DE15JQ

RD RR1DE15TF 689 0 0
GGAACCGAAGTTTCATCGACGGTTGGACTACATTCCGTTCTGCTACTTTTGCTGTGAGCG
GGAGAGGATTTCTCGCACGGGACATAACGTTTCAAAACACAGCAGGACCGGAAAAACATC
AAGCAGTTGCAATCCGGTCAGACTCGGATCTCGGAGTTTTTTACCGATGTGCGATGAGAG
GTTATCAAGATACTCTCTACGCCCACACAATGCGTCAATTCTTTAGAGAATGCGTTATAA
CGGGCACCGTGGATTTCATGTTTGGAGACGCTACAGCTGTATTTCAAGACTGTCAAATCA
AAGCAAAACAAGGCCTACCAAACCAGAAGAACAGCATCACGGCTCAAGGACGTAAAGATC
CTAACCAGCCAACCGGATTCATGATCCAATTTAGTAACATAACGGCTGACACAGACCTAC
TTCCAAACTTAAATACCACTGCTACTTACCTGGGTCGGCCATGGAAACTATATTCTAGAA
CAGTGTTCATGCAAAACTACATGAGTGATGTGCTCAAGCCCGAAGGATGGCTCGAATGGA
ACGGCAATTTTGCGTTGGACACGTTGTACTATGCCGAATATATGAACAACGGACCGGGGG
CTAGCCTTGACCGTCGTGTTGAGTGGCCAGGGTACCATCTGTTGAATAATTCGGCAGAAG
CTATCAACTTTACGGTGGCACAGTTCATA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1DE15JQ 642 0 0
GAGAATGCGTTATAACGGGCACCGTGGATTTCATGTTTGGAGACGCTACAGCTGTATTTC
AAGACTGTCAAATCAAAGCAAAACAAGGCCTACCAAACCAGAAGAACAGCATCACGGCTC
AAGGACGTAAAGATCCTAACCAGCCAACCGGATTCATGATCCAATTTAGTAACATAACGG
CTGACACAGACCTACTTCCAAACTTAAATACCACTGCTACTTACCTGGGTCGGCCATGGA
AACTATATTCTAGAACAGTGTTCATGCAAAACTACATGAGTGATGTGCTCAAGCCCGAAG
GATGGCTCGAATGGAACGGCAATTTTGCGTTGGACACGTTGTACTATGCCGAATATATGA
ACAACGGACCGGGGGCTAGCCTTGACCGTCGTGTTGAGTGGCCAGGGTACCATCTGTTGA
ATAATTCGGCAGAAGCTATCAACTTTACGGTGGCACAGTTCATAAAAGGGAACTTATGGC
TGCCTGCAACTGGTATCAAATACATTGCTGGTCTATCTTCGTAAATTAATCAAGTTGGAT
ATAACCCCTTTCATACAGATGTCTATGTTTTCTTTCTCATTTTACTGTATTTATTATATA
CAGTTTCTGTAAAAGTTGAACTGCTCTAAAGTTTAATACTCC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL6044Contig1 1007 2 4 U
GGGGTAAAGCAAACAAAATGTTGCTCCGTCGTGCAACCGCCGCACTACCCAAAACCCTAC
AAAACCTCCGGCTATTCTCTCCGGCGGCTACCTCCGCGTTAGCCCTCGACCACACCCTAG
AAACCCAACTAGACTACCTCCCCGGGTTCCCTCGACCCGATGCTAAACACGCGGAGACGA
TCCTAGCCGTTCCTCGGTCCGACTCCGGTAAGAACATATCCGCGAAAGAGCGTAAAGCGG
GTCGGGTCCCTTCGATCATATTCGAGCAGGAGGATGGTCAGCACGGAGGGAACAAGAGGC
TCGTCTCGGTTCAGACGAATCAGATCAGGAAGCTGGTGACTCATCTGGGTTACTCCTTCT
TCCTCTCGAGGCTTTTCGATGTCGAGGTTAGGTCTGAGTTAGGCTCCGGTGAGGTCGTTG
AGAAAGTCAGGGCCTTGCCCAGATCGATTCATTTGCACTCTGGAACCGATGCGCCGCTGA
ATGTGACGTTTATAAGAGCTCCTCCTGGTACTCTGTTGAAGGTTGATATCCCTCTTGTGT
TTATCGGAGATGATGTTTCTCCTGGGTTGAAGAAAGGAGCATCTCTGAATTCGATCAAAA
GAACGGTAAAGTTCCTATGTCCGGCAGAGATCATCCCTCCGTATATAGAAGTAGATCTCA
GTCTTTTGGACGTTGGACAAAAGCTAGTAGCGGGAGACCTCAAGGTTCACCCGGCGCTAA
AGCTAATAAGGCCCAAAGACGAACCAATTGTTAAGATCGCTGGAGGACGTGTTAGTGACC
AGCAAAAGGACCAGCAAAAGAAGGACCAGCCAAAGAAAGACCAAGCAAAGAAGTAAACCG
GTGGTGAGTCATGTTGATGAAAATTTTTATTGATCAATCTTCTTAGAACTTGTGAGAACT
TGTGATCCTTTAGCATGAAGGTTTTTTGTGTGTTGTTAGTGTTCCCGGAGAGCTTTAGAT
TCCGGTGGAATATTCTGTCTTTTGATTCATCAATGCAATTTTTCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EZ26TF U 1
AF RR1EZ26JQ C 256
BS 1 704 RR1EZ26TF
BS 705 705 RR1EZ26JQ
BS 706 724 RR1EZ26TF
BS 725 1007 RR1EZ26JQ

RD RR1EZ26TF 724 0 0
GGGGTAAAGCAAACAAAATGTTGCTCCGTCGTGCAACCGCCGCACTACCCAAAACCCTAC
AAAACCTCCGGCTATTCTCTCCGGCGGCTACCTCCGCGTTAGCCCTCGACCACACCCTAG
AAACCCAACTAGACTACCTCCCCGGGTTCCCTCGACCCGATGCTAAACACGCGGAGACGA
TCCTAGCCGTTCCTCGGTCCGACTCCGGTAAGAACATATCCGCGAAAGAGCGTAAAGCGG
GTCGGGTCCCTTCGATCATATTCGAGCAGGAGGATGGTCAGCACGGAGGGAACAAGAGGC
TCGTCTCGGTTCAGACGAATCAGATCAGGAAGCTGGTGACTCATCTGGGTTACTCCTTCT
TCCTCTCGAGGCTTTTCGATGTCGAGGTTAGGTCTGAGTTAGGCTCCGGTGAGGTCGTTG
AGAAAGTCAGGGCCTTGCCCAGATCGATTCATTTGCACTCTGGAACCGATGCGCCGCTGA
ATGTGACGTTTATAAGAGCTCCTCCTGGTACTCTGTTGAAGGTTGATATCCCTCTTGTGT
TTATCGGAGATGATGTTTCTCCTGGGTTGAAGAAAGGAGCATCTCTGAATTCGATCAAAA
GAACGGTAAAGTTCCTATGTCCGGCAGAGATCATCCCTCCGTATATAGAAGTAGATCTCA
GTCTTTTGGACGTTGGACAAAAGCTAGTAGCGGGAGACCTCAAG*TTCACCCGGCGCTAA
AGCT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1EZ26JQ 752 0 0
TCATATTCGAGCAGGAGGATGGTCAGCACGGAGGGAACAAGAGGCTCGTCTCGGTTCAGA
CGAATCAGATCAGGAAGCTGGTGACTCATCTGGGTTACTCCTTCTTCCTCTCGAGGCTTT
TCGATGTCGAGGTTAGGTCTGAGTTAGGCTCCGGTGAGGTCGTTGAGAAAGTCAGGGCCT
TGCCCAGATCGATTCATTTGCACTCTGGAACCGATGCGCCGCTGAATGTGACGTTTATAA
GAGCTCCTCCTGGTACTCTGTTGAAGGTTGATATCCCTCTTGTGTTTATCGGAGATGATG
TTTCTCCTGGGTTGAAGAAAGGAGCATCTCTGAATTCGATCAAAAGAACGGTAAAGTTCC
TATGTCCGGCAGAGATCATCCCTCCGTATATAGAAGTAGATCTCAGTCTTTTGGACGTTG
GACAAAAGCTAGTAGCGGGAGACCTCAAGGTTCACCCGGCGCTAAAGCTAATAAGGCCCA
AAGACGAACCAATTGTTAAGATCGCTGGAGGACGTGTTAGTGACCAGCAAAAGGACCAGC
AAAAGAAGGACCAGCCAAAGAAAGACCAAGCAAAGAAGTAAACCGGTGGTGAGTCATGTT
GATGAAAATTTTTATTGATCAATCTTCTTAGAACTTGTGAGAACTTGTGATCCTTTAGCA
TGAAGGTTTTTTGTGTGTTGTTAGTGTTCCCGGAGAGCTTTAGATTCCGGTGGAATATTC
TGTCTTTTGATTCATCAATGCAATTTTTCACG

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL6045Contig1 1193 2 2 U
GATCCTCCATTAAGTTAATGGCTACGCAGAACAAGGAACAAGCTCGACAGTTGTTGGTTT
CAAGACCTCAGTTGCTAAAAGCTGTTTTCCTGGCACAGATAATGCTTGGGATTGTGAGTC
CTCAAGTTTTGCAGACGCCAAATATTGTTCAGGCCCCAAATCATAATATGTCAGGGTCGT
CCATTCAAGACACGCAACTATCTACTCAGAACCTGTTACCGCCACTGGCACAAGGCCACA
GCAGCTTAGTCGACATCCCCATAGTCAGTTTCCCGTTCAACAGTCTTCTAAACAACATTT
CAGTCAGATTTCACAACCAGGTCCTTCTTCTGTAAATCCTCCACATAGATCCCAAGTTCA
AGGTCTCAGCGAAACAGCTCCATTCCAACGCCAAAAACAAGTGGTTCCAGCTTCCATCAT
CATGGGTTATAGTATTCAGACTCCAGTTCCAAATAACGGTATCCAGCCATCTCAAGTACC
TCGGCCACCATTGACAAACTCTGTGATACAGCAAGGTGGGCAAATGGTACCACTAAACTA
TGGCAAAAGAATAAGCAACGAGGGACCTCATGAATCAATAAACAGACCGTCAAAGATGAT
AAGAGTGGATGAAAGGAGAATCGATCCATTCCATGGAGGGCATGCGTCTAACTCAATGCT
TCCAAATCCAGTACAAGTACAAGAGAGAGCGCATCAGACACATATCTCCCCGGATGTTTA
GTCAACGTTGCTCCAGCAAGTAATGAACTTGACACCGGAACAGCTGAGGTTGCTGACTCC
AGAGCAACAGCAAGAAGTCATGAAGCTGCAACAAGCTCTCAAGCAGCATTCATAGCATTG
AGGTTGGTTCGTTGGTTCCATTTGATTGAAACTTGCAGAGATGGAAAGAGTTTTCGCACA
CAGATTACAATAGAAAGAAGAAGGATTCTCTCACTTGAATTGGCGAGTGATTGTATTATT
AGTGTAGCATTTATTTTGTGCTGAGTTTGTCTTATAGTCATAGAAATATCCAGCCATCAA
TAATATAAAAGAGGAAGTTACAAGTCAAAGAAGTCTCAGAACAACTGTGTCGTCTACTCC
TCTCTCTCTCTGTTTTTCTTTCTTTTTTGCTTTAACTAAACCATCCTTCGCTTTCACTTT
ATATCATGTAGCAACTGGTTAGTACTTCAGTGAATAAACATTTTTATTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AAGAGTGGAT

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DS 

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CATGTAGCAACTGGTTAGTACTTCAGTGAATAAACATTTTTATTTCACC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

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CAGCTTTATGTTTTCCAAGACTGGTACTCAAATAAAGGAGGCTATATCTGATCTTCCAGT
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ATGGTGCCAGACTGTTATAGACATACTGGTGAAACATGCGTTTGAGAACGTGACGAGGTT
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ACGCCGTGCACAACAATGGCTTGGTTGATAAAAACATGTTACCAAAAAACAAAAGTGTAA
TTTGTATGATTTTTACACTAAGACAGAAGTAGTAGAAAGCAGATATTTGCTCTGTTTCCT
TCCGATTGTGTCTTGATACAAAAACTTTCAACCTTTATCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A434TF U 1
AF RR1A434JQ C 651
BS 1 776 RR1A434TF
BS 777 1420 RR1A434JQ

RD RR1A434TF 776 0 0
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CTTCGAAGGTCTACCTCCTCCGTCTTCTCAACAGAAAGAGCTTCCCAATTCTTCAAATCC
AGACCAGCCGAAAGAAGAAAGTCCCTCCACAGCTCCTCCGACTCTGGTTCTCAAGAGTTC
CCTGAAGCGATCCAAACCGGCAGAATCTGCTCCCGATGTCTCAGCTCCTCCTGTTCTCAA
GAGCGCTCTAAAGCGTTCGAAACCAGCAGAATCTACTCCGGAACCAGAACCTGAAGCTCC
TAAGAAGCGTCTACAGTTCAAGACATCGACCGACGCATCAGAAGAACAAGTGATAGAAGC
GATGCAGAAGATAACATCCCACATCAAGAACCCTTCCAAGTTCTCCAAAGCCTCGAAGCT
TGCGATACGCCTGATTCAAGCTGGAAGCGTGAAGCCTGAGACGAGCAGTTACTTCATTGC
GATGCTCGAAGCTGCAATGTCGTCGAAAACTCCTTGCACAGATCGATTGGTTAGAGCAGA
TTATCATGCTTTGTTCTCAGCAGCTCAGGATGTCGCGGAGTGCCTTGATAAAAGCCAGAA
GAATCTGTTGACTATCTGGACGATTAAAGCAGTTGTGGCTAATGACCTCTTTACTGATGA
CAGCTTTATGTTTTCCAAGACTGGTACTCAAATAAAGGAGGCTATATCTGATCTTCCAGT
GGCAACTGAGGAAGATGACGCTGAAGAAGCAGCTGCTCTTGAACAAGAGGCTGTGA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1A434JQ 770 0 0
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ATCTTCCAGTGGCAACTGAGGAAGATGACGCTGAAGAAGCAGCTGCTCTTGAACAAGAGG
CTGTGAAGGAAAGTGGAGAAGAGCAGACAACACAGGACGTGGATGAAGCTGCTTCAGCTG
GAGGTCAAGAGGATGCCGAGTCTGATCCCTTTGGGCTGGATGCATGGATCTCCAGTGGTG
TGAAGAAAAATGGTAAAACAAAGATGACGAAAGAAGATACAGATGCCTTGGATAACAAGA
AATTTCTCAGGTCGAAAAGAGAAGCTTTGATTACATGCCTGGAGATCGCTGCACGCCGTT
ACAGAGTTCCATGGTGCCAGACTGTTATAGACATACTGGTGAAACATGCGTTTGAGAACG
TGACGAGGTTCACATCACAGCAGAGACGAGCAGTGGAGAAACTCTGGGCTTCTGTTAGAG
AACAACATCTCCGTAGGAAGCAAGGCAAATCAGTGACGGGGAAACTGGACGTGACTGCTT
TCGAAAGTCTTCAGGATAAATACGCCAACGAGAAGATGAGCATCCGGCGATCTGTTGGAG
CCAACGGTAAACGCCGTGCACAACAATGGCTTGGTTGATAAAAACATGTTACCAAAAAAC
AAAAGTGTAATTTGTATGATTTTTACACTAAGACAGAAGTAGTAGAAAGCAGATATTTGC
TCTGTTTCCTTCCGATTGTGTCTTGATACAAAAACTTTCAACCTTTATCT

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL6047Contig1 928 2 4 U
GGGAAGGTTTCACTGTTTTCTGAACATCGACCTTCAGAGTTCAACATGCAACTCTTTTAG
ATAAGGAGCCGCCGATCATCTGTCTCTAACGTCTTCAGTTCTCATTTATACGTTCTTTAA
TCCGGGCTTTAACTTGCTTTATCTCACTAATCCACTCTCAATCATTTAATTGATCTCATC
ATCTCCCATTATAACTGCCGGAGGCTCCCATTATAACTTTGCAAGTTCCCAGTGATGAAC
CACACGACCTCAACGAAAACGAGAAGAATAGTTTCTGCTAACTACCAACTCTGAAAATTA
CAGGCTCTTTGATTTGATTTCTGGGTTGTTTTGAGTTTTGTTTACGTCTTTTGGTTTTAG
TCCGTAGCCGTTGAAGAAACAATTCGATTATGTTCTTCACACTACAGAGTCTGAACCTAG
GCACTTGAATCTTCTTATGGCTTGCTTTTCCATCCGTGGAAATATCATTGTCTTGATAAC
TCTTGCTTCAAGTGATTTGTATGGTGCATCTTGAGGATCTGATAAGTTTAAACATTCTAT
GACAATCAAATCAGCCAGAGAATTGATCTTCCTCGAACCGAACGAAGTGAAGCAGGCTGC
TCTTGGTGGTTCTGCTTCTGATGCAATCCGTCATGCCATCTTTGAAGCCTCCAAGTTGTT
CCATGGTAGAGCTCGACTTCTTATTACAGATATGCCCAAGGGAAAGTTGAAAAGCTTATT
TACGTTTATGGCTTATTTAAAGCTTATGAAGGTTTATAATTTTCAAAGACTGGAAGCGCT
GCAGAAGAAACGGTTTTTGATTAAAACAATTGCCAGCTTGATAAAACAAAACAAGCTTGA
TTGTATTGTATGTGTATCTTATCACTTTTAGTTTTCCTTGTCTCATTCACCAAGCTAACT
ACGGTAGATTTACTTACAAATTATAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H294TF U 1
AF RR1H294JQ C 379
BS 1 595 RR1H294TF
BS 596 596 RR1H294JQ
BS 597 651 RR1H294TF
BS 652 928 RR1H294JQ

RD RR1H294TF 651 0 0
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TCCGGGCTTTAACTTGCTTTATCTCACTAATCCACTCTCAATCATTTAATTGATCTCATC
ATCTCCCATTATAACTGCCGGAGGCTCCCATTATAACTTTGCAAGTTCCCAGTGATGAAC
CACACGACCTCAACGAAAACGAGAAGAATAGTTTCTGCTAACTACCAACTCTGAAAATTA
CAGGCTCTTTGATTTGATTTCTGGGTTGTTTTGAGTTTTGTTTACGTCTTTTGGTTTTAG
TCCGTAGCCGTTGAAGAAACAATTCGATTATGTTCTTCACACTACAGAGTCTGAACCTAG
GCACTTGAATCTTCTTATGGCTTGCTTTTCCATCCGTGGAAATATCATTGTCTTGATAAC
TCTTGCTTCAAGTGATTTGTATGGTGCATCTTGAGGATCTGATAAGTTTAAACATTCTAT
GACAATCAAATCAGCCAGAGAATTGATCTTCCTCGAACCGAACGAAGTGAAGCAG*CTGC
TCTTGGTGGTTCTGCTTCTGATGCAATCCGTCATGCCATCTTTGAAGCCTC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1H294JQ 550 0 0
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GGCTTGCTTTTCCATCCGTGGAAATATCATTGTCTTGATAACTCTTGCTTCAAGTGATTT
GTATGGTGCATCTTGAGGATCTGATAAGTTTAAACATTCTATGACAATCAAATCAGCCAG
AGAATTGATCTTCCTCGAACCGAACGAAGTGAAGCAGGCTGCTCTTGGTGGTTCTGCTTC
TGATGCAATCCGTCATGCCATCTTTGAAGCCTCCAAGTTGTTCCATGGTAGAGCTCGACT
TCTTATTACAGATATGCCCAAGGGAAAGTTGAAAAGCTTATTTACGTTTATGGCTTATTT
AAAGCTTATGAAGGTTTATAATTTTCAAAGACTGGAAGCGCTGCAGAAGAAACGGTTTTT
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TTATCACTTTTAGTTTTCCTTGTCTCATTCACCAAGCTAACTACGGTAGATTTACTTACA
AATTATAGCC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

CO CL6048Contig1 1263 2 2 U
GGGGAGTTCGCTAAGAACTGTGGGAATCTGAAGAAGCTTTCGGTTGGATCTTGTAACTTT
GGAGCTAAAGGCGTGGACGCGATGGTTGAGCATTGTAAGGTTCTCGAGGAATTGTCGGTG
AAGAGACTCAGAGGGATCCACGAAGCTCCTGAGCTGGTTTGTTCGTCGTCTTCGCTTATA
TCTATTTGCTTGAAGGAGCTTGTTAACGGTCAGGTGTTCGAACCGTTGGTTGCTAATACT
AGAACGTTGAAAACGCTTAAGATTATTCGTTGTCTTGGTGATTGGGATAAAGTTCTTAAA
ACGATCGGAGAAGGAGATAGCTCGTTGAGTGAGATTCACTTGGAGAGGCTCCAAGTGAGT
GACTTGGGCTTTGTTCGATATCTAAATGCTCAAAGGTGGAGACTTTGCATTTAGTGAAGA
CGCCGGAATGTTCTAACTATGGTTTGATTGATGTCGCGGAGAGATGTAAGCTGTTGAGGA
AGCTTCATATCGATGGGCGGAGGACTAATAGGATCGGTGATGAAGGTCTGATAGCTGTAG
CGAAACACTGCTTGAACTTACAGGAGCTTGTGCTGATTGGTGTTAATGCGACGCATATGA
GTTTAGCTGCCATTGCTTCGAACTGTGAGAAGCTGGAAAGATTAGCGCTTTGTAAAGTGT
AACTATTGGTGATACAGAGATCGCTTGTATTGCTAAGAAGTGTGGGGCGTTGAGGAAGTT
CTGTATCAAAGGATGTCCGGTGTCGGATCTAGGGATCGAAGCGCTAGCTGTTGGTTGTCC
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CTGCGTGAACGAAGGAGGACGCTTGTGGTGTGTATGGATGGTGATGTAAGCGAAGCAACG
GTGGCTGTGGATGGTGAGGTTGAGACAGCTGTGCGGGAGCCAAGTGTGGGTCAAGCGGGT
GGTGGTGGCGTGCCGGAGGTTGTATCAAGTAATGGTGGAGGAAGTAGATTAGCGATGATA
AGATCAAAGTTGGGGTTTCTTGGTGGAAGGAACTTGGTAACTTGCACATTCAGGAGATGG
TCTTCTCATAATGATAGTGGTACTAGTTCTGCTTGATATCTGATAATATGGCAACTGTCA
AAAAGCTTTCTTCTTTCTTATTCCGTAATCCTCGTTTCGTGATGTGTTTGAATCTGTGTG
TAAGAAGGCTTGTCGATTAGAAAAGTCATTCCAATTTAAAACATTTATTAACTATTGATT
TGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1A896TF U 1
AF RR1A896JQ C 480
BS 1 748 RR1A896TF
BS 749 1263 RR1A896JQ

RD RR1A896TF 748 0 0
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GGAGCTAAAGGCGTGGACGCGATGGTTGAGCATTGTAAGGTTCTCGAGGAATTGTCGGTG
AAGAGACTCAGAGGGATCCACGAAGCTCCTGAGCTGGTTTGTTCGTCGTCTTCGCTTATA
TCTATTTGCTTGAAGGAGCTTGTTAACGGTCAGGTGTTCGAACCGTTGGTTGCTAATACT
AGAACGTTGAAAACGCTTAAGATTATTCGTTGTCTTGGTGATTGGGATAAAGTTCTTAAA
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CGCCGGAATGTTCTAACTATGGTTTGATTGATGTCGCGGAGAGATGTAAGCTGTTGAGGA
AGCTTCATATCGATGGGCGGAGGACTAATAGGATCGGTGATGAAGGTCTGATAGCTGTAG
CGAAACACTGCTTGAACTTACAGGAGCTTGTGCTGATTGGTGTTAATGCGACGCATATGA
GTTTAGCTGCCATTGCTTCGAACTGTGAGAAGCTGGAAAGATTAGCGCTTTGTAAAGTGT
AACTATTGGTGATACAGAGATCGCTTGTATTGCTAAGAAGTGTGGGGCGTTGAGGAAGTT
CTGTATCAAAGGATGTCCGGTGTCGGAT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1A896JQ 784 0 0
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GCGAAACACTGCTTGAACTTACAGGAGCTTGTGCTGATTGGTGTTAATGCGACGCATATG
AGTTTAGCTGCCATTGCTTCGAACTGTGAGAAGCTGGAAAGATTAGCGCTTTGTAAAGTG
TAACTATTGGTGATACAGAGATCGCTTGTATTGCTAAGAAGTGTGGGGCGTTGAGGAAGT
TCTGTATCAAAGGATGTCCGGTGTCGGATCTAGGGATCGAAGCGCTAGCTGTTGGTTGTC
CTAATTTGGTGAAGTTGAAGGTGAGGAAGTGTAAAGTGGTGACTGGAGAGGTTGGAGATT
GCTGCGTGAACGAAGGAGGACGCTTGTGGTGTGTATGGATGGTGATGTAAGCGAAGCAAC
GGTGGCTGTGGATGGTGAGGTTGAGACAGCTGTGCGGGAGCCAAGTGTGGGTCAAGCGGG
TGGTGGTGGCGTGCCGGAGGTTGTATCAAGTAATGGTGGAGGAAGTAGATTAGCGATGAT
AAGATCAAAGTTGGGGTTTCTTGGTGGAAGGAACTTGGTAACTTGCACATTCAGGAGATG
GTCTTCTCATAATGATAGTGGTACTAGTTCTGCTTGATATCTGATAATATGGCAACTGTC
AAAAAGCTTTCTTCTTTCTTATTCCGTAATCCTCGTTTCGTGATGTGTTTGAATCTGTGT
GTAAGAAGGCTTGTCGATTAGAAAAGTCATTCCAATTTAAAACATTTATTAACTATTGAT
TTGC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL6049Contig1 1081 2 6 U
GGAGGCAAATACAAGATACTTGTGAATTATTACAGATGTCGTCTTCTATAGTTTCTTCAG
TGCTATTTCTTCTTCTCCTGGTGTTTTCGCTTCATATGGATGACGCATTTGGTGCTCAAA
CTGAAATCCGTAAACTTAGTGAGCTTTTTCTTTTCTTCATCTTTTACTTTTCTATTTATA
TGTTATTACTAGTATAATATAAGACAATGTTAATCGATAACATTAAAAGATATTGATCCA
GGTACAATTATTCACATACTTTTTACTTTGGATTTAATATATTATTTGGGCAAACCATAC
CTTCCTACATCTCTCTTTCTTAACCATATTCTTATGAGTCGTTTATTCCTGATTAATAAA
AATCATATATTCTTGTGTTAAAGAATTTTAAAACCTAAATTTTAATCATTGTTTTGATTT
TTATAAAATATAGTTCTAACTTCTAAGTATCTAAATTTTAATCATTGTTTAAAACTTCGT
TGTTTGTGAAGTATGTTATTTAGTTACTTACTATTTCACTAATTTGTTACTTTAGTTCAA
TATATAGATAGAAAGCTTTTATGTACCAATGAAATTACAAAAGGCTTGATGATGCAGAAG
AGTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAAGAGGTGAAAACAGAAGCTCCAAAATGGCGG
CTGCAAAGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACATTTAAAAACATGGCGA
CCACTTATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTATACTTGTCCTCTCGCT
GTCAGCCCTGGCCCCCGAGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTTGCGTTACCACCGTAC
GCTGTCAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCGAGAACTGTACACGCA
TATCTGGCAAATGATCAGATCATAAAACTTTAAATTATATATTATCGTGTTTTTGGTTTT
TGCTTTTTCTATGGTTCTTCGTTTCATGCATATGTTTGCGTGCTGTGTTGCCATGTATAT
TTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTGTCTATGATATATACTAGCTAG
C


BQ
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10 

AF RR1BA77TF U 1
AF RR1BA77JQ C 366
BS 1 759 RR1BA77TF
BS 760 760 RR1BA77JQ
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BS 797 846 RR1BA77TF
BS 847 1081 RR1BA77JQ

RD RR1BA77TF 846 0 0
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TGCTATTTCTTCTTCTCCTGGTGTTTTCGCTTCATATGGATGACGCATTTGGTGCTCAAA
CTGAAATCCGTAAACTTAGTGAGCTTTTTCTTTTCTTCATCTTTTACTTTTCTATTTATA
TGTTATTACTAGTATAATATAAGACAATGTTAATCGATAACATTAAAAGATATTGATCCA
GGTACAATTATTCACATACTTTTTACTTTGGATTTAATATATTATTTGGGCAAACCATAC
CTTCCTACATCTCTCTTTCTTAACCATATTCTTATGAGTCGTTTATTCCTGATTAATAAA
AATCATATATTCTTGTGTTAAAGAATTTTAAAACCTAAATTTTAATCATTGTTTTGATTT
TTATAAAATATAGTTCTAACTTCTAAGTATCTAAATTTTAATCATTGTTTAAAACTTCGT
TGTTTGTGAAGTATGTTATTTAGTTACTTACTATTTCACTAATTTGTTACTTTAGTTCAA
TATATAGATAGAAAGCTTTTATGTACCAATGAAATTACAAAAGGCTTGATGATGCAGAAG
AGTCGGTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAAGAGGTGAAAACAGAAGCTCCAAAATGGCGG
CTGCAAAGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACATTTAAAAACATGGCGA
CCACTTATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAG*AGTATACTTGTCCTCTCGCT
GTCAGCCCTGGCCCC*GAGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTTGCGTTACCACCGTAC
GCTGTC

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR1BA77JQ 716 0 0
TATATTCTTGTGTTAAAGAATTTTAAAACCTAAATTTTAATCATTGTTTTGATTTTTATA
AAATATAGTTCTAACTTCTAAGTATCTAAATTTTAATCATTGTTTAAAACTTCGTTGTTT
GTGAAGTATGTTATTTAGTTACTTACTATTTCACTAATTTGTTACTTTAGTTCAATATAT
AGATAGAAAGCTTTTATGTACCAATGAAATTACAAAAGGCTTGATGATGCAGAAGAGTCG
GTCAAGAAGAGCAGAATTTTGGAAGGAGGTGAAAACAGAAGCTCCAAAATGGCGGCTGCA
AGGAGTGAAACGAAGCGTTGCAAGGGCCTCGCCAAAACATTTAAAAACATGGCGACCACT
TATCGTCCTGATGGTCAGTTCCGTCCTCTTTCAGGAGTATACTTGTCCTCTCGCTGTCAG
CCCTGGCCCCCGAGCTCCTCCAACTGTTATACTATCAGTTGCGTTACCACCGTACGCTGT
CAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCGAGAACTGTACACGCATATCT
GGCAAATGATCAGATCATAAAACTTTAAATTATATATTATCGTGTTTTTGGTTTTTGCTT
TTTCTATGGTTCTTCGTTTCATGCATATGTTTGCGTGCTGTGTTGCCATGTATATTTTAC
ATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTTGTCTATGATATATACTAGCTAGC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL6050Contig1 500 2 2 U
CCTAATACTTTTTATTCAACGGCGACGACTCTGGTCTCCCAAATCGAAACGATGACGTAC
AGGACCTTGAAACTGTGACCAACACTGCCTAGTGTATTGTAAGTCTGTAACAGGTCTCAT
AAAGCAAACAAAGAAAACACTTAAAAGAGAAAAGATACACCACTGAGTAAAGATGAAGAT
CACTAGCATCACAACTTATTCAGAGATCTTCTTCTTCTCAACCTTGACAAGGATCGATAT
CAACCATCCAACCTTTTGTGTCTTCAACAAGACCTGTCTGAATACTCGTCAACATCGAGT
GAAGCTTCTTAGACAATGCCTCTTCTCCTGTTCTGTATTTTACCTTCTTGTCATGGAAGG
TCACGGTTTCAACAGCTTTAACGACCACTGCAGTTCCCGTGCAGAACACTTCTTCCGCCT
CTAATAACTCATCCACAGAAACATCACGTTCTTGAACCTGGTAGCCGATATCAAGAGCTA
GCTCGCTTATGCTTTTCCTC


BQ
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AF RR1CH35TF C 1
AF RR1CH35JQ U 37
BS 1 36 RR1CH35TF
BS 37 500 RR1CH35JQ

RD RR1CH35TF 500 0 0
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AGGACCTTGAAACTGTGACCAACACTGCCTAGTGTATTGTAAGTCTGTAACAGGTCTCAT
AAAGCAAACAAAGAAAACACTTAAAAGAGAAAAGATACACCACTGAGTAAAGATGAAGAT
CACTAGCATCACAACTTATTCAGAGATCTTCTTCTTCTCAACCTTGACAAGGATCGATAT
CAACCATCCAACCTTTTGTGTCTTCAACAAGACCTGTCTGAATACTCGTCAACATCGAGT
GAAGCTTCTTAGACAATGCCTCTTCTCCTGTTCTGTATTTTACCTTCTTGTCATGGAAGG
TCACGGTTTCAACAGCTTTAACGACCACTGCAGTTCCCGTGCAGAACACTTCTTCCGCCT
CTAATAACTCATCCACAGAAACATCACGTTCTTGAACCTGGTAGCCGATATCAAGAGCTA
GCTCGCTTATGCTTTTCCTC

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1CH35JQ 464 0 0
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TTGTAAGTCTGTAACAGGTCTCATAAAGCAAACAAAGAAAACACTTAAAAGAGAAAAGAT
ACACCACTGAGTAAAGATGAAGATCACTAGCATCACAACTTATTCAGAGATCTTCTTCTT
CTCAACCTTGACAAGGATCGATATCAACCATCCAACCTTTTGTGTCTTCAACAAGACCTG
TCTGAATACTCGTCAACATCGAGTGAAGCTTCTTAGACAATGCCTCTTCTCCTGTTCTGT
ATTTTACCTTCTTGTCATGGAAGGTCACGGTTTCAACAGCTTTAACGACCACTGCAGTTC
CCGTGCAGAACACTTCTTCCGCCTCTAATAACTCATCCACAGAAACATCACGTTCTTGAA
CCTGGTAGCCGATATCAAGAGCTAGCTCGCTTATGCTTTTCCTC

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL6051Contig1 1379 2 2 U
GGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGCGGTTCGAACAAAAAACGGCAAAAAAG
GTTTAGAGGTTACCTTTTTCACTCTTTAGCGTGAAGGAAGGATATCAGTGAAGAAGATTT
TCTTTTATTTTATTTTACAAAAAAGGGACTGAGAGAATAAGAAGGGTAGAGGAGATCTTG
TTTTTTGATTGGTAAAATATCGATGGCGACGAAGCATCCTTGTTTTGAGCTCGCCAAAGG
TATCAATGGCCTCGACAAAATCGTCCTCCGCGAGTCTCGTAACCGCTCCGCCGAGGTATA
CTTGTATGGTGGTCATGTGACTTCTTGGAAGAATGAAAACGGAGAAGAGTTACTTTACCT
CAGCAGCAAGGCTATATTCAAGCCTCCTAAACCAATCCGTGGAGGGATTCCTCTTTGCTT
TCCTCAATTCAGTAACCTTGGTACACTCGAATCACATGGATTCGCTAGAAACAGGGTCTG
GGAAGTTGATGCTACCCCACCTCCTTTGCCTACGAACTCTTCTTCTAATGCTTTCGTTGA
CCTCATCCTCAGGCCAACTGAAGACGATCTTAAGACATGGCCTTACAATTTTGAGTTCCG
GATGAGGGTGAACTTGGGATCTGAAGGAGAATTGACACTGACATCTCGTATCAGGAACAC
CAACGCTGATGGAAAGCCGTTTACATTCACATTTGCTTATCACACCTATTTCTCCGTCTC
GGACATCAGTGAAGTAAGGGTTGAAGGGTTGGAGACGCTGGATTATCTAGACAACTTAAA
GAACAGAGAACGTTTTACGGAGCAAGGTGGTGCTATTACTTTTGAATCTGAAATTGACAA
GATTTACCTAAGCACTCCTACAAAGATTGCTATTTTGGACCACGAGAAAAAGAGGACTTT
CGTTGTACGCAAGGACGGGCTTGCTGATGCAGTGGTGTGGAATCCTTGGGATAAGAAGTC
AAAGTCGATATCGGACTTGGGAGATGAAGACTATAAGCATATGTTATGTGTTGAAGCTGC
AGCGGTGGAAAGACCGATCACATTAAAACCAGGTGAAGAATGGAAAGGAAGACTCGAGCT
CTCTGCGGTTCCATCTAGTTACTCCAGTGGACAGCTTGACCCCAAGAAAGTCCTCCAATG
AATCTTTCATACTTCAAAAAAGTGTCACCCTTTCTCCTCTCTTTTTCTTATTTGATTTCA
GGTAGCTTCAAAATATATACTCTTTCCCGTTTTATATCTGTTTCATGAACACTTGTGTGT
GTTCCAAACGTCAAAACATACAAATATTTTCGTTTTATATTGGTAAAACATGATAGGGGT
CTTTCCTTTGATTTAGATATTCTGTCATTTTGTTATGAGAAATATTTTGATTTTGTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CN92TF U 1
AF RR1CN92JQ C 596
BS 1 651 RR1CN92TF
BS 652 1379 RR1CN92JQ

RD RR1CN92TF 651 0 0
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GTTTAGAGGTTACCTTTTTCACTCTTTAGCGTGAAGGAAGGATATCAGTGAAGAAGATTT
TCTTTTATTTTATTTTACAAAAAAGGGACTGAGAGAATAAGAAGGGTAGAGGAGATCTTG
TTTTTTGATTGGTAAAATATCGATGGCGACGAAGCATCCTTGTTTTGAGCTCGCCAAAGG
TATCAATGGCCTCGACAAAATCGTCCTCCGCGAGTCTCGTAACCGCTCCGCCGAGGTATA
CTTGTATGGTGGTCATGTGACTTCTTGGAAGAATGAAAACGGAGAAGAGTTACTTTACCT
CAGCAGCAAGGCTATATTCAAGCCTCCTAAACCAATCCGTGGAGGGATTCCTCTTTGCTT
TCCTCAATTCAGTAACCTTGGTACACTCGAATCACATGGATTCGCTAGAAACAGGGTCTG
GGAAGTTGATGCTACCCCACCTCCTTTGCCTACGAACTCTTCTTCTAATGCTTTCGTTGA
CCTCATCCTCAGGCCAACTGAAGACGATCTTAAGACATGGCCTTACAATTTTGAGTTCCG
GATGAGGGTGAACTTGGGATCTGAAGGAGAATTGACACTGACATCTCGTAT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1CN92JQ 784 0 0
G
TCCGGATGAGGGTGAACTTGGGATCTGAAGGAGAATTGACACTGACATCTCGTATCAGGA
ACACCAACGCTGATGGAAAGCCGTTTACATTCACATTTGCTTATCACACCTATTTCTCCG
TCTCGGACATCAGTGAAGTAAGGGTTGAAGGGTTGGAGACGCTGGATTATCTAGACAACT
TAAAGAACAGAGAACGTTTTACGGAGCAAGGTGGTGCTATTACTTTTGAATCTGAAATTG
ACAAGATTTACCTAAGCACTCCTACAAAGATTGCTATTTTGGACCACGAGAAAAAGAGGA
CTTTCGTTGTACGCAAGGACGGGCTTGCTGATGCAGTGGTGTGGAATCCTTGGGATAAGA
AGTCAAAGTCGATATCGGACTTGGGAGATGAAGACTATAAGCATATGTTATGTGTTGAAG
CTGCAGCGGTGGAAAGACCGATCACATTAAAACCAGGTGAAGAATGGAAAGGAAGACTCG
AGCTCTCTGCGGTTCCATCTAGTTACTCCAGTGGACAGCTTGACCCCAAGAAAGTCCTCC
AATGAATCTTTCATACTTCAAAAAAGTGTCACCCTTTCTCCTCTCTTTTTCTTATTTGAT
TTCAGGTAGCTTCAAAATATATACTCTTTCCCGTTTTATATCTGTTTCATGAACACTTGT
GTGTGTTCCAAACGTCAAAACATACAAATATTTTCGTTTTATATTGGTAAAACATGATAG
GGGTCTTTCCTTTGATTTAGATATTCTGTCATTTTGTTATGAGAAATATTTTGATTTTGT
GGC

QA 2 784 2 784
DS 



AS 1 2

CO CL6052Contig1 1309 2 2 U
GGACATGATCAAATTAGATTCCCTTGACCTAACCACCGTTCACGCATAACTCTAAATCAC
TCACCTCACCACCGGATAACTTCCGTCGTCTTCCGCCGTGGTGTCTCTCTCCATGGCCGG
CGTAAATCAACAGCTCCGTCACTCGGTTACTCAACTGTTTCCTGCTGTTTCTTCTTCCCC
TCCTCCTCATCTTGGAATCTCACCTTCTCGTGTTCTCTTCTCTAATCTCCGAGCTAACTC
CATCGCCGCTCTATCCCTGCGAACCACTCGCCGCTCAAACACTGTTTCCGCGGCTCCCGT
CAGTTCTTCCACCTCCTCGGGTTCGTTGGCGGGAGATGGAGACGAAGCGGGAAGGAGGAC
GCCTTTGCTCGAGGTGAAGGATCTGAGAGCTGTGATTGTTGAATCGAGGCAAGAGATACT
AAAGGGAGTCAACTTGGTTGTCTACGAAGGAGAGATACGCGCAGTGGTGGGGAAGAATGG
TTCAGGGAAGAGCACATTCTCTAAGGTTCTTGTTGGTCATCCTGATTATGAAGTGGCGGG
AGGGAGTATTGTATTTAAAGGGGAGAATCTACTTGATATGGAACCTGAGAAAGATCTCTT
GCTGGTTTGTTTATGAGTTTCCAGTCCCCAGTTGAGATCCCTGGTGTTAGCAATATGGAT
TTCTTGAATATGGCTTTCAATGCTCGCAAAAGGAAGCTCGGCCAGCCAGAGCTTGATCCA
ATCCAGTTCTACAGCCACTTAGTATCAAAACTTGAAGTTGTGAATATGAAGACGGATTTT
CTGAACCGGAATGTCAATGAAGGGTTTAGTGGTGGTGAAAGGAAACGCAATGAGATTCTA
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AAAGGAAGGCTACAAAGCGATATCCTCCGGTTAATTATCGCAGCTCATAGAAAACCGCTC
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TTTGTAACCAACGAATAAATTTTCAGTTAAATAAACCTATTTGTATTCT


BQ
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TGG

QA 1 640 1 640
DS 

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G
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AGCAATATGGATTTCTTGAATATGGCTTTCAATGCTCGCAAAAGGAAGCTCGGCCAGCCA
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AAGACGGATTTTCTGAACCGGAATGTCAATGAAGGGTTTAGTGGTGGTGAAAGGAAACGC
AATGAGATTCTACAGTTAGCGGTCCTCGGAGCCGAGTTGGCTATACTAGACGAGATAGAT
TCAGGGTTGGATGTTGATGCTCTTCAAGATGTGGCAAAGGCGGTGAATGGGCTTTTGACA
CCAAAAAAACTCTGTTCTGATGATTACCCACTATCAACGCCTACTTGACTACATCAAACC
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AGAAAACCGCTCTTCCATCTTTCTTGAAACAATCTTTTGACTGGTAGGCTTTTTTTGGCT
TCATTGTGACAAACTATTGTATTTGGTATTTTTTTTCTTATGTATTGTTTATGAACAGTT
CTTCCATACTGTTTTGTAACCAACGAATAAATTTTCAGTTAAATAAACCTATTTGTATTC
T

QA 2 722 2 722
DS 



AS 1 2

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ACGATAGTGCCGTGGCTCACAACAGAAGAGGGCATGTCTAACTATATGCGAATACTGAGG
GAATCCAAGGGGTTCGATAGCTGTAGTTTGCTACTACCATGCATTTTTACAGTAACTGAA
AAAATCTGTAGTAATCCATATTCACCTTGTTGTGCCCTTGTCCGCCTTTATGCTAAGATG
GGTCTTCACGGTTACAATTTGTTCCAGGGGAAAAACTTGCAGTTCAGTGGCGTAAACAGA
TACAATAAGTCCTTTCGTCCTGCAACTTCATCTTATTACATAACCTTGGAAGCTAAGAAT
CCAACCATTGGTTTGGTTCAGACTTTTCAGACCACTGTGTCTGAAGTAAGTTTTGGCGAA
TTGATTTTGAGCTGCAAAGTTGCTAGACCTTATGGGGAAACCAATACAATTCACATAGGT
GAGGAAAACAAGAGAAACGATCGAATGTGTATCAGCCTCCTCGGACGTATGATGCCAAAA
TTGCCGCAACATAATCCATTCCAAAAAAACAAAGCTATCTTACGTGCTGAATAAATCAGA
GCTACAAGACAATGATTGTATCTCTCTGTATCTTGAACTTGCAATTGCCACAACTAATAG
GCACTCTAGCCGCGAACCTGATCTGTCCAACTTGGAGATTTTGGAAGTTGCTATAGAATC
CACGCAAGACCTGGAGCCGAGTGAGGCAATTGGCAGCCCAGTGATGCAATTTTCTACATA
AGGTACAAGGACTTGTCTCGGGTTAAAAATGATGTTGATCGCATTGCTATAGTCAGAAGA
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AAGAATAAGAGTTTCCCTACGTCAATTTTGTTAAAGCGGAATTTAGGCCTCTACAATCTA
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CGAGTCCGCCGTATTCACAAGACTGTCCGCTAAGTAAAATGATAAAACCACCCACTGTCC
GCCAAGTTTTTTTCTTTTTTTTTTGTCAACATTTTACTTTTATTATTATTATAAAGTCCA
AGAAATTACATAAGTTG


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F590TF U 1
AF RR1B195TF U 523
BS 1 536 RR1F590TF
BS 537 537 RR1B195TF
BS 538 568 RR1F590TF
BS 569 569 RR1B195TF
BS 570 658 RR1F590TF
BS 659 1157 RR1B195TF

RD RR1F590TF 658 0 0
GGGAGAAGCCCTAAATCGAGAACAGCATCAACCGATATTTGGATGGAGATAGGAGGAGAG
ACGATAGTGCCGTGGCTCACAACAGAAGAGGGCATGTCTAACTATATGCGAATACTGAGG
GAATCCAAGGGGTTCGATAGCTGTAGTTTGCTACTACCATGCATTTTTACAGTAACTGAA
AAAATCTGTAGTAATCCATATTCACCTTGTTGTGCCCTTGTCCGCCTTTATGCTAAGATG
GGTCTTCACGGTTACAATTTGTTCCAGGGGAAAAACTTGCAGTTCAGTGGCGTAAACAGA
TACAATAAGTCCTTTCGTCCTGCAACTTCATCTTATTACATAACCTTGGAAGCTAAGAAT
CCAACCATTGGTTTGGTTCAGACTTTTCAGACCACTGTGTCTGAAGTAAGTTTTGGCGAA
TTGATTTTGAGCTGCAAAGTTGCTAGACCTTATGGGGAAACCAATACAATTCACATAGGT
GAGGAAAACAAGAGAAACGATCGAATGTGTATCAGCCTCCTCGGACGTATGATGCCTAAA
TTGCCGCAACATAATCCATTCCAAAAAA*CAAAGCTATCTTACGTGCTGAATAAATCAGA
GCTACAAGACAATGATTGTATCTCTCTGTATCTTGAACTTGCAATTGCCACAACTAAT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1B195TF 635 0 0
GGACGTATGATGCCAAAATTGCCGCAACATAATCCATTCCAAAAAAACAAAGCTATCTTA
CGTGCTGAATAAATCAGAGCTACAAGACAATGATTGTATCTCTCTGTATCTTGAACTTGC
AATTGCCACAACTAATAGGCACTCTAGCCGCGAACCTGATCTGTCCAACTTGGAGATTTT
GGAAGTTGCTATAGAATCCACGCAAGACCTGGAGCCGAGTGAGGCAATTGGCAGCCCAGT
GATGCAATTTTCTACATAAGGTACAAGGACTTGTCTCGGGTTAAAAATGATGTTGATCGC
ATTGCTATAGTCAGAAGAATCTGCCATCAGCAGACGGGAACTTTCAGACTCGTGGGTCGG
ATCAAGACGATACCACAGAAGAATAAGAGTTTCCCTACGTCAATTTTGTTAAAGCGGAAT
TTAGGCCTCTACAATCTATGGCGTTTATCTAGTCCTAGGGTAGCTCAAGGCAAAAGAAAA
CGTGGCGTTGCCTTGGCTCGAGTCCGCCGTATTCACAAGACTGTCCGCTAAGTAAAATGA
TAAAACCACCCACTGTCCGCCAAGTTTTTTTCTTTTTTTTTTGTCAACATTTTACTTTTA
TTATTATTATAAAGTCCAAGAAATTACATAAGTTG

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL6054Contig1 475 2 1 U
GGATCTTCGACACACCTAACAACTCAGACTCTGCTGAACAGGTTATTGTTAAGGAAACTA
AGAATGGGGATTTATTTGACTCTGAGGTTAATGATGATGACGATGGTAGAGAGAAGAGCT
GACCCAAGAGAGAAGAAGACTCGGTGTTGTTGTGATCATGGCTTTGTTTTTTTTTTTCAA
GTACTAATTATTAACCGTACATAATGGGTGAAAGGCAGAGTTATAACTGATGCAGGAGCC
TTGCAAAAGTGTGTTTTGCGATTTGCAGGTTTTAAATGCTGCTGCAGCTGGAGAGTATCT
TATCTATCTTACTCTACTCTGTTTCTTCTTTTCTCTTCATCTTTTTTTTGGTTTGGTTCC
ATGGAGCACTGTATATTATAAAAAAAACCATGAATACTCGGATTTTATGTGGGTATGATG
TTGTAACTCTCTCTCTCTGTGACTCTTGTTGCTTTTATTTATTAAAAGCTTTGGC


BQ
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BM60JQ C 1
AF RR1BM60TF U 1
BS 1 475 RR1BM60TF

RD RR1BM60JQ 475 0 0
GGATTTTCGACACACCTAACAACTCAGATTTTGCTGAACAGGTTATTGTTAAGGAAACTA
AGAATGGGGATTTATTTGACTCTGAGGTTAATGATGATGACGATGGTAGAGAGAAGAGCT
GACCCAAGAGAGAAGAAGACTCGGTGTTGTTGTGATCATGGCTTTGTTTTTTTTTTTCAA
GTACTAATTATTAACCGTACATAATGGGTGAAAGGCAGAGTTATAACTGATGCAGGAGCC
TTGCAAAAGTGTGTTTTGCGATTTGCAGGTTTTAAATGCTGCTGCAGCTGGAGAGTATCT
TATCTATCTTACTCTACTCTGTTTCTTCTTTTCTCTTCATCTTTTTTTTGGTTTGGTTCC
ATGGAGCACTGTATATTATAAAAAAAACCATGAATACTCGGATTTTATGTGGGTATGATG
TTGTAACTCTCTCTCTCTGTGACTCTTGTTGCTTTTATTTATTAAAAGCTTTGGC

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR1BM60TF 475 0 0
GGATCTTCGACACACCTAACAACTCAGACTCTGCTGAACAGGTTATTGTTAAGGAAACTA
AGAATGGGGATTTATTTGACTCTGAGGTTAATGATGATGACGATGGTAGAGAGAAGAGCT
GACCCAAGAGAGAAGAAGACTCGGTGTTGTTGTGATCATGGCTTTGTTTTTTTTTTTCAA
GTACTAATTATTAACCGTACATAATGGGTGAAAGGCAGAGTTATAACTGATGCAGGAGCC
TTGCAAAAGTGTGTTTTGCGATTTGCAGGTTTTAAATGCTGCTGCAGCTGGAGAGTATCT
TATCTATCTTACTCTACTCTGTTTCTTCTTTTCTCTTCATCTTTTTTTTGGTTTGGTTCC
ATGGAGCACTGTATATTATAAAAAAAACCATGAATACTCGGATTTTATGTGGGTATGATG
TTGTAACTCTCTCTCTCTGTGACTCTTGTTGCTTTTATTTATTAAAAGCTTTGGC

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 2

CO CL6055Contig1 716 2 4 U
GGAATCATCGTCTCCCCGTTTCAGCTCCGGTAAGTTTCAGAAGCAATCGAATATGTTAAG
TTCTTTTTTAACAAAGATGTAATCTTTAATCTTCCATTGCTACAGCGTTGAAGTTTTTCT
TCCTTGATTTTGATTTCTCTCATTCTATCCAATTCAGAGTTTTTTTTTGTTTTTGTTTAG
GGTTCTTGTTTCAATGCCTAAAGTTTTAGACTTTACTAAGCATAGATAGAACCAATTCAG
AGTTTTTTGTGTGTGATTAGTGTTCTTGTTTCTAAAGTTTTAGACTTTACTGGGGGCTCT
TGCTTGTTGATTCTGTAGAGAAATCGATTGTTTTAGAGCTTTTGAAATCCTCATACTTGA
TTGGTAACTTGATGTGAGCAGATTTCGAAGTGGTAGGAGGAGAACGTAAATGGATAACAT
TGTGGACTCGTTGAACAAGGCTTACGAGAAGTTCGTTATCGCTTCAGCTGATGTTCTGGA
GTCCAAGGAGAGTGCAGGCGGGGTAAAAGCCTCTCTCACCGATGCTGCGTTGGAGAATTT
CAAGGAGAAATGGGGGCTGTTCCGTGTGGCTTGCGATCAAGCTGAGGAGTTTGTGGAGTC
GGTGAAGCAGAGGATTGGATCCGAGTGTTTGGTTGATGAGGCTACTGGTTTAACAACAAC
AACAGGAGGAGGTAATAATAATAACTCAGGCCAAACAACAGCGACTATTGGTGCTG


BQ
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AF RR1DG69TF U 1
AF RR1DG69JQ C 529
BS 1 601 RR1DG69TF
BS 602 602 RR1DG69JQ
BS 603 661 RR1DG69TF
BS 662 716 RR1DG69JQ

RD RR1DG69TF 661 0 0
GGAATCATCGTCTCCCCGTTTCAGCTCCGGTAAGTTTCAGAAGCAATCGAATATGTTAAG
TTCTTTTTTAACAAAGATGTAATCTTTAATCTTCCATTGCTACAGCGTTGAAGTTTTTCT
TCCTTGATTTTGATTTCTCTCATTCTATCCAATTCAGAGTTTTTTTTTGTTTTTGTTTAG
GGTTCTTGTTTCAATGCCTAAAGTTTTAGACTTTACTAAGCATAGATAGAACCAATTCAG
AGTTTTTTGTGTGTGATTAGTGTTCTTGTTTCTAAAGTTTTAGACTTTACTGGGGGCTCT
TGCTTGTTGATTCTGTAGAGAAATCGATTGTTTTAGAGCTTTTGAAATCCTCATACTTGA
TTGGTAACTTGATGTGAGCAGATTTCGAAGTGGTAGGAGGAGAACGTAAATGGATAACAT
TGTGGACTCGTTGAACAAGGCTTACGAGAAGTTCGTTATCGCTTCAGCTGATGTTCTGGA
GTCCAAGGAGAGTGCAGGCGGGGTAAAAGCCTCTCTCACCGATGCTGCGTTGGAGAATTT
CAAGGAGAAATGGGGGCTGTTCCGTGTGGCTTGCGATCAAGCTGAGGAGTTTGTGGAGTC
G*TGAAGCAGAGGATTGGATCCGAGTGTTTGGTTGATGAGGCTACTGGTTTAACAACAAC
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1DG69JQ 188 0 0
GTTGGAGAATTTCAAGGAGAAATGGGGGCTGTTCCGTGTGGCTTGCGATCAAGCTGAGGA
GTTTGTGGAGTCGGTGAAGCAGAGGATTGGATCCGAGTGTTTGGTTGATGAGGCTACTGG
TTTAACAACAACAACAGGAGGAGGTAATAATAATAACTCAGGCCAAACAACAGCGACTAT
TGGTGCTG

QA 1 188 1 188
DS 



AS 1 2

CO CL6056Contig1 833 2 2 U
GGAGGGGGAAATTAGGGTTTGACAATCGAGATGGATACAAAATCAAGCGACGGCGAGAAA
AAGGAGGAATCCTCGATCGAGACGGAGCCAATGGAAACTTCCACCGGCGTTGACACTTCC
TTGCTAGGGAAGCTCAAGTTGGAGGAAACACAAGACCAGGAGAGTTCCGGTGAAGAGGAA
GTCGACGGAGATGAGGAGGAAGATGAAGTGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGGTAGTGATTTC
TATTGGGAGAAGGACAGTTTCGATGGGCGGGAATATCATTCCTCTGACGACAGTGAGTAC
TCAGACGAGGATCTAGGGGAAAAAGCACGTTATTACTATCGCACGGTTATCGAAACCAAG
GGTTTCTTTGAGTCATCGAATAAGCTCCCCATGTACCTTTGGTCTGGAATTGGTATGGTC
TCGAAGCGGGATCTTGACACCAGTCGTGAGTTCATCGGGAACATGGTGTCTGAATGTGTT
GAAAAACACAACCGAAGAAACAATAAGAATGTGAGGTTCGAGCATTTATTGAGGGCTAAT
TTCGACCCAGGAGCCAAGACTAAGTACTACATCACCTTTGCTGCAAAAGAATCCGACTCT
TCTGATGCGCCTCTCGTGGAGTATCAAGCTAAGGTGGTTTGGTCTGCTGGCGTTACTTAC
CCCATCTTTTGCAGACCCGCTCCACCACTTAAACAGGGGTAGGGTAATGTATATAGCTTT
CAGTTATCACTCTTTCTTGGACTAGAAGAGATATTAAACATATCATAATAATTAAAAACC
TGCTATGTATTTTCTCTTATTTGTGATACAAATATAATTTCTACACTTGATAC


BQ
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AF RR1DS84TF U 1
AF RR1DS84JQ C 168
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BS 631 833 RR1DS84JQ

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AAGGAGGAATCCTCGATCGAGACGGAGCCAATGGAAACTTCCACCGGCGTTGACACTTCC
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GTCGACGGAGATGAGGAGGAAGATGAAGTGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGGTAGTGATTTC
TATTGGGAGAAGGACAGTTTCGATGGGCGGGAATATCATTCCTCTGACGACAGTGAGTAC
TCAGACGAGGATCTAGGGGAAAAAGCACGTTATTACTATCGCACGGTTATCGAAACCAAG
GGTTTCTTTGAGTCATCGAATAAGCTCCCCATGTACCTTTGGTCTGGAATTGGTATGGTC
TCGAAGCGGGATCTTGACACCAGTCGTGAGTTCATCGGGAACATGGTGTCTGAATGTGTT
GAAAAACACAACCGAAGAAACAATAAGAATGTGAGGTTCGAGCATTTATTGAGGGCTAAT
TTCGACCCAGGAGCCAAGACTAAGTACTACATCACCTTTGCTGCAAAAGAATCCGACTCT
TCTGATGCGCCTCTCGTGGAGTATCAAGCT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1DS84JQ 666 0 0
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AGGTAGTGATTTCTATTGGGAGAAGGACAGTTTCGATGGGCGGGAATATCATTCCTCTGA
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TATCGAAACCAAGGGTTTCTTTGAGTCATCGAATAAGCTCCCCATGTACCTTTGGTCTGG
AATTGGTATGGTCTCGAAGCGGGATCTTGACACCAGTCGTGAGTTCATCGGGAACATGGT
GTCTGAATGTGTTGAAAAACACAACCGAAGAAACAATAAGAATGTGAGGTTCGAGCATTT
ATTGAGGGCTAATTTCGACCCAGGAGCCAAGACTAAGTACTACATCACCTTTGCTGCAAA
AGAATCCGACTCTTCTGATGCGCCTCTCGTGGAGTATCAAGCTAAGGTGGTTTGGTCTGC
TGGCGTTACTTACCCCATCTTTTGCAGACCCGCTCCACCACTTAAACAGGGGTAGGGTAA
TGTATATAGCTTTCAGTTATCACTCTTTCTTGGACTAGAAGAGATATTAAACATATCATA
ATAATTAAAAACCTGCTATGTATTTTCTCTTATTTGTGATACAAATATAATTTCTACACT
TGATAC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL6057Contig1 1334 2 4 U
GCTTGATTAATATCTGCAGAAATCAATTAAATGAACAGTTCGATTAATATGTTTTTTTGT
TATTACAGATCATAGCTATAAGAGATGTGGTTCCTCCACCACTTAGAAGACAGTTCAGTG
ATGTTTATATTGCCACTGAGTTAATGGACACTGATCTTCATCAAATCATCAGATCCAACC
AGGGTTTGTCTGAGGAACACTGTCAGGTAATAATAAAACTCATTCTTGTTTTTTTCCTTT
TTTTTAGATTAATAATTTGTTTCTGACATGATGAAAATCTTCTTGAAACAGTACTTCTTG
TACCAGCTTCTTCGAGGGCTCAAGTACATCCACTCGGCTAAAGTTATCCACAGAGATCTA
AAACCGAGCAATCTTCTCCTGAACGCGAACTGCGATTTAAAGATCTGTGACTTCGGTCTT
GCTCGACCGACTTCGGAGAACGAGTTTATGACCGAGTATGTTGTTACCAGATGGTATAGA
GCACCTGAGCTTCTGTTGAACTCATCGGATTACACTGCTGCTATAGATGTTTGGTCTGTT
GGTTGTATCTTTATGGAGCTCATGAACAGAAAGCCTCTGTTCCCTGGTAAAGACCATGTC
CATCAGATGCGCTTATTGACAGAGGTAAAAAAAAGCAACATACATATTCTTTTAGGCATG
GATTCAAGATTAATTTGGCCTGTTTTGTTAAAATATGTGATGAATCTTGCAGTTGCTTGG
CACGCCGACAGAATCAGATCTCGGGTTTACGCACAACGAGGATGCGAAAAGATACATCCG
GCAACTTCCCACCTTCCCTCGCCAGCCGTTAGCTAAACTTTTCTCTCATGTTAACCCATT
GGCCATTGATCTTGTTGACAGAATGTTGACTTTTGACCCCAACAAAAGAATCACTGGTAA
GTGTATTATTAATACATATACATGGTGCTCTGTTTCTTTCTTTTCATCAACATGGTTTGT
TAAAACATATTATCTTGTTGGTGTGTGTGTAGTTGAAGAAGCTTTGAACCACCCGTACCT
TGCCAAGTTGCACGACCCAAATGATGAGCCAATCTGTCTAAAGCCATTCTCTTTCGACTT
CGAACAACGACCTCTAGATGAGGAACAGATAAAAGAGATGATCTACAGGGAAGCCATTGC
ACTCAATCCTACATATGCTTAGAAGAGCTGCAACCGAATGAATGGCATTTATTTTACCCA
AACTATCCATCCGAATCGCTGCCCCCCTAGTATCTTTACCTGTTCTTTTATTCATGTACT
TTTTACATGTGTACCCTTGTAATCCTATTTGTTTGTTTAAATGCTGTATTACCGCTAGTG
AGTGAGTTGCATGT


BQ
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AF RR1GF46TF U 1
AF RR1GF46JQ C 553
BS 1 633 RR1GF46TF
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BS 686 1334 RR1GF46JQ

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GCTTGATTAATATCTGCAGAAATCAATTAAATGAACAGTTCGATTAATATGTTTTTTTGT
TATTACAGATCATAGCTATAAGAGATGTGGTTCCTCCACCACTTAGAAGACAGTTCAGTG
ATGTTTATATTGCCACTGAGTTAATGGACACTGATCTTCATCAAATCATCAGATCCAACC
AGGGTTTGTCTGAGGAACACTGTCAGGTAATAATAAAACTCATTCTTGTTTTTTTCCTTT
TTTTTAGATTAATAATTTGTTTCTGACATGATGAAAATCTTCTTGAAACAGTACTTCTTG
TACCAGCTTCTTCGAGGGCTCAAGTACATCCACTCGGCTAAAGTTATCCACAGAGATCTA
AAACCGAGCAATCTTCTCCTGAACGCGAACTGCGATTTAAAGATCTGTGACTTCGGTCTT
GCTCGACCGACTTCGGAGAACGAGTTTATGACCGAGTATGTTGTTACCAGATGGTATAGA
GCACCTGAGCTTCTGTTGAACTCATCGGATTACACTGCTGCTATAGATGTTTGGTCTGTT
GGTTGTATCTTTATGGAGCTCATGAACAGAAAGCCTCTGTTCCCTGGTAAAGACCATGTC
CATCAGATGCGCTTATTGACAGAGGTAAAAAAA*GCAACATACATATTCTTTTAGGCATG
GATTCAAGATTAATTTGGCCTGTTT
GT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1GF46JQ 782 0 0
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TTATTGACAGAGGTAAAAAAAAGCAACATACATATTCTTTTAGGCATGGATTCAAGATTA
ATTTGGCCTGTTTTGTTAAAATATGTGATGAATCTTGCAGTTGCTTGGCACGCCGACAGA
ATCAGATCTCGGGTTTACGCACAACGAGGATGCGAAAAGATACATCCGGCAACTTCCCAC
CTTCCCTCGCCAGCCGTTAGCTAAACTTTTCTCTCATGTTAACCCATTGGCCATTGATCT
TGTTGACAGAATGTTGACTTTTGACCCCAACAAAAGAATCACTGGTAAGTGTATTATTAA
TACATATACATGGTGCTCTGTTTCTTTCTTTTCATCAACATGGTTTGTTAAAACATATTA
TCTTGTTGGTGTGTGTGTAGTTGAAGAAGCTTTGAACCACCCGTACCTTGCCAAGTTGCA
CGACCCAAATGATGAGCCAATCTGTCTAAAGCCATTCTCTTTCGACTTCGAACAACGACC
TCTAGATGAGGAACAGATAAAAGAGATGATCTACAGGGAAGCCATTGCACTCAATCCTAC
ATATGCTTAGAAGAGCTGCAACCGAATGAATGGCATTTATTTTACCCAAACTATCCATCC
GAATCGCTGCCCCCCTAGTATCTTTACCTGTTCTTTTATTCATGTACTTTTTACATGTGT
ACCCTTGTAATCCTATTTGTTTGTTTAAATGCTGTATTACCGCTAGTGAGTGAGTTGCAT
GT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

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CCGAAAATCAACGAAACTAATGAGGATGTTGAAACCGGGAAACTTAAGCCGGAAGAGAAT
GAATCACCGGTGGTGGTTGTGGTTTTTGGTTGTGAAAATGTGGACAACATTTCACGGTGC
AAGTAGATGGCTTTTTTTTTTGTTCGAGGCAAAGTTGGGAGAAGTGTGACATCTTTTTGA
TACTTGTTTTAAAACCTTCCTCGGCTTCCAAGGTTTTATTTATCATTTTTAACCTCTTAG
AGTAAGGAAGGATTCCATGTATCATCCATTTTGATCTCTAACTAGCTATAAACTTATGTA
AATCACTACTTTTGGTATTAATACGCAACTACTGCGTACCATTATGTTGTGGATTTAGTG
AAGACTGAAGATACATAATAAAATTGTATTTCCCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DB07JQ C 1
AF RR1DB07TF U 1
BS 1 456 RR1DB07TF

RD RR1DB07JQ 456 0 0
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CCGAAAATCAACGAAACTAATGAGGATGTTGAAACCGGGAAACTTAAGCCGGAAGAGAAT
GAATCACCGGTGGTGGTTGTGGTTTTTGGTTGTGAAAATGTGGACAACATTTCACGGTGC
AAGTAGATGGCTTTTTTTTTTGTTCGAGGCAAAGTTGGGAGAAGTGTGACATCTTTTTGA
TACTTGTTTTAAAACCTTCCTCGGCTTCCAAGGTTTTATTTATCATTTTTAACCTCTTAG
AGTAAGGAAGGATTCCATGTATCATCCATTTTGATCTCTAACTAGCTATAAACTTATGTA
AATCACTACTTTTGGTATTAATACGCAACTACTGCGTACCATTATGTTGTGGATTTAGTG
AAGACTGAAGATACATAATAAAATTGTATTTCCCCC

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR1DB07TF 456 0 0
GATAGCACAATTTTAGAAGCCGTTAAGTGTTGTAGTGGAAATAATGGTGTCTCGATAATG
CCGAAAATCAACGAAACTAATGAGGATGTTGAAACCGGGAAACTTAAGCCGGAAGAGAAT
GAATCACCGGTGGTGGTTGTGGTTTTTGGTTGTGAAAATGTGGACAACATTTCACGGTGC
AAGTAGATGGCTTTTTTTTTTGTTCGAGGCAAAGTTGGGAGAAGTGTGACATCTTTTTGA
TACTTGTTTTAAAACCTTCCTCGGCTTCCAAGGTTTTATTTATCATTTTTAACCTCTTAG
AGTAAGGAAGGATTCCATGTATCATCCATTTTGATCTCTAACTAGCTATAAACTTATGTA
AATCACTACTTTTGGTATTAATACGCAACTACTGCGTACCATTATGTTGTGGATTTAGTG
AAGACTGAAGATACATAATAAAATTGTATTTCCCCC

QA 1 456 1 456
DS 



AS 1 2

CO CL6059Contig1 964 2 10 U
GGGGACATATTGCGCATCTCAACCTTAGAGACGAGCATCTACCTTACAAGAGGCTCATTG
CTAAGGTAGTTCTGGATAAGAATCAGCCAAAGATACAAACCGTTGTGAATAAGATTGATC
CTATTCACAATGACTTCAGAACAATGCAGCTAGAGGTTTTAGCCGGAAACCATTCCCTGG
TGACTATGGTTGTTGAAAATGGACTGCGCTTTCATGTTGATTTAGCTATAGTATACTGGA
ATTCGAAACTTGGGACGGAGAGACGGAGGCTTCTGCTTGGCTTCGACCACAATGATGTTG
TCTGTGATGTTTTCGCCGGAGTTGGTCCAATCGCACTTGCTGCAGCAAGGATAGTAAAAC
GCGTATACGCCAATGACCTGAACCCTCATGCAGTAGAATTCATGGAGCAAAATAGTGTTG
TCAAAACTCGAGAAGAGAATCGAGGTCTTTAACATGGATGGAAGAAGATTCATAAAGGCT
ATGTTTTCAAGCGATAAGGGTCAAAAAGTCACCCAAGTAGTCATGAATTTACCTAAAGAT
GCTGCTGAATCCCTAGATGCATTTCGCTGAGTATACAACGATAGGCATAGAGATGAAGGC
TTATCTTTCCCAACCATCCATGTCTATGGATTCTCTAAGGCTGCTGATCCAGAATTCGAC
TTCCACGAGCGGATACGGATTGCACTATCGGAGGTGGCCGTGGACGTCAAAATGCGGAAG
GTAAGACTCGTGGCTCCAGGAAAATGGATGCTATGTGCTTCCTTCATACTTCCCAAGAGT
GTAGCCTTCTCAAGAAAAGCTATAAATGATGTAGATTAAGAAAGAAAGTGCAATACATGG
CAGAATATAGGGACATATTTGCAAATACAAAACTTGTATTGTACTTTCAGCCTGTAATAT
TTGCAGTGTCTTGTTGAAGAACAAGACAACTAACAAGTGAAAGGGACAATAGCTTCTGTT
ATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1DR67TF U 1
AF RR1DR67JQ C 281
BS 1 693 RR1DR67TF
BS 694 694 RR1DR67JQ
BS 695 720 RR1DR67TF
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BS 762 964 RR1DR67JQ

RD RR1DR67TF 764 0 0
GGGGACATATTGCGCATCTCAACCTTAGAGACGAGCATCTACCTTACAAGAGGCTCATTG
CTAAGGTAGTTCTGGATAAGAATCAGCCAAAGATACAAACCGTTGTGAATAAGATTGATC
CTATTCACAATGACTTCAGAACAATGCAGCTAGAGGTTTTAGCCGGAAACCATTCCCTGG
TGACTATGGTTGTTGAAAATGGACTGCGCTTTCATGTTGATTTAGCTATAGTATACTGGA
ATTCGAAACTTGGGACGGAGAGACGGAGGCTTCTGCTTGGCTTCGACCACAATGATGTTG
TCTGTGATGTTTTCGCCGGAGTTGGTCCAATCGCACTTGCTGCAGCAAGGATAGTAAAAC
GCGTATACGCCAATGACCTGAACCCTCATGCAGTAGAATTCATGGAGCAAAATAGTGTTG
TCAAAACTCGAGAAGAGAATCGAGGTCTTTAACATGGATGGAAGAAGATTCATAAAGGCT
ATGTTTTCAAGCGATAAGGGTCAAAAAGTCACCCAAGTAGTCATGAATTTACCTAAAGAT
GCTGCTGAATCCCTAGATGCATTTCGCTGAGTATACAACGATAGGCATAGAGATGAAGGC
TTATCTTTCCCAACCATCCATGTCTATGGATTCTCTAAGGCTGCTGATCCAGAATTCGAC
TTCCACGAGCGGATACGGATTGCACTATCGGAG*TGGCCGTGGACGTCAAAATGCGGAAG
*TAAGACTCGTGGCTC*AGGAAA*TGGATGCTATGTGCTTC
TTC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1DR67JQ 684 0 0
CTTCGACCACAATGATGTTGTCTGTGATGTTTTCGCCGGAGTTGGTCCAATCGCACTTGC
TGCAGCAAGGATAGTAAAACGCGTATACGCCAATGACCTGAACCCTCATGCAGTAGAATT
CATGGAGCAAAATAGTGTTGTCAAAACTCGAGAAGAGAATCGAGGTCTTTAACATGGATG
GAAGAAGATTCATAAAGGCTATGTTTTCAAGCGATAAGGGTCAAAAAGTCACCCAAGTAG
TCATGAATTTACCTAAAGATGCTGCTGAATCCCTAGATGCATTTCGCTGAGTATACAACG
ATAGGCATAGAGATGAAGGCTTATCTTTCCCAACCATCCATGTCTATGGATTCTCTAAGG
CTGCTGATCCAGAATTCGACTTCCACGAGCGGATACGGATTGCACTATCGGAGGTGGCCG
TGGACGTCAAAATGCGGAAGGTAAGACTCGTGGCTCCAGGAAAATGGATGCTATGTGCTT
CCTTCATACTTCCCAAGAGTGTAGCCTTCTCAAGAAAAGCTATAAATGATGTAGATTAAG
AAAGAAAGTGCAATACATGGCAGAATATAGGGACATATTTGCAAATACAAAACTTGTATT
GTACTTTCAGCCTGTAATATTTGCAGTGTCTTGTTGAAGAACAAGACAACTAACAAGTGA
AAGGGACAATAGCTTCTGTTATAA

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL6060Contig1 907 2 2 U
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CTTCTCCTTCTGTTTTTGAGGATCACCCAGCTCCGCTCGATGCCACAGCCGATCCACCCG
CTCTGTTCGACGGAACCACAAGATTGTACACAAGCTACGGTTGTCCATATGCTCAACGTG
TTTGGATCACCAGAAACTTTAAGGGTCTGCAAGAAAAGATTAAACTAGTTCCTTTGGATC
TTGGGAACAGGCCTGCTTGGTACAAGGACAAAGTCTATCCAGAAAACAAGGTGCCAGCAC
TTGAGCACAATGGGAAAATCATAGGGGAGAGTCTTGATTTGATCAAGTATCTGGACAACA
CTTTTGAGGGTCCTTCGCTTTTTTTCCCTGAGGATCAAACAAAAAGAGAGTTTGGAGAAG
AGTTGTTGAAGTACACTGATACGTTCATCAAGACTATGTGGGCGTCCCTCAAAAGTGATC
CTTTTAAAGAAACTGCACCTGTGTTGGATTATCTGGAGAACTCTCTGTACAAGTTTGATG
AGGGACCATTCTTCCTCGGCCAGTTTAGCTTGGTTGATATCGCTTATATCCCCTTCATTG
AGAGGTTTCAAATCGTACTCAATGAACTGTTTAAGTGTGAAGTTACTGCAGAACGTCCCA
AACTATCAGCTTGGATCGAGGAAATGAACAAGATTGATGCCTATGCACAAACAAAGACCG
ACTCGAAGGAGATTGTGGAGATTTTCAAGAGAAAACTCATGTAAGGAAGGAGCACTGAGC
AGTAAAAGTGTATGAACTAAGATGTATAATTTAAGTCAGCAACAGTAACTTTGTGATATA
AACTGTGATACAAGTGTATAGCAATACACTTGTATCTATCCAACACAAACCAAATAGTGT
TGAAACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA31TF U 1
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BS 517 907 RR1FA31JQ

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CTTTTGAGGGTCCTTCGCTTTTTTTCCCTGAGGATCAAACAAAAAGAGAGTTTGGAGAAG
AGTTGTTGAAGTACACTGATACGTTCATCAAGACTATGTGGGCGTCCCTCAAAAGTGATC
CTTTTAAAGAAACTGCACCTGTGTTGGATTATCTGG

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DS 

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AGGTGCCAGCACTTGAGCACAATGGGAAAATCATAGGGGAGAGTCTTGATTTGATCAAGT
ATCTGGACAACACTTTTGAGGGTCCTTCGCTTTTTTTCCCTGAGGATCAAACAAAAAGAG
AGTTTGGAGAAGAGTTGTTGAAGTACACTGATACGTTCATCAAGACTATGTGGGCGTCCC
TCAAAAGTGATCCTTTTAAAGAAACTGCACCTGTGTTGGATTATCTGGAGAACTCTCTGT
ACAAGTTTGATGAGGGACCATTCTTCCTCGGCCAGTTTAGCTTGGTTGATATCGCTTATA
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AAACAAAGACCGACTCGAAGGAGATTGTGGAGATTTTCAAGAGAAAACTCATGTAAGGAA
GGAGCACTGAGCAGTAAAAGTGTATGAACTAAGATGTATAATTTAAGTCAGCAACAGTAA
CTTTGTGATATAAACTGTGATACAAGTGTATAGCAATACACTTGTATCTATCCAACACAA
ACCAAATAGTGTTGAAACT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

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TTAGCTACAAGTACACAACATCCTGCTTCTGCTACCATAAGAAAGCACTGTGTTGTGAAC
GGCCACTGTTAGATTAGAAGAAGAATAGAGAACAAAACGTATTGAGGAAAATACCCGTTA
AAAAATCCCGATTTCTTTTTCCAATACACAGATGCAACACACTGAAGTATTATTTTTTCA
TCTCTGGCTCAGATTGCTAACAGCTGCTGTTTCTCCAGTATTTCTCTCAACTCTAGAGAA
TGGTACAGTAGTAAGATCACTTGCAGGAATACCTTCAGAGGGACCTGTTCTGTATGTTGG
CAACCACATGTTGCTTGGTCTCGAACTGCGTCCAGCAGCAATTCATTTCTTGAAAGAGAA
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CCGTGAAGCCTTGCACAGAAAGGGTGAGGAATACAAGCTGTTCTGGCCTGAACATTCAGA
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GAACCTCATAAAAGAGATCACACAGGACACTATTAAGCTGAGGAATGATGAAGAAGGCGA
AGTGAGGAACCAAGATCTGCATATGCCTGGACTAATTCCAAAGATTCCGGGAAGGTATTA
CATATACTTTGGGAAACCGATAGAAACAAAAGGTAGAGAGAAAGAGCTAAATGATAAAGA
GAAAGCTCATGAGGTTTACTTGGAGGTCAAGTCTGAAGTAGAAAGATGTATGACCTATTT
GAAGACCAAAAGAGAAACTGATCCTTACAGAAACATATTCCCCAGGCTGCTTTATTACCT
CTCCCATGATTTCTCTTCTCAAATCCCGACCTTTGATCTCCCAAATCATTAAACTTTAGC
TACTAAACCTGCAACATGAGGATAAGTGTGGTTTCAAATTAACAAACCTTTTATTTGATA
TACTTAACAACTAGATGTTTCTTCAGCCATGCTGATATTATCATATACTGTACTCCTTTT
GTTTCTAAAAGATAGATATTTTAGACTTTTCACATATATTAAGAAAATTTATTAAATTTT
GATTAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA85TF U 1
AF RR1FA85JQ C 614
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BS 670 670 RR1FA85JQ
BS 671 746 RR1FA85TF
BS 747 1326 RR1FA85JQ

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TTAGCTACAAGTACACAACATCCTGCTTCTGCTACCATAAGAAAGCACTGTGTTGTGAAC
GGCCACTGTTAGATTAGAAGAAGAATAGAGAACAAAACGTATTGAGGAAAATACCCGTTA
AAAAATCCCGATTTCTTTTTCCAATACACAGATGCAACACACTGAAGTATTATTTTTTCA
TCTCTGGCTCAGATTGCTAACAGCTGCTGTTTCTCCAGTATTTCTCTCAACTCTAGAGAA
TGGTACAGTAGTAAGATCACTTGCAGGAATACCTTCAGAGGGACCTGTTCTGTATGTTGG
CAACCACATGTTGCTTGGTCTCGAACTGCGTCCAGCAGCAATTCATTTCTTGAAAGAGAA
GAACATTATCTTGCGTGGGCTTGCACATCCAGTGATGTTTGCCAAAAAGATTGGCTCAAA
ACTCCCTGATATGCAGATGTTCGACTCTGTTAGGATTATAGGTGCAGTTCCTGTCTCGAA
TACGAATTTCTACAAGCTGCTACGTTCAAAGGCTCATGTGGTCTTGTATCCTGGAGGTGT
CCGTGAAGCCTTGCACAGAAAGGGTGAGGAATACAAGCTGTTCTGGCCTGAACATTCAGA
GTTTGTAAG*ATTGCATCTAAGTTCGGAACAACAATCATTCCTTTTGGTGCTGTTGGAGA
AGATGATCTCTGTAAGATGGTTTTGG

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DS 

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GCATCTAAGTTCGGAACAACAATCATTCCTTTTGGTGCTGTTGGAGAAGATGATCTCTGT
AAGATGGTTTTGGATTACAATGATCAAATGAAGATCCCTTTCTTGAAGAACCTCATAAAA
GAGATCACACAGGACACTATTAAGCTGAGGAATGATGAAGAAGGCGAAGTGAGGAACCAA
GATCTGCATATGCCTGGACTAATTCCAAAGATTCCGGGAAGGTATTACATATACTTTGGG
AAACCGATAGAAACAAAAGGTAGAGAGAAAGAGCTAAATGATAAAGAGAAAGCTCATGAG
GTTTACTTGGAGGTCAAGTCTGAAGTAGAAAGATGTATGACCTATTTGAAGACCAAAAGA
GAAACTGATCCTTACAGAAACATATTCCCCAGGCTGCTTTATTACCTCTCCCATGATTTC
TCTTCTCAAATCCCGACCTTTGATCTCCCAAATCATTAAACTTTAGCTACTAAACCTGCA
ACATGAGGATAAGTGTGGTTTCAAATTAACAAACCTTTTATTTGATATACTTAACAACTA
GATGTTTCTTCAGCCATGCTGATATTATCATATACTGTACTCCTTTTGTTTCTAAAAGAT
AGATATTTTAGACTTTTCACATATATTAAGAAAATTTATTAAATTTTGATTAT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CAGCCTCCTCCTCCTCTTCCTTGCTCCTCCCTTCCGTATCTCTCAACAACCTCTCCTCCT
CCTCCAGAAATGCCTCTTCCCTCGGATTCTCCGTCAAGAATCTCACCCGATCCACACTCT
CCATGACCGTCTCCGCTGCATCTTCTCAAACTACTGTCAACGACTCTTTGTTCGCTGATT
ACAAACCCACCTCTGCTTTTCTATTTCCCGGTCAGGGAGCTCAAGCAGTAGGGATGGGCA
AGGAGGCAAAGAGTGTTGCGGCAGCTGGAGAGTTGTACAACAAAGCTAACCATATCTTGG
GGTATGATCTTCTCGACATTTGTGTTAATGGGCCTAAAGAGAAGCTTGATTCCACTGTCA
TAAGCCAGCCTGCTATTTACGTTACAAGTTTAGCAGCACTTGAATTGCTCCGTGTTCGTG
AAGGCGGCCAACAAATCATTAAATCGGTTGATGTGACCTGTGGTCTCAGTTTGGGAGAGT
ACACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAGCTTTGAGGATGGACTAAAGCTTGTAAAAC
TTAGAGGAGAAGCCATGCAGGCTGCTGCGGATGCTGTTAAGAGTGCCATGGTTAGTATCA
TATGGCTGGACTCAGAAAAAGTTCAGCAGCTATGTGATGCAGCAAATCAGGAAGTAGATG
AAGCTGACAAAGTTCAGATCGCAAATTACTTATGTCCGGGTAACTACGCAGTATCCGGAG
GTCTTAAGGGAATCGAAGTTGTTGAATCCAAAGCCAAGTCATTCAAGGCTCGAATGACGG
TTCGTCTAGCTGTTGCGGGTGCTTTCCACACAAGTTTCATGGAACTAGCAGTGTCGAGAT
TAGAAGCTGCATTGGCGGAAACGGAGATCAGAAGTCCAAGGATCCCAGTGATCTCCAATG
TCGATGCACAGCCTCATGCGGATCCAGACACAATCAAGAAGATACTTGCACGCCAGGTGA
CATCTCCAGTCCAGTGGGAGACAACGGTGAAGACTCTATTATCCAAAGGACTTGAGAGCA
GCTATGAACTGGGACCTGGAAAGGTGATTGCAGGGATATTCAAGAGAGTAGATAAAACCG
CCAGTGTTGAAAACATAAGTGCTTGAGACACACGTTCTCTCTTTCTCTCTCTCTGGTGTT
TTACAAGTTTGCAGTTAAAAGTTTTGTATTGGATTTTTTATGTAACACTTGGCACGACGA
TATATGTTGTGATATC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ09TFB U 1
AF RR1GZ09JQ C 571
BS 1 620 RR1GZ09TFB
BS 621 621 RR1GZ09JQ
BS 622 679 RR1GZ09TFB
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BS 681 706 RR1GZ09TFB
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CAGCCTCCTCCTCCTCTTCCTTGCTCCTCCCTTCCGTATCTCTCAACAACCTCTCCTCCT
CCTCCAGAAATGCCTCTTCCCTCGGATTCTCCGTCAAGAATCTCACCCGATCCACACTCT
CCATGACCGTCTCCGCTGCATCTTCTCAAACTACTGTCAACGACTCTTTGTTCGCTGATT
ACAAACCCACCTCTGCTTTTCTATTTCCCGGTCAGGGAGCTCAAGCAGTAGGGATGGGCA
AGGAGGCAAAGAGTGTTGCGGCAGCTGGAGAGTTGTACAACAAAGCTAACCATATCTTGG
GGTATGATCTTCTCGACATTTGTGTTAATGGGCCTAAAGAGAAGCTTGATTCCACTGTCA
TAAGCCAGCCTGCTATTTACGTTACAAGTTTAGCAGCACTTGAATTGCTCCGTGTTCGTG
AAGGCGGCCAACAAATCATTAAATCGGTTGATGTGACCTGTGGTCTCAGTTTGGGAGAGT
ACACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAGCTTTGAGGATGGACTAAAGCTTGTAAAAC
TTAGAGGAGAAGCCATGCAG*CTGCTGCGGATGCTGTTAAGAGTGCCATGGTTAGTATCA
TATGGCTGGACTCAGAAAA*GTTCAGCAGCTATGTGATGCAGCAAA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1GZ09JQ 706 0 0
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TATGTGATGCAGCAAATCAGGAAGTAGATGAAGCTGACAAAGTTCAGATCGCAAATTACT
TATGTCCGGGTAACTACGCAGTATCCGGAGGTCTTAAGGGAATCGAAGTTGTTGAATCCA
AAGCCAAGTCATTCAAGGCTCGAATGACGGTTCGTCTAGCTGTTGCGGGTGCTTTCCACA
CAAGTTTCATGGAACTAGCAGTGTCGAGATTAGAAGCTGCATTGGCGGAAACGGAGATCA
GAAGTCCAAGGATCCCAGTGATCTCCAATGTCGATGCACAGCCTCATGCGGATCCAGACA
CAATCAAGAAGATACTTGCACGCCAGGTGACATCTCCAGTCCAGTGGGAGACAACGGTGA
AGACTCTATTATCCAAAGGACTTGAGAGCAGCTATGAACTGGGACCTGGAAAGGTGATTG
CAGGGATATTCAAGAGAGTAGATAAAACCGCCAGTGTTGAAAACATAAGTGCTTGAGACA
CACGTTCTCTCTTTCTCTCTCTCTGGTGTTTTACAAGTTTGCAGTTAAAAGTTTTGTATT
GGATTTTTTATGTAACACTTGGCACGACGATATATGTTGTGATATC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL6064Contig1 1429 2 2 U
GGGCCTCATCAAGGCCATGTTAGCCATTACTTATCTCTTCTCTTCTTTGCTTTCGTGAGC
CATTCTAAATCCTCAGAACTACAAATCAAGAAGGAGAGAGTGAGAAAAAAAGAAAAAGGA
AAGTCTTTGGTAGTTTCAGATAGAGAGAGAATGTGGTTCTTTTGTGCTCGGATGTAAGGT
TTGAAGTTAATCTTGTGCTTGGAGTAAATGCTTGCTATGGATTCTCTGAATGGATACAGA
TTAGAACCCAAATGGGAAATTGATCCTCAACTTCTCTTTGTTGGCCCAAAGATTGGTGAA
GGAGCTCATGCCAAAGTCTATGAGGGAAAATACAAGAATCAGACGGTTGCTATAAAGATA
ATTCACAGAGGAGAAACGCCAGAAGAAATTGCAAAGAGGGATTCAAGATTTCTAAGAGAA
GTAGAAATGCTCTCACGAGTTCAACACAAGAATTTGGTTAAGTTCATTGGTGCTTGCAAG
GAGCCTGTAATGGTTATAGTTACAGAACTACTTCAAGGCGGTACACTGCGTAAATATCTC
GTGAACTTGAGACCATCTTGTTTGGAGACTCCTGTGGCTATTGGTTTTGCGCTTGATATT
GCTCGTGGGCATGGAATGCTTGCATTCCCCATGGGATCATTCACCGTGATCTAAAACCTG
AGAATTTGCTTTTAACTGCAGACCATAAAACAGTAAAATTAGCAGACTTTGGATTAGCAA
GAGAAGAGTCATTAACTGAGATGATGACTGCTGAGACAGGAACATACCGATGGGTGGCAC
CTGAGTTGTATAGCACTGTTACTCTTCGATTAGGAGAGAAGAAGCATTACAACAATAAAG
TGGACGCATATAGCTTTGCAATCGTTCCCTGGGAGCTTTTACACAACAAATTGCCTTTTG
AGGGAATGTCCAATTTCCAAGCAGCATATGCAGCCGCCTTTAAAAATGTGAGGCCAAGCG
CTGAGAGTTTACCGGAGGATTTGGGCGTCATTGTAACATCATGCTGGAATGAGATCCGAA
TGCGAGACCAAGTTTCACTCAGATCATTCAGTTACTACTTAACTATCTCTCCAAAGTTGG
ATCTCCAGCTTTATCCGCGATTCCACAGAGGATTCTAGCTTTTAAGAACTCACTGTCGCC
ACCGGATTCTCCTGGAACAAGCTCTTTGATGGCTACCAAGCTTGACGAATGTGGAGAAAC
TCCAAAGGCTAAAACTGAAGACAAACGAAAAGGTTTGTTTTTTTGCTTCAATCAATGTTA
TTAACACCTTTGATCACAGAGGGAGAGAGAGAAACAGTTTTTGGTTTGCGCTGGATTAGG
ACCAGAGGTTTGGTAGACCAATTTAAATGGTGAATTTAATATGATGTAATAACATTCTCC
CTCTATGAATTTAGAGAAGAAAAAAAGAAAAGAAATGTTTATCTATATG


BQ
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AF RR1G940TF U 1
AF RR1G940JQ C 594
BS 1 729 RR1G940TF
BS 730 1429 RR1G940JQ

RD RR1G940TF 729 0 0
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TTGAAGTTAATCTTGTGCTTGGAGTAAATGCTTGCTATGGATTCTCTGAATGGATACAGA
TTAGAACCCAAATGGGAAATTGATCCTCAACTTCTCTTTGTTGGCCCAAAGATTGGTGAA
GGAGCTCATGCCAAAGTCTATGAGGGAAAATACAAGAATCAGACGGTTGCTATAAAGATA
ATTCACAGAGGAGAAACGCCAGAAGAAATTGCAAAGAGGGATTCAAGATTTCTAAGAGAA
GTAGAAATGCTCTCACGAGTTCAACACAAGAATTTGGTTAAGTTCATTGGTGCTTGCAAG
GAGCCTGTAATGGTTATAGTTACAGAACTACTTCAAGGCGGTACACTGCGTAAATATCTC
GTGAACTTGAGACCATCTTGTTTGGAGACTCCTGTGGCTATTGGTTTTGCGCTTGATATT
GCTCGTGGGCATGGAATGCTTGCATTCCCCATGGGATCATTCACCGTGATCTAAAACCTG
AGAATTTGCTTTTAACTGCAGACCATAAAACAGTAAAATTAGCAGACTTTGGATTAGCAA
GAGAAGAGT

QA 1 729 1 729
DS 

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AAACCTGAGAATTTGCTTTTAACTGCAGACCATAAAACAGTAAAATTAGCAGACTTTGGA
TTAGCAAGAGAAGAGTCATTAACTGAGATGATGACTGCTGAGACAGGAACATACCGATGG
GTGGCACCTGAGTTGTATAGCACTGTTACTCTTCGATTAGGAGAGAAGAAGCATTACAAC
AATAAAGTGGACGCATATAGCTTTGCAATCGTTCCCTGGGAGCTTTTACACAACAAATTG
CCTTTTGAGGGAATGTCCAATTTCCAAGCAGCATATGCAGCCGCCTTTAAAAATGTGAGG
CCAAGCGCTGAGAGTTTACCGGAGGATTTGGGCGTCATTGTAACATCATGCTGGAATGAG
ATCCGAATGCGAGACCAAGTTTCACTCAGATCATTCAGTTACTACTTAACTATCTCTCCA
AAGTTGGATCTCCAGCTTTATCCGCGATTCCACAGAGGATTCTAGCTTTTAAGAACTCAC
TGTCGCCACCGGATTCTCCTGGAACAAGCTCTTTGATGGCTACCAAGCTTGACGAATGTG
GAGAAACTCCAAAGGCTAAAACTGAAGACAAACGAAAAGGTTTGTTTTTTTGCTTCAATC
AATGTTATTAACACCTTTGATCACAGAGGGAGAGAGAGAAACAGTTTTTGGTTTGCGCTG
GATTAGGACCAGAGGTTTGGTAGACCAATTTAAATGGTGAATTTAATATGATGTAATAAC
ATTCTCCCTCTATGAATTTAGAGAAGAAAAAAAGAAAAGAAATGTTTATCTATATG

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 2

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CTCATCGCTGATAACCCTTCTGCATTTGATAGGTGGTGCAATGCAGAACTTGGTATCTAG
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CCTTTTGAATGTTTGGATCTTTTGAATGTTTGAATATTTTGAAGCTTTTGGATCTTTTTG
ATCTTTTAAAAAGCTTATTATAATATAAATTCGGTTTCTGTTCC


BQ
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AF RR1DB16JQ C 1
AF RR1DB16TF U 1
BS 1 464 RR1DB16TF

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CTCATCGCTGATAACCCTTCTGCATTTGATAGGTGGTGCAATGCAGAACTTGGTATCTAG
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ATCTTTTAAAAAGCTTATTATAATATAAATTCGGTTTCTGTTCC

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1DB16TF 464 0 0
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CCATCTCAGTCTCAACGTCAGTCTCCCTCTCATTCTCAAGCTCAATCTGAAGGTCAAGGT
CAAGCTCCATCTCCAGCTCAGGATCAGCCTCAAGCTCCAGGTCATACACAACCTCAACAT
CTCATCGCTGATAACCCTTCTGCATTTGATAGGTGGTGCAATGCAGAACTTGGTATCTAG
GTTTAGATAGGATGTTGCTTCCCCAAAAACAAGTTATGTATTATGTTTTCATGTTTTGAA
CCTTTTGAATGTTTGGATCTTTTGAATGTTTGAATATTTTGAAGCTTTTGGATCTTTTTG
ATCTTTTAAAAAGCTTATTATAATATAAATTCGGTTTCTGTTCC

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL6066Contig1 1292 2 4 U
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AATGTTTGTCGGTGACTCGCTTAACCGGAACCAATGGGAATCTATGGTTTGTTTGGTTCA
ATCAGTGATTCCTCCCGGTAGAAAGGGCTTGAACCATACCGGTTCTCTCACCACTTTTCA
AATCCAGGACTATAACGCCACGGTGGAGTTTTATTGGGCACCGTTCCTGGTGGAATCAAA
TTCAGACGATCCAAGAAAGCATAGTATAATCGATCGTATAATAATGCCAGAGTCCATTGA
GAAGCATGGAGCCAACTGGGAAGACGTTGACTTTCTTGTCTTCAATAGTTACATCTGGTG
GATGAACACTGTCTCCATCAAAGTCTTACGAGGATCGTTCGATGAAGGTGACACAGAGTA
TGATGAGATCAGACGGCCAATAGCGTATGAGAGAGTGTTGAGAACATGGGGAGATTGGGT
GGACCACCACATTGATCCTCTACGTACAACTGTTTTCTTCATGAGCATGTCTCCATTACA
CATTAGGAGTTCGGACTGGGGGAATCCTGATGGTATACTATGCGCATTAGAGACAACACC
GGTCCTAAACAAGTCCGTGGTGTTCAACGTTGGGACGAAGTACAGGCTGTTTTCGGAGAT
AGGAACGGACTACAGACTGTTTTCATCTGTTGAAAACGTCACGCAGTCTATGAAAGTTCC
AATACGTTTCCTCAACATCACTGGGTTGTCTGAGTAACGTAAAGATGCACATACTTCAGT
TTACACGATCAAGCAAGGTAAACTGCTGACGCAGGAACAGCAAAACGATCCAGCCACTTA
CGCGGACTGTATCCACTGGTGCTTGCCTGGCCTGCCTGATACTTGGAATGAGATTCTTTA
TACATATATCATCTCAAAATCGTCATGACCCAATGGAACCTCTCATCCTTTTTTTGTTGT
TTTAAAAAATTCTTGTGATGTATTTTTTTTTTGGATCAAATTCTTGTGATGTATATAAAG
GGACATCATGTTTTGATATATGCAAAGCGGTCTTATATGTAACACAGCCTATGTTCACAA
AAAAATATAGGGGAAATGTATTTGTTACTTGC


BQ
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AF RR1AC48TF U 1
AF RR1AC48JQ C 497
BS 1 726 RR1AC48TF
BS 727 727 RR1AC48JQ
BS 728 770 RR1AC48TF
BS 771 1292 RR1AC48JQ

RD RR1AC48TF 770 0 0
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TTGCTTAAGAAACGGAAGAAAAGATTCTCTGTTTCAGGACTGGAGATGGCAACCTAGAGA
CTGTTCTTTGCCAAAATTCAAAGCGAGAGTGTTGCTAGAGAAGCTAAGGAACAAGAGGTT
AATGTTTGTCGGTGACTCGCTTAACCGGAACCAATGGGAATCTATGGTTTGTTTGGTTCA
ATCAGTGATTCCTCCCGGTAGAAAGGGCTTGAACCATACCGGTTCTCTCACCACTTTTCA
AATCCAGGACTATAACGCCACGGTGGAGTTTTATTGGGCACCGTTCCTGGTGGAATCAAA
TTCAGACGATCCAAGAAAGCATAGTATAATCGATCGTATAATAATGCCAGAGTCCATTGA
GAAGCATGGAGCCAACTGGGAAGACGTTGACTTTCTTGTCTTCAATAGTTACATCTGGTG
GATGAACACTGTCTCCATCAAAGTCTTACGAGGATCGTTCGATGAAGGTGACACAGAGTA
TGATGAGATCAGACGGCCAATAGCGTATGAGAGAGTGTTGAGAACATGGGGAGATTGGGT
GGACCACCACATTGATCCTCTACGTACAACTGTTTTCTTCATGAGCATGTCTCCATTACA
CATTAG*AGTTCGGACTGGGGGAATCCTGATGGTATACTATGCGCATTAG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1AC48JQ 796 0 0
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ATCAAAGTCTTACGAGGATCGTTCGATGAAGGTGACACAGAGTATGATGAGATCAGACGG
CCAATAGCGTATGAGAGAGTGTTGAGAACATGGGGAGATTGGGTGGACCACCACATTGAT
CCTCTACGTACAACTGTTTTCTTCATGAGCATGTCTCCATTACACATTAGGAGTTCGGAC
TGGGGGAATCCTGATGGTATACTATGCGCATTAGAGACAACACCGGTCCTAAACAAGTCC
GTGGTGTTCAACGTTGGGACGAAGTACAGGCTGTTTTCGGAGATAGGAACGGACTACAGA
CTGTTTTCATCTGTTGAAAACGTCACGCAGTCTATGAAAGTTCCAATACGTTTCCTCAAC
ATCACTGGGTTGTCTGAGTAACGTAAAGATGCACATACTTCAGTTTACACGATCAAGCAA
GGTAAACTGCTGACGCAGGAACAGCAAAACGATCCAGCCACTTACGCGGACTGTATCCAC
TGGTGCTTGCCTGGCCTGCCTGATACTTGGAATGAGATTCTTTATACATATATCATCTCA
AAATCGTCATGACCCAATGGAACCTCTCATCCTTTTTTTGTTGTTTTAAAAAATTCTTGT
GATGTATTTTTTTTTTGGATCAAATTCTTGTGATGTATATAAAGGGACATCATGTTTTGA
TATATGCAAAGCGGTCTTATATGTAACACAGCCTATGTTCACAAAAAAATATAGGGGAAA
TGTATTTGTTACTTGC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL6067Contig1 772 2 7 U
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TCTTCACCTTTGCCAAATACATTTTCTTTCAGGATCGAAGACAAGAAGCACAGGATGCAC
AGATTCATAAGTGACACTCGTAGTTTGACAGAAGTGGTAACCGCGATCCTTCAGAGACTA
GAGGATGATATCGACCCTGACCACCTACCCCAAATTTTTTATGAAGACGTAGACCACGAT
AAAGTGTTGTTGGCTTCAGATAGTGACCTTCAAGCAGCCATAGACCATGCAAAATCAATT
GGCTGGAAGAGCCTGAGATTGCATTTAGATGATTCGAGAAAAGGTAAAGGAAGAAGAAGA
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TAAGGAAAAAAAAAACTCAGAAGAGAACAAGGGCTTTGCCGTGTGGAGATATCTGCCATA
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BQ
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AF RR1AS67TF U 550
AF RR1AS67JQ C 1
BS 1 549 RR1AS67JQ
BS 550 594 RR1AS67TF
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RD RR1AS67TF 115 0 0
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GATACACAAAAG*CTTAGCACCTTGTATAAACTGATCACATCATTGTCAAATAAG

QA 1 115 1 115
DS 

RD RR1AS67JQ 772 0 0
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AGAGCAACGGTTTCAGCAGAAGCAATGGAGTATGTAGAGAGAGACGGTTGGGGTGCTACT
TACAGTGGAGTTGCAGCTGGTGCAGCATTAGTAGCTGGTCTTGGTTTTATGGCTTATCTC
AAGAGAGCCGGACAGTGACTTCCTCAAAGAGACGATCAAATTTTCTTACAGATCGATATA
CAACAAAAAAAAAAGTGTGTGGTTCAAGAGCAAACAGACAGGTTTTGAAGTTTTTGTCTG
AAATATTGAGATACACAAAAGGCTTAGCACCTTGTATAAACTGATCACATCATTGTCAAA
TAAGGAAAAAAAAAACTCAGAAGAGAACAAGGGCTTTGCCGTGTGGAGATATCTGCCATA
AGTTTTCTCGAAACTTGTCGATAAGTTCTTTGACATGAACGTTCTTCTTTGC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL6068Contig1 1065 2 10 U
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CTTCCATCAGCCAGGAGGAAGGTGAAGAGAGTGGTCCTCAAAGGGACAAGCGAATCATTC
ATTTATCGATGGAGGAAATAGAACAGAAGTTCTTGGCTCTGAGATCAACAAAGAGCTTCA
AGGACTCTGCGGTGGACCCCATACAAGACTATTTAACCACGCCATTGGACTGGCCGTTGG
AGTTCAAGAAGACTCGAGATGGAGATTATAGAGCTATGGCATGCTTGCAACGTTTCCATG
GCACACAGAAGTTACTTCTCCCTTCTCTTCAGAGGGGATCAGAAAGATTGCCTCTACTTG
GAAGTAGAACTCCGTAGACTCAAGTACATTAGAGAAACATTTGCCAACAATAGCGAAGTT
ATTGACAACGGACGCACTCTTACATCAATGTCCAGCCTGAGGGCGTTGAATAGGGAGAGG
TACAAGCTGAGTCAGCTGATGCAGAAGAAACTGAGAAAAGAAGAGAGAGAGAACCTGTTC
TTGAGATGGGGTATTGGGCTGAACACAAAGCACAGACAGCTCCAGCTGGCGCATCGTGTC
TGGTCAGAGAGCAAAGACATTGATCACGTCCGAGAGAGCGCCTCTGTTGTGGGTAAGCTA
CTGGGGTTCGCTGACATCGATTCGGCGTCCAGAGAGATGTTTGGCCTCAACTTGTCTCTT
AAACCCCGTCCCAAGAAATCTAGCCTCTGGAAACGGAGCGTTCTGTCCCTCTCCTTTTTG
TAATTGAAAGAACAAAAAAGAGGTCAGAAATCAGAAACTCCAGCTGATTCACGGTCCATT
TTGATTTGGGTCTGAGACTGAGGTTGTCCGAATGTCATTTCTCCAAAAATTTGTTGATGT
TTTTCATGCCACTGAACAATCTATGTGGCTTTATGTTTTGATTTTCATCTTTGTACTATC
ATGTAGACACTAGAGAGGAGTTGCAGAACAGTCATAGTTGAGAGC


BQ
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AA
CC

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DS 

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CG
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DS 



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CGTTAACCATATTAATGGACAAACTACAATGTCCTCTTC


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AF RR1D718TF U 1
AF RR1D718JQ C 343
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GGAAGAAAGGAAAGAAAGAAAAAAGGAAAAGAAGAAAGGGATCATGAGCTCCACAGATCT
ACGCTTTTGCTCTCGCTTGCCCTATGCAGAGGTTCCTCCAAGCTCAGAACATAGTGAACC
CTTTGGCTTACATGTCTTTAGGAGTTTTCTTGCTCCACACGTTACTCACGTGGCTTGTAA
CCAACGTGTTGGATTTTGGCTTGCTCGGTGCGGCTTTGATTCTGAGTTTCTCCTGGTGGC
TGCTTGCGGCTGTGAACGGTATGTACATCGTGATGAGCCCGAGTTGCAGGGAGACTTGGA
CTGGGTTTTCATCTAGGGCTTTTAGAGGGATTTGGCCTTACTTGAAACTCACGGTAGCTT
CAGCAGTCATGCTATGTTTGGAGATATGGTACAACCAAGGGCTAGTGATCATCTCCGGTT
TACTCACCAATCCCACAATTTCTCTAGACGCAATTTCGATTTGTATGTATTACTTGAACT
GGGATATGCAGTTCATGCTTGGTCTAAGTGCAGCAATCAGTGTCCGTGTGAGCAACGAGC
TAG*AGCTGGAAATCCACGAGTGGCTAAGTTATCAGTGGTGGT

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1D718JQ 837 0 0
TGAAACTCACGGTAGCTTCAGCAGTCATGCTATGTTTGGAGATATG*TACAACCAAGGGC
TAGTGATCATCTCCGGTT*ACTCACCAATCCCACAATTTCTCTAGACGCAATTTCGATTT
GTATGTATTACTTGAACTGGGATATGCAGTTCATGCTTGGTCTAAGTGCAGCAATCAGTG
TCCGTGTGAGCAACGAGCTAGGAGCTGGAAATCCACGAGTGGCTAAGTTATCAGTGGTGG
TGGTGAACATCACGACGGTTCTCATCGGCTTAATCCTCTGTATCGTGGTGCTCGTGTTCC
GCGTGGATCTTAGCAAAGCCTCCACCAGCGACAAAGAAGTTATAGTTGCAGTTTCTGACC
TCTTTCCCTTGCTGGCCGTTTCCATTTTCTTAAATGGAATCCAACCAATTCTCTCTGGGG
TTGCTATTGGAAGTGGGTGGCAAGCAGTGGTGGCTTATGTGAATCTTGTTACTTACTATG
TTATTGGTCTTCCTATTGGCTGTGTTCTTGGCTTCAAAACAAGTCTTGGAGTTGCTGGGA
TCTGGTGGGGAATGATTGCAGGAGTCATACTTCAAACCATAACTTTGATTGTTATAACAC
TTAGAACTAACTGGACTTCCGAGGTGGAAAATGCAGCTGATAGGTTGAAAGCTTCAGCAA
ATGAGAGTCAAGAGATGGTCACCGAAGGAGTCTAAAAATAACCAGCAACATCAACTCTGT
TCTTTTCTCCTCTGTTTTGGTGGCAAGAGCTATGAAATAAATAAATCTTTTTGTGTCTTA
GTTACAAACATTTCATTTCGTTAACCATATTAATGGACAAACTACAATGTCCTCTTC

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 2

CO CL6070Contig1 369 2 1 U
GAAGACTGAACACCATTCTCTCTCAGAAGGCTGCAGGTATACTCCAACTGCAGAACCGTC
TTGCTCATTTCCAGAAGCGCCTAAGGGAGCACAATGTATTGGTATCTACTACTACTGGGT
ACTGACCCCTCCTCCTCGAGTATATGGTCCTCCTTTTATCGACCTCATCTCAGGTTTTGC
GTTGGTGCTCCCCTACTGGCTTGGAATGGGGTTCAGAAGTTTATTTGCTGAGAACTTTAC
ATGGAAGAGTTATGGATGAGTGCAAGATATTCATTCTGTTCTTGTTACTGCACTTTGAAT
TGGATCAGACTCTTGTAATGGATTTGTTGCAGATGATTAAATACCTATGTAATAATATTC
ACTGGTGCT


BQ
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AF RR1AT20JQ C 1
AF RR1AT20TF U 1
BS 1 369 RR1AT20TF

RD RR1AT20JQ 369 0 0
GAAGACTGAACACCATTCTCTCTCAGAAGGCTGCAGGTATACTCCAACTGCAGAACCGTC
TTGCTCATTTCCAGAAGCGCCTAAGGGAGCACAATGTATTGGTATCTACTACTACTGGGT
ACTGACCCCTCCTCCTCGAGTATATGGTCCTCCTTTTATCGACCTCATCTCAGGTTTTGC
GTTGGTGCTCCCCTACTGGCTTGGAATGGGGTTCAGAAGTTTATTTGCTGAGAACTTTAC
ATGGAAGAGTTATGGATGAGTGCAAGATATTCATTCTGTTCTTGTTACTGCACTTTGAAT
TGGATCAGACTCTTGTAATGGATTTGTTGCAGATGATTAAATACCTATGTAATAATATTC
ACTGGTGCT

QA 1 369 1 369
DS 

RD RR1AT20TF 369 0 0
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TTGCTCATTTCCAGAAGCGCCTAAGGGAGCACAATGTATTGGTATCTACTACTACTGGGT
ACTGACCCCTCCTCCTCGAGTATATGGTCCTCCTTTTATCGACCTCATCTCAGGTTTTGC
GTTGGTGCTCCCCTACTGGCTTGGAATGGGGTTCAGAAGTTTATTTGCTGAGAACTTTAC
ATGGAAGAGTTATGGATGAGTGCAAGATATTCATTCTGTTCTTGTTACTGCACTTTGAAT
TGGATCAGACTCTTGTAATGGATTTGTTGCAGATGATTAAATACCTATGTAATAATATTC
ACTGGTGCT

QA 1 369 1 369
DS 



AS 1 2

CO CL6071Contig1 1366 2 2 U
GGAAAACAAAAAAGAAGAAGAAGAAACGAGAGAAACCACATACATACATTTGTCATTTGT
CACCAAAACCTAAAGCAGAGGATATAGAATGGCACCCACAGGCGAAGCGTCGACCGTGAA
CAACAAGCAAGTCATATTGAGAGACTACGTCACCGGCTTCCCCAAGGAATCAGACCTCGT
CTTCAACGATGCCACCGTGGATCTAAGTGTTCCGGCTGGATCTAACAAGGTTCTGGTGAA
GAATCTCTACTTGTCTTGTGATCCTTACATGCGCATTCGCATGGGCAAGCCTGATCCCTC
CGCTTCAGCCCTCGCTCTACCCTACACCCCTGGCCAGCAAATCTATGGGTATGGAGTGTC
AAAAGTGGTAGATTCAGGGCACCCTGATTACACAAAGGGAGACCTGCTTTGGGGTATTGT
TGGATGGGAGGAGTACAGTGTTATTACTCCAACTACTTACTCACATTTTAAGATCCTACA
CACTGATGTTCCCTTGTCCTACTACACTGGACTTCTCGGTATGGCTTGGATGACTGCCTA
TTCAGGGTTTTATGAAATCTGTTCTCCTAAGAAAGGAGAGACTGTCTTCGTGTCAGCTGC
ATCTGGTGCTGTTGGTCAGCTCGTGGGACAGCTCGCAAAGATTATGGGATGTTATGTCGT
TGGAAGTGCCGGCAGTAATGAAAAGGTTGATCTTCTCAAGAATAAGTTTGGGTTTGATGA
AGCATTCAATTACAAAGAAGAGAAAGACCTTAACGCTGCCCTGAAGAGGTGTTTCCCGGA
AGGCATAGACATATACTTTGAGAACGTAGGAGGCAAGATGCTAGACGCAGTGCTCCTAAA
TATGAACCTAAAAGGCCGTATCGCGGTATGCGGAATGATCTCACAGTACAACCTGGAGGA
GTAGGAAGGTGTACGCAACCTAGCGACCGTCATTTACAAGCGGGTTAAGCTTCAAGGCTT
TGTGGTCTCTGATTTTTATGACAAGTACTCCATGTTTCTTGAGTTTGTGCTTCCCTATAT
TACAGAAGGGAAGATCACTTACGTAGAGGATGTAGCCGAAGGTCTGGAGAAGGGACCTTC
TGCTTTGATTGGACTCTTCCATGGTAAGAACGTCGGCAAACAGCTCATTGTGGTGGCTCG
TGAGTGATGATTGAGAGACGTTTTGAGTTTGGTTATCAGCTGGAGATGAGTTAATTACGC
TTTAGTTGTTTTGTAAGTTTAAGTTTCCCCTTAAGTACTTCACTTTCGTTATGTAATAAA
TAAACCCTTTTGTTTGTTGTATCAATGTATCAATGTAGGCTATTAGCCTATATTGAACTT
GAAACTTTTGTTATATTGATTTGACTGGTAATCAGCCAAAATAACC


BQ
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AF RR1AM48TF U 1
AF RR1AM48JQ C 642
BS 1 768 RR1AM48TF
BS 769 1366 RR1AM48JQ

RD RR1AM48TF 771 0 0
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CACCAAAACCTAAAGCAGAGGATATAGAATGGCACCCACAGGCGAAGCGTCGACCGTGAA
CAACAAGCAAGTCATATTGAGAGACTACGTCACCGGCTTCCCCAAGGAATCAGACCTCGT
CTTCAACGATGCCACCGTGGATCTAAGTGTTCCGGCTGGATCTAACAAGGTTCTGGTGAA
GAATCTCTACTTGTCTTGTGATCCTTACATGCGCATTCGCATGGGCAAGCCTGATCCCTC
CGCTTCAGCCCTCGCTCTACCCTACACCCCTGGCCAGCAAATCTATGGGTATGGAGTGTC
AAAAGTGGTAGATTCAGGGCACCCTGATTACACAAAGGGAGACCTGCTTTGGGGTATTGT
TGGATGGGAGGAGTACAGTGTTATTACTCCAACTACTTACTCACATTTTAAGATCCTACA
CACTGATGTTCCCTTGTCCTACTACACTGGACTTCTCGGTATGGCTTGGATGACTGCCTA
TTCAGGGTTTTATGAAATCTGTTCTCCTAAGAAAGGAGAGACTGTCTTCGTGTCAGCTGC
ATCTGGTGCTGTTGGTCAGCTCGTGGGACAGCTCGCAAAGATTATGGGATGTTATGTCGT
TGGAAGTGCCGGCAGTAATGAAAAGGTTGATCTTCTCAAGAATAAGTTTGGGTTTGATGA
AGCATTCAATTACAAAGAAGAGAAAGACCTTAACGCTGCCCTGAAGAG
TGT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1AM48JQ 725 0 0
TTATGGGATGTTATGTCGTTGGAAGTGCCGGCAGTAATGAAAAGGTTGATCTTCTCAAGA
ATAAGTTTGGGTTTGATGAAGCATTCAATTACAAAGAAGAGAAAGACCTTAACGCTGCCC
TGAAGAGGTGTTTCCCGGAAGGCATAGACATATACTTTGAGAACGTAGGAGGCAAGATGC
TAGACGCAGTGCTCCTAAATATGAACCTAAAAGGCCGTATCGCGGTATGCGGAATGATCT
CACAGTACAACCTGGAGGAGTAGGAAGGTGTACGCAACCTAGCGACCGTCATTTACAAGC
GGGTTAAGCTTCAAGGCTTTGTGGTCTCTGATTTTTATGACAAGTACTCCATGTTTCTTG
AGTTTGTGCTTCCCTATATTACAGAAGGGAAGATCACTTACGTAGAGGATGTAGCCGAAG
GTCTGGAGAAGGGACCTTCTGCTTTGATTGGACTCTTCCATGGTAAGAACGTCGGCAAAC
AGCTCATTGTGGTGGCTCGTGAGTGATGATTGAGAGACGTTTTGAGTTTGGTTATCAGCT
GGAGATGAGTTAATTACGCTTTAGTTGTTTTGTAAGTTTAAGTTTCCCCTTAAGTACTTC
ACTTTCGTTATGTAATAAATAAACCCTTTTGTTTGTTGTATCAATGTATCAATGTAGGCT
ATTAGCCTATATTGAACTTGAAACTTTTGTTATATTGATTTGACTGGTAATCAGCCAAAA
TAACC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL6072Contig1 483 2 1 U
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AGAGCATCGACCGTAGCAGGTATATGGCTAAATGAAGCCGTTAGCTTCCTCGTGTTCTGT
CTCTTAGACATCCTCGATTCATTACTTTGTCTCGTCTACAAAGTAGCAGACTATGTTTTC
GAAGCCGAGTGGAAGCCTTGTTACTGTTTATCGGCCAAGGAACCCATCACGGCGACTCGA
GGAAAGATCCTCTTGTCTCACGATAATGGCGTATCTACGATCCTTACTCTTTCTCCGCTT
CAAGAACTCAGCGGACGTTCCAAGATTGAGCTGGAGGATATCTCCGAGACCCTTTACACA
CGTCCTTCTCTTCTATCGGACCTCTCCGTTACCGAACTCAATAAACGGTTCGTTAAGGTT
TCTCGGTCCGACTCCGAGTGCAGCCACCATCATCATGAGAAGACGTTGACTAAGAACAAA
CGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 

AF RR1GX45JQ C 1
AF RR1GX45TF U 1
BS 1 483 RR1GX45TF

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GGAAAGATCCTCTTGTCTCACGATAATGGCGTATTTACGATCCTTACTCTTTTTCCGCTT
CAAGAACTCAGCGGACGTTCCAAGATTGAGCTGGAGGATATTTCCGAGACCCTTTACACA
CGTCCTTCTCTTCTATCGGACCTCTCCGTTACCGAACTCAATAAACGGTTCGTTAAGGTT
TCTCGGTCCGACTCCGAGTGCAGCCACCATCATCATGAGAAGACGTTGACTAAGAACAAA
CGG

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR1GX45TF 483 0 0
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AGAGCATCGACCGTAGCAGGTATATGGCTAAATGAAGCCGTTAGCTTCCTCGTGTTCTGT
CTCTTAGACATCCTCGATTCATTACTTTGTCTCGTCTACAAAGTAGCAGACTATGTTTTC
GAAGCCGAGTGGAAGCCTTGTTACTGTTTATCGGCCAAGGAACCCATCACGGCGACTCGA
GGAAAGATCCTCTTGTCTCACGATAATGGCGTATCTACGATCCTTACTCTTTCTCCGCTT
CAAGAACTCAGCGGACGTTCCAAGATTGAGCTGGAGGATATCTCCGAGACCCTTTACACA
CGTCCTTCTCTTCTATCGGACCTCTCCGTTACCGAACTCAATAAACGGTTCGTTAAGGTT
TCTCGGTCCGACTCCGAGTGCAGCCACCATCATCATGAGAAGACGTTGACTAAGAACAAA
CGG

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL6073Contig1 465 2 1 U
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GGATTTGGCCGTCTCTTTGTGTTCTTTTGAATATGGATTTTGTCG


BQ
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AF RR1GA73JQ C 1
AF RR1GA73TF U 1
BS 1 465 RR1GA73TF

RD RR1GA73JQ 465 0 0
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CCTTTTTGGATCCGGCGAGTCTGTTTCCAAACAAAACGTTCCCACGCCCACCACGACAAC
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CCTCACGGACCGACCATCGACGAAGGTTCATGCAGCACCAGGTGGAGGATCTTCTCTGGG
TTACTTGTTTGGATCTGGATCTGGCAAATGATTTGTTTTTGCAGCATTTTGAACCGTTTG
AAGAAAGTGTAAAAACAAAATGTAACTTTATTTCTTATGTTCTTAAGGATTGTTTTTTTT
GGATTTGGCCGTCTCTTTGTGTTCTTTTGAATATGGATTTTGTCG

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1GA73TF 465 0 0
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CCTTTTTGGATCCGGCGAGTCTGTTTCCAAACAAAACGTTCCCACGCCCACCACGACAAC
ACCAACCACTATCGCCGGAGATAAAACAAAGACGTAGGAGGAGAGGAAACAGATGTCGGC
TGTAGTAAGAGGAAGCCCTAATAATTACATCAGAACAGAGGGACAAAACTGTGGCAACTT
CCTCACGGACCGACCATCGACGAAGGTTCATGCAGCACCAGGTGGAGGATCTTCTCTGGG
TTACTTGTTTGGATCTGGATCTGGCAAATGATTTGTTTCTGCAGCATTTTGAACCGTTTG
AAGAAAGTGTAAAAACAAAATGTAACTTTATTTCTTATGTTCTTAAGGATTGTTTTTTTT
GGATTTGGCCGTCTCTTTGTGTTCTTTTGAATATGGATTTTGTCG

QA 1 465 1 465
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6075Contig1 1184 2 2 U
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TAGAGGAAGAGATCAACAAATGGCTCCTCTTGTGAGTAGTAAAGCAGAGAAGAAAACAGC
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TAAAGCTTTGATGGCCTCTTATGGTTATACCTTTGCTACAACCTTAACCGGTTTACATTT
CGCCTTTACAACTCTTATGACCATTGTTCTAAGATGTCTTGGTTACATTCAGCCTTCTCA
TCTTCCCTTTACCGAGCTTCTCAGATTTATTCTCTTTGCTAACTTCTCCATTGTTGGGAT
GAACGTTAGTCTTATGTGGAACTCTGTCGGTTTTTATCAGATTGCAAAGCTCAGCATGAT
TCCTGTTTCCTGTTTGTTGGAAATGGTGTTAGATAAGATCCGTTACTCCAGAGACACCAA
GCTTAGCATTGGACTCGTTCTTGTTGGTGTTGCTGTCTGCACTGTCACTGATGTTAGTGT
CAATACCAAAGGCTTTCTTGCTGCTTTTGTTGCCGTCTGGAGTACTTCTCTCCAACAATA
CTATGTACATTACCTTCAGCCAAGTACTCGCTTAGTTCATTCAACCTATTGGGACATACC
GCTCCAGCACAAGCCGCCACGTTGCTGGTTGTTGGTCCATTTCTTGATTATTGGCTCACA
GAAAAAAGAGTAGACATGTACGACTACAACTTGGTCTCCGTGCTGTTTATAACCCTCTCG
TGCACAATAGCGATCGGGACCAACCTGAGCCAGTTCATCTGCATCGGGAGATTCACAGCG
GTGTCATTTCAAGTCCTGGGACACATGAAGACAATCCTGGTGCTGGTGATGGGATTCTTC
TTCTTCGGTAGAGAAGGTCTAAACTTGCACGTGGTTATTGGAATGATTATTGCTGTTCTT
GGTATGATCTGGTACGGCAATGCCTCTTCCAAGCCAGGAGGCAAAGAACGACGAAGCTAT
TCTCTTCCAACCACTCGTCAACAGAAACTCGGAGCTGCTTCGGATTCTGATGACAACGAA
GGCGAAGCCTAGAACTAGTAGCAAGCAGTAAATGATCAGGAACATCACATAGTGCTACTA
CATCTCTGTTTTTGACTCATGGTCTTGAAATATTTATCATCTTC


BQ
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AF RR1A311TF U 1
AF RR1A311JQ C 396
BS 1 533 RR1A311TF
BS 534 1184 RR1A311JQ

RD RR1A311TF 533 0 0
GCAATTCGAAATTCCTCTCTTCATAGTTGAGCGTAAAGCAGAATGTGGAGATCTGGTGAT
TAGAGGAAGAGATCAACAAATGGCTCCTCTTGTGAGTAGTAAAGCAGAGAAGAAAACAGC
AGCAGATGCTGCTGCTTGGATGTTCAATGTCGTCACTTCTGTTGGTATCATCATTGTCAA
TAAAGCTTTGATGGCCTCTTATGGTTATACCTTTGCTACAACCTTAACCGGTTTACATTT
CGCCTTTACAACTCTTATGACCATTGTTCTAAGATGTCTTGGTTACATTCAGCCTTCTCA
TCTTCCCTTTACCGAGCTTCTCAGATTTATTCTCTTTGCTAACTTCTCCATTGTTGGGAT
GAACGTTAGTCTTATGTGGAACTCTGTCGGTTTTTATCAGATTGCAAAGCTCAGCATGAT
TCCTGTTTCCTGTTTGTTGGAAATGGTGTTAGATAAGATCCGTTACTCCAGAGACACCAA
GCTTAGCATTGGACTCGTTCTTGTTGGTGTTGCTGTCTGCACTGTCACTGATG

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1A311JQ 789 0 0
ATCAGATTGCAAAGCTCAGCATGATTCCTGTTTCCTGTTTGTTGGAAATGGTGTTAGATA
AGATCCGTTACTCCAGAGACACCAAGCTTAGCATTGGACTCGTTCTTGTTGGTGTTGCTG
TCTGCACTGTCACTGATGTTAGTGTCAATACCAAAGGCTTTCTTGCTGCTTTTGTTGCCG
TCTGGAGTACTTCTCTCCAACAATACTATGTACATTACCTTCAGCCAAGTACTCGCTTAG
TTCATTCAACCTATTGGGACATACCGCTCCAGCACAAGCCGCCACGTTGCTGGTTGTTGG
TCCATTTCTTGATTATTGGCTCACAGAAAAAAGAGTAGACATGTACGACTACAACTTGGT
CTCCGTGCTGTTTATAACCCTCTCGTGCACAATAGCGATCGGGACCAACCTGAGCCAGTT
CATCTGCATCGGGAGATTCACAGCGGTGTCATTTCAAGTCCTGGGACACATGAAGACAAT
CCTGGTGCTGGTGATGGGATTCTTCTTCTTCGGTAGAGAAGGTCTAAACTTGCACGTGGT
TATTGGAATGATTATTGCTGTTCTTGGTATGATCTGGTACGGCAATGCCTCTTCCAAGCC
AGGAGGCAAAGAACGACGAAGCTATTCTCTTCCAACCACTCGTCAACAGAAACTCGGAGC
TGCTTCGGATTCTGATGACAACGAAGGCGAAGCCTAGAACTAGTAGCAAGCAGTAAATGA
TCAGGAACATCACATAGTGCTACTACATCTCTGTTTTTGACTCATGGTCTTGAAATATTT
ATCATCTTC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL6076Contig1 967 2 2 U
GGGCCGCAAGCTGCTTTGCTCCTCCCAAGTCCAATACTGTGAAAGAGTTTACTGATGATG
AGTTGAAGAATCTACTGAAGAAGAAAGCCAAGCCGATACTCAGAAGAAAGCTGCAAGAGC
TTGTGGCGGCTGATGCAGGTTCTTCAGAAAACAAAAGTGTTATTGGATCATCATGCTCTG
TTGTTGAGTATACTTCTGGTACTGTTAAAGATTTGGATCCTTTAGAAGTCACCGATCCAG
ATTTTTGTGACTTCAACAAGGATCGAACTGAGAAGTCATTTAGTGATAACCAGATATGGG
CTTGTTACGACTCTTTAGATGGGATGCCTCGAGGTTATGTCATGATAGACAAGGTTATCT
CCGTAGATCCGTTTAAAGTGTGTGTCATTCAGATCACTTCAGAGACAAACAGTGAGCTTA
GGTCAACAAAGTGGCTCGGCTTCGGTGTTTCAAAAGCTTGTGGAGATTTCAGAGCTGGGA
AAACCCAAATCTGCAGGTCGCCTTTACATTTTCTCACACAAAGTGGAGCTTATCAGAGGC
ACTCACGGAGAGTTTCTTATATATCCTAGAAGAGGCGATGTATGGGCTCTGTATAGGAAC
TGGTCCCATGAGTGGAACTATCTTACAGGAGGGGAAGCGATAGAGTATGATGTGGTCGAA
GTAGTTGAAGGGTATACTGAGGAGTATGGTGTTTCAGTGGTTCCTTTGATGAAAGTTGCT
GGTTTCAAATCAGTGTTTCACCATCATTTGGATCCCAAAGATGTCAGAAGGATCTCGAGG
GATGAGTTATCAAGATTCTCTCATCGGATACCATCTTACTTGCTCACAGGTCGAGAAGCG
CCCGTTGCACCCAGAGGTTGCATACAACTCGACCCTGCGGCAACACCATCACAGCTTTTT
CAAGTTATAGATATGTGATTGTAAGAGTTAATTGTATCCTTTGGTAATGTAGTTTACCTA
TAACAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH23TF U 1
AF RR1DH23JQ C 401
BS 1 543 RR1DH23TF
BS 544 967 RR1DH23JQ

RD RR1DH23TF 543 0 0
GGGCCGCAAGCTGCTTTGCTCCTCCCAAGTCCAATACTGTGAAAGAGTTTACTGATGATG
AGTTGAAGAATCTACTGAAGAAGAAAGCCAAGCCGATACTCAGAAGAAAGCTGCAAGAGC
TTGTGGCGGCTGATGCAGGTTCTTCAGAAAACAAAAGTGTTATTGGATCATCATGCTCTG
TTGTTGAGTATACTTCTGGTACTGTTAAAGATTTGGATCCTTTAGAAGTCACCGATCCAG
ATTTTTGTGACTTCAACAAGGATCGAACTGAGAAGTCATTTAGTGATAACCAGATATGGG
CTTGTTACGACTCTTTAGATGGGATGCCTCGAGGTTATGTCATGATAGACAAGGTTATCT
CCGTAGATCCGTTTAAAGTGTGTGTCATTCAGATCACTTCAGAGACAAACAGTGAGCTTA
GGTCAACAAAGTGGCTCGGCTTCGGTGTTTCAAAAGCTTGTGGAGATTTCAGAGCTGGGA
AAACCCAAATCTGCAGGTCGCCTTTACATTTTCTCACACAAAGTGGAGCTTATCAGAGGC
ACT

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR1DH23JQ 567 0 0
AGAGACAAACAGTGAGCTTAGGTCAACAAAGTGGCTCGGCTTCGGTGTTTCAAAAGCTTG
TGGAGATTTCAGAGCTGGGAAAACCCAAATCTGCAGGTCGCCTT*ACATTTTCTCACACA
AAGTGGAGCTTATCAGAGGCACTCACGGAGAGTTTCTTATATATCCTAGAAGAGGCGATG
TATGGGCTCTGTATAGGAACTGGTCCCATGAGTGGAACTATCTTACAGGAGGGGAAGCGA
TAGAGTATGATGTGGTCGAAGTAGTTGAAGGGTATACTGAGGAGTATGGTGTTTCAGTGG
TTCCTTTGATGAAAGTTGCTGGTTTCAAATCAGTGTTTCACCATCATTTGGATCCCAAAG
ATGTCAGAAGGATCTCGAGGGATGAGTTATCAAGATTCTCTCATCGGATACCATCTTACT
TGCTCACAGGTCGAGAAGCGCCCGTTGCACCCAGAGGTTGCATACAACTCGACCCTGCGG
CAACACCATCACAGCTTTTTCAAGTTATAGATATGTGATTGTAAGAGTTAATTGTATCCT
TTGGTAATGTAGTTTACCTATAACAAC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL6077Contig1 829 2 10 U
TATCCAAACGATTTTCTTTGCCTATTTTGATTCTACAATTCCTCATCATACATAGTGTTT
CATCTTTAAACCTTACCAATGAGTATCTCAACCACAAATGCTTCCTTAATCAAGGGAAGT
ATAAGCCTGGAAGTCAGTATGAGGAAAACCTCATCTGGATCTTCGATCGTATTCGTAATT
ATCCTTATAAGCTCACCAGTTCCTCACACTTAACAGTTGAAGAAACGCCAGCCGATTTTG
TTACCGTCACTTCCCAGTGTCGTGGTGACACTCATGAGTCTAAATGCCGTACATGCATTG
ATACCGCAATTTCAGGGTTTCAAAAAAGATGTCCAAATAACAAAGGAGGAATAATATGGT
ACGATCAATGTCTTCTCTATATTAATACAATCAGAGAAAAAGATCTAGCCCCGACTAACT
ACAAGAATATTATTTCTATGCACAACCCAAATAATGTGAGAGGAGATGCAAAACTGTTCG
CCATGAGGGTGATGGAATTTTTCTCTGAGTTAACACTTAAAGCCATGAAAACCACCAAGT
ATAGCATCATATTTTACGCGGCAGGGGAAAAGAAGCTCGGAAAAAATAAATTATATGCAA
TGGTGCAATGTTTAGAACTAACAATGGATTGCAAAGGTTGTTTGACATGGAGTATCTCAA
AGCTTTTCGAGAACGGGATTAAACAAGGAGCAAGAGTTTTGGGTACAGACTGTGATGTAA
GGTATGAGCTATACCCCTTTTTTAGGAGTTGAGCATTTTTAAGTTATGTTTTAGTTTTTT
TTTTTTTTGCTGAAATGTAATATCTTATCAATAAAAAGAGTGTTTACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CI77TF U 1
AF RR1CI77JQ C 183
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RD RR1CI77TF 661 0 0
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CATCTTTAAACCTTACCAATGAGTATCTCAACCACAAATGCTTCCTTAATCAAGGGAAGT
ATAAGCCTGGAAGTCAGTATGAGGAAAACCTCATCTGGATCTTCGATCGTATTCGTAATT
ATCCTTATAAGCTCACCAGTTCCTCACACTTAACAGTTGAAGAAACGCCAGCCGATTTTG
TTACCGTCACTTCCCAGTGTCGTGGTGACACTCATGAGTCTAAATGCCGTACATGCATTG
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ACGATCAATGTCTTCTCTATATTAATACAATCAGAGAAAAAGATCTAGCCCCGACTAACT
ACAAGAATATTATTTCTATGCACAACCCAAATAATGTGAGAGGAGATGCAAAACTGTTCG
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TGGTGCAATGTTTAGAACTAACA*TGGATTGCAAAG*TTGTTTGACATGGAGTATCTCAA
G

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1CI77JQ 647 0 0
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ACCGTCACTTCCCAGTGTCGTGGTGACACTCATGAGTTTAAATGCCGTACATGCATTGAT
ACCGCAATTTCAGGGTTTCAAAAAAGATGTCCAAATAACAAAGGAGGAATAATATGGTAC
GATCAATGTTTTCTCTATATTAATACAATCAGAGAAAAAGATCTAGCCCCGACTAACTAC
AAGAATATTATTTTTATGCACAACCCAAATAATGTGAGAGGAGATGCAAAACTGTTCGCC
ATGAGGGTGATGGAATTTTTTTTTGAGTTAACACTTAAAGCCATGAAAACCACCAAGTAT
AGCATCATATTTTACGCGGCAGGGGAAAAGAAGCTCGGAAAAAATAAATTATATGCAATG
GTGCAATGTTTAGAACTAACAATGGATTGCAAAGGTTGTTTGACATGGAGTATCTCAAAG
CTTTTCGAGAACGGGATTAAACAAGGAGCAAGAGTTTTGGGTACAGACTGTGATGTAAGG
TATGAGCTATACCCCTTTTTTAGGAGTTGAGCATTTTTAAGTTATGTTTTAGTTTTTTTT
TTTTTTGCTGAAATGTAATATCTTATCAATAAAAAGAGTGTTTACAG

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

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AGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGATCCGCGAAGAAGAAGCCAAGGCGAAACAGAGTAAAG
TGCAAGGGAACAACGGCGTTCCTCTGATCCCTAAAACCGCTAATGCTTAGGGCTTCGATT
TCGATCTCCGGTTAACCTAATTCCAGATTTCCGGGATTCTCTGGAACTGTGAAGAAGGGG
GCTCTGCTTTTCAATATTTTCTTTTTGCTAGTGATGAAAAACTTGTTGCTACATTTTCAT
ACGTGTATGTGCAGAGATTCTCTCCTTACCTTTCTTCCTCTTGTTAACTTTAAAGTTGTT
TCCCAAACAAAAAAATAAGATGCAAACTCTTCC


BQ
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AF RR1DK77TF U 1
AF RR1DK77JQ C 112
BS 1 573 RR1DK77TF

RD RR1DK77TF 573 0 0
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AGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGATCCGCGAAGAAGAAGCCAAGGCGAAACAGAGTAAAG
TGCAAGGGAACAACGGCGTTCCTCTGATCCCTAAAACCGCTAATGCTTAGGGCTTCGATT
TCGATCTCCGGTTAACCTAATTCCAGATTTCCGGGATTCTCTGGAACTGTGAAGAAGGGG
GCTCTGCTTTTCAATATTTTCTTTTTGCTAGTGATGAAAAACTTGTTGCTACATTTTCAT
ACGTGTATGTGCAGAGATTCTCTCCTTACCTTTCTTCCTCTTGTTAACTTTAAAGTTGTT
TCCCAAACAAAAAAATAAGATGCAAACTCTTCC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1DK77JQ 462 0 0
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TTTTCCTCCCGTGGAAGTGCGAGGACGAGCGCCACGTCTACGAGAAGTGCGAGTACGAGC
TCGTCATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGATCCGCGAAGAAGAAGCCAAGGCGAAAC
AGAGTAAAGTGCAAGGGAACAACGGCGTTCCTCTGATCCCTAAAACCGCTAATGCTTAGG
GCTTCGATTTCGATCTCCGGTTAACCTAATTCCAGATTTCCGGGATTTTCTGGAACTGTG
AAGAAGGGGGCTCTGCTTTTCAATATTTTCTTTTTGCTAGTGATGAAAAACTTGTTGCTA
CATTTTCATACGTGTATGTGCAGAGATTCTCTCCTTACCTTTCTTCCTCTTGTTAACTTT
AAAGTTGTTTCCCAAACAAAAAAATAAGATGCAAACTCTTCC

QA 1 462 1 462
DS 



AS 1 2

CO CL6079Contig1 1414 2 2 U
GGACGCAGAGAAAAGAAAAGAATCACTCCCGGTGGTAATAATCTAAACTCAACCTCAATA
ATGTCGGCGTCTTTCTCCGTCGCATGACCCCATTGATGTCTAAGGGAAGCCTTAGTTGAA
TGATTGTCTTAGTGCTACGAATCACAGATCACTATGGACAAAGAGAGTGTAAATGGTATT
GGATCACCTCAAAGATCCAACAGCGTTGACAGCTTAAAGGTTGAATCTCCGGGTGGTTCG
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TTGACTGGTTTGGTGAACCCTCCGTCTAAACATGTGGACATGTCTTCGGTTGAAGCAAGA
CAGGGTAGCGAAGAATGCTCTGTTGGATCTGTGAATATGGCCGTGCATCATCATCATCAT
CTTCTTCCAGGTGTAGTCAACGGGTTTAGTCCGGCTCCAGGTTTTATGTTTAATGTAGGC
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CAAGGGAGGGATCCCATCAAGAATGGAAGCGAAGAGCGCATAGATTCGGACGTGAGAAGT
GATGATTTTGTGTTTTCTAGTGCCTCAGTTTCTGCTGCGAACCATATAGCAGAAAGTCAA
GATAGGGAACAAGTCCAAACATATAGCAGAAGCGAGAACGGAGGAGATGAGAGTCATAAG
AAGAAGAACGAACATGATTGGGCGGCAGATAAGGATCACATTGCAGATTCTATCAGATGT
CTTGCAGCTTTGCAGGAAGCTCTTTGGAAAGAGGTCCAAAGTTTCCAGGAGCTGAGTAAG
GAATCTATACCACAACATTCGAACATTGATGAAGTCGATTCAGGATCACAAGTACTGATT
TTGAAGCACAAGGTAAAACATCTCCAAGTTAAACTCGAGGAAGCTAGAGCTGATCTGGAT
GCAAAGGAAGCCAGGATCCAAGAACCGAAAACTCGATGATCGAATCCGAACTTGAAGGAA
TTTTCCAGAGAAAGATGGAAGCTGAAATCCAGCATTTGTTGCTCACAAGTTCTCTGAGTG
CATCATCATCAACACAAGTACTCGAAGAACAACCGAAGAAGGTACAACATTCTGTGACTC
AAGATCCTGAACCGAACCGTGGGAACATGTTAGGAAAAACATGCAAGTCCAGCTTGTATT
TCTTGACGCAGTTGATCTTGCTAGTCTCTGTACTTCGGTTACTGCTCCACCAGTCTTCTC
CTGCTTCACGATTAGTTATACCAACCTGAAAAAAACGGTTCATGTTGTTTTTTACCAAAC
ATTTTTGTTTTCAAATTTATTGTTGTGATGACTG


BQ
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AF RR1AG04TF U 1
AF RR1AG04JQ C 541
BS 1 748 RR1AG04TF
BS 749 1414 RR1AG04JQ

RD RR1AG04TF 748 0 0
GGACGCAGAGAAAAGAAAAGAATCACTCCCGGTGGTAATAATCTAAACTCAACCTCAATA
ATGTCGGCGTCTTTCTCCGTCGCATGACCCCATTGATGTCTAAGGGAAGCCTTAGTTGAA
TGATTGTCTTAGTGCTACGAATCACAGATCACTATGGACAAAGAGAGTGTAAATGGTATT
GGATCACCTCAAAGATCCAACAGCGTTGACAGCTTAAAGGTTGAATCTCCGGGTGGTTCG
ACGAGAAAAGGTTTCGGTTTGAAGAAATGGAGAAGGATCAAGAGAGATACTCCTCCAGTG
AAAGACGAAGCTGCTGCTGCTGCGCCTGTTGATGATGGTAGTAAGTTGCTGAAGCGTAAT
TTGACTGGTTTGGTGAACCCTCCGTCTAAACATGTGGACATGTCTTCGGTTGAAGCAAGA
CAGGGTAGCGAAGAATGCTCTGTTGGATCTGTGAATATGGCCGTGCATCATCATCATCAT
CTTCTTCCAGGTGTAGTCAACGGGTTTAGTCCGGCTCCAGGTTTTATGTTTAATGTAGGC
CAAGGTTTTGAGAAGAGTGAAGAGCATACCGGAGGAGGAGGGAAGATTGTTTCAGGTAGC
CAAGGGAGGGATCCCATCAAGAATGGAAGCGAAGAGCGCATAGATTCGGACGTGAGAAGT
GATGATTTTGTGTTTTCTAGTGCCTCAGTTTCTGCTGCGAACCATATAGCAGAAAGTCAA
GATAGGGAACAAGTCCAAACATATAGCA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1AG04JQ 874 0 0
CAAGGTTTTGAGAAGAGTGAAGAGCATACCGGAGGAGGAGGGAAGATTGTTTCAGGTAGC
CAAGGGAGGGATCCCATCAAGAATGGAAGCGAAGAGCGCATAGATTCGGACGTGAGAAGT
GATGATTTTGTGTTTTCTAGTGCCTCAGTTTCTGCTGCGAACCATATAGCAGAAGGTCAA
GATAGGGAACAAGTCCAAACATATAGCAGAAGCGAGAACGGAGGAGATGAGAGTCATAAG
AAGAAGAACGAACATGATTGGGCGGCAGATAAGGATCACATTGCAGATTCTATCAGATGT
CTTGCAGCTTTGCAGGAAGCTCTTTGGAAAGAGGTCCAAAGTTTCCAGGAGCTGAGTAAG
GAATCTATACCACAACATTCGAACATTGATGAAGTCGATTCAGGATCACAAGTACTGATT
TTGAAGCACAAGGTAAAACATCTCCAAGTTAAACTCGAGGAAGCTAGAGCTGATCTGGAT
GCAAAGGAAGCCAGGATCCAAGAACCGAAAACTCGATGATCGAATCCGAACTTGAAGGAA
TTTTCCAGAGAAAGATGGAAGCTGAAATCCAGCATTTGTTGCTCACAAGTTCTCTGAGTG
CATCATCATCAACACAAGTACTCGAAGAACAACCGAAGAAGGTACAACATTCTGTGACTC
AAGATCCTGAACCGAACCGTGGGAACATGTTAGGAAAAACATGCAAGTCCAGCTTGTATT
TCTTGACGCAGTTGATCTTGCTAGTCTCTGTACTTCGGTTACTGCTCCACCAGTCTTCTC
CTGCTTCACGATTAGTTATACCAACCTGAAAAAAACGGTTCATGTTGTTTTTTACCAAAC
ATTTTTGTTTTCAAATTTATTGTTGTGATGACTG

QA 1 874 1 874
DS 



AS 1 2

CO CL6080Contig1 895 2 2 U
GAAAGCTTTAAAAACCTTCAAGCAGTCAGAGCAACCTTTCCTCCTCCATCCACCACAGCA
GCAGCAGCAGCAGCAGCGTCTCTCTCTCTCGTTCCCTTCTCCTACCACCACAAGCTCCCA
ATCAAAGAATCAGGTTTAAGTTAATAAAATGGCAGAGACAACTACTCAGATGGAAGTCGA
GATCGCGACAACAGAACCTGCTGCTTCCTTACCGACAAAACCAATCTTCAAGCCTCTGAA
AGCTCACGAGATGTCCGACGGCAAAGTCCAGTTCCGAAAAATCCCCGTCCCTCCCAACCG
TTACACCCCTCTCAAGAAAGCCTGGCTAGACATCTACACGCCCGTCTACGACCAGATGAA
AGTCGACATAAGGATGAACCTCAAGTCACACAAAGTCGAGCTCATGACACGAGCCGACAC
CCCAGACGTCAGCAACCTCCAGAAGTCCGCCGACTTCGTCCACGCGTTCATGCTCGGGTT
CGACATCCCCGACGCCGTGGCGCTGCTGAGGATGGACGAGCTTTACGTTGAGTCGTTTGA
GATCAAGGACGTGAAGACGTTGAAAGGGGAGCATCTGTCGAGGGCGATTGGGAGGTTGTC
GGGGAAAGGAGGGAAGACGAGGTTTGCGATTGAGAACTCGACCAAGACGAGGATTGTGAT
TGCGGATACGAGGATTCATATCTTGGGTGCTTTTACTAATATTAAGGTTGCGAGGAGCTC
TCTTTGCAGTCTTATTATGGGTTCCCCTGCTGGCAAGGTTTACTCCAAGCTTAGAAACGT
CTCTGCTAGATTATCTGAATAGTGTTTCTGATGATAATCTCGTTTTTTTGTGGGAATGTT
TACTTGAGTTTTGTTTGAGCTGTCATCACTTGTATTGGCATCAAAAATACAATCC


BQ
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AF RR1FS12TF U 1
AF RR1FS12JQ C 244
BS 1 700 RR1FS12TF
BS 701 895 RR1FS12JQ

RD RR1FS12TF 700 0 0
GAAAGCTTTAAAAACCTTCAAGCAGTCAGAGCAACCTTTCCTCCTCCATCCACCACAGCA
GCAGCAGCAGCAGCAGCGTCTCTCTCTCTCGTTCCCTTCTCCTACCACCACAAGCTCCCA
ATCAAAGAATCAGGTTTAAGTTAATAAAATGGCAGAGACAACTACTCAGATGGAAGTCGA
GATCGCGACAACAGAACCTGCTGCTTCCTTACCGACAAAACCAATCTTCAAGCCTCTGAA
AGCTCACGAGATGTCCGACGGCAAAGTCCAGTTCCGAAAAATCCCCGTCCCTCCCAACCG
TTACACCCCTCTCAAGAAAGCCTGGCTAGACATCTACACGCCCGTCTACGACCAGATGAA
AGTCGACATAAGGATGAACCTCAAGTCACACAAAGTCGAGCTCATGACACGAGCCGACAC
CCCAGACGTCAGCAACCTCCAGAAGTCCGCCGACTTCGTCCACGCGTTCATGCTCGGGTT
CGACATCCCCGACGCCGTGGCGCTGCTGAGGATGGACGAGCTTTACGTTGAGTCGTTTGA
GATCAAGGACGTGAAGACGTTGAAAGGGGAGCATCTGTCGAGGGCGATTGGGAGGTTGTC
GGGGAAAGGAGGGAAGACGAGGTTTGCGATTGAGAACTCGACCAAGACGAGGATTGTGAT
TGCGGATACGAGGATTCATATCTTGGGTGCTTTTACTAAT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1FS12JQ 652 0 0
TCACGAGATGTCCGACGGCAAAGTCCAGTTCCGAAAAATCCCCGTCCCTCCCAACCGTTA
CACCCCTCTCAAGAAAGCCTGGCTAGACATCTACACGCCCGTCTACGACCAGATGAAAGT
CGACATAAGGATGAACCTCAAGTCACACAAAGTCGAGCTCATGACACGAGCCGACACCCC
AGACGTCAGCAACCTCCAGAAGTCCGCCGACTTCGTCCACGCGTTCATGCTCGGGTTCGA
CATCCCCGACGCCGTGGCGCTGCTGAGGATGGACGAGCTTTACGTTGAGTCGTTTGAGAT
CAAGGACGTGAAGACGTTGAAAGGGGAGCATCTGTCGAGGGCGATTGGGAGGTTGTCGGG
GAAAGGAGGGAAGACGAGGTTTGCGATTGAGAACTCGACCAAGACGAGGATTGTGATTGC
GGATACGAGGATTCATATCTTGGGTGCTTTTACTAATATTAAGGTTGCGAGGAGCTCTCT
TTGCAGTCTTATTATGGGTTCCCCTGCTGGCAAGGTTTACTCCAAGCTTAGAAACGTCTC
TGCTAGATTATCTGAATAGTGTTTCTGATGATAATCTCGTTTTTTTGTGGGAATGTTTAC
TTGAGTTTTGTTTGAGCTGTCATCACTTGTATTGGCATCAAAAATACAATCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL6081Contig1 1034 2 2 U
GGCTGGAGATCCTTTCTCGTCTCGTTAGCAAACAGATATGGAAATATCCGAAACTGTGGG
TAGGATTCTTGAAATGTGCACAGTCAACACAGCCTCAATCATACAAGGTCTTACTACAGC
TTCCTCCAACTCAGCTGGGAAATGCATTGACTAAAATCTCGGCTTTAAGAGCTCCTCTGG
CCGCGCATGCCAGCCAGCCAGATATTCAGTCTTCACTTCCAAGATCTACATTGTCTGTTC
TTGGACTTGTCCCTGATTCTCAGGGAACACAGACGAGTCAAGTACAAGCGAGTGAAACAC
AAGAGAGTCAGGTACAAGCGAGTGAGACCCAAGAGAGTCAGGTGCAAGCGAGTGAAACAC
AAGAGAGTCAAGTACAAGCGAGTGAAACACAAGAAAGTCAGATGCAAGCGAGTGAAACAC
AAGAGAGTAAGATGCAAGCGAGTGAGACACAAGAGAGTCCGGGAGAGCAGCAAGCAAGCG
AGTCACAAGAGCAAACGAGCCAGTCTCAGCAAGTCTCTGTACCGTTGAGTCACTCTGAAA
CAGATCATAATTAGGAAATCAGTCAGGTGGTTGCCAGTCATTCTCAAAGCAGTCCTATTG
GTACGGGCCGGTCAGATACGAGTCAGTCTCAGAGCAGTCCCGTTGGTACGGGGCAGTCTG
AAATGAGTCAGACCACCCATGTGTCGGACTCGGATCCTCCTCCAGCACCAACGAGCCACA
CCCATACATCATCAGATTCTCAAGTGTCGGACCAGAGAGAGCCCGATGATGAGAAGATGG
AGGACACCGCAACCTCAGAAAACGAGAGGTCCGAAGTTGAGAAGTCAAAAGAGTCTTCTG
GAGAAGAAGAAGACCGAGTGTAACCTTTTCCGACATGTATTGGTAGCATTTTTTAAAGGA
TTTTATTTTATTTTAAATGAATTTTGTAGAATTAAATTAAAGATGTCACTGTATCATTAG
CGATTGTAATGTTTTCTTGATTCAAAGACCAATAAAAAGAAGAAAATAAATAGACACGGA
TGAGATTGCTTCAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CF15TF U 1
AF RR1CF15JQ C 284
BS 1 732 RR1CF15TF
BS 733 1034 RR1CF15JQ

RD RR1CF15TF 732 0 0
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TTGGACTTGTCCCTGATTCTCAGGGAACACAGACGAGTCAAGTACAAGCGAGTGAAACAC
AAGAGAGTCAGGTACAAGCGAGTGAGACCCAAGAGAGTCAGGTGCAAGCGAGTGAAACAC
AAGAGAGTCAAGTACAAGCGAGTGAAACACAAGAAAGTCAGATGCAAGCGAGTGAAACAC
AAGAGAGTAAGATGCAAGCGAGTGAGACACAAGAGAGTCCGGGAGAGCAGCAAGCAAGCG
AGTCACAAGAGCAAACGAGCCAGTCTCAGCAAGTCTCTGTACCGTTGAGTCACTCTGAAA
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GTACGGGCCGGTCAGATACGAGTCAGTCTCAGAGCAGTCCCGTTGGTACGGGGCAGTCTG
AAATGAGTCAGACCACCCATGTGTCGGACTCGGATCCTCCTCCAGCACCAACGAGCCACA
CCCATACATCAT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1CF15JQ 751 0 0
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GCAAGCGAGTGAAACACAAGAGAGTCAAGTACAAGCGAGTGAAACACAAGAAAGTCAGAT
GCAAGCGAGTGAAACACAAGAGAGTAAGATGCAAGCGAGTGAGACACAAGAGAGTCCGGG
AGAGCAGCAAGCAAGCGAGTCACAAGAGCAAACGAGCCAGTCTCAGCAAGTCTCTGTACC
GTTGAGTCACTCTGAAACAGATCATAATTAGGAAATCAGTCAGGTGGTTGCCAGTCATTC
TCAAAGCAGTCCTATTGGTACGGGCCGGTCAGATACGAGTCAGTCTCAGAGCAGTCCCGT
TGGTACGGGGCAGTCTGAAATGAGTCAGACCACCCATGTGTCGGACTCGGATCCTCCTCC
AGCACCAACGAGCCACACCCATACATCATCAGATTCTCAAGTGTCGGACCAGAGAGAGCC
CGATGATGAGAAGATGGAGGACACCGCAACCTCAGAAAACGAGAGGTCCGAAGTTGAGAA
GTCAAAAGAGTCTTCTGGAGAAGAAGAAGACCGAGTGTAACCTTTTCCGACATGTATTGG
TAGCATTTTTTAAAGGATTTTATTTTATTTTAAATGAATTTTGTAGAATTAAATTAAAGA
TGTCACTGTATCATTAGCGATTGTAATGTTTTCTTGATTCAAAGACCAATAAAAAGAAGA
AAATAAATAGACACGGATGAGATTGCTTCAG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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TGATGATGGTGATGAGAAGATCATTTGAGAAGTGTCTTGACTATGGCTTTGACATTGAGC
TTCTTCAGGTCAGTGTAAGACTGGCCACAACCCACGAACATAACCGGTGCTCCCGATATG
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ATTCCATCAATCAATCTTGTGGTCCCAGAATTGGAGAGATCCGAAAGTTTCTGATTAAAC
TTTGAGAGCTGATCAACTGCATCGTTTCCAACAAGAGCTTCACCGACAAACAAGACCAGG
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AACCT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1DH10JQ U 2
AF RR1GT51JQ U 1
BS 1 307 RR1GT51JQ
BS 308 308 RR1DH10JQ
BS 309 665 RR1GT51JQ

RD RR1DH10JQ 467 0 0
A
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CGAAATAGTATTTTCGAGTTTTAAGGAAACAACATCAAAAACCATAACAAAAACTCAAGA
TAAAGTATGATGGATAAGACATTGATAGAAATGATGGTTTGGTTGATGAAGATAGTGATG
ATGATGGTGATGAGAAGATCATTTGAGAAGTGTCTTGACTATGGTTTTGACATTGAGCTT
CTTCAGGTCAGTGTAAGACTGGCCACAACCCACGAACATAACCGGTGCTCCCGATATGTA
AACCACCGATAACGCTGCTCCAACCTTATCGTCAATGGTATCGAACTTTGTCAGTAAGAT
TCCATCAATCAATCTTGTGGTCCCAGAATTGGAGAGATCCGAAAGTTTCTGATTAAACTT
TGAGAGCTGATCAACTGCATCGTTTCCAACAAGAGCTTCACCGACA

QA 2 467 2 467
DS 

RD RR1GT51JQ 665 0 0
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GATAAAGTATGATGGATAAGACATTGATAGAAATGATGGTTTGGTTGATGAAGATAGTGA
TGATGATGGTGATGAGAAGATCATTTGAGAAGTGTCTTGACTATGGCTTTGACATTGAGC
TTCTTCAGGTCAGTGTAAGACTGGCCACAACCCACGAACATAACCGGTGCTCCCGATATG
TAAACCATCGATAACGCTGCTCCAACCTTATCGTCAATGGTATCGAACTTTGTCAGTAAG
ATTCCATCAATCAATCTTGTGGTCCCAGAATTGGAGAGATCCGAAAGTTTCTGATTAAAC
TTTGAGAGCTGATCAACTGCATCGTTTCCAACAAGAGCTTCACCGACAAACAAGACCAGG
TCTGGTTTATTGAGGTTAATGAGCTTTGAGAGAGCTCTCATCAAAGGCTCATTATCCTGC
ATCCGACCAGCTGTGTCAACAAGAACAACATCGGATCCATTCCGAGTTGCTTCCTGTATG
GCTTCCTTAGCAACTACTGCTGGATCCTTTTCATAACCCTTCTCAAATATCGGTATCTGT
AACCT

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL6083Contig1 1223 2 10 U
GGGCACACGAATTTTCAAATCTCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTTTCCTCGTAGA
TCCCTCTGTTTCCCTTTCTGTCTTTCGAATCTGAAGATCATGTGTGAGAACGCCATGTCA
GGTCATCTCAAGAAACTAACGATCGACACAGGACGTTCGGAGACACTCGTGGTCTGTTTC
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GCTTTCAAGAAAGCTCCAGGAGGTGCACCTGCTAATGTTGCTGTTGGTGTCTCTAGACTC
GGTGGCTCCTCTGCTTTCATTGGAAAGGTTGGTGATGATGAGTTTGGAAAAATGTTAGCT
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ACTGCTCTCGCCTTTGTTACGCTAAGAGCTGATGGAGAGAGGGAGTTTCTGTTCTTCAGA
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GCCAAGATCTTTCATTACGGATCAATCAGTTTGATCAAGGAACCTTGCCGATCGACTCAT
CTCGCAGCCATGAATATCGCTAAAGCCGCAGGGAGTCTCTTGTCGTATGACCCAAACTTG
AGGTTACCATTGTGGCCATCAGAGGAAGCTGCAAGGAAAGAGATCATGAGTATCTGGCAT
CTAGCAGATGTTATAAAGATCAGTGAGGACGAGATTACATTCCTGACTGGTGGAGATGAT
CCTTATAGTGATGAAGTTGTGTTGCAAAAGCTGTTTCATCCAAATCTTAAGCTTCTTGTT
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GGAGTGAAAGTGAAAGCGGTTGACACAACAGGTGCAGGAGATGCATTCGTGAGCGGTCTT
TTGAACAGCTTAGCTTCTTATCTCACTCTTCTCACTGATGAGAAGAAGCTAAGAGATGCG
CTTCTATTCGCAAGCGCTTGTGGAGCCATCACAGTAACAGAGAGAGGAGCTATTCCAGCG
ATGCCCACAATGGATGCTGTTCAAGAACTTGTCAAATCTTCTCGCTCCTGAAAATGCTCA
TAAAGCCTCTTTTGAGTGATATCAGTTCCATTCTCTTTCTCACTGTATCTTTGTTTTTTT
TTCCTCTCTCCTTTTCCCAATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C365TF U 1
AF RR1AO32TF U 506
BS 1 662 RR1C365TF
BS 663 663 RR1AO32TF
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CCTTATAGTGATGAA

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DS 

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G
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ACTTGTCAAATCTTCTCGCTCCTGAAAATGCTCATAAAGCCTCTTTTGAGTGATATCAGT
TCCATTCTCTTTCTCACTGTATCTTTGTTTTTTTTTCCTCTCTCCTTTTCCCAATTT

QA 2 718 2 718
DS 



AS 1 2

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TCTAAAAAACTAGTCTTTTTGGGGTTTTAGTTGGTATCGTCGGAAGAGAGATAAAAATGT
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AGCTTTTTTAATATGATGGCTAAATTAATATTGTATATAGCAAAAAATTAACAACGTAGG
GTCCAATTGCATGTATCGACCAATTGGGACACCGATTTTCTTATCTAAAATTACAGAGAA
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ATAGTTCTTGATTCCGATCTACATAATCACCCCACTAAACTTAGGATAATGTGTTTGTGG
GGGTGGTGTGTGGACCCCAAACAATAATGAAAGAGTGTGTCTAGATTTACTTAAGAAAAA
TATATTATTTGCTACATCATCATAGGTAACTGCTATAAAGTACATGGATCCTAATTGTGT
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GTAAAAAAAATATAAATATCTTTAGTACTTATCCAAGCAAAGATCCCAATGGTTAAAAAG
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TCACC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1G218TF U 1
AF RR1G218JQ C 244
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BS 646 719 RR1G218TF
BS 720 965 RR1G218JQ

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TCTAAAAAACTAGTCTTTTTGGGGTTTTAGTTGGTATCGTCGGAAGAGAGATAAAAATGT
TGGGAATTTTCAGCGGAGCTATAGTATCTTTGCCGGAAGAGCTGGTGGCCGCCGGGAACC
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CCTCCGCCGTGTCCGTACAGGTCGGCGACTATGTGCAGCTTGCGTACAGCCACCACAAAG
AGAGTCCTCTCCGGCCAAGGTGAGTCGCGCCGTTAATTTGTTTATTTTCATTTCTCGTTG
GAATCAGCTCCACGATGTTTCCAAAGTTTTTACCGTGGGACGGGGGTGAAATCATCGTCA
AGCTTTTTTAATATGATGGCTAAATTAATATTGTATATAGCAAAAAATTAACAACGTAGG
GTCCAATTGCATGTATCGACCAATTGGGACACCGATTTTCTTATCTAAAATTACAGAGAA
GATAAGGAGTTAGTGAATATCATTAATTATACTTAATCGTTTAGATAATACACGCTTTAT
ATAGTTCTTGATTCCGATCTACATAATCACCCCACTAAACTTAG*ATAATGTGTTTGTGG
GGGTGGTGTGTGGACCCCAAACAATAATGAAAGAGTGTGTCTAGATTTACTTAAGAAAA
T

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1G218JQ 722 0 0
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GTCCTCTCCGGCCAAGGTGAGTCGCGCCGTTAATTTGTTTATTTTCATTTCTCGTTGGAA
TCAGCTCCACGATGTTTCCAAAGTTTTTACCGTGGGACGGGGGTGAAATCATCGTCAAGC
TTTTTTAATATGATGGCTAAATTAATATTGTATATAGCAAAAAATTAACAACGTAGGGTC
CAATTGCATGTATCGACCAATTGGGACACCGATTTTTTTATCTAAAATTACAGAGAAGAT
AAGGAGTTAGTGAATATCATTAATTATACTTAATCGTTTAGATAATACACGCTTTATATA
GTTCTTGATTCCGATCTACATAATCACCCCACTAAACTTAGGATAATGTGTTTGTGGTG*
TGGTGTGTGGACCCCAAACAATAATGAAAGAGTGTGTCTAGATTTACTTAAGAAAAATAT
ATTATTTGCTACATCATCATAGGTAACTGCTATAAAGTACATGGATCCTAATTGTGTGGA
TGGATTCATATACGGAAATTACGATTTAAAATAGGGATAATAGCCTTAATTTTTTTTGTA
AAAAAAATATAAATATCTTTAGTACTTATCCAAGCAAAGATCCCAATGGTTAAAAAGGAT
ACTTTAAAATTTTGTATGTATCCTGGTGTGTTTTTGTTTGTTCATCAGATAATTTATTCA
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL6085Contig1 1042 2 2 U
AGCCCTCATATGAGTATGCTAAATGTTATGGATGATTTGAGGCTTTAAGCCCTCATCTGT
ATCTTATACGTTTGCTTGAAAAGTAATTGATTCTGATCAGGCTTGTGGTTTAGTCGTTTA
GATTATGTCTGTCTGGTATGAAATGCGTGGAATATAGAAAACGGCATGACTTATAGACTA
CTAACTCTTGCCCAAAAATGAGTATGCTAAATGTTATGGATGATTTGAGGCTTTAATCCC
TATAGAGAGTTAACGACATTGCGATTGGTTAGAAAATTAGGACGCTAATGCACTCACTCA
CTGCGGCGCAACTCTTTGTAAGATAAACTCACATAAATACTTCTGGGAGCTTATCTTTTA
CTTCGGACAATGACTTTCTTTCTTTTTTCAGTTTCAAGTTATGTATGGGTCACAATATAC
TTGTCTCCAATTTCTATAACTCATAGCAGAACTATGAGATATGTTCTAATATGTCTCTCC
CGGAAACATAGATTTCTAGCTGATTGTATGCTCTTCCGGGTAACTTCGAAGTGTGATCTA
CTTCTCACATATTGGAAGCCACATACATTTGTGACAGTTCCTCCTTTTCCTTATAATATG
AGAACTATCATATTTTTAAAGCATTATGTGTTTTGCTGCTCTCTTATTTGTTACTTATGA
GTCTCAATTTCTATGGTTTGATAAACCACTCTTACCATATATATACGTATGGCTGTTTTG
CAATGGCATGTTATCTAGAAAAGAGCACAAAGAAGTAAAATGTACTTTGCCATTATATTT
AATTTCAAATCATCATCATACTAACCGATTTTCTGCATTTCATCATCGATGACTCAAAAA
TCAAACCCCCATCTTTCTCTGTCTTTATAAATATATAAAGATTATATTATATGAACTTGT
AACTTTGTTCCTCCTATTTATAAGTTTGATATGATACAAGAACATGTATCTGCGATATTT
AGTCTTGCTATCTTTTACTGTTGTGACTCACCGGCATACCTATCTACCCTGCAACAAACC
AGAAACAGGTTCCCAACTAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D760TF U 1
AF RR1D760JQ C 539
BS 1 675 RR1D760TF
BS 676 1042 RR1D760JQ

RD RR1D760TF 675 0 0
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CTGCGGCGCAACTCTTTGTAAGATAAACTCACATAAATACTTCTGGGAGCTTATCTTTTA
CTTCGGACAATGACTTTCTTTCTTTTTTCAGTTTCAAGTTATGTATGGGTCACAATATAC
TTGTCTCCAATTTCTATAACTCATAGCAGAACTATGAGATATGTTCTAATATGTCTCTCC
CGGAAACATAGATTTCTAGCTGATTGTATGCTCTTCCGGGTAACTTCGAAGTGTGATCTA
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AGAACTATCATATTTTTAAAGCATTATGTGTTTTGCTGCTCTCTTATTTGTTACTTATGA
GTCTCAATTTCTATG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1D760JQ 504 0 0
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TGAGAACTATCATATTTTTAAAGCATTATGTGTTTTGCTGCTCTCTTATTTGTTACTTAT
GAGTCTCAATTTCTATGGTTTGATAAACCACTCTTACCATATATATACGTATGGCTGTTT
TGCAATGGCATGTTATCTAGAAAAGAGCACAAAGAAGTAAAATGTACTTTGCCATTATAT
TTAATTTCAAATCATCATCATACTAACCGATTTTCTGCATTTCATCATCGATGACTCAAA
AATCAAACCCCCATCTTTCTCTGTCTTTATAAATATATAAAGATTATATTATATGAACTT
GTAACTTTGTTCCTCCTATTTATAAGTTTGATATGATACAAGAACATGTATCTGCGATAT
TTAGTCTTGCTATCTTTTACTGTTGTGACTCACCGGCATACCTATCTACCCTGCAACAAA
CCAGAAACAGGTTCCCAACTAGTT

QA 1 504 1 504
DS 



AS 1 2

CO CL6086Contig1 1092 2 2 U
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ACTCGTCCCCTGAAGCTTACGCACACGACCCAGAAAACAGAAAGATTGGGAGTGCGATGC
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GGGGAAAACCGATATCCAACAGCTGTTACTTGAAGAGGGGTTCAGGTGTCCAACCTCCGC
TTTGTCCTTCTGGAGATGACCCAGATGCAACTTGGAACGTTTCCATGAAAGCTTGCATAA
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GACTGACAGCTCCTCCACCACGTCTTGAGGAAGTCGGTGTCACTCCCGAGCAATTCCGTG
AAGATACGGAAACATGGCGGTATAGAGTGATGGAGTACTGGAAACTGCTTAAACCAATGG
TGCAAAAGAACTCCATAAGAAACGTGATGGACATGAGCTCAAACCTCGGCGGTTTTGCAG
CTGCTCTAAACGATAAAGATGTATGGGTAATGAACGTCATACCCGTACAATCCCAACCGA
GAATGAAGATCATCTACGACCGTGGCCTTATCGGAGCCACTCATGATTGGTGTGAAGCCT
TCAACACATACCCACGAACATTTGACCTTATCCACGCGTGGAACACATTCACAGAAACCG
AAGCACGTGGATGCAGCATCGAAGATCTGCTTATCGAGATAGACAGGATACTACGGCCAG
AAGGATTTGTCATAATTCGTGACACATCAGAGAATATTAGCTACATCAAGAAGTATCTGA
CATTGTTGAAATGGGACAAATGGTTCACAGAGACGACTCCAAAAGGTGACTCTCTGTCGA
CCAAAGACGAGAGAGTTTTGATAGCCAGAAAGAAACTTTGGAGCGTTGCGGCCATTTCAG
AGTCGTGAAAGGTTTGCTTATCTTGCAAGCCATCTATCTACTTGATATGAGGAACTTTAA
ATTACAAAAAATTCATACGTAGTTATGATTTTGATTTTGTTGTAGGAAAAATGCTAAATC
TTCTTATTTTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E460TF U 1
AF RR1E460JQ C 549
BS 1 684 RR1E460TF
BS 685 1092 RR1E460JQ

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ACTCGTCCCCTGAAGCTTACGCACACGACCCAGAAAACAGAAAGATTGGGAGTGCGATGC
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GGGGAAAACCGATATCCAACAGCTGTTACTTGAAGAGGGGTTCAGGTGTCCAACCTCCGC
TTTGTCCTTCTGGAGATGACCCAGATGCAACTTGGAACGTTTCCATGAAAGCTTGCATAA
CACCGTACTCAGTGCGGATGCATAAAGAAAGATGGAGTGGGCTTGTTCCCTGGCCACGGA
GACTGACAGCTCCTCCACCACGTCTTGAGGAAGTCGGTGTCACTCCCGAGCAATTCCGTG
AAGATACGGAAACATGGCGGTATAGAGTGATGGAGTACTGGAAACTGCTTAAACCAATGG
TGCAAAAGAACTCCATAAGAAACGTGATGGACATGAGCTCAAACCTCGGCGGTTTTGCAG
CTGCTCTAAACGATAAAGATGTATGGGTAATGAACGTCATACCCGTACAATCCCAACCGA
GAATGAAGATCATCTACGACCGTGGCCTTATCGGAGCCACTCATGATTGGTGTGAAGCCT
TCAACACATACCCACGAACATTTG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1E460JQ 544 0 0
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ATCATCTACGACCGTGGCCTTATCGGAGCCACTCATGATTGGTGTGAAGCCTTCAACACA
TACCCACGAACATTTGACCTTATCCACGCGTGGAACACATTCACAGAAACCGAAGCACGT
GGATGCAGCATCGAAGATCTGCTTATCGAGATAGACAGGATACTACGGCCAGAAGGATTT
GTCATAATTCGTGACACATCAGAGAATATTAGCTACATCAAGAAGTATCTGACATTGTTG
AAATGGGACAAATGGTTCACAGAGACGACTCCAAAAGGTGACTCTCTGTCGACCAAAGAC
GAGAGAGTTTTGATAGCCAGAAAGAAACTTTGGAGCGTTGCGGCCATTTCAGAGTCGTGA
AAGGTTTGCTTATCTTGCAAGCCATCTATCTACTTGATATGAGGAACTTTAAATTACAAA
AAATTCATACGTAGTTATGATTTTGATTTTGTTGTAGGAAAAATGCTAAATCTTCTTATT
TTCG

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

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TCAAAGACTTTGATTCTGCTGGGTGTCTTTGCATTTCTTCTCGTAGTCTCAGAAATGACC
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GGCCATGGTGGAAATGGAGGTTACAACGGAGGAGGAGGATACAACAGAGGAGGAGGAGGA
CACAACGGAGGTGGAGGATACAACGGAGGAGGAGGATACAACAGAGGAGGAGGAGGACAC
AACGGAGGTGGAGGATACAACGGGGGAGGAGGATACAAGGGAGGAAGAGGTGGATACAAC
GGAGGTGGAGGATATAAGGGAGGAAGAGGAGGTCACGGGGGACACGGAGGAAGAGGAGGT
CATGGCGGACACGGTGCAGAAGCTGTTCAGACTCAGCCTGGCAACTAAATCTATCAATAT
TTTAACGACCATGTATGATTTCATCTCTGTATGCACGTATGTATGTGTATGACTATAAGT
AAAACCATGGCGAGTTTTAAATGAAGTTACTTAAGTTAAATAAAAGAAATTAGGTAAATA
AATGTTCTCAATGTAATGTCTCTATGTTCGAGTTGTAATATGCACTCTTTGCAAAAATAA
AATCGTTTGTAGTTTATGTTGGGATCAAATTATAAAAGAATGGCCCCTTGTCTT


BQ
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AF RR1GY60TF U 1
AF RR1GY60JQ C 249
BS 1 714 RR1GY60TF

RD RR1GY60TF 714 0 0
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CACAACGGAGGTGGAGGATACAACGGAGGAGGAGGATACAACAGAGGAGGAGGAGGACAC
AACGGAGGTGGAGGATACAACGGGGGAGGAGGATACAAGGGAGGAAGAGGTGGATACAAC
GGAGGTGGAGGATATAAGGGAGGAAGAGGAGGTCACGGGGGACACGGAGGAAGAGGAGGT
CATGGCGGACACGGTGCAGAAGCTGTTCAGACTCAGCCTGGCAACTAAATCTATCAATAT
TTTAACGACCATGTATGATTTCATCTCTGTATGCACGTATGTATGTGTATGACTATAAGT
AAAACCATGGCGAGTTTTAAATGAAGTTACTTAAGTTAAATAAAAGAAATTAGGTAAATA
AATGTTCTCAATGTAATGTCTCTATGTTCGAGTTGTAATATGCACTCTTTGCAAAAATAA
AATCGTTTGTAGTTTATGTTGGGATCAAATTATAAAAGAATGGCCCCTTGTCTT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1GY60JQ 466 0 0
AAA
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ATATAAGGGAGGAAGAGGAGGTCACGGGGGACACGGAGGAAGAGGAGGTCATGGCGGACA
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TGTATGATTTCATCTCTGTATGCACGTATGTATGTGTATGACTATAAGTAAAACCATGGC
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TGTAATGTCTCTATGTTCGAGTTGTAATATGCACTCTTTGCAAAAATAAAATCGTTTGTA
GTTTATGTTGGGATCAAATTATAAAAGAATGGCCCCTTGTCTT

QA 4 466 4 466
DS 



AS 1 2

CO CL6088Contig1 1336 2 14 U
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AATTGCTCTCGTCACGACACAGTCTCCTTCTTCCCCATGGCCTCCGTCGCGCTTCTTCGG
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GCCAACAAATGTAATCTCAAGATTGGGTTGCTTGATGCCGACGTGTACGGACCATCTGTT
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ATTGTGTGGAGAGGTCCTATGGTAATGAGTGCTCTTGCTAAGATGACAAGAGGAGTTGGT
TGGGGAGATCTTGATGTTCTTGTTGTTGATATGCCACCTGGAACCGGTGATGCTCAGATT
ACCATTTCCCAAAACCTTAAACTATCAGGTGCTGTTATTGTGTCCACTCCACAAGATGTT
GCGCTTGCTGATGCTAAAAGAGAATCTCCATGTTCGACAAAGTTAGAGTACCTATCTTGG
GACTTGTGGAGAACATGAGTTGCTTCGTTTGTCCTCATTGTAACGAAGCTTCTTTCATAT
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TTCCACTGGAAATGAAGATCAGAGAAGGTTCTGATGAAGGTGTTCCTGTGGTTGTTTCTT
CACCTGGTTCTGTAGTATCAAAAGCTTATGAAGATCTAGCTCAAAACGTGGTGAATAGGC
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CATCACAGAACAAGCCATGAGGACAAGAGGCATTATAAAACCAAAACCAAGTTTTGTCTT
GGTGCTTCACCTTCTCGGATTACAGTACCAAATAGAGAATGTTTTGCAGTTGCTGAGAGA
AGAACTTATCAGCAGAGGACAACAAAATAGAGCACTCTTTTTGAACAATGTGATGCGAAG
GAGATTTCATTTATTTGATAGGAAAATAATGAATGTAATTTAAAAGATTTTTGTCAAAAA
AATAATAATTCAATGCTGTTGAGTAAGATATGTTGAGATCACTTCACAATGTATGATGAG
ATCACCAAATTATATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CO27TF U 1
AF RR1CO27JQ C 622
BS 1 678 RR1CO27TF
BS 679 679 RR1CO27JQ
BS 680 683 RR1CO27TF
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BS 767 767 RR1CO27JQ
BS 768 785 RR1CO27TF
BS 786 1336 RR1CO27JQ

RD RR1CO27TF 785 0 0
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AATTGCTCTCGTCACGACACAGTCTCCTTCTTCCCCATGGCCTCCGTCGCGCTTCTTCGG
TCTCTTCTCCGCCGTGAAACCCACGCATCTTCCGTCTCTCCGTACAAATTCAGCTCTGCA
AGCGCCGGCGGGAGGACGACTGAGCTCCGGTTGACCGGAGTCAAAGATATAATCGCCGTT
GCGTCTGGTAAAGGCGGAGTTGGGAAGTCGTCCACTGCTGTTAACTTAGCTGTTGCATTA
GCCAACAAATGTAATCTCAAGATTGGGTTGCTTGATGCCGACGTGTACGGACCATCTGTT
CCCATCATGATGAGTATCAATCAAAAGCCTCAAGTTAACCAAGATATGAAGATGATTCCA
GTAGAGAACTATGGAGTTAAATGCATGTCAATTGGACTCCTTGTTGAGAAAGATGCACCT
ATTGTGTGGAGAGGTCCTATGGTAATGAGTGCTCTTGCTAAGATGACAAGAGGAGTTGGT
TGGGGAGATCTTGATGTTCTTGTTGTTGATATGCCACCTGGAACCGGTGATGCTCAGATT
ACCATTTCCCAAAACCTTAAACTATCAGGTGCTGTTATTGTGTCCACTCCACAAGATGTT
GCGCTTGCTGATGCTAAA*GAGA*TCTCCATGTTCGACAA*GTTAGAGTAC*TATCTTGG
GACTTGTGGAGAACATGAGTTGCTTCGTTTGTCCTCATTGTA*CGA*GCTTCTTTCATAT
TTGGG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1CO27JQ 715 0 0
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GAATCTCCATGTTCGACAAAGTTAGAGTACCTATCTTGGGACTTGTGGAGAACATGAGTT
GCTTCGTTTGTCCTCATTGTAACGAAGCTTCTTTCATATTTGGGAAAGAAGGAGCACGCA
AGATGACTGCAAAGAAGGGCTTGAAACTCATCGGTGAGATTCCACTGGAAATGAAGATCA
GAGAAGGTTCTGATGAAGGTGTTCCTGTGGTTGTTTCTTCACCTGGTTCTGTAGTATCAA
AAGCTTATGAAGATCTAGCTCAAAACGTGGTGAATAGGCTCAAGGAGCTACGGGATAATC
CAGAGAATGATATTCAGATGAAACTTAACGTTCCACACTCATCACAGAACAAGCCATGAG
GACAAGAGGCATTATAAAACCAAAACCAAGTTTTGTCTTGGTGCTTCACCTTCTCGGATT
ACAGTACCAAATAGAGAATGTTTTGCAGTTGCTGAGAGAAGAACTTATCAGCAGAGGACA
ACAAAATAGAGCACTCTTTTTGAACAATGTGATGCGAAGGAGATTTCATTTATTTGATAG
GAAAATAATGAATGTAATTTAAAAGATTTTTGTCAAAAAAATAATAATTCAATGCTGTTG
AGTAAGATATGTTGAGATCACTTCACAATGTATGATGAGATCACCAAATTATATC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL6089Contig1 644 2 4 U
GGACCAATCTCAGAATAAGAACACTACAATCTTCTTTCAAGGCTAAGAAAAATGGCTTTT
AGAAACTCTCTTGCCATCTTCTTTGCCTTGAACATCATCTTCTTCACAATAACAGAAGCC
GCCCGCTCTGGTTGTCCACCTGGGTCATACAAACCCAAGCCGCCTTCCCCAACCCCTCCA
GCCATCCAGACATGCCCAAAAGATACAATAAAGCTCGGTGTTTGTGTTAAGGCGCTTAAC
TTATTGAATGTGACATTAGGTGCTCCTCCAGTTAAACCGTGTTGCAGCCTCATTGACGGT
TTGGTCGATCTAGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGTACCGCGCTTAAAGCTAGCATTCTCGGC
ATCAACATTAACCTTCCAATCAACCTTAGCTTGCTTCTCAACGTTTGCAGCAGAAAGGCT
CCACGCGGCTTCCAATGCCCTTAATTTCTCAAACACGTCAAAATATTGCTAAATTCTGAA
TTTCTTGCTATGTTTCAATTTGGTCGAACTTTTGTTTGTGTTTCCTGTGTTTTTTTGTTA
TCTTCTCTTCTTTGAACTGGTGGATGAGGATAAGAAATGAGTTTGTTTTGTAATTTATTT
CAATTGTTTTGATGAATAAGATATAACACTTTCGGCGTTACGTT


BQ
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AF RR1FE21TF U 1
AF RR1AT58JQ C 172
BS 1 635 RR1FE21TF
BS 636 636 RR1AT58JQ
BS 637 642 RR1FE21TF
BS 643 644 RR1AT58JQ

RD RR1FE21TF 642 0 0
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AGAAACTCTCTTGCCATCTTCTTTGCCTTGAACATCATCTTCTTCACAATAACAGAAGCC
GCCCGCTCTGGTTGTCCACCTGGGTCATACAAACCCAAGCCGCCTTCCCCAACCCCTCCA
GCCATCCAGACATGCCCAAAAGATACAATAAAGCTCGGTGTTTGTGTTAAGGCGCTTAAC
TTATTGAATGTGACATTAGGTGCTCCTCCAGTTAAACCGTGTTGCAGCCTCATTGACGGT
TTGGTCGATCTAGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGTACCGCGCTTAAAGCTAGCATTCTCGGC
ATCAACATTAACCTTCCAATCAACCTTAGCTTGCTTCTCAACGTTTGCAGCAGAAAGGCT
CCACGCGGCTTCCAATGCCCTTAATTTCTCAAACACGTCAAAATATTGCTAAATTCTGAA
TTTCTTGCTATGTTTCAATTTGGTCGAACTTTTGTTTGTGTTTCCTGTGTTTTTTTGTTA
TCTTCTCTTCTTTGAACTGGTGGATGAGGATAAGAAATGAGTTTGTTTTGTAATTTATTT
CAATTGTTTTGATGAATAAGATATAACACTTTCGGTGTTACG

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1AT58JQ 473 0 0
ACCCCTCCAGCCATCCAGACATGCCCAAAAGATACAATAAAGCTCGGTGTTTGTGTTAAG
GCGCTTAACTTATTGAATGTGACATTAGGTGCTCCTCCAGTTAAACCGTGTTGCAGCCTC
ATTGACGGTTTGGTCGTTCTAGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGTACCGCGCTTAAAGCTAGC
ATTCTCGGCATCAACATTAACCTTCCAATCACCCTTAGCTTGCTTCTCAACGTTTGCAGC
AGAAAGGCTCCACGCGGCTTCCAATGCCCTTAATTTCTCAAACACGTCAAAATATTGCTA
AATTCTGAATTTCTTGCTATGTTTCAATTTGGTCGAACTTTTGTTTGTGTTTCCTGTGTT
TTTTTGTTATCTTCTCTTCTTTGAACTGGTGGATGAGGATAAGAAATGAGTTTGTTTTGT
AATTTATTTCAATTGTTTTGATGAATAAGATATAACACTTTCGGCGTTACGTT

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 2

CO CL6090Contig1 1188 2 2 U
GGGAGCTCCTCGCCGTCAGGGAATCCGACGTCCGTCGAAGCGCAACCGCCGTCATCATCA
TCCACATCGACAGCTGATGCGGAGGGTTCGTCGAAGAAGGTGAGGAAACCTTATACCATC
ACCAAGTCTAGGGAGAGCTGGACAGAGGAAGAGCACGACAAGTTCCTAGAAGCGCTTCAA
CTGTTTGATCGAGACTGGAAGAAGATAGAAGATTTCGTGGGTTCCAAGACTGTTATTCAG
ATAAGGAGTCATGCACAAAAATACTTTTTAAAGGTTCAGAAAAACGGGACGCTAGCACAC
GTTCCACCCCCTCGGCCTAAGCGCAAAGCTGCTCATCCTTATCCTCAAAAGGCATCCAAG
AACGCTCAAATGCAACTTCAAGTTTCCACTTCTTTTACTACGCGAAATAGCGACATGGCA
GAGGGATATACTTCGTGGGTTGACGTATCAATGATGCTAAACAGATTCATTTCACCACGA
CAGGAACTTTCTACACTTCATGGAGCAGAAGATGATATTGGGTCGAAGGGCTTATTAAAT
GTTAGTAGCCCTTCCACATCCGGTATGGGAAGCTCAAGCCGAACCATATCAGGTTCTGAG
ATTGTAATAAAACAGGCAGAGCAACCTCCACTGCTTCAAGGTGTACCTGATTTTGCTGAA
GTTTATAACTTCATTGGAAGTGTGTTTGATCCTGAAAAGAGAGGCCACGTGGAAAAGCTC
AAGGAAATGGATCCTGCCAATTTCGAAACTGTTCTGTTATTGATGAGAAACCTCACAGTT
AACTTATCAAACCCTGATTTGGAATCCGCAAGGAACGTACTCTCATCAGATGAGGTGAAC
AGCGAGATCCCAGGTGTTACCACTGGTTCCTTTGTCCACTCAACAAGCGACAAATCTGAT
TCATGAAGATATCAACCATCAGTTATCAACGTTGAATCGTCTATTTTCAATGTTAAATGA
ACTTTGAGCTATATACGTCACTAAGGAATCACAATCTTGTCAATGCGTCAAGTGAGGATT
GTGTAATAGGGAGTCAGCCCAATACGGTTTGTTATTGTTCTGAGGAGGAAACATGAGTGA
AGTTTTCATGCTTCATGTGAGTACAGTTCCGTGAATGGCATAGGTTTAATATATTTCATA
TACTGTCTAGAACAATAAAATTAGCATTATAAAATCTTCATAATCTAG


BQ
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AF RR1A414TF U 1
AF RR1A414JQ C 344
BS 1 802 RR1A414TF
BS 803 1188 RR1A414JQ

RD RR1A414TF 802 0 0
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TCCACATCGACAGCTGATGCGGAGGGTTCGTCGAAGAAGGTGAGGAAACCTTATACCATC
ACCAAGTCTAGGGAGAGCTGGACAGAGGAAGAGCACGACAAGTTCCTAGAAGCGCTTCAA
CTGTTTGATCGAGACTGGAAGAAGATAGAAGATTTCGTGGGTTCCAAGACTGTTATTCAG
ATAAGGAGTCATGCACAAAAATACTTTTTAAAGGTTCAGAAAAACGGGACGCTAGCACAC
GTTCCACCCCCTCGGCCTAAGCGCAAAGCTGCTCATCCTTATCCTCAAAAGGCATCCAAG
AACGCTCAAATGCAACTTCAAGTTTCCACTTCTTTTACTACGCGAAATAGCGACATGGCA
GAGGGATATACTTCGTGGGTTGACGTATCAATGATGCTAAACAGATTCATTTCACCACGA
CAGGAACTTTCTACACTTCATGGAGCAGAAGATGATATTGGGTCGAAGGGCTTATTAAAT
GTTAGTAGCCCTTCCACATCCGGTATGGGAAGCTCAAGCCGAACCATATCAGGTTCTGAG
ATTGTAATAAAACAGGCAGAGCAACCTCCACTGCTTCAAGGTGTACCTGATTTTGCTGAA
GTTTATAACTTCATTGGAAGTGTGTTTGATCCTGAAAAGAGAGGCCACGTGGAAAAGCTC
AAGGAAATGGATCCTGCCAATTTCGAAACTGTTCTGTTATTGATGAGAAACCTCACAGTT
AACTTATCAAACCCTGATTTGG

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1A414JQ 845 0 0
CTCAAAAGGCATCCAAGAACGCTCAAATGCAACTTCAAGTTTCCACTTCTTTTACTACGC
GAAATAGCGACATGGCAGAGGGATATACTTCGTGGGTTGACGTATCAATGATGCTAAACA
GATTCATTTCACCACGACAGGAACTTTCTACACTTCATGGAGCAGAAGATGATATTGGGT
CGAAGGGCTTATTAAATGTTAGTAGCCCTTCCACATCCGGTATGGGAAGCTCAAGCCGAA
CCATATCAGGTTCTGAGATTGTAATAAAACAGGCAGAGCAACCTCCACTGCTTCAAGGTG
TACCTGATTTTGCTGAAGTTTATAACTTCATTGGAAGTGTGTTTGATCCTGAAAAGAGAG
GCCACGTGGAAAAGCTCAAGGAAATGGATCCTGCCAATTTCGAAACTGTTCTGTTATTGA
TGAGAAACCTCACAGTTAACTTATCAAACCCTGATTTGGAATCCGCAAGGAACGTACTCT
CATCAGATGAGGTGAACAGCGAGATCCCAGGTGTTACCACTGGTTCCTTTGTCCACTCAA
CAAGCGACAAATCTGATTCATGAAGATATCAACCATCAGTTATCAACGTTGAATCGTCTA
TTTTCAATGTTAAATGAACTTTGAGCTATATACGTCACTAAGGAATCACAATCTTGTCAA
TGCGTCAAGTGAGGATTGTGTAATAGGGAGTCAGCCCAATACGGTTTGTTATTGTTCTGA
GGAGGAAACATGAGTGAAGTTTTCATGCTTCATGTGAGTACAGTTCCGTGAATGGCATAG
GTTTAATATATTTCATATACTGTCTAGAACAATAAAATTAGCATTATAAAATCTTCATAA
TCTAG

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 2

CO CL6091Contig1 870 2 8 U
GGACGAAAATCAATTCACCAAAGCAGAAAAAGATAGCGAGAGCATATTATACAATAGTAA
TACCTTTTCTAGGGAGAAGAAAGAAGAAATGGCGCAGTCGGTGATCGTGGATCGAAGGTT
CTGTGTTCCGGACCCCGTGGATCTGGCGATGGTGCGGGATAAGATTGCTTCACAGTACGG
TAACTTCGTTATAGGTGACGTTGACGGGAACATGCTGTTCCAGGTGAAAAAACCGGGGTT
TGGTCTTCACAAGAAGATGATCTTATTGGATAGTTCTGGATCTCCGGTCTTGACTATGAA
AGAGAAGACGATGACTTTGCATAACAGGTGGCAAGTATTTAAAGGAGGGAGTACGGAAGA
GTGTGATATGCTCTACACGGTGAAAAGATCGTCGATGGTTCAGCGTACAACGAAACTTGA
TGTGTTTTTGGGTCACAACAATGAAGAGAAGACATGCGATTTCAAAGTCAAAGGGACGAA
TTGGCTCGAACGCTCTTGTGTCGTCTACGCCGGTGGATCTGACGTCAATGTTGCCCAAAT
GCAGCACAAGAAGCACACGCGGCATACCGCTTTATCTGGAAATGACAGTTTCTCGGTGAC
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TGACCGGCAAGAGTCGCCCAAAGGAATAGGCTCTGATAATTTCGAGGCTGCACATGTTAC
ACAGGGTTTATTCCAATGATGGATTTTAAAAGAGTTTAAATCCAACGAAAATCTTTTGTT
ATTCAAATAATGATTCTAAATTATGTTATGTTTTAAAATTCAATTGTATTGAATCTTATA
TTTATAAATCATGCACCATATATTTAATCC


BQ
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AF RR1DN61TF U 1
AF RR1DN61JQ C 248
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BS 686 686 RR1DN61JQ
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RD RR1DN61TF 720 0 0
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TACCTTTTCTAGGGAGAAGAAAGAAGAAATGGCGCAGTCGGTGATCGTGGATCGAAGGTT
CTGTGTTCCGGACCCCGTGGATCTGGCGATGGTGCGGGATAAGATTGCTTCACAGTACGG
TAACTTCGTTATAGGTGACGTTGACGGGAACATGCTGTTCCAGGTGAAAAAACCGGGGTT
TGGTCTTCACAAGAAGATGATCTTATTGGATAGTTCTGGATCTCCGGTCTTGACTATGAA
AGAGAAGACGATGACTTTGCATAACAGGTGGCAAGTATTTAAAGGAGGGAGTACGGAAGA
GTGTGATATGCTCTACACGGTGAAAAGATCGTCGATGGTTCAGCGTACAACGAAACTTGA
TGTGTTTTTGGGTCACAACAATGAAGAGAAGACATGCGATTTCAAAGTCAAAGGGACGAA
TTGGCTCGAACGCTCTTGTGTCGTCTACGCCGGTGGATCTGACGTCAATGTTGCCCAAAT
GCAGCACAAGAAGCACACGCGGCATACCGCTTTATCTGGAAATGACAGTTTCTCGGTGAC
GGTTAAACCAAACATCGATTATGCCTTCATTGCCTCTCTCTTAGTCCTTTTTGATGTTGT
TGACCGGCAAGAGTCGCCCAAAGGA*TAG*CTCTGATAATTTCGAG*CTGCACATGTTAC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1DN61JQ 623 0 0
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ATGCTCTACACGGTGAAAAGATCGTCGATGGTTCAGCGTACAACGAAACTTGATGTGTTT
TTGGGTCACAACAATGAAGAGAAGACATGCGATTTCAAAGTCAAAGGGACGAATTGGCTC
GAACGCTCTTGTGTCGTCTACGCCGGTGGATCTGACGTCAATGTTGCCCAAATGCAGCAC
AAGAAGCACACGCGGCATACCGCTTTATCTGGAAATGACAGTTTCTCGGTGACGGTTAAA
CCAAACATCGATTATGCCTTCATTGCCTCTCTCTTAGTCCTTTTTGATGTTGTTGACCGG
CAAGAGTCGCCCAAAGGAATAGGCTCTGATAATTTCGAGGCTGCACATGTTACACAGGGT
TTATTCCAATGATGGATTTTAAAAGAGTTTAAATCCAACGAAAATCTTTTGTTATTCAAA
TAATGATTCTAAATTATGTTATGTTTTAAAATTCAATTGTATTGAATCTTATATTTATAA
ATCATGCACCATATATTTAATCC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL6092Contig1 999 2 2 U
GGGATTTCCCATCTGTATGTATTGTGAGTTTTGAGAGTAACATAACAAAAGTTGCAAGGG
TTTTCTGCTAAACAGCTAAAGTCATTGCGCGATGGATAGAGTTGAATCTTATATGTTTAA
TTTCTCCGGAGATCAGTCTTCTTCTGAGTCTTTCTCTTCTTCTTCGGCGTCTTCTTCAAT
TGGGAGGAACAGCGACGAAGAAGAAGAGTTTCACGGCGAGGGAGAAGAGAACAACGAAGC
TGAGTCTTCCTACAAAGGTCCTCTTGATCTGATGGAATCTCTAGAAGAAGTCTTGCCCGT
TAGGAAAGGGATATCGAACTATTACAGCGGGAAGTCCAAGTCTTTCACGAACTTAGCGGC
GGCTGCCTCGGCGTTGAGTTCCTCCTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAGCCGGAGAATCT
ATACAGCCGTCGTCGGAGGAATCTCCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAACAGCAAAACGAC
TCCACGCGGCGGGATCTCGAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGCTTTGACGCT
GGCCATGGCGGTCGCTGCTGGGGGTGATGGCGAGAGAAGGATCTTCTTCTTCCTCTTCTT
CGGGAGGAGATTCATCTTCTTCGCCGGGATCTTCAAGTCCGACGACGTCGGGATCTCCTC
CGAGGCAGAGACGTGGTGGTAGCAGTAGTCAGATGACGATGATGCTTCCTCCGCTGTATC
CTAGTAGAAGTCGAGAGTCTTTTGGGGATTTAAAGTCGACTCAGTCGTCGTCTTCGACGG
GTTTTTGTGCGTGGAGATCGTACTCGGTGGCGGATATTCCGAGGTCTTTTCCGGCGACGG
CTAGTGGTATTGGGTCCAGCGACTCGTAGGGATGTTAACAGTTGTTTTATTAAATGAAAT
CTATGTTTTAAAGTTTAACCCTTTTTAGTATTTTTTCTTTTTGGAGTAACGTCCGGAGAA
TGTATATACGAGTTTCAATCATATCTTTGAAATGGATCC


BQ
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AF RR1BA38TF U 567
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TGAGTCTTCCTACAAAGGTCCTCTTGATCTGATGGAATCTCTAGAAGAAGTCTTGCCCGT
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GGCTGCCTCGGCGTTGAGTTCCTCCTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAGCCGGAGAATCT
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TCCACGCGGCGGGATCTCGAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGCTTTGACGCT
GGCCATGGCGGTCGCTGCTGGGGGTGATGGCGAGAGAAGGATCTTCTTCTTCCTCTTCTT
CGGGAGGAGATTCATCTTCTTCGCCGGGATCTTCAAGTCCGACGACGTCGGGATCTCCTC
CGAGGCAGAGACGTGGTGGTAGCAGTAGTCAGATGACGATGATGC

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DS 

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G
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ATTTAAAGTCGACTCAGTCGTCGTCTTCGACGGGTTTTTGTGCGTGGAGATCGTACTCGG
TGGCGGATATTCCGAGGTCTTTTCCGGCGACGGCTAGTGGTATTGGGTCCAGCGACTCGT
AGGGATGTTAACAGTTGTTTTATTAAATGAAATCTATGTTTTAAAGTTTAACCCTTTTTA
GTATTTTTTCTTTTTGGAGTAACGTCCGGAGAATGTATATACGAGTTTCAATCATATCTT
TGAAATGGATCC

QA 2 433 2 433
DS 



AS 1 2

CO CL6093Contig1 1198 2 2 U
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TCATCTACAAGAGGAACAAGATGCAAGGGTTTCTAGCTCTTGACTTTGTTGACAGGTTCC
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TAATATTGTAAACTTTTGAGTTCAGTTCGAGTGTTAAAATGAAATTGTTTTTATTATT


BQ
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AF RR1BN32TF U 1
AF RR1BN32JQ C 429
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BS 655 1198 RR1BN32JQ

RD RR1BN32TF 654 0 0
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TTTACCACTTTTGGATGCTTTTCTCCCCGGCAAGCCCATAGCTGGAGTTGGAGTGTCTGA
GGTGATAGATTCCGATGATCCAGCTTTTGCAAAAGGAGATTTTGTTTGGGGAATCGTCGG
TTGGGAAGAGTATAGTACTGTTAACTCGTTTGGTAGATTCAGAACCGATGTCAATATCGA
TGTTCCACTCTCTTACTACACTGGAATACTAAGTGTGACAGGCTTGACTGCTTATGCTGG
CTTTTTCGAGATATGTTCACCTAAGAAAAGAGAGACAGTCTTTGTCTCTGCCGCTGCTGG
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QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1BN32JQ 770 0 0
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AGATATGTTCACCTAAGAAAAGAGAGACAGTCTTTGTCTCTGCCGCTGCTGGTGCCGTTG
GTCATCTCGTGGGTCAGTTTGCTAAGTTGATAGGCTGTTATGTTGTCGGAAGTGCCGGAA
GTAAACAAAAGGTGTTTACCACAAGGTATTGACATATACTTCGAGAACGTGGGAGGCAAA
ATGCTTGACTCGGTACTAATGAACATGAACGTACATGGACGCATCGCTGTGTGCGGTATG
ATATCTCAGTACCATATTGAAAGCAAAGAAGGTATTCAAAATCTACCGGTCGTCATCTAC
AAGAGGAACAAGATGCAAGGGTTTCTAGCTCTTGACTTTGTTGACAGGTTCCCTAAGTTC
TTGGATTATGTTGTTCCATATCTAAACGAAAGGAAGTTGGTATATATTGAAGACATTGTT
GAAGGACTAGAGAATGGTCCTGCTGCTCTTTTTCGACTCTTCCAGGGACAAAACATTGGG
AAGCAAGTTATTAAGATTGCTTGAGAGCGAGATGCATAGGTTGTCCATATGGTTAGACAT
TCATGTGGACTGCCAAATCTGTAATGTGTTTTCAGATTGTATTGGGTTCAGATAATATTG
TAAACTTTTGAGTTCAGTTCGAGTGTTAAAATGAAATTGTTTTTATTATT

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL6094Contig1 1123 2 4 U
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AACATACAGACGTTGGGAATATTGCGTATGCTGATGACAGACAAAACGGCTATTCGTCAG
GTCAAGATCATAAAGAAAACGAAGCATCATTGGCTGTTCAAGGCTCATATGGAACAAAGA
TTGAAGCTGTTACTAGAAGAATCTTATGGATCAAATCAAGTGACCCACAAGCGAAGGTTC
TTGTTTTCTCCAGCTGGAACGATGTTCTTGATGTGTTGGAACATGCCTTCGCTGCCAACG
GCATCACTTTCATCCGGATGAAAGGAGGAAGGAAATCACAGACGGCCATTCGCAAATTCA
AGGGGACAGAGAAAGAAGTCCAAAGGATCCAAGTCCTACTGCTTTTGGTGAAGGATGGTG
CCAATGGTCTTAATCTTCTGGAAGCACAGCATGTTATTCTAGTGGAGCCGCTTTTAAACC
CAGCTGCAGAGGCGCAAGCTGTTGGACGTGTTCACCGGATTGGACAAGACAAGCCTACTC
TAGTTCATCGATTTCTGGTAACGGGTACAGTGGAAGACAGCATCTACAAGCTGAACAGGA
GTAAGAACATAAACGTAAGCTCATTTAGCAGCAGGACTACAAAGAATCAAGATCAACGGA
ATCTGACACTAAGAGACCTCGAGTGTCTATTTGCTTCACCACCAGCAGAAGATGCAGAAT
ACGACGAGGGAGGTGGGCAGGAGAATCTGAGAGATCTACCGCCCTCAGTCGCTGCAGCTA
TAGCAGCCGAGAGGAGAATGAGTGAAAGTAATGCATCAACATCAACTACAAACACATCAT
GAAAGAGACTTGGTGGTTGTTGGAGCATCTTGTTGTTGTCTGTATATAAGATAGTGAAGA
GAGAAGTAGTCCAAAAGATGCACACTGCTTCTCTTTAGTGTTGTCTGCATTCATTATGGA
TACTTCTTTTACCTCTCAAACTCTTAGGTGGCTTATTATATTATTAGGGGTTTCATCAAA
TTTTAGTTTTTCTGCAAATCCTGTCTTATTGGATATCTTACTTATAAAAGTTCTAACAAA
TCCATGGTTATTGGATGTAGTAAACATTTTTTTCCATTTAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AL93TF U 1
AF RR1AL93JQ C 333
BS 1 744 RR1AL93TF
BS 745 745 RR1AL93JQ
BS 746 794 RR1AL93TF
BS 795 1123 RR1AL93JQ

RD RR1AL93TF 794 0 0
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TTGTTTTCTCCAGCTGGAACGATGTTCTTGATGTGTTGGAACATGCCTTCGCTGCCAACG
GCATCACTTTCATCCGGATGAAAGGAGGAAGGAAATCACAGACGGCCATTCGCAAATTCA
AGGGGACAGAGAAAGAAGTCCAAAGGATCCAAGTCCTACTGCTTTTGGTGAAGGATGGTG
CCAATGGTCTTAATCTTCTGGAAGCACAGCATGTTATTCTAGTGGAGCCGCTTTTAAACC
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ATCTGACACTAAGAGACCTCGAGTGTCTATTTGCTTCACCACCAGCAGAAGATGCAGAAT
ACGACGAGGGAGGTGGGCAGGAGA*TCTGAGAGATCTACCGCCCTCAGTCGCTGCAGCTA
TAGCAGCCGAGAGG

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1AL93JQ 791 0 0
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GTCCTACTGCTTTTGGTGAAGGATGGTGCCAATGGTCTTAATCTTCTGGAAGCACAGCAT
GTTATTCTAGTGGAGCCGCTTTTAAACCCAGCTGCAGAGGCGCAAGCTGTTGGACGTGTT
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GAAGACAGCATCTACAAGCTGAACAGGAGTAAGAACATAAACGTAAGCTCATTTAGCAGC
AGGACTACAAAGAATCAAGATCAACGGAATCTGACACTAAGAGACCTCGAGTGTCTATTT
GCTTCACCACCAGCAGAAGATGCAGAATACGACGAGGGAGGTGGGCAGGAGAATCTGAGA
GATCTACCGCCCTCAGTCGCTGCAGCTATAGCAGCCGAGAGGAGAATGAGTGAAAGTAAT
GCATCAACATCAACTACAAACACATCATGAAAGAGACTTGGTGGTTGTTGGAGCATCTTG
TTGTTGTCTGTATATAAGATAGTGAAGAGAGAAGTAGTCCAAAAGATGCACACTGCTTCT
CTTTAGTGTTGTCTGCATTCATTATGGATACTTCTTTTACCTCTCAAACTCTTAGGTGGC
TTATTATATTATTAGGGGTTTCATCAAATTTTAGTTTTTCTGCAAATCCTGTCTTATTGG
ATATCTTACTTATAAAAGTTCTAACAAATCCATGGTTATTGGATGTAGTAAACATTTTTT
TCCATTTAGAC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL6095Contig1 970 2 12 U
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GGTGGATTGGTGATGCTACACGTCTTGAAACAAAAGTCCTTCCTCTTGCTGATGCTAAAA
GAGCTGGAGCCATTGCAATGTTTGGTGAAAAATATGATGACGAGGTTCGTGTAGTAGAAG
TTCCTGGTGTCTCTATGGAACTGTGTGGTGGCACTCACGTTGGAAACACTGCGGAGATAA
GAGCCTTCAAGATTATCTCAGAACAGGGCATTGCCTCTGGAATCAGGCGTATCGAAGCAG
TTGCAGGTGAAGCATTCATTGAATACATAAACTCGCGAGATTCTCAAATGAAACGTCTAT
GCTCCACTCTCAAGGTGAAAGCAGAGGATGTTACAAACAGAGTTGATAATCTTTTGGAGG
AGTTGCGTACTGCTAGAAAAGAAGCATCAGACTTGCGCTCAAAAGCAGCGGTTTATAGAG
CATCTGTTATATCAAACAAAGCATTCACTGTCGGAACTTCACAGACAGTAAGAGTGCTGG
TTGAGTCGATGGATGACACAGATGCTGACCCTTTAAAGAGTGCAGCCGAGCATTTGGTAA
GCACACTTGAAGAACCAGTGGCTGTGGTACTAGGATCATGTCCAGACAAAGACAAGGTTA
GTTTAGTGGCTGCATTCAGTCCAGGAGTAGTGTCTCTGGGAGTTCAGGCAGGGAAGTTCA
TTGGTTCGATAGCTAAGTTGTGCGGAGGAGGAGGTGGTGGAAAGCCTAATTTCGCTCAAG
CGGGTGGCAGAAAGCCTGAGAATCTCTCGAGTGCATTGGAGAAAGCTCGGGAAGAACTTG
TGGCAACTCTATCTGAAAAGCTTGGGTGAAAGAACCAACTTGCTATATACATGGAATGAG
ATTGTACACATTTGCTTGGTCTTGGAAAAGTGAATCTCTCCCATAAGATGTAAAGAAATT
TGTTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH15TF U 1
AF RR1CH15JQ C 256
BS 1 656 RR1CH15TF
BS 657 657 RR1CH15JQ
BS 658 675 RR1CH15TF
BS 676 676 RR1CH15JQ
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BS 727 735 RR1CH15TF
BS 736 970 RR1CH15JQ

RD RR1CH15TF 743 0 0
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GAGCCTTCAAGATTATCTCAGAACAGGGCATTGCCTCTGGAATCAGGCGTATCGAAGCAG
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CATCTGTTATATCAAACAAAGCATTCACTGTCGGAACTTCACAGACAGTAAGAGTGCTGG
TTGAGTCGATGGATGACACAGATGCTGACCCTTTAAAGAGTGCAGCCGAGCATTTGGTAA
GCACACTTGAAGAACCAGTGGCTGTGGTACTAGGATCATGTCCAGACAAAGACAAG*TTA
GTTTAGTGGCTGCAT*CAGTCCAGGAGTAGTGTCTCTGGGAGT*CAGGCAGG*AAGTTCA
TTGGT*CGATAGCTA
GTGTCGAG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1CH15JQ 715 0 0
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TCATTGAATACATAAACTCGCGAGATTCTCAAATGAAACGTCTATGCTCCACTCTCAAGG
TGAAAGCAGAGGATGTTACAAACAGAGTTGATAATCTTTTGGAGGAGTTGCGTACTGCTA
GAAAAGAAGCATCAGACTTGCGCTCAAAAGCAGCGGTTTATAGAGCATCTGTTATATCAA
ACAAAGCATTCACTGTCGGAACTTCACAGACAGTAAGAGTGCTGGTTGAGTCGATGGATG
ACACAGATGCTGACCCTTTAAAGAGTGCAGCCGAGCATTTGGTAAGCACACTTGAAGAAC
CAGTGGCTGTGGTACTAGGATCATGTCCAGACAAAGACAAGGTTAGTTTAGTGGCTGCAT
TCAGTCCAGGAGTAGTGTCTCTGGGAGTTCAGGCAGGGAAGTTCATTGGTTCGATAGCTA
AGTTGTGCGGAGGAGGAGGTGGTGGAAAGCCTAATTTCGCTCAAGCGGGTGGCAGAAAGC
CTGAGAATCTCTCGAGTGCATTGGAGAAAGCTCGGGAAGAACTTGTGGCAACTCTATCTG
AAAAGCTTGGGTGAAAGAACCAACTTGCTATATACATGGAATGAGATTGTACACATTTGC
TTGGTCTTGGAAAAGTGAATCTCTCCCATAAGATGTAAAGAAATTTGTTTTTTTT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

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GAAAAAAATCAGAAATCCATAAGATTTGATCTCCGGTGACCCGACGTTCGGTGTTCCGAT
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TTCTGTTAGGAGTGTTGGTGATTATACTCGGTGAATTGTGGGTTTCTTCTTCTTATTCTT
CCTTCGCCTCTCTTGCTTCCCGCTGCAAGATTCTTTCCAGCTCTGTTGATCTTAGGTCTT
ATAAAGTGTGCGGCATTGGACTTTTGAACAGCAAAGCACAACATGTGTTTCACCCTTTTG
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ATAAAGATCACTTAATTGGTCAAACGAGGCTAGCCTTCTCAGAAGCACCAAACGAAGCCC
TTCCTCCTGAGTGCAGACCTAACTTTGGTGCTGCTTTGCTTACCAAAGATAACTTCAAGG
TGAATGAGACTTACGATTGCTGGTACACATTAGGGATTCCAAAAATCAAGCTTTATCAGG
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CTGTCTTAGTCTCCAAGTTAATACAGTCCTGGTTCAATGGAAAAGGAAGACCAAAGTTCT
GGAGATATGATGTGATCGCTGGCGTTGTATCTGGCTTCTCAACTTCCATCATCGCAGTCT
TCATCGTCCGGATCTTAAGTGATGCAAAATCTTGGTTCCCTCGAGCTTGTTGTTCGGTTA
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CTTAGAAGAAACACATGTATAAAGAGTTGTGTGATGTAATCTTTAAACCATTTACAGCAA
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BQ
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AF RR1B789TF U 1
AF RR1B789JQ C 366
BS 1 822 RR1B789TF
BS 823 1190 RR1B789JQ

RD RR1B789TF 822 0 0
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GAAAAAAATCAGAAATCCATAAGATTTGATCTCCGGTGACCCGACGTTCGGTGTTCCGAT
CACCGTTGAAAAATGGATTCTCGAGTTTCTCTGTTCTGAGTAAACTCACACGGAGAAGAA
GAAAGCTTAAAATGGATTCGGAAGATACGAAGAAGAAGCAAAAGAGGGTTTTCTCTTTGT
TAGCTTTACGATTCTGTACAGTGATAGGATTCTGGATCATCGTCTTCTTCGTCTTGTCGT
TTCTGTTAGGAGTGTTGGTGATTATACTCGGTGAATTGTGGGTTTCTTCTTCTTATTCTT
CCTTCGCCTCTCTTGCTTCCCGCTGCAAGATTCTTTCCAGCTCTGTTGATCTTAGGTCTT
ATAAAGTGTGCGGCATTGGACTTTTGAACAGCAAAGCACAACATGTGTTTCACCCTTTTG
AGAGAGATAAATTCAGATGTCGCTATGATTACTATTGGGCTTCTGTCTTCAAAGTAGAAT
ATAAAGATCACTTAATTGGTCAAACGAGGCTAGCCTTCTCAGAAGCACCAAACGAAGCCC
TTCCTCCTGAGTGCAGACCTAACTTTGGTGCTGCTTTGCTTACCAAAGATAACTTCAAGG
TGAATGAGACTTACGATTGCTGGTACACATTAGGGATTCCAAAAATCAAGCTTTATCAGG
ACGGCTTTTTCGGCTGCCAAGCAAATGATCTTTCTTTCACCGACATTTTTAAACAATACG
CTGTCTTAGTCTCCAAGTTAATACAGTCCTGGTTCAATGGAA

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1B789JQ 825 0 0
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GATCACTTAATTGGTCAAACGAGGCTAGCCTTCTCAGAAGCACCAAACGAAGCCCTTCCT
CCTGAGTGCAGACCTAACTTTGGTGCTGCTTTGCTTACCAAAGATAACTTCAAGGTGAAT
GAGACTTACGATTGCTGGTACACATTAGGGATTCCAAAAATCAAGCTTTATCAGGACGGC
TTTTTCGGCTGCCAAGCAAATGATCTTTCTTTCACCGACATTTTTAAACAATACGCTGTC
TTAGTCTCCAAGTTAATACAGTCCTGGTTCAATGGAAAAGGAAGACCAAAGTTCTGGAGA
TATGATGTGATCGCTGGCGTTGTATCTGGCTTCTCAACTTCCATCATCGCAGTCTTCATC
GTCCGGATCTTAAGTGATGCAAAATCTTGGTTCCCTCGAGCTTGTTGTTCGGTTAAGAGC
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TTCTACATTCTCGGATGGATGGCTACACAGTACTTGAAAATTCTGTTTCCACAGGCTTAG
AAGAAACACATGTATAAAGAGTTGTGTGATGTAATCTTTAAACCATTTACAGCAAAAGTA
AGCAAATGCAGAGAACAGTTTTAGAATCTGATGAACGTTTTGATT

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL6097Contig1 958 2 2 U
TCTGTTCCAAGTGCATCAGGAGAAGGAGGAGGTCTCCCTAACTTTGATCCGGAACAGTAC
ATGGCTACAATGAATCAGGTTATGGGAAACCCTGAGTTCAGAACCGTGGCTGAGAAACTC
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CCTATATTAGCTGAGATAGATGCTGATCCTTCCGCCATGATGAAGTACTGGAATGATAAA
GATGTTTTGAAGAAGCTGGGAGAAGCAATGGGTATAGCTTTGGAGCTGAGCAGAATGTTG
CAGCTGAACCTGAACCTGAGGAGGTGGAAGAAGTTGAAGATGAAGAAGAGTCTATTGTTC
ATCAGACTGCTAGTCTTGGTGATGTTGAGGGTCTGAAAGCTGCGTTAGCATCTGGTGGTA
ACAAAGATGAAGAAGACTCTGAGGGAAGGACAGCATTGCATTTTGCATGTGGATATGGCG
AGGTGAAATGTGCTCAAGTTCTTGTGGATGCTGGAGCAAATGTCAATGCACTGGACAAAA
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TCTTAGAGAATGGTGCTGCAGTCACTCTGCAAAACACAGACAGTAAAACTCCGGTTGATG
TGGCAAAGCTTAACAATCAGCTCGAAGTTGTGAAGCTCCTTGAGAAGGATGCATTCCTCT
AAGAGATTTGAGAACATGTCTTGTGGCTCTTCTGTGTTCTGTAATAGTTTCACAGGCCAT
TGCTTTCTACAAACCTTCGACTTGGTCTTTTTCAATATTACCTTTGGAAAAAAGAAAAAT
TAAGAAAGAGTAAATGGATATTTTCTTTTATGGTTTTGCAATGAAGTATTTTTCTTCG


BQ
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AF RR1AV47TF U 1
AF RR1AV47JQ C 133
BS 1 597 RR1AV47TF
BS 598 958 RR1AV47JQ

RD RR1AV47TF 597 0 0
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ATGGCTACAATGAATCAGGTTATGGGAAACCCTGAGTTCAGAACCGTGGCTGAGAAACTC
GGCAACGCCTTGGTACAGGATCCACAAATGTCTTCGTTTATGGAGGTTTTTGCTAACCCT
GGAGCAACAGAGCAGTTTACTGAGCGTATGGCACAGATGAAAGAAGATCCTACCTTGAAA
CCTATATTAGCTGAGATAGATGCTGATCCTTCCGCCATGATGAAGTACTGGAATGATAAA
GATGTTTTGAAGAAGCTGGGAGAAGCAATGGGTATAGCTTTGGAGCTGAGCAGAATGTTG
CAGCTGAACCTGAACCTGAGGAGGTGGAAGAAGTTGAAGATGAAGAAGAGTCTATTGTTC
ATCAGACTGCTAGTCTTGGTGATGTTGAGGGTCTGAAAGCTGCGTTAGCATCTGGTGGTA
ACAAAGATGAAGAAGACTCTGAGGGAAGGACAGCATTGCATTTTGCATGTGGATATGGCG
AGGTGAAATGTGCTCAAGTTCTTGTGGATGCTGGAGCAAATGTCAATGCACTGGACA

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1AV47JQ 826 0 0
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CAGTTTACTGAGCGTATGGCACAGATGAAAGAAGATCCTACCTTGAAACCTATATTAGCT
GAGATAGATGCTGATCCTTCCGCCATGATGAAGTACTGGAATGATAAAGATGTTTTGAAG
AAGCTGGGAGAAGCAATGGGTATAGCTTTGGAGCTGAGCAGAATGTTGCAGCTGAACCTG
AACCTGAGGAGGTGGAAGAAGTTGAAGATGAAGAAGAGTCTATTGTTCATCAGACTGCTA
GTCTTGGTGATGTTGAGGGTCTGAAAGCTGCGTTAGCATCTGGTGGTAACAAAGATGAAG
AAGACTTTGAGGGAAGGACAGCATTGCATTTTGCATGTGGATATGGCGAGGTGAAATGTG
CTCAAGTTCTTGTGGATGCTGGAGCAAATGTCAATGCAGTGGACAAAAACAAAAACACTC
CATTGCATTATGCCGCTGGTTACGGACGGAAAGAGTGTGTAAGCCTTCTCTTAGAGAATG
GTGCTGCAGTCACTCTGCAAAACACAGACAGTAAAACTCCGGTTGATGTGGCAAAGCTTA
ACAATCAGCTCGAAGTTGTGAAGCTCCTTGAGAAGGATGCATTCCTCTAAGAGATTTGAG
AACATGTCTTGTGGCTCTTCTGTGTTCTGTAATAGTTTCACAGGCCATTGCTTTCTACAA
ACCTTCGACTTGGTCTTTTTCAATATTACCTTTGGAAAAAAGAAAAATTAAGAAAGAGTA
AATGGATATTTTCTTTTATGGTTTTGCAATGAAGTATTTTTCTTCG

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 2

CO CL6098Contig1 955 2 8 U
GGATCCTCGCTTTAGCAAATCTCAAATCCCAATCTAGCAAAAAATCCCAATTTCCCAACT
TTAATTTCAGAGGTGATGCAGTTAAGAACCCTAAGCCATTCTTTGTCCCGAAACAGACTA
TCAACTCCATTCCTTACCCAATTCCTCTTCTTCTCCGACCTTAAGCCAGTCCCAAAGCGT
CAGATGTGCGGTGGAAACCCTAGTGATCTTGTCTCTAGCGACTTGCTTCTTGATTTTACC
GAGGTCTTTGTGACAACGAAGAAAAAAGAACAATTTCCATGAGACGAGGAGGTTGAGCTT
GGATTCTGCGAGACAGAGGCTGAATTGTTGGGATATTATCCTCCGGTGACTCGCTGCCGT
GACGCATCATTGATTCATCCCTCCCCCACGTCTCAAACCCAAACTGGTCTTGAGTGATAC
GAATCTGACAAAGATTGAGTCCCCATCAAAGCACCTTAACCGTGAAACCCCTACCTTAAA
ACAGAAATGTGGTCAACTCTGCATCACATACAGTATATGCATTACCAAGTCTCCAAAAGA
TTGAGTTCTCCAGTTGCGTATTTTAAGCTGCCTTCAAATCAGATAGACTCATAGACAAGT
AGCAGTATTGGCTGCAGTACACACACTAGAGGAAGCATCTGCCATGAAGTCGTTATGCTC
AGCCTAGTGAATTAATTTGTGTTCTTGACATTGCAGTGTTAGAGCTAAACGCAAGGTAAG
GACTTAGCATATTTTTCTCTAGCTTAATAACATATATGACTTAGCTACAAAACCACTGAC
AGCCTTCTGTTATGCATTAAGTTTTAGCTCTTGAGCAGTCTATGTTCCTCTGTTTCCTCA
TGAGATTTTTGCCACATCTAGTATTTGTTTTACTAGTAAATCCATTTAATAATGTTTTGT
ATATTCCAAATGTTAGCAACATTACTCTAATAGGATGTATGAAAAGCTTGAGCTT


BQ
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AF RR1CO92TF U 1
AF RR1CO92JQ C 242
BS 1 266 RR1CO92TF
BS 267 267 RR1CO92JQ
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RD RR1CO92TF 711 0 0
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TCAACTCCATTCCTTACCCAATTCCTCTTCTTCTCCGACCTTAAGCCAGTCCCAAAGCGT
CAGATGTGCGGTGGAAACCCTAGTGATCTTGTCTCTAGCGACTTGCTTCTTGATTTTACC
GAGGTCTTTGTGACAACGAAGAAAAA*GAACAATTTCCATGAGACGAGGAGGTTGAGCTT
GGATTCTGCGAGACAGAGGCTGAATTGTTGGGATATTATCCTCCGGTGACTCGCTGCCGT
GACGCATCATTGATTCATCCCTCCCC*ACGTCTCAAACCCAAACTGGTCTTGAGTGATAC
GAATCTGACAAAGATTGAGTCCCCATCAAAGCACCTTAACCGTGAAACCCCTACCTTAAA
ACAGAAATGTGGTCAACTCTGCATCACATACAGTATATGCATTACCAAGTCTCCAAAAGA
TTGAGTTCTCCAGTTGCGTATTTTAAGCTGCCTTCAAATCAGATAGACTCATAGACAAGT
AGCAGTATTGGCTGCAGTACACACACTAGAGGAAGCATCTGCCATGAAGTCGT*ATGCTC
AGCCTAGTGAATTAATTTGTGTTCTTGACATTGCAGTGTTAGAGCTAAACG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1CO92JQ 714 0 0
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GATTCTGCGAGACAGAGGCTGAATTGTTGGGATATTATCCTCCGGTGACTCGCTGCCGTG
ACGCATCATTGATTCATCCCTCCCCCACGTCTCAAACCCAAACTGGTCTTGAGTGATACG
AATCTGACAAAGATTGAGTCCCCATCAAAGCACCTTAACCGTGAAACCCCTACCTTAAAA
CAGAAATGTGGTCAACTCTGCATCACATACAGTATATGCATTACCAAGTCTCCAAAAGAT
TGAGTTCTCCAGTTGCGTATTTTAAGCTGCCTTCAAATCAGATAGACTCATAGACAAGTA
GCAGTATTGGCTGCAGTACACACACTAGAGGAAGCATCTGCCATGAAGTCGTTATGCTCA
GCCTAGTGAATTAATTTGTGTTCTTGACATTGCAGTGTTAGAGCTAAACGCAAGGTAAGG
ACTTAGCATATTTTTCTCTAGCTTAATAACATATATGACTTAGCTACAAAACCACTGACA
GCCTTCTGTTATGCATTAAGTTTTAGCTCTTGAGCAGTCTATGTTCCTCTGTTTCCTCAT
GAGATTTTTGCCACATCTAGTATTTGTTTTACTAGTAAATCCATTTAATAATGTTTTGTA
TATTCCAAATGTTAGCAACATTACTCTAATAGGATGTATGAAAAGCTTGAGCTT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL6099Contig1 1028 2 2 U
GGGGTTTATGCGGTTATCATCAGCAGTTGTCTGCCTCCGGTCGTCTTCCTTTTTTTTTCC
ACATCCATCGGAGAGATTGATTTCTCCGGCGCGACAGAGGTTGAAAAAACAAAATGGAGG
CAGCTTTGGGGCTTCTAAGAAGAATGCCGCCGAAGCAATCGGAAACGGCTCTGTCAGCAC
TACTCAGCCTCTTGCCTCAACATTCTTCCGATCTCCTCTCTCAAGTCGATCTCCCTCTCC
AGGTGTTACGTGATGCTGAAAGCAGGAAAGATTTCATCTTGTGTGAGTACAACAGAGATG
CTGATTCCTACAGGTCACCTTGGTCAAACAAGTACCATCCTCCGCTAGAGGATGCTCTGT
ACCCGTCATCAGAATTGAGAAAGCTCGAAGTTGAAGCCAACGACATCTTTGCTATCTATC
GTGACCAGTATTATGAAGGAGGAATATCCTCAGTGTACATGTGGGAGGAGGATGATAATG
AAGGCTTTGTGGCATGTTTCCTTATCAAGAAAGATGGGTCAAAGTCAGGACATGGTCGGA
GGGGATGCCTGGAAGAAGGAGCTTGGGATGCCATACATGTTATCCAGGTTGGTCCAGAGG
AGGAGGAAATGGCACAGTACTGCTTAACAAGTACTATTATGCTCTCTCTGACCACCGATG
ACAAGCCCTCTGGCAAATTCGGCTTATCCGGATCAATTAGAAGACAAATGAAAATGGAGC
TTGCTGTAGCGGAGGGGCATTTATGCAATATGGGGAGAATGATTGAAGAATTGGAAGGCA
AACTGAGAAACTCACTTGATCAGGTTTACTTTGGCAAGACGAGAGAGATGGTTTGCACGC
TGCGTCCACCTGCTGAGATCGTACAGATGAGACTACCCGACTCCTGATGCTCCCCCCTCT
CCTCATCAAATCTTATTATGTAATAACATTTCATATCACCTCACTTCTTTTTTGTTTGTT
TGTCTGTCTGTCTGATTTTTAAACGTTTCTCAAAGTGTCTTCTTGTGTGAATGAATGCCT
CTTACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AX50TF U 1
AF RR1AX50JQ C 313
BS 1 768 RR1AX50TF
BS 769 1028 RR1AX50JQ

RD RR1AX50TF 768 0 0
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CAGCTTTGGGGCTTCTAAGAAGAATGCCGCCGAAGCAATCGGAAACGGCTCTGTCAGCAC
TACTCAGCCTCTTGCCTCAACATTCTTCCGATCTCCTCTCTCAAGTCGATCTCCCTCTCC
AGGTGTTACGTGATGCTGAAAGCAGGAAAGATTTCATCTTGTGTGAGTACAACAGAGATG
CTGATTCCTACAGGTCACCTTGGTCAAACAAGTACCATCCTCCGCTAGAGGATGCTCTGT
ACCCGTCATCAGAATTGAGAAAGCTCGAAGTTGAAGCCAACGACATCTTTGCTATCTATC
GTGACCAGTATTATGAAGGAGGAATATCCTCAGTGTACATGTGGGAGGAGGATGATAATG
AAGGCTTTGTGGCATGTTTCCTTATCAAGAAAGATGGGTCAAAGTCAGGACATGGTCGGA
GGGGATGCCTGGAAGAAGGAGCTTGGGATGCCATACATGTTATCCAGGTTGGTCCAGAGG
AGGAGGAAATGGCACAGTACTGCTTAACAAGTACTATTATGCTCTCTCTGACCACCGATG
ACAAGCCCTCTGGCAAATTCGGCTTATCCGGATCAATTAGAAGACAAATGAAAATGGAGC
TTGCTGTAGCGGAGGGGCATTTATGCAATATGGGGAGAATGATTGAAG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1AX50JQ 716 0 0
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AATTGAGAAAGCTCGAAGTTGAAGCCAACGACATCTTTGCTATCTATCGTGACCAGTATT
ATGAAGGAGGAATATCCTCAGTGTACATGTGGGAGGAGGATGATAATGAAGGCTTTGTGG
CATGTTTCCTTATCAAGAAAGATGGGTCAAAGTCAGGACATGGTCGGAGGGGATGCCTGG
AAGAAGGAGCTTGGGATGCCATACATGTTATCCAGGTTGGTCCAGAGGAGGAGGAAATGG
CACAGTACTGCTTAACAAGTACTATTATGCTCTCTCTGACCACCGATGACAAGCCCTCTG
GCAAATTCGGCTTATCCGGATCAATTAGAAGACAAATGAAAATGGAGCTTGCTGTAGCGG
AGGGGCATTTATGCAATATGGGGAGAATGATTGAAGAATTGGAAGGCAAACTGAGAAACT
CACTTGATCAGGTTTACTTTGGCAAGACGAGAGAGATGGTTTGCACGCTGCGTCCACCTG
CTGAGATCGTACAGATGAGACTACCCGACTCCTGATGCTCCCCCCTCTCCTCATCAAATC
TTATTATGTAATAACATTTCATATCACCTCACTTCTTTTTTGTTTGTTTGTCTGTCTGTC
TGATTTTTAAACGTTTCTCAAAGTGTCTTCTTGTGTGAATGAATGCCTCTTACTTT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

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ACTTGATCGTCACACAGAAGATCTCGCTAGCTGAAGCCTTAACAGGCTACACCGTCAACA
TAACGACCCTTGATGGTCGGACGCTTACAATCCCCATCACAAACGTGATCCATCCAGAGT
ACGAAGAGGTGGTGCCTAGAGAAGGAATGCCACTTCAGAAAGATCAGACAGAGAAAGGGA
ACTTGAGGATCAAGTTCAACATCAAGTTTCCAGCTAGGTTGACTGCAGAACAGAAGGCTG
GTTTCAAGAAGCTTCTTGGTTGAATGAAAAAATCATTACAGCTTTTGCTTTTTGTCTTGT
AATATTTGTGATTCAAGTTGGATTTTTGGTAATAACAGAAAATTTTCAAGT


BQ
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AF RR1GF66JQ C 1
AF RR1GF66TF U 1
BS 1 471 RR1GF66TF

RD RR1GF66JQ 471 0 0
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CTGATTTTGTTTTCATCATCGACGAGAAACCACATCCAGTGTTCACCCGTGACGGCAACG
ACTTGATCGTCACACAGAAGATCTCGCTAGCTGAAGCCTTAACAGGCTACACCGTCAACA
TAACGACCCTTGATGGTCGGACGCTTACAATCCCCATCACAAACGTGATCCATCCAGAGT
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ACTTGAGGATCAAGTTCAACATCAAGTTTCCAGCTAGGTTGACTGCAGAACAGAAGGCTG
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AATATTTGTGATTCAAGTTGGATTTTTGGTAATAACAGAAAATTTTCAAGT

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR1GF66TF 471 0 0
GGAAAGGCACAAAGATCACATTCCCTGAGAAAGGCAACGAGCATCCCGGAGTGATTCCAG
CTGATCTCGTCTTCATCATCGACGAGAAACCACATCCAGTGTTCACCCGTGACGGCAACG
ACTTGATCGTCACACAGAAGATCTCGCTAGCTGAAGCCTTAACAGGCTACACCGTCAACA
TAACGACCCTTGATGGTCGGACGCTTACAATCCCCATCACAAACGTGATCCATCCAGAGT
ACGAAGAGGTGGTGCCTAGAGAAGGAATGCCACTTCAGAAAGATCAGACAGAGAAAGGGA
ACTTGAGGATCAAGTTCAACATCAAGTTTCCAGCTAGGTTGACTGCAGAACAGAAGGCTG
GTTTCAAGAAGCTTCTTGGTTGAATGAAAAAATCATTACAGCTTTTGCTTTTTGTCTTGT
AATATTTGTGATTCAAGTTGGATTTTTGGTAATAACAGAAAATTTTCAAGT

QA 1 471 1 471
DS 



AS 1 2

CO CL6101Contig1 874 2 2 U
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CAAGACTGTCTCTGCTGCCAACGACGAGCTTGCCAAGTGGTATGGTCTGACAGGAGAATT
TTCTTGCCGGATGGTCTTTTGTACAGATCAGAAGTCCCAGAGTACTTGAACGGTGAAGTT
GCTGGAGACTATGGCTATGACCCATTTGGACTTGGCAAGAAACCTGAGAACTTTGCTAAA
TACCAAGCCTTTGAACTGATCCACGCGAGATGGGCTATGTTGGGAGCAGCTGGTTGCATC
ATCCCTGAAGCCTTAAACAAATATGGCGCTAACTGTGGCCCTGAAGCCGTCTGGTTTAAG
ACTGGTGCCCTGCTTCTTGATGGAAACACATTGAGCTACTTTGGCAAGAACATCCCAATC
AACCTTGTTCTCGCTGTAGTTGCTGAGGTTGTTCTCCTTGGTGGAGCTGAGTACTACCGA
ATCATCAATGGATTGGACTTCGAAGACAAGCTTCACCCAGGAGGTCCATTTGATCCTTTG
GGACTTGCTAAAGACCCTGAACAAGCAGCTCTTCTCAAGGTTAAAGAAATCAAGAACGGG
AGATTAGCCATGTTTTCCATGTTCGCTTTCTTCATCCAAGCTTATGTTACCGGAGAAGGT
CCTGTTGAGAACCTTTCAAAGCATCTAAGTGATCCTTTCGGAAACAATTTGCTTACCGTC
ATCGCTGGAACTGCTGAGAGAGCTCCCACTCTCTAAAACATTTCTCATTTTAAGCAGTTT
CGAAGATGCTTTGTACACTTTGTTTGATGAGAGTTTCTGTTGACATTGTGAAAAAAACTT
CCATCTGCATCTTCTTGATATATTCCAATGGTAC


BQ
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AF RR1FH13JQ C 1
AF RR1BA80TF U 588
BS 1 588 RR1FH13JQ
BS 589 874 RR1BA80TF

RD RR1FH13JQ 874 0 0
TCCCGCCACGTCAAGACAGTGCTCTGTCTCCAAGAAGAAGCCAGCTCCTCCTCCAAAGGC
CAAGACTGTCTCTGCTGCCAACGACGAGCTTGCCAAGTGGTATGGTCTGACAGGAGAATT
TTCTTGCCGGATGGTCTTTTGTACAGATCAGAAGTCCCAGAGTACTTGAACGGTGAAGTT
GCTGGAGACTATGGCTATGACCCATTTGGACTTGGCAAGAAACCTGAGAACTTTGCTAAA
TACCAAGCCTTTGAACTGATCCACGCGAGATGGGCTATGTTGGGAGCAGCTGGTTGCATC
ATCCCTGAAGCCTTAAACAAATATGGCGCTAACTGTGGCCCTGAAGCCGTCTGGTTTAAG
ACTGGTGCCCTGCTTCTTGATGGAAACACATTGAGCTACTTTGGCAAGAACATCCCAATC
AACCTTGTTCTCGCTGTAGTTGCTGAGGTTGTTCTCCTTGGTGGAGCTGAGTACTACCGA
ATCATCAATGGATTGGACTTCGAAGACAAGCTTCACCCAGGAGGTCCATTTGATCCTTTG
GGACTTGCTAAAGACCCTGAACAAGCAGCTCTTCTCAAGGTTAAAGAAATCAAGAACGGG
AGATTAGCCATGTTTTCCATGTTCGCTTTCTTCAT**AAGCTTATGTTACCGGAGAAGGT
CCTGTTGAGAACCTTTCAAAGCATCTAAGTGATCCTTTCGGAAACAATTTGCTTACCGTC
ATCGCTGGAACTGCTGAGAGAGCTCCCACTCTCTAAGACATTTCTCATTTTAAGCAGTTT
CGAAGATGCTTTGTACACTTTGTTTGATGAGAGTTTCTGTTGACATTGTGAAAAAAACTT
CCATCTGCATCTTCTTGATATATTCCAATGGTAC

QA 1 874 1 874
DS 

RD RR1BA80TF 287 0 0
G
ATCAAGAACGGGAGATTAGCCATGTTTTCCATGTTCGCTTTCTTCATCCAAGCTTATGTT
ACCGGAGAAGGTCCTGTTGAGAACCTTTCAAAGCATCTAAGTGATCCTTTCGGAAACAAT
TTGCTTACCGTCATCGCTGGAACTGCTGAGAGAGCTCCCACTCTCTAAAACATTTCTCAT
TTTAAGCAGTTTCGAAGATGCTTTGTACACTTTGTTTGATGAGAGTTTCTGTTGACATTG
TGAAAAAAACTTCCATCTGCATCTTCTTGATATATTCCAATGGTAC

QA 2 287 2 287
DS 



AS 1 2

CO CL6102Contig1 956 2 2 U
GATGTGGAGAAGGAGATGAAGAGGAGAGCTAAGGAGTTGCAGGATATGAATGAGCTTGAG
AGGAAAGCAGAGGAGTTGCAGTATAAGATTGATGAAGAAGGTGATGATGATTCAGAGGAG
AAGAAGAGGATGAGGGTGAAAAGAGAGCTCGAAAAGGTAGCTCAAGAGCAAGCAGAGAGG
AGAGCAACTGCGGAATTGATGTTTGAGTTGGGACAAAAGGCTTATGGTAAAGGCATGTAT
GGACGAGCGATTGAGTTTCTTGAAGGAGCTCTTACTATTATCCCAAGGCCAACGCTCTTT
GGTGGTGAGATTCAAATTTGGTTAGCTATGGCATATGAGGCCAATAATCGCCACGCTGAT
TGCATTGATCTGTATCAGCAACTAGAGAAGAGACACCCGAGTCCTGGTATCCGTCGTCAA
GCCTCTGAGCTTAGGTATATCTTGCAAGCTCCTAAGCTCAAGATCTCTCAGGAGGAAATG
GTTACCATACCCATGATCGGTTCAAGCTACGACAGCTATGCAGTGACATGGAGTGACAAG
GAGAGGGACAAGGACAGGAGAATGAATGAATCGACTACGAATCAGCTCAACTCGAGTGAA
GACTTTCTAGGAAAGCTCTTGGTTTGGCGACCACCTGTCGGGATGGAGAAGAACAAAGTC
TCTTGGCTTTCTTTGACGCTGTGGTTTGGTTTAGTTGGAGCAGCACTTTTGCTACAAAGA
TAAGTGAAAGAGGAGGAAAAGACTCTTTCGTCCCAGGTGTGGTACTGTTTCATCTCTCTC
TCTCTCACTGTCTTGTAATTATATTTAAATACGGATGTATAAACTTGCAAGTAGATGTAA
TCATATCTCATTGTAGATAAAAAAAGTGTTGGATGTCTGGAACTATATCACTTTGTTCTG
TATTAGTATTGTACTGTAATTGTTTATTCAGAAAAAAAATTGTTTATTCAGTGATT


BQ
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AF RR1AP96TF U 1
AF RR1AP96JQ C 273
BS 1 728 RR1AP96TF
BS 729 956 RR1AP96JQ

RD RR1AP96TF 728 0 0
GATGTGGAGAAGGAGATGAAGAGGAGAGCTAAGGAGTTGCAGGATATGAATGAGCTTGAG
AGGAAAGCAGAGGAGTTGCAGTATAAGATTGATGAAGAAGGTGATGATGATTCAGAGGAG
AAGAAGAGGATGAGGGTGAAAAGAGAGCTCGAAAAGGTAGCTCAAGAGCAAGCAGAGAGG
AGAGCAACTGCGGAATTGATGTTTGAGTTGGGACAAAAGGCTTATGGTAAAGGCATGTAT
GGACGAGCGATTGAGTTTCTTGAAGGAGCTCTTACTATTATCCCAAGGCCAACGCTCTTT
GGTGGTGAGATTCAAATTTGGTTAGCTATGGCATATGAGGCCAATAATCGCCACGCTGAT
TGCATTGATCTGTATCAGCAACTAGAGAAGAGACACCCGAGTCCTGGTATCCGTCGTCAA
GCCTCTGAGCTTAGGTATATCTTGCAAGCTCCTAAGCTCAAGATCTCTCAGGAGGAAATG
GTTACCATACCCATGATCGGTTCAAGCTACGACAGCTATGCAGTGACATGGAGTGACAAG
GAGAGGGACAAGGACAGGAGAATGAATGAATCGACTACGAATCAGCTCAACTCGAGTGAA
GACTTTCTAGGAAAGCTCTTGGTTTGGCGACCACCTGTCGGGATGGAGAAGAACAAAGTC
TCTTGGCTTTCTTTGACGCTGTGGTTTGGTTTAGTTGGAGCAGCACTTTTGCTACAAAGA
TAAGTGAA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1AP96JQ 684 0 0
TACTATTATCCCAAGGCCAACGCTCTTTGGTGGTGAGATTCAAATTTGGTTAGCTATGGC
ATATGAGGCCAATAATCGCCACGCTGATTGCATTGATCTGTATCAGCAACTAGAGAAGAG
ACACCCGAGTCCTGGTATCCGTCGTCAAGCCTCTGAGCTTAGGTATATCTTGCAAGCTCC
TAAGCTCAAGATCTCTCAGGAGGAAATGGTTACCATACCCATGATCGGTTCAAGCTACGA
CAGCTATGCAGTGACATGGAGTGACAAGGAGAGGGACAAGGACAGGAGAATGAATGAATC
GACTACGAATCAGCTCAACTCGAGTGAAGACTTTCTAGGAAAGCTCTTGGTTTGGCGACC
ACCTGTCGGGATGGAGAAGAACAAAGTCTCTTGGCTTTCTTTGACGCTGTGGTTTGGTTT
AGTTGGAGCAGCACTTTTGCTACAAAGATAAGTGAAAGAGGAGGAAAAGACTCTTTCGTC
CCAGGTGTGGTACTGTTTCATCTCTCTCTCTCTCACTGTCTTGTAATTATATTTAAATAC
GGATGTATAAACTTGCAAGTAGATGTAATCATATCTCATTGTAGATAAAAAAAGTGTTGG
ATGTCTGGAACTATATCACTTTGTTCTGTATTAGTATTGTACTGTAATTGTTTATTCAGA
AAAAAAATTGTTTATTCAGTGATT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL6103Contig1 1231 2 2 U
GCAGACACTTTGCTAGTGCGTTTGCAAGTGCGAGGTTATCTTTACCGGGTCCAGAGAAAG
GAATGGAGACACCTGATTTGTCTCTACGCAGCCTGCCTGAGCCATTGCGGAGACAGCAGG
GGTTAGAAGTAGTCAACCACTCAGAAGCAGCAAATAGAGTCACAAGCTGTGAACCGATAA
TCGAAGAGCCAGCATCACCAGAGCCGCAGTGTGAAGAAGTAACTATAGCTGACATAGAGG
AGGCTTTCTATGAAGATCCTGAAGAGATCCCAACGATAAGACTGAACATGGACGCATTTA
CAAACAACCTGAAGAAAATTTTTGAACACAGCAAGGAACTGCAAGATGGAAACATGTCTG
GAGCTTTGGTTGCTCTTACTGCTGAGGCTGCATCTCTTCCGATGCCTAAGCTCAAAAACA
TTAGTCAGCTTAGGACAGAACACCAAGTCTATGAACTTAACGATGACCATTATCTTCTAA
AACAGTTTCAGTTTGAGAAGCGAGAAACTGATGATCCATGTTCCTATTTACTTGCTATAT
GGACACCAGGCGAGACCGTTGATTCCATTCAACCAGCTAGAAGCAAATGCATATGGCAAG
AAGCAGGCAAAATGTGTGATGAGCCAACTTGTTTCTCTTGCAACAACATTAGAGAGACGC
AATCACAGACCGTTAGAGGAACCATCTTGGTGCCTTGTAGAACCGCAATGAGAGGTAGTT
TCCCACTCAACGGGACATACTTCCAAGTCAACGAGGTGTTTGCGGATCATGAGTCTAGTC
TAACGCCAATTGATGTTCCAAGAGAATTGTTATGGAACCTTCCTAGAAGAACCGTTTACT
TTGGCACATCTATCCCATCAATATTTAAAGGTTTATCTACTGAAACAATTCAACAATGTT
TCTGGAGAGGGTATGTATGTGTGAGAGGATTTGATAGGAAGACAAGAGGACCAAAGCCTT
TGATTGCGAGGTTGCACTTTCCGAAAAGCAAAATGAAGTCACAGGTTAATCCGGATGGAT
GATGTATAGGTAGTAAGAAAGCAGACTCGGCCTATGGTTTACCAAACAAGCCAATGTAAA
ATATTAGAGTCGTAACAGGTCTTTGAAGTCCATGTTAGTGCGTGTCTTTGTTTGTATTAA
TTAGGAAGTCACAAGAACGAAACCAGTAGTTAAGCCGAATCTCTCGTCTTTCTTTATTTA
TTGTTCTCTACCTAGTAGATGCCAACTTTTC


BQ
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AF RR1A309TF U 1
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BS 1 751 RR1A309TF
BS 752 1231 RR1A309JQ

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AGGCTTTCTATGAAGATCCTGAAGAGATCCCAACGATAAGACTGAACATGGACGCATTTA
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GAGCTTTGGTTGCTCTTACTGCTGAGGCTGCATCTCTTCCGATGCCTAAGCTCAAAAACA
TTAGTCAGCTTAGGACAGAACACCAAGTCTATGAACTTAACGATGACCATTATCTTCTAA
AACAGTTTCAGTTTGAGAAGCGAGAAACTGATGATCCATGTTCCTATTTACTTGCTATAT
GGACACCAGGCGAGACCGTTGATTCCATTCAACCAGCTAGAAGCAAATGCATATGGCAAG
AAGCAGGCAAAATGTGTGATGAGCCAACTTGTTTCTCTTGCAACAACATTAGAGAGACGC
AATCACAGACCGTTAGAGGAACCATCTTGGTGCCTTGTAGAACCGCAATGAGAGGTAGTT
TCCCACTCAACGGGACATACTTCCAAGTCAA

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DS 

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ATGGACACCAGGCGAGACCGTTGATTCCATTCAACCAGCTAGAAGCAAATGCATATGGCA
AGAAGCAGGCAAAATGTGTGATGAGCCAACTTGTTTCTCTTGCAACAACATTAGAGAGAC
GCAATCACAGACCGTTAGAGGAACCATCTTGGTGCCTTGTAGAACCGCAATGAGAGGTAG
TTTCCCACTCAACGGGACATACTTCCAAGTCAACGAGGTGTTTGCGGATCATGAGTCTAG
TCTAACGCCAATTGATGTTCCAAGAGAATTGTTATGGAACCTTCCTAGAAGAACCGTTTA
CTTTGGCACATCTATCCCATCAATATTTAAAGGTTTATCTACTGAAACAATTCAACAATG
TTTCTGGAGAGGGTATGTATGTGTGAGAGGATTTGATAGGAAGACAAGAGGACCAAAGCC
TTTGATTGCGAGGTTGCACTTTCCGAAAAGCAAAATGAAGTCACAGGTTAATCCGGATGG
ATGATGTATAGGTAGTAAGAAAGCAGACTCGGCCTATGGTTTACCAAACAAGCCAATGTA
AAATATTAGAGTCGTAACAGGTCTTTGAAGTCCATGTTAGTGCGTGTCTTTGTTTGTATT
AATTAGGAAGTCACAAGAACGAAACCAGTAGTTAAGCCGAATCTCTCGTCTTTCTTTATT
TATTGTTCTCTACCTAGTAGATGCCAACTTTTC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL6104Contig1 961 2 4 U
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CTCCTTGATCAACAATGGAATTTTGGGGAGTTGAAGTTAAGGCTGGGATGCCACTAAAAG
TGAGGCCCCAAGTAGACCATCTCATCCACCTTTCTCAGGCTACAATCGATGCCAAAAAGG
GAGAATCTGGTCTCTTGTACGTGACTATTGATTGGAAGAAACATGTCATTGGAACGCTCT
CTCAAGACCACATTCCTCAGATGACCTTTGACCTTGTCTTCGAGCAGGAGTTTGAGCTTT
CTCACTCTTTGGAGAGTGGTAGTGTCCACTTTGTTGGCTACAGATCTCCCAACATCGATC
AAGAGGAGGACTACCCTTCTGATTCCGAGGAGGAGGAAGTGGTTCCTGCTACTTCAACTG
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AGGATGAAGAAGATGACTCTGAGGAGGAGGATGAAGAGGAAGAGGAGGAGACCCCTAAGC
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ACAAGGGCAAGGGAAAAGGAAAGGACAGAGCCTAAGCTTGATGTGTGAACAACAATAAGT
AGTTTTTGGTTTTTACTCTATGTCTTAAGATTTTATCTATTATCGGAAAAGTTATCTAAC
G


BQ
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10 

AF RR1C363TF U 1
AF RR1C363JQ C 260
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AGCCTGAGGAGCCGAGCAACAAGAAGAGGGCCACTGCATCTGCTTCCAAAACACCTGTCC
CAGCAAAGAAGACCAAAACTGCAGCCACTCAGA*CACTGAAGAGA
G

QA 1 705 1 705
DS 

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TGCTGCTGCTTCCAAGGCTGCTGGCTCAATACCAAAAGCCAAGCCTGCTGAAGTGAAGCC
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TGAGGAGGAGGATGAAGAGGAAGAGGAGGAGACCCCTAAGCAGCCTGAGGAGCCGAGCAA
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TGCAGCCACTCAGAACACTGAAGAGAAGAAGAAGAAGGGCGGGCACACAGCTACACCACA
CCCCGCTAAAAAGGGTGGAAAGAGTCCTAACCAGAGCCCAGGTCAATCATCCGATGGAAA
CAAGAAGCAATTCAATTCTGGCAAGCAGTCTGGTTCTAACAACAAGGGCAAGGGAAAAGG
AAAGGACAGAGCCTAAGCTTGATGTGTGAACAACAATAAGTAGTTTTTGGTTTTTACTCT
ATGTCTTAAGATTTTATCTATTATCGGAAAAGTTATCTAACG

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL6105Contig1 831 2 2 U
GGAGAGCGAGAAAAAGGGGAAAGATCATTAAAATCAAAATTAGTCATCTCCCTTCTCCTG
AGATTCATTGTTGACCAGCAGGATTCATCTCTCTAAACCCTCCTGACTCGCTGCGTCGGA
AACCACCACCGTCGTCATCCTCTAAGCATTGTCGCTGTCGATTTCAGCTTATTAGGTTAA
GGCAACAATGAATAGCCAGCCTCTATCCAATGGATATCCATACAGAAAAGTTTCCAACCA
TCTCCAACAACTACACGGCCTCAATCTCCAGTTGCGGACGGATCATTCTATTACCCTCCC
CCTCCGCCTATGCCTGGAATACACATTTTATACTGAATGGGAGCAGCATTCCCTGGACAA
CAACATCCAATGATGTATAACAACAATACACCTCAGCAGCTTGGTCCAAATCAAACTTAC
TATTCTCCTAATAGTCCACAGTACCCACAACAGATGATGGTTGGTCAGCAGAGACCGGTT
TTGTTTATGCCGCCGTCGCCATACCAACCGGAGTTGCCATATAAAGGAAGGGATTCTTAT
TAGCTTTTGACCAAACCATGAATGGTGGCACAAGGTTTTGGTGTAAATCTTCTGATGAAT
TGGGTGTTTAATTTATTTACTTTAATTCATTTCGAGCACAGAATCTTTTTTTTCCTTTTA
AAGATTTGATAAATTTGATGGTCCATGAGAGAAGAATTGAACACGTGTGATATTGATCTT
GTTTGTTTATGTTTTGATTAGACTAGATTTAGATTTAGATTCGTGCTGATCTCATTTCTT
TCTTCACTCGTTTCTCTGTTTAAACTCTAATCTTTTGATGTATGACATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F519TF U 1
AF RR1F519JQ C 134
BS 1 590 RR1F519TF
BS 591 831 RR1F519JQ

RD RR1F519TF 590 0 0
GGAGAGCGAGAAAAAGGGGAAAGATCATTAAAATCAAAATTAGTCATCTCCCTTCTCCTG
AGATTCATTGTTGACCAGCAGGATTCATCTCTCTAAACCCTCCTGACTCGCTGCGTCGGA
AACCACCACCGTCGTCATCCTCTAAGCATTGTCGCTGTCGATTTCAGCTTATTAGGTTAA
GGCAACAATGAATAGCCAGCCTCTATCCAATGGATATCCATACAGAAAAGTTTCCAACCA
TCTCCAACAACTACACGGCCTCAATCTCCAGTTGCGGACGGATCATTCTATTACCCTCCC
CCTCCGCCTATGCCTGGAATACACATTTTATACTGAATGGGAGCAGCATTCCCTGGACAA
CAACATCCAATGATGTATAACAACAATACACCTCAGCAGCTTGGTCCAAATCAAACTTAC
TATTCTCCTAATAGTCCACAGTACCCACAACAGATGATGGTTGGTCAGCAGAGACCGGTT
TTGTTTATGCCGCCGTCGCCATACCAACCGGAGTTGCCATATAAAGGAAGGGATTCTTAT
TAGCTTTTGACCAAACCATGAATGGTGGCACAAGGTTTTGGTGTAAATCT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1F519JQ 698 0 0
GTCATCCTCTAAGCATTGTCGCTGTCGATTTCAGCTTATTAGGTTAAGGCAACAATGAAT
AGCCAGCCTCTATCCAATGGATATCCATACAGAAAAGTTTCCAACCATCTCCAACAACTA
CACGGCCTCAATCTCCAGTTGCGGACGGATCATTCTATTACCCTCCCCCTCCGCCTATGC
CTGGAATACACATTTTATACTGAATGGGAGCAGCATTCCCTGGACAACAACATCCAATGA
TGTATAACAACAATACACCTCAGCAGCTTGGTCCAAATCAAACTTACTATTCTCCTAATA
GTCCACAGTACCCACAACAGATGATGGTTGGTCAGCAGAGACCGGTTTTGTTTATGCCGC
CGTCGCCATACCAACCGGAGTTGCCATATAAAGGAAGGGATTCTTATTAGCTTTTGACCA
AACCATGAATGGTGGCACAAGGTTTTGGTGTAAATCTTCTGATGAATTGGGTGTTTAATT
TATTTACTTTAATTCATTTCGAGCACAGAATCTTTTTTTTCCTTTTAAAGATTTGATAAA
TTTGATGGTCCATGAGAGAAGAATTGAACACGTGTGATATTGATCTTGTTTGTTTATGTT
TTGATTAGACTAGATTTAGATTTAGATTCGTGCTGATCTCATTTCTTTCTTCACTCGTTT
CTCTGTTTAAACTCTAATCTTTTGATGTATGACATTCT

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL6106Contig1 457 2 1 U
GGAGGCTTCCAACTCTCATGAATAAGAGAGACAAGGAGGTACTACATACTAATGGCTAAG
ATGCCAAGTTCATCGAAGCTCCTTGCGGTGATGATTTTCTCAATCATGGCGCTTTTCGTA
ATCTCCCAGGCTCGAACCCTTTCTCCTGGTAGGAAATTAACTCAGTACCCGGCTCCGTCT
TACGGACAGTACTCTCCTGTTCCTCCTAGATGTTTCAACCCACCTTATTGTCGTCCATGA
GAGTTTTAATTTGGTCACATGAACAATTTTCAAATAAAATAAGGTGATGTATTATGTATA
TGGGTTATGGGTATCTTCATATATTATAATATGATTTGCTGGGGAATAAAATGCTTGTGA
AATCCATGTTATAAATACAGTATGTTGCAGTTTGTAATGAATAAGTGATATTTATGTTTA
TTTTGTTTGGTCATTCATGATGATGTCTCTGTTTAAT


BQ
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AF RR1GQ94JQ C 1
AF RR1GQ94TF U 1
BS 1 457 RR1GQ94TF

RD RR1GQ94JQ 457 0 0
GGAGGCTTCCAACTCTCATGAATAAGAGAGACAAGGAGGTACTACATACTAATGGCTAAG
ATGCCAAGTTCATCGAAGCTCCTTGCGGTGATGATTTTCTCAATCATGGCGCTTTTCGTA
ATCTCCCAGGCTCGAACCCTTTCTCCTGGTAGGAAATTAACTCAGTACCCGGCTCCGTCT
TACGGACAGTACTCTCCTGTTCCTCCTAGATGTTTCAACCCACCTTATTGTCGTCCATGA
GAGTTTTAATTTGGTCACATGAACAATTTTCAAATAAAATAAGGTGATGTATTATGTATA
TGGGTTATGGGTATCTTCATATATTATAATATGATTTGCTGGGGAATAAAATGCTTGTGA
AATCCATGTTATAAATACAGTATGTTGCAGTTTGTAATGAATAAGTGATATTTATGTTTA
TTTTGTTTGGTCATTCATGATGATGTCTCTGTTTAAT

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1GQ94TF 457 0 0
GGAGGCTTCCAACTCTCATGAATAAGAGAGACAAGGAGGTACTACATACTAATGGCTAAG
ATGCCAAGTTCATCGAAGCTCCTTGCGGTGATGATTTTCTCAATCATGGCGCTTTTCGTA
ATCTCCCAGGCTCGAACCCTTTCTCCTGGTAGGAAATTAACTCAGTACCCGGCTCCGTCT
TACGGACAGTACTCTCCTGTTCCTCCTAGATGTTTCAACCCACCTTATTGTCGTCCATGA
GAGTTTTAATTTGGTCACATGAACAATTTTCAAATAAAATAAGGTGATGTATTATGTATA
TGGGTTATGGGTATCTTCATATATTATAATATGATTTGCTGGGGAATAAAATGCTTGTGA
AATCCATGTTATAAATACAGTATGTTGCAGTTTGTAATGAATAAGTGATATTTATGTTTA
TTTTGTTTGGTCATTCATGATGATGTCTCTGTTTAAT

QA 1 457 1 457
DS 



AS 1 2

CO CL6107Contig1 805 2 24 U
TTTTTCAAAGGTTTTGTCTTTTCGAGATTTCCTCAAAGTTGGGAGCTTTCAGGGTTTATG
GATTCGCGAATCATGGAAGATGATTACCAAACGCCGCGTTTCACGATCGGTCGACAGTCC
TCGTTGGCGCCGGAGAAGATCCCGGAGCCGTCGATTCACTCGGAAGAGGAGGTGCTGCAG
GACGGAGAGGAGATCGACGGAGGCGTGAGGCTTATGTATCTGTGTAACGAAGGCGACGTC
GAAGGGATCAAGGAGCTTCTAGATTCGGGGATCGATGCTAATTACAGAGACATTGATGAT
CGGACTGCTCTCCACGTGGCGGCTTGTCAGGGGTTGAAGGATGTGGTCGAGATTCTTCTC
GATCGGGGAGCTGAAGTTGATCCTAAAGATCGATGGGGAAGCACGCCACTTGCAGATGCG
ATATTTTACAAGAACGTCGATGTAATCAAGATTCTTGAGACTCATGGAGCTAAACACCCT
ATGGCTCCAATGCACGTGAAGACTCCTCGTGAGGTTCCTGAATACGAAATCAATCCTAGT
GAGCTTGATTTCACTCAAAGCAAAGAGATAACAAAGGGAACTTACTGTATGGCAATGTGG
CGTGGGATTCAAGTCGCAGTGAAAAAGCTCGATGATGAAGTTTTAAGCGACGATGAACAA
GTGAGGAAGTTCCATGACGAGCTAGCGTTGCTCCAAAGGCTTAGGTATCCGAACATAGTG
CAGTTTCTTGGCGCTGTAACTCAAAGCAATCCTATGATGATTGTAACTGAATACTTGCCT
AGGGAGATTTGCGTGAGTTGCTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CV06TF U 1
AF RR1DJ66TF U 142
BS 1 177 RR1CV06TF
BS 178 178 RR1DJ66TF
BS 179 200 RR1CV06TF
BS 201 201 RR1DJ66TF
BS 202 250 RR1CV06TF
BS 251 251 RR1DJ66TF
BS 252 273 RR1CV06TF
BS 274 274 RR1DJ66TF
BS 275 386 RR1CV06TF
BS 387 387 RR1DJ66TF
BS 388 392 RR1CV06TF
BS 393 393 RR1DJ66TF
BS 394 412 RR1CV06TF
BS 413 413 RR1DJ66TF
BS 414 437 RR1CV06TF
BS 438 438 RR1DJ66TF
BS 439 443 RR1CV06TF
BS 444 444 RR1DJ66TF
BS 445 524 RR1CV06TF
BS 525 525 RR1DJ66TF
BS 526 643 RR1CV06TF
BS 644 644 RR1DJ66TF
BS 645 660 RR1CV06TF
BS 661 805 RR1DJ66TF

RD RR1CV06TF 660 0 0
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TCGTTGGCGCCGGAGAAGATCCCGGAGCCGTCGATTCACTCGGAAGAGGAGGTGCTGGAG
GACGGAGAGGAGATCGACGGCGGCGTGAGGCTTATGTATCTGTGTAACGAAGGCGACGTC
GAAGGGATCAGGGAGCTTCTAGATTCGGGGATC*ATGCTAATTACAGAGACATTGATGAT
CGGACTGCTCTCCACGTGGCGGCTTGTCAGGGGTTGAAGGATGTGGTCGAGATTCTTCTC
GATCGGGGAGCTGAAGTTGATCCTAAGGATCGGTGGGGAAGCACGCCACTTGTAGATGCG
ATATTTTACAAGAACGTTGATGTGATCAAGATTCTTGAGACTCATGGAGCTAAACACCCT
ATGGCTCCAATGCACGTGAAGACTCCTCGTGAGGTTCCTGAATATGAAATCAATCCTAGT
GAGCTTGATTTCACTCAAAGCAAAGAGATAACAAAGGGAACTTACTGTATGGCAATGTGG
CGTGGGATTCAAGTCGCAGTGAAAAAGCTCGATGATGAAGTTT*AAGCGACGATGAACAA

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1DJ66TF 664 0 0
G
CGGAGCCGTCGATTCACTCGGAAGAGGAGGTGCTGCAGGACGGAGAGGAGATCGACGGAG
GCGTGAGGCTTATGTATCTGTGTAACGAAGGCGACGTGGAAGGGATCAAGGAGCTTCTAG
ATTCGGGGATCGATGCTAATTACAGAGACATTGATGATCGGACTGCTCTCCACGTGGCGG
CTTGTCAGGGGTTGAAGGATGTGGTCGAGATTCTTCTCGATCGGGGAGCTGAAGTTGATC
CTAAAGATCGATGGGGAAGCACGCCATTTGCAGATGCGATATTTTACAAGAACGTCGATG
TAATCAAGATTCTTGAGACTCATGGAGCTAAACACCCTATGGCTCCAATGCACGTGAAGA
CTCCTCGTGAGGTTCCTGAATACGAAATCAATCCTAGTGAGCTTGATTTCACTCAAAGTA
AAGAGATAACAAAGGGAACTTACTGTATGGCAATGTGGCGTGGGATTCAAGTCGCGGTGA
AAAAGCTCGATGATGAAGTTTTAAGCGACGATGAACAAGTGAGGAAGTTCCATGACGAGC
TAGCGTTGCTCCAAAGGCTTAGGTATCCGAACATAGTGCAGTTTCTTGGCGCTGTAACTC
AAAGCAATCCTATGATGATTGTAACTGAATACTTGCCTAGGGAGATTTGCGTGAGTTGCT
GAA

QA 2 664 2 664
DS 



AS 1 2

CO CL6108Contig1 1302 2 2 U
GGATCTAGTATTCGTGGGACGCTGCAGTCACAAGCCAAAGCCTTTGTAGATTCCCAGCAT
GAAGCTCGGATGACAAAACTGAAAGCTGTCCTTGATCAAGAAACATGGGATGAGATCGAT
GTTCCCGAAGAATTCCAATCCATAATCGGTTCTCTTTTCGCATCCCAGCAGTTGATTTCT
AGGAAAGCTGATGATGCTGATACTATAACATACCACAGAAACCCGCTCACTCCCAACGGA
TCTCTCACGTCAGGAACTGAAGATCAAAATACTGAACTACGAAATGAAAATTCTGAATCT
AGTGAAGGTCCTGCAGTCAGTAGTGCACAAGTGAAATCCACAGTTTCACCTGAGTCTCTT
GAAAGAAGCAAGGCTGGTGTATCTTTAGTTGCGAATAATCAAAGTAATCAGAAGGCGCAC
GGAAAATCTAACCTTTTTTATCAAGGAGTTGGTTACCACATGGTAAACTGTGGGTTAATA
TTACTCAAGATGTTGTCAGAATACATTGACATGAGTAATTCTTTGCCAGCTTTGTCCTCG
GAAGTCGTTCTTCGTGTTGTTGAAGTGTTGAGATTTTTCAACACTAGGACATGCCAACTT
GGTCTGGGGGCTGGTGCTATGCAGGTTTCTGGTCTAAAGTCCATAAAGGCGAAACACTTG
GCACTTGCAAGTCAAGTAATCGACTTCACTTACACTATTATTCCTGAATCAAGAAGAATT
CTGTTTTCAAAAGTACCTGAGACGAGAAAGCCACTGTTGTCAGTAGAGATTGATAGAGTC
GCTCAGGATTATAGGGTTCATCGAGATGAAATATACGCAAAACTGGTCCAGATAATGAGA
GAAAGACTGTTGGCGCATCTTCATGGGTTGCCGAAAGTTGTTGAGAGCTGGAACAGACCG
CCAGACAGCAGTAAACAAACTAAAGAGTTTGCCTGGCCACTCACAAGGGAAGTTGGCTAC
CTACATCGGGTTTTATCCGAGACATTGCACGAAGCAGATGTTAAAGCAATCTTCAGGCAG
GTGATTTCAATCATCCACACACAAACTTCTCAAACCCTTTCTAACTTGGAGATAAGCTCT
CCAGAGGCAAAGAAAAGGCTGAAGCTTCACGTTGAGCTTATCCTCAAATGCATCAGATCG
TTGCCATCCGACAATGCCAATGAATCAGGCATCCCAAACTGGGGACAACTAGATGAATTC
TTTGCACAACACTTTAAAGAAGAAGAAGAGGGAGGCGAAGCTGAGTGATGAAGGCATCAT
TGTACATCGATTTGTTTCCTCTCACTCTTCCTATATAAAGTG


BQ
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AF RR1F167TF U 1
AF RR1F167JQ C 580
BS 1 715 RR1F167TF
BS 716 1302 RR1F167JQ

RD RR1F167TF 721 0 0
GGATCTAGTATTCGTGGGACGCTGCAGTCACAAGCCAAAGCCTTTGTAGATTCCCAGCAT
GAAGCTCGGATGACAAAACTGAAAGCTGTCCTTGATCAAGAAACATGGGATGAGATCGAT
GTTCCCGAAGAATTCCAATCCATAATCGGTTCTCTTTTCGCATCCCAGCAGTTGATTTCT
AGGAAAGCTGATGATGCTGATACTATAACATACCACAGAAACCCGCTCACTCCCAACGGA
TCTCTCACGTCAGGAACTGAAGATCAAAATACTGAACTACGAAATGAAAATTCTGAATCT
AGTGAAGGTCCTGCAGTCAGTAGTGCACAAGTGAAATCCACAGTTTCACCTGAGTCTCTT
GAAAGAAGCAAGGCTGGTGTATCTTTAGTTGCGAATAATCAAAGTAATCAGAAGGCGCAC
GGAAAATCTAACCTTTTTTATCAAGGAGTTGGTTACCACATGGTAAACTGTGGGTTAATA
TTACTCAAGATGTTGTCAGAATACATTGACATGAGTAATTCTTTGCCAGCTTTGTCCTCG
GAAGTCGTTCTTCGTGTTGTTGAAGTGTTGAGATTTTTCAACACTAGGACATGCCAACTT
GGTCTGGGGGCTGGTGCTATGCAGGTTTCTGGTCTAAAGTCCATAAAGGCGAAACACTTG
GCACTTGCAAGTCAAGTAATCGACTTCACTTACACTATTATTCCTGAATCAAGAA
AATTCT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1F167JQ 723 0 0
AACACTAGGACATGCCAACTTGGTCTGGGGGCTGGTGCTATGCAGGTTTCTGGTCTAAAG
TCCATAAAGGCGAAACACTTGGCACTTGCAAGTCAAGTAATCGACTTCACTTACACTATT
ATTCCTGAATCAAGAAGAATTCTGTTTTCAAAAGTACCTGAGACGAGAAAGCCACTGTTG
TCAGTAGAGATTGATAGAGTCGCTCAGGATTATAGGGTTCATCGAGATGAAATATACGCA
AAACTGGTCCAGATAATGAGAGAAAGACTGTTGGCGCATCTTCATGGGTTGCCGAAAGTT
GTTGAGAGCTGGAACAGACCGCCAGACAGCAGTAAACAAACTAAAGAGTTTGCCTGGCCA
CTCACAAGGGAAGTTGGCTACCTACATCGGGTTTTATCCGAGACATTGCACGAAGCAGAT
GTTAAAGCAATCTTCAGGCAGGTGATTTCAATCATCCACACACAAACTTCTCAAACCCTT
TCTAACTTGGAGATAAGCTCTCCAGAGGCAAAGAAAAGGCTGAAGCTTCACGTTGAGCTT
ATCCTCAAATGCATCAGATCGTTGCCATCCGACAATGCCAATGAATCAGGCATCCCAAAC
TGGGGACAACTAGATGAATTCTTTGCACAACACTTTAAAGAAGAAGAAGAGGGAGGCGAA
GCTGAGTGATGAAGGCATCATTGTACATCGATTTGTTTCCTCTCACTCTTCCTATATAAA
GTG

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL6109Contig1 1167 2 2 U
GGAGACAGAAACAGAAGACACGTTTCGAGTCTGGTGATGTCACTCTCCACAGTATCTTCC
ACCGTCGCCGTTCTTGAGCCCCCTCGTTCCCGTCTCTCACCAATCTCAACCACTCAAATC
CAGTTCCTCACTGTCTTAGCCAAAACACAACCTAGAATAAAAAGAACACCCAAGCTCTCC
TTCACCCCCCTCCCGATACTTACCCACTCAAATCATCATCATCATCTCCGTCACCGTCTC
TCCGATCCCAATTCAAGTTTTCACCGTCCCCACTGTAGTGGAGAAGCTGGACACTCCGAC
ACCACAGAACAAAGCTCTGTAGCTTCTGTTGATAATAGTAGCTATGTAGCCTTGTTCGTC
CGAATGCTCGGTTTAGACAACGACCCTCTCGACAGAGAACAAGCCGTAGAAGCGCTGTGG
AAGTACTCTCTAGGCGGGAAGAAATGCGTCGACGCGATTATGCGGTTCCACGGCTGTTTG
AACCTCGTCGTCACTCTTCTCAAGTCCGAGTCCAGCTCCGCCTGCGAAGCTGCTTCAGGG
CTGCTACGGTCCATAGCTTCCGTGAATCTCTACAGAGAGCTGGTCGCTGAGAGTGGAGCG
TTGGAGGAGATTACCGCTTTACTGAGCAGACCTTCTTTAGCTACAGTGGTGAAAGAACAA
AGCATATGTGCTTTATGGAATCTGACTGTGGATGAAGGAGTCAGAGAGAAAGTTGCAGAC
TTTGATATCCTTAGGCTGCTCATTGGTTTCCTTGAAGATGATGATGTTAATGTGAAGGAA
GCAGCTGGTGGAGTCTTGGCTAATCTTGCACTTAGCAGAAACAACCATAAGACTATGGTG
GAAGTAGGAGTCATACCTAAACTGGCGAAACTGTTGAAAGGCGATAACAAAGGGTCTAAA
GTGATAAGAAAAGAAGCGAGGAATGTGCTTTTGGAGCTAGCTAAAGATGAGTACTACAGG
ATTCTTGTCATTGAGGAAGGTGTTGTGCCTATTCCCATTATTGGTGCAGATGCTTACAAG
TCGTTCAGACCGGATCTTTATTCATGGCCTAGCTTACCTGACGGGGTCAAGATCGAGCAG
ACAGCAAAAGCTCCTTCTAGATTCGGTGCATCTGAGCTGCTCCTGGGTTTAAACGTTGAC
GAGAACGTTGACGAAGTGGACGAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GA06TF U 1
AF RR1GA06JQ C 425
BS 1 697 RR1GA06TF
BS 698 1167 RR1GA06JQ

RD RR1GA06TF 704 0 0
GGAGACAGAAACAGAAGACACGTTTCGAGTCTGGTGATGTCACTCTCCACAGTATCTTCC
ACCGTCGCCGTTCTTGAGCCCCCTCGTTCCCGTCTCTCACCAATCTCAACCACTCAAATC
CAGTTCCTCACTGTCTTAGCCAAAACACAACCTAGAATAAAAAGAACACCCAAGCTCTCC
TTCACCCCCCTCCCGATACTTACCCACTCAAATCATCATCATCATCTCCGTCACCGTCTC
TCCGATCCCAATTCAAGTTTTCACCGTCCCCACTGTAGTGGAGAAGCTGGACACTCCGAC
ACCACAGAACAAAGCTCTGTAGCTTCTGTTGATAATAGTAGCTATGTAGCCTTGTTCGTC
CGAATGCTCGGTTTAGACAACGACCCTCTCGACAGAGAACAAGCCGTAGAAGCGCTGTGG
AAGTACTCTCTAGGCGGGAAGAAATGCGTCGACGCGATTATGCGGTTCCACGGCTGTTTG
AACCTCGTCGTCACTCTTCTCAAGTCCGAGTCCAGCTCCGCCTGCGAAGCTGCTTCAGGG
CTGCTACGGTCCATAGCTTCCGTGAATCTCTACAGAGAGCTGGTCGCTGAGAGTGGAGCG
TTGGAGGAGATTACCGCTTTACTGAGCAGACCTTCTTTAGCTACAGTGGTGAAAGAACAA
AGCATATGTGCTTTATGGAATCTGACTGTGGATGAAG
AGTCAGA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1GA06JQ 743 0 0
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TCGTCGTCACTCTTCTCAAGTCCGAGTCCAGCTCCGC*TGCGAAGCTGCTTCAGGGCTGC
TACGGTCCATAGCTTCCGTGAATCTCTACAGAGAGCTGGTCGCTGAGAGTGGAGCGTTGG
AGGAGATTACCGCTTTACTGAGCAGACCTTCTTTAGCTACAGTGGTGAAAGAACAAAGCA
TATGTGCTTTATGGAATCTGACTGTGGATGAAGGAGTCAGAGAGAAAGTTGCAGACTTTG
ATATCCTTAGGCTGCTCATTGGTTTCCTTGAAGATGATGATGTTAATGTGAAGGAAGCAG
CTGGTGGAGTCTTGGCTAATCTTGCACTTAGCAGAAACAACCATAAGACTATGGTGGAAG
TAGGAGTCATACCTAAACTGGCGAAACTGTTGAAAGGCGATAACAAAGGGTCTAAAGTGA
TAAGAAAAGAAGCGAGGAATGTGCTTTTGGAGCTAGCTAAAGATGAGTACTACAGGATTC
TTGTCATTGAGGAAGGTGTTGTGCCTATTCCCATTATTGGTGCAGATGCTTACAAGTCGT
TCAGACCGGATCTTTATTCATGGCCTAGCTTACCTGACGGGGTCAAGATCGAGCAGACAG
CAAAAGCTCCTTCTAGATTCGGTGCATCTGAGCTGCTCCTGGGTTTAAACGTTGACGAGA
ACGTTGACGAAGTGGACGAAGCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL6110Contig1 721 2 2 U
GGAGAACTCAAAAACTCTTCTTTGGTCTGCAATGGCCGAAGCTTCTAATCCCGACAACGG
TAAAGAGAACCCGACATTCAAGATCCGAAGACTAGAGATCTCCGACAAGAGAAAGGGATA
CCTGGAGCTTCTCGGTCAACTCACCGTCGCCGGACCACTCACCGACGACGAATTCGATCG
GCGATTCGAAGAGATCAGGTCCTACGGAGACGACCACTTCATCTGCGTGATCGAAGAGGG
GTCTTCGGGGAAGATCGTGGCGACGGGGAGCGTGATGATAGAGAAGAAGTTCCTGAGGAG
CTGCGGGAAAGTCGGGCACGTAGAGGACGTGGTCGTGGACTCGGAGTTTCGCGGGAAGCA
TCTGGGGAAGAGAGTTGTTGAGTTTCTGACGGAACATAGCAGATCCATGGGTTGCTACAA
GGTGATGCTTGATTGTAGCGTGGAGAAGAAAGGGTTCTACGAGAAGTGTGGGATGTTCAA
TAGAGCGATTCAGATGACCAAGTACTTCGATTGAACACTCCCTCCGATCATTAATTATCA
TCTTGTTTGATTGCTTCGATTGAACACTCTCCCTCCTCTGCTTCATCTTCCTTCTCTGGT
CACCATCAGTCCCCTTTTCCACACTTTCCCAATTATGTATCATCTTCGTTTTCTTTCTTC
GGCGTTCTCACTTGTTGCCTGTTGTAATTTCAATCTCTATAATATTATTCCTTGTCTAGT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1DI93TF U 1
AF RR1DI93JQ C 225
BS 1 685 RR1DI93TF
BS 686 721 RR1DI93JQ

RD RR1DI93TF 685 0 0
GGAGAACTCAAAAACTCTTCTTTGGTCTGCAATGGCCGAAGCTTCTAATCCCGACAACGG
TAAAGAGAACCCGACATTCAAGATCCGAAGACTAGAGATCTCCGACAAGAGAAAGGGATA
CCTGGAGCTTCTCGGTCAACTCACCGTCGCCGGACCACTCACCGACGACGAATTCGATCG
GCGATTCGAAGAGATCAGGTCCTACGGAGACGACCACTTCATCTGCGTGATCGAAGAGGG
GTCTTCGGGGAAGATCGTGGCGACGGGGAGCGTGATGATAGAGAAGAAGTTCCTGAGGAG
CTGCGGGAAAGTCGGGCACGTAGAGGACGTGGTCGTGGACTCGGAGTTTCGCGGGAAGCA
TCTGGGGAAGAGAGTTGTTGAGTTTCTGACGGAACATAGCAGATCCATGGGTTGCTACAA
GGTGATGCTTGATTGTAGCGTGGAGAAGAAAGGGTTCTACGAGAAGTGTGGGATGTTCAA
TAGAGCGATTCAGATGACCAAGTACTTCGATTGAACACTCCCTCCGATCATTAATTATCA
TCTTGTTTGATTGCTTCGATTGAACACTCTCCCTCCTCTGCTTCATCTTCCTTCTCTGGT
CACCATCAGTCCCCTTTTCCACACTTTCCCAATTATGTATCATCTTCGTTTTCTTTCTTC
GGCGTTCTCACTTGTTGCCTGTTGT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1DI93JQ 497 0 0
GCGTGATCGAAGAGGGGTCTTCGGGGAAGATCGTGGCGACGGGGAGCGTGATGATAGAGA
AGAAGTTCCTGAGGAGCTGCGGGAAAGTCGGGCACGTAGAGGACGTGGTCGTGGACTCGG
AGTTTCGCGGGAAGCATCTGGGGAAGAGAGTTGTTGAGTTTCTGACGGAACATAGCAGAT
CCATGGGTTGCTACAAGGTGATGCTTGATTGTAGCGTGGAGAAGAAAGGGTTTTACGAGA
AGTGTGGGATGTTCAATAGAGCGATTCAGATGACCAAGTACTTCGATTGAACACTCCCTC
CGATCATTAATTATCATCTTGTTTGATTGCTTCGATTGAACACTCTCCCTCCTCTGCTTC
ATCTTCCTTCTCTGGTCACCATCAGTCCCCTTTTCCACACTTTCCCAATTATGTATCATC
TTCGTTTTCTTTCTTCGGCGTTCTCACTTGTTGCCTGTTGTAATTTCAATCTCTATAATA
TTATTCCTTGTCTAGTC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6112Contig1 1297 2 2 U
GGCTCCACCATAATTTACCCTTCTTATAAAACTCCTTCCATCCATCAAATTATTTTTTAT
CACAAGTCCCCTTCTCTCTAATACGTCTCACATGAGCAAGAGCAATATCGATACATAAAA
ACAAAGAAAATGAACAAGAACAAGAAGGAAGTGAATATCGAGACAAAGAAAGGGTCCACG
ATGGATGAGTGGCCTGAGCCAATCGTCCGTGTCCAGGCCTTAGCCGAGAGCAACCTCTCC
TCTCTCCCCGACCGCTACATCAAACCAGCATCTCAACGTCCCACCACAGTAGAGGATGCC
TCTGCCGCGACCAACATCCCAATCATTGACCTTGAAGGACTCTTCTCGGAAGACGGGTCG
CCAGATGAGGCCATCTTGGCTCAGATATCAGAGGCTTGCTGTGAGTGGGGATTCTTCCAA
GTGTTGAACCATGGTGTGAGGCCAGAGCTGATGGACGCGGCTAGGGAGAATTGGAGAGAG
TTTTTTCACTTGCCGGTTAATGAGAAGGAGACTTACAAAAACTCACCAAAAACCTATGAG
GGCTATGGAAGCAGACTAGGAGTTGAGAAAGGAGCCATTCTTGACTGGAGTGATTATTAC
TTTCTCCATCTTCTTCCTCCTCATTTGAAAGACTTCAACAAGTGGCCTTCTTTTCCTCCC
ACCATTAGAGAAGTGATCGATGAGTATGGCAAGCAAGTAGTGAACCTATGCGGGAGAATT
ATGAAGGTATTATCACTAAACTTAGGATTAAAGGAGGATAAGTTTCAAGATGCGTTTGGT
GGTGAAAACATTGGGGCGTGTTTGAGGGTTAATTATTATCCAAAATGCCCTAGACCGGAG
CTGGCTCTCGGTCTCTCCTCCCACTCTGATCCTGGCGGTATGACTATTCTCTTACCAGAC
GATCAGGTCTTCGGTCTTCAAGTCCGTAAAAATGACATGTGGATCACCGTCAAGCCTCAT
CCTCATGCGTTCATCGTTAATATTGGTGATCAAATTCAGATACTAAGCAACTCAGTGTAC
AAGAGTGTGGAGCATAGAGTGATAGTGAACTCGGAGAAAGAGAGGGTTTCGCTTGCTTTC
TTCTACAATCCTAAAAGCGATATACCAATCCAACCATTACAAGAACTTGTAACCACTCAT
AATCCTCCTTTATATCCTCCCATGACCTTTGATCAATATAGACTCTTTATCCGAACTCAA
GGTCCACAAGGCAAATCTCATGTTGAATCTCTTGTTTCTCCTCGTTAGTTTTTTTCTCTT
CCTTTAAGGAATATTAAATGTTTTGGTTTGTTTCATG


BQ
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AF RR1FI17TF U 1
AF RR1FI17JQ C 441
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BS 721 1297 RR1FI17JQ

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CACAAGTCCCCTTCTCTCTAATACGTCTCACATGAGCAAGAGCAATATCGATACATAAAA
ACAAAGAAAATGAACAAGAACAAGAAGGAAGTGAATATCGAGACAAAGAAAGGGTCCACG
ATGGATGAGTGGCCTGAGCCAATCGTCCGTGTCCAGGCCTTAGCCGAGAGCAACCTCTCC
TCTCTCCCCGACCGCTACATCAAACCAGCATCTCAACGTCCCACCACAGTAGAGGATGCC
TCTGCCGCGACCAACATCCCAATCATTGACCTTGAAGGACTCTTCTCGGAAGACGGGTCG
CCAGATGAGGCCATCTTGGCTCAGATATCAGAGGCTTGCTGTGAGTGGGGATTCTTCCAA
GTGTTGAACCATGGTGTGAGGCCAGAGCTGATGGACGCGGCTAGGGAGAATTGGAGAGAG
TTTTTTCACTTGCCGGTTAATGAGAAGGAGACTTACAAAAACTCACCAAAAACCTATGAG
GGCTATGGAAGCAGACTAGGAGTTGAGAAAGGAGCCATTCTTGACTGGAGTGATTATTAC
TTTCTCCATCTTCTTCCTCCTCATTTGAAAGACTTCAACAAGTGGCCTTCTTTTCCTCCC
ACCATTAGAGAAGTGATCGATGAGTATGGCAAGCAAGTAGTGAACCTATGCGGGAGAATT

QA 1 720 1 720
DS 

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TGAGAAGGAGACTTACAAAAACTCACCAAAAACCTATGAGGGCTATGGAAGCAGACTAGG
AGTTGAGAAAGGAGCCATTCTTGACTGGAGTGATTATTACTTTCTCCATCTTCTTCCTCC
TCATTTGAAAGACTTCAACAAGTGGCCTTCTTTTCCTCCCACCATTAGAGAAGTGATCGA
TGAGTATGGCAAGCAAGTAGTGAACCTATGCGGGAGAATTATGAAGGTATTATCACTAAA
CTTAGGATTAAAGGAGGATAAGTTTCAAGATGCGTTTGGTGGTGAAAACATTGGGGCGTG
TTTGAGGGTTAATTATTATCCAAAATGCCCTAGACCGGAGCTGGCTCTCGGTCTCTCCTC
CCACTCTGATCCTGGCGGTATGACTATTCTCTTACCAGACGATCAGGTCTTCGGTCTTCA
AGTCCGTAAAAATGACATGTGGATCACCGTCAAGCCTCATCCTCATGCGTTCATCGTTAA
TATTGGTGATCAAATTCAGATACTAAGCAACTCAGTGTACAAGAGTGTGGAGCATAGAGT
GATAGTGAACTCGGAGAAAGAGAGGGTTTCGCTTGCTTTCTTCTACAATCCTAAAAGCGA
TATACCAATCCAACCATTACAAGAACTTGTAACCACTCATAATCCTCCTTTATATCCTCC
CATGACCTTTGATCAATATAGACTCTTTATCCGAACTCAAGGTCCACAAGGCAAATCTCA
TGTTGAATCTCTTGTTTCTCCTCGTTAGTTTTTTTCTCTTCCTTTAAGGAATATTAAATG
TTTTGGTTTGTTTCATG

QA 1 857 1 857
DS 



AS 1 2

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CTACCCTAGGGACTGGGATTTTCCAAGGGTTAGACAGATTGCTGACAAGTGTGGTGCGGT
TTTGATGTGTGATATGGCTCATATTAGCGGTCTTGTCGCCACTAAGGTTTGATGAATCTT
CTTCTACTTTCTTTTGTTTATTTGTTGATTAGCTCTTAGGTTTCTACATTTGATCGTCTT
GCACTTGAATCGTAAGACTAAGTAAACTTTGTGGTTCAAATGCTTTAGATTAAAAGCTTC
GTACAATAAAATTGGTAGTTAAATGTTCCGTCACCTGGGTTCGAATCCCGGCCACCGGAG
AATTAACATTTCGGCATCGGCAGGGACAGAGGACCGACATGTGGCAACACGTGACTAGTC
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BQ
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AF RR1DL50JQ C 1
AF RR1DL50TF U 1
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CTACCCTAGGGACTGGGATTTTCCAAGGGTTAGACAGATTGCTGACAAGTGTGGTGCGGT
TTTGATGTGTGATATGGCTCATATTAGCGGTCTTGTCGCCACTAAGGTTTGATGAATCTT
CTTCTACTTTCTTTTGTTTATTTGTTGATTAGCTCTTAGGTTTCTACATTTGATCGTCTT
GCACTTGAATCGTAAGACTAAGTAAACTTTGTGGTTCAAATGCTTTAGATTAAAAGCTTC
GTACAATAAAATTGGTAGTTAAATGTTCCGTCACCTGGGTTCGAATCCCGGCCACCGGAG
AATTAACATTTCGGCATCGGCAGGGACAGAGGACCGACATGTGGCAACACGTGACTAGTC
TGGACCACTTCGGTGTGAGGCCAGGATACCTCTGTATAATT

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR1DL50TF 461 0 0
GAAGCTTGAGGATAAGGCTCTTGATTACCGCCCCAAGATTCTTATTTGTGGAGGCAGCTC
CTACCCTAGGGACTGGGATTTTCCAAGGGTTAGACAGATTGCTGACAAGTGTGGTGCGGT
TTTGATGTGTGATATGGCTCATATTAGCGGTCTTGTCGCCACTAAGGTTTGATGAATCTT
CTTCTACTTTCTTTTGTTTATTTGTTGATTAGCTCTTAGGTTTCTACATTTGATCGTCTT
GCACTTGAATCGTAAGACTAAGTAAACTTTGTGGTTCAAATGCTTTAGATTAAAAGCTTC
GTACAATAAAATTGGTAGTTAAATGTTCCGTCACCTGGGTTCGAATCCCGGCCACCGGAG
AATTAACATTTCGGCATCGGCAGGGACAGAGGACCGACATGTGGCAACACGTGACTAGTC
TGGACCACTTCGGTGTGAGGCCAGGATACCTCTGTATAATT

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 2

CO CL6114Contig1 1227 2 8 U
GGGTTCCGAGTTTGCAAAGAACCCAAAAAAAATGAGAGATTCAATATACCCTTTATGGGT
TGATCTTCGCTTAAAGGTGATGATCATGGTGGTGATGATATTCGTATCATGGAGAGGTGT
TTTGGGGTTGGAGAACATAAACCCCATTTTCTTCGACGAAGGTCTTTCTCATTTGTTTGG
TGAATCTAATCTCATCCGATCTCCTGATGATCGCAGCGTTCGATTACTCCTCGACAAATA
TACTGGGTCAGGATTTATATCTTCAAACATGTATCAACATGGATTTTTTAGTTCGTTGAT
AAAGTTGCCAGGAGCTTACACGGCTGGTCTTGTAGTCGCCTTCTACACATCAAATGGTGA
TGTGTTTGTGAAGAACCATGACAAATTAGACATAGAGTTCTTAGGAAACGTTGAAGGAAA
GCCATGGCGGTTTCAGACAAATATGTATGGTAATGGTAGCACAAACCGTGGCCGAGAAGA
ACGCTACCGCCTTTGGTTTGATCCTTCCAAGGAGTTTCACCGTTATAGCATCCTTTGGAA
CCCTACCAAAATAATATTTTGGGTAGACGATGTGCCAATAAGAGAAATCATAAGAAAAGA
AGAAATGAAAGGAGACTATCCACAAAAACCAATGTCTCTCTACGCAACCATTTGGGATGC
CTCAAGCTGGGCTACTTCCGGCGGAAAGTTCGGTGTCGACTATACATTTTCACCTTTCGT
CTCCGAGTTCAAAGACATTGCTCTCGACGGTTGTAATGTCTCCGACTCATTTCCCAACAA
CAAAAACAACACTGTCGGTTATAACTACAGAAACTGTTCTGCCTCCGACCAAGATCTCAT
GACTAGCGATTACTCAACCATTAATCCTAAACAAGGAGCCGCAATGCGACGGTTCCGGGA
ACGTTATATGTACTATTCGTATTGTTACGATACTGTAAGGTATGCCGTGCCTCCACCTGA
GTGTGTGATCGTGGCGGCTGAGAAGGACCGGTTTAGGGATACTGGACGGTTAAAGTTTGG
TGGTAGTCATAGAACACGGAAAAGACGGAAGCGGAACCGGTCTACGCCGGTGGTTTCGGC
TGATCAATAGCATTAATTAGTTCAATTATATTCCCGAGTATGTATATATAGTGTTTAATT
ATATAGATCAAGAATAATATACTATCATAAAATTCATCAAGTTTTATGTTTCTTTTTTTG
CTCCACCGTAAATAATGCGTATATGTC


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AF RR1F241TF U 1
AF RR1F241JQ C 475
BS 1 611 RR1F241TF
BS 612 612 RR1F241JQ
BS 613 627 RR1F241TF
BS 628 628 RR1F241JQ
BS 629 660 RR1F241TF
BS 661 661 RR1F241JQ
BS 662 676 RR1F241TF
BS 677 1227 RR1F241JQ

RD RR1F241TF 676 0 0
GGGTTCCGAGTTTGCAAAGAACCCAAAAAAAATGAGAGATTCAATATACCCTTTATGGGT
TGATCTTCGCTTAAAGGTGATGATCATGGTGGTGATGATATTCGTATCATGGAGAGGTGT
TTTGGGGTTGGAGAACATAAACCCCATTTTCTTCGACGAAGGTCTTTCTCATTTGTTTGG
TGAATCTAATCTCATCCGATCTCCTGATGATCGCAGCGTTCGATTACTCCTCGACAAATA
TACTGGGTCAGGATTTATATCTTCAAACATGTATCAACATGGATTTTTTAGTTCGTTGAT
AAAGTTGCCAGGAGCTTACACGGCTGGTCTTGTAGTCGCCTTCTACACATCAAATGGTGA
TGTGTTTGTGAAGAACCATGACAAATTAGACATAGAGTTCTTAGGAAACGTTGAAGGAAA
GCCATGGCGGTTTCAGACAAATATGTATGGTAATGGTAGCACAAACCGTGGCCGAGAAGA
ACGCTACCGCCTTTGGTTTGATCCTTCCAAGGAGTTTCACCGTTATAGCATCCTTTGGAA
CCCTACCAAAATAATATTTTGGGTAGACGATGTGCCAATAAGAGAAATCATAAGAAAAGA
AGAAATGAAAG*AGACTATCCACAAAA*CCAATGTCTCTCTACGCAACCATTTGGGATGC
*TCAAGCTGGGCTACT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1F241JQ 753 0 0
AGAAGAACGCTACCGCCTTTGGTTTGATCCTTCCAAGGAGTTTCACCGTTATAGCATCCT
TTGGAACCCTACCAAAATAATATTTTGGGTAGACGATGTGCCAATAAGAGAAATCATAAG
AAAAGAAGAAATGAAAGGAGACTATCCACAAAAACCAATGTCTCTCTACGCAACCATTTG
GGATGCCTCAAGCTGGGCTACTTCCGGCGGAAAGTTCGGTGTCGACTATACATTTTCACC
TTTCGTCTCCGAGTTCAAAGACATTGCTCTCGACGGTTGTAATGTCTCCGACTCATTTCC
CAACAACAAAAACAACACTGTCGGTTATAACTACAGAAACTGTTCTGCCTCCGACCAAGA
TCTCATGACTAGCGATTACTCAACCATTAATCCTAAACAAGGAGCCGCAATGCGACGGTT
CCGGGAACGTTATATGTACTATTCGTATTGTTACGATACTGTAAGGTATGCCGTGCCTCC
ACCTGAGTGTGTGATCGTGGCGGCTGAGAAGGACCGGTTTAGGGATACTGGACGGTTAAA
GTTTGGTGGTAGTCATAGAACACGGAAAAGACGGAAGCGGAACCGGTCTACGCCGGTGGT
TTCGGCTGATCAATAGCATTAATTAGTTCAATTATATTCCCGAGTATGTATATATAGTGT
TTAATTATATAGATCAAGAATAATATACTATCATAAAATTCATCAAGTTTTATGTTTCTT
TTTTTGCTCCACCGTAAATAATGCGTATATGTC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL6115Contig1 1037 2 4 U
GGGCGGACAGTTGAGTAGGAGGAGGAGGAGTTTTGACAATAGCTTTGAGAACTCATCTCC
TGATTATTTGCCTTTTGAGTTTAGAGCTCTCGAAATCGCCCTCGAAGCTGCTTGTACCTT
TCTCGATTCCCAGGCTTCAGAGTTGGAGATTGAGGCATACCCTTTACTAGACGAGCTTAC
ATCAAAGATCAGTACACTAAACCTGGAACGTGTGCGTAGGCTAAAGAGCAGACTCGTAGC
ACTCACGAGGAGAGTCCAGAAGGTTAGGGATGAGGTAGAGCAGCTGATGGATGATGATGG
AGATATGGCGGAAATGTATCTCACGGAGAAGAAGAAGAGGATGGAAGGATCTTTGTACGG
TGACCACCAGTCTTTACTGGGATACAGATCGAACGATGGTCTATCTGTTTCTGCGCCGGT
CTCTCCTGTGTCTTCTCCACCTGATTCACGTGGTAGACTCGATAGAAGCGTGAGTATTGC
TAGGAGCAGACATGACAGTGCGAGGAGTTCGGAAGGTGTGACAGAGAACATAGAAGAGCT
GGAGATGTTGCTGGAAGCTTACTTTGTCGTCATTGATAGTACACTAAACAAACTGACATC
GTTGAAAGAGTACATTGATGATACTGAAGATTTCATTAACATTCAACTGGATAACGTGAG
GAATCAGCTGATCCAGTTCGAGTTGCTTCTGACGACAGCAACATTTGTGGTAGCCATATT
TGGGGTGGTGGCAGGGATATTTGGAATGAACTTTGAGATAGACTTTTTCATTCAGCCAGG
GGCATTCAGATGGGTACTTATCATTACAGGAATCTGTGGCTTTGTCATATTTTCCGCGTT
TGTCTGGTTCTTCAAGTATAGAAGACTCATGCCTCTATGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGG
AGATGATGAATGTAGACAGACCACCAGCTCTTTTCATTATTATTATTATGTTGCTTCACA
TGATAGACTAATGATTTGTTTCCTTTGCACACACAATTAAACATTACCAAATGCAAATGT
GATAAAATCTTTTTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H568TF U 1
AF RR1H568JQ C 265
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BS 715 715 RR1H568JQ
BS 716 730 RR1H568TF
BS 731 1037 RR1H568JQ

RD RR1H568TF 730 0 0
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TGATTATTTGCCTTTTGAGTTTAGAGCTCTCGAAATCGCCCTCGAAGCTGCTTGTACCTT
TCTCGATTCCCAGGCTTCAGAGTTGGAGATTGAGGCATACCCTTTACTAGACGAGCTTAC
ATCAAAGATCAGTACACTAAACCTGGAACGTGTGCGTAGGCTAAAGAGCAGACTCGTAGC
ACTCACGAGGAGAGTCCAGAAGGTTAGGGATGAGGTAGAGCAGCTGATGGATGATGATGG
AGATATGGCGGAAATGTATCTCACGGAGAAGAAGAAGAGGATGGAAGGATCTTTGTACGG
TGACCACCAGTCTTTACTGGGATACAGATCGAACGATGGTCTATCTGTTTCTGCGCCGGT
CTCTCCTGTGTCTTCTCCACCTGATTCACGTGGTAGACTCGATAGAAGCGTGAGTATTGC
TAGGAGCAGACATGACAGTGCGAGGAGTTCGGAAGGTGTGACAGAGAACATAGAAGAGCT
GGAGATGTTGCTGGAAGCTTACTTTGTCGTCATTGATAGTACACTAAACAAACTGACATC
GTTGAAAGAGTACATTGATGATACTGAAGATTTCATTAACATTCAACTGGATAACGTGAG
GAATCAGCTGATCCAGTTCGAGTTGCTTCTGACGACAGCAACATTTGTGGTAGC*ATATT
TGGGGTGGTG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1H568JQ 773 0 0
TAGGGATGAGGTAGAGCAGCTGATGGATGATGATGGAGATATGGCGGAAATGTATCTCAC
GGAGAAGAAGAAGAGGATGGAAGGATCTTTGTACGGTGACCACCAGTCTTTACTGGGATA
CAGATCGAACGATGGTCTATCTGTTTCTGCGCCGGTCTCTCCTGTGTCTTCTCCACCTGA
TTCACGTGGTAGACTCGATAGAAGCGTGAGTATTGCTAGGAGCAGACATGACAGTGCGAG
GAGTTCGGAAGGTGTGACAGAGAACATAGAAGAGCTGGAGATGTTGCTGGAAGCTTACTT
TGTCGTCATTGATAGTACACTAAACAAACTGACATCGTTGAAAGAGTACATTGATGATAC
TGAAGATTTCATTAACATTCAACTGGATAACGTGAGGAATCAGCTGATCCAGTTCGAGTT
GCTTCTGACGACAGCAACATTTGTGGTAGCCATATTTGGGGTGGTGGCAGGGATATTTGG
AATGAACTTTGAGATAGACTTTTTCATTCAGCCAGGGGCATTCAGATGGGTACTTATCAT
TACAGGAATCTGTGGCTTTGTCATATTTTCCGCGTTTGTCTGGTTCTTCAAGTATAGAAG
ACTCATGCCTCTATGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGGAGATGATGAATGTAGACAGACCAC
CAGCTCTTTTCATTATTATTATTATGTTGCTTCACATGATAGACTAATGATTTGTTTCCT
TTGCACACACAATTAAACATTACCAAATGCAAATGTGATAAAATCTTTTTGTC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL6116Contig1 511 2 1 U
GGGAATTTAGTAAGAAATGGCGAGCAGACAGGATGAGGAATTCAGTGTGAGAGCCGGCCA
AATCGTGGGCCAAGCACATGTGAAGAGGGCTGAATGCAAAGCAGACAACACCAACTCTTC
TCAAGCATCTAGCTTTCTCCAGGAGAAAGGAGAGCAAGTGAAGAACATGGCACAAGAAGC
ATCAGAGGCAGTGAAGAACAAATTGGGAATGAACAATGACAACAAGAACAATGAGTATAA
GAACAAGAACCCTTTGGACAATAAGAATCCTAACAAAACAACCTGTCCAAGCATGCCTGG
GCATCCTCCTGCCGATATTTAACTTCTTTTCAACAAAACTCATAGTTTATCATTAACCCT
TTATAATTCAACTAATAATTTTCTGTAATAATAAGGCATATTACACAATGTATCCAAGCC
AACACATGTTCAAACTTATTTGGCTTTTAGACATGTTCACACTTGTGTTGGACCCCAACA
AATAAAAAGACTATGGTTTCACTTTTTGGCT


BQ
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AF RR1FM06TF U 2
AF RR1BN75TF U 1
BS 1 511 RR1BN75TF

RD RR1FM06TF 474 0 0
GGAG
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TGGGCCAAGCACATGTGAAGAGGGCTGAATGCAAAGCAGACAACACCAACTCTTCTCAAG
CATCTAGCTTTCTCCAGGAGAAAGGAGAGCAAGTGAAGAACATGGCACAAGAAGCATCAG
AGGCAGTGAAGAACAAATTGGGAATGAACAATGACAACAAGAACAATGAGTATAAGAACA
AGAACCCTTTGGACAATAAGAATCCTAACAAAACAACCTGTCCAAGCATGCCTGGGCATC
CTCCTGCCGATATTTAACTTCTTTTCAACAAAT*TCATAGTTTATCATTAACCCTTTATA
ATTCAACTAATAATTTTCTGTAATAATAAGGCATATTACACAATGTATCCAAGCCAACAC
ATGTTCAAACTTATTTGGCTTTTAGACATGTTCACACTTGTGTTGGACCC

QA 5 474 5 474
DS 

RD RR1BN75TF 511 0 0
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AATCGTGGGCCAAGCACATGTGAAGAGGGCTGAATGCAAAGCAGACAACACCAACTCTTC
TCAAGCATCTAGCTTTCTCCAGGAGAAAGGAGAGCAAGTGAAGAACATGGCACAAGAAGC
ATCAGAGGCAGTGAAGAACAAATTGGGAATGAACAATGACAACAAGAACAATGAGTATAA
GAACAAGAACCCTTTGGACAATAAGAATCCTAACAAAACAACCTGTCCAAGCATGCCTGG
GCATCCTCCTGCCGATATTTAACTTCTTTTCAACAAAACTCATAGTTTATCATTAACCCT
TTATAATTCAACTAATAATTTTCTGTAATAATAAGGCATATTACACAATGTATCCAAGCC
AACACATGTTCAAACTTATTTGGCTTTTAGACATGTTCACACTTGTGTTGGACCCCAACA
AATAAAAAGACTATGGTTTCACTTTTTGGCT

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL6117Contig1 1172 2 8 U
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TTTGATCCACTCCTTGCAGGGAGAAAACTCATTGCTGATTGCTGGGATCCACATGATATG
GTGACGATACCAAAGGAAGTACGGTTCCCTCATTGGAAGCGATGGAGGGAACTCAACACA
AGATACTGTCGAGATGTAAGGAACTTTGTGAGGGGAAGAGGCCTTCTCAGCGATCTTGCT
ACAAGAATCTGCGGAAGTGGTGACGTATTCACAGATGGAAGAGGTCCTGCTTTCTCCTTC
AACTACGTTTCAAGAAACTCAGGACTCTCTCTTGTGGACTTGGTCAGTTTCAGCGGCAGC
CCTGAGCTAAGTTCAGAGCTAAGCTGGAACTGTGGGGAAGAAGGAGCAACAAACAAATCA
GCTGTTCTTCAGACAAGGCTGAAACAAATCCGCAACTTCTTGTTTATACAGTATGTCTCG
CTTGGCATCCCTGTGCTCAACATGGGAGATGAATGTGGAGTCTCTACAAAAGGATCGCCG
TTGTTGGAATCACGGAAGCCCTTTGACTGGAACATGTTGGCGTCAGCTTTCGGTTCGCAG
ATCACGCAGTTCATCTCTTGCATGACTACAGTTAGAGCAAGGAGAGGCGATGTGTTTCAG
AGGAGGAACTTCTTGAAACCTGAGAACATTGTTTGGCATGCAAACGACCAAACAGCTCCG
AAGTGGGAGGACTCTTCTTCCAAATTCTTGGCGTTGGAGATCAAAGCTGAGACAGTGGAA
GAAACAACCGCGTTGTCACCAGTTGAGCCAACCGAGCCAAAGAACAATGACCTCTTCATT
GGATTCAATGCAAGTGATCAACCTGAGAATGTTATATTGCCTTCACTTCCTGATGGAAGG
GAATGGAGGCGGTTGGTGGACACAGCTCTTCCTTTCCCAGGGTTTTTCTCTGTTGAAGGA
GAGACTGTTGTAGCAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGATGAATCAACCAGTGATG
TATGAGATGAAGCCGTACAGTTGCACCCTTTTTGAAACCATCAATGCTACTACTACTGGT
TAGAAACTCAAATTATGATCTTTGTATATGTTAAAAAGATTGTGTTGTAATGTTTGAGAT
AAGAATATTTAATCAAATCAATTACTTTCCAC


BQ
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AF RR1B820TF U 1
AF RR1B820JQ C 366
BS 1 783 RR1B820TF
BS 784 786 RR1B820JQ
BS 787 800 RR1B820TF
BS 801 801 RR1B820JQ
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BS 827 847 RR1B820TF
BS 848 1172 RR1B820JQ

RD RR1B820TF 855 0 0
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TTTGATCCACTCCTTGCAGGGAGAAAACTCATTGCTGATTGCTGGGATCCACATGATATG
GTGACGATACCAAAGGAAGTACGGTTCCCTCATTGGAAGCGATGGAGGGAACTCAACACA
AGATACTGTCGAGATGTAAGGAACTTTGTGAGGGGAAGAGGCCTTCTCAGCGATCTTGCT
ACAAGAATCTGCGGAAGTGGTGACGTATTCACAGATGGAAGAGGTCCTGCTTTCTCCTTC
AACTACGTTTCAAGAAACTCAGGACTCTCTCTTGTGGACTTGGTCAGTTTCAGCGGCAGC
CCTGAGCTAAGTTCAGAGCTAAGCTGGAACTGTGGGGAAGAAGGAGCAACAAACAAATCA
GCTGTTCTTCAGACAAGGCTGAAACAAATCCGCAACTTCTTGTTTATACAGTATGTCTCG
CTTGGCATCCCTGTGCTCAACATGGGAGATGAATGTGGAGTCTCTACAAAAGGATCGCCG
TTGTTGGAATCACGGAAGCCCTTTGACTGGAACATGTTGGCGTCAGCTTTCGGTTCGCAG
ATCACGCAGTTCATCTCTTGCATGACTACAGTTAGAGCAAGGAGAGGCGATGTGTTTCAG
AGGAGGAACTTCTTGAAACCTGAGAACATTGTTTGGCATGCAAACGACCAAACAGCTCCG
AAGTGGGAGGACTCTTCTTCCAAATTCTTGGCGTTGGAGATCAAAGCTGAGACAGTGGAA
GAAC**ACCGCGTTGTCACCTGTTGAGCCAACCGAGCCAAAGAC**ATGACCTCTTCATT
GGATTCA
TGCAGTGA

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1B820JQ 807 0 0
GCTAAGTTCAGAGCTAAGCTGGAACTGTGGGGAAGAAGGAGCAACAAACAAATCAGCTGT
TCTTCAGACAAGGCTGAAACAAATCCGCAACTTCTTGTTTATACAGTATGTCTCGCTTGG
CATCCCTGTGCTCAACATGGGAGATGAATGTGGAGTCTCTACAAAAGGATCGCCGTTGTT
GGAATCACGGAAGCCCTTTGACTGGAACATGTTGGCGTCAGCTTTCGGTTCGCAGATCAC
GCAGTTCATCTCTTGCATGACTACAGTTAGAGCAAGGAGAGGCGATGTGTTTCAGAGGAG
GAACTTCTTGAAACCTGAGAACATTGTTTGGCATGCAAACGACCAAACAGCTCCGAAGTG
GGAGGACTCTTCTTCCAAATTCTTGGCGTTGGAGATCAAAGCTGAGACAGTGGAAGAAAC
AACCGCGTTGTCACCAGTTGAGCCAACCGAGCCAAAGAACAATGACCTCTTCATTGGATT
CAATGCAAGTGATCAACCTGAGAATGTTATATTGCCTTCACTTCCTGATGGAAGGGAATG
GAGGCGGTTGGTGGACACAGCTCTTCCTTTCCCAGGGTTTTTCTCTGTTGAAGGAGAGAC
TGTTGTAGCAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGATGAATCAACCAGTGATGTATGA
GATGAAGCCGTACAGTTGCACCCTTTTTGAAACCATCAATGCTACTACTACTGGTTAGAA
ACTCAAATTATGATCTTTGTATATGTTAAAAAGATTGTGTTGTAATGTTTGAGATAAGAA
TATTTAATCAAATCAATTACTTTCCAC

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

CO CL6118Contig1 889 2 2 U
GGATGATCCTTGGCGCTGGTCTCACGTGTTTCATCGCTGAAAGGATCGAAAATAACATAT
TCATAGTTCCTGTTTACATACGCCAGAAGTGTCCGAGACTTTTGACTGTCTTCCACAAAT
GAAAGTGATCCTCCCCTGGCCTGCAATAACCCATTGTGATCAACAAACATAATGGTGAAT
GACAGAACTTTGATTCAAAGGTCCTTGAAGAGGTCAGAGTATGTATATATATACCGTCAT
TGCAGTCCAAATAGCTACCGGTTTAGGGCCTGACCCATCAAACAAAAGGATAGCTCCATC
TTTCCCACGGAAGATCTCTTCTTCAGCGCTTACCGGCAAATTGGGAAACCATGCTAAAAC
TGTAAAGTATGGTGACTTCTCTCTAGTGGCAATGGCTGCAAATAAAACAGGAAGATGAAG
ACAATGTCAACAACAACAACAAAAATAAAGATTTGACGAAAAAGCAAGAAAATATAAAGA
GTTATAATAAACCTTCTATGTATAATTTATAAGACCATGATAAATCCAACGTCATCAAAT
CATAGACAGATAAGTGTGGTGGGGTATGAGGACAATAGGATGCAGCAACAAGGAAGCCTG
TTCCAGTGAATGAGAGTTGCAAAATTGGCTGAAACATTTCACAACAAATATCGTTTAAAG
ATTTCAAACACTGACTCTAGTAGTTTTTAACTGGACGTGGAGATTTTTTCTATTTAGTTG
TAGAAGGTTTTTACCGTCTTAGTTTTTCCAAATACATGCAGAAGTTCAGTCTTTGATGGG
TTCCAGATGGTAATAACTGTTGTGGCCGCAAGAGCTAGAAGAGAACCATCATGACAAAAA
GCTGCAGCTGTTATTTGCTTTCTCCTGAAAAAAAAAATTCATATCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX58TF U 1
AF RR1DX58JQ C 107
BS 1 574 RR1DX58TF
BS 575 889 RR1DX58JQ

RD RR1DX58TF 574 0 0
GGATGATCCTTGGCGCTGGTCTCACGTGTTTCATCGCTGAAAGGATCGAAAATAACATAT
TCATAGTTCCTGTTTACATACGCCAGAAGTGTCCGAGACTTTTGACTGTCTTCCACAAAT
GAAAGTGATCCTCCCCTGGCCTGCAATAACCCATTGTGATCAACAAACATAATGGTGAAT
GACAGAACTTTGATTCAAAGGTCCTTGAAGAGGTCAGAGTATGTATATATATACCGTCAT
TGCAGTCCAAATAGCTACCGGTTTAGGGCCTGACCCATCAAACAAAAGGATAGCTCCATC
TTTCCCACGGAAGATCTCTTCTTCAGCGCTTACCGGCAAATTGGGAAACCATGCTAAAAC
TGTAAAGTATGGTGACTTCTCTCTAGTGGCAATGGCTGCAAATAAAACAGGAAGATGAAG
ACAATGTCAACAACAACAACAAAAATAAAGATTTGACGAAAAAGCAAGAAAATATAAAGA
GTTATAATAAACCTTCTATGTATAATTTATAAGACCATGATAAATCCAACGTCATCAAAT
CATAGACAGATAAGTGTGGTGGGGTATGAGGACA

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1DX58JQ 783 0 0
CTGTC
TCCACAAATGAAAGTGATCCTCCCCTGGC*TGCAATAACCCATTGTGATCAACAAACATA
ATGGTGAATGACAGAACTTTGATTCAAAGGTCCTTGAAGAGGTCAGAGTATGTATATATA
TACCGTCATTGCAGTCCAAATAGCTACCGGTTTAGGGCCTGACCCATCAAACAAAAGGAT
AGCTCCATCTTTCCCACGGAAGATCTCTTCTTCAGCGCTTACCGGCAAATTGGGAAACCA
TGCTAAAACTGTAAAGTATGGTGACTTCTCTCTAGTGGCAATGGCTGCAAATAAAACAGG
AAGATGAAGACAATGTCAACAACAACAACAAAAATAAAGATTTGACGAAAAAGCAAGAAA
ATATAAAGAGTTATAATAAACCTTCTATGTATAATTTATAAGACCATGATAAATCCAACG
TCATCAAATCATAGACAGATAAGTGTGGTGGGGTATGAGGACAATAGGATGCAGCAACAA
GGAAGCCTGTTCCAGTGAATGAGAGTTGCAAAATTGGCTGAAACATTTCACAACAAATAT
CGTTTAAAGATTTCAAACACTGACTCTAGTAGTTTTTAACTGGACGTGGAGATTTTTTCT
ATTTAGTTGTAGAAGGTTTTTACCGTCTTAGTTTTTCCAAATACATGCAGAAGTTCAGTC
TTTGATGGGTTCCAGATGGTAATAACTGTTGTGGCCGCAAGAGCTAGAAGAGAACCATCA
TGACAAAAAGCTGCAGCTGTTATTTGCTTTCTCCTGAAAAAAAAAATTCATATCAATC

QA 6 783 6 783
DS 



AS 1 2

CO CL6119Contig1 746 2 3 U
TGTGTAGGATAGGTGGGAGGTCCTCACATAGAAAGACCAATCCTGAAAGACCACACTTTC
GTCTAAGGGTGCCTAACCGCCGCACCGAGAATTCGGGGGGAGGCGGGACACTGCGAGGTG
GGTAGTTTATCTGGGGCGGATGCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGTGTGCGAAGGTAGGCTC
AAGCAAAGATTCTGCTCGTGAGCGTAATGGTATAAGCCTGCCTGACTGTGAGACCGACTG
GTCGAACAGAGACGAAAGTCGGCCATAGTGATCCGGGAGTCCCGTGTGGAAGGGCTCTCG
CTCAACGGATCAAAGGTACGCCGGGGATAACAGGCTGATGACTCCCAAGAGCTTTTATCG
ACGGAGTCGTTTGGCACCTCGATGTCGACTCATCACATCCTGGGGTTGAAGAAGGTCCCA
AGGGTTCGGTTGTTCGCCGATTCAAGTGGTGCGTGAGTTGGGTTTAGAACGTCGTGAGAC
AGTTCGGTTCCTATCTACCGTTGGTGTTAAAGCGAGAACTGCGAGGAACCAACCCTAGTA
CGAGAGGACTGGGTTGGGCCAACCTATGGTGTACCGGTTGTTATGACAATAGCAGCGCCG
GGAAGCTAAGTTGGTATGGAAGAACTGCTGCTTAGCGGGAAATCCTTCTCTATACAAGTT
CTCGGAACAGGTTTTAGAACAGAACTTCGATAGGCGAGAGGTGGAAGCACCGCGAGGTGT
GGAGCCATCTCGTACTAAACGAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B482TF U 147
AF RR1B482JQ C 1
BS 1 146 RR1B482JQ
BS 147 281 RR1B482TF
BS 282 746 RR1B482JQ

RD RR1B482TF 135 0 0
CTAAAGAGTAACGGAGGTGTGCGAAGGTAGGCTCAAGCAAAGATTCTGCTCGTGAGCGTA
ATGGTATAAGCCTGCCTGACTGTGAGACCGACTGGTCGAACAGAGACGAAAGTCGGCCAT
AGTGATCCGGGAGTC

QA 1 135 1 135
DS 

RD RR1B482JQ 746 0 0
TGTGTAGGATAGGTGGGAGGTCCTCACATAGAAAGACCAATCCTGAAAGACCACACTTTC
GTCTAAGGGTGCCTAACCGCCGCACCGAGAATTCGGGGGGAGGCGGGACACTGCGAGGTG
GGTAGTTTATCTGGGGCGGATGCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGTGTGCGAAGGTAGGCTC
AAGCAAAGATTCTGCTCGTGAGCGTAATGGTATAAGCCTGCCTGACTGTGAGACCGACTG
GTCGAACAGAGACGAAAGTCGGCCATAGTGATCCGGGAGTCCCGTGTGGAAGGGCTCTCG
CTCAACGGATCAAAGGTACGCCGGGGATAACAGGCTGATGACTCCCAAGAGCTTTTATCG
ACGGAGTCGTTTGGCACCTCGATGTCGACTCATCACATCCTGGGGTTGAAGAAGGTCCCA
AGGGTTCGGTTGTTCGCCGATTCAAGTGGTGCGTGAGTTGGGTTTAGAACGTCGTGAGAC
AGTTCGGTTCCTATCTACCGTTGGTGTTAAAGCGAGAACTGCGAGGAACCAACCCTAGTA
CGAGAGGACTGGGTTGGGCCAACCTATGGTGTACCGGTTGTTATGACAATAGCAGCGCCG
GGAAGCTAAGTTGGTATGGAAGAACTGCTGCTTAGCGGGAAATCCTTCTCTATACAAGTT
CTCGGAACAGGTTTTAGAACAGAACTTCGATAGGCGAGAGGTGGAAGCACCGCGAGGTGT
GGAGCCATCTCGTACTAAACGAAACC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL6120Contig1 1034 2 4 U
GGGTATTAGGGTAGAACCAATTTCACCTCCACCGTTGTCGACGAAGACACAACCTGAGAT
CTGGTAGAGTTCTTTCATCTTCCTAAGAATCCTAACAAACCCAAGAGCCACCAGTTATAG
ATTCATCCTCTCTCTTAAATTCTTTCTTAAATACTTCACCCACGATATACCTTGAATGCG
AGCTTCACTCACGCAAAGCGGTGTGACTGCCACTATAAAAAAGTGAGCTTTGTTACTATC
AGAACCACCTACTCATGAGTCATGATAAGAAGAAGAGGAAGGAGAACATCATCATCTAAC
CGAAACTTAAATTAGGGTTCATCTTCTTTATCGATCTATGAAGTTCTGTAGCAACAATGG
AGCTTCGTGATGAAGAGTTAGACGAATCATAAATTAGAAGCTCACTGTGGCTTCCGTGTC
GTCGTTTCATCTACGGCTCTAAAAATCTGAACTGTCAAGGCGACTGACATTGAATGAGAG
TTATCCTCTTCAAGGCAGTGTATCATAATCTATAAAAGACTACTTTGAGTGGGTTACAAG
CAAGGAGGCAGTACATGAAGAAGACCTAGAGTTGTGGCGTTGGGTGAGAAATACATAGGT
AAGTGGAGTGGCATCAATTCTTACTGGTTCTCCTTTGCCTACAGTCTCCACTACTCACAC
CGGTGCTGCAAGAACAGCATCATCATCATTAGGTATTTACTCATTTGGGTGTTGTTGGAA
GAGGAACGAAGCGTGTTTTGATGAATGCAACTTCTGCTCTGTAGAGTCGAGTCCATCAAA
GAAACTAGCTCCTGAGTCTTCAAACAAAGCAAATGGCAACTCTTCTTGAAGATGAAATAC
GTACAGAAATGTCTATTACTAAGCTTTAGCAGAAGAAGCTGAGTAAAATGCTTGGTATAC
CCTCATGGATCCTTCAAGACAAGGTTTTCGAATTCTTATATTGTATTTGAGTTCTTATTT
AAACGCTTTTAATCGTTGAGACTTGGAAACTTTTTTTGTTGGGGTAAAATGTGAATGAAA
CTTTCTTTTTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP56TF U 1
AF RR1CP56JQ C 449
BS 1 692 RR1CP56TF
BS 693 693 RR1CP56JQ
BS 694 719 RR1CP56TF
BS 720 1034 RR1CP56JQ

RD RR1CP56TF 720 0 0
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CTGGTAGAGTTCTTTCATCTTCCTAAGAATCCTAACAAACCCAAGAGCCACCAGTTATAG
ATTCATCCTCTCTCTTAAATTCTTTCTTAAATACTTCACCCACGATATACCTTGAATGCG
AGCTTCACTCACGCAAAGCGGTGTGACTGCCACTATAAAAAAGTGAGCTTTGTTACTATC
AGAACCACCTACTCATGAGTCATGATAAGAAGAAGAGGAAGGAGAACATCATCATCTAAC
CGAAACTTAAATTAGGGTTCATCTTCTTTATCGATCTATGAAGTTCTGTAGCAACAATGG
AGCTTCGTGATGAAGAGTTAGACGAATCATAAATTAGAAGCTCACTGTGGCTTCCGTGTC
GTCGTTTCATCTACGGCTCTAAAAATCTGAACTGTCAAGGCGACTGACATTGAATGAGAG
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CGGTGCTGCAAGAACAGCATCATCATCATTAG*TATTTACTCATTTGGGTGTTGTTGGA
G

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1CP56JQ 586 0 0
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TCTATAAAAGACTACTTTGAGTGGGTTACAAGCAAGGAGGCAGTACATGAAGAAGACCTA
GAGTTGTGGCGTTGGGTGAGAAATACATAGGTAAGTGGAGTGGCATCAATTCTTACTGGT
TCTCCTTTGCCTACAGTCTCCACTACTCACACCGGTGCTGCAAGAACAGCATCATCATCA
TTAGGTATTTACTCATTTGGGTGTTGTTGGAAGAGGAACGAAGCGTGTTTTGATGAATGC
AACTTCTGCTCTGTAGAGTCGAGTCCATCAAAGAAACTAGCTCCTGAGTCTTCAAACAAA
GCAAATGGCAACTCTTCTTGAAGATGAAATACGTACAGAAATGTCTATTACTAAGCTTTA
GCAGAAGAAGCTGAGTAAAATGCTTGGTATACCCTCATGGATCCTTCAAGACAAGGTTTT
CGAATTCTTATATTGTATTTGAGTTCTTATTTAAACGCTTTTAATCGTTGAGACTTGGAA
ACTTTTTTTGTTGGGGTAAAATGTGAATGAAACTTTCTTTTTGTGT

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL6121Contig1 887 2 2 U
GGGGAGGAAGAAAGACATCATTATTAGTTTAGTGACTTTCTCTCTCTGTCCACACTCAAA
AGCTTTATACTTTCCGCAAGCTCATTCATCACTGAAACAGAGCTAAAACCAGAGATCTGA
AGAGATTTTAGAGTCTCTCTGCAACAAGAAGATCTACATCAACCAGGAGAGAGTTTTCAA
AATGGGTTCGCTGCTGCTTTGGAGTCTCCCAAGTCTTGGGTTATGAATGTGGTTCCGACT
ATTACGAAGAAGACGTTGAGTGTTGTCTATGAGAGAGGTCTCATTGGTATCTATCATGAC
TGGTGTGAAGGGTTTTCAACTTATCCAAGAACATATGATTTTATTCACGCTAATGGTCTC
TTCAGCATGTATCAGCACAGCTGCAAGATTGAGGATATTCTTCTTGAAATGGATCGGATC
TTAAGGCCGGAAGGGATTGTGATCATCAGGGATGAGGTTGATGTTTTGAACGACGTGAGG
AAGATTGCTGATGGAATGAGATGGGACACTAAGTTGATGGATCATGAAGATGGTCCTCTA
GTGCCTGAGAAGATTCTTTACGCTGTTAAACAGTACTGGGTCGCCGGCGGCGGCGATGCA
AACAGTCAGGCATCGTCTGCTGATAGTAGTGAAGAAGAGTAAAGAAACACTCAGGTGAAG
GTTTTAAGCTTGAAGTGTGGAGCTATTTTATGACACATGGAAAATTCTTCTTATCAAAGG
AATCAGAACTTTCATGAAATAAAGGGGTCGAAAGTTGAAATACATTATAGATGATTAAGA
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TGTTTCTTTTTTGCAAGATAGTTGAATCCTTGAACGTTTGTTATGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A463TF U 1
AF RR1A463JQ C 121
BS 1 581 RR1A463TF
BS 582 887 RR1A463JQ

RD RR1A463TF 581 0 0
GGGGAGGAAGAAAGACATCATTATTAGTTTAGTGACTTTCTCTCTCTGTCCACACTCAAA
AGCTTTATACTTTCCGCAAGCTCATTCATCACTGAAACAGAGCTAAAACCAGAGATCTGA
AGAGATTTTAGAGTCTCTCTGCAACAAGAAGATCTACATCAACCAGGAGAGAGTTTTCAA
AATGGGTTCGCTGCTGCTTTGGAGTCTCCCAAGTCTTGGGTTATGAATGTGGTTCCGACT
ATTACGAAGAAGACGTTGAGTGTTGTCTATGAGAGAGGTCTCATTGGTATCTATCATGAC
TGGTGTGAAGGGTTTTCAACTTATCCAAGAACATATGATTTTATTCACGCTAATGGTCTC
TTCAGCATGTATCAGCACAGCTGCAAGATTGAGGATATTCTTCTTGAAATGGATCGGATC
TTAAGGCCGGAAGGGATTGTGATCATCAGGGATGAGGTTGATGTTTTGAACGACGTGAGG
AAGATTGCTGATGGAATGAGATGGGACACTAAGTTGATGGATCATGAAGATGGTCCTCTA
GTGCCTGAGAAGATTCTTTACGCTGTTAAACAGTACTGGGT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1A463JQ 767 0 0
AGAGATTTTAGAGTCTCTCTGCAACAAGAAGATCTACATCAACCAGGAGAGAGTTTTCAA
AATGGGTTCGCTGCTGCTTTGGAGTCTCCCAAGTCTTGGGTTATGAATGTGGTTCCGACT
ATTACGAAGAAGACGTTGAGTGTTGTCTATGAGAGAGGTCTCATTGGTATCTATCATGAC
TGGTGTGAAGGGTTTTCAACTTATCCAAGAACATATGATTTTATTCACGCTAATGGTCTC
TTCAGCATGTATCAGCACAGCTGCAAGATTGAGGATATTCTTCTTGAAATGGATCGGATC
TTAAGGCCGGAAGGGATTGTGATCATCAGGGATGAGGTTGATGTTTTGAACGACGTGAGG
AAGATTGCTGATGGAATGAGATGGGACACTAAGTTGATGGATCATGAAGATGGTCCTCTA
GTGCCTGAGAAGATTCTTTACGCTGTTAAACAGTACTGGGTCGCCGGCGGCGGCGATGCA
AACAGTCAGGCATCGTCTGCTGATAGTAGTGAAGAAGAGTAAAGAAACACTCAGGTGAAG
GTTTTAAGCTTGAAGTGTGGAGCTATTTTATGACACATGGAAAATTCTTCTTATCAAAGG
AATCAGAACTTTCATGAAATAAAGGGGTCGAAAGTTGAAATACATTATAGATGATTAAGA
TGAATATGTGCATTTATGTTTTTATTTTGTACTTTGGAGGAACAAAAAAATAGTTCCATG
TGTTTCTTTTTTGCAAGATAGTTGAATCCTTGAACGTTTGTTATGCG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL6122Contig1 1050 2 2 U
GGGAGTTATGTTGTAAAAGAATCTATTGTCTGAAACTTTCCCTTTCCAAATGCAGAAGAT
GATGGCGAAAAATCACGGAGTTGAATCTAGCGGCCAAAGCGGAGGAAAGCTCGGTTCGGA
TTCTTCGCCGTTCGATTCCTTTCCGGAGGATTGCATGTCCAAGATAGTCTCATTCACAAG
TCCACGTGATGCCTGCGTCGCCGCTATGGTATCGAAAGCCTTTGAATCTGCGGCCAAGTC
AGATTTGGTGTGGGAGAAGTTTCTTCCGCCGGAGTATGAATCTCTTGTTCCTTCATCGCT
TCATTTTTCGTCCAAGAAGGAACTCTACTTCGCGTTTTGCAAGGAGCCTGTTCTCTTCGA
CAATGGTACAAAGAGCTTTTGGATAGAGAAAGCAAGTGGGAAGAGGTCAATAATGTTATC
TGCGATTAACATCTCACTCAAATGGGGAGATACTCCACAGTGTTTGGAATGGATTACGAT
TCCTGAAGCTAGGTTTAAAAGTGTTGCGAAACTTCGTTATGGATGTTGGTTTGACTTTCG
AGGCAGGGTGAAAACTTGTGTCCTATCTCCAAGAACTCGTTACTCGGCTTACCTTGTGTT
GAAGAACCCGTATAGTCGTCGCATGCGTCAAGTGGGTTTAGAATCTAAGGATGGAGGGAT
GATATCGATCTTCCCAGAGGAGAGGGAAGATGGTTGGATGGAGGTAGATCTTGGGGGATT
CTTCAACGGAGATGAGATAATGGACGGTGATGAGATTGAGATGAGTGCTTTAGAGACTAG
GGACATCGGTTGGGACAGTGGCATGATCGTTCAAGGAATGGAAATCCGTCCTGCAAATAT
CCAGTAAACTTTCATCTGTTTTGGTATCATTGTCAAATTGGTTATGCGATAGAGTGAAGA
GGTGAAATCCAATTGATAAAAGAAGTGTCTCAAGTTGTGTTTGTTATGTAAAATTGGTTT
TCTCCGGTTATGCTTTGCAATGTTTGTGGATTTTGGGGGTTTATCAACTCGTATGAACAA
GTTAAATAAAGAGAAAAATCCAATGAAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BM09TF U 1
AF RR1BM09JQ C 310
BS 1 644 RR1BM09TF
BS 645 1050 RR1BM09JQ

RD RR1BM09TF 644 0 0
GGGAGTTATGTTGTAAAAGAATCTATTGTCTGAAACTTTCCCTTTCCAAATGCAGAAGAT
GATGGCGAAAAATCACGGAGTTGAATCTAGCGGCCAAAGCGGAGGAAAGCTCGGTTCGGA
TTCTTCGCCGTTCGATTCCTTTCCGGAGGATTGCATGTCCAAGATAGTCTCATTCACAAG
TCCACGTGATGCCTGCGTCGCCGCTATGGTATCGAAAGCCTTTGAATCTGCGGCCAAGTC
AGATTTGGTGTGGGAGAAGTTTCTTCCGCCGGAGTATGAATCTCTTGTTCCTTCATCGCT
TCATTTTTCGTCCAAGAAGGAACTCTACTTCGCGTTTTGCAAGGAGCCTGTTCTCTTCGA
CAATGGTACAAAGAGCTTTTGGATAGAGAAAGCAAGTGGGAAGAGGTCAATAATGTTATC
TGCGATTAACATCTCACTCAAATGGGGAGATACTCCACAGTGTTTGGAATGGATTACGAT
TCCTGAAGCTAGGTTTAAAAGTGTTGCGAAACTTCGTTATGGATGTTGGTTTGACTTTCG
AGGCAGGGTGAAAACTTGTGTCCTATCTCCAAGAACTCGTTACTCGGCTTACCTTGTGTT
GAAGAACCCGTATAGTCGTCGCATGCGTCAAGTGGGTTTAGAAT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1BM09JQ 741 0 0
GTCCAAGAAGGAACTCTACTTCGCGTTTTGCAAGGAGCCTGTTCTCTTCGACAATGGTAC
AAAGAGCTTTTGGATAGAGAAAGCAAGTGGGAAGAGGTCAATAATGTTATCTGCGATTAA
CATCTCACTCAAATGGGGAGATACTCCACAGTGTTTGGAATGGATTACGATTCCTGAAGC
TAGGTTTAAAAGTGTTGCGAAACTTCGTTATGGATGTTGGTTTGACTTTCGAGGCAGGGT
GAAAACTTGTGTCCTATCTCCAAGAACTCGTTACTCGGCTTACCTTGTGTTGAAGAACCC
GTATAGTCGTCGCATGCGTCAAGTGGGTTTAGAATCTAAGGATGGAGGGATGATATCGAT
CTTCCCAGAGGAGAGGGAAGATGGTTGGATGGAGGTAGATCTTGGGGGATTCTTCAACGG
AGATGAGATAATGGACGGTGATGAGATTGAGATGAGTGCTTTAGAGACTAGGGACATCGG
TTGGGACAGTGGCATGATCGTTCAAGGAATGGAAATCCGTCCTGCAAATATCCAGTAAAC
TTTCATCTGTTTTGGTATCATTGTCAAATTGGTTATGCGATAGAGTGAAGAGGTGAAATC
CAATTGATAAAAGAAGTGTCTCAAGTTGTGTTTGTTATGTAAAATTGGTTTTCTCCGGTT
ATGCTTTGCAATGTTTGTGGATTTTGGGGGTTTATCAACTCGTATGAACAAGTTAAATAA
AGAGAAAAATCCAATGAAGAG

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL6123Contig1 1126 2 2 U
GGGACTTTAAACTCCGATGATCTTCTGAGTCTTTCCCTCTGTTTCGATTCCCTTACTGTC
TCAGAGACAAAGATCTCTCTGACCAGACATTTACGATCCTGGAAGGGAATAAAGAAGTAA
ATAACAGAAATTATGAACCGTAATGGGTTTGTGAAACCTGTTCCTACTGAAGAAGAGAAG
GGAAAGATTGAGGAACTGAGAAAGCTGTTAGGGCCATTGCCGGAGAAACTCTCGAGTTTT
TGTTCGGATGACGCAGTTTTGAGGTATTTAAGAGCCCGCAATTGGCATGTCAAGAAAGCT
GCCAAGATGCTTAAAGAAACCTTGAAATGGAGAGTTCAATACAAACCTGAAGAAATCTGT
TGGGAGGAGATAGCTGATGAAGCAGAGACAGGGAAAATTTATAGATCTAGTTGTGTGGAC
AAACACGGACGACCTGTTCTTATCATGAGACCTAGTGTTGAGAATTCGAAGTCGATGAAA
GGACAGATTAGATACCTTGTTTACTGTATGGAGAACGCAATCCAGAATTTGCCACCAGGG
GAGGAACAGATGGTGTGGATGATAGATTTCAACGGCTATAGCTTGGCGAATGTATCGTTG
AGAACTACAAGAGAGACCGCTCATGTATTACAAGAACACTACCCTGAGAGATTATCTTTG
GCCATTCTTTATAATCCTCCCAAGTTCTTTGAACCCTTCTGGAAGGTGGCGAGACCTTTC
TTAGAGCCGAAGACGCGGAACAAAGTCAAGTTTGTTTACTCGGATGACCCAAACACCAAG
CAGATCATGGAGGAGAACTTCGACATGGACAAAATGGAGTCAGCGTTTGGTGGAAACGAT
GACTCGGGTTTCAACATAGACAAGCACTCAGAGAGGATGAAAGAAGACGACAAGAAAAGG
TTGGCTGCCTTGAAGGACATTGCTTCCCCTTCCCTAGACTCACTCAGCTTCTTATCTGTC
TCTGATGGTGCCACCTCTGACAGTGCTCATCTCGGCTCTGAAGATGTGTCTGAGGACGAG
CAACAGCCCCATGGTATGAATGAGAAGAAGGAATCTATCCCATGATGTTAGTATCCAATG
ATTGTAACGTCACATGAATTTATCTATTGAGACTTTCTTTTGAGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ52TF U 1
AF RR1FQ52JQ C 532
BS 1 662 RR1FQ52TF
BS 663 1126 RR1FQ52JQ

RD RR1FQ52TF 666 0 0
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TCAGAGACAAAGATCTCTCTGACCAGACATTTACGATCCTGGAAGGGAATAAAGAAGTAA
ATAACAGAAATTATGAACCGTAATGGGTTTGTGAAACCTGTTCCTACTGAAGAAGAGAAG
GGAAAGATTGAGGAACTGAGAAAGCTGTTAGGGCCATTGCCGGAGAAACTCTCGAGTTTT
TGTTCGGATGACGCAGTTTTGAGGTATTTAAGAGCCCGCAATTGGCATGTCAAGAAAGCT
GCCAAGATGCTTAAAGAAACCTTGAAATGGAGAGTTCAATACAAACCTGAAGAAATCTGT
TGGGAGGAGATAGCTGATGAAGCAGAGACAGGGAAAATTTATAGATCTAGTTGTGTGGAC
AAACACGGACGACCTGTTCTTATCATGAGACCTAGTGTTGAGAATTCGAAGTCGATGAAA
GGACAGATTAGATACCTTGTTTACTGTATGGAGAACGCAATCCAGAATTTGCCACCAGGG
GAGGAACAGATGGTGTGGATGATAGATTTCAACGGCTATAGCTTGGCGAATGTATCGTTG
AGAACTACAAGAGAGACCGCTCATGTATTACAAGAACACTACCCTGAGAGATTATCTTTG
GC
ATCT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1FQ52JQ 595 0 0
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GTATCGTTGAGAACTACAAGAGAGACCGCTCATGTATTACAAGAACACTACCCTGAGAGA
TTATCTTTGGCCATTCTTTATAATCCTCCCAAGTTCTTTGAACCCTTCTGGAAGGTGGCG
AGACCTTTCTTAGAGCCGAAGACGCGGAACAAAGTCAAGTTTGTTTACTCGGATGACCCA
AACACCAAGCAGATCATGGAGGAGAACTTCGACATGGACAAAATGGAGTCAGCGTTTGGT
GGAAACGATGACTCGGGTTTCAACATAGACAAGCACTCAGAGAGGATGAAAGAAGACGAC
AAGAAAAGGTTGGCTGCCTTGAAGGACATTGCTTCCCCTTCCCTAGACTCACTCAGCTTC
TTATCTGTCTCTGATGGTGCCACCTCTGACAGTGCTCATCTCGGCTCTGAAGATGTGTCT
GAGGACGAGCAACAGCCCCATGGTATGAATGAGAAGAAGGAATCTATCCCATGATGTTAG
TATCCAATGATTGTAACGTCACATGAATTTATCTATTGAGACTTTCTTTTGAGAC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL6124Contig1 651 2 5 U
GGATTCTCATTCTCTGGCTCAAAAACACCTTCACCACTCCAATGGCTTCTTCACTTCCTC
AATCACCCAAACCCATCTCTCCCTTCTTCAAAACGCCGCCGTTTCCAACCAAACCACTCG
TCTTCCTCAACTTCCAAACCCGGCTAGCCTCGAAACCCTTGGATGTATCAGTCAATCTCA
AGAAGAAGAAGAGCGCGTGGCTCGACCCCTTTGACGACGGCGAAGACCTCAACAACGAAT
ACGGGTCACTGTTCGCTGACGGAAAGCAAGAAGAGGATCCGAGACCACCGGATAATCCTG
ACAATCCTTACGGGTTCTTGAAGTTCCCAATGGGTTACACCGTCGAGCTCGCTTCTCTGC
CGTTGAAAATCAGAGGAGATGTTCGACGGTGCTGCTGCGTCGTCTCCGGTGGAGTGTACG
ATAATCTACTCTTTTTCCCGACGATTCAGCTACTTAAAGACAGGTACCCTGGTGTTCAGG
TAGATGTCTTAACGACAGAGAGAGGAAAACAAACGTACGAGTTAAACAAAAACGTGAGGT
GGGCAAATGTGTACGATCCAGACGATCATTGGCCTGAGCCTGCTGAATATACAGACATGA
TCGGACTTCTCAAAGGAAGGTACTATGACATGATTCTGTCAACGAAGCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1G119TF U 1
AF RR1E176TF U 160
BS 1 229 RR1G119TF
BS 230 230 RR1E176TF
BS 231 588 RR1G119TF
BS 589 589 RR1E176TF
BS 590 651 RR1G119TF

RD RR1G119TF 651 0 0
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AATCACCCAAACCCATCTCTCCCTTCTTCAAAACGCCGCCGTTTCCAACCAAACCACTCG
TCTTCCTCAACTTCCAAACCCGGCTAGCCTCGAAACCCTTGGATGTATCAGTCAATCTCA
AGAAGAAGAAGAGCGCGTGGCTCGACCCCTTTGACGACGGCGAAGACCTTAACAACGAAT
ACGGGTCACTGTTCGCTGACGGAAAGCAAGAAGAGGATCCGAGACCACCGGATAATCCTG
ACAATCCTTACGGGTTCTTGAAGTTCCCAATGGGTTACACCGTCGAGCTCGCTTCTCTGC
CGTTGAAAATCAGAGGAGATGTTCGACGGTGCTGCTGCGTCGTCTCCGGTGGAGTGTACG
ATAATCTACTCTTTTTCCCGACGATTCAGCTACTTAAAGACAGGTACCCTGGTGTTCAGG
TAGATGTCTTAACGACAGAGAGAGGAAAACAAACGTACGAGTTAAACAAAAACGTGAGGT
GGGCAAATGTGTACGATCCAGACGATCATTGGCCTGAGCCTGCTGAATGTACAGACATGA
TCGGACTTCTCAAAGGAAGGTACTATGACATGATTCTGTCAACGAAGCTCG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1E176TF 492 0 0
G
GGATGTATCAGTCAATCTCAAGAAGAAGAAGAGCGTGTGGCTCGACCCCTTTGACGACGG
CGAAGACCTCAACAACGAATACGGGTCACTGTTCGCTGACGGAAAGCAAGA***GGATCC
GAGACCACCGGATAATCCTGACAATCCTTACGGGTTCTTGAAGTTCCCAATGGGTTACAC
CGTCGAGCTCGCTTCTCTGCCGTTGAAAATCAGAGGAGATGTTCGGCGGTGCTGCTGCGT
CGTCTCCGGTGGAGTGTACGATAATCTACTCTTTTTCCCGACGATTCAGCTACTTAAAGA
CAGGTACCCTGGTGTTCAGGTAGATGTCTTAACGACAGAGAGAGGAAAACAAACGTACGA
GTTAAACAAAAACGTGAGGTGGGCAAATGTGTACGATCCAGACGATCATTGGCCTGAGCC
TGCTGAATATACAGACATGATCGGACTTCTCAAAGGAAGGTACTATGACATGATTCTGTC
AACGAAGCTCG

QA 2 492 2 492
DS 



AS 1 2

CO CL6125Contig1 788 2 6 U
GGAGAGTTTAAACTCTTTCTGTTCTCTTTAAACCGTCTCTGTTCTTTCACTTCTCATCCC
TAAATAACGAATCCAGTTTCAAAGTCATCAATCTTTCATACAACAACAAATCATGGTCTT
GTTTGGATACTGCGACGACGAACCCGACTCCTTCATCTCCTTCGACCCAGTCTTCACCAA
CAACCTCAACAACAACCCTAACTTTGTCTTTGATTTCAAATTGGTTTACAGGAAAGCCCC
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AACCCGAATCGTTCGTCAAACCCACGAGTTCGATAGAGAGTGGCTCATCGGTGGCGATAG
GGAGCAGATAGAAGCCAACGTCTTTCATATTCTTGAGATCATCCAAGTCCCTTCTTTCTC
TGACATCGTTCATACGTTAACCATAGATATCTTGGATTTAAAGAAACACGAGGCCGTGTC
TGATTCGCCGGAGATTGAGAGGATACGAGTCGAGATTGATACTATCGTCTCGAGGTTTCC
CGATGATAACGACGATTTTAATCTTGACCTCGATTGAGAAACATATGGAGACGGTGGTTG
TTGGGTACGTACGACCAAGGCTGTGTTGTTATCTCTCGGTTGTGTTTAGGTTTTGTTTTT
ACTGTTTAAAAGTTGCGTTATTGAATATTCAATACTGTCTATGTTGATTTCATGTTGTTA
CTTGTTCCAGTATGAATCAATACAATAAAATGTTCTACTTTCAGATTAATCAATACATTA
AAATGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV93TF U 1
AF RR1CV93JQ C 229
BS 1 619 RR1CV93TF
BS 620 620 RR1CV93JQ
BS 621 684 RR1CV93TF
BS 685 685 RR1CV93JQ
BS 686 698 RR1CV93TF
BS 699 788 RR1CV93JQ

RD RR1CV93TF 698 0 0
GGAGAGTTTAAACTCTTTCTGTTCTCTTTAAACCGTCTCTGTTCTTTCACTTCTCATCCC
TAAATAACGAATCCAGTTTCAAAGTCATCAATCTTTCATACAACAACAAATCATGGTCTT
GTTTGGATACTGCGACGACGAACCCGACTCCTTCATCTCCTTCGACCCAGTCTTCACCAA
CAACCTCAACAACAACCCTAACTTTGTCTTTGATTTCAAATTGGTTTACAGGAAAGCCCC
AAGACACTCAGATTCAGATTCAGATTCAGACGATGATCTTGAAGACTTATGCAATTTAGA
AACCCGAATCGTTCGTCAAACCCACGAGTTCGATAGAGAGTGGCTCATCGGTGGCGATAG
GGAGCAGATAGAAGCCAACGTCTTTCATATTCTTGAGATCATCCAAGTCCCTTCTTTCTC
TGACATCGTTCATACGTTAACCATAGATATCTTGGATTTAAAGAAACACGAGGCCGTGTC
TGATTCGCCGGAGATTGAGAGGATACGAGTCGAGATTGATACTATCGTCTCGAGGTTTCC
CGATGATAACGACGATTTTAATCTTGACCTCGATTGAGAAACATATGGAGACGGTGGTTG
TTGGGTACGTACGACCAAG*CTGTGTTGTTATCTCTCGGTTGTGTTTAGGTTTTGTTTTT
ACTGTTTAAAAGTTGCGTTATTGA*TATTCAATACTGT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CV93JQ 560 0 0
CAGGAAAGCCCCAAGACACTCAGATTCAGATTCAGATTCAGACGATGATCTTGAAGACTT
ATGCAATTTAGAAACCCGAATCGTTCGTCAAACCCACGAGTTCGATAGAGAGTGGCTCAT
CGGTGGCGATAGGGAGCAGATAGAAGCCAACGTCTTTCATATTCTTGAGATCATCCAAGT
CCCTTCTTTCTCTGACATCGTTCATACGTTAACCATAGATATCTTGGATTTAAAGAAACA
CGAGGCCGTGTCTGATTCGCCGGAGATTGAGAGGATACGAGTCGAGATTGATACTATCGT
CTCGAGGTTTCCCGATGATAACGACGATTTTAATCTTGACCTCGATTGAGAAACATATGG
AGACGGTGGTTGTTGGGTACGTACGACCAAGGCTGTGTTGTTATCTCTCGGTTGTGTTTA
GGTTTTGTTTTTACTGTTTAAAAGTTGCGTTATTGAATATTCAATACTGTCTATGTTGAT
TTCATGTTGTTACTTGTTCCAGTATGAATCAATACAATAAAATGTTCTACTTTCAGATTA
ATCAATACATTAAAATGTTC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

CO CL6126Contig1 564 2 3 U
TTTTTCTACCATTTAAGATGAGAATCATCATTAGATGAACACGGGAAGAGAATGTATTGT
TGACCACTCATACATAATTACGATAATCCAAAAAGCAAAAAGAGAGTCGAAACATCTCCA
CATAATCTCAAACCTTTGGTGGCATATTGTAATGAAGACATGAAGTTGTTTTAAGAGTTT
AATAAGTATCGCTTTGCAGTTTCAGTATCCAACTCTTCATAAACAAGTTTCTTGGGGAGT
TTCCCGAAAGCCTTGCAAAACCTCTCTGCTTCAACCTCACCAACCTTATTCCCAGCACCC
GTTCTGAGTTTATCCCAAAATGTAAACGTATCTTGATCAGTCTTCAAATCTTTAAAGTCT
TTGGGCTCATCAACACTTAGCTCTCGCTCAACAATTGACTGTGAAGTTGATTGCGCTGGA
CTTGAAGAATCTAATTCAGAACGGTGGTCGCGAGAGCGTACGACGGGGAATAGATTGAGA
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AATCTTCTGCGCCTCTCTCTCTCC


BQ
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AF RR1FG79JQ U 222
AF RR1FG79TF C 1
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BS 222 379 RR1FG79JQ
BS 380 564 RR1FG79TF

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AACCTTATTCCCAGCACCCGTTCTGAGTTTATCCCAAAATGTAAACGTATCTTGATCAGT
CTTCAAATCTTTAAAGTCTTTGGGCTCATCAACACTTA

QA 1 158 1 158
DS 

RD RR1FG79TF 564 0 0
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TGACCACTCATACATAATTACGATAATCCAAAAAGCAAAAAGAGAGTCGAAACATCTCCA
CATAATCTCAAACCTTTGGTGGCATATTGTAATGAAGACATGAAGTTGTTTTAAGAGTTT
AATAAGTATCGCTTTGCAGTTTCAGTATCCAACTCTTCATAAACAAGTTTCTTGTGGAGT
TTCTCGAAAGCCTTGCAAAACCTCTCTGCTTCAACCTCACCAACCTTATTCGCAGCAGCC
GTTCTGAGTTTATCCCAGAATGTAAACGTATCTTGATCAGTCTTCAGATCTTTAAAGTCT
TTGGGCTCATCAACACTTAGCTCTCGCTCAACAATTGACTGTGAAGTTGATTGCGCTGGA
CTTGAAGAATCTAATTCAGAACGGTGGTCGCGAGAGCGTACGACGGGGAATAGATTGAGA
TGCTACGGAACTCTTGCTCGTCCATCGCCTTCCTTTTCTCTCCTCTCTCTCTTAAATCTG
AATCTTCTGCGCCTCTCTCTCTCC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

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GACAGTACAAAGAGATTCATCAAGAAGGCCAAAATTTCCACTGGTACCAAGAACTCATCA
GAGTGACACTTGGTCCTGGTAAAAGAGGCCAATGGACATGGAAAAAAGAAGACAACTCTG
TCTATCTAACCAGGTTAGGTCCTGTTTTCGAAGATCTAAGGGGTCCACCGAAGTACATGC
TCACACAGATTTCAGGAAGCAATCCACTCAAGCAGCGTGATGACCGCATCATCGCATCAG
ATGATGAAACAGAAGATGCTGAAGCTCCTTGCATACAGAAACTGTTTGGCATCCTTAGGA
TCTACTACACGTTTCTCGAGACCGTGAAGAGGGTGTGTTTAGGGATCATCGCTGGTGCTT
TCTTGGACAACGAGACTTCGAAAACTCCCATAGTTGTCTTGCTGAGCATCACTTCCTTTC
AGCTGTTCTTTCTTGTTCTGAAAAAGCCTTTCATCAAGAAGAAAGTACAGCTCGTTGAGA
TCATCTCAGTAGCATGTCAAGTCGGTGTGTTCGCCTCGGGTCTAGTGCTCTTGGCTAAAG
ACTTCCCAGAGACGAGCGGACAGAAACTTGGGATATTCATGGTTATACTGTTCTTGATTG
GGTTCATCACACAGATGTGCAACGAATGGTACTCACTGTACAAACAGACAAAGAGGTTAG
ACCAGATCAACAGGTCCTTCTTGAGCGGTCTCAAGATATTTATCATCGGACTAGCCGCGT
TAATCCTGCCTCAGAAACTGATGAAGAGCAAGATCCCTGCGGCTCAACTAGAAGGGAGAA
GCAGCAGCAATGGAGGGATTGCTTTCTCAACACCAGAGAACAGGTATATTAATTCTTCTG
GGAGCCGAAGCTCGGGTAGTTTGGACAAGCCATGGTTGAGACAGATACGAGAAATGGCAA
AGGCTAGCTTCACGAGAGACAGGAGCAGTAGTAAGGTTCCTAGTGATCCTTCAGGGAGCA
AGAGTGGCTGGAGCAGTAGTATATGGGGAAATACAAGTGGAAGCTCTTCGAAAGACTCAT
CCTCAGACTACAAATCAAGACCTAAAGGACTTTACAAAGATTTAGAAGCCATTTTTGCTT
CCAAGTGAATAAAATATTAATGTAATATATTTATTCTCTGGTTTTCAAATAAATTCGAAG
CTGTTGTATTGTGTAATATTGAGTACTACTAAGATACATTTTAAGTTTTCACTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G323JQ C 440
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BS 574 1195 RR1G323JQ

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GAGTGACACTTGGTCCTGGTAAAAGAGGCCAATGGACATGGAAAAAAGAAGACAACTCTG
TCTATCTAACCAGGTTAGGTCCTGTTTTCGAAGATCTAAGGGGTCCACCGAAGTACATGC
TCACACAGATTTCAGGAAGCAATCCACTCAAGCAGCGTGATGACCGCATCATCGCATCAG
ATGATGAAACAGAAGATGCTGAAGCTCCTTGCATACAGAAACTGTTTGGCATCCTTAGGA
TCTACTACACGTTTCTCGAGACCGTGAAGAGGGTGTGTTTAGGGATCATCGCTGGTGCTT
TCTTGGACAACGAGACTTCGAAAACTCCCATAGTTGTCTTGCTGAGCATCACTTCCTTTC
AGCTGTTCTTTCTTGTTCTGAAAAAGCCTTTCATCAAGAAGAAAGTACAGCTCGTTGAGA
TCATCTCAGTAGCATGTCAAGTCGGTGTGTTCGCCTCGGGTCTAGTGCTCTTGGCTAAAG
ACTTCCCAGAGACGAGCGGACAGAAACTTGGGA

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DS 

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TTTGGACAAGCCATGGTTGAGACAGATACGAGAAATGGCAAAGGCTAGCTTCACGAGAGA
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TATATGGGGAAATACAAGTGGAAGCTCTTCGAAAGACTCATCCTCAGACTACAAATCAAG
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ATGTAATATATTTATTCTCTGGTTTTCAAATAAATTCGAAGCTGTTGTATTGTGTAATAT
TGAGTACTACTAAGATACATTTTAAGTTTTCACTGT

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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TTGAATGAAGGCGGGTGTTTTACAAACATTTTAGAATTGCAAAATCAGCTCAAACCAGGT
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AAATTCAATGTAAGATATCAGATTGTAGTTAGAGAGAGAGGATGGGGAGATAGAATTGTA
TGGCGTTGCCTCTTACGACATGGGCCTAAAATGGAATATTCTCAAACTATATGGCGTGCT
TATAGAGGCGCCGCAGAATATCGATGTGGTGAAAAACGTTCATGGATTGCTAGACCTGAT
GGAATTTACTTCGAGAGAAATGGTGAACCAAAGGGGCACAGATATTTTTGGATTTTTACT
AACAAATGAGTTTTGTCTTCTTAGAAGCTATTTACATTTGACACTAAGATTAATTTTTTC
ATATGAGATAGAACATCATATTATTTTGAAATAATAATAACGTACAAATAAATGTATTAT
AAATAACAGTTAATAATTTATTCGG


BQ
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AF RR1H083TF U 2
AF RR1FN71TF U 1
BS 1 565 RR1FN71TF

RD RR1H083TF 461 0 0
GGAGATAAAAGAAGATGAATTACCTCATATTTATGCTAGTTATTGCTATGTGTTTTGGCT
TGAATGAAGGCGGGTGTTTTACAAACATTTTAGAATTGCAAAATCAGCTCAAACCAGGTA
GTATTCTAAAAGTTAATTGTTCATCCAACCGAAAACATGTTGAACCTGTCCACCAGGTAA
AATTCAATGTAAGATATCAGATTGTAGTTAGAGAGAGAGGATGGGGAGATAGAATTGTAT
GGCGTTGCCTCTTACGACATGGGCCTAAAATGGAATATTCTCAAACTATATGGCGTGCTT
ATAGAGGCGCCGCAGAATATCGATGTGGTGAAAAACGTTCATGGATTGCTAGACCTGATG
GAATTTACTTCGAGAGAAATGGTGAACCAAAGGGGCACAGATATTTTTGGATTTTTACTA
ACAAATGAGTTTTGTCTTCTTAGAAGCTATTTACATTTGAC

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR1FN71TF 565 0 0
GGGAGATAAAAGAAGATGAATTACCTCATATTTATGCTAGTTATTGCTATGTGTTTTGGC
TTGAATGAAGGCGGGTGTTTTACAAACATTTTAGAATTGCAAAATCAGCTCAAACCAGGT
AGTATTCTAAAAGTTAATTGTTCATCCAACCGAAAACATGTTGAACCTGTCCACCAGGTA
AAATTCAATGTAAGATATCAGATTGTAGTTAGAGAGAGAGGATGGGGAGATAGAATTGTA
TGGCGTTGCCTCTTACGACATGGGCCTAAAATGGAATATTCTCAAACTATATGGCGTGCT
TATAGAGGCGCCGCAGAATATCGATGTGGTGAAAAACGTTCATGGATTGCTAGACCTGAT
GGAATTTACTTCGAGAGAAATGGTGAACCAAAGGGGCACAGATATTTTTGGATTTTTACT
AACAAATGAGTTTTGTCTTCTTAGAAGCTATTTACATTTGACACTAAGATTAATTTTTTC
ATATGAGATAGAACATCATATTATTTTGAAATAATAATAACGTACAAATAAATGTATTAT
AAATAACAGTTAATAATTTATTCGG

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL6129Contig1 740 2 4 U
GGGGGCTTGCACAGACAAAACTACTAGAAGAATCCTTTACTCTTCTTCTTCTTCTACTTC
TACAAATCTCTCTCTCTAGTAGTTATGGTGACGAACTCCACAATCAAATTTCTCTGTAGC
TACGGCGGGAAAATTTTACCTCGTTATCCCGACGGCAAACTCCGTTATAACGGCGGTCAC
ACCCGCGTCCTCGCCGTTCCACGCTCCGTCTCATTTTCCGAGCTATCGTCTAAGATGGCG
GAGTTGTGCGGTGGATCCCCCGTAACCATACGGTGTCAGCTCCCGACGGAAGATCTCGAC
GCGCTCGTGTCCGTCACGTGTGACGAAGATCTAGCGAATCTAATCGAGGAGTACGACCTC
GTTTCCTCCTCAATGAAGATCAGAGTCTTCCTAAACCCGCCGAGATCCGTTAGATCATCA
ACGACGATCTCGCCTCCTCCGTTGGCTTTCCCGTCGTCATCATCTTCCACCGAGGTTAAC
GACGACGGCGAAGAATCAGTGCTACGGTTGCTACGTCCACCACCGTAGTTCGAGGAATAT
GTACCTCGTCCACAACGGCAATCACTGGCAATAACCCCAAGCCACAATCAGATTAAAAAC
AAAAATAAATATGAAAAATCGAATCTATACTTGAAAGAAAAATCTTCTTGATATGTGTAA
AAAAAGAGAGATATAAAGGTGTACGTGATCTCTCTCTGTGACGATGACCGTCGCCATTAA
TGAAATCATCCTAAAAGCTC


BQ
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AF RR1H982TF U 1
AF RR1H982JQ C 424
BS 1 449 RR1H982TF
BS 450 450 RR1H982JQ
BS 451 561 RR1H982TF
BS 562 740 RR1H982JQ

RD RR1H982TF 561 0 0
GGGGGCTTGCACAGACAAAACTACTAGAAGAATCCTTTACTCTTCTTCTTCTTCTACTTC
TACAAATCTCTCTCTCTAGTAGTTATGGTGACGAACTCCACAATCAAATTTCTCTGTAGC
TACGGCGGGAAAATTTTACCTCGTTATCCCGACGGCAAACTCCGTTATAACGGCGGTCAC
ACCCGCGTCCTCGCCGTTCCACGCTCCGTCTCATTTTCCGAGCTATCGTCTAAGATGGCG
GAGTTGTGCGGTGGATCCCCCGTAACCATACGGTGTCAGCTCCCGACGGAAGATCTCGAC
GCGCTCGTGTCCGTCACGTGTGACGAAGATCTAGCGAATCTAATCGAGGAGTACGACCTC
GTTTCCTCCTCAATGAAGATCAGAGTCTTCCTAAACCCGCCGAGATCCGTTAGATCATCA
ACGACGATCTCGCCTCCTCCGTTGGCTTTGCCGTCGTCATCATCTTCCACCGAGGTTAAC
GACGACGGCGAAGAATCAGTGCTACGGTTGCTACGTCCACCACCGTAGTTCGAGGAATAT
GTACCTCGTCCACAACGGCAA

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1H982JQ 317 0 0
ACGATCTCGCCTCCTCCGTTGGCTTTCCCGTCGTCATCATCTTCCACCGAGGTTAACGAC
GACGGCGAAGAATCAGTGCTACGGTTGCTACGTCCACCACCGTAGTTCGAGGAATATGTA
CCTCGTCCACAACGGCAATCACTGGCAATAACCCCAAGCCACAATCAGATTAAAAACAAA
AATAAATATGAAAAATCGAATCTATACTTGAAAGAAAAATCTTCTTGATATGTGTAAAAA
AAGAGAGATATAAAGGTGTACGTGATCTCTCTCTGTGACGATGACCGTCGCCATTAATGA
AATCATCCTAAAAGCTC

QA 1 317 1 317
DS 



AS 1 2

CO CL6130Contig1 1144 2 2 U
GGGTAACCGACACTACCGTGCCAAACCATGACGAGACCGAGAAAGAGGCAACAGAGTTCG
AAAAGAATCGGAAACGGTACCAAGACCTGATCTCCACGTTTCCTCCCGTGAAAGGCTGGA
GGCCCAAAGCTCCCTTTATCAAGTACTGTGGTCACTGGTGGATACAGCCTATCCTCGAAG
GTTCTCTTTACGCACGAGAGTTCTTCAAAGCTCGACCTAGTGACTTCCTCGTCTGTAGCT
ACCCGAAGACAGGTACCACTTGGCTCAAATCACTAACATTCGCAATAACCAATCGATCTC
GCTTCGAAGATTCCACAAACCCTCTCCTCGAACGTAACCCTCACGAGCTTGTTCCTTTCA
TTGAGATCGAGTTCCCTCTGTTCCCACACATTGATGTGCTCCAAGACAAAGGGAACACTC
TGTTTGCAACTCATTTGCCACATGAGTTACTACCTGATTCGGTTGTGAAGTCGGGTTGTA
AGATGGTTTACATATGGAGAGACCCAAAGGACACTTTCATCTCCGTGTGGCATTTCTACC
AAAAGAATAGGTCAGAAAGTGGCTCGCTCTATGGTCTTGAGGAGTGTTTTGATATGTTCT
GCCAAGGTATTTCCGGGGAAGGTCCTTATCTTGATCATGTCTTGGGTTATTGGAAAGCTC
ACCAAGAGAATCCAGATACGATTTTGTTCCTTAAGTACGAGACTGTGAGAGCTGATCCTT
TGCCTTATGTGAAAAGATTGGCTGAGTTCATGGGTTATGGGTTCACAGCTGAAGAAGAGG
AGAATGGGGTTGTTGAGAAAGTTGTAAATCTTTGTAGCTTCGAGACGTTGAAAAATCTTG
AAGCTAACAAAGGAGATAAGGAGAGAGAAGACCATCCTTCTACTTATGTAAACAGCGCGT
TTTTTAGGAAAGGAAAGATCGGAGACTGGGAGAATTATCTGACTCCAGACATGGCAGCTC
GTATGGATGGGATAATGGAAGAGAAATTCAAGGGTACTGGTTTGCTTGAAAATGGTAAAT
GAGCTATTTCTTGTTTGGGGCAAATGACTGATCCTTGTATGCTTTTGTTTAAAGCATATT
ATGTTTACTTTGATCCTATATGTACTATGTTATATATTTGATGAATAAAACTTGTTTCTG
ATCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1CZ48TF U 1
AF RR1CZ48JQ C 420
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BS 646 1144 RR1CZ48JQ

RD RR1CZ48TF 645 0 0
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AAAAGAATCGGAAACGGTACCAAGACCTGATCTCCACGTTTCCTCCCGTGAAAGGCTGGA
GGCCCAAAGCTCCCTTTATCAAGTACTGTGGTCACTGGTGGATACAGCCTATCCTCGAAG
GTTCTCTTTACGCACGAGAGTTCTTCAAAGCTCGACCTAGTGACTTCCTCGTCTGTAGCT
ACCCGAAGACAGGTACCACTTGGCTCAAATCACTAACATTCGCAATAACCAATCGATCTC
GCTTCGAAGATTCCACAAACCCTCTCCTCGAACGTAACCCTCACGAGCTTGTTCCTTTCA
TTGAGATCGAGTTCCCTCTGTTCCCACACATTGATGTGCTCCAAGACAAAGGGAACACTC
TGTTTGCAACTCATTTGCCACATGAGTTACTACCTGATTCGGTTGTGAAGTCGGGTTGTA
AGATGGTTTACATATGGAGAGACCCAAAGGACACTTTCATCTCCGTGTGGCATTTCTACC
AAAAGAATAGGTCAGAAAGTGGCTCGCTCTATGGTCTTGAGGAGTGTTTTGATATGTTCT
GCCAAGGTATTTCCGGGGAAGGTCCTTATCTTGATCATGTCTTGG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1CZ48JQ 725 0 0
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AAGATGGTTTACATATGGAGAGACCCAAAGGACACTTTCATCTCCGTGTGGCATTTCTAC
CAAAAGAATAGGTCAGAAAGTGGCTCGCTCTATGGTCTTGAGGAGTGTTTTGATATGTTC
TGCCAAGGTATTTCCGGGGAAGGTCCTTATCTTGATCATGTCTTGGGTTATTGGAAAGCT
CACCAAGAGAATCCAGATACGATTTTGTTCCTTAAGTACGAGACTGTGAGAGCTGATCCT
TTGCCTTATGTGAAAAGATTGGCTGAGTTCATGGGTTATGGGTTCACAGCTGAAGAAGAG
GAGAATGGGGTTGTTGAGAAAGTTGTAAATCTTTGTAGCTTCGAGACGTTGAAAAATCTT
GAAGCTAACAAAGGAGATAAGGAGAGAGAAGACCATCCTTCTACTTATGTAAACAGCGCG
TTTTTTAGGAAAGGAAAGATCGGAGACTGGGAGAATTATCTGACTCCAGACATGGCAGCT
CGTATGGATGGGATAATGGAAGAGAAATTCAAGGGTACTGGTTTGCTTGAAAATGGTAAA
TGAGCTATTTCTTGTTTGGGGCAAATGACTGATCCTTGTATGCTTTTGTTTAAAGCATAT
TATGTTTACTTTGATCCTATATGTACTATGTTATATATTTGATGAATAAAACTTGTTTCT
GATCC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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TGGAGATGGAGGATGAAGAAGATGGCACTGAGCATTTGGTGGATGAGCTCCGTATGAATA
CAGGAGCCTTTGTGGATGAAGCACTTGTTGAGAAGCTTCTAGAGAACTTGGATTTAGAGG
AACTAGAAGATGAGCACGATGCAGCTGATGCATCCTTTTTCGACACCTTCCACTTATCGT
CCATGTCTGTGTCTGATCAAGAAGGAAGCAAGGATGTAGAGGGAGAGAGATAGAGCTTCT
GACCCAGTTGGAGGCCGGTCTCTATTTTTATATATATAAAATTTGATTGTGAGTTCGTTG
TGATTGTGAGTTCGTTGTGATTGAGCTTAAAGGAAAGTAGTGATCTAGAGAGAGTGACAG
AGTGAGAGAGTAGAGAGATGTTTATATATGGTGAGTGCTATACAAAATAAAACTAAATGG
AAAAAATGGACATGATGAAGGCAAGAAAATGAACTGGAATATTGAATAT


BQ
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AF RR1CB54TF U 1
AF RR1CB54JQ C 256
BS 1 529 RR1CB54TF

RD RR1CB54TF 529 0 0
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TGGAGATGGAGGATGAAGAAGATGGCACTGAGCATTTGGTGGATGAGCTCCGTATGAATA
CAGGAGCCTTTGTGGATGAAGCACTTGTTGAGAAGCTTCTAGAGAACTTGGATTTAGAGG
AACTAGAAGATGAGCACGATGCAGCTGATGCATCCTTTTTCGACACCTTCCACTTATCGT
CCATGTCTGTGTCTGATCAAGAAGGAAGCAAGGATGTAGAGGGAGAGAGATAGAGCTTCT
GACCCAGTTGGAGGCCGGTCTCTATTTTTATATATATAAAATTTGATTGTGAGTTCGTTG
TGATTGTGAGTTCGTTGTGATTGAGCTTAAAGGAAAGTAGTGATCTAGAGAGAGTGACAG
AGTGAGAGAGTAGAGAGATGTTTATATATGGTGAGTGCTATACAAAATAAAACTAAATGG
AAAAAATGGACATGATGAAGGCAAGAAAATGAACTGGAATATTGAATAT

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1CB54JQ 274 0 0
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CGGTCTCTATTTTTATATATATAAAATTTGATTGTGAGTTCGTTGTGATTGTGAGTTCGT
TGTGATTGAGCTTAAAGGAAAGTAGTGATCTAGAGAGAGTGACAGAGTGAGAGAGTAGAG
AGATGTTTATATATGGTGAGTGCTATACAAAATAAAACTAAATGGAAAAAATGGACATGA
TGAAGGCAAGAAAATGAACTGGAATATTGAATAT

QA 1 274 1 274
DS 



AS 1 2

CO CL6132Contig1 1065 2 6 U
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TTATCTACAGGGAGATACTTGAGTATCATCCTCAGTTGCTCAAGGACTATATCAGCGGTT
CTGAGGGTTCCAGTTTTGTATATCCTAGCGCCATAGGACATCTTAGGAAGCAGTTCAATT
ACTTAGAGGAGAATAGCAGTAGAAATGGGCCGGTTATACCTCCAGAGAGGAAGCACGTCT
CACTTCCTCGGTCTACAGTTCACTCAAGTGTAGTCCATTCCACTAGCCAACCCAACTTGT
GTGCAACGGAGAGCAGACGTGTTCATTTCGAGCAGCCTTCAAGAAATGGAGCAGGACCTC
CACCAAGAGTACCACCACCATCTGGTAGACCATCTGCATCTTATGAGAATGGCAGGAACC
TCAAAGAAGCTTATTTCAGAAGCACAGTATCATCTCCTCACTGTTATTTCAAATCAAACA
CCATGATGAGCACACCTGATAAAGCTTCTTCTCAGCCCAAACCGCAATACAATCACACCG
TGCCGCAACCACCTGCTAGGACTAACCAACCAAACGTCGATACTATTATGAACCGCCCAA
ACCCTTATTTCCAGTCACAGCACCCCAAGATTGACCAATCAAGTAACAACAACAACACGC
GTATGGCCATTGATCTGTTGCAAGCACAAACACAGTTTGGTCCAGCTGGAGCCGCAGCGG
TTGCAGTAGCAGCACACCGGAACGTAGTAGGCACAGTCAGTTACGGTGCAGCGTCATAGA
CTCATCAAACAACCAACAATTCGAGATAGATGTTTAACCAAAACCAGGTGATTCCGGCAC
CAGCTTTTATTCATGTAAAGTATTGTTATTCAGGCAGGCTCTGATTCGATGTAATAAAGA
CATTTCAGATGTAGTAACTCACAAGAACAAGGTTCGGTTTAATTAGATCAGTCTGATCCA
GGGTTGTTACCTGTTATCGTTTCGGTTATCTTGTTAGCTCCATAGTCTTTGAATTTGTTA
TAAGCGTAGTTCATTGAAGAGAAGAAGATTGTTGTGATTGATTAT


BQ
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AF RR1FD06TF U 1
AF RR1FD06JQ C 313
BS 1 750 RR1FD06TF
BS 751 751 RR1FD06JQ
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BS 766 766 RR1FD06JQ
BS 767 786 RR1FD06TF
BS 787 1065 RR1FD06JQ

RD RR1FD06TF 786 0 0
GCTCGAAGATGGAGTTTGAGTTTGAGAGAAGACGGTTGACAAAGGATGACATTAGGGAGC
TTATCTACAGGGAGATACTTGAGTATCATCCTCAGTTGCTCAAGGACTATATCAGCGGTT
CTGAGGGTTCCAGTTTTGTATATCCTAGCGCCATAGGACATCTTAGGAAGCAGTTCAATT
ACTTAGAGGAGAATAGCAGTAGAAATGGGCCGGTTATACCTCCAGAGAGGAAGCACGTCT
CACTTCCTCGGTCTACAGTTCACTCAAGTGTAGTCCATTCCACTAGCCAACCCAACTTGT
GTGCAACGGAGAGCAGACGTGTTCATTTCGAGCAGCCTTCAAGAAATGGAGCAGGACCTC
CACCAAGAGTACCACCACCATCTGGTAGACCATCTGCATCTTATGAGAATGGCAGGAACC
TCAAAGAAGCTTATTTCAGAAGCACAGTATCATCTCCTCACTGTTATTTCAAATCAAACA
CCATGATGAGCACACCTGATAAAGCTTCTTCTCAGCCCAAACCGCAATACAATCACACCG
TGCCGCAACCACCTGCTAGGACTAACCAACCAAACGTCGATACTATTATGAACCGCCCAA
ACCCTTATTTCCAGTCACAGCACCCCAAGATTGACCAATCAAGTAACAACAACAACACGC
GTATGGCCATTGATCTGTTGCAAGCACAAACACAGTTTGGTCCAGCTGGAGCCGCAGCGG
TTGCAGTAGCAGCACACCGGAACGTAGTAG*CACAGTCAGTTACG*TGCAGCGTCATAGA
CTCATC

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1FD06JQ 753 0 0
GCAGACGTGTTCATTTCGAGCAGC*TTCAAGAAATGGAGCAGGACCTCCACCAAGAGTAC
CACCACCATCTGGTAGACCATCTGCATCTTATGAGAATGGCAGGAACCTCAAAGAAGCTT
ATTTCAGAAGCACAGTATCATCTCCTCACTGTTATTTCAAATCAAACACCATGATGAGCA
CACCTGATAAAGCTTCTTCTCAGCCCAAACCGCAATACAATCACACCGTGCCGCAACCAC
CTGCTAGGACTAACCAACCAAACGTCGATACTATTATGAACCGCCCAAACCCTTATTTCC
AGTCACAGCACCCCAAGATTGACCAATCAAGTAACAACAACAACACGCGTATGGCCATTG
ATCTGTTGCAAGCACAAACACAGTTTGGTCCAGCTGGAGCCGCAGCGGTTGCAGTAGCAG
CACACCGGAACGTAGTAGGCACAGTCAGTTACGGTGCAGCGTCATAGACTCATCAAACAA
CCAACAATTCGAGATAGATGTTTAACCAAAACCAGGTGATTCCGGCACCAGCTTTTATTC
ATGTAAAGTATTGTTATTCAGGCAGGCTCTGATTCGATGTAATAAAGACATTTCAGATGT
AGTAACTCACAAGAACAAGGTTCGGTTTAATTAGATCAGTCTGATCCAGGGTTGTTACCT
GTTATCGTTTCGGTTATCTTGTTAGCTCCATAGTCTTTGAATTTGTTATAAGCGTAGTTC
ATTGAAGAGAAGAAGATTGTTGTGATTGATTAT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL6133Contig1 1133 2 4 U
AACAACGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCCAATTCTCAATCAATCAATCATGGTT
GAACCGGCGAATACCGTTGGAATCCCACTGAACCACACCGCGTTGTTGAAAGATGAGCTC
GACATCGTGATCCCGACGATCCGTAACCCCGATTTCCTCGAGATGTGGAGGCCCTTTCTC
CAGCCTTACCATCTCATCATCGTCCAGGACGGAGATCCTTCCAAGACCATTGCTGTCCCT
GAAGGGTTCGATTACGAGCTCTACAACAGGAATGACATCAACCGTATCCTCGGTCCCAAA
GCTTCTTGCATTTCCTTCAAGGACTCTTCTTGTCGCTGCTTCGGCTACATGGTGTCCAAG
AAGAAGTACATCTTCACCCATTGACGACGATTGCTTCGTTGCTAAGGATCCATCTGGAAA
AGCAGTGAACGCACTTGAGCAACACATCAAGAACCTTCTCTGTCCATCCTCTCCGTTTTT
CTTCAACACCTTGTACGACCCCTACCGTGAAGGTGCTGACTTCGTCCGTGGATACCCTTT
CAGTCTCCGTGAAGGTGTTTCCACTGCTGTTTCTCACGGTCTCTGGCTCAACATCCCTGA
TTACGATGCTCCAACCCAACTCGTCAAGCCTAAGGAAAGGAACACAAGGTATGTGGATGC
TGTCATGACCATCCCAAAGGGAACACTTTTCCCAATGTGTGGCATGAACTTGGCTTTTGA
CCGTGATTTCATTGGCCCGGCTATGTACTTTGGTTTCATGGGTGATGGTCAGCCTATTGG
TCGTTACGACGATATGTGGGCTGGATGGTGTGTCAAGGTGATCTGTGACCATTTGGGATT
GGGAGTGAAGACGGGTTTTCCCTACATTTACCACAGCAAGGCAAGCAACCCATTTGTGAA
CCTGAAGAAGGAGTACAAAGGGATTTTTTGGCAGGAGGACATCATCCCTTTTTTCCAGAG
CGCAAAGCTCTCAAAAGAAGCTGCGACGGTTCAACAATGCTACTTGGAGCTGTCGAAGTT
GGTTAAGGAGAAGCTTAGCCCCATTGATCCTTACTTTGACAAGCTAGCTGATGCTATGGT
CACTTGGATTGAAGCTTGGGATGAGCTTAACCCGGCCACTAAAGCTTGAGCAG


BQ
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AF RR1CO48TF U 1
AF RR1CO48JQ C 360
BS 1 378 RR1CO48TF
BS 379 379 RR1CO48JQ
BS 380 634 RR1CO48TF
BS 635 1133 RR1CO48JQ

RD RR1CO48TF 642 0 0
AACAACGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCCAATTCTCAATCAATCAATCATGGTT
GAACCGGCGAATACCGTTGGAATCCCACTGAACCACACCGCGTTGTTGAAAGATGAGCTC
GACATCGTGATCCCGACGATCCGTAACCCCGATTTCCTCGAGATGTGGAGGCCCTTTCTC
CAGCCTTACCATCTCATCATCGTCCAGGACGGAGATCCTTCCAAGACCATTGCTGTCCCT
GAAGGGTTCGATTACGAGCTCTACAACAGGAATGACATCAACCGTATCCTCGGTCCCAAA
GCTTCTTGCATTTCCTTCAAGGACTCTTCTTGTCGCTGCTTCGGCTACATGGTGTCCAAG
AAGAAGTACATCTTCACC*ATTGACGACGATTGCTTCGTTGCTAAGGATCCATCTGGAAA
AGCAGTGAACGCACTTGAGCAACACATCAAGAACCTTCTCTGTCCATCCTCTCCGTTTTT
CTTCAACACCTTGTACGACCCCTACCGTGAAGGTGCTGACTTCGTCCGTGGATACCCTTT
CAGTCTCCGTGAAGGTGTTTCCACTGCTGTTTCTCACGGTCTCTGGCTCAACATCCCTGA
TTACGATGCTCCAACCCAACTCGTCAAGCCTAAG
AAAGGAAC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1CO48JQ 774 0 0
GAAGAAGTACATCTTCACCCATTGACGACGATTGCTTCGTTGCTAAGGATCCATCTGGAA
AAGCAGTGAACGCACTTGAGCAACACATCAAGAACCTTCTCTGTCCATCCTCTCCGTTTT
TCTTCAACACCTTGTACGACCCCTACCGTGAAGGTGCTGACTTCGTCCGTGGATACCCTT
TCAGTCTCCGTGAAGGTGTTTCCACTGCTGTTTCTCACGGTTTCTGGCTCAACATCCCTG
ATTACGATGCTCCAACCCAACTCGTCAAGCCTAAGGAAAGGAACACAAGGTATGTGGATG
CTGTCATGACCATCCCAAAGGGAACACTTTTCCCAATGTGTGGCATGAACTTGGCTTTTG
ACCGTGATTTCATTGGCCCGGCTATGTACTTTGGTTTCATGGGTGATGGTCAGCCTATTG
GTCGTTACGACGATATGTGGGCTGGATGGTGTGTCAAGGTGATCTGTGACCATTTGGGAT
TGGGAGTGAAGACGGGTTTTCCCTACATTTACCACAGCAAGGCAAGCAACCCATTTGTGA
ACCTGAAGAAGGAGTACAAAGGGATTTTTTGGCAGGAGGACATCATCCCTTTTTTCCAGA
GCGCAAAGCTCTCAAAAGAAGCTGCGACGGTTCAACAATGCTACTTGGAGCTGTCGAAGT
TGGTTAAGGAGAAGCTTAGCCCCATTGATCCTTACTTTGACAAGCTAGCTGATGCTATGG
TCACTTGGATTGAAGCTTGGGATGAGCTTAACCCGGCCACTAAAGCTTGAGCAG

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL6134Contig1 628 2 1 U
GGAGAAGATGCTTGCGAAGACAGAGGTTAAAGAATAAGTCACAGACATTTGAGGCCACAC
ACATAACTTGCTTCTAAACTGTTCTTCCGAAATTCATTCTCTTTAAAGAATCCGAGTAGA
GAAGGGCTCTATCAGAGGAGACATGGAGGATCTTGTGGGACTTCTTAGAATCCGAGTGAA
AAGAGGGACTAATCTTGTTAGTCGAGACTCTCAGAGCAGCGACCCTTTCGTCGTCATAAC
TATGGGTCCTCAGACATTGAAGACTAGTCGTGCGGAAAATAACTGTAACCCTGAGTGGAA
CGACGAATTGACGCTTGCATTCAATGATCATAATCAACCTGTGAATCTCGAAGTTTATGA
TAAAGATACATTCACTTCCCATGACAAGATGGGAGATGCGGAAATAGACGTCAGGCCATT
TCTTGAGATTCAAGCAATGGGTCTTCAAGAACTACCTGAAGGAACCGAGGTCAAGAGAGT
GAAGCCGAGTACAGACAATTGTTTGGTTGAAGAGAGCAGAATCGTTTTCAGTAATGGAAA
AATCGTCCAAGACATGATTCTCAAGCTGAGAAATGTCGAAAGAGGTGAGGTTGAGATTCA
AATTGAGTGGATCAGTGTTCCATAGGGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GR74TF U 1
AF RR1G785TF U 1
BS 1 628 RR1G785TF

RD RR1GR74TF 271 0 0
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ACATAACTTGCTTCTAAACTGTTCTTCCGAAATTCATTCTCTTTAAAGAATCCGAGTAGA
GAAGGGCTCTATCAGAGGAGACATGGAGGATCTTGTGGGACTTCTTAGAATCCGAGTGAA
AAGAGGGACTAATCTTGTTAGTCGAGACTCTCAGAGCAGCGACCCTTTCGTCGTCATAAC
TATGGGTCCTCAGACATTGAAGACTAGTCGT

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR1G785TF 628 0 0
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ACATAACTTGCTTCTAAACTGTTCTTCCGAAATTCATTCTCTTTAAAGAATCCGAGTAGA
GAAGGGCTCTATCAGAGGAGACATGGAGGATCTTGTGGGACTTCTTAGAATCCGAGTGAA
AAGAGGGACTAATCTTGTTAGTCGAGACTCTCAGAGCAGCGACCCTTTCGTCGTCATAAC
TATGGGTCCTCAGACATTGAAGACTAGTCGTGCGGAAAATAACTGTAACCCTGAGTGGAA
CGACGAATTGACGCTTGCATTCAATGATCATAATCAACCTGTGAATCTCGAAGTTTATGA
TAAAGATACATTCACTTCCCATGACAAGATGGGAGATGCGGAAATAGACGTCAGGCCATT
TCTTGAGATTCAAGCAATGGGTCTTCAAGAACTACCTGAAGGAACCGAGGTCAAGAGAGT
GAAGCCGAGTACAGACAATTGTTTGGTTGAAGAGAGCAGAATCGTTTTCAGTAATGGAAA
AATCGTCCAAGACATGATTCTCAAGCTGAGAAATGTCGAAAGAGGTGAGGTTGAGATTCA
AATTGAGTGGATCAGTGTTCCATAGGGT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL6135Contig1 499 2 2 U
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AGTCTTAGTCATATTACAACATACATAACTTTCTCCCACAAACACGAACCTAGAAAGTCA
TGTGAAGAAACTAATGAAAACAACACGGAAACAGCCATGGAGAGGCCCATGGTGAAGGAG
GTAAAAACAAAATCCTAACTGAGCTTGTAAACTTAAAATTATCTTGCAAATTACCTTTGA
TTGGTTGTTCGTCGGTATACCCACAAACTTGGATTTGGGTTTGGTATGGGATTGCTCCAC
CTTGTAAAGTTCGCCGCGAATTGGACGATTCTCTGTAAACCTAACTTTGATTATCAATCT
TCTGTCGGTAACACAAACCCAAAGATGAAGCTCTAAGATTTCGCATTTGGCCAATTTCGC
CTCACAATCGATTTCAACTAATCAGTCTCTTCAAATCAATTCTCTAAATGGTTTTTATCA
ACAAATGAAAACGGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BQ71TF C 1
AF RR1BQ71JQ U 40
BS 1 39 RR1BQ71TF
BS 40 499 RR1BQ71JQ

RD RR1BQ71TF 499 0 0
AAACATGGGTACTATACTATCAAAGTTGCTCAGATTGTCTAGTCATATTACAACATAGAT
AGTCTTAGTCATATTACAACATACATAACTTTCTCCCACAAACACGAACCTAGAAAGTCA
TGTGAAGAAACTAATGAAAACAACACGGAAACAGCCATGGAGAGGCCCATGGTGAAGGAG
GTAAAAACAAAATCCTAACTGAGCTTGTAAACTTAAAATTATCTTGCAAATTACCTTTGA
TTGGTTGTTCGTCGGTATACCCACAAACTTGGATTTGGGTTTGGTATGGGATTGCTCCAC
CTTGTAAAGTTCGCCGCGAATTGGACGATTCTCTGTAAACCTAACTTTGATTATCAATCT
TCTGTCGGTAACACAAACCCAAAGATGAAGCTCTAAGATTTCGCATTTGGCCAATTTCGC
CTCACAATCGATTTCAACTAATCAGTCTCTTCAAATCAATTCTCTAAATGGTTTTTATCA
ACAAATGAAAACGGAAAAA

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1BQ71JQ 460 0 0
TAGTCATATTACAACATAGATAGTCTTAGTCATATTACAACATACATAACTTTCTCCCAC
AAACACGAACCTAGAAAGTCATGTGAAGAAACTAATGAAAACAACACGGAAACAGCCATG
GAGAGGCCCATGGTGAAGGAGGTAAAAACAAAATCCTAACTGAGCTTGTAAACTTAAAAT
TATCTTGCAAATTACCTTTGATTGGTTGTTCGTCGGTATACCCACAAACTTGGATTTGGG
TTTGGTATGGGATTGCTCCACCTTGTAAAGTTCGCCGCGAATTGGACGATTCTCTGTAAA
CCTAACTTTGATTATCAATCTTCTGTCGGTAACACAAACCCAAAGATGAAGCTCTAAGAT
TTCGCATTTGGCCAATTTCGCCTCACAATCGATTTCAACTAATCAGTCTCTTCAAATCAA
TTCTCTAAATGGTTTTTATCAACAAATGAAAACGGAAAAA

QA 1 460 1 460
DS 



AS 1 2

CO CL6136Contig1 865 2 2 U
GGAAGAGTCTGCAACTACAGAGTAAACAGAATCTCAACCATTAGTCGAGACAACTGAGAG
AAAAAACTCGACATGGCTAACGAAGGACAAAAAAGCAGCATTTTGACAGCTCTTGACAAT
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TTCCAAGACCTTATGGTCAGCTTCCACCACCTATGCAACCACCGCCTCTTCCTGAGGAGC
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CTCAGCATCCGGGTGCTGCTACAATCAGGGTCTCTGTTCCAAACGTGGATGATGGGCAGG
TCATTGAGATCACAGTGCAGTCACTGTCAGAAAAGTGGGAAGTTTGAAAGAGAAGATAGC
CGGTGAGACACAAATCCCAGCAAACAAACAGAAGTTGAGTGGAAAAGCTGGCTTCTTAAA
GGACAACATGTCACTTGCACATTACAATGTCGGAGCAGGTGAAATCTTAACACTGTCTGA
GAGAGCGTGGTGGGAGAAAGAGATAGAGAGTCAGCTGGTGGATGCAGAGAAATGCATTTG
ATTTCTTCTTTAGATGTTTTCAAAACTTGGTGGCCAAAACTGTTTGTACTGCTATCTTTT
TTAACACATCTTTACTCTTGGCCCATCGCATTTAGTATCTATGGAAGTTTTAGATTGAAA
AAAAGAATATTACCGAGTTAAGTTCGTTTCGGATCTGCAGGCAACGTTTTGGAAAACTCA
TCTTTGCTATATGATACTTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D619TF U 1
AF RR1D619JQ C 414
BS 1 684 RR1D619TF
BS 685 865 RR1D619JQ

RD RR1D619TF 687 0 0
GGAAGAGTCTGCAACTACAGAGTAAACAGAATCTCAACCATTAGTCGAGACAACTGAGAG
AAAAAACTCGACATGGCTAACGAAGGACAAAAAAGCAGCATTTTGACAGCTCTTGACAAT
GCAAAGACTCAATGGTATCACGTCACGACTGTCATAATCTCCAGCATGGGATGATGCAAC
CACCACCTATGCATGGGATGCCGCCTCCTCCACCGGGATCACAGTTTGCTCATCATCAAG
TTCCAAGACCTTATGGTCAGCTTCCACCACCTATGCAACCACCGCCTCTTCCTGAGGAGC
CAGAGCCAAAGAGACAAAAATTCGACGAGTCAGCTCTCGTTCCAGAAGAACAGTTCCTTG
CTCAGCATCCGGGTGCTGCTACAATCAGGGTCTCTGTTCCAAACGTGGATGATGGGCAGG
TCATTGAGATCACAGTGCAGTCACTGTCAGAAAAGTGGGAAGTTTGAAAGAGAAGATAGC
CGGTGAGACACAAATCCCAGCAAACAAACAGAAGTTGAGTGGAAAAGCTGGCTTCTTAAA
GGACAACATGTCACTTGCACATTACAATGTCGGAGCAGGTGAAATCTTAACACTGTCTGA
GAGAGCGTGGTGGGAGAAAGAGATAGAGAGTCAGCTGGTGGATGCAGAGAAATGCATTTG
ATTTCTTCTTTAGATGTTTTCAAA
CTT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1D619JQ 452 0 0
GGGCAGGTCATTGAGATCACAGTGCAGTCACTGTCAGAAAAGTGGGAAGTTTGAAAGAGA
AGATAGCCGGTGAGACACAAATCCCAGCAAACAAACAGAAGTTGAGTGGAAAAGCTGGCT
TCTTAAAGGACAACATGTCACTTGCACATTACAATGTCGGAGCAGGTGAAATCTTAACAC
TGTCTGAGAGAGCGTGGTGGGAGAAAGAGATAGAGAGTCAGCTGGTGGATGCAGAGAAAT
GCATTTGATTTCTTCTTTAGATGTTTTCAAAACTTGGTGGCCAAAACTGTTTGTACTGCT
ATCTTTTTTAACACATCTTTACTCTTGGCCCATCGCATTTAGTATCTATGGAAGTTTTAG
ATTGAAAAAAAGAATATTACCGAGTTAAGTTCGTTTCGGATCTGCAGGCAACGTTTTGGA
AAACTCATCTTTGCTATATGATACTTTGTTTT

QA 1 452 1 452
DS 



AS 1 2

CO CL6137Contig1 1109 2 4 U
GGTTAAGAGTATAGGCGGGCGGCAACACAAAACGGTGGGAGAATTATTGGCGCCATAAAC
CTCTCCTTCTTCTGAGAAGCGAAGCATTTTCTTATAACTCGATCGCTTCTCTCAATCAAG
TATTATTACTGTTTCGCTGAAAGAGTAAAACGAGAAGGTTGAAGATGGAGAACAATAGCG
AGAAAAATCTATACGAGGTTCTTGGTGTCGGAGCGACTGCAACACAACAGGAGATAAGGA
AAGCATACCATAAGTTGGCATTGAGGCTTCATCCTGATAAAAACAAGGACGATGAGGAAG
CTAAGGAGAAGTTTCAGCAGCTGCAGAAGGTGATATCTATTCTCGGTGATGAAGAGAGGA
GAGCTGTCTATGATCAAACTAGCTCCGTTGATGATGCTAATCTTTCGGGTGATGTGGTTG
ACAACTTGAGGGACTTCTTCAAGGCAATGTACAAGAAGGTCACCGAGGAAGATATTGAAG
AGTTTGAGGCCAACTACAGGGGTTCTGAGTCTGAGAAGAAAGACTTGATCGAGCTTTGCA
CCAAGTTTAAGGGTAGAATGAGCAGGCTTTTCTGCTCAATGCTTTGCTCCAACCCCAAGC
TTGACTCACACCGTTTCAAAGATATTATTGAAGAGGCTATTGCAGCAGGAGAAGTGAAGG
CAACAAAAGCTTACAAGAAATGGGCAAAGGAAATTTCAGAAATAAAACCCCCCACGAGTC
CCCCAAAGACTAGACGAAAGGCAAAAAGGGGCGCAGAGACAGATCTTTATGCTTTGATTT
CACAGCGAAGAGATGCGAGGAAAGAGAAGTTCGATACAATGTTCTCGTCGCTTATCTCCA
GGTATGGTGGAAATGCTGACTCAGAGCCGAACGAAGAAGAATTTGAAGCTGCCAAGAGAA
AACTTGAAAGCCAGAGGTCATCATCATCATCGAAGAAGAAACCAAGAAGAAAGTAAGAAG
AGAGGATCTCTAGGTTTTGTGTTTGTGATAATGGACGAGAAAGTTCTCGGAATCAGTAGA
TCACATGTTTGTTCTCCTATGGCTAAATCTCTGCTACAGTCTAAAGAATAACTAATCTTA
ATTCTTATTTGAAAGTACACTTTTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A121TF U 1
AF RR1A121JQ C 302
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BS 728 744 RR1A121TF
BS 745 1109 RR1A121JQ

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TATTATTACTGTTTCGCTGAAAGAGTAAAACGAGAAGGTTGAAGATGGAGAACAATAGCG
AGAAAAATCTATACGAGGTTCTTGGTGTCGGAGCGACTGCAACACAACAGGAGATAAGGA
AAGCATACCATAAGTTGGCATTGAGGCTTCATCCTGATAAAAACAAGGACGATGAGGAAG
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CCAAGTTTAAGGGTAGAATGAGCAGGCTTTTCTGCTCAATGCTTTGCTCCAACCCCAAGC
TTGACTCACACCGTTTCAAAGATATTATTGAAGAGGCTATTGCAGCAGGAGAAGTGAAGG
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CCCCAA*GACTAGACGAAAGGCAA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1A121JQ 808 0 0
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AGCTGTCTATGATCAAACTAGCTCCGTTGATGATGCTAATCTTTCGGGTGATGTGGTTGA
CAACTTGAGGGACTTCTTCAAGGCAATGTACAAGAAGGTCACCGAGGAAGATATTGAAGA
GTTTGAGGCCAACTACAGGGGTTCTGAGTCTGAGAAGAAAGACTTGATCGAGCTTTGCAC
CAAGTTTAAGGGTAGAATGAGCAGGCTTTTCTGCTCAATGCTTTGCTCCAACCCCAAGCT
TGACTCACACCGTTTCAAAGATATTATTGAAGAGGCTATTGCAGCAGGAGAAGTGAAGGC
AACAAAAGCTTACAAGAAATGGGCAAAGGAAATTTCAGAAATAAAACCCCCCACGAGTCC
CCCAAAGACTAGACGAAAGGCAAAAAGGGGCGCAGAGACAGATCTTTATGCTTTGATTTC
ACAGCGAAGAGATGCGAGGAAAGAGAAGTTCGATACAATGTTCTCGTCGCTTATCTCCAG
GTATGGTGGAAATGCTGACTCAGAGCCGAACGAAGAAGAATTTGAAGCTGCCAAGAGAAA
ACTTGAAAGCCAGAGGTCATCATCATCATCGAAGAAGAAACCAAGAAGAAAGTAAGAAGA
GAGGATCTCTAGGTTTTGTGTTTGTGATAATGGACGAGAAAGTTCTCGGAATCAGTAGAT
CACATGTTTGTTCTCCTATGGCTAAATCTCTGCTACAGTCTAAAGAATAACTAATCTTAA
TTCTTATTTGAAAGTACACTTTTTTATC

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL6138Contig1 522 2 4 U
GCTTTCAAGATCACTTTTACATTGAATTTTCAGGAAGAGTACTATTACATCACAAGTTCA
TAACCATGATTGTATAGCCAATACAATTTCTAAAGTTTTCTTATATTTTTGAACGGATCA
AGTTGAGCCGCAATCAAGAAAGTAGGTCCAAATTTGATTGCTGGTACAGATTTGAAAACA
TTGACCAAAAGGCCAAGAAAGGAACAAAGAGTCTTCAGATACAGACTCAGGCAGCAAAGT
TCTTTGGCTTTAGCTCAGAAACTTATAAAGAGAGCTAAGAACGACCTCTCTCAAAACTAA
GAAAGTAAAAATTCTGCTAAAACCATAAGAAACAAAAAAAGATATAGAAACACCAAAAAA
CACTTGATTCATTAAAAAAATAATACCTTCCCCCCTATCCTTTTATGATCATTCTCTCTG
TCAATCCCTTCATGCTTCAAAGCTTCATCTCTTCGGTAATTTGTTAAAAATGGCACACAG
ACACACACACGCAAGTCAACGAAACCTGCACCATATCTTCCC


BQ
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AF RR1DV63JQ U 1
AF RR1C021TF C 292
BS 1 339 RR1DV63JQ
BS 340 340 RR1C021TF
BS 341 432 RR1DV63JQ
BS 433 522 RR1C021TF

RD RR1DV63JQ 436 0 0
GCTTTCAAGATCACTTTTACATTGAATTTTCAGGAAGAGTACTATTACATCACAAGTTCA
TAACCATGATTGTATAGCCAATACAATTTCTAAAGTTTTCTTATATTTTTGAACGGATCA
AGTTGAGCCGCAATCAAGAAAGTAGGTCCAAATTTGATTGCTGGTACAGATTTGAAAACA
TTGACCAAAAGGCCAAGAAAGGAACAAAGAGTCTTCAGATACAGACTCAGGCAGCAAAGT
TCTTTGGCTTTAGCTCAGAAACTTATAAAGAGAGCTAAGAACGACCTCTCTCAAAACTAA
GAAAGTAAAAATTCTGCTAAAACCATAAGAAACAAAAAA*GATATAGAAACACCAAAAAA
CACTTGATTCATTAAAAAAATAATACCTTCCCCCCTATCCTTTTATGATCATTCTCTCTG
TCAATCCCTTCA
GGCT

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR1C021TF 231 0 0
CAAAACTAAGAAAGTAAAAATTCTGCTAAAACCATAAGAAACAAAAAAAGATATAGAAAC
ACCAAAAAACACTTGATTCATTAAAAAAATAATACCTTCCCCCCTATCCTTTTATGATCA
TTCTCTCTGTCAATCCCTTCATGCTTCAAAGCTTCATCTCTTCGGTAATTTGTTAAAAAT
GGCACACAGACACACACACGCAAGTCAACGAAACCTGCACCATATCTTCCC

QA 1 231 1 231
DS 



AS 1 2

CO CL6139Contig1 1067 2 4 U
GAGTGCTACTTGGAAACACCATATATGTTGACTCTCCTAGAGAAACACTAACAAATGTTC
ACGTCCCTGCAGAAGGATATAGCTTTCCAGTAAAATTCAGGGAGAATACGTTTGTGAGCG
AGAACATGAACACATTTAACTGCCAAGTAGACCCTCCATTTATAGGATATGCAAAGCCAT
GGGTGGATCTTGACACTGGAGACACTCGTTGTCTTTTCTTCCCATACTCACCGGAGCATC
TGGTTCACTCAATGTCTAGATCAAAAGACACGAAACCGCATGTGTCCTTCTCCATTAATG
CTTCAGTCAAAGAAGGTCGACATGTGTCGGGATCTGCGTCTGCACTTCTTATTGGAGGGT
TTTCTGTAGCAAGGCCAAACAAGTTGAATATGAACCCGGATTCAAACAAGACCACAATTT
CAGTACTAGGAAACACCGATGTTCAAATTAACTGGCAAAACAAAGCAAGGTTGTCGATCA
ACTTGATCAAGAGAGAAGATTATGGTATCGCAGGGCGTGCACTATACGAGGTGAATGTGC
TAAAAAGATCAGAGCAGTTCACAGATATAATACTCATCACTCTTCCTGCTACTGGCCAAA
GGATAGAAATCGATTTCTCCTATGCTACGGGTGAATCCTTAGTAACGCCGTCTGTGAGAA
AAGATGGATACCCTATTTTGTTTACGATACTGTGGGGTGTTTTAGTGGTGATTGTATCGG
TGATCATCTTGATGAAAGTGATTGATAATAGACCAATTGGTCCGGCTGGAGCTACTAGAG
TTGCAACAAACGGTGTAGCAGCAACAACAGGAGCACCTGGAACACCAGAAAGAAGAAGTG
GTGCAGTGATATACCATGAGGAATCTCCAAGAACACCATCACCATTTATGGAGTATGTAA
AGAGGACTGTGGATGAGACTCCTTACTACAGAAGAGAAGGAAGGAGGAGGTTTAATCCTC
AAAACACTATGTAGAATTTGTTTGTTATGAGTAGTAAACTCTGTTTTTGTTTGTAAACCA
CCAAACCTTGAGAAATGTTTATATCATTTGTGCATTGTTATTTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GG85TF U 1
AF RR1AZ81TF U 487
BS 1 608 RR1GG85TF
BS 609 609 RR1AZ81TF
BS 610 633 RR1GG85TF
BS 634 1067 RR1AZ81TF

RD RR1GG85TF 633 0 0
GAGTGCTACTTGGAAACACCATATATGTTGACTCTCCTAGAGAAACACTAACAAATGTTC
ACGTCCCTGCAGAAGGATATAGCTTTCCAGTAAAATTCAGGGAGAATACGTTTGTGAGCG
AGAACATGAACACATTTAACTGCCAAGTAGACCCTCCATTTATAGGATATGCAAAGCCAT
GGGTGGATCTTGACACTGGAGACACTCGTTGTCTTTTCTTCCCATACTCACCGGAGCATC
TGGTTCACTCAATGTCTAGATCAAAAGACACGAAACCGCATGTGTCCTTCTCCATTAATG
CTTCAGTCAAAGAAGGTCGACATGTGTCGGGATCTGCGTCTGCACTTCTTATTGGAGGGT
TTTCTGTAGCAAGGCCAAACAAGTTGAATATGAACCCGGATTCAAACAAGACCACAATTT
CAGTACTAGGAAACACCGATGTTCAAATTAACTGGCAAAACAAAGCAAGGTTGTCGATCA
ACTTGATCAAGAGAGAAGATTATGGTATCGCAGGGCGTGCACTATACGAGGTGAATGTGC
TAAAAAGATCAGAGCAGTTCACAGATATAATACTCATCACTCTTCCTGCTACTGGCCAAA
GGATAGAACTCGATTTCTCCTATGCTACGGGTG

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1AZ81TF 581 0 0
GAG
AGAGAGAAGATTATGGTATCGCAGGGCGTGCACTATACGAGGTGAATGTGCTGAAAAGAT
CAGAGCAGTTCACAGATATAATACTCATCACTCTTCCTGCTACTGGCCAAAGGATAGAAA
TCGATTTCTCCTATGCTACGGGTGAATCCTTAGTAACGCCGTCTGTGAGAAAAGATGGAT
ACCCTATTTTGTTTACGATACTGTGGGGTGTTTTAGTGGTGATTGTATCGGTGATCATCT
TGATGAAAGTGATTGATAATAGACCAATTGGTCCGGCTGGAGCTACTAGAGTTGCAACAA
ACGGTGTAGCAGCAACAACAGGAGCACCTGGAACACCAGAAAGAAGAAGTGGTGCAGTGA
TATACCATGAGGAATCTCCAAGAACACCATCACCATTTATGGAGTATGTAAAGAGGACTG
TGGATGAGACTCCTTACTACAGAAGAGAAGGAAGGAGGAGGTTTAATCCTCAAAACACTA
TGTAGAATTTGTTTGTTATGAGTAGTAAACTCTGTTTTTGTTTGTAAACCACCAAACCTT
GAGAAATGTTTATATCATTTGTGCATTGTTATTTCTTG

QA 4 581 4 581
DS 



AS 1 2

CO CL6140Contig1 871 2 2 U
GATGATCCACTCAACCTTTGATGAAAAGATAATGCAGAAAGGAAACAAGGCAGATCCATT
GTTACACCCTACTCCGGCTCCTGCTCCTGCAGCTTCTCTTCTGAGAGATGTGAGAAGAAC
ATCAGTTGTTTGGGACCAAGAAGCAGGTAGATACGTATCAGTACCTGCTACAACATCTGA
GGCAAGAACCAGATTAACTTCACATCACCAGCCAATTGCCACCTCACACACTCAGAATCC
AAGATCAGTTCTTCCACCTCAAGGTTCTTCTTCATCAGGGAAAGCTCCTCCTCCTCCTCC
TCTTCCACCTCAGCAAGGAGAGAGACTGATGTATACAGGTGACTCTATCTTCTTTGGAGG
TCCGCTGGTAAATATCCCGAACAGAGATGGCCTAAGAAACGAAGGTGACTCGGGAAGAGA
GGGGCAAGACAGAATGGCATTGGCATTACCTCGGGAAGCTAGATTCAGAAGAGACACAAC
CTCAAACCAGCTTCCAGTGTTTGCTCCTGTGGGTACCCGCAAGTAGACACCAATAAACTA
TTTCAAGGACTTTGTTCTCATCGATCTGAGGCTGTCAGGGTCGTAGCTGTTTGACAGTCA
AAACTCATGGAGTTCGCTCAGCAGTTGCAGGAAAGTCTAATGGGGGTTGATTGAATCTTT
TGAGTATTTGATTATTGAGAGGTTTGCGGAGGACAATGAGGTAGAAAGTAGAAGAATCCT
TTGTGAACATTTCTTCCACGGGTTTAAGCCTTATCTTACTTCATTGCTTCGTATTCGCTT
TAAAGACCAGTTTGCTGTATGACTCCATGAATGATGAATCTAACCTCTTCATTTTTATGA
TCGTTACGTTAGAGGATTAGCTAAGTGGTCC


BQ
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AF RR1EP23TF U 1
AF RR1EP23JQ C 237
BS 1 695 RR1EP23TF
BS 696 871 RR1EP23JQ

RD RR1EP23TF 695 0 0
GATGATCCACTCAACCTTTGATGAAAAGATAATGCAGAAAGGAAACAAGGCAGATCCATT
GTTACACCCTACTCCGGCTCCTGCTCCTGCAGCTTCTCTTCTGAGAGATGTGAGAAGAAC
ATCAGTTGTTTGGGACCAAGAAGCAGGTAGATACGTATCAGTACCTGCTACAACATCTGA
GGCAAGAACCAGATTAACTTCACATCACCAGCCAATTGCCACCTCACACACTCAGAATCC
AAGATCAGTTCTTCCACCTCAAGGTTCTTCTTCATCAGGGAAAGCTCCTCCTCCTCCTCC
TCTTCCACCTCAGCAAGGAGAGAGACTGATGTATACAGGTGACTCTATCTTCTTTGGAGG
TCCGCTGGTAAATATCCCGAACAGAGATGGCCTAAGAAACGAAGGTGACTCGGGAAGAGA
GGGGCAAGACAGAATGGCATTGGCATTACCTCGGGAAGCTAGATTCAGAAGAGACACAAC
CTCAAACCAGCTTCCAGTGTTTGCTCCTGTGGGTACCCGCAAGTAGACACCAATAAACTA
TTTCAAGGACTTTGTTCTCATCGATCTGAGGCTGTCAGGGTCGTAGCTGTTTGACAGTCA
AAACTCATGGAGTTCGCTCAGCAGTTGCAGGAAAGTCTAATGGGGGTTGATTGAATCTTT
TGAGTATTTGATTATTGAGAGGTTTGCGGAGGACA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1EP23JQ 635 0 0
ATCCAAGATCAGTTCTTCCACCTCAAGGTTCTTCTTCATCAGGGAAAGCTCCTCCTCCTC
CTCCTCTTCCACCTCAGCAAGGAGAGAGACTGATGTATACAGGTGACTCTATCTTCTTTG
GAGGTCCGCTGGTAAATATCCCGAACAGAGATGGCCTAAGAAACGAAGGTGACTCGGGAA
GAGAGGGGCAAGACAGAATGGCATTGGCATTACCTCGGGAAGCTAGATTCAGAAGAGACA
CAACCTCAAACCAGCTTCCAGTGTTTGCTCCTGTGGGTACCCGCAAGTAGACACCAATAA
ACTATTTCAAGGACTTTGTTCTCATCGATCTGAGGCTGTCAGGGTCGTAGCTGTTTGACA
GTCAAAACTCATGGAGTTCGCTCAGCAGTTGCAGGAAAGTCTAATGGGGGTTGATTGAAT
CTTTTGAGTATTTGATTATTGAGAGGTTTGCGGAGGACAATGAGGTAGAAAGTAGAAGAA
TCCTTTGTGAACATTTCTTCCACGGGTTTAAGCCTTATCTTACTTCATTGCTTCGTATTC
GCTTTAAAGACCAGTTTGCTGTATGACTCCATGAATGATGAATCTAACCTCTTCATTTTT
ATGATCGTTACGTTAGAGGATTAGCTAAGTGGTCC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL6141Contig1 724 2 3 U
GCAAACTCCAGGAGCTGTGCCCATGTGTCTTTAGATATGGCCTTGTTGTGACGATCCTGC
AAGAAATCACACCAGTGATTCACCAATGGCCACTCTCTTTCTGCAAAAAGCAACTGCCAC
ATCCCAATCCCTGTATCTAAAGCAAGAAACTTCTGCCCCTTCTCTTTCCCCCACCCAAAA
GCAAAGTTGTATATGTCATGGAACTTTTGTTCATCTTTGAGCTCTGAACGCATAAAGGAC
AGCTTTTCCTGCAACTTCCCAATGGAGTCTACTCCTAATGCCTGTAATCCACCAAAAAAT
TCTTCCTTGGAAAATTCACACGCTGTGCCAGCATTCATATGCCACGAAAGAACCAGCGTG
ACAATGTCTTGGGGTTCCACCTGAAGATCACTACACAGAACCGAGATACCTTCGGCCAGA
ATCATATCAGAATATGGGTCTTTATATCTATTGTAGAGCTCCTCCAAGCGTCTCATATCG
CCATTGCTTCTTGGCTGAGGCTGGCTGTAAAAGACATCAAAAGCTGCTTCGAGCTGCCAA
TCGCAGGCTTTGAGAGCCTGAAGAGCATTCTTCTCACTAGCTCCAGTGATAGCCACGAAC
TGCTGCAGTTTATCGCGGTTGCTTCTACTCAACTTATGCATCGTGTGTTGTGCAGGCGAA
GCGAAAACCCTAACAAGGTAAATCGAAGGAGAGCGCCGCGAGAGAAGAGAGGGGAGTGAC
TCCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1AM93JQ U 58
AF RR1AM93TF C 1
BS 1 57 RR1AM93TF
BS 58 209 RR1AM93JQ
BS 210 724 RR1AM93TF

RD RR1AM93JQ 152 0 0
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CACATCCCAATCCCTGTATCTAAAGCAAGAAACTTCTGCCCCTTCTCTTTCCCCCACCCA
AAAGCAAAGTTGTATATGTCATGGAACTTTTG

QA 1 152 1 152
DS 

RD RR1AM93TF 724 0 0
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AAGAAATCACACCAGTGATTCACCAATGGCCACTCTCTTTCTGCAAAGAGCAACTGCCAC
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GCAAAGTTGTATATGTCATGGAACTTTTGTTCATCTTTGAGCTCTGAACGCATAAAGGAC
AGCTTTTCCTGCAACTTCCCAATGGAGTCTACTCCTAATGCCTGTAATCCACCAAAAAAT
TCTTCCTTGGAAAATTCACACGCTGTGCCAGCATTCATATGCCACGAAAGAACCAGCGTG
ACAATGTCTTGGGGTTCCACCTGAAGATCACTACACAGAACCGAGATACCTTCGGCCAGA
ATCATATCAGAATATGGGTCTTTATATCTATTGTAGAGCTCCTCCAAGCGTCTCATATCG
CCATTGCTTCTTGGCTGAGGCTGGCTGTAAAAGACATCAAAAGCTGCTTCGAGCTGCCAA
TCGCAGGCTTTGAGAGCCTGAAGAGCATTCTTCTCACTAGCTCCAGTGATAGCCACGAAC
TGCTGCAGTTTATCGCGGTTGCTTCTACTCAACTTATGCATCGTGTGTTGTGCAGGCGAA
GCGAAAACCCTAACAAGGTAAATCGAAGGAGAGCGCCGCGAGAGAAGAGAGGGGAGTGAC
TCCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

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AAACAAACAACAATGTCTTCTTCTCCTTCTCCGATCTCGTCCGAGACGACGAAGATATCC
AAAGAAATCGATCCCAAGAACGTATCCCTATTCGAAAACTTCCTCCACTCCTTCACCCAC
CCAGACTCCTCCCTCGACGATTTCGCCTCCTTCGACTCATTCTCCGTCTTGTTCCAGAAC
AACATTAGAGCTCTCTCCGTCTCACGTGGCCGTATCACGTGCTCCGTCGTCGCCACGCCT
GCCCTTACCAATTACTTTAATGGGTTACACGGAGGAGCAGTGGCGTCAATTGCAGAGAGA
CTATCAATGGCTTGCGCGAGAACCATCGTGTCTGAAGAGAAACAGCTGTTCCTCGGTGAA
TTGAGTATGTCTTATCTCTCTGCTGCTCCTGTTTCGAGTGAATTGGTGGTGGAAGGATCA
GTGGTGAGGAGTGGAAGGAACCTGACGGTGGTGAATGTTGAGTTCAAGATGAAGGATACC
ATGAAAGTCACTTACCTATCTCGTGCTACTTTTTACCAATCTCTCGTCTCCAAGCTTTAA
GCTTTTTGATACTTGAAAAAAGGGTTTGATTTTTTTTCAGATCTTTTGTTGATTCTTCTT
CATATTCTATTCAATAAGACAAGAGTCTGTTTCTGTATACAGATTAGTGTATGGACCTAC
GAGATATATAATGAGCATTACTATT


BQ
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AF RR1G338TF U 1
AF RR1G338JQ C 217
BS 1 351 RR1G338TF
BS 352 745 RR1G338JQ

RD RR1G338TF 351 0 0
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AAACAAACAACAATGTCTTCTTCTCCTTCTCCGATCTCGTCCGAGACGACGAAGATATCC
AAAGAAATCGATCCCAAGAACGTATCCCTATTCGAAAACTTCCTCCACTCCTTCACCCAC
CCAGACTCCTCCCTCGACGATTTCGCCTCCTTCGACTCATTCTCCGTCTTGTTCCAGAAC
AACATTAGAGCTCTCTCCGTCTCACGTGGCCGTATCACGTGCTCCGTCGTCGCCACGCCT
GCCCTTACCAATTACTTTAATGGGTTACACGGAGGAGCAGTGGCGTCAATT

QA 1 351 1 351
DS 

RD RR1G338JQ 529 0 0
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ACGTGCTCCGTCGTCGCCACGCCTGCCCTTACCAATTACTTTAATGGGTTACACGGAGGA
GCAGTGGCGTCAATTGCAGAGAGACTATCAATGGCTTGCGCGAGAACCATCGTGTCTGAA
GAGAAACAGCTGTTCCTCGGTGAATTGAGTATGTCTTATCTCTCTGCTGCTCCTGTTTCG
AGTGAATTGGTGGTGGAAGGATCAGTGGTGAGGAGTGGAAGGAACCTGACGGTGGTGAAT
GTTGAGTTCAAGATGAAGGATACCATGAAAGTCACTTACCTATCTCGTGCTACTTTTTAC
CAATCTCTCGTCTCCAAGCTTTAAGCTTTTTGATACTTGAAAAAAGGGTTTGATTTTTTT
TCAGATCTTTTGTTGATTCTTCTTCATATTCTATTCAATAAGACAAGAGTCTGTTTCTGT
ATACAGATTAGTGTATGGACCTACGAGATATATAATGAGCATTACTATT

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

CO CL6143Contig1 969 2 8 U
GGAGAACAGAAATATTATATTTGTTTTCTTTCTCCTCAACGCTCTTTTCCTTTTGTTTGT
GGGATTTGTCCTGTTCATCTTGTTACAAGCTGATATTCATCAACCTATCAACCTCATTTG
GAAAAAAGAGTTTTGAAAGAAGAAGAAAGAGAAGAAAGAGCAATTTCGCGAATGGAGGAT
GATATATATAGTAACTCTTAAACGTTCCTTGATCCTTCCTCATTCATCTTTGAGATCGAT
CTTTCCTTAAAAGAATAATGCCTGTGCCAGATCCTCGAGCGGGGCAGGCATTTATCTGTC
TCATTACCTTATTTCTTTTCCTCTCGATTGCTGTCGGAGGAGGTTGTCTCATTGCATACA
CAATCCTTCCTTACCCTTCAATCTGGCTCGCTTACATGGGCATTTTCTTTGTTTGTCTTC
CTTGGTTCTTTTGGATCTTAACATTTTCATACCGCATTGTTTCACGCACTTTTGGATTTA
GGATAGTCATTGGATCCGGTGGTAACAATAACAATTCCAATGGAGAGGCCAAGCCACGCG
ATCTTGATCCTCCCGAACAATCTTTAGAATCTCCTAATGATGAACCCGAAGCCATGGCTC
GTCCACAAGGCCATATTCTAATGTCAATGGAAGGGAACCAATCCAAGAAACGAATGTCAA
CATCCAGCGTCGGTTCACATGAATGAGATGCCACTAGCCAATTCTATGGGCTCATGATGA
TCACATGTGTTTTGGTACAAAATGGGATTGGCATAGCTAGGCATCAGGACGGAGATGCAA
ACCGCCTCTTGAAAACATGGATATATTTTTGATGTTTTTACTTTGTATCTTATACAGATA
GATTTGTAGATTCAACAAAAAAAGAAGTTCTACACCTTTTACTACTACCGAAGTTTTTCC
CTCAAACCCCAACAAAGTTGAGGTGGTTTTCCGGTTTATGTTTAGAAATCAAGAGAGGAA
TGTTTTTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC42TF U 1
AF RR1GC42JQ C 251
BS 1 609 RR1GC42TF
BS 610 610 RR1GC42JQ
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BS 704 732 RR1GC42TF
BS 733 969 RR1GC42JQ

RD RR1GC42TF 732 0 0
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GGGATTTGTCCTGTTCATCTTGTTACAAGCTGATATTCATCAACCTATCAACCTCATTTG
GAAAAAAGAGTTTTGAAAGAAGAAGAAAGAGAAGAAAGAGCAATTTCGCGAATGGAGGAT
GATATATATAGTAACTCTTAAACGTTCCTTGATCCTTCCTCATTCATCTTTGAGATCGAT
CTTTCCTTAAAAGAATAATGCCTGTGCCAGATCCTCGAGCGGGGCAGGCATTTATCTGTC
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CAATCCTTCCTTACCCTTCAATCTGGCTCGCTTACATGGGCATTTTCTTTGTTTGTCTTC
CTTGGTTCTTTTGGATCTTAACATTTTCATACCGCATTGTTTCACGCACTTTTGGATTTA
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TCACATGTGTTT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1GC42JQ 719 0 0
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ATTTCTTTTCCTCTCGATTGCTGTCGGAGGAGGTTGTCTCATTGCATACACAATCCTTCC
TTACCCTTCAATCTGGCTCGCTTACATGGGCATTTTCTTTGTTTGTCTTCCTTGGTTCTT
TTGGATCTTAACATTTTCATACCGCATTGTTTCACGCACTTTTGGATTTAGGATAGTCAT
TGGATCCGGTGGTAACAATAACAATTCCAATGGAGAGGCCAAGCCACGCGATCTTGATCC
TCCCGAACAATCTTTAGAATCTCCTAATGATGAACCCGAAGCCATGGTTCGTCCACAAGG
CCATATTTTAATGTCAATGGAAGGGAACCAATCCAAGAAACGAATGTCAACATCCAGCGT
CGGTTCACATGAATGAGATGCCACTAGCCAATTCTATGGGCTCATGATGATCACATGTGT
TTTGGTACAAAATGGGATTGGCATAGCTAGGCATCAGGACGGAGATGCAAACCGCCTCTT
GAAAACATGGATATATTTTTGATGTTTTTACTTTGTATCTTATACAGATAGATTTGTAGA
TTCAACAAAAAAAGAAGTTCTACACCTTTTACTACTACCGAAGTTTTTCCCTCAAACCCC
AACAAAGTTGAGGTGGTTTTCCGGTTTATGTTTAGAAATCAAGAGAGGAATGTTTTTAC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CGAATCAGTCCCCCCCTCCTTGTCTCTTTTCTTTTCTCCTCTCCTCTCCTTTGAGCTTGA
GCTTTATGTATATCCTTGTATGTCATTTTGTAGCTGAATGATCTCTTAAGCTTAGGACAA
CATCGTATCTGGAAGAACATGGCTGTTTCCTGGAGCGGGTGAGAGAAGCGAGAACAGGAG
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TTGGTCCAACTGGAAAGGTGATGGGTTTGGATTTCTCCTCTGAACAACTAGCTGTTGCAG
CTTCTAGACAGAAGCTTAGAGGGAGGTCTTGCTACAAGTGTATAGAGTGAGCACTACTTA
CTACTGGTGGATTGAAGGTGATGCTACTGATTTGCCATTTGATGACTGTGAGTTCGATGC
GATAACGATGGGTTATGGTCTTAGAAACGTTGTTGATAGGCATAGAGCCATGAGGGAGAT
GTATCGGGTTCTGAAACCAGGTTCGAGAGTGTCCATACTTGATTTCATAAGAGCAATCAG
TCAGTTACGACGTTTATGCAGGATTGGATGATTGACAATGTAGTTGTCCCTGTGGCTACT
CTTTATGATCTTGCAAAGGAGTATGAATATCTAAAGTATTCAATCAGTGAGTCCCTTACA
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ACCAACACAACTTCATTGTTGAGAAAAAGAAAAGATTTGTTTTAAAATGTTGAAGATTGA
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ATACC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1BZ86TF U 1
AF RR1BZ86JQ C 336
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RD RR1BZ86TF 804 0 0
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ACGGCCAGCTCCCGGCGAAACTCCATTCTTCGCGACGGAGATTGGTTGTTAAGTCTTCGA
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CGAATCAGTCCCCCCCTCCTTGTCTCTTTTCTTTTCTCCTCTCCTCTCCTTTGAGCTTGA
GCTTTATGTATATCCTTGTATGTCATTTTGTAGCTGAATGATCTCTTAAGCTTAGGACAA
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GATAACGATGGGTTATGGTCTTAGAAACGTTGTTGATAGGCATAGAGCCATGAGGGAGAT
GTATCGGGTTCTGAAACCAGGTTCGAGAGTGTCCATACTTGATTTCATAAGAGCAATCAG
TCAGTTACGACGTTTATGCAG*ATTGGATGATTGACAATGTAGTTGTCCCTGTGGCTACT
CTTT*TGATCTTGCAAAGGAGTAT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1BZ86JQ 750 0 0
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AAGTGTATAGAGTGAGCACTACTTACTACTGGTGGATTGAAGGTGATGCTACTGATTTGC
CATTTGATGACTGTGAGTTCGATGCGATAACGATGGGTTATGGTCTTAGAAACGTTGTTG
ATAGGCATAGAGCCATGAGGGAGATGTATCGGGTTCTGAAACCAGGTTCGAGAGTGTCCA
TACTTGATTTCATAAGAGCAATCAGTCAGTTACGACGTTTATGCAGGATTGGATGATTGA
CAATGTAGTTGTCCCTGTGGCTACTCTTTATGATCTTGCAAAGGAGTATGAATATCTAAA
GTATTCAATCAGTGAGTCCCTTACAGGAGAAGAGCTGGAGACTCTTGCTCTAGAAGCTGG
ATTCTCAAGTGCACGCCATTATGAGATTGGTGGTGGTTTCATGGGGAATTTGGTCGCCTT
GAGGTAAACAGAACAGCATTCAACCACCAACACAACTTCATTGTTGAGAAAAAGAAAAGA
TTTGTTTTAAAATGTTGAAGATTGATCTAAAATTGTTATCTATCCTTCTTCGATGTATTG
AGACTTCTAATCAGATGTATTAGTTATACC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6147Contig1 689 2 3 U
GTATGGAAAGGAAATGACCAGATCTTTAAAAAAAAATAGTAACGACAAAACCTAAACCGC
ATAAAAAAACAACACAACAGTCCCTTTGTTTTTTGTTTTAACTTTCCCAACGTTCCCCGA
CCAAAAAGCCTAAAATACAACAAATTTAACTGAATCCCGGCACAAGATGAAACCCCTGCG
CTGCGTGTGTAGAGCCAGGCTTATTGCGTGGAGCATCATCCTTTTATCAGCCGACTGTTA
AACCGAATCCAAACTTGTAGTCCTTCTTCTTATGGTCAAGCTCTGCAGATAGGAGAAAAT
TGAGTCCCATACTCAATCTTTCTTCCAATAAAGCGGATGCAACACCGTTTGAATCGATCT
TTCCCCGCACACGAGACTGTCTGAAAATGTAGTCATACCCAACACTAGCCACAACATCTC
TTGATAAGTAGTTGTACGCGAAATCAGTGGCGAGTGAGACCTTCTCGGAAATCTTCTGAA
CATAGTTCATAACTATAGTTCCGGTGCTAGCAACTTGCGCAGTAGCCACCATTTTATCAG
TGTCGTATCTTGCAGCGTAACCTATACCAGACTTCCGAGGCACGCCAGCCCAAAACACTT
CCCCACCCAGAGATAGACGGGGTGTCACACTCTGAATATAGGTTGCTCCAATTAAAGCAC
TGTTCCCAAGTTGAAGTTGGGCCCTGTAG


BQ
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AF RR1EB01JQ U 239
AF RR1GR13JQ U 1
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QA 1 286 1 286
DS 

RD RR1GR13JQ 689 0 0
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TTCCCCGCACACGAGACTGTCTGAAAATGTAGTCATACCCAACACTAGCCACAACATCTC
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QA 1 689 1 689
DS 



AS 0 0

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BQ
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AF RR1E372TF U 1
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BS 1 564 RR1E372TF
BS 565 797 RR1E372JQ

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TGTGATTATCTAAATCTCATTATGTATTTTGCATCTAAAATTATCAGATCTGAATGTCTG
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DS 

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AGTACGATCACCTGAATGTGATTATCTAAATCTCATTATGTATTTTGCATCTAAAATTAT
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AGCAGACACATGACTGAGAAAATAGACTAAAGGAGTTCATACTTGTATCTTATCTCTTTA
AGACTCCGAAAAAATAATGAACTATTGATGTAAGGTCAAAGACCAAAGAGTTTCTTTTTA
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CAATATCTAAGGATGGAAGAAAATTATTGTGAGTACAATACAAGGTAATAAAACCATATA
GATTGTTTAATAAGAGGATATGGTTTTATTCAG

QA 1 693 1 693
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TGCTTACCAATCGGGATTGGGTAAAAAGGGCTTAACCGAAGTTATCAGATACTCCAAGGA
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TGGCGTTGAAAAACGTGTGTTGGCTCGACATCACGGGAAAATTCGACACGAAGAATCTCA
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GGACACGCCGGTGAACATTAAACTAGTGTTACCTAACGGTAACCACAAACTACAGGAGCA
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CAAGCCGGAGAAAAATTCCGCCGGAGAAATCACTTTCTCAATGTATGAGCATGAGAGTGG
CCTTTGGAAGAAAGGGCTCTTCCTCAAAGGTGTTGAAATTTGTCCCAAATATACAAATTA
ATATGGGAATATAAATTTCCAAATGCACCACCACTGAAACTTTATATATATATTTCACAT
CATGACATATCTGTATGGAACGAGTGTGTGCATATATACGATAAGGTTGATTTATGGTAT
TATTACTTTAGACACCTATTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK15TF U 1
AF RR1CK15JQ C 282
BS 1 689 RR1CK15TF
BS 690 690 RR1CK15JQ
BS 691 705 RR1CK15TF
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BS 707 766 RR1CK15TF
BS 767 863 RR1CK15JQ

RD RR1CK15TF 766 0 0
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TGCTTACCAATCGGGATTGGGTAAAAAGGGCTTAACCGAAGTTATCAGATACTCCAAGGA
ACTATGAGGCCAGTCCCAAAGACGCCAAGGTTCCAATTTCTCCCTCCACTGCACAGCTAC
GTTCTGATGTCCTGAAGCCCAAGAATCTGAAAAATGGACACATCGAGTCTAGGGTGGACG
AGAAAAACAGCAACTTCATGCTCTATCCAAGGAACCTCTCGATCACTTGGTCGGATGACC
CCAACTATTGGACTTGGTTTCTCAACAAGGAGTCACCAAACGAGGCAGGTGTAGAAGCTG
TGGCGTTGAAAAACGTGTGTTGGCTCGACATCACGGGAAAATTCGACACGAAGAATCTCA
CTCCAGGGATTACGTACGAGGTGGTCTTTAAGGTGAAACTAGAGGATCCGGCCTATGGTG
GGACACGCCGGTGAACATTAAACTAGTGTTACCTAACGGTAACCACAAACTACAGGAGCA
AAAGGTGAGTTTAAGGGAAATACCAAGGTATCAATGGGTCGATATTATAGTCGGAGAATT
CAAGCCGGAGAAAAATTCCGCCGGAGAAATCACTTTCTCAATGTATGAGCATGAGAGTGG
CCTTTGGAAGAAAGGGCTCTTCCTCAAAG*TGTTGAAATTTGTCC*AAATATACAAATTA
ATATGGGAATATAAATTTCCAAATGCACCACCACTGAAACTTTATA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1CK15JQ 582 0 0
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TTCGACACGAAGAATCTCACTCCAGGGATTACGTACGAGGTGGTTTTTAAGGTGAAACTA
GAGGATCCGGCCTATGGTGGGACACGCCGGTGAACATTAAACTAGTGTTACCTAACGGTA
ACCACAAACTACAGGAGCAAAAGGTGAGTTTAAGGGAAATACCAAGGTATCAATGGGTCG
ATATTATAGTCGGAGAATTCAAGCCGGAGAAAAATTCCGCCGGAGAAATCACTTTTTCAA
TGTATGAGCATGAGAGTGGCCTTTGGAAGAAAGGGCTTTTCCTCAAAGGTGTTGAAATTT
GTCCCAAATATACAAATTAATATGGGAATATAAATTTCCAAATGCCCCACCACTGAAACT
TTATATATATATTTCACATCATGACATATCTGTATGGAACGAGTGTGTGCATATATACGA
TAAGGTTGATTTATGGTATTATTACTTTAGACACCTATTTTG

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

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AAGGAAGAAACTGGAGAGTAGCTAGTAATGCCTTCTCATTCTGGAGATGACAATGTTCTT
CAAGTTCTCATCAAGAACTTCGATGTTCTTGCTCTCCCATTGGTCGCTCTCGTCTACCCT
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CTTTCCGAAACGTGACGACGACGATATCCTCACTGCTGCTGAGAAGTACATGGAGAAACA
CGGCACCGACGCATTTGAACGAATGATCGTCAGTAAGGATAGTTATGAAAGAGGGAGGAG
AGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGCAATAACTACATGATCTTTGATGATGATTATAGGTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CI75TF U 1
AF RR1CI75JQ C 248
BS 1 671 RR1CI75TF
BS 672 672 RR1CI75JQ
BS 673 719 RR1CI75TF
BS 720 720 RR1CI75JQ
BS 721 729 RR1CI75TF
BS 730 730 RR1CI75JQ
BS 731 734 RR1CI75TF
BS 735 735 RR1CI75JQ
BS 736 749 RR1CI75TF
BS 750 757 RR1CI75JQ

RD RR1CI75TF 749 0 0
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CAAGTTCTCATCAAGAACTTCGATGTTCTTGCTCTCCCATTGGTCGCTCTCGTCTACCCT
CTGTATGCATCAGTGAAAGCAATAGAGACAAAATCATTAGCAGAAGACGAGCAATGGCTC
ACATACTGGGTTCTCTACGCAATCATCTCCCTCTTCGAACTCATTTTCTCCAAACTTCTA
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CTTTCCGAAACGTGACGACGACGATATCCTCACTGCTGCTGAGAAGTACATGGAGAAACA
CGGCACCGACGCATTTGAACGAATGATCGTCAGTAAGGATAGTTATGAAAGAGGGAGGAG
AGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGCAATAACTACATGATCTTTGATGATGATTATAGGTA
CTAAGTTTACCATGTTTCCTGTGGTTTTGATCGGTCACTGATCTGCTCTTAAACCTGTTT
GGCTACATTATTCAGTTTGTAAGCTGGGCTGTGTGACTTTTGTTTATCTCTATGACTTAA
ATAATTGTCAG*ATTATGTCTAAGCTTCATCCTTATGTAGAGATATGTGTCGCATGTTT*
GTGTGAGTA*TAGA*TATCATATGCCATT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1CI75JQ 510 0 0
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GACGCATTTGAACGAATGATCGTCAGTAAGGATAGTTATGAAAGAGGGAGGAGAGGAGGA
GGGGGAGGAGGAGGAAGCAATAACTACATGATCTTTGATGATGATTATAGGTACTAAGTT
TACCATGTTTCCTGTGGTTTTGATCGGTCACTGATTTGCTTTTAAACCTGTTTGGCTACA
TTATTCAGTTTGTAAGCTGGGCTGTGTGACTTTTGTTTATCTTTATGACTTAAATAATTG
TCAGGATTATGTTTAAGCTTCATCCTTATGTAGAGATATGTGTCGCATGTTTTGTGTGAG
TAATAGAATATCATATGCCATTTTATATTT

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL6153Contig1 907 2 6 U
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GAGGAAGTTCGTGAAGCTTACCGAAAGAAAGGTTGGGGTCTTTCTGACCCTGAATCTATC
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TACAACATTAGCCACAAGGTCAACCGGTTAGCCTTTGGGGACTTTTTCCCGGTGTAGTCA
ACCCTCTAGATGGTGTGCAGTGGAATCAGGATAAACAGAATGGCGTGTACCAATATTTCA
TCAAGGTGGTACCAACCGTATACACTGATGTTCACCAGAAAACTATTCAGTCAAACCAAT
TCTCTGTGACAGAACATTTCCAGAATGCGGAAGCAGGTCGTATGCAATCCCCACCTGGTG
TTTTCTTCTACTATGATCTGTCTCCAATCAAGGTGATATTTGAGGAGCAGCATGTGGAGT
TCTTGCACTTCTTAACAAATGTTTGTGCTATAGTAGGAGGTATCTTCACGGTATCAGGAA
TCGTGGATTCCTTCATATACCATGGACAACGAGCAATTAAGAAGAAAATGGAGATTGGTA
AATTCAACTGAGTTTTGTTTTATGTTATACTATATTATTCTCCCCCCCTTGTTGGTCAAA
AGACTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB19TF U 1
AF RR1CB19JQ C 292
BS 1 692 RR1CB19TF
BS 693 693 RR1CB19JQ
BS 694 704 RR1CB19TF
BS 705 705 RR1CB19JQ
BS 706 732 RR1CB19TF
BS 733 907 RR1CB19JQ

RD RR1CB19TF 732 0 0
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GAGGAAGTTCGTGAAGCTTACCGAAAGAAAGGTTGGGGTCTTTCTGACCCTGAATCTATC
GACCAGTGTAAAAGAGAAGGCTATGTGCAAAAGGTGAAAGACGAAGAAGGTGAAGGTTGT
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TACAACATTAGCCACAAGGTCAACCGGTTAGCCTTTGGGGACTTTTTCCCGGTGTAGTCA
ACCCTCTAGATGGTGTGCAGTGGAATCAGGATAAACAGAATGGCGTGTACCAATATTTCA
TCAAGGTGGTACCAACCGTATACACTGATGTTCACCAGAAAACTATTCAGTCAAACCAAT
TCTCTGTGACAGAACATTTCCAGAATGCGGAAGCAGGTCGTATGCAATCCCCACCTGGTG
TTTTCTTCTACTATGATCTGTCTCCAATCAAG*TGATATTTGAG*AGCAGCATGTGGAGT
TCTTGCACTTCT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1CB19JQ 616 0 0
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GTTCCAGGACAAAGCTTTCATCAATCAGGTTTTCAGTTTCATGATATGATAATGTTCCAG
CAAGGCAACTACAACATTAGCCACAAGGTCAACCGGTTAGCCTTTGGGGACTTTTTCCCG
GTGTAGTCAACCCTCTAGATGGTGTGCAGTGGAATCAGGATAAACAGAATGGCGTGTACC
AATATTTCATCAAGGTGGTACCAACCGTATACACTGATGTTCACCAGAAAACTATTCAGT
CAAACCAATTCTCTGTGACAGAACATTTCCAGAATGCGGAAGCAGGTCGTATGCAATCCC
CACCTGGTGTTTTCTTCTACTATGATCTGTCTCCAATCAAGGTGATATTTGAGGAGCAGC
ATGTGGAGTTCTTGCACTTCTTAACAAATGTTTGTGCTATAGTAGGAGGTATCTTCACGG
TATCAGGAATCGTGGATTCCTTCATATACCATGGACAACGAGCAATTAAGAAGAAAATGG
AGATTGGTAAATTCAACTGAGTTTTGTTTTATGTTATACTATATTATTCTCCCCCCCTTG
TTGGTCAAAAGACTGG

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL6154Contig1 716 2 5 U
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TGGCAATTAAATCATAAGCCGAGATCATAAAGAGCATACCGCAAGTAGAAAGTAGAATTA
ATACAATGAATTCAAAAGCATCAAACCTCTCTTGGTCGAAAAAATCGAAACACATCGAAA
TGGTACCAGCCGTACTTAATAATAGAAAGATTTGGCAGAAATATGTAAAATTGTCCCTCC
TAAAAAGATTATTCCAGAATAAATGGGCAATAGTTAGGAGAGGTGCGCCAGCGGCGAGCA
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GATAATCATATTTCTTAGAGGTACTAAATACAACTCCATGAATGAGCAAAATAAAGGTTG
CATTAATGATAAAGAACTCTGGGAAAACCGCTAAAAAAAAAATTGAACATGTGAGAGGAT
CCGAACGAATTCTGCTTTCATTTCCTTCGTATGGAGCACTGAGTCACTTACGTTACGGTC
TCTCAGCGGGCAGGCTGCACTCTAGGCGACGGCTAGGAAGGATCGCTAGACCAGCAGTCA
AACCAACAATGAATATATAATATAATGATGGTGATTCGGCTCAATAAAAAATGGAATGTA
GAAAAGAAAGGGGCGGAATAGCTAGGGTCTATAGTAGCTTTCTATACGATTGAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CD40JQ U 9
AF RR1CD40TF C 1
BS 1 8 RR1CD40TF
BS 9 31 RR1CD40JQ
BS 32 32 RR1CD40TF
BS 33 452 RR1CD40JQ
BS 453 716 RR1CD40TF

RD RR1CD40JQ 444 0 0
GATGCTGCGATTACATAAAAACATAAACTTTGAGGCTCAATAGCTAAATACATGGCAATT
AAATCATAAGCCGAGATCATAAAGAGCATACCGCAAGTAGAAAGTAGAATTAATACAATG
AATTCAAAAGCATCAAACCTCTCTTGGTCGAAAAAATCGAAACACATCGAAATGGTACCA
GCCGTACTTAATAATAGAAAGATTTGGCAGAAATATGTAAAATTGTCCCTCCTAAAAAGA
TTATTCCAGAATAAATGGGCAATAGTTAGGAGAGGTGCGCCAGCGGCGAGCAGAAGCAAG
GTTATTAGAACACTAAGTAATCCAAGCCAACCCACATTACTGGCTAACGGCGGATAATCA
TATTTCTTAGAGGTACTAAATACAACTCCATGAATGAGCAAAATAAAGGTTGCATTAATG
ATAAAGAACTCTGGGAAAACCGCT

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR1CD40TF 716 0 0
TTTTTTTTGATGCTGCGATTACATAAAAACAAAAACTTTGAG*CTCA*TAGCTAAATACA
TGGCAATTAAATCATAAGCCGAGATCATAAAGAGCATACCGCAAGTAGAAAGTAGAATTA
ATACAATGAATTCAAAAGCATCAAACCTCTCTTGGTCGAAAAAATCGAAACACATCGAAA
TGGTACCAGCCGTACTTAATAATAGAAAGATTTGGCAGAAATATGTAAAATTGTCCCTCC
TAAAAAGATTATTCCAGAATAAATGGGCAATAGTTAGGAGAGGTGCGCCAGCGGCGAGCA
GAAGCAAGGTTATTAGAACACTAAGTAATCCAAGCCAACCCACATTACTGGCTAACGGCG
GATAATCATATTTCTTAGAGGTACTAAATACAACTCCATGAATGAGCAAAATAAAGGTTG
CATTAATGATAAAGATCTCTGGGAAAACCGCTAAAAAAAAAATTGAACATGTGAGAGGAT
CCGAACGAATTCTGCTTTCATTTCCTTCGTATGGAGCACTGAGTCACTTACGTTACGGTC
TCTCAGCGGGCAGGCTGCACTCTAGGCGACGGCTAGGAAGGATCGCTAGACCAGCAGTCA
AACCAACAATGAATATATAATATAATGATGGTGATTCGGCTCAATAAAAAATGGAATGTA
GAAAAGAAAGGGGCGGAATAGCTAGGGTCTATAGTAGCTTTCTATACGATTGAATA

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL6155Contig1 679 2 2 U
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ACGCAAGCTAGATTCTCTGATGGTTTTCGATTTGGACTTGGTGCTGAGGTAAGCAAGCAC
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TTTTTGGTTTGGTGTATAGGTTGGGATAAGCACAGGCAGGATCCATGCCCGTGGTCCAGT
GGGAGTGGAGGGATTACTTACAACCAGATGGTACAGTTTTGGTTTCATTCATACCTTTCT
ATATAAATTCTTTTGTTTGGGAAATGGTTTTGAAAGGAAGAGTGGTTTTGTGGTTTGCAG
GATAATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGGATTGCTTACACCCATCA
AGACATTCCCATCCAGTCTTAAAAGACTTTGTGTCAAGGTCTAGGAGAGGATGGGCTTTT
TGTTTCCTCTCTGTCTAATATCATATCCTATATTATAATTGTTATTGAAACCCTCTCTTA
TGAAGTGAAGTGGTTTTGATTTTAGAGTTTAGGGATTGCACCAAAAAATAAGTTCCTTTG
TTCTGTTTGTTTTTACCACTTGGTCTTTGGCTCATAAGTAAGATATTGTAAGCTACACTT
TTCTTATTTATCAATTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS27TF U 1
AF RR1CS27JQ C 39
BS 1 465 RR1CS27TF
BS 466 679 RR1CS27JQ

RD RR1CS27TF 465 0 0
GAAAGTTGGGAGACTAACTTATAAGCTACGTGTCCTTGAACAGTGCTGCTGTTTTCCACA
ACGCAAGCTAGATTCTCTGATGGTTTTCGATTTGGACTTGGTGCTGAGGTAAGCAAGCAC
CAGACATACAAACAATCTTATATATATTAAACGGTGAAAATGGAAGAGTGTGAAGTAAGT
TTTTTGGTTTGGTGTATAGGTTGGGATAAGCACAGGCAGGATCCATGCCCGTGGTCCAGT
GGGAGTGGAGGGATTACTTACAACCAGATGGTACAGTTTTGGTTTCATTCATACCTTTCT
ATATAAATTCTTTTGTTTGGGAAATGGTTTTGAAAGGAAGAGTGGTTTTGTGGTTTGCAG
GATAATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGGATTGCTTACACCCATCA
AGACATTCCCATCCAGTCTTAAAAGACTTTGTGTCAAGGTCTAGG

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1CS27JQ 641 0 0
AACAGTGCTGCTGTTTTCCACAACGCAAGCTAGATTCTCTGATGGTTTTCGATTTGGACT
TGGTGCTGAGGTAAGCAAGCACCAGACATACAAACAATCTTATATATATTAAACGGTGAA
AATGGAAGAGTGTGAAGTAAGTTTTTTGGTTTGGTGTATAGGTTGGGATAAGCACAGGCA
GGATCCATGCCCGTGGTCCAGTGGGAGTGGAGGGATTACTTACAACCAGATGGTACAGTT
TTGGTTTCATTCATACCTTTCTATATAAATTCTTTTGTTTGGGAAATGGTTTTGAAAGGA
AGAGTGGTTTTGTGGTTTGCAGGATAATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTGGATGGAGACA
ATGGGATTGCTTACACCCATCAAGACATTCCCATCCAGTCTTAAAAGACTTTGTGTCAAG
GTCTAGGAGAGGATGGGCTTTTTGTTTCCTCTCTGTCTAATATCATATCCTATATTATAA
TTGTTATTGAAACCCTCTCTTATGAAGTGAAGTGGTTTTGATTTTAGAGTTTAGGGATTG
CACCAAAAAATAAGTTCCTTTGTTCTGTTTGTTTTTACCACTTGGTCTTTGGCTCATAAG
TAAGATATTGTAAGCTACACTTTTCTTATTTATCAATTATT

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

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GGCTGAGGAAAGAGTGTCCTAACGCGACTTGCGGTGCTGGGACTTTCATGGCGAGTCATT
TTGATCGTCATTACTGTGGTAAGTGTGGGCTTACTTACGTTTACCAGAAGGAGGGTGCCG
AGGCTTGATCACTTGTCTCTTTTCTCTATCTTTAAGAACTGGTTTTAGTTTCGGTATGGT
AATTTCATAAAGGTTCTTGTAATGGATTCGATGTTGAACATGTTTTGTTTCTGGATTTCT
TATCTGGATTGATGAAAGTTATTACATTTTTACTTGTGTTGGTACTTTGATTAGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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GGCTGAGGAAAGAGTGTCCTAACGCGACTTGCGGTGCTGGGACTTTCATGGCGAGTCATT
TTGATCGTCATTACTGTGGTAAGTGTGGGCTTACTTACGTTTACCAGAAGGAGGGTGCCG
AGGCTTGATCACTTGTCTCTTTTCTCTATCTTTAAGAACTGGTTTTAGTTTCGGTATGGT
AATTTCATAAAGGTTCTTGTAATGGATTCGATGTTGAACATGTTTTGTTTCTGGATTTCT
TATCTGGATTGATGAAAGTTATTACATTTTTACTTGTGTTGGTACTTTGATTAGTCTC

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR1DZ83JQ 427 0 0
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ACAAGCACAAGAAGGTGAAGCTCGCGGTGCTCCAGTTCTACAAGGTCGATGGATCCGGCA
AGGTGCAGAGGCTGAGGAAAGAGTGTCCTAACGCGACTTGCGGTGCTGGGACTTTCATGG
CGAGTCATTTTGATCGTCATTACTGTGGTAAGTGTGGGCTTACTTACGTTTACCAGAAGG
AGGGTGCCGAGGCTTGATCACTTGTCTCTTTTCTCTATCTTTAAGAACTGGTTTTAGTTT
CGGTATGGTAATTTCATAAAGGTTCTTGTAATGGATTCGATGTTGAACATGTTTTGTTTC
TGGATTTCTTATCTGGATTGATGAAAGTTATTACATTTTTACTTGTGTTGGTACTTTGAT
TAGTCTC

QA 1 427 1 427
DS 



AS 1 2

CO CL6157Contig1 1211 2 2 U
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TACCGTCATTCCATAATTACCGGATTTGGTCATTCCTCGGCTTGGGTATGACCACTTACA
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CAGGTCCGACGAAGTTAGTGCTTTATTTCACCGGAGCGACCAATATACTGTATACCTTTG
GTGGTCACGCGGTTACTGTTGAGATTATGCATGCAATGTGGAAGCCACAGAAGTTTAAGT
ACATTTACTTAATGGCGACGTTATACGTTTTCACACTAACGATTCCATCAGCTTCCGCCG
TTTATTGGGCTTTCGGAGACGAACTTCTTGACCACTCCAACGCATTCTCTCTTCTCCCCA
AGAACGGGTGGCGTGATGCCGCCGTTATCCTCATGCTCATCCACCAGTTTATAACGTTCG
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AGAGCATTTGCTTGAGGGCTTTAGCTCGTTTGCCTGTGGTTATACCTATATGGTTCCTAG
CTATTATTTTTCCGTTTTTCGGTCCGATCAATTCCGCGGTTGGTGCTCTTCTGGTTAGCT
TCACCGTCTATATCATCCCGTCACTTGCTCACATGCTCACGTACCGTTCCGCCTCCGCTC
GTCAAAATGCGGCGGAGAAGCCGCCGTTCTTCTTGCCGAGCTGGACGGCGATGTACGTGT
TGAATGCTTTCGTGGTTATTTGGGTTCTAATAGTTGGATTCGGGTTCGGTGGATGGGCAA
GTGTTACCAACTTTGTTCGTCAAGTCGACACTTTTGGTCTCTTTGCTAAATGTTACCAAT
GTAAACCACCGGTTCCAGCTGCAGCCGCCGCGCACGCTCCTGTTTCCGCTTTACACCACC
ACCTTTGAGAGATCTAAACTGCATGGTCTAGCTAGTGCTTTCGTGGAGTTCATTTGTTCT
TCTTTTGCGTTTTGTATTCTATACGTGAGGGAGTAAAATTCACAAAATAGTGTACCTTTT
TTACACCTCCCCTTTGAATGCGTGTTAAGCTCTTGATGTTTTTTGGGGGTTTTGTAATTT
TTGTTCCTCCTTAGGTCGATAATATGGTAGCGTGTTATTTCTTAATTTGGTATTTACTAA
AACAATCGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EL10TF U 1
AF RR1EL10JQ C 505
BS 1 725 RR1EL10TF
BS 726 1211 RR1EL10JQ

RD RR1EL10TF 725 0 0
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CAGGTCCGACGAAGTTAGTGCTTTATTTCACCGGAGCGACCAATATACTGTATACCTTTG
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ACATTTACTTAATGGCGACGTTATACGTTTTCACACTAACGATTCCATCAGCTTCCGCCG
TTTATTGGGCTTTCGGAGACGAACTTCTTGACCACTCCAACGCATTCTCTCTTCTCCCCA
AGAACGGGTGGCGTGATGCCGCCGTTATCCTCATGCTCATCCACCAGTTTATAACGTTCG
GATTTGCGTGTACCCCGCTTTACTTTGTGTGGGAGAAAGTGATAGGGATGCATGACACAA
AGAGCATTTGCTTGAGGGCTTTAGCTCGTTTGCCTGTGGTTATACCTATATGGTTCCTAG
CTATTATTTTTCCGTTTTTCGGTCCGATCAATTCCGCGGTTGGTGCTCTTCTGGTTAGCT
TCACCGTCTATATCATCCCGTCACTTGCTCACATGCTCACGTACCGTTCCGCCTCCGCTC
GTCAA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1EL10JQ 707 0 0
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CTCGTTTGCCTGTGGTTATACCTATATGGTTCCTAGCTATTATTTTTCCGTTTTTCGGTC
CGATCAATTCCGCGGTTGGTGCTCTTCTGGTTAGCTTCACCGTCTATATCATCCCGTCAC
TTGCTCACATGCTCACGTACCGTTCCGCCTCCGCTCGTCAAAATGCGGCGGAGAAGCCGC
CGTTCTTCTTGCCGAGCTGGACGGCGATGTACGTGTTGAATGCTTTCGTGGTTATTTGGG
TTCTAATAGTTGGATTCGGGTTCGGTGGATGGGCAAGTGTTACCAACTTTGTTCGTCAAG
TCGACACTTTTGGTCTCTTTGCTAAATGTTACCAATGTAAACCACCGGTTCCAGCTGCAG
CCGCCGCGCACGCTCCTGTTTCCGCTTTACACCACCACCTTTGAGAGATCTAAACTGCAT
GGTCTAGCTAGTGCTTTCGTGGAGTTCATTTGTTCTTCTTTTGCGTTTTGTATTCTATAC
GTGAGGGAGTAAAATTCACAAAATAGTGTACCTTTTTTACACCTCCCCTTTGAATGCGTG
TTAAGCTCTTGATGTTTTTTGGGGGTTTTGTAATTTTTGTTCCTCCTTAGGTCGATAATA
TGGTAGCGTGTTATTTCTTAATTTGGTATTTACTAAAACAATCGGTT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL6158Contig1 1060 2 14 U
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CATTCTTTGCTTTCCTTGCAAGGATCATTTCTCTAACAAACCCTTCCTTTGCATTTTTTT
TCTATTCTTCATTTCCAGTCTCCAATAATGATCATCTTATGCAACAGTCATGAAGATTAG
ATCAGCAGAAACAAGAACCTGATTTACTCCAAAATTTCTTAAAATATCCTCTGCATCAAC
AGCTTGAAAGACAATGCTAGCTTTCTCAAAGATAGCTAGGTTCCCAGGGTTGCTTCAAAC
TCGAGCTACCGTATTCTTAATCAGAAACTACCATAAACAACCTATCGAAGTTGTCTGGAA
GAAACCAGAACACGGATGGACAAAGCTAAACTTTGATGGGTCAAGAAAACAAGGACAAGC
CAGCATCGGAGGGATATTCAGGAACCACAAGGCTGAGTTCCTTCTCGGATACTCAGAACG
CATAGGAGAGGCCACAAGCACCGTGGCAGAATTCGCAGCACTTAAAAGAGGGCTAGAGCT
GGTTCTAGAAAACGGATGGACTGATCTGTGGCTCGAAGGAGACGCCAAGATCATTATGGA
TATCATCTCCAAGAGAGGAAAATTGAGGTGTCAAGAAGCAAAAAAACATGTGAATTACAT
TAATGTGGTTATGCCTGGTCTTAGCAACTGCGTTCTGAGCCACGTTTACAGAGAAGGGAA
TCGAGCGGCTGATAAATTGGCGAAGTTAGGACACCAGTTTCAGGATCCTAAAGTCTGGAG
ACTTCAGCCCCCAGACATAGTCCTACCGATTATGCATGAAGATGCACAAGGTAAGATTGT
TCTTAGAACAAAAAGATCCCAAAACGAGTAAATGAATTGTGTGTATATATCATCAGATTT
TGTCAATAACAAGCTAAGAAATGTAAATAGTTATTCATTGTTGTAACATCAAGATATTTC
AGACTTTTGTAACATGTAAATTGCAGTATATATCATTAGATCATGTAGAAAGCAAGCGGA
AATGTATAAATGTTTTAAGAAAAGGAATCAGTTGAATACC


BQ
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AF RR1FL05TF U 1
AF RR1FL05JQ C 358
BS 1 645 RR1FL05TF
BS 646 646 RR1FL05JQ
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BS 792 792 RR1FL05JQ
BS 793 810 RR1FL05TF
BS 811 1060 RR1FL05JQ

RD RR1FL05TF 820 0 0
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CATTCTTTGCTTTCCTTGCAAGGATCATTTCTCTAACAAACCCTTCCTTTGCATTTTTTT
TCTATTCTTCATTTCCAGTCTCCAATAATGATCATCTTATGCAACAGTCATGAAGATTAG
ATCAGCAGAAACAAGAACCTGATTTACTCCAAAATTTCTTAAAATATCCTCTGCATCAAC
AGCTTGAAAGACAATGCTAGCTTTCTCAAAGATAGCTAGGTTCCCAGGGTTGCTTCAAAC
TCGAGCTACCGTATTCTTAATCAGAAACTACCATAAACAACCTATCGAAGTTGTCTGGAA
GAAACCAGAACACGGATGGACAAAGCTAAACTTTGATGGGTCAAGAAAACAAGGACAAGC
CAGCATCGGAGGGATATTCAGGAACCACAAGGCTGAGTTCCTTCTCGGATACTCAGAACG
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GGTTCTAGAAAACGGATGGACTGATCTGTGGCTCGAAGGAGACGCCAAGATCATTATGGA
TATCATCTCCAAGAGAGGAAAATTGAGGTGTCAAGAAGCAAAAAA*CATGTGAATTACAT
TAATGTGGTTATGCCTGGTCTTAGCAACTGCGTTCTGAGCCACGTTTACAGAGAAGG*AA
TCGAGCGGCTGATAAATTGGCGAAGTTAGGACACCAGTTTCAG*ATCCTAA*GTCTGGAG
ACT*CAGCCCC*AGACATAGTCCTACCGAT
ATGCATGAGA

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1FL05JQ 703 0 0
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AGCCAGCATCGGAGGGATATTCAGGAACCACAAGGCTGAGTTCCTTCTCGGATACTCAGA
ACGCATAGGAGAGGCCACAAGCACCGTGGCAGAATTCGCAGCACTTAAAAGAGGGCTAGA
GCTGGTTCTAGAAAACGGATGGACTGATCTGTGGCTCGAAGGAGACGCCAAGATCATTAT
GGATATCATCTCCAAGAGAGGAAAATTGAGGTGTCAAGAAGCAAAAAAACATGTGAATTA
CATTAATGTGGTTATGCCTGGTCTTAGCAACTGCGTTTTGAGCCACGTTTACAGAGAAGG
GAATCGAGCGGCTGATAAATTGGCGAAGTTAGGACACCAGTTTCAGGATCCTAAAGTCTG
GAGACTTCAGCCCCCAGACATAGTCCTACCGATTATGCATGAAGATGCACAAGGTAAGAT
TGTTCTTAGAACAAAAAGATCCCAAAACGAGTAAATGAATTGTGTGTATATATCATCAGA
TTTTGTCAATAACAAGCTAAGAAATGTAAATAGTTATTCATTGTTGTAACATCAAGATAT
TTCAGACTTTTGTAACATGTAAATTGCAGTATATATCATTAGATCATGTAGAAAGCAAGC
GGAAATGTATAAATGTTTTAAGAAAAGGAATCAGTTGAATACC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL6159Contig1 713 2 3 U
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AATCATAAGCCCAAACAAGGGAGACAGATTTAAACACATAGAAGCATAAAACAGAAATTC
AATAAAAAATGGCCGAACTGGGAATCACACGAATCAACAACGCCTAGTAAAAAACCACAG
AAATAAAAGACCAGGTTGTAATCGAACTTCTCACTTAACCCTCGCCACAGCATGTCATTC
AGCTGTCGAAACCATGAGTTCCCTCCAACACAACCCAAAGCCGATTTACCTGAAGTGCCG
TAAACATTATTAGGCAAACTTCACTTGGAAATCGGACGATCTTCTGCTAAGGTTTAAAGA
CGGAGAAACCACAGCAAGGGAGGCTTGAACGACGACGAAACCACATCCTCTTGAAATCCA
TGCCAGCAGAGCAGATCTGAGAAGCAGAGTGGTGATCTGCAAGTGAACATAGCCGAGAAG
AAACCACTGGTCGAGGTAAACCACCTCTGGAGAGCCACTAAAAGGTGGATCCCTCAAGTA
TCTTCCAAAAGGAAGTGACTTATAACCTGATCTGGAATTTCTGGGAAAGGAAAGAAGAGA
TTTTGATAGAGAATCAAACCAAAACCATCATTAAAACTTGAATCTCACATCCGAAAAGCA
CATAAACTAAGGACAGAAAGTAAAAGCACAACGCCGAGGCTCGAAAGCCATCC


BQ
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AF RR1F871JQ U 46
AF RR1F871TF C 1
BS 1 45 RR1F871TF
BS 46 369 RR1F871JQ
BS 370 713 RR1F871TF

RD RR1F871JQ 324 0 0
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ATAAAACAGAAATTCAATAAAAAATGGCCGAACTGGGAATCACACGAATCAACAACGCCT
AGTAAAAAACCACAGAAATAAAAGACCAGGTTGTAATCGAACTTCTCACTTAACCCTCGC
CACAGCATGTCATTCAGCTGTCGAAACCATGAGTTCCCTCCAACACAACCCAAAGCCGAT
TTACCTGAAGTGCCGTAAACATTATTAGGCAAACTTCACTTGGAAATCGGACGATCTTCT
GCTAAGGTTTAAAGACGGAGAAAC

QA 1 324 1 324
DS 

RD RR1F871TF 713 0 0
TTACAAGGTGGAATGCGATGAAGAGATACATTTGCTGACGGACTACAGAGATGTCCCCAG
AATCATAAGCCCAAACAAGGGAGACAGATTTAAACACATAGAAGCATAAAACAGAGATTC
AATAAAAAATGGCCGAACTGGGAATCACACGAATCAACAACGCCTAGTAGAAAACCACAG
AAATAAAAGACCAGGTTGTAATCGAACTTCTCACTTAACCCTCGCCACAGCATGTCATTC
AGCTGTCGAAACCATGAGTTCCCTCCAACACAACCCAAAGCCGATTTACCTGAAGTGCCG
TAGACATTATTAGGCAAACTTCACTTGGAAATCGGACGATCTTCTGCTAAGGTTTAAAGA
CGGAGAAACCACAGCAAGGGAGGCTTGAACGACGACGAAACCACATCCTCTTGAAATCCA
TGCCAGCAGAGCAGATCTGAGAAGCAGAGTGGTGATCTGCAAGTGAACATAGCCGAGAAG
AAACCACTGGTCGAGGTAAACCACCTCTGGAGAGCCACTAAAAGGTGGATCCCTCAAGTA
TCTTCCAAAAGGAAGTGACTTATAACCTGATCTGGAATTTCTGGGAAAGGAAAGAAGAGA
TTTTGATAGAGAATCAAACCAAAACCATCATTAAAACTTGAATCTCACATCCGAAAAGCA
CATAAACTAAGGACAGAAAGTAAAAGCACAACGCCGAGGCTCGAAAGCCATCC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL6160Contig1 544 2 3 U
AATAGGTATATTTTTCTCATTTAGCGCTTAAAATTTAGAAGTTAATAATTCTAATTAGCT
TTTCCAACTTATTTTGCCATTCACTACATATGCAAATGATCATATTTATTGTTATCATAA
TTTGACAAAAACAAATTTGACAACTTATTTAATTATTACTAAAAATCATATTAAAATTTA
TTAAAAATATATCTGATTTCTGTTGTCAAAAAACTAAACATTAAAATTATTTTCCACATG
GGGCATAACACATGCATTTGTTTCCCGAGGTACAACCAGCGATCATTCCCTTTATTCCTA
ACCCTTGTATCCTCTTATTGCATGCAAATTGGCAAACTGGCTTGTTGTGACAACTTCCAT
CCTTTTGGTTATCTAGAGATATAGGACACATTTCTTTTTTATTTTTATTCCCTTGCCCCA
TCGCTCCGGCCACTAGTACAAGAATGACTAGAAGAGTTAAAACATTCAAAGAAAATATGA
GTGGTTTTTTCATTCTTGGTAAAATGAACGAGTTGATTATGTTTTTTATCAGAAAATTTG
TTCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1CL46JQ U 53
AF RR1CL46TF C 1
BS 1 52 RR1CL46TF
BS 53 375 RR1CL46JQ
BS 376 544 RR1CL46TF

RD RR1CL46JQ 323 0 0
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TATCATAATTTGACAAAAACAAATTTGACAACTTATTTAATTATTACTAAAAATCATATT
AAAATTTATTAAAAATATATCTGATTTCTGTTGTCAAAAAACTAAACATTAAAATTATTT
TCCACATGGGGCATAACACATGCATTTGTTTCCCGAGGTACAACCAGCGATCATTCCCTT
TATTCCTAACCCTTGTATCCTCTTATTGCATGCAAATTGGCAAACTGGCTTGTTGTGACA
ACTTCCATCCTTTTGGTTATCTA

QA 1 323 1 323
DS 

RD RR1CL46TF 544 0 0
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TTTCCAACTTATTTTGCCATTCACTACATATGCAAATGATCATATTTATTGTTATCATAA
TTTGACAATAACAAATTTGACAACTTATTTAATTATTACTATAAATCATATTATAATTTA
TTATAAATATATCTGATTTCTGTTGTCAATAAACTAAACATTAAGATTATTTTCCACATG
GGGCATAGCACATGCATTTGTTTCCCGAGGTACAACCAGCGATCATTCCCTTTATTCCTA
ACCCTTGTATCCTCTTATTGCATGCAGATTGGCAAACTGGCTTGTTGTGACAACTTCCAT
CCTTTTGGTTATCTAGAGATATAGGACACATTTCTTTTTTATTTTTATTCCCTTGCCCCA
TCGCTCCGGCCACTAGTACAAGAATGACTAGAAGAGTTAAAACATTCAAAGAAAATATGA
GTGGTTTTTTCATTCTTGGTAAAATGAACGAGTTGATTATGTTTTTTATCAGAAAATTTG
TTCC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL6161Contig1 1108 2 2 U
GGCTCCTCTCTTTCTCTCTCTCTTTGTCTTCTCTTTAATCATCACACATTCTTGAATCTT
AATCCAAGATCTTCCTCCTGCTCATCAAATCAACCCCTTGCTTTGGATTTTCGGATCAAC
TTAAAGTTATTTCTCTAGGGTTTGTCTTTCCTTTTTAACGATGGCAAGAGAGAAGATTCA
GATCAGGAAAATCGACAACGCGACGGCGAGACAAGTAACGTTCTCAAAACGAAGAAGAGG
ACTTTTCAAAAAAGCTGAAGAGCTCTCCGTTCTCTGTGACGCCGATGTTGCTCTCATCAT
CTTCTCTTCCACCGGAAAGCTTTTTGAGTTTTGTAGCTCCAGCATGAGGGAAGTATTAGA
GAGGCATAACTTGCAGTCAAAGAACTTGGAGAAGCTTGATCAACCATCTCTTGAGTTACA
GCTGGTCGAGAACAGCGATCACGCCCTGTTGAGCAAAGAGATCGCAGAAAAGAGCCACCG
ACTAAGGCAAATGAGAGGAGAGGAACTTCAAGGACTCAACATTGAAGAGCTGCAACAGCT
GGAAAAGGCCCTTGAAGCCGGTTTGACACGCGTGATTGAAACAAAGAGTGAAAAAATTAT
GAATGAGATCAGTTTCCTTCAAAGAAAGGGAATGTAACTGATGGACGAGAACAAGCGGCT
AAGGCAGCAAGGGACACAGTTAACGGAAGAGAACGAGCGACTAGGTCAGCAGATAAACAA
TAATGTGCATGAAAGATACGGTGGTGGTGAATCAGAGAACACTGCCGTGTACGAGGAAGG
ACACTCATCGGAGTCCATTACTAACGCTGGAAACTCCACCGGCGCTCCTGTTGAGTCCGA
GAGCTCCGATATCTCCCTTAGGCTCGGCTTACCGTATGGTGGTTAGAGATTGAATACTAA
GAAGTTGATGGAGTGAGGAGATTAATGTAAACCCTTTCAACTCTGTAATAACAAAAGACA
AAGTAGTAGTTCTCACAAGTGTTTCTGTCCGGGAAGATGTTTTCCTGTTACGTTTTTCAT
TATATGTTTTCTCTCTCCAGTACCTTTATGTTTTGTCACCACCAAAACTGTATGGACGTG
GTAAGTTGGTAAATGAGAAGAAACGTCT


BQ
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AF RR1H818TF U 1
AF RR1H818JQ C 443
BS 1 663 RR1H818TF
BS 664 1108 RR1H818JQ

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AATCCAAGATCTTCCTCCTGCTCATCAAATCAACCCCTTGCTTTGGATTTTCGGATCAAC
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GATCAGGAAAATCGACAACGCGACGGCGAGACAAGTAACGTTCTCAAAACGAAGAAGAGG
ACTTTTCAAAAAAGCTGAAGAGCTCTCCGTTCTCTGTGACGCCGATGTTGCTCTCATCAT
CTTCTCTTCCACCGGAAAGCTTTTTGAGTTTTGTAGCTCCAGCATGAGGGAAGTATTAGA
GAGGCATAACTTGCAGTCAAAGAACTTGGAGAAGCTTGATCAACCATCTCTTGAGTTACA
GCTGGTCGAGAACAGCGATCACGCCCTGTTGAGCAAAGAGATCGCAGAAAAGAGCCACCG
ACTAAGGCAAATGAGAGGAGAGGAACTTCAAGGACTCAACATTGAAGAGCTGCAACAGCT
GGAAAAGGCCCTTGAAGCCGGTTTGACACGCGTGATTGAAACAAAGAGTGAAAAAATTAT
GAATGAGATCAGTTTCCTTCAAAGAAAGGGAATGTAACTGATGGACGAGAACAAGCGGCT
AAG
CAGC

QA 1 663 1 663
DS 

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AGAAAGGGAATGTAACTGATGGACGAGAACAAGCGGCTAAGGCAGCAAGGGACACAGTTA
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GGTGGTGAATCAGAGAACACTGCCGTGTACGAGGAAGGACACTCATCGGAGTCCATTACT
AACGCTGGAAACTCCACCGGCGCTCCTGTTGAGTCCGAGAGCTCCGATATCTCCCTTAGG
CTCGGCTTACCGTATGGTGGTTAGAGATTGAATACTAAGAAGTTGATGGAGTGAGGAGAT
TAATGTAAACCCTTTCAACTCTGTAATAACAAAAGACAAAGTAGTAGTTCTCACAAGTGT
TTCTGTCCGGGAAGATGTTTTCCTGTTACGTTTTTCATTATATGTTTTCTCTCTCCAGTA
CCTTTATGTTTTGTCACCACCAAAACTGTATGGACGTGGTAAGTTGGTAAATGAGAAGAA
ACGTCT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

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ACCCTTCCATTAAAATTCTTTGTTCATATCCTTAGAAGAAACATCCACAATTAGACATGG
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ATCTCATCATCCACACAACTTCCTCCTCTTCTGGAGAGGCAATGATGCAAAGGCAACTTG
AGGGCAAATGTGAAGAAGAAGCAGTTAAGACAGTGGAGGAGCTGAGAGATGAAGTTAGAG
TTAAAGAAAATACCATTGAGACATTAGAAGAGAAAATAGCATTGATGGATAGAGAAAAGT
ATGAGAAGGAAAGAGAGATTGATTTACTTAGACAGAGTTTGAGGATTTTAGGAAGCAGGA
AGAATAAGAAGAAAAGAGCATCGTTTGCATCAATGAATTTGATGATTTTGAAGACCAAAT
GTGTGGAATGTACATAACACTTAAAACAGTCTTCCTGCAACAGTGATGATATTTTTCACT
TGTCAGAGAATTTTTGATCAACAATGTCATATCATTTTTTTTTTGGTTTGTTTATCTTTA
AATATTGGAAATAGCAAGTTATAGTACTACAAGGTTGAAAAGCACATGAAGACACAAAAA
AAATAAGTTTATAAATCATTTGCTTTTGTGT


BQ
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AF RR1FH39TF U 1
AF RR1FH39JQ C 508
BS 1 668 RR1FH39TF
BS 669 669 RR1FH39JQ
BS 670 698 RR1FH39TF
BS 699 991 RR1FH39JQ

RD RR1FH39TF 699 0 0
GGAATGAAGAGGAGCCTCTCTACATCACAAGTTAAATAAGAACACACATTCCAGAGAGAG
ACCCTTCCATTAAAATTCTTTGTTCATATCCTTAGAAGAAACATCCACAATTAGACATGG
GTGGTTGCACAAGCAAGCAAGAGAGGCCTAGTATGAGAAGTGTCAAGAAGGAGACTTCAA
CTGAGAGAAGCAGAGGAAGAAGACACATAAGAAGAGGAACGGATGAGAGTGAGAAAGTGA
TGTTTGATAAACTTAGAGAGGCAGAGAGAGAGTGGGGGAAAGAGAGGAAGAAGCTTAGAG
AGCAAGTGAAGAGGCTAAGGAAGAAAGTGGAGAAGAAAGAGGAAGCAAAGACAACAACAA
TAGAGGAGAGAGAGTACTGGAAATGGGTTGTTGAGGAGATGTGTGTGGAGAGAGCAGTGA
GAGATGAAGCCGTTGAGAAATGGAAACAACTTTATTTAGCTATCAAGAATGAGCTTAATC
ATCTCATCATCCACACAACTTCCTCCTCTTCTGGAGAGGCAATGATGCAAAGGCAACTTG
AGGGCAAATGTGAAGAAGAAGCAGTTAAGACAGTGGAGGAGCTGAGAGATGAAGTTAGAG
TTAAAGAAAATACCATTGAGACATTAGAAGAGAAAATAGCATTGATGGATAGAGAAAAGT
ATGAGAAG*AAAGAGAGATTGATTTACTTAGACAGAGT
C

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1FH39JQ 484 0 0
TTTT
TGGAGAGGCAATGATGCAAAGGCAACTTGAGGGCAAATGTGAAGAAGAAGCAGTTAAGAC
AGTGGGGGAGGTGAGAGATGAAGTTAGAGTTAAGGAAAATACCATTGGGACATTAGAAGA
GAAAATAGCATTGATGGATAGAGAAAAGTATGAGAAGGAAAGAGAGATTGATTTATTTAG
ACAGAGTTTGAGGATTTTAGGAAGCAGGAAGAATAAGAAGAAAAGAGCATCGTTTGCATC
AATGAATTTGATGATTTTGAAGACCAAATGTGTGGAATGTACATAACACTTAAAACAGTC
TTCCTGCAACAGTGATGATATTTTTCACTTGTCAGAGAATTTTTGATCAACAATGTCATA
TCATTTTTTTTTTGGTTTGTTTATCTTTAAATATTGGAAATAGCAAGTTATAGTACTACA
AGGTTGAAAAGCACATGAAGACACAAAAAAAATAAGTTTATAAATCATTTGCTTTTGTGT

QA 5 484 5 484
DS 



AS 1 2

CO CL6163Contig1 1005 2 2 U
GGGGCGAGTCTAAGGGGAATGGGAAAGTAGGAGGACGAGTGATTACAAATGTTATGTCTG
CAAATTCTTACAACGCCTCCCTTGAGTTATCTCCAGTTGTTTCTTTTTGGGATTGTATTG
TCCGCACCATGAGGTATTCCTATATACCTGAGTGGGTGTAGTACTAGTTCTTCACATCCT
TCCACCACAGCATTAGCGAGTTTTTTTAGTTCAGTTTATTTTTAGTTACAATTATAGTTA
TATATAGAGAGAGAGAGAGTGAAAGCTAGTAATGGATTGCAAGCAAGTTCAGCCATTAGC
TAGGAAAGGGAAGAAGAAACACAACGGTAAAGATGAATTCGATCGTGTCAAACAAGCTGA
GAAGAAGAAGAGACGTCTCGAGAAAGCTCTTGCTACTTCTGCTGCCATCAGGGCCGAGCT
GGAAAAGAAGAAGCAGAGGAAACTTGAAGAACAACAGAGGTTAGATGACGAAGAGTGCTG
CTATCGCAGAAGCTGTTGCTCTCCACGTCCTACTGGGCGAAGATTCTGATGATTCATCAT
CTCGAGTCATGCTTGGCCAAGAAAAGGCTTGTTTCAAGATGGATCATCTGTTTAGAGGTG
AAAACTACGTTCCTCTTCAAAGCTGCGCTAGCTATGCGGTTCAAGGGATTGGGTTTGTGT
CCAACGGTTACGGATTAGGAGACAGTAGTAGCTGGTCGCCCTTCATGAGGGAATCTTGGG
ATAGCAACATGGGAATATCAGTTGATGATCTGATCGCTGCTCAGGCTGTCTCATCGCTAA
GGATATCTGAAAACACCGACAGGAATCCCTTTGTGCTTAAGGGTATGTTCCGGGGATGAA
AAATCGCCATGATTCCAGATTTGATTGCTAAATTCAGCTTTTGTTATGATATATAAGTTT
GCGAATAATGTTGTTTTATTTCGGTGTGAGTTTGATGTGTTTTTTTTTCCTGTTTTCTTT
TCTTCCCTGCTATATTATGGACGCATTGCGAGTTGTATTCGTTAT


BQ
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AF RR1GA40TF U 1
AF RR1GA40JQ C 202
BS 1 634 RR1GA40TF
BS 635 1005 RR1GA40JQ

RD RR1GA40TF 634 0 0
GGGGCGAGTCTAAGGGGAATGGGAAAGTAGGAGGACGAGTGATTACAAATGTTATGTCTG
CAAATTCTTACAACGCCTCCCTTGAGTTATCTCCAGTTGTTTCTTTTTGGGATTGTATTG
TCCGCACCATGAGGTATTCCTATATACCTGAGTGGGTGTAGTACTAGTTCTTCACATCCT
TCCACCACAGCATTAGCGAGTTTTTTTAGTTCAGTTTATTTTTAGTTACAATTATAGTTA
TATATAGAGAGAGAGAGAGTGAAAGCTAGTAATGGATTGCAAGCAAGTTCAGCCATTAGC
TAGGAAAGGGAAGAAGAAACACAACGGTAAAGATGAATTCGATCGTGTCAAACAAGCTGA
GAAGAAGAAGAGACGTCTCGAGAAAGCTCTTGCTACTTCTGCTGCCATCAGGGCCGAGCT
GGAAAAGAAGAAGCAGAGGAAACTTGAAGAACAACAGAGGTTAGATGACGAAGAGTGCTG
CTATCGCAGAAGCTGTTGCTCTCCACGTCCTACTGGGCGAAGATTCTGATGATTCATCAT
CTCGAGTCATGCTTGGCCAAGAAAAGGCTTGTTTCAAGATGGATCATCTGTTTAGAGGTG
AAAACTACGTTCCTCTTCAAAGCTGCGCTAGCTA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1GA40JQ 804 0 0
TTTTTTAGTTCAGTTTATTTTTAGTTACAATTATAGTTATATATAGAGAGAGAGAGAGTG
AAAGCTAGTAATGGATTGCAAGCAAGTTCAGCCATTAGCTAGGAAAGGGAAGAAGAAACA
CAACGGTAAAGATGAATTCGATCGTGTCAAACAAGCTGAGAAGAAGAAGAGACGTCTCGA
GAAAGCTCTTGCTACTTCTGCTGCCATCAGGGCCGAGCTGGAAAAGAAGAAGCAGAGGAA
ACTTGAAGAACAACAGAGGTTAGATGACGAAG*GTGCTGCTATCGCAGAAGCTGTTGCTC
TCCACGTCCTACTGGGCGAAGATTCTGATGATTCATCATCTCGAGTCATGCTTGGCCAAG
AAAAGGCTTGTTTCAAGATGGATCATCTGTTTAGAGGTGAAAACTACGTTCCTCTTCAAA
GCTGCGCTAGCTATGCGGTTCAAGGGATTGGGTTTGTGTCCAACGGTTACGGATTAGGAG
ACAGTAGTAGCTGGTCGCCCTTCATGAGGGAATCTTGGGATAGCAACATGGGAATATCAG
TTGATGATCTGATCGCTGCTCAGGCTGTCTCATCGCTAAGGATATCTGAAAACACCGACA
GGAATCCCTTTGTGCTTAAGGGTATGTTCCGGGGATGAAAAATCGCCATGATTCCAGATT
TGATTGCTAAATTCAGCTTTTGTTATGATATATAAGTTTGCGAATAATGTTGTTTTATTT
CGGTGTGAGTTTGATGTGTTTTTTTTTCCTGTTTTCTTTTCTTCCCTGCTATATTATGGA
CGCATTGCGAGTTGTATTCGTTAT

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL6164Contig1 766 2 2 U
GGAAGATCATAAATCCAAAACCACTCATTCTCTCCAAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGATA
ACATGGCGACAAGCGCATCTGCTTTCCTCACACCCGCAACCACCGCCGCATTCTCCCACC
AAAACCCAAACTCCATCTCCTTCCACGGCCTCCGTCCCCTCCGCCTCGGTGGTTCCTCCT
CCGCCTTACCCAAACTATCCACCACCTCCGGGAGAAGATCTTCCTCGTCCGCCGTCGTGA
AAGCCGAGCTCAGCCCATCCGTGGTCATAAGCCTCAGCACCGGTCTCTCCCTCTTCCTAG
GCCGGTTCGTCTTCTTCAACTTCCAGAGAGAGAACGTGGCCAAACAGGTGCCGGAGCAGA
ACGGTAAACCCCACTTCGAAGCCGGAGATGATCGTGCCAAGGAGTACGTTAGCCTCTTGA
AGTCGAACGATCCAGTTGGATTCAACATCGTGGATGTTCTTGCTTGGGGTTCTATTGGTC
ACATCGTTGCTTACTACGTCTTGGCCACCTCTAGCAATGGCTATGATCCTAGCTTCTTTG
GCTGATTCTTTTTTTTTCAATTTCTGTTTCAGTGTGTCTGTATATGTTTGACTTGTATCG
CAAGCTACATAATCTGTTATCCTTCTTTCCCTTGTCTCTTTCGCTTTGCAACATTTATAT
TTCCTAGTCAGAGATTAAATTCGATAAACACAATGGTAAAAGAGATAAAAATTCGATAGT
GAGAAAGCTAGTATGCTTAAGTGCTTGGTTTCTCTATATTTTCATG


BQ
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AF RR1DZ90TF U 1
AF RR1DZ90JQ C 216
BS 1 643 RR1DZ90TF
BS 644 766 RR1DZ90JQ

RD RR1DZ90TF 643 0 0
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ACATGGCGACAAGCGCATCTGCTTTCCTCACACCCGCAACCACCGCCGCATTCTCCCACC
AAAACCCAAACTCCATCTCCTTCCACGGCCTCCGTCCCCTCCGCCTCGGTGGTTCCTCCT
CCGCCTTACCCAAACTATCCACCACCTCCGGGAGAAGATCTTCCTCGTCCGCCGTCGTGA
AAGCCGAGCTCAGCCCATCCGTGGTCATAAGCCTCAGCACCGGTCTCTCCCTCTTCCTAG
GCCGGTTCGTCTTCTTCAACTTCCAGAGAGAGAACGTGGCCAAACAGGTGCCGGAGCAGA
ACGGTAAACCCCACTTCGAAGCCGGAGATGATCGTGCCAAGGAGTACGTTAGCCTCTTGA
AGTCGAACGATCCAGTTGGATTCAACATCGTGGATGTTCTTGCTTGGGGTTCTATTGGTC
ACATCGTTGCTTACTACGTCTTGGCCACCTCTAGCAATGGCTATGATCCTAGCTTCTTTG
GCTGATTCTTTTTTTTTCAATTTCTGTTTCAGTGTGTCTGTATATGTTTGACTTGTATCG
CAAGCTACATAATCTGTTATCCTTCTTTCCCTTGTCTCTTTCG

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1DZ90JQ 551 0 0
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AGCACCGGTCTCTCCCTCTTCCTAGGCCGGTTCGTCTTCTTCAACTTCCAGAGAGAGAAC
GTGGCCAAACAGGTGCCGGAGCAGAACGGTAAACCCCACTTCGAAGCCGGAGATGATCGT
GCCAAGGAGTACGTTAGCCTCTTGAAGTCGAACGATCCAGTTGGATTCAACATCGTGGAT
GTTCTTGCTTGGGGTTCTATTGGTCACATCGTTGCTTACTACGTCTTGGCCACCTCTAGC
AATGGCTATGATCCTAGCTTCTTTGGCTGATTCTTTTTTTTTCAATTTCTGTTTCAGTGT
GTCTGTATATGTTTGACTTGTATCGCAAGCTACATAATCTGTTATCCTTCTTTCCCTTGT
CTCTTTCGCTTTGCAACATTTATATTTCCTAGTCAGAGATTAAATTCGATAAACACAATG
GTAAAAGAGATAAAAATTCGATAGTGAGAAAGCTAGTATGCTTAAGTGCTTGGTTTCTCT
ATATTTTCATG

QA 1 551 1 551
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6166Contig1 704 2 2 U
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TCTGGTGGACATGGAATCCAGCTACCTCACGGTTGAGTTCTTCAGAAAACTTCACCTTGA
ACCCGAGAAAGAGAAACCAAACCCGAAAAATGCCCCACCACAAAACGCAGACATCCACTC
CGATAATCACTTCAGAAAGATCGGATCCAACGTGAGTGCGTACATAAATATGGTCTGTGA
TACTTTGAGAATCTCTCTTCCCAAAGCTGTTGTTTACTGCCAAGTTAGAGAAGCTAAGAG
ATCGCTCCTCAACTTTTTCTACGCTCAAGTCGGCAGGAAAGAGAAGGAGAAGCTTGGGGG
GATGTTGGACGAAGACCCACAACTAATGGAACGAAGAGGAACCTTAGCCAAACGACTCGA
GCTTTACAAACAAGCAAGAGATGACATCGATGCTGTGGCTTGTAAGTAAGGTGTGATCAA
AAGGAATATTCTTTATATCTTTAATTCCTTTTGCTCGTGTGAGCACTACAGTATTATTAC
TAGATATGTTGGAAGTTCTAACCTTCAATCCATTGCTGCACGTGCACACACGTTAACTCA
TATTGTATTCGGTCGCTGATGTCTATCTCCTACTTTTTGGTGTGTATCTTCGATTCTTGA
GTACTGTTTTAGAACGATTAAGTCATTATCAATTGTTCTTCCCC


BQ
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AF RR1GT09TF U 1
AF RR1GT09JQ C 120
BS 1 281 RR1GT09TF
BS 282 704 RR1GT09JQ

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TCTGGTGGACATGGAATCCAGCTACCTCACGGTTGAGTTCTTCAGAAAACTTCACCTTGA
ACCCGAGAAAGAGAAACCAAACCCGAAAAATGCCCCACCACAAAACGCAGACATCCACTC
CGATAATCACTTCAGAAAGATCGGATCCAACGTGAGTGCGTACATAAATATGGTCTGTGA
TACTTTGAGAATCTCTCTTCCCAAAGCTGTTGTTTACTGCC

QA 1 281 1 281
DS 

RD RR1GT09JQ 585 0 0
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CCGATAATCACTTCAGAAAGATCGGATCCAACGTGAGTGCGTACATAAATATGGTCTGTG
ATACTTTGAGAATCTCTCTTCCCAAAGCTGTTGTTTACTGCCAAGTTAGAGAAGCTAAGA
GATCGCTCCTCAACTTTTTCTACGCTCAAGTCGGCAGGAAAGAGAAGGAGAAGCTTGGGG
GGATGTTGGACGAAGACCCACAACTAATGGAACGAAGAGGAACCTTAGCCAAACGACTCG
AGCTTTACAAACAAGCAAGAGATGACATCGATGCTGTGGCTTGTAAGTAAGGTGTGATCA
AAAGGAATATTCTTTATATCTTTAATTCCTTTTGCTCGTGTGAGCACTACAGTATTATTA
CTAGATATGTTGGAAGTTCTAACCTTCAATCCATTGCTGCACGTGCACACACGTTAACTC
ATATTGTATTCGGTCGCTGATGTCTATCTCCTACTTTTTGGTGTGTATCTTCGATTCTTG
AGTACTGTTTTAGAACGATTAAGTCATTATCAATTGTTCTTCCCC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

CO CL6167Contig1 428 2 1 U
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AAGAGAAGAGAAGAGAAGGATGGTGGGAAGTGGAGCTCCACAGAGAGGAAGTGCAGCTGC
TGCTGCTAGCATGCGTAGGAGGAAGCCTAGCGGAAGTGGAGGAGCCTCTGGTGGTGGTGG
TGCAGCAGGGTCTATGCTTCAGTTCTACACCGATGACGCACCGGGTCTCAAGATCTCTCC
TAATGTTGTCCTTGTCATGAGTATTGGTTTTATTGCTTTCGTCGCTGTCCTTCATGTCAT
GGGCAAGCTCTACTTTGTCAAGTGATGAGACTAGAGAGTGAGATTGAGAGAGAGAGAGCT
TAAGTACACCCAAGTGATTGGTAGTGACCAGAGTTATTAGACAGTGGTTCAACTCATGTT
TTCAATTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CQ85JQ C 1
AF RR1CQ85TF U 1
BS 1 428 RR1CQ85TF

RD RR1CQ85JQ 428 0 0
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AAGAGAAGAGAAGAGAAGGATGGTGGGAAGTGGAGCTCCACAGAGAGGAAGTGCAGCTGC
TGCTGCTAGCATGCGTAGGAGGAAGCCTAGCGGAAGTGGAGGAGCCTCTGGTGGTGGTGG
TGCAGCAGGGTCTATGCTTCAGTTCTACACCGATGACGCACCGGGTCTCAAGATCTCTCC
TAATGTTGTCCTTGTCATGAGTATTGGTTTTATTGCTTTCGTCGCTGTCCTTCATGTCAT
GGGCAAGCTCTACTTTGTCAAGTGATGAGACTAGAGAGTGAGATTGAGAGAGAGAGAGCT
TAAGTACACCCAAGTGATTGGTAGTGACCAGAGTTATTAGACAGTGGTTCAACTCATGTT
TTCAATTT

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR1CQ85TF 428 0 0
GGGAACATCTCCGCGTCATCGTTCATCGTCGACATCAGAAGGCGATTCAGTTAGCTAAAC
AAGAGAAGAGAAGAGAAGGATGGTGGGAAGTGGAGCTCCACAGAGAGGAAGTGCAGCTGC
TGCTGCTAGCATGCGTAGGAGGAAGCCTAGCGGAAGTGGAGGAGCCTCTGGTGGTGGTGG
TGCAGCAGGGTCTATGCTTCAGTTCTACACCGATGACGCACCGGGTCTCAAGATCTCTCC
TAATGTTGTCCTTGTCATGAGTATTGGTTTTATTGCTTTCGTCGCTGTCCTTCATGTCAT
GGGCAAGCTCTACTTTGTCAAGTGATGAGACTAGAGAGTGAGATTGAGAGAGAGAGAGCT
TAAGTACACCCAAGTGATTGGTAGTGACCAGAGTTATTAGACAGTGGTTCAACTCATGTT
TTCAATTT

QA 1 428 1 428
DS 



AS 1 2

CO CL6168Contig1 428 2 1 U
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GCTTTTTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AJ36JQ C 1
AF RR1AJ36TF U 1
BS 1 428 RR1AJ36TF

RD RR1AJ36JQ 428 0 0
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GCTTTTTG

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR1AJ36TF 428 0 0
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GTACTATTGCCGTCTGGTCTACTGTTGGATATGTGCTTCAATTTGGTTGGGAAATGTCGA
AGATCTTAAAGATCAAGCGAAATTCGGACATTGACACGGAAAAATATGAAATCGAGATGG
AACGTTTTCGTGAGCAACTGCGCCGTCGCATCAGTGAATGAAATGTATTTATTTGTAATA
TCTTACTTGTTTGTCTGGTGTTTGTAATTTCCGACTTTGTTAACACTAAAATAAATGATT
GCTTTTTG

QA 1 428 1 428
DS 



AS 1 2

CO CL6169Contig1 874 2 2 U
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TGGTAATGAAAATCCACAATTAGCTGGAAACTCTATCTACGTGGATTTCCTTTTCCTAAA
GAAGTACATGCCAGATTTGGCTGCCCTTTCCCTCATGTACTTGTCGATGTCAGTAGTGTC
AAGTCTTTATGCAACCGATGGTTTCCAAGAGAGAAAAACAGAGCTCCTGCAAAGAAAAAC
AATCACAGAGCCATGGATGATATAAGAGAAAGCATCAAGGAGCTTAAGTACTACAAAGAA
ACCATATTTAAAGCAAACAAAGGCAGGAGGTGAGGTGAGGCTGGAGTGAAATTTCCTTTG
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ATTGAGACTGGTACTAAATCTATTATCTTAATCT


BQ
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AF RR1H356TF U 1
AF RR1H356JQ C 248
BS 1 678 RR1H356TF
BS 679 874 RR1H356JQ

RD RR1H356TF 678 0 0
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QA 1 678 1 678
DS 

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GAAAATCCACAATTAGCTGGAAACTCTATTTACGTGGATTTCCTTTTCCTAAAGAAGTAC
ATGCCAGATTTGGCTGCCCTTTCCCTCATGTACTTGTCGATGTCAGTAGTGTCAAGTCTT
TATGCAACCGATGGTTTCCAAGAGAGAAAAACAGAGCTCCTGCAAAGAAAAACAATCACA
GAGCCATGGATGATATAAGAGAAAGCATCAAGGAGCTTAAGTACTACAAAGAAACCATAT
TTAAAGCAAACAAAGGCAGGAGGTGAGGTGAGGCTGGAGTGAAATTTCCTTTGATTAACC
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CTGGTACTAAATCTATTATCTTAATCT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

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GGGTAACTGTCCGGCGGTGATATGTCGATTGTGCTTCTGTAACAGTTGTGATTACTGCGT
AATTACTCTCAGCGTCTTTGATTCGTCGTCTGTGTGTATAAATAGGGTTGGTGTTCTTCT
TCCACAATCAAACGAGCAGTCTTCTTCTTCGATCTCTGAGCTTTGGAGTTTCGATATCTT
AAATCCACGGTTCATCGTTCTCTACAGCAAGCTCCGCTACGGTCAACCAACAATGGAGGA
GGAAAAGGTTGTGTGAAACGAGTGTTAGTGAGGAATCTCTGCGTCGGATCTCGGTTTATG
TCAGATTCATCTTGCTCACCATGGTCATTCTTTCTGATTCTGCTTCTGCTTCTTATGCCT
TAAAAATATCGCTGATTCAAATTAGACTGAGACATAATCTTTCACATTAAATATTGAAAT
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TGACTCCATGTTCAGGGGAGACTCCTTCGCCTATTTTCAGATCTCCAATGTAGGGTCTAG
ATGATATCTTGACCAACTAAGTCATTCCGTATGGCTGGGGAAAACATTCACGAAGGGGAC
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AATCATCCTTGACGTTATATTTTTTTCCATCAAATTTTGTGATTTCTTTATGTTTGTTCT
CTCCATCAAGTTTAATGATATGAACCATGTTCGC


BQ
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AF RR1B752TF U 1
AF RR1B752JQ C 362
BS 1 789 RR1B752TF
BS 790 1174 RR1B752JQ

RD RR1B752TF 789 0 0
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AAATCCACGGTTCATCGTTCTCTACAGCAAGCTCCGCTACGGTCAACCAACAATGGAGGA
GGAAAAGGTTGTGTGAAACGAGTGTTAGTGAGGAATCTCTGCGTCGGATCTCGGTTTATG
TCAGATTCATCTTGCTCACCATGGTCATTCTTTCTGATTCTGCTTCTGCTTCTTATGCCT
TAAAAATATCGCTGATTCAAATTAGACTGAGACATAATCTTTCACATTAAATATTGAAAT
ACTTAGAATCTGATTGACTGGTTTGGATATTGAGTTCTGAATTTTGTTAGAATTCTCTGT
ACTATCTAACTATTGTTTCTGTTATAACATAGAAAGGGTCAGAAGCAGATTGATCTCTTA
GTTCCAGTGACATAAGAAACTTTCCCCTTCCCCGTGAGGGTGACATATATCATAGATTCA
ATCACTATGCTTACTTTGAAATTTCTTGGTCTCAATCATTGTTGACACGTTAGTAACACT
TGACTCCATGTTCAGGGGAGACTCCTTCGCCTATTTTCAGATCTCCAATGTAGGGTCTAG
ATGATATCTTGACCAACTAAGTCATTCCGTATGGCTGGGGAAAACATTCACGAAGGGGAC
GGCTATCCT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1B752JQ 813 0 0
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CTTAGAATCTGATTGACTGGTTTGGATATTGAGTTCTGAATTTTGTTAGAATTCTCTGTA
CTATCTAACTATTGTTTCTGTTATAACATAGAAAGGGTCAGAAGCAGATTGATCTCTTAG
TTCCAGTGACATAAGAAACTTTCCCCTTCCCCGTGAGGGTGACATATATCATAGATTCAA
TCACTATGCTTACTTTGAAATTTCTTGGTCTCAATCATTGTTGACACGTTAGTAACACTT
GACTCCATGTTCAGGGGAGACTCCTTCGCCTATTTTCAGATCTCCAATGTAGGGTCTAGA
TGATATCTTGACCAACTAAGTCATTCCGTATGGCTGGGGAAAACATTCACGAAGGGGACG
GCTATCCTAGAGGTGATGTGCCTTTTGCCACATGTTCCTGCAACTGCTCAGATGGTGATA
AAACAGCTACTAATCAGATCACCGGAGGTGATTGCAATCTCTCAAACGACCTCGGTGCAT
CGGATGCAACAGCCGCTGCTGAGCAGCCCACTTCTGGCGGAAGCAATGCAAAGGAACAAC
TGGTTCCAGCAGCAGGAAACACACTCTTTAAAGCACGAACGGAATAGTTGCTCAAGTGAT
GATGGAACTGAAGACCCTAATATTTTTCTTAATCATCCTTGACGGTTTGATCAAAAAAAA
ATCATCCTTGACGTTATATTTTTTTCCATCAAATTTTGTGATTTCTTTATGTTTGTTCTC
TCCATCAAGTTTAATGATATGAACCATGTTCGC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

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TCGAAATC


BQ
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AF RR1DH62JQ C 1
AF RR1DH62TF U 1
BS 1 428 RR1DH62TF

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GCTTCCCGTCTACGAAACAACTCGTCCCGACACGAATCGTATTATCTCCAGATGAAGGAA
CCATTATTGTTAAAATTAGTTTGCTTAATTACTTACTGGTTTGGGGGTGGATTAATTAAT
TTGGGATAATACAGTTTTCTGAGTGAGGTTAATTATAATTATCCAGTGTTTTCATAAAAT
GAGTTTACTTGTGAGTTCTGTATTACTACTAAATTAATTAATGACTAACTAAATAGAAAT
TCGAAATC

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DS 

RD RR1DH62TF 428 0 0
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TAAAGACGTCGTCGTCAACATTGAAGAAGACGATGATGATGATGCTGCGAGTTGCGCGAG
CTCCGACCTGTTCGAGTTGGATAATCTATGGGCGATAGGGATCGAGAGGTATCGAGAAGA
GCTTCCCGTCTACGAAACAACTCGTCCCGACACGAATCGTATTATCTCCAGATGAAGGAA
CCATTATTGTTAAAATTAGTTTGCTTAATTACTTACTGGTTTGGGGGTGGATTAATTAAT
TTGGGATAATACAGTTTTCTGAGTGAGGTTAATTATAATTATCCAGTGTTTTCATAAAAT
GAGTTTACTTGTGAGTTCTGTATTACTACTAAATTAATTAATGACTAACTAAATAGAAAT
TCGAAATC

QA 1 428 1 428
DS 



AS 1 2

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ATCCATTTTATGTCAAAGTGTTGTAAATTCCTCAAGACTGCAATGATGAGATGTCTATTT
CATTCCTCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ED59JQ C 1
AF RR1ED59TF U 1
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RD RR1ED59JQ 430 0 0
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CATTCCTCCC

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR1ED59TF 430 0 0
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ATCAGAGGAGAAGGAAGCAACAAGATGGTGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGATGGTAGTG
AGCCCCGGTACTCCAACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGG
AGGAGCGCCTTTAATCCTGGAAGCAACCTCGCCACAAGAGCCATCGGCTCCAACATATTA
GGGAGCAACAGCTAAATCAAAGGAAGAAAAGTGAGAAACATTCATGAAGGAAAATCAAAA
GAAGAATCTAAGACATGCCTATCTCTCTCTCTCTTTGTGCTCCTTGTGGCTCAAAATATC
ATCCATTTTATGTCAAAGTGTTGTAAATTCCTCAAGACTGCAATGATGAGATGTCTATTT
CATTCCTCCC

QA 1 430 1 430
DS 



AS 1 2

CO CL6173Contig1 905 2 2 U
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GCCGGACCTTTTACCTGTTATCCCTTCGGAGGACGCAACTTTCGAGATTGACCCTAGTGT
TAACCCCTTTGAGTCTAGTATCATATTCTTCTACAAAACATGGGACCTTTATGGAAGCTT
CTCAAATTTCTCTCCGCATCCAATTCGAATGCCATATGGTGATGATGATTACAGAACATG
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GTCTTTCTCTCATAATCATATGTATCCTCAGAAAGTTATCAATAGAATTTTCAGTTTTCT
GTAATATGTTTGACATTTTACATTTTGTAATTCTTCAAAAAGAATAAAACATTTATGAAA
TATCC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1H189TF U 1
AF RR1H189JQ C 453
BS 1 614 RR1H189TF
BS 615 905 RR1H189JQ

RD RR1H189TF 614 0 0
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AGCCCCGTCCCCTGTTGGTGAACTTGGGATGGTAGAGATGACACAAGCATTGAATCTTAT
CGATGTTTCCTACGAGCAGGTTGGTCCAGACATGCTTGTCAGTGGATTTCTTCAGCCCGT
GCCGGACCTTTTACCTGTTATCCCTTCGGAGGACGCAACTTTCGAGATTGACCCTAGTGT
TAACCCCTTTGAGTCTAGTATCATATTCTTCTACAAAACATGGGACCTTTATGGAAGCTT
CTCAAATTTCTCTCCGCATCCAATTCGAATGCCATATGGTGATGATGATTACAGAACATG
GTCAAGTGTTGAGCATTACTATCAGGCAAACAAGTTTGTTGGAGTTGAAAATCCGTTAGC
ACGTGACTGCGTTGAGAAAATAAGAACGGCGAAAAGTCCAGAGGAGGCTGCTTTGATAGG
CAGATCAAAGCAGAGACAGCAACCTGAACTGGTTCGGAGTGACTGGGAAGATGTGAAGAT
AGAAGTAATGTACATGGCTCTGAAATGCAAGTTCTCTACTTATCCTCACTTGAAAACAAT
GTTGCTCTCGACCG

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1H189JQ 453 0 0
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TTCGGAGTGACTGGGAAGATGTGAAGATAGAAGTAATGTACATGGCTCTGAAATGCAAGT
TCTCTACTTATCCTCACTTGAAAACAATGTTGCTCTCGACCGCTGGGGTTTTCGTGGAGG
CTTCACCGCACGATCTATTCTGGGGAGGTGGTCGCGAAGGAGAAGGACTCAACTATCTTG
GTAGACTACTTATGCAGCTTCGTTCTGAGTTTTTGGGCGAATCCTCTGTTTCAGCTGAGA
ACACTTCGCTGGCCTTATGAAGGACTGAGTCTTTCTCTCATAATCATATGTATCCTCAGA
AAGTTATCAATAGAATTTTCAGTTTTCTGTAATATGTTTGACATTTTACATTTTGTAATT
CTTCAAAAAGAATAAAACATTTATGAAATATCC

QA 1 453 1 453
DS 



AS 1 2

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GAGGAATATGTGTCCTCGAGTAGCTCCGACATGCGAAATCTGCGAGAAAGTTGTATCCAA
GTACAAGTGTCCCTCTTGTATTGTTCCTTACTGTTCCTTGGGTTGTTTCAAGAAGCACAA
AGAGACTCCATGTGCTAAACCTTCTGCACCCGAGGAGAAGCCAGGCTCTCCAGCAAAGGA
AGTCTCGGTGGAGACAAAAGATGTGGTAGTAAAGACAGAGCACAAGGCTAGTGCTCCATC
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CGTAGAGAAGACCCAGCTCGAGGCTATCGCTTCTTCTAGTGAAATCAGAGAAGCTCTAAA
GGATGAAGCCCTTCAGAAACTCATCTCCAGTATCGATAGTTCTTCCAACCCTCTGCAGGA
ACTCGATGAAGCCATGGGAGTAGAAGCTTTCCGGGTACTCACAGAAAAGATTCTGGCCAA
CATTTCCAAGAGTAATGACAAGCAATAATCGTTAGTTGGTTTGGGCATGCAAACAGAAGT
TCTAGTAGTACTCTTTATTATTGTTCTCTTTACAAAGAGTTTTAGTTGCAGCAGAGAAAT
ATTTATTGGCCTAATATAAAGAAAAACTCATACATCTCTTCTACGATAATTTACATGTTT
TTTCTCTC


BQ
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AF RR1DY77TF U 1
AF RR1DY77JQ C 41
BS 1 287 RR1DY77TF
BS 288 728 RR1DY77JQ

RD RR1DY77TF 287 0 0
GGGTCTACCCTGAAATTGAAACTGAAATTGAAATTGAATCGCGTCGCAATAGGTAGAAGG
GAGGAATATGTGTCCTCGAGTAGCTCCGACATGCGAAATCTGCGAGAAAGTTGTATCCAA
GTACAAGTGTCCCTCTTGTATTGTTCCTTACTGTTCCTTGGGTTGTTTCAAGAAGCACAA
AGAGACTCCATGTGCTAAACCTTCTGCACCCGAGGAGAAGCCAGGCTCTCCAGCAAAGGA
AGTCTCGGTGGAGACAAAAGATGTGGTAGTAAAGACAGAGCACAAGG

QA 1 287 1 287
DS 

RD RR1DY77JQ 688 0 0
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TGCGAGAAAGTTGTATCCAAGTACAAGTGTCCCTCTTGTATTGTTCCTTACTGTTCCTTG
GGTTGTTTCAAGAAGCACAAAGAGACTCCATGTGCTAAACCTTCTGCACCCGAGGAGAAG
CCAGGCTCTCCAGCAAAGGAAGTCTCGGTGGAGACAAAAGATGTGGTAGTAAAGACAGAG
CACAAGGCTAGTGCTCCATCTGCTGCAAAGGAAGTTCCCGTGGCGAGACCACCGATAACT
GTGGAGGAAGAAAAGTATGTCGTAGAGAAGACCCAGCTCGAGGCTATCGCTTCTTCTAGT
GAAATCAGAGAAGCTCTAAAGGATGAAGCCCTTCAGAAACTCATCTCCAGTATCGATAGT
TCTTCCAACCCTCTGCAGGAACTCGATGAAGCCATGGGAGTAGAAGCTTTCCGGGTACTC
ACAGAAAAGATTCTGGCCAACATTTCCAAGAGTAATGACAAGCAATAATCGTTAGTTGGT
TTGGGCATGCAAACAGAAGTTCTAGTAGTACTCTTTATTATTGTTCTCTTTACAAAGAGT
TTTAGTTGCAGCAGAGAAATATTTATTGGCCTAATATAAAGAAAAACTCATACATCTCTT
CTACGATAATTTACATGTTTTTTCTCTC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL6175Contig1 1167 2 2 U
GGAAGGAAGTAAACCCTGGTCCTCAGAGATACTGTGAAACTCGGAGAGAGGGAGAGAGTT
GAATTCATGGGTATATTGAGCTACGCCGTCGCCGGCGGAGGATTTGCAGTAATCGGCGCG
TGGGAGTCACTGGACTCATCGAACCTCGATCCGAATTCATCTACCGGTGATGATCCGTCT
TCCCCTATGACAGCTCAGATCACTCCGTCTCGCCCAACTCCCTTGGATCTTCCTCCATCC
CCGTAGCTTTGCTTTCGTCTCTGTTTATTGCCAACTCGATTTACTCCTCCTTCAGCTCAA
TCGGATCCAGCGATCGGGTCGGATCGATGCTCCAGTTACAGATCCTGGCCGTCGCAGTTC
TATTCCTAGTGTACGCCGTCGTAACCCATCTGGTGGCCAACTCCAAAAACGCAGCCTTTG
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TCATGTTCTACCTCCAGAAGAAAGACACTTCCGGAATCGAGAATCGCTACTACGATCTCA
TGCTCGTCCCCATCGCCATCTGCGTCTTCTCCACCCTCTTCGACCTTAGATCCGACTCTA
ACAACACCACGCATCGTCACTTCGCGAAGCTAGGGCGCGGGATCGGTTTGATTCTGCAAG
GGACTTGGTTTCTGCAGATGGGTGTTTCGTTTTTCACCGGTTTGATCACTAACAACTGCT
CCTTTCACGAGAAGACCAGAGGCAATTTCACCATCAAGTGCAGAGGGCACGGTGATTATC
ACAGGGCCAAAGCTATAGCTACGCTTCAGTTTAACTGCCATTTGGCTCTCATGGTGGTTT
TAGCTACGGCGTTGTTCTCTGTCGTCGCGAACAGGAAAGGTTATGTCCGTGAGGATCACT
CTAAGTATCGACCTCTCGGAGCTGAGATGGAAAATTTGAGTAACTTCACTCTCGATTCTG
ATGAAGAAGAAGACGAGGTTCGACAAGGTAGTAGCGTAGGAGCTAAGGAAACTGGTGTTA
ATGGAATCATCAGCTCACACGCTTAAAGGTATCAAAGTTTCAGACTTTTTTTTCTAGAAA
TGTTTGTTGGTCCGTTGGGAGGATTGTTGATGATATGTAATGTAACCAAACACACGAAAA
TAATAAAGTTAAAATCTTTTGCGTTCG


BQ
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AF RR1H528TF U 1
AF RR1H528JQ C 514
BS 1 732 RR1H528TF
BS 733 1167 RR1H528JQ

RD RR1H528TF 735 0 0
GGAAGGAAGTAAACCCTGGTCCTCAGAGATACTGTGAAACTCGGAGAGAGGGAGAGAGTT
GAATTCATGGGTATATTGAGCTACGCCGTCGCCGGCGGAGGATTTGCAGTAATCGGCGCG
TGGGAGTCACTGGACTCATCGAACCTCGATCCGAATTCATCTACCGGTGATGATCCGTCT
TCCCCTATGACAGCTCAGATCACTCCGTCTCGCCCAACTCCCTTGGATCTTCCTCCATCC
CCGTAGCTTTGCTTTCGTCTCTGTTTATTGCCAACTCGATTTACTCCTCCTTCAGCTCAA
TCGGATCCAGCGATCGGGTCGGATCGATGCTCCAGTTACAGATCCTGGCCGTCGCAGTTC
TATTCCTAGTGTACGCCGTCGTAACCCATCTGGTGGCCAACTCCAAAAACGCAGCCTTTG
CAGCTCTTCCCTCTTCGATCACGACTCTGCTGCTCCTCTTCGGCTTCATCGAGGAGTTTC
TCATGTTCTACCTCCAGAAGAAAGACACTTCCGGAATCGAGAATCGCTACTACGATCTCA
TGCTCGTCCCCATCGCCATCTGCGTCTTCTCCACCCTCTTCGACCTTAGATCCGACTCTA
ACAACACCACGCATCGTCACTTCGCGAAGCTAGGGCGCGGGATCGGTTTGATTCTGCAAG
GGACTTGGTTTCTGCAGATGGGTGTTTCGTTTTTCACCGGTTTGATCACTAACAACTGCT
CCTTTCACGAGA
GAC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1H528JQ 654 0 0
GAATCGAGAATCGCTACTACGATCTCATGCTCGTCCCCATCGCCATCTGCGTCTTCTCCA
CCCTCTTCGACCTTAGATCCGACTCTAACAACACCACGCATCGTCACTTCGCGAAGCTAG
GGCGCGGGATCGGTTTGATTCTGCAAGGGACTTGGTTTCTGCAGATGGGTGTTTCGTTTT
TCACCGGTTTGATCACTAACAACTGCTCCTTTCACGAGAAGACCAGAGGCAATTTCACCA
TCAAGTGCAGAGGGCACGGTGATTATCACAGGGCCAAAGCTATAGCTACGCTTCAGTTTA
ACTGCCATTTGGCTCTCATGGTGGTTTTAGCTACGGCGTTGTTCTCTGTCGTCGCGAACA
GGAAAGGTTATGTCCGTGAGGATCACTCTAAGTATCGACCTCTCGGAGCTGAGATGGAAA
ATTTGAGTAACTTCACTCTCGATTCTGATGAAGAAGAAGACGAGGTTCGACAAGGTAGTA
GCGTAGGAGCTAAGGAAACTGGTGTTAATGGAATCATCAGCTCACACGCTTAAAGGTATC
AAAGTTTCAGACTTTTTTTTCTAGAAATGTTTGTTGGTCCGTTGGGAGGATTGTTGATGA
TATGTAATGTAACCAAACACACGAAAATAATAAAGTTAAAATCTTTTGCGTTCG

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL6176Contig1 999 2 2 U
GAGCGTACAGTTTCTCTGAAACAACATCAACCTTTTCCCCAGAGATAAACCGGAAGAAGC
TTCAAAACGTTGAGCACTTGGTTCAAAAGCTCAGACGTCTGAACTCTACCCATGATGAAG
CCAACCAAGGCTACATTGCTTCCCTCTGTGAGACCTCAGTTCCCAACACCGATCACAGAT
ACATCTCCGAGATTCTACTAGCCTCAGGTCTTCTGCTCCGAGATTTTGGCTCAGGATTAA
CAACGTTTCAGCTACACCCTTCAGGACATCCGATCAACCCGGAGCTGTTCTTTGTTCTTG
AGCAGACTAAAGGAAGCAGCACAACACATCTGCTACAGAAAGAAGAAAGCAAGGTTATGA
ACAAGGAGAAGCTCAACCGCAAACTTGTGTTTGACACGGTTAATGAGCTTCTTGTGGAGA
AGCTAGCATCGGTTGAAGCCACAACGAATCCGTTGATGAAGTCATCTGCTAAGAAAACCA
TGAGCGCTCAACAGCTACTGAAAGAGCTGTGTTCAGATATAGAATCACTGCAAAGACAAG
CCACGAAGAGATCTGAAAACTTCTTGTTGGAGGAAGAAGATGATTTTCTGAAGAGTATAC
TTGCGGAAGATGTGATGATTCGGTCAGGGAACTGGGTGGACTTCAGTGGAGAGGTCTCAG
GGTTGGTGCTGGATGTGGAGAGGCTTGTTTTCAAGGATTTGGTGAATGAGATCGTGCATG
CAGAAACTAGCCGTTTGCAAGCAAAGTCAGGAAGACGAAGAACGCTTTTTGCAGAACAGT
AGCTAAGATCTGTTTGAAGAAACACTAATTATATATATACTCTATTGTCTTTTTCTTTTG
CCCTGCTGATTCGCATGTTCGGTTTTGGTTCTTCAGTACTATTATACAGCAGGATGATAA
TAATCATATGGTGTGTTATGTAATAACTGGAGTTCTTGAGATGGTTATTTGAAATAACTG
TAAATCAGAGTATAGAGTAAGAAACAATGTTTTGGTATG


BQ
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AF RR1E505TF U 1
AF RR1E505JQ C 262
BS 1 619 RR1E505TF
BS 620 999 RR1E505JQ

RD RR1E505TF 619 0 0
GAGCGTACAGTTTCTCTGAAACAACATCAACCTTTTCCCCAGAGATAAACCGGAAGAAGC
TTCAAAACGTTGAGCACTTGGTTCAAAAGCTCAGACGTCTGAACTCTACCCATGATGAAG
CCAACCAAGGCTACATTGCTTCCCTCTGTGAGACCTCAGTTCCCAACACCGATCACAGAT
ACATCTCCGAGATTCTACTAGCCTCAGGTCTTCTGCTCCGAGATTTTGGCTCAGGATTAA
CAACGTTTCAGCTACACCCTTCAGGACATCCGATCAACCCGGAGCTGTTCTTTGTTCTTG
AGCAGACTAAAGGAAGCAGCACAACACATCTGCTACAGAAAGAAGAAAGCAAGGTTATGA
ACAAGGAGAAGCTCAACCGCAAACTTGTGTTTGACACGGTTAATGAGCTTCTTGTGGAGA
AGCTAGCATCGGTTGAAGCCACAACGAATCCGTTGATGAAGTCATCTGCTAAGAAAACCA
TGAGCGCTCAACAGCTACTGAAAGAGCTGTGTTCAGATATAGAATCACTGCAAAGACAAG
CCACGAAGAGATCTGAAAACTTCTTGTTGGAGGAAGAAGATGATTTTCTGAAGAGTATAC
TTGCGGAAGATGTGATGAT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1E505JQ 738 0 0
CAGGACATCCGATCAACCCGGAGCTGTTCTTTGTTCTTGAGCAGACTAAAGGAAGCAGCA
CAACACATCTGCTACAGAAAGAAGAAAGCAAGGTTATGAACAAGGAGAAGCTCAACCGCA
AACTTGTGTTTGACACGGTTAATGAGCTTCTTGTGGAGAAGCTAGCATCGGTTGAAGCCA
CAACGAATCCGTTGATGAAGTCATCTGCTAAGAAAACCATGAGCGCTCAACAGCTACTGA
AAGAGCTGTGTTCAGATATAGAATCACTGCAAAGACAAGCCACGAAGAGATCTGAAAACT
TCTTGTTGGAGGAAGAAGATGATTTTCTGAAGAGTATACTTGCGGAAGATGTGATGATTC
GGTCAGGGAACTGGGTGGACTTCAGTGGAGAGGTCTCAGGGTTGGTGCTGGATGTGGAGA
GGCTTGTTTTCAAGGATTTGGTGAATGAGATCGTGCATGCAGAAACTAGCCGTTTGCAAG
CAAAGTCAGGAAGACGAAGAACGCTTTTTGCAGAACAGTAGCTAAGATCTGTTTGAAGAA
ACACTAATTATATATATACTCTATTGTCTTTTTCTTTTGCCCTGCTGATTCGCATGTTCG
GTTTTGGTTCTTCAGTACTATTATACAGCAGGATGATAATAATCATATGGTGTGTTATGT
AATAACTGGAGTTCTTGAGATGGTTATTTGAAATAACTGTAAATCAGAGTATAGAGTAAG
AAACAATGTTTTGGTATG

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL6177Contig1 1093 2 4 U
GCTACACTGGCTTAGGCATCCATCAGCTTCTCCCTGATGGCACTTTGAGCCCTGAGAAGG
AGATCACTGGCATTCCGGACGGTGGCAAGATCAACTTTGTTACGTGGTCTAATGATGGTA
AGCATCTCGCTTTCAGCATCCGGGTCGATGAGAACGGGAATAGTAGTAAGCCTATTGTAT
GGGTTGCTGACGTTGAGACTGGAGAAGCTAGACCACTGTTTAAGTCGCAAGATATTTATC
TGAATGCGATTTTCGAGAGTTTTGTTTGGATTGATAATTCCACTCTGTTGGTGAGCACTA
TCCCTTCAACTCGTGGAGACCCACCGAAGAGACCTTTGGTCCCGTCTGGTCCCAAAACTC
TGTCAAACGAGAAGAAGACTGTTGTCCAAGTTAGAACGTTCCAGGATTTGCTTAAGGATG
AGTATGATGCTGATTTGTTCGACTACTATGCCACATCACAACTAGTATTGGCTTCTCTCG
ACGGTACATCGAAGGAAGTTGGGCCACCTGCAGTTTACACGTCGTTAGACCCTTCCACAG
ACCATAAGTACTTGCTAATTTCATCACTTCACAGGCCATATTCCTTCATTGTACCTTGTG
TTAGATTTCCAAAGAAGGTGGAAGTCTGGACCGCTGATGGTAGATTTGTAAGACAGCTAT
GTGACTTACCCCTAGCCGAAGATATTCCCATCGTCGCCAATAGTGTACGGAAGGGAATGC
GTTCCATAAACTGGCGAGCGGACAAGCCATCAACCCTCTACTGGGCAGAAACACAAGATG
GCGGTGATGCCAAAGTGGAAGTTTCACCGCGTGATATAGTCTATATGCAGTCTGCGGAAC
CACTGGCGGGAGAAGAACCAGAAGTTTTGCACAAGCTTGATTTGCGCTATGGAGGCATTT
CGTGGTGTGATGACACATTAGCTTTGGTTTACGAATCATGGTACAAAACGCGAAGGACAA
GGACGTGGGTTATCTCCCCTGGATCTAACGATGTCACTCCACGCATCTTGTTTGATAGAT
CATCGGAAGATGTGTACTCAGATCCTGGCTCAACCATGCTGAGGAGAACAGCTGCCGGAA
TGTACGTAATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD96TF U 1
AF RR1GD96JQ C 506
BS 1 615 RR1GD96TF
BS 616 616 RR1GD96JQ
BS 617 673 RR1GD96TF
BS 674 1093 RR1GD96JQ

RD RR1GD96TF 673 0 0
GCTACACTGGCTTAGGCATCCATCAGCTTCTCCCTGATGGCACTTTGAGCCCTGAGAAGG
AGATCACTGGCATTCCGGACGGTGGCAAGATCAACTTTGTTACGTGGTCTAATGATGGTA
AGCATCTCGCTTTCAGCATCCGGGTCGATGAGAACGGGAATAGTAGTAAGCCTATTGTAT
GGGTTGCTGACGTTGAGACTGGAGAAGCTAGACCACTGTTTAAGTCGCAAGATATTTATC
TGAATGCGATTTTCGAGAGTTTTGTTTGGATTGATAATTCCACTCTGTTGGTGAGCACTA
TCCCTTCAACTCGTGGAGACCCACCGAAGAGACCTTTGGTCCCGTCTGGTCCCAAAACTC
TGTCAAACGAGAAGAAGACTGTTGTCCAAGTTAGAACGTTCCAGGATTTGCTTAAGGATG
AGTATGATGCTGATTTGTTCGACTACTATGCCACATCACAACTAGTATTGGCTTCTCTCG
ACGGTACATCGAAGGAAGTTGGGCCACCTGCAGTTTACACGTCGTTAGACCCTTCCACAG
ACCATAAGTACTTGCTAATTTCATCACTTCACAGGCCATATTCCTTCATTGTACCTTGTG
TTAGATTTCCAAAGA*GGTGGAAGTCTGGACCGCTGATGGTAGATTTGTAAGACAGCTAT
GTGACTTACCCCT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1GD96JQ 588 0 0
ACCTGCAGTTTACACGTCGTTAGACCCTTCCACAGACCATAAGTACTTGCTAATTTCATC
ACTTCACAGGCCATATTCCTTCATTGTACCTTGTGTTAGATTTCCAAAGAAGGTGGAAGT
CTGGACCGCTGATGGTAGATTTGTAAGACAGCTATGTGACTTACCCCTAGCCGAAGATAT
TCCCATCGTCGCCAATAGTGTACGGAAGGGAATGCGTTCCATAAACTGGCGAGCGGACAA
GCCATCAACCCTCTACTGGGCAGAAACACAAGATGGCGGTGATGCCAAAGTGGAAGTTTC
ACCGCGTGATATAGTCTATATGCAGTCTGCGGAACCACTGGCGGGAGAAGAACCAGAAGT
TTTGCACAAGCTTGATTTGCGCTATGGAGGCATTTCGTGGTGTGATGACACATTAGCTTT
GGTTTACGAATCATGGTACAAAACGCGAAGGACAAGGACGTGGGTTATCTCCCCTGGATC
TAACGATGTCACTCCACGCATCTTGTTTGATAGATCATCGGAAGATGTGTACTCAGATCC
TGGCTCAACCATGCTGAGGAGAACAGCTGCCGGAATGTACGTAATAGC

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 2

CO CL6178Contig1 423 2 1 U
GCTAGTCCATCGTGACACACAGCTATGGGGGGAAGACGCGGCGGAGTTTAAGCCGGAGAG
GTTCAAAGACGGTGTCTCAAAGGCAACAAACGGCAAAGTGTCTTTCTTTCCCTTTGCGTG
GGGACCAAGGATCTGTATTGGTCAGAGTTTTGCTCTGTTGGAGACAAAGATGGCTTTGGC
TTTGATTCTACAGAGATTCTCCTTTGAGCTATCCCCTTCCTATGTTCATGCGCCTTACAC
AGTCATACTTCACCCGCAGTTCGGTGCTCGTCTTATCTTGCACAAGCTATAGTTCTGTAC
GATGTTGTCCAATGAACTTATCATCATCCACAGAGGAAGCTGGTCTAGGTCATAACACAA
CTCGATCTTGTTATGTATTCAAGTCAGAACAGTGTCTTACATATTAAAACCCTTTGAGTA
GCG


BQ
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20 20 20 

AF RR1AN38JQ C 1
AF RR1AN38TF U 1
BS 1 423 RR1AN38TF

RD RR1AN38JQ 423 0 0
GCTAGTCCATCGTGACACACAGCTATGGGGGGAAGACGCGGCGGAGTTTAAGCCGGAGAG
GTTCAAAGACGGTGTCTCAAAGGCAACAAACGGCAAAGTGTCTTTCTTTCCCTTTGCGTG
GGGACCAAGGATCTGTATTGGTCAGAGTTTTGCTCTGTTGGAGACAAAGATGGCTTTGGC
TTTGATTCTACAGAGATTCTCCTTTGAGCTATCCCCTTCCTATGTTCATGCGCCTTACAC
AGTCATACTTCACCCGCAGTTCGGTGCTCGTCTTATCTTGCACAAGCTATAGTTCTGTAC
GATGTTGTCCAATGAACTTATCATCATCCACAGAGGAAGCTGGTCTAGGTCATAACACAA
CTCGATCTTGTTATGTATTCAAGTCAGAACAGTGTCTTACATATTAAAACCCTTTGAGTA
GCG

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR1AN38TF 423 0 0
GCTAGTCCATCGTGACACACAGCTATGGGGGGAAGACGCGGCGGAGTTTAAGCCGGAGAG
GTTCAAAGACGGTGTCTCAAAGGCAACAAACGGCAAAGTGTCTTTCTTTCCCTTTGCGTG
GGGACCAAGGATCTGTATTGGTCAGAGTTTTGCTCTGTTGGAGACAAAGATGGCTTTGGC
TTTGATTCTACAGAGATTCTCCTTTGAGCTATCCCCTTCCTATGTTCATGCGCCTTACAC
AGTCATACTTCACCCGCAGTTCGGTGCTCGTCTTATCTTGCACAAGCTATAGTTCTGTAC
GATGTTGTCCAATGAACTTATCATCATCCACAGAGGAAGCTGGTCTAGGTCATAACACAA
CTCGATCTTGTTATGTATTCAAGTCAGAACAGTGTCTTACATATTAAAACCCTTTGAGTA
GCG

QA 1 423 1 423
DS 



AS 1 2

CO CL6179Contig1 971 2 2 U
GACCGACGATCCTTAGTCAAACAAATTATAGATTCCTCTTCGTCTTCCCTCTTGAACCCT
ATCTCTCTAAGTATTTATGGATTATATACCTTAGTTTTTTAACCCGTCGAACTTCAATTC
TATTCCAGTCAATCGGTTCATCTTTCTCTCATCTTCTGAGCAAAACGTATTTTGAACCTT
TTTTAACTTCATGATTCTGAAACCTCTAAATCAAGCTTCTAGCGATGGGGAATAAGTGTT
TCAGAAATCCAAAAAATAGCGAGAGCCAAATAAGGAGAACCAGGAAAGTTACAGAGAGAT
TTTTAGGCAAAGATCTAACCGATGTTCTCTCTGCTGAACTGTCGGTTGACTCCATGACAG
CCGTGATTTTTGTGGAGTATGATCCAGCAGAGAGAGACACAAGGCTTGCTAACAAGGTCG
TCAATGGCTAAAAGAAAAGCATACGACTGAAGGTTTTCGTTGAGAACTCTTGCACAACTT
CTCCAATCCATTTTGTTTATCAGGCTTAGAAGAAGATCAAGTATGATGGTAAAACCCACC
ATAAAAAAAAAAAAGAGTAAAACAGAAAGCAAACATAGAGAAATCAAAGAGATGACTTTG
ATAAAAGGTAAAAACATATATTATTGACTTCCCAAGCATTGTTAGGCGTTGCTGTTCCAT
TCCAAAAATACGGAGAATGAGATATCAGTGGAAGCTTTTAAGAAACTTCAGAACCCATAT
GAGGTGATGATTGTGTTTCATCAATTTGTATCGGTCCATCAAGTTCCTCTATCCCTGATC
TCCATGAAGCTGGCAAAGGAAGTTAAGCTTCTAAAGAATCACTCACATCCAAATATAGCA
GTATGCAGAAAAGCTTTTGTATTTCTTTCAATGTTTGATAGACCCTCCCCATTTTTTGTT
TCTTTGGTAACTCTTTGTTCTTTTGTATTAAAGGTTTTTAGGCAGAATGGGAGAATGAAA
CCTTGAACACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AE82TF U 1
AF RR1AE82JQ C 372
BS 1 794 RR1AE82TF
BS 795 971 RR1AE82JQ

RD RR1AE82TF 794 0 0
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ATCTCTCTAAGTATTTATGGATTATATACCTTAGTTTTTTAACCCGTCGAACTTCAATTC
TATTCCAGTCAATCGGTTCATCTTTCTCTCATCTTCTGAGCAAAACGTATTTTGAACCTT
TTTTAACTTCATGATTCTGAAACCTCTAAATCAAGCTTCTAGCGATGGGGAATAAGTGTT
TCAGAAATCCAAAAAATAGCGAGAGCCAAATAAGGAGAACCAGGAAAGTTACAGAGAGAT
TTTTAGGCAAAGATCTAACCGATGTTCTCTCTGCTGAACTGTCGGTTGACTCCATGACAG
CCGTGATTTTTGTGGAGTATGATCCAGCAGAGAGAGACACAAGGCTTGCTAACAAGGTCG
TCAATGGCTAAAAGAAAAGCATACGACTGAAGGTTTTCGTTGAGAACTCTTGCACAACTT
CTCCAATCCATTTTGTTTATCAGGCTTAGAAGAAGATCAAGTATGATGGTAAAACCCACC
ATAAAAAAAAAAAAGAGTAAAACAGAAAGCAAACATAGAGAAATCAAAGAGATGACTTTG
ATAAAAGGTAAAAACATATATTATTGACTTCCCAAGCATTGTTAGGCGTTGCTGTTCCAT
TCCAAAAATACGGAGAATGAGATATCAGTGGAAGCTTTTAAGAAACTTCAGAACCCATAT
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TCCATGAAGCTGGC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1AE82JQ 600 0 0
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AAGAAAAGCATACGACTGAAGGTTTTCGTTGAGAACTCTTGCACAACTTCTCCAATCCAT
TTTGTTTATCAGGCTTAGAAGAAGATCAAGTATGATGGTAAAACCCACCATAAAAAAAAA
AAAGAGTAAAACAGAAAGCAAACATAGAGAAATCAAAGAGATGACTTTGATAAAAGGTAA
AAACATATATTATTGACTTCCCAAGCATTGTTAGGCGTTGCTGTTCCATTCCAAAAATAC
GGAGAATGAGATATCAGTGGAAGCTTTTAAGAAACTTCAGAACCCATATGAGGTGATGAT
TGTGTTTCATCAATTTGTATCGGTCCATCAAGTTCCTCTATCCCTGATCTCCATGAAGCT
GGCAAAGGAAGTTAAGCTTCTAAAGAATCACTCACATCCAAATATAGCAGTATGCAGAAA
AGCTTTTGTATTTCTTTCAATGTTTGATAGACCCTCCCCATTTTTTGTTTCTTTGGTAAC
TCTTTGTTCTTTTGTATTAAAGGTTTTTAGGCAGAATGGGAGAATGAAACCTTGAACACC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

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CGTTTCGTCCTTTTGCTCTTTACTCGACGGCTATTGATCGGATGAGCTCAGAGCAATCGC
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ATGAAGAGACGGCTCCAGGTAGCTTCCCTTTCAAAATTGAAGACAATCCTGGGCATCAGA
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GATCAAGTATTCCACTAGTTGTGACTGTTACCAAGAAGAGCGGGCTCAGCTTAGAGTTTA
GCTGTATGGCTTTCCCGGATGAGATTGCCATTGATGCTTTATCTGTGAGCAATCAGGGTA
GTACTTTGGAGGATAAACTGGCGAACGAAGGGCCTGATTTCGAATGCTTGGACGAGAATC
TGAAGAAGACATTCTACAAGTATCTGGAGATCAGAGGAGTGAAAGCAAGCACTACCAACT
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TTAAGACGTTTATGGAAGAGTAATTAGTAAGGTCGAAATGTATGAATGAATTTCTGTTCG
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BQ
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AF RR1DG15TF U 1
AF RR1DG15JQ C 311
BS 1 728 RR1DG15TF
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RD RR1DG15TF 738 0 0
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CTTGGTGCGTACGCAGGTCAGCATCTAGGTTAGCTTCCGTGTGTGGTAATCGGATGGTTC
GAGTCCGGTCTATCTCCGCTGTTGTTAACCGTAGTCCGTCTCTTGCTCGCAACACATCTC
CGTTTCGTCCTTTTGCTCTTTACTCGACGGCTATTGATCGGATGAGCTCAGAGCAATCGC
TTCTCCGCGTGATTGACTCCGAGATCAACTCTGCTCTCCAAATCGATGATCCCGATTTGG
ATGAAGAGACGGCTCCAGGTAGCTTCCCTTTCAAAATTGAAGACAATCCTGGGCATCAGA
CTGTAACATTGACTAGAGATTACAAAGGGGAGCATGTTAAGGTTGTAGTGAGCATGCCTA
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GATCAAGTATTCCACTAGTTGTGACTGTTACCAAGAAGAGCGGGCTCAGCTTAGAGTTTA
GCTGTATGGCTTTCCCGGATGAGATTGCCATTGATGCTTTATCTGTGAGCAATCAGGGTA
GTACTTTGGAGGATAAACTGGCGAACGAAGGGCCTGATTTCGAATGCTTGGACGAGAATC
TGAAGAAGACATTCTACAAGTATCTGGAGATCAGAGGAGTGAAAGCAAGCACTACCAACT
TCTTGCAC*AGTACATGA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1DG15JQ 583 0 0
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GACTAGAGATTACAAAGGGGAGCATGTTAAGGTTGTAGTGAGCATGCCTAGTCTCGACGG
TGATGAAAACGATGACGAGGATGATGATGATGAGGATGGACATAGCAATGGATCAAGTAT
TCCACTAGTTGTGACTGTTACCAAGAAGAGCGGGCTCAGCTTAGAGTTTAGCTGTATGGC
TTTCCCGGATGAGATTGCCATTGATGCTTTATCTGTGAGCAATCAGGGTAGTACTTTGGA
GGATAAACTGGCGAACGAAGGGCCTGATTTCGAATGCTTGGACGAGAATCTGAAGAAGAC
ATTCTACAAGTATCTGGAGATCAGAGGAGTGAAAGCAAGCACTACCAACTTCTTGCACCA
GTACATGATGAGGAAAGTGAAGAAAGAGTACTTGCTCTGGTTGAAGAATGTTAAGACGTT
TATGGAAGAGTAATTAGTAAGGTCGAAATGTATGAATGAATTTCTGTTCGTTATTTGCAT
GCATGTGTTTTCACGTTTACAGAATCTTTGAGAATTTATGGGC

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL6181Contig1 803 2 2 U
GGACATCTCTTCCACAACATTTACGTCATTCATTAGCTAGTCTTTTAGTTTTAAAATCTA
ACAAAAGTTAATGACTGCAAACCACTTATACTGTCTTATAACCATGGAAAAGAGTTCCTT
GTCCCAATGCAAACACTCTTCTTCTCTTTTCCCTTTGTTTGGTCTGGTGGATTTTTTCCT
CATCGTTTTTTTCAGATGGGTTTCTTTCACTCAGATAATTTTGTTCAGGTTCTGTCCTCT
TCTTCAAAACCAGCAGTGTGTTTCCGAGAAGAAGAGCAAAGATTTCGAAGTCCAGAGTTT
GATCAAACATGATGATGGTCTTTGCATAGAAGATGCAGAGATGGTGATGCAAAGCTTAGG
ACTTTTCACCGACCCAGAAAGCGAGGGACTTCATAAACGTTACAGTTCAAAGGAGCTTTC
GAATCTGTTTGAAGATAAAGAGCCGAGCTTGGAGGAAGTGAAGCAAGCTTTTGATGTCTT
TGATGAAAACAGAGATGGGTTTCTTGATCCCATAGATCTGCAGAGAATTTTGACAATCCT
TGGTTTAAAGCAAGGATCTAACCTTGAGAACTGCAAGAGAATGATCAGAACATTCGAGGG
AAACAAGGATGGAAGAATCGATTTCCATGGATTTGTGAAATTCATGGAGAACAACTTCTG
CTGAAATCATAGTTTTTGGAGTAAGAATCTATCAACTTCTGCACTTTTTCTTTTCTTTTC
TTTCTTGCTTTGGTTAAGCTTGGTGACTGTGTCTCTTAATGTTGCTGTATCTTCTTGTAG
AAAAACTATGCAACTTCAATATC


BQ
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AF RR1GU40TF U 1
AF RR1GU40JQ C 172
BS 1 594 RR1GU40TF
BS 595 803 RR1GU40JQ

RD RR1GU40TF 594 0 0
GGACATCTCTTCCACAACATTTACGTCATTCATTAGCTAGTCTTTTAGTTTTAAAATCTA
ACAAAAGTTAATGACTGCAAACCACTTATACTGTCTTATAACCATGGAAAAGAGTTCCTT
GTCCCAATGCAAACACTCTTCTTCTCTTTTCCCTTTGTTTGGTCTGGTGGATTTTTTCCT
CATCGTTTTTTTCAGATGGGTTTCTTTCACTCAGATAATTTTGTTCAGGTTCTGTCCTCT
TCTTCAAAACCAGCAGTGTGTTTCCGAGAAGAAGAGCAAAGATTTCGAAGTCCAGAGTTT
GATCAAACATGATGATGGTCTTTGCATAGAAGATGCAGAGATGGTGATGCAAAGCTTAGG
ACTTTTCACCGACCCAGAAAGCGAGGGACTTCATAAACGTTACAGTTCAAAGGAGCTTTC
GAATCTGTTTGAAGATAAAGAGCCGAGCTTGGAGGAAGTGAAGCAAGCTTTTGATGTCTT
TGATGAAAACAGAGATGGGTTTCTTGATCCCATAGATCTGCAGAGAATTTTGACAATCCT
TGGTTTAAAGCAAGGATCTAACCTTGAGAACTGCAAGAGAATGATCAGAACATT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1GU40JQ 632 0 0
TTTTTTCCTCATCGTTTTTTTCAGATGGGTTTCTTTCACTCAGATAATTTTGTTCAGGTT
CTGTCCTCTTCTTCAAAACCAGCAGTGTGTTTCCGAGAAGAAGAGCAAAGATTTCGAAGT
CCAGAGTTTGATCAAACATGATGATGGTCTTTGCATAGAAGATGCAGAGATGGTGATGCA
AAGCTTAGGACTTTTCACCGACCCAGAAAGCGAGGGACTTCATAAACGTTACAGTTCAAA
GGAGCTTTCGAATCTGTTTGAAGATAAAGAGCCGAGCTTGGAGGAAGTGAAGCAAGCTTT
TGATGTCTTTGATGAAAACAGAGATGGGTTTCTTGATCCCATAGATCTGCAGAGAATTTT
GACAATCCTTGGTTTAAAGCAAGGATCTAACCTTGAGAACTGCAAGAGAATGATCAGAAC
ATTCGAGGGAAACAAGGATGGAAGAATCGATTTCCATGGATTTGTGAAATTCATGGAGAA
CAACTTCTGCTGAAATCATAGTTTTTGGAGTAAGAATCTATCAACTTCTGCACTTTTTCT
TTTCTTTTCTTTCTTGCTTTGGTTAAGCTTGGTGACTGTGTCTCTTAATGTTGCTGTATC
TTCTTGTAGAAAAACTATGCAACTTCAATATC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL6182Contig1 859 2 2 U
GGAAGAAAACGATGAAGCTGGAGTTTACGACGACGTTCTCACTCATTTCGGCTCTCTTCT
TCTTGTTTCTAACGACGGGGCTAATTCCAGTGAGTGAAGCCGTGTGGCTGAAAGTACCAA
AGACGGGAACAAAGTGCGTGTCGGAGGAAATCCAGAGCAAGGTCGTCGTCTTGGCAGATT
ACCTCGTCATCTCCGAAGAGCATTCCATCTTCCCTACTGTCTCCGTTAAGGTCACATCAC
CATATGGAAATGTTTTGCACCATAACGCAAACGCAACGCATGGTCAGTTTGCGTTTACAA
CCCAAGAATCAGGAACCTACTTGGCTTGTTTCGACCCCGTTGGAAACAGTCATGGTAACA
AAGATTTTAGCATCAACCTTGACTGGAAAACTGGTATCGCCGCCAAGGATTGGGACTCCA
TCGCTAGAAAAGAGAAAATCGAGGGTGTGGAGCTGGAGCTAAGGAAACTCGAAGGTGCAG
TTGAGGGAATACATGACAATTTACTTTACCTTAAAGACAGAGAAGCGGAGATGAGGATTG
TGAGTGAAAAAACAAACTCGCAAGTCGCATGGTTCAGTATAATGTCGCTAGGCATCCGCA
TTGTGGTCTCTGGTTTGCAGATTTTGTATTTGAAGCAATACTTTGAAAGGAAGAAGCTTA
TTTAGATCAGGTGAGGGATGATCCATGGACGGACGGACACTAGAAACCAATACTTTCCTT
TGCTTTCTACTTCTTATAACACTCTTTTGAACTCATAGTGTAAATCTTTTTTTACCACTC
ATTTAACTTGTAATCTGTCTCTCGATTTGATAATTATATAACTAGACTCTAATAATCAGA
AACTGAACTACATTTTACT


BQ
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AF RR1DF82TF U 1
AF RR1DF82JQ C 223
BS 1 646 RR1DF82TF
BS 647 859 RR1DF82JQ

RD RR1DF82TF 646 0 0
GGAAGAAAACGATGAAGCTGGAGTTTACGACGACGTTCTCACTCATTTCGGCTCTCTTCT
TCTTGTTTCTAACGACGGGGCTAATTCCAGTGAGTGAAGCCGTGTGGCTGAAAGTACCAA
AGACGGGAACAAAGTGCGTGTCGGAGGAAATCCAGAGCAAGGTCGTCGTCTTGGCAGATT
ACCTCGTCATCTCCGAAGAGCATTCCATCTTCCCTACTGTCTCCGTTAAGGTCACATCAC
CATATGGAAATGTTTTGCACCATAACGCAAACGCAACGCATGGTCAGTTTGCGTTTACAA
CCCAAGAATCAGGAACCTACTTGGCTTGTTTCGACCCCGTTGGAAACAGTCATGGTAACA
AAGATTTTAGCATCAACCTTGACTGGAAAACTGGTATCGCCGCCAAGGATTGGGACTCCA
TCGCTAGAAAAGAGAAAATCGAGGGTGTGGAGCTGGAGCTAAGGAAACTCGAAGGTGCAG
TTGAGGGAATACATGACAATTTACTTTACCTTAAAGACAGAGAAGCGGAGATGAGGATTG
TGAGTGAAAAAACAAACTCGCAAGTCGCATGGTTCAGTATAATGTCGCTAGGCATCCGCA
TTGTGGTCTCTGGTTTGCAGATTTTGTATTTGAAGCAATACTTTGA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1DF82JQ 637 0 0
CCGTTAAGGTCACATCACCATATGGAAATGTTTTGCACCATAACGCAAACGCAACGCATG
GTCAGTTTGCGTTTACAACCCAAGAATCAGGAACCTACTTGGCTTGTTTCGACCCCGTTG
GAAACAGTCATGGTAACAAAGATTTTAGCATCAACCTTGACTGGAAAACTGGTATCGCCG
CCAAGGATTGGGACTCCATCGCTAGAAAAGAGAAAATCGAGGGTGTGGAGCTGGAGCTAA
GGAAACTCGAAGGTGCAGTTGAGGGAATACATGACAATTTACTTTACCTTAAAGACAGAG
AAGCGGAGATGAGGATTGTGAGTGAAAAAACAAACTCGCAAGTCGCATGGTTCAGTATAA
TGTCGCTAGGCATCCGCATTGTGGTCTCTGGTTTGCAGATTTTGTATTTGAAGCAATACT
TTGAAAGGAAGAAGCTTATTTAGATCAGGTGAGGGATGATCCATGGACGGACGGACACTA
GAAACCAATACTTTCCTTTGCTTTCTACTTCTTATAACACTCTTTTGAACTCATAGTGTA
AATCTTTTTTTACCACTCATTTAACTTGTAATCTGTCTCTCGATTTGATAATTATATAAC
TAGACTCTAATAATCAGAAACTGAACTACATTTTACT

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL6183Contig1 1051 2 10 U
TTTTTCGAGGGAAGCTTTAGTCGGCGGCGGCGGGGGATTGTCTCCTCCATCTCTCTCCGG
TGCAAATCATCGAAGTAAGGAAGCGACTGTCGGTAATCCAGAGATTTTGGGGGCAGTTGA
TGGCGGCAGAGAAGATATCGACTGCTACGAACGGTGGTGGTGCTGCTGTGAATTCGGTAG
ATAACGGTGGGAATACTACGAAAGTGGATAATAACTCAAGCGCGTTGAGGCATAATCCAG
GGATCTCTGTTGATTGGACTCATGATGAGCAATCGTTATTAGAAGATTTGCTCGCCAAGT
ACGCGTCAGAGCCTACGATAGTTCGTTATGCCAAGATTGCGATGAAGATGAAGGATAAAA
CCGTCAGAGATATTGCTCTCCGTTGTAGATGGATGACTAAAAAGGAAAATGGAAAGCGTA
GGAAAGAAGAGCGTTCCTCAAGAAAAAGCAAAGATAAGAAAGAAAAAACTACGGATTCTT
CAGCAGCCAAGTCCACATCTCATTTGAATGTGCATCCGAATAATGGTCCTGCATACGCTC
CTCCTATGATGCCTTTAGATACTGATGATGGCATTTCATTTAAAGCTATTGGTGGTGCGA
GTGGAGATCTTCTCGAACAAAATGCTCAGATGTTCAACCAAGTTTCATCTAATTTCTCTG
CTTTCCAGATACATGAGAACGTCAATATCTTGTGCAAAGCTAGGGACAACATCCTGGCGA
TCTTGAACGACTTGAATGACTTGCCTGAGGTTATGAAGCAGATGCCACCTCTTCCTGTGA
AGGTGAACCAAGAGCTGGCGAACTCCATCCTCCCTCGCCCGCCCCATCAAATGAAGTCGT
GATCGATCTTATAGAAGCCTATTTTGATGGTTTGATTCTTATCAAAGAAGAAAGGGGAAA
TAAATGGCGTGGATGTAGTGTGTCCACTGGTAATGATTATAGAAACAGACACGGGGTTTT
GTCTCTTTCGCAGTTTCGATTGTTTCTCAATGTTTCAGCAAACGGTTAGGGTTGTATTCT
TGTTTAGGATGTGAATAGATTTCAATTGTTT


BQ
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AF RR1CW44TF U 1
AF RR1CW44JQ C 317
BS 1 697 RR1CW44TF
BS 698 698 RR1CW44JQ
BS 699 708 RR1CW44TF
BS 709 709 RR1CW44JQ
BS 710 726 RR1CW44TF
BS 727 727 RR1CW44JQ
BS 728 749 RR1CW44TF
BS 750 751 RR1CW44JQ
BS 752 765 RR1CW44TF
BS 766 1051 RR1CW44JQ

RD RR1CW44TF 771 0 0
TTTTTCGAGGGAAGCTTTAGTCGGCGGCGGCGGGGGATTGTCTCCTCCATCTCTCTCCGG
TGCAAATCATCGAAGTAAGGAAGCGACTGTCGGTAATCCAGAGATTTTGGGGGCAGTTGA
TGGCGGCAGAGAAGATATCGACTGCTACGAACGGTGGTGGTGCTGCTGTGAATTCGGTAG
ATAACGGTGGGAATACTACGAAAGTGGATAATAACTCAAGCGCGTTGAGGCATAATCCAG
GGATCTCTGTTGATTGGACTCATGATGAGCAATCGTTATTAGAAGATTTGCTCGCCAAGT
ACGCGTCAGAGCCTACGATAGTTCGTTATGCCAAGATTGCGATGAAGATGAAGGATAAAA
CCGTCAGAGATATTGCTCTCCGTTGTAGATGGATGACTAAAAAGGAAAATGGAAAGCGTA
GGAAAGAAGAGCGTTCCTCAAGAAAAAGCAAAGATAAGAAAGAAAAAACTACGGATTCTT
CAGCAGCCAAGTCCACATCTCATTTGAATGTGCATCCGAATAATGGTCCTGCATACGCTC
CTCCTATGATGCCTTTAGATACTGATGATGGCATTTCATTTAAAGCTATTGGTGGTGCGA
GTGGAGATCTTCTCGAACAAAATGCTCAGATGTTCAACCAAGTTTCATCTAATTTCTCTG
CTTTCCAGATACATGAGAACGTCAATATCTTGTGCAA*GCTAGGGACA*CATCCTGGCGA
TCTTGA*CGACTTGAATGACTTGCCTGAG**TATGAAGCAGATGC
ACTCTT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1CW44JQ 735 0 0
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TCTCCGTTGTAGATGGATGACTAAAAAGGAAAATGGAAAGCGTAGGAAAGAAGAGCGTTC
CTCAAGAAAAAGCAAAGATAAGAAAGAAAAAACTACGGATTCTTCAGCAGCCAAGTCCAC
ATCTCATTTGAATGTGCATCCGAATAATGGTCCTGCATACGCTCCTCCTATGATGCCTTT
AGATACTGATGATGGCATTTCATTTAAAGCTATTGGTGGTGCGAGTGGAGATCTTCTCGA
ACAAAATGCTCAGATGTTCAACCAAGTTTCATCTAATTTCTCTGCTTTCCAGATACATGA
GAACGTCAATATCTTGTGCAAAGCTAGGGACAACATCCTGGCGATCTTGAACGACTTGAA
TGACTTGCCTGAGGTTATGAAGCAGATGCCACCTCTTCCTGTGAAGGTGAACCAAGAGCT
GGCGAACTCCATCCTCCCTCGCCCGCCCCATCAAATGAAGTCGTGATCGATCTTATAGAA
GCCTATTTTGATGGTTTGATTCTTATCAAAGAAGAAAGGGGAAATAAATGGCGTGGATGT
AGTGTGTCCACTGGTAATGATTATAGAAACAGACACGGGGTTTTGTCTCTTTCGCAGTTT
CGATTGTTTCTCAATGTTTCAGCAAACGGTTAGGGTTGTATTCTTGTTTAGGATGTGAAT
AGATTTCAATTGTTT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL6184Contig1 1088 2 2 U
GGAGCTTCTCGAAGCGCTGCTGTTTTCTCTGCTAATCCAACGACGCCGACAAGACTCTCC
GACTTCACCACGAATCGAAATGGAGAGGTTATGGTAATCAATTCAGACGCCCACTAAGAG
GTCTTCAATGCGTCGATCTTGGGTATGAGGCGGTGTGCAATCTGTATAAATATGATTTTC
TTCTCCGATCTGAAGACCGGCAAGAGCTCCGGCGCCGTGGAAACTCAGCTTTTGCGGTTC
TGGGAGGCGAGGAATGTGAAGCGCACCGTGAGCTAATGTGGGTGGACATGCTTCTGATTG
ATGTTAATGTGAGTTCATCTTTTTATGTTCTTAGATTTCAGTTCATGATCTTTCGGATCC
ATGTCGGATGTGTTTGTTTTAAACGTTTCATGTTTTCACGGCGATTTTGTCGTTTTGTTG
TATCCGGGCCCGGGTTGATTGAGTTATCCATCTAACCCTAATTCTGCGATGACGAGGTGA
GGCTAATTATCTCTGGATCTTCGAGTCAGAAGAACGTGACGTTTGGAGTAAATTGACGTT
CCTGTCATCAATGAGCATCTTGACTTCTTTATCCCTCTCACCGTCTCACGATTTCCCATT
CAATTAAATGCATCTCCTTTCACTTTGAGTTGGTGAATCTCCATGTATAAAAGCCGTCAT
CAGTAAACCAGACGAGAGGCAGCCCCTAAAGAACCGTCCGTAGAACCACCACAAAACCCT
TCCCTGCTGAACAATACCTGTAACCAATTTCAGATCCACACCCGTCGACGCCATATCATA
CCGGGCTCATCCTGAGAATCACGTGCAGCAACGTTACCAAAAGATAAGGCACGGTATGAG
TGACCGAAAAACTGACGACACAGCACATATGAGAAGGATACACCGGTAGAACGGGTAGAA
GATAGATCTTATCGGCTTTAGAATAACATTCTAGAAGAAACTATTTGTAATGGTTTCCAA
TCTTCGCCTACATTTTAGCTGTTTATAAGTCAATGAAAATATCAACTTGATGCTCTGTTA
TACCTCTGCTTATAAGTTATGGTTTTATAAATATTCTTCGAATGTTTATCGTTTGATGAA
TTTTCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BD89TF U 1
AF RR1BD89JQ C 258
BS 1 683 RR1BD89TF
BS 684 1088 RR1BD89JQ

RD RR1BD89TF 683 0 0
GGAGCTTCTCGAAGCGCTGCTGTTTTCTCTGCTAATCCAACGACGCCGACAAGACTCTCC
GACTTCACCACGAATCGAAATGGAGAGGTTATGGTAATCAATTCAGACGCCCACTAAGAG
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TTCTCCGATCTGAAGACCGGCAAGAGCTCCGGCGCCGTGGAAACTCAGCTTTTGCGGTTC
TGGGAGGCGAGGAATGTGAAGCGCACCGTGAGCTAATGTGGGTGGACATGCTTCTGATTG
ATGTTAATGTGAGTTCATCTTTTTATGTTCTTAGATTTCAGTTCATGATCTTTCGGATCC
ATGTCGGATGTGTTTGTTTTAAACGTTTCATGTTTTCACGGCGATTTTGTCGTTTTGTTG
TATCCGGGCCCGGGTTGATTGAGTTATCCATCTAACCCTAATTCTGCGATGACGAGGTGA
GGCTAATTATCTCTGGATCTTCGAGTCAGAAGAACGTGACGTTTGGAGTAAATTGACGTT
CCTGTCATCAATGAGCATCTTGACTTCTTTATCCCTCTCACCGTCTCACGATTTCCCATT
CAATTAAATGCATCTCCTTTCACTTTGAGTTGGTGAATCTCCATGTATAAAAGCCGTCAT
CAGTAAACCAGACGAGAGGCAGC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1BD89JQ 831 0 0
GAAGCGCACCGTGAGCTAATGTGGGTGGACATGCTTCTGATTGATGTTAATGTGAGTTCA
TCTTTTTATGTTCTTAGATTTCAGTTCATGATCTTTCGGATCCATGTCGGATGTGTTTGT
TTTAAACGTTTCATGTTTTCACGGCGATTTTGTCGTTTTGTTGTATCCGGGCCCGGGTTG
ATTGAGTTATCCATCTAACCCTAATTCTGCGATGACGAGGTGAGGCTAATTATCTCTGGA
TCTTCGAGTCAGAAGAACGTGACGTTTGGAGTAAATTGACGTTCCTGTCATCAATGAGCA
TCTTGACTTCTTTATCCCTCTCACCGTCTCACGATTTCCCATTCAATTAAATGCATCTCC
TTTCACTTTGAGTTGGTGAATCTCCATGTATAAAAGCCGTCATCAGTAAACCAGACGAGA
GGCAGCCCCTAAAGAACCGTCCGTAGAACCACCACAAAACCCTTCCCTGCTGAACAATAC
CTGTAACCAATTTCAGATCCACACCCGTCGACGCCATATCATACCGGGCTCATCCTGAGA
ATCACGTGCAGCAACGTTACCAAAAGATAAGGCACGGTATGAGTGACCGAAAAACTGACG
ACACAGCACATATGAGAAGGATACACCGGTAGAACGGGTAGAAGATAGATCTTATCGGCT
TTAGAATAACATTCTAGAAGAAACTATTTGTAATGGTTTCCAATCTTCGCCTACATTTTA
GCTGTTTATAAGTCAATGAAAATATCAACTTGATGCTCTGTTATACCTCTGCTTATAAGT
TATGGTTTTATAAATATTCTTCGAATGTTTATCGTTTGATGAATTTTCTCC

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

CO CL6185Contig1 426 2 1 U
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AAGAGAAGGATTCTTCCATAATGGCTGCTAAACCCGAAGATATAGAACCAAACTCCAACA
GCATCCATGTGAAGGCTGAGATTATGGCAAGTGAAGTTGCAGTGGGAGGCTGATAAAAGC
TAAAGAGAGCGTTTGGGACTTGGCATTGATCACTTTATCTCTGCTTCTGCTTCTTCTTCA
AAAGCATTATAATGTGAATAGAGTCGTTGTTGCATTGCGTCTACATTTTTGAGTTACTCC
ATTTCTTTAGTTCTGTTTCGGAAAACTATGCCTCAGATTATTTCTTAAGTTATAGTCGTT
AATGTTTGCTGATTCAAAGTGTAATATTTTTTGAGGATTGAATATGCATGAATTTTTGAA
GAGTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR1E181JQ C 1
AF RR1E181TF U 1
BS 1 426 RR1E181TF

RD RR1E181JQ 426 0 0
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GAGTGG

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR1E181TF 426 0 0
GAGAAGAGAAGGCTTCTTCTGTGGCTGATAAACCAGAAGAGAAGGAAGAAGAAGCAGAGG
AAGAGAAGGATTCTTCCATAATGGCTGCTAAACCCGAAGATATAGAACCAAACTCCAACA
GCATCCATGTGAAGGCTGAGATTATGGCAAGTGAAGTTGCAGTGGGAGGCTGATAAAAGC
TAAAGAGAGCGTTTGGGACTTGGCATTGATCACTTTATCTCTGCTTCTGCTTCTTCTTCA
AAAGCATTATAATGTGAATAGAGTCGTTGTTGCATTGCGTCTACATTTTTGAGTTACTCC
ATTTCTTTAGTTCTGTTTCGGAAAACTATGCCTCAGATTATTTCTTAAGTTATAGTCGTT
AATGTTTGCTGATTCAAAGTGTAATATTTTTTGAGGATTGAATATGCATGAATTTTTGAA
GAGTGG

QA 1 426 1 426
DS 



AS 1 2

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TGGACACATGCTTGTCAACATATTGAAGAAGAACGGTGTGAACAGCGAAGGAGTTTGCTT
CGACAGCCATGCAAGGACTGCATTGGCCTTTGTGACACTAAAGAAGAACGGCGAAAGAGA
GTTCATGTTTTACAGGAACCCTAGTGCGGATATGCTCTTGAAAGAATCAGAACTCAACAA
GGATCTCATCAAGAAAGCCAAGATTTTCCACTACGGTTCCATTAGCTTGATCTCTGAGCC
ATGTCGAGCGGCACACATGGCTGCTATGGAAACCGCCAAGGACGCTGGAGTGTTACTCTC
TTACGACCCTAATGTTCGGTTGCCTCTTTGGCCTTCCACTGAGGCTGCCATAGAAGGCAT
CAAAAGCATCTGGAATGAGGCTGATATTATCAAGGTAAGCGATGACGAGGTAACATTACT
CACTAGGGAGATGCAGAGAAGGATGATGTTGTTTTGTCTCTAATGCATGACAAGCTCAAG
CTGCTTATTGTACTGATGGGAGAGAAAGTTGCAGATACTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C805TF U 1
AF RR1EW34TF U 156
BS 1 581 RR1C805TF
BS 582 761 RR1EW34TF

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TGGACACATGCTTGTCAACATATTGAAGAAGAACGGTGTGAACAGCGAAGGAGTTTGCTT
CGACAGCCATGCAAGGACTGCATTGGCCTTTGTGACACTAAAGAAGAACGGCGAAAGAGA
GTTCATGTTTTACAGGAACCCTAGTGCGGATATGCTCTTGAAAGAATCAGAACTCAACAA
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ATGTCGAGCGGCACACATGGCTGCTATGGAAACCGCCAAGGACGCTGGAGTGTTACTCTC
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QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1EW34TF 606 0 0
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CCACTGAGGCTGCCATAGAAGGCATCAAAAGCATCTGGAATGAGGCTGATATTATCAAGG
TAAGCGATGACGAGGTAACATTACTCACTAGGGAGATGCAGAGAAGGATGATGTTGTTTT
GTCTCTAATGCATGACAAGCTCAAGCTGCTTATTGTACTGATGGGAGAGAAAGTTGCAGA
TACTAC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL6187Contig1 534 2 4 U
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ACAGTAAGGAACGCATAGTCTTTTCTTTTTCTGAAATGTTGTTTCTGTTGAACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW19TF U 1
AF RR1DW19JQ C 1
BS 1 204 RR1DW19TF
BS 205 205 RR1DW19JQ
BS 206 279 RR1DW19TF
BS 280 534 RR1DW19JQ

RD RR1DW19TF 279 0 0
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GTCTGTCAGGGCTTAACTTTAACCATATATAGGAAAGAACCTGGGCGGGGGGCTGTATGA
ATCTTTCACAGGGGTTCCAGGTGATAATTGTTGTTTACTTATTTTAGATTGTGCGTTTTA
GATCTCTTTTAAACTTGTTATGGT*GATGGGGGAAAGAAACATTGAAGTGTGGGAGTTGG
TAAAACATAAGTGAAATCCTGGGAAGAGCTGTGTTTTTT

QA 1 279 1 279
DS 

RD RR1DW19JQ 534 0 0
GCAGGCGCCTGTGAGCGAGTTGACAACCGGTACTGCAAGGGGTGGCCAGGTTAACTCTGA
GTCTGTCAGGGCTTAACTTTAACCATATATAGGAAAGAACCTGGGCGGGGGGCTGTATGA
ATCTTTCACAGGGGTTCCAGGTGATAATTGTTGTTTACTTATTTTAGATTGTGCGTTTTA
GATCTCTTTTAAACTTGTTATGGTTGATGGGGGAAAGAAACATTGAAGTGTGGGAGTTGG
TAAAACATAAGTGAAATCCTGGGAAGAGCTGTGTTTTTTGGTGCTCTGGCTCCTACATGT
ACGTAGGGCTCATTAGGGTTTGGAGGGAGATTAGTGTTTGCGACTCTGTACAGACTGATG
GTGAATGGTGATGAGCAAGATGATGATGATGATGATGATGGTTTGATGTGTGCGGGAGCT
AAGAGGCCTTTTGTTGTCTTGGCTCCTTGTGGGTCTGCGTTGAAATATGTGCATTGTGTA
ACAGTAAGGAACGCATAGTCTTTTCTTTTTCTGAAATGTTGTTTCTGTTGAACC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL6188Contig1 437 2 1 U
GGAGCAAAAGAGTAAGAAGAGAAAAGGATGAGCGAGACTAGACCAGTGCCGAGGAGAGAG
AGTCCATGGGGTTTACCTGAAGGTCACCGTGAGCCCAAAGCTCACCGCTGCAACGATCGC
GTCGAGGACGTCGTCCAGGCCTTTTTCGAGGGAAACCCATTTAAGACGGTCCCAGGACCT
TTTAAACTATTCTACCGATGCATGCGCTCTAAGCCAGGAGAGGAACCAACAGAGCCATTC
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BQ
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TTTAAACTATTCTACCGATGCATGCGCTCTAAGCCAGGAGAGGAACCAACAGAGCCATTC
ACATACCTCGACCTGGAACCTCCGAAAAGAGAAGTGAAACTTGAGGAATAGTGAAGTCCA
CCTCCTTTTGTTTTCCTTGGAACCTTTTTTACTGTGAGCATGTAAGCGCCAAGACTGTGG
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QA 1 437 1 437
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1CZ45TF U 1
AF RR1AA19TF U 1
BS 1 587 RR1AA19TF

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QA 1 437 1 437
DS 

RD RR1AA19TF 587 0 0
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ACCCCCCTATAAACTTAGAAATCATATGTAACAATGGAAAGTCAATAAATCTAATATCTG
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CTCTTGTGCTTTCTCACATCTCAGTGACTCAGTGTCGTCTCAAACCTTATCTTCTCTTTG
TCTTAATGGTTCTTCTTTTCTAACAGTATTTGTAAAACACTCGTTAC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

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GGAAATGACATCAAGAGCCATTTACAAAACTGCTAGGATTAAGAACTTAGAATTAAGAAC
TACTCTTTGCTCAGGGTGATGCATAACAAAAATGGATGATGCATAACAAAAAAAATAAAA
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CGAAGAAACTGATTTTTATGTCATAACAAAGATAACACAAAAAATAATATTTTTATTTTG
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BQ
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AF RR1CM19TF U 1
AF RR1CM19JQ C 461
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BS 681 959 RR1CM19JQ

RD RR1CM19TF 680 0 0
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TATATTCCCACAAAAAAGAAGAAGCTCGAGAGTTCTCAAAGTATATTCAACTTCAGTTCA
TTAAAAGCCCCTGCCCGAGACAATAAACGAAACCCGATTCAGAGATTTTCTCAGAAAAGT
GGATTTGAAAAGCGAAGCGGCGAATGGTCAAGTTGGTTAATCCCTTTCTCTATTCAGCGA
AGAATTTTCAAAAGAAGATATGATTACTCTGATAGATAGTCATGGTCGCTCCTCGCGGTG
GCCTTTTCTTATTTTATTTAATACTTTTTAGTTAAAATAAAATCTATAATAATTCAAAAT
CTAGGACCCACATATTTCTTTTCAATCAGTTCAATGTTTCCTTTGCTGACTGAGACGTCC
CTATATGGGAAAATGATTTCTAGCTAGCGTGATTTTTACGAATGGTGACAATTTTCTATA
GGAAATGACATCAAGAGCCATTTACAAAACTGCTAGGATTAAGAACTTAGAATTAAGAAC
TACTCTTTGCTCAGGGTGATGCATAACAAAAATGGATGATGCATAACAAAAAAAATAAAA
TGTTATTTACACTATATTTGATAGATTAATATACGTATATAATCGTACCATAATCACTCC
GTAAATCCAAAAGTTTTACT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1CM19JQ 499 0 0
AATGGTGACAATTTTCTATAGGAAATGACATCAAGAGCCATTTACAAAACTGCTAGGATT
AAGAACTTAGAATTAAGAACTACTCTTTGCTCAGGGTGATGCATAACAAAAATGGATGAT
GCATAACAAAAAAAATAAAATGTTATTTACACTATATTTGATAGATTAATATACGTATAT
AATCGTACCATAATCACTCCGTAAATCCAAAAGTTTTACTAAAAATGTTTAATTTGATAA
AGCCGAATTAAGTAAAACAAAACCAAAATAGAAAAAGTGGTTGGAATTTGGTAATACCGA
ATAAATCGAATGAATGTTATTTTTATGGACTGCTATATATAAATATGATTAGGTATTTTA
ACCGTTTCAACCGAATAAATCGAAGAAACTGATTTTTATGTCATAACAAAGATAACACAA
AAAATAATATTTTTATTTTGTCCGGACGAAGTAGTCCAAGTGGTAAGGACGGGCCTTGGT
GGCAAACCCCATCCGGGTT

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 2

CO CL6191Contig1 1148 2 2 U
GGGTCACTCGGATCCTGCGACATTGAAGGAAGCAGCTAAAGATGCGCAGAAGATGTCTAT
GGATGAGTTGCAGAAGCGTCAAGTTGAGCTAAAGGAGCTGGTGGAGAAGCTGAACATGCC
ATCAGACGCCAAGTTGATGCAAATAGCTGTGTCTGACTTGAACAATGCTTCCTTGTCTCT
TGAAGATCGTCACCGTGCTTTGCATGAGCTCTTGATCCTCGTTGAACCTATCGACAATGC
TAATGATTTGAGCAAATCAGGAGGGCTTAAAGTTGTGGCAGGAGAGCTTACTCATTCCGA
CTCAGATGTAAGGAAACTAGCTGCGTGGGTGCTCGGGAAGGCCAGCCAAAACAACCCTTT
TGTTCAAGCCCAGGTTCTTGAACTTGGGGCTTTAACAACATTGATAAAGATGGTAAACTC
CAACTCTACTGAAGAAGCTGCGAAAGCACTCTTTGCTGTCTCTGCCTTGATACGGAACAA
CATAGCTGGCCAGGACATGTTTTATGCCTCACAAGGATACAGTATGCTTCAGGATGTAAT
GAGCAATGGGAGGTTAGATATTAAACTGAGACGGAAAGCTGTATTCTTAGTGGGTGATTT
GGCTGAGGTTCAACTACAAAACACAGAGAAATCTGAACTCCCTATATTCACTGATCGTTC
CTTCCTAAAATCAGTGGTGGATTTGATCCTTGTGCTTGATCTTGATCTCCAAGAAAAGGC
TCTTACAGCAATTAGTACTCTTCTTCGACTTAACTCCATAGAGCCTTCGATTCTCAGAGA
CTTCTGCGGGTTGGAAGGAGCATTAGAGAAAATGAAGCTGCAGCTCAAGGAATCAATGGC
GGATGAAGACAAGAGAGACTATGTTGCAGATGTGGAAAGCCTTCGTGGTGAAGTGGAACT
GATCTTCCGTAAAAAGCTTGGGACTTTTTTATGAACCGTGATCAGTAACTCCCTATGCGT
TTGATTTATTAGTGGGAAAGAGCTTTAGACTTTAGTCATAGGAGTTTGTCTACATATCTG
GTTGGCTTAGATTAGATTTAAGATGTGTAATGATCCATTTTGCATGCTATTGTGTCTCTA
CTTGAGAGGTTTTCATCTTTAGTTCCATATCCTGTTTGCTATGTTTTATATATAGTTTTA
TAAACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV95TF U 1
AF RR1DV95JQ C 470
BS 1 607 RR1DV95TF
BS 608 1148 RR1DV95JQ

RD RR1DV95TF 615 0 0
GGGTCACTCGGATCCTGCGACATTGAAGGAAGCAGCTAAAGATGCGCAGAAGATGTCTAT
GGATGAGTTGCAGAAGCGTCAAGTTGAGCTAAAGGAGCTGGTGGAGAAGCTGAACATGCC
ATCAGACGCCAAGTTGATGCAAATAGCTGTGTCTGACTTGAACAATGCTTCCTTGTCTCT
TGAAGATCGTCACCGTGCTTTGCATGAGCTCTTGATCCTCGTTGAACCTATCGACAATGC
TAATGATTTGAGCAAATCAGGAGGGCTTAAAGTTGTGGCAGGAGAGCTTACTCATTCCGA
CTCAGATGTAAGGAAACTAGCTGCGTGGGTGCTCGGGAAGGCCAGCCAAAACAACCCTTT
TGTTCAAGCCCAGGTTCTTGAACTTGGGGCTTTAACAACATTGATAAAGATGGTAAACTC
CAACTCTACTGAAGAAGCTGCGAAAGCACTCTTTGCTGTCTCTGCCTTGATACGGAACAA
CATAGCTGGCCAGGACATGTTTTATGCCTCACAAGGATACAGTATGCTTCAGGATGTAAT
GAGCAATGGGAGGTTAGATATTAAACTGAGACGGAAAGCTGTATTCTTAGTGGGTGATTT
GGCTGAG
TTCAACTA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1DV95JQ 679 0 0
ATACGGAACAACATAGCTGGCCAGGACATGTTTTATGCCTCACAAGGATACAGTATGCTT
CAGGATGTAATGAGCAATGGGAGGTTAGATATTAAACTGAGACGGAAAGCTGTATTCTTA
GTGGGTGATTTGGCTGAGGTTCAACTACAAAACACAGAGAAATCTGAACTCCCTATATTC
ACTGATCGTTCCTTCCTAAAATCAGTGGTGGATTTGATCCTTGTGCTTGATCTTGATCTC
CAAGAAAAGGCTCTTACAGCAATTAGTACTCTTCTTCGACTTAACTCCATAGAGCCTTCG
ATTCTCAGAGACTTCTGCGGGTTGGAAGGAGCATTAGAGAAAATGAAGCTGCAGCTCAAG
GAATCAATGGCGGATGAAGACAAGAGAGACTATGTTGCAGATGTGGAAAGCCTTCGTGGT
GAAGTGGAACTGATCTTCCGTAAAAAGCTTGGGACTTTTTTATGAACCGTGATCAGTAAC
TCCCTATGCGTTTGATTTATTAGTGGGAAAGAGCTTTAGACTTTAGTCATAGGAGTTTGT
CTACATATCTGGTTGGCTTAGATTAGATTTAAGATGTGTAATGATCCATTTTGCATGCTA
TTGTGTCTCTACTTGAGAGGTTTTCATCTTTAGTTCCATATCCTGTTTGCTATGTTTTAT
ATATAGTTTTATAAACTTC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL6192Contig1 1077 2 4 U
TTTCTTTTCTCGCAGGCCATTCTCATAGAACAAAACCTTTCTTCTTTCCCAAGAAATCTA
TCAAAACTGGTGAAAGCCGGAGTGTCTTTGATCCGAGCCGCATCAATCTTTCAAATGGCG
TCAACAACAACATCAACGATACCAGCTACCGAAGTTTTCCCAAGCGTCACCATGCCCATC
ACGGCAGTCTTAACAAGCGCTCTTCTCTTTGTCATCGTCGCCGGATTCATCTCTCTCTTC
CTCTGGAAATGCTTTCTTCACCGGTTGTTCTCAGCTTGGACCCGTCAGAGAACACCCTAC
GGCGACCTGATCCATGTCACCACCAGTACCACTCCTGAAAGCCCCGGCCTCGACCCATTC
ATCGTCAAGCCCTTTCCTGTCTTCCTCTACTCATCAGCAACGATGAAAAACCAATGCACG
GAATGTGCTATCTGCTTGTCAGAGTTCTCAGACGAAGACACCGTTAGGCTCATAACGGTT
TGTCGCCACGGGTTTCATTCGAGTTGCATTGATCTTTGGTTTGGGTTACACAAGACTTGT
CCCGTTTGCCGGTGTGAGCTAGACCCGGGAGTACTGGTCGGATCTGGAAGCCATGATGAT
GAGTCTTTGCACAACACGGTCACGATTACTATTCAAGACCTAAATTACCATGACCAAGAG
AATCCTCCTAGCGCTAGCTCGAGCAAAAGGCTTGCGGATACCTCGTCGTCTTGGAGGTTC
TATAGGTCACATTCTACGGGGCATTTCATGGTTAAGATGACGGATGTTGGTGTGAAGATA
AAAAGAAGAGATTACCAAATAGGAAACAGTGTCATGTTTGAGGAAAACCCTCCTAGTACT
ACTAGTTCAAGCAAAAGGCTAATTAGGGAAGCATCGGCTTGGAGATTCTCGAGGTCACAT
TCTACAGGGCGTTTCTTGGGTAAGACGACGTATGTTAATGAACTTACTCGGTATGACGCT
GCAGAATACGGGATGGCTTGGTGATATTCATGATATAACCTTAGCAAATAAAATCTATAT
TTTTTTTTGTGTGTGTAGAGACTGAAAACTATAATAAAGATTTGTAGTCAGATATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DT02TF U 1
AF RR1DT02JQ C 354
BS 1 542 RR1DT02TF
BS 543 543 RR1DT02JQ
BS 544 622 RR1DT02TF
BS 623 1077 RR1DT02JQ

RD RR1DT02TF 622 0 0
TTTCTTTTCTCGCAGGCCATTCTCATAGAACAAAACCTTTCTTCTTTCCCAAGAAATCTA
TCAAAACTGGTGAAAGCCGGAGTGTCTTTGATCCGAGCCGCATCAATCTTTCAAATGGCG
TCAACAACAACATCAACGATACCAGCTACCGAAGTTTTCCCAAGCGTCACCATGCCCATC
ACGGCAGTCTTAACAAGCGCTCTTCTCTTTGTCATCGTCGCCGGATTCATCTCTCTCTTC
CTCTGGAAATGCTTTCTTCACCGGTTGTTCTCAGCTTGGACCCGTCAGAGAACACCCTAC
GGCGACCTGATCCATGTCACCACCAGTACCACTCCTGAAAGCCCCGGCCTCGACCCATTC
ATCGTCAAGCCCTTTCCTGTCTTCCTCTACTCATCAGCAACGATGAAAAACCAATGCACG
GAATGTGCTATCTGCTTGTCAGAGTTCTCAGACGAAGACACCGTTAGGCTCATAACGGTT
TGTCGCCACGGGTTTCATTCGAGTTGCATTGATCTTTGGTTTGGGTTACACAAGACTTGT
CC*GTTTGCCGGTGTGAGCTAGACCCGGGAGTACTGGTCGGATCTGGAAGCCATGATGAT
GAGTCTTTGCACAACACGGTCA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1DT02JQ 724 0 0
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ATGCACGGAATGTGCTATCTGCTTGTCAGAGTTCTCAGACGAAGACACCGTTAGGCTCAT
AACGGTTTGTCGCCACGGGTTTCATTCGAGTTGCATTGATCTTTGGTTTGGGTTACACAA
GACTTGTCCCGTTTGCCGGTGTGAGCTAGACCCGGGAGTACTGGTCGGATCTGGAAGCCA
TGATGATGAGTCTTTGCACAACACGGTCACGATTACTATTCAAGACCTAAATTACCATGA
CCAAGAGAATCCTCCTAGCGCTAGCTCGAGCAAAAGGCTTGCGGATACCTCGTCGTCTTG
GAGGTTCTATAGGTCACATTCTACGGGGCATTTCATGGTTAAGATGACGGATGTTGGTGT
GAAGATAAAAAGAAGAGATTACCAAATAGGAAACAGTGTCATGTTTGAGGAAAACCCTCC
TAGTACTACTAGTTCAAGCAAAAGGCTAATTAGGGAAGCATCGGCTTGGAGATTCTCGAG
GTCACATTCTACAGGGCGTTTCTTGGGTAAGACGACGTATGTTAATGAACTTACTCGGTA
TGACGCTGCAGAATACGGGATGGCTTGGTGATATTCATGATATAACCTTAGCAAATAAAA
TCTATATTTTTTTTTGTGTGTGTAGAGACTGAAAACTATAATAAAGATTTGTAGTCAGAT
ATCT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL6193Contig1 698 2 5 U
GGGAAGACTCTCTGGTTTGGTATGAATCAGCAGAAAACACAGAGAGAAGAAGGTAGCCAT
GGATTTCGCTTCTTGTTCGATCCTTAACAATCTCCAGCTTTCTTCTTGCACAAAGTCTCA
TCCTTTCACGACTAACCTGTGGTCACACGACACTGGAAGAAGACGACGAAGTTCCTTGGC
TTTTCTTGATTGCCCAGAAAGATTCCAGATTCTCGGAAAATGCCTGCGAGTGCATAGACA
GAGTTCCTCCACGCGCTGCTTATCAGCGAGCCGTGAAGATGCAAACCCATCTGAAGAACT
CGCCGTGATACTTGAGGTTGATGGGGTAATGATTGATACATGGTCTAGTAATCGCCAGGC
TTTCAATGTAGCTTTTAAAAAGCTTGGGCTTGACTGTGCTAATTGGCCTGAACCAGTTTA
TGCCGACCTGTTGAGAAAAGGTGCTGCTGATGAAGAGAAAATGTTGGTTTTGTATTTCAA
CCAGATTGGATGGCCTTCCTCCTTGCCAACCAATGAGAAAGGGACTTTTGTAAAAAGTGT
ATTGCGAGAAAAGAAAAATGCCATGGATGAGTTTCTGATGTCGAAAAGCTTACCTCTCAG
ATCTGGAGTCCAAGAGTTTATCGATAATGCACACACTGAGAAAGTACCCGTTGCTATCGT
AACAGCCTACTTCAAGAGTGGAGACAAAGTAGCTTTAT


BQ
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AF RR1G260TF U 30
AF RR1GA56TF U 1
BS 1 49 RR1GA56TF
BS 50 50 RR1G260TF
BS 51 91 RR1GA56TF
BS 92 92 RR1G260TF
BS 93 698 RR1GA56TF

RD RR1G260TF 446 0 0
GG
AGAAAACACAGAGAGAAGAAGGTAGCCATGGATTTCGCTTCTTGTTCGATCCTTAACAAT
CTCCAGCTTTCTTCTTGCACAAAGTCTCATCCTTTCACGACTAACCTGTGGTCACACGAC
ACTGGAAGAAGACGACGAAGTTCCTTGGCTTTTCTTGATTGCCCAGAAAGATTCCAGATT
CTCGGAAAATGCCTGCGAGTGCATAGACAGAGTTCCTCCACGCGCTGCTTATCAGCGAGC
CGTGAAGATGCAAACCCATCTGAAGAACTCGCCGTGATACTTGAGTTTGATGGGGTAATG
ATTGATACATGGTCTAGTAATCGCCAGGCTTTCAATGTAGCTTTTAAAAAGCTTGGGCTT
GACTGTGCTAATTGGCCTGAACCAGTTTATGCCGACCTGTTGAGAAAAGGTGCTGCTGAT
GAAGAGAAAATGTTGGTTTTGTAT

QA 3 446 3 446
DS 

RD RR1GA56TF 698 0 0
GGGAAGACTCTCTGGTTTGGTATGAATCAGCAGAAAACACAGAGAGAAGGAGGTAGCCAT
GGATTTCGCTTCTTGTTCGATCCTTAACAATTTCCAGCTTTCTTCTTGCACAAAGTCTCA
TCCTTTCACGACTAACCTGTGGTCACACGACACTGGAAGAAGACGACGAAGTTCCTTGGC
TTTTCTTGATTGCCCAGAAAGATTCCAGATTCTCGGAAAATGCCTGCGAGTGCATAGACA
GAGTTCCTCCACGCGCTGCTTATCAGCGAGCCGTGAAGATGCAAACCCATCTGAAGAACT
CGCCGTGATACTTGAGGTTGATGGGGTAATGATTGATACATGGTCTAGTAATCGCCAGGC
TTTCAATGTAGCTTTTAAAAAGCTTGGGCTTGACTGTGCTAATTGGCCTGAACCAGTTTA
TGCCGACCTGTTGAGAAAAGGTGCTGCTGATGAAGAGAAAATGTTGGTTTTGTATTTCAA
CCAGATTGGATGGCCTTCCTCCTTGCCAACCAATGAGAAAGGGACTTTTGTAAAAAGTGT
ATTGCGAGAAAAGAAAAATGCCATGGATGAGTTTCTGATGTCGAAAAGCTTACCTCTCAG
ATCTGGAGTCCAAGAGTTTATCGATAATGCACACACTGAGAAAGTACCCGTTGCTATCGT
AACAGCCTACTTCAAGAGTGGAGACAAAGTAGCTTTAT

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL6194Contig1 880 2 4 U
GGACAATCCACAATCCACAACCCACAATCCCTTCCAAAGAAGATGGGTAAAGAAGACAAC
CAAGGAGAAGAGTACCTCTTCAAGATTGTCCTAATCGGCGACTCCGCGGTCGGAAAATCG
AACCTCCTGTCTCGATTCTCGCGAGACGAGTTCGACACGAACTCGAAGGCGACAATCGGA
GTGGAGTTCCAGACGCAGCTGGTTGAGATCGAAGGGAAAGAAGTGAAAGCTCAGATCTGG
GACACTGCCGGTCAGGAGAGGTTTAGAGCCGTCACTTCTGCTTATTACAGAGGTGCTTTC
GGTGCTCTCATTGTCTACGACATCACCAGAAGCTCCACTTTCGAGAGCGTTAAGCGTTGG
CTTCAGGAACTCAACACTCATTGTGACACAGCAGTGGCGCAAATGCTAGTTGGGAACAAG
TGTGATTTGGAGGATATAAGGGCTGTGAGTGTGGAAGAAGGGAAAGCTCTCGCGGAGGAA
GAAGGGTTGTTCTTCATGGAGACATCTGCTCTCGACGCTACGAACGTTGACAAGGCCTTT
GAGATTGTTATCAGAGAGATCTTCAGTAATGTTAGTCGCAAACTTCTCAACTCTGATGCT
TACAAGGCTCAGCTTTCTGTTAACAGGGTTAGTCTTGTTAACAACAGTGATGGCGCCCAG
AGCTCTTCTTGTTGCTCCCGATGATTTAATCAATCTCCTTTTGCATGTTCTTGTTTGTTT
TTATCAGAGGAAAACATAATTAAGGTTTATATTTATCAGTTCGGACTTACAAAAGACTTG
CAATATGTTTTCTTTGTTGGCATTTATCTTCCGAGTGATTAGACTAAATGGCCTCACTGG
TGAAATCATTAATTTGAAGTCCGGACTTTAAATGACTCGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ89TF U 1
AF RR1DJ89JQ C 186
BS 1 606 RR1DJ89TF
BS 607 607 RR1DJ89JQ
BS 608 622 RR1DJ89TF
BS 623 880 RR1DJ89JQ

RD RR1DJ89TF 622 0 0
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CAAGGAGAAGAGTACCTCTTCAAGATTGTCCTAATCGGCGACTCCGCGGTCGGAAAATCG
AACCTCCTGTCTCGATTCTCGCGAGACGAGTTCGACACGAACTCGAAGGCGACAATCGGA
GTGGAGTTCCAGACGCAGCTGGTTGAGATCGAAGGGAAAGAAGTGAAAGCTCAGATCTGG
GACACTGCCGGTCAGGAGAGGTTTAGAGCCGTCACTTCTGCTTATTACAGAGGTGCTTTC
GGTGCTCTCATTGTCTACGACATCACCAGAAGCTCCACTTTCGAGAGCGTTAAGCGTTGG
CTTCAGGAACTCAACACTCATTGTGACACAGCAGTGGCGCAAATGCTAGTTGGGAACAAG
TGTGATTTGGAGGATATAAGGGCTGTGAGTGTGGAAGAAGGGAAAGCTCTCGCGGAGGAA
GAAGGGTTGTTCTTCATGGAGACATCTGCTCTCGACGCTACGAACGTTGACAAGGCCTTT
GAGATTGTTATCAGAGAGATCTTCAGTAATGTTAGTCGCAAACTTCTCAACTCTGATGCT
TACAAG*CTCAGCTTTCTGTTA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1DJ89JQ 695 0 0
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TGCCGGTCAGGAGAGGTTTAGAGCCGTCACTTCTGCTTATTACAGAGGTGCTTTCGGTGC
TCTCATTGTCTACGACATCACCAGAAGCTCCACTTTCGAGAGCGTTAAGCGTTGGCTTCA
GGAACTCAACACTCATTGTGACACAGCAGTGGCGCAAATGCTAGTTGGGAACAAGTGTGA
TTTGGAGGATATAAGGGCTGTGAGTGTGGAAGAAGGGAAAGCTCTCGCGGAGGAAGAAGG
GTTGTTCTTCATGGAGACATCTGCTCTCGACGCTACGAACGTTGACAAGGCCTTTGAGAT
TGTTATCAGAGAGATCTTCAGTAATGTTAGTCGCAAACTTCTCAACTCTGATGCTTACAA
GGCTCAGCTTTCTGTTAACAGGGTTAGTCTTGTTAACAACAGTGATGGCGCCCAGAGCTC
TTCTTGTTGCTCCCGATGATTTAATCAATCTCCTTTTGCATGTTCTTGTTTGTTTTTATC
AGAGGAAAACATAATTAAGGTTTATATTTATCAGTTCGGACTTACAAAAGACTTGCAATA
TGTTTTCTTTGTTGGCATTTATCTTCCGAGTGATTAGACTAAATGGCCTCACTGGTGAAA
TCATTAATTTGAAGTCCGGACTTTAAATGACTCGC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

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TTTCTTCAAGTTTGTTCCTCAATGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTGAAAGTG
ATGGGTCGTACTGGGTCCAGGGGTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTCAAGTTCACAGATTCC
GATCGTTACATTATGAGAAACGTCAAGGGGCCCGTGAGAGAAGGCGACATCCTCACCTTG
CTCGAGTCTGAGAGAGAAGCCAGGAGACTTCGTTGATTGGCCTTTTTCTTACCGCAAGTT
GGGAAACAAGAAAACAGAACAATGTCTTACTTGTTTCTCTTTTTGGTTTCTCTGACCGGT
TCAGTTTGGTTTGTTGCTTTAAGACAGTTGCTGGATTGATATGGTTTTTTTTATATTCAA
AGCCTCTTCTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DF56JQ C 1
AF RR1DF56TF U 1
BS 1 432 RR1DF56TF

RD RR1DF56JQ 432 0 0
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TTTCTTCAAGTTTGTTCCTCAATGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTGAAAGTG
ATGGGTCGTACTGGGTCCAGGGGTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTCAAGTTCACAGATTCC
GATCGTTACATTATGAGAAACGTCAAGGGGCCCGTGAGAGAAGGCGACATCCTCACCTTG
CTCGAGTCTGAGAGAGAAGCCAGGAGACTTCGTTGATTGGCCTTTTTCTTACCGCAAGTT
GGGAAACAAGAAAACAGAACAATGTCTTACTTGTTTCTCTTTTTGGTTTCTCTGACCGGT
TCAGTTTGGTTTGTTGCTTTAAGACAGTTGCTGGATTGATATGGTTTTTTTTATATTCAA
AGCCTCTTCTCG

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR1DF56TF 432 0 0
GGAGGGTTTGTGACTCTTCGCTTATCGCCGCTAAGCTCTGTCGCCTCCGTGAAACCGTCG
TTTCTTCAAGTTTGTTCCTCAATGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTGAAAGTG
ATGGGTCGTACTGGGTCCAGGGGTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTCAAGTTCACAGATTCC
GATCGTTACATTATGAGAAACGTCAAGGGGCCCGTGAGAGAAGGCGACATCCTCACCTTG
CTCGAGTCTGAGAGAGAAGCCAGGAGACTTCGTTGATTGGCCTTTTTCTTACCGCAAGTT
GGGAAACAAGAAAACAGAACAATGTCTTACTTGTTTCTCTTTTTGGTTTCTCTGACCGGT
TCAGTTTGGTTTGTTGCTTTAAGACAGTTGCTGGATTGATATGGTTTTTTTTATATTCAA
AGCCTCTTCTCG

QA 1 432 1 432
DS 



AS 1 2

CO CL6196Contig1 990 2 4 U
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CTCCAAGGGAAGGAAGGGAGGGAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTG
GTATGACATCAAGGCTCCCTCTAGCTTCACTAACAGAAATGTTGGAAAGACACTCGTTTC
CAGGACTCAGGGTACCAAGATTGCATCAGAGGGTCTGAAACACAGAATCTTCGAGGTGTC
TCTTGCTGATCTTAATAAAGACGAGGACCAGGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGA
AGATGTCCAGGGCAGGAATGTCTTGACCCAGTTCTGGGGCATGGACTTCACCACCGACAA
ACTCAGGTCCTTGGTTAAAAAGTGGCAGACATTGATCGAGTCTCATGTTGATGTCGAGAC
CACTGACAACTACACGTTGAGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGCTAACCA
AGTCAAGAGAACTTGCTATGCTCAATCCAGCCAAATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAG
GGAGATCATGATCAAGGAAGCTTCGTCTTGTGACCTCAAAGAGCTTGTTGCCAAGTTTAT
TCCCGAATCTATTGGGAAGGACATTGAGAAGGCAACTCAGGGAATCTACCCTCTTCAGAA
CGTCTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTTGGAAAGCTCAT
GGAGGTTCACGGAGACTACACAGCAGAGGATGTCGGTGTGAAGGTTGACAGGCCGGCCGA
TGAGACTGCTGCCGAGGAACCTACTGAGATCATTGGAGCTTAAGAGATGTTTTCCAATAA
ATGTTTGAGTTTTGGCGATCTATTTCTTTTTCTAAAACGTTAGTTTCTTTAATGCTTTGT
GCCTTTTTTGACACTCGTTTTGGACCCTCAGCTTCTTTCTTTTGTTTGGTGTAAAACTTG
AGTTTTGGATAATGCTACATCTTTTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E921TF U 1
AF RR1E921JQ C 291
BS 1 556 RR1E921TF
BS 557 557 RR1E921JQ
BS 558 589 RR1E921TF
BS 590 990 RR1E921JQ

RD RR1E921TF 589 0 0
GGAGCTTTCATCGTCGACCTAATTATCCACAGCCATGGCCGTCGGGAAGAACAAGCGAAT
CTCCAAGGGAAGGAAGGGAGGGAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTG
GTATGACATCAAGGCTCCCTCTAGCTTCACTAACAGAAATGTTGGAAAGACACTCGTTTC
CAGGACTCAGGGTACCAAGATTGCATCAGAGGGTCTGAAACACAGAATCTTCGAGGTGTC
TCTTGCTGATCTTAATAAAGACGAGGACCAGGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGA
AGATGTCCAGGGCAGGAATGTCTTGACCCAGTTCTGGGGCATGGACTTCACCACCGACAA
ACTCAGGTCCTTGGTTAAAAAGTGGCAGACATTGATCGAGTCTCATGTTGATGTCGAGAC
CACTGACAACTACACGTTGAGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGCTAACCA
AGTCAAGAGAACTTGCTATGCTCAATCCAGCCAAATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAG
GGAGATCATGATCAAG*AAGCTTCGTCTTGTGACCTCAAAGAGCTTGTT

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1E921JQ 700 0 0
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CCACCGACAAACTCAGGTCCTTGGTTAAAAAGTGGCAGACATTGATCGAGTCTCATGTTG
ATGTCGAGACCACTGACAACTACACGTTGAGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGAC
GTGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGCTATGCTCAATCCAGCCAAATCCGTCAGATCCGCA
GCAAGATGAGGGAGATCATGATCAAGGAAGCTTCGTCTTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTG
CCAAGTTTATTCCCGAATCTATTGGGAAGGACATTGAGAAGGCAACTCAGGGAATCTACC
CTCTTCAGAACGTCTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTTG
GAAAGCTCATGGAGGTTCACGGAGACTACACAGCAGAGGATGTCGGTGTGAAGGTTGACA
GGCCGGCCGATGAGACTGCTGCCGAGGAACCTACTGAGATCATTGGAGCTTAAGAGATGT
TTTCCAATAAATGTTTGAGTTTTGGCGATCTATTTCTTTTTCTAAAACGTTAGTTTCTTT
AATGCTTTGTGCCTTTTTTGACACTCGTTTTGGACCCTCAGCTTCTTTCTTTTGTTTGGT
GTAAAACTTGAGTTTTGGATAATGCTACATCTTTTTTCCC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL6197Contig1 1089 2 2 U
GGACAACCAACCAACCATTCGCTCTCTCTTCCTTCCCTGCAATTAAATATTCAAAAATGG
CACCCTGCATCGATACTTCCAGAACCGGCACCGGAAAAGGCCTTCTTTCTCAAGACGATG
ATTCTCGCTTCCATTACATAAATCTCTTCCCACCCGGTAACTTCCCTGGTCGAATTTCAC
GATCATCCATCATGAGAACCCTCCAAACAAGCTCCCTGGTTCCAGATTTTGATCGAGTCG
ATGTCTGGATTAAGATGCTCGAAGAAGCTAAATCCGACGTCGAGCAGGAACCCATTTTAT
CAAGCTACTATTACTCTTCCATTACATCACATCGATCCTTAGAGTCCGCTTTAGCAAACA
TTCTCTCCGTAAAGCTCAGCACTTTAACCTTACCAAGCAACACTCTCTTCGAACTGTTCA
TCAGCGTCTTACAAGAAAGCCCAGAGATCACTGAATCGACGAAGCAAGACCTATTAGCAG
CCAAGGAGAGAGACCCAGCTTGCTTAAGCTACGTCCACTGCTTCCTAAGCTTCAAAGGCT
TTCTCGCTTGTCAAGCTCATCGTATCGCTCACAAGCTCTGGACTCAAGACAGAAAGATCC
TCTCTTTACTAATCCAGAACAGAGTATCCGAAGCTTTCGCCGTCGATATCCATCCCGGAG
CGAAGATCGGGAAAGGGGTTCTGTTAGACCACCCGACAGCGGTGGTGATCGGAGAGACGG
CAGTGGTTGGAGACAACGTTTCGATTCTACACGGGGTGACGCTGGGAGGAACAGGGAAGC
AGTGCGGCGATAGGCATCCGAAGATCGGTGACGGAGTCTTGATCGGAGCTGGGACTTGCG
TATTGGGGAATATAAAGATCGGTGAGGGAGCTAAGGTTGGATCGGGGTCGGTGGTGCTTA
AAGACGCGCCGCCGCATACGACGGCGGTTGGAAATCCGGCGAGGTTGATCGGTGGGAAAG
AGAATCCGAAAATGCTTGATAAGATACCCGGTTTGAGCATGGACCAGACACAGTACTTAA
CCGAGTGGTCTGATTATGTCATCTAAAACAGAAGAGTAATTATTGTTGTCTTCATATGTA
AATCAAAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DF91TF U 1
AF RR1DF91JQ C 410
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BS 700 1089 RR1DF91JQ

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CACCCTGCATCGATACTTCCAGAACCGGCACCGGAAAAGGCCTTCTTTCTCAAGACGATG
ATTCTCGCTTCCATTACATAAATCTCTTCCCACCCGGTAACTTCCCTGGTCGAATTTCAC
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ATGTCTGGATTAAGATGCTCGAAGAAGCTAAATCCGACGTCGAGCAGGAACCCATTTTAT
CAAGCTACTATTACTCTTCCATTACATCACATCGATCCTTAGAGTCCGCTTTAGCAAACA
TTCTCTCCGTAAAGCTCAGCACTTTAACCTTACCAAGCAACACTCTCTTCGAACTGTTCA
TCAGCGTCTTACAAGAAAGCCCAGAGATCACTGAATCGACGAAGCAAGACCTATTAGCAG
CCAAGGAGAGAGACCCAGCTTGCTTAAGCTACGTCCACTGCTTCCTAAGCTTCAAAGGCT
TTCTCGCTTGTCAAGCTCATCGTATCGCTCACAAGCTCTGGACTCAAGACAGAAAGATCC
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CGAAGATCGGGAAAGGGGTTCTGTTAGACCACCCGACAG

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DS 

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CTTCAAAGGCTTTCTCGCTTGTCAAGCTCATCGTATCGCTCACAAGCTCTGGACTCAAGA
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CCATCCCGGAGCGAAGATCGGGAAAGGGGTTCTGTTAGACCACCCGACAGCGGTGGTGAT
CGGAGAGACGGCAGTGGTTGGAGACAACGTTTCGATTCTACACGGGGTGACGCTGGGAGG
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TGGGACTTGCGTATTGGGGAATATAAAGATCGGTGAGGGAGCTAAGGTTGGATCGGGGTC
GGTGGTGCTTAAAGACGCGCCGCCGCATACGACGGCGGTTGGAAATCCGGCGAGGTTGAT
CGGTGGGAAAGAGAATCCGAAAATGCTTGATAAGATACCCGGTTTGAGCATGGACCAGAC
ACAGTACTTAACCGAGTGGTCTGATTATGTCATCTAAAACAGAAGAGTAATTATTGTTGT
CTTCATATGTAAATCAAAGT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL6198Contig1 1008 2 2 U
GGATCTTCTCCAAACGTATGCGCATCTTGCGAAACCCTAAATACCCAAATGTCATTCGCC
GACGAATTTGAATCTAATCTTGTGTCGCTGGCCCATGTTTTGCAGAAGAAATATGCACTC
CTCCGTGATTTGGATAAAAGTTTGCAAGAAAATCAAAGACAGAACGAACAACGGTGTGAA
AAGGAGATAGAGGATATAAGAAGAGGCAGAACTGGAAATGTCACACCCAACACACACTTC
TCCGAGGAAGCAATTGATGAACAGAAGCACAGCGTCAGGATTGCTGATGAGAAGGTCGCT
TTGGCTATGCAAGCTTATGATCTGGTGGATATGCATGTTCAGCAACTTGACCAGTACATG
AAAAAATCCAATGAGGAGATGCGCCGAGAGAAAGAAAATGCCTCTGCTTCAAACCTCGAG
AACAGCGCAGAAGCCGGGAAGGCAGGTGAAGGTAGAAGAGGAGGGCGAAAGAAGACAAGG
CTAGCAACTGCAGCGTCAACAGCAGCAGTAGCATCAGCATCAACTGGTATGACTTCAACT
GGTATGGACTTGGATCTGCCTGTGGATCCAAACGAACCAACTTACTGCATCTGCAACCAA
GTTAGCTACGGCGAGATGATTGCCTGCGATAACAATGAGTGTAAGATTGAGTGGTTCCAT
TTTGGTTGCGTGGGGCTGAAAGATCAACCCAAAGGGAAATGGTACTGTCCGGATTGTGCT
ACAGTCAAGAAGAGCAGGAAAGGCCGATGATTCTGAATCTGAAAAGCTCGTGTGTTTCGT
TTAAAACGGTCTAGTAGTTGTATATCTACTTCCATGTAAACCACTGACCATTGAATAATG
ACCACGGGTTGCTCATGCTCTATATATAAGACCTTCCATTCCCAATAAACAGATAAATAG
AGTACTAGTTAAGACCAACTACGTTTTTGGTTTTCTCGTTTTAGTTTATGTTAAATACCC
TTGTTTTTGTTTTTACACATACCTATGAACTTAAAGATTTTCTTTATC


BQ
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BS 596 1008 RR1D560JQ

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GACGAATTTGAATCTAATCTTGTGTCGCTGGCCCATGTTTTGCAGAAGAAATATGCACTC
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AAGGAGATAGAGGATATAAGAAGAGGCAGAACTGGAAATGTCACACCCAACACACACTTC
TCCGAGGAAGCAATTGATGAACAGAAGCACAGCGTCAGGATTGCTGATGAGAAGGTCGCT
TTGGCTATGCAAGCTTATGATCTGGTGGATATGCATGTTCAGCAACTTGACCAGTACATG
AAAAAATCCAATGAGGAGATGCGCCGAGAGAAAGAAAATGCCTCTGCTTCAAACCTCGAG
AACAGCGCAGAAGCCGGGAAGGCAGGTGAAGGTAGAAGAGGAGGGCGAAAGAAGACAAGG
CTAGCAACTGCAGCGTCAACAGCAGCAGTAGCATCAGCATCAACTGGTATGACTTCAACT
GGTATGGACTTGGATCTGCCTGTGGATCCAAACGAACCAACTTACTGCATCTGCA

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DS 

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TCAACAGCAGCAGTAGCATCAGCATCAACTGGTATGACTTCAACTGGTATGGACTTGGAT
CTGCCTGTGGATCCAAACGAACCAACTTACTGCATCTGCAACCAAGTTAGCTACGGCGAG
ATGATTGCCTGCGATAACAATGAGTGTAAGATTGAGTGGTTCCATTTTGGTTGCGTGGGG
CTGAAAGATCAACCCAAAGGGAAATGGTACTGTCCGGATTGTGCTACAGTCAAGAAGAGC
AGGAAAGGCCGATGATTCTGAATCTGAAAAGCTCGTGTGTTTCGTTTAAAACGGTCTAGT
AGTTGTATATCTACTTCCATGTAAACCACTGACCATTGAATAATGACCACGGGTTGCTCA
TGCTCTATATATAAGACCTTCCATTCCCAATAAACAGATAAATAGAGTACTAGTTAAGAC
CAACTACGTTTTTGGTTTTCTCGTTTTAGTTTATGTTAAATACCCTTGTTTTTGTTTTTA
CACATACCTATGAACTTAAAGATTTTCTTTATC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

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ATGGGGTCTGCCATGGGGCATGGTGTTGGTACAAGATAATACCACATCTCCAGGCTGCCG
GTCACAGCGTGGTTGCTGTGGATCTTGCTGCTTCGGGTATAAGCACGGTCAAAGTGGAAG
AGATCCAGTCATCCAGAGCTTAGAAGATTACTCCAAACCCTTGCTTGAGGTTCTCAGCTC
GGTTGGTGAAGAAGAAAAAGTGATTATTGTTGCTCATAGCATGGGAGGCATACCGGCTGC
TATGGCTGTCGACATCTCCCCCTAGTAAGATCGCTTGTATTGTCTTCTTGACAGCTACTA
TGCCCGACACCAAGAACCCTCCTTTTTACCCTTTTGAAAAGGCAAGTCTCCTTTCACTTT
GATTTTATCTCAATTGATTGATCAACCACACTTTCATGTCATCTTGGCAGTTCGTCCCAA
GCCTTACATAAGAAGAGTTGTTGGACATGGTGTTTCGCAGCTACGAAACACATGTTCCTT
CCTCCTTGCGTAGTGTTATTTTCGGACCAAAGTTCATGGCCAAGAATCTCTATCAGTTAT
CTCCGGTCCAAGTAAGTCTCGCCATCAAAATGAGTGAGATTGCTACTAGTAACTAAACCA
AGAAGTCTTAATCTTTTCTCTTGCTGTGACTACATGAGGATCTTGAATTAGCGAAACTGT
TGGTAAGGGAGAACCCTGCTTTATCTACGGACAATCTTTCAGGGACAACGCCATTTACTG
AACAAGGGTACGGATCGTTTCAACGTGTTTATATCGTCTGCGGAGATGATAATCAGATTC
CTGAGGAATCCCAGCGTTTAATGATCACCAACTTTCCACCGAATGAAGTGATTGAGATCA
AAGGTGCAGATCATATGGCAATGTTTTCCAAGCCTCACCAACTCATTGAGTGTCTCTTAG
ACATCGGAGATAAATATGCATAAAGATCACCATCCCTACTAATATGTACTTCAAATTGTA
ACATCAACAATTATCAAAATGTGTTCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BU93TF U 1
AF RR1BU93JQ C 258
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BS 322 322 RR1BU93JQ
BS 323 694 RR1BU93TF
BS 695 1050 RR1BU93JQ

RD RR1BU93TF 694 0 0
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GGTTGGTGAAGAAGAAAAAGTGATTATTGTTGCTCATAGCATGGGAGGCATACCGGCTGC
TATGGCTGTCGACATCTCCCC*TAGTAAGATCGCTTGTATTGTCTTCTTGACAGCTACTA
TGCCCGACACCAAGAACCCTCCTTTTTACCCTTTTGAAAAGGCAAGTCTCCTTTCACTTT
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CCTCCTTGCGTAGTGTTATTTTCGGACCAAAGTTCATGGCCAAGAATCTCTATCAGTTAT
CTCCGGTCCAAGTAAGTCTCGCCATCAAAATGAGTGAGATTGCTACTAGTAACTAAACCA
AGAAGTCTTAATCTTTTCTCTTGCTGTGACTACA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1BU93JQ 793 0 0
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ATTTTCGGACCAAAGTTCATGGCCAAGAATCTCTATCAGTTATCTCCGGTCCAAGTAAGT
CTCGCCATCAAAATGAGTGAGATTGCTACTAGTAACTAAACCAAGAAGTCTTAATCTTTT
CTCTTGCTGTGACTACATGAGGATCTTGAATTAGCGAAACTGTTGGTAAGGGAGAACCCT
GCTTTATCTACGGACAATCTTTCAGGGACAACGCCATTTACTGAACAAGGGTACGGATCG
TTTCAACGTGTTTATATCGTCTGCGGAGATGATAATCAGATTCCTGAGGAATCCCAGCGT
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GCAATGTTTTCCAAGCCTCACCAACTCATTGAGTGTCTCTTAGACATCGGAGATAAATAT
GCATAAAGATCACCATCCCTACTAATATGTACTTCAAATTGTAACATCAACAATTATCAA
AATGTGTTCTTGC

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

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AGGCTCGTTCGTAGCCGTCAGGCGGATTTCTCAGGGTCTCGAACGTGGAAACCCTTAACA
ATTCCTCCTCTTCTCCTGAGGGTGTGCCTGGATCAGCAGCTTGGTTAGGACGTGGTCTTT
CTTGCGTCTGTGCTCAGCGAAGAGATAGTGATGCTCATTCTACCTTTCATCTTACACCTC
CTCAGGAGGAATGCTTGCAGAGGTTGCAGAACCGTATTGATGTAACCTTATCACACCACA
ATACCTCTGCATCAGGAAGCTTTGAGGAATCTGTGGAAACTTGCCTTTCCTGAAGAAGAG
CTTCATGGGTTGATATCTGAGCAGTGGAAAGAGATGGGTTGGCAGGGCAAAGATCCGTCT
ACAGATTTTAGGGGTGGTGGTTTCATATCTCTTCAAAACTTGCTCTACTTCGCTAGAAAC
TTTCAGAAAACCTTCCAGGACCTTTTGAGGAAGCAGGTTGGGGAAAGGTCCGTATGGGAA
TATCCTTTTGCTGTTGCTGGTATCAATATAACCTTCATGCTCATTCAGATGCTTGACCTT
GAAGCAGTAAAACCTCGAACAATTGTTGGGGCAACATTTCTAAAGTTCCTTTCAAAGAAC
GAATCAGCCTTTGACATTCTTTATTGCATTGCATTCAAGCTAATGGATCAGCAGTGGCTT
TCAATGCGTGCCTCATACATGGAATTCAACACGGTGATGAAATCAACAAGGAGACAGCTG
GAGAGAGAGCTGATGCTGGAAGATATAACGCATCTTGAAGACTTGCCCTCCTACGCTCTT
CTCTCTCAATAGTGTGTGGAGGGGAGGTTGGGAACATGAATCTCAAATTGGTTGTGGTTA
AAAGGGAGTGTGTAGTTAGAAAAAAAAATAATGGGTTTGTTTCCTAACAAGGTTGAGGTT
TTTTAGTAACTGTTTGTTAATTGATGTGTGGTGGTAATAAAATATTTGGTTTATCG


BQ
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AF RR1EH69TF U 1
AF RR1EH69JQ C 414
BS 1 572 RR1EH69TF
BS 573 1076 RR1EH69JQ

RD RR1EH69TF 572 0 0
GGATCACTCAAAACGGCAGCGTCACTCAGTAGATCGTGAAACCATTCGTTAGAATTGATA
GTGGCATGGGAGGAGGATGATGAGGTAAAAAAATAGCGTAGAGAGGATGGATGATAGAGA
AGGCTCGTTCGTAGCCGTCAGGCGGATTTCTCAGGGTCTCGAACGTGGAAACCCTTAACA
ATTCCTCCTCTTCTCCTGAGGGTGTGCCTGGATCAGCAGCTTGGTTAGGACGTGGTCTTT
CTTGCGTCTGTGCTCAGCGAAGAGATAGTGATGCTCATTCTACCTTTCATCTTACACCTC
CTCAGGAGGAATGCTTGCAGAGGTTGCAGAACCGTATTGATGTAACCTTATCACACCACA
ATACCTCTGCATCAGGAAGCTTTGAGGAATCTGTGGAAACTTGCCTTTCCTGAAGAAGAG
CTTCATGGGTTGATATCTGAGCAGTGGAAAGAGATGGGTTGGCAGGGCAAAGATCCGTCT
ACAGATTTTAGGGGTGGTGGTTTCATATCTCTTCAAAACTTGCTCTACTTCGCTAGAAAC
TTTCAGAAAACCTTCCAGGACCTTTTGAGGAA

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1EH69JQ 663 0 0
AGAAGAGCTTCATGGGTTGATATCTGAGCAGTGGAAAGAGATGGGTTGGCAGGGCAAAGA
TCCGTCTACAGATTTTAGGGGTGGTGGTTTCATATCTCTTCAAAACTTGCTCTACTTCGC
TAGAAACTTTCAGAAAACCTTCCAGGACCTTTTGAGGAAGCAGGTTGGGGAAAGGTCCGT
ATGGGAATATCCTTTTGCTGTTGCTGGTATCAATATAACCTTCATGCTCATTCAGATGCT
TGACCTTGAAGCAGTAAAACCTCGAACAATTGTTGGGGCAACATTTCTAAAGTTCCTTTC
AAAGAACGAATCAGCCTTTGACATTCTTTATTGCATTGCATTCAAGCTAATGGATCAGCA
GTGGCTTTCAATGCGTGCCTCATACATGGAATTCAACACGGTGATGAAATCAACAAGGAG
ACAGCTGGAGAGAGAGCTGATGCTGGAAGATATAACGCATCTTGAAGACTTGCCCTCCTA
CGCTCTTCTCTCTCAATAGTGTGTGGAGGGGAGGTTGGGAACATGAATCTCAAATTGGTT
GTGGTTAAAAGGGAGTGTGTAGTTAGAAAAAAAAATAATGGGTTTGTTTCCTAACAAGGT
TGAGGTTTTTTAGTAACTGTTTGTTAATTGATGTGTGGTGGTAATAAAATATTTGGTTTA
TCG

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL6201Contig1 890 2 4 U
CTTAGAAACTTCCCCTGTAACCGCCTAAGATCCAGATTTATAGCTTCATTACTCTCATCT
CCACATCAATATCATTCTCAGTTCAAGTCTTCGTTCCAATTTTATTTCGAAGGAGGCACT
ATATCGTAATTAATCAGATTAGGGAAAGGTTCACGATCTTTGTGCACTCCGTCGAGGAGG
ATTCTCAGATGCTTCTCCTCGCAACCAAACCCGTAGATGTTTTCTTAAACCTGCTGAGAG
GAATGACATAGAAGATGATCTCCTACTAAATAGAGACCTTCTTCTCCCGTTGTTAAGGAG
ACTCAGGCTGACGATGAAGATCAAACTGACAAAAAGCTAGATGGTCAGCGTAGTGGAAGT
TGGTCCCAGAGGCAGGCTGAACAAAGAGGGAACAGGGAAGATGGATATACAGAGCTGAAG
AAAGCATTAAGAATATTCAGAATAAGGAAAAAGGTGAAGTACTAGAGCAGATCGCAAGAG
TTTGAAAAGGGCAAGCAATTGGGTCTAAATCTCTGGTACATCAAGCGAGCTTGGGAAAAG
TTAATTGCTCGAGCCTCAGGAGAGCGTGATGCCATTCCAGAATCTCATTTGTGCCTTTGT
TCTTGCAATCCTCAGAAATCAGGAAGTGGCTCTTTACACGGTTTCAATCTGGCCGAAGTT
CATTCCTTTGCTCAGAAGAATATATGATCGAATCTGTATATATTGCTGGCTGGCGAGTTT
CGTCTACATTACCTTCTCTGTCTTTGGTAAGATATTTGATACATTCTTCTATCTTTTCTT
TTGTTGATCTTATGAATATGACATATTATCTCTTAATTTTGAAGATTTATAAAACTCTTG
CCTTTCAGATGTATTGCTTTTGCAAGTTTAATCTTTGATTAACAAACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DQ03TF U 1
AF RR1DQ03JQ C 237
BS 1 622 RR1DQ03TF
BS 623 623 RR1DQ03JQ
BS 624 673 RR1DQ03TF
BS 674 890 RR1DQ03JQ

RD RR1DQ03TF 673 0 0
CTTAGAAACTTCCCCTGTAACCGCCTAAGATCCAGATTTATAGCTTCATTACTCTCATCT
CCACATCAATATCATTCTCAGTTCAAGTCTTCGTTCCAATTTTATTTCGAAGGAGGCACT
ATATCGTAATTAATCAGATTAGGGAAAGGTTCACGATCTTTGTGCACTCCGTCGAGGAGG
ATTCTCAGATGCTTCTCCTCGCAACCAAACCCGTAGATGTTTTCTTAAACCTGCTGAGAG
GAATGACATAGAAGATGATCTCCTACTAAATAGAGACCTTCTTCTCCCGTTGTTAAGGAG
ACTCAGGCTGACGATGAAGATCAAACTGACAAAAAGCTAGATGGTCAGCGTAGTGGAAGT
TGGTCCCAGAGGCAGGCTGAACAAAGAGGGAACAGGGAAGATGGATATACAGAGCTGAAG
AAAGCATTAAGAATATTCAGAATAAGGAAAAAGGTGAAGTACTAGAGCAGATCGCAAGAG
TTTGAAAAGGGCAAGCAATTGGGTCTAAATCTCTGGTACATCAAGCGAGCTTGGGAAAAG
TTAATTGCTCGAGCCTCAGGAGAGCGTGATGCCATTCCAGAATCTCATTTGTGCCTTTGT
TCTTGCAATCCTCAGAAATCAG*AAGTGGCTCTTTACACGGTTTCAATCTGGCCGAAGTT
CATTCCTTTGCTC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1DQ03JQ 654 0 0
AGAGGAATGACATAGAAGATGATCTCCTACTAAATAGAGACCTTCTTCTCCCGTTGTTAA
GGAGACTCAGGCTGACGATGAAGATCAAACTGACAAAAAGCTAGATGGTCAGCGTAGTGG
AAGTTGGTCCCAGAGGCAGGCTGAACAAAGAGGGAACAGGGAAGATGGATATACAGAGCT
GAAGAAAGCATTAAGAATATTCAGAATAAGGAAAAAGGTGAAGTACTAGAGCAGATCGCA
AGAGTTTGAAAAGGGCAAGCAATTGGGTCTAAATCTCTGGTACATCAAGCGAGCTTGGGA
AAAGTTAATTGCTCGAGCCTCAGGAGAGCGTGATGCCATTCCAGAATCTCATTTGTGCCT
TTGTTCTTGCAATCCTCAGAAATCAGGAAGTGGCTCTTTACACGGTTTCAATCTGGCCGA
AGTTCATTCCTTTGCTCAGAAGAATATATGATCGAATCTGTATATATTGCTGGCTGGCGA
GTTTCGTCTACATTACCTTCTCTGTCTTTGGTAAGATATTTGATACATTCTTCTATCTTT
TCTTTTGTTGATCTTATGAATATGACATATTATCTCTTAATTTTGAAGATTTATAAAACT
CTTGCCTTTCAGATGTATTGCTTTTGCAAGTTTAATCTTTGATTAACAAACACC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL6202Contig1 1167 2 4 U
GCGAGAACCGTTGGAAGGGTTGGGACACGACCGTTGAAGAGCAGAGATCAAACTACGAGA
AGCTGCAGGATCTGTTATCCTCAATGTGCTTCAAATTGTACGCCAAGAAAGACGATATCG
CGGTGTGGCAAAAATCTCCAGACAACATGTGTTACAACAAATTGTCGAACGACCCTGATG
CATACCCGCCAAAATGTGACGATAGCCTGGAGCCAGACTCTGCTTGGTACACGCCGTTAC
GCCCTTGCGTTGTGGTTCCAAGCCCTAAGCTTAAGAAGACAGATTTGGAATCTACTCCCA
AGTGGCCGGAGAGGTTGCACTCAACCCCCGAAAGGATCTCTGATGTTCCCGGAGGAAATG
GTGGCTTGTTCAAGCGAGACGATAGCAAATGGAAAACGAGGGCTAAGCATTACAAGAAGC
TGTTACCAGCTGTTGGCTCTGATAAGATCCGGAATGTGATGGATATGAACACTGCTTATG
GTGGTTTAGCTGCTGCTCTGGTCGATGATCCTCTGTGGGTCATGAACGTTGTCTCTTCTT
ACGCTGCAAATACACTTCCCGTTGTGTTTGATCGTGGATTGATTGGAACGTACCACGACT
GGTGTGAAGCTTTCTCGACATATCCGAGAACTTACGATCTTCTTCACGTCGATGGTCTGT
TTACATCTGAAAACCAAAGGTGTGAGATGAAATATGTAATGCTGGAAATGGATCGGATCT
TGCGTCCAAACGGGTATGCGATCATACGAGAATCAAGCTACTTCGCGGACACCATTGCAT
CAGTCGCTAAAGAACTGAGGTGGAGTTGCCGTAAGGAAAAAACAGAGTCTGAATCAGAGA
GTGAGAAGCTCTTGATTTGCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATCTAACGCAACGTCAGAAA
CAAAATAGAAAAAGGGGCAAATTCCAAAGCTTAAGCTAAAAGCTTTTGTTTTGTCTGGAG
GCTTCTTGAGAACAAAGTCACAACAACAACCATAGGTTCTTTGTCTTTGCTTCAAATCTA
AGAAAGGTGTTTAAATCATTTTATTATCCCAGCATATTTTACCAACTTTCGATTCTTTCT
TATAGTATATGCTTGGTGAGAAATACATTACCGATTTTTTATTTAAATTGTAATTTTATT
TTGAATGGTTAAGTTCGAGATTTCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ39TFB U 1
AF RR1GZ39JQ C 497
BS 1 679 RR1GZ39TFB
BS 680 680 RR1GZ39JQ
BS 681 790 RR1GZ39TFB
BS 791 1167 RR1GZ39JQ

RD RR1GZ39TFB 793 0 0
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AGCTGCAGGATCTGTTATCCTCAATGTGCTTCAAATTGTACGCCAAGAAAGACGATATCG
CGGTGTGGCAAAAATCTCCAGACAACATGTGTTACAACAAATTGTCGAACGACCCTGATG
CATACCCGCCAAAATGTGACGATAGCCTGGAGCCAGACTCTGCTTGGTACACGCCGTTAC
GCCCTTGCGTTGTGGTTCCAAGCCCTAAGCTTAAGAAGACAGATTTGGAATCTACTCCCA
AGTGGCCGGAGAGGTTGCACTCAACCCCCGAAAGGATCTCTGATGTTCCCGGAGGAAATG
GTGGCTTGTTCAAGCGAGACGATAGCAAATGGAAAACGAGGGCTAAGCATTACAAGAAGC
TGTTACCAGCTGTTGGCTCTGATAAGATCCGGAATGTGATGGATATGAACACTGCTTATG
GTGGTTTAGCTGCTGCTCTGGTCGATGATCCTCTGTGGGTCATGAACGTTGTCTCTTCTT
ACGCTGCAAATACACTTCCCGTTGTGTTTGATCGTGGATTGATTGGAACGTACCACGACT
GGTGTGAAGCTTTCTCGACATATCCGAGAACTTACGATCTTCTTCACGTCGATGGTCTGT
TTACATCTGAAAACCAAAG*TGTGAGATGAAATATGTAATGCTGGAAATGGATCGGATCT
TGCGTCCAAACGGGTATGCGATCATACGAGAATCAAGCTACTTCGCGGACACCATTGCAT
CAGTCGCTAA
GAC

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1GZ39JQ 671 0 0
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TCCCGTTGTGTTTGATCGTGGATTGATTGGAACGTACCACGACTGGTGTGAAGCTTTCTC
GACATATCCGAGAACTTACGATCTTCTTCACGTCGATGGTCTGTTTACATCTGAAAACCA
AAGGTGTGAGATGAAATATGTAATGCTGGAAATGGATCGGATCTTGCGTCCAAACGGGTA
TGCGATCATACGAGAATCAAGCTACTTCGCGGACACCATTGCATCAGTCGCTAAAGAACT
GAGGTGGAGTTGCCGTAAGGAAAAAACAGAGTCTGAATCAGAGAGTGAGAAGCTCTTGAT
TTGCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATCTAACGCAACGTCAGAAACAAAATAGAAAAAGGG
GCAAATTCCAAAGCTTAAGCTAAAAGCTTTTGTTTTGTCTGGAGGCTTCTTGAGAACAAA
GTCACAACAACAACCATAGGTTCTTTGTCTTTGCTTCAAATCTAAGAAAGGTGTTTAAAT
CATTTTATTATCCCAGCATATTTTACCAACTTTCGATTCTTTCTTATAGTATATGCTTGG
TGAGAAATACATTACCGATTTTTTATTTAAATTGTAATTTTATTTTGAATGGTTAAGTTC
GAGATTTCTCC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6204Contig1 698 2 4 U
GGAGTGAACATCGCCGAGCTTCTTCTGTCTCGTGGTTTCGGAAACGTGGTCAGACACAGA
GATTTCGAAGAGAGATCAAACCATTACGATGCTCTTCTAGCTGCTGAATCTCGTGCCTTG
TCTGGAAAGAAAGGAATCCATTCCGCTAAAGAGTCTCCAGCAATGCACATCACTGACCTG
ACCGTGGCCGCGGCTAAGAAAGCCAAAGATTTCTTGCCGTCGCTTCAGAGGATCAGGAGG
ATACCGGCTGTCGTGGAATATGTGCTGAGTGGACATCGGTTTAAGCTTTATATCCCGAAG
CTGACGTGTAGTGTAGCATTTGCGTTCTCTGGTGTTAGATGCCCTGGCCGTGGAGAGCCT
TTTTCGGATGAAGCTATCTCTGTGATGAGACGGAGGATCATGCAGAGAGATGTTGAGATT
GAAGTTGAAACGGTGGATAGAACCGGTACTTTCTTGGGATCAATGTGGGAGGGGAGGACA
AACGTGGCGACTGTTCTGCTTGAAGCTGGTTTAGCGAAAATGCAGACAAGCTTTGGTGCA
GACAGGATCGTTGAAGCACATATTCTTGAACAGGCTGAGAGAACCGCTAAGAATCAGAAA
CTGAAGATTTGGGAAAACTATGTTGAAGGACAAGAAGTCTCAAACGGTAGTACAACCGTA
GAGACCAGACAAAAGGAGACTTTAAAGGTTGCTGTTAC


BQ
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AF RR1GB37TF U 1
AF RR1C487TF U 235
BS 1 417 RR1GB37TF
BS 418 418 RR1C487TF
BS 419 671 RR1GB37TF
BS 672 698 RR1C487TF

RD RR1GB37TF 671 0 0
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GATTTCGAAGAGAGATCAAACCATTACGATGCTCTTCTAGCTGCTGAATCTCGTGCCTTG
TCTGGAAAGAAAGGAATCCATTCCGCTAAAGAGTCTCCAGCAATGCACATCACTGACCTG
ACCGTGGCCGCGGCTAAGAAAGCCAAAGATTTCTTGCCGTCGCTTCAGAGGATCAGGAGG
ATACCGGCTGTCGTGGAATATGTGCTGAGTGGACATCGGTTTAAGCTTTATATCCCGAAG
CTGACGTGTAGTGTAGCATTTGCGTTCTCTGGTGTTAGATGCCCTGGCCGTGGAGAGCCT
TTTTCGGATGAAGCTATCTCTGTGATGAGACGGAGGATCATGCAGAGAGATGTTGAGGTT
GAAGTTGAAACGGTGGATAGAACCGGTACTTTCTTGGGATCAATGTGGGAGGGGAGGACA
AACGTGGCGACTGTTCTGCTTGAAGCTGGTTTAGCGAAAATGCAGACAAGCTTTGGTGCA
GACAGGATCGTTGAAGCACATATTCTTGAACAGGCTGAGAGAACCGCTAAGAATCAGAAA
CTGAAGATTTGGGAAAACTATGTTGAAGGACAAGAAGTCTCAAACGGTAGTACAACCGTA
GAGACCAGACA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1C487TF 464 0 0
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CCGAAGCTGACGTGTAGTGTAGCATTTGCGTTCTCTGGTGTTAGATGCCCTGGCCGTGGA
GAGCCTTTTTCGGATGAAGCTATCTCTGTGATGAGACGGAGGATCATGCAGAGAGATGTT
GAGATTGAAGTTGAAACGGTGGATAGAACCGGTACTTTCTTGGGATCAATGTGGGAGGGG
AGGACAAACGTGGCGACTGTTCTGCTTGAAGCTGGTTTAGCGAAAATGCAGACAAGCTTT
GGTGCAGACAGGATCGTTGAAGCACATATTCTTGAACAGGCTGAGAGAACCGCTAAGAAT
CAGAAACTGAAGATTTGGGAAAACTATGTTGAAGGACAAGAAGTCTCAAACGGTAGTACA
ACCGTAGAGACCAGACAAAAGGAGACTTTAAAGGTTGCTGTTAC

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL6205Contig1 1075 2 2 U
GACCAATAACCTTTTCACTTGCAAAGCTTTTAAAGTAACCAAAACTTTGGTAAGTTTCTT
TAGAGACAGTGAGAGCTATGTCAAAAGAGATTGAGCTTCCAGGTTTCAGATTCCACCCGA
CCGAGGAGGAGCTTACTGACTACTACCTCAAGAACATGGTTTACGGAAAATTCTCCAAAG
TGGAAGTCATTGGTTTTCTCAACATCTATCGTCATGATCCATGGGACTTACCTCGTTTAT
CGAAAATCGGTGAGAGAGAATGGTATTTCTTTGTTCCAAGGGAAAGGAAGCATGGGAACG
GAGGGAGACCAAGCAGGACAACTGAGAAAGGACATTGGAAAGCAACTGGTTCCGATCGTA
AGATCATAAGCTTGTCTGAGCCAAAACGTGTGATCGGGCTCAAGAAGACCCTTGTGTTCT
ACAGAGGAAGAGCACCAGGAGGAAGCAAGACTGATTGGGTCATGAACGAGTACCGTATGC
CTGACAATTGCACCTTACCAAAGGACGTTGTGCTGTGTAAGATATACAGAAAAGCCACAT
CACTTAAAGTGTTGGAGCAACGAGCAGAGATGGAATCTAAGATGAATCAAACATGCCCAA
ACTCTCCTCTCTCGTCTTCCGAGACCGTTTCTTACGCTGGAAAAGAAGAAGACTTGATGA
TGACTTCGTTCCCTTTTCCTCAAGCATCAGCCATGCAAGGAGCAAACAACAACTTCATGC
TTCAAGGACATACCGACAACGCAAAGAACGAAGAGAAACAAAGAGAAACAGAGATGAAGG
CGTCTTCTTCATCGCTGAAGCTACCATGTGGAGTCCTACCAGAGCTGCAATTACCTAAAC
AAGGATTAGAATGGGGACAAGACCAGTTCTTGAGTATAAGCCCATGGCTCCAGAATCTTA
CACCAATAATTAATCTGCTAAATTTTTAGGATACGTAAAGAACAAATCTCTCAAAAGAAC
TAACTATCCTACAGTGATACCTACCCTCCTTCACCTGAGAAAAAAAAAAACAGTCCTTGT
AAGATGCTTGGCTTCAGCTTAAGAATTATCAATAATATTTGTATATTTACTCGAC


BQ
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AF RR1DZ15TF U 1
AF RR1DZ15JQ C 353
BS 1 645 RR1DZ15TF
BS 646 1075 RR1DZ15JQ

RD RR1DZ15TF 645 0 0
GACCAATAACCTTTTCACTTGCAAAGCTTTTAAAGTAACCAAAACTTTGGTAAGTTTCTT
TAGAGACAGTGAGAGCTATGTCAAAAGAGATTGAGCTTCCAGGTTTCAGATTCCACCCGA
CCGAGGAGGAGCTTACTGACTACTACCTCAAGAACATGGTTTACGGAAAATTCTCCAAAG
TGGAAGTCATTGGTTTTCTCAACATCTATCGTCATGATCCATGGGACTTACCTCGTTTAT
CGAAAATCGGTGAGAGAGAATGGTATTTCTTTGTTCCAAGGGAAAGGAAGCATGGGAACG
GAGGGAGACCAAGCAGGACAACTGAGAAAGGACATTGGAAAGCAACTGGTTCCGATCGTA
AGATCATAAGCTTGTCTGAGCCAAAACGTGTGATCGGGCTCAAGAAGACCCTTGTGTTCT
ACAGAGGAAGAGCACCAGGAGGAAGCAAGACTGATTGGGTCATGAACGAGTACCGTATGC
CTGACAATTGCACCTTACCAAAGGACGTTGTGCTGTGTAAGATATACAGAAAAGCCACAT
CACTTAAAGTGTTGGAGCAACGAGCAGAGATGGAATCTAAGATGAATCAAACATGCCCAA
ACTCTCCTCTCTCGTCTTCCGAGACCGTTTCTTACGCTGGAAAAG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1DZ15JQ 723 0 0
CGATCGTAAGATCATAAGCTTGTCTGAGCCAAAACGTGTGATCGGGCTCAAGAAGACCCT
TGTGTTCTACAGAGGAAGAGCACCAGGAGGAAGCAAGACTGATTGGGTCATGAACGAGTA
CCGTATGCCTGACAATTGCACCTTACCAAAGGACGTTGTGCTGTGTAAGATATACAGAAA
AGCCACATCACTTAAAGTGTTGGAGCAACGAGCAGAGATGGAATTTAAGATGAATCAAAC
ATGCCCAAACTCTCCTCTCTCGTCTTCCGAGACCGTTTCTTACGCTGGAAAAGAAGAAGA
CTTGATGATGACTTCGTTCCCTTTTCCTCAAGCATCAGCCATGCAAGGAGCAAACAACAA
CTTCATGCTTCAAGGACATACCGACAACGCAAAGAACGAAGAGAAACAAAGAGAAACAGA
GATGAAGGCGTCTTCTTCATCGCTGAAGCTACCATGTGGAGTCCTACCAGAGCTGCAATT
ACCTAAACAAGGATTAGAATGGGGACAAGACCAGTTCTTGAGTATAAGCCCATGGCTCCA
GAATCTTACACCAATAATTAATCTGCTAAATTTTTAGGATACGTAAAGAACAAATCTCTC
AAAAGAACTAACTATCCTACAGTGATACCTACCCTCCTTCACCTGAGAAAAAAAAAAACA
GTCCTTGTAAGATGCTTGGCTTCAGCTTAAGAATTATCAATAATATTTGTATATTTACTC
GAC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL6206Contig1 846 2 2 U
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TTTTGGTTGATGGTTTGTTGGAGTAGTAGACTGAATCAAGTTGGTAAACAGATTGAGACA
TGTTCGAGAATTACAATTTCGCCGGCGTTTTCATTCAAAACCAAACCGTTTTGACTCCGT
ATGCTCAAGGCTTGCTGACTGGTTTGGTTATTGATTCTAGCGATGGTGTTACTCATGTGG
TTCGGGTGGTTGACGGCTATTCATTTCCTCATCTTACCAAAAGAATGAATGTTGCTGGCA
GACACATAACAGAATATCTGGTTGATCTCCTTGCTCGACGAGGATATGCGATGAAAAAAA
CGGCTGACTCTGATACTGTTAGGGAAATCAAAGAGACGCTCTGCTAGTTATGACTACAAA
AGAGAGTATCAGCTTGGGCTTGAGACTACCATTCATGACGCAACGTTTGATGATATCCGC
CTTGAGACAACCATTCTGACCTAGATGAAAAGGTAACCTCTACCTCAACTCCACATCGGC
GACCCAATTTTACTCCCGTCCGTTGCTGCTACGAAGTTTTCAACACAAGCTTGGGTGAAC
GCTTTCCACGTGTTGAGGCAGTTGGAGAGATTTAAAAGAAAGAACTTGCCTCAATTGGAA
ATCTTGACACATACCTCTCCAAGCCAACCGACAAGGAAGATGATTTCTCATTGACACACA
AGTCCTATACTTACTGTTGCAAGCGTATTTGTATTTGTATTTGTTTTTTTTTTTTGAAGA
AATTGTATTTGTATGTGTTCCATAGTTGAATTTATATTATATTCTCTGGCATTTCCGTTG
TTGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT48TF U 1
AF RR1FT48JQ C 345
BS 1 633 RR1FT48TF
BS 634 846 RR1FT48JQ

RD RR1FT48TF 633 0 0
GATCAGATTGTAAGATATTGTTCACGGATCCACCACTTAACCCTTCAAAGAACCGTCAAC
TTTTGGTTGATGGTTTGTTGGAGTAGTAGACTGAATCAAGTTGGTAAACAGATTGAGACA
TGTTCGAGAATTACAATTTCGCCGGCGTTTTCATTCAAAACCAAACCGTTTTGACTCCGT
ATGCTCAAGGCTTGCTGACTGGTTTGGTTATTGATTCTAGCGATGGTGTTACTCATGTGG
TTCGGGTGGTTGACGGCTATTCATTTCCTCATCTTACCAAAAGAATGAATGTTGCTGGCA
GACACATAACAGAATATCTGGTTGATCTCCTTGCTCGACGAGGATATGCGATGAAAAAAA
CGGCTGACTCTGATACTGTTAGGGAAATCAAAGAGACGCTCTGCTAGTTATGACTACAAA
AGAGAGTATCAGCTTGGGCTTGAGACTACCATTCATGACGCAACGTTTGATGATATCCGC
CTTGAGACAACCATTCTGACCTAGATGAAAAGGTAACCTCTACCTCAACTCCACATCGGC
GACCCAATTTTACTCCCGTCCGTTGCTGCTACGAAGTTTTCAACACAAGCTTGGGTGAAC
GCTTTCCACGTGTTGAGGCAGTTGGAGAGATTT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1FT48JQ 502 0 0
TATGCGATGAAAAAAACGGCTGACTCTGATACTGTTAGGGAAATCAAAGAGACGCTCTGC
TAGTTATGACTACAAAAGAGAGTATCAGCTTGGGCTTGAGACTACCATTCATGACGCAAC
GTTTGATGATATCCGCCTTGAGACAACCATTCTGACCTAGATGAAAAGGTAACCTCTACC
TCAACTCCACATCGGCGACCCAATTTTACTCCCGTCCGTTGCTGCTACGAAGTTTTCAAC
ACAAGCTTGGGTGAACGCTTTCCACGTGTTGAGGCAGTTGGAGAGATTTAAAAGAAAGAA
CTTGCCTCAATTGGAAATCTTGACACATACCTCTCCAAGCCAACCGACAAGGAAGATGAT
TTCTCATTGACACACAAGTCCTATACTTACTGTTGCAAGCGTATTTGTATTTGTATTTGT
TTTTTTTTTTTGAAGAAATTGTATTTGTATGTGTTCCATAGTTGAATTTATATTATATTC
TCTGGCATTTCCGTTGTTGTCC

QA 1 502 1 502
DS 



AS 1 2

CO CL6207Contig1 1155 2 2 U
GAAGAGAAGATTGAGGAAACGTTTGGGTGTGAGTTTGAGCTCTTCATTGAGTTCACTGGC
TTGATTAGCTGGTGTAGAGGAGCTAGCATTGGGTGGCACAGTGATGATAACAGACAATAT
CTTAAACAAAGAGACTTCTCGGCGGTTTGTTACTTGAATAGCTACGGTAAAGACTTCAAA
GGCGGCCTTTTTCGTTTCCAGAGTGGGGAACCAGCAACCATATCTCCCTCCGCTGGAGAT
GTTGTCATGTACACTGCAGATGACCGGAACATTCACTCTGTCGATGAGGTAACAGAAGGG
GAAAGACTGACTCTTGCAATGTGGTTTACTCGAGATTCATCTCACGACGAAGATTCCAAG
CTCGTTTCCCGTCTTCTCTCTCAATGCGCATCTCATGAGTTTCTTCCCCTTCCTTTGCCT
GCTTCCGCTAACATGTACTGGTTCTGCCCTCCTCATCAGCATGCCAACGGGTTTGATGTA
TGCGTCGCGAGGTTGCATCGTCTTGGTTTCGACGTACATAGCTTACAAGGCGATGATCGT
TCTCTAGATGACTCTGATCGACTCGCTGGTCCAGTACAAGTAGCTAAAGGAGGAGAGTTG
CTCACCAAGGAGTTTACCAACGTTCTTCATGCTCTTCAGGTTGTTCAGTTCTACCGTTGG
AAAGCTTCCGAACTCAAAACCTCCAAGGTTGGATATGACGGTGTGGAAGAAGTGGTGGAA
GCTATGTCGCAATCTCAGTTGGAAACTATCAATGCGATGAATGCATTGTTCCTGAAAGAT
AAGGGCCTTGTAACCACTACCCTTGGATATTTATGCTCCAATGGGGAAGAGAAGGATTCA
CTTAACTTGACTGGTGTATCATCAGCGATTACCTCTTGGGAAGAGTATACTTGTAAGCTA
CTCAGGGAGCTATTATCATCCTTGCCTCAGTGGGAAACGTATCAGACTATACACAAAGTC
GAATCCGGTTAGAAATTTATCTTTTGAGTTAGCGATGAATTGAGTAGTTGATAGATCTTG
ATCTCTTGTCTGCAAAGCATAGCTTCTCAAGTTCTCAGTCCCTCTTTGACTGACCTGCCC
TTTTTTGGTTCAAATTAACAGAAAATCATATTGTAATCTTTTCCTTCAGGTTTTATACAG
TGATTATTGTATGAT


BQ
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AF RR1G473TF U 1
AF RR1G473JQ C 423
BS 1 637 RR1G473TF
BS 638 1155 RR1G473JQ

RD RR1G473TF 637 0 0
GAAGAGAAGATTGAGGAAACGTTTGGGTGTGAGTTTGAGCTCTTCATTGAGTTCACTGGC
TTGATTAGCTGGTGTAGAGGAGCTAGCATTGGGTGGCACAGTGATGATAACAGACAATAT
CTTAAACAAAGAGACTTCTCGGCGGTTTGTTACTTGAATAGCTACGGTAAAGACTTCAAA
GGCGGCCTTTTTCGTTTCCAGAGTGGGGAACCAGCAACCATATCTCCCTCCGCTGGAGAT
GTTGTCATGTACACTGCAGATGACCGGAACATTCACTCTGTCGATGAGGTAACAGAAGGG
GAAAGACTGACTCTTGCAATGTGGTTTACTCGAGATTCATCTCACGACGAAGATTCCAAG
CTCGTTTCCCGTCTTCTCTCTCAATGCGCATCTCATGAGTTTCTTCCCCTTCCTTTGCCT
GCTTCCGCTAACATGTACTGGTTCTGCCCTCCTCATCAGCATGCCAACGGGTTTGATGTA
TGCGTCGCGAGGTTGCATCGTCTTGGTTTCGACGTACATAGCTTACAAGGCGATGATCGT
TCTCTAGATGACTCTGATCGACTCGCTGGTCCAGTACAAGTAGCTAAAGGAGGAGAGTTG
CTCACCAAGGAGTTTACCAACGTTCTTCATGCTCTTC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1G473JQ 733 0 0
TTCCGCTAACATGTACTGGTTCTGCCCTCCTCATCAGCATGCCAACGGGTTTGATGTATG
CGTCGCGAGGTTGCATCGTCTTGGTTTCGACGTACATAGCTTACAAGGCGATGATCGTTC
TCTAGATGACTCTGATCGACTCGCTGGTCCAGTACAAGTAGCTAAAGGAGGAGAGTTGCT
CACCAAGGAGTTTACCAACGTTCTTCATGCTCTTCAGGTTGTTCAGTTCTACCGTTGGAA
AGCTTCCGAACTCAAAACCTCCAAGGTTGGATATGACGGTGTGGAAGAAGTGGTGGAAGC
TATGTCGCAATCTCAGTTGGAAACTATCAATGCGATGAATGCATTGTTCCTGAAAGATAA
GGGCCTTGTAACCACTACCCTTGGATATTTATGCTCCAATGGGGAAGAGAAGGATTCACT
TAACTTGACTGGTGTATCATCAGCGATTACCTCTTGGGAAGAGTATACTTGTAAGCTACT
CAGGGAGCTATTATCATCCTTGCCTCAGTGGGAAACGTATCAGACTATACACAAAGTCGA
ATCCGGTTAGAAATTTATCTTTTGAGTTAGCGATGAATTGAGTAGTTGATAGATCTTGAT
CTCTTGTCTGCAAAGCATAGCTTCTCAAGTTCTCAGTCCCTCTTTGACTGACCTGCCCTT
TTTTGGTTCAAATTAACAGAAAATCATATTGTAATCTTTTCCTTCAGGTTTTATACAGTG
ATTATTGTATGAT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL6208Contig1 867 2 2 U
GTGATATTATATCTTTAAACAATACAAGAAACCTCAAATCCAATCCAAACAGAAACCAAA
TATCTTCGTTTGTCTGAATGGAGAGAAGTTCAATGAAAGCTGAGTACGATCTTGATCATC
CTCATCAAAGCTTCTATGGAGATTATTCAAAACCTTTGGTTCCCAAGAATAAGAACTCCC
AGATCATTACCAAGATCAAGCCTAAGATTCGTATCATCCATATATTTGCGCCGGAGATTA
TCAACACAGACGTCAAAAACTTCCGTACACTCGTCCAAAGTCTGACCGGAAAACCGGAGA
TCACCAAAACCACCAGTCCTAAGGACAAGACAAATATTCCTGCGCCACCGCCTCCACCGC
AAGAATCTAGCCATGAACATACGGGGGAGCTGGTCAACAATATTTTAGGGAGCCACGTAG
TGAAGGACGAATGGGAATCAGGTTCGAACACAAACACATACTTTGATTTAGATGGTTTGA
TTGATCTTGACGAAGACGACAACATATTCTCAAGTCGATGGTTTGATCTTCAAGTGCAAT
AAACTAAAGTAATCACACTTTGCCCTAATATCTTGGGCTTCTGCTAAAATTGCAATGGTT
CCTTTTGGTTCTGATGATTTAATCATACGGTCGACTTGGGATGTAACAAGACATGGTTTG
AGACATTGACCATCGTGATGCCCCACTTGAGACATATAGGTTGGGGTATGTACATGATTT
ATATAGATATCATGTACACTAATACACATGTTTGGATTGTTTTTGGGTGCCCTTTGGCTG
ACTTTGCCAATAAAGAGTGTGCAATGAAGAGTTTAACTTGGAGGACTGATTTTGCCATGA
GAAGTAAGAGTTTGAGTTATGTAAAAA


BQ
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AF RR1ER76TF U 1
AF RR1ER76JQ C 268
BS 1 699 RR1ER76TF
BS 700 867 RR1ER76JQ

RD RR1ER76TF 703 0 0
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TATCTTCGTTTGTCTGAATGGAGAGAAGTTCAATGAAAGCTGAGTACGATCTTGATCATC
CTCATCAAAGCTTCTATGGAGATTATTCAAAACCTTTGGTTCCCAAGAATAAGAACTCCC
AGATCATTACCAAGATCAAGCCTAAGATTCGTATCATCCATATATTTGCGCCGGAGATTA
TCAACACAGACGTCAAAAACTTCCGTACACTCGTCCAAAGTCTGACCGGAAAACCGGAGA
TCACCAAAACCACCAGTCCTAAGGACAAGACAAATATTCCTGCGCCACCGCCTCCACCGC
AAGAATCTAGCCATGAACATACGGGGGAGCTGGTCAACAATATTTTAGGGAGCCACGTAG
TGAAGGACGAATGGGAATCAGGTTCGAACACAAACACATACTTTGATTTAGATGGTTTGA
TTGATCTTGACGAAGACGACAACATATTCTCAAGTCGATGGTTTGATCTTCAAGTGCAAT
AAACTAAAGTAATCACACTTTGCCCTAATATCTTGGGCTTCTGCTAAAATTGCAATGGTT
CCTTTTGGTTCTGATGATTTAATCATACGGTCGACTTGGGATGTAACAAGACATGGTTTG
AGACATTGACCATCGTGATGCCCCACTTGAGACATATAG
TTGG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1ER76JQ 600 0 0
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AGCTGGTCAACAATATTTTAGGGAGCCACGTAGTGAAGGACGAATGGGAATCAGGTTCGA
ACACAAACACATACTTTGATTTAGATGGTTTGATTGATCTTGACGAAGACGACAACATAT
TCTCAAGTCGATGGTTTGATCTTCAAGTGCAATAAACTAAAGTAATCACACTTTGCCCTA
ATATCTTGGGCTTCTGCTAAAATTGCAATGGTTCCTTTTGGTTCTGATGATTTAATCATA
CGGTCGACTTGGGATGTAACAAGACATGGTTTGAGACATTGACCATCGTGATGCCCCACT
TGAGACATATAGGTTGGGGTATGTACATGATTTATATAGATATCATGTACACTAATACAC
ATGTTTGGATTGTTTTTGGGTGCCCTTTGGCTGACTTTGCCAATAAAGAGTGTGCAATGA
AGAGTTTAACTTGGAGGACTGATTTTGCCATGAGAAGTAAGAGTTTGAGTTATGTAAAAA

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL6209Contig1 552 2 3 U
GGATTCCAAACAATCAGTTCATTTGCATTGTGTGCAAGCTTTCAGTTTTGTTTCTTCATC
TCCCCAAACTCTTCTCAAAGTTGTAAACCTTTATCGAAGCAGATTTAAGAAAAAAAGAAT
CAACCTCGCTAAGAATGAAGATGAAGTTGGCTGTCATTCAATTCTTCATTATCTCTCTTC
TCCTCTCATCTTCTTTGTTTATGCTTTCAGACGCAGATTCGTCACAATGCAATGGAAAAT
GCAATGCGAGATGCTCAAAGGCCGGAAGACAAGATCGGTGTCTCGAGTATTGCAATATAT
GTTGCGAGAAGTGTGATGATCATTGTGTTCCCTCAGGCACTTATGGAAACAAAGATGAGT
GTCCTTGTTACCGCGATATGAGGAACTCCAAAGGCCAACCCAAATGTCCTTGAACATGTC
TGGAAGATCATTCTCTCATAGACACCATATCTTTATAAACCACATAAATATTTACAATTG
TCGTTAAAACATGAAATAATGAGTTCTATATATTCATATGTATGATGATGTGAAAACACT
TGACAATAAACG


BQ
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AF RR1FT63TF U 168
AF RR1FT63JQ C 1
BS 1 167 RR1FT63JQ
BS 168 335 RR1FT63TF
BS 336 552 RR1FT63JQ

RD RR1FT63TF 168 0 0
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TGCAATGGAAAATGCAATGCGAGATGCTCAAAGGCCGGAAGACAAGATCGGTGTCTCGAG
TATTGCAATATATGTTGCGAGAAGTGTGATGATCATTGTGTTCCCTCA

QA 1 168 1 168
DS 

RD RR1FT63JQ 552 0 0
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TCCCCAAACTCTTCTCAAAGTTGTAAACCTTTATCGAAGCAGATTTAAGAAAAAAAGAAT
CAACCTCGCTAAGAATGAAGATGAAGTTGGCTGTCATTCAATTCTTCATTATCTCTCTTC
TCCTCTCATCTTCTTTGTTTATGCTTTCAGACGCAGATTCGTCACAATGCAATGGAAAAT
GCAATGCGAGATGCTCAAAGGCCGGAAGACAAGATCGGTGTCTCGAGTATTGCAATATAT
GTTGCGAGAAGTGTGATGATCATTGTGTTCCCTCAGGCACTTATGGAAACAAAGATGAGT
GTCCTTGTTACCGCGATATGAGGAACTCCAAAGGCCAACCCAAATGTCCTTGAACATGTC
TGGAAGATCATTCTCTCATAGACACCATATCTTTATAAACCACATAAATATTTACAATTG
TCGTTAAAACATGAAATAATGAGTTCTATATATTCATATGTATGATGATGTGAAAACACT
TGACAATAAACG

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

CO CL6210Contig1 929 2 2 U
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CTCCAGTTGATTTCATCTTTTCTGTAATTACTCCTACCTCTTCTATCTGCAAAAAGACAT
TTGGTCAAGAAACATAACATATTAGTTCCCAAGAAAATAGGGGAATCAATGATGACTCAC
CTGCTCCTTGGGATCCAGAACCCGTCCTGAACATTAATCAAACACCAAATGACTCAGATA
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AGAGTCAAGGCTTGATGAAGACTCAGTTTCAGAGTCTCTCCTTGAATTACTAATCTGTGT
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AAAAAGGTTTAACAGTAAAAACATATCCCTAGATGTGTATAAAACTCAGTACTTTTAATC
TCTAACTAAGACACCTTTTAGAAAGAAAAAAAAAAAGTTATTTTGCTTGGAAAGAGGTGA
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ATCTCCATTTCTGTTGAGCTCATAACCATGGTTGCTGCTAAAGTCGCTTAATTCAGACTT
CCAAGAATCCTTTTGCTGTGCATCATAGGTTGTTCAGGCAGATCAGTAAGATGAAAGGTT
TTTAATTTATCTACAATCTACTGAACTAG


BQ
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AF RR1FW83TF U 1
AF RR1FW83JQ C 347
BS 1 561 RR1FW83TF
BS 562 929 RR1FW83JQ

RD RR1FW83TF 561 0 0
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CTCCAGTTGATTTCATCTTTTCTGTAATTACTCCTACCTCTTCTATCTGCAAAAAGACAT
TTGGTCAAGAAACATAACATATTAGTTCCCAAGAAAATAGGGGAATCAATGATGACTCAC
CTGCTCCTTGGGATCCAGAACCCGTCCTGAACATTAATCAAACACCAAATGACTCAGATA
ACGCAACAGGAAAAGATGTAAAGATCCTTTCATTTAGGATAACATGGTGTTGGGGAGATG
TGTGTACCTTCTTAGAGGAGGCAAGTTGTCAGATGCAGATGATCTGCGAGGAGGATTCCT
AGAGTCAAGGCTTGATGAAGACTCAGTTTCAGAGTCTCTCCTTGAATTACTAATCTGTGT
CATGCTCTGTAAACACAAAATAATAATGTTGATAAATTAAACAAAGCAAGACAAATGATA
AAAAAGGTTTAACAGTAAAAACATATCCCTAGATGTGTATAAAACTCAGTACTTTTAATC
TCTAACTAAGACACCTTTTAG

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1FW83JQ 583 0 0
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TTACTAATCTGTGTCATGCTCTGTAAACACAAAATAATAATGTTGATAAATTAAACAAAG
CAAGACAAATGATAAAAAAGGTTTAACAGTAAAAACATATCCCTAGATGTGTATAAAACT
CAGTACTTTTAATCTCTAACTAAGACACCTTTTAGAAAGAAAAAAAAAAAGTTATTTTGC
TTGGAAAGAGGTGAGGTATTAACGACAAAGTACAAATTTGAGCTTTTCTAGGTAAAGCTT
GAATGTCTATTGTTAATCTGACTTCTTGAGTTCCTTCTTTTCTGTAAACATATATATTGA
CAGGGAATAAAGAGAAAAGAAGATACCTCGAACTTCAAGAATCCTTCAAGAACATCGAGA
AGGAGAGGTGCGCTATCTCCATTTCTGTTGAGCTCATAACCATGGTTGCTGCTAAAGTCG
CTTAATTCAGACTTCCAAGAATCCTTTTGCTGTGCATCATAGGTTGTTCAGGCAGATCAG
TAAGATGAAAGGTTTTTAATTTATCTACAATCTACTGAACTAG

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL6211Contig1 924 2 2 U
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ATTTGCTTTCGGTATATGGATTTCTCCAGAGGGCGGATGAGGTGAGCAGAATCTGGAAGA
TATGCGAAGACAACAACCCTTATTATAAAGAGTGCCTTGCTGCAATCCTGGCGTTTGGAA
AGATTAATAAAGTCAAAGAAGCAGAGGCGGTTTTCGAGAAGTCGATAAAGATGAGCACTA
GAGTTTCCTCAGGGATGTACTCTGTCCTCTTGAGAGTTTGCGTGGATCACAAGATGGTCT
CTGAGGGCAAGGATCTGGTTAAGAGGATGTTGGACAGCGGGTGCAACATCGGGGCCTTGA
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CGCTGAGCAAGGCAACACAGTTGAAACAGATAAAGCCCTTGATGAGCTCCTTCATGTGCG
TGATGGACGAGTATGCGAGAAGAGGTGATGTTCACAACACTGAGAAAATCTTCCAGAGGA
TGAGGCAATCTGGCTATCTTTCACGCTTCAGGCAGTTTCAGTCCCTTATCCAGGCTTATG
TCAATGCCAAAGCTCCAGCTTATGGAATGAAGGACAGAATGGAAGCTGATAACGTCTTCC
CTAACAGAGGATTGGCTGTTCTGCTCGCTAACGCCGATCCCTTTAAGAAGACGCCTCTCT
CTGATCTCCTGGATTGAGTTTAACACTGCTATTACTACTACGTTACATATTCTGCTTTTT
TGTGAATCTTTGGTTTGATTGATTCGCTTTCTATCCATGTTAAAGTAGAAACTTCAGTAG
CATTCTTAGTTTAAATTGAAGCATTTTAGTATATGTTATAAACTCTGTATGGTTGCTTTT
TTGCCCAATGGTATGGTTTTTTTT


BQ
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AF RR1BI70TF U 1
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BS 1 865 RR1BI70TF
BS 866 924 RR1BI70JQ

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AGATTAATAAAGTCAAAGAAGCAGAGGCGGTTTTCGAGAAGTCGATAAAGATGAGCACTA
GAGTTTCCTCAGGGATGTACTCTGTCCTCTTGAGAGTTTGCGTGGATCACAAGATGGTCT
CTGAGGGCAAGGATCTGGTTAAGAGGATGTTGGACAGCGGGTGCAACATCGGGGCCTTGA
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TGAGGCAATCTGGCTATCTTTCACGCTTCAGGCAGTTTCAGTCCCTTATCCAGGCTTATG
TCAATGCCAAAGCTCCAGCTTATGGAATGAAGGACAGAATGGAAGCTGATAACGTCTTCC
CTAACAGAGGATTGGCTGTTCTGCTCGCTAACGCCGATCCCTTTAAGAAGACGCCTCTCT
CTGATCTCCTGGATTGAGTTTAACACTGCTATTACTACTACGTTACATATTCTGCTTTTT
TGTGAATCTTTGGTTTGATTGATTCGCTTTCTATCCATGTTAAAGTAGAAACTTCAGTAG
CATTCTTAGTTTAAATTGAAGCATT
CT

QA 1 865 1 865
DS 

RD RR1BI70JQ 539 0 0
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TGATGTTCACAACACTGAGAAAATTTTCCAGAGGATGAGGCAATTTGGCTTTTTTTCACG
CTTCAGGCAGTTTCAGTCCCTTATCCAGGCTTATGTCAATGCCAAAGCTCCAGCTTATGG
AATGAAGGACAGAATGGAAGCTGATAACGTTTTCCCTAACAGAGGATTGGCTGTTTTGCT
CGCTAACGCCGATCCCTTTAAGAAGACGCCTCTTTTTGATTTCCTGGATTGAGTTTAACA
CTGCTATTACTACTACGTTACATATTTTGCTTTTTTGTGAATTTTTGGTTTGATTGATTC
GCTTTCTATCCATGTTAAAGTAGAAACTTCAGTAGCATTTTTAGTTTAAATTGAAGCATT
TTAGTATATGTTATAAACTCTGTATGGTTGCTTTTTTGCCCAATGGTATGGTTTTTTTT

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 2

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GGGACTTGACATTGTGAAGGATGAATTGCGAGGAGGGACGCCTAAAAAGAAGCACCTCGA
ATACACACCTCCCCCACCATTTACAGGTGTGAGAAGTACAAGAACGGATCTGGTTGTTAC
TCCAACTAAACAGTCCAAGTGGCAAAAGAAGTGGGAATCTTTAAGAGAGAAGATGCAAGC
TCATCCTGCTTTTAAACGTCTAAGCGGGATAAGTGAGCCTGTCGTCAGCAAAAGCCAAGA
GATTGCAGAAGATGTTGTGGAAAGATGGGAAACTAGTGACAACCCCATTGTTCACAAAAT
TCAGGACTTAAATGAAGCAGTGTTTAACGAGACAGATTCTGGATCAACTTACAAGGAGAT
ACGCCGCCGAGATCCAACCTTCTCCTTGACGGACTTTGCTGCAGAAGTTCACGAAGCCAT
CAAACCAGTCTTGAGTGCATATAGCAAGGGAGATGCTGAGACGTTGAAGAAGTATTGCAG
CGGGGAAGTGATTGAGCGGTGCACGGCAGAGCTCGCAGCTTTAAAAGGCCATGATCTTTT
TTTCGATCACAAGATTCTGCATATATCGGAAGTAGAAGTTGAAGAGACAAAGATGATGGG
AACTACGCCCACAATCATCGTCAGGTTCCAAACGCAAGAAATATTCTGTGTGCGCGACAA
GAATGGCAACATCAAAGAAGAAGGCCAGGATACAATACACTCGGTGTACTACAAGTGGGC
AATGCAACAGGTGGACGCAGGGGAGGAATCTATGTATCCCATTTGGAGGCTCAGAGATGT
CTGTAAACTTGGTGCTGCCCAGGCTCTTATTTAATATCGTTCGTTGGTTTATTACCACCT
TTAAGCAAAGCCTCTTTATATAATTTTTTCTGCAACGTATCAGTAGAGTATTATTTACTC
AGAATCTTTGTTCACTCTTTACCCTCATTTTCGTTTTCTTCTTCTCTCGGGAAGAATTGG
GTTCCCATGTTTCCGGGGTATAAGTTTTGACATGTATTTGATTAGTCCCCTATGTCTCTT
TTTCTGGAGGTTCTTCTTACTTTTGTTAGTCAGTCCTAAGGGGATAAAACACTCTTTGGA
AAATAAGAAACATCTATCATCTTTTGCT


BQ
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AF RR1G582TF U 1
AF RR1G582JQ C 383
BS 1 624 RR1G582TF
BS 625 625 RR1G582JQ
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TCATCCTGCTTTTAAACGTCTAAGCGGGATAAGTGAGCCTGTCGTCAGCAAAAGCCAAGA
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TCAGGACTTAAATGAAGCAGTGTTTAACGAGACAGATTCTGGATCAACTTACAAGGAGAT
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CAAACCAGTCTTGAGTGCATATAGCAAGGGAGATGCTGAGACGTTGAAGAAGTATTGCAG
CGGGGAAGTGATTGAGCGGTGCACGGCAGAGCTCGCAGCTTTAAAAGGCCATGATCTTTT
TTTCGATCACAAGATTCTGCATATATCGGAAGTAGAAGTTGAAGAGACAAAGATGATGGG
AACTACGCCCACAATCATCGTCAG*TTCCAAACGCAAGAAATATTCTGTGTGCGCGACAA
GAATGGCAACATCAAAGAAGA**GCCAGGATACA*TACACTCGGTGTACTACAAGTGGGC
AATGCAACAG
TGGAC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1G582JQ 726 0 0
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ACGGCAGAGCTCGCAGCTTTAAAAGGCCATGATCTTTTTTTCGATCACAAGATTCTGCAT
ATATCGGAAGTAGAAGTTGAAGAGACAAAGATGATGGGAACTACGCCCACAATCATCGTC
AGGTTCCAAACGCAAGAAATATTCTGTGTGCGCGACAAGAATGGCAACATCAAAGAAGGA
GGCCAGGATACAATACACTCGGTGTACTACAAGTGGGCAATGCAACAGGTGGACGCAGGG
GAGGAATCTATGTATCCCATTTGGAGGCTCAGAGATGTCTGTAAACTTGGTGCTGCCCAG
GCTCTTATTTAATATCGTTCGTTGGTTTATTACCACCTTTAAGCAAAGCCTCTTTATATA
ATTTTTTCTGCAACGTATCAGTAGAGTATTATTTACTCAGAATCTTTGTTCACTCTTTAC
CCTCATTTTCGTTTTCTTCTTCTCTCGGGAAGAATTGGGTTCCCATGTTTCCGGGGTATA
AGTTTTGACATGTATTTGATTAGTCCCCTATGTCTCTTTTTCTGGAGGTTCTTCTTACTT
TTGTTAGTCAGTCCTAAGGGGATAAAACACTCTTTGGAAAATAAGAAACATCTATCATCT
TTTGCT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL6213Contig1 1228 2 2 U
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GAGGTTAAGAGTGTTAGTACTCTAATGGGAGAGATGTCTTCTGTCCCAGCAGCTAAATTG
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ATTGTCTCAACACCAGTTAAATCTGTGTCGATTTCAGCTAGTGTACTTTCAACGCCAGCT
AAAACTGACCCTGCACCAGTTATTGCTGCTTCAACTCCACCTGAATGTGCCTCAACTCCT
GCCCGGCTCTTCAGTACATCACTTGCATTTCGTCTACAGAAAAGGAGCAGCGGTGATACA
AGTCCGGATGATATTTCTACTGATCCACCGGCTAAGCTGGCGAGGCGTTCCTCACTAAGC
TCATCAAGGTCGCTTAACTTTGATTCTTATACAGAGGACGAGAAAGATGATGCTGATGAA
GACGTTGACCAAGTACCAGAGGAAGATGCATCCAGCGATGACGAAATACTCAGCATACTT
CCTCATAAACTTCGACAATCGATTAAAGAACAAGAGAGGAAAGCGATTGAGGAATCAAAT
CCAGCAATCTCAGAGGCAAAGAGAAGGCGAAAGATGATAGCTTGTCTACCTAAACTTTTC
AACGTCATCCATTACTTGATTCAGTCAATAAGGCGTTGGGTGATCACCAAAGAAGAGCTT
GTGCACAAGATTATCGCCGGTCATTCCGACATTACCGACAGAAAAGAAGTTGAAGAACAG
CTTATCTTAATGCAAGAGCTCGTTCCCGAATGGATTTTTGAGAAAAGATCATCAAGTGGA
GATTTACTAGTATGCATAAACAAGTTGGCATCTCCCCAAACAATCCGGTCTCATCTAGAA
GAAGAAAACAAGAAAGCTGTTGCTCCATCATGCCCTTGAGACTTGCAGTTTTTTCGTCGG
CTGCGTTTTGGACTTTAAATATTCGAGAGAGAGAGAGGCGTGTTAGAGGTTAGGTAAAGT
ATTGAAGTTCAAGTTGTGGACGTAGTTCAAGTATAAGTTCAAAGGGAAGTGTAATAAAAG
GGTGAAAACAATTAAATCTTATTTAACA


BQ
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AF RR1AR48TF U 1
AF RR1AR48JQ C 529
BS 1 667 RR1AR48TF
BS 668 1228 RR1AR48JQ

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CCTCATA

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DS 

RD RR1AR48JQ 700 0 0
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GATGCTGATGAAGACGTTGACCAAGTACCAGAGGAAGATGCATCCAGCGATGACGAAATA
CTCAGCATACTTCCTCATAAACTTCGACAATCGATTAAAGAACAAGAGAGGAAAGCGATT
GAGGAATCAAATCCAGCAATCTCAGAGGCAAAGAGAAGGCGAAAGATGATAGCTTGTCTA
CCTAAACTTTTCAACGTCATCCATTACTTGATTCAGTCAATAAGGCGTTGGGTGATCACC
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TCATCAAGTGGAGATTTACTAGTATGCATAAACAAGTTGGCATCTCCCCAAACAATCCGG
TCTCATCTAGAAGAAGAAAACAAGAAAGCTGTTGCTCCATCATGCCCTTGAGACTTGCAG
TTTTTTCGTCGGCTGCGTTTTGGACTTTAAATATTCGAGAGAGAGAGAGGCGTGTTAGAG
GTTAGGTAAAGTATTGAAGTTCAAGTTGTGGACGTAGTTCAAGTATAAGTTCAAAGGGAA
GTGTAATAAAAGGGTGAAAACAATTAAATCTTATTTAACA

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

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AGAGTAGGCTTATTAAAAAGAAGTTGGAGGTTTGTCTTAACCATTACCAAGATGGCTATG
AGTGGCTAACCTCAGGTTTGAATTACGTCAAAGAGAAGGATCTTGAGTTGGCTTCAGATG
ATTTGGGGATGGCAAATAAGGCAGTAACCGATTGCGGAGAGAGATTCAGAAAAGGCGAAA
TAAATCCCTTTAAAAAAGAGAATATCGTCCTCTACGTAATGACCAATATTCCTTACATGA
TTAGTGCGATGGATGATTGTGAGACGAGCAAAGGCGGTTGCACGTAGAGACTTACGGGGG
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CTCTCAATTCA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES58TF U 1
AF RR1ES58JQ C 226
BS 1 655 RR1ES58TF
BS 656 671 RR1ES58JQ

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CAAGCGTGATGGATTCAGAAAATATCCTTAAGCTTTGCATCACATCTCTTAAAGAGGATC
CAGAGACCAAGAAAGTGAGAAATAAGATTGAATTGGTCGTGGTAGGTACGAATAACGCGA
TGTCTAACATAACAAACATGAAAAGAACTGTGGAGAAGTTTATAAAAGAGAAGAGATATA
AGAGTAGGCTTATTAAAAAGAAGTTGGAGGTTTGTCTTAACCATTACCAAGATGGCTATG
AGTGGCTAACCTCAGGTTTGAATTACGTCAAAGAGAAGGATCTTGAGTTGGCTTCAGATG
ATTTGGGGATGGCAAATAAGGCAGTAACCGATTGCGGAGAGAGATTCAGAAAAGGCGAAA
TAAATCCCTTTAAAAAAGAGAATATCGTCCTCTACGTAATGACCAATATTCCTTACATGA
TTAGTGCGATGGATGATTGTGAGACGAGCAAAGGCGGTTGCACGTAGAGACTTACGGGGG
GCACGTGCCCCGATCTCTTTTTTATTTTCCTTCCCTAGTTTACATTGAATTTGTG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1ES58JQ 446 0 0
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AAGAGAAGAGATATAAGAGTAGGCTTATTAAAAAGAAGTTGGAGGTTTGTCTTAACCATT
ACCAAGATGGCTATGAGTGGCTAACCTCAGGTTTGAATTACGTCAAAGAGAAGGATCTTG
AGTTGGCTTCAGATGATTTGGGGATGGCAAATAAGGCAGTAACCGATTGCGGAGAGAGAT
TCAGAAAAGGCGAAATAAATCCCTTTAAAAAAGAGAATATCGTCCTCTACGTAATGACCA
ATATTCCTTACATGATTAGTGCGATGGATGATTGTGAGACGAGCAAAGGCGGTTGCACGT
AGAGACTTACGGGGGGCACGTGCCCCGATCTCTTTTTTATTTTCCTTCCCTAGTTTACAT
TGAATTTGTGAAAGGCTCTCAATTCA

QA 1 446 1 446
DS 



AS 1 2

CO CL6215Contig1 897 2 2 U
GGGGAAGAAAAAAAACAATTCACAGTCGCTCCGGTCCGGCGGCGCTTGAGCGCTCGTTCG
GTGCCGGAGCCTCCTCTCTCTTTACCCTTTGTTGTTTCCTTTGCTCTTTCACCTGTCTCT
CTTTCCCCATCCGATATGGTCTTGGATCTGCGTTAGGGTTTTGTCGGTGGATTCACGCCG
AGGATGGGTGAGTAGGTCGTGGTGGTTGGAGTCGGTGATTATGGCCTCAAAAGTAGATCG
CTTTCTCTCTAGATCTGCTCTGGGACAAGCAATAGTGGCCAGTGTGGAGGGATGCGTAAG
GTTTAGCTGCGGACGTACCTTGGCGTCTTGCTTGGGATTCGGAGTGCTGCCTCTGTTCTT
TGGAGTCAACGGCTCGTCTCGGTGGTTGCTCATCGGTGATGGTAAGAACTTTTGGCGAGT
CCAACTTTAATTTTGAGAGGATTGGAAGGAGATAGTTGTTTATTGGAGTGAAGGCTCCTT
TGTTAGTCGATTGCCATTGAGTTGATAGTGATAGTCCTGGATTTGGAGTGGTTTTTATCC
TGTTACTGGCTGTGAATAAGACGTGTTCTAGAAGCTTTTAAACGCTTCGCTGGGGGGTGG
TAGTGCGTGGAGAATCCGTTCAAGGTCCAATGGCGAGTCTTAGTTGGGATTGAAGGGTGT
ATACAGCGACGGTTAAGGATTCTAACCTCTCTCGATTCAGTTTATGTGTTGGCGATGTCT
GTGTGCTTCATGTCTATCTCGTTGCTCTTCTCATCTTGTGCTAATTGTGGATGAATTCTC
GTTAGGTTGAGCACTCCTATCCTGGAGTTATGTTTTACTATCCTGCCTCTCGTCACCTTT
TTCTTGTCTTTGTTAGCTGTAAGAATTTATGTTTTATCCACCTTTTGTTTCCTGATG


BQ
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AF RR1F725TF U 1
AF RR1F725JQ C 129
BS 1 558 RR1F725TF
BS 559 897 RR1F725JQ

RD RR1F725TF 558 0 0
GGGGAAGAAAAAAAACAATTCACAGTCGCTCCGGTCCGGCGGCGCTTGAGCGCTCGTTCG
GTGCCGGAGCCTCCTCTCTCTTTACCCTTTGTTGTTTCCTTTGCTCTTTCACCTGTCTCT
CTTTCCCCATCCGATATGGTCTTGGATCTGCGTTAGGGTTTTGTCGGTGGATTCACGCCG
AGGATGGGTGAGTAGGTCGTGGTGGTTGGAGTCGGTGATTATGGCCTCAAAAGTAGATCG
CTTTCTCTCTAGATCTGCTCTGGGACAAGCAATAGTGGCCAGTGTGGAGGGATGCGTAAG
GTTTAGCTGCGGACGTACCTTGGCGTCTTGCTTGGGATTCGGAGTGCTGCCTCTGTTCTT
TGGAGTCAACGGCTCGTCTCGGTGGTTGCTCATCGGTGATGGTAAGAACTTTTGGCGAGT
CCAACTTTAATTTTGAGAGGATTGGAAGGAGATAGTTGTTTATTGGAGTGAAGGCTCCTT
TGTTAGTCGATTGCCATTGAGTTGATAGTGATAGTCCTGGATTTGGAGTGGTTTTTATCC
TGTTACTGGCTGTGAATA

QA 1 558 1 558
DS 

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CTAGATCTGCTCTGGGACAAGCAATAGTGGCCAGTGTGGAGGGATGCGTAAGGTTTAGCT
GCGGACGTACCTTGGCGTCTTGCTTGGGATTCGGAGTGCTGCCTCTGTTCTTTGGAGTCA
ACGGCTCGTCTCGGTGGTTGCTCATCGGTGATGGTAAGAACTTTTGGCGAGTCCAACTTT
AATTTTGAGAGGATTGGAAGGAGATAGTTGTTTATTGGAGTGAAGGCTCCTTTGTTAGTC
GATTGCCATTGAGTTGATAGTGATAGTCCTGGATTTGGAGTGGTTTTTATCCTGTTACTG
GCTGTGAATAAGACGTGTTCTAGAAGCTTTTAAACGCTTCGCTGGGGGGTGGTAGTGCGT
GGAGAATCCGTTCAAGGTCCAATGGCGAGTCTTAGTTGGGATTGAAGGGTGTATACAGCG
ACGGTTAAGGATTCTAACCTCTCTCGATTCAGTTTATGTGTTGGCGATGTCTGTGTGCTT
CATGTCTATCTCGTTGCTCTTCTCATCTTGTGCTAATTGTGGATGAATTCTCGTTAGGTT
GAGCACTCCTATCCTGGAGTTATGTTTTACTATCCTGCCTCTCGTCACCTTTTTCTTGTC
TTTGTTAGCTGTAAGAATTTATGTTTTATCCACCTTTTGTTTCCTGATG

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL6216Contig1 1440 2 2 U
GTCTCAACTTCTTCACAGATCCGTCTTAGGAGAAAAATGGCGGATACGATACCGTTTTAT
CTCAACATCGTGGCGTTTCTATGCACTGTTGGAGCCATTGCCTTGGCTATATTTCACATC
TACAGGCATCTCTTGAACTACACTGAGCCAACTTACCAGAGATACATCGTACGCATCGTC
TTCATGGTCCCGGTTTATGCCTTCATGTCATTCCTGTCTCTTGTGCTCCCTGCAAGCTCC
ATATACTTTGATTCCATACGAGAAGTTTATGAAGCATGGGCCATTTACAACTTCCTATCA
CTGTGTTTGGCTTGGGTTGGTGGTCCAGGAGCAGTGGTTCTTAGTTTAAGCGGTCGCTCT
CTACAACCATCATGGTGTCTCATGACTTGTTGCTTCCCTCCATTGGCATTGGACGGGCGT
TTTATTAGGAGATGCAAGCAAGGTTGTCTGCAATTTGTGATCCTGAAGCCTATCCTAGTG
GCTGTCACACTTGTGCTCTACGCAAAAGGGAAGTACAAGGATGGAAACTTTAACCCTGAC
CAGGCGTATCTTTATCTCACCATCATATACACTATATCCTACACGGTGGCTTTGTACGCG
CTCGTGCTGTTTTACATGGCGTGCAGAGATCTTCTCCAGCCGTTCAATCCTGTCCCAAAG
TTTGTGATCATTAAGTCTGTGGTCTTTCTGACCTATTGGCAGGGTGTTCTAGTTTTTCTT
GCTGCAAAATCTGGATTCATACAAACCGCAGAGGAAGCAGCTCATTTTCAAAATTTCATA
ATATGTGTGGAGATGCTAATCGCTGCAGCATGCCATTTCTATGCTTTTCCATACAAGGAG
TACGCGGGTGCCAATGTTGGTGGACCTCGCAGCTTCTCAGGGAGCCTATCACATGCTGTA
AAACTAAATGACTTTTACCATGACACTGTTCACCAGTTTGCACCTACGTATCACGATTAC
GTGCTCTATAACCATAATGAGGGTGGTACTGGTGACGAAGGGACAAAGAAGTACCGGTCG
AGAACCTTTGTGCCAACTGGTCAAGAGATGGATGCAATGAGAAAGAACAAACCAGTGTAT
GCAAACAAGATTGATGGTGTTTCGGTTTCGAGTAGTTTATCTTCAGGGGCAAGCTCACCG
AAAAGCTCCAGCGTAGCATCTGATCCTGCGCGTTCTGAAGCTGTGAAATCTTCCTTGATT
GTTGACGCCTCGGATTCTCTTGATACGATGTATGATATGACGCTCATTGACATTGATATA
TCTAGTTTCCCAAGCAATGTTCCCTCAGCAAATGAAAGTGGGCCTAGATAGGAGCTGAAA
TGAGATGTAGAAAGTACCATTAAATGTACAAAACATGCTCCTAATAGCTTCTCAGGTGTG
TTCTTAGTTGGAAGATGTTTAGTACTCCCTCCGTTTGATTATAAATGAAGTTTTAGAGCT


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AX01TF U 1
AF RR1AX01JQ C 613
BS 1 774 RR1AX01TF
BS 775 1440 RR1AX01JQ

RD RR1AX01TF 774 0 0
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CTCAACATCGTGGCGTTTCTATGCACTGTTGGAGCCATTGCCTTGGCTATATTTCACATC
TACAGGCATCTCTTGAACTACACTGAGCCAACTTACCAGAGATACATCGTACGCATCGTC
TTCATGGTCCCGGTTTATGCCTTCATGTCATTCCTGTCTCTTGTGCTCCCTGCAAGCTCC
ATATACTTTGATTCCATACGAGAAGTTTATGAAGCATGGGCCATTTACAACTTCCTATCA
CTGTGTTTGGCTTGGGTTGGTGGTCCAGGAGCAGTGGTTCTTAGTTTAAGCGGTCGCTCT
CTACAACCATCATGGTGTCTCATGACTTGTTGCTTCCCTCCATTGGCATTGGACGGGCGT
TTTATTAGGAGATGCAAGCAAGGTTGTCTGCAATTTGTGATCCTGAAGCCTATCCTAGTG
GCTGTCACACTTGTGCTCTACGCAAAAGGGAAGTACAAGGATGGAAACTTTAACCCTGAC
CAGGCGTATCTTTATCTCACCATCATATACACTATATCCTACACGGTGGCTTTGTACGCG
CTCGTGCTGTTTTACATGGCGTGCAGAGATCTTCTCCAGCCGTTCAATCCTGTCCCAAAG
TTTGTGATCATTAAGTCTGTGGTCTTTCTGACCTATTGGCAGGGTGTTCTAGTTTTTCTT
GCTGCAAAATCTGGATTCATACAAACCGCAGAGGAAGCAGCTCATTTTCAAAAT

QA 1 774 1 774
DS 

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GGATTCATACAAACCGCAGAGGAAGCAGCTCATTTTCAAAATTTCATAATATGTGTGGAG
ATGCTAATCGCTGCAGCATGCCATTTCTATGCTTTTCCATACAAGGAGTACGCGGGTGCC
AATGTTGGTGGACCTCGCAGCTTCTCAGGGAGCCTATCACATGCTGTAAAACTAAATGAC
TTTTACCATGACACTGTTCACCAGTTTGCACCTACGTATCACGATTACGTGCTCTATAAC
CATAATGAGGGTGGTACTGGTGACGAAGGGACAAAGAAGTACCGGTCGAGAACCTTTGTG
CCAACTGGTCAAGAGATGGATGCAATGAGAAAGAACAAACCAGTGTATGCAAACAAGATT
GATGGTGTTTCGGTTTCGAGTAGTTTATCTTCAGGGGCAAGCTCACCGAAAAGCTCCAGC
GTAGCATCTGATCCTGCGCGTTCTGAAGCTGTGAAATCTTCCTTGATTGTTGACGCCTCG
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AGATGTTTAGTACTCCCTCCGTTTGATTATAAATGAAGTTTTAGAGCT

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

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AGGAGATCGAGGAAGAAGAGACGCGCAAGATGCCGTACCTGAAGGCGGTGGTGTTGGAAG
GTCTCAGGAGGCATCCTCCTGGACATTTCGTGCTCCCGCACAGCGTCACAGAGGACACTG
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GGAGAGATCCCGCGGTTTGGGATGAGCCAATGGCGTTTAAGCCTGAGAGGTTCATTGGAG
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AGCTGGAGTTCACTGTCGTTATGAAGCATCCGCTTAAGGCTCGTGCTGTGCCCAGGAGAA
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ATAATATGACCCTATGTGTACTTTGTTTGCTGGACTCAAACTGCGCAACCACATTTTCAT
CTGTTATGGAGTAGATGATAAATAAAATAAAAACTTCTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ET02TF U 1
AF RR1ET02JQ C 140
BS 1 572 RR1ET02TF
BS 573 821 RR1ET02JQ

RD RR1ET02TF 572 0 0
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TGCTGGGAGGGTACAAGGTACCCAAGAGAGGGACTGTTAACTTCATGGTGGCTGAGATAG
GGAGAGATCCCGCGGTTTGGGATGAGCCAATGGCGTTTAAGCCTGAGAGGTTCATTGGAG
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ATATGGTGAAGGAGTTTGAGTGGAAAGAAGTC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1ET02JQ 682 0 0
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GTGGAAGGAAGTCAAAGGTTATGGAGTTGACTTGACTGAGAAGCTGGAGTTCACTGTCGT
TATGAAGCATCCGCTTAAGGCTCGTGCTGTGCCCAGGAGAAGTTAGACAAGGATCGTGTT
CGATTCTCTTCTTTGGTTTAGTTTATTGTTCTCAAGATTTGATAATATGACCCTATGTGT
ACTTTGTTTGCTGGACTCAAACTGCGCAACCACATTTTCATCTGTTATGGAGTAGATGAT
AAATAAAATAAAAACTTCTATT

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CO64TF C 1
AF RR1CO64JQ U 97
BS 1 96 RR1CO64TF
BS 97 529 RR1CO64JQ

RD RR1CO64TF 529 0 0
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AAGTGAAATGAATCATCATCACATTATTGGATTTTCCTACATTTTAAAAAAAAAAACGTC
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CAAACCCAAAAATTATTTCCCGCTGGATTTGTCTACTCAAAACCACAGAAGCTTAAACTT
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CCTCTTTCACTGTCAGTCCACACGAGTCTGCGATCCAGAAATAGCTAAACCCTTCCGCCG
GATCACCTTTGGTGTCAAGCTTGAAACGTTTCCATGAACTCTTGGGGAATATGCCGTGTG
TTACATATGCGCTTATCTTCGCTGCTCCATGTGCAGCTAGGACTTTCTGGCATTCGATTA
ACGTGCCACCTGACTGAACCAAATCATCGACTATCACGACATGTCTTCC

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1CO64JQ 433 0 0
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CTTCAAAAGGAGGCTTGTTCATCACCTCTTTCACTGTCAGTCCACACGAGTCTGCGATCC
AGAAATAGCTAAACCCTTCCGCCGGATCACCTTTGGTGTCAAGCTTGAAACGTTTCCATG
AACTCTTGGGGAATATGCCGTGTGTTACATATGCGCTTATCTTCGCTGCTCCATGTGCAG
CTAGGACTTTCTGGCATTCGATTAACGTGCCACCTGACTGAACCAAATCATCGACTATCA
CGACATGTCTTCC

QA 1 433 1 433
DS 



AS 1 2

CO CL6219Contig1 1086 2 2 U
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GTGACGAGAGAGAAAGAGAAACAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGT
TTGATCGTCCAGTTAGTTTCGTTTCCATAGTATAGAATGGATCTGGAGTTTAGTTCTTCT
GTAAGTTGTAGATCTGGGTTGGTGAAAGATGACGTTTCGGGATGTTCTCATCTTCGGGTC
GCGTCGTAGATCTGTGTTGGTTTTGTGGTGATTTGTCTCGTGGATGCTCTGAAGGCAAGT
CTCTTATGGTTTTCTCTTTATGCTTCATCGTGTGCTTCATAAAGGTTGAACATTTGGTCT
TGCGATGAAGGAACTGGTTTCAGGGGTGAAGAGCTTTGGCTAGTGTACAAGGATCGAAGG
ATCTGGTGTAACTAGTTGGAACGGACCTTCAAAGCTCCGGCAACAGTCGGTGTATCTGAT
TCCACCTCTCGTCTATTCCTGGTGATCCCGAGTCAGCTTGGTGATGTCTCTAATGTGATT
TTCTTTCTGTAGTGGTAATTGCAGTGATCTCTCGTCGATCTGTTCGGTAATGATGGTATC
AATTTGGTTTCGACCCTCGAGGCTTGTTTGTTTGGAGGTTTATGGTGGGCTTCTATCTAA
TGGTAAAGTGAATGTCAGAGAGTACGTTCAGACCATATCCGAAAGTTGTGTGAATCGTGA
AGCGATCCTTCTTGTCGGTTTGTGAAGCCCCGGTTTTAGTTGCGAGTAGGGATGGTATCG
TTCGGCAGGCCATATGCGGCAACGATAGATCCGGGTTAAGAAGACTTGGTGTCTTGGGTG
TCTTGGGTTCTACAAGTGGATGGAATCGGGTGGTTGTCCGAAGACAGCAGCGATTTATCC
AGCTCATTGCTTTTATCATTAAGGAAGTTTGTTGCATTAGTTTGTCTTTCCCGTCTTGGT
TTAGCCTTATCTTATTGTGTTTGTAAGCTGTCCCGTCGTGGGTTTTAGTTGCCTGTCTTT
GAGCTCTTGGTTCTGGGAAATTTTTGTTATCCGCCGGTTTGTGTAACAACCTTGTATTTC
ACTCTT


BQ
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TCCACCTCTCGTCTATTCCTGGTGATCCCGAGTCAGCTTGGTGATGTCTCTAATGTGATT
TTCTTTCTGTAGTGGTAATTGCAGTGATCTCTCGTCGATCTGTTCGGTAATGATGGTATC
AATTTGGTTTCGACCCTCGAGGCTTGTTTGTTTGGAGGTTTATGGTGGGCTTCTATCTAA
TGGTAAAGTGAATGTCAGAGAGTACGTTCAGACCATATCCGAAAGTTGTGTGAATCGTGA
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DS 

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AGTTGGAACGGACCTTCAAAGCTCCGGCAACAGTCGGTGTATCTGATTCCACCTCTCGTC
TATTCCTGGTGATCCCGAGTCAGCTTGGTGATGTCTCTAATGTGATTTTCTTTCTGTAGT
GGTAATTGCAGTGATCTCTCGTCGATCTGTTCGGTAATGATGGTATCAATTTGGTTTCGA
CCCTCGAGGCTTGTTTGTTTGGAGGTTTATGGTGGGCTTCTATCTAATGGTAAAGTGAAT
GTCAGAGAGTACGTTCAGACCATATCCGAAAGTTGTGTGAATCGTGAAGCGATCCTTCTT
GTCGGTTTGTGAAGCCCCGGTTTTAGTTGCGAGTAGGGATGGTATCGTTCGGCAGGCCAT
ATGCGGCAACGATAGATCCGGGTTAAGAAGACTTGGTGTCTTGGGTGTCTTGGGTTCTAC
AAGTGGATGGAATCGGGTGGTTGTCCGAAGACAGCAGCGATTTATCCAGCTCATTGCTTT
TATCATTAAGGAAGTTTGTTGCATTAGTTTGTCTTTCCCGTCTTGGTTTAGCCTTATCTT
ATTGTGTTTGTAAGCTGTCCCGTCGTGGGTTTTAGTTGCCTGTCTTTGAGCTCTTGGTTC
TGGGAAATTTTTGTTATCCGCCGGTTTGTGTAACAACCTTGTATTTCACTCTT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

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GCGTCTCGCATTTTCTTCCTACTTCACGCAGGATTGTTCAGTTCTCTAATGGCAAGGGGC
CAGGACCTGATGCACGTATAGTTTACATAGATGGTGCGTTTGATCTTTTCCATGCTGGCC
ATGTTGAGATTCTCAGGCGTGCTAGAGAGCTGGGAGACTTTCTTCTTGTTGGAATACATA
ATGACCAGACCGTCAGTGCTAAAAGAGGAGCGCACCGCCCAATAATGAATCTCCATGAAA
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AAGTGTCAAAAGATACGATCACAACATTTGACATTAAATGGGTAGTTCATGGGACAGTAG
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GGATATTCCAAGTTCTAGATAGCCCTCTTGATATCACAACATCAACCATAATCAGGAGGA
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TTAGAAGCTTTGCAAGACCCATTTTCTGGATGCAGTTTCTATGTAGGATGTTTCTGGATG
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GGTTTTAGCACCAATTGCCTTTCTTTTAGTTTCTTTCACTTTTTTGGGATGTTTCATTAT
GTTTTTTTTTTTTTTAACTTTGGTTTTTGCGTACTGCAAATATTTACAGGATTGTATCTG
TTTAGTGCTTTACTATCTCGAAATAAAACAAGGGACAAGTC


BQ
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AF RR1ED83TF U 1
AF RR1ED83JQ C 218
BS 1 651 RR1ED83TF
BS 652 1061 RR1ED83JQ

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TCAGTCATGGGCATGACAGTCCAAGGTTTAAGGACGGAGTTTCTTCTGCTGCTGGTACTC
GCGTCTCGCATTTTCTTCCTACTTCACGCAGGATTGTTCAGTTCTCTAATGGCAAGGGGC
CAGGACCTGATGCACGTATAGTTTACATAGATGGTGCGTTTGATCTTTTCCATGCTGGCC
ATGTTGAGATTCTCAGGCGTGCTAGAGAGCTGGGAGACTTTCTTCTTGTTGGAATACATA
ATGACCAGACCGTCAGTGCTAAAAGAGGAGCGCACCGCCCAATAATGAATCTCCATGAAA
GGAGCTTAAGCGTTCTGGCATGCCGCTATGTAGATGAGGTGATAATTGGTGCTCCATGGG
AAGTGTCAAAAGATACGATCACAACATTTGACATTAAATGGGTAGTTCATGGGACAGTAG
CCGAGAGCGATGACTTTCAAAGGGAGGAAGAGAATCCGTATGCAGTACCAATTAGCATGG
GGATATTCCAAGTTCTAGATAGCCCTCTTGATATCACAACATCAACCATAA

QA 1 651 1 651
DS 

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GTTTGATCTTTTCCATGCTGGCCATGTTGAGATTCTCAGGCGTGCTAGAGAGCTGGGAGA
CTTTCTTCTTGTTGGAATACATAATGACCAGACCGTCAGTGCTAAAAGAGGAGCGCACCG
CCCAATAATGAATCTCCATGAAAGGAGCTTAAGCGTTCTGGCATGCCGCTATGTAGATGA
GGTGATAATTGGTGCTCCATGGGAAGTGTCAAAAGATACGATCACAACATTTGACATTAA
ATGGGTAGTTCATGGGACAGTAGCCGAGAGCGATGACTTTCAAAGGGAGGAAGAGAATCC
GTATGCAGTACCAATTAGCATGGGGATATTCCAAGTTCTAGATAGCCCTCTTGATATCAC
AACATCAACCATAATCAGGAGGATTGTAGCGAACCATGAAGCCTATCAGAGACGTAATTT
GAAAAAGGAAGCTAGTGAGAAGAAGTACTACGAGCAGAAGGCTTTTGTGTCTGGCGACTG
ATAGACTCAAAATCTGTAAAAGGTTAGAAGCTTTGCAAGACCCATTTTCTGGATGCAGTT
TCTATGTAGGATGTTTCTGGATGAGACTACATATGACTTTGTCTGTTCTCTAGTTTACAG
TTTACATAAAGAGAGGCATTGATGGTTTTAGCACCAATTGCCTTTCTTTTAGTTTCTTTC
ACTTTTTTGGGATGTTTCATTATGTTTTTTTTTTTTTTAACTTTGGTTTTTGCGTACTGC
AAATATTTACAGGATTGTATCTGTTTAGTGCTTTACTATCTCGAAATAAAACAAGGGACA
AGTC

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 2

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ACGGGTCATCAAGACGGTAAGATCCGTGTCTGGAAAAACTCGCACAAGAATCCTCGAGTG
TACACACGCGCAGGGAGCTTACCGGCTTTGAAAGACGTGTTGAAGAAGTCAGTGAAGCCG
AGTAACTACGTGGAGGTGAGAAGACGTCGTACGGCGCTATGGATCAAACACTCCGACGCC
GTTTCGTGTTTGAGTCTTGTGGAAGATCAAGGGCTGTTATACTCCGCCTCATGGGATCGG
ACGGTCAAGGTTTGGCGCATTCACGATTTGAAATGTTTGGAATCTATTAAAGCTCATGAT
GACGCCGTCAACTCCGTCATAGCCGGTGGTTCCTGCGACGGTCTTGTGTTCACTGGCTCG
GCGGATGGAACGGTTAAGGTTTGGAAACGGGAGGTTTGCGGGAAGCGTACTGCGCATAGT
CTGGTTCAGACTTTGCTGAAACAAGAATCTGCTGTTACGGCTTTGGTCTCTAGCCACGTG
GCGGTTTATAGTGGTTCAAGCGACGGTGCTGTGAATTACTGGGAGATGGGAGAGAAGAAA
GTGTTGAAGCATTGTGGTGTTTTCAAGAAGCATAGGCTTGCTGTGCTCTGTCTAGCGGCA
GGCGGAGAATTGGTGTTTAGTGGTGCGGCGGATAAGAAGATATGCGTGTGGAGGAGGGAA
GGGAGAGTCCACACGTGTGTTTCGGTTTTTACCGGTCATACCGGACCGGTTAAGTGTTTG
GCGGTGGCTGAACCATGGGGAGGAGATGACGAAGACGGAGGAGATGGGAGGTTGATTGTG
TATAGTGGAAGTCTTGACAAGTCGGTCAAAGTTTGGAGGGTGCCATGTCATCATATGTAG
GAGGACTTGGCTTATTTCTGCGAGATTTGGATGTATTTAAGATTAATAAGAACCAGAGCC
AATCGAATGTTTGATTGATTATAAGGACAACCATGTCGGAGTCTATTATGATTATAGGTA
TCTAATATATGATGTAGCCGTGATATGTTTGAGTGGTTGATATGCAGATTTAAAT


BQ
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AF RR1BD42TF U 1
AF RR1BD42JQ C 199
BS 1 629 RR1BD42TF
BS 630 1075 RR1BD42JQ

RD RR1BD42TF 629 0 0
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GTTTCGTGTTTGAGTCTTGTGGAAGATCAAGGGCTGTTATACTCCGCCTCATGGGATCGG
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GACGCCGTCAACTCCGTCATAGCCGGTGGTTCCTGCGACGGTCTTGTGTTCACTGGCTCG
GCGGATGGAACGGTTAAGGTTTGGAAACGGGAGGTTTGCGGGAAGCGTACTGCGCATAGT
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GCGGTTTATAGTGGTTCAAGCGACGGTGCTGTGAATTACTGGGAGATGGGAGAGAAGAAA
GTGTTGAAGCATTGTGGTGTTTTCAAGAA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1BD42JQ 877 0 0
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GTGGAAGATCAAGGGCTGTTATACTCCGCCTCATGGGATCGGACGGTCAAGGTTTGGCGC
ATTCACGATTTGAAATGTTTGGAATCTATTAAAGCTCATGATGACGCCGTCAACTCCGTC
ATAGCCGGTGGTTCCTGCGACGGTCTTGTGTTCACTGGCTCGGCGGATGGAACGGTTAAG
GTTTGGAAACGGGAGGTTTGCGGGAAGCGTACTGCGCATAGTCTGGTTCAGACTTTGCTG
AAACAAGAATCTGCTGTTACGGCTTTGGTCTCTAGCCACGTGGCGGTTTATAGTGGTTCA
AGCGACGGTGCTGTGAATTACTGGGAGATGGGAGAGAAGAAAGTGTTGAAGCATTGTGGT
GTTTTCAAGAAGCATAGGCTTGCTGTGCTCTGTCTAGCGGCAGGCGGAGAATTGGTGTTT
AGTGGTGCGGCGGATAAGAAGATATGCGTGTGGAGGAGGGAAGGGAGAGTCCACACGTGT
GTTTCGGTTTTTACCGGTCATACCGGACCGGTTAAGTGTTTGGCGGTGGCTGAACCATGG
GGAGGAGATGACGAAGACGGAGGAGATGGGAGGTTGATTGTGTATAGTGGAAGTCTTGAC
AAGTCGGTCAAAGTTTGGAGGGTGCCATGTCATCATATGTAGGAGGACTTGGCTTATTTC
TGCGAGATTTGGATGTATTTAAGATTAATAAGAACCAGAGCCAATCGAATGTTTGATTGA
TTATAAGGACAACCATGTCGGAGTCTATTATGATTATAGGTATCTAATATATGATGTAGC
CGTGATATGTTTGAGTGGTTGATATGCAGATTTAAAT

QA 1 877 1 877
DS 



AS 1 2

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TGCCACAGCATGTTACCTCTGGGGCCGTAGAATTAAAGGGAAAGCTGACTCTTTTAACAG
TATTACCCGTGTGGCCGACATCAAATGTCTAGATGATTTGCTGAAAGAGAAAGCCACGAA
TCTTCTTGCTGTTGTGTCCGGAAAAGTTGCTTCTGCAACGCCCTTTAACTGCAAACATGA
TGATAATGATTCTTCTTCGGGTGATGTTTTTGAGGCTAAGTTCGAAATGAGGTATGAGAC
CAAGTTGGACGATAATGGTGGTCTGATAAACAAGTGTCATAATTTTCTGGTTCAGATCAA
GGATACTCCTTGGTATCTTGAAGACGGTACTGGTATGGTGAAAGTAGTGAGAGCTGAACT
TGCTGATGGATATATTGATATTCTGAAACCGCAATTTGATATGTCGTCAGTGGATGAAAT
CTTTCAGAGGTTTCAAAACCCCCAAGAAGGCTCTAAGGTGATCTGTCGTGGTGCTCTCGA
TACTGGTACCTCCTTAACCATTGTTGGCGAGGCTACTAGAGACGAAGCTGGTAGTCTCAC
GATTCAAAAACCCAAGGAACAGTCTTTTAGGATCTTCAGTGGAGAGGGCTCGTTTGATAA
AATGGTTGCCAACTTGAAGTCAAATTCAGAGTTTTATTTTTTTTACGCCAAGATCTTTGG
AACTGTTGCTGTGGCTATAGCCGTCGTGAAAGGTGTGGGTTTCGTAAGAAGGGTTCGACG
TGAGAGATCTGATTCAGACAACGAAGAAAACCCATGAGGGAGGAGAATCAGACAACAGTA
GTTTATGGGAATGCAAGTGAATGAATTCAATTCCCCATCCTCTAGCAAGTGAAGTTCTGT
ATGCTCCTTTTGAGATAGAGAGAGAATTCCACGGCTTTGTATTGATGTTCGTTTGCTCAT
CCATCCAGGAACCATGCACTTCATTTTATTAACGAGAAGTTTGAACTAATG


BQ
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AF RR1GH90TF U 1
AF RR1GH90JQ C 267
BS 1 701 RR1GH90TF
BS 702 1011 RR1GH90JQ

RD RR1GH90TF 705 0 0
GGGTGACTGTGACTAGTACTCACTTAAGATGCTTCAGATTGCTTTGTATTTGTCATGTGG
TGCCACAGCATGTTACCTCTGGGGCCGTAGAATTAAAGGGAAAGCTGACTCTTTTAACAG
TATTACCCGTGTGGCCGACATCAAATGTCTAGATGATTTGCTGAAAGAGAAAGCCACGAA
TCTTCTTGCTGTTGTGTCCGGAAAAGTTGCTTCTGCAACGCCCTTTAACTGCAAACATGA
TGATAATGATTCTTCTTCGGGTGATGTTTTTGAGGCTAAGTTCGAAATGAGGTATGAGAC
CAAGTTGGACGATAATGGTGGTCTGATAAACAAGTGTCATAATTTTCTGGTTCAGATCAA
GGATACTCCTTGGTATCTTGAAGACGGTACTGGTATGGTGAAAGTAGTGAGAGCTGAACT
TGCTGATGGATATATTGATATTCTGAAACCGCAATTTGATATGTCGTCAGTGGATGAAAT
CTTTCAGAGGTTTCAAAACCCCCAAGAAGGCTCTAAGGTGATCTGTCGTGGTGCTCTCGA
TACTGGTACCTCCTTAACCATTGTTGGCGAGGCTACTAGAGACGAAGCTGGTAGTCTCAC
GATTCAAAAACCCAAGGAACAGTCTTTTAGGATCTTCAGTGGAGAGGGCTCGTTTGATAA
AATGGTTGCCAACTTGAAGTCAAATTCAGAGTTTTATTTTT
CTAC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1GH90JQ 745 0 0
TTTTTGAGGCTAAGTTCGAAATGAGGTATGAGACCAAGTTGGACGATAATGGTGGTCTGA
TAAACAAGTGTCATAATTTTCTGGTTCAGATCAAGGATACTCCTTGGTATCTTGAAGACG
GTACTGGTATGGTGAAAGTAGTGAGAGCTGAACTTGCTGATGGATATATTGATATTCTGA
AACCGCAATTTGATATGTCGTCAGTGGATGAAATCTTTCAGAGGTTTCAAAACCCCCAAG
AAGGCTTTAAGGTGATCTGTCGTGGTGCTCTCGATACTGGTACCTCCTTAACCATTGTTG
GCGAGGCTACTAGAGACGAAGCTGGTAGTCTCACGATTCAAAAACCCAAGGAACAGTCTT
TTAGGATCTTCAGTGGAGAGGGCTCGTTTGATAAAATGGTTGCCAACTTGAAGTCAAATT
CAGAGTTTTATTTTTTTTACGCCAAGATCTTTGGAACTGTTGCTGTGGCTATAGCCGTCG
TGAAAGGTGTGGGTTTCGTAAGAAGGGTTCGACGTGAGAGATCTGATTCAGACAACGAAG
AAAACCCATGAGGGAGGAGAATCAGACAACAGTAGTTTATGGGAATGCAAGTGAATGAAT
TCAATTCCCCATCCTCTAGCAAGTGAAGTTCTGTATGCTCCTTTTGAGATAGAGAGAGAA
TTCCACGGCTTTGTATTGATGTTCGTTTGCTCATCCATCCAGGAACCATGCACTTCATTT
TATTAACGAGAAGTTTGAACTAATG

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL6223Contig1 1247 2 2 U
GGAAAACAACAGAGAGAGAGATCGTGCAAGAGGAAATTGAGCAAAAAATGGAGGCGTTGG
TTTGCCGGAAACTAGGAGATCCAACGGCGACGGAGCCAGGGAGTACAGAATCTCCGGTGG
AAGTGAGCAAAACCTACCCGATCCCCCCTCTGACCTCCGACACAGCGGTGAGAGTCAAAG
TCACAGCAACGAGCTTGAACTTCGCGAATTACCTTCAGATTCTCGGCAAGTACCAGGAGA
AGCCTCCTTTGCCTTTCATCCCCGGCTCCGACTACTCCGGAATCGTCGACTCCATCGGTC
CCTCCGTCACCAAATTCCGCGTCGGCGATCGCGTCTGCTCCTTCGCCGCCCTCGGTTCCT
ACGCTCAGTTCATCGTCGCCGATCAGTCTCTCCTGTTCCTTGTACCGGAAGGATGCGACA
TGATAGCTGCAGCTGCACTTCCTGTTGCGTTTGGGACTTCTCACGTAGCACTTGTCCATA
GAGCTCGTTTGACCTCTGGTCAGGTCTTGATGGTTCTTGGCGCTGCTGGTGGTGTTGGCC
TTGCAGCTGTTCAAATCGGAAAGATTTGTGGCGCTGTTGTCATCGCGGTTGCTAGAGGGA
GTGAGAAGATTCAGCTGTTGAAGTCAATGGGAGTGGATCATGTTGTTGATTTAAGCAGTG
AAAACGTTATTACAAGCGTCAAAGAGTTCGTCAAGACAAGAAAGCTCAAAGGTGTTGATG
TTCTGTATGATCCTGTAGGAGGGAAACTCACCAAGGAGTCCATGAAAGTTCTCAACTGGG
GAGCTCAGATTCTTGTGATTGGTTTTGCAAGCGGTGAAGTACCTCTCATTCCCGCTAACA
TAGCACTTGTTAAGAACTGGACGGTTCATGGTCTTTATTGGGGCAGCTACAAAATCCACC
AACCCAATGTTCTTGATGATTCCATCAGAGAGTTACTGTCATGGCTAGCTAGAGGATTGA
TCACCATTCACATCTCTCATACCTATAGTCTCTCCCAGTCCAATCTCGCATTTGGGGCCA
TCAAAGACAAGGCAATAGGAAAAGTGATGATTGCTCTCGACCACAAGGCTACTCTGTCTT
CAAAACTATAGAAACTCTCTGTAGTCACAGAAGAGAGCTGATTCTGCTTCTCTAAGTCTA
CCATGTCAGAATGTAGTTTACCACACATCCTGTTCGAATTTAATAATCATGACTTGTTTG
GATTCTCTAGAAATAACTTTTTCTATAAATTTCATAGTATGTTACTG


BQ
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AF RR1FP14TF U 1
AF RR1FP14JQ C 543
BS 1 703 RR1FP14TF
BS 704 1247 RR1FP14JQ

RD RR1FP14TF 703 0 0
GGAAAACAACAGAGAGAGAGATCGTGCAAGAGGAAATTGAGCAAAAAATGGAGGCGTTGG
TTTGCCGGAAACTAGGAGATCCAACGGCGACGGAGCCAGGGAGTACAGAATCTCCGGTGG
AAGTGAGCAAAACCTACCCGATCCCCCCTCTGACCTCCGACACAGCGGTGAGAGTCAAAG
TCACAGCAACGAGCTTGAACTTCGCGAATTACCTTCAGATTCTCGGCAAGTACCAGGAGA
AGCCTCCTTTGCCTTTCATCCCCGGCTCCGACTACTCCGGAATCGTCGACTCCATCGGTC
CCTCCGTCACCAAATTCCGCGTCGGCGATCGCGTCTGCTCCTTCGCCGCCCTCGGTTCCT
ACGCTCAGTTCATCGTCGCCGATCAGTCTCTCCTGTTCCTTGTACCGGAAGGATGCGACA
TGATAGCTGCAGCTGCACTTCCTGTTGCGTTTGGGACTTCTCACGTAGCACTTGTCCATA
GAGCTCGTTTGACCTCTGGTCAGGTCTTGATGGTTCTTGGCGCTGCTGGTGGTGTTGGCC
TTGCAGCTGTTCAAATCGGAAAGATTTGTGGCGCTGTTGTCATCGCGGTTGCTAGAGGGA
GTGAGAAGATTCAGCTGTTGAAGTCAATGGGAGTGGATCATGTTGTTGATTTAAGCAGTG
AAAACGTTATTACAAGCGTCAAAGAGTTCGTCAAGACAAGAAA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1FP14JQ 705 0 0
GCAGCTGTTCAAATCGGAAAGATTTGTGGCGCTGTTGTCATCGCGGTTGCTAGAGGGAGT
GAGAAGATTCAGCTGTTGAAGTCAATGGGAGTGGATCATGTTGTTGATTTAAGCAGTGAA
AACGTTATTACAAGCGTCAAAGAGTTCGTCAAGACAAGAAAGCTCAAAGGTGTTGATGTT
CTGTATGATCCTGTAGGAGGGAAACTCACCAAGGAGTCCATGAAAGTTCTCAACTGGGGA
GCTCAGATTCTTGTGATTGGTTTTGCAAGCGGTGAAGTACCTCTCATTCCCGCTAACATA
GCACTTGTTAAGAACTGGACGGTTCATGGTCTTTATTGGGGCAGCTACAAAATCCACCAA
CCCAATGTTCTTGATGATTCCATCAGAGAGTTACTGTCATGGCTAGCTAGAGGATTGATC
ACCATTCACATCTCTCATACCTATAGTCTCTCCCAGTCCAATCTCGCATTTGGGGCCATC
AAAGACAAGGCAATAGGAAAAGTGATGATTGCTCTCGACCACAAGGCTACTCTGTCTTCA
AAACTATAGAAACTCTCTGTAGTCACAGAAGAGAGCTGATTCTGCTTCTCTAAGTCTACC
ATGTCAGAATGTAGTTTACCACACATCCTGTTCGAATTTAATAATCATGACTTGTTTGGA
TTCTCTAGAAATAACTTTTTCTATAAATTTCATAGTATGTTACTG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL6224Contig1 1255 2 4 U
GAGATCACGCTGGTGAGTACTCTATCGGCTTGTGCTCAGGTAGGGGCATTGGAGTTAGGT
AGATGGATACATAGCTACATCAAAAAGCACGGCATTAGGTTGAATTTTTACGTTACGAGT
GCTTTGATTCATATGTACTCTAAATGCGGGGACCTTGAAAAGGCTCGTGAGGTGTTTAGT
TCTGTAGGAAAGAGAGATGTGTTTGTGTGGAGCGCAATGATTGGTGGTTTGGCGATGCAC
GGATGTGGAAACGAAGCCTTGGATATGTTTTATAAAATGCAAGAGGCTAATGTGAAGCCT
AATGGTGTGACTTTCACCAATGTCTTCTGTGCTTGTAGCCATAGTGGTTTGGTGGATGAG
GCTGAGTCATTATTCAGAGAAATGGAATCGAGTTATGGTATTGTCCCTGAGGACAAGCAT
TACGCTTGCATAGTTGATGTTCTTGGCCGCTCGGGTTATCTAGAAAAGGCTGTGAAGTTC
ATAGAAGCGATGCCGGTTCCTCCAAGTGCTTCTGTCTGGGGAGCGCTTCTAGGAGCTTGT
AAGATCCATGCCAATCTGAGTCTTGCTGAAATGGCGTGTACACGTTTGCTTGAACTAGAA
CCTAGGAACGATGGCGCACACGTGTTGTTATCAAACATATACGCAAAGTCTGGGAAATAG
GAAAGCGTTTCTGGCTGAGGAAGCACATGAGAGTCACCGGACTTAAGAAAGAGCCAGGAT
GCAGCTCGATTGAGATAGATGGGATGATCCACGAGTTTCTTTCTGGAGACAACGAGCACC
CGATGTGTGAGAAGGTGTACGGGAAGTTAAACGAGGTTATGGGGAGGTTGAAAGAGAATG
GATACGAGCCAGAGATGTCACAGGTCTTGCAGATAATTGATGAAGAAGAGATGAAGGAGC
AGTCTTTGAATCTGCATAGTGAGAAGTTGGCGATTTGTTATGGACTGATATCAACGGAGG
CTCCTAAGGCGATTCGGGTGATTAAGAATCTAAGGGTGTGTGGAGATTGTCACTCGGTTG
CTAAGCTGATATCTCAGCTCTATGACAGAGAGATCATAGTCAGGGATCGTTACCGGTTTC
ATCATTTCAGAAATGGGCAGTGTTCTTGTAACGATTTCTGGTGAAAATTTCAGATTGTCT
TCATTGTCAAAATTTTGTATTGCAATCATATCATGATCATCACTGTAGTGATATATGGAC
TTCTTCTCTGTACCATTAGTTACCAGAACTGGGGGACATGTGCTGTCATTTTCCC


BQ
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GGGGGACATGTGCTGTCATTTTCCC

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DS 



AS 1 2

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TAATCTTTGTTTTTAATAAGGAAAGAATTCGTTTCTC


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AF RR1GX52TF U 1
AF RR1GX52JQ C 428
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BS 695 724 RR1GX52TF
BS 725 725 RR1GX52JQ
BS 726 738 RR1GX52TF
BS 739 739 RR1GX52JQ
BS 740 748 RR1GX52TF
BS 749 937 RR1GX52JQ

RD RR1GX52TF 758 0 0
GGACATTTTCTAGAGAGGAAATAAAAACACTGTTCTATTAAACAAAAAAAAAAGAAGAAA
GAAGTGAAAGATGAAGATTTGGTGTGATATGTGTGATAAAGAAGAAGCTTCAGTGTTTTG
TTGTGCAGATGAAGCAGCTCTTTGTAATGGTTGTGATCACCATGTTCATTTCGCCAATAA
GCTCGCTGGCAAGCATCTCCGTTTCTCTCTCACTTCTCCTACTTTCAAAGATGCTCCTCT
CTGCGATATTTGCGGGGAGCGGCGTGCATTATTGTTTTGCCAAGAAGACAGAGCAATACT
ATGCAGAGAGTGTGACATTCCAATACATCAAGCCAATGAGCATACTAAGAAACATAATAG
GTTCCTCCTTACAGGCATCAAGCTCTCATCCTCTCCATCCTCGTACCCGACGACAGCCTC
CAACTCTAACTCTGCAGTGGCATTGGGCCGGGCCAAAACTCGACCCAAATCGGTATGGGG
GGGAGGTCCCAAGCTCGGCCTCTAGTGAGGTATTTGGGAGCTCTCATTCCACGACTACAA
GCAACTACTATTATGGGCTAGAGGAGCAAGCTAGCGATTCGTGTTCTGGCAGTATATCAG
AGTATTTGATGGAAACGTTACCGGGCTGGAGAGTGGAGGATTTGCTTGAAGATCCTGCCT
GTGTCTCCTATGATGATATTTTTACTAATAACA*TAAAAATGGGGTTTACCATGGTTCTT
CTCA*TACGAGCATCAAG*CTTTTGGGA
CAAAGCCTTC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1GX52JQ 510 0 0
AACTTTGCAGTGGCATTGGGCCGGGCCAAAACTCGACCCAAATCGGTATGGGGGG*AGGT
CCCAAGCTCGGCCTTTAGTGAGGTATTTGGGAGCTCTCATTCCACGACTACAAGCAACTA
CTATTATGGGCTAGAGGAGCAAGCTAGCGATTCGTGTTCTGGCAGTATATCAGAGTATTT
GATGGAAACGTTACCGGGCTGGAGAGTGGAGGATTTGCTTGAAGATCCTGCCTGTGTCTC
CTATGATGATATTTTTACTAATAACAATAAAAATGGGGTTTACCATGGTTTTTCTCAATA
CGAGCATCAAGGCTTTTGGGAACAAAAGCCCTTCTCCTAAAACCTTTTTTTTTATTTTGT
TGGTTGGACTCTTGTTTTTTTTTTTTTCTCTTTGGTTGTTGGCTGGGGTAATTACGAATC
CAAACCAACTTGTTGTCTCTGTTTCTCATTTTATCATTTGTTTCCTTTTTTTCTAATCTT
TGTTTTTAATAAGGAAAGAATTCGTTTCTC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL6226Contig1 861 2 2 U
GGGAGAGTAAACCCTAGAAAAAGAAGAGAGAGAATCATGACGACGGGAGATCTGGTGAAT
ATCCATCCTACAGAGCTTAAGTTCCCTTTTGAGTTGAAGAAGCAAAGCTCGTGCTCGTTG
CAAATTAGCAACAAGACTGGTACTCAAGTTGTCGCATTTAAGGTTAAGACAACGAATCCT
CGCAAATACTGTGTCCGACCAAACACAGGTGTTGTCTTACCCGGTGATTCCTGCAATGTT
ACAGTGACGATGCAAGCCCAGAAAGAGGCACCTCTCGATATGCAATGCAAAGACAAGTTC
CTTGTTCAGTCTGTTATCGTCTCTGACGCTACTACTTCCAAAGATGTCCTCGCTGAAATG
TTCAACAAGGAGCCTGGTAGAGTGATTGAGGATTTCAAATTGAGGGTTGTTTACATCCCT
GCTAATCCCCCTTCACCTGTCCCTGAAGGCTCTGAAGAAGGCAACTCTCCAAGGACCGAC
TTTCCTGCCTCTCAATTTGATGACCACGTGTCCAGAACGCTAGAAGAAACAAATGAGAAA
TCCTCCGAGGCATGGTCCATGATTCACAAGTTGACGGAGGAGAAGTCTAGTGCTGTCCAG
CAAAGTCAGAAGCTCCGACAGGAACTGGAGATGCTGAGGAGAGAATCAACCAACAAGCAG
TCCGGTGGTGGTCATTCCTTGGTGTTGATGCTGTTGGTGGGTCTACTCGGCTGTGTGATT
GGATACATCTTGAACGTCCGGTCCGGACATACTTAAACTGAAAATGTGGGGTTAGGTTCA
TCATCCTATTTTCATTGTCTTATTTTCCCCAAATTTTCTTCTGTTTTTTCTTTTTTCTTT
TCAACATGATCATTTACTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H906TF U 1
AF RR1H906JQ C 322
BS 1 752 RR1H906TF
BS 753 861 RR1H906JQ

RD RR1H906TF 752 0 0
GGGAGAGTAAACCCTAGAAAAAGAAGAGAGAGAATCATGACGACGGGAGATCTGGTGAAT
ATCCATCCTACAGAGCTTAAGTTCCCTTTTGAGTTGAAGAAGCAAAGCTCGTGCTCGTTG
CAAATTAGCAACAAGACTGGTACTCAAGTTGTCGCATTTAAGGTTAAGACAACGAATCCT
CGCAAATACTGTGTCCGACCAAACACAGGTGTTGTCTTACCCGGTGATTCCTGCAATGTT
ACAGTGACGATGCAAGCCCAGAAAGAGGCACCTCTCGATATGCAATGCAAAGACAAGTTC
CTTGTTCAGTCTGTTATCGTCTCTGACGCTACTACTTCCAAAGATGTCCTCGCTGAAATG
TTCAACAAGGAGCCTGGTAGAGTGATTGAGGATTTCAAATTGAGGGTTGTTTACATCCCT
GCTAATCCCCCTTCACCTGTCCCTGAAGGCTCTGAAGAAGGCAACTCTCCAAGGACCGAC
TTTCCTGCCTCTCAATTTGATGACCACGTGTCCAGAACGCTAGAAGAAACAAATGAGAAA
TCCTCCGAGGCATGGTCCATGATTCACAAGTTGACGGAGGAGAAGTCTAGTGCTGTCCAG
CAAAGTCAGAAGCTCCGACAGGAACTGGAGATGCTGAGGAGAGAATCAACCAACAAGCAG
TCCGGTGGTGGTCATTCCTTGGTGTTGATGCTGTTGGTGGGTCTACTCGGCTGTGTGATT
GGATACATCTTGAACGTCCGGTCCGGACATAC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1H906JQ 540 0 0
TCTGACGCTACTACTTCCAAAGATGTCCTCGCTGAAATGTTCAACAAGGAGCCTGGTAGA
GTGATTGAGGATTTCAAATTGAGGGTTGTTTACATCCCTGCTAATCCCCCTTCACCTGTC
CCTGAAGGCTCTGAAGAAGGCAACTCTCCAAGGACCGACTTTCCTGCCTCTCAATTTGAT
GACCACGTGTCCAGAACGCTAGAAGAAACAAATGAGAAATCCTCCGAGGCATGGTCCATG
ATTCACAAGTTGACGGAGGAGAAGTCTAGTGCTGTCCAGCAAAGTCAGAAGCTCCGACAG
GAACTGGAGATGCTGAGGAGAGAATCAACCAACAAGCAGTCCGGTGGTGGTCATTCCTTG
GTGTTGATGCTGTTGGTGGGTCTACTCGGCTGTGTGATTGGATACATCTTGAACGTCCGG
TCCGGACATACTTAAACTGAAAATGTGGGGTTAGGTTCATCATCCTATTTTCATTGTCTT
ATTTTCCCCAAATTTTCTTCTGTTTTTTCTTTTTTCTTTTCAACATGATCATTTACTTTT

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

CO CL6227Contig1 666 2 4 U
GGACTCGTCTCTCTTCTGTTGCGATCTATCTCTATCTCTCTCTCTAACTGCGCGCGGGCG
GGTGTGAAACTTTTGGCGGGAAAATGTCGGGGAAAGGAGCGAAAGGACTGATAATGGGGA
AACCTAGCGGTAGCGACAAGGACAAGGACAAGAAGAAACAACCCATCACCCGCTCTGCTC
GAGCTGGTCTTCAGTTCCCAGTAGGTAGGGTGCATCGACTATTGAAGACAAGGTCCACTG
CTCACGGAAGTTTTGGAGTTGGCTGGTAACGCCTGCAAGGACCTCAAGGTGAAACGTATC
TCCCCAAGGCACTTGCAGCTTGCCATCCGTGGAGATGAGGAGCTTGATACCCTCATCAAA
GGTACTATTGCTGGTGGTTGTGTCATCCCTCACATCCACAAGTCTCTCATCAACAAATCC
GCCAAGGAATAGATTTCTTCTTGCTTTTGCTTCTCATGTTTCTTTCTTTTTAAGTATTAC
GAGAGTCTGTGTGTGTGTTTGATCATGACGCTAGAGAGAGCCTCTTTTGTTAGGAATCTC
GTTTGTTATTCTTCCATCAGCCTGCCTCTACTTTGATTCCTGTCGAGTTTATCTATCTTT
ATACATATGTATTCAGTGATTATCTAAAAACCCATATTTCTGACTACCTTCTGGTTTGTT
TGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1HA65TF U 1
AF RR1HA65JQ C 293
BS 1 416 RR1HA65TF
BS 417 417 RR1HA65JQ
BS 418 458 RR1HA65TF
BS 459 666 RR1HA65JQ

RD RR1HA65TF 458 0 0
GGACTCGTCTCTCTTCTGTTGCGATCTATCTCTATCTCTCTCTCTAACTGCGCGCGGGCG
GGTGTGAAACTTTTGGCGGGAAAATGTCGGGGAAAGGAGCGAAAGGACTGATAATGGGGA
AACCTAGCGGTAGCGACAAGGACAAGGACAAGAAGAAACAACCCATCACCCGCTCTGCTC
GAGCTGGTCTTCAGTTCCCAGTAGGTAGGGTGCATCGACTATTGAAGACAAGGTCCACTG
CTCACGGAAGTTTTGGAGTTGGCTGGTAACGCCTGCAAGGACCTCAAGGTGAAACGTATC
TCCCCAAGGCACTTGCAGCTTGCCATCCGTGGAGATGAGGAGCTTGATACCCTCATCAAA
GGTACTATTGCTGGTGGTTGTGTCATCCCTCACATCCACAAGTCTCTCATCAACAA*TCC
GCCAAGGAATAGATTTCTTCTTGCTTTTGCTTCTCATG

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR1HA65JQ 374 0 0
AACGTATCTCCCCAAGGCACTTGCAGCTTGCCATCCGTGGAGATGAGGAGCTTGATACCC
TCATCAAAGGTACTATTGCTGGTGGTTGTGTCATCCCTCACATCCACAAGTCTCTCATCA
ACAAATCCGCCAAGGAATAGATTTCTTCTTGCTTTTGCTTCTCATGTTTCTTTCTTTTTA
AGTATTACGAGAGTCTGTGTGTGTGTTTGATCATGACGCTAGAGAGAGCCTCTTTTGTTA
GGAATCTCGTTTGTTATTCTTCCATCAGCCTGCCTCTACTTTGATTCCTGTCGAGTTTAT
CTATCTTTATACATATGTATTCAGTGATTATCTAAAAACCCATATTTCTGACTACCTTCT
GGTTTGTTTGTTTC

QA 1 374 1 374
DS 



AS 1 2

CO CL6228Contig1 486 2 5 U
CCAGATATAAAGAAAAATGAATATAATGAAACAACATTTGTGGCTTCTTAACAAAAGAAC
GGTGGTCTTTATATCATGGCTGACTACAAAAAAATGTGTTATATAAGGATGGCTTTAAAT
GTCTTCTCCTCAAATATCCCTAGTGTTTGCTCTATATATCTACAAAACTAGACCAGTGAA
ATCAGAAGTTGCACACACATACACTTAAGCCGAGACTCGGGTTTTGATAGGCTTAAGCTT
TAGTCCCATGCTTTCAGGGGAGAGAAGCTCAGGTGAGGTGCAGGAAGGGCTAAAAGGACT
TCTAGGGCTGTCTGTGAAACAAGATGGTCTATACAATCCATAACCCATCAAGAAATATTC
CATTGGAACCAACATTGCATGTGGTTGCTCCTCTGTTACCATTGAACCACAAGCCTGAAC
CTCAACCAAAGCACAGTATCCTCTATCCAAATTTGCTGCCATGTGAACAGCTTCTGAATA
AAATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1B276JQ U 22
AF RR1AT53JQ U 1
BS 1 91 RR1AT53JQ
BS 92 92 RR1B276JQ
BS 93 117 RR1AT53JQ
BS 118 118 RR1B276JQ
BS 119 486 RR1AT53JQ

RD RR1B276JQ 174 0 0
TATAATGAAACAACATTTGTGGCTTCTTAACAAAAGAACGGTGGTCTTTATTTCATGGCT
GACTACAAAAAAATGTGTTATATAAGGATGGCTTTAAATGTCTTCTCCTCAAATATCCCT
AGTGTTTGCTCTATATATCTACAAAACTAGACCAGTGAAATCAGAAGTTGCACA

QA 1 174 1 174
DS 

RD RR1AT53JQ 486 0 0
CCAGATATAAAGAAAAATGAATATAATGAAACAACATTTGTGGCTTCTTAACAAAAGAAC
GGTGGTCTTTATATCATGGCTGACTACAAAAGAATGTGTTATATAAGGATGGCTTTAGAT
GTCTTCTCCTCAAATATCCCTAGTGTTTGCTCTATATATCTACAAAACTAGACCAGTGAA
ATCAGAAGTTGCACACACATACACTTAAGCCGAGACTCGGGTTTTGATAGGCTTAAGCTT
TAGTCCCATGCTTTCAGGGGAGAGAAGCTCAGGTGAGGTGCAGGAAGGGCTAAAAGGACT
TCTAGGGCTGTCTGTGAAACAAGATGGTCTATACAATCCATAACCCATCAAGAAATATTC
CATTGGAACCAACATTGCATGTGGTTGCTCCTCTGTTACCATTGAACCACAAGCCTGAAC
CTCAACCAAAGCACAGTATCCTCTATCCAAATTTGCTGCCATGTGAACAGCTTCTGAATA
AAATGG

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 2

CO CL6229Contig1 435 2 1 U
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GGCTCTTGAAGGCATATATGCTTGTTGCTTCAGGAGGGGAGTTATCGAGGAGGAAGATGA
GAAGCTTCTTCTGGTGATGTTAACCGCGGTTTTCCCCTCTGTTGACAAGTCTGAGATAGA
GAGAATCATCAAAGAGAAGGCAAAGAGGGTTGCAGAAGGAGGAGAAGAAGAGGATCTGAC
CGAGCCGAAACGGCTGCCTAAAGAAGCTATTCAAATGCAAATGAAGGATCTTGAGTTCCT
TCAACAACAAAGCATAGAATCTTAACAATGTGGCAAACATGTTTTTTTTTTTACTTTCAA
TTTGGATAAGAAGGAAAATGCAATAACTTGAAGTGTATCCATGTTACTTTATTCAAAAGC
TATGCAGTTCATACG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EA56JQ C 1
AF RR1EA56TF U 1
BS 1 435 RR1EA56TF

RD RR1EA56JQ 435 0 0
GAGAAGGGCAAAGCTGAACGTTGCAGCGCCAACAATCCCTATGGAACTAAGAGTCGAGAA
GGCTCTTGAAGGCATATATGCTTGTTGCTTCAGGAGGGGAGTTATCGAGGAGGAAGATGA
GAAGCTTCTTCTGGTGATGTTAACCGCGGTTTTCCCCTCTGTTGACAAGTTTGAGATAGA
GAGAATCATCAAAGAGAAGGCAAAGAGGGTTGCAGAAGGAGGAGAAGAAGAGGATCTGAC
CGAGCCGAAACGGCTGCCTAAAGAAGCTATTCAAATGCAAATGAAGGATCTTGAGTTCCT
TCAACAACAAAGCATAGAATCTTAACAATGTGGCAAACATGTTTTTTTTTTTACTTTCAA
TTTGGATAAGAAGGAAAATGCAATAACTTGAAGTGTATCCATGTTACTTTATTCAAAAGC
TATGCAGTTCATACG

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR1EA56TF 435 0 0
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GGCTCTTGAAGGCATATATGCTTGTTGCTTCAGGAGGGGAGTTATCGAGGAGGAAGATGA
GAAGCTTCTTCTGGTGATGTTAACCGCGGTTTTCCCCTCTGTTGACAAGTCTGAGATAGA
GAGAATCATCAAAGAGAAGGCAAAGAGGGTTGCAGAAGGAGGAGAAGAAGAGGATCTGAC
CGAGCCGAAACGGCTGCCTAAAGAAGCTATTCAAATGCAAATGAAGGATCTTGAGTTCCT
TCAACAACAAAGCATAGAATCTTAACAATGTGGCAAACATGTTTTTTTTTTTACTTTCAA
TTTGGATAAGAAGGAAAATGCAATAACTTGAAGTGTATCCATGTTACTTTATTCAAAAGC
TATGCAGTTCATACG

QA 1 435 1 435
DS 



AS 1 2

CO CL6230Contig1 658 2 3 U
GGACCAAAGCATCACATACACTCTTACTTCTCTTCTCATTTTCTTTATAGTTTTCCTCTT
TACCTTTGTCATTTAGAAATGGCCGACGTTAAGGTTGAACAAGTCATTACTCCAGCAGTC
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GAAGAAGTCGTGGCCACCACGGACTCTGCTCCTGCTCCAGCCGCCGTAACTGAACAAGAA
TCCCAAGCATCAGTCGAAGAAACGAGAAAAGAAGTGGTTGTGGAAGAGGCAGAGAAAAAA
GATAAAGAAAATGAGAAGAAACCAGAGGAGCCAAAGGTAGAGGAGGAAGAAGAGAAGACA
GAAACTCCGGTGGTTGAGGAGGAGGCAAAGACAGAAGAGAAGGACGAGGTGACTGAAACT
CCGGCGGTTGTGGAGGAGGAGAAGAAGGCTGAGGCAGAGGAAGTTGTGGCTGCTGGTGAA
GTCGCCGCCGAGAAGGCTGACGAGTAAAGAGAAAAGAAACTATATATGAATCTTTGGTCT
CATTTCGTTGTCTTTTAAAAATATTATATTTTATCAACAGTTCATAAGTTTCTATCATTT
GCTGGGTTTATTATGATGAAATCAGATGTTTGGATAATTTGATGGTTGCTATATTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AA33TF U 1
AF RR1AA33JQ C 219
BS 1 514 RR1AA33TF
BS 515 515 RR1AA33JQ
BS 516 658 RR1AA33TF

RD RR1AA33TF 658 0 0
GGACCAAAGCATCACATACACTCTTACTTCTCTTCTCATTTTCTTTATAGTTTTCCTCTT
TACCTTTGTCATTTAGAAATGGCCGACGTTAAGGTTGAACAAGTCATTACTCCAGCAGTC
GAGAACGTTGAGGTACCAACCAAGACAGCGGAGGAGCCAGTTGTGGTTACCGAACAGGCG
GAAGAAGTCGTGGCCACCACGGACTCTGCTCCTGCTCCAGCCGCCGTAACTGAACAAGAA
TCCCAAGCATCAGTCGAAGAAACGAGAAAAGAAGTGGTTGTGGAAGAGGCAGAGAAAAAA
GATAAAGAAAATGAGAAGAAACCAGAGGAGCCAAAGGTAGAGGAGGAAGAAGAGAAGACA
GAAACTCCGGTGGTTGAGGAGGAGGCAAAGACAGAAGAGAAGGACGAGGTGACTGAAACT
CCGGCGGTTGTGGAGGAGGAGAAGAAGGCTGAGGCAGAGGAAGTTGTGGCTGCTGGTGAA
GTCGCCGCCGAGAAGGCTGACGAGTAAAGAGAAA*GAAACTATATATGAATCTTTGGTCT
CATTTCGTTGTCTTTTAAAAATATTATATTTTATCAACAGTTCATAAGTTTCTATCATTT
GCTGGGTTTATTATGATGAAATCAGATGTTTGGATAATTTGATGGTTGCTATATTGCC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1AA33JQ 440 0 0
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TGTGGAAGAGGCAGAGAAAAAAGATAAAGAAAATGAGAAGAAACCAGAGGAGCCAAAGGT
AGAGGAGGAAGAAGAGAAGACAGAAACTCCGGTGGTTGAGGAGGAGGCAAAGACAGAAGA
GAAGGACGAGGTGACTGAAACTCCGGCGGTTGTGGAGGAGGAGAAGAAGGCTGAGGCAGA
GGAAGTTGTGGCTGCTGGTGAAGTCGCCGCCGAGAAGGCTGACGAGTAAAGGGAAAAGAA
ACTATATATGAATCTTTGGTCTCATTTCGTTGTCTTTTAAAAATATTATATTTTATCAAC
AGTTCATAAGTTTCTATCATTTGCTGGGTTTATTATGATGAAATCAGATGTTTGGATAAT
TTGATGGTTGCTATATTGCC

QA 1 440 1 440
DS 



AS 1 2

CO CL6231Contig1 708 2 3 U
GTAGATTTTTGGGTTTATAACAAAAAATGGGGTTTGTTGCTGCAGAGATCAATAAAAGGG
CAGCCAAAGAGCACAACACCAAAACTGATGGAAGAAAGGTACGAAGAGGAGGAGGATGAA
GAAGAAGAAGACGAGCATGGAGACACTCTCTGTGGAAGCTGCGGAGGCAACTACACACAA
GATGAGTTCTGGATTGGCTGTGATGTCTGTGAACGTTGGTACCATGGAAAATGCGTGAAG
ATCACTCCTGCTAAAGCAGACAGCATCAAGCAGTATAAATGCCCACCTTGCTGTGCAAAG
AAAGGAGGAAGACAGTGATTATGTTGATCATCATCATCTCCCAAAGACTCTGGTTATCAT
GTCTTAATCGATATATTAATCAACCTTCCTTCTATCTTTTTTTTTTTTTTAACCTTTTAA
TTTTAAAAGCATACAAAACTCTCTCTCTTTGGATCTCTGTAAAAGGAATTCAAGAAGTTG
AGAGAGTGTAGCAACAACAACTGTTTTAAGTATTATTATTCAGATAAGAAAACTGGTTTG
TTCCATCAAGTATGTCACGGACTCAGGGGGGAATTTGTATAATGTAGTCGAAGCTTAAGC
ATTGAACTGCATTTTGCACTCTTATGTTTAATCTTTCTTTTTGTCTTTGTTAGCTCTCTT
ACCATCTATGTTAAGGTCTTGTTTTTTTTCATAATTTCTAAGGTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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AF RR1H451JQ U 49
AF RR1H451TF C 1
BS 1 48 RR1H451TF
BS 49 479 RR1H451JQ
BS 480 708 RR1H451TF

RD RR1H451JQ 431 0 0
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GAGGAGGATGAAGAAGAAGAAGACGAGCATGGAGACACTCTCTGTGGAAGCTGCGGAGGC
AACTACACACAAGATGAGTTCTGGATTGGCTGTGATGTCTGTGAACGTTGGTACCATGGA
AAATGCGTGAAGATCACTCCTGCTAAAGCAGACAGCATCAAGCAGTATAAATGCCCACCT
TGCTGTGCAAAGAAAGGAGGAAGACAGTGATTATGTTGATCATCATCATCTCCCAAAGAC
TCTGGTTATCATGTCTTAATCGATATATTAATCAACCTTCCTTCTATCTTTTTTTTTTTT
TTAACCTTTTAATTTTAAAAGCATACAAAACTCTCTCTCTTTGGATCTCTGTAAAAGGAA
TTCAAGAAGTT

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR1H451TF 708 0 0
GTAGATTTTTGGGTTTATAACAAAAAATGGGGTTTGTTGCTGCAGAGATCAATAGAAGGG
CAGCCAAAGAGCACAACACCAAAACTGATGGAAGAGAGGTACGAAGAGGAGGAGGATGAA
GAAGAAGAAGACGAGCATGGAGACACTCTCTGTGGAAGCTGCGGAGGCAACTACACACAA
GATGAGTTCTGGATTGGCTGTGATGTCTGTGAACGTTGGTACCATGGAAAATGCGTGAAG
ATCACTCCTGCTAAAGCAGACAGCATCAAGCAGTATAAATGCCCACCTTGCTGTGCAAAG
AAAGGAGGAAGACAGTGATTATGTTGATCATCATCATCTCCCAAAGACTCTGGTTATCAT
GTCTTAATCGATATATTAATCAACCTTCCTTCTATCTTTTTTTTTTTTTTAACCTTTTAA
TTTTAAAAGCATACAAAACTCTCTCTCTTTGGATCTCTGTAAAAGGAATTCAAGAAGTTG
AGAGAGTGTAGCAACAACAACTGTTTTAAGTATTATTATTCAGATAAGAAAACTGGTTTG
TTCCATCAAGTATGTCACGGACTCAGGGGGGAATTTGTATAATGTAGTCGAAGCTTAAGC
ATTGAACTGCATTTTGCACTCTTATGTTTAATCTTTCTTTTTGTCTTTGTTAGCTCTCTT
ACCATCTATGTTAAGGTCTTGTTTTTTTTCATAATTTCTAAGGTGATC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL6232Contig1 598 2 2 U
GACCAGCAGCTGGTACTGCAACTGCACCAAATTCAGTTGTTGGCACAGCTCAATATCCTT
ATCAAGGAGGATACTTCCCTTCAGGACCCGGTTACTACTTCCCAAGAGGGCCTCCTCCTC
CTGGTTCATATAACCCGCCTCATGGATCATCCAACAATACGCCTTACGGCTCTGCTGCAA
CTATTGGTCCACGCTGAAATCCTAGTCAAAGATGAGGCTGAGTACATATAGTAATAACTC
AATATCCTCATCGGTTGTTGAAAACTGTGGGGTTGTTGCTGGTCAAGAGATGCGGGTACA
GTGGTTACCTTTGAGTGTTATTGTTTATCTGAATTTTTTGAGAGTTATTTTAACTTGAAT
TTGTAAGGAGAGACTGTTTTGGACAAGTTTTGCCACTTTATCTTGATGGGGGAAGAAACA
ACAAAGAAGATAACATTTTAACGCAGTCGAAAGGATAATTGATGGATTGAAAAATTATAT
TTTAGTAGATGACTACTCTCTCCCTTTCGTTTTAATTGATGTCAGAAGATTTTATTTTTG
TTTCTGTTTATTTGATAAATTTAAATTAGTGTGAAATTTTAATGTTGTTTGTGGTGTT


BQ
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AF RR1EN64TF U 1
AF RR1EN64JQ C 1
BS 1 217 RR1EN64TF
BS 218 598 RR1EN64JQ

RD RR1EN64TF 217 0 0
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ATCAAGGAGGATACTTCCCTTCAGGACCCGGTTACTACTTCCCAAGAGGGCCTCCTCCTC
CTGGTTCATATAACCCGCCTCATGGATCATCCAACAATACGCCTTACGGCTCTGCTGCAA
CTATTGGTCCACGCTGAAATCCTAGTCAAAGATGAGG

QA 1 217 1 217
DS 

RD RR1EN64JQ 598 0 0
GACCAGCAGCTGGTACTGCAACTGCACCAAATTCAGTTGTTGGCACAGCTCAATATCCTT
ATCAAGGAGGATACTTCCCTTCAGGACCCGGTTACTACTTCCCAAGAGGGCCTCCTCCTC
CTGGTTCATATAACCCGCCTCATGGATCATCCAACAATACGCCTTACGGCTCTGCTGCAA
CTATTGGTCCACGCTGAAATCCTAGTCAAAGATGAGGCTGAGTACATATAGTAATAACTC
AATATCCTCATCGGTTGTTGAAAACTGTGGGGTTGTTGCTGGTCAAGAGATGCGGGTACA
GTGGTTACCTTTGAGTGTTATTGTTTATCTGAATTTTTTGAGAGTTATTTTAACTTGAAT
TTGTAAGGAGAGACTGTTTTGGACAAGTTTTGCCACTTTATCTTGATGGGGGAAGAAACA
ACAAAGAAGATAACATTTTAACGCAGTCGAAAGGATAATTGATGGATTGAAAAATTATAT
TTTAGTAGATGACTACTCTCTCCCTTTCGTTTTAATTGATGTCAGAAGATTTTATTTTTG
TTTCTGTTTATTTGATAAATTTAAATTAGTGTGAAATTTTAATGTTGTTTGTGGTGTT

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL6233Contig1 1253 2 4 U
GGATAATCAACATCAACAAAAACTCCTCCTCTCCTTTAGTGATCTTCATCTCTTGATGGA
AGCGTTTGAAGAGGCCATAGCGGCTTCAAAGGAGCAATCATTAATCTTTAAAGGGAAGCG
TACAAAGCGACAACGTCCACAGTCTCCTATTCCTTTCTCCATCTCCCCTCCTATAGTTCC
TTCCCATGCACGCGACATTGAAGAAGAGTCTAAAAAGGATGGTGTGATCACGTCTTCATC
TTCATCAGCCTCTTGGTTCTCTAACAACAACGCAACATTGAAGGCTGAAGAAGAAGAGGA
AGAGCAAGACATAGCCAACTGTTTGATCCTCTTGTCCCAAGCAGGAGGTTTCTAGAGACT
TCTTCATCTAACGGTGGTGGCAAAGCCGGTTACTACGTATATCAATGCAAAACATGTGAC
CGGACCTTCCCTTCTTTTCAAGCTTTAGGCGGCCATAGAGCTAGCCACAGGAAACCCAAA
GCCACGTTATCCTTATACTCCAACATTGACGTTAAGAAGAACATCTACGAAAGCGAAGCC
GTTTCACTCGTCACAACTTCAGCTATTTACAACAACAACAACAACAACAATAACAATAGA
TCGGTTGCTGTGTATGGTAAGGCAGGTAGCAATAAGGTTCATGAATGTGGAGTCTGTGGG
GCGGAGTTTACGTCCGGGCAAGCCTTAGGTGGCCATATGAGACGGCATAGAGGCGCGGTG
GTTGTTGCTGCGGCACCGGTTAACATTGTAACGGTGGCCATGGCTGCTGCTAACACGGAG
TTATCACTGTCTTCCATGTCGTTCGATCAAGTATCTGACGGTCAAGATCATCTGGTGATG
CCAGCTACAAAGAGAGCTAAGAAGCCGGTCGTGTCATTGGATTTGGATCTGAATCTACCC
GCACCGGAAGATGAGAATCGGGTCAACGGTTTCACCTTTGCTTTGAAGCAAAAACAGGAA
CAAGAACACCAACCAACGAAGCAAAGAGAAGAACCAAAGTGTCTTTTCTTGTCTGCTCCT
ACTTTGGTGGATTGCCATTACTGATAAACATCATAACCTATAAAAAAAACAGAAAATCAT
TTAAAATATATATTTTTTTTTTTTTTATTTACTGGAAAGGGTAATTCATTGTTTGTATAT
CAAATGTTTTTTTGTATAACCGATTCTTTGCTTGTTAAAGACTTGCTAGATTCTTTATTT
TTATTGGAGGTGTCTTTTTCAGAGGAATACTAAAATATAATCACTTTGCTAAC


BQ
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AF RR1AQ53TF U 1
AF RR1AQ53JQ C 677
BS 1 688 RR1AQ53TF
BS 689 689 RR1AQ53JQ
BS 690 863 RR1AQ53TF
BS 864 1253 RR1AQ53JQ

RD RR1AQ53TF 863 0 0
GGATAATCAACATCAACAAAAACTCCTCCTCTCCTTTAGTGATCTTCATCTCTTGATGGA
AGCGTTTGAAGAGGCCATAGCGGCTTCAAAGGAGCAATCATTAATCTTTAAAGGGAAGCG
TACAAAGCGACAACGTCCACAGTCTCCTATTCCTTTCTCCATCTCCCCTCCTATAGTTCC
TTCCCATGCACGCGACATTGAAGAAGAGTCTAAAAAGGATGGTGTGATCACGTCTTCATC
TTCATCAGCCTCTTGGTTCTCTAACAACAACGCAACATTGAAGGCTGAAGAAGAAGAGGA
AGAGCAAGACATAGCCAACTGTTTGATCCTCTTGTCCCAAGCAGGAGGTTTCTAGAGACT
TCTTCATCTAACGGTGGTGGCAAAGCCGGTTACTACGTATATCAATGCAAAACATGTGAC
CGGACCTTCCCTTCTTTTCAAGCTTTAGGCGGCCATAGAGCTAGCCACAGGAAACCCAAA
GCCACGTTATCCTTATACTCCAACATTGACGTTAAGAAGAACATCTACGAAAGCGAAGCC
GTTTCACTCGTCACAACTTCAGCTATTTACAACAACAACAACAACAACAATAACAATAGA
TCGGTTGCTGTGTATGGTAAGGCAGGTAGCAATAAGGTTCATGAATGTGGAGTCTGTGGG
GCGGAGTTTACGTCCGGGCAAGCCTTAG*TGGCCATATGAGACGGCATAGAGGCGCGGTG
GTTGTTGCTGCGGCACCGGTTAACATTGTAACGGTGGCCATGGCTGCTGCTAACACGGAG
TTATCACTGTCTTCCATGTCGTTCGATCAAGTATCTGACGGTCAAGATCATCTGGTGATG
CCAGCTACAAAGAGAGCTAAGAA

QA 1 863 1 863
DS 

RD RR1AQ53JQ 577 0 0
GGCAAGCCTTAGGTGGCCATATGAGACGGCATAGAGGCGCGGTGGTTGTTGCTGCGGCAC
CGGTTAACATTGTAACGGTGGCCATGGCTGCTGCTAACACGGAGTTATCACTGTCTTCCA
TGTCGTTCGATCAAGTATTTGACGGTCAAGATCATCTGGTGATGCCAGCTACAAAGAGAG
CTAAGAAGCCGGTCGTGTCATTGGATTTGGATCTGAATCTACCCGCACCGGAAGATGAGA
ATCGGGTCAACGGTTTCACCTTTGCTTTGAAGCAAAAACAGGAACAAGAACACCAACCAA
CGAAGCAAAGAGAAGAACCAAAGTGTCTTTTCTTGTCTGCTCCTACTTTGGTGGATTGCC
ATTACTGATAAACATCATAACCTATAAAAAAAACAGAAAATCATTTAAAATATATATTTT
TTTTTTTTTTATTTACTGGAAAGGGTAATTCATTGTTTGTATATCAAATGTTTTTTTGTA
TAACCGATTCTTTGCTTGTTAAAGACTTGCTAGATTCTTTATTTTTATTGGAGGTGTCTT
TTTCAGAGGAATACTAAAATATAATCACTTTGCTAAC

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

CO CL6234Contig1 1122 2 2 U
GGAAGAAACGCTCAAAACCTTTTCAAGAACACATGAACTCTTCATCTTCTTCTTCCTCCT
CACCTAGTTCCTCTTCAAAGTTTCTTGATTTGGTATCTGCCATCAGCCAAAAAGAAGTGA
AGAAAATTTTAGTCTTGTTTCTCGGTTTAACTGTTTCATGTCTACTTCTTTACAAAACAG
CTTATCCTCTTCCTTTGCTCGATCACCCCTCTTCGTCTTCTCCACAAACAAGATCAAAAT
CAATCAGTTTTAGGGAAGTTCTTGAGAATGCATCAACAGAGAATCGAACGGTTATCGTAA
CTACGTTGAACCAAGCATGGGCAGAGCCAAATTCTCAGTTCGATTTGTTTCTTGAAAGCT
TTCGTATCGGACATGGAACACTGAAGCTACTTCAACACGTGGTTGTTGTTTGCTTGGATC
CCGAGGCATTTGATCGGTGCGCACAACTTCACCCGCATTGCTACTATTTAGAAACATCAG
GAACTGATTTCTCCGGCGAGAAACAGTTTGCTACTCCTGATTACCTCAAAATGATGTGGA
GGAGAATCGAACTCCTCACACAAGTGCTTGAAATGGAATTTAACTTCATCTTCACGGGTG
TAGATATAATGTGGCTTAGAGATCCATTTCCTCGGCTATATCCAGATGGAGATTTTCAGA
TGGCGTGTGATAGATTCTTTGGTGATCCTTATAACTCAAACAATTGGGTAAACGGAGGCT
TCACATATGTGAAATCAAACCATAGAAGCATCGATTTCTACAAGTTTTGGTACAAATCTC
GTCTAGATTATCCAAAGTTACATGACCAAGATGTGTTCAACAAGATCAAACATAAGGCTA
TAGTCTCAGAGATTGGAATCCAGATGAGATTCTTTGACACGGTTTATTTTGGTGGGTTTT
GTCAGACGAGCAAAGACATAAACTTGGTGTGTACGATGCATGCTAATTGTTGTATTGGAT
TAGAGAAGAAGCTTCATTATCTTAATCTCGTTCTTGATGACTGGAGAAAGTATTCATCTT
TATCTGAACAAGTTAAGAATACGACTTGGAGTGCTCCTATGAAGTGTTTGTGAATTGAAA
GTCTTGAATTCAGTTTGAGGGGAAACATTGTTGGTGCTGTAG


BQ
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AF RR1E806TF U 1
AF RR1E806JQ C 414
BS 1 710 RR1E806TF
BS 711 1122 RR1E806JQ

RD RR1E806TF 710 0 0
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CACCTAGTTCCTCTTCAAAGTTTCTTGATTTGGTATCTGCCATCAGCCAAAAAGAAGTGA
AGAAAATTTTAGTCTTGTTTCTCGGTTTAACTGTTTCATGTCTACTTCTTTACAAAACAG
CTTATCCTCTTCCTTTGCTCGATCACCCCTCTTCGTCTTCTCCACAAACAAGATCAAAAT
CAATCAGTTTTAGGGAAGTTCTTGAGAATGCATCAACAGAGAATCGAACGGTTATCGTAA
CTACGTTGAACCAAGCATGGGCAGAGCCAAATTCTCAGTTCGATTTGTTTCTTGAAAGCT
TTCGTATCGGACATGGAACACTGAAGCTACTTCAACACGTGGTTGTTGTTTGCTTGGATC
CCGAGGCATTTGATCGGTGCGCACAACTTCACCCGCATTGCTACTATTTAGAAACATCAG
GAACTGATTTCTCCGGCGAGAAACAGTTTGCTACTCCTGATTACCTCAAAATGATGTGGA
GGAGAATCGAACTCCTCACACAAGTGCTTGAAATGGAATTTAACTTCATCTTCACGGGTG
TAGATATAATGTGGCTTAGAGATCCATTTCCTCGGCTATATCCAGATGGAGATTTTCAGA
TGGCGTGTGATAGATTCTTTGGTGATCCTTATAACTCAAACAATTGGGTA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1E806JQ 709 0 0
TTGGATCCCGAGGCATTTGATCGGTGCGCACAACTTCACCCGCATTGCTACTATTTAGAA
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ATGTGGAGGAGAATCGAACTCCTCACACAAGTGCTTGAAATGGAATTTAACTTCATCTTC
ACGGGTGTAGATATAATGTGGCTTAGAGATCCATTTCCTCGGCTATATCCAGATGGAGAT
TTTCAGATGGCGTGTGATAGATTCTTTGGTGATCCTTATAACTCAAACAATTGGGTAAAC
GGAGGCTTCACATATGTGAAATCAAACCATAGAAGCATCGATTTCTACAAGTTTTGGTAC
AAATCTCGTCTAGATTATCCAAAGTTACATGACCAAGATGTGTTCAACAAGATCAAACAT
AAGGCTATAGTCTCAGAGATTGGAATCCAGATGAGATTCTTTGACACGGTTTATTTTGGT
GGGTTTTGTCAGACGAGCAAAGACATAAACTTGGTGTGTACGATGCATGCTAATTGTTGT
ATTGGATTAGAGAAGAAGCTTCATTATCTTAATCTCGTTCTTGATGACTGGAGAAAGTAT
TCATCTTTATCTGAACAAGTTAAGAATACGACTTGGAGTGCTCCTATGAAGTGTTTGTGA
ATTGAAAGTCTTGAATTCAGTTTGAGGGGAAACATTGTTGGTGCTGTAG

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL6235Contig1 766 2 2 U
GCGTCATTACACAAGATGAAAAGGTTTTAAACGCAAGTGGGATCAACCACATCCACAGGG
TGAATTTACCATCATTTTATAAAGCTCTACAAATGTTCTGTATGTACGCTTTTGGTCAGA
AAGACCCCAAGGATGGTTTCAAGGAGCTTGCTTGGGAAGTTATTAGGCTTGTAGATAGTC
TTCCCTTGGGGTTAAGGGTTATGGGATCATATTTTCGGGGAATGTCCGAGCAAGATTGGA
GGGAGGCACTACCAAACTTAAGGGCTCACCTTGACCGGGATGGAGAAATTGCAAGCATTT
TAACGTTTTGTTATGATGCCTTATGTGATGAAGATAAACGTTTATTTCTTCATATTGCCT
GCTTTTTCAGTGGTGAAAAAGTTTATATAGTGGAAGGCTGTCTAGCAAAATGTTTTTCGG
ATGTGAGACATGGGCTTCGCGTCTTATTTGAAAAATCTCTCATATCTACAGATATGGATT
GGGGAACAATAAAGATGGCTGAGTTGCTAGTCCAACTGGGAAGAAAAGTTGTGCGAGAAC
AATCGGTTAATGAGCCTAGAAAACGCCAATTTTGACTGATGTAATTGATATTTGTGAAGT
GTTGAGTGATGATAAAGCCGACAGTAGCAGCGTCATAGGACTTAATGATGAGACTTACAA
GGATATAAAATGTACAAGTGAAGAGCCTTTGAAAGATTGTATAATCTTCAATTCTTAAGA
ATCGACAGCCTTGGCGTTAATCCGCGAAGTATGAACTACATATCCC


BQ
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AF RR1EM12TF U 1
AF RR1EM12JQ C 272
BS 1 688 RR1EM12TF
BS 689 766 RR1EM12JQ

RD RR1EM12TF 688 0 0
GCGTCATTACACAAGATGAAAAGGTTTTAAACGCAAGTGGGATCAACCACATCCACAGGG
TGAATTTACCATCATTTTATAAAGCTCTACAAATGTTCTGTATGTACGCTTTTGGTCAGA
AAGACCCCAAGGATGGTTTCAAGGAGCTTGCTTGGGAAGTTATTAGGCTTGTAGATAGTC
TTCCCTTGGGGTTAAGGGTTATGGGATCATATTTTCGGGGAATGTCCGAGCAAGATTGGA
GGGAGGCACTACCAAACTTAAGGGCTCACCTTGACCGGGATGGAGAAATTGCAAGCATTT
TAACGTTTTGTTATGATGCCTTATGTGATGAAGATAAACGTTTATTTCTTCATATTGCCT
GCTTTTTCAGTGGTGAAAAAGTTTATATAGTGGAAGGCTGTCTAGCAAAATGTTTTTCGG
ATGTGAGACATGGGCTTCGCGTCTTATTTGAAAAATCTCTCATATCTACAGATATGGATT
GGGGAACAATAAAGATGGCTGAGTTGCTAGTCCAACTGGGAAGAAAAGTTGTGCGAGAAC
AATCGGTTAATGAGCCTAGAAAACGCCAATTTTGACTGATGTAATTGATATTTGTGAAGT
GTTGAGTGATGATAAAGCCGACAGTAGCAGCGTCATAGGACTTAATGATGAGACTTACAA
GGATATAAAATGTACAAGTGAAGAGCCT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1EM12JQ 495 0 0
TGACCGGGATGGAGAAATTGCAAGCATTTTAACGTTTTGTTATGATGCCTTATGTGATGA
AGATAAACGTTTATTTCTTCATATTGCCTGCTTTTTCAGTGGTGAAAAAGTTTATATAGT
GGAAGGCTGTCTAGCAAAATGTTTTTCGGATGTGAGACATGGGCTTCGCGTCTTATTTGA
AAAATCTCTCATATCTACAGATATGGATTGGGGAACAATAAAGATGGCTGAGTTGCTAGT
CCAACTGGGAAGAAAAGTTGTGCGAGAACAATCGGTTAATGAGCCTAGAAAACGCCAATT
TTGACTGATGTAATTGATATTTGTGAAGTGTTGAGTGATGATAAAGCCGACAGTAGCAGC
GTCATAGGACTTAATGATGAGACTTACAAGGATATAAAATGTACAAGTGAAGAGCCTTTG
AAAGATTGTATAATCTTCAATTCTTAAGAATCGACAGCCTTGGCGTTAATCCGCGAAGTA
TGAACTACATATCCC

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

CO CL6236Contig1 1006 2 2 U
GAGCGATGGCGCGTCACCGGCGCCGGAGAATCCATCGGAATCCGAGATCAATGAAGACAC
AGACGCGGCGACGATGGTAGTCGAAGAGCTCGTGACTTCACTCAACACACAGAGACTCTA
CAGGGAGCTGACACTATCCCTCCGAACGGGGTTACGCGACGCTCGCGCCGAGTTCTCCTT
CCTCCGCATCCGCGGCCTTCGATCCCTTCTCAAAACTCTCCGATCTATCGCCGAATCGGA
TTCCATCATCCGCCTCTTCTCCCACACCCAAACCATCTCCGATCTCCAACTGGTTCCGGT
GCTATTTCGACATTCGTTGAAAGAAGCGGAGGATGATAGAGTGACGAGCTTGGATCACAT
ATTCAGCGTCGAGCCGATGAAGATAACGAGTCCTTCTACGGATGACGAGGTCGCGGTTGC
TCTTAGGGTTCTCGAAGGATGCTGCCTCCTCCATCCTCAGAGCACTGTTCTCGCTCATAA
ACACGGCGCAGTTCGCGTAATGATGAATATATTATCAACACGAGGAGTACTTGAGCAAGG
TGCCTGCTTAGATGCCTTAATCTCAATATTGCTGGATTCTTCAGCAAATCAGGTGGATTT
TGGAGCCTGCAATGGGATTGAGGAGGTTGCAATGCTCATGCGGGACAAACAAGCTGATGA
AAATCTCAGGTTAAGATGCGGAGAGTTCTTGCTACTATTAGTTGGACATGTGAATGGGAA
GGATCGATCACCCATTGCAAGTGTAAATGAAGACATCAGGCGTCTTTTGGGTGAAAAATC
CGCTTCTTTAATATGGGCGGCGAGTCAGTTCGGTTCAACAGGTGACCCTGAACAAAGAAT
CACTGCTCTTCACATCCAGGCTGGGAGAGTGCTCGAGTCCCTTGACTTGTACTAATTGTC
AAACCCCCTTTTTTGTTGATTTTGCGTCCTCTTTTTACATAATGAAAAGTTTAAATGTGT
GTAAAAACCCCTATCCAAACTACTCAATATCATTTACTTGCCTTGC


BQ
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AF RR1AA31TF U 1
AF RR1AA31JQ C 249
BS 1 665 RR1AA31TF
BS 666 1006 RR1AA31JQ

RD RR1AA31TF 665 0 0
GAGCGATGGCGCGTCACCGGCGCCGGAGAATCCATCGGAATCCGAGATCAATGAAGACAC
AGACGCGGCGACGATGGTAGTCGAAGAGCTCGTGACTTCACTCAACACACAGAGACTCTA
CAGGGAGCTGACACTATCCCTCCGAACGGGGTTACGCGACGCTCGCGCCGAGTTCTCCTT
CCTCCGCATCCGCGGCCTTCGATCCCTTCTCAAAACTCTCCGATCTATCGCCGAATCGGA
TTCCATCATCCGCCTCTTCTCCCACACCCAAACCATCTCCGATCTCCAACTGGTTCCGGT
GCTATTTCGACATTCGTTGAAAGAAGCGGAGGATGATAGAGTGACGAGCTTGGATCACAT
ATTCAGCGTCGAGCCGATGAAGATAACGAGTCCTTCTACGGATGACGAGGTCGCGGTTGC
TCTTAGGGTTCTCGAAGGATGCTGCCTCCTCCATCCTCAGAGCACTGTTCTCGCTCATAA
ACACGGCGCAGTTCGCGTAATGATGAATATATTATCAACACGAGGAGTACTTGAGCAAGG
TGCCTGCTTAGATGCCTTAATCTCAATATTGCTGGATTCTTCAGCAAATCAGGTGGATTT
TGGAGCCTGCAATGGGATTGAGGAGGTTGCAATGCTCATGCGGGACAAACAAGCTGATGA
AAATC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1AA31JQ 758 0 0
TCCGCCTCTTCTCCCACACCCAAACCATCTCCGATCTCCAACTGGTTCCGGTGCTATTTC
GACATTCGTTGAAAGAAGCGGAGGATGATAGAGTGACGAGCTTGGATCACATATTCAGCG
TCGAGCCGATGAAGATAACGAGTCCTTCTACGGATGACGAGGTCGCGGTTGCTCTTAGGG
TTCTCGAAGGATGCTGCCTCCTCCATCCTCAGAGCACTGTTCTCGCTCATAAACACGGCG
CAGTTCGCGTAATGATGAATATATTATCAACACGAGGAGTACTTGAGCAAGGTGCCTGCT
TAGATGCCTTAATCTCAATATTGCTGGATTCTTCAGCAAATCAGGTGGATTTTGGAGCCT
GCAATGGGATTGAGGAGGTTGCAATGCTCATGCGGGACAAACAAGCTGATGAAAATCTCA
GGTTAAGATGCGGAGAGTTCTTGCTACTATTAGTTGGACATGTGAATGGGAAGGATCGAT
CACCCATTGCAAGTGTAAATGAAGACATCAGGCGTCTTTTGGGTGAAAAATCCGCTTCTT
TAATATGGGCGGCGAGTCAGTTCGGTTCAACAGGTGACCCTGAACAAAGAATCACTGCTC
TTCACATCCAGGCTGGGAGAGTGCTCGAGTCCCTTGACTTGTACTAATTGTCAAACCCCC
TTTTTTGTTGATTTTGCGTCCTCTTTTTACATAATGAAAAGTTTAAATGTGTGTAAAAAC
CCCTATCCAAACTACTCAATATCATTTACTTGCCTTGC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL6237Contig1 921 2 2 U
GGTGTTTTCGAACTGCTTGAGATCAAGTGGAAGAACAGGGATCATCGCGTCAGAGGAAGA
GGACGTGCCTGTAGCAGTTGAAGAGAGTTACTCCGGAAACTACATTGTCGTCTTTGATCC
TCTCGACGGCTCCTCCAACATCGACGCCGCAGTGTCCATCGGTTCAATCTTCGGTATCTA
CAGCCCTAATGACGAGTGCATCGTCGAAGACTCGGACGATATCTCCGCTCTTGGGTCAGA
AGAACAAAGGTGTATTGTAAACGTGTGCCAACCAGGGAACAACTTGCTAGCAGCTGGATA
CTGTATGTACTCCAGCTCAGTCATCTTCGTCCTCACCTTAGGCAAAGGCGTTTTCTCCTT
CACGCTCGACCCAATGTACGGCGAGTTCGTCCTGACTCAAGAGAACATCCAGATCCCCAA
AGCCGGGAAAATCTACTCTTTCAACGAAGGGAACTACCAGATGTGGGACGAGAAACTGAA
GAAGTACATGGATGATCTCAAGGACCCTGGTCCGAGCGGGAAGCCTTACTCGGCAAGGTA
CATTGGTAGTTTGGTCGGAGATTTTCACAGGACTTTGTTGTACGGTGGGATCTACGGGTA
CCCACGTGACGCCAAGAGCAAAAACGGGAAGCTTAGGCTTTTGTATGAGTGTGCACCGAT
GAGTTTCATCGTTGAGCAAGCTGGAGGGAAATGATCAGATGGTCACCAGAGAGTGCTAGA
TATCCAACCGACCGAGATACATCAGAGGGTTCCGCTTTACATTGGAAGCAAAGAAGAAGT
TGAGAAGCTGGAGAAATACTTGGCTTGAGTCATGTACCAATCATACGTCTTTTGATTTCT
ATTGTAAAACCATTTTCTGAGTACATGGCACATCCCAATAGATGCATAAATAATAAAAGT
TATATTTTGTTATTTTATTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS85TF U 1
AF RR1CS85JQ C 208
BS 1 624 RR1CS85TF
BS 625 921 RR1CS85JQ

RD RR1CS85TF 624 0 0
GGTGTTTTCGAACTGCTTGAGATCAAGTGGAAGAACAGGGATCATCGCGTCAGAGGAAGA
GGACGTGCCTGTAGCAGTTGAAGAGAGTTACTCCGGAAACTACATTGTCGTCTTTGATCC
TCTCGACGGCTCCTCCAACATCGACGCCGCAGTGTCCATCGGTTCAATCTTCGGTATCTA
CAGCCCTAATGACGAGTGCATCGTCGAAGACTCGGACGATATCTCCGCTCTTGGGTCAGA
AGAACAAAGGTGTATTGTAAACGTGTGCCAACCAGGGAACAACTTGCTAGCAGCTGGATA
CTGTATGTACTCCAGCTCAGTCATCTTCGTCCTCACCTTAGGCAAAGGCGTTTTCTCCTT
CACGCTCGACCCAATGTACGGCGAGTTCGTCCTGACTCAAGAGAACATCCAGATCCCCAA
AGCCGGGAAAATCTACTCTTTCAACGAAGGGAACTACCAGATGTGGGACGAGAAACTGAA
GAAGTACATGGATGATCTCAAGGACCCTGGTCCGAGCGGGAAGCCTTACTCGGCAAGGTA
CATTGGTAGTTTGGTCGGAGATTTTCACAGGACTTTGTTGTACGGTGGGATCTACGGGTA
CCCACGTGACGCCAAGAGCAAAAA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1CS85JQ 714 0 0
AGACTCGGACGATATCTCCGCTCTTGGGTCAGAAGAACAAAGGTGTATTGTAAACGTGTG
CCAACCAGGGAACAACTTGCTAGCAGCTGGATACTGTATGTACTCCAGCTCAGTCATCTT
CGTCCTCACCTTAGGCAAAGGCGTTTTCTCCTTCACGCTCGACCCAATGTACGGCGAGTT
CGTCCTGACTCAAGAGAACATCCAGATCCCCAAAGCCGGGAAAATCTACTCTTTCAACGA
AGGGAACTACCAGATGTGGGACGAGAAACTGAAGAAGTACATGGATGATCTCAAGGACCC
TGGTCCGAGCGGGAAGCCTTACTCGGCAAGGTACATTGGTAGTTTGGTCGGAGATTTTCA
CAGGACTTTGTTGTACGGTGGGATCTACGGGTACCCACGTGACGCCAAGAGCAAAAACGG
GAAGCTTAGGCTTTTGTATGAGTGTGCACCGATGAGTTTCATCGTTGAGCAAGCTGGAGG
GAAATGATCAGATGGTCACCAGAGAGTGCTAGATATCCAACCGACCGAGATACATCAGAG
GGTTCCGCTTTACATTGGAAGCAAAGAAGAAGTTGAGAAGCTGGAGAAATACTTGGCTTG
AGTCATGTACCAATCATACGTCTTTTGATTTCTATTGTAAAACCATTTTCTGAGTACATG
GCACATCCCAATAGATGCATAAATAATAAAAGTTATATTTTGTTATTTTATTCC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL6238Contig1 1030 2 2 U
GGAACATCCCACCGTGAACTAAAATCTGGAAAAAAAAATAAACCTTCTTTCTTCTCCATT
GTTTGCTTACGATCTCTCATCATCTTCCATCTTTATTGATCTTCCAAATCGAGGATTTTC
TCATTCAAGGAAAATTTCCCAGCCATGAATCTATTATTCGTCGTCACAACCTCTCTGAGT
ACGAGTGGGAATACTGGATCTCCCCTTTCCGAGAGAAAGCTCACCAGTTCGGGTGAGACT
CTTCATCTTACACCTCCTGCAACCTCGCTCTTCTGCCATCACTCATCAATGTGCTACACA
GTTCTCACCGAACTTTATACCGCCGAATCCTCCTCCCCTTCACCGCCGTCAATCCTCACT
TCCTCGCCTCACCGTCAAATCTGTCGTCACCTTCGTTTGTTATCGAGAAGCAGCAGTTCT
CAGGACGAATCGAGTTTTGACAAGTTTTTTTACGATTTGGTGGAGGCTGGAGCTTGGTTA
CAGAATATGTATAATAAATACAGATGTTTTCATGTTCTTACTGGTGTCTATTGCAGATTT
TCGAGGTTGAAGCAGCAAGGAATCAGCTTTCCCGCGGTGAAGCTGAAGGAGGAGGTGGCG
GTGTAAGGGGAAGAGGAGGGGGCAGAGGAAGAAGTGGTAAAGCGTGGAGAGATGATAAGA
AAGAAGAGAAGCTGAACAGCAGGCGTTGAGTGTGTTCGGGTTGATGCTTATGATACTAAT
CTCATGGTAGGAACACTGTCCATTGTTTATACAAGTCTCATAGATACACGTTTTTGGTGA
GAATTAAGGTGACCAAGAAGGATGATCCAAAGGTGACAGTTTTGATGCAACAAGCTGAGT
TTCTCAGTTCATTGGCTCTGAACAGAGCATGGAGGACATGAGGAGCTGCTTGGGACTATT
GGCAAAGTGCTTTCACAAGTTTTGAAATTTTGTACTGGGTTGAGTTAGTATTATACTTGG
TATGCAATAAAAATTATGTAACTTTGGATAATTTATGGAATATAAAAGTTATATATAATT
ATGTGATGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H922TF U 1
AF RR1H922JQ C 445
BS 1 608 RR1H922TF
BS 609 1030 RR1H922JQ

RD RR1H922TF 608 0 0
GGAACATCCCACCGTGAACTAAAATCTGGAAAAAAAAATAAACCTTCTTTCTTCTCCATT
GTTTGCTTACGATCTCTCATCATCTTCCATCTTTATTGATCTTCCAAATCGAGGATTTTC
TCATTCAAGGAAAATTTCCCAGCCATGAATCTATTATTCGTCGTCACAACCTCTCTGAGT
ACGAGTGGGAATACTGGATCTCCCCTTTCCGAGAGAAAGCTCACCAGTTCGGGTGAGACT
CTTCATCTTACACCTCCTGCAACCTCGCTCTTCTGCCATCACTCATCAATGTGCTACACA
GTTCTCACCGAACTTTATACCGCCGAATCCTCCTCCCCTTCACCGCCGTCAATCCTCACT
TCCTCGCCTCACCGTCAAATCTGTCGTCACCTTCGTTTGTTATCGAGAAGCAGCAGTTCT
CAGGACGAATCGAGTTTTGACAAGTTTTTTTACGATTTGGTGGAGGCTGGAGCTTGGTTA
CAGAATATGTATAATAAATACAGATGTTTTCATGTTCTTACTGGTGTCTATTGCAGATTT
TCGAGGTTGAAGCAGCAAGGAATCAGCTTTCCCGCGGTGAAGCTGAAGGAGGAGGTGGCG
GTGTAAGG

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1H922JQ 586 0 0
TTTTTTTACGATTTGGTGGAGGCTGGAGCTTGGTTACAGAATATGTATAATAAATACAGA
TGTTTTCATGTTCTTACTGGTGTCTATTGCAGATTTTCGAGGTTGAAGCAGCAAGGAATC
AGCTTTCCCGCGGTGAAGCTGAAGGAGGAGGTGGCGGTGTAAGGGGAAGAGGAGGGGGCA
GAGGAAGAAGTGGTAAAGCGTGGAGAGATGATAAGAAAGAAGAGAAGCTGAACAGCAGGC
GTTGAGTGTGTTCGGGTTGATGCTTATGATACTAATCTCATGGTAGGAACACTGTCCATT
GTTTATACAAGTCTCATAGATACACGTTTTTGGTGAGAATTAAGGTGACCAAGAAGGATG
ATCCAAAGGTGACAGTTTTGATGCAACAAGCTGAGTTTCTCAGTTCATTGGCTCTGAACA
GAGCATGGAGGACATGAGGAGCTGCTTGGGACTATTGGCAAAGTGCTTTCACAAGTTTTG
AAATTTTGTACTGGGTTGAGTTAGTATTATACTTGGTATGCAATAAAAATTATGTAACTT
TGGATAATTTATGGAATATAAAAGTTATATATAATTATGTGATGCC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6240Contig1 1178 2 14 U
GAAGCCTGCTCGTCTTCCAGGCTTTCACACTTGTGTTGGAGGTGGTGGAGAGAGGCAAAC
ACCTGATTGGTACAAGGAGAAAGGGATTGAGATGATATATGAAGATCCAGTGACTGGAGC
TGATTTTGAAAAGCAAACCCTCACAACTAACACTGGGAAGCAGTTAAAATATGGATCCCT
TATTATCGCTACTGGCTGTACTGCCTCTAGGTTCTCAGATAAAATTGGTGGGAACTTGCC
TGGAGTTCACTATATTCGGGAGGTTGCAGATGCTGATTCACTTATTTCATCTCTGGGAAA
GTCAAAGAAAGTTGTCATTGTTGGTGGTGGCTACATCGGCATGGAGGTTGCTGCTGCTGC
TGTTGCGTGGAACCTAGATACAACGATTGTATTCCCAGAAGATCAGCTTTTGCAAAGATT
GTTCACTCCATCACTTGCTCAGAGATATGAAGACCTCTACCGTCAAAATGGTGTTAAGTT
CGTCAAGGGCGCTTCGATAAATAACTTAGAAGCTGGTTCCGATGGGCGTGTAACAGCTGT
TAAGCTTGCTGACGGGTCTACAATTGAGGCAATACCGAAGAACACTGCGTGAAATCTCTG
CTCACTGCACACACTGACACATACGATTATCTCCCGTATTTCTACTCAAGAGTATTCGAG
TATGAAGGCAGCTCAAGAAAAGTTTGGTGGCAGTTTTTTGGGGATAATGTGGGAGAAGCA
GTTGAAGTAGGCAACTTCGATCCCAAGATCGCTACCTTCTGGATTGATTCTGGCAGGTTG
AAAGGTGTTCTTGTAGAAAGTGGTTCTCCAGAGGAGTTTCAGCTTCTACCAAAGCTAGCA
AGAAGTCAACCTATTGTCGATAAGGCTAAACTCGCCGGCGCATCTTCAGTGGAGGAAGCC
CTCGAGATTGCTCAAGCCGCTCTACAGAGTTAAGAGAGTAATTGACGGGTTTTATAGCTT
TCGGATTCAGAGAAAGCAAGCAAGCAAGAAACATCTTTATTCTCGGTGAAAGTATTCATC
TTTCCATTGAAAATGGTTTTATAGAGAGCACTCTAGTCAATAATCTGCATGAATAAGCTG
TCGCCTCTTTTGAAGAATTCGTATTTTGCTCATAACAGAGCTTGTTCCACATAAATTCGC
ATGATAGTCTATATTGAAATTTTAAGCTTTTTTTACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C445TF U 1
AF RR1C445JQ C 377
BS 1 698 RR1C445TF
BS 699 699 RR1C445JQ
BS 700 730 RR1C445TF
BS 731 731 RR1C445JQ
BS 732 764 RR1C445TF
BS 765 765 RR1C445JQ
BS 766 768 RR1C445TF
BS 769 769 RR1C445JQ
BS 770 778 RR1C445TF
BS 779 779 RR1C445JQ
BS 780 784 RR1C445TF
BS 785 785 RR1C445JQ
BS 786 820 RR1C445TF
BS 821 1178 RR1C445JQ

RD RR1C445TF 820 0 0
GAAGCCTGCTCGTCTTCCAGGCTTTCACACTTGTGTTGGAGGTGGTGGAGAGAGGCAAAC
ACCTGATTGGTACAAGGAGAAAGGGATTGAGATGATATATGAAGATCCAGTGACTGGAGC
TGATTTTGAAAAGCAAACCCTCACAACTAACACTGGGAAGCAGTTAAAATATGGATCCCT
TATTATCGCTACTGGCTGTACTGCCTCTAGGTTCTCAGATAAAATTGGTGGGAACTTGCC
TGGAGTTCACTATATTCGGGAGGTTGCAGATGCTGATTCACTTATTTCATCTCTGGGAAA
GTCAAAGAAAGTTGTCATTGTTGGTGGTGGCTACATCGGCATGGAGGTTGCTGCTGCTGC
TGTTGCGTGGAACCTAGATACAACGATTGTATTCCCAGAAGATCAGCTTTTGCAAAGATT
GTTCACTCCATCACTTGCTCAGAGATATGAAGACCTCTACCGTCAAAATGGTGTTAAGTT
CGTCAAGGGCGCTTCGATAAATAACTTAGAAGCTGGTTCCGATGGGCGTGTAACAGCTGT
TAAGCTTGCTGACGGGTCTACAATTGAGGCAATACCGAAGAACACTGCGTGAAATCTCTG
CTCACTGCACACACTGACACATACGATTATCTCCCGTATTTCTACTCAAGAGTATTCGAG
TATGAAGGCAGCTCAAGAAAAGTTTGGTGGCAGTTTTT*GGGGATAATGTGGGAGAAGCA
GTTGAAGTAG*CAACTTCGATCCCAAGATCGCTACCTTCTGGAT*GAT*CTGGCAGGT*G
AAAG*TGTTCTTGTAGAAAGTGGTTCTCCAGAGGAGTTTC

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1C445JQ 802 0 0
GATACAACGATTGTATTCCCAGAAGATCAGCTTTTGCAAAGATTGTTCACTCCATCACTT
GCTCAGAGATATGAAGACCTCTACCGTCAAAATGGTGTTAAGTTCGTCAAGGGCGCTTCG
ATAAATAACTTAGAAGCTGGTTCCGATGGGCGTGTAACAGCTGTTAAGCTTGCTGACGGG
TCTACAATTGAGGCAATACCGAAGAACACTGCGTGAAATCTCTGCTCACTGCACACACTG
ACACATACGATTATCTCCCGTATTTCTACTCAAGAGTATTCGAGTATGAAGGCAGCTCAA
GAAAAGTTTGGTGGCAGTTTTTTGGGGATAATGTGGGAGAAGCAGTTGAAGTAGGCAACT
TCGATCCCAAGATCGCTACCTTCTGGATTGATTCTGGCAGGTTGAAAGGTGTTCTTGTAG
AAAGTGGTTCTCCAGAGGAGTTTCAGCTTCTACCAAAGCTAGCAAGAAGTCAACCTATTG
TCGATAAGGCTAAACTCGCCGGCGCATCTTCAGTGGAGGAAGCCCTCGAGATTGCTCAAG
CCGCTCTACAGAGTTAAGAGAGTAATTGACGGGTTTTATAGCTTTCGGATTCAGAGAAAG
CAAGCAAGCAAGAAACATCTTTATTCTCGGTGAAAGTATTCATCTTTCCATTGAAAATGG
TTTTATAGAGAGCACTCTAGTCAATAATCTGCATGAATAAGCTGTCGCCTCTTTTGAAGA
ATTCGTATTTTGCTCATAACAGAGCTTGTTCCACATAAATTCGCATGATAGTCTATATTG
AAATTTTAAGCTTTTTTTACTG

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL6241Contig1 584 2 2 U
GGGTGAAGCGGCTGTCGGAAAATCGAAAAATGGGGAGGAGGATTTTGAACGATGCGTTGA
GGACGATTGTGAATGCGGAGAGGCGAGGGAAAGCTTCGGTGGAGCTTAAACCTATCTCCA
CCGTCATGTCTTCCTTCCTCCGAATCATGAAGGAAAAAGGTTATATCAAGAACTTTCAAG
TCTTTGATCCACATAGAGTTGGTAGGATAACCGTTGATCTTCAAGGGAGGGTTAATGACT
GCAAAGCTCTTACCTATAGGCAAGACGTTAAGGCAAAAGAGATTGAGGCATACACTGAAC
GCACACTTCCAACACGTCAGTGGGGTTATGTAGTAGTCACAACTCCGGATGGGATTTTGG
ACCATGAAGAAGCTATTAAACGCAATGTTGGTGGTCAGGTTCTTGGTTTCTTTTACTGAA
GAGCCTAATCTAACACATGGCAAGAGAGGCATGCTCGAAATTTCGATCCTTAGAACATGT
TATTCATGTGGTTCTTTGTTTTGGTATCTTGCATTGTCTTTGAACAAATGGGCAATTAAA
GTACACATTTGCTTGTTAAAATTCAAAGATCTTACTTATGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GB47TF U 1
AF RR1GB47JQ C 139
BS 1 555 RR1GB47TF
BS 556 584 RR1GB47JQ

RD RR1GB47TF 555 0 0
GGGTGAAGCGGCTGTCGGAAAATCGAAAAATGGGGAGGAGGATTTTGAACGATGCGTTGA
GGACGATTGTGAATGCGGAGAGGCGAGGGAAAGCTTCGGTGGAGCTTAAACCTATCTCCA
CCGTCATGTCTTCCTTCCTCCGAATCATGAAGGAAAAAGGTTATATCAAGAACTTTCAAG
TCTTTGATCCACATAGAGTTGGTAGGATAACCGTTGATCTTCAAGGGAGGGTTAATGACT
GCAAAGCTCTTACCTATAGGCAAGACGTTAAGGCAAAAGAGATTGAGGCATACACTGAAC
GCACACTTCCAACACGTCAGTGGGGTTATGTAGTAGTCACAACTCCGGATGGGATTTTGG
ACCATGAAGAAGCTATTAAACGCAATGTTGGTGGTCAGGTTCTTGGTTTCTTTTACTGAA
GAGCCTAATCTAACACATGGCAAGAGAGGCATGCTCGAAATTTCGATCCTTAGAACATGT
TATTCATGTGGTTCTTTGTTTTGGTATCTTGCATTGTCTTTGAACAAATGGGCAATTAAA
GTACACATTTGCTTG

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1GB47JQ 446 0 0
TCCGAATCATGAAGGAAAAAGGTTATATCAAGAACTTTCAAGTCTTTGATCCACATAGAG
TTGGTAGGATAACCGTTGATCTTCAAGGGAGGGTTAATGACTGCAAAGCTCTTACCTATA
GGCAAGACGTTAAGGCAAAAGAGATTGAGGCATACACTGAACGCACACTTCCAACACGTC
AGTGGGGTTATGTAGTAGTCACAACTCCGGATGGGATTTTGGACCATGAAGAAGCTATTA
AACGCAATGTTGGTGGTCAGGTTCTTGGTTTCTTTTACTGAAGAGCCTAATCTAACACAT
GGCAAGAGAGGCATGCTCGAAATTTCGATCCTTAGAACATGTTATTCATGTGGTTCTTTG
TTTTGGTATCTTGCATTGTCTTTGAACAAATGGGCAATTAAAGTACACATTTGCTTGTTA
AAATTCAAAGATCTTACTTATGAAGC

QA 1 446 1 446
DS 



AS 1 2

CO CL6242Contig1 649 2 4 U
GTGGAAGAGCTGATGGGTGTTGTGATGCAAAGAATCGGTAGTGACATCAACGATGTGGAA
CAACGGCCTCAGATTATATATGAGGATGATGAAGGTGGTAAGGTTTTGATTACATCGGAT
AGTGATTTGGTTGGTGCTGTTACTCTTGCTAGGTCTGCAGGACAAAAGGTATTGAGGCTG
CATCTGGACTTTACAGAGACAGGAGGAACAAGGAGCTTGAGCTTGGAAACGGGTCAACTC
AAGAAAGCGAATACTACTACAGAGAGAGAAAGAGGTGGATGGGTTACATGGCGTGGTGGT
GCGGTGGTTACAGGAGCTGTTGTGCTAACGAGCATAGCTGTTGTTGTTTACTTGAAACGC
TCAAAGATGTGATCAAAACTCTCTGGAAGGCATAAGTCTTTTCTACTTTCTGTTTTTGGT
AAGTTTCATACATGTTGCCTCTTTTGTCATACGAAAAGAGAAACTTTATTTCACTAAAGA
TATTTATTAAATTATGGGGGGGGGGGGGGCACCCCTATTCAGATGAGAATATTAGATTTG
ACAGAGTTAATGTAAAACCTCTGAAACCGAGAAAATAAAAGCAGAGGATGTTGTTGCACT
GCAATTTCTGGTATTTGTTTTTGCTCTTTTTGGATATACTTTTTTTATT


BQ
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AF RR1H077TF U 1
AF RR1H077JQ C 74
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BS 491 491 RR1H077JQ
BS 492 509 RR1H077TF
BS 510 649 RR1H077JQ

RD RR1H077TF 520 0 0
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AGTGATTTGGTTGGTGCTGTTACTCTTGCTAGGTCTGCAGGACAAAAGGTATTGAGGCTG
CATCTGGACTTTACAGAGACAGGAGGAACAAGGAGCTTGAGCTTGGAAACGGGTCAACTC
AAGAAAGCGAATACTACTACAGAGAGAGAAAGAGGTGGATGGGTTACATGGCGTGGTGGT
GCGGTGGTTACAGGAGCTGTTGTGCTAACGAGCATAGCTGTTGTTGTTTACTTGAAACGC
TCAAAGATGTGATCAAAACTCTCTGGAAGGCATAAGTCTTTTCTACTTTCTGTTTTTGGT
AAGTTTCATACATGTTGCCTCTTTTGTCATACGAAAAGAGAAACTTTATTTCACTAAAGA
TATTTATTAA*TTATGGGGGGGGGGGGGG
GGCACCCCTAT

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1H077JQ 576 0 0
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GTGCTGTTACTCTTGCTAGGTCTGCAGGACAAAAGGTATTGAGGCTGCATCTGGACTTTA
CAGAGACAGGAGGAACAAGGAGCTTGAGCTTGGAAACGGGTCAACTCAAGAAAGCGAATA
CTACTACAGAGAGAGAAAGAGGTGGATGGGTTACATGGCGTGGTGGTGCGGTGGTTACAG
GAGCTGTTGTGCTAACGAGCATAGCTGTTGTTGTTTACTTGAAACGCTCAAAGATGTGAT
CAAAACTTTTTGGAAGGCATAAGTCTTTTTTACTTTCTGTTTTTGGTAAGTTTCATACAT
GTTGCCTCTTTTGTCATACGAAAAGAGAAACTTTATTTCACTAAAGATATTTATTAAATT
ATTGGGGGGGGGGGGGCACCCCTATTCAGATGAGAATATTAGATTTGACAGAGTTAATGT
AAAACCTCTGAAACCGAGAAAATAAAAGCAGAGGATGTTGTTGCACTGCAATTTCTGGTA
TTTGTTTTTGCTCTTTTTGGATATACTTTTTTTATT

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

CO CL6243Contig1 1042 2 10 U
AGATAGCATTGGAGAAGTCGCCGGATAGTTTGTTCCCTGAGATGTCGAGATGTTGAAGAG
CGGAGCAGTCACCGAGATACGGAAGCCCGGTGGAGAAATTGTTGGAGGAGACATCGAGAA
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AGGTGGTGAGAGAAGCAGAGCACTTGAAACCAGAGGTGATGGAGCCGTTGATGTGGGAGT
TCGAGAGAGACAGGGACTCTAATCCGGTGAGGGAGAGGAGAGAGGAAGCCACGGCACTGA
ATCCGATGTTAAGTGGTTTGGAGCTGAGATCAATTGAAGAAACCTTGTTGTCTTTGCAAG
TGACGCCGTCGAAGGTACAGGGGTTCTTGTCGGGAGACCAGCCTGGGAGTAGGTTCTTGT
CGGGAATAACGTTTTTGAAGCTTATAAGCTGATGGGTTTCTCTGTTGAAAGCTTGGAGGG
AAGGAGAGGTAAAGGATAAGAATAAGAAGAAGAGAAAGAAGCTTGGGAAAGTTTTCATTT
CTCACGATTTTGAGAGAGAAGTGTGGATGTAGAATATATGAAAAAAGAGGGATCTAGGGT
TTTGGTTCCACCATTAGAGAGCAAGTGTTGAAAGCTCTAGGAGAGAGAAGACAAAAGACA
GGAGAAGGAAGAGGAACGAAGGTATTTTAATTATTTATCAACCAAGGAGGAAAGAGTGGT
GGTCACAGCTGTTCGATCACATGGCATGTCCCCTCTTCTTCTGACTATTGTTATTATTCA
AATGGTTAATTTTAATTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BW41TF U 1
AF RR1BW41JQ C 277
BS 1 638 RR1BW41TF
BS 639 639 RR1BW41JQ
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RD RR1BW41TF 715 0 0
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CGGAGCAGTCACCGAGATACGGAAGCCCGGTGGAGAAATTGTTGGAGGAGACATCGAGAA
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CCAAGTGCTTTAACTCTCCGCAGCCACCGGAGAGAATCCAGCCGGCGACGTTAGCGCCTG
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AAACTTTCCCGGGGAAATCTAGTGAGTTGGAAGAGACGTTCAGAGACTTCAGTCCGAGGC
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TCGAGAGAGACAGGGACTCTAATCCGGTGAGGGAGAGGAGAGAGGAAGCCACGGCACTGA
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TGACGCCGTCGAAGGTACAGGGGTTCTTGTCGGGAGAC*AGCCTGGGAGTAG*TTCTTGT
CGGGAATAACGTTTTTGAAGCT*ATA*GCTGATGGGTTTCTCTGTTGAAAGCTTG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1BW41JQ 766 0 0
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AGATGGAGTTTGTGGATAGATCCAAGGTGGTGAGAGAAGCAGAGCACTTGAAACCAGAGG
TGATGGAGCCGTTGATGTGGGAGTTCGAGAGAGACAGGGACTTTAATCCGGTGAGGGAGA
GGAGAGAGGAAGCCACGGCACTGAATCCGATGTTAAGTGGTTTGGAGCTGAGATCAATTG
AAGAAACCTTGTTGTCTTTGCAAGTGACGCCGTCGAAGGTACAGGGGTTCTTGTCGGGAG
ACCAGCCTGGGAGTAGGTTCTTGTCGGGAATAACGTTTTTGAAGCTTATAAGCTGATGGG
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AGAAGCTTGGGAAAGTTTTCATTTCTCACGATTTTGAGAGAGAAGTGTGGATGTAGAATA
TATGAAAAAAGAGGGATCTAGGGTTTTGGTTCCACCATTAGAGAGCAAGTGTTGAAAGCT
CTAGGAGAGAGAAGACAAAAGACAGGAGAAGGAAGAGGAACGAAGGTATTTTAATTATTT
ATCAACCAAGGAGGAAAGAGTGGTGGTCACAGCTGTTCGATCACATGGCATGTCCCCTCT
TCTTCTGACTATTGTTATTATTCAAATGGTTAATTTTAATTTTGAT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL6244Contig1 826 2 2 U
GGGTCTAAAAATAGCTGAGGACTTAGCCTCAGCTCTGCTCTACATTCATCAGAACCCTGG
CCTAACTCACGGGAACTTGAAATCGTCCAATGTTCTGTTAGGTCCTGATTTCGAGTCCTG
CCTCACGGACTCCGGCCTCAGCACTCTCCACGATCCTGACTCGGCTGAAGAGACGAGCGC
GGTCTCTCTCTTTACAAAGCGCCGGAGTGTAGAGACCCGCGGAGAGCCTCTACGCAGCCT
GCTGATGTCTACAGCTTCGGGGTCCTTCTCCTCGAGCTTTTGACGGGTAGAACACCGTTC
CAGGACCTTGTTCAAGAATACGGGTCGGATATCTCTAGATGGGTGCGTGCGGTGAGAGAA
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AACAGCAGCGAACATTCACCTGGGAGATGGTCGGATACCGTTCAGAGCTTGCCAAGGGAA
GATCAAGTGAGCATATAGAGAACACAATGGTTGTGCTCTTTCTTTCATTGCTTTTTTTCT
AGAATAACTTTTGTGATTCTTGAAGTTAGGTTTCATAGTGTAAAGCTTCTTTCCTTTTGC
AATGCCGTTTTGATTCATCGACCTGTAGGATTTTCATGAGATCTGTTAAATTTATTAAAT
TTGAGAGATGTTGACATTAAGAAATTTGACATGAAAACAGACATTA


BQ
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AF RR1DY05TF U 1
AF RR1DY05JQ C 405
BS 1 621 RR1DY05TF
BS 622 826 RR1DY05JQ

RD RR1DY05TF 624 0 0
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CCTAACTCACGGGAACTTGAAATCGTCCAATGTTCTGTTAGGTCCTGATTTCGAGTCCTG
CCTCACGGACTCCGGCCTCAGCACTCTCCACGATCCTGACTCGGCTGAAGAGACGAGCGC
GGTCTCTCTCTTTACAAAGCGCCGGAGTGTAGAGACCCGCGGAGAGCCTCTACGCAGCCT
GCTGATGTCTACAGCTTCGGGGTCCTTCTCCTCGAGCTTTTGACGGGTAGAACACCGTTC
CAGGACCTTGTTCAAGAATACGGGTCGGATATCTCTAGATGGGTGCGTGCGGTGAGAGAA
GAAGAGACTGAATCAGGCGAGGAACCGACTTCTTCAGGGAACGAAGCGTCCGAGGAGAAG
CTCCAGGCGCTTTTGAGTATCGCAAATGTTTGCGTGGCGATTCAACCTGAAAACAGGCCT
TTGATGAGAGAGGTGTTGAAGATGGTGAGGGATGCGAGAGCCGAAGCACCGTTCTCGCCT
AACAGCAGCGAACATTCACCTGGGAGATGGTCGGATACCGTTCAGAGCTTGCCAAGGGAA
GATCAAGTGAGCATATAGAGA
CAC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1DY05JQ 422 0 0
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ACCTGAAAACAGGCCTTTGATGAGAGAGGTGTTGAAGATGGTGAGGGATGCGAGAGCCGA
AGCACCGTTCTCGCCTAACAGCAGCGAACATTCACCTGGGAGATGGTCGGATACCGTTCA
GAGCTTGCCAAGGGAAGATCAAGTGAGCATATAGAGAACACAATGGTTGTGCTCTTTCTT
TCATTGCTTTTTTTCTAGAATAACTTTTGTGATTCTTGAAGTTAGGTTTCATAGTGTAAA
GCTTCTTTCCTTTTGCAATGCCGTTTTGATTCATCGACCTGTAGGATTTTCATGAGATCT
GTTAAATTTATTAAATTTGAGAGATGTTGACATTAAGAAATTTGACATGAAAACAGACAT
TA

QA 1 422 1 422
DS 



AS 1 2

CO CL6245Contig1 1095 2 2 U
GGAAACTACGTGGAGTCGACAAAGATGAAAAGAGCGAGAGAAGGGAAAAGCAGAAAGACA
AGGAAGAAAGAGAGAAAAAAATACAAGCTGCTGAAGGAAGATTGCTGGAGAATCACGCTC
CTGAGAGTGCTGATGAATTTGAGAAATTGGTTAGAAGCTCTCCAAATAGCAGCTTTGTCT
GGATTAAGTATATGGCGTTCATGCTTAGTTTGGCTGATATTGAGAAAGCCAGATCCATTG
CTGAGAGGGCCTTGAGGACTATAAATATTCGTGAAGAAGATGAGAAGCTAAACATATGGG
TTGCCTACTTCAATTTGGAAAATGAACATGGAAGTCCTCCAGAGGAAGCTGTTAAGAAAG
TTTTTGAAAGAGCCCGTCAATACTGTGACCCGAAGAAAGTTTACCACGCTCTCTTGGGCG
TGTACGAGAGAACTGAGCAATATAAACTGGCTGATAAGCTGCTTGATGAGATGATCAAGA
AGTTCAAGCAATCATGCAAGGTTTGGTTAAGGAAAGTACAAAGTTATCTAAAGCAAAACG
AGGAAGACATTCAGTCCATCGTGAATCGTGCCTTGCTATGTCTTCCGCGCCATAAGCACA
TTAAATTCATATCACAAACGGCTATTCTTGAGTTCAAATGTGGAGATGCAGACAGAGGGA
GATCATTTTTTGAAGGCGTTCTTAGGGAATACCCAAAAAGAACAGACTTGTGGAGTGTTT
ATCTTGACCAGGAGATTCGGTTGGGTGAAGTTGATGTGATTAGATCTTTGTTCGAGAGAG
CTATTAGCTTGAGCTTGCCTCCTAAGAAGATGAAGTTTTTATTCAAGAAGTTCTTGGAAT
ATGAGAAATCTTGTGGTGAAGAGGAGAGAGTCGAGTACGTGAAGCAAAGGGCAATGGAGT
ATGCAAACAGTGCCTTGGCCTGAGATACTGTTGTAACTAATCACCAAGTGTTGTGAGCTA
CTATAATTTTGAGAATCAGCCATTGAACAAGGCTGCAAGAGTAGTTGAGATACTCGGGAT
GTTTTGAAGTGTAAACGGCAACTTTGAGCTCCTTGCTTTCTTTATATCTATTCAAAAGTG
TTTCCTTACACTACC


BQ
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AF RR1A527TF U 1
AF RR1A527JQ C 254
BS 1 671 RR1A527TF
BS 672 1095 RR1A527JQ

RD RR1A527TF 671 0 0
GGAAACTACGTGGAGTCGACAAAGATGAAAAGAGCGAGAGAAGGGAAAAGCAGAAAGACA
AGGAAGAAAGAGAGAAAAAAATACAAGCTGCTGAAGGAAGATTGCTGGAGAATCACGCTC
CTGAGAGTGCTGATGAATTTGAGAAATTGGTTAGAAGCTCTCCAAATAGCAGCTTTGTCT
GGATTAAGTATATGGCGTTCATGCTTAGTTTGGCTGATATTGAGAAAGCCAGATCCATTG
CTGAGAGGGCCTTGAGGACTATAAATATTCGTGAAGAAGATGAGAAGCTAAACATATGGG
TTGCCTACTTCAATTTGGAAAATGAACATGGAAGTCCTCCAGAGGAAGCTGTTAAGAAAG
TTTTTGAAAGAGCCCGTCAATACTGTGACCCGAAGAAAGTTTACCACGCTCTCTTGGGCG
TGTACGAGAGAACTGAGCAATATAAACTGGCTGATAAGCTGCTTGATGAGATGATCAAGA
AGTTCAAGCAATCATGCAAGGTTTGGTTAAGGAAAGTACAAAGTTATCTAAAGCAAAACG
AGGAAGACATTCAGTCCATCGTGAATCGTGCCTTGCTATGTCTTCCGCGCCATAAGCACA
TTAAATTCATATCACAAACGGCTATTCTTGAGTTCAAATGTGGAGATGCAGACAGAGGGA
GATCATTTTTT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1A527JQ 842 0 0
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ATGCAAGGTTTGGTTAAGGAAAGTACAAAGTTATCTAAAGCAAAACGAGGAAGACATTCA
GTCCATCGTGAATCGTGCCTTGCTATGTCTTCCGCGCCATAAGCACATTAAATTCATATC
ACAAACGGCTATTCTTGAGTTCAAATGTGGAGATGCAGACAGAGGGAGATCATTTTTTGA
AGGCGTTCTTAGGGAATACCCAAAAAGAACAGACTTGTGGAGTGTTTATCTTGACCAGGA
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CTTGCCTCCTAAGAAGATGAAGTTTTTATTCAAGAAGTTCTTGGAATATGAGAAATCTTG
TGGTGAAGAGGAGAGAGTCGAGTACGTGAAGCAAAGGGCAATGGAGTATGCAAACAGTGC
CTTGGCCTGAGATACTGTTGTAACTAATCACCAAGTGTTGTGAGCTACTATAATTTTGAG
AATCAGCCATTGAACAAGGCTGCAAGAGTAGTTGAGATACTCGGGATGTTTTGAAGTGTA
AACGGCAACTTTGAGCTCCTTGCTTTCTTTATATCTATTCAAAAGTGTTTCCTTACACTA
CC

QA 1 842 1 842
DS 



AS 1 2

CO CL6246Contig1 1473 2 4 U
GGAATCCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCCTGCCATGAAAATCGCAGACACAAACTCCTCCCA
TCTTGATAACTTCTGTGTCTTCCTGAGTTTTGTCCGAACGCTCTGAAAACTTTACTTGTG
AGACCCCAAAAAATAAGCGGATATTTATAGAAAACTCATAAACAAAAAAGATCAAACCCC
ATGGCTGAGAATCTCACTTGTGGAGAAACCAGCGATTCATGGATCACTGATGATGACGTC
AGCTGTGGCGGCGGCGGATTCATGAACGATGAACTTTTTAGTAAAGACCATAACTTTAAC
GTCAACGGATCAAACCCGATGATGATAGGAGAAGAGAGGATCAGAGAGATGCTGGAGCGA
GAGGTTGAGTTCTCGCCAGGAGCTGATCACCTCAAGAGGCTGCGTTCTGGGGACTGGGAG
CTGCGTGCTAGGAACCAAGCTCTGGATTGGATTCTAAAGGTTTGTGCTCATTACAGTTTT
GGAACACTCTGCATATGTCTGTCCATGAACTACTTGGATCGGTTCTTAACATCCTATGAA
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GCTAAAATGGAAGAATCAGATGTGCCTCAAACAGTTGAGTTACAGGTGGGAGATCCCGAG
TTTGTTTTTGAGGCCAAAACGGTTAAAAGGATGGAACTTTTGGTACTCAACACTTTGAAT
TGGAGACTGCAAGCCCTAACTCCATTCTCCTTCATTGATCATTTCATTTACAAGACCAAC
GGTCACGTGTCAGAGAATTTGATCTATAGGTCATCACAGTTCATCTTGAACACCACTAAA
GCAATTGAATTCTTGGACTTCAGGCCTTCTGAGATAGCTGCAGCAGCGGCAGCGTCTGTT
GCCATTTCAGGAGAAGTAAATTGCATTGATGATGAAAAGACAATGTCTAATCTCACATAT
GTTAAACAGGAGAGAGTGAAGGTATGTTTAAATCTGATGAGAGACCTCGCAGGGGAAGAT
GTGACGGGTGCTACATTGTCACCACAGCAGCCGAGATTAGTGGTAAGAGTGGTACCGGTG
AGTCCAATTGGTGTGTTGGAAGCAACATGTCTGAGCTATAAGAGTGATGAGAGAACAGTT
GAGTCATGTACAAGTTCCTCACAGAGTAGTCCGGATACCAACAACAACAACAATAGCAAC
AAGAGGAGGAGAAAACAATGAGAGAGAAATAAAGAGTCATAACATTGCTTTTTCCAACAC
CAATCCATAAGGGTCATTACATCTGCGGTTCTTTATATTTTTGGTTTATTCCTCTTTTTT
TTTAAACTTAAATTTCTTTACTTTTCTTTGGTTTCTCATCTTCAACCGGAGTTTTGTGAG
AGAAAATAAAAATAAAAAAATAAACAGGGATCTTTTGAAGGCGGCAAAATTAATAGTCAT
TGTTATTGGAGATGATGAGAGACATCCCTATGC


BQ
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AF RR1B438TF U 1
AF RR1B438JQ C 670
BS 1 809 RR1B438TF
BS 810 810 RR1B438JQ
BS 811 834 RR1B438TF
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ATGGCTGAGAATCTCACTTGTGGAGAAACCAGCGATTCATGGATCACTGATGATGACGTC
AGCTGTGGCGGCGGCGGATTCATGAACGATGAACTTTTTAGTAAAGACCATAACTTTAAC
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GAGGTTGAGTTCTCGCCAGGAGCTGATCACCTCAAGAGGCTGCGTTCTGGGGACTGGGAG
CTGCGTGCTAGGAACCAAGCTCTGGATTGGATTCTAAAGGTTTGTGCTCATTACAGTTTT
GGAACACTCTGCATATGTCTGTCCATGAACTACTTGGATCGGTTCTTAACATCCTATGAA
CTGCCAAGAGACAAGACATGGGCTGTTCAGTTGCTAGCTGTCTCTTGCCTATCATTAGCA
GCTAAAATGGAAGAATCAGATGTGCCTCAAACAGTTGAGTTACAGGTGGGAGATCCCGAG
TTTGTTTTTGAGGCCAAAACGGTTAAAAGGATGGAACTTTTGGTACTCAACACTTTGAAT
TGGAGACTGCAAGCCCTAACTCCATTCTCCTTCATTGATCATTTCATTTACAAGACCAAC
GGTCACGTGTCAGAGAATTTGATCTATAG*TCATCACAGTTCATCTTGAACACC
CACTAAAG

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DS 

RD RR1B438JQ 804 0 0
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TCAGAGAATTTGATCTATAGGTCATCACAGTTCATCTTGAACACCACTAAAGCAATTGAA
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GGAGAAGTAAATTGCATTGATGATGAAAAGACAATGTCTAATCTCACATATGTTAAACAG
GAGAGAGTGAAGGTATGTTTAAATCTGATGAGAGACCTCGCAGGGGAAGATGTGACGGGT
GCTACATTGTCACCACAGCAGCCGAGATTAGTGGTAAGAGTGGTACCGGTGAGTCCAATT
GGTGTGTTGGAAGCAACATGTCTGAGCTATAAGAGTGATGAGAGAACAGTTGAGTCATGT
ACAAGTTCCTCACAGAGTAGTCCGGATACCAACAACAACAACAATAGCAACAAGAGGAGG
AGAAAACAATGAGAGAGAAATAAAGAGTCATAACATTGCTTTTTCCAACACCAATCCATA
AGGGTCATTACATCTGCGGTTCTTTATATTTTTGGTTTATTCCTCTTTTTTTTTAAACTT
AAATTTCTTTACTTTTCTTTGGTTTCTCATCTTCAACCGGAGTTTTGTGAGAGAAAATAA
AAATAAAAAAATAAACAGGGATCTTTTGAAGGCGGCAAAATTAATAGTCATTGTTATTGG
AGATGATGAGAGACATCCCTATGC

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

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TGGGTTTAGGGCTCAGTCTTGGCGGTGGAACGGCGGTCAAGATTGGTAAACCAGGCGGCG
GCGGTGGAGGCGCGTGGGGAGAGCGTGGGAGGCTCTTGACTGCAAAAGATTTTCCTTCTG
TTGGCTCTAAACGAGCTGCTGACTCTGCTTCTCACGCTGGTGCATCTCCTCCTCGTTCAA
GTCAAGTTGTGGGATGGCCGCCTATTGGATCTCACAGGATGAACAGTTTAGCTGCAAAGT
CGGCTAGGGAAGAAGAGGAAGCTGGTAAGAAGAAAGTGGATGATGATGAGCCTAAAGATG
TGGCCAAGAAAGTGCAAGTCGGGTTTATTAAGGTGAACATGGATGGAGTTGCTATAGGAA
GGAAAGTGGACTTGAATGCTCATTCCTCTTACGAGAATTTGGCGCAGACTCTGGAAGATA
TGTTCTTTCGCTCTAAACCGGGTACTATCGGGTTAACGGGTCAGTTTACCAAACCGTTGA
GGCTTTTAGATGGATCTTCTGAGCTTGTACTTACTTATGAAGACAAGGAAGGAGACTGGA
TGCTTGTTGGTGATGTCCCATGGAGAATGTTTACCACCTCGGTGAAAAGGCTTAGGGTGA
TGAAAACCTCTGAAGCTAATGGACTCGCTGCAAGGCATCATGAACCGAACGAGAGACAAA
GAAAGCAACCGGTTTAGCTCTCCTTTCGACATTACTTTGTTACAGGTTTTTATTTTGTGG
GGTTTTTGAAGCAAGCATAAGGAAGAACACAGAAGCTAGATTTTGATCTTTATCAAGGTT
GTGTATGTTTCTTGGTTCTTCTAATGCTTTTTTTTTTTAGTTTTTCCTTTAGTATTTTTC
TTTCTTTTCTTTGTTTGCCGTCTTTTTATTTTACTGTTTGTGATTTCATCATATACTATG
GAAGAGAATGCTCTTTATTTCT


BQ
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AF RR1FJ02TF U 1
AF RR1FJ02JQ C 298
BS 1 707 RR1FJ02TF
BS 708 1042 RR1FJ02JQ

RD RR1FJ02TF 721 0 0
GGGGCTTTTGTTTTGGAATTTCTTTACGACTCTTTCTTAGTGGGTTTGTTGTTGTTGTTG
TTGTGCTCTCTAAAATGATTACTGAGCTTGAGATGGGGAAAGCTGAAAGTGAGCTAGAAC
TGGGTTTAGGGCTCAGTCTTGGCGGTGGAACGGCGGTCAAGATTGGTAAACCAGGCGGCG
GCGGTGGAGGCGCGTGGGGAGAGCGTGGGAGGCTCTTGACTGCAAAAGATTTTCCTTCTG
TTGGCTCTAAACGAGCTGCTGACTCTGCTTCTCACGCTGGTGCATCTCCTCCTCGTTCAA
GTCAAGTTGTGGGATGGCCGCCTATTGGATCTCACAGGATGAACAGTTTAGCTGCAAAGT
CGGCTAGGGAAGAAGAGGAAGCTGGTAAGAAGAAAGTGGATGATGATGAGCCTAAAGATG
TGGCCAAGAAAGTGCAAGTCGGGTTTATTAAGGTGAACATGGATGGAGTTGCTATAGGAA
GGAAAGTGGACTTGAATGCTCATTCCTCTTACGAGAATTTGGCGCAGACTCTGGAAGATA
TGTTCTTTCGCTCTAAACCGGGTACTATCGGGTTAACGGGTCAGTTTACCAAACCGTTGA
GGCTTTTAGATGGATCTTCTGAGCTTGTACTTACTTATGAAGACAAGGAAGGAGACTGGA
TGCTTGTTGGTGATGTCCCATGGAGAATGTTTACCACCTCGGTGAAA
GGCTTAGGTGATGA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1FJ02JQ 745 0 0
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AGTCGGCTAGGGAAGAAGAGGAAGCTGGTAAGAAGAAAGTGGATGATGATGAGCCTAAAG
ATGTGGCCAAGAAAGTGCAAGTCGGGTTTATTAAGGTGAACATGGATGGAGTTGCTATAG
GAAGGAAAGTGGACTTGAATGCTCATTCCTCTTACGAGAATTTGGCGCAGACTCTGGAAG
ATATGTTCTTTCGCTCTAAACCGGGTACTATCGGGTTAACGGGTCAGTTTACCAAACCGT
TGAGGCTTTTAGATGGATCTTCTGAGCTTGTACTTACTTATGAAGACAAGGAAGGAGACT
GGATGCTTGTTGGTGATGTCCCATGGAGAATGTTTACCACCTCGGTGAAAAGGCTTAGGG
TGATGAAAACCTCTGAAGCTAATGGACTCGCTGCAAGGCATCATGAACCGAACGAGAGAC
AAAGAAAGCAACCGGTTTAGCTCTCCTTTCGACATTACTTTGTTACAGGTTTTTATTTTG
TGGGGTTTTTGAAGCAAGCATAAGGAAGAACACAGAAGCTAGATTTTGATCTTTATCAAG
GTTGTGTATGTTTCTTGGTTCTTCTAATGCTTTTTTTTTTTAGTTTTTCCTTTAGTATTT
TTCTTTCTTTTCTTTGTTTGCCGTCTTTTTATTTTACTGTTTGTGATTTCATCATATACT
ATGGAAGAGAATGCTCTTTATTTCT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL6248Contig1 1134 2 6 U
GGAACACGAAATCACTTCCATTTACAACACGTTATCAGCACGAGCTAACCTAAAACCCGA
GCTCAGCTAAAACCCTAAAAAAACCCTAGTTTACCCGCCGACTTCAAACAGCTCGAACTC
CCTAACCACGAGGAACCAGAAGACGAGCTACCTACCGATTTGAAGATCTCGGAAAGAAGA
ATCCAACGCCGAAGACCTTGACGCAATCAGAGATTGGACGAGCCCGCAATCGTCGTTACA
AGTCAATCGGACAGGGAAACCCTAATCTGCCCGATTTCTCTCTCTAAAAGACTCAACTTC
AAATCGATCGTTCTCTTAAACCATAACGATCAAGACGACGTGTGACATATCCATTTGAAG
CTATTGACGAGGAGAATCCAACGCCGCAGACCTCACCGCAATCCGAGGTCAGACGCGTTC
TCTACCTCAGCTACAAGCCGTGCCGTCAACATCAGAAAACCTAAGGCTGTCAACTTCTAT
TTTCTTGTTTACTTGATAGCCGATTTGCTTAATTCATCATACTGATTCGTTTTTTATATT
TATGATCTTTTGTTTTAAGATTGATGTGAAGACACGACCTGATGGAGATCCAAGTCATGA
AACCACAATCTCCTTGCTTGCAAATCAACTCCATTGATTCCAACCCAAAGCCGCAAACCC
TAATCCTTTTTATTCTTTGTTATGCGATTTGTGTTTGATTCTTAAACTGAATGAGGAATC
GTGAGTGGGGAAAAGAAGTTAAGATGGTCATTAATGACACAAACATCAATTCACTCCAAA
CGACACGAACATCGATTTTCCTAATCCAGCTTAAAATTTATAGTCCAAACGTCACAAACA
ACAATTCAGTCCAGATATTTTCCGTTAGAAGGAGTCTCCCATCACATTCCAAAAACTCTA
TTGTCGGGTTATGAACAGCAGCTGAGGAACCCTAGAAAAAGAAAATAATTGTTGACGAAG
AGGGTGGTTCTCGGCTTTAGATAATGGGTTTGACCAATCAATAATTAATATTACACCAAG
CCTATTAGCAAAACACAACGTTTACATTATCAACACACTAAGCCCACGAAGGACACGCGA
AACCCAGGGCGAAGAGACCAATACTCCGCGTTTCATTTAAGCGACACGTGTCAC


BQ
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AF RR1AZ30TF U 1
AF RR1G689TF U 530
BS 1 628 RR1AZ30TF
BS 629 629 RR1G689TF
BS 630 803 RR1AZ30TF
BS 804 804 RR1G689TF
BS 805 854 RR1AZ30TF
BS 855 1134 RR1G689TF

RD RR1AZ30TF 854 0 0
GGAACACGAAATCACTTCCATTTACAACACGTTATCAGCACGAGCTAACCTAAAACCCGA
GCTCAGCTAAAACCCTAAAAAAACCCTAGTTTACCCGCCGACTTCAAACAGCTCGAACTC
CCTAACCACGAGGAACCAGAAGACGAGCTACCTACCGATTTGAAGATCTCGGAAAGAAGA
ATCCAACGCCGAAGACCTTGACGCAATCAGAGATTGGACGAGCCCGCAATCGTCGTTACA
AGTCAATCGGACAGGGAAACCCTAATCTGCCCGATTTCTCTCTCTAAAAGACTCAACTTC
AAATCGATCGTTCTCTTAAACCATAACGATCAAGACGACGTGTGACATATCCATTTGAAG
CTATTGACGAGGAGAATCCAACGCCGCAGACCTCACCGCAATCCGAGGTCAGACGCGTTC
TCTACCTCAGCTACAAGCCGTGCCGTCAACATCAGAAAACCTAAGGCTGTCAACTTCTAT
TTTCTTGTTTACTTGATAGCCGATTTGCTTAATTCATCATACTGATTCGTTTTTTATATT
TATGATCTTTTGTTTTAAGATTGATGTGAAGACACGACCTGATGGAGATCCAAGTCATGA
AACCACAATCTCCTTGCTTGCAAATCAATTCCATTGATTCCAACCCAAAGCCGCAAACCC
TAATCCTTTTTATTCTTTGTTATGCGATTTGTGTTTGATTCTTAAACTGAATGAGGAATC
GTGAGTGGGGAAAAGAAGTTAAGATGGTCATTAATGACACAAACATCAATTCACTCCAAA
CGACACGAACATCGATTTTCCTAGTCCAGCTTAAAATTTATAGTCCAAACGTCACAAACA
ACAATTCAGTCCAG

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR1G689TF 605 0 0
TTTTTGATC
TTTATGATCTTTTGTTTTAAGATTGATGTGAAGACACGACCTGATGGAGATCCAAGTCAT
GAAGCCACAATCTCCTTGCTTGCAAATCAACTCCATTGATTCCAACCCAAAGCCGCAAAC
CCTAATCCTTTTTTTTCTTTGTTATGCGATTTGTGTTTGATTCTTAAACTGAATGAGGAA
TCGTGAGTGGGGAAAAGAAGTTAAGATGGTCATTAATGACACAAACATCAATTCACTCCA
AACGACACGAACATCGATTTTCCTTATCCAGCTTAAAATTTATAGTCCAAACGTCACAAA
CAACAATTCAGTCCAGATATTTTCCGTTAGAAGGAGTCTCCCATCACATTCCAAAAACTC
TATTGTCGGGTTATGAACAGCAGCTGAGGAACCCTAGAAAAAGAAAATAATTGTTGACGA
AGAGGGTGGTTCTCGGCTTTAGATAATGGGTTTGACCAATCAATAATTAATATTACACCA
AGCCTATTAGCAAAACACAACGTTTACATTATCAACACACTAAGCCCACGAAGGACACGC
GAAACCCAGGGCGAAGAGACCAATACTCCGCGTTTCATTTAAGCGACACGTGTCAC

QA 10 605 10 605
DS 



AS 1 2

CO CL6249Contig1 885 2 2 U
GATGCAAGAGCTGACAGGAAGACACAAGGGCGTGAATCAATTGCTGCTAAATTGGTTGCT
AACCTTATTACAGAAGCTGGTGCAGATAGAGTGCTTGCTTGTGATCTTCATTCAGGACAG
TCTATGGGTTATTTTGACATTCCAGTTGATCATGTGTACTGCCAGCCGGTGATACTTGAT
TATCTTGCTAGCAAGTCAATTCCAGCAGAGGATTTGGTTGTGGTTTCACCTGATGTTGGT
GGAGTAGCCAGAGCGCGAGCTTTTGCTAAGAAACTATCAGATGCGCCACTTGCCATTGTG
GATAAAAGGCGTTCTGGACACAATGTTGCTGAGGTGATGAACTTAATTGGTGATGTAAGA
GGGAAGGTGGCAGTAATGGTTGATGATATGATTGATACCGCTGGAACCATTGTGAAAGGA
GCAGCTTTGTTGCACCAGGAGGGGGCTCGTGAGGTCTATGCGTGCTGCACCCACGCTGTT
TTCAGCCCGCCTGCGATAGAGAGATTATCAGGAGGTTTGCTTCAAGAAGTGATAGTGACA
AACACATTACCAGTAGCTGAGAAGAACTACTTCCCGCAGTTGACAATTTTGTCCGTGGCT
AATCTTCTTGGCGAGACGATTTGGCGTGTCCATGATGATAGCTCCGTCAGCAGCATTTTC
CTTTGACCTCCTCAGGACCTCATCTCTGTCTCATTTGCATAATTTTGAATGTTTTTTTTT
GCCTTTGTTAGTCGGTTTAGAATCCGGTTTACCAAGTTTTCTTGCTTTAGCTCTTTATGG
TTTTAAGACTTTTCTTGTTTGGAAAACATCTCATTGTGGATTCTTTACATATTGATCTTG
AACCGATTTTGATATATGGTATACACAAGATTCTACTCGGAAGCT


BQ
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AF RR1H448TF U 1
AF RR1H448JQ C 189
BS 1 605 RR1H448TF
BS 606 885 RR1H448JQ

RD RR1H448TF 605 0 0
GATGCAAGAGCTGACAGGAAGACACAAGGGCGTGAATCAATTGCTGCTAAATTGGTTGCT
AACCTTATTACAGAAGCTGGTGCAGATAGAGTGCTTGCTTGTGATCTTCATTCAGGACAG
TCTATGGGTTATTTTGACATTCCAGTTGATCATGTGTACTGCCAGCCGGTGATACTTGAT
TATCTTGCTAGCAAGTCAATTCCAGCAGAGGATTTGGTTGTGGTTTCACCTGATGTTGGT
GGAGTAGCCAGAGCGCGAGCTTTTGCTAAGAAACTATCAGATGCGCCACTTGCCATTGTG
GATAAAAGGCGTTCTGGACACAATGTTGCTGAGGTGATGAACTTAATTGGTGATGTAAGA
GGGAAGGTGGCAGTAATGGTTGATGATATGATTGATACCGCTGGAACCATTGTGAAAGGA
GCAGCTTTGTTGCACCAGGAGGGGGCTCGTGAGGTCTATGCGTGCTGCACCCACGCTGTT
TTCAGCCCGCCTGCGATAGAGAGATTATCAGGAGGTTTGCTTCAAGAAGTGATAGTGACA
AACACATTACCAGTAGCTGAGAAGAACTACTTCCCGCAGTTGACAATTTTGTCCGTGGCT
AATCT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1H448JQ 697 0 0
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CAGAGCGCGAGCTTTTGCTAAGAAACTATCAGATGCGCCACTTGCCATTGTGGATAAAAG
GCGTTCTGGACACAATGTTGCTGAGGTGATGAACTTAATTGGTGATGTAAGAGGGAAGGT
GGCAGTAATGGTTGATGATATGATTGATACCGCTGGAACCATTGTGAAAGGAGCAGCTTT
GTTGCACCAGGAGGGGGCTCGTGAGGTCTATGCGTGCTGCACCCACGCTGTTTTCAGCCC
GCCTGCGATAGAGAGATTATCAGGAGGTTTGCTTCAAGAAGTGATAGTGACAAACACATT
ACCAGTAGCTGAGAAGAACTACTTCCCGCAGTTGACAATTTTGTCCGTGGCTAATCTTCT
TGGCGAGACGATTTGGCGTGTCCATGATGATAGCTCCGTCAGCAGCATTTTCCTTTGACC
TCCTCAGGACCTCATCTCTGTCTCATTTGCATAATTTTGAATGTTTTTTTTTGCCTTTGT
TAGTCGGTTTAGAATCCGGTTTACCAAGTTTTCTTGCTTTAGCTCTTTATGGTTTTAAGA
CTTTTCTTGTTTGGAAAACATCTCATTGTGGATTCTTTACATATTGATCTTGAACCGATT
TTGATATATGGTATACACAAGATTCTACTCGGAAGCT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL6250Contig1 840 2 2 U
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GATGTTCCGTCTGGACACGTGGCAGTTTGCGTGGGTAGCGAGCGCAGGAGATTCGTGGTG
CGCGCGTCGTACCTGAACCATCCGATCCTGAGCAACCTCCTTGTCCAAGCTGAGGAGGAG
TACGGTTTCGTGAACCAGGGACCGTTGGTTATCCCTTGCGAAGACTCGGTTTTCGAGGAA
GCCATCCGGTTCATTTCTCGGTCTGATTCTTCCCGGTCGAACCGGTTTACTTGTCCTGAA
GATATCCAGAAATGCCACGGAGGAGTCAAGAGCAAGCTAGATCTGTTGATCGAATCTCAT
CCGTTGCTTCATTACGGCGTCGCCGAGAAAGCCGTTTGGTGAGGAGTGTTGTTCCGTACG
ATTTCTGAACCGGTTTGGTTTGACTCGGAACGAGTTTGATCGCCATGCGAAGGAAGAAGA
CGAATTTTCGAATAAATCGTCATTGAGCCGGCCGGCTTGCCACCGAGTCGGGTGGTACTA
ATTAATGTTTTAACTTTTTTTATTTAAATATTTAATTATTGGGGCCTGGGGTTTTAATCT
GGTGGCGAGTTACTCACTGAGTCAAGACAGACGAGGATGTGGGTAGAAAAGGAGATGGCG
GTTAAAAGGTGGGTGAGTCGTTCCACCGAGTCATCCCGGGTTCGAATCCGAGTTCAAAGA


BQ
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AF RR1GF96TF U 1
AF RR1GF96JQ C 302
BS 1 598 RR1GF96TF
BS 599 840 RR1GF96JQ

RD RR1GF96TF 598 0 0
TTTTTCTCTCACTTTCTCGTGAAAAAATAAACATATCAGCTCCCTAATAAAAGATAACAA
ATGGCTGGAAGTCTTGGGAAATGCAGCAAGATCCGCCACATTGTGAGGCTCAGGCAAATG
CTAAGGCGATGACGCAACAAAGCTCGGTTATCTTCTTCAGTCAGCCGTTGTGTGCCGTCC
GATGTTCCGTCTGGACACGTGGCAGTTTGCGTGGGTAGCGAGCGCAGGAGATTCGTGGTG
CGCGCGTCGTACCTGAACCATCCGATCCTGAGCAACCTCCTTGTCCAAGCTGAGGAGGAG
TACGGTTTCGTGAACCAGGGACCGTTGGTTATCCCTTGCGAAGACTCGGTTTTCGAGGAA
GCCATCCGGTTCATTTCTCGGTCTGATTCTTCCCGGTCGAACCGGTTTACTTGTCCTGAA
GATATCCAGAAATGCCACGGAGGAGTCAAGAGCAAGCTAGATCTGTTGATCGAATCTCAT
CCGTTGCTTCATTACGGCGTCGCCGAGAAAGCCGTTTGGTGAGGAGTGTTGTTCCGTACG
ATTTCTGAACCGGTTTGGTTTGACTCGGAACGAGTTTGATCGCCATGCGAAGGAAGAA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1GF96JQ 539 0 0
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CCATCCGGTTCATTTCTCGGTCTGATTCTTCCCGGTCGAACCGGTTTACTTGTCCTGAAG
ATATCCAGAAATGCCACGGAGGAGTCAAGAGCAAGCTAGATCTGTTGATCGAATCTCATC
CGTTGCTTCATTACGGCGTCGCCGAGAAAGCCGTTTGGTGAGGAGTGTTGTTCCGTACGA
TTTCTGAACCGGTTTGGTTTGACTCGGAACGAGTTTGATCGCCATGCGAAGGAAGAAGAC
GAATTTTCGAATAAATCGTCATTGAGCCGGCCGGCTTGCCACCGAGTCGGGTGGTACTAA
TTAATGTTTTAACTTTTTTTATTTAAATATTTAATTATTGGGGCCTGGGGTTTTAATCTG
GTGGCGAGTTACTCACTGAGTCAAGACAGACGAGGATGTGGGTAGAAAAGGAGATGGCGG
TTAAAAGGTGGGTGAGTCGTTCCACCGAGTCATCCCGGGTTCGAATCCGAGTTCAAAGA

QA 1 539 1 539
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6252Contig1 416 2 1 U
GGAAAACACATTAATATTTCAGAGCTAAAGATAATATACAATTTTAAAACTTAAAAGAGA
TATATAAAAAAGATGAACGCCGGAAAGAAAGCTTCGTGGACGGTGGCGACTGTGATCGCA
GTGGTGGAAGTGCTCAAGGACCAAGGCGTTGCTCGCTGGAACTACCCTCTCCGTTTACTC
CACAAAAACGCAGTGGCGCACGTCCGTACCATCATTATCCCATCTCGCTCCTCTCCTCCT
CCTCCTCCTGCGTCTTCTTCTTCGTCGGCTGATATAATCAGATCCAAGCAGCACAGGACC
AAGTCCTTTGAGAAAGCTATGGGGCTTAACTGCTTTGGTCCCACCACCGTTAGATTTTAA
ATCTCTTATCTATTGTATTCTTGTATTCATGTTCCTATTCGAATGTGCGTCTCTAT


BQ
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AF RR1B074JQ C 1
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CACAAAAACGCAGTGGCGCACGTCCGTACCATCATTATCCCATCTCGCTCCTCTCCTCCT
CCTCCTCCTGCGTCTTCTTCTTCGTCGGCTGATATAATCAGATCCAAGCAGCACAGGACC
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ATCTCTTATCTATTGTATTCTTGTATTCATGTTCCTATTCGAATGTGCGTCTCTAT

QA 1 416 1 416
DS 



AS 1 2

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TGGATGTTTCCTTTTGTATCCTTACTTCTCATGTATCAGCAATGGCCTTTTTGTTCGAGG
TTTTAG


BQ
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AF RR1BG70TF U 1
AF RR1BG70JQ C 239
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BS 659 786 RR1BG70JQ

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QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

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ATATACACTGCCATGTTATTTGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO96TF U 1
AF RR1AO96JQ C 286
BS 1 701 RR1AO96TF
BS 702 1104 RR1AO96JQ

RD RR1AO96TF 701 0 0
GGCTTCTTCTCCTGAACCGTCTTCATCATCTCCACTCCTTACCAAGCGATCCAAGGTCAA
GATCGATGCCACTATTGAATACGCGGCGGCGTAAACCGGCGGGGTCTTGCAGGCGAGCAA
GGTTCCGGTTGATAATCAAGGACCGGTATCGGATCCTGGATCAGAATCTGGAGAGCCGGA
GCTTAGATCCTCTTATCCGCAAGATATGGATGCGGAGAAGCCTGTTTTAATTGTCTGCCT
GTGATGGAGATCTCTCTTGAAGCCGACACAAACCCTGAAGCCGAAGTCTTGGCGACACCT
ACAATAGCAGAGATCAGTACCGTTCTTCCGGTAGGCTCGAAACAGTGTTGGAGAAAATCT
ACAACAAGCACAAATGTCCTCCCATAAACGACCAGACCAGTCGAGCAGAGACTTTCTTCG
ATCCATGAGGAGTTAGCTTTCGATTTGCTCAGGAAAGCTTTTAATTCCCCGGTGATATCG
AACCTGCTTCATCCTCCTCTCTAAGCTTACCGTTATTGTTTCAATCTCTCCGTCAAAGCC
TTAAGAAGAGATATCTGTTGATTCTTTGAGAATACAAAGCTATGGTGAATCTCTGCACAT
TCCTCCTCAGCTCTTAGCTTAGAGTGAACTTGAGTTTAACAAGGAATTTCTGTTGCTTAG
ATACATTCCTGGGTAAGATCTGGGTCAGGTTAAAATAACTG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1AO96JQ 819 0 0
GTCTTGGCGACACCTACAATAGCAGAGATCAGTACCGTTCTTCCGGTAGGCTCGAAACAG
TGTTGGAGAAAATCTACAACAAGCACAAATGTCCTCCCATAAACGACCAGACCAGTCGAG
CAGAGACTTTCTTCGATCCATGAGGAGTTAGCTTTCGATTTGCTCAGGAAAGCTTTTAAT
TCCCCGGTGATATCGAACCTGCTTCATCCTCCTCTCTAAGCTTACCGTTATTGTTTCAAT
CTCTCCGTCAAAGCCTTAAGAAGAGATATCTGTTGATTCTTTGAGAATACAAAGCTATGG
TGAATCTCTGCACATTCCTCCTCAGCTCTTAGCTTAGAGTGAACTTGAGTTTAACAAGGA
ATTTCTGTTGCTTAGATACATTCCTGGGTAAGATCTGGGTCAGGTTAAAATAACTGCGGA
AGAAGAGGATGGAAGGATTTGTCTATGGTCGCATTTGAAGCTGCGGTTTGGGAACGCTTG
GGAAAGGATTATTGTTCCCCAACTGACCGTAGATTGTCACTCGATTGGGACACTGGCAAG
ACTCATCATTACTATCAGTATCATTTCTGGGAAGTCAATTTATGAAGCTCGCATACATTT
TATGCACGTGCACACATTGCCATCTTTCACATGGGAAGGTACTTCAGTTTCTTTCACATT
GATAACTTTTACTTTTCAATTTGAGTCCCTGTCTATTTTGTAGATGCTTCAGGTTTTCTT
TGATTCTGTCAAATACTAAGAAGCTTGAACCTTGAAGTTGACACGACTGAGATAACCTTC
GAAATTATTGATGATATATACACTGCCATGTTATTTGTT

QA 1 819 1 819
DS 



AS 1 2

CO CL6255Contig1 211 2 5 U
AAAAACTAAGGGGGTAACAATTGTATATCTGAAAAGTCACAAAGTCCTCCATAAAAAAAT
CCCAATGAACCTATTGTATAAACAAAAAATCAAAAAGGAATTGGTTGCCGACTAGGCCAA
AACTCAATCTTTTGGAAGTAATCAACAGGGACAACACCATCAACACCTTCAGTCAAAATC
ACCTTGTAGTCTGAAATGTAAAATGCAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A635JQ U 1
AF RR1F482JQ U 9
BS 1 120 RR1A635JQ
BS 121 121 RR1F482JQ
BS 122 180 RR1A635JQ
BS 181 181 RR1F482JQ
BS 182 211 RR1A635JQ

RD RR1A635JQ 211 0 0
AAAAACTAAGGGGGTAACAATTGTATATCTGAAAAGTCACAAAGTCCTCCATAAAAAAAT
CCCAATGAACCTATTGTATAAACAAAAAATCAAAAAGGAATTGGTTGCCGACTAGGCCAA
GACTCAATCTTTTGGAAGTAATCAACAGGGACAACACCATCAACACCTTCAGTCAAAATC
CCCTTGTAGTCTGAAATGTAAAATGCAATCC

QA 1 211 1 211
DS 

RD RR1F482JQ 177 0 0
AGGGGGTAACAATTGTATATCTGAAAAGTCACAAAGTCCTCCATAAAAAAATCCCAATGA
ACCTATTGTATAAACAAAAAATCAAAAAGGAATTGGTTGCCGACTAGGCCAAAACTCAAT
CTTTTGGAAGTAATCAACAGGGACAACACCCTCAACACCTTCAGTCAAAATCACCTT

QA 1 177 1 177
DS 



AS 1 2

CO CL6256Contig1 680 2 2 U
AGGCTCCTCTCTCCTCTCTCCTCTCTCATATTTCGATGATGGTATATCAAATGAAAAAAA
TAACTTGATTTGCAGAAGGGAAAGGAATGAAGAAAATGAGATGTGCTCATGCCAAAACTG
AGAAGGAAGATACATTCATAGCTCGTAATTCAAGCTGCCGCCGCTGTATCTCTGTCTTCC
GATGCACGTAGTCTAATAGAAAAATTCTAGTAACAATCTGGCTAGGATGAATAAGAAGCC
ACATGAAGCAACTCAATGGTGGCGCAGTCCAAGTAATTAGATCTGAGATTCATTTTTTTT
TTGTTTTGGGTCATCCGAAAAATCTCAGTATTGTTCCATCGGTGGGTTATTTTTTCCAAG
AAAAGTTGTTTTCTTGTTTCCCGTAATCTATAGATGCTAATTGATATCAAAGTTTTCAAC
TTTCTGTTTAGCTATGATAATTTAGCTGATAATATCTATGTTGATTTAAAAGGTTATTGC
TTTGCATTTAGCTTTATGTTGTAATCATGTGAATTTAATCAAGAAGCTTACATCTCAAAT
TCACATTCAGACAGTGAAAATATTGGTAGATTCAATATTAGTATACCTTGTTATGTTCTA
GTGGTTTATATGATTTGTGTTAAACTCCTTGGCTTTCAGAATAATTTTTGTGTGCTTGTT
TGTTTGGGTTTCAACAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H808TF U 1
AF RR1FY16TF U 8
BS 1 315 RR1H808TF
BS 316 680 RR1FY16TF

RD RR1H808TF 315 0 0
AGGCTCCTCTCTCCTCTCTCCTCTCTCATATTTCGATGATGGTATATCAAATGAAAAAAA
TAACTTGATTTGCAGAAGGGAAAGGAATGAAGAAAATGAGATGTGCTCATGCCAAAACTG
AGAAGGAAGATACATTCATAGCTCGTAATTCAAGCTGCCGCCGCTGTATCTCTGTCTTCC
GATGCACGTAGTCTAATAGAAAAATTCTAGTAACAATCTGGCTAGGATGAATAAGAAGCC
ACATGAAGCAACTCAATGGTGGCGCAGTCCAAGTAATTAGATCTGAGATTCATTTTTTTT
TTGTTTTGGGTCATC

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR1FY16TF 673 0 0
GG
TCTCCTCTCTCCTCTCTCATATTTCGATGATGGTATATCAAATGAAAAAAATAACTTGAT
TTGCAGAAGGGAAAGGAATGAAGAAAATGAGATGTGCTCATGCCAAAACTGAGAAGGAAG
ATACATTCATAGCTCGTAATTCAAGCTGCCGCCGCTGTATCTCTGTCTTCCGATGCACGT
AGTCTAATAGAAAAATTCTAGTAACAATCTGGCTAGGATGAATAAGAAGCCACATGAAGC
AACTCAATGGTGGCGCAGTCCAAGTAATTAGATCTGAGATTCATTTTTTTT**GTTTTGG
GTCATCCGAAAAATCTCAGTATTGTTCCATCGGTGGGTTATTTTTTCCAAGAAAAGTTGT
TTTCTTGTTTCCCGTAATCTATAGATGCTAATTGATATCAAAGTTTTCAACTTTCTGTTT
AGCTATGATAATTTAGCTGATAATATCTATGTTGATTTAAAAGGTTATTGCTTTGCATTT
AGCTTTATGTTGTAATCATGTGAATTTAATCAAGAAGCTTACATCTCAAATTCACATTCA
GACAGTGAAAATATTGGTAGATTCAATATTAGTATACCTTGTTATGTTCTAGTGGTTTAT
ATGATTTGTGTTAAACTCCTTGGCTTTCAGAATAATTTTTGTGTGCTTGTTTGTTTGGGT
TTCAACAAAAA

QA 3 673 3 673
DS 



AS 1 2

CO CL6257Contig1 1095 2 2 U
GGATCACCTCAGCTGCTAATAAACCCTAACTCACTCAACCTTTTCTTCCTCGATTGTCAG
CTATGGAGCTCTGGGGAGTCGAAGTTCAAGCAGGGAGGCCACTTAAAGTGACGCCCGAAG
ATGGCACTCTTGTCCACATCTCTCATGCATCGCTTGGAGATTGTAAAGGAAAGAAAGGAG
AAGCTGTGACTCTGAATGTGAAGGTTGGGGACAAGAAGTTCGTCATGGGAACTCTTTTGT
CTGAGAGCATTCCTCAGACTTGCTTTGATATGTTATTCGATCAGGAGTTTGAGCTTTCTC
ACAACTGGGGAAAAGGAAGTGTCCACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACAAAGATG
AATATCCTTTTTTCATTCTTTCTTTTATGCTTTTGTTGTTTCTCTTAAAATTGCCTTTCT
TCTTTTAGCTTTCCTTGACTGCTAATGGGTTGTGTTTTCACTGAGGGAGGAGAAGACTTT
TCTGATTCAGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGTTGCTGCCACTGTTGCAGCTAATGGGAAT
GCTGCAAAGGGCGTAACAAAACCAAAGCCTGAAGCAGATGATTCTGATTCTGAAGGAATG
GATGAAGATGGTTCTGATGATGAAGATGATTCTGAGGAAGAAGAGGAGACTCCTAAGGCT
GAAACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAGTCGCACCCGGACCCAAGACACCTGTGTCTGCG
AAGAAGGCCAAAGCAGAAGCTACTCCCAAGAAAACAGAGGAGAAGAAGAAAGGTGGACCT
GCAACCCTCCACCCGGCAAAGAAAGGTGGAAACACTCCCGCAACTGCAACGCAGAGCCCA
AAGTCTGCAAGTCAAGTCTCATGTGGTTCATGCAAGAAGACATTCAACTCATCGAACGCA
CTTGAGTCTCACACCAAGGCCAAGCACTCTGCTACCGCCAAGTGAAGTGGTTTCCTAAGA
GTAACAACTTCCGCTGTTTTGGATTTAGTTGGAGACTTATCTTTTTGAACTTTGGCTGTA
GTCTTTTTGAAACCTCTCGGATTTGTATTTACCAGTTACCGATATCTTTCAGTATTCTTT
CTTAGTTACTTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EQ01TF U 1
AF RR1EQ01JQ C 424
BS 1 589 RR1EQ01TF
BS 590 1095 RR1EQ01JQ

RD RR1EQ01TF 589 0 0
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AAGCTGTGACTCTGAATGTGAAGGTTGGGGACAAGAAGTTCGTCATGGGAACTCTTTTGT
CTGAGAGCATTCCTCAGACTTGCTTTGATATGTTATTCGATCAGGAGTTTGAGCTTTCTC
ACAACTGGGGAAAAGGAAGTGTCCACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACAAAGATG
AATATCCTTTTTTCATTCTTTCTTTTATGCTTTTGTTGTTTCTCTTAAAATTGCCTTTCT
TCTTTTAGCTTTCCTTGACTGCTAATGGGTTGTGTTTTCACTGAGGGAGGAGAAGACTTT
TCTGATTCAGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGTTGCTGCCACTGTTGCAGCTAATGGGAAT
GCTGCAAAGGGCGTAACAAAACCAAAGCCTGAAGCAGATGATTCTGATT

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1EQ01JQ 672 0 0
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GAAGATGGTTCTGATGATGAAGATGATTCTGAGGAAGAAGAGGAGACTCCTAAGGCTGAA
ACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAGTCGCACCCGGACCCAAGACACCTGTGTCTGCGAAG
AAGGCCAAAGCAGAAGCTACTCCCAAGAAAACAGAGGAGAAGAAGAAAGGTGGACCTGCA
ACCCTCCACCCGGCAAAGAAAGGTGGAAACACTCCCGCAACTGCAACGCAGAGCCCAAAG
TCTGCAAGTCAAGTCTCATGTGGTTCATGCAAGAAGACATTCAACTCATCGAACGCACTT
GAGTCTCACACCAAGGCCAAGCACTCTGCTACCGCCAAGTGAAGTGGTTTCCTAAGAGTA
ACAACTTCCGCTGTTTTGGATTTAGTTGGAGACTTATCTTTTTGAACTTTGGCTGTAGTC
TTTTTGAAACCTCTCGGATTTGTATTTACCAGTTACCGATATCTTTCAGTATTCTTTCTT
AGTTACTTACCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

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AGCGAGGAGCAATGCTGGGAACAACGCCGCTGCTGAGATCGCTTCCTAAAAGGCTCGCCG
ACTCGTAAAGGTCTCTTGTAACATTCGAAGATGATGCTGACAGCACCGAGGAGGAGGACT
TGGTTTCCATTTTAATTTCCTTGACAACCAGTGCCTCCAGCTCTTTCACCACCTCAGCCA
TGGCAGGCATCATATCAGGCGAGTCGTGGCTACACCTCAGTGCCAATGAGAAAAACCTTT
CAGCGGTTTCCATCGACCACGGCTCCATTCTCTTGTCTATCAGCGACACCATGGTATCCC
CGGTCTTCACCTCTCGCACAATGTTTTTGCCATGGGAAATGGCGTGCATACCAGTCAGCA
GCTCCAAGAACACAACCCCAATGCTGTATACGTCGCTCTTGTCCGTCAGCTTGTGCGTCA
GGAAGTACTCTGGATCCAGGTACCCTGGAGTCCCTCGAACAACGGTGGATACGTGTTTAG
GCACACCATCTTCCTCCTCCAACGCAGGAGCAAGACGGGACAGTCCAAAATCCGCAACTT
TGGCATTGAAGTTGAGGTCGAGGAGGATGTTACTGGCTTTGATGTCTCGGTGGAACACTG
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CATTTGGCATGAATTCGTACACCAGCATCTGCTCCCCTTCTTCATCGCAATAACCGATAA
GGGACACTAGATTCCGATGATGCAACCTGGAGAGCAACTCTATTTCATTCAC


BQ
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AF RR1GH78JQ U 1
AF RR1EZ82TF C 232
BS 1 253 RR1GH78JQ
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RD RR1GH78JQ 672 0 0
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ACTCGTAAAGGTCTCTTGTAACATTCGAAGATGATGCTGACAGCACCGAGGAGGAGGACT
TGGTTTCCATTTTTATTTCCTTGACAACCAGTGCCTCCAGCTCTTTCACCACCTCAGCCA
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CAGCGGTTTCCATCGACCACGGCTCCATTCTCTTGTCTATCAGCGACACCATGGTATCCC
CGGTCTTCACCTCTCGCACAATGTTTTTGCCATGGGAAATGGCGTGCATACCAGTCAGCA
GCTCCAAGAACACAACCCCAATGCTGTATACGTCGCTCTTGTCCGTCAGCTTGTGCGTCA
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GCACACCATCTTCCTCCTCCAACGCAGGAGCAAGACGGGACAGTCCAAAATCTGCAACTT
TGGCATTGAAGT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1EZ82TF 721 0 0
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CGTGTTTAGGCACATCATCTTCCTCCTCCAACGCAGGAGCAAGACGGGACAGTCCAAAAT
CCGCAACTTTGGCATTGAAGTTGAGGTCGAGGAGGATGTTACTGGCTTTGATGTCTCGGT
GGAACACTGGTGGGTTGGCTTCTGTGTGAAGGTAGAGAATACCTCTCGCTGCTCCCAAAG
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GCAGGGTGCCATTTGGCATGAATTCGTACACCAGCATCTGCTCCCCTTCTTCATCGCAAT
AACCGATAAGGGACACTAGATTCCGATGATGCAACCTGGAGAGCAACTCTATTTCATTCA
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AGTTAAGGTTTTTGTCGGAACAGGACAAGAAATTGATGATGGGTATTGCTGGAGAAAATA
CGGGCAGAAAGAGATCCATGGATCTTCAAATCCTAGAGGATACTTCAGATGCACAAATCG
ATTCACGCAGAAGTGTCTAGCAGTGAAGTAGGTCCAGAGATCCGACAAAGATAATTCGAT
TTTCGAAGTGAAGTATGTCGGGAACCACACTTGTAACAACAACAACAGTACATCCCCAAA
GACGACGGCCGCGAGCTTCTCTGTTTCCATGTTCGGAGAAGGAAGCAGAGTGGGTTTAAC
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CGTTGGTGGATGGAAAAGCAACATTTTCCAGGAAAATCTGTCACCTGCAACAACAACAAC
ATCAGGGTCTGGGATGACCAGCGAGGTTGTGACAGCTCCAGCTCCTGTTGAGGATTTGGG
AGATGTGGATTCGTATTTCTCTTCGTTGGACAATATTATCGATTTAGGACAGGACCTGTG
GTCGTGACATTTGAATTGGCGAATGTAATGTTTATAGGTGGTGAGTGTAGTTTCAGGGTT
TAGATTAGTCTTTGCTGAGATTGGGGCTTAGTTTTGTGTGAATTTCCAATGAAGTTTGAT
GGCACTTGATGACACAAATCAATAAACAAATGATTTTAGC


BQ
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AF RR1DN23TF U 1
AF RR1DN23JQ C 500
BS 1 669 RR1DN23TF
BS 670 1000 RR1DN23JQ

RD RR1DN23TF 669 0 0
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TTCAATTGAATCCAGCAAGGTCATGATCTCTGAAATCCTCCGCATCTACCAGAATGCCAT
TCTCATGTTGAGCTTCAAGGAAGACGACAAGAACATCCTGAAGAGAAGCCGTGAGATCGA
AGACAAGGGTTCTAAAAACGTGTCTAAAAAGAGAAAAGTATCGGACAAGAAGACAGAGGA
AGTTAAGGTTTTTGTCGGAACAGGACAAGAAATTGATGATGGGTATTGCTGGAGAAAATA
CGGGCAGAAAGAGATCCATGGATCTTCAAATCCTAGAGGATACTTCAGATGCACAAATCG
ATTCACGCAGAAGTGTCTAGCAGTGAAGTAGGTCCAGAGATCCGACAAAGATAATTCGAT
TTTCGAAGTGAAGTATGTCGGGAACCACACTTGTAACAACAACAACAGTACATCCCCAAA
GACGACGGCCGCGAGCTTCTCTGTTTCCATGTTCGGAGAAGGAAGCAGAGTGGGTTTAAC
AGAGCAACCAAAAGACACTAGACCGAAGAAAACAGAACAATTGATGATAAGTCTTGAAGA
TGTTGAGTACAAGAAAGACATTTTCAAGACGTATTCTTTCTCGAACCATGAGATTGAGAA
CGTTGGTGG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1DN23JQ 501 0 0
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AGACCGAAGAAAACAGAACAATTGATGATAAGTCTTGAAGATGTTGAGTACAAGAAGGAC
ATTTTCAAGACGTATTCTTTCTCGAACCATGAGATTGAGAACGTTGGTGGATGGAAAAGC
AACATTTTCCAGGAAAATCTGTCACCTGCAACAACAACAACATCAGGGTCTGGGATGACC
AGCGAGGTTGTGACAGCTCCAGCTCCTGTTGAGGATTTGGGAGATGTGGATTCGTATTTC
TCTTCGTTGGACAATATTATCGATTTAGGACAGGACCTGTGGTCGTGACATTTGAATTGG
CGAATGTAATGTTTATAGGTGGTGAGTGTAGTTTCAGGGTTTAGATTAGTCTTTGCTGAG
ATTGGGGCTTAGTTTTGTGTGAATTTCCAATGAAGTTTGATGGCACTTGATGACACAAAT
CAATAAACAAATGATTTTAGC

QA 1 501 1 501
DS 



AS 1 2

CO CL6261Contig1 1175 2 2 U
GACGGTGACGTCGCCTGCGAGAAATGCGGGTCGGGAGAAAGAGACGACGAGCTTCTCCTT
TGCGACATGTGCGACAGAGGGTTTCATATGCGATGCCTTAGGCCGATCGTGGTTCGTGTC
CCTATCGGACAATGGTTTTGTGTCGATTGTTCCGACCAACGACCTGTAAGATGTTATTCT
CAGCGGAAGATTATGCATTTCTTCCGGATTGAGAAGTCAATCGATGGAACAGAGAAACCA
GAGTTGAGTCAAGAAGAGACAACAAAGCACAAGAGACGATCTCGCCCTTTGACTATGACG
AAGAGAAAGAGAAGACTGTTACCTTTTGTTCCATCGAAAGATCCTCTTCAAAGGGATGTA
CAGCTCAGAACACTTGCATCCGCTTTAACAAGCTTGAACATGAAATACAGCAACGAGTTA
ACTTATGTTCCTGGGATGGCTCCTCGCTCTGCTAATCAATCCATGTTCGAGATAGGTGGC
GTGCAGGTGCTTCCAAAAGAAGATTTCGAGACATTGGAACAGTCTCGAGCTATGAATAGA
CGAGGAGAATACCCTCCTCTTGTTGTCGTCGAAGATCAGTTTCAAGGTTTCACAGTTGAA
GCAGACGGTCCAATTAAGGACTTCACATTGATAGCTGAATATGCAGGAGATGTTGACTAC
TTAAAGAACCGTGAGAAGGACGATTGTGACAGCATCATGACTCTCCTCTTATCTGAAGAT
CCATCGAAATCTCTTGTCATTTGCCCTGACAAGTATGGAAACATATCTCGCTTCATCAGT
GGCATCAACAATCACAATAGGTATGGTAAGAAGAAGCAGAACTGTAAATGCGTGAGGTAT
AGCATCAACGGCGAAGTTCGGGTTCTTATAGTGGCTACACGCGATATCGCGAAAGGGGAG
AGGCTTTACTATGACTACAATGGTTATGAACATGAGTATCCTACTCATCACTTCCTATGA
TCATCTCTCTCACTTCAGACAGTTTGACAGAGTCTCTGAAATAATTCAATAGGGTTTTTA
TACAGGCCAATTAAAAAGGGTATAGATCTGAATTGTATGGTCATTGGAGAGGTTAATCAT
TCTTAACTATGAAGTTAGTGATAGACTAATTCTATCTTCTTTGGCAGAACTTTTGTTTGG
TTTAAAAATGAAAATTTTAACTTCTTTTCTATGTT


BQ
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AF RR1E987TF U 1
AF RR1E987JQ C 346
BS 1 642 RR1E987TF
BS 643 1175 RR1E987JQ

RD RR1E987TF 642 0 0
GACGGTGACGTCGCCTGCGAGAAATGCGGGTCGGGAGAAAGAGACGACGAGCTTCTCCTT
TGCGACATGTGCGACAGAGGGTTTCATATGCGATGCCTTAGGCCGATCGTGGTTCGTGTC
CCTATCGGACAATGGTTTTGTGTCGATTGTTCCGACCAACGACCTGTAAGATGTTATTCT
CAGCGGAAGATTATGCATTTCTTCCGGATTGAGAAGTCAATCGATGGAACAGAGAAACCA
GAGTTGAGTCAAGAAGAGACAACAAAGCACAAGAGACGATCTCGCCCTTTGACTATGACG
AAGAGAAAGAGAAGACTGTTACCTTTTGTTCCATCGAAAGATCCTCTTCAAAGGGATGTA
CAGCTCAGAACACTTGCATCCGCTTTAACAAGCTTGAACATGAAATACAGCAACGAGTTA
ACTTATGTTCCTGGGATGGCTCCTCGCTCTGCTAATCAATCCATGTTCGAGATAGGTGGC
GTGCAGGTGCTTCCAAAAGAAGATTTCGAGACATTGGAACAGTCTCGAGCTATGAATAGA
CGAGGAGAATACCCTCCTCTTGTTGTCGTCGAAGATCAGTTTCAAGGTTTCACAGTTGAA
GCAGACGGTCCAATTAAGGACTTCACATTGATAGCTGAATAT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1E987JQ 830 0 0
CTTCAAAGGGATGTACAGCTCAGAACACTTGCATCCGCTTTAACAAGCTTGAACATGAAA
TACAGCAACGAGTTAACTTATGTTCCTGGGATGGCTCCTCGCTCTGCTAATCAATCCATG
TTCGAGATAGGTGGCGTGCAGGTGCTTCCAAAAGAAGATTTCGAGACATTGGAACAGTCT
CGAGCTATGAATAGACGAGGAGAATACCCTCCTCTTGTTGTCGTCGAAGATCAGTTTCAA
GGTTTCACAGTTGAAGCAGACGGTCCAATTAAGGACTTCACATTGATAGCTGAATATGCA
GGAGATGTTGACTACTTAAAGAACCGTGAGAAGGACGATTGTGACAGCATCATGACTCTC
CTCTTATCTGAAGATCCATCGAAATCTCTTGTCATTTGCCCTGACAAGTATGGAAACATA
TCTCGCTTCATCAGTGGCATCAACAATCACAATAGGTATGGTAAGAAGAAGCAGAACTGT
AAATGCGTGAGGTATAGCATCAACGGCGAAGTTCGGGTTCTTATAGTGGCTACACGCGAT
ATCGCGAAAGGGGAGAGGCTTTACTATGACTACAATGGTTATGAACATGAGTATCCTACT
CATCACTTCCTATGATCATCTCTCTCACTTCAGACAGTTTGACAGAGTCTCTGAAATAAT
TCAATAGGGTTTTTATACAGGCCAATTAAAAAGGGTATAGATCTGAATTGTATGGTCATT
GGAGAGGTTAATCATTCTTAACTATGAAGTTAGTGATAGACTAATTCTATCTTCTTTGGC
AGAACTTTTGTTTGGTTTAAAAATGAAAATTTTAACTTCTTTTCTATGTT

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

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AGGAAGAAGACGTTAGAGTTGGAGCTAACAAGTTCCCGGAGAGACAACCAATAGGAACTT
CGGCTCAGAGCGACAAGGACTACAACGAACCACCACCGGCTCCGCTTTTCGAGCCTGGTG
AGCTTTCTTCATGGTCCTTCTGGCGAGCTGGTATTGCTGAGTTTATAGCTACTTTCCTCT
TCCTCTACATCACCGTTTTGACCGTCATGGGAGTTAAAAGGTCACCCAACATGTGTGCTT
CTGTCGGCATCCAAGGTATCGCTTGGGCTTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACT
GCACCGCCGGTATCTCCGGTGGACACATCAACCCAGCAGTCACTTTTGGTCTGTTCTTAG
CCCGGAAGTTGTCGCTCACCAGAGCTTTGTACTACATAGTGATGCAATGCTTGGGAGCCA
TATGTGGAGCTGGTGTGGTTAAAGGGTTCCAGCCTAAGCAGTACCAGGCTCTAGGAGGAG
GAGCCAACACTGTGGCTCCTGGATACACCAAAGGAAGTGGCCTTGGAGCTGAGATCATTG
GCACATTTGTTCTTGTTTACACAGTCTTCTCAGCAACTGACGCCAAGAGAAACGCACGTG
ACTCTCATGTTCCCATTCTTGCACCACTCCCAATAGGGTTTGCGGTTTTCTTGGTTCACT
TAGCAACCATCCCAATCACTGGCACAGGAATCAACCCAGCAAGAAGTCTTGGAGCTGCAA
TCATCTACAACAAAGACCATTCCTGGGACGACCACTGGGTGTTTTGGGTTGGACCATTCA
TTGGTGCTGCACTTGCTGCTCTTTACCATGTGATTGTCATCAGAGCCACCTCCTTCAAGT
CCAGAAGCTAGGATAAAACAAGACATCAATTCCTCTCGTTTCTCGTCTTGCATCCTTACT
TGCTTCTTTTGTTGTGTATGTGCTATCTTCTTTGCTTAATGCAATCGTTGTAACTTGCAA
GTAAACAAGGAAGATTTTCTCAAATGTTAAACATAAAATCCTTCATGTATAAATAACAAC
CACAAACGGGTATTTGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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BS 690 1100 RR1F686JQ

RD RR1F686TF 689 0 0
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CTGTCGGCATCCAAGGTATCGCTTGGGCTTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACT
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CCCGGAAGTTGTCGCTCACCAGAGCTTTGTACTACATAGTGATGCAATGCTTGGGAGCCA
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ACTCTCATGTTCCCATTCTTGCACCACTC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1F686JQ 827 0 0
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TCTCGTTTCTCGTCTTGCATCCTTACTTGCTTCTTTTGTTGTGTATGTGCTATCTTCTTT
GCTTAATGCAATCGTTGTAACTTGCAAGTAAACAAGGAAGATTTTCTCAAATGTTAAACA
TAAAATCCTTCATGTATAAATAACAACCACAAACGGGTATTTGATTC

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

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ACGTTCTTTTGATGGGGCCTACCGGCTCTGGGAAGACATTACTTGCAAAGACTTTGGCTC
GGCTTGTAAATGTTCCATTTGTCATTGCTGATGCAACTACACTGACTCAGGCTGGCTATG
TTGGTGATGATGTTGAATCAATCCTTCATAAACTACTAACGGTCGCTGAGTTCAACGTGC
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AGAGTTTAAACATTAGCAGGGATGTATCCGGGGAAGGAGTCCGACATGCACTTTTGAAAT
TACTAGAAGGCACTATCGTAAATGTTCCAGGGAAGGGAGCAAGGAAGCATCCACGGGCTG
ACCATATACAGATAGACACAAAGGATATCCTCTTTATCTGTGGAGGAGCATTTGTTGACC
TTGAGAAGACCATTGTGGATAGACGACAAGATTCATCAATTGGTTTTGGAGCTCCTGTCC
GTGCCAACATGGCTACCAGTGGAGTTACCAGCGGTGCAATAACTTCATCTTTGCTAGAAT
CGGTGGAGAGTGCTGATCTTACAGCATATGGCCTTATACCTGAGTTTGTAGGGCGCTTTC
CCATATTAGTTAGCTTGTCAGCTCTAACAGAGGACCAGCTCATTCGGGTTCTTGTAGAAC
CCAAAAATGCTCTTGGGAAACAGTACAAGAAACTCTTTAGTATGAACAATGTAAAGTTAC
ATTTTACTGAGAAAGCGTTGGGGATCATTTCCAAGCTAGCGATGGTGAAGAATACAGATG
CGAGGGGGCTAAGAGCCTTGCTTGAAAGCATTCTTACCGAAGCCATGTTTGAGATTCCAG
ATGCTAAGAAGGGAGACGAAAGGATCGACGCTGTTATTGTAGATGAGGATTCAACAGGCG
CAGAAGCTTCCCGTGGATGCACAGCAAAACTACTTAGAGGAGACGGGGCTTTTGATCGTT
ACCTCAATGAGTACAAGTCGAAAGATGCTACAGAAACAACGGTTGATGAACGAATAGGTT
CAGCAAGAGCAATGAGCTTGTAAACAGAACGAGACAAGAACACGGGTTTTTCTTTTCTTT
TCTTTTCTTTTTAACATGAGGGGTTTCTTGATTATTTGTAAAAAAAGAAAACATTCATAA
AAGTGCAAGAGGATTCATCCACTTTGTACAATAAAACTGTAAGCTTACAGATTCGAAAGT
TGAATTATTTACATAGAACAAAGAATAGAAGTGT


BQ
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AF RR1CY10TF U 1
AF RR1CY10JQ C 534
BS 1 695 RR1CY10TF
BS 696 1294 RR1CY10JQ

RD RR1CY10TF 702 0 0
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ACGTTCTTTTGATGGGGCCTACCGGCTCTGGGAAGACATTACTTGCAAAGACTTTGGCTC
GGCTTGTAAATGTTCCATTTGTCATTGCTGATGCAACTACACTGACTCAGGCTGGCTATG
TTGGTGATGATGTTGAATCAATCCTTCATAAACTACTAACGGTCGCTGAGTTCAACGTGC
AAGCAGCACAGCAGGGAATAGTCCATATCGATGAAGTTGATAAGATAACGAAGAAGGCTG
AGAGTTTAAACATTAGCAGGGATGTATCCGGGGAAGGAGTCCGACATGCACTTTTGAAAT
TACTAGAAGGCACTATCGTAAATGTTCCAGGGAAGGGAGCAAGGAAGCATCCACGGGCTG
ACCATATACAGATAGACACAAAGGATATCCTCTTTATCTGTGGAGGAGCATTTGTTGACC
TTGAGAAGACCATTGTGGATAGACGACAAGATTCATCAATTGGTTTTGGAGCTCCTGTCC
GTGCCAACATGGCTACCAGTGGAGTTACCAGCGGTGCAATAACTTCATCTTTGCTAGAAT
CGGTGGAGAGTGCTGATCTTACAGCATATGGCCTTATACCTGAGTTTGTAGGGCGCTTTC
CCATATTAGTTAGCTTGTCAGCTCTAACAGAGGAC
AGCTCAT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1CY10JQ 761 0 0
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CTAGAATCGGTGGAGAGTGCTGATCTTACAGCATATGGCCTTATACCTGAGTTTGTAGGG
CGCTTTCCCATATTAGTTAGCTTGTCAGCTCTAACAGAGGACCAGCTCATTCGGGTTCTT
GTAGAACCCAAAAATGCTCTTGGGAAACAGTACAAGAAACTCTTTAGTATGAACAATGTA
AAGTTACATTTTACTGAGAAAGCGTTGGGGATCATTTCCAAGCTAGCGATGGTGAAGAAT
ACAGATGCGAGGGGGCTAAGAGCCTTGCTTGAAAGCATTCTTACCGAAGCCATGTTTGAG
ATTCCAGATGCTAAGAAGGGAGACGAAAGGATCGACGCTGTTATTGTAGATGAGGATTCA
ACAGGCGCAGAAGCTTCCCGTGGATGCACAGCAAAACTACTTAGAGGAGACGGGGCTTTT
GATCGTTACCTCAATGAGTACAAGTCGAAAGATGCTACAGAAACAACGGTTGATGAACGA
ATAGGTTCAGCAAGAGCAATGAGCTTGTAAACAGAACGAGACAAGAACACGGGTTTTTCT
TTTCTTTTCTTTTCTTTTTAACATGAGGGGTTTCTTGATTATTTGTAAAAAAAGAAAACA
TTCATAAAAGTGCAAGAGGATTCATCCACTTTGTACAATAAAACTGTAAGCTTACAGATT
CGAAAGTTGAATTATTTACATAGAACAAAGAATAGAAGTGT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL6264Contig1 683 2 2 U
CTGTGAGATTGAGATTTGAGATCATCGAAAGCAAAGCAAAACCATGGATGCTATTGATTC
CGTCGTCGATCCTCTCAGAGACTTCGCTAAGGATAGCATTCGTCTCGTCAAGCGTTGTCA
CAAACCAGATCGCAAAGAATTCACGAAAGTTGCTGTTCGTACAGCGATTGGGTTCGTTGT
GATGGGATTCGTGGGCTTCTTTGTGAAGCTCATCTTTATTCCAATCAACAACATTATCGT
CGGTGCCACTTAGGGAGCAAAGGACAGAATGGGAGAAAGGCAAAAAAACTAGTTTTGAGA
TCGTTTTCAACAATTCGCACTTATGTTTATATCAAACTAATTAGAAACTTGTGGCCGAGG
ATTTCATTTGAAACGCCACTGTAATAGTGTCCAATATACAATCAAACAGGTTCCATGGAT
ACAAAAAGAAAAGTTACTGCCAGCTCCAGTCCTTACTTTGGTTCGACCAAAAATAAATGA
TCCGTTGAGGAGAAGCTACTCTATTTCTATTTGAGTCTTTACAATATTACTAACAGTTAT
CCTTGGAACCACTGTTATCAGCGTTTAGCCAGACCATCATTTTTCATTAGTTTTTCCTTT
CATTTGCGATTTAGATCACATATACAACATCATGAACCTTGTGTGCGTTTGATCATCTCT
ATAGAAGCAGTTTTATATTACTT


BQ
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AF RR1D984TF U 1
AF RR1D984JQ C 105
BS 1 521 RR1D984TF
BS 522 683 RR1D984JQ

RD RR1D984TF 521 0 0
CTGTGAGATTGAGATTTGAGATCATCGAAAGCAAAGCAAAACCATGGATGCTATTGATTC
CGTCGTCGATCCTCTCAGAGACTTCGCTAAGGATAGCATTCGTCTCGTCAAGCGTTGTCA
CAAACCAGATCGCAAAGAATTCACGAAAGTTGCTGTTCGTACAGCGATTGGGTTCGTTGT
GATGGGATTCGTGGGCTTCTTTGTGAAGCTCATCTTTATTCCAATCAACAACATTATCGT
CGGTGCCACTTAGGGAGCAAAGGACAGAATGGGAGAAAGGCAAAAAAACTAGTTTTGAGA
TCGTTTTCAACAATTCGCACTTATGTTTATATCAAACTAATTAGAAACTTGTGGCCGAGG
ATTTCATTTGAAACGCCACTGTAATAGTGTCCAATATACAATCAAACAGGTTCCATGGAT
ACAAAAAGAAAAGTTACTGCCAGCTCCAGTCCTTACTTTGGTTCGACCAAAAATAAATGA
TCCGTTGAGGAGAAGCTACTCTATTTCTATTTGAGTCTTTA

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1D984JQ 579 0 0
TCGTCAAGCGTTGTCACAAACCAGATCGCAAAGAATTCACGAAAGTTGCTGTTCGTACAG
CGATTGGGTTCGTTGTGATGGGATTCGTGGGCTTCTTTGTGAAGCTCATCTTTATTCCAA
TCAACAACATTATCGTCGGTGCCACTTAGGGAGCAAAGGACAGAATGGGAGAAAGGCAAA
AAAACTAGTTTTGAGATCGTTTTCAACAATTCGCACTTATGTTTATATCAAACTAATTAG
AAACTTGTGGCCGAGGATTTCATTTGAAACGCCACTGTAATAGTGTCCAATATACAATCA
AACAGGTTCCATGGATACAAAAAGAAAAGTTACTGCCAGCTCCAGTCCTTACTTTGGTTC
GACCAAAAATAAATGATCCGTTGAGGAGAAGCTACTCTATTTCTATTTGAGTCTTTACAA
TATTACTAACAGTTATCCTTGGAACCACTGTTATCAGCGTTTAGCCAGACCATCATTTTT
CATTAGTTTTTCCTTTCATTTGCGATTTAGATCACATATACAACATCATGAACCTTGTGT
GCGTTTGATCATCTCTATAGAAGCAGTTTTATATTACTT

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 2

CO CL6265Contig1 947 2 4 U
GGCTTCATTCCGGAAACACTGCACAATCATAAGCAGGACAACACTTCACAGGATGACTCA
TACGAAATACTTGAAGCTGCAGCTAGTGAAACTACTGCTTCTACCGGGAAGACAGGAAAG
GCTTCTCAAGGGTCTCTGTTGAAAAATTGGCCACTAATGTCATCTATCATTGTCTATTGC
GTGTTGTGTCTACATGATACTGCATACTCTGAGATATTTGCTTTATGGGCTAACAGTCCA
AGCAAATATGGAGGTCTGAACTACTCAACCAATGATGTCGGTACAGTTCTTGCAATCTCA
GGTGTCGGCCTATTCTGCTTCCAGGTCTTTATTTATCCTTGGGCCGAGAGACTGCTAGGA
CCTGTGCTGGTAACCCGTTTTGCTGGGGCACTGATGATACCAATACAGATGAGTTATCCA
TTTATAGCTAACTTATCAGGTCTCAGTCAAAGCTTAATGCTGAACTGTGCATCAATCCTC
ATCAATGTACTAAGTGTGTCTGCCATAACCGGTTTGTTGATCCTGCAAAACAAAGCTGTG
GATCAGAGGCAAAGAGGGGCGGCTAATGGAATCGCTATGACTGCGATGTCTCTTTTTAAG
ACCGTTGGACCAGCTGGAGCTGGCATCTTATTTTCGTTGAGCGAGAGGAGACTGAACGCC
CCATTTCTACCAGGATCGCATATGGTATTCTTCGTCCTGAATGTGATAGTCCTGGTCGGT
GTAGCTCTCACGTTCAAGCCGTTTCTTACAATAGCTAGAAGGTGAAATTAATTTGTTGGT
GTTGGTGATAGAAAAATGTATGTGACTCGTTGACTATTATAAGTTTAGATTAAATAAAAA
GTTATCGAGTTTCACTAACCTTAGGATTTCAGTTTTTATTTTTTATTTTACTCTTGTTTT
TGGATTGTCTGATTTTCGACCAAAAGATCATAGAAACATTCAATGAC


BQ
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AF RR1H430TF U 1
AF RR1H430JQ C 314
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BS 720 734 RR1H430TF
BS 735 947 RR1H430JQ

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TACGAAATACTTGAAGCTGCAGCTAGTGAAACTACTGCTTCTACCGGGAAGACAGGAAAG
GCTTCTCAAGGGTCTCTGTTGAAAAATTGGCCACTAATGTCATCTATCATTGTCTATTGC
GTGTTGTGTCTACATGATACTGCATACTCTGAGATATTTGCTTTATGGGCTAACAGTCCA
AGCAAATATGGAGGTCTGAACTACTCAACCAATGATGTCGGTACAGTTCTTGCAATCTCA
GGTGTCGGCCTATTCTGCTTCCAGGTCTTTATTTATCCTTGGGCCGAGAGACTGCTAGGA
CCTGTGCTGGTAACCCGTTTTGCTGGGGCACTGATGATACCAATACAGATGAGTTATCCA
TTTATAGCTAACTTATCAGGTCTCAGTCAAAGCTTAATGCTGAACTGTGCATCAATCCTC
ATCAATGTACTAAGTGTGTCTGCCATAACCGGTTTGTTGATCCTGCAAAACAAAGCTGTG
GATCAGAGGCAAAGAGGGGCGGCTAATGGAATCGCTATGACTGCGATGTCTCTTTTTAAG
ACCGTTGGACCAGCTGGAGCTGGCATCTTATTTTCGTTGAGCGAGAGGAGACTGAACGCC
CCATTTCTACCAGGATCGCATATGGTATTCTTCGTCCTGAATGTGATAGTCCTGGTCG*T
GTAGCTCTCACGTT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1H430JQ 634 0 0
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CCCGTTTTGCTGGGGCACTGATGATACCAATACAGATGAGTTATCCATTTATAGCTAACT
TATCAGGTCTCAGTCAAAGCTTAATGCTGAACTGTGCATCAATCCTCATCAATGTACTAA
GTGTGTCTGCCATAACCGGTTTGTTGATCCTGCAAAACAAAGCTGTGGATCAGAGGCAAA
GAGGGGCGGCTAATGGAATCGCTATGACTGCGATGTCTCTTTTTAAGACCGTTGGACCAG
CTGGAGCTGGCATCTTATTTTCGTTGAGCGAGAGGAGACTGAACGCCCCATTTCTACCAG
GATCGCATATGGTATTCTTCGTCCTGAATGTGATAGTCCTGGTCGGTGTAGCTCTCACGT
TCAAGCCGTTTCTTACAATAGCTAGAAGGTGAAATTAATTTGTTGGTGTTGGTGATAGAA
AAATGTATGTGACTCGTTGACTATTATAAGTTTAGATTAAATAAAAAGTTATCGAGTTTC
ACTAACCTTAGGATTTCAGTTTTTATTTTTTATTTTACTCTTGTTTTTGGATTGTCTGAT
TTTCGACCAAAAGATCATAGAAACATTCAATGAC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL6266Contig1 1176 2 2 U
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CTTGGTTTTGATACAATATTGCTCTAGCATTATCAAGCCTAGGCATAAACATAAACTCAA
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GATGGATCGAGAGAGAGTTTATTCCACAACTGTGAGCAGAGATCATGACGTTTTGCATTG
CCAAAGTTTCCGCAACTAGAGGCGACGCCACAAAGGTAACTGACGTTGAGTGAGATGTGG
ATGTTCCTGCATCATCAATGATCCACGTTTTGGATACCGGGTGAGAATCACCTCTTACAA
AGAGGGACTGTGGTGAATAGATTCTCTCCTGAACGGAGGAAGTGGATGACGATCTCTCTC
GTCCCTGACAAAAGGAAAATTTCATAAACTTATCCAATAAGGTTAAGTTTAAAGGACTAG
TTGTTTGGAGCTTTAATGGACTCAGATATGGAGATGAAACTGAACAGTTTCTAGACTGTC
GATGCAATGGAGACAAATGAAATGATGCTTTTTGAAGCAGTGTCTCGTGACTGTGGTGGG
CAAGTGAGGATGACGATGGAGACCCATCCATCTTCACACCGGCGAAACAACAAAACAGAT
TGAAAAGATTTGGTGAAAAGGCAGGTAAAGTGGCCAATAAAAGACTCCCGACGCCACTAT
TACGGAATTTTTAGTTGTGAGTGGTAGTGACGGTAGGAGGAGATGGATCTTTGGTCCTTC
CGACAAGAGGAGATTCACCACGGGGGTTGAGCAAAGCTCAGAGCAACCAATGCTCGTAGA
TCTGACGGGAGAATCTTGGGAAACACCAGTAATAAAGCTTTGTTCATTTGATATAGCCCC
GAAGCAGCTTGCACAGCCAAGGGCACATGAAGAACTACAGAAACGCAACTTCAAGAGACA
AACTTGACAGAAATCAACGTCAGGAGGGTCAGGCGGTTTCGGTTGAATGATGGGAGGGGA
GCTTCAAGCGGAGGTGGCTTACGCGACGGCGGCGACGGATCTGGAGGCGGCCAGAAACGC
GACGGAGGGGCGGTCACTATTGAAGCCAAGGAGGAGGAAATCTGCTTCAAAAGAAGGAGG
AGGGATGAGCGGCAGCATTTCTACTTGATCTAAACC


BQ
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AF RR1D904JQ U 1
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BS 1 679 RR1D904JQ
BS 680 1176 RR1D570TF

RD RR1D904JQ 679 0 0
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CTTGGTTTTGATACAATATTGCTCTAGCATTATCAAGCCTAGGCATAAACATAAACTCAA
TAGCAGTAAAAGGAGAAGAGAGGAGATATATGATGTCATTGAGGAGTCCAGCGATCTCTA
GATGGATCGAGAGAGAGTTTATTCCACAACTGTGAGCAGAGATCATGACGTTTTGCATTG
CCAAAGTTTCCGCAACTAGAGGCGACGCCACAAAGGTAACTGACGTTGAGTGAGATGTGG
ATGTTCCTGCATCATCAATGATCCACGTTTTGGATACCGGGTGAGAATCACCTCTTACAA
AGAGGGACTGTGGTGAATAGATTCTCTCCTGAACGGAGGAAGTGGATGACGATCTCTCTC
GTCCCTGACAAAAGGAAAATTTCATAAACTTATCCAATAAGGTTAAGTTTAAAGGACTAG
TTGTTTGGAGCTTTAATGGACTCAGATATGGAGATGAAACTGAACAGTTTCTAGACTGTC
GATGCAATGGAGACAAATGAAATGATGCTTTTTGAAGCAGTGTCTCGTGACTGTGGTGGG
CAAGTGAGGATGACGATGGAGACCCATCCATCTTCACACCGGCGAAACAACAAAACAGAT
TGAAAAGATTTGGTGAAAA

QA 1 679 1 679
DS 

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TAT
GAGATGAAACTGAACAGTTTCTAGACTGTCGATGCAATGGAGACAAATGAAATGATGCTT
TTTGAAGCAGTGTCTCGTGACTGTGGTGGGCAAGTGAGGATGACGATGGAGACCCATCCA
TCTTCACACCGGCGAAACAACAAAACAGCTTGAAAAGATTTGGTGAAAAGGCAGGTAAAG
TGGCCAATAAAAGACTCCCGACGCCACTATTACGGAATTTTTAGTTGTGAGTGGTAGTGA
CGGTAGGAGGAGATGGATCTTTGGTCCTTCCGACAAGAGGAGATTCACCACGGGGGTTGA
GCAAAGCTCAGAGCAACCAATGCTCGTAGATCTGACGGGAGAATCTTGGGAAACACCAGT
AATAAAGCTTTGTTCATTTGATATAGCCCCGAAGCAGCTTGCACAGCCAAGGGCACATGA
AGAACTACAGAAACGCAACTTCAAGAGACAAACTTGACAGAAATCAACGTCAGGAGGGTC
AGGCGGTTTCGGTTGAATGATGGGAGGGGAGCTTCAAGCGGAGGTGGCTTACGCGACGGC
GGCGACGGATCTGGAGGCGGCCAGAAACGCGACGGAGGGGCGGTCACTATTGAAGCCAAG
GAGGAGGAAATCTGCTTCAAAAGAAGGAGGAGGGATGAGCGGCAGCATTTCTACTTGATC
TAAACC

QA 4 669 4 669
DS 



AS 1 2

CO CL6267Contig1 927 2 2 U
GGAAACACACTCTCTCTCAAATGGCGGCCGTTACTTCTACTCTCTCCCTCTCTTCTACCA
AGCCTCAGAGACTCTTCGACTCCTCTTTCCGTGGCTCGGTGGTCAGCTTTTCTCCGCCAT
GATAGTGCGCAAACCAGCTCACTTGTTCCTCGACGAGATTGGTGTACCTTACGATGAGCA
AGACAACTATGTCGTGATCAAGCACGCTGCTCTCTTCACGTCCACCATCATGAGCAAGCT
TTTGGCTCGTCCCAACGTCAAGCTCTTCAACGCCGTCGCCGCCGAGGATCTGATTGTGAA
AGGAAACAGAGTAGGTGGTGTGGTGACTAACTGGGCTCTCGTCTCGATGAACCACGACAC
ACAGTCTTGCATGGATCCTAACGTCATGGAGGCCAAGATTGTTGTCAGCTCGTGTGGTCA
CGACGGTCCTTTTGGAGCCACCGGTGTGAAGAGGTTGAAGAGCATTGGGTTGATCGATCA
TGTTCCTGGGATGAAAGCGCTTGACATGAACACGGCTGAAGATGCGATTGTGAGATTGAC
TCGAGAGGTTGTTCCCGGTATGATCGTGACCGGTATGGAAGTTGCAGAGATCGATGGCGC
CCCAAGAATGGGACCAACGTTCGGAGCTATGATGATATCAGGACAGAAGGCGGGACATCT
CGCTTTGAAAGCTTTGGGACAGCCTAATGCTTTGGATGGAACCTATGTCGGAGACCTAAG
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AGGAGTTTTAGGTGTTTTAAAATCTTATTTATGTTTTTTTAACTTTCTGGTGTCTTTGTT
TCTTTTGCAATGAAAATGTTTATTTGG


BQ
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AF RR1C995TF U 1
AF RR1C995JQ C 225
BS 1 640 RR1C995TF
BS 641 927 RR1C995JQ

RD RR1C995TF 643 0 0
GGAAACACACTCTCTCTCAAATGGCGGCCGTTACTTCTACTCTCTCCCTCTCTTCTACCA
AGCCTCAGAGACTCTTCGACTCCTCTTTCCGTGGCTCGGTGGTCAGCTTTTCTCCGCCAT
GATAGTGCGCAAACCAGCTCACTTGTTCCTCGACGAGATTGGTGTACCTTACGATGAGCA
AGACAACTATGTCGTGATCAAGCACGCTGCTCTCTTCACGTCCACCATCATGAGCAAGCT
TTTGGCTCGTCCCAACGTCAAGCTCTTCAACGCCGTCGCCGCCGAGGATCTGATTGTGAA
AGGAAACAGAGTAGGTGGTGTGGTGACTAACTGGGCTCTCGTCTCGATGAACCACGACAC
ACAGTCTTGCATGGATCCTAACGTCATGGAGGCCAAGATTGTTGTCAGCTCGTGTGGTCA
CGACGGTCCTTTTGGAGCCACCGGTGTGAAGAGGTTGAAGAGCATTGGGTTGATCGATCA
TGTTCCTGGGATGAAAGCGCTTGACATGAACACGGCTGAAGATGCGATTGTGAGATTGAC
TCGAGAGGTTGTTCCCGGTATGATCGTGACCGGTATGGAAGTTGCAGAGATCGATGGCGC
CCCAAGAATGGGACCAACGTTCGGAGCTATGATGATATCA
CGA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1C995JQ 703 0 0
CCATCATGAGCAAGCTTTTGGCTCGTCCCAACGTCAAGCTCTTCAACGCCGTCGCCGCCG
AGGATCTGATTGTGAAAGGAAACAGAGTAGGTGGTGTGGTGACTAACTGGGCTCTCGTCT
CGATGAACCACGACACACAGTCTTGCATGGATCCTAACGTCATGGAGGCCAAGATTGTTG
TCAGCTCGTGTGGTCACGACGGTCCTTTTGGAGCCACCGGTGTGAAGAGGTTGAAGAGCA
TTGGGTTGATCGATCATGTTCCTGGGATGAAAGCGCTTGACATGAACACGGCTGAAGATG
CGATTGTGAGATTGACTCGAGAGGTTGTTCCCGGTATGATCGTGACCGGTATGGAAGTTG
CAGAGATCGATGGCGCCCCAAGAATGGGACCAACGTTCGGAGCTATGATGATATCAGGAC
AGAAGGCGGGACATCTCGCTTTGAAAGCTTTGGGACAGCCTAATGCTTTGGATGGAACCT
ATGTCGGAGACCTAAGCCCGGAGCTGGTGTTAGCCGTTGCTGATTTAGTTGAAACCGTAG
ATGCTTAAGGACAAGGCATTTTAAAGTAAGAAAAAGTTCCTTGATTCTTCTGATGTGGAA
GGAATTGCAATAAAGGAGGAGTTTTAGGTGTTTTAAAATCTTATTTATGTTTTTTTAACT
TTCTGGTGTCTTTGTTTCTTTTGCAATGAAAATGTTTATTTGG

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL6268Contig1 822 2 2 U
ATAAAGAATCTAACCAACTCACTAGTTTTGGAAAATTAAAGTGAATATCATTTCAGACGT
TAGATATTTGGCAGTATTCCAGAACTCAAGTAGACGACGCACGTGATCGTCTGCCTGGAG
AACCGACCAACTTGACTACTGTCTGAATTAGTTTTAGACTATACTCTTTCAAGTTTTTTT
GTCAGTTTAGGCAAATGTATGTCATAACTTAAAATTTTAATTAAGATATGTATGATTTTG
ATGATGCATCTACATTTTAATAGTCAATTTATAATACGCAAAAAGTCAAGAAATTTTTGG
TAGTTATGATGTAATTATCATGAAAATGTAGTTAAGAGAGATGGGACCCTTGAGTAGAAA
AAGATGATTCCACTTTTAATGGATCCATTATACCTTTTAAAACGCATTAATGTATCCTCC
CTTTTTGACCTTTAGCATAACAGGGTCTATTTTATAAGGCATAACATCTTTTAATGATTT
TTGGGGAGAGCAGGGATGATGAAGGTCAGAGCGGCGATTCTTATTCTGGTTATGGCGGCG
GTGGAGGGACGGGCGCTATAGGTGGTACGTCAAGAGGAAGCAGCAGCAATAGTGACAACA
ATTTCTTCGGGATGATATTCGGAAGCAATGCACCGCCGCGACCACGTTTAACGTTATTAT
TGTTGTCTTTGTTAATGATTTGTGTTTCGTCGACATCAACTTTATTATTGTGGTAGACCA
CAAGGATAACTTAATAGGATTTGGCCCGTCCAATTGATTGGTTCTTTCGGTGTACAATGG
CTGGCTCATTATTATTTTATTTTATTTTATTCGTTTGGGTTC


BQ
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AF RR1H536TF U 1
AF RR1H536JQ C 478
BS 1 660 RR1H536TF
BS 661 822 RR1H536JQ

RD RR1H536TF 660 0 0
ATAAAGAATCTAACCAACTCACTAGTTTTGGAAAATTAAAGTGAATATCATTTCAGACGT
TAGATATTTGGCAGTATTCCAGAACTCAAGTAGACGACGCACGTGATCGTCTGCCTGGAG
AACCGACCAACTTGACTACTGTCTGAATTAGTTTTAGACTATACTCTTTCAAGTTTTTTT
GTCAGTTTAGGCAAATGTATGTCATAACTTAAAATTTTAATTAAGATATGTATGATTTTG
ATGATGCATCTACATTTTAATAGTCAATTTATAATACGCAAAAAGTCAAGAAATTTTTGG
TAGTTATGATGTAATTATCATGAAAATGTAGTTAAGAGAGATGGGACCCTTGAGTAGAAA
AAGATGATTCCACTTTTAATGGATCCATTATACCTTTTAAAACGCATTAATGTATCCTCC
CTTTTTGACCTTTAGCATAACAGGGTCTATTTTATAAGGCATAACATCTTTTAATGATTT
TTGGGGAGAGCAGGGATGATGAAGGTCAGAGCGGCGATTCTTATTCTGGTTATGGCGGCG
GTGGAGGGACGGGCGCTATAGGTGGTACGTCAAGAGGAAGCAGCAGCAATAGTGACAACA
ATTTCTTCGGGATGATATTCGGAAGCAATGCACCGCCGCGACCACGTTTAACGTTATTAT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1H536JQ 345 0 0
TTTTTGGGGAGAGCAGGGATGATGAAGGTCAGAGCGGCGATTTTTATTCTGGTTATGGCG
GCGGTGGAGGGACGGGCGCTATAGGTGGTACGTCAAGAGGAAGCAGCAGCAATAGTGACA
ACAATTTTTTCGGGATGATATTCGGAAGCAATGCACCGCCGCGACCACGTTTAACGTTAT
TATTGTTGTCTTTGTTAATGATTTGTGTTTCGTCGACATCAACTTTATTATTGTGGTAGA
CCACAAGGATAACTTAATAGGATTTGGCCCGTCCAATTGATTGGTTCTTTCGGTGTACAA
TGGCTGGCTCATTATTATTTTATTTTATTTTATTCGTTTGGGTTC

QA 1 345 1 345
DS 



AS 1 2

CO CL6269Contig1 1355 2 2 U
GCTGGTCCAAGGAGAAGTAAGAGACAGTCGGAGAAACAAGGATCATCCTTGACGTGGAAA
GATTCTTCCCTAAGCAAAAAGGAGGAGAATGGTGGATGGGATGACCCTAGAACATTTATA
ACAGCCCTTGAGAAAGTGGAAGCTTGGATCTTTTCACGCGTTGTTGAATCCATATGGTGG
CAGACTTTGACACCGCGTATGCAGTCTTCGGCAGCGAATGGTTCAGGCTCAAAGAAAAAC
TATGGTACAAGTCGGAGTTCGGTGAACCAGGAACAAGGTGACTTCTCACTAGAGCTTTGG
AAAAAGGCTTTCAGGGATGCACACGAGCGTTTATGCCCTCTGCGAGCTAGTGGCCATGAA
TGTGGTTGTTTGCCCGTCCCTGCCCGTCTGATAATGGAACAGTGCGTGGCTCGGCTGGAT
GTCGCAATGTTCAATGCTATACTTCGTGATTCTGATGAAAACTTCCCTACAGACCCTGTC
TCTGATCCCATTGCTGACTCCAGGGTCTTGCCTATTCCTTGCTCAATAACAAGTTTCGGT
TCTGGTGCCCTCCTGAAAAACTCGATAGGAAACTGGTCCAGGTGGCTCACTGATTTATTC
GGCATCGATGATGATGACCAAGAGAATAGCTACGTTGGTACTGCACCTTTCAAGACTTTT
ATTCTTCTCAAGGCCTTGAGCGATCTAATGATGCTTCCAAAAGATATGCTCCTCGACACT
TGTGTTAGAAAAGAGGTTTGCCCAATGTTTGGTGCACCGTTGATCAAGAGAGTCTTGAAT
CGTTTTATCCCCGATGAGTTCTGCCCTGACCGAGTTCCTGTTGCTCTACTCGAAGCTCTT
GAATCACAGGAGGGAGAAGAGAAGGCTATGATCACAAGCTATCCATGTACGGCACCTCCT
CCTGTCTACTCTCCACCTTCAGGGACTTCAATCTCCACTATCATTGAAGACTTTGGACAG
CCTCAAGCGCCTCACCTATGCCGAATCAGGTCTTCGGTTACAAGAAAAGCCTACACAAGC
GACGACGAGCTTGATGAGCTCAGTTCACCGTTGGCTGTTGTCCTTCTTCAACATTCGGAT
TCTAACAAGGTCAATAATGTGGGTGCAGATGAGACAGTCAGGTATCAACTTCTCAGGGAG
TGTTGGACCAACGGGGACTGACCAGACATTGATGTGTTTTTTCTGTTTCAATTGTGACTT
CTGAAGGTATTATTATTATGCGTCTTTGCCAGTTCCTTGTTTGGTGTTGCTATGTATAGA
GAATGTAGCCCGAGATTTAATTAACAGAAGTAACAGTATGTTTTACACTCTTGAAACAGA
ATGTTGCCCGAGCCGAGCGTGTGTTGCATAGACGC


BQ
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AF RR1E332TF U 1
AF RR1E332JQ C 562
BS 1 731 RR1E332TF
BS 732 1355 RR1E332JQ

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GATTCTTCCCTAAGCAAAAAGGAGGAGAATGGTGGATGGGATGACCCTAGAACATTTATA
ACAGCCCTTGAGAAAGTGGAAGCTTGGATCTTTTCACGCGTTGTTGAATCCATATGGTGG
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TATGGTACAAGTCGGAGTTCGGTGAACCAGGAACAAGGTGACTTCTCACTAGAGCTTTGG
AAAAAGGCTTTCAGGGATGCACACGAGCGTTTATGCCCTCTGCGAGCTAGTGGCCATGAA
TGTGGTTGTTTGCCCGTCCCTGCCCGTCTGATAATGGAACAGTGCGTGGCTCGGCTGGAT
GTCGCAATGTTCAATGCTATACTTCGTGATTCTGATGAAAACTTCCCTACAGACCCTGTC
TCTGATCCCATTGCTGACTCCAGGGTCTTGCCTATTCCTTGCTCAATAACAAGTTTCGGT
TCTGGTGCCCTCCTGAAAAACTCGATAGGAAACTGGTCCAGGTGGCTCACTGATTTATTC
GGCATCGATGATGATGACCAAGAGAATAGCTACGTTGGTACTGCACCTTTCAAGACTTTT
ATTCTTCTCAAGGCCTTGAGCGATCTAATGATGCTTCCAAAAGATATGCTCCTCGACACT
TGTGTTAGAAA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1E332JQ 794 0 0
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GAGAATAGCTACGTTGGTACTGCACCTTTCAAGACTTTTATTCTTCTCAAGGCCTTGAGC
GATCTAATGATGCTTCCAAAAGATATGCTCCTCGACACTTGTGTTAGAAAAGAGGTTTGC
CCAATGTTTGGTGCACCGTTGATCAAGAGAGTCTTGAATCGTTTTATCCCCGATGAGTTC
TGCCCTGACCGAGTTCCTGTTGCTCTACTCGAAGCTCTTGAATCACAGGAGGGAGAAGAG
AAGGCTATGATCACAAGCTATCCATGTACGGCACCTCCTCCTGTCTACTCTCCACCTTCA
GGGACTTCAATCTCCACTATCATTGAAGACTTTGGACAGCCTCAAGCGCCTCACCTATGC
CGAATCAGGTCTTCGGTTACAAGAAAAGCCTACACAAGCGACGACGAGCTTGATGAGCTC
AGTTCACCGTTGGCTGTTGTCCTTCTTCAACATTCGGATTCTAACAAGGTCAATAATGTG
GGTGCAGATGAGACAGTCAGGTATCAACTTCTCAGGGAGTGTTGGACCAACGGGGACTGA
CCAGACATTGATGTGTTTTTTCTGTTTCAATTGTGACTTCTGAAGGTATTATTATTATGC
GTCTTTGCCAGTTCCTTGTTTGGTGTTGCTATGTATAGAGAATGTAGCCCGAGATTTAAT
TAACAGAAGTAACAGTATGTTTTACACTCTTGAAACAGAATGTTGCCCGAGCCGAGCGTG
TGTTGCATAGACGC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

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GGAACTGGAATTAATGGCAAACGTAAACAAAAGATTAAACAACAAGGTAGCCATAATAAC
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TTTGGTGTCCAATCAGATTTGGCAACTTCGCAAGTCTTAAGAGATAAGTAGAAACTGAAT
ATCATTAATCATTTTCGGTTTTGATTTACATGTGCCTTCTTAGAAAACATTTGACCGATT
TTAAAAGAATACTTAAAAATTGATTTGGTTACATATGCTAATGACATGGCTATTTAGTTT
TTCGTCCAAAAACTTCATTATCAAGCGTGTTTGAGGCAGAACAATTTAAAAATGAACAAC
TTATAGAGAAGTCAATTATGATACATGAGTAACGCTAAAACAAAGAGAGAATATCACATA
GTTATTACTGTTAGTAAACAAGTTTTATATTGTTAATTTAGTTTTATTAATTACTGTTTA
TAGTTTTCTACTATTGTGTTTTGATCGGTATCATTAGGATCGGTTAAACAATATTGTGCA
GCCTAATTTTTTATCATCAGACAGCTAAATTTAGTTTTGATGCATCTAAAAACGCAAAAG
GAGGAGGAGGGTCGATAATATGCACATCAAGTTCATCAGGGGTAATGGGAGGACTTGGAG
GTCACGCATATACGCTTTCAAAGGGAGCCATTAACGGGCTCGTGAAGACAACGGCATGCG
AATTTGGCTCTCACGGTATCCGTGTGAACAGCATCTCTCCGCATGGAGTTCCCACTGACA
TCTTGGTCAACGCTTATCGTACCTATCTTCACAATGACAAAATCGATGCTGCTGAAGTGA
CAAAGACTGTGGCTGAGAAAGGAAGTTTACTGACCGGAAGGGCTGGTACTGTGGAGGATG
TGGCTCAAGCAGCTTTGTTTCTTGCAAGTGAAGAATCTTCAAGATTCATTACCGGACATA
ACCTGGTTATTGATGGTGGGTACACATCTGCCACTACTACGATGAGATATATCTACGACT
AATTTCAAAGTTGTTTTCTTTTCAGTATATCTGAAATGTTTTCTTGTCATCAAATAAATG
TTTAAGCAAGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ57TF U 1
AF RR1EZ57JQ C 651
BS 1 699 RR1EZ57TF
BS 700 700 RR1EZ57JQ
BS 701 710 RR1EZ57TF
BS 711 711 RR1EZ57JQ
BS 712 745 RR1EZ57TF
BS 746 1392 RR1EZ57JQ

RD RR1EZ57TF 752 0 0
GGAACTGGAATTAATGGCAAACGTAAACAAAAGATTAAACAACAAGGTAGCCATAATAAC
CGGAGGAGCAAGAGGGATGGGAGCTGCCACGGCTAGGCTGTTTACAGAGAATGGTGCATA
TGTCATAGTCGCGGATATACTGGATTAAGAAGGCGTCCATATGGCAGAATCTATTGGTGG
CTGCTACGTGCATTGCGATGTGTCCAAGGAGGCTGATGTGGAGGCAGCAGTGGAGCTAGC
CATGAGACGTAAAGGGAGGCTGGACGTGATGTTCAACAATGCTGGAATGGCTGTGAACGA
AGGCAGCATCATGGCGATGGACATTAAAATGGTTAACAAACTTGTCTCCGTCAATGTGAA
TGGTGTCTTGCTTGGCATCAAACATGCCGCCAAGGCCATGATCAAAGGTGTGTGTTTTAG
TTTGGTGTCCAATCAGATTTGGCAACTTCGCAAGTCTTAAGAGATAAGTAGAAACTGAAT
ATCATTAATCATTTTCGGTTTTGATTTACATGTGCCTTCTTAGAAAACATTTGACCGATT
TTAAAAGAATACTTAAAAATTGATTTGGTTACATATGCTAATGACATGGCTATTTAGTTT
TTCGTCCAAAAACTTCATTATCAAGCGTGTTTGAGGCAGAACAATTTAAAAATGAACAAC
TTATAGAGAAGTCAATTATGATACATGAGTAACGCTAAA*CAAAGAGAGA*TATCACATA
GTTATTACTGTTAGTAAACAAGTTT
ATATTGT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1EZ57JQ 742 0 0
AATGAACAACTTATAGAGAAGTCAATTATGATACATGAGTAACGCTAAAACAAAGAGAGA
ATATCACATAGTTATTACTGTTAGTAAACAAGTTTTATATTGTTAATTTAGTTTTATTAA
TTACTGTTTATAGTTTTCTACTATTGTGTTTTGATCGGTATCATTAGGATCGGTTAAACA
ATATTGTGCAGCCTAATTTTTTATCATCAGACAGCTAAATTTAGTTTTGATGCATCTAAA
AACGCAAAAGGAGGAGGAGGGTCGATAATATGCACATCAAGTTCATCAGGGGTAATGGGA
GGACTTGGAGGTCACGCATATACGCTTTCAAAGGGAGCCATTAACGGGCTCGTGAAGACA
ACGGCATGCGAATTTGGCTCTCACGGTATCCGTGTGAACAGCATCTCTCCGCATGGAGTT
CCCACTGACATCTTGGTCAACGCTTATCGTACCTATCTTCACAATGACAAAATCGATGCT
GCTGAAGTGACAAAGACTGTGGCTGAGAAAGGAAGTTTACTGACCGGAAGGGCTGGTACT
GTGGAGGATGTGGCTCAAGCAGCTTTGTTTCTTGCAAGTGAAGAATCTTCAAGATTCATT
ACCGGACATAACCTGGTTATTGATGGTGGGTACACATCTGCCACTACTACGATGAGATAT
ATCTACGACTAATTTCAAAGTTGTTTTCTTTTCAGTATATCTGAAATGTTTTCTTGTCAT
CAAATAAATGTTTAAGCAAGCC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL6271Contig1 928 2 2 U
GTATCCTCACTGAAGCTATCAAGGCTCTCATTAGGTTAGCCTTGTTTCGGAATACTGGAT
ATAAGATGCTTCTCCATGGTGGGGAAACACCTAATGATGATGATGACAAAGATCCTAACC
AACCAGAGCTGCAAAATAGAGATAGAAACCATCGTTTTGGAAACCAAAATCCATGGAACT
CGGAAAGACGGGCAATGTCAGCTTTGAGTTCATTCGGTCAGAATGCAAGAACAGGAACAG
GAACAACAACAACAACAGCATCTTCTTCCAACTCGGGCTGGTCTCGAAGGATTCAACACC
AGCAAGCAGTTATAGAGCCACCTGTGGTGATGGTCAAGGAGAAACGAACAACAATCTCCG
AGCTATTATCTGAGAAGGGTGTTAAGGGAGCGTTGTTTGTAATGGGTGAGGTTCTTTACA
TTACGAGACCGCTCATCTACGTTCTCTTTATAAGAAGATATGGGATCAGTTCTTGGATTC
CTTGGGCTATATCACTCTCTGTGGACACACTGGGGATGGGGATTCTTTCAAATCTGAAGC
TGTGGGGAGAGGAGAGCAAGCAAATCCATTTCTCTCAACCTGAAAGAGACGAGCTTAGGA
GAAGGAAGCTGCTATGGGCATTGTACCTCTTGAGAGATCCATTCTTCACCAAGTACACAA
GGCAGAAGCTGGAAAGCTCTCAGAAGAAGGTGGAACCAGTTCCATTGACAGGCTTCTTTA
CAGAGAAAATTGTGGAGCTTTTGGTGGGAGCTCAGACACGGTACACTTACATATCGGGAT
CATGAGTTCAACCCTTTTGTTGGAGTGTCCTTTGGAAGGCTCATGCAGAGATTAGTAGGG
AATGTTTCAGGCTTTTGTAAGAAAGTGCGTTTATTGTTGCAGTTAGGACATACAGTCACA
TAATAAAGATAGATGATGAGTTTTGTTT


BQ
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AF RR1CE96TF U 1
AF RR1CE96JQ C 174
BS 1 594 RR1CE96TF
BS 595 928 RR1CE96JQ

RD RR1CE96TF 594 0 0
GTATCCTCACTGAAGCTATCAAGGCTCTCATTAGGTTAGCCTTGTTTCGGAATACTGGAT
ATAAGATGCTTCTCCATGGTGGGGAAACACCTAATGATGATGATGACAAAGATCCTAACC
AACCAGAGCTGCAAAATAGAGATAGAAACCATCGTTTTGGAAACCAAAATCCATGGAACT
CGGAAAGACGGGCAATGTCAGCTTTGAGTTCATTCGGTCAGAATGCAAGAACAGGAACAG
GAACAACAACAACAACAGCATCTTCTTCCAACTCGGGCTGGTCTCGAAGGATTCAACACC
AGCAAGCAGTTATAGAGCCACCTGTGGTGATGGTCAAGGAGAAACGAACAACAATCTCCG
AGCTATTATCTGAGAAGGGTGTTAAGGGAGCGTTGTTTGTAATGGGTGAGGTTCTTTACA
TTACGAGACCGCTCATCTACGTTCTCTTTATAAGAAGATATGGGATCAGTTCTTGGATTC
CTTGGGCTATATCACTCTCTGTGGACACACTGGGGATGGGGATTCTTTCAAATCTGAAGC
TGTGGGGAGAGGAGAGCAAGCAAATCCATTTCTCTCAACCTGAAAGAGACGAGC

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1CE96JQ 755 0 0
TGGAACTCGGAAAGACGGGCAATGTCAGCTTTGAGTTCATTCGGTCAGAATGCAAGAACA
GGAACAGGAACAACAACAACAACAGCATCTTCTTCCAACTCGGGCTGGTCTCGAAGGATT
CAACACCAGCAAGCAGTTATAGAGCCACCTGTGGTGATGGTCAAGGAGAAACGAACAACA
ATCTCCGAGCTATTATCTGAGAAGGGTGTTAAGGGAGCGTTGTTTGTAATGGGTGAGGTT
CTTTACATTACGAGACCGCTCATCTACGTTCTCTTTATAAGAAGATATGGGATCAGTTCT
TGGATTCCTTGGGCTATATCACTCTCTGTGGACACACTGGGGATGGGGATTCTTTCAAAT
CTGAAGCTGTGGGGAGAGGAGAGCAAGCAAATCCATTTCTCTCAACCTGAAAGAGACGAG
CTTAGGAGAAGGAAGCTGCTATGGGCATTGTACCTCTTGAGAGATCCATTCTTCACCAAG
TACACAAGGCAGAAGCTGGAAAGCTCTCAGAAGAAGGTGGAACCAGTTCCATTGACAGGC
TTCTTTACAGAGAAAATTGTGGAGCTTTTGGTGGGAGCTCAGACACGGTACACTTACATA
TCGGGATCATGAGTTCAACCCTTTTGTTGGAGTGTCCTTTGGAAGGCTCATGCAGAGATT
AGTAGGGAATGTTTCAGGCTTTTGTAAGAAAGTGCGTTTATTGTTGCAGTTAGGACATAC
AGTCACATAATAAAGATAGATGATGAGTTTTGTTT

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL6272Contig1 751 2 2 U
GTGACTTCAAGATCGAAAATCTCGAGGAGGCAGTCTCGCTCGTCCTCGGATAGTTTTCAC
GCTGAGGAAGAAAATCCGAAGCCTGAGGTTTCGGAGATCAACAGGAACGCGTACTGCGAT
GCTGTCTTTGGCACTGATGCTCCCCTTCCTGTGATCCCGATTCCCCGGCGACCTCTGAAG
GCGCGTGGAGAAATCGACTCACCGAGCGAAGTATCCCGCGAGTATCTTGAAACTCTGCGA
GAGTACTATGGAGTTCCGGAGGGAGTCGTGTTCCGCATTCCCCGGGGGAATGAGAGTTCG
GAGCATCCTCCGGAAGGTTATTTTACTTGTTACGAGGCGTTCTTGACGCAATGTCGATTG
TGGTTCCCAATCCCTGGGGTCATCGTTAAGGCCCTTGACCGTTTCGGAATCTCAATCAGC
CAGCTGAACGTGTCAGCTTTGGAGAGCTGGCTCGGCGTTGTGATTCTGAGTTACGAGTTA
GGGATAGATCTTAGCCCTGCCGATTTCGAGGGGTTATGGAACTCCAAGGCGACGAGTATC
AATGGAGTTTACTCCATGAAGGCGAGGACCAATTTTTCGGTGATCAATGGAGTCACTTCG
CATGCCAAGGATTATGTCGATCGTTTCTTTTTTGTGAGGATAGGGACAGAGAATCTTTGA
TGGTTGATGTAGATTTGAGATGAGAATTTGAGTATAAAAGCTGATATCAAACCCTGTTGT
TGTAGTCGAAGTAGAGAAGAAACTAGACTAG


BQ
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AF RR1BU59TF U 1
AF RR1BU59JQ C 202
BS 1 642 RR1BU59TF
BS 643 751 RR1BU59JQ

RD RR1BU59TF 642 0 0
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CATGCCAAGGATTATGTCGATCGTTTCTTTTTTGTGAGGATA

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DS 

RD RR1BU59JQ 550 0 0
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GGAGTCGTGTTCCGCATTCCCCGGGGGAATGAGAGTTCGGAGCATCCTCCGGAAGGTTAT
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ACTAGACTAG

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

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CTCCAACGCCTCTCAGCGTTCCCTTTTCGACTCCACTCGTCTCTTCGCTTCCTCCAATTG
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CTATACCATGGAAGCCTTCATCGCTAATAGGTTAGAGGTTAGCTTGAGATTAGCTTGGTC
CTCTAATGGGAATGGGAATGGGAAGAAGAAGAAAAGAGGAGGAGGGATCAAACTCAAAGA
TAAATTGAATGCTGCTGCTATGTCAGCTAATGCGTATTGGAGGACCAAGGCCTGTGCTGA
CTGGTGGCTCAATCTCGACACCGCAACACAGAAGCAGATCTGGACTTGCTTGCTCGGGAA
GTCTGCTAAATCTGTGATACATGAGATTCTTAGAGAAGCAAATCAAGCACCCCAGGCAGA
AATGTGGCTCTTCAATTTTGGCGGAGGCACTGCAAGGACAAAAACTACTTCATTCTGTGA
CTTGGTTTTCGAACAAACCTCTGTATCAAAGACACCTAATGCCTTAGCCACTAAACTTAG
TGGATTATACGTGCTTCAAGAATTTGCTTCATTACTCCTCTTATCTCAAAATGGCTCCCT
TTCTGCACAAACTATATTCTTCAGCTCATTGGCTTCTCTCACTACCTTGGCTGATTGTAT
ATTAAGAAAACTGCGCGGTTTTCTTATGGTACTCTCTGTTGATTCTGTTAAACGTGAGCT
TCTTGAAGAAAATACTCCAAAGTCTTCCACAAGTTCATCTTCCAAGCAGATTCCTGGTTC
AACCAGCCGTAAACACAAAGGAAAGACCGGGAACACGAAAAAGCCAACCCCTGAGGCTAA
ATCGGATAGAAACGTAAGTTTGTCCGCGAAAATCATCAAGAAAGACCAAGCTAAGTTGGA
ATCTCGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW44TF U 1
AF RR1BW44JQ C 392
BS 1 674 RR1BW44TF
BS 675 675 RR1BW44JQ
BS 676 686 RR1BW44TF
BS 687 1147 RR1BW44JQ

RD RR1BW44TF 692 0 0
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TCTCGATCTTCCCAGTCTCTGCTTCAAGAAGTCCCGTGGATTGATCTCCCGCGTCGCCCT
CTCCAACGCCTCTCAGCGTTCCCTTTTCGACTCCACTCGTCTCTTCGCTTCCTCCAATTG
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AGATACTGACCTCGCTTCCTCCGATTGGGTTGAACTTGAGTGGCTCAAAGCCAAAGGCTA
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CTCTAATGGGAATGGGAATGGGAAGAAGAAGAAAAGAGGAGGAGGGATCAAACTCAAAGA
TAAATTGAATGCTGCTGCTATGTCAGCTAATGCGTATTGGAGGACCAAGGCCTGTGCTGA
CTGGTGGCTCAATCTCGACACCGCAACACAGAAGCAGATCTGGACTTGCTTGCTCGGGAA
GTCTGCTAAATCTGTGATACATGAGATTCTTAGAGAAGCAAATCAAGCACCCCAGGCAGA
AATGTGGCTCTTCA*TTTTGGCGGAG
CACTGC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1BW44JQ 756 0 0
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AGAGAAGCAAATCAAGCACCCCAGGCAGAAATGTGGCTCTTCAATTTTGGCGGAGGCACT
GCAAGGACAAAAACTACTTCATTCTGTGACTTGGTTTTCGAACAAACCTCTGTATCAAAG
ACACCTAATGCCTTAGCCACTAAACTTAGTGGATTATACGTGCTTCAAGAATTTGCTTCA
TTACTCCTCTTATCTCAAAATGGCTCCCTTTCTGCACAAACTATATTCTTCAGCTCATTG
GCTTCTCTCACTACCTTGGCTGATTGTATATTAAGAAAACTGCGCGGTTTTCTTATGGTA
CTCTCTGTTGATTCTGTTAAACGTGAGCTTCTTGAAGAAAATACTCCAAAGTCTTCCACA
AGTTCATCTTCCAAGCAGATTCCTGGTTCAACCAGCCGTAAACACAAAGGAAAGACCGGG
AACACGAAAAAGCCAACCCCTGAGGCTAAATCGGATAGAAACGTAAGTTTGTCCGCGAAA
ATCATCAAGAAAGACCAAGCTAAGTTGGAATCTCGC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL6274Contig1 1084 2 2 U
GGAGATTCATAAAGATCTCTTATCTTCTCCTCATTCACCACTGGTTGTTCCCCAACAACT
TGTCAAATCATTTCTTTATTGCATCATCTCTCCTATTCTTTGTTACTTCTTCTCCAAGAT
CCTTTCCACCTTCACCTACATTTTCTGCTAAGCAAACAAAGTCAGATTCATGTCTTCTTG
ATTTAAAACCAAGAATCTATAATCAAGAACTGTGATTTGGAAAATATGAAGATACAGTGT
GATGTGTGTGAGAAAGCTCCGGCAACGTTGATATGTTGTGCCGACGAAGCAGCTTTGTGT
CCTAGATGCGACGTGGAGATTCACGCTGCTAACAAACTCGCAAGCAAGCACCGACGCCTT
CATCTCAATGCTCTTGCCACCAAGTTCCCTCGTTGCGATATTTGCCAAGAGAAGTCAGCT
TTCATTTTCTGTGTTGAGGATAGAGCTCTGCTTTGCAGGGACTGTGATGAATCCATCCAC
GTAGCTAGCTCTAGATCTGCAAATCACCAGAGGTTCTTAGCCACTGGAATCAAAGTGGCT
CTGAACTCAAGTAGTTGCAGCAAGAATCAATCTGAGCCTTCCGAGAAGCAACAGAAAGTT
AAGGAGATTCCAGCTAAAACCCTAAACCAGCAACAACCTTCTTCTGCTACTCCTCTTCCG
TGGGCGGTTGACGATTTCTTTCACTTCTCTGATCCTGAGTGTACCGAGAAGAAAGGACAG
CTTGATCTTGGGGAGTTAGAATGGTTTTCAGACATGGGTTTCTTCGGTACTGATCAGACT
AATCAGGAGAGTCTTCCTGCAGCTGAAGTTCCGGAGCTTTCTGTTTCGCATTTAGGTCAT
GTTCATTCATACAGACCCACCATGAAGTCGAATGCTTCATACAAGAAGCCGAGGTTGGAG
TTTAGAGATGATGATGATGATGAAGAGCACTTCATTGTCCCTGATCTAGGCTAATAATGC
TATATGTAAGCTATGTGTAGACATTCCTCTATGGAAAAATAAGGAAGATTATGCGTGGAT
GCAATGTCATATCTTTAGTTTTGTTAAGTTGAGTAAAGCTATGTTGATAGCTTATTAGTT
ATTA


BQ
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AF RR1B908TF U 1
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CCTTTCCACCTTCACCTACATTTTCTGCTAAGCAAACAAAGTCAGATTCATGTCTTCTTG
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GATGTGTGTGAGAAAGCTCCGGCAACGTTGATATGTTGTGCCGACGAAGCAGCTTTGTGT
CCTAGATGCGACGTGGAGATTCACGCTGCTAACAAACTCGCAAGCAAGCACCGACGCCTT
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CTGAACTCAAGTAGTTGCAGCAAGAATCAATCTGAGCCTTCCGAGAAGCAACAGAAAGTT
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TGGGCGGTTGACGATTTCTTTCACTTCTCTGATCCTGAGTGTACCGAGAAGAAAGGACAG
CTTGATCTTGGGGAGTTAGAATGGTTTTCAGACATGGGTTTCTTCGGTACTGATCAGACT
AA

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DS 

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TTCATTCATACAGACCCACCATGAAGTCGAATGCTTCATACAAGAAGCCGAGGTTGGAGT
TTAGAGATGATGATGATGATGAAGAGCACTTCATTGTCCCTGATCTAGGCTAATAATGCT
ATATGTAAGCTATGTGTAGACATTCCTCTATGGAAAAATAAGGAAGATTATGCGTGGATG
CAATGTCATATCTTTAGTTTTGTTAAGTTGAGTAAAGCTATGTTGATAGCTTATTAGTTA
TTA

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GE46JQ C 1
AF RR1GE46TF U 1
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DS 

RD RR1GE46TF 420 0 0
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AGAGACTAAGCTCAACTCTAAGTTCGTCCGGGACGAGGATGAACGTCCCAAGGTTGCCTA
CAATGAGTTCAGCACGGAGATCCCCGTAATCTCTCTTGCCGGAATCGACGATGTTGGTGG
GAAAAGAGGAGAGATATTGAGCTGGCTCGCCTCAAGAAGCTGGCGAAAGAAGAACATGAC
CACAAGGAAGCTGCCAAGCCTCTCGACCAAATCATCGCTTAGACTCCTTGTGTCGGCCCC
TTGCTATTGTGTTGGTTCGGTTGTGTAAGTTGGTACTGAATTTAAGTTATGTCATGTTGG
GTGAATTTGTGTTGTATCTCTTTTCTATCATATATAAATAATGATAATAATGTCTATGAC

QA 1 420 1 420
DS 



AS 1 2

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GATGGCTGCTTGTGACACGTTCCGTTCTGGAGCTGTTGAGCAGTTAAGGACTCATGCTCG
TAGGTTACAGATACCGATATTCGAAAAGGGTTATGAGAAGGATCCAGCAGTGGTTGCTAA
AGAAGCTATTCAAGAAGCAACTAGGAATGGATCCGATGTTGTTCTTGTTGACACGGCTGG
TCGGATGCAGGATAATGAGCCTTTGATGAGAGCTCTCTCGAAGCTCATCAACCTTAACAA
ACCGGATTTGGTTTTGTTTGTTGGTGAAGCTCTTGTTGGAAACGATGCAGTAGACCAGCT
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GGTTTATATATCGGGAGCACCGGTTATGTTCGTGGGTTGTGGCCAGTCTTACACTGACCT
GAAGAAGCTTAATGTCAAAGCCATAGTCAAGACACTTCTCAAATGATCTTCTCATCGCCA
TCATCATCATCATCACTATCATCAACCAACCATCATCAATCAAATCAATGTCTTATCCAT
CATACTTTATCTGAGTTCTTGTTTTTTGTTTTTGATTTGAAGACAGTTTCTTTTTGGCTA
TAATGTTTTTGTTTTTAAAAACGACATGACCATTTCGTTGAAGTATTAATGTAACGTTTG
TTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1GC38TF U 1
AF RR1GC38JQ C 217
BS 1 636 RR1GC38TF
BS 637 965 RR1GC38JQ

RD RR1GC38TF 636 0 0
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GGAAGCTCTGATTCGTATTCTGACTCCAAGACGCTCCATTGATATAATGAGAGACGTTCA
TGCCGCGAAAGAACAGAGGAGGCCTTACGTGGTCGTGTTTGTTGGAGTCAACGGAGTTGG
CAAATCCACCAATCTTGCCAAAGTGGCGTACTGGCTTCAGCAGCATAAGGTCAGTGTGAT
GATGGCTGCTTGTGACACGTTCCGTTCTGGAGCTGTTGAGCAGTTAAGGACTCATGCTCG
TAGGTTACAGATACCGATATTCGAAAAGGGTTATGAGAAGGATCCAGCAGTGGTTGCTAA
AGAAGCTATTCAAGAAGCAACTAGGAATGGATCCGATGTTGTTCTTGTTGACACGGCTGG
TCGGATGCAGGATAATGAGCCTTTGATGAGAGCTCTCTCGAAGCTCATCAACCTTAACAA
ACCGGATTTGGTTTTGTTTGTTGGTGAAGCTCTTGTTGGAAACGATGCAGTAGACCAGCT
CTCAAAGTTTAACCAGAAACTTTCGGATCTCTCTACTTCCGGGAGCACAAGATTGATTGA
TGGAATCTTACTGACAAAGTTTGATACCATTGATGA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1GC38JQ 749 0 0
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TGAGCAGTTAAGGACTCATGCTCGTAGGTTACAGATACCGATATTCGAAAAGGGTTATGA
GAAGGATCCAGCAGTGGTTGCTAAAGAAGCTATTCAAGAAGCAACTAGGAATGGATCCGA
TGTTGTTCTTGTTGACACGGCTGGTCGGATGCAGGATAATGAGCCTTTGATGAGAGCTCT
CTCGAAGCTCATCAACCTTAACAAACCGGATTTGGTTTTGTTTGTTGGTGAAGCTCTTGT
TGGAAACGATGCAGTAGACCAGCTCTCAAAGTTTAACCAGAAACTTTCGGATCTCTCTAC
TTCCGGGAGCACAAGATTGATTGATGGAATCTTACTGACAAAGTTTGATACCATTGATGA
CAAGGTTGGAGCAGCTTTGTCGATGGTTTATATATCGGGAGCACCGGTTATGTTCGTGGG
TTGTGGCCAGTCTTACACTGACCTGAAGAAGCTTAATGTCAAAGCCATAGTCAAGACACT
TCTCAAATGATCTTCTCATCGCCATCATCATCATCATCACTATCATCAACCAACCATCAT
CAATCAAATCAATGTCTTATCCATCATACTTTATCTGAGTTCTTGTTTTTTGTTTTTGAT
TTGAAGACAGTTTCTTTTTGGCTATAATGTTTTTGTTTTTAAAAACGACATGACCATTTC
GTTGAAGTATTAATGTAACGTTTGTTTTG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL6277Contig1 988 2 2 U
GGGTTCAATACGATGATCAGCACTTCTTGGGGAGCACCTAAATCATTCTCCAAAGGTTTC
AATCTCCAGCATGTTGCTGATGGCTTGTATGGAAGTCATTTACATATTTATAAATGGCCG
GAAGGTGAAATGAAACAGATTATTGACCTTGGTAATACTGGTCTCTTACCTCTTGAGATT
AGATTCTTGCATGATCCGTCCAAAGATATAGGGTATGTCGGGAGTGCCTTGTCGAGTAAT
ATGATAAGATTTTTCAGGAACAATGATTACACATGGAGCCATGAGGTGGTTATATCAGTA
AAACCATTGAAAGTAGAAAACTGGATTCTTCCAGAAATGCCAGGGCTCATCACTGACTTC
TTGATCTCCCTTGGTGATCGGTTTTTCTACTTTGTGAACTGGCTCCATGGCAACATTCGT
CAGTACAACATCGAAGACCCTAAGAACCCTGTTTTAACCGGACAAATTTGGGTAGGAGGA
TTACTACAAAAGGGCAGTCCTATTAAGGCGGTTAGAGAAGACGGTAGCACTTACCAATTC
GATGTACCTCAGATCAAGGGGAAACCTTTAAGAGGGGGACCTCAGATGATCCAGTTGAGT
CTCGATGGGAAAAGATTGTATGTAACGAACTCGCTGTTCAGTGCGTGGGACCGTCAATTT
TACCCGGAACTCGTGGATAAAGGATCACACATTATTCAGATTGATGTTGATACAGAGAAA
GGTGGTCTTTCAATAAACCCTGATTTCTTTGTTGATTTTCGGGATGAACCTGATGGTCCT
GCCCTTGCCCACGAGATGCGATATCCTGGGGGAGACTGCACCTCCGATATCTGGATTTGA
ATCTGCACCCATGTTAGAGTAAGCTGGATTTGACTCGTTGTGTTTTGTAATGTATAATAA
ATAAGAGGTGGCTAGATTTGTGTTTTGATCAAAACAATGAAAAATTGAAAATGTTTCACT
TTTTCGTGATGGAAAACTTTATAATTAT


BQ
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AF RR1FY78TF U 1
AF RR1FY78JQ C 255
BS 1 672 RR1FY78TF
BS 673 988 RR1FY78JQ

RD RR1FY78TF 672 0 0
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AATCTCCAGCATGTTGCTGATGGCTTGTATGGAAGTCATTTACATATTTATAAATGGCCG
GAAGGTGAAATGAAACAGATTATTGACCTTGGTAATACTGGTCTCTTACCTCTTGAGATT
AGATTCTTGCATGATCCGTCCAAAGATATAGGGTATGTCGGGAGTGCCTTGTCGAGTAAT
ATGATAAGATTTTTCAGGAACAATGATTACACATGGAGCCATGAGGTGGTTATATCAGTA
AAACCATTGAAAGTAGAAAACTGGATTCTTCCAGAAATGCCAGGGCTCATCACTGACTTC
TTGATCTCCCTTGGTGATCGGTTTTTCTACTTTGTGAACTGGCTCCATGGCAACATTCGT
CAGTACAACATCGAAGACCCTAAGAACCCTGTTTTAACCGGACAAATTTGGGTAGGAGGA
TTACTACAAAAGGGCAGTCCTATTAAGGCGGTTAGAGAAGACGGTAGCACTTACCAATTC
GATGTACCTCAGATCAAGGGGAAACCTTTAAGAGGGGGACCTCAGATGATCCAGTTGAGT
CTCGATGGGAAAAGATTGTATGTAACGAACTCGCTGTTCAGTGCGTGGGACCGTCAATTT
TACCCGGAACTC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1FY78JQ 734 0 0
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AGAAAACTGGATTCTTCCAGAAATGCCAGGGCTCATCACTGACTTCTTGATCTCCCTTGG
TGATCGGTTTTTCTACTTTGTGAACTGGCTCCATGGCAACATTCGTCAGTACAACATCGA
AGACCCTAAGAACCCTGTTTTAACCGGACAAATTTGGGTAGGAGGATTACTACAAAAGGG
CAGTCCTATTAAGGCGGTTAGAGAAGACGGTAGCACTTACCAATTCGATGTACCTCAGAT
CAAGGGGAAACCTTTAAGAGGGGGACCTCAGATGATCCAGTTGAGTCTCGATGGGAAAAG
ATTGTATGTAACGAACTCGCTGTTCAGTGCGTGGGACCGTCAATTTTACCCGGAACTCGT
GGATAAAGGATCACACATTATTCAGATTGATGTTGATACAGAGAAAGGTGGTCTTTCAAT
AAACCCTGATTTCTTTGTTGATTTTCGGGATGAACCTGATGGTCCTGCCCTTGCCCACGA
GATGCGATATCCTGGGGGAGACTGCACCTCCGATATCTGGATTTGAATCTGCACCCATGT
TAGAGTAAGCTGGATTTGACTCGTTGTGTTTTGTAATGTATAATAAATAAGAGGTGGCTA
GATTTGTGTTTTGATCAAAACAATGAAAAATTGAAAATGTTTCACTTTTTCGTGATGGAA
AACTTTATAATTAT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL6278Contig1 1194 2 2 U
GGATCTCTGTCTTTATATCACTTCAGATTTGACATCTTGACGCAATCACTTGCACCCAAC
CATGCAAACTTCTGCAACATCTAAGCTCCTCGTATCCGACATCGCCTCCTCTGTTGATCA
CGTCCCTTCAAGCTACATCCGACCAATCTCTGACCGTCCAAATCTGCATGATGTTGACAT
TTCCAGCAACTCCATCCCTCTTATCGATCTCCAGGAACTTCATGGACCTAAACGAGCCAA
CATTATCTACCAATTCGAACATGCATGCTCCTCTTATGGCTTCTTCCAGATCAAGAACCA
TGGAGTACCAGAAAAAACAATCGAAAGAATGATGACTGTGGCGAGAGAGTTTTTCAGGCA
GCCAGAGAGCGAAAGAGTGTAGCATTACTCTGCGGATACAAAAAAGACGACGAGACTCTC
CACAAGTTTTAACGTTGGCTCAGAGAAAGTCTCTAACTGGAGAGACTTCCTCCGGCTCCA
TTGCCTTCCCATCGAAGATTTTATCAACGAATGGCCCTCACATCCCGTCTCATTCAGAGA
AATCACAGCCGAATACGCTACAAGCGTTAGAGCCTTAGTCTTGATACTTCTTGAGGCAAT
CTCTGAGAGCTTAGGCCTTGAGAAAGACCGTGTAAGCAATACATTAGGCAAACACGGTCA
ACACATGGCCTTGAACTACTATCCTCCGTGTCCTCAACCCGATCTAACGTTCGGACTTCC
CGGACATAAAGATCCAAACTTGATCACTGTTCTTCTTCAAGACGAAGTCTCTGGTTTACA
GGTCTTTAAAGATGGCAAATGGATCGCTGTTCATCCTATTCCCAACACTTTTATTGTCAA
CATAGGGGACCAAATGCAGGTCATTAGCAATGACAAATACAAGAGTGTGCTACACAGAGC
TGTTGTGAATAGTGACAAAGAGCGGATATCGATACCAACATTCTACTGTCCTTCTTTCGA
TGCTGTGGTTGCCCCACAACAAGAGCTGATCAGTGAGGAAGAAAATTCCCCTGCTATTTA
CAGAAGCTTTACTTATGCTGAGTATTATGAAAAGTTTTGGGATAGAGCACTTGCAACTGA
GAGCTGTATTGACTCGTTCAAATTTCCCAAAACCTAAGAATCTGCATTTTTGAAACGCCA
TGACTATGTTTTTTTCAGTTATTGACTCGAAATATCCATCTGTGTTGCCTCTTC


BQ
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AF RR1BP74TF U 1
AF RR1BP74JQ C 341
BS 1 786 RR1BP74TF
BS 787 1194 RR1BP74JQ

RD RR1BP74TF 786 0 0
GGATCTCTGTCTTTATATCACTTCAGATTTGACATCTTGACGCAATCACTTGCACCCAAC
CATGCAAACTTCTGCAACATCTAAGCTCCTCGTATCCGACATCGCCTCCTCTGTTGATCA
CGTCCCTTCAAGCTACATCCGACCAATCTCTGACCGTCCAAATCTGCATGATGTTGACAT
TTCCAGCAACTCCATCCCTCTTATCGATCTCCAGGAACTTCATGGACCTAAACGAGCCAA
CATTATCTACCAATTCGAACATGCATGCTCCTCTTATGGCTTCTTCCAGATCAAGAACCA
TGGAGTACCAGAAAAAACAATCGAAAGAATGATGACTGTGGCGAGAGAGTTTTTCAGGCA
GCCAGAGAGCGAAAGAGTGTAGCATTACTCTGCGGATACAAAAAAGACGACGAGACTCTC
CACAAGTTTTAACGTTGGCTCAGAGAAAGTCTCTAACTGGAGAGACTTCCTCCGGCTCCA
TTGCCTTCCCATCGAAGATTTTATCAACGAATGGCCCTCACATCCCGTCTCATTCAGAGA
AATCACAGCCGAATACGCTACAAGCGTTAGAGCCTTAGTCTTGATACTTCTTGAGGCAAT
CTCTGAGAGCTTAGGCCTTGAGAAAGACCGTGTAAGCAATACATTAGGCAAACACGGTCA
ACACATGGCCTTGAACTACTATCCTCCGTGTCCTCAACCCGATCTAACGTTCGGACTTCC
CGGACATAAAGATCCAAACTTGATCACTGTTCTTCTTCAAGACGAAGTCTCTGGTTTACA
GGTCTT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1BP74JQ 854 0 0
GTGCGAGAGAGTTTTCA
GCAGCCAGAGAGCGAAAGAGTGTAGCAT*ACTCTGCGGATA*AAAAAAGACGACGAGACT
CTCCACAAGTTTTAACGTTGGCTCAGAGAAAGTCTCTAACTGGAGAGACTTCCTCCGGCT
CCATTGCCTTCCCATCGAAGATTTTATCAACGAATGGCCCTCACATCCCGTCTCATTCAG
AGAAATCACAGCCGAATACGCTACAAGCGTTAGAGCCTTAGTCTTGATACTTCTTGAGGC
AATCTCTGAGAGCTTAGGCCTTGAGAAAGACCGTGTAAGCAATACATTAGGCAAACACGG
TCAACACATGGCCTTGAACTACTATCCTCCGTGTCCTCAACCCGATCTAACGTTCGGACT
TCCCGGACATAAAGATCCAAACTTGATCACTGTTTTTCTTCAAGACGAAGTTTCTGGTTT
ACAGGTCTTTAAAGATGGCAAATGGATCGCTGTTCATCCTATTCCCAACACTTTTATTGT
CAACATAGGGGACCAAATGCAGGTCATTAGCAATGACAAATACAAGAGTGTGCTACACAG
AGCTGTTGTGAATAGTGACAAAGAGCGGATATCGATACCAACATTCTACTGTCCTTCTTT
CGATGCTGTGGTTGCCCCACAACAAGAGCTGATCAGTGAGGAAGAAAATTCCCCTGCTAT
TTACAGAAGCTTTACTTATGCTGAGTATTATGAAAAGTTTTGGGATAGAGCACTTGCAAC
TGAGAGCTGTATTGACTCGTTCAAATTTCCCAAAACCTAAGAATCTGCATTTTTGAAACG
CCATGACTATGTTTTTTTCAGTTATTGACTCGAAATATCCATCTGTGTTGCCTCTTC

QA 18 854 18 854
DS 



AS 1 2

CO CL6279Contig1 838 2 4 U
GGAAGCTCCGTTGCTTAGGGACACGCGTCCTCTCCCTGCTTCCTGTCCCTGCTTCCCGTC
GAGTCGAATCTTCTTCAGCGATACAAGAGACACGACCGCGTCACCGTCGCCGTGTCAACA
CGAAAGGGGCGTTTCTGTGCGAATAGGCTCAAACAAGGAGGTTGGTGGTCGGATCATACT
CCTCACATCTTCCATGAACCGAGGTTTGAAGCCTGGATTCAGAGCCTATGCAGCGTCAAA
AGCAGCAGTGGTTTGAAGTTATTGCAGGTGCAGGGATCTCTAACTCTGTTATCTGTACCA
CTGTTAACAAGGTTTGTGCTTCAGGCATGAAAGCGTTGATGATTGCTGCTCAGATTATTC
AGTTGGGGATCATAGATGTAGTCGTGGCGGGTGGCATGGAAAGCATCTCTAATACACCTA
AATATCTGGCTAAAGCAAGGTATATAACGATGGAATGCTAAAGGATGGACTATGTGATGT
ATATAACGACTGTGGGATGGGAAGCTGTGCAGAACTATGCGCTGATAAATTTGAGATAAA
GAGGGAGCAACAAATGAACGAAACGTGTGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCAATCATGCAAC
CCTAGGGGAGAAGAAGCTCACCGAGTCCCAACTCGCTCAAGTACATTACTTCTCTCTTCA
CTCCGTCTCTTTTTTTTTTTCTTGTAATGATGCTAATATGAAGATGTGTTGGTTGTGTGC
TTGAAATGTTGTGTCTCAATGTTTAATTTTTTTTAAGAACTTCTAAATAAGATACTTGCA
TTGGAGGATAACAATTTAGCACTTTCTTAGATTAAGTGCTTAACATTTATTTATTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H773TF U 1
AF RR1H773JQ C 428
BS 1 679 RR1H773TF
BS 680 680 RR1H773JQ
BS 681 726 RR1H773TF
BS 727 838 RR1H773JQ

RD RR1H773TF 726 0 0
GGAAGCTCCGTTGCTTAGGGACACGCGTCCTCTCCCTGCTTCCTGTCCCTGCTTCCCGTC
GAGTCGAATCTTCTTCAGCGATACAAGAGACACGACCGCGTCACCGTCGCCGTGTCAACA
CGAAAGGGGCGTTTCTGTGCGAATAGGCTCAAACAAGGAGGTTGGTGGTCGGATCATACT
CCTCACATCTTCCATGAACCGAGGTTTGAAGCCTGGATTCAGAGCCTATGCAGCGTCAAA
AGCAGCAGTGGTTTGAAGTTATTGCAGGTGCAGGGATCTCTAACTCTGTTATCTGTACCA
CTGTTAACAAGGTTTGTGCTTCAGGCATGAAAGCGTTGATGATTGCTGCTCAGATTATTC
AGTTGGGGATCATAGATGTAGTCGTGGCGGGTGGCATGGAAAGCATCTCTAATACACCTA
AATATCTGGCTAAAGCAAGGTATATAACGATGGAATGCTAAAGGATGGACTATGTGATGT
ATATAACGACTGTGGGATGGGAAGCTGTGCAGAACTATGCGCTGATAAATTTGAGATAAA
GAGGGAGCAACAAATGAACGAAACGTGTGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCAATCATGCAAC
CCTAGGGGAGAAGAAGCTCACCGAGTCCCAACTCGCTCAAGTACATTACTTCTCTCTTCA
CTCCGTCTCTTTTTTTTTT*CTTGTAATGATGCTAATATGAAGATGTGTTGGTTGTGTGC
TTGAAA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1H773JQ 411 0 0
GGT
TAAAGCAAGGTATATAACGATGGAATGCTAAAGGATGGACTATGTGATGTATATAACGAC
TGTGGGATGGGAAGCTGTGCAGAACTATGCGCTGATAAATTTGAGATAAAGAGGGAGCAA
CAAATGAACGAAACGTGTGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCAATCATGCAACCCTAGGGGAG
AAGAAGCTCACCGAGTCCCAACTCGCTCAAGTACATTACTTCTCTCTTCACTCCGTCTCT
TTTTTTTTTTCTTGTAATGATGCTAATATGAAGATGTGTTGGTTGTGTGCTTGAAATGTT
GTGTCTCAATGTTTAATTTTTTTTAAGAACTTCTAAATAAGATACTTGCATTGGAGGATA
ACAATTTAGCACTTTCTTAGATTAAGTGCTTAACATTTATTTATTACC

QA 4 411 4 411
DS 



AS 1 2

CO CL6280Contig1 1128 2 2 U
GGCTTCTCGTCACTCATCTCACACCTAAAGCTTCCCTCAGCTTCAAACAATGGTGTTTGT
GAAGCCATCCAAGTCGAACGCGTACTTCAAGAGGTACCAAGTCAAGTTCAGGAGAAGGAG
AGCTGGCAAGACTGACTACAGGGCGAGGATCCGTCTCATCAACCAGGACAAGAACAAGTA
CAACACTCCCAAGTACCGTTTTGTTGTCAGGTTCACCAACAAGGACATAGTCGCGCAGAT
TGTGTCCGCAAGCATTGCTGGTGACATTGTCAAGGCCTCTGCTTACGCGCATGAGTTGCC
CCAGTATGGTCTCTCTGTTGGTCTTACCAACTACGCTGCTGCTTACTGTACTGGGCTTCT
TTTGGCTCGCCGTGTCCTGAAGATGTTGGAGATGGATGCGGAGTACGAGGGAAACCTTGA
GGCTACCGGGGAGGACTTCTCCGTTGAGCCAACTGAGTCAAGGAGACCATTCCGTGCTCT
TCTTGATGTTGGTCTCATCAGGACCACAACAGGAAACCGTGTCTTCGGTGCACTCAAGGG
AGCCTTGGACGGAGGACTTGATATCCCCCACAGTGACAAGAGATTCGCTGGTTTCAGCAA
GGAGAACAAGAACCTCGATGCTGAGATCCACAGGAACTACATCTATGGTGGTCACGTCTC
GAACTACATGAAGATGTTGAACGAGGATGAGCCAGAGAAGTTTCAGACTCACTTCAGTCA
GTACTTGAAGAAGGGAGTTGATGCTGAGAAGATGGAGGAGTTGTACAAGAAGGTTCATGC
TGCCATCCGTGCTGACCCCAACCCTAAGAAGGCTGTGAAACCTGCTCCCAAGGCACACAA
GAGGTACAACTTGAAGAAGTTGACCTATGAGGAGAGGAAGAACAAGTTGATCGAGAGAGT
CAAGGCATTGAACGGAGCAGCTGGAGGTGACGATGATGATGAGGACGACGAAGAGTAAAG
CACTGGAAAGTTCAGCGTCTCCTGATGATGTCTCTTGTAGGAGCTTTTACTTTTTTGCAA
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GGATGCTATTTTCTTTGAAGAAGCTAAATCTTTTTGACATTTTCATGG


BQ
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AF RR1BT48JQ C 395
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BS 688 1128 RR1BT48JQ

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TGTGTCCGCAAGCATTGCTGGTGACATTGTCAAGGCCTCTGCTTACGCGCATGAGTTGCC
CCAGTATGGTCTCTCTGTTGGTCTTACCAACTACGCTGCTGCTTACTGTACTGGGCTTCT
TTTGGCTCGCCGTGTCCTGAAGATGTTGGAGATGGATGCGGAGTACGAGGGAAACCTTGA
GGCTACCGGGGAGGACTTCTCCGTTGAGCCAACTGAGTCAAGGAGACCATTCCGTGCTCT
TCTTGATGTTGGTCTCATCAGGACCACAACAGGAAACCGTGTCTTCGGTGCACTCAAGGG
AGCCTTGGACGGAGGACTTGATATCCCCCACAGTGACAAGAGATTCGCTGGTTTCAGCAA
GGAGAACAAGAACCTCGATGCTGAGATCCACAGGAACTACATCTATGGTGGTCACGTCTC
GAACTACATGAAGATGTTGAACGAGGA

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GACAAGAGATTCGCTGGTTTCAGCAAGGAGAACAAGAACCTCGATGCTGAGATCCACAGG
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GAGGAGTTGTACAAGAAGGTTCATGCTGCCATCCGTGCTGACCCCAACCCTAAGAAGGCT
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AGGAAGAACAAGTTGATCGAGAGAGTCAAGGCATTGAACGGAGCAGCTGGAGGTGACGAT
GATGATGAGGACGACGAAGAGTAAAGCACTGGAAAGTTCAGCGTCTCCTGATGATGTCTC
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ATTTCGTTTGAGGATTTTGAGTATGAGGATGCTATTTTCTTTGAAGAAGCTAAATCTTTT
TGACATTTTCATGG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL6281Contig1 1151 2 2 U
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AGAAGACGTTGGCATATGGAAAGCTATGTCGAAGCTAACAAAGGCGATGTGCTGGAAGCT
GATGACGATTAAGAAAGATGAACTGAATGAAGTTGGTGCTGCTATTTACCAAAAGCCAAT
GACTAATGAATGCTATAACAAAAGATCTCAAGACGAGCCACCTCTTTGCAAAGACTCTGA
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TTCGTCGAAACGCGGAGCAGTTTGGCCTGAAAAGTGGCCGGAGAGAGTAGAGACTGCTCC
TCAGTGGCTGGGAGAATCTCAGGAAGGTGTATATGGTAAACCTGCGAATGAAGATTTCAC
AGCGGATCATGAACGTTGGAAGAGTATTGTTTCGAAGTCATACTTAAACGGTATGGGAAT
CGATTGGTCTTATGTGAGGAATGTGATGGACATGAGAGCAGTTTATGGAGGTTTTGCTGC
TGCGTTAAAGGATCTGAAACTGTGGGTGATGAATGTAGTTCCTATTGACTCAGCTGATAC
GCTACCTATTATATACGAGCGTGGTTTGTTTGGAATCTACCATGATTGGTGTGAATCATT
CAGCACTTACCCTCGAACTTACGACCTTCTTCATGCTGATCATCTTTTCTCTGCACTAAA
GAAGAGGTGCAGCTTGGTTTCGGTAATGGCTGAAGTGGACCGGATACTTAGACCACAAGG
AACTTTTATAATAAGAGATGACAGTAAAACAATAGGAGAAATTGAGAAGATGGTGAAATC
TATGAAATGGGATGTAACAGTGACACATTCGAAAGATGGAGAAGGATTGCTCTCGGTTCA
GAAGTCATGGTGGCGTCCTACGGAGGTGAAGACCATTACATCTGCAATAGCCTGAGGTCA
AGGAAACAATGAAGATAGTATGGGTTAATGTTTTGTTGTATTGTTAAGTTGTATCTTCTG
TGAGCACATTGATTGTTTTTACTTGTATTAGACTATTAGTCGAATATTTGTATACTAGAC
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TTTACTTTCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA85TF U 1
AF RR1EA85JQ C 442
BS 1 732 RR1EA85TF
BS 733 1151 RR1EA85JQ

RD RR1EA85TF 732 0 0
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GATGACGATTAAGAAAGATGAACTGAATGAAGTTGGTGCTGCTATTTACCAAAAGCCAAT
GACTAATGAATGCTATAACAAAAGATCTCAAGACGAGCCACCTCTTTGCAAAGACTCTGA
TGATCAGAACGCCGCTTGGAATGTTCCACTCGAGGCGTGTATGCACAAGGTAACAGAAGA
TTCGTCGAAACGCGGAGCAGTTTGGCCTGAAAAGTGGCCGGAGAGAGTAGAGACTGCTCC
TCAGTGGCTGGGAGAATCTCAGGAAGGTGTATATGGTAAACCTGCGAATGAAGATTTCAC
AGCGGATCATGAACGTTGGAAGAGTATTGTTTCGAAGTCATACTTAAACGGTATGGGAAT
CGATTGGTCTTATGTGAGGAATGTGATGGACATGAGAGCAGTTTATGGAGGTTTTGCTGC
TGCGTTAAAGGATCTGAAACTGTGGGTGATGAATGTAGTTCCTATTGACTCAGCTGATAC
GCTACCTATTATATACGAGCGTGGTTTGTTTGGAATCTACCATGATTGGTGTGAATCATT
CAGCACTTACCCTCGAACTTACGACCTTCTTCATGCTGATCATCTTTTCTCTGCACTAAA
GAAGAGGTGCAG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1EA85JQ 710 0 0
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TGTGATGGACATGAGAGCAGTTTATGGAGGTTTTGCTGCTGCGTTAAAGGATCTGAAACT
GTGGGTGATGAATGTAGTTCCTATTGACTCAGCTGATACGCTACCTATTATATACGAGCG
TGGTTTGTTTGGAATCTACCATGATTGGTGTGAATCATTCAGCACTTACCCTCGAACTTA
CGACCTTCTTCATGCTGATCATCTTTTCTCTGCACTAAAGAAGAGGTGCAGCTTGGTTTC
GGTAATGGCTGAAGTGGACCGGATACTTAGACCACAAGGAACTTTTATAATAAGAGATGA
CAGTAAAACAATAGGAGAAATTGAGAAGATGGTGAAATCTATGAAATGGGATGTAACAGT
GACACATTCGAAAGATGGAGAAGGATTGCTCTCGGTTCAGAAGTCATGGTGGCGTCCTAC
GGAGGTGAAGACCATTACATCTGCAATAGCCTGAGGTCAAGGAAACAATGAAGATAGTAT
GGGTTAATGTTTTGTTGTATTGTTAAGTTGTATCTTCTGTGAGCACATTGATTGTTTTTA
CTTGTATTAGACTATTAGTCGAATATTTGTATACTAGACAATTGTCTCAAAAGTGTAAAC
TTATAAGTATTTTAGCTGTGACCTGTTAGTCTGTTACACTTTACTTTCCT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL6282Contig1 1022 2 2 U
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AATTAGGGTTCGTATCCTCTTCGGTGTGCACCAGCTATGGAGGAGATTCAATGAATTGAG
TGAGTCAAATCGACGTGAAGAACTTCTTGCCAAGCTTCAATTGCGTCTTTTCATCTTCTG
TTGTAATCCTCCGAAGCGTTTCGTAACAACCTTCTTAAATGCTTCCACGATTTCTGATTC
ATTATATCTCACTTTATCCCTTTTCCAAGCCATGGATCTTCACCTATAAAAAAGGTAAGG
TCTCATCTCTTGAGAACCATCCTCACAAATCCAATAGAATTTATAATTTTCTCAGTATAA
TAGCTAACTCCTCTGTTCTACTTGCTGATCTGAATTCTGGGTTGTTCTTCCACCGTGAAG
GTGAGGTTGCTCAGATTCTGGGAAGTTGACATGCTTCTCATCAATTCTAAGGCCCGAACT
GCAAATCTCCTAAGATTATGAACTGAACATGATCAACAAAAAATACCAAGCTTATCACAC
GAAATCTTTTCGATATCTGAGGAAGCTAGAGAGCTTGAAAAGCAACCCAGACATGTCACT
AAGGAGAAGCATGAGTCTGTGCAGGCCGAGTATTGAGTAGAAAATAGAACATATGCTCGA
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AAACCGCCCAATCCAGTGTTATGAATTCATGCTATTTGATTTAGCATATAAAATCACACT
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TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1BP85TF U 1
AF RR1BP85JQ C 288
BS 1 709 RR1BP85TF
BS 710 1022 RR1BP85JQ

RD RR1BP85TF 709 0 0
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ATTATATCTCACTTTATCCCTTTTCCAAGCCATGGATCTTCACCTATAAAAAAGGTAAGG
TCTCATCTCTTGAGAACCATCCTCACAAATCCAATAGAATTTATAATTTTCTCAGTATAA
TAGCTAACTCCTCTGTTCTACTTGCTGATCTGAATTCTGGGTTGTTCTTCCACCGTGAAG
GTGAGGTTGCTCAGATTCTGGGAAGTTGACATGCTTCTCATCAATTCTAAGGCCCGAACT
GCAAATCTCCTAAGATTATGAACTGAACATGATCAACAAAAAATACCAAGCTTATCACAC
GAAATCTTTTCGATATCTGAGGAAGCTAGAGAGCTTGAAAAGCAACCCAGACATGTCACT
AAGGAGAAGCATGAGTCTGTGCAGGCCGAGTATTGAGTAGAAAATAGAACATATGCTCGA
GATAGCTGTTGTTTTAGTCAAAGGCAAAGAAGTGAGCAAATGTCAGACT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1BP85JQ 735 0 0
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TTCCACCGTGAAGGTGAGGTTGCTCAGATTCTGGGAAGTTGACATGCTTCTCATCAATTC
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AAGCTTATCACACGAAATCTTTTCGATATCTGAGGAAGCTAGAGAGCTTGAAAAGCAACC
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AACATATGCTCGAGATAGCTGTTGTTTTAGTCAAAGGCAAAGAAGTGAGCAAATGTCAGA
CTGAAAGCTGGCGAAAGAAGGACCTATTGCCACTGAATCCGACATCCAACATATTGTCTC
CATGTGGAGATGAATTCTGGTTGAGAAGGTCAGGTGAATCTAGCCAGTCTTCCTAGGATA
ATGAAGAGACTTCATAGATGAAGTATTGGCTATGACGAAACTGTCAAAAGCTATTATCCG
GGCGATCCAACCCAAACCGCCCAATCCAGTGTTATGAATTCATGCTATTTGATTTAGCAT
ATAAAATCACACTGTTGTATTCTCTTATAACAGATTTGTAAACAACGCATTTACAAAATG
TAGCCATCAGTTCTC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL6283Contig1 997 2 2 U
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GACCTTGGATTACTTTGATCTCTATCTCCACAGGTTGATCCAGACGCTAGGATTTGAGAA
GACAATGGCGAATAGATTAGACAATGAGTATGATTACCTGTTCAAGGTCGTCCTAATCGG
TGACTCCGGTGTTGGCAAATCCAACATTCTCTCCAGATTCACCAGAAACGAGTTCTGTCT
CGAATCCAAATCCACCATTGGCGTTGAATTCGCCACCAGGACATTACAGGTTGAAGGCAA
AACAGTGAAGGCTCAGATATGGGACACAGCGGGACAAGAGCGTTACAGAGCGATCACAAG
CACTTACTACAGAGGAGCTGTCGGAGCTCTTCTCGTCTACGACATAACCAAGAGACAGAC
CTTCGAGAATGTGCTGAGATGGTTACACGAGCTTAGGGATCACGCTGATTCCAACATTGT
GATCATGATGGCTGGAAACAAGTCGGATCTAAACCATCTGAGATCTGTTGCTGATGAGGA
TGGTCGGTCTTTGGCTGAGAAGGAAGGTTTGTCGTTTCTCGAGACGTCTGCTTTAGAAGC
GAGTAACATCGAGAAAGCGTTTCAGACGATCTTGTCTGATATTTATCATATTATAAGTAA
GAAAGCGTTGGCGGCACAAGAAGCAGCGGGTAATCTTCCGGGGCAAGGAACCGCTATTAA
CATATCGGAGTCATCTGTAGATAACAGGAAAGGATGCTGTTCTACTTAGTCATCTACTTA
TCTCTTCCAGCTATAGCAGCAATGACTAATCATTTCAATTAATCACACGTTTGTTTTCAA
GAATATCTATTTTGAACTCTCTTTTTTTTCAGTTGTTTGTTTTGGTTGTATTGGATTTCA
TTTGAACAAAAGGTTGCTTAGCTGTATTGAAACTGTGAAAAACTGTGATCATTCACACCA
TTTTCCTAAAGAAAGGAAGATCATAATAAGTTTGACG


BQ
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AF RR1E533TF U 1
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BS 1 659 RR1E533TF
BS 660 997 RR1E533JQ

RD RR1E533TF 659 0 0
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GACCTTGGATTACTTTGATCTCTATCTCCACAGGTTGATCCAGACGCTAGGATTTGAGAA
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TGACTCCGGTGTTGGCAAATCCAACATTCTCTCCAGATTCACCAGAAACGAGTTCTGTCT
CGAATCCAAATCCACCATTGGCGTTGAATTCGCCACCAGGACATTACAGGTTGAAGGCAA
AACAGTGAAGGCTCAGATATGGGACACAGCGGGACAAGAGCGTTACAGAGCGATCACAAG
CACTTACTACAGAGGAGCTGTCGGAGCTCTTCTCGTCTACGACATAACCAAGAGACAGAC
CTTCGAGAATGTGCTGAGATGGTTACACGAGCTTAGGGATCACGCTGATTCCAACATTGT
GATCATGATGGCTGGAAACAAGTCGGATCTAAACCATCTGAGATCTGTTGCTGATGAGGA
TGGTCGGTCTTTGGCTGAGAAGGAAGGTTTGTCGTTTCTCGAGACGTCTGCTTTAGAAGC
GAGTAACATCGAGAAAGCGTTTCAGACGATCTTGTCTGATATTTATCATATTATAAGTA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1E533JQ 761 0 0
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GCAAAACAGTGAAGGCTCAGATATGGGACACAGCGGGACAAGAGCGTTACAGAGCGATCA
CAAGCACTTACTACAGAGGAGCTGTCGGAGCTCTTCTCGTCTACGACATAACCAAGAGAC
AGACCTTCGAGAATGTGCTGAGATGGTTACACGAGCTTAGGGATCACGCTGATTCCAACA
TTGTGATCATGATGGCTGGAAACAAGTCGGATCTAAACCATCTGAGATCTGTTGCTGATG
AGGATGGTCGGTCTTTGGCTGAGAAGGAAGGTTTGTCGTTTCTCGAGACGTCTGCTTTAG
AAGCGAGTAACATCGAGAAAGCGTTTCAGACGATCTTGTCTGATATTTATCATATTATAA
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CTTATCTCTTCCAGCTATAGCAGCAATGACTAATCATTTCAATTAATCACACGTTTGTTT
TCAAGAATATCTATTTTGAACTCTCTTTTTTTTCAGTTGTTTGTTTTGGTTGTATTGGAT
TTCATTTGAACAAAAGGTTGCTTAGCTGTATTGAAACTGTGAAAAACTGTGATCATTCAC
ACCATTTTCCTAAAGAAAGGAAGATCATAATAAGTTTGACG

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

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TGTGGATTGAGAACCTGTGAACGTGGAAACGCAATGAATCAGAACGAGGAACGATACTCC
TATACGTCGACTTGGATGCAATTGAAACTGTTTGGTTCCTGAAGACTCGCGATCCTATGT
TCCCATCTCAACCCAGCCGGTCCTTACCCACCCAGAGACTCGATTCTCAGGGTATCCGAT
TGTAGCTCCGGCGAAGACAAGGTCGAATCATCCAATCTCCAAAACGACTGCGTTTTCTGC
AAGATTGTCCGTGGCGAGTCTCCATGTCTCAAGTTGTACGAGGATGATATGTGTTTGTGC
ATTTTGGACACGAGTCCACTTATCCATGGGCACTCTCTTATCATTCCCAAGTTACATTAT
CCTACCTTAGAGGAAACACCTCCCTCAGAGCATGCAGGTAGTTGCTGCCATGTGTTCCAA
AGTTCCTCTTATCAGTAACGCCATCGTCAAAGCTACCGACAGTGATTCATTTAACTTGTT
GGTTAACAATGGAGCAGCAGCTGGGCAAGTCATATTTCACACACACATTCACATTATCCC
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AGAACAATTGGTTCAGCCCTCCTCATAAGTCCCCTTTTCAAGAGAGACGTTGTTGTGAAC
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TTCATCTTCATTTTATATATATATACATTCTTCAGTCTGTTTGGTTAAGTTTATCAGGAT
TCAAGTATAGAGGTACGTCTCTAAGAGGTCGTTGAAAAACAACAATTACGCAATAAAGAG
TGTGTACAAAAACCTTATCCAATAC


BQ
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AF RR1FP29TF U 1
AF RR1FP29JQ C 290
BS 1 715 RR1FP29TF
BS 716 985 RR1FP29JQ

RD RR1FP29TF 715 0 0
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TGTGGATTGAGAACCTGTGAACGTGGAAACGCAATGAATCAGAACGAGGAACGATACTCC
TATACGTCGACTTGGATGCAATTGAAACTGTTTGGTTCCTGAAGACTCGCGATCCTATGT
TCCCATCTCAACCCAGCCGGTCCTTACCCACCCAGAGACTCGATTCTCAGGGTATCCGAT
TGTAGCTCCGGCGAAGACAAGGTCGAATCATCCAATCTCCAAAACGACTGCGTTTTCTGC
AAGATTGTCCGTGGCGAGTCTCCATGTCTCAAGTTGTACGAGGATGATATGTGTTTGTGC
ATTTTGGACACGAGTCCACTTATCCATGGGCACTCTCTTATCATTCCCAAGTTACATTAT
CCTACCTTAGAGGAAACACCTCCCTCAGAGCATGCAGGTAGTTGCTGCCATGTGTTCCAA
AGTTCCTCTTATCAGTAACGCCATCGTCAAAGCTACCGACAGTGATTCATTTAACTTGTT
GGTTAACAATGGAGCAGCAGCTGGGCAAGTCATATTTCACACACACATTCACATTATCCC
ACGTAAGGAATGTGACTGTTTATGGACTTCCGAGAGCTTGCATAGACACACACTGAAACT
GGACAAGGAAGCATCTCAGCTGGCGTCTCGTGTTCGAGAACAATTGTGCAGACCT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1FP29JQ 696 0 0
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TGTGTTTGTGCATTTTGGACACGAGTCCACTTATCCATGGGCACTCTCTTATCATTCCCA
AGTTACATTATCCTACCTTAGAGGAAACACCTCCCTCAGAGCATGCAGGTAGTTGCTGCC
ATGTGTTCCAAAGTTCCTCTTATCAGTAACGCCATCGTCAAAGCTACCGACAGTGATTCA
TTTAACTTGTTGGTTAACAATGGAGCAGCAGCTGGGCAAGTCATATTTCACACACACATT
CACATTATCCCACGTAAGGAATGTGACTGTTTATGGACTTCCGAGAGCTTGCATAGACAC
ACACTGAAACTGGACAAGGAAGCATTTCAGCTGGCGTCTCGTGTTCGAGAACAATTGTGC
AGACCTCCTGAAGAACAATTGGTTCAGCCCTCCTCATAAGTCCCCTTTTCAAGAGAGACG
TTGTTGTGAACTTTACAATTACACTCTGCCAACACAAAAAAGGTCTATTCTGTATAGTTC
ATATTCACAACTTCATCTTCATTTTATATATATATACATTCTTCAGTCTGTTTGGTTAAG
TTTATCAGGATTCAAGTATAGAGGTACGTCTCTAAGAGGTCGTTGAAAAACAACAATTAC
GCAATAAAGAGTGTGTACAAAAACCTTATCCAATAC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL6287Contig1 1112 2 2 U
GGCGGCACACAAATCTGAGAGCGGAAACTCAAAGAGAGGCGGAGATTATACCGGCGGACG
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TTGAGAGGAGGACTTTATGCGGGTTTCTTCCCAGCTGTCATCGGTTCCACTCTTTCCTGG
AGCTTATACTTCTTCTTTTATGGCAGAGCGAAACAGAGATACGGTAGAGGCAGGGACGAT
GACAAACTCACCCCTCCTCTTCACCTCGCTTCTGCTGCTGAAGCTGGTGCCTTGACTAGA
TTACAGCTTCAGACTCCTCTTCATCAAACCCCACCCTACTCCGGCCTTTTAGATGCCTTT
AGAACCATAATCAAAGAGGAAGGACCCAGGGCCCTCTATAAGGGTATTCTCCCTGCTCTT
CTTCTGGTTTCTCATGGAGCTATTCAGTTCACAGCGTACGAGGAACTCCGTAAACTCATT
GTGGATTTCAAAGACAAGAGAAGAAATTCCGAATCCACTTCTGATAATTTATTGAACTCG
GCGGATTATGCTGCACTCGGCGACTCCTCCAAAGTCGCAACAGTTCTTCTTACATATCCA
TTTCAAGTTATTAGAGCACGATTACAGCAAAGACCTAGTACCAACGGAGTCCCAAGATAT
ATAGACAGCTTACATGTCATAAGAGAAACCGCCAGATTCGAGGGTGTCAGAGGTTTCTAC
AGGGGACTAACAGCTAATCTATTGAAAAATGTGCCTGCTTCTTCCATCACTTTCATCGTC
TACGAAAACGTTCTGAAATTGCTGAAACAACCTCCAATGAAATAGGACCCGTCATCTTCT
TCTTCTTCTTATTGAGAATTACATTTTTCTTCCTTTTCCATGAAACAGTCTTGTCTTTTG
CTCAATAAAAATCTATTATTTTCCTTTTCACC


BQ
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AF RR1AK81TF U 1
AF RR1AK81JQ C 372
BS 1 793 RR1AK81TF
BS 794 1112 RR1AK81JQ

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GACAAACTCACCCCTCCTCTTCACCTCGCTTCTGCTGCTGAAGCTGGTGCCTTGACTAGA
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CTTCTGGTTTCTCATGGAGCTATTCAGTTCACAGCGTACGAGGAACTCCGTAAACTCATT
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GCGGATTATGCTGCACTCGGCGACTCCTCCAAAGTCGCAACAGTTCTTCTTACATATCCA
TTTCAAGTTATTA

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DS 

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GACTCCTCTTCATCAAACCCCACCCTACTCCGGCCTTTTAGATGCCTTTAGAACCATAAT
CAAAGAGGAAGGACCCAGGGCCCTCTATAAGGGTATTCTCCCTGCTCTTCTTCTGGTTTC
TCATGGAGCTATTCAGTTCACAGCGTACGAGGAACTCCGTAAACTCATTGTGGATTTCAA
AGACAAGAGAAGAAATTCCGAATCCACTTCTGATAATTTATTGAACTCGGCGGATTATGC
TGCACTCGGCGACTCCTCCAAAGTCGCAACAGTTCTTCTTACATATCCATTTCAAGTTAT
TAGAGCACGATTACAGCAAAGACCTAGTACCAACGGAGTCCCAAGATATATAGACAGCTT
ACATGTCATAAGAGAAACCGCCAGATTCGAGGGTGTCAGAGGTTTCTACAGGGGACTAAC
AGCTAATCTATTGAAAAATGTGCCTGCTTCTTCCATCACTTTCATCGTCTACGAAAACGT
TCTGAAATTGCTGAAACAACCTCCAATGAAATAGGACCCGTCATCTTCTTCTTCTTCTTA
TTGAGAATTACATTTTTCTTCCTTTTCCATGAAACAGTCTTGTCTTTTGCTCAATAAAAA
TCTATTATTTTCCTTTTCACC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL6288Contig1 1130 2 2 U
GGACTCGCAAGAGTTCTTACCAAACACAACAGCAACAATGGCGGTTTATCATCTCCTCCT
CTCGACGACCTCTCCTTCGCTTGTTCTTCCTCCTCGCCGACCCAACTCCAGCTCAATCCT
CCACCGGATACCACCAGCTCACCCTCGTCTCACAAAATTCCCCACCTCACCTTCTTCGTC
TCCACCAGTAATTCGGAAAATTCTCGTCCGCAGCACTCTCCGGGAAGACCCCGTCTCTCC
GGACTCCGAGAGTCCAACTCTGCTGATCGGAGAAGACTCTGCTGCTTTCGAATTAGGCAA
ACAGAAGCTCGTTTCCTGGGTTTATTTCGGCGTTATCCTTGGAGTCGTTCTCTACATCCT
CAACGTAGTCTGGATCGATAACTCCACTGGTTTCGGTAAATCATACATCGACGCCGTCTC
CGCCGTCTCCGGCTCGCCGGAGGTGGCGATGTTAATGCTTATACTCATCTTCGCAACTGT
GCACAGTGGGTTAACTTTGTCTCCTTCTTCTTTCTCTATCCCTCTACCTTCAATCTTCTC
GAGGTCGCTGCTGTTGATAAACCCAAGATGCATCTCTGGGAGACTGGCATCATGAGAATC
ACTCGTCATCCTCAGATGGTTGGACAAATAGTTTGGTGTTTGGCGCACACTCTCTGGATT
GGAAACTCAGTAGCTGCATCAGCTTCTCTTGGTTTGATTGCACACCATTTGTTTGGGGCG
TGGAATGGAGACAGGAGACTAGCTAAAAGATACGGATATGCTTTCGAAGGCATCAAGAAG
AGAACGAGTGTGATTCCTTTTGCTGCCATTATTGAAGGACGCCAAGTTTTGCCTGAGGAT
TACTACAAAGAGTTCGTTCGGTTGCCTTATCTTGCAATCACGGCGTTAACAGTTGGAGCC
TATTTTGCTCACCCGCTAATGCAAGGTGCAAGCTTCAGGCTTCATTGGTAGATTCTTTTT
ATTACCTCATGGTGTATTCAAAGAGGGAGTTCCTCGTAAAAACTTCTCAAGGAACAATGT
ATAATTATTTTACTACAAAAAAAAGAACTGTATAAATACAAAAAAACTACTGCTTGTAAT
ATTTTATCAAACAAAATTATATAAATTGAGAACTGCAAGTATTAATTTTT


BQ
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AF RR1EB45TF U 1
AF RR1EB45JQ C 342
BS 1 762 RR1EB45TF
BS 763 1130 RR1EB45JQ

RD RR1EB45TF 762 0 0
GGACTCGCAAGAGTTCTTACCAAACACAACAGCAACAATGGCGGTTTATCATCTCCTCCT
CTCGACGACCTCTCCTTCGCTTGTTCTTCCTCCTCGCCGACCCAACTCCAGCTCAATCCT
CCACCGGATACCACCAGCTCACCCTCGTCTCACAAAATTCCCCACCTCACCTTCTTCGTC
TCCACCAGTAATTCGGAAAATTCTCGTCCGCAGCACTCTCCGGGAAGACCCCGTCTCTCC
GGACTCCGAGAGTCCAACTCTGCTGATCGGAGAAGACTCTGCTGCTTTCGAATTAGGCAA
ACAGAAGCTCGTTTCCTGGGTTTATTTCGGCGTTATCCTTGGAGTCGTTCTCTACATCCT
CAACGTAGTCTGGATCGATAACTCCACTGGTTTCGGTAAATCATACATCGACGCCGTCTC
CGCCGTCTCCGGCTCGCCGGAGGTGGCGATGTTAATGCTTATACTCATCTTCGCAACTGT
GCACAGTGGGTTAACTTTGTCTCCTTCTTCTTTCTCTATCCCTCTACCTTCAATCTTCTC
GAGGTCGCTGCTGTTGATAAACCCAAGATGCATCTCTGGGAGACTGGCATCATGAGAATC
ACTCGTCATCCTCAGATGGTTGGACAAATAGTTTGGTGTTTGGCGCACACTCTCTGGATT
GGAAACTCAGTAGCTGCATCAGCTTCTCTTGGTTTGATTGCACACCATTTGTTTGGGGCG
TGGAATGGAGACAGGAGACTAGCTAAAAGATACGGATATGCT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1EB45JQ 789 0 0
GAGTCGTTCTCTACATCCTCAACGTAGTCTGGATCGATAACTCCACTGGTTTCGGTAAAT
CATACATCGACGCCGTCTCCGCCGTCTCCGGCTCGCCGGAGGTGGCGATGTTAATGCTTA
TACTCATCTTCGCAACTGTGCACAGTGGGTTAACTTTGTCTCCTTCTTCTTTCTCTATCC
CTCTACCTTCAATCTTCTCGAGGTCGCTGCTGTTGATAAACCCAAGATGCATCTCTGGGA
GACTGGCATCATGAGAATCACTCGTCATCCTCAGATGGTTGGACAAATAGTTTGGTGTTT
GGCGCACACTCTCTGGATTGGAAACTCAGTAGCTGCATCAGCTTCTCTTGGTTTGATTGC
ACACCATTTGTTTGGGGCGTGGAATGGAGACAGGAGACTAGCTAAAAGATACGGATATGC
TTTCGAAGGCATCAAGAAGAGAACGAGTGTGATTCCTTTTGCTGCCATTATTGAAGGACG
CCAAGTTTTGCCTGAGGATTACTACAAAGAGTTCGTTCGGTTGCCTTATCTTGCAATCAC
GGCGTTAACAGTTGGAGCCTATTTTGCTCACCCGCTAATGCAAGGTGCAAGCTTCAGGCT
TCATTGGTAGATTCTTTTTATTACCTCATGGTGTATTCAAAGAGGGAGTTCCTCGTAAAA
ACTTCTCAAGGAACAATGTATAATTATTTTACTACAAAAAAAAGAACTGTATAAATACAA
AAAAACTACTGCTTGTAATATTTTATCAAACAAAATTATATAAATTGAGAACTGCAAGTA
TTAATTTTT

QA 1 789 1 789
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6290Contig1 744 2 2 U
GGGTAGAGATATTGTGGAGCTGTCAGACCGACTGAAAGAAGGCGAAATCCTTACATGCAA
GATCAAATCGATTCACAAGGAGAGGTACCAAGTGTTCCTTATATGCAAGGAGAGTGAGAT
GAGAAACAACAGGCACCACCAGCGGAACCAGAATCTGGATCCGTATTACCATGAGGATAG
AAACAGTCTCCTGATTGAAAAAGAGAAGGCTCGGAAAGAAAAGGAGCTTGTGAAGAAGCA
TTTCAAGTCTCGGATGATTGTCCATCCACGTTTCCAGAACATCACTGCTGATCAAGCAAC
CGAGTATTTATCTGACAAAGAATTTGGAGAGAGCATTGTTCGTCCAAGCTCTCGAGGACT
CAATTACTTGACATTGACCCTCAAAATTTACGATGGAGTCTATGCTCACAAGGAGTAGTG
GTGGTGGTGGTTGGGGAAATGAGTCTGGCGGTAAAAAGAGTAGCGGTGAAGACGGCGGTT
GGGGGAAGGAGTCTAGTGGAAAAAAGAGCGGTGAAGACGGCGGTTGGGGAAATAGCGGTG
GTGCCGGTTGGTGAAAAACATAACAGCGGCTACAGTGTTGGTGTTTAAAATTGCAAATGC
TAAGATAAAACGCATTATCTTCTTCTTTTAAGCAGTAGCAATTAGCTTTTCCCTAAACGC
CTTTTGTTTCGTTTTATGCCGTCCTTCTGTCTTGAACTCCGGTTATGTAATGACTTTTTT
AATTTAATTTTCCAGGAAAGTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G095TF U 1
AF RR1G095JQ C 81
BS 1 504 RR1G095TF
BS 505 744 RR1G095JQ

RD RR1G095TF 504 0 0
GGGTAGAGATATTGTGGAGCTGTCAGACCGACTGAAAGAAGGCGAAATCCTTACATGCAA
GATCAAATCGATTCACAAGGAGAGGTACCAAGTGTTCCTTATATGCAAGGAGAGTGAGAT
GAGAAACAACAGGCACCACCAGCGGAACCAGAATCTGGATCCGTATTACCATGAGGATAG
AAACAGTCTCCTGATTGAAAAAGAGAAGGCTCGGAAAGAAAAGGAGCTTGTGAAGAAGCA
TTTCAAGTCTCGGATGATTGTCCATCCACGTTTCCAGAACATCACTGCTGATCAAGCAAC
CGAGTATTTATCTGACAAAGAATTTGGAGAGAGCATTGTTCGTCCAAGCTCTCGAGGACT
CAATTACTTGACATTGACCCTCAAAATTTACGATGGAGTCTATGCTCACAAGGAGTAGTG
GTGGTGGTGGTTGGGGAAATGAGTCTGGCGGTAAAAAGAGTAGCGGTGAAGACGGCGGTT
GGGGGAAGGAGTCTAGTGGAAAAA

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR1G095JQ 664 0 0
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AGCGGAACCAGAATCTGGATCCGTATTACCATGAGGATAGAAACAGTCTCCTGATTGAAA
AAGAGAAGGCTCGGAAAGAAAAGGAGCTTGTGAAGAAGCATTTCAAGTCTCGGATGATTG
TCCATCCACGTTTCCAGAACATCACTGCTGATCAAGCAACCGAGTATTTATCTGACAAAG
AATTTGGAGAGAGCATTGTTCGTCCAAGCTCTCGAGGACTCAATTACTTGACATTGACCC
TCAAAATTTACGATGGAGTCTATGCTCACAAGGAGTAGTGGTGGTGGTGGTTGGGGAAAT
GAGTCTGGCGGTAAAAAGAGTAGCGGTGAAGACGGCGGTTGGGGGAAGGAGTCTAGTGGA
AAAAAGAGCGGTGAAGACGGCGGTTGGGGAAATAGCGGTGGTGCCGGTTGGTGAAAAACA
TAACAGCGGCTACAGTGTTGGTGTTTAAAATTGCAAATGCTAAGATAAAACGCATTATCT
TCTTCTTTTAAGCAGTAGCAATTAGCTTTTCCCTAAACGCCTTTTGTTTCGTTTTATGCC
GTCCTTCTGTCTTGAACTCCGGTTATGTAATGACTTTTTTAATTTAATTTTCCAGGAAAG
TCTT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL6291Contig1 1049 2 4 U
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CTATGCCAACTTGTAGAGAACATGGGAGAGTCTAAGGGGTATGGGAAAGGAGGAGGACGA
ATGATTCCAACCGACAAGCCTGCAAAGTCTTACAACGTCTCTCTTCAGTTGTCTCCAGTT
GTTTCTTTTTGGGATTGTATTGTCCGCACCATGAGGTATATTCCTATATACCCGAGTGGG
TGTAGTAGTACTAGTTCTTGACATCCTTTCACCACCGCAGCAGCGAGTTTTAGTTCAGTC
ATCATAGTTATAGAGAGAGAAGAAAGCAAGCAAGTAATGGACCATCACGCGGTGTGCAAG
CAAGTTCAGACAGTAGCTAGGAAAGGGAAGAAGAAACACAATGGTAAAGATGAATTCGAT
CGTGTCAAACAAGCTGAGAAGAAAAAGAGACGTCTCGAGAAAGCTCTTGCTACCTCTGCT
GCCATCAGGGCTGAGCTTGAAAAGAAGAAGCAGAGGAAATTGGAAGAACAACGAAGGTTA
GATGAAGAAGGGGCTGCTATTGCAGAAGCTGCTGCTCTCCACGTCCTACTGGGCGAAGAT
TCTGATGATAATTTCATGCTTGGAGAGGGAAAGTGTTACAAGATTGATCTGTTTAGAGGT
GAAAGAGCTAACTATGTTCCACGGCAAAGTTGCGCGAGCTATGCGGTTCAAGGGATTGGG
TTTGACTCAAACGCTTATGAACGTGGAGATAGTAACTGGTCTGTGCCTTTCATGAGGGGT
GCTTGGGATAACAACAACAACAACAACACGGGAGTATCTGTGGATTTGATTGCTGCTCAG
GCAGTCTCCTCGCTCCACATATTTGAGAACAATGATAGGAAGGAACGCTTTTGTTTTCTT
TAAATAAGATGTTTCAGGGATGATTATTGGCAGCTTGGTGCCAAATACAGCTGCTATTGT
TTTGCTTTCTTTTCTTGTAACATTGCAAAGTTTGTTCGGAGTTGTACACACATGATACCA
TTTTTAATTGCCGTACCTAATGTCACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL51TF U 1
AF RR1BL51JQ C 270
BS 1 663 RR1BL51TF
BS 664 664 RR1BL51JQ
BS 665 701 RR1BL51TF
BS 702 1049 RR1BL51JQ

RD RR1BL51TF 701 0 0
GGAACAATCGGTATCTGTCTCTCTCTCCCCGATTGTTTTGAGAGGATTTCGTTGCAGCTT
CTATGCCAACTTGTAGAGAACATGGGAGAGTCTAAGGGGTATGGGAAAGGAGGAGGACGA
ATGATTCCAACCGACAAGCCTGCAAAGTCTTACAACGTCTCTCTTCAGTTGTCTCCAGTT
GTTTCTTTTTGGGATTGTATTGTCCGCACCATGAGGTATATTCCTATATACCCGAGTGGG
TGTAGTAGTACTAGTTCTTGACATCCTTTCACCACCGCAGCAGCGAGTTTTAGTTCAGTC
ATCATAGTTATAGAGAGAGAAGAAAGCAAGCAAGTAATGGACCATCACGCGGTGTGCAAG
CAAGTTCAGACAGTAGCTAGGAAAGGGAAGAAGAAACACAATGGTAAAGATGAATTCGAT
CGTGTCAAACAAGCTGAGAAGAAAAAGAGACGTCTCGAGAAAGCTCTTGCTACCTCTGCT
GCCATCAGGGCTGAGCTTGAAAAGAAGAAGCAGAGGAAATTGGAAGAACAACGAAGGTTA
GATGAAGAAGGGGCTGCTATTGCAGAAGCTGCTGCTCTCCACGTCCTACTGGGCGAAGAT
TCTGATGATAATTTCATGCTTGGAGAGGGAAAGTGTTACAAGATTGATCTGTTTAGAGGT
GAA*GAGCTAACTATGTTCCACGGCAAAGTTGCGCGAGCTA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1BL51JQ 780 0 0
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GCAAGTAATGGACCATCACGCGGTGTGCAAGCAAGTTCAGACAGTAGCTAGGAAAGGGAA
GAAGAAACACAATGGTAAAGATGAATTCGATCGTGTCAAACAAGCTGAGAAGAAAAAGAG
ACGTCTCGAGAAAGCTCTTGCTACCTCTGCTGCCATCAGGGCTGAGCTTGAAAAGAAGAA
GCAGAGGAAATTGGAAGAACAACGAAGGTTAGATGAAGAAGGGGCTGCTATTGCAGAAGC
TGCTGCTCTCCACGTCCTACTGGGCGAAGATTTTGATGATAATTTCATGCTTGGAGAGGG
AAAGTGTTACAAGATTGATCTGTTTAGAGGTGAAAGAGCTAACTATGTTCCACGGCAAAG
TTGCGCGAGCTATGCGGTTCAAGGGATTGGGTTTGACTCAAACGCTTATGAACGTGGAGA
TAGTAACTGGTCTGTGCCTTTCATGAGGGGTGCTTGGGATAACAACAACAACAACAACAC
GGGAGTATCTGTGGATTTGATTGCTGCTCAGGCAGTCTCCTCGCTCCACATATTTGAGAA
CAATGATAGGAAGGAACGCTTTTGTTTTCTTTAAATAAGATGTTTCAGGGATGATTATTG
GCAGCTTGGTGCCAAATACAGCTGCTATTGTTTTGCTTTCTTTTCTTGTAACATTGCAAA
GTTTGTTCGGAGTTGTACACACATGATACCATTTTTAATTGCCGTACCTAATGTCACATT

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL6292Contig1 736 2 2 U
GGGAACCAGATTCTAACCAAGAACGCAGAAACCAAACCCAAAGCAGGAAACCAGACTAGA
GGATACTCCAAGAGGAAGCAAGGATAAACAAGGTTTCAACAACCACCAGTGGAGCCCTAG
AGCACCGGAGGCCCTTATCTATGTCGAGACCTCAGGAAACCCATATCTCATCGCTACCAT
ACCTCCATTCAAATCAAGAACACAGCCACAACGAACATACCTCTTCATCTCCTACAAAAA
CACCGCCGTTAAACCACCGAGAACTGTGTCAACACTACAACACCAAACCGAACCCCTCTG
GCGCTAATCTAAAGACCAAAACATCAGATCTGAAAAAACGCAGCATGATGAAACTAAAGG
ATATGGATATCAACATAAGCAGGAAGACAAGTAGAATCCATCTCCGGTGGCGGTGAGGTA
TATAGACCACCGAGGAAGGAGATCGGAGACAAAGAAGATTAGGAGAATAAGAAGAGTAAA
AGTCACCGTCGCTCAAAGGAAATAAAGGAAAGAAAAAAAAATTTTAAATGAAAATAATTA
AAACTAAAAGAAACCAGAATGTTTACTATAGCTACATTTGAGTGATTTACACTAAGAGTC
ACTTTATGAGTTTTGGTTACAATGTAAGTCACTTTAAACTACTGAGGTAGTTATTTGGTG
GTTGTTTACATAGCTGCCCCTGTTTAAAGTCAATCAAGTCGTGACTAATTAAATCCATTC
TATCTTTTTTTCTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D556TF U 1
AF RR1D556JQ C 224
BS 1 646 RR1D556TF
BS 647 736 RR1D556JQ

RD RR1D556TF 650 0 0
GGGAACCAGATTCTAACCAAGAACGCAGAAACCAAACCCAAAGCAGGAAACCAGACTAGA
GGATACTCCAAGAGGAAGCAAGGATAAACAAGGTTTCAACAACCACCAGTGGAGCCCTAG
AGCACCGGAGGCCCTTATCTATGTCGAGACCTCAGGAAACCCATATCTCATCGCTACCAT
ACCTCCATTCAAATCAAGAACACAGCCACAACGAACATACCTCTTCATCTCCTACAAAAA
CACCGCCGTTAAACCACCGAGAACTGTGTCAACACTACAACACCAAACCGAACCCCTCTG
GCGCTAATCTAAAGACCAAAACATCAGATCTGAAAAAACGCAGCATGATGAAACTAAAGG
ATATGGATATCAACATAAGCAGGAAGACAAGTAGAATCCATCTCCGGTGGCGGTGAGGTA
TATAGACCACCGAGGAAGGAGATCGGAGACAAAGAAGATTAGGAGAATAAGAAGAGTAAA
AGTCACCGTCGCTCAAAGGAAATAAAGGAAAGAAAAAAAAATTTTAAATGAAAATAATTA
AAACTAAAAGAAACCAGAATGTTTACTATAGCTACATTTGAGTGATTTACACTAAGAGTC
ACTTTATGAGTTTTGGTTACAATGTAAGTCACTTTAAACTACTGAG
TAGT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1D556JQ 513 0 0
TTCATCTCCTACAAAAACACCGCCGTTAAACCACCGAGAACTGTGTCAACACTACAACAC
CAAACCGAACCCCTCTGGCGCTAATCTAAAGACCAAAACATCAGATCTGAAAAAACGCAG
CATGATGAAACTAAAGGATATGGATATCAACATAAGCAGGAAGACAAGTAGAATCCATTT
CCGGTGGCGGTGAGGTATATAGACCACCGAGGAAGGAGATCGGAGACAAAGAAGATTAGG
AGAATAAGAAGAGTAAAAGTCACCGTCGCTCAAAGGAAATAAAGGAAAGAAAAAAAAATT
TTAAATGAAAATAATTAAAACTAAAAGAAACCAGAATGTTTACTATAGCTACATTTGAGT
GATTTACACTAAGAGTCACTTTATGAGTTTTGGTTACAATGTAAGTCACTTTAAACTACT
GAGGTAGTTATTTGGTGGTTGTTTACATAGCTGCCCCTGTTTAAAGTCAATCAAGTCGTG
ACTAATTAAATCCATTCTATCTTTTTTTCTTTG

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 2

CO CL6293Contig1 750 2 2 U
GGGAATGTGGTGGAAACTCGAGAAAAGAGTGAGAAATAGAAAGGTTCTCTCTCCCCCCTC
CCCAAATACTCTCCAACTTCTCTCTTTAGGCGGCTAGGGTTAGGTCTCCGTTCTCCGGCG
GTCGCCGCCTCCGTCGCGGCCGCCGGGATCTCGTTTTTTCTTTTGTTTCTCTTCACGGTG
TTTCTCTTTGTTATCTCTGTTATCTTCGGCTGAGGGAGTTGCAGACAAGCGCTTCAGATC
TGGTCGCTCGGGTTCAGATCTATGGTTAGCGGCGGCTGAGGGGCTTGAGGACGGCTTCTT
CTTACGTTTGTGATACCCAGACTTTGACGATGTGCAACCAGTGGTTTTCCTTTGCGCTTT
GTTTAGTTGCTCCGAGCGTGGAGGTGTGTGCGGCGCCGGTAAGCTCTCCGTCGGTCTTGT
TCTTCCTCATGTTTAAGGGAGAGCGTGTCTGCGTGTTGAGTTGGAGTTCTGGGTTCATCG
GTTCCGGTAAATCTGGTTTCTCTCTGTTCTGTTTGTTGTGCCGCTTGTGTTCTCCTTGTT
GGCAGCGCGTGTGTTCTCTGGTGGTGGTGGCGTCAGTTCGTCCCCTTGGGTCCTTGGTGG
CAGCGTGATGGTGATTTGCTTCCGGTACGTTTCAGCTTCGTCTTTAGCTCCGGGATTTCG
TCACCCCTCAAATCAGAATGGTGTCTGCGGTTGTGGCCTGCTCCGCCTCTTGCTCTTCTC
TATAATCCAGCAGCTATGTGTTCGTGGCTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW65TF U 1
AF RR1EY27TF U 1
BS 1 158 RR1DW65TF
BS 159 750 RR1EY27TF

RD RR1DW65TF 176 0 0
GGGAATGTGGTGGAAACTCGAGAAAAGAGTGAGAAATAGAAAGGTTCTCTCTCCCCCCTC
CCCAAATACTCTCCAACTTCTCTCTTTAGGCGGCTAGGGTTAGGTCTCCGTTCTCCGGCG
GTCGCCGCCTCCGTCGCGGCCGCCGGGATCTCGTTTTT
CTTCTTGTTCTCTTCACG

QA 1 158 1 158
DS 

RD RR1EY27TF 750 0 0
GGGAATGTGGTGGAAACTCGAGAAAAGAGTGAGAAATAGAAAGGTTCTCTCTCCCCCCTC
CCCAAATACTCTCCAACTTCTCTCTTTAGGCGGCTAGGGTTAGGTCTCCGTTCTCCGGCG
GTCGCCGCCTCCGTCGCGGCCGCCGGGATCTCGTTTTTTCTTTTGTTTCTCTTCACGGTG
TTTCTCTTTGTTATCTCTGTTATCTTCGGCTGAGGGAGTTGCAGACAAGCGCTTCAGATC
TGGTCGCTCGGGTTCAGATCTATGGTTAGCGGCGGCTGAGGGGCTTGAGGACGGCTTCTT
CTTACGTTTGTGATACCCAGACTTTGACGATGTGCAACCAGTGGTTTTCCTTTGCGCTTT
GTTTAGTTGCTCCGAGCGTGGAGGTGTGTGCGGCGCCGGTAAGCTCTCCGTCGGTCTTGT
TCTTCCTCATGTTTAAGGGAGAGCGTGTCTGCGTGTTGAGTTGGAGTTCTGGGTTCATCG
GTTCCGGTAAATCTGGTTTCTCTCTGTTCTGTTTGTTGTGCCGCTTGTGTTCTCCTTGTT
GGCAGCGCGTGTGTTCTCTGGTGGTGGTGGCGTCAGTTCGTCCCCTTGGGTCCTTGGTGG
CAGCGTGATGGTGATTTGCTTCCGGTACGTTTCAGCTTCGTCTTTAGCTCCGGGATTTCG
TCACCCCTCAAATCAGAATGGTGTCTGCGGTTGTGGCCTGCTCCGCCTCTTGCTCTTCTC
TATAATCCAGCAGCTATGTGTTCGTGGCTT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL6294Contig1 1044 2 2 U
GCGGCATTAAACGAAGCTGGTGGTTGGAAAGATAGGACGACCGTAGAAGATATGGATTTG
GCCGTTCGAGCTAGTCTCAAGGGTTGGAAATTTTTGTACCTTGGTTCTTTGAAGGTTAAA
AACGAGTTGCCTAGTACATTCAAGGCGTATAGGTATCAACAGCACAGGTGGTCATGTGGT
CCAGCCAATCTTTTCAGGAAAATGGCATTCGAAATCATGACCAACAAGAACGTGACTTTA
TGGAAGAAAGTTCATGTGATATAGCTTCTTCGTGGTGAGAAAGATCGTGGCACACATTGT
TACTTTCATATTCTATTGTGTGGTCTTACCGGCTACGGTTCTCGTACCGGAAGTTACCGT
ACCTAAATGGGGAGCGGTTTACATTCCGTCCGTCATTACTCTACTCAACGCCGTCGGTAC
ACCAAGGTCACTACATCTTATGGTGTTTTGGATCCTGTTCGAGAACGTGATGTCTCTTCA
CAGAACAAAAGCTACCTTCATCGGTTTACTCGAAGGAGGAAGAGTTAACGAGTGGATTGT
CACTGAGAAGCTTGGAGATCTTAAGGCTAAATCAGCAACCAAGGCTCCAAAGAAGCTAAT
TCGTTTTAGATTTGGAGATAGAATCCATGTGACGGAACTCTGTGTAGGAATGTATTTGTT
CTCTGTGGGATGCTATGACGCGTTATTTGGGAAGAATCATTATTATCTATACCTTTTCGC
GCAAGCAATCGCCTTCTTCATCGCTGGATGTGGGCAGATTGGGACAATTGTGCCTAACTA
TTGAAGGGGGGAAGTAATTCTCGAGCGACAAACTGCTGGAGAATAAGATGATGCTTTTAT
CTTTTTTTTTTCTTGGATACTATTTTAATTTCTTGCTGGTGTGAATAGAGAGAATTGATG
ATACGATTGTTACAGAAGATGGTGTGTGTAGTTGTGGAAGATATGGATACTTATAGTAAA
CAAGAAAATATATATTTTCAAGGGATTTTTCAGATTCCTCAAAGACAGTAGATCATTTCT
TGCAAGAAAAGAGCTTTTGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E582TF U 1
AF RR1E582JQ C 545
BS 1 762 RR1E582TF
BS 763 1044 RR1E582JQ

RD RR1E582TF 762 0 0
GCGGCATTAAACGAAGCTGGTGGTTGGAAAGATAGGACGACCGTAGAAGATATGGATTTG
GCCGTTCGAGCTAGTCTCAAGGGTTGGAAATTTTTGTACCTTGGTTCTTTGAAGGTTAAA
AACGAGTTGCCTAGTACATTCAAGGCGTATAGGTATCAACAGCACAGGTGGTCATGTGGT
CCAGCCAATCTTTTCAGGAAAATGGCATTCGAAATCATGACCAACAAGAACGTGACTTTA
TGGAAGAAAGTTCATGTGATATAGCTTCTTCGTGGTGAGAAAGATCGTGGCACACATTGT
TACTTTCATATTCTATTGTGTGGTCTTACCGGCTACGGTTCTCGTACCGGAAGTTACCGT
ACCTAAATGGGGAGCGGTTTACATTCCGTCCGTCATTACTCTACTCAACGCCGTCGGTAC
ACCAAGGTCACTACATCTTATGGTGTTTTGGATCCTGTTCGAGAACGTGATGTCTCTTCA
CAGAACAAAAGCTACCTTCATCGGTTTACTCGAAGGAGGAAGAGTTAACGAGTGGATTGT
CACTGAGAAGCTTGGAGATCTTAAGGCTAAATCAGCAACCAAGGCTCCAAAGAAGCTAAT
TCGTTTTAGATTTGGAGATAGAATCCATGTGACGGAACTCTGTGTAGGAATGTATTTGTT
CTCTGTGGGATGCTATGACGCGTTATTTGGGAAGAATCATTATTATCTATACCTTTTCGC
GCAAGCAATCGCCTTCTTCATCGCTGGATGTGGGCAGATTGG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1E582JQ 500 0 0
GAGAAGCTTGGAGATCTTAAGGCTAAATCAGCAACCAAGGCTCCAAAGAAGCTAATTCGT
TTTAGATTTGGAGATAGAATCCATGTGACGGAACTCTGTGTAGGAATGTATTTGTTCTCT
GTGGGATGCTATGACGCGTTATTTGGGAAGAATCATTATTATCTATACCTTTTCGCGCAA
GCAATCGCCTTCTTCATCGCTGGATGTGGGCAGATTGGGACAATTGTGCCTAACTATTGA
AGGGGGGAAGTAATTCTCGAGCGACAAACTGCTGGAGAATAAGATGATGCTTTTATCTTT
TTTTTTTCTTGGATACTATTTTAATTTCTTGCTGGTGTGAATAGAGAGAATTGATGATAC
GATTGTTACAGAAGATGGTGTGTGTAGTTGTGGAAGATATGGATACTTATAGTAAACAAG
AAAATATATATTTTCAAGGGATTTTTCAGATTCCTCAAAGACAGTAGATCATTTCTTGCA
AGAAAAGAGCTTTTGATTCC

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 2

CO CL6295Contig1 851 2 4 U
GGGACAAAACAAGTAAAAGACACACCACCCAAAAGTGAAAAGAATCAAAGGAACAAAGAG
AAGCAGAGGAGATGAACAGTATCTTCTCCATAGACGATTTCTCCGATCCCTTTTGGGAAT
CATCCCCGCCTCTCGATTCGGACTCGGCCAAAGTCGTCACGGCGGACGAATGGACCGTCG
AGATGTTTCTCGAAGAGATCGCTTCCTCTGTGAGCTCGGAGCCTGTCGGAAACAACAACG
CGATCGTCGGTGTCTCGTCGGCGCAGTCTCTTCCTTCGGTCTCCGGACAGAACGATTTCG
AAGAAGACAGTCGGTTTCGCCGCGATTCGGATGAGCACCGTCGCGTTCTTGAGAACAAGC
TCGAGACTGAGTGTGCTACTGTTGTAGCACTTAGGGCTGGTTCTGTGAAGCCTGAAGATT
CGACTGGTTCTCCTGAAACTCTGTTTCAACCAGCTCAGTCTAGTCCTCTTACTCAAGGTT
CTTTGGTGACGCCTGGAGAAGTTGGTGTCACTTCTTCATTACTGGCTGAGGTGAAAAAAA
CTGGTGTACCGATCAAGCAGGTTACCAGTGGATCATCGAGAGATTATTCTGATGATGATG
ACCTTGACGAAGAGAATGAAACCACTGGTTCCTTGAAACCAGAGGACGTTAAAAAATCCA
GAAGGATGCTGTCAAATCGAGAGTCTGCTAGGCGGTCTAGAAGAGAAAGCAGAGCAAACA
TGTGATCTTGAGACACAGTTATGAGCTAAAGTGAGCATCATCACTTCTAAGCACTGAGCA
CACGATCACAGTATGATGACGCTGCTGTGGCATATATACTAAAGCGACATGAGACATTAA
GAGCTAAGTGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL54TF U 1
AF RR1FL67TF U 44
BS 1 124 RR1BL54TF
BS 125 125 RR1FL67TF
BS 126 166 RR1BL54TF
BS 167 851 RR1FL67TF

RD RR1BL54TF 178 0 0
GGGACAAAACAAGTAAAAGACACACCACCCAAAAGTGAAAAGAATCAAAGGAACAAAGAG
AAGCAGAGGAGATGAACAGTATCTTCTCCATAGACGATTTCTCCGATCCCTTTTGGGAAT
CATCTCCGCCTCTCGATTCGGACTCGGCCAAAGTCGTCACGGCGGA
GGATGGACCGTC

QA 1 166 1 166
DS 

RD RR1FL67TF 808 0 0
GGAAAGGAACA
AAAGAGAAGCAGAGGAGATGAACAGTATCTTCTCCATAGACGATTTCTCCGATCCCTTTT
GGGAATCATCCCCGCCTCTCGATTCGGACTCGGCCAAGGTCGTTACGGCGGACGAATGGA
CCGTCGAGATGTTTCTCGAAGAGATCGCTTCCTCTGTGAGCTCGGAGCCTGTCGGAAACA
ACAACGCGATCGTCGGTGTCTCGTCGGCGCAGTCTCTTCCTTCGGTCTCCGGACAGAACG
ATTTCGAAGAAGACAGTCGGTTTCGCCGCGATTCGGATGAGCACCGTCGCGTTCTTGAGA
ACAAGCTCGAGACTGAGTGTGCTACTGTTGTAGCACTTAGGGCTGGTTCTGTGAAGCCTG
AAGATTCGACTGGTTCTCCTGAAACTCTGTTTCAACCAGCTCAGTCTAGTCCTCTTACTC
AAGGTTCTTTGGTGACGCCTGGAGAAGTTGGTGTCACTTCTTCATTACTGGCTGAGGTGA
AAAAAACTGGTGTACCGATCAAGCAGGTTACCAGTGGATCATCGAGAGATTATTCTGATG
ATGATGACCTTGACGAAGAGAATGAAACCACTGGTTCCTTGAAACCAGAGGACGTTAAAA
AATCCAGAAGGATGCTGTCAAATCGAGAGTCTGCTAGGCGGTCTAGAAGAGAAAGCAGAG
CAAACATGTGATCTTGAGACACAGTTATGAGCTAAAGTGAGCATCATCACTTCTAAGCAC
TGAGCACACGATCACAGTATGATGACGCTGCTGTGGCATATATACTAAAGCGACATGAGA
CATTAAGAGCTAAGTGA

QA 12 808 12 808
DS 



AS 1 2

CO CL6296Contig1 1295 2 2 U
GAAACCAGAAGAAGGAAGGAAGAAAGATGAGGTGAAAGAAGTGATCTTGAAACCAGAAGA
TGAGAAGACAAGTCCACCACAAGAATCCAAAGACACTGTACAGAGCAAGCCAGATGAAGG
TGACAAACAAGAAGCGAAAGGAGAGAAGAAAGATGAGTTAAAAGCAGAGAACTCTGAACC
AGGCAAGGTAGATAAGAAGACAAGTCCACCACAAGAATCCAAAGACACTGTACAGAGCAA
GCCAGATGATCATCAAAGAGGTGACATACAAGAAGAGAAACAAGATGGAGAAAAAGATAT
AATAGAAGAAGGAAACAAGAAACATGAGGTAAAAGCAGAGAACTCAAAACCAGAGAAGGT
AGATAAGAAGACAAGTCCACCACAAGAATCCAAAGACACTGTACAGAGCAAGCCAGATGA
TGATCATCATATACAAGAAGAGAAAAGAGACGGAGAAAAGGATATAACAGAAGAAGAAAA
GAAGACAAGTCCGGCGCAAGAATCCAAAGACACGATCCAGAGCAAGGCAGATGATCACAA
AGAAAACAGCAAAGTGCAGGAAAAAGGAGATGGAGAAAAGATCAAGCCTGCTTTAAAGAA
GCCTGATGATGATGAAGGAGAAGCAAAGACTCAGAAGTTAGACAAGAACAAGCTTAGTAA
GAAAGTAAGCTTTTCAGAAGAACCGAGAGCTCCTGTGCGGAAGAAGCCAGCTACCAAGGA
ATTTGGATCAAGAACATCAAAACTTTTCACTAGGACAAGAACTGAAACCAAGAAACTGGG
GAAAGGAAGTCAAGAAGATTCGTGGATAGGTACTACCTTTAAGCTTCCTTCTAGCTTGAA
GAAGTTGGAGCTAGAATGTTACCCTAAAAAGGAACCTCCAGTTTGGTTAAATCCCAAAAC
ACTTGACAATCTTACAAAGCTCTCAATCAAAGGAGGAAACCTTAGCAAATTCAGTGGCGA
ACCTTTAAATGCAGAAAACAAATGTGGCGTTGAGATCTTACGTTTGAAGTACTTACATGA
ATTCAAGGCTGAGTGGAAAGATCTGCAGGCACTGTTTCCACGACTGAAACTGTTGGAGAA
ATATAAATGTCCGAAAGTCGCATTCTGTCCCACAGATGGTCATGGTGTCTGGAGATCACA
TCCATAGACATCACTAAGTATTTCCAGTAACACTTATTTATTTCTCATTTTCATCAATAG
CAAAAGCCTTTCTAACTTCTTTAGAGCTTGTGTATAACACTGAATAAATAAACATTTCTA
TTCTATGTAATCAAATAAAGCATGACTATTGTACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C570TF U 1
AF RR1C570JQ C 444
BS 1 675 RR1C570TF
BS 676 1295 RR1C570JQ

RD RR1C570TF 675 0 0
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TGAGAAGACAAGTCCACCACAAGAATCCAAAGACACTGTACAGAGCAAGCCAGATGAAGG
TGACAAACAAGAAGCGAAAGGAGAGAAGAAAGATGAGTTAAAAGCAGAGAACTCTGAACC
AGGCAAGGTAGATAAGAAGACAAGTCCACCACAAGAATCCAAAGACACTGTACAGAGCAA
GCCAGATGATCATCAAAGAGGTGACATACAAGAAGAGAAACAAGATGGAGAAAAAGATAT
AATAGAAGAAGGAAACAAGAAACATGAGGTAAAAGCAGAGAACTCAAAACCAGAGAAGGT
AGATAAGAAGACAAGTCCACCACAAGAATCCAAAGACACTGTACAGAGCAAGCCAGATGA
TGATCATCATATACAAGAAGAGAAAAGAGACGGAGAAAAGGATATAACAGAAGAAGAAAA
GAAGACAAGTCCGGCGCAAGAATCCAAAGACACGATCCAGAGCAAGGCAGATGATCACAA
AGAAAACAGCAAAGTGCAGGAAAAAGGAGATGGAGAAAAGATCAAGCCTGCTTTAAAGAA
GCCTGATGATGATGAAGGAGAAGCAAAGACTCAGAAGTTAGACAAGAACAAGCTTAGTAA
GAAAGTAAGCTTTTC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1C570JQ 852 0 0
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CCAAAGACACGATCCAGAGCAAG*CAGATGATCACAAAGAAAACAGCAAAGTGCAGGAAA
AAGGAGATGGAGAAAAGATCAAGCCTGCTTTAAAGAAGCCTGATGATGATGAAGGAGAAG
CAAAGACTCAGAAGTTAGACAAGAACAAGCTTAGTAAGAAAGTAAGCTTTTCAGAAGAAC
CGAGAGCTCCTGTGCGGAAGAAGCCAGCTACCAAGGAATTTGGATCAAGAACATCAAAAC
TTTTCACTAGGACAAGAACTGAAACCAAGAAACTGGGGAAAGGAAGTCAAGAAGATTCGT
GGATAGGTACTACCTTTAAGCTTCCTTCTAGCTTGAAGAAGTTGGAGCTAGAATGTTACC
CTAAAAAGGAACCTCCAGTTTGGTTAAATCCCAAAACACTTGACAATCTTACAAAGCTCT
CAATCAAAGGAGGAAACCTTAGCAAATTCAGTGGCGAACCTTTAAATGCAGAAAACAAAT
GTGGCGTTGAGATCTTACGTTTGAAGTACTTACATGAATTCAAGGCTGAGTGGAAAGATC
TGCAGGCACTGTTTCCACGACTGAAACTGTTGGAGAAATATAAATGTCCGAAAGTCGCAT
TCTGTCCCACAGATGGTCATGGTGTCTGGAGATCACATCCATAGACATCACTAAGTATTT
CCAGTAACACTTATTTATTTCTCATTTTCATCAATAGCAAAAGCCTTTCTAACTTCTTTA
GAGCTTGTGTATAACACTGAATAAATAAACATTTCTATTCTATGTAATCAAATAAAGCAT
GACTATTGTACT

QA 1 852 1 852
DS 



AS 1 2

CO CL6297Contig1 753 2 2 U
GGAGAGACTGGAACCGTTCGGGTTTCCAAGTTGATGGGTCTGTCTGCGATGTCTCTGATC
GAGCTCAGCGACAGAAACTGATGGATACCGTCTCTTCTCTCTTCCACGGGAAGCTCCATA
TCCTTGTAAACAATGTTGGGACGAACATCAGGAAACCAATGGTAGATTTCACTCCTGAAG
AGTTTTCAACTCTCCTTTCTACCAATTTCGAATCGGTTTTTCATTTATGCCAACTTGCTT
ATCCGATGCTTAGAGCAACCGAGGCTGCAACCGTTGTCTCCATCTCCTCTGTTTCTGGTT
TTGTCTCTCTCAAGAATATGTCTGTCCAATCTGCAACCAAAGGTGCGATCAGTCAACTTA
CGAGAAACTTAGCTTGCGAGTGGGCCAAGGACAATATAAGGGTCAATGCTGTTGCTCCCT
GGTATATCAAGACATCTATGGTGGAGCAAGTTCTTAGCAACAAAGACTACTTGGATGAAG
TTTACTCTGTAACTCCTCTTGGTCGGCTTGGCGAACCGAAAGAAGTGTCTTCTGCTGTGG
CCTTTCTGTGCCTACCTGCATCATCCTATATCACAGGGCAGATTATATGTGTTGATGGAG
GAATGTCTATTAACGGTTTCTCACCACGACATGATTAGTTACCCACTCTTAATAACATTT
ATTAGTTTCCTTCGTGATCCTTATCCGTCATATGCGACTTTTTAACAGCTTTCTGCCTTC
TGTGTTTTATGAGAATGGAAGTTGTTTTCATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GW23TF U 1
AF RR1GW23JQ C 317
BS 1 734 RR1GW23TF
BS 735 753 RR1GW23JQ

RD RR1GW23TF 738 0 0
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GAGCTCAGCGACAGAAACTGATGGATACCGTCTCTTCTCTCTTCCACGGGAAGCTCCATA
TCCTTGTAAACAATGTTGGGACGAACATCAGGAAACCAATGGTAGATTTCACTCCTGAAG
AGTTTTCAACTCTCCTTTCTACCAATTTCGAATCGGTTTTTCATTTATGCCAACTTGCTT
ATCCGATGCTTAGAGCAACCGAGGCTGCAACCGTTGTCTCCATCTCCTCTGTTTCTGGTT
TTGTCTCTCTCAAGAATATGTCTGTCCAATCTGCAACCAAAGGTGCGATCAGTCAACTTA
CGAGAAACTTAGCTTGCGAGTGGGCCAAGGACAATATAAGGGTCAATGCTGTTGCTCCCT
GGTATATCAAGACATCTATGGTGGAGCAAGTTCTTAGCAACAAAGACTACTTGGATGAAG
TTTACTCTGTAACTCCTCTTGGTCGGCTTGGCGAACCGAAAGAAGTGTCTTCTGCTGTGG
CCTTTCTGTGCCTACCTGCATCATCCTATATCACAGGGCAGATTATATGTGTTGATGGAG
GAATGTCTATTAACGGTTTCTCACCACGACATGATTAGTTACCCACTCTTAATAACATTT
ATTAGTTTCCTTCGTGATCCTTATCCGTCATATGCGACTTTTTAACAGCTTTCTGCCTTC
TGTGTTTTATGAGA
TTGA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1GW23JQ 437 0 0
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CGAGTGGGCCAAGGACAATATAAGGGTCAATGCTGTTGCTCCCTGGTATATCAAGACATC
TATGGTGGAGCAAGTTCTTAGCAACAAAGACTACTTGGATGAAGTTTACTCTGTAACTCC
TCTTGGTCGGCTTGGCGAACCGAAAGAAGTGTCTTCTGCTGTGGCCTTTCTGTGCCTACC
TGCATCATCCTATATCACAGGGCAGATTATATGTGTTGATGGAGGAATGTCTATTAACGG
TTTCTCACCACGACATGATTAGTTACCCACTCTTAATAACATTTATTAGTTTCCTTCGTG
ATCCTTATCCGTCATATGCGACTTTTTAACAGCTTTCTGCCTTCTGTGTTTTATGAGAAT
GGAAGTTGTTTTCATGT

QA 1 437 1 437
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6299Contig1 1117 2 2 U
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BQ
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DS 

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DS 



AS 1 2

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GACCTTGAGGGAGTCTTCAAGGAGTATGAGAGCAAAAGCTACGAGAAGCTGACTGGAGTG
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BQ
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AF RR1AM33TF U 1
AF RR1AM33JQ C 472
BS 1 767 RR1AM33TF
BS 768 1295 RR1AM33JQ

RD RR1AM33TF 767 0 0
GGGATCCAGTCTCTATCATCGTATCCAAAGTAGGCACCTTTCATCCTCCTCTTCAATGGC
CGATCTCAAGTCAACCTTCCTCAACGTCTACTCCACCCTCAAATCCGACCTCCTCCACGA
CCCTTCCTTCGAATTCACCGATGAATCCCGTCTCTGGGTCGAAAAGGTACACTCTTTTCA
GATTCTTCTCAGATCCGTATCGTGATTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTTATTTGCCAG
ATGTTGGATTACAATGTACCGGGAGGGAAGCTGAATCGTGGTCTCTCTGTCGTGGACAGC
TTCAAGCTTTTGAAGGAAGGTGAAGATTTGACCGAGGAAGAGGTTTTCCTCTCGTGTGCT
CTTGGTTGGTGCATCGAATGGCTTCAAGCTTATTTCCTTGTGCTTGATGACATTATGGAT
AACTCTGTCACTCGACGTGGACAACCTTGCTGGTTCAGAGTTCCTCAGGTTGGTATGGTT
GCCATCAACGATGGGATCTTTCTTCGCAATCACATCCACAGGATCCTCAAGAAGCACTTC
AGGGGAAAGCCTTACTATGTTGACCTCGTTGATCTCTTTAATGAGGTAGAGATGCAAACA
GCTTGCGGCCAGATGATTGATCTGATCACCACCTTCGAAGGCGAAAAGGATTTGGCCAAG
TACTCATTGCCAATCCACCGGCGTATTGTCCAATACAAAACTGCTTATTACTCATTTTAT
CTCCCTGTTGCTTGTGCGTTACTTATGGCGGGCGAAAACTTGGAAAA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1AM33JQ 824 0 0
GGTATGGTTGCCATCAACGATGGGATCTTTCTTCGCAATCACATCCACAGGATCCTCAAG
AAGCACTTCAGGGGAAAGCCTTACTATGTTGACCTCGTTGATCTCTTTAATGAGGTAGAG
ATGCAAACAGCTTGCGGCCAGATGATTGATCTGATCACCACCTTCGAAGGCGAAAAGGAT
TTGGCCAAGTACTCATTGCCAATCCACCGGCGTATTGTCCAATACAAAACTGCTTATTAC
TCATTTTATCTCCCTGTTGCTTGTGCGTTACTTATGGCGGGCGAAAACTTGGAAAACCAT
ATTGATGTGAAGAATGTTCTTGTTGACGTGGGCATCTACTTCCAAGTGCAGGATGATTAT
CTGGATTGTTTTGCTGACCCAGAGACACTTGGCAAGATAGGAACGGATATAGAAGACTTC
AAATGCTCCTGGTTGGTGGTAAAGGCATTGGAACGCTGCAGCAAAGAACAAACTGAGATA
TTATATGAGAACTACGGTAAACCCGACCCATCAAACGTTGCTAAAGTGAAGGAGCTTTAC
AAAGAGCTTGACCTTGAGGGAGTCTTCAAGGAGTATGAGAGCAAAAGCTACGAGAAGCTG
ACTGGAGTGATTGAGGCTCACAAAAGTAAAGCAATCCAAGCAGTGCTCAAATCCTTCTTG
GCTAAGATCTACAAGAGGCAGAAGTAGTCAGTCTTTAAGCCTACCCAGATTATGTCTTTG
ATTCTTCTTTGGTGATTTGTGTAATTCTGTTAAGTGCTCTTCATTTTCTTAAACTAAAAG
TTATCATTTCCACTTTTATCTATTCAAAAAATTTCGTCCCTTTT

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL6301Contig1 1026 2 2 U
GGGATGATGGCTCAGGCCTCTCAAGGTGATCTATCCGTAGGCTTGTTGTCATGGGCACAC
AACTTGTTACCTGTAGTTGGTAATAAGAACTGCAACCCTCAGTCAAGAGATCTCATCCTG
CAGTTAGTTGAGAAAATATTGTCTAATCCAAAGGCTAGGACCATACTTTTAAACGGAGCT
GTTAGGAAGGGAGAGCGATTGATTCCACCTCCCATGTTTGAGATCTTGGTGCGGGTCACA
TTCCCTGCGTCCTCCGCAAGAGTGAAGGCTACAGAGAGGTTTGAGGCAGTGTATCCTTTG
CTCAAGGAAGTGGCTCTTGCTGGTGCACCAGGAAGCAAGGCCATGAAACAAGTCACACAA
CATATATTCACTTTTGCTCTGAGATTAGCTGGAGAAGGGAACCCTGTCCTAGCCAAGGAG
GCTACAGCGATCGCTATATGGGCCGTGACTGAAAACGTGGACTGCTGCAAGCACTGGGAC
AATCTCTACAAGGAGAATCTAGAAGCTAGTGTTGCTGTTCTCAAAAGGCCTGTAGATGAA
TGGAAGGACCGTTCTCTCAAGCTATCATCATCACCTAGTGATACCGCCACTCTCAACCGA
ACTATGAAGAGCTTCAGGCTAAAGAACGAGGAAGCCATCACTGAAGGAAGGGCCAATGGT
TCTCTCTACAAGGAAGCTGACAAGTCATGCAAAGTGATATCAGGGAGACTCTCCCGTGGA
AGTGGCTGCCTCAAAGGAACAGCCATCACTGTTATGGTTCTAGCTGCAGCAGCTGCTGTT
CTATCTTCCAACCCTGAGGTTACAACTGAGCTGAAGAACCTGGTGGACTCATTGGAGCTG
CACCAGTACTATAATCCAATCATCACAGCTTTGAAGAACTAAGAGAGAAGAGAGACAAAA
CAAGCTGAGGACGATAAGTTAATCGTCGGTGTGAGAATTTACTTAAAAAGTTAAAATCCT
TTTACTTCTAAGATACAAAATTTTGAAAAAAATTTGACAATGAGAATAAAGTTATTTCTG
TTTATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1D921TF U 1
AF RR1D921JQ C 322
BS 1 616 RR1D921TF
BS 617 1026 RR1D921JQ

RD RR1D921TF 619 0 0
GGGATGATGGCTCAGGCCTCTCAAGGTGATCTATCCGTAGGCTTGTTGTCATGGGCACAC
AACTTGTTACCTGTAGTTGGTAATAAGAACTGCAACCCTCAGTCAAGAGATCTCATCCTG
CAGTTAGTTGAGAAAATATTGTCTAATCCAAAGGCTAGGACCATACTTTTAAACGGAGCT
GTTAGGAAGGGAGAGCGATTGATTCCACCTCCCATGTTTGAGATCTTGGTGCGGGTCACA
TTCCCTGCGTCCTCCGCAAGAGTGAAGGCTACAGAGAGGTTTGAGGCAGTGTATCCTTTG
CTCAAGGAAGTGGCTCTTGCTGGTGCACCAGGAAGCAAGGCCATGAAACAAGTCACACAA
CATATATTCACTTTTGCTCTGAGATTAGCTGGAGAAGGGAACCCTGTCCTAGCCAAGGAG
GCTACAGCGATCGCTATATGGGCCGTGACTGAAAACGTGGACTGCTGCAAGCACTGGGAC
AATCTCTACAAGGAGAATCTAGAAGCTAGTGTTGCTGTTCTCAAAAGGCCTGTAGATGAA
TGGAAGGACCGTTCTCTCAAGCTATCATCATCACCTAGTGATACCGCCACTCTCAACCGA
ACTATGAAGAGCTTCA
CGC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1D921JQ 705 0 0
GGTGCACCAGGAAGCAAGGCCATGAAACAAGTCACACAACATATATTCACTTTTGCTCTG
AGATTAGCTGGAGAAGGGAACCCTGTCCTAGCCAAGGAGGCTACAGCGATCGCTATATGG
GCCGTGACTGAAAACGTGGACTGCTGCAAGCACTGGGACAATCTCTACAAGGAGAATCTA
GAAGCTAGTGTTGCTGTTCTCAAAAGGCCTGTAGATGAATGGAAGGACCGTTCTCTCAAG
CTATCATCATCACCTAGTGATACCGCCACTCTCAACCGAACTATGAAGAGCTTCAGGCTA
AAGAACGAGGAAGCCATCACTGAAGGAAGGGCCAATGGTTCTCTCTACAAGGAAGCTGAC
AAGTCATGCAAAGTGATATCAGGGAGACTCTCCCGTGGAAGTGGCTGCCTCAAAGGAACA
GCCATCACTGTTATGGTTCTAGCTGCAGCAGCTGCTGTTCTATCTTCCAACCCTGAGGTT
ACAACTGAGCTGAAGAACCTGGTGGACTCATTGGAGCTGCACCAGTACTATAATCCAATC
ATCACAGCTTTGAAGAACTAAGAGAGAAGAGAGACAAAACAAGCTGAGGACGATAAGTTA
ATCGTCGGTGTGAGAATTTACTTAAAAAGTTAAAATCCTTTTACTTCTAAGATACAAAAT
TTTGAAAAAAATTTGACAATGAGAATAAAGTTATTTCTGTTTATT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL6302Contig1 1184 2 2 U
TTTTTTCCATATCTTCTTCCTCCGATTTCTTCTTCGTCTCCGTTCTTCAGATTTTTCTCT
CACTCTCCTGCCTCAAAAGTTGATCTCTGTTTTCATTCACCAACTCCAAGTCTCCAACCT
TGATCAGAGGTTGCTTGAAGGGAGTGATAGAAGGGGAGGAGGAGCTCAAAGAACTTGTCT
TGTTTTGTGAGTATCATGCCGTATTTTATTCAGAGGCTTTTCAATACTTGCAAGTCGTCT
CTGTCACCTAATGGACCTGTGTCTGAGGAGGCCTTAGACAAGGTTCGCAACGTCTTGGAG
AAAATCAAGCCGTCTGATGTTGGTCTCGAACAGGAAGCTCAACTAGTGCGCAACTGGTCT
GGTCCTGGGAGCGATCGTAATGGAAACCATAATTCTCTGCCAGCAATTAAGTACCTTCAT
TTACATGAGTGTGACAGCTTCTCGATTGGAATTTTCTGCATGCCACCTTCGTCAGTCATA
CCACTTCATAACCATCCAGGCATGACTGTGCTAAGTAAGCTCGTTTACGGTTCAATGCAT
GTGAAATCGTATGATTGGGTTGAGACTGATCCATCTGAGCTAGACAATCCATTACAATCA
AGACCTGCAAAGCTGGTGAAGGATACTGATATGACAGCCCCTTGCTCAGCAACCACACTA
TATCCAACAACAGGCGGCAACATCCATTGTTTCAAAGCCATTACTCATTGTGCTATCTTT
GATATCTTATCTCCTCCATACTCTTCTACTCATGGAAGACATTGCAACTACTTCCGTAAA
TCCCCACTACAGGACTTGCCTAGTGAGATTGAAGTGATGAATGGAGAAGTGATCTCAAAC
GTGACATGGCTTGAAGAGTATCAACCTCCAGATAACTTTGTGATATGGAGAGTTCCGTAC
AGAGGCCCTGTGATCAGAAAATGAGACATGGAAAAAAGATTTGAAGCATACAAGACGAGA
GCAGCAAGAAGAAGGAGCTTATCATCAGGAGAATAAAATTACTAAACCGTTCAGAAAGGC
GTTGCTGCTTTGTGGTCAAGAAGGTTCTTACAGACTTGTGAGCTTCAGCCTACTTTACTT
AGAATGTTTTACTATTACATATACATCCTTACGATTACTCTACTATAGTTTAATATGATA
GCTTTTCTCTGTCTTACATAAACACAATTGCTCACAAACAATGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DK07TF U 1
AF RR1DK07JQ C 473
BS 1 690 RR1DK07TF
BS 691 1184 RR1DK07JQ

RD RR1DK07TF 690 0 0
TTTTTTCCATATCTTCTTCCTCCGATTTCTTCTTCGTCTCCGTTCTTCAGATTTTTCTCT
CACTCTCCTGCCTCAAAAGTTGATCTCTGTTTTCATTCACCAACTCCAAGTCTCCAACCT
TGATCAGAGGTTGCTTGAAGGGAGTGATAGAAGGGGAGGAGGAGCTCAAAGAACTTGTCT
TGTTTTGTGAGTATCATGCCGTATTTTATTCAGAGGCTTTTCAATACTTGCAAGTCGTCT
CTGTCACCTAATGGACCTGTGTCTGAGGAGGCCTTAGACAAGGTTCGCAACGTCTTGGAG
AAAATCAAGCCGTCTGATGTTGGTCTCGAACAGGAAGCTCAACTAGTGCGCAACTGGTCT
GGTCCTGGGAGCGATCGTAATGGAAACCATAATTCTCTGCCAGCAATTAAGTACCTTCAT
TTACATGAGTGTGACAGCTTCTCGATTGGAATTTTCTGCATGCCACCTTCGTCAGTCATA
CCACTTCATAACCATCCAGGCATGACTGTGCTAAGTAAGCTCGTTTACGGTTCAATGCAT
GTGAAATCGTATGATTGGGTTGAGACTGATCCATCTGAGCTAGACAATCCATTACAATCA
AGACCTGCAAAGCTGGTGAAGGATACTGATATGACAGCCCCTTGCTCAGCAACCACACTA
TATCCAACAACAGGCGGCAACATCCATTGT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1DK07JQ 712 0 0
CAGTCATACCACTTCATAACCATCCAGGCATGACTGTGCTAAGTAAGCTCGTTTACGGTT
CAATGCATGTGAAATCGTATGATTGGGTTGAGACTGATCCATCTGAGCTAGACAATCCAT
TACAATCAAGACCTGCAAAGCTGGTGAAGGATACTGATATGACAGCCCCTTGCTCAGCAA
CCACACTATATCCAACAACAGGCGGCAACATCCATTGTTTCAAAGCCATTACTCATTGTG
CTATCTTTGATATCTTATCTCCTCCATACTCTTCTACTCATGGAAGACATTGCAACTACT
TCCGTAAATCCCCACTACAGGACTTGCCTAGTGAGATTGAAGTGATGAATGGAGAAGTGA
TCTCAAACGTGACATGGCTTGAAGAGTATCAACCTCCAGATAACTTTGTGATATGGAGAG
TTCCGTACAGAGGCCCTGTGATCAGAAAATGAGACATGGAAAAAAGATTTGAAGCATACA
AGACGAGAGCAGCAAGAAGAAGGAGCTTATCATCAGGAGAATAAAATTACTAAACCGTTC
AGAAAGGCGTTGCTGCTTTGTGGTCAAGAAGGTTCTTACAGACTTGTGAGCTTCAGCCTA
CTTTACTTAGAATGTTTTACTATTACATATACATCCTTACGATTACTCTACTATAGTTTA
ATATGATAGCTTTTCTCTGTCTTACATAAACACAATTGCTCACAAACAATGT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL6303Contig1 455 2 9 U
GGGTCGTACATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGCTCTCCTCGCTCATCTACTCAGAGAAT
TTGTGCAAGGTTGGAAAATGGCAGGACACAAGGTTGCGCATGCCACACTTAAAGGCCCGA
GTGTGGTGAAGGAATTAGTTATCGGTTTGGCGCTGGGTTTAGCTGCTGGTGGTCTCTGGA
AAATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATGACTTGCTCGAGAGAG
GCGAGATCAGCGTTGTCCACCCTGAAGAGTAAAATTCAACACTATGCCACCACTCTCTCG
AGCTCTATTTTTATGTTATTATTATTGTTTCTTGACATCTTAGACAAAAGTTACCTGAGA
GAAAGGGTTGATTGCTTAAGAAATAAACAACAAAACGGATATCTTTGTTAAATTTCAGAA
CATCTTTCTTGATTTTATTTGAATGTTTTTGGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BP70TF U 1
AF RR1EJ17TF U 2
BS 1 73 RR1BP70TF
BS 74 74 RR1EJ17TF
BS 75 181 RR1BP70TF
BS 182 182 RR1EJ17TF
BS 183 270 RR1BP70TF
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BS 272 389 RR1BP70TF
BS 390 390 RR1EJ17TF
BS 391 455 RR1BP70TF

RD RR1BP70TF 455 0 0
GGGTCGTACATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGCTCTCCTCGCTCATCTACTCAGAGAAT
TTGTGCAAGGTTG*AAAATGGCAGGACACAAGGTTGCGCATGCCACACTTAAAGGCCCGA
GTGTGGTGAAGGAATTAGTTATCGGTTTGGCGCTGGGTTTAGCTGCTGGTGGTCTCTGGA
AGATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATGACTTGCTCGAGAGAG
GCGAGATCAGCGTTGTCCACCCTGAAGAGTGAAATTCAACACTATGCCACCACTCTCTCG
AGCTCTATTTTTATGTTATTATTATTGTTTCTTGACATCTTAGACAAAAGTTACCTGAGA
GAAAGGGTTGATTGCTTAAGAAATAAACAGCAAAACGGATATCTTTGTTAAATTTCAGAA
CATCTTTCTTGATTTTATTTGAATGTTTTTGGGAT

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1EJ17TF 454 0 0
GGGTCGTCGTACA
TCTCTCTCTCTCTCTCTTGCTCTCCTCGCTCATCTACTCAGAGAATTTGTGCAAGGTTGG
AAAATGGCAGGACTCAAGGTTGCGCATGCCACACTTAAAGGCCCGAGTGTGGTGAAGGAA
TTAGTTATCGGTTTGGCGCTGGGTTTAGCTGCTGGTGGTCTCTGGAAAATGCACCACTGG
AACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATGACTTGCTCGAGAGAGGCGAGATCAGCGTT
GTCCACCCTGAAGAGTAAAATTCAACACTATGCCACCACTCTCTCGAGCTCTATTTTTAT
GTTATTATTATTGTTTCTTGACATCTTAGACAAAAGTTACCTGAGAGAAAGGGTTGATTG
CTTAAGAAATAAACAACAAAACGGATATCTTTGTTAAATTTCAGAACATCTTTCTTGATT
TTATTTGAATGTTTTTGGGAT

QA 14 454 14 454
DS 



AS 1 2

CO CL6304Contig1 1061 2 4 U
GGTCTCTCCACACTCGCTCACTCTTTCATCTTCTCTCAAGTTCCTTCGGAGCAACTCTTC
CTTCATCGTCGCGTGGATTTCATTTTTCGTTTACACAATCGCTGAAAAATGGAAGGAGAA
GCAGGAAACGGAGGATCTCGGAAACGCATGAAATCTTCTGATGAAGAGGGAAAAGGAGAT
TCGAGAGATGGAATGAGCTTCGATACAACTGTGACTGAAGAAACTGAGACGAAACTTGTT
GCTTCTGATGAGATGGAACTTAACATTGCTCAGATTCTCGACAAGATTGAGAGCTTCACT
CAGACTGTTTCTAATCTGCTCGACACAGGAAAGACAATGTTCAAGGAACTCAGTAACGAA
TTCGAAGAACGCTTGATCATGATACACAAGGAGCATGTTGAGAAATGGCAGGAAGAGATC
AAGGAATTGCGCTTGCTTGATGCATCTAACGAGGAGACTACTTCCCTCTTACACAACGCT
CGCTTCCTCATTCAAAATCCTAACATTGAGCCTTGAGGTAACCATCTAAACCCACAAAGG
AAGTATACTATCAGCCATTACTGACAACATATTACATATCGCCAACATATATGTGTTTAG
TTGGAAAAATTAGATTTGCACGATTTAAAAGCTGTATCATATTCTGAAGGAACACATGGA
ACAATCTTATCATGAACCTTCTCAGATAAATCCAGAATTGTGTTTTTTTATTTTTCGGTG
AGATTTTGAATGTTAATAACTTAGTATAAAAATGACTCCCCTTAACGGATAACTTCACCA
AGGTTGTGGACCAAACCATTCATATGAATTATCTACTCGGTTAAACTCACTGAGATAAAA
AAGAAAAGAAGGTATGGTTTATTCGTGAGAGTGAGGTTTAGGTGTTAATTAGCTTCTACC
ATCATCCTTCTGCAAAAGAATAATAAAAAAAAATTCTGCCGTTGCGTTATGACGACAAGA
CATAATGTCGGGTCGTTACCAACTTTCTGGCTTATCTATTTACACGCTAACGGCCCTGAC
TATGTTTACGTGACCCCACCGTCATTACAATATATAATGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DB66TF U 1
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DS 

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GAGGAGACTACTTCCTTCTTACACAACGCTCGCTTCCTCATTCAAAATCCTAACATTGAG
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ATTACATATCGCCAACATATATGTGTTTAGTTGGAAAAATTAGATTTGCACGATTTAAAA
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ATCTACTCGGTTAAACTCACTGAGATAAAAAAGAAAAGAAGGTATGGTTTATTCGTGAGA
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AAATTCTGCCGTTGCGTTATGACGACAAGACATAATGTCGGGTCGTTACCAACTTTCTGG
CTTATCTATTTACACGCTAACGGCCCTGACTATGTTTACGTGACCCCACCGTCATTACAA
TATATAATGCC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

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CCATTCTCATAATCATCCTTAAATCATCAACAACAACATCCCAATCACATCTCTGCAGAA
CTTCTTGCGGTGACATTCCAATAAACTATCCTTTTGGCATCGACGAAGGTTGTGGCAGCC
CTTACTACAGACACATGCTCATTTGTTCCGACAACAACACCAAGCTTGAACTTAGAACAC
CATCTGGTAAATACCCTGTTAAGTCCATAAGCTACTCTGATCCTCACCTTCTTGTATCTG
ATCCATTCATGTGGAACTGTCAAGATCGAGATAACTTTCGACCCACGAGATCTTTCAGCA
TAGATTCAAGCACGCACTTCACTGTCTCCCCTCAAAACGACTACTTGTTCTTCAACTGCG
ATTCAGAGAAAGTGATCGTCGAGCCTAAACCGCTCTTCTGCGAGAGGTTTCCGGATAGAT
GCGACTCGTCATGCGATAGCTCGAGCTATCTGTGCAGACATTTGCCCGAGTGCGGTTCAG
CTTTAGGTTCTAGGGTTTCTTGTTGCTCTTATTACCCGAAAGCAACTCAGTCTCTTAGGC
TGATGCTACAGAACTGCGCGACGTATACAAGTGTGTACTGGAGGAGTACGGGTGCGGGGA
ATGCACCGTATGATCAGTTTCCGGAGTACGGGATTAGGGTTGATTTCGAGTTCCCGGTGA
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ATACTAACCTCGTAAAGCATAAGCGCATTGGGGCAGTCGCTGGAACGGTGACGGCGGTTT
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CCAAAGCTCCGGTCACTTGTGGAGTTCAAAGCAATGAGAACAGAATTTTCTGAAAGCATG
AAAACATGTTTTAAAAAAAAGAATTAGGAAAAAGCACAATCACACTCTTCTTTTGTCTTT
TTCTTTTCTTCTTTGATTGTGTATACTACAAGTTTGGGATAAAAGAATTTTGTATCTTTT
GATGCGTTTTATATAATTATATATGCAACTTATTCAACC


BQ
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AF RR1E355TF U 1
AF RR1E355JQ C 287
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CTTACTACAGACACATGCTCATTTGTTCCGACAACAACACCAAGCTTGAACTTAGAACAC
CATCTGGTAAATACCCTGTTAAGTCCATAAGCTACTCTGATCCTCACCTTCTTGTATCTG
ATCCATTCATGTGGAACTGTCAAGATCGAGATAACTTTCGACCCACGAGATCTTTCAGCA
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CTTTAGGTTCTAGGGTTTCTTGTTGCTCTTATTACCCGAAAGCAACTCAGTCTCTTAGGC
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TGACTAC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1E355JQ 893 0 0
CACTT
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CTTTCAGCATAGAT*CAAGCACGCACTTCACTGTCTCCCCTCAAAACGACTACTTGTTCT
TCAACTGCGATTCAGAGAAAGTGATCGTCGAGCCTAAACCGCTCTTCTGCGAGAGGTTTC
CGGATAGATGCGACTCGTCATGCGATAGCTCGAGCTATCTGTGCAGACATTTGCCCGAGT
GCGGTTCAGCTTTAGGTTCTAGGGTTTCTTGTTGCTCTTATTACCCGAAAGCAACTCAGT
CTCTTAGGCTGATGCTACAGAACTGCGCGACGTATACAAGTGTGTACTGGAGGAGTACGG
GTGCGGGGAATGCACCGTATGATCAGTTTCCGGAGTACGGGATTAGGGTTGATTTCGAGT
TCCCGGTGACTACGAAGTGCCTTCTTTGCCAAGATACCACTAAAGGTGGTGGGGTTTGTG
GATTTGATACGAGGACTCAGAATTTCTCGTGTCTTTGCAAACAAGGAAATGTCACTACTC
ATTGTAATGATACTAACCTCGTAAAGCATAAGCGCATTGGGGCAGTCGCTGGAACGGTGA
CGGCGGTTTCTGCAGCCGGAGCGATTGGCGTTGGGGGTGGAGTCTTTTGGTACTTGAGGA
AAGTGAGAGCCAAAGCTCCGGTCACTTGTGGAGTTCAAAGCAATGAGAACAGAATTTTCT
GAAAGCATGAAAACATGTTTTAAAAAAAAGAATTAGGAAAAAGCACAATCACACTCTTCT
TTTGTCTTTTTCTTTTCTTCTTTGATTGTGTATACTACAAGTTTGGGATAAAAGAATTTT
GTATCTTTTGATGCGTTTTATATAATTATATATGCAACTTATTCAACC

QA 6 893 6 893
DS 



AS 1 2

CO CL6306Contig1 675 2 2 U
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TCAACAGTCTCTTGATTTGCTCAAGTTTGATCTCCCGTTAACTGTCTCTGTCTCACTAGC
CATGGCAAAGCATCACCCTGATCTGATCATGTGCCGGAAACAACCAGGCATTGCCATCGG
AAGACTGTGCGAGAAATGCGACGGCAAATGCGTGGTTTGTGATTCTTATGTGCGTCCCTG
CACTCTGGTGCGCATCTGTGACGAATGCAACTACGGGTCGTTCCAAGGCCGGTGCGTTAT
CTGCGGAGGGGTTGGGATCTCGGATGCTTACTACTGCAAGGAGTGTACGCAACAGGAGAA
AGACAGAGATGGTTGTCCTAAGATCGTCAACCTTGGGAGTGCCAAGACCGATCTCTTCTA
TGAGCGTAAGAAATATGGTTTCAAAAAACGATGATGATAATATGGGTTGTTTCCCCGATT
CGCAGGACAAGCGTGTGCTTGCTAGAACACTATTTGGATGTCCTATGCTATGTGTAAAAC
TTGTTGATTAATGTTCCAGAGAATCTAAAGATGTTTGGGGTACAAAAACCAGAAATAATG
CTTTGTTTTTCTTTGATGATGTAGACTTTGTGTTACATTTAGGGGTTTGATATATTTACG
TGACTATATATAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC70TF U 1
AF RR1EC70JQ C 415
BS 1 582 RR1EC70TF
BS 583 675 RR1EC70JQ

RD RR1EC70TF 582 0 0
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TCAACAGTCTCTTGATTTGCTCAAGTTTGATCTCCCGTTAACTGTCTCTGTCTCACTAGC
CATGGCAAAGCATCACCCTGATCTGATCATGTGCCGGAAACAACCAGGCATTGCCATCGG
AAGACTGTGCGAGAAATGCGACGGCAAATGCGTGGTTTGTGATTCTTATGTGCGTCCCTG
CACTCTGGTGCGCATCTGTGACGAATGCAACTACGGGTCGTTCCAAGGCCGGTGCGTTAT
CTGCGGAGGGGTTGGGATCTCGGATGCTTACTACTGCAAGGAGTGTACGCAACAGGAGAA
AGACAGAGATGGTTGTCCTAAGATCGTCAACCTTGGGAGTGCCAAGACCGATCTCTTCTA
TGAGCGTAAGAAATATGGTTTCAAAAAACGATGATGATAATATGGGTTGTTTCCCCGATT
CGCAGGACAAGCGTGTGCTTGCTAGAACACTATTTGGATGTCCTATGCTATGTGTAAAAC
TTGTTGATTAATGTTCCAGAGAATCTAAAGATGTTTGGGGTA

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1EC70JQ 261 0 0
TTTT
TATGAGCGTAAGAAATATGGTTTCAAAAAACGATGATGATAATATGGGTTGTTTCCCCGA
TTCGCAGGACAAGCGTGTGCTTGCTAGAACACTATTTGGATGTCCTATGCTATGTGTAAA
ACTTGTTGATTAATGTTCCAGAGAATCTAAAGATGTTTGGGGTACAAAAACCAGAAATAA
TGCTTTGTTTTTCTTTGATGATGTAGACTTTGTGTTACATTTAGGGGTTTGATATATTTA
CGTGACTATATATAGTC

QA 5 261 5 261
DS 



AS 1 2

CO CL6307Contig1 1076 2 6 U
GGATTAGCTCTGCTTCTGATGGGTTGAGAAGTGGGAACGCTCCTGTGGGGTCGAGAGAGG
GAACAGGAGGTGCTTATTTCATGCAGGCTTCGTCTGGGAACAAGTACGTTGGTGTGTTTA
AGCCTATAGATGAGGAGCCAACGGCTGAGAACAATCCACACGGCTTACCGCTTTCGCCCA
ACGGAGAAGGTTTGAAGAAAGGGACGAAGGTTGGAGAAGGTGCGTTGAGGGAAGTCGCTG
CTTACTTGTTAGATCATCCCAAAAGTGGTGAAGAGAGAGGTTTCGCTGGCGTGCCTCCCA
CGGCTATGGTTGAATGCTTGCACCCTGGTTTTAACCATCCGAAAGGGGTTAAGACCAAGA
TTGGATCGCTTCAGATGTTTACTGAGAATGATGGTAGCTGTGAAGATATGGGTCCAGCTT
CGTTTCCTGTGGAGGAGGTTCACAAGATCTCTGTGCTGGATATTAGACTGGCTAACGCAG
ATAGGCATGGTGGTAATATTTTAATGAGAAAAGACAAAGAAGGAAATGTTGTTCTGGTTC
CCATTGATCATGGTTACTGCTTACCTGAAAGCTTTGAGGATTGCACGTTCGAGTGGCTTT
ACTGGTCCCAAGCCAGGAAACCATACTCTAGCGAGACACTAGACTACATAAGATCACTTA
ACGCCGAGGAAGATATCAACCTCCTGAAGTTCCATGGATGGAAGATGCCATTGAAAACTG
CTAGAACACTCAGAACCTCAACGATGCTTCTGAAGAAAGGAGCAGAGAGAGGATTGACAG
CGTTTGAGATTGGGAACATGATGTGCAGAGAAACTCTGAGCAAGAAGTCTCTAGTGGAGG
AGATGGCGGAGGAAGCTCAAGAGGCTGTGCTTCCCGGGACTAGCGAGGGTGCATTCCTTG
AAGCCTTGTCTGATGTGATGGATTACCATCTTGATGAAGTGGTTCGCTCTCAGGAACACT
AGAATTGGTTCTTGTGTGAATCGTTACACTCTTAACTACTTGGAATTATGGTACATATAC
ACTCTTGTTTGGTTTGCCTTTATATAAAAATCCGTGGCTTTTGTTTCTCAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ62TF U 1
AF RR1CJ62JQ C 321
BS 1 716 RR1CJ62TF
BS 717 717 RR1CJ62JQ
BS 718 736 RR1CJ62TF
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BS 738 749 RR1CJ62TF
BS 750 1076 RR1CJ62JQ

RD RR1CJ62TF 749 0 0
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GAACAGGAGGTGCTTATTTCATGCAGGCTTCGTCTGGGAACAAGTACGTTGGTGTGTTTA
AGCCTATAGATGAGGAGCCAACGGCTGAGAACAATCCACACGGCTTACCGCTTTCGCCCA
ACGGAGAAGGTTTGAAGAAAGGGACGAAGGTTGGAGAAGGTGCGTTGAGGGAAGTCGCTG
CTTACTTGTTAGATCATCCCAAAAGTGGTGAAGAGAGAGGTTTCGCTGGCGTGCCTCCCA
CGGCTATGGTTGAATGCTTGCACCCTGGTTTTAACCATCCGAAAGGGGTTAAGACCAAGA
TTGGATCGCTTCAGATGTTTACTGAGAATGATGGTAGCTGTGAAGATATGGGTCCAGCTT
CGTTTCCTGTGGAGGAGGTTCACAAGATCTCTGTGCTGGATATTAGACTGGCTAACGCAG
ATAGGCATGGTGGTAATATTTTAATGAGAAAAGACAAAGAAGGAAATGTTGTTCTGGTTC
CCATTGATCATGGTTACTGCTTACCTGAAAGCTTTGAGGATTGCACGTTCGAGTGGCTTT
ACTGGTCCCAAGCCAGGAAACCATACTCTAGCGAGACACTAGACTACATAAGATCACTTA
ACGCCGAGGAAGATATCAACCTCCTGAAGTTCCATGGATGGAAGATGCCATTGAAA*CTG
CTAGAACACTCAGAAC*TCAACGATGCTT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1CJ62JQ 756 0 0
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ACTGAGAATGATGGTAGCTGTGAAGATATGGGTCCAGCTTCGTTTCCTGTGGAGGAGGTT
CACAAGATCTCTGTGCTGGATATTAGACTGGCTAACGCAGATAGGCATGGTGGTAATATT
TTAATGAGAAAAGACAAAGAAGGAAATGTTGTTCTGGTTCCCATTGATCATGGTTACTGC
TTACCTGAAAGCTTTGAGGATTGCACGTTCGAGTGGCTTTACTGGTCCCAAGCCAGGAAA
CCATACTCTAGCGAGACACTAGACTACATAAGATCACTTAACGCCGAGGAAGATATCAAC
CTCCTGAAGTTCCATGGATGGAAGATGCCATTGAAAACTGCTAGAACACTCAGAACCTCA
ACGATGCTTCTGAAGAAAGGAGCAGAGAGAGGATTGACAGCGTTTGAGATTGGGAACATG
ATGTGCAGAGAAACTCTGAGCAAGAAGTCTCTAGTGGAGGAGATGGCGGAGGAAGCTCAA
GAGGCTGTGCTTCCCGGGACTAGCGAGGGTGCATTCCTTGAAGCCTTGTCTGATGTGATG
GATTACCATCTTGATGAAGTGGTTCGCTCTCAGGAACACTAGAATTGGTTCTTGTGTGAA
TCGTTACACTCTTAACTACTTGGAATTATGGTACATATACACTCTTGTTTGGTTTGCCTT
TATATAAAAATCCGTGGCTTTTGTTTCTCAAAAAAA

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL6308Contig1 1003 2 2 U
GGATGGTGGGGTTTTCTATTTTCTCCTTATCAAGAATCCTCTGATCAGTCAAGTACCCAT
CAATCAATCAAATCCCCAAACACTCACAAAACAAGAAGATCAGCTTCCAGCGTCGATCGA
AGGTTTTTTTCTTCTTACAAAAAATGTCTATGTCGTCTATGTCTTCTCCTTCCTCAGCTG
TTTTTTCGCCAGAGCACCTCTCTCCTTCCGACCATCTCTGCTATGTCCAATGCAACTTTT
GTGAGACAATTCTTGCGGTTAGTGTTCCTTACACAAGCATGTTCAAGACCGTAACCGTCC
GATGCGGTTGCTGTACTAATCTTCTATCTGTGAACATGAGATCGGCTGGCCTCCCAGCTT
CTAACCAGCTGCAGCTCCAGCTTGGTCCTCACTCTTACTTCAATACCCAGAATATTCTGG
ATATTAAATGGTACTGAAGGAGGAGCTGAGAGATGCACCATCAAACATGAACATGATGGT
GATGAATCAACATCCGAATATGAATGACATACCGTCTTTCATGAATATTCATCAACAACA
TGAGATTCCTAAAGCACCACCCGTTAACCGCCCTCCAGAAAAGACAGAGAGTCCCATCCG
CATATAACCGACTTATCAAGGAGGAGATCCAACGTATCAAAGCTGGTAATCCTGATATAA
GCCACAGAGAAGCCTTTAGTGCTGCTGCCAAGAATTGGGCCCACTTCCCTCACGTACACT
TCGGACTGGCACCAGACAATCAACCCGTGAAGAAAACCAACATGCCCCAACAGGAGGGGG
AGGATAACGTGGGGATGAAAGAAGGGTTTTACGCTCCTGCGGCTAACATTGGTGTGGCTC
CTTACTAAAGACAAATATAATCGATAAGTATTCGAGAATTTGAATCCAATATCTGTAAGA
TTTATGTTGTCCAAAAAGCTGGGTTTCTTTTATGTATTATGTATGCATGCGTCTACTTCT
TTGAGTGATCAAAATCTTTCTAATTAATGAGGTTTATTATGTT


BQ
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AF RR1GF19TF U 1
AF RR1GF19JQ C 322
BS 1 616 RR1GF19TF
BS 617 1003 RR1GF19JQ

RD RR1GF19TF 616 0 0
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CAATCAATCAAATCCCCAAACACTCACAAAACAAGAAGATCAGCTTCCAGCGTCGATCGA
AGGTTTTTTTCTTCTTACAAAAAATGTCTATGTCGTCTATGTCTTCTCCTTCCTCAGCTG
TTTTTTCGCCAGAGCACCTCTCTCCTTCCGACCATCTCTGCTATGTCCAATGCAACTTTT
GTGAGACAATTCTTGCGGTTAGTGTTCCTTACACAAGCATGTTCAAGACCGTAACCGTCC
GATGCGGTTGCTGTACTAATCTTCTATCTGTGAACATGAGATCGGCTGGCCTCCCAGCTT
CTAACCAGCTGCAGCTCCAGCTTGGTCCTCACTCTTACTTCAATACCCAGAATATTCTGG
ATATTAAATGGTACTGAAGGAGGAGCTGAGAGATGCACCATCAAACATGAACATGATGGT
GATGAATCAACATCCGAATATGAATGACATACCGTCTTTCATGAATATTCATCAACAACA
TGAGATTCCTAAAGCACCACCCGTTAACCGCCCTCCAGAAAAGACAGAGAGTCCCATCCG
CATATAACCGACTTAT

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1GF19JQ 682 0 0
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TTGGTCCTCACTCTTACTTCAATACCCAGAATATTCTGGATATTAAATGGTACTGAAGGA
GGAGCTGAGAGATGCACCATCAAACATGAACATGATGGTGATGAATCAACATCCGAATAT
GAATGACATACCGTCTTTCATGAATATTCATCAACAACATGAGATTCCTAAAGCACCACC
CGTTAACCGCCCTCCAGAAAAGACAGAGAGTCCCATCCGCATATAACCGACTTATCAAGG
AGGAGATCCAACGTATCAAAGCTGGTAATCCTGATATAAGCCACAGAGAAGCCTTTAGTG
CTGCTGCCAAGAATTGGGCCCACTTCCCTCACGTACACTTCGGACTGGCACCAGACAATC
AACCCGTGAAGAAAACCAACATGCCCCAACAGGAGGGGGAGGATAACGTGGGGATGAAAG
AAGGGTTTTACGCTCCTGCGGCTAACATTGGTGTGGCTCCTTACTAAAGACAAATATAAT
CGATAAGTATTCGAGAATTTGAATCCAATATCTGTAAGATTTATGTTGTCCAAAAAGCTG
GGTTTCTTTTATGTATTATGTATGCATGCGTCTACTTCTTTGAGTGATCAAAATCTTTCT
AATTAATGAGGTTTATTATGTT

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL6309Contig1 702 2 2 U
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AATCAGATTCATCCGATCTGACTCTCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAGTGTAATCA
TTACTTTCATAACAAACTGAAGCCTTCCAAGCTTTGTTGGACTACCATGTACAGAAAGCA
GCACAAGAAGGATGCAGCTCAAGAAGCTGTGAAGAAGAGGAGACGTGCTACCAAGAAGCC
CTACTCAAGGTCTATTGTTGGTGCTACCTTGGAAGTGATTCAGAAGAAGAGAGCTGAGAA
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GAAGACAAAGGATGAGAAGAAGGCAAAGAAGGCTGAGTTTGCTTCAAAGCAACAGAAGAT
TCAGGCTAAGATCCCCAAGGCTGCTGCCAAGGGAGGTCCTAAGTTGGGAGGTGGTGGTGG
CAAACGCTGAAGAACCCTTGCTTTTCACTCTTGTGTTTCTCTGCCAGTGTGCTACTATTT
TTAGTTTATGTTGATTTCAGAATATCCCGCAGAACGTAAACCTTTTGTTATTGGCGTTTG
TCTCTTTACTTTTAAGCAACTCTTATAATCGCAAGACTTGAG


BQ
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AF RR1GG27TF U 1
AF RR1GG27JQ C 328
BS 1 630 RR1GG27TF
BS 631 702 RR1GG27JQ

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CATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTGTCGTTTCAGTGGCCACAAGATTTACCCAGGAAGGGG
AATCAGATTCATCCGATCTGACTCTCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAGTGTAATCA
TTACTTTCATAACAAACTGAAGCCTTCCAAGCTTTGTTGGACTACCATGTACAGAAAGCA
GCACAAGAAGGATGCAGCTCAAGAAGCTGTGAAGAAGAGGAGACGTGCTACCAAGAAGCC
CTACTCAAGGTCTATTGTTGGTGCTACCTTGGAAGTGATTCAGAAGAAGAGAGCTGAGAA
GCCTGAAGTCCGTGATGCTGCAAGAGAAGCTGCTCTTCGTGATATCAAGGAGAGAATTAA
GAAGACAAAGGATGAGAAGAAGGCAAAGAAGGCTGAGTTTGCTTCAAAGCAACAGAAGAT
TCAGGCTAAGATCCCCAAGGCTGCTGCCAAGGGAGGTCCTAAGTTGGGAGGTGGTGGTGG
CAAACGCTGAAGAACCCTTGCTTTTCACTCTTGTGTTTCTCTGCCAGTGTGCTACTATTT
TTAGTTTATGTTGATTTCAGAATATCCCGC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1GG27JQ 375 0 0
CTTGGAAGTGATTCAGAAGAAGAGAGCTGAGAAGCCTGAAGTCCGTGATGCTGCAAGAGA
AGCTGCTTTTCGTGATATCAAGGAGAGAATTAAGAAGACAAAGGATGAGAAGAAGGCAAA
GAAGGCTGAGTTTGCTTCAAAGCAACAGAAGATTCAGGCTAAGATCCCCAAGGCTGCTGC
CAAGGGAGGTCCTAAGTTGGGAGGTGGTGGTGGCAAACGCTGAAGAACCCTTGCTTTTCA
CTCTTGTGTTTTTCTGCCAGTGTGCTACTATTTTTAGTTTATGTTGATTTCAGAATATCC
CGCAGAACGTAAACCTTTTGTTATTGGCGTTTGTCTCTTTACTTTTAAGCAACTCTTATA
ATCGCAAGACTTGAG

QA 1 375 1 375
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6311Contig1 753 2 1 U
GGAACACAAAGGAGAAGGAGGAAAATGCGTCTTCTCACTTCACGCCGTCACCATGACTCC
ACCGACTGGAGCATACGCCGTCGACCTTCCTAGCCATCATCACAACACCGGATTACCTGC
CGGGAACAGGTTGGCTGGTCGAAACGCCAACATCACACAAGCTCTTCATCTCCTGTGTTT
CGACGATCGGAGAGCATGCCTCGATCTGTTCGAGATCTCGTCCAACGCCATCTGCCACAA
ACTCAGAAGAAGAAAGCTTCACATCAATCTCCTCACCACGCCACTGAGAGAATCAATCGT
CCCTCTGACGAGATCTCATCCGCTTTCTCCATGAACCCATCAACAACAACCATCATTTTT
AAAGGAACAAAGACTGACTGGTCTGTGGTCGGAAGCGGGCGATGCAAAACTGAAAATTTC
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CAAAAAGTCGAGCCGATATAGATATAGACATGCACATAAAAGAACAAAAACAAGAACCGG
ACCGACGGTGGCTAAACAAACCAACTCCGTCGACCGGAGAACCTAAGCTTCGTTGGTTGT
CGCTTTCTTTTTAGAGATGGGAGAGTTTTTTCTTTTATCTAGCTTTGTTTCATGTCTTGG
TGGTTGTTAATGATTTATGTTGAGGATTTGCATTAGTGATAAAATCATTTCATGTTCCCT
TGAATAAAACCAGCACTAGAATTTACGCGAGCC


BQ
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AF RR1EW06TF U 1
AF RR1EW06JQ C 310
BS 1 753 RR1EW06TF

RD RR1EW06TF 753 0 0
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ACCGACTGGAGCATACGCCGTCGACCTTCCTAGCCATCATCACAACACCGGATTACCTGC
CGGGAACAGGTTGGCTGGTCGAAACGCCAACATCACACAAGCTCTTCATCTCCTGTGTTT
CGACGATCGGAGAGCATGCCTCGATCTGTTCGAGATCTCGTCCAACGCCATCTGCCACAA
ACTCAGAAGAAGAAAGCTTCACATCAATCTCCTCACCACGCCACTGAGAGAATCAATCGT
CCCTCTGACGAGATCTCATCCGCTTTCTCCATGAACCCATCAACAACAACCATCATTTTT
AAAGGAACAAAGACTGACTGGTCTGTGGTCGGAAGCGGGCGATGCAAAACTGAAAATTTC
CGCCTCCCGGAGTCATTAGCCGGCGATGAAGCGGTTGGAACAACCTCTTTCTCCCGGAGC
CAAAAAGTCGAGCCGATATAGATATAGACATGCACATAAAAGAACAAAAACAAGAACCGG
ACCGACGGTGGCTAAACAAACCAACTCCGTCGACCGGAGAACCTAAGCTTCGTTGGTTGT
CGCTTTCTTTTTAGAGATGGGAGAGTTTTTTCTTTTATCTAGCTTTGTTTCATGTCTTGG
TGGTTGTTAATGATTTATGTTGAGGATTTGCATTAGTGATAAAATCATTTCATGTTCCCT
TGAATAAAACCAGCACTAGAATTTACGCGAGCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1EW06JQ 444 0 0
GAGATTTCATCCGCTTTCTCCATGAACCCATCAACAACAACCATCATTTTTAAAGGAACA
AAGACTGACTGGTCTGTGGTCGGAAGCGGGCGATGCAAAACTGAAAATTTCCGCCTCCCG
GAGTCATTAGCCGGCGATGAAGCGGTTGGAACAACCTCTTTCTCCCGGAGCCAAAAAGTC
GAGCCGATATAGATATAGACATGCACATAAAAGAACAAAAACAAGAACCGGACCGACGGT
GGCTAAACAAACCAACTCCGTCGACCGGAGAACCTAAGCTTCGTTGGTTGTCGCTTTCTT
TTTAGAGATGGGAGAGTTTTTTCTTTTATCTAGCTTTGTTTCATGTCTTGGTGGTTGTTA
ATGATTTATGTTGAGGATTTGCATTAGTGATAAAATCATTTCATGTTCCCTTGAATAAAA
CCAGCACTAGAATTTACGCGAGCC

QA 1 444 1 444
DS 



AS 1 2

CO CL6312Contig1 1355 2 6 U
GTTACTACCTTTCTTTCTTATCATTTTCTCGTGTTTCATCGCGCTTTCATCATCAAGAAG
ATCATTAATCAACCATCCTCAAACAAACCTTCCAAGATCCGGTTTTAGATTAACTCTAAA
ACACGTGGACTCCGGTAAAAACCTCACAAAGATCCAAAAGATCCAAAGAGGGATTAGCCG
TGGATCCCACAGACTGAACAGGTTAGGAGCTGCGGCTGTTTTGGCTGTAGCCTCTGGTCC
TGATGATACCAACAACATCAAAGCACCTACACATGGAGGAAGCGGTGAGTTTCTCATGGA
TCTAGCTATAGGAAACCCTCCGGTTAAGTACTCCGCTATAGTCGATACCGGAAGTGACCT
TATATGGACGCAGTGCCAGCCTTGCACCCAATGTTTCGACCAACCAACTCCGATCTTCGA
CCCGAAAACTTCTTCCTCTTACTCAAAAGTAGGATGCTCTTCTGGTCTTTGTGACGCCTT
GCCTCGATCCGGTTGCAACAAAGACAAAGGTGCTTGTGAGTATGTGTATACATATGGAGA
TTACTCGTCCACGAGAGGGATCTTGGCCATGGAAACGTTTACTTTTGATGACGAGAACTC
GGTTTCGGGTATAGGGTTTGGTTGTGGGGATGTGAACAAAGGAGACGGGTTCTCTCAAGG
TTCAGGTCTTGTAGGTCTTGGACGTGGACCACTCTCTCTTATCTCTCAGCTCAAGGAGAC
TAAGTTCTCTTATTGCTTAACATCTATTGAGGATAGTGAGGCATCTAGCTCGCTGTTTAT
TGGCTCTCTAGCTTCGAATATCGTTAAGAAAACAGGTGCAAGTTTGGCAGGTGAAGTCAC
CAAAACGATGTCGCTGCTACGAAACCCTAACCAGCCTTCTTTCTATTACCTTGACTTACA
AGGCATCACCGTAGGATCAAAACGCCTGCCCATTGAAAAGTCTACTTTCGAACTAGCGGA
AGATGGAACAGGTGGTATGATCATCGACTCTGGCACGACCATCACGTACCTCGAGGAGGC
AGCGTTTAAGGCCTTGAGTAAGGAGTTTACTTCTCGGATGAGTTTACCGGTCGATGACTC
GGGATCCACAGGACTTGACTTGTGCTACACGTTACCTAGTAACGCGAGGAAAATTTCTGT
TCCTAAGCTCGTTTTTCATTTCAAAGACGCGGATTTGGAGCTTCCGGGGGAGAACTACAT
GGTGGCGGATTCGAGTACAGGCGTTTTGTGTTTGGCCATGGGAAGTTCTAATGGGATGTC
TATCTTCGGAAATGTTCAGCAGCAGAATTTTAATGTAGTTCATGATCTTGAGAAAGATAC
CGTGTCGTTTGTTCCCACTGAATGTGGAAAATTGC


BQ
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AF RR1EG18TF U 1
AF RR1EG18JQ C 631
BS 1 674 RR1EG18TF
BS 675 675 RR1EG18JQ
BS 676 778 RR1EG18TF
BS 779 779 RR1EG18JQ
BS 780 790 RR1EG18TF
BS 791 1355 RR1EG18JQ

RD RR1EG18TF 790 0 0
GTTACTACCTTTCTTTCTTATCATTTTCTCGTGTTTCATCGCGCTTTCATCATCAAGAAG
ATCATTAATCAACCATCCTCAAACAAACCTTCCAAGATCCGGTTTTAGATTAACTCTAAA
ACACGTGGACTCCGGTAAAAACCTCACAAAGATCCAAAAGATCCAAAGAGGGATTAGCCG
TGGATCCCACAGACTGAACAGGTTAGGAGCTGCGGCTGTTTTGGCTGTAGCCTCTGGTCC
TGATGATACCAACAACATCAAAGCACCTACACATGGAGGAAGCGGTGAGTTTCTCATGGA
TCTAGCTATAGGAAACCCTCCGGTTAAGTACTCCGCTATAGTCGATACCGGAAGTGACCT
TATATGGACGCAGTGCCAGCCTTGCACCCAATGTTTCGACCAACCAACTCCGATCTTCGA
CCCGAAAACTTCTTCCTCTTACTCAAAAGTAGGATGCTCTTCTGGTCTTTGTGACGCCTT
GCCTCGATCCGGTTGCAACAAAGACAAAGGTGCTTGTGAGTATGTGTATACATATGGAGA
TTACTCGTCCACGAGAGGGATCTTGGCCATGGAAACGTTTACTTTTGATGACGAGAACTC
GGTTTCGGGTATAGGGTTTGGTTGTGGGGATGTGAACAAAGGAGACGGGTTCTCTCAAGG
TTCAGGTCTTGTAG*TCTTGGACGTGGACCACTCTCTCTTATCTCTCAGCTCAAGGAGAC
TAAGTTCTCTTATTGCTTAACATCTATTGAGGATAGTGAGGCATCTAGCTCGCTGTTT*T
TGGCTCTCTA

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1EG18JQ 725 0 0
TGTGAACAAAGGAGACGGGTTCTCTCAAGGTTCAGGTCTTGTAGGTCTTGGACGTGGACC
ACTCTCTCTTATCTCTCAGCTCAAGGAGACTAAGTTCTCTTATTGCTTAACATCTATTGA
GGATAGTGAGGCATCTAGCTCGCTGTTTATTGGCTCTCTAGCTTCGAATATCGTTAAGAA
AACAGGTGCAAGTTTGGCAGGTGAAGTCACCAAAACGATGTCGCTGCTACGAAACCCTAA
CCAGCCTTCTTTCTATTACCTTGACTTACAAGGCATCACCGTAGGATCAAAACGCCTGCC
CATTGAAAAGTCTACTTTCGAACTAGCGGAAGATGGAACAGGTGGTATGATCATCGACTC
TGGCACGACCATCACGTACCTCGAGGAGGCAGCGTTTAAGGCCTTGAGTAAGGAGTTTAC
TTCTCGGATGAGTTTACCGGTCGATGACTCGGGATCCACAGGACTTGACTTGTGCTACAC
GTTACCTAGTAACGCGAGGAAAATTTCTGTTCCTAAGCTCGTTTTTCATTTCAAAGACGC
GGATTTGGAGCTTCCGGGGGAGAACTACATGGTGGCGGATTCGAGTACAGGCGTTTTGTG
TTTGGCCATGGGAAGTTCTAATGGGATGTCTATCTTCGGAAATGTTCAGCAGCAGAATTT
TAATGTAGTTCATGATCTTGAGAAAGATACCGTGTCGTTTGTTCCCACTGAATGTGGAAA
ATTGC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL6313Contig1 813 2 2 U
GGAGAGCATCTACATCTTCACTATATATTTTACTCCAAAATAGAATAGGGATGGAGATCT
CTTTAATGCATTTGATATGTTGCCTTGTAACTAGCTCGTAGTAAGATGTAGACAATCAAC
ACGGTCTGGTTCGCTCTTCTGGAAATATTCAGGTCATGGATCAAATTCATATTGTTTGGC
TAAGTCTGCGTTTGACACACCGTGTGCTCATGTGGATGATGATGTTGACTGATCCCGTAC
GTGTGTCTTGGATATTGGTTAAAAAGCTTTTGATGTTTCGTTATTATTCTGCATTTCAAC
TGTGTCATCCAGTTCTCTCTTTGCTTGCTTCACAAGGAAGTAACATGAACATAGTTGGGA
AGATTGCAATCCAATGGGCTACATCTTTTATTCCTTTTAGTCTATAAAACATACTAAATC
AAATTTTAAGATCAGTATCTCTGAAGTGCTTCTCCGAGTCATTGCGTCTTTATTATCACA
CTATAAATTTTAGCATAAAACTTCCAGCCCGGATCCCTTATTCTCTTTTTCCTCTTGTAC
TACTTCATCTCACCAGATTTGTTCAAGAGAGGATGTTTGTTAGACCGCTTTGTATGTCAA
CCGGTTTGGTGGTTATGTTGGAGTTTAGAGCTCTCTCTATAACAGTTGCCAATGGAAAGT
TTCAGTACTAAGTTTCAGATAGTTAGTGGTCGCCGTGACACCAAATTTGAGTTTATGTCA
AGACATTGGTTTCTCCAAGTGATCTTTGACCTTATAAAAAATTTTGTTCTTAAATTCTTT
AGTCGTAAAATTACGTACATTATCATCATGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EN20TF U 1
AF RR1EN20JQ C 133
BS 1 572 RR1EN20TF
BS 573 813 RR1EN20JQ

RD RR1EN20TF 572 0 0
GGAGAGCATCTACATCTTCACTATATATTTTACTCCAAAATAGAATAGGGATGGAGATCT
CTTTAATGCATTTGATATGTTGCCTTGTAACTAGCTCGTAGTAAGATGTAGACAATCAAC
ACGGTCTGGTTCGCTCTTCTGGAAATATTCAGGTCATGGATCAAATTCATATTGTTTGGC
TAAGTCTGCGTTTGACACACCGTGTGCTCATGTGGATGATGATGTTGACTGATCCCGTAC
GTGTGTCTTGGATATTGGTTAAAAAGCTTTTGATGTTTCGTTATTATTCTGCATTTCAAC
TGTGTCATCCAGTTCTCTCTTTGCTTGCTTCACAAGGAAGTAACATGAACATAGTTGGGA
AGATTGCAATCCAATGGGCTACATCTTTTATTCCTTTTAGTCTATAAAACATACTAAATC
AAATTTTAAGATCAGTATCTCTGAAGTGCTTCTCCGAGTCATTGCGTCTTTATTATCACA
CTATAAATTTTAGCATAAAACTTCCAGCCCGGATCCCTTATTCTCTTTTTCCTCTTGTAC
TACTTCATCTCACCAGATTTGTTCAAGAGAGG

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1EN20JQ 681 0 0
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TATTGGTTAAAAAGCTTTTGATGTTTCGTTATTATTCTGCATTTCAACTGTGTCATCCAG
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AATGGGCTACATCTTTTATTCCTTTTAGTCTATAAAACATACTAAATCAAATTTTAAGAT
CAGTATCTCTGAAGTGCTTCTCCGAGTCATTGCGTCTTTATTATCACACTATAAATTTTA
GCATAAAACTTCCAGCCCGGATCCCTTATTCTCTTTTTCCTCTTGTACTACTTCATCTCA
CCAGATTTGTTCAAGAGAGGATGTTTGTTAGACCGCTTTGTATGTCAACCGGTTTGGTGG
TTATGTTGGAGTTTAGAGCTCTCTCTATAACAGTTGCCAATGGAAAGTTTCAGTACTAAG
TTTCAGATAGTTAGTGGTCGCCGTGACACCAAATTTGAGTTTATGTCAAGACATTGGTTT
CTCCAAGTGATCTTTGACCTTATAAAAAATTTTGTTCTTAAATTCTTTAGTCGTAAAATT
ACGTACATTATCATCATGTGG

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

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GTGGAGGATTAACAACTATTGACAGAGATTACGGAATTTTCAACAACATTCATCACGACA
TTGGAACTCACGTGATCCATCATCTTTTCCCACAAATCCCTCACTATCACTTGGTCGATG
CTACAAAAGCAGCTAAACATGTGTTGGGAAGATATTACAGAGAACCAAAGACGTCAGGAG
CAATACCGATCCACTTGGTGGAGAGTTTGGTAGCAAGTATTAAGAAAGATCATTACGTCA
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TCAAATCGAAAATCAAATAACCTTTCTTCCCCCCTTTTTGTTAAGCTCTATTAATAATAA
ACCAGTCTTTTTAAAAACTT


BQ
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AF RR1EA70JQ C 1
AF RR1EA70TF U 1
BS 1 440 RR1EA70TF

RD RR1EA70JQ 440 0 0
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GTGGAGGATTAACAACTATTGACAGAGATTACGGAATTTTCAACAACATTCATCACGACA
TTGGAACTCACGTGATCCATCATCTTTTCCCACAAATCCCTCACTATCACTTGGTCGATG
CTACAAAAGCAGCTAAACATGTGTTGGGAAGATATTACAGAGAACCAAAGACGTCAGGAG
CAATACCGATCCACTTGGTGGAGAGTTTGGTAGCAAGTATTAAGAAAGATCATTACGTCA
GTGACACTGGTGACATTGTCTTCTATGAGACTGATCCAGATCTCTACGTTTATGCTTCTG
TCAAATCGAAAATCAAATAACCTTTCTTCCCCCCTTTTTGTTAAGCTCTATTAATAATAA
ACCAGTCTTTTTAAAAACTT

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR1EA70TF 440 0 0
GTCACCATGGTCATGATGAGAAGCTGCCTTGGTACAGAGGCAAGGAATGGAGTTACCTAC
GTGGAGGATTAACAACTATTGACAGAGATTACGGAATTTTCAACAACATTCATCACGACA
TTGGAACTCACGTGATCCATCATCTTTTCCCACAAATCCCTCACTATCACTTGGTCGATG
CTACAAAAGCAGCTAAACATGTGTTGGGAAGATATTACAGAGAACCAAAGACGTCAGGAG
CAATACCGATCCACTTGGTGGAGAGTTTGGTAGCAAGTATTAAGAAAGATCATTACGTCA
GTGACACTGGTGACATTGTCTTCTATGAGACTGATCCAGATCTCTACGTTTATGCTTCTG
TCAAATCGAAAATCAAATAACCTTTCTTCCCCCCTTTTTGTTAAGCTCTATTAATAATAA
ACCAGTCTTTTTAAAAACTT

QA 1 440 1 440
DS 



AS 1 2

CO CL6315Contig1 1178 2 2 U
GTGCAAGGAGGATCATCGGGTACCGGTTACGGTTTAAAGTATCAGGCGGGATGTATATCG
GATGTGAAAGCCGATACGGATCACACAAGCTTCCTCACTGGAACACTAAGCCTCAAAGAA
GAGAACGAGGTTCATCTGCTACGTTTATCATCTGGTGGATCTGAGCTGGTATGCGAGGGT
TTGTTTTCGCATCCCAATGAGATTTGGGACCTTGCTTCTTCCCCTTTTGATCAACGCATC
TTCTCTACTGTCTTCTCCACTGGCGAGTCATTTGGAGCAGCGATATGGCATATTCCTGAG
CCGTATGGTCAATCAAATTCCTCAACTCTGGACTGTGTTGCCTCCCTTGATGCACATGTT
GGTAAGATTAATTGCGTTCTTTGGTGTCCCTCTGGAAAATCGGACAAGTTAATCAGCATG
GATGAGCAGAATCTTGTGTTGTGGAGTTTAGACTCTTCGAAGAAAAGTGCTGGGGTGGTA
TCTAAGGAGTCGGCTGGTATGCGACATTCTTTATCTGGTGGAGCATGGAATCCACATGAT
GTGAACTCTGTGGCTGCGACTTCTGAATCATCTATCCAGTTCTGGGACTTGCGTACTATG
AAGAATGTTAATTCAATTGAACGTGCTCATGTACGTAATGTAGATTACAACACCAAGAGA
GAACATATACTTGTCAGTGCAGATGATGAATCTGGCATACATATCTGGGATCTTCGGAAA
GCTAAGGTTCCTGTCCAGGAGCTCCCTGGTCATACACACTGGACATGGGCTGTCAGATGT
AACCCTGAGTATGAAGAGCTAATTTTGAGCGTTGGAACAGACTCAGCTGTCAACTTGTGG
TTTGCTTCGGCATCTAGTGAGAAACAAGCCTCAGAAAGGTCTGCGGAAGCATCGCGTCAG
CGTGTGAATCCGTTGCTAAATTCTTATACAGACTACGAAGACAGTGTGTATGGCCTCGTT
TGGAGCTCTCGGGAGCCTTGGATTTTTGCATCATTGTCATACGATGGCAGGGTTGTGATC
GAATCCGTGAAGCCTTTCTTGCCGAGAAGATAGGCACATGTACCAGATCGAAGACCTGCC
TTATCATGTTTTAAAACTCTAAAACAAATTTTGAATTTTTTGAGAAGCACTAGAACAAAA
CCATTATTGTAACCTGTTTGTCTCTTGTCATCCCTGTG


BQ
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AF RR1GP75TF U 1
AF RR1F023TF U 423
BS 1 646 RR1GP75TF
BS 647 1178 RR1F023TF

RD RR1GP75TF 646 0 0
GTGCAAGGAGGATCATCGGGTACCGGTTACGGTTTAAAGTATCAGGCGGGATGTATATCG
GATGTGAAAGCCGATACGGATCACACAAGCTTCCTCACTGGAACACTAAGCCTCAAAGAA
GAGAACGAGGTTCATCTGCTACGTTTATCATCTGGTGGATCTGAGCTGGTATGCGAGGGT
TTGTTTTCGCATCCCAATGAGATTTGGGACCTTGCTTCTTCCCCTTTTGATCAACGCATC
TTCTCTACTGTCTTCTCCACTGGCGAGTCATTTGGAGCAGCGATATGGCATATTCCTGAG
CCGTATGGTCAATCAAATTCCTCAACTCTGGACTGTGTTGCCTCCCTTGATGCACATGTT
GGTAAGATTAATTGCGTTCTTTGGTGTCCCTCTGGAAAATCGGACAAGTTAATCAGCATG
GATGAGCAGAATCTTGTGTTGTGGAGTTTAGACTCTTCGAAGAAAAGTGCTGGGGTGGTA
TCTAAGGAGTCGGCTGGTATGCGACATTCTTTATCTGGTGGAGCATGGAATCCACATGAT
GTGAACTCTGTGGCTGCGACTTCTGAATCATCTATCCAGTTCTGGGACTTGCGTACTATG
AAGAATGTTAATTCAATTGAACGTGCTCATGTACGTAATGTAGATT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1F023TF 756 0 0
G
GAGCAGAATCTTGTGTTGTGGAGTTTAGACTCTTCGAAGAAAAGTGCTGGGGTGGTATCT
AAGGAGTCGGCTGGTATGCGACATTCTTTATCTGGTGGAGCATGGAATCCACATGATGTG
AACTCTGTGGCTGCGACTTCTGAATCATCTATCCAGTTCTGGGACTTGCGTACTATGAAG
AATGTTAATTCAATTGAACGTGCTCATGTACGTAATGTAGATTACAACACCAAGAGAGAA
CATATACTTGTCAGTGCAGATGATGAATCTGGCATACATATCTGGGATCTTCGGAAAGCT
AAGGTTCCTGTCCAGGAGCTCCCTGGTCATACACACTGGACATGGGCTGTCAGATGTAAC
CCTGAGTATGAAGAGCTAATTTTGAGCGTTGGAACAGACTCAGCTGTCAACTTGTGGTTT
GCTTCGGCATCTAGTGAGAAACAAGCCTCAGAAAGGTCTGCGGAAGCATCGCGTCAGCGT
GTGAATCCGTTGCTAAATTCTTATACAGACTACGAAGACAGTGTGTATGGCCTCGTTTGG
AGCTCTCGGGAGCCTTGGATTTTTGCATCATTGTCATACGATGGCAGGGTTGTGATCGAA
TCCGTGAAGCCTTTCTTGCCGAGAAGATAGGCACATGTACCAGATCGAAGACCTGCCTTA
TCATGTTTTAAAACTCTAAAACAAATTTTGAATTTTTTGAGAAGCACTAGAACAAAACCA
TTATTGTAACCTGTTTGTCTCTTGTCATCCCTGTG

QA 2 756 2 756
DS 



AS 1 2

CO CL6316Contig1 840 2 8 U
GGACTACCGACTAATGAGACATTACCTAAAGATCTTCACCCTGTCTTCTTTCTCTTTGTC
GCGGCTCCAAGTGTTGCTTCCATGGCTTGGGCTAAGATCACTGACTCCTTTGACTATGGT
TCCAAAGTTTGTTATTTCATCGCTATGTTCCTCTACTTCTCATTGGCTGTTCGGATTAAT
TTCTTTCGTGGAATCAAATTTTCACTGTCTTGGTGGGCGTATACATTTCCAATGACCGGT
GCTGCAATTGCGACCATCAGGTACGCAACGGTAGTAAAGAGCACCATGACTCAAGTCATG
TGTGTGATCCTCTGCGCCATTGCGACACTAGTCGTTTTCGCACTGCTCATAACCACCATC
ATCCATGCCTTTTTCACCTGCGAACTTTTCCCCAATGACTACGCCATAGCCATCAGCAAC
CGGCCGAGACCCAAACAGAGTAGCCACCACCGCTGGCTGGACCAACTGAGAAACGTGAGC
TCAGAGAACATCGAGAATTACTTGAAGTTCACGGACTCAGACAGCAGTCATAGTAATGAT
CTAGAAGCTGGCAATAATGGCAAAGCTCAAGAGAGCGATTCCGCATAAATCAATACACAC
CATTGAAGAATTTTACAATCCCTGGAATAATCGAGTCTTAGTATCTAAAATTTTGGTTTT
GATGTGTCGTCAGTGTCTCTGACACAAGTGAGGAACCGAGTAGCCTAAGTGTTTGCTTGC
TATGGTTCTAATGAGCATGTGTAAAACTAGTAGTAAACAAATGGTACCTATAGAGGTTAT
CATAATATAGTAGTTATGTAAACGGGTTTTGTTCCAATAAATAAAAAAGTTTTGAGGGTC


BQ
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AF RR1H538TF U 1
AF RR1H538JQ C 316
BS 1 694 RR1H538TF
BS 695 695 RR1H538JQ
BS 696 745 RR1H538TF
BS 746 746 RR1H538JQ
BS 747 760 RR1H538TF
BS 761 761 RR1H538JQ
BS 762 775 RR1H538TF
BS 776 840 RR1H538JQ

RD RR1H538TF 790 0 0
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GCGGCTCCAAGTGTTGCTTCCATGGCTTGGGCTAAGATCACTGACTCCTTTGACTATGGT
TCCAAAGTTTGTTATTTCATCGCTATGTTCCTCTACTTCTCATTGGCTGTTCGGATTAAT
TTCTTTCGTGGAATCAAATTTTCACTGTCTTGGTGGGCGTATACATTTCCAATGACCGGT
GCTGCAATTGCGACCATCAGGTACGCAACGGTAGTAAAGAGCACCATGACTCAAGTCATG
TGTGTGATCCTCTGCGCCATTGCGACACTAGTCGTTTTCGCACTGCTCATAACCACCATC
ATCCATGCCTTTTTCACCTGCGAACTTTTCCCCAATGACTACGCCATAGCCATCAGCAAC
CGGCCGAGACCCAAACAGAGTAGCCACCACCGCTGGCTGGACCAACTGAGAAACGTGAGC
TCAGAGAACATCGAGAATTACTTGAAGTTCACGGACTCAGACAGCAGTCATAGTAATGAT
CTAGAAGCTGGCAATAATGGCAAAGCTCAAGAGAGCGATTCCGCATAAATCAATACACAC
CATTGAAGAATTTTACAATCCCTGGAATAATCGAGTCTTAGTATCTAAAATTTTGGTTTT
GATGTGTCGTCAGTGTCTCTGACACAAGTGAGGA*CCGAGTAGCCTAAGTGTTTGCTTGC
TATGGTTCTAATGAGCATGTGTAAA*CTAGTAGTAAACAA*TGGTACCTATAGAG
TATCATATATAGTAG

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1H538JQ 525 0 0
GCCATTGCGACACTAGTCGTTTTCGCACTGCTCATAACCACCATCATCCATGCCTTTTTC
ACCTGCGAACTTTTCCCCAATGATTACGCCATAGCCATCAGCAACCGGCCGAGACCCAAA
CAGAGTAGCCACCACCGCTGGCTGGACCAACTGAGAAACGTGAGCTCAGAGAACATCGAG
AATTACTTGAAGTTCACGGACTCAGACAGCAGTCATAGTAATGATCTAGAAGCTGGCAAT
AATGGCAAAGCTCAAGAGAGCGATTCCGCATAAATCAATACACACCATTGAAGAATTTTA
CAATCCCTGGAATAATCGAGTCTTAGTATCTAAAATTTTGGTTTTGATGTGTCGTCAGTG
TTTCTGACACAAGTGAGGAACCGAGTAGCCTAAGTGTTTGCTTGCTATGGTTTTAATGAG
CATGTGTAAAACTAGTAGTAAACAAATGGTACCTATAGAGGTTATCATAATATAGTAGTT
ATGTAAACGGGTTTTGTTCCAATAAATAAAAAAGTTTTGAGGGTC

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL6317Contig1 933 2 2 U
GGAACTCAACACTTGAAGAAAATAAAAAAGATTCGATCTTCAAATGGCTTCGGACAAAGA
TATGATCACGAGAATCTCTATTGAGCCTGAGAATCAATCACTTCTCGATCATCACACGGA
GAAACACTTCACCGCTGGAGAAGTCGTTCGTGACATCATCATCGGCGTCTCCGACGGTTT
AACCGTTCCTTTTGCACTCGCCGCCGGGCTCTCCGGTGCTAATGCCTCTTCTTCTATCGT
ACTCACCGCTGGTTTGGCTGAAGTCACTGCAGGCGCTATCTCCATGGGACTCGGCGGGTA
CTTAGCGGCCAAGAGTGAAGCAGATCACTACCGAGAGAGATGAAACGAGAACAAGAAGAG
ATCGTGGCAGTTCCTGAGACTGAGGCAGCTGAGGTGGGAGAGATTCTGGCACAGTATGGT
GTAGAGCCACATGAATCTTCACCGGTTGTTAATGCTCTTCGTAAGAATCCTCAAGCATGG
CTTGATTTTATGATGAGGTTTGAGCTGGGATTAGAGAAGCCGGATCCAAAAAGAGCTTTG
CAAAGCGCGTTCACGATTGCAATCGCTTATTTTCTTGGAGGTTTAGTACCGCTATTTCCC
TACATGTTCATACCGCAAGCCTTAAATGCGGTAGTGGCGTCTGCGGTTATAACTCTGATC
GCTCTCTTCATATTTGGCTATGGAAAAGGACATTTCACCGGCAGCAGACCCTTTAGGAGT
GCGTTTGAAACCACTTTTATAGGAGCGATAGCCTCAGCAGCTGCTTTCTGTTTGGCTAAA
GTGGTGCAACATTAACGATAGCAAAAACTAATGTTGCATTTAATGTTTTAAATTGACTTG
TTTGTTGCATGCAATGTGTGGTGGTTGTCACGGTAAAAGTAAAACTTATTGTGAAAAAGA
AAACCCCAAAAATAAAATAAAAAGCTTTATGCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D858TF U 1
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BS 1 693 RR1D858TF
BS 694 933 RR1D858JQ

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ACTCACCGCTGGTTTGGCTGAAGTCACTGCAGGCGCTATCTCCATGGGACTCGGCGGGTA
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GTAGAGCCACATGAATCTTCACCGGTTGTTAATGCTCTTCGTAAGAATCCTCAAGCATGG
CTTGATTTTATGATGAGGTTTGAGCTGGGATTAGAGAAGCCGGATCCAAAAAGAGCTTTG
CAAAGCGCGTTCACGATTGCAATCGCTTATTTTCTTGGAGGTTTAGTACCGCTATTTCCC
TACATGTTCATACCGCAAGCCTTAAATGCGGTAGTGGCGTCTGCGGTTATAACTCTGATC
GCTCTCTTCATATTTGGCTATGGAAAAGGACAT

QA 1 693 1 693
DS 

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ATCTTCACCGGTTGTTAATGCTCTTCGTAAGAATCCTCAAGCATGGCTTGATTTTATGAT
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GATTGCAATCGCTTATTTTCTTGGAGGTTTAGTACCGCTATTTCCCTACATGTTCATACC
GCAAGCCTTAAATGCGGTAGTGGCGTCTGCGGTTATAACTCTGATCGCTCTCTTCATATT
TGGCTATGGAAAAGGACATTTCACCGGCAGCAGACCCTTTAGGAGTGCGTTTGAAACCAC
TTTTATAGGAGCGATAGCCTCAGCAGCTGCTTTCTGTTTGGCTAAAGTGGTGCAACATTA
ACGATAGCAAAAACTAATGTTGCATTTAATGTTTTAAATTGACTTGTTTGTTGCATGCAA
TGTGTGGTGGTTGTCACGGTAAAAGTAAAACTTATTGTGAAAAAGAAAACCCCAAAAATA
AAATAAAAAGCTTTATGCG

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1A355TF U 1
AF RR1A355JQ C 123
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RD RR1A355TF 289 0 0
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TCTCAGCATCTTCTCTTGGTTAAGTTTTATTATCAAAATGAGATGGTGAGGTTCTGTTTC
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TTGAGTCTTGTAAAAAAAGAACATTGAATAAAGGACAACAACTTAG
CTT

QA 1 286 1 286
DS 

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AATATGGAGCTTGAGAGTCTTGTTCTGTAGAAAATGTGTTATGAAACTTTAAAAACTTTT
GAGTTTTGTAAAAAAAGAACATTGAATAAAGGACAACAATTTAGTTT

QA 1 167 1 167
DS 



AS 1 2

CO CL6319Contig1 954 2 2 U
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GAAAGCCGGTGATTTCTGTGGAGATCTTCTCACTTGGGCACTGGATCCCAACACTTCTCA
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GGCTGAGGATCTCAAATTCTTCTCTACACAGTACCGTCGCCTCCATAGCAAGCAACTACG
ACACACGTACAGGTGTTATTCAGTGCAGTGGCAGACATGGGCAGCATGTTTCATACAAGC
AGCATGGAAGAGATACTGTAGAAGGAAGGTCTCAAGGGCCTTACGTGAAGAAGAAGAAAG
ACTACAATACTCTCTTCAGACAGATGATTCATCAGGAGGCAATAAACTTAACTTAGGTGC
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TAGTGATGATTTTAAATAGTTATGTAAACAGTTTCTTTATTAATTGTGCCTACA


BQ
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AF RR1D915TF U 1
AF RR1D915JQ C 195
BS 1 633 RR1D915TF
BS 634 954 RR1D915JQ

RD RR1D915TF 633 0 0
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AAACCTTACAAGTACAACTACTTATGGTGGCCAAACCGGATTCTTCAATTCTGCTCATTT
GAAAGCCGGTGATTTCTGTGGAGATCTTCTCACTTGGGCACTGGATCCCAACACTTCTCA
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GGCTGAGGATCTCAAATTCTTCTCTACACAGTACCGTCGCCTCCATAGCAAGCAACTACG
ACACACGTACAGGTGTTATTCAGTGCAGTGGCAGACATGGGCAGCATGTTTCATACAAGC
AGCATGGAAGAGATACTGTAGAAGGAAGGTCTC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1D915JQ 760 0 0
TACTAGACGCACTTTGTGCACGTTTGAATACAGTTTTGTACACGGAGAACAGTTACATTG
TGCGTGAAGGTGAACCGGTTGAGGATATGGTATTTATAATGAGAGGAAACCTTACAAGTA
CAACTACTTATGGTGGCCAAACCGGATTCTTCAATTCTGCTCATTTGAAAGCCGGTGATT
TCTGTGGAGATCTTCTCACTTGGGCACTGGATCCCAACACTTCTCACTTGCCTATCTCTA
CTAGAACCGTTCAAGCTCAGACAGAAGTCGAAGGCTTTGTCCTCTCGGCTGAGGATCTCA
AATTCTTCTCTACACAGTACCGTCGCCTCCATAGCAAGCAACTACGACACACGTACAGGT
GTTATTCAGTGCAGTGGCAGACATGGGCAGCATGTTTCATACAAGCAGCATGGAAGAGAT
ACTGTAGAAGGAAGGTCTCAAGGGCCTTACGTGAAGAAGAAGAAAGACTACAATACTCTC
TTCAGACAGATGATTCATCAGGAGGCAATAAACTTAACTTAGGTGCTGCGATTTATGCGT
CGAGGTTCGCTTCTCATGCCCTGAGGAATGTAAGGGCGAATGCAGCCGCACGCAACTCCA
TGCTTCCTCATATGCTATCTTTGTTGCCTCAGAAGCCAGCTGATCCTGAGTTTCCTATGG
ATGAAACCTAATAATGTTGTGTATATATAAAAAGAAAGAATGTCCCTAGTGATGATTTTA
AATAGTTATGTAAACAGTTTCTTTATTAATTGTGCCTACA

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL6320Contig1 573 2 5 U
GGAGGAAAGCTGAGAAGAAAATAAATCTCTCTTGTACGTCTCTCTTCTACAATTTCCTCA
CGGCTCTATTCTGCGTTATCCCAAAAATTCGCGACCTTTCTCTTCAACACATAATGGGTC
CAATCGTCATCACCCAGCTAGCCACAGGTCTTAGCGTCTTAGCCGGTGCGGTTTTAGTCA
AATCGGTTCTTGACCAAAAGCCAATGGCTGGTGGTCCGTTCCCTCGTTGTCCGACCTGCA
ATGGTACAGGAAGAGTCACGTGCTTCTGCACTCGATGGTCTGATGGAGATGTTGGATGTC
GTAGGTGTTCTGGTTCGGGTCGTGCTTCTTGTAGCAATTGCGGGGGTACTGGAACCGGCA
CACCTTTACCGGTTCGGATCACGGCTCAGCCACCGAATCGGCCTTTCTGATTCCACAGAT
TTGTATATTTTCTTCTTCTCTCTTTATCTGTATTGTAACTTGATTATATGTATACTTTTG
TTTCACAGAAAGAGAAAATAGGAATTACTTGAATCCGGATTCTTCTCTGTTTATATGTAT
TAAAATATAGTTAATAACCAAGATTTATATGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C276TF U 59
AF RR1CL42TF U 1
BS 1 143 RR1CL42TF
BS 144 144 RR1C276TF
BS 145 358 RR1CL42TF
BS 359 359 RR1C276TF
BS 360 573 RR1CL42TF

RD RR1C276TF 453 0 0
G
ACGGTTCTATTCTGCGTTATCCCAAAAATTCGCGACCTTTCTCTTCAACACATAATGGGT
CCAATCGTCATCACCCAGCTAGCCACAGGTCTTAGCGTCTTAGCCGGTGCGGTTTTAGTC
AAATCGGTTCTTGACCAAAAGCCAATGGCTGGTGGTCCGTTCCCTCGTTGTCCGACCTGC
AATGGTACAGGAAGAGTCACGTGCTTCTGCACTCGATGGTCTGATGGAGATGTTGGATGT
CGTAGGTGTTCTGGTTCGGGTCGTGCTTCTTGTAGCAATTGCGGGGGTACTGGAACCGGC
ACACCTTTACCGGTTCGGATCACGGCTCAGCCACCGAATCGGCCTTTCTGATTCCACAGA
TTTGTATATTTTCTTCTTCTCTCTTTATCTGTATTGTAACTTGATTATATGTATACTTTT
GTTTCACAGAAAGAGAAAATAGGAATTACTTG

QA 2 453 2 453
DS 

RD RR1CL42TF 573 0 0
GGAGGAAAGCTGAGAAGAAAATAAATCTCTCTTGTACGTCTCTCTTCTACAATTTCCTCA
CGGCTCTATTCTGCGTTATCCCAAAAATTCGCGACCTTTCTCTTCAACACATAATGGGTC
CAATCGTCATCACCCAGCTAGCCGCAGGTCTTAGCGTCTTAGCCGGTGCGGTTTTAGTCA
AATCGGTTCTTGACCAAAAGCCAATGGCTGGTGGTCCGTTCCCTCGTTGTCCGACCTGCA
ATGGTACAGGAAGAGTCACGTGCTTCTGCACTCGATGGTCTGATGGAGATGTTGGATGTC
GTAGGTGTTCTGGTTCGGGTCGTGCTTCTTGTAGCAATTGCGGGGGTACTGGAACCGGTA
CACCTTTACCGGTTCGGATCACGGCTCAGCCACCGAATCGGCCTTTCTGATTCCACAGAT
TTGTATATTTTCTTCTTCTCTCTTTATCTGTATTGTAACTTGATTATATGTATACTTTTG
TTTCACAGAAAGAGAAAATAGGAATTACTTGAATCCGGATTCTTCTCTGTTTATATGTAT
TAAAATATAGTTAATAACCAAGATTTATATGGG

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL6321Contig1 282 2 1 U
GCTGGAGCTGCAGAGAATGCAGTTCTTTGTGAAGACTCAGTTGGAGATATTAGAGATTAA
GCAGGCAGGGAGGAGAATGGGTAACACTAGTGATGATCACCACAAGAGCAAAAACAACAT
GAATGCGATTGTCAGCAACGATGATGTCGGTAACTAGAGAGTTATAGTTTGATTCAGGTC
GTAATCTACATATATTTTAGATTTGAGTTTGATATTGTCGAGAAAGAAACTTATTTAGGC
TTTTATCATGAGTGTATTATTAATAGTTTACCAAACCTTTGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CP17JQ C 1
AF RR1CP17TF U 1
BS 1 282 RR1CP17TF

RD RR1CP17JQ 282 0 0
GCTGGAGCTGCAGAGAATGCAGTTCTTTGTGAAGACTCAGTTGGAGATATTAGAGATTAA
GCAGGCAGGGAGGAGAATGGGTAACACTAGTGATGATCACCACAAGAGCAAAAACAACAT
GAATGCGATTGTCAGCAACGATGATGTCGGTAACTAGAGAGTTATAGTTTGATTCAGGTC
GTAATCTACATATATTTTAGATTTGAGTTTGATATTGTCGAGAAAGAAACTTATTTAGGC
TTTTATCATGAGTGTATTATTAATAGTTTACCAAACCTTTGT

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR1CP17TF 282 0 0
GCTGGAGCTGCAGAGAATGCAGTTCTTTGTGAAGACTCAGTTGGAGATATTAGAGATTAA
GCAGGCAGGGAGGAGAATGGGTAACACTAGTGATGATCACCACAAGAGCAAAAACAACAT
GAATGCGATTGTCAGCAACGATGATGTCGGTAACTAGAGAGTTATAGTTTGATTCAGGTC
GTAATCTACATATATTTTAGATTTGAGTTTGATATTGTCGAGAAAGAAACTTATTTAGGC
TTTTATCATGAGTGTATTATTAATAGTTTACCAAACCTTTGT

QA 1 282 1 282
DS 



AS 1 2

CO CL6322Contig1 440 2 1 U
GGGCTCACAAAACATTCTCTCTCAATTCCTTAATCTCTCCACGGAGACATCAAAGATCAA
TCTCTTGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTCGTTC
TTACAGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCATGAGAAACTCTGATGCAAGGAGGAGGAT
GGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATTAGATTAGATTAGGTTTAGGCTTAGGTTTTGG
TTCATTAGGTTTGGTTTATTTAGGTTTTGGTTTAATATGTTGCAATGTAAACCGGGTACT
GCTTTTTTAGATTTTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAAACCGGTTTAATTTGTAAACT
GAAAATATTTGTAATCTGTGGTTTAATTTATAAACTGAAATCAGTTGTATACCGAATTTT
AATATAAACCGGTTTGATTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AR84JQ C 1
AF RR1AR84TF U 1
BS 1 440 RR1AR84TF

RD RR1AR84JQ 440 0 0
GGGCTCACAAAACATTCTCTCTCAATTCCTTAATCTCTCCACGGAGACATCAAAGATCAA
TCTCTTGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTCGTTC
TTACAGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCATGAGAAACTCTGATGCAAGGAGGAGGAT
GGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATTAGATTAGATTAGGTTTAGGCTTAGGTTTTGG
TTCATTAGGTTTGGTTTATTTAGGTTTTGGTTTAATATGTTGCAATGTAAACCGGGTACT
GCTTTTTTAGATTTTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAAACCGGTTTAATTTGTAAACT
GAAAATATTTGTAATCTGTGGTTTAATTTATAAACTGAAATCAGTTGTATACCGAATTTT
AATATAAACCGGTTTGATTT

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR1AR84TF 440 0 0
GGGCTCACAAAACATTCTCTCTCAATTCCTTAATCTCTCCACGGAGACATCAAAGATCAA
TCTCTTGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTCGTTC
TTACAGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCATGAGAAACTCTGATGCAAGGAGGAGGAT
GGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATTAGATTAGATTAGGTTTAGGCTTAGGTTTTGG
TTCATTAGGTTTGGTTTATTTAGGTTTTGGTTTAATATGTTGCAATGTAAACCGGGTACT
GCTTTTTTAGATTTTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAAACCGGTTTAATTTGTAAACT
GAAAATATTTGTAATCTGTGGTTTAATTTATAAACTGAAATCAGTTGTATACCGAATTTT
AATATAAACCGGTTTGATTT

QA 1 440 1 440
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6324Contig1 1027 2 8 U
GGGAGGAACGAAAGAAGGAAGATGGGATTGTTCTCCAACAAGATCTCCAGAGATGAGCTC
AAGGCAGGAGATCACATCTATTCATGGCGTTCTTACATCTACTCCCATCACGGAATCTAT
GTAGGAGACGGGAAAGTCATTCACTTCACTCGTCGAGGTGGTCTTGAGATCGGAACCGGT
ACTTATCTAGACACGATCATCCAGGTTTCAGTTCCTCGTCACGGAGGAGACAACCCTTGT
CCTAATTGCGGAGACCAATCGACTCTCGACGGCGTTATCTCTTCTTGTCTCGACTGCTTC
CTCGCCGGAGGAAACCTCTATCTCTTCCAGTACGATGTCTCCAAGGCCATCCTGTGGCCA
AACAGCGTGGCGGTACCTGCACCACCGCGCCTTCGGATCCTCCCGAAGAAGTCGTTCACC
GCGCGAAGTACCTTTTGTCGGGAAATGGGTTTGGCGAGTACCATCTCTTGGACAACAACT
GTGAGGATTTCGCGATCTATTGCAAAACTGGTCTGCTTGTTTTTTCGGTCACCAAGTCTG
GGAGTAGCAGCCAAGTCAACTCGGTGTGTGCAGCAGGTGGTATCGCTTCTTTGACGCTCA
CGTATTTAGGGGTGGGAAGGACTGCTGGTCAAGTAGCTTCGTTGGCTGTGTCTCCAGCTT
CGGTGGTTTCAGCTGCAGCCAGTGCTGTTTCGACGATGCTTGGGTTTGTAACTACCGGTG
TTGCAGCCATGGCTGTGGCGGGATACAGCAAATACTGTATTGGTCGTGTGGCTTACGACG
TTGGTGTGAGAAAGGATGTCCGCAAGGTCCCTGTGGAAGAGCTTGCTACACTTATGGCAG
TTCTAGATGGCAATTTTGACAGTAACAACAACGACGACAAAAACAAGTAGTGGACAATTA
CTTAATAGTACTTGTCTCATGTATGGTTGATGACTAATCTGTTGTGTAAGAGACTTTGCT
TATGCCTTTGTTTGTATTGTGTGTAAACTGTATTTTTAACTTATTTGTGGAAGTGGCAAA
TACAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B351TF U 1
AF RR1B351JQ C 398
BS 1 794 RR1B351TF
BS 795 795 RR1B351JQ
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G

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DS 

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AACTTATTTGTGGAAGTGGCAAATACAGTC

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DS 



AS 1 2

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AAGCAAAAGCTACGCTCAATCCTCGAAATTGCAAACCAAGTTCGCAAGTGACAAAAAGCA
CATCTTGTGGAATCTAAGATTTAATATTTTGAGAAGAGGCAAAGGGTCAAAGATGATGAT
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AACAGTACTGGCGTTGATTACTTCTGATCCATGCTATCAGTTCTTACCTATTAATAAACA
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ACTGAGTATGCTTGAAATGAAAATATTTACGTATGTGGCTT


BQ
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TCCCGAATCTGATAATAGTCCTCTTTCAATTGTCCTTATAATAGCAGTTGAAGTTCATGC
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AATCTTGAGTATTGCTATGTGATCATGTGATCTCTATTGTACAATGACCACATAAACATG
ATTAGTTTATTCATCATTTCTTTACATTGATGGGCTTAGTCCGTAACTTTATCTCGCCTT
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AAGCAAAAGCTACGCTCAATCCTCGAAATT

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DS 

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TTATCTCGCCTTGAATCTTTTTCTCTGTTATGACTTGACCCGATGCTGTTTTTTTTTGTT
TGTTTCATGTTAAAGACCAATCTTGCATTTCTTTCCATGATGAAGCATGGGGAGTTCCTA
TCCATGCTGACAAAGCAAAAGCTACGCTCAATCCTCGAAATTGCAAACCAAGTTCGCAAG
TGACAAAAAGCACATCTTGTGGAATCTAAGATTTAATATTTTGAGAAGAGGCAAAGGGTC
AAAGATGATGATTCAGAAAAAAAAAAAGATGTAGGCTGTAAGGAGAGAAAATGAGAAGAA
GGAGAAGGTGAAGGATCCTCATCATTCTTTGCCGTCGCCATATCGGCTCCAACTCTACTG
TTTTTGTTCGTATGTTTAATTTTCACTTCAAGCTAAATGTGTTTAAGGTGAAGAAGCATA
AAAGTAGTGTATGCGTGTTGATTTCCGAAGGAGAAGCTGGTGCTTCCATCTCATAGTAGC
AGCAGAAGCAGAAACAGTACTGGCGTTGATTACTTCTGATCCATGCTATCAGTTCTTACC
TATTAATAAACATTTGCAATGGTCCGTTTATACCGGAGAAAACCATACTCCATATATTTG
AGCTATCGTCACACTTGAGATGAAGATGATCTCTGGTTCTGGATCCCGGGAACAGAGGCA
GCTTGATGTTTGACTGAGTATGCTTGAAATGAAAATATTTACGTATGTGGCTT

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

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TCTCTATCTCTCCTCCCTAGCTCTCTCTCAATCTCTTCTCCGTTTGCGTTCTCTTCTCCT
TCTTCTCTTTTTTTTTGAAAAATTCTTCTCCTTCTTCTCCTTCTTCTCGTTACGGACTCG
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ATCGGAGCTGATTTGATGAGAGTAAATTGGAGCTTTTACGGCTCTGGGAGATCACGGTGA
GGGAAGCTCCCTCACGACTGTAACGGGACGATCTGTAACAGTTGAAGTGGATCAGGAACG
GCTGTAACAGTTGAAGTAGATGAACAAGAGTTAGAGAACTGGGAACATTGTGAAGCTAGT
GAATCCGTGTGGAATCTTCAGGTTGCTTCTATGTTGCCAGAAGAAGCGTTTTCTGTTGTG
AGGAAGTCTTTTGACGCTAGGAAGATTCTGAAAGAAGCTAAGTTTGTGTATATTGTGGAC
TTGGATGTGAAGACGCTACTTGAGTTACAGCCTCGCGCTCATGATTTTATATTCCGGTTA
GGCCCAAGCTTGGACTCGTTGAGCATCTTCCTCCTGAGAACTCTGTTTTTGGTGACTTGA
TCAGTATAGTAAACGAGTGTAGAAGAACCACCAACAGTGATGCAGAGAGCATGAACCTGT
GGTTATCAACGGCAATGGAGGAGGAGGAAGAAGCAAACCGAGGATTGCAGTTGTTGGTGG
TGGTCCGTCTGGTTTGTTTGCAGCTCTTGTTCTTGCAGAATTTGGTGCTGATATAATGCC
AGGATCTATTCTCAGGAAGAGATATAATGCCAAGAATTGGAGTTGAGCAGAGAGAAGAAG
GTCCATTATCAGCCTTACAATTCAAGAAACAGAAATGGAGGAGCTTAAAACAGAGGTACC
AAACTCTCTTCTGGAACCAAGTCGTAGGGTAGAGAAATTGCAATCTGTCTTGCTCTCAAA
CTGTGATGATTCACAAACCAAAAGCTTAACTAATTAGATCTGTCATATGTAGTTTGCTCA
ATTTTTCAATACCACTTGTTGTTGGTAGGCAATGGGTTGAATGTAATTAAACTTGTGTGC


BQ
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AF RR1ED17TF U 1
AF RR1ED17JQ C 247
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BS 688 713 RR1ED17TF
BS 714 1140 RR1ED17JQ

RD RR1ED17TF 713 0 0
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TCTCTATCTCTCCTCCCTAGCTCTCTCTCAATCTCTTCTCCGTTTGCGTTCTCTTCTCCT
TCTTCTCTTTTTTTTTGAAAAATTCTTCTCCTTCTTCTCCTTCTTCTCGTTACGGACTCG
TCGGAGACCGAATCGCACCGGACGGTTTGAGTAAATCGGAGCTGATTTGATGGAGAGTAA
ATCGGAGCTGATTTGATGAGAGTAAATTGGAGCTTTTACGGCTCTGGGAGATCACGGTGA
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GCTGTAACAGTTGAAGTAGATGAACAAGAGTTAGAGAACTGGGAACATTGTGAAGCTAGT
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GGCCCAAGCTTGGACTCGTTGAGCATCTTCCTCCTGAGAACTCTGTTTTTGGTGACTTGA
TCAGTATAGTAAACGAGTGTAGAAGA*CCACCAACAGTGATGCAGAGAGCATG

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DS 

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CCTTACAATTCAAGAAACAGAAATGGAGGAGCTTAAAACAGAGGTACCAAACTCTCTTCT
GGAACCAAGTCGTAGGGTAGAGAAATTGCAATCTGTCTTGCTCTCAAACTGTGATGATTC
ACAAACCAAAAGCTTAACTAATTAGATCTGTCATATGTAGTTTGCTCAATTTTTCAATAC
CACTTGTTGTTGGTAGGCAATGGGTTGAATGTAATTAAACTTGTGTGC

QA 7 894 7 894
DS 



AS 1 2

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TTTCTCTCTGTCTGTCTCTCGTTGGAAACTCGGAAGCTTCGAAAATGGGGAGGACTTGTA
CAGAAGACGAAGAAACCCTTTTGGTCTCTCATCGCAATCAAGTTCAAGAGAACGAAGAAG
AAGACGAAGAAGAAGAAGAAGCGCTGTCTCTGTCTGATTTGCCGGTAAATTCATCTGACG
TTAAAGTTCATTTCCCGAAACAGTCAAAGTCAGAAGAAGAAGAAGAAATCGATTCCGGGT
TCGAATTCGAAATCGGGTCGTCGTTTCGGCTCGGGTCGGATTCGTGTGAACCGGCTCCGG
AGATGAGCACCGCAGACGAATTATTCTCGGAAGGAAGGATTCTACCTTTACGCCACTCCG
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GAACCGGAGCCGGATCGGACCGGAAAATCAAAAACAATTTCATCGACTACAGCCAACCGA
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GAAACCCTAAATCATCTTCGATTTGGGATTTTCTCCGGCTGGGGCTCGTCCGGACGCCGG
AGATCGAGCTCCGAACGCCGCCGAACGCTAGAGTGTCGGTGAGCCGGAACAGCAGCTGCA
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AGAAAACAGCGTTTGCGCGTAAAAGAACGTTTGAGTGGTTAAAAGAGTTATCGCAGGTAG
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AAATGTATTTTTTTTGGTGTTTAATCATTTCCTACGTAATTATCTTTTTGTATGTTAGTG
GCTAATTGTCAATTATACTTTAATTTTTTTTTTTCCGTATGATTTTAATTTTAGCTATTT
TCTCTGATCATCTCTATAATATATTCAGAATTTCAATTATTCTGCCC


BQ
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AF RR1CK35TF U 1
AF RR1CK35JQ C 433
BS 1 686 RR1CK35TF
BS 687 687 RR1CK35JQ
BS 688 720 RR1CK35TF
BS 721 1187 RR1CK35JQ

RD RR1CK35TF 720 0 0
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CAGAAGACGAAGAAACCCTTTTGGTCTCTCATCGCAATCAAGTTCAAGAGAACGAAGAAG
AAGACGAAGAAGAAGAAGAAGCGCTGTCTCTGTCTGATTTGCCGGTAAATTCATCTGACG
TTAAAGTTCATTTCCCGAAACAGTCAAAGTCAGAAGAAGAAGAAGAAATCGATTCCGGGT
TCGAATTCGAAATCGGGTCGTCGTTTCGGCTCGGGTCGGATTCGTGTGAACCGGCTCCGG
AGATGAGCACCGCAGACGAATTATTCTCGGAAGGAAGGATTCTACCTTTACGCCACTCCG
TCAGCTTAGACGCCGGTTCGAACCGGTTAATCACCAGATCCGAATCGGTCGAATTCCGAC
GAACCGGAGCCGGATCGGACCGGAAAATCAAAAACAATTTCATCGACTACAGCCAACCGA
GTCCGAACCCACAGATCATCAGACGGTCATCGAGCATGACGGCGAGGGTGAGCTCGATCA
GAAACCCTAAATCATCTTCGATTTGGGATTTTCTCCGGCTGGGGCTCGTCCGGACGCCGG
AGATCGAGCTCCGAACGCCGCCGAACGCTAGAGTGTCGGTGAGCCGGAACAGCAGCTGCA
GCAGCACGAGCTCGAACTCTAAGAAA*CGGGAGGAGAATCGAGGTCGAGGAGCCGGAGAA

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DS 

RD RR1CK35JQ 755 0 0
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AGATCATCAGACGGTCATCGAGCATGACGGCGAGGGTGAGCTCGATCAGAAACCCTAAAT
CATCTTCGATTTGGGATTTTCTCCGGCTGGGGCTCGTCCGGACGCCGGAGATCGAGCTCC
GAACGCCGCCGAACGCTAGAGTGTCGGTGAGCCGGAACAGCAGCTGCAGCAGCACGAGCT
CGAACTCTAAGAAAACGGGAGGAGAATCGAGGTCGAGGAGCCGGAGAAAAAGCTTTTTGT
TCGCGTATTGTAAGTGCTCGGCGGCGACGGAGACGGTCGTACCTGTGAAAATGAAAATCA
ATGAGACGGAGGAGAAAGAGAGGAGGAAGAAGACGGCGAAGAAAGAGGAGAAAACAGCGT
TTGCGCGTAAAAGAACGTTTGAGTGGTTAAAAGAGTTATCGCAGGTAGGTTCTGTCGTTA
ATCCTGGCAGAAGAAGCTTGGCGTGATTGATGACTCCTCGAGGAGGAGCAACAGACACAT
TCTTGTTTCTCTGCTTCCCTTTTTTTGTTGTCTTTAATATTTTAATTTAAATGTATTTTT
TTTGGTGTTTAATCATTTCCTACGTAATTATCTTTTTGTATGTTAGTGGCTAATTGTCAA
TTATACTTTAATTTTTTTTTTTCCGTATGATTTTAATTTTAGCTATTTTCTCTGATCATC
TCTATAATATATTCAGAATTTCAATTATTCTGCCC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL6328Contig1 1182 2 2 U
GGGAGAATCGCCGTCGTCGTCGTTGTCGACAGCGTGTGTTGAATTTGATCGGCGATCATC
CGTCGTCGCACAGAAATGGCGGATTTCCAGACATCAACTCAAAGGGCCAAGTGGATTTTC
ACACCCCAGAAACTAGCAGAGAGATATAAAGCTGCTAACCAGAGGGCAGTACAACTGCTG
GAGAAGTGTGGAACAACCCAAGTTGAAGTAGATGCTAGTGGTTCACTAACTTATCCTACG
GAGAAAGGTGATGCAGGAGGAGATCAAGGTGATAAGAAGCTTAAGCCTTTGAGTGTTGAT
GAAGAACGGTTCATGAGAGCTTTTTATGAGGCAAAGGTTCAAGAAGTCTGCAGTGCCTTT
GAGTTTCCTCACAAGATTCAGGCAACAGCTCTGCAATACTTTAAAAGATTTTATCTGCAA
TGGTCTGTTATGCAACATCATCCCAAAGAAATAATGTTAACCTGCGTGTATGCAGCCTGT
AAAATAGAGGAGAATCATGTATCTGCTGAGGAGATAGGCAAGGGGATTAAACAAGATCAC
CATGTAATTCTCAAGTACGAGATGGCTGTTCTCCAGAGTTTGGAATTTGATCTGATTGTT
TATGCACCGTATCGTGCAATCGAAAGCTTTGTCAGCAACATGGAGGAATTTCTTCAAGCT
AGAGATGATGAAATCCAAAAGCTGGAGAGTTTGCTCAAAGCTGCAACAGCAGAAGCCGAT
AAAATTATGCTTACAGATGCTCCACTCCTCTTTCCTCCTGGCCAGTCGGCGTTGGCTGCT
TTGCGTATTGCAAATGGGGTTCTTGGAGTGGTTGACTTTGATAGGTACCTAGAGAACATT
GTTTCTCAACCGAACTCTGAGCACACGACTTCAGAGCTCATAAAATTACTAGATGACGTT
GAATATTTGGTAAAGAACTATAAGTACCCAAGTGAAAAGGACATGAAGCATATCAACAGG
AAGCTAAAATCTTGTTTAGGACATAGCTCTTCACATGACGAGAGTAAGAAACGAGAGAAA
AGATCGAAGCACAAGTCGCATAAGAATTCCAGTGATACACCAAAAGGTCCACCTATAGGT
TGAGCTTCTCGTTTTTGCCATTAGCAATTTTTTCCCTTGGCACTTGGTATCTTTAATCTT
ATTGCCCTCTTGTTCTTTCTAAAGTAAATTATCTGAATAATC


BQ
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AF RR1EQ61TF U 1
AF RR1EQ61JQ C 572
BS 1 653 RR1EQ61TF
BS 654 1182 RR1EQ61JQ

RD RR1EQ61TF 653 0 0
GGGAGAATCGCCGTCGTCGTCGTTGTCGACAGCGTGTGTTGAATTTGATCGGCGATCATC
CGTCGTCGCACAGAAATGGCGGATTTCCAGACATCAACTCAAAGGGCCAAGTGGATTTTC
ACACCCCAGAAACTAGCAGAGAGATATAAAGCTGCTAACCAGAGGGCAGTACAACTGCTG
GAGAAGTGTGGAACAACCCAAGTTGAAGTAGATGCTAGTGGTTCACTAACTTATCCTACG
GAGAAAGGTGATGCAGGAGGAGATCAAGGTGATAAGAAGCTTAAGCCTTTGAGTGTTGAT
GAAGAACGGTTCATGAGAGCTTTTTATGAGGCAAAGGTTCAAGAAGTCTGCAGTGCCTTT
GAGTTTCCTCACAAGATTCAGGCAACAGCTCTGCAATACTTTAAAAGATTTTATCTGCAA
TGGTCTGTTATGCAACATCATCCCAAAGAAATAATGTTAACCTGCGTGTATGCAGCCTGT
AAAATAGAGGAGAATCATGTATCTGCTGAGGAGATAGGCAAGGGGATTAAACAAGATCAC
CATGTAATTCTCAAGTACGAGATGGCTGTTCTCCAGAGTTTGGAATTTGATCTGATTGTT
TATGCACCGTATCGTGCAATCGAAAGCTTTGTCAGCAACATGGAGGAATTTCT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1EQ61JQ 611 0 0
TCCAGAGTTTGGAATTTGATCTGATTGTTTATGCACCGTATCGTGCAATCGAAGGCTTTG
TCAGCAACATGGAGGAATTTCTTCAAGCTAGAGATGATGAAATCCAAAAGCTGGAGAGTT
TGCTCAAAGCTGCAACAGCAGAAGCCGATAAAATTATGCTTACAGATGCTCCACTCCTCT
TTCCTCCTGGCCAGTCGGCGTTGGCTGCTTTGCGTATTGCAAATGGGGTTCTTGGAGTGG
TTGACTTTGATAGGTACCTAGAGAACATTGTTTCTCAACCGAACTCTGAGCACACGACTT
CAGAGCTCATAAAATTACTAGATGACGTTGAATATTTGGTAAAGAACTATAAGTACCCAA
GTGAAAAGGACATGAAGCATATCAACAGGAAGCTAAAATCTTGTTTAGGACATAGCTCTT
CACATGACGAGAGTAAGAAACGAGAGAAAAGATCGAAGCACAAGTCGCATAAGAATTCCA
GTGATACACCAAAAGGTCCACCTATAGGTTGAGCTTCTCGTTTTTGCCATTAGCAATTTT
TTCCCTTGGCACTTGGTATCTTTAATCTTATTGCCCTCTTGTTCTTTCTAAAGTAAATTA
TCTGAATAATC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL6329Contig1 441 2 1 U
GGGTTCAGAGATTTGGTTTTGTCCACCCTGAACCAAGCGGCAACCAAAGCAGTAGCTAGC
TCCCGAAAATTCGATGCGAGAAAAGTCAACTTTACTGCGTTGCAGAGTTTGTACGGACTT
GTTCAGTACACTCCTGATTTGACGAGTCAGGACTGTTTCCGTTGTCTGCAAACGTCCATC
AATCAATTACCCACTGAAAGAATTGGGGCAAGACTTCTTTTGCCTAGCTGTGGTTCAAGA
TACGAGCTTTACCCGTTTTACAACGAATCTGCCGTTAGAACATAAACCATCTCTTGATGT
GGATAATACACAACGCATCGACGAATACAAACCACCTAAAACCCATCTAGACCGTCATAT
GCATCTCACTTCCACATGTTCATTTTATTTCAATGATCAAATAAAATTGTGGTCTATGTT
TTTGGACAAAACCCACGTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C366JQ C 1
AF RR1C366TF U 1
BS 1 441 RR1C366TF

RD RR1C366JQ 441 0 0
GGGTTCAGAGATTTGGTTTTGTCCACCCTGAACCAAGCGGCAACCAAAGCAGTAGCTAGC
TCCCGAAAATTCGATGCGAGAAAAGTCAACTTTACTGCGTTGCAGAGTTTGTACGGACTT
GTTCAGTACACTCCTGATTTGACGAGTCAGGACTGTTTCCGTTGTCTGCAAACGTCCATC
AATCAATTACCCACTGAAAGAATTGGGGCAAGACTTCTTTTGCCTAGCTGTGGTTCAAGA
TACGAGCTTTACCCGTTTTACAACGAATCTGCCGTTAGAACATAAACCATCTCTTGATGT
GGATAATACACAACGCATCGACGAATACAAACCACCTAAAACCCATCTAGACCGTCATAT
GCATCTCACTTCCACATGTTCATTTTATTTCAATGATCAAATAAAATTGTGGTCTATGTT
TTTGGACAAAACCCACGTTCC

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR1C366TF 441 0 0
GGGTTCAGAGATTTGGTTTTGTCCACCCTGAACCAAGCGGCAACCAAAGCAGTAGCTAGC
TCCCGAAAATTCGATGCGAGAAAAGTCAACTTTACTGCGTTGCAGAGTTTGTACGGACTT
GTTCAGTACACTCCTGATTTGACGAGTCAGGACTGTTTCCGTTGTCTGCAAACGTCCATC
AATCAATTACCCACTGAAAGAATTGGGGCAAGACTTCTTTTGCCTAGCTGTGGTTCAAGA
TACGAGCTTTACCCGTTTTACAACGAATCTGCCGTTAGAACATAAACCATCTCTTGATGT
GGATAATACACAACGCATCGACGAATACAAACCACCTAAAACCCATCTAGACCGTCATAT
GCATCTCACTTCCACATGTTCATTTTATTTCAATGATCAAATAAAATTGTGGTCTATGTT
TTTGGACAAAACCCACGTTCC

QA 1 441 1 441
DS 



AS 1 2

CO CL6330Contig1 973 2 2 U
GCAGAGATTATTTTGCATACGTGTTGCCCAAAAAAAAAATTTGCATACGTTTGTAGATTT
TGTTTGTATTTGCTAACGGTTTGCAGGCACCTTTGATAGTAGCCATTCTCTTCTTCGCCT
TCACCGTCAATCATCGCCACTTCTCTGACCGACTTATTCGCACTGTTGGATCCTTTGCAG
CTTTGGGACAACATCGAAAGCATCCGGCTCTCCTGCATGTAATCTAATGGTTGATGTGTA
CTTCAGTTCCATTGCATATAACTGAGATCCACTTTCCTCTCGATTGAAGAGAGTTCAGAG
TCATGGCGACCCTAAAGCCTCACGAAGTCAAAGGAGTTTCTTGGCTTATACACAAATATA
TTCTTGGCGTAAATGTCGTTCTCGATGAGATTGGGGCAGGCTCCACAAGCAATTTCTTTC
TTGAGCTATCTGAAGTTTCATCAAGGATTGCGAGGACCATTTCTTGTGCTTTGTCCTTTG
AGCGTAACAGATGGTTTGGTGTCAAGGAAGGTCCTAACAGACAACATCCAAGGAATCACC
AAGCCTGCGATCAGGCGTCTCGCTCGCAGAGGAGGAGTGAAGAGGATCAGCGGGTTGATC
TACGAAGAGACGAGAGGTGTTTTGAAGATCTTTCTCGAGAACGTGATTAGAGACGCCGTG
ACTTACACGGAGCAAGCGAGGAGGAAGACGGTTACGGCGATGGATGTTGTTTACGCTTTG
AAGAGGCAAGGTCGCACTCTTTATGGGTTCGGCCGGTTTTAGATAAACAGGTTCACTCCA
AAACTTGAAGTTCTTAGGTATAATGGTGATAAGGATTGCCGTAGGTATTTGTGTAAGGTA
ATGTATGATCATGTCAACAAGAGCTCTAAGGGGAGAGTTAAAGTTTTTTGTGTTCTCTAG
AACTTGGGTTTATTTACAGACAGAACTCTGTAACCTGTAATTCTTTTTGAATTTATGCAA
AAGTTATCCTCAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H858TF U 1
AF RR1H858JQ C 460
BS 1 615 RR1H858TF
BS 616 973 RR1H858JQ

RD RR1H858TF 615 0 0
GCAGAGATTATTTTGCATACGTGTTGCCCAAAAAAAAAATTTGCATACGTTTGTAGATTT
TGTTTGTATTTGCTAACGGTTTGCAGGCACCTTTGATAGTAGCCATTCTCTTCTTCGCCT
TCACCGTCAATCATCGCCACTTCTCTGACCGACTTATTCGCACTGTTGGATCCTTTGCAG
CTTTGGGACAACATCGAAAGCATCCGGCTCTCCTGCATGTAATCTAATGGTTGATGTGTA
CTTCAGTTCCATTGCATATAACTGAGATCCACTTTCCTCTCGATTGAAGAGAGTTCAGAG
TCATGGCGACCCTAAAGCCTCACGAAGTCAAAGGAGTTTCTTGGCTTATACACAAATATA
TTCTTGGCGTAAATGTCGTTCTCGATGAGATTGGGGCAGGCTCCACAAGCAATTTCTTTC
TTGAGCTATCTGAAGTTTCATCAAGGATTGCGAGGACCATTTCTTGTGCTTTGTCCTTTG
AGCGTAACAGATGGTTTGGTGTCAAGGAAGGTCCTAACAGACAACATCCAAGGAATCACC
AAGCCTGCGATCAGGCGTCTCGCTCGCAGAGGAGGAGTGAAGAGGATCAGCGGGTTGATC
TACGAAGAGACGAGA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1H858JQ 514 0 0
TTTT
TTGTGCTTTGTCCTTTGAGCGTAACAGATGGTTTGGTGTCAAGGAAGGTCCTAACAGACA
ACATCCAAGGAATCACCAAGCCTGCGATCAGGCGTCTCGCTCGCAGAGGAGGAGTGAAGA
GGATCAGCGGGTTGATCTACGAAGAGACGAGAGGTGTTTTGAAGATCTTTCTCGAGAACG
TGATTAGAGACGCCGTGACTTACACGGAGCAAGCGAGGAGGAAGACGGTTACGGCGATGG
ATGTTGTTTACGCTTTGAAGAGGCAAGGTCGCACTCTTTATGGGTTCGGCCGGTTTTAGA
TAAACAGGTTCACTCCAAAACTTGAAGTTCTTAGGTATAATGGTGATAAGGATTGCCGTA
GGTATTTGTGTAAGGTAATGTATGATCATGTCAACAAGAGCTCTAAGGGGAGAGTTAAAG
TTTTTTGTGTTCTCTAGAACTTGGGTTTATTTACAGACAGAACTCTGTAACCTGTAATTC
TTTTTGAATTTATGCAAAAGTTATCCTCAC

QA 5 514 5 514
DS 



AS 1 2

CO CL6331Contig1 959 2 2 U
GGGAGAGGAAAAATCATTCAACGGCCGGCCTCGTTTACTCTCTAAATCCGTTCTGACGAT
TCATATCTCGGAGCAGATCTATGATTCGTTTCTAGGCGCTTTAACTTGATATCTATTGAT
TGACGCGATAGCTGCTCCTCCTGCTAGAGCTCGCGCTGATTACGATTACCTCATAAAACT
TCTCTTGATCGGAGACAGCGGTGTGGGTAAGAGTTGCCTCCTCTTGCGTTTCTCAGATGG
CTCCTTTACAACCAGTTTCATTACGACCATTGGGATTGATTTCAAGATACGGACTATTGA
ACTGGATGGGAAGAGAATTAAGCTGCAAATCTGGGATACTGCTGGACAGGAGCGGTTCCG
GACTATCACAACTACATACTACCGTGGAGCCATGGGCATTTTGCTTGTGTATGATGTCAC
TGATGAATCTTCTTTCAACAACATCAGGAACTGGATCCGTAATATTGAGCAGCACGCTTC
TGATAATGTCAACAAGATTCTCGTGGGAAACAAGGCAGATATGGATGAAAGCAAAAGAGC
TGTGCCAACAGCTAAGGGACAAGCTCTTGCAGATGAATATGGAATCAAGTTCTTCGAGAC
TAGTGCCAAGACTAACTTAAACGTTGAGGAAGTTTTCTTTTCAATTGGTAAAGACATTAA
GCAAAGACTCGCAGATACGGATGCAAGGGCTGAGCCACACACAATCAGAATCAACCAATC
CGACCAAGGTGCAGGGACATCTCAAGCTACTCAGAAATCAGCATGTTGCGGTTCTTAGAG
AATCAGGTTGAAGATATGAACATAGTATTTTCCTTTTCCACCTTTGGAAAGAATATAAAG
AGTGAAAAATATCTTCAATGCTTTTTTTTCTACATGGGATGGTGTTGTTTTCTACCGTAT
TCTTTGAAATTTTTAATGTTCCTCACTTGGAAAAAGTTGCTATAGATATTTTTATTACC


BQ
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AF RR1DL54TF U 1
AF RR1DL54JQ C 362
BS 1 552 RR1DL54TF
BS 553 959 RR1DL54JQ

RD RR1DL54TF 552 0 0
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TCATATCTCGGAGCAGATCTATGATTCGTTTCTAGGCGCTTTAACTTGATATCTATTGAT
TGACGCGATAGCTGCTCCTCCTGCTAGAGCTCGCGCTGATTACGATTACCTCATAAAACT
TCTCTTGATCGGAGACAGCGGTGTGGGTAAGAGTTGCCTCCTCTTGCGTTTCTCAGATGG
CTCCTTTACAACCAGTTTCATTACGACCATTGGGATTGATTTCAAGATACGGACTATTGA
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TGTGCCAACAGC

QA 1 552 1 552
DS 

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GATGAATCTTCTTTCAACAACATCAGGAACTGGATCCGTAATATTGAGCAGCACGCTTCT
GATAATGTCAACAAGATTCTCGTGGGAAACAAGGCAGATATGGATGAAAGCAAAAGAGCT
GTGCCAACAGCTAAGGGACAAGCTCTTGCAGATGAATATGGAATCAAGTTCTTCGAGACT
AGTGCCAAGACTAACTTAAACGTTGAGGAAGTTTTCTTTTCAATTGGTAAAGACATTAAG
CAAAGACTCGCAGATACGGATGCAAGGGCTGAGCCACACACAATCAGAATCAACCAATCC
GACCAAGGTGCAGGGACATCTCAAGCTACTCAGAAATCAGCATGTTGCGGTTCTTAGAGA
ATCAGGTTGAAGATATGAACATAGTATTTTCCTTTTCCACCTTTGGAAAGAATATAAAGA
GTGAAAAATATCTTCAATGCTTTTTTTTCTACATGGGATGGTGTTGTTTTCTACCGTATT
CTTTGAAATTTTTAATGTTCCTCACTTGGAAAAAGTTGCTATAGATATTTTTATTACC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

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TCACATCACATCTCCTCCTCCCTCAACATCTCCTCCTCTTGAGTCCTTGAACCCTCCATA
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ATCTATCGTCACCATAACTCAGATCGATCAACATACTAGCCGTTCACCGCCCTTCTTCCG
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TCCCTTCTCTCACACGCGACTCAACCGCTGCTCATTTCCACACGCACGAGGTTGGTCCTA
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CTATCATATGCACC


BQ
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AF RR1FZ94TF U 1
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BS 1 720 RR1FZ94TF
BS 721 974 RR1FZ94JQ

RD RR1FZ94TF 722 0 0
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TCACATCACATCTCCTCCTCCCTCAACATCTCCTCCTCTTGAGTCCTTGAACCCTCCATA
TTCTCTTAACCCTAAAGAACGTTATCAAAGATTCATCAAGATTTTATAAAACAACAATAT
ATCTATCGTCACCATAACTCAGATCGATCAACATACTAGCCGTTCACCGCCCTTCTTCCG
CCGTATCAAACGGAGACTCCATCCAGGTTCCGATGATGATCGCCTCATTTCAAAAACGTT
TCCCTTCTCTCACACGCGACTCAACCGCTGCTCATTTCCACACGCACGAGGTTGGTCCTA
ACCAGTGTTGCTCCGCCGTAGTCCAAGAGATCTCCGCTCCAGTATCCACCGTATGGTCTG
TCGTCAGACGCTTCGACAACCCGCAAGCTTACAAACACTTCCTTAAAAGCTGCAGCGTCA
TAGGCGGAGACGGTGGTAACGTTGGTAGCCTACGTCAAGTCCACGTCGTCTCTGGCCTAC
CCGCGGGGAGCTCCACCGAACGTCTTGATATCCTGGACGACGAGCGTCACGTCATCAGCT
TCAGCGTCGTCGGCGGTGACCATAGGTTATCTAACTATAGATCCGTCACGACTCTTCACC
CTTCTCCGATCTCCGGGACCGTCGTTGTTGAGTCCTACGTCGTTGATGTGCCTCAAGGGA
CA

QA 1 720 1 720
DS 

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CCGGGACCGTCGTTGTTGAGTCCTACGTCGTTGATGTGCCTCAAGGGAACACAAAGGAAG
AGACATGCGACTTTGTGGACGTTATAGTACGATGCAATCTCCAGTCACTTGCTAAAATAG
CTGAAAATTCTGAGGCGGAGGTGAAGAAGAAGACATCCATGTGATGAGTGTGCTTGGTCG
TCTTTGAGTAGTTTGGTTAGATCCGACGTCGTTTTGTTGTTTTTAAGCCGTCGTGTCATC
TATGTTTTTGCCGGCTTTTTGTGTGAAAAAATACATTAGTAAATTAATCTATCATATGCA
CC

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 2

CO CL6333Contig1 670 2 5 U
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TCGTATTGTTACTTTCGAATATCTCTACAACTTTTTCTTTGATAAAGATCTCTGCAACTT
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TCATCACTGATGTCATGGGATTAGCATGCTGCTGATAATCTTCTAAACACATGTAATCTC
CGATCGAGCTTTGAAGCCTCTATAACCTTCGAAGATTGTGATGTGACCGTACTGAGAGGA
TGGGATTTTGTTCTTGCGGCATCCTGCATCCTCGGGCAGAGTCCTCATGGTCCCTCAGAC
AATCTAGTATCTCTGATAGGCTTTGCACCAACAACTCTCCAAGTGGTGAACGAAACGTAC
TTTGAATCTGCAAGAAGAACAATAAAGCTTTTCTTGTAATATCACCTTCTTGAATCAACT
TCTTTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ68JQ U 8
AF RR1BQ68TF C 1
BS 1 7 RR1BQ68TF
BS 8 43 RR1BQ68JQ
BS 44 44 RR1BQ68TF
BS 45 174 RR1BQ68JQ
BS 175 670 RR1BQ68TF

RD RR1BQ68JQ 167 0 0
GATGAAAATAATTGTTAAATTAACAACTGGCTAAGGGTTTATTGAATATTTTATTTTTTC
TTTTGTTCATTTTTAAATAACTTAAGCCCGACCAAAAAAAAAGCTTAACGAAATGGGGGA
TAGAGTAACTCAAAACAGACACTGATATACGATCATCTGCTTGATTT

QA 1 167 1 167
DS 

RD RR1BQ68TF 670 0 0
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TTTTTTCTTTTGTTCATTTTTAAATAACTTAAGCTCGACCAAAAAAAAAGCTTAACGAAA
TGGTGGATAGAGTAACTCAAAACAGACACTGATATACGATCATCTGCTTGATTTCGAATA
TCGTATTGTTACTTTCGAATATCTCTACAACTTTTTCTTTGATAAAGATCTCTGCAACTT
CGTACGCCTGGTGAGTGGTTGTTAGAAGTAGTCACATAGGTGTTCCTTGAGCAATCGTCT
ACTCTCTACTCGAGCACCTGTTTCTAGCTCCGCCTAAGACTCGCTAGTCTCCTTGTTGCT
TCATCACTGATGTCATGGGATTAGCATGCTGCTGATAATCTTCTAAACACATGTAATCTC
CGATCGAGCTTTGAAGCCTCTATAACCTTCGAAGATTGTGATGTGACCGTACTGAGAGGA
TGGGATTTTGTTCTTGCGGCATCCTGCATCCTCGGGCAGAGTCCTCATGGTCCCTCAGAC
AATCTAGTATCTCTGATAGGCTTTGCACCAACAACTCTCCAAGTGGTGAACGAAACGTAC
TTTGAATCTGCAAGAAGAACAATAAAGCTTTTCTTGTAATATCACCTTCTTGAATCAACT
TCTTTAAAAA

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL6334Contig1 793 2 2 U
GGGCTCCTTCTGATCTTTCTTCTCAGCTTCGATCTCCGAAACCGAAACAAACAATGCAGT
TCTTCGGCGGATCCGAGATAAGCCCGCCGCCTCCCGTCCCAACGGCGAGTGGGAACAACG
CGCACATGATGTACGTGTTCAACCGCAACGGCGTGTGTCTCCTCTACAAGGAATGGAACC
GGCCTCTCCACACGCTCAACCCTCAGCAAGATCACAAGCTCATGTTCGGTCTCCTCTTCT
CCCTCAAATCCCTAACCGCCAAAATGGACCCCACCAATGCTGACAAGGGGAACCTAGGGG
TCCCACAGTTGCCGGGGCAAGGATGCTCTTTCCACAGTTTCAGAACCAACACTTACAAGC
TTAGCTTCATGGAGACTCCCTCTGGTATTAAGATTATCTTAGTAACTCATCCAAAGACGG
GAGATTTACGCGAATCCCTCAAGTACATCTACGGTTTATACGTTGAGTATGTGGTAAAAA
ACCCTATCTACAGCCCAGGATCTCCGATCAAGTCGGAGTTGTTCAACACTGCACTTGACC
AATATGTGAGGAGCATCTCATAGTGTCTGCATTACAAGATTTGGCCATTGGAACTTCTGC
TTCACAAAACTTTCTTCTGAACAATCTCCTAGATAAGAGAGAATTGTAATAGAAAGATCA
AATCTCGAATACACTGCTTTCCTCTGCATATATATGTTTCGTTCTCTTTTTTAAAATCAA
TGTATTTGCTTGTTTTTTTTTCTTTGATAAGTTACTGTATTGGCTTGTTTTCAAAGATGT
TTATGGTTAACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX48TF U 1
AF RR1GX48JQ C 256
BS 1 705 RR1GX48TF
BS 706 793 RR1GX48JQ

RD RR1GX48TF 705 0 0
GGGCTCCTTCTGATCTTTCTTCTCAGCTTCGATCTCCGAAACCGAAACAAACAATGCAGT
TCTTCGGCGGATCCGAGATAAGCCCGCCGCCTCCCGTCCCAACGGCGAGTGGGAACAACG
CGCACATGATGTACGTGTTCAACCGCAACGGCGTGTGTCTCCTCTACAAGGAATGGAACC
GGCCTCTCCACACGCTCAACCCTCAGCAAGATCACAAGCTCATGTTCGGTCTCCTCTTCT
CCCTCAAATCCCTAACCGCCAAAATGGACCCCACCAATGCTGACAAGGGGAACCTAGGGG
TCCCACAGTTGCCGGGGCAAGGATGCTCTTTCCACAGTTTCAGAACCAACACTTACAAGC
TTAGCTTCATGGAGACTCCCTCTGGTATTAAGATTATCTTAGTAACTCATCCAAAGACGG
GAGATTTACGCGAATCCCTCAAGTACATCTACGGTTTATACGTTGAGTATGTGGTAAAAA
ACCCTATCTACAGCCCAGGATCTCCGATCAAGTCGGAGTTGTTCAACACTGCACTTGACC
AATATGTGAGGAGCATCTCATAGTGTCTGCATTACAAGATTTGGCCATTGGAACTTCTGC
TTCACAAAACTTTCTTCTGAACAATCTCCTAGATAAGAGAGAATTGTAATAGAAAGATCA
AATCTCGAATACACTGCTTTCCTCTGCATATATATGTTTCGTTCT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1GX48JQ 538 0 0
CCGCCAAAATGGACCCCACCAATGCTGACAAGGGGAACCTAGGGGTCCCACAGTTGCCGG
GGCAAGGATGCTCTTTCCACAGTTTCAGAACCAACACTTACAAGCTTAGCTTCATGGAGA
CTCCCTCTGGTATTAAGATTATCTTAGTAACTCATCCAAAGACGGGAGATTTACGCGAAT
CCCTCAAGTACATTTACGGTTTATACGTTGAGTATGTGGTAAAAAACCCTATCTACAGCC
CAGGATTTCCGATCAAGTCGGAGTTGTTCAACACTGCACTTGACCAATATGTGAGGAGCA
TCTCATAGTGTCTGCATTACAAGATTTGGCCATTGGAACTTCTGCTTCACAAAACTTTTT
TCTGAACAATCTCCTAGATAAGAGAGAATTGTAATAGAAAGATCAAATCTCGAATACACT
GCTTTCCTCTGCATATATATGTTTCGTTCTCTTTTTTAAAATCAATGTATTTGCTTGTTT
TTTTTTCTTTGATAAGTTACTGTATTGGCTTGTTTTCAAAGATGTTTATGGTTAACGC

QA 1 538 1 538
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6336Contig1 516 2 3 U
GGACCCAAGTTTCTGAATACAGAAATAAGCTATTAACTAAGAGTAAAGAAGAAGCTAGAG
CTACAGAAATGGCAAAGACCATCAGTTCCATCTGCTTCACCACTCTTTTGCTCGTTGTCT
TGTTCATTTCGGCCGAAATCCCAAAGAGCGAGGCAACATGTACGAAGTATTTAGGCGAGG
CCATATTGGCGTACCCATGCAAGGAAAGCTATTGTGAAGCCAAATGCGCTGAGCATTACC
ACGAGTCATGCAGAGGAGAGTGTGAGGATCACCACCACGACGGAGTGCATTTGACAAATG
ACCACGACGACCATTGTTACTGCTACGGTCGTTATTAAACTGCTGAAGGTTACTAATAAT
CTCGTATCGAAATTAAAAAAAAATTATGTAAGCGTGGTGGTTTCGTTGAATGTAAGTGTA
TGCATGTGCGAGCGTTGTTTTTTTATAAAATAAAATAAAATAGTACGTAGGACGAAGCTA
GTGAGTTTGCTTCCCTCTACGTCTATGTTGTATGTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DZ18TF U 1
AF RR1B307TF U 1
BS 1 113 RR1B307TF
BS 114 114 RR1DZ18TF
BS 115 516 RR1B307TF

RD RR1DZ18TF 293 0 0
GGACCCAAGTTTCTGAATACAGAAATAAGCTATTAACTAAGAGTAAAGAAGAAGCTAGAG
CTACAGAAATGGCAAAGACCATCAGTTCCATCTGCTTCACCACTCTTTTGCTCGTTGTCT
TGTTCATTTCGGCCGAAATCCCAAAGAGCGAGGCAACATGTACGAAGTATTTAGGCGAGG
CCATATTGGCGTACCCATGTAAGGAAAGCTATTGTGAAGCCAAATGCGCTGAGCATTACC
ACGAGTCATGCAGAGGAGAGTGTGAGGATCACCACCACGACGGAGTGCATTTG

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR1B307TF 516 0 0
GGACCCAAGTTTCTGAATACAGAAATAAGCTATTAACTAAGAGTAAAGAAGAAGCTAGAG
CTACAGAAATGGCAAAGACCATCAGTTCCATCTGCTTCACCACTCTTTTGCTCTTTGTCT
TGTTCATTTCGGCCGAAATCCCAAAGAGCGAGGCAACATGTACGAAGTATTTAGGCGAGG
CCATATTGGCGTACCCATGCAAGGAAAGCTATTGTGAAGCCAAATGCGCTGAGCATTACC
ACGAGTCATGCAGAGGAGAGTGTGAGGATCACCACCACGACGGAGTGCATTTGACAAATG
ACCACGACGACCATTGTTACTGCTACGGTCGTTATTAAACTGCTGAAGGTTACTAATAAT
CTCGTATCGAAATTAAAAAAAAATTATGTAAGCGTGGTGGTTTCGTTGAATGTAAGTGTA
TGCATGTGCGAGCGTTGTTTTTTTATAAAATAAAATAAAATAGTACGTAGGACGAAGCTA
GTGAGTTTGCTTCCCTCTACGTCTATGTTGTATGTT

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 2

CO CL6337Contig1 441 2 2 U
GACCGCTCCTATCATTCAGGTAACATTTGGAAAAAAAATGTTTCTCTCAATCGCTAGTGT
TTTGACTGTCTATAGTTAACAATATTATATTATAGGACAAGTTAGCTAGAAAAAAATGTT
AAACGATTGGGTTCAAGTCTCGGCTTTGCATTTTCAGTGTCCGAATGGGCATTTCGTTTG
CCCTCGTTGCTTTCCCAAACTGGGAGAAAAGTGTCCTTCTTGTCGTTCTTCTATTAGTAC
AATCCGTTGCTTAGCAATGGAGAAAGTTATTGAATTAGCTCTTCCATGCCCTAAAGCCAA
GTTTGAATGCACCAAAAAGGTAACTTATATGTATGACTTAAAAAACTAATTCAAAAGAAT
ACTCACTCGCGCAATGCTTTTGCTGATTTCTTCTTTTGGTCTATCGCACAGGGAGAAATG
ACCAATGCTAGGGAGAAACTC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CZ57JQ C 1
AF RR1CZ57TF U 4
BS 1 3 RR1CZ57JQ
BS 4 441 RR1CZ57TF

RD RR1CZ57JQ 441 0 0
GACCGCTCCTATCATTCAGGTAACATTTGGAAAAAAAATGTTTCTCTCAATCGCTAGTGT
TTTGACTGTCTATAGTTAACAATATTATATTATAGGACAAGTTAGCTAGAAAAAAATGTT
AAACGATTGGGTTCAAGTCTCGGCTTTGCATTTTCAGTGTCCGAATGGGCATTTCGTTTG
CCCTCGTTGCTTTCCCAAACTGGGAGAAAAGTGTCCTTCTTGTCGTTCTTCTATTAGTAC
AATCCGTTGCTTAGCAATGGAGAAAGTTATTGAATTAGCTCTTCCATGCCCTAAAGCCAA
GTTTGAATGCACCAAAAAGGTAACTTATATGTATGACTTAAAAAACTAATTCAAAAGAAT
ACTCACTCGCGCAATGCTTTTGCTGATTTCTTCTTTTGGTCTATCGCACAGGGAGAAATG
ACCAATGCTAGGGAGAAACTC

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR1CZ57TF 438 0 0
CGCTCCTATCATTCAGGTAACATTTGGAAAAAAAATGTTTCTCTCAATCGCTAGTGTTTT
GACTGTCTATAGTTAACAATATTATATTATAGGACAAGTTAGCTAGAAAAAAATGTTAAA
CGATTGGGTTCAAGTCTCGGCTTTGCATTTTCAGTGTCCGAATGGGCATTTCGTTTGCCC
TCGTTGCTTTCCCAAACTGGGAGAAAAGTGTCCTTCTTGTCGTTCTTCTATTAGTACAAT
CCGTTGCTTAGCAATGGAGAAAGTTATTGAATTAGCTCTTCCATGCCCTAAAGCCAAGTT
TGAATGCACCAAAAAGGTAACTTATATGTATGACTTAAAAAACTAATTCAAAAGAATACT
CACTCGCGCAATGCTTTTGCTGATTTCTTCTTTTGGTCTATCGCACAGGGAGAAATGACC
AATGCTAGGGAGAAACTC

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 2

CO CL6338Contig1 1046 2 6 U
GATTCTCAACTCATAGGAATGTCAGGTTACACCAGAGAGGGCTTGCCTGTCTTTGCTATT
GGTGTTGGCCTCAGCACGTTCGACAAAGCATCGGTTCACTACTATGTCCAGTCCCACATC
CAAATCAATGAATACAGGGACCGTGTACTACTGCCTTCTATGTCTAAGAAGAACGGCCGG
CCAATCACAACCTGTGTGAAAGTTTTAGACATGACAGGGTTAAAACTTTCAGCGCTGAGC
CAAATTAAGTTAGTGACTATCATATCAACAATCGATGATTTGAACTATCCAGAGAAGACA
AACACCTACTATGTTGTGAACGCTCCATATATATTTTCTGCCTGTTGGAAGGTTGTGAAA
CCACTTTTACAAGAGAGGACGAGGAAGAAAGTTCATGTGTTATCTGGTTGCGGAAGGGAT
GAATTATTGAAGATTATGGACTTCACATCCCTCCCACATTTCTGTAGAAGGGGAAGCTCT
GGGTCATCTCACCACAGTGAGAGTGTAGATTGTTTTTCTTTTGATCATCCTTTCCATCAA
CAGCTATACAACTATGTGAAGCACCATTATGAGACTCAGGGACAAGCAGAACCTGCAAAG
CAAGGATCATTCCACGTGGGGTTTCCTGAGCCTGAAGCTGAGAGTGTTCAGATAGCCATT
GAATCGGAACTGCACAAGTTTGAGAACTGCAATGGTCTATGCAAGCCTGCTGATGACAAA
AAAGTAAGTCCATGAAACACTGGACGATGATGCTTCTGAGGGAATTCAAATGAGTGAGCT
CTGAGCTCTGTCATCTCCCTAGCCATGCAAATCCAGTGAAGAAAAAATAAATCTTGAACT
GAATGTCCTCCTGGCTTTCATGTATAGTGTTATTTGATCCTTTGGATAGACATTTGTAGC
AAATTTATTTGTATTTTTGAAAATGTAAAACAGAGGCCAAAGAGATCCACTTATCAACTC
CTTAAGCATCTGTGTGAGTACTGGTTTATGATTTCATTCATTAGACTTTCATAGAGTTAT
TGGTAAAGGCAAACATCACTGGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EH89TF U 1
AF RR1EH89JQ C 481
BS 1 722 RR1EH89TF
BS 723 723 RR1EH89JQ
BS 724 763 RR1EH89TF
BS 764 764 RR1EH89JQ
BS 765 785 RR1EH89TF
BS 786 1046 RR1EH89JQ

RD RR1EH89TF 785 0 0
GATTCTCAACTCATAGGAATGTCAGGTTACACCAGAGAGGGCTTGCCTGTCTTTGCTATT
GGTGTTGGCCTCAGCACGTTCGACAAAGCATCGGTTCACTACTATGTCCAGTCCCACATC
CAAATCAATGAATACAGGGACCGTGTACTACTGCCTTCTATGTCTAAGAAGAACGGCCGG
CCAATCACAACCTGTGTGAAAGTTTTAGACATGACAGGGTTAAAACTTTCAGCGCTGAGC
CAAATTAAGTTAGTGACTATCATATCAACAATCGATGATTTGAACTATCCAGAGAAGACA
AACACCTACTATGTTGTGAACGCTCCATATATATTTTCTGCCTGTTGGAAGGTTGTGAAA
CCACTTTTACAAGAGAGGACGAGGAAGAAAGTTCATGTGTTATCTGGTTGCGGAAGGGAT
GAATTATTGAAGATTATGGACTTCACATCCCTCCCACATTTCTGTAGAAGGGGAAGCTCT
GGGTCATCTCACCACAGTGAGAGTGTAGATTGTTTTTCTTTTGATCATCCTTTCCATCAA
CAGCTATACAACTATGTGAAGCACCATTATGAGACTCAGGGACAAGCAGAACCTGCAAAG
CAAGGATCATTCCACGTGGGGTTTCCTGAGCCTGAAGCTGAGAGTGTTCAGATAGCCATT
GAATCGGAACTGCACAAGTTTGAGAACTGCAATGGTCTATGCAAGCCTGCTGATGACAAA
AA*GTAAGTCCATGAAACACTGGACGATGATGCTTCTGAGGGA*TTCAAATGAGTGAGCT
CTGAG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1EH89JQ 566 0 0
GGGTCATCTCACCACAGTGAGAGTGTAGATTGTTTTTCTTTTGATCATCCTTTCCATCAA
CAGCTATACAACTATGTGAAGCACCATTATGAGACTCAGGGACAAGCAGAACCTGCAAAG
CAAGGATCATTCCACGTGGGGTTTCCTGAGCCTGAAGCTGAGAGTGTTCAGATAGCCATT
GAATCGGAACTGCACAAGTTTGAGAACTGCAATGGTTTATGCAAGCCTGCTGATGACAAA
AAAGTAAGTCCATGAAACACTGGACGATGATGCTTTTGAGGGAATTCAAATGAGTGAGCT
TTGAGCTCTGTCATCTCCCTAGCCATGCAAATCCAGTGAAGAAAAAATAAATCTTGAACT
GAATGTCCTCCTGGCTTTCATGTATAGTGTTATTTGATCCTTTGGATAGACATTTGTAGC
AAATTTATTTGTATTTTTGAAAATGTAAAACAGAGGCCAAAGAGATCCACTTATCAACTC
CTTAAGCATCTGTGTGAGTACTGGTTTATGATTTCATTCATTAGACTTTCATAGAGTTAT
TGGTAAAGGCAAACATCACTGGTTTC

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

CO CL6339Contig1 438 2 1 U
GGCACTGGAGTGATGCCAGGAGGCAATGTTGGTGCGGGATGCGATATTCGAGCAAGGCGC
ATCAGCAGGGAATGTGGGGAATGATAAGATAGTGGAGCAGAAGAAAGCGAATCCTATGGC
TCTACTTCTCTCATCGGCTATGATGCTTAAACATCTCCAGTTCCCTACTTTTGCTGATCG
TCTTGAAGTCGCGGTGAAACAAGTGATACAAGAAGGCAAATGGCGAACCAAAGATCTTGG
TGGAGATTGCACTACTCAGGAAGTTGTTGATGCAGTCATCGCAGCTCTTGACTGAGCTTC
TACTTTGCTTCGTGCTTCTCTGTTTTGCGTTGCTATTAATTTGTTTTTTCTTGATTGTTT
TTATTCATTCATGTACTTCATCTGACAATGCTCGACCCTCTTGTTTAAGCACGAGCTTAT
TATAGTTACATAATAATT


BQ
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AF RR1EU74JQ C 1
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TGGAGATTGCACTACTCAGGAAGTTGTTGATGCAGTCATCGCAGCTCTTGACTGAGCTTC
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TATAGTTACATAATAATT

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DS 

RD RR1EU74TF 438 0 0
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ATCAGCAGGGAATGTGGGGAATGATAAGATAGTGGAGCAGAAGAAAGCGAATCCTATGGC
TCTACTTCTCTCATCGGCTATGATGCTTAAACATCTCCAGTTCCCTACTTTTGCTGATCG
TCTTGAAGTCGCGGTGAAACAAGTGATACAAGAAGGCAAATGGCGAACCAAAGATCTTGG
TGGAGATTGCACTACTCAGGAAGTTGTTGATGCAGTCATCGCAGCTCTTGACTGAGCTTC
TACTTTGCTTCGTGCTTCTCTGTTTTGCGTTGCTATTAATTTGTTTTTTCTTGATTGTTT
TTATTCATTCATGTACTTCATCTGACAATGCTCGACCCTCTTGTTTAAGCACGAGCTTAT
TATAGTTACATAATAATT

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 2

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TGGATATAAAGGCATACCTGATCAGCAGCAATTCCATTAGCTTGTCTGCCGAGAAAAGAT
CGAGATTTCACTTGACTTGCGGAAGAAGAAGATGTTTTATCAGCCTCCACTGTATCCTGC
TACATCAAATTAAACGTATAAGAAACGCAAAACTAACTTTTTGTGTTGCTCAAAGAACTT
CATACCTTTGGTCGCGCCACAGTATGGGGAATCCTAGAGGACTTAACTTTTTCCATGGCA
GCCTCTACAGCCTTGGCTCCACCAATAAAATTTGGATGTGAAGTGTTTATGTAATCCATC
TGTAAACAGCACTCAAGAAATCAACATCACCACTGAAGCAATTATGACAACCAGCACTAA
TAGTTAACTTCAAATTCAGAAGGAACTAATCACTAAAAACGAGTAGCTGCTCAAGATTTA
AAAGGGCTCTTAGTCAACAAAAAACCAGAAACGATCAGTCTCTACTCCCTACACATAATA
CAGGATTTCAATAGATATATTCATGTGAAACAAACGTCAACGATCATAGGGACCTCAGAT
TTATTATACAGACCTCCATATCAATGATATCCCCGATCATTGCTTCTGAGGGTTCAAGAC
CTTCTCGCAGGAAGTCCCCGATAACCTCATCCATGCGCTTTCTCAGGACCGGGAAGCGCT
GTAACTCATTCATCATACATCTATGGCTAATCTGTGGAGACATTCAAATTTATGAAGAAA
ATGAAATTGAGATTTTATCATTATTATATATCAACCACCAAAACAAAACCTCACCTTCAC
GAGCTCATCAAAGATGAACCTAGCACACTGAAGGCTAGGATCCAACAAACGAGATATCTG
CCTCCTAACAAGAACTTGAAATGGAACCTATGTAGAAAAGATTGGAATCAAGAGACTGTA
ATCAGGCATCCTGAGAAGTAGAAAGGTACGGAAACATATGTATGCTTAGAAGTCCTGACA
ACCAGGATGACATCCAAATATACTAAGAAACATATTAGAAAACGTACGTCTGGAACAAAT
AATGCGGATCTCGGACCAGTTGCGTTCTGGATTACCGTCCGAATATCATCATCTGTCAAG
TCTTCGCATGGATCAACCTCCTGAAGAAGTAATGTAAAGGAAGTCCATCGGACTATATTC
ACAAAAAATCCACCTAAAGTAGCTCC


BQ
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BS 1 726 RR1AQ84TF
BS 727 1286 RR1AQ84JQ

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CGAGATTTCACTTGACTTGCGGAAGAAGAAGATGTTTTATCAGCCTCCACTGTATCCTGC
TACATCAAATTAAACGTATAAGAAACGCAAAACTAACTTTTTGTGTTGCTCAAAGAACTT
CATACCTTTGGTCGCGCCACAGTATGGGGAATCCTAGAGGACTTAACTTTTTCCATGGCA
GCCTCTACAGCCTTGGCTCCACCAATAAAATTTGGATGTGAAGTGTTTATGTAATCCATC
TGTAAACAGCACTCAAGAAATCAACATCACCACTGAAGCAATTATGACAACCAGCACTAA
TAGTTAACTTCAAATTCAGAAGGAACTAATCACTAAAAACGAGTAGCTGCTCAAGATTTA
AAAGGGCTCTTAGTCAACAAAAAACCAGAAACGATCAGTCTCTACTCCCTACACATAATA
CAGGATTTCAATAGATATATTCATGTGAAACAAACGTCAACGATCATAGGGACCTCAGAT
TTATTATACAGACCTCCATATCAATGATATCCCCGATCATTGCTTCTGAGGGTTCAAGAC
CTTCTC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1AQ84JQ 715 0 0
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AAACGTCAACGATCATAGGGACCTCAGATTTATTATACAGACCTCCATATCAATGATATC
CCCGATCATTGCTTCTGAGGGTTCAAGACCTTCTCGCAGGAAGTCCCCGATAACCTCATC
CATGCGCTTTCTCAGGACCGGGAAGCGCTGTAACTCATTCATCATACATCTATGGCTAAT
CTGTGGAGACATTCAAATTTATGAAGAAAATGAAATTGAGATTTTATCATTATTATATAT
CAACCACCAAAACAAAACCTCACCTTCACGAGCTCATCAAAGATGAACCTAGCACACTGA
AGGCTAGGATCCAACAAACGAGATATCTGCCTCCTAACAAGAACTTGAAATGGAACCTAT
GTAGAAAAGATTGGAATCAAGAGACTGTAATCAGGCATCCTGAGAAGTAGAAAGGTACGG
AAACATATGTATGCTTAGAAGTCCTGACAACCAGGATGACATCCAAATATACTAAGAAAC
ATATTAGAAAACGTACGTCTGGAACAAATAATGCGGATCTCGGACCAGTTGCGTTCTGGA
TTACCGTCCGAATATCATCATCTGTCAAGTCTTCGCATGGATCAACCTCCTGAAGAAGTA
ATGTAAAGGAAGTCCATCGGACTATATTCACAAAAAATCCACCTAAAGTAGCTCC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL6341Contig1 1277 2 2 U
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CAAGAAACTGAAGGAGTTGGCTCAGAAGAAGTCTCCAGTGGATTTGAGCCAAACACTTTT
CTGTCTAGTCGGAAGTATCATATTCAGAGCTGCCTTTGGACAGCGGTTCGAGGAGAACAA
GCATGTTGATAAGGAGAGGATCAAAGAACTCATGTTTGAGGTCCAGAGAACTGCGTCTCT
AAGTAGCTCTGATCTTTTACCTGCTGGTTTGGGATGGTTTATGTACTATTTGTCGGGACA
ACATAGGAGAATCCACCAAGTTTTCGTGGAGATTGATACTTTGCTGAATCATATAATTGA
TGATCACTTGAAGAACCCTGAAGAAAAATCAAATAAAGATCGTCCTGATATCGTCGATTC
AATCTTAGATATTATGCATAAACAAGAACAAGATGAATCTTTCAAGCTCACCATTGATAA
TCTCAAAGGAATCATGCAAGATATATATCTTGCTGGAGTAGATACAAGTGCCATCACCAT
GATATGGGCAATGGCAGAGCTTGTTAGAAACCCCCGGGTGATGAGAAAAGCTCAAGACGA
GATCAGAGCTTGCATCAGGATCAAACAAAAGGAGAGAATCGAGGAAGAAGATGTCGATAA
GCTTCAGTACTTGAAGCTTGTGATCAAAGAAACCTTGAGACTACACCCAGCAGCTCCTTT
GTTACTTCCAAGAGGAACAATTAGTCAAATCAAGATCCAAGGCTACGACATTCCGCCAAA
AACACTTTTAGTTGTTAACGCTTGGTCTATAGGTCGAGATCCTAAACACTGGAAAGATCC
AGAAGAGTTCATCCCGGAAAGGTTTATTGATTGTCCTGTGGATTACAAAGGACAGAGCTT
TGAGATGTTACCATTTGGTTCTGGACGGAGGATTTGCCCAGGCATGGCTTCAGCCATTGC
GACCGTTGAACTGGGACTATTGAACTTGCTTTACTATTTTGATTGGAGATTGCCTGAGAA
GGAGAAAGATTTGGACATGGACGAAGCTGGTGATACTACGGTTATTAAGAAAATTCCTCT
TCGGCTACTTCCAGTTCTTCATGATTAAGTGATGGCTCAACTTTAAAGAAATCAAAAAGC
CTAATAGACACGAAACTGTACCTCTTGATAGATAAAAATGATATTTAGCATAGTACTACG
CGATTTTCCATGCTCGTATACGGAAATAAACATTTGCAACTAAGTATTTTACTTTATTTG
TTTTAAGTAATTTTGTT


BQ
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AF RR1AK53TF U 1
AF RR1AK53JQ C 462
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AAGTAGCTCTGATCTTTTACCTGCTGGTTTGGGATGGTTTATGTACTATTTGTCGGGACA
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TGATCACTTGAAGAACCCTGAAGAAAAATCAAATAAAGATCGTCCTGATATCGTCGATTC
AATCTTAGATATTATGCATAAACAAGAACAAGATGAATCTTTCAAGCTCACCATTGATAA
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GATCAGAGCTTGCA

QA 1 614 1 614
DS 

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ATACAAGTGCCATCACCATGATATGGGCAATGGCAGAGCTTGTTAGAAACCCCCGGGTGA
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TACACCCAGCAGCTCCTTTGTTACTTCCAAGAGGAACAATTAGTCAAATCAAGATCCAAG
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CTAAACACTGGAAAGATCCAGAAGAGTTCATCCCGGAAAGGTTTATTGATTGTCCTGTGG
ATTACAAAGGACAGAGCTTTGAGATGTTACCATTTGGTTCTGGACGGAGGATTTGCCCAG
GCATGGCTTCAGCCATTGCGACCGTTGAACTGGGACTATTGAACTTGCTTTACTATTTTG
ATTGGAGATTGCCTGAGAAGGAGAAAGATTTGGACATGGACGAAGCTGGTGATACTACGG
TTATTAAGAAAATTCCTCTTCGGCTACTTCCAGTTCTTCATGATTAAGTGATGGCTCAAC
TTTAAAGAAATCAAAAAGCCTAATAGACACGAAACTGTACCTCTTGATAGATAAAAATGA
TATTTAGCATAGTACTACGCGATTTTCCATGCTCGTATACGGAAATAAACATTTGCAACT
AAGTATTTTACTTTATTTGTTTTAAGTAATTTTGTT

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL6342Contig1 1089 2 4 U
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CCACAATCGCTTCGATGGAAATCAAATCCGCTGATTGTATCGGAAAGCTACGTCTCCAAT
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TATGTTGATAAGCTCGAATCAAGAGCCGCTGAGATCGCAGAATGCCAGCAGGAGATTGTC
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CAAGTCTCGAGCATTGAGCAGCTTGTTCTCCCCCTGGGAGTAGCGTTTGCAAGCTGTGCA
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CCACTGGAGCTGAGCTGGGAAAGCTTGTTTTCTCATGGAATAGACGGCGCCGTTTTAGTA
TCTCAGAGCGTGTTGATTTTTGCGTTTGCGTCTGTAAGTTTGGACTTCTGTTTCAAAATG
AAGCTCTTAAAACCATTTTCAAGCTCTGCTCAGATGTAAAAGCAGCAGTTAAAAAGGTAG
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GAAAATTTT


BQ
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AF RR1DP23TF U 1
AF RR1DP23JQ C 469
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BS 757 1089 RR1DP23JQ

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CCACAATCGCTTCGATGGAAATCAAATCCGCTGATTGTATCGGAAAGCTACGTCTCCAAT
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TATGTTGATAAGCTCGAATCAAGAGCCGCTGAGATCGCAGAATGCCAGCAGGAGATTGTC
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ACGGGAAGTTCAGAAAACGGATATTCGATTGATAAAGACAAGGAGAGATTGGAATCAGCG
AAAGCGGCAGCCATTGCAGCTGCGGTTGGGACAGTTGCAGAAGTCCCCTTTGCTCTTTCT
CAAGTCTCGAGCATTGAGCAGCTTGTTCTCCCCCTGGGAGTAGCGTTTGCAAGCTGTGCA
TTGTTTGGTGTCACATTCAG*TATGTAATCAGAAGA

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DS 

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GAGACCGAGGCAACGGGAAGTTCAGAAAACGGATATTCGATTGATAAAGACAAGGAGAGA
TTGGAATCAGCGAAAGCGGCAGCCATTGCAGCTGCGGTTGGGACAGTTGCAGAAGTCCCC
TTTGCTCTTTCTCAAGTCTCGAGCATTGAGCAGCTTGTTCTCCCCCTGGGAGTAGCGTTT
GCAAGCTGTGCATTGTTTGGTGTCACATTCAGGTATGTAATCAGAAGAGACTTGGATGAT
AGTTATCTCAAATCAGGAGCCGTTGCAGCCTTTGGATTTGTCAAAGGACTTGGTATGTTA
AGCAGAGGACCGCCACTGGAGCTGAGCTGGGAAAGCTTGTTTTCTCATGGAATAGACGGC
GCCGTTTTAGTATCTCAGAGCGTGTTGATTTTTGCGTTTGCGTCTGTAAGTTTGGACTTC
TGTTTCAAAATGAAGCTCTTAAAACCATTTTCAAGCTCTGCTCAGATGTAAAAGCAGCAG
TTAAAAAGGTAGAAACGCAAAAAAGAAAGAAAGAAACATTGTATATTTTCTTTGAAGATT
TATGTATCAATTGAAAATTTT

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

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ATCATCTATTAATGGCGGAGCTAAAGTCAACCTTCCTCAACGTTTATTCAACCCTCAAGT
CTGACCTCCTTCATGACCCTTCCTTCGAATTCACCGATGAGTCTCGTCTCTGGGTCGAAA
AGATGCTTGATTACAACGTACCTGGAGGGAAGCTCAACCGGGGTCTCTCTGTTGTGGACA
GCTTCAAGCCTTTGAAGGAAGGTAAAGACTTGACAGAGGAAGAGATTTTTCTCTCTTGTG
CTCTCGGTTGGTGTATCGAATGGCTTCAAGCTTATTTCCTTGTGCTTGATGACATTATGG
ATAACTCTGTCACTCGCCGTGGCCAGCCTTGCTGGTTCAGAGTCCCTCAGGTTGGTATGG
TTGCCATTAATGACGGGACTCTACTTCGCAATCACATCCACAGGATTCTCAAAAAGCACT
TCCGGGGAAAGCCTTTCTATGTTGACCTCGTTGATCTCTTTAACGAGAATTTCAAACAGC
TTGCGGCCAGATGATAGATCTGATCACCACCTTTGAAGGAGAAAAGGATTTGGCCAAGTA
CTCCTTGCCAATCCACCGGCGTATTGTCCAGTACAAAACGGCTTATTACTCATTTTATCT
CCCTGTTGCTTGTGCATTGTTGATGGCTGGCTAGGATTTGGAGAACCATGTTGATGTGAA
GAATGTCCTCGTTGACATGGGAATCTACTTCCAAGTGCAGGATGACTACCTGGATTGTTT
TGCTGATCCCGAGACGCTTGGCAAAGTTTTTTTAGCTCCTGCAAACGCTTTGTTTTTTTG
CAGAATTACTTAATTGTGCTCACTTGATTGAAGCATTATTGATAACGCTTGTTAATTCAG
TAGCTAGAGAAGGCGTGGCTGGTGCTGATGAAGGACTAGAAAATGGGTATGCGTAATGCA
TGTATGATTTGTCTCGTCTTTAAGTGTAGCTTTGGTGTGTTTTGAACCCAGCTAGGTTGT
GATACTGGTTAGCTCAGATCAACTGGTCTTGAAAATGATTAAAGAGAATCCCTATTAACT
ACGTGAAACTTTCACTCCCTTTGTAAAAGTCTTGACTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B221TF U 1
AF RR1B221JQ C 343
BS 1 760 RR1B221TF
BS 761 761 RR1B221JQ
BS 762 786 RR1B221TF
BS 787 1120 RR1B221JQ

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CTCTCGGTTGGTGTATCGAATGGCTTCAAGCTTATTTCCTTGTGCTTGATGACATTATGG
ATAACTCTGTCACTCGCCGTGGCCAGCCTTGCTGGTTCAGAGTCCCTCAGGTTGGTATGG
TTGCCATTAATGACGGGACTCTACTTCGCAATCACATCCACAGGATTCTCAAAAAGCACT
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TTGCGGCCAGATGATAGATCTGATCACCACCTTTGAAGGAGAAAAGGATTTGGCCAAGTA
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CCCTGTTGCTTGTGCATTGTTGATGGCTGGCTAGGATTTGGAGAACCATGTTGATGTGAA
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TGCTGA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1B221JQ 778 0 0
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TCCCTCAGGTTGGTATGGTTGCCATTAATGACGGGACTCTACTTCGCAATCACATCCACA
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GAACCATGTTGATGTGAAGAATGTCCTCGTTGACATGGGAATCTACTTCCAAGTGCAGGA
TGACTACCTGGATTGTTTTGCTGATCCCGAGACGCTTGGCAAAGTTTTTTTAGCTCCTGC
AAACGCTTTGTTTTTTTGCAGAATTACTTAATTGTGCTCACTTGATTGAAGCATTATTGA
TAACGCTTGTTAATTCAGTAGCTAGAGAAGGCGTGGCTGGTGCTGATGAAGGACTAGAAA
ATGGGTATGCGTAATGCATGTATGATTTGTCTCGTCTTTAAGTGTAGCTTTGGTGTGTTT
TGAACCCAGCTAGGTTGTGATACTGGTTAGCTCAGATCAACTGGTCTTGAAAATGATTAA
AGAGAATCCCTATTAACTACGTGAAACTTTCACTCCCTTTGTAAAAGTCTTGACTCTC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

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AAGTGGATAGCATGTTGGGGCAAAGGACAAGAGTTGGAGAGCATGAAGCTATGAGGAAGA
TCAAGAATGAGTTTATGACGCATTGGGATGGGCTTATGACAAAACCTGGTGAAAGGATTT
TGGTTCTTGCAGCCACAAACAGACCCTTTGATCTTGATGAAGCTATCATTAGGAGGTTTG
AGAGGAGAATAATGGTGGGACTTCCTTCAATTGAGAGCAGAGAGAAGATCTTGAGAACTT
TGTTGTCAAAAGAAAAGACAGATGATCTTGATTTTCATGAGCTTGGACAGATGACAGAAG
GCTACAGTGGAAGTGATCTCAAGAGCTTATGCATAACAGCTGCTTACAGACCTGTTAGAG
AGCTAATTCAACAGGAGAGATTGAAAGATCAGGAGAGAAAAAAGAGAGAAGAAGCAGGAA
AAGGCACAGAAGAAACAAAAGATGAAGAAGAAGCTGCAGAAGAGAGGGAGATTATTTTGA
GACCTTTGAACATGGAAGACATGAGAAAAGCTAAAAACCAGGTGGGGGCAAGTTTTGCAT
CAGAAAGATCTGGGAATGAATGAGCTTAAACAGTGGAATGATTTGTACGGAGAAAGAGGC
TCGAGGAAAAAGGAACAGCTCATTTACTTCCTCTGAAAATTGCAAAACCCCTATAAAGTT
GTGAATGTATGTTTCTTGTTGCACAAGTTATCAAACTGATCGGTTTGGTGTTTGGCAAAT
CAAAAACAGAGAATTTTCTTTTACTTGTTAGGCTATTCCATTTTCAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AV64TF U 1
AF RR1AV64JQ C 275
BS 1 726 RR1AV64TF
BS 727 890 RR1AV64JQ

RD RR1AV64TF 726 0 0
GGGTTTCATCAATGTCTCAATGTCTACAATCACCTCTAAATGGTTTGGAGAAGATGAGAA
GAACGTGAGAGCTCTGTTTACTTTAGCAGCTAAAGTATCTCCAACGATCATTTGTGGATG
AAGTGGATAGCATGTTGGGGCAAAGGACAAGAGTTGGAGAGCATGAAGCTATGAGGAAGA
TCAAGAATGAGTTTATGACGCATTGGGATGGGCTTATGACAAAACCTGGTGAAAGGATTT
TGGTTCTTGCAGCCACAAACAGACCCTTTGATCTTGATGAAGCTATCATTAGGAGGTTTG
AGAGGAGAATAATGGTGGGACTTCCTTCAATTGAGAGCAGAGAGAAGATCTTGAGAACTT
TGTTGTCAAAAGAAAAGACAGATGATCTTGATTTTCATGAGCTTGGACAGATGACAGAAG
GCTACAGTGGAAGTGATCTCAAGAGCTTATGCATAACAGCTGCTTACAGACCTGTTAGAG
AGCTAATTCAACAGGAGAGATTGAAAGATCAGGAGAGAAAAAAGAGAGAAGAAGCAGGAA
AAGGCACAGAAGAAACAAAAGATGAAGAAGAAGCTGCAGAAGAGAGGGAGATTATTTTGA
GACCTTTGAACATGGAAGACATGAGAAAAGCTAAAAACCAGGTGGGGGCAAGTTTTGCAT
CAGAAAGATCTGGGAATGAATGAGCTTAAACAGTGGAATGATTTGTACGGAGAAAGAGGC
TCGAGG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1AV64JQ 616 0 0
TGATGAAGCTATCATTAGGAGGTTTGAGAGGAGAATAATGGTGGGACTTCCTTCAATTGA
GAGCAGAGAGAAGATCTTGAGAACTTTGTTGTCAAAAGAAAAGACAGATGATCTTGATTT
TCATGAGCTTGGACAGATGACAGAAGGCTACAGTGGAAGTGATCTCAAGAGCTTATGCAT
AACAGCTGCTTACAGACCTGTTAGAGAGCTAATTCAACAGGAGAGATTGAAAGATCAGGA
GAGAAAAAAGAGAGAAGAAGCAGGAAAAGGCACAGAAGAAACAAAAGATGAAGAAGAAGC
TGCAGAAGAGAGGGAGATTATTTTGAGACCTTTGAACATGGAAGACATGAGAAAAGCTAA
AAACCAGGTGGGGGCAAGTTTTGCATCAGAAGGATCTGG*AATGAATGAGCTTAAACAGT
GGAATGATTTGTACGGAGAAGGAGGCTCGAGGAAAAAGGAACAGCTCATTTACTTCCTCT
GAAAATTGCAAAACCCCTATAAAGTTGTGAATGTATGTTTCTTGTTGCACAAGTTATCAA
ACTGATCGGTTTGGTGTTTGGCAAATCAAAAACAGAGAATTTTCTTTTACTTGTTAGGCT
ATTCCATTTTCAGACC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL6345Contig1 547 2 2 U
GGGAATGGACACTTCTTTCTCCAAGAAACCAACCTCAAGCTCGTCAAAAATTCAAGTTGA
AGAAACTGATGAAGCGAGAAAGAAGTTTTCAAACGCGAAATCGATTTCATCTGCACAGTT
TTACGGGAATCAGAACAGAGATGCTGATCTTGAATCAAAAGCTACTCTTCAGAAGTTCTC
GGGCTCAGCAGCTATTTCAAGTGCTGATCTTTTTGGTCATGGACAAGATGATTCCAACGT
CGATATCACTGCAAGCGATCTCATCAACCGAATCTCTTTCCAGGCGCAGCAAGATGTGTC
GTCCCTTGTTAACATAGCGGAAGAAACGACCAAGAAGCTGGGGTCATTGGCATCTGGTAT
ATTCAGTGATCTTCAGGATAGAATGCTCTAAGAAAACATACAAAGATCTTTGTCTTTTGA
TTGACAGAGACAACACATTGTGGTATTTGAAAGGTTTATAAAAAGCCTTTTTGTGTTTTG
TTCTGTAGCAATTTAATAACACAACTTATATGCTCAATACTCAAACAGGTTTGGCAGTTT
CTAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU49TF U 1
AF RR1GU49JQ C 231
BS 1 521 RR1GU49TF
BS 522 547 RR1GU49JQ

RD RR1GU49TF 521 0 0
GGGAATGGACACTTCTTTCTCCAAGAAACCAACCTCAAGCTCGTCAAAAATTCAAGTTGA
AGAAACTGATGAAGCGAGAAAGAAGTTTTCAAACGCGAAATCGATTTCATCTGCACAGTT
TTACGGGAATCAGAACAGAGATGCTGATCTTGAATCAAAAGCTACTCTTCAGAAGTTCTC
GGGCTCAGCAGCTATTTCAAGTGCTGATCTTTTTGGTCATGGACAAGATGATTCCAACGT
CGATATCACTGCAAGCGATCTCATCAACCGAATCTCTTTCCAGGCGCAGCAAGATGTGTC
GTCCCTTGTTAACATAGCGGAAGAAACGACCAAGAAGCTGGGGTCATTGGCATCTGGTAT
ATTCAGTGATCTTCAGGATAGAATGCTCTAAGAAAACATACAAAGATCTTTGTCTTTTGA
TTGACAGAGACAACACATTGTGGTATTTGAAAGGTTTATAAAAAGCCTTTTTGTGTTTTG
TTCTGTAGCAATTTAATAACACAACTTATATGCTCAATACT

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1GU49JQ 317 0 0
ATTCCAACGTCGATATCACTGCAAGCGATCTCATCAACCGAATCTCTTTCCAGGCGCAGC
AAGATGTGTCGTCCCTTGTTAACATAGCGGAAGAAACGACCAAGAAGCTGGGGTCATTGG
CATCTGGTATATTCAGTGATTTTCAGGATAGAATGCTTTAAGAAAACATACAAAGATCTT
TGTCTTTTGATTGACAGAGACAACACATTGTGGTATTTGAAAGGTTTATAAAAAGCCTTT
TTGTGTTTTGTTCTGTAGCAATTTAATAACACAACTTATATGCTCAATACTCAAACAGGT
TTGGCAGTTTCTAAATC

QA 1 317 1 317
DS 



AS 1 2

CO CL6346Contig1 960 2 2 U
GACGGCCGGAAGAAACGTCAGGACAGGACTTATTGCAAGTGTTATCGTATCACAGTGGAC
ATGGGCTGCGACGATACTGCAAAGTTCAAACGTCGCATGGCAGTATGGTGTTAGTGGACC
ATTCTGGTACGCTAGTGGAGCCTCCATACAGGTACTCTTGTTCGGTGTGATGGCGATTGA
GATAAAAAGAAAAGCTCCTAATGCTCACACAGTCTGCGAAATCGTGAAGGCTCGTTGGGG
AACCGTAACACATATAGTGTTCTTGGTATTTTGTCTGACGACAAACGTGGTAGTGACGGC
AATGCTATTGCTTGGTGGCTCGGCCGTGGTGAATGCCCTCACTGGAGTAAATATTTACGC
CGCAAGCTTCCTCATTCCTATAGGCGTCGTTGTCTATACTTTGGCAGGAGGACTTAAAGC
TACTTTCCTCGCAAGCTATGTTCATTCTGTCATAGTTCACGTGGTTTTAGTCATCTTTGT
GTATCTGGTCTACACTTTGAGTAGTGAGCTTGGGAGCCCATCTGTGGTCTATGACCGGTT
AATACATATGTCCGCTAAGTCAAGGGTATGCGCGGAGCCACTCTCACACGACGGACAAGC
TTGCGGTCCAGTCCACGGCAACTATAGCTTGGGGAACTATAGGATCAATTGTGATAGTTG
GTTTGCCTTTGATCGAAAGCTGGGGAACGATCAAGAGCGTTTGTATGGGACTGTTCACTA
ACGATAGGTTAATGGACAGGCTTGATGACTTGAACCATAGGTTACGCGCTTTAACCTTGG
CTGTACCGGAAGCTGAAAGGATTTATTTGCTCGAACTCGAGAAGATTAAGAAAACTGACG
AAGAAAGATCAGTATGAGTAAGAAAAATTGATATTTTTTTCATTCTCCTTTTGTTTGTAT
GATTTTACTTGCTCATCTTTCTTGTGTGTGTAAAATCATATTGGAGCTATTTCCTATTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BY11TF U 1
AF RR1BY11JQ C 202
BS 1 640 RR1BY11TF
BS 641 960 RR1BY11JQ

RD RR1BY11TF 640 0 0
GACGGCCGGAAGAAACGTCAGGACAGGACTTATTGCAAGTGTTATCGTATCACAGTGGAC
ATGGGCTGCGACGATACTGCAAAGTTCAAACGTCGCATGGCAGTATGGTGTTAGTGGACC
ATTCTGGTACGCTAGTGGAGCCTCCATACAGGTACTCTTGTTCGGTGTGATGGCGATTGA
GATAAAAAGAAAAGCTCCTAATGCTCACACAGTCTGCGAAATCGTGAAGGCTCGTTGGGG
AACCGTAACACATATAGTGTTCTTGGTATTTTGTCTGACGACAAACGTGGTAGTGACGGC
AATGCTATTGCTTGGTGGCTCGGCCGTGGTGAATGCCCTCACTGGAGTAAATATTTACGC
CGCAAGCTTCCTCATTCCTATAGGCGTCGTTGTCTATACTTTGGCAGGAGGACTTAAAGC
TACTTTCCTCGCAAGCTATGTTCATTCTGTCATAGTTCACGTGGTTTTAGTCATCTTTGT
GTATCTGGTCTACACTTTGAGTAGTGAGCTTGGGAGCCCATCTGTGGTCTATGACCGGTT
AATACATATGTCCGCTAAGTCAAGGGTATGCGCGGAGCCACTCTCACACGACGGACAAGC
TTGCGGTCCAGTCCACGGCAACTATAGCTTGGGGAACTAT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1BY11JQ 759 0 0
TGCTCACACAGTCTGCGAAATCGTGAAGGCTCGTTGGGGAACCGTAACACATATAGTGTT
CTTGGTATTTTGTCTGACGACAAACGTGGTAGTGACGGCAATGCTATTGCTTGGTGGCTC
GGCCGTGGTGAATGCCCTCACTGGAGTAAATATTTACGCCGCAAGCTTCCTCATTCCTAT
AGGCGTCGTTGTCTATACTTTGGCAGGAGGACTTAAAGCTACTTTCCTCGCAAGCTATGT
TCATTCTGTCATAGTTCACGTGGTTTTAGTCATCTTTGTGTATCTGGTCTACACTTTGAG
TAGTGAGCTTGGGAGCCCATCTGTGGTCTATGACCGGTTAATACATATGTCCGCTAAGTC
AAGGGTATGCGCGGAGCCACTCTCACACGACGGACAAGCTTGCGGTCCAGTCCACGGCAA
CTATAGCTTGGGGAACTATAGGATCAATTGTGATAGTTGGTTTGCCTTTGATCGAAAGCT
GGGGAACGATCAAGAGCGTTTGTATGGGACTGTTCACTAACGATAGGTTAATGGACAGGC
TTGATGACTTGAACCATAGGTTACGCGCTTTAACCTTGGCTGTACCGGAAGCTGAAAGGA
TTTATTTGCTCGAACTCGAGAAGATTAAGAAAACTGACGAAGAAAGATCAGTATGAGTAA
GAAAAATTGATATTTTTTTCATTCTCCTTTTGTTTGTATGATTTTACTTGCTCATCTTTC
TTGTGTGTGTAAAATCATATTGGAGCTATTTCCTATTGG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL6347Contig1 1298 2 2 U
GAGAAAAGGGGAGTTGCCTCTCTTTGAGCTTAGCACAATCGCTGTAGCGACTAATAACTT
CTCTTTTCAAAACAAGCTTGGAGCAGGTGGTTTCGGACCTGTTTACAAGGGCGTGTTACA
AAATGGTATGGAGATAGCAGTAAAGAGGCTGTCAAAAAACTCAGGACAAGGAATGGAAGA
GTTCAAGAACGAGGTCAAGTTGATATCAAAGCTGCAGCATCGAAACCTCGTGAGGATCTT
AGGGTGTTGCGTTGAATCGGAAGAGAAGATGTTGGTATACGAATATTTACCAAACAAGAG
CTTAGACTGTTTCATATTCCGTGAGGAGCATAGAGCGGAGTTGGACTGGCCAAAAAGGAT
GGGCATAATCCGAGGGATTGCTCGGGGAATCTTGTATCTTCATCAAGATTCAAGACTGAG
GATCATCCACAGGGACCTCAAGGCCAGCAATGTGCTTCTTGACAACGAGATGATCCCCAA
GATTGCTGACTTTGGCATGGCAAGAATCTTTGGGGGTAACCAAATCGAAGGAAGCACTAA
CCGAGTTGTTGGAACATATGGATATATGTCACCAGAGTATGCAATGGATGGTCAGTTCTC
AATAAAATCCGACGTCTACAGCTTCGGAATATTGATCTTAGAGATCATAACCGGAAAGAA
AAATAGTGTCATCTACGACGAGAATTCAAATCTAGTCGGACATATTTGGGGTCTATGGGA
AAAAGGCGAAGCAAGAGTGATTATAGACACGCTGATGGACGCAGAGAGTTATGAAGAGAG
CGAAGTGATGAAGTGCGTACACATTGGGTTGCTTTGCGTGCAAGAAAGCGCTTCGGACAG
ACCAGACATGTTTTCCGTTGTGTTCATGTTGGGACATAACGCCATTGATCTTCCATCTCC
GAATCATCCTGCGTTTACGGTGGGAAGGAACAGAAACGTCAAAACCGGCGGCAGCTTTGG
TAATTGGCCCAGTGGAGAGACTGGTATTTCTCTTAATGATGTTACCCTCACCGACGTCCA
AGGTCGTTGAAAAGGAATATAGCTAGTGTGTTCCTTACCCTATGTTATTACAATGGTGTT
TACTCAATAGGTATATAGTTAAATTATAATTGTTTATGGATCTTTATAGAAAGTGTATTT
TATGAATGTAATGTAGAATTAATGTTATAAAGGTATAACTAGATTTTGACCCGTCCGACT
GGACGGATGTTTGCTTTGACTTATAAAAATATTATCAGCTTATACCAAATTAGAAACTAT
TGGATTTTATAAAATATGATCCACGTTTTTTGCTATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A213TF U 1
AF RR1A213JQ C 677
BS 1 831 RR1A213TF
BS 832 1298 RR1A213JQ

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GTTCAAGAACGAGGTCAAGTTGATATCAAAGCTGCAGCATCGAAACCTCGTGAGGATCTT
AGGGTGTTGCGTTGAATCGGAAGAGAAGATGTTGGTATACGAATATTTACCAAACAAGAG
CTTAGACTGTTTCATATTCCGTGAGGAGCATAGAGCGGAGTTGGACTGGCCAAAAAGGAT
GGGCATAATCCGAGGGATTGCTCGGGGAATCTTGTATCTTCATCAAGATTCAAGACTGAG
GATCATCCACAGGGACCTCAAGGCCAGCAATGTGCTTCTTGACAACGAGATGATCCCCAA
GATTGCTGACTTTGGCATGGCAAGAATCTTTGGGGGTAACCAAATCGAAGGAAGCACTAA
CCGAGTTGTTGGAACATATGGATATATGTCACCAGAGTATGCAATGGATGGTCAGTTCTC
AATAAAATCCGACGTCTACAGCTTCGGAATATTGATCTTAGAGATCATAACCGGAAAGAA
AAATAGTGTCATCTACGACGAGAATTCAAATCTAGTCGGACATATTTGGGGTCTATGGGA
AAAAGGCGAAGCAAGAGTGATTATAGACACGCTGATGGACGCAGAGAGTTATGAAGAGAG
CGAAGTGATGAAGTGCGTACACATTGGGTTGCTTTGCGTGCAAGAAAGCGC

QA 1 831 1 831
DS 

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GTACACATTGGGTTGCTTTGCGTGCAAGAAAGCGCTTCGGACAGACCAGACATGTTTTCC
GTTGTGTTCATGTTGGGACATAACGCCATTGATCTTCCATCTCCGAATCATCCTGCGTTT
ACGGTGGGAAGGAACAGAAACGTCAAAACCGGCGGCAGCTTTGGTAATTGGCCCAGTGGA
GAGACTGGTATTTCTCTTAATGATGTTACCCTCACCGACGTCCAAGGTCGTTGAAAAGGA
ATATAGCTAGTGTGTTCCTTACCCTATGTTATTACAATGGTGTTTACTCAATAGGTATAT
AGTTAAATTATAATTGTTTATGGATCTTTATAGAAAGTGTATTTTATGAATGTAATGTAG
AATTAATGTTATAAAGGTATAACTAGATTTTGACCCGTCCGACTGGACGGATGTTTGCTT
TGACTTATAAAAATATTATCAGCTTATACCAAATTAGAAACTATTGGATTTTATAAAATA
TGATCCACGTTTTTTGCTATCG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

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TGTTCTTTTCTCGCATTTTATTTAGTTTATGTTGTTTGTCATGGAGAAGGAATTGACATG
TCATCAAAGCCGTGTTTGTTCTTATTAAAATGTATTTGATAAACACATTTGTTCGTACT


BQ
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AF RR1ER51TF U 1
AF RR1ER51JQ C 5
BS 1 479 RR1ER51TF

RD RR1ER51TF 479 0 0
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GCAGATCAAAGAGTCGTCCAAGAAGAGCAACAAGCAGAACGGAGGTATCAAGTCCGATTA
GTAAATTAAAATATGGTCCTGATGAAGAAGTTATGTGTGGAGAAGATGTAGGCAAATCTA
CTCAGCTTCACGAAAGAAAAAGATAAGGGGAGTAGTAGTAGTAGTTGATATTTTTCAGGT
GTGTCTTATCTCTTACGTCTTCAAAGTTGTTACTAACTGCTTTTTTTCTTAAGCTCACAT
GAAAACTGCTACTTCGGACAAATGTGGGTCATGATATATAAGTGTGTCGGGACTGGGTTT
TGTTCTTTTCTCGCATTTTATTTAGTTTATGTTGTTTGTCATGGAGAAGGAATTGACATG
TCATCAAAGCCGTGTTTGTTCTTATTAAAATGTATTTGATAAACACATTTGTTCGTACT

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR1ER51JQ 475 0 0
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ATCAAAGAGTCGTCCAAGAAGAGCAACAAGCAGAACGGAGGTATCAAGTCCGATTAGTAA
ATTAAAATATGGTCCTGATGAAGAAGTTATGTGTGGAGAAGATGTAGGCAAATTTATTCA
GCTTCACGAAAGAAAAAGATAAGGGGAGTAGTAGTAGTAGTTGATATTTTTCAGGTGTGT
TTTATTTCTTACGTCTTCAAAGTTGTTACTAACTGCTTTTTTTTTTAAGCTCACATGAAA
ACTGCTACTTCGGACAAATGTGGGTCATGATATATAAGTGTGTCGGGACTGGGTTTTGTT
TTTTTCTCGCATTTTATTTAGTTTATGTTGTTTGTCATGGGGAAGGAATTGACATGTCAT
CAAAGCCGTGTTTGTTTTTATTAAAATGTATTTGATAAACACATTTGTTCGTACT

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 2

CO CL6349Contig1 1208 2 2 U
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GCTGGTGTCGCTTTTTCTGCAACCAGTTCTTCCTATGGAAATACCATCTCGCTCATTGTT
GATATTCGACCTCACAAAACAGTGAAGCAGCTGCTAGAAGCTCAGCATTACATTTGCGCT
GGATGCCACAGATACTTTGATGATGGAGCCACTCTTGTGCGGGACTTTGTGAAGGCTCTT
GGATGGGGCGAGCCTCGGCTTTGCGAATATACTGGTCAATTGTTTTGTTCTTCCTGCCAT
ACGAATGACATGTCTGTCCTGCCAGCGAGAGTACTACATCATTGGGATTTTAATCCTTAT
CCAGTTTCTCAACTGGCAAAATCATATCTGGACTCCATACATGAGCAGCCTATGCTATGT
GTCAGTGCGGTCAATCCTTTTCTGTCCTCCAAGGTCCCTGCACTGAACCATATTATGAGC
ATCCGGAAAAGAATAACCATTATGCTTCCATATGTACACTGTCCATTCCGCAAGACACTC
AACAAAGGACTCAGCACTCGGAGACACCTTCTTGAGAGCACTGATTTTTTGCTTTAAGAG
ATCTAATTGATCTTTCTAAAGGGCCATTTGCAGCACTTCCTGCAATCGTGGAGACCGTTA
GGAAGAAAATTCTGGAGCATATAACAGAACAGTGCCTTGTTTGTTGCGATGTGGGGGTTC
CCTGTAACGCCAGACAAGCTTGTGACGACACATCCTCTTTAATATTTCCATTCCAGGAAG
ATGAGGTTAAGAAATGCCGGTCGTGCGGCTTGGTATACCACAAGAGATGTTTCTCGAGAC
TGTCAAACTGCCATTGCGGAACACAACTAAAGCCAAACAAGAGCTCTGCAGAGCTGCAAG
TTTCGGAGAAGAAATCAGATTCCACGTCTGTCTTGCCTCTGAGATTCCTCTCGGGTTTAT
TTGGAAAGACAAAAAAAGACACAGAAACCACTATTCTAATGGGTTCGCTTCCAACCAATG
ATCTATAAACTATAGGTCCGATTTTTTAATGTATGTGTGTGTTTATGTAAACCTTTGCCA
TCTGTAACGTAAGCCTCATGTGTTAATCCTAATTTCTTTTACATTTTCTTGTAAAGAAAA
GGATAATAAAGTACTGTCTAGTGAATTTTCTTTCTATACAATATGACAAAAACGACTGAT
AATGATGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E817TF U 1
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GGATGGGGCGAGCCTCGGCTTTGCGAATATACTGGTCAATTGTTTTGTTCTTCCTGCCAT
ACGAATGACATGTCTGTCCTGCCAGCGAGAGTACTACATCATTGGGATTTTAATCCTTAT
CCAGTTTCTCAACTGGCAAAATCATATCTGGACTCCATACATGAGCAGCCTATGCTATGT
GTCAGTGCGGTCAATCCTTTTCTGTCCTCCAAGGTCCCTGCACTGAACCATATTATGAGC
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CCTGTAACGCCAGACAA

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DS 

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ATCGTGGAGACCGTTAGGAAGAAAATTCTGGAGCATATAACAGAACAGTGCCTTGTTTGT
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TTTCTTGTAAAGAAAAGGATAATAAAGTACTGTCTAGTGAATTTTCTTTCTATACAATAT
GACAAAAACGACTGATAATGATGT

QA 1 624 1 624
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AACAGATGAAGAACTCATAAGCCACTACCTGAAACCGAAGGTTCTAAACACCCTCTTCTC
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TCAG


BQ
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AF RR1H261TF U 8
AF RR1DJ84TF U 1
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BS 118 604 RR1DJ84TF

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CTCATAAGCCACTACCTGAAACCGAAGGTTCTAAACACCCTCTTCTCCGCTATAGCCATT
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GAAAAAGAGTGGTACTTCTTCTGCGTGAGAGATCGGAAATACCCAACCGGTTTAAGGACG
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GAAAAATCTCTTGTTGGTATGAAGAAAACTTTGGTTT

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DS 

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TCTTTCTGTATCTCCCCTCTCTTCATCTTCAACAGAAATGGATTACGAGGTATCA**AAT
TTGTGAGATCGTAGAAGATTCAGAGCAGATTGATTTGCTACCTGGATTCAGATTTCACCC
AACAGATGAAGAACTCATAAGCCACTACCTGAAACCGAAGGTTCTAAACACCCTCTTCTC
CGCTATAGCCATTGGCGAAGTCGATCTCAACAAGGTTGAGCCTTGGGACTTGCCATGGAA
GGCTAAGATTGGCGAAAAAGAGTGGTACTTCTTCTGCGTGAGAGATCGGAAATACCCAAC
CGGTTTAAGGACGAACCGGGCTACTAAGGCCGGTTATTGGAAAGCTACAGGGAAAGACAA
AGAGATCTTCAAAGAAAAATCTCTTGTTGGTATGAAGAAAACTTTGGTTTTCTACGAAGG
AAGAGCTCCTAAAGGAGCAAAAACAAACTGGGTCATGCACGAGTATCGCTTAGAAGGCGT
ATATTCAACCGACAATCTTCCTAAAACCGCAAAGAACGAGTGGGTTATTAGTAGGGTTTT
TCAG

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL6352Contig1 557 2 2 U
GCACATGTCCCATGGAACCATTTCTCGCACTTGTCACAGCATATCCAGAATTCATCTGAA
GCATACTTCTCTCCACATGCTCCACACTGTGTTTCACCCTCTTCCTCTTCTTCCTCTTCC
TCTAATCTTGCTTCCTCCTCCACGGTTTGTATTGTCTTTGAGGTTTCGCCATCTAAATCT
CTCTGCATTTTAGCAAGTGTAAATCTCACAAAAGACAAGATCCTACTTTTAAAAAACGGC
AAAAGCAGATGATAAGAGTAGACGAACGAAGAAGCTTGAGTTCGTGACTAACAAGTCGCA
AGAAGGGTCGCAGTTCTGTAGGGGTTTTGGTGGGATTGGTGGGTTGTTGAGGTACCAGCT
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TTTTTTTACCTTTTACTGTCTCTGTAATATCTTCCTTTTGTCAAAACGTTCTACATGATT
TTATGTCTGTCTCTTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BI60TF U 1
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AAAAGCAGATGATAAGAGTAGACGAACGAAGAAGCTTGAGTTCGTGACTAACAAGTCGCA
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TGGTGTAAGATCTCAAAGAAGGATGGGG

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TCTAATCTTGCTTCCTCCTCCACGGTTTGTATTGTCTTTGAGGTTTCGCCATCTAAATCT
CTCTGCATTTTAGCAAGTGTAAATCTCACAAAAGACAAGATCCTACTTTTAGAAAACGGC
AAAAGCAGATGATAAGAGTAGACGAACGAAGAAGCTTGAGTTCGTGACTAACAAGTCGCA
AGAAGGGTCGCAGTTCTGTAGGGGTTTTGGTGGGATTGGTGGGTTGTTGAGGTACCAGCT
TGATATGAGGACTTTTGACGAGCTATCAGATGGGGAAGTGTACGAAGATTCAGATTAAAG
TGGTGTAAGATCTCAAAGAAGGATGGGGAAAAAGAAGGAAAGAAAGAAAGAAGGAATGTT
TTTTTTTACCTTTTACTGTCTCTGTAATATCTTCCTTTTGTCAAAACGTTCTACATGATT
TTATGTCTGTCTCTTCT

QA 1 557 1 557
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAAGTGTATTAATAAAATGTATGATAACCTTTTTGTTTT


BQ
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AF RR1E712TF U 1
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BS 385 519 RR1E712JQ

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CCCATATCTCTCTTCTTATCGGTGCTGGAATTATGTCACTCTTAGCTAAATGGGCTTAAA
ATTAGCAAAAAAAGAAAGGAAAACATTACACTTATAGTTTATTGTTTGTTAATACGAGAT
GTTTCCTAATATATAGAGATTTAGAATGTTTTATAGTGCTAAAAATGCTGTTTATAGTGT
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DS 



AS 1 2

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ATTGGTTATTTGTCAATCCGGGCGTACGTTGATGATAAGAATAGTCCACCACCATCGGAT
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CTTGTCTTTGCACCGTTTGAAGCCTTAGTAGTTGGAGGAATCTATATCGACGAAACTGAA
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GCTGGCAAAGATGCTGTGATTAACCAGCTTCTATGCGATCTTGACGGCCTGCGTTGTGTC
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CTTATTGAAGTGCCCACTAAGAAATCTAAACTTGTAAGAATTTCTGGTGGAAACGAAAGG
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TCTCCTCCATTTTCCTCTTCTCTGCTTTTGAACACTTTTGTCGCAGTCTTTGCACAACTA
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AAGGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ16TF U 1
AF RR1DJ16JQ C 441
BS 1 589 RR1DJ16TF
BS 590 1086 RR1DJ16JQ

RD RR1DJ16TF 589 0 0
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CTAAAGTTTTAAATTCTTAATATATCGAACTTGTTTTAGTGGCCTCTTAGCCGCCGTACA
TCTCTCTATTTTGAGTCCACCGTCGAAACCATGGACATATCTTTCCCCAAGGCAAACAGC
AAATACGCCTCGGGTGACACAAGCATCTTCTGGCTCGTCGAGGATTTTTCAATCCTTTGT
GCTGGTGATCCTTATTTGATTTATCTGTCAATCAAGTCGGCCATTGAGGAGAAGGGTTAT
ATTGGTTATTTGTCAATCCGGGCGTACGTTGATGATAAGAATAGTCCACCACCATCGGAT
AAACTCTTAAAAGAATTCAAGCTAGCGGGAATCGAAATTGTTTCCGCACCCGAAGGAAGT
AGTACACATTGGTTAGTGTCTAAGGACATTTTATTCTGGGCATTGAAAAGGCGTACCGTT
GTCGGAGGCAATCTTCTTTTTACACCATCAACGTTGGTGGTACTCTCACTAAGTTTCAAA
GACATAGACTCTTTGCTCCCCAATGTGCTTTATAGTGTTTTCAAACGTA

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1DJ16JQ 646 0 0
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TACACCATCAACGTTGGTGGTACTCTCACTAAGTTTCAAAGACATAGACTCTTTGCTCCC
CAATGTGCTTTATAGTGTTTTCAAACGTAAAGATTACAATCTTGTCTTTGCACCGTTTGA
AGCCTTAGTAGTTGGAGGAATCTATATCGACGAAACTGAAGAGCAGCTTTTCATCCCACC
GCCGAATAATATCGTCATCTTTATTGGTGGTCCGAGTGGAGCTGGCAAAGATGCTGTGAT
TAACCAGCTTCTATGCGATCTTGACGGCCTGCGTTGTGTCTTTATTGATGATTTCATTTC
AATGTTGGGGAGGGAATACACGGCAAAAGAGGAAGACATCCTTATTGAAGTGCCCACTAA
GAAATCTAAACTTGTAAGAATTTCTGGTGGAAACGAAAGGGAGGCGTGATGATGCATGCG
GTTAACATCTTGGAATCGATTAATCTGAAATGAATCTAAATCTCCTCCATTTTCCTCTTC
TCTGCTTTTGAACACTTTTGTCGCAGTCTTTGCACAACTATGGTTTTCTTCATTCACTTC
TCTGGCTCTTTAGCTTTGTTTGATACTAGTATTATGGCGCAAGGGC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL6356Contig1 443 2 1 U
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GTAACTATGGCGGCAGAGCAGAAGGCGACTACTGAAGAAGTGAAGATGGATCTGTTCGAG
GACGACGATGAGTTCGAGGAGTTTGAAATTAACGAAGATTGGGTTGAGAAAGAGGAAGTG
AAGGAAGTTGGACAGCAGTGGGAAGATGATTGGGACGATGATGATGTCAATGACGACTTC
TCGCCTCAGTTAAGGAAGGAGCTTGAGACTAGTTCCGCTGATAAGAAATGAATGAGCAGC
AGCTCTCAGGATTAAAAGATTGTATTTGAATTTGCATCCTCTGTTTTTTTTTACTATTGT
TGCTTCTTCTACTTTACCCTTTTGCACATTTTACTCTTGGATGCAATATTCCCCATCTAT
CAAATCTTAACCGCTTAATAGAT


BQ
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AF RR1AM72JQ C 1
AF RR1AM72TF U 1
BS 1 443 RR1AM72TF

RD RR1AM72JQ 443 0 0
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GTAACTATGGCGGCAGAGCAGAAGGCGACTACTGAAGAAGTGAAGATGGATCTGTTCGAG
GACGACGATGAGTTCGAGGAGTTTGAAATTAACGAAGATTGGGTTGAGAAAGAGGAAGTG
AAGGAAGTTGGACAGCAGTGGGAAGATGATTGGGACGATGATGATGTCAATGACGACTTC
TCGCCTCAGTTAAGGAAGGAGCTTGAGACTAGTTCCGCTGATAAGAAATGAATGAGCAGC
AGCTCTCAGGATTAAAAGATTGTATTTGAATTTGCATCCTCTGTTTTTTTTTACTATTGT
TGCTTCTTCTACTTTACCCTTTTGCACATTTTACTCTTGGATGCAATATTCCCCATCTAT
CAAATCTTAACCGCTTAATAGAT

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR1AM72TF 443 0 0
GGAAATTCGTCTCCGTTAATCTAAACCTCTACAGAGAGAGTCTCAGGCTTGATACGATCT
GTAACTATGGCGGCAGAGCAGAAGGCGACTACTGAAGAAGTGAAGATGGATCTGTTCGAG
GACGACGATGAGTTCGAGGAGTTTGAAATTAACGAAGATTGGGTTGAGAAAGAGGAAGTG
AAGGAAGTTGGACAGCAGTGGGAAGATGATTGGGACGATGATGATGTCAATGACGACTTC
TCGCCTCAGTTAAGGAAGGAGCTTGAGACTAGTTCCGCTGATAAGAAATGAATGAGCAGC
AGCTCTCAGGATTAAAAGATTGTATTTGAATTTGCATCCTCTGTTTTTTTTTACTATTGT
TGCTTCTTCTACTTTACCCTTTTGCACATTTTACTCTTGGATGCAATATTCCCCATCTAT
CAAATCTTAACCGCTTAATAGAT

QA 1 443 1 443
DS 



AS 1 2

CO CL6357Contig1 1112 2 2 U
AAACATCCTGAGAACAGAGAATGTGCTGACTGCAAAACTAAAGGTCCAAGATGGGCTAGT
GTTAATTTAGGTATCTTTATCTGCATGCAATGTTCCGGCATTCACAGGAGTCTCGGCGTA
CACATATCCAAGGTTCGATCTGCCACTCTGGACACATGGCTCCCCGAGCAGGTTGCCTTT
ATCCAATCAATGGGAAACGAGAGAGCAAATAGTTACTGGGAAGCTGAGCTACCCCCAAAC
TATGATAGAGTTGGAATTGAGAATTTCATACGTGCAAAGTATGAAGAGAAGAGATGGGTT
TCTAAAGGTGAAAAGGCTAGAACACCCCCAAGAGTGGAGCAGGAACGGCGGGGATCGGTG
GAGAGGACTGTGCCTGGATATGAGCATGGGCACACTAGTAGTCCTGTAAATTTGTTTGAG
GAGAAGAGAACTGTCCAAGCACCTAGAACAAGAAATAGTATCGCTGCAACGAGGATAAGT
CTTCCGGTGCCTCCTCAAGGACCTAATCAGGTTATAAAGCCACAGCAGAAAATAGAATCT
GTAGCCGCTCCTGTGGAGACAGCGAAACCAGCAGTAAATGTTGCACCGGCATCAAATCCT
CCAAAGGTGGATTTTGCTACTGACCTCTTCCACATGCTATCAGTGGAGGAGCCGACTGCA
AATACCTCAGAGGCAGCTCCTGCTGATGATAACTCATGGGCTGGCTTTCAGTCGGCTGGA
AGTGGTCAAACGGCAGAGAAAATTGTCACATCAAAGCCTGATGAGAGCAGTTCTCCTCCA
GCAACCGGGGTCGACGATTTATTTAAAGACACACCTAGTTTTACAGCCCAACAAGCACCA
CAGAAACTTATGCAAGACATGAACTTGAGGCCCGCACAACCGCAAGAGAACACTCCTCAA
TATCCAATATCCAGTTTTTACACTATGGATCAAGCTAACAATGCGGCCAACGGTATGACC
CCAGACTCAACCGGTAAACCTCAGTCATCAACCGCAGCACAACCAACGGGCACCACACCG
TCTTTTCAGTCAGGCAAAGAGTTTGATTTTTTTTCCTTGATGGATGGAATGTTCACAAAA
CATTGATCAACAGAGGGGTTTTTTTTTTTTTG


BQ
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AF RR1A158TF U 1
AF RR1A158JQ C 350
BS 1 499 RR1A158TF
BS 500 1112 RR1A158JQ

RD RR1A158TF 506 0 0
AAACATCCTGAGAACAGAGAATGTGCTGACTGCAAAACTAAAGGTCCAAGATGGGCTAGT
GTTAATTTAGGTATCTTTATCTGCATGCAATGTTCCGGCATTCACAGGAGTCTCGGCGTA
CACATATCCAAGGTTCGATCTGCCACTCTGGACACATGGCTCCCCGAGCAGGTTGCCTTT
ATCCAATCAATGGGAAACGAGAGAGCAAATAGTTACTGGGAAGCTGAGCTACCCCCAAAC
TATGATAGAGTTGGAATTGAGAATTTCATACGTGCAAAGTATGAAGAGAAGAGATGGGTT
TCTAAAGGTGAAAAGGCTAGAACACCCCCAAGAGTGGAGCAGGAACGGCGGGGATCGGTG
GAGAGGACTGTGCCTGGATATGAGCATGGGCACACTAGTAGTCCTGTAAATTTGTTTGAG
GAGAAGAGAACTGTCCAAGCACCTAGAACAAGAAATAGTATCGCTGCAACGAGGATAAGT
CTTCCGGTGCCTCCTCAAG
ACCTAAT

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR1A158JQ 763 0 0
GGGGATCGG*GGAGAGGACTGTGCCTGGATATGAGCATGGGCACACTAGTAGTCCTGTAA
ATTTGTTTGAGGAGAAGAGAACTGTCCAAGCACCTAGAACAAGAAATAGTATCGCTGCAA
CGAGGATAAGTCTTCCGGTGCCTCCTCAAGGACCTAATCAGGTTATAAAGCCACAGCAGA
AAATAGAATCTGTAGCCGCTCCTGTGGAGACAGCGAAACCAGCAGTAAATGTTGCACCGG
CATCAAATCCTCCAAAGGTGGATTTTGCTACTGACCTCTTCCACATGCTATCAGTGGAGG
AGCCGACTGCAAATACCTCAGAGGCAGCTCCTGCTGATGATAACTCATGGGCTGGCTTTC
AGTCGGCTGGAAGTGGTCAAACGGCAGAGAAAATTGTCACATCAAAGCCTGATGAGAGCA
GTTCTCCTCCAGCAACCGGGGTCGACGATTTATTTAAAGACACACCTAGTTTTACAGCCC
AACAAGCACCACAGAAACTTATGCAAGACATGAACTTGAGGCCCGCACAACCGCAAGAGA
ACACTCCTCAATATCCAATATCCAGTTTTTACACTATGGATCAAGCTAACAATGCGGCCA
ACGGTATGACCCCAGACTCAACCGGTAAACCTCAGTCATCAACCGCAGCACAACCAACGG
GCACCACACCGTCTTTTCAGTCAGGCAAAGAGTTTGATTTTTTTTCCTTGATGGATGGAA
TGTTCACAAAACATTGATCAACAGAGGGGTTTTTTTTTTTTTG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL6358Contig1 526 2 6 U
GGAAATCAACCCTGATCTGCATCGTCAATACAAACCCAACTTCTCAAAACTCCTATTTTT
GATCATACATTTCCACATTTCACACTAATGGCTTCCAACTCAATCAGCACTTCCCGGAGC
TCTAACTCGTCATGGACAGCTAAACAAGACAAGCAGTTCGAAGTGGCATTGGCTACATAC
GACAAGGATACTCCTGACCGATGGCAAAACGTCGCAAGAGCAGTTGGTGGAAAATCAGCT
GAAGAGGTGAAAAGACACTACGAGTTGCTCATTAGAGATGTGAATGACATTGAATCAGGA
CGCTATCCACAACCTAGGTACCGTAACACTAATTGAAGCCATTAAGATTCCTCCTAAGAA
ATAACTACATGCCTTCACATCCAGAAGAAGACATCAAGAGCATCTATGTATAAGAAAATA
TTCTATGTTATTGCCTATATTTATAGGCTTTTATTTATTTCTGTTCGGTTTCCAACTATG
TAATAATCTCTCTATTCCACCCTAATCTTATCTATTTAAATTTGAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EI37TF U 1
AF RR1GY70TF U 1
BS 1 60 RR1EI37TF
BS 61 61 RR1GY70TF
BS 62 444 RR1EI37TF
BS 445 445 RR1GY70TF
BS 446 473 RR1EI37TF
BS 474 526 RR1GY70TF

RD RR1EI37TF 473 0 0
GGAAATCAACCCTGATCTGCATCGTCAATACAAACCCAACTTCTCAAAACTCCTATTTTT
*ATCATACATTTCCACATTTCACACTAATGGCTTCCAACTCAATCAGCACTTCCCGGAGC
TCTAACTCGTCATGGACAGCTAAACAAGACAAGCAGTTCGAAGTGGCATTGGCTACATAC
GACAAGGATACTCCTGACCGATGGCAAAACGTCGCAAGAGCAGTTGGTGGAAAATCAGCT
GAAGAGGTGAAAAGACACTACGAGTTGCTCATTAGAGATGTGAATGACATTGAATCAGGA
CGCTATCCACAACCTAGGTACCGTAACACTAATTGAAGCCATTAAGATTCCTCCTAAGAA
ATAACTACATGCCTTCACATCCAGAAGAAGACATCAAGAGCATCTATGTATAAGAAAATA
TTCTATGTTATTGCCTATATTTATTGGCTTTTATTTATTTCTGTTCGGTTTCC

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1GY70TF 526 0 0
GGAAATCAACCCTGATCTGCATCGTCAATACAAACCCAACTTCTCAAAACTCCTATTTTT
GATCATACATTTCCACATTTCACACTAATGGCTTCCAACTCAATCAGCACTTCCCGGAGC
TCTAACTCGTCATGGACAGCTAAACAAGACAAGCAGTTCGAAGTGGCATTGGCTACATAC
GACAAGGATACTCCTGACCGATGGCAAAACGTCGCAAGAGCAGTTGGTGGAAAATCAGCT
GAAGAGGTGAAAAGACATTACGAGTTGCTCATTAGAGATGTGAATGACATTGAATCAGGA
CGCTATCCACAACCTAGGTACCGTAACACTAATTGAAGCCATTAAGATTCCTCTTAAGAA
ATAACTACATGCCTTCACATCCAGAAGAAGACATCAAGAGCATCTATGTATAAGAAAAT*
*TCTATGTTATTGCCTATATT*ATAGGCTTTTATTTATTTCTGTTCGGTTTCCAACTATG
TAATAATCTCTCTATTCCACCCTAATCTTATCTATTTAAATTTGAG

QA 1 526 1 526
DS 



AS 1 2

CO CL6359Contig1 1019 2 2 U
GGAAATCGACTCATCGTCGTCTTCAAGATCCAATGAAATCGAAGCAAATCTGAAGAATTC
ATATAAAGATATTGGTGAGATCGTTTGATTTGGTATTCAACATATCAAAATTCCAAAGTA
TACTCAACAAAAAGAAACAACAAAACTCTCTCTCAACTGTCGGTTCATCTTTGGTAGTGA
GAAGAAGAGGGTGATCTCCGATCGAAGGACTTAATCCAATCCTTAATGGTAAATCAAGTG
TTACATATGTTTCCCTTAGTGGACTCTTATTCCTTGTTCGCTATTATAAAAGTTTTTAAA
GAACAAGCATAAATCAAATCTACAAATTTGCATGTTCCTGTTCCGATCTAACCCTTTTTT
CTGTTTTGCATGTTGGACCCGATTACTTATGGTAACTATTGCGCATTCATGTATAGTTGT
TGATGACTTCAAGTAAACAATTCAAATTCTTAAAAGTTTCGCAGTACAACTTAAAATGGA
CAACGCTTTAATAACTCAATAGGATCCAATTGTTGTCTTACATACAAACTTACATAAGAT
AAGTGTTTTAGAGCATCTCCAATGTAAAACTCCATATTTTACTCCATTTTGGAGGAAAAA
ATGGAGTTGGATTGGAGATGCCCTTACTCAATATAATTCTATTTTTTTAATATCCTTTCT
GAGTTATTTCAACTGCATTCTAATACTGTATGTTCTTTTTCAGTAATGTTATACCTGAAA
TACTTTAATAGAGAGATGGATTTTACAGATGGCATGAAACATGATCCAAACGAAAATCAG
ATGACTTTGGCTTCAGTCCACCAAGTTGTTTTCCACAGACTAATCTCATCAAGAATCCAA
TAAACGTTGAACTTTGAGTGTTGATGAAACATTATTATAAATATACAAAGATGGTAAATA
TAATGTCTAAGAAATGAGCATCATTGTGTTATACCAATCGAAGGTTCTTAACGATATTTA
ATTTAACGTAAGAGATACGTTTGTTGCTACGTTATAGGAGGGCATAGTTAATTTAACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F926TF U 1
AF RR1F926JQ C 293
BS 1 515 RR1F926TF
BS 516 1019 RR1F926JQ

RD RR1F926TF 515 0 0
GGAAATCGACTCATCGTCGTCTTCAAGATCCAATGAAATCGAAGCAAATCTGAAGAATTC
ATATAAAGATATTGGTGAGATCGTTTGATTTGGTATTCAACATATCAAAATTCCAAAGTA
TACTCAACAAAAAGAAACAACAAAACTCTCTCTCAACTGTCGGTTCATCTTTGGTAGTGA
GAAGAAGAGGGTGATCTCCGATCGAAGGACTTAATCCAATCCTTAATGGTAAATCAAGTG
TTACATATGTTTCCCTTAGTGGACTCTTATTCCTTGTTCGCTATTATAAAAGTTTTTAAA
GAACAAGCATAAATCAAATCTACAAATTTGCATGTTCCTGTTCCGATCTAACCCTTTTTT
CTGTTTTGCATGTTGGACCCGATTACTTATGGTAACTATTGCGCATTCATGTATAGTTGT
TGATGACTTCAAGTAAACAATTCAAATTCTTAAAAGTTTCGCAGTACAACTTAAAATGGA
CAACGCTTTAATAACTCAATAGGATCCAATTGTTG

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR1F926JQ 727 0 0
TTTTTAAAGAACAAGCATAAATCAAATCTACAAATTTGCATGTTCCTGTTCCGATCTAAC
CCTTTTTTCTGTTTTGCATGTTGGACCCGATTACTTATGGTAACTATTGCGCATTCATGT
ATAGTTGTTGATGACTTCAAGTAAACAATTCAAATTCTTAAAAGTTTCGCAGTACAACTT
AAAATGGACAACGCTTTAATAACTCAATAGGATCCAATTGTTGTCTTACATACAAACTTA
CATAAGATAAGTGTTTTAGAGCATCTCCAATGTAAAACTCCATATTTTACTCCATTTTGG
AGGAAAAAATGGAGTTGGATTGGAGATGCCCTTACTCAATATAATTCTATTTTTTTAATA
TCCTTTCTGAGTTATTTCAACTGCATTCTAATACTGTATGTTCTTTTTCAGTAATGTTAT
ACCTGAAATACTTTAATAGAGAGATGGATTTTACAGATGGCATGAAACATGATCCAAACG
AAAATCAGATGACTTTGGCTTCAGTCCACCAAGTTGTTTTCCACAGACTAATCTCATCAA
GAATCCAATAAACGTTGAACTTTGAGTGTTGATGAAACATTATTATAAATATACAAAGAT
GGTAAATATAATGTCTAAGAAATGAGCATCATTGTGTTATACCAATCGAAGGTTCTTAAC
GATATTTAATTTAACGTAAGAGATACGTTTGTTGCTACGTTATAGGAGGGCATAGTTAAT
TTAACGC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL6360Contig1 528 2 5 U
ACCTATTCTCATATCAAGAAACATCAACAAAGGTTACAAAATGAATAAAACCTTTTTTTT
TTTGGTTATACCTTTTGTTGTTTTGCCACATGCGTTTAAGAAGCCTGGTTTTGAAGAGAA
GTTAAAGCCTGTTGTTGTTGACAAGGAAAACAATAAGAACAAGATTTTGAACTAAAACAT
TGGTAATGCAGAAACCGAGTTCTCGTTTGATGTCATCCTCAAAAACTTCTGTAAGATTTG
ATATTTTGTCGAAAACGAATTGGTTATATAGCCGATTGGCTGCTGGATTATCCAAGCTTC
TATCATCTTGACATATTACTCCTTGGTGACATATAAAGACAAGAAAAACGAATAATGAAA
CAAATGTTTCTTGAAAACATAATTTTCTCCTTCCCATTCCAGAATTTTTTCTTGAAAAAT
ACAGTGATACAGATAATTTGTTCTTGAGAAATGGGGACGGATCAAGGAAACATTAGATTA
TTGATTTATTCTTGAGATTCGAGAGGATGGGGGGAAAGAGAGGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ET36JQ U 193
AF RR1ET36TF C 1
BS 1 192 RR1ET36TF
BS 193 289 RR1ET36JQ
BS 290 290 RR1ET36TF
BS 291 348 RR1ET36JQ
BS 349 528 RR1ET36TF

RD RR1ET36JQ 156 0 0
AACCGAGTTCTCGTTTGATGTCATCCTCAAAAACTTCTGTAAGATTTGATATTTTGTCGA
AAACGAATTGGTTATATAGCCGATTGGCTGCTGGATTTTCCAAGCTTCTATCATCTTGAC
ATATTACTCCTTGGTGACATATAAAGACAAGAAAAA

QA 1 156 1 156
DS 

RD RR1ET36TF 528 0 0
ACCTATTCTCATATCAAGAAACATCAACAAAGGTTACAAAATGAATAAAACCTTTTTTTT
TTTGGTTATACCTTTTGTTGTTTTGCCACATGCGTTTAAGAAGCCTGGTTTTGAAGAGAA
GTTAAAGCCTGTTGTTGTTGACAAGGAAAACAATAAGAACAAGATTTTGAACTAAAACAT
TGGTAATGCAGAAACCGAGTTCTCGTTTGATGTCATCCTCAAAAACTTCTGTAAGATTTG
ATATTTTGTCGAAGACGAATTGGTTATATAGCCGATTGGCTGCTGGATTATCCAAGCTTC
TATCATCTTGACATATTACTCCTTGGTGACATATAAAGACAAGAAAAACGAATAATGAAA
CAAATGTTTCTTGAAAACATAATTTTCTCCTTCCCATTCCAGAATTTTTTCTTGAAAAAT
ACAGTGATACAGATAATTTGTTCTTGAGAAATGGGGACGGATCAAGGAAACATTAGATTA
TTGATTTATTCTTGAGATTCGAGAGGATGGGGGGAAAGAGAGGATTCC

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 2

CO CL6361Contig1 1232 2 2 U
GGAAAAATTGAAAAGCCATTCTCCCACACCTCTGTTCTCACCGTCATTGACGATATCCGC
CTCTCTATTCACATGAAGATTTCCAAGCTAACTGTGGACTCAGGAGTAGCCTCTACGATT
GGGTTCTAAACCAGAGATTGCAGAGAGCTGGTGAATGCAGAGGAGGTTACTAAGGCTGTG
ATAGTAACAGCTGGACAAATCTATGCTTACATCAAAAAGGAATTCGCCAGGGTAAAATTA
TAGCTCTAGATAACTCACTCAGAAAACAGAGGCCTATTTATGTAGATATCCCATTGCAGG
AAGGTCTTTCGAATGCGTATCCACAATTGATGATGTGCATTGACTGCTTGGTATTATATT
GATTGCTTGGTATTAATGTGCCCAAAGTTTGGCAACATTAACGTATCCGAGGTTGAAAAA
TATGAACTCTAACCTCTAAAACCATTTATGTCTTGACTAGAATTTGACTTTAGTTCCCTC
TTGATCGCAAGTACTTTAGTGCATAACACGGTGGTGGCAGAGGCGGGAGAGGAAGGGAAG
CAAGCGGCAGCGCTAAGGGTAACAGGGGACAAAGCAATGATTTATAAAGTTAGGATTTTG
GGATCACAAGACACTCTTAATGATGCAACTTGTTCTCACTACTTTTACCAATGCCACATC
CAAGAAAGTGTCGAATTCATCTTCGGCAACACCAACTCGCTTTACCAGTACTGTGATATT
CGCTCAAACGCAAAGAGATTTGGCGCCATTGCAGCTCACCATAGAAGTGAAGAGAATGAC
GATACTGGTTTCTCCTTTGTGAACTGTGACATCGGAGGAACAGGAAAAGTTCTCCTGGGG
AGAGCTTGGGGAAACTACTCGAGAACTGTTTATTCAAACTGTTACATTGCTGATATCATC
ACTCCTGTGGGCTGGAGTGACTGGGACGACACTGACAGGCAAAGCAAGGTACTGTTCGGG
GAGTATAACTGCAGGGGAAGAGGAGCAGAGAGAGGAGGTCGAGTACCGTGGTCTAAGAGT
CTTACCCAAGATGAAGTGAAGCCTTTTCTTGGGAGGGAGTTCATATATGGAGATCAATGG
TTGAGACTCTAAACACTTTGGTTAGAGAAAAATACTGACAAGGGTACTGTTTCAGCTAAC
AGGAGATGATGACCTAATCATACTTTAATATACATGTGTAATTAGTACTAAATCTTAGCG
CAGAGAGAAACAGAATCTGCATGCTTTTAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AG65TF U 1
AF RR1FC57TF U 717
BS 1 800 RR1AG65TF
BS 801 1232 RR1FC57TF

RD RR1AG65TF 800 0 0
GGAAAAATTGAAAAGCCATTCTCCCACACCTCTGTTCTCACCGTCATTGACGATATCCGC
CTCTCTATTCACATGAAGATTTCCAAGCTAACTGTGGACTCAGGAGTAGCCTCTACGATT
GGGTTCTAAACCAGAGATTGCAGAGAGCTGGTGAATGCAGAGGAGGTTACTAAGGCTGTG
ATAGTAACAGCTGGACAAATCTATGCTTACATCAAAAAGGAATTCGCCAGGGTAAAATTA
TAGCTCTAGATAACTCACTCAGAAAACAGAGGCCTATTTATGTAGATATCCCATTGCAGG
AAGGTCTTTCGAATGCGTATCCACAATTGATGATGTGCATTGACTGCTTGGTATTATATT
GATTGCTTGGTATTAATGTGCCCAAAGTTTGGCAACATTAACGTATCCGAGGTTGAAAAA
TATGAACTCTAACCTCTAAAACCATTTATGTCTTGACTAGAATTTGACTTTAGTTCCCTC
TTGATCGCAAGTACTTTAGTGCATAACACGGTGGTGGCAGAGGCGGGAGAGGAAGGGAAG
CAAGCGGCAGCGCTAAGGGTAACAGGGGACAAAGCAATGATTTATAAAGTTAGGATTTTG
GGATCACAAGACACTCTTAATGATGCAACTTGTTCTCACTACTTTTACCAATGCCACATC
CAAGAAAGTGTCGAATTCATCTTCGGCAACACCAACTCGCTTTACCAGTACTGTGATATT
CGCTCAAACGCAAAGAGATTTGGCGCCATTGCAGCTCACCATAGAAGTGAAGAGAATGAC
GATACTGGTTTCTCCTTTGT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1FC57TF 516 0 0
GATC
CGCTCAACCGCAAAGAGATTTGGCGCCATTGCAGCTCACCATAGAAGTGAAGAGAATGAT
GATACTGGTTTCTCCTTTGTGAACTGTGACATCGGAGGAACAGGAAAAGTTCTCCTGGGG
AGAGCTTGGGGAAACTACTCGAGAACTGTTTATTCAAACTGTTACATTGCTGATATCATC
ACTCCTGTGGGCTGGAGTGACTGGGACGACACTGACAGGCAAAGCAAGGTACTGTTCGGG
GAGTATAACTGCAGGGGAAGAGGAGCAGAGAGAGGAGGTCGAGTACCGTGGTCTAAGAGT
CTTACCCAAGATGAAGTGAAGCCTTTTCTTGGGAGGGAGTTCATATATGGAGATCAATGG
TTGAGACTCTAAACACTTTGGTTAGAGAAAAATACTGACAAGGGTACTGTTTCAGCTAAC
AGGAGATGATGACCTAATCATACTTTAATATACATGTGTAATTAGTACTAAATCTTAGCG
CAGAGAGAAACAGAATCTGCATGCTTTTAAAC

QA 5 516 5 516
DS 



AS 1 2

CO CL6362Contig1 640 2 3 U
TTTTTTTTAATAAAAGGAGTTTTATTTAGTTTGATATTCCCTTATCATTGCTTGGATACA
ACAAAGCGGCATTAACACATCCCTTATTAAATAGCAGCGTCAAAAAAAACGTTACTACCT
TGAGTAAATGGCCTTTGACTGGGACATTCAAAATTACTTCCAGGATCAACTCCAAATATT
TCATCACAATACCTCTTATAAAACCCAATTCGATTTGGGTCATCCCCAGGATAACACTCC
CCACCAGTAATGATATTCCCAGTCATTCCATAACCTGGTAATCTTCCGGCTTCAGTGTCG
GCGTTTGAAGGCTGCCACTGGTTTGTGATCACGTCGTGGCACGATGGTTTAGGAGCTTGA
GGAGTCATCCAAAACCAAATGGCGGTTTTGAAAAAAATCACTGAGTCGTTGGACGCTATA
AATGGGTTGTGTAGTAAGTCGACTCCTATGTCTCTCCCGCACGGTCCGTAATTGTAGTTC
CAAGATAGCATAATCGGTCCTCTTCCGTGGTACAATTGGCCAGGTGCGCAAGGCCACTGG
ACTCTATCAGGATCACAGAGGGGTCTTCCGGGATCGGGAACTTGCTCTTTGTAGTAGTAG
CCCCATGTATATGGTTCCTTTACAGCCGGCCACCCACCGC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E538JQ U 9
AF RR1E538TF C 1
BS 1 11 RR1E538TF
BS 12 483 RR1E538JQ
BS 484 640 RR1E538TF

RD RR1E538JQ 475 0 0
AAA
AAAAGGAGTTTTATTTAGTTTGATATTCCCTTATCATTGCTTGGATACAACAAAGCGGCA
TTAACACATCCCTTATTAAATAGCAGCGTCAAAAAAAACGTTACTACCTTGAGTAAATGG
CCTTTGACTGGGACATTCAAAATTACTTCCAGGATCAACTCCAAATATTTCATCACAATA
CCTCTTATAAAACCCAATTCGATTTGGGTCATCCCCAGGATAACACTCCCCACCAGTAAT
GATATTCCCAGTCATTCCATAACCTGGTAATCTTCCGGCTTCAGTGTCGGCGTTTGAAGG
CTGCCACTGGTTTGTGATCACGTCGTGGCACGATGGTTTAGGAGCTTGAGGAGTCATCCA
AAACCAAATGGCGGTTTTGAAAAAAATCACTGAGTCGTTGGACGCTATAAATGGGTTGTG
TAGTAAGTCGACTCCTATGTCTCTCCCGCACGGTCCGTAATTGTAGTTCCAA

QA 4 475 4 475
DS 

RD RR1E538TF 640 0 0
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TGAGTAAATGGCCTTTGACTGGGACATTCAAGATTACTTCCAGGATCAACTCCAAATATT
TCATCACAATACCTCTTATAAAACCCAATTCGATTTGGGTCATCGCCAGGATAACACTCC
CCACCAGTAATGATATTCCCAGTCATTCCATAACCTGGTAATCTTCCGGCTTCAGTGTCG
GCGTTTGAAGGCTGCCACTGGTTTGTGATCACGTCGTGGCACGATGGTTTAGGAGCTTGA
GGAGTCATCCAGAACCAAATGGCGGTTTTGAAAGAGATCACTGAGTCGTTGGACGCTATA
GATGGGTTGTGTAGTAAGTCGACTCCTATGTCTCTCCCGCACGGTCCGTAATTGTAGTTC
CAAGATAGCATAATCGGTCCTCTTCCGTGGTACAATTGGCCAGGTGCGCAAGGCCACTGG
ACTCTATCAGGATCACAGAGGGGTCTTCCGGGATCGGGAACTTGCTCTTTGTAGTAGTAG
CCCCATGTATATGGTTCCTTTACAGCCGGCCACCCACCGC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL6363Contig1 473 2 2 U
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TCTTGTTCTTTTCTCACAAGGACTTAAAAAACGGAGTTTTCAAGCATCTTTGGCTTGAGT
AGTAGAAGAAGAGTCTTGTGACGGCTTCCATTGTTGTGGAGTCTGAGCTTTCTTAATAGA
AAGAGCATGAATCTCCTTCATTTCTTCTTCAAGTGCAGCATTCACCATACGGTGCCTCTC
TAGCAATCTCTTCCCCTCGAATTGCTCAGATACAACCTCGACTTCAAAACTCGAACCGCA
ACCTCCAGATATGTCAGTGACTTCGAGGTGAATAGGCTTAAGTTTCGAAGTCAGCGAAGC
TTCGACCTGTTCCTTAGTCACCATCCTCTCTCTCTCTATTGCTCCGAATACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D853TF C 1
AF RR1D853JQ U 30
BS 1 29 RR1D853TF
BS 30 473 RR1D853JQ

RD RR1D853TF 473 0 0
GATGTCCAATAGTACTGTTAAACTCATCCGAGCCCAACTGAAACCGTTTTACAAGAAGAA
AGCATAAAAATAGTCTTGTAGATTTGCAAGCAACGACGAAAGTATCAAATATAATCATGC
TCTTGTTCTTTTCTCACAAGGACTTAAAAAACGGAGTTTTCAAGCATCTTTGGCTTGAGT
AGTAGAAGAAGAGTCTTGTGACGGCTTCCATTGTTGTGGAGTCTGAGCTTTCTTAATAGA
AAGAGCATGAATCTCCTTCATTTCTTCTTCAAGTGCAGCATTCACCATACGGTGCCTCTC
TAGCAATCTCTTCCCCTCGAATTGCTCAGATACAACCTCGACTTCAAAACTCGAACCGCA
ACCTCCAGATATGTCAGTGACTTCGAGGTGAATAGGCTTAAGTTTCGAAGTCAGCGAAGC
TTCGACCTGTTCCTTAGTCACCATCCTCTCTCTCTCTATTGCTCCGAATACCC

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1D853JQ 444 0 0
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GCAACGACGAAAGTATCAAATATAATCATGCTCTTGTTCTTTTCTCACAAGGACTTAAAA
AACGGAGTTTTCAAGCATCTTTGGCTTGAGTAGTAGAAGAAGAGTCTTGTGACGGCTTCC
ATTGTTGTGGAGTCTGAGCTTTCTTAATAGAAAGAGCATGAATCTCCTTCATTTCTTCTT
CAAGTGCAGCATTCACCATACGGTGCCTCTCTAGCAATCTCTTCCCCTCGAATTGCTCAG
ATACAACCTCGACTTCAAAACTCGAACCGCAACCTCCAGATATGTCAGTGACTTCGAGGT
GAATAGGCTTAAGTTTCGAAGTCAGCGAAGCTTCGACCTGTTCCTTAGTCACCATCCTCT
CTCTCTCTATTGCTCCGAATACCC

QA 1 444 1 444
DS 



AS 1 2

CO CL6364Contig1 956 2 2 U
GCGCTTCATCTCAGATTCAAAGGCAGTCCCACGTGACAATACTCGACAAACCTATGATCC
AGGTTCCTCCTTGGCTTTTTCTTTCCATCACCTCCTTCTCTACTATATGCATATAAATCT
TAGTATGCGCTTTCATTCTTTGTGTTCCATCTACGATGGCTGTAACTCAACATTTCAAAA
TACTCAACTTTAAATTATTTTTCTTCAACCGAGAACTTGGGAGAGGTTGGTGTAAGCTTT
TACTCTCAATGATGTGGCTAATGTTGCACAGCTCTCTTCTCTTTTTGGTTCTGTACACAA
GAAAGTATTAAACTTTATGGATTCATTAAATTAAGTTTAACACCAAAATTTTTGTTGTTC
CTTCCTGATCTTATGAGTTGTGAACCAACCTTTCTTTCTGTTGATGTAAAGGTTTATAGT
TCACGGAGTCAAAAACTGCTTTCAAGTTTATTGAGAAAGTTGTGATAATTATGGATCTTA
GAATTGTTTCGCAGGTAAGTAGTTAGAGGTAGCATGTCTAATAGTGTTGGTCTTAGAAAT
TCCTTTGATTCCATTGGTGAAGCAGGTTTGATTGATGATTTATATGGGAATGTACAACAA
CATAACTCATTTCATGCAGCAAAAAACTTGGATCAAAGATCAAAGACAGACTGCTCAGCT
GAATCATACTTCACATGTGCAGTTCTTTCGGGATGTTGAAGAGGAAGCAGATGGAGAGGA
GGTGAAGGAAGAGAGACAGAGAGAATTAATTGTGCCTCAACCTTCTCGAATGAATTTCTT
TACCGGACGTTTCCTAATACGGCCATGTCTTAGATTGTGGTCTTGGCATCTCCAACCAGT
TATTTTGTTTATTTTATAGATTTAGATATAAGTGCAACGTCTATGATCGAGCTAACTCTT
TTGTCTAATGTGAATTCTTTAATGCTGCCCTCTCTTTATTTATGTTTTTCCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GX01TF U 1
AF RR1GX01JQ C 282
BS 1 562 RR1GX01TF
BS 563 956 RR1GX01JQ

RD RR1GX01TF 562 0 0
GCGCTTCATCTCAGATTCAAAGGCAGTCCCACGTGACAATACTCGACAAACCTATGATCC
AGGTTCCTCCTTGGCTTTTTCTTTCCATCACCTCCTTCTCTACTATATGCATATAAATCT
TAGTATGCGCTTTCATTCTTTGTGTTCCATCTACGATGGCTGTAACTCAACATTTCAAAA
TACTCAACTTTAAATTATTTTTCTTCAACCGAGAACTTGGGAGAGGTTGGTGTAAGCTTT
TACTCTCAATGATGTGGCTAATGTTGCACAGCTCTCTTCTCTTTTTGGTTCTGTACACAA
GAAAGTATTAAACTTTATGGATTCATTAAATTAAGTTTAACACCAAAATTTTTGTTGTTC
CTTCCTGATCTTATGAGTTGTGAACCAACCTTTCTTTCTGTTGATGTAAAGGTTTATAGT
TCACGGAGTCAAAAACTGCTTTCAAGTTTATTGAGAAAGTTGTGATAATTATGGATCTTA
GAATTGTTTCGCAGGTAAGTAGTTAGAGGTAGCATGTCTAATAGTGTTGGTCTTAGAAAT
TCCTTTGATTCCATTGGTGAAG

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1GX01JQ 675 0 0
TTTTTGGTTCTGTACACAAGAAAGTATTAAACTTTATGGATTCATTAAATTAAGTTTAAC
ACCAAAATTTTTGTTGTTCCTTCCTGATCTTATGAGTTGTGAACCAACCTTTCTTTCTGT
TGATGTAAAGGTTTATAGTTCACGGAGTCAAAAACTGCTTTCAAGTTTATTGAGAAAGTT
GTGATAATTATGGATCTTAGAATTGTTTCGCAGGTAAGTAGTTAGAGGTAGCATGTCTAA
TAGTGTTGGTCTTAGAAATTCCTTTGATTCCATTGGTGAAGCAGGTTTGATTGATGATTT
ATATGGGAATGTACAACAACATAACTCATTTCATGCAGCAAAAAACTTGGATCAAAGATC
AAAGACAGACTGCTCAGCTGAATCATACTTCACATGTGCAGTTCTTTCGGGATGTTGAAG
AGGAAGCAGATGGAGAGGAGGTGAAGGAAGAGAGACAGAGAGAATTAATTGTGCCTCAAC
CTTCTCGAATGAATTTCTTTACCGGACGTTTCCTAATACGGCCATGTCTTAGATTGTGGT
CTTGGCATCTCCAACCAGTTATTTTGTTTATTTTATAGATTTAGATATAAGTGCAACGTC
TATGATCGAGCTAACTCTTTTGTCTAATGTGAATTCTTTAATGCTGCCCTCTCTTTATTT
ATGTTTTTCCTTTCC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6366Contig1 1250 2 2 U
GGAAACTCAAGTCCCTCCACCTTGCCGGCGACGCTTCTCTACTGAAAGCATCTCAGATTC
AAATTCTCCTCATCATCTTTTCTTTCATCAGCAATGGCGATTCCGTTGCCACTTACTTCT
TATTCCCCAATCTCAACTTCCCCAACCTCTTTCGTCCCTCTCACGCCTCCCCATCGTAGT
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BQ
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DS 



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AS 1 2

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BQ
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CATCGAGAGAGAAGAAAAAGATCATCTCTTTCGTCCGTTATCTCCCTCCGTGGTCGGCCG
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TTTGTGTATTTTTTTCTTTCGGATCGGATGTCTAAGTTCCCGGCGATACGTCTGTTTTCT
CGGCGGTCGTTCGGTTTTGTTGTTGGGAAGCGATGGCTTTGTCAGCATCGAATTTACCGG
GCCTTTGTCTCCGGGAGGCGGTGGCCTCTTCAGCATCGTTATCTTCGGTTCTTGTTCCCA
GGAAGAGGTAGCTTTCTCAGTACCGCTATCTCCGGTTTGTTTACTTTTGGCTCTCTCGGT
TTGGTTCCATTCCTTTTGATCTATGAGTCTGTGCTTCATTTGCCTCTTAGTCTCTCAATC
TATCATCTGTTACCGCTCACATGTAAGTTGGAGATGATGGATCGATCGTAGGCTTTTATT
ATCTATGGCGTATTCGTAGATCCGTGTGGTGGTGAGTGGTCTTGTTTGCTTGGGAATCGA
TTGAGATCTCGATTTGGTCATGGATGCTCTCCGATG

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DS 

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GGTTTTGTTGTTGGGAAGCGATGGCTTTGTCAGCATCGAATTTACCGGGCCTTTGTCTCC
GGGAGGCGGTGGCCTCTTCAGCATCGTTATCTTCGGTTCTTGTTCCCAGGAAGAGGTAGC
TTTCTCAGTACCGCTATCTCCGGTTTGTTTACTTTTGGCTCTCTCGGTTTGGTTCCATTC
CTTTTGATCTATGAGTCTGTGCTTCATTTGCCTCTTAGTCTCTCAATCTATCATCTGTTA
CCGCTCACATGTAAGTTGGAGATGATGGATCGATCGTAGGCTTTTATTATCTATGGCGTA
TTCGTAGATCCGTGTGGTGGTGAGTGGTCTTGTTTGCTTGGGAATCGATTGAGATCTCGA
TTTGGTCATGGATGCTCTCCGATGTAAGGTCCCGAGTCGTTGAAGGTTCGAGTTGTTGCT
CTCTGGTCGGATTCCGGCAGCGATTTCTGATGTGTGCAAGTCGGCTAGGGTTTCCAGAGT
TGTAGTTTGTGGGTTTTAGACCCAGTATTGTTATCTTTTGCTTGGCCCGTCTGTTTTGGG
TTTTTTTTGGGTTTGTTTTATGTTTCTAGTTGGATATTTGTATCTGGGCTTGGACTTTTC
TTAATAATAATTTTCAGATAG

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL6369Contig1 1441 2 2 U
TATCGCTTTATATATTACTTGTTATTTCAATTCGGTTTCCGGCTTCAACACCAATAGCCA
TCATAAATACATCTCCTTCGTTGTCAAAAAAAAAAAAATACATCTCCTTCCTTACATGGC
AATCAACGATCTATGGAACGAAAGGTTTCATCGTGAGACCAAATGGTGAGAAAGTACAAA
GAACAACAGAAAGACCTAAAAAGACAAGGCCCAGACGAAATAAAAGAGAGGCACATCATA
AAGCCCAACCATAAGAGCCCAAATGATGAAGGAGGCATCTCCACAAGACAGCACACAGCC
ACGTGCCTTCCTGAAAGCAAAGGACCACCGGATGGCTCAAACGCAGAGACGCCGTCAACT
TCACTGGCTCGGAGATTACCGTCGGATGTCTAGTCGAGCACTCCACCGGAACACACCGGA
ACAGGAAGCTCGAGACTAGAACAAACGACAACGGCAACATATATTTTTGAACGCTCAAGA
GAAAAAAAAACTATTAAAAAAGCAATTAAAACTGGAAAAACCGGATCTGAACAGTAACCG
ACATCGGAGATGAGCGATGAAGGTTAGAAAAGTAGCCGGCCATGAACGGTGCTGTGGAAG
CCATCACATGCCGGAGATAGGCCAGCCAAGGTCTAAAGTGCACAATTGGAAGTGTTGGGG
ATAAATTGAGGACGTTTCTGCAAGTTCAATAGTTTTAGGGCCGATGTGTAAATAACCAGA
AGTTGAAGGGCCAGATGCGCAAATATACTAGAATCCACCATTGGGGATCTGTCAAGCTTC
TCGATCTGAAGCTTAGCCACGACGGAGCTAACGACCGGAGTTGCAGAGGGCGAGTCCGGT
ACTTCTGGCCAGAACACGATCTCAACCACCACCGTGAGACAGATGACGAGCTCTGGCCAC
GAAGGAAACGCGACGGAGAAGCTTCAATTCATGGTGGCTCCGTTTTCAACCACGAAGAAG
AAGACTGTGACATTGACGGTGGCTGAGAAGCTTGGCCGCAAGCGTCACGGTGAGCACGAG
GAGGATAGAGAACGACGAACCATGGTCTGCAACCTCGAGTTAGAGCGGGTTCGGAGTGGT
TTGTTGCAGCGGGGATGAGACGTCGCTGTGAAACCAACGAGCTCCAGAGCGGCTTAGTGA
AACGGGATGCATAACCAGCTCGGGAAATTCTACGTCAAAGATCACGAGTCTTGCAGCGGT
GAAGTGGAGCGACATGCCAAGGCCGCTGGGAGAAGAAGAGACCAGATTTCAATTGGTTAA
CCGGTTTATTCCGGTTTAATCCGTTTGACTCCGGTTTAATTCAACTGAACCAGCTCGATT
TTCATTCTTCTATAAATAGATTTAGACCTAAAAACCCTAAGGGATCTCATTTTCTCTCTA
GACTTTGCCTCATCTTGTAAAACTTGAATCTTTTATCAATCTAAGGATTTTTGGAATCTT
C


BQ
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10 

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AF RR1BF81JQ C 750
BS 1 800 RR1BF81TF
BS 801 1441 RR1BF81JQ

RD RR1BF81TF 800 0 0
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TCATAAATACATCTCCTTCGTTGTCAAAAAAAAAAAAATACATCTCCTTCCTTACATGGC
AATCAACGATCTATGGAACGAAAGGTTTCATCGTGAGACCAAATGGTGAGAAAGTACAAA
GAACAACAGAAAGACCTAAAAAGACAAGGCCCAGACGAAATAAAAGAGAGGCACATCATA
AAGCCCAACCATAAGAGCCCAAATGATGAAGGAGGCATCTCCACAAGACAGCACACAGCC
ACGTGCCTTCCTGAAAGCAAAGGACCACCGGATGGCTCAAACGCAGAGACGCCGTCAACT
TCACTGGCTCGGAGATTACCGTCGGATGTCTAGTCGAGCACTCCACCGGAACACACCGGA
ACAGGAAGCTCGAGACTAGAACAAACGACAACGGCAACATATATTTTTGAACGCTCAAGA
GAAAAAAAAACTATTAAAAAAGCAATTAAAACTGGAAAAACCGGATCTGAACAGTAACCG
ACATCGGAGATGAGCGATGAAGGTTAGAAAAGTAGCCGGCCATGAACGGTGCTGTGGAAG
CCATCACATGCCGGAGATAGGCCAGCCAAGGTCTAAAGTGCACAATTGGAAGTGTTGGGG
ATAAATTGAGGACGTTTCTGCAAGTTCAATAGTTTTAGGGCCGATGTGTAAATAACCAGA
AGTTGAAGGGCCAGATGCGCAAATATACTAGAATCCACCATTGGGGATCTGTCAAGCTTC
TCGATCTGAAGCTTAGCCAC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1BF81JQ 692 0 0
AGAATCCACCATTGGGGATCTGTCAAGCTTCTCGATCTGAAGCTTAGCCACGACGGAGCT
AACGACCGGAGTTGCAGAGGGCGAGTCCGGTACTTCTGGCCAGAACACGATCTCAACCAC
CACCGTGAGACAGATGACGAGCTCTGGCCACGAAGGAAACGCGACGGAGAAGCTTCAATT
CATGGTGGCTCCGTTTTCAACCACGAAGAAGAAGACTGTGACATTGACGGTGGCTGAGAA
GCTTGGCCGCAAGCGTCACGGTGAGCACGAGGAGGATAGAGAACGACGAACCATGGTCTG
CAACCTCGAGTTAGAGCGGGTTCGGAGTGGTTTGTTGCAGCGGGGATGAGACGTCGCTGT
GAAACCAACGAGCTCCAGAGCGGCTTAGTGAAACGGGATGCATAACCAGCTCGGGAAATT
CTACGTCAAAGATCACGAGTCTTGCAGCGGTGAAGTGGAGCGACATGCCAAGGCCGCTGG
GAGAAGAAGAGACCAGATTTCAATTGGTTAACCGGTTTATTCCGGTTTAATCCGTTTGAC
TCCGGTTTAATTCAACTGAACCAGCTCGATTTTCATTCTTCTATAAATAGATTTAGACCT
AAAAACCCTAAGGGATCTCATTTTCTCTCTAGACTTTGCCTCATCTTGTAAAACTTGAAT
CTTTTATCAATCTAAGGATTTTTGGAATCTTC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

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GGGCCGTCTTTTCGACTCTTTGCTTAAACCCAGAAGATGGATTCATGCCTGGTGTTGTCT
CTAAAGCTCAATCCTTTCTTCAATCCTCTAAACCCTTCCACTCCGTGCTCCTATTCTCCA
CAGCTCCGTCTCTCCTCTTGCAACTCCCGCCGCTTCTACTCTCCGGTCACCGTTAACGCC
GCCAAGAAAACCTCACAGAGCATTTCTTCCGAGTTCGATGACAGAATCAACGGCTCTCTC
TCTCCCGATTCCGATTCACGCTTCCTCGACCGTCAAAAGGCTTTAGAGGCAGCTATGAAT
GACATTAACGGTTCTTTTGGCAAAGGAAGTGTCACAAGGTTGGGTAGTGCTGGTGGAGCT
TTAGTGGAGACTTTTCCTAGTGGTGTATTGACGCTTGATCTTGCCTTAGGTGGAGGCCTG
CCAAAGGGTAGAGTAGTGGAGATATATGGACCAGAAAGTAGTGGCAAGACCACACTAGCT
CTCCATGCAATTGCTGAAGTGCAGAAGCTTGGAGGCAATGCAATGCTTGTCGATGCAGAG
CATGCCTTTGATCCGTCTTACTCTAAAGCGTTAGGTGTTGATGTCGAAAATCTCATAGTG
TGTCAGCCAGATAATGGCGAGATGGCTTTAGAAATTGCAGACCGTATGTGTCGTTCAAGT
GCAGTTGACCTTATATGTGTTGATTCTGTCTCAGCACTTACTCCACGTGCCGAGATTGAA
AGTGAGATTGGGATGCAGCAAATGGGGTTACAAGCTCGTCTTATGAGTCAAGCTCTTCGT
AAAATGTCAGGAAACGCCTCTAAAGCTGGTTGCACACTTATTTTCCTAAACCAAATTAGA
TACAAGATTGGTGTGTACTACGGTAATCCAGAGGTGACCAGCGGAGGCATTGCGTTGAAG
TTCTTTGCGTCGGTTCGACTAGAAATTCGTTCTGCTGGGAAGATCAAATCTAGCAAAGGG
GATGAAGATATTGGTCTTCGGGCTCGTGTGAGAGTACAGAAGAGCAAGGTTTCGAGACCG
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CTTGATTGTGCTGAGATTATGGAGGTTGTGGTGAAGAAGGGTTCTTGGTACAGCTACGAA
GACCAAAGGCTTGGGCAAGGAAGAGAGAAAGCACTGCAGCACTTAAGGGAGAACCCTTCT
CTTCAAGACGAAATTGAAAAGAGAGTGAGATTGTCGATGTTAGATGGAGAAGTTCATCGA
TCAACTCCTTTGTTTAGCAGCAGCTCCTCCTCGGTCTCACATGATGAAGAAGGTGAAGAA
GACGCGCTTGGCGAGTTCTAATCAACAACACTCATGGTTCTCTTCTCTATAATACTGTAT
TCAAGTTATTTTTCTTGTGCATTGAAAAGATGGGACAGACACAAACACTAGAGTTCTTTT
ATAAATTTCAAAAGTATGTTCTGAGC


BQ
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AF RR1AO08TF U 1
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GCAGTTGACCTTATATGTGTTGATTCTGTCTCAGCACTTACTCCACGTGCCGAGATTGAA
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DS 

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TGTTGATTCTGTCTCAGCACTTACTCCACGTGCCGAGATTGAAGGTGAGATTGGGATGCA
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TATGGAGGTTGTGGTGAAGAAGGGTTCTTGGTACAGCTACGAAGACCAAAGGCTTGGGCA
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CAGCAGCTCCTCCTCGGTCTCACATGATGAAGAAGGTGAAGAAGACGCGCTTGGCGAGTT
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GTTCTGAGC

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DS 



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ATTGGCTTCACGGAAACAGGCTATGGAAAATGGCGAAAGAACCGTATGAACCGCTTTGGA
TTAAAGGTGGTGGACATTGCAACCTAGAGATCTATCCTGACTACATTAGACATCTCTATC
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BQ
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AF RR1C430TF U 1
AF RR1C430JQ C 278
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BS 713 713 RR1C430JQ
BS 714 732 RR1C430TF
BS 733 776 RR1C430JQ

RD RR1C430TF 732 0 0
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AGATCAAGAAGGTCAAAAGCCCGGTTCTTGTCATACACGGAACAGAGGATGATGTTGTGA
ATTGGCTTCACGGAAACAGGCTATGGAAAATGGCGAAAGAACCGTATGAACCGCTTTGGA
TTAAAGGTGGTGGACATTGCAACCTAGAGATCTATCCTGACTACATTAGACATCTCTATC
GGTTTATACAAGACATGGAGAATACAACCACTAAGTCTCGTCTTAAGAAGATTTGGTAAG
AAATCCGTCGGCGAGATGAGTCCAAAGGATGCTGTAGTTTCAAACTATGTAGACCAAAAT
GCCCTTCGTGTCCCAAACCTAGTTGCGCTTGCGGCGAATGCGGGTGTTGTTGCAAGTGTG
AGTGTCCGTCTTTGCAAGGATGTTTCTCTTGCTGTAAGAAGCCGAGCTGTGTTGGTTGTT
GCTGTCCGAAGTTCAAATGCTGCAGCTGCTTTGGGAAGCCTAAATGTCCGAAATGCTCCT
GTTGGAAATGTCTAAAGTGCTCCGAGTCTGAGTGTTGTCGGAGTTGTTGTTGTGCCGGTT
GTTTTAGCTGGCTCTGTTGTTGCGGCGGAGGGAAGAGGAAGGAGATGAAGACGGGAGGAG
GAGAAACTACGGTGGCCAAGAGTGAAGGGTAATATTGGTATTTCGATATTTT*GTATAGA
CTCTGTTCAAAG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1C430JQ 499 0 0
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TTTCAAACTATGTAGACCAAAATGCCCTTCGTGTCCCAAACCTAGTTGCGCTTGCGGCGA
ATGCGGGTGTTGTTGCAAGTGTGAGTGTCCGTCTTTGCAAGGATGTTTCTCTTGCTGTAA
GAAGCCGAGCTGTGTTGGTTGTTGCTGTCCGAAGTTCAAATGCTGCAGCTGCTTTGGGAA
GCCTAAATGTCCGAAATGCTCCTGTTGGAAATGTTTAAAGTGCTCCGAGTCTGAGTGTTG
TCGGAGTTGTTGTTGTGCCGGTTGTTTTAGCTGGCTCTGTTGTTGCGGCGGAGGGAAGAG
GAAGGAGATGAAGACGGGAGGAGGAGAAACTACGGTGGCCAAGAGTGAAGGGTAATATTG
GTATTTCGATATTTTTGTATAGACTCTGTTCAAAGATTCGGTACAACACATTCATGGGAA
GAAACTGAGTTTTGAGGCG

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 2

CO CL6372Contig1 940 2 6 U
TTTAGATGTTCTTGAAGGAGGAGGAGACGCTGTTGAGTCAGCTACAAAGGAGAAAGATAC
TGAAGATTCTACGCAGATAAAGCCTCAAGTGAGGGTTTCAGCTGTTCTTGAAGAAGGAGA
CGCTGTCGAGTCAGCTGAAAAGGAGAAAGATACTGCAGATTCTGTTCAGTCTGTTCAGAT
AGAGCCTGAAATGAAGGTTTCAGATGATCTTCAAGGAGGAGGACACGGTGCTGAGTCTGC
TGAAAAGGAGAAAGATACCACAGATGTAGTTCCTACAGAGCTTGATGTCGAAGAAAAAGA
GAACTCACAGGAGGAGGAAGAGGAAATCAGAGCTTCAGAGACCAATGATAAAGGTGAAGA
CCTCAAATGCTCAGATGTGAAGGTAAGCTCTGACAATGGTTATACTGCGTCTGATAACTC
AAAGCCAAGTGAAAGACGAGTGTCGTCACTGCATGCAAATGATGAAGGGCATACACATAG
CGGGAGGAAAGTCCCCAGCTACATGGCCCCGACTGCGTCTACTTTGCGGCGCCATTCTCT
GCCTTCTCCAGCCAATGGTAAGCCAGGTACTACTACTACTACTACTACTATGTCTCCAAG
GGCTCACAAGCTTCTCCTAGGCTCGGCCAAAGCATCTATGAACGGCGACAAATCTGTTTC
TTCTTCAAAGAACAAAACTGATAAGTCAAACAAAACCGAGTGGAAACGTTAAAGGTTCGG
GCAAAAGAGATTTCATCTCATTGTCATATACAATCGACCTTAACTACTTAGTGTGCTCTT
TCTCTTTCTCTTGCGTTTCGGTTTGGTTTGGTTTGGTGAGTTTAGAGAGTGTGTAGTCAG
AGTTCATGTTCATTTCATCCTTTTCATTTGTTACTTCTGTTTACTCTGATATATGTTTGA
CGACACATAAAAGGTTTGAGTAAATAGTTCTTCTCTGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CW90TF U 1
AF RR1CW90JQ C 191
BS 1 601 RR1CW90TF
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RD RR1CW90TF 641 0 0
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AGAGCCTGAAATGAAGGTTTCAGATGATCTTCAAGGAGGAGGACACGGTGCTGAGTCTGC
TGAAAAGGAGAAAGATACCACAGATGTAGTTCCTACAGAGCTTGATGTCGAAGAAAAAGA
GAACTCACAGGAGGAGGAAGAGGAAATCAGAGCTTCAGAGACCAATGATAAAGGTGAAGA
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AAAGCCAAGTGAAAGACGAGTGTCGTCACTGCATGCAAATGATGAAGGGCATACACATAG
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GCCTTCTCCAGCCAATGGTAAGCCAGGTACTACTACTACTACTACTACTATGTCTCCAAG
G*CTCACAAGCTTCTCCTAG*CTCGGCCAAAGCATCTATGA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1CW90JQ 750 0 0
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GAAAGACGAGTGTCGTCACTGCATGCAAATGATGAAGGGCATACACATAGCGGGAGGAAA
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GCCAATGGTAAGCCAGGTACTACTACTACTACTACTACTATGTCTCCAAGGGCTCACAAG
CTTCTCCTAGGCTCGGCCAAAGCATCTATGAACGGCGACAAATCTGTTTCTTCTTCAAAG
AACAAAACTGATAAGTCAAACAAAACCGAGTGGAAACGTTAAAGGTTCGGGCAAAAGAGA
TTTCATCTCATTGTCATATACAATCGACCTTAACTACTTAGTGTGCTCTTTCTCTTTCTC
TTGCGTTTCGGTTTGGTTTGGTTTGGTGAGTTTAGAGAGTGTGTAGTCAGAGTTCATGTT
CATTTCATCCTTTTCATTTGTTACTTCTGTTTACTCTGATATATGTTTGACGACACATAA
AAGGTTTGAGTAAATAGTTCTTCTCTGTAT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL6373Contig1 1225 2 6 U
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GTTGCACTACGTGCGCTTCGTCAGCTATGGAGGATGCGTAGTTCGTTAGATCTGCTTGGG
ACAACATTAGATGTGGTAACTGGGGAATGGCTAGAGTACTCCTCCGGTATTGGAGCTGGG
GTTGACTCCTTCTATGAATACCTCATGAAGGCTTATATTCTTTTTGGAAAAGAAGATTAC
TGGCGAATGTTTCGTTCGGCGTATCTGGCATCTCAGAAGTACTTCAGATATGGGCCTTGG
TACCATGAAGCTAATATGTGGAGTGGGAAACCATCTTATTGGCAGCTCACAAGTCTGCAG
GCGTTTTGGCCTGGTCTACAGGTTCTTGTTGGGGATGTCGCAGCTGCAAATTCATCGCAC
CGGGAGTTTTTCCATGCATGGGAGAAGTTTGGTGTTATACCTGAAAGGTATCTACTGGAT
CATCAGATGATACATCCTACTGAGAGGTACTATCCACTGCGTCCTGAATTAGCAGAATCC
ACGTTCTACCTATACCAAGCTACAAAAGATCCATGGTACCTAGAAGTTGGTGAAGCAATG
GTGAAATCTCTTAATCGGTATACGAAGGTGGCAGGGGGGTTTGCTAGTGTTAGAGATGTG
ACGACCATGCAACTGGAAGATCACCAGCACAGTTTCTTTCTCGCTGAAACGTGCATGTAC
TTGTATCTCCTCTTCGATGATTCATTTGTGGCGAAAAGAAATTATGTATTCACAACCGAG
GGCCATCCTATACATGTTATGAGCTCCTGGCATGAGAAACTACCAGAAAGTTATTTTTCT
GGCAACTGGACGTTTTCAAAGAGTGGAGAATGGGAAAGTGGAGCAAGTGCATTGTTAATG
AAAGTCTGTCCATCGATAGCTCCAAACTCTAGATTTACTGAGCAACATAGAGAGAGTGTT
TGCCATGTTCCTGACCAGAAAATAGATCATAGGTGTTGGGGCAACAGAGAGTGTGGAGTT
GACGCCACTACTTGTAGACAAAGATCCTGCAGCGAAGTTGGATTTTGCGGCTTGTGGTAG
GGAACCCCTTATAAGTTATATATACAAGTGGGGTTTATGAATAGACACTGTAAAGTAATT
TGGAAAGACAAGTTTTGTTGGACAGGAAAATATAGAGTTGTTGTATCACTGTCTAATATA
TCATCAGATCTTGACATGGTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EW44TF U 1
AF RR1EW44JQ C 466
BS 1 627 RR1EW44TF
BS 628 628 RR1EW44JQ
BS 629 638 RR1EW44TF
BS 639 639 RR1EW44JQ
BS 640 756 RR1EW44TF
BS 757 1225 RR1EW44JQ

RD RR1EW44TF 756 0 0
TCTCTCATTCTTGAAATGGGAGCATTGTCACGGCTCACTGGTGACCCTAGATTTGAATCA
GTTGCACTACGTGCGCTTCGTCAGCTATGGAGGATGCGTAGTTCGTTAGATCTGCTTGGG
ACAACATTAGATGTGGTAACTGGGGAATGGCTAGAGTACTCCTCCGGTATTGGAGCTGGG
GTTGACTCCTTCTATGAATACCTCATGAAGGCTTATATTCTTTTTGGAAAAGAAGATTAC
TGGCGAATGTTTCGTTCGGCGTATCTGGCATCTCAGAAGTACTTCAGATATGGGCCTTGG
TACCATGAAGCTAATATGTGGAGTGGGAAACCATCTTATTGGCAGCTCACAAGTCTGCAG
GCGTTTTGGCCTGGTCTACAGGTTCTTGTTGGGGATGTCGCAGCTGCAAATTCATCGCAC
CGGGAGTTTTTCCATGCATGGGAGAAGTTTGGTGTTATACCTGAAAGGTATCTACTGGAT
CATCAGATGATACATCCTACTGAGAGGTACTATCCACTGCGTCCTGAATTAGCAGAATCC
ACGTTCTACCTATACCAAGCTACAAAAGATCCATGGTACCTAGAAGTTGGTGAAGCAATG
GTGAAATCTCTTAATCGGTATACGAAG*TGGCAGGGGG*TTTGCTAGTGTTAGAGATGTG
ACGACCATGCAACTGGAAGATCACCAGCACAGTTTCTTTCTCGCTGAAACGTGCATGTAC
TTGTATCTCCTCTTCGATGATTCATTTGTGGCGAAA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1EW44JQ 760 0 0
AGGTATCTACTGGATCATCAGATGATACATCCTACTGAGAGGTACTATCCACTGCGTCCT
GAATTAGCAGAATCCACGTTCTACCTATACCAAGCTACAAAAGATCCATGGTACCTAGAA
GTTGGTGAAGCAATGGTGAAATCTCTTAATCGGTATACGAAGGTGGCAGGGGGGTTTGCT
AGTGTTAGAGATGTGACGACCATGCAACTGGAAGATCACCAGCACAGTTTCTTTCTCGCT
GAAACGTGCATGTACTTGTATCTCCTCTTCGATGATTCATTTGTGGCGAAAAGAAATTAT
GTATTCACAACCGAGGGCCATCCTATACATGTTATGAGCTCCTGGCATGAGAAACTACCA
GAAAGTTATTTTTCTGGCAACTGGACGTTTTCAAAGAGTGGAGAATGGGAAAGTGGAGCA
AGTGCATTGTTAATGAAAGTCTGTCCATCGATAGCTCCAAACTCTAGATTTACTGAGCAA
CATAGAGAGAGTGTTTGCCATGTTCCTGACCAGAAAATAGATCATAGGTGTTGGGGCAAC
AGAGAGTGTGGAGTTGACGCCACTACTTGTAGACAAAGATCCTGCAGCGAAGTTGGATTT
TGCGGCTTGTGGTAGGGAACCCCTTATAAGTTATATATACAAGTGGGGTTTATGAATAGA
CACTGTAAAGTAATTTGGAAAGACAAGTTTTGTTGGACAGGAAAATATAGAGTTGTTGTA
TCACTGTCTAATATATCATCAGATCTTGACATGGTTTTTT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL6374Contig1 1018 2 2 U
GAAGGCTTTGAAAGATGGGTTGAGGGAGAAAGTGGAACTGGCAACAAAGTTTGGGGTCAT
TGCTTCTGAAGATGGAAAATTTGGTTTTAGGGCAGATCCAGAGTATGTACGTTCTGCTTG
TGAGGCAAGCTTAAGGCGTCTTGGTGTTACCTCCATTGATCTTTACTACCAGCACAGGAT
TGATACCACTGTCCCCATCGAAGTCACGATGGGAGAACTGAAGAAGCTTGTAGAAGAAGG
CAAAATAAAATACATCGGTTTGTCTGAAGCCTCTGCTTCAACTATCAGAAGAGCACATGC
TGTTCACCCGATAACTGCTGTGCAGATAGGATGGTCCCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGA
AGATATCATTCCTACCTGCAGGGAACTTGGGATTGGAATTGTAGCTTATAGCCCTTTAGG
AAGAGGGTTCTTGGCAGCAGGACCTAAGCTTGCTGAGAATTTGGAGGATGATGATTATCG
AAAGGGTCTACCGAGATTCCAAGAGGAGAATCTAAAGCACAACAAGATTCTTTACGAGAA
AGTTGAGGCGATGGCGACAAAGAAAAGCTGCACTCCTGCACAACTAGCTCTTGCATGGGG
TTCACCACCAGGGAGATGATGTCTGTCCCATTCCAGGAACCTCCAAGATTGAAAACCTGA
ACCAGAACATAGGAGCTTTATCTGTGAAGCTTACTCCTGAAGACATGGCTGAGCTGGAAG
CCATTGCCCGACCTGATTTTGTGAAAGGGGAACGATACGACAGCGACATGACTACTTACA
AGGACTCGGAGACTCCACCACTGTCTTCTTGGAAAGCAGCATAAATCCGCATCTTTGGAA
TGCCGTTTAATTGTGCTTTAGTTTGTTTCTGTGTGTTTGAATAAGTTTAGGTTAATGGAT
GGGTCTGCGAGTTTGCAGTAAGAAAAATCCAATGCCTAAGAAAGAACAAGTTTTATGTAA
TAATATGTGTGGTGTTTTTGTCTTGCAATTTAATAATTTGATCAAGTATGGTTTAGCC


BQ
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AF RR1A452TF U 1
AF RR1A452JQ C 380
BS 1 774 RR1A452TF
BS 775 1018 RR1A452JQ

RD RR1A452TF 774 0 0
GAAGGCTTTGAAAGATGGGTTGAGGGAGAAAGTGGAACTGGCAACAAAGTTTGGGGTCAT
TGCTTCTGAAGATGGAAAATTTGGTTTTAGGGCAGATCCAGAGTATGTACGTTCTGCTTG
TGAGGCAAGCTTAAGGCGTCTTGGTGTTACCTCCATTGATCTTTACTACCAGCACAGGAT
TGATACCACTGTCCCCATCGAAGTCACGATGGGAGAACTGAAGAAGCTTGTAGAAGAAGG
CAAAATAAAATACATCGGTTTGTCTGAAGCCTCTGCTTCAACTATCAGAAGAGCACATGC
TGTTCACCCGATAACTGCTGTGCAGATAGGATGGTCCCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGA
AGATATCATTCCTACCTGCAGGGAACTTGGGATTGGAATTGTAGCTTATAGCCCTTTAGG
AAGAGGGTTCTTGGCAGCAGGACCTAAGCTTGCTGAGAATTTGGAGGATGATGATTATCG
AAAGGGTCTACCGAGATTCCAAGAGGAGAATCTAAAGCACAACAAGATTCTTTACGAGAA
AGTTGAGGCGATGGCGACAAAGAAAAGCTGCACTCCTGCACAACTAGCTCTTGCATGGGG
TTCACCACCAGGGAGATGATGTCTGTCCCATTCCAGGAACCTCCAAGATTGAAAACCTGA
ACCAGAACATAGGAGCTTTATCTGTGAAGCTTACTCCTGAAGACATGGCTGAGCTGGAAG
CCATTGCCCGACCTGATTTTGTGAAAGGGGAACGATACGACAGCGACATGACTA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1A452JQ 639 0 0
AGGGAACTTGGGATTGGAATTGTAGCTTATAGCCCTTTAGGAAGAGGGTTCTTGGCAGCA
GGACCTAAGCTTGCTGAGAATTTGGAGGATGATGATTATCGAAAGGGTCTACCGAGATTC
CAAGAGGAGAATCTAAAGCACAACAAGATTCTTTACGAGAAAGTTGAGGCGATGGCGACA
AAGAAAAGCTGCACTCCTGCACAACTAGCTCTTGCATGGG*TTCACCACCAGGGAGATGA
TGTCTGTCCCATTCCAGGAACCTCCAAGATTGAAAACCTGAACCAGAACATAGGAGCTTT
ATCTGTGAAGCTTACTCCTGAAGACATGGCTGAGCTGGAAGCCATTGCCCGACCTGATTT
TGTGAAAGGGGAACGATACGACAGCGACATGACTACTTACAAGGACTCGGAGACTCCACC
ACTGTCTTCTTGGAAAGCAGCATAAATCCGCATCTTTGGAATGCCGTTTAATTGTGCTTT
AGTTTGTTTCTGTGTGTTTGAATAAGTTTAGGTTAATGGATGGGTCTGCGAGTTTGCAGT
AAGAAAAATCCAATGCCTAAGAAAGAACAAGTTTTATGTAATAATATGTGTGGTGTTTTT
GTCTTGCAATTTAATAATTTGATCAAGTATGGTTTAGCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL6375Contig1 749 2 2 U
GGAAGTATTACTTCATCTGGTCCATCTCGGAGGCTTCTATCATCATCTCTGGTTTGGGTT
TCAGTGGCTGGACTGATGATGGTGCTTCGCCCAAACCCAAATGGGACCGTGCCAAGAACG
TGGACATCCTCGGTGTTGAGCTTGCTAAGAGCGCTGTTCAGATTCCGCTTGTGTGGAACA
TACAAGTCAGCACCTGGCTCCGTCACTACGTGTATGAGAGACTTGTCAGGAGTGGGAAGA
AGGCAGGTTTCTTCCAGTTACTAGCTACACAAACCGTCAGTGCGGTTTGGCATGGACTGT
ATCCTGGTTACATGATGTTCTTTGTTCAGTCAGCTTTGATGATCGCTGGCTCAAGAGTTA
TTTACCGATGGCAACAAGCGATCAGTCCGAAACTAGCAGTGCTGAGAAGTATCATGGTGT
TCATCAACTTCCTTTACACTGTTTTGGTTCTCAACTACTCAGCCGTCGGTTTCATGGTTT
TAAGCTTGCACGAAACGCTCACTGCATACGGGAGCGTGTATTACATTGGAACAATCATAC
CTGTTGCGTTGATTCTGCTCAGTTACGTTGTTCCTGCGAAACCCTCTCGACCAAAGCCAC
GTAAAGAAGAATAAATTGTTTCTCTTCTTATTCTCTGTAACATTGGAAACAAACCGATCC
GGTTCTTGTTTCTCTCTGGGCTTTTGATGCATATTTTTTTCTTTTTATTTTTCATGTATT
CGTGATGCTTATAAAATCTGGTTTTTAAT


BQ
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AF RR1BD31TF U 1
AF RR1BD31JQ C 1
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BS 442 749 RR1BD31JQ

RD RR1BD31TF 441 0 0
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TCATCAACTTCCTTTACACTG

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR1BD31JQ 749 0 0
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TCAGTGGCTGGACTGATGATGGTGCTTCGCCCAAACCCAAATGGGACCGTGCCAAGAACG
TGGACATCCTCGGTGTTGAGCTTGCTAAGAGCGCTGTTCAGATTCCGCTTGTGTGGAACA
TACAAGTCAGCACCTGGCTCCGTCACTACGTGTATGAGAGACTTGTCAGGAGTGGGAAGA
AGGCAGGTTTCTTCCAGTTACTAGCTACACAAACCGTCAGTGCGGTTTGGCATGGACTGT
ATCCTGGTTACATGATGTTCTTTGTTCAGTCAGCTTTGATGATCGCTGGCTCAAGAGTTA
TTTACCGATGGCAACAAGCGATCAGTCCGAAACTAGCAGTGCTGAGAAGTATCATGGTGT
TCATCAACTTCCTTTACACTGTTTTGGTTCTCAACTACTCAGCCGTCGGTTTCATGGTTT
TAAGCTTGCACGAAACGCTCACTGCATACGGGAGCGTGTATTACATTGGAACAATCATAC
CTGTTGCGTTGATTCTGCTCAGTTACGTTGTTCCTGCGAAACCCTCTCGACCAAAGCCAC
GTAAAGAAGAATAAATTGTTTCTCTTCTTATTCTCTGTAACATTGGAAACAAACCGATCC
GGTTCTTGTTTCTCTCTGGGCTTTTGATGCATATTTTTTTCTTTTTATTTTTCATGTATT
CGTGATGCTTATAAAATCTGGTTTTTAAT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL6376Contig1 1256 2 2 U
AGGTACGCACGACAACCTTCTCTCTCCCTTCACACGTATGAAGTCTCCGGCGAGAGAAGA
ATCTCCCGGACGGTCACACAATGCCATTTTCTCTATATAAATAGAATTCACATTTTTTGT
TTCTCATACCAACATATTTTTCTTTCTTTAAATTCGTTCGTTGCTGGTTAAAGAGAAAAT
CTTCCGTTACATCAGATTTATAAACGTTTTTCGCAATGTCGATGGTAACTGTCAAAGTTA
ACAATGTTTCTCTAGGAGCCACAGAACGAGAACTCAAAGAATTCTTCTCTTTCTCCGGCG
AGATTGTTTACCTAGAGATGCAATGTGATAATGAAGGAGGTTCTAAGCTAGCATATATTA
CATTCAAAGATTTACAAGGAGCTGAAACGGCAGTTCTCCTCACTGGAGCGACAATTGTTG
ATTCATCGGTCACGGTCACAATGTCACCAGATTACCAACTTCCTCCTGATGCTTTAGCTT
CCATTGAATCATCGAAAGAGAGCGACAAATCATCATCGTCTCCTCCAAAGGAAGATGTAT
CTGTATTCAGAAAAGCTGAAGATGTCGTACGCAATATGATTTCAAAAGGGTTTATACTTG
GAAAAGACGCAATAGCAAAAGCAAAAAGCCTTGATGAGAAGCATCAGCTAACATCAACCG
CTTCAGCTAAAGTCACATCCTTTGACAAGAGAATCGGGTTCACTGAGAAAATCAACACAG
GGACAACTGTTGTAAGCGGGAAAGTCAAAGAAGTTGATCAGAAGTTTCAAGTCACAGAGA
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AGGCGTTAGACCAATCAGAACAAGATTCAAAACTCTCTGAATCACAAAAGGCTTTAGACC
CACCAGAACACGATTCAAAACTCTCTGAATCGCAAACGCAACCGCTACCACATAAACAGG
AGGAGTTTACTCCAAGTATTGCTTCGGGACAGCCTTGAAATACAATCTTTCTTCCAACTT
TTTTGAAATATACCGGGCATGGCTATTTGTTCTAATAACCTGAATTTAAATTTTGT


BQ
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AF RR1DV17TF U 1
AF RR1DV17JQ C 560
BS 1 710 RR1DV17TF
BS 711 1256 RR1DV17JQ

RD RR1DV17TF 713 0 0
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CATTCAAAGATTTACAAGGAGCTGAAACGGCAGTTCTCCTCACTGGAGCGACAATTGTTG
ATTCATCGGTCACGGTCACAATGTCACCAGATTACCAACTTCCTCCTGATGCTTTAGCTT
CCATTGAATCATCGAAAGAGAGCGACAAATCATCATCGTCTCCTCCAAAGGAAGATGTAT
CTGTATTCAGAAAAGCTGAAGATGTCGTACGCAATATGATTTCAAAAGGGTTTATACTTG
GAAAAGACGCAATAGCAAAAGCAAAAAGCCTTGATGAGAAGCATCAGCTAACATCAACCG
CTTCAGCTAAAGTCACATCCTTTGACAAGAGAATCGGGTTCACTGAGAAA
TCA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1DV17JQ 697 0 0
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AGCAAAAAGCCTTGATGAGAAGCATCAGCTAACATCAACCGCTTCAGCTAAAGTCACATC
CTTTGACAAGAGAATCGGGTTCACTGAGAAAATCAACACAGGGACAACTGTTGTAAGCGG
GAAAGTCAAAGAAGTTGATCAGAAGTTTCAAGTCACAGAGAAAACCAAATCAGCAATCGC
TGCAGCCGAGCAAACAGTGAGCAATGCTGGCTCCACCATAATGAAAAACCGGTATGTTCT
GACTGGTACCACGTGGGTTACTGGTGCGTTTGAAAAAGTGAGTAAAGCTGCAGGAGAAGT
TGGACAAAAGGCGAAGGAGAAAGTTGGAATGACTCATGAGGAAGAAGAGAAGAAGAAAGA
GGTTGAAGAAGTGGCTAGTGTTCATTTGTCTGAATCACCAAAGGCGTTAGACCAATCAGA
ACAAGATTCAAAACTCTCTGAATCACAAAAGGCTTTAGACCCACCAGAACACGATTCAAA
ACTCTCTGAATCGCAAACGCAACCGCTACCACATAAACAGGAGGAGTTTACTCCAAGTAT
TGCTTCGGGACAGCCTTGAAATACAATCTTTCTTCCAACTTTTTTGAAATATACCGGGCA
TGGCTATTTGTTCTAATAACCTGAATTTAAATTTTGT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL6377Contig1 516 2 2 U
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TCACGATGTGCTTTTGAGCATGAGATTTGGATTGACGCGAGATCTCCCTCTGAAACGATC
ATCATTCGCCTACTATTCCTCCGGATCTCGAGAACGACAGCCCATCGCCATGGCGACCAA
GAGCGACACGACTTCGATTTCGACGGAGGTGAAAGATGAGGTAGTGGAGGAGAAGAAGGA
TAAGGAAAAGAAGGAGGAGGAGGTATCGCTCCCACCGCCGCCGGAGAAACCAGGGCCTGG
CGATTGTTGCGGTAGCGGTTGCGTCCGATGCGTTTGGGATGTGTATTACGATGAGCTCGA
AGAGTATAACAACAAGCTCTCTGCTTCCACTCCTGGAGATAATAAATCCAATTGATTGAA
TTGCTTTGTTTCCTGATTGTTACGCTATTGTTTCTAGAAAAAAAAAGTTAAAACAATTGC
TTTGTTCTAATAATAAAGGCTTGTGATCGGACCCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G791TF U 1
AF RR1G791JQ C 1
BS 1 441 RR1G791TF
BS 442 516 RR1G791JQ

RD RR1G791TF 441 0 0
GGGTCTTCCTGGAATCTCGATCGCCACATCGCCGGATTACAATCGCCTCCGTAGAAGCCT
TCACGATGTGCTTTTGAGCATGAGATTTGGATTGACGCGAGATCTCCCTCTGAAACGATC
ATCATTCGCCTACTATTCCTCCGGATCTCGAGAACGACAGCCCATCGCCATGGCGACCAA
GAGCGACACGACTTCGATTTCGACGGAGGTGAAAGATGAGGTAGTGGAGGAGAAGAAGGA
TAAGGAAAAGAAGGAGGAGGAGGTATCGCTCCCACCGCCGCCGGAGAAACCAGGGCCTGG
CGATTGTTGCGGTAGCGGTTGCGTCCGATGCGTTTGGGATGTGTATTACGATGAGCTCGA
AGAGTATAACAACAAGCTCTCTGCTTCCACTCCTGGAGATAATAAATCCAATTGATTGAA
TTGCTTTGTTTCCTGATTGTT

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR1G791JQ 516 0 0
GGGTCTTCCTGGAATCTCGATCGCCACATCGCCGGATTACAATCGCCTCCGTAGAAGCCT
TCACGATGTGCTTTTGAGCATGAGATTTGGATTGACGCGAGATCTCCCTCTGAAACGATC
ATCATTCGCCTACTATTCCTCCGGATCTCGAGAACGACAGCCCATCGCCATGGCGACCAA
GAGCGACACGACTTCGATTTCGACGGAGGTGAAAGATGAGGTAGTGGAGGAGAAGAAGGA
TAAGGAAAAGAAGGAGGAGGAGGTATCGCTCCCACCGCCGCCGGAGAAACCAGGGCCTGG
CGATTGTTGCGGTAGCGGTTGCGTCCGATGCGTTTGGGATGTGTATTACGATGAGCTCGA
AGAGTATAACAACAAGCTCTCTGCTTCCACTCCTGGAGATAATAAATCCAATTGATTGAA
TTGCTTTGTTTCCTGATTGTTACGCTATTGTTTCTAGAAAAAAAAAGTTAAAACAATTGC
TTTGTTCTAATAATAAAGGCTTGTGATCGGACCCCC

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 2

CO CL6378Contig1 726 2 6 U
GGCTTGTACAAGAACCTTGAAGGTTCTTATGGGTATCCTCAATGGAAAATGGATTATCAA
TGCAGACTGGATGAAAGCAAGCCTTGAAACTTCAACCTGTTGATGAAGAACCATTTGAGA
TTCATATTGACACTCAAGGATGTCAGGATGGACCAAAAACTGCAAGACTGAGAGCAGCAA
CTAATAAACCAAGGCTCTTTGATGGCATGAAATTCTATTTCTATGGAGACTTCTTTAAAG
GATACAAAGAAGACCTTCAAAATCTAGTCAAAGTCGCTGGTGGTACGATCTTGAAGACAG
AAGACGAGCTTAATGCAGAGAGCAGCAACAATGTAGGTGGCCAAAGATCATCACCGGTTG
TTGTTTACAACATTGACCCTCCACCTGGATGTGGTTTGGGCGAAGAAGTCACGATTATTT
GGCAACGAGCAAATGAAGCAGAAGCTTTATCTACCAAAACTGGATCACGTGTCGTTGGTC
ACACATGGGTGTTGGAGTCCATTGCTGGTTATAAGTTGCATCCTATGATCAGCTAACTTA
ATATAAAGAACAAAATAAATGGTTCAGTTACCTTCACCATATAAGTAAGATTGTTTTTTG
TTTACTCTAAACTTTTATAAGATAACAAAAAGATATGTGATTGTATGCAAATAAAATTAT
TTCATCTGATTATCTTTGGATATCTATGGAAAAACGAAACTAAAATAACGGTGCTGCACT
TATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1G216TF U 1
AF RR1G216JQ C 232
BS 1 630 RR1G216TF
BS 631 631 RR1G216JQ
BS 632 670 RR1G216TF
BS 671 671 RR1G216JQ
BS 672 693 RR1G216TF
BS 694 726 RR1G216JQ

RD RR1G216TF 696 0 0
GGCTTGTACAAGAACCTTGAAGGTTCTTATGGGTATCCTCAATGGAAAATGGATTATCAA
TGCAGACTGGATGAAAGCAAGCCTTGAAACTTCAACCTGTTGATGAAGAACCATTTGAGA
TTCATATTGACACTCAAGGATGTCAGGATGGACCAAAAACTGCAAGACTGAGAGCAGCAA
CTAATAAACCAAGGCTCTTTGATGGCATGAAATTCTATTTCTATGGAGACTTCTTTAAAG
GATACAAAGAAGACCTTCAAAATCTAGTCAAAGTCGCTGGTGGTACGATCTTGAAGACAG
AAGACGAGCTTAATGCAGAGAGCAGCAACAATGTAGGTGGCCAAAGATCATCACCGGTTG
TTGTTTACAACATTGACCCTCCACCTGGATGTGGTTTGGGCGAAGAAGTCACGATTATTT
GGCAACGAGCAAATGAAGCAGAAGCTTTATCTACCAAAACTGGATCACGTGTCGTTGGTC
ACACATGGGTGTTGGAGTCCATTGCTGGTTATAAGTTGCATCCTATGATCAGCTAACTTA
ATATAAAGAACAAAATAAATGGTTCAGTTACCTTCACCATATAAGTAAGATTGTTTTTTG
TTTACTCTAAACTTTTATAAGATAACAAAA*GATATGTGATTGTATGCAAATAAAATTAT
TTCATCTGAT*ATCTTTGGATATCTATGGAAAA
CGA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1G216JQ 495 0 0
TCTTTAAAGGATACAAAGAAGACCTTCAAAATTTAGTCAAAGTCGCTGGTGGTACGATCT
TGAAGACAGAAGACGAGCTTAATGCAGAGAGCAGCAACAATGTAGGTGGCCAAAGATCAT
CACCGGTTGTTGTTTACAACATTGACCCTCCACCTGGATGTGGTTTGGGCGAAGAAGTCA
CGATTATTTGGCAACGAGCAAATGAAGCAGAAGCTTTATTTACCAAAACTGGATCACGTG
TCGTTGGTCACACATGGGTGTTGGAGTCCATTGCTGGTTATAAGTTGCATCCTATGATCA
GCTAACTTAATATAAAGAACAAAATAAATGGTTCAGTTACCTTCACCATATAAGTAAGAT
TGTTTTTTGTTTACTTTAAACTTTTATAAGATAACAAAAAGATATGTGATTGTATGCAAA
TAAAATTATTTCATCTGATTATCTTTGGATATCTATGGAAAAACGAAACTAAAATAACGG
TGCTGCACTTATTTG

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

CO CL6379Contig1 1153 2 2 U
GGACCCTAAACCCTAAAAAGATTTCATCGCCGTTCGTCTTTGGTGCTCCTCCTCACTTTT
GTCTCTCTTGTTCCAGAAGAACCAGCACAGCTCTAAAAAAAGCTTAAAATGTCAACTCGG
CCTGAGCTGCTAGCGCCGCCGGAGATATTCTACGATGATTCCGAGGCTCGCAAGTATACT
TCTTCCTCACGTATCGTCGAAATTCAGGCGAGGTTGTCTGAGAGGGCTTTGGAGCTTCTT
GCTTTGCCTGAAGATGATGTTCCTAGATTCTTACTCGATATTGGTTGTGGATCTGGCCTG
AGCGGGGAAACAATCTCTGAAAATGGGCACCACTGGATTGGTCTTGACATTTCAGCCTCA
ATGCTTAACGTTGCTGTTGAACGAGAAGTCGAGGATGATCTTTTACTTGGTGATATGGGT
CAGGGATTAGGTCTCCGTGCAGGAGTCATAGACGGAGCCATCAGTATATCCGCTGTTCAG
TGGTTATGCAATGCGGACAAGTCATCGCATGAACCTCGTTTGAGGCTAAAGGCTTTCTTT
GGGTCACTATACCGATGCTTATCAAGAGGAGCAAGGGCAGTTTTCCAAGTGTACCCTGAG
AGTATCGCTCAGCGTGAGTTGATTCTTGGCCAGGCTTTAAAAGCTGGATTTGGTGGTGGA
CTCGTTGTTGACTACCCTCACAGTACTAAGAAGAGAAAAGAGTTCTTGGTCCTCACATGT
GGTTCGGTTCCAACCAGTATTAACGATGGGCATAAAGACTCGGATGATGACGACGATGTT
AGCGAAGACGAAGAGAATGGAATGGTATGTGTGTCGGATAGGAACAGGCCAAGGAAGAAG
CAGAGAACGAACAAGAAAGGGAATGGAAGGGAATGGGTTTTGAGGAAGAAGGAACAGAGT
AGAAGGAAAGGAAACGATGTTCCTGCTGATTCCAAGTACACCGCAAGGAAACGCAAGTCC
CGTTTCTGAATTTTTTTTTTTTCTTTTTAGTTTTGAAAACGCTAATCTATAGCGTTTTCA
TTATGTTTTGTCGTTGAAAGATGAGATACTGAACGTCTTCACTGTTTCTACATTTTGTGT
GCTACCCAAAACATGTATGGCTACTTGTAATATGGATCAAGTTTTGTCCTCTTCTATTTT
TAAAATTAATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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DS 

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AAAATTAATTTT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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BQ
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QA 1 752 1 752
DS 

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GGGAAAGAGCTTTTGGTTTCTTGGACACATTTGGGTTTGGAAGTACTCTGTCTCACCCTC
AGGATTTAATGGAGGTTAAAGTTAGTGAGGTTGATAGTGCTGCTTCTGCAAACATCTGCA
ACATCCAAATTAGATCAGACGAATCAGAAACAAAACTAGGAAAGTGGATGGGACCAGCAA
TTAAAATGTCCCTTCCGAGTTTTAGTGGCAATACAAAGTACAACCCAAACCTACTCAAAT
ACTCTTGCCACATCCACTGCAGGGTGAGGCCTGTGAGTCCTGCGGTAGTATCAAATCCTT
TGGAAGATGAGGCAGATAGGAATCACACGTCACAAGAGTCGCATGAAAGTGAAACGCGAC
TAAGCGTAGCTGTGATGCTATCAAAACCAATCATAGCTCTTCAGTTTAAAGACTTAACGA
TGCAAGTAGAAGCTCCTGTTGTAGTTCACCCTTCAGTGTAAAACACAACCACACAAATTT
CAAGAACATATACACTTCCTTCCTACAAGGTTTCACATCTTTACAAATGAAAACAAATCT
TTCCACTTTTCTTTTTCCCACCGATTGAATAAGTCATTCTTAGCAATAAACAAATCTTTC
CACTCGTTTCTTTGGACTCTTCCATTACATTTTTGGGGGAGTTATAATTTCTTTTATAGT
AGAAGACCAATAATAGTCTAAAAGGTTTGTTTTTCTCTATCACTATATATATATATCCAA
ATTCAATTTAGAGGC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL6381Contig1 1028 2 2 U
GGAAGACCCGTAATAGTTGACTTAGCGACGGTGATGGCGATATTTTTCTAGGGCTTCATG
CGGTTTCAAGGATGGGATCCGGGGATTCTTGGAGACATAAGAATTCGGGTCGATCCTTTA
CATGATGATCAGATAACAAGGGGGATCCGATTGGTGTTACTGGTGGATTGGTTCGGGGTG
ATCCGGACCGATGAGGTTTCTCATAATACAGATCTCGTCATTATTTGTCGAGCTTCTCTC
ATGGGTCAAAGGGAGATCGTAGGTTTCCATGATTCAATAATGGAAAAGGAAGGTTGTAAT
CTGGGTGGATCTGAGAAGGTTTCTCGAATCGGAGAGTTAATGGAGTTAATCGGGGTACAT
GGTTGGCTTAATTCTTATCTGGTGGAGACTTCTGGAAGATGTCCCTCTGAGGTGTTTCTT
TGGTCTGAGTGGATACATACAAGATCTGAGGTGTTCCTTACCGTTCTGGATTTATTAGGA
GATGGAACCCGACATTATGTCTCTGTGTGCTGGCTGGAGAGATAGCATTGTAATGATAAT
CTAATTAGAGATGGAAAAGACAACATGTAAGAAAATTCTTGAGCAAGGGTTGTATGCTAT
CTAACGGGGTGTTCGATATATTTGCATCAGAGGAGCTTGGTTTCCAGGTGGTATTATCGG
ACCTTGATTGGGAATGGGATTATAATAGGATCTTTAAGACAGGAGATCAACCTGACGGGT
GCTTCTGGGCGATCATGTTTGTTCTTGGAATCCATAATTGGATGTATCAGGAAGCTGACG
ATAATTGTTACATTAAATGGTGTCTGGAAATATTTATTGTTGGGTGGAGTTTTTGGTTTC
TGTTGTTCAATGAAACCACGGACTTCGGCAGGAATAATGGCTTTTGTGCTTTCCATGATA
ATTGTGGTAATTTTAGTGAATTTATATGGAGTTTAAGGTACTGGAGTTTGGAACATCTTG
TAATTTGGAGATATCATGATACCATTGAATCTGTATCTCCTAGCTCAGATGGAGCTTATT
CAAGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E747TF U 1
AF RR1E747JQ C 242
BS 1 684 RR1E747TF
BS 685 1028 RR1E747JQ

RD RR1E747TF 684 0 0
GGAAGACCCGTAATAGTTGACTTAGCGACGGTGATGGCGATATTTTTCTAGGGCTTCATG
CGGTTTCAAGGATGGGATCCGGGGATTCTTGGAGACATAAGAATTCGGGTCGATCCTTTA
CATGATGATCAGATAACAAGGGGGATCCGATTGGTGTTACTGGTGGATTGGTTCGGGGTG
ATCCGGACCGATGAGGTTTCTCATAATACAGATCTCGTCATTATTTGTCGAGCTTCTCTC
ATGGGTCAAAGGGAGATCGTAGGTTTCCATGATTCAATAATGGAAAAGGAAGGTTGTAAT
CTGGGTGGATCTGAGAAGGTTTCTCGAATCGGAGAGTTAATGGAGTTAATCGGGGTACAT
GGTTGGCTTAATTCTTATCTGGTGGAGACTTCTGGAAGATGTCCCTCTGAGGTGTTTCTT
TGGTCTGAGTGGATACATACAAGATCTGAGGTGTTCCTTACCGTTCTGGATTTATTAGGA
GATGGAACCCGACATTATGTCTCTGTGTGCTGGCTGGAGAGATAGCATTGTAATGATAAT
CTAATTAGAGATGGAAAAGACAACATGTAAGAAAATTCTTGAGCAAGGGTTGTATGCTAT
CTAACGGGGTGTTCGATATATTTGCATCAGAGGAGCTTGGTTTCCAGGTGGTATTATCGG
ACCTTGATTGGGAATGGGATTATA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1E747JQ 787 0 0
TGGGTCAAAGGGAGATCGTAGGTTTCCATGATTCAATAATG*AAAAGGAAGGTTGTAATC
TGGGTGGATCTGAGAAGGTTTCTCGAATCGGAGAGTTAATGGAGTTAATCGGGGTACATG
GTTGGCTTAATTCTTATCTGGTGGAGACTTCTGGAAGATGTCCCTCTGAGGTGTTTCTTT
GGTCTGAGTGGATACATACAAGATCTGAGGTGTTCCTTACCGTTCTGGATTTATTAGGAG
ATGGAACCCGACATTATGTCTCTGTGTGCTGGCTGGAGAGATAGCATTGTAATGATAATC
TAATTAGAGATGGAAAAGACAACATGTAAGAAAATTCTTGAGCAAGGGTTGTATGCTATC
TAACGGGGTGTTCGATATATTTGCATCAGAGGAGCTTGGTTTCCAGGTGGTATTATCGGA
CCTTGATTGGGAATGGGATTATAATAGGATCTTTAAGACAGGAGATCAACCTGACGGGTG
CTTCTGGGCGATCATGTTTGTTCTTGGAATCCATAATTGGATGTATCAGGAAGCTGACGA
TAATTGTTACATTAAATGGTGTCTGGAAATATTTATTGTTGGGTGGAGTTTTTGGTTTCT
GTTGTTCAATGAAACCACGGACTTCGGCAGGAATAATGGCTTTTGTGCTTTCCATGATAA
TTGTGGTAATTTTAGTGAATTTATATGGAGTTTAAGGTACTGGAGTTTGGAACATCTTGT
AATTTGGAGATATCATGATACCATTGAATCTGTATCTCCTAGCTCAGATGGAGCTTATTC
AAGAATT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL6382Contig1 974 2 2 U
GGATCCGAACCAAGTCTAACTCTGGATCGGGTTTTGTTACTTGCTCTCTTCTGACTCAGT
CGAGATCATCGGAGATTGAAAAAAATGGCGATGGACAGAGCCCAATTGATACTCTTGGGT
TTACCGATATTCTTATTTTGTTCTGATCTGTTCAACCTATTCGCTCCTCCGCCTCCAAAA
CCTCCTACTCATCAGGCACCACCACCGCATGTCCCTCACCACCACCACCAGCGTCCGGCT
GGATTCACACCCGAAACCCTAGATTTCCCTTTTCTCAGAAGAAACAAAGTGGATTAGGAG
GAGCTGTTGGATATGGAAACACCGTTGAGATCAACTTCTGCGTCTCCTGTTCTTTCAAGG
GAACAGCAGTGACCATGAAGAAGATGTTAGAGACGGAGTTTCCAGGTTTGGATGTGGTTC
TCGCCAACTACCCAGCACCAGCACCAAAGCGCCTCCTAGCTAAGGTTGTACCCGTTGCTC
AGATGGGAGTTATCGGTATGATAGTTGCGGGTGATCGCGTCTTCCCCATGATTGGAATCA
CGCAGCCGCCCGCGTGGTTCAACTCCTTGAGGGCCAACAGATTTGGTTCCATGGCTTCTA
CTTGGCTTCTCGGAAACTTTCTCCAGTCTTACCTTCAAAGCTCAGGCGCCTTTGAAGTTT
TCTGCAACGGGGAACTGGTGTTTTCAAAATTGAAAGAAGGTAGATTCCCGGGAGAGATCG
AGATGAGAGATCTCATCAGTAAGAAGTTGACAAGGACCTAGCATCGTCTCAGCAGGAGGT
AGCTACTGAAGCAGAGTATCATCAGCAGAAAGATATATGTCGATATGAAAGGTATATATG
GAGAATATGTAAACCTTTCCACAAGCAGTGTTTCGATCTTATGTGCTTAAAAGCTGCTTA
TGTAGCAATACCGTTTTGTTCATTTGGTTTAACTAGCTTTTTTACTCTTTTGATTTAATA
ATTTTTGTTACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AY14TF U 1
AF RR1AY14JQ C 195
BS 1 641 RR1AY14TF
BS 642 974 RR1AY14JQ

RD RR1AY14TF 641 0 0
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CGAGATCATCGGAGATTGAAAAAAATGGCGATGGACAGAGCCCAATTGATACTCTTGGGT
TTACCGATATTCTTATTTTGTTCTGATCTGTTCAACCTATTCGCTCCTCCGCCTCCAAAA
CCTCCTACTCATCAGGCACCACCACCGCATGTCCCTCACCACCACCACCAGCGTCCGGCT
GGATTCACACCCGAAACCCTAGATTTCCCTTTTCTCAGAAGAAACAAAGTGGATTAGGAG
GAGCTGTTGGATATGGAAACACCGTTGAGATCAACTTCTGCGTCTCCTGTTCTTTCAAGG
GAACAGCAGTGACCATGAAGAAGATGTTAGAGACGGAGTTTCCAGGTTTGGATGTGGTTC
TCGCCAACTACCCAGCACCAGCACCAAAGCGCCTCCTAGCTAAGGTTGTACCCGTTGCTC
AGATGGGAGTTATCGGTATGATAGTTGCGGGTGATCGCGTCTTCCCCATGATTGGAATCA
CGCAGCCGCCCGCGTGGTTCAACTCCTTGAGGGCCAACAGATTTGGTTCCATGGCTTCTA
CTTGGCTTCTCGGAAACTTTCTCCAGTCTTACCTTCAAAGC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1AY14JQ 780 0 0
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AACCCTAGATTTCCCTTTTCTCAGAAGAAACAAAGTGGATTAGGAGGAGCTGTTGGATAT
GGAAACACCGTTGAGATCAACTTCTGCGTCTCCTGTTCTTTCAAGGGAACAGCAGTGACC
ATGAAGAAGATGTTAGAGACGGAGTTTCCAGGTTTGGATGTGGTTCTCGCCAACTACCCA
GCACCAGCACCAAAGCGCCTCCTAGCTAAGGTTGTACCCGTTGCTCAGATGGGAGTTATC
GGTATGATAGTTGCGGGTGATCGCGTCTTCCCCATGATTGGAATCACGCAGCCGCCCGCG
TGGTTCAACTCCTTGAGGGCCAACAGATTTGGTTCCATGGCTTCTACTTGGCTTTTCGGA
AACTTTCTCCAGTCTTACCTTCAAAGCTCAGGCGCCTTTGAAGTTTTCTGCAACGGGGAA
CTGGTGTTTTCAAAATTGAAAGAAGGTAGATTCCCGGGAGAGATCGAGATGAGAGATCTC
ATCAGTAAGAAGTTGACAAGGACCTAGCATCGTCTCAGCAGGAGGTAGCTACTGAAGCAG
AGTATCATCAGCAGAAAGATATATGTCGATATGAAAGGTATATATGGAGAATATGTAAAC
CTTTCCACAAGCAGTGTTTCGATCTTATGTGCTTAAAAGCTGCTTATGTAGCAATACCGT
TTTGTTCATTTGGTTTAACTAGCTTTTTTACTCTTTTGATTTAATAATTTTTGTTACAGC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL6383Contig1 1033 2 4 U
GGGTGGAGAGGAAGGGGTGTGTCCCGGATATAGTGACTTATACTACTCTCATACATGGAT
TCTGCAAGTCCAAGAGGGTAGAGGAAGGTGTGAGGCTCTTTAACGAGATGTCTCTGAAAG
GATTAGCTGCCAACACGGTTACTTACACGGTTTTTATCCAGGGTTATTGTCTAGTGGGCA
AACCTGATGTTGCGCAAGAAGTGTTTACTCAGATGGGTTCTTCTCATGGTGCTCGTCCTG
ATATCAGGACCTACAACGTTCTGCTAGATGGGCTGTGTTGTAACGGGGAAGTGGAGAAAG
CGTTGATGATATTTGAGGAGATGCGGAAGAGAGACATGGATGTTAGTATTGTTACGTATA
CTATTGTTATCCAAGGGATGTGCAAGGTTGGTAAGGTGGAAGATGCTTTTGATTTGTTTT
GTAGCCTTTTCTCCAAGGGAATGAAGCTTAATGTTGTGACGTACACTACAATGATAACGG
GGTTTTGTAGGCGAGGGCTTATTCATGAAGCTGATGCGTTGTTTAGGAAAATGAAAGAAG
ATGGGTTCTTACCAAACGAGCGTGTGTCTTAAGTAGGTGAACTCATGAGGAGTTAGAGAT
ACCATGATGCTTTTGATCTCAAGCATATGTGATGATGGTACAGTTGCAGTTTGGGGAGAG
GACACACAGGTTATAGTATATCATAGGTGCAATTAAGATTTTGCCATACCTTCGTCAGCT
ACATAAGTTCTGTAATGATTCACGTACAAGGAGATGGCATCTTGACAGGTTTTGTTTTTC
GTTGAAGACTTGTTTCTATCTTCAAGATTCTGCATTATTGAAGTGGAATACTATTTTCAA
GAAATATAATCAATGTATAGATAGATAGTCTGAGAATGTATGTGTGTAGGACATGTAAAG
ATTGGTCAAGAAGCTTGTTGAGCTTTGTTCTTATTGAATCTACTGGTCTAAAGGGATCTA
GATTTTGTGAAGAAATCCTTGACTTTTAATGAATGTAAACTACTACATCAAGAGGGGATA
CAATAAACCGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA21TF U 1
AF RR1GA21JQ C 298
BS 1 686 RR1GA21TF
BS 687 687 RR1GA21JQ
BS 688 744 RR1GA21TF
BS 745 1033 RR1GA21JQ

RD RR1GA21TF 744 0 0
GGGTGGAGAGGAAGGGGTGTGTCCCGGATATAGTGACTTATACTACTCTCATACATGGAT
TCTGCAAGTCCAAGAGGGTAGAGGAAGGTGTGAGGCTCTTTAACGAGATGTCTCTGAAAG
GATTAGCTGCCAACACGGTTACTTACACGGTTTTTATCCAGGGTTATTGTCTAGTGGGCA
AACCTGATGTTGCGCAAGAAGTGTTTACTCAGATGGGTTCTTCTCATGGTGCTCGTCCTG
ATATCAGGACCTACAACGTTCTGCTAGATGGGCTGTGTTGTAACGGGGAAGTGGAGAAAG
CGTTGATGATATTTGAGGAGATGCGGAAGAGAGACATGGATGTTAGTATTGTTACGTATA
CTATTGTTATCCAAGGGATGTGCAAGGTTGGTAAGGTGGAAGATGCTTTTGATTTGTTTT
GTAGCCTTTTCTCCAAGGGAATGAAGCTTAATGTTGTGACGTACACTACAATGATAACGG
GGTTTTGTAGGCGAGGGCTTATTCATGAAGCTGATGCGTTGTTTAGGAAAATGAAAGAAG
ATGGGTTCTTACCAAACGAGCGTGTGTCTTAAGTAGGTGAACTCATGAGGAGTTAGAGAT
ACCATGATGCTTTTGATCTCAAGCATATGTGATGATGGTACAGTTGCAGTTTGGGGAGAG
GACACACAGGTTATAGTATATCATAG*TGCAATTAAGATTTTGCCATACCTTCGTCAGCT
ACATAAGTTCTGTAATGATTCACG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1GA21JQ 736 0 0
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ATACTATTGTTATCCAAGGGATGTGCAAGGTTGGTAAGGTGGAAGATGCTTTTGATTTGT
TTTGTAGCCTTTTCTCCAAGGGAATGAAGCTTAATGTTGTGACGTACACTACAATGATAA
CGGGGTTTTGTAGGCGAGGGCTTATTCATGAAGCTGATGCGTTGTTTAGGAAAATGAAAG
AAGATGGGTTCTTACCAAACGAGCGTGTGTCTTAAGTAGGTGAACTCATGAGGAGTTAGA
GATACCATGATGCTTTTGATCTCAAGCATATGTGATGATGGTACAGTTGCAGTTTGGGGA
GAGGACACACAGGTTATAGTATATCATAGGTGCAATTAAGATTTTGCCATACCTTCGTCA
GCTACATAAGTTCTGTAATGATTCACGTACAAGGAGATGGCATCTTGACAGGTTTTGTTT
TTCGTTGAAGACTTGTTTCTATCTTCAAGATTCTGCATTATTGAAGTGGAATACTATTTT
CAAGAAATATAATCAATGTATAGATAGATAGTCTGAGAATGTATGTGTGTAGGACATGTA
AAGATTGGTCAAGAAGCTTGTTGAGCTTTGTTCTTATTGAATCTACTGGTCTAAAGGGAT
CTAGATTTTGTGAAGAAATCCTTGACTTTTAATGAATGTAAACTACTACATCAAGAGGGG
ATACAATAAACCGAAT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL6384Contig1 705 2 10 U
GGAAAAACCCCAACTTTTACTAAATCACAGCTCAAACACTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCT
AGCTCCGATGGGCTTTCCCGTAGGCTACACAGAGGTCTTCCTCCCGAAGCTCTTCGTACA
AACACTCTCAATACTCAGTTTCATCAGAACCCTCGTCTTCTCCCTCTTCAGCTTCTTGGG
CCTCTCCGACTGCCTCGAAACGGACCGAACCTGGCCCGACTACACGTCTTACCCGACCCG
AGTACCCGAACTCCGCTCTCCCTTCTCCGCCTTACTTATCCGCGAGATCTTACCAGTCAT
CAAGTTCGAAGACGTAACGAGCTCCTCCGGCGAAGATCTGCCGGAAAGCTGCGCCGTCTG
TCTCTACGAGTTCGAAGGAGAGCAAGAGATCCGACGGCTGAGAAACTGTCGGCATATATT
CCACCGGAGCTGTCTCGACCGTTGGATGGATCACGACCAGAAGACGTGTCCTCTTTGCAG
AACACCGTTTGTTCCAGAGGAGATGCAAGAAGAGTTTAATCAACGGTTATGGGCTGCTTC
TGGTGTTCCCGGGACGGAACTATAGAGATAATAAAGCTTTTGTGCCTCATGCTCCCCCCT
TGGGTCTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACTTTTCACCACTGTACTTTT
GATTTTGCGTTTTTTCACCCTTGCTAACATTAGATTTGCCACGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CD11TF U 1
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BS 552 552 RR1CD11JQ
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AGCTCCGATGGGCTTTCCCGTAGGCTACACAGAGGTCTTCCTCCCGAAGCTCTTCGTACA
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CCTCTCCGACTGCCTCGAAACGGACCGAACCTGGCCCGACTACACGTCTTACCCGACCCG
AGTACCCGAACTCCGCTCTCCCTTCTCCGCCTTACTTATCCGCGAGATCTTACCAGTCAT
CAAGTTCGAAGACGTAACGAGCTCCTCCGGCGAAGATCTGCCGGAAAGCTGCGCCGTCTG
TCTCTACGAGTTCGAAGGAGAGCAAGAGATCCGACGGCTGAGAAACTGTCGGCATATATT
CCACCGGAGCTGTCTCGACCGTTGGATGGATCACGACCAGAAGACGTGTCCTCTTTGCAG
AACACCGTTTGTTCCAGAGGAGATGCAAGAAGAGTTTAATCAACGGTTATGGGCTGCTTC
TGGTGTTCCCGTGACGGAACTATAGAGATAATAAAGCTTTTGTGCCTCATGCTCCCTCCT
TGTGTCTTTTT*GTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACTTTTCACCACTGTACTTTT
GATTTTGCGTTTTTT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1CD11JQ 345 0 0
TTTT
TACGAGTTCGAAGGAGAGCAAGAGATCCGACGGCTGAGAAACTGTCGGCATATATTCCCC
CGGAGCTGTTTCGACCGTTGGATGGATCACGACCAGAAGACGTGTCCTCTTTGCAGAACA
CCGTTTGTTCCAGAGGAGATGCAAGAAGAGTTTAATCAACGGTTATGGGCTGCTTTTGGT
GTTCCCGGGACGGAACTATAGAGATAATAAAGCTTTTGTGCCTCATGCTCCCCCCTTGGG
TCTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACTTTTCACCACTGTACTTTTGATT
TTGCGTTTTTTCACCCTTGCTAACATTAGATTTGCCACGCT

QA 5 345 5 345
DS 



AS 1 2

CO CL6385Contig1 1116 2 2 U
GGAGAGAGAAGAGAAGGGAATGTGTGTTTTGGTTTTGTAATCTCTCCCTTCTTCACTGAC
CAAAGGTTTGCCACAGACACGACACTTGTACACACAGAGAATCCAAGTTCCTTTCTTTCT
TCTCTTCGTCTGCTTCTTTAATCTCCAGTTTGTTCCTTTCTTAGTTATCTTGAATGCTGC
ATGCAACTTCCTACCCCACTGCCTTTGATTTATTAGACATCCTCTCTAGTTAGGTGTTTA
GATCGACCAGGGGTTTCTAATTTGCATATACATTGTTTTCGTTTCTCTCTTTTTCTAAAG
GTGGTTTACATGGGTTCTCTAAGAGGAAACGTTGAAGAGCCTATCCATCAGTCATTACCT
AGACAAAACTCTCTCTACAGCTTAAAGCTGCATGAGGTTCAAACCCACTTGAAGTTCCTC
AAAACCATTGGGAAGCATGAACCTTGACGAGCTTCTCAGGAGTGTCTGGTCTGCTGAAGC
TACTCAGCCACTAGAAGGAACAGAGGAAGGGATCACTCGTCAAGGAAGCTTGACCTTGCC
TCGAGGTCTCAGCAGAAAGACAGTTGAAGATGTTTGGAGAGACATTCAACAGGACAAGAA
CGGATGCAGTAGTAATAATCCTAACAAGCAGCCTACATTCGGTGAAATCACACTTGAGGA
TTTACTGTTAAAAGCTGGTGTAGTGACTGAGGCAATGACGGTCCCTCAGAATGTTGTCAA
CGTAGCTTCAAATGGGCAATGGGCTCAGTATCAACATCAGCCTCAGCATCAAGGGTTTAC
GCCGTATCCGGTTTGTGACATGCAAGAAATGGTGTTTCCGACGAGTTTCGTGATGGGTGG
ATTATCTGATACACCACCACAAGCGCATGGGAGGAAAAGAGTGGCTTCATCAGGAGGAGA
GTTCGTGGAGAGGATTGTAGAGAGGAAGCAGAAGAGGATGATCAAGAACAGAGAATCTGC
ATCACGTTCACGAGCCAGGAAACAGGCTTATACTCAAGAATTAGAGATCAAGGTTTCAAG
CTTAGAAGAAGAAAACCAAAAACTTCGGAGGCTAATGGAGGTGGAGAAGATCCTGCCAAG
TGAACCACCACCGGAACCTAAGTGGAAGCTCAGGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B055TF U 1
AF RR1B055JQ C 414
BS 1 691 RR1B055TF
BS 692 1116 RR1B055JQ

RD RR1B055TF 696 0 0
GGAGAGAGAAGAGAAGGGAATGTGTGTTTTGGTTTTGTAATCTCTCCCTTCTTCACTGAC
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TCTCTTCGTCTGCTTCTTTAATCTCCAGTTTGTTCCTTTCTTAGTTATCTTGAATGCTGC
ATGCAACTTCCTACCCCACTGCCTTTGATTTATTAGACATCCTCTCTAGTTAGGTGTTTA
GATCGACCAGGGGTTTCTAATTTGCATATACATTGTTTTCGTTTCTCTCTTTTTCTAAAG
GTGGTTTACATGGGTTCTCTAAGAGGAAACGTTGAAGAGCCTATCCATCAGTCATTACCT
AGACAAAACTCTCTCTACAGCTTAAAGCTGCATGAGGTTCAAACCCACTTGAAGTTCCTC
AAAACCATTGGGAAGCATGAACCTTGACGAGCTTCTCAGGAGTGTCTGGTCTGCTGAAGC
TACTCAGCCACTAGAAGGAACAGAGGAAGGGATCACTCGTCAAGGAAGCTTGACCTTGCC
TCGAGGTCTCAGCAGAAAGACAGTTGAAGATGTTTGGAGAGACATTCAACAGGACAAGAA
CGGATGCAGTAGTAATAATCCTAACAAGCAGCCTACATTCGGTGAAATCACACTTGAGGA
TTTACTGTTAAAAGCTGGTGTAGTGACTGAG
CAATG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1B055JQ 703 0 0
AG
TCCTCAAAACCATTGGGAAGCATGAACCTTGACGAGCTTCTCAGGAGTGTCTGGTCTGCT
GAAGCTACTCAGCCACTAGAAGGAACAGAGGAAGGGATCACTCGTCAAGGAAGCTTGACC
TTGCCTCGAGGTCTCAGCAGAAAGACAGTTGAAGATGTTTGGAGAGACATTCAACAGGAC
AAGAACGGATGCAGTAGTAATAATCCTAACAAGCAGCCTACATTCGGTGAAATCACACTT
GAGGATTTACTGTTAAAAGCTGGTGTAGTGACTGAGGCAATGACGGTCCCTCAGAATGTT
GTCAACGTAGCTTCAAATGGGCAATGGGCTCAGTATCAACATCAGCCTCAGCATCAAGGG
TTTACGCCGTATCCGGTTTGTGACATGCAAGAAATGGTGTTTCCGACGAGTTTCGTGATG
GGTGGATTATCTGATACACCACCACAAGCGCATGGGAGGAAAAGAGTGGCTTCATCAGGA
GGAGAGTTCGTGGAGAGGATTGTAGAGAGGAAGCAGAAGAGGATGATCAAGAACAGAGAA
TCTGCATCACGTTCACGAGCCAGGAAACAGGCTTATACTCAAGAATTAGAGATCAAGGTT
TCAAGCTTAGAAGAAGAAAACCAAAAACTTCGGAGGCTAATGGAGGTGGAGAAGATCCTG
CCAAGTGAACCACCACCGGAACCTAAGTGGAAGCTCAGGCG

QA 3 703 3 703
DS 



AS 1 2

CO CL6386Contig1 1344 2 2 U
AGAGGATCATAGCGAAAGGCCATTACACGGAGAGAGCAGCTGCGGATTTGTGCTGGCAGA
TGGTGATGGTTGTGCATAGCTGTCACTCTATGGGTGTGATGCACCGTGATTTGAAGCCTG
AGAACTTTCTCTTTCTGAGCAAAGACGAGAGCTCTCCGTTGAAAGCTACGGACTTTGGTC
TATCCGTCTTCTTTAAACCGGGAGATAAGTTTAAGGATCTTGTTGGAAGCGCGTACTATG
TTGCTCCGGAGGTTTTGAAACGGAACTATGGACCAGAGGCTGATATCTGGAGTGCTGGTG
TGATTCTTTATATCCTTATCAGCGGTGTCCCACCTTTTTGGGGAGAAAATGAGACAGGGA
TCTTTGATGCTATTCTAAAAGGAGAGCTTGATTTTTCAGCTGATCCGTGGCCGTCTGTGT
CTAGTGGTGCCAAAGATCTTGTGAGGAAAATGTTGAAGTATGACCCTAAAGACCGGCTTA
CAGCTAGTGAAATGCTAAACCATCCGTGGATTAAAGAAGACGGAGAGGCGTCAGACAAAC
CGCTTGACAATGCCGTGTTATCAAGGATGAAACAGTTCAGAGCGATGAACAAACTAAAGA
AGATGGCACTGAAGGTCATAGCAGAGAACCTATCTGAAGAAGAAATCATTGGTCTGAAAG
AGATGTTCAAAGCTCTAGACGTCGATAAAAACGGAATAGTCACCTTGGAGGAGTCGAGAA
CCGGTCTCCCAAAGCTTGGCAATAAGATCTCTGAGGCTGAAATCAAACAGTTGATGGAAG
CAGCTGATATGGATGGAGATGGATCGATTGACTACTTGGAGTTTATATCAGCGACAATGC
ATATGAACAGAATCGAACGTGAGGATCACTTGTACACTGCTTTCCAGTACTTCGACAAGG
ATAACAGCGGTTACATAACAATGGAAGAACTAGAGCAGGCCATGAAGAAATACAACATGG
GTGATGACAAATCCATCAAAGAGATCATTGCTGAAGTTGACACCGATCGTGACGGGAAAA
TAAACTACGAAGAGTTCGTAGCGATGATGAAGAAGGGAAATCCAGAACTGGTGACTAACC
GACGCAGAGTCAACATGTGAAACGAATGAACGTTGGAGACGGTGATAATAACCCACAACA
AGTCTCTTTCTCAATATGTTTCTCTCTGACGAGAGATCTTTTGATGTATCTTTTGTTTGC
TTTGCTTCTTCCCTCTTTACTGTAACTTAGCTTTGTTGGTTTTGTTACAATAATGTTGTT
TATTTCCCCCATTTTGCAAGATCTTCTTTTATCCCCACATTATTGGATTATAAAAAAAGC
CATTTGCAGGTTTGTCTCATGAGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC68TF U 1
AF RR1FC68JQ C 542
BS 1 690 RR1FC68TF
BS 691 1344 RR1FC68JQ

RD RR1FC68TF 690 0 0
AGAGGATCATAGCGAAAGGCCATTACACGGAGAGAGCAGCTGCGGATTTGTGCTGGCAGA
TGGTGATGGTTGTGCATAGCTGTCACTCTATGGGTGTGATGCACCGTGATTTGAAGCCTG
AGAACTTTCTCTTTCTGAGCAAAGACGAGAGCTCTCCGTTGAAAGCTACGGACTTTGGTC
TATCCGTCTTCTTTAAACCGGGAGATAAGTTTAAGGATCTTGTTGGAAGCGCGTACTATG
TTGCTCCGGAGGTTTTGAAACGGAACTATGGACCAGAGGCTGATATCTGGAGTGCTGGTG
TGATTCTTTATATCCTTATCAGCGGTGTCCCACCTTTTTGGGGAGAAAATGAGACAGGGA
TCTTTGATGCTATTCTAAAAGGAGAGCTTGATTTTTCAGCTGATCCGTGGCCGTCTGTGT
CTAGTGGTGCCAAAGATCTTGTGAGGAAAATGTTGAAGTATGACCCTAAAGACCGGCTTA
CAGCTAGTGAAATGCTAAACCATCCGTGGATTAAAGAAGACGGAGAGGCGTCAGACAAAC
CGCTTGACAATGCCGTGTTATCAAGGATGAAACAGTTCAGAGCGATGAACAAACTAAAGA
AGATGGCACTGAAGGTCATAGCAGAGAACCTATCTGAAGAAGAAATCATTGGTCTGAAAG
AGATGTTCAAAGCTCTAGACGTCGATAAAA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1FC68JQ 803 0 0
GCTTGACAATGCCGTGTTATCAAGGATGAAACAGTTCAGAGCGATGAACAAACTAAAGAA
GATGGCACTGAAGGTCATAGCAGAGAACCTATCTGAAGAAGAAATCATTGGTCTGAAAGA
GATGTTCAAAGCTCTAGACGTCGATAAAAACGGAATAGTCACCTTGGAGGAGTCGAGAAC
CGGTCTCCCAAAGCTTGGCAATAAGATCTCTGAGGCTGAAATCAAACAGTTGATGGAAGC
AGCTGATATGGATGGAGATGGATCGATTGACTACTTGGAGTTTATATCAGCGACAATGCA
TATGAACAGAATCGAACGTGAGGATCACTTGTACACTGCTTTCCAGTACTTCGACAAGGA
TAACAGCGGTTACATAACAATGGAAGAACTAGAGCAGGCCATGAAGAAATACAACATGGG
TGATGACAAATCCATCAAAGAGATCATTGCTGAAGTTGACACCGATCGTGACGGGAAAAT
AAACTACGAAGAGTTCGTAGCGATGATGAAGAAGGGAAATCCAGAACTGGTGACTAACCG
ACGCAGAGTCAACATGTGAAACGAATGAACGTTGGAGACGGTGATAATAACCCACAACAA
GTCTCTTTCTCAATATGTTTCTCTCTGACGAGAGATCTTTTGATGTATCTTTTGTTTGCT
TTGCTTCTTCCCTCTTTACTGTAACTTAGCTTTGTTGGTTTTGTTACAATAATGTTGTTT
ATTTCCCCCATTTTGCAAGATCTTCTTTTATCCCCACATTATTGGATTATAAAAAAAGCC
ATTTGCAGGTTTGTCTCATGAGG

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL6387Contig1 282 2 1 U
GGGCTGGACAAAGAAAGGCGTGCAGACTTCTTGAATATGATGAAGGGCTTTGTTGTTAAC
CAGGTTGGATATGCAGAGAAGAGGGCCAATGTGTGGGCAAAGGCTGCAGAGGAGACTAGT
CAATACAATAGAGTATGAAGATGGCCAATGCTTCATAGTGTCGGCTACTAGCATGTGCTT
TAACATCTTTCGTTCTTTTTAAATTAAAAAAAAACTATGATTGCCTTTGTGTGTGTATTA
CATCACTTGCCACAAAACATCATTAGCCATCTTTCACTTTCC


BQ
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AF RR1D741JQ C 1
AF RR1D741TF U 1
BS 1 282 RR1D741TF

RD RR1D741JQ 282 0 0
GGGCTGGACAAAGAAAGGCGTGCAGACTTCTTGAATATGATGAAGGGCTTTGTTGTTAAC
CAGGTTGGATATGCAGAGAAGAGGGCCAATGTGTGGGCAAAGGCTGCAGAGGAGACTAGT
CAATACAATAGAGTATGAAGATGGCCAATGCTTCATAGTGTCGGCTACTAGCATGTGCTT
TAACATCTTTCGTTCTTTTTAAATTAAAAAAAAACTATGATTGCCTTTGTGTGTGTATTA
CATCACTTGCCACAAAACATCATTAGCCATCTTTCACTTTCC

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR1D741TF 282 0 0
GGGCTGGACAAAGAAAGGCGTGCAGACTTCTTGAATATGATGAAGGGCTTTGTTGTTAAC
CAGGTTGGATATGCAGAGAAGAGGGCCAATGTGTGGGCAAAGGCTGCAGAGGAGACTAGT
CAATACAATAGAGTATGAAGATGGCCAATGCTTCATAGTGTCGGCTACTAGCATGTGCTT
TAACATCTTTCGTTCTTTTTAAATTAAAAAAAAACTATGATTGCCTTTGTGTGTGTATTA
CATCACTTGCCACAAAACATCATTAGCCATCTTTCACTTTCC

QA 1 282 1 282
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6389Contig1 595 2 3 U
GGGGATGGGCTGGAGTCATATGGTTATACAGTATCGTTACCTACATTCCTCTTGACATTC
TCAAGTTCACTATCCGTTACGCTCTCACTGGCAAGGCTTGGGATAATATGATCCAACAAA
AAACCGCCTTTACAACAAAGAAAGATTATGGCAGAGGAGAGAGGGAAGCTCAATGGGCAT
CAGCTCAGCGCACACTCCATGGCCTACCACCACCTGAAGCAATGTTCCATGACAAGAACC
ATGAGCTTTCTGAAATAGCAGAGCAGGCGAAGAGGCGTGCCGAAGTGGCTAGGCTGAGAG
AGCTTCACACTCTAAAGGGCCACGTTGAATCTGTAGTAAAGCTGAAGGGGCTTGACATTG
ATACCATTCAACAACACTACACTGTCTAGACATATCTTGTGTTCTACTTTCCATGAGTTT
TTTTTTTAAACACACTTTCCATGAGTTCAAATCAACAAAGTGAGCTATGTACTCCACATG
TATTGTTCTTAAACTATATGTAACAAAAAGAGAGAAAAAGAGAGAAACAAAAGAGATAAA
ATATGTTTTTCCGTTTGTTGAAATATAATAAAATAAAACCTGGTTACTTTAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EN73JQ C 1
AF RR1CV87TF U 367
BS 1 367 RR1EN73JQ
BS 368 590 RR1CV87TF
BS 591 595 RR1EN73JQ

RD RR1EN73JQ 595 0 0
GGGGATGGGCTGGAGTCATATGGTTATACAGTATCGTTACCTACATTCCTCTTGACATTC
TCAAGTTCACTATCCGTTACGCTCTCACTGGCAAGGCTTGGGATAATATGATCCAACAAA
AAACCGCCTTTACAACAAAGAAAGATTATGGCAGAGGAGAGAGGGAAGCTCAATGGGCAT
CAGCTCAGCGCACACTCCATGGCCTACCACCACCTGAAGCAATGTTCCATGACAAGAACC
ATGAGCTTTCTGAAATAGCAGAGCAGGCGAAGAGGCGTGCCGAAGTGGCTAGGCTGAGAG
AGCTTCACACTCTAAAGGGCCACGTTGAATCTGTAGTAAAGCTGAAGGGGCTTGACATTG
ATACCATTCAACAACACTACACTGTCTAGACATATCTTGTGTTCTACTTTCCATGAGTTT
TTTTTTTAAACACACTTTCCATGAGTTCAAATCAACAAAGTGAGCTATGTACTCCACATG
TATTGTTCTTAAACTATATGTAACAAAAAGAGAGAAAAAGAGAGAAACAAAAGAGATAAA
ATATGTTTTTCCGTTTGTTGAAATATAATAAAATAAAACCTGGTTACTTTAAAGC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1CV87TF 224 0 0
G
TCAACAACACTACACTGTCTAGACATATCTTGTGTTCTACTTTCCATGAGTTTTTTTTTT
AAACACACTTTCCATGAGTTCAAATCAACAAAGTGAGCTATGTACTCCACATGTATTGTT
CTTAAACTATATGTAACAAAAAGAGAGAAAAAGAGAGAAACAAAAGAGATAAAATATGTT
TTTCCGTTTGTTGAAATATAATAAAATAAAACCTGGTTACTTT

QA 2 224 2 224
DS 



AS 1 2

CO CL6390Contig1 643 2 3 U
GGAGGCAGCTTCAGAAGTTGATTGATCTTCGTGAGGTTCAAAATATAACCCACATGCCAT
TTGCGGAGCGTGAACTGATGCTCATCAAAGTAGCTGCTCATACTTCTGCAAGGAGAGATG
TTCTCGATATCGCTCAAGTGTTCCGAGCTAAAGCCATTGATGTCTCCGATCATACTATCA
CTCTCGAGGTTATAGGAGATATCAGAAAGATGGCTGCATTGCAAACGCAGTTAGAGGTCT
ACGGAATCTGCGAGGTGGCTAGGACAGGAAGAGTGGCATTGGTAAGAGAATCTGGAGTGG
ATTCGACTTACCTTCGTGGATACTCTCTTCCTTTGTAGTTCCCAAGAGAGGACTTGCCGC
AAGCTTTTCACCTGTTACTACTGGAAACTAGTCAAGAACTTGCACTATGTTTCATCATTG
TGTGAATGTGTATTATCTTAATGGCTCATGGCTTCGCTTCCGAGTTGTTTGTTGTTAGAG
GACTGATGTTAGAGAAGTGAAACAAATAATGTGGAAGACTATGTTTGTTTTTAGTCAATT
AGTCATCACTGCTTTTCTCAAATGTTAGAAACACTTTCTCTAGTTTTTTAATATAATCAC
TAGATTTTGACCCGCGTTTTTAAGCGCGGATTTATGTTTGGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1H238TF U 369
AF RR1EB78TF U 1
BS 1 481 RR1EB78TF
BS 482 482 RR1H238TF
BS 483 643 RR1EB78TF

RD RR1H238TF 241 0 0
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TGTATTATCTTAATGGCTCATGGCTTCTCTTCCGAGTTGTTTGTTGTTAGAGGACTGATG
TTAGAGAAGTGAAACAAATAATGTGGAAGACTATGTTTGTTTTTAGTCAATTAGTCATCA
CTGCTTTTCTCAAATGTTAGAAACACTTTCTCTAGTTTTTTAATATAATCA
TTAAGCTCTT

QA 1 231 1 231
DS 

RD RR1EB78TF 643 0 0
GGAGGCAGCTTCAGAAGTTGATTGATCTTCGTGAGGTTCAAAATATAACCCACATGCCAT
TTGCGGAGCGTGAACTGATGCTCATCAAAGTAGCTGCTCATACTTCTGCAAGGAGAGATG
TTCTCGATATCGCTCAAGTGTTCCGAGCTAAAGCCATTGATGTCTCCGATCATACTATCA
CTCTCGAGGTTATAGGAGATATCAGAAAGATGGCTGCATTGCAAACGCAGTTAGAGGTCT
ACGGAATCTGCGAGGTGGCTAGGACAGGAAGAGTGGCATTGGTAAGAGAATCTGGAGTGG
ATTCGACTTACCTTCGTGGATACTCTCTTCCTTTGTAGTTCCCAAGAGAGGACTTGCCGC
AAGCTTTTCACCTGTTACTACTGGAAACTAGTCAAGAACTTGCACTATGTTTCATCATTG
TGTGAATGTGTATTATCTTAATGGCTCATGGCTTCGCTTCCGAGTTGTTTGTTGTTAGAG
G*CTGATGTTAGAGAAGTGAAACAAATAATGTGGAAGACTATGTTTGTTTTTAGTCAATT
AGTCATCACTGCTTTTCTCAAATGTTAGAAACACTTTCTCTAGTTTTTTAATATAATCAC
TAGATTTTGACCCGCGTTTTTAAGCGCGGATTTATGTTTGGTG

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

CO CL6391Contig1 1355 2 6 U
ACAACCAAGGACTCTTCACCGGCGTCGCCGGTCTTCTGCCCGACAAGCTCTCTTTCCCGT
CGCAGACGGTGACGACCTACAACAAGATCTCTCCCACTGCCTCCCTTCCTCGGCTAGCTA
CACCGGACATCTCACCTTCGGAACCGCCGGAATCTCCAGATCCGTCAAGTTCACCCCGAT
CTCCACGATCACCGACGCCACATCCTTCTACGGCCTCGACATCGTCGGAATCACCGTCGG
CGGTCAGAAACTAGCGATTCCTCCGACCGTGTTCTCTACTCCGGGAGCTCTGATCGACTC
CGATTCCTTCCAGAATTACACAAGAAACACACCTAGAATTGCCAAAGCTCGAGCTGCAGC
TTTATTGACTCGTGGTTCAGGTGTGACAGTCAACTTTGAGAGCCCTTGAAGAGGCTAAGA
ATGAGAGACTCTGGTTCAAGACGAATCTAAACCTCTGCAACATCTGGTTTGACATTGGTG
AATACAGACGAATGACTAAGGAACTACATAAATCTTGTCAAAAGGAAGATGGAACTGATG
ATCAGAAGCAGGGAAGTCAGCTGCTTGAGGTGTATGCTATTGAAATTCAGATCTAAACTG
AAACAAAGGACAACAAAAAGCTTAAGCAACTGTACCAGAAAGCACTTGCTATCAAATCTG
CTATACCTCATCCTAGGATCATGGGCATAATCCGCGAGTGTGGTGGCAAAATGCACTTGG
CAGAACGTCAGTGTGCAGAAGTGGCCACAGCCTTCTTTGTGGCTTTCAAAAATTATGATG
AAGCTGGCAACCAAAGGCTTATTCAGTGCTTAAAAAGTGAATCCATTTGACGGTCAAGAG
ACAAAGCCGTAAGTCAATTTCCCGAAAGTATGGCTGTATTCTACAGGTACAAAAACGAAT
CTGATAGCAGCATATCAACGAAACGAAATTATAGAGTTTGAGAAAATACTAAAGAATAAC
CGGAGGACGATAATGGATGATCCAGTCATCAGAAACTACATGGAAGATCTGCTGAAGAAG
GTGAGGACACAGATTTTGCTGAAGCTGATAAAGCCGTACACAAAGAAAATTTGGGAAGGT
CTTGGAAGGAGAAGTGGAGATGTGTCGGAAGATTGCACAAGAGATGGGTGTTTTAGTGGA
TTCAATGTATACTTTAGCTGCATGGGAGAGAGCAACAGAGCTTGTGCATGAGAATGGTAA
TTCGAGTATTGTAGTGATGCTTCACATCGGAGCACTCTTGGGATGTATGGTCTTGCTCAA
AGCTACAAATCTTTCTTCTCCAACTAGAATGATTAGGATTTTTTGTAGCATACCATTCCC
AAGACTTGAATAGACATCAATCTAAATATTTGGTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GM18TF U 1
AF RR1GM18JQ C 536
BS 1 675 RR1GM18TF
BS 676 676 RR1GM18JQ
BS 677 710 RR1GM18TF
BS 711 711 RR1GM18JQ
BS 712 766 RR1GM18TF
BS 767 1355 RR1GM18JQ

RD RR1GM18TF 766 0 0
ACAACCAAGGACTCTTCACCGGCGTCGCCGGTCTTCTGCCCGACAAGCTCTCTTTCCCGT
CGCAGACGGTGACGACCTACAACAAGATCTCTCCCACTGCCTCCCTTCCTCGGCTAGCTA
CACCGGACATCTCACCTTCGGAACCGCCGGAATCTCCAGATCCGTCAAGTTCACCCCGAT
CTCCACGATCACCGACGCCACATCCTTCTACGGCCTCGACATCGTCGGAATCACCGTCGG
CGGTCAGAAACTAGCGATTCCTCCGACCGTGTTCTCTACTCCGGGAGCTCTGATCGACTC
CGATTCCTTCCAGAATTACACAAGAAACACACCTAGAATTGCCAAAGCTCGAGCTGCAGC
TTTATTGACTCGTGGTTCAGGTGTGACAGTCAACTTTGAGAGCCCTTGAAGAGGCTAAGA
ATGAGAGACTCTGGTTCAAGACGAATCTAAACCTCTGCAACATCTGGTTTGACATTGGTG
AATACAGACGAATGACTAAGGAACTACATAAATCTTGTCAAAAGGAAGATGGAACTGATG
ATCAGAAGCAGGGAAGTCAGCTGCTTGAGGTGTATGCTATTGAAATTCAGATCTAAACTG
AAACAAAGGACAACAAAAAGCTTAAGCAACTGTACCAGAAAGCACTTGCTATCAAATCTG
CTATACCTCATCCTATGATCATGGGCATAATCCGCGAGTGTGGTGGCAAA*TGCACTTGG
CAGAACGTCAGTGTGCAGAAGTGGCCACAGCCTTCTTTGTGGCTTT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1GM18JQ 820 0 0
TGATGATCAGAAGCAGGGAAGTCAGCTGCTTGAGGTGTATGCTATTGAAATTCAGATCTA
AACTGAAACAAAGGACAACAAAAAGCTTAAGCAACTGTACCAGAAAGCACTTGCTATCAA
ATCTGCTATACCTCATCCTAGGATCATGGGCATAATCCGCGAGTGTGGTGGCAAAATGCA
CTTGGCAGAACGTCAGTGTGCAGAAGTGGCCACAGCCTTCTTTGTGGCTTTCAAAAATTA
TGATGAAGCTGGCAACCAAAGGCTTATTCAGTGCTTAAAAAGTGAATCCATTTGACGGTC
AAGAGACAAAGCCGTAAGTCAATTTCCCGAAAGTATGGCTGTATTCTACAGGTACAAAAA
CGAATCTGATAGCAGCATATCAACGAAACGAAATTATAGAGTTTGAGAAAATACTAAAGA
ATAACCGGAGGACGATAATGGATGATCCAGTCATCAGAAACTACATGGAAGATCTGCTGA
AGAAGGTGAGGACACAGATTTTGCTGAAGCTGATAAAGCCGTACACAAAGAAAATTTGGG
AAGGTCTTGGAAGGAGAAGTGGAGATGTGTCGGAAGATTGCACAAGAGATGGGTGTTTTA
GTGGATTCAATGTATACTTTAGCTGCATGGGAGAGAGCAACAGAGCTTGTGCATGAGAAT
GGTAATTCGAGTATTGTAGTGATGCTTCACATCGGAGCACTCTTGGGATGTATGGTCTTG
CTCAAAGCTACAAATCTTTCTTCTCCAACTAGAATGATTAGGATTTTTTGTAGCATACCA
TTCCCAAGACTTGAATAGACATCAATCTAAATATTTGGTG

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL6392Contig1 464 2 2 U
GGGCCACTGTTTGATCAGAGTTCTGGGTTTGGTGGGGTTGAGATGGGAAACAGAGAGTCG
TTAAGTTTGAGGCAGTTTCTATCACCGGGGGATATGGGAGAGCATTCAAGAGCAAGCGTA
GAGCCTTCATCGAGTTTGTCTATTGGCATTGGTGGGAAGCGGAAAGAGCCGGATACACCA
CGTTGGGAGTTCCCTCCTCCGTGGAGGTGAGTGGAGATTGGGTTCTTCAATAGGTTGATG
GATTGGTCAAAGAATGACAGATGTGTTGGGAGGTAACTTATAATTTGTCTTGATGAACTT
TCTCTTTCTTTTTCTTTTTTTTTCCCATCAGTTTTCCCCGTTCATTCAGGTTTTTATTTG
ATAACATATATAGGTGGATTAGTTCAAACATTGGTATATGTCAAACTTTTTGTTAACCTT
GTTGGGTATTTTCTCCATAAAATAAAATTTATATAGTTTTTAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BG77JQ C 1
AF RR1BG77TF U 1
BS 1 440 RR1BG77TF
BS 441 464 RR1BG77JQ

RD RR1BG77JQ 464 0 0
GGGCCACTGTTTGATCAGAGTTCTGGGTTTGGTGGGGTTGAGATGGGAAACAGAGAGTCG
TTAAGTTTGAGGCAGTTTCTATCACCGGGGGATATGGGAGAGCATTCAAGAGCAAGCGTA
GAGCCTTCATCGAGTTTGTCTATTGGCATTGGTGGGAAGCGGAAAGAGCCGGATACACCA
CGTTGGGAGTTCCCTCCTCCGTGGAGGTGAGTGGAGATTGGGTTCTTCAATAGGTTGATG
GATTGGTCAGAGAATGACAGATGTGTTGGGAGGTAACTTATAATTTGTCTTGATGAACTT
TCTCTTTCTTTTTCTTTTTTTTTCCCATCAGTTTTCCCCGTTCATTCAGGTTTTTATTTG
ATAACATATATAGGTGGATTAGTTCAAACATTGGTATATGTCAAACTTTTTGTTAACCTT
GTTGGGTATTTTCTCCATAAAATAAAATTTATATAGTTTTTAGG

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1BG77TF 440 0 0
GGGCCACTGTTTGATCAGAGTTCTGGGTTTGGTGGGGTTGAGATGGGAAACAGAGAGTCG
TTAAGTTTGAGGCAGTTTCTATCACCGGGGGATATGGGAGAGCATTCAAGAGCAAGCGTA
GAGCCTTCATCGAGTTTGTCTATTGGCATTGGTGGGAAGCGGAAAGAGCCGGATACACCA
CGTTGGGAGTTCCCTCCTCCGTGGAGGTGAGTGGAGATTGGGTTCTTCAATAGGTTGATG
GATTGGTCAAAGAATGACAGATGTGTTGGGAGGTAACTTATAATTTGTCTTGATGAACTT
TCTCTTTCTTTTTCTTTTTTTTTCCCATCAGTTTTCCCCGTTCATTCAGGTTTTTATTTG
ATAACATATATAGGTGGATTAGTTCAAACATTGGTATATGTCAAACTTTTTGTTAACCTT
GTTGGGTATTTTCTCCATAA

QA 1 440 1 440
DS 



AS 1 2

CO CL6393Contig1 1239 2 2 U
GATTCACTTCACAAATCCCACCAGAATCTCAAAATTACACTGCGGCGGCGGCGGACGGAA
AGAGGAGGAAGATTCAAATCCCGCGAGCAATGGAGTCCACCGAGTCATACGCCCCCTCGG
AAGAGCTGACCAACAACAGATCCCCAGAGCCTTCGGAATCTGACTCTGCGGAGAAGCCAA
CGCACATTCGGTTTCTGGTATCGAATGCGGCGGCTGGCTCCGTCATTGGTAAAGGAGGCT
CCACCATCACTGAGTTCCAGGCCAAGTCCGGGGCGAGGATCCAGCTCTCGCGTAACCAGG
AGTTTTTCCCTGGGACGACTGATAGGATTATTATGGTATCTGGCTCCGTTAAAGAAGTTG
TCACTGGACTCGAACTTATCCTTGATAAATTGCACAGTGAGCTTCATGCTGAAGATGGTA
GTGATGTTGAGCCTAGGAGAAGGCTAAGACTTGTGGTTCCTAACAGTTCTTGTGGAGGCA
TTATTGGTAAAGGAGGGGCCACCATCAAGTCATTTATTGAGGAATCTAAAGCTGGTATTA
AGATATCCCCTCTGGATAATACCTACTATGGGTTGAGTGATAGGCTAGTCACATTATCTG
GGACCTTCGAGGAGCAGATGCGGGCTATTGATTTGATTTTGACTAAGCTTACCGAGGACG
ATCATTACTCCCAGAATGTGCATTCCCCATATTCATACGCAGCAACGGCGGGATACAATT
CAGTTAACTACGCACCCAACGGTCCTGGAGGCAAGTATCAAAACCACAAGGAAGAAGCTA
GTACCACGGTGACAATTGGTGTGTCGGATGAGCATATAGGATTGGTCCTTGGCCGTGGAG
GAAGAAACATCATGGAAATCACTCAGATGACCGGTGCTCGAATAAAAATATCAGACCGAG
GCGATTTCATGTCTGGAACCACTGATAGGAAAGTGAGTATCACAGGGTCACAGAGAGCAA
TCCAACAAGCTGAGACAATGATAAAACAGAAAGTCGATTCAGCATCAGAGAGAGCCACTG
AATAGAAACCTATTCTTGGTTTCTATCTCTGGTTCTGTTTTATTTATTGGTTGAGACTTG
AGAGGCTTAAGCTTTCAGATGAAGATCACAAATCATCTTTCTTCTTTCGTTTTTCTTATT
TTGGGTCTTGTTGACATTATACAATGTTTGGAGTTAGAAATACTATTTTCATTTGTATTT
TTTGATAACTTTATATCAATTTGTTGAAGTTTTGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB18TF U 1
AF RR1EB18JQ C 518
BS 1 684 RR1EB18TF
BS 685 1239 RR1EB18JQ

RD RR1EB18TF 684 0 0
GATTCACTTCACAAATCCCACCAGAATCTCAAAATTACACTGCGGCGGCGGCGGACGGAA
AGAGGAGGAAGATTCAAATCCCGCGAGCAATGGAGTCCACCGAGTCATACGCCCCCTCGG
AAGAGCTGACCAACAACAGATCCCCAGAGCCTTCGGAATCTGACTCTGCGGAGAAGCCAA
CGCACATTCGGTTTCTGGTATCGAATGCGGCGGCTGGCTCCGTCATTGGTAAAGGAGGCT
CCACCATCACTGAGTTCCAGGCCAAGTCCGGGGCGAGGATCCAGCTCTCGCGTAACCAGG
AGTTTTTCCCTGGGACGACTGATAGGATTATTATGGTATCTGGCTCCGTTAAAGAAGTTG
TCACTGGACTCGAACTTATCCTTGATAAATTGCACAGTGAGCTTCATGCTGAAGATGGTA
GTGATGTTGAGCCTAGGAGAAGGCTAAGACTTGTGGTTCCTAACAGTTCTTGTGGAGGCA
TTATTGGTAAAGGAGGGGCCACCATCAAGTCATTTATTGAGGAATCTAAAGCTGGTATTA
AGATATCCCCTCTGGATAATACCTACTATGGGTTGAGTGATAGGCTAGTCACATTATCTG
GGACCTTCGAGGAGCAGATGCGGGCTATTGATTTGATTTTGACTAAGCTTACCGAGGACG
ATCATTACTCCCAGAATGTGCATT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1EB18JQ 722 0 0
TGAGGAATCTAAAGCTGGTATTAAGATATCCC*TCTGGATAATAC*TACTATGGGTTGAG
TGATAGGCTAGTCACATTATCTGGGACCTTCGAGGAGCAGATGCGGGCTATTGATTTGAT
TTTGACTAAGCTTACCGAGGACGATCATTACTCCCAGAATGTGCATTCCCCATATTCATA
CGCAGCAACGGCGGGATACAATTCAGTTAACTACGCACCCAACGGTCCTGGAGGCAAGTA
TCAAAACCACAAGGAAGAAGCTAGTACCACGGTGACAATTGGTGTGTCGGATGAGCATAT
AGGATTGGTCCTTGGCCGTGGAGGAAGAAACATCATGGAAATCACTCAGATGACCGGTGC
TCGAATAAAAATATCAGACCGAGGCGATTTCATGTCTGGAACCACTGATAGGAAAGTGAG
TATCACAGGGTCACAGAGAGCAATCCAACAAGCTGAGACAATGATAAAACAGAAAGTCGA
TTCAGCATCAGAGAGAGCCACTGAATAGAAACCTATTCTTGGTTTCTATCTCTGGTTCTG
TTTTATTTATTGGTTGAGACTTGAGAGGCTTAAGCTTTCAGATGAAGATCACAAATCATC
TTTCTTCTTTCGTTTTTCTTATTTTGGGTCTTGTTGACATTATACAATGTTTGGAGTTAG
AAATACTATTTTCATTTGTATTTTTTGATAACTTTATATCAATTTGTTGAAGTTTTGTCT
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL6394Contig1 978 2 2 U
GCAAAGATGAGAAGCTTCTTGTCTTCGATTTCATGCCCAATGGGAGCTTGTCTGCTCTTC
TCCACGGGAGCCGTGGCTCGGGGCGAACACCGTTAGATTGGGATAACCGTATGAGAATAG
CAATAACAGCAGCAAGAGGTTTGACTCATCTTCATGTTTCAGCCAAATTGGTCATGGAAA
CATCAAAGCCTCAAACATACTCCTACACCCAAACCAAGACACATGCGTCTCTGACTATGG
ACTTAACCAACTCTTCAGCAACTCTACTCCCCCAAACCGTTTGGCGGGTTACCATGCTCC
CGAAGTTCTCGAGACTCGGAAAGTAACTTTCAAATCTGACGTGTACAGTTTTGGGGTGTT
ACTGCTTGAGCTGTTGACCGGTAAATCGCCAAACCAGGCATCGCTTGGAGAAGAAGGAAT
TGATCTACCTCGTTGGGTGCTTTCCGTGGTTAGAGAGGAATGGACCGCTGAAGTTTTCGA
CGTTGAGCTGATGCGATACCACAACATAGAGGAAGAGATGGTTCAGCTTCTTCAAATCGC
AATGGCGTGTGTCTCTACGGTTCCTGATCAACGACCGGTGATGCAGGAAGTGCTGAGAAT
GATCGAGGATGTGAACAGAAGTGAGACTACCGATGACGGGTTAAGACAATCGTCTGATGA
CCCGTCAAAAGGATCAGAGGGTCAGACTCCTCCAGGGGAGTCAAGGACGCCGCCACGTTT
TGTCACGCCTTAGTAAATTAAAGCAGCTTTAGTTTTTTTTGTGTGTGTTCACTTTCTCCT
TAAAAGGAGATGAAGAAAAATGAGGTTTAGTGTGTGAGGGTCTTTGTTGGGTTACGGTAA
AGCAAAAAAAGACACGACTATTTTGGCATTTGGACCAAGTTTTAAAAGATGGCATCTCCC
ATTTATTTTTTTTTATTTTTTTTTAACGCATTCAAGATGTTTTAAGGGTTTGTTTAATTT
TATTTGAATATTGTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN96TF U 1
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BS 677 978 RR1AN96JQ

RD RR1AN96TF 676 0 0
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CATCAAAGCCTCAAACATACTCCTACACCCAAACCAAGACACATGCGTCTCTGACTATGG
ACTTAACCAACTCTTCAGCAACTCTACTCCCCCAAACCGTTTGGCGGGTTACCATGCTCC
CGAAGTTCTCGAGACTCGGAAAGTAACTTTCAAATCTGACGTGTACAGTTTTGGGGTGTT
ACTGCTTGAGCTGTTGACCGGTAAATCGCCAAACCAGGCATCGCTTGGAGAAGAAGGAAT
TGATCTACCTCGTTGGGTGCTTTCCGTGGTTAGAGAGGAATGGACCGCTGAAGTTTTCGA
CGTTGAGCTGATGCGATACCACAACATAGAGGAAGAGATGGTTCAGCTTCTTCAAATCGC
AATGGCGTGTGTCTCTACGGTTCCTGATCAACGACCGGTGATGCAGGAAGTGCTGAGAAT
GATCGAGGATGTGAACAGAAGTGAGACTACCGATGACGGGTTAAGACAATCGTCTGATGA
CCCGTCAAAAGGATCA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1AN96JQ 719 0 0
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AAAGTAACTTTCAAATCTGACGTGTACAGTTTTGGGGTGTTACTGCTTGAGCTGTTGACC
GGTAAATCGCCAAACCAGGCATCGCTTGGAGAAGAAGGAATTGATCTACCTCGTTGGGTG
CTTTCCGTGGTTAGAGAGGAATGGACCGCTGAAGTTTTTGACGTTGAGCTGATGCGATAC
CACAACATAGAGGAAGAGATGGTTCAGCTTTTTCAAATCGCAATGGCGTGTGTCTTTACG
GTTCCTGATCAACGACCGGTGATGCAGGAAGTGCTGAGAATGATCGAGGATGTGAACAGA
AGTGAGACTACCGATGACGGGTTAAGACAATCGTTTGATGACCCGTCAAAAGGATCAGAG
GGTCAGACTCCTCCAGGGGAGTCAAGGACGCCGCCACGTTTTGTCACGCCTTAGTAAATT
AAAGCAGCTTTAGTTTTTTTTGTGTGTGTTCACTTTCTCCTTAAAAGGAGATGAAGAAAA
ATGAGGTTTAGTGTGTGAGGGTCTTTGTTGGGTTACGGTAAAGCAAAAAAAGACACGACT
ATTTTGGCATTTGGACCAAGTTTTAAAAGATGGCATCTCCCATTTATTTTTTTTTATTTT
TTTTTAACGCATTCAAGATGTTTTAAGGGTTTGTTTAATTTTATTTGAATATTGTGTTG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

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GAATGGAGACGAACAAGAACAAGTTCATCGAGGATTGGGGATCCGCTAGGGAGAATCTCG
AGCACAACTTCCGATGGACACGTCGCAACTTCGCTCTCATCGGAATCTTCGGCATCGCCC
TCCCCATCATCGTCTACAAGGGCATCGTCAAAGATTTCCATATGCAAGACGAAGATGCAG
GCAGACCACACAGGAAGTTCCTATGAGCTTGTTTGCGACAACACTCTCTTCTGCAAAATG
TCTCAGCTCTGAAGTTTTCAAGAAGCTGATGCTAGAACTCTCCTTTCTTTCTTTTTTTTT
GCATTTTATTCAGAATAAAGAACATCTGTTGAAGGATTGTAATTGCTGTTTCGAAAAGTT
TGTTTTGATTGGCAAATAAAAAAACTCAAGTTCGCCCATTTTGACACTAGTTTTGTGCTT
AATGTTAAAACTTGTGGAGTATGCAACATCTTGCAAGTTATTGAGAGCTTTGAGGCAGAC
ACC


BQ
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10 10 10 

AF RR1GY79TF U 1
AF RR1GO87TF U 18
BS 1 124 RR1GY79TF
BS 125 125 RR1GO87TF
BS 126 457 RR1GY79TF
BS 458 543 RR1GO87TF

RD RR1GY79TF 457 0 0
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GAATGGAGACGAACAAGAACAAGTTCATCGAGGATTGGGGATCCGCTAGGGAGAATCTCG
AGCATAACTTCCGATGGACACGTCGCAACTTCGCTCTCATCGGAATCTTCGGCATCGCCC
TCCCCATCATCGTCTACAAGGGCATCGTCAAAGATTTCCATATGCAAGACGAAGATGCAG
GCAGACCACACAGGAAGTTCCTATGAGCTTGTTTGCGACAACACTCTCTTCTGCAAAATG
TCTCAGCTCTGAAGTTTTCAAGAAGCTGATGCTAGAACTCTCCTTTCTTTCTTTTTTTTT
GCATTTTATTCAGAATAAAGAACATCTGTTGAAGGATTGTAATTGCTGTTTCGAAAAGTT
TGTTTTGATTGGCAAATAAAAAAACTCAAGTTCGCCC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1GO87TF 526 0 0
G
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ACAAGTTCATCGAGGATTGGGGATCCGCTAGGGAGAATCTCGAGCACAACTTCCGATGGA
CACGTCGCAACTTCGCTCTCATCGGAATCTTCGGCATCGCCCTCCCCATCATCGTCTACA
AGGGCATCGTCAAAGATTTCCATATGCAAGACGAAGATGCAGGCAGACCACACAGGAAGT
TCCTATGAGCTTGTTTGCGACAACACTCTCTTCTGCAAAATGTCTCAGCTCTGAAGTTTT
CAAGAAGCTGATGCTAGAACTCTCCTTTCTTTCTTTTTTTTTGCATTTTATTCAGAATAA
AGAACATCTGTTGAAGGATTGTAATTGCTGTTTCGAAAAGTTTGTTTTGATTGGCAAATA
AAAAAACTCAAGTTCGCCCATTTTGACACTAGTTTTGTGCTTAATGTTAAAACTTGTGGA
GTATGCAACATCTTGCAAGTTATTGAGAGCTTTGAGGCAGACACC

QA 2 526 2 526
DS 



AS 1 2

CO CL6396Contig1 1050 2 2 U
GGATTCATCGTTCATCTCTCTCCGTTTAGAAACCAAAAAATGATGCGGAACATTGGCGTC
CACGTTAAAACCCTAACCCCTTCCGTCCGCACGATCCTCTCCTCGATCTTCACTCCTAAG
CAGAAACCGCCTTCGCTTCCGCTTCCCTTGTACTTCTCCTCGCGCTCGTCGTCGTCGTCG
TCACTCGCTTCACCTCGTTTCTTCTCCAATGCGGTAGCGGTCTCCAGTTCTCCGATCCAC
GGCGGTTTACGAAGAAGCTTCGGGTCCCTCTTCGCCGTGAGGGTGGCTTTTTCTTCCTCC
ACAGCCGCTTCGCTTCAGCCGCAGCAGCAGGATCAGAATCAGCAGCAACCAGTGGGGGAG
TGTGGTGAAAAGGTCCCGACTTTGGAGGTTGCTGATGGGAATTACGGCGGATTAGAGGAG
GAAACGAAGCTTTCTCTTCCTGTCCGAGCTTATTTTTTCTCCACTAGCGTTGATTTGAAA
GGCTTAGTTGAGCAAAACAATCACAACTTCATCCCGCCCACTTCGCGTATGACTAACTAT
GTTGTTCTTAAGTTCGGCAACCATACTGATCCCACTGGTACCGGTGGTTGTATAAGTGGG
AGCGAGTGCATTTACATGGTGGTGTTCCAGTATGGATCGATTGTCTTGTTTAATGTACGG
GAACACGAGGTTGATGAGTATCTTAGGGATGGATTTGAATTGACACAGAGGTTTGCAAGC
CTTGATTTTAAGCTCAAGTTTGTAGAGCACAACATTCGTTTTCTTCAGGAGATACTTCAG
AACAGGAAATCAGATTTTCTAGAGTGGCTAATCATTATCCTGATCAGTGCTGAAATCGCT
ATTTCATTGTACGATATGGTCCGAAGATCCTTGTGACCACATCCTCCTCTGCTATTCTTT
AAAGCATATTTCTTCCTTGTGGTGACAAGTAAAAACACACTCTCTTTTGTTTTCACGCTG
TAAAGTGATAGGAAAGCTCATAAAATCATAATTTTAGGACTGAGTTTCGTACTATTCTCC
TCCTTATTCACTGCTTATCTGCAGTCAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A707TF U 1
AF RR1A707JQ C 293
BS 1 665 RR1A707TF
BS 666 1050 RR1A707JQ

RD RR1A707TF 665 0 0
GGATTCATCGTTCATCTCTCTCCGTTTAGAAACCAAAAAATGATGCGGAACATTGGCGTC
CACGTTAAAACCCTAACCCCTTCCGTCCGCACGATCCTCTCCTCGATCTTCACTCCTAAG
CAGAAACCGCCTTCGCTTCCGCTTCCCTTGTACTTCTCCTCGCGCTCGTCGTCGTCGTCG
TCACTCGCTTCACCTCGTTTCTTCTCCAATGCGGTAGCGGTCTCCAGTTCTCCGATCCAC
GGCGGTTTACGAAGAAGCTTCGGGTCCCTCTTCGCCGTGAGGGTGGCTTTTTCTTCCTCC
ACAGCCGCTTCGCTTCAGCCGCAGCAGCAGGATCAGAATCAGCAGCAACCAGTGGGGGAG
TGTGGTGAAAAGGTCCCGACTTTGGAGGTTGCTGATGGGAATTACGGCGGATTAGAGGAG
GAAACGAAGCTTTCTCTTCCTGTCCGAGCTTATTTTTTCTCCACTAGCGTTGATTTGAAA
GGCTTAGTTGAGCAAAACAATCACAACTTCATCCCGCCCACTTCGCGTATGACTAACTAT
GTTGTTCTTAAGTTCGGCAACCATACTGATCCCACTGGTACCGGTGGTTGTATAAGTGGG
AGCGAGTGCATTTACATGGTGGTGTTCCAGTATGGATCGATTGTCTTGTTTAATGTACGG
GAACA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1A707JQ 758 0 0
CTTCCTCCACAGCCGCTTCGCTTCAGCCGCAGCAGCAGGATCAGAATCAGCAGCAACCAG
TGGGGGAGTGTGGTGAAAAGGTCCCGACTTTGGAGGTTGCTGATGGGAATTACGGCGGAT
TAGAGGAGGAAACGAAGCTTTCTCTTCCTGTCCGAGCTTATTTTTTCTCCACTAGCGTTG
ATTTGAAAGGCTTAGTTGAGCAAAACAATCACAACTTCATCCCGCCCACTTCGCGTATGA
CTAACTATGTTGTTCTTAAGTTCGGCAACCATACTGATCCCACTGGTACCGGTGGTTGTA
TAAGTGGGAGCGAGTGCATTTACATGGTGGTGTTCCAGTATGGATCGATTGTCTTGTTTA
ATGTACGGGAACACGAGGTTGATGAGTATCTTAGGGATGGATTTGAATTGACACAGAGGT
TTGCAAGCCTTGATTTTAAGCTCAAGTTTGTAGAGCACAACATTCGTTTTCTTCAGGAGA
TACTTCAGAACAGGAAATCAGATTTTCTAGAGTGGCTAATCATTATCCTGATCAGTGCTG
AAATCGCTATTTCATTGTACGATATGGTCCGAAGATCCTTGTGACCACATCCTCCTCTGC
TATTCTTTAAAGCATATTTCTTCCTTGTGGTGACAAGTAAAAACACACTCTCTTTTGTTT
TCACGCTGTAAAGTGATAGGAAAGCTCATAAAATCATAATTTTAGGACTGAGTTTCGTAC
TATTCTCCTCCTTATTCACTGCTTATCTGCAGTCAAAC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL6397Contig1 1017 2 2 U
GGATGAGAAAAAAAGATGGAAACTTTGCGGGAAAATCAAGAAAAATTTCCGGGAAAATTA
ATTTACCTTTGAGAAACTTGGTGATGGAGAAGCAGTGGGAAGTGGGTTCTCCTTGGATTT
AGCTTTCGTCACAGATTTTCTCTTCCGGGGAAATTCTCCGGCGGGAACCATCGGAGAAAC
AAGGCCGTTAAGAGCAGGTGTGCTGACGACACGTGTCAGCTTCCCGGAGTTTACGATCTT
GCCGTTGTTAACAAGGAGAGTTGGATTAGTTCTGCCGTTGAAACTCCGGCTACCGAAGCA
AGAGAATCTCGCCGCCCTCTCCGCGAACCCCGGATCACCTGAGAATTCCGTCAACGGCGT
CGTTCTGTTGATCATCGGCGGTGGAGAACTCATCGGAGTCGCGGAGCTGTTACCGAGCTT
TCCGATGAGTTCTCTGATAATGAAGCCGTCACCTCCTCCTCCGCAGCCGGAGAAGTTTGA
GTTCGACGGCGTAGGGGAGGAGACTAGAGAGCTCAAAGCAGAGTCGAAGATGCTCTGTTT
TCGTTGTTGTTGTTGCTCCGTTGACTTTTCCCACTTGAAGCAGTCCTGCGGCGGGGGATG
TCGAGCGAGGTTCGGATCCATTAACGACCAGTCAAGCATCGGGGTTGAAGAGGACGGTTG
TTCGAAATGCATCGCTATCTCCGGCGGTGGCTGAAGCTCTGTGTTCATAAACAGCTCGTT
GTCCATGCTCACAAGTATGAATCGAAAAGCAGAGATCTAAATGCTAGCGAGATGTCAGGT
TACGTATCAAATAATTAACGGATGCCAATAGTCAAACTTCATGTAAGAGATTTCTTCAGA
CAAGAGGAAGTTTGGAGTGTGCCGCAGGAGAAGAAGAGCGTAAGTGGTAAGGAAATGCTA
AAATGGGTCGCAGCGGGATTTATATAGTAGTATAATATTAAATTAACCAATAAATTATGT
TTTATCAATATTGTATTAATTAGAATTAGTAAATCAATATTAATGTGTTGCTGGACC


BQ
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AF RR1GS31TF U 1
AF RR1GS31JQ C 343
BS 1 500 RR1GS31TF
BS 501 1017 RR1GS31JQ

RD RR1GS31TF 500 0 0
GGATGAGAAAAAAAGATGGAAACTTTGCGGGAAAATCAAGAAAAATTTCCGGGAAAATTA
ATTTACCTTTGAGAAACTTGGTGATGGAGAAGCAGTGGGAAGTGGGTTCTCCTTGGATTT
AGCTTTCGTCACAGATTTTCTCTTCCGGGGAAATTCTCCGGCGGGAACCATCGGAGAAAC
AAGGCCGTTAAGAGCAGGTGTGCTGACGACACGTGTCAGCTTCCCGGAGTTTACGATCTT
GCCGTTGTTAACAAGGAGAGTTGGATTAGTTCTGCCGTTGAAACTCCGGCTACCGAAGCA
AGAGAATCTCGCCGCCCTCTCCGCGAACCCCGGATCACCTGAGAATTCCGTCAACGGCGT
CGTTCTGTTGATCATCGGCGGTGGAGAACTCATCGGAGTCGCGGAGCTGTTACCGAGCTT
TCCGATGAGTTCTCTGATAATGAAGCCGTCACCTCCTCCTCCGCAGCCGGAGAAGTTTGA
GTTCGACGGCGTAGGGGAGG

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR1GS31JQ 675 0 0
GAATTCCGTCAACGGCGTCGTTCTGTTGATCATCGGCGGTGGAGAACTCATCGGAGTCGC
GGAGCTGTTACCGAGCTTTCCGATGAGTTCTCTGATAATGAAGCCGTCACCTCCTCCTCC
GCAGCCGGAGAAGTTTGAGTTCGACGGCGTAGGGGAGGAGACTAGAGAGCTCAAAGCAGA
GTCGAAGATGCTCTGTTTTCGTTGTTGTTGTTGCTCCGTTGACTTTTCCCACTTGAAGCA
GTCCTGCGGCGGGGGATGTCGAGCGAGGTTCGGATCCATTAACGACCAGTCAAGCATCGG
GGTTGAAGAGGACGGTTGTTCGAAATGCATCGCTATCTCCGGCGGTGGCTGAAGCTCTGT
GTTCATAAACAGCTCGTTGTCCATGCTCACAAGTATGAATCGAAAAGCAGAGATCTAAAT
GCTAGCGAGATGTCAGGTTACGTATCAAATAATTAACGGATGCCAATAGTCAAACTTCAT
GTAAGAGATTTCTTCAGACAAGAGGAAGTTTGGAGTGTGCCGCAGGAGAAGAAGAGCGTA
AGTGGTAAGGAAATGCTAAAATGGGTCGCAGCGGGATTTATATAGTAGTATAATATTAAA
TTAACCAATAAATTATGTTTTATCAATATTGTATTAATTAGAATTAGTAAATCAATATTA
ATGTGTTGCTGGACC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6399Contig1 1105 2 2 U
GGTCACACATCATCCATTTACCGTTGCTCAACAGATATAAGCCATCATGTCTGAGTGGTT
CACCCAACTCGAAGAGGTCGCGTACTCCGTAGTGGAATATATCCCACTAGTCGGCACCGT
GTACTCTCTAAAACGAGCCAGTATCGCATATACCGCGAGGGATTGGACGCGACATTGGCA
GTCCGTCGGCAACTTCCTTGAGAGCTCCGTCCGCGATGTCGTTCTCTTGAGCGAGCTCGC
CGAACCCGTCGAAGTCGCCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGGTCACCGACAAAATGAT
TGAGCTCTACCATCACGAGCCCAAAAAGCCTGAGGTCCAAATCACCCAAAAGCTGGATAA
ACAAAGCGGACATGTACTCATCGCTGAGTCCTCAAAGGGCAAGTTCGAGAGTCAAGTCTT
CGGAGGCAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTCCACGGCGCTGTGTTCACTGGAACGCTCAC
TAACCCCGATTATGCTCCAAACGGCGAGAAGATCCGACTTGATATTCCACACGGATTGTA
CGACGGGGCACGAGTCACCTTCACGTGGAAATGGACTAAAAACTACCAAGGAAAATGGAA
TGTACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTAAATTGAACGCCGGCACACCCACACGATTCGG
ATTGTCCAGCCGCAAGGGTCCTGCCGGATGGGAAGGTTATGACTTTTGGGGTCATGTAAA
CTCCAAGGACCAAATCATAGCTACAACCAGAATCGATGGTACAGAATCTCAGATTGTCCT
CAACAGGTTGGCCGGAACTTGATTTCGGCATTCCAAGTATACAAGCACCTGAACATGGTC
CTTTCAACAGCGGCGAGACCCTCTATTAAATAATTTCTCGTTGTTTTTTTCATATTCAAT
ACTTAAACAATGCTAATAGATAGACAACGGATTTTTCCGTTGTTTATTTGGATTTAGCTT
ATTATCTTTAATATTTATAATATCATTACATTAATAAAAGTCTGATCGGTCTGGATCCTC
TTGTGGAGGTATGATCCAACTCAGCCGAGACTTTATGCCTATGTAATTCAGCCCAGGCTG
TATTCCCTATGTAATTTGCTTCTAT


BQ
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AF RR1EC49TF U 1
AF RR1EC49JQ C 373
BS 1 428 RR1EC49TF
BS 429 1105 RR1EC49JQ

RD RR1EC49TF 428 0 0
GGTCACACATCATCCATTTACCGTTGCTCAACAGATATAAGCCATCATGTCTGAGTGGTT
CACCCAACTCGAAGAGGTCGCGTACTCCGTAGTGGAATATATCCCACTAGTCGGCACCGT
GTACTCTCTAAAACGAGCCAGTATCGCATATACCGCGAGGGATTGGACGCGACATTGGCA
GTCCGTCGGCAACTTCCTTGAGAGCTCCGTCCGCGATGTCGTTCTCTTGAGCGAGCTCGC
CGAACCCGTCGAAGTCGCCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGGTCACCGACAAAATGAT
TGAGCTCTACCATCACGAGCCCAAAAAGCCTGAGGTCCAAATCACCCAAAAGCTGGATAA
ACAAAGCGGACATGTACTCATCGCTGAGTCCTCAAAGGGCAAGTTCGAGAGTCAAGTCTT
CGGAGGCA

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR1EC49JQ 733 0 0
TGTACTCATCGCTGAGTCCTCAAAGGGCAAGTTCGAGAGTCAAGTCTTCGGAGGCAAAGC
CAAGGGTGTGCACCACTTCCACGGCGCTGTGTTCACTGGAACGCTCACTAACCCCGATTA
TGCTCCAAACGGCGAGAAGATCCGACTTGATATTCCACACGGATTGTACGACGGGGCACG
AGTCACCTTCACGTGGAAATGGACTAAAAACTACCAAGGAAAATGGAATGTACCTGAAGC
CACGTATGGTCGTATTAAATTGAACGCCGGCACACCCACACGATTCGGATTGTCCAGCCG
CAAGGGTCCTGCCGGATGGGAAGGTTATGACTTTTGGGGTCATGTAAACTCCAAGGACCA
AATCATAGCTACAACCAGAATCGATGGTACAGAATCTCAGATTGTCCTCAACAGGTTGGC
CGGAACTTGATTTCGGCATTCCAAGTATACAAGCACCTGAACATGGTCCTTTCAACAGCG
GCGAGACCCTCTATTAAATAATTTCTCGTTGTTTTTTTCATATTCAATACTTAAACAATG
CTAATAGATAGACAACGGATTTTTCCGTTGTTTATTTGGATTTAGCTTATTATCTTTAAT
ATTTATAATATCATTACATTAATAAAAGTCTGATCGGTCTGGATCCTCTTGTGGAGGTAT
GATCCAACTCAGCCGAGACTTTATGCCTATGTAATTCAGCCCAGGCTGTATTCCCTATGT
AATTTGCTTCTAT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL6400Contig1 834 2 4 U
GTCATCATCTCAGCCGTCCAAGAACTTACAGTCTGCATCTGTGGCGTCATCTACGGGTGG
AAGGAATAATGGTCCTTCAGTTCTCGGAAACCCCACCACCAGCTCTGGATCCAAGTCCCA
TCAACAGCAACCGTTGTCAAAGCATGGGTTGCAGCAGCAAGCCCAGCAGCTCTTCTTTTC
GAATCCTTACTTGCAATCTCAACATCAACAGCAGCAGATCACTATATCTCCTTCCGGTGG
TTATTACATTCAAAGACATCAGCAACAACCAGGTTCAACAGCTGCTGCTGGCGCCTCATG
TACTCCTGTCACCCTCTCCAGCTGCACAACAGGAACCGTAACTGCCACTTCAGATCCAGC
AAAAGCCATCGCAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCGAATAACTTGAAAGGAGGAGGTGGTGG
AATGGGGAAGACGCAGCAACATCAGTTGGGGCCTCCAGGGTTCACGTATGTACACGCGGT
TCCCTCTGCGGTTCAGGTTAAACCCGCAGATCAGAAGCAACAAGCGGGTGAGTGAAAGAA
CCCCCCTAAACCCCATTTTTATAACTTAAAAAGCAAAAAAAAAACAGTGAATGGTTGGGA
AAGTTGCGGTTTATAGCTTGTGCTGGCGGACACGAAAGATTTTAAAGTCGGAAGAAAGGA
GAAGGGACAAAGCCACACAAGTGTTGACAATTTTTTTTGGGAGGTGCTTTAAAGCATTGT
GTACAATTAGTGTTTATATTATTCTGACAGGTTCAGTTCCAAAAACCAAAAAAAAAAAAC
CAAAACCACTAAAGTTCTAATTTTCACAAAATATATTCGTTCTTCTTGAGGAGG


BQ
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AF RR1AE38TF U 1
AF RR1BE51TF U 315
BS 1 431 RR1AE38TF
BS 432 432 RR1BE51TF
BS 433 760 RR1AE38TF
BS 761 834 RR1BE51TF

RD RR1AE38TF 760 0 0
GTCATCATCTCAGCCGTCCAAGAACTTACAGTCTGCATCTGTGGCGTCATCTACGGGTGG
AAGGAATAATGGTCCTTCAGTTCTCGGAAACCCCACCACCAGCTCTGGATCCAAGTCCCA
TCAACAGCAACCGTTGTCAAAGCATGGGTTGCAGCAGCAAGCCCAGCAGCTCTTCTTTTC
GAATCCTTACTTGCAATCTCAACATCAACAGCAGCAGATCACTATATCTCCTTCCGGTGG
TTATTACATTCAAAGACATCAGCAACAACCAGGTTCAACAGCTGCTGCTGGCGCCTCATG
TACTCCTGTCACCCTCTCCAGCTGCACAACAGGAACCGTAACTGCCACTTCAGATCCAGC
AAAAGCCATCGCAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCGAATAACTTGAAAGGAGGAGGTGGTGG
AATGGGGAAGATGCAGCAACATCAGTTGGGGCCTCCAGGGTTCACGTATGTACACGCGGT
TCCCTCTGCGGTTCAGGTTAAACCCGCAGATCAGAAGCAACAAGCGGGTGAGTGAAAGAA
CCCCCCTAAACCCCATTTTTATAACTTAAAAAGCAAAAAAAAAACAGTGAATGGTTGGGA
AAGTTGCGGTTTATAGCTTGTGCTGGCGGACACGAAAGATTTTAAAGTCGGAAGAAAGGA
GAAGGGACAAAGCCACACAAGTGTTGACAATTTTTTTTGGGAGGTGCTTTAAAGCATTGT
GTACAATTAGTGTTTATATTATTCTGACAGGTTCAGTTCC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1BE51TF 520 0 0
G
CTCCAGCTGCACAACAGGAACCGTAACTGCCACTTCAGATCCAGCAAAAGCCATCGCAGC
TGCAGCAGCAGCAGCAGCGAATAACTTGAAAGGAGGAGGTGGTGGAATGGGGAAGACGCA
GCAACATCAGTTGGGGCCTCCAGGGTTCACGTATGTACACGCGGTTCCCTCTGCGGTTCA
GGTTAAACCCGCAGATCAGAAGCAACAAGCGGGTGAGTGAAAGAACCCCCCTAAACCCCA
TTTTTATAACTTAAAAAGCAAAAAAAAA*CAGTGAATGGTTGGGAAAGTTGCGGTTTATA
GCTTGTGCTGGCGGACACGAAAGATTTTAAAGTCGGAAGAAAGGAGAAGGGACAAAGCCA
CACAAGTGTTGACAATTTTTTTTGGGAGGTGCTTTAAAGCATTGTGTACAATTAGTGTTT
ATATTATTCTGACAGGTTCAGTTCCAAAAACCAAAAAAAAAAAACCAAAACCACTAAAGT
TCTAATTTTCACAAAATATATTCGTTCTTCTTGAGGAGG

QA 2 520 2 520
DS 



AS 1 2

CO CL6401Contig1 289 2 1 U
GAAGAAGGGTGCCAAATAAAGTACCTTGAGTATAACTCTATCATCCGCAGTTGAATCGAA
AGACAATTTTAGTTTTATTTCGTTTGTTTGGTATTTTGTAGCTTGTTTGTGGTACAGCTT
TGTTTCGTCTCCGTCAGAACTCTGTTCTCGTAATTGGGTTCTTGATCGGAGGTGGCGGAG
CTACACTGCACTCTAGCTTCCTGTTTTTTTCTTTTCTTTTGCTTTTGTTTCTGAAATATT
TGGATGTTATGATATGGAATTATTCCTGCGGTTATTACTTCGTTTATTG


BQ
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AF RR1AH12JQ C 1
AF RR1AH12TF U 1
BS 1 289 RR1AH12TF

RD RR1AH12JQ 289 0 0
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TGGATGTTATGATATGGAATTATTCCTGCGGTTATTACTTCGTTTATTG

QA 1 289 1 289
DS 

RD RR1AH12TF 289 0 0
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AGACAATTTTAGTTTTATTTCGTTTGTTTGGTATTTTGTAGCTTGTTTGTGGTACAGCTT
TGTTTCGTCTCCGTCAGAACTCTGTTCTCGTAATTGGGTTCTTGATCGGAGGTGGCGGAG
CTACACTGCACTCTAGCTTCCTGTTTTTTTCTTTTCTTTTGCTTTTGTTTCTGAAATATT
TGGATGTTATGATATGGAATTATTCCTGCGGTTATTACTTCGTTTATTG

QA 1 289 1 289
DS 



AS 1 2

CO CL6402Contig1 709 2 2 U
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CAAAACGATTGTAATGGTCACGTAAATCTCAAATAACTTTTAGACTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G202TF U 1
AF RR1G202JQ C 177
BS 1 612 RR1G202TF
BS 613 709 RR1G202JQ

RD RR1G202TF 612 0 0
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ATGGTTCTTTCAGCCTTGTTGAAGTGTTCACGGACAAACTCATCTCTTGGTTTCCGCTTT
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ATGAAGACTAAT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1G202JQ 533 0 0
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CTGTCAAAACGATTGTAATGGTCACGTAAATCTCAAATAACTTTTAGACTGGC

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

CO CL6403Contig1 380 2 4 U
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CATTGTTGAAACCTGGAAGGCTTTTTCTTCTTTTTACATAGTTTTTTTTTTGTGTGTGTT
TAAAGTTCTTGCAGGCCTCC


BQ
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AF RR1BW63TF C 1
AF RR1BW63JQ U 84
BS 1 83 RR1BW63TF
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BS 289 289 RR1BW63TF
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RD RR1BW63TF 380 0 0
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GTGCTAGTAGTAGCTGAATAGGGACACAAGGGAAGCCCCAACCAAAGAGCCAAGAGCCGG
CAATGCAACCGAGGCGGCGGATGCGGGTCCTGGAGCCGGAGCTCCGGCTTCCTCAATAGC
CATGACGGCGGTCATGGAGGCAGCAGCGAAAAGCACACCACAAGCGATCTTCTTCATCTC
CATTGTTGAGACCTGGAAGGCTTTTTCTTCTTTTTACATAGTTTTTTTTTTGTGTGTGTT
TAAAGTTCTTGCAGGCCTCC

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR1BW63JQ 297 0 0
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TTTCTTCTTTTTACATAGTTTTTTTTTTGTGTGTGTTTAAAGTTCTTGCAGGCCTCC

QA 1 297 1 297
DS 



AS 1 2

CO CL6404Contig1 859 2 2 U
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AAGTCATGGGTTTTAGAGAAACTTGATCCTGACAAGACTTATGTCTTCTTCAGAAGCTAC
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CTGACAGAGTTTAGGAAAGATGGTCATCCTTCTCGGTACCGAGAGGGTGGTACTCCTGTT
GATGCTCCACAAGACTGCAGCCACTGGTGCTTACCAGGCGTACCTGACACATGGAATGAG
ATTCTCTATGCGCAACTCTTGTCAATGAATTATAGAACAAAATGAGGTTCAACCTTTAGG
ATCAAGAAATGGGGGAAAAAGAAAAAAAAGAGCAAAAGCAAGTACAAAGAGAAAGGCATC
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ATTTTGTACAAAGCAACCATCAATACATCAGTATAGAAGTTCTGAAAGTCAATGAATAAA
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BQ
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AF RR1DL45TF U 1
AF RR1DL45JQ C 423
BS 1 579 RR1DL45TF
BS 580 859 RR1DL45JQ

RD RR1DL45TF 579 0 0
GGGACGATTTCAACTGGCAATCAAAAAAAATGGGTCGACTCAGATGTTCTCGTCTTCAAC
TCAGGGCACTGGTGGAACGAAGAGAAGACCGTGTTAGCAGGATCATACTTTGAAGAGGGA
AGGAAAGTGAACAAGACAATGGGAGCAATGGAGGCGTTTGGGAAGTCTTTAAAGACATGG
AAGTCATGGGTTTTAGAGAAACTTGATCCTGACAAGACTTATGTCTTCTTCAGAAGCTAC
TCTCCAGTGCATTACAGAAATGGGACATGGAATCTGGGTGGTCTGTGTGATGCAGAGACT
GGTCCTGAGAGTGATAAAAGGAGAATGGAACCTGATGCAGCTCACAACAGATATATCTAT
GAAGTGATTGAAGATATGAGATATAAACACAGTAAGGTTAAGTTTCTCAACATTACATAT
CTGACAGAGTTTAGGAAAGATGGTCATCCTTCTCGGTACCGAGAGGGTGGTACTCCTGTT
GATGCTCCACAAGACTGCAGCCACTGGTGCTTACCAGGCGTACCTGACACATGGAATGAG
ATTCTCTATGCGCAACTCTTGTCAATGAATTATAGAACA

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1DL45JQ 437 0 0
GACAGAGTTTAGGAAAGATGGTCATCCTTCTCGGTACCGAGAGGGTGGTACTCCTGTTGA
TGCTCCACAAGACTGCAGCCACTGGTGCTTACCAGGCGTACCTGACACATGGAATGAGAT
TCTCTATGCGCAACTCTTGTCAATGAATTATAGAACAAAATGAGGTTCAACCTTTAGGAT
CAAGAAATGGGGGAAAAAGAAAAAAAAGAGCAAAAGCAAGTACAAAGAGAAAGGCATCAC
CCCAAGCTTGGCACATATTTCTGAATTGCAGCAAGCATAGGCTAGATTAGTTCATTAACA
CAGACACACTGCCAGTGACAGTTGTAAATGTAACGATGGAGAGATTCATGTTGACATGAT
TTTGTACAAAGCAACCATCAATACATCAGTATAGAAGTTCTGAAAGTCAATGAATAAAGA
GGAGAGAGCTTGCACCC

QA 1 437 1 437
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6406Contig1 412 2 1 U
GGAAGAGCAGATATATTCGTCCTCTGCATTACCATATTCACGGAGAGTTGTTGCTGTTTG
GAGAATGAAGAAAGGAATACACCCACAGATGCAATGGATATCTTATGTGACACAGAGCGG
TAGATTTATGCACGTCATGACGACTAGAATCCACCATGTTGGCAAAGTCTATCACTTTGG
TGCTAAGCGTCAGTTAGCTCAAAGCATTGGTCAGATTGCCAAGTTCAAGCGCAGGTTTAA
CGAGCAAGACCAAGAATCTACCCATGAGAACAACATCCAGAACCAGAACAAGTGAACTGT
GTAATCCAACTCTTGTTATTCCTCAAAAAGCCAAATCTTGATAAGGGGCTTTAAACATTT
CTCTGTTCTTGAGTGAGTCTCTCTGTTTGATCAATAAAAATCTTTTCTTGGC


BQ
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AF RR1CB92JQ C 1
AF RR1CB92TF U 1
BS 1 412 RR1CB92TF

RD RR1CB92JQ 412 0 0
GGAAGAGCAGATATATTCGTCCTCTGCATTACCATATTCACGGAGAGTTGTTGCTGTTTG
GAGAATGAAGAAAGGAATACACCCACAGATGCAATGGATATCTTATGTGACACAGAGCGG
TAGATTTATGCACGTCATGACGACTAGAATCCACCATGTTGGCAAAGTCTATCACTTTGG
TGCTAAGCGTCAGTTAGCTCAAAGCATTGGTCAGATTGCCAAGTTCAAGCGCAGGTTTAA
CGAGCAAGACCAAGAATCTACCCATGAGAACAACATCCAGAACCAGAACAAGTGAACTGT
GTAATCCAACTCTTGTTATTCCTCAAAAAGCCAAATCTTGATAAGGGGCTTTAAACATTT
CTCTGTTCTTGAGTGAGTCTCTCTGTTTGATCAATAAAAATCTTTTCTTGGC

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1CB92TF 412 0 0
GGAAGAGCAGATATATTCGTCCTCTGCATTACCATATTCACGGAGAGTTGTTGCTGTTTG
GAGAATGAAGAAAGGAATACACCCACAGATGCAATGGATATCTTATGTGACACAGAGCGG
TAGATTTATGCACGTCATGACGACTAGAATCCACCATGTTGGCAAAGTCTATCACTTTGG
TGCTAAGCGTCAGTTAGCTCAAAGCATTGGTCAGATTGCCAAGTTCAAGCGCAGGTTTAA
CGAGCAAGACCAAGAATCTACCCATGAGAACAACATCCAGAACCAGAACAAGTGAACTGT
GTAATCCAACTCTTGTTATTCCTCAAAAAGCCAAATCTTGATAAGGGGCTTTAAACATTT
CTCTGTTCTTGAGTGAGTCTCTCTGTTTGATCAATAAAAATCTTTTCTTGGC

QA 1 412 1 412
DS 



AS 1 2

CO CL6407Contig1 609 2 2 U
GGATACATAAATTGCGTTTCATCAAATCTCGAGTTCAGTTCAGTCTTTTGGTTGAGGAAA
ATTTGGAGTCTGTCATGGAAGGATTTGTCTCGCATGACATTCATTTGGAGAGGCATAGAT
AGAGAGAAAGGGTCTCTAAGGAACAATGGTGTTAGCTGTCCGAGAGTAGTGTTGTAAGTT
TTATCAAAGATGAGGTGAGGCCAATCTTCACTCACTTATATACACTTATATATTATTATA
TAGTAAGACCCTCGGAGTCAGACAGAGTATCCGACCCTCGGTGCTGTATTCGGCGGAAGC
GGTGGGGATATCTCGTCTCTTCTGTAAAAGAATCAACGATAATATTATAAATGTTGGTGA
AGCATTCTTCTTCAACTGTGCTGAGAAGGCAACAGTTCTTGGTACGAACGCTTTGTGGCT
GCTCAAGAACTCATCTCCCAAAGCTCATCAGAGCAACAATGAGTTCCAAATCGGAGGCCG
CCGACGCTGAGAGTGTTCTTAGAACCGTCACACCATCGCTCGACCCTAAACGACACAAAG
GCCAAGCTGGGAAGATAGCTGTGATTGGAGGTTGCCGTGAATACACTGGAGCTCCTTACT
TTGCCGCCA


BQ
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AF RR1D606TF U 1
AF RR1DX18TF U 378
BS 1 536 RR1D606TF
BS 537 609 RR1DX18TF

RD RR1D606TF 536 0 0
GGATACATAAATTGCGTTTCATCAAATCTCGAGTTCAGTTCAGTCTTTTGGTTGAGGAAA
ATTTGGAGTCTGTCATGGAAGGATTTGTCTCGCATGACATTCATTTGGAGAGGCATAGAT
AGAGAGAAAGGGTCTCTAAGGAACAATGGTGTTAGCTGTCCGAGAGTAGTGTTGTAAGTT
TTATCAAAGATGAGGTGAGGCCAATCTTCACTCACTTATATACACTTATATATTATTATA
TAGTAAGACCCTCGGAGTCAGACAGAGTATCCGACCCTCGGTGCTGTATTCGGCGGAAGC
GGTGGGGATATCTCGTCTCTTCTGTAAAAGAATCAACGATAATATTATAAATGTTGGTGA
AGCATTCTTCTTCAACTGTGCTGAGAAGGCAACAGTTCTTGGTACGAACGCTTTGTGGCT
GCTCAAGAACTCATCTCCCAAAGCTCATCAGAGCAACAATGAGTTCCAAATCGGAGGCCG
CCGACGCTGAGAGTGTTCTTAGAACCGTCACACCATCGCTCGACCCTAAACGACAC

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR1DX18TF 232 0 0
GG
GCTGAGAAGGCAACAGTTCTTGGTACGAACGCTTTGTGGCTGCTCAAGAACTCATCTCCC
AAAGCTCATCAGAGCAACAATGAGTTCCAAATCGGAGGCCGCCGACGCTGAGAGTGTTCT
TAGAACCGTCACACCATCGCTCGACCCTAAACGACACAAAGGCCAAGCTGGGAAGATAGC
TGTGATTGGAGGTTGCCGTGAATACACTGGAGCTCCTTACTTTGCCGCCA

QA 3 232 3 232
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6409Contig1 975 2 2 U
GGAGCCAGGCAAGCTCAACAACTCTTCGGATCACCATCTCCGTCTTTGTTGTCTGATCTC
AATCTCAATAGTTTTCACTCCGGTAACAAGTTACAACAGTCTTCCTCTTCTCCGGCGATG
TTTCTCTCCGGTTTCAACCCCAGGCATCATCATTTCGATAACATCGTCGTGCCACGTCAG
GCTCGGGACGCGGAGTTTAATAATAACAACATTTCGTGTTCTTTGACAATTGGGAATCCT
GGTCTAGTTCAGGACAAGAAGAAGTCCGGTTCGGTTAAGACGCATCAGTTCTTGCTGTTT
GGTCAACCTATTTTAACCGAACAGCAGGTCATGAACCGGAAACGGGAAGAGGCGGAGAAG
GAGGAGAAAGGTGGGTTAACATGGAATTACGGTTTGCAGGGACCTGAGACGGGTCACTGT
AAGTTTTCATGGAATCTGAGGATGTTGGACGAACGCTCGATCTCTCGGTTATTGGCTCGT
ACCAAGAGTTGTACCGGAAATTGGCCGAGATGTTTGGTATAGAGGAGAGGTCGGATTTGT
TGACCCATGTTGTTTACGGGGACGCAAATGGTGCTACCAAACGCATTGGAGACGAACCTT
TCAGTAATTTCATGAGAGCAACGAAGCGACTTACGATCAAGATGGACATTGGCGGCGACA
ACTTGAGAAAGACATGGATAACCGGGATCAGGAATGGCGAAAATGGTATGGACTCTTCTA
CTAAGACCGGTCAGCTTAGCATCTTCGCTTGAAGCAGTGAAGCTGTTTTGATCCTAGTTT
TGATTTTCCGTCTTTAAATTTGTTTTTATGTACTTTGGTTCTATGTGTGGAACAAACTAT
TTCCAAGTTTTTTAAGTAATTCCTGAAATTAGTACTTGAATTTTATTTGTTTGGGTTGTG
AGTTGTATATGATAATGAAAGAACCTGACATATTATTTGGGAATACCTAACAAAAGCTAT
ATATGTTTGAAGAGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA36TF U 1
AF RR1GA36JQ C 304
BS 1 592 RR1GA36TF
BS 593 975 RR1GA36JQ

RD RR1GA36TF 592 0 0
GGAGCCAGGCAAGCTCAACAACTCTTCGGATCACCATCTCCGTCTTTGTTGTCTGATCTC
AATCTCAATAGTTTTCACTCCGGTAACAAGTTACAACAGTCTTCCTCTTCTCCGGCGATG
TTTCTCTCCGGTTTCAACCCCAGGCATCATCATTTCGATAACATCGTCGTGCCACGTCAG
GCTCGGGACGCGGAGTTTAATAATAACAACATTTCGTGTTCTTTGACAATTGGGAATCCT
GGTCTAGTTCAGGACAAGAAGAAGTCCGGTTCGGTTAAGACGCATCAGTTCTTGCTGTTT
GGTCAACCTATTTTAACCGAACAGCAGGTCATGAACCGGAAACGGGAAGAGGCGGAGAAG
GAGGAGAAAGGTGGGTTAACATGGAATTACGGTTTGCAGGGACCTGAGACGGGTCACTGT
AAGTTTTCATGGAATCTGAGGATGTTGGACGAACGCTCGATCTCTCGGTTATTGGCTCGT
ACCAAGAGTTGTACCGGAAATTGGCCGAGATGTTTGGTATAGAGGAGAGGTCGGATTTGT
TGACCCATGTTGTTTACGGGGACGCAAATGGTGCTACCAAACGCATTGGAGA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR1GA36JQ 672 0 0
CAACCTATTTTAACCGAACAGCAGGTCATGAACCGGAAACGGGAAGAGGCGGAGAAGGAG
GAGAAAGGTGGGTTAACATGGAATTACGGTTTGCAGGGACCTGAGACGGGTCACTGTAAG
TTTTCATGGAATCTGAGGATGTTGGACGAACGCTCGATCTCTCGGTTATTGGCTCGTACC
AAGAGTTGTACCGGAAATTGGCCGAGATGTTTGGTATAGAGGAGAGGTCGGATTTGTTGA
CCCATGTTGTTTACGGGGACGCAAATGGTGCTACCAAACGCATTGGAGACGAACCTTTCA
GTAATTTCATGAGAGCAACGAAGCGACTTACGATCAAGATGGACATTGGCGGCGACAACT
TGAGAAAGACATGGATAACCGGGATCAGGAATGGCGAAAATGGTATGGACTCTTCTACTA
AGACCGGTCAGCTTAGCATCTTCGCTTGAAGCAGTGAAGCTGTTTTGATCCTAGTTTTGA
TTTTCCGTCTTTAAATTTGTTTTTATGTACTTTGGTTCTATGTGTGGAACAAACTATTTC
CAAGTTTTTTAAGTAATTCCTGAAATTAGTACTTGAATTTTATTTGTTTGGGTTGTGAGT
TGTATATGATAATGAAAGAACCTGACATATTATTTGGGAATACCTAACAAAAGCTATATA
TGTTTGAAGAGG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL6410Contig1 968 2 6 U
TTTTTTTCTTCTTTCTTTGAGTTTCAGTTTTCTCTCTCTTGTTAGTTCTTTTTTTTTTTG
AACTTATCTCTTGTTAGTTCTTGGTAAAAGAAAAGAAATGAATTTTATTATTGAACAAGA
TGATTCTACATGGAAGCTATGCTGATGTTTCTTGCTGACACCAACAAACATACAAACAGA
GACAGAACCTTTTTAGTTTCAAAAAGCTGCATTTTCTTCGTTTATTAAAATGTCTAATCT
TTCAGCACGAACAGGACGAGACCGTCAACGTTATGACAACAACTTCCGTCTTGTTTCTGG
ATGCATTCCGTATAGAGTGGTGGAAGATGAAGAGGACTCGAGTGTTGACTTTCAAAACAA
GCTTCAAGTTCTCATGGTTTCATCTCCTAACCGACACGATCTTGTCTTCCCCAAGGGAGG
ATGGGAAGACGATGAAACCGTTCTTGAAGCTGCTTCTCGTGAGGCCATGGAAGAAGCAGG
AGTCAAAGGAATACTAAGAGAAGATCCATTAGGAGTTTGGGAGTTTAGAAGCAAGAGTAG
CAGTGTGGAACCTGACTGCATCTTTGGTGGATGCAAAGGCTATATGTTTGCGTTAGAGGT
GACTGAAGAGCTTGCCACATGGCCAGAGCACGAAAACCGCGAGAGGAAATGGCTGAATGT
TAAAGAAGCTTTGGAACTGTGTCGGTATGAGTGGATGCAGTGTGCTCTCGAAGAATTCCT
AAGAGTCATGGCAGAAGATGGAAGGACAAAAGAAGAGACTCTTGCGGCTTCAAGCATTTC
AAATCGAGAAGAGCGTCAGATCGGTTCATCGGTTCTGCTTTGTAGTTAAATTTAGTTTTG
GTTTCTGTTAGGCAACGTCATCAAACCTCTTCAATTGTTATATATTTTCTTGATTGTTGA
AAAGCTTTCTTTTGTTAAACAAAGTTAAAGACATGAGAAAGCTAATGAATTAATACTCAG
TTTGTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU62TF U 1
AF RR1GU62JQ C 407
BS 1 479 RR1GU62TF
BS 480 480 RR1GU62JQ
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BS 575 968 RR1GU62JQ

RD RR1GU62TF 574 0 0
TTTTTTTCTTCTTTCTTTGAGTTTCAGTTTTCTCTCTCTTGTTAGTTCTTTTTTTTTTTG
AACTTATCTCTTGTTAGTTCTTGGTAAAAGAAAAGAAATGAATTTTATTATTGAACAAGA
TGATTCTACATGGAAGCTATGCTGATGTTTCTTGCTGACACCAACAAACATACAAACAGA
GACAGAACCTTTTTAGTTTCAAAAAGCTGCATTTTCTTCGTTTATTAAAATGTCTAATCT
TTCAGCACGAACAGGACGAGACCGTCAACGTTATGACAACAACTTCCGTCTTGTTTCTGG
ATGCATTCCGTATAGAGTGGTGGAAGATGAAGAGGACTCGAGTGTTGACTTTCAAAACAA
GCTTCAAGTTCTCATGGTTTCATCTCCTAACCGACACGATCTTGTCTTCCCCAAGGGAGG
ATGGGAAGACGATGAAACCGTTCTTGAAGCTGCTTCTCGTGAGGCCATGGAAGAAGCAG*
AGTCAAAGGAATACTAAGAGAAGATCCATTAG*AGTTTGGGAGTTTAGAAGCAAGAGTAG
CAGTGTGGAACCTGACTGCATCTTTGGTGGATGC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1GU62JQ 562 0 0
TTCCCCAAGGGAGGATGGGAAGACGATGAAACCGTTCTTGAAGCTGCTTCTCGTGAGGCC
ATGGAAGAAGCAGGAGTCAAAGGAATACTAAGAGAAGATCCATTAGGAGTTTGGGAGTTT
AGAAGCAAGAGTAGCAGTGTGGAACCTGACTGCATCTTTGGTGGATGCAAAGGCTATATG
TTTGCGTTAGAGGTGACTGAAGAGCTTGCCACATGGCCAGAGCACGAAAACCGCGAGAGG
AAATGGCTGAATGTTAAAGAAGCTTTGGAACTGTGTCGGTATGAGTGGATGCAGTGTGCT
CTCGAAGAATTCCTAAGAGTCATGGCAGAAGATGGAAGGACAAAAGAAGAGACTCTTGCG
GCTTCAAGCATTTCAAATCGAGAAGAGCGTCAGATCGGTTCATCGGTTCTGCTTTGTAGT
TAAATTTAGTTTTGGTTTCTGTTAGGCAACGTCATCAAACCTCTTCAATTGTTATATATT
TTCTTGATTGTTGAAAAGCTTTCTTTTGTTAAACAAAGTTAAAGACATGAGAAAGCTAAT
GAATTAATACTCAGTTTGTTCC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL6411Contig1 367 2 1 U
GAGGAAATCTCGACCTTTTCCATTTAAAATAAAAATTAAACTTACAATGTAAACAAAATT
CGATAATATATTTCTCACCAAGCATATACTGTAAAAAAAATATGAAAGTTAAAAAATATG
CTGGGATAAAAAAAATGAATTGGTAGCTTTAAGCAGCCTTCTTGGCTTTGAAGCAAGACA
AAAAATCTAATGGTTGTTGTAGTGACTTAATTCTCAAAAAACCTCCGGACAAACAAAAGC
TTTAAACTATTTTGTTTCAAAAGAATACCACAGCTTCTTCTGGCAAATCAATAGCTCCTC
ATTCTCTGATTCAAACTCTGTCTGTTCCTTACGGCAACTCCATCTCAGTCCTTTAGCAAC
AAATGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F266JQ U 7
AF RR1BE82JQ U 1
BS 1 367 RR1BE82JQ

RD RR1F266JQ 163 0 0
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TATATTTCTCACCAAGCATATACTGTAAAAAAAATATGAAAGTTAAAAAATATGCTGGGA
TAATAAAAATGAATTGGTAGCTTTAAGCAGCCTTCTTGGCTTT

QA 1 163 1 163
DS 

RD RR1BE82JQ 367 0 0
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CGATAATATATTTCTCACCAAGCATATACTGTAAAAAAAATATGAAAGTTAAAAAATATG
CTGGGATAAAAAAAATGAATTGGTAGCTTTAAGCAGCCTTCTTGGCTTTGAAGCAAGACA
AAAAATCTAATGGTTGTTGTAGTGACTTAATTCTCAAAAAACCTCCGGACAAACAAAAGC
TTTAAACTATTTTGTTTCAAAAGAATACCACAGCTTCTTCTGGCAAATCAATAGCTCCTC
ATTCTCTGATTCAAACTCTGTCTGTTCCTTACGGCAACTCCATCTCAGTCCTTTAGCAAC
AAATGCA

QA 1 367 1 367
DS 



AS 1 2

CO CL6412Contig1 797 2 9 U
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TCCTTAAATATTAGTAGTACATTTATTCTGTTTTTTTTACAGTTATTATTAGTTTCAAAC
AGAAAAGGGCTTCCTCCCACAATGTCGGATTCAGTGGTCTTAAACATGTTGGTCGAACTT
GTTTCTGATGGCTTCCCAAAAGGAAGGAACTGCGATGTTATCAGGGACTTCTTTAAACGA
CGGTAGGTAGTTCAAGTCTACTACCACATGATCTCTTGTTCCTTCTTGAATAACCACGTC
AAATCCGAAAATTGTGAGATCAAGCTTCTTTCTCAGCCACTTAGCTGCTTCTGTAACCAT
TTCTAGATCAATCTCATCTACCGGATTCTCATTTGTGGAACCGATTGGTAAAGACTTTAA
GCTGTCAAAGAGAAGTGGTCCGAGACCGTTTCCTTCAGCTGACTTCCTCAGGGTGGAAGA
GCTAGGGATTGATTTCTTGACTGCATGGAAGATCTTTTCCCCCAAGACGTAGAACTTGAA
GATCCTTGATGAATGGTCCACATACTCTTGGATAATGGCAGGAACAGGAGTGTTCAAATC
CTTAAAATCCTCAACTCGGAAGACAATAGCCATGCTGTGAGCATCAGCAACACCACAGGC
AACCTGAGGTTTCACGATACATGGAAGAGACAGTCCAGCTCTTGACATGTTTTGAGCCAG
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TGCAGTAAGTCCTCTAA


BQ
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AF RR1EL87JQ U 5
AF RR1CU45JQ U 1
BS 1 38 RR1CU45JQ
BS 39 39 RR1EL87JQ
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BS 200 309 RR1CU45JQ
BS 310 310 RR1EL87JQ
BS 311 797 RR1CU45JQ

RD RR1EL87JQ 451 0 0
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CCGAAAATTGTGAGATCAAGCTTCTTTCTCAGCCACTTAGCTGCTTCTGTAACCATTTCT
AGATCAATCTCATCTACCGGATTCTCATTTGTGGAACCGATTGGTAAAGACTTTAAGCTG
TCAAAGAGAAGTGGTCCGAGACCGTTTCCTT

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR1CU45JQ 797 0 0
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AGAAAAGGGCTTCCTCCCACAATGTCGGATTCAGTGGTCTTAAACATGTTGGTCGAACTT
GTTTCTGATGGCTTCCCAGAAGGAAGGAACTGCGATGTTATCAGGGACTTCTTTAAACGA
CGGTAGGTAGTTCAAGTCTACTACCACATGATCTCTTGTTCCTTCTTGAATAACCACGTC
AAATCCGAAGATTGTGAGATCAAGCTTCTTTCTCAGCCACTTAGCTGCTTCTGTAACCAT
TTCTAGATCAATCTCATCTACCGGATTCTCATTTGTGGAACCGATTGGTAAAGACTTTAA
GCTGTCAAAGAGAAGTGGTCCGAGACCGTTTCCTTCAGCTGACTTCCTCAGGGTGGAAGA
GCTAGGGATTGATTTCTTGACTGCATGGAAGATCTTTTCCCCCAAGACGTAGAACTTGAA
GATCCTTGATGAATGGTCCACATACTCTTGGATAATGGCAGGAACAGGAGTGTTCAAATC
CTTAAAATCCTCAACTCGGAAGACAATAGCCATGCTGTGAGCATCAGCAACACCACAGGC
AACCTGAGGTTTCACGATACATGGAAGAGACAGTCCAGCTCTTGACATGTTTTGAGCCAG
ATCAGGCTCATCATAGCTGTCAATCTTGAGGAAGCAGGCGCCTCGTATCTTTCGTCCTGC
TGCAGTAAGTCCTCTAA

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL6413Contig1 940 2 4 U
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AGAGGGGTTCTCTAGGTTCCTCAGGTATACATCTGAGGTTGATTAATTCCTTTTGTGTGT
GTGTGTATTTGTATCGACAATGAGCGCATCAAGGTTCATAAAGTGTGTCACCGTTGGAGA
TGGAGCTGTTGGCAAAACATGTTTGCTCATTTCTTACACCAGCAACACCTTTCCCACGGA
CTATGTCCCCACTGTTTTCGATAACTTTAGTGCCAATGTGGTTGTTAATGGAGCCACGGT
CAATCTTGGATTGTGGGATACTGCAGGGCAGGAGGACTATAACAGATTAAGACCATTGAG
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TCTTCGTTATTGCTGTCTCTTATAAAAATCGAATTATGGGTTTAATTCAACTTACTCATG
GTTGAGACATCTATAAATTTTGGACTAGCAGTCTCTCTAC


BQ
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AF RR1EX46TF U 1
AF RR1EX46JQ C 195
BS 1 568 RR1EX46TF
BS 569 569 RR1EX46JQ
BS 570 641 RR1EX46TF
BS 642 940 RR1EX46JQ

RD RR1EX46TF 647 0 0
GTGCGGGAGATGGTTCATTGAATCTAGATGGTAGAATATTCATAGGAATTGGCTTCATAT
AGAGGGGTTCTCTAGGTTCCTCAGGTATACATCTGAGGTTGATTAATTCCTTTTGTGTGT
GTGTGTATTTGTATCGACAATGAGCGCATCAAGGTTCATAAAGTGTGTCACCGTTGGAGA
TGGAGCTGTTGGCAAAACATGTTTGCTCATTTCTTACACCAGCAACACCTTTCCCACGGA
CTATGTCCCCACTGTTTTCGATAACTTTAGTGCCAATGTGGTTGTTAATGGAGCCACGGT
CAATCTTGGATTGTGGGATACTGCAGGGCAGGAGGACTATAACAGATTAAGACCATTGAG
TTACCGTGGTGCTGATGTTTTCATTCTAGCCTTCTCTCTCATTAGTAAGGCTAGTTATGA
GAATGTCTCCAAGAAGTGGATCCCTGAGTTGCAGCATTATGCTCCTGGTGTCCCCATCGT
CCTTGTTGGTACCAAACTAGATCTTCGGGATGACAAGCAGTTCTTCGTAGACCATCCTGG
TGCTGTCCCTATTACCACAGCTCAGGGG*AGGAACTGAAGAAGCTAATTGAAGCGCCTGC
TTACATTGAATGCAGTTCAAAATCACAAGAGAACGTGAAGG
AGTCTT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1EX46JQ 746 0 0
AAACATGTTTGCTCATTTCTTACACCAGCAACACCTTTCCCACGGACTATGTCCCCACTG
TTTTCGATAACTTTAGTGCCAATGTGGTTGTTAATGGAGCCACGGTCAATCTTGGATTGT
GGGATACTGCAGGGCAGGAGGACTATAACAGATTAAGACCATTGAGTTACCGTGGTGCTG
ATGTTTTCATTCTAGCCTTCTCTCTCATTAGTAAGGCTAGTTATGAGAATGTCTCCAAGA
AGTGGATCCCTGAGTTGCAGCATTATGCTCCTGGTGTCCCCATCGTCCTTGTTGGTACCA
AACTAGATTTTCGGGATGACAAGCAGTTTTTCGTAGACCATCCTGGTGCTGTCCCTATTA
CCACAGCTCAGGGGGAGGAACTGAAGAAGCTAATTGAAGCGCCTGCTTACATTGAATGCA
GTTCAAAATCACAAGAGAACGTGAAGGGAGTTTTCGATGCAGCGATCAGAGTGGTCCTTC
AACCTCCAAAGCAGAAGAAAAAGAAGAGCAAGGCGCAAAAAGCTTGCTCCATTTTGTAAT
AGCTTTCATGGGAGAGAGAGGCTAAGAAGCTCTTTGATGACAGTGGTCTCTCGTTACATT
AAGTATTTGCTTTTTCATTTCTTTCTTTTTGTTTTCTTCACTCTTTTCTTCGTTATTGCT
GTCTCTTATAAAAATCGAATTATGGGTTTAATTCAACTTACTCATGGTTGAGACATCTAT
AAATTTTGGACTAGCAGTCTCTCTAC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6415Contig1 434 2 1 U
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TCCGAGATGAAATTGGTCGATCTCGTAATTAACAAAAGAGTGGACTGCTTGTTAGTTGGA
TTTAACAGTTGCGCCCCTTTTGTGCCTAAAGCTGTTGTGGACTGTTGGACTGTTGATTTT
TAACTTAGCCATGTACTAAAGTTTGGTTTGCCACAAGAACTATAATATCCTTTTCCAAAC
ACTAATTGGGAACTTCACGAGGGGATGAAGTTCTGCGTTCATTTATCCATTTTAACTTTC
TGAATTGCTGATATATTGTCCTCTACCAAGAATGTATGGATGCAAATGTTGCCGAAAGTT
TTAAAATAGCATCGAATTAGGAGGGTTCAATAAGGAGATAACAATTGACTTCTTTATCTG
GAGAATTAAACAGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EM47JQ C 1
AF RR1EM47TF U 1
BS 1 434 RR1EM47TF

RD RR1EM47JQ 434 0 0
GCACTTCGATCATAAATAGTTATGTTCGGTTCTTTGAAGCTGGTTGATGGAGATGCCTTG
TCCGAGATGAAATTGGTCGATCTCGTAATTAACAAAAGAGTGGACTGCTTGTTAGTTGGA
TTTAACAGTTGCGCCCCTTTTGTGCCTAAAGCTGTTGTGGACTGTTGGACTGTTGATTTT
TAACTTAGCCATGTACTAAAGTTTGGTTTGCCACAAGAACTATAATATCCTTTTCCAAAC
ACTAATTGGGAACTTCACGAGGGGATGAAGTTCTGCGTTCATTTATCCATTTTAACTTTC
TGAATTGCTGATATATTGTCCTCTACCAAGAATGTATGGATGCAAATGTTGCCGAAAGTT
TTAAAATAGCATCGAATTAGGAGGGTTCAATAAGGAGATAACAATTGACTTCTTTATCTG
GAGAATTAAACAGG

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR1EM47TF 434 0 0
GCACTTCGATCATAAATAGTTATGTTCGGTTCTTTGAAGCTGGTTGATGGAGATGCCTTG
TCCGAGATGAAATTGGTCGATCTCGTAATTAACAAAAGAGTGGACTGCTTGTTAGTTGGA
TTTAACAGTTGCGCCCCTTTTGTGCCTAAAGCTGTTGTGGACTGTTGGACTGTTGATTTT
TAACTTAGCCATGTACTAAAGTTTGGTTTGCCACAAGAACTATAATATCCTTTTCCAAAC
ACTAATTGGGAACTTCACGAGGGGATGAAGTTCTGCGTTCATTTATCCATTTTAACTTTC
TGAATTGCTGATATATTGTCCTCTACCAAGAATGTATGGATGCAAATGTTGCCGAAAGTT
TTAAAATAGCATCGAATTAGGAGGGTTCAATAAGGAGATAACAATTGACTTCTTTATCTG
GAGAATTAAACAGG

QA 1 434 1 434
DS 



AS 1 2

CO CL6416Contig1 1033 2 8 U
AGGGATATTCCCCTGGCTCTTATAATGAGGATATGTTTCAGGGTTTGGATTTTGCGATAG
CTGAAGCAAGAAAGCAGGGGATAAAGATCATACTCAGCTTTGCCAATAACTATGTGAGCT
TTGGAGGGAAGAAGCAATATGTAGACTGGGCTAGAAGCCAAGGCCGTCCTGTATCTTCTG
AAGACGATTTCTTCACAGACTCTCTAGTTAAAGATTTCTACAAGAACCATATCAAGGCTG
TGCTGAACAGATTCAATACTTTTACCAAAGTTCATTACAGAGATGACCCGACCATTATGG
CTTGGGAGCTCATGAACGAGCCTCGTTGTCCCTCAGATCCAAGCGGACGAACCATTCAGG
CTTGGATTACTGAAATGGCTGCTCATGTGAAATCACTAGCCAGTTTGGAACAGACTTTAT
CGCCAATAACCGCATACCTGGCATTGATTTCGTCACGGCTCACTCTTACCCCGACGAATG
GTTTGTAGACGCAAGCGAGCAATCCCAAATGGAGTTCTTAAACAGATGGGTGGACGCACA
CATCCAAGACGCTCAGAACGTTCTTCACAAACCCATAATCTTAGCTGAGTTTGGTAAATC
AATGAAGAAGGCAGGCTATTCTCCCGCGCGGAGAGACCTTGTCTTCAACACCGTGTATAC
CAAGATCTATGAGTCTGCGAAACGAGGAGGCGCAGCAGCGGGAGGATTGTTCTGGCAACT
TCTAGGAAACGGAATGGATAATTTTCAAGATGGGTATGGGATCATACTCAGCCAAAGCTC
CTCAACTGTAAACGTCATTGCTCAGCAGTCGCGGAAGCTGACTTTGATTTGTAAAATCTT
CGCTAGAATGATCAATGTGGAGAAATGGAAGAGAGCCAGAGGCTATGGACCAATTAGAAA
AGGAGGTCACAATATTCCAAACTAAGTCTTCATGTAATAATAGTTTACTCTGTTTTCATT
GTCGTGCGATCCAAGGAAAGTTATTAGTGATAGAATAGTGATATGCTTTATTAGTAATAA
AGAAAAACTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FV35TF U 1
AF RR1FV35JQ C 328
BS 1 610 RR1FV35TF
BS 611 611 RR1FV35JQ
BS 612 717 RR1FV35TF
BS 718 718 RR1FV35JQ
BS 719 747 RR1FV35TF
BS 748 748 RR1FV35JQ
BS 749 774 RR1FV35TF
BS 775 1033 RR1FV35JQ

RD RR1FV35TF 774 0 0
AGGGATATTCCCCTGGCTCTTATAATGAGGATATGTTTCAGGGTTTGGATTTTGCGATAG
CTGAAGCAAGAAAGCAGGGGATAAAGATCATACTCAGCTTTGCCAATAACTATGTGAGCT
TTGGAGGGAAGAAGCAATATGTAGACTGGGCTAGAAGCCAAGGCCGTCCTGTATCTTCTG
AAGACGATTTCTTCACAGACTCTCTAGTTAAAGATTTCTACAAGAACCATATCAAGGCTG
TGCTGAACAGATTCAATACTTTTACCAAAGTTCATTACAGAGATGACCCGACCATTATGG
CTTGGGAGCTCATGAACGAGCCTCGTTGTCCCTCAGATCCAAGCGGACGAACCATTCAGG
CTTGGATTACTGAAATGGCTGCTCATGTGAAATCACTAGCCAGTTTGGAACAGACTTTAT
CGCCAATAACCGCATACCTGGCATTGATTTCGTCACGGCTCACTCTTACCCCGACGAATG
GTTTGTAGACGCAAGCGAGCAATCCCAAATGGAGTTCTTAAACAGATGGGTGGACGCACA
CATCCAAGACGCTCAGAACGTTCTTCACAAACCCATAATCTTAGCTGAGTTTGGTAAATC
AATGAAGAAG*CAGGCTATTCTCCCGCGCGGAGAGACCTTGTCTTCAACACCGTGTATAC
CAAGATCTATGAGTCTGCGAAACGAGGAGGCGCAGCAGCGGGAGGATTGTTCTGGCA*CT
TCTAGGAAACGGAATGGATAATTTTCA*GATGGGTATGGGATCATACTCAGCCA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1FV35JQ 706 0 0
GTCCCTCAGATCCAAGCGGACGAACCATTCAGGCTTGGATTACTGAAATGGCTGCTCATG
TGAAATCACTAGCCAGTTTGGAACAGACTTTATCGCCAATAACCGCATACCTGGCATTGA
TTTCGTCACGGCTCACTCTTACCCCGACGAATGGTTTGTAGACGCAAGCGAGCAATCCCA
AATGGAGTTCTTAAACAGATGGGTGGACGCACACATCCAAGACGCTCAGAACGTTCTTCA
CAAACCCATAATCTTAGCTGAGTTTGGTAAATCAATGAAGAAGGCAGGCTATTCTCCCGC
GCGGAGAGACCTTGTCTTCAACACCGTGTATACCAAGATCTATGAGTCTGCGAAACGAGG
AGGCGCAGCAGCGGGAGGATTGTTCTGGCAACTTCTAGGAAACGGAATGGATAATTTTCA
AGATGGGTATGGGATCATACTCAGCCAAAGCTCCTCAACTGTAAACGTCATTGCTCAGCA
GTCGCGGAAGCTGACTTTGATTTGTAAAATCTTCGCTAGAATGATCAATGTGGAGAAATG
GAAGAGAGCCAGAGGCTATGGACCAATTAGAAAAGGAGGTCACAATATTCCAAACTAAGT
CTTCATGTAATAATAGTTTACTCTGTTTTCATTGTCGTGCGATCCAAGGAAAGTTATTAG
TGATAGAATAGTGATATGCTTTATTAGTAATAAAGAAAAACTTTTG

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL6417Contig1 1014 2 10 U
GATGAATGCTCGTTGGTATACACTCCTCATTCTTCTCCCTAAAAATAGAGAGAACTTAAA
AACAAGAAGAATTAAAAAACGTTAATTCTGGAAAATAAAAAAAAACGAGAGTTGTTGTTT
CTCACGAAGATGAAGATGAAATGATATCCCATGAATATGATCATGTTTCTTACTAACCCT
AATAATCAAGAAGGGGGCTTTTCAAGAACGTAGCAACAGACAGCATTCTCTGTTCCATTT
TTTTTTTGGTTTTGTGTTGAAATCTTTTGTTGCAGATTCATCAATGTCCATTATATCATC
TCGGACAGGACGAGATCGTCAACGTTACGGCAACAACTTTCGTCTCGTTTCTGGATGCAT
TCCGTATAGGCTGATCAAAGAAGAGGGAAGTGAAGAAGACACAAGTGTTGACTTTGTAAA
CAAGTTTCAAGTTCTCATGGTCTCATCTCCTAATCGTCATGATCTTGTCTTCCCAAAGGG
AGGATGGGAAGATGATGAGACAGTCCTTGAAGCTGCTTCTCGTGAAGCCATGGAAGAAAC
TGGAGTTAAAGGAAGCCTTAGAGAAGTTCCTTTAGGAATTTGGGAATTTAGAAGCAAAAG
TAGTTGTAACGAGGAGAATGAATGTTTTGGTGGATGCAAAGGATATATGTTTGCATTAGA
GGCAACCGAAGAACTCCAGGAATGGCCAGAACGTGAGAATCGTGAGAGGAAATGGTTGAA
TGTTAAAGAAGCATTGGAGCTGTGTCGGTATGAATGGATGCAGAGAGCACTTGAAGAGTT
TTTAAGAGTAATGCAAGAAGATGAAGAAAGAAAATTGACAACAGAGGAAGAGACAGTGCA
GGATGATTCTTCAAAGCTAGAGGAGTGTCAAATAGATCCTTGTTACTGTTTTATAGTTAA
TTAGTTCTTTTTTCAATCTTTATTTTTTAGCTTTTGGGTTCAGTTGAAAAAGCTGCTTCT
AATACTAATGTAAACAAGTTGAAACATAAGAAGCAAACAATGACTTCAGTTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C351TF U 1
AF RR1C351JQ C 247
BS 1 664 RR1C351TF
BS 665 665 RR1C351JQ
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BS 692 706 RR1C351TF
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QA 1 706 1 706
DS 

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TTGG
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GTTCTCATGGTCTCATCTCCTAATCGTCATGATCTTGTCTTCCCAAAGGGAGGATGGGAA
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GAGGAGAATGAATGTTTTGGTGGATGCAAAGGATATATGTTTGCATTAGAGGCAACCGAA
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GCATTGGAGCTGTGTCGGTATGAATGGATGCAGAGAGCACTTGAAGAGTTTTTAAGAGTA
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TTTCAATCTTTATTTTTTAGCTTTTGGGTTCAGTTGAAAAAGCTGCTTCTAATACTAATG
TAAACAAGTTGAAACATAAGAAGCAAACAATGACTTCAGTTGCG

QA 5 768 5 768
DS 



AS 1 2

CO CL6418Contig1 1079 2 8 U
GGGAAAATCAAATCCGAAATTAACAAAAAGGTTGAAGACGATATCCCCTCCCTCCTCTGC
AGCAAAAGAGAATGTCTGGAAGAGACCGATACCACCGAGAAATTCAAGACCCTTACCATG
AACGACGTCGTTTCTCTCCAGAGAGACCATTCCTTCGGGCACCTCCACCTCCATCATTGC
TGGAAGATCTTCAGATACAAGAAGCTGAAATCCGGAGGCTTTTGGGTGATAACCACAGAC
TAGCTGACGACCGTGTGCTCCTGGAGAGAGAGCTCGGTGCTGCCAAGGAAGAGCTTCACC
GTATGAACCTGATGGTTTCTGATCTCCGTGCCGAGCAAGATCTGCAGTCGAGGGAGTTCA
GTGAGAAGAGGCATAAACTTGAGGCGGATATTCGTGCTATGGAGTCTTACAAGAAGGAGG
CTGCACAGCTTCGTGGGGAAGTTCAGAAGCTGAGTGAGATCAAACGTGACCTGGGTGGAG
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GGTTGAGAGCTGAGGTTGATACCTGCAGAAGGAGCTTATGCACGCTAGAGGGGCTATTGA
CTGTGAGAAGAAGGAAAAGTTTGAGCTTATCGAACAGCGGCAGATAATGGAAAAGAACAT
GGTTTCTATGGCTCGTGAAGTTGAAAAGCTACGAGCTGAGCTTGCGACTGTTGATAGTAG
GCCCTGGGGTTTTGGTGGATCATATGGGATGAATCTCGGCAGTATGGATGGCGCTTACCG
TGGTTCCTATGGAGAAACCGATGGTTTTCTGGGATCTTCGGAAAGGAGTCAATATTACAG
CCATGGGTCTGGTTCGCAGAAGAAGCCTCGCTTGGATCGTCACTGAATCATAAATAATAT
TTGGAAAAGAGAAAGGTGAGTCTAAATTGGCCACTTTGAAACACTCCTCTTGTTGTTTTA
TGGGTATGCATCTACTCTAAATCAAAACGTTAGCTCTTCTGCTCTCTCAATAAGGCATTT
TAATTAAGTAAGTTAGTTGGCTAAACTATGTCGTATGTTTCTATAATTCAGTGACTTGG


BQ
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AF RR1EI15TF U 1
AF RR1EI15JQ C 361
BS 1 720 RR1EI15TF
BS 721 721 RR1EI15JQ
BS 722 752 RR1EI15TF
BS 753 753 RR1EI15JQ
BS 754 784 RR1EI15TF
BS 785 786 RR1EI15JQ
BS 787 812 RR1EI15TF
BS 813 1079 RR1EI15JQ

RD RR1EI15TF 812 0 0
GGGAAAATCAAATCCGAAATTAACAAAAAGGTTGAAGACGATATCCCCTCCCTCCTCTGC
AGCAAAAGAGAATGTCTGGAAGAGACCGATACCACCGAGAAATTCAAGACCCTTACCATG
AACGACGTCGTTTCTCTCCAGAGAGACCATTCCTTCGGGCACCTCCACCTCCATCATTGC
TGGAAGATCTTCAGATACAAGAAGCTGAAATCCGGAGGCTTTTGGGTGATAACCACAGAC
TAGCTGACGACCGTGTGCTCCTGGAGAGAGAGCTCGGTGCTGCCAAGGAAGAGCTTCACC
GTATGAACCTGATGGTTTCTGATCTCCGTGCCGAGCAAGATCTGCAGTCGAGGGAGTTCA
GTGAGAAGAGGCATAAACTTGAGGCGGATATTCGTGCTATGGAGTCTTACAAGAAGGAGG
CTGCACAGCTTCGTGGGGAAGTTCAGAAGCTGAGTGAGATCAAACGTGACCTGGGTGGAG
ACGTTCAGATACTTAGGAAAGATTTGGTGAAGTTGCAGTCGGATAACAAGCAGATCCCTG
GGTTGAGAGCTGAGGTTGATACCTGCAGAAGGAGCTTATGCACGCTAGAGGGGCTATTGA
CTGTGAGAAGAAGGAAAAGTTTGAGCTTATCGAACAGCGGCAGATAATGGAAAAGAACAT
GGTTTCTATGGCTCGTGAAGTTGAAAAGCTACGAGCTGAGCTTGCGACTGTTGATAGTAG
*CCCTGGGGTTTTGGTGGATCATATGGGATGA*TCTCGGCAGTATGGATGGCGCTTACCG
TGGT**CTATGGAGAAACCGATGGTTTTCTGG

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1EI15JQ 719 0 0
GTGAGAAGAGGCATAAACTTGAGGCGGATATTCGTGCTATGGAGTCTTACAAGAAGGAGG
CTGCACAGCTTCGTGGGGAAGTTCAGAAGCTGAGTGAGATCAAACGTGACCTGGGTGGAG
ACGTTCAGATACTTAGGAAAGATTTGGTGAAGTTGCAGTCGGATAACAAGCAGATCCCTG
GGTTGAGAGCTGAGGTTGATACCTGCAGAAGGAGCTTATGCACGCTAGAGGGGCTATTGA
CTGTGAGAAGAAGGAAAAGTTTGAGCTTATCGAACAGCGGCAGATAATGGAAAAGAACAT
GGTTTCTATGGCTCGTGAAGTTGAAAAGCTACGAGCTGAGCTTGCGACTGTTGATAGTAG
GCCCTGGGGTTTTGGTGGATCATATGGGATGAATCTCGGCAGTATGGATGGCGCTTACCG
TGGTTCTTATGGAGAAACCGATGGTTTTCTGGGATCTTCGGAAAGGAGTCAATATTACAG
CCATGGGTCTGGTTCGCAGAAGAAGCCTCGCTTGGATCGTCACTGAATCATAAATAATAT
TTGGAAAAGAGAAAGGTGAGTCTAAATTGGCCACTTTGAAACACTCCTCTTGTTGTTTTA
TGGGTATGCATCTACTCTAAATCAAAACGTTAGCTCTTCTGCTCTCTCAATAAGGCATTT
TAATTAAGTAAGTTAGTTGGCTAAACTATGTCGTATGTTTCTATAATTCAGTGACTTGG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL6419Contig1 1196 2 4 U
GGAAAAGCTTCAACATGGGAACATTGGTGGGTCACATCGTACCAGGATTTTTCTTCTTTG
CACTTGGTCTATGGCACCTCTTTAACCACATCAAACTATATTCTCTACATCCAAACTCAT
ACCTATCATGTGTATGGTTTCCCCTTTCCAAACCAAGATATTTAGAGCCTCTCTTGATCA
TTATAGCCTCCTCACTTTCCATTTCTGTGGAACTCTTTCTTGGCCAAAAGAATCACCAAC
CATTTGATCCCAATGACGGAACTATCCCGTCAAACCATCTTCATAACTTTGAACACTCTT
GCATCTCTATCACCTTCATCACCTATGCAGCTTTTGCCATCGTCTTTGACAAAATAAGAC
CAATGGCTCACAGGGACCTCACCAACTTGATTGCAGCCCTCGCGTTCGCCCAACAACTCT
TTCTCTTCCATTTCCACTCGTCCGACCATACGGGCGTCGAGGGCCACTACCATTTGTTGT
TACAGCTAGTGGTTTTTGTCTCTTTGGTAACAACACTCTTGGGGATCGCCTTGCCAAGTA
GCTTCTTGGTGAGTTTTGTTCGGTCACTTGGTATTTCTTTCCAAGGAATATGGCTCATGT
CAATGGCTTGCATGCTTTGGACGCCAAGTCTGGTTCCCAAGGATTGTTTTCTTCACATTG
AAGAGGGTAAACATACCATTAGATGCTCAAGCGTCAAAGCTCTTCATAGAGCATTATCAT
TGGTTAATATCCAATTCAGCGGGTTTCTGGTGGTTGTGACCATCTTTGCAATGTGGTTTT
ATGTTTTTTTGCAAAGGATCTATGGTGAGACAATTGAATATTCTGAGCTTCGAACAAAGG
AATCCAAAGACGTGATGTGACCATGGTTGATGAGGTTCATTATTCTGAGTCACAAAATGA
ATTTAAGTCACTAGCTTCTTCGGAAAACTACCAACTTCTCATGATGTTTTAAGTATTCCA
ATTAAGATAGCTTGACCATGGATTCATGGGAATATATAGACTTATTATGTGTTTTATTAA
AGTAACACTAAAAGTTCAGGTGGAAGACAATCCATATATGTACAGTGTTAAATATATGAG
CGTGCTGTAATCTAATATATATAGATGGATATCTAAACTATTAAAACTGAAGTACATTTT
GTATTTAACCCTAACTTTTCCACGATAATTACCACTATATGCCACTGAATTAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C480TF U 1
AF RR1C480JQ C 447
BS 1 726 RR1C480TF
BS 727 727 RR1C480JQ
BS 728 740 RR1C480TF
BS 741 1196 RR1C480JQ

RD RR1C480TF 740 0 0
GGAAAAGCTTCAACATGGGAACATTGGTGGGTCACATCGTACCAGGATTTTTCTTCTTTG
CACTTGGTCTATGGCACCTCTTTAACCACATCAAACTATATTCTCTACATCCAAACTCAT
ACCTATCATGTGTATGGTTTCCCCTTTCCAAACCAAGATATTTAGAGCCTCTCTTGATCA
TTATAGCCTCCTCACTTTCCATTTCTGTGGAACTCTTTCTTGGCCAAAAGAATCACCAAC
CATTTGATCCCAATGACGGAACTATCCCGTCAAACCATCTTCATAACTTTGAACACTCTT
GCATCTCTATCACCTTCATCACCTATGCAGCTTTTGCCATCGTCTTTGACAAAATAAGAC
CAATGGCTCACAGGGACCTCACCAACTTGATTGCAGCCCTCGCGTTCGCCCAACAACTCT
TTCTCTTCCATTTCCACTCGTCCGACCATACGGGCGTCGAGGGCCACTACCATTTGTTGT
TACAGCTAGTGGTTTTTGTCTCTTTGGTAACAACACTCTTGGGGATCGCCTTGCCAAGTA
GCTTCTTGGTGAGTTTTGTTCGGTCACTTGGTATTTCTTTCCAAGGAATATGGCTCATGT
CAATGGCTTGCATGCTTTGGACGCCAAGTCTGGTTCCCAAGGATTGTTTTCTTCACATTG
AAGAGGGTAAACATACCATTAGATGCTCAAGCGTCAAAGCTCTTCATAGAGCATTATCAT
TGGTTA*TATCCAATTCAGC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1C480JQ 750 0 0
CATACGGGCGTCGAGGGCCACTACCATTTGTTGTTACAGCTAGTGGTTTTTGTCTCTTTG
GTAACAACACTCTTGGGGATCGCCTTGCCAAGTAGCTTCTTGGTGAGTTTTGTTCGGTCA
CTTGGTATTTCTTTCCAAGGAATATGGCTCATGTCAATGGCTTGCATGCTTTGGACGCCA
AGTCTGGTTCCCAAGGATTGTTTTCTTCACATTGAAGAGGGTAAACATACCATTAGATGC
TCAAGCGTCAAAGCTCTTCATAGAGCATTATCATTGGTTAATATCCAATTCAGCGGGTTT
CTGGTGGTTGTGACCATCTTTGCAATGTGGTTTTATGTTTTTTTGCAAAGGATCTATGGT
GAGACAATTGAATATTCTGAGCTTCGAACAAAGGAATCCAAAGACGTGATGTGACCATGG
TTGATGAGGTTCATTATTCTGAGTCACAAAATGAATTTAAGTCACTAGCTTCTTCGGAAA
ACTACCAACTTCTCATGATGTTTTAAGTATTCCAATTAAGATAGCTTGACCATGGATTCA
TGGGAATATATAGACTTATTATGTGTTTTATTAAAGTAACACTAAAAGTTCAGGTGGAAG
ACAATCCATATATGTACAGTGTTAAATATATGAGCGTGCTGTAATCTAATATATATAGAT
GGATATCTAAACTATTAAAACTGAAGTACATTTTGTATTTAACCCTAACTTTTCCACGAT
AATTACCACTATATGCCACTGAATTAAACC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL6420Contig1 1107 2 6 U
GGCGTGCGAGGCATTGGTCTGCTTAAAGCTCCATTTCGTCAGGCTGAATGATGACGAGTT
CGAGTCTCTTTCCTTGCCCTGTCTCAAGGTCATGTTCTTGGAAGACGTTGTTATGCCTAG
CGACTCGGCTGCAGAGGCGCTCATCTCTTGCTCTCCGGTTCTTGAAGTTTTGAAGATATG
CCTCAGTAGAGATGATTTTGTGGTAGCTTTACGTGTCTGCTCACTGTCACTGAAGAGTTT
CACTTTAAAACGAGTGGAACCTGTTTATCCTCGTGGACGTTCGGTTGTTATTGATGCACC
GAAACTTGAGTATCTAAGTCTCGTGGATTACTACCATTTCAGAAGCTTTGAGATAACCAA
TGTTGCTGAGTCTTTCAAGGTTGATATCGATGTCGAGTTTGAGCTGATGACTGATTACTT
GTCGGAACAGAAGATCATCTACAATCTTCTCAACAACTTTTCAAGTGTTAAAGTTATGAC
CATATCATGGAAAACTTTGCAGTTTATACATAGTTCCCCTCAGACGAACTTTCTCCCCAA
ATTTGATTGCTTGACTCGTTTGCGTGTCAGTATGTGCTTAAACGCATCCCCTTAACTATT
GCCAATCGTTCTTGAGAGCTGCCCCAATCTGAAACACTTGACATTGGGGTTGTTAATTCA
TTATCCAGAAGTGATAGCTAGACTCTCCACTGTGCTGCCTCGTTGTTTGGTATCGTCTCT
TGAATCTGTCGAAATGGAAAGCCCGGTCACGGAGATAGCTACTGAACTGAGATTGGCTAG
ATACTTTATGAAGAACTCGACTACACTCAAGAAGCCCGTGCTGCGTTTGAATCAGTCTTC
TAGTGGAGAGAAGCACAGGCCTGGTGTCTTGGAACAACTGATTGACTCTCCAAGACGCTC
TAGATGGTGTCACTTCGAAGTTATTCCAGTGGTTCCAATCTCCGAATCATCCATAGCCTG
ATGGGGATGTCTATGTAAATTCCAATAGGTTCTGAAGCTGGATCTAAATATAAAATAAGT
GTGTAAAAGTATGGCTTAAGACAACAGCTTTAACCCTTTGTATGAGGTACTACTGGTATG
GCTTAAGACTCCATTTGGTTTGGTCGA


BQ
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AF RR1FK66TF U 1
AF RR1FK66JQ C 304
BS 1 723 RR1FK66TF
BS 724 724 RR1FK66JQ
BS 725 733 RR1FK66TF
BS 734 734 RR1FK66JQ
BS 735 747 RR1FK66TF
BS 748 1107 RR1FK66JQ

RD RR1FK66TF 747 0 0
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CCTCAGTAGAGATGATTTTGTGGTAGCTTTACGTGTCTGCTCACTGTCACTGAAGAGTTT
CACTTTAAAACGAGTGGAACCTGTTTATCCTCGTGGACGTTCGGTTGTTATTGATGCACC
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TTATCCAGAAGTGATAGCTAGACTCTCCACTGTGCTGCCTCGTTGTTTGGTATCGTCTCT
TGA*TCTGTCGAA*TGGAAAGCCCGGT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1FK66JQ 804 0 0
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AATCGTTCTTGAGAGCTGCCCCAATCTGAAACACTTGACATTGGGGTTGTTAATTCATTA
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ATCTGTCGAAATGGAAAGCCCGGTCACGGAGATAGCTACTGAACTGAGATTGGCTAGATA
CTTTATGAAGAACTCGACTACACTCAAGAAGCCCGTGCTGCGTTTGAATCAGTCTTCTAG
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TAAAAGTATGGCTTAAGACAACAGCTTTAACCCTTTGTATGAGGTACTACTGGTATGGCT
TAAGACTCCATTTGGTTTGGTCGA

QA 1 804 1 804
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6422Contig1 1061 2 2 U
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ATATTCTCAGAGTACTACAAGAGTTACGATGCATTCGTTGATGCTCTCTTCAAAACTGGC
CGAAGTGCTGATCTACAGTGGAAAAACGGTAAGGAGTTTTCCACTCTGTAGGGCATTCGT
TTCCGCGTCACCAAGGCCCTTACAAGTAAGAACCAATAGATGTTTCATATTTGCTCTCAA
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TAAATATAGACGTACGTATGTATGTATTATTATTATTGTGTTTATATTTCATTGATTTTG
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BQ
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AF RR1B448TF U 1
AF RR1B448JQ C 356
BS 1 790 RR1B448TF
BS 791 1061 RR1B448JQ

RD RR1B448TF 790 0 0
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AAACTTTATTTCACAAATGCCCTTTGTCAAAAAAAAAAAAAAACTTTATTTCATAAGTTT
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TTTCAAGTAAATTGGATTCATAATATTTTGAAATCTGTCTTATAATTGAAGGTTTTCAGA
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TACTGTAATATGTTGTAGCCTTGTAGGATAATATACATTGTAATTGGAATTTGGTTATGA
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ATGCAGTGAAGGACGGAGCGAAGCAAGTGAAGGAAACCACCGAGTATATCCAAGATGTCG
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TAAATATAGA

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1B448JQ 706 0 0
AAAAGTTTCAAGTAAATTGGATTCATAATATTTTGAAATCTGTCTTATAATTGAAGGTTT
TCAGAACTTCTATTCCAGTAGTATCATATCAATTCAACTACAAGTTATGATATGTTGATA
TCTAATTATTACATACTAACAGGATCTGCTGGAAATTAACTATGCATACAGTGTAGAGAG
TTTCATACTGTAATATGTTGTAGCCTTGTAGGATAATATACATTGTAATTGGAATTTGGT
TATGATAAATTAAATAAAGGGAAAAGAAGAGGCAGATCAATGCAAAAATGTGAAAGAAGC
AGCAGATGCAGTGAAGGACGGAGCGAAGCAAGTGAAGGAAACCACCGAGTATATCCAAGA
TGTCGCTTCCACTACATCTGGCCGGGTATACAACTCCATTTTATTATTTGACTATTCTGA
TTAACTAAATATAGACGTACGTATGTATGTATTATTATTATTGTGTTTATATTTCATTGA
TTTTGTTAATTAGGTAAGTAAGATGACAAAAGATGTGACGGAAAAGGTTACTGAAACGAC
GGATTCTGTCACTGAAAAGGCTAAAGGATCTGTATCTGGAGTCGTGGATACAGTTAAAAA
TGCTACTGATATCATTAAGAACAAGACTAGTCGCGATTAGTTACTAGCACATCCAAATAT
TTGATATATTTATATATATTTCAATAAATTAAATAGTATTCAAAGC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL6423Contig1 1057 2 16 U
GATTGTGAATCACCACCTCACATTAAAGTACGATTTTCACAGCTACATGATTCGCTCTAT
GGAGGAAGAGTTCCAAAGGATAGTAGGTGTAAGTGGGCCGCTTTGGGGGTTTGTAGTTGC
TTTCATGCTCCTCAACATAAAAGGATCAAATCTCTATTTCTGGATAGCAATCATACCTGT
CACTCTTGTTCTTTTGGTTGGTACCAAGCTGCAACATGTGATAGCAACTTTGGCATTGGA
GAATGCTGGTTTAACAAAATATCCTTCTGGAGTTAAGCTGAGACCTAGAGATGAACTCTT
TTGGTTCAATAAACCAGAACTGCTCTTGTTCCTCATCCATTTCATTCTATTCCAGAATTC
TTTTGAACTGGCTTCATTCTTCTGGTTCTGGTTCGGTTACAACTCTTGCTTCCTTAAGAA
TCATCTCCTTGTCTACTTTCGACTTACTTTAGGTTTTGCTGGACAGTTTCTATGCAGTTA
CAGCACACTGCCACTATATGCATTGGTTGCTCAGATGGGAACCAACTATAAAGCGGCTCT
GATACCTCAGAGGATAAGAGACACGATTAAAGGTTGGGGAAAAGCGACAAGAAAGAAAAG
AAGACATGGTTATTACGGTGATGATTCAACTGTTAGAACAGAAACAAGCACGGTTGCATC
TATTGAAGAATATGACTATCAAGTGCTTGATGTTGTTGAAACTTATCATCAACAACAACA
AGGTACTGAGCTAGAGTTACAGCCAGTCCAACCTCGTAATGCTTCTTCTTCTGTACCTAA
TGAATCTTCAAGTAGAGTTGGAACACCTCTTCTTCGATGTGTCTCTATTTCTTCAGCAAC
GACCCCAGATCTAAGACCAGAATCTGTGGAGCCGCTCTCGAGATCCTCTTCATTGCCAGT
GAGAAGAGAATGATATAAGATATACATACTCATTAAGATGAGCTGAGTCGCGGTTGTGAG
GATTGATTTAGAGGAATGTAAGTTTGTAGGAGTGTTTTGAGTAGAAACATGTATAACAAG
CATACATAATCGCCTGGACATGATTAATTTCTGGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G650TF U 1
AF RR1G650JQ C 313
BS 1 669 RR1G650TF
BS 670 670 RR1G650JQ
BS 671 681 RR1G650TF
BS 682 682 RR1G650JQ
BS 683 711 RR1G650TF
BS 712 712 RR1G650JQ
BS 713 722 RR1G650TF
BS 723 723 RR1G650JQ
BS 724 737 RR1G650TF
BS 738 738 RR1G650JQ
BS 739 743 RR1G650TF
BS 744 744 RR1G650JQ
BS 745 758 RR1G650TF
BS 759 759 RR1G650JQ
BS 760 776 RR1G650TF
BS 777 1057 RR1G650JQ

RD RR1G650TF 794 0 0
GATTGTGAATCACCACCTCACATTAAAGTACGATTTTCACAGCTACATGATTCGCTCTAT
GGAGGAAGAGTTCCAAAGGATAGTAGGTGTAAGTGGGCCGCTTTGGGGGTTTGTAGTTGC
TTTCATGCTCCTCAACATAAAAGGATCAAATCTCTATTTCTGGATAGCAATCATACCTGT
CACTCTTGTTCTTTTGGTTGGTACCAAGCTGCAACATGTGATAGCAACTTTGGCATTGGA
GAATGCTGGTTTAACAAAATATCCTTCTGGAGTTAAGCTGAGACCTAGAGATGAACTCTT
TTGGTTCAATAAACCAGAACTGCTCTTGTTCCTCATCCATTTCATTCTATTCCAGAATTC
TTTTGAACTGGCTTCATTCTTCTGGTTCTGGTTCGGTTACAACTCTTGCTTCCTTAAGAA
TCATCTCCTTGTCTACTTTCGACTTACTTTAGGTTTTGCTGGACAGTTTCTATGCAGTTA
CAGCACACTGCCACTATATGCATTGGTTGCTCAGATGGGAACCAACTATAAAGCGGCTCT
GATACCTCAGAGGATAAGAGACACGATTAAAGGTTGGGGAAAAGCGACAAGAAAGAAAAG
AAGACATGGTTATTACGGTGATGATTCAACTGTTAGAACAGAAACAAGCACGGTTGCATC
TATTGAAGA*TATGACTATCA*GTGCTTGATGTTGTTGAAACTTATCATCA*CAACAACA
AG*TACTGAGCTAGAGT*ACAGC*AGTCCAACCTCGTA*TGCTTCTTCTTCTGTAC
TATGATCTTCAAGTAGAG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1G650JQ 745 0 0
ACCAGAACTGCTCTTGTTC*TCATCCATTTCATTCTATTCCAGAATTCTTTTGAACTGGC
TTCATTCTTCTGGTTCTGGTTCGGTTACAACTCTTGCTTCCTTAAGAATCATCTCCTTGT
CTACTTTCGACTTACTTTAGGTTTTGCTGGACAGTTTCTATGCAGTTACAGCACACTGCC
ACTATATGCATTGGTTGCTCAGATGGGAACCAACTATAAAGCGGCTCTGATACCTCAGAG
GATAAGAGACACGATTAAAGGTTGGGGAAAAGCGACAAGAAAGAAAAGAAGACATGGTTA
TTACGGTGATGATTCAACTGTTAGAACAGAAACAAGCACGGTTGCATCTATTGAAGAATA
TGACTATCAAGTGCTTGATGTTGTTGAAACTTATCATCAACAACAACAAGGTACTGAGCT
AGAGTTACAGCCAGTCCAACCTCGTAATGCTTCTTCTTCTGTACCTAATGAATCTTCAAG
TAGAGTTGGAACACCTCTTCTTCGATGTGTCTCTATTTCTTCAGCAACGACCCCAGATCT
AAGACCAGAATCTGTGGAGCCGCTCTCGAGATCCTCTTCATTGCCAGTGAGAAGAGAATG
ATATAAGATATACATACTCATTAAGATGAGCTGAGTCGCGGTTGTGAGGATTGATTTAGA
GGAATGTAAGTTTGTAGGAGTGTTTTGAGTAGAAACATGTATAACAAGCATACATAATCG
CCTGGACATGATTAATTTCTGGAGC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL6424Contig1 569 2 4 U
GCAAGATGGAGGTACTGAAGTCGTGGAGGCTAAAGCAGGAAAAGGTTCAGCTACATTGTC
AATGACCTATGCTGGAGCACTATTCGCTGATGCATGCTTGAAAGGACTTAACGGAGTTCC
AGATGTTGTGGAATGCTCATACGTGCAATCCACAATCACCGAGCTTCCTTTCTTCGCCTC
AAAGGTGAGGTTGGGGAAGAACGGCGTGGAGGAGGTTCTTGATTTGGGGCCACTCTCAGA
CTTTGAGAAAGAAGGGTTGGAAGCACTTAAACCAGAACTCAAGTCTTCTATCGAGAAGGG
AATTAAGTTCGCCAACCAATGATTTAAACCGATTTTTAACTCGGTTATTTTCCCAATTTT
CCGGTTATATTCTCGCCCTTCATTAGGGTTTCATCAATAAAATCCATGTGTTTTAAGGCT
TTTTGGGTTCATTCCCAAAGCACAGAGATAAAACTGTAACTTGTCAAACATGTAGGTTTC
TTTTTTCCTTTCGGAACAATGATACTTATGTCATAATCAGATCACAAGTGTGCTTGATTC
TTCTTCTTTCTCCACCCTTGTTTACTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H881TF U 1
AF RR1DC19JQ C 173
BS 1 213 RR1H881TF
BS 214 214 RR1DC19JQ
BS 215 464 RR1H881TF
BS 465 569 RR1DC19JQ

RD RR1H881TF 464 0 0
GCAAGATGGAGGTACTGAAGTCGTGGAGGCTAAAGCAGGAAAAGGTTCAGCTACATTGTC
AATGACCTATGCTGGAGCACTATTCGCTGATGCATGCTTGAAAGGACTTAACGGAGTTCC
AGATGTTGTGGAATGCTCATACGTGCAATCCACAATCACCGAGCTTCCTTTCTTCGCCTC
AAAGGTGAGGTTGGGGAAGAACGGCGTGGAGGATGTTCTTGATTTGGGGCCACTCTCAGA
CTTTGAGAAAGAAGGGTTGGAAGCACTTAAACCAGAACTCAAGTCTTCTATCGAGAAGGG
AATTAAGTTCGCCAACCAATGATTTAAACCGATTTTTAACTCGGTTATTTTCCCAATTTT
CCGGTTATATTCTCGCCCTTCATTAGGGTTTCATCAATAAAATCCATGTGTTTTAAGGCT
TTTTGGGTTCATTCCCAAAGCACAGAGATAAAACTGTAACTTGT

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1DC19JQ 397 0 0
TTCGCCTCAAAGGTGAGGTTGGGGAAGAACGGCGTGGAGGAGGTTCTTGATTTGGGGCCA
CTCTCAGACTTTGAGAAAGAAGGGTTGGAAGCACTTAAACCAGAACTCAAGTCTTCTATC
GAGAAGGGAATTAAGTTCGCCAACCAATGATTTAAACCGATTTTTAACTCGGTTATTTTC
CCAATTTTCCGGTTATATTCTCGCCCTTCATTAGGGTTTCATCAATAAAATCCATGTGTT
TTAAGGCTTTTTGGGTTCATTCCCAAAGCACAGAGATAAGACTGTAACTTGTCAAACATG
TAGGTTTCTTTTTTCCTTTCGGAACAATGATACTTATGTCATAATCAGATCACAAGTGTG
CTTGATTCTTCTTCTTTCTCCACCCTTGTTTACTTTT

QA 1 397 1 397
DS 



AS 1 2

CO CL6425Contig1 447 2 1 U
TTTTTTTATTTGTTCTTAACTTGGAAAGCGCTTCTGCATTTATCTCCAAACTCGACATTG
GCTAAAGAGTTCGAGAGTCTGGGAAGGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCT
CCTTCCCCACATGTTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCCGAACAAGTAAAGAGTACT
GGAGAGAAGAAGAGTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATATTGGCTCTGTTCTCTCATCTT
CTTTTCATTATCTCTTCTCCAGTATCTTCCTCCTTTATTTAATGTTTTTTGCTTTGAATA
TGCTATAGTTTTATAATGTTCTCAGTTACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCATA
TGATTATGTATGCATGAGAGTGCAAACTTGTAATATTTAATCGGTATTGAAATTTTAATA
ATGAAAGCGTAGCTTTAAATCTTGTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AS 1 2

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BQ
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BS 1 794 RR1AR28TF
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DS 



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BQ
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AF RR1DC75TF U 1
AF RR1DC75JQ C 501
BS 1 564 RR1DC75TF
BS 565 565 RR1DC75JQ
BS 566 663 RR1DC75TF
BS 664 1109 RR1DC75JQ

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CAGTGAACTCTTCCATGTACTTTCTTCAAGTCATATCGATCATGATGGTTGGTCATCTCG
GTGAGATTTACCTCTCAAGCACTGCCATCGCCGTTTCTTTCTGCAGCGTCACCGGCTTTA
GCCTCGTCTTTGGATTGGCTAGTGCATTGGAGACTTTATGTGGCCAAGCTAATGGAGCTA
AGCAGTTCGAGAAGCTTGGAGAACATACTTACACAGGGATCTTCTCTCTGTTCATTGTCT
CTATCCCTTTGTCTGTTCTCTGGAGTTACATGGGTGAGATACTTTCTTTCATCGGACAAG
ATCCTCTTGTTTCTCAAGAAGCAGGGAAGTTCGCCACTCGGCTCATACCAGCTCTCTTTG
CTTACGCAACACTCCAGCCGCTTGTTAGGTTTTTCCAAGCGCAGAGTTTGGTTTTGCCTT
TGATTATGAGCTCCATGTCTGCTCTGTGTTGCCATGTTTTACTCTGCTGGAGCTTGGTTT
TCAAGTTTGGGCTTGGAAGCTTAG*TGCAGCTATTGCCATCAGTGTTTCTTACTGGCTTA
ACGTGACTGTGCTTGGATTGTATATGACGTTTTCTTCTAGCTGTAGCAAGACCCGTGGGA
GGA

QA 1 663 1 663
DS 

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GCTCTGTGTTGCCATGTTTTACTCTGCTGGAGCTTGGTTTTCAAGTTTGGGCTTGGAAGC
TTAGGTGCAGCTATTGCCATCAGTGTTTCTTACTGGCTTAACGTGACTGTGCTTGGATTG
TATATGACGTTTTCTTCTAGCTGTAGCAAGACCCGTGGGAGGATCTCCATGAGTGTGTTT
AAAGGAATGAGAGAGTTTTTCCGGTTTGGTATCCCATCTGCTTCTATGATCTGGTATGAA
CGAACCCTCTTTGTTCCCTTTTTTTTTTGGCTTTGGTCACAGTGTAATGATCATATTATT
GTGTGTTATGGTGCTGTTTTAGCCTTGAGTGGTGGTCATTCGAGTTTCTTGTCATGCTCT
CTGGGATCCTACCAAATCCAAAGCTAGAAACCTCTGTTCTCTCAGTGTGGTATGTTCCTT
ATCTTCTTCTAAACTGGTCCTAAGATTTTAGGGACAAAAACCAATTTAGTAGAATTTTGA
GAAATATTATTTTTTATCAATTTAGGAGCTTATGCTTATTTATATTAATTCTTAAAATTT
TGGAGATACCGGCTCTGCTTGTATTTTGGAATGAAATATCATCATATAAAATTACTTGCA
TGCGTTGGC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL6428Contig1 1324 2 2 U
TTCAGACAAGTTTAGATTCTCTCTCCTCCATCTCTCTCCTTTGGCTCGCGCTTGTGGAAT
ACGTTCAGAAAGTGGGGTGGACAAAATGAATAACGGTGGTCCGTGGTTACCGGAAGAGGA
CTTTAAGGGTCTCACGGATAACTTCTTTGATGATCTCATCAATCATATCGATTTCCCTCT
TGAGGACATCAAAACCACCAACGAAGAGGCAGACTGGGGTGCCGACTTTAAGAACCTCAT
ACCTCCACCATCGGATGTGCTCACAAGTTTGTCCTCTGAGTTCACTCGTGCTGGCACCAA
TGGGCAGCTTGTGGAAGGAGCCCGCAAGAAGCCTGTGCCCACTTTGAAGCAGTCGGGAGG
AATCTCTTCTACCGTTGATACTTCCCTCCCTGATGTCAAAGTCTCAAAGCTGTTTCAGTC
CTCAAGCCCAGTCTCAGTGCTCGAGAACAACGCAGCCAATGGTTCTGCAGCCTCGTTCCA
GAACCAAAACAGAGCTCAGAGACTGGCCTTCCCCGTCAAAGGCATCAGAAGCAAGCGCAA
ACGCCCCACAATCCCAACATTCTTATCCCGCCACTCCTTCTTATCTGAAATGCTGGAGAG
GAAGTTTGCTCTGGATGATGATTCAGACTCTGAAGACACTTACCTCTCTTCTGAGAGTTC
TGCCAAGAGGAGACGCAAGAAGAAGAACAGCAACGTCTCTCACAGTCCTGAACCATTCAG
CGCAGATGGGACAGTTGTCAGGAAGTGCACTCATTGCGAGTCAACCAAGACCCCACAGTG
GAGGGAAGGTCCCAATGGTCTTAAGACACTCTGCAACGCTTGTGGAGTTCGGTTCAGATC
AGGCCGTCTTCTTCCAGAGTACCGTCCAGCTTCAAGCCCCACCTTCATCCCAACAGTGCA
TTCAAATTCTCACAGGAAGATCATAGAGATGAGAAGGAAAGATGAAGAAGGCCAGTTTGG
AACCGGAATGGCCCGTGGCTTTAGATACCGAGCGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTTTGT
AACTTTAGCAGACCGAAGTGAGTTTGGTCTGTGAAAAAAACAAAAAACAAAACCAAAACA
ATGAGGATCCCTGGAATGGGGTTTAGCTCTCTGTAAGACTTGTCTTCTTTAAAACTAGGG
CTTAGTATCTGTCTTTTTTTTAAAAGAATCTGATGCAGAGAGTTTCTTTAGGGTTTGTAG
TTGGAAAGTTATAGGGTCTTTTAAAGTGTTTGTTTGATTATGTTTTATATTTGGCTGACA
TCTGTTTTATCAAAGTAGTGTAATGCCAGTTTTCTTTCTTAAACTATTTTGATTAAGAAA
CCGC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1BU38TF U 1
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BS 1 743 RR1BU38TF
BS 744 1324 RR1BU38JQ

RD RR1BU38TF 746 0 0
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ACGTTCAGAAAGTGGGGTGGACAAAATGAATAACGGTGGTCCGTGGTTACCGGAAGAGGA
CTTTAAGGGTCTCACGGATAACTTCTTTGATGATCTCATCAATCATATCGATTTCCCTCT
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ACCTCCACCATCGGATGTGCTCACAAGTTTGTCCTCTGAGTTCACTCGTGCTGGCACCAA
TGGGCAGCTTGTGGAAGGAGCCCGCAAGAAGCCTGTGCCCACTTTGAAGCAGTCGGGAGG
AATCTCTTCTACCGTTGATACTTCCCTCCCTGATGTCAAAGTCTCAAAGCTGTTTCAGTC
CTCAAGCCCAGTCTCAGTGCTCGAGAACAACGCAGCCAATGGTTCTGCAGCCTCGTTCCA
GAACCAAAACAGAGCTCAGAGACTGGCCTTCCCCGTCAAAGGCATCAGAAGCAAGCGCAA
ACGCCCCACAATCCCAACATTCTTATCCCGCCACTCCTTCTTATCTGAAATGCTGGAGAG
GAAGTTTGCTCTGGATGATGATTCAGACTCTGAAGACACTTACCTCTCTTCTGAGAGTTC
TGCCAAGAGGAGACGCAAGAAGAAGAACAGCAACGTCTCTCACAGTCCTGAACCATTCAG
CGCAGATGGGACAGTTGTCAGGA
GTG

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1BU38JQ 740 0 0
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TCTCTTCTGAGAGTTCTGCCAAGAGGAGACGCAAGAAGAAGAACAGCAACGTCTCTCACA
GTCCTGAACCATTCAGCGCAGATGGGACAGTTGTCAGGAAGTGCACTCATTGCGAGTCAA
CCAAGACCCCACAGTGGAGGGAAGGTCCCAATGGTCTTAAGACACTCTGCAACGCTTGTG
GAGTTCGGTTCAGATCAGGCCGTCTTCTTCCAGAGTACCGTCCAGCTTCAAGCCCCACCT
TCATCCCAACAGTGCATTCAAATTCTCACAGGAAGATCATAGAGATGAGAAGGAAAGATG
AAGAAGGCCAGTTTGGAACCGGAATGGCCCGTGGCTTTAGATACCGAGCGTAGAGAGAGA
GAGAGAGAGACTTTGTAACTTTAGCAGACCGAAGTGAGTTTGGTCTGTGAAAAAAACAAA
AAACAAAACCAAAACAATGAGGATCCCTGGAATGGGGTTTAGCTCTCTGTAAGACTTGTC
TTCTTTAAAACTAGGGCTTAGTATCTGTCTTTTTTTTAAAAGAATCTGATGCAGAGAGTT
TCTTTAGGGTTTGTAGTTGGAAAGTTATAGGGTCTTTTAAAGTGTTTGTTTGATTATGTT
TTATATTTGGCTGACATCTGTTTTATCAAAGTAGTGTAATGCCAGTTTTCTTTCTTAAAC
TATTTTGATTAAGAAACCGC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL6429Contig1 766 2 2 U
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TATTTCCCTTTGTCACCAGAGAGGAAGAAAAAAATGATGGATTCTTTGGCTAAATGTTTC
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TTAAACATAAAGTTGCCTGTGAATGGCTCAGTGGTTTCAGTAGAGCCCACCAAAAAGTCT
CGTTGCTTGCAGAGATCCAAGAGGATTGACAAATCCCTAAGGTTTGAAGAAGAAGATGAT
GATGAAGACATGGAAAAGCCTCTGGCTAAGGAAGAAGGTCAAAAGCCACGTAAGGTTGTG
AGGTTTCAGTTAGAGAATAATAAGATATTCGAACCAAAGAAGCCGGTGAGGTTCGATCTT
GATGACCAAGAACTCGAACCAAAAGAGAAGTCTTTCAAAGAGAAAGAGAGTTCAAATAAG
GCTGAAGGGAAGGAGGAAGTTGTGAGGGTTAAGATAAAGGTGACGAAGAAGGAAGCTCAA
AGGCTATTAGCTAACTGGAAAAACGACAATGTTTTGGATCTCAAGGATGTGGTGGACCAG
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GGTTAATTTATCAAAATTTTGTAGTTTTTAGAGTAATATTTACCAA


BQ
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AF RR1DB27TF U 1
AF RR1DB27JQ C 227
BS 1 672 RR1DB27TF
BS 673 766 RR1DB27JQ

RD RR1DB27TF 672 0 0
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GATGAAGACATGGAAAAGCCTCTGGCTAAGGAAGAAGGTCAAAAGCCACGTAAGGTTGTG
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GATGACCAAGAACTCGAACCAAAAGAGAAGTCTTTCAAAGAGAAAGAGAGTTCAAATAAG
GCTGAAGGGAAGGAGGAAGTTGTGAGGGTTAAGATAAAGGTGACGAAGAAGGAAGCTCAA
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GGGCGACAAGGA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1DB27JQ 540 0 0
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TTGCTTGTAACAACGGGGGACAAGGAAACGGCTGTTGATTGTCACAGATGGAATACTTTT
TTGGGATTTATTTTGGTTAATTTATCAAAATTTTGTAGTTTTTAGAGTAATATTTACCAA

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

CO CL6430Contig1 1205 2 2 U
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ATGGCCGCCAAATCCACTTCGCTCTGCTACTCAAACCATTCGATCTCATCCAGAACCAAG
CAAAACCCACGCGCCGTCGTCACACTGGCTTATCCGACGGTGAGAATGCAGTCACGTGTC
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GCCTCTATTTTGGGAAAACCTGATTTCGGTTTGATAACACCGCCGGAGATGGCAGCAGCA
GCTAGATCGGTTTGTGCTGCTGCTCCAGGCATACCCATCCTTGCAGATGCAGATACTGGT
GGAGGCAATGCGCTCAATGTTCAAAGAACCGTAAAGGACTTAATCGCAGCTGGTGCTGCT
GGTTGCTTCCTTGAGGATCAGGCATGGCCAAAGAGGTGTGGGCATATGCGTGGGAAAGAG
GTCATACCCGCAGAGGAGCACGCTGCTAAAATAGCATCAGCCAGAGACGCCATTGGAGAT
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TCAGACGCCATTGACCGTGCTAATCTCTACATGGAGGCAGGTGCTGATGCTTCCTTTGTC
GAAGCACCGAGAGACGACGATGAGCTCAAGGAAATAGGAAAACGCGCAAAAGGTTACAGA
CTCTGTAACATGCTTGAAGGTGGGCGCACCCCGTTGCATACACCTGATGAGCTTAAAGAG
ATGGGTTTCCATTTGATCGCTCACCCGCTTACCTCACTCTATGCATCAACTCGAGCTCTT
GTGGACGTCCTCAAGATCCTCAAGGACAAAGGAACCACCAAAGATCATCTGGAAAAGATG
ATTACTTTCGAGGAGTTTAATCGTTTGGTGAACTTGGGTGATTGGTATGAGCTCGAAACT
AAGTACTCTAATCTCAGAAACGCTCTTGGCACTCACAACTAAACCATGAGATACTATTGA
AAGCTGTGTGTTGTTATCAAATAATGTTTTCTTTCTTTTTTTCACTGTTTGTATTGTATC
AGTAACATTACGTTTTCTTTTTAATGTTGTTAACGTATTCAATAAGACTACTGCCAACTT
CTTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1F339TF U 1
AF RR1F339JQ C 494
BS 1 648 RR1F339TF
BS 649 1205 RR1F339JQ

RD RR1F339TF 648 0 0
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ATGGCCGCCAAATCCACTTCGCTCTGCTACTCAAACCATTCGATCTCATCCAGAACCAAG
CAAAACCCACGCGCCGTCGTCACACTGGCTTATCCGACGGTGAGAATGCAGTCACGTGTC
CACCGACTGATCGAAGAGCAAGGCGCAGTGCTCGTTCCCGGGGTCTACGACGCATTGTCG
GCGGCTATCGTGCAGCAGACCGGATTCTCCGCCGCGTTGATCTCCGGCTACGCTCTCTCC
GCCTCTATTTTGGGAAAACCTGATTTCGGTTTGATAACACCGCCGGAGATGGCAGCAGCA
GCTAGATCGGTTTGTGCTGCTGCTCCAGGCATACCCATCCTTGCAGATGCAGATACTGGT
GGAGGCAATGCGCTCAATGTTCAAAGAACCGTAAAGGACTTAATCGCAGCTGGTGCTGCT
GGTTGCTTCCTTGAGGATCAGGCATGGCCAAAGAGGTGTGGGCATATGCGTGGGAAAGAG
GTCATACCCGCAGAGGAGCACGCTGCTAAAATAGCATCAGCCAGAGACGCCATTGGAGAT
TCCGACTTTTTCCTCATCGCTAGGACTGATGCGCGTGCTCTGTCTGCA

QA 1 648 1 648
DS 

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AGGAGCACGCTGCTAAAATAGCATCAGCCAGAGACGCCATTGGAGATTCCGACTTTTTCC
TCATCGCTAGGACTGATGCGCGTGCTCTGTCTGCAAAAACAGGGCTGTCAGACGCCATTG
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ACGACGATGAGCTCAAGGAAATAGGAAAACGCGCAAAAGGTTACAGACTCTGTAACATGC
TTGAAGGTGGGCGCACCCCGTTGCATACACCTGATGAGCTTAAAGAGATGGGTTTCCATT
TGATCGCTCACCCGCTTACCTCACTCTATGCATCAACTCGAGCTCTTGTGGACGTCCTCA
AGATCCTCAAGGACAAAGGAACCACCAAAGATCATCTGGAAAAGATGATTACTTTCGAGG
AGTTTAATCGTTTGGTGAACTTGGGTGATTGGTATGAGCTCGAAACTAAGTACTCTAATC
TCAGAAACGCTCTTGGCACTCACAACTAAACCATGAGATACTATTGAAAGCTGTGTGTTG
TTATCAAATAATGTTTTCTTTCTTTTTTTCACTGTTTGTATTGTATCAGTAACATTACGT
TTTCTTTTTAATGTTGTTAACGTATTCAATAAGACTACTGCCAACTTCTTCT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

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CATCTTCGTCTCTGCAACTCACTCAGCTCGTCACAAGAGCGGTAACGATGGTTCAGGATT
CGGAGGTGTACCCGGATTTGACGGAATACCCGGATTCGGAAACGGGTTCCCGGGAACCGG
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TGTGGTGAGACCGACGGTGACTTGTAGAGTGAAAGGTCCTTGTAACGGTAAGAAGCTTAG
GTGTCCGGCCAAGTGTTTCAGCTCTTTTAGCCGCTCAGGGAAAGGATACGGCGGTGGAGG
AGGAGGTGGTGGATGCACTATGGATTGTAAGAAGAAGTGTATTGCTTATTGTTAGAGATA
AGAAAGATCGCATCTTTAATAATATATAGTCATTACAATGATTATATATCGCTGCCGTAT
GCTATGTTGTAGTAGCTTATAGTTGATGATCATAAGGATCCTTTTGTCTGGATTCGGATG
TAGTAGTTTTTATATGCATAATATATGGTTTGTGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H867TF U 1
AF RR1H867JQ C 273
BS 1 561 RR1H867TF
BS 562 577 RR1H867JQ

RD RR1H867TF 561 0 0
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CATCTTCGTCTCTGCAACTCACTCAGCTCGTCACAAGAGCGGTAACGATGGTTCAGGATT
CGGAGGTGTACCCGGATTTGACGGAATACCCGGATTCGGAAACGGGTTCCCGGGAACCGG
AATGGGCGGTGCCTACGGTGGAGGATACGGTGGTCCAAGCGGTGGGTTTGGAAAGGGAGG
TGTGGTGAGACCGACGGTGACTTGTAGAGTGAAAGGTCCTTGTAACGGTAAGAAGCTTAG
GTGTCCGGCCAAGTGTTTCAGCTCTTTTAGCCGCTCAGGGAAAGGATACGGCGGTGGAGG
AGGAGGTGGTGGATGCACTATGGATTGTAAGAAGAAGTGTATTGCTTATTGTTAGAGATA
AGAAAGATCGCATCTTTAATAATATATAGTCATTACAATGATTATATATCGCTGCCGTAT
GCTATGTTGTAGTAGCTTATAGTTGATGATCATAAGGATCCTTTTGTCTGGATTCGGATG
TAGTAGTTTTTATATGCATAA

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1H867JQ 305 0 0
AAGGTCCTTGTAACGGTAAGAAGCTTAGGTGTCCGGCCAAGTGTTTCAGCTTTTTTAGCC
GCTCAGGGAAAGGATACGGCGGTGGAGGAGGAGGTGGTGGATGCACTATGGATTGTAAGA
AGAAGTGTATTGCTTATTGTTAGAGATAAGAAAGATCGCATCTTTAATAATATATAGTCA
TTACAATGATTATATATCGCTGCCGTATGCTATGTTGTAGTAGCTTATAGTTGATGATCA
TAAGGATCCTTTTGTCTGGATTCGGATGTAGTAGTTTTTATATGCATAATATATGGTTTG
TGATG

QA 1 305 1 305
DS 



AS 1 2

CO CL6432Contig1 623 2 6 U
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TACACACTCTTTGTTCTCGAGATGGCTTTGATGGGTTTTGCTGAGCACCGGAGGTTGCAG
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AAAGACGAGAAGTCGATGAAGGAGTTGAAACTCAAGGAGGTCAAGAACGGTAGACTGGCA
ATGCTCGCCATCCTTGGCTATTTTATCCAGGGACTAGTGACCGGTGTGGGACCTTACCAG
AACCTTCTTGATCATTTGGCGGATCCCGTCAACAACAATGTCTTGACCAGCCTCAAGTTC
CACTGAGGTGATCATATCATATCATACCATCCCATGGTGTTGTCTGTTGGTCTCCCATTC
TCTTGTATCCTACAGTCTTGTTTCTTTCTCTTTGGTACCATCAGTTTCTTTGTGTTGTAA
CACCATGTGTAAACATATTCGTCTTTTGTAAGAAATGACAATATCAGTGGCCATAATGAA
ACAACTTCTAGGATTAATGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM32JQ C 1
AF RR1DN42TF U 124
BS 1 124 RR1EM32JQ
BS 125 203 RR1DN42TF
BS 204 204 RR1EM32JQ
BS 205 336 RR1DN42TF
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BS 338 623 RR1DN42TF

RD RR1EM32JQ 594 0 0
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TACACACTCTTTGTTCTCGAGATGGCTTTGATGGGTTTTGCTGAGCACCGGAGGTTGCAG
GACTGGTACAACCCAGGATCTATGGGTAAACAATACTTCTTGGGTCTAGAGAAAGGTTTC
GCCGGTTCAGGTAACCCGGCTTACCCCGGTGGACCTTTTTTCAACCCTTTAGGGTTTGGA
AAAGACGAGAAGTCGATGAAGGAGTTGAAACTCAAGGAGGTCAAGAACGGTAGACTGGCA
ATGCTCGCCATCCTTGGCTATTTTATCCAGGGACTAGTGACCGGTGTGGGACCTTACCAG
AACCTTTTTGATCATTTGGCGGATCCCGTCAACAACAATGTCTTGACCAGCCTCAAGTTC
CACTGAGGTGATCATATCATATCATACCATCCCATGGTGTTGTCTGTTGGTCTCCCATTT
TCTTGTATCCTACAGTCTTGTTTCTTTTTCTTTGGTACCATCAGTTTCTTTGTGTTGTAA
CACCATGTGTAAACATATTCGTCTTTTGTAAGAAATGACAATATCAGTGGCCAT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1DN42TF 500 0 0
G
GGTACAACCCAGGATCTATGGGTAAACAATACTTCTTGGGTCTAGAGAAAGGTTTCGCCG
GTTCAGGTAACCCGGCCTATCCCGGTGGACCTTTCTTCAACCCTCTAGGGTTTGGAAAAG
ACGAGAAGTCGATGAAGGAGTTGAAACTCAAGGAGGTCAAGAACGGTAGACTGGCAATGC
TCGCCATCCTTGGCTATTTTATCCAGGGACTATTGACCGGTGTGGGACCTTACCAGAACC
TTCTTGATCATTTGGCGGATCCCGTCAACAACAATGTCTTGACCAGCCTCAAGTTCCACT
GAGGTGATCATATCATATCATACCATCCCATGGTGTTGTCTGTTGGTCTCCCATTCTCTT
GTATCCTACAGTCTTGTTTCTTTCTCTTTGGTACCATCAGTTTCTTTGTGTTGTAACACC
ATGTGTAAACATATTCGTCTTTTGTAAGAAATGACAATATCAGTGGCCATAATGAAACAA
CTTCTAGGATTAATGAAAA

QA 2 500 2 500
DS 



AS 1 2

CO CL6433Contig1 587 2 1 U
GGAATAATTTTCTTCTTATCGATCGTCTGTTGGACTTTTGTTAGGGTTTTCGTGTTTTTC
TCAGAGATCAAAAATCGATGGCTTCCCTAGATTCCGACGTAAACATGATCCCTGCAGGTG
AATCCTCCAACCCCGTTGTCCCTTCTTCTTCGTCGAGCAAGAAGGCGAAGAGATTCGAAG
TTAAGAAGTGGAGCGCGGTTGCTCTCTGGGCTTGGGATATAGTTGTTGACAATTGCGCTA
TCTGCAGAAACCACATCATGGATCTCTGCATTGAATGTCAGGCTAATCAGGCAAGCGCTA
CGAGTGAGGAATGCACCGTTGCTTGGGGGGTTTGCAATCACGCCTTCCACTTCCACTGCA
CCAGCAGATGGTTAAAGGCTCGTCAAGTTTGCCCTTTGGATAACAGTGAGTGGGAGTTCC
AGAAATATGGTCACTAATCCTCCCATCTAATATATATAAGATATCATCATGTTCACTTCG
CTGCGGCTTATGAGATACTCAAACTTCTTGTTTTCCTTTTCTGTTTTTTTTTCCCTTGCT
GTGTGTGATTTACTTTCACTGAATCTATTATTCTTTTTTACTTCGGT


BQ
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AF RR1EQ07TF U 1
AF RR1EQ07JQ C 146
BS 1 587 RR1EQ07TF

RD RR1EQ07TF 587 0 0
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TCAGAGATCAAAAATCGATGGCTTCCCTAGATTCCGACGTAAACATGATCCCTGCAGGTG
AATCCTCCAACCCCGTTGTCCCTTCTTCTTCGTCGAGCAAGAAGGCGAAGAGATTCGAAG
TTAAGAAGTGGAGCGCGGTTGCTCTCTGGGCTTGGGATATAGTTGTTGACAATTGCGCTA
TCTGCAGAAACCACATCATGGATCTCTGCATTGAATGTCAGGCTAATCAGGCAAGCGCTA
CGAGTGAGGAATGCACCGTTGCTTGGGGGGTTTGCAATCACGCCTTCCACTTCCACTGCA
CCAGCAGATGGTTAAAGGCTCGTCAAGTTTGCCCTTTGGATAACAGTGAGTGGGAGTTCC
AGAAATATGGTCACTAATCCTCCCATCTAATATATATAAGATATCATCATGTTCACTTCG
CTGCGGCTTATGAGATACTCAAACTTCTTGTTTTCCTTTTCTGTTTTTTTTTCCCTTGCT
GTGTGTGATTTACTTTCACTGAATCTATTATTCTTTTTTACTTCGGT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1EQ07JQ 442 0 0
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CTGGGCTTGGGATATAGTTGTTGACAATTGCGCTATCTGCAGAAACCACATCATGGATCT
CTGCATTGAATGTCAGGCTAATCAGGCAAGCGCTACGAGTGAGGAATGCACCGTTGCTTG
GGGGGTTTGCAATCACGCCTTCCACTTCCACTGCACCAGCAGATGGTTAAAGGCTCGTCA
AGTTTGCCCTTTGGATAACAGTGAGTGGGAGTTCCAGAAATATGGTCACTAATCCTCCCA
TTTAATATATATAAGATATCATCATGTTCACTTCGCTGCGGCTTATGAGATACTCAAACT
TCTTGTTTTCCTTTTCTGTTTTTTTTTCCCTTGCTGTGTGTGATTTACTTTCACTGAATC
TATTATTCTTTTTTACTTCGGT

QA 1 442 1 442
DS 



AS 1 2

CO CL6434Contig1 1226 2 6 U
GGAACCTTTCTCGAAAAGATTCTCTTAGTCTCTGGCGGCGATCGATCGCGATCCTGTAAC
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GTCCCTTGACAGGCTGCTCTCTCCCAGCAGGCTGCTCTCTCCCAGGCGACCATCCCTACT
GCTGTGCAGGCCATGACATCATTGCTAAGGACTTCTCCAGTGCTCAAGCTGCTTCTGTGG
TTTGGGGAGGCTTCTGCTCCACAGACGAGACGAGAGTACTTGCGGCAAAGCCCTCCTTTA
CCATGCCCGCAAGAAATTCGACGTCGGCATTCCCCTTCTTGATGGCAAGAAGATTTTCAC
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CTTCCCAGATGATGATGATGAGATTTGCATCACAATCTTCGATCTTCCTGATTGTTACAG
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CGTGGATTGATCATTTTCTCTCCTCTGTTTTGAAACTTGATCACTTCTCTCTTCTCTTTT
GAAACTCTCTGGTTTGCTTGATCTTATGTTTGGCTTTGAATTTGCGGCGTATTCCTAGCT
CGGCCATCAGGCCCTTATTTTCCAATATTTTTTGATACATACTTTCGAGGCTATCAACTT
GTCGTTTATTAAAATTGTCTGTCTCT


BQ
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AF RR1C651TF U 1
AF RR1C651JQ C 519
BS 1 638 RR1C651TF
BS 639 639 RR1C651JQ
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RD RR1C651TF 686 0 0
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CTAAGATGGATTCTGAGAAATCGGCTCTGGCATCACAAGGAATCCCGAGTGGTGGTGAGG
ATTAGTTGCTTAGATCGGCTCTGGCATCACAAGTAATCCCGAGTGGTGGTGAGGATGAGT
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GTCCCTTGACAGGCTGCTCTCTCCCAGCAGGCTGCTCTCTCCCAGGCGACCATCCCTACT
GCTGTGCAGGCCATGACATCATTGCTAAGGACTTCTCCAGTGCTCAAGCTGCTTCTGTGG
TTTGGGGAGGCTTCTGCTCCACAGACGAGACGAGAGTACTTGCGGCAAAGCCCTCCTTTA
CCATGCCCGCAAGAAATTCGACGTCGGCATTCCCCTTCTTGATGGCAAGAAGATTTTCAC
TTCTTCTCCAGCGCTTCAACCTGACGTCTTCGAGCCTCAGACTCTGCTTCCGGTTCAGGC
CAGGGCTTACCTCTTCTTCTCTCCTCTATCCGCGAAAG*TATTATGGCCATTGAAGGTGA
AGAAG*AGAGCTCGTCTGGGATT
CAG

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1C651JQ 708 0 0
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AGACTCTGCTTCCGGTTCAGGCCAGGGCTTACCTCTTCTTCTCTCCTCTATCCGCGAAAG
GTATTATGGCCATTGAAGGTGAAGAAGGAGAGCTCGTCTGGGATTTCAGAGGACCCTATT
ACCTTAAACTCAACAAGAACGACTTCCCAGATGATGATGATGAGATTTGCATCACAATCT
TCGATCTTCCTGATTGTTACAGGCGACGCGTGGATCTTGACAAAGGATTTTGGCTTTTGT
ACTCCTTTGTTCACAAAGACAAAAACCTTTGCTGTCTTACTTTTACACCTGACACGGAGC
TACCTCATACCCGACTCCCCACGAAAGATCCCAAAACCAAGAAGACAAAGGACAAAGTTT
TGAGGACGAAGACAGTCAGGGAGATTGTAGACGGTAAGGTTGGTCCTTCCAAAAAGGTTG
TTCCTCCCAAAAAAGGTTGATCCGTGGATTGATCATTTTCTCTCCTCTGTTTTGAAACTT
GATCACTTCTCTCTTCTCTTTTGAAACTCTCTGGTTTGCTTGATCTTATGTTTGGCTTTG
AATTTGCGGCGTATTCCTAGCTCGGCCATCAGGCCCTTATTTTCCAATATTTTTTGATAC
ATACTTTCGAGGCTATCAACTTGTCGTTTATTAAAATTGTCTGTCTCT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL6435Contig1 247 2 1 U
GGACGCACGACAAGTTCTCCTAATCTATATCTCTCTCTCCATGTTCTGTCTTTCTCTTTC
CGCCATTTTTCCGATCAACTTCTTCTTCTTGTCGATGCAATGACAACTCCACGATCGCCG
GCGACAGATTTCTTCGGAATATCAAAGACAGCATGCAAAGCATACAAATCCATCGTCAAA
AATTTGCATCCTCTCTCTTCTCATCGCAAAACCGACTCTCACTCCGACAGCGATTCCACA
ATCCACC


BQ
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AF RR1BO41JQ C 1
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ATCCACC

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DS 



AS 1 2

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AATTAATGTGTTTTGATTTTCTTTTACAAAACATGAAACATATGATTTCCTTCCATGG


BQ
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AF RR1GD61TF U 1
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DS 

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QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FG87JQ C 1
AF RR1FG87TF U 1
BS 1 438 RR1FG87TF

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GAAAAAAATAATAATTTTAATAAGTTTTTCGTTGTTTTTTTGGTGTAATAAGGTGTATTA
CGTTATTGAAAATAAAAC

QA 1 438 1 438
DS 

RD RR1FG87TF 438 0 0
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GTTTTGTTTGGCTCATAATTCTTCTGCTTGGAGAAACGAAGCCTGCTCCACCTGCTGAGA
GAGAACCACCAGTTCGACCAGATTTAAAACCTGATGGTACACCATGTGTTACATATCATG
ATATTGGAAAATGTAACGCCAAAACCTGCAAAGCCAGATGTGACTTAATTCATGGACTAG
CGGTTAGTAGGTGCAGACCAACAGATTGCCAATGTCGCTATCGTTGCCGATGACCAACTA
ATTTATTATTTACACTTAAAACTAAAATAATATTTATAATAATACTATGGATTTGTCAAA
GAAAAAAATAATAATTTTAATAAGTTTTTCGTTGTTTTTTTGGTGTAATAAGGTGTATTA
CGTTATTGAAAATAAAAC

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 2

CO CL6438Contig1 722 2 1 U
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TTCTTTTCCTTGGGCTGATGATAGATAGGCTGCACCACTACATGAGAGAGCTACGCATGA
GAAGGAAGACCATGGAAGTTGTAAAGAAGGAAGGATCGGTTTTGGAAGGTGAGAAAGCCA
GAGCTTCAGATGAAGTCAAAAGCTTGAAACAAGAAATCACATCTCTTCGGGAAAGACAAA
AGCAGCTGGAGTCTGAGATCGAGGCAAAGACTAAAGAAATCCGTACTGAAGAAACAAGTG
GAATAGCTCTACAGAAGCAATCTGAAGGGTTCCTCGTCGAGTTTAACCGGCTGTCTGAGG
AAAACCAGGATCTTCGTTACCAATTGCACACTGTGGATTCAAGAATTTCGCGTTCAAGCA
TCAAGAAGAATACTTGAGCCAGTCTTTACTCCAACATTTTTTTTAGTTTAAACTTGTTTG
TGATATTACGTTTGGTGTTTGTTAATAGGGTGCTTTGCTGCTTGGTAATTGAATCTTGTC
TTTAACCATATGGAAGATGATGGGAGTAAATCAGAGGGAATACAAATACACAAAGATTGC
TTTTGTTTCTTTTTGTTAGCTGAAGTTGAAATGATCAGATGATCTATATTCCATATGCCT
ATTCGAGTTGTTTCTTATTTCTCTCCATATAAATATTATAGTAGCTTTCCAAATTTGATG
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 

AF RR1ED22TF U 1
AF RR1ED22JQ C 265
BS 1 722 RR1ED22TF

RD RR1ED22TF 722 0 0
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TTCTTTTCCTTGGGCTGATGATAGATAGGCTGCACCACTACATGAGAGAGCTACGCATGA
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GAGCTTCAGATGAAGTCAAAAGCTTGAAACAAGAAATCACATCTCTTCGGGAAAGACAAA
AGCAGCTGGAGTCTGAGATCGAGGCAAAGACTAAAGAAATCCGTACTGAAGAAACAAGTG
GAATAGCTCTACAGAAGCAATCTGAAGGGTTCCTCGTCGAGTTTAACCGGCTGTCTGAGG
AAAACCAGGATCTTCGTTACCAATTGCACACTGTGGATTCAAGAATTTCGCGTTCAAGCA
TCAAGAAGAATACTTGAGCCAGTCTTTACTCCAACATTTTTTTTAGTTTAAACTTGTTTG
TGATATTACGTTTGGTGTTTGTTAATAGGGTGCTTTGCTGCTTGGTAATTGAATCTTGTC
TTTAACCATATGGAAGATGATGGGAGTAAATCAGAGGGAATACAAATACACAAAGATTGC
TTTTGTTTCTTTTTGTTAGCTGAAGTTGAAATGATCAGATGATCTATATTCCATATGCCT
ATTCGAGTTGTTTCTTATTTCTCTCCATATAAATATTATAGTAGCTTTCCAAATTTGATG
TT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1ED22JQ 458 0 0
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AAGGGTTCCTCGTCGAGTTTAACCGGCTGTTTGAGGAAAACCAGGATTTTCGTTACCAAT
TGCACACTGTGGATTCAAGAATTTCGCGTTCAAGCATCAAGAAGAATACTTGAGCCAGTC
TTTACTCCAACATTTTTTTTAGTTTAAACTTGTTTGTGATATTACGTTTGGTGTTTGTTA
ATAGGGTGCTTTGCTGCTTGGTAATTGAATCTTGTCTTTAACCATATGGAAGATGATGGG
AGTAAATCAGAGGGAATACAAATACACAAAGATTGCTTTTGTTTTTTTTTGTTAGCTGAA
GTTGAAATGATCAGATGATTTATATTCCATATGCCTATTCGAGTTGTTTTTTATTTCTCT
CCATATAAATATTATAGTAGCTTTCCAAATTTGATGTT

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 2

CO CL6439Contig1 706 2 2 U
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GTGGGAGAGAAAGAGAGAAGAGTTGTCTTAAATCCGAGGTTCTCGCCATTTACGCCATTG
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GTGCATTATCTAGAAGAAGAAGAAAGAAATGGGAGATACAGAGACAGATATGATCCACAG
ACACCATTCATCATTCGGCACTTCACCTTCTTCAATTCCGAAACAGAAGCAGAAGCAGAA
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GGTACCTCCGACATCTCCCTACTCTCAGATCCACACAAGTAGTAGTCACTCGAGGTCAAT
GTCACAGCCTTCCTCTTTCTTCTCCTTGGATTCCTCATTGCCTCCCTTAAGCCCTTCTCC
CTTTCTTCGTGGTCACGACCTCCTCCTCCTCTCCATTCACGACGATAATAAAGACTCCCG
CCCCTTTTCCAACAACCCTTCTTCCTTGTTCCCTCCATCTCCCTTCACCACCACCACCAC
CACCAGTGAGACTCTTCCTCCCAGAAAATCTCACCGACGCTCCAACAGTGACATCCCCAC
CGCCTTCACTTCCTTCCCTCCTAGACCTACTTTGGAGAGATCCGTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CB88TF U 1
AF RR1DB58TF U 1
BS 1 285 RR1CB88TF
BS 286 706 RR1DB58TF

RD RR1CB88TF 285 0 0
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GTGGGAGAGAAAGAGAGAAGAGTTGTCTTAAATCCGAGGTTCTCGCCATTTACGCCATTG
ATTGAATCAACAACAAGAGAAGTGCGTTGAAGTTGAGGGTTAAGGGAGTGGTGAATTGGA
GTGCATTATCTAGAAGAAGAAGAAAGAAATGGGAGATACAGAGACAGATATGATCCACAG
ACACCATTCATCATTCGGCACTTCACCTTCTTCAATTCCGAAACA

QA 1 285 1 285
DS 

RD RR1DB58TF 706 0 0
GGGCCCTTGTGTGATTTTCCAATTTTCTAGAGAGAGAAGACTAGATAGGTTCAAAGTTGG
GTGGGAGAGAAAGAGAGAAGAGTTGTCTTAAATCCGAGGTTCTCGCCATTTACGCCATTG
ATTGAATCAACAACAAGAGAAGTGCGTTGAAGTTGAGGGTTAAGGGAGTGGTGAATTGGA
GTGCATTATCTAGAAGAAGAAGAAAGAAATGGGAGATACAGAGACAGATATGATCCACAG
ACACCATTCATCATTCGGCACTTCACCTTCTTCAATTCCGAAACAGAAGCAGAAGCAGAA
GCAGAAGCTCGAAATAAACCCTAATGTAATCAGGTCGAGTGAGAGTGGGAAAAGAGTGGG
GGTACCTCCGACATCTCCCTACTCTCAGATCCACACAAGTAGTAGTCACTCGAGGTCAAT
GTCACAGCCTTCCTCTTTCTTCTCCTTGGATTCCTCATTGCCTCCCTTAAGCCCTTCTCC
CTTTCTTCGTGGTCACGACCTCCTCCTCCTCTCCATTCACGACGATAATAAAGACTCCCG
CCCCTTTTCCAACAACCCTTCTTCCTTGTTCCCTCCATCTCCCTTCACCACCACCACCAC
CACCAGTGAGACTCTTCCTCCCAGAAAATCTCACCGACGCTCCAACAGTGACATCCCCAC
CGCCTTCACTTCCTTCCCTCCTAGACCTACTTTGGAGAGATCCGTC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL6440Contig1 908 2 2 U
GGTGTGGTCTTGTGGAGTAATTCTATTTGAGTTGCTTGCTGGCTATCCACCGTTTGATGA
TCATACACTTGTGGTTTTGTATAAGAAGATACTCAGAGCAGATTACACATTTCCACCAGC
ATTCACTGGAGCACAGAAGAAGCTAATCTTTAACATTCTTGACCCAAATCCTCAAAGGCG
TATGAAACTAGCTGAGATAATCATCCAAGATTCTTGGTTCAAGTTAGGTTATATACCAGC
TTATCATCAAGTTCCAGACTCAATCAAGGAAAGTGTTGCTGAGATAAATGCAGCAACCGC
GTCTTCAAATTTCATAAACGCTTTTCAGATAATAGCAATGTCTAGTGATCTAGATTTGTC
AGGTCTCTTAGAAGAGCAGGATGATAAAATTTATAAAACAAAAATTGGGTCCAAGAACAC
AGCACAAGAGACAATCAAGAAGATTGAAGCTGCAGCAACTTATGCTAGTTTATCAGTTGA
AAGAATAAAGCATTTCAAGGTTAATATTCTACCAAAAGAGATAAGATCAAGATCTTCTTT
TGACTTATTATCAGCAGAGGTGATTGAGGTGACGCCAACCAATTGTGTAATAGAAATATC
AAAGTCCGCGGGCGAGTTAAGACTATACATGGAGTTTTGCCAGAGTTTATCCAGCTTACT
TACGGCGGAAGTAAGCTAAGGGCCATAGATTCTCAAGTTAAATGTCGTGAAAGGCGATGA
ATATAGGAAGAAAACAAAGCGTATATTGCAGGTTGAAGTTGCAGTGACACGAGGAGAATG
GATTCAAAGAGTAATTCATGTCGTGTGGTAATGTCATAGGGTGTAAAATAATGGATTTTT
TTTAAGCAAATTGTTATATAATAAAATCGATTAAAAATAAAAATAAAGCAAGCCAATATC
TTTAAGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX47TF U 1
AF RR1DX47JQ C 368
BS 1 660 RR1DX47TF
BS 661 908 RR1DX47JQ

RD RR1DX47TF 660 0 0
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TCATACACTTGTGGTTTTGTATAAGAAGATACTCAGAGCAGATTACACATTTCCACCAGC
ATTCACTGGAGCACAGAAGAAGCTAATCTTTAACATTCTTGACCCAAATCCTCAAAGGCG
TATGAAACTAGCTGAGATAATCATCCAAGATTCTTGGTTCAAGTTAGGTTATATACCAGC
TTATCATCAAGTTCCAGACTCAATCAAGGAAAGTGTTGCTGAGATAAATGCAGCAACCGC
GTCTTCAAATTTCATAAACGCTTTTCAGATAATAGCAATGTCTAGTGATCTAGATTTGTC
AGGTCTCTTAGAAGAGCAGGATGATAAAATTTATAAAACAAAAATTGGGTCCAAGAACAC
AGCACAAGAGACAATCAAGAAGATTGAAGCTGCAGCAACTTATGCTAGTTTATCAGTTGA
AAGAATAAAGCATTTCAAGGTTAATATTCTACCAAAAGAGATAAGATCAAGATCTTCTTT
TGACTTATTATCAGCAGAGGTGATTGAGGTGACGCCAACCAATTGTGTAATAGAAATATC
AAAGTCCGCGGGCGAGTTAAGACTATACATGGAGTTTTGCCAGAGTTTATCCAGCTTACT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1DX47JQ 541 0 0
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GAGACAATCAAGAAGATTGAAGCTGCAGCAACTTATGCTAGTTTATCAGTTGAAAGAATA
AAGCATTTCAAGGTTAATATTCTACCAAAAGAGATAAGATCAAGATTTTTTTTTGACTTA
TTATCAGCAGAGGTGATTGAGGTGACGCCAACCAATTGTGTAATAGAAATATCAAAGTCC
GCGGGCGAGTTAAGACTATACATGGAGTTTTGCCAGAGTTTATCCAGCTTACTTACGGCG
GAAGTAAGCTAAGGGCCATAGATTCTCAAGTTAAATGTCGTGAAAGGCGATGAATATAGG
AAGAAAACAAAGCGTATATTGCAGGTTGAAGTTGCAGTGACACGAGGAGAATGGATTCAA
AGAGTAATTCATGTCGTGTGGTAATGTCATAGGGTGTAAAATAATGGATTTTTTTTAAGC
AAATTGTTATATAATAAAATCGATTAAAAATAAAAATAAAGCAAGCCAATATCTTTAAGA
T

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 2

CO CL6441Contig1 289 2 1 U
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CATGATTCTCCGCTTCCTGATGCGGCTATGGAAAACTAGCGGGTCTTGTGCCCAAACTTG
ATGTAATCTTATTTATTATATGAAAAAGTGTGGATAGAAGTGTGTAACAGTAGAAATTCT
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ACTTGAAGCTGGCCATGGTTGGTTAGCGTAATGCAATTGCTTTGATTTC


BQ
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AF RR1E615JQ C 1
AF RR1E615TF U 1
BS 1 289 RR1E615TF

RD RR1E615JQ 289 0 0
GGCAACTTCCTCAACTACACACCTTTCATGTATTTCCGCTCGCAGGAGCAGTCATTGGCT
CATGATTTTCCGCTTCCTGATGCGGCTATGGAAAACTAGCGGGTCTTGTGCCCAAACTTG
ATGTAATCTTATTTATTATATGAAAAAGTGTGGATAGAAGTGTGTAACAGTAGAAATTCT
GAAGCTCAAAGCCTCTCTTTTTTGTATAAATGTGTAATAAGAATCATATTCTCTGAACTA
ACTTGAAGCTGGCCATGGTTGGTTAGCGTAATGCAATTGCTTTGATTTC

QA 1 289 1 289
DS 

RD RR1E615TF 289 0 0
GGCAACTTCCTCAACTACACACCTTTCATGTATTTCCGCTCGCAGGAGCAGTCATTGGCT
CATGATTCTCCGCTTCCTGATGCGGCTATGGAAAACTAGCGGGTCTTGTGCCCAAACTTG
ATGTAATCTTATTTATTATATGAAAAAGTGTGGATAGAAGTGTGTAACAGTAGAAATTCT
GAAGCTCAAAGCCTCTCTTTTTTGTATAAATGTGTAATAAGAATCATATTCTCTGAACTA
ACTTGAAGCTGGCCATGGTTGGTTAGCGTAATGCAATTGCTTTGATTTC

QA 1 289 1 289
DS 



AS 1 2

CO CL6442Contig1 1308 2 10 U
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AATCGAGGCACGTTTGCAGCCGCCACATCTTGACGTCGGTGAGCTCTTTGGCCGCCGGCG
TCGAGACTTCTTCTATAACTCTGTTCTTCTTCCGCTCCTCTTCTTCGTTTCCACCGAACT
TTTTTTGGGGGATTCCCCAACCCGTCGAGTTTCTCGCCGGTTACAGTCGCCGTTCTTCAT
CAATGTTGCTTGCTTGCTCTGCTCTACCTTCAACGAGAAGAGTAAACGCCGTGCTCTGCT
CTACCTCCAGCAGCCGTGGTTCTCCTTCAAACCCATGGATCTACACCCCACAGTCTTATC
CCCACGGATCTGCTCCTCACCAACCAGATCCACCACCATCTATCGATTGCTATCTTCCTC
GGATCTCCATGGTGTTAACAACTTATTCAAGTATTGTTGTGGCCTCCGTTTCTACTGTCA
ACGCTCCATCTCAAACCAACGTTTATTCTAGTAGGCATCTTGGTGTCGAGGATGGAAGCT
GCTGGGTTTCTTGCTATGGGTCGGTATCTGGTTTAAGGAGGATTCCCCTCACAGTCTCTC
CTCTCTTCACCTCCACCCACAAGCCATATCCGCCGCCTTCACCATCCGGTCTCGTGCTGA
GCCACAAAATAATGAGATTGGGCCTGGTGGACCCAACAGTTCCTGATGATTTTTCGGCCA
GCCTAACAGTTTCACAGCCCATGCACTTGTGGGGGATGTTGATCATTTTGATCAATTTTC
TAAGGATTTCCGGTGGATTCATCGGGTTCTTTACCGAAACATACTTGCACACAATGCCTT
ATCTTTCGTCTGCGAAGAAGTTACAACCTTTTCACTTACCGGTGGACTCATCAATAATTT
CATCTTTATCATTATTAGCGTCCTTTTCTCCGGAGAAGCGATCCATCTTATCCCCCATCT
CCTTTGAGGAGTGTCTTCCCTCCAAACGTTAAATGGAGGTGTATGCCCATGTCTATAATC
GTTTGTTTATCTTGTGGAGCGGTCCGTTCGGGGCCCGAAGATGCAACGGAATTTGTTTCG
ACTATATTCCGAGGTGCGGACTGGGTATCAACGTCACACTTCAAAGTGACTATCTCTCAA
GTTTCTGGCACTGCCGTGAAGCTTGATTTTTCGACGCATTCGAGTTTTTCTCTGAATTCG
CTGTCATCCTATCTTAGAGGTTTCTCTACATCTATGGCTTATGTTGTATTGTCTTTTGTT
CACAGAGTTTGTTTAAACTCTGTTCTTATTTGTAGTCCGAGTATTTAA


BQ
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AF RR1CA06TF U 1
AF RR1CA06JQ C 509
BS 1 668 RR1CA06TF
BS 669 669 RR1CA06JQ
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BS 695 713 RR1CA06TF
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BS 720 749 RR1CA06TF
BS 750 1308 RR1CA06JQ

RD RR1CA06TF 749 0 0
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AATCGAGGCACGTTTGCAGCCGCCACATCTTGACGTCGGTGAGCTCTTTGGCCGCCGGCG
TCGAGACTTCTTCTATAACTCTGTTCTTCTTCCGCTCCTCTTCTTCGTTTCCACCGAACT
TTTTTTGGGGGATTCCCCAACCCGTCGAGTTTCTCGCCGGTTACAGTCGCCGTTCTTCAT
CAATGTTGCTTGCTTGCTCTGCTCTACCTTCAACGAGAAGAGTAAACGCCGTGCTCTGCT
CTACCTCCAGCAGCCGTGGTTCTCCTTCAAACCCATGGATCTACACCCCACAGTCTTATC
CCCACGGATCTGCTCCTCACCAACCAGATCCACCACCATCTATCGATTGCTATCTTCCTC
GGATCTCCATGGTGTTAACAACTTATTCAAGTATTGTTGTGGCCTCCGTTTCTACTGTCA
ACGCTCCATCTCAAACCAACGTTTATTCTAGTAGGCATCTTGGTGTCGAGGATGGAAGCT
GCTGGGTTTCTTGCTATGGGTCGGTATCTGGTTTAAGGAGGATTCCCCTCACAGTCTCTC
CTCTCTTCACCTCCACCCACAAGCCATATCCGCCGCCTTCACCATCCGGTCTCGTGCTGA
GCCACAAA*TAATGAGATTGGGCCTGGTGGACC*AACAGTTCCTGATGATTTT*CGGC*A
GCCTAACAGTTTCACAGCCCATGCACTTG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1CA06JQ 800 0 0
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TGGTTTAAGGAGGATTCCCCTCACAGTCTCTCCTCTCTTCACCTCCACCCACAAGCCATA
TCCGCCGCCTTCACCATCCGGTCTCGTGCTGAGCCACAAAATAATGAGATTGGGCCTGGT
GGACCCAACAGTTCCTGATGATTTTTCGGCCAGCCTAACAGTTTCACAGCCCATGCACTT
GTGGGGGATGTTGATCATTTTGATCAATTTTCTAAGGATTTCCGGTGGATTCATCGGGTT
CTTTACCGAAACATACTTGCACACAATGCCTTATCTTTCGTCTGCGAAGAAGTTACAACC
TTTTCACTTACCGGTGGACTCATCAATAATTTCATCTTTATCATTATTAGCGTCCTTTTC
TCCGGAGAAGCGATCCATCTTATCCCCCATCTCCTTTGAGGAGTGTCTTCCCTCCAAACG
TTAAATGGAGGTGTATGCCCATGTCTATAATCGTTTGTTTATCTTGTGGAGCGGTCCGTT
CGGGGCCCGAAGATGCAACGGAATTTGTTTCGACTATATTCCGAGGTGCGGACTGGGTAT
CAACGTCACACTTCAAAGTGACTATCTCTCAAGTTTCTGGCACTGCCGTGAAGCTTGATT
TTTCGACGCATTCGAGTTTTTCTCTGAATTCGCTGTCATCCTATCTTAGAGGTTTCTCTA
CATCTATGGCTTATGTTGTATTGTCTTTTGTTCACAGAGTTTGTTTAAACTCTGTTCTTA
TTTGTAGTCCGAGTATTTAA

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

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TAGTTTACTTCTTAAAAGTATTTTCATGTTGTTTTGGTCGTACTAAGATGCGTTTTTTTC
TAACGACTCACGTGGTCAAACGATGCAAAAAGGTCACGTGAATCAAGTGCTACTAGTCTT
GTTTCGAGCCACCTATCTATGGGTTTTTTTTGCCAATTTGAAGAGATAAGAATACAGAAA
GATGTCTCTTCCACTTTCCTCATCACCGTTCTCTCTTACTTTATTTGGTTAGATTTTCCA
ATTACATTTGTAACTATTAGTGGACACATTGTAACTATTAGTGGTCACATATAATTGTCA
TATCCAATTTTTAATGTGACGTGGATCACACTTCTCTTTTTACATGCTTATCTTCTTAAT
TAAGATATTAATTCTCATCCCGCATCAGAAGCGGCTAAGACTGAACTTTACACTAAATAA
GTTATAGCTGTTTCATATTCACAGGGTTATTCATATTATGTAGGGAAATTATCACCACAT
TTGCTGAATGTTTTATAGGTTCTACATGCTAGCTCGTAGCAAGTTATATAACTGTAAAAT
AGTTCCACAATATAACTTTAACAATTCATTGTGCAAGTTAACTTTCACAGTTTTACACCA
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GTACATAACTCTTCCATTACTAAAATTAAAATGAAAGGTATCATTGCCCATAAAAGAAGT
CTAGGTACAGAGGATTCTCGACGCCTACTTGGTTTGACCTTTTACATTATAATATAACAT
GTTAAAACAATCTAACACACACAAATTACAATCGCC


BQ
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AF RR1DX64TF U 1
AF RR1DX64JQ C 290
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BS 580 936 RR1DX64JQ

RD RR1DX64TF 579 0 0
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TAGTTTACTTCTTAAAAGTATTTTCATGTTGTTTTGGTCGTACTAAGATGCGTTTTTTTC
TAACGACTCACGTGGTCAAACGATGCAAAAAGGTCACGTGAATCAAGTGCTACTAGTCTT
GTTTCGAGCCACCTATCTATGGGTTTTTTTTGCCAATTTGAAGAGATAAGAATACAGAAA
GATGTCTCTTCCACTTTCCTCATCACCGTTCTCTCTTACTTTATTTGGTTAGATTTTCCA
ATTACATTTGTAACTATTAGTGGACACATTGTAACTATTAGTGGTCACATATAATTGTCA
TATCCAATTTTTAATGTGACGTGGATCACACTTCTCTTTTTACATGCTTATCTTCTTAAT
TAAGATATTAATTCTCATCCCGCATCAGAAGCGGCTAAGACTGAACTTTACACTAA*TAA
GTTATAGCTGTTTCATATTCACAGGGTTATTCATATTAT

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1DX64JQ 647 0 0
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TAGATTTTCCAATTACATTTGTAACTATTAGTGGACACATTGTAACTATTAGTGGTCACA
TATAATTGTCATATCCAATTTTTAATGTGACGTGGATCACACTTCTCTTTTTACATGCTT
ATCTTCTTAATTAAGATATTAATTCTCATCCCGCATCAGAAGCGGCTAAGACTGAACTTT
ACACTAAATAAGTTATAGCTGTTTCATATTCACAGGGTTATTCATATTATGTAGGGAAAT
TATCACCACATTTGCTGAATGTTTTATAGGTTCTACATGCTAGCTCGTAGCAAGTTATAT
AACTGTAAAATAGTTCCACAATATAACTTTAACAATTCATTGTGCAAGTTAACTTTCACA
GTTTTACACCATAGTAACAAGATGGATCGCAGACTCGAGTTTGTTTGAGAGTGACTTCAT
CTCGAATGTTGGTACATAACTCTTCCATTACTAAAATTAAAATGAAAGGTATCATTGCCC
ATAAAAGAAGTCTAGGTACAGAGGATTCTCGACGCCTACTTGGTTTGACCTTTTACATTA
TAATATAACATGTTAAAACAATCTAACACACACAAATTACAATCGCC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

CO CL6444Contig1 700 2 4 U
GGAACGAATCTCTCTCTCTCTAAAACAATGGCTCAGGAAGACGTCGCTGCTGCTGCTGCT
AACGGTGCTACTACTACCGTGGTGGAGAAGGAGAAGTCTGTTACCTTCACGGCGTACAAG
CCTCAGCTGATCGTTGAAGCACAGAAGGTCGGCGACGCCGTTGCTTTCTACAAGGCGGTG
TTTGACGCTGTGGAGACTGGACGCTCTCTCTACCCTAAGCGTAAGGCTGACCAAGAGCTC
CCTCACCTCGTCTCTTCCGAGCTCAAGCTCGCCGGAACAACCGTCGTTGTTTCTGACGTC
TCCCTTAACTCTGGCTCTGATGCGAAGACGGGGACTATCCCAGCGATCCTCGAGACTGAT
GACGTGGAAGCTGCGGTTGCGAAGGCCGTTGCCGCCGGAGCTGTCAAGGTGGAGGAGGAG
GAGGTTGGAGTGAAGGGGAAGGTGACGGATCCGTTCGGTTTCACGTGGATCTTTGCTTCT
CCGGCGAAGGAGAGTGAGAAGGAAGATGACAAAGAGGTCTAACCGTCAACCGTCGGATCT
GATCTTATTCGTCGGTTTCTGAAAAAACTTTTTTAATATTATCCTATGCTTTTTATTTAG
TTTGTCTATTGTTGGAATCTCCGGTATGAGTAAACCGGATTGATTAGGCTAATGAACTTT
TGTTGTGTTTAATTTCACCCCTTTTGACATAAACTTGGTG


BQ
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AF RR1GZ62TFB U 1
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BS 339 339 RR1GZ62JQ
BS 340 613 RR1GZ62TFB
BS 614 700 RR1GZ62JQ

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AACGGTGCTACTACTACCGTGGTGGAGAAGGAGAAGTCTGTTACCTTCACGGCGTACAAG
CCTCAGCTGATCGTTGAAGCACAGAAGGTCGGCGACGCCGTTGCTTTCTACAAGGCGGTG
TTTGACGCTGTGGAGACTGGACGCTCTCTCTACCCTAAGCGTAAGGCTGACCAAGAGCTC
CCTCACCTCGTCTCTTCCGAGCTCAAGCTCGCCGGAACAACCGTCGTTGTTTCTGACGTC
TCCCTTAACTCTGGCTCTGATGCGAAGACGGGGACTATGCCAGCGATCCTCGAGACTGAT
GACGTGGAAGCTGCGGTTGCGAAGGCCGTTGCCGCCGGAGCTGTCAAGGTGGAGGAGGAG
GAGGTTGGAGTGAAGGGGAAGGTGACGGATCCGTTCGGTTTCACGTGGATCTTTGCTTCT
CCGGCGAAGGAGAGTGAGAAGGAAGATGACAAAGAGGTCTAACCGTCAACCGTCGGATCT
GATCTTATTCGTCGGTTTCTGAAAAAACTTTTTTAATATTATCCTATGCTTTTTATTTAG
TTTGTCTATTGTT

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DS 

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GAAGGCCGTTGCCGCCGGAGCTGTCAAGGTGGAGGAGGAGGAGGTTGGAGTGAAGGGGAA
GGTGACGGATCCGTTCGGTTTCACGTGGATCTTTGCTTTTCCGGCGAAGGAGAGTGAGAA
GGAAGATGACAAAGAGGTCTAACCGTCAACCGTCGGATCTGATCTTATTCGTCGGTTTCT
GAAAAAACTTTTTTAATATTATCCTATGCTTTTTATTTAGTTTGTCTATTGTTGGAATCT
CCGGTATGAGTAAACCGGATTGATTAGGCTAATGAACTTTTGTTGTGTTTAATTTCACCC
CTTTTGACATAAACTTGGTG

QA 1 380 1 380
DS 



AS 1 2

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GGGCCGGCGGCAAAGAAATACCAAATCAGTTAGGGATTCACAGCGGCGAATCTCAGTCAA
GCGTTCATCATCATCATCACCCTAAATTACACTATTCAATGGCAACCATGGCTAGGTCGT
TTTTGCAGGCTATATCGAAGGACGAGGTGGTCGCTCCTCCGCTCAGAGTTGTTCAGATCG
AAGGACTGGCTGTGCTAAAGATAATCAGACACTGCAAGGAGTTTGCATCGACGCTTGTCA
CAGGACAGCTTCTTGGACTCGACGTTGGTATTGTCCTTGAAGTCACCAATTGTTTTCCTT
TCCCTGTCAGGGATGACGATGAGGAAATTGAAGCTGATGGTGCTAATTATCAGCTTGAAA
TGATGAGATGTCTGAGAGAGGTTAATGTCGACAACAACACTGTCGGCTGGTATCAATCCA
CAGTTCTTGGATCCTATCAGACCGTTGAATTGATTGAGACCTTCATGAATTACCAGGAGA
ATATCAAGAGGTGTGTCTGCATCATCTATGATCCCTCTAAAGCTGACTTAGGCGTCTTAG
CTTTGAAGGCTTTGAAGCTTTCAGATTCCTTTATGGAGCTATACCGGGCCGGAAACTTTA
CAGGCGAGAAGTTGAGAGAGAAAAACTTCTCCTGGATGGATATTTTTGAGGAAATTCCCA
TTAAGGTTTCAAACTCTGCGCTTGTCAGTGCCTTCATGACTGAACTGGAGACTGATGCAC
CTGTCTCACAGGGTGATTATGATCGGCTACACTCATCAACCACTCCTTTCCTTGAGAACA
ATATGGAGTTTCTGATTAAATGCATGGATGATTTATCTATGGAACAGCAGAAGTTCCAAT
ATTACTACCGGAACCTGTCTCGTCAGCAAGCGCAGCAGCAAGCCTGGCTCCAGAAGAGGA
GGACGGAGAATATGGGTCGTAGATCAGCTGGAGAAGAGCCTTTACCCGAAGAGGATCCTT
CAAACCCAATCTTTAAGCCAATCCCTGAACCATCAAGGCTAGAGAGTTTCCTCATCACAA
ACCAAGTCTCAAACTTCTGTGGTCAAATCAATGGAGTGGCTGGCCAGAACTTCAGCAGGC
TCTACCTGACCAAGGCATTGCACGATGACTGATTACAAGAAGACCACCAAATTTTTGTTT
CGAGTCGAGAGAGTGAGAAAACGGATCCTATATTTGTTTTAATCTGGAATTTTTTCATTA
TTGTAGTTAAACCACTTCATAATACATAATTTCTGAA


BQ
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AF RR1D047TF U 1
AF RR1D047JQ C 471
BS 1 665 RR1D047TF
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BS 667 760 RR1D047TF
BS 761 1237 RR1D047JQ

RD RR1D047TF 760 0 0
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GCGTTCATCATCATCATCACCCTAAATTACACTATTCAATGGCAACCATGGCTAGGTCGT
TTTTGCAGGCTATATCGAAGGACGAGGTGGTCGCTCCTCCGCTCAGAGTTGTTCAGATCG
AAGGACTGGCTGTGCTAAAGATAATCAGACACTGCAAGGAGTTTGCATCGACGCTTGTCA
CAGGACAGCTTCTTGGACTCGACGTTGGTATTGTCCTTGAAGTCACCAATTGTTTTCCTT
TCCCTGTCAGGGATGACGATGAGGAAATTGAAGCTGATGGTGCTAATTATCAGCTTGAAA
TGATGAGATGTCTGAGAGAGGTTAATGTCGACAACAACACTGTCGGCTGGTATCAATCCA
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ATATCAAGAGGTGTGTCTGCATCATCTATGATCCCTCTAAAGCTGACTTAGGCGTCTTAG
CTTTGAAGGCTTTGAAGCTTTCAGATTCCTTTATGGAGCTATACCGGGCCGGAAACTTTA
CAGGCGAGAAGTTGAGAGAGAAAAACTTCTCCTGGATGGATATTTTTGAGGAAATTCCCA
TTAAG*TTTCAAACTCTGCGCTTGTCAGTGCCTTCATGACTGAACTGGAGACTGATGCAC
CTGTCTCACAGGGTGATTATGATCGGCTACACTCATCAAC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1D047JQ 767 0 0
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GGAAACTTTACAGGCGAGAAGTTGAGAGAGAAAAACTTCTCCTGGATGGATATTTTTGAG
GAAATTCCCATTAAGGTTTCAAACTCTGCGCTTGTCAGTGCCTTCATGACTGAACTGGAG
ACTGATGCACCTGTCTCACAGGGTGATTATGATCGGCTACACTCATCAACCACTCCTTTC
CTTGAGAACAATATGGAGTTTCTGATTAAATGCATGGATGATTTATCTATGGAACAGCAG
AAGTTCCAATATTACTACCGGAACCTGTCTCGTCAGCAAGCGCAGCAGCAAGCCTGGCTC
CAGAAGAGGAGGACGGAGAATATGGGTCGTAGATCAGCTGGAGAAGAGCCTTTACCCGAA
GAGGATCCTTCAAACCCAATCTTTAAGCCAATCCCTGAACCATCAAGGCTAGAGAGTTTC
CTCATCACAAACCAAGTCTCAAACTTCTGTGGTCAAATCAATGGAGTGGCTGGCCAGAAC
TTCAGCAGGCTCTACCTGACCAAGGCATTGCACGATGACTGATTACAAGAAGACCACCAA
ATTTTTGTTTCGAGTCGAGAGAGTGAGAAAACGGATCCTATATTTGTTTTAATCTGGAAT
TTTTTCATTATTGTAGTTAAACCACTTCATAATACATAATTTCTGAA

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL6446Contig1 1150 2 2 U
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TGGTACAATAAGAACATTTGCATGGAGAAGGGAAACAAAAAGAAGGAAGAAGGACGATCT
CTTCTTATATGATGGAAACAAAATGTCTCTCCTGGATTTGCCCAACTTAACCTTGGGCTG
CATCTTAGAGAAGCTCTCTGCATCTGAGCTATGTGGTATGGCTTGTGTCTGCTCCGAGCT
AAGGGACATATGCGTGAGCGATCATTTCTGGAAGAAGCTCATGGAGAAGAAATGGGGGAG
ACTAATGGGTGCTGCAGCGACTCAAGAGTGGAAATCTCACGTCGACGCCATGTTAATGGG
ACGTCCCAGTTGCGGCAGCAAGAGACGTCGTTCATCATCATCTCGAGTAGCTATTATTGA
TTCAGTGATGTACTGGTACTCAAATCTTGAGAGTGGCAAGTTCTGGTTTAGTGCTCAGGT
CAAAAAGAACAATATCGTGTCTATTCGACTCGGGAAGTCTTATTACGATGCTAAAGTCAG
ATACGATTCAAAGACTGATACATTTGAAGCAAGAAGAACCAGCGCGGGACTTGGCCGGCC
TGCGGCGGAGGTAAATGTGACGTGGCAAATGCTGAGTCCGCCTTTAACCGATAAAGAGTC
ACGTGTTTTACACTTGTCCGACTCTTTGCAAGGACTCGGACCAGATTACTGTTTCGAGAT
TCAGTGGAGAAAAACCGAAGAGCTCCCTTATGGCTGGTGGCTTGGCTTCGTGGGTCACCT
GCAAAACTGCCACAGAACAGGAAACTGTTGTTGCCTCTCTCACGAGAATGTGGTGCTGAC
ATTCAACCGGCTCCTGTCAGAGTCGCCGCCGCCGGCATATATGGTGGTAAACCGAAAGAA
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TGTAACAGATTTTCTCAAAAAAACAAACCATAGATTTTGCTCTTCGGTTGCAAAGATCAT
TAGGAACTACTAATGAAGAAGGCCATCATTAGTCTCTCCTTTCTTTGAGTTTAACGTTTA
TGTTAATGCTAATAAGATCGTGATTAAGATAATTTAGGACTTTTAATTTAATAAAAATAT
AAAATTAGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1BK42JQ C 296
BS 1 733 RR1BK42TF
BS 734 1150 RR1BK42JQ

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TCAGTGGAGAAAA
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ATGGGACGTCCCAGTTGCGGCAGCAAGAGACGTCGTTCATCATCATCTCGAGTAGCTATT
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GTCAGATACGATTCAAAGACTGATACATTTGAAGCAAGAAGAACCAGCGCGGGACTTGGC
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AATATAAAATTAGTG

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DS 



AS 1 2

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CAGCCTTTGAAGGATTCGGTGAACTAGTGGAAGTAAAAATAATAATGGACAAGATATCAA
AGAGATCAAAAGGTTATGCCTTTATAGAGTACACAACAGAGGAAGCTGCAAGCGTTGCAC
TAAAAGAGATGAATGGAAAGATTATTAACGGGTGGATGATAGTGGTAGATGTAGCCAAGA
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AAAAGTGACAAAGCTGATGCTTTTTTTGTTCATCCATATGTCTATGAGATGATGTATAAT
TTAGAATTTGCTGCTTGTAACGACCATATGTAAAGGCTTTGATTGGTAACACTAGAATAA
TTGCGGAATTGCGGAAAATTAACTGTTTTGCTGAATAAAAGTTGTGGAATTTAAAATTTG
CCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1CN03TF U 1
AF RR1CN03JQ C 604
BS 1 692 RR1CN03TF
BS 693 693 RR1CN03JQ
BS 694 738 RR1CN03TF
BS 739 739 RR1CN03JQ
BS 740 763 RR1CN03TF
BS 764 764 RR1CN03JQ
BS 765 776 RR1CN03TF
BS 777 1383 RR1CN03JQ

RD RR1CN03TF 776 0 0
GGGAACAAAGAGAGAGAGAGAGAGCAGAGGAAACAACCTCGAAGCTTGAAGGAGTTACCA
TGGAAGCTCTTATTGCTTCCGCTTCCGCTTCCGCTTCCTTCTTCCTCCCCATCTGCAACT
CTTCCTCATACAACCGACTCTTCCCTTGTTCGTCTTATTCTCCCAACATAAATTTCGGAA
CTTTTCGGAAGAATCATCTCTCTTTCTCATCACACCTTGTATACTCCTCCTCTGCAGTAT
CCGCACCGTCGTCTTCTACTACTCTCTCCCTAAACACCTACTGGATGGTAATTTTGGATA
AACCTCCACAAAGGGTTTCTTCAAAATCCGATATTGTAGACTACTATGTCCAGATTCTTG
CGAAAGTGTTGGGAAACGAAAAGGATGCGCAGATGAGTATATATGATGCTTCCTTTGATA
CCCATTTTGGGTTTTGTTGTCATATCGACGAAGATGCTTCACGCCATCTCGCTCGCTTGC
GTGAAGTATTATCTGTTAGACCTGAAGCTGATTACAGTTCCGGGAATAAGAATTATGGCA
TTGGGAACCAGACAGGTGTTTCCTTGTTTGATCATGGGAGAGTGAAACATTGGATGGTCC
GGATAGACAAGCCAGGAGTTGGGATTGTTACTAAAGCACAGATGGTTGATCATTGTGTTC
AGTTGTTATCCAAAGTTTTGTGGAATGAAAAG*ATGCACAGATGTGTCTTTATCATGTTT
CTTGGCAGTCCAAATACG*TTTTTGCTGTGATCTGGATGAAAA*TGCGCTGAAGAG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1CN03JQ 780 0 0
TAGACAAGCCAGGAGTTGGGATTGTTACTAAAGCACAGATGGTTGATCATTGTGTTCAGT
TGTTATCCAAGGTTTTGTGGAATGAAAAGGATGCACAGATGTGTCTTTATCATGTTTCTT
GGCAGTCCAAATACGGTTTTTGCTGTGATCTGGATGAAAAATGCGCTGAAGAGTTGGCTG
GTGTACCTGGTGTTCTTGCTGTTGTCCCGGATAACAATTTTGAGTCACTAAACAAAGACT
ATGAAGGTGATAATAGTAGACAAGATTCAAGGGAAAGTTCAGAGTCTCCTCCTGTTAAGA
CGAAGAAGCTGTTTATAACGGGACTGTCTTTCTACACATCTGAGAAGACATTGCGTGCAG
CCTTTGAAGGATTCGGTGAACTAGTGGAAGTAAAAATAATAATGGACAAGATATCAAAGA
GATCAAAAGGTTATGCCTTTATAGAGTACACAACAGAGGAAGCTGCAAGCGTTGCACTAA
AAGAGATGAATGGAAAGATTATTAACGGGTGGATGATAGTGGTAGATGTAGCCAAGACCA
AACCGTTCAGACACAACAGAAGAGAGACGAGTTCTTCTGAGTTGTAGAAACTAGTTGAAA
AGTGACAAAGCTGATGCTTTTTTTGTTCATCCATATGTCTATGAGATGATGTATAATTTA
GAATTTGCTGCTTGTAACGACCATATGTAAAGGCTTTGATTGGTAACACTAGAATAATTG
CGGAATTGCGGAAAATTAACTGTTTTGCTGAATAAAAGTTGTGGAATTTAAAATTTGCCG

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL6448Contig1 458 2 2 U
GGAAGACATAACACATTAACACACACAGAGAAGAGAGGAAAGGAGAGATAACAAGAATGG
TTTCTTCGCTTCTCATGTCGTTTGCTCCGGCCACCGTGAGGGTTTACGCCACAGGCAAGG
GAACTTCAGGGAGCCCCAAGGAAGAGAAGAATCCCCTCGACTTTGTGCTGGGTTATTTGA
CAAAGCAAGATCAGTTCTACGAGACTGATCCAATTCTCAAGAAGGTGGAGGAGAAAGGCG
GCACCACTACTGAAGGCCGAGGAACCGTTCGCGGCGGTAAAAGCTCGGCTCCGGTGCCTG
TTGCCCCCAAGAAGAACGATGGTGGATTTGCCGGCTTAGGTGGCTTCTTCAACAAAAAGT
AAAATGAAAAACGTATACTACTTACTTACTTTGCATTGTTTATTCCCTCTGTTTTTGCAT
TATCTATAATTCATCAGACTTCAATTTGTTATATATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1FN60TF U 1
AF RR1CK47TF U 10
BS 1 454 RR1FN60TF
BS 455 458 RR1CK47TF

RD RR1FN60TF 455 0 0
GGAAGACATAACACATTAACACACACAGAGAAGAGAGGAAAGGAGAGATAACAAGAATGG
TTTCTTCGCTTCTCATGTCGTTTGCTCCGGCCACCGTGAGGGTTTACGCCACAGGCAAGG
GAACTTCAGGGAGCCCCAAGGAAGAGAAGAATCCCCTCGACTTTGTGCTGGGTTATTTGA
CAAAGCAAGATCAGTTCTACGAGACTGATCCAATTCTCAAGAAGGTGGAGGAGAAAGGCG
GCACCACTACTGAAGGCCGAGGAACCGTTCGCGGCGGTAAAAGCTCGGCTCCGGTGCCTG
TTGCCCCCAAGAAGAACGATGGTGGATTTGCCGGCTTAGGTGGCTTCTTCAACAAAAAGT
AAAATGAAAAACGTATACTACTTACTTACTTTGCATTGTTTATTCCCTCTGTTTTTGCAT
TATCTATAATTCATCAGACTTCAATTTGTTATAT
C

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR1CK47TF 449 0 0
AGG
ACATTAACACACACAGAGAAGAGAGGAAAGGAGAGATAACAAGAATGGTTTCTTCGCTTC
TCATGTCGTTTGCTCCGGCCACCGTGAGGGTTTACGCCACAGGCAAGGGAACTTCAGGGA
GCCCCAAGGAAGAGAAGAATCCCCTCGACTTTGTGCTGGGTTATTTGACAAAGCAAGATC
AGTTCTACGAGACTGATCCAATTCTCAAGAAGGTGGAGGAGAAAGGCGGCACCACTACTG
GAGGCCGAGGAACCGTTCGCGGCGGTAAAAGCTCGGCTCCGGTGCCTGTTGCCCCCAAGA
AGAACGATGGTGGATTTGCCGGCTTAGGTGGCTTCTTCAACAAAAAGTAAAATGAAAAAC
GTATACTACTTACTTACTTTGCATTGTTTATTCCCTCTGTTTTTGCATTATCTATAATTC
ATCAGACTTCAATTTGTTATATATAG

QA 4 449 4 449
DS 



AS 1 2

CO CL6449Contig1 971 2 2 U
GGTAGCCAAGATAAGCCAAAACCTTTGCTGGTTACTCCTGGCCAACTACTGCAGTCCGGA
TCTGCTTCTGTCTCTTTGTCCCCACCCTCGAACAACGCAGATAAAGATGCTGAGGTGGTT
CAAGTATCATCATCAGCTGCCTTGGAACAATCTGTTCCAGTCCCATCAGAAGCTCAACCT
CCAATACTGCCATTGCCTTCCTCTGCAAGGCCAACTCAGAAGCCAAACGGACACTCCTAC
CCAACCCATAATGGTTACAGGGGACGTGGGAGAGGAAGAGGAAGAGGAGCAGGGCGATCA
CACCAGGTAATGAAGTTCACTGAAGATTTTGATTTCACAGCAATGAATGAAAAGTTCAAT
AAGGATGAAGTATGGGGTCATCTTGGGAAGAGCACCAATGGTGATGGTGACGATGATTAT
CCAGTCGTAGATGAACCTGAGGTGCCTAAAATCGAGGTCAAACCTGTTTACAACAAAGAC
GACTTTTTCGATAGCCTCTCGTCAAATTCCGGTGACCGAGATTCCCAAAATGCAAGGCCT
AGGTTCTCAGAGCTACGCAAACTAGATACTGAGACATTTGGTGAGTTCTCAAGATTCAGA
GGAGGCCGAGGAGGGCGTGGTGGTTATGGTCGAAACGGTCATTCCCGTGGTGGTTACGGT
GGTCGTGGCTATGGCGGCTATAATGGGCGTGGCGGTGGTGGAGGCTACGGGTATGGTGGT
CGTGGTCAAGGGAGAGGCGTGTGAAATCATACTTCCCTAAAAGTTGTGCAAAAAGGATTT
CTAAAAGACTCGGGAATCCGATGGAGCTCATCATACTTTTGAGTGCTTTTGGTATGTTGC
AATAAAACAAACACTTAAAAGAGTCTTATGTAATGCATTTTGTTGTTAGAGAAACCCCAC
CTATGTGGTTTTCGAGTGTATCAATTTGATTTGCGATCTTTTGTTATAAGACTTGGTACG
ACCGTCTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL22TF U 1
AF RR1AL22JQ C 215
BS 1 655 RR1AL22TF
BS 656 971 RR1AL22JQ

RD RR1AL22TF 655 0 0
GGTAGCCAAGATAAGCCAAAACCTTTGCTGGTTACTCCTGGCCAACTACTGCAGTCCGGA
TCTGCTTCTGTCTCTTTGTCCCCACCCTCGAACAACGCAGATAAAGATGCTGAGGTGGTT
CAAGTATCATCATCAGCTGCCTTGGAACAATCTGTTCCAGTCCCATCAGAAGCTCAACCT
CCAATACTGCCATTGCCTTCCTCTGCAAGGCCAACTCAGAAGCCAAACGGACACTCCTAC
CCAACCCATAATGGTTACAGGGGACGTGGGAGAGGAAGAGGAAGAGGAGCAGGGCGATCA
CACCAGGTAATGAAGTTCACTGAAGATTTTGATTTCACAGCAATGAATGAAAAGTTCAAT
AAGGATGAAGTATGGGGTCATCTTGGGAAGAGCACCAATGGTGATGGTGACGATGATTAT
CCAGTCGTAGATGAACCTGAGGTGCCTAAAATCGAGGTCAAACCTGTTTACAACAAAGAC
GACTTTTTCGATAGCCTCTCGTCAAATTCCGGTGACCGAGATTCCCAAAATGCAAGGCCT
AGGTTCTCAGAGCTACGCAAACTAGATACTGAGACATTTGGTGAGTTCTCAAGATTCAGA
GGAGGCCGAGGAGGGCGTGGTGGTTATGGTCGAAACGGTCATTCCCGTGGTGGTT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1AL22JQ 757 0 0
CTCAGAAGCCAAACGGACACTCCTACCCAACCCATAATGGTTACAGGGGACGTGGGAGAG
GAAGAGGAAGAGGAGCAGGGCGATCACACCAGGTAATGAAGTTCACTGAAGATTTTGATT
TCACAGCAATGAATGAAAAGTTCAATAAGGATGAAGTATGGGGTCATCTTGGGAAGAGCA
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AGGTCAAACCTGTTTACAACAAAGACGACTTTTTCGATAGCCTCTCGTCAAATTCCGGTG
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ACGGTCATTCCCGTGGTGGTTACGGTGGTCGTGGCTATGGCGGCTATAATGGGCGTGGCG
GTGGTGGAGGCTACGGGTATGGTGGTCGTGGTCAAGGGAGAGGCGTGTGAAATCATACTT
CCCTAAAAGTTGTGCAAAAAGGATTTCTAAAAGACTCGGGAATCCGATGGAGCTCATCAT
ACTTTTGAGTGCTTTTGGTATGTTGCAATAAAACAAACACTTAAAAGAGTCTTATGTAAT
GCATTTTGTTGTTAGAGAAACCCCACCTATGTGGTTTTCGAGTGTATCAATTTGATTTGC
GATCTTTTGTTATAAGACTTGGTACGACCGTCTTTAT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

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TCTCATCATGTTATGTCTCCATTGATGTTCTCAACCTCTAGAGAAGGAGATATCAAGTGT
TTAACCGCTACCAACACAAACCAGTCTCATCAAGATAATAACCTTTACACCAACCTCGAC
ATTTTGTCAGCCACACCATTCATCAACAACCATCATCACCATCATGATAATGACCCCCAG
TGGCCATCGCTACCAGATCTCCCAGCGAGTACCATTTCCACTTTTCACGACAACCTTCAA
GATTATGATGATGGTGATAAACTCAACGTGTTTGTAACACCATACAATGATAATGGTGAT
CCTCGGAGCTTTCCTTTGGTGACCACAAAGTTAATATGTGGACAAGTTCTTGAAGGCAAA
GCAATTTCACAAGACCACGGCAGCTTTCTTCTCCCAACAACGTACAACTTGGAAATGCCT
GGTGATCATCGACGAGTGGACTCATACATTAATCACATGATCATTCCCTCATCATCATCC
TCTTCATCGCCAATCTCTTGTGGACAGTACGTCATCACTTAAGCAAACCCTAGTCATCTC
TATCAACATGGGATTCCCAGACATGAGTACGTAATAAACATATAAATATATAGAATTTAT
ATACGTTTTTATATCTATATATAAGGAGGAAGGAGAGGACATAAATAATCACTCACATGT
GTTGATAACTCTTTTCCGTATCATATATATTCTACGCTATATAGTATAGGAGTTTGTGAT
ATGTTACATTTAATACGTTTTAGAAATATGGCATCGTCTTTGTTTAATCGAGGAAAACAT
AAACGTTGCTAGTTCTTCTTCAGGTTGTAGTCGTGAGTTTGTGGAAAAAAGGTTACTATT
ACATATAAAGTTCGTCCTTATACATTATTAGTGAACACATATAAACACATGTATGTACAG
TCTCTCTCTCGTCACCTACGTACACATGTGTTTGTATATGGTCAGTTTGTTTTAAGCCTC
TGTGTTGGAAAATGCTGTCTTCATCTTTGTTCTTGTCGGTTATTGCATCTCTCTATCTAT
GATATTATGTGGGGTCAACCTTTGGACTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FM45TF U 1
AF RR1FM45JQ C 234
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BS 685 1111 RR1FM45JQ

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TTAACCGCTACCAACACAAACCAGTCTCATCAAGATAATAACCTTTACACCAACCTCGAC
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GGTGATCATCGACGAGTGGACTCATACATTAATCACATGATCATTCCCTCATCATCATCC
TCTTCATCGCCAATCTCTTGTGGACAGTACGTCATCACTTAAGCAAACCCTAGTCATCTC
TATCAACATGGGATTCCCAGACATGAGTACGTAATAAACATATAAATATATAGAATTTAT
ATACGTTTTTATATCTATATATAA
CG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1FM45JQ 878 0 0
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C*TTCAAGATTATGATGATGGTGATAAACTCAACGTGTTTGTAACACCATACAATGATAA
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AATGCCTGGTGATCATCGACGAGTGGACTCATACATTAATCACATGATCATTCCCTCATC
ATCATCCTCTTCATCGCCAATCTCTTGTGGACAGTACGTCATCACTTAAGCAAACCCTAG
TCATCTCTATCAACATGGGATTCCCAGACATGAGTACGTAATAAACATATAAATATATAG
AATTTATATACGTTTTTATATCTATATATAAGGAGGAAGGAGAGGACATAAATAATCACT
CACATGTGTTGATAACTCTTTTCCGTATCATATATATTCTACGCTATATAGTATAGGAGT
TTGTGATATGTTACATTTAATACGTTTTAGAAATATGGCATCGTCTTTGTTTAATCGAGG
AAAACATAAACGTTGCTAGTTCTTCTTCAGGTTGTAGTCGTGAGTTTGTGGAAAAAAGGT
TACTATTACATATAAAGTTCGTCCTTATACATTATTAGTGAACACATATAAACACATGTA
TGTACAGTCTCTCTCTCGTCACCTACGTACACATGTGTTTGTATATGGTCAGTTTGTTTT
AAGCCTCTGTGTTGGAAAATGCTGTCTTCATCTTTGTTCTTGTCGGTTATTGCATCTCTC
TATCTATGATATTATGTGGGGTCAACCTTTGGACTGCC

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DS 



AS 1 2

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CCTCATGTCCGAGGCGTCATTGCCCCACACGCAGGTTACTCCCACTCGGGTCGTGCAGCT
GCTTATGCCTTTGCAAACATTGATCCCACCAACATTTCCAGGATATTTATTCTTGGTCCA
TCTCACCATTACTATACTCCAAAATGTGCACTTTCAACTGCAAAAGTTTACAAAACTCCC
ATAGGAGATCTACCTGTCGACGTGGACATGATCAAGGAGATAAGAGCTATGGGGAAATTT
GGAATGATGGATCTCCGAGTCGACGAAGCTGAGCATAGCATGGAAATGCACTTGCCTTAT
CTAGCTAAAGTGTTTCAAGGGCACGATGTGAAAGTTGTACCCATCTTGGTTGGAGCAGTA
AGTCCAGAAAACGAAGCCATGTACGGTGAGTTGCTATCTAAATATGTGGATGATCCCAAG
AACTTCTTCTCAGTCTCCTCTGACTTTTGTCACTGGGGCTCAAGGTTTAATTACATGCAT
TATGACAACAATCATGGTGCAATCCACAAATCCATTGAGGCACTAGACAAGATGGGTATG
GATATAATAGAGACCGGAGATCCAGATGCTTTCGACAAGTATCTTTCGGAGTTTGACACA
CCATTTGTGGACGCCACCCCATTAGCATTTTTCTCATATGGT


BQ
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AF RR1GZ57TFB U 1
AF RR1FA22TF U 56
BS 1 134 RR1GZ57TFB
BS 135 135 RR1FA22TF
BS 136 146 RR1GZ57TFB
BS 147 147 RR1FA22TF
BS 148 159 RR1GZ57TFB
BS 160 160 RR1FA22TF
BS 161 222 RR1GZ57TFB
BS 223 223 RR1FA22TF
BS 224 377 RR1GZ57TFB
BS 378 378 RR1FA22TF
BS 379 386 RR1GZ57TFB
BS 387 387 RR1FA22TF
BS 388 392 RR1GZ57TFB
BS 393 393 RR1FA22TF
BS 394 480 RR1GZ57TFB
BS 481 481 RR1FA22TF
BS 482 561 RR1GZ57TFB
BS 562 822 RR1FA22TF

RD RR1GZ57TFB 561 0 0
GGGACTTGTTTCCTCTCTCTTTAGGTGTTTCTGACAGCGATCACAATCCTTCAATTACTT
TTTGCTAAAATGGAGAAAGTGAGGCAAGCATCGCACGCAGGCTCTTGGTATACCGATAAT
CCTACAAAGTTGTCGTCCGATCTTGATGAATGGCTAAGATCAACTGGTTTAACCAAATCA
CCTCATGTCCGAGGCGTCATTGCCCCACACGCAGGTTACTCCTACTCGGGTCGTGCAGCT
GCTTATGCCTTTGCAAACATTGATCCCACCAACATTTCCAGGATATTTATTCTTGGTCCA
TCTCACCATTACTATACTCCAAAATGTGCACTTTCAACTGCAAAAGTTTACAAAACTCCC
ATAGGAGATCTACCTGTTGACGTGGATATGATTAAGGAGATAAGAGCTATGGGGAAATTT
GGAATGATGGATCTCCGAGTCGACGAAGCTGAGCATAGCATGGAAATGCACTTGCCTTAT
TTAGCTAAAGTGTTTCAAGGGCACGATGTGAAAGTTGTACCCATCTTGGTTGGAGCAGTA
AGTCCAGAAAACGAAGCCATG

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1FA22TF 767 0 0
GGAC
TTTTGCTAAAATGGAGAAAGTGAGGCAAGCATCGCACGCAGGCTCTTGGTATACCGATAA
TCCTACAAAGTTGTCATCGGATCTTGAAGAATGGCTAAGAGCAACTGGTTTAACCAGATC
ACCTCATGTCCGAGGCGTCATTGCCCCACACGCAGGTTACTCCCACTCGGGTCGTGCAGC
TGCTTATGCCTTTGCAAACATTGATCCCACCAACATTTCCAGGATATTTATTCTTGGTCC
ATCTCACCATTACTATACTCCAAAATGTGCCCTTTCTACTGCAAAAGTTTACAAAACTCC
CATAGGAGATCTACCTGTCGACGTGGACATGATCAAGGAGATAAGAGCTATGGGGAAATT
TGGAATGATGGATCTCCGTGTCGATGAAGC*GAGCATAGCATGGAAATGCACTTGCCTTA
TCTGGCTAAAGTGTTTCAAGGGCACGATGTGAAAGTTGTACCCATCTTGGTTGGAGCAGT
AAGTCCAGAAAACGAAGCCATGTACGGTGAGTTGCTATCTAAATATGTGGATGATCCCAA
GAACTTCTTCTCAGTCTCCTCTGACTTTTGTCACTGGGGCTCAAGGTTTAATTACATGCA
TTATGACAACAATCATGGTGCAATCCACAAATCCATTGAGGCACTAGACAAGATGGGTAT
GGATATAATAGAGACCGGAGATCCAGATGCTTTCGACAAGTATCTTTCGGAGTTTGACAC
ACCATTTGTGGACGCCACCCCATTAGCATTTTTCTCATATGGT

QA 5 767 5 767
DS 



AS 1 2

CO CL6452Contig1 287 2 1 U
GGACACACACAGACAGAAGGTGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGT
GGCTGAGGAGAAGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGA
TCACTATTAGCTTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCAACCTATAATACTTTTTTCACTTT
CACTTAGGTGTTGTATCGGATTTTGCCCTAATGTTTTCTTTCTCGACAATTTATTTATAT
CCCATGTCTTTCTACTCTCTTTTTAACTTTTATCAGAATTTGTTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CO24JQ C 1
AF RR1CO24TF U 1
BS 1 287 RR1CO24TF

RD RR1CO24JQ 287 0 0
GGACACACACAGACAGAAGGTGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGT
GGCTGAGGAGAAGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGA
TCACTATTAGCTTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCAACCTATAATACTTTTTTCACTTT
CACTTAGGTGTTGTATCGGATTTTGCCCTAATGTTTTCTTTCTCGACAATTTATTTATAT
CCCATGTCTTTCTACTCTCTTTTTAACTTTTATCAGAATTTGTTTTC

QA 1 287 1 287
DS 

RD RR1CO24TF 287 0 0
GGACACACACAGACAGAAGGTGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGT
GGCTGAGGAGAAGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGA
TCACTATTAGCTTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCAACCTATAATACTTTTTTCACTTT
CACTTAGGTGTTGTATCGGATTTTGCCCTAATGTTTTCTTTCTCGACAATTTATTTATAT
CCCATGTCTTTCTACTCTCTTTTTAACTTTTATCAGAATTTGTTTTC

QA 1 287 1 287
DS 



AS 1 2

CO CL6453Contig1 1041 2 2 U
GGAACATTAACTGCATATGGTCGTCGCCACTATCTTGCGCCGCCACGTACACTCGTCTCC
TTAACAACCTTCACCTCTCTCCACCGCCACAATTCTGCTCCGTTTCTCAATCTCTGTCTC
TTCACCGCCTTTCGTTCTCCCTTCTCCCGCATGGAGCAATTCCAGACCGGAACCGGTTCG
ACCGGAAACAAGGCAATGGTGGAAAATCTGAAGCGGTTCGGCGTGATATCATCGAAGAAA
GTAGCTGAAGTGATGGAGGCTTTAGACAGAGGTCTCTTTGTACCAGTTGGATCTTCAGCT
TATGCTGATACTCCCTTGCCTATAGGTTACAACGCCACCATATCCGCTCCACATATGCAC
GCCACGTGTTTGCAGCTCTTAGAAGATAAGCTTCAGCCTGGGATGCGCGCTTTGGATGTT
GGCTCAGGTTCGTATAAGCTTTTCTCGAGGTTTCAGCTACCTTCATGGGTATGACTTTTG
ATCGTGTCTTTTTTTGTTAGGAACTGGTTACTTGACTGGCTGTTTTGCTCTGATGGTTGG
AGCTGAAAGACGCGTTGTCGGCGTGGATCATATCCCTGAGCTGGTCGATATGTCTATCAA
GAACGTTGAAAAGAGTGTTGCTGGTTCGTTGCTACAGAAAGGATCTCTCTCCTTACATGT
TGGTGATGGAAGGAAAGGTTGGGAAGAGTTTGCACCATACGATGCTATTCACGTAGGAGC
AGCGGCATCAGAGGTCCCTCTGGCGCTGTTGGACCAGCTGAAACCTGGTGGAAGAATGGT
GATTCCAGTAGGAACATATTTTCAAGAGCTTAAGGTGATTGATAAAAGCGAGGATGGTTC
CATCAAGACACGTACTGAAACTTCGGTTAGGTATGTGCCTCTTACTAGCCGCGTTGAACA
GACGGGAGGGTTTTGAAGAAGCCAAGAAAAATAAAAACACTGCTTCCAACGTCTTAGTGT
ACATACAGAGGTTGTGTATCTTTTGTAATATATTTTGATGGGTAACAAAGAACAATAAGT
TTATGAAAGCTTCGGTTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH40TF U 1
AF RR1DH40JQ C 382
BS 1 607 RR1DH40TF
BS 608 1041 RR1DH40JQ

RD RR1DH40TF 607 0 0
GGAACATTAACTGCATATGGTCGTCGCCACTATCTTGCGCCGCCACGTACACTCGTCTCC
TTAACAACCTTCACCTCTCTCCACCGCCACAATTCTGCTCCGTTTCTCAATCTCTGTCTC
TTCACCGCCTTTCGTTCTCCCTTCTCCCGCATGGAGCAATTCCAGACCGGAACCGGTTCG
ACCGGAAACAAGGCAATGGTGGAAAATCTGAAGCGGTTCGGCGTGATATCATCGAAGAAA
GTAGCTGAAGTGATGGAGGCTTTAGACAGAGGTCTCTTTGTACCAGTTGGATCTTCAGCT
TATGCTGATACTCCCTTGCCTATAGGTTACAACGCCACCATATCCGCTCCACATATGCAC
GCCACGTGTTTGCAGCTCTTAGAAGATAAGCTTCAGCCTGGGATGCGCGCTTTGGATGTT
GGCTCAGGTTCGTATAAGCTTTTCTCGAGGTTTCAGCTACCTTCATGGGTATGACTTTTG
ATCGTGTCTTTTTTTGTTAGGAACTGGTTACTTGACTGGCTGTTTTGCTCTGATGGTTGG
AGCTGAAAGACGCGTTGTCGGCGTGGATCATATCCCTGAGCTGGTCGATATGTCTATCAA
GAACGTT

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1DH40JQ 660 0 0
GAAGATAAGCTTCAGCCTGGGATGCGCGCTTTGGATGTTGGCTCAGGTTCGTATAAGCTT
TTCTCGAGGTTTCAGCTACCTTCATGGGTATGACTTTTGATCGTGTCTTTTTTTGTTAGG
AACTGGTTACTTGACTGGCTGTTTTGCTCTGATGGTTGGAGCTGAAGGACGCGTTGTCGG
CGTGGATCATATCCCTGAGCTGGTCGATATGTCTATCAAGAACGTTGAAAAGAGTGTTGC
TGGTTCGTTGCTACAGAAAGGATCTCTCTCCTTACATGTTGGTGATGGAAGGAAAGGTTG
GGAAGAGTTTGCACCATACGATGCTATTCACGTAGGAGCAGCGGCATCAGAGGTCCCTCT
GGCGCTGTTGGACCAGCTGAAACCTGGTGGAAGAATGGTGATTCCAGTAGGAACATATTT
TCAAGAGCTTAAGGTGATTGATAAAAGCGAGGATGGTTCCATCAAGACACGTACTGAAAC
TTCGGTTAGGTATGTGCCTCTTACTAGCCGCGTTGAACAGACGGGAGGGTTTTGAAGAAG
CCAAGAAAAATAAAAACACTGCTTCCAACGTCTTAGTGTACATACAGAGGTTGTGTATCT
TTTGTAATATATTTTGATGGGTAACAAAGAACAATAAGTTTATGAAAGCTTCGGTTTCAC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL6454Contig1 289 2 1 U
GGGATCCAGATTCATTCGTGGAGGAAGACGAAGGAACGAACGAACCCTACTTTCATTGGA
TCACGGTGGGAGAGAAGATCTGTGTAAACAAATTTGGATTCCGTTTGTCGTAATCGCAGA
TCCCCCCGCTGCTTTCTTTCGATCGATTTCGGTAACCTCCTCTGGTATTGATTTCTTCGT
CTCACAACGAGGAAGGTGTGAAAAGAATCAGCTTCCAGATTGATTAGTCTTGGTGTGGTG
TGGTATGAGTGTTCCTTTTTAAAATATAGATATGCGCGGTAAGTTTTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BV32JQ C 1
AF RR1BV32TF U 1
BS 1 289 RR1BV32TF

RD RR1BV32JQ 289 0 0
GGGATCCAGATTCATTCGTGGAGGAAGACGAAGGAACGAACGAACCCTACTTTCATTGGA
TCACGGTGGGAGAGAAGATCTGTGTAAACAAATTTGGATTCCGTTTGTCGTAATCGCAGA
TCCCCCCGCTGCTTTCTTTCGATCGATTTCGGTAACCTCCTCTGGTATTGATTTCTTCGT
CTCACAACGAGGAAGGTGTGAAAAGAATCAGCTTCCAGATTGATTAGTCTTGGTGTGGTG
TGGTATGAGTGTTCCTTTTTAAAATATAGATATGCGCGGTAAGTTTTAT

QA 1 289 1 289
DS 

RD RR1BV32TF 289 0 0
GGGATCCAGATTCATTCGTGGAGGAAGACGAAGGAACGAACGAACCCTACTTTCATTGGA
TCACGGTGGGAGAGAAGATCTGTGTAAACAAATTTGGATTCCGTTTGTCGTAATCGCAGA
TCCCCCCGCTGCTTTCTTTCGATCGATTTCGGTAACCTCCTCTGGTATTGATTTCTTCGT
CTCACAACGAGGAAGGTGTGAAAAGAATCAGCTTCCAGATTGATTAGTCTTGGTGTGGTG
TGGTATGAGTGTTCCTTTTTAAAATATAGATATGCGCGGTAAGTTTTAT

QA 1 289 1 289
DS 



AS 1 2

CO CL6455Contig1 502 2 2 U
AGTGATAATCGTCATAATTCTTCATATATTGATACAAATTATAAACTTAATTTGTTGAGA
TTCCTCTTAAAAGTAGTTTTTCTTTTCTTCTTTGTAAATGAACAACATTTTGGTTACATG
ACAACATTGGAACTGACTACACACAACCCCAAAAGGTAATGACACAATCATCATCTTCCT
TAATTAGATTTCATCTCAATGTCTCCATCATCCTTATTAGCAACATTGTCCGGAGAATCT
TTTGGCAAAAGACCAAGCAGAGGCAGAGGGAGCAACGAGCTAAGATTGCACAGGATAATA
AGCGTCGACAGGTTATCAAAACTGTCTCTCGTGATGCCGAACACTTGAGTCAGCCCTGCC
CCCATCAGTCCACCAAGAACACTGCCTCCATTGGAGATTGACATAAGCGTAGCAAAGAGA
GTTGCTTCCATTCCTTCTGGACACAGCCTCGCTGCTAAAACAAGAACCGGCATGAAAGAG
GCCTGTGCAAGAACTGTTAGGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA74JQ U 1
AF RR1D544JQ U 94
BS 1 382 RR1GA74JQ
BS 383 502 RR1D544JQ

RD RR1GA74JQ 382 0 0
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ACAACATTGGAACTGACTACACACAACCCCAAAAGGTAATGACACAATCATCATCTTCCT
TAATTAGATTTCATCTCAATGTCTCCATCATCCTTATTAGCAACATTGTCCGGAGAATCT
TTTGGCAAAAGACCAAGCAGAGGCAGAGGGAGCAACGAGCTAAGATTGCACAGGATAATA
AGCGTCGACAGGTTATCAAAACTGTCTCTCGTGATGCCGAACACTTGAGTCAGCCCTGCC
CCCATCAGTCCACCAAGAACAC

QA 1 382 1 382
DS 

RD RR1D544JQ 409 0 0
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AGGTAATGACACAATCATCATCTTCCTTAATTAGATTTCATCTCAATGTCTCCATCATCC
TTATTAGCAACATTGTCCGGAGAATCTTTTGGCAAAAGACCAAGCAGAGGCAGAGGGAGC
AACGAGCTAAGATTGCACAGGATAATAAGCGTCGACAGGTTATCAAAACTGTCTCTCGTG
ATGCCGAACACTTGAGTCAGCCCTGCCCCCATCAGTCCACCAAGAACACTGCCTCCATTG
GAGATTGACATAAGCGTAGCAAAGAGAGTTGCTTCCATTCCTTCTGGACACAGCCTCGCT
GCTAAAACAAGAACCGGCATGAAAGAGGCCTGTGCAAGAACTGTTAGGA

QA 1 409 1 409
DS 



AS 1 2

CO CL6456Contig1 1146 2 4 U
GGGATCCTCCCTCTTTCCCATGGCCAAGCCATCCTCCTCTCCTCTTCCCAAATCCCAATA
ACAAAACTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTTCCAACCTTCTTCCGACTCGAAATGGCTGCTGC
AATCGCTTCTCTCTCCTTTCCGGCGCTGGGCCAATCCGCAAAGATCTCCAATTCAACCAC
GCCTTCTCTTCCTCTCGCCTCCGTCTCCGCCATCTCCAGGAGGATTTCTCGCCACTCTTT
GACTTCTTCTAGGGCTTCCACTTCCTCTTCGAAACTAATCATCCACTGCATGTCTAGTGT
TACCGATGTGCCACCTGTATCGGAGACAAAGTCAAACTTCCTAAAAGCGTACAAGCGACC
AATCCCCAGCATCTACATCACCGTCCTCCAGGAGCTCATCGTACAGCAGCATTTGATGAG
GTATAAAAAGACTTACCGTTACGACCCTGTTTTCGCCCTCGGCTTCGTCACTGTCTACGA
TCAGCTCATGGATGGCTATCCCAGCGATCAGGATCGTGATTCCATTTTTCAAGCCTACGT
CCAAGCTTTGAATGAGGATCCTAACCAATACCGAACTGATGCGCAGAAGATGGAGGAATG
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AGCGATTCTTAAGGACATTTCAGAAAGAGCTGGCAGTAAGGAAGGTTTCAGTTACAGCAG
GTTCTTCGCTGTTGGCTTGTTTCGCTTGCTTGAGCTTGCAGGTGCTACTGATCCCACCGT
CCTTGACAAGCTTTGTGCGTCCCTAAATATCAACAAGAAAAGCGTGGATCGGGACCTCGA
TGTGTATCGCAACCTGCTTTCGAAGCTTGTCCAAGCCAAGGAACTACTCAAGGAGTATGT
CGAGAGGGAGAAGAAGAAGCGAGGGGAAAGAGCAGCCGAATCCCAGAAAGCTAACGAATC
AATCTCCAAGTCTCTGGGAGATAATACCTTATCTTTCTTGGTTTAATGGATATCATAAAC
AATCAATTTGTGAATTTTTGTTTTTGTTTTTTGTTTATTGTTCTTAGTAACAACTGCAAC
TACTTGACCTAAGACATACGTGTGCTCATTCCTAAGAACAAATATATCTCTTTCGATTTT
ATGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1BS02TF U 1
AF RR1BS02JQ C 389
BS 1 646 RR1BS02TF
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BS 648 680 RR1BS02TF
BS 681 1146 RR1BS02JQ

RD RR1BS02TF 680 0 0
GGGATCCTCCCTCTTTCCCATGGCCAAGCCATCCTCCTCTCCTCTTCCCAAATCCCAATA
ACAAAACTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTTCCAACCTTCTTCCGACTCGAAATGGCTGCTGC
AATCGCTTCTCTCTCCTTTCCGGCGCTGGGCCAATCCGCAAAGATCTCCAATTCAACCAC
GCCTTCTCTTCCTCTCGCCTCCGTCTCCGCCATCTCCAGGAGGATTTCTCGCCACTCTTT
GACTTCTTCTAGGGCTTCCACTTCCTCTTCGAAACTAATCATCCACTGCATGTCTAGTGT
TACCGATGTGCCACCTGTATCGGAGACAAAGTCAAACTTCCTAAAAGCGTACAAGCGACC
AATCCCCAGCATCTACATCACCGTCCTCCAGGAGCTCATCGTACAGCAGCATTTGATGAG
GTATAAAAAGACTTACCGTTACGACCCTGTTTTCGCCCTCGGCTTCGTCACTGTCTACGA
TCAGCTCATGGATGGCTATCCCAGCGATCAGGATCGTGATTCCATTTTTCAAGCCTACGT
CCAAGCTTTGAATGAGGATCCTAACCAATACCGAACTGATGCGCAGAAGATGGAGGAATG
GGCGCGAAGTCAGACTTCTGCTTCACTGGTTGACTTCTCGTCTAAG*AGGGAGAAGTTGA
AGCGATTCTTAAGGACATTT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1BS02JQ 758 0 0
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GTTTTCGCCCTCGGCTTCGTCACTGTCTACGATCAGCTCATGGATGGCTATCCCAGCGAT
CAGGATCGTGATTCCATTTTTCAAGCCTACGTCCAAGCTTTGAATGAGGATCCTAACCAA
TACCGAACTGATGCGCAGAAGATGGAGGAATGGGCGCGAAGTCAGACTTCTGCTTCACTG
GTTGACTTCTCGTCTAAGGAGGGAGAAGTTGAAGCGATTCTTAAGGACATTTCAGAAAGA
GCTGGCAGTAAGGAAGGTTTCAGTTACAGCAGGTTCTTCGCTGTTGGCTTGTTTCGCTTG
CTTGAGCTTGCAGGTGCTACTGATCCCACCGTCCTTGACAAGCTTTGTGCGTCCCTAAAT
ATCAACAAGAAAAGCGTGGATCGGGACCTCGATGTGTATCGCAACCTGCTTTCGAAGCTT
GTCCAAGCCAAGGAACTACTCAAGGAGTATGTCGAGAGGGAGAAGAAGAAGCGAGGGGAA
AGAGCAGCCGAATCCCAGAAAGCTAACGAATCAATCTCCAAGTCTCTGGGAGATAATACC
TTATCTTTCTTGGTTTAATGGATATCATAAACAATCAATTTGTGAATTTTTGTTTTTGTT
TTTTGTTTATTGTTCTTAGTAACAACTGCAACTACTTGACCTAAGACATACGTGTGCTCA
TTCCTAAGAACAAATATATCTCTTTCGATTTTATGAGC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL6457Contig1 588 2 3 U
GGATATCAAAACCCATTTCTCCTCATTTTCCATTAATTATAATTACCTTCTCCCCTAAAC
GAACAAAGAGTAATTAACAAATAATATGCCTCTTAGGGTCAGACCCTTATCTCTCCTCTT
CCTCATACTAATTGTTTGTTCGTCATCGTCAGTGAAAGGCTCTATCCAGCTTGAAGGCGC
AAAGATGCATGAGAGTTTCATGCTTTACAAGAGCGAGGAGATGGAAGTAAAGAAGATCTC
GAGCTACAGGAAGCTGATGTTCCACTCGACTACGGACTACGACGACGCAGGAGCCAACCC
TAAGCACGACCCAAGAAGGAGGCCCGGAGGCAAGCCTTGAAGCATTCAACACACGATTCT
CTCTCTCGCTCTCTCTATATAAATTAGCCAATATATAAACACATGCACTGGTCTCTATAT
ATATAAGTGTATGTAGCCTATTCTGACATTTTGTTTGAGGAAGAAATCGGTGTAGAATAC
CCTTCGGAAATGCTTCGTGAAAGGGGCACTAGTTTTCATCATATAGACTACTAAACCATG
AATTAACTATTATCATCTTGTTGAACAAAAAAAAACTATTATCATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CG72TF U 1
AF RR1CG72JQ C 285
BS 1 464 RR1CG72TF
BS 465 465 RR1CG72JQ
BS 466 588 RR1CG72TF

RD RR1CG72TF 588 0 0
GGATATCAAAACCCATTTCTCCTCATTTTCCATTAATTATAATTACCTTCTCCCCTAAAC
GAACAAAGAGTAATTAACAAATAATATGCCTCTTAGGGTCAGACCCTTATCTCTCCTCTT
CCTCATACTAATTGTTTGTTCGTCATCGTCAGTGAAAGGCTCTATCCAGCTTGAAGGCGC
AAAGATGCATGAGAGTTTCATGCTTTACAAGAGCGAGGAGATGGAAGTAAAGAAGATCTC
GAGCTACAGGAAGCTGATGTTCCACTCGACTACGGACTACGACGACGCAGGAGCCAACCC
TAAGCACGACCCAAGAAGGAGGCCCGGAGGCAAGCCTTGAAGCATTCAACACACGATTCT
CTCTCTCGCTCTCTCTATATAAATTAGCCAATATATAAACACATGCACTGGTCTCTATAT
ATATAAGTGTATGTAGCCTATTCTGACATTTTGTTTGAGGAAGAGATCGGTGTAGAATAC
CCTTCGGAAATGCTTCGTGAAAGGGGCACTAGTTTTCATCATATAGACTACTAAACCATG
AATTAACTATTATCATCTTGTTGAACAAAAAAAAACTATTATCATCTC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1CG72JQ 304 0 0
ACGCAGGAGCCAACCCTAAGCACGACCCAAGAAGGAGGCCCGGAGGCAAGCCTTGAAGCA
TTCAACACACGATTTTTTCTCTCGCTCTCTCTATATAAATTAGCCAATATATAAACACAT
GCACTGGTCTCTATATATATAAGTGTATGTAGCCTATTTTGACATTTTGTTTGAGGAAGA
AATCGGTGTAGAATACCCTTCGGAAATGCTTCGTGAAAGGGGCACTAGTTTTCATCATAT
AGACTACTAAACCATGAATTAACTATTATCATCTTGTTGAACAAAAAAAAACTATTATCA
TCTC

QA 1 304 1 304
DS 



AS 1 2

CO CL6458Contig1 437 2 1 U
GGAACTTCAAGAGAAGCAGTAATACTACATCTCCAACCTCCACCTTTCAGTTTTTCAGAA
TGGCAGGTCAGGTTCCGAGGGTTGTTCGTTGTTCGTGGAGTCCCAGTTCAACTCACGTGA
TTTACCATTGTGTTTGTCACTCTGAGATCGATGCTAGGGTTTTCCGGAGCGGGCAGAGCT
ACTTTCACATCAACGGCTCTTCCGTCAAACCAGTGGTAGGAGCTACTCTCGAGGGTGACA
ACTTCCACACCTCTGTCACACACTGCAACTTCGCCGTCAACATCACTTGCGATAGGTCTT
CGGGACGTGTTTCTATTGCTCCTACCGAGATTCGTTCTTTGTTGTAAGGGTTTTTTTTTA
TTTATTTTGGGTGTTGTTTGACTTGGTAGAACCTCTAGCTTGAGCTTCGAGAAATAAGAA
CTTAACATCTTCTTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H478JQ C 1
AF RR1H478TF U 1
BS 1 437 RR1H478TF

RD RR1H478JQ 437 0 0
GGAACTTCAAGAGAAGCAGTAATACTACATCTCCAACCTCCACCTTTCAGTTTTTCAGAA
TGGCAGGTCAGGTTCCGAGGGTTGTTCGTTGTTCGTGGAGTCCCAGTTCAACTCACGTGA
TTTACCATTGTGTTTGTCACTCTGAGATCGATGCTAGGGTTTTCCGGAGCGGGCAGAGCT
ACTTTCACATCAACGGCTCTTCCGTCAAACCAGTGGTAGGAGCTACTCTCGAGGGTGACA
ACTTCCACACCTCTGTCACACACTGCAACTTCGCCGTCAACATCACTTGCGATAGGTCTT
CGGGACGTGTTTCTATTGCTCCTACCGAGATTCGTTCTTTGTTGTAAGGGTTTTTTTTTA
TTTATTTTGGGTGTTGTTTGACTTGGTAGAACCTCTAGCTTGAGCTTCGAGAAATAAGAA
CTTAACATCTTCTTTCC

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR1H478TF 437 0 0
GGAACTTCAAGAGAAGCAGTAATACTACATCTCCAACCTCCACCTTTCAGTTTTTCAGAA
TGGCAGGTCAGGTTCCGAGGGTTGTTCGTTGTTCGTGGAGTCCCAGTTCAACTCACGTGA
TTTACCATTGTGTTTGTCACTCTGAGATCGATGCTAGGGTTTTCCGGAGCGGGCAGAGCT
ACTTTCACATCAACGGCTCTTCCGTCAAACCAGTGGTAGGAGCTACTCTCGAGGGTGACA
ACTTCCACACCTCTGTCACACACTGCAACTTCGCCGTCAACATCACTTGCGATAGGTCTT
CGGGACGTGTTTCTATTGCTCCTACCGAGATTCGTTCTTTGTTGTAAGGGTTTTTTTTTA
TTTATTTTGGGTGTTGTTTGACTTGGTAGAACCTCTAGCTTGAGCTTCGAGAAATAAGAA
CTTAACATCTTCTTTCC

QA 1 437 1 437
DS 



AS 1 2

CO CL6459Contig1 738 2 4 U
GGATTCTTCCTTCGTTACTTCTCACCCTAATCTTGAGCGAAGATGAGGGGTATGGTTAAG
GGAGGCGTGTGGAAGAACACAGAAGATGAGATCCTCAAGGCCTCCATGATGAAGTACGGT
AGGAACCAGTGGGGTCGGATCTCGTCTCTCGCCGTTCGCAAGTCAGCAAAACAGTGCAAA
GCTCGCTGGAACGAGTGGCTCGATCCGTCCATCAAGAAGACCGAATGGACCGTCGAAGAG
GACGAGAAGCTTCTCCATCTCGCAAAGATTTTGCCTACTCAGTGGAGAACCATCGCTCCT
CCCGTGGGCCGCACGCCTTCTCACTGCCTTGAGAGGTACGAAAAGCTTCTCGATGCAGCA
TGCGGTAAGGGGTACGAAGCAGGGGGTGATCCGCGGAAACTAGGTCCTGGTGAGATTGAT
CCTAATCCGGAGTCGAAGCCTGCTCGTCCCGATGCGGTGGACATGGAAGATTATGAGATG
GAGATGCTGTCTGAAGCGAGGGCTAGATTTGCCAACACTAGGGGGAAGAAGGCGAAAAGA
AGAGCTAGAGAGAAGCAGATTCAGGAAGCTAGGAGTCTTGCTTCTCTGCAAAAGATGAGG
GAACTAAAAGCAGCTGGGATTGATGATGGAAAGCTTAGGAACAAGAGCAAGGGAAAGGGG
ATCGACTATGGTGCAGAGATTCCTTTCGAGAAGAGGGCCCCTGCTGGATTTTATGATACT
GCCGATGAACGTTAAGGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AF15TF U 1
AF RR1AF15JQ C 297
BS 1 300 RR1AF15TF
BS 301 301 RR1AF15JQ
BS 302 530 RR1AF15TF
BS 531 738 RR1AF15JQ

RD RR1AF15TF 532 0 0
GGATTCTTCCTTCGTTACTTCTCACCCTAATCTTGAGCGAAGATGAGGGGTATGGTTAAG
GGAGGCGTGTGGAAGAACACAGAAGATGAGATCCTCAAGGCCTCCATGATGAAGTACGGT
AGGAACCAGTGGGGTCGGATCTCGTCTCTCGCCGTTCGCAAGTCAGCAAAACAGTGCAAA
GCTCGCTGGAACGAGTGGCTCGATCCGTCCATCAAGAAGACCGAATGGACCGTCGAAGAG
GACGAGAAGCTTCTCCATCTCGCAAAGATTTTGCCTACTCAGTGGAGAACCATCGCTCCT
GCCGTGGGCCGCACGCCTTCTCACTGCCTTGAGAGGTACGAAAAGCTTCTCGATGCAGCA
TGCGGTAAGGGGTACGAAGCAGGGGGTGATCCGCGGAAACTAGGTCCTGGTGAGATTGAT
CCTAATCCGGAGTCGAAGCCTGCTCGTCCCGATGCGGTGGACATGGAAGATTATGAGATG
GAGATGCTGTCTGAAGCGAGGGCTAGATTTGCCAACACTAGGGGGAAGAA
AG

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR1AF15JQ 442 0 0
TCCTCCCGTGGGCCGCACGCCTTCTCAGTGCCTTGAGAGGTACGAAAAGCTTCTCGATGC
AGCATGCGGTAAGGGGTACGAAGCAGGGGGTGATCCGCGGAAACTAGGTCCTGGTGAGAT
TGATCCTAATCCGGAGTCGAAGCCTGCTCGTCCCGATGCGGTGGACATGGAAGATTATGA
GATGGAGATGCTGTTTGAAGCGAGGGCTAGATTTGCCAACACTAGGGGGAAGAAGGCGAA
AAGAAGAGCTAGAGAGAAGCAGATTCAGGAAGCTAGGAGTCTTGCTTCTCTGCAAAAGAT
GAGGGAACTAAAAGCAGCTGGGATTGATGATGGAAAGCTTAGGAACAAGAGCAAGGGAAA
GGGGATCGACTATGGTGCAGAGATTCCTTTCGAGAAGAGGGCCCCTGCTGGATTTTATGA
TACTGCCGATGAACGTTAAGGA

QA 1 442 1 442
DS 



AS 1 2

CO CL6460Contig1 1340 2 8 U
GGTGGAGGATCTCTCGCCCCCAAATCCTCCTCTCAAGAGAAAACCCTTAACACACTTCTT
CTTCTCCTTCCCTTCTACTCTCGCCGTAAGTGATTTTTTTTTCGGTAGCGACGGCGATGG
CGGATCTTTTCCCACCTCTCGTGACGGCTCAAATCGACGACAAGCCTAAAGCCGACGAGA
AAGTCGATTACTCGAATCTCCCTTGCCCTGTTCCCTATGAGGAACTCCACCGCGAAGCTT
ACATGTCTTTAAAGCCAGACACTTTCGAGGGTCTACGCTTCGACTTTACCAAGGGGTTGA
ATCAAAAGTTTGGTCTCTGCCACAGTGTAATGATGGGTCCAACCGAAGTTCCTTCTCAGT
CGCCTGACACGGTTATTAAAATTCCAACTGCCCACTATGAGTTTGGTGCCAATTATATTG
ACCCGAAGTTGATGCTTGTTGGAAGGGTTATGACTGATGGTAGACAAAGTGCAAGAGTGA
GAGCTGATTTAACTGATAAGTTGATGGTGAAGGCGAATGCTCAGCTTGCAAATGAGCCTC
ATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATGGGATCAGACTACAGAGCCCAACTTC
AATTTGGGAACAATGCTCTAGTTGGAGCAAACTATATTCAGAGTGTGACACCCCGTCTAT
CTTTGGGTGGGGAAGTTTTCTGGGTTGGTGTCCCTCGGAAGTCGGGTATAGGTTACGCTG
CAAGATGAAACTGATAAGATGGTCGCCTCTGGGCAAGTTGCTAGCACTGGTCTTATGGCT
ATGAACTATGTTCAGAAGATTTCCGATAAGGTCTCACTTGCCACTGATTTTATGTACAAC
TACTTTTCAAGAGAAGCTGTAGCTAGTGTTGGGTATGACTACATGCTCAGACAGTCTCGT
GTGCGGGGAAAGATAGATTCGAACGGTGTTGCATCCGCTCTTCTGGAAGAAAGATTGAGT
ATGGGACTCAATTTTCTTATGTCTGCAGAGCTTGACCATAAGAAGAAGGACTACAAGTTT
GGATTCGGTTTAACAGTCGGCTAATAAGCACAGCGACGCACGGAATAAGCCCTGGCAGCT
GCAGCTGTTGTGCGGGGGGATCGGTTCAATTTTATTATATTCTCCCTTCAAGATTTTCAG
TTTAGGCTATTTTCGTTGGGAAGTTGAACAAAAAACAAAGGAAATATTGTGTTGTTTATT
TGCGGTTTAGGTTTTCTCTCCAAGAACATCCAATTAAAGGAGGTTTTTTTTTGTGTTTTT
ACTTTCTTGCTTCAGGTCTCGTATACTACTACCGAGAGGTCTATTCATTTCCTTTTTATT
GAAGAATAAATCAGTTAGAG


BQ
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ATG

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DS 



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CATAATAATGACGTTTTGAGTCGTAGATCATAATCATATAATTGACTCACGAAGCTTAAC
ATACTTGCCCTCG


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP78TF U 1
AF RR1BP78JQ C 403
BS 1 688 RR1BP78TF
BS 689 1093 RR1BP78JQ

RD RR1BP78TF 688 0 0
GGGAAGTTACTTGTGTGACAATCATTGATTACTACACTGATCGTGTGAAAACGTAAACCA
AGAGAGATCAAAGGAATGATGAAGGATGTGAAGAGTCGGATTCAATACCTTATGTCGTGG
ATTCGTCGGCAGCCACCGAAGATAAAGGCGTATCTCTGTGTGGTTTCGGCAATAACGGTG
CTCGTCTTCTTAAGGGTGATTGTCCATGACAATGAATACCTTTTTTTAGCTTCTGAGGCT
GTCCATGCCATGGGGATCTCCGTTCTTATCTACAAGCTCACCAAGGAGAAGACTTGCGCT
GGGTTATCTCTCAAGACGCAGGAGCTGACGGCTTTGTATCTGGGCGTGCGATTGTATTGT
AGTTTTGTAATGGAATTTGATCTTCACACTTTACTCGATTCTGCTGCTTTCTTCACCACT
CTTTGGGTCATCTATATGATCCGTCTCAAGCTTAGACCCACTTATATGGAAGACAAAGAC
AACTTTGTCATCTACTACGCCGTAGTCCCATGTGCTGTTGTATCTCTCCTCATACACCCG
TCAACCCGTCACCACATCATAAACAGGCTGTTTTGGGCATTCTGTGTTTATCTTGAAGCT
GTTTCAGTTCTTCCTCAATTAAGAGTCATGCAGAACACTAAGATCGTGGAACCATTCACA
GCACAATACGTTTTTGCCTTGGGAATCG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1BP78JQ 691 0 0
GCTGCTTTCTTCACCACTCTTTGGGTCATCTATATGATCCGTCTCAAGCTTAGACCCACT
TATATGGAAGACAAAGACAACTTTGTCATCTACTACGCCGTAGTCCCATGTGCTGTTGTA
TCTCTCCTCATACACCCGTCAACCCGTCACCACATCATAAACAGGCTGTTTTGGGCATTC
TGTGTTTATCTTGAAGCTGTTTCAGTTCTTCCTCAATTAAGAGTCATGCAGAACACTAAG
ATCGTGGAACCATTCACAGCACAATACGTTTTTGCCTTGGGAATCGCTAGGTTCTTGAGT
TGTGCACACTGGATCCTTGAGGTGTTGGATACGAGCGGGAGGTTACTGACCGCATTAGGG
TATGGAGGCTATGGACTTTGGCCTTTCATGGTCATTGTCTCCGAAATCATCCAAACCTTC
ATTCTTGCAGATTTTTGCTATTACTATGTTCAGAGTTTAATGGGTGGACAGCTCGTCCTT
CGTCTCCCGTCTGGTGTGGTTTGAGAAGCCTTGCAAAATGGATTGCTTTGAGCTTCCAGA
GGTTTTTCATTATTAGAGCTTTTGAGATATGATTTGATACTTGTTAGCGAAAGATGCATT
CATTAGAATTAGTTTTCTCATAATAATGACGTTTTGAGTCGTAGATCATAATCATATAAT
TGACTCACGAAGCTTAACATACTTGCCCTCG

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL6462Contig1 1229 2 2 U
GCATCTATAAGTTGCTACCAGCTTCGTCGAGACTCTCTTCCAAGCAAACTCCAAAACCTC
TTTCCCTGTTACAGTGCCGTAATTTTCTACAAGAGGACGACATCTCAAAGATCCGTCACG
AGTTTGATCAGGCGATACAGAGATTCTTAATCCACGTTGAGTGACTTGAGTCTCTGATGC
GAAATTCAAACAGTGAATTCAGCGTGGTAATATCACAGATGAAGGAACAAGACTGAGCAT
CCAGTTCTCATGTCTTTACCGTTGGAAAGAAGTGGAAAAGTTGTCTTAGGATGGATCACA
AAGGCTACATCCATGCAGTTATTCAGCTCTGTGGAGTTTGAGGCAATAATAATAAGGCTC
TTGCCAAGGCATTGTACCGACAACCAAGAAAAGAACATAACACAGCCATAGTCCTTGCTC
ACAGTTTCGATTGCATTCCTTTGAGGCTCTGTTATCTGTTTGCGAGCGACACCATTCCTT
TGCATCCTTAATACTCTTGAGGATGATCTCCTGGGCTGTGAAAGTCCTATTCTCAAACAC
AAGCTTATTTCTGGCTTTCCATAAATTCCAGAGAACCCAAGGCCACAAAGGAGAGATTAA
ACCAGCTAATTACATAGTTGATCTCAAGAACTTTTAGTGACATTCTACGTCATCCTTTTA
TTATCTACCGCAGTGATGGGTATTCATTGGTGTTTCTATGATCCTGGGAAATGGTGTATA
CAAATTTTGTAAAGTGATCCGAGGTGAAGATGGTTTGAGAACCACTCCTTAACGCGAAGA
AGAACCTCTGCCTTACCATTGACACTAGACATATCTTATGAAGACCAGTGTAGAACAAGA
TTTATCCTTAAAAGACTAAGTGCCTTCATGGTTTGCTGGTAGAGGGAATGTGCTTATAGC
TGCAGTATACAGCTATACTACCTCACATGTGCGCTCAGCTGAGATGGTACTACATTCTGT
TCATTGGTGTCTATGCCTCAGTCGTGGTTTTCGGCAATTCTTATGGAGCTGGTCAGTGCC
AACAGAGTATTTGGCAGAATAGAACACTAATATGTTTGGTAGTAGTCTGGTAGATAAAAT
GAGTAAAGTGAAGAAAGGTCCTTTGAAAGAGCACCCATGGACAGAATTATGTGTAAGTTT
AGGATTCTAATGGGGCATGTAATGAGTAAACCTGATGAATGAGGTTGTATGAAGCCATGA
ATGCAACGACACAGTGAATTTTTTTGTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AJ75TF U 1
AF RR1AJ75JQ C 393
BS 1 830 RR1AJ75TF
BS 831 1229 RR1AJ75JQ

RD RR1AJ75TF 830 0 0
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TTTCCCTGTTACAGTGCCGTAATTTTCTACAAGAGGACGACATCTCAAAGATCCGTCACG
AGTTTGATCAGGCGATACAGAGATTCTTAATCCACGTTGAGTGACTTGAGTCTCTGATGC
GAAATTCAAACAGTGAATTCAGCGTGGTAATATCACAGATGAAGGAACAAGACTGAGCAT
CCAGTTCTCATGTCTTTACCGTTGGAAAGAAGTGGAAAAGTTGTCTTAGGATGGATCACA
AAGGCTACATCCATGCAGTTATTCAGCTCTGTGGAGTTTGAGGCAATAATAATAAGGCTC
TTGCCAAGGCATTGTACCGACAACCAAGAAAAGAACATAACACAGCCATAGTCCTTGCTC
ACAGTTTCGATTGCATTCCTTTGAGGCTCTGTTATCTGTTTGCGAGCGACACCATTCCTT
TGCATCCTTAATACTCTTGAGGATGATCTCCTGGGCTGTGAAAGTCCTATTCTCAAACAC
AAGCTTATTTCTGGCTTTCCATAAATTCCAGAGAACCCAAGGCCACAAAGGAGAGATTAA
ACCAGCTAATTACATAGTTGATCTCAAGAACTTTTAGTGACATTCTACGTCATCCTTTTA
TTATCTACCGCAGTGATGGGTATTCATTGGTGTTTCTATGATCCTGGGAAATGGTGTATA
CAAATTTTGTAAAGTGATCCGAGGTGAAGATGGTTTGAGAACCACTCCTTAACGCGAAGA
AGAACCTCTGCCTTACCATTGACACTAGACATATCTTATGAAGACCAGTG

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR1AJ75JQ 837 0 0
GAACATAACACAGCCATAGTCCTTGCTCACAGTTTCGATTGCATTCCTTTGAGGCTCTGT
TATCTGTTTGCGAGCGACACCATTCCTTTGCATCCTTAATACTCTTGAGGATGATCTCCT
GGGCTGTGAAAGTCCTATTCTCAAACACAAGCTTATTTCTGGCTTTCCATAAATTCCAGA
GAACCCAAGGCCACAAAGGAGAGATTAAACCAGCTAATTACATAGTTGATCTCAAGAACT
TTTAGTGACATTCTACGTCATCCTTTTATTATCTACCGCAGTGATGGGTATTCATTGGTG
TTTCTATGATCCTGGGAAATGGTGTATACAAATTTTGTAAAGTGATCCGAGGTGAAGATG
GTTTGAGAACCACTCCTTAACGCGAAGAAGAACCTCTGCCTTACCATTGACACTAGACAT
ATCTTATGAAGACCAGTGTAGAACAAGATTTATCCTTAAAAGACTAAGTGCCTTCATGGT
TTGCTGGTAGAGGGAATGTGCTTATAGCTGCAGTATACAGCTATACTACCTCACATGTGC
GCTCAGCTGAGATGGTACTACATTCTGTTCATTGGTGTCTATGCCTCAGTCGTGGTTTTC
GGCAATTCTTATGGAGCTGGTCAGTGCCAACAGAGTATTTGGCAGAATAGAACACTAATA
TGTTTGGTAGTAGTCTGGTAGATAAAATGAGTAAAGTGAAGAAAGGTCCTTTGAAAGAGC
ACCCATGGACAGAATTATGTGTAAGTTTAGGATTCTAATGGGGCATGTAATGAGTAAACC
TGATGAATGAGGTTGTATGAAGCCATGAATGCAACGACACAGTGAATTTTTTTGTGG

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 2

CO CL6463Contig1 164 2 1 U
GGGAGAGAGAGAGAAAAAAAGAGTCCAAAAAAACAATCCATCACCTGTTTCGTCTGAGAG
AAAGAAACGTTGGTCTGCTTCATCAACATCGATCTCCTTTCTTCTTTTATGATCTGGTGA
TAGTTTAGGTGGTTCTTGTGCGTCTGAGTTGAAAAAGTCCCGAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DZ49JQ C 1
AF RR1DZ49TF U 1
BS 1 164 RR1DZ49TF

RD RR1DZ49JQ 164 0 0
GGGAGAGAGAGAGAAAAAAAGAGTCCAAAAAAACAATCCATCACCTGTTTCGTTTGAGAG
AAAGAAACGTTGGTTTGCTTCATCAACATCGATCTCCTTTCTTCTTTTATGATCTGGTGA
TAGTTTAGGTGGTTCTTGTGCGTCTGAGTTGAAAAAGTCCCGAG

QA 1 164 1 164
DS 

RD RR1DZ49TF 164 0 0
GGGAGAGAGAGAGAAAAAAAGAGTCCAAAAAAACAATCCATCACCTGTTTCGTCTGAGAG
AAAGAAACGTTGGTCTGCTTCATCAACATCGATCTCCTTTCTTCTTTTATGATCTGGTGA
TAGTTTAGGTGGTTCTTGTGCGTCTGAGTTGAAAAAGTCCCGAG

QA 1 164 1 164
DS 



AS 1 2

CO CL6464Contig1 937 2 4 U
AAACACAATGTGTTTTCTTGGATATGGATACATTGGAATTTAAATTGTACATATGGTCCA
ACCTAACATTGAAAATGTTTCAAACAAACAAACAAAAGAGGAGGAAGAACCAGTGAATCC
AAGACATAAAAGCTCTTATTTATTCTCTCCCTCTCTTCTTCAAACAATGACTAGAACTTT
TTGTTTGAGAGAATCTTCATTATATCAAAACTCATCATGAGTCACTCACGAGTTCAGACA
TCTCGCTCCTGATGCTCTTCTCCGGTGTGGACAATAATGGAGTTCCAAATATAAAAGCCT
TGAAAAGCGCAAGAGCCTCCTTTGGTCTGTGCAAAGGAACTTCATGCCCTGCACCTCCCA
CAGTCACAAAGTTTAAACCAGCATACTGCTGAGTCCACCCTCCCACCTGTCCGTCAATGT
ACCAAGGGCCATATGGACTAATTGTACTAAGGTTTAAAGCATCTATGCTGTACCGGGTTG
ATGTGACTGGTACAACAGCATCTACATCTCCACTGAAAACCCATATACGAATCCCAGCAG
CTATAAGCTCGTGGTAAATGTCTAGAACCGAGGAAGAACAATCGTTCCAGTTTTCATTCA
CGACATAATTGCAAGTATCCCATTTGGATGGTGCAAGTTGTGGTGGGACATGGAGGGCTT
TTTGAACCTCTGGAAGATTGAAGTACACTTTGGAGTGTTTCTCCGTGCATGGATCATACT
GTTCACTCACACGGCTATTCACTGGTCTTCTTCTCTTTAGCAACATTCTTGACTGGGAAG
CACTTGCAACACAGGCCGGTGTGAAGACACTGTAATGGTCTATGTTACCCATTTCCTTGT
ACGCTATCTCCAGAGCGTTATTACAGGCTTCAGAGGAGTGAATAAAGGGTTCCAAACCAC
ACTGAAGTTTCAGTAAGGTGTATGTTTGGTCGGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE42JQ U 1
AF RR1D483TF C 261
BS 1 503 RR1GE42JQ
BS 504 504 RR1D483TF
BS 505 574 RR1GE42JQ
BS 575 937 RR1D483TF

RD RR1GE42JQ 574 0 0
AAACACAATGTGTTTTCTTGGATATGGATACATTGGAATTTAAATTGTACATATGGTCCA
ACCTAACATTGAAAATGTTTCAAACAAACAAACAAAAGAGGAGGAAGAACCAGTGAATCC
AAGACATAAAAGCTCTTATTTATTCTCTCCCTCTCTTCTTCAAACAATGACTAGAACTTT
TTGTTTGAGAGAATCTTCATTATATCAAAACTCATCATGAGTCACTCACGAGTTCAGACA
TCTCGCTCCTGATGCTCTTCTCCGGTGTGGACAATAATGGAGTTCCAAATATAAAAGCCT
TGAAAAGCGCAAGAGCCTCCTTTGGTCTGTGCAAAGGAACTTCATGCCCTGCACCTCCCA
CAGTCACAAAGTTTAAACCAGCATACTGCTGAGTCCACCCTCCCACCTGTCCGTCAATGT
ACCAAGGGCCATATGGACTAATTGTACTAAGGTTTAAAGCATCTATGCTGTACCGGGTTG
ATGTGACTGGTACAACAGCATCTGCATCTCCACTGAAAACCCATATACGAATCCCAGCAG
CTATAAGCTCGTGGTAAATGTCTAGAACCGAGGA

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1D483TF 677 0 0
TCCGGTGTGGACAATAATGGAGTTCCAGATATAAAAGCCTTGAAGAGCGCAAGAGCCTCC
TTTGGTCTGTGCAGAGGAACTTCATGCCCTGCACCTCTCACAGTCACAAAGTTTAGACCA
GCATACTGCTGAGTCCACCCTCCCACCTGTCCGTCAATGTACCAAGGGCCATATGGACTA
ATTGTACTAAGGTTTAGAGCATCTATGCTGTACCGGGTTGATGTGACTGGTACAACAGCA
TCTACATCTCCACTGAAAACCCATATACGAATCCCAGCAGCTATAAGCTCGTGGTAAATG
TCTAGAACCGAGGAAGAACAATCGTTCCAGTTTTCATTCACGACATAATTGCAAGTATCC
CATTTGGATGGTGCAAGTTGTGGTGGGACATGGAGGGCTTTTTGAACCTCTGGAAGATTG
AAGTACACTTTGGAGTGTTTCTCCGTGCATGGATCATACTGTTCACTCACACGGCTATTC
ACTGGTCTTCTTCTCTTTAGCAACATTCTTGACTGGGAAGCACTTGCAACACAGGCCGGT
GTGAAGACACTGTAATGGTCTATGTTACCCATTTCCTTGTACGCTATCTCCAGAGCGTTA
TTACAGGCTTCAGAGGAGTGAATAAAGGGTTCCAAACCACACTGAAGTTTCAGTAAGGTG
TATGTTTGGTCGGAGCC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL6465Contig1 836 2 3 U
AAAGAAATAAACATAGGACATTTCCAAATCTAAACTTACATAGGGTATTTTCAAATACCC
GTTTGTATTATCCGAAGGTTTAATAAAGAGTCAAAGTGAAGGCTTGATATTCCCTGAATT
CAATTTTGCTGATCCAATCCCACAAGTTTAGAAGAAGCAAAAATCTTAAGTATCTTTTGT
TATCCCCTTTGTCGTTGTTTGTCTATATTTCGCCAAAGGGGTAGTAGTAGTGATCCATAA
GACACATGTTTTAGTAGCCATTGGCTGTTCTTCATTCCTCAAACGAAATGGCCGAGTCCA
GCTCTATTCGGTTAAGCCTAACCGTCCCAAGAATATACTCTGGCAACTCTGTTTCCTCTT
TTCCCTCAATCAAGATGGCTAGATCAACAATGAGGCTTGTGACATAACCAAGTACCAGAC
CAATAACGCTCCGGGCAACAGTCGATGATCCAATATCTACATCAATCTCCAGAAAGTTAT
CCTTCCTCAGGTACTTGCAGGTTACAGCTTTACCAAGCAAGCAGGCTTTTGTTCCAACAG
CCCCGCTTGACCATCCAATATCCCTGAACAATACTTGGAATCAGCTTAAATCTTGAGTCG
CGGTAACTGTCACTCCCATTTACAAATTTTCCCAGCGAGGAAGACTCGCTTACAGGTCGA
TCCGCAGCATAGTACATGACCAAACAATAGTTAGGTTTTGCTGGTACCTGAAGATTTACG
ACTAGGATGAACGGCAGCTTTTTCCCCGGTTCTGACTGGACAAGACATTTCGGATGCAGA
GCGATGTTGTCTACAGCTTTATCAACTTTAAGCCAATCCACTGATACAAGTGTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B068JQ U 452
AF RR1B068TF C 1
BS 1 451 RR1B068TF
BS 452 742 RR1B068JQ
BS 743 836 RR1B068TF

RD RR1B068JQ 291 0 0
AATATCTACATCAATCTCCAGAAAGTTATCCTTCCTCAGGTACTTGCAGGTTACAGCTTT
ACCAAGCAAGCAGGCTTTTGTTCCAACAGCCCCGCTTGACCATCCAATATCCCTGAACAA
TACTTGGAATCAGCTTAAATCTTGAGTCGCGGTAACTGTCACTCCCATTTACAAATTTTC
CCAGCGAGGAAGACTCGCTTACAGGTCGATCCGCAGCATAGTACATGACCAAACAATAGT
TAGGTTTTGCTGGTACCTGAAGATTTACGACTAGGATGAACGGCAGCTTTT

QA 1 291 1 291
DS 

RD RR1B068TF 836 0 0
AAAGAAATAAACATAGGACATTTCCAAATCTAAACTTACATAGGGTATTTTCAAATACCC
GTTTGTATTATCCGAAGGTTTAATAAAGAGTCAAAGTGAAGGCTTGATATTCCCTGAATT
CAATTTTGCTGATCCAATCCCACAAGTTTAGAAGAAGCAAAAATCTTAAGTATCTTTTGT
TATCCCCTTTGTCGTTGTTTGTCTATATTTCGCCAAAGGGGTAGTAGTAGTGATCCATAA
GACACATGTTTTAGTAGCCATTGGCTGTTCTTCATTCCTCAAACGAAATGGCCGAGTCCA
GCTCTATTCGGTTAAGCCTAACCGTCCCAAGAATATACTCTGGCAACTCTGTTTCCTCTT
TTCCCTCAATCAAGATGGCTAGATCAACAATGAGGCTTGTGACATAACCAAGTACCAGAC
CAATAACGCTCCGGGCAACAGTCGATGATCCAATATCTACATCAATCTCCAGAAAGTTAT
CCTTCCTCAGGTACTTGCAGGTTACAGCTTTACCAAGCAAGCAGGCTTTTGTTCCAACAG
CCC*GCTTGACCATCCAATATCCCTGAACAATACTTGGAATCAGCTTAAATCTTGAGTCG
CGGTAACTGTCACTCCCATTTACAAATTTTCCCAGCGAGGAAGACTCGCTTACAGGTCGA
TCCGCAGCATAGTACATGACCAAACAATAGTTAGGTTTTGCTGGTACCTGAAGATTTACG
ACTAGGATGAACGGCAGCTTTTTCCCCGGTTCTGACTGGACAAGACATTTCGGATGCAGA
GCGATGTTGTCTACAGCTTTATCAACTTTAAGCCAATCCACTGATACAAGTGTCAC

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 2

CO CL6466Contig1 822 2 3 U
TATATATTTATAAAATGAGCGGGTGTTCTAGTGCTTGTTTATTTCAGTAGCTGTAAACTA
AATACAAACCAACTCTTCTCCTTGAGGAACAAACGAACTAGTGAAAGACTAAAACCGAAC
CCAACACCGAGTGCACTGAGCAATACAATCTCCTTTACAATCCACATTGTACCCCAACAC
TTTGGGATTCCGAAGCACCAGACTTCGCAGCGACTTACCCGTAATCCCCCATTGACTTTC
CAAGATCCCGATGTTGGGTTTCATCTCTTCTTCTAGGCTGCAACCGAGTACTTCCGGGAA
CTTCTTCAGCACTTTGTGAAAATCTTCGTCAAACAAACCGAAACTTCTAAGGAACTCGAC
TACATGATTCAAAGTTTCCACCTTTGGATTCTCTTTCACTCGTTCTTCTGTCCAGTACGG
CGAGTGGATATGACCAAACGCTTTTCCTAGTATCTTGTCTTGCTCCTCTACGCTGAAATC
AAAACAAGACAAAGCTTCTTTGCATTCTTCCCATGTCTTTGGCTCATCACCAGAGGTTTC
CACTTGTGTTGTTGAACAGAGCACTATCCACTTGTTTCGCGGAAGACGAGATGTTCTTAC
TCCTCCAACCACCCCATGATACGACAAGTTCAGTCTCAATGGTAAAACATTACTGTATGC
TACAAAATCACCCGCAGAGTGTCGAAAACATTTGACAGAACCCACTGTAGCCAAAGGTGA
AGCTAAAGAGCTTCCTAACATTTCCTGGGCTGTGAAGATATTCTTTAACTTGGTCGCTGA
CTAATCAGAAACACTGAGTCAGATATGAAACCGTTGGTATCC


BQ
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AF RR1A880JQ U 13
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AAGCACCAGACTTCGCAGCGACTTACCCGTAATCCCCCATTGACTTTCCAAGATCCCGAT
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TTTGTGAAAATCTTCGTCAAACAAACCGAAACTTCTAAGGAACTCGACTACATGATTCAA
AGTTTCCACCTTTGGATTCTCTTTCACTCGTTCTTCTGTCCAGTACGGCGAGTGGATATG
ACCAAACGCTTTTCCTAGTATCTTGTCTTGCTCCTCTACGCTGAAAT

QA 1 467 1 467
DS 

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GATACAAACCAACTCTTCTCCTTGAGGAACAAACGAACTAGTGAAAGACTAAAACCGAAC
CCAACACCGAGTGCACTGAGCAATACAATCTCCTTTACAATCCACATTGTACCCCAACAC
TTTGGGATTCCGAAGCACCAGACTTCGCAGCGACTTACCCGTAATCCCCCATTGACTTTC
CAAGATCCCGATGTTGGGTTTCATCTCTTCTTCTAGGCTGCAACCGAGTACTTCCGGGAA
CTTCTTCAGCACTTTGTGAAGATCTTCGTCAGACAAACCGAGACTTCTAAGGAACTCGAC
TACATGATTCAAAGTTTCCACCTTTGGATTCTCTTTCACTCGTTCTTCTGTCCAGTACGG
CGAGTGGATATGACCAAACGCTTTTCCTAGTATCTTGTCTTGCTCCTCTACGCTGAAATC
AAAACAAGACAAAGCTTCTTTGCATTCTTCCCATGTCTTTGGCTCATCACCAGAGGTTTC
CACTTGTGTTGTTGAACAGAGCACTATCCACTTGTTTCGCGGAAGACGAGATGTTCTTAC
TCCTCCAACCACCCCATGATACGACAAGTTCAGTCTCAATGGTAAAACATTACTGTATGC
TACAAAATCACCCGCAGAGTGTCGAAAACATTTGACAGAACCCACTGTAGCCAAAGGTGA
AGCTAAAGAGCTTCCTAACATTTCCTGGGCTGTGAAGATATTCTTTAACTTGGTCGCTGA
CTAATCAGAAACACTGAGTCAGATATGAAACCGTTGGTATCC

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

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CTCGATTAGTAAGAATAAGCGGCATCAAGACCGGGCAGCAGCATTAGAAGTCTGGGAAAA
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CTTTATGTATCATCGTCTTTCATTCTTGTTACTTGATTATCTTTATTACTTTCTGTAACA
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BQ
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AF RR1CA02JQ C 1
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GGATTGGCCTTTCAAGGACCATGTTGAGATTTTCAATAAGATAATTGGGTTCTTCTTGCG
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CTCGATTAGTAAGAATAAGCGGCATCAAGACCGGGCAGCAGCATTAGAAGTCTGGGAAAA
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TTAAACTGTTCATCAGC

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RD RR1CA02TF 437 0 0
GCCTGATGATTGGGACCGTGTTGTTGCGGTTTTCGTCTTGGGGAAGGATTGGCAGTTCAA
GGATTGGCCTTTCAAGGACCATGTTGAGATTTTCAATAAGATAATTGGGTTCTTCTTGCG
GTTTGAGGATGATAGTATTGAATCAGCCAAGACGGTGAAGCAGTGGAATGTGAAGATTAT
CTCGATTAGTAAGAATAAGCGGCATCAAGACCGGGCAGCAGCATTAGAAGTCTGGGAAAA
ACTAGAGGAGTTTGTTCGGTCTCGGTCACATTCTTAGCATCTAGCAGCTGTGGAAATTCA
CTTTATGTATCATCGTCTTTCATTCTTGTTACTTGATTATCTTTATTACTTTCTGTAACA
TTAGCGAGATAAACACAGTGAACATGTTATGCAGTGTGATTGTTTTCTATTAATGGTGAG
TTAAACTGTTCATCAGC

QA 1 437 1 437
DS 



AS 1 2

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CTGCTGAGCTATGTGGCTTTCTTGACTCCAAAAAGATTAGGAGGGGGCTGATTACACGAA
ATGTTAGGAAGGCCATCGACATCTTCCACCAACGTTTTGAGGTTATATTTACTCCGGCAC
TAGGCAGAGAGTTTCGTCCATATAAACCAAACCCAGACCCGCTGTTGCATATATGTTCTA
CCTGGGACATCCCACCTAGCGAAGTTATGATGGTTGGTGACAGCTTAAAAGATGATATAG
CATGTGGGAAAGGAGCTGGAGCCTTCACATGTTTGCTAGATGAATCCGGAAGGTATGGAG
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TTCACAACATATTGGAGACAAACTTCGACCTGAGCCCATAGCTTTTTTCCCTTCCAAGTT
CCTTGTCTTGTAGTCTCAGTGACCAAAATAGTCTCTTATTCAACAACACAAAGGCAGCAG
AATCACAACTATTGTAAGAGAGATAATGCCATTACAGAGTATTTGTGCAGGCTAGCCATA
TACAAAATGACATACACGTCTAGTAAATCCAAGATTTCTATTTTTTTGGATATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A649TF U 1
AF RR1A649JQ C 206
BS 1 652 RR1A649TF
BS 653 653 RR1A649JQ
BS 654 732 RR1A649TF
BS 733 954 RR1A649JQ

RD RR1A649TF 732 0 0
GAACCATCTCTTTGTCCATGACTTTCCTCTTATCAAGAACATTTCTTTCTCTCACACTCG
TCAGACCTTCTTCTTCGATCTCCATGGCGAATCTCACCACCAACGCCTCCAAATCTCGCC
TTAGAGGCGTCGTATTCGACATGGACGGAACTCTGACGGTTCCGGTCATCGATTTCGCGG
CAATGTACAGGTCCGTCTTAGGCGAAGAAGAGTACAAGCGAATCAAGGCGGAGAGCCCTA
CCGGAATCGATATTCTTCACCACATCGAGTCGTGGAGCGTCGATAAACAGCAGAAGGCCT
ATGAAACCATCGCTGATTACGAGAAACAGGGAATCGATAAGCTCCAAATCATGCCCGGTG
CTGCTGAGCTATGTGGCTTTCTTGACTCCAAAAAGATTAGGAGGGGGCTGATTACACGAA
ATGTTAGGAAGGCCATCGACATCTTCCACCAACGTTTTGAGGTTATATTTACTCCGGCAC
TAGGCAGAGAGTTTCGTCCATATAAACCAAACCCAGACCCGCTGTTGCATATATGTTCTA
CCTGGGACATCCCACCTAGCGAAGTTATGATGGTTGGTGACAGCTTAAAAGATGATATAG
CATGTGGGAAAGGAGCTGGAGCCTTCACATGTTTGCTAGATGAATCCGGAAG*TATGGAG
CAGATGATTTCTCTGTCACCGGACTGCATCCTGATTTCAAGGTTGATTCCCTGTCCAAAA
TTCACAACATAT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1A649JQ 749 0 0
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CGAGTCGTGGAGCGTCGATAAACAGCAGAAGGCCTATGAAACCATCGCTGATTACGAGAA
ACAGGGAATCGATAAGCTCCAAATCATGCCCGGTGCTGCTGAGCTATGTGGCTTTCTTGA
CTCCAAAAAGATTAGGAGGGGGCTGATTACACGAAATGTTAGGAAGGCCATCGACATCTT
CCACCAACGTTTTGAGGTTATATTTACTCCGGCACTAGGCAGAGAGTTTCGTCCATATAA
ACCAAACCCAGACCCGCTGTTGCATATATGTTCTACCTGGGACATCCCACCTAGCGAAGT
TATGATGGTTGGTGACAGCTTAAAAGATGATATAGCATGTGGGAAAGGAGCTGGAGCCTT
CACATGTTTGCTAGATGAATCCGGAAGGTATGGAGCAGATGATTTTTCTGTCACCGGACT
GCATCCTGATTTCAAGGTTGATTCCCTGTCCAAAATTCACAACATATTGGAGACAAACTT
CGACCTGAGCCCATAGCTTTTTTCCCTTCCAAGTTCCTTGTCTTGTAGTCTCAGTGACCA
AAATAGTCTCTTATTCAACAACACAAAGGCAGCAGAATCACAACTATTGTAAGAGAGATA
ATGCCATTACAGAGTATTTGTGCAGGCTAGCCATATACAAAATGACATACACGTCTAGTA
AATCCAAGATTTCTATTTTTTTGGATATC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL6469Contig1 764 2 2 U
CTATGGCTACTTGTATTACTCAGCTATCTTCTTCTTCGTCTCTGTTTCACTCTCAAATTA
CAAAAAGACCATTCCTTCTCCCGCCGGCGAAGATCGACCGTCATGGGTTCTCACTACGGA
GGCTAAAGTCTCTCTCTTTGTCCCATCGTTCTTCAGTCTCTGCTTCGGTGGCTTCCTCCG
CCGAACCGGAGAAACCAACGAGAACACTTCCGTTTCGAGTGGGTCACGGGTTCGATCTGC
ACCGGCTAGAGCCAGGGTACCCTCTGATCATCGGAGGGATTGATATCCCTCACGATAGAG
GCTGCGAAGCTCACTCCGATGGGGATGTGTTGCTCCACTGTGTAGTGGATGCTATCTTGG
GAGCGTTAGGGCTTCCTGATATAGGCCAGATCTTCCCTGACTCTGATCCTAAGTGGAAAG
GAGCTGCATCCTCTGTCTTCATCAAAGAAGCCGTAAGACTCATGGACGAGGCAGGGTACG
AGATAGGAAACCTAGACGCCACATTGATTTTACAGAGACCGAAGATTAGTCCACACAAGT
AGACTATCCGATCCAATCTGTCCAAGCTTCTTGGTGCAGACCCTTCTGTGGTGAACCTGA
AAGCTAAAACCCATGAGAAAGTTGATAGCCTTGGAGAGAATAGAAGCATTGCAGCTCACA
CTGTTATTCTCCTCATGAAGAAGTGATTCAGATTTAATCATATTCCTTAATGTATGGATC
TCATTATAAAAAGATTTTGTTAATGTAAATCTTACACTTGGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CE72TF U 1
AF RR1CE72JQ C 21
BS 1 691 RR1CE72TF
BS 692 764 RR1CE72JQ

RD RR1CE72TF 691 0 0
CTATGGCTACTTGTATTACTCAGCTATCTTCTTCTTCGTCTCTGTTTCACTCTCAAATTA
CAAAAAGACCATTCCTTCTCCCGCCGGCGAAGATCGACCGTCATGGGTTCTCACTACGGA
GGCTAAAGTCTCTCTCTTTGTCCCATCGTTCTTCAGTCTCTGCTTCGGTGGCTTCCTCCG
CCGAACCGGAGAAACCAACGAGAACACTTCCGTTTCGAGTGGGTCACGGGTTCGATCTGC
ACCGGCTAGAGCCAGGGTACCCTCTGATCATCGGAGGGATTGATATCCCTCACGATAGAG
GCTGCGAAGCTCACTCCGATGGGGATGTGTTGCTCCACTGTGTAGTGGATGCTATCTTGG
GAGCGTTAGGGCTTCCTGATATAGGCCAGATCTTCCCTGACTCTGATCCTAAGTGGAAAG
GAGCTGCATCCTCTGTCTTCATCAAAGAAGCCGTAAGACTCATGGACGAGGCAGGGTACG
AGATAGGAAACCTAGACGCCACATTGATTTTACAGAGACCGAAGATTAGTCCACACAAGT
AGACTATCCGATCCAATCTGTCCAAGCTTCTTGGTGCAGACCCTTCTGTGGTGAACCTGA
AAGCTAAAACCCATGAGAAAGTTGATAGCCTTGGAGAGAATAGAAGCATTGCAGCTCACA
CTGTTATTCTCCTCATGAAGAAGTGATTCAG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1CE72JQ 744 0 0
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CCGCCGGCGAAGATCGACCGTCATGGGTTCTCACTACGGAGGCTAAAGTCTCTCTCTTTG
TCCCATCGTTCTTCAGTCTCTGCTTCGGTGGCTTCCTCCGCCGAACCGGAGAAACCAACG
AGAACACTTCCGTTTCGAGTGGGTCACGGGTTCGATCTGCACCGGCTAGAGCCAGGGTAC
CCTCTGATCATCGGAGGGATTGATATCCCTCACGATAGAGGCTGCGAAGCTCACTCCGAT
GGGGATGTGTTGCTCCACTGTGTAGTGGATGCTATCTTGGGAGCGTTAGGGCTTCCTGAT
ATAGGCCAGATCTTCCCTGACTCTGATCCTAAGTGGAAAGGAGCTGCATCCTCTGTCTTC
ATCAAAGAAGCCGTAAGACTCATGGACGAGGCAGGGTACGAGATAGGAAACCTAGACGCC
ACATTGATTTTACAGAGACCGAAGATTAGTCCACACAAGTAGACTATCCGATCCAATCTG
TCCAAGCTTCTTGGTGCAGACCCTTCTGTGGTGAACCTGAAAGCTAAAACCCATGAGAAA
GTTGATAGCCTTGGAGAGAATAGAAGCATTGCAGCTCACACTGTTATTCTCCTCATGAAG
AAGTGATTCAGATTTAATCATATTCCTTAATGTATGGATCTCATTATAAAAAGATTTTGT
TAATGTAAATCTTACACTTGGTGT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL6470Contig1 890 2 10 U
GGATCATCATCTATACTATAGAGTGCAAAATCGTTGAGTAGTCTATTACACATATACCGA
CATACCGATTTTAAATTAACCAACTAAATTGTTCATAATGTAATTTATATGTCTGCTCAT
TAGTCTTCACCTTTTTCGTTAAAATATTTTCTAGGAAGTGGAGTGGGGTATGGTGAGCAT
GGTGGACGCTGAGCGGCGGCTACTGGCTAACGCTCTACTCGACGCAGCAAACCAACGTTT
TGTTCTTCTCTCGGAAGCGGACATACCTCTCTTCAACTTCTCCACCATTTACTCCTACCT
CATAAACTCTCAACACTCTTTCGTCGACCTCTACGATCTTCCTGGACCAGCAGGTCGTGG
CCGCTACAACCGACGTATGTCCCCGGTTATTACCCGCAGCAAGTGGCGAAAAGGCTCTCA
GTGGTTTGAGATCGACCGTGAAATAGCTTTAGCTGTTGTCTCTGACAACACTTACTTCCC
ATTGTTCAAGAAGCATTGTCGTTCGGGTTGTTACGCTGAGCATTACTTGCCGACGTTTGT
TCACATCATGTTTTCGGGTAAGAACGCGAACCGGTCCCTGACCTGGGCGGATTGGTCACG
AAGAGGACCACATCCAAGGAAGTATACACGGCGGTCGGTGAGGGCGGAGCTTCTTATGAA
GCTGAGGAATAAAGAAGGGTGTGTGTATAATGGGAAGGACAGTAACAAATGTTATTTGTT
CGCTAGAAAATTCGATGATAGTTGTATAGATATGTTGATTCATTTTGCTGGTAGGATTAT
GGGGTTTTAGATTTTTTTTCTTCAGACCCATAATAGCACGCATTCAGCACATTTATATAT
TCTATGAGTCTATGTTCCTTTTATGTTTTCGAATTTGTAAGGCCCATCTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CI83TF U 1
AF RR1CI83JQ C 162
BS 1 618 RR1CI83TF
BS 619 619 RR1CI83JQ
BS 620 666 RR1CI83TF
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BS 668 678 RR1CI83TF
BS 679 679 RR1CI83JQ
BS 680 697 RR1CI83TF
BS 698 698 RR1CI83JQ
BS 699 708 RR1CI83TF
BS 709 890 RR1CI83JQ

RD RR1CI83TF 711 0 0
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CATACCGATTTTAAATTAACCAACTAAATTGTTCATAATGTAATTTATATGTCTGCTCAT
TAGTCTTCACCTTTTTCGTTAAAATATTTTCTAGGAAGTGGAGTGGGGTATGGTGAGCAT
GGTGGACGCTGAGCGGCGGCTACTGGCTAACGCTCTACTCGACGCAGCAAACCAACGTTT
TGTTCTTCTCTCGGAAGCGGACATACCTCTCTTCAACTTCTCCACCATTTACTCCTACCT
CATAAACTCTCAACACTCTTTCGTCGACCTCTACGATCTTCCTGGACCAGCAGGTCGTGG
CCGCTACAACCGACGTATGTCCCCGGTTATTACCCGCAGCAAGTGGCGAAAAGGCTCTCA
GTGGTTTGAGATCGACCGTGAAATAGCTTTAGCTGTTGTCTCTGACAACACTTACTTCCC
ATTGTTCAAGAAGCATTGTCGTTCGGGTTGTTACGCTGAGCATTACTTGCCGACGTTTGT
TCACATCATGTTTTCGGGTAAGAACGCGAACCGGTCCCTGACCTGGGCGGATTGGTCACG
AAGAGGACCACATCCAAG*AAGTATACACGGCGGTCGGTGAGGGCGGAGCTTCTTATGAA
GCTGAG*AATAAAGAAGG*TGTGTGTATAATGGGAAG*ACAGTAACAA
TGT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1CI83JQ 729 0 0
AGTGGGGTATGGTGAGCATGGTGGACGCTGAGCGGCGGCTACTGGCTAACGCTCTACTCG
ACGCAGCAAACCAACGTTTTGTTCTTCTCTCGGAAGCGGACATACCTCTCTTCAACTTCT
CCACCATTTACTCCTACCTCATAAACTCTCAACACTCTTTCGTCGACCTCTACGATCTTC
CTGGACCAGCAGGTCGTGGCCGCTACAACCGACGTATGTCCCCGGTTATTACCCGCAGCA
AGTGGCGAAAAGGCTCTCAGTGGTTTGAGATCGACCGTGAAATAGCTTTAGCTGTTGTTT
CTGACAACACTTACTTCCCATTGTTCAAGAAGCATTGTCGTTCGGGTTGTTACGCTGAGC
ATTACTTGCCGACGTTTGTTCACATCATGTTTTCGGGTAAGAACGCGAACCGGTCCCTGA
CCTGGGCGGATTGGTCACGAAGAGGACCACATCCAAGGAAGTATACACGGCGGTCGGTGA
GGGCGGAGCTTCTTATGAAGCTGAGGAATAAAGAAGGGTGTGTGTATAATGGGAAGGACA
GTAACAAATGTTATTTGTTCGCTAGAAAATTCGATGATAGTTGTATAGATATGTTGATTC
ATTTTGCTGGTAGGATTATGGGGTTTTAGATTTTTTTTCTTCAGACCCATAATAGCACGC
ATTCAGCACATTTATATATTCTATGAGTCTATGTTCCTTTTATGTTTTCGAATTTGTAAG
GCCCATCTG

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL6471Contig1 787 2 4 U
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TCTACCTTCGAGACCGCCGGTCGCTGGCTCGATGAGCTCAACACTCACTCTGATACAACA
GTAGCGAAGATGCTGATTGGGAACAAGTGCGGTCTCGAGAGCATAAGAGCGGTGAGCATC
GAGGAAGGCAAGACCCTTGCAGAGTCTCAAGGCTTGTTTTTCATGGAGACATCATCTCTG
GACTCGACCAATGTAAGCACGGCTTTCTAGATGGTTATCCGGGACATCTATAGCAACATG
AGTCGGAAGCAGCTCAACTCTGATTCTTACAAAGAGGAACCTACGGGGAACCGGGCTAGC
TTGGTCAAGAACGAGAGTGAAGGGACAAAGACATTTTCTTGCTGTTCGAGGTAAAGCATC
TGTCTGTCTGTAACCGGTTTTCTCTTTGTCCTGAGGGGTTGGTTGGTTGGTTTTTTGGTG
GTGTGCTCGCCGGTGTAACTTATATACTGGTCAAAAGACAGATACATTCTTTTTGGTTCT
CGATTGAAAAAGCTTAAAGCTAAAAAGAGAAAGGTTTGTGTTTTGAGTTTCTTTGTTACA
TTACAGATACAGAAGAAATGTAAGCAAAAAGAAGAAGTTTGGTCAATGTATAAGTTTATG
TTCTCACTTCTACTTCTTCTTCTTTGTAAACTGTGTGTTAAAAATCAGTTTTGGTATTTT
TCCTATTGTTCTTTTTAGTTGGTGGCCTGGCAAATCTCTATAATATTATTTGAGAAGTCA
GTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT02TF U 1
AF RR1AT02JQ C 62
BS 1 193 RR1AT02TF
BS 194 194 RR1AT02JQ
BS 195 737 RR1AT02TF
BS 738 787 RR1AT02JQ

RD RR1AT02TF 737 0 0
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TCTACCTTCGAGACCGCCGGTCGCTGGCTCGATGAGCTCAACACTCACTCTGATACAACA
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GAGGAAGGCAAGAGCCTTGCAGAGTCTCAAGGCTTGTTTTTCATGGAGACATCATCTCTG
GACTCGACCAATGTAAGCACGGCTTTCTAGATGGTTATCCGGGACATCTATAGCAACATG
AGTCGGAAGCAGCTCAACTCTGATTCTTACAAAGAGGAACCTACGGGGAACCGGGCTAGC
TTGGTCAAGAACGAGAGTGAAGGGACAAAGACATTTTCTTGCTGTTCGAGGTAAAGCATC
TGTCTGTCTGTAACCGGTTTTCTCTTTGTCCTGAGGGGTTGGTTGGTTGGTTTTTTGGTG
GTGTGCTCGCCGGTGTAACTTATATACTGGTCAAAAGACAGATACATTCTTTTTGGTTCT
CGATTGAAAAAGCTTAAAGCTAAAAAGAGAAAGGTTTGTGTTTTGAGTTTCTTTGTTACA
TTACAGATACAGAAGAAATGTAAGCAAAAAGAAGAAGTTTGGTCAATGTATAAGTTTATG
TTCTCACTTCTACTTCTTCTTCTTTGTAAACTGTGTGTTAAAAATCAGTTTTGGTATTTT
TCCTATTGTTCTTTTTA

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1AT02JQ 726 0 0
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TAGCGAAGATGCTGATTGGGAACAAGTGCGGTCTCGAGAGCATAAGAGCGGTGAGCATCG
AGGAAGGCAAGACCCTTGCAGAGTCTCAAGGCTTGTTTTTCATGGAGACATCATCTCTGG
ACTCGACCAATGTAAGCACGGCTTTCTAGATGGTTATCCGGGACATCTATAGCAACATGA
GTCGGAAGCAGCTCAACTCTGATTCTTACAAAGAGGAACCTACGGGGAACCGGGCTAGCT
TGGTCAAGAACGAGAGTGAAGGGACAAAGACATTTTCTTGCTGTTCGAGGTAAAGCATCT
GTCTGTCTGTAACCGGTTTTCTCTTTGTCCTGAGGGGTTGGTTGGTTGGTTTTT*GGTGG
TGTGCTCGCCGGTGTAACTTATATACTGGTCAAAAGACAGATACATTCTTTTTGGTTCTC
GATTGAAAAAGCTTAAAGCTAAAAAGAGAAAGGTTTGTGTTTTGAGTTTCTTTGTTACAT
TACAGATACAGAAGAAATGTAAGCAAAAAGAAGAAGTTTGGTCAATGTATAAGTTTATGT
TCTCACTTCTACTTCTTCTTCTTTGTAAACTGTGTGTTAAAAATCAGTTTTGGTATTTTT
CCTATTGTTCTTTTTAGTTGGTGGCCTGGCAAATCTCTATAATATTATTTGAGAAGTCAG
TTTTCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL6472Contig1 773 2 6 U
GACCCGTGAGGTCAAAGAGTGCCCGTGGCCAACAGGGTTCTTACCCGATTAAGCTGTTCT
ACACCTCCAACATGCCTATCATTCTCCAATCTGCTCTCGTCTCAAACCTCTACTTCATCT
CTCAGCTTCTATACAGGAAGTTCAGTGGAAATTTCTTTGTGAACCTATTAGGACAGTGGA
AAGAGTCAGAGTACAGTGGACAATCTATACCAGTTAGTGGTCTTGCTTACTTAATCACAG
CTCCAGCAAGCTTTGCCGAGATGGCAGCTCATCCATTCCATGCTCTGTTCTATATCGTCT
TCATGCTCACCGCTTGTGCCCTCTTCTCAAAGACTTGGATTGAAGTCTCCGGGTCTTCTG
CTAGAGATGTAGCTAAGCAGCTCAAGGAACAACAAATGGTGATGCCGGGACACAGAGAGT
CGAACTTGCAGAAGGAGCTGAACCGTTATATCCCAACTGCAGCTGCTTTTGGAGGAGTTT
GCATCGGTGCACTCACTGTTTTGGCTGATTTCATGGGAGCCATTGGGTCGGGGACTGGAA
TCTTGCTAGCTGTGACAATCATATATCAGTATTTCGAAACCTTTGAGAAGGAAAAAGCGA
GCGAGCTTGGTTTCTTTGGCTTCTAAATGTATCAGTGTCTTATAAAAGGGTAAATTTTGA
TGAGACTAGTCAGGAACTCGTATGTGTCCAACTCTAAAGGTGCAATAGACGATCAATCTG
GTAGATACTTTTTGATTAACCAACAGATTTACCTCCATTAGTGTATTAAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C110TF U 1
AF RR1C110JQ C 69
BS 1 673 RR1C110TF
BS 674 674 RR1C110JQ
BS 675 732 RR1C110TF
BS 733 733 RR1C110JQ
BS 734 744 RR1C110TF
BS 745 773 RR1C110JQ

RD RR1C110TF 744 0 0
GACCCGTGAGGTCAAAGAGTGCCCGTGGCCAACAGGGTTCTTACCCGATTAAGCTGTTCT
ACACCTCCAACATGCCTATCATTCTCCAATCTGCTCTCGTCTCAAACCTCTACTTCATCT
CTCAGCTTCTATACAGGAAGTTCAGTGGAAATTTCTTTGTGAACCTATTAGGACAGTGGA
AAGAGTCAGAGTACAGTGGACAATCTATACCAGTTAGTGGTCTTGCTTACTTAATCACAG
CTCCAGCAAGCTTTGCCGAGATGGCAGCTCATCCATTCCATGCTCTGTTCTATATCGTCT
TCATGCTCACCGCTTGTGCCCTCTTCTCAAAGACTTGGATTGAAGTCTCCGGGTCTTCTG
CTAGAGATGTAGCTAAGCAGCTCAAGGAACAACAAATGGTGATGCCGGGACACAGAGAGT
CGAACTTGCAGAAGGAGCTGAACCGTTATATCCCAACTGCAGCTGCTTTTGGAGGAGTTT
GCATCGGTGCACTCACTGTTTTGGCTGATTTCATGGGAGCCATTGGGTCGGGGACTGGAA
TCTTGCTAGCTGTGACAATCATATATCAGTATTTCGAAACCTTTGAGAAGGAAAAAGCGA
GCGAGCTTGGTTTCTTTGGCTTCTAAATGTATCAGTGTCTTATAAAAGGGTAAATTTTGA
TGAGACTAGTCAG*AACTCGTATGTGTCCAACTCTAAAGGTGCAATAGACGATCAATCTG
GTAGATACTTTT*GATTAACCAAC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1C110JQ 705 0 0
AACATGCCTATCATTCTCCAATCTGCTCTCGTCTCAAACCTCTACTTCATCTCTCAGCTT
CTATACAGGAAGTTCAGTGGAAATTTCTTTGTGAACCTATTAGGACAGTGGAAAGAGTCA
GAGTACAGTGGACAATCTATACCAGTTAGTGGTCTTGCTTACTTAATCACAGCTCCAGCA
AGCTTTGCCGAGATGGCAGCTCATCCATTCCATGCTCTGTTCTATATCGTCTTCATGCTC
ACCGCTTGTGCCCTCTTCTCAAAGACTTGGATTGAAGTCTCCGGGTCTTCTGCTAGAGAT
GTAGCTAAGCAGCTCAAGGAACAACAAATGGTGATGCCGGGACACAGAGAGTCGAACTTG
CAGAAGGAGCTGAACCGTTATATCCCAACTGCAGCTGCTTTTGGAGGAGTTTGCATCGGT
GCACTCACTGTTTTGGCTGATTTCATGGGAGCCATTGGGTCGGGGACTGGAATCTTGCTA
GCTGTGACAATCATATATCAGTATTTCGAAACCTTTGAGAAGGAAAAAGCGAGCGAGCTT
GGTTTCTTTGGCTTCTAAATGTATCAGTGTCTTATAAAAGGGTAAATTTTGATGAGACTA
GTCAGGAACTCGTATGTGTCCAACTCTAAAGGTGCAATAGACGATCAATCTGGTAGATAC
TTTTTGATTAACCAACAGATTTACCTCCATTAGTGTATTAAGATC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL6473Contig1 806 2 11 U
GGCCCGATGAATCATTATTGTTCTTGCTAACCCAATCTCGATCTGACCGTTTCGAAACCG
CGCGGTTCTAAGGAATCTCAGCTTATTGATTGATTCTCATGGCTTCTTCAATGCTGTCTC
TGGGTTCTACTTCTCTGTTACCTCGCGAGTTTATCAAGGATAAGCTAAAGCTTGGAGCTT
CCGGTTCAAACACCTTCCTTAAAGCAAAGTCTTTTAGCCGAGTGACCATGTCGGTTGCAG
CAGTCAAGCCTTCTCGCTTTGAGGGTATTACCATGGCTCCACCAGACCCTATTCTTGGAG
TCAGCGAAGCTTTCAAAGCTGACACTAACGAGCTTAAGCTCAATCTCGGTGTTGGTGCTT
ATCGTACTGAGGAACTCCAGCCTTATGTCCTTAACGTTGTTAAAAAGGCGGAGAACCTGA
TGTTGGAGAGAGGAGATAACAAAGAGTATCTCCCAATAGAGGGGTTGGCTGCATTCAACA
AGGCCACTGCTGAGCTGCTGTTTGGTGCTGGTCATCCTGTTATCAAGGAACAAAAAGTGG
CAACAATTCAGGGTCTTTCAGGAACAGGTTCACTCCGATTAGCAGCGGCTCTTATCGAGC
GTTATTTTCCTGGAGCTAAAGTTCTGATATCTGCACCAACATGGGGTAATCACAAGAATA
TCTTCAACGACGCCAAAGTTCCCTGGTCTGAGTACAGATACTATGATCCCAAAACATTGG
TTTGGATTTTGAGGGATGATAGCAGATATTAAGAAGCTCCAGAAGATCATTCATATACTT
CACGGATGTGCACACACCCACTGGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CE85TF U 12
AF RR1GW32TF U 1
BS 1 123 RR1GW32TF
BS 124 124 RR1CE85TF
BS 125 215 RR1GW32TF
BS 216 216 RR1CE85TF
BS 217 255 RR1GW32TF
BS 256 256 RR1CE85TF
BS 257 521 RR1GW32TF
BS 522 522 RR1CE85TF
BS 523 530 RR1GW32TF
BS 531 531 RR1CE85TF
BS 532 806 RR1GW32TF

RD RR1CE85TF 706 0 0
GG
ATTATTGTTCTTGCTAACCCAATCTCGATCTGATCGTTTCGAAACCGCGCGGTTCTAAGG
AATCTCAGCTTATTGATTGATTCTCATGGCTTCTTCAATGCTGTCTCTGGGTTCTACTTC
TCTGTTACCTCGCGAGTTTATCAAGGATAAGCTAAAGCTTGGAGCTTCCGGTTCAAACAC
CTTCCTTAAAGCAAAGTCTTTTAGCCGAGTGACCATGTCGGTTGCAGCAGTCAAGCCTTC
TCGCTTTGAGGGTATTACCATGGCTCCACCAGACCCTATTCTTGGAGTCAGCGAGGCTTT
CAAAGCTGACACTAACGAGCTTAAGCTCAATCTCGGTGTTGGTGCTTATCGTACTGAGGA
ACTCCAGCCTTATGTCCTTAACGTTGTTAAAAAGGCGGAGAACCTGATGTTGGAGAGAGG
AGATAACAAAGAGTATCTCCCAATAGAGGGGTTGGCTGCATTCAACAAGGCCACTGCTGA
GCTGCTGTTTGGTGCTGGTCATCCTGTTATCAAGGAACAAAAAGTGGCAACAATTCAGGG
TCTTTCAGGAACAGGTTCACTCCGATTAGCAGCGGCTCTTATCGAGCGTTATTTTCCTGG
AGCTAAAGTTCTGATATCTGCACCAACATGGGGTAATCACAAGAATATCTTCAACGACGC
CAA*GTTCCCTGGTCTGAGTACAGATACTATGATCCCAAA
CAAT

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR1GW32TF 806 0 0
GGCCCGATGAATCATTATTGTTCTTGCTAACCCAATCTCGATCTGACCGTTTCGAAACCG
CGCGGTTCTAAGGAATCTCAGCTTATTGATTGATTCTCATGGCTTCTTCAATGCTGTCTC
TGG*TTCTACTTCTCTGTTACCTCGCGAGTTTATCAAGGATAAGCTAAAGCTTGGAGCTT
CCGGTTCAAACACCTTCCTTAAAGCAAAGTCTTTTGGCCGAGTGACCATGTCGGTTGCAG
CAGTCAAGCCTTCTCTCTTTGAGGGTATTACCATGGCTCCACCAGACCCTATTCTTGGAG
TCAGCGAAGCTTTCAAAGCTGACACTAACGAGCTTAAGCTCAATCTCGGTGTTGGTGCTT
ATCGTACTGAGGAACTCCAGCCTTATGTCCTTAACGTTGTTAAAAAGGCGGAGAACCTGA
TGTTGGAGAGAGGAGATAACAAAGAGTATCTCCCAATAGAGGGGTTGGCTGCATTCAACA
AGGCCACTGCTGAGCTGCTGTTTGGTGCTGGTCATCCTGTTGTCAAGGAAGAAAAAGTGG
CAACAATTCAGGGTCTTTCAGGAACAGGTTCACTCCGATTAGCAGCGGCTCTTATCGAGC
GTTATTTTCCTGGAGCTAAAGTTCTGATATCTGCACCAACATGGGGTAATCACAAGAATA
TCTTCAACGACGCCAAAGTTCCCTGGTCTGAGTACAGATACTATGATCCCAAAACATTGG
TTTGGATTTTGAGGGATGATAGCAGATATTAAGAAGCTCCAGAAGATCATTCATATACTT
CACGGATGTGCACACACCCACTGGAA

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL6474Contig1 947 2 6 U
GGACACACAAACACATGAAGGAAGATATTCATATTTCGAAAATGAAGCAACTGAAAATGA
ATACCGAACTAAACCAGACCTGATTGTAACAATTCATCTTCGAGGCGGCCTTCTCAATCT
CAAGGTTCGTCTTAACTTTGTCTTTGTTTTGCTGGTCGAAATTAAGTAGCTTGACACCAT
TGGGAACTGATTACAGACATCCAAGGCACATAGCTTGGCTTGGATAGACCTATCTGTCTT
TGCAACGCCGTATAGAATCACCTGGGACTACTATTTCTCTGCCCTAGATCATACTTTGAA
CTCTGATTCATGGGAAGAGACAGCTGAGTTGGGTTATGTAAGGCCTTTGATTAGTTCTCT
CCTTGTAACGTGATGAGAACGAGAAGGTAAAACATTTGTTAGCATTAGTGGTTTAACATT
GAAGGATACTTCAAAGTAGCTTTACATCCTGATATTCAGCTGGATCGATACTCTATCACG
TAACTACCAACCTCCCCCTTGATGCTCACTTGGTACTTCTTTATCCCTGATATTCTTAAA
GATCCATGCATGATATCATCATGGCAATACACAAGTGACGTTGTAATTTCAGGTAATTTC
TGTCATGTCTATTCGGACTCGTGTACAACCTGCATATGCTGTTAATATGTGGAACGAGGC
ACTCAATAAACGACGGCTCGGTACAGAGGTACGAACTACAAACCATTTCTTTTGCTCGTA
TGAATAATGTATACAGCGTAGCTAATAAGTTAATGTTTCATAGGAACTGGATTTGTGTAT
GGGATTCTTGAAGAAACAATGAGACGTGGAATGTCATTTGATGAGGTACTCGCCATCCCC
AAACAGGACGAGTGACAACATGTGTTGCTTTTATTCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTG
CATTCGGCCCTCTGGCTGATCACATTCAAGGCCCTCTAAGTGTTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AK43TF U 1
AF RR1AK43JQ C 143
BS 1 765 RR1AK43TF
BS 766 766 RR1AK43JQ
BS 767 795 RR1AK43TF
BS 796 796 RR1AK43JQ
BS 797 823 RR1AK43TF
BS 824 947 RR1AK43JQ

RD RR1AK43TF 823 0 0
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ATACCGAACTAAACCAGACCTGATTGTAACAATTCATCTTCGAGGCGGCCTTCTCAATCT
CAAGGTTCGTCTTAACTTTGTCTTTGTTTTGCTGGTCGAAATTAAGTAGCTTGACACCAT
TGGGAACTGATTACAGACATCCAAGGCACATAGCTTGGCTTGGATAGACCTATCTGTCTT
TGCAACGCCGTATAGAATCACCTGGGACTACTATTTCTCTGCCCTAGATCATACTTTGAA
CTCTGATTCATGGGAAGAGACAGCTGAGTTGGGTTATGTAAGGCCTTTGATTAGTTCTCT
CCTTGTAACGTGATGAGAACGAGAAGGTAAAACATTTGTTAGCATTAGTGGTTTAACATT
GAAGGATACTTCAAAGTAGCTTTACATCCTGATATTCAGCTGGATCGATACTCTATCACG
TAACTACCAACCTCCCCCTTGATGCTCACTTGGTACTTCTTTATCCCTGATATTCTTAAA
GATCCATGCATGATATCATCATGGCAATACACAAGTGACGTTGTAATTTCAGGTAATTTC
TGTCATGTCTATTCGGACTCGTGTACAACCTGCATATGCTGTTAATATGTGGAACGAGGC
ACTCAATAAACGACGGCTCGGTACAGAGGTACGAACTACAAACCATTTCTTTTGCTCGTA
TGAATAATGTATACAGCGTAGCTAATAAGTTAATGTTTCATAGGA*CTGGATTTGTGTAT
GGGATTCTTGAAGAA*CAATGAGACGTGGAATGTCATTTGATG

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR1AK43JQ 805 0 0
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AAGGCACATAGCTTGGCTTGGATAGACCTATCTGTCTTTGCAACGCCGTATAGAATCACC
TGGGACTACTATTTCTCTGCCCTAGATCATACTTTGAACTCTGATTCATGGGAAGAGACA
GCTGAGTTGGGTTATGTAAGGCCTTTGATTAGTTCTCTCCTTGTAACGTGATGAGAACGA
GAAGGTAAAACATTTGTTAGCATTAGTGGTTTAACATTGAAGGATACTTCAAAGTAGCTT
TACATCCTGATATTCAGCTGGATCGATACTCTATCACGTAACTACCAACCTCCCC*TTGA
TGCTCACTTGGTACTTCTTTATCCCTGATATTCTTAAAGATCCATGCATGATATCATCAT
GGCAATACACAAGTGACGTTGTAATTTCAGGTAATTTCTGTCATGTCTATTCGGACTCGT
GTACAACCTGCATATGCTGTTAATATGTGGAACGAGGCACTCAATAAACGACGGCTCGGT
ACAGAGGTACGAACTACAAACCATTTCTTTTGCTCGTATGAATAATGTATACAGCGTAGC
TAATAAGTTAATGTTTCATAGGAACTGGATTTGTGTATGGGATTCTTGAAGAAACAATGA
GACGTGGAATGTCATTTGATGAGGTACTCGCCATCCCCAAACAGGACGAGTGACAACATG
TGTTGCTTTTATTCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGCATTCGGCCCTCTGGCTGATCA
CATTCAAGGCCCTCTAAGTGTTAGG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL6475Contig1 726 2 2 U
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GACAGCAAGTTTTGGCATGTTGGGGGATATTATTATTGCCGAACCCTATGCCTATATTGC
ATTTGCGGGTAAAAGAGTAATTGAACAAACATTGAAAAAAGCCGTGCCTGAAGGTTCACA
AGCAGCTGAATCTTTATTACGTAAGGGCTTATTGGATGCAATTGTACCACGTAATCTTTT
AAAAGGTGTTGTGAGTGAGTTATTTCAGCTCCATGCTTTTTTTCCTTTGAACAAAAATGA
AATCAAATAGAACAGTTAGTTTATCAGAATTAAACGAAAACCCTGAAAAATTCATTTTTT
CTTTCGAATCCTTTTTTTATCGATATTCTTTGTTTACTACTCAGTAAACCTTTATCAACA
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AGTTTTTTTTCCTCTCTTTGCTTTGCATATGGATAGATAATTCAAATAGAGATATAGATC
TATAGAGAGTCTTGCATCGTTTTGCATTTCCCGAAAATTACCTGTTGTTGGATCAGATTC
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GAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR1AQ54JQ C 1
AF RR1AQ54TF U 33
BS 1 32 RR1AQ54JQ
BS 33 726 RR1AQ54TF

RD RR1AQ54JQ 726 0 0
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TCAATCAGGTAAAAAGTTATTCTATATATCAATTCTTACATCTCCTACTACCGGTGGGGT
GACAGCAAGTTTTGGCATGTTGGGGGATATTATTATTGCCGAACCCTATGCCTATATTGC
ATTTGCGGGTAAAAGAGTAATTGAACAAACATTGAAAAAAGCCGTGCCTGAAGGTTCACA
AGCAGCTGAATCTTTATTACGTAAGGGCTTATTGGATGCAATTGTACCACGTAATCTTTT
AAAAGGTGTTGTGAGTGAGTTATTTCAGCTCCATGCTTTTTTTCCTTTGAACAAAAATGA
AATCAAATAGAACAGTTAGTTTATCAGAATTAAACGAAAACCCTGAAAAATTCATTTTT*
CTTTCGAATCCTTTTTTTATCGATATTCTT*GTTTACTACTCAGTAAACCTTTATCAACA
AGATAAAAAGTGAATTTTT*GCTTTCGGGAAGTTCAAATTCGACTAGAAAAATTAAACAA
AGTTTTTTT*CCTCTCTT*GCTT*GCATATGGATAGATAATTCAAATAGAGATATAGATC
TATAGAGAGTCTTGCATCGTTTTGCATTTCCCGAAAATTACCTGTTGTTGGATCAGATTC
CAATAAATTTTGTATAAATTTTTAATGTAATAAAATTTTTTTCTTTATTAATGACTATTA
GAAGAC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1AQ54TF 694 0 0
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TTCTTACATCTCCTACTACCGGTGGGGTGACAGCAAGTTTTGGCATGTTGGGGGATATTA
TTATTGCCGAACCCTATGCCTATATTGCATTTGCGGGTAAAAGAGTAATTGAACAAACAT
TGAAAAAAGCCGTGCCTGAAGGTTCACAAGCAGCTGAATCTTTATTACGTAAGGGCTTAT
TGGATGCAATTGTACCACGTAATCTTTTAAAAGGTGTTGTGAGTGAGTTATTTCAGCTCC
ATGCTTTTTTTCCTTTGAACAAAAATGAAATCAAATAGAACAGTTAGTTTATCAGAATTA
AACGAAAACCCTGAAAAATTCATTTTTTCTTTCGAATCCTTTTTTTATCGATATTCTTTG
TTTACTACTCAGTAAACCTTTATCAACAAGATAAAAAGTGAATTTTTTGCTTTCGGGAAG
TTCAAATTCGACTAGAAAAATTAAACAAAGTTTTTTTTCCTCTCTTTGCTTTGCATATGG
ATAGATAATTCAAATAGAGATATAGATCTATAGAGAGTCTTGCATCGTTTTGCATTTCCC
GAAAATTACCTGTTGTTGGATCAGATTCCAATAAATTTTGTATAAATTTTTAATGTAATA
AAATTTTTTTCTTTATTAATGACTATTAGAAGAC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL6476Contig1 667 2 1 U
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TTTTCTTCTTCCTTTTGTTGTTGATGGATACTCTTATCCAAAATAACAGTTGAAAATAAA
AGGTTTTGGCAATGTACCTACCAGTCTCATTTTGGTATTTTAATCTATCGTTTCACCAAG
TATATGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AS14JQ C 1
AF RR1AS14TF U 1
BS 1 667 RR1AS14TF

RD RR1AS14JQ 667 0 0
GGAAACTGAGTCGGAGAATCTACAAGGATTGAAAAAGAATGGCGTCGAGTATCATTAAAC
CAGCGTATGCTTACACGGTTGTGTACGTTAGGGACGTAGCCAAATCCGTAGAATTCTACT
CGAGAGCCTTTGGTTACAACGTTCGTCGTCTTGACGAGTCCCACAGGTGGGGAGAGCTAG
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CCGGTAAAGTTCAGTCCACGCGTTCAGACCGTGAGAGAGCACCGCTCGAAGTCTGCTTCT
GTTACCTTGATGTTGACGCGGCCTTCAAGAGGGCTGTGGAGAATGGTGCGGTGGCAGTGA
GCGAGCCGGAGGACAAGGAGTGGGGCCAGAAGGTTGGATACGTTCGAGACATTGACGGCA
TTGTTGTACGCATCGGAAGCCACGTTAAGTGAACACCATGCAAACACTAGCTAGATCACA
GAACATGATCATTAACAATATAAATATATATATGCATACAAATAATACAAGATACTATGG
TTTTCTTCTTCCTTTTGTTGTTGATGGATACTCTTATCCAAAATAACAGTTGAAAATAAA
AGGTTTTGGCAATGTACCTACCAGTCTCATTTTGGTATTTTAATCTATCGTTTCACCAAG
TATATGG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1AS14TF 667 0 0
GGAAACTGAGTCGGAGAATCTACAAGGATTGAAAAAGAATGGCGTCGAGTATCATTAAAC
CAGCGTATGCTTACACGGTTGTGTACGTTAGGGACGTAGCCAAATCCGTAGAATTCTACT
CGAGAGCCTTTGGTTACAACGTTCGTCGTCTTGACGAGTCCCACAGGTGGGGAGAGCTAG
AGAGCGGGCAAACAACGATAGCATTCACACCGCTTCACCAGCATGAGACGGATGACCTAA
CCGGTAAAGTTCAGTCCACGCGTTCAGACCGTGAGAGAGCACCGCTCGAAGTCTGCTTCT
GTTACCTTGATGTTGACGCGGCCTTCAAGAGGGCTGTGGAGAATGGTGCGGTGGCAGTGA
GCGAGCCGGAGGACAAGGAGTGGGGCCAGAAGGTTGGATACGTTCGAGACATTGACGGCA
TTGTTGTACGCATCGGAAGCCACGTTAAGTGAACACCATGCAAACACTAGCTAGATCACA
GAACATGATCATTAACAATATAAATATATATATGCATACAAATAATACAAGATACTATGG
TTTTCTTCTTCCTTTTGTTGTTGATGGATACTCTTATCCAAAATAACAGTTGAAAATAAA
AGGTTTTGGCAATGTACCTACCAGTCTCATTTTGGTATTTTAATCTATCGTTTCACCAAG
TATATGG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL6477Contig1 733 2 4 U
GGAAATAATAGAGAAAAAGAAAAAAAGAGGAAAAAAGAGGAAGAGTCTGTCTCTCTCTCA
TCTGCGACCGTTTGTGTTCTCACACTTTCCCTTGGTTTTCTCGGCGGCTTTCTCTCATCT
CCTTTTTCTTTCGAATCGTTTATTTCCATTAATTCTCTGGGATTAAATCTTCCTCTCCTT
TCTTCAGACCCCTATGTCGGACAAAGGTCGTCCCTTGCCCAAGTTTGGTGAATGGGATGT
GAACGATCCAGCATCAGCTGAAGGTTTCACAGTCATATTCAACAAAGCTAGGGATGAGAA
GAAGACCGGTGGCAAACCCGGATCACCTGGTAAATCCACTGATGGTCATGCTAAGTCCGG
AGGAGGAGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCCCAGCCTAAAAAATGGCTCTGCTGCATGCA
ATCTCCAGCTGTGGACTCCTGAATGACACAAAGATGGATTTTGCTTGCTTCCCCTCCCCT
AAAGAAAAGTCACATTGCTTAGAGATCTAAAGCAATGATATTTTATGTTTTTTATTGTCT
TTCTTGAAAGTACCCACAACAACAAAAAAAAAAGGTTCCTAAGATGAGTTTGGAGCAACC
CACTTTTAGTATCACGATTATGATTCCATTTTCTTTGAAAGTCGTTTGTTCTTCTTAAAA
AAAATGCTGTAAAATCGTGTTGCCACTGTATCTATTATGTAATGCTTCTCATATGGGTCG
GTTTTTTGGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CR27TF U 1
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TCTTCAGACCCCTATGTCGGACAAAGGTCGTCCCTTGCCCAAGTTTGGTGAATGGGATGT
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GAAGACCGGTGGCAAACCCGGATCACCTGGTAAATCCACTGATGGTCATGCTAAGTCCGG
AGGAGGAGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCCCAGCCTAAAAAATGGCTCTGCTGCATGCA
ATCTCCAGCTGTGGACTCCTGAATGACACAAAGATGGATTTTGCTTGCTTCCCCTCCCCT
AAAGAAAAGTCACATTGCTTAGAGATCTAAAGCAATGATATTTTATGTTTTTTATTGTCT
TTCTTGAAAGTACCCACAACAACAAAAAAAAAAGGTTCCTAAGATGAGTTTGGAGCAACC
CACTTTTAGTATCACGATTATGATTCCATTTTCTTTGAAAGTCGTTTGTTCTTCTTAAAA
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TGCTCTCA

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DS 

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TCACAGTCATATTCAACAAAGCTAGGGATGAGAAGAAGACCGGTGGCAAACCCGGATCAC
CTGGTAAATCCACTGATGGTCATGCTAAGTCCGGAGGAGGAGGAGGAGGAGATCCTAGTA
AACCCCAGCCTAAAAAATGGCTCTGCTGCATGCAATCTCCAGCTGTGGACTCCTGAATGA
CACAAAGATGGATTTTGCTTGCTTCCCCTCCCCTAAAGAAAAGTCACATTGCTTAGAGAT
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AAAAAA*GGTTCCTAAGATGAGTTTGGAGCAACCCACTTTTAGTATCACGATTATGATTC
CATTTTCTTTGAAAGTCGTTTGTTCTTCTTAAAAAAAATGCTGTAAAATCGTGTTGCCAC
TGTATCTATTATGTAATGCTTCTCATATGGGTCGGTTTTTTGGTTCC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

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TGGGGCGTTTTTAAAAACTTATTTTAAAGACTGATGTAAATAATTGTTCCAGCTACAAGA
TCCATTTACTGGTTTGCTTTT


BQ
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AF RR1EJ54JQ C 1
AF RR1EJ54TF U 1
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QA 1 321 1 321
DS 

RD RR1EJ54TF 321 0 0
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GATGTTTAAAGAGAGGAATCTGTAGGAAGCTCTTGATGATGTGTTTAACCAAACTGTGGG
TGGGGCGTTTTTAAAAACTTATTTTAAAGACTGATGTAAATAATTGTTCCAGCTACAAGA
TCCATTTACTGGTTTGCTTTT

QA 1 321 1 321
DS 



AS 1 2

CO CL6479Contig1 871 2 2 U
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TTATCTGCGTCTTCCGGGAGCGTGTCCAGTGTTCTTACTCTGTCTCCATAAGTGGGTTGA
AGGTGTGTCGTTTGGAGCTTTTAATAAAAAGGGTCGCTGGGACTCCCAAATAAAATCGAT
CGTTGGTGGCTAGTTCTTTCCTTTCCTTACTTTTCGATCTTCTTCATATTTTCAGTGTGT
TTTTGCTGGATGTTAACTTTTTCTTTGTAAAGTTGTAGCTGCTGGTATTTAGTTATTTTT
CCGGGGATAGGTTTGTTTGTCCGCCGACTCAGGTTTCCAGGGATTGTTCTATCATCCGCT
GGCTTTAGTTTCCGGGAGATTGATTCTCGCCGGCTCTAGTTTCATCCTTGCTGTAATCGT
TTGGTTTAATGAAGTAATCGTCCAGAAGAGG


BQ
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AF RR1B194TF U 1
AF RR1B194JQ C 39
BS 1 705 RR1B194TF
BS 706 871 RR1B194JQ

RD RR1B194TF 705 0 0
GGGATTCCACTCTTCTTTCTCTTTCTATTTTCTTTTTTCTCTGTTTGCTTGTCGTTTCCG
TTCAACTTTGATATCTCCGACCGATGTTCGGTGGGCTTTCTCAGCCACGACGTCGGTCGG
AATCTCTCCTTTCTTTGTTTTGTAATCGGTTTCACTTTGATCTGTCCAGTCGGATTTTGA
TTATGCTCAGGTTTTAGAAAGTTCAGTTCTAGATCTCGAGCTTGAGTTGTTTCGACGGGT
CTGTGACTTGGTGTTACGGTGATAGTCTTCACCATGGCAATTCTCTGAGTTGCCTTTACC
TTTGGTTCAGATCTGATCGTTTGCAACTTGGTGTTTTCCTTTTATTCACACTGTTGAAGT
TGTTGTCGAGAGTGGAAGGTTCGATCTTCTTGCATGCATGGTTCTACGGCTCGGTTCAAA
GGATATGGAGCTTCGGCTCATTCTCATCAGGTCGTCGGAGGCGTCAGTTTAACCGATCTC
TTATCTGCGTCTTCCGGGAGCGTGTCCAGTGTTCTTACTCTGTCTCCATAAGTGGGTTGA
AGGTGTGTCGTTTGGAGCTTTTAATAAAAAGGGTCGCTGGGACTCCCAAATAAAATCGAT
CGTTGGTGGCTAGTTCTTTCCTTTCCTTACTTTTCGATCTTCTTCATATTTTCAGTGTGT
TTTTGCTGGATGTTAACTTTTTCTTTGTAAAGTTGTAGCTGCTGG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1B194JQ 833 0 0
CTCTGTTTGCTTGTCGTTTCCGTTCAACTTTGATATCTCCGACCGATGTTCGGTGGGCTT
TCTCAGCCACGACGTCGGTCGGAATCTCTCCTTTCTTTGTTTTGTAATCGGTTTCACTTT
GATCTGTCCAGTCGGATTTTGATTATGCTCAGGTTTTAGAAAGTTCAGTTCTAGATCTCG
AGCTTGAGTTGTTTCGACGGGTCTGTGACTTGGTGTTACGGTGATAGTCTTCACCATGGC
AATTCTCTGAGTTGCCTTTACCTTTGGTTCAGATCTGATCGTTTGCAACTTGGTGTTTTC
CTTTTATTCACACTGTTGAAGTTGTTGTCGAGAGTGGAAGGTTCGATCTTCTTGCATGCA
TGGTTCTACGGCTCGGTTCAAAGGATATGGAGCTTCGGCTCATTCTCATCAGGTCGTCGG
AGGCGTCAGTTTAACCGATCTCTTATCTGCGTCTTCCGGGAGCGTGTCCAGTGTTCTTAC
TCTGTCTCCATAAGTGGGTTGAAGGTGTGTCGTTTGGAGCTTTTAATAAAAAGGGTCGCT
GGGACTCCCAAATAAAATCGATCGTTGGTGGCTAGTTCTTTCCTTTCCTTACTTTTCGAT
CTTCTTCATATTTTCAGTGTGTTTTTGCTGGATGTTAACTTTTTCTTTGTAAAGTTGTAG
CTGCTGGTATTTAGTTATTTTTCCGGGGATAGGTTTGTTTGTCCGCCGACTCAGGTTTCC
AGGGATTGTTCTATCATCCGCTGGCTTTAGTTTCCGGGAGATTGATTCTCGCCGGCTCTA
GTTTCATCCTTGCTGTAATCGTTTGGTTTAATGAAGTAATCGTCCAGAAGAGG

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL6480Contig1 684 2 2 U
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GATGGTGAGGTTGAGAGAAACAGAAGTGATCCTGAGACTCTGTATCGTCTTTCTTCTTAT
ACTCACTTCTATTCTGATTGGTTTGGATTCTCAGACCAAAGATATTGCTTATATCCACAA
GAAAGTCACTTTCAGATACTTGTTTGCTCTGGAGGTTGAGTTGTACATAAATGCTGTGGT
TGCTGCATATAATATCGTTCAGTTAGGATTTGGTTGGTACGGTGTTGCACAAAAAAACTC
CAATTCTAAATGGCTCTCTTACCTCTTGGATCAGACGGCGGTGTACGTGGTGTTCGCCGG
GGCATCTGCGGCGGCACAACACTCATTGCTTGTGGTGACTGGTTCGAAGGAGCTTCAGTG
GATGAAGTGGTGCTACAAGTTCACAAGGTTCTGCTTTCAGATCGGAAGTGCCATTATCTT
AAACTACATCGCAGCGGTGCTCATGATCATCCTCTCCTTCATCTCCTCCTTCAGTCTCTT
CCGCCTCTATTCCCCTAAACGTTATTTTCAGTTTAAGTCCTCCTCTTAATTATTTACTAG
GTTAAATCCTTTTCTTGATCTAAAACAATGTTGATTAATGCGAAGAATATGATTATTGTT
CGTCTCTAAATTATAATTCTGTAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH30TF U 1
AF RR1H461TF U 1
BS 1 667 RR1GH30TF
BS 668 684 RR1H461TF

RD RR1GH30TF 667 0 0
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GAAAGTCACTTTCAGATACTTGTTTGCTCTGGAGGTTGAGTTGTACATAAATGCTGTGGT
TGCTGCATATAATATCGTTCAGTTAGGATTTGGTTGGTACGGTGTTGCACAAAAAAACTC
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GGCATCTGCGGCGGCACAACACTCATTGCTTGTGGTGACTGGTTCGAAGGAGCTTCAGTG
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GTTAAATCCTTTTCTTGATCTAAAACAATGTTGATTAATGCGAAGAATATGATTATTGTT
CGTCTCT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1H461TF 684 0 0
GGAAAAACAGAGGGCAGCTAATAAGAGAGCTGGATATCCCTCTTGGAAGGAGAGAAAAGA
GATGGTGAGGTTGAGAGAAACAGAAGTGATCCTGAGACTCTGTATCGTCTTTCTTCTTAT
ACTCACTTCTATTCTGATTGGTTTGGATTCTCAGACCAAAGATATTGCTTATATCCACAA
GAAAGTCACTTTCAGATACTTGTTTGCTCTGGAGGTTGAGTTGTACATAAATGCTGTGGT
TGCTGCATATAATATCGTTCAGTTAGGATTTGGTTGGTACGGTGTTGCACAAAAAAACTC
CAATTCTAAATGGCTCTCTTACCTCTTGGATCAGACGGCGGTGTACGTGGTGTTCGCCGG
GGCATCTGCGGCGGCACAACACTCATTGCTTGTGGTGACTGGTTCGAAGGAGCTTCAGTG
GATGAAGTGGTGCTACAAGTTCACAAGGTTCTGCTTTCAGATCGGAAGTGCCATTATCTT
AAACTACATCGCAGCGGTGCTCATGATCATCCTCTCCTTCATCTCCTCCTTCAGTCTCTT
CCGCCTCTATTCCCCTAAACGTTATTTTCAGTTTAAGTCCTCCTCTTAATTATTTACTAG
GTTAAATCCTTTTCTTGATCTAAAACAATGTTGATTAATGCGAAGAATATGATTATTGTT
CGTCTCTAAATTATAATTCTGTAT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL6481Contig1 657 2 3 U
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TGGGAGACTTTACCGTCAGGAGAAACCAAGAACTTTGTGAAGTTCCATTTGATTACGTCA
ATGAGCAATCCTCCTTTCTCTGCTTTCAAGTATTTGTATAACGGGGCCGTGTTCTTCCCG
TTCACATCTACCTTGTCAAAGATGGGGAACTCAGCTTTGAACCTTGTGCAGACAGTTTGC
TGAATCTCTTCATTGTTTCCTGGTTCTTGTCCCAAAAACTGATTGCATGGAAATGCTAAT
ATCTCCAACCCTTGTTCCTTGTATTTTTCGTACAAAACATTGAGTTCCTTGTAGTTCGCA
TCCGTCAGTCCACATTTGGAGGCAACGTTTACAATCAGAAGAGTTTTGCCTTTGAATTGG
CTCAAACTCACATCGTTACCTGAGATATCCTTGACGGTGAAGTCGTAGATAGACTGTGGA
GATTCATCCGCCATTTTTTGGCCCCTCTATCTCTTTCTGAGTTTTATTTTTAGTTTTGTA
GAAAGAGAAGAAATATATACTATCAAGATAAAATTTTCGTATATTTATAATAATATATGG
TAGAGAAATGTGCATGAACGAGATGCTCTAAATCAGGAATCTCTTTTGACGAAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB27JQ U 48
AF RR1CB27TF C 1
BS 1 47 RR1CB27TF
BS 48 341 RR1CB27JQ
BS 342 657 RR1CB27TF

RD RR1CB27JQ 294 0 0
GGGAGAATATCTCTGGGAGACTTTACCGTCAGGAGAAACCAAGAACTTTGTGAAGTTCCA
TTTGATTACGTCAATGAGCAATCCTCCTTTCTCTGCTTTCAAGTATTTGTATAACGGGGC
CGTGTTCTTCCCGTTCACATCTACCTTGTCAAAGATGGGGAACTCAGCTTTGAACCTTGT
GCAGACAGTTTGCTGAATCTCTTCATTGTTTCCTGGTTCTTGTCCCAAAAACTGATTGCA
TGGAAATGCTAATATCTCCAACCCTTGTTCCTTGTATTTTTCGTACAAAACATT

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR1CB27TF 657 0 0
CCCAGCAGAGCTTGAATGTCTTTCTCGAATTGAAGAGGGGAGGTTCTGGGAGAATATCTC
TGGGAGACTTTACCGTCAGGAGAAACCAAGAACTTTGTGAAGTTCCATTTGATTACGTCA
ATGAGCAATCCTCCTTTCTCTGCTTTCAAGTATTTGTATAACGGGGCCGTGTTCTTCCCG
TTCACATCTACCTTGTCAAAGATGGGGAACTCAGCTTTGAACCTTGTGCAGACAGTTTGC
TGAATCTCTTCATTGTTTCCTGGTTCTTGTCCCAAAAACTGATTGCATGGAAATGCTAAT
ATCTCCAACCCTTGTTCCTTGTATTTTTCGTACAAAACATTGAGTTCCTTGTAGTTCGCA
TCCGTCAGTCCACATTTGGAGGCAACGTTTACAATCAGAAGAGTTTTGCCTTTGAATTGG
CTCAAACTCACATCGTTACCTGAGATATCCTTGACGGTGAAGTCGTAGATAGACTGTGGA
GATTCATCCGCCATTTTTTGGCCCCTCTATCTCTTTCTGAGTTTTATTTTTAGTTTTGTA
GAAAGAGAAGAAATATATACTATCAAGATAAAATTTTCGTATATTTATAATAATATATGG
TAGAGAAATGTGCATGAACGAGATGCTCTAAATCAGGAATCTCTTTTGACGAAATCC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL6482Contig1 1107 2 2 U
GGATTTATGATCGGCCTCTCTACATCACAAAGGCAAACAGAGGGGGACCCAAAGGACGGA
ACTTTCCTTCAGGGAAAACAGATTCTAATTAATTAAAAAGAGCAGATAGGAGAAAAATGT
ATGCAGATACAGGGCCAGCGTTCCGATTCATGCAGGGCTGTTCTCCAGAAACTCATCAGT
TCGATGACCTCTTTAAACCCTACAAGCTCTCTGATCAAACGATCAGTCTTGTTGAGGCAT
GTGAGTATGGTGGGTTCGGAGGAGAAGAGAGTGACCTATTCAAAGCCCCTGAGCCGATCA
TCATTGAAGAGCCAATGCTAGCCGTTGACCCACTCTCTCAAGAGATTGTTGGACTCAGCG
ATCTCGGGTCGTTGCAGAGCGACCAGCAGCTTATAGAAAAGGCTTTCTACGAGTGTGAAC
AGGAGGAGCTCTTTGTGAAATCAGCCATGGAGTCTCCGCTGCTCTCCGATGTGCTAGACG
CCGAGAACGTCTCTCTAGCGGCGGAAATGGACAGTAGTGGTGGTGTTGTTGTTTCTGATG
TCGCAGTTCCTAAGAGCGTGAGCTCGGGGAACCTGAGATCAATGGATATGCCACAGCAGC
AGCAAGAGGATGCGGTGATTCAGAGATTCTTCCCTCCAGTCGATAATGGAATGAGAAGAG
CCTTTAGCGAAAGCGATATACAGACACTTGGGACTAGAAACGCTGGTCAGGTTAGGTCTC
AACTGGATCGGATGATAGTTAGTTGCACCTCTGAGGACCGTCGTGAGAAGCTTTCTCGAT
ACAGGGACAAGAAGAGCAGGAGGAATTTCGGGCGTAAAATCAAGTATGCTTGCAGGAAGA
CTCTTGCAGACAGTCAGCCGAGGATCCGAGGAAGGTTTGCAAAAACAGAGGAGATGCAGA
AATGAGGATTCATATAGTTTGGTACCTGAAGATAAGCAGAACAGTTTGATGCAGTTTGTT
AAGCCCAACAACCTCTTTGGTGTCTTTTTTTGTATATAAGGGTTTGTCTGAATAAGCCTC
TAAGGAGTAAGGATTAGGAAGGAAAACAAGTTGTAGTAGGGTTACTCAAATGATATGCTT
TTATCTATGTTAGATCTTGCGAAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F576TF U 1
AF RR1F576JQ C 330
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BS 633 1107 RR1F576JQ

RD RR1F576TF 635 0 0
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TCGATGACCTCTTTAAACCCTACAAGCTCTCTGATCAAACGATCAGTCTTGTTGAGGCAT
GTGAGTATGGTGGGTTCGGAGGAGAAGAGAGTGACCTATTCAAAGCCCCTGAGCCGATCA
TCATTGAAGAGCCAATGCTAGCCGTTGACCCACTCTCTCAAGAGATTGTTGGACTCAGCG
ATCTCGGGTCGTTGCAGAGCGACCAGCAGCTTATAGAAAAGGCTTTCTACGAGTGTGAAC
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AGCAAGAGGATGCGGTGATTCAGAGATTCTTC
TCT

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DS 

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TTGTATATAAGGGTTTGTCTGAATAAGCCTCTAAGGAGTAAGGATTAGGAAGGAAAACAA
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QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

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TTTTTTAGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B029TF U 1
AF RR1B029JQ C 18
BS 1 800 RR1B029TF
BS 801 850 RR1B029JQ

RD RR1B029TF 803 0 0
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GAGAATGGAGAGAGAAGAAGCACAGAAGAGGCTTTTCAAAGCACGACCAGTTATTAAAGA
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CAACAAACCCTTCTTACCTCAAAAGTCAAACAAGGAGACAACGAGACCAAAATCCCCCAA
GCTTAGAGTGATCAAGAGAACCGAGAGAAGAAAGATGATAGCTAGACCAGTTTCTGCAGC
TGGATGAGATAGTTTGTAGATGCTTGAACCTACTTTTCCTATGTAAATTTAATCTATCTC
GTACTAAATTTTCCCTTGTAACCTTTTTAACCACTTACTAATACCGTTGAAGTAATTTCT
CTTACATATCCTGATTCAAA
TGT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1B029JQ 833 0 0
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GACTTTCCCTTGAACCTAAGCAATGCACAAAGCCAGAACCGTTCCAGTTAGAGAGTCTAA
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AAGCACAGAAGAGGCTTTTCAAAGCACGACCAGTTATTAAAGAGGATCCAATCCCAGTTC
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GAGCTGTTGAGAGAGCAGACTTTGATCAGAAAATCAAAGAGAAGGAGAATAAGTACAAGA
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CTCAAAAGTCAAACAAGGAGACAACGAGACCAAAATCCCCCAAGCTTAGAGTGATCAAGA
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AGATGCTTGAACCTACTTTTCCTATGTAAATTTAATCTATCTCGTACTAAATTTTCCCTT
GTAACCTTTTTAACCACTTACTAATACCGTTGAAGTAATTTCTCTTACATATCCTGATTC
AAAATTGTAAAAAAATTTACTCCCTCTGTTTTAATATACTTGATTTTTTAGAG

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL6484Contig1 810 2 6 U
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TCTGAAAATGGAGTTCTTCATTATCCGCACCACACTCAAAAAAATCTGAAACCAAACACA
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ACTATCCAGTGCTCTCACAACCTGAGCCATGCGTGGACGTTTTGGACCGGAATGTCTAAC
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CCGTCTATCAACCAGATCGCTGAAATCACCGGTCTCAATGGCTTTATGAAGCAGTGGAAG
AGCCCATTCGACCAAACTCTCTTCTCCCAAAGGCATGTACTGATCAACTGGTTTGCGTCC
TGTTATAAGTTCTAAGAGAACAACCCCAAAAGAGAAAACATCTGATCTATCTGTCAGTTT
CCCGCTTTGTGCATATTCTGGTGCCAAGTA


BQ
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AF RR1CW17JQ U 1
AF RR1CN31JQ U 62
BS 1 87 RR1CW17JQ
BS 88 89 RR1CN31JQ
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TGTTATAAGTTCTAAGAGAACAACC

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DS 

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CAAAACCGCCGGTTATTGAAGTTTCGGTTCTCAGATTCGTTCCTTGTGAACTCCATAGAG
GCTCCGTTGGATCCTTTCCTGGAGCTTTGGACAGAGTAGTCTCCACTGTGCATCCCTGAA
TCTGAACTATCGTCAAAACCAAACGCCATTTTCCTGTCGTCTGAGTTATACTGCATAGAG
TCATAAGCACTGTTTTGTCCCACTTTGGATCCGTTGCTGATGTCTCCCATGTCCCCTTCA
CTATCCAGTGCTCTCACAACCTGAGCCATGCGTGGACGTTTTGGACCGGAATGTCTAACA
CATGCAGCAGCCGTTTCAATCATTCTGAAAACTTCATTCTCGACGTAATGTTTTTCGAGC
CGTCTATCAACCAGATCGCTGAAATCACCGGTCTCAATGGCTTTATGAAGCAGTGGAAGA
GCCCATTCGACCAAACTCTCTTCTCCCAAAGGCATGTACTGATCAACTGGTTTGCGTCCT
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CCGCTTTGTGCATATTCTGGTGCCAAGTA

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

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AF RR1BU23TF U 1
AF RR1CE61TF U 1
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ATATGACATGTTTAGACAGCATAAGTGATGTCTCCATCGACTCCAAACATAGAGTCCAGC
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QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1CE61TF 697 0 0
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AACCACTTCTTTCCAAACCAAAGTCTCTTAACCACAAGAGTATATGCCTTGTCCTCTCCT
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AGATGATGGACGTATCAAAGGATCGGATGGTGATTTCTATGGAGGAACTCCGAGGAGGAA
ACCTTAATCTTGAGTCTTACTCAAACGTTCACACTTGGTTGAGCAGTGTGCTTACAAACT
ATATGACATGTTTAGACAGCATAAGTGATGTCTCCATCGACTCCAAACATAGAGTCCAGC
CAAAGCTTGAAGATTTGGTTTCTAGGGCTAGAGTGGCTCTATCCATCTTTGTCTCCGTAT
TGCCTTCAAA*GACTACATAGAGATGATTCTTCCACT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

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GTATTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BG21TF U 1
AF RR1BG21JQ C 1
BS 1 667 RR1BG21TF
BS 668 728 RR1BG21JQ

RD RR1BG21TF 667 0 0
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TTCTTCTCATGATAGAAGCTCCGGTGAAGATCAAGGTTGGCTCTGGAAAACACCGGTTGA
GGAAAGGGAGGCGGTATTGTCGCTTCAGGTTCAGACAAAGTGTTCCAATTTGTTTGCTAC
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GTACCCT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1BG21JQ 728 0 0
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TGAATCCAAAGATGATTCAGATGATGATGACGAGGAGGACGATGATTCAGATGATGATGA
TGAACTTGGACCATCGAGTTTTGGATCTGTGGACAAACGAAGTAGGACTTCTCCGTTTTC
AGCATCCTCGTTGTCTTTTGCTTCGTGTGGCCTCTTTCCCGCGGTACAATCAAGACTAGA
GAGATCATTCTTAGCATGGAAGCAACAGAGGGCAGAACCATCAAAACTGATCCCAGGAAT
CAATAACAATGCATCATCAGCATCATCATCTTCAATCCATTTCCCCACACTGTCGAGTAA
CAAAGCTGGGTTGAAGATGGGGAAGGTATCGAACCCGGGTTGTATCCAGAGAAGCTCAAG
ATCTCAGTCTCAGTTGCTGTCTCTATCACGTCTCCTATCGTCCAATGCGTCGTCATGTTC
TTCTTCTCATGATAGAAGCTCCGGTGAAGATCAAGGTTGGCTCTGGAAAACACCGGTTGA
GGAAAGGGAGGCGGTATTGTCGCTTCAGGTTCAGACAAAGTGTTCCAATTTGTTTGCTAC
TCAAGCTTTGTCTTGAGTCTCTTCAATCTTTAAGCTTTAGAGTTGAGTTGAGTTTCCTTT
GTACCCTTGAGGCTATACTTCTTTGACGGTGGACAGGTCTTTTGAATTATTTGTTGTGTT
GTATTGTC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL6487Contig1 662 2 5 U
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TCATCTCGGCTCATTTGTCCTGAGCTGCTTCCACTTGCAGACCTCGTTCTGTTTGCTTCG
GGTAACAACCTCTTGGGATGATGATCATGGGAGGAATCTTCTAGAAGCTTCTCACTAGCT
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TCAGCTTCCTGTGTACTCACTCTTTAAAGCTGTATTGAATGAAAGCATAGCCGCGTGGCT
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ATCTGCTCTCGCTCTTTTCATCTACAAACCCATTGGTGTCCATTTAATTGCAGGAAGCTC
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CC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR1EU95JQ U 3
AF RR1EU95TF C 1
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BS 3 99 RR1EU95JQ
BS 100 100 RR1EU95TF
BS 101 650 RR1EU95JQ
BS 651 662 RR1EU95TF

RD RR1EU95JQ 648 0 0
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TAACAACCTCTTGGGATGATGATCATGGGAGGAATCTTCTAGAAGCTTCTCACTAGCTAA
ACGAACCACCAAGGGCCTACCACAAGCTAATCTCCCATGCATCTTCTCCTTAGCCAATTC
AGCTTCCTGTGTACTCACTCTTTAAAGCTGTATTGAATGAAAGCATAGCCGCGTGGCTCT
CCTTTCTTTGGACCGCGTGTGTGCCAGAGGAAGTCTTCTGATATGATCTTCCCATATGGA
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QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1EU95TF 662 0 0
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TCATCTCGGCTCATTTGTCCTGAGCTGCTTCCACTTGCAGACCTCGTTCTGTTTGCTTCG
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AAACGAACCACCAAGGGCCTACCACAAGCTAATCTCCCATGCATCTTCTCCTTAGCCAAT
TCAGCTTCCTGTGTACTCACTCTTTAGAGCTGTATTGAATGAAAGCATAGCCGCGTGGCT
CTCCTTTCTTTGGACCGCGTGTGTGCCAGAGGAAGTCTTCTGATATGATCTTCCCATATG
GAGAAAACATCTTTATCAACGCAGCCTCGTTTATTCTAAGATCCAAGTTTCCAACATATA
ATCTGCTCTCGCTCTTTTCATCTACAAACCCATTGGTGTCCATTTAATTGCAGGAAGCTC
AAGATATTAAGAATGTATTATATGCATCCACGGGAGCCCAAGCGCGATCTCGACGACTCT
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL6488Contig1 1137 2 8 U
GGATTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGTGTTGTAGAGGAAGCTCAC
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ACGGACCAGTCAGTGTGGAAACACCTGGTCCCACATCTGCTCGAAGATTACCGCATCGTT
CTCTACGACAACATGGGAGCCGGTACGACTAACCCAGACTACTTTGACTTCGATCGTTAC
TCAACTCTAGAAGGTTTCTCCTTTGATTTGATCGCAATCTTGGAAGATCTTCAAATCGAG
TCTTGTATCTTTGTTGGTCACTCTGTTTCCGCCATGGTTGGTCTCTTGGCTTCTCTTAAC
CGACCTGATCTCTTCTCCGAAATCGTCATGATCTCTGCTTCCCCAAGGTACGTGAACGAT
GTTGATTACCAAGGTGGATTCGAGCAAGACGACTTAAACCAACTCTTCAAAGCGATGCGA
AGCAACTACAAAGCGTGGTGCTTAGGTTTCGCACCACTCGCGGTAGGTGGCGACTTAGAC
TCAGTCGCGGTTCAAGAATTCAGCAGAACGCTCTTCAACATGCGTCCAGACATAGCTCTC
TCCGTGGCTCAGACCATTTTCCAAAGTGACATGAGACAGATCTTACCTTTTGTAGCTGTC
CCTTGTCACATTCTCCAAAGCGTTAAGGACTTAGCCGTACCAGTGGCAGTCTCCGAGTAT
CTTCACACCAATCTTGGATGTGAATCTGTTGTCGAGGTTATTCCTTCAGATGGTCATCTT
CCTCAGCTTAGCTCGCCGGACTCTGTTATTCCTGTGCTCCTCCGTCACATTCGTAATGAC
ATCGCTGTCTGATTGGTGGGGAAGTGCATTTTTAATTAAATTAATGGAAAATTAAATATC
TGATGTGATATGTCTGTCTATTGAGAATATACGGTCTCGGTGTCGTTTAGTTCTTGGATT
ATATTTGCTCGTGGTCGTTGTTGATCTTATCTTTGTTTAAGGAAAAGACTTTTGTCTTTT
GTGTTTAAGGAAAAGTCTTCGTTGTCAGCTCTGCTGCTCGACCTCACTATCGCTGTTCTT
GTATAATGTCCATGTAAAAGTTTTATTCTTATAGACGATGAGAACATGATTACTAGC


BQ
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AF RR1EZ27TF U 1
AF RR1EZ27JQ C 449
BS 1 687 RR1EZ27TF
BS 688 688 RR1EZ27JQ
BS 689 728 RR1EZ27TF
BS 729 729 RR1EZ27JQ
BS 730 743 RR1EZ27TF
BS 744 744 RR1EZ27JQ
BS 745 777 RR1EZ27TF
BS 778 1137 RR1EZ27JQ

RD RR1EZ27TF 777 0 0
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AACGTGAAAGTGATCGGCACAGGAACTCAAGCAACGATCGTCTTAGATCATGGGTTCGGC
ACGGACCAGTCAGTGTGGAAACACCTGGTCCCACATCTGCTCGAAGATTACCGCATCGTT
CTCTACGACAACATGGGAGCCGGTACGACTAACCCAGACTACTTTGACTTCGATCGTTAC
TCAACTCTAGAAGGTTTCTCCTTTGATTTGATCGCAATCTTGGAAGATCTTCAAATCGAG
TCTTGTATCTTTGTTGGTCACTCTGTTTCCGCCATGGTTGGTCTCTTGGCTTCTCTTAAC
CGACCTGATCTCTTCTCCGAAATCGTCATGATCTCTGCTTCCCCAAGGTACGTGAACGAT
GTTGATTACCAAGGTGGATTCGAGCAAGACGACTTAAACCAACTCTTCAAAGCGATGCGA
AGCAACTACAAAGCGTGGTGCTTAGGTTTCGCACCACTCGCGGTAGGTGGCGACTTAGAC
TCAGTCGCGGTTCAAGAATTCAGCAGAACGCTCTTCAACATGCGTCCAGACATAGCTCTC
TCCGTGGCTCAGACCATTTTCCAAAGTGACATGAGACAGATCTTACCTTTTGTAGCTGTC
CCTTGTCACATTCTCCAAAGCGTTAAG*ACTTAGCCGTACCAGTGGCAGTCTCCGAGTAT
CTTCACAC*AATCTTGGATGTGA*TCTGTTGTCGAGGTTATTCCTTCAGATGGTCAT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1EZ27JQ 689 0 0
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TCGCACCACTCGCGGTAGGTGGCGACTTAGACTCAGTCGCGGTTCAAGAATTCAGCAGAA
CGCTCTTCAACATGCGTCCAGACATAGCTCTCTCCGTGGCTCAGACCATTTTCCAAAGTG
ACATGAGACAGATCTTACCTTTTGTAGCTGTCCCTTGTCACATTCTCCAAAGCGTTAAGG
ACTTAGCCGTACCAGTGGCAGTCTCCGAGTATCTTCACACCAATCTTGGATGTGAATCTG
TTGTCGAGGTTATTCCTTCAGATGGTCATCTTCCTCAGCTTAGCTCGCCGGACTCTGTTA
TTCCTGTGCTCCTCCGTCACATTCGTAATGACATCGCTGTCTGATTGGTGGGGAAGTGCA
TTTTTAATTAAATTAATGGAAAATTAAATATCTGATGTGATATGTCTGTCTATTGAGAAT
ATACGGTCTCGGTGTCGTTTAGTTCTTGGATTATATTTGCTCGTGGTCGTTGTTGATCTT
ATCTTTGTTTAAGGAAAAGACTTTTGTCTTTTGTGTTTAAGGAAAAGTCTTCGTTGTCAG
CTCTGCTGCTCGACCTCACTATCGCTGTTCTTGTATAATGTCCATGTAAAAGTTTTATTC
TTATAGACGATGAGAACATGATTACTAGC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL6489Contig1 870 2 6 U
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CGCACTCATGATGTGTGTGGAAATACATAAGATGGGGTTTCCCAGTCAGGTGCTTTAGTT
TATGAGCTACGTTCAATCATGATAGGCTCTTATCTACTCATGAAAATATCTATGAAGGCA
ACCATTCCCACTGTGATGGTGTTAGTCACAATGGGCGCATTTTCCTCACAGGAGTAGATG
ATGGTGTGGAGAGTCAACAAAGATGGGCCGTATTGCTCACGGTGAAAGCCTTTTGTGCAC
ATACAGCCAAGGTCACTTGTCTACGTGTAAGCCAACTGTACATGATGATTGCAAGAATTC
AGATTATTGTACATTTATCATATGGGATCAAATTGTCAGGTAAAACCTCAGGCTTAGACA
TACCTTAAGAACATCAAACTTGAGAGGGAAAGATCCTGTTGTACTTTTACACTCTGTATG
TACCGTACCGGGCCACAGCTACTACATCATCGCCCGGCAACTTTGCTAGCTTAAGGATTT
AACCAAAGATACTCAAGAATTTGATAAGTCTTTTCTTCCAGCATCCCCAAAAACAAGGTC
CTGCTCCGAGTCTCTTAGGACTTGCAGTTACTGAGCGGTGATTCAGCTGTAACTTTGATG
TCATGGACATTTACAGGGTCTACATTTTCTCAACTGAAATAATTTGATTAATTTGGTTTC
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TTTGTTTTTTTGTTTCACTGTGATTGTTCTTGTAGTCTGCAAGAATCTTATACGTACAAT
TTTAAAGAAAACAGCACGCATTGTTTTTAT


BQ
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AF RR1FL66TF U 1
AF RR1FL66JQ C 54
BS 1 692 RR1FL66TF
BS 693 693 RR1FL66JQ
BS 694 701 RR1FL66TF
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BS 703 733 RR1FL66TF
BS 734 870 RR1FL66JQ

RD RR1FL66TF 733 0 0
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CGCACTCATGATGTGTGTGGAAATACATAAGATGGGGTTTCCCAGTCAGGTGCTTTAGTT
TATGAGCTACGTTCAATCATGATAGGCTCTTATCTACTCATGAAAATATCTATGAAGGCA
ACCATTCCCACTGTGATGGTGTTAGTCACAATGGGCGCATTTTCCTCACAGGAGTAGATG
ATGGTGTGGAGAGTCAACAAAGATGGGCCGTATTGCTCACGGTGAAAGCCTTTTGTGCAC
ATACAGCCAAGGTCACTTGTCTACGTGTAAGCCAACTGTACATGATGATTGCAAGAATTC
AGATTATTGTACATTTATCATATGGGATCAAATTGTCAGGTAAAACCTCAGGCTTAGACA
TACCTTAAGAACATCAAACTTGAGAGGGAAAGATCCTGTTGTACTTTTACACTCTGTATG
TACCGTACCGGGCCACAGCTACTACATCATCGCCCGGCAACTTTGCTAGCTTAAGGATTT
AACCAAAGATACTCAAGAATTTGATAAGTCTTTTCTTCCAGCATCCCCAAAAACAAGGTC
CTGCTCCGAGTCTCTTAGGACTTGCAGTTACTGAGCGGTGATTCAGCTGTAACTTTGATG
TCATGGACATTTACAGGGTCTACATTTTCTCA*CTGAAATA*TTTGATTAATTTGGTTTC
GTGTAGCTTTAAG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1FL66JQ 817 0 0
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TTTAGTTTATGAGCTACGTTCAATCATGATAGGCTCTTATCTACTCATGAAAATATCTAT
GAAGGCAACCATTCCCACTGTGATGGTGTTAGTCACAATGGGCGCATTTTCCTCACAGGA
GTAGATGATGGTGTGGAGAGTCAACAAAGATGGGCCGTATTGCTCACGGTGAAAGCCTTT
TGTGCACATACAGCCAAGGTCACTTGTCTACGTGTAAGCCAACTGTACATGATGATTGCA
AGAATTCAGATTATTGTACATTTATCATATGGGATCAAATTGTCAGGTAAAACCTCAGGC
TTAGACATACCTTAAGAACATCAAACTTGAGAGGGAAAGATCCTGTTGTACTTTTACACT
CTGTATGTACCGTACCGGGCCACAGCTACTACATCATCGCCCGGCAACTTTGCTAGCTTA
AGGATTTAACCAAAGATACTCAAGAATTTGATAAGTCTTTTCTTCCAGCATCCCCAAAAA
CAAGGTCCTGCTCCGAGTCTCTTAGGACTTGCAGTTACTGAGCGGTGATTCAGCTGTAAC
TTTGATGTCATGGACATTTACAGGGTCTACATTTTCTCAACTGAAATAATTTGATTAATT
TGGTTTCGTGTAGCTTTAAGGACTAGTTTTGGGCTATGGTTTCAACACTGATGGCGGTAT
TTCTGTTTTTGTTTTTTTGTTTCACTGTGATTGTTCTTGTAGTCTGCAAGAATCTTATAC
GTACAATTTTAAAGAAAACAGCACGCATTGTTTTTAT

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL6490Contig1 988 2 2 U
ATCATCCAAGCAGCACTGGAATTGGAACTGCTACGGCGTCTGCTTATAATTTATGCAAAT
AATGGATTTGAAAAGAAAAAAAAATGGAAAAGACAAACTCAATTTACGGTATCACTTCGC
TGCTCATGAAACTGAACAGTACACTAAACGAACATATTAGCGTTCTCATTGGAGTGTAAC
GGCTACGCGCTTAATTCGCCTGTGCGTCCTCCTTTTATGTTTGAACGATTTCTTGAATTT
TCAGACGAGAGAGATAGAGAGAGAGAGAGGGAAAATACTAGTTTTACACTTCAGTGGTGG
TAGAGAGAGATAGAGAGAGAGACGGTACAGAACAGCTGTAAAGGCACATGACCTCAATAC
AATTGGGGCCTCGGCCACCGGCTATAGCTATACGCTGTTGCAGCTTCACGACCTAGATGC
TTTGAAACGTCGTCCCGATATAGATGGATACAGACAAGGTTTAGCTCGGATTGTATTATG
GGAGAAAGCCCCTATAGGGAAATGATGCTGTTACCGGTTACACCATTTCTACTACTATTG
GATGCAAAAACGGTGAACCTAAACAGTTACATGGCACGAACGGGTTATTGGAACAAGATC
ATTTGAAATTGTATTCCAGGCCAAGTGTTTGGAATGGAAACTGAGGGTTTTTTAACTGGC
ATATATGTTTTGTTTTCGTGTTCACATCCATTTTTCAAGGTACACCAGGCAGTGGGTAAG
TTTTCGAAATCACTGATCAACTAACCATGATACTACAACGCGCTTCAGTTGATGTGAAGG
AGATGGCTGGATTTGTGTAAAATGGATTGTCTCCAAGCTTATGGAAGATGCTTAGGACAG
GAGGACAGTAGTTAACTTCGGATAAGTGAGAATGATCAGAGGATACAATTCCAAACTTTA
GTTGTCTGTTAATCCATCAAGTTGGATATAAAAGGCATTACAAGATGTTATAAAACTAAA
ATGAATCAATCAAGAAGCATTCAAGATG


BQ
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QA 1 621 1 621
DS 



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ATTTG


BQ
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AF RR1C496JQ C 1
AF RR1C496TF U 1
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ATTTG

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H940TF U 1
AF RR1H940JQ C 14
BS 1 623 RR1H940TF
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RD RR1H940TF 703 0 0
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TGTTGATGCGATTAACAGAGACAGTGATCTTATGGCTTTCCGGAGACCAGAGCTTCTGGG
ATGACATTGAGGAAGGACCTAGACCTTTGGGGCCTCTTGGCCTCCGGCAGCTGTATTTGG
ACATGAGGTTTGTCACATGCTTTGCATCCCAAGGTCGCTACCTATCGAGGAATTTGAACA
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CGGCTCAGTCTGTCTCATCAGCGAGATCTCATGGCAGCTATTAAACCAATTGCATCTTTC
ATTTGTAAAGAAGGTGAGTGGTA*TGACCTTTGATCTTCTCTTCTCA*CTCTGCTTTACT
TTTGTAGACTCGCAA*TTATATGATGAGATGATTCTGGGATTT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1H940JQ 783 0 0
AA
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GACCTAGACCTTTGGGGCCTCTTGGCCTCCGGCAGCTGTATTTGGACATGAGGTTTGTCA
CATGCTTTGCATCCCAAGGTCGCTACCTATCGAGGAATTTGAACAGGGGAACTAATGAGA
TAATAACTAAAGCCGTAGCAGCTTTCAGTGCAACAGGACTAGATCCATATAGTGAGCTGC
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CAAAAGGCAACAATGGGGAAGTCCACAGTCCGACTGCTTCATTGTCGGCTCAGTCTGTCT
CATCAGCGAGATCTCATGGCAGCTATTAAACCAATTGCATCTTTCATTTGTAAAGAAGGT
GAGTGGTAATGACCTTTGATCTTCTCTTCTCAACTCTGCTTTACTTTTGTAGACTCGCAA
ATTATATGATGAGATGATTCTGGGATTTGTAAATGTGATTGTGTTGAATATGTTCTCTTT
TACTTGTTCTCTCTTATCTGCATCCTTTGGGTTAAGAAGTGAATAGTATTGATCTTTAGC
T

QA 3 783 3 783
DS 



AS 1 2

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GTAAGTAGTG


BQ
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AF RR1B503JQ C 1
AF RR1B503TF U 1
BS 1 670 RR1B503TF

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GTACATGACCTACTCCCCAATTAACTTGCCAAAAGTGTAAAATACATAACGACCTACTCC
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GTAAGTAGTG

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DS 

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CCACAACTGCTGTGAAAAGTATCTTCAAAACTCTTTGTTGCCAATCCTATAAAAACAATA
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AATTTGAGCAAAATATACAGATAATATCAGCTCTACTACTTTAAAAACAAAATTATTGCA
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GTAAGTAGTG

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AT83JQ C 1
AF RR1AT83TF U 1
BS 1 284 RR1AT83TF

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CTGTGTGTGTGTGTGGATATTGTAAAAGTGGATCGAAGGTATGGAAAGGGATTGGTTCCA
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QA 1 284 1 284
DS 

RD RR1AT83TF 284 0 0
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CTGTGTGTGTGTGTGGATATTGTAAAAGTGGATCGAAGGTATGGAAAGGGATTGGTTCCA
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TCCTCTCTAAGTCGTGCCATCGAGTATCCGACAGCCGACGGACACGACCCGGTCAAACAA
GAGCTTGATAGATCGGATCAACTACAACAAGACCAAGATCAACC

QA 1 284 1 284
DS 



AS 1 2

CO CL6495Contig1 665 2 1 U
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TCTGC


BQ
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AF RR1GW35JQ C 1
AF RR1GW35TF U 1
BS 1 665 RR1GW35TF

RD RR1GW35JQ 665 0 0
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CAAGAAGCTTATCTGTTACGATCCAGCTAGTAGAGCTACTGCTGTGGAGTTGTTGAATGA
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TTCAGATTCAGATTTTGACGGCTTTGGACCTGTGAATGTGAAGCCTACAAGTAGTGGATT
CACAATAGAGTTCCCCTGAACCTGAATGGCTTTTTTAAGATGGGTAAACATATTGGCCGG
GGACCATGATTGAGAATCTTGATCAGCCTGCTCCCCTGAATCCGTCTGCTGTGTCAAGAA
GATTGGTTGTGTATTGTGTCTCTGGAATAGAAAACAGTTACATTTTACAATCCAAGCTAA
AGAGCCTATAAAAAGCTTTGTATTATTATCTGTGCTATCCATTTTTGTACTTTGTGTAAT
AACTTCCTCTTTTCATGGTCATCACAGTTGATGATGGGTTCAATGAGTCAAAAACTAGTT
TCTGC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1GW35TF 665 0 0
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GTCTCCTCTTGGTATAGAAGGGTGTCTTCCCAACCATTCAGGGGACGTGATAGCGCTGCT
CAAGAAGCTTATCTGTTACGATCCAGCTAGTAGAGCTACTGCTGTGGAGTTGTTGAATGA
TAAATATTTTAAGGAAGAGCCTCTTCCGGTACCTGTTTCAGAGCTCTATGTGCCTCCGGC
AATGAGTGGGCCAGATGAGGATGATTCTCCTAGGAAGTGGGATGGTTACAGAGAAATGGA
TTCAGATTCAGATTTTGACGGCTTTGGACCTGTGAATGTGAAGCCTACAAGTAGTGGATT
CACAATAGAGTTCCCCTGAACCTGAATGGCTTTTTTAAGATGGGTAAACATATTGGCCGG
GGACCATGATTGAGAATCTTGATCAGCCTGCTCCCCTGAATCCGTCTGCTGTGTCAAGAA
GATTGGTTGTGTATTGTGTCTCTGGAATAGAAAACAGTTACATTTTACAATCCAAGCTAA
AGAGCCTATAAAAAGCTTTGTATTATTATCTGTGCTATCCATTTTTGTACTTTGTGTAAT
AACTTCCTCTTTTCATGGTCATCACAGTTGATGATGGGTTCAATGAGTCAAAAACTAGTT
TCTGC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL6496Contig1 917 2 2 U
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TCAACCAACCCTCCTCCTTCGCGGCAACAAATCATCTAACCAAACACTTCTTAGATTCAA
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TGATACCGTAAAATAACATTTTGAGATTTTCATCGTTAGAGATTATGTTTCAATTTGAAC
TAAAAAAATCAATATATTTTGTATGTGTTTAAGGTTTGGTAGTAACTAATATAATCAGCA
CCAATCCAAATCCTTCC


BQ
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AF RR1FH03TF U 1
AF RR1FH03JQ C 351
BS 1 767 RR1FH03TF
BS 768 917 RR1FH03JQ

RD RR1FH03TF 767 0 0
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GCTGTTTGTTGGTAACTTGTCGTGGACAGTCACTTCGGAGTCATTAGCTGGAGCGTTTCG
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AGGTTATGGCTTTGTATGTTACTCCTCCCAAGCTGAAATGGAAACCGCTCTTGAGTCGCT
GGATGGGCTTGAGCTGGAGGGTCGGGCCATTCGAGTAAACCTGGCTC

QA 1 767 1 767
DS 

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GGAAGTCGAGAGGTTATGGCTTTGTATGTTACTCCTCCCAAGCTGAAATGGAAACCGCTC
TTGAGTCGCTGGATGGGCTTGAGCTGGAGGGTCGGGCCATTCGAGTAAACCTGGCTCAGG
TAAGAAATACTGATACCGTAAAATAACATTTTGAGATTTTCATCGTTAGAGATTATGTTT
CAATTTGAACTAAAAAAATCAATATATTTTGTATGTGTTTAAGGTTTGGTAGTAACTAAT
ATAATCAGCACCAATCCAAATCCTTCC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL6497Contig1 1096 2 4 U
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GTGGGATTGGTCGGACCAATCCAAGCTCAGTTGCAAATGAACTTCTACGCCAATACTTGT
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TCTCACTGCTCATCTTTTACAAACCGTCTCTACAATTTTACGGGTCGTGGAGACCAAGAT
CCTGCCTTAGACAGCGAATACGCAGCCAATCTCAAATCTAGGAAATGTCCTAGCCTCAAC
GATAACACGACTATCGTGGAGATGGATCCAGGGAGCCGTAAGACGTTTGATCTTAGTTAT
TATCAGCTCCTTCTCAAGCGTAGAGGTCTGTTTCAATCAGACTCTGCCCTCACCACCAAC
CCCACAACACTCTCAAACATAAACCAGATCTTGAAAGGTTCGGTGGAGGGTTTTTTCTCT
GAGTTTGCCAAGTCGATGGAGAAAATGAGTCGGATCAATGTCAAGACTGGGTCAGCAGGA
GTGGTTAGAAAGCAATGTTCCGTTGCAAATAGTTAAGGGGTACTAATTTTGAGTATGTGG
GAGTTTGGGGGGTATTTATGAAAAATAATAAGGACGATGATGTGTGTATGGATTTCGTTA
TAGACTTGGTCGATAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B904TF U 1
AF RR1B904JQ C 187
BS 1 833 RR1B904TF
BS 834 834 RR1B904JQ
BS 835 864 RR1B904TF
BS 865 1096 RR1B904JQ

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TCTCACTGCTCATCTTTTACAAACCGTCTCTACAATTTTACGGGTCGTGGAGACCAAGAT
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AG

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DS 

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GCCAAGTCGATGGAGAAAATGAGTCGGATCAATGTCAAGACTGGGTCAGCAGGAGTGGTT
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GGGGGGTATTTATGAAAAATAATAAGGACGATGATGTGTGTATGGATTTCGTTATAGACT
TGGTCGATAA

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DS 



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GTTGTTTCGGC


BQ
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AF RR1E346JQ C 1
AF RR1E346TF U 1
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GTTGTTTCGGC

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DS 

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CAAGATCGGTATCGTTCTCCAAAACTGTCGTATCATGCCTGACAAGGATCTTATAGGTGA
CAAGAAAGTCAAATCGTATCTAGGACGGCCGTGGAAGAAATATTCCACGGCTGTGATTAT
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AAACCACAAAACAGCTAAATACGTTGAGTTTAATAACCGTGGACCAGGAGCTAAAACTAA
TGCGAGGCCTCCTTGGACTAAGGCAGCTAAGTCCAAGGCTGAGGTTGAAGGTTTCACCGT
GGCTAACTGGGTTGGTCCGGCTAATTGGATTCAAGAAGCTAACGTGCCTGTCCATCTTGG
ATTGTAAGAAAGAAAAATAGTAACGTTAAGACAGTTATATGATAATGTAATTATACGACC
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GTTGTTTCGG

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

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TTTAATTATATAACTGTGAGCACACCC


BQ
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AF RR1FL80TF U 1
AF RR1FL80JQ C 109
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CTATCATCGTC
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DS 



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BQ
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AF RR1F934JQ C 1
AF RR1F934TF U 1
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ATTGTGCTCTCTCTCTCATGCCATTAACTACAAGG

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 2

CO CL6501Contig1 718 2 1 U
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BQ
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AF RR1E932TF U 1
AF RR1E932JQ C 53
BS 1 718 RR1E932TF

RD RR1E932TF 718 0 0
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GATCAAAGGATTGACGATTAAAGGAGACATTGACAACGACAGCGACGGAACTCAGACCGG
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TAATAAGCGTCATCGGAGGATACAAACTTCAAGGAAAGTGGTGAAAGGGTTTTATTAGTT
TTTTGGGTAAAAAAGGAGTTCCCTACATTAGTTAACACCTTAATCGATTTTTATTTCCTA
GTTTCCCGTATTTTGATTGAGATGTGTTACTTTGGTTACGTTTTGCTTTATGTTTTCACA
AATTTTGACCCGCCCTTTTGAAGCGCGGGATATTTTACGATGAAAAATTTCACTAATA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1E932JQ 666 0 0
CTACCCACAATAAGACTGAAGCAAACACAGAATATGTACCGATCCGCAAGCTGGAGCCGT
GTGACTGAGGATTACTCAGTACCTTGGTCCGCGCCAAAGGGATTATGGAAAGGCCTAGAT
GAAGACGAGCCGACTACATACGATCCTACGAGCCAGGAGGTAACAAAGAAAGAGAAGTCG
CGTGCCAAGTTTGCTGAAAATGCTGTTCACATAATCCCATTTGTTCTTCTCGCTTGTGCT
CTAGTCCTTTGGTTTTTCTCTAATCCAAATGTGGATGTTGGGGTAAAAGAGGAATCCATT
GCGGCTAGGATCAAAGGATTGACGATTAAAGGAGACATTGACAACGACAGCGACGGAACT
CAGACCGGCTTCTTAGGCACTGCCGCAGAAGTGGGAGGTTCATACAAGTCGAAGCTAAAA
CGCGACGTTAATAAGCGTCATCGGAGGATACAAACTTCAAGGAAAGTGGTGAAAGGGTTT
TATTAGTTTTTTGGGTAAAAAAGGAGTTCCCTACATTAGTTAACACCTTAATCGATTTTT
ATTTCCTAGTTTCCCGTATTTTGATTGAGATGTGTTACTTTGGTTACGTTTTGCTTTATG
TTTTCACAAATTTTGACCCGCCCTTTTGAAGCGCGGGATATTTTACGATGAAAAATTTCA
CTAATA

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL6502Contig1 708 2 5 U
GCAAAAAACATCACCGGAGAATCCGACGGCGGCTTAGCACCGACTGCTACTGCAGAAAGA
TTGTTTATCTTCTTGGGGTATTTTACTTACCTTTTGGAAGAAACATAACGTCTTTCGCGG
TAGCTAAAAGCTAAGCTCAGTCCGTATATATACATATTTTAATCTAAAGTAACACAATGG
CAGCTGCTCGTTCACTCTCCGGCGCCGTTAAATCTCTTTGCTCCACCGCATCCCACAGCT
TTTCTGGTTCCATTGTCTTGAGGAGGAGTTACGTTGCGACAGTACCAGGATTTGGTAAGG
GAGGTTCCACAAGAGTTACGGTGGGAAAGATGGAACAAAGAGCAAATCAAGAGGCAGAGT
CTGCATGGGCCCCGGATCCAGTCACGGGGTACTACAGACCATCTAACCGTGCTGATGAGA
TTGATCCAGCGGAACTCCGTGAGATGCTTTTGAAAAGTAAAGCCAAGCCTTTCTAAGGAT
TTCAATTGGTTGGGTCCCACTAGACTATGTTGTAACCTTGTATGGGATTGGGATTACTGA
TTCCCGTTTGTTATGTTTATCTTAATTATCTACTTTTTGGAGATTAAAGTAAAATAAAGA
TACTATGTATCTCAGTTAATAGATATATGGATCGACTTCGTATGGATGGTCCATGATAAT
CCTTGGGATATGACATTTTGGATTCCGCTAACACGGATTCCATTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GC50TF U 1
AF RR1GC50JQ C 30
BS 1 683 RR1GC50TF
BS 684 684 RR1GC50JQ
BS 685 698 RR1GC50TF
BS 699 699 RR1GC50JQ
BS 700 708 RR1GC50TF

RD RR1GC50TF 708 0 0
GCAAAAAACATCACCGGAGAATCCGACGGCGGCTTAGCACCGACTGCTACTGCAGAAAGA
TTGTTTATCTTCTTGGGGTATTTTACTTACCTTTTGGAAGAAACATAACGTCTTTCGCGG
TAGCTAAAAGCTAAGCTCAGTCCGTATATATACATATTTTAATCTAAAGTAACACAATGG
CAGCTGCTCGTTCACTCTCCGGCGCCGTTAAATCTCTTTGCTCCACCGCATCCCACAGCT
TTTCTGGTTCCATTGTCTTGAGGAGGAGTTACGTTGCGACAGTACCAGGATTTGGTAAGG
GAGGTTCCACAAGAGTTACGGTGGGAAAGATGGAACAAAGAGCAAATCAAGAGGCAGAGT
CTGCATGGGCCCCGGATCCAGTCACGGGGTACTACAGACCATCTAACCGTGCTGATGAGA
TTGATCCAGCGGAACTCCGTGAGATGCTTTTGAAAAGTAAAGCCAAGCCTTTCTAAGGAT
TTCAATTGGTTGGGTCCCACTAGACTATGTTGTAACCTTGTATGGGATTGGGATTACTGA
TTCCCGTTTGTTATGTTTATCTTAATTATCTACTTTTTGGAGATTAAAGTAAAATAAAGA
TACTATGTATCTCAGTTAATAGATATATGGATCGACTTCGTATGGATGGTCCATGATAAT
CCTTGGGATATGACATTTTGGAT*CCGCTAACACGGAT*CCATTACAC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1GC50JQ 679 0 0
CGGCTTAGCACCGACTGCTACTGCAGAAAGATTGTTTATCTTCTTGGGGTATTTTACTTA
CCTTTTGGAAGAAACATAACGTCTTTCGCGGTAGCTAAAAGCTAAGCTCAGTCCGTATAT
ATACATATTTTAATCTAAAGTAACACAATGGCAGCTGCTCGTTCACTCTCCGGCGCCGTT
AAATCTCTTTGCTCCACCGCATCCCACAGCTTTTCTGGTTCCATTGTCTTGAGGAGGAGT
TACGTTGCGACAGTACCAGGATTTGGTAAGGGAGGTTCCACAAGAGTTACGGTGGGAAAG
ATGGAACAAAGAGCAAATCAAGAGGCAGAGTCTGCATGGGCCCCGGATCCAGTCACGGGG
TACTACAGACCATCTAACCGTGCTGATGAGATTGATCCAGCGGAACTCCGTGAGATGCTT
TTGAAAAGTAAAGCCAAGCCTTTTTAAGGATTTCAATTGGTTGGGTCCCACTAGACTATG
TTGTAACCTTGTATGGGATTGGGATTACTGATTCCCGTTTGTTATGTTTATCTTAATTAT
CTACTTTTTGGAGATTAAAGTAAAATAAAGATACTATGTATCTCAGTTAATAGATATATG
GATCGACTTCGTATGGATGGTCCATGATAATCCTTGGGATATGACATTTTGGATTCCGCT
AACACGGATTCCATTACAC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL6503Contig1 709 2 3 U
TTTTTGTAACAAAGTCACAAAAATGCACGAGGAATCATTAAATAAAAGTTTTACATATCC
ACAGTAGCACATACATCACACGTACTATATGAACTTTCATAAAATCCCTATCAAACACAA
GAGCGAAGGGAAGAAAAAAAACACAAACCGAATAACCACATTTATTTTGAAGACAGCAAT
ATCATGAAAGAAAATTCAGAGAGGAAAACAAAATATAAAAGTTCTGCAAATATATAATAT
ATAATTCATCTCCTCATGCCGCCCTCCACAACCGGGGCACCCATTGCAACGCCGGCATTG
TGACGTGCAACGTTTCCGTCCCACCCGAGGGGTACATCAAAACCGCGCTTGGTGAGCTCG
CGATAGGCTTGGGTTAATGCACAAAGCTCACAGCAGAAATGTTTGAAATAATCTCCACAG
TCGCCACCCTTAAGGTTGTATTGTCTTCTCATTCTAGCTCGGTATTTGCACGAGATGCAC
GCACTTCCAAAGACCGTGGACCACGATAGCATGTACAACGCACCAGTCGCACAGCATGAA
GAGGAACCTTGGTCTACAATATTTGCGATTCGGCCAACGGTAACGCAAGGACACCAACAT
GTCAAACAACAGCTGGAGCAATCCGAGCAGCAACCGCAGAAACCGGTGGACCATTCACCG
TCAGCTTGAGGTCTGCCTTTAACTTCCGTCACTCTACCCATCGCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EV74TF C 1
AF RR1EV74JQ U 6
BS 1 5 RR1EV74TF
BS 6 666 RR1EV74JQ
BS 667 709 RR1EV74TF

RD RR1EV74TF 709 0 0
TTTTTGTAACAAAGTCACAAAAATGCACGAGGAATCATTAAATAAAAGTTTTACATATCC
ACAGTAGCACATACATCACACGTACTATATGAACTTTCATAAAATCCCTATCAAACACAA
GAGCGAAGGGAAGAAAAAAAACACAAACCGAATAACCACATTTATTTTGAAGACAGCAAT
ATCATGAAAGAAAATTCAGAGAGGAAAACAAAATATAAAAGTTCTGCAAATATATAATAT
ATAATTCATCTCCTCATGCCGCCCTCCACAACCGGGGCACCCATTGCAACGCCGGCATTG
TGACGTGCAACGTTTCCGTCCCACCCGAGGGGTACATCAAAACCGCGCTTGGTGAGCTCG
CGATAGGCTTGGGTTAATGCACAAAGCTCACAGCAGAAATGTTTGAGATAATCTCCACAG
TCGCCACCCTTAAGGTTGTATTGTCTTCTCATTCTAGCTCGGTATTTGCACGAGATGCAC
GCACTTCCAAAGACCGTGGACCACGATAGCATGTACAACGCACCAGTCGCACAGCATGAA
GAGGAACCTTGGTCTACAATATTTGCGATTCGGCCAACGGTAACGCAAGGACACCAACAT
GTCAAACAACAGCTGGAGCAATCCGAGCAGCAACCGCAGAAACCGGTGGACCATTCACCG
TCAGCTTGAGGTCTGCCTTTAACTTCCGTCACTCTACCCATCGCTCTCC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1EV74JQ 661 0 0
GTAACAAAGTCACAAAAATGCACGAGGAATCATTAAATAAAAGTTTTACATATCCACAGT
AGCACATACATCACACGTACTATATGAACTTTCATAAAATCCCTATCAAACACAAGAGCG
AAGGGAAGAAAAAAAACACAAACCGAATAACCACATTTATTTTGAAGACAGCAATATCAT
GAAAGAAAATTCAGAGAGGAAAACAAAATATAAAAGTTCTGCAAATATATAATATATAAT
TCATCTCCTCATGCCGCCCTCCACAACCGGGGCACCCATTGCAACGCCGGCATTGTGACG
TGCAACGTTTCCGTCCCACCCGAGGGGTACATCAAAACCGCGCTTGGTGAGCTCGCGATA
GGCTTGGGTTAATGCACAAAGCTCACAGCAGAAATGTTTGAAATAATCTCCACAGTCGCC
ACCCTTAAGGTTGTATTGTCTTCTCATTCTAGCTCGGTATTTGCACGAGATGCACGCACT
TCCAAAGACCGTGGACCACGATAGCATGTACAACGCACCAGTCGCACAGCATGAAGAGGA
ACCTTGGTCTACAATATTTGCGATTCGGCCAACGGTAACGCAAGGACACCAACATGTCAA
ACAACAGCTGGAGCAATCCGAGCAGCAACCGCAGAAACCGGTGGACCATTCACCGTCAGC
T

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL6504Contig1 855 2 2 U
GCCGAGAACGGAGCTATGGTCCCCGTCCGCGTCCATACTGTTCTGATCTCGACGCAGCAT
GATGAGACCGTGACGAACGAGGAGATCGCGGCTGATCTCAAGGAGCATGTGATCAACCCG
GTGATCCCGGAGAAGTACCTTGACGATAACACTATCTTCCATCTCAACCCTTCTGGTCGT
TTTGTCATCGGTGGTCCTCACGGTGACGCTGGTCTCACGGGACGTAAGATCATTATTGAT
ACTTACGGTGGTTGGGGTGCTCACGGAGGTGGTGCTTTCTCTGGGAAGGACCCGACCAAG
GTGGACAGGAGTGGGGCCTACATTGTGAGGCAGGCTGCTAAGAGTATTGTGGCGAGTGGG
CTCGCGAGGAGGTGCATTGTGCAGGTGTCGTACGCCATTGGTGTCCCTGAGCCTTTGTCT
GTGTTTGTGGACAGCTATGGAACCGGGAAGATTCCAGACAAGAAGATACTGGAGATAGTG
AAGGAGAGTTTTGATTTTAGGCCAGGGATGATATCGATCAACTTGGATTTGAAGAGAGGT
GGTAATGGTAGGTTCTTGAAGACTACTGCTTATGGTCATTTTGGAAGGGACGATGCTGAT
TTCACCTGGGAGGTGGTGAAGCCACTCAAGTCTAACAAGGTCCAAGCTTGAAAACCTGAA
CCAGTCTCAGGTTTAGCTTCTGCTTCACCTATCTCCGGATTATGTCTCCTTCTCTGTACT
TTAGTTTTCTATAATTTAAATTGGGTTTACTATTTTTCTCTGAAGAAAAAAAAAAAATCT
GAGCTATTGGGAATTTATATTATTTATTATTATATGTTATTGTTGTGATAAGAAAAGTTA
TAAATTTATATTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AG30TF U 1
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BS 1 825 RR1AG30TF
BS 826 855 RR1AG30JQ

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DS 

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QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GO41JQ C 1
AF RR1GO41TF U 1
BS 1 666 RR1GO41TF
BS 667 668 RR1GO41JQ

RD RR1GO41JQ 668 0 0
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TTTCGTCC

QA 1 668 1 668
DS 

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GACAGAGAATCAATCCTTTCACTGCTTCGTCCAACAAGTAGAAGAAGAAGAAGATAAAAC
ACACAGACGAATCCAAAACCAACAAAAAAGAGTTTTTTTTTAATTGGAGAATATTACTGG
GATTCCATAGCAGCTGTAATAAGTCCAATAAAATTAGTTGTTTTAAATTGACTTCTTCTT
TTTTGTCATGGGCTTAAAACAATTCAAAAGCCTTTTAACTTTTTATGGCCTTCAGAGCCG
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TTTCGT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AF71JQ C 673
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ACTGTAGACACACGACTTGGATGCTTATCCTTACATCTTGAGACTCCACAATGCTTCTCT
GCTGAGATGTATTCAGCAGACCTCAAAGTTTCCGGGCGACCTGAAGATGATAAGATTAAT
CTAGCCCGTGAAACACTGAAAGGCCTGATGGGTCACTGGCTGGCAAAGAAGAAGCACAAA
CCAAAACCCCAAACTTCTACCTCTGGAGACACTCTATCCGCAAAAGATACCAAAAAGAAT
CTGACTGCGTCCAAAAGTGAAGACATCAGTGCTGCAAATGACCCGGTGTATCCTCCCTTT
GAGTTTCCTTCTGTCTCTCCTCCGTCCATCATCACCGAGGGCTCCCAAGGAGGTCCTTGG
AGGAAGAAGATAACCGAGTTTACCGGAACTGAAGATGATAAAGACTTCCCCTTGTGGTGC
CTGGATGCCGTCTTGAACAATCGCCTTCCACCTAGAGAAAATACAAAATTAAGCTTCTTC
CTGCATCCATGTGAAGGCTCGAATGC

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DS 

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TTACCTCTTGATGGAGGACCACAGCCTCTGTTTGCAGGAAATGGACTGCTACCCTCTGGA
TCAAAGCCTTGGCAGAAACTCAAACCTTCCATTGAGATCTTATGCAATAACCAGGTCTTA
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ATCCTCAACTACAGGGTGGCTATAGCTAGATGAACTTTTTGAGATTTGTCACCGGGCAAG
TTTCTGAGTGTTGTCCAGATTGGAATCTGCTTGGTCTCATTTAAACGCATGGAAGTCTGT
TTATAGCTTTTCAATGTTTGTTCATTCCGAAAGCATTTGGTTTAGTTTACTCAGCTTCAC
GCTGGAGAATAAGTCTGCTCTAAAGAGTTGGGGACTCATGGGAAGTGGGGATGCAGTGCT
AATCGATAAAAGGTCCAAGATCTTTAGATGATGAGATGGTGTCGAAAACTTTTACTAATC
TTTTGTACATTAGGTTTGAGCTTTGGGTTAAAAAGAAAAACCTTTTCTTAATGCTCTGTA
TCTAATCTAAAATAAAATCCAACATTC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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GGTGTCTTCGTCGCTTTCGTCGCCGTCGGCGCCGGTGCTGCTTACTATCTCTCTTCCTCC
AAAAAACGCAGAGGGTGTTTGTATCCAGAGAACTTCAAGGATTTTAAGCTTGTTAAGAAG
CAACAGCTCAGTCACAATGTGGCTAAATTCGCGTTTGAGCTTCCAACTCCTACCTCCCTC
TTGGGTCTTCCCATTGGTCAACACATCAGCTGCAGGGGAAAGGATGCTCAAGGAGAGGAT
GTTATTAAGCCTTACACTCCCACAACCTTAGATTCTGACCTTGGACATTTTGAACTTGTT
ATCAAGATGTATCCGCAAGGAAGGATGTCTCATCATTTCAGGGAGATGCGTGTTGGAGAC
CATCTTGCTGTCAAGGGACCGAAGGGTAGGTTCAAGTATCAGCCAGGTCAGTTTAGGGCA
TTTGGAATGCTTGCTGGAGGTTCAGGCATCACTCCCATGTTCCAAGTGGCAAGAGCAATT
CTAGAAAACCCAACAGACAAGACAAAGGTTCACCTCGTTTACGCCAATGTCACATACGAA
GACATTTTTTTAAAGGAAGAATTGGAGAGTTTTACATCCAATTACCCAGACCAGTTCAAA
ATTTACTATGTTTTGAACCAGCCTCCAGAAACATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATTT
AAGGAAATGATTCAGGCCCACTGCCCTGCACCAGCATTTGATATTCAGATCCTGAGATGT
GGACCACCGCCGATGAACAAGGCCATGGCTGCAAACCTTGAAGCTTTTGGTTACTCTCCA
GAGATGCAGTTCCAGTTTTGATTTAAATTGCTTTTTACACAAAATGGAAAAAAAAACTCG
TTTCTCTGATCAATAATGATAGTTTCGCTGTTTTAATTGAGTGAGAGTTGTTGTTTTTAT
TAGAAGCTTCATAAACCATTGTGTTTGTTTGACGGTTTGTTATCTCGTTGGATTCTTATT
TATTGGTTAAAGATTTGGTT


BQ
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AF RR1FU31JQ C 471
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BS 667 1100 RR1FU31JQ

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GGGACAGACTTTGCACCTCTTTCTTCTTCATTCTCTCTTTCCTTACTTTCATTTGCATCT
TGGTTAAGAGCCATGGTGGATACAGAGTTCCTCCGAACCCTAGATCGTCAGATTCTCTTG
GGTGTCTTCGTCGCTTTCGTCGCCGTCGGCGCCGGTGCTGCTTACTATCTCTCTTCCTCC
AAAAAACGCAGAGGGTGTTTGTATCCAGAGAACTTCAAGGATTTTAAGCTTGTTAAGAAG
CAACAGCTCAGTCACAATGTGGCTAAATTCGCGTTTGAGCTTCCAACTCCTACCTCCCTC
TTGGGTCTTCCCATTGGTCAACACATCAGCTGCAGGGGAAAGGATGCTCAAGGAGAGGAT
GTTATTAAGCCTTACACTCCCACAACCTTAGATTCTGACCTTGGACATTTTGAACTTGTT
ATCAAGATGTATCCGCAAGGAAGGATGTCTCATCATTTCAGGGAGATGCGTGTTGGAGAC
CATCTTGCTGTCAAGGGACCGAAGGGTAGGTTCAAGTATCAGCCAGGTCAGTTTAGGGCA
TTTGGAATGCTTGCTGGAGGTTCAGGCATCACTCCCATGTTCCAAGTGGCAAGAGCAATT
CTAGAAAACCCAACAGACAAGACAAAGGTTCACCTCGTTTACGCCAATGTCACATACGAA
GACATT
CTCTT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1FU31JQ 630 0 0
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GTTTAGGGCATTTGGAATGCTTGCTGGAGGTTCAGGCATCACTCCCATGTTCCAAGTGGC
AAGAGCAATTCTAGAAAACCCAACAGACAAGACAAAGGTTCACCTCGTTTACGCCAATGT
CACATACGAAGACATTTTTTTAAAGGAAGAATTGGAGAGTTTTACATCCAATTACCCAGA
CCAGTTCAAAATTTACTATGTTTTGAACCAGCCTCCAGAAACATGGGATGGTGGTGTTGG
ATTTGTATTTAAGGAAATGATTCAGGCCCACTGCCCTGCACCAGCATTTGATATTCAGAT
CCTGAGATGTGGACCACCGCCGATGAACAAGGCCATGGCTGCAAACCTTGAAGCTTTTGG
TTACTCTCCAGAGATGCAGTTCCAGTTTTGATTTAAATTGCTTTTTACACAAAATGGAAA
AAAAAACTCGTTTCTCTGATCAATAATGATAGTTTCGCTGTTTTAATTGAGTGAGAGTTG
TTGTTTTTATTAGAAGCTTCATAAACCATTGTGTTTGTTTGACGGTTTGTTATCTCGTTG
GATTCTTATTTATTGGTTAAAGATTTGGTT

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL6508Contig1 899 2 10 U
GATTCAGGTCTGGTACTATATTTACGAATTGGTATCAGTTCTGTTCCTCGGATTCATTTT
GTCAAACCCTAATAATTACATGAAAAACAAATATCATCATATTTTTTAAAATATACATCC
CGCGGGAGGTGTAGAGATCAAAGTCTATAATCATTTATTCTAACAACAAGCCAAATAAAT
ATGTTGATTGAAGTGCGAATAAAACAAAACTAGAGAAATACATAGTTTACCAGAGACATT
CTATGTGTCGAATTTATTATAAAGAAATTTTTTATTAAAATAAATAAATTCAATAATTAC
AAACAAATAATATATTTCATAAAAGTAAAAAATAATACCCGCGCTTTCGAAGTACGGGTC
AAAATCTAGTGTCACATTATACATGTACTTGTGCTAAACATGATTTTCTTTCTTTTAGAA
ACTTTTAAAGTCTGTGGAAAAAGAGGAGAAGGTGATAGAGAGTGGCAACTCTTCCCACGA
AAAGAGCCGGAGAAAATATTAGTGCTGCGAGCCACAAACGAATACATAAGAGAGCAGGCC
AATAGAACGTGTTTTCAACATACTGAACATATATACATGTTGCCGCCTCCTTATATTTGG
GATATATTGGTACAAATATGATTGTGTTGTCACACTCTTCCTACGTTATCTACTAAAATA
TCGAAAAAGATACTAACGTAAAAGTTGGAAAGGGATGGAAGGACTTCAGTGTTTTAATTT
TTTCACCTTTCTGGACTATGCAGAGGACCTGAAGCTTGGGCAAGAGCTTTAGAGCAAGAT
TATTGCGGGTTTCGTGAGGGTTTTTAGGAGGGGTAGGGTCCACCAAATAGAGAAAATAGA
GGAAGAAAGTCGCTAATACAGAAACGAGTTCGATTTGTTTTTCAATTTTTAACTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A978TF U 1
AF RR1A978JQ C 106
BS 1 120 RR1A978TF
BS 121 121 RR1A978JQ
BS 122 125 RR1A978TF
BS 126 126 RR1A978JQ
BS 127 762 RR1A978TF
BS 763 763 RR1A978JQ
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BS 778 794 RR1A978TF
BS 795 899 RR1A978JQ

RD RR1A978TF 794 0 0
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GTCAAACCCTAATAATTACATGAAAAACAAATATCATCATATTTTTTAAAATATACATCC
*GCGG*AGGTGTAGAGATCAAAGTCTATAATCATTTATTCTAACAACAAGCCAAATAAAT
ATGTTGATTGAAGTGCGAATAAAACAAAACTAGAGAAATACATAGTTTACCAGAGACATT
CTATGTGTCGAATTTATTATAAAGAAATTTTTTATTAAAATAAATAAATTCAATAATTAC
AAACAAATAATATATTTCATAAAAGTAAAAAATAATACCCGCGCTTTCGAAGTACGGGTC
AAAATCTAGTGTCACATTATACATGTACTTGTGCTAAACATGATTTTCTTTCTTTTAGAA
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AAAGAGCCGGAGAAAATATTAGTGCTGCGAGCCACAAACGAATACATAAGAGAGCAGGCC
AATAGAACGTGTTTTCAACATACTGAACATATATACATGTTGCCGCCTCCTTATATTTGG
GATATATTGGTACAAATATGATTGTGTTGTCACACTCTTCCTACGTTATCTACTAAAATA
TCGAAAAAGATACTAACGTAAAAGTTGGAAAGGGATGGAAGGACTTCAGTGTTTTAATTT
TTTCACCTTTCTGGACTATGCAGAGGACCTGAAGCTTGGGCA*GAGCTTTAGAGCA*GAT
TATTGCGGGTTTCG

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1A978JQ 794 0 0
TTAAAATATACATCCCGCGGGAGGTGTAGAGATCAAAGTCTATAATCATTTATTCTAACA
ACAAGCCAAATAAATATGTTGATTGAAGTGCGAATAAAACAAAACTAGAGAAATACATAG
TTTACCAGAGACATTCTATGTGTCGAATTTATTATAAAGAAATTTTTTATTAAAATAAAT
AAATTCAATAATTACAAACAAATAATATATTTCATAAAAGTAAAAAATAATACCCGCGCT
TTCGAAGTACGGGTCAAAATCTAGTGTCACATTATACATGTACTTGTGCTAAACATGATT
TTCTTTCTTTTAGAAACTTTTAAAGTCTGTGGAAAAAGAGGAGAAGGTGATAGAGAGTGG
CAACTCTTCCCACGAAAAGAGCCGGAGAAAATATTAGTGCTGCGAGCCACAAACGAATAC
ATAAGAGAGCAGGCCAATAGAACGTGTTTTCAACATACTGAACATATATACATGTTGCCG
CCTCCTTATATTTGG*ATATATTGGTACAAATATGATTGTGTTGTCACACTCTTCCTACG
TTATCTACTAAAATATCGAAAAAGATACTAACGTAAAAGTTGGAAAGGGATGGAAGGACT
TCAGTGTTTTAATTTTTTCACCTTTCTGGACTATGCAGAGGACCTGAAGCTTGGGCAAGA
GCTTTAGAGCAAGATTATTGCGGGTTTCGTGAGGGTTTTTAGGAGGGGTAGGGTCCACCA
AATAGAGAAAATAGAGGAAGAAAGTCGCTAATACAGAAACGAGTTCGATTTGTTTTTCAA
TTTTTAACTTTTTT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL6509Contig1 670 2 1 U
GGGTTCGTTCATATATTCCACCATTCTCTAGTTCGTGAGGCTTGAGATTCCATTAGGAGA
TCAAATGGAAATGACAACAGTACCAGGACAGTTGGTGTGGGAGATAGTGAAGAGAAACAA
CTGTTTCTTGGTCAAACAGTTCGGTAGAGGCAATGCCAAGGTTCAGTTCAGCAAGGAGGC
CAACAACCTCTGCAACCTCAACTCCTACAAACACTCTGGTTTGGCGAACAAAAAGACAGT
GACCATTCAAGTAGCTGACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGAA
GCAAAACAAGCCTATGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTACTCAAGAAGGAGTTCCCCAGGAT
GGCCAAAGCTGTTGCCAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATCTGAAGAAGGC
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GAGAAGAAACAGACAGGCCTGAAGAAAAATCGCCATTGAATGAAATATTTTACTTCTTAT
AAAGCTTGTTTTGAGAGCTTCAGACAATGCTTTTGCAGGTTTAATGATTCTCCTGAACAG
CTGAGAGTTTTGTTTGAACGACCTCCTTTGTCATCTTTTTTTCGCAAAATGATATAAAAA
ATTATTTAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FD92JQ C 1
AF RR1FD92TF U 1
BS 1 670 RR1FD92TF

RD RR1FD92JQ 670 0 0
GGGTTCGTTCATATATTCCACCATTCTCTAGTTCGTGAGGCTTGAGATTCCATTAGGAGA
TCAAATGGAAATGACAACAGTACCAGGACAGTTGGTGTGGGAGATAGTGAAGAGAAACAA
CTGTTTCTTGGTCAAACAGTTCGGTAGAGGCAATGCCAAGGTTCAGTTCAGCAAGGAGGC
CAACAACCTCTGCAACCTCAACTCCTACAAACACTTTGGTTTGGCGAACAAAAAGACAGT
GACCATTCAAGTAGCTGACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGAA
GCAAAACAAGCCTATGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTACTCAAGAAGGAGTTCCCCAGGAT
GGCCAAAGCTGTTGCCAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATCTGAAGAAGGC
AGCACTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAAGGTCTTAGAGTCGCCAAGTCTGGTCCCAA
GAGAAGAAACAGACAGGCCTGAAGAAAAATCGCCATTGAATGAAATATTTTACTTCTTAT
AAAGCTTGTTTTGAGAGCTTCAGACAATGCTTTTGCAGGTTTAATGATTCTCCTGAACAG
CTGAGAGTTTTGTTTGAACGACCTCCTTTGTCATCTTTTTTTCGCAAAATGATATAAAAA
ATTATTTAGC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1FD92TF 670 0 0
GGGTTCGTTCATATATTCCACCATTCTCTAGTTCGTGAGGCTTGAGATTCCATTAGGAGA
TCAAATGGAAATGACAACAGTACCAGGACAGTTGGTGTGGGAGATAGTGAAGAGAAACAA
CTGTTTCTTGGTCAAACAGTTCGGTAGAGGCAATGCCAAGGTTCAGTTCAGCAAGGAGGC
CAACAACCTCTGCAACCTCAACTCCTACAAACACTCTGGTTTGGCGAACAAAAAGACAGT
GACCATTCAAGTAGCTGACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGAA
GCAAAACAAGCCTATGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTACTCAAGAAGGAGTTCCCCAGGAT
GGCCAAAGCTGTTGCCAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATCTGAAGAAGGC
AGCACTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAAGGTCTTAGAGTCGCCAAGTCTGGTCCCAA
GAGAAGAAACAGACAGGCCTGAAGAAAAATCGCCATTGAATGAAATATTTTACTTCTTAT
AAAGCTTGTTTTGAGAGCTTCAGACAATGCTTTTGCAGGTTTAATGATTCTCCTGAACAG
CTGAGAGTTTTGTTTGAACGACCTCCTTTGTCATCTTTTTTTCGCAAAATGATATAAAAA
ATTATTTAGC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL6510Contig1 671 2 2 U
GCCTCACTATCACCTTCTGCTACTCCGTAATCGCTCCTCTTATCCTCGTATTCGGCGTTA
TCTACTTCGGTCTAGGCTGGCTCATCCTTAGAAACCAGGCTTTGAAAGTGTACGTTCCAG
CATACGAGAGCTACGGGAGGATGTGGCCGCATATTCACACCCGCATTCTAGCGGCATTGT
TTCTGTTCCAACTGGTTATGTTTGGTTACTTGGGAGTCAAGCTATTCGTTTGGGCGACTC
TCTTGGTTCCTCTCATCTTCATCTCTCTCGTATTCGGTTACGTGTGCCGCCAGAAATTCT
ACAAAGGGTTCGAACACACGGCTCTGGAGGTGGCTTGCCGTGAGCTGAAGACGAGACCGG
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ATCACAAGTTTAAAGGCGCCATGTCTCGTTATCAAGACTATGCTGCGATATCAGCCGCTT
AAACATTTGAATCCTTATTATTATCTCACAGATTTGTTTTTTTTCTTTTAGAAGCTTTTA
TTGTTGTTGTGTGTGATTTTAGGGTTTGTTTAGGGTTTTTTCGTTTGTATGTGTTCTTTG
GTTGTTGTATAACTTGTAACCCATGCAAGCTACGCTTTAATTATCAACTTCGTCAGTCTT
CGTTCAGAAAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1ES04JQ C 1
AF RR1ES04TF U 1
BS 1 667 RR1ES04TF
BS 668 671 RR1ES04JQ

RD RR1ES04JQ 671 0 0
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TCTTGGTTCCTCTCATCTTCATCTCTCTCGTATTCGGTTACGTGTGCCGCCAGAAATTCT
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TTGTTGTTGTGTGTGATTTTAGGGTTTGTTTAGGGTTTTTTCGTTTGTATGTGTTCTTTG
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CGTTCAGAAAA

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DS 

RD RR1ES04TF 667 0 0
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TCTACTTCGGTCTAGGCTGGCTCATCCTTAGAAACCAGGCTTTGAAAGTGTACGTTCCAG
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TTCTGTTCCAACTGGTTATGTTTGGTTACTTGGGAGTCAAGCTATTCGTTTGGGCGACTC
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AAACATTTGAATCCTTATTATTATCTCACAGATTTGTTTTTTTTCTTTTAGAAGCTTTTA
TTGTTGTTGTGTGTGATTTTAGGGTTTGTTTAGGGTTTTTTCGTTTGTATGTGTTCTTTG
GTTGTTGTATAACTTGTAACCCATGCAAGCTACGCTTTAATTATCAACTTCGTCAGTCTT
CGTTCAG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

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CATAGCTATATATTCATCAGACCTCAAGCGAGCCAAAGACACTGCTCTCAAGATCGCGGA
AACATGTTTTTGTTCCAAGGTGACTGAAGTACCTGAATTAAAAGAGAGGCATGTGGGTAG
TCTTCAAGGGCTATATTGGAAAGAAGGAGCAGAGAAAGAACCTGAAGCTTACTCTGCTTT
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TGATGGAGATGCCAAGCCCTAGAGAATAATTACCCATTCTGTGGATCTCCTTCATAAATA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BO16TF U 1
AF RR1BO16JQ C 136
BS 1 805 RR1BO16TF
BS 806 983 RR1BO16JQ

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QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1BO16JQ 848 0 0
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CAAGGTGACTGAAGTACCTGAATTAAAAGAGAGGCATGTGGGTAGTCTTCAAGGGCTATA
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GCCCTAGAGAATAATTACCCATTCTGTGGATCTCCTTCATAAATAATATTATGCGTACTT
ATTTGATGTTTCTTTCTGTGTGTGTGTTTTAAGATAAGAAGTGTTTCCATTTGCGAGATC
GATGCTCTTGTGGAACGGTTTTCTATCTTGTATTTTGCATTAAGCGATTAATAAGAAGCT
CTTTATTT

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 2

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CGGTTCTCTCTTGTTATTCGTTCTCTGCTCACGCAGGAGGGTATATGTTTCACACTGAAG
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AGCCCTGCTCTAAAAGCTAAGCGTGTGGAGAGTAAGCTTGACTTGACAGATACCATCGAG
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CTAAATACAGCATACACGTAAAGTATATAGAAGAAGCACAACACACATACTTCACTTGTT
GCTCCTTTTTGGTCGTTGACGTTGTCTAATGCAATACATACATTAACTAACATTAATC


BQ
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AF RR1FO31TF U 1
AF RR1FO31JQ C 381
BS 1 657 RR1FO31TF
BS 658 838 RR1FO31JQ

RD RR1FO31TF 657 0 0
AGGGGTGTTACAGGCCAGTTCAACAAGCTTGTGTACGACTTCCCCATCCGTATCCCGGAG
CGGTTCTCTCTTGTTATTCGTTCTCTGCTCACGCAGGAGGGTATATGTTTCACACTGAAG
CCTGATTTTAAATTTCTTGAGGTTGCGTATCCATATGTAGCAAAGCGCCTCCTAACGGAT
CCAAATCCTGCACTTCGGGAACGCTTGATACAGGTTTTATTCAAAGATGGTAATTTCCAA
TGGAAAAGGCTGGAAAACCTAATATCTCTTGCAAAGGAAAACGTCGGCCAAATGAGTAGT
AGCCCTGCTCTAAAAGCTAAGCGTGTGGAGAGTAAGCTTGACTTGACAGATACCATCGAG
GATGGAGCTCGTCTTTTCCTCCTTGATGAAGGCATCCGCAGGAAACTTATTCTTGCACTC
ACAGAAGACTCAAAGCTTCATGTAGAAGAGCTTGTGGACGTATACAAATTGGTTGAAGAA
GAAGTAGACATTCCCGCACTGGCCATGCAAGTCGTGCAAGATTTACCGAATGTTTTTCGG
GATTTTGTGCTGTCATGGAGCAACTCGGTGTTATCCGACAGATGATATGATGAATCGGCT
TCTCCACCTTTGTAGGGGGGACTTATGAAGAGGAAAGAGGTAGTTTTATCAGGGAGG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1FO31JQ 458 0 0
CCTTGATGAAGGCATCCGCAGGAAACTTATTCTTGCACTCACAGAAGACTCAAAGCTTCA
TGTAGAAGAGCTTGTGGACGTATACAAATTGGTTGAAGAAGAAGTAGACATTCCCGCACT
GGCCATGCAAGTCGTGCAAGATTTACCGAATGTTTTTCGGGATTTTGTGCTGTCATGGAG
CAACTCGGTGTTATCCGACAGATGATATGATGAATCGGCTTCTCCACCTTTGTAGGGGGG
ACTTATGAAGAGGAAAGAGGTAGTTTTATCAGGGAGGAAAGGAAAGCGTAGATTAATACA
GTTTTAATCTTCGGTGCATTATACATGTTACAAAAGTAATCTAAATACAGCATACACGTA
AAGTATATAGAAGAAGCACAACACACATACTTCACTTGTTGCTCCTTTTTGGTCGTTGAC
GTTGTCTAATGCAATACATACATTAACTAACATTAATC

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 2

CO CL6513Contig1 958 2 2 U
GCGACATCCAAGTGTTGGCTAGCCTCCGTGCTGCCTCTAGGCGCCGGACGACTAGCGCAC
CCGTACTGCGCTGGTTATCGGGCGACACAACATTCGTCAAGCACGGCAAATCCTCGCAAA
ACTATTCCGACGATAGTCCAATCCAATACTTTGCACCTTTCGTAAAATAATCCTAGACAA
TACTTCACGAGACAGCTTCTGCGCGACTAAACTCGACAACATTTTACGAAACAGTTTCTG
TAAAATTAACTCGACAACATTTTGTTGAAAAACTCTCGTAAAGTAAAAGCTCGGCAATAT
TTTACGAAATATCATTCGTAAAGAAAAACAATATCATAAGCTTCTTGACCTGACCAGTTC
ACTCATAGCTTGACGAAATATCAAGCCTCACTCAGGTGACGTCTTGCCAATCATTTTCGC
TTGTCCGCCCACCTTAGCCTTCTTCGAGTTTCGCCTACTTCTCCTCCCTTTGCTTCAACG
ATTCTGCACTATTCCTTCGGGTACATGGTCGATTTAACCAGCAGTACGAGGAAACGAGGA
TATGAACTTAGGCGAAGACCTTTGACAATAAAACGTTAGAAGATAAAGAGGAACGGACAT
GAGGCAATCTCGAGTAACCAATGAGACTAAGGTACGTCCGACTTAGGAAATTTTATCATA
GGAAAGGAATGGGAACGTCTTGTAAACTGCCGAAAAATTTAGGGAACTTAGAACCTAGGT
GGAAAGTCTAGCAAGCTAAGTCTTAGGCATTTTCTTCCAGTTTTGTTCTATTGTTTCTTG
ACTGCCTAGGCAGAACACGCAAACCGATCTAATCTCTCGAAAATCCGAGAAACGATCGCC
GCGCATTCTTGGCATACTCATTCCGCTTCCGTGAGACTAATGGCTCGACGGTGAGCTACA
AAATTAACGAAATAACCTTCGGTAAAACTTCATGAGTAACCCGAAGCAACTTTCGCCG


BQ
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AF RR1DB65TF U 1
AF RR1DB65JQ C 285
BS 1 591 RR1DB65TF
BS 592 958 RR1DB65JQ

RD RR1DB65TF 591 0 0
GCGACATCCAAGTGTTGGCTAGCCTCCGTGCTGCCTCTAGGCGCCGGACGACTAGCGCAC
CCGTACTGCGCTGGTTATCGGGCGACACAACATTCGTCAAGCACGGCAAATCCTCGCAAA
ACTATTCCGACGATAGTCCAATCCAATACTTTGCACCTTTCGTAAAATAATCCTAGACAA
TACTTCACGAGACAGCTTCTGCGCGACTAAACTCGACAACATTTTACGAAACAGTTTCTG
TAAAATTAACTCGACAACATTTTGTTGAAAAACTCTCGTAAAGTAAAAGCTCGGCAATAT
TTTACGAAATATCATTCGTAAAGAAAAACAATATCATAAGCTTCTTGACCTGACCAGTTC
ACTCATAGCTTGACGAAATATCAAGCCTCACTCAGGTGACGTCTTGCCAATCATTTTCGC
TTGTCCGCCCACCTTAGCCTTCTTCGAGTTTCGCCTACTTCTCCTCCCTTTGCTTCAACG
ATTCTGCACTATTCCTTCGGGTACATGGTCGATTTAACCAGCAGTACGAGGAAACGAGGA
TATGAACTTAGGCGAAGACCTTTGACAATAAAACGTTAGAAGATAAAGAGG

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1DB65JQ 674 0 0
AAAAGCTCGGCAATATTTTACGAAATATCATTCGTAAAGAAAAACAATATCATAAGCTTC
TTGACCTGACCAGTTCACTCATAGCTTGACGAAATATCAAGCCTCACTCAGGTGACGTCT
TGCCAATCATTTTCGCTTGTCCGCCCACCTTAGCCTTCTTCGAGTTTCGCCTACTTCTCC
TCCCTTTGCTTCAACGATTCTGCACTATTCCTTCGGGTACATGGTCGATTTAACCAGCAG
TACGAGGAAACGAGGATATGAACTTAGGCGAAGACCTTTGACAATAAAACGTTAGAAGAT
AAAGAGGAACGGACATGAGGCAATCTCGAGTAACCAATGAGACTAAGGTACGTCCGACTT
AGGAAATTTTATCATAGGAAAGGAATGGGAACGTCTTGTAAACTGCCGAAAAATTTAGGG
AACTTAGAACCTAGGTGGAAAGTCTAGCAAGCTAAGTCTTAGGCATTTTCTTCCAGTTTT
GTTCTATTGTTTCTTGACTGCCTAGGCAGAACACGCAAACCGATCTAATCTCTCGAAAAT
CCGAGAAACGATCGCCGCGCATTCTTGGCATACTCATTCCGCTTCCGTGAGACTAATGGC
TCGACGGTGAGCTACAAAATTAACGAAATAACCTTCGGTAAAACTTCATGAGTAACCCGA
AGCAACTTTCGCCG

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL6514Contig1 815 2 1 U
GGAGTGTCTATCATTCCAAGCAGTGTCTCTGTCTCCTTCTTCAGTTTCCTTCATGTTTCA
TCTTTAGCTTAAACAGAAACATAACACATATACAAACTGTTTGTCATATATTTAGTTTTA
GTGGTGGTGTTTTTGATCGAACATGGCTGTTGTTGTATCAAGCGGGAATGCTCCGGCTTT
CAAAGCCAAGATGACTGTCTATGTCTTTGTGTGCGTCGTAATAGCCGCTTTCGGCGGTTT
GATCTTCGGTTACGACATTGGAATATCCGGTGGAGTTACGGCGATGGACGATTTCTTGAA
GAAGTTTTTCCCCACGGTGTGGGAGAAGAAGCAGCACGTTCATGAGAACAATTACTGTAA
GTATGATAACCAGTTCTTGCAGCTATTCACATCGTCTCTTTACCTAGCCGCCCTCGTGGC
CAGCTTCTTGGCTTCAGCCGTATGTTCCAAACTTGGAAGGAAACCCACTATGCAGTTTGC
TTCTGTCTTCTTCTTGATCGGTGTCGGGCTAACCGCCGGAGCCGTTAACATCTTTATGTT
GATCATTGGAAGAATCTTGCTTGGCTTCGGTGTAGGCTTTGGCAATCAGGCAGTGCCGCC
TTTCTTGTCGGAGATTGCTCCGGCTCAACTCAGGGGAGGTCTCAACATTGTATTCCAACT
CATGGTCACTATTGGAATCTTTATTGCCAACCTTGTCAATTACTTCACTGCCACGGTCAC
CCTAACGGATGGCGTATTGCTCTCGTGGAGCTGCAGTACAGCCATTATCCTCCTCTTCGG
TCATTTATCATCTGCGAGACTCCCACGAGCTCATC


BQ
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AF RR1DY28TF U 1
AF RR1CV74TF U 1
BS 1 815 RR1CV74TF

RD RR1DY28TF 571 0 0
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TCTTTAGTTTAAACAGAAACATAACACATATACAAACTGTTTGTCATATATTTAGTTTTA
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GTATGATAACCAGTTCTTGCAGCTATTCACATCGTCTCTTTACCTAGCCGCCCTCGTGGC
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TTCTGTCTTCTTCTTGATCGGTGTCGGGCTAACCGCCGGAGCCGTTAACATCTTTATGTT
GATCATTGGAAGAATCTTGCTTGGCTTCGGT

QA 1 571 1 571
DS 

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TCTTTAGCTTAAACAGAAACATAACACATATACAAACTGTTTGTCATATATTTAGTTTTA
GTGGTGGTGTTTTTGATCGAACATGGCTGTTGTTGTATCAAGCGGGAATGCTCCGGCTTT
CAAAGCCAAGATGACTGTCTATGTCTTTGTGTGCGTCGTAATAGCCGCTTTCGGCGGTTT
GATCTTCGGTTACGACATTGGAATATCCGGTGGAGTTACGGCGATGGACGATTTCTTGAA
GAAGTTTTTCCCCACGGTGTGGGAGAAGAAGCAGCACGTTCATGAGAACAATTACTGTAA
GTATGATAACCAGTTCTTGCAGCTATTCACATCGTCTCTTTACCTAGCCGCCCTCGTGGC
CAGCTTCTTGGCTTCAGCCGTATGTTCCAAACTTGGAAGGAAACCCACTATGCAGTTTGC
TTCTGTCTTCTTCTTGATCGGTGTCGGGCTAACCGCCGGAGCCGTTAACATCTTTATGTT
GATCATTGGAAGAATCTTGCTTGGCTTCGGTGTAGGCTTTGGCAATCAGGCAGTGCCGCC
TTTCTTGTCGGAGATTGCTCCGGCTCAACTCAGGGGAGGTCTCAACATTGTATTCCAACT
CATGGTCACTATTGGAATCTTTATTGCCAACCTTGTCAATTACTTCACTGCCACGGTCAC
CCTAACGGATGGCGTATTGCTCTCGTGGAGCTGCAGTACAGCCATTATCCTCCTCTTCGG
TCATTTATCATCTGCGAGACTCCCACGAGCTCATC

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL6515Contig1 955 2 2 U
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GAAAAAGAGTCGTATCAAACCGCCGTCGCCGCTTCACCGTTCGAATCTCGTCGAATCTCA
AAATGGCTCATTTCGCGCAAAGCCGAAACGTGATCCGGCATGTAGTTTCCAGAGGCACAG
CTCTCCACAAAACCGAGAACGCGATCCATCATCCTCTCCTTTTCGCCTGTCAAGGAGTTC
GATACAGAAAACTGGAAGTCATCCTCACCACGGGGATAGAGAAGCTTGGGAAAGCAGGTG
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AAGAAGAGATTGTCTCTGAGGTGGCGAGGCAGCTCTGTGTAAAGATTGATCCGGACAATG
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AGACCATTCCAATGCCACCAGGAACTGTTCAATGGATTCTCAAAGTCAAAGTCCGTGGCC
ATTAAAATCTCCTTCCTTCTTATATTTTTGTTCTACTTCAATCTGGTGGTTCATGTAGCC
TTGAAATTGCAGATCAGCTGCATTTGTCTTTTTATATGTAAACCGGTTTTAGTTTAAACC
ATGATTCGAATTTTGTATGTCCAACTACAAGGAAATTAATAAGTTTTTTTTGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AF82TF U 1
AF RR1AF82JQ C 166
BS 1 835 RR1AF82TF
BS 836 955 RR1AF82JQ

RD RR1AF82TF 835 0 0
GGGACGCCCCATTGCTAAAACCTCGCCTGCGGGGAGGTATCCTCCTTTCTTCTAGTTCGT
GAAAAAGAGTCGTATCAAACCGCCGTCGCCGCTTCACCGTTCGAATCTCGTCGAATCTCA
AAATGGCTCATTTCGCGCAAAGCCGAAACGTGATCCGGCATGTAGTTTCCAGAGGCACAG
CTCTCCACAAAACCGAGAACGCGATCCATCATCCTCTCCTTTTCGCCTGTCAAGGAGTTC
GATACAGAAAACTGGAAGTCATCCTCACCACGGGGATAGAGAAGCTTGGGAAAGCAGGTG
AGACGGTGAAGGTAGCTCCTGGTTACTTCAGGAATCACCTTATGCCTAAACTCCTTGCTG
TCCCCAACATTGACAAGTATGCTCATCTCATCCGTGAGCAACGCAAGATGCGTAACTATG
AAGAAAAGGAAGAGGTTAAGGTGGTTCATAAGTCTTCTGAAGTCCAGACTAAAGAGTTTG
AAAAGGCAGCTAAGCGCCTTGCTAATGCCAACTTGGTACTGAGGAAGTTAATTGACAAGG
AGAAGTTCAAAAACCGCTCCTCAAAAGAGGACAAACCGGATGTACAAACACCTGTGACAA
AAGAAGAGATTGTCTCTGAGGTGGCGAGGCAGCTCTGTGTAAAGATTGATCCGGACAATG
TGGTTCTCACGGAGCCGTTGGCAACTTTTGGCGAGTATGAGGTTCCTTTGAAGTTCCCAA
AGACCATTCCAATGCCACCAGGAACTGTTCAATGGATTCTCAAAGTCAAAGTCCGTGGCC
ATTAAAATCTCCTTCCTTCTTATATTTTTGTTCTACTTCAATCTGGTGGTTCATG

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR1AF82JQ 790 0 0
TTTCCAGAGGCACAGCTCTCCACAAAACCGAGAACGCGATCCATCATCCTCTCCTTTTCG
CCTGTCAAGGAGTTCGATACAGAAAACTGGAAGTCATCCTCACCACGGGGATAGAGAAGC
TTGGGAAAGCAGGTGAGACGGTGAAGGTAGCTCCTGGTTACTTCAGGAATCACCTTATGC
CTAAACTCCTTGCTGTCCCCAACATTGACAAGTATGCTCATCTCATCCGTGAGCAACGCA
AGATGCGTAACTATGAAGAAAAGGAAGAGGTTAAGGTGGTTCATAAGTCTTCTGAAGTCC
AGACTAAAGAGTTTGAAAAGGCAGCTAAGCGCCTTGCTAATGCCAACTTGGTACTGAGGA
AGTTAATTGACAAGGAGAAGTTCAAAAACCGCTCCTCAAAAGAGGACAAACCGGATGTAC
AAACACCTGTGACAAAAGAAGAGATTGTCTCTGAGGTGGCGAGGCAGCTCTGTGTAAAGA
TTGATCCGGACAATGTGGTTCTCACGGAGCCGTTGGCAACTTTTGGCGAGTATGAGGTTC
CTTTGAAGTTCCCAAAGACCATTCCAATGCCACCAGGAACTGTTCAATGGATTCTCAAAG
TCAAAGTCCGTGGCCATTAAAATCTCCTTCCTTCTTATATTTTTGTTCTACTTCAATCTG
GTGGTTCATGTAGCCTTGAAATTGCAGATCAGCTGCATTTGTCTTTTTATATGTAAACCG
GTTTTAGTTTAAACCATGATTCGAATTTTGTATGTCCAACTACAAGGAAATTAATAAGTT
TTTTTTGGGT

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL6516Contig1 867 2 4 U
GAGCTTCTGATACAACGAGAGATGAAGATCTCGCCTTTTGTCTCATGCTGCTCTCAAGAG
ACAAATGGAAGAACAAAACCAGTAGTGAGGAAGCAGTTGAAGCATCAGAAGGTCACAACA
AATGGAGCAAGAAAGGAAGATTTACGTGCGAGACTTGTGGGAAAGTGTTTAAATCCTATC
AGGCATTAGGTGGGCACAGAGCAAGCCACAAGAGGAACAGAGTTTCGAACAAAACAGAGC
AAAGAAGCGAAACAGAGTTTGAGAACGTGGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGCAGAGAAGA
GGATCCATGAATGTCCGATGTGTCTTAGAGTCTTTGCATCGGGACAAGCACTTGGAGGTC
ACAAGAGATCTCATGGAATTGGGAACTTGTCTGTAGATCATCATCAAGTACGAGTGGAGT
CAGTGAAACAGAAGAGGATGATAGATCTTAATCTTCCTGCACCAACCCATGAAGAAGAAG
TCTCTGTTGTGTTTCAGTAAATGCTGAATAAAGGTAAACAGGCTTTGCGTGATTCGGGAC
GTCCAAATTTTCGTAAAGTTTGAATCTTTTAAAAAAAAAACTATTATAATATTTTGGGGG
TCGAAGTTGAACTAGAAAAAATGTTTATTCAAAATGCAAAGGAAGCCACTTTTACATGTT
CTAACGCCAATTCTTTTTTTTTTCGTATTGGCCTCACGTCGTGTTGCCTAGCCATATCAA
TCAAAGAACATTCAAATAAGCGTCTACTTGCTTTATAAACTTTTCATGTATATGTTTATG
TTGTATTATATAACTTCGGGCGAGTTCTTACTACTACTCTGTTATTGAAAACTACTAATA
ATACTAATAATAGAGTTATACTTTTAT


BQ
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AF RR1CM34TF U 1
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BS 1 682 RR1CM34TF
BS 683 683 RR1CM34JQ
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BS 762 867 RR1CM34JQ

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ACAAATGGAAGAACAAAACCAGTAGTGAGGAAGCAGTTGAAGCATCAGAAGGTCACAACA
AATGGAGCAAGAAAGGAAGATTTACGTGCGAGACTTGTGGGAAAGTGTTTAAATCCTATC
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GTCCAAATTTTCGTAAAGTTTGAATCTTTTAAAAAAAAAACTATTATAATATTTTGGGGG
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CTAACGCCAATTCTTTTTTTTT*CGTATTGGCCTCACGTCGTGTTGCCTAGCCATATCAA
TCAAAGAACATTCAAATAAGCGTCTACTTGCTTTATAAACT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1CM34JQ 770 0 0
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CAGAGTTTCGAACAAAACAGAGCAAAGAAGCGAAACAGAGTTTGAGAACGTGGTTGTTGT
TGTTGCTGCTGCTGCAGAGAAGAGGATCCATGAATGTCCGATGTGTCTTAGAGTCTTTGC
ATCGGGACAAGCACTTGGAGGTCACAAGAGATCTCATGGAATTGGGAACTTGTCTGTAGA
TCATCATCAAGTACGAGTGGAGTCAGTGAAACAGAAGAGGATGATAGATCTTAATCTTCC
TGCACCAACCCATGAAGAAGAAGTCTCTGTTGTGTTTCAGTAAATGCTGAATAAAGGTAA
ACAGGCTTTGCGTGATTCGGGACGTCCAAATTTTCGTAAAGTTTGAATCTTTTAAAAAAA
AAACTATTATAATATTTTGGGG*TCGAAGTTGAACTAGAAAAAATGTTTATTCAAAATGC
AAAGGAAGCCACTTTTACATGTTCTAACGCCAATTCTTTTTTTTTTCGTATTGGCCTCAC
GTCGTGTTGCCTAGCCATATCAATCAAAGAACATTCAAATAAGCGTCTACTTGCTTTATA
AACTTTTCATGTATATGTTTATGTTGTATTATATAACTTCGGGCGAGTTCTTACTACTAC
TCTGTTATTGAAAACTACTAATAATACTAATAATAGAGTTATACTTTTAT

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

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GGGGGCGATCTCTTCGCTCTGAAATTTCAACCCTCCTTTTGCTGTTCATCCCCTAGATTT
TCGCCGTCGTGTTACACAAGTATCTCTCATCTTTCTTCTTCCGTCTAAAAATCGAGTTAC
GTCTCTCCACAACTTCTCCCACTGATCGCTTTTGTCTTAAAATCTTTTCCTCTATTGTTA
CCATTGGAGAGCATTGTTGTTGACGAGTCATAAAAGCTAAAAGAAATGCGCGCACCATCT
CTGTTTGCGCAATGCTTGCCCGGTTTGCTACCTCAGGATCGTGGTGGCGGTGTGTCTGCA
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CACGAAGGTTCTATGAAAAGTTGGGAAAGTGCTATTGTTCTTGTTGATGTCCTTAAAAAC
GAGATCCGCGATGGACAGCTTAGCTTCAGAGGCAAAAGGGTCCTTGAGCTAAGTTGCAAC
TATGGAGTTCCTGGGATATTTGCCTGCTTGAAAGGTGCTTCATCAGTCCACTTTCAAGAC
CTCAACGCAGAAACAATAAGATGCACAACCATCCCAAACGTTCTTGCAAACCTCGACCAA
GCTCGCGACAGGCAAAGCCGTCAGCCAGAAAGCCCGCTCACACCGTCAAGACAAGCCGTC
TCTGCATCCGTCCGTTTTTACGCAGGAGAATGGGAAGAGCTCCCGACCGTTTTATCCGTC
ATAAGAACCGATGTTTTCGAACCAGCTGCTGCTGCCAACCAGGCGATGAGCTTGAGTTTC
TCAGAGGAAGATTTCAATGACGGATGTAGCAGCCAAGACGGGAGTGTTACAGGACAGCAA
GACTTCTTCTCTAGGCGGTCGAGGAAGCTCTCGGGGAGCAGGGCGTGGGAAAGAGCTAAT
GGGAGTGATCAAGGAGGAGGTGGAGAGTGTGGGTACGATGTTATACTAATGACTGAGATT
CCTTACTCGGTTACTTCTCTCAAGAAACTATATTCTCTCATCAAGAAGTGCCTGAGACCG
CCTTACGGTGTTGTGTATCTGGCGGCAAAGAAGCAGTATGTGGGATTCAGTAATGGAGCG
AGACATCTGAGGAACTTGGTGGATGAGGAAACGATCTTAGGAGCTCATTTGATTAAGGAA
ACTACTGACAGAGACGTTTGGAAGTTCTTCCTCAAGTAACACTCACGAAGCAACCATCAG
TTTGATTAAGAATTG


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN82TF U 1
AF RR1GN82JQ C 563
BS 1 709 RR1GN82TF
BS 710 710 RR1GN82JQ
BS 711 727 RR1GN82TF
BS 728 1335 RR1GN82JQ

RD RR1GN82TF 727 0 0
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TCGCCGTCGTGTTACACAAGTATCTCTCATCTTTCTTCTTCCGTCTAAAAATCGAGTTAC
GTCTCTCCACAACTTCTCCCACTGATCGCTTTTGTCTTAAAATCTTTTCCTCTATTGTTA
CCATTGGAGAGCATTGTTGTTGACGAGTCATAAAAGCTAAAAGAAATGCGCGCACCATCT
CTGTTTGCGCAATGCTTGCCCGGTTTGCTACCTCAGGATCGTGGTGGCGGTGTGTCTGCA
CTGTCTGACAAGGATTTTCAGCTTCCAACACCAGCTGTTGAGATCATACCTTCTAAGACA
TCAGCTCATCAGAGGTATTCAGGGGAGAATCTAGATGTGCTTGGTTTACCAGTTTTTAAG
GGAAAAGTAAGTGTTGCTGATATCATTGGTCTCTCTGGTTCAGAAACTGCTCCTTCTAAA
CACGAAGGTTCTATGAAAAGTTGGGAAAGTGCTATTGTTCTTGTTGATGTCCTTAAAAAC
GAGATCCGCGATGGACAGCTTAGCTTCAGAGGCAAAAGGGTCCTTGAGCTAAGTTGCAAC
TATGGAGTTCCTGGGATATTTGCCTGCTTGAAAGGTGCTTCATCAGTCCACTTTCAAGAC
CTCAACGCAGAAACAATAAGATGCACAACCATCCCAAACGTTCTTGCAA*CCTCGACCAA
GCTCGCG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1GN82JQ 773 0 0
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CCTGCTTGAAAGGTGCTTCATCAGTCCACTTTCAAGACCTCAACGCAGAAACAATAAGAT
GCACAACCATCCCAAACGTTCTTGCAAACCTCGACCAAGCTCGCGACAGGCAAAGCCGTC
AGCCAGAAAGCCCGCTCACACCGTCAAGACAAGCCGTCTCTGCATCCGTCCGTTTTTACG
CAGGAGAATGGGAAGAGCTCCCGACCGTTTTATCCGTCATAAGAACCGATGTTTTCGAAC
CAGCTGCTGCTGCCAACCAGGCGATGAGCTTGAGTTTCTCAGAGGAAGATTTCAATGACG
GATGTAGCAGCCAAGACGGGAGTGTTACAGGACAGCAAGACTTCTTCTCTAGGCGGTCGA
GGAAGCTCTCGGGGAGCAGGGCGTGGGAAAGAGCTAATGGGAGTGATCAAGGAGGAGGTG
GAGAGTGTGGGTACGATGTTATACTAATGACTGAGATTCCTTACTCGGTTACTTCTCTCA
AGAAACTATATTCTCTCATCAAGAAGTGCCTGAGACCGCCTTACGGTGTTGTGTATCTGG
CGGCAAAGAAGCAGTATGTGGGATTCAGTAATGGAGCGAGACATCTGAGGAACTTGGTGG
ATGAGGAAACGATCTTAGGAGCTCATTTGATTAAGGAAACTACTGACAGAGACGTTTGGA
AGTTCTTCCTCAAGTAACACTCACGAAGCAACCATCAGTTTGATTAAGAATTG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL6518Contig1 680 2 2 U
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TCTCATCATACTCCGTGAACTCCTCTCCGCTCGACAAATCAATCTCATCAAACTCAGTTC
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GACAGTCAAAGACCATAAGAGGAGCATGTTCTCCAGCCTCGGAATCTTCAAGAGTTAAAG
GTCGACCTTTCCCCGGGATCATTGTCACATTCCCTTCCCTTCCACAGAACTTACACTTCT
GAACAAGATGACAAGAACCCCTGCCACCAGGAGGAGTAAAAGTCTCAATCAAAGTCACAC
ATGTTTCCTTCTGAGTCACCTCTCCGCATCTTTCACATTTCAACTTGAAGAGGTAAGGGA
AGTTGGGATCGTCGCAGCCACCGGAAGGCTGGAGATTAGTGAGATTCTCGAGATCTGCCG
TTATTTTAAGCACATAGTTCACCATCTCTCCTTCTCAAAGACGATTCTCCTTCTTCTTCT
GCTTCTTCTGATCGTGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BR85TF C 1
AF RR1BR85JQ U 12
BS 1 11 RR1BR85TF
BS 12 680 RR1BR85JQ

RD RR1BR85TF 680 0 0
TTTTTTTGTTTCAGAACATAGCAACTTTATTAGAACTTGAGTAACAATCTTCTCATAGTT
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TTTACTTGGTGACGGTGAAACTTGCACGGAAGTTTGATATCATAACCGGGCACTCGCCCT
TCTCATCATACTCCGTGAACTCCTCTCCGCTCGACAAATCAATCTCATCAAACTCAGTTC
CAGATTCAGCTTGAGCTTTCCAAAATCCGCCAAACCCGAAATCGATGGGCTCATATCCTC
GACAGTCAAAGACCATAAGAGGAGCATGTTCTCCAGCCTCGGAATCTTCAAGAGTTAAAG
GTCGACCTTTCCCCGGGATCATTGTCACATTCCCTTCCCTTCCACAGAACTTACACTTCT
GAACAAGATGACAAGAACCCCTGCCACCAGGAGGAGTAAAAGTCTCAATCAAAGTCACAC
ATGTTTCCTTCTGAGTCACCTCTCCGCATCTTTCACATTTCAACTTGAAGAGGTAAGGGA
AGTTGGGATCGTCGCAGCCACCGGAAGGCTGGAGATTAGTGAGATTCTCGAGATCTGCCG
TTATTTTAAGCACATAGTTCACCATCTCTCCTTCTCAAAGACGATTCTCCTTCTTCTTCT
GCTTCTTCTGATCGTGGTCC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1BR85JQ 669 0 0
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TTAAGTGTGCAGAGAGAATCAGAAGATAGAACAATAGACGCTCAGCTACTTTACTTGGTG
ACGGTGAAACTTGCACGGAAGTTTGATATCATAACCGGGCACTCGCCCTTCTCATCATAC
TCCGTGAACTCCTCTCCGCTCGACAAATCAATCTCATCAAACTCAGTTCCAGATTCAGCT
TGAGCTTTCCAAAATCCGCCAAACCCGAAATCGATGGGCTCATATCCTCGACAGTCAAAG
ACCATAAGAGGAGCATGTTCTCCAGCCTCGGAATCTTCAAGAGTTAAAGGTCGACCTTTC
CCCGGGATCATTGTCACATTCCCTTCCCTTCCACAGAACTTACACTTCTGAACAAGATGA
CAAGAACCCCTGCCACCAGGAGGAGTAAAAGTCTCAATCAAAGTCACACATGTTTCCTTC
TGAGTCACCTCTCCGCATCTTTCACATTTCAACTTGAAGAGGTAAGGGAAGTTGGGATCG
TCGCAGCCACCGGAAGGCTGGAGATTAGTGAGATTCTCGAGATCTGCCGTTATTTTAAGC
ACATAGTTCACCATCTCTCCTTCTCAAAGACGATTCTCCTTCTTCTTCTGCTTCTTCTGA
TCGTGGTCC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL6519Contig1 762 2 1 U
GGGGAAAACCAACGTGTAATTGATTTTGCTTTAGCTCTTCAGACAAAGACACCAACCTTT
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AGAAACTCCATCTCATCAGTTACGTTAACCTCAGGCGTATCTTTAATATGTCCGGCGTCG
GCAACGCCGTAGCTTAAAACACCCTTTAGCTCTTCCATGAAGCCAACATTATCGACATGC
ATATACATATCAGTGATCTCTTCGTTGCTAAAGAATACAGTGAGATCATCGGTGAAAGAA
CAGTTGTCGGAGAAACCGGGGGATGTCGACGCATTGTTGATTAGAATCGATGTGCGAGCG
CTTGACGCTGCCGCCATTTTGTTGAGCAGAGTGGAGGTCGACTTCTTGGTCGGAGAAGCG
ACGTCGCCGGAGTTTTCTGAAACGTCGGCGATGTTTGCGGAGTCTCCTATTATGATTCCG
GTTAGTATATCCCGGTTTGAATCGACCGAATATTTGCTTGCGACGCGGTTAAGAAGCCTT
GCGGAACCGGATGAACCGATATGGTGTTTTGGTTCTAAATCGGTTTGATCGGTTGTATTG
ATCGGTTTGTGTGTGCTTGGATCGATACCCTTTTGTTTTAAGCGTTTCTTGAGATTTGTG
TTCCAATAATTCTTAATCTCGTTGTCGGTTCGTCCCGCTAAACTTGTCGCTATTGTGGCC
CACCTTCAATTATAAGCACCATAAGAAATATTATACTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F163TF U 1
AF RR1F163JQ C 94
BS 1 762 RR1F163TF

RD RR1F163TF 762 0 0
GGGGAAAACCAACGTGTAATTGATTTTGCTTTAGCTCTTCAGACAAAGACACCAACCTTT
GAATCTAACGAACTTACAAACTTTTCCAAATCTAAATCATCTTCTTCGTTCCAAGAATCA
AGAAACTCCATCTCATCAGTTACGTTAACCTCAGGCGTATCTTTAATATGTCCGGCGTCG
GCAACGCCGTAGCTTAAAACACCCTTTAGCTCTTCCATGAAGCCAACATTATCGACATGC
ATATACATATCAGTGATCTCTTCGTTGCTAAAGAATACAGTGAGATCATCGGTGAAAGAA
CAGTTGTCGGAGAAACCGGGGGATGTCGACGCATTGTTGATTAGAATCGATGTGCGAGCG
CTTGACGCTGCCGCCATTTTGTTGAGCAGAGTGGAGGTCGACTTCTTGGTCGGAGAAGCG
ACGTCGCCGGAGTTTTCTGAAACGTCGGCGATGTTTGCGGAGTCTCCTATTATGATTCCG
GTTAGTATATCCCGGTTTGAATCGACCGAATATTTGCTTGCGACGCGGTTAAGAAGCCTT
GCGGAACCGGATGAACCGATATGGTGTTTTGGTTCTAAATCGGTTTGATCGGTTGTATTG
ATCGGTTTGTGTGTGCTTGGATCGATACCCTTTTGTTTTAAGCGTTTCTTGAGATTTGTG
TTCCAATAATTCTTAATCTCGTTGTCGGTTCGTCCCGCTAAACTTGTCGCTATTGTGGCC
CACCTTCAATTATAAGCACCATAAGAAATATTATACTTTGCC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1F163JQ 669 0 0
AAATCATCTTCTTCGTTCCAAGAATCAAGAAACTCCATCTCATCAGTTACGTTAACCTCA
GGCGTATCTTTAATATGTCCGGCGTCGGCAACGCCGTAGCTTAAAACACCCTTTAGCTCT
TCCATGAAGCCAACATTATCGACATGCATATACATATCAGTGATCTCTTCGTTGCTAAAG
AATACAGTGAGATCATCGGTGAAAGAACAGTTGTCGGAGAAACCGGGGGATGTCGACGCA
TTGTTGATTAGAATCGATGTGCGAGCGCTTGACGCTGCCGCCATTTTGTTGAGCAGAGTG
GAGGTCGACTTCTTGGTCGGAGAAGCGACGTCGCCGGAGTTTTCTGAAACGTCGGCGATG
TTTGCGGAGTCTCCTATTATGATTCCGGTTAGTATATCCCGGTTTGAATCGACCGAATAT
TTGCTTGCGACGCGGTTAAGAAGCCTTGCGGAACCGGATGAACCGATATGGTGTTTTGGT
TCTAAATCGGTTTGATCGGTTGTATTGATCGGTTTGTGTGTGCTTGGATCGATACCCTTT
TGTTTTAAGCGTTTCTTGAGATTTGTGTTCCAATAATTCTTAATCTCGTTGTCGGTTCGT
CCCGCTAAACTTGTCGCTATTGTGGCCCACCTTCAATTATAAGCACCATAAGAAATATTA
TACTTTGCC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL6520Contig1 676 2 4 U
GAACAAGGGAAACGCATTCGACGATGGTGTTTTCGATGGTGTGAAAAAGTTAACCGTTGG
AGCATACGAGTTCAGTGTAACTTATATCAAGATCGAATACCAAAAGGCTGGAAAAGTCAT
AGTCCGTGAACATGGGACCAATCGGGGGGAGCTAAAAGAGTTCACGGTGAACTATCCAGG
AGGCAATATTGTAGCCGTTGGTGGAACCTACAATCATATTTTCAATTATGATACAACGCT
TCTCACATCTTTGTACTTCACAACTTCCAAAGGATTTACTTCTCCATTATTTGGTGTGGC
GAAGGGCAAAGACTTCGAACTCAAAGGTGAAAATGGAGGAAAGTTTCTTGGACTTTATGG
ACGTGGTGGTACTGCCATCGATGCCATTGGTGCTCATTTCGAGTCAGGTTCTAGTTAAAA
ATCGTCGGATTCCACAGAGAAGCTGGTGATTAGTTTCATCAGACTGGAGTTCACTATCGC
CAATTACAGAATTTCTATGTTAAATCCTTCCTGTTTTATTACATAAACTAAATAAACCCC
GTGTATACGCACGGTTTCTTTCAAAAATGTTCTTTATTTTATATATTTTCTCAGTTTGTA
AAATGTTCTTTATTTTATATATTTTCTCAGTTTGTAAGAAGTGTCGCACATTTTTACAGA
AGAATGATCGAGATGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1D166JQ C 1
AF RR1D166TF U 1
BS 1 663 RR1D166TF
BS 664 664 RR1D166JQ
BS 665 674 RR1D166TF
BS 675 676 RR1D166JQ

RD RR1D166JQ 676 0 0
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AGTCCGTGAACATGGGACCAATCGGGGGGAGCTAAAAGAGTTCACGGTGAACTATCCAGG
AGGCAATATTGTAGCCGTTGGTGGAACCTACAATCATATTTTCAATTATGATACAACGCT
TCTCACATCTTTGTACTTCACAACTTCCAAAGGATTTACTTCTCCATTATTTGGTGTGGC
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AGAATGATCGAGATGC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1D166TF 674 0 0
GAACAAGGGAAACGCATTCGACGATGGTGTTTTCGATGGTGTGAAAAAGTTAACCGTTGG
AGCATACGAGTTCAGTGTAACTTATATCAAGATCGAATACCAAAAGGCTGGAAAAGTCAT
AGTCCGTGAACATGGGACCAATCGGGGGGAGCTAAAAGAGTTCACGGTGAACTATCCAGG
AGGCAATATTGTAGCCGTTGGTGGAACCTACAATCATATTTTCAATTATGATACAACGCT
TCTCACATCTTTGTACTTCACAACTTCCAAAGGATTTACTTCTCCATTATTTGGTGTGGC
GAAGGGCAAAGACTTCGAACTCAAAGGTGAAAATGGAGGAAAGTTTCTTGGACTTTATGG
ACGTGGTGGTACTGCCATCGATGCCATTGGTGCTCATTTCGAGTCAGGTTCTAGTTAAAA
ATCGTCGGATTCCACAGAGAAGCTGGTGATTAGTTTCATCAGACTGGAGTTCACTATCGC
CAATTACAGAATTTCTATGTTAAATCCTTCCTGTTTTATTACATAAACTAAATAAACCCC
GTGTATACGCACGGTTTCTTTCAAAAATGTTCTTTATTTTATATATTTTCTCAGTTTGTA
AAATGTTCTTTATTTTATATATTTTCTCAGTTTGTAAGAAGTGTCGCACATTTTTACAGA
AGA*TGATCGAGAT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL6521Contig1 779 2 3 U
GGAAGCCGAAAACAAATCAAAATGGCTACCACCACTGCAGCTGCAGCCTCTGGTATCTTT
GGAATCCGGATCCAAGATCCAAGTTCCGGAGCCGGTAGAGTCCAAGCCAAGTTCAATTTC
AGCTTCGGGAAAAAGAAAGCAGCTCCACCGCCGAAGAAAACCAAGCAGGTCCAAAACGAA
GGAGACCGACTAGTTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCGCCGGAATGGCTAGACGGTTCGATG
ATCGGAGACCGTGGATTCGACCCCTTCGGTCTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCAGTAC
GATTTCGACGGGCTTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCGGGTGAAATCCTTGGGGTC
AGGCAGGAATCGAAGGATATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTTTTCGGG
ATCGAACGTTTCAGAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGTTCTT
GGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGGAAGGTAAAG
TTCATTTCTATCGTCACTAATATAGTTGTCCACGTGTCAGTCGTTGGAACTAAGATACAA
AGTGTTTAAACAAGAAAATGAGAACGTTCTGCATGATTGACAAGAGTCGTTGAAGTATTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F375TF U 1
AF RR1F375JQ C 127
BS 1 757 RR1F375TF
BS 758 758 RR1F375JQ
BS 759 779 RR1F375TF

RD RR1F375TF 779 0 0
GGAAGCCGAAAACAAATCAAAATGGCTACCACCACTGCAGCTGCAGCCTCTGGTATCTTT
GGAATCCGGATCCAAGATCCAAGTTCCGGAGCCGGTAGAGTCCAAGCCAAGTTCAATTTC
AGCTTCGGGAAAAAGAAAGCAGCTCCACCGCCGAAGAAAACCAAGCAGGTCCAAAACGAA
GGAGACCGACTAGTTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCGCCGGAATGGCTAGACGGTTCGATG
ATCGGAGACCGTGGATTCGACCCCTTCGGTCTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCAGTAC
GATTTCGACGGGCTTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCGGGTGAAATCCTTGGGGTC
AGGCAGGAATCGAAGGATATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTTTTCGGG
ATCGAACGTTTCAGAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGTTCTT
GGCGCTCTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGGAAGGTAAAG
TTCATTTCTATCGTCACTAATATAGTTGTCCACGTGTCAGTCGTTGGAACTAAGATACAA
AGTGTTTAAACAAGAAAATGAGAACGTTCTGCATGATTGACAAGAGTCGTTGAAGTATTA
AAAGCATAGCAGTGTCCGAACAACGCATATGTGTAACATATACTTAGTTCAGTTCGGTCG
AAACAAAATTCAGTTGAATAATATTATTATTATTTGA*TATATAATGCTAGTTAATACC

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1F375JQ 653 0 0
GGGAAAAAGAAAGCAGCTCCACCGCCGAAGAAAACCAAGCAGGTCCAAAACGAAGGAGAC
CGACTAGTTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCGCCGGAATGGCTAGACGGTTCGATGATCGGA
GACCGTGGATTCGACCCCTTCGGTCTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCAGTACGATTTC
GACGGGCTTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCGGGTGAAATCCTTGGGGTCAGGCAG
GAATCGAAGGATATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTTTTCGGGATCGAA
CGTTTCAGAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGTTCTTGGCGCT
CTTGCCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGGAAGGTAAAGTTCATT
TCTATCGTCACTAATATAGTTGTCCACGTGTCAGTCGTTGGAACTAAGATACAAAGTGTT
TAAACAAGAAAATGAGAACGTTCTGCATGATTGACAAGAGTCGTTGAAGTATTAAAAGCA
TAGCAGTGTCCGAACAACGCATATGTGTAACATATACTTAGTTCAGTTCGGTCGAAACAA
AATTCAGTTGAATAATATTATTATTATTTGAATATATAATGCTAGTTAATACC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL6522Contig1 696 2 4 U
GCCAGTGATGAGACTCTACACTGAGACTACAGACGGATCAACGATAGAGACTAAAGAGAC
TGCTCTGGTTTGGAACTACCAGTTTGCTGATCCTGACTTTGGATCTTGTCAAGCTAAAGA
GCTTATGGAACACTTGGAAAGCGTGCTCGCGAATGATCCAGTCTCTGTCAAGACCGGACA
GCAACTCGTTGAAGTTAAACCACAGGGCGTGAACAAGGGTCTTGTGGCAGAGAGGCTTCT
AGCGACGATGCAAGAGCAAGGGAAGCTTTTGGATTTCATTCTATGCGTTGGAGATGATCG
GTCTGATGAGGATATGTTTGAGGTGATAATGGGTGCAAAAGACGGACCTGCTTTGTCTCC
AGTGGCTGAGATATTCGCTTGCACCGTTGGACAAAAGCCAAGCAAAGCTAAATACTATTT
AGACGACACTGCAGAGATCATCAGGATGCTTGAAGGTCTATCCACCTCCGCCGCCGCACC
TGATCATCAAACCCCGGATGTTCTGACAACAAAAGATATCTTCTAAAGGATTTGTGTGAA
ACGTTGAGCTTTATTTAAGAGTGACTTTGTGTATGGTTTTTCAAGTTTAGGAAATGTCTT
TTTTTTTTTTTTTTCTGTTGTTGGGATTAACGTAAAAACACATGATAAGTTTTAAGGTAA
GCAACTTTTCTTTATGGGCAATACACATGTATTATG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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AF RR1GL42TF U 1
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DS 

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GCAACTCGTTGAAGTTAAACCACAGGGCGTGAACAAGGGTTTTGTGGCAGAGAGGCTTCT
AGCGACGATGCAAGAGCAAGGGAAGCTTTTGGATTTCATTTTATGCGTTGGAGATGATCG
GTTTGATGAGGATATGTTTGAGGTGATAATGGGTGCAAAAGACGGACCTGCTTTGTTTCC
AGTGGCTGAGATATTCGCTTGCACCGTTGGACAAAAGCCAAGCAAAGCTAAATACTATTT
AGACGACACTGCAGAGATCATCAGGATGCTTGAAGGTCTATCCACCTCCGCCGCCGCACC
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TTTTTTTTTTTTTTCTGTTGTTGGGATTAACGTAAAAACACATGATAAGTTTTAAGGTAA
GCAACTTTTCTTTATGGGCAATACACATGTATTATG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FQ32JQ C 1
AF RR1FQ32TF U 1
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TGAACCGAACTGTGGGCAGAGACCGGTTTATTGATGAACTGGGTTATGGTCCGGTCGAAA
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CATTCATGTTACATTTGTATTTGTATCTACTGGCTTTTGATT

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR1FQ32TF 282 0 0
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TGAACCGAACTGTGGGCAGAGACCGGTTTATTGATGAACTGGGTTATGGTCCGGTCGAAA
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GAAAGAAGAGGTTTTATGTTTTCTGATTTTATCAGAATTTCTGATTCAGAATACTACAAA
CATTCATGTTACATTTGTATTTGTATCTACTGGCTTTTGATT

QA 1 282 1 282
DS 



AS 1 2

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TCTGGTTGTGCGGTTGTATTGTAGCTTTGTAATGGAGTTTGATCTTCACACGTTACTTGA
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TGCAGATTTTTGCTATTACTATGTTCAGAGTTTAATGGGTGGACAGCTCGTTTTTCGTCT
TCCTTTTGGTGTGGTGTAAGAAGCTTTATTAAAGGATTGCTTGAGCTTTTTTAAAAACTT
TTAATTTTACTAGACTTTGAGATGTAATTTAATACTTTTGCTAGCAAACAACCCTTGGCT
AGAAACTAGTTTTTATAATAATAATGGCAACTCGAGGATCATATAATTGGGGGCAAACAT
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GAGGCCAATTTATTAGTTGATTGAATATAGACGAGTGTTTCCTCAGATG


BQ
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AF RR1D550TF U 1
AF RR1D550JQ C 387
BS 1 650 RR1D550TF
BS 651 1129 RR1D550JQ

RD RR1D550TF 650 0 0
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CACCAAGGAGAAGACATGCGCTGGGATATCTCTCAAGACGCAGGAGCTAACGGCTTTGTT
TCTGGTTGTGCGGTTGTATTGTAGCTTTGTAATGGAGTTTGATCTTCACACGTTACTTGA
TTCTGCTACTTTGGCTACCACCCTTTGGGTCATTTATATGATCCGTTTCAATCTTAGACC
TACTTATATGGAAGATAAGGACAACTTTCCCATCTACTACGTTGTAGTCCCATGTGCTGT
TGTATCTTTGCTCATTCATCCATCAACACGTCACCACATCATAAACAGGCTCTTTTGGGC
CTTCTGTGTTTATCTTGAAGCTGTTTCAGTTCTTCCTCAACTAAGAGTCATGCAGAACAC
TAAGATCGTGGAACCGTTTACAGCACATTACGTATTTGCTTTGGGAATCG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1D550JQ 743 0 0
GGGTCATTTATATGATCCGTTTCAATCTTAGACCTACTTATATGGAAGATAAGGACAACT
TTCCCATCTACTACGTTGTAGTCCCATGTGCTGTTGTATCTTTGCTCATTCATCCATCAA
CACGTCACCACATCATAAACAGGCTCTTTTGGGCCTTCTGTGTTTATCTTGAAGCTGTTT
CAGTTCTTCCTCAACTAAGAGTCATGCAGAACACTAAGATCGTGGAACCGTTTACAGCAC
ATTACGTATTTGCTTTGGGAATCGCTAGGTTCTTGAGTTGTGCACACTGGATCCTTCAGG
TGTTGGATACCAGAGGGAGGTTGCTGACTGCATTAGGGTATGGATTATGGCCTTTAATGG
TCCTCCTCTTTGAAATTATCCAAACTTTCATCCTTGCAGATTTTTGCTATTACTATGTTC
AGAGTTTAATGGGTGGACAGCTCGTTTTTCGTCTTCCTTTTGGTGTGGTGTAAGAAGCTT
TATTAAAGGATTGCTTGAGCTTTTTTAAAAACTTTTAATTTTACTAGACTTTGAGATGTA
ATTTAATACTTTTGCTAGCAAACAACCCTTGGCTAGAAACTAGTTTTTATAATAATAATG
GCAACTCGAGGATCATATAATTGGGGGCAAACATATCATCCAAAAATGAGATGAGAATTG
TTCTCTAACATTCATGTAAGACGGCACCAAGTGTGAGGCCAATTTATTAGTTGATTGAAT
ATAGACGAGTGTTTCCTCAGATG

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL6525Contig1 706 2 3 U
TTTTTTGACTTGCAACATCAAGGGGGAGTAGTTATGGATGAATGCTCTTGAAATCATATA
TTTTTTTGGCAATTTCAAAGGACTAAAAATAGAACAAAACTTATCATTGCATTGATGAAT
GATCTTCTTGTGGATGAATGATCTTCTTGTCACTCTACTTTAAGCACTATCTTCATACAC
TCGTAGACAAAGTAACTTATTGCAGCAGAAGGCAACACCTGAAGCAAGCTAGGCAAAAGC
CCAGCGTATAAAGCTGGGACCCCTCCTCTTTCAATAATACTAAACCCCATAGCTAAAGCA
TTCAACTTGTCTCTACCAATCTGCATCTGAAGCTGTCGTCTCACTACTTCAAAAGGATAC
GTAGCCACTTCAGTACAAGCACCCGCTACAGCACCGTACATGAGAGTTCTGATGGGTCCT
AACTCGAGCTTATCCAGAGCATTGAGTTCTTGCCCCTGCTGCTTCATGTCTTTGAGTCTC
TTCCTACCTTCCGGTGTATGCAGATACGACGACTTAAGAATGTCGTAAACGCCGTAGAAA
ACCGCACCCGACAGAGCCATGCTTGCTATTGATGGGACTAGACCCTTGTAGAGAGACAAC
AAACCTTCGGTGATGAAGAAAGATTCATTGGATAGGTCGCTGGAGGAGGAGCTGGAAGGA
GAGGAAGGATCGTGAGGTAAGATGTTGAGTCCTGACATTTGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB94JQ U 7
AF RR1FB94TF C 1
BS 1 6 RR1FB94TF
BS 7 654 RR1FB94JQ
BS 655 706 RR1FB94TF

RD RR1FB94JQ 648 0 0
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TGGCAATTTCAAAGGACTAAAAATAGAACAAAACTTATCATTGCATTGATGAATGATCTT
CTTGTGGATGAATGATCTTCTTGTCACTCTACTTTAAGCACTATCTTCATACACTCGTAG
ACAAAGTAACTTATTGCAGCAGAAGGCAACACCTGAAGCAAGCTAGGCAAAAGCCCAGCG
TATAAAGCTGGGACCCCTCCTCTTTCAATAATACTAAACCCCATAGCTAAAGCATTCAAC
TTGTCTCTACCAATCTGCATCTGAAGCTGTCGTCTCACTACTTCAAAAGGATACGTAGCC
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AGCTTATCCAGAGCATTGAGTTCTTGCCCCTGCTGCTTCATGTCTTTGAGTCTCTTCCTA
CCTTCCGGTGTATGCAGATACGACGACTTAAGAATGTCGTAAACGCCGTAGAAAACCGCA
CCCGACAGAGCCATGCTTGCTATTGATGGGACTAGACCCTTGTAGAGAGACAACAAACCT
TCGGTGATGAAGAAAGATTCATTGGATAGGTCGCTGGAGGAGGAGCTG

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1FB94TF 706 0 0
TTTTTTGACTTGCAACATCAAGGGGGAGTAGTTATGGATGAATGCTCTTGAAATCATATA
TTTTTTTGGCAATTTCAAAGGACTAAAAATAGAACAAAACTTATCATTGCATTGATGAAT
GATCTTCTTGTGGATGAATGATCTTCTTGTCACTCTACTTTAAGCACTATCTTCATACAC
TCGTAGACAAAGTAACTTATTGCAGCAGAAGGCAACACCTGAAGCAAGCTAGGCAAAAGC
CCAGCGTATAAAGCTGGGACCCCTCCTCTTTCAATAATACTAAACCCCATAGCTAAAGCA
TTCAACTTGTCTCTACCAATCTGCATCTGAAGCTGTCGTCTCACTACTTCAAAAGGATAC
GTAGCCACTTCAGTACAAGCACCCGCTACAGCACCGTACATGAGAGTTCTGATGGGTCCT
AACTCGAGCTTATCCAGAGCATTGAGTTCTTGCCCCTGCTGCTTCATGTCTTTGAGTCTC
TTCCTACCTTCCGGTGTATGCAGATACGACGACTTAAGAATGTCGTAAACGCCGTAGAAA
ACCGCACCCGACAGAGCCATGCTTGCTATTGATGGGACTAGACCCTTGTAGAGAGACAAC
AAACCTTCGGTGATGAAGAAAGATTCATTGGATAGGTCGCTGGAGGAGGAGCTGGAAGGA
GAGGAAGGATCGTGAGGTAAGATGTTGAGTCCTGACATTTGGATCC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL6526Contig1 865 2 4 U
CGGGGTAGCCTCTTTTCTCTTTCTCTCTCATTTGTGTCTTGTCTTGGAAAAATATGGCTA
CTTTTGAGGAAAGCTCTGATTTGGATGATATACAGAAGCATCTCTTTGAAGACTTTATGG
TTTCTGATAGTTTCATGGGAGATTTTGACTTTGATGCTTCTTCTGTCTCGGGACTCTGGT
GCATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCTGATTCCTCATCAGCACATG
AGACTGATCAGAGTGTCTCGACCAGGAAAAAAACAAAGAGGTTCCAAAAAGAAGAAGAAG
AACAGAGGAAATACAGAGGAGTGAGACGAAGGCCGTGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTC
GTGATCCAGCCAAGAAAGGATCTCGGGTGTGGCTAGGAACCTTTGAGAGTGATGTAGATG
CTGCAAGAGCCTATGACTGTGCAGCTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACT
TCCCTCTAGACGCTGGCAAATATGAAGCTCCGGCGAACTCAGGACGGAAAAGGAAGAGAA
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GAGAAACGACATGTGAGTGATGCATTTAACATTTAAGAATGTGAGCACACAGTTTCATTG
TATTAGTTAATTTGTAGGTTAGTATGCTAAGAACTCTTGCAACAAACTTGTCTGTATGTT
CCGTTTCTTCATGTCCAAAAGACCATAAGATTTAGAAACAAGTTCTTGTTTCCAAGAGCA
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GGAGAGTGAATCAATATGAACAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FM78TF U 1
AF RR1FM78JQ C 23
BS 1 677 RR1FM78TF
BS 678 678 RR1FM78JQ
BS 679 701 RR1FM78TF
BS 702 865 RR1FM78JQ

RD RR1FM78TF 701 0 0
CGGGGTAGCCTCTTTTCTCTTTCTCTCTCATTTGTGTCTTGTCTTGGAAAAATATGGCTA
CTTTTGAGGAAAGCTCTGATTTGGATGATATACAGAAGCATCTCTTTGAAGACTTTATGG
TTTCTGATAGTTTCATGGGAGATTTTGACTTTGATGCTTCTTCTGTCTCGGGACTCTGGT
GCATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCTGATTCCTCATCAGCACATG
AGACTGATCAGAGTGTCTCGACCAGGAAAAAAACAAAGAGGTTCCAAAAAGAAGAAGAAG
AACAGAGGAAATACAGAGGAGTGAGACGAAGGCCGTGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTC
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GAGAAACGACATGTGAGTGATGCATTTAACATTTAAGAATGTGAGCACACAGTTTCATTG
TATTAGTTAATTTGTAG*TTAGTATGCTAAGAACTCTTGCA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1FM78JQ 843 0 0
CTCTCTCATTTGTGTCTTGTCT*GGAAAAATATGGCTACTTTTGAGGAAAGCTCTGATTT
GGATGATATACAGAAGCATCTCTTTGAAGACTTTATGGTTTCTGATAGTTTCATGGGAGA
TTTTGACTTTGATGCTTCTTCTGTCTCGGGACTCTGGTGCATAGAACCTGTGATGAATCA
AGTTCCTAAACAAGAACCTGATTCCTCATCAGCACATGAGACTGATCAGAGTGTCTCGAC
CAGGAAAAAAACAAAGAGGTTCCAAAAAGAAGAAGAAGAACAGAGGAAATACAGAGGAGT
GAGACGAAGGCCGTGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTCGTGATCCAGCCAAGAAAGGATC
TCGGGTGTGGCTAGGAACCTTTGAGAGTGATGTAGATGCTGCAAGAGCCTATGACTGTGC
AGCTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCCCTCTAGACGCTGGCAAATA
TGAAGCTCCGGCGAACTCAGGACGGAAAAGGAAGAGAAGTGATGTGAAGGAGGAGCTCCA
AAGAAGTCAGAGTAATTCTTCAACATCTTTAAGTGATGGAGAAACGACATGTGAGTGATG
CATTTAACATTTAAGAATGTGAGCACACAGTTTCATTGTATTAGTTAATTTGTAGGTTAG
TATGCTAAGAACTCTTGCAACAAACTTGTCTGTATGTTCCGTTTCTTCATGTCCAAAAGA
CCATAAGATTTAGAAACAAGTTCTTGTTTCCAAGAGCATAGAAATTTCAATGAGGCTTTA
ACAAGTGAGTGTACCCAATGTTTGTACAAGAGGAGAAGGGAGAGTGAATCAATATGAACA
AGT

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 2

CO CL6527Contig1 731 2 9 U
GCTAGAATAGTGTTCTGATAGAAGAAACAAGAGCATGACATTAGTCACATTCAACATGCT
AAAATTACAGAGAAAGATCCAGAAAAAAGCTATTGGTGCACACTCAATACCAAGCTGCTC
CAATACTTTTCAATCATGAAGCTGCAAGGTTCACCAGCAGATAAAACATTGACTGGAAGA
AGCTATCCACCAACTAAATGGTACAAAGAAAAACCTGAAACTGGACGGACCTGAATGCAG
TATGTTCCCACGGTCTAAATTGTAACCAAGACACGGTCAACCAGATAGATCCAGTGAGAC
ATGTGTAAGTCCGTCATCAAGAGGAGATGTAAAATCACCAAGACTTCCTTGTCCATCACT
ATCATTGGCACATTGTTCCACCCTTTTCATATCGTTTTCAATCTTCCTTTTGGTTTTCCG
CGTTAGCTGACTGAGTATCTCATCAGAAATGAGAGTAGCAGCGGAACCAACTTCACAAGG
CTTGGCCACTATCTCCCCACTATTGACCTGCTTAAGAAGGGCTTCATAAGCCTTGATAAT
AGACCAATACGCAGTTCCCCTAGGGCTTATATAAACAGCATCTAAGTAGTCTCTATTCCT
TCTAGGTCTATAGTCAATAGTCCACCCTGCTTCCAGCAACATTTCTCTGATCCGCTCACG
TAACCTCTGCTTTTCCGTGCCTGAACCCCGCTTAACCTTCCCTTCTTTGGTTTTCGGAAG
GGCTGGCGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1AY41JQ U 1
AF RR1D852JQ U 33
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DS 

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GAGTAGCAGCGGAACCAACTTCACAAGGCTTGGCCACTATCTCCCCACTATTGACCTGCT
TAAGAAGGGCTTCATAAGCCTTGATAATAGACCAATACGCAGTTCCCCTGGGGCTTATAT
AAACAGCATCTAAGTAGTCTCTATTCCTTCTAGGTCTATAGTCAATAGTCCACCCTGCTT
CCAGCAACATTTCTCTGATCCGCTCACGTAACCTCTGCTTTTCCGTGCCTGAACCCCGCT
TAACCTTCCCTTCTTTGGTTTTCGGAAGGGCTGGCGCC

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DS 



AS 1 2

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ATCGAAAGACTCTGATATTTCGATTGCTAAGGTTCTCTTGACCATTGCTGCTGAAGATGA
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ATCTTAGGTTGGCTATTGCGGCTGCTGAAAGGCTGTTGATTTTGGAACCTCTTAACTGGA
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GCTTGGCCGTTCGTTGAAAACTCTCTCTGTTTTTCTCTACTTCACTTGTAAATACTCTTT
TCTATCTCTCTGTTGTGTTTGGATAAACCCTTTT


BQ
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AF RR1EH71TF U 1
AF RR1EH71JQ C 591
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AGTCACTTCTAGACCTTGATGT
GCTACAACAGAG

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1EH71JQ 644 0 0
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AGCTTGTTTGCTATTATCAATGGAAGGTGCGTCGATGATCCTCGTTCAATGGCATCAGAT
TTAACCGGAAAGTCACTTCTAGACCTTGATGTTGCTACAAACAGAGACATTATAGGGATT
GCTCTCGCCAACTTGATTAGGGTTCACTGGAGACGTGCTTCGAAGCCATCACCTGGACTA
ATGCTGACTTCTCCTCTTATTCAACTAAACAACATCAGTGTTTCTAATTTTCCATTGTTG
CGACCTCAAGATCTTAGGTTGGCTATTGCGGCTGCTGAAAGGCTGTTGATTTTGGAACCT
CTTAACTGGAGACTTCGAAGAGATCTTGGTATGATGCACTACTACGCCAGGCAAAGTAGA
GAGGCGATTCAAGAGCTTAGCATATGTATAGCCTTTGCATTTGATGAAGGAGAAGCAAAA
GTGTTGACGCTTTTTGTTGAGAAACTTCATCTACTGTCTTCGTTGAAGTCGTCGCCCTTT
GGCTCTGATCGCTTGGCCGTTCGTTGAAAACTCTCTCTGTTTTTCTCTACTTCACTTGTA
AATACTCTTTTCTATCTCTCTGTTGTGTTTGGATAAACCCTTTT

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL6529Contig1 653 2 1 U
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TTTACATTCCTCAGCACGATGGTGCTTTTGATGATATAAAGCCAAGTGCTTTTGCTCCTC
ATGATGATGATGATGAAAGTTTGAACGAGGATGATGATTATGAGGAAGATGAAATCAATG
ACGATGAGGACATTCCACATTTGATCATGTGTCAGTTCGATTATGTGAAGAAGCGAAAGA
ACAAGTGGGAGTGCAAACTCAAAGCTGGGGTTATGCAAATCAACGAAAAGAACATTCTTT
TCTCAGAGACCAAAGGAGACTTTACCTTCTAAGAGAAAAAGGGTTATGTGAAGGCTGCAA
CCTCTCTCTAGCTAGACCTTTTACTAATTTCGAACTCTTTAATAATGTAAATAACGTATT
ATGGCTTTGTTCCAATACCTTGGTTGCAATGGAGTCACATTTTCATTCTAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B655JQ C 1
AF RR1B655TF U 1
BS 1 653 RR1B655TF

RD RR1B655JQ 653 0 0
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QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1B655TF 653 0 0
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CACCTTTGATTCAAGATCCGAATCCTTTGCATGGATATGATAAGAATCAGAGTGAGATTG
ACAAGACTGATGATCAGTTTCCATCCACGGAGCTTGCGATGTCGATAAAGAACGAAGGAG
TTTACATTCCTCAGCACGATGGTGCTTTTGATGATATAAAGCCAAGTGCTTTTGCTCCTC
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ACGATGAGGACATTCCACATTTGATCATGTGTCAGTTCGATTATGTGAAGAAGCGAAAGA
ACAAGTGGGAGTGCAAACTCAAAGCTGGGGTTATGCAAATCAACGAAAAGAACATTCTTT
TCTCAGAGACCAAAGGAGACTTTACCTTCTAAGAGAAAAAGGGTTATGTGAAGGCTGCAA
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ATGGCTTTGTTCCAATACCTTGGTTGCAATGGAGTCACATTTTCATTCTAAGC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6531Contig1 728 2 2 U
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CTCTTTCCTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGA
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AAACAATGAAGACGGTGATAGTGGTGATGATGAAGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAAGG
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TGGTGAAGCTGGAGATGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGATGATGA
TGATGACAATGGGAACAATGATGATGATGAGGAGGAAGTAGAGGAGGATATGGAGGTTCG
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TTGTTTGTTTCTGTCATGTATTGGTTATCAAAGAATGATAGCTAGAGAGTAATACTGTAT
GGTGAGAGAAGAGGCTTATAGGGTTTGATTCCCAGAGATTAGTTTTAATACATTCATAGA
TAATTGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FL92TF U 1
AF RR1FL92JQ C 1
BS 1 669 RR1FL92TF
BS 670 728 RR1FL92JQ

RD RR1FL92TF 669 0 0
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CTCTTTCCTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGA
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TGGTGAAGCTGGAGATGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGATGATGA
TGATGACAATGGGAACAATGATGATGATGAGGAGGAAGTAGAGGAGGATATGGAGGTTCG
GGACGATACCATCCTTATGGAAGGTAGAAAGTTCCATAAAAGCTTTCAATCTTGTTTTAC
TTGTTTGTTTCTGTCATGTATTGGTTATCAAAGAATGATAGCTAGAGAGTAATACTGTAT
GGTGAGAGA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1FL92JQ 728 0 0
GGATCACACAAATCTCAAAACACTCTTTCACTCATGAACAGAGCTTATCTCTTCTAGTCT
CTCTTTCCTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGA
GGAACAAGGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGC
TTCGGCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGC
CTTGAAGGGTGATGTTAAAGAGAACGGAGACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGG
AAACAATGAAGACGGTGATAGTGGTGATGATGAAGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAAGG
TGGTGATGCAGAAGAAGTAAAGGAGACCAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAGAA
TGGTGAAGCTGGAGATGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACGGTGATGATGA
TGATGACAATGGGAACAATGATGATGATGAGGAGGAAGTAGAGGAGGATATGGAGGTTCG
GGACGATACCATCCTTATGGAAGGTAGAAAGTTCCATAAAAGCTTTCAATCTTGTTTTAC
TTGTTTGTTTCTGTCATGTATTGGTTATCAAAGAATGATAGCTAGAGAGTAATACTGTAT
GGTGAGAGAAGAGGCTTATAGGGTTTGATTCCCAGAGATTAGTTTTAATACATTCATAGA
TAATTGCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL6532Contig1 707 2 1 U
GGAAAACAGAGGAAGAAGATGAGTAGCTCTGATGCTCTGTCTCATAACGTCTTCGTTTAC
GGCAGCATTCTTGAACCAGCCGTCGCCGCCGTGATCCTTGACCGACCTGCTGATACAATT
CCCGCCCTTCTCCACGGCTATCACAGGTATAAACTCAAAGGACGTCAGTATCCATGTATT
GTCCCCTTTGAGTCTGGAAAAGTCAACGGCAAGGTAATAACGGGAGTATCCGATGCTGAG
CTAAACAAATTCGATGTGATTGAAGGTAATGAGTATGAGAGAATAACAGTTGAAGTTGTA
AGGATGGACAATTCGGAGAAAATGAAAGTGGAAACTTATGTTTGGGTTAACAAAGATGAT
CCTAGTATGTATGGAGAATGGGATTACGAGGAATGGAGAGTGAATCATGCGGATAAATTC
GTGGAAATGTTTAGGAAAGTGTTGGAATGGAACAAGAATCCAAACGGGAAGAAAAGAGAG
GATATTGTGAAATCACTGTCTGATGATTGATGATTCTTGAACAATGAACTTAGACATAAG
TTGTTGTTTCTTGGCTGCTTATCTTTCTTTTTTAAAAATAAACGCTTGGCTGCTAATCTT
TGGCAGACGAAGAGTGAGTAAAGAGTGTTTTTCTAATATAAAATATGTATGTGTTTTTGT
GTGTTGCTAGAACTTGAAACTGGTCTTCTTTATTATTTTGTTTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EA30TF U 1
AF RR1CH16TF U 10
BS 1 707 RR1EA30TF

RD RR1EA30TF 707 0 0
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GGCAGCATTCTTGAACCAGCCGTCGCCGCCGTGATCCTTGACCGACCTGCTGATACAATT
CCCGCCCTTCTCCACGGCTATCACAGGTATAAACTCAAAGGACGTCAGTATCCATGTATT
GTCCCCTTTGAGTCTGGAAAAGTCAACGGCAAGGTAATAACGGGAGTATCCGATGCTGAG
CTAAACAAATTCGATGTGATTGAAGGTAATGAGTATGAGAGAATAACAGTTGAAGTTGTA
AGGATGGACAATTCGGAGAAAATGAAAGTGGAAACTTATGTTTGGGTTAACAAAGATGAT
CCTAGTATGTATGGAGAATGGGATTACGAGGAATGGAGAGTGAATCATGCGGATAAATTC
GTGGAAATGTTTAGGAAAGTGTTGGAATGGAACAAGAATCCAAACGGGAAGAAAAGAGAG
GATATTGTGAAATCACTGTCTGATGATTGATGATTCTTGAACAATGAACTTAGACATAAG
TTGTTGTTTCTTGGCTGCTTATCTTTCTTTTTTAAAAATAAACGCTTGGCTGCTAATCTT
TGGCAGACGAAGAGTGAGTAAAGAGTGTTTTTCTAATATAAAATATGTATGTGTTTTTGT
GTGTTGCTAGAACTTGAAACTGGTCTTCTTTATTATTTTGTTTGTGT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1CH16TF 684 0 0
GGA
AAGAAGATGTGTAGCTCTGATGCTCTGTCTCATAACGTCTTCGTTTACGGCAGCATTCTT
GAACCAGCCGTCGCCGCCGTGATCCTTGACCGACCTGCTGATACAATTCCCGCCCTTCTC
CACGGCTATCACAGGTATAAACTCAAAGGACGTCAGTATCCATGTATTGTCCCCTTTGAG
TCTGGAAAAGTCAACGGCAAGGTAATAACGGGAGTATCCGATGCTGAGCTAAACAAATTC
GATGTGATTGAAGGTAATGAGTATGAGAGAATAACAGTTGAAGTTGTAAGGATGGACAAT
TCGGAGAAAATGAAAGTGGAAACTTATGTTTGGGTTAACAAAGATGATCCTAGTGTGTAT
GGAGAATGGGATTACGAGGAATGGAGAGTGAATCATGCGGATAAATTCGTGGAAATGTTT
AGGAAAGTGTTGGAATGGAACAAGAATCCAAACGGGAAGAAAAGAGAGGATATTGTGAAA
TCACTGTCTGATGATTGATGATTCTTGAACAATGAACTTAGACATAAGTTGTTGTTTCTT
GGCTGCTTATCTTTCTTTTTTAAAAATAAACGCTTGGCTGCTAATCTTTGGCAGACGAAG
AGTGAGTAAAGAGTGTTTTTCTAATATAAAATATGTATGTGTTTT*GTGTGTTGCTAGAA
CTTGAAACTGGTCTTCTTTAT

QA 4 684 4 684
DS 



AS 1 2

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TCTCTCTTTTATTAGGGTTACCAATTATCAGCGATCAAAAATCGATGGCCTCTCTCGATT
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AGGCGAAGAGATTCGAAGTGGAGAAGTGGAGCGCCGTGGCTCTCTGGGCTTGGGATATCG
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GTGTCTAATCAAAGATATCAGGGTCATTTGGTTGCCGCATATGATGCTGATATCGCTCAA
AGTTCTTTTGTTTTTTTTTTAATTTGGTTTGTCGCAAGTTGTCAAAACAGAGATGTTACT
CTTCACTGAACCTATTATGTTTTGCTTTGGGCGATGTCTTTAATTTCAAGAAAATATATA
GTTACTGCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1ED28JQ C 1
AF RR1ED28TF U 1
BS 1 668 RR1ED28TF
BS 669 669 RR1ED28JQ

RD RR1ED28JQ 669 0 0
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TCTCTCTTTTATTAGGGTTACCAATTATCAGCGATCAAAAATCGATGGCCTCTCTCGATT
CAGACGTGAACATGGTTCCCGCAGGAGAACCCTCAGCCCCTTCGTCTTCGTCTGCGAAGA
AGGCGAAGAGATTCGAAGTGGAGAAGTGGAGCGCCGTGGCTCTCTGGGCTTGGGATATCG
TTGTTGATAATTGCGCCATCTGCAGAAACCACATCATGGATCTCTGCATTGAATGTCAGG
CTAATCAGGCTAGTGCGACGAGTGAGGAATGCACTGTTGCTTGGGGGGTTTGCAACCACG
CCTTCCACTTTCACTGCATCAGCAGATGGCTAAAGACTCGTCAAGTTTGTCCATTAGATA
ACAGTGAGTGGGAGTTCCAGAAGTATGGTCACTAAACCATCTAATCGTACCAGCAAATAT
GTGTCTAATCAAAGATATCAGGGTCATTTGGTTGCCGCATATGATGCTGATATCGCTCAA
AGTTCTTTTGTTTTTTTTTTAATTTGGTTTGTCGCAAGTTGTCAAAACAGAGATGTTACT
CTTCACTGAACCTATTATGTTTTGCTTTGGGCGATGTCTTTAATTTCAAGAAAATATATA
GTTACTGCG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1ED28TF 668 0 0
GGGCCATCAGATTCTCTCACCCTACCCGACGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAGAT
TCTCTCTTTTATTAGGGTTACCAATTATCAGCGATCAAAAATCGATGGCCTCTCTCGATT
CAGACGTGAACATGGTTCCCGCAGGAGAACCCTCAGCCCCTTCGTCTTCGTCTGCGAAGA
AGGCGAAGAGATTCGAAGTGGAGAAGTGGAGCGCCGTGGCTCTCTGGGCTTGGGATATCG
TTGTTGATAATTGCGCCATCTGCAGAAACCACATCATGGATCTCTGCATTGAATGTCAGG
CTAATCAGGCTAGTGCGACGAGTGAGGAATGCACTGTTGCTTGGGGGGTTTGCAACCACG
CCTTCCACTTTCACTGCATCAGCAGATGGCTAAAGACTCGTCAAGTTTGTCCATTAGATA
ACAGTGAGTGGGAGTTCCAGAAGTATGGTCACTAAACCATCTAATCGTACCAGCAAATAT
GTGTCTAATCAAAGATATCAGGGTCATTTGGTTGCCGCATATGATGCTGATATCGCTCAA
AGTTCTTTTGTTTTTTTTTTAATTTGGTTTGTCGCAAGTTGTCAAAACAGAGATGTTACT
CTTCACTGAACCTATTATGTTTTGCTTTGGGCGATGTCTTTAATTTCAAGAAAATATATA
GTTACTGC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL6534Contig1 1173 2 2 U
GGACTCTGGTTTAGGCAAACGAAGAGATGAAGACGAGATCGTCATCATCGGCTGCCCTGG
TTCCTTTTGTCAAGTCTCCGGTGGTTCACGGTCGCGAAGCCCTGCTGCAGATCGTGAACC
CCACTTCTTCTAGCCGAAAACTTTTGCCGGGGTGGACCATTGTGAAACGGCCGCGATCAT
CATCTACTAGCCGCAAATGCAGTGGCGATACTTACTTTGTCGAGCCAGGAACTGGTAGAG
AGTTTCCGTCTCTAGAATCTGTTCAAAGACACTTGTTTGGAGAAGTACATGACAGACGCT
TGACTCGAACAGGACGCTCCTTCAGTGAAAGGTCAAGGGTTTATGAAAAATCCATTACCA
CACAGGATCATCGCAGGGTAGAATATGCTTCCAAGGGTTTCCGTTTACCTAAAGGATGGA
CCGTTGAGGAGTTTCCTAGGTTAAACTCTTATCAGATTGATAAGTGTTATATTGAGCGAA
AAACAGGAAACCGGTTCCGTTCCCTTGTTTCCGTTGAGAGATACTTGAAAGATCCCGGGA
AGCTTGCAGATAAGCAGCCTATGCGTATAGAGTACGGCCGTTCCAGAGATTTCAGTTTAC
CTAATGGATGGATCGTTGAGGGGAAACCGCGGAGTAATTCCAGTCAAATTGACAAGACTT
ACATTGAGCCAGGAACGGGGAATAAATTTCGTTCTCTGGCTGCTGTTGAGAGATACTTAA
ACGGTGCAAATGACTCGGTTAATTCCATGGTGCCTTCCGGGCGGCTTTCGGCAGTTGTTA
TTGACGAAAAGCCCCCGGAGAAAGTTAATTGGGTACTGAACGGTCCAGGTGGAAACATGT
TTAGTGCGCATGTGAGCGGCTCGGTCGTGCCTAGCTCTGTCAAACAGACATGGGCTGAGG
CCTTTGTCTCACTGATCCAAGACCGCTTTTAACCAAAATCTGGCTCCTTGGTTTGCGTTT
TTTGTTGTCGGTTTTATCACTTTTGGTTTACTGTTTAACAAGATATCCCGGTCGGTAGTC
TCTCCAAGTTTTTCATATTTCGGTTGGTTTCGCCAAATTTTCCTGTCCATAGTCGGTGTA
AACCGAATTATGCTATATCGGGTAGTTATGTTAGTGCTCACATTAAGTTGACGTCGAATG
TTGTCTCTTGTTAGATGTGTAATGGTTAAAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BH51TF U 1
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BS 1 753 RR1BH51TF
BS 754 1173 RR1BH51JQ

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QA 1 753 1 753
DS 

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QA 1 890 1 890
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BQ
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AF RR1B762JQ C 1
AF RR1B762TF U 1
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QA 1 676 1 676
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AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H587TF U 1
AF RR1H587JQ C 11
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BS 683 799 RR1H587JQ

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AGTAGATGCATCAGACGATGAGCTATATGAACATCTTCACTCACTGTGCATCAGAAGCAG
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QA 1 682 1 682
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AAGATTTATCTGGTCATGGAGAGGGAACAAGTGACAAGTAAATTGATGGAGGTTTCAGTT
CAGTTAGAGCAATCTTTGAGCAAGATTCCGTATGAGGATCTTGACATCTCGGATGAAGTT
AGAGAACAAGTTGAGTTAGTTTTCAGCCAGTTTCGCCGAGCCAAAGGAAGAGTAGATGCA
TCAGACGATGAGCTATATGAACATCTTCACTCACTGTGCATCAGAAGCAGTGATTTAGAT
GACTATCAGCCTACCCTGCAGCGGGTTGCTAAGAAGTTACATCTGATGGAGATTCCTGAT
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GAGACTGAC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

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TTTTTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AA68JQ C 1
AF RR1AA68TF U 1
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DS 

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TATTCTGTTACTTTTTTAAAAAAATTACGGACAAATAAGCTAGTGTAATAAAACTGTTGT
TTTTTTCC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL6538Contig1 821 2 2 U
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BQ
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AF RR1FQ91TF U 1
AF RR1FQ91JQ C 102
BS 1 731 RR1FQ91TF
BS 732 821 RR1FQ91JQ

RD RR1FQ91TF 731 0 0
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CCGCAGCAACCTTTGTGGCGGCCATTTTCGCAGCTGTAACCGCGGTTTTCGGGATGAATC
TGCAAGACTCTGTTTTCAAGGATCCGACCATGTTCCAATGGGTTTTGCTTGTAACAGGTA
TTGCATGTGGACTTTTGTATTTTGGTTTTGTGTTATACTTCAAGCACAAGAAAGTATTCC
CTCTCTAAAAC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1FQ91JQ 720 0 0
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GCTGAGATGTATTTGACTGAGAAGAAAGAAAGATCAGAGGCTCATGCTTCAGTGGAGTTG
GAAGACAACCTCGATGAGGACTTTGGATCTTCAGGAATAGTTTCCAAGTCTGCGCCGGTT
TCACCTGTTGGTTCAATTAGTGGAAACCTTGGGAAGCTTCAAAGAGCCTTTAGTAGCGTC
GTTGGCTCACACAGAAGCTTGTTAAGCTCATCTAGCAGCGGGGAGAACATCGACCAGTTA
GAGATGTTGCTAGAAGCCTACTTCGTCGTTGTTGATAACACACTCAGCAAACTATCATCG
CTAAAAGAGTATATTGATGATACAGAGGATCTGATCAACATTAAGCTGAATCAGTTGATT
CAGTTTCAACTGCTTCTCACCGCAGCAACCTTTGTGGCGGCCATTTTCGCAGCTGTAACC
GCGGTTTTCGGGATGAATCTGCAAGACTCTGTTTTCAAGGATCCGACCATGTTCCAATGG
GTTTTGCTTGTAACAGGTATTGCATGTGGACTTTTGTATTTTGGTTTTGTGTTATACTTC
AAGCACAAGAAAGTATTCCCTCTCTAAAACTTTTGATTGTTTGTGAGATCCTTGAGTTAC
TCTTTTGGTCTTTGTGAAGATGAAGAGCTATAATTCTCAGTGTCAAAACTCAGTTTAGGC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL6539Contig1 853 2 2 U
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CGAAGCTCTGAAACAGTACATCTTAGAAACGTCAGCATATCCAAGAGAGCATGAGCTACT
CAAGGAGCTTCGTAAAGCTACAGTCCAGAAATATGGCAATTTAAGCGAGATGGAAGTTCC
GGTTGATGAGGGACTTTTTCTATCGATGCTTTTAAAGATCACGAACGCTAAGAACACTCT
CGAGCTCGGTGTTTTCACTGGTTACTCTCTTCTCACCACAGCCCTCGCTTTGCCAAAAGA
TGGCCGCATTACTGCAATAGATGTTGACAAAGAAGCCTACGAAGTGGGACTAGAGTTTAT
CAAGAAGGCAGGTGTTGATCACAAGATCAATTTCATTCATTCCGATGGTATTACGGCCCT
AGACCAATTGGTGAATGATAATCAGGAGTTTGATTTCGCATTTGCGGATGCTGACAAGTC
AAACTACCCCAACTTCCATGAGAGGCTTCTGAAATTGGTGAAGGTTGGAGGAATTATTGC
GTTTGACAACACCTTGTGGTTTGGTTTTGTGGCTGAGGACGAAGAGGGAGTTCCTGATCA
TATGAGGGAATATAGAGAGGCTCTTATAGAGTTCAATAAGAAATTGGCTTTGGATACTCG
TGTCGAAGTCTCTCAGATTTCCATTGGAGATGGTGTCACGCTCTGCAGACGCCTTATTTG
ATCAAAAGAGACTACTTAAGATTAAAATCAAAGTTTGGGAGTTTGGAATAAATCTTTTAG
ATACTTCAATAATCACTTCTTGTCATTTTATCACTGATTTGCATTTAATGGTGTGTTTGA
TATATGATCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AQ37TF U 1
AF RR1AQ37JQ C 71
BS 1 738 RR1AQ37TF
BS 739 853 RR1AQ37JQ

RD RR1AQ37TF 738 0 0
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CGAAGCTCTGAAACAGTACATCTTAGAAACGTCAGCATATCCAAGAGAGCATGAGCTACT
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GGTTGATGAGGGACTTTTTCTATCGATGCTTTTAAAGATCACGAACGCTAAGAACACTCT
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TGGCCGCATTACTGCAATAGATGTTGACAAAGAAGCCTACGAAGTGGGACTAGAGTTTAT
CAAGAAGGCAGGTGTTGATCACAAGATCAATTTCATTCATTCCGATGGTATTACGGCCCT
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GTTTGACAACACCTTGTGGTTTGGTTTTGTGGCTGAGGACGAAGAGGGAGTTCCTGATCA
TATGAGGGAATATAGAGAGGCTCTTATAGAGTTCAATAAGAAATTGGCTTTGGATACTCG
TGTCGAAGTCTCTCAGATTTCCATTGGAGATGGTGTCACGCTCTGCAGACGCCTTATTTG
ATCAAAAGAGACTACTTA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1AQ37JQ 783 0 0
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CGTAAAGCTACAGTCCAGAAATATGGCAATTTAAGCGAGATGGAAGTTCCGGTTGATGAG
GGACTTTTTCTATCGATGCTTTTAAAGATCACGAACGCTAAGAACACTCTCGAGCTCGGT
GTTTTCACTGGTTACTCTCTTCTCACCACAGCCCTCGCTTTGCCAAAAGATGGCCGCATT
ACTGCAATAGATGTTGACAAAGAAGCCTACGAAGTGGGACTAGAGTTTATCAAGAAGGCA
GGTGTTGATCACAAGATCAATTTCATTCATTCCGATGGTATTACGGCCCTAGACCAATTG
GTGAATGATAATCAGGAGTTTGATTTCGCATTTGCGGATGCTGACAAGTCAAACTACCCC
AACTTCCATGAGAGGCTTCTGAAATTGGTGAAGGTTGGAGGAATTATTGCGTTTGACAAC
ACCTTGTGGTTTGGTTTTGTGGCTGAGGACGAAGAGGGAGTTCCTGATCATATGAGGGAA
TATAGAGAGGCTCTTATAGAGTTCAATAAGAAATTGGCTTTGGATACTCGTGTCGAAGTC
TCTCAGATTTCCATTGGAGATGGTGTCACGCTCTGCAGACGCCTTATTTGATCAAAAGAG
ACTACTTAAGATTAAAATCAAAGTTTGGGAGTTTGGAATAAATCTTTTAGATACTTCAAT
AATCACTTCTTGTCATTTTATCACTGATTTGCATTTAATGGTGTGTTTGATATATGATCA
ATC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL6540Contig1 792 2 2 U
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GAGGTGTATGATAATTTTGAAGTTTTTCTGAAATTTAAAAAGATAAATGCTTAACATTAC
TTCTGAAACTCTAGGATGGTGTAGAAGTAATCAATGTAAAAAGGTTTAAAAGAAGAGAAT
CCAACAGAGAGACCAAGTTCTTTAAACTCTTCTTCAGTTCTATGCTTACCTTTGGTCCTA
TAGATTGTCATAACGAAAATGTCGCCTTCTAGCAAGGCACGGGTTCTGTGGCTATCATCG
GTTTCCTTAGGCAATACTGGCTCGCAAGCGATTAGCTTTCCTCCAACCGGTAAAGCATTG
TAGCAATTTTTCATTATCTGCTTACATTCTTGATCCGTCCATGTCGTTAATACCCACTTC
ATGAAGATGGCGTCACCACTAGGAACTGACTGGAACATATCCCCACCCACGTGAGTCACT
CCAGGAATCTTGGGGGCTCTGGCAACAACTTCAGGCAAATCAAAGTTAATCCCTTCACGG
ACATTAGGAAACTGCTCAAGGATCATACGTAGACAATCTCCTGCGCTCCCTCCCACGTCA
ACTAAACGCTCCACGGATTTAAAACCATCGTAGCCGTCCAATATAGCTTTCATGAACGGC
ACCGATACGCCGGACATCGCCTTCTGCATGAGACCGTTCATCTCCTCGCATTTCCCATAC
TGCACGTACGCCGCCTCTCCGTTTGCTTTGACGTACGGCTCCGTCTCCGGCTCCACCACC
GCCGTGTGAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B491JQ U 1
AF RR1GA48JQ U 32
BS 1 707 RR1B491JQ
BS 708 792 RR1GA48JQ

RD RR1B491JQ 708 0 0
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GAGGTGTATGATAATTTTGAAGTTTTTCTGAAATTTAAAAAGATAAATGCTTAACATTAC
TTCTGAAACTCTAGGATGGTGTAGAAGTAATCAATGTAAAAAGGTTTAAAAGAAGAGAAT
CCAACAGAGAGACCAAGTTCTTTAAACTCTTCTTCAGTTCTATGCTTACCTTTGGTCCTA
TAGATTGTCATAACGAAAATGTCGCCTTCTAGCAAGGCACGGGTTCTGTGGCTATCATCG
GTTTCCTTAGGCAATACTGGCTCGCAAGCGATTAGCTTTCCTCCAACCGGTAAAGCATTG
TAGCAATTTTTCATTATCTGCTTACATTCTTGATCCGTCCATGTCGTTAATACCCACTTC
ATGAAGATGGCGTCACCACTAGGAACTGACTGGAACATATCCCCACCCACGTGAGTCACT
CCAGGAATCTTGGGGGCTCTGGCAACAACTTCAGGCAAATCAAAGTTAATCCCTTCACGG
ACATTAGGAAACTGCTCAAGGATCATACGTAGACAATCTCCTGCGCTCCCTCCCACGTCA
ACTAAACGCTCCACGGATTTAAAACCATCGTAGCCGTCCAATATAGCTTTCATGAACGGC
ACCGATACGCCGGACATCGCCTTCTGCATGAGACCGTTCATCTCCTC
C

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1GA48JQ 761 0 0
GATGAAAATTTATTCATTAGATTATCAAAGAGGTGTATGATAATTTTGAAGTTTTTCTGA
AATTTAAAAAGATAAATGCTTAACATTACTTCTGAAACTCTAGGATGGTGTAGAAGTAAT
CAATGTAGAAAGGTTTAAAAGAAGAGAATCCAACAGAGAGACCAAGTTCTTTAAACTCTT
CTTCAGTTCTATGCTTACCTTTGGTCCTATAGATTGTCATAACGAAGATGTCGCCTTCTA
GCAAGGCACGGGTTCTGTGGCTATCATCGGTTTCCTTAGGCAATACTGGCTCGCAAGCGA
TTAGCTTTCCTCCAACCGGTAAAGCATTGTAGCAATTTTTCATTATCTGCTTACATTCTT
GATCCGTCCATGTCGTTAATACCCACTTCATGAAGATGGCGTCACCACTAGGAACTGACT
GGAACATATCCCCACCCACGTGAGTCACTCCAGGAATCTTGGGGGCTCTGGCAACAACTT
CAGGCAAATCAAAGTTAATCCCTTCACGGACATTAGGAAACTGCTCAAGGATCATACGTA
GACAATCTCCTGCGCTCCCTCCCACGTCAACTAAACGCTCCACGGATTTAAAACCATCGT
AGCCGTCCAATATAGCTTTCATGAACGGCACCGATACGCCGGACATCGCCTTCTGCATGA
GACCGTTCATCTCCTCGCATTTCCCATACTGCACGTACGCCGCCTCTCCGTTTGCTTTGA
CGTACGGCTCCGTCTCCGGCTCCACCACCGCCGTGTGAACG

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL6541Contig1 686 2 2 U
GGAACTTGAAACTGATGAAAATGGTTTTCGATGGCTGGCTTGTGATTGGATTGGATTACA
TTGTTTCTAAAATCATTCTCAAATGATAATCGAAGATACTAAAATTCTAAAAATTGTCCA
CGCACATTGGTCAAAGGTTTTGAATGGTTAACTTTGCATTTTCATAGCCTTATCTTCTCT
TTTGTCCTGACATGATCGTGTGTTAATTTCAATGATTATGAAGCTGTCGATCCACATAGT
TCATTGGTTTTGGAAATCACATGGTTACGTTTTGCATGATGATAATGATATACTCATGTT
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ACAGAGGAGATCAAAGAAGCGGCAGCAACAAAGCCTGCTGAAGAAGAGAAGGAGACTTAA
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TTCTAATCTCTTCCGTTTGCCATCCCCGATGCTTCTAAGGTCGTCTATTCTTGTCCTTTG
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TTGATTGAATGTTGTCGGGCTTTGTGCCTTGTACTGAACTCAGATTGCTTTCTTATTAAT
ACCATTTATCAGGTGATGTTTTTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AF65JQ C 1
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BS 669 686 RR1AF65JQ

RD RR1AF65JQ 686 0 0
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DS 

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CGCACATTGGTCAAAGGTTTTGAATGGTTAACTTTGCATTTTCATAGCCTTATCTTCTCT
TTTGTCCTGACATGATCGTGTGTTAATTTCAATGATTATGAAGCTGTCGATCCACATAGT
TCATTGGTTTTGGAAATCACATGGTTACGTTTTGCATGATGATAATGATATACTCATGTT
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GTCTGTTATTCAGTATTCTAAACTCATCCAACTATTATGTTATTTCGCTTGTGTTTGTTT
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TTGATTGAATGTTGTCGGGCTTTGTGCCTTGTACTGAACTCAGATTGCTTTCTTATTAAT
ACCATTTA

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

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ATTTGATATCGATCTTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AZ25JQ C 1
AF RR1AZ25TF U 1
BS 1 677 RR1AZ25TF

RD RR1AZ25JQ 677 0 0
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DS 

RD RR1AZ25TF 677 0 0
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TCCCAAGGTTGTATTCAAAACCAAAGTCTTTCACCCAAACGTCAACAGCAATGGAAACAT
ATGTTTGGGCATTCTCAAAGACCAATGGAGCCCTGCCCTTACAATCTCCAGGGTGCTTCT
TCCTGTGTGCTCTCTTCTTACAGACCCAAACCCTGACGATCCTCTGGTTCCAGAGATAGC
TAACATATACAAAACCGATAGGGGTACGAAGCCACGGCTCAGAGCTGGACCCAGAAGTAT
GCGTCGCAATAAAACTCATGACTCCAAATTAACCCTTCTTCATTCTTTTGAAAAGTGTCT
ACAACTTGTCCTTTTTCTTCTTCTTTTGCGTTTGGTCTTGTTACAAAACAGTAAAGTGGA
ATTTATTGGCGGTCTCTATTCCTCCTTGCTTTGTTTTAAATTAATTAGTGTCATTACTAT
ATTTGATATCGATCTTG

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL6543Contig1 883 2 4 U
GGGACGGACGAATCTGTTCTTCTCTTCCTCAACACTTCTATTGCCACCAATATTTGCACT
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GTTTTAGTCTGATCTTTGGTGTCCTGGTATGGGTTTTAGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CC35TF U 1
AF RR1CC35JQ C 82
BS 1 683 RR1CC35TF
BS 684 684 RR1CC35JQ
BS 685 755 RR1CC35TF
BS 756 883 RR1CC35JQ

RD RR1CC35TF 755 0 0
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CTCAAAACTCATTCTTTCGCCATAACCGCTGCTCCGAGGTAGGATTCAACAATCTCTGGT
GATTTTATTACTGGGAAGACTCAATCGAATTAGAGAAAACCCTTTATTGGACCATTTTCA
AACAAGAAAATGCCAATTCTACTGAATCTCTGAGATAACGATCAAGGTAGAACCAACTTC
TCCATCTTTCTTTTCATCCAGGAAACATCACTCGTTTGTTGAAAATCAGTTTATAAGAGT
TAGCTTTACACCCGTAGAAAAGGGATAAGAGCAAGGACCTCAGAAGGAGAGATCCCAACT
CAAAACAAAACGGGATAAGAAATATTTACAAAAGAGGGATTTCGATCCAGACTCGCCGGA
AGAAAAGATCCGCAACGGAAGAAGAAATCTGGATACACCGGAAGAGAAAAGTCCGCTAAC
CGGAAGAAACTATATCGATCTATCGATCGAAGTTAATATACAACAAAAACAAAAGGAAAA
TTTGGTAACCGATGACAATAAAGTCACCGGCCACCGAAGTGGCAATTTGATTAAGAGGCG
AACAGTAGAGAGAGGTTCCAACAAGAAAACTATTTTCCGAAAGTCTTCTTGAACTCTCTT
TTTGAACAATAGATTAACAAAAA*GAGTATTAGAAGAGAGCTGTATAGGTTTATCCTCTC
TTTCCGAAAGTCTGCTAGATATCCGACCGGTTGTT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1CC35JQ 802 0 0
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CAATCGAATTAGAGAAAACCCTTTATTGGACCATTTTCAAACAAGAAAATGCCAATTCTA
CTGAATCTCTGAGATAACGATCAAGGTAGAACCAACTTCTCCATCTTTCTTTTCATCCAG
GAAACATCACTCGTTTGTTGAAAATCAGTTTATAAGAGTTAGCTTTACACCCGTAGAAAA
GGGATAAGAGCAAGGACCTCAGAAGGAGAGATCCCAACTCAAAACAAAACGGGATAAGAA
ATATTTACAAAAGAGGGATTTCGATCCAGACTCGCCGGAAGAAAAGATCCGCAACGGAAG
AAGAAATCTGGATACACCGGAAGAGAAAAGTCCGCTAACCGGAAGAAACTATATCGATCT
ATCGATCGAAGTTAATATACAACAAAAACAAAAGGAAAATTTGGTAACCGATGACAATAA
AGTCACCGGCCACCGAAGTGGCAATTTGATTAAGAGGCGAACAGTAGAGAGAGGTTCCAA
CAAGAAAACTATTTTCCGAAAGTCTTCTTGAACTCTCTTTTTGAACAATAGATTAACAAA
AAAGAGTATTAGAAGAGAGCTGTATAGGTTTATCCTCTCTTTCCGAAAGTCTGCTAGATA
TCCGACCGGTTGTTTTAGGCCTTGACTATACTCTCTATAGGTTTATTAAAGGATTGTTGG
AAGATCTATTTGTAGGAATTAGCTTTTGTCTTAATTTATGTTTTAGTCTGATCTTTGGTG
TCCTGGTATGGGTTTTAGTGTC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL6544Contig1 783 2 1 U
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TTGTTATAATTAAAGTAGATTAATCTTTTCAAAAGTAGATTAATTAGCGTTTCAATCAAG
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TGC


BQ
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20 20 20 

AF RR1AE59JQ C 1
AF RR1AE59TF U 1
BS 1 783 RR1AE59TF

RD RR1AE59JQ 783 0 0
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CAGAGTTAGGAAGACAACAAGCACCTGGGTCATGTCCGTATTGTGGAGGTAAAGTGCAAA
TGCTTGATGTCGAAAGAAAATGGATGTTTTGTTTCGTTCCCCTCTGTTTCAAGATCAAGA
GGAAGTATTTGTGTTCTTCTTGCGATCGTCGTCTCGTTTTGTATTATTAAAATAATAATA
TTGTTATAATTAAAGTAGATTAATCTTTTCAAAAGTAGATTAATTAGCGTTTCAATCAAG
GGAAATAATTTTAGTTGGTGGCTTTTGGTACGATTTAGTAATTATCCGTGTCGTGTAAAA
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CTTTCTCTTTTGTCAGGCATTCTCTTCTTAAGTCGGTCCAAAATTAATATTATATATAAT
GGTTCTTTTAAATGTAATGATAAACTAGCTAGTTTGGTATACTTAATTCTGGCGATTTCC
TGTTCTGTATCATTACAATAGCATGTTCGAACCGTCAGTGTATATGATCTATTGTCTCTA
TCTTGCAATCAATTTCATATTTGTAATTTAATTTATACAGTATATAATAACAATTTTGCA
TGC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1AE59TF 783 0 0
GGGAACAAAAACTTCAAAACATATATTTTCAATAAAAGCCTCCGTAAGAAGTTTCTCAGA
AACAGTGAGAAGAAGAAAAAAAAACACTATAAATCTCCCCGGAAGAAACAAACAGAAAGA
GAGAAGTATCAGATCCGAGAAAAAAAATGTGTCTGGTGTGTTTATGCGATGATGAAGAGA
CAGAGTTAGGAAGACAACAAGCACCTGGGTCATGTCCGTATTGTGGAGGTAAAGTGCAAA
TGCTTGATGTCGAAAGAAAATGGATGTTTTGTTTCGTTCCCCTCTGTTTCAAGATCAAGA
GGAAGTATTTGTGTTCTTCTTGCGATCGTCGTCTCGTTTTGTATTATTAAAATAATAATA
TTGTTATAATTAAAGTAGATTAATCTTTTCAAAAGTAGATTAATTAGCGTTTCAATCAAG
GGAAATAATTTTAGTTGGTGGCTTTTGGTACGATTTAGTAATTATCCGTGTCGTGTAAAA
CCGACATTGATTTTTTAGAAGTTAGAAGTCTCTCGATATGATGTTCAAATATGATGTACC
CTTTCTCTTTTGTCAGGCATTCTCTTCTTAAGTCGGTCCAAAATTAATATTATATATAAT
GGTTCTTTTAAATGTAATGATAAACTAGCTAGTTTGGTATACTTAATTCTGGCGATTTCC
TGTTCTGTATCATTACAATAGCATGTTCGAACCGTCAGTGTATATGATCTATTGTCTCTA
TCTTGCAATCAATTTCATATTTGTAATTTAATTTATACAGTATATAATAACAATTTTGCA
TGC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL6545Contig1 813 2 2 U
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CTGCGAGAAAGGAGACTCCTTTATCAAAGAACAAACAGGGAACATGTACAAGAGTGCCAA
AAAGAAGATCGACAGAGGCGTCGCTTTTCCGACATGCGTTTCTGTAAACAACGTTGTTGG
CCATTTCTCACCTCTTGCTAGCGATGAGTCTGTGTTGGCAGAGGGTGACATGGTCAAAAT
TGATATGGGATGTCATATTGATGGGTTCATTGCCCTTGTTGGCCACACGCATGTTCTTCA
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AGTTGCTTTGAGGCTCGTTCGTCCTGGGAAGAAGAACCATCCTGTCTGAAGCTATTCAGA
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AGAACGTGATTGATGCAAGCAAAGGTTGTCTTAAGTGTAACCAGTCCCGAAACTAGGGTT
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GATGGCAAGCCTAAGCTGTTAGACGAGAAGCAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AH96TF U 1
AF RR1AH96JQ C 81
BS 1 766 RR1AH96TF
BS 767 813 RR1AH96JQ

RD RR1AH96TF 766 0 0
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ACATCATCACCTGCGAATCTTCCAGCGAGAGATGAGTTCGGACGATGAGAGAGACGAGAA
GGAGCTGGATCCCACCTCTCCCGAAGTCGTCACAAAGTACAAGAGCGCCGCTGAGATCGT
CAACAAGGCGTTGCAGGTTGTTTTGGCTGAATGCAAGCCAGGAGCTAAGATTGTCGATCT
CTGCGAGAAAGGAGACTCCTTTATCAAAGAACAAACAGGGAACATGTACAAGAGTGCCAA
AAAGAAGATCGACAGAGGCGTCGCTTTTCCGACATGCGTTTCTGTAAACAACGTTGTTGG
CCATTTCTCACCTCTTGCTAGCGATGAGTCTGTGTTGGCAGAGGGTGACATGGTCAAAAT
TGATATGGGATGTCATATTGATGGGTTCATTGCCCTTGTTGGCCACACGCATGTTCTTCA
AGAAGGACCCGTTACTGTACGCAAAGCTGATGTTATCGCTGCTGCCAATACTGCCGCTGA
AGTTGCTTTGAGGCTCGTTCGTCCTGGGAAGAAGAACCATCCTGTCTGAAGCTATTCAGA
AGGTGGCTGAAGCGTACGACTGCAAAATTGTGGAAGGGGTTCTTTCCCACCAGATGAAAC
AGAACGTGATTGATGCAAGCAAAGGTTGTCTTAAGTGTAACCAGTCCCGAAACTAGGGTT
GATGATGTTGAGTTTGAAGAGAATGAAGTGTATGCTATCGATATTG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1AH96JQ 733 0 0
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TTTTGGCTGAATGCAAGCCAGGAGCTAAGATTGTCGATCTTTGCGAGAAAGGAGACTCCT
TTATCAAAGAACAAACAGGGAACATGTACAAGAGTGCCAAAAAGAAGATCGACAGAGGCG
TCGCTTTTCCGACATGCGTTTCTGTAAACAACGTTGTTGGCCATTTCTCACCTCTTGCTA
GCGATGAGTCTGTGTTGGCAGAGGGTGACATGGTCAAAATTGATATGGGATGTCATATTG
ATGGGTTCATTGCCCTTGTTGGCCACACGCATGTTTTTCAAGAAGGACCCGTTACTGTAC
GCAAAGCTGATGTTATCGCTGCTGCCAATACTGCCGCTGAAGTTGCTTTGAGGCTCGTTC
GTCCTGGGAAGAAGAACCATCCTGTCTGAAGCTATTCAGAAGGTGGCTGAAGCGTACGAC
TGCAAAATTGTGGAAGGGGTTCTTTCCCACCAGATGAAACAGAACGTGATTGATGCAAGC
AA*GGTTGTTTTAAGTGTAACCAGTCCCGAAACTAGGGTTGATGATGTTGAGTTTGAAGA
GAATGAAGTGTATGCTATCGATATTGTGGCAAGCACTGGTGATGGCAAGCCTAAGCTGTT
AGACGAGAAGCAA

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

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TGTTGTCATCTGGCCAGTTCTCTCTCTCCCAGCACGTGTGTTTAGCAGAGGATATTTCTG
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GCCTTTGATTGAAAGCTGGGAAACGATCAAGAGCGTTTGTATGGGAATGTTCACTAACGA
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ACCAGAAGCTGAGAGGATTTATCTGCTAGAAATCGAGAAGACTAAGAAAACCGATGAAGA
AAGTTAAAGTAAGAGCAATATGGTTGTATAAAAGATTGTGTGATATCAAATCAGAACTAT
ATCCTATTGTTCAACGTGTTCCTCGTCTAATGTACTATGCACATGCCTAATTTGTTCTTA
TTCCACTTGTCGTCCTTCCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD29TF U 1
AF RR1GD29JQ C 1
BS 1 13 RR1GD29TF
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TGTTGTCATCTGGCCAGTTCTCTCTCTCCCAGCACGTGTGTTTA

QA 1 224 1 224
DS 

RD RR1GD29JQ 621 0 0
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TGTTGTCATCTGGCCAGTTCTCTCTCTCCCAGCACGTGTGTTTAGCAGAGGATATTTCTG
GTTTTGGGCAATTGTGGCTGTAGCTTGGGGAACTATAGGATCGATTGTGATAATTGGTTT
GCCTTTGATTGAAAGCTGGGAAACGATCAAGAGCGTTTGTATGGGAATGTTCACTAACGA
TAGGTTAATGAACAAGCTTGATGACTTGAACCATAGGCTTCAAGCTTTAACCAAGGCTGT
ACCAGAAGCTGAGAGGATTTATCTGCTAGAAATCGAGAAGACTAAGAAAACCGATGAAGA
AAGTTAAAGTAAGAGCAATATGGTTGTATAAAAGATTGTGTGATATCAAATCAGAACTAT
ATCCTATTGTTCAACGTGTTCCTCGTCTAATGTACTATGCACATGCCTAATTTGTTCTTA
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QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL6547Contig1 828 2 7 U
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TTACTTTCCTTGATTCCTGTATTTGTCTCTTCTTTGGTCCAAAAGGTTGCTGCTCTCTTT
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ACACGAAACTGCATAGATGGATCAGAAAGTAAGACAGTTTGAAGTTTGCACTCAAGATGG
AAGCGTTGATCGTCATGGAAATCCAGCAGTCCGAGCCAAAACCGGCAAATGGCTCACTGC
TATTCTCATTCTTGTGAACCAAGGGCTAGCGACGCTTGCCTTCTTCGGTGTAGGAGTGAA
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TTATTGGGGACGTTACAAGACTTGTGCAATCTTTCAAGCAAGTTTCGTTGCTGGGTTGGT
GATGTTATCTTTATCTACCGCTGCTTTATTACTTGAACCAAGTGGTTGTGGTATTGAAGA
GAAGCCGTGTAAGCCACACTCAACGTTCAAGACGGTTATCTTCTACCTATCAGTGTATCT
GATCGCGTTAGGTTATGGTGGTTACCAACCCAACATAGCTACCTTTGGAGCTGATCAGTT
TGATGAAGAGGACTCTGTTGAAGGACACTCAAAAATCTCGTTTTTCAGTTACTTCTACTT
GGCTCTGAATCTCGGATCGCTCTTATCGAACACAGTCTTGAGTTACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1A431TF U 1
AF RR1AI36TF U 6
BS 1 20 RR1A431TF
BS 21 21 RR1AI36TF
BS 22 592 RR1A431TF
BS 593 593 RR1AI36TF
BS 594 644 RR1A431TF
BS 645 645 RR1AI36TF
BS 646 828 RR1A431TF

RD RR1A431TF 828 0 0
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TTACTTTCCTTGATTCCTGTATTTGTCTCTTCTTTGGTCCAAAAGGTTGCTGCTCTCTTT
CTTCTCAATCCTGGTTTACTCTCTTTCTCTCTCCAAATCAAAATATCTTTGCATACTATC
ACACGAAACTGCATAGATGGATCAGAAAGTAAGACAGTTTGAAGTTTGCACTCAAGATGG
AAGCGTTGATCGTCATGGAAATCCAGCAGTCCGAGCCAAAACCGGCAAATGGCTCACTGC
TATTCTCATTCTTGTGAACCAAGGGCTAGCGACGCTTGCCTTCTTCGGTGTAGGAGTGAA
CTTGGTTCTGTTTCTGACGAGAGTGATGGGACAAGGCAATGCGGAAGCTGCCAATAATGT
CAGTAAATGGACAGGAACTGTTTACATCTTCTCTTTGCTTGGTGCTTTCCTCAGTGACTC
TTATTGGGGACGTTACAAGACTTGTGCAATCTTTCAAGCAAGTTTCGTTGCTGGGTTGGT
GATGTTATCTTTATCTACCGCTGCTTTATTACTTGAACCAAGTGGTTGTGGTGTTGAAGA
GAAGCCGTGTAAGCCACACTCAACGTTCAAGACGGTTATCTTCTGCCTATCAGTGTATCT
GATCGCGTTAGGTTATGGTGGTTACCAACCCAACATAGCTACCTTTGGAGCTGATCAGTT
TGATGAAGAGGACTCTGTTGAAGGACACTCAAAAATCTCGTTTTTCAGTTACTTCTACTT
GGCTCTGAATCTCGGATCGCTCTTATCGAACACAGTCTTGAGTTACTT

QA 1 828 1 828
DS 

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GG
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CCTTGCTTCCTGTATTTGTCTCTTCTTTGGTCCAAAAGGTTGCTGCTCTCTTTCTTGTCA
ATCCTGGTTTACTCTCTTTCTCTCTGCAAATCAAAATATCTTTGCATACTATCACACGAA
ACTGCATAGATGGATCAGAAAGTAAGACAGTTTGAAGTTTGCACTCAAGATGGAAGCGTT
GATCGTCATGGAAATCCAGCAGTCCGAGCCAAAACCGGCAAATGGCTCACTGCTATTCTC
GTTCTTGTGAACCAAGGGCTAGCGACGCTTGCCTTCTTCGGTGTAGGAGTGAACTTGGTT
CTGTTTCTGACGAGAGTGATGGGACAAGGCAATGCGGAAGCTGCCAATAATGTCAGTAAA
TGGACAGGAACTGTTTACATCTTCTCTTTGCTTGGTGCTTTCCTCAGTGACTCTTATTGG
GGACGTTACAAGACTTGTGCAATCTTTCAAGCAAGTTTCGTTGCTGGGTTGGTGATGTTA
TCTTTATCTACCGCTGCTTTATTACTTGAACCAAGTGGTTGTGGTATTGAAGAGAAGCCG
TGTAAGCCACACTCAACGTTCAAGACGGTTATCTTTTACCTATCAGTGTATCTGATCGCG
TTAGGTTATGGTGGTTACCAACCCAACATAGCTACCTTTGGAGCTGATCAGTTTGATGAA
GAGGACTCTGTTGAAGGACACTCAAAAATCTCGTTTTTCAGTTACTTCTACTTGGCTCTG
AATCTCGGATCGCTCTTATCGAACACAGTCTTGAGTTAC

QA 3 821 3 821
DS 



AS 1 2

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CTCTACCACCGCCACACCTCGACTTCTCCTCCGCCGATCACGGCGACATCTCCAAAGACA
ACCTCCTCGCCCTCTTCAAATCCCAACAAGATCTCCTCAACCACTTCTTCAAACACCTCG
ACCTCTCCCAAACCCTAGACTTCTCCCGCGTCCTCCTCTCCACCTCCGGCACCGTCTTCT
TCACCGGCGTCGGCAAATCCGCCTTCGTCGCCAACAAAATCTCCCAGACACTCATCTCCC
TCAGCTTCCGCTCCTCCTTCCTCTCCCCCCTCGACGCCCTCCACGGCGACATCGGCGCTC
TCTCCTCCCGCGACGTCCTCGTCCTCTTCAGCAAATCCGGCTCCACCGAGGAGCTTCTCC
GCCTCGTCCCCTGCGCCAAGGCCAGAGGAGCCTTCCTCGTCTCTCTCACCTCCGTTCCCG
GGAATCCTCTCGCCGGAGTCTGCTATATGAACGTGCATTTGCCGTTGCAGAGGGAGTTGT
GTCCGTTTAATCTTGCTCCCGTGACGTCTACGGCGATCCAGATGGTGTTTGGTGATACGA
TCGCGGTTGCGCTCATGGCGGCTAGGAATCTAACGAAAGATGAGTATGGAGCTAATCATC
CCGCGGGTAGGATCGGCAAGAGCTTGATTTTCAAGGTAAAGGATGTTATGAAGAAGAAAG
AAGAGCTTCCGGTTTGTAGAGAAGGAGACTTGATAATGGATCAACTAGTTGAGCTAGCCA
GCAAAGGATGTGGGTGTTTGCTTGTGGTTGATGAACATCATCGCTTGATCGGTACATTCA
CAGATGGAGATTTTCGCCGGACTCTTAAAGCAAGTGGAGAAGCTATCTTCAAACTCAGTG
TTGGAGAAATGTGCAACAGGAAGCCGAGAACAATTGGACCGGAAACAATGGCAGTTGAAG
CGATGAAGAAAATGGAGTCACCGCCATCACCTGTACAGTTTCTACCTGTGGTCACTGAAG
ACAACACCTTGATTGGAATTGTAACATTGCATGGTTTGGTTTCAGCTGGTCTCTGAATAC
GAAGCTGCCTCTATGTCCGAGTTACACACATAAGTTCATTCTTTTTTTACGTTGTGTATT
GTTGGTGATGTTCACAGCTAGTGAATGATTGTATTGTATCTATTAGTACACTCCCATGTA
TTGCATTCTCTTTACTATTTACGCAAAAGATATGTATAGAGAGTATAAGAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BR38TF U 1
AF RR1BR38JQ C 498
BS 1 696 RR1BR38TF
BS 697 1253 RR1BR38JQ

RD RR1BR38TF 696 0 0
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ACCTCTCCCAAACCCTAGACTTCTCCCGCGTCCTCCTCTCCACCTCCGGCACCGTCTTCT
TCACCGGCGTCGGCAAATCCGCCTTCGTCGCCAACAAAATCTCCCAGACACTCATCTCCC
TCAGCTTCCGCTCCTCCTTCCTCTCCCCCCTCGACGCCCTCCACGGCGACATCGGCGCTC
TCTCCTCCCGCGACGTCCTCGTCCTCTTCAGCAAATCCGGCTCCACCGAGGAGCTTCTCC
GCCTCGTCCCCTGCGCCAAGGCCAGAGGAGCCTTCCTCGTCTCTCTCACCTCCGTTCCCG
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GTCCGTTTAATCTTGCTCCCGTGACGTCTACGGCGATCCAGATGGTGTTTGGTGATACGA
TCGCGGTTGCGCTCATGGCGGCTAGGAATCTAACGAAAGATGAGTATGGAGCTAATCATC
CCGCGGGTAGGATCGGCAAGAGCTTGATTTTCAAGG

QA 1 696 1 696
DS 

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AGAGAAGGAGACTTGATAATGGATCAACTAGTTGAGCTAGCCAGCAAAGGATGTGGGTGT
TTGCTTGTGGTTGATGAACATCATCGCTTGATCGGTACATTCACAGATGGAGATTTTCGC
CGGACTCTTAAAGCAAGTGGAGAAGCTATCTTCAAACTCAGTGTTGGAGAAATGTGCAAC
AGGAAGCCGAGAACAATTGGACCGGAAACAATGGCAGTTGAAGCGATGAAGAAAATGGAG
TCACCGCCATCACCTGTACAGTTTCTACCTGTGGTCACTGAAGACAACACCTTGATTGGA
ATTGTAACATTGCATGGTTTGGTTTCAGCTGGTCTCTGAATACGAAGCTGCCTCTATGTC
CGAGTTACACACATAAGTTCATTCTTTTTTTACGTTGTGTATTGTTGGTGATGTTCACAG
CTAGTGAATGATTGTATTGTATCTATTAGTACACTCCCATGTATTGCATTCTCTTTACTA
TTTACGCAAAAGATATGTATAGAGAGTATAAGAAGT

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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CCAGAAAGCCCTTCCTCATCCTCACTCTTCTCTCCAGTACGTTGGTGTGGCTTGTGAGTC
TGATCGTCTTGTCGGGACTGTGGAGGCCTTTCCTTCCTCTGAAAGCCAATGTGGTGTGGC
CTTATGCTTTACTTGTTCTCTCCTCTGTTTGCTTCCAGGAAGCTCTTCGCTTTCTTTTCT
GGAAGCTTTACATGAGGCTTGAAGATGTCTTGGATTCCTTTGCGGATCGGATCTCTAGGC
CCCACTTGTTTCTCACTGATAAGCTTCAGATTGCTCTAGCTGGTGGTTTAGGTCATGGTG
TGGCTCATGCTGTCTTCTTTTGTTTGAGTCTCTTAACTCCCGCTTTTGGTCCAGCCACGT
TCTATGTCGACAGATGTTCGAAAGTCCCATTCTTTCTCATTTCTGCAATCATTGCTCTTG
CATTTGTCACGATCCACACATTCTCGATGGTCATTGCTTTCGAAGGGTATGCAAAAGGGA
ACAAAGTAGATCAAGTCATAGTTCCAGTCATACACCTTTCTGCTGGAATGTTGACATTGG
TGAATTTTGCATCGGAAGGCTGTATGATTGGCGTTCCTCTTCTTTACCTTGTGGCATCAC
TGACTCTTCTGCATTGTGGAAAGATGGTTTGGCAAAGGCTTATCGAAAGCCGGAACCAAA
GTGGCTCGACCTTGCGGTGATCTAGCCTCAGGCTGTCTTTTAGGCTTTATCCTCTTTAAC
TGCGTCAAAACTTAAATGTTATGTTCTTTTTTCTTTCTTAACGCAACTATGATCCTGTAT
TGTCGAAAACTTTGACAAAATTTGATTACTTTTTATAAACTTGTATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EC32TF U 1
AF RR1EC32JQ C 130
BS 1 616 RR1EC32TF
BS 617 617 RR1EC32JQ
BS 618 654 RR1EC32TF
BS 655 887 RR1EC32JQ

RD RR1EC32TF 654 0 0
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CCAGAAAGCCCTTCCTCATCCTCACTCTTCTCTCCAGTACGTTGGTGTGGCTTGTGAGTC
TGATCGTCTTGTCGGGACTGTGGAGGCCTTTCCTTCCTCTGAAAGCCAATGTGGTGTGGC
CTTATGCTTTACTTGTTCTCTCCTCTGTTTGCTTCCAGGAAGCTCTTCGCTTTCTTTTCT
GGAAGCTTTACATGAGGCTTGAAGATGTCTTGGATTCCTTTGCGGATCGGATCTCTAGGC
CCCACTTGTTTCTCACTGATAAGCTTCAGATTGCTCTAGCTGGTGGTTTAGGTCATGGTG
TGGCTCATGCTGTCTTCTTTTGTTTGAGTCTCTTAACTCCCGCTTTTGGTCCAGCCACGT
TCTATGTCGACAGATGTTCGAAAGTCCCATTCTTTCTCATTTCTGCAATCATTGCTCTTG
CATTTGTCACGATCCACACATTCTCGATGGTCATTGCTTTCGAAGGGTATGCAAAAGGGA
ACAAAGTAGATCAAGTCATAGTTCCAGTCATACACCTTTCTGCTGGAATGTTGACATTGG
TGAATTTTGCATCGGA*GGCTGTATGATTGGCGTTCCTCTTCTTTACCTTGTGG

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1EC32JQ 758 0 0
TGTCGGGACTGTGGAGGCCTTTCCTTCCTCTGAAAGCCAATGTGGTGTGGCCTTATGCTT
TACTTGTTCTCTCCTCTGTTTGCTTCCAGGAAGCTCTTCGCTTTCTTTTCTGGAAGCTTT
ACATGAGGCTTGAAGATGTCTTGGATTCCTTTGCGGATCGGATCTCTAGGCCCCACTTGT
TTCTCACTGATAAGCTTCAGATTGCTCTAGCTGGTGGTTTAGGTCATGGTGTGGCTCATG
CTGTCTTCTTTTGTTTGAGTCTCTTAACTCCCGCTTTTGGTCCAGCCACGTTCTATGTCG
ACAGATGTTCGAAAGTCCCATTCTTTCTCATTTCTGCAATCATTGCTCTTGCATTTGTCA
CGATCCACACATTCTCGATGGTCATTGCTTTCGAAGGGTATGCAAAAGGGAACAAAGTAG
ATCAAGTCATAGTTCCAGTCATACACCTTTCTGCTGGAATGTTGACATTGGTGAATTTTG
CATCGGAAGGCTGTATGATTGGCGTTCCTCTTCTTTACCTTGTGGCATCACTGACTCTTC
TGCATTGTGGAAAGATGGTTTGGCAAAGGCTTATCGAAAGCCGGAACCAAAGTGGCTCGA
CCTTGCGGTGATCTAGCCTCAGGCTGTCTTTTAGGCTTTATCCTCTTTAACTGCGTCAAA
ACTTAAATGTTATGTTCTTTTTTCTTTCTTAACGCAACTATGATCCTGTATTGTCGAAAA
CTTTGACAAAATTTGATTACTTTTTATAAACTTGTATT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

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TCCACTGGTGCAACGTGTGACTTTAACGGTGCCGCCGTCATCTCCACTTCCCCTCCTTCA
AATGCTTCAAGTTGTTTATCTTCTTCTAGCTCCACTAGTACTCCAACCACCGGAACTCCA
ACCACCGGAAATTTTACCACCGGAACTCCATCCACCGGAAATTCAACCTTGGGGATGCCA
ACCAATCCCACCACTGGAGTGCCGACTTCATCTGTATTCCCTGGAACTACTATGGGACCA
TCAGGGAGCAGTACCGGTTTCGATCCCAGCGGTGGTGAGGAGCTCTCTATCCGAACCAAG
ACCGTCATAGTACTAACCACTATCGTCGCTGTGGCATTGCAAGTTTAGGTGTGACATCAT
CTCAGACTAAGGGGTTTTACTTGCTATGGACGGCATAGATTTTGCCAACGGTGTGTTTAC
GTAGGTGAAAAGCTAGAGCTGTCTCTTTTGCTTCCCACTTTCTTTTCTGGTTTGTTTTAA
AACTCTTTTTAAGGTTTGGATTTACTTCTTTAATTAGTATTTTGTTATATATATAAAGTT
TAAAACGAATAAAGAGCTTTTCTTGCTT


BQ
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AF RR1C578JQ C 1
AF RR1C578TF U 1
BS 1 685 RR1C578TF
BS 686 688 RR1C578JQ

RD RR1C578JQ 688 0 0
GGGTCGTGTGGATCAGGTGCTGACTGTTCGCAGATTGAGCAAAATGGTTCTTGTTTCCAA
CCGAACACCGTGAAAAACCACTGTGATGTCGCCGTTAACAGCTTTTATCAGAAGAAAGTT
TCCACTGGTGCAACGTGTGACTTTAACGGTGCCGCCGTCATCTCCACTTCCCCTCCTTCA
AATGCTTCAAGTTGTTTATTTTTTTCTAGCTCCACTAGTACTCCAACCACCGGAACTCCA
ACCCCCGGAAATTTTACCACCGGAACTCCATCCACCGGAAATTCAACCTTGGGGATGCCA
ACCAATCCCACCACTGGAGTGCCGACTTCATCTGTATTCCCTGGAACTACTATGGGACCA
TCAGGGAGCAGTACCGGTTTCGATCCCAGCGGTGGTGAGGAGCTCTCTATCCGAACCAAG
ACCGTCATAGTACTAACCACTATCGTCGCTGTGGCATTGCAAGTTTAGGTGTGACATCAT
CTCAGACTAAGGGGTTTTACTTGCTATGGACGGCATAGATTTTGCCAACGGTGTGTTTAC
GTAGGTGAAAAGCTAGAGCTGTTTCTTTTGCTTCCCACTTTCTTTTCTGGTTTGTTTTAA
AACTCTTTTTAAGGTTTGGATTTACTTCTTTAATTAGTATTTTGTTATATATATAAAGTT
TAAAACGAATAAAGAGCTTTTCTTGCTT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1C578TF 685 0 0
GGGTCGTGTGGATCAGGTGCTGACTGTTCGCAGATTGAGCAAAATGGTTCTTGTTTCCAA
CCGAACACCGTGAAAAACCACTGTGATGTCGCCGTTAACAGCTTTTATCAGAAGAAAGTT
TCCACTGGTGCAACGTGTGACTTTAACGGTGCCGCCGTCATCTCCACTTCCCCTCCTTCA
AATGCTTCAAGTTGTTTATCTTCTTCTAGCTCCACTAGTACTCCAACCACCGGAACTCCA
ACCACCGGAAATTTTACCACCGGAACTCCATCCACCGGAAATTCAACCTTGGGGATGCCA
ACCAATCCCACCACTGGAGTGCCGACTTCATCTGTATTCCCTGGAACTACTATGGGACCA
TCAGGGAGCAGTACCGGTTTCGATCCCAGCGGTGGTGAGGAGCTCTCTATCCGAACCAAG
ACCGTCATAGTACTAACCACTATCGTCGCTGTGGCATTGCAAGTTTAGGTGTGACATCAT
CTCAGACTAAGGGGTTTTACTTGCTATGGACGGCATAGATTTTGCCAACGGTGTGTTTAC
GTAGGTGAAAAGCTAGAGCTGTCTCTTTTGCTTCCCACTTTCTTTTCTGGTTTGTTTTAA
AACTCTTTTTAAGGTTTGGATTTACTTCTTTAATTAGTATTTTGTTATATATATAAAGTT
TAAAACGAATAAAGAGCTTTTCTTG

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL6551Contig1 1293 2 2 U
GGAACTGATAACAGCGTCAATGGCGGAAGAGGAGGTGAAGGAGCTTGAGCACGAGAACGA
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GGACGATGACCCCAACATCAACCGTTGGGCAGTCGAGCCGTTCGATCCGGCGTGTAATCC
GACGGGCATGCTCGAAGTCAGCACATTCTCCACACTCTTTCCTCAGTACAGAGAGAAGTA
CCTTCAGGACTCTTGGCCCACGATCGAATCCGCTCTCAAACAATACGGCGTCGCTTGCAA
ACTCAACCTGGTTGAAGGATCTATGACTGTTTCGACGACGAGGAAGACTAGGGATTCTTA
TATCATTGTCAAAGCTAGGGATTTGATTAAGCTTCTCTCCAGAAGTGTTCCTGCTCCTCA
GGCAATCAAGATTCTGGAAGATGAAGTGCAATGTGATATCATCAAGATTGGAAACTTGGT
TCGGAATAAGGCAAGATTTGTTAAGAGAAGGCAACGGCTTGTGGGTCCTAATTCTTCTAC
CTTGAAGGCGATGGAAATTTTAACCGATTGTTACATTCTAGTTCAGGGAAGTACTGTAGC
CGCAATGGGTTCTTTTAAAGGTCTAAAACAAGTCCGAAGAGTTGTGGAAGAGTGCCTTCG
TAATGAAATTCATCCGGTATATCAGATAAAGAACCTAATGATGAAAAGGGAACTGGCAAA
GGATCCATCGCTTGCAACTGAAAGCTGGGATAGGTTTCTTCCTACTTTCAGGAAGAATAA
TGTTCAGCAAAAGAAGCTGAAAAGCAAGGAGAAGAAGACATATACACCGTTCCCTCCTGC
TCAGCCGCAGAGCAAGATTGATATGCAATTGGAGTCTGGGGAATACTTCATGAATGAGAA
CAAGAAGTCATAGAAGAAGTGGCAGGAGAAGCAAGAGAAACAGACAGAGAAGAGTGCAGA
GAAGAAAAGAAAGAGAGATGAATCATTCCGCCCACCTGAGGAACCTACTCAGAACAGCAA
CAACTCAAACAAATCTGAGGAGGGCAAGAAAGATTTAACAGAGTTAACACAATCCTTAAA
GAGCAAGACAAATGCTTTCAAGAAGCAGAAGAAGACGCAATATCAAGTGAATGCAGAGGA
GTATATTGCTGTTGCGTGTTAAATGTTCTAAGAAGAGTTCTAAAGTTACTGAAGATTAAT
CTTCAAGCCTTTTTGTTTGAATTTTTTTTAAGTATATGTTCAAAACTATATCAAACAAGA
TCAATCTTAATTATTATGGATCATATTTAAGCG


BQ
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AF RR1FQ83TF U 1
AF RR1F550JQ C 562
BS 1 630 RR1FQ83TF
BS 631 1293 RR1F550JQ

RD RR1FQ83TF 630 0 0
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GAACCAGAACCTGGAGAGAAAGCCGAAACACAAAGGAAAGCACGACAAGGAGAAGCCATG
GGACGATGACCCCAACATCAACCGTTGGGCAGTCGAGCCGTTCGATCCGGCGTGTAATCC
GACGGGCATGCTCGAAGTCAGCACATTCTCCACACTCTTTCCTCAGTACAGAGAGAAGTA
CCTTCAGGACTCTTGGCCCACGATCGAATCCGCTCTCAAACAATACGGCGTCGCTTGCAA
ACTCAACCTGGTTGAAGGATCTATGACTGTTTCGACGACGAGGAAGACTAGGGATTCTTA
TATCATTGTCAAAGCTAGGGATTTGATTAAGCTTCTCTCCAGAAGTGTTCCTGCTCCTCA
GGCAATCAAGATTCTGGAAGATGAAGTGCAATGTGATATCATCAAGATTGGAAACTTGGT
TCGGAATAAGGCAAGATTTGTTAAGAGAAGGCAACGGCTTGTGGGTCCTAATTCTTCTAC
CTTGAAGGCGATGGAAATTTTAACCGATTGTTACATTCTAGTTCAGGGAAGTACTGTAGC
CGCAATGGGTTCTTTTAAAGGTCTAAAACA

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1F550JQ 732 0 0
AACAGAC
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CAAGTCCGAAGAGTTGTGGAAGAGTGCCTTCGTAATGAAATTCATCCGGTATATCAGATA
AAGAACCTAATGATGAAAAGGGAACTGGCAAAGGATCCATCGCTTGCAACTGAAAGCTGG
GATAGGTTTCTTCCTACTTTCAGGAAGAATAATGTTCAGCAAAAGAAGCTGAAAAGCAAG
GAGAAGAAGACATATACACCGTTCCCTCCTGCTCAGCCGCAGAGCAAGATTGATATGCAA
TTGGAGTCTGGGGAATACTTCATGAATGAGAACAAGAAGTCATAGAAGAAGTGGCAGGAG
AAGCAAGAGAAACAGACAGAGAAGAGTGCAGAGAAGAAAAGAAAGAGAGATGAATCATTC
CGCCCACCTGAGGAACCTACTCAGAACAGCAACAACTCAAACAAATCTGAGGAGGGCAAG
AAAGATTTAACAGAGTTAACACAATCCTTAAAGAGCAAGACAAATGCTTTCAAGAAGCAG
AAGAAGACGCAATATCAAGTGAATGCAGAGGAGTATATTGCTGTTGCGTGTTAAATGTTC
TAAGAAGAGTTCTAAAGTTACTGAAGATTAATCTTCAAGCCTTTTTGTTTGAATTTTTTT
TAAGTATATGTTCAAAACTATATCAAACAAGATCAATCTTAATTATTATGGATCATATTT
AAGCG

QA 8 732 8 732
DS 



AS 1 2

CO CL6552Contig1 233 2 1 U
GGCCTACCTGCTTAACTGCTTGTTAATCCAGCTCAACAAAAGATCAGAAGTGCGCCAATT
ATCCATCACGATGATCTCACTTTTGTCTTGTTTAGGTCCTCATCGTCACCAACGAATTTT
CTGGGAGGGGCCCAAAAGAGCATTGAATAATGACTAATGGAGAACTTGTCACAGAGCTTC
GCATTCATCTGCGCTGCCAAAAAATAAGTTTTTCATATATTACACGTTGTCCG


BQ
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AF RR1A215JQ C 1
AF RR1A215TF U 1
BS 1 233 RR1A215TF

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ATCCATCACGATGATCTCACTTTTGTCTTGTTTAGGTCCTCATCGTCACCAACGAATTTT
TTGGGAGGGGCCCAAAAGAGCATTGAATAATGACTAATGGAGAACTTGTCACAGAGCTTC
GCATTCATTTGCGCTGCCAAAAAATAAGTTTTTCATATATTACACGTTGTCCG

QA 1 233 1 233
DS 

RD RR1A215TF 233 0 0
GGCCTACCTGCTTAACTGCTTGTTAATCCAGCTCAACAAAAGATCAGAAGTGCGCCAATT
ATCCATCACGATGATCTCACTTTTGTCTTGTTTAGGTCCTCATCGTCACCAACGAATTTT
CTGGGAGGGGCCCAAAAGAGCATTGAATAATGACTAATGGAGAACTTGTCACAGAGCTTC
GCATTCATCTGCGCTGCCAAAAAATAAGTTTTTCATATATTACACGTTGTCCG

QA 1 233 1 233
DS 



AS 1 2

CO CL6553Contig1 973 2 2 U
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TTCCTAAACGCGGTTTTATTGGCGTTTGCCCTTTCTGTCTCCACGAACGACTCTCTTCCC
TTTGCCCCGACTGTGCAAACGATCTCCCATGCTCCTGTAGCTCACGCGCCGCCGTGTGTT
TCTCGCCGTCGTCTTCTTCGTCTTCCTCCTCGTTTTCCCTCTTTGCCGGAGACATTACTT
TTAGTTTCTCTGGGAGCAGCGGGTCCGCAGGCCGAGTCGCGAGTTTGATCGAGTGCGAAC
CGGCGTTTCGGAGATCGAAATCGATGGCGGTTCCGATTAAACCGGATACGGTTGCCGATT
CCGTGTCGGATTTAGAACCGGGTCGTGTGCGGAGCAGGAAAACGTTGTCGTTTTGGAGTA
TGTTGATGGGAAACAGAGGAGGTGATGCGACGAAGCCGGCAATCATGAGGAAGTCGAGAT
CCGTTGCGGTCGTCGGAGATATGAAATACTCTCCGGCGACGGGAAAAGGGAAAGGATGGA
GTTTTCCGAGCCCGAGTAAGGTTTTCCGGCAATCGAAGATGGTATTTCAACAAAGATCTC
CATTGTACAGAGGTTGAGATTTTCTGTTAATTTCTTATTGTTTTTTGTTTATTTGAGTTT
ACAGCAAGGTTATTATTACTTTGAGTCAGCCAATATGATTCTTCTTTATTAATTGTGTAA
TTGTCCTGATGCAGCAAAGTTTTATCATTATCAAAGTTCTGCAAATTGAGGAATGAATGA
TAAACTTCTGTTTAGCCATTCTGCAATTCGGCAAATTCAAAATGAAATATAAAAACAAAC
CATTTTGTTAATTTTTGTTTATTGTGTTATTATTAACTAATGCCCAACAAATCGTTTAGT
TTTGACTTAAAATTTGCGAATTCGGTAAAATTCTAACTGAAACTCTTGGATATATTATTA
GTCTGGTAAAGAA


BQ
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AF RR1FV70TF U 1
AF RR1FV70JQ C 219
BS 1 568 RR1FV70TF
BS 569 973 RR1FV70JQ

RD RR1FV70TF 568 0 0
TTTTTGTAGAGAAAAAACAAAACATGGACGAAGATGGTTTTTCGCAATGTCCCAAACACT
TTCCTAAACGCGGTTTTATTGGCGTTTGCCCTTTCTGTCTCCACGAACGACTCTCTTCCC
TTTGCCCCGACTGTGCAAACGATCTCCCATGCTCCTGTAGCTCACGCGCCGCCGTGTGTT
TCTCGCCGTCGTCTTCTTCGTCTTCCTCCTCGTTTTCCCTCTTTGCCGGAGACATTACTT
TTAGTTTCTCTGGGAGCAGCGGGTCCGCAGGCCGAGTCGCGAGTTTGATCGAGTGCGAAC
CGGCGTTTCGGAGATCGAAATCGATGGCGGTTCCGATTAAACCGGATACGGTTGCCGATT
CCGTGTCGGATTTAGAACCGGGTCGTGTGCGGAGCAGGAAAACGTTGTCGTTTTGGAGTA
TGTTGATGGGAAACAGAGGAGGTGATGCGACGAAGCCGGCAATCATGAGGAAGTCGAGAT
CCGTTGCGGTCGTCGGAGATATGAAATACTCTCCGGCGACGGGAAAAGGGAAAGGATGGA
GTTTTCCGAGCCCGAGTAAGGTTTTCCG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1FV70JQ 755 0 0
CTCTTTGCCGGAGACATTACTTTTAGTTTCTCTGGGAGCAGCGGGTCCGCAGGCCGAGTC
GCGAGTTTGATCGAGTGCGAACCGGCGTTTCGGAGATCGAAATCGATGGCGGTTCCGATT
AAACCGGATACGGTTGCCGATTCCGTGTCGGATTTAGAACCGGGTCGTGTGCGGAGCAGG
AAAACGTTGTCGTTTTGGAGTATGTTGATGGGAAACAGAGGAGGTGATGCGACGAAGCCG
GCAATCATGAGGAAGTCGAGATCCGTTGCGGTCGTCGGAGATATGAAATACTCTCCGGCG
ACGGGAAAAGGGAAAGGATGGAGTTTTCCGAGCCCGAGTAAGGTTTTCCGGCAATCGAAG
ATGGTATTTCAACAAAGATCTCCATTGTACAGAGGTTGAGATTTTCTGTTAATTTCTTAT
TGTTTTTTGTTTATTTGAGTTTACAGCAAGGTTATTATTACTTTGAGTCAGCCAATATGA
TTCTTCTTTATTAATTGTGTAATTGTCCTGATGCAGCAAAGTTTTATCATTATCAAAGTT
CTGCAAATTGAGGAATGAATGATAAACTTCTGTTTAGCCATTCTGCAATTCGGCAAATTC
AAAATGAAATATAAAAACAAACCATTTTGTTAATTTTTGTTTATTGTGTTATTATTAACT
AATGCCCAACAAATCGTTTAGTTTTGACTTAAAATTTGCGAATTCGGTAAAATTCTAACT
GAAACTCTTGGATATATTATTAGTCTGGTAAAGAA

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL6554Contig1 729 2 2 U
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TGAAAGCGTGAATTGCAAATCAGAAGGATCATTCAGTGTCGTCTCCGTCCAGGTTGTATC
TCACTGTGGAGAGGGACTTTTGTCTAACCTAGTCTATGCTCTACTTGGAGTTGCAGCTAT
GTCAAGGGTGCATAAGTGTTCGACAATACTTCAACAGTTAGCTGCAATCTGCAGTTTATG
TGAGAGAACTTCATGGAAAGAAATCTTGTGCTGGAAGTCTCTCCAAGAATGGCTAAACTC
AGCGGTTTGGGCACTCCCAAGCGAGTATCTAAAGCAAGGAGAAGCAGAAAAGATAGTGAG
GGAATGGTCAGAAGCTCTGGGAGGTGCAGGGATCGATTACCTTGAGAGCAAAAGCTGCAA
CTTTAATAACAGCAGTTTAGGAGGAGGACATATGCAAGGGAAACACGGTCGAGCATTGAA
ACGATTAGTCAGAGATTTTGCAGATTCTCATCGAAACGATCCAAATCTAAACATGATATG
AAATCAACCAACCAATCATCTCTCTCTTTCCTTTTCTTGTTGTTGAAGTTAAATGGGTTC
ATTAATATTGTTGCCTTTTTGATGATGCAAATGCATCATTCTTCTTCTATATATGTCTAA
TGCTCTGTTGCTGATGTACAGTAGGAGGGAAAATAAACCTCAATGAGAAATCTCTGAAGC
ATTTCTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D614TF U 1
AF RR1D614JQ C 232
BS 1 684 RR1D614TF
BS 685 729 RR1D614JQ

RD RR1D614TF 687 0 0
GGCTTTAGCTGCACTGTCGTACTTGTCTGGTTTCTTGGAGGTTTCGCTTTCTTCCATGAT
TGAAAGCGTGAATTGCAAATCAGAAGGATCATTCAGTGTCGTCTCCGTCCAGGTTGTATC
TCACTGTGGAGAGGGACTTTTGTCTAACCTAGTCTATGCTCTACTTGGAGTTGCAGCTAT
GTCAAGGGTGCATAAGTGTTCGACAATACTTCAACAGTTAGCTGCAATCTGCAGTTTATG
TGAGAGAACTTCATGGAAAGAAATCTTGTGCTGGAAGTCTCTCCAAGAATGGCTAAACTC
AGCGGTTTGGGCACTCCCAAGCGAGTATCTAAAGCAAGGAGAAGCAGAAAAGATAGTGAG
GGAATGGTCAGAAGCTCTGGGAGGTGCAGGGATCGATTACCTTGAGAGCAAAAGCTGCAA
CTTTAATAACAGCAGTTTAGGAGGAGGACATATGCAAGGGAAACACGGTCGAGCATTGAA
ACGATTAGTCAGAGATTTTGCAGATTCTCATCGAAACGATCCAAATCTAAACATGATATG
AAATCAACCAACCAATCATCTCTCTCTTTCCTTTTCTTGTTGTTGAAGTTAAATGGGTTC
ATTAATATTGTTGCCTTTTTGATGATGCAAATGCATCATTCTTCTTCTATATATGTCTAA
TGCTCTGTTGCTGATGTACAGTAG
AGG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1D614JQ 498 0 0
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GCTAAACTCAGCGGTTTGGGCACTCCCAAGCGAGTATCTAAAGCAAGGAGAAGCAGAAAA
GATAGTGAGGGAATGGTCAGAAGCTCTGGGAGGTGCAGGGATCGATTACCTTGAGAGCAA
AAGCTGCAACTTTAATAACAGCAGTTTAGGAGGAGGACATATGCAAGGGAAACACGGTCG
AGCATTGAAACGATTAGTCAGAGATTTTGCAGATTCTCATCGAAACGATCCAAATCTAAA
CATGATATGAAATCAACCAACCAATCATCTCTCTCTTTCCTTTTCTTGTTGTTGAAGTTA
AATGGGTTCATTAATATTGTTGCCTTTTTGATGATGCAAATGCATCATTCTTCTTCTATA
TATGTCTAATGCTCTGTTGCTGATGTACAGTAGGAGGGAAAATAAACCTCAATGAGAAAT
CTCTGAAGCATTTCTATC

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 2

CO CL6555Contig1 795 2 6 U
GAACGCAACACCCGCTTCTCAAAGCGGAAGCGTTTGGGTCCCAAAAGTGAATGGGAAACA
CAACAAAGCCATCAAGAACTCTAGTTTGGAGAATCCAGAGTTCTTCTCACCTGGAGATGG
AATTGCCAAGATTTTTCCTGCTAACATCCCTGCTTACAAAGAAGTGTTGCCCGGTTTAGA
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GTTGTGTGTTGTATCCATGGCTCGTAAAGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTCCTTGC
AGCCGAAGGCATCACAGTATGTTCTTGCGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGATTAGC
AGTAATGTTGTTTCAAATAGAAGCAAACACTGAAAGTTTGGTTAGCGTTTGCGCAAAGGT
GGATCTGATCTCGGGTGTGTTGGGGTGGTCCAGTGGTTGCAGCTTGCCAAGATCAGCAGA
TAATGCTCAAGTTCTTGAGTGTTAAAGCCAAAGGAGTCGTGTTCTTGGCCATGAAGTTTT
GTCATGTTCTCTGCAAACTTGATAAGAGAAAGGGTCTGGTTGCTCGAAGTAGAGGTAGAG
AACTCTGATAATATTCTTGAAACATATCATTTTGTTTTGCAAAGAAAAAACCTTAAAAGA
GAGTCAAATTCTTTTAGATGTTTTGTGTTCAAATAAATCTAGGTCATTGTATATAGAGAC
CAGAGTGGGATGAACATACAAATGTAATATGTAGATACTCCTGTAAAACCTTATACTTGC
ACATAGAGAAACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CE76TF U 1
AF RR1CE76JQ C 72
BS 1 649 RR1CE76TF
BS 650 650 RR1CE76JQ
BS 651 702 RR1CE76TF
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BS 704 741 RR1CE76TF
BS 742 795 RR1CE76JQ

RD RR1CE76TF 743 0 0
GAACGCAACACCCGCTTCTCAAAGCGGAAGCGTTTGGGTCCCAAAAGTGAATGGGAAACA
CAACAAAGCCATCAAGAACTCTAGTTTGGAGAATCCAGAGTTCTTCTCACCTGGAGATGG
AATTGCCAAGATTTTTCCTGCTAACATCCCTGCTTACAAAGAAGTGTTGCCCGGTTTAGA
GAGTTGGCGAGCCAGTAAAATCGACTCGTGGCATCATCTGGAAGGTCACTCCATCGAGTG
GTTGTGTGTTGTATCCATGGCTCGTAAAGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTCCTTGC
AGCCGAAGGCATCACAGTATGTTCTTGCGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGATTAGC
AGTAATGTTGTTTCAAATAGAAGCAAACACTGAAAGTTTGGTTAGCGTTTGCGCAAAGGT
GGATCTGATCTCGGGTGTGTTGGGGTGGTCCAGTGGTTGCAGCTTGCCAAGATCAGCAGA
TAATGCTCAAGTTCTTGAGTGTTAAAGCCAAAGGAGTCGTGTTCTTGGCCATGAAGTTTT
GTCATGTTCTCTGCAAACTTGATAAGAGAAAGGGTCTGGTTGCTCGAAGTAGAGGTAGAG
AACTCTGATAATATTCTTGAAACATATCATTTTGTTTTGCAAAGAAAAA*CCTTAAAAGA
GAGTCAAATTCTTTTAGATGTTTTGTGTTCAAATAAATCTAG*TCATTGTATATAGAGAC
CAGAGTGGGATGAACATACAA
TG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1CE76JQ 724 0 0
TCAAGAACTCTAGTTTGGAGAATCCAGAGTTCTTCTCACCTGGAGATGGAATTGCCAAGA
TTTTTCCTGCTAACATCCCTGCTTACAAAGAAGTGTTGCCCGGTTTAGAGAGTTGGCGAG
CCAGTAAAATCGACTCGTGGCATCATCTGGAAGGTCACTCCATCGAGTGGTTGTGTGTTG
TATCCATGGCTCGTAAAGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTCCTTGCAGCCGAAGGCA
TCACAGTATGTTCTTGCGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGATTAGCAGTAATGTTGT
TTCAAATAGAAGCAAACACTGAAAGTTTGGTTAGCGTTTGCGCAAAGGTGGATCTGATCT
CGGGTGTGTTGGGGTGGTCCAGTGGTTGCAGCTTGCCAAGATCAGCAGATAATGCTCAAG
TTCTTGAGTGTTAAAGCCAAAGGAGTCGTGTTCTTGGCCATGAAGTTTTGTCATGTTCTC
TGCAAACTTGATAAGAGAAAGGGTCTGGTTGCTCGAAGTAGAGGTAGAGAACTCTGATAA
TATTCTTGAAACATATCATTTTGTTTTGCAAAGAAAAAACCTTAAAAGAGAGTCAAATTC
TTTTAGATGTTTTGTGTTCAAATAAATCTAGGTCATTGTATATAGAGACCAGAGTGGGAT
GAACATACAAATGTAATATGTAGATACTCCTGTAAAACCTTATACTTGCACATAGAGAAA
CATG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL6556Contig1 912 2 2 U
GGATACACTCGGAATCCGAATTCTAAAGACTTATGAAGAGGAATGGTCTTATATCCCAGT
AGGTGGTTCCCTGCCAAACACTGAACAAAAGAATCTCGCCTTTGGTGCTGCTGCTAGCAT
GGTACATCCCGCAACAGGCTATTCAGTAGTGAGATCTTTGTCTGAAGCTCCAAAATATGC
ATCAGTCATCACGGATATACTAAAACACGAGTCCACTGCTTCCTTCACAAAACACATCAA
CAGCAATATTTCAAGACAAGCTTGGGATACTTTATGGCCACAAGAAAGGAAACGACAAAG
AGCCTTCTTTCTCTTCGGCCTTGCCCTCATAGTCCAACTCGATATCGGAGGCATTAGGAG
CTTCTTCCACACTTTCTTCCGCCTTCCAAAATGGTTAAGGCATCCACTGATTCTTTGATT
CATAATATCAAGAAAACTGATGTTTTTGTTTCCTTTTTTTGATCAGGATGTGGCAAGGGT
TTCTAGGATCAACATTAACATCAGGAGATTTGGTTCTTTTTGCTTTGTACATGTTCGTCA
TTGCACCAAACAATTTAAGAAAAGGTCTCATTAATCATCTGGTCTCTGATCCAACCGGAG
CCACCATGATTAAAACCTATCTCAGACTATGATTCTCTCCTCCTTCACTCTTGGGTTTGT
ATATATTACAAAGTTATTGATCGACGGATGGTGTATGGTAATGTTGGTTACTAGGAAAAC
TGGATTACATCCGTGTATAGAATAATCTACGGGTCATTTTTTTGTGCTGCATTCTCATAT
TATTATTCTCATTAAGAGTTAGATTCAAAGTAATGTATGTCAATCACTAGTCCTCAATTT
ATAAACATGAGTAATACAGTATTTTGTATTTGTAATTGGTATATATAATGGTTAAACTAG
ATTTTGATCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN79TF U 1
AF RR1FN79JQ C 78
BS 1 742 RR1FN79TF
BS 743 912 RR1FN79JQ

RD RR1FN79TF 746 0 0
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GGTACATCCCGCAACAGGCTATTCAGTAGTGAGATCTTTGTCTGAAGCTCCAAAATATGC
ATCAGTCATCACGGATATACTAAAACACGAGTCCACTGCTTCCTTCACAAAACACATCAA
CAGCAATATTTCAAGACAAGCTTGGGATACTTTATGGCCACAAGAAAGGAAACGACAAAG
AGCCTTCTTTCTCTTCGGCCTTGCCCTCATAGTCCAACTCGATATCGGAGGCATTAGGAG
CTTCTTCCACACTTTCTTCCGCCTTCCAAAATGGTTAAGGCATCCACTGATTCTTTGATT
CATAATATCAAGAAAACTGATGTTTTTGTTTCCTTTTTTTGATCAGGATGTGGCAAGGGT
TTCTAGGATCAACATTAACATCAGGAGATTTGGTTCTTTTTGCTTTGTACATGTTCGTCA
TTGCACCAAACAATTTAAGAAAAGGTCTCATTAATCATCTGGTCTCTGATCCAACCGGAG
CCACCATGATTAAAACCTATCTCAGACTATGATTCTCTCCTCCTTCACTCTTGGGTTTGT
ATATATTACAAAGTTATTGATCGACGGATGGTGTATGGTAATGTTGGTTACTAGGAAAAC
TGGATTACATCCGTGTATAGAA
AATC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1FN79JQ 835 0 0
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GCTATTCAGTAGTGAGATCTTTGTCTGAAGCTCCAAAATATGCATCAGTCATCACGGATA
TACTAAAACACGAGTCCACTGCTTCCTTCACAAAACACATCAACAGCAATATTTCAAGAC
AAGCTTGGGATACTTTATGGCCACAAGAAAGGAAACGACAAAGAGCCTTCTTTCTCTTCG
GCCTTGCCCTCATAGTCCAACTCGATATCGGAGGCATTAGGAGCTTCTTCCACACTTTCT
TCCGCCTTCCAAAATGGTTAAGGCATCCACTGATTCTTTGATTCATAATATCAAGAAAAC
TGATGTTTTTGTTTCCTTTTTTTGATCAGGATGTGGCAAGGGTTTCTAGGATCAACATTA
ACATCAGGAGATTTGGTTCTTTTTGCTTTGTACATGTTCGTCATTGCACCAAACAATTTA
AGAAAAGGTCTCATTAATCATCTGGTCTCTGATCCAACCGGAGCCACCATGATTAAAACC
TATCTCAGACTATGATTCTCTCCTCCTTCACTCTTGGGTTTGTATATATTACAAAGTTAT
TGATCGACGGATGGTGTATGGTAATGTTGGTTACTAGGAAAACTGGATTACATCCGTGTA
TAGAATAATCTACGGGTCATTTTTTTGTGCTGCATTCTCATATTATTATTCTCATTAAGA
GTTAGATTCAAAGTAATGTATGTCAATCACTAGTCCTCAATTTATAAACATGAGTAATAC
AGTATTTTGTATTTGTAATTGGTATATATAATGGTTAAACTAGATTTTGATCCAC

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 2

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AAAAAAAGAGGAAACGTAATCTTACCTTCCTCCCTTTGGGAGAGATCACTATTATCATCC
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ACCTTGCGTGGGTTTTATGACCTAGTCATGGTCATGGGTCTAAAGAAAGTTGTTTTCATT
TCTACATCCCTCCAATTCTCAACATACGGAAGCTTCGGGGACTGGCTTTTGATTGTTTAT
GACTTGGCGGTTGATGGTGTTTTGTTTACGGCTTCAGACAACGATTTGAACTCAAGTCCT
GGTTACCCCGCAAATCTCGCCAAGTTCATATCTCAGGATGCGGTTATAAGGGCTAACAAC
TCTTCGTTGCTGAATTTAACACATTGGTGTTTGCCCGTCACTGCCGTATGCGCCCAGGAA
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GATTCTCATCTGGCATTCAAAATGTGGATCATCAATGATGCAGGAACATCCACACCTCAC
TCAACGACAGCTTTTTTTGTAGCGTCGCTCCTAATTGCGGAAACTTTGGCAATGCAAAAC
GCCATGATCTCTGCTCACAGTTGTGGGTTAAACTCTCTCAACTTAGAAGCCCTTGTTAAG
AAGCTTCCGGTTTTTATTTATAATTCAAACCGTTTAACCCATCCTTTTATTGCTTTAGTT
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AGCTAAGATTAATATAATTTTTGGTTTCGC


BQ
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AF RR1AG67TF U 1
AF RR1AG67JQ C 94
BS 1 748 RR1AG67TF
BS 749 870 RR1AG67JQ

RD RR1AG67TF 749 0 0
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AAAAAAAGAGGAAACGTAATCTTACCTTCCTCCCTTTGGGAGAGATCACTATTATCATCC
TCTCTTTTGAGAGAGAGAACCACTCCTCCATTTTCCCTTTACAAGAGACGTGAGAATCAA
ACCTTGCGTGGGTTTTATGACCTAGTCATGGTCATGGGTCTAAAGAAAGTTGTTTTCATT
TCTACATCCCTCCAATTCTCAACATACGGAAGCTTCGGGGACTGGCTTTTGATTGTTTAT
GACTTGGCGGTTGATGGTGTTTTGTTTACGGCTTCAGACAACGATTTGAACTCAAGTCCT
GGTTACCCCGCAAATCTCGCCAAGTTCATATCTCAGGATGCGGTTATAAGGGCTAACAAC
TCTTCGTTGCTGAATTTAACACATTGGTGTTTGCCCGTCACTGCCGTATGCGCCCAGGAA
CCATCCACCTCCTCCTTCCAGGGGAGAATTCTTTCACCACAGTCCCTCTTTATAAGAGGA
GATTCTCATCTGGCATTCAAAATGTGGATCATCAATGATGCAGGAACATCCACACCTCAC
TCAACGACAGCTTTTTTTGTAGCGTCGCTCCTAATTGCGGAAACTTTGGCAATGCAAAAC
GCCATGATCTCTGCTCACAGTTGTGGGTTAAACTCTCTCAACTTAGAAGCCCTTGTTAAG
AAGCTTCCGGTTTTTATTTATAATTCAA
C

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1AG67JQ 777 0 0
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TTCGGGGACTGGCTTTTGATTGTTTATGACTTGGCGGTTGATGGTGTTTTGTTTACGGCT
TCAGACAACGATTTGAACTCAAGTCCTGGTTACCCCGCAAATCTCGCCAAGTTCATATCT
CAGGATGCGGTTATAAGGGCTAACAACTCTTCGTTGCTGAATTTAACCCATTGGTGTTTG
CCCGTCACTGCCGTATGCGCCCAGGAACCATCCACCTCCTCCTTCCAGGGGAGAATTCTT
TCACCACAGTCCCTCTTTATAAGAGGAGATTCTCATCTGGCATTCAAAATGTGGATCATC
AATGATGCAGGAACATCCACACCTCACTCAACGACAGCTTTTTTTGTAGCGTCGCTCCTA
ATTGCGGAAACTTTGGCAATGCAAAACGCCATGATCTCTGCTCACAGTTGTGGGTTAAAC
TCTCTCAACTTAGAAGCCCTTGTTAAGAAGCTTCCGGTTTTTATTTATAATTCAAACCGT
TTAACCCATCCTTTTATTGCTTTAGTTTTCTTTAATGTAACAAGAGAGTTTCACTCTCTG
TCATTGAGTTCTCGATTTGTAATCTTCAGCTAAGATTAATATAATTTTTGGTTTCGC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL6558Contig1 798 2 6 U
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CCTTCAAGTGTGATGGTTGCAATGAAGTAGGGATCGGCTCTCGGTATCGCTGCTCCAATG
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AGATGTTGGTGGAGAATTGGCAGGAGCTGTACAATGGACAAAGTGGTAAAAGCATAGAAG
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AAGTCCAGAAGTGCTGTGAGATCGCTGGAATGGCCGTGCAGTTCGTTATCTCTGCCGTGC
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CCACCTTCTAATTAATGATATCTCCATCTTCCTACTTTGGGTGTTCACTTATCGTGTTAT
ATATAAAAACTCTTAACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FL40TF U 1
AF RR1FL40JQ C 42
BS 1 646 RR1FL40TF
BS 647 647 RR1FL40JQ
BS 648 696 RR1FL40TF
BS 697 697 RR1FL40JQ
BS 698 710 RR1FL40TF
BS 711 798 RR1FL40JQ

RD RR1FL40TF 710 0 0
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GACGGTACTGCAACGCGTGCCAGAAGGACGTGTCCGGATTCGTGTACCATTGCAGGGCAT
GCGGTTTTGATCTTCACCCGTGTTGTGCTATGCTTCCTATGGTTTTGGACGATGGAGAGA
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QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1FL40JQ 757 0 0
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GTGTACCATTGCAGGGCATGCGGTTTTGATCTTCACCCGTGTTGTGCTATGCTTCCTATG
GTTTTGGACGATGGAGAGACCAAGCTCTTCCTTCACCGCAAAGTTAGCTCGTCCTGTCAT
CGATGTGGAAGAAAAGGCCGTAGCTGGAGTTACAGGTCGTCTTGCAAAAAGTACAATCTC
CACGTAGCGTGCGTGAGGGAGATGTTGGTGGAGAATTGGCAGGAGCTGTACAATGGACAA
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TGTTCACTTATCGTGTTATATATAAAAACTCTTAACT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

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TACAGCCTCCTTATCTTCTTCCTTTTGGTGCTTGACAACCTCCACAGGCCACTCGTTTAC
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AATTTGGATGACAGCAGCAGCTTCTTCAGGTTTATGTTCTAGCAGAAAACCCTTTGCACA
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BQ
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AF RR1DF78JQ U 1
AF RR1GV54JQ U 28
BS 1 95 RR1DF78JQ
BS 96 96 RR1GV54JQ
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BS 688 703 RR1DF78JQ
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RD RR1DF78JQ 703 0 0
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AAGTCCTCAGTTGAGCAGAGCTTCATTCTTGTTTAACTCATCCAGATCCACACTCACTCT
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TACAGCCTTCTTATCTTCTTCCTTTTGGTGCTTGACAACCTCCACAGGCCACTCGTTTAC
CAGCTTCTTGAATTCAGCTTCAAGTGCTGACTTCTTCTCATCAGGATATGCCTGGGAGAT
AATTTGGATGACAGCAGCAGCTTCTTCAGGTTTATGTTCTAGCAGAAAACCCTTTGCACA
TGAAAAGGCTGCGGAAAGAGTGTGTTGGGTGTAAGTCTCAGATCTCAGCTTATCAACCTT
CCATAACGCCTCTGTGTCTCCTCTTTTGGCAGCAAATTCCATCCATACATCAAATGTGGT
CTTCCTTAACTTGACTCCAGCTTTGCGGAATTTCTTAGAATAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1GV54JQ 747 0 0
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AACAGATCTTATACTTGCAGAATAATGGATCCCAAGTCCTCAGTTGAGCAGAGCTTCATT
CTTGTTTAACTCATCCAGATCCACACTCACTCTTAAACCCGACTTCGCCAAAGCATTGAC
CATTGCAGGGATCTCCGATCTCAGTGAAGCTGCTACAGCCTCCTTATCTTCTTCCTTTTG
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TGACTTCTTCTCATCAGGATATGCCTGGGAGATAATTTGGATGGCAGCAGCAGCTTCTTC
AGGTTTATGTTCTAGCAGAAAACCCTTTGCACATGAAAAGGCTGCGGAAAGAGTGTGTTG
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GGCAGCAAATTCCATCCATACATCAAATGTGGTCTTCCTTAACTTGACTCCAGCTTTGCA
GAATTTCTTAGAATACTTAGCTAATAGATCCCAGCTATCTGTCTCATGGCAGATCCTGAA
AACTAAATCCGCTGTACCGGGTTGTAG

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL6560Contig1 707 2 3 U
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GATAACATCCTCCCGTCGAGGATCAGGAGAAGATCGATCCAGCCTGGTGTCTACTTCTCC
AATGACCGTGGCGGCGGTGATGATAGTGACGCTTAGACCTTATAGCTATATAATATAATG
AAAGGGTAGTAGTGTTAAGAAATCTTGTCTTATTAGTTCCTTTAGTTCTAAAGAGAGTTC
CGTCTCTGTTCAGTGAATTATTTGGTCGTAATCTAATGTTTCCACGC


BQ
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D788TF U 1
AF RR1EA83TF U 1
BS 1 235 RR1D788TF
BS 236 236 RR1EA83TF
BS 237 707 RR1D788TF

RD RR1D788TF 707 0 0
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GATCTCTGTTGCCAAGAGCAGGGTAATGTGTCAAACAAGGCTCAGAAGCTTAATCCTTGG
TCGAGTTCTGCTGATTCTGAGTCCGGAGGCAAGGAAGTTAGTGGAATCTGCGTCGAGAAT
CTGAGTTCTTCTTCTTCTACTGATGGAAAAATTGGGACAGAGTCATCGAATTCGCTTGAG
GAAGCAGCTGGTTCTGTATCGGAGAAGGTTGAGAATGTCGTTTCCAAAGAGAACCAAGAA
GGTGGAGTTGGAGAGGAAGAGGAAGATGATAGGAAAGGTAAAGGCTTCTCGAGAGAGGAC
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GATGGTGATGAGTACGACGAAAGCGAGTTGTCCGACGATCCTTTGGCGGAGGTGGATTTG
GATAACATCCTCCCGTCGAGGATCAGGAGAAGATCGATCCAGCCTGGTGTCTACTTCTCC
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AAAGGGTAGTAGTGTTAAGAAATCTTGTCTTATTAGTTCCTTTAGTTCTAAAGAGAGTTC
CGTCTCTGTTCAGTGAATTATTTGGTCGTAATCTAATGTTTCCACGC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1EA83TF 686 0 0
TCATCTATGGCGGACGTCGAGAATAAGCCGGGATCGTCGTTTCCGGTTAAGAGGAAACCG
GATCTCTGTTGCCAAGAGCAGGGTGATGTGTCAAACAAGGCTCAGAAGCTTAATCCTTGG
TCGAGTTCTGCTGATTCTGAGTCCGGAGGCAAGGAAGTTAGTGGAATCTGCGTCGAGAAT
CTGAGTTCTTCTTCTTCTACTGATGGAAAAATTGGGACAGAGTCATCGAATTCGCCTGAG
GAAGCAGCTGGTTCTGTATCGGAGAAGGTTGAGAATGTCGTTTCCA**GAGAACCAAGAA
GGTGGAGTTGGAGAGGAAGAGGAAGATGATAGGAAAGGTAAAGGCTTCTCGAGAGAGGAC
AAGGGAAAAGGAAAATTGATCGAAATTGATGACAGTGACGATAGTGATGATGACGACGAA
GATGGTGATGAGTACGACGAAAGCGAGTTGTCCGACGATCCTTTGGCGGAGGTGGTTTTG
GATAACATCCTCCCGTCGAGGATCAGGAGAAGATCGATCCAGCCTGGTGTCTACTTCTCC
AATGACCGTGGCGGCGGTGATGATAGTGACGCTTAGACCTTATAGCTATATAATATAATG
AA*GGGTAGTAGTGTTAAGAAATCTTGTCTTATTAGTTCCTTTAGTTCTAAAGAGAGTTC
CGTCTCTGTTCAGTGAATTATTTGGT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL6561Contig1 717 2 2 U
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AATTTCACTGAGGAAGAAGACGAACTCATCATCAAACTCCGTACCTTACTCGGTAACAAA
TGGTCGTTGATTGCTGGGAGATTAGCAGGAAGAACAGACAACGAGATCAAAAACTATTGG
AACACTCGCATCAAGAGGAAGCTTGTAAGCCGCGGGATTGACCCAAACACCCATCGTCCG
ATCAACGAATCCGCAATCCCTCCTTCAAAAACAACAACATCGTCACTTCTAAACGACGAG
CCTGTACAATTCGATTTGGCCGGACCGGATCAACATCAGACGGTTAAACCGTAACCGATG
GCGCTAGACCGGGAAGAGGTTAATAATGATATCAACAATAATAACTCCACGAGCAGTGGA
ACGACGTCGGACGACGATTGTGTACTCAATTTGGAACTCTCTGTTGGTCTGGCTACTACG
AGGTACCAGTCAACCCGGAAGGCAAGTCTTGACTCGGTCGAGTCCACTGGACGGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CZ32TF U 1
AF RR1CZ32JQ C 175
BS 1 344 RR1CZ32TF
BS 345 717 RR1CZ32JQ

RD RR1CZ32TF 344 0 0
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AAAGCTCACATGAACAAAGTAGCTTGGACTAAAGAAGAAGATCATCTTCTCGTTGATTAC
ATCCGCAAACACGGCGAAGGTTGCTGGCGTTCTCTCCCTCGAGCCGCCGGATTACAAAGA
TGTGGTAAGAGTTGTAGGTTGAGATGGATGAATTATCTAAGACCAGATCTCAAGAGAGGT
AATTTCACTGAGGAAGAAGACGAACTCATCATCAAACTCCGTACCTTACTCGGTAACAAA
TGGTCGTTGATTGCTGGGAGATTAGCAGGAAGAACAGACAACGA

QA 1 344 1 344
DS 

RD RR1CZ32JQ 543 0 0
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AGAGGTAATTTCACTGAGGAAGAAGACGAACTCATCATCAAACTCCGTACCTTACTCGGT
AACAAATGGTCGTTGATTGCTGGGAGATTAGCAGGAAGAACAGACAACGAGATCAAAAAC
TATTGGAACACTCGCATCAAGAGGAAGCTTGTAAGCCGCGGGATTGACCCAAACACCCAT
CGTCCGATCAACGAATCCGCAATCCCTCCTTCAAAAACAACAACATCGTCACTTCTAAAC
GACGAGCCTGTACAATTCGATTTGGCCGGACCGGATCAACATCAGACGGTTAAACCGTAA
CCGATGGCGCTAGACCGGGAAGAGGTTAATAATGATATCAACAATAATAACTCCACGAGC
AGTGGAACGACGTCGGACGACGATTGTGTACTCAATTTGGAACTCTCTGTTGGTCTGGCT
ACTACGAGGTACCAGTCAACCCGGAAGGCAAGTCTTGACTCGGTCGAGTCCACTGGACGG
TGG

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 2

CO CL6562Contig1 847 2 4 U
GAACAACCAGTCGTCTCTTAATGCTGCTTTGTCAAATGCAATCGAGTCTGAGCTCTTGGC
ACGGAGGGAAGCTCTGTTTTTGGAGCGGGATCCTCGGGTGGAGTCATTTGTTCAGCCTTC
TGGAGTTTCTATCTACAGTCAGGATCCTGCAATGTCTGCTGCTAGACACTCTCCTGGCCT
TTCTCGTGTTTCTGCTGCTTTTGTTACACAGGTATCTCAAACGATGCAAATACCGTTCTC
CTATGCGGAGGATATTATCGGTTTAGAAGGAGCTAATATAGCCTTCATCCGTAGAAGAAG
CGGATGCACCATAACCATTCAAGAGAGTCCACATCCTGATCAAATCACAGTGGAAATCAA
AGGCACTTCTTCTCAAGTACAAACTGCTCAGCAACTATTTCAAGTAATAACACATTCCAT
CAAATATGTTGCGTGAAATGGTATTGGAAAAAAAAAACAACCTTCAAGAGCCGCTCTCGA
GCAGCGGCTACATTGGCACAGAGGCGGTGCAGTATAGACCAACAGCATACTCTCAGCTTG
CGGGTCCGTCGGCGTCGAACTACACGCCGTCACTCAATGGGCAAACTTATAGAACGGAAT
ATAGACCAGCTTCTGATGTTGGGGGCTACAACACTTACAATTTATGAATCGTTTGCTGTG
TGTGGGTTATTTACGTACGGGGTTTTAGAGAGGAGGTTCATTTATGATAGAGAGGGAAAG
AACAAGTGCTAGAGGGAGAGCCAATGTAGCTGAATGTGTTATGTAAATTTAGGTATTTGT
TTTTTTAAAAAGTTTAATTTCGATGTTTTACACGACAGATTTGGTCACACTATCAAATAA
GAACAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE37TF U 1
AF RR1GE37JQ C 398
BS 1 622 RR1GE37TF
BS 623 623 RR1GE37JQ
BS 624 677 RR1GE37TF
BS 678 847 RR1GE37JQ

RD RR1GE37TF 677 0 0
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ACGGAGGGAAGCTCTGTTTTTGGAGCGGGATCCTCGGGTGGAGTCATTTGTTCAGCCTTC
TGGAGTTTCTATCTACAGTCAGGATCCTGCAATGTCTGCTGCTAGACACTCTCCTGGCCT
TTCTCGTGTTTCTGCTGCTTTTGTTACACAGGTATCTCAAACGATGCAAATACCGTTCTC
CTATGCGGAGGATATTATCGGTTTAGAAGGAGCTAATATAGCCTTCATCCGTAGAAGAAG
CGGATGCACCATAACCATTCAAGAGAGTCCACATCCTGATCAAATCACAGTGGAAATCAA
AGGCACTTCTTCTCAAGTACAAACTGCTCAGCAACTATTTCAAGTAATAACACATTCCAT
CAAATATGTTGCGTGAAATGGTATTGGAAAAAAAAAACAACCTTCAAGAGCCGCTCTCGA
GCAGCGGCTACATTGGCACAGAGGCGGTGCAGTATAGACCAACAGCATACTCTCAGCTTG
CGGGTCCGTCGGCGTCGAACTACACGCCGTCACTCAATGGGCAAACTTATAGAACGGAAT
ATAGACCAGCTTCTGATGTTGGTGGCTACAACACTTACAATTTATGAATCGTTTGCTGTG
TGTGGGTTATTTACGTA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1GE37JQ 450 0 0
TTTCAAGTAATAACACATTCCATCAAATATGTTGCGTGAAATGGTATTGGAAAAAAAAAA
CAACCTTCAAGAGCCGCTCTCGAGCAGGGGCTACATTGGCACAGAGGCGGTGCAGTATAG
ACCAACAGCATACTTTCAGCTTGGGGGTCCGTCGGGGTCGAACTACACGCCGTCACTCAA
TGGGCAAACTTATAGAACGGAATATAGACCAGCTTTTGATGTTGGGGGCTACAACACTTA
CAATTTATGAATCGTTTGCTGTGTGTGGGTTATTTACGTACGGGGTTTTAGAGAGGAGGT
TCATTTATGATAGAGAGGGAAAGAACAAGTGCTAGAGGGAGAGCCAATGTAGCTGAATGT
GTTATGTAAATTTAGGTATTTGTTTTTTTAAAAAGTTTAATTTCGATGTTTTACACGACA
GATTTGGTCACACTATCAAATAAGAACAGT

QA 1 450 1 450
DS 



AS 1 2

CO CL6563Contig1 1206 2 4 U
GGTGTTCTTGTCCACCAGAGAGGAGAAAGATGCCAAGACATTTGCAGAGTGGGGAATAGA
TTACTTGAAGTATGACAACTGCAACCACGACGGCTCGAGACCAACGGTCAGGTACCCAGA
AATGAGATGGTGAAGATGTCAATACTTATGATGATGATGTCATCAACGTTGATGACGATG
GTAGACTCTTCTAGAACAGTCCGAAGAGCCCGTGACGACTCTGAGATCTTAAGAAGACAT
TTGCTCGCTAATGGCCTCGGCGTCACTCCTCCCATGGGGTGGAACAGCTGGAACCATTTC
AACTGTAACATAAACGAGAAAGTCATCAAAGAAACTGCTGATGCTTTGGTTACCACTGGC
CTCTCTAAGCTCGGTTACAACTATGTTAACATCGATGATTGCTGGGCTGAACTTTCTCGT
GACAAAAAGGGAAAACTGGTGCCGAAGAAGTCAACGTTCCCTTCTGGCATTAAAGCGCTT
GCGGATTATGTTCACAGCAAGGGCCTTAAGCTTGGGATTTACTCTGATGCAGGGTATTTG
ACATCCAGCTCTATGGGGAGCTCCAATAGGCAACAGTTGGAGAACTACTAATGACATCAG
TGATAACTGGTCTAGTATGATATCAATTGCAGACATGAACGAAATCTATGCTGAGCATGC
AAAGCCTGGTGGCTGGAACGATCCGGATATGCTTGAAGTGGGGAATGGAGGGATGACTAA
AGACGAGTACATAGTCCATTTCAGCATATGGGCAATCTCAAAGGCTCCCCTTCTACTTGG
CTGTGACATAAGAAACATGACCAAAGAGACTATGGAGACTGTGGCAAACAAGGAGGTCAT
TGCTATTAATCAAGATCCACATGGTGTTCAGGCCAAGAAAGCTAGAATGGAAGGTGATAT
CCAGGTCTGGGCAGGACCATTGTCAGGTTACAGAGTAGCCTTGCTTCTGTTGAACCGTGG
ACCAAAACGATCTGACATTACTGCTTTTTGGGATGATATTGAGATTCCTGCAAACAGCAT
TGTTGAAGCCAGAGATCTATGGAAGCACAAGACACTGAAGCAAAAGTTTGTAGGGAACTT
GACGGCAACAGTTGATTCTCATGCTTGCAAGTTGTATATTCTCAAACCTGTTGCCTGATG
TAATATCCAATTGTTCTGTTGAAAACAATAACTGTTCGTATCAATAAAGTGTTCCACGTT
ATGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1BE33TF U 1
AF RR1BE33JQ C 552
BS 1 794 RR1BE33TF
BS 795 795 RR1BE33JQ
BS 796 828 RR1BE33TF
BS 829 1206 RR1BE33JQ

RD RR1BE33TF 828 0 0
GGTGTTCTTGTCCACCAGAGAGGAGAAAGATGCCAAGACATTTGCAGAGTGGGGAATAGA
TTACTTGAAGTATGACAACTGCAACCACGACGGCTCGAGACCAACGGTCAGGTACCCAGA
AATGAGATGGTGAAGATGTCAATACTTATGATGATGATGTCATCAACGTTGATGACGATG
GTAGACTCTTCTAGAACAGTCCGAAGAGCCCGTGACGACTCTGAGATCTTAAGAAGACAT
TTGCTCGCTAATGGCCTCGGCGTCACTCCTCCCATGGGGTGGAACAGCTGGAACCATTTC
AACTGTAACATAAACGAGAAAGTCATCAAAGAAACTGCTGATGCTTTGGTTACCACTGGC
CTCTCTAAGCTCGGTTACAACTATGTTAACATCGATGATTGCTGGGCTGAACTTTCTCGT
GACAAAAAGGGAAAACTGGTGCCGAAGAAGTCAACGTTCCCTTCTGGCATTAAAGCGCTT
GCGGATTATGTTCACAGCAAGGGCCTTAAGCTTGGGATTTACTCTGATGCAGGGTATTTG
ACATCCAGCTCTATGGGGAGCTCCAATAGGCAACAGTTGGAGAACTACTAATGACATCAG
TGATAACTGGTCTAGTATGATATCAATTGCAGACATGAACGAAATCTATGCTGAGCATGC
AAAGCCTGGTGGCTGGAACGATCCGGATATGCTTGAAGTGGGGAATGGAGGGATGACTAA
AGACGAGTACATAGTCCATTTCAGCATATGGGCAATCTCAAAGGCTCCCCTTCTACTTGG
CTGTGACATAAGAA*CATGACCAAAGAGACTATGGAGACTGTGGCAAA

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1BE33JQ 655 0 0
TATGGGGAGCTCCAATAGGCAACAGTTGGAGAACTACTAATGACATCAGTGATAACTGGT
CTAGTATGATATCAATTGCAGACATGAACGAAATCTATGCTGAGCATGCAAGGCCTGGTG
GCTGGAACGATCCGGATATGCTTGAAGTGGGGAATGGAGGGATGACTAAAGACGAGTACA
TAGTCCATTTCAGCATATGGGCAATCTCAAAGGCTCCCCTTCTACTTGGCTGTGACATAA
GAAACATGACCAAAGAGACTATGGAGACTGTGGCAAACAAGGAGGTCATTGCTATTAATC
AAGATCCACATGGTGTTCAGGCCAAGAAAGCTAGAATGGAAGGTGATATCCAGGTCTGGG
CAGGACCATTGTCAGGTTACAGAGTAGCCTTGCTTCTGTTGAACCGTGGACCAAAACGAT
CTGACATTACTGCTTTTTGGGATGATATTGAGATTCCTGCAAACAGCATTGTTGAAGCCA
GAGATCTATGGAAGCACAAGACACTGAAGCAAAAGTTTGTAGGGAACTTGACGGCAACAG
TTGATTCTCATGCTTGCAAGTTGTATATTCTCAAACCTGTTGCCTGATGTAATATCCAAT
TGTTCTGTTGAAAACAATAACTGTTCGTATCAATAAAGTGTTCCACGTTATGCTT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL6564Contig1 754 2 2 U
GGTGACTATGTGGGGGAGATCGAGATGATTGATTCCAAGCATGTGCTGCGAGTTGACCAG
GAGGAGCTTGAGACGGTGATTCCACAGATTGGAGGGTTGGTGAAGATTGTGAATGGGGCG
TATCGTGGTTCAAATGCTAGGTTGTTGGGTGTGGATACGGAGAAGTTTTGTGCTAAAGTG
CAGATTGAGAAGGGTGTCTATGAAGGAAGAATCATCAAGTCCATTGAGTATGAAGACATT
TGCAAACTGGCGTAGTTGCTATATCTTTAGACCATTATATCAGCTTTATGGTACATTGTG
TTTCCACTTTGAACCTTTTTTGTGTCTGCAAGCCTTTCTTTGTGTCTGCAAGTGAGTTTC
AGACAACTCACTGTCAATGATAAAACAGTGTTCAAAAGATTCTGGCTTTTGGTTCCTTTC
ATTCTCTTTTGTCCAACCAAGCGAACAGGGTTTGCATCTTAGGTACTGCAGATGGAGATT
CTGGCTTTTGGTTGAAGATGATGGGTTTGACTGCATTATGATTCCTGATGGAACGTCTCA
TGAGTCACCAAAGGTACCGCAGATGAGATTCTGTTTCATGTCATGTTCTTTACTGTATTG
TCTTTGATTTTCATTGGTTTACTCGATGTTGTTGTACGTGTGACTACTGTAGTATCTTTA
AGAAACCATGTGGTGTTTTGATTGTGCTTTCGCAAACAAACTCCCAAGTTGACTTCTGAG
ATGAAATGCCATGAAGGGAAAACACATTTAGGTT


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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AF RR1BE83TF U 1
AF RR1BE83JQ C 57
BS 1 749 RR1BE83TF
BS 750 754 RR1BE83JQ

RD RR1BE83TF 749 0 0
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GAGGAGCTTGAGACGGTGATTCCACAGATTGGAGGGTTGGTGAAGATTGTGAATGGGGCG
TATCGTGGTTCAAATGCTAGGTTGTTGGGTGTGGATACGGAGAAGTTTTGTGCTAAAGTG
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TGCAAACTGGCGTAGTTGCTATATCTTTAGACCATTATATCAGCTTTATGGTACATTGTG
TTTCCACTTTGAACCTTTTTTGTGTCTGCAAGCCTTTCTTTGTGTCTGCAAGTGAGTTTC
AGACAACTCACTGTCAATGATAAAACAGTGTTCAAAAGATTCTGGCTTTTGGTTCCTTTC
ATTCTCTTTTGTCCAACCAAGCGAACAGGGTTTGCATCTTAGGTACTGCAGATGGAGATT
CTGGCTTTTGGTTGAAGATGATGGGTTTGACTGCATTATGATTCCTGATGGAACGTCTCA
TGAGTCACCAAAGGTACCGCAGATGAGATTCTGTTTCATGTCATGTTCTTTACTGTATTG
TCTTTGATTTTCATTGGTTTACTCGATGTTGTTGTACGTGTGACTACTGTAGTATCTTTA
AGAAACCATGTGGTGTTTTGATTGTGCTTTCGCAAACAAACTCCCAAGTTGACTTCTGAG
ATGAAATGCCATGAAGGGAAAACACATTT

QA 1 749 1 749
DS 

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CATTTGCAAACTGGCGTAGTTGCTATATCTTTAGACCATTATATCAGCTTTATGGTACAT
TGTGTTTCCACTTTGAACCTTTTTTGTGTTTGCAAGCCTTTCTTTGTGTTTGCAAGTGAG
TTTCAGACAACTCACTGTCAATGATAAAACAGTGTTCAAAAGATTTTGGCTTTTGGTTCC
TTTCATTTTCTTTTGTCCAACCAAGCGAACAGGGTTTGCATTTTAGGTACTGCAGATGGA
GATTTTGGCTTTTGGTTGAAGATGATGGGTTTGACTGCATTATGATTCCTGATGGAACGT
TTCATGAGTCACCAAAGGTACCGCAGATGAGATTCTGTTTCATGTCATGTTCTTTACTGT
ATTGTCTTTGATTTTCATTGGTTTACTCGATGTTGTTGTACGTGTGACTACTGTAGTATC
TTTAAGAAACCATGTGGTGTTTTGATTGTGCTTTCGCAAACAAACTCCCAAGTTGACTTT
TGAGATGAAATGCCATGAAGGGAAAACACATTTAGGTT

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

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ATCTTCTCCTTGTCTGTCTGCTAACCTCGTCAAGCCTCTCAATGGCGATCGTTACCTCGT
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GAAACGTCCTTTTGGCCCCAGACTTGATGTAATGATACTTTATCAAATCTTGATTTTTCT
CTCTCTGTTACAGTGTGTATTGATTCGAGTTATTAGATTGTTTTGTAATAGTTTAGTGCG
GAAGATGCTGTTCAACACCAGCTTGATGCATTGAAGTATAACGACCATCCTCGTTATGAT
TATGGCATCGAGGTCATGTATCGGTTTGCTGGATTCGACCCGTTTGAGAGATCCACCTAT
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TAAATACTGGGACACAACTCTGTAAACTTATGTTAATATTATACGCAATTAGTAACATAT
GTTATTTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AD50TF U 1
AF RR1AD50JQ C 68
BS 1 691 RR1AD50TF
BS 692 692 RR1AD50JQ
BS 693 734 RR1AD50TF
BS 735 851 RR1AD50JQ

RD RR1AD50TF 734 0 0
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GAAACGTCCTTTTGGCCCCAGACTTGATGTAATGATACTTTATCAAATCTTGATTTTTCT
CTCTCTGTTACAGTGTGTATTGATTCGAGTTATTAGATTGTTTTGTAATAGTTTAGTGCG
GAAGATGCTGTTCAACACCAGCTTGATGCATTGAAGTATAACGACCATCCTCGTTATGAT
TATGGCATCGAGGTCATGTATCGGTTTGCTGGATTCGACCCGTTTGAGAGATCCACCTAT
TTCGGTCCTTTCTTTGATCTAGGACAGTTTGAAAGGTTTCGGCGTATTTTTCACCACTCG
TCTTACCGTGTGTTGCTTGGTCACAAGGATAGAAAGATCTTAAGCAGTTTGCTCGTTGAA
GAGAACCGTTTCAAGCAGAGGATTTGGATTCAAGGAACTCGGCCTGAGGAAGAAGAGATA
TTTGAATTCACAATGTTCCAGCGGATAGGCGGTTCATGGGATGGTTATTGGTTGACAGAG
AGCTTGCTTCATGATGGAGATGTCTTTTCAG*AGGGATGGCTTACTGATTCAGTTGGCCT
TGAGCTTCATTTCC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1AD50JQ 784 0 0
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TCTTCTTCCGATGTTCCCGATTTCCTCTCTGCGGATTGGTTGGAGAGTCGTAGGAAACGT
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TTACAGTGTGTATTGATTCGAGTTATTAGATTGTTTTGTAATAGTTTAGTGCGGAAGATG
CTGTTCAACACCAGCTTGATGCATTGAAGTATAACGACCATCCTCGTTATGATTATGGCA
TCGAGGTCATGTATCGGTTTGCTGGATTCGACCCGTTTGAGAGATCCACCTATTTCGGTC
CTTTCTTTGATCTAGGACAGTTTGAAAGGTTTCGGCGTATTTTTCACCACTCGTCTTACC
GTGTGTTGCTTGGTCACAAGGATAGAAAGATCTTAAGCAGTTTGCTCGTTGAAGAGAACC
GTTTCAAGCAGAGGATTTGGATTCAAGGAACTCGGCCTGAGGAAGAAGAGATATTTGAAT
TCACAATGTTCCAGCGGATAGGCGGTTCATGGGATGGTTATTGGTTGACAGAGAGCTTGC
TTCATGATGGAGATGTCTTTTCAGGAGGGATGGCTTACTGATTCAGTTGGCCTTGAGCTT
CATTTCCTTTTCAGGTTATCCATACTTCTTCGGTCAGATCGTATTCATATACGTAAATAC
TGGGACACAACTCTGTAAACTTATGTTAATATTATACGCAATTAGTAACATATGTTATTT
ATCT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL6566Contig1 866 2 2 U
GGGGTCCTGCAATGAAATCAATCAAGCAGAAGATGGAGAGAGATGTTGATGAAGTTGGAA
GAATCTCTCGCTTCATCAAAGGAAAGATCGAAGAAGTTGATAGAGAGAATCTAGAGAACC
GGAGTAAACCAGGTTGTGGGAAAGGAACTGGAGTAGACAGAACAAGAACAGCCACAACTA
TAGCGATAAAGAAGAAGTTCAAGGACAAGATATCTGAATTCCAAACTCTAAGACAAAACA
TTCACCAAGAATACAGAGAAGTTGTTGAGAGGCGTGTGTTTACAGTGACTGGGCAACGAG
CTGATGAAGAGATGGTGGATAGATTGATTGAAACAGGAGACAGTGAGCAGATTTTTGAGA
AAGCAATCATGGAGCAAGGGTGAGGCCAGATAATGGATACACTGGCTGAGATTCAGGGAC
GCCATGATGCTGTCAGAGATTTAGAGAAGAAACTCCTTGACCTCCAACAAGTGTTTCTTG
ATATGGCAGTGCTGGTGGGTGCACAGGGAGAGATGCTAGACAACATAGAGAATATGGTCT
CCAGCGCTGTGGATCATGTTCAATCCGGGAACAACCACCTAACAAAGGCACTAAAGAAAC
AGAAAAGTTCAAGGAAATGGATGTGCATTGCCATCCTCATCCTTCTTATCATCATCATCA
TTACCGTTGTCTCTGTTATCAAACCATGGACACAGAAACATGGTGGTGCTTAGGGTTCTC
TTCTCCCTGCCCTGCTTCTGAAGCTTTTGTATACGACAGTTTAACATATACATACATGTA
TCAACGCATCACACAACATCCTTCCCATTGTCACTAAGAAAATGATGTATTCTTTTGATT
GGATCAATGAGTGACTTAACTATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DI57TF U 1
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BS 1 739 RR1DI57TF
BS 740 866 RR1DI57JQ

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TTCACCAAGAATACAGAGAAGTTGTTGAGAGGCGTGTGTTTACAGTGACTGGGCAACGAG
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AAGCAATCATGGAGCAAGGGTGAGGCCAGATAATGGATACACTGGCTGAGATTCAGGGAC
GCCATGATGCTGTCAGAGATTTAGAGAAGAAACTCCTTGACCTCCAACAAGTGTTTCTTG
ATATGGCAGTGCTGGTGGGTGCACAGGGAGAGATGCTAGACAACATAGAGAATATGGTCT
CCAGCGCTGTGGATCATGTTCAATCCGGGAACAACCACCTAACAAAGGCACTAAAGAAAC
AGAAAAGTTCAAGGAAATGGATGTGCATTGCCATCCTCATCCTTCTTATCATCATCATCA
TTACCGTTGTCTCTGTTATCAAACCATGGACACAGAAACATGGTGGTGCTTAGGGTTCTC
TTCTCCCTGCCCTGCTTCT

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DS 

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TGGTGGATAGATTGATTGAAACAGGAGACAGTGAGCAGATTTTTGAGAAAGCAATCATGG
AGCAAGGGTGAGGCCAGATAATGGATACACTGGCTGAGATTCAGGGACGCCATGATGCTG
TCAGAGATTTAGAGAAGAAACTCCTTGACCTCCAACAAGTGTTTCTTGATATGGCAGTGC
TGGTGGGTGCACAGGGAGAGATGCTAGACAACATAGAGAATATGGTCTCCAGCGCTGTGG
ATCATGTTCAATCCGGGAACAACCACCTAACAAAGGCACTAAAGAAACAGAAAAGTTCAA
GGAAATGGATGTGCATTGCCATCCTCATCCTTCTTATCATCATCATCATTACCGTTGTCT
CTGTTATCAAACCATGGACACAGAAACATGGTGGTGCTTAGGGTTCTCTTCTCCCTGCCC
TGCTTCTGAAGCTTTTGTATACGACAGTTTAACATATACATACATGTATCAACGCATCAC
ACAACATCCTTCCCATTGTCACTAAGAAAATGATGTATTCTTTTGATTGGATCAATGAGT
GACTTAACTATTCT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

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TCCCATTTCTAAACAAGAACAACCCTTCATTTTCGTGTTCTTCAAATTCAAATTCAGTTT
CATCATCAACAAAGTCCACTTCATGGCCATGGCCTTCTTGTCATCAAAACCCTAAAACCA
TATCTTTCAGAGCAACCATCACTTTCACCGACCCTATCCATGACCAAGGTGACGATGAGC
TCGACCCACCTGAGGGTACTGAGTCGATAGAGAGTGTGATAGAAGGGCTAAGATCATCAG
AGAGACTCATCTTCGAAAGCAAAGGAGAATCCAACTCTATACTCGAAGAAGCTACGACTA
AGCAAGAAGGAGAAAAAGCCGATGAGGAAGGTTTCATGCTCTTTTCCTTGGAATCAAACG
ACCCTTACTCTGATTTCAAGAGATCCATGGAGGAGATGGTTGAGGCACAAACGCTTCACC
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GCCATCGATACATCTTCGCCGCTTTTGTCGATCTTCTCTTGAACTTAACACTGCACACGA
ATGAACCCATCAATATCGCCAAAGACGACGTGGAATTCTCGGCTACACGCGCCACCGTCG
GAGAAACAAGTACTTCTTGTTGTAACAATATGAGTCTTGGCGAGTCTCCGTTGTCTCCTC
TGTCACTCTTCACGTCGTGTTTTTCTTCTTCCTCCGATGAGACTTCCTCGACGTCTGTAA
GATTCTTGCCGTTGTCTTCTTTGTTAGAGATGGATGAGAAATGTAAAGACATTTTGGTTT
AGAATGCTTTACTTCTTTATTTTTTTTTTTTTTGTATAATTAAAATTTGTGTAGAATCGT
AACATTGGCTACCCTTAATATTTTATATTGGCATATGTGCTCTTACGTTATAGTATTCAT
TTGTGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO27TF U 1
AF RR1AO27JQ C 227
BS 1 801 RR1AO27TF
BS 802 1028 RR1AO27JQ

RD RR1AO27TF 804 0 0
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AATTATTTTCTTGCCCTATTTTTCTTTTCTCAAAGAAGAGCATAGAAGAAAATATGAAAC
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ACCCTTACTCTGATTTCAAGAGATCCATGGAGGAGATGGTTGAGGCACAAACGCTTCACC
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GCCATCGATACATCTTCGCCGCTTTTGTCGATCTTCTCTTGAACTTAACACTGCACACGA
ATGAACCCATCAATATCGCCAAAGACGACGTGGAATTCTCGGCTACACGCGCCACCGTCG
GAGAAACAAGTACTTCTTGTTGTAACAATATGAGTCTTGGCGAGTCTCCGTTGTCTCCTC
TGTCACTCTTCACGTCGTGTT
CTT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1AO27JQ 802 0 0
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CTTGGAATCAAACGACCCTTACTCTGATTTCAAGAGATCCATGGAGGAGATGGTTGAGGC
ACAAACGCTTCACCGCGACTGGAGAAGCCTCGAGAAGCTTTTCTTCCAGTTCTTAAAAGT
CAACGCCAAGACCAGCCATCGATACATTTTCGCCGCTTTTGTCGATCTTCTCTTGAACTT
AACACTGCACACGAATGAACCCATCAATATCGCCAAAGACGACGTGGAATTTTCGGCTAC
ACGCGCCACCGTCGGAGAAACAAGTACTTCTTGTTGTAACAATATGAGTCTTGGCGAGTC
TCCGTTGTCTCCTCTGTCACTCTTCACGTCGTGTTTTTCTTCTTCCTCCGATGAGACTTC
CTCGACGTCTGTAAGATTCTTGCCGTTGTCTTCTTTGTTAGAGATGGATGAGAAATGTAA
AGACATTTTGGTTTAGAATGCTTTACTTCTTTATTTTTTTTTTTTTTGTATAATTAAAAT
TTGTGTAGAATCGTAACATTGGCTACCCTTAATATTTTATATTGGCATATGTGCTCTTAC
GTTATAGTATTCATTTGTGGCC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL6568Contig1 1026 2 2 U
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GCCTTTCTCAACCAATCTCCAATCCTCCACAACAGACGCAAGACAACAACAAACGTCACA
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CCGCTCGTGCCGTGCTGGTAGCTACATCGAAGCTCTGCATCTCCTCGAGAGCATGGTGCG
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CCGTAACGTCCCCAAAGCCGTTAGGGTTATGGAGATTCTCGAGAAGTTCGGACAGCCTGA
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ATTGCATAGGACTTTCCCTTTGCTTAATGTTTTACAGAGATCTTCCCAGACATTTAGTCA
CTAAGATAAACAACACATTTATGTTATCGATTTTACAGTTCAGATGAATCAGAAACAAAC
TGTAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1AV83TF U 1
AF RR1AV83JQ C 295
BS 1 364 RR1AV83TF
BS 365 1026 RR1AV83JQ

RD RR1AV83TF 364 0 0
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GCCTTTCTCAACCAATCTCCAATCCTCCACAACAGACGCAAGACAACAACAAACGTCACA
AACCCATTCACATTCACAGTCTCTAGGGTTTAGAGACACCCAGATGCTCAAAATCTTCCA
CCGCTCGTGCCGTGCTGGTAGCTACATCGAAGCTCTGCATCTCCTCGAGAGCATGGTGCG
CAAAGGCTACAACCCGGACGTGATCCTCTGCACCAAGCTCATCAAAGGCTTTTTCAACCT
CCGTAACGTCCCCAAAGCCGTTAGGGTTATGGAGATTCTCGAGAAGTTCGGACAGCCTGA
TGTC

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR1AV83JQ 732 0 0
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GCCTGATGTCTTCGCTTACAACGCCTTGATCAACGGGTTTTGTAAGATGAACCGTATCGA
TGATTCCACGAAGGTTCTCGATAGGATGAGGAGCAAAGGGTTTAGTCCTGATACCGTGAC
TTACAATATAATGATTGGTAGTTTGTGTGGTAGAGGGAAGCTTGATCTTGCCTTGAAGGT
TTTGGATCAGTTGCTGAGTGATAACTGCCAGCCTACTGTGATTACTTACACGATTTTGAT
CGAAGCGACGATGATTGAAGGCGGTGTTGATGAGGCCTTGAAGCTGCTGGATGAGATGCT
GTCTAGAGGGTTGAGACCTGATATGTTTACATACAACATTGTTCTGTTGGGATACTGTAA
AGCTCATAGGATCGAGGACGCCATAGATGTTCTTGAATCAATGGTGGAGAGTGGGTGCAG
GCCTAATGAAACTACTTATACGATGCTTATTGAAGGGATTGGATTCGCTGGATATAGAGC
TGAAGCTATGGAGTTGGCTAATGATCTGGTTCGAATAGACGCGATCTCTGAGTTTTCGTT
CAAGAGATTGCATAGGACTTTCCCTTTGCTTAATGTTTTACAGAGATCTTCCCAGACATT
TAGTCACTAAGATAAACAACACATTTATGTTATCGATTTTACAGTTCAGATGAATCAGAA
ACAAACTGTAAC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL6569Contig1 759 2 4 U
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TTTCTTTTCTTGGAAAAACTCTCTTTTGATTAGGTCTAAAATGGCATCAAAGAAAGCAAC
AAAACCAAACCGAGCTGAGAAGAAACTCAAAAGAACCCATTTCAAGAAACAACTTCCACA
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TTCGTGTTCTTCTACAACGACGTCTTTCTCTCCTAAAGACACAAGCTACTCTGTTCACTC
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TCCGGAGATAGAGCTCTTCTTCGTCAAAGCAAACCATCAATAAACAGATTTAAATGAATA
TTTGTAGTCTTTTTTTTTGTTATTCGTGCTAGTATCAATCGATATAGAAAGTAGTATGAG
AAGATGATCAAGATTTCATCTCTTTGATTTGTAAATACAATAACGAAGAGTATATTATAA
TGATTTCTAGTGATGTTTCTTTTTCTTGTTATTTTGGTTTGTTTTTAACATATTGTTCCT
TTGGCGCTTGTTTTTTGGGGGATGATTTGAATGAAGTCG


BQ
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AF RR1E167TF U 1
AF RR1E167JQ C 65
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BS 707 730 RR1E167TF
BS 731 759 RR1E167JQ

RD RR1E167TF 730 0 0
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TTTCTTTTCTTGGAAAAACTCTCTTTTGATTAGGTCTAAAATGGCATCAAAGAAAGCAAC
AAAACCAAACCGAGCTGAGAAGAAACTCAAAAGAACCCATTTCAAGAAACAACTTCCACA
GCACAAGAACACCGACACACTTACTAGTCTCGACAATACTTTTTCATCGACTATTGTCTC
TTCGTGTTCTTCTACAACGACGTCTTTCTCTCCTAAAGACACAAGCTACTCTGTTCACTC
TCCTTCTCGGAAGGTGCTGACGTCGTCACCAGGTAAAGGTGGTGTCGGCGGCGGTTGCTG
TACCCCAAAATCTCAAAAGTCTCGGATACCTGAGATGCTGACGTGTCCACCAGCGCCGAA
GAAGCAAAGAGTCCCACAGAACTGCGTGTTACGACGGAGACAGATCGTTTTCTTTGCTCC
TCCGGAGATAGAGCTCTTCTTCGTCAAAGCAAACCATCAATAAACAGATTTAAATGAATA
TTTGTAGTCTTTTTTTTTGTTATTCGTGCTAGTATCAATCGATATAGAAAGTAGTATGAG
AAGATGATCAAGATTTCATCTCTTTGATTTGTAAATACAATAACGAAGAGTATATTATAA
TGATTTCTAGTGATGTTTCTTTTTCTTGTTATTTTGGTTTGTTTT*AACATATTGTTCCT
TTGGCGCTTG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1E167JQ 695 0 0
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CCAAACCGAGCTGAGAAGAAACTCAAAAGAACCCATTTCAAGAAACAACTTCCACAGCAC
AAGAACACCGACACACTTACTAGTCTCGACAATACTTTTTCATCGACTATTGTCTCTTCG
TGTTCTTCTACAACGACGTCTTTCTCTCCTAAAGACACAAGCTACTCTGTTCACTCTCCT
TCTCGGAAGGTGCTGACGTCGTCACCAGGTAAAGGTGGTGTCGGCGGCGGTTGCTGTACC
CCAAAATCTCAAAAGTCTCGGATACCTGAGATGCTGACGTGTCCACCAGCGCCGAAGAAG
CAAAGAGTCCCACAGAACTGCGTGTTACGACGGAGACAGATCGTTTTCTTTGCTCCTCCG
GAGATAGAGCTCTTCTTCGTCAAAGCAAACCATCAATAAACAGATTTAAATGAATATTTG
TAGTCTTTTTTTTTGTTATTCGTGCTAGTATCAATCGATATAGAAAGTAGTATGAGAAGA
TGATCAAGATTTCATCTCTTTGATTTGTAAATACAATAACGAAGAGTATATTATAATGAT
TTCTAGTGATGTTTCTTTTTCTTGTTATTTTGGTTTGTTTTTAACATATTGTTCCTTTGG
CGCTTGTTTTTTGGGGGATGATTTGAATGAAGTCG

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL6570Contig1 805 2 4 U
GATTCAATGAAGCTGCTGAGGATATGTCTCAGAACTTATCAATGATCTATCTAAAGGAGC
CCCCAGCTGTCTTGAGGCCATCCGAAACTCATTCAGAGCAGGAAGATGTCGAGATTCAGA
TAACAAAACTGTTGCTTAAATCATACTATGACATCGTGAGGAAGAATATTGAGGACTCGG
TACCAAAAGCAATCATGCATTTCCTGGTAAACCACACAAAACGTGAGCTGCACAATGTCT
TCATCAAGAAGCTTTACAGGGAGAACTTGTTTGAAGAAATGCTGCAAGAGCCGGATGAGG
TAGCGGTTAAGAGGAAACGCACTCGAGAAACACTCCACATTCTTCAGCAAGCTTACAGGA
CACTAGACGAGTTGCCTATGGAAGCAGAATCAGTATGCAATGGTGGTAATGATACAACAG
GCGTCTCAAAACATCTTGACTTGCCAGCATCTTCTTCGATGTATTCCACGAGCAGTTCAT
CATACTCGGCATCTCCATCTACGGGGAGAAGATCAAGAAGAGCAGGAGATCAACACCAAA
ATGGATATGGATTCTGACATGATGATCCGAAAATCAATATATATCGAACTTGTGAGAAGT
GATGGACGCATTTCATTCATTTAATGGCTCTATCACGTTTTGTTGGTATTATCAAATTAT
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ATTGGTTTTGACTGTTGAGAGGGAGTGAAGAAAGTGATATACTGGTTTCCCTGCAACAAT
AATGGGAAGCAAAAACCCTTTTCAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR46TF U 1
AF RR1FR46JQ C 77
BS 1 692 RR1FR46TF
BS 693 693 RR1FR46JQ
BS 694 750 RR1FR46TF
BS 751 805 RR1FR46JQ

RD RR1FR46TF 750 0 0
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TCATCAAGAAGCTTTACAGGGAGAACTTGTTTGAAGAAATGCTGCAAGAGCCGGATGAGG
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CATACTCGGCATCTCCATCTACGGGGAGAAGATCAAGAAGAGCAGGAGATCAACACCAAA
ATGGATATGGATTCTGACATGATGATCCGAAAATCAATATATATCGAACTTGTGAGAAGT
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GTGTTGGCAAAAATGAAGAATCAAATATAGGA*GTTAAGACACTGGGTTTTGGAGTCTGC
ATTGGTTTTGACTGTTGAGAGGGAGTGAAG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1FR46JQ 729 0 0
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TAAATCATACTATGACATCGTGAGGAAGAATATTGAGGACTCGGTACCAAAAGCAATCAT
GCATTTCCTGGTAAACCACACAAAACGTGAGCTGCACAATGTCTTCATCAAGAAGCTTTA
CAGGGAGAACTTGTTTGAAGAAATGCTGCAAGAGCCGGATGAGGTAGCGGTTAAGAGGAA
ACGCACTCGAGAAACACTCCACATTCTTCAGCAAGCTTACAGGACACTAGACGAGTTGCC
TATGGAAGCAGAATCAGTATGCAATGGTGGTAATGATACAACAGGCGTCTCAAAACATCT
TGACTTGCCAGCATCTTTTTCGATGTATTCCACGAGCAGTTCATCATACTCGGCATCTCC
ATCTACGGGGAGAAGATCAAGAAGAGCAGGAGATCAACACCAAAATGGATATGGATTCTG
ACATGATGATCCGAAAATCAATATATATCGAACTTGTGAGAAGTGATGGACGCATTTCAT
TCATTTAATGGCTCTATCAGGTTTTGTTGGTATTATCAAATTATGTGTTGGCAAAAATGA
AGAATCAAATATAGGAAGTTAAGACACTGGGTTTTGGAGTCTGCATTGGTTTTGACTGTT
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CCTTTTCAC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL6571Contig1 661 2 1 U
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C


BQ
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20 

AF RR1F580JQ C 1
AF RR1F580TF U 1
BS 1 661 RR1F580TF

RD RR1F580JQ 661 0 0
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TTGCTAAGCCAAAAGGACCCTTAGAAGCTCTTCGTCCCAAGTTACAGCCAACGCAGCAGC
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GCGAATGAGTTTAGAGACCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGGAGAGATATGAAA
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AGTTTAGCCTCTGTATGGAATCTCCGAGTATAACTTTTTAAGTTTATGAGAACCTTCCGT
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1F580TF 661 0 0
GGGACAACAACATCAACAGAGAAACGTCGCAACCAACAATAGGAGCCTATCGCGAATCCT
TCCTCCTGATTTTGGTGGGCGTTGAGGAGACATCATCAGAAATGTCAAGCGTAGAGGATG
TGAAAGAGCAAGGGAACCTCACAAATGACGCAGATAATTCAATGCCATCATCACAGCAAG
AGGAGGCTGCTGTAAAGAACAAGTATGGAGGACTCATGCCAAAGAAACCACCTCTCATTT
CCAAGGATCATGAACGAGCATACTTTGACTCGGCTGATTGGGCTCTTGGAAAGCAAGGTG
TTGCTAAGCCAAAAGGACCCTTAGAAGCTCTTCGTCCCAAGTTACAGCCAACGCAGCAGC
AGACGCGTTACAGGAAGTCTCCATGTGCTCCATCCGGTGAGGATGGAGGAGCTGCTCAGG
GCGAATGAGTTTAGAGACCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGGAGAGATATGAAA
ACTCTGGTGTAATAACTTTGTTATAATCGGATATTGTCTGTCCATTTGAAACAACAGATA
CGTTTTTCAATAAATCTTAACTCTGATCGCGTAGAGTCTCCAAGGTGAAAACATTGTTAT
AGTTTAGCCTCTGTATGGAATCTCCGAGTATAACTTTTTAAGTTTATGAGAACCTTCCGT
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL6572Contig1 805 2 7 U
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CTTTGTTTTCCATACTTTTTTTTTTGAAGTTCTACGGTTCTGTAATGTCAAAATTCATCT
CTGTTATTAGTTATAATTTAACATC


BQ
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AF RR1F129TF U 1
AF RR1F129JQ C 131
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BS 745 745 RR1F129JQ
BS 746 764 RR1F129TF
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BS 766 772 RR1F129TF
BS 773 773 RR1F129JQ
BS 774 805 RR1F129TF

RD RR1F129TF 805 0 0
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CATTTGAATTGTTACAGATTCTAACGAACTATTAGCTCATTTTCTTTTGGGTTCCATACA
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CTGTTATTAGTTATAATTTAACATC

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1F129JQ 675 0 0
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TTAATAACTGGAGGGAAGAGTTCTTGATTCAGGCTGGTCCATCAGATCCTGACAACTTCC
CGTTTGTCGTCTTGGGGAACAAGACCGATGTTGATGGTGGCAAAAGCCGAGTGGTTTCTG
AGAAGAAAGCAAAGGCGTGGTGTGCGTCAAAAGGAAACATTCCTTACTTTGAGACATCTG
CCAAAGAAGGATTCAATGTAGACGCAGCTTTCGAGTGCATCACCAAAAATGCTTTCAAGA
ATGAACCTGAAGAAGAACCGTACCTACCCGACACGATTGATGTTGCTGGAGGTCAGCAAC
ACAGATCAACGGGGTGTGAATGCTAATCAAGCAAAAGGTTTCTTTCAGTTCATTTGAATT
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TCATGTAGTGTCACAAAATATCATTTATGAAATGCATTCGAGATTCTAAGCTTTGTTTTC
CATACTTTTTTTTTTGAAGTTCTACGGTTCTGTAATGTCAAAATTCATCTCTGTTATTAG
TTATAATTTAACATC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

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GTAAATCGACACCAGGAGTCAAACCAAGAGTGGTTTTGTTTCGGATCCGAAACACACCAT
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AAAATCTGGTGATAGGAATCTTCTTTGAAAGAACACGAACTTCTTGGTGTAAAGGCTCAT
AAATAAACTTCCAATTCCTTTCTGGTGATAGTGGCTTCAAAACAAGCTTTGCGTGGTAAT
CATTCGTGGGTTCGTTATACAACTCGAGGTTGACGCCAACGCGAAGGCCTTGGAGCTCCT
TTCGGAACTTGAGAAACAGCTCCGATGGCATTAGATTGATTTTGTAAAGTTCGTCCCATG
ACGGAGGTTCCTCCGGTCGCGAACTCGGTGGTGGCTCCATGCTTCCAACCCTTCCTCAAG
TTTATCCTAACATCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GR30TF C 1
AF RR1GR30JQ U 4
BS 1 3 RR1GR30TF
BS 4 675 RR1GR30JQ

RD RR1GR30TF 675 0 0
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CTTCAGTACCAAGAGCTCCAGTAACTTCAGGGAGTACAAAATCAGCTCTCCAACCAAACC
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CTCCACCCAAACAAGAGGTAAGCTTCCATTTCCAACCCATTGCATTCATCTGGAGGTTGA
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AAATAAACTTCCAATTCCTTTCTGGTGATAGTGGCTTCAAAACAAGCTTTGCGTGGTAAT
CATTCGTGGGTTCGTTATACAACTCGAGGTTGACGCCAACGCGAAGGCCTTGGAGCTCCT
TTCGGAACTTGAGAAACAGCTCCGATGGCATTAGATTGATTTTGTAAAGTTCGTCCCATG
ACGGAGGTTCCTCCGGTCGCGAACTCGGTGGTGGCTCCATGCTTCCAACCCTTCCTCAAG
TTTATCCTAACATCC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1GR30JQ 672 0 0
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CTTCTACTCTATCCAGTGATGCCTCTAAACGCCCTGAGCTCATGTTGAATAACGGTTCTT
CAGTACCAAGAGCTCCAGTAACTTCAGGGAGTACAAAATCAGCTCTCCAACCAAACCGTA
AATCGACACCAGGAGTCAAACCAAGAGTGGTTTTGTTTCGGATCCGAAACACACCATCTC
CACCCAAACAAGAGGTAAGCTTCCATTTCCAACCCATTGCATTCATCTGGAGGTTGAAAA
ATCTGGTGATAGGAATCTTCTTTGAAAGAACACGAACTTCTTGGTGTAAAGGCTCATAAA
TAAACTTCCAATTCCTTTCTGGTGATAGTGGCTTCAAAACAAGCTTTGCGTGGTAATCAT
TCGTGGGTTCGTTATACAACTCGAGGTTGACGCCAACGCGAAGGCCTTGGAGCTCCTTTC
GGAACTTGAGAAACAGCTCCGATGGCATTAGATTGATTTTGTAAAGTTCGTCCCATGACG
GAGGTTCCTCCGGTCGCGAACTCGGTGGTGGCTCCATGCTTCCAACCCTTCCTCAAGTTT
ATCCTAACATCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL6574Contig1 667 2 1 U
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CTTTCAACAACAACCAAGAAAGCATCACCCTTCATCATGCAGCTTCTACTAACCAAAGAA
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TTTACGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CR78JQ C 1
AF RR1CR78TF U 1
BS 1 667 RR1CR78TF

RD RR1CR78JQ 667 0 0
GGCCACTTAAACCATATTTTCTTAAAACACTTCTTGAAAGGCTAGATATATGGCCATGGA
AGTTGCTATGGACCTGGAGCTCGATGATGATGTCTTCTATGCAGACATAAGCAAACAAAT
CAATTTCTTAATCACAGATGAAGATGAACAGAACCCTATCTCACTTTCTTCTCCTGTCTC
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CTTTCAACAACAACCAAGAAAGCATCACCCTTCATCATGCAGCTTCTACTAACCAAAGAA
GAACCTACAGAGATGCAGCATCTCTCTTCACTTAAGTCTCAATCAAGATTCAAGACATGG
ATTTGTGTCATTAATTTCATATTATATATTGATTATTGATATTTATAGATTTTGTGTTTG
TAAAATCAGCAAATAATAAGAATGAAGGAGGAACCATCAATCTAAAGGGATTTGGTGTGA
TTTACGC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1CR78TF 667 0 0
GGCCACTTAAACCATATTTTCTTAAAACACTTCTTGAAAGGCTAGATATATGGCCATGGA
AGTTGCTATGGACCTGGAGCTCGATGATGATGTCTTCTATGCAGACATAAGCAAACAAAT
CAATCTCTTAATCACAGATGAAGATGAACAGAACCCTATCTCACTTTCTTCTCCTGTCTC
ATTCCAGGGTTTGTTCAGAGAAAACTACCAAGCATCAGCAACACCGTATATGATATACCA
TGAGCAGAATTACAACCAAGTTAGAGAGAGCAAAGGGACAGGAGTGTTCATCCCAAGATG
TTCTCAGCCAAGAAGGAAACAACATAACCATTCTCATCAGAAGAAGCAAGGGAGATTCGG
TTCCCTCATCCCCCCAACAGTATCCTCATCATGTTTATGACAACAACAACAACTCCACAA
CTTTCAACAACAACCAAGAAAGCATCACCCTTCATCATGCAGCTTCTACTAACCAAAGAA
GAACCTACAGAGATGCAGCATCTCTCTTCACTTAAGTCTCAATCAAGATTCAAGACATGG
ATTTGTGTCATTAATTTCATATTATATATTGATTATTGATATTTATAGATTTTGTGTTTG
TAAAATCAGCAAATAATAAGAATGAAGGAGGAACCATCAATCTAAAGGGATTTGGTGTGA
TTTACGC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL6575Contig1 784 2 4 U
GAAATCGAAATCGAAATCTGATAAAAAAGATCTGTAGAAGAAGAAGACGAAGAAGGAAGA
TGGAGTGTGTGTTCGGTTTAGTAGGGGACGGATTCGCGATCGTAGCGGCGGATACATCGG
CGGTTCACAGCATACTCCTCCACAAAAACAATGAGGACAGGATCATGCTTCTTGACTCTC
ACAAGCTCGTTGCTGCCAGCGGCGAGCCTGGCGACCGGGTTCAGTTTACGGAGTACGTTC
AGAAGAACGTGTCCTTGTACAAGTTCCGCAACGGCATCCCTTTGACTACTGCTGCCGCCG
CCAACTTCACTCGCGGCGAGCTCGCCACTGCTTTGAGAAAGAATCCGTACTCCGTGAATA
TCTTGATGGCTGGCTACGACAATGAGAGTGGCGCATCCCTTTACTACATCGACTGCATTG
CAACCCTTCACAAAGTTGACAAGGGAGCTTTCGGCTACGGCTCTTACTTCTCCCGCTCCA
CCATGGACAGGCATTACCGCAGCGACATGTCTGTTGAAGAGGCCATCGAACTGGTCGACA
AATGCATACTTGAGATCCGATCAAGACTGGTCGTTGCGCCTCCTAACTTTGTGATCAAGA
TTGTTGACAAAGACGGAGCTCGTGATTACGCTTGGCGCCAGTCCGTACAGGACGTCACTA
CTGCTGCTGTCTGAGTTTGTTTGTTTTATGCTGTTACATTTGCTTAATTTCGGGACTATG
TTTCTACTTTTTTATTTAGTTTGAGAATCAAACATTGAGCATCAAGCAAATGATATATTT
CTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1EL28TF U 1
AF RR1EL28JQ C 60
BS 1 706 RR1EL28TF
BS 707 708 RR1EL28JQ
BS 709 727 RR1EL28TF
BS 728 784 RR1EL28JQ

RD RR1EL28TF 727 0 0
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TGGAGTGTGTGTTCGGTTTAGTAGGGGACGGATTCGCGATCGTAGCGGCGGATACATCGG
CGGTTCACAGCATACTCCTCCACAAAAACAATGAGGACAGGATCATGCTTCTTGACTCTC
ACAAGCTCGTTGCTGCCAGCGGCGAGCCTGGCGACCGGGTTCAGTTTACGGAGTACGTTC
AGAAGAACGTGTCCTTGTACAAGTTCCGCAACGGCATCCCTTTGACTACTGCTGCCGCCG
CCAACTTCACTCGCGGCGAGCTCGCCACTGCTTTGAGAAAGAATCCGTACTCCGTGAATA
TCTTGATGGCTGGCTACGACAATGAGAGTGGCGCATCCCTTTACTACATCGACTGCATTG
CAACCCTTCACAAAGTTGACAAGGGAGCTTTCGGCTACGGCTCTTACTTCTCCCGCTCCA
CCATGGACAGGCATTACCGCAGCGACATGTCTGTTGAAGAGGCCATCGAACTGGTCGACA
AATGCATACTTGAGATCCGATCAAGACTGGTCGTTGCGCCTCCTAACTTTGTGATCAAGA
TTGTTGACAAAGACGGAGCTCGTGATTACGCTTGGCGCCAGTCCGTACAGGACGTCACTA
CTGCTGCTGTCTGAGTTTGTTTGTTTTATGCTGTTACATTTGCTTA**TTCGGGACTATG
TTTCTAC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1EL28JQ 725 0 0
ATGGAGTGTGTGTTCGGTTTAGTAGGGGACGGATTCGCGATCGTAGCGGCGGATACATCG
GCGGTTCACAGCATACTCCTCCACAAAAACAATGAGGACAGGATCATGCTTCTTGACTCT
CACAAGCTCGTTGCTGCCAGCGGCGAGCCTGGCGACCGGGTTCAGTTTACGGAGTACGTT
CAGAAGAACGTGTCCTTGTACAAGTTCCGCAACGGCATCCCTTTGACTACTGCTGCCGCC
GCCAACTTCACTCGCGGCGAGCTCGCCACTGCTTTGAGAAAGAATCCGTACTCCGTGAAT
ATCTTGATGGCTGGCTACGACAATGAGAGTGGCGCATCCCTTTACTACATCGACTGCATT
GCAACCCTTCACAAAGTTGACAAGGGAGCTTTCGGCTACGGCTCTTACTTCTCCCGCTCC
ACCATGGACAGGCATTACCGCAGCGACATGTCTGTTGAAGAGGCCATCGAACTGGTCGAC
AAATGCATACTTGAGATCCGATCAAGACTGGTCGTTGCGCCTCCTAACTTTGTGATCAAG
ATTGTTGACAAAGACGGAGCTCGTGATTACGCTTGGCGCCAGTCCGTACAGGACGTCACT
ACTGCTGCTGTCTGAGTTTGTTTGTTTTATGCTGTTACATTTGCTTTATTTCGGGACTAT
GTTTCTACTTTTTTATTTAGTTTGAGAATCAAACATTGAGCATCAAGCAAATGATATATT
TCTTC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6577Contig1 761 2 2 U
CCTCATCGACGATCTTCAAAACCCCCACGCCATCTACTGCCGTCGATGCGCTCACCGGAA
AGTTCTTTCCAGGAACCGTCGCGGTTCGCCGGGAAATGTTAACGGTGTGGAGAGGAGTCA
GATGCAGCAGCGGTGGAATTGGTGGAGACGCCGGGAAGAAAAAGACTGTTCCTAACTCGA
ACTATGTAGTGCCTTTGGACAAGTTCTCCTCCTCTTCTTCCATCACTCGTCCTCTGATTG
AGATACTTCGAGATCTCAACAAGAAGATCCCTGATAACATCGTCAAGAGCCATGATCCTG
GATCCAGTGCTGTTCCTTCTGGTTTCATCCCTTGGTTTCATGCAAACCGGATGCTCAGCT
TCTACGCACCTGGTTGGTGCGGGGAGGTTCGTGACGTCATTTTTTCAGAGAATGGTAATG
TCACTGTTGTTTATCGTCTTACCATTCGTGGCTTTGATGGCGAGGCACACCGAGAATCGA
CTGGGACAGTAACAATCACTGATGATCACATTGATGATCCAGTTGCTGCAGCTGAGGAAA
TAGCATTTTGCAGGGGGTGTGCTCGATTTGGTCTCGGCTTGTATCTCTATCACGAAGAGT
AGGCCAAGTGTGCTTACCCCTTTTTTTGGTTGAACAAGTCTATCAGCTTGTTGAGAGACC
CTTATGCGTTCTAGATTGCTAAATATATATGTAATGATGTCTACAATCAAGTTATAATAA
CAATATATAATATGATAATTCCGTCAACTTTTATGTATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AH73TF U 1
AF RR1AH73JQ C 49
BS 1 391 RR1AH73TF
BS 392 761 RR1AH73JQ

RD RR1AH73TF 391 0 0
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AGTTCTTTCCAGGAACCGTCGCGGTTCGCCGGGAAATGTTAACGGTGTGGAGAGGAGTCA
GATGCAGCAGCGGTGGAATTGGTGGAGACGCCGGGAAGAAAAAGACTGTTCCTAACTCGA
ACTATGTAGTGCCTTTGGACAAGTTCTCCTCCTCTTCTTCCATCACTCGTCCTCTGATTG
AGATACTTCGAGATCTCAACAAGAAGATCCCTGATAACATCGTCAAGAGCCATGATCCTG
GATCCAGTGCTGTTCCTTCTGGTTTCATCCCTTGGTTTCATGCAAACCGGATGCTCAGCT
TCTACGCACCTGGTTGGTGCGGGGAGGTTCG

QA 1 391 1 391
DS 

RD RR1AH73JQ 713 0 0
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GGAGAGGAGTCAGATGCAGCAGCGGTGGAATTGGTGGAGACGCCGGGAAGAAAAAGACTG
TTCCTAACTCGAACTATGTAGTGCCTTTGGACAAGTTCTCCTCCTCTTCTTCCATCACTC
GTCCTCTGATTGAGATACTTCGAGATCTCAACAAGAAGATCCCTGATAACATCGTCAAGA
GCCATGATCCTGGATCCAGTGCTGTTCCTTTTGGTTTCATCCCTTGGTTTCATGCAAACC
GGATGTTCAGCTTTTACGCACCTGGTTGGTGCGGGGAGGTTCGTGACGTCATTTTTTCAG
AGAATGGTAATGTCACTGTTGTTTATCGTCTTACCATTCGTGGCTTTGATGGCGAGGCAC
ACCGAGAATCGACTGGGACAGTAACAATCACTGATGATCACATTGATGATCCAGTTGCTG
CAGCTGAGGAAATAGCATTTTGCAGGGGGTGTGCTCGATTTGGTCTCGGCTTGTATCTCT
ATCACGAAGAGTAGGCCAAGTGTGCTTACCCCTTTTTTTGGTTGAACAAGTCTATCAGCT
TGTTGAGAGACCCTTATGCGTTCTAGATTGCTAAATATATATGTAATGATGTCTACAATC
AAGTTATAATAACAATATATAATATGATAATTCCGTCAACTTTTATGTATACT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL6578Contig1 751 2 6 U
AAGTTGAAGACGTTGGTCTTAAATATTGCAAAAAGGAAATGGATATCAGAATAATAACAC
ACCAAATGATCAAAAAAAAAGATTACACATTACAAATCTCAAAACACTCTTCCATCTCCC
ATTTTTATACGCATCGCTTAAAATCCTCAAAACACACAACTAAAAAAGAAAAAAAAACTA
AGTTGATCAATCTACATAAAACCTTAAGAGGGTTGTGAGTTTGGAGCCAGGACCAATTCT
TCTTAATATTACGGCATTGTTGCAACATCCGGCCTGGCAATAAACTTCCCAACGTGTGCT
GAAAAAATATGTAATGTGACTCATTCTTTTTCTTCCTCCAATTTACAGGTAAACCAAGGG
AAGCCAGATGACTTCCTCCAGCCACAGTCACCCTGAAGGCTCTTGCTTCATATGGAAACC
ACCATTTTGAATTGGGTTCAATGGCATCGCCAAAGTTGAATTACTCAACAAGGTAGCTGA
AAGATCATAATTGATTGCAACATGCAATGGTGGCATCTGGCTCATCAAGCCTGGCATATT
ATTCATGTCATTTTGGATGGTGATAAGGTTGTTCCTTGTCTGACAAAACAGATCTATGTT
ATCATGTACCTTATATGAGGATAGATTAGCTCTAATTTGACTAAAAGCTCTTACATTCTG
TTCTAAGAGACTGATTGCATGGCCACTTAAATCTTCAGATGTAATATGTTTATTACTGGA
GCTTGTAAAGGGCATCAATAAAGGGTATGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT90JQ U 1
AF RR1FB41JQ U 41
BS 1 79 RR1GT90JQ
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RD RR1GT90JQ 716 0 0
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TCTTAATATTACGGCATTGTTGCAACATCCGGCCTGGCAATAAACTTCCCAACGTGTGCT
GAAAAAATATGTAATGTGACTCATTCTTTTTCTTCCTCCAATTTACAGGTAAACCAAGGG
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ACCATTTTGAATTGGGTTCAATGGCATCGCCAAAGTTGAATTACTCAACAAGGTAGCTGA
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ATCATGTACCTTATATGAGGATAGATTAGCTCTAATTTGACTAAAAGCTCTTACATTCTG
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QA 1 716 1 716
DS 

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TAAAAAAGAAAAAAAA*CTAAGTTGATCAATCTACATAAGACCTTAAGAGGGTTGTGAGT
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TAAACTTCCCAACGTGTGCTGAAAAAATATGTAATGTGACTCATTCTTTTTCTTCCTCCA
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QA 1 711 1 711
DS 



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BQ
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AF RR1A094TF U 1
AF RR1AE89TF U 1
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AAGA

QA 1 664 1 664
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TTGTCACAAGACTTACCGATCTTATAAGCTGTGTCACTGGTATAAACCCATATGTGATAG
CATTCACAGCACTCGCAGCTGGAACCTCATGGCCAGATTTAGTAGCAAGTAAAATTGCTG
CAGAGCGACAGCTAACTGCAGATTCAGCTATAGCAAACATCACCTGCAGTAACTCGGTGA
ACATATATG*TGGGGATTGGAGTTCCGTGGCTGATAAACACAGTGTACAACTACTTTGCA
TACAGAGAGCCTCTGTACATAGAAAATGCGAAAGGGATAAGCTTCTCTCTGCTGATATTC
TTTGCGACATCAGTGGGATGTATAGTGGTGCTTGTGTTGCGAAGGGTGATTATAGGAGCT
GAGCTTGGAGGTCCAAGGCTGTGGGCTTGGCTTACTTCTGCTTATTTCATGGTGCTTTGG
CTCGTCTTCGTTGTTCTTTCTTCTTTGAAAGTTTCAGGCATCATATAGAAGAAGAAGAAG
AAGAAGAAGAAGCAAACAAAAGCCAAAGAGGAGAAAGGAGTTAGTTTACCTGTAATAATT
TGCAAGGCAGTTTGGCTAAACCATGTATTAGAAATCTAAAGCATATTGAAAATGAACTGG
GGTTGGGTCATTGCCTATATAG

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AJ06TF U 1
AF RR1AJ06JQ C 135
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BS 793 885 RR1AJ06JQ

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AATACAAAAATGGATAGGCTTCTTCGCTTCCTTGTAGCCAAAGTCATCTTATTGGCTTTA
GCATCTTCGTTTGTATCTTGTTACGACCCAAGTCCTCTTCAAGACTTTTGTGTTGCCGTC
GATGACGTTAATGGCGTTTTCGTGAACGGAAAATTCTGCAAAGACTCAAAATACGTGAAG
GCCGAGGATTTCTTTACTTCCGGACTGAACATCGCCGGAAACACCATGAACCGCGTCGGT
TCCAACGCTACCAACGTCAACGTAGACAGAATCCACGGACTCAACACTCTCGGAGTCTCT
CTTGTTCGTATTGACTTTGCCCCGGGGGGTCAAAACCCGCCACACACGCATCCACGAGCC
ACGGAGATCCTCGTCCTTGTTGAAGGAACGCTTTTAGTAGGGTTTGTAACATCAAACCAA
GACAACAACAGATTGTTCTCGAAGGTTCTTTATCCTGGGGATGTGTTTGTGTTTCCCATC
GGGATGATCCATTTCCAAGTGAACATTGGGAGAACGAACGCGGTTGCGTTTGCTGGTCTC
GGAAGCCAAAACCCCGGTACGATCACAATCGCAGACGCGGTTTTTGGTTCAACGCCTTTG
ATAATGCCGGAGATTCTGGCTAAAGCGTTTCAGCTGGATGTGAACGTGGTTAGGTTTCTC
GAAGCAAGGTTTTCTTCTAAGTACGATCATCATTATTAATAAGATTAAAGGAGTGAATTA
ACAAAAGAAAGA

QA 1 792 1 792
DS 

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CGTTTTCGTGAACGGAAAATTCTGCAAAGACTCAAAATACGTGAAGGCCGAGGATTTCTT
TACTTCCGGACTGAACATCGCCGGAAACACCATGAACCGCGTCGGTTCCAACGCTACCAA
CGTCAACGTAGACAGAATCCACGGACTCAACACTCTCGGAGTCTCTCTTGTTCGTATTGA
CTTTGCCCCGGGGGGTCAAAACCCGCCACACACGCATCCACGAGCCACGGAGATCCTCGT
CCTTGTTGAAGGAACGCTTTTAGTAGGGTTTGTAACATCAAACCAAGACAACAACAGATT
GTTCTCGAAGGTTCTTTATCCTGGGGATGTGTTTGTGTTTCCCATCGGGATGATCCATTT
CCAAGTGAACATTGGGAGAACGAACGCGGTTGCGTTTGCTGGTCTCGGAAGCCAAAACCC
CGGTACGATCACAATCGCAGACGCGGTTTTTGGTTCAACGCCTTTGATAATGCCGGAGAT
TCTGGCTAAAGCGTTTCAGCTGGATGTGAACGTGGTTAGGTTTCTCGAAGCAAGGTTTTC
TTCTAAGTACGATCATCATTATTAATAAGATTAAAGGAGTGAATTAACAAAAGAAAGATA
AAAGGAACGACGTGAAATGTAAAATACGAATAAATGGTGTGATGTGGTATGTAATATAGT
GTGTGAAAATTGAAATAAAACAATTAAGGCG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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AAAAGGAATCATATGAATCGAAAGTACATCTTTTGTGAAGCATCATAGTCATGACAACAT
GTGATCGCAGCATTCTGTACGTAGTAGTTGCTCCATACGATTTAACAACCATGTTTCTTT
GTGGGTTCGGATCGGATCGGCATTACATGTGATTGCATAAAAAAAAAAAACACAAGGATG
ATGGATGAGTGACGCCGCATAACTCTTCCTTTCTTTTTTCTTTTCAAATTTACAGTTCAG
AGCTGGTACTAGCTAAAACAGTTCTAGTAATGATATTTTTTTTATATAATGCAAGATGTG
GCTTTTTGCTAACAGTGTCCATGTTAGGTACTATCTTTTTTCTTGGAAAGTATAATCAGA
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BQ
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AF RR1B475JQ C 1
AF RR1B475TF U 198
BS 1 197 RR1B475JQ
BS 198 454 RR1B475TF

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AAAAGGAATCATATGAATCGAAAGTACATCTTTTGTGAAGCATCATAGTCATGACAACAT
GTGATCGCAGCATTCTGTACGTAGTAGTTGCTCCATACGATTTAACAACCATGTTTCTTT
GTGGGTTCGGATCGGATCGGCATTACATGTGATTGCATAAAAAAAAAAAACACAAGGATG
ATGGATGAGTGACGCCGCATAACTCTTCCTTTCTTTTTTCTTTTCAAATTTACAGTTCAG
AGCTGGTACTAGCTAAAACAGTTCTAGTAATGATATTTTTTTTATATAATGCAAGATGTG
GCTTTT*GCTAACAGTGTCCATGTTAGGTACTATCTTTTT*CTTGGAAAGTATAATCAGA
ATAATTGTTATCATCATTGTTGATATATGCAAAA

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR1B475TF 257 0 0
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CATAACTCTTCCTTTCTTTTTTCTTTTCAAATTTACAGTTCAGAGCTGGTACTAGCTAAA
ACAGTTCTAGTAATGATATTTTTTTTATATAATGCAAGATGTGGCTTTTTGCTAACAGTG
TCCATGTTAGGTACTATCTTTTTTCTTGGAAAGTATAATCAGAATAATTGTTATCATCAT
TGTTGATATATGCAAAA

QA 1 257 1 257
DS 



AS 1 2

CO CL6582Contig1 1372 2 4 U
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CAGTATATTCTTTTTCTCTCCGTTTTTATCTCAAGCTTATAATCATGATTCGAATTACAC
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ACAGGTGCACGTATCATTGGCGGGTATGGATCACATGAGAGTAACATACATAACGGACGG
CACGAACGTGGCATCGATGGTAGAGTACGGTAAACGCCCAAAAAAAGTACGACAGAAAAA
CAACTGGAGAATCCACTTCTTATAGATTCTTCTTCTACAGCTCCGGCAAGATCCACCATA
TCAAGATTGGTCCTCTTCAGCCAAGCACCACTTACTATTACCGTTGCGGTAGCCATGGTA
AAGAGTTTTCTTTCAGAACTCCTCCGTCCACATTTCCGGTCGAGTTTGCCGTTGCTGGTG
ACCTTGGGCAAACTGATTGGACGGTGAAAACATTAGATCAGATTACAAAACGGGACTTCG
ACGTCTTCCTACTTCCCGGCGACCTCTCCTATGCAGACAACCACCAGCCACTATGGGATT
CTTTTGGCCGCCTCCTGGAGAACCTGGCTAGCACCCGCCCATGGATGGTCACCGAGGGAA
ACCACGAAATCGAGTCTGCCCGGATCATTGAAGAACACATAAGCTTTAAAGCATACAATG
CCCGATGGCTTATGCCGCACGCTGAAAGCCTCTCTCACTCCAATCTTTACTACTCTTTTG
ATGCAGCCGGTGTCCACATTGTTATGATTGGTTCTTACACCCACTATGACTCCCACTCTG
ATCAGTACCGGTGGCTCCGTGAAGATTTAAGAAAGATTGACCGTAAAAGAACGCCGTGGT
TGGTGGTGGTGATGCACACTCCATGGTATAGCACAAACGAGGCGCATGAAGGTGAAGGGG
AGAAAATGAGAAAGGCCATGGAGGGTTTGCTTTATCGGGCTGAAGTCGACATTGTTTTTG
CCGGCCACATTCATACCTACGAACGTTTCAGGCCGGTATACAACCACAAGGCCGACCCAT
GTGGACCAATGTACATAACCATCGGTGACGGTGGAAATCGAGAAGGGCTGGCTTATAAAT
TTCATAACCCTCGTTCACCTTTGTCGGCATTCTGTGAATCGAGTTTTGGACATGGGAGAT
TGAGAGTTATAGACAAGAAACGAGCACATTGGTCGTGGCATAGAAACAACGACAACTTCT
CAGTTATTGCGGATGAAGTATGGTTTGAAAGCCACACGTCATCAACACATTGTATTCTTA
ATCACTTTAAAAATGAACTCTAAATCGCTTTTACCGAAAAACTCCATACATC


BQ
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AF RR1E690TF U 1
AF RR1E690JQ C 652
BS 1 694 RR1E690TF
BS 695 695 RR1E690JQ
BS 696 777 RR1E690TF
BS 778 1372 RR1E690JQ

RD RR1E690TF 777 0 0
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CAGTATATTCTTTTTCTCTCCGTTTTTATCTCAAGCTTATAATCATGATTCGAATTACAC
CCGCCCGCCGCCTCGTGCAAACTTCATCGTCTCTCACGGCCACCCAAACTTCTATCCTCA
ACAGGTGCACGTATCATTGGCGGGTATGGATCACATGAGAGTAACATACATAACGGACGG
CACGAACGTGGCATCGATGGTAGAGTACGGTAAACGCCCAAAAAAAGTACGACAGAAAAA
CAACTGGAGAATCCACTTCTTATAGATTCTTCTTCTACAGCTCCGGCAAGATCCACCATA
TCAAGATTGGTCCTCTTCAGCCAAGCACCACTTACTATTACCGTTGCGGTAGCCATGGTA
AAGAGTTTTCTTTCAGAACTCCTCCGTCCACATTTCCGGTCGAGTTTGCCGTTGCTGGTG
ACCTTGGGCAAACTGATTGGACGGTGAAAACATTAGATCAGATTACAAAACGGGACTTCG
ACGTCTTCCTACTTCCCGGCGACCTCTCCTATGCAGACAACCACCAGCCACTATGGGATT
CTTTTGGCCGCCTCCTGGAGAACCTGGCTAGCACCCGCCCATGGATGGTCACCGAGGGAA
ACCACGAAATCGAGTCTGCCCGGATCATTGAAGA*CACATAAGCTTTAAAGCATACAATG
CCCGATGGCTTATGCCGCACGCTGAAAGCCTCTCTCACTCCAATCTTTACTACTCTT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1E690JQ 721 0 0
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ACTCTTTTGATGCAGCCGGTGTCCACATTGTTATGATTGGTTCTTACACCCACTATGACT
CCCACTCTGATCAGTACCGGTGGCTCCGTGAAGATTTAAGAAAGATTGACCGTAAAAGAA
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GTGAAGGGGAGAAAATGAGAAAGGCCATGGAGGGTTTGCTTTATCGGGCTGAAGTCGACA
TTGTTTTTGCCGGCCACATTCATACCTACGAACGTTTCAGGCCGGTATACAACCACAAGG
CCGACCCATGTGGACCAATGTACATAACCATCGGTGACGGTGGAAATCGAGAAGGGCTGG
CTTATAAATTTCATAACCCTCGTTCACCTTTGTCGGCATTCTGTGAATCGAGTTTTGGAC
ATGGGAGATTGAGAGTTATAGACAAGAAACGAGCACATTGGTCGTGGCATAGAAACAACG
ACAACTTCTCAGTTATTGCGGATGAAGTATGGTTTGAAAGCCACACGTCATCAACACATT
GTATTCTTAATCACTTTAAAAATGAACTCTAAATCGCTTTTACCGAAAAACTCCATACAT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

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ATTACTCGAGTCACATCTAATCCTTGAATACATCGACCAAACATGGACAAAGAATCCAAT
TATGCCTCAAGATCCATACGACAAAGCAATGGCTCGATTCTGGGCCAAATTCGTTGATGA
ACAGGTCACATTAATAGGCTTGAGGTCTCTAATAAAATCAGAGGAAATTGATGTTGCGAT
CAAAGAGGCTCAGGAACTTATAACATATCTTGAGAAGGAAATCACCGGGAAAATGTTCTT
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GGTTCGGGGTTGGGAAGGTATGGGAATTGATATGATTCCAAAGGAGAAGTTTCCAGAACT
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BQ
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AF RR1A929TF U 1
AF RR1A929JQ C 146
BS 1 816 RR1A929TF
BS 817 829 RR1A929JQ

RD RR1A929TF 816 0 0
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CGGCGGGGAGACAATAGGATTCTTGGACATGGTCGTGGGAAGTATGATCCCGTTTTGTCT
GGTTCGGGGTTGGGAAGGTATGGGAATTGATATGATTCCAAAGGAGAAGTTTCCAGAACT
ATGCAGATGGATAGAAGAAATTAAAGAAATTGAGATCGTGAGGGAATGTATTCCTAATAG
GGAGAAACATATTGAGCACATGATGAAAATTGTAGGGCGTATAAAAGCCGCTTCGAAGAC
GGCATGACGATATACGCTATCGAGTGTTTTTTTTTTACTGTATTTTGTATTGTTTTGTTA
TTTAAAAGTTGTATGATTGGTTTACTAAATAAAGAC

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR1A929JQ 684 0 0
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GCAATGGCTCGATTCTGGGCCAAATTCGTTGATGAACAGGTCACATTAATAGGCTTGAGG
TCTTTAATAAAATCAGAGGAAATTGATGTTGCGATCAAAGAGGCTCAGGAACTTATAACA
TATCTTGAGAAGGAAATCACCGGGAAAATGTTTTTCGGCGGGGAGACAATAGGATTTTTG
GACATGGTCGTGGGAAGTATGATCCCGTTTTGTCTGGTTCGGGGTTGGGAAGGTATGGGA
ATTGATATGATTCCAAAGGAGAAGTTTCCAGAACTATGCAGATGGATAGAAGAAATTAAA
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AAAATTGTAGGGCGTATAAAAGCCGCTTCGAAGACGGCATGACGATATACGCTATCGAGT
GTTTTTTTTTTACTGTATTTTGTATTGTTTTGTTATTTAAAAGTTGTATGATTGGTTTAC
TAAATAAAGACGAGTGCTGAATGC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL6584Contig1 821 2 4 U
GGATCAAATTAAAGTTGGTAGGGGCGGAGAATCTCACTGTCTCTTTGACTCAATCTCCTC
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TCTTGCTCTCCTCGGAAAGTCCAAGAACGCATTGCTCTCTACCTTCTTGTTCCTTGATCA
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TCAGTTACTGCCATCGCATCCCAAGTCCAAGACGGTTTAGA


BQ
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AF RR1C246TF U 1
AF RR1AX83TF U 23
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 

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QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

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BQ
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QA 1 539 1 539
DS 

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TTGATGATAGGATCTCTCATCTTGTTCAACATGTCAAGGATAAAGACACACTTGTCTTCC
ATTGTGCTCTCAGCCAGGTCTCTCTCTTACGTGAAGGAACATGATTGAATGGTGTTTTTT
TTTTTTTATTAGTGCATAAGTGGATCAATATGGACTCTTCTTGGTGAAAATTTTCAACTA
GTTAGAGTTCTTTAAGATGGATTCTCTCTCTTTTGTGTTGTGCTACAGTTTTTTTATCTT
CAAAATAGCAAAATTTCACATGAATATTGAAACTGGTTTGCTATATGGTTGCTTAATGTT
ATGCCATTGTGTAGGACCTCTTATTGCATTCTTTAGAAATAACATCGAAAGATGAAGTG

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 2

CO CL6587Contig1 783 2 4 U
GCCGTCCAGACGAGGACGAAGGCAAAGTGATCTATGACTTGCCTATTACTGGCCACACTA
CACTCCCATCACTCGCCGTCAAGACCATGATATCATGCTCTTCACTTTCTCCAAGATCAC
CGGCCACGCTGGGTCCCGCATCGGGTGGGCATTAGTGAAGGACAAGGAGGTGGCAAAGAA
GATGGTTGAGTACATAATTGTGAACTCCATTGGTGTGTCTAAGGAGTCACAGATTCGAAC
CGCTAAGATTCTCAACGTTCTTAAGGAGACATGTAAGAGCGAAACCGAGAACTTCTTCAA
GTATGGTCATGAGATGATGAAGAACCGTTGGGAAAAGCTTCGTGGAGTGGTGAAGGAAAG
CAATGTCTTCTGTCTTCTTAAATACCCTGAAGCTTATTGCAACTTTTTTGGCAAAACACT
CGGATCTTATCCTGCGTTTGCGTGGCTGGGGACGAAAGAAGAGACGGATCTGGTTAACGA
ATTGAGGGGACATAAGGTTATGAGCAGAGCAGGAGAGCGTTGTGGTTCTGACAAGAAGCG
TGTTAGAGTCAGTATGCTTAGTCGTGAAGATGTTTTCAATGTGTTTCTCGATAGGCTTGC
CGACATGAAGCTCATTAAAAGTATTGACCTATAAAAAAGCTTTCATTTCATATGTATAGT
TAATGGTTATGAAAAAGCCATATAACTAAGGGCTTTTTACTTGTAGTTTTTAGCTTATCC
TGCATGAATTGTCAAACCAATTTATAATTTTATACCATAAATCACTTATCTAATTCAAAT
AGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1CN67TF U 1
AF RR1CN67JQ C 8
BS 1 637 RR1CN67TF
BS 638 638 RR1CN67JQ
BS 639 675 RR1CN67TF
BS 676 783 RR1CN67JQ

RD RR1CN67TF 676 0 0
GCCGTCCAGACGAGGACGAAGGCAAAGTGATCTATGACTTGCCTATTACTGGCCACACTA
CACTCCCATCACTCGCCGTCAAGACCATGATATCATGCTCTTCACTTTCTCCAAGATCAC
CGGCCACGCTGGGTCCCGCATCGGGTGGGCATTAGTGAAGGACAAGGAGGTGGCAAAGAA
GATGGTTGAGTACATAATTGTGAACTCCATTGGTGTGTCTAAGGAGTCACAGATTCGAAC
CGCTAAGATTCTCAACGTTCTTAAGGAGACATGTAAGAGCGAAACCGAGAACTTCTTCAA
GTATGGTCATGAGATGATGAAGAACCGTTGGGAAAAGCTTCGTGGAGTGGTGAAGGAAAG
CAATGTCTTCTGTCTTCTTAAATACCCTGAAGCTTATTGCAACTTTTTTGGCAAAACACT
CGGATCTTATCCTGCGTTTGCGTGGCTGGGGACGAAAGAAGAGACGGATCTGGTTAACGA
ATTGAGGGGACATAAGGTTATGAGCAGAGCAGGAGAGCGTTGTGGTTCTGACAAGAAGCG
TGTTAGAGTCAGTATGCTTAGTCGTGAAGATGTTTTCAATGTGTTTCTCGATAGGCTTGC
CGACATGAAGCTCATTAAAAGTATTGACCTATAAAAA*GCTTTCATTTCATATGTATAGT
TAATGGTTATGAAAA
G

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1CN67JQ 776 0 0
CAGACGA
GACGAAGGCAAAGTGATCTATGACTTGCCTATTACTGGCCACACTACACTCCCATCACTC
GCCGTCAAGACCATGATATCATGCTCTTCACTTTCTCCAAGATCACCGGCCACGCTGGGT
CCCGCATCGGGTGGGCATTAGTGAAGGACAAGGAGGTGGCAAAGAAGATGGTTGAGTACA
TAATTGTGAACTCCATTGGTGTGTCTAAGGAGTCACAGATTCGAACCGCTAAGATTCTCA
ACGTTCTTAAGGAGACATGTAAGAGCGAAACCGAGAACTTCTTCAAGTATGGTCATGAGA
TGATGAAGAACCGTTGGGAAAAGCTTCGTGGAGTGGTGAAGGAAAGCAATGTCTTCTGTC
TTCTTAAATACCCTGAAGCTTATTGCAACTTTTTTGGCAAAACACTCGGATCTTATCCTG
CGTTTGCGTGGCTGGGGACGAAAGAAGAGACGGATCTGGTTAACGAATTGAGGGGACATA
AGGTTATGAGCAGAGCAGGAGAGCGTTGTGGTTCTGACAAGAAGCGTGTTAGAGTCAGTA
TGCTTAGTCGTGAAGATGTTTTCAATGTGTTTCTCGATAGGCTTGCCGACATGAAGCTCA
TTAAAAGTATTGACCTATAAAAAAGCTTTCATTTCATATGTATAGTTAATGGTTATGAAA
AAGCCATATAACTAAGGGCTTTTTACTTGTAGTTTTTAGCTTATCCTGCATGAATTGTCA
AACCAATTTATAATTTTATACCATAAATCACTTATCTAATTCAAATAGC

QA 8 776 8 776
DS 



AS 1 2

CO CL6588Contig1 765 2 5 U
GGGAACATCTTCTTCTCTCCGTCCCCCGTCTCAGCCACCGACTAAAACCGTAAACAATGC
CGCAGGGAGATTATATAGAATTGCACCAGAAGAGGCATGGACGTCGCCTCGATTACGAAG
AGCGCAAGCGCAAGAAGGAGGCGCGTGCAGTTCACAAGCACTCCAAACAGGCTCAGAATT
CAATAGGAATAAAGGGTAAGATGATTGCCAAGAAAAACTATGCTGAGAAAGCTCAAATAA
AGAAGACATTAAAAATGCACGAGGAGAGTTCATCAAGGCGTAAAGCTGATGAGGATGTTC
AGGAAGGAGCTGTTCCTGCTTATCTTCTTGATCGTGAGAACACCACTCGCGCCAAGGTTC
TTAGCAACACCATTAAGCAAAAGAGGAAAGAGAAAGCTGGGAAATGGGAGGTCCCTCTTC
CCAAGGTCCGTCCCGTGGCTGAAGATGAAATGTTCAGAGTGATCCGATCTGGAAAGAGGA
AGACTAAACAGTGGAAGAGGATGGTTACGAAAGCTACGTTTGTTGGACCTGGTTTCACAA
GGAAGCCACCAAAGTATGAGCGTTTCATCCGCCCTTCTGGACTTCGTTTCACCAAGGCCC
ACGTTACTCACCCTGAGCTTAGATGCACCTTCTGTCTTGAGATTATTGGAATCAAGAAGA
ATCCCAACGGTCCAATGTATACTTCACTTGGTGTCATGACTAGAGGACTATCATTGAGTC
ATGTGAGTGAGCTTGGTCTTGTTACACAGCTGGAAAGTCGTCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG30TF U 17
AF RR1CM15TF U 1
BS 1 465 RR1CM15TF
BS 466 466 RR1FG30TF
BS 467 650 RR1CM15TF
BS 651 651 RR1FG30TF
BS 652 765 RR1CM15TF

RD RR1FG30TF 689 0 0
CTCCGTCCCCCGTCTCAGTCACCGACTAAAACCGTAAACAATGCCGCAGGGAGATTATAT
AGAATTGCACCAGAAGAGGCATGGACGTCGCCTCGATTACGAAGAGCGCAAGCGCAAGAA
GGAGGCGCGTGCAGTTCACAAGCACTCCAAACAGGCTCAGAATTCAATAT*AATAAAGGG
TAAGATGATTGCCAAGAAAAACTATGCTGAGAAAGCTCAAATGAAGAAGACATTAAAAAT
GCACGAGGAGAGTTCATCAAGGCGTAAAGCTGATGAGGATGTTCAGGAAGGAGCTGTTCC
TGCTTATCTTCTTGATCGTGAGAACACCACTCGCGCCAAGGTTCTTAGCAACACCATTAA
GCAAAAGAGGAAAGAGAAAGCTGGGAAATGGGAGGTCCCTCTTCCCAAGGTCCGTCCCGT
GGCTGAAGATGAAATGTTCAGAGTGATCCGATCTGGAAAGAGGAAGACTAAACAGTGGAA
GAGGATGGTTACGAAAGCTACGTTTGTTGGACCTGGTTTCACAAGGAAGCCACCAAAGTA
TGAGCGTTTCATCCGCCCTTCTGGACTTCGTTTCACCAAGGCCCACGTTACTCACCCTGA
GCTTAGATGCACTTTCTGTCTTGAGATTATTGGAATCAAGAAGAATCCCAACGGTCCAAT
GTATACTTCACTTGGTGTCATGACTAGAG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1CM15TF 765 0 0
GGGAACATCTTCTTCTCTCCGTCCCCCGTCTCAGCCACCGACTAAAACCGTAAACAATGC
CGCAGGGAGATTATATAGAATTGCACCAGAAGAGGCATGGACGTCGCCTCGATTACGAAG
AGCGCAAGCGCAAGAAGGAGGCGCGTGCAGTTCACAAGCACTCCAAACAGGCTCAGAATT
CAATAGGAATAAAGGGTAAGATGATTGCCAAGAAAAACTATGCTGAGAAAGCTCAAATAA
AGAAGACATTAAAAATGCACGAGGAGAGTTCATCAAGGCGTAAAGCTGATGAGGATGTTC
AGGAAGGAGCTGTTCCTGCTTATCTTCTTGATCGTGAGAACACCACTCGCGCCAAGGTTC
TTAGCAACACCATTAAGCAAAAGAGGAAAGAGAAAGCTGGGAAATGGGAGGTCCCTCTTC
CCAAGGTCCGTCCCGTGGCTGAAGATGAAATGTTCAGAGTGATCCTATCTGGAAAGAGGA
AGACTAAACAGTGGAAGAGGATGGTTACGAAAGCTACGTTTGTTGGACCTGGTTTCACAA
GGAAGCCACCAAAGTATGAGCGTTTCATCCGCCCTTCTGGACTTCGTTTCACCAAGGCCC
ACGTTACTCACCCTGAGCTTAGATGCACCTTCTGTCTTGAGATTATTGGA*TCAAGAAGA
ATCCCAACGGTCCAATGTATACTTCACTTGGTGTCATGACTAGAGGACTATCATTGAGTC
ATGTGAGTGAGCTTGGTCTTGTTACACAGCTGGAAAGTCGTCTGG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL6589Contig1 1292 2 4 U
GATCTAGAGTCTCTAACAAGCGCTTCTCTTAATAACGCTCACAGATTCAGAGCTCAGTTC
TCAGGTATGGTGAGGCAAAGAGCTTATATCTTCGACGGCGACGGTAAATACTACAACAAA
GAATGGGATCTCAAAGAAGGAACCGGTAAAGAGTTCTGTTGGTATCACGTTGAGTTACCC
AAAGGCAACCAGAAGCTCTCTCAATCCGCACAGCATCTCATAGACGTCCTCTGTCCACCT
TTAAAGCTCCAAGACATTCTTTCTCTCGTTAGTAACGGTCCCTTTTGCGGACATGTTGAT
GGAGCCCTCGTCTTTAGAGTCAACTCTCCTGGTCCTGCTTCGAGCAGCTTCACCTTCAAG
ATTGCTGCTAGGATCACTCAGAACTCTGTCATTACTGTGTCGTTAGGACGTGTTCCTAGG
CTAGGGTTCTCTCCTATGGGTCAGTCTCTTCTCTCCGAGGTCCCTAGTGTGGACTCTCCG
TCTTACTATCGTGGTGAGCACAAGGAAAGAAGTGGGATTGTGATTGAGGAGCATGTTCTT
GAGTTCTTGCTCACCATGAATCACTCTGAGGAAGCTGATAACCCTGTCCCGAGCTCTGTT
TCGAATCTTGTTGTTCATATTATTGATACGCATGTTGATCAGCTTCAAGATGTTGTTACT
AAACTTGAGATCGAATTGGATGCTGTTGAATTAGAGATGGATAGAGGTGGATTTGCTATG
AAGAAACAGATGCTGGATGATAGAAGGTTCCCCAAATTGCATCTCAACTTGCAGCGCCTT
TTGCAGGTGATTGCACATGGAGAACAAGTGTTTCCAAGAGTGAAGGAAAAATGTTCGACG
AAGCCTTGGTTTCTTGCAGAAGATATCAACTCTTTGGAGGAGTTGATTGGGAGGTTAAGA
CGTTTAAAAGAGAATGTAGGCTTCATTGCCAACCGTGTTACTGCAATCCAAGCTGGTTTG
GATAGTTGGCAAGCTGAGCAAATTAACCGAAAGCTCTATTACCTCTCCTTTCTTTCCATC
ATATTCCTTCCTCTATCAATCATCACCGGAGTTTTTGGGATGAACGTTGGAGGAGTTCCT
TGGACGGGACAAAGCAAACCTGAGCTAGCTGATGGATTTAGAAACGTGATGTACATATGT
CTCATAATGCTGGTTGTGGTGTTGTCCTGCTTTGGTTTTCCAGCGTTGTATAGTCGGATA
GCTTCTTGGTGGCGAATGAGAGCTATGAATAGAAGTTGGTCTCTTAATAGGAGATCGTTC
CACAAGAGACCAAACATAGTCCAAGAAAGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AW57TF U 1
AF RR1GV45TF U 745
BS 1 786 RR1AW57TF
BS 787 787 RR1GV45TF
BS 788 815 RR1AW57TF
BS 816 1292 RR1GV45TF

RD RR1AW57TF 815 0 0
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TCAGGTATGGTGAGGCAAAGAGCTTATATCTTCGACGGCGACGGTAAATACTACAACAAA
GAATGGGATCTCAAAGAAGGAACCGGTAAAGAGTTCTGTTGGTATCACGTTGAGTTACCC
AAAGGCAACCAGAAGCTCTCTCAATCCGCACAGCATCTCATAGACGTCCTCTGTCCACCT
TTAAAGCTCCAAGACATTCTTTCTCTCGTTAGTAACGGTCCCTTTTGCGGACATGTTGAT
GGAGCCCTCGTCTTTAGAGTCAACTCTCCTGGTCCTGCTTCGAGCAGCTTCACCTTCAAG
ATTGCTGCTAGGATCACTCAGAACTCTGTCATTACTGTGTCGTTAGGACGTGTTCCTAGG
CTAGGGTTCTCTCCTATGGGTCAGTCTCTTCTCTCCGAGGTCCCTAGTGTGGACTCTCCG
TCTTACTATCGTGGTGAGCACAAGGAAAGAAGTGGGATTGTGATTGAGGAGCATGTTCTT
GAGTTCTTGCTCACCATGAATCACTCTGAGGAAGCTGATAACCCTGTCCCGAGCTCTGTT
TCGAATCTTGTTGTTCATATTATTGATACGCATGTTGATCAGCTTCAAGATGTTGTTACT
AAACTTGAGATCGAATTGGATGCTGTTGAATTAGAGATGGATAGAGGTGGATTTGCTATG
AAGAAACAGATGCTGGATGATAGAAGGTTCCCCAAATTGCATCTCAACTTGCAGCGCCTT
TTGCAG*TGATTGCACATGGAGAACAAGTGTTTCC

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1GV45TF 548 0 0
G
GGTTCCCCAAATTGCATCTCAACTTGCAGCGCCTTTTGCAGGTGATTGCACATGGAGAAC
AAGTGTTTCCAAGAGTGAAGGAAAAATGTTCGACGAAGCCTTGGTTTCTTGCAGAAGATA
TCAACTCTTTGGAGGAGTTGATTGGGAGGTTAAGACGTTTAAAAGAGAATGTAGGCTTCA
TTGCCAACCGTGTTACTGCAATCCAAGCTGGTTTGGATAGTTGGCAAGCTGAGCAAATTA
ACCGAAAGCTCTATTACCTCTCCTTTCTTTCCATCATATTCCTTCCTCTATCAATCATCA
CCGGAGTTTTTGGGATGAACGTTGGAGGAGTTCCTTGGACGGGACAAAGCAAACCTGAGC
TAGCTGATGGATTTAGAAACGTGATGTACATATGTCTCATAATGCTGGTTGTGGTGTTGT
CCTGCTTTGGTTTTCCAGCGTTGTATAGTCGGATAGCTTCTTGGTGGCGAATGAGAGCTA
TGAATAGAAGTTGGTCTCTTAATAGGAGATCGTTCCACAAGAGACCAAACATAGTCCAAG
AAAGAAG

QA 2 548 2 548
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6591Contig1 679 2 1 U
GGGTCGTTCTCTTCTCCTCCACCACACGCTTTTATTTGGTTACTATCAGATTCTCATCTG
TTGCAATGTCCAAGAACAACGGCGGAGCTCGTAGCTGCTTAGGTTCGATGGACGACATCC
GCGTCGTCTTCCAGCGATTCGACAAAAACGGAGACGGAAAAATCTCCGTCGACGAGCTCA
AGGAGGTGATCCACGCGCTGAGCCCCACCTCGTCGCCGGAGGAGACAGTGAAGATGATGA
AACAGTTCGATCTGGACGGAAACGGATTCATCGACATGGACGAGTTCGTTTCTCTTTTCC
AGATCGGAATGAACCAAGGAGGAGGAGGAAACAGCAAAAACGATCTGAAGGAAGCGTTCG
AGCTGTACGATCTGGACGGTAACAGGCGGATCTCGGCGAAGGAGCTTCACTCGGTGATGA
AGAATCTGGGGGAGAAGTGTTCTGTTCAGGACTGCAGGAAGATGATTAGCAAAGTTGATA
CGGATGGCGATGGTTGCGTTAACTTCGAGGAGTTTAAGCTGATGATGAACAACAACGGCG
GAGCTTGATTGATGAGATCGTTGTATTAGGGATTGTTTGTATAGAGGAAAGCTAGAAAAG
TTTGGTTTTATGAGTTTTTTTTTACTTTATGTGCTACAACTTCCCTTATTCACTATTGAG
ATTGTTCTGATGGGCCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DR22TF U 1
AF RR1DR22JQ C 21
BS 1 679 RR1DR22TF

RD RR1DR22TF 679 0 0
GGGTCGTTCTCTTCTCCTCCACCACACGCTTTTATTTGGTTACTATCAGATTCTCATCTG
TTGCAATGTCCAAGAACAACGGCGGAGCTCGTAGCTGCTTAGGTTCGATGGACGACATCC
GCGTCGTCTTCCAGCGATTCGACAAAAACGGAGACGGAAAAATCTCCGTCGACGAGCTCA
AGGAGGTGATCCACGCGCTGAGCCCCACCTCGTCGCCGGAGGAGACAGTGAAGATGATGA
AACAGTTCGATCTGGACGGAAACGGATTCATCGACATGGACGAGTTCGTTTCTCTTTTCC
AGATCGGAATGAACCAAGGAGGAGGAGGAAACAGCAAAAACGATCTGAAGGAAGCGTTCG
AGCTGTACGATCTGGACGGTAACAGGCGGATCTCGGCGAAGGAGCTTCACTCGGTGATGA
AGAATCTGGGGGAGAAGTGTTCTGTTCAGGACTGCAGGAAGATGATTAGCAAAGTTGATA
CGGATGGCGATGGTTGCGTTAACTTCGAGGAGTTTAAGCTGATGATGAACAACAACGGCG
GAGCTTGATTGATGAGATCGTTGTATTAGGGATTGTTTGTATAGAGGAAAGCTAGAAAAG
TTTGGTTTTATGAGTTTTTTTTTACTTTATGTGCTACAACTTCCCTTATTCACTATTGAG
ATTGTTCTGATGGGCCTGC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1DR22JQ 659 0 0
ACCACACGCTTTTATTTGGTTACTATCAGATTCTCATCTGTTGCAATGTCCAAGAACAAC
GGCGGAGCTCGTAGCTGCTTAGGTTCGATGGACGACATCCGCGTCGTCTTCCAGCGATTC
GACAAAAACGGAGACGGAAAAATCTCCGTCGACGAGCTCAAGGAGGTGATCCACGCGCTG
AGCCCCACCTCGTCGCCGGAGGAGACAGTGAAGATGATGAAACAGTTCGATCTGGACGGA
AACGGATTCATCGACATGGACGAGTTCGTTTCTCTTTTCCAGATCGGAATGAACCAAGGA
GGAGGAGGAAACAGCAAAAACGATCTGAAGGAAGCGTTCGAGCTGTACGATCTGGACGGT
AACAGGCGGATCTCGGCGAAGGAGCTTCACTCGGTGATGAAGAATCTGGGGGAGAAGTGT
TCTGTTCAGGACTGCAGGAAGATGATTAGCAAAGTTGATACGGATGGCGATGGTTGCGTT
AACTTCGAGGAGTTTAAGCTGATGATGAACAACAACGGCGGAGCTTGATTGATGAGATCG
TTGTATTAGGGATTGTTTGTATAGAGGAAAGCTAGAAAAGTTTGGTTTTATGAGTTTTTT
TTTACTTTATGTGCTACAACTTCCCTTATTCACTATTGAGATTGTTCTGATGGGCCTGC

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL6592Contig1 872 2 8 U
GGAATCCTGACCGTTAAAGCAAAACTCCACCACCATCTCCTTCTTCTTCTTCTTGCTTCT
GTTTTTCGTCTTCCTCTTCCTCTCAACTCTAATCATCTCTCTCTCTCTCTCTCGGAGACA
TTAACGTCACGAACACGCAATGGTGAGAAAATGCAGAAAAGCTAAAGAGACGGTCGGAGC
TTCGTCTACATATATGCAGCTTCGCAGCCGTAGAATCTTTTACCGATCGGAAAAGGAGAG
CTCATCGTCTTCTTACTGCGCAAGTAACAACAATGGAGTTATAGATCTGAAGGAGGAAAG
AGATGGTGAGACCGAAACGTCGTCGTGTCGACGGAGTAGTAAGAGGAAGCTATTTGAAAG
CCTTACAGAGAAAGAGTCGAGCAAATCTATGGAGAACTCACAGCAAACCGTAGCTGGTTT
TGATTCCGCCGTGAGAGAATCATCGGATTGTTGTTGCAGCCGGAGAACATCTTTGTCGAC
GACGGAGGAGAAGGGGAAACCAACGACGGAGCAACCACCAACGGCTGAGGAGATTGAAGA
GTTTTTTGTGGTGGCTGAGAAACAGGTCCATGATAAATTCAAGAAGAAGTATAACTTTGA
TTTCGAGAAGGAGAAGCCATTATTAGAAGGACACTACGAGTGGGTTAAATTATCAGAGTA
ATGAAGGAAATGAAGATGGTGATGAAGCATACGTTTATTAACTTTTAGTGTCTAATTTTC
AGAGAATAATTCCAATTTTATTATTTGTTTCTAAAATAGAAGCTTTGTGAGGAAAGACTT
GTAGCAGAATGTTTGAAAGTACGAATCTGCACAGAAAGAAAGGGTTTTATTGGGGGTGTT
TCAGAACAGATTTTGTTTTCTGCAAAAGTGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW18TF U 1
AF RR1CW18JQ C 96
BS 1 718 RR1CW18TF
BS 719 719 RR1CW18JQ
BS 720 725 RR1CW18TF
BS 726 726 RR1CW18JQ
BS 727 755 RR1CW18TF
BS 756 756 RR1CW18JQ
BS 757 769 RR1CW18TF
BS 770 872 RR1CW18JQ

RD RR1CW18TF 769 0 0
GGAATCCTGACCGTTAAAGCAAAACTCCACCACCATCTCCTTCTTCTTCTTCTTGCTTCT
GTTTTTCGTCTTCCTCTTCCTCTCAACTCTAATCATCTCTCTCTCTCTCTCTCGGAGACA
TTAACGTCACGAACACGCAATGGTGAGAAAATGCAGAAAAGCTAAAGAGACGGTCGGAGC
TTCGTCTACATATATGCAGCTTCGCAGCCGTAGAATCTTTTACCGATCGGAAAAGGAGAG
CTCATCGTCTTCTTACTGCGCAAGTAACAACAATGGAGTTATAGATCTGAAGGAGGAAAG
AGATGGTGAGACCGAAACGTCGTCGTGTCGACGGAGTAGTAAGAGGAAGCTATTTGAAAG
CCTTACAGAGAAAGAGTCGAGCAAATCTATGGAGAACTCACAGCAAACCGTAGCTGGTTT
TGATTCCGCCGTGAGAGAATCATCGGATTGTTGTTGCAGCCGGAGAACATCTTTGTCGAC
GACGGAGGAGAAGGGGAAACCAACGACGGAGCAACCACCAACGGCTGAGGAGATTGAAGA
GTTTTTTGTGGTGGCTGAGAAACAGGTCCATGATAAATTCAAGAAGAAGTATAACTTTGA
TTTCGAGAAGGAGAAGCCATTATTAGAAGGACACTACGAGTGGGTTAAATTATCAGAGTA
ATGAAGGAAATGAAGATGGTGATGAAGCATACGTTTATTAACTTTTAGTGTCTAATTT*C
AGAGA*TAATTCCAATTTTATTATTTGTTTCTAAA*TAGAAGCTTTGTG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1CW18JQ 777 0 0
TCTCTCTCTCTCTCTCTCGGAGACATTAACGTCACGAACACGCAATGGTGAGAAAATGCA
GAAAAGCTAAAGAGACGGTCGGAGCTTCGTCTACATATATGCAGCTTCGCAGCCGTAGAA
TCTTTTACCGATCGGAAAAGGAGAGCTCATCGTCTTCTTACTGCGCAAGTAACAACAATG
GAGTTATAGATCTGAAGGAGGAAAGAGATGGTGAGACCGAAACGTCGTCGTGTCGACGGA
GTAGTAAGAGGAAGCTATTTGAAAGCCTTACAGAGAAAGAGTCGAGCAAATCTATGGAGA
ACTCACAGCAAACCGTAGCTGGTTTTGATTCCGCCGTGAGAGAATCATCGGATTGTTGTT
GCAGCCGGAGAACATCTTTGTCGACGACGGAGGAGAAGGGGAAACCAACGACGGAGCAAC
CACCAACGGCTGAGGAGATTGAAGAGTTTTTTGTGGTGGCTGAGAAACAGGTCCATGATA
AATTCAAGAAGAAGTATAACTTTGATTTCGAGAAGGAGAAGCCATTATTAGAAGGACACT
ACGAGTGGGTTAAATTATCAGAGTAATGAAGGAAATGAAGATGGTGATGAAGCATACGTT
TATTAACTTTTAGTGTCTAATTTTCAGAGAATAATTCCAATTTTATTATTTGTTTCTAAA
ATAGAAGCTTTGTGAGGAAAGACTTGTAGCAGAATGTTTGAAAGTACGAATCTGCACAGA
AAGAAAGGGTTTTATTGGGGGTGTTTCAGAACAGATTTTGTTTTCTGCAAAAGTGGA

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL6593Contig1 660 2 1 U
GGCATCTTCTCCAAACTCGCTTGGAATCAAATCTGAGCCGTCGATAATTCTCCCAGCTAA
TAAGAAGAAAGAGAGCACGACGTCAAAGATCAAAGGAACGAGGATCCGCATAGCGATCCG
ATCATTCGACAGCCCGGAGAAGCAAGCTTGGTGTCTTCCTCCCCACGCTCGCTACGCTGC
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GAGGGAGCAGTTCGAGATGAGGTTCAAGAAAAGGTTTCTCGTGATCAAAGCTCAGTCACG
AGCTGAGCAATAAGCTGTTTTGGTTGAAGCGTTACCGTATCCTCGGTGCTCAGTACGAAC
TCCAGTTCCATTGCAAGACCCGTTTGGACATGGCTCCTGTGTTAGGCAACATCAGTGGCT
CCACATGAGACAAGGATTAAGCGGTCGTTTTAAACAAGTTTATTGGCCGATCCTGCAATA
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GGATTGAGTTTCAGTGGGTGAATAAACTTCCAGTTTTATGCAAATTTATTAGGCCATTTG
ATTCATTGTATGGGTTTCATTTCATCATGAAATAGATAATCAAAGATGTTTTAGTTGTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CQ73JQ C 1
AF RR1CQ73TF U 1
BS 1 660 RR1CQ73TF

RD RR1CQ73JQ 660 0 0
GGCATCTTCTCCAAACTCGCTTGGAATCAAATCTGAGCCGTCGATAATTCTCCCAGCTAA
TAAGAAGAAAGAGAGCACGACGTCAAAGATCAAAGGAACGAGGATCCGCATAGCGATCCG
ATCATTCGACAGCCCGGAGAAGCAAGCTTGGTGTCTTCCTCCCCACGCTCGCTACGCTGC
GATGCCAGACACGAGGACCTTGTACACGGTACTACGTTCCCCTCACGTTGACAAGAAGTC
GAGGGAGCAGTTCGAGATGAGGTTCAAGAAAAGGTTTCTCGTGATCAAAGCTCAGTCACG
AGCTGAGCAATAAGCTGTTTTGGTTGAAGCGTTACCGTATCCTCGGTGCTCAGTACGAAC
TCCAGTTCCATTGCAAGACCCGTTTGGACATGGCTCCTGTGTTAGGCAACATCAGTGGCT
CCACATGAGACAAGGATTAAGCGGTCGTTTTAAACAAGTTTATTGGCCGATCCTGCAATA
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GGATTGAGTTTCAGTGGGTGAATAAACTTCCAGTTTTATGCAAATTTATTAGGCCATTTG
ATTCATTGTATGGGTTTCATTTCATCATGAAATAGATAATCAAAGATGTTTTAGTTGTCG

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1CQ73TF 660 0 0
GGCATCTTCTCCAAACTCGCTTGGAATCAAATCTGAGCCGTCGATAATTCTCCCAGCTAA
TAAGAAGAAAGAGAGCACGACGTCAAAGATCAAAGGAACGAGGATCCGCATAGCGATCCG
ATCATTCGACAGCCCGGAGAAGCAAGCTTGGTGTCTTCCTCCCCACGCTCGCTACGCTGC
GATGCCAGACACGAGGACCTTGTACACGGTACTACGTTCCCCTCACGTTGACAAGAAGTC
GAGGGAGCAGTTCGAGATGAGGTTCAAGAAAAGGTTTCTCGTGATCAAAGCTCAGTCACG
AGCTGAGCAATAAGCTGTTTTGGTTGAAGCGTTACCGTATCCTCGGTGCTCAGTACGAAC
TCCAGTTCCATTGCAAGACCCGTTTGGACATGGCTCCTGTGTTAGGCAACATCAGTGGCT
CCACATGAGACAAGGATTAAGCGGTCGTTTTAAACAAGTTTATTGGCCGATCCTGCAATA
ACTGAATCTTACTGATTCAAGAAAGAAGTCAACAAATACCTCATCAAAGACATGGGTTCT
GGATTGAGTTTCAGTGGGTGAATAAACTTCCAGTTTTATGCAAATTTATTAGGCCATTTG
ATTCATTGTATGGGTTTCATTTCATCATGAAATAGATAATCAAAGATGTTTTAGTTGTCG

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL6594Contig1 760 2 13 U
GGAGAGCTCCTCCGAGATAGATTGAGAAATTCTGCAAAAAAAAAAAATGGCGGAAAGCAA
AGAGAACTACGACCTAACCCCTCGAGTAGCTCCCAACCTAGACCGACACCTGGTGTTCCC
CATACTCGAGTTCCTTCAAGAGCGCCAGCTTTACCCCGATGAACAGATCCTCAAGTTCAA
GATCGAGCTTTTGAACAAGACCAACATGGTCGATTACGCCATGGATATCCACAAGAGTCT
TTACCACACCGAAGACGCTCCTCAAGATATGGTGGAGAGGAGAGCTGAGGTTGTGGCGAG
GCTTAAGTCTCTTGAGGAGGCGGCTGCACCGCTTGTGACTTTCCCTTTGAACCCTAATGC
TGTTCAGGAGCTAAGGGCTGATAAGCAGTACAATCTCCAGATGCTCAAGGAACGCTACCA
GATTGGTCCAGACCAGATAGAGGCGTTGTATCAGTACGCTAAGTTCCAGTTCGAATGTGG
GAACTACTCCGGTACTGCTGATTACCTCTACCAGTACAGGACCCTTTGCTCTAACCTCGA
GAGAAGTCTTAGCGCCTTGTGGGGAAAGCTCGCTTCCGAGATTCTGATGCAGAACTGGGA
CACTGCTCTTGAAGAGCTCAACCGTGTTAAAGAAATTATTGACTCAAAGAGTTTTGCATC
GCCGTTAAACCAGGTGCAGAACAGATCTGGTTGATGCATTGGGGTCTCTATATCTTCTTT
AACCATGACAACGGAAGACACAGATCATTGATCTTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BN63TF U 1
AF RR1BQ43TF U 9
BS 1 27 RR1BN63TF
BS 28 28 RR1BQ43TF
BS 29 45 RR1BN63TF
BS 46 47 RR1BQ43TF
BS 48 144 RR1BN63TF
BS 145 145 RR1BQ43TF
BS 146 344 RR1BN63TF
BS 345 345 RR1BQ43TF
BS 346 493 RR1BN63TF
BS 494 494 RR1BQ43TF
BS 495 602 RR1BN63TF
BS 603 603 RR1BQ43TF
BS 604 760 RR1BN63TF

RD RR1BN63TF 760 0 0
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AGAGAACTACGACCTAACCCCTCGAGTAGCTCCCAACCTAGACCGACACCTGGTGTTCCC
CATACTCGAGTTCCTTCAAGAGCGTCAGCTTTACCCCGATGAACAGATCCTCAAGTTCAA
GATCGAGCTTTTGAACAAGACCAACATGGTCGATTACGCCATGGATATCCACAAGAGTCT
TTACCACACCGAAGACGCTCCTCAAGATATGGTGGAGAGGAGAGCTGAGGTTGTGGCGAG
GCTTAAGTCTCTTGAGGAGGCGGCTGCACCGCTTGTGACTTTCCTTTTGAACCCTAATGC
TGTTCAGGAGCTAAGGGCTGATAAGCAGTACAATCTCCAGATGCTCAAGGAACGCTACCA
GATTGGTCCAGACCAGATAGAGGCGTTGTATCAGTACGCTAAGTTCCAGTTCGAATGTGG
GAACTACTCCGGTGCTGCTGATTACCTCTACCAGTACAGGACCCTTTGCTCTAACCTCGA
GAGAAGTCTTAGCGCCTTGTGGGGAAAGCTCGCTTCCGAGATTCTGATGCAGAACTGGGA
CATTGCTCTTGAAGAGCTCAACCGTGTTAAAGAAATTATTGACTCAAAGAGTTTTGCATC
GCCGTTAAACCAGGTGCAGAACAGATCTGGTTGATGCATTGGGGTCTCTATATCTTCTTT
AACCATGACAACGGAAGACACAGATCATTGATCTTTTTAT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1BQ43TF 721 0 0
GG
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TACCTAACCCCTCGAGTAGCTCCCAACCTAGACCGACACTTGGTGTTCCCCATACTCGAG
TTCCTTCAAGAGCGCCAGCTTTACCCCGATGAGCAGATCCTCAAGTTCAAGATCGGGCTT
TTGAACAAGACCAACATGGTCGATTACGCCATGGATATCCATAAGAGTCTTTACCACACC
GAAGACGCTCCTCAAGATATGGTGGAGAGGAGAGCTGAGGTTGTGGCGAGGCTTAAGTCT
CTTGAGGAGGCGGCTGCACCGCTTGTGACTTTCCCTTTGAACCCTAATGCTGTTCAGGAG
CTAAGGGCTGATAAGCAGTACAATCTCCAGATGCTCAAGGAACGCTACCAGATTGGTCCA
GACCAGATAGAGGCGTTGTATCAGTACGCTAAGTTCCAGTTCGAATGTGGGAACTACTCC
GGTACTGCTGATTACCTCTACCAGTACAGGACCCTTTGCTCTAACCTCGAGAGAAGTCTT
AGCGCCTTGTGGGGAAAGCTCGCTTCCGAGATTCTGATGCAGAACTGGGACACTGCTCTT
GAAGAGCTCAACCGTGTTAAAGAAATTATTGACTCAAAGAGTTTTGCATCGCCGTTAGAC
CAGGTGCAGAACAGATCTGGTTGATGCATTGGGGTCTCTATATCTTCTTTAACCATGAC

QA 3 721 3 721
DS 



AS 1 2

CO CL6595Contig1 753 2 3 U
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TTAGAGAAGGAGAGAGCTCTATTTTTCCTTTTGTTATAAATCTTTGGTTTTATAACCGAT
TCATTTTTCCCATTAGCGGATCGTTGTTTCTTCAATATGACGATATACTTTCGTGAGGAT
CTTAGTCTTGCTTTCTACTTCGTTCTGAATTCACAATCCGTTGGATATTGAGTTAGTAGA
CCTTTCTTCATAGCTCATTCTGAAGCCTTACTAGGAGAATCAGTATTCGTTCTCAGTTTA
GCCGTTTATGGCGTAAAGCGAAACTCTGATGGAGGGTATGATCAGTTTATAGGATACTCT
AGATTATGTATGAAGAAGATTCAGAAGAGTTTGCGTTTCTATGGCGTTCCGACAAAAGTG
ATTGAAGGATTCTCTGCTAAAGAGAGTTCGCGTTGAAAGTAGAAAGCTTTCATATTTGGT
AATGGAGTTCTCTGTTATGGCGGAGAGATGGAGCACGAGAAGCGTCTTCGGGAAGCAAGT
GGTGGTTTCGTTCGGCGTTGCAGCCAAGATTTCCGCTCAACGCATGAAGGATGCATGTCC
TACCGACGTGTTGTTAGGAAATCAATCGTCAACACGAACATCCTCTAGATTTTTTTCATT
TTGGGCTGTTTAAATGGGCTTTCTCTTCTGTTGTAAAATCTCTAGTACCAAATGTAATTG
CCCACTGAACTCAATAGAATGAAACTCAGTTGG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP73TF U 2
AF RR1FP73JQ C 1
BS 1 2 RR1FP73JQ
BS 3 666 RR1FP73TF
BS 667 753 RR1FP73JQ

RD RR1FP73TF 665 0 0
T
TTTTCTCTCGAAAACTTCATTTCTCTAAACCCAAATCTTTCAGAGGATAGATTTTTCATT
AGAGAAGGAGAGAGCTCTATTTTTCCTTTTGTTATAAATCTTTGGTTTTATAACCGATTC
ATTTTTCCCATTAGCGGATCGTTGTTTCTTCAATATGACGATATACTTTCGTGAGGATCT
TAGTCTTGCTTTCTACTTCGTTCTGAATTCACAATCCGTTGGATATTGAGTTAGTAGACC
TTTCTTCATAGCTCATTCTGAAGCCTTACTAGGAGAATCAGTATTCGTTCTCAGTTTAGC
CGTTTATGGCGTAAAGCGAAACTCTGATGGAGGGTATGATCAGTTTATAGGATACTCTAG
ATTATGTATGAAGAAGATTCAGAAGAGTTTGCGTTTCTATGGCGTTCCGACAAAAGTGAT
TGAAGGATTCTCTGCTAAAGAGAGTTCGCGTTGAAAGTAGAAAGCTTTCATATTTGGTAA
TGGAGTTCTCTGTTATGGCGGAGAGATGGAGCACGAGAAGCGTCTTCGGGAAGCAAGTGG
TGGTTTCGTTCGGCGTTGCAGCCAAGATTTCCGCTCAACGCATGAAGGATGCATGTCCTA
CCGACGTGTTGTTAGGAAATCAATCGTCAACACGAACATCCTCTAGATTTTTTTCATTTT
GGGC

QA 2 665 2 665
DS 

RD RR1FP73JQ 753 0 0
GGTTTTCTCTCGAAAACTTCATTTCTCTAAACCCAAATCTTTCAGAGGATAGATTTTTCA
TTAGAGAAGGAGAGAGCTCTATTTTTCCTTTTGTTATAAATCTTTGGTTTTATAACCGAT
TCATTTTTCCCATTAGCGGATCGTTGTTTCTTCAATATGACGATATACTTTCGTGAGGAT
CTTAGTCTTGCTTTCTACTTCGTTCTGAATTCACAATCCGTTGGATATTGAGTTAGTAGA
CCTTTCTTCATAGCTCATTCTGAAGCCTTACTAGGAGAATCAGTATTCGTTCTCAGTTTA
GCCGTTTATGGCGTAAAGCGAAACTCTGATGGAGGGTATGATCAGTTTATAGGATACTCT
AGATTATGTATGAAGAAGATTCAGAAGAGTTTGCGTTTCTATGGCGTTCCGACAAAAGTG
ATTGAAGGATTCTCTGCTAAAGAGAGTTCGCGTTGAAAGTAGAAAGCTTTCATATTTGGT
AATGGAGTTCTCTGTTATGGCGGAGAGATGGAGCACGAGAAGCGTCTTCGGGAAGCAAGT
GGTGGTTTCGTTCGGCGTTGCAGCCAAGATTTCCGCTCAACGCATGAAGGATGCATGTCC
TACCGACGTGTTGTTAGGAAATCAATCGTCAACACGAACATCCTCTAGATTTTTTTCATT
TTGGGCTGTTTAAATGGGCTTTCTCTTCTGTTGTAAAATCTCTAGTACCAAATGTAATTG
CCCACTGAACTCAATAGAATGAAACTCAGTTGG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL6596Contig1 1102 2 12 U
GGGACAAATTTAGAACTGTGAGTGAGAGGGCAGAGAAACATGAGACAGCTCCACCAGTGT
TAGCAAAACAAGAGAAGGTCGTTAAATTTGAAGTTTCAAAAGTCGAAAAGAGTGGAAAGG
ATATTCCTAAACCGGCTGAGCAAAAGAGCCAGACCACGAAACCTAAGAAGGCCATCAAGC
CAGACCAGCCTCCACCAATTGTCAAGGAATTGGTGTCTGCAAAAGAGGAGGTAGAGAAGT
CAGCAACGAAGGAAGAAGAAGAGGAGCCACCTAAGTTAACCAAAGAGGAAGAGGAGTTAA
TTAAGAAAGAAGAGGAGAAGAGGAAACAGAAGGAAGCCGCGAAGATGAAGGAGCAGCATC
GCTTGGAGGAGATAGCCAAAGCTAAAGAGGCAATGGAGAGGAAGAAGAAGAGAGAAGAAA
AAGCAAAAGCAAGAGCTGCTCTTAAGGCTCAGAAGGAAGCTGAAGAAAAGGAGAAGGAAC
GAGAAAAGAAACTAAGGAAGAAGGAGAGAAGAAAGGGAGTTGTTACATCAGAAGAGACAG
CAGAAAACCCAACTGAGACATCAGAGGCTGTAATAGAAGCTCCAAGGGAGATTGAAACTC
CAAAGAAACAAACCGCTGAGGAGAGTCAACAAATCAAGAAGTCCCACAAAGCATCATCAC
AGTTTCTCAAACAAAACAAGTCAAAATCTATTCCACTACCTTTAAGGAACCGTGGAAGCA
AGAAAAAACTGAGGCAGTGGATGCGGATTGGACTCATAGTTCTGGTCGCCCTCGCACTGT
TCCTTCTCGGTAATGCAAATCTCTCCTTCTCTCCTGAAAATCTGTGGTTTATATAAAAAG
AGAAATGATGAAAGTGGCGCACTCTCACACACTTTCCCCTTCGTGCTTTACTATAGTAAG
TTTTGTTGGCTACTCTACTCATCTTTTACCTAGTTTGGATTGTGTTTGGTGTTTTCTATT
TATTTTGTTCTTAAAAGTGGAAGCTCTGATTCATTGATTTCACACAGACAACAGACATTA
GATTGGTTTTGCTTGCTGGGTATTGTCTAAGAAACACGATTTTAAGTTTTGTTTTTATAC
CATAATATATTATTATAGCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CF03TF U 1
AF RR1CF03JQ C 410
BS 1 706 RR1CF03TF
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BS 766 781 RR1CF03TF
BS 782 1102 RR1CF03JQ

RD RR1CF03TF 781 0 0
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T

QA 1 781 1 781
DS 

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AGCATCATCACAGTTTCTCAAACAAAACAAGTCAAAATCTATTCCACTACCTTTAAGGAA
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CCTCGCACTGTTCCTTCTCGGTAATGCAAATCTCTCCTTCTCTCCTGAAAATCTGTGGTT
TATATAAAAAGAGAAATGATGAAAGTGGCGCACTCTCACACACTTTCCCCTTCGTGCTTT
ACTATAGTAAGTTTTGTTGGCTACTCTACTCATCTTTTACCTAGTTTGGATTGTGTTTGG
TGTTTTCTATTTATTTTGTTCTTAAAAGTGGAAGCTCTGATTCATTGATTTCACACAGAC
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TGTTTTTATACCATAATATATTATTATAGCAAA

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

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AAAAATATTAAATTTTTCATTTCTC


BQ
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AF RR1BZ10JQ C 1
AF RR1BZ10TF U 1
BS 1 664 RR1BZ10TF
BS 665 685 RR1BZ10JQ

RD RR1BZ10JQ 685 0 0
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CCTCGTTTGCGATAACCGCAGAGACGTTGCTGGCCAGCTTGTTCGGGATGAACATACCCT
GTCCGCTGTATAACATCAACGGCATCTTCTGGTACTTCGTGTGGAGTATCACTGCGTTTT
GCTTTGTGCTTTTCATGGTCGTTCTTGGTTACGCCAGGTGGAAGAAGCTGCTTGGCTCAT
AATCTCTCTCTTTCTCTATGGACCCACTAATGTAATAAAACCCCTATAAGACATGCTTTT
TAGTAGGGGTGGGCGTTCGGGTACCCGTTCGGGTTCGGATCAGGTATTTCGGATTTTCGG
GTATTTCGGTATAGGAGTGTAATATCCATTCGGGTATTTCTTTATTTCGGGTCGGGTTCG
GGTATTTTTAGTTCGGATTCGGGTATTTCGGGTTGGGTTTTCGGATATTTAGATTTTGAA
AAAAATATTAAATTTTTCATTTCTC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1BZ10TF 664 0 0
GATCGAATCTTCACCGTCTCACATCAAACAGAAGCGCGAGCATGGTGACGAGCAACATGG
ATGAAGACGACGTGGAGGATCTGGAGATGTTGCTGGAAGCATACTTCATGCAGCTAGAGG
GAATGAGGAACAAGATCCTAACCGTGAGGGAATACATCGACGACACGGAAGACTACGTGA
ACATACAGCTGGACAATCAACGTAACCAGCTGATCCAGCTGCAGCTGATTCTGACCATGG
CCTCGTTTGCGATAACCGCAGAGACGTTGCTGGCCAGCTTGTTCGGGATGAACATACCCT
GTCCGCTGTATAACATCAACGGCATCTTCTGGTACTTCGTGTGGAGTATCACTGCGTTTT
GCTTTGTGCTTTTCATGGTCGTTCTTGGTTACGCCAGGTGGAAGAAGCTGCTTGGCTCAT
AATCTCTCTCTTTCTCTATGGACCCACTAATGTAATAAAACCCCTATAAGACATGCTTTT
TAGTAGGGGTGGGCGTTCGGGTACCCGTTCGGGTTCGGATCAGGTATTTCGGATTTTCGG
GTATTTCGGTATAGGAGTGTAATATCCATTCGGGTATTTCTTTATTTCGGGTCGGGTTCG
GGTATTTTTAGTTCGGATTCGGGTATTTCGGGTTGGGTTTTCGGATATTTAGATTTTGAA
AAAA

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL6598Contig1 665 2 2 U
TAATATGCAAACTAATGATCATATATAATTTGCGGGCAGCACAATTACATTGAAGAAAAC
GACACATAGATATATAAGAGAATTTCGACCCAAAAAACGATATATAAGAGAGTTTGTAAA
AAAAAAAAGATATATAAGAGAGCAAACACAATTATAATTACTTGACGAAATCAAAATCAA
AATAGAAAGAACACTCAAAGCTCAAATAAGATTAAAAAGGTGGAAACTCTTTGATCACCA
CCAGCCATAGACGACCTGTGTGTACCTCTGCTTAAGCCATCTGAAACTTTTTCTAAAAGA
GCCTTTGACTTTGCCTTCAACACTATACATCTTGTAGCTCGCGACCCTTTTCTTTCTCAA
TAGCTCCGGGTCCGTTATCCCCCAAGACTTCGACCTCGCTATAGATTTCTCCTTCTTGAT
ATCGTAGATGTTGTTCTCCGTCGCGTACGAGGTGCTATAGCTCCTGAAGTCGCCGGTTCC
CGGACCGCCGCCGTGGTAAGGCTGGATCTGCATCCCTCCGTCTCCGTAGGCTCTTTGACG
GTTGGAGTCTTCCATTGAAGAGCCGGCTAGAGAGAGTTGGAGAGAATCTTTTTACAGCTC
GGAGAAGAATAATTGAAGAGACAAAAAGGGAGGGAGGAGAATAATAGTGTCACGCAACGC
CGTCC


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR1EJ24TF C 1
AF RR1EJ24JQ U 2
BS 1 1 RR1EJ24TF
BS 2 665 RR1EJ24JQ

RD RR1EJ24TF 665 0 0
TAATATGCAAACTAATGATCATATATAATTTGCGGGCAGCACAATTACATTGAAGAAAAC
GACACATAGATATATAAGAGAATTTCGACCCAAAAAACGATATATAAGAGAGTTTGTAAA
AAAAAAAAGATATATAAGAGAGCAAACACAATTATAATTACTTGACGAAATCAAAATCAA
AATAGAAAGAACACTCAAAGCTCAAATAAGATTAAAAAGGTGGAAACTCTTTGATCACCA
CCAGCCATAGACGACCTGTGTGTACCTCTGCTTAAGCCATCTGAAACTTTTTCTAAAAGA
GCCTTTGACTTTGCCTTCAACACTATACATCTTGTAGCTCGCGACCCTTTTCTTTCTCAA
TAGCTCCGGGTCCGTTATCCCCCAAGACTTCGACCTCGCTATAGATTTCTCCTTCTTGAT
ATCGTAGATGTTGTTCTCCGTCGCGTACGAGGTGCTATAGCTCCTGAAGTCGCCGGTTCC
CGGACCGCCGCCGTGGTAAGGCTGGATCTGCATCCCTCCGTCTCCGTAGGCTCTTTGACG
GTTGGAGTCTTCCATTGAAGAGCCGGCTAGAGAGAGTTGGAGAGAATCTTTTTACAGCTC
GGAGAAGAATAATTGAAGAGACAAAAAGGGAGGGAGGAGAATAATAGTGTCACGCAACGC
CGTCC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1EJ24JQ 664 0 0
AATATGCAAACTAATGATCATATATAATTTGCGGGCAGCACAATTACATTGAAGAAAACG
ACACATAGATATATAAGAGAATTTCGACCCAAAAAACGATATATAAGAGAGTTTGTAAAA
AAAAAAAGATATATAAGAGAGCAAACACAATTATAATTACTTGACGAAATCAAAATCAAA
ATAGAAAGAACACTCAAAGCTCAAATAAGATTAAAAAGGTGGAAACTCTTTGATCACCAC
CAGCCATAGACGACCTGTGTGTACCTCTGCTTAAGCCATCTGAAACTTTTTCTAAAAGAG
CCTTTGACTTTGCCTTCAACACTATACATCTTGTAGCTCGCGACCCTTTTCTTTCTCAAT
AGCTCCGGGTCCGTTATCCCCCAAGACTTCGACCTCGCTATAGATTTCTCCTTCTTGATA
TCGTAGATGTTGTTCTCCGTCGCGTACGAGGTGCTATAGCTCCTGAAGTCGCCGGTTCCC
GGACCGCCGCCGTGGTAAGGCTGGATCTGCATCCCTCCGTCTCCGTAGGCTCTTTGACGG
TTGGAGTCTTCCATTGAAGAGCCGGCTAGAGAGAGTTGGAGAGAATCTTTTTACAGCTCG
GAGAAGAATAATTGAAGAGACAAAAAGGGAGGGAGGAGAATAATAGTGTCACGCAACGCC
GTCC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL6599Contig1 751 2 4 U
GCAGATCTATCTGACAACTTCATTGTAAAGACATGCCAGAGATTTATTCCTGTCACATCA
AGTTACGATGGGAATAGGTTTTTCACAAAGGATGATGGTATTTTGAAAGCCACACCGTTG
CTACTCACAGTTGCGGTGATCGAGCTCAGTGACGTAGCATTTGCTGTTGACTCAATACCT
GCTGTTTTTGGCGTCACGAGGGATCCTTTTATTGTCTTGACCTCTAATCTGTTTGCAATC
ATAGGACTGAGGTCGCTCTACACCCTGATTTCTGAAGGAATGGGGGAGCTGGAATACTTG
CAGCCATCGATAGCAGTTGTTCTCGGCTTCATCGGATGCAAGATGATCCTCGATTTCTTT
AGCTTCCATGTATCAACCGAGGCATCACTGGGTATCGTGGCACTTTCTCTAAGCACCGGA
GTTTTGTTGAGCCTAACAAACAAATCCAGCGACAGCTAATTAAGAGAACGGGAACAGCTT
CCCAGATGTAGTCAACCAAACAGTACTCAAGAACAAAAATCCCATTGATTATTTTAAATC
ATTCGACATATGTATTGCTGTAGAAAACACACACAGCTGCAGAGAAAAAGATCGTTAGAC
CCAAACTTGATGGATTTGTCTGTAAGAAAGTTGGTTTTGCTAGGCCGTCTATGAAACGGA
TTGATTTTTCTGAGAAGAGTTGGCTCTTCTTTGAAAGTGAGGAAATGAGTAGGATGAAAG
TGTATGATAACAGAGCTCTTATTTAGGCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E412TF U 1
AF RR1E412JQ C 27
BS 1 643 RR1E412TF
BS 644 644 RR1E412JQ
BS 645 695 RR1E412TF
BS 696 751 RR1E412JQ

RD RR1E412TF 695 0 0
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AGTTACGATGGGAATAGGTTTTTCACAAAGGATGATGGTATTTTGAAAGCCACACCGTTG
CTACTCACAGTTGCGGTGATCGAGCTCAGTGACGTAGCATTTGCTGTTGACTCAATACCT
GCTGTTTTTGGCGTCACGAGGGATCCTTTTATTGTCTTGACCTCTAATCTGTTTGCAATC
ATAGGACTGAGGTCGCTCTACACCCTGATTTCTGAAGGAATGGGGGAGCTGGAATACTTG
CAGCCATCGATAGCAGTTGTTCTCGGCTTCATCGGATGCAAGATGATCCTCGATTTCTTT
AGCTTCCATGTATCAACCGAGGCATCACTGGGTATCGTGGCACTTTCTCTAAGCACCGGA
GTTTTGTTGAGCCTAACAAACAAATCCAGCGACAGCTAATTAAGAGAACGGGAACAGCTT
CCCAGATGTAGTCAACCAAACAGTACTCAAGAACAAAAATCCCATTGATTATTTTAAATC
ATTCGACATATGTATTGCTGTAGAAAACACACACAGCTGCAGAGAAAAAGATCGTTAGAC
CCAAACTTGATGGATTTGTCTGTAAGAAAGTTGGTTTTGCTAG*CCGTCTATGAAACGGA
TTGATTTTTCTGAGAAGAGTTGGCTCTTCTTTGAA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1E412JQ 725 0 0
AAAGACATGCCAGAGATTTATTCCTGTCACATCAAGTTACGATGGGAATAGGTTTTTCAC
AAAGGATGATGGTATTTTGAAAGCCACACCGTTGCTACTCACAGTTGCGGTGATCGAGCT
CAGTGACGTAGCATTTGCTGTTGACTCAATACCTGCTGTTTTTGGCGTCACGAGGGATCC
TTTTATTGTCTTGACCTCTAATCTGTTTGCAATCATAGGACTGAGGTCGCTCTACACCCT
GATTTCTGAAGGAATGGGGGAGCTGGAATACTTGCAGCCATCGATAGCAGTTGTTCTCGG
CTTCATCGGATGCAAGATGATCCTCGATTTCTTTAGCTTCCATGTATCAACCGAGGCATC
ACTGGGTATCGTGGCACTTTCTCTAAGCACCGGAGTTTTGTTGAGCCTAACAAACAAATC
CAGCGACAGCTAATTAAGAGAACGGGAACAGCTTCCCAGATGTAGTCAACCAAACAGTAC
TCAAGAACAAAAATCCCATTGATTATTTTAAATCATTCGACATATGTATTGCTGTAGAAA
ACACACACAGCTGCAGAGAAAAAGATCGTTAGACCCAAACTTGATGGATTTGTCTGTAAG
AAAGTTGGTTTTGCTAGGCCGTCTATGAAACGGATTGATTTTTCTGAGAAGAGTTGGCTC
TTCTTTGAAAGTGAGGAAATGAGTAGGATGAAAGTGTATGATAACAGAGCTCTTATTTAG
GCATC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL6600Contig1 916 2 2 U
GGACAAAACACCTCAATAACAAATCAAAACCACCAAAGTTATAATGTCTTCTCGACAATC
GGTGAGGCATCCAAGTCACAACCATCCATTGCGCAGTCACAAATGCGAAGCAAAAGACGA
AATCATCTGTCCAGGTTGCGATCTCGATCTGATTGGTGCAGCTTTCAAATGCTCAAAATC
ATCAGACTGCGATTACTTCTTGCACAAGTCATGTTTTGCTCTTCCACGTGAAACCAACCA
CAAATCGCACCAGCCCCACTGTTTAACTTTACTCTATTCCCCAAAGTCAACGTATACGTG
TCAGGCCTGCGGTGAGTACGGGTCAAGTTTCACCTACAACTGTTCGATCTGTCAGTACGA
TGTACATGTCGGTTGTGTTTCAATGCCTGAAACCGTGAAGCGTGAAGATCACGCGCATCC
ACTCACTCTTCTTTACAGTTCTCCTTATACCGAACCCGGTTTAGTTTTCACCTGCGATGT
TTGTAAAGAAACCGTACCGGATAATCTCTGGGCGTACTACTGCATGGAATGTGATTACGG
TACACATTTACACTCATGTGCGAGCGAGGAAGAAGAGGCAAAGAAAGGAGAAGGAAGCAA
AAGCTCGGCGAATCAAGAGTTAGCTGCAATGCTCGAAGCTCAAAGAGAGATGGAGAATAT
GCAGATTGAGATTCATTTGGCCATGCAGAGTGCTTTGTTCGCGAAAAAAGGGAATAAGGC
AGCTATCAGTTATATCTAGTTTTAAGAGTTTGTGATCCATTTGGTATTATTTTCACTTTT
TCAATTTACTCGTAATTTTGAATTTTTTTTTACTTGCTGTTTGCTTTTCCTTGATTTCGT
GTTTCCAAGCTTTCACGTTGTTGTCCTTTTTATTTGTAATTGTTGAAATTAATAAAAGCG
AAAAGTGTTGTTGCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY40TF U 1
AF RR1FY40JQ C 518
BS 1 670 RR1FY40TF
BS 671 916 RR1FY40JQ

RD RR1FY40TF 670 0 0
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GGTGAGGCATCCAAGTCACAACCATCCATTGCGCAGTCACAAATGCGAAGCAAAAGACGA
AATCATCTGTCCAGGTTGCGATCTCGATCTGATTGGTGCAGCTTTCAAATGCTCAAAATC
ATCAGACTGCGATTACTTCTTGCACAAGTCATGTTTTGCTCTTCCACGTGAAACCAACCA
CAAATCGCACCAGCCCCACTGTTTAACTTTACTCTATTCCCCAAAGTCAACGTATACGTG
TCAGGCCTGCGGTGAGTACGGGTCAAGTTTCACCTACAACTGTTCGATCTGTCAGTACGA
TGTACATGTCGGTTGTGTTTCAATGCCTGAAACCGTGAAGCGTGAAGATCACGCGCATCC
ACTCACTCTTCTTTACAGTTCTCCTTATACCGAACCCGGTTTAGTTTTCACCTGCGATGT
TTGTAAAGAAACCGTACCGGATAATCTCTGGGCGTACTACTGCATGGAATGTGATTACGG
TACACATTTACACTCATGTGCGAGCGAGGAAGAAGAGGCAAAGAAAGGAGAAGGAAGCAA
AAGCTCGGCGAATCAAGAGTTAGCTGCAATGCTCGAAGCTCAAAGAGAGATGGAGAATAT
GCAGATTGAG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1FY40JQ 399 0 0
TACTGCATGGAATGTGATTACGGTACACATTTACACTCATGTGCGAGCGAGGAAGAAGAG
GCAAAGAAAGGAGAAGGAAGCAAAAGCTCGGGGAATCAAGAGTTAGCTGCAATGCTCGAA
GCTCAAAGAGAGATGGAGAATATGCAGATTGAGATTCATTTGGCCATGCAGAGTGCTTTG
TTCGCGAAAAAAGGGAATAAGGCAGCTATCAGTTATATCTAGTTTTAAGAGTTTGTGATC
CATTTGGTATTATTTTCACTTTTTCAATTTACTCGTAATTTTGAATTTTTTTTTACTTGC
TGTTTGCTTTTCCTTGATTTCGTGTTTCCAAGCTTTCACGTTGTTGTCCTTTTTATTTGT
AATTGTTGAAATTAATAAAAGCGAAAAGTGTTGTTGCTT

QA 1 399 1 399
DS 



AS 1 2

CO CL6601Contig1 887 2 2 U
GGAGTCAACAGAAGGTGGTAATAAGCTTTGAAGGCTCCGATCAGATTTGTCTTGTCTCTC
AGCAAATCCCAAAGAGCTCCACGTCTCGGGTCAAGCGAGCCATGAACACCGTCGTTGCTC
AGTTGCAGAGACAGTTTCAAGACTACCTCGTTTCTCTTTATCAACAGGGATTTCTGGATA
ATCAGTTCACTGAGTTGAGAAAGTTGCAAGATGAAGGCACTCCTGATTTTGTAGCTGAGG
TTGTCTCTCTCTTCTTTGACGACTGTTCCAAGCTTATTAATACCATGTCTAGATCTCTGG
AGCGACCAGAAAATGTGGATTTCAAACAGGTAGATTCAGGGGTGCATCAACTCAAGGGTA
GTAGCTCAAGTGTTGGTGCAAGGAGGGTAAAAAATGTGTGTATATCTTTCAAGGAATGTT
GTGATGTTCAGAACCGTGAAGGGTGTTTAAGATGTCTACAGCAGGTGGATTATGAATATA
AGATGCTAAAGACCAAACTTCAGGATCTCTTCAATCTAGAGCAACGGATCCTCCAAGCTG
GAGGTATGATTCCTCAGGTTAATATAAGTTAAGACTGATCGATGGTCTTCTTGATTTTGC
TGAAGATTCAAAGGCTTATATACATGATGAAACCGACACTCCTCGGTAGTATTTATTTTT
GTTTCTGTAATGTTCTATATTTGATTGGTGAAGTTCATCAAGCATTTTCCAAGTTACACT
GCTCTTCGCCCAAACATCCACTCTTGTCTAGACGCTTGATTGAGCTGTAACCGTAAAAGT
CAAGTATAAGTTTATAACTAGACATGTCCATATGTTTCTAGCTAGTAGTGAAGATTTGGT
TTATCTGTGTATTACTCAACAATAATTGAAGTAGTGAATACTGCCCC


BQ
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AF RR1GB10TF U 1
AF RR1GB10JQ C 296
BS 1 533 RR1GB10TF
BS 534 887 RR1GB10JQ

RD RR1GB10TF 533 0 0
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AGCAAATCCCAAAGAGCTCCACGTCTCGGGTCAAGCGAGCCATGAACACCGTCGTTGCTC
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TTGTCTCTCTCTTCTTTGACGACTGTTCCAAGCTTATTAATACCATGTCTAGATCTCTGG
AGCGACCAGAAAATGTGGATTTCAAACAGGTAGATTCAGGGGTGCATCAACTCAAGGGTA
GTAGCTCAAGTGTTGGTGCAAGGAGGGTAAAAAATGTGTGTATATCTTTCAAGGAATGTT
GTGATGTTCAGAACCGTGAAGGGTGTTTAAGATGTCTACAGCAGGTGGATTATGAATATA
AGATGCTAAAGACCAAACTTCAGGATCTCTTCAATCTAGAGCAACGGATCCTC

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1GB10JQ 592 0 0
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GGGTAGTAGCTCAAGTGTTGGTGCAAGGAGGGTAAAAAATGTGTGTATATCTTTCAAGGA
ATGTTGTGATGTTCAGAACCGTGAAGGGTGTTTAAGATGTCTACAGCAGGTGGATTATGA
ATATAAGATGCTAAAGACCAAACTTCAGGATCTCTTCAATCTAGAGCAACGGATCCTCCA
AGCTGGAGGTATGATTCCTCAGGTTAATATAAGTTAAGACTGATCGATGGTCTTCTTGAT
TTTGCTGAAGATTCAAAGGCTTATATACATGATGAAACCGACACTCCTCGGTAGTATTTA
TTTTTGTTTCTGTAATGTTCTATATTTGATTGGTGAAGTTCATCAAGCATTTTCCAAGTT
ACACTGCTCTTCGCCCAAACATCCACTCTTGTCTAGACGCTTGATTGAGCTGTAACCGTA
AAAGTCAAGTATAAGTTTATAACTAGACATGTCCATATGTTTCTAGCTAGTAGTGAAGAT
TTGGTTTATCTGTGTATTACTCAACAATAATTGAAGTAGTGAATACTGCCCC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL6602Contig1 798 2 6 U
GATTGAAGCTCAGATAGTGAGTGTTGAATCTGGAAAGCCTCAGCCTCCTAATCAACAAGG
GGAGATATGGGTTCGAGGCCCTAACATGATGAAAGGTTATATCAATAACCCTCAGGCTAC
TAAAGAAACAATAGATAAGAAAGGTTGGGTGCATACGGAGACCTTGGTTACTTCAACGAA
GATGGTAACCTTTTTGTTGTTGATCGACTAAAAGAACTTATCAAATACAAAGGCTTCCAG
GTTGCTCCAGCTGAATTAGAAGGTCTTTGTGTCTCATCCTGAGATACTAGATGCTGTCGT
TATCCCGTTACCCGACGAAGAAGCAGGTGAAGTTCCAATAGCATTTGTTGTACGGTCACC
AAATAGCTCAATAACGGAGGAAGATATTCAAAAGTTCATAGCCAAACAGGTCGCTCCTTA
CAAAAGATTAAGGAGAGTGAGCTTCATTAGCACTGTTCCAAAGTCTGCTGCTGGTAAAAT
ATTGAGAAGGGAACTTGTTCAGCAAGTAAGATCCAAGATGTGAAGCATCTTTTACTACTG
GAGACAGAGATCAGAATCAGCTCTCTCTGGGTTGTCTTTTTCATTTCACGTTCTTATGTA
CCATTTCGAATTAAACAGTAAACAAACCATACAAAGTGAAAGAGAAATAATCCAAGACCA
AAGGTCATATACATACACAATGTTCTTTCTTTCTAGTTTTAGCAATAAACAAGCACATGT
TTCTTCACAAGAAACAATAAACTCTGAATATTATTATCGTTGATATACTTTCAAATCTGA
TACGACTTATGACTCGCG


BQ
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TAACCTTTTTGTTGTTGATCGACTAAAAGAACTTATCAAATACAAAGGCTTCCAGGTTGC
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CTTATGACTCGCG

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DS 



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TTAATTTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C786JQ C 1
AF RR1C786TF U 1
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TTAATTTT

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TTAATTTT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

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GGATATGTGGTAGGTATTTTGGATATGTATGTTTTTGGAAGATTATTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BQ88TF U 1
AF RR1BQ88JQ C 35
BS 1 718 RR1BQ88TF
BS 719 890 RR1BQ88JQ

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ATTTCAAAGAACGGTCTTTCATCATTTACAGCATAGTTTGTGAAGAACAAGTATTAGGCA
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TTCTTCCCCGGTTTCTCCCATCTCATCTTCTGATCAAAGATGGAGATCGTGACCGTTA
TATATCAG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1BQ88JQ 856 0 0
CT
AAACACACAGCTTGCATAGATCGAT*GAGAACACGAAGCTGACGCTTT*AACGGT*CTAA
TCGGATCGATT*TTTCTCTCAGGACTTGACCCATCGCTCGTAGGATGCTCGATAGAGAAA
AATGCTATTTGATCTTCTGTCTTATCTTCTTCATGATTGGTGCGCCTTGCTGCAGCCATG
AAAGCTTGTTTGATGTGAAAACTTTGTATGCTGGGAAGGAATTATGGAAGGAGACACTGC
CATTGCAATCTGGTTCTCGAGTTTACAGATTAGAAGGTCTTAAATCAAATTCTTGGTATG
AAGTCAAGATCTCGTACCCAGCTTCTATCCCAGCTCTGTTCTCTCTGCAACTATTGAGGA
GCGGTGAAATGGGTTTGAAGCTTAATCATATGAGGAGATTGCTAAACACTGAGAAGTTGA
TCTTCAAATCCCAAAGTCTTGAAAATAAGGACGGATTGTATGTGTTGGTGACGGTTGAGC
CTGAAGGAATCGTAGCTATACCTAATTTCAAAGAACGGTCTTTCATCATTTACAGCATAG
TTTGTGAAGAACAAGTATTAGGCATCGCATACTCATGCTGGTCAGTGGTCCTTTTAGTAG
TATTGTGTCTCGTGGTTGCACTGATTCTTCCCCGGTTTCTCCCATCTCATCTTCTGATCA
AAGATGGAGATCGTGACCGTTAATAATATCAAGAGGTAGCATACGGTTTAAAATCTTCTT
TCTCTTTACATATATGTTTTGTTACTCTGTTAGCTTCTTGATGCTTATTCATCCAACTCG
GTTTGGATTTAGTTGTATTATATTGGATATGTGGTAGGTATTTTGGATATGTATGTTTTT
GGAAGATTATTTCG

QA 3 856 3 856
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6606Contig1 682 2 2 U
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CTCGTATTGTCGTCCTCTGCAATCTTCTTCTTTCTGGTGCTCCTCACCTCCTCTTCTATG
AAACCCTCTGCCTCTCTATCTTTTTCCTTTTTCTCTGCCTATCCCTTATCTTCACAGATC
TCATTTTTTAGATCTATCCTAACCTCACTCAGACACAAAGTTCATCTCACAGACATCTCT
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AAAAGGCAGAGGAGAAACGCCGACACACTCGTCTCTGGTTTGCTTCACCGGACACCACCT
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GTCGTGCGGTGGAGATGCGAGCATCATGGTCGGCCGAGACTGAAGAAGAATGTAGTTTGG
TGTATTAGGTTTAGTTAGGGTTAATTAGTTAACCAATTTGTAATTGCAAACCAATTTGTA
TTGTAAACCATTTTGAAATTTTAAACCAATGAATTGTAAACCATGTAAACCAAAATTCAA
TTTATAAAAATACCAATTTATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC23JQ C 1
AF RR1BC23TF U 1
BS 1 665 RR1BC23TF
BS 666 682 RR1BC23JQ

RD RR1BC23JQ 682 0 0
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GTCGTGCGGTGGAGATGCGAGCATCATGGTCGGCCGAGACTGAAGAAGAATGTAGTTTGG
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TTTATAAAAATACCAATTTATT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1BC23TF 665 0 0
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CTATCTCACGCTCCTAATCTTTCCGTCTCACATACGACACATCTCCAACCATCTTCTTCA
AAAAGGCAGAGGAGAAACGCCGACACACTCGTCTCTGGTTTGCTTCACCGGACACCACCT
CCACAGATTTATTAACGAGCAATGAAAGGAGAAACAGTGGTGCGACATAGCAGCGTCTAC
GGTCAAGCGTGGTGCGGAGGTTGTGCAAGCCGGTGGTGGGGTGGTGGTCGTGCGGTGGTT
GTCGTGCGGTGGAGATGCGAGCATCATGGTCGGCCGAGACTGAAGAAGAATGTAGTTTGG
TGTATTAGGTTTAGTTAGGGTTAATTAGTTAACCAATTTGTAATTGCAAACCAATTTGTA
TTGTAAACCATTTTGAAATTTTAAACCAATGAATTGTAAACCATGTAAACCAAAATTCAA
TTTAT

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL6607Contig1 698 2 1 U
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GAATGTCTAAATGGGAATCTCTCTGATGCACATACCCAAAATCTAAAATATGTTTTTTTG
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE70TF U 1
AF RR1H909TF U 1
BS 1 698 RR1GE70TF

RD RR1GE70TF 698 0 0
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TTGCTACCTAACATTTAGTTCGGCTAAGCCCTCTTTGT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1H909TF 670 0 0
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TTTTATTTGTAGTTTTGAATGCCGGTGATGGTATTAAATATACTTTGAGGGCTAAGCCCC
TAGGAAAAAAGAAACAACTCTGAGGCATTATTTATTTAATCTGTTTATTCTTGTTAGATA
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TTGTTGAATATGATGTTTTGCTCTTGTTTGGTTTTCTAGTGTTTTATGGGTTGTATTGTG
CAAGTGACGATAAAAAGACAGGGACATCAGATTCTCCTTAGGGAGAAGTAGAATGATGAT
GAATGTCTAAATGGGAATCTCTCTGATGCACATACCCAAAATCTAAAATATGTTTTTTTG
AAGCTTTCTTAATTGTGCCGATGATGTATATCTATTGATGTGTTTTCATCAGATTTTTAT
AGTGATGAATATAATCACAATTGTCACTACCTCTGAGGCACATTCTCTTTTCGTTTTGTA
TCCGATTTATTAG*CCTAGTAATTGCATCTAAGAACGGAGATATGAAGTGTTTTGTTTTG
TTGCTACCTA

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL6608Contig1 763 2 2 U
GGGTGGTGTTTGTTGGGTCGTTACAAAAAAAAAAAATCTCTGTTTCTCTTCTGACACTCC
CTCGCTACTCTCTCCGTCTCCTTTTTTTTTTCAAATCTTTTGTTTTTTCTTCTCCTTTGG
TATTTGAATTTGCATCTGATATTTGCGATCTTCTCCAGCTCCTTGCAGACAATTTTTTCG
AAACTCCAGTCCACGATCTGTCTGTTCGATCCAGAACATCCGCACCGACTAAATGCTAGA
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AATCAGCAGCAGCAGTGATGGAGGAGGAAGTATCAACAACGAGAATAAGAAAAGTTGCGC
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GTGTAACGCATGCGGGATCAGGAACAAGAAGAAGAAAAGTACTGTGAAGAATAAGAAGAA
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GTTAGGGAGAGAAGTGATGATGCAGCGATCCACTGCTGGAGGAGATCAACGGCGGAAGAA
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TTATGCTTAATAATTAATTAATTTCAGTATATTTTTCGAAATCCGGGAGTATTAGCTAAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BP55TF U 1
AF RR1BP55JQ C 32
BS 1 701 RR1BP55TF
BS 702 763 RR1BP55JQ

RD RR1BP55TF 701 0 0
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TATTTGAATTTGCATCTGATATTTGCGATCTTCTCCAGCTCCTTGCAGACAATTTTTTCG
AAACTCCAGTCCACGATCTGTCTGTTCGATCCAGAACATCCGCACCGACTAAATGCTAGA
TCACACCGAGAAAATCTTCGATTCAGAAGCCATGATGAAAACCAAGTTTACAACTGAAGA
AATCAGCAGCAGCAGTGATGGAGGAGGAAGTATCAACAACGAGAATAAGAAAAGTTGCGC
CATTTGCGGAACTAGCAAAACCCCTCTTTGGCGAAGCGGTCCCACCGGTCCCAAGTCGTT
GTGTAACGCATGCGGGATCAGGAACAAGAAGAAGAAAAGTACTGTGAAGAATAAGAAGAA
GAATCACACTAGTAGGAATAATCCAAAGCTTGGTGACTCTTTGAAGCAGAGATTGTTGGA
GTTAGGGAGAGAAGTGATGATGCAGCGATCCACTGCTGGAGGAGATCAACGGCGGAAGAA
ACTCGGCGAGGAAGAGCAAGCTGCCCTGCTGCTCATGGCTCTCTCTTATGCCTCTTCTGT
TTATGCTTAATAATTAATTAATTTCAGTATATTTTTCGAAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1BP55JQ 732 0 0
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TCTCCAGCTCCTTGCAGACAATTTTTTCGAAACTCCAGTCCACGATCTGTCTGTTCGATC
CAGAACATCCGCACCGACTAAATGCTAGATCACACCGAGAAAATCTTCGATTCAGAAGCC
ATGATGAAAACCAAGTTTACAACTGAAGAAATCAGCAGCAGCAGTGATGGAGGAGGAAGT
ATCAACAACGAGAATAAGAAAAGTTGCGCCATTTGCGGAACTAGCAAAACCCCTCTTTGG
CGAAGCGGTCCCACCGGTCCCAAGTCGTTGTGTAACGCATGCGGGATCAGGAACAAGAAG
AAGAAAAGTACTGTGAAGAATAAGAAGAAGAATCACACTAGTAGGAATAATCCAAAGCTT
GGTGACTCTTTGAAGCAGAGATTGTTGGAGTTAGGGAGAGAAGTGATGATGCAGCGATCC
ACTGCTGGAGGAGATCAACGGCGGAAGAAACTCGGCGAGGAAGAGCAAGCTGCCCTGCTG
CTCATGGCTCTCTCTTATGCCTCTTCTGTTTATGCTTAATAATTAATTAATTTCAGTATA
TTTTTCGAAATCCGGGAGTATTAGCTAACGAGTTAGTTTGGGATTCTTGTTTAATTTACT
TAATTTATCGGC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL6609Contig1 801 2 2 U
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AAAACTGATGTGATCTCTTCCTTCCTTTTTCATTATCGCTTCATAGTAGTAGAAATATAT
GTCTAAATCATTCATATCTACGTGTTATCTATAAGCATACGCGTAGCTATTTTAATAAAT
GCATTATACCTTACATATTCATATAAATATTGTATTGTAATGTGTCAATACTTAGATCTA
TTCATAGGTTATTAAAACAAATATGATTATCTGATGATTAAGATTTGTATGTGGGTGTTT
ACATTGTGTGGGGAATAAGCATGTGTGGGTAGTATATATGATATAGGAACATTCATTAAG
CTTATGTGTGCCGGTGTAACATACTGGAGGTTTGTATATCTCGGACGTTGCATCGTTTCT
TGTTGGATCATGTGGCAATCGCGTGAGTTGGCATGATTCATCGCCGGAGCGGGCATGCGG
CGTGCCTGTGTGAGAACGTGATGTCGTGGAGACAACGTGATGTCGTGGAGACAACGTGAT
GTCGTGGAGACAACGTGTGAATGAGGTGGCGGATCATGCATGAACGGATGGAACGGATGT
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ATATTGGTGGATTTTGTCAAAGACGTTTTAAGATCTTAAAAATACATTGTTTCGGCCTTG
TGGTTGGAGACAAGTGTCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FI90TF U 1
AF RR1FI90JQ C 44
BS 1 708 RR1FI90TF
BS 709 801 RR1FI90JQ

RD RR1FI90TF 708 0 0
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AAAACTGATGTGATCTCTTCCTTCCTTTTTCATTATCGCTTCATAGTAGTAGAAATATAT
GTCTAAATCATTCATATCTACGTGTTATCTATAAGCATACGCGTAGCTATTTTAATAAAT
GCATTATACCTTACATATTCATATAAATATTGTATTGTAATGTGTCAATACTTAGATCTA
TTCATAGGTTATTAAAACAAATATGATTATCTGATGATTAAGATTTGTATGTGGGTGTTT
ACATTGTGTGGGGAATAAGCATGTGTGGGTAGTATATATGATATAGGAACATTCATTAAG
CTTATGTGTGCCGGTGTAACATACTGGAGGTTTGTATATCTCGGACGTTGCATCGTTTCT
TGTTGGATCATGTGGCAATCGCGTGAGTTGGCATGATTCATCGCCGGAGCGGGCATGCGG
CGTGCCTGTGTGAGAACGTGATGTCGTGGAGACAACGTGATGTCGTGGAGACAACGTGAT
GTCGTGGAGACAACGTGTGAATGAGGTGGCGGATCATGCATGAACGGATGGAACGGATGT
CAATAACGTGATTGCATGAAATCTTTGAACTCACGTGTATCGATAGAG

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1FI90JQ 758 0 0
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TAGCTATTTTAATAAATGCATTATACCTTACATATTCATATAAATATTGTATTGTAATGT
GTCAATACTTAGATCTATTCATAGGTTATTAAAACAAATATGATTATCTGATGATTAAGA
TTTGTATGTGGGTGTTTACATTGTGTGGGGAATAAGCATGTGTGGGTAGTATATATGATA
TAGGAACATTCATTAAGCTTATGTGTGCCGGTGTAACATACTGGAGGTTTGTATATCTCG
GACGTTGCATCGTTTCTTGTTGGATCATGTGGCAATCGCGTGAGTTGGCATGATTCATCG
CCGGAGCGGGCATGCGGCGTGCCTGTGTGAGAACGTGATGTCGTGGAGACAACGTGATGT
CGTGGAGACAACGTGATGTCGTGGAGACAACGTGTGAATGAGGTGGCGGATCATGCATGA
ACGGATGGAACGGATGTCAATAACGTGATTGCATGAAATCTTTGAACTCACGTGTATCGA
TAGAGATGGATTGGTTCATATTGGTGGATTTTGTCAAAGACGTTTTAAGATCTTAAAAAT
ACATTGTTTCGGCCTTGTGGTTGGAGACAAGTGTCATG

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL6610Contig1 664 2 1 U
GGAGATATTTCAGAACACAAGCTCGAGTCATATATTGAAAGCAATATACTTGTACCGATA
TACAAGTTTATATAGGGTAAATAGATAATTCCATATATACATAACAAAAATTTACAAGAA
AAAACTAGTTTGTGTCTTTGTTTTACGTTCGTGGGTTCACATACACAGTTGATGGGAAGA
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GCAGGGATAAGCAGCAAAGCTGCAAAACCAAATCCTATGGTAGTCGACTACTCTGAAGAC
ATTTCCGATCATAGAGTAGAGATCAACTGTGGCGGCGAAGAGGAGTGGATCCCACACCCA
CGTACCGGAATATTCTTTCCGCCACGACATGAGTCGGTGATGGACGGTATCCCTGACGGT
GCAGCTTCCTTTGACATGACGTTTTGGCTTAGGAACGTAGACGGTGTGGACAAACCTGAG
CCTGCTTATCATTTTCCTAACTGAGAATGCTACAATGATCGAGTTATGTAAGAAATTATA
ATGGGACTATACTATGTAACTATAGCAAAATAATCTCATTCCTGATGAATGGTTTGTACG
CAACTTTGATTATGATACTTTCGTATGATGCATGATTGGTTAAATAAGAATACATAATTA
ATAT


BQ
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20 20 20 20 

AF RR1D280JQ C 1
AF RR1D280TF U 1
BS 1 664 RR1D280TF

RD RR1D280JQ 664 0 0
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AAAACTAGTTTGTGTCTTTGTTTTACGTTCGTGGGTTCACATACACAGTTGATGGGAAGA
ACTGTGATCACCAAAGCACCAAAGCTGTTCTTAAGGAGTTGGAAGCAAGTTTATGGACGA
GCAGGGATAAGCAGCAAAGCTGCAAAACCAAATCCTATGGTAGTCGACTACTCTGAAGAC
ATTTCCGATCATAGAGTAGAGATCAACTGTGGCGGCGAAGAGGAGTGGATCCCACACCCA
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GCAGCTTCCTTTGACATGACGTTTTGGCTTAGGAACGTAGACGGTGTGGACAAACCTGAG
CCTGCTTATCATTTTCCTAACTGAGAATGCTACAATGATCGAGTTATGTAAGAAATTATA
ATGGGACTATACTATGTAACTATAGCAAAATAATCTCATTCCTGATGAATGGTTTGTACG
CAACTTTGATTATGATACTTTCGTATGATGCATGATTGGTTAAATAAGAATACATAATTA
ATAT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1D280TF 664 0 0
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TACAAGTTTATATAGGGTAAATAGATAATTCCATATATACATAACAAAAATTTACAAGAA
AAAACTAGTTTGTGTCTTTGTTTTACGTTCGTGGGTTCACATACACAGTTGATGGGAAGA
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GCAGGGATAAGCAGCAAAGCTGCAAAACCAAATCCTATGGTAGTCGACTACTCTGAAGAC
ATTTCCGATCATAGAGTAGAGATCAACTGTGGCGGCGAAGAGGAGTGGATCCCACACCCA
CGTACCGGAATATTCTTTCCGCCACGACATGAGTCGGTGATGGACGGTATCCCTGACGGT
GCAGCTTCCTTTGACATGACGTTTTGGCTTAGGAACGTAGACGGTGTGGACAAACCTGAG
CCTGCTTATCATTTTCCTAACTGAGAATGCTACAATGATCGAGTTATGTAAGAAATTATA
ATGGGACTATACTATGTAACTATAGCAAAATAATCTCATTCCTGATGAATGGTTTGTACG
CAACTTTGATTATGATACTTTCGTATGATGCATGATTGGTTAAATAAGAATACATAATTA
ATAT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAAAAAAAACAATCTGAAAAAAATCAGAAATCCATAAGATTTGATCTCCGGTGACCCGAC
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TCACACGGAGAAGAAGAAAGCTTAAAATGGATTCGGAAGATACGAAGAAGAAGCAAAAGA
GGGTTTTCTCTTTGTTAGCTTTACGATTCTGTACAGTGATAGGATTCTGGATCATCGTCT
TCTTCGTCTTGTCGTTTCTGTTAGGAGTGTTGTGTGATGTAATCTTTAAACCATTTACAG
CAAAAGTAAGCAATGCCGAGGAACAGTTTTAG


BQ
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AF RR1BF68JQ C 1
AF RR1BF68TF U 1
BS 1 392 RR1BF68TF

RD RR1BF68JQ 392 0 0
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AAAAAAAAACAATCTGAAAAAAATCAGAAATCCATAAGATTTGATCTCCGGTGACCCGAC
GTTCGGTGTTCCGATCACCGTTGAAAAATGGATTCTCGAGTTTCTCTGTTCTGAGTAAAC
TCACACGGAGAAGAAGAAAGCTTAAAATGGATTCGGAAGATACGAAGAAGAAGCAAAAGA
GGGTTTTCTCTTTGTTAGCTTTACGATTCTGTACAGTGATAGGATTCTGGATCATCGTCT
TCTTCGTCTTGTCGTTTCTGTTAGGAGTGTTGTGTGATGTAATCTTTAAACCATTTACAG
CAAAAGTAAGCAATGCCGAGGAACAGTTTTAG

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR1BF68TF 392 0 0
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AAAAAAAAACAATCTGAAAAAAATCAGAAATCCATAAGATTTGATCTCCGGTGACCCGAC
GTTCGGTGTTCCGATCACCGTTGAAAAATGGATTCTCGAGTTTCTCTGTTCTGAGTAAAC
TCACACGGAGAAGAAGAAAGCTTAAAATGGATTCGGAAGATACGAAGAAGAAGCAAAAGA
GGGTTTTCTCTTTGTTAGCTTTACGATTCTGTACAGTGATAGGATTCTGGATCATCGTCT
TCTTCGTCTTGTCGTTTCTGTTAGGAGTGTTGTGTGATGTAATCTTTAAACCATTTACAG
CAAAAGTAAGCAATGCCGAGGAACAGTTTTAG

QA 1 392 1 392
DS 



AS 1 2

CO CL6613Contig1 931 2 2 U
GCCCAGCATACTCTTGAACAAGTGGAACCCATCCGCAACTTTTTTGCAGCGCTGTTCCTC
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GTAGCAGCCCGTGTTTACTGGTGATAGTGATAAAGACTGTGGTCGTTGCAATCGTTGTTA
AAGTCTTTGGATACAATAACAAAACTGCAGTACTTGTTGGAATGTCGCTTGCGCAGATTG
GGGGAATTTGCTTTTGTTCTGCTAAGTCGAGCATCTAATCTTCATCTTATTGAGAGCAAA
CTGTACCTCCCTGCTTCTGGGAACAACTGCTCTAAACCTGGTAACGATACCATTTCTATT
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CTCAACTGAGGTATATCTAAAACATCTACGTCGTTCTGTTTCTCTAGACACCTTTGGCAC
AAAATCAACTTTTAGACTTGTCTTTTCTTTCATCTGTATCATCAGATTGGTTTCAAAGGA
GGTTTGTATCGTTCAGAGAGTGCGAAGCTTATATCACAAATGATCCAAGGTTCTCTTCAC
GATTCTCGATGTTGATTCAATAGAAGACACGACACAACACAACATCAAAGCCACATTTGA
TCTCAAGCTAGGCAAATACAATGAATGGAGAACCGTCGCCGGATGTATAGATGTTTCTAA
GAGATCAGGAGATGACTGAAGAGGAAACTGTATAAAATCTCTTACACAAAGATAACCACT
AAACAAACTTGTAACTTTGATTCATTCTTCTCTATAATGTTTTGAGATTCTTTATGGCTA
AAATGGTAAGAAATTTAGAACAATCTTCAACGTATTGTAATGATACCAACCTGTAAAATT
ACCATCTCTTACGTAGAGAGTTTTTCGAGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B644TF U 1
AF RR1B644JQ C 125
BS 1 381 RR1B644TF
BS 382 931 RR1B644JQ

RD RR1B644TF 381 0 0
GCCCAGCATACTCTTGAACAAGTGGAACCCATCCGCAACTTTTTTGCAGCGCTGTTCCTC
GCTAGTATTTGGAATGCTGATACATATGCACTTTCTTTGTGGAACCATGTTGATATTCTG
GTAGCAGCCCGTGTTTACTGGTGATAGTGATAAAGACTGTGGTCGTTGCAATCGTTGTTA
AAGTCTTTGGATACAATAACAAAACTGCAGTACTTGTTGGAATGTCGCTTGCGCAGATTG
GGGGAATTTGCTTTTGTTCTGCTAAGTCGAGCATCTAATCTTCATCTTATTGAGAGCAAA
CTGTACCTCCCTGCTTCTGGGAACAACTGCTCTAAACCTGGTAACGATACCATTTCTATT
CAAATTGATACCGGCTGTTGT

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR1B644JQ 807 0 0
AGCAGCCGTG
TTACTGGTGATAGTGATAAAGACTGTGGTCGTTGCAATCGTTGTTAAAGTCTTTGGATAC
AATAACAAAACTGCAGTACTTGTTGGAATGTCGCTTGCGCAGATTGGGG*AATTTGCTTT
TGTTCTGCTAAGTCGAGCATCTAATCTTCATCTTATTGAGAGCAAACTGTACCTCC*TGC
TTCTGGGAACAACTGCTCTAAACCTGGTAACGATACCATTTCTATTCAAATTGATACCGG
CTGTTGTACATTTAGGAGTGCTCTTACGGTGGTTCTCTCCCGATAGCTCAACTGAGGTAT
ATCTAAAACATCTACGTCGTTCTGTTTCTCTAGACACCTTTGGCACAAAATCAACTTTTA
GACTTGTCTTTTCTTTCATCTGTATCATCAGATTGGTTTCAAAGGAGGTTTGTATCGTTC
AGAGAGTGCGAAGCTTATATCACAAATGATCCAAGGTTCTCTTCACGATTCTCGATGTTG
ATTCAATAGAAGACACGACACAACACAACATCAAAGCCACATTTGATCTCAAGCTAGGCA
AATACAATGAATGGAGAACCGTCGCCGGATGTATAGATGTTTCTAAGAGATCAGGAGATG
ACTGAAGAGGAAACTGTATAAAATCTCTTACACAAAGATAACCACTAAACAAACTTGTAA
CTTTGATTCATTCTTCTCTATAATGTTTTGAGATTCTTTATGGCTAAAATGGTAAGAAAT
TTAGAACAATCTTCAACGTATTGTAATGATACCAACCTGTAAAATTACCATCTCTTACGT
AGAGAGTTTTTCGAGTG

QA 11 807 11 807
DS 



AS 1 2

CO CL6614Contig1 1262 2 4 U
GACGGAGGAGAAGAAGATGAAGGCTTCCATGCAGTTCCGGGAAGAGAAGAAGCCTCTGTT
CAGAGCCAAGATTCCTCTGAGCATCATAGGCCTACCGTTTCAATCCGGAATCGTCGCCGG
AGAATCCAAGGAGCTGAGCCTCAACCTCTCGACCTTCTTCGAATCAGGCCCTTCTCTCAA
GATCGCTTACCGTCCCAACGACTCCTACAACCCTTTCTCCCTCGTCGTCAAAACCGGAAC
CGGATCCTTCGGCTCCCCGATCTCCACCTCCATGCTCATGAGCGCCGAGTTCAACCTCCT
CGGCCGGCGAAACCCTAGCTTCATGATCCACTTCAAACCCCAATTCGGCGACTTCTCAAT
CAAGAAATCTCACTCCTCCTCCTCTCGATTCGATTTGAATCTCAACGCATCGGTCTCGGA
GGAGGATTCGTCGATCGAGGTCGTGGATTCTCCGGCGGAGGGTTTCGAGAAGGTGATTCT
TTTGCAGTCGGCTTCGGCGGGAGACATAGCTGGGTTGTTGTCCGGTGTGGAGGTCGCGGC
GAGGACGTGTTTGCCTGTGAGGGGACGCGCTGTTGTGAATTTCAGGTGGGGGGTTAGGGT
TCCGACGGAGATGAGACGGGAGTTTGATCCGGCGGCGGCTGTGGTTTCTCTGAGGAGGTT
TCCGTTTCTGGTGATGGATAAGATTGGGATCGAACACGTGGAAGGTAAAGAGGTTAATAA
TAAACCCGCGGGGGATACTACTGGTAGTGTTGATTTGGGGAAGGTGCGTTTGTTTATGGA
GGAGCTTCGGTCCGAGAACAGAGAGTTGAAGAGAGCTGTCGAAGATCTCAGGGGAGTGAT
GATGATGTCGAACGTGTCGCCGGTAGTAGATTACGTATCTCACTCGTCAAAGCAGCGTGA
AGCGGAGAGGGGCAATAGCAAAAGCAAGAACAACAGTGGTAGAGCGAGAGCTGATCGGTG
GAGCAGCGAGAGAACGGCGTCGGATTACAGTGGAGGGAAGCAAAGCAAGGAAGATGGTGA
CGTGGCGGAGGAGCTGAAGAAAGCCTTGAAAGGAGCTTCTTGATGGTATTTGGTTACTCG
CTATGATCTTGAGAGGTGGTAAAAAAAAGCTTTATTCGAATTGTTGTACTGCATTCTGTC
TTCTTAGTTTTATCTATGCCTTTTGTATATATGCGTTAAGTTGTTAAGTTACTGCTGGAA
TTTGGAAGATTTTCAGAACTTGTTTTGGGATAATTCAATGCAATTGCAAGAGTTTTAGTA
GG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1GX18TF U 1
AF RR1GX18JQ C 523
BS 1 693 RR1GX18TF
BS 694 694 RR1GX18JQ
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RD RR1GX18TF 709 0 0
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CGGATCCTTCGGCTCCCCGATCTCCACCTCCATGCTCATGAGCGCCGAGTTCAACCTCCT
CGGCCGGCGAAACCCTAGCTTCATGATCCACTTCAAACCCCAATTCGGCGACTTCTCAAT
CAAGAAATCTCACTCCTCCTCCTCTCGATTCGATTTGAATCTCAACGCATCGGTCTCGGA
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TTTGCAGTCGGCTTCGGCGGGAGACATAGCTGGGTTGTTGTCCGGTGTGGAGGTCGCGGC
GAGGACGTGTTTGCCTGTGAGGGGACGCGCTGTTGTGAATTTCAGGTGGGGGGTTAGGGT
TCCGACGGAGATGAGACGGGAGTTTGATCCGGCGGCGGCTGTGGTTTCTCTGAGGAGGTT
TCCGTTTCTGGTGATGGATAAGATTGGGATCGA*CACGTGGAAG
TAAAG

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DS 

RD RR1GX18JQ 740 0 0
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CTCGTCAAAGCAGCGTGAAGCGGAGAGGGGCAATAGCAAAAGCAAGAACAACAGTGGTAG
AGCGAGAGCTGATCGGTGGAGCAGCGAGAGAACGGCGTCGGATTACAGTGGAGGGAAGCA
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ATGGTATTTGGTTACTCGCTATGATCTTGAGAGGTGGTAAAAAAAAGCTTTATTCGAATT
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GTTAAGTTACTGCTGGAATTTGGAAGATTTTCAGAACTTGTTTTGGGATAATTCAATGCA
ATTGCAAGAGTTTTAGTAGG

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL6615Contig1 856 2 6 U
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CATTAGTGCCCCAGAAAGGCAAATCATTTTTTTGGTAGAATAACTTAGGGTTGGCTGATC
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AACTTCCTTTGAGGTCAAAGGAAGTAATGTTGTTTGTGAACTCATGTATATTCTCGGTGG
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AGTTAAGACTTAGAATGCTCATCATAGTTTCAACTAACCAACCAACCTCCACTGATGGAA
TGTGGGGTCATTGCATTTGCATGTTTTTTTTTGTTTTTTTTGCCTCTTGGGGAGATATTT
TGGATTCCCTTTAGGTTTTTTCTCTTAAACATCAACTAAAACAGTTGACAAACCAACCAT
GGTTAGGATTCAGGTGAGAGGTACTTATCACCTCCTTATCTCTCTTTCTACTCTTTCCTC
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GAAAATGAAACGTGTGTGATTGCCGTGTGTGATTGCAATATCTCACTTTTATATGATTTA
ATGCTCTCTTATGACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F116TF U 1
AF RR1F116JQ C 94
BS 1 669 RR1F116TF
BS 670 670 RR1F116JQ
BS 671 748 RR1F116TF
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BS 750 765 RR1F116TF
BS 766 856 RR1F116JQ

RD RR1F116TF 767 0 0
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AGTAGTGTGTTCAAAGGTGTGCACACTACTTTACGCAATATCCAATTTAATGTAGTAGTC
TTAGGATGATTAGATCTAGGACTATGTAGCTAGGACAAGGACAGAAGAGAAAGTCACATA
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CTAAGCTTTGGAGTTATAGCCACACTTGAAAATAACTTTTAGATTAAGATCGTTTTAAAG
AGTTAAGACTTAGAATGCTCATCATAGTTTCAACTAACCAACCAACCTCCACTGATGGAA
TGTGGGGTCATTGCATTTGCATGTTTTTTTTTGTTTTTTTTGCCTCTTGGGGAGATATTT
TGGATTCCCTTTAGGTTTTTTCTCTTAAACATCAACTAAAACAGTTGACAAACCAACCAT
GGTTAGGATTCAGGTGAGAGGTACTTATCACCTCCTTATCTCTCTTTCTACTCTTTCCTC
TTTTAAAAA*CAGCAAACTCTACAGACTCTCTTTAATGTATTTGTTGTTTATCTTGTAAG
CGTGTGATTTCTGATTCTATGTAAGAAA*CAAAACCTTCATTTTC
AT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1F116JQ 763 0 0
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GAGTTGCCACCACCTGGAAGTGTTTGAAGTAGTGTGTTCAAAGGTGTGCACACTACTTTA
CGCAATATCCAATTTAATGTAGTAGTCTTAGGATGATTAGATCTAGGACTATGTAGCTAG
GACAAGGACAGAAGAGAAAGTCACATAAACTTCCTTTGAGGTCAAAGGAAGTAATGTTGT
TTGTGAACTCATGTATATTCTCGGTGGCTAAGCTTTGGAGTTATAGCCACACTTGAAAAT
AACTTTTAGATTAAGATCGTTTTAAAGAGTTAAGACTTAGAATGCTCATCATAGTTTCAA
CTAACCAACCAACCTCCACTGATGGAATGTGGGGTCATTGCATTTGCATGTTTTTTTTTG
TTTTTTTTGCCTCTTGGGGAGATATTTTGGATTCCCTTTAGGTTTTTTCTCTTAAACATC
AACTAAAACAGTTGACAAACCAACCATGGTTAGGATTCAGGTGAGAGGTACTTATCACCT
CCTTATCTCTCTTTCTACTCTTTCCTCTTTTAAAAAACAGCAAACTCTACAGACTCTCTT
TAATGTATTTGTTGTTTATCTTGTAAGCGTGTGATTTCTGATTCTATGTAAGAAAACAAA
ACCTTCATTTTCCATCCACGGTGGATGGAAAATGAAACGTGTGTGATTGCCGTGTGTGAT
TGCAATATCTCACTTTTATATGATTTAATGCTCTCTTATGACT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL6616Contig1 665 2 2 U
TTCACTACACAAACAGGAACAACACACCTCTATAAAATAGCATAGCTCATGTTTCAACAT
AGTGAAACGAAGTATACATGCTATATTCTAATTTCACAACACTAGGAGATACAGAGGAAC
ATCCACACACACATAACACACTTTTCTGTAAAATAACAAAGCCTAAAAATAGCAAGAGTA
AAAAGAAGAATACATATATGTATGATGATGGAGCCAGAAGTTTTGGGGTGTGTTTCAGTC
ACTGAAGTATACACTTCCACTGCGTGAGCTGCTGCCATCACGGCTATGCAAAGAAAGGCC
TCTCATGTGGCATGGTAAACCCGAGGAGGCACCATCAACTTTCTTCTCCTTGAAGAACTT
TTCCCTCTCAACGTGTTTTGAAGGTGGTGGTGGAATCACAACAGGCGGGGACTGTGAATG
GCTATGGCTATGGCTATCACCACCACTGCGTGATGATGCCTCTGATGGTAAAGGACGAAT
GAGTGGACGGTTGAGTCTTTCATTATGGATTGCCGATCCAAGTAAGGCTTGTGGAGGTGA
TGGCTTTTCTTCATCTTCAGGCATTGCTCTAGCTTTCCCTTTTCGCAATCTTCTGAATAA
CTGCTCAGGCTCCTCTTCCTCCTCCTCATCTTCAAGATTAAGATGGTTTGGATTAGAGAT
AGAGC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR1BX60TF C 1
AF RR1BX60JQ U 4
BS 1 3 RR1BX60TF
BS 4 665 RR1BX60JQ

RD RR1BX60TF 665 0 0
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AGTGAAACGAAGTATACATGCTATATTCTAATTTCACAACACTAGGAGATACAGAGGAAC
ATCCACACACACATAACACACTTTTCTGTAAAATAACAAAGCCTAAAAATAGCAAGAGTA
AAAAGAAGAATACATATATGTATGATGATGGAGCCAGAAGTTTTGGGGTGTGTTTCAGTC
ACTGAAGTATACACTTCCACTGCGTGAGCTGCTGCCATCACGGCTATGCAAAGAAAGGCC
TCTCATGTGGCATGGTAAACCCGAGGAGGCACCATCAACTTTCTTCTCCTTGAAGAACTT
TTCCCTCTCAACGTGTTTTGAAGGTGGTGGTGGAATCACAACAGGCGGGGACTGTGAATG
GCTATGGCTATGGCTATCACCACCACTGCGTGATGATGCCTCTGATGGTAAAGGACGAAT
GAGTGGACGGTTGAGTCTTTCATTATGGATTGCCGATCCAAGTAAGGCTTGTGGAGGTGA
TGGCTTTTCTTCATCTTCAGGCATTGCTCTAGCTTTCCCTTTTCGCAATCTTCTGAATAA
CTGCTCAGGCTCCTCTTCCTCCTCCTCATCTTCAAGATTAAGATGGTTTGGATTAGAGAT
AGAGC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1BX60JQ 662 0 0
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GAAACGAAGTATACATGCTATATTCTAATTTCACAACACTAGGAGATACAGAGGAACATC
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AGAAGAATACATATATGTATGATGATGGAGCCAGAAGTTTTGGGGTGTGTTTCAGTCACT
GAAGTATACACTTCCACTGCGTGAGCTGCTGCCATCACGGCTATGCAAAGAAAGGCCTCT
CATGTGGCATGGTAAACCCGAGGAGGCACCATCAACTTTCTTCTCCTTGAAGAACTTTTC
CCTCTCAACGTGTTTTGAAGGTGGTGGTGGAATCACAACAGGCGGGGACTGTGAATGGCT
ATGGCTATGGCTATCACCACCACTGCGTGATGATGCCTCTGATGGTAAAGGACGAATGAG
TGGACGGTTGAGTCTTTCATTATGGATTGCCGATCCAAGTAAGGCTTGTGGAGGTGATGG
CTTTTCTTCATCTTCAGGCATTGCTCTAGCTTTCCCTTTTCGCAATCTTCTGAATAACTG
CTCAGGCTCCTCTTCCTCCTCCTCATCTTCAAGATTAAGATGGTTTGGATTAGAGATAGA
GC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL6617Contig1 784 2 4 U
GGACCACCACACAGACACAACACAACACCCAACGACGAAAGACGACAAATGGCACTTTCT
TCTGGTACCTTCTCTACCTTCCTCCGCGTCGATACGGCGCCGTTCCGGAGCTCTCCGTCT
CTCCTTATCTCCTCTCGTCCGGCTAACATGCGCATGGTGCGAGCCGTAACCTCCGCGACG
GCGGCGGCGTCGTCCTCCGAGCCGTCGTCAACCACCAAGACGAGGGAGCCACGTGGAATA
ATGAAGCCTCGTCCGGTGACCCCGGAGATGCAGGACGTTGTAGGCGAGTCGGTGATACCT
CGCACGCAGGCTCTCAAGCGTATCTGGGCTTACATCAAGGAACACGACCTTCAAGATCCA
CAAAACAAGAAGGTTATAATCTGCGACGAGAAGCTGAAGAAGATATTTGATGGCAAAGAC
CGTGTCGGTTTCTTGGAGATTGCTAAGCTCATCGGCCCTCACTTCCTCTGAATGGAATTG
AAATGAAATTTGGCAGACAAAAAAAGGAAAAAATCAATCATTGCGTATGCTTTTTTGGTG
AGCTATCAAGGCAGATTACATGTTAGTAAAATGTTAGGGGTTAAAAGAAGTTAGTTAAGC
CTTTGGAAGATATCTATAGTCGGTTATGTGTGTCTCCTTGCTTCCCATTGCGGTTTCAAA
TATGTTATCTTTTTTTGTCTTAGGACATGGACAACTCTTTTTATGAATCGGTCGGTTGTG
TTCTCTACATCGTTTCTCTCGTGTAATTTGTTGCGGTTGTTTTTTGCTTATAAAATTTTA
CATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1FH02TF U 1
AF RR1FH02JQ C 73
BS 1 683 RR1FH02TF
BS 684 684 RR1FH02JQ
BS 685 743 RR1FH02TF
BS 744 784 RR1FH02JQ

RD RR1FH02TF 743 0 0
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TCTGGTACCTTCTCTACCTTCCTCCGCGTCGATACGGCGCCGTTCCGGAGCTCTCCGTCT
CTCCTTATCTCCTCTCGTCCGGCTAACATGCGCATGGTGCGAGCCGTAACCTCCGCGACG
GCGGCGGCGTCGTCCTCCGAGCCGTCGTCAACCACCAAGACGAGGGAGCCACGTGGAATA
ATGAAGCCTCGTCCGGTGACCCCGGAGATGCAGGACGTTGTAGGCGAGTCGGTGATACCT
CGCACGCAGGCTCTCAAGCGTATCTGGGCTTACATCAAGGAACACGACCTTCAAGATCCA
CAAAACAAGAAGGTTATAATCTGCGACGAGAAGCTGAAGAAGATATTTGATGGCAAAGAC
CGTGTCGGTTTCTTGGAGATTGCTAAGCTCATCGGCCCTCACTTCCTCTGAATGGAATTG
AAATGAAATTTGGCAGACAAAAAAAGGAAAAAATCAATCATTGCGTATGCTTTTTTGGTG
AGCTATCAAGGCAGATTACATGTTAGTAAAATGTTAGGGGTTAAAAGAAGTTAGTTAAGC
CTTTGGAAGATATCTATAGTCGGTTATGTGTGTCTCCTTGCTTCCCATTGCGGTTTCAAA
TATGTTATCTTTTTTTGTCTTAG*ACATGGACAACTCTTTTTATGAATCGGTCGGTTGTG
TTCTCTACATCGTTTCTCTCGTG

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1FH02JQ 712 0 0
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TCTCGTCCGGCTAACATGCGCATGGTGCGAGCCGTAACCTCCGCGACGGCGGCGGCGTCG
TCCTCCGAGCCGTCGTCAACCACCAAGACGAGGGAGCCACGTGGAATAATGAAGCCTCGT
CCGGTGACCCCGGAGATGCAGGACGTTGTAGGCGAGTCGGTGATACCTCGCACGCAGGCT
CTCAAGCGTATCTGGGCTTACATCAAGGAACACGACCTTCAAGATCCACAAAACAAGAAG
GTTATAATTTGCGACGAGAAGCTGAAGAAGATATTTGATGGCAAAGACCGTGTCGGTTTC
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GCAGACAAAAAAAGGAAAAAATCAATCATTGCGTATGCTTTTTTGGTGAGCTATCAAGGC
AGATTACATGTTAGTAAAATGTTAGGGGTTAAAAGAAGTTAGTTAAGCCTTTGGAAGATA
TCTATAGTCGGTTATGTGTGTCTCCTTGCTTCCCATTGCGGTTTCAAATATGTTATCTTT
TTTTGTCTTAGGACATGGACAACTCTTTTTATGAATCGGTCGGTTGTGTTCTCTACATCG
TTTCTCTCGTGTAATTTGTTGCGGTTGTTTTTTGCTTATAAAATTTTACATG

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL6618Contig1 867 2 4 U
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AACATCGGTCGAGAAACTCTCTTCTTCCACAGAGGGATATGATAAACCAACGTTGATGAG
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AAAATGGAGAGCCTCCATGGTTCCTCCAAATGGGATCCCAGACTCAGAAGTGAGAGATGA
GTTGGAGTTCGGAAAGATCTGTCTTCAGGGTCCAACCAAATCCGGACACCCTTTGGTGCT
TGTCTTATGCTCCAAGCATTTTCCTGCCAAGAATGCAGTTAACTTCAAGAAGTTTGTTGT
TTATGTACTAGACAAAACAATAGCAAGGGGCATCAAAGACAAAGAAGTAGGAGATGAGAA
GTTAGTAGCCGTTTTCGATCTTGCTAACATTACATACAAGAACCTTGATGCTCGTGGACT
AATCACCAGCTTTCAGTTCTTACAATCTTACTACCCGGAACGCCTTGCAAAATGCTACAT
GTTGCATATGCCTGGATTCTTCGTGTCCGTTTGGAGATTCGTCTGCCGTTTTCTAGAGAA
ATCTACTCAAGAAAAGATTGTGATAGTAACGGACGGAGAAGAAGAGAGAAAGTTCAAGGA
GGAGATCGGAGTAGATGCCTTGCCAGAAGAATATGGTGGCCGAGCTAAACTCACTCTAAT
CCAAGATGTTCTTCTTGAGAGCAATTATAAAACACTAAACCCTGCCTTTAATCCATATTA
TTAAATTTCAGTACTGCTTTACTCTTTCTGTTCTGTAATGATTAGAACAAAAAATTATCA
TTACAGCTTTCAACTATTTAAAAGTCC


BQ
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AF RR1EH86TF U 1
AF RR1EH86JQ C 151
BS 1 773 RR1EH86TF
BS 774 774 RR1EH86JQ
BS 775 817 RR1EH86TF
BS 818 867 RR1EH86JQ

RD RR1EH86TF 820 0 0
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AAAATGGAGAGCCTCCATGGTTCCTCCAAATGGGATCCCAGACTCAGAAGTGAGAGATGA
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TGTCTTATGCTCCAAGCATTTTCCTGCCAAGAATGCAGTTAACTTCAAGAAGTTTGTTGT
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GTTAGTAGCCGTTTTCGATCTTGCTAACATTACATACAAGAACCTTGATGCTCGTGGACT
AATCACCAGCTTTCAGTTCTTACAATCTTACTACCCGGAACGCCTTGCAAAATGCTACAT
GTTGCATATGCCTGGATTCTTCGTGTCCGTTTGGAGATTCGTCTGCCGTTTTCTAGAGAA
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GGAGATCGGAGTAGATGCCTTGCCAGAAGAATATGGTGGCCGAGCTAAACTCACTCTAAT
CCAAGATGTTCTTCTTGAGAGCAATTATAAAACACTAAACCCTGCCTTTAATC*ATATTA
TTAAATTTCAGTACTGCTTTACTCTTTCTGTTCTGTA
TGA

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1EH86JQ 717 0 0
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TCCAACCAAATCCGGACACCCTTTGGTGCTTGTCTTATGCTCCAAGCATTTTCCTGCCAA
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CATCAAAGACAAAGAAGTAGGAGATGAGAAGTTAGTAGCCGTTTTCGATCTTGCTAACAT
TACATACAAGAACCTTGATGCTCGTGGACTAATCACCAGCTTTCAGTTCTTACAATCTTA
CTACCCGGAACGCCTTGCAAAATGCTACATGTTGCATATGCCTGGATTCTTCGTGTCCGT
TTGGAGATTCGTCTGCCGTTTTCTAGAGAAATCTACTCAAGAAAAGATTGTGATAGTAAC
GGACGGAGAAGAAGAGAGAAAGTTCAAGGAGGAGATCGGAGTAGATGCCTTGCCAGAAGA
ATATGGTGGCCGAGCTAAACTCACTCTAATCCAAGATGTTCTTCTTGAGAGCAATTATAA
AACACTAAACCCTGCCTTTAATCCATATTATTAAATTTCAGTACTGCTTTACTCTTTCTG
TTCTGTAATGATTAGAACAAAAAATTATCATTACAGCTTTCAACTATTTAAAAGTCC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL6619Contig1 557 2 1 U
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GCCACTCATAATTTGAAGAAGCTTGACTTTAGTATCACAGATGGATCAGCGGTTCCTTGG
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AATGAGTGGGAAGAGAAAGCTCCAAATGCGAAAATGGCACATCCATGGCCAGAGCATTTC
TACCCATTACACGTTGCAATGGGTGCGGCTGGTGATGACGCCAAGGCAGAGCAAATCCAC
ACAAGCTGGCAACATGGGACTCTGTCTTATTCTTCTTATAGCTTCACTTCTTCCCTTTGA
AACATTGCATCTTTACCTCCTTTCACTTGCCGTGTGACTACTTTAACGTAAGCACTGTGT
AAGGCTATATGGAGAAAGATCGAGAGTGTTATGTTCTCTGTATAAATATGTAATGGCCAG
TGTTGTGTAATGCAAGC


BQ
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AF RR1DG96TF U 1
AF RR1DG96JQ C 197
BS 1 557 RR1DG96TF

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GCCACTCATAATTTGAAGAAGCTTGACTTTAGTATCACAGATGGATCAGCGGTTCCTTGG
GCTTTAGAGTTCGATCATTGGCTCAGAGACTCTCTCCTTCAAGGAAGGTATGGAGATGTG
AATGAGTGGGAAGAGAAAGCTCCAAATGCGAAAATGGCACATCCATGGCCAGAGCATTTC
TACCCATTACACGTTGCAATGGGTGCGGCTGGTGATGACGCCAAGGCAGAGCAAATCCAC
ACAAGCTGGCAACATGGGACTCTGTCTTATTCTTCTTATAGCTTCACTTCTTCCCTTTGA
AACATTGCATCTTTACCTCCTTTCACTTGCCGTGTGACTACTTTAACGTAAGCACTGTGT
AAGGCTATATGGAGAAAGATCGAGAGTGTTATGTTCTCTGTATAAATATGTAATGGCCAG
TGTTGTGTAATGCAAGC

QA 1 557 1 557
DS 

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AAGCTCCAAATGCGAAAATGGCACATCCATGGCCAGAGCATTTCTACCCATTACACGTTG
CAATGGGTGCGGCTGGTGATGACGCCAAGGCAGAGCAAATCCACACAAGCTGGCAACATG
GGACTCTGTCTTATTCTTTTTATAGCTTCACTTCTTCCCTTTGAAACATTGCATCTTTAC
CTCCTTTCACTTGCCGTGTGACTACTTTAACGTAAGCACTGTGTAAGGCTATATGGAGAA
AGATCGAGAGTGTTATGTTCTCTGTATAAATATGTAATGGCCAGTGTTGTGTAATGCAAG
C

QA 1 361 1 361
DS 



AS 1 2

CO CL6620Contig1 726 2 7 U
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GTTTATAAAGCAGAAGAGGGATGGGGTTGAGTTTCGCGAAGCTGTTCAGCAGGCTCTTTG
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TCTACAAGCTCAAGCTCGGTGAGATTGTCACCACCATCCCCACTATTGGTTTCAATGTGG
AAACTGTGGAGTACAAGAACATCAGTTTCACTGTCTGGGATGTCGGGGGTCACGACAAGA
TCCGTCCTTTGTGGAGGCACTACTTCCAGAACACTCAGGGTCTGATCTTTGTCGTCGACA
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ATGAGCTGCGTGATGCTGTGTTGCTTGTGTTTGCCAACAAGCAAGATCTTCCAAACGCCA
TGAATGCCGCTGAAATCACAGATAAGCTTGGCCTTCACTCCCTGCGTCAGCGTCACTGGT
ACATTCAGAGCACATGCGCCACTTCAGGTGAAGGACTCTACGAAGGTCTTGACTGGCTGT
CCAACAACATCGCTGGCAAGGCGTAATGAAGTAAAAACAGCACTGCATCGGAGATGATTC
TTCCTACTGTATGTTGGTAAAGTTTCTGGATGCAAGAGAGAGAGATTTATAAATATTATA
TGAACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1F473TF U 34
AF RR1CT85TF U 1
BS 1 101 RR1CT85TF
BS 102 102 RR1F473TF
BS 103 292 RR1CT85TF
BS 293 293 RR1F473TF
BS 294 636 RR1CT85TF
BS 637 637 RR1F473TF
BS 638 726 RR1CT85TF

RD RR1F473TF 687 0 0
GGAG
GCAGAGCTCAGTTTCTCTCCGGAGTTTATAAAGCAGAAGAGGGATGGGGTTGAGTTTCGC
GAAGCTGTTCAGCAGGCTCTTTGCCAAGGAAGAGATGAGGATTCTGATGGTTGGTCTTGA
TGCTGCTGGTAAGACCACCATTCTCTACAAGCTCAAGCTCGGTGAGATTGTCACCACCAT
CCCCACTATTGGTTTCAATGTGGAAACTGTGGAGTACAAGAACATCAGTTTCACTGTCTG
GGATGTCGGGGGTCACGACAAGATCCGTCCTTTGTGGAGGCACTACTTCCAGAACACTCA
GGGTCTGATCTTTGTCGTCGACAGCAACGACAGAGACAGAGTTGTTGAGGCTAGAGATGA
ACTTCACAGGATGCTCAATGAGGATGAGCTGCGTGATGCTGTGTTGCTTGTGTTTGCCAA
CAAGCAAGATCTTCCAAACGCCATGAATGCCGCTGAAATCACAGATAAGCTTGGCCTTCA
CTCCCTGCGTCAGCGTCACTGGTACATTCAGAGCACATGCGCCACTTCAGGTGAAGGACT
CTACGAAGGTCTTGACTGGCTGTCCAACAACATCGCTGGCAAGGCGTAATGAAGTAAAAA
CAGCACTGCATCGGAGATGATTCTTCCTACTGTATGTTGGTAAAGTTTCTGGATGCAAGA
GAGAGAGATTTATAAATATTATA

QA 5 687 5 687
DS 

RD RR1CT85TF 726 0 0
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GTTTATAAAGCAGAAGAGGGATGGGGTTGAGTTTCGCGAAGTTGTTCAGCAGGCTCTTTG
CCAAGAAAGAGATGAGGATTCTGATGGTTGGTCTTGATGCTGCTGGTAAGACCACCATTC
TCTACAAGCTCAAGCTCGGTGAGATTGTCACCACCATCCCCACTATTGGTTTCAATGTGG
AAACTGTGGAGTACAAGAACATCAGTTTCACTGTCTGGGATGTCGGGGGTCAGGACAAGA
TCCGTCCTTTGTGGAGGCACTACTTCCAGAACACTCAGGGTCTGATCTTTGTCGTCGACA
GCAACGACAGAGACAGAGTTGTTGAGGCTAGAGATGAACTTCACAGGATGCTCAATGAGG
ATGAGCTGCGTGATGCTGTGTTGCTTGTGTTTGCCAACAAGCAAGATCTTCCAAACGCCA
TGAATGCCGCTGAAATCACAGATAAGCTTGGCCTTCACTCCCTGCGTCAGCGTCACTGGT
ACATTCAGAGCACATGCGCCACTTCAGGTGAAGGACTCTACGAAGGTCTTGACTGGCTGT
CCAACAACATCGCTGGCAAGGCGTAATGAAGTAAAA*CAGCACTGCATCGGAGATGATTC
TTCCTACTGTATGTTGGTAAAGTTTCTGGATGCAAGAGAGAGAGATTTATAAATATTATA
TGAACC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL6621Contig1 748 2 2 U
GGACCACAGCTTACCAAGTCCTGAAACATCGATTCCTAGAATTTAATATCTGCATATTTT
TAAAGAGAACATCAAGATCCATCCGATTTCAGGATTTTGGCGGCTACCTACGCGAAAGAG
ACGAAGGACATGTTCGAGATGATGGTGAAAGCAATCATGGAGAGCCTTGAGATAGACGGT
GACGGCAACGAGGCAGCGAAGGAGTTGAAAGAAGGTAGTCAGATGGTGGTGGTGAACTGT
TATCCACCGTGCCCAGAGCCGGAGCTGACGCTGGGGATGCCCCCTCACTCCGATTACGGC
TTCTTGACACTTCTTCTTCAAGACGACGTTGAAGGGCTTCAGATTCTGTACCGTGACGAA
TGGGTCACTATTGATCCCATCCCTGGCTCTTTTGTCATCAACGTTGGCGACCATCTCGAG
ATATTTAGCAATGGGAGGTACAAAAGCGTGTTACATAGGGTATTGGTGAATTCCACAAAG
CCTAGGATATCGGTGGCATCACTGCATAGCTTCCCTTTGACTTCTGTTGTGAAGCCATCG
CCAAAACTCATTGACGAATATAATCAGCCGCAGTACATGGAAACTGACTTTGCCACTTTT
CTTCAGTATATATCTACTCGTGAACCCAAGTGGAAGAATTTTCTTGAATCACGCAAGATT
CACCATAAAAAATGAACGATAAAGATTATCATTTTCTTCTTTGGTGAACCAAATTATGTT
ATAGATTTACGTCATACATGGTTAAGAG


BQ
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AF RR1AB21TF U 1
AF RR1AB21JQ C 1
BS 1 666 RR1AB21TF
BS 667 748 RR1AB21JQ

RD RR1AB21TF 666 0 0
GGACCACAGCTTACCAAGTCCTGAAACATCGATTCCTAGAATTTAATATCTGCATATTTT
TAAAGAGAACATCAAGATCCATCCGATTTCAGGATTTTGGCGGCTACCTACGCGAAAGAG
ACGAAGGACATGTTCGAGATGATGGTGAAAGCAATCATGGAGAGCCTTGAGATAGACGGT
GACGGCAACGAGGCAGCGAAGGAGTTGAAAGAAGGTAGTCAGATGGTGGTGGTGAACTGT
TATCCACCGTGCCCAGAGCCGGAGCTGACGCTGGGGATGCCCCCTCACTCCGATTACGGC
TTCTTGACACTTCTTCTTCAAGACGACGTTGAAGGGCTTCAGATTCTGTACCGTGACGAA
TGGGTCACTATTGATCCCATCCCTGGCTCTTTTGTCATCAACGTTGGCGACCATCTCGAG
ATATTTAGCAATGGGAGGTACAAAAGCGTGTTACATAGGGTATTGGTGAATTCCACAAAG
CCTAGGATATCGGTGGCATCACTGCATAGCTTCCCTTTGACTTCTGTTGTGAAGCCATCG
CCAAAACTCATTGACGAATATAATCAGCCGCAGTACATGGAAACTGACTTTGCCACTTTT
CTTCAGTATATATCTACTCGTGAACCCAAGTGGAAGAATTTTCTTGAATCACGCAAGATT
CACCAT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1AB21JQ 748 0 0
GGACCACAGCTTACCAAGTCCTGAAACATCGATTCCTAGAATTTAATATCTGCATATTTT
TAAAGAGAACATCAAGATCCATCCGATTTCAGGATTTTGGCGGCTACCTACGCGAAAGAG
ACGAAGGACATGTTCGAGATGATGGTGAAAGCAATCATGGAGAGCCTTGAGATAGACGGT
GACGGCAACGAGGCAGCGAAGGAGTTGAAAGAAGGTAGTCAGATGGTGGTGGTGAACTGT
TATCCACCGTGCCCAGAGCCGGAGCTGACGCTGGGGATGCCCCCTCACTCCGATTACGGC
TTCTTGACACTTCTTCTTCAAGACGACGTTGAAGGGCTTCAGATTCTGTACCGTGACGAA
TGGGTCACTATTGATCCCATCCCTGGCTCTTTTGTCATCAACGTTGGCGACCATCTCGAG
ATATTTAGCAATGGGAGGTACAAAAGCGTGTTACATAGGGTATTGGTGAATTCCACAAAG
CCTAGGATATCGGTGGCATCACTGCATAGCTTCCCTTTGACTTCTGTTGTGAAGCCATCG
CCAAAACTCATTGACGAATATAATCAGCCGCAGTACATGGAAACTGACTTTGCCACTTTT
TTTCAGTATATATCTACTCGTGAACCCAAGTGGAAGAATTTTCTTGAATCACGCAAGATT
CACCATAAAAAATGAACGATAAAGATTATCATTTTCTTCTTTGGTGAACCAAATTATGTT
ATAGATTTACGTCATACATGGTTAAGAG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL6622Contig1 1160 2 2 U
GGGTTATTCTCTTCATGATGAGGGAGAAACAAGAGAAAGCGGCGGGCAAAAACGACGTCG
ATGTTGACGAAAACGTCGAGGATGAGCAGCAACCAGCGATTATAGCCGGAGATGTCTTCC
TTGAGAACCTTAGACAAGGGATTGATCTTGATGCAGTCGTGAAAGAAACGATGAAGGAGT
CGAACAAACTCAGCACTGGAACGTTCAGTTCGGTTTATAAAGCAGTCATGCCTTCAGGGA
TGATTGTTTCGGTGAAGAAACTCAAATCCATGGATAGAGCCATAACTCACCACCAAAACA
AGATGATCGGAGAACTCGAAAGACTCAGCAAACTATGCCATGACCACTTGGTTACACCGA
TCGGGTTTGTTATATACGAAGATGTTGCTCTCTTGTTGCATCAGCATTTGCCTAACGGTA
ACTTAGCTCAGCTGATTCACGAGTACGCCAAGAAGCCAGAGTACCAACCGGACTGGCCAA
CGAGACTGTCGATAGCCGTTGGAGTAGCACAAGGCTTAGCGTTTCTCCACCATGTCGCCA
TTATCCACCTTGACGTTTCCTCTAGCAATGTCTTGCTAGACTCTGGCTACAAACCTGTGC
TTGGAGAAATCGAAATATCGAAACTTATTGATCCTTCTCGAGGCACTGCGAGTATAAGCT
CAGTTGCTGGTTCCTTTGGCTACATTCCTCCAGAGTATGCATACACAATGCAAGTGACTG
CACCGGGGAATGTATACAGCTACGGAGTTGTGTTGCTCGAGATTCTAACCTCAAGAGCGC
CCGGTGGAGGAAGAGTTTGGTGAAGGAGTGGATTTAGTGAAATGGGTCCATGGAGCTTCA
GCGAGAGGAGAAACACCTGAACAGATCTTGACGCTAAGCTTAGCACTGTATCCTTTGCTT
GGAGGAGAGAGATGCTTGCGGCACTGAGAGTTGCATTGCTTTGCACAGATATCACACCTG
CGAAAAGGCCAAAGATGAAGAAAGTAGTTGAAATGCTTCAAGAGGTTAAGCAAAAGTAAA
TGAGAGAATGCCTATGATTGATGATGTAGAGTTACTTTTGTGACATTCATATTACAAAAA
CGCATTCCTATACATAGCTAGCTTCTCTCATCTGTGTATTATGTAGAGTTTACGTGATGA
AATGCAAATTGAGTTGAGTG


BQ
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AF94TF U 1
AF RR1AF94JQ C 453
BS 1 799 RR1AF94TF
BS 800 1160 RR1AF94JQ

RD RR1AF94TF 799 0 0
GGGTTATTCTCTTCATGATGAGGGAGAAACAAGAGAAAGCGGCGGGCAAAAACGACGTCG
ATGTTGACGAAAACGTCGAGGATGAGCAGCAACCAGCGATTATAGCCGGAGATGTCTTCC
TTGAGAACCTTAGACAAGGGATTGATCTTGATGCAGTCGTGAAAGAAACGATGAAGGAGT
CGAACAAACTCAGCACTGGAACGTTCAGTTCGGTTTATAAAGCAGTCATGCCTTCAGGGA
TGATTGTTTCGGTGAAGAAACTCAAATCCATGGATAGAGCCATAACTCACCACCAAAACA
AGATGATCGGAGAACTCGAAAGACTCAGCAAACTATGCCATGACCACTTGGTTACACCGA
TCGGGTTTGTTATATACGAAGATGTTGCTCTCTTGTTGCATCAGCATTTGCCTAACGGTA
ACTTAGCTCAGCTGATTCACGAGTACGCCAAGAAGCCAGAGTACCAACCGGACTGGCCAA
CGAGACTGTCGATAGCCGTTGGAGTAGCACAAGGCTTAGCGTTTCTCCACCATGTCGCCA
TTATCCACCTTGACGTTTCCTCTAGCAATGTCTTGCTAGACTCTGGCTACAAACCTGTGC
TTGGAGAAATCGAAATATCGAAACTTATTGATCCTTCTCGAGGCACTGCGAGTATAAGCT
CAGTTGCTGGTTCCTTTGGCTACATTCCTCCAGAGTATGCATACACAATGCAAGTGACTG
CACCGGGGAATGTATACAGCTACGGAGTTGTGTTGCTCGAGATTCTAACCTCAAGAGCGC
CCGGTGGAGGAAGAGTTTG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1AF94JQ 708 0 0
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GGCTTAGCGTTTCTCCACCATGTCGCCATTATCCACCTTGACGTTTCCTCTAGCAATGTC
TTGCTAGACTCTGGCTACAAACCTGTGCTTGGAGAAATCGAAATATCGAAACTTATTGAT
CCTTCTCGAGGCACTGCGAGTATAAGCTCAGTTGCTGGTTCCTTTGGCTACATTCCTCCA
GAGTATGCATACACAATGCAAGTGACTGCACCGGGGAATGTATACAGCTACGGAGTTGTG
TTGCTCGAGATTCTAACCTCAAGAGCGCC*GGTGGAGGAAGAGTTTGGTGAAGGAGTGGA
TTTAGTGAAATGGGTCCATGGAGCTTCAGCGAGAGGAGAAACACCTGAACAGATCTTGAC
GCTAAGCTTAGCACTGTATCCTTTGCTTGGAGGAGAGAGATGCTTGCGGCACTGAGAGTT
GCATTGCTTTGCACAGATATCACACCTGCGAAAAGGCCAAAGATGAAGAAAGTAGTTGAA
ATGCTTCAAGAGGTTAAGCAAAAGTAAATGAGAGAATGCCTATGATTGATGATGTAGAGT
TACTTTTGTGACATTCATATTACAAAAACGCATTCCTATACATAGCTAGCTTCTCTCATC
TGTGTATTATGTAGAGTTTACGTGATGAAATGCAAATTGAGTTGAGTG

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL6623Contig1 593 2 2 U
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CAGTCTATAGACACAAAGAGTCTCACTATAGACAACTCCACTACTCTCTCCAGCCCCTTT
GCTGACTTCTCCTTCAGTGCTACTGCTTCTTTTGAAGTTCGAAGCCCTTCCAGAATTGAG
GTTTCTTTCAAAGAAGGTACGCTGAAGCCTCCAGAGATCAAGTCAAGCGTGGATCTCCCG
GAGAGCGTGGGTGTCTTTGGACAGGAGGTTAACCTTTCGTTCCTGAAGCAGTCTTTGAAC
CCTTTACAAGATGTGGCGGCAAACATTTCGCGGGCGATCTCTGGTCAGCCACCTCTCAAG
CTTCCGTTTCCGGGAAACCGTGGCAGCTCTTGGTTGTTGACCACTTATCTCGATAAGGAT
CTCAGGATTTCGAGAGGAGACGGTGGGCTTTTCGTGCTTGCTAGAGAAGGAAGCTCTCTG
CTTGAGCTCTGAAAATATTTGACGAGGTATATATACCAAGCAGGCTTCTTGTAAAAACAA
TACTCACTAGAGGGATCATCTTAATAATAATGCTGAATGCAAATTACTGGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F265JQ C 1
AF RR1H776TF U 122
BS 1 124 RR1F265JQ
BS 125 593 RR1H776TF

RD RR1F265JQ 593 0 0
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CAGTCTATAGACACAAAGAGTCTCACTATAGACAACTCCACTACTCTCTCCAGCCCCTTT
GCTGACTTCTCCTTCAGTGCTACTGCTTCTTTTGAAGTTCGAAGCCCTTCCAGAATTGAG
GTTTCTTTCAAAGAAGGTACGCTGAAGCCTCCAGAGATCAAGTCAAGCGTGGATCTCCCG
GAGAGCGTGGGTGTCTTTGGACAGGAGGTTAACCTTTCGTTCCTGAAGCAGTCTTTGAAC
CCTTTACAAGATGTGGCGGCAAACATTTCGCGGGCGATCTCTGGTCAGCCACCTCTCAAG
CTTCCGTTTCCGGGAAACCGTGGCAGCTCTTGGTTGTTGACCACTTATCTCGATAAGGAT
CTCAGGATTTCGAGAGGAGACGGTGGGCTTTTCGTGCTTGCTAGAGAAGGAAGCTCTCTG
CTTGAGCTCTGAAAATATTTGACGAGGTATATATACCAAGCAGGCTTCTTGTAAAAACAA
TACTCACTAGAGGGATCATCTTAATAATAATGCTGAATGCAAATTACTGGACC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1H776TF 472 0 0
GTA
ACTTCTCCTTCAGTGCTACTGCTTCTTTTGAAGTTCGAAGCCCTTCCAGAATTGAGGTTT
CTTTCAAAGAAGGTACGCTGAAGCCTCCAGAGATCAAGTCAAGCGTGGATCTCCCGGAGA
GCGTGGGTGTCTTTGGACAGGAGGTTAACCTTTCGTTCCTGAAGCAGTCTTTGAACCCTT
TACAAGATGTGGCGGCAAACATTTCGCGGGCGATCTCTGGTCAGCCACCTCTCAAGCTTC
CGTTTCCGGGAAACCGTGGCAGCTCTTGGTTGTTGACCACTTATCTCGATAAGGATCTCA
GGATTTCGAGAGGAGACGGTGGGCTTTTCGTGCTTGCTAGAGAAGGAAGCTCTCTGCTTG
AGCTCTGAAAATATTTGACGAGGTATATATACCAAGCAGGCTTCTTGTAAAAACAATACT
CACTAGAGGGATCATCTTAATAATAATGCTGAATGCAAATTACTGGACC

QA 4 472 4 472
DS 



AS 1 2

CO CL6624Contig1 715 2 4 U
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TCTGTCTCTCTCTCTGTGCTCCATCCGAGAGCTAACATCTATCTTCGAAAGTTCGTGACG
AAAATGTACAGCGGATCTAGCGATGGCGAGAGCCACGACACATCGAATCAGAGGAGGATC
CCTCCGGCTTCCTCGATGCTCTGGGTTAGAAATCTACGGCGGTACATTGGTTCCGGCGCC
GGTTTAGGATCCGAAGCTCTGATGGAGCTTGAGACGAAGAGAATCTTGCTGGAGATATTC
AAAGACAAGCAGCAGAAAAGTCAGGAAGCAGGCACTATACCAAGCTTCTACAAGAAGAAA
CCAGAAGAAGGTTCTATTAGCCAAAGAGTCCAGAGGCTTGCTAAATACCGCTTCTTGAAG
AAACAATCTGATCTTTTGTTAAATTCTGATGATTTGGCTGCTATGTGGAATTGTTTGAGA
GAAAATTGTGTCATTGATGATGGCACTGGTGCAGAGAAGATGAACTATGAAGACTTCTGT
CACATTGCCTCTGTATGTACCGAACAAATCGGCCCCAAATGTCGTCGGTTTTTCAGCCCA
TCCAATTTCATGAAGTTTGAGAAGGATGAGGCTGGAAGGATTGCTATTTTACCTTTCTAT
CTTTATGTGATGCGCACGGTGTCGCTTACACAAGCTAGATTGATATGAGTGAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EN12TF U 1
AF RR1G942TF U 23
BS 1 73 RR1EN12TF
BS 74 75 RR1G942TF
BS 76 693 RR1EN12TF
BS 694 715 RR1G942TF

RD RR1EN12TF 693 0 0
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TCTGTCTCTCTCT**GTGCTCCATCCGAGAGCTAACATCTATCTTCGAAAGTTCGTGACG
AAAATGTACAGCGGATCTAGCGATGGCGAGAGCCACGACACATCGAATCAGAGGAGGATC
CCTCCGGCTTCCTCGATGCTCTGGGTTAGAAATCTACGGCGGTACATTGGTTCCGGCGCC
GGTTTAGGATCCGAAGCTCTGATGGAGCTTGAGACGAAGAGAATCTTGCTGGAGATATTC
AAAGACAAGCAGCAGAAAAGTCAGGAAGCAGGCACTATACCAAGCTTCTACAAGAAGAAA
CCAGAAGAAGGTTCTATTAGCCAAAGAGTCCAGAGGCTTGCTAAATACCGCTTCTTGAAG
AAACAATCTGATCTTTTGTTAAATTCTGATGATTTGGCTGCTATGTGGAATTGTTTGAGA
GAAAATTGTGTCATTGATGATGGCACTGGTGCAGAGAAGATGAACTATGAAGACTTCTGT
CACATTGCCTCTGTATGTACCGAACAAATCGGCCCCAAATGTCGTCGGTTTTTCAGCCCA
TCCAATTTCATGAAGTTTGAGAAGGATGAGGCTGGAAGGATTGCTATTTTACCTTTCTAT
CTTTATGTGATGCGCACGGTGTCGCTTACACAA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1G942TF 693 0 0
AAAGCTAATCAGGGCTTTCTGCAATTCCTTTCTTCAGCTCTGTCTCTCTCTCTGTGCTCC
ATCCGAGAGCTAACATCTATCTTCGAAAGTTCGTGACGAAAATGTACAGCGGATCTAGCG
ATGGCGAGAGCCACGACACATCGAATCAGAGGAGGATCCCTCCGGCTTCCTCGATGCTCT
GGGTTAGAAATCTACGGCGGTACATTGGTTCCGGCGCCGGTTTAGGATCCGAAGCTCTGA
TGGAGCTTGAGACGAAGAGAATCTTGCTGGAGATATTCAAAGACAAGCAGCAGAAAAGTC
AGGAAGCAGGCACTATACCAAGCTTCTACAAGAAGAAACCAGAAGAAGGTTCTATTAGCC
AAAGAGTCCAGAGGCTTGCTAAATACCGCTTCTTGAAGAAACAATCTGATCTTTTGTTAA
ATTCTGATGATTTGGCTGCTATGTGGAATTGTTTGAGAGAAAATTGTGTCATTGATGATG
GCACTGGTGCAGAGAAGATGAACTATGAAGACTTCTGTCACATTGCCTCTGTATGTACCG
AACAAATCGGCCCCAAATGTCGTCGGTTTTTCAGCCCATCCAATTTCATGAAGTTTGAGA
AGGATGAGGCTGGAAGGATTGCTATTTTACCTTTCTATCTTTATGTGATGCGCACGGTGT
CGCTTACACAAGCTAGATTGATATGAGTGAGCT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL6625Contig1 679 2 2 U
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AGAGACTCTCTCCACCTTGGTTTTTATTTACTTCTCGCTTATGTCATAACAAAAAAAAAA
ACATTAGAAGATTTTGTGTGTCGTATCTGTTTAAGAGAACTCTTTATATTTATGTTATAT
TTAAAATCTTTCTCGACAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC21JQ C 1
AF RR1BC21TF U 1
BS 1 669 RR1BC21TF
BS 670 679 RR1BC21JQ

RD RR1BC21JQ 679 0 0
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TTAAAATCTTTCTCGACAC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1BC21TF 669 0 0
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CCAAGCCATGTCCAGCTAGCTGCGACCGCATTGCCCATATCAGGCACCAAAACTCAGCCA
CAGAAGATTGGAAAGGAGGCACTTGGAGATGTTGCAGGTTTAGCTGCTACTTCAACAGCT
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CATCACAAGTATTTACCAGTTGTACCAAGGCATGGGGGGGTTGACGAGGAAAAAGAGCAG
ACTAATAAAGTACTTGGCAAGTTATTATCAAAGCATTCACATGAGATCCTCAATGTTGGA
AAGGCGATAAACATGTACAACGACAAGAAGGAGAAAAAGAAGTCAGGAAGATCAGATAAG
TTGAAAACTAAGAAAGACATCACCAAGAAGAAGCCTTATGCCAACAAAGCTGATAAGTGA
AGAGACTCTCTCCACCTTGGTTTTTATTTACTTCTCGCTTATGTCATAACAAAAAAAAAA
ACATTAGAAGATTTTGTGTGTCGTATCTGTTTAAGAGAACTCTTTATATTTATGTTATAT
TTAAAATCT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL6626Contig1 923 2 6 U
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CAACGGTGACCATATCGGTTACCTAGACATTGCCCTAGGGAGCTTCTTGGGTTGGTGGAG
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TGAAACTGGTTTGCTAGAACATGTAATTTATCTTCCATTTCAATGTATCCAGGACGACCT
AATATCAAGAAAATATTATGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO16TF U 1
AF RR1AO16JQ C 209
BS 1 836 RR1AO16TF
BS 837 837 RR1AO16JQ
BS 838 858 RR1AO16TF
BS 859 859 RR1AO16JQ
BS 860 882 RR1AO16TF
BS 883 923 RR1AO16JQ

RD RR1AO16TF 888 0 0
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GTTTCTCCAGGAGACATACGGTACTAAGAGCGAATTGCTCCTTAAATCAAACCCGGTTCA
CAAGAAGATGCCGGTTCTGATTCACGCTGACAAACCGGTGTGTGAGTCCAACATCATCGT
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TGACAGAGCCATCGCTCGGTTCTGGGCCGCCTACGTCGATGATAAGTGGTTTATCGCTCT
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AGAAAGGACTGACCATTTGGAGAAAGCGTTCATCGATTGCAGCAACGGGAAGCCATTCTT
CAACGGTGACCATATCGGTTACCTAGACATTGCCCTAGGGAGCTTCTTGGGTTGGTGGAG
AGTCGTGGAGTTAGACGCCAACCATATACTTCTTGACGAGACCAAGACTCCTTCTCTGTT
CAAATGGGCAGAGCGGTTCTGTAATGACCCTGCTGTGAAGCCTCTCATGCCGGAGACTAC
AAAGCTAGCTGAATTCGCGAGGAAACTCTTTCCCAAACCGCAAGCTTGATGGCAAAGTCG
ACTCCTCTTAAATATATTGTTGGAGATGGAAGCAATGTAATGTATCGGTTATTGGA*GTA
TGAAACTGGTTTGCTAGA*CATGTAATTTATCTTCCATTTCA
TGTATC

QA 1 882 1 882
DS 

RD RR1AO16JQ 715 0 0
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GACAAACCGGTGTGTGAGTCCAACATCATCGTTCAGTACATCGACGAGGCTTGGAGCTCA
TATGGACCCTCCATCCTCCCTTCTCATCCCTATGACAGAGCCATCGCTCGGTTCTGGGCC
GCCTACGTCGATGATAAGTGGTTTATCGCTCTGAGAAGTATCCTAACCGCTCAAGAAGAA
GAGGAGAAGAAAGCAGCCATAGCTGAAGTCGAAGAAAGGACTGACCATTTGGAGAAAGCG
TTCATCGATTGCAGCAACGGGAAGCCATTTTTCAACGGTGACCATATCGGTTACCTAGAC
ATTGCCCTAGGGAGCTTCTTGGGTTGGTGGAGAGTCGTGGAGTTAGACGCCAACCATATA
CTTCTTGACGAGACCAAGACTCCTTCTCTGTTCAAATGGGCAGAGCGGTTCTGTAATGAC
CCTGCTGTGAAGCCTCTCATGCCGGAGACTACAAAGCTAGCTGAATTCGCGAGGAAACTC
TTTCCCAAACCGCAAGCTTGATGGCAAAGTCGACTCCTCTTAAATATATTGTTGGAGATG
GAAGCAATGTAATGTATCGGTTATTGGAAGTATGAAACTGGTTTGCTAGAACATGTAATT
TATCTTCCATTTCAATGTATCCAGGACGACCTAATATCAAGAAAATATTATGTAC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL6627Contig1 1304 2 4 U
GGGACAACAGCAGTGTAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGACTCTTGATTGACTCAACAACAGC
TATCTTGGAGAAGACGATGGATTCGAAGAAGTGAGACTAGCGAATCTCGAGAGAGAGAGA
GACAAATCCTAATTCGCCAATTTCTCAATCTCATCTTCATCGTTGAAATCATGTCTTGGC
TTCCTGTAGAATCTGATCCTGGTGTTTTTACGGAGATTATACAACAAATGCAAGTGAAAG
GTGTGCAGGTTGAAGAGTTGTACTCCTTGGACATTACTTCTCTTGATGAAATCAGACCTG
TATACGGATTGGTATTGCTTTACAAGTGGCGTCCTGAGGAAAAAGAGTCTCGTGTTGTCA
TCACTGAACCAAATCCGAACTTCTTCTTCGCCAGCCAGATAATCAACAATGCTTGTGCTA
CACAAGCCTTATTGTCTGTGCTCATGAACTCTTCTGGTATTGAGATTGGCTCTGAACTAA
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TGTGTATCACTACATCAGCTACTTACCTGTTGATGGTATCTTATACGAGCTCGACGGTCT
TAAAGAAGGACCCATCAGCCTTGGACAGTGTCTCGGCGAGCCAGACGGAATCGAATGGCT
CAAAATGGTCCAACCTGTGGTGCAAGAGCGGATTGATCGGTATATGCAGAACGAGATCCG
GTTTAGTCTCTTGGCTGTGGTTAAGAACAGGAAAGAGATGTATCGAGCTGAGCTGAAAGA
GTATCAGATGAAGCGGGAGAGGATTTTGCAGCAGGTGGGTGCTCTGCAAGCTGATAAATA
CGCTGAGAAGAGCAGTTACGAGGCTCTGGATAAGTCTCTTTCAGAAGTCAATGTCGGGAT
CGAGACCGTATCGCAGAAGATTGTAATGGAGGAAGAGAGGTCCAAGAACTGGAAGAAAGA
GAACTTGAGGAGGAAACATAACTATGTCCCTTTCCTCTTCAACTTCCTCAAGATTCTTGC
AGACAAGAAGAAGCTCAAGCCTCTCATTGACAAGGCTAGACGTTAACAGCTTTTCGCAGG
ATATTGAAACTTATATGTATGAGGTTTGATTGTATTCAGTCTTGAAGATTTTTGTAGAAC
CAAATCTCTTAATTACATGAAACAATAAATCAAACACAATTACG


BQ
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AF RR1GI53TF U 1
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BS 600 600 RR1GI53JQ
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DS 

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GTCTCTTTCAGAAGTCAATGTCGGGATCGAGACCGTATCGCAGAAGATTGTAATGGAGGA
AGAGAGGTCCAAGAACTGGAAGAAAGAGAACTTGAGGAGGAAACATAACTATGTCCCTTT
CCTCTTCAACTTCCTCAAGATTCTTGCAGACAAGAAGAAGCTCAAGCCTCTCATTGACAA
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ATTCAGTCTTGAAGATTTTTGTAGAACCAAATCTCTTAATTACATGAAACAATAAATCAA
ACACAATTACG

QA 14 804 14 804
DS 



AS 1 2

CO CL6628Contig1 889 2 6 U
GATTTTAAGGTCTACATTTCAGAGCATGTTAACGTTGTTAATATCACAAGCCAGTTTCTC
TGCAGGTTTGAGTTTACCTGTAACATTTCAGGGTTCAGCTTGCAAAACATGATTTGTTTG
TGTTATTTTGTCTCTCACTGCTCATAATTTTCCTATTGTTTGCCACCTACTTCACCGCCC
ACACATGCTAATAAGTATTCAGCACAGGCTACTAGAATAGCAGGAGTTTTGTTTGCTGTT
CTAATTAAAGAAATTTTCTCATGACAAAATGTTAATCAGCCGGGAACTTAGAAGCTCATT
ATGTTTAAGCTCAGGTTAGATTGGTAAGTTGCTCAAATGTGATGTCCCTAGGTTAGATGT
CTTTAAACTTGCAACTAAAAGGTATATTTACACAGCAGTTTGGGTGAGCCTGACATGAAC
TGCTCCACAAGTTCGACAAAGTACGTATGGGGGTATTTAGAAAATTGAAACTATCACGGT
CTCTGAACTAAATGTTATCATTCTCCTCCACATTTGCGCATTCCATTCCTGGTCTATTCT
CCTAAATGTTATCACAAGTATTATATTATTGACGTTTGTAACCTTGATGCACTACAGACT
GCTGAGTTTCTCTTCACCAGTAAAGGAGAGGCCATTGAAACAACCGATGGGTGGGGCTAC
ATTTTTTGCTCCAAATATTCTAGGAAGCTTCAGTGTGGTTTTTCATCGTTCACCTGCAAC
TCATGCGATGACTCTAGGGCTATTTATTTCATTTTGGCTTCTCTTGCCTATTTCTTGGAA
AGGATCGGTATTTGATGAAATAATAACTTACGATTTTTTTCTCTGAATCTTATTGAAAAT
AACAAACTGAGCTTAACTTCTGCACCAATTACAATTACATATTACACAC


BQ
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AF RR1E493TF U 1
AF RR1E493JQ C 77
BS 1 685 RR1E493TF
BS 686 686 RR1E493JQ
BS 687 702 RR1E493TF
BS 703 703 RR1E493JQ
BS 704 748 RR1E493TF
BS 749 889 RR1E493JQ

RD RR1E493TF 748 0 0
GATTTTAAGGTCTACATTTCAGAGCATGTTAACGTTGTTAATATCACAAGCCAGTTTCTC
TGCAGGTTTGAGTTTACCTGTAACATTTCAGGGTTCAGCTTGCAAAACATGATTTGTTTG
TGTTATTTTGTCTCTCACTGCTCATAATTTTCCTATTGTTTGCCACCTACTTCACCGCCC
ACACATGCTAATAAGTATTCAGCACAGGCTACTAGAATAGCAGGAGTTTTGTTTGCTGTT
CTAATTAAAGAAATTTTCTCATGACAAAATGTTAATCAGCCGGGAACTTAGAAGCTCATT
ATGTTTAAGCTCAGGTTAGATTGGTAAGTTGCTCAAATGTGATGTCCCTAGGTTAGATGT
CTTTAAACTTGCAACTAAAAGGTATATTTACACAGCAGTTTGGGTGAGCCTGACATGAAC
TGCTCCACAAGTTCGACAAAGTACGTATGGGGGTATTTAGAAAATTGAAACTATCACGGT
CTCTGAACTAAATGTTATCATTCTCCTCCACATTTGCGCATTCCATTCCTGGTCTATTCT
CCTAAATGTTATCACAAGTATTATATTATTGACGTTTGTAACCTTGATGCACTACAGACT
GCTGAGTTTCTCTTCACCAGTAAAGGAGAGGCCATTGAAACAACCGATGGGTGGGGCTAC
ATTTTTTGCTCCAAATATTCTAGGA*GCTTCAGTGTGGTTTT*CATCGTTCACCTGCAAC
TCATGCGATGACTCTAGGGCTATTTATT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1E493JQ 813 0 0
CCTGTAACATTTCAGGGTTCAGCTTGCAAAACATGATTTGTTTGTGTTATTTTGTCTCTC
ACTGCTCATAATTTTCCTATTGTTTGCCACCTACTTCACCGCCCACACATGCTAATAAGT
ATTCAGCACAGGCTACTAGAATAGCAGGAGTTTTGTTTGCTGTTCTAATTAAAGAAATTT
TCTCATGACAAAATGTTAATCAGCCGGGAACTTAGAAGCTCATTATGTTTAAGCTCAGGT
TAGATTGGTAAGTTGCTCAAATGTGATGTCCCTAGGTTAGATGTCTTTAAACTTGCAACT
AAAAGGTATATTTACACAGCAGTTTGGGTGAGCCTGACATGAACTGCTCCACAAGTTCGA
CAAAGTACGTATGGGGGTATTTAGAAAATTGAAACTATCACGGTCTCTGAACTAAATGTT
ATCATTCTCCTCCACATTTGCGCATTCCATTCCTGGTCTATTCTCCTAAATGTTATCACA
AGTATTATATTATTGACGTTTGTAACCTTGATGCACTACAGACTGCTGAGTTTCTCTTCA
CCAGTAAAGGAGAGGCCATTGAAACAACCGATGGGTGGGGCTACATTTTTTGCTCCAAAT
ATTCTAGGAAGCTTCAGTGTGGTTTTTCATCGTTCACCTGCAACTCATGCGATGACTCTA
GGGCTATTTATTTCATTTTGGCTTCTCTTGCCTATTTCTTGGAAAGGATCGGTATTTGAT
GAAATAATAACTTACGATTTTTTTCTCTGAATCTTATTGAAAATAACAAACTGAGCTTAA
CTTCTGCACCAATTACAATTACATATTACACAC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL6629Contig1 1003 2 2 U
GGAACACGGAGGGTGCGGTTACTCGGGCTTGAGGGTGCTGGTAAAACCTCTCTGTTCCGT
GCAATACTAGGCCAAAGCATGCTGAGTTCGATGACACATGTGGAGAATATGCAGATACAG
TCCGATGTTCAAGATTGTATTGTTGGTGGTGTTTGCTACTCCGACACAGTGGGTGTGAAC
CTACAGGAGCTGCAGTTAGAGGCTTCTCGCTTTAGAGAAGAGCTATGGAAAGGAGTTCGC
AGCCTAAGTAAAAAGATAGATTTAATTATTCTTGTGCACAATCTGTCTCACAGAATACCA
CGTTACCAGAACTCAACAGGACAGCAGCAGCCAGCACTGGCGCTTCTGTTAGACGAAGTG
AAGTCCCTCGGCATCCCTTGGGTCCTAGCCATTACAAACAAGTTCTCAGTCAGTGCACAT
CAGCAGAAAACCATGATAGAAGCTGTTCTTCAGGCATATCAAGCGTCACCGAACTCAACC
GGGATTGTGAACTCTATCCCTTATGTTATTTCCGGCTCTGGGGGCTCCTCGTTGCCTTGG
GCAGCTGTGAATGCTGGTAATGAAGGATCATTAGGCGCTCAGAAGCTGATATTCGCTCCC
CTCGACCTTGTCAAAAAGCCTTTTCAGAGAAAAGACACTGTTTTCCCAGTGGACGGTGTG
AGTTCCCTTTGCCAGCTTGTCCACCGCGTCCTTCAAACTCAAGAACAAGCTTGCTTTGAG
GAACTTGCTAGAGACAGAATGTTGGTGGAACTAGCTAGAAGCGGTGCCGTAGATGGTTCA
CAGGCCAAGTCATCATCGATGTCAGCAGCAGCTGTGGGTGCTTCACTTGGAGCAGGTCTT
GGCCTTGTCTTAGCAGTTGTAATGGGTGCGGGTTTTGCTTTACGAAAGCCATGATTGTAC
CCAACGAACCATTGAATCTGTTATCAATATATATTTATATATGTACATATAGTTCCCACT
AGAACTGGATTTCAAATTCATGATTTCACCATTTTCTCAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FU05TF U 1
AF RR1FU05JQ C 291
BS 1 597 RR1FU05TF
BS 598 1003 RR1FU05JQ

RD RR1FU05TF 597 0 0
GGAACACGGAGGGTGCGGTTACTCGGGCTTGAGGGTGCTGGTAAAACCTCTCTGTTCCGT
GCAATACTAGGCCAAAGCATGCTGAGTTCGATGACACATGTGGAGAATATGCAGATACAG
TCCGATGTTCAAGATTGTATTGTTGGTGGTGTTTGCTACTCCGACACAGTGGGTGTGAAC
CTACAGGAGCTGCAGTTAGAGGCTTCTCGCTTTAGAGAAGAGCTATGGAAAGGAGTTCGC
AGCCTAAGTAAAAAGATAGATTTAATTATTCTTGTGCACAATCTGTCTCACAGAATACCA
CGTTACCAGAACTCAACAGGACAGCAGCAGCCAGCACTGGCGCTTCTGTTAGACGAAGTG
AAGTCCCTCGGCATCCCTTGGGTCCTAGCCATTACAAACAAGTTCTCAGTCAGTGCACAT
CAGCAGAAAACCATGATAGAAGCTGTTCTTCAGGCATATCAAGCGTCACCGAACTCAACC
GGGATTGTGAACTCTATCCCTTATGTTATTTCCGGCTCTGGGGGCTCCTCGTTGCCTTGG
GCAGCTGTGAATGCTGGTAATGAAGGATCATTAGGCGCTCAGAAGCTGATATTCGCT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1FU05JQ 713 0 0
CAGAATACCACGTTACCAGAACTCAACAGGACAGCAGCAGCCAGCACTGGCGCTTCTGTT
AGACGAAGTGAAGTCCCTCGGCATCCCTTGGGTCCTAGCCATTACAAACAAGTTCTCAGT
CAGTGCACATCAGCAGAAAACCATGATAGAAGCTGTTCTTCAGGCATATCAAGCGTCACC
GAACTCAACCGGGATTGTGAACTCTATCCCTTATGTTATTTCCGGCTCTGGGGGCTCCTC
GTTGCCTTGGGCAGCTGTGAATGCTGGTAATGAAGGATCATTAGGCGCTCAGAAGCTGAT
ATTCGCTCCCCTCGACCTTGTCAAAAAGCCTTTTCAGAGAAAAGACACTGTTTTCCCAGT
GGACGGTGTGAGTTCCCTTTGCCAGCTTGTCCACCGCGTCCTTCAAACTCAAGAACAAGC
TTGCTTTGAGGAACTTGCTAGAGACAGAATGTTGGTGGAACTAGCTAGAAGCGGTGCCGT
AGATGGTTCACAGGCCAAGTCATCATCGATGTCAGCAGCAGCTGTGGGTGCTTCACTTGG
AGCAGGTCTTGGCCTTGTCTTAGCAGTTGTAATGGGTGCGGGTTTTGCTTTACGAAAGCC
ATGATTGTACCCAACGAACCATTGAATCTGTTATCAATATATATTTATATATGTACATAT
AGTTCCCACTAGAACTGGATTTCAAATTCATGATTTCACCATTTTCTCAAATT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL6630Contig1 872 2 2 U
GGATTAGTTACGCCGAACCCAATTTCCTCCTAAATCTCAGCATCTTCCAATCTTCTCATA
TTACGATAGTTAGAGAGAGAGGATCGTGAGAGAGATTACCATCACAATCGAAATCGCTTT
GCAGAACCTCCGATTTTGTAAATTCCTCACCCGATTTCAATTGATTTTTTTTTTCTTTTC
GTATTGATCAGGATCTAGTTCTTGATAGATCCATTGATTTTTTTTGTTGTTGTTAGAATA
TGGATTGTGAGAATATTGTTTGCGTGGTTGAAAGTTTGTTAAATTGACTAAGATTTCAAA
CTTTGGAATTTGAGTGCTTTCTTGTGTTAACAAAAGGGTTTGGGTATGTGGTAGAAAGTT
CCACGGATAGATTTGTATATATGTTTAGGAAAATAAGGAATCTGAATTTCTAAATGATTT
AAACTTTGCTTTCTAATACTAGCCAAACTCTCTAGTGTCTTTCTGTTTTCTTACTAATCC
CTAATGTCTTAAGGAGTAAACAAATTGTCATGGTTTTAGGATTCTCTATTGTTAATTAAC
AACCATGCTATTGCAATGTTTGATGGCTGCTTCTCTTTTCTTTTTCTTTGGGGGGGGGGG
GGATGCAGGTTTTAGGACACAAACAAAATAGTGGTTTACTTATTTATATGCTGTATTTGT
GGCTTTGTTCAGAAAAAAGTGATCTTCAAGTTAAAGCCCTCAAATAGTAACAAAGTAGAT
TTTCAACAGCCTCCTAATAAAGATTGGTTGATCTCTTTCGGTAAGTTTGTTTTCAGCTAA
TTATCTCTCTTTCTTCAAAGTTGCCTATACTATATATATATATATATGTTTCTTATGTTT
TTCACTTGGTTCTTGAATCTTGGCAAAAACAT


BQ
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AF RR1F758TF U 1
AF RR1F758JQ C 187
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BS 585 872 RR1F758JQ

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GTATTGATCAGGATCTAGTTCTTGATAGATCCATTGATTTTTTTTGTTGTTGTTAGAATA
TGGATTGTGAGAATATTGTTTGCGTGGTTGAAAGTTTGTTAAATTGACTAAGATTTCAAA
CTTTGGAATTTGAGTGCTTTCTTGTGTTAACAAAAGGGTTTGGGTATGTGGTAGAAAGTT
CCACGGATAGATTTGTATATATGTTTAGGAAAATAAGGAATCTGAATTTCTAAATGATTT
AAACTTTGCTTTCTAATACTAGCCAAACTCTCTAGTGTCTTTCTGTTTTCTTACTAATCC
CTAATGTCTTAAGGAGTAAACAAATTGTCATGGTTTTAGGATTCTCTATTGTTAATTAAC
AACCATGCTATTGCAATGTTTGATGGCTGCTTCTCTTTTCTTTT
CTTTG

QA 1 584 1 584
DS 

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GTGAGAATATTGTTTGCGTGGTTGAAAGTTTGTTAAATTGACTAAGATTTCAAACTTTGG
AATTTGAGTGCTTTCTTGTGTTAACAAAAGGGTTTGGGTATGTGGTAGAAAGTTCCACGG
ATAGATTTGTATATATGTTTAGGAAAATAAGGAATCTGAATTTCTAAATGATTTAAACTT
TGCTTTCTAATACTAGCCAAACTCTCTAGTGTCTTTCTGTTTTCTTACTAATCCCTAATG
TCTTAAGGAGTAAACAAATTGTCATGGTTTTAGGATTCTCTATTGTTAATTAACAACCAT
GCTATTGCAATGTTTGATGGCTGCTTCTCTTTTCTTTTTCTTTGGGGGGGGGGGGGATGC
AGGTTTTAGGACACAAACAAAATAGTGGTTTACTTATTTATATGCTGTATTTGTGGCTTT
GTTCAGAAAAAAGTGATCTTCAAGTTAAAGCCCTCAAATAGTAACAAAGTAGATTTTCAA
CAGCCTCCTAATAAAGATTGGTTGATCTCTTTCGGTAAGTTTGTTTTCAGCTAATTATCT
CTCTTTCTTCAAAGTTGCCTATACTATATATATATATATATGTTTCTTATGTTTTTCACT
TGGTTCTTGAATCTTGGCAAAAACAT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

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TATAAGACTATGATTGGAGGGCGTCCTTCGTTCAGAGTTGATGCACACAGTGGAGCTATC
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CCTCGGAAACTGCTTGCTAAAACTTTCTTGCTCGCTATAGCCACCGTTTCAGTGTTCATC
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GTACTTTGTAAACTCATGTCCTCTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DI96TF U 1
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BS 684 688 RR1DI96JQ

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GTACTTTGTAAACTCATGTCCTC

QA 1 683 1 683
DS 

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TTT
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TTTGAGTTGTAGTCTTGCAGATCTCCTTGTCATCATTTGTACTTTGTAAACTCATGTCCT
CTATTT

QA 4 189 4 189
DS 



AS 1 2

CO CL6632Contig1 810 2 2 U
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BQ
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AF RR1AO47JQ C 1
AF RR1AO47TF U 1
BS 1 785 RR1AO47TF
BS 786 810 RR1AO47JQ

RD RR1AO47JQ 810 0 0
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TTCGTGTACAGAAAGCTTTCAGGCTTTGCTGTGGTGTGGTGGCACATAGGAGGCGTGGTG
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TTCGTTTACTAATGTGTCGTTTTGGTTTCTCCCATTATTGGTTTGATTATCATCTAGGGT
CTTTAGTGTTTAGTATTGTCTAGTTGTTTGTGTTTGTTTAGACTCCGGGGTGTTTCTTTA
GCAACCGCCGGCTTGTGGCTTCGGGTTTTAGGTGTCATCTAAAATTTCGTCTTGGGTTCT
CTTTTGCGGTCGTTGGTACCAGATGTTTCAGACTTGTAACCACTCATGTTTGGGTTTGTA
ATGTGTTCGATTAATAAAATATCAGATGAC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1AO47TF 785 0 0
GAATATGTCACAAAAAAAAAGCGAGAGCGAGAGAGAAAAAAGAGAGAACTTGTTGTCCTC
ACCTTCTCCGGTCGACTCCGGTCGACGGCTTCGTGTCGTTCGTACTGTGAGAAGGTGCTC
TTGTGTTTTTAGTTGGCTTAGATCCTTTTCTTCTCCTAGATGGTACTTTAAATCTGATAT
TAAGCTTCAGATCTCAGATCTAAGGCGGGAGTATCAAATCGAACTCTACCGACTTCGATC
TTAACAGATCCGGTGGTCTGTGGTGATTAGTATCTGATTACCGGCTGTATTAATAAGGTT
CGTGTACAGAAAGCTTTCAGGCTTTGCTGTGTTGTGGTGGCGCCTAGGAGGCGCGTGGCG
AGCCCGTCCAAGGTCCGATGGCGAGTTTAGTTGGAGTTGGTGTGGCAAGTTTAGTTGGAG
TTCGTGTACAGAAAGCTTTCAGGCTTTGCTGTGGTGTGGTGGCACATAGGAGGCGTGGTG
AGCCCGTCCAAGGTCCGATGGCGAGTTTAGTTGGAGTTAGAGGGTGTTTACAGCAACGGT
TTCGTTTACTAATGTGTCGTTTTGGTTTCTCCCATTATTGGTTTGATTATCATCTAGGGT
CTTTAGTGTTTAGTATTGTCTAGTTGTTTGTGTTTGTTTAGACTCCGGGGTGTTTCTTTA
GCAACCGCCGGCTTGTGGCTTCGGGTTTTAGGTGTCATCTAAAATTTCGTCTTGGGTTCT
CTTTTGCGGTCGTTGGTACCAGATGTTTCAGACTTGTAACCACTCATGTTTGGGTTTGTA
ATGTG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL6633Contig1 818 2 2 U
ACTAAAGCAAACAAAACAACCCTCAATCATCTGCATTCTTGCAATGGTTCGCGCGGAGAT
CGACACTGGAGCTCCTTTCCGGTCTGTTAAAGAAGCCGTCACTCTCTTCGGCGAGAGAAT
TCTTCTCGGAGATAATTACATCTACAAGTCTCTAGAGATAAACGGAATTAGAAACAAAAG
CATAGAAGCTGAGCTTGATGAAGTAAAGGAGAATCTTAGGAAAGCAGAAGAAGAGAACAA
GTTTTTGTCTCAGCTTCTCGAAACCCTCACACAAGAGCTTGAAACGGCTAAGGAAAAGCT
AAGGCACTCGGTCCGAAAATCCCCTGAACACCCTCAAGTTGAAGATGACCTCAAATTTAT
TGAGCAATCCAGGGTTATTGAACCGGATAGAATAACCGAGATCAAGGTGAACCGGTTTGA
CGAAAATGAGGTGTATGATGAGGATCGTTTGGAGAGGAGGCGTTCGGTGAAGTTTGCGAA
TCCACCATTGTTAACGAAAGTCATTGAGACCAAAGAGGAGAAGAAGAAGAATCAAGTTAT
GGTGAAGAAGCAGACAAAGAAGATGAAGCCATTGGCTGCTTGGCTCTTCGCAAGAAAATT
GGTATAGTTGACCACTTTTAGCAATGCTTGTCTCGCGTTTATATGCCTTACATATTCTGA
ATAATAATCCCAAAACTGAAATAGTTCTTATTTTGGGGATTCATGCAACTTAAATTTGTA
ACAGTTTTCTTGTCGATTTGTAAGCAACTACATAGACAAACTGGATCGTGTCAAATTTTT
AAGGGATTTAGCCTCCGAAATATGAATGATAAATATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CB04TF U 1
AF RR1CB04JQ C 46
BS 1 709 RR1CB04TF
BS 710 818 RR1CB04JQ

RD RR1CB04TF 709 0 0
ACTAAAGCAAACAAAACAACCCTCAATCATCTGCATTCTTGCAATGGTTCGCGCGGAGAT
CGACACTGGAGCTCCTTTCCGGTCTGTTAAAGAAGCCGTCACTCTCTTCGGCGAGAGAAT
TCTTCTCGGAGATAATTACATCTACAAGTCTCTAGAGATAAACGGAATTAGAAACAAAAG
CATAGAAGCTGAGCTTGATGAAGTAAAGGAGAATCTTAGGAAAGCAGAAGAAGAGAACAA
GTTTTTGTCTCAGCTTCTCGAAACCCTCACACAAGAGCTTGAAACGGCTAAGGAAAAGCT
AAGGCACTCGGTCCGAAAATCCCCTGAACACCCTCAAGTTGAAGATGACCTCAAATTTAT
TGAGCAATCCAGGGTTATTGAACCGGATAGAATAACCGAGATCAAGGTGAACCGGTTTGA
CGAAAATGAGGTGTATGATGAGGATCGTTTGGAGAGGAGGCGTTCGGTGAAGTTTGCGAA
TCCACCATTGTTAACGAAAGTCATTGAGACCAAAGAGGAGAAGAAGAAGAATCAAGTTAT
GGTGAAGAAGCAGACAAAGAAGATGAAGCCATTGGCTGCTTGGCTCTTCGCAAGAAAATT
GGTATAGTTGACCACTTTTAGCAATGCTTGTCTCGCGTTTATATGCCTTACATATTCTGA
ATAATAATCCCAAAACTGAAATAGTTCTTATTTTGGGGATTCATGCAAC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CB04JQ 773 0 0
T
GTTCGCGCGGAGATCGACACTGGAGCTCCTTTCCGGTCTGTTAAAGAAGCCGTCACTCTC
TTCGGCGAGAGAATTCTTCTCGGAGATAATTACATCTACAAGTCTCTAGAGATAAACGGA
ATTAGAAACAAAAGCATAGAAGCTGAGCTTGATGAAGTAAAGGAGAATCTTAGGAAAGCA
GAAGAAGAGAACAAGTTTTTGTCTCAGCTTCTCGAAACCCTCACACAAGAGCTTGAAACG
GCTAAGGAAAAGCTAAGGCACTCGGTCCGAAAATCCCCTGAACACCCTCAAGTTGAAGAT
GACCTCAAATTTATTGAGCAATCCAGGGTTATTGAACCGGATAGAATAACCGAGATCAAG
GTGAACCGGTTTGACGAAAATGAGGTGTATGATGAGGATCGTTTGGAGAGGAGGCGTTCG
GTGAAGTTTGCGAATCCACCATTGTTAACGAAAGTCATTGAGACCAAAGAGGAGAAGAAG
AAGAATCAAGTTATGGTGAAGAAGCAGACAAAGAAGATGAAGCCATTGGCTGCTTGGCTC
TTCGCAAGAAAATTGGTATAGTTGACCACTTTTAGCAATGCTTGTCTCGCGTTTATATGC
CTTACATATTCTGAATAATAATCCCAAAACTGAAATAGTTCTTATTTTGGGGATTCATGC
AACTTAAATTTGTAACAGTTTTCTTGTCGATTTGTAAGCAACTACATAGACAAACTGGAT
CGTGTCAAATTTTTAAGGGATTTAGCCTCCGAAATATGAATGATAAATATAA

QA 2 773 2 773
DS 



AS 1 2

CO CL6634Contig1 830 2 4 U
GGAGGGTTTTCGCTTCATACTCTAATTCACAATCAAAACAGTCCCGACTTATTCAGCTCC
GTCGCTAACGCCGCCTGTACCGTCGGCATCACATTAACCTTCAAACGCCGTTGGTTTACT
CTTCCCCACAGGGATTCTCATCTGAGAGAGAGAGAGACTAGGTAGGAGCAATGGGTTGGA
AAGCTGCTGAGAAACTCATCAGACACTGGAAGATACTTCGCGGGGATAATGTAATGATTA
TCCGCGGGAAAGATAAGGGCGAGACGGGAACAATTAAGCGTGTCATCAGATCCCAGAATC
GTGTCATTGTTGAAGGAAAGAATCTGATCAAGAAGCATATAAAGGGAGGTCCTGATCATG
AAGGTGGGATTTTCACGGTAGAGGCTCCTCTTCACGCCTCAAATGTCCAAGTTGTTGATC
CTGTCACCGGGAGGCCTTGTAAGGTTGGTGTGAAGTACCTAGAGGATGGTACAAAAGTAA
GAGTGGCCGGAGGCACAGGCACATCTGGTTCCATTATTCCTCGCCCAGAGATCCTAAAGA
TAAGGACAACACCAAGACCCACTACCGCTGGCCCTAAGGACACACCAATGGAGTTTGTTT
GGGAGCAGACATATGATGCTAAAACAGGAAAGGGCATGCCTGACCTTTGAGTAAAACCTT
CTTCCTAAAATGTTGTTGCTCCCAGATGATTCTTCCTTTTCACATCTATTACAGTTTGAT
TTAGTTCAAAGATCTAAGAAATGAGATGCTGTTGAACAAGCTTTGATTCTTTTTTTTTTT
CGTTACTCTTAAGAACGTTTTCAAGGTATCAAATAAAAACCATATGGGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW28TF U 1
AF RR1EW28JQ C 103
BS 1 755 RR1EW28TF
BS 756 758 RR1EW28JQ
BS 759 778 RR1EW28TF
BS 779 830 RR1EW28JQ

RD RR1EW28TF 778 0 0
GGAGGGTTTTCGCTTCATACTCTAATTCACAATCAAAACAGTCCCGACTTATTCAGCTCC
GTCGCTAACGCCGCCTGTACCGTCGGCATCACATTAACCTTCAAACGCCGTTGGTTTACT
CTTCCCCACAGGGATTCTCATCTGAGAGAGAGAGAGACTAGGTAGGAGCAATGGGTTGGA
AAGCTGCTGAGAAACTCATCAGACACTGGAAGATACTTCGCGGGGATAATGTAATGATTA
TCCGCGGGAAAGATAAGGGCGAGACGGGAACAATTAAGCGTGTCATCAGATCCCAGAATC
GTGTCATTGTTGAAGGAAAGAATCTGATCAAGAAGCATATAAAGGGAGGTCCTGATCATG
AAGGTGGGATTTTCACGGTAGAGGCTCCTCTTCACGCCTCAAATGTCCAAGTTGTTGATC
CTGTCACCGGGAGGCCTTGTAAGGTTGGTGTGAAGTACCTAGAGGATGGTACAAAAGTAA
GAGTGGCCGGAGGCACAGGCACATCTGGTTCCATTATTCCTCGCCCAGAGATCCTAAAGA
TAAGGACAACACCAAGACCCACTACCGCTGGCCCTAAGGACACACCAATGGAGTTTGTTT
GGGAGCAGACATATGATGCTAAAACAGGAAAGGGCATGCCTGACCTTTGAGTAAAACCTT
CTTCCTAAAATGTTGTTGCTCCCAGATGATTCTTCCTTTTCACATCTATTACAGTTTGAT
TTAGTTCAAAGATCTAAGAAATGAGATGCTGTTGAC**AGCTTTGATTCTTTTTTTTT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1EW28JQ 728 0 0
AAACGCCGTTGGTTTACTCTTCCCCACAGGGATTCTCATCTGAGAGAGAGAGAGACTAGG
TAGGAGCAATGGGTTGGAAAGCTGCTGAGAAACTCATCAGACACTGGAAGATACTTCGCG
GGGATAATGTAATGATTATCCGCGGGAAAGATAAGGGCGAGACGGGAACAATTAAGCGTG
TCATCAGATCCCAGAATCGTGTCATTGTTGAAGGAAAGAATCTGATCAAGAAGCATATAA
AGGGAGGTCCTGATCATGAAGGTGGGATTTTCACGGTAGAGGCTCCTCTTCACGCCTCAA
ATGTCCAAGTTGTTGATCCTGTCACCGGGAGGCCTTGTAAGGTTGGTGTGAAGTACCTAG
AGGATGGTACAAAAGTAAGAGTGGCCGGAGGCACAGGCACATCTGGTTCCATTATTCCTC
GCCCAGAGATCCTAAAGATAAGGACAACACCAAGACCCACTACCGCTGGCCCTAAGGACA
CACCAATGGAGTTTGTTTGGGAGCAGACATATGATGCTAAAACAGGAAAGGGCATGCCTG
ACCTTTGAGTAAAACCTTCTTCCTAAAATGTTGTTGCTCCCAGATGATTCTTCCTTTTCA
CATCTATTACAGTTTGATTTAGTTCAAAGATTTAAGAAATGAGATGCTGTTGAACAAGCT
TTGATTCTTTTTTTTTTTCGTTACTCTTAAGAACGTTTTCAAGGTATCAAATAAAAACCA
TATGGGGG

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL6635Contig1 769 2 2 U
GGAAGTACCTCCTCTCTTACAGAACCTTAAGTTTGTCTTCATTCTCTTTTCTTTTTTTTT
TGTTGGTCTCGGAAGAGTTATTACTTGTGAGTTTTCACTTTTCAAAGATGACTGTTGATT
GATCTCTGCCATGCCTCTACGCTACCACGTCTGCAGGGTCTGTTCTTTCTCCTATCTCTT
TCTTTGCTACGTTCTTTCTCCTTTTCCAACCTTTGCATCGGTGGATTGTCGAGACGGGAG
AGTATGCTTGCTTTGATCGTTCTTCAGACTTTTTACTGTTTCGGCTGTTTATCAGGCTTC
GGGTTCCTCGTTGGTGGCTGCAAGTGTTGAAAGCTTCTGAAGGCGAGAGAAGGTTTCAAG
CTGAGTTGGATTAGCTTTGGCACATGACTGTCACGTGAGTTGTCCTTAACTTCAAAAGAG
AGATTAGAGAAGGATTGTACTTTCAGGTTTAGGGTGTTTCTCTGTTCTTCTCTTTTTTCG
GGTGTAAACTGATTGATTTGTAAAAGTCTTGTACACAACCATGCCGAAGGTGATTTCCGG
TTATCATCTATAGAACTTGGGGACCGCAAGGTCCTAACCGGATGTACCCGTTAGTTAACA
CAGAGAACCGGGTCATATGGCTCTGTGTTCTTTGAATCTTTGATTCATTCAAACTCAAGT
TCGTTGTTCTTGAAGTCTGTCTCAAGAGCGTTTGAGATTCTCAACAACTTCTTTCGCTGC
TTACTGAATGTTGATATGCATGCAATAGGTTTTGAGGATTGAATATACG


BQ
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AF RR1DM95TF U 1
AF RR1DM95JQ C 207
BS 1 287 RR1DM95TF
BS 288 769 RR1DM95JQ

RD RR1DM95TF 287 0 0
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TGTTGGTCTCGGAAGAGTTATTACTTGTGAGTTTTCACTTTTCAAAGATGACTGTTGATT
GATCTCTGCCATGCCTCTACGCTACCACGTCTGCAGGGTCTGTTCTTTCTCCTATCTCTT
TCTTTGCTACGTTCTTTCTCCTTTTCCAACCTTTGCATCGGTGGATTGTCGAGACGGGAG
AGTATGCTTGCTTTGATCGTTCTTCAGACTTTTTACTGTTTCGGCTG

QA 1 287 1 287
DS 

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GACTTTTTACTGTTTCGGCTGTTTATCAGGCTTCGGGTTCCTCGTTGGTGGCTGCAAGTG
TTGAAAGCTTCTGAAGGCGAGAGAAGGTTTCAAGCTGAGTTGGATTAGCTTTGGCACATG
ACTGTCACGTGAGTTGTCCTTAACTTCAAAAGAGAGATTAGAGAAGGATTGTACTTTCAG
GTTTAGGGTGTTTCTCTGTTCTTCTCTTTTTTCGGGTGTAAACTGATTGATTTGTAAAAG
TCTTGTACACAACCATGCCGAAGGTGATTTCCGGTTATCATCTATAGAACTTGGGGACCG
CAAGGTCCTAACCGGATGTACCCGTTAGTTAACACAGAGAACCGGGTCATATGGCTCTGT
GTTCTTTGAATCTTTGATTCATTCAAACTCAAGTTCGTTGTTCTTGAAGTCTGTCTCAAG
AGCGTTTGAGATTCTCAACAACTTCTTTCGCTGCTTACTGAATGTTGATATGCATGCAAT
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QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

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GCGCAGCATTTGAACAAATCAAGAAGAGTCTCCATGTGTTCCCAATCGGTGGACGAGAGT
AAGTACCAAGTTTTTGGTTTCAACTGAATCTGATTTCACATTTCCAGCTCCATCTTCTTC
TTCTGCAGATAATCCAAATCAGGTGCAAGTCATTGTTCAAGATCTATCAACCACAGAGGC
CAAAGGTCAGTGGTGATAGCACTAGAAAACCCCATATTATTCTATGAACATTATAAGAGT
ACACAACAAACTCGATTATGTTTCCAAGTCAAAACACTGGGCTACTTTATTCACCTTGAA
ATATAGATTTGATCTGGTTGCTTTGGTTACATCAGCCTCTTAATCAACCTTAAATCATTA
ATATAATAAACAGTTTGGAGAAGGTATACATTGTTAATGGAATCATCCTTTCTTCTCATC
TTGTAGAACAATAAATATTGCAGGAACAGAGAACTTTGACAGTAAGAAGGAAGGAGGCTT
TGAAGATTACTTTTTGATGATGAAACGCCTTTTTGATCTCTTCAGAAGATATTTTTGGAG
TGCTGCTAATCTCTTTAATACATGGTTGTCCCAAAGGGAAAACTGTTTTAGTTTTTACAG
TTAGTCGAGACTCCGGTTATAGTTTTTTTTTCATGACTAGATGCTGAAATAACGGTGTAG
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GCTTTCTCTTCGGTGC


BQ
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AF RR1B783TF U 1
AF RR1B783JQ C 41
BS 1 718 RR1B783TF
BS 719 796 RR1B783JQ

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GCGCAGCATTTGAACAAATCAAGAAGAGTCTCCATGTGTTCCCAATCGGTGGACGAGAGT
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CAAAGGTCAGTGGTGATAGCACTAGAAAACCCCATATTATTCTATGAACATTATAAGAGT
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ATATAGATTTGATCTGGTTGCTTTGGTTACATCAGCCTCTTAATCAACCTTAAATCATTA
ATATAATAAACAGTTTGGAGAAGGTATACATTGTTAATGGAATCATCCTTTCTTCTCATC
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TGAAGATTACTTTTTGATGATGAAACGCCTTTTTGATCTCTTCAGAAGATATTTTTGGAG
TGCTGCTAATCTCTTTAATACATGGTTGTCCCAAAGGGAAAACTGTTTTAGTTTTTACAG
TTAGTCGAGACTCCGGTTATAGTTTTTTTTTCATGACTAGATGCTGAAATAACGGTGT

QA 1 718 1 718
DS 

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CCCAATCGGTGGACGAGAGTAAGTACCAAGTTTTTGGTTTCAACTGAATCTGATTTCACA
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GATCTATCAACCACAGAGGCCAAAGGTCAGTGGTGATAGCACTAGAAAACCCCATATTAT
TCTATGAACATTATAAGAGTACACAACAAACTCGATTATGTTTCCAAGTCAAAACACTGG
GCTACTTTATTCACCTTGAAATATAGATTTGATCTGGTTGCTTTGGTTACATCAGCCTCT
TAATCAACCTTAAATCATTAATATAATAAACAGTTTGGAGAAGGTATACATTGTTAATGG
AATCATCCTTTCTTCTCATCTTGTAGAACAATAAATATTGCAGGAACAGAGAACTTTGAC
AGTAAGAAGGAAGGAGGCTTTGAAGATTACTTTTTGATGATGAAACGCCTTTTTGATCTC
TTCAGAAGATATTTTTGGAGTGCTGCTAATCTCTTTAATACATGGTTGTCCCAAAGGGAA
AACTGTTTTAGTTTTTACAGTTAGTCGAGACTCCGGTTATAGTTTTTTTTTCATGACTAG
ATGCTGAAATAACGGTGTAGGGTCGTCAAGAGATGTCTGGTTCTATGTGTTCCATGTTTG
TTTCTTCAGCTAATACAATTGCTTTCTCTTCGGTGC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL6637Contig1 701 2 1 U
GGATCTAAGTCTTTTGTTTTGTTCTCTTTTATCTTCTTCTCGTGTATGATATTTTGCATG
AGATTTTAAATTCATCTCTCGCTCTCTGGTTTCGCTACTATGACAACAATAACGAAGCTA
CAAGTATACCCACGATGTCTGGAGCACCGCCTCGGATTCATGGATCATCAACGGGTCGGG
TCAAGATTGAACTGTAGAGACAATAGGGTTTATTCGCATCGTTGTGAGGGTGACTCAGGG
GAGAAAAAGGTCGAAAGACGGAGAAAGCGTGAGAAACTGAAAGGAAATGGGTTGTGGAGT
TCTCTTAAATCTGGTGTATTAGGTGTTAGTAAGTTAGGGTTCGTGTCTAAGGATGAGTAT
AATCAGAAGATTGAAAAATTAGAGATGTTTTTCTCTTCGATTGCTGTTCAAATTGCGAGA
TACATTGTGACGATGACAAGCACAGGAGCTATTCTCTTGATTGGGTTTCAATTGTCAGGT
GGAGATAGTTCGATGAACTCGTTGGTTTGGTATAGCTGGCTTGGTGGAGTTATCATTGGA
ACCATGACTGGTGCTAATATGGTTTTGGAAGATCATTACCGAGCCGGTCCACGCAATGTT
GTTATAACCGGAAGCACGAGAGGACTGGGAAAAGCTCTAGCCAGAGAGTTTCTTCTCTCT
GGGAGATAGAGTGATCGTTACATCTCGCAGTTCTGAATCCG


BQ
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AF RR1FW26TF U 1
AF RR1GZ51TFB U 1
BS 1 701 RR1FW26TF

RD RR1FW26TF 701 0 0
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DS 

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TCAAGATTGAACTGTAGAGACAATAGGGTTTATTCGCATCGTTGTGAGGGTGACTCAGGG
GAGAAAAAGGTCGAAAGACGGAGAAAGCGTGAGAAACTGAAAGGAAATGGGTTGTGGAGT
TCTCTTAAATCTGGTGTATTAGGTGTTAGTAAGTTAGGGTTCGTGTCTAAGGATGAGTAT
AATCAGAAGATTGAAAAATTAGAGATGTTTTTCTCTTCGATTGCTGTTCAAATTGCGAGA
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GG*AGATAGAGTGATCGTTACATCTCG

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GW87TF U 1
AF RR1G326TF U 1
BS 1 732 RR1G326TF

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QA 1 678 1 678
DS 

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CCTTGTAGTTCATATAACAAAGTTTTATCAGTTAAGCTAGATGACTGGACAGATGAACAA
GTTGATATGCTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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BQ
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BS 780 947 RR1BA69JQ

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CCCGAAACACTCGGCTTTAGCTTTCGTTCACTTGTTAAGACTGCTAAAGAAAGGACCAGT
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TGCTTCACAGAGTCCCCACATGTACACTATCGTCTCGCAGCTAGTCGAGAGCACGCTCTG
CTGGGAAGCATTAAGTGTTCTCGAAGCTCTTCTTCAAAGCTGTAGCCCTGTACAAGGCGG
CAGCCATCCTCAGGATTCCGGTTACTTTGAGAACGGGAGTGATGAGAAAACGCTTGTACC
TCAGACTTCATTCAAAGCTCGAAGCGGACCTCTCCAGTACACAATGATGGCTGCAACAAT
GTCGCAAGCTTTCCCTCTCGGAGCGGCTGCAGGAGAATCAGGGATACCACCGAGAGATGT
GGCTTTGCAGAACACAAGGCTGATATTGGGACGAGTTCTCGATAGCTGTGCTCTAGGAAG
AAGAGATTACAGAAGATTGGTGCCTTTTGTCACAACGATCGCAAACATGTAAGTTTTTTT
TGTTTGCAGTAAGTTTCTGCAATGGTTTGGTTATGTTTGTATGTTTCTCAGAAGTTTTA

QA 1 779 1 779
DS 

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CTGCTGTGCAACAAATGGTTCCCGAAACACTCGGCTTTAGCTTTCGTTCACTTGTTAAGA
CTGCTAAAGAAAGGACCAGTGGACTACCAACGAGTCATTCTACTTATGCTCAAGGCATTG
CTCCAACACACTCCCATGGATGCTTCACAGAGTCCCCACATGTACACTATCGTCTCGCAG
CTAGTCGAGAGCACGCTCTGCTGGGAAGCATTAAGTGTTCTCGAAGCTCTTCTTCAAAGC
TGTAGCCCTGTACAAGGCGGCAGCCATCCTCAGGATTCCGGTTACTTTGAGAACGGGAGT
GATGAGAAAACGCTTGTACCTCAGACTTCATTCAAAGCTCGAAGCGGACCTCTCCAGTAC
ACAATGATGGCTGCAACAATGTCGCAAGCTTTCCCTCTCGGAGCGGCTGCAGGAGAATCA
GGGATACCACCGAGAGATGTGGCTTTGCAGAACACAAGGCTGATATTGGGACGAGTTCTC
GATAGCTGTGCTCTAGGAAGAAGAGATTACAGAAGATTGGTGCCTTTTGTCACAACGATC
GCAAACATGTAAGTTTTTTTTGTTTGCAGTAAGTTTCTGCAATGGTTTGGTTATGTTTGT
ATGTTTCTCAGAAGTTTTATTAAGAAGCAAAATGTTTTTGTTTGTGAATAGTTTGGTGTT
ATGGAGACTAAATGTATTCCAGACATATAACCACGAGAGTTTTATGTTACTACTTTATAT
GTTGGGATTTATTTCCTAGTCATCACAAAATGTAACTTATGTTTAGTTGAAGCAGTATTA
TAAAATT

QA 1 847 1 847
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTGCTACCCATTTATCTTCTCCTCCCAAGCTTTCTCCACTGTCATCTTCTTCCTCCTCTT
ATCATCACAAGATCCAAACCTTCCTCTGTTTTACTCAAAATCCTTCGTCCACTTTTGGCG
TTAGTTTCAGCAAGAGACACTTGAATCTCTCGATTCTCACGCTCTTGCTCAATGGTGGGT
TCTTGTTGGATAAGGCTGAATCCATGGAAGAGTCGGGAGATCTTCAAAGATACACTGATT
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AACAAGTTCTTCACTCCTTTGATGCTCTGCCTCTCACATAAACTCGCCATCCAAATAATA
GTATCTTTCTTGCAAGGCTCATTTGGTATTTCTGGGCTTATTCTTGAGAGCAATCTATTA
AAGCCCAACAAGTTTCAGGTTTCTTTTATTACGAATAATGTGACGGGACTAGTCGAACAC
TTTTTTTTTAGTTGAACACTTATTTCTTTTTCATCTTTATGTAATGTATTTGATTGAGAG
C


BQ
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10 

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TTAGTTTCAGCAAGAGACACTTGAATCTCTCGATTCTCACGCTCTTGCTCAATGGTGGGT
TCTTGTTGGATAAGGCTGAATCCATGGAAGAGTCGGGAGATCTTCAAAGATACACTGATT
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DS 

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AGCCAATGTTCTGTTTGAAGAACCAGAGAAACGAAGCAACAATATTGGAGTTGTGGTTAG
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GAGATTAGGACAAGGACAAGGACAAGTGTATGAATTTGAGTATAAAATTGACAGCACGAG
AGGAGGGATCAAACGGGTTTTTTCAGCTGCGTTTGTGAGCTTTGAGAAGCTTTATATACT
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GGAACAAGTTCTTCACTCCTTTGATGCTCTGCCTCTCACATAAACTCGCCATCCAAATAA
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ACTTTTTTTTTAGTTGAACACTTATTTCTTTTTCATCTTTATGTAATGTATTTGATTGAG
AGC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

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TGAGTTCATACTTCACATAACACTAACCAAAAGCAAAAGACAAATAACAGAAAGCGAAAA
CGATGTCACAGACATCATAAATCGTTTTTTCTTTCAGAAGGGATAAATAAGATTCCGTCT
TCACTTAGCCATCATGACTTTGACGAACTCATCGTAGTTGATCTGACCATCGCCATCAAC
ATCAGCTTCACGGATCATCTCATCAACATCCTCGTCGGTAAGCTTCTCCCCGAGGTTAGT
CATCACGTGTCGAAGCTCAGCTGCGGAGATGAAACCATTCTGGTCTTTGTCGAAAACCCT
GAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCTGAGTCAGTGTCCTTCATCTTCCTCGCCATCAGGTT
CAGAAACTCAGGGAAGTCAATGGTACCGTTCCCGTCGGCATCGACTTCGTTGATCATGTC
TTGGAGCTCGGCTTCTGTCGGGTTTTGCCCCAGAGACCTCATCACGGTCCCGAGCTCCTT
GGTGGTGATGCAACCATCTCCATCCTTATCGAAGAGGCTAAAGGCTTCCTTGAACTCTGA
GATCTGGTCATCGGTCAGCTGATCCGCCATTTTTCTTTCTTCCTAAGCTTTTTTCGAGAT
CTTTTTTCTTCTACTGATTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FV88TF C 1
AF RR1FV88JQ U 5
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RD RR1FV88TF 682 0 0
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QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1FV88JQ 678 0 0
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TGGTCATCGGTCAGCTGATCCGCCATTTTTCTTTCTTCCTAAGCTTTTTTCGAGATCTTT
TTTCTTCTACTGATTTCC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

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TAATACTAATTTGTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ED46JQ C 1
AF RR1ED46TF U 1
BS 1 678 RR1ED46TF

RD RR1ED46JQ 678 0 0
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TAATACTAATTTGTTTTT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1ED46TF 678 0 0
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CTCTCTCTCTCTGATTTTGTATTGTTTTTGGTAAAGTTAGGTGGGTGTTCGTGAGCTTCA
AGACAGGTACGACGTCGTGGTGCGGGGGTGTTGCTAGCCGCCTCTGGTCAATGGAGAGTC
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TTCTTCTTTTATCTGATTGTATCTGCTTACCATTAACCATTCCCGGTTTGGACAAATTAA
TAATACTAATTTGTTTTT

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL6644Contig1 692 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB15TF U 1
AF RR1DB15JQ C 6
BS 1 684 RR1DB15TF
BS 685 692 RR1DB15JQ

RD RR1DB15TF 691 0 0
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GAGCGTAAAGTGTCACAGAGACGGTTAGACGAGCTTGGTGTTTCGAGATGGTCGGTTTGG
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GAACGGTATTGTTTCAAGGCATATGGTGATGATTGATTTAGAAGTTAGAGCCAATAAAGT
TTTAAACTTGTGTGTGTGTTGTTGTGGTTGTTATAGACTGATGGATCTTTTTTTTGTGAT
AGTATAAGAAAACAATTATCCTCTTCTTCTTTAGAATTTGTAATGCTAAACATAACTAAA
CAGAGCAGAGATAAATAAATCAAA
GTAGAGC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1DB15JQ 687 0 0
ATTGGATAAGGGAAGCCTGGGCTCAGGGGTTTTAGGGTTCTTGAAGTCACACACTTTCAC
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ATTCCCAGGCTCTTCTCTCACACAATTCAAGAAAACGAGCAACCTCTCTGTTAAGAGAGC
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TGTTCGTTACCCGAAATGGTTGGAGGCTGATCTTTTCTTTGACGCTCCTTACCGCGAACG
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ACTTGTGTGTGTGTTGTTGTGGTTGTTATAGACTGATGGATCTTTTTTT*GTGATAGTAT
AAGAAAACAATTATCCTCTTCTTCTTTAGAATTTGTAATGCTAAACATAACTAAACAGAG
CAGAGATAAATAAATCAAAAGTAGAGC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL6645Contig1 678 2 1 U
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GCGGGACCCGTTTATTAACGGAGTTAAAACGATCATTATCCGTTAGAAGACAGTGTGAGA
GAGAGAGAGTCTAATCTATAAATATCTTCCCTTCTTCTCCTTCTTCTTGTTCCCTCACTT
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CAGGTTCTATTTGTGTTTGTGCTCAGTGGGCAATAACACTGTTGGTTTGATTCACCCACA
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CCAGCGAGGGTGTGGATGTGGTTGGTCAGCTGTGTGCTAAACTATCAGCTATCATGGTAA
TTATGTGATATGACGCTTATCGTTTTTGTCAAGCTTTTAGTTATATCATTTACTTGTGAG
CTGTGATTATGTACCACTACCTGCGTTGCTCTTGATTTTCATGTTTTTATTCTCTACCAT
GTAACGTTTTCCCACTTCTCTCAGGTAAAGACTGCATCTGAGTTTGTGATATTTGTTTAA
CTTTTATGACCATTGACC


BQ
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AF RR1AM39JQ C 1
AF RR1AM39TF U 1
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CAGGTTCTATTTGTGTTTGTGCTCAGTGGGCAATAACACTGTTGGTTTGATTCACCCACA
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CCAGCGAGGGTGTGGATGTGGTTGGTCAGCTGTGTGCTAAACTATCAGCTATCATGGTAA
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CTGTGATTATGTACCACTACCTGCGTTGCTCTTGATTTTCATGTTTTTATTCTCTACCAT
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CTTTTATGACCATTGACC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AQ14JQ C 1
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ACTTGGTTCATGTGTGAATCGAATCCTTCTCTTAACTCGAAACTGTGGTACATATACTCT
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TGTGCAAGTTGTTTTTGTTAATTTCACTGTGACATATTTCCTGTTTTAAGACTG

QA 1 414 1 414
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GCATCTTCCATTTCTGCTTAATCGGCGGTAGAGTTCTCGAAGCGGAGATTTGTGGCGGCG
GCTTAAGATCGGATGGTCAGACCC


BQ
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AF RR1BO68JQ U 10
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BS 1 9 RR1BO68TF
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RD RR1BO68JQ 680 0 0
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ATTTCTGCTTAATCGGCGGT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1BO68TF 744 0 0
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TTGCCACGAAGCGATTTCAACACTCTTCTTTTTATACATTCTTGTTCATGGCCTCTTAAT
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TCCATCAGAAACTTCACAATCGGGTTTCGGAAACTTCGCTGAATCATGTCCTGGCATTCT
TCGATAGATCTACCGCGATTCCCTCCGAGGTTCAGATCGGAACCTGAGTTAGGAGAGGCT
GCATCTTCCATTTCTGCTTAATCGGCGGTAGAGTTCTCGAAGCGGAGATTTGTGGCGGCG
GCTTAAGATCGGATGGTCAGACCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL6649Contig1 818 2 9 U
TGGTGGTGGAGAAGCAGGTGGTTGCTGAGGAGAAGATTAGGGTTAAGAAGAGGGTGACAT
TGAAAGTGGGAAGCGAAGGTGAAGAGGTTCAAGCAATGCAGGAAGCGTTGCTAAAATTAG
GATTCTATTCGGGTGAGGAGGACATGGAGTTTTCCAGCTTCTCAAGTGGGACTGCAAGTG
CTGTTAAGACTTGGCAAGCATCACTTGGTGTCCGTGAGGATGGGATAATGACAGAAGAGC
TCCTTCAGATGTTGTTCATGGATGAAGACGTAAAGACAGATAAGGATGAAGCAAGTACAA
TAAAGCAAGGGACCAAGGAAGCTGGTAATGGAGCGGTAAAGACACAAGTCTCTGAGAAGC
AGCAGCAGTCAACCATAAAAGATCAAGGTAACAGAGGAAATGAGGTTTCTCAACATCGAG
TTTTCCTTCTCGGAGAAAACCGGTGGGAAGACCCCACCAGGCTCAACAAACCGATTAACA
CAAGTGAATCTACAGATACCAAAAAGAAGTGTGTCACTTGTCGAGGGGAGGGTCGATTGA
TGTGCCTAGAGTGCGATGGAACCGGTGAACCGAATATTGAGCCACAGTTTATGGAACTGG
TTGATGAAGATGCCAAGTGTGTGTACTGTGAAGGTCTTGGCTATACGGTTTGCGATGTCT
GTGAAGGTAAAACAGCTGTATAACCAAGGTTCATGTTTTTAATATACAGACACATTTACT
TATCTGTAATAAAATCATATATGTTTTGTTATGACCACAATAATGTACAAACAACTCTTC
TGTATATCAGCTGGTAATCTTTGTATTAGACTTGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW05TF U 25
AF RR1BW05JQ C 1
BS 1 24 RR1BW05JQ
BS 25 666 RR1BW05TF
BS 667 667 RR1BW05JQ
BS 668 682 RR1BW05TF
BS 683 683 RR1BW05JQ
BS 684 688 RR1BW05TF
BS 689 689 RR1BW05JQ
BS 690 717 RR1BW05TF
BS 718 818 RR1BW05JQ

RD RR1BW05TF 693 0 0
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AGGTTCAAGCAATGCAGGAAGCGTTGCTAAAATTAGGATTCTATTCGGGTGAGGAGGACA
TGGAGTTTTCCAGCTTCTCAAGTGGGACTGCAAGTGCTGTTAAGACTTGGCAAGCATCAC
TTGGTGTCCGTGAGGATGGGATAATGACAGAAGAGCTCCTTCAGATGTTGTTCATGGATG
AAGACGTAAAGACAGATAAGGATGAAGCAAGTACAATAAAGCAAGGGACCAAGGAAGCTG
GTAATGGAGCGGTAAAGACACAAGTCTCTGAGAAGCAGCAGCAGTCAACCATAAAAGATC
AAGGTAACAGAGGAAATGAGGTTTCTCAACATCGAGTTTTCCTTCTCGGAGAAAACCGGT
GGGAAGACCCCACCAGGCTCAACAAACCGATTAACACAAGTGAATCTACAGATACCAAAA
AGAAGTGTGTCACTTGTCGAGGGGAGGGTCGATTGATGTGCCTAGAGTGCGATGGAACCG
GTGAACCGAATATTGAGCCACAGTTTATGGAACTGGTTGATGAAGATGCCAAGTGTGTGT
ACTGTGAAGGTCTTGGCTATACGGTTTGCGATGTCTGTGAAG*TAAAACAGCTGTATACC
CAAG*TTCATGTTTTTAATATACAGACACATTT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1BW05JQ 818 0 0
TGGTGGTGGAGAAGCAGGTGGTTGCTGAGGAGAAGATTAGGGTTAAGAAGAGGGTGACAT
TGAAAGTGGGAAGCGAAGGTGAAGAGGTTCAAGCAATGCAGGAAGCGTTGCTAAAATTAG
GATTCTATTCGGGTGAGGAGGACATGGAGTTTTCCAGCTTCTCAAGTGGGACTGCAAGTG
CTGTTAAGACTTGGCAAGCATCACTTGGTGTCCGTGAGGATGGGATAATGACAGAAGAGC
TCCTTCAGATGTTGTTCATGGATGAAGACGTAAAGACAGATAAGGATGAAGCAAGTACAA
TAAAGCAAGGGACCAAGGAAGCTGGTAATGGAGCGGTAAAGACACAAGTCTCTGAGAAGC
AGCAGCAGTCAACCATAAAAGATCAAGGTAACAGAGGAAATGAGGTTTCTCAACATCGAG
TTTTCCTTCTCGGAGAAAACCGGTGGGAAGACCCCACCAGGCTCAACAAACCGATTAACA
CAAGTGAATCTACAGATACCAAAAAGAAGTGTGTCACTTGTCGAGGGGAGGGTCGATTGA
TGTGCCTAGAGTGCGATGGAACCGGTGAACCGAATATTGAGCCACAGTTTATGGAACTGG
TTGATGAAGATGCCAAGTGTGTGTACTGTGAAGGTCTTGGCTATACGGTTTGCGATGTCT
GTGAAGGTAAAACAGCTGTATAACCAAGGTTCATGTTTTTAATATACAGACACATTTACT
TATCTGTAATAAAATCATATATGTTTTGTTATGACCACAATAATGTACAAACAACTCTTC
TGTATATCAGCTGGTAATCTTTGTATTAGACTTGTTAT

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 2

CO CL6650Contig1 1009 2 2 U
GGACCTCCCCTAGCTCTCGAATACATTTATCACTCTCTTCTTCATCACCATCCTCTTCTT
TGTTTTTCTTCTTCTCTTTTCTTGTTTTTGCCAGAAAAAAGTAAACCCGTGTGTTTGTAT
TAAAACTGGATCTTGATGTTCAAACATTCATGTCTCCGGTAATTAGTGAAATCCTTAGAT
CAGGCTTAACTATAGACTCCTCTCTTAGACGCAGGACCCATCTTGTTCAATCTTTCTCCG
TCGTCTTTCTCTACTGGTTCTATGTTTTCTCATAAATCATCTCTCCTTTAACCCTAATAT
ATATATATACACACCATATAAACATATATATACGTATATCATACTACTACTATATAGTTT
TTTTAAACTATACTATATAGTTTTTACGTAACTTTCGTCGTATTTCGTGTGTTTTAATTA
AATATGAATAAAACTGAAATGGGTTTGCCCACGAGTGGAAACTGCTCGTCCGGTATACAA
AACTACGGTTCTGAGTCGGATGAGCGGAAGAGGAAGAGGAAAGAGTCAAACAGAGAGTCG
GCGAGGAGGTCGAGGATGAGGAAGCAGAAGCATTTGGACGATCTAACGGCTCAGCTCGCT
CATCTCCGCGAAGAAAACAGCCATATGGTCGCGGGGATCGCCGTCACGAGGCAGCACTAC
GTCACTATCGAGGAAGAGAACTCCGTTCTCAGAGCTCAGTTTCTGGAGCTCGACCAGCGA
CTAGCTTCCCTCAACGAGATTGTGGAAACCGCCGGAGGATTTTGGATGGAGAAGGGTCAG
GGAGGAGGAGGTGTCGGTTACGTCAGCGGCGGAGGAGGGCTTTACGACGGAGTCAATCTA
GGGTTTCATAACCAACCACTTATGGCTTCTGCTTGTACTGTTCCTGCTGATGTTTTCAAC
TGTTGCTAAACCATGCACCAATTACAGTTTCTTTATGAATGATGTGATGCTCTGTTTTGT
TTCGTCAGTAAAATAAATAAAATGATCAACGCTTGTTTAAAAATGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AE90TF U 1
AF RR1AE90JQ C 130
BS 1 776 RR1AE90TF
BS 777 1009 RR1AE90JQ

RD RR1AE90TF 776 0 0
GGACCTCCCCTAGCTCTCGAATACATTTATCACTCTCTTCTTCATCACCATCCTCTTCTT
TGTTTTTCTTCTTCTCTTTTCTTGTTTTTGCCAGAAAAAAGTAAACCCGTGTGTTTGTAT
TAAAACTGGATCTTGATGTTCAAACATTCATGTCTCCGGTAATTAGTGAAATCCTTAGAT
CAGGCTTAACTATAGACTCCTCTCTTAGACGCAGGACCCATCTTGTTCAATCTTTCTCCG
TCGTCTTTCTCTACTGGTTCTATGTTTTCTCATAAATCATCTCTCCTTTAACCCTAATAT
ATATATATACACACCATATAAACATATATATACGTATATCATACTACTACTATATAGTTT
TTTTAAACTATACTATATAGTTTTTACGTAACTTTCGTCGTATTTCGTGTGTTTTAATTA
AATATGAATAAAACTGAAATGGGTTTGCCCACGAGTGGAAACTGCTCGTCCGGTATACAA
AACTACGGTTCTGAGTCGGATGAGCGGAAGAGGAAGAGGAAAGAGTCAAACAGAGAGTCG
GCGAGGAGGTCGAGGATGAGGAAGCAGAAGCATTTGGACGATCTAACGGCTCAGCTCGCT
CATCTCCGCGAAGAAAACAGCCATATGGTCGCGGGGATCGCCGTCACGAGGCAGCACTAC
GTCACTATCGAGGAAGAGAACTCCGTTCTCAGAGCTCAGTTTCTGGAGCTCGACCAGCGA
CTAGCTTCCCTCAACGAGATTGTGGAAACCGCCGGAGGATTTTGGATGGAGAAGGG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1AE90JQ 880 0 0
ATCTTGATGTTCAAACATTCATGTCTCCGGTAATTAGTGAAATC*TTAGATCAGGCTTAA
CTATAGACTCCTCTCTTAGACGCAGGACCCATCTTGTTCAATCTTTCTCCGTCGTCTTTC
TCTACTGGTTCTATGTTTTCTCATAAATCATCTCTCCTTTAACCCTAATATATATATATA
CACACCATATAAACATATATATACGTATATCATACTACTACTATATAGTTTTTTTAAACT
ATACTATATAGTTTTTACGTAACTTTCGTCGTATTTCGTGTGTTTTAATTAAATATGAAT
AAAACTGAAATGGGTTTGCCCACGAGTGGAAACTGCTCGTCCGGTATACAAAACTACGGT
TCTGAGTCGGATGAGCGGAAGAGGAAGAGGAAAGAGTCAAACAGAGAGTCGGCGAGGAGG
TCGAGGATGAGGAAGCAGAAGCATTTGGACGATCTAACGGCTCAGCTCGCTCATCTCCGC
GAAGAAAACAGCCATATGGTCGCGGGGATCGCCGTCACGAGGCAGCACTACGTCACTATC
GAGGAAGAGAACTCCGTTCTCAGAGCTCAGTTTCTGGAGCTCGACCAGCGACTAGCTTCC
CTCAACGAGATTGTGGAAACCGCCGGAGGATTTTGGATGGAGAAGGGTCAGGGAGGAGGA
GGTGTCGGTTACGTCAGCGGCGGAGGAGGGCTTTACGACGGAGTCAATCTAGGGTTTCAT
AACCAACCACTTATGGCTTCTGCTTGTACTGTTCCTGCTGATGTTTTCAACTGTTGCTAA
ACCATGCACCAATTACAGTTTCTTTATGAATGATGTGATGCTCTGTTTTGTTTCGTCAGT
AAAATAAATAAAATGATCAACGCTTGTTTAAAAATGGATT

QA 1 880 1 880
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6652Contig1 813 2 2 U
GGGAACTATGGATTAAGTCATTACTGGTAGTGTATCTTTTGGAGAAGATCTGTAGATGAT
ACGTAGAAGAGAGTTTATTCTCAATCCAAGGCTTTAATATATGATTGTGCGGGTAGGGTT
TGTTGTTGCTGCTTCTGTTGCAGCAGTTGCTGTTAAGCAGCTCAACCGTAAACCCTCCAA
ACCTAGCAAACCATCAGAAAATGGCAAAGGAGGTGATACAGAACCGGCCGTGTCTCCCAA
CAACAATCTCAATGATAAGAGTGTGGAAGAGGAGGAAGAAGAAGATGTATAAGTTGCTTG
AGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCTCTTTTACGTACAAGAGACATGGCGGTTTCACGAT
ACAAAGAGTTTGGCATTCCAGTTGATTGGTTGTCTGATTCTGGAGTCGTGGGAAAGATCA
AGCTTTCCTCAGTCCAGCTCGCGAGGAAGTACATGAAACGAGTAGCTTATGAGCTTGATT
CAGTGAGCGGTTCTGATAAAGATCCTAACAGAGAGTTCTTGCTTCTCCAAGGTGTTCGTT
TCGCTTTTAGAGTTCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTGATGCGGAAGCATGAAAGCATTTGA
AGAGCTTAGAAGCAGAGCCAAAACTGAATCTGGAGGAGACAATAATAATAACAATGAAGA
ATCTGTAAACTGAGTTTATTATTTACATTTTCACTTCTATGTCTCCCTGTATCATTGTAC
CACCTCATACTTGTCAGATTGAAAATGATTTATAGTAGTACAGTGAAAGTTATAGATTGT
TGTGAAAAAACAAGAACAAAAAAACTTCCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EQ04TF U 1
AF RR1EQ04JQ C 220
BS 1 772 RR1EQ04TF
BS 773 813 RR1EQ04JQ

RD RR1EQ04TF 772 0 0
GGGAACTATGGATTAAGTCATTACTGGTAGTGTATCTTTTGGAGAAGATCTGTAGATGAT
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TGTTGTTGCTGCTTCTGTTGCAGCAGTTGCTGTTAAGCAGCTCAACCGTAAACCCTCCAA
ACCTAGCAAACCATCAGAAAATGGCAAAGGAGGTGATACAGAACCGGCCGTGTCTCCCAA
CAACAATCTCAATGATAAGAGTGTGGAAGAGGAGGAAGAAGAAGATGTATAAGTTGCTTG
AGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCTCTTTTACGTACAAGAGACATGGCGGTTTCACGAT
ACAAAGAGTTTGGCATTCCAGTTGATTGGTTGTCTGATTCTGGAGTCGTGGGAAAGATCA
AGCTTTCCTCAGTCCAGCTCGCGAGGAAGTACATGAAACGAGTAGCTTATGAGCTTGATT
CAGTGAGCGGTTCTGATAAAGATCCTAACAGAGAGTTCTTGCTTCTCCAAGGTGTTCGTT
TCGCTTTTAGAGTTCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTGATGCGGAAGCATGAAAGCATTTGA
AGAGCTTAGAAGCAGAGCCAAAACTGAATCTGGAGGAGACAATAATAATAACAATGAAGA
ATCTGTAAACTGAGTTTATTATTTACATTTTCACTTCTATGTCTCCCTGTATCATTGTAC
CACCTCATACTTGTCAGATTGAAAATGATTTATAGTAGTACAGTGAAAGTTA

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1EQ04JQ 594 0 0
AGAACCGGCCGTGTCTCCCAACAACAATCTCAATGATAAGAGTGTGGAAGAGGAGGAAGA
AGAAGATGTATAAGTTGCTTGAGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCTCTTTTACGTACAA
GAGACATGGCGGTTTCACGATACAAAGAGTTTGGCATTCCAGTTGATTGGTTGTCTGATT
CTGGAGTCGTGGGAAAGATCAAGCTTTCCTCAGTCCAGCTCGCGAGGAAGTACATGAAAC
GAGTAGCTTATGAGCTTGATTCAGTGAGCGGTTCTGATAAAGATCCTAACAGAGAGTTCT
TGCTTCTCCAAGGTGTTCGTTTCGCTTTTAGAGTTCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTGATG
CGGAAGCATGAAAGCATTTGAAGAGCTTAGAAGCAGAGCCAAAACTGAATCTGGAGGAGA
CAATAATAATAACAATGAAGAATCTGTAAACTGAGTTTATTATTTACATTTTCACTTCTA
TGTCTCCCTGTATCATTGTACCACCTCATACTTGTCAGATTGAAAATGATTTATAGTAGT
ACAGTGAAAGTTATAGATTGTTGTGAAAAAACAAGAACAAAAAAACTTCCTTGC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

CO CL6653Contig1 815 2 4 U
ACTTGCCAACTAACATTGAAATTTGAAAAGCGTAACAACAATCTAAAAGTGTCATTAAAA
ACAAAAAAAACGATCATAAGTTCATATAACATTCATAACATGTCACTTTTTTTTTTTGAT
CAAAAACATTCATAACATGTCACCATAATCGAAAAAAAATACAAATAAATGGGGTACACA
ATCACTAAGCAGCAACGTCCTTATCTCCAAGTACCAAATCTTCCTTCTCTCGCCACACTG
CATGAACCTCGTCCGTGCGAAACCGCTGCGTAAACGTAGAGTCTTCCAACGGCGTTTCAA
TACCGTTAACAAACGCGAGCAGACCCGTGTAAGCAATCATCGCTCCGTTATCAATACAGT
AACGATCATCCGTCGCAAAAAGCCTACCGTCACGCTCAGAGCACATAGTCCTCATCATGT
CCTGCAAACGCTCGTTACACCCAACTCCACCAACTATCAAAACGTCTTTCTTGTCGCAAT
GAGCCATCGCTCGTTCCGTTATCTCAACCAACATCGCAAACAACGTCTCTTGAAGGGAGT
AGCACAAGTCTGCCGGTGTGCACTCGTTGTTCTTGAGCTTCTCCTCAGCAGTAGTTTCGA
TATAACTCAAGATCCCACTGAACGATACATCCATACCTTTAACAGCATAAGGAAGATCAA
TAAACTTCTCTCCTTTCTTCGCAAGCTGCTCGATGTTATAACCAGGACTCGGATCATTAG
ACAGATTCAACACCCTGGCGAACCGGTCCAAGCAATTACCAACAGCGATATCAATAGTCT
CACCGAAAATCCTATACCTCCCCTCACTATAAGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB45JQ U 1
AF RR1CF16JQ U 31
BS 1 116 RR1DB45JQ
BS 117 117 RR1CF16JQ
BS 118 158 RR1DB45JQ
BS 159 815 RR1CF16JQ

RD RR1DB45JQ 158 0 0
ACTTGCCAACTAACATTGAAATTTGAAAAGCGTAACAACAATCTAAAAGTGTCATTAAAA
ACAAAAAAAACGATCATAAGTTCATATAACATTCATAACATGTCACTTTTTTTTTT*GAT
CAAAAACATTCATAACATGTCACCATAATCGAAAAAAA

QA 1 158 1 158
DS 

RD RR1CF16JQ 785 0 0
CGTAACAACAATCTAGAAGTGTCATTAAAAACAAAAGAAACGATCATAAGTTCATATAAC
ATTCATAACATGTCACTTTTTTTTTTTGATCAAAAACATTCATAACATGTCACCATAATC
GAAAAAAAATACAAATAAATGGGGTACACAATCACTAAGCAGCAACGTCCTTATCTCCAA
GTACCAAATCTTCCTTCTCTCGCCACACTGCATGAACCTCGTCCGTGCGAAACCGCTGCG
TAAACGTAGAGTCTTCCAACGGCGTTTCAATACCGTTAACAAACGCGAGCAGACCCGTGT
AAGCAATCATCGCTCCGTTATCAATACAGTAACGATCATCCGTCGCAAAAAGCCTACCGT
CACGCTCAGAGCACATAGTCCTCATCATGTCCTGCAAACGCTCGTTACACCCAACTCCAC
CAACTATCAAAACGTCTTTCTTGTCGCAATGAGCCATCGCTCGTTCCGTTATCTCAACCA
ACATCGCAAACAACGTCTCTTGAAGGGAGTAGCACAAGTCTGCCGGTGTGCACTCGTTGT
TCTTGAGCTTCTCCTCAGCAGTAGTTTCGATATAACTCAAGATCCCACTGAACGATACAT
CCATACCTTTAACAGCATAAGGAAGATCAATAAACTTCTCTCCTTTCTTCGCAAGCTGCT
CGATGTTATAACCAGGACTCGGATCATTAGACAGATTCAACACCCTGGCGAACCGGTCCA
AGCAATTACCAACAGCGATATCAATAGTCTCACCGAAAATCCTATACCTCCCCTCACTAT
AAGCA

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL6654Contig1 1057 2 2 U
GGAAGTCCACCATGTCGAAAACTTGTAACTTTCTCGGCCTCAGAGTTAGATCCAATCCTC
TCCCACCGTCATTCTCAAACTCCTCTCCTCTGAATCTCATCCCAACGGCTGCTGCTTCGA
GACCTTTCGACCGTTGGATTCGAGCCTCTTCACGTCGTCGGCTTGTTCTCGGCGGTTTCG
CCGGCACGTCCTTGTGGATGAACGACAACATGTCCGGTGGTAATCTTGGCGGCAAATCAT
TCATCGCTTCCGCGAGGCAGACGAACCCTTCTCCCGTCGAACAGGCATTGAGTAAAGTGG
AATGGCCTGAGAACTTCCCTTTCAAAGAAGAAGATTTCCAGCGATTCGACGAGTCGTCTG
ATTCAACGTTCTATGAAGCTCCGCGGTTTGTGACACATATTGATGATCCAGCAATATCTG
CATTGACAAAGTATTATTCCAAGGTTCTGCCTCAGAGCGAAACTCCTGGAGTGAGCATAC
TCGATATGTGTAGCAGTTGGGTAAGTCATTATCCAGCCGGGTATAAGCAAGAACGAATAG
TTGGAATGGGTATGAACGAAGAAGAGCTTAAGAGTAATCCGGTTCTCACCGAGTACATAG
TCCAAGACTTGAATGTCAATCCAAAGCTTCCTTTTGAAGACAACTCTTTCCAAGTTATTA
CCAATGTGGTAAGTGTGGATTATCTTGCAAAGCCACTTGTAGTTTTCAAGGAAATGAACA
GAATCCTCAAGCCAGGAGGACTCGCTCTAATGAGCTTCTCCAACCGTTGCTTCTTTACTA
AAGCAATCTCGATATGGACATCAACCGGGGATGCAGATCATGCTCTCATTGTTGGATCAT
ACTTTCACTATGCTGGTGGATATGAACCTCCTCAGGCCGTTGATATATCTCCAAATCCAG
GACGTTCGGATCCAATGTACGTCGTTTACTCCAGAAAACTCCCAGTGGCCTAAGAGTTTA
GATCCAATCCCTACATGTATACACACATAGATGAATATAGTGTTCAATTGAGACTACTTG
GAAAACCTGGTTTATATAAACTCTCTCTGTCAGTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AV26TF U 1
AF RR1AV26JQ C 166
BS 1 853 RR1AV26TF
BS 854 1057 RR1AV26JQ

RD RR1AV26TF 853 0 0
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TCCCACCGTCATTCTCAAACTCCTCTCCTCTGAATCTCATCCCAACGGCTGCTGCTTCGA
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CCGGCACGTCCTTGTGGATGAACGACAACATGTCCGGTGGTAATCTTGGCGGCAAATCAT
TCATCGCTTCCGCGAGGCAGACGAACCCTTCTCCCGTCGAACAGGCATTGAGTAAAGTGG
AATGGCCTGAGAACTTCCCTTTCAAAGAAGAAGATTTCCAGCGATTCGACGAGTCGTCTG
ATTCAACGTTCTATGAAGCTCCGCGGTTTGTGACACATATTGATGATCCAGCAATATCTG
CATTGACAAAGTATTATTCCAAGGTTCTGCCTCAGAGCGAAACTCCTGGAGTGAGCATAC
TCGATATGTGTAGCAGTTGGGTAAGTCATTATCCAGCCGGGTATAAGCAAGAACGAATAG
TTGGAATGGGTATGAACGAAGAAGAGCTTAAGAGTAATCCGGTTCTCACCGAGTACATAG
TCCAAGACTTGAATGTCAATCCAAAGCTTCCTTTTGAAGACAACTCTTTCCAAGTTATTA
CCAATGTGGTAAGTGTGGATTATCTTGCAAAGCCACTTGTAGTTTTCAAGGAAATGAACA
GAATCCTCAAGCCAGGAGGACTCGCTCTAATGAGCTTCTCCAACCGTTGCTTCTTTACTA
AAGCAATCTCGATATGGACATCAACCGGGGATGCAGATCATGCTCTCATTGTTGGATCAT
ACTTTCACTATGC

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR1AV26JQ 892 0 0
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T*GGCGGCAAATCATTCATCGCTTCCGCGAGGCAGACGAACCCTTCTCCCGTCGAACAGG
CATTGAGTAAAGTGGAATGGCCTGAGAACTTCCCTTTCAAAGAAGAAGATTTCCAGCGAT
TCGACGAGTCGTCTGATTCAACGTTCTATGAAGCTCCGCGGTTTGTGACACATATTGATG
ATCCAGCAATATCTGCATTGACAAAGTATTATTCCAAGGTTCTGCCTCAGAGCGAAACTC
CTGGAGTGAGCATACTCGATATGTGTAGCAGTTGGGTAAGTCATTATCCAGCCGGGTATA
AGCAAGAACGAATAGTTGGAATGGGTATGAACGAAGAAGAGCTTAAGAGTAATCCGGTTC
TCACCGAGTACATAGTCCAAGACTTGAATGTCAATCCAAAGCTTCCTTTTGAAGACAACT
CTTTCCAAGTTATTACCAATGTGGTAAGTGTGGATTATCTTGCAAAGCCACTTGTAGTTT
TCAAGGAAATGAACAGAATCCTCAAGCCAGGAGGACTCGCTCTAATGAGCTTCTCCAACC
GTTGCTTCTTTACTAAAGCAATCTCGATATGGACATCAACCGGGGATGCAGATCATGCTC
TCATTGTTGGATCATACTTTCACTATGCTGGTGGATATGAACCTCCTCAGGCCGTTGATA
TATCTCCAAATCCAGGACGTTCGGATCCAATGTACGTCGTTTACTCCAGAAAACTCCCAG
TGGCCTAAGAGTTTAGATCCAATCCCTACATGTATACACACATAGATGAATATAGTGTTC
AATTGAGACTACTTGGAAAACCTGGTTTATATAAACTCTCTCTGTCAGTAAT

QA 1 892 1 892
DS 



AS 1 2

CO CL6655Contig1 723 2 2 U
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TTTGTCCCCAAACGTATGTGTAAACAGCACAAGGAAAATTTGTAAAATCCACGCATCACA
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GAGTGGCGCTTAAATGCATTTTGCATGATCAAGGCTGGTAAACCTCGGGAAGACGAAGAC
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TGCGAGCAAGGTTGATTTTGTAGAGTGAGTCGGCGTTCTTGCGAAACTCGTGCTTGACAA
AGTCTAAAAAATGAGACTTGTGGTCTTCTTTGCCAACATGTTTCACCACTGCTTTAAGAA
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ACATTCAAAAGGTTCCGAGAGCAAAGCGAGAAGGAGGAGAGTGGGGCTGATTCTTCCGGA
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CCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1C446TF C 1
AF RR1C446JQ U 5
BS 1 4 RR1C446TF
BS 5 723 RR1C446JQ

RD RR1C446TF 696 0 0
TTTTAGATAAACATATTTGTATATATATCAAGAAC*TGAATATGTTCTCGGTACCATACT
TTTGTCCCCAAACGTATGTGTAAACAGCACAAGGAAAATTTGTAAAATCCACGCATCACA
GATCTGTTAATGCAAGAGGCTACGAACAGCCTGTTCAAGTTAACAGATCTGTTAATTCGG
AACAGGATACCACTTATTCAAGTTAACCAAGATATGTCTAATAAGGAAATGAAGACACCA
GAGTGGCGCTTAAATGCATTTTGCATGATCAAGGCTGGTAAACCTCGGGAAGACGAAGAC
CTACACTAGCTGCAGACTTCCCAAGAACTCGTTTCATTTCTTCAGTTCTGTCAACTGCAA
TGTTGTACGAGAACAACAGATCCTTGTGAGAGTGAATGCTATTAAGAAGATAAGCGTAGT
TGCGAGCAAGGTTGATTTTGTAGAGTGAGTCGGCGTTCTTGCGAAACTCGTGCTTGACAA
AGTCTAAGAAATGAGACTTGTGGTCTTCTTTGCCAACATGTTTCACCACTGCTTTAAGAA
GGTCGCGGTATACTCTACCAACTTCACTGCCCATCTTTCTTATCTTTAATCCTAAAACAC
ACATTCAAAAGGTTCCGAGAGCAAAGCGAGAAGGAGGAGAGTGGGGCTGATTCTTCCGGA
TTGTTAGTGACCCTTATAGTTCTCTGTCAAGTGTGG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1C446JQ 719 0 0
AGATAAACATATTTGTATATATATCAAGAACCTGAATATGTTCTCGGTACCATACTTTTG
TCCCCAAACGTATGTGTAAACAGCACAAGGAAAATTTGTAAAATCCACGCATCACAGATC
TGTTAATGCAAGAGGCTACGAACAGCCTGTTCAAGTTAACAGATCTGTTAATTCGGAACA
GGATACCACTTATTCAAGTTAACCAAGATATGTCTAATAAGGAAATGAAGACACCAGAGT
GGCGCTTAAATGCATTTTGCATGATCAAGGCTGGTAAACCTCGGGAAGACGAAGACCTAC
ACTAGCTGCAGACTTCCCAAGAACTCGTTTCATTTCTTCAGTTCTGTCAACTGCAATGTT
GTACGAAAACAACAGATCCTTGTGAGAGTGAATGCTATTAAGAAGATAAGCGTAGTTGCG
AGCAAGGTTGATTTTGTAGAGTGAGTCGGCGTTCTTGCGAAACTCGTGCTTGACAAAGTC
TAAAAAATGAGACTTGTGGTCTTCTTTGCCAACATGTTTCACCACTGCTTTAAGAAGGTC
GCGGTATACTCTACCAACTTCACTGCCCATCTTTCTTATCTTTAATCCTAAAACACACAT
TCAAAAGGTTCCGAGAGCAAAGCGAGAAGGAGGAGAGTGGGGCTGATTCTTCCGGATTGT
TAGTGACCCTTATAGTTCTCTGTCAAGTGTGGAGCGAGGTCGAGATCAACAAAACTCCC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL6656Contig1 744 2 3 U
GGACTTCAAACACAAACCTCACCAAAAAAAAACTTAATTCGATCAACAATGTTGAAGATC
CCAGTGATAGCCGTTGTTGTCGTGGCCTTAATCGCAGTGCTAGCTTTGCCGGTTCGCAAC
CAGCAACCGCCGCTTAGCCAATGTACACCGTCTATGATGACCACCGTGGGACCCTGTATG
AGCATTTTAACCAACAGCAGTACCAACGGAACTTCACCTTCCTCTGATTGTTGTAACTCG
TTGAGGTCTTTGACTACGGGAGGAATGGGATGTCTCTGTCTTATTGTCACCGGAAGTGTT
CCTTTTAACATTCCGATTAACCGTACAACCGCCGTCTCTCTTCCACGTGCTTGTAACATG
CCTAGTGTTCCTCTTCAATGCAACGCCAACATTTCTCCAGCTGCTGCTCCTGGACCTGCT
GGTACATTTGGACCAGCCATGTCTCCAAGTCCAGCAACAACTCCAATTGTTCCAGAGCCG
ACTCCAGCAGCTCAGACACCACAGTCTGATACAACCAGACCTTTCACACCAACCGTGAAC
GGTGCTGCTCCAACGGCTGACAACGGAGGAAGCACCAGTCGACCATCTGTTACTCCTTCC
TCCTCCTACGGTCTCTCACCATCACTTCTCTTCCCTGTCGCCAGCCTCGTAGCTCTCAAA
CTCTACTGATTTCATTGTTTCTTTATTTTCCTCTGTCTTCATTCTCATGTGATTTGATTT
ACTCAAACCATATTTGGTCATGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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AF RR1CW41TF U 8
AF RR1G468TF U 1
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CTCCAACGGCTGACAACGGAGGAAGCACCAGTCGACCATCTGTTACTCCTTCCTCCTCCT
ACGGTCTCTCACCATCACTTCTCTTCCTTGTCGCCAGCCTCGTAGCTCTCAA*CTCTACT
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ACT

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DS 

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CTCTACTGATTTCATTGTTTCTTTATTTTCCTCTGTCTTCATTCTCATGTGATTTGATTT
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QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

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AF RR1EC35JQ C 1
AF RR1EC35TF U 1
BS 1 607 RR1EC35TF

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DS 

RD RR1EC35TF 607 0 0
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CGCCACGGCGAAGGTTACACCGGCGACGGAGCAGCAGGACAAGACCACTGAGAAGCCGGA
TGAAGGGAAGGAGGATGATGGATCTCAAGGTCTCGTAGGGAACACGTCTGTTCATGAAAG
CATAGGATCGGTATCTTCCAGTTCAGATACAATAATACTGGATACTATGAGTGAAACCGG
TTCACATAATGAAACCGGTTCAAACGAAGAATCCGGTTATAATTTGTTAGAGTCGAATTT
CAGAGACCTGAACGCAGAGGAAGGTGAGATAGTAGTAGAAGAAGAAAAGGACAAAGACGA
AGAAGAATACAAAAACAGCAACCAGAACGCAGAGGAAGGTGAGATAGTAGTAGAAGAAGA
AAAGGAC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AM74JQ C 1
AF RR1AM74TF U 1
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CCTCGGTTTAGACTTTTCGACCATAACCGGTCTAAACCCTC

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1AM74TF 521 0 0
GGACCCATCTTAGGTATCAAATTCGCACCGGACCAATCTGTTGAGCAACTGGGAGTGAGC
GGCGTGCTTGTCTTGGACGCTCCTCCAACTGGTCCAGCTGGAAAAGCCGGACTACAGTCC
ACAAAACGTGACGGGTACGGGAGGTTAATACTTGGAGACATTATCACGTCGGTTAACGGT
ACAAAAGTTACTAACGGGAGTGATCTGTACCGGATTCTTGATCAGTGCAAAGTCGGTGAT
GAGGTGACCGTAGAGGTTCTAAGAGGAGATCACAAGGAGAAGATCTCTGTAACTCTCGAA
CCAAAACCGGACGGGACTTAAGAAAGTTGTGGAAAGAAAGTAAATATAACGGTAGAACAA
ACAAAACCGGTGGGCTTATTCTTGTATATCAATTGTTCGGAATGTAGATCGTCCAGTTGT
GTAAAAGACAAATCTGTTTATATTTGCATAGCCGGTCTTATGGTTTGGATTGGTATTGAT
CCTCGGTTTAGACTTTTCGACCATAACCGGTCTAAACCCTC

QA 1 521 1 521
DS 



AS 1 2

CO CL6659Contig1 677 2 1 U
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ACCTGTTCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGAATCAGAGTCGACGTGCCGAGCTCTGGCCTTA
TATACTTCGACGTTGGTGTTGTTCGCAAGCAATACTCGCTGTCTTTGTTCGATACTCCTA
GAGATTGCGTTGCGGTTCGCGTGAAAATGAGGTTCAGGCTTCTATGTTGTCATTGTATCA
AGTAGATGAAACTACTGGGAGAAACATTATCTAGCCGGAGAGTTTTAAGAAATGTTTCAT
ATACTATACCAGAAAGATAGACAGATGTTCTCATCAATTCTTGAAAATACTTTGTACTGT
TTTTTTTGGTCTCAAATCTTAAAGCATGATTCAAGGTCAAATGCTTCCCATTCCAGTTCT
GTTTTCTGTATTGTATTTTTCAGATCGTGAGGGGGACTGAACCAAGAGAATCTGTGAGCG
GAAGTAAGATGGGAAGAAAAAAAAACATTATCTGGTTTGTTTGGAAAAGATGTTGAAGGA
CTGGTCCATATGTGATTGAAGTGATTGATGATAACAGTGATGTGAGGTGATGAATGTTTT
TCTTTATTGTATTTATGTGCCTGTGTATTCGCAGATATTATCCTACATATAGCCAAATAA
GTCTCTGGAGTTCACAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B983JQ C 1
AF RR1B983TF U 1
BS 1 677 RR1B983TF

RD RR1B983JQ 677 0 0
GTGTTACGGGGACGATAAGCGACGCTCACATCGGTGATTTGTCGGGGATATCGGCGCAAG
ACCTGTTCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGAATCAGAGTCGACGTGCCGAGCTCTGGCCTTA
TATACTTCGACGTTGGTGTTGTTCGCAAGCAATACTCGCTGTCTTTGTTCGATACTCCTA
GAGATTGCGTTGCGGTTCGCGTGAAAATGAGGTTCAGGCTTCTATGTTGTCATTGTATCA
AGTAGATGAAACTACTGGGAGAAACATTATCTAGCCGGAGAGTTTTAAGAAATGTTTCAT
ATACTATACCAGAAAGATAGACAGATGTTCTCATCAATTCTTGAAAATACTTTGTACTGT
TTTTTTTGGTCTCAAATCTTAAAGCATGATTCAAGGTCAAATGCTTCCCATTCCAGTTCT
GTTTTCTGTATTGTATTTTTCAGATCGTGAGGGGGACTGAACCAAGAGAATCTGTGAGCG
GAAGTAAGATGGGAAGAAAAAAAAACATTATCTGGTTTGTTTGGAAAAGATGTTGAAGGA
CTGGTCCATATGTGATTGAAGTGATTGATGATAACAGTGATGTGAGGTGATGAATGTTTT
TCTTTATTGTATTTATGTGCCTGTGTATTCGCAGATATTATCCTACATATAGCCAAATAA
GTCTCTGGAGTTCACAG

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1B983TF 677 0 0
GTGTTACGGGGACGATAAGCGACGCTCACATCGGTGATTTGTCGGGGATATCGGCGCAAG
ACCTGTTCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGAATCAGAGTCGACGTGCCGAGCTCTGGCCTTA
TATACTTCGACGTTGGTGTTGTTCGCAAGCAATACTCGCTGTCTTTGTTCGATACTCCTA
GAGATTGCGTTGCGGTTCGCGTGAAAATGAGGTTCAGGCTTCTATGTTGTCATTGTATCA
AGTAGATGAAACTACTGGGAGAAACATTATCTAGCCGGAGAGTTTTAAGAAATGTTTCAT
ATACTATACCAGAAAGATAGACAGATGTTCTCATCAATTCTTGAAAATACTTTGTACTGT
TTTTTTTGGTCTCAAATCTTAAAGCATGATTCAAGGTCAAATGCTTCCCATTCCAGTTCT
GTTTTCTGTATTGTATTTTTCAGATCGTGAGGGGGACTGAACCAAGAGAATCTGTGAGCG
GAAGTAAGATGGGAAGAAAAAAAAACATTATCTGGTTTGTTTGGAAAAGATGTTGAAGGA
CTGGTCCATATGTGATTGAAGTGATTGATGATAACAGTGATGTGAGGTGATGAATGTTTT
TCTTTATTGTATTTATGTGCCTGTGTATTCGCAGATATTATCCTACATATAGCCAAATAA
GTCTCTGGAGTTCACAG

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL6660Contig1 705 2 2 U
GCACAGGCACGTGTCCATGAGAGCTTTGAAGAAGTGGTCCAAGCAGATTCTCAAGGGGTT
GGATTATCTCCACACGCGTGAGCCGTGTATCATCATCCACAGAGATCTCAACTGCAGCAA
CGTGTTCGTCAACGGAAACATCGGCCAGGTCAAAATTGGTGATTTTGGTTTAGCTGCGGT
CGTGGGGGAGAACCGTGTGGCTCATTCGATCCTCGGGACGCCGAAGTTCATGGCTCCTGA
GATGTACGAGGAGAGGTACACGGAGATGGTTGACATTTACTCGTACGGGATGTGCGTTTT
GGAGCTTGTGTCGTTAGAGATTCCGTATAGTGAGTGCGATAGCGTGGCCAAGATATACAG
GAGGGTGAGCGGTGGAGTTAGACCAGAGGCTCTGGAGAAAGTGAAGGATGTCGAAGCTAA
GGCCTTTATTGAGAAGTGCCTTGGGAAACCCAAGGCGAGGCCTTCTGCTGCTGAGCTTCT
TCGTGACCCGTTCTTTGATGGGATAGTAGATGATGATGATGAACAAGTAGAAAACAATGA
CAGTAGTGCAACTGGTCGTGTTGTTTCTTGATGATGTATGGATACATACATGCACTATGG
TTTGGGTTTTGTGTTCTTTTTTCTTTTAGTTTGTACAGAGACCTCGGTTTGATATGGATT
GTATCCAGCTTCTTCCTTTTAGTTCGTAGCTGGTTCCAAACATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EC02TF U 1
AF RR1EC02JQ C 19
BS 1 695 RR1EC02TF
BS 696 705 RR1EC02JQ

RD RR1EC02TF 695 0 0
GCACAGGCACGTGTCCATGAGAGCTTTGAAGAAGTGGTCCAAGCAGATTCTCAAGGGGTT
GGATTATCTCCACACGCGTGAGCCGTGTATCATCATCCACAGAGATCTCAACTGCAGCAA
CGTGTTCGTCAACGGAAACATCGGCCAGGTCAAAATTGGTGATTTTGGTTTAGCTGCGGT
CGTGGGGGAGAACCGTGTGGCTCATTCGATCCTCGGGACGCCGAAGTTCATGGCTCCTGA
GATGTACGAGGAGAGGTACACGGAGATGGTTGACATTTACTCGTACGGGATGTGCGTTTT
GGAGCTTGTGTCGTTAGAGATTCCGTATAGTGAGTGCGATAGCGTGGCCAAGATATACAG
GAGGGTGAGCGGTGGAGTTAGACCAGAGGCTCTGGAGAAAGTGAAGGATGTCGAAGCTAA
GGCCTTTATTGAGAAGTGCCTTGGGAAACCCAAGGCGAGGCCTTCTGCTGCTGAGCTTCT
TCGTGACCCGTTCTTTGATGGGATAGTAGATGATGATGATGAACAAGTAGAAAACAATGA
CAGTAGTGCAACTGGTCGTGTTGTTTCTTGATGATGTATGGATACATACATGCACTATGG
TTTGGGTTTTGTGTTCTTTTTTCTTTTAGTTTGTACAGAGACCTCGGTTTGATATGGATT
GTATCCAGCTTCTTCCTTTTAGTTCGTAGCTGGTT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1EC02JQ 687 0 0
GAGAGCTTTGAAGAAGTGGTCCAAGCAGATTCTCAAGGGGTTGGATTATCTCCACACGCG
TGAGCCGTGTATCATCATCCACAGAGATCTCAACTGCAGCAACGTGTTCGTCAACGGAAA
CATCGGCCAGGTCAAAATTGGTGATTTTGGTTTAGCTGCGGTCGTGGGGGAGAACCGTGT
GGCTCATTCGATCCTCGGGACGCCGAAGTTCATGGCTCCTGAGATGTACGAGGAGAGGTA
CACGGAGATGGTTGACATTTACTCGTACGGGATGTGCGTTTTGGAGCTTGTGTCGTTAGA
GATTCCGTATAGTGAGTGCGATAGCGTGGCCAAGATATACAGGAGGGTGAGCGGTGGAGT
TAGACCAGAGGCTCTGGAGAAAGTGAAGGATGTCGAAGCTAAGGCCTTTATTGAGAAGTG
CCTTGGGAAACCCAAGGCGAGGCCTTCTGCTGCTGAGCTTCTTCGTGACCCGTTCTTTGA
TGGGATAGTAGATGATGATGATGAACAAGTAGAAAACAATGACAGTAGTGCAACTGGTCG
TGTTGTTTCTTGATGATGTATGGATACATACATGCACTATGGTTTGGGTTTTGTGTTCTT
TTTTCTTTTAGTTTGTACAGAGACCTCGGTTTGATATGGATTGTATCCAGCTTCTTCCTT
TTAGTTCGTAGCTGGTTCCAAACATGG

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL6661Contig1 688 2 1 U
GGGAATCTCGGAAACACCTTTCCCTCTCTCCCTCCCAATCTCTCCCGCCTCTCTCCATCG
AAAAATGGCCCAGCTCCCTTGTGCTCATAACTTCTGCAAGGCTTGCTTAGAAGATAAGTT
TGCTGGGCAAACTCTGGTGAGAGAAAGAAGCAGAGGTGGGCGGACACTTCGTGCACAGAA
GAACATCATGAACTGTCCATGTTGCCCCAACGACATCTCTGACTTTCTCCAGAACCCTCA
GGTCAATAGAGAAGTAATGGAGGTGATAGAGAAGCTGAAGAATAAGGAAGAGGACAAGGC
AGAGTCTGAAGAAGTTGAAGAGGCAAGTGTTGATGAAAAGGAAGAAAAGGCCGAGTCAGA
GTCCGAGGGAAACTGCGAGGGTGCCGACCTTGAAGAAGCCGAACAACCAATGAAGAGAGC
CAAACTGGACACTACTGACACAGTAGTTCCTGCGACTAAGGTGGAATCTGACATGAAGTA
ATGAGAGGGGCCTTTCCAATGGCTTTCTTTTTTTTTGGATCGAACCATCAGGTAAAAATA
GAGATGTCTTTTTTTTTATCTTGGAACCAAAGACAAAACTCTGGTACCTGATTGGCTGAT
TTGGTAAGAAACAGTTGCGGAAGTTGTGTAATATGAATGATTGGTAAGTGACTTCGAAAT
ATTAACTGTTTATCTTTGTCTTGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BI43TF U 1
AF RR1BI43JQ C 8
BS 1 688 RR1BI43TF

RD RR1BI43TF 688 0 0
GGGAATCTCGGAAACACCTTTCCCTCTCTCCCTCCCAATCTCTCCCGCCTCTCTCCATCG
AAAAATGGCCCAGCTCCCTTGTGCTCATAACTTCTGCAAGGCTTGCTTAGAAGATAAGTT
TGCTGGGCAAACTCTGGTGAGAGAAAGAAGCAGAGGTGGGCGGACACTTCGTGCACAGAA
GAACATCATGAACTGTCCATGTTGCCCCAACGACATCTCTGACTTTCTCCAGAACCCTCA
GGTCAATAGAGAAGTAATGGAGGTGATAGAGAAGCTGAAGAATAAGGAAGAGGACAAGGC
AGAGTCTGAAGAAGTTGAAGAGGCAAGTGTTGATGAAAAGGAAGAAAAGGCCGAGTCAGA
GTCCGAGGGAAACTGCGAGGGTGCCGACCTTGAAGAAGCCGAACAACCAATGAAGAGAGC
CAAACTGGACACTACTGACACAGTAGTTCCTGCGACTAAGGTGGAATCTGACATGAAGTA
ATGAGAGGGGCCTTTCCAATGGCTTTCTTTTTTTTTGGATCGAACCATCAGGTAAAAATA
GAGATGTCTTTTTTTTTATCTTGGAACCAAAGACAAAACTCTGGTACCTGATTGGCTGAT
TTGGTAAGAAACAGTTGCGGAAGTTGTGTAATATGAATGATTGGTAAGTGACTTCGAAAT
ATTAACTGTTTATCTTTGTCTTGTTTCC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1BI43JQ 681 0 0
TCGGAAACACCTTTCCCTCTCTCCCTCCCAATCTCTCCCGCCTCTCTCCATCGAAAAATG
GCCCAGCTCCCTTGTGCTCATAACTTCTGCAAGGCTTGCTTAGAAGATAAGTTTGCTGGG
CAAACTCTGGTGAGAGAAAGAAGCAGAGGTGGGCGGACACTTCGTGCACAGAAGAACATC
ATGAACTGTCCATGTTGCCCCAACGACATTTCTGACTTTCTCCAGAACCCTCAGGTCAAT
AGAGAAGTAATGGAGGTGATAGAGAAGCTGAAGAATAAGGAAGAGGACAAGGCAGAGTCT
GAAGAAGTTGAAGAGGCAAGTGTTGATGAAAAGGAAGAAAAGGCCGAGTCAGAGTCCGAG
GGAAACTGCGAGGGTGCCGACCTTGAAGAAGCCGAACAACCAATGAAGAGAGCCAAACTG
GACACTACTGACACAGTAGTTCCTGCGACTAAGGTGGAATCTGACATGAAGTAATGAGAG
GGGCCTTTCCAATGGCTTTCTTTTTTTTTGGATCGAACCATCAGGTAAAAATAGAGATGT
CTTTTTTTTTATCTTGGAACCAAAGACAAAACTCTGGTACCTGATTGGCTGATTTGGTAA
GAAACAGTTGCGGAAGTTGTGTAATATGAATGATTGGTAAGTGACTTCGAAATATTAACT
GTTTATCTTTGTCTTGTTTCC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL6662Contig1 924 2 2 U
GGATTCCCCGTCCCTCATCTCACTCGCCGACGCACTCAACGTCTTCCAGGCTGATAAATA
ATTGACCTCTAATGCAAAATCGCCTGAGAAACTAAAAGCCGCTGGATCTCTTCTCATGAA
AGTTTTTGGCGTTCTTGCTGGTAAAGGTCCAAAACGAGTCGTATGTGACTTGCCAATTGT
TCAAGACCTACTTCAAGCTTGGAAACTGTTAATCTTTGTCCAAGTGTGATAAGACAAGTA
TTGAGACTTTGAGGAGTTTCCAAGAAGAGACAAGGTTACATATATGTATTATACCAAAAG
ATGAGCTCTTACAAAAGTATAATCTTCATGAGTACATGAATGTTGTGCAAGCTCTGAGAA
GGGTGATCTCAGGCTTCTTCGACATGCTCTTCAAGAACACGAAGATCGGTTCTTGAGGTC
CGGTGTGTACCTTGTCTTGGAAAAGCTGAGCTGGAGCTCCAAGTCGTCTACCAGAGACTC
ATGAAGAAAATTTATATCATCCAGAAGCTGAGTGATCCAGCGAGAGCTCACCAACTGAAG
CTTGAAGTGATTGCCAAAGCACTTAGATAGCACTCGATGAGGTGGAATGTATAATGACGA
TCTTGATATACAAAAACCTTGTGAAAGGTTATTTGGAACACAAGAGCAAAGTGGTAGTTC
TAAGTAGGGATGTTTAAACGGGCTCTGAGGCCCGCGGCAAGCCTGTTTAGTCTAAGCAAG
CAAGATGGTGCAGGCTCTGCATCCTTAAACTAAACGGCAAGCCTGTTGGCTCATAGAATT
TACCTCCACGGTGCAGGCTCTGCATCCTTGTTGTATTAAATAACCATGTTTTAAACTTTT
AAGTTCTTTTTGATAGTTCGATAGATTTTATATGCATAAGGAATGATCTAAAATTTATCA
GAACATCCCGAATCTTTTTACAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FV80TF U 1
AF RR1FV80JQ C 195
BS 1 698 RR1FV80TF
BS 699 924 RR1FV80JQ

RD RR1FV80TF 698 0 0
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ATTGACCTCTAATGCAAAATCGCCTGAGAAACTAAAAGCCGCTGGATCTCTTCTCATGAA
AGTTTTTGGCGTTCTTGCTGGTAAAGGTCCAAAACGAGTCGTATGTGACTTGCCAATTGT
TCAAGACCTACTTCAAGCTTGGAAACTGTTAATCTTTGTCCAAGTGTGATAAGACAAGTA
TTGAGACTTTGAGGAGTTTCCAAGAAGAGACAAGGTTACATATATGTATTATACCAAAAG
ATGAGCTCTTACAAAAGTATAATCTTCATGAGTACATGAATGTTGTGCAAGCTCTGAGAA
GGGTGATCTCAGGCTTCTTCGACATGCTCTTCAAGAACACGAAGATCGGTTCTTGAGGTC
CGGTGTGTACCTTGTCTTGGAAAAGCTGAGCTGGAGCTCCAAGTCGTCTACCAGAGACTC
ATGAAGAAAATTTATATCATCCAGAAGCTGAGTGATCCAGCGAGAGCTCACCAACTGAAG
CTTGAAGTGATTGCCAAAGCACTTAGATAGCACTCGATGAGGTGGAATGTATAATGACGA
TCTTGATATACAAAAACCTTGTGAAAGGTTATTTGGAACACAAGAGCAAAGTGGTAGTTC
TAAGTAGGGATGTTTAAACGGGCTCTGAGGCCCGCGGC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1FV80JQ 730 0 0
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AAGTATAATCTTCATGAGTACATGAATGTTGTGCAAGCTCTGAGAAGGGTGATCTCAGGC
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TCTTGGAAAAGCTGAGCTGGAGCTCCAAGTCGTCTACCAGAGACTCATGAAGAAAATTTA
TATCATCCAGAAGCTGAGTGATCCAGCGAGAGCTCACCAACTGAAGCTTGAAGTGATTGC
CAAAGCACTTAGATAGCACTCGATGAGGTGGAATGTATAATGACGATCTTGATATACAAA
AACCTTGTGAAAGGTTATTTGGAACACAAGAGCAAAGTGGTAGTTCTAAGTAGGGATGTT
TAAACGGGCTTTGAGGCCCGCGGCAAGCCTGTTTAGTCTAAGCAAGCAAGATGGTGCAGG
CTCTGCATCCTTAAACTAAACGGCAAGCCTGTTGGCTCATAGAATTTACCTCCACGGTGC
AGGCTCTGCATCCTTGTTGTATTAAATAACCATGTTTTAAACTTTTAAGTTCTTTTTGAT
AGTTCGATAGATTTTATATGCATAAGGAATGATCTAAAATTTATCAGAACATCCCGAATC
TTTTTACAGG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL6663Contig1 685 2 2 U
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GGATAAGTGGCTTTCCCACGGTAGTCACCATGGCGAGCGCCATACTGCGCCATGGCGCAA
GGCGCAAGGCTCGGACCGTCTCGCCATGGAGCGCCATGCGCTATTTTAAACACAGGTTCC
AACGCTACCTAAAGAAAACCTCAATGTATATTGAATCACAATGAGCATGAGATCATTCCA
CAAATCGGAATGATCCACCTCTTCAACCACCAACTCTAACACATGACAGAGACAGACTCA
CTTTAAACAATAGTAGATCAGTTGACACAGGTTAAATTTATATCAAAGCTATTTTGTAAC
ATATCATAGAAGATTAGGTAGTTCATTTTATTTACTTTCTCCTCTATTGACCCACCTAAC
CTGAGTTCAATTCCATCTGTTATAGCTTTTTACTGTATTTTTCATTAACTTATTTTAATT
TTGGACAAAAACACAATTTATGACACCCCTAAAATTTATGTCCAAGTCTGCCACTGCCAT
ATGATACAACAACGTTTACTAACATGAAAAAACAAAAGGCATACTCGACATCTTGCCAAG
ATTTTCCCATCGTCATTTAATGATGCGCTAGCTTCAACTCTCAATCGAAAGTATCGTGTA
TATTAACCAAGATCAAGCAGGTTAG


BQ
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AF RR1BD27JQ C 1
AF RR1BD27TF U 1
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CAAATCGGAATGATCCACCTCTTCAACCACCAACTCTAACACATGACAGAGACAGACTCA
CTTTAAACAATAGTAGATCAGTTGACACAGGTTAAATTTATATCAAAGCTATTTTGTAAC
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CTGAGTTCAATTCCATCTGTTATAGCTTTTTACTGTATTTTTCATTAACTTATTTTAATT
TTGGACAAAAACACAATTTATGACACCCCTAAAATTTATGTCCAAGTCTGCCACTGCCAT
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ATTTTCCCATCGTCATTTAATGATGCGCTAGCTTCAACTCTCAATCGAAAGTATCGTGTA
TATTAACCAAGATCAA

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

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CTGTTAGGCCATACAGGCAGCACGGAATTGCCTTGTGCACCACAGAGTGTCGTCCTCAAC
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G


BQ
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10 

AF RR1DY69TF U 1
AF RR1DY69JQ C 101
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RD RR1DY69TF 403 0 0
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DS 

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QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AF45TF U 1
AF RR1AF45JQ C 102
BS 1 778 RR1AF45TF
BS 779 926 RR1AF45JQ

RD RR1AF45TF 778 0 0
GCACCTCATGGAACAGGTATCAAGCTTGAAGGATGTTGCCAAGAAAGATGAAGAGCTTCA
AAATGTTCAGAAGCAAAAAGGTAACAGTACAACCGTGCCGAAACGTGGTTTAAGCAATCT
AAGATTGTTGGGGCCTTCATCACCTAGAAGACACTCTATAGGACCTTCACCAAATGCTCG
ACGAGGAAAGGCACCTGGTTCTTTTGGGAGAGCAGCCTCAGATTTTGACAACGGCTCAGA
ATACAGTAGCAAGCATTCTGATTCCGGTTCACCGCGTTCATCGGACGAACTTAAACATCG
AAAGGATCTTCACCAGCTATCTAAGTTTGCCGGTGGGTCAAAAGAAATTGACATTGAAGA
TGACATTGAACTCATTGGCCTTGGGGATGCAGATTCTGAGGACAGATTGAGTGATATCTC
TGATAGCTGTCTTTCGATGGGAACAGAAACTGATGGCTCCATATGCAGTGCAGTCGAGTT
GACTCTTTTCCCTGAAACCGTGAAGCCTCTTGAAATAACGGAAGAACCTGAACCACACTT
GGTCCCTGAGAAGCTCGAGAAATCAGCAAAGATGGTGAAAACCGTGCCCAAAGACAAAAC
TAGTATTCCATCGAAGATTCCGAAGCAGATCTTGAAACCACCAGGCCAAACCACCAGACC
TTCTCGTCTGTCAATTGCCACTAGCTCCTCCTCGAAGACTTTAACAAGTGCTAAAAGACC
GACGATTAGCACTTCAACTTCAATGAAACCACTCAACAGAAGGCGGTGAAGACTCACT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1AF45JQ 825 0 0
AACGTGGTTTAAGCAATCTAAGATTGTTGGGGCCTTCATCACCTAGAAGACACTCTATAG
GACCTTCACCAAATGCTCGACGAGGAAAGGCACCTGGTTCTTTTGGGAGAGCAGCCTCAG
ATTTTGACAACGGCTCAGAATACAGTAGCAAGCATTCTGATTCCGGTTCACCGCGTTCAT
CGGACGAACTTAAACATCGAAAGGATCTTCACCAGCTATCTAAGTTTGCCGGTGGGTCAA
AAGAAATTGACATTGAAGATGACATTGAACTCATTGGCCTTGGGGATGCAGATTCTGAGG
ACAGATTGAGTGATATCTCTGATAGCTGTCTTTCGATGGGAACAGAAACTGATGGCTCCA
TATGCAGTGCAGTCGAGTTGACTCTTTTCCCTGAAACCGTGAAGCCTCTTGAAATAACGG
AAGAACCTGAACCACACTTGGTCCCTGAGAAGCTCGAGAAATCAGCAAAGATGGTGAAAA
CCGTGCCCAAAGACAAAACTAGTATTCCATCGAAGATTCCGAAGCAGATCTTGAAACCAC
CAGGCCAAACCACCAGACCTTCTCGTCTGTCAATTGCCACTAGCTCCTCCTCGAAGACTT
TAACAAGTGCTAAAAGACCGACGATTAGCACTTCAACTTCAATGAAACCACTCAACAGAA
GGCGGTGAAGACTCACTCAAGGTTCATCAGGACGGGGGGGAGGAAGATTTGAGAATGAAT
CTGAGCTGTTGGTGTTTAGTAGCTAATTGTGTAACTAAAAATCATACGATGTCTGTTCTT
CTTCTATGTAAAACCTAATTAACTAAAAATACCAAGTGTTAACTT

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL6666Contig1 862 2 2 U
GCTTCTGAGAAGGGTTCGAGTGTGAGCATGCCTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTAT
GCTGAGCGGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCCGCAGCGATACTGACGTGCA
AATCGTTCGTCTGGCTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGT
TCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGCTCGGAAACGAGTTCTATCGGGTAAAGC
CAATGATTAGAGGCATCGGGGGCGCAACGCCCTCGACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGT
AGGACGGGGTGGCTGCCTTGTTGAGCCATCCCACGGAATCGAGAGCTCCAAGTGGGCCAT
TTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGGAAGCCGGGTTACGGTGCCCAACT
GCGCGCTAACCTAGAACCCACAAAGGGTGTTGACCATTGAGCTGCAGGATCTGTCTTCCT
TGATTTGGCTAGGAGCTTATCGCCGTTTCCGTTCATAGTTGGTCTATGATGTCTATGGCC
TATTTGGTAAAACGGATGTTGACTGTACCGAAGGGAACTCATGGCTTCGACAACGTAATG
ACATGTTGGTGTAAGGGTTAAGTGAGAAGTTCGGTCTCAGTCTTTATTCACTGTCTTTTG
TGGTTCTGGTCAAGTTTATGGTTTGATGGGTCTTGTAAGTTTAGCCTTCTTGTTTAGAAT
CTTAGTTGTTTGTTTGATGTTGTTTCAGTTTCTTTTCCCACTTGTGGGCTTAGTTTCCAG
GGACATCTATATCGTCCGCTGGCTTAGTATGCTCGACTATGTAATGGTTGATGTTGCAAG
CTCTAATAAAATCTGTTCAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FF15TF U 1
AF RR1FF15JQ C 107
BS 1 782 RR1FF15TF
BS 783 862 RR1FF15JQ

RD RR1FF15TF 782 0 0
GCTTCTGAGAAGGGTTCGAGTGTGAGCATGCCTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTAT
GCTGAGCGGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCCGCAGCGATACTGACGTGCA
AATCGTTCGTCTGGCTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGT
TCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGCTCGGAAACGAGTTCTATCGGGTAAAGC
CAATGATTAGAGGCATCGGGGGCGCAACGCCCTCGACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGT
AGGACGGGGTGGCTGCCTTGTTGAGCCATCCCACGGAATCGAGAGCTCCAAGTGGGCCAT
TTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGGAAGCCGGGTTACGGTGCCCAACT
GCGCGCTAACCTAGAACCCACAAAGGGTGTTGACCATTGAGCTGCAGGATCTGTCTTCCT
TGATTTGGCTAGGAGCTTATCGCCGTTTCCGTTCATAGTTGGTCTATGATGTCTATGGCC
TATTTGGTAAAACGGATGTTGACTGTACCGAAGGGAACTCATGGCTTCGACAACGTAATG
ACATGTTGGTGTAAGGGTTAAGTGAGAAGTTCGGTCTCAGTCTTTATTCACTGTCTTTTG
TGGTTCTGGTCAAGTTTATGGTTTGATGGGTCTTGTAAGTTTAGCCTTCTTGTTTAGAAT
CTTAGTTGTTTGTTTGATGTTGTTTCAGTTTCTTTTCCCACTTGTGGGCTTAGTTTCCAG
GG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1FF15JQ 756 0 0
GATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCTGGCTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACC
ATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGCTCGGAAACGAGTT
CTATCGGGTAAAGCCAATGATTAGAGGCATCGGGGGCGCAACGCCCTCGACCTATTCTCA
AACTTTAAATAGGTAGGACGGGGTGGCTGCCTTGTTGAGCCATCCCACGGAATCGAGAGC
TCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGGAAGCCGGGT
TACGGTGCCCAACTGCGCGCTAACCTAGAACCCACAAAGGGTGTTGACCATTGAGCTGCA
GGATCTGTCTTCCTTGATTTGGCTAGGAGCTTATCGCCGTTTCCGTTCATAGTTGGTCTA
TGATGTCTATGGCCTATTTGGTAAAACGGATGTTGACTGTACCGAAGGGAACTCATGGCT
TCGACAACGTAATGACATGTTGGTGTAAGGGTTAAGTGAGAAGTTCGGTCTCAGTCTTTA
TTCACTGTCTTTTGTGGTTCTGGTCAAGTTTATGGTTTGATGGGTCTTGTAAGTTTAGCC
TTCTTGTTTAGAATCTTAGTTGTTTGTTTGATGTTGTTTCAGTTTCTTTTCCCACTTGTG
GGCTTAGTTTCCAGGGACATCTATATCGTCCGCTGGCTTAGTATGCTCGACTATGTAATG
GTTGATGTTGCAAGCTCTAATAAAATCTGTTCAGAG

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL6667Contig1 1084 2 4 U
GGGCAGGGGATCTAACATATTCTCTTTAACATATTCTACAAGTGTCTTTTCCCTACCTTT
TACAAGTTAAGCTTGCAGCCTCAAAAAATTAGGACCGGTTCTGGATGTATGCTTTTAGAG
TTGCTTTGGTTTGTTATGGTAAATATTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTAATTTTTCATATAT
TTAATTTGAATATAGTATATTGTTTAACATGATAAAAGAAAGAAATGAGAAAAGGTAGTT
TGTGTTATAAAAACATAAAGGAGAAAAGGTCGTTTTGATGAAAATGTGGGATCTATTTTT
CTTAAAAAGGGGTCAAAATTTGGTGATTTATCAAAGATTCAGCAGTAATGTATATCAACG
TAATAAATAAAAACAATATTAGTTAAATCAACCCAATAAAAAAACATCATTTTACACTAG
CTTTTCTTTGGGAGGTGACGTCAACAAGCTCTTCTAGCGAGAGTATAATGCGGGGTTAAG
TTTGTATGAGCCACACTACTTAGGAAAAGGCCGACATGATTTATTCAAGTTATGTATTGG
TGTCGATTAGGTGAAACGAGATAACTGAGAATTAGGGTTTGATAATAGGTTAAGTTTGGA
TGTAGATAATTAAGCGAAAAAGTTTGAAACTTGGGATTCAGGGCATGTTGTAGCACTAAG
TATAAGACTTGTTCTGTATTCATTAGTTGATTTTGAGCGTGGGAACAGTGAAAAGAACAA
TCTGGAGCTTAAAGCAGTTAAATAGGGAGCAGTTAGATACGCTGCCTCGAAGAAGAAGGC
TCAGTTATATGAGATGCTTGTAAGGGGGGAGAGCTTTCGGATTAAGAAGGGGAAGAGAAG
TACTGTGTGGATTTCTTCGGGAAAGGAGTAGAACACGGAGAAGATTTACAATTATGGAGA
AACAGCAACGGTTTCTGTTTCATCACCACCTGAAGATGTAAAGGCAGATGGTGAAGAAGA
AGATGATGTTTCGTTGTTTAGCACTAGATTTGCTGGAGTTGGGGACAGCTGATATAAGTC
CTCCTTTTTTTGTAACAGCCACACAACAAACTGTTCAAGAATCTATTAATGAATCTAGAA
CTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1D692TF U 1
AF RR1D692JQ C 362
BS 1 642 RR1D692TF
BS 643 643 RR1D692JQ
BS 644 675 RR1D692TF
BS 676 1084 RR1D692JQ

RD RR1D692TF 675 0 0
GGGCAGGGGATCTAACATATTCTCTTTAACATATTCTACAAGTGTCTTTTCCCTACCTTT
TACAAGTTAAGCTTGCAGCCTCAAAAAATTAGGACCGGTTCTGGATGTATGCTTTTAGAG
TTGCTTTGGTTTGTTATGGTAAATATTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTAATTTTTCATATAT
TTAATTTGAATATAGTATATTGTTTAACATGATAAAAGAAAGAAATGAGAAAAGGTAGTT
TGTGTTATAAAAACATAAAGGAGAAAAGGTCGTTTTGATGAAAATGTGGGATCTATTTTT
CTTAAAAAGGGGTCAAAATTTGGTGATTTATCAAAGATTCAGCAGTAATGTATATCAACG
TAATAAATAAAAACAATATTAGTTAAATCAACCCAATAAAAAAACATCATTTTACACTAG
CTTTTCTTTGGGAGGTGACGTCAACAAGCTCTTCTAGCGAGAGTATAATGCGGGGTTAAG
TTTGTATGAGCCACACTACTTAGGAAAAGGCCGACATGATTTATTCAAGTTATGTATTGG
TGTCGATTAGGTGAAACGAGATAACTGAGAATTAGGGTTTGATAATAGGTTAAGTTTGGA
TGTAGATAATTAAGCGAAAAAGTTTGAAACTTGGGATTCAGG*CATGTTGTAGCACTAAG
TATAAGACTTGTTCT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1D692JQ 723 0 0
GTAT
AATAAAAACAATATTAGTTAAATCAACCCAATAAAAAAACATCATTTTACACTAGCTTTT
CTTTGGGAGGTGACGTCAACAAGCTCTTCTAGCGAGAGTATAATGCGGGGTTAAGTTTGT
ATGAGCCACACTACTTAGGAAAAGGCCGACATGATTTATTCAAGTTATGTATTGGTGTCG
ATTAGGTGAAACGAGATAACTGAGAATTAGGGTTTGATAATAGGTTAAGTTTGGATGTAG
ATAATTAAGCGAAAAAGTTTGAAACTTGGGATTCAGGGCATGTTGTAGCACTAAGTATAA
GACTTGTTCTGTATTCATTAGTTGATTTTGAGCGTGGGAACAGTGAAAAGAACAATCTGG
AGCTTAAAGCAGTTAAATAGGGAGCAGTTAGATACGCTGCCTCGAAGAAGAAGGCTCAGT
TATATGAGATGCTTGTAAGGGGGGAGAGCTTTCGGATTAAGAAGGGGAAGAGAAGTACTG
TGTGGATTTCTTCGGGAAAGGAGTAGAACACGGAGAAGATTTACAATTATGGAGAAACAG
CAACGGTTTCTGTTTCATCACCACCTGAAGATGTAAAGGCAGATGGTGAAGAAGAAGATG
ATGTTTCGTTGTTTAGCACTAGATTTGCTGGAGTTGGGGACAGCTGATATAAGTCCTCCT
TTTTTTGTAACAGCCACACAACAAACTGTTCAAGAATCTATTAATGAATCTAGAACTTG

QA 5 723 5 723
DS 



AS 1 2

CO CL6668Contig1 940 2 2 U
GGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCGCACATCCTCCCTCCATTACCTCACTCCCAATGGCATCA
AACACCACCGACAACTCCTCCTCTCAGGCGCCTCACCAAAGACCCCGCCAAAGAAACGGA
CCTCCTCCTCCTCGCCGCCACGGAAGAAACCCGCCGCCTCGTTATCACCAGACGACGGCC
ACGGCCACTGCTCAGGCTCCTCAGGAGAAGAAGAAACCCGTCTTCGTCAAGGTCGATCAT
CTCAAACCAGGCACGAGCGGACACACCCTGACCGTCAAAGTCGTCGATCAAACCTCCGTC
CCTCAGAAACCGAACGCCGCCGCCGCCGCCTCTTCCCACCTCCGTCCTAATCGGATCTCC
GAGTGCCTCGTCGGAGACGAGACCGCTTCCATCCTCTTCACCGCTCGCAACGATCAAGTG
GACTTGATGAAGCCGGGAGCTACTGTGAATCTCCGGAATGCGAAGATTGATATGTTCAAG
GGGTCAATGAGGCTTGCGGTTGACAAATGGGGTCGTATTGAGGTCACTGAGCCTGTTGAG
ATGACTGTTAGAGAGGATAACAATCTGTCTCTTGTGGAGTATGAGCTCGTCAATGTCGAG
GAATGATCGATCAAGCGCCACAATGGGGTTTTGTTTTGTGGTAATGTAACAGGCGAATGG
GAAGATTATATGTTTTTATCTTATGACAGTTGCAAGTTTGGTACATTATGTTGATCTTGG
GTTTTTGGTGCACACAATATATCATCATGGATTCATGGGTATGTACTCTTTCAGTTGTGG
CCTCTTCTCTGTTTTTTGTATGGTTATTGAACAGAGGGGTTAATGAAAAAAAAACTTGGT
AAAGAGTTTTGTGTGTGCATTATTGTTTCTTGCCAACATCCATATAAGAAAGAAAGCTTG
AATTGGGTTTGGGTTTTAAGTGGTCTTCTGGATCTTGGGT


BQ
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AF RR1F157TF U 1
AF RR1F157JQ C 288
BS 1 603 RR1F157TF
BS 604 940 RR1F157JQ

RD RR1F157TF 603 0 0
GGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCGCACATCCTCCCTCCATTACCTCACTCCCAATGGCATCA
AACACCACCGACAACTCCTCCTCTCAGGCGCCTCACCAAAGACCCCGCCAAAGAAACGGA
CCTCCTCCTCCTCGCCGCCACGGAAGAAACCCGCCGCCTCGTTATCACCAGACGACGGCC
ACGGCCACTGCTCAGGCTCCTCAGGAGAAGAAGAAACCCGTCTTCGTCAAGGTCGATCAT
CTCAAACCAGGCACGAGCGGACACACCCTGACCGTCAAAGTCGTCGATCAAACCTCCGTC
CCTCAGAAACCGAACGCCGCCGCCGCCGCCTCTTCCCACCTCCGTCCTAATCGGATCTCC
GAGTGCCTCGTCGGAGACGAGACCGCTTCCATCCTCTTCACCGCTCGCAACGATCAAGTG
GACTTGATGAAGCCGGGAGCTACTGTGAATCTCCGGAATGCGAAGATTGATATGTTCAAG
GGGTCAATGAGGCTTGCGGTTGACAAATGGGGTCGTATTGAGGTCACTGAGCCTGTTGAG
ATGACTGTTAGAGAGGATAACAATCTGTCTCTTGTGGAGTATGAGCTCGTCAATGTCGAG
GAA

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR1F157JQ 653 0 0
TCAAACCTCCGTCCCTCAGAAACCGAACGCCGCCGCCGCCGCCTCTTCCCACCTCCGTCC
TAATCGGATCTCCGAGTGCCTCGTCGGAGACGAGACCGCTTCCATCCTCTTCACCGCTCG
CAACGATCAAGTGGACTTGATGAAGCCGGGAGCTACTGTGAATTTCCGGAATGCGAAGAT
TGATATGTTCAAGGGGTCAATGAGGCTTGCGGTTGACAAATGGGGTCGTATTGAGGTCAC
TGAGCCTGTTGAGATGACTGTTAGAGAGGATAACAATCTGTCTCTTGTGGAGTATGAGCT
CGTCAATGTCGAGGAATGATCGATCAAGCGCCACAATGGGGTTTTGTTTTGTGGTAATGT
AACAGGCGAATGGGAAGATTATATGTTTTTATCTTATGACAGTTGCAAGTTTGGTACATT
ATGTTGATCTTGGGTTTTTGGTGCACACAATATATCATCATGGATTCATGGGTATGTACT
CTTTCAGTTGTGGCCTCTTCTCTGTTTTTTGTATGGTTATTGAACAGAGGGGTTAATGAA
AAAAAAACTTGGTAAAGAGTTTTGTGTGTGCATTATTGTTTCTTGCCAACATCCATATAA
GAAAGAAAGCTTGAATTGGGTTTGGGTTTTAAGTGGTCTTCTGGATCTTGGGT

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL6669Contig1 678 2 1 U
GAGAGAAGGTAGAAGACTCAGCAGCATTGGGTGACTCTGGAGGAGACTTCGACTGCAACA
TATGTTTGGATCAAGTACGTGACCCGGTCGTAACACTATGTGGCCACTTGTTTTGTTGGC
CCTGCATATACAAGTGGACTTATTCCACCAACAATACAAGAAGACGCGTTGATCAGTACG
ATAAAAAGGAGGCCCCAAAATGTCCGGTCTGCAAATCTGATGTCTCGGATGCTACACTTG
TCCCTATCTACGGCCGGGGGCAGAAAATACCCCAGTCCTGTTCAAACGTACCGAACAGAC
CATCCGGTCCCCTTTATGACTCGAGAGGAATTGGTCAACGTTTAGGAGAGAGTGAGAGTC
AACGGTACATGTATAGAATGCCTGATCCAGTGATGGGTGTGGTATGCGAAATGGTATATC
GAAGACTGTTTGGAGAGTCTTCTAGGAACGTAACACCGTACCGTAGCTACCGTGACACAA
GTCTACATTCAAGGCGGCGGACAATGCAGGTGGATGAGTCGCTAAGCAGAGTCTACCTGT
TCCTGCTTTGCTTCATGGTTATGTGTCTACTTCTCTTCTAGTTATAATGTCATTTCGCAT
AATAATGAGTATGCATAAATCTATACACATGGATTTAATAAGAGTGTATATATGTGTGTT
TAAGAGTGTTGAATCCTT


BQ
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AF RR1CR46JQ C 1
AF RR1CR46TF U 1
BS 1 678 RR1CR46TF

RD RR1CR46JQ 678 0 0
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AACGGTACATGTATAGAATGCCTGATCCAGTGATGGGTGTGGTATGCGAAATGGTATATC
GAAGACTGTTTGGAGAGTCTTCTAGGAACGTAACACCGTACCGTAGCTACCGTGACACAA
GTCTACATTCAAGGCGGCGGACAATGCAGGTGGATGAGTCGCTAAGCAGAGTCTACCTGT
TCCTGCTTTGCTTCATGGTTATGTGTCTACTTCTCTTCTAGTTATAATGTCATTTCGCAT
AATAATGAGTATGCATAAATCTATACACATGGATTTAATAAGAGTGTATATATGTGTGTT
TAAGAGTGTTGAATCCTT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1CR46TF 678 0 0
GAGAGAAGGTAGAAGACTCAGCAGCATTGGGTGACTCTGGAGGAGACTTCGACTGCAACA
TATGTTTGGATCAAGTACGTGACCCGGTCGTAACACTATGTGGCCACTTGTTTTGTTGGC
CCTGCATATACAAGTGGACTTATTCCACCAACAATACAAGAAGACGCGTTGATCAGTACG
ATAAAAAGGAGGCCCCAAAATGTCCGGTCTGCAAATCTGATGTCTCGGATGCTACACTTG
TCCCTATCTACGGCCGGGGGCAGAAAATACCCCAGTCCTGTTCAAACGTACCGAACAGAC
CATCCGGTCCCCTTTATGACTCGAGAGGAATTGGTCAACGTTTAGGAGAGAGTGAGAGTC
AACGGTACATGTATAGAATGCCTGATCCAGTGATGGGTGTGGTATGCGAAATGGTATATC
GAAGACTGTTTGGAGAGTCTTCTAGGAACGTAACACCGTACCGTAGCTACCGTGACACAA
GTCTACATTCAAGGCGGCGGACAATGCAGGTGGATGAGTCGCTAAGCAGAGTCTACCTGT
TCCTGCTTTGCTTCATGGTTATGTGTCTACTTCTCTTCTAGTTATAATGTCATTTCGCAT
AATAATGAGTATGCATAAATCTATACACATGGATTTAATAAGAGTGTATATATGTGTGTT
TAAGAGTGTTGAATCCTT

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL6670Contig1 886 2 2 U
TCTATCTCTATCTTCATTATTTTCCTCTCTAGAGGACATAAACAGTGACATTCTATCTGA
ACGCATCTATGGCTGCTCTGGTTCTTTCACTTCCCATTCTAGCCATGGCCGGAGACTCTA
GTGCGTCATGGTGTGTGTGCAAAACAGGGCTCAGTGATTCAGTGCTACAGAATACCTTAG
ACTACGCCTGTGGAAATGGAGCAGACTGTAATCCCACTCACCCAAAGGCACCTTGCTTTA
ACCCTGACAATGTCAGGTCGCACTGCAACTATGCGGTCAATAGCTTCTTTCAAAAGAAGG
GTCAATCTCCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCAACTACCACTGATCCAA
GCTATTCAGGATGTACCTTCCCAACTAGTGCTAGCGGCTCTGGAGGCAGCACCACTGTGA
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GTCCTTATTCAGGAACCTCAGCCAATGGAGGTTTTGGAAACAATAGCACAGGAGCCACTG
GGACAGGGATTAATCCAGATTACTCAATAGAAAGCAGTGCCTTTGCTCTCGAGAACTCAA
GCAAATTGTTCACTTGCCTTATCTTGATCTCTTTAAGTGGATTATGTTATTTCTCGATGC
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GTTTTAGTTCTGTGTTATTTCTTGTTGTGAGATGATTTCAGCCTCTTGGTCTTACTCTGG
TAGATTTGATCGTAGTGAAAAAAATTTATATATAAATGATCTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AS06TF U 1
AF RR1AS06JQ C 113
BS 1 795 RR1AS06TF
BS 796 886 RR1AS06JQ

RD RR1AS06TF 795 0 0
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GCAAATTGTTCACTTGCCTTATCTTGATCTCTTTAAGTGGATTATGTTATTTCTCGATGC
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GTTTTAGTTCTGTGT

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1AS06JQ 774 0 0
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CACTGTGACACCAGGCACAACCAATCCAAAAGGCAGCTCAACCACCACCACATTTCCTGG
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ATGTGTGTGTTTTAGTTCTGTGTTATTTCTTGTTGTGAGATGATTTCAGCCTCTTGGTCT
TACTCTGGTAGATTTGATCGTAGTGAAAAAAATTTATATATAAATGATCTTACT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL6671Contig1 1193 2 2 U
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AGGCTGTGTTTCTTTGAAGCTAACCCTTTGTATCTGATGATACAATGATATCCAAGAAAG
ACTGATACCAACAGATACAGCTTTCTGTTATCTCTGTAATCATTATTCCACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

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CGAACAAACCACCAGAAGCTTCTTGTCTGATCATAACGCGACCGCTGGAGGAGCGTTGAG
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C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GK37TF C 1
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C

QA 1 532 1 532
DS 

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GTC
CAAAAAGTAAACATATAATCCAAACTAAAATATCTGAAAAACAATACAAGTTCATATAGA
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AAGTAGGCCTAGAATCAGTGTCATCAACACCGGGTAGAGAAAGAGCAACAGAAGGGGCGG
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CAGATCCAATAGGTCCATTAACAGATCCGACGGACGCTTGAGGGGATCCAGATGATCCAT
GAATTGCTCCCGCGAAAGCCTGAACGGATCTGACGGATCCGGTTGAAACTTCATTAGATC
CGGTCG

QA 4 669 4 669
DS 



AS 1 2

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GACCGACCCAGTCCAAACACGAGATGGGCTTCATCAAATCCTATTTGGACTTGGCAAACC
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GTGGGTTAGTCTCCTTGAGTAACCCGCTAAAAGTATTCGGTGGATTCACCTTTATTTTTA
CCGAAACTGATTTGCACTCAATGCTTCATTTCTCTTGTACGAAGAATTTAATCGATGTTC
ATTTTCTGGTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E457TF U 1
AF RR1E457JQ C 1
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RD RR1E457TF 699 0 0
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QA 1 699 1 699
DS 

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CTGAAAGCTTGTATTCATACCGCTCCTACTCCATATCTGCCGCCGTCAAGCTCACCTACG
ATTCTGGTGGTCGGATATATCTCGGTGAGGATTCTCCCCGTGTTATATGTACCCTTCCGC
TGCTCGTTATCCATATCACACCGTATTTGAAGGGTGAACCTCTACCGGACTCATCCGCCG
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GACCGACCCAGTCCAAACACGAGATGGGCTTCATCAAATCCTATTTGGACTTGGCAAACC
CAACATGGCTCACAGGCCCCCATCTCCTGCTACTTGTTTCACAGCCCATTTCAAAGTGGG
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ATTTTCTGGTGG

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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GGGCCACGGACGTTGGGACTGTTTGACTCGCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CH60JQ U 43
AF RR1CH60TF C 1
BS 1 42 RR1CH60TF
BS 43 719 RR1CH60JQ
BS 720 755 RR1CH60TF

RD RR1CH60JQ 677 0 0
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CCATAGAGAAGAGCTGG

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1CH60TF 755 0 0
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AAGCTAAAGTTCTCTCATGCGTTGTCACTAAAGATAAGAAACAACTTGAAAGACTCAAAA
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TCTCCGTTTCATCAGTCATATTGCGTTCAGCGGCTTGAACAATCTGTCTAGCCGCTTTGG
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GGTTCCTTAACCTCATCGACTTCACTTCTTGACTCGACCACCACTAGAGGGATGGTGTGG
AGGATAGAGAGGAAGAGCCGGAGAGCCTCGGTCAATTTCTCATCCTTCCCACTTGTTGTA
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GGGCCACGGACGTTGGGACTGTTTGACTCGCTCCC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL6675Contig1 785 2 6 U
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ATCAACCGCCTCTTACTCCGGCGACCGAAACTATGCATCTCGCCTGAATAAGACCAAACT
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CTACACGTGTTACTGGGTCAGATGGGACTCTTCACCAAGCCGCAAGCTGATTCACGAAAT
CATCGACGCTTACGAAGAAAGCTTGGAGAATAAGAAACAAACCAAGAAGAAGAAAGATCG
GAGAAAGCGTTCAGGGAAAGCTCCAGCTCTCGCTAGTCCTAGCTTTGGTACGGGTGATTC
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TCATGAGTTGGTTGATGGTACTGGTGGTTGCAACGGCGGTTTGAAATCCACGGAGGAGTT
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ATTTGTGAGTTTCATTGGTGAGAAAGTTTTTGGTGTTTGGGGATAAGAAAATTTACAAGA
AATAATAAGGTAGAAATTTTTTGGTAAAAAGCTAAAAAATGTTTTTTCAAAGGTTTAATT
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AACTGTATTGCGGCCAAAAACATGATTGTATTATAACATCTTGATCATATCAGAAAGTTG
GTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1CT25TF U 1
AF RR1CT25JQ C 77
BS 1 629 RR1CT25TF
BS 630 630 RR1CT25JQ
BS 631 650 RR1CT25TF
BS 651 651 RR1CT25JQ
BS 652 686 RR1CT25TF
BS 687 785 RR1CT25JQ

RD RR1CT25TF 686 0 0
CATCTTCTCACTAGCGGCGGTTCTTTCACCGAAAGACCGCGAAGTCTTGGCTTACCTCTT
ATCAACCGCCTCTTACTCCGGCGACCGAAACTATGCATCTCGCCTGAATAAGACCAAACT
CCACGAGAAGTCCCGTTCAGACAATCACTCCCCTCTTTTTCATTGTGACTGTTTCAGCTG
CTACACGTGTTACTGGGTCAGATGGGACTCTTCACCAAGCCGCAAGCTGATTCACGAAAT
CATCGACGCTTACGAAGAAAGCTTGGAGAATAAGAAACAAACCAAGAAGAAGAAAGATCG
GAGAAAGCGTTCAGGGAAAGCTCCAGCTCTCGCTAGTCCTAGCTTTGGTACGGGTGATTC
AGAGAGTCCAAGTCAACTTACTGATTCGATTTCGAGTTCTTGTGCATGTTCGAGTTCGAG
TCATGAGTTGGTTGATGGTACTGGTGGTTGCAACGGCGGTTTGAAATCCACGGAGGAGTT
CCTTGCCGGAGACGTTGGCGAAGAGACGGCTGAGGAGCAGGAGAAGGGATCCGTTAGAAG
ATTTGTGAGTTTCATTGGTGAGAAAGTTTTTGGTGTTTGGGGATAAGAAAATTTACAAGA
AATAATAAGGTAGAAATTTTTTGGTAAAA*GCTAAAAAATGTTTTTTCAA*GGTTTAATT
ACTTTGGATCTTTGTAGGCCAAAATG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1CT25JQ 709 0 0
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TCAGACAATCACTCCCCTCTTTTTCATTGTGACTGTTTCAGCTGCTACACGTGTTACTGG
GTCAGATGGGACTCTTCACCAAGCCGCAAGCTGATTCACGAAATCATCGACGCTTACGAA
GAAAGCTTGGAGAATAAGAAACAAACCAAGAAGAAGAAAGATCGGAGAAAGCGTTCAGGG
AAAGCTCCAGCTCTCGCTAGTCCTAGCTTTGGTACGGGTGATTCAGAGAGTCCAAGTCAA
CTTACTGATTCGATTTCGAGTTCTTGTGCATGTTCGAGTTCGAGTCATGAGTTGGTTGAT
GGTACTGGTGGTTGCAACGGCGGTTTGAAATCCACGGAGGAGTTCCTTGCCGGAGACGTT
GGCGAAGAGACGGCTGAGGAGCAGGAGAAGGGATCCGTTAGAAGATTTGTGAGTTTCATT
GGTGAGAAAGTTTTTGGTGTTTGGGGATAAGAAAATTTACAAGAAATAATAAGGTAGAAA
TTTTTTGGTAAAAAGCTAAAAAATGTTTTTTCAAAGGTTTAATTACTTTGGATCTTTGTA
GGCCAAAATGTTTGATTACCAAATGTTTTCATGTATAGGGATTTAACTGTATTGCGGCCA
AAAACATGATTGTATTATAACATCTTGATCATATCAGAAAGTTGGTACT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

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TCAAAGAAGATAGCAACAAAAGCTGAGGATGAGAAGAAGACAAAGAAAGATGATGTGATG
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AGACAAGACAAAAACTCGATTCAAAGATCAGAAAATACTAAAAGGATGGAAACTCAACAC
AAGGGTAAGAAGGTGATGAACGTGAAACAAAACACAGAAGAGAGTGACGTTCGTAAGATG
AAGAAAGTATGGGATTGCGAAAGCACACTTTATGACTCGTTCGAGCTCAACTCGTTCAAT
CGTCAACTCGACAACGCAATCTCTTCCTCCGCTAGATCCATGTCAATGCCTCACCTTCCT
CCTCCACCGTCAGAAACCACGTCTTCGCCTTCGACAAAGAAGCAGCCATCAAACAAGATC
TCACGCTCTTTAAAGAAACTCGTAAAGTCAATCTTCAGACAGAAACAGTCAAACACTCCC
TTTAAGGCATGTCACGGCGTAGATATGGACAAATACTACGTCGTTTTTGACAACACAGGA
TCCCTCACGACGATTCCCGAGTCAAGAGAGTCTTTAGAACTGGGTCGCTCAGAGATCAAC
TCGCTTGATAGAAAAACCGTGTCAGAGCGATTCCCACCGAGTCGACTCGCTGGTATATCT
TGTTCCTGATCAGTATTATACTATATAGTTTATTGATCCTTTATTGATTGATGTAACTCG
GTAATGTATAGAAAGTCTTTAAAAGTACTGTATTTGAAATAAGTATTATGGTCATGTTGT
TATACTTATATAGATCCTTTTAATGACTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BG11TF U 1
AF RR1BG11JQ C 62
BS 1 739 RR1BG11TF
BS 740 871 RR1BG11JQ

RD RR1BG11TF 739 0 0
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AAGAAAGTATGGGATTGCGAAAGCACACTTTATGACTCGTTCGAGCTCAACTCGTTCAAT
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TGTTCCTGATCAGTATTAT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1BG11JQ 810 0 0
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GACAAGACAAAAACTCGATTCAAAGATCAGAAAATACTAAAAGGATGGAAACTCAACACA
AGGGTAAGAAGGTGATGAACGTGAAACAAAACACAGAAGAGAGTGACGTTCGTAAGATGA
AGAAAGTATGGGATTGCGAAAGCACACTTTATGACTCGTTCGAGCTCAACTCGTTCAATC
GTCAACTCGACAACGCAATCTCTTCCTCCGCTAGATCCATGTCAATGCCTCACCTTCCTC
CTCCACCGTCAGAAACCACGTCTTCGCCTTCGACAAAGAAGCAGCCATCAAACAAGATCT
CACGCTCTTTAAAGAAACTCGTAAAGTCAATCTTCAGACAGAAACAGTCAAACACTCCCT
TTAAGGCATGTCACGGCGTAGATATGGACAAATACTACGTCGTTTTTGACAACACAGGAT
CCCTCACGACGATTCCCGAGTCAAGAGAGTCTTTAGAACTGGGTCGCTCAGAGATCAACT
CGCTTGATAGAAAAACCGTGTCAGAGCGATTCCCACCGAGTCGACTCGCTGGTATATCTT
GTTCCTGATCAGTATTATACTATATAGTTTATTGATCCTTTATTGATTGATGTAACTCGG
TAATGTATAGAAAGTCTTTAAAAGTACTGTATTTGAAATAAGTATTATGGTCATGTTGTT
ATACTTATATAGATCCTTTTAATGACTTAC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL6677Contig1 735 2 8 U
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AAAATGAGAAGAAAAAGGAGTATACGAAATGATACATATTACAATCATTCAAAACTACAA
AGACCCAACCAAATGGTGTTTCCTAATGCTAACTTCCATGAATACTTGCTTTTATTCGTT
ATCATTGCCAAATTCCCACCAGGCTACCACCGCGCCTTATAGCTCATCATGGTAATCGTC
CATGTAATCACGTCGGTGGTGCCGTTTGTAACGATGCCTCCTGTCCCTGTGTCCATACCG
GTCACCCCTCTCCTTTCGTCTACGTTCCCCTTCTTCTCGAGCTATCCGAGCTTCCTCATC
TTCTATAGCTTTTTTTTCTTTCTCAGCTTCCGCAAATAACTCCTTCTCAGACTCCCTGTG
CCGAGCAAAATAGTCATCCACCATGCTCCTTGCATATTCCGGGTCATCACTGATCAATAT
ATTGTCAAATATTGAACCAGCCTTTACCTGCCATACTTCAATGCCTGCATATCTTATAGG
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CCATTTTCCCTTGTAGTTCGGGTTCTTGATTTTCTTTGCTTTCCAAGAACCTTTGTACGC
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BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF19JQ U 1
AF RR1C451JQ U 7
BS 1 10 RR1EF19JQ
BS 11 11 RR1C451JQ
BS 12 364 RR1EF19JQ
BS 365 365 RR1C451JQ
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BS 423 715 RR1EF19JQ
BS 716 735 RR1C451JQ

RD RR1EF19JQ 715 0 0
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AAAATGAGAAGAAAAAGGAGTATACGAAATGATACATATTACAATCATTCAAAACTACAA
AGACCCAACCAAATGGTGTTTCCTAATGCTAACTTCCATGAATACTTGCTTTTATTCGTT
ATCATTGCCAAATTCCCACCAGGCTACCACCGCGCCTTATAGCTCATCATGGTAATCGTC
CATGTAATCACGTCGGTGGTGCCGTTTGTAACGATGCCTCCTGTCCCTGTGTCCATACCG
GTCACCCCTCTCCTTTCGTCTACGTTCCCCTTCTTCTCGAGCTATCCGAGCTTCCTCATC
TTCTCTAGCTTTTTTTTCTTTCTCAGCTTCCGCAAATAACTCCTTCTCAGACTCCCTGTG
CTGAGCAAAATAGTCATCCACCATGCTCCTTGCATATTCCGGGTCATCACTGATCAATAT
ATTGTCAAATATTGAACCAGCCTTTACCTGCCATACTTCAATGCCTGCATATCTTATAGG
CTTCAGAACATAAAGATCTGGATCATCTTCAAACTCTGGGTTATCTATCCATGGGTTCTT
CCATTTTCCCTTGTAGTTCGGGTTCTTGATTTTCTTTGCTTTCCAAGAACCTTTGTACGC
AGGATTAGGGATCATTGGAGGTTCCCAGAGACCGTTTTCTTCCTCATCCCAGTCC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1C451JQ 729 0 0
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AGAAGAAAAAGGAGTATACGAAATGATACATATTACAATCATTCAAAACTACAAAGACCC
AACCAAATGGT**TTCCTAATGCTGACTTCCATGAATACTTGCTTTTATTCGTTATCATT
GCCAAATTCCCACCAGGCTACCACTGCGCCTTATAGCTCATCATGGTAATCGTCCATGTA
ATCACGTCGGTGGTGCCGTTTGTAACGATGCCTCCTGTCCCTGTGTCCATACCGGTCACC
CCTCTCCTTTCGTCTACGTTCCCCTTCTTCTCGAGCTATCCGAGCTTCCTCATCTTCTAT
AGCTTTTTTTTCTTTCTCAGCTTCCGCAAATAACTCCTTCTCAGACTCCCTGTGCCGAGC
AAAATAGTCATCCACCATGCTCCTTGCATATTCCGGGTCATCACTGATCAATATATTGTC
AAATATTGAACCAGCCTTTACCTGCCATACTTCAATGCCTGCATATCTTATAGGCTTCAG
AACATAAAGATCTGGATCATCTTCAAACTCTGGGTTATCTATCCATGGGTTCTTCCATTT
TCCCTTGTAGTTCGGGTTCTTGATTTTCTTTGCTTTCCAAGAACCTTTGTACGCAGGATT
AGGGATCATTGGAGGTTCCCAGAGACCGTTTTCTTCCTCATCCCAGTCCTCAGGCTCTTT
AGCTTTTTG

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL6678Contig1 1267 2 2 U
TTTTTCATTTATATATATTTCTCTATATCTCAGATCTTCTCCACCCTCTTCTCTTTTCCA
CTGATCTCTGAATCATATATAAAACAAGTATTCTTCTCTTGAATAATCGTCACTAGAGTC
CATATATGGACCAAGATGACCAGAAAGAAGAACCAGAAACGGTGTCATTCGGCAACAGCA
AGTGCAAGAGCAAGATTGCTCCCGGAGATGATCACGATGGAGACGAAAGCAGCGGTGCTA
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TCAACGTTTGGACGCATTTACTTGGTTTCATCTTATTTGTGGGACTAACCGTCGCCAACA
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GGCCATTCTTCGTCTTCTTAGGAGGCTCAATGTTCTGCCTACTCTCGAGCAGCATTTGCC
ACCTCTTCTGCTGCCACTCCCATGACCTTAACGTCTTCCTCCTCCGCATAGACTATGCGG
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CTCCTCGTTGGTACTTCATCTACCATGCGGCCATCACCTCTATGGGAATCTTCACGATCA
TCACACTCTTCACTCCATCACTTTCCTCTCCCAAGTACCGAGGTTTCCGCGCTTTACTCT
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GAAACCCGCAAAGGAACGTGACGCTCTTGTACGAGCTGGGCATGGCAGTGTTTTATCTTG
TTGGGACCGGGTTCTATGTAGGGAGAGTGCCTGAGAGGCTTAAACCGGGATGGTTTGATC
GTGTGGGGCATAGTCATCAGATCTTCCATGTGTTTGTTTTGTTGGGTGCTTTGTCTCACT
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TGTAATTATTTTGAAGATTAAAGACAATTAGTTTGTCCGTATCACATGGAAAATGTAATA
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TTTATAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

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BS 729 1267 RR1DH82JQ

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DS 

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CTCCGCATAGACTATGCGGGTATCACCGCCATGATCATCACATCTTTCTTCCCACCAATC
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AAACCGGGATGGTTTGATCGTGTGGGGCATAGTCATCAGATCTTCCATGTGTTTGTTTTG
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TCACATGGAAAATGTAATAATTCCATTTGTTGTTTAAATTGAATTGTAACTCCATTTGTG
GTTTTATATATAATATGGTTTTATAT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL6679Contig1 758 2 5 U
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TATGGAACGGCTGTACCGGTTCATGGTCGGGAGGCTGATAAGTTGCAACATCAGGGGTAC
GGAACACTTCTGATGGAAGAGGCAGAGAGGATTGCTAGAAGAGAACATCGATCTAACAAA
ATCGGTGTGATTTCAGGTGTGGGAACCCGACATTACTACAGAAAGTTGGGTTATGAATTG
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TTGTAATACAAAGTTCAAGATTTAGGAGGTTACTGATT


BQ
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AF RR1FZ41TF U 67
AF RR1AS90JQ C 1
BS 1 66 RR1AS90JQ
BS 67 383 RR1FZ41TF
BS 384 384 RR1AS90JQ
BS 385 609 RR1FZ41TF
BS 610 758 RR1AS90JQ

RD RR1FZ41TF 543 0 0
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GTTGAGCTTGTGCGTCGTGATTACACTGCAAACGAAGGCTGGGAAACATTCCTTTCATAT
GAAGATACACGCCAGGACATTCTTGTTGGGTTATTACGTTTGCGTAAATGTGGTAAGAAC
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ACGGCTGTACCGGTTCATGGTCGGGAGGCTGATAAGTTGCAACATCAGGGGTACGGAACA
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GTGATTTCAGGTGTGGGAACCCGACATTACTACAGAAAGTTGGGTTATGAATTGGAAGGT
CCTTACATGGTGAAGCATCTTCTTTGAGATTCTTCCTGTTGAACTACTAAAACCCCAAAA
CTCGTAAACGTTTCTGTTGAATTATCCCTGTTGCCTTTTGAGTGTATTACTTTTGTTTTA
TTA

QA 1 543 1 543
DS 

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GAACAAGTTGAGCTTGTGCGTCGTGATTACACTGCAAACGAAGGCTGGGAAACATTCCTT
TCATATGAAGATACACGCCAGGACATTCTTGTTGGGTTATTACGTTTGCGTAAATGTGGT
AAGAACGTAACTTGTCCAGAACTCATGGGAAAGTGTTCTGTTGTCCGTGAGCTTCACGTG
TATGGAACGGCTGTACCGGTTCATGGTCGGGAGGCTGATAAGTTGCAACATCAGGGGTAC
GGAACACTTCTGATGGAAGAGGCAGAGAGGATTGCTAGAAGAGAACATCGATCTAACAAA
ATCGGTGTGATTTCAGGTGTGGGAACCCGACATTACTACAGAAAGTTGGGTTATGAATTG
GAAGGTCCTTACATGGTGAAGCATCTTCTTTGAGATTCTTCCTGTTGAACTACTAAAACC
CCAAAACTCGTAAACGTTTCTGTTGAATTATCCCTGTTGCCTTTTGAGTGTATTACTTTT
GTTTTATTAAAAGGGTTCTTTACAGAGAGTTTTTGGCGCAATTTCCAAAATTTGCTATAG
AATTAAGAATGTTTTCACTGGAAATAGCAAAGACTTTAATAGAAAACATCCGATATGCCA
TTGTAATACAAAGTTCAAGATTTAGGAGGTTACTGATT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

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CAAGGGACCTATCAAACAAGCTGGAGGAAAATGATTATACGGATGCCAGAGAGTACTAAT
ATCCAACTGGCAAAGTTTACAGATACATCAGAAGGTTACGCTTTACATTGGAAGAAAAGA
AGATTACAAAAGCGGTTCCATTTTAAACATTTTGTAAGGATGTTTATCTAAGTAGAATTG
AAACTCTTCAAAATTGTAGCTAATGGTTCCTCTGCAGTTGACATAATGTCATAATATCAG
CGAATGAGTTTGAAGAATACTGTGAACATCTTGCTACTGGGGACTGTTGTTCTTTTTCAA
ATAACTGATTCCAAAAACATATATCCTTGCTGTTTCTCATCATTCGTTTCGTAAAATGCA
AGATGAAATTGTTTAACAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI42TF U 1
AF RR1ED37TF U 24
BS 1 259 RR1DI42TF
BS 260 260 RR1ED37TF
BS 261 437 RR1DI42TF
BS 438 505 RR1ED37TF

RD RR1DI42TF 437 0 0
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AGAGGGACCTTAATTGGTATCAAATCACATGTTTCTAGATCAACATTTGATATCTCTTGG
CAAGGGACCTATCAAACAAGCTGGAGGAAAATGATTATACGGATGCCAGAGAGTACTAAT
ATCCAACTGGCAAAGTTTACAGATACATCAGAAGGTTACGCTTTACATTGGAAGAAAAGA
AGATTACAAAAGCGGTTCCGTTTTAAACATTTTGTAAGGATGTTTATCTAAGTAGAATTG
AAACTCTTCAAAATTGTAGCTAATGGTTCCTCTGCAGTTGACATAATGTCATAATATCAG
CGAATGAGTTTGAAGAATACTGTGAACATCTTGCTACTGGGGACTGTTGTTCTTTTTCAA
ATAACTGATTCCAAAAA

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR1ED37TF 482 0 0
TTT
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ACATGTTTCTAGATCAACATTTGATATCTCTTGGCAAGGGACCTATCAAACAAGCTGGAG
GAAAATGATTATACGGATGCCAGAGAGTACTAATATCCAACTGGCAAAGTTTACAGATAC
ATCAGAAGGTTACGCTTTACATTGGAAGAAAAGAAGATTACAAAAGCGGTTCCATTTTAA
ACATTTTGTAAGGATGTTTATCTAAGTAGAATTGAAATTCTTCAAAATTGTAGCTAATGG
TTCCTCTGCAGTTGACATAATGTCATAATATCAGCGAATGAGTTTGAAGAATACTGTGAA
CATCTTGCTACTGGGGACTGTTGTTCTTTTTCAAATAACTGATTCCAAAAACATATATCC
TTGCTGTTTCTCATCATTCGTTTCGTAAAATGCAAGATGAAATTGTTTAACAAAAAAAA

QA 4 482 4 482
DS 



AS 1 2

CO CL6681Contig1 745 2 4 U
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TCGGTCATTTACTCTGCTTCTGTCTATTTCCTCGTCGGTCTCTGCCCCACTTGGCAAGCT
TTTGGGTACTTCGTACTGGTGATATGGGTCATTGTCCTAATGGCGAACTCTTTTGTTCTC
TTCTTGAGCTCTCTTGCCCCAAATTACATCGCGGGAACCTCTCTTGTGACGGTTCTTTTA
GTGGCCTTCTTCTTGTTCTCCGGTTACTTCATTTCCAGGGAGAGTCTACCCAAGTATTGG
CTTTTCATGTATTTTATATCCATGTATAAGTATGCGTTGGATGCGCTTCTTATAAACGAG
TACTCGTGTTTGGCTTCCAAGTGTTTGGTATGGTATGAGGAAGCTCAAGGGAAGGTGTGC
TTGGTTAATGGAGGTGACGTGCTGGAGAAGAAAGGGCTTCATGAGAAACATAGATGGCTT
AATGTTTATGTTCTGTTAGGCTTCTTCGTGCTTTATCGCGTGTTGTGTTTTCTTGCTCTC
CTTAGAAGGGTTTCAGGTTCCAAGAGGTAACTATTTTTCTTATGCTTAATGATTTTTGTT
GTTGTAAATTTATTTATCCATACTGATCAACCTATGAAAAAAATCTTCGTATCGATCAAT
AATAATCTTGGAACTATTATGTAGTCTCTTTCTTAGAAGTACGAATTCGAGATTAATCAT
TCAATATATTCCTCTCGTTCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FU75TF U 1
AF RR1FU75JQ C 13
BS 1 642 RR1FU75TF
BS 643 643 RR1FU75JQ
BS 644 699 RR1FU75TF
BS 700 745 RR1FU75JQ

RD RR1FU75TF 699 0 0
GGACTCTCCTCTCACATTCTTGCCAACACACTCGTTTTCTTGCCTTATTTGTTTGTTATC
TCGGTCATTTACTCTGCTTCTGTCTATTTCCTCGTCGGTCTCTGCCCCACTTGGCAAGCT
TTTGGGTACTTCGTACTGGTGATATGGGTCATTGTCCTAATGGCGAACTCTTTTGTTCTC
TTCTTGAGCTCTCTTGCCCCAAATTACATCGCGGGAACCTCTCTTGTGACGGTTCTTTTA
GTGGCCTTCTTCTTGTTCTCCGGTTACTTCATTTCCAGGGAGAGTCTACCCAAGTATTGG
CTTTTCATGTATTTTATATCCATGTATAAGTATGCGTTGGATGCGCTTCTTATAAACGAG
TACTCGTGTTTGGCTTCCAAGTGTTTGGTATGGTATGAGGAAGCTCAAGGGAAGGTGTGC
TTGGTTAATGGAGGTGACGTGCTGGAGAAGAAAGGGCTTCATGAGAAACATAGATGGCTT
AATGTTTATGTTCTGTTAGGCTTCTTCGTGCTTTATCGCGTGTTGTGTTTTCTTGCTCTC
CTTAGAAGGGTTTCAGGTTCCAAGAGGTAACTATTTTTCTTATGCTTAATGATTTTTGTT
GTTGTAAATTTATTTATCCATACTGATCAACCTATGAAAAAA*TCTTCGTATCGATCAAT
AATAATCTTGGAACTATTATGTAGTCTCTTTCTTAGAAG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1FU75JQ 733 0 0
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TCTGCTTCTGTCTATTTCCTCGTCGGTCTCTGCCCCACTTGGCAAGCTTTTGGGTACTTC
GTACTGGTGATATGGGTCATTGTCCTAATGGCGAACTCTTTTGTTCTCTTCTTGAGCTCT
CTTGCCCCAAATTACATCGCGGGAACCTCTCTTGTGACGGTTCTTTTAGTGGCCTTCTTC
TTGTTCTCCGGTTACTTCATTTCCAGGGAGAGTCTACCCAAGTATTGGCTTTTCATGTAT
TTTATATCCATGTATAAGTATGCGTTGGATGCGCTTCTTATAAACGAGTACTCGTGTTTG
GCTTCCAAGTGTTTGGTATGGTATGAGGAAGCTCAAGGGAAGGTGTGCTTGGTTAATGGA
GGTGACGTGCTGGAGAAGAAAGGGCTTCATGAGAAACATAGATGGCTTAATGTTTATGTT
CTGTTAGGCTTCTTCGTGCTTTATCGCGTGTTGTGTTTTCTTGCTCTCCTTAGAAGGGTT
TCAGGTTCCAAGAGGTAACTATTTTTCTTATGCTTAATGATTTTTGTTGTTGTAAATTTA
TTTATCCATACTGATCAACCTATGAAAAAAATCTTCGTATCGATCAATAATAATCTTGGA
ACTATTATGTAGTCTCTTTCTTAGAAGTACGAATTCGAGATTAATCATTCAATATATTCC
TCTCGTTCATTCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL6682Contig1 739 2 10 U
CCAATCCCCGAAATTTATCTAGCTTAAATATTTTTCACGTTGTCCATACCAAAGCCAACA
CCGAAACAAACACACAGTTACATTATAAAATTCTTAGTTTTCTGGAACTCCACAAACACA
TTATTAAGCATCACACATTATTACGATCAGTTTACCTAGCAATTTTAGCAACAAACTCAT
CAATATTCTTATCGGAGTTTCCTCCTTCAGCCAAAGCTTCTTTTGCAAATTCCATTAATC
TTAGAGCATTCTTTCTAATCTCTTTCACTTTCTCCGACGTCTCCTCCATAACTTCACCAA
CACATCTCACAATCTCTTCCTTCGTGACAAACCCATCTTTATCTGTCTTAACCCTAACTC
CAACCTTCCACACATCTTCTATAAACTTAGCATTAGTCGGCTGATCACTATAAGCCGGCA
TTCCAATCAGAGCCACTCCTAAGCTCAATGCTTCTAGAGTTGAATTCCATCCACAATGGG
TCATGAAACAACCAATCGAGTGATGCGCAAGAACCTGTAGCTGAGGACTCCAATTCACTA
TCAGCCCTCTCCCACCAATTTCCTCTATGTAATTGTTTGGGAGCTTCTTTGTCTCTGTTT
CTCTAACCACCCATAAGAAATTATGGCCAGTTTGTTTTAGACCGGCGGCAACTTCAATCA
TTTGATCCTCTTTTAGAACCGCTAAGCTTCCAAATGAGACATAGATCACTGAACCAGACG
GTTTTGAGTCAAGCCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FT96JQ U 1
AF RR1D796JQ U 19
BS 1 122 RR1FT96JQ
BS 123 123 RR1D796JQ
BS 124 266 RR1FT96JQ
BS 267 267 RR1D796JQ
BS 268 418 RR1FT96JQ
BS 419 419 RR1D796JQ
BS 420 531 RR1FT96JQ
BS 532 532 RR1D796JQ
BS 533 732 RR1FT96JQ
BS 733 739 RR1D796JQ

RD RR1FT96JQ 732 0 0
CCAATCCCCGAAATTTATCTAGCTTAAATATTTTTCACGTTGTCCATACCAAAGCCAACA
CCGAAACAAACACACAGTTACATTATAAAATTCTTAGTTTTCTGGAACTCCACAAACACA
TTTTTAAGCATCACACATTATTACGATCAGTTTACCTAGCAATTTTAGCAACAAACTCAT
CAATATTCTTATCGGAGTTTCCTCCTTCAGCCAAAGCTTCTTTTGCAAATTCCATTAATC
TTAGAGCATTCTTTCTAATCTCTTTCCCTTTCTCCGACGTCTCCTCCATAACTTCACCAA
CACATCTCACAATCTCTTCCTTCGTGACAAACCCATCTTTATCTGTCTTAACCCTAACTC
CAACCTTCCACACATCTTCTATAAACTTAGCATTAGTCGGCTGATCACTATAAGCCGGTA
TTCCAATCAGAGCCACTCCTAAGCTCAATGCTTCTAGAGTTGAATTCCATCCACAATGGG
TCATGAAACAACCAATCGAGTGATGCGCAAGAACCTGTAGCTGAGGACTCCTATTCACTA
TCAGCCCTCTCCCACCAATTTCCTCTATGTAATTGTTTGGGAGCTTCTTTGTCTCTGTTT
CTCTAACCACCCATAAGAAATTATGGCCAGTTTGTTTTAGACCGGCGGCAACTTCAATCA
TTTGATCCTCTTTTAGAACCGCTAAGCTTCCAAATGAGACATAGATCACTGAACCAGACG
GTTTTGAGTCAA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1D796JQ 721 0 0
CTAGCTTAAATATTTTTCACGTTGTCCATACCAAAGCCAACACCGAAACAAACACACAGT
TACATTATAAAATTCTTAGTTTTCTGGAACTCCACAAACACATTATTAAGCATCACACAT
TATTACGATCAGTTTACCTAGCAATTTTAGCAACAAACTCATCAATATTCTTATCGGAGT
TTCCTCCTTCAGCCAAAGCTTCTTTTGCAAATTCCATTAATCTTAGAGCATTCTTTCTAA
TCTCTTTCACTTTCTCCGACGTCTCCTCCATAACTTCACCAACACATCTCACAATCTCTT
CCTTCGTGACAAACCCATCTTTATCTGTCTTAACCCTAACTCCAACCTTCCACACATCTT
CTATAAACTTAGCATTAGTCGGCTGATCACTATAAGCCGGCATTCCAATCAGAGCCACTC
CTAAGCTCAATGCTTCTAGAGTTGAATTCCATCCACAATGGGTCATGAAACAACCAATCG
AGTGATGCGCAAGAACCTGTAGCTGAGGACTCCAATTCACTATCAGTCCTCTCTCACCAA
TTTCCTCTATGTAATTGTTTGGGAGCTTCTTTGTCTCTGTTTCTCTAACCACCCATAAGA
AATTATGGCCAGTTTGTTTTAGACCGGCGGCAACTTCAATCATTTGATCGTCTTTTAGAA
CCGCTAAGCTTCCAAATGAGACATAGATCACTGAGCCAGACGGTTTTGAGTCAAGCCAAT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL6683Contig1 975 2 2 U
GGATTCTTCTCTAGGAACAAATCCATCACCTCATGGACGCCTCTAGGGACGAGCCAAAGC
CATCTGATTCCTCATGCATCGTTTCCACATCCAACACTCCTTCGTATCCAGATTCTCTTA
ACCTGAGCCTAGAGCATTACAACGTCGACGCAGAAGAGGGACAAGGAGAAGATGACTGTG
ATCCAAAAGCAGGAAAGGAAGGTATAAGGCTCGATCTTACGCTAGCAGAATATGATTATA
GTCGACCACAGCACAATCAAGAACTCAACCTCATCGACAACTTAGACGCGAGTGAAGCCA
CTCCGAGTTATAAAGGGTCAACTTCCACTGCGCAGAAGCTCTTCTCATGCAACTACTGTC
AAAGAACATTCTACAGCTCACAGGCCCTTGGTGGTCACCAAAACGCTCACAAAAGAGAGA
GGACTTTGGCTAAGCGAGGGAAACAGATGGAAGCTTTCGGCCATTCATATGGTTTTGCTC
ATGTCCCGTTCCACGGCCAGTATAGCAACAGATCATTGGGTATTCAGGCCCACTCAATGA
GTCACAAGCTAAGTTCATACAACGCCTTTGGTGCTGGTGAGTATGGTCAGTTCAACTAGT
CAAGGATACCGTTAGCTCAGCAACCAGCCATAGGTAGACTATCTTCAACAGAGAGTCGTC
ATCAGATGATGTTTCCACCACCGTTGACTTCAACAAGTGAAAACTTCGGTAGGTTCGATG
CAGGAACGATTCCAGTAGATTCTGAAGAAGATCAGCAGAAGAACCTTGACTTGTCCCTCA
AACTCTGAGATTCTTGTCTCTTCAATTGTTTTTGTTTGTGCTGGTTTTTTGTTGTCATTG
ATATGTTCACCAGTATTATCCAAGGGTGTTAGTAAGTATTCTTGTGAATAATATTTTGTC
TAGCATAGATTTATGTTGTACATGTTTCCATATTTTGTACAAATTTTCAGCTAGACATCA
ATGGATTTCTTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CM94TF U 1
AF RR1CM94JQ C 202
BS 1 523 RR1CM94TF
BS 524 975 RR1CM94JQ

RD RR1CM94TF 523 0 0
GGATTCTTCTCTAGGAACAAATCCATCACCTCATGGACGCCTCTAGGGACGAGCCAAAGC
CATCTGATTCCTCATGCATCGTTTCCACATCCAACACTCCTTCGTATCCAGATTCTCTTA
ACCTGAGCCTAGAGCATTACAACGTCGACGCAGAAGAGGGACAAGGAGAAGATGACTGTG
ATCCAAAAGCAGGAAAGGAAGGTATAAGGCTCGATCTTACGCTAGCAGAATATGATTATA
GTCGACCACAGCACAATCAAGAACTCAACCTCATCGACAACTTAGACGCGAGTGAAGCCA
CTCCGAGTTATAAAGGGTCAACTTCCACTGCGCAGAAGCTCTTCTCATGCAACTACTGTC
AAAGAACATTCTACAGCTCACAGGCCCTTGGTGGTCACCAAAACGCTCACAAAAGAGAGA
GGACTTTGGCTAAGCGAGGGAAACAGATGGAAGCTTTCGGCCATTCATATGGTTTTGCTC
ATGTCCCGTTCCACGGCCAGTATAGCAACAGATCATTGGGTAT

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR1CM94JQ 774 0 0
GTATAAGGCTCGATCTTACGCTAGCAGAATATGATTATAGTCGACCACAGCACAATCAAG
AACTCAACCTCATCGACAACTTAGACGCGAGTGAAGCCACTCCGAGTTATAAAGGGTCAA
CTTCCACTGCGCAGAAGCTCTTCTCATGCAACTACTGTCAAAGAACATTCTACAGCTCAC
AGGCCCTTGGTGGTCACCAAAACGCTCACAAAAGAGAGAGGACTTTGGCTAAGCGAGGGA
AACAGATGGAAGCTTTCGGCCATTCATATGGTTTTGCTCATGTCCCGTTCCACGGCCAGT
ATAGCAACAGATCATTGGGTATTCAGGCCCACTCAATGAGTCACAAGCTAAGTTCATACA
ACGCCTTTGGTGCTGGTGAGTATGGTCAGTTCAACTAGTCAAGGATACCGTTAGCTCAGC
AACCAGCCATAGGTAGACTATCTTCAACAGAGAGTCGTCATCAGATGATGTTTCCACCAC
CGTTGACTTCAACAAGTGAAAACTTCGGTAGGTTCGATGCAGGAACGATTCCAGTAGATT
CTGAAGAAGATCAGCAGAAGAACCTTGACTTGTCCCTCAAACTCTGAGATTCTTGTCTCT
TCAATTGTTTTTGTTTGTGCTGGTTTTTTGTTGTCATTGATATGTTCACCAGTATTATCC
AAGGGTGTTAGTAAGTATTCTTGTGAATAATATTTTGTCTAGCATAGATTTATGTTGTAC
ATGTTTCCATATTTTGTACAAATTTTCAGCTAGACATCAATGGATTTCTTCTGC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL6684Contig1 695 2 2 U
GGAACGATTCAGGTTTGATTCTCTAGCTGGTATATTTTTGTTATCTCTGTGGTGGTGGTG
GTGATGTGTGATTTGGTCGCGCGCACGGGTCGGCTCCAGCAACGGTACAAGGATGGCTCG
CGTCTCGTAGCTGGGTGTATTCCGTTTAGGTATATAAACTCTGACGAAGAAGATGGTAAT
GAGAAAGTGGTTCAAGTGTTGATGATCAGCTCATCTAGTGGACCTGGACTTTTGTTTCCC
AAGGGAGGATGGGAGAATGATGAGACAGTCAAAGAAGCTGCAGTAAGGGAAGCAGTGGAA
GAAGCAGGAGTCCGTGGGATTCTAATGGATTTTTTGGGAGACTATGAGTTCAAGAGCAAA
ACACACCAAGATGAGTGTAGCCCTGAAGGGTTATGTAAAGCGGCGATGTACGCCTTGTAT
GTGAAGGAAGAGCTTGAGACGTGGCCGGAACAGAAGACGAGAACAAGGACATGGCTGACT
ATTGGAGAAGCTGTAGAGAGTTGCAGGCACGCTTGGATGAAGGATGCGTTGGTTGGTGGA
TTCTGTAAATGGCATAAGGAGAACGTTACAACAGATGAAGATTGATGTTAAAGTGTGGAT
AAAAACTCTGAAGCTGGTTTCATTCCTTATGATTTTGTTTTTACTCTCTCTCTCTCTCTC
TTTTCATGGAGAAGCTGATAGAGTCTTGATAGTGA


BQ
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AF RR1A211JQ C 1
AF RR1A211TF U 1
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CGTCTCGTAGCTGGGTGTATTCCGTTTAGGTATATAAACTCTGACGAAGAAGATGGTAAT
GAGAAAGTGGTTCAAGTGTTGATGATCAGCTCATCTAGTGGACCTGGACTTTTGTTTCCC
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ACACACCAAGATGAGTGTAGCCCTGAAGGGTTATGTAAAGCGGCGATGTACGCCTTGTAT
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TTTTCATGGAGAAGCTGATAGAGTCTTGATAGTG

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CJ33TF U 1
AF RR1CJ33JQ C 31
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DS 

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TCTCAAGGATCGACCACAAGTTTGATCTGATGTACTCGAAGAGGGCGTTTGTGCACTGGT
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AAGACTACTGACCCCTTCTTCTATCAAGTGATGTGTTTTTATCTTTTTGGCTTTGCTTAA
GATTCTTGTTGATTACTTGTA

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

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GCACGCTTGCTGCGGTACTGGAGGACCGTATAACTTCACATTTGGTAGGAAATGTGGCTT
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GATGACAAATGATATCTTTCTTCTGTTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BR14TF U 1
AF RR1BR14JQ C 1
BS 1 686 RR1BR14TF
BS 687 810 RR1BR14JQ

RD RR1BR14TF 686 0 0
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GGGATGCTCAGTAACCTACTTGACATTATATCAAACATCAAACAAGGAAGAATACGATCC
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AGAAATCAACAAGCTCCGGGAGATGTACCCTCATGTCAACATCATATACGCTGACTACTA
TAATGCTCTGTTACGCCTTTTTCAAGAACCAAAAAAATTTGGGTTCACGGACAGACCCTT
GCACGCTTGCTGCGGTACTGGAGGACCGTATAACTTCACATTTGGTAGGAAATGTGGCTT
TAAAGGAGTGGAATCTTGTAGTGATCCTTCAAAGTATGTTTGTTGGGATGGTGTCCATAT
GACTGAGGCTGCATACCGGTTGATGGCTGAGGGTATACTTAAGGGACCCTATGCTATTCC
ACCTTTCGATTGGTCTTGCCTCAGCTCAGAAATTAAGAACAATGGATCATCTGATACAAA
GTATTCTTTAATGAACCACTGATATAACTTGGTCTGAAAATATGAGAGAGAGAAGAATGT
ATACTGATAAAAACATGTATGTTCTCTGGGATGTTCAAAGGTAAGTTATTTCCAAACAAG
AACCGACTTCAAGGGACTTCCGATGC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1BR14JQ 810 0 0
GATCACGGAGTTGATCGGTATGGGAGTAAGAACATTTCTTGTGCCGGGAGAGTTTCCCCT
GGGATGCTCAGTAACCTACTTGACATTATATCAAACATCAAACAAGGAAGAATACGATCC
TTCAGGTTGTTTGAAATGGTTGAACAAGTTTGCAAAATACCACAGTGACCAGCTTCAGGC
AGAAATCAACAAGCTCCGGGAGATGTACCCTCATGTCAACATCATATACGCTGACTACTA
TAATGCTCTGTTACGCCTTTTTCAAGAACCAAAAAAATTTGGGTTCACGGACAGACCCTT
GCACGCTTGCTGCGGTACTGGAGGACCGTATAACTTCACATTTGGTAGGAAATGTGGCTT
TAAAGGAGTGGAATCTTGTAGTGATCCTTCAAAGTATGTTTGTTGGGATGGTGTCCATAT
GACTGAGGCTGCATACCGGTTGATGGCTGAGGGTATACTTAAGGGACCCTATGCTATTCC
ACCTTTCGATTGGTCTTGCCTCAGCTCAGAAATTAAGAACAATGGATCATCTGATACAAA
GTATTCTTTAATGAACCACTGATATAACTTGGTCTGAAAATATGAGAGAGAGAAGAATGT
ATACTGATAAAAACATGTATGTTTTCTGGGATGTTCAAAGGTAAGTTATTTCCAAACAAG
AACCGACTTCAAGGGACTTCCGATGCCAAGGAGGAAAACAACCTTCACAATGGGAATGGA
ACAAACAATGGAGTTCATATCCAAGTGCCCGAAATGTTGCGAGAATTTGGTTTCGACGAT
GATGACAAATGATATCTTTCTTCTGTTGCC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL6688Contig1 976 2 2 U
GAAGAGGGAACTGTGTGTGGAAGACACTGATTCTGACAAGGCGATGACTCCTTTGCTGAT
CAAAATGCTAAATGAAGAGGAAGCTATCTTTGATAAAATAAGAAAACCAGGCAAGGGGGA
TCTCTTTGCAGAGTTCTTATACTTCCATATATTTGGATCTTTAAGGAAAGCTTCCTGCTA
CGACCTGAGCTTGTTTCGTACTCACGGAGTCGCCATTCTGGAAGACTTGATGATAACATT
AGCAGATGGGGTCGCTAGCATCTATCTAGAGCTCATTTCTGTAGACAGCAAGTTCACAGA
TGAAATGAACAGTGGAGGAGGGTTAGATATCTGTAACCTTTCTAGTAGAGCGCTTCAAAA
ACTACGCAACGAGGTAGCTCTGTACCAGTGGTTACATCAGAACATGGAAGCAGTTGTGTC
AATGTATGAGGATCGCTTTGACCTCTACATTCTTCAAACTCAGGTGATCAACAACCCTGA
TGGTGGTGATGACACAGAAAGCCGTAGTTGGTGGAGAAAGCTCACACCGGGAAAAGCTAA
AACTGCCTCATCATCATCATCGCCCTTGCGATACTCCACAATAAGTGATTTCTCATTGCC
TGTTAAACGAACAAAGGAGCTGAAGGCTCTATCAGGATGGAGGTACTACTTCAGTCTGTT
TCTGGAGTTATCAGACATCGGAATGCCAATCATAAGAGTGGTGGTGGATAAAGTGAGTAG
CATCATATCCTTCTTTCTTGTCACCTTGATCGGTAGATCAGTGGGACTCATCTTCACCGG
CATTAGACAATCTCTCCGGTGGAAATGAGACCTCATATGGGATTAGTAAATTCATTTCTT
GGTGTGCACCTTTTGATGATTCTTGTTTTGGTAAGTGATGATAAGTTGGTGTAATTCATT
TAGACAAAACTTTCAGTTCTTTTTTGCACATTGATTCAACAATGATAATGATAATGATAA
TTCAACAGATATTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AY86TF U 1
AF RR1AY86JQ C 189
BS 1 871 RR1AY86TF
BS 872 976 RR1AY86JQ

RD RR1AY86TF 871 0 0
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CAAAATGCTAAATGAAGAGGAAGCTATCTTTGATAAAATAAGAAAACCAGGCAAGGGGGA
TCTCTTTGCAGAGTTCTTATACTTCCATATATTTGGATCTTTAAGGAAAGCTTCCTGCTA
CGACCTGAGCTTGTTTCGTACTCACGGAGTCGCCATTCTGGAAGACTTGATGATAACATT
AGCAGATGGGGTCGCTAGCATCTATCTAGAGCTCATTTCTGTAGACAGCAAGTTCACAGA
TGAAATGAACAGTGGAGGAGGGTTAGATATCTGTAACCTTTCTAGTAGAGCGCTTCAAAA
ACTACGCAACGAGGTAGCTCTGTACCAGTGGTTACATCAGAACATGGAAGCAGTTGTGTC
AATGTATGAGGATCGCTTTGACCTCTACATTCTTCAAACTCAGGTGATCAACAACCCTGA
TGGTGGTGATGACACAGAAAGCCGTAGTTGGTGGAGAAAGCTCACACCGGGAAAAGCTAA
AACTGCCTCATCATCATCATCGCCCTTGCGATACTCCACAATAAGTGATTTCTCATTGCC
TGTTAAACGAACAAAGGAGCTGAAGGCTCTATCAGGATGGAGGTACTACTTCAGTCTGTT
TCTGGAGTTATCAGACATCGGAATGCCAATCATAAGAGTGGTGGTGGATAAAGTGAGTAG
CATCATATCCTTCTTTCTTGTCACCTTGATCGGTAGATCAGTGGGACTCATCTTCACCGG
CATTAGACAATCTCTCCGGTGGAAATGAGACCTCATATGGGATTAGTAAATTCATTTCTT
GGTGTGCACCTTTTGATGATTCTTGTTTTGG

QA 1 871 1 871
DS 

RD RR1AY86JQ 788 0 0
GCTTGTTTCGTACTCACGGAGTCGCCATTCTGGAAGACTTGATGATAACATTAGCAGATG
GGGTCGCTAGCATCTATCTAGAGCTCATTTCTGTAGACAGCAAGTTCACAGATGAAATGA
ACAGTGGAGGAGGGTTAGATATCTGTAACCTTTCTAGTAGAGCGCTTCAAAAACTACGCA
ACGAGGTAGCTCTGTACCAGTGGTTACATCAGAACATGGAAGCAGTTGTGTCAATGTATG
AGGATCGCTTTGACCTCTACATTCTTCAAACTCAGGTGATCAACAACCCTGATGGTGGTG
ATGACACAGAAAGCCGTAGTTGGTGGAGAAAGCTCACACCGGGAAAAGCTAAAACTGCCT
CATCATCATCATCGCCCTTGCGATACTCCACAATAAGTGATTTCTCATTGCCTGTTAAAC
GAACAAAGGAGCTGAAGGCTCTATCAGGATGGAGGTACTACTTCAGTCTGTTTCTGGAGT
TATCAGACATCGGAATGCCAATCATAAGAGTGGTGGTGGATAAAGTGAGTAGCATCATAT
CCTTCTTTCTTGTCACCTTGATCGGTAGATCAGTGGGACTCATCTTCACCGGCATTAGAC
AATCTCTCCGGTGGAAATGAGACCTCATATGGGATTAGTAAATTCATTTCTTGGTGTGCA
CCTTTTGATGATTCTTGTTTTGGTAAGTGATGATAAGTTGGTGTAATTCATTTAGACAAA
ACTTTCAGTTCTTTTTTGCACATTGATTCAACAATGATAATGATAATGATAATTCAACAG
ATATTTGC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL6689Contig1 991 2 4 U
GGCAAGAAGCTGCAACGTGGCACCAATGGTTCACTCGTAAACCTAGGACTCCACGTGGAT
CTGGTGGTAAGAGGAACAATAATTCGCCGATTTTTCATGGTTTGGTGCCCGGAGATTAGT
ACCGAGGATCAGACGGACAGCTCCGAGGTTGAGGAGCAGCTGATGATCTGTCAAGTGCCG
GTTGTTGATCCAACGGTGGTTGAGCCGAAGATCAAGGTTCCTATGATGAGAAATGATGAT
CACGAGGAGGACAAAGACAACGCCGAGAGTTGTCTAAATGGTTTTTACCGACGACATCGA
GCTTGAGGACTTCGCTGCTGACGTGGAGACACTACTCGGTCGCGGGTTAGACACAGAGTA
TTATACTATGGAGGAACTAGGATTATCTAATACAGAAATGTTTAAAGTAAAAAAAGACAA
TGATCAGGATGGAACAACGATGCCGTTTGATCTGAACTATGATTTCGATTCACAAAACAC
ATACGAAGAAGATGCAATAAAGAATGTTGAAAGTAGTGGTGAATGTGTTGAGGTGAAGGA
GGAGGAGCAAAAGAATGTTCTAATGTTGAATTTAGACTACGACCTGGTGATATCAACTTG
GGGAGGCAAAGGTCTACCGTGGACATCAGGAGGGCCACCTGATATAGGCATCACCGGTTC
GCCAGCTGTTTCTATGGTGGGAAAGGGAAGAGGAAGTCATAAGAAGCGTAACGTTGGTGG
ATGTTTACCCTCGAGTGGGGTTGGGGATGGAGGAAGAGAAGCTAGTGTTTCGAGGTACAG
AGAAAAGAGGAGGAAGAGATTGTTTACGAAGAAGATAAGGTACGAGGTACGTAAACAGTA
TGCAGAGAAAAGACCTCGCATGAAAGGAAGATTCGTTAAGAGATCTTCGCTTGCTGCTTC
TGCTGGAACTTCACCATTAGGTGTGAATATATAACTGACTTGTAATGTCTCAATTTACTT
CTTTCGGAAAAAAGAATTTAAAGTTTTAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B339TF U 1
AF RR1B339JQ C 96
BS 1 109 RR1B339TF
BS 110 110 RR1B339JQ
BS 111 783 RR1B339TF
BS 784 991 RR1B339JQ

RD RR1B339TF 783 0 0
GGCAAGAAGCTGCAACGTGGCACCAATGGTTCACTCGTAAACCTAGGACTCCACGTGGAT
CTGGTGGTAAGAGGAACAATAATTCGCCGATTTTTCATGGTTTGGTGCC*GGAGATTAGT
ACCGAGGATCAGACGGACAGCTCCGAGGTTGAGGAGCAGCTGATGATCTGTCAAGTGCCG
GTTGTTGATCCAACGGTGGTTGAGCCGAAGATCAAGGTTCCTATGATGAGAAATGATGAT
CACGAGGAGGACAAAGACAACGCCGAGAGTTGTCTAAATGGTTTTTACCGACGACATCGA
GCTTGAGGACTTCGCTGCTGACGTGGAGACACTACTCGGTCGCGGGTTAGACACAGAGTA
TTATACTATGGAGGAACTAGGATTATCTAATACAGAAATGTTTAAAGTAAAAAAAGACAA
TGATCAGGATGGAACAACGATGCCGTTTGATCTGAACTATGATTTCGATTCACAAAACAC
ATACGAAGAAGATGCAATAAAGAATGTTGAAAGTAGTGGTGAATGTGTTGAGGTGAAGGA
GGAGGAGCAAAAGAATGTTCTAATGTTGAATTTAGACTACGACCTGGTGATATCAACTTG
GGGAGGCAAAGGTCTACCGTGGACATCAGGAGGGCCACCTGATATAGGCATCACCGGTTC
GCCAGCTGTTTCTATGGTGGGAAAGGGAAGAGGAAGTCATAAGAAGCGTAACGTTGGTGG
ATGTTTACCCTCGAGTGGGGTTGGGGATGGAGGAAGAGAAGCTAGTGTTTCGAGGTACAG
AGA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1B339JQ 896 0 0
CATGGTTTGGTGCCCGGAGATTAGTACCGAGGATCAGACGGACAGCTCCGAGGTTGAGGA
GCAGCTGATGATCTGTCAAGTGCCGGTTGTTGATCCAACGGTGGTTGAGCCGAAGATCAA
GGTTCCTATGATGAGAAATGATGATCACGAGGAGGACAAAGACAACGCCGAGAGTTGTCT
AAATGGTTTTTACCGACGACATCGAGCTTGAGGACTTCGCTGCTGACGTGGAGACACTAC
TCGGTCGCGGGTTAGACACAGAGTATTATACTATGGAGGAACTAGGATTATCTAATACAG
AAATGTTTAAAGTAAAAAAAGACAATGATCAGGATGGAACAACGATGCCGTTTGATCTGA
ACTATGATTTCGATTCACAAAACACATACGAAGAAGATGCAATAAAGAATGTTGAAAGTA
GTGGTGAATGTGTTGAGGTGAAGGAGGAGGAGCAAAAGAATGTTCTAATGTTGAATTTAG
ACTACGACCTGGTGATATCAACTTGGGGAGGCAAAGGTCTACCGTGGACATCAGGAGGGC
CACCTGATATAGGCATCACCGGTTCGCCAGCTGTTTCTATGGTGGGAAAGGGAAGAGGAA
GTCATAAGAAGCGTAACGTTGGTGGATGTTTACCCTCGAGTGGGGTTGGGGATGGAGGAA
GAGAAGCTAGTGTTTCGAGGTACAGAGAAAAGAGGAGGAAGAGATTGTTTACGAAGAAGA
TAAGGTACGAGGTACGTAAACAGTATGCAGAGAAAAGACCTCGCATGAAAGGAAGATTCG
TTAAGAGATCTTCGCTTGCTGCTTCTGCTGGAACTTCACCATTAGGTGTGAATATATAAC
TGACTTGTAATGTCTCAATTTACTTCTTTCGGAAAAAAGAATTTAAAGTTTTAGTG

QA 1 896 1 896
DS 



AS 1 2

CO CL6690Contig1 850 2 4 U
TTTTTGATGGAGCAGAAGTAATGGATAGAAAGCTTGAGTCTCAAGTTCCCGAGAAGCTAG
AGAAACAAGTTTGGTTTCTAATCTTCTCCACGAAGATCAAAAAGAGATGCTCTGTTTTGC
TGCACGTAAAGCAGAGTTTTGAGATTTGTAAGAATGCACTCCTTAACAAAAGCTCGGTTG
CAAAGAAAACTCTTTGTTCTTTCAATCAATCGTGTCTCTCTTACAAACCTTAGAGCACTA
TTTATAGGAAAGCAAAATCTAAGAAATAGGAAATTAAACTTAACTAGGAAAAGGAAATTT
AAAGAAAAGTAAAAACATGAAGAGAAAAGGAAAACATTGGTTTATTATCGAACAAGGAAA
AGGAAGACGTGTTCGATAAGTTATTATACGCTGCATCAGGTCTCTCCGGGTAGAGAAAGA
TTCGTCCCTGAATCTGGAACCTTGTTTTCACCATGGTATGGAAATAAGTGCTTGACATTG
AAGACATCTGAAGTACGAATGTGATCAGGAAGACGAAGCTTATAGGCATTTGCGTTGATG
CGGTGAATGACTTCCACAGGCCCAATCTTACGAGACTTTAATTTATTATACTCATGTGCT
GGAAATCTCTCTTTGGTGAGAACCACCCACACGAGATCACCAGCTTGAAAATTAACCTCG
CGACGATGCTCATCGGCAGCTTTCTTGTAAGAACTTTTGGTAGCCTCTAAATGTGATTGA
GCTTGCTGATGAACAAGTTGTAAGTTGTCCACAAAGTCAATTGCTTGCCCATGTAATCGA
GATTTGTCAGGCATGGTCGTCAAATCCAATGGACCTCGAGGGACAATGCCATAAACCACA
TAGAATGGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF11TF U 1
AF RR1EF11JQ C 90
BS 1 710 RR1EF11TF
BS 711 711 RR1EF11JQ
BS 712 777 RR1EF11TF
BS 778 850 RR1EF11JQ

RD RR1EF11TF 777 0 0
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AGAAACAAGTTTGGTTTCTAATCTTCTCCACGAAGATCAAAAAGAGATGCTCTGTTTTGC
TGCACGTAAAGCAGAGTTTTGAGATTTGTAAGAATGCACTCCTTAACAAAAGCTCGGTTG
CAAAGAAAACTCTTTGTTCTTTCAATCAATCGTGTCTCTCTTACAAACCTTAGAGCACTA
TTTATAGGAAAGCAAAATCTAAGAAATAGGAAATTAAACTTAACTAGGAAAAGGAAATTT
AAAGAAAAGTAAAAACATGAAGAGAAAAGGAAAACATTGGTTTATTATCGAACAAGGAAA
AGGAAGACGTGTTCGATAAGTTATTATACGCTGCATCAGGTCTCTCCGGGTAGAGAAAGA
TTCGTCCCTGAATCTGGAACCTTGTTTTCACCATGGTATGGAAATAAGTGCTTGACATTG
AAGACATCTGAAGTACGAATGTGATCAGGAAGACGAAGCTTATAGGCATTTGCGTTGATG
CGGTGAATGACTTCCACAGGCCCAATCTTACGAGACTTTAATTTATTATACTCATGTGCT
GGAAATCTCTCTTTGGTGAGAACCACCCACACGAGATCACCAGCTTGAAAATTAACCTCG
CGACGATGCTCATCGGCAGCTTTCTTGTAAGAACTTTTGGTAGCCTCTAA*TGTGATTGA
GCTTGCTGATGAACAAGTTGTAAGTTGTCCACAAAGTCAATTGCTTGCCCATGTAAT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1EF11JQ 761 0 0
ACGAAGATCAAAAAGAGATGCTCTGTTTTGCTGCACGTAAAGCAGAGTTTTGAGATTTGT
AAGAATGCACTCCTTAACAAAAGCTCGGTTGCAAAGAAAACTCTTTGTTCTTTCAATCAA
TCGTGTCTCTCTTACAAACCTTAGAGCACTATTTATAGGAAAGCAAAATCTAAGAAATAG
GAAATTAAACTTAACTAGGAAAAGGAAATTTAAAGAAAAGTAAAAACATGAAGAGAAAAG
GAAAACATTGGTTTATTATCGAACAAGGAAAAGGAAGACGTGTTCGATAAGTTATTATAC
GCTGCATCAGGTCTCTCCGGGTAGAGAAAGATTCGTCCCTGAATCTGGAACCTTGTTTTC
ACCATGGTATGGAAATAAGTGCTTGACATTGAAGACATCTGAAGTACGAATGTGATCAGG
AAGACGAAGCTTATAGGCATTTGCGTTGATGCGGTGAATGACTTCCACAGGCCCAATCTT
ACGAGACTTTAATTTATTATACTCATGTGCTGGAAATCTCTCTTTGGTGAGAACCACCCA
CACGAGATCACCAGCTTGAAAATTAACCTCGCGACGATGCTCATCGGCAGCTTTCTTGTA
AGAACTTTTGGTAGCCTCTAAATGTGATTGAGCTTGCTGATGAACAAGTTGTAAGTTGTC
CACAAAGTCAATTGCTTGCCCATGTAATCGAGATTTGTCAGGCATGGTCGTCAAATCCAA
TGGACCTCGAGGGACAATGCCATAAACCACATAGAATGGAG

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL6691Contig1 695 2 2 U
TTTTTTTTAATAACTTTATCAAAAATATTATTGTTACTGAATAAAATATAGTCCACAATG
GCACCATCGACATAATGCATAACCTCCTAATACATGGACCACACATTGATCATTATCGTT
AATTATCATGTATCCGAACGTATTCTTCTTCGTCTTCATGCGATCAAGAAGGATGAACTT
TACTCCCAGACGCAGTCTTCCAAGCTGATCTCATCGACGCAGCAGCTGATCCCATCGCCG
CCGCGATATGCCTTTTCGCGGCGATCGTAGCAGCTTTCTCCAATAAGTTCCCACTTCTCC
GAGCAGTCTCCGCCTTCTCCTCGAGCTCTCTCAACTCAGCCGCCTCCATCCTCTCCATCT
CCTCCAACGTCCGCCTGTACTCCTCCATTCCCCACTCCATATCCCGATCGAGTTCGATTT
CGGCTTCACGGATGGATTCTTCAGCGGCTTCGAGCTCTTGTTGCTGTTCTGCCTCGAGTG
CTGCCCAAGCCTTGTAGGAATCGACTTCGAAGAGACGCATGAGGTCCTCGATCGTGGAAG
GGTCGAATGTTTTGTCGACGAGAGCTTGGTCGGAGAGGAGAGTGAAGTGGTGGATTAAGG
CTTCCATGTTTGGTGTGAATCGAAGGAGGAGATGGGGTAAGGGGAGAATCGTATGCTTCT
TTCTTTCTAGCTAGTGGGGATTCTTCAACAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FT18TF C 1
AF RR1FT18JQ U 8
BS 1 14 RR1FT18TF
BS 15 695 RR1FT18JQ

RD RR1FT18TF 695 0 0
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AATTATCATGTATCCGAACGTATTCTTCTTCGTCTTCATGCGATCAAGAAGGATGAACTT
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GAGCAGTCTCCGCCTTCTCCTCGAGCTCTCTCAACTCAGCCGCCTCCATCCTCTCCATCT
CCTCCAACGTCCGCCTGTACTCCTCCATTCCCCACTCCATATCCCGATCGAGTTCGATTT
CGGCTTCACGGATGGATTCTTCAGCGGCTTCGAGCTCTTGTTGCTGTTCTGCCTCGAGTG
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TTCTTTCTAGCTAGTGGGGATTCTTCAACAAGTCC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1FT18JQ 688 0 0
AATAACT
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TTCGCGGCGATCGTAGCAGCTTTCTCCAATAAGTTCCCACTTCTCCGAGCAGTCTCCGCC
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CTGTACTCCTCCATTCCCCACTCCATATCCCGATCGAGTTCGATTTCGGCTTCACGGATG
GATTCTTCAGCGGCTTCGAGCTCTTGTTGCTGTTCTGCCTCGAGTGCTGCCCAAGCCTTG
TAGGAATCGACTTCGAAGAGACGCATGAGGTCCTCGATCGTGGAAGGGTCGAATGTTTTG
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TGGGGATTCTTCAACAAGTCC

QA 8 688 8 688
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCCTTTCAGACCCGAGGAGCGAGAGGAGCACACGAAAGAATGCCAGAAGAAGCAGAAACA
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E315TF U 1
AF RR1EQ33TF U 1
BS 1 687 RR1E315TF
BS 688 694 RR1EQ33TF

RD RR1E315TF 687 0 0
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TGTCAGAACCTCTCAACACAAAGGAGATCACGGTGACAACAAACCCCTTAACCTCTGTTA
CACCCACCCGAGAGGACACCCAATCTGCTCCTTCGCTGCTGCTGGCGATTGCCCGCGAGG
CAGCCAGTGTCCGCACATGCACGGAGACATCTGCAGCACCTGCGGGAAGAAGTGTTTGCA
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CATGGAAGCTTGAAGAAGAGTCAAGACATCGAGTGTAGCGTCTGTCTGGATCGTGTCCTG
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TGTCTGGTACTCTACTCCTGAAGAGAA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1EQ33TF 694 0 0
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TGTTTGCACATTCTATCAGAAAGGGATATGTTCATACGGAACTAGATGTAGATACGAACA
TGTCAGAACCTCTCAACACAAAGGAGATCACGGTGACAACAAACCCCTTAACCTCTGTTA
CACCCACCCGAGAGGACACCCAATCTGCTCCTTCGCTGCTGCTGGCGATTGCCCGCGAGG
CAGCCAGTGTCCGCACATGCACGGAGACATCTGCAGCACCTGCGGGAAGAAGTGTTTGCA
TCCTTTCAGACCCGAGGAGCGAGAGGAGCACACGAAAGAATGCCAGAAGAAGCAGAAACA
CATGGAAGCTTGAAGAAGAGTCAAGACATCGAGTGTAGCGTCTGTCTGGATCGTGTCCTG
TCGAAAGCCACTCCAGGGGAGAGGAAGTTTGGGCTGTTGACGGAGTGCCATCATCCCTTT
TGCATACAGTGTATTCGTAACTGGCGCAGCAGTGCTCCTGTTTCGGGG*ATGGATGTGAA
CAGCACGCTGAGAGCTTGTCCTATATGTCGTAAGCTGTCGTATTTCGTTGTGCCGAGTGT
TGTCTGGTACTCTACTCCTGAAGAGAAGAACGAG

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL6694Contig1 688 2 2 U
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AACTGGGGATAAATGTGTGTGTTTTATTTGTATTGCCTTTTTTATCAACATCTATTTGAA
TTATCTACTTTTTCTTTTCTTGCTATATTTTACTATTTGCTTGTTGCTTCATTAATAACA
GAGTTGATTTGGTATAAAACTTTTGCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO86JQ C 1
AF RR1EO86TF U 1
BS 1 678 RR1EO86TF
BS 679 688 RR1EO86JQ

RD RR1EO86JQ 688 0 0
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CTTGATGAGAAGACATTATTGGAGTGTTGTTTAGTAATGGAGGATACGTTTGACGAGGAA
TACATGTACTGTCGGTCCAACGAATTTCTAGGGCCTCTTGAGATAAGAGTAGTGAATGAT
GGGACCTTCGATTCTCTTATGAACTTGTCCATCTCAAAAGGTGCTTCGATTACTCAATAC
AAGACTCCAACATGCATCATATCTGAAGAGGGCTTACAAGTATTGGAGACAAATGTGGTT
GCTAGATTCTTCAGTACTCTTAAAGCGTCTCATGTGCTTAAGCCATGATATGGTCCAAGA
AACTGGGGATAAATGTGTGTGTTTTATTTGTATTGCCTTTTTTATCAACATCTATTTGAA
TTATCTACTTTTTCTTTTCTTGCTATATTTTACTATTTGCTTGTTGCTTCATTAATAACA
GAGTTGATTTGGTATAAAACTTTTGCTC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1EO86TF 686 0 0
GGATTCCACAACAAGGCACCTAAGTTTAAGGTTATAGGAAGAGAGAACACGTTGTTAAGC
ATTGATACGGACCGGACAACTGAAGAATACTTGTTAAAGGCGGTGAATCGAGCAAGGCTG
GTTCTTGAGTCATCAGATCTAAAGCTTGTAAATTTCACTAGCTATGCTGATATCTCCAGT
AGTCCGGGTCACTATGTGATATATTGGGAAGTAAAGGCTAAAGAGGAAGACATGAAGGAC
CTTGATGAGAAGACATTATTGGAGTGTTGTTTAGTAATGGAGGATACGTTTGACGAGGAA
TACATGTACTGTCGGTCCAACGAATTTCTAGGGCCTCTTGAGATAAGAGTAGTGAATGAT
GGGACCTTCGATTCTCTTATGAACTTGTCCATCTCAAAAGGTGCTTCGATTACTCAATAC
AAGACTCCAACATGCATCATATCTGAAGAGGGCTTACAAGTATTGGAGACAAATGTGGTT
GCTAGATTCTTCAGTACTCTTAAAGCGTCTCATGTGCTTAAGCCATGATATGGTCCAAGA
AACTGGGGATAAATGTGTGTGTTTTATTTGTATTGCCTTTTTTATCAACATCTATTTGAA
TTATCTACTTTTTCTTTTCTTGCTATATTTTACTATTTGCTTGTTGCTTCATTAATAACA
GAGTTGATTTGGTATAAA
CTTTTGCT

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL6695Contig1 928 2 6 U
GATTGGATGTGGTGAACACCGTGGATGGATGTCTGTTGCATGGAAAGCTGCTTGCTTTTT
CCCGGGTATTGCGTTTCTGATCCTCACAACGCTCAACTTCCTTCTCTGGGGTAGCCACAG
TACTGGAGCTATTCCTTTCTCTCTGTTTGTCATCCTCATCCTCCTGTGGTTCTGCATCTC
GGTTCCTCTCACCCTCATCGGTGGTTACTTTGGAGCCAGGGCTCCTCACATTGAGTTCCC
GGTCCGAACCAACCAGATTCCCAGGGAAATCCCAGCTCAGAAATACCCGTCGTGGCTTCT
AGTTCTTGGCGCTGGAACACTTCCTTTCGGAACCCTCTTCATCGAGCTGTTCTTCATCAT
GTCCAGCATCTGGATGGGCCGTGTCTACTACGTCTTCGGCTTCCTGTTCGTTGTCATGAT
CCTTCTCGTTGTGGTGTGTGCTGAGGTCTCCCTAGTGCTGACGTACATGCACTTGTGTGT
GGAAGACTATAAATGGTGGTGGAAATCTTTCTTTGCGTCAGGATCCGTTGCTATCTACAT
ATTCATCTACTCCATAAACTATCTCGTCTTCGACCTCAAGAACTTGAGTGGACCCGTTTC
AGCGACTCTTTATCTGGGCTACTCTCTGTTCATGGTCCTGGCTATCATGCTCGCCACAGG
TACTGTCGGTTTCCTCTCTTCCTTCTGGTTCGTGCACTACTTGTTCTCTTCGGTGAAACT
TGACTGAGGATCGGAGCCGGAGGATTACGGTTCAGAATGATCGTTTAAAGTTTTGAAGAA
GAGAGTAATGTCGTTTAAGCAAAGTCCATCTCATTGCTCCAAGTGTAAGGGTTCAATATT
TTTTTCTTTTTAATGTCAGTCTCAAGGATTTGTTCATGTTTCTTGTTTTCATCTTGTTAC
ATCATTATGGGAATGCATCTGAACTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK86TF U 1
AF RR1FK86JQ C 138
BS 1 712 RR1FK86TF
BS 713 713 RR1FK86JQ
BS 714 728 RR1FK86TF
BS 729 729 RR1FK86JQ
BS 730 739 RR1FK86TF
BS 740 928 RR1FK86JQ

RD RR1FK86TF 743 0 0
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CCCGGGTATTGCGTTTCTGATCCTCACAACGCTCAACTTCCTTCTCTGGGGTAGCCACAG
TACTGGAGCTATTCCTTTCTCTCTGTTTGTCATCCTCATCCTCCTGTGGTTCTGCATCTC
GGTTCCTCTCACCCTCATCGGTGGTTACTTTGGAGCCAGGGCTCCTCACATTGAGTTCCC
GGTCCGAACCAACCAGATTCCCAGGGAAATCCCAGCTCAGAAATACCCGTCGTGGCTTCT
AGTTCTTGGCGCTGGAACACTTCCTTTCGGAACCCTCTTCATCGAGCTGTTCTTCATCAT
GTCCAGCATCTGGATGGGCCGTGTCTACTACGTCTTCGGCTTCCTGTTCGTTGTCATGAT
CCTTCTCGTTGTGGTGTGTGCTGAGGTCTCCCTAGTGCTGACGTACATGCACTTGTGTGT
GGAAGACTATAAATGGTGGTGGAAATCTTTCTTTGCGTCAGGATCCGTTGCTATCTACAT
ATTCATCTACTCCATAAACTATCTCGTCTTCGACCTCAAGAACTTGAGTGGACCCGTTTC
AGCGACTCTTTATCTGGGCTACTCTCTGTTCATGGTCCTGGCTATCATGCTCGCCACAGG
TACTGTCGGTTTCCTCTCTTCCTTCTGGTTCGTGCACTACTTGTTCTCTTCG*TGAAACT
TGACTGAG*ATCGGAGCCG
AGGA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1FK86JQ 791 0 0
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TCGGTGGTTACTTTGGAGCCAGGGCTCCTCACATTGAGTTCCCGGTCCGAACCAACCAGA
TTCCCAGGGAAATCCCAGCTCAGAAATACCCGTCGTGGCTTCTAGTTCTTGGCGCTGGAA
CACTTCCTTTCGGAACCCTCTTCATCGAGCTGTTCTTCATCATGTCCAGCATCTGGATGG
GCCGTGTCTACTACGTCTTCGGCTTCCTGTTCGTTGTCATGATCCTTCTCGTTGTGGTGT
GTGCTGAGGTCTCCCTAGTGCTGACGTACATGCACTTGTGTGTGGAAGACTATAAATGGT
GGTGGAAATCTTTCTTTGCGTCAGGATCCGTTGCTATCTACATATTCATCTACTCCATAA
ACTATCTCGTCTTCGACCTCAAGAACTTGAGTGGACCCGTTTCAGCGACTCTTTATCTGG
GCTACTCTCTGTTCATGGTCCTGGCTATCATGCTCGCCACAGGTACTGTCGGTTTCCTCT
CTTCCTTCTGGTTCGTGCACTACTTGTTCTCTTCGGTGAAACTTGACTGAGGATCGGAGC
CGGAGGATTACGGTTCAGAATGATCGTTTAAAGTTTTGAAGAAGAGAGTAATGTCGTTTA
AGCAAAGTCCATCTCATTGCTCCAAGTGTAAGGGTTCAATATTTTTTTCTTTTTAATGTC
AGTCTCAAGGATTTGTTCATGTTTCTTGTTTTCATCTTGTTACATCATTATGGGAATGCA
TCTGAACTTAG

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL6696Contig1 811 2 6 U
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TTTGATGAATATATGGCTGATGAGTACGACATGGATGACCTGGAGGATGAGATGAATGCA
GAGTTTGATGCTAGAGACATCGATGCATCTGATTCCGAAGTCGAAGATTTAGAACAATTG
AACAAGGCTGCGGATACTTCTGCTGCTCAAGCTCGGAACGGGAAGGACATTCAGGGTATA
CCGTGGGATAGACTTAGCGTTACCAGAAAAGACTACAGAAAAACTAGGCTCGAACAGTAT
AAGAACTATGAAAACGTCCCTCATTCCGGAGAGGAAGCTGGGAAGCATTGCACGGATACT
GAGAAAGGGAGCTCTTTCTATACGTTCAGGAGCAATTCTCGATCGGTGAGATCGACCATT
CTTCATTTTCAGTTGAGGAATTTGGTCTGGGCTACATCGAAACATGATGTTTACCTCTTG
TCCAACTACTCTATCAGCCACTGGTCTTCTTTGACTGGTTCCAGGAATGAAATTCTCAAC
GTTAAAGGTCATGTAGCTCCTTCTGAGAAACATCCGGAGAGTTTGTTGGAAGGATTTACA
GAAACTCAAGTTAGCACTCTTGCAGTAAAAGAAAGGCTGCTAGTTGCTGGTGGGTTTCAA
GGAGAGCTCATTTGCAAGCATCTTGATAGACCTGGTGTGAGTTTCTGCTCACGCACAACT
TACACGGAAAACACTATCACCAACGCAGTAGATATATATAGAAACTCCAGTGGCGCTCTT
CACTTCATGGCCTCAAATAATGACTGTGGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM60TF U 1
AF RR1AD18TF U 7
BS 1 213 RR1EM60TF
BS 214 214 RR1AD18TF
BS 215 263 RR1EM60TF
BS 264 264 RR1AD18TF
BS 265 701 RR1EM60TF
BS 702 811 RR1AD18TF

RD RR1EM60TF 701 0 0
TTTTTTCCTTCAGATTGGGCTGGAAGTTAGATTCGTGATCAGAGGTCTACCATGGCTGAC
TTTGATGAATATATGGCTGATGAGTACGACATGGATGACCTGGAGGATGAGATGAATGCA
GAGTTTGATGCTAGAGACATCGATGCATCTGATTCCGAAGTCGAAGATTTAGAACAATTG
AACAAGGCTGCGGATACTTCTGCTGCTCAAGCTTGGAACGGGAAGGACATTCAGGGTATA
CCGTGGGATAGACTTAGCGTTACTAGAAAAGACTACAGAAAAACTAGGCTCGAACAGTAT
AAGAACTATGAAAACGTCCCTCATTCCGGAGAGGAAGCTGGGAAGCATTGCACGGATACT
GAGAAAGGGAGCTCTTTCTATACGTTCAGGAGCAATTCTCGATCGGTGAGATCGACCATT
CTTCATTTTCAGTTGAGGAATTTGGTCTGGGCTACATCGAAACATGATGTTTACCTCTTG
TCCAACTACTCTATCAGCCACTGGTCTTCTTTGACTGGTTCCAGGAATGAAATTCTCAAC
GTTAAAGGTCATGTAGCTCCTTCTGAGAAACATCCGGAGAGTTTGTTGGAAGGATTTACA
GAAACTCAAGTTAGCACTCTTGCAGTAAAAGAAAGGCTGCTAGTTGCTGGTGGGTTTCAA
GGAGAGCTCATTTGCAAGCATCTTGATAGACCTGGTGTGAG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1AD18TF 805 0 0
CCTTCAGATTGGGCTGGAAGTTAGATTCGTGATCAGAGGTCTACCATGGCTGACTTTGAT
GAATATATGGCTGATGAGTACGACATGGATGACCTGGAGGATGAGATGAATGCAGAGTTT
GATGCTAGAGACATCGATGCATCTGATTCCGAAGTCGAAGATTTAGAACAATTGAACAAG
GCTGCGGATACTTCTGCTGCTCAAGCTCGGAACGGGAAGGACGTTCAGGGTATACCGTGG
GATAGACTTAGCGTTACCAGAAAAGACTACAGAAAAACTAGGCTCGAACAGTATAAGAAC
TATGAAAACGTCCCTCATTCCGGAGAGGAAGCTGGGAAGCATTGCACGGATACTGAGAAA
GGGAGCTCTTTCTATACGTTCAGGAGCAATTCTCGATCGGTGAGATCGACCATTCTTCAT
TTTCAGTTGAGGAATTTGGTCTGGGCTACATCGAAACATGATGTTTACCTCTTGTCCAAC
TACTCTATCAGCCACTGGTCTTCTTTGACTGGTTCCAGGAATGAAATTCTCAACGTTAAA
GGTCATGTAGCTCCTTCTGAGAAACATCCGGAGAGTTTGTTGGAAGGATTTACAGAAACT
CAAGTTAGCACTCTTGCAGTAAAAGAAAGGCTGCTAGTTGCTGGTGGGTTTCAAGGAGAG
CTCATTTGCAAGCATCTTGATAGACCTGGTGTGAGTTTCTGCTCACGCACAACTTACACG
GAAAACACTATCACCAACGCAGTAGATATATATAGAAACTCCAGTGGCGCTCTTCACTTC
ATGGCCTCAAATAATGACTGTGGAG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL6697Contig1 791 2 2 U
GGAGGATCTCTTCTCTTTCTTGTAAACAAAAACGATGGGTCAAGTCTTAGGATGTGTGCA
AGTTGATCAATCGACTGTAGCAATCAAAGAGACTTTTGGGAAGTTCGACAATGTTCTCCA
GCCTGGTTGTCACTGTATGCCATGGTGCTTAGGTAGTCAAGTCGCTGGTCACCCTTCACT
GCGTGTTCAGCAGCTCGATGTTCGCTGCGAGACAAAAACTAAGGATAATGTGTTTGTCAC
CGTTGTTGCATCTATTCAATACCGTGCCTTAGCTGAGAGTGCTCAAGATGCTTTTTACAA
GCTCAGCAACACCAGGAACCAGATCCAGGCTTATGTCTTTGATGTGATCCGAGCAAGTGT
TCCTAAGCTGAATCGAAATACCTTTCGGGTCTTGGTATAGCACGTCAGAGACAAGCCATT
GTGGATGGTCTGAGAAACAGCGTGCTTGCATTCTCTGAGTCTGTTCCAGGGACTTCTTCC
AAAGACGTCATGGACATGGTTCTGATCACTCAGTACTTTGACACACTTAAGGATATTGGG
GCGTCTTCCAAGTCAAACTCCGTGTTCATACCGCACGGTCCAGGCGCTGTTAAGGACATT
GCTTCACAGATCAGGGATGGTTTACTTCAGGGGAAAGCTGCTGAGTAAGAAGATGTCAAA
GTACAAAACTTTCTTCAGGGTTTTAGCTGTTTGTGTTTCTACTTTGTTTTTGTCTTTCGT
TTTCTGTTTTGTGAAGTGTCTTATTAGTCTGGCGTTTTACTTGAATCTCTCTCAATAAAG
CCATCTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AE45TF U 1
AF RR1AE45JQ C 17
BS 1 789 RR1AE45TF
BS 790 791 RR1AE45JQ

RD RR1AE45TF 789 0 0
GGAGGATCTCTTCTCTTTCTTGTAAACAAAAACGATGGGTCAAGTCTTAGGATGTGTGCA
AGTTGATCAATCGACTGTAGCAATCAAAGAGACTTTTGGGAAGTTCGACAATGTTCTCCA
GCCTGGTTGTCACTGTATGCCATGGTGCTTAGGTAGTCAAGTCGCTGGTCACCCTTCACT
GCGTGTTCAGCAGCTCGATGTTCGCTGCGAGACAAAAACTAAGGATAATGTGTTTGTCAC
CGTTGTTGCATCTATTCAATACCGTGCCTTAGCTGAGAGTGCTCAAGATGCTTTTTACAA
GCTCAGCAACACCAGGAACCAGATCCAGGCTTATGTCTTTGATGTGATCCGAGCAAGTGT
TCCTAAGCTGAATCGAAATACCTTTCGGGTCTTGGTATAGCACGTCAGAGACAAGCCATT
GTGGATGGTCTGAGAAACAGCGTGCTTGCATTCTCTGAGTCTGTTCCAGGGACTTCTTCC
AAAGACGTCATGGACATGGTTCTGATCACTCAGTACTTTGACACACTTAAGGATATTGGG
GCGTCTTCCAAGTCAAACTCCGTGTTCATACCGCACGGTCCAGGCGCTGTTAAGGACATT
GCTTCACAGATCAGGGATGGTTTACTTCAGGGGAAAGCTGCTGAGTAAGAAGATGTCAAA
GTACAAAACTTTCTTCAGGGTTTTAGCTGTTTGTGTTTCTACTTTGTTTTTGTCTTTCGT
TTTCTGTTTTGTGAAGTGTCTTATTAGTCTGGCGTTTTACTTGAATCTCTCTCAATAAAG
CCATCTTCT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1AE45JQ 775 0 0
TTCTTGTAAACAAAAACGATGGGTCAAGTCTTAGGATGTGTGCAAGTTGATCAATCGACT
GTAGCAATCAAAGAGACTTTTGGGAAGTTCGACAATGTTCTCCAGCCTGGTTGTCACTGT
ATGCCATGGTGCTTAGGTAGTCAAGTCGCTGGTCACCCTTCACTGCGTGTTCAGCAGCTC
GATGTTCGCTGCGAGACAAAAACTAAGGATAATGTGTTTGTCACCGTTGTTGCATCTATT
CAATACCGTGCCTTAGCTGAGAGTGCTCAAGATGCTTTTTACAAGCTCAGCAACACCAGG
AACCAGATCCAGGCTTATGTCTTTGATGTGATCCGAGCAAGTGTTCCTAAGCTGAATCGA
AATACCTTTCGGGTCTTGGTATAGCACGTCAGAGACAAGCCATTGTGGATGGTCTGAGAA
ACAGCGTGCTTGCATTCTCTGAGTCTGTTCCAGGGACTTCTTCCAAAGACGTCATGGACA
TGGTTCTGATCACTCAGTACTTTGACACACTTAAGGATATTGGGGCGTCTTCCAAGTCAA
ACTCCGTGTTCATACCGCACGGTCCAGGCGCTGTTAAGGACATTGCTTCACAGATCAGGG
ATGGTTTACTTCAGGGGAAAGCTGCTGAGTAAGAAGATGTCAAAGTACAAAACTTTCTTC
AGGGTTTTAGCTGTTTGTGTTTCTACTTTGTTTTTGTCTTTCGTTTTCTGTTTTGTGAAG
TGTCTTATTAGTCTGGCGTTTTACTTGAATCTCTCTCAATAAAGCCATCTTCTTC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL6698Contig1 762 2 2 U
GGGTTGTGGTATGGGGTCTTCGCTTGGGAACATTTCTTCTAATGAGGATCCTGCAATGGG
GAGAAGATCGACGCTTTGACGAAATGCGTCAAAATCTGGTGAAACTAATAGTTTTCTGGA
CTTTTCAGGCCGTGTGGGTTTGGACCGTGAGCTTGCTTCTAATCGTCGTTAACGCAAGTG
ATGATGGTGGAGGAGGATCTCTTAAACCCGCAGATGTTATCGGCTGGACGATGTGGGTTT
TCGGTTTCTTGATCGAAGCTGCAGCTGATCAACAGAAGCTCTCTTTTAAAAACGCTCCAG
AGAACAGAGGTAAATGGTGTGATGCTGGTCTTTGGAAGTATTCAAGACATCCAATTACTT
TGGTGAGATGTTACTGTGGTGGGGAATCTTTGTGGCTGCATCGCCTGTTCTAGAAGGTGC
TGAGTATCTTGTTGCGTTCGGACCAGTCTTTCTCACTTTGCTACTTCTTTTTGTCAGCGG
CATACCTTTACTAGAGGCATCGGCTGACAAAAAGCATGGCCACTTGGGAGCTTACCGATT
CTATAAGAAGAGTACAAGTCCTCTGATTCTTTTACCAAGAGGAGTGTATGGGAACTTACC
AGGATGGTGCAAGAGAGTCTTTCTCTTCGAGCTTCCTTTTTACAGTAGGAATCTACCTGA
AGAAGCTGCTATTTAAAAGCTAAAGGAGCCCTCCAAGAGAGTATCAGCTGAAAGATTACT
CTAATTTGTGATTTAAAAATAAATAAATTCTGAGTTTCTATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C368TF U 1
AF RR1C368JQ C 1
BS 1 682 RR1C368TF
BS 683 762 RR1C368JQ

RD RR1C368TF 682 0 0
GGGTTGTGGTATGGGGTCTTCGCTTGGGAACATTTCTTCTAATGAGGATCCTGCAATGGG
GAGAAGATCGACGCTTTGACGAAATGCGTCAAAATCTGGTGAAACTAATAGTTTTCTGGA
CTTTTCAGGCCGTGTGGGTTTGGACCGTGAGCTTGCTTCTAATCGTCGTTAACGCAAGTG
ATGATGGTGGAGGAGGATCTCTTAAACCCGCAGATGTTATCGGCTGGACGATGTGGGTTT
TCGGTTTCTTGATCGAAGCTGCAGCTGATCAACAGAAGCTCTCTTTTAAAAACGCTCCAG
AGAACAGAGGTAAATGGTGTGATGCTGGTCTTTGGAAGTATTCAAGACATCCAATTACTT
TGGTGAGATGTTACTGTGGTGGGGAATCTTTGTGGCTGCATCGCCTGTTCTAGAAGGTGC
TGAGTATCTTGTTGCGTTCGGACCAGTCTTTCTCACTTTGCTACTTCTTTTTGTCAGCGG
CATACCTTTACTAGAGGCATCGGCTGACAAAAAGCATGGCCACTTGGGAGCTTACCGATT
CTATAAGAAGAGTACAAGTCCTCTGATTCTTTTACCAAGAGGAGTGTATGGGAACTTACC
AGGATGGTGCAAGAGAGTCTTTCTCTTCGAGCTTCCTTTTTACAGTAGGAATCTACCTGA
AGAAGCTGCTATTTAAAAGCTA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1C368JQ 762 0 0
GGGTTGTGGTATGGGGTCTTCGCTTGGGAACATTTCTTCTAATGAGGATCCTGCAATGGG
GAGAAGATCGACGCTTTGACGAAATGCGTCAAAATCTGGTGAAACTAATAGTTTTCTGGA
CTTTTCAGGCCGTGTGGGTTTGGACCGTGAGCTTGCTTCTAATCGTCGTTAACGCAAGTG
ATGATGGTGGAGGAGGATCTCTTAAACCCGCAGATGTTATCGGCTGGACGATGTGGGTTT
TCGGTTTCTTGATCGAAGCTGCAGCTGATCAACAGAAGCTCTCTTTTAAAAACGCTCCAG
AGAACAGAGGTAAATGGTGTGATGCTGGTCTTTGGAAGTATTCAAGACATCCAATTACTT
TGGTGAGATGTTACTGTGGTGGGGAATCTTTGTGGCTGCATCGCCTGTTCTAGAAGGTGC
TGAGTATCTTGTTGCGTTCGGACCAGTCTTTCTCACTTTGCTACTTCTTTTTGTCAGCGG
CATACCTTTACTAGAGGCATCGGCTGACAAAAAGCATGGCCACTTGGGAGCTTACCGATT
CTATAAGAAGAGTACAAGTCCTCTGATTCTTTTACCAAGAGGAGTGTATGGGAACTTACC
AGGATGGTGCAAGAGAGTCTTTCTCTTCGAGCTTCCTTTTTACAGTAGGAATCTACCTGA
AGAAGCTGCTATTTAAAAGCTAAAGGAGCCCTCCAAGAGAGTATCAGCTGAAAGATTACT
CTAATTTGTGATTTAAAAATAAATAAATTCTGAGTTTCTATT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL6699Contig1 522 2 8 U
GTCTCGGGGAGACTTCTACCGTCGTTGGAGCAAGTGCTGTTTCAGGGTTCTGCGCTGCGG
CTTGCAGTCTTCCATTTGACTTTGTCAAAACTCAGATCCAGAAAATGCAACCGGACGCGC
AGGGGAAGTATCCATACACGGGTTCGCTTGACTGTGCCATGCAAACCTTGAAGTCAGGAG
GACCTCTGAAATTCTACACAGGTTTCCCTGTTTACTGCGTCAGGATCGCCCCTCACGTCA
TGATGACATGGATCTTCCTGAACCAGATTACAAAGTTTCAAAAGACCATTGGTCTGTGAG
ATTCAAGCATTGTGAAGTGAGTGCAGAGAATAAGATGAGAAGGAAAACACAATTTGGAAT
TGTGTTAGATTTGCTTTTTTATTCATATACATGATGATCACATTGCCTTGACGCATTATT
GGAACTGTTGAAGACTTTAATATTTTTGTTGTTTCTTGAGGATCGTTGATTGGTCTGGTA
AACTTCCTTTTGAAATTTAAAAGAAACACAATTCTGAGATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DS56JQ C 1
AF RR1DL16TF U 17
BS 1 17 RR1DS56JQ
BS 18 43 RR1DL16TF
BS 44 44 RR1DS56JQ
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BS 326 379 RR1DL16TF
BS 380 380 RR1DS56JQ
BS 381 522 RR1DL16TF

RD RR1DS56JQ 485 0 0
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CTTTCAGTCTTCCATTTGACTTTGTCAAAACTCAGATCCAGAAAATGCAACCGGACGCGC
AGGGGAAGTATCCATACACGGGTTCGCTTGACTGTGCCATGCAAACCTTGAAGTCAGGAG
GACCTCTGAAATTCTACACAGGTTTCCCTGTTTACTGCGTCAGGATCGCCCCTCACGTCA
TGATGACATGGATCTTCCTGAACCAGATTACAAAGTTTCAAAAGACCATTGGTCTGTGAG
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TGTGTTAGATTTGCTTTTTTATTCATATACATGATGATCACATTGCCTTGACGCATTATT
GGAACTGTTGAAGACTTTAATATTTTTGTTGTTTGTTGAGGATCGTTGATTGGTCTGGTA
AACTT

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR1DL16TF 506 0 0
G
ACCGTCGTTGGAGCAAGTGCTGTTTCGGGGTTCTGCGCTGCGGCTTGCAGTCTTCCATTT
GACTTTGTCAAAACTCAGATCCAGAAAATGCAACCGGACGCGCAGGGGAAGTATCCATAC
ACGGGTTCGCTTGACTGTGCCATGCAAACCTTGAAGTCAGGAGGACCTCTGAAATTCTAC
ACAGGTTTCCCTGTTTACTGCGTCAGGATCGCCCCTCACGTCATGATGACATGGATCTTC
CTGAACCAGATTACAAAGTTTCAAAAGACCATTGGTCTGTGAGATTCAAGCATTGTGAAG
TGAGTGCCGAGAATAAGATGAGAAGGAAAACACAATTTGGAATTGTGTTAGATTTGCTTT
TT*ATTCATATACATGATGATCACATTGCCTTGACGCATTATTGGAACTGTTGAAGACTT
TAATATTTTTGTTGTTTCTTGAGGATCGTTGATTGGTCTGGTAAACTTCCTTTTGAAATT
TAAAAGAAACACAATTCTGAGATCT

QA 2 506 2 506
DS 



AS 1 2

CO CL6700Contig1 964 2 2 U
GGGCCCTGTTGCTCCTCTAGAAAGGAAACATGCCTCTCTTCCCAGATCAACAGTTATACA
CTCAACCACAGTTGCACGAGGAGGACAACCGAAATTTATGAACAACACAAACACATTGAG
CCCTGAAACTACTCAAAACATTCCTCTTAATCATCATCATGCTGCAGCAGTACAAGCACA
GCAAAGAAACCTCTCAGCTGCAAAACCAAGCACATTCATGGGTCCAGTGGCGCCTTTTGA
CAACGGTAGGACCAGTAGAGACGCATATGACCCGAGATCATTCATCCGCAGCACTACCAG
TACTACTCTTCCCTTTCAACAGCAGTCTGCATCAACAGTCTCCATGGGAAGGCAACAAGA
GAGGAGAACAACAACAACAACCATGGAGTCTGAGAAGCAGGCAAGACAAATACATCAGTA
CAATAGATACGTCGCACCAGATGTAGCCATCAACATAGATAGCAACCCGTTTGTCATGTC
TCGAACCACTGGAATGATGCACAAGGCGGAAAACATGAGTGTTGATCACCGGATCATAAT
CGATACGAATCTGTTACAGGCGACAGCAGGAATAGGAGTTGCTGCGGCGGCTGCGGCAGC
CGCTCCCGGTGGTTCTGCTCACCGGAAAGTTGGAGCTGTTCGGTACGGCATGTCAAAGAT
GTACTAGAAGTCTTAGATCACACAGGAACATCGTTCTGATTTTTCTCACGTCTAAAAAGA
ACCGACGGCTACAGAGGATGTATCAGCGTGGACTGTGGGTGCTAATGATGATGGATGTTT
CATGGCAGCAACCGATGCATGTGGTAGTGGGACCCCATTTCACAGAGAACTTTGTTCTTC
CAAAGTCAAAGAAAGCTGCTTTGTCACTTGATTGTATCTGTAGCCAAACAATTGGTGTGT
ATGTATATATTTTGTTGTATAGAATCTGAGTTGTTTAAATTAAATAAATTTGAGAATTTT
CTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1F349TF U 1
AF RR1F349JQ C 219
BS 1 713 RR1F349TF
BS 714 964 RR1F349JQ

RD RR1F349TF 713 0 0
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CTCAACCACAGTTGCACGAGGAGGACAACCGAAATTTATGAACAACACAAACACATTGAG
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GCAAAGAAACCTCTCAGCTGCAAAACCAAGCACATTCATGGGTCCAGTGGCGCCTTTTGA
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TACTACTCTTCCCTTTCAACAGCAGTCTGCATCAACAGTCTCCATGGGAAGGCAACAAGA
GAGGAGAACAACAACAACAACCATGGAGTCTGAGAAGCAGGCAAGACAAATACATCAGTA
CAATAGATACGTCGCACCAGATGTAGCCATCAACATAGATAGCAACCCGTTTGTCATGTC
TCGAACCACTGGAATGATGCACAAGGCGGAAAACATGAGTGTTGATCACCGGATCATAAT
CGATACGAATCTGTTACAGGCGACAGCAGGAATAGGAGTTGCTGCGGCGGCTGCGGCAGC
CGCTCCCGGTGGTTCTGCTCACCGGAAAGTTGGAGCTGTTCGGTACGGCATGTCAAAGAT
GTACTAGAAGTCTTAGATCACACAGGAACATCGTTCTGATTTTTCTCACGTCT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1F349JQ 746 0 0
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AGGCAAGACAAATACATCAGTACAATAGATACGTCGCACCAGATGTAGCCATCAACATAG
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GTGTTGATCACCGGATCATAATCGATACGAATCTGTTACAGGCGACAGCAGGAATAGGAG
TTGCTGCGGCGGCTGCGGCAGCCGCTCCCGGTGGTTCTGCTCACCGGAAAGTTGGAGCTG
TTCGGTACGGCATGTCAAAGATGTACTAGAAGTCTTAGATCACACAGGAACATCGTTTTG
ATTTTTCTCACGTCTAAAAAGAACCGACGGCTACAGAGGATGTATCAGCGTGGACTGTGG
GTGCTAATGATGATGGATGTTTCATGGCAGCAACCGATGCATGTGGTAGTGGGACCCCAT
TTCACAGAGAACTTTGTTCTTCCAAAGTCAAAGAAAGCTGCTTTGTCACTTGATTGTATC
TGTAGCCAAACAATTGGTGTGTATGTATATATTTTGTTGTATAGAATCTGAGTTGTTTAA
ATTAAATAAATTTGAGAATTTTCTTT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

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ATGGAATCGAGTTCTCCTCCTCCTCACTTCAAGCAGGTGGTTTTGGGATCTTCATCGATT
GCTCGACGAAGTATATTAACAGACATGGGATACCAATTCACTCTAATGAGTGCTGATATT
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AGTGTGGAAGAAGCAAGGGAATACATAAGAGGCTATTCCAAGGGACACACTGCAACTGTC
AGTTCTGTTGTTGTAACAAATCCCAAAACAGGATTCAGAAAAGGAGGCGTCGATAGAGTG
GAGATATATTTCAACGAAATATCGGAGGAGACTATCGCGAAACTGATTGAGGAAGGCATG
GTGCTTAAGGTAGCTGGTGCACTCCTAATCGAACATCCTCTAATATCGCCATGCATTAAA
GAAATGGTTGGGACAATAGATAGCGTCATGGGTCTGCCTAAAAAATTGACTGAGGAACTT
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TTATTTAATGATCGATCTGCTTTTGAATCTATGGATAAGTGTTTTGACTTGTCTCTACAA
GTACGAACCCTTTGGATGTGATTGGTAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F810TF U 1
AF RR1BY43TF U 45
BS 1 93 RR1F810TF
BS 94 96 RR1BY43TF
BS 97 547 RR1F810TF
BS 548 548 RR1BY43TF
BS 549 572 RR1F810TF
BS 573 573 RR1BY43TF
BS 574 760 RR1F810TF
BS 761 761 RR1BY43TF
BS 762 773 RR1F810TF
BS 774 810 RR1BY43TF

RD RR1F810TF 773 0 0
GGGTCGTCCTCACTTCAAATATCTCTCGTTTTGACCTACCTACTACATAGCGGAAGAAAA
ATGGAATCGAGTTCTCCTCCTCCTCACTTCAAG***GTGGTTTTGGGATCTTCATCGATT
GCTCGACGAAGTATATTAACAGACATGGGATACCAATTCACTCTAATGAGTGCTGATATT
GACGAGAAAAGCATCCGTAAGCAGAATCCTGAAGACTTGGTTTTAGCTTTAGCTGAGGCA
AAGGCTGAAGCAATCATGCAGCGGATGGCTGATGACGACGACGACGACATAAAGGAGACC
TTACTTGTTACTTGTGACCAAGTTGTCGTCTATGAAAATGTGGTTAGAGAGAAACCATCG
AGTGTGGAAGAAGCAAGGGAATACATAAGAGGCTATTCCAAGGGACACACTGCAACTGTC
AGTTCTGTTGTTGTAACAAATCCCAAAACAGGATTCAGAAAAGGAGGCGTCGATAGAGTG
GAGATATATTTCAACGAAATATCGGAGGAGACTATCGCGAAACTGATTGAGGAAGGCATG
GTGCTTAGGGTAGCTGGTGCACTCCTAATCGAGCATCCTCTAATATCGCCATGCATTAAA
GAAATGGTTGGGACAATAGATAGCGTCATGGGTCTGCCTAAAAAATTGACTGAGGAACTT
CTAAAGGAAGCAATGGCAAGCACAGAGGAGAAAATGTCTGGTGTCTAAAATGTTGGTTTA
TTATTTAATGATCGATCTGCTTTTGAATCTATGGATAAGTTTTTTGACTTGTC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1BY43TF 766 0 0
GG
ATAGCGGAAGAAAAATGGAATCGAGTTCTCCTCCTCCTCACTTCAAGCAGGTGGTTTTGG
GATCTTCATCGATTGCTCGACGAAGTATATTAACAGACATGGGATACCAATTCACTCTAA
TGAGTGCTGATATTGACGAGAAAAGCATCCGTAAGCAGAATCCTGAAGACTTGGTTTTAG
CTTTAGCTGAGGCAAAGGCTGAAGCAATCATGCAGCGGATGGCTGATGACGACGACGACG
ACATAAAGGAGACCTTGCTTGTTACTTGTGACCAAGTTGTCGTCTATGAAAATGTGGTTA
GAGAGAAACCATCGAGTGTGGAAGAAGCAAGGGAATACATAAGAGGCTATTCCAAGGGAC
GCACTGCAACTGTCAGTTCTGTTGTTGTAACAAATCCCAAAACAGGATTCAGAAAAGGAG
GCGTCGATAGAGTGGAGATATATTTCAACGAAATATCGGAGGAGACTATCGCGAAACTGA
TTGAGGAAGGCATGGTGCTTAAGGTAGCTGGTGCACTCCTAATCGAACATCCTCTAATAT
CGCCATGCATTAAAGAAATGGTTGGGACAATAGATAGCGTCATGGGTCTGCCTAAAAAAT
TGACTGAGGAACTTCTAAAGGAAGCAATGGCAAGCACAGAGGAGAAAATGTCTGGTGTCT
AAAATGTTGGTTTAT*ATTTAATGATCGATCTGCTTTTGA*TCTATGGATAGGTGTTTTG
ACTTGTCTCTACAAGTACGAACCCTTTGGATGTGATTGGTAGTT

QA 3 766 3 766
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6703Contig1 1027 2 2 U
GGGGAAAATAGAGAGTGACCCTTTTGGTTTTCTTGAAGCATTTCATCTTCCTCTACCTCT
ACATCTCACCATCTTTAATCAGTTCATCATTAGTGGTACAAAGTCATCATCTCAAATACA
CTCAACGATCTCTCAGATTATCACAGCTCCTTAAAAATATCCTTTTTCTGATGCTCCAGT
TGCTCAAAACACCATCGGCCACTTAATCTTGGACTCACTCCGGCTTGGTACTCAGTTTGT
AGTTGGTCGACTCCTCCGGTTCTAGGTGAAAAGGGAAAAGGGATGAAGTCAGGGCGTGCT
GCCAAATTGGTGATAGAGGTGTTTCTTCAGGGTTTCTGGCTCTCACAAGATGGTGAATTG
AGGCTGCTCAAGCTCCGGTTTAGATTTTTAGTGCGTTAAGGTGTTCATCGCTGCTACTTG
GGGGAAAATTGTTACAATAAAAGTAAAATCGTACGGAGATTTGGAACCTACTATGCAGCT
GAAGAAATCATAAGCCAGGTTCAAGTTTCTTACACACAGCTTCCAACAATGGGGACTATA
TAGACGCTGTTTCTTTTGAGTAAGATTTTCATTTTTAAAAATTGTCTGTTCAGAAACAGA
GGAATAACAAAGGAAAAGTTTGACCTTTGAGATTCAAATTTCATGAGCACTAATGTTTTC
TTTAATTGGGAATTTAGAGGAAGTCATTGCGAACATTGCTGAAGGCGATGCTGAAGATAT
CAAAGGGGTAGTGAAAGCTGCAACGAAGACCATTTATGAAGGACCTTGGCCTTAGATGAT
TGCTTATGTATAATACTATATAATGTTCTTGAGTCTTGAAAGTTATGACGTTACTGTGAT
ATGGACTAGATATCAAAGGAGTAGTGAAAGCTGCAAAGAAGACCATTTATGAAAGACCTT
GGCCTTAGATGATTGCTTATGTATAATACTATATAACGTTCTTGAGTCTTGAAAGTTATG
AAGTTACTGTGATATGGACTGATCTTTGTTTGGTTTTCGGGAAAAGTCAACTATATGTTG
CATTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV62TF U 1
AF RR1GV62JQ C 483
BS 1 575 RR1GV62TF
BS 576 1027 RR1GV62JQ

RD RR1GV62TF 575 0 0
GGGGAAAATAGAGAGTGACCCTTTTGGTTTTCTTGAAGCATTTCATCTTCCTCTACCTCT
ACATCTCACCATCTTTAATCAGTTCATCATTAGTGGTACAAAGTCATCATCTCAAATACA
CTCAACGATCTCTCAGATTATCACAGCTCCTTAAAAATATCCTTTTTCTGATGCTCCAGT
TGCTCAAAACACCATCGGCCACTTAATCTTGGACTCACTCCGGCTTGGTACTCAGTTTGT
AGTTGGTCGACTCCTCCGGTTCTAGGTGAAAAGGGAAAAGGGATGAAGTCAGGGCGTGCT
GCCAAATTGGTGATAGAGGTGTTTCTTCAGGGTTTCTGGCTCTCACAAGATGGTGAATTG
AGGCTGCTCAAGCTCCGGTTTAGATTTTTAGTGCGTTAAGGTGTTCATCGCTGCTACTTG
GGGGAAAATTGTTACAATAAAAGTAAAATCGTACGGAGATTTGGAACCTACTATGCAGCT
GAAGAAATCATAAGCCAGGTTCAAGTTTCTTACACACAGCTTCCAACAATGGGGACTATA
TAGACGCTGTTTCTTTTGAGTAAGATTTTCATTTT

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1GV62JQ 545 0 0
AGAAATCATAAGCCAGGTTCAAGTTTCTTACACACAGCTTCCAACAATGGGGACTATATA
GACGCTGTTTCTTTTGAGTAAGATTTTCATTTTTAAAAATTGTCTGTTCAGAAACAGAGG
AATAACAAAGGAAAAGTTTGACCTTTGAGATTCAAATTTCATGAGCACTAATGTTTTCTT
TAATTGGGAATTTAGAGGAAGTCATTGCGAACATTGCTGAAGGCGATGCTGAAGATATCA
AAGGGGTAGTGAAAGCTGCAACGAAGACCATTTATGAAGGACCTTGGCCTTAGATGATTG
CTTATGTATAATACTATATAATGTTCTTGAGTCTTGAAAGTTATGACGTTACTGTGATAT
GGACTAGATATCAAAGGAGTAGTGAAAGCTGCAAAGAAGACCATTTATGAAAGACCTTGG
CCTTAGATGATTGCTTATGTATAATACTATATAACGTTCTTGAGTCTTGAAAGTTATGAA
GTTACTGTGATATGGACTGATCTTTGTTTGGTTTTCGGGAAAAGTCAACTATATGTTGCA
TTGTC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL6704Contig1 735 2 1 U
GGACACGAACACGAACACGAACAAAAGAGAACCCTAGATCGTTCCGTTGCCTTAAGACGA
ATCCGAGTGTCGTCAACGAAAGGAGCATCTTTTCGCATTTCAAACGATCAACTAAACCCA
ATTCCATGGCAGGGAGAATCATTGCGCAGTTCATTGTGATGGGTTCTGGGATATTAGGTC
GTGCTTTCTTTCAAGCCTATCGTCAGGCCATTGCAAATGCGTCAAAACTGGGGTGGCGCA
GGAAGCGATGCAGAACGCAGTACGTAAAGCAGGAAAAGCCATTAATGAGCAAGAGGCTAG
GCAGATTCTCGGTGTAACCGAGCAGACCTCTTGGGAAGAAATATTACAGAAATATGATAA
GCTGTTTGAGAATAATGCCAAAGCGGGGAGCTTTTACCTTCAATCTAAAGTTCTTCGAGC
TAAAGAATGTCTTGAAGTTGTGTACAGAAGCAACGGTACACCTAGTTAAGACTTTAGTCC
TTCTTTCTTTTTTATACAGATTCAGAGTTCTTGCTCTTTGTGTAAAATCAAAGACAGATA
ACACTGTTCTTTGAGGTAATGTGTAACTTTGAAAAACTGCTATAGTTTTCTCCACCCATT
TTTATTTTTTTCAGTTGATCGGTAGTGGTAGCCTCTTAAACTTACAATTGATTGTTCTTC
TATGCGTTTATTACTCCTTTTAGAGTTTTGTTTCTGTTTCAGACTGAGATAAATCTACAA
TTTGTTATTATGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR1EN81TF U 1
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RD RR1EN81TF 735 0 0
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ATCCGAGTGTCGTCAACGAAAGGAGCATCTTTTCGCATTTCAAACGATCAACTAAACCCA
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GTGCTTTCTTTCAAGCCTATCGTCAGGCCATTGCAAATGCGTCAAAACTGGGGTGGCGCA
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GCTGTTTGAGAATAATGCCAAAGCGGGGAGCTTTTACCTTCAATCTAAAGTTCTTCGAGC
TAAAGAATGTCTTGAAGTTGTGTACAGAAGCAACGGTACACCTAGTTAAGACTTTAGTCC
TTCTTTCTTTTTTATACAGATTCAGAGTTCTTGCTCTTTGTGTAAAATCAAAGACAGATA
ACACTGTTCTTTGAGGTAATGTGTAACTTTGAAAAACTGCTATAGTTTTCTCCACCCATT
TTTATTTTTTTCAGTTGATCGGTAGTGGTAGCCTCTTAAACTTACAATTGATTGTTCTTC
TATGCGTTTATTACTCCTTTTAGAGTTTTGTTTCTGTTTCAGACTGAGATAAATCTACAA
TTTGTTATTATGTAT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1EN81JQ 680 0 0
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GCGCAGGAAGCGATGCAGAACGCAGTACGTAAAGCAGGAAAAGCCATTAATGAGCAAGAG
GCTAGGCAGATTCTCGGTGTAACCGAGCAGACCTCTTGGGAAGAAATATTACAGAAATAT
GATAAGCTGTTTGAGAATAATGCCAAAGCGGGGAGCTTTTACCTTCAATCTAAAGTTCTT
CGAGCTAAAGAATGTCTTGAAGTTGTGTACAGAAGCAACGGTACACCTAGTTAAGACTTT
AGTCCTTCTTTCTTTTTTATACAGATTCAGAGTTCTTGCTCTTTGTGTAAAATCAAAGAC
AGATAACACTGTTCTTTGAGGTAATGTGTAACTTTGAAAAACTGCTATAGTTTTCTCCAC
CCATTTTTATTTTTTTCAGTTGATCGGTAGTGGTAGCCTCTTAAACTTACAATTGATTGT
TCTTCTATGCGTTTATTACTCCTTTTAGAGTTTTGTTTCTGTTTCAGACTGAGATAAATC
TACAATTTGTTATTATGTAT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EW43TF U 1
AF RR1EW43JQ C 68
BS 1 709 RR1EW43TF
BS 710 710 RR1EW43JQ
BS 711 768 RR1EW43TF
BS 769 826 RR1EW43JQ

RD RR1EW43TF 768 0 0
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GGACCAACTAGGAGATGTGTTGCATTGGATCAGGCAAGTTGTTGGATTACTCTGCGGTTT
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TTCAGGGATTGTATACGGTTACTATGCATTGATTCTGAAGATCGATGAAGAAGACTATGG
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GTGGATTCTGGTGTATAGCTTGTCTAGCTTCTGACAGAGACACACACTGTCTTGCGGTTG
AGATTGCGTTACCCCCCTGCTCGGAAGAAGTTTAGCAGAAAGTGGATTTCATGGTGTCTC
CCGTCCGATGACATTCTTCTTTTTACATTTGCTTTTGACGCTTTTGTTT*GCTCAAGATG
AGAACTAGCTTTTCTTTGGTTTTCCTCAAGTATATTATCGTTTTATTT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1EW43JQ 759 0 0
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CTAGGAGATGTGTTGCATTGGATCAGGCAAGTTGTTGGATTACTTTGCGGTTTGCTTTGG
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ATTGTATACGGTTACTATGCATTGATTCTGAAGATCGATGAAGAAGACTATGGTGGTCAT
GCAGCTTTGCTCCAGGACGGTCTTTTTGCTTCTCTAAGTGTATTCCTGCTTGCGTGGATT
CTGGTGTATAGCTTGTCTAGCTTCTGACAGAGACACACACTGTCTTGCGGTTGAGATTGC
GTTACCCCCCTGCTCGGAAGAAGTTTAGCAGAAGGTGGATTTCATGGTGTCTCCGGTCCG
ATGACATTCTTCTTTTTACATTTGCTTTTGACGCTTTTGTTTTGCTCAAGATGAGAACTA
GCTTTTCTTTGGTTTTCCTCAAGTATATTATCGTTTTATTTTTGTTTAATAAATTATGTA
GTCTGTTTATGCTACAAAACGGTATTTCTTCCTGTTTTG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL6706Contig1 960 2 4 U
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CGCCAATTTCATTTGGACTGAAGGTGAAACCCTCGGCTCCACAGTCTTCTTCGTCTCCGT
CGTAGTCTCCGTTTACCTTTCCGCCACATTACTTCTCAGATCCGCCATTGATTCGCTCCC
TTCGCTAGGTCCTCGAATTCTCAAACCAATCACAGCCGTCCACAGCCTTATCCTCTGCCT
CCTCTCCTTAATCATGGCCGTGGGCTGCACTCTCTCTATGACTTCAGGCCCGACAACGGC
ACGTTTCTTCGACGCGATTTGTTTTCCCGTCGATGTGAAGCCTAACGGGCCTCTCTTCTT
TTGGGCTCAAGTCTTCTACCTGTCGAAGATCCTCGAGTTCGGAGACACGATCCTCATCCT
ACTAGGCAAGTCAATCCAACGGCTGTCTTTCCTCCACGTGTACCACCATGCCACCGTTGT
TGTTATGTGTTACCTCTGGCTTCGAACCGGCCAGTCTATGTTTCCTGTTGCGCTCGTGAC
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GTGGTGTTTCAACGCTGCTTTTAATGCTTCTCTTTTGGCTCTATTTTTCAACTTCCATTC
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TGAGTTGTTGAATGTTCTTGGAGTTGTATTTGTTACAAATAGTTTGAAATTGCTTACTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CP50TF U 1
AF RR1CP50JQ C 368
BS 1 685 RR1CP50TF
BS 686 686 RR1CP50JQ
BS 687 710 RR1CP50TF
BS 711 960 RR1CP50JQ

RD RR1CP50TF 714 0 0
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TCACGCAATGGCATCATTTCACCATACTCTAACCTACTGGCTCGTCAACCATCCCAACAT
CGCCAATTTCATTTGGACTGAAGGTGAAACCCTCGGCTCCACAGTCTTCTTCGTCTCCGT
CGTAGTCTCCGTTTACCTTTCCGCCACATTACTTCTCAGATCCGCCATTGATTCGCTCCC
TTCGCTAGGTCCTCGAATTCTCAAACCAATCACAGCCGTCCACAGCCTTATCCTCTGCCT
CCTCTCCTTAATCATGGCCGTGGGCTGCACTCTCTCTATGACTTCAGGCCCGACAACGGC
ACGTTTCTTCGACGCGATTTGTTTTCCCGTCGATGTGAAGCCTAACGGGCCTCTCTTCTT
TTGGGCTCAAGTCTTCTACCTGTCGAAGATCCTCGAGTTCGGAGACACGATCCTCATCCT
ACTAGGCAAGTCAATCCAACGGCTGTCTTTCCTCCACGTGTACCACCATGCCACCGTTGT
TGTTATGTGTTACCTCTGGCTTCGAACCGGCCAGTCTATGTTTCCTGTTGCGCTCGTGAC
GAATTCGACGGTCCATGTCATTATGTACGGTTATTACTTCCTCTGTGCCATTGGATCGAA
GCCGAAGTGGAAGAGATTGGTGACG*ATTGTCAGATTGTGCAGTTTGTTT
CAGC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1CP50JQ 593 0 0
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AAGTCAATCCAACGGCTGTCTTTCCTCCACGTGTACCACCATGCCACCGTTGTTGTTATG
TGTTACCTCTGGCTTCGAACCGGCCAGTCTATGTTTCCTGTTGCGCTCGTGACGAATTCG
ACGGTCCATGTCATTATGTACGGTTATTACTTCCTCTGTGCCATTGGATCGAAGCCGAAG
TGGAAGAGATTGGTGACGGATTGTCAGATTGTGCAGTTTGTTTTCAGCTTCGGGTTATCT
GGTTGGATGCTTCGAGAGCATTTATTCGGATCGGGTTGCTCCGGGATTTGGGCGTGGTGT
TTCAACGCTGCTTTTAATGCTTCTCTTTTGGCTCTATTTTTCAACTTCCATTCCAAGAAC
TATGCCAAAAACCCAAGAGAGGAGGCGACAAAAAGCGATTAGATTTGTTGTCTTGAGTTG
TTGAATGTTCTTGGAGTTGTATTTGTTACAAATAGTTTGAAATTGCTTACTAC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

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AGTGCACCCTTTGCAAGACGGAGAACGAGTGCAACCTCTGTAAACTTTCCTGCTCACTCT
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CTCAGCCAAAGCATCATGGGGCTTCCGGCATTCCCCTCTGCTCCTCAACCTGAACCTTCT
CTCCTTCCCACATCTGCTGCATCCAACAAACTCATCCCGATGAATTACTTTGGACCCGTT
GGAATTATTCTTCAATGTTTGGTTGTAATATCTGAACAGCACTGTCTTTGAAAGCGGAAC
TTTGTCTCCCTCAATGAACACCCACACGTTGTTCCTCCAGTTTCTAGAGGTTTCTCTCTC
AGAATGCTTCTCAAAGGCAGCAGGCGATAGCTTGTCTTCATGGCAAGCGGGAGTGCATTG
GCAAGTGATTTGGAGGTCTCCATCTGAGAAAACCCTAAGCCTAGCAATGGCGTCTCCGTA
ACGGTGGCTGGTGCATCCACACATCACCTCCACGTAATCATCTCCCACAATGACCTCACT
AATCTCTTGCAGCTCCTCTTCGCTGAACAAGGTCTTCTTAGACCCGCATTCTCTCTCCAT
CCCCCGATCTACCC


BQ
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AF RR1BO75JQ U 310
AF RR1BO75TF C 1
BS 1 309 RR1BO75TF
BS 310 490 RR1BO75JQ
BS 491 794 RR1BO75TF

RD RR1BO75JQ 181 0 0
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ACATCTGCTGCATCCAACAAACTCATCCCGATGAATTACTTTGGACCCGTTGGAATTATT
CTTCAATGTTTGGTTGTAATATCTGAACAGCACTGTCTTTGAAAGCGGAACTTTGTCTCC
C

QA 1 181 1 181
DS 

RD RR1BO75TF 794 0 0
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GTAAAATGATAACTAGACAACTCAAGTCAAATGGGTTTGGGTGTTAGAGGTGAAGTCGAA
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AGTGCACCCTTTGCAAGACGGAGAACGAGTGCAACCTCTGTAAACTTTCCTGCTCACTCT
CTCTTCCTCCGCGTCACATGTTATCTTGTGGTATGGATAGTCGCAACACTTCCAATTGGG
CTCAGCCAAAGCATCATGGTGCTTCCGGCATTCCCCTCTGCTCCTCAACCTGAACCTTCT
CTCCTTCCCACATCTGCTGCATCCAACAAACTCATCCCGATGAATTACTTTGGACCCGTT
GGAGTTATTCTTCAATGTTTGGTTGTAGTATCTGAGCAGCACTGTCTTTGAAAGCGGAAC
TTTGTCTCCCTCAATGAACACCCACACGTTGTTCCTCCAGTTTCTAGAGGTTTCTCTCTC
AGAATGCTTCTCAAAGGCAGCAGGCGATAGCTTGTCTTCATGGCAAGCGGGAGTGCATTG
GCAAGTGATTTGGAGGTCTCCATCTGAGAAAACCCTAAGCCTAGCAATGGCGTCTCCGTA
ACGGTGGCTGGTGCATCCACACATCACCTCCACGTAATCATCTCCCACAATGACCTCACT
AATCTCTTGCAGCTCCTCTTCGCTGAACAAGGTCTTCTTAGACCCGCATTCTCTCTCCAT
CCCCCGATCTACCC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL6708Contig1 685 2 2 U
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CCGATCTCAGCTGCGGCCATGATATGACGGGATTCGGTCCATTGCTTCCGACTGAATCAG
AAAGATCTCTTATGGAAAGAGTCAGACAAGAACTTAAACTCGAACTCAAACAGGGTTTTA
AATCGAGAATTGAAGATGTAAGAGAAGAGATAATGAGGAAAAGAAGGGCTGGGAAATTAC
CTGGGGACACAACCACTGTCTTGAAAAATTGGTGGCAACAACATTGCAAGTGGCCTTACC
CTACTGAAGATGACAAGGCAAAATTGGTAGAGGAGACCGGATTACAGTTAAAGCAAATCA
ACAATTGGTTCATTAATCAACGCAAGAGGAATTGGCACAACTCTCATTCCCTCACTTCCT
CGAAGTCCAAGCGCAAACACTAATTCTTGTTACTAAGTAGTATATAGTTGCGACTACATT
TTCATACTAATTACGTTGCTTTACAATGCATGCACGATATATGCAGTTCATGTTACTTGG
TAATAACGAGGTGTGCTCATTAATAGAGAAAATTATATGTAGACATACTTTTCAAATATT
GTTTTTTTACACTACTAGGCACTTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G824JQ C 1
AF RR1G824TF U 1
BS 1 678 RR1G824TF
BS 679 685 RR1G824JQ

RD RR1G824JQ 685 0 0
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CCGATCTCAGCTGCGGCCATGATATGACGGGATTCGGTCCATTGCTTCCGACTGAATCAG
AAAGATCTCTTATGGAAAGAGTCAGACAAGAACTTAAACTCGAACTCAAACAGGGTTTTA
AATCGAGAATTGAAGATGTAAGAGAAGAGATAATGAGGAAAAGAAGGGCTGGGAAATTAC
CTGGGGACACAACCACTGTCTTGAAAAATTGGTGGCAACAACATTGCAAGTGGCCTTACC
CTACTGAAGATGACAAGGCAAAATTGGTAGAGGAGACCGGATTACAGTTAAAGCAAATCA
ACAATTGGTTCATTAATCAACGCAAGAGGAATTGGCACAACTCTCATTCCCTCACTTCCT
CGAAGTCCAAGCGCAAACACTAATTCTTGTTACTAAGTAGTATATAGTTGCGACTACATT
TTCATACTAATTACGTTGCTTTACAATGCATGCACGATATATGCAGTTCATGTTACTTGG
TAATAACGAGGTGTGCTCATTAATAGAGAAAATTATATGTAGACATACTTTTCAAATATT
GTTTTTTTACACTACTAGGCACTTT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1G824TF 684 0 0
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CCGGTGCCACGATGTCCGAAGGCGAGGACGATTTTCAGATGGGTTTTTCATCGGATACTT
CCGATCTCAGCTGCGGCCATGATATGACGGGATTCGGTCCATTGCTTCCGACTGAATCAG
AAAGATCTCTTATGGAAAGAGTCAGACAAGAACTTAAACTCGAACTCAAACAGGGTTTTA
AATCGAGAATTGAAGATGTAAGAGAAGAGATAATGAGGAAAAGAAGGGCTGGGAAATTAC
CTGGGGACACAACCACTGTCTTGAAAAATTGGTGGCAACAACATTGCAAGTGGCCTTACC
CTACTGAAGATGACAAGGCAAAATTGGTAGAGGAGACCGGATTACAGTTAAAGCAAATCA
ACAATTGGTTCATTAATCAACGCAAGAGGAATTGGCACAACTCTCATTCCCTCACTTCCT
CGAAGTCCAAGCGCAAACACTAATTCTTGTTACTAAGTAGTATATAGTTGCGACTACATT
TTCATACTAATTACGTTGCTTTACAATGCATGCACGATATATGCAGTTCATGTTACTTGG
TAATAACGAGGTGTGCTCATTAATAGAGAAAATTATATGTAGACATACTTTTCAAATATT
GTTTTTTTACACTACTAG
CACTTT

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL6709Contig1 761 2 1 U
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ACAATGACAAACCATCCTCAAGATCCCTTAACCAGTTACCTCAATCCTGGTCTAACCAAA
CAAGAAGAACAAGCTGACCAAGAAATGATGAGCTTGCAAGCGTTGAAGATCACAAACACA
TTGGCTTTCCCAATGGTCTTCAAAGCTGTTTTAGAGCTAGGCGTCCTTGACACCATTGCT
TCCTTCGGTCAAGGTGCGTGGCTGTCATCTTCAGAAATAGCGTTTGGTCTACCAACCAAG
CCCACCAACCCCGAGGCGCCAATGTTGCTAGACCGGATGTTACGGTTACTCGTCAGCCAC
TCGGTCTTGAAGTGCCGTATAGTTGAAACCGGAGAAAAAGATATAACCGGAAAGATAAAC
ATGGTATATGCAGCCGAACCGGTTTGCACGTTTTTCTTAAATCATGGTCCTGAGTCGGGT
ACTTTCAAGTCCCTATTCATGTTGTTCCAAAGCCAAGTCTTTTTCAACACTTGGACACAT
CTGAAAGATCTGATACAAGAAGGGAAAGATACGTTCAATTCTGCTCATGGCATGAGACTT
TTTTGAATACATCGGATTGGATGAACAATTCGCTTGTATGTTTAACCGTGCAATGTCAGA
ATCTGCTACCATGTTCATGAAGAAGATTTTAGAAACTTACAAAGGATTCAAAGATATTAA
CACTTTGGTGGATATTGGAGGAGGACTTGGCACCACACTGA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G233TF U 1
AF RR1FY90TF U 1
BS 1 761 RR1FY90TF

RD RR1G233TF 690 0 0
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TCCTTCGGTCAAGGTGCGTGGCTGTCATCTTCAGAAATAGCGTTTGGTCTACCAACCAAG
CCCACCAACCCCGAGGCGCCAATGTTGCTAGACCGGATGTTACGGTTACTCGTCAGCCAC
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TTT*GAATACATCGGATTGGATGAACAATTCGCTTGTATGTTTAACCGTGCAATGTCAGA
*TCTGCTACCATGTTCATGAAGAAGATTTT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1FY90TF 761 0 0
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ACAATGACAAACCATCCTCAAGATCCCTTAACCAGTTACCTCAATCCTGGTCTAACCAAA
CAAGAAGAACAAGCTGACCAAGAAATGATGAGCTTGCAAGCGTTGAAGATCACAAACACA
TTGGCTTTCCCAATGGTCTTCAAAGCTGTTTTAGAGCTAGGCGTCCTTGACACCATTGCT
TCCTTCGGTCAAGGTGCGTGGCTGTCATCTTCAGAAATAGCGTTTGGTCTACCAACCAAG
CCCACCAACCCCGAGGCGCCAATGTTGCTAGACCGGATGTTACGGTTACTCGTCAGCCAC
TCGGTCTTGAAGTGCCGTATAGTTGAAACCGGAGAAAAAGATATAACCGGAAAGATAAAC
ATGGTATATGCAGCCGAACCGGTTTGCACGTTTTTCTTAAATCATGGTCCTGAGTCGGGT
ACTTTCAAGTCCCTATTCATGTTGTTCCAAAGCCAAGTCTTTTTCAACACTTGGACACAT
CTGAAAGATCTGATACAAGAAGGGAAAGATACGTTCAATTCTGCTCATGGCATGAGACTT
TTTTGAATACATCGGATTGGATGAACAATTCGCTTGTATGTTTAACCGTGCAATGTCAGA
ATCTGCTACCATGTTCATGAAGAAGATTTTAGAAACTTACAAAGGATTCAAAGATATTAA
CACTTTGGTGGATATTGGAGGAGGACTTGGCACCACACTGA

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL6710Contig1 690 2 2 U
GGGGAAAATGCATTAAAGTGATTGGTTCCCAGGAAAAGAAGTCCCGGTTCGCATTAGTTC
TATGGCTCTCGATGAAAGTGAAAGCTGGTTGGCGTGTGGACAGGGTAAAAATATAGCTGT
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CGACTTAAATGGAGCTTTGCTTTCTCAAATTCAGTGTGCTCCTAGTTCAGCATTTTCAGT
TTCTTTGCATCCAGCAGGAGTAGTTGCTGTGGGAGGCTATGGAGGTCTTGTTGATGTCAT
CTCTCAATTTGGAAGCCATCTCTCCACGTTTCGTAGCAGCTCACTGTGAATCTTTTTAAA
GTTTCTCTGTTTGGCTCAATTAACCCAAAAGCGGTATTAAAATATGGATGCATAAGCTTT
CTACTAGCCTTTCTTAGGTTCTTGTCCCTGAAAAAAAGTAAAGATTTCGTCTGTTTCACA
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CTATAGACCATATTATTTAGACCGATTGGTGGTTCAGTAGGTATCGAATGTGAATTCTTT
CGAAAGCAAAGCTATCGAGTCGGTTTAGGC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BD69JQ C 1
AF RR1BD69TF U 2
BS 1 5 RR1BD69JQ
BS 6 690 RR1BD69TF

RD RR1BD69JQ 690 0 0
GGGGAAAATGCATTAAAGTGATTGGTTCCCAGGAAAAGAAGTCCCGGTTCGCATTAGTTC
TATGGCTCTCGATGAAAGTGAAAGCTGGTTGGCGTGTGGACAGGGTAAAAATATAGCTGT
ATGGAATCTTCCTGCCTCAGAATGCGTATCGACAATATCCTCCCCTGCACATGTTCAAGA
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CGACTTAAATGGAGCTTTGCTTTCTCAAATTCAGTGTGCTCCTAGTTCAGCATTTTCAGT
TTCTTTGCATCCAGCAGGAGTAGTTGCTGTGGGAGGCTATGGAGGTCTTGTTGATGTCAT
CTCTCAATTTGGAAGCCATCTCTCCACGTTTCGTAGCAGCTCACTGTGAATCTTTTTAAA
GTTTCTCTGTTTGGCTCAATTAACCCAAAAGCGGTATTAAAATATGGATGCATAAGCTTT
CTACTAGCCTTTCTTAGGTTCTTGTCCCTGAAAAAAAGTAAAGATTTCGTCTGTTTCACA
AATGTTCCGTTGTGGTTAGTGGAAACTGTAGTGTTTTTGGTCCGGTTCGGCTTGATTTGA
CTATAGACCATATTATTTAGACCGATTGGTGGTTCAGTAGGTATCGAATGTGAATTCTTT
CGAAAGCAAGGCTATCGAGTCGGTTTAGGC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1BD69TF 689 0 0
GGGG
AAATGCATTAAAGTGATTGGTTCCCAGGAAAAGAAGTCCCGGTTCGCATTAGTTCTATGG
CTCTCGATGAAAGTGAAAGCTGGTTGGCGTGTGGACAGGGTAAAAATATAGCTGTATGGA
ATCTTCCTGCCTCAGAATGCGTATCGACAATATCCTCCCCTGCACATGTTCAAGATGTGA
TGTTTGATGAAAAGCAGATATTGAGTGTAGGAGCAGAACCAGTTCTAAGGCGTTTCGACT
TAAATGGAGCTTTGCTTTCTCAAATTCAGTGTGCTCCTAGTTCAGCATTTTCAGTTTCTT
TGCATCCAGCAGGAGTAGTTGCTGTGGGAGGCTATGGAGGTCTTGTTGATGTCATCTCTC
AATTTGGAAGCCATCTCTCCACGTTTCGTAGCAGCTCACTGTGAATCTTTTTAAAGTTTC
TCTGTTTGGCTCAATTAACCCAAAAGCGGTATTAAAATATGGATGCATAAGCTTTCTACT
AGCCTTTCTTAGGTTCTTGTCCCTGAAAAAAAGTAAAGATTTCGTCTGTTTCACAAATGT
TCCGTTGTGGTTAGTGGAAACTGTAGTGTTTTTGGTCCGGTTCGGCTTGATTTGACTATA
GACCATATTATTTAGACCGATTGGTGGTTCAGTAGGTATCGAATGTGAATTCTTTCGAAA
GCAAAGCTATCGAGTCGGTTTAGGC

QA 5 689 5 689
DS 



AS 1 2

CO CL6711Contig1 695 2 4 U
TTTTTTAAAAATACCAAAATATTTATTAAGTTGTTAGTGAAATTTTTCATCGTAAAATAT
CCCGCGCTTCCAAAGCGCGGGTCAAGATCTAGTATTGATATTACTAAAGAGAGCAACATA
CTCAGTTTTTGAGTCACTTGGCTTTCTATCAACTTACAATTACAAACCAGGTGGCTTGAA
GAAAGGGACCAAACCAAAGACGGATTCAAGATCCAATGGGACCTGAAGAGACCGTTTAAG
TAGCTCAGGTGTGTTGCTGGTATCTCCTTTCCATGTCCCAAACCACGGTCCTCCTCCTAT
CTCCACTGCTGCCATAGAGCTCTTTGCCTCCATTATCACCTTGCCTTTACTTCCATCATA
CAGTCGTTCCCATATCTGCAACTTCAGCTCACCGTAACAACTATCTCTGCAAGCTGTAGT
TAAACCAGCTTCCGAGGTTGGAGCACGCAGAGGTGTACCTGCTTCGTTTGTTCTTGCCTC
TAATTCCACCATATGGGTTTCATTCTCTGCGGTCAAATACCAATAACCCCATGGAGGCAT
TTCCCAGCTAACAACACCGTTCCACGGAACAAACTCGTACAACTTTCCATCATAGTGCAC
ACAAACCAGTGCAGCATTTTCAAATGTCTCAGTTAATCCAGGCAACTGCCTCAACCCGCC
ACCTGCAGTCAAAGCAACTTCCCCTTTTGCCCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CP67TF C 1
AF RR1CP67JQ U 6
BS 1 6 RR1CP67TF
BS 7 10 RR1CP67JQ
BS 11 11 RR1CP67TF
BS 12 695 RR1CP67JQ

RD RR1CP67TF 695 0 0
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CCCGCGCTTCCAAAGCGCGGGTCAAGATCTAGTATTGATATTACTAAAGAGAGCAACATA
CTCAGTTTTTGAGTCACTTGGCTTTCTATCAACTTACAATTACAAACCAGGTGGCTTGAA
GAAAGGGACCAAACCAAAGACGGATTCAAGATCCAATGGGACCTGAAGAGACCGTTTAAG
TAGCTCAGGTGTGTTGCTGGTATCTCCTTTCCATGTCCCAAACCACGGTCCTCCTCCTAT
CTCCACTGCTGCCATAGAGCTCTTTGCCTCCATTATCACCTTGCCTTTACTTCCATCATA
CAGTCGTTCCCATATCTGCAACTTCAGCTCACCGTAACAACTATCTCTGCAAGCTGTAGT
TAAACCAGCTTCCGAGGTTGGAGCACGCAGAGGTGTACCTGCTTCGTTTGTTCTTGCCTC
TAATTCCACCATATGGGTTTCATTCTCTGCGGTCAAATACCAATAACCCCATGGAGGCAT
TTCCCAGCTAACAACACCGTTCCACGGAACAAACTCGTACAACTTTCCATCATAGTGCAC
ACAAACCAGTGCAGCATTTTCAAATGTCTCAGTTAATCCAGGCAACTGCCTCAACCCGCC
ACCTGCAGTCAAAGCAACTTCCCCTTTTGCCCCTC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1CP67JQ 690 0 0
A
AAAATTACCAAAATATTTATTAAGTTGTTAGTGAAATTTTTCATCGTAAAATATCCCGCG
CTTCCAAAGCGCGGGTCAAGATCTAGTATTGATATTACTAAAGAGAGCAACATACTCAGT
TTTTGAGTCACTTGGCTTTCTATCAACTTACAATTACAAACCAGGTGGCTTGAAGAAAGG
GACCAAACCAAAGACGGATTCAAGATCCAATGGGACCTGAAGAGACCGTTTAAGTAGCTC
AGGTGTGTTGCTGGTATCTCCTTTCCATGTCCCAAACCACGGTCCTCCTCCTATCTCCAC
TGCTGCCATAGAGCTCTTTGCCTCCATTATCACCTTGCCTTTACTTCCATCATACAGTCG
TTCCCATATCTGCAACTTCAGCTCACCGTAACAACTATCTCTGCAAGCTGTAGTTAAACC
AGCTTCCGAGGTTGGAGCACGCAGAGGTGTACCTGCTTCGTTTGTTCTTGCCTCTAATTC
CACCATATGGGTTTCATTCTCTGCGGTCAAATACCAATAACCCCATGGAGGCATTTCCCA
GCTAACAACACCGTTCCACGGAACAAACTCGTACAACTTTCCATCATAGTGCACACAAAC
CAGTGCAGCATTTTCAAATGTCTCAGTTAATCCAGGCAACTGCCTCAACCCGCCACCTGC
AGTCAAAGCAACTTCCCCTTTTGCCCCTC

QA 2 690 2 690
DS 



AS 1 2

CO CL6712Contig1 1007 2 2 U
GGGAGAGAACAAAGACCATGTCAAGTGTTGAAACTTTAAAAGATTTTATATGTATGTGTG
TATGAAAGAAAGAAAGAGTGAATGGAGCTGTGGACAGAAGCTAGAGCCCTAAAGGCAAGT
CTAAGAGGAGAAGCTATCAAACATCAAGTGGTTGTGTCTGAGGAACTAAGCCGAACTTCT
TCTGCTGAAGATTTCTCTGTTGAGTGTTTCCTCGATTTCTCAGAAGAAGTTCAAGAAGAA
GAAGAAGAACTTGTCTCTGTTTCTTCATCACACGAAGAACAAGAACAAGATTGTTGTATC
TTTAGTTCACAACCTTGCATCTTTGACCAACTTCCTGCTTTCCCGGTTGAAGATGTGGAA
GAGCTTGAATGGGTATCTCGTGTTCTTGATGATTGTTCATCACAAGAAGTCTCACTTCTC
TTAACACAAACCCACAAAACCAAACCAAGCTTCTCATCTCGAATTCCGGTTAAACCAAGA
ACCAAACGGCCTCGGAACAGCTTAACCGGCGACAGGGTCTGGCCACTCGTTTCAACCAAC
CAACATGCAGCAGGAGAGCAGCAGTGGAAGAAGAAGAAGAAGAAACAAGAACTAGCGGTT
GTCTTCCAACGAAGATGCAGCCATTGTGGGACAAACACCACACCTCAGTGGAGAACCGGT
CCGGTCGGTCCAAAAACCTTATGTAACGCCTGTGGAGTTCGCTTCAAGTCAGGTAGGCTA
TGTCCCGAATACAGACCGGCGGATAGTCCGACGTTCTCTAATGAGATTCACTCAAACCTT
CATAGGAAGGTTCTGGAATTAAGAAAGAGTAAAGAGTTGGTTGAAGGAACAGGTGAAGCT
ATTACTAAATCAGACCAAGTCAAATTCGGCAGCCAAGTGGTAGAGAAGACTTAGGTAAAA
TGTAAACCTACTTTTTTAGCATTATCTCTAGTGTTGTGTAATTTAACAACTTGCTTCATT
ACATTGGAAGCTGTTTTGGAACTAGTTTATAAAAAAATGTTTTCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G825TF U 1
AF RR1G825JQ C 336
BS 1 668 RR1G825TF
BS 669 1007 RR1G825JQ

RD RR1G825TF 668 0 0
GGGAGAGAACAAAGACCATGTCAAGTGTTGAAACTTTAAAAGATTTTATATGTATGTGTG
TATGAAAGAAAGAAAGAGTGAATGGAGCTGTGGACAGAAGCTAGAGCCCTAAAGGCAAGT
CTAAGAGGAGAAGCTATCAAACATCAAGTGGTTGTGTCTGAGGAACTAAGCCGAACTTCT
TCTGCTGAAGATTTCTCTGTTGAGTGTTTCCTCGATTTCTCAGAAGAAGTTCAAGAAGAA
GAAGAAGAACTTGTCTCTGTTTCTTCATCACACGAAGAACAAGAACAAGATTGTTGTATC
TTTAGTTCACAACCTTGCATCTTTGACCAACTTCCTGCTTTCCCGGTTGAAGATGTGGAA
GAGCTTGAATGGGTATCTCGTGTTCTTGATGATTGTTCATCACAAGAAGTCTCACTTCTC
TTAACACAAACCCACAAAACCAAACCAAGCTTCTCATCTCGAATTCCGGTTAAACCAAGA
ACCAAACGGCCTCGGAACAGCTTAACCGGCGACAGGGTCTGGCCACTCGTTTCAACCAAC
CAACATGCAGCAGGAGAGCAGCAGTGGAAGAAGAAGAAGAAGAAACAAGAACTAGCGGTT
GTCTTCCAACGAAGATGCAGCCATTGTGGGACAAACACCACACCTCAGTGGAGAACCGGT
CCGGTCGG

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1G825JQ 672 0 0
TGCTTTCCCGGTTGAAGATGTGGAAGAGCTTGAATGGGTATCTCGTGTTCTTGATGATTG
TTCATCACAAGAAGTCTCACTTCTCTTAACACAAACCCACAAAACCAAACCAAGCTTCTC
ATCTCGAATTCCGGTTAAACCAAGAACCAAACGGCCTCGGAACAGCTTAACCGGCGACAG
GGTCTGGCCACTCGTTTCAACCAACCAACATGCAGCAGGAGAGCAGCAGTGGAAGAAGAA
GAAGAAGAAACAAGAACTAGCGGTTGTCTTCCAACGAAGATGCAGCCATTGTGGGACAAA
CACCACACCTCAGTGGAGAACCGGTCCGGTCGGTCCAAAAACCTTATGTAACGCCTGTGG
AGTTCGCTTCAAGTCAGGTAGGCTATGTCCCGAATACAGACCGGCGGATAGTCCGACGTT
CTCTAATGAGATTCACTCAAACCTTCATAGGAAGGTTCTGGAATTAAGAAAGAGTAAAGA
GTTGGTTGAAGGAACAGGTGAAGCTATTACTAAATCAGACCAAGTCAAATTCGGCAGCCA
AGTGGTAGAGAAGACTTAGGTAAAATGTAAACCTACTTTTTTAGCATTATCTCTAGTGTT
GTGTAATTTAACAACTTGCTTCATTACATTGGAAGCTGTTTTGGAACTAGTTTATAAAAA
AATGTTTTCTCG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL6713Contig1 779 2 3 U
GGAGGAGAAGAAGCTCAGAGCTAGCTGATTGTAAAAGGGGATTCTGAGTCTGATCTTGAG
TAGACTAATTTCTGATTTGGAAGGAACCTTTCTCAAATAAAAAAATGGAGACAGACCACC
AACGAACAAGCAGCACTCTACCAAAAGAAAACTTGCCCCAGGCCGTGGAGAAGAAAGGGA
ATCCGTCTCAGTCTCCGGCCACCACCAATGTGTATGTGCGCAGAAAAGTCGAGATTGACA
CATCCAAAGACACTGTGCCTAAGCAGCAGCCCAAGGTCAGCTCATCATCAGCCACAGTAC
CACCACCTCCGGACTGGGAAGAGCGTTACCACCACCTTCAGATTCTCCTAAACAAGCTTA
ATGATTCTGATCAGACCGATCCTCATCTACACATGCTTTGGTCACTTTCCTCCGGGGAGC
TTAGCAAGCATGCGGTTGATTTGGAGAAGAGGTCTATTCAGCTCTCTCTCGAGGAAGCAA
GGGAGATGCAGCGTGTAGCGGCTTTAAACGTGATAGGAAGGTCTGTGAATACTCTAAAGT
CTACATCCAATGAAGAGAGAGAATGATGGGGGGCAGCTCCTGTGGCCTTGTTTGTTTGTT
GTTGTTTATGATTTTTGTAATACCCTTCCAAGCCATTTGGGGCTTAAACATCCCATTGTA
TCCGTGTATATACTACTTATAACATGTGTTTACTCATCTCAGCTCTCAAATTACCAAGTC
CATGTATTTATCTCTGTAGATGAAGATGTTGAGTTTTAAATTTGAGATAAAAATTTGTC


BQ
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AF RR1EI47TF U 1
AF RR1EI47JQ C 94
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BS 745 779 RR1EI47TF

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ATCCGTCTCAGTCTCCGGCCACCACCAATGTGTATGTGCGCAGAAAAGTCGAGATTGACA
CATCCAAAGACACTGTGCCTAAGCAGCAGCCCAAGGTCAGCTCATCATCAGCCACAGTAC
CACCACCTCCGGACTGGGAAGAGCGTTACCACCACCTTCAGATTCTCCTAAACAAGCTTA
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TTAGCAAGCATGCGGTTGATTTGGAGAAGAGGTCTATTCAGCTCTCTCTCGAGGAAGCAA
GGGAGATGCAGCGTGTAGCGGCTTTAAACGTGATAGGAAGGTCTGTGAATACTCTAAAGT
CTACATCCAATGAAGAGAGAGAATGATGGGGGGCAGCTCCTGTGGCCTTGTTTGTTTGTT
GTTGTTTATGATTTTTGTAATACCCTTCCAAGCCATTTGGGGCTTAAACATCCCATTGTA
TCCGTGTATATACTACTTATAACATGTGTTTACTCATCTCAGCTCTCAAATTACCAAGTC
CATGTATTTATCTCTGTAGATGA*GATGTTGAGTTTTAAATTTGAGATAAAAATTTGTC

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1EI47JQ 686 0 0
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ACCTTCAGATTCTCCTAAACAAGCTTAATGATTCTGATCAGACCGATCCTCATCTACACA
TGCTTTGGTCACTTTCCTCCGGGGAGCTTAGCAAGCATGCGGTTGATTTGGAGAAGAGGT
CTATTCAGCTCTCTCTCGAGGAAGCAAGGGAGATGCAGCGTGTAGCGGCTTTAAACGTGA
TAGGAAGGTCTGTGAATACTCTAAAGTCTACATCCAATGAAGAGAGAGAATGATGGGGGG
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CATTTGGGGCTTAAACATCCCATTGTATCCGTGTATATACTACTTATAACATGTGTTTAC
TCATCTCAGCTCTCAAATTACCAAGTCCATGTATTTATCTCTGTAGATGAAGATGTTGAG
TTTTAAATTTGAGATAAAAATTTGTC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

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GGATGTTACAAGCTGACAAGTGCGACCAAACAAAGTCGCACTTGCACTAATGTGATCGAA
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TGATCTTGAACATAACGAAGGCCACAGTACTTGCAGATGGCAGGCTCGTGTAGGTCGAGG
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CTTCCAACAACCTTGATAGGTGGAACCTCATTGATCAGTTCCATTGGTGACTTCTTGCTT
CTATCCTGCATCCATTTGGCCGTGTGGTTTCCGACTAAATCGTCTGTTGGAATGCCGATA
TGAGTGGTAGCCGCCGCCGCCACACTAAAGTTCCTCCTCGAAGATGGAAGAATCTGCGAT
CGGATGAGAGCTTTCATGAGATTCGACGCCATTTTTGCTCCTTCAACACCACCCAACAAA
GCCC


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10 10 10 10 

AF RR1A227JQ U 3
AF RR1A227TF C 1
BS 1 14 RR1A227TF
BS 15 478 RR1A227JQ
BS 479 604 RR1A227TF

RD RR1A227JQ 476 0 0
ATAGCAAACCCC
AAAGCCTTAGCTGAGCTCATTGGCATGGAAAAGGGTATCAAATATAGGATGTTACAAGCT
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AAATGATATATCAAGATGTCGGAGCATCATAGAAGCGATACACAAACTTGACAATGCAAT
AAAAAAAAGCGGAGGGCACTTGCGGAAATGTTGCGTTTAGTGATGATGATCTTGAACATA
ACGAAGGCCACAGTACTTGCAGATGGCAGGCTCGTGTAGGTCGAGGCAAATGAACTCAAT
TGGATGACCGAGTGCTGGATTGGTGTCTCCTTCACAAGCAGCAGTCCTTCCAACAACCTT
GATAGGTGGAACCTCATTGATCAGTTCCATTGGTGACTTCTTGCTTCTATCCTGCATCCA
TTTGGCCGTGTGGTTTCCGACTAAATCGTCTGTTGGAATGCCGA

QA 13 476 13 476
DS 

RD RR1A227TF 604 0 0
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GGATGTTACAAGCTGACAAGTGCGACCAAACAAAGTCGCACTTGCACTAATGTGATCGAA
TATCCTTTATTAAGAAATGATATATCAAGATGTCGGAGCATCATAGAAGCGATACACAAA
CTTGACAATGCAATAAAAAAAAGCGGAGGGCACTTGCGGAAATGTTGCGTTTAGTGATGA
TGATCTTGAACATAACGAAGGCCACAGTACTTGCAGATGGCAGGCTCGTGTAGGTCGAGG
CAAATGAACTCAATTGGATGACCGAGTGCTGGATTGGTGTCTCCTTCACAAGCAGCAGTC
CTTCCAACAACCTTGATAGGTGGAACCTCATTGATCAGTTCCATTGGTGACTTCTTGCTT
CTATCCTGCATCCATTTGGCCGTGTGGTTTCCGACTAAATCGTCTGTTGGAATGCCGATA
TGAGTGGTAGCCGCCGCCGCCACACTAAAGTTCCTCCTCGAAGATGGAAGAATCTGCGAT
CGGATGAGAGCTTTCATGAGATTCGACGCCATTTTTGCTCCTTCAACACCACCCAACAAA
GCCC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL6715Contig1 681 2 1 U
TTCTCAAATCAAGTAAAACTTTCTCAGGTTATAATGAAGTCAGAGGTACTGAATCGTCGA
TGAATCGCCTCCGTCGTCACCTGTCTCTCTCGCGTCTCTGTCTTCACCTCTCCCTCTCTC
GCGCCCCCCAAGACGCAGCAACAAGAAACAAATGCAGTGGTCATAGTCGTCAACCTATCT
CCACCTCCACCTTCTCTCAGTCAGAAACTCGTCACCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTT
GATTCTGATTTCGTCTCTGTTTTTTTGGTAAAGGATCTGTCATGAAAGTTTGAATCTTTT
TCGGTTTTGTGTATAGAAAACTAGGTTTCAAGAAGCAGACGCCGGTCTGTAGATCCGTAA
AACCTAGAGTTTAAGGAAAGGGACAATAGATGGAGTTTGAGTCGAGCAAGATAGAAGAGA
GGAGATGGAGTTGGTATAGAGGCAAGGTAAGAGAGACAGATAAGAAGTTCCGATGGTGGT
GGAAGAGCACAGATTGACGGCGGCAAAGAGTTTGGTGCAGAGATAGGGTTAATTTTTTTT
TAAGGTTAAACCGGTTTAGTTTTTTAGATTTCTAAACCAGGTTCACGTGTAAACCTTAGG
TTAATTATGGTTTGGTTTAATGTTTGTAATTAGTTTTTTGGTTTAATGTATTCTTTAATT
ATTTGTATACTGATTTTAGCC


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AF RR1B038JQ C 1
AF RR1B038TF U 1
BS 1 681 RR1B038TF

RD RR1B038JQ 681 0 0
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QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1B038TF 681 0 0
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GATTCTGATTTCGTCTCTGTTTTTTTGGTAAAGGATCTGTCATGAAAGTTTGAATCTTTT
TCGGTTTTGTGTATAGAAAACTAGGTTTCAAGAAGCAGACGCCGGTCTGTAGATCCGTAA
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GGAGATGGAGTTGGTATAGAGGCAAGGTAAGAGAGACAGATAAGAAGTTCCGATGGTGGT
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TAAGGTTAAACCGGTTTAGTTTTTTAGATTTCTAAACCAGGTTCACGTGTAAACCTTAGG
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ATTTGTATACTGATTTTAGCC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H462TF U 1
AF RR1H462JQ C 116
BS 1 629 RR1H462TF
BS 630 802 RR1H462JQ

RD RR1H462TF 629 0 0
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DS 

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QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DM81TF U 1
AF RR1DM81JQ C 58
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RD RR1DM81TF 743 0 0
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AAGAAGTGGAAGTAGAGATGGAAAGCCAAAAAGTGACGGCTCGAGGATACAGGTTAGAGG
AGAAGAAGGTATTGAAAGCAATACGGCGGGCCGGTAAGGCAGCTGAACCGTGGCCATACC
GCTTAGGTAATAGCCACTTTGCGTCTTTCTATAAATATCCATCTTATGTGACCAACCACT
ATTATTCCGATGCCCACCGTACCGATCCCACCGGTGGTGTTCACACGTTCTTTCACACTC
CAGCCGTTTACTCCGTTGCCGTAGCTGGTGATGAGATCGCGGCTTCGATGTTTAGTGATG
ATAATCCACACGCTTGTACCATTATGTAATCTATTTTTCAACATATACATAAATATGTTT
TCTTTGCACCTTTTTCTAAAACCGAGTGATTCCAAGCCCCAAACCACAACGGGAACTAAG
TAATATCTGGTACATGTGCTATTTAAGACATCTACCGTGGCCAACCACGAATAATTGTTC
ATCTTTGTCCACATTTGATTTTGTTTTTTT*GGGATACATTTTTTTATTCTGTATTGAGA
AAGTAAATCTAATACTTCTTGTT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1DM81JQ 702 0 0
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ACTTGGATTGTGAAGGATGTGCTTCTAAGCTTAAGAAGACTCTACTCAAGCTCAAAGGAG
TTGAAGAAGTGGAAGTAGAGATGGAAAGCCAAAAAGTGACGGCTCGAGGATACAGGTTAG
AGGAGAAGAAGGTATTGAAAGCAATACGGCGGGCCGGTAAGGCAGCTGAACCGTGGCCAT
ACCGCTTAGGTAATAGCCACTTTGCGTCTTTCTATAAATATCCATCTTATGTGACCAACC
ACTATTATTCCGATGCCCACCGTACCGATCCCACCGGTGGTGTTCACACGTTCTTTCACA
CTCCAGCCGTTTACTCCGTTGCCGTAGCTGGTGATGAGATCGCGGCTTCGATGTTTAGTG
ATGATAATCCACACGCTTGTACCATTATGTAATCTATTTTTCAACATATACATAAATATG
TTTTCTTTGCACCTTTTTCTAAAACCGAGTGATTCCAAGCCCCAAACCACAACGGGAACT
AAGTAATATCTGGTACATGTGCTATTTAAGACATCTACCGTGGCCAACCACGAATAATTG
TTCATCTTTGTCCACATTTGATTTTGTTTTTTTTGGGATACATTTTTTTATTCTGTATTG
AGAAAGTAAATCTAATACTTCTTGTTTTATATAGAGTTCTCC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL6718Contig1 686 2 1 U
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TGTACGTTGTGCATTTATCAACTTCAAACAACCTATAGACCAAATGTTCACATATATGCT
CGCTCATGTTGTGACTTGGAAGTGGATATCTCAGACATGCTGACACACACCACCATGATG
GAACTTCTTGCAACTTGGTAAGAGAATTATCATAGCATTTCCAAGCGTCTCTACACTCGA
GATTTACTACAGCCATTGATGTCTGGTCTACAGGATGTGTTCTAACCTAGCCTCTTCTAG
GACAGGTAAAGAAGCATAAAATCAAAACCATCTTTGGTCTGTTTCAAGTCCCAACCTCTT
CTTTTTGTCCATGGCAGCCATTGTTCCCCTGGTGAGAGTGGCGTTAATCAACTTGTAGAG
ATTATACTTAGTATCTATTGTGTAATGATTATACTTGACTTTGTTCGTGTATTGAGTAGG
TCTGTGGCGTTTGGGAGCAGATAGTCTCAGATTTGACTAAACGTTTCGACTGAAAAGGCT
TTTAAATTTTATTTATCATCTTCCTTTTGTTTTTCCCTTTTTACTTTCATTGTTACTGTT
CCATGTTATAGATTTCTATGATATTTTTTTTCTATGATACTTACTACATTTAACTATAAA
TATACAACAACAACAATCTTAACACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BI23JQ C 1
AF RR1BI23TF U 1
BS 1 686 RR1BI23TF

RD RR1BI23JQ 686 0 0
GGACACTACGTTTGCTGCTGCTGCATATATACGTATTTGTTGTAAGATCTTGACAACCAT
TGTACGTTGTGCATTTATCAACTTCAAACAACCTATAGACCAAATGTTCACATATATGCT
CGCTCATGTTGTGACTTGGAAGTGGATATCTCAGACATGCTGACACACACCACCATGATG
GAACTTCTTGCAACTTGGTAAGAGAATTATCATAGCATTTCCAAGCGTCTCTACACTCGA
GATTTACTACAGCCATTGATGTCTGGTCTACAGGATGTGTTCTAACCTAGCCTCTTCTAG
GACAGGTAAAGAAGCATAAAATCAAAACCATCTTTGGTCTGTTTCAAGTCCCAACCTCTT
CTTTTTGTCCATGGCAGCCATTGTTCCCCTGGTGAGAGTGGCGTTAATCAACTTGTAGAG
ATTATACTTAGTATCTATTGTGTAATGATTATACTTGACTTTGTTCGTGTATTGAGTAGG
TCTGTGGCGTTTGGGAGCAGATAGTCTCAGATTTGACTAAACGTTTCGACTGAAAAGGCT
TTTAAATTTTATTTATCATCTTCCTTTTGTTTTTCCCTTTTTACTTTCATTGTTACTGTT
CCATGTTATAGATTTCTATGATATTTTTTT*CTATGATACTTACTACATTTAACTATAAA
TATACAACAACAACAATCTTAACACT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1BI23TF 686 0 0
GGACACTACGTTTGCTGCTGCTGCATATATACGTATTTGTTGTAAGATCTTGACAACCAT
TGTACGTTGTGCATTTATCAACTTCAAACAACCTATAGACCAAATGTTCACATATATGCT
CGCTCATGTTGTGACTTGGAAGTGGATATCTCAGACATGCTGACACACACCACCATGATG
GAACTTCTTGCAACTTGGTAAGAGAATTATCATAGCATTTCCAAGCGTCTCTACACTCGA
GATTTACTACAGCCATTGATGTCTGGTCTACAGGATGTGTTCTAACCTAGCCTCTTCTAG
GACAGGTAAAGAAGCATAAAATCAAAACCATCTTTGGTCTGTTTCAAGTCCCAACCTCTT
CTTTTTGTCCATGGCAGCCATTGTTCCCCTGGTGAGAGTGGCGTTAATCAACTTGTAGAG
ATTATACTTAGTATCTATTGTGTAATGATTATACTTGACTTTGTTCGTGTATTGAGTAGG
TCTGTGGCGTTTGGGAGCAGATAGTCTCAGATTTGACTAAACGTTTCGACTGAAAAGGCT
TTTAAATTTTATTTATCATCTTCCTTTTGTTTTTCCCTTTTTACTTTCATTGTTACTGTT
CCATGTTATAGATTTCTATGATATTTTTTTTCTATGATACTTACTACATTTAACTATAAA
TATACAACAACAACAATCTTAACACT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL6719Contig1 653 2 3 U
TCAATCTCCAAGCTCTAGTCCTCACTACTCTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGT
TGTCATCACGACACACACTCATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGGGTGGCTCTCCTC
ATGCTCTCAACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATGT
TCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGGCCATCAGAATC
CTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGCCACCACAACAGTATTTTGGTG
AACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGACAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAAC
AAATGTGTGGAATGTCACTTCAAGACAATGGAACCAGCAATGGGCAACCCCTACCAAGTG
TCTTCTCATCCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAAA
CCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTCTCCAAGAACAAGAAGCCTACTGAA
CGAGCCGGTAGTATGTAAAACCTCACATTTTTCACCAGTTTTTATAGAGTTTTTAAAATT
TTCATGTTGACTTTATACAATTTTTAAAAATAATTCTGAATTATTCCTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT51TF U 64
AF RR1AT51JQ C 1
BS 1 63 RR1AT51JQ
BS 64 475 RR1AT51TF
BS 476 653 RR1AT51JQ

RD RR1AT51TF 427 0 0
CATCACGACACACACTCATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGGGTGGCTCTCCTCATG
CTCTCAACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATGTTCG
GTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGGCCATCAGAATCCTG
CTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGCCACCACAACAGTATTTTGGTGAAC
AACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGACAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAA
TGTGTGGAATGTCACTTCAAGACAATGGAACCAGCAATGGGCAACCCCTACCAAGTGTCT
TCTCATCCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACA
GAACCAGAGGACAGT

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1AT51JQ 653 0 0
TCAATCTCCAAGCTCTAGTCCTCACTACTCTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGT
TGTCATCACGACACACACTCATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG*TGGCTCTCCTC
ATGCTCTCAACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATGT
TCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGGCCATCAGAATC
CTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGCCACCACAACAGTATTTTGGTG
AACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGACAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAAC
AAATGTGTGGAATGTCACTTCAAGACAATGGAACCAGCAATGG*CAACCCCTACCAAGTG
TCTTCTCATCCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAAA
CCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTCTCCAAGAACAAGAAGCCTACTGAA
CGAGCCGGTAGTATGTAAAACCTCACATTTTTCACCAGTTTTTATAGAGTTTTTAAAATT
TTCATGTTGACTTTATACAATTTTTAAAAATAATTCTGAATTATTCCTTTGCC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL6720Contig1 838 2 8 U
GGGTAGACAACTTTGAAGAGAGAGAGAGAATAGAATGGGAAGTGCTTCACTTGTCTTGTT
TGCGCGACTCTCGGGTTTAGTAATAGCGGTTTTGGTTGTGTACTGGGCTCTGTTGCTCGT
CCCTCATCAAGGCCTCACATACTCTACTCTTCATCCTCTGCTGATGGTGATTGGCTTCAT
TCTTGTAAGTGGAGAAGCGATTCTGATACACAGATGGTTGCCTGGTTCAAGAAAAACGAA
GAAAGCAGTTCATCTATGGCTGCAAGGAATAGCATTGGTCTCTGGTGTGTTTGGGATATG
GACAAAGTTCCATTACCAATCTGGAGTTTTCTCAAACTTCTACAGTCTCCATTCTTGGAT
GGGTCTACTCTCTCTTTCTCTCTTCGCTGCTCAGTGGGTGACTGGATTCTTGAGCTTCTG
GCATAGAGGAGAAGTACGGACAACAAGAACCACGTTTCTTCCATGGCATGTCTTCCTAGG
ACTCTACACCTACGGTCTAGCCATTGCCACCGCCGAGACCGGACTACTTGAGAAGCTCAC
TTTCCTTCAGACAAAGCGAATCGTCCCAAGACGCTGTCATGAGTCAACGATCGTCAACGG
TCTCGGGCTAGGCTTGGTTCTGCTCAGTGGCGTTGTTATAACAGCCGCTGTTTTGCCAAA
GTATCAGAGCCATTCTGGTAATGAGAAACTCGTTTAATCATCTCAAGATCGTCCCAAATG
TTTGACTTCTTAGAGTTATTTTTTTCTTTTCAAATTTTAGTTTTGTATTGATTTTTGGAG
ACAACTACACACGTCTCTCTGGTTGTACAAATGAATGTATTATTACCGCATTGTGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK29TF U 1
AF RR1CK29JQ C 46
BS 1 680 RR1CK29TF
BS 681 681 RR1CK29JQ
BS 682 694 RR1CK29TF
BS 695 696 RR1CK29JQ
BS 697 705 RR1CK29TF
BS 706 706 RR1CK29JQ
BS 707 744 RR1CK29TF
BS 745 838 RR1CK29JQ

RD RR1CK29TF 744 0 0
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TGCGCGACTCTCGGGTTTAGTAATAGCGGTTTTGGTTGTGTACTGGGCTCTGTTGCTCGT
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TCTTGTAAGTGGAGAAGCGATTCTGATACACAGATGGTTGCCTGGTTCAAGAAAAACGAA
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GGGTCTACTCTCTCTTTCTCTCTTCGCTGCTCAGTGGGTGACTGGATTCTTGAGCTTCTG
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TCTCGGGCTAGGCTTGGTTCTGCTCAGTGGCGTTGTTATAACAGCCGCTGTTTTGCCAAA
GTATCAGAGCCATTCTGGTA*TGAGAAACTCGTT**ATCATCTCA*GATCGTCCCAAATG
TTTGACTTCTTAGAGTTATTTTTT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1CK29JQ 793 0 0
CTTCAC
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TGGGATATGGACAAAGTTCCATTACCAATCTGGAGTTTTCTCAAACTTCTACAGTCTCCA
TTCTTGGATGGGTCTACTCTCTCTTTCTCTTTTCGCTGCTCAGTGGGTGACTGGATTCTT
GAGCTTCTGGCATAGAGGAGAAGTACGGACAACAAGAACCACGTTTCTTCCATGGCATGT
CTTCCTAGGACTCTACACCTACGGTCTAGCCATTGCCACCGCCGAGACCGGACTACTTGA
GAAGCTCACTTTCCTTCAGACAAAGCGAATCGTCCCAAGACGCTGTCATGAGTCAACGAT
CGTCAACGGTCTCGGGCTAGGCTTGGTTCTGCTCAGTGGCGTTGTTATAACAGCCGCTGT
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TCCCAAATGTTTGACTTCTTAGAGTTATTTTTTTCTTTTCAAATTTTAGTTTTGTATTGA
TTTTTGGAGACAACTACACACGTCTCTCTGGTTGTACAAATGAATGTATTATTACCGCAT
TGTGATG

QA 7 793 7 793
DS 



AS 1 2

CO CL6721Contig1 720 2 4 U
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CATTACATTCGGTGATAATCTATCTCAACGTCGTGATGAAAGTTATGTTTTGCTTCTTAT
TGTATAATAACTAATAGGTTTTCAAAGTTTCGTTGAATCAAAAGGTCTTCTCAACTGTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H865JQ C 1
AF RR1H865TF U 1
BS 1 666 RR1H865TF
BS 667 667 RR1H865JQ
BS 668 677 RR1H865TF
BS 678 720 RR1H865JQ

RD RR1H865JQ 720 0 0
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TTTACGCAAGCGGCGCATGATGGATGGGAGGGTTAAAAAATCTCATTCATTCCCAAATAA
CATTACATTCGGTGATAATCTATCTCAACGTCGTGATGAAAGTTATGTTTTGCTTCTTAT
TGTATAATAACTAATAGGTTTTCAAAGTTTCGTTGAATCAAAAGGTCTTCTCAACTGTCT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1H865TF 682 0 0
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CCTTATGAAGGAGGAGTTTTCAAGTTGGAGCTCTTTTTACCTGAAGATTACCCTATGTCA
GCCCCCAAGGTTAGGTTTCTCACCAAGATTTACCATCCTAACATTGATAAGCTTGGAAGA
ATCTGTCTTGATATTCTGAAAGACAAATGGAGCCCTGCTCTACAAATACGAACAGTGCTC
TTGAGTATTCAAGCTCTTCTGAGTGCACCAAACCCTGATGATCCATTGTCTGAAACATCG
CTAAGCATTGGAAGAGTAATGAGGCAGAAGCTGTGGAAACAGCTAAAGAATGGACCCGTC
TTTACGCAAGCGGCGCATGATGGATGGGAGGGTTAAAAAATCTCATTCATTCCCAAATAA
CATTACATTCGGTGATAATCTATCTCAACGTCGTGATGAAAGTTATGTTTTGCTTCTTAT
TGTATA*TAACTAATAG
TTTCA

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

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ATGGGTCCTCTGTGTATGTGTTTCCAGGCCGGTCTCGGACGTTACGAGTGACTTGACTAT
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G


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1BI94JQ C 1
AF RR1BI94TF U 1
BS 1 421 RR1BI94TF

RD RR1BI94JQ 421 0 0
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ATGGGTCCTCTGTGTATGTGTTTCCAGGCCGGTCTCGGACGTTACGAGTGACTTGACTAT
AGAAGTCGGCTTTGCAAGCTTTTCACTTCACAAGGTAATAAAATTCGAACTAAACCAAGC
G

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1BI94TF 421 0 0
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CTTTGCGATAACATTGGTTTGCTAAATTGTCTGATAAGAAACATCAAAACCAAAAAGAAA
GTTTGGATCTGTTTTGTCCAAGAAGAGATCAAATGGGTGTTGCTACTGTTCCTGAGTCTA
AGCAAATTGTTTCTGGCAAAAGAGCATTTCGCCCAAGTTCCAGCATCAGACACACTCCTC
AATGGTACTAATATCTCTTACTTTCTTTCAGACAAGAAAAGATGTTAACGTTTTTGGCTT
ATGGGTCCTCTGTGTATGTGTTTCCAGGCCGGTCTCGGACGTTACGAGTGACTTGACTAT
AGAAGTCGGCTCTGCAAGCTTTTCACTTCACAAGGTAATAAAATTCGAACTAAACCAAGC
G

QA 1 421 1 421
DS 



AS 1 2

CO CL6723Contig1 673 2 1 U
GGGTTGATTTTGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGCTAAGATAACAATGGCCTGG
CGAAGTGCAGGATCTGCTGCTCGCTCTTTCGTTTCCGCTACAGCTAGAGCTCCGTCTCTC
CGATCTACGCCGGCAACTCTTCCGCGTCTCCGTCCTTCCCCGTCCTCTTTGCCTCGCCGC
CGATTTGCCTCTTTCACAAATCCGAGGAATTTGGGAGAGCTTGGGTGCACACAGTCTCTA
TTGCCTTTGCACAATGTGGTGGCTTCAGCTCGACTCATTTCTCATCTTAACCTCAACGTC
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AGTTGCTGTCAAGAGAGGTGCTACTGATTCGTACTTGAATTCACGAAGTGTGTTGCATCA
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BQ
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DS 

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QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

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BQ
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DS 

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CTGCCCCATCTGCAATAGAAGGAGAATGCGGTTTCCTTGCAGCAAACCTATATGCAAAGA
GTGTGTTTGGTGAGGATGCTCTTGTGAACGTGAGTATCGAGAAGCAAACTGATGGAGTAT
TGAGTGGGTACATAAGGATAAGGAGCAAGACGCAAGGGATTGCTCTAAGTCTTGGGGACA
AGATCACCCTCAAACAGAAGGGTAGTAGCTGAGGCCTTGGATGGTGGCGCACAAGGTAAC
TTTCGTTTCTCTCTTGAGCAATTTTTATAGTTGGTTGAATCTGTTTACTATATGGAGTGG
AGTGAAGGAGGCGTTTTAAGTATATGTAAAGACCAAACTGTTATCATTCCTTAACCGGTT
TATAGTTTCCGGTATGGTACCGATGGATTCTTCCCCGTACGGCTGTGTGTTTTTCTCTTT
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ATCGTTTGTTGGG

QA 1 673 1 673
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AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ68TF U 1
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TTGGAGGTCTTAAGCTAAAGCTCCAGATCTGTTTCAGATCTGTTTAGATTTAGCTTGTTT
TAAGGTCAGAGCCCCGAATCTGTAAAAGATTAACGGCTTGGTGTTGTGTCTTCTAAGTTG
CATGCACTTTATCTGTGCTGTTGGTGTCTTTGGTCAAATCTGATATTGGCGGAAGTATTT
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GTTTAGAACAAAGTGTTGTGGTTATCCGGTCTTGAAGCTTACAGGTTCTCTATTTCTAAT
TGCATGTGCTTATTCACACTGGAGGTATCTGGTTCGTCGCCTCTTCTTCAAAGAACAGCT
TGGAATATTGGTGTTATGTTGCTTAGGAGCATTTCTTCCTCTTCGTTTTTGTTGTCGGCT
CTTAATCTTATTTTTTGGTTTCTCCATCATTATCATTATGTTTTTAGTTTATGTTTGTGA
TAATATGCTTCATTTGTCTGGGTATTGGTTCTGGAGAACTTGTTCAGTCGGCTTAGATTT
CGAATTATTCTGGCGTTGTTT*ATCCAATGATGTA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1FQ68JQ 723 0 0
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TCTGTAAAAGATTAACGGCTTGGTGTTGTGTCTTCTAAGTTGCATGCACTTTATCTGTGC
TGTTGGTGTCTTTGGTCAAATCTGATATTGGCGGAAGTATTTCAGTTTGCCCCTGTCTTC
ACTCCAGAGGTATGATCGAGTCCTCAATTTTCACTGCTTCTCAGTTAGTGTTTTCTAGTC
GTTTTCGTTGTAGTCTCAACTACGATGTTTCCGGATTGAACAGTTTAGAACAAAGTGTTG
TGGTTATCCGGTCTTGAAGCTTACAGGTTCTCTATTTCTAATTGCATGTGCTTATTCACA
CTGGAGGTATCTGGTTCGTCGCCTCTTCTTCAAAGAACAGCTTGGAATATTGGTGTTATG
TTGCTTAGGAGCATTTCTTCCTCTTCGTTTTTGTTGTCGGCTCTTAATCTTATTTTTTGG
TTTCTCCATCATTATCATTATGTTTTTAGTTTATGTTTGTGATAATATGCTTCATTTGTC
TGGGTATTGGTTCTGGAGAACTTGTTCAGTCGGCTTAGATTTCGAATTATTCTGGCGTTG
TTTTATCCAATGATGTATCTTTCTGTTAATGTTGATTGTTTAATTCAAGTATCTTTCAGT
GTT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

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AAAGATGAAATGCCCCCGCCAGCTTCTCTTCAAGGCTCATCTGCTATTCCCTCCACAGAC
TCCGGAAAGAGAGGTCATCACATGGGTGATTATATCCCACCGGAGGAGCTAGATAAGTTC
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AAGATTCAAGCAGATAATGTGGGACATAAGCTCTTGTCAAAAATGGGTTGGAAAGAAGGT
GAAGGTATAGGAAGCTCTAGAAAGGGTATGGCAGACCCGATAATGGCAGGCGATGTAAAG
ACTAACAACTTGGGAGTTGGGGCTTCTGCTCCAGGAGAGGTTAACCCTGAGGAGGATATA
TACGAGCAGTACAAGAAGCGAATGATGCTTGGTTACAAACATAGACCCAACCCACTGGGA
AATCCAAGGAAAGCTTATTATTAAGAACCATTCAGTGTGCTGCAGACAGTCATGAGCTAT
CTCTCACCCCACCAAGCCCCAGCTGATCTTTGCTTTTCTATTAAAAAATATAATGTGTTT
GTTTGGTTTTGGATTTGGATTTGGATTGTTTGCAAATAGATCTATATCAGTTGGGATTGG
AATTGATTCTTATTTCTTTATTATAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AI10TF U 105
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G
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GAGCTAGATAAGTTCCTTGCAAAGTGTGACGATGTAGCTGCATTGAAAGCCACAAGGGAG
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ATCAGTTGGG

QA 2 671 2 671
DS 

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ATGGAGTGCTACATGAAAAAGGCTGCCCAAGAAGAGAAGATGAGACGTCCTAGACAGTCA
AAAGATGAAATGCCCCCGCCAGCTTCTCTTCAAGGCTCATCTGCTATTCCCTCCACAGAC
TCCGGAAAGAGAGGTCATCACATGGGTGATTATATCCCACCGGAGGAGCTAGATAAGTTC
CTTGCAAAGTGTGACGATGTAGCTGCATTGAAAGCCACAAAGGAGGCAGCTGAGAAGGCT
AAGATTCAAGCAGATAATGTGGGACATAAGCTCTTGTCAAAAATGGGTTGGAAAGAAGGT
GAAGGTATAGGAAGCTCTAGAAAGGGTATGGCAGACCCGATAATGGCAGGCGATGTAAAG
ACTAACAACTTGGGAGTTGGGGCTTTTGCTCCAGGAGAGGTTAACCCTGAGGAGGATATA
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AATCCAAGGAAAGCTTATTATTAAGAACCATTCAGTGTGCTGCAGACAGTCATGAGCTAT
CTCTCACCCCACCAAGCCCCAGCTGATCTTTGCTTTTCTATTAAAAAATATAATGTGTTT
GTTTGGTTTTGGATTTGGATTTGGATTGTTTGCAAATAGATCTATATCAGTTGGGATTGG
AATTGATTCTTATTTCTTTATTATAATG

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

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TTTTTTTTTCTATGTGTCTGATATTCCATTAATTAGTATTTTATCATATTAAACATAACA
TTGTAAATAAAACATGTACAGTCACTTGATCCCTCGTAATTAATATAAAGTTGAACTATT
TATGTCTTGCTGAATGCGCTTGCCAAGGAGAAGACACTGTTAATAGCTTAACATAAACAA
CATCAATTTTCATCACAGTAGAGAGTGAAATAAACCAAAATGAAACTCAACAAAAAATAG
TCTAAGGTTTTTTGTTTACTGTGGGAGATTCTGTGTTGATGAAGGAAATAGATGCAGAGC
AGCAGACCAATAGCCATCCAACTGAGCCAGAATACCCTTTCCTGTTTGAGCTTCGATCAC
AAGCCCTATCAGGAGCCCTATGATTGCCCAGGCTCCGTTTATAGCCTCTATTTCACGCCT
TCGCTGTTGCCTCTCTCTGCCTTTGATCTCTTCCATTTGCTTACCAGCTAGCCGCTTAGC
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TGATGATCCATTTGGATTTGCTAGGACACGAACTGCTCCACCTCTGGCATCTTGATGTCT
TCTTAGTCCGTTTCTGGCAATGTAATAGTGGGACAGACGCAAGACATGCAAGTAAGAAGA
AGAAGAGCAAGATGCAGAAAAGAGGAATACTTATTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CV55TF C 1
AF RR1CV55JQ U 10
BS 1 9 RR1CV55TF
BS 10 699 RR1CV55JQ

RD RR1CV55TF 682 0 0
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TTGTAAATAAAACATGTACAGTCACTTGATCCCTCGTAATTAATATAAAGTTGAACTATT
TATGTCTTGCTGAATGCGCTTGCCAAGGAGAAGACACTGTTAATAGCTTAACATAAACAA
CATCAATTTTCATCACAGTAGAGAGTGAAATAAACCAAAATGAAACTCAACAAAAAATAG
TCTAAGGTTTTTTGTTTACTGTGGGAGATTCTGTGTTGATGAAGGAAATAGATGCAGAGC
AGCAGACCAATAGCCATCCAACTGAGCCAGAATACCCTTTCCTGTTTGAGCTTCGATCAC
AAGCCCTATCAGGAGCCCTATGATTGCCCAGGCTCCGTTTATAGCCTCTATTTCACGCCT
TCGCTGTTGCCTCTCTCTGCCTTTGATCTCTTCCATTTGCTTACCAGCTAGCCGCTTAGC
CTCAAGAGGGTCTACCATGATTACTTCTTTTTTGGCCTTTACTTTCCCTGGAGGAGGAGA
TGATGATCCATTTGGATTTGCTAGGACACGAACTGCTCCACCTCTGGCATCTTGATGTCT
TCTTAGTCCGTTTCTGGCAATGTAATAGTGGGACAGACGCAAGACATGCAAGTAAGAAGA
AGAAGAGCAAGATGCAGAAAA
A

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1CV55JQ 690 0 0
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AAACATGTACAGTCACTTGATCCCTCGTAATTAATATAAAGTTGAACTATTTATGTCTTG
CTGAATGCGCTTGCCAAGGAGAAGACACTGTTAATAGCTTAACATAAACAACATCAATTT
TCATCACAGTAGAGAGTGAAATAAACCAAAATGAAACTCAACAAAAAATAGTCTAAGGTT
TTTTGTTTACTGTGGGAGATTCTGTGTTGATGAAGGAAATAGATGCAGAGCAGCAGACCA
ATAGCCATCCAACTGAGCCAGAATACCCTTTCCTGTTTGAGCTTCGATCACAAGCCCTAT
CAGGAGCCCTATGATTGCCCAGGCTCCGTTTATAGCCTCTATTTCACGCCTTCGCTGTTG
CCTCTCTCTGCCTTTGATCTCTTCCATTTGCTTACCAGCTAGCCGCTTAGCCTCAAGAGG
GTCTACCATGATTACTTCTTTTTTGGCCTTTACTTTCCCTGGAGGAGGAGATGATGATCC
ATTTGGATTTGCTAGGACACGAACTGCTCCACCTCTGGCATCTTGATGTCTTCTTAGTCC
GTTTCTGGCAATGTAATAGTGGGACAGACGCAAGACATGCAAGTAAGAAGAAGAAGAGCA
AGATGCAGAAAAGAGGAATACTTATTCCCC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL6728Contig1 653 2 2 U
GGAATTCAAAATTTGAAAGTCAGATTTACTGTTACTCGGACCCCAACTCATAAGAAGGGG
GAGAGGCTATACGATTGATAAGAATGTTTTTGTATCGAAGAAGAAAGAAATATATGGTTG
GAGAGGAAGAAGAGAAAAGGAGATGGTGGTGGTTCGAGAGTCATCACAAGACGACGACGA
CGACCTCTAAGCAATCTCAACGGCTTCATTCCACACTTAGAGAGCTTGATTCAAAGACAA
ATGCCATGCTGTCGCTAATTGAGGAGGGTAACGCAGATTCTTTTGCGCAGCGTGCGGAGA
CTTACTACAAGAAACGTCCCGAGCTTATCTCCTTCGTCCATGATTTCTATCGTGCTCACC
GTTCCTTAGCCCACCGTTCCCATCACCTTAAATCTTCTTCTTCTTCCTCTATCGACCACT
CTCTTTCCGAAGAACCCGATTCCGAGATTGAAGACCTTGACGAAGACGAGCAGGACCAGG
GAAACGCCTCCTCCACTTCCAAACTGGAACAAGATAGGTTGAAGCTGATCCAAGAGATCA
GTGAGGCTCTGAGAAGACAGCTGTTAGAGAAAGACGAGGAGAAGAGAGAGGTCATTAGGC
AGCTTTCTCTTGCTGTTGAGAGACGAGAACTTGAGCCTCAAGAGACGTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FN12TF U 1
AF RR1FN12JQ C 195
BS 1 594 RR1FN12TF
BS 595 653 RR1FN12JQ

RD RR1FN12TF 594 0 0
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GAGAGGAAGAAGAGAAAAGGAGATGGTGGTGGTTCGAGAGTCATCACAAGACGACGACGA
CGACCTCTAAGCAATCTCAACGGCTTCATTCCACACTTAGAGAGCTTGATTCAAAGACAA
ATGCCATGCTGTCGCTAATTGAGGAGGGTAACGCAGATTCTTTTGCGCAGCGTGCGGAGA
CTTACTACAAGAAACGTCCCGAGCTTATCTCCTTCGTCCATGATTTCTATCGTGCTCACC
GTTCCTTAGCCCACCGTTCCCATCACCTTAAATCTTCTTCTTCTTCCTCTATCGACCACT
CTCTTTCCGAAGAACCCGATTCCGAGATTGAAGACCTTGACGAAGACGAGCAGGACCAGG
GAAACGCCTCCTCCACTTCCAAACTGGAACAAGATAGGTTGAAGCTGATCCAAGAGATCA
GTGAGGCTCTGAGAAGACAGCTGTTAGAGAAAGACGAGGAGAAGAGAGAGGTCA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1FN12JQ 459 0 0
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CGTTCCCATCACCTTAAATCTTCTTCTTCTTCCTCTATCGACCACTCTCTTTCCGAAGAA
CCCGATTCCGAGATTGAAGACCTTGACGAAGACGAGCAGGACCAGGGAAACGCCTCCTCC
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AGACAGCTGTTAGAGAAAGACGAGGAGAAGAGAGAGGTCATTAGGCAGCTTTCTCTTGCT
GTTGAGAGACGAGAACTTGAGCCTCAAGAGACGTCTTTT

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 2

CO CL6729Contig1 487 2 2 U
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CTAGTTATTGCTATGTGTTTTGGTTTGAATGAAGGTTGTAATGTGAACACTTTAGAACTT
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GTTGAGCCTCTCCAAGAGGTAAAATTCAATGGAAAATATCGAGTGTCAGTTTTTGAGAAA
GGCTTAGGAGAGAGAATTGTATGGCGTTGCCTCTTGCGACATGGAAATAAAGTGGAAAAT
TCACAAACTATATGGCGTGCATACAGAGGAGCCAGAGAATCTCGATGTGGTGAAATACGT
TCATGGATTGCTAAAGTTGATGGAATTTACATGGAGAAAAATTTAAAATCAGAAGGGCTC
AGATATCATTGGATTGTTACTAAAAAATGAGGTTTGTCTTTTTGAAAGTTATTTACATTT
TATGCTC


BQ
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AF RR1A250JQ C 1
AF RR1A250TF U 19
BS 1 18 RR1A250JQ
BS 19 487 RR1A250TF

RD RR1A250JQ 487 0 0
GGATCATCTCTCTTCAACAAATATTTTATATAAAAGAAAATGAATTACCTCGTATTTATG
CTAGTTATTGCTATGTGTTTTGGTTTGAATGAAGGTTGTAATGTGAACACTTTAGAACTT
CTAAATCAACTCAGTCCTGGTAGTATTCTAAAAGTTAATTGCTCATCTAATAGAAACCAT
GTTGAGCCTCTCCAAGAGGTAAAATTCAATGGAAAATATCGAGTGTCAGTTTTTGAGAAA
GGCTTAGGAGAGAGAATTGTATGGCGTTGCCTCTTGCGACATGGAAATAAAGTGGAAAAT
TCACAAACTATATGGCGTGCATACAGAGGAGCCAGAGAATCTCGATGTGGTGAAATACGT
TCATGGATTGCTAAAGTTGATGGAATTTACATGGAGAAAAATTTAAAATCAGAAGGGCTC
AGATATCATTGGATTGTTACTAAAAAATGAGGTTTGTCTTTTTGAAAGTTATTTACATTT
TATGCTC

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1A250TF 469 0 0
AAATATTTTATATAAAAGAAAATGAATTACCTCGTATTTATGCTAGTTATTGCTATGTGT
TTTGGTTTGAATGAAGGTTGTAATGTGAACACTTTAGAACTTCTAAATCAACTCAGTCCT
GGTAGTATTCTAAAAGTTAATTGCTCATCTAATAGAAACCATGTTGAGCCTCTCCAAGAG
GTAAAATTCAATGGAAAATATCGAGTGTCAGTTTTTGAGAAAGGCTTAGGAGAGAGAATT
GTATGGCGTTGCCTCTTGCGACATGGAAATAAAGTGGAAAATTCACAAACTATATGGCGT
GCATACAGAGGAGCCAGAGAATCTCGATGTGGTGAAATACGTTCATGGATTGCTAAAGTT
GATGGAATTTACATGGAGAAAAATTTAAAATCAGAAGGGCTCAGATATCATTGGATTGTT
ACTAAAAAATGAGGTTTGTCTTTTTGAAAGTTATTTACATTTTATGCTC

QA 1 469 1 469
DS 



AS 1 2

CO CL6730Contig1 809 2 4 U
TCTCTGTCTCACAGCCAACGATAACAACAATGGGTGCTAAAGCTAAGAAAACTCTGAAGA
AGAACATGAAGAAGATCTCAGCTTCGGCTGCTGCTTCCTCTCAGCTTGCTGTTCCCCAGA
ACCAGAAACCATCTGCTGATTTTTTGCCACTAGGAGGAGGTCCAGCTCGAAAAGCACCAG
TGAGCAAACCTGTTGAAAGTAAAGCCACAGTGCTATACATCGGTCGTCTCCCTCATGGCT
TCTACGAGACTGAGATTGAAGCTTTCTTCACGCAGTTTGGAACAGTCAAGAGAGTTAGAG
TCGCCCGTAACAAAAAGACTGGGAAGTCAAAACATTTTGGGTTCATACAGTTTGAGGACC
CTGAGGTGGCGGAAATTGCAGCGGGTGCAATGAATGACTATCTGTTGCTCGAGCACATGC
TTCAAGTCCGTGTCATTCCACCTGAGCATGTTAAACCCAATCTGTGGAAAGGGTTTAAAA
GTCAGTACAAACCAGTGGATTGGGTTCAGATCGAGCGTAAACAACATATCAAGGAAAGGA
CATTGGAAGAGCATAGGAAAATGTTGCACAAGGTTGTGAAACGGGATCAGAAAAGGAGAA
AGAGAATTGAAGCTGCTGGAATACAATATCAATGCCCTGAGCTTGTTGGAAATACACAGC
CATTACCTAAGAAGATCAAGTTTAGTGAAGACTAGCTAGGAACCTCAGAAGCTGTGTGAC
ACACATTTTCGATAAGATAATTTTGGAATAGGATCTTGTTTTGTTGTACTTCTGACATGG
GATCCAAATCTAAACTTTTTTTTAAAGTA


BQ
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AF RR1EX40TF U 1
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DS 

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QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1E911TF U 1
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BS 678 678 RR1E911JQ

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DS 

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DS 



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CG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1B877TF U 1
AF RR1B877JQ C 35
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GCTTATAAACATGCCAGTTCTTATTAGTGCAATCAGCTCGATGCCACCCGCAACAGCTGT
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ATTTATGGGTGTTTTGCTTTATATGTGTTTGGGACTTGAGAATGTGAGTTTG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1B877JQ 928 0 0
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GATTCAGTTTCTAACTCGGTTTGGACATGTCCAGCCGATAAAGTCTTCTACGATGCATCT
GTGATATGGGGACTTATTGGACCACGTAGAATCTTTGGGGATCTTGGTTTATACAAATCT
GTTAACTGGTTCTTCCTCGTGGGCGCTATTGCTCCAATTCTTGTATGGTTAGCCGCAAGG
ATGTTCCCTAGACAGCAGTGGATCAAGCTTATAAACATGCCAGTTCTTATTAGTGCAATC
AGCTCGATGCCACCCGCAACAGCTGTGAACTACACAACATGGGTTCTTGCTGGATTTTTA
TCTGGATTTGTTGTGTTTAGATACAGACCACATCTATGGCAGAGATATAATTATGTTTTG
TCAGGAGCATTGGATGCTGGACTAGCATTTATGGGTGTTTTGCTTTATATGTGTTTGGGA
CTTGAGAATGTGAGTTTGGATTGGTGGGGAAATGAGCTTGATGGTTGCCCTTTGGCCTCG
TGTCCAACCGCTGCTGGTATCATTGTTGAAGGTTGCCCACTTTATACGTAAAAAGCGGCT
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TCTCTCATTTACATTATTGGAATGTCGTGTAAAAATTGGAAAGTATTCAACAGTTTGGTT
TGATTTTTTATTCTATTATTTGTTTTCG

QA 1 928 1 928
DS 



AS 1 2

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TGGAAAACTTCTGTGTG


BQ
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AF RR1A623JQ C 1
AF RR1A623TF U 1
BS 1 677 RR1A623TF

RD RR1A623JQ 677 0 0
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DS 

RD RR1A623TF 677 0 0
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GATTCTTCACTAATCAATGTCATAATCAAAACCTTGATGTAATTGTTTCTTTTGCATTTA
TGGAAAACTTCTGTGTG

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1F160TF U 1
AF RR1F160JQ C 66
BS 1 742 RR1F160TF
BS 743 747 RR1F160JQ

RD RR1F160TF 742 0 0
GCTGCTCTTCACGTTCAGTTGGAGCAATGTGGATTGAGGACTCCTCAGTGTACGATACAA
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AAAAAGTTTGGAGAACAAGTTGAGGAAGACAGTTTATATGTTGTTGCTGTTGACCGTGTG
CTTCAGATGGAAGACTTCATGGAGGATGGAGTTTGGGTGGCGTCAGCAGATTATAAAAAT
GCAAGTCCTGATCCTCTTCGAGGTGTTGCAGAAGACATTGTCAACCAGATTAACGCTAAC
AACATGGAAGACATTTTCCGTTTCTGCAACGTATACGTTGATCTTGACTTTGTGGCTTCA
GAGACAAAGATGATATGGATGGATAGGTTTGGATTCGACCTTCGAGTGTGGTCTCCACGA
GGTGTATATGATGTCAGGATTCCATTTCCAATGGAAGTGACAGATGAAAAAGGAGCCAAA
TCATCGTTTAATGGAATGTCACAGCTTGCTTGGGAAGTAGAGAAAAGTTATTGCCCTGCA
GATTTCAACAAGGTTAAACTACTTAAGCCAGTAGTTGGATCATCACACAAGGGAGGACAG
TAGCCTATTAACTCTTTTTTTTTTGTTCACATTCTTTACTAGTGGATGCCAATGGCATTG
GCTCTGTTGTATCTCTTGGATTAGTATGTTTTCTGAGTAATAGTGCTTGTACACACCACT
TGAAGTAAGATTTTTCATCTAT

QA 1 742 1 742
DS 

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GTTTGGAGAACAAGTTGAGGAAGACAGTTTATATGTTGTTGCTGTTGACCGTGTGCTTCA
GATGGAAGACTTCATGGAGGATGGAGTTTGGGTGGCGTCAGCAGATTATAAAAATGCAAG
TCCTGATCCTCTTCGAGGTGTTGCAGAAGACATTGTCAACCAGATTAACGCTAACAACAT
GGAAGACATTTTCCGTTTTTGCAACGTATACGTTGATCTTGACTTTGTGGCTTCAGAGAC
AAAGATGATATGGATGGATAGGTTTGGATTCGACCTTCGAGTGTGGTCTCCACGAGGTGT
ATATGATGTCAGGATTCCATTTCCAATGGAAGTGACAGATGAAAAAGGAGCCAAATCATC
GTTTAATGGAATGTCACAGCTTGCTTGGGAAGTAGAGAAAAGTTATTGCCCTGCAGATTT
CAACAAGGTTAAACTACTTAAGCCAGTAGTTGGATCATCACACAAGGGAGGACAGTAGCC
TATTAACTCTTTTTTTTTTGTTCACATTCTTTACTAGTGGATGCCAATGGCATTGGCTCT
GTTGTATCTCTTGGATTAGTATGTTTTCTGAGTAATAGTGCTTGTACACACCACTTGAAG
TAAGATTTTTCATCTATTTTGG

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

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ATAAATATACAAGGAATTAAATGTTCTTTTTGACATTTTCCTTTTGAATTTCAATAGTCG
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GACAACCCGGTTAACGACTTTAACCCTCCAGAAAACCGGTTAACCTGAGAACCGAATTAC
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CTCCGTCATCGGAATATTCCTCTTCATCCGTGTACCGTCGCATCACATTACCCGGTATAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG93TF C 1
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BS 10 665 RR1DG93JQ
BS 666 700 RR1DG93TF

RD RR1DG93TF 700 0 0
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GAACCCGGCTAAGATCCCGTCCTTTGAGAGTCCTTCCGTTACCTGTACAAACGGAAAACG
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1DG93JQ 656 0 0
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CGGAATATTCCTCTTCATCCGTGTACCGTCGCATCACATTACCCGGTATATTCACTGGTA
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TTTCAAGAAAGACAAGGGGTTTTAAGTTGTGTAGTGAGAAACTTTATAAAGATTTT

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL6736Contig1 733 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A241JQ C 1
AF RR1A241TF U 56
BS 1 55 RR1A241JQ
BS 56 733 RR1A241TF

RD RR1A241JQ 733 0 0
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TACGACCTTTGGAGGATCGTTGCGGGAAGATGTCGATTCATACCTGATCGCGATTGGGAG
GACTCGCTGGAACAGATGGTCTCCTTGCCACCACCGGCTGCTACACGATCTCTGATCCTT
CTTGGTTGGCAAGCCACGATGTACTGGGTTTGGAATGAGAGAAACGCGAGATTGCATGCG
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GCTTGGTCGGAAATTACTAGGGCTTGGGTTATTATGATATGAGTTTATTGGGCTATGGGG
CTCTTTCACTAGTGCATTAGTCATTTGTAAAACTTTTTTTTCTTTCCGCAATTTATATTA
AGAAGCCTGTTAC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1A241TF 678 0 0
TACTAAACAGGATCCCCACTAGAGATAGGTTGATTAGTTGGGGGCTCCAAGTTCCTCCCT
TGTGCCTCCTCTGTAACATAAACGATGAATCAAGGGACCATTTATACTGGGAGTGTGATT
ATGCTTACGACCTTTGGAGGATCGTTGCGGGAAGATGTCGATTCATACCTGATCGCGATT
GGGAGGACTCGCTGGAACAGATGGTCTCCTTGCCACCACCGGCTGCTACACGATCTCTGA
TCCTTCTTGGTTGGCAAGCCACGATGTACTGGGTTTGGAATGAGAGAAACGCGAGATTGC
ATGCGAATCAGTTCAGGTCGATCGATGCACTCTTTTCTATAATAGATCATCAGGTGAGGA
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GGGTTAGATGATCATTCTCAATTGATGGTGGAGTAGCAAAAGCTTAATCGTTCTGGTTGA
ATTGAGCGAAACTACTGGAGTATTGGGAGAAGATGATTAGGCACTGTGGGCCAAAATTGT
ATTGGGCTTGGTCGGAAATTACTAGGGCTTGGGTTATTATGATATGAGTTTATTGGGCTA
TGGGGCTCTTTCACTAGTGCATTAGTCATTTGTAAAACTTTTTTTTCTTTCCGCAATTTA
TATTAAGAAGCCTGTTAC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL6737Contig1 790 2 10 U
GGGATGAACACGTTTGTGTTCTTCGGTTCTCTTCAATCAGCGGAGACGGTGACTATCAAG
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GTATGAGATCTTCGATTGCGTTACTCCGTCGGCTATATCGGATATAAATAGGTTCATATC
TCTCTTTTGAGAATCACGATCTCAACATCTCTCAGCTACTCATCTCTCTTCATGGCTGAA
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TGTGCAGTAACCTTGGATGTTTTACACACGGTTTTTGTGGCTTTTGGAGCTGTTCAAAAG
ATTGCAATGTTTGACAAGAATGGTGTGCTTCAGGCATTGATTCAATACCCAAGTATAACG
TTTTCTCTGCGGTTACATAGCTGCATATCTCTTAAAAAAAATGGGACATCAAATTTAAGC
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AATGGTGCAAGAGGTTTTGGTTCATCAAATGGCATCTTCGTTAGCTAAAGATTCAAAGTT
TGTTGTTGCTCTTGCGGCTGCTACTGGGAGTTGATGGAGAAGTGTAGAACATGAAGCTTT
CATTGGGTGTTTTTGTTTTGGTTTCTCATCCATCGAAAATAGGATGGCGTTTTCCTTTTT
TTTGTCAACAGGATGGCTTTTTTTGTTTTGGTTTCTCATCCATCATAAGCATTCAAGAAA
TTTAATTGCC


BQ
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10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BF22TF U 1
AF RR1B822TF U 123
BS 1 152 RR1BF22TF
BS 153 153 RR1B822TF
BS 154 255 RR1BF22TF
BS 256 256 RR1B822TF
BS 257 607 RR1BF22TF
BS 608 608 RR1B822TF
BS 609 640 RR1BF22TF
BS 641 641 RR1B822TF
BS 642 675 RR1BF22TF
BS 676 790 RR1B822TF

RD RR1BF22TF 675 0 0
GGGATGAACACGTTTGTGTTCTTCGGTTCTCTTCAATCAGCGGAGACGGTGACTATCAAG
TTTCTGTAACGGAAGGCGGTCTGATTGCTATGTTTTTAATCCTATTAATTCATACGCCCA
GTATGAGATCTTCGATTGCGTTACTCCGTCGGTTATATCGGATATAAATAGGTTCATATC
TCTCTTTTGAGAATCACGATCTCAACATCTCTCAGCTACTCATCTCTCTTCATGGCTGAA
TTGAGCTGAAGTTCGTCAGCAGAAGTTTTGGTTCTTCTTACATCCATCGAGAACATGCAG
TGTGCAGTAACCTTGGATGTTTTACACACGGTTTTTGTGGCTTTTGGAGCTGTTCAAAAG
ATTGCAATGTTTGACAAGAATGGTGTGCTTCAGGCATTGATTCAATACCCAAGTATAACG
TTTTCTCTGCGGTTACATAGCTGCATATCTCTTAAAAAAAATGGGACATCAAATTTAAGC
CATTTAAGGCTATATAGTTCATAGTGGGCACATATTAGCTTTGGGGAAGAGCGAACTGGG
AATGGTGCAAGAGGTTTTGGTTCATCAAATGGCATCTTCGTTAGCTAAAGATTCAAAGTT
TGTTGTTTCTCTTGCGGCTGCTACTGGGAGTTGATGGAGAGGTGTAGAACATGAAGCTTT
CATTGGGTGTTTTTG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1B822TF 668 0 0
GG
GAGATCTTCGATTGCGTTACTCCGTCGGCTATATCGGATATAAATAGGTTCATATCTCTC
TTTTGAGAATCACGATCTCAACATCTCTCAGCTACTCATCTCTCTTTATGGCTGAATTGA
GCTGAAGTTCGCCAGCAGAAGTTTTGGTTCTTCTTACATCCATCGAGAACATGCAGTGTG
CAGTAACCTTGGATGTTTTACACACGGTTTTTGTGGCTTTTGGAGCTGTTCAAAAGATTG
CAATGTTTGACAAGAATGGTGTGCTTCAGGCATTGATTCAATACCCATGTATAACGTTTT
CTCTGCGGTTACATAGCTGCATATCTCTTAAAAAAAC*GGGACATCAAATTTAAGCCATT
TAAGGCTATATAGTTCATAGTGGGCACATATTAGCTTTGGGGAAGAGCGAACTGGGAATG
GTGCAAGAGGTTTTGGTTCATCAAATGGCATCTTCGTTAGCTAAAGATTCAAAGTTTGTT
GTTGCTCTTGCGGCTGCTACTGGGAGTTGATGGAGAAGTGTAGAACATGAAGCTTTCATT
GGGTGTTTTTGTTTTGGTTTCTCATCCATCGAAAATAGGATGGCGTTTTCCTTTTTTTTG
TCAACAGGATGGCTTTTTTTGTTTTGGTTTCTCATCCATCATAAGCATTCAAGAAATTTA
ATTGCC

QA 3 668 3 668
DS 



AS 1 2

CO CL6738Contig1 714 2 2 U
GGGTTCCACTTGAAGTCCAAATACGTACACAAGAGATGCATTTGCAAGCTGAATATGGGT
TTGCAGCTCACTGGAGGTACAAGGAAGGTGACTGCAAATACTCTTCGTTTGTACTTCAGA
TGGTTGAATGGGCTCGATGGGTTGTGACGTGGCACTGCGAAACAATGAGCAAAGACCGAA
CTTCCATTTGTCCTTCTGACTCCATCAAACCCCCTTGCAAGTTTCCCTCTCACGCCGAGG
ACTGCCCTGCTTCTTCTTACAAGCCTAACAGTAGCCAGGACGGGCCAGTCTATGTCATTG
TAATCGAAAATGACAAGATGTCTGTGCAAGAGTTTCCAGCGAGTTCAACAGTCTCGGATC
TGCTGAGCAGGGCGGGGCCAGGGAGCTCGAGGTGGTCCATGTATGGAATACCAGCGAAGG
AAGAGCTAAGGCCAAGGCTGAACCAGAGGCCTGTAAGCGACCTCAAGTGGGAGCTGAAGA
TGGGTGATGTGGTGGAGCTGACTCCACCAATTCCTGATGAGTCTCTGCCTGAATACAGAG
AAGAAATTCAACGGATGTATGATCTAGGGCTCGCGTTTTCTCGCCCTGGAACCATGATTG
GATGGGGAAGCTGATTAGTCCTCTCTCTGATTGTTGGTTTAGTCCTTCATGTATATGTAA
TGTATATAGTAATGATGATTAGTTTTGTTGTACATAACAATGGTTCTTCTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1HB07TF U 1
AF RR1HB07JQ C 390
BS 1 562 RR1HB07TF
BS 563 714 RR1HB07JQ

RD RR1HB07TF 562 0 0
GGGTTCCACTTGAAGTCCAAATACGTACACAAGAGATGCATTTGCAAGCTGAATATGGGT
TTGCAGCTCACTGGAGGTACAAGGAAGGTGACTGCAAATACTCTTCGTTTGTACTTCAGA
TGGTTGAATGGGCTCGATGGGTTGTGACGTGGCACTGCGAAACAATGAGCAAAGACCGAA
CTTCCATTTGTCCTTCTGACTCCATCAAACCCCCTTGCAAGTTTCCCTCTCACGCCGAGG
ACTGCCCTGCTTCTTCTTACAAGCCTAACAGTAGCCAGGACGGGCCAGTCTATGTCATTG
TAATCGAAAATGACAAGATGTCTGTGCAAGAGTTTCCAGCGAGTTCAACAGTCTCGGATC
TGCTGAGCAGGGCGGGGCCAGGGAGCTCGAGGTGGTCCATGTATGGAATACCAGCGAAGG
AAGAGCTAAGGCCAAGGCTGAACCAGAGGCCTGTAAGCGACCTCAAGTGGGAGCTGAAGA
TGGGTGATGTGGTGGAGCTGACTCCACCAATTCCTGATGAGTCTCTGCCTGAATACAGAG
AAGAAATTCAACGGATGTATGA

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1HB07JQ 325 0 0
AGGTGGTCCATGTATGGAATACCAGCGAAGGAAGAGTTAAGGCCAAGGCTGAACCAGAGG
CCTGTAAGCGACCTCAAGTGGGAGCTGAAGATGGGTGATGTGGTGGAGCTGACTCCACCA
ATTCCTGATGAGTTTCTGCCTGAATACAGAGAAGAAATTCAACGGATGTATGATCTAGGG
CTCGCGTTTTCTCGCCCTGGAACCATGATTGGATGGGGAAGCTGATTAGTCCTCTCTCTG
ATTGTTGGTTTAGTCCTTCATGTATATGTAATGTATATAGTAATGATGATTAGTTTTGTT
GTACATAACAATGGTTCTTCTGTTG

QA 1 325 1 325
DS 



AS 1 2

CO CL6739Contig1 761 2 2 U
GATTCGCCGTCGTCTCCGTCAATTCCTCAACCACTCCCCTCGTCGGAGTTCATCCATTAG
ATGAGAAATACTTCGAATCAGATATAATCAGATGCAAAGATGGCTCCAAATCATTCCCTA
GAGACCGTCTCAACGACAACTTCTGCGACTGTCTCGACGGTACCGATGAGCCTGGAACTT
CGGCTTGTCCGAACGGCAAATTCTACTGTCGGAATACAGGAAGTTCTCCAAAGTTTGTTT
ACTCTTCTCGTGTGAACGATCGAATCTGTGATTGTTGCGATGGAAGTGACGAGTACGAGA
GTAGCATTACTTGTCCCAACACGTGTATAATGGGCGGTAACGTTAACTACGTCTACAAAC
CTAGAACCTACCGTAAATCTATCGACAGGCAACTCGGTTCTGTGACAACCGATCCAAATA
GATCGGTAACCATAGCGAATCTTCAAGACATTGTCAAGAATCTCCAAGGTATGAAGCTTG
TCTTCGCAGTTCAGATGGTTTTGATCGGTTTCTTGGTGATCTTGTGGATGCTTAGGCGTC
GTGCTCGGTCTTCTAAGAGGAGACGTTATCTGCTGAAGAGTGTTCATCCCAATAGATCAG
GCTAACTAACTCTAGGGAACTTTTAAGCACTGCTTCCATGTGTTGTTTGGAGAAGAAAAT
ATATGTTTAAAATGAGAATTGGAGCGAACGAAAACATGTTGCGTGATCGCGTATGTTATT
GTACACACGTAAAACAATGTACGAAATACGGAAGGTTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1ET59TF U 1
AF RR1ET59JQ C 17
BS 1 689 RR1ET59TF
BS 690 761 RR1ET59JQ

RD RR1ET59TF 689 0 0
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ATGAGAAATACTTCGAATCAGATATAATCAGATGCAAAGATGGCTCCAAATCATTCCCTA
GAGACCGTCTCAACGACAACTTCTGCGACTGTCTCGACGGTACCGATGAGCCTGGAACTT
CGGCTTGTCCGAACGGCAAATTCTACTGTCGGAATACAGGAAGTTCTCCAAAGTTTGTTT
ACTCTTCTCGTGTGAACGATCGAATCTGTGATTGTTGCGATGGAAGTGACGAGTACGAGA
GTAGCATTACTTGTCCCAACACGTGTATAATGGGCGGTAACGTTAACTACGTCTACAAAC
CTAGAACCTACCGTAAATCTATCGACAGGCAACTCGGTTCTGTGACAACCGATCCAAATA
GATCGGTAACCATAGCGAATCTTCAAGACATTGTCAAGAATCTCCAAGGTATGAAGCTTG
TCTTCGCAGTTCAGATGGTTTTGATCGGTTTCTTGGTGATCTTGTGGATGCTTAGGCGTC
GTGCTCGGTCTTCTAAGAGGAGACGTTATCTGCTGAAGAGTGTTCATCCCAATAGATCAG
GCTAACTAACTCTAGGGAACTTTTAAGCACTGCTTCCATGTGTTGTTTGGAGAAGAAAAT
ATATGTTTAAAATGAGAATTGGAGCGAAC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1ET59JQ 745 0 0
CGTCAATTCCTCAACCACTCCCCTCGTCGGAGTTCATCCATTAGATGAGAAATACTTCGA
ATCAGATATAATCAGATGCAAAGATGGCTCCAAATCATTCCCTAGAGACCGTCTCAACGA
CAACTTCTGCGACTGTCTCGACGGTACCGATGAGCCTGGAACTTCGGCTTGTCCGAACGG
CAAATTCTACTGTCGGAATACAGGAAGTTCTCCAAAGTTTGTTTACTCTTCTCGTGTGAA
CGATCGAATCTGTGATTGTTGCGATGGAAGTGACGAGTACGAGAGTAGCATTACTTGTCC
CAACACGTGTATAATGGGCGGTAACGTTAACTACGTCTACAAACCTAGAACCTACCGTAA
ATCTATCGACAGGCAACTCGGTTCTGTGACAACCGATCCAAATAGATCGGTAACCATAGC
GAATCTTCAAGACATTGTCAAGAATCTCCAAGGTATGAAGCTTGTCTTCGCAGTTCAGAT
GGTTTTGATCGGTTTCTTGGTGATCTTGTGGATGCTTAGGCGTCGTGCTCGGTCTTCTAA
GAGGAGACGTTATCTGCTGAAGAGTGTTCATCCCAATAGATCAGGCTAACTAACTCTAGG
GAACTTTTAAGCACTGCTTCCATGTGTTGTTTGGAGAAGAAAATATATGTTTAAAATGAG
AATTGGAGCGAACGAAAACATGTTGCGTGATCGCGTATGTTATTGTACACACGTAAAACA
ATGTACGAAATACGGAAGGTTTTTG

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL6740Contig1 806 2 4 U
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CTTGCTTTCACTATACACACACTCACTGAGACCGTTGTTAACTGTTGTTTTTATGATATT
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GTCAAGCCCGAGCATGCAGAAAGTTTCACAGGACATAGAGATGGGGAGAAAACCGGTGTG
GCACGAGACGGTAGATGAAGAGCTCGGTGACATCATGGACAAGGAGATGGGAGCATCGGT
TACATCGAGGGATTTGAGCAGGATGCTTCCACCTGAAGAGACCGAAGGACGAGGGATTAT
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GTTTTAATTTGATAAAAAAAGCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BL65TF U 1
AF RR1BL65JQ C 39
BS 1 662 RR1BL65TF
BS 663 663 RR1BL65JQ
BS 664 693 RR1BL65TF
BS 694 806 RR1BL65JQ

RD RR1BL65TF 693 0 0
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GCAGTCAACTTACGAGAACTTTAGGTATCGGTATGATAGACACGAGAACCCATTCAACAA
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TTTCAGAGCAAAGGTGCCAAAGGAGCCGGTGATCTCGCCGAGGATAGTAAACGGAGCCAT
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GCACGAGACGGTAGATGAAGAGCTCGGTGACATCATGGACAAGGAGATGGGAGCATCGGT
TACATCGAGGGATTTGAGCAGGATGCTTCCACCTGAAGAGACCGAAGGACGAGGGATTAT
GCATTCGAGAGAGTCTAGCAGGGGAAGGAGAGGAGGTAGCTGGGAGTTGTCAGGCCGTGT
TAACAACGAAGATTTGAGAACCAGAGATGATGAGTCTTCTTCAGGGAATGATGCTTCCAG
AGATTTACTGGTTGAGATATCTGATGCAGAAACAGTTAGAAGCAGAACCGGAACTGGTGT
AG*ACGGTTATAGTCTCCGGTTCACACTATTTT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1BL65JQ 768 0 0
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GCGTTGCTTCATCTAAGAACAGTTTCAGAGCAAAGGTGCCAAAGGAGCCGGTGATCTCGC
CGAGGATAGTAAACGGAGCCATGTCAAGCCCGAGCATGCAGAAAGTTTCACAGGACATAG
AGATGGGGAGAAAACCGGTGTGGCACGAGACGGTAGATGAAGAGCTCGGTGACATCATGG
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AGACCGAAGGACGAGGGATTATGCATTCGAGAGAGTCTAGCAGGGGAAGGAGAGGAGGTA
GCTGGGAGTTGTCAGGCCGTGTTAACAACGAAGATTTGAGAACCAGAGATGATGAGTCTT
CTTCAGGGAATGATGCTTCCAGAGATTTACTGGTTGAGATATCTGATGCAGAAACAGTTA
GAAGCAGAACCGGAACTGGTGTAGGACGGTTATAGTCTCCGGTTCACACTATTTTAAAAA
AGGTTGAAGAAGATCAAACAAGATTGTGATTCATTCAGGTTTGTTTGTTTACCTCATTGT
AACAAGTTTGTGTAAAGTAAATGTTTTAATTTGATAAAAAAAGCTCTT

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL6741Contig1 995 2 2 U
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ATTTGGGTCCTTCCTCTGCTCCCGCTCCCGCTCGAAATCGAAGTTGGAGTTCAATCTTCC
CTTTCAATCGGAGGAGATTCAACTCCCCTAAAACTAAAACTAAAACTATGGCCGATTTAG
TCAAAACCCACGCTTGGAGAGACGGTGACGGGGAAGAACGGTTTCAGGCGTTGGAGCAAG
AGGCTTTTATGAATAATCCCTCCAACGATTTGGTCTCAGGGATCAACGCCGTCGCTAATC
GTCTGAGCAAATGGGTTGTCGCTGCTCTGTTTGGATCGGTTCTGCTTCTACGACATGATG
GTGCAGCCTTGTGGGCTGTCATTGGCTCCGTTTCCAATTCCGCACTTTCCGTAGCTCTCA
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CTTCTCATGCTCAATCCATTTCTTTCATCTCTGCCTTTACCCTCTTCTCTCTCATTGAGT
GGCTTGGAACCAATGAACTCTCTCTTTTCCTCACCACCCTCATCCTCGCTTTGGCTTCTT
ACTTTACATGGTTAAGGGTTTCCCAGAAGCTTCACACGCCCAGTCAAGTGGTGGTAGGTG
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AAGCTTTTGCCTCATCATTCTCCGTACAAATAGCTGTCTTTACAGCTGCTGCTGCGTCTG
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CAGTAACTTTTTAAATATAGTATACAGTGTTTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GC15TF U 1
AF RR1GC15JQ C 227
BS 1 548 RR1GC15TF
BS 549 995 RR1GC15JQ

RD RR1GC15TF 548 0 0
GGATGGCAGCAGCAGCAGCGATATCTATTTCTCCCTTCCACAGACCCACCTGCAGTTTCA
ATTTGGGTCCTTCCTCTGCTCCCGCTCCCGCTCGAAATCGAAGTTGGAGTTCAATCTTCC
CTTTCAATCGGAGGAGATTCAACTCCCCTAAAACTAAAACTAAAACTATGGCCGATTTAG
TCAAAACCCACGCTTGGAGAGACGGTGACGGGGAAGAACGGTTTCAGGCGTTGGAGCAAG
AGGCTTTTATGAATAATCCCTCCAACGATTTGGTCTCAGGGATCAACGCCGTCGCTAATC
GTCTGAGCAAATGGGTTGTCGCTGCTCTGTTTGGATCGGTTCTGCTTCTACGACATGATG
GTGCAGCCTTGTGGGCTGTCATTGGCTCCGTTTCCAATTCCGCACTTTCCGTAGCTCTCA
ATCGCATCCTTAACCAAGAGAGACCTGTTGCAACACTTCGTTCTGACCCTGGCATGCCTT
CTTCTCATGCTCAATCCATTTCTTTCATCTCTGCCTTTACCCTCTTCTCTCTCATTGAGT
GGCTTGGA

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1GC15JQ 769 0 0
GGCGTTGGAGCAAGAGGCTTTTATGAATAATCCCTCCAACGATTTGGTCTCAGGGATCAA
CGCCGTCGCTAATCGTCTGAGCAAATGGGTTGTCGCTGCTCTGTTTGGATCGGTTCTGCT
TCTACGACATGATGGTGCAGCCTTGTGGGCTGTCATTGGCTCCGTTTCCAATTCCGCACT
TTCCGTAGCTCTCAATCGCATCCTTAACCAAGAGAGACCTGTTGCAACACTTCGTTCTGA
CCCTGGCATGCCTTCTTCTCATGCTCAATCCATTTCTTTCATCTCTGCCTTTACCCTCTT
CTCTCTCATTGAGTGGCTTGGAACCAATGAACTCTCTCTTTTCCTCACCACCCTCATCCT
CGCTTTGGCTTCTTACTTTACATGGTTAAGGGTTTCCCAGAAGCTTCACACGCCCAGTCA
AGTGGTGGTAGGTGCAATCGTGGGCTCTCTTTACTCCACCTTGTGGTACATTACCTGGAA
CTCACTTGTTCTCCAAGCTTTTGCCTCATCATTCTCCGTACAAATAGCTGTCTTTACAGC
TGCTGCTGCGTCTGCTCTAGGTTTTGCAGTTTATGCGCTACTTAACTGGTTCAAAGATGA
CAGATAGACAAAGAAAATATAGTTAGAGGGTTGGGTTGTAAAACTATTCCTTTTGTTTCC
CATTTCACTCGATACTGTTTGAACTGTATAGCAATCAATATTACCACACTTGTGTTCTGT
TTCTTGACACAAAACAGTAACTTTTTAAATATAGTATACAGTGTTTAGG

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL6742Contig1 765 2 3 U
TTTTTTTTGTAAGAGAAATATTGGATTATTAAAAACAGAATATGATAATCTGTTAAGAGT
CATCAACAGGTTTTTACAACGTTTCAGAATTCAAATTCCTCTATTTCATCGTTACGCCAA
TTCTTCCCGAAAAAAGCATGTGATCTGCCAATGCAATATGCCTTTTCGCAGAACTTGCAG
TTGAGATTTACACACAACATGATCAATGTCTCACACTTATATCTATCAATCTTGATAAGA
ATGGTTTCAAGTTCACGGCTACAAATTATATAGCCACATCTCTCATGGCGAAATCTACAA
TGTGAGAGGTTAAGGATCGTTAGGTGTTTGAGGCTTGTGATGAGAGGCAAAACTAGACCA
ATATCAATGATGTCGCAAAAACGCAAACTCAGCTTCTTGAGGTTTGGAAACCAACGAACG
ATATCCCCAGCTTCAGCTTCGTTAAGGCACCCCATAATTTTCAAGTTAGTGAGGTTTATA
CAGTTCTCTCCGCTAGCTCGAATCTCGTGTCTCCAGGTTAATGATGCTTGGCGTTGATCA
ATGATTAACGTTTGGAGATTCTTCCATTGCCTGAATGCAAACTGATATGAGTTCTCACTT
AAATGGGACCATCGTGGTAAGACAAGCTTTCTTATGTTTGGCATCCTTTGCGCAGCGATG
ATGATATCCTCATCAGTTAAGTAGGTATCAAAGTTGAAGAATAAGTTGATGGGGACAGTG
CTGATGAATTTGGTGCTTTCAAACAAAATCGTATTACAACGGTCC


BQ
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AF RR1D028JQ U 9
AF RR1D028TF C 1
BS 1 8 RR1D028TF
BS 9 680 RR1D028JQ
BS 681 765 RR1D028TF

RD RR1D028JQ 672 0 0
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GGTTTTTACAACGTTTCAGAATTCAAATTCCTCTATTTCATCGTTACGCCAATTCTTCCC
GAAAAAAGCATGTGATCTGCCAATGCAATATGCCTTTTCGCAGAACTTGCAGTTGAGATT
TACACACAACATGATCAATGTCTCACACTTATATCTATCAATCTTGATAAGAATGGTTTC
AAGTTCACGGCTACAAATTATATAGCCACATCTCTCATGGCGAAATCTACAATGTGAGAG
GTTAAGGATCGTTAGGTGTTTGAGGCTTGTGATGAGAGGCAAAACTAGACCAATATCAAT
GATGTCGCAAAAACGCAAACTCAGCTTCTTGAGGTTTGGAAACCAACGAACGATATCCCC
AGCTTCAGCTTCGTTAAGGCACCCCATAATTTTCAAGTTAGTGAGGTTTATACAGTTCTC
TCCGCTAGCTCGAATCTCGTGTCTCCAGGTTAATGATGCTTGGCGTTGATCAATGATTAA
CGTTTGGAGATTCTTCCATTGCCTGAATGCAAACTGATATGAGTTCTCACTTAAATGGGA
CCATCGTGGTAAGACAAGCTTTCTTATGTTTGGCATCCTTTGCGCAGCGATGATGATATC
CTCATCAGTTAA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1D028TF 765 0 0
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CATCAACAGGTTTT*ACAACGTTTCAGAAT*CAAATTCCTCTATTTCATCGTTACGCCAA
TTCTTCCCGAAAAAAGCATGTGATCTGCCAATGCAATATGCCTTTTCGCAGAACTTGCAG
TTGAGATTTACACACAACATGATCAATGTCTCACACTTATATCTATCAATCTTGATAAGA
ATGGTTTCAAGTTCACGGCTACAAATTATATAGCCACATCTCTCATGGCGAAATCTACAA
TGTGAGAGGTTAAGGATCGTTAGGTGTTTGAGGCTTGTGATGAGAGGCAAAACTAGACCA
ATATCAATGATGTCGCAAAAACGCAAACTCAGCTTCTTGAGGTTTGGAAACCAACGAACG
ATATCCCCAGCTTCAGCTTCGTTAAGGCACCCCATAATTTTCAAGTTAGTGAGGTTTATA
CAGTTCTCTCCGCTAGCTCGAATCTCGTGTCTCCAGGTTAATGATGCTTGGCGTTGATCA
ATGATTAACGTTTGGAGATTCTTCCATTGCCTGAATGCAAACTGATATGAGTTCTCACTT
AAATGGGACCATCGTGGTAAGACAAGCTTTCTTATGTTTGGCATCCTTTGCGCAGCGATG
ATGATATCCTCATCAGTTAAGTAGGTATCAAAGTTGAAGAATAAGTTGATGGGGACAGTG
CTGATGAATTTGGTGCTTTCAAACAAAATCGTATTACAACGGTCC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL6743Contig1 637 2 3 U
TCATTTCACCATTTATAAAGTTACACATCATATTTTTCGGTTTTATTAACACGAATAACA
ACATACAGAGACGAAAATCACGACGCTGTTACGATCTTCATACTGATCAACATCGTGAAA
TTGTTAATTAGCTCCAAGCTTTCTGGAGGACATCATGTTCAACATACTCATTCCACCTCT
CGTTACCGTACTTGTTACTAAAAAATTTGGTCTTCCACTGTCTCAAGTAAAGTCCATCCT
TCTTAACGACCCAAGTGCATTTCTCCCTGTCCCCACACTGCTCTTTCATCTCCCACGACG
CAACTAGCTGCTTGTCCACACGTCCGTATCCTGTATGGAAGTTGCAGTAAAAAAATGTGT
GGAATAGCGACATGGCGAAGGACCATTCCTTGTGTTGATCTGGCCAGTCTTCTCGCCACC
CTAGATCGTTGTCGCGGGACCAGCATTTGTACGCAAGCCTCCTGTACCGACCTGAGAGCT
CGTTCTTGATCTGTAGTTGAAATCCATGGGAGTGAGTCACCATCACTATTGTGATGATAA
TAAGTACAAGAGAAAGGTGCCCGTTGAGGGTTTTGGGAATCTTTATTGACCCCATATGTG
TAACTCTGGTTCTGTTCTTTGTTTTTTGCCCACTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E517JQ U 140
AF RR1E517TF C 1
BS 1 143 RR1E517TF
BS 144 355 RR1E517JQ
BS 356 637 RR1E517TF

RD RR1E517JQ 216 0 0
TTTT
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AATTTGGTCTTCCACTGTCTCAAGTAAAGTCCATCCTTCTTAACGACCCAAGTGCATTTC
TCCCTGTCCCCACACTGCTCTTTCATCTCCCACGACGCAACTAGCTGCTTGTCCACACGT
CCGTATCCTGTATGGAAGTTGCAGTAAAAAAA

QA 5 216 5 216
DS 

RD RR1E517TF 637 0 0
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TTGTTAATTAGCTCCAAGCTTTCTGGAGGACATCATGTTCAACATACTCATTCCACCTCT
CGTTACCGTACTTGTTACTAAAAAATTTGGTCTTCCACTGTCTCAAGTAGAGTCCATCCT
TCTTAACGACCCAAGTGCATTTCTCCCTGTCCCCACACTGCTCTTTCATCTCCCACGACG
CAACTAGCTGCTTGTCCACACGTCCGTATCCTGTATGGAAGTTGCAGTAGAAAAATGTGT
GGAATAGCGACATGGCGAAGGACCATTCCTTGTGTTGATCTGGCCAGTCTTCTCGCCACC
CTAGATCGTTGTCGCGGGACCAGCATTTGTACGCAAGCCTCCTGTACCGACCTGAGAGCT
CGTTCTTGATCTGTAGTTGAAATCCATGGGAGTGAGTCACCATCACTATTGTGATGATAA
TAAGTACAAGAGAAAGGTGCCCGTTGAGGGTTTTGGGAATCTTTATTGACCCCATATGTG
TAACTCTGGTTCTGTTCTTTGTTTTTTGCCCACTCCC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL6744Contig1 924 2 5 U
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AACAGCAGGAGATGGCTTTTCATTCCGAGGACGACAAGAGCGAAGACTACCTCTTTAAGA
TTGTTCTAATAGGTGACTCCTGCAGTTTGGGAAGTCAAACTTTGCTGGCAAGGTTTTGCT
AGGGATGAGTTCTATCCCCAACTCAAAGTCCACCATTTGGAGTGGAGTTTTCAGACGCAG
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CGTTTCAGAGCAGTCACTTCTGCTTATTACAGAGGTGCTGTTGGAGCTCTTCTTTGTTTA
CGACATCAGCAGAAAGCAGACTTTTCACAGCATTGGGTAGATGGCTCAACGAGCTTCACA
CACACTCTGATATGAACGTTGTGACGATACTGGTGGGGAACAAGTCGGATCTGAAGGAGA
TAAGAGAAGTGCCAACAGCGGAAGGGAAGGCGTTAGCGGAAGCTCAGGGGCTTTTCTTTA
TGGAGACATCGGCTCTCGACTCGTCAAACGTGGCGGCTGCATTCGAGACGGTTGTGAAGG
AGATATACAGCATACTGAGCAGGAAAGTGGTGAGCTCACAGGAGCTAAGCAAGCAAGATC
CTGCTTCGCTTAGCAATGGCAAGAAAGTTGTGATTGAATCTGAGGCACAGGGCGAGTCCA
AGAAAGGTGGGTGTTGTTCTTCGTGATTAGAAAACTGAAAAGTGTAGAGAGCTTAAAAGA
AAGGAAGATTGATTTTGGTCTGTTTGATTGTTTCTTTGATCCATGTTTGAGCAGCTGCGC
TGTGGTGTGGTGTGGATGTGTTTAGGTGTAGCAATCTGTAAATTCTCCATTGAAGAAGCT
TTATGTAAACCAAAACTCCCCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A038TF U 82
AF RR1A038JQ C 1
BS 1 81 RR1A038JQ
BS 82 476 RR1A038TF
BS 477 477 RR1A038JQ
BS 478 497 RR1A038TF
BS 498 924 RR1A038JQ

RD RR1A038TF 416 0 0
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QA 1 416 1 416
DS 

RD RR1A038JQ 924 0 0
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CGACATCAGCAGAAAGCAGACTTTTCACAGCATTGG*TAGATGGCTCAACGAGCTTCACA
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TAAGAGAAGTGCCAACAGCGGAAGGGAAGGCGTTAGCGGAAGCTCAGGGGCTTTTCTTTA
TGGAGACATCGGCTCTCGACTCGTCAAACGTGGCGGCTGCATTCGAGACGGTTGTGAAGG
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CTGCTTCGCTTAGCAATGGCAAGAAAGTTGTGATTGAATCTGAGGCACAGGGCGAGTCCA
AGAAAGGTGGGTGTTGTTCTTCGTGATTAGAAAACTGAAAAGTGTAGAGAGCTTAAAAGA
AAGGAAGATTGATTTTGGTCTGTTTGATTGTTTCTTTGATCCATGTTTGAGCAGCTGCGC
TGTGGTGTGGTGTGGATGTGTTTAGGTGTAGCAATCTGTAAATTCTCCATTGAAGAAGCT
TTATGTAAACCAAAACTCCCCTTT

QA 1 924 1 924
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BK23JQ C 1
AF RR1BK23TF U 1
BS 1 649 RR1BK23TF

RD RR1BK23JQ 649 0 0
GGATCCCTCGCCGCCAACTCTTTTCACCCGTCTCTCCGATGGCCGGTCTACTCAAAACGC
CGTCTTTACACCTCACACCGTCTCTTCTTCATGCACCCTCTGTGCCCTTTAAGCCCTTTT
GCGTCTCCTTCGCCGGAGGAAGAAACATCAGCAGCGTCTCACTCTCTCGCCGAGCATATA
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AGGTATAGTACTTGAAGAATACAGGAAAGGTTTCTTGCTAGGGGAAAGGCTTCTGCGTCC
TTCGATGGTGAAAGTATCAGCTGGACCTGGACCAGAAAAGCCCAGTGAAGCTGAAGGAGA
AGAAGCCACAGCACAAGGAAACGCAGAAGAAAAAGAAGCAGAAGCGGCTTCATCTTGAAT
GAAAGACGATCAAGACTCGGTAGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGGTGG
TTACAGTTAATTATTGTGATTCTTGTTATTACATGATATCATTTCTACAGAGTTTAGAGA
ATAGAACAAGGTTTTCGATTAACAACGAGAATTTGAGTATTTAATACCG

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1BK23TF 649 0 0
GGATCCCTCGCCGCCAACTCTTTTCACCCGTCTCTCCGATGGCCGGTCTACTCAAAACGC
CGTCTTTACACCTCACACCGTCTCTTCTTCATGCACCCTCTGTGCCCTTTAAGCCCTTTT
GCGTCTCCTTCGCCGGAGGAAGAAACATCAGCAGCGTCTCACTCTCTCGCCGAGCATATA
CAAACAGTTTGTGGAAATTCTGGGGTCGCTCGGTGTGGTCACTGTGGAGACAGTTGGCAA
GCAGTTTGATCCAATGCTTCATGAGGCAATAATGAGGGAGGATTCTGCAGAATATGAAGA
AGGTATAGTACTTGAAGAATACAGGAAAGGTTTCTTGCTAGGGGAAAGGCTTCTGCGTCC
TTCGATGGTGAAAGTATCAGCTGGACCTGGACCAGAAAAGCCCAGTGAAGCTGAAGGAGA
AGAAGCCACAGCACAAGGAAACGCAGAAGAAAAAGAAGCAGAAGCGGCTTCATCTTGAAT
GAAAGACGATCAAGACTCGGTAGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGGTGG
TTACAGTTAATTATTGTGATTCTTGTTATTACATGATATCATTTCTACAGAGTTTAGAGA
ATAGAACAAGGTTTTCGATTAACAACGAGAATTTGAGTATTTAATACCG

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL6746Contig1 742 2 2 U
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TGCGTCTGGAGGCAACGATAATCAGTTATTAGTGTGGAACAATCATTCACAGCAACCTAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TG

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DS 



AS 1 2

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GTATATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EJ94JQ U 54
AF RR1EJ94TF C 1
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RD RR1EJ94JQ 658 0 0
T
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CGACCATTTGGTGCATCCGGTTTACTGCGCCGGTTTGGGATCCAGCGGCTTGGGCCCAGG
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QA 2 658 2 658
DS 

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ATACAAACTCTTTCTTATTGACGCATAAACTTCACCATTCCATTTCTTAGCCGCCAAACT
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CCTCCTCGCAATACTCGTCCCGATCTTGGCCGCGAACATTGCCGAAAAGTAGTCAGGTAA
CGGCAGCCCAAGATCCACTTCGCTCATGTACAAAACACCACGGTTTGAAGGATTCGACCA
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CAAAGCCGTTAGAGAAGAATTTTCCGTGGGCTGTGGTGATGAGGACGGAACCACGTGTGG
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GTATATC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TAGTGTTTTCTACTTGTAACCCTTTTTCAAACCAAACAAAGCTTTTATACATTC


BQ
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AF RR1BG82JQ C 1
AF RR1BG82TF U 1
BS 1 654 RR1BG82TF

RD RR1BG82JQ 654 0 0
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CGTACGATCTCAAAAACTACAGTCTTAATTTTGACGACGGCGGCGCCGGCGAAAGTCCTT
CACCGGAGAGATATGTAGCTCCTCCGGCTGTTGTAAAAGTTTGATATATTTATCTCTCCT
TTTTGTATTATTTTTATTGATCGTGTTATAAATGTTAATACCAAACATAGAGAAAGTGGT
TATAAAATAATTTAGGCGTTACTTGTTGTTCAATCGCCACTCTCCAAGTTAGATTATGTC
TAGTGTTTTCTACTTGTAACCCTTTT*CAAACCAAACAAAGCTTTTATACATTC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1BG82TF 654 0 0
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CTCAAAGACGACAATATTTCTCTGTCTTCATGGCCACGGATCAAGAAAATTTACTCTCAG
ATGATTACTAAGAAACGGCGGCGTTTTGCGGGTGTGGGTATCTCTGTAACTTCTGGTGGA
AAAGAAGAGGAGATGGTGGCTGGAGCGGTAACTTACAGGAAGAGAAAGGAGAAAGTTGGT
GGAGCAGGACACTGAAGGGGCCAAAAGAGATTTCTGAGAAACTTGCGGGGCCAAAATGGA
AAAACTTCATAAGAAGTTTTAGCAGTGGAAAGAAGAAGATCAGAAGAGATGTGGATTTCA
CGTACGATCTCAAAAACTACAGTCTTAATTTTGACGACGGCGGCGCCGGCGAAAGTCCTT
CACCGGAGAGATATGTAGCTCCTCCGGCTGTTGTAAAAGTTTGATATATTTATCTCTCCT
TTTTGTATTATTTTTATTGATCGTGTTATAAATGTTAATACCAAACATAGAGAAAGTGGT
TATAAAATAATTTAGGCGTTACTTGTTGTTCAATCGCCACTCTCCAAGTTAGATTATGTC
TAGTGTTTTCTACTTGTAACCCTTTTTCAAACCAAACAAAGCTTTTATACATTC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL6750Contig1 700 2 2 U
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GGACAACGGAGAATGTGGTCGGGTCGAAGAAGAAGATCCTGATCGGAAAAGTCAGAGGAA
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TGTATTATTGTCATTCGGTACCGAAGGTGCGGGTCTACGAAGCGGATCTTCTCGACCAGG
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ATTGGATCTTTGAGAATGATATGACGTGGACTACACTTGATTAATAAAGCTTTTGTCAGC
TTTTGTCGTTTGGATAATCTTTACTACTGAGTTTTGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GJ67TF U 1
AF RR1GJ67JQ C 185
BS 1 670 RR1GJ67TF
BS 671 700 RR1GJ67JQ

RD RR1GJ67TF 671 0 0
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CGTCGGCGATTTCGGAATGCGAGAGACTGCCAAGCCCCGGCGAGACGAAACGGTGCGTGG
GATCGGCGGAGGACATGATCGATTTTGCCACGTCAATGCTTGGACACGACATTGTGGTGA
GGACAACGGAGAATGTGGTCGGGTCGAAGAAGAAGATCCTGATCGGAAAAGTCAGAGGAA
TCAACGGTGGAGATCTAACGAGAGCGGTTTCGTGTCATCAGAGTCTGTACCCGTATCTAC
TGTATTATTGTCATTCGGTACCGAAGGTGCGGGTCTACGAAGCGGATCTTCTCGACCAGG
AGAGTTTGGAGAAGATTAATCGTGGTGTTGCCATCTGTCACATTGACACGTCGGCGTGGA
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ATTGGATCTTTGAGAATGATATGACGTGGACTACACTTGATTAATAAAGCTTTTGTCAGC
TTTTGTCGTT
G

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1GJ67JQ 516 0 0
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GGCGGAGGACATGATCGATTTTGCCACGTCAATGCTTGGACACGACATTGTGGTGAGGAC
AACGGAGAATGTGGTCGGGTCGAAGAAGAAGATCCTGATCGGAAAAGTCAGAGGAATCAA
CGGTGGAGATCTAACGAGAGCGGTTTCGTGTCATCAGAGTCTGTACCCGTATTTACTGTA
TTATTGTCATTCGGTACCGAAGGTGCGGGTTTACGAAGCGGATCTTCTCGACCAGGAGAG
TTTGGAGAAGATTAATCGTGGTGTTGCCATCTGTCACATTGACACGTCGGCGTGGAGTGC
AAGTCATGGAGCGTTTCTGGCTCTAGGGTCTGGTCCGGGTAGGATTGAAGTTTGCCATTG
GATCTTTGAGAATGATATGACGTGGACTACACTTGATTAATAAGGCTTTTGTCAGCTTTT
GTCGTTTGGATAATCTTTACTACTGAGTTTTGCTCC

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 2

CO CL6751Contig1 720 2 2 U
GGGATACTCCCATCTACAGTCGCAAAGAGATAATAAAGAGCGCACTTAAACGATGTTGGA
CATCAATCTATTCCGAGAAGAGAAGGGGAACAACCCCGAGATCATCCGCGAATCGCAACG
CCGGAGATTCGCCAGCGTCGAAGTCGTCGACGAGATCATCAAGCTCGACAAAGAATGGCG
CCAGCGTCAATTCGAAGTAGATAACTTCCGCAAGGAGTTCAACAAGCTGAACAAGCAAGT
CGCCAAGCTCAAGATCTCTGGTGCTGATGCAAGCGAGGTGATTGAGCAAACGGAGAAGAA
CAAACGCGACGCTACTGAGAAGGAGGCTGAGGTTCGTGAAGCTTACGCTGCTTTGAAGGC
TAAGTTGGAGACTGTTGGCAATCTCGTCCACGACTCTGTTCCCGTTAGCAACGATGAGGC
GAACAATGCTGTGACTAAAGTTTGGGGTGAGAAGCTTGTTGCTTCTCCTGGTCTGAAGCT
TAAAAACCATGTGGATCTCGTTGAGCTTCTTGACATTGCAGATACCAAGAGAGGGGCTGA
GATTGCTGGAGCAAGAGGTTTTTTCCTGAAAGGAGATGGGTTGCTGCTTAACCAAGCTCT
TATCAACTTTGGGCTGACCTTCTTGAAAAAGAGAGGATTCACTGGACTGCAGCCTCCGTT
TTTCATGAGGAAGGATGTCATGGCCAAGTGCGCACAATTGGCACAGTTCGATGAAGAGCT


BQ
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AF RR1AE19TF U 1
AF RR1CH11TF U 10
BS 1 665 RR1AE19TF
BS 666 720 RR1CH11TF

RD RR1AE19TF 665 0 0
GGGATACTCCCATCTACAGTCGCAAAGAGATAATAAAGAGCGCACTTAAACGATGTTGGA
CATCAATCTATTCCGAGAAGAGAAGGGGAACAACCCCGAGATCATCCGCGAATCGCAACG
CCGGAGATTCGCCAGCGTCGAAGTCGTCGACGAGATCATCAAGCTCGACAAAGAATGGCG
CCAGCGTCAATTCGAAGTAGATAACTTCCGCAAGGAGTTCAACAAGCTGAACAAGCAAGT
CGCCAAGCTCAAGATCTCTGGTGCTGATGCAAGCGAGGTGATTGAGCAAACGGAGAAGAA
CAAACGCGACGCTACTGAGAAGGAGGCTGAGGTTCGTGAAGCTTACGCTGCTTTGAAGGC
TAAGTTGGAGACTGTTGGCAATCTCGTCCACGACTCTGTTCCCGTTAGCAACGATGAGGC
GAACAATGCTGTGACTAAAGTTTGGGGTGAGAAGCTTGTTGCTTCTCCTGGTCTGAAGCT
TAAAAACCATGTGGATCTCGTTGAGCTTCTTGACATTGCAGATACCAAGAGAGGGGCTGA
GATTGCTGGAGCAAGAGGTTTTTTCCTGAAAGGAGATGGGTTGCTGCTTAACCAAGCTCT
TATCAACTTTGGGCTGACCTTCTTGAAAAAGAGAGGATTCACTGGACTGCAGCCTCCGTT
TTTCA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1CH11TF 711 0 0
GG
ATCTACAGTCGCAAAGAGATAATAAAGAGCGCACTTAAACGATGTTGGACATCAATCTAT
TCCGAGAAGAGAAGGGGAACAACCCCGAGATCATCCGCGAATCGCAACGCCGGAGATTCG
CCAGCGTCGAAGTCGTCGACGAGATCATCAAGCTCGACAAAGAATGGCGCCAGCGTCAAT
TCGAAGTAGATAACTTCCGCAAGGAGTTCAACAAGCTTAACAAGCAAGTCGCCAAGCTCA
AGATCTCTGGTGCTGATGCAAGCGAGGTGATTGAGCAAACGGAGAAGAACAAACGCGACG
CTACTGAGAAGGAGGCTGAGGTTCGTGAAGCTTACGCTGCTTTGAAGGCTAAGTTGGAGA
CTGTTGGCAATCTCGTCCACGACTCTGTTCCCGTTAGCAACGATGAGGCGAACAATGCTG
TGACTAAAGTTTGGGGTGAGAAGCTTGTTGCTTCTCCTGGTCTGAAGCTTAAAAACCATG
TGGATCTCGTTGAGCTTCTTGACATTGCAGATACCAAGAGAGGGGCTGAGATTGCTGGAG
CAAGAGGTTTTTTCCTGAAAGGAGATGGGTTGCTGCTTAACCAAGCTCTTATCAACTTTG
GGCTGACCTTCTTGAAAAAGAGAGGATTCACTGGACTGCAGCCTCCGTTTTTCATGAGGA
AGGATGTCATGGCCAAGTGCGCACAATTGGCACAGTTCGATGAAGAGCT

QA 3 711 3 711
DS 



AS 1 2

CO CL6752Contig1 650 2 1 U
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TGTGGAGGTTTGGGTGATCCTCGGGTGACTTGAAAATGGCTCTGGTTTTCTCAATTGTCT
TTTTTTTTTTTTTACTTTGGCGTATCGGGTTCTCAGATCTTGTTTTGACGGCGTGTGGAG
GTAGTATGGTGGCTCTGAATTCGTGTGTCTGGGGCAGAGTATGTGGACTGTGGAGGAAGT
TCGTCGAATGTCACCGTTGGATTGTAGATCTGTTTGGGGACTGTAATTTGCTTCTTCGAA
GTTTTTCCGCGTCAATTTTTCTTTTGTTGGTTTTCTTTCCCTTAACATTTATTTTCGTAT
GCATAAAATAAGTTTGATCTTTCTTTTCTCTGCTGTAGTGGATCTCCTTGGTTCTTTATT
GCTCAGATCTGGTGTAGTGGTTTACTGGTGGATTTTTGTATCATCGCGGTGGCTTCTTGG
TGTGACGGTTCCATTATAAGATTTAGGTTCTAGGAGATGGTATGTATTTCTTTTAGTTTG
ATTGTCGTTTGTGCTCTGAAATTTTTTTGCCGTAATTTTTTTCTCCTCAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BE44JQ C 1
AF RR1BE44TF U 1
BS 1 650 RR1BE44TF

RD RR1BE44JQ 650 0 0
GGGAGAGGCCATTCACCTTTCCCTCTTTTGCCTCCTTTAGACTTTTCATATGCGGATCGA
AAGTCTAAACATATTTAGTGTCTCTTTTTATTGGTGTTGTTTGGTTTGGCGTCGGAGGTT
TGTGGAGGTTTGGGTGATCCTCGGGTGACTTGAAAATGGCTCTGGTTTTCTCAATTGTCT
TTTTTTTTTTTTTACTTTGGCGTATCGGGTTCTCAGATCTTGTTTTGACGGCGTGTGGAG
GTAGTATGGTGGCTCTGAATTCGTGTGTCTGGGGCAGAGTATGTGGACTGTGGAGGAAGT
TCGTCGAATGTCACCGTTGGATTGTAGATCTGTTTGGGGACTGTAATTTGCTTCTTCGAA
GTTTTTCCGCGTCAATTTTTCTTTTGTTGGTTTTCTTTCCCTTAACATTTATTTTCGTAT
GCATAAAATAAGTTTGATCTTTCTTTTCTCTGCTGTAGTGGATCTCCTTGGTTCTTTATT
GCTCAGATCTGGTGTAGTGGTTTACTGGTGGATTTTTGTATCATCGCGGTGGCTTCTTGG
TGTGACGGTTCCATTATAAGATTTAGGTTCTAGGAGATGGTATGTATTTCTTTTAGTTTG
ATTGTCGTTTGTGCTCTGAAATTTTTTTGCCGTAATTTTTTTCTCCTCAG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1BE44TF 650 0 0
GGGAGAGGCCATTCACCTTTCCCTCTTTTGCCTCCTTTAGACTTTTCATATGCGGATCGA
AAGTCTAAACATATTTAGTGTCTCTTTTTATTGGTGTTGTTTGGTTTGGCGTCGGAGGTT
TGTGGAGGTTTGGGTGATCCTCGGGTGACTTGAAAATGGCTCTGGTTTTCTCAATTGTCT
TTTTTTTTTTTTTACTTTGGCGTATCGGGTTCTCAGATCTTGTTTTGACGGCGTGTGGAG
GTAGTATGGTGGCTCTGAATTCGTGTGTCTGGGGCAGAGTATGTGGACTGTGGAGGAAGT
TCGTCGAATGTCACCGTTGGATTGTAGATCTGTTTGGGGACTGTAATTTGCTTCTTCGAA
GTTTTTCCGCGTCAATTTTTCTTTTGTTGGTTTTCTTTCCCTTAACATTTATTTTCGTAT
GCATAAAATAAGTTTGATCTTTCTTTTCTCTGCTGTAGTGGATCTCCTTGGTTCTTTATT
GCTCAGATCTGGTGTAGTGGTTTACTGGTGGATTTTTGTATCATCGCGGTGGCTTCTTGG
TGTGACGGTTCCATTATAAGATTTAGGTTCTAGGAGATGGTATGTATTTCTTTTAGTTTG
ATTGTCGTTTGTGCTCTGAAATTTTTTTGCCGTAATTTTTTTCTCCTCAG

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL6753Contig1 782 2 1 U
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TCGACATGGTCAGATGCTAGACCAGAAGCGGACAAGCTTTACGTTGGTAGTTTAAGAACG
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GG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 

AF RR1B522JQ C 1
AF RR1B522TF U 1
BS 1 782 RR1B522TF

RD RR1B522JQ 782 0 0
GCCAAGAACAAGACACGAACGGTGAACGCTAAGGTAAGAGCTTTGTATTTGGAAAACGCC
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TGTAAGGAGATGACGTGGATCCAGGCAGTCCTGTGGTGGATGAACTACAAAGACGTGGAG
AAAGTCAAACCGGAAGTTTTACTTGAAAGAAAACCGGACTCGGCTAAGTTTGTCAAGAGA
AAATCGGATTACGTGGAGAAGGAGATAACCAAACCCGAACTAAACCGGTTGATTCAGCAA
CTGGCGACGTTAGACAGAACCGGTTTGGTTTTGAATCCGTACGGAGGGAATCTGAACGCG
ACCGCAACTAACGAAACGGCTTTTCCATATAGGCACAAACTATACAAAATTCAACATTCG
TCGACATGGTCAGATGCTAGACCAGAAGCGGACAAGCTTTACGTTGGTAGTTTAAGAACG
ACCTACAGAATCATGACTCCGTTTGTGTCGAAAAACCCTAGGAGCTCGTATTTAAACTAT
AGGGATGTCGATATCGGGGTTAATGACCATGGAAAGGATAGTTATCGAAAGGGAGAAATC
TACGGGAGGAAGTATTTTGGCGAGAATTTTGATCGGTTGGTTCGGGTTAAAACCGCTGTA
GATCCGGAGAATTTCTTTAGGAATGAACAGAGTATACCAACCTTACCTCATAAGAGACGC
TAGGCAACTTTAGTTCATGTGACCATTATAACTTTTCTTTAATGTTTCTTCATGAAACTT
GG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1B522TF 782 0 0
GCCAAGAACAAGACACGAACGGTGAACGCTAAGGTAAGAGCTTTGTATTTGGAAAACGCC
AGCGACGTCGTTTCGATGATGGCGAAGGAGTTCCCTGAGTTGGGTCTGAAGATGGATGAT
TGTAAGGAGATGACGTGGATCCAGGCAGTCCTGTGGTGGATGAACTACAAAGACGTGGAG
AAAGTCAAACCGGAAGTTTTACTTGAAAGAAAACCGGACTCGGCTAAGTTTGTCAAGAGA
AAATCGGATTACGTGGAGAAGGAGATAACCAAACCCGAACTAAACCGGTTGATTCAGCAA
CTGGCGACGTTAGACAGAACCGGTTTGGTTTTGAATCCGTACGGAGGGAATCTGAACGCG
ACCGCAACTAACGAAACGGCTTTTCCATATAGGCACAAACTATACAAAATTCAACATTCG
TCGACATGGTCAGATGCTAGACCAGAAGCGGACAAGCTTTACGTTGGTAGTTTAAGAACG
ACCTACAGAATCATGACTCCGTTTGTGTCGAAAAACCCTAGGAGCTCGTATTTAAACTAT
AGGGATGTCGATATCGGGGTTAATGACCATGGAAAGGATAGTTATCGAAAGGGAGAAATC
TACGGGAGGAAGTATTTTGGCGAGAATTTTGATCGGTTGGTTCGGGTTAAAACCGCTGTA
GATCCGGAGAATTTCTTTAGGAATGAACAGAGTATACCAACCTTACCTCATAAGAGACGC
TAGGCAACTTTAGTTCATGTGACCATTATAACTTTTCTTTAATGTTTCTTCATGAAACTT
GG

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL6754Contig1 650 2 1 U
GAACCATCCCGAGTACATCGAGCAGAACGCAACACTTGCCTTCCAAGCTGCTATCTGGAG
ATGGATGACGCCGATCAAGAAAGCTCAGCCCTCTGCTCACGACATCTTTGTTGGTAACTG
GAAACCAACGAAGAATGATACTTTGTCCAAACGTGGACCGACTTTTGGTACCACCATGAA
CGTTCTGTACGGAGAGTACACATGTGGTCAAGGCGACATTGAGCCGATGAACAATATAGT
CTCGCACTACTTGTACTTCCTGGACCTCTTGGGTATTGGAAGAGAAGACGCGGGTCCAAA
CGAGGAGCTCAGTTGCGCTGAGCAGAAAGCATTCAACCCTGCAACTGCACCTACTTCTTC
CACTTCGTAAGTCTCTCTCCTCCGTATTTGCGGTTGTTCTCAAGATCCTTTGCTTCTTCA
CTCGGCAAGTGTTTACGTAATAAGTGTGCTATTTTTCTTTAGGGGTTGTCCTCCCCGACT
CCCTGTAGAACTTATACAAACGAAATTTTATATCTGTATGTATGTCGTATTGAATGAATT
GTTGTATTTGCAGAGTGTGTAAAAGTAACTGAAAGCATGTAAACATTGATGTGTGTTGCA
AAATGATGTTTCTATTCATTTTTATTATATAATAATTTTAAGTTTTGTTC


BQ
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AF RR1A593JQ C 1
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DS 

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CACTTCGTAAGTCTCTCTCCTCCGTATTTGCGGTTGTTCTCAAGATCCTTTGCTTCTTCA
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AAATGATGTTTCTATTCATTTTTATTATATAATAATTTTAAGTTTTGTTC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

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T


BQ
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10 

AF RR1GC48TF U 1
AF RR1FW87TF U 1
BS 1 721 RR1FW87TF

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TAT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1FW87TF 721 0 0
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TGAAGACCCTCGATTCAGTTCTGCCGTCGAATTCGATCTACGAATCGGCGTCGTATACAC
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GGGGAGTTCGCACGGGAGATTTTTTTAAAGCCCGGGTTCTCCCTCTCACCTTTGTGTCTT
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TATCTAAACTCCAACATACTCCACAGAGGCAAAAGTACTTTGAATTTGAGTCTTTATTCG
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

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GTAATTCATCTTCTTTTATC


BQ
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AF RR1C163TF C 1
AF RR1C163JQ U 21
BS 1 22 RR1C163TF
BS 23 680 RR1C163JQ

RD RR1C163TF 680 0 0
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TGACTATTTATCTCATATGACAGAAAAATAATCTAGCGTCATATGTAATAGATTTTAAGA
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TTTCTCTAAGTAAATTCCATCAGTTCTAGCAATCCATGAACGTTTTTCACCACCTCGCGT
TTGACTGGCTCCTCTGTATGCACGCCATATAGTTTGAGAACTTTTCACTTTATCCCCAAA
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ATTAACTTTGAGAGTAATACCTTGATTGAGTTGATTTTGAATTTCTAAAGTGTTCATATT
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GTAATTCATCTTCTTTTATC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1C163JQ 660 0 0
TG
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AGAAACTATTTTAACTTTCTCATACTATAAACATCACATAAACAATTTTTCACATAAACA
TCAAAATATATGTATATTATTATTATCCCAAATCAAAATGACTATTTATCTCATATGACA
GAAAAATAATCTAGCGTCATATGTAATAGATTTTAAGAAGACAAAACTCATTGTTTAGCA
ACGATCCAATGATGTTGGAGTCCCTTTGCTTTATTATTTTTCTCTAAGTAAATTCCATCA
GTTCTAGCAATCCATGAACGTTTTTCACCACCTCGCGTTTGACTGGCTCCTCTGTATGCA
CGCCATATAGTTTGAGAACTTTTCACTTTATCCCCAAATCGTAAGGTGCAACGCCATACA
ATTCTTCTTCCCGTTCCAAACTCTTGAACTGAAATATTATATTTCTCGTTGAATTTTAGC
TCGTGGAGACCCTCAACATGGTTTCTGTTGGATGAGCAATTAACTTTGAGAGTAATACCT
TGATTGAGTTGATTTTGAATTTCTAAAGTGTTCATATTACACCAAATACATCCTTCATTC
AAACCAGAACACATAGCAATAATTAGCATAAATATGAGGTAATTCATCTTCTTTTATC

QA 3 660 3 660
DS 



AS 1 2

CO CL6757Contig1 1407 2 4 U
GGACATCTTCTAATAATTCTCATTTAATCTTATCGTTAGTAAATACGATTAGAAAAATGG
ATTCAAGATTCAACGAAACCGTTCCTTCCCTGAGGTATATTGATGAAAAGAGTGATGATG
AATATGCATTTGTGAAATCTTTACGTATGACTGGTGGAGATGGAGCCAACAGTTACTCCG
TCAATTCTCGTGTTCAGAGAAGAGGAATATTAATGGCAATACCAGTCTTGGTTAAAAACA
CAGAAGAAATGATGATGGGTTTAAACTTTCCTAAATATATTAAAGTTGCTGAACTGGGTT
GTTCTTCCGGACAAAACACGTTTTTGGGTATCTCTGAAATCATCAACACCATCAATGTAT
TGTGCCAACAATCAAACCAAAACCCTCCAGAAATAGATTGTTGTCTGAATGATCTTCCAG
AGAACGATTTCAACACAACGTTTAGGTTCGTACCATTCTTCAACAAGGAGCTCATGATCA
CAAACCAAGCATCATACTTCGTCTATGGAGCACCAGGTTCTTTCTACTCTAGGCTCTTCT
CTCGCAACAGCCTCCACCTTATACACTCCTCGTACGCTCTCCACTGGCTCTCTAAGGTTC
CAGAAAAACTCGAGAATGATAATGTGTTCATAACAAATACAAGTTCTCAAAGTGCATACA
AAGCTTACTTGAATCAATTCCAGCGAGATTTCACAATGTTTCTAAGGTTACGTTCTAATG
GTTCTTACCTTCATCGGTAGAAACACTCTTAACAATGATCCATTGTATAGAGATTGTTGT
CACCTTTGGTCACTGCTATCAAAGTCTCTACATGACCTAGTCTTCGAGGGCCTAGTGAGT
AAATCAAAACTGGATGCATTCAACATGCCATTTTATGATCCGAACGAGCAAGAACTCAAA
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CTTGGTCACTGTAACGACGAAGAAGATCATAACTATGAAACAGATGGATATAATGAAGCC
AAATCTGTAAGAGCGGTTACTGAATCAATGCTCGTTGCTCATTTTGGAGAAGATATTAAT
ATCGATATCTTGTTTGACAAGTATGCTCGCCATGTGACACAACACTCGAGCTGCAGAAAC
AAAACGAGTGTCACTCTTGTCCTCGCGTTGACTAAAAAGTAAAACAGCTTTTGGTGCTTT
TATTTTATCTTTACTTATTATTTCCCGATTCCATTAATACATTCTAAGACTTGCCCTTTA
TGTGATGATCATGTGCTGCTTGTCCTGGAAAATAGATAGTGATTGTAATATGTTATACTT
ATATGTTATATGTGTGTGAGTGATTGTAAGAGCTCTTTCTCAATATCTGTAAGATGTGTA
ATAATCATCAAACATAAAAATGCATGT


BQ
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AF RR1CA95TF U 1
AF RR1CA95JQ C 679
BS 1 706 RR1CA95TF
BS 707 707 RR1CA95JQ
BS 708 749 RR1CA95TF
BS 750 1407 RR1CA95JQ

RD RR1CA95TF 749 0 0
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ATTCAAGATTCAACGAAACCGTTCCTTCCCTGAGGTATATTGATGAAAAGAGTGATGATG
AATATGCATTTGTGAAATCTTTACGTATGACTGGTGGAGATGGAGCCAACAGTTACTCCG
TCAATTCTCGTGTTCAGAGAAGAGGAATATTAATGGCAATACCAGTCTTGGTTAAAAACA
CAGAAGAAATGATGATGGGTTTAAACTTTCCTAAATATATTAAAGTTGCTGAACTGGGTT
GTTCTTCCGGACAAAACACGTTTTTGGGTATCTCTGAAATCATCAACACCATCAATGTAT
TGTGCCAACAATCAAACCAAAACCCTCCAGAAATAGATTGTTGTCTGAATGATCTTCCAG
AGAACGATTTCAACACAACGTTTAGGTTCGTACCATTCTTCAACAAGGAGCTCATGATCA
CAAACCAAGCATCATACTTCGTCTATGGAGCACCAGGTTCTTTCTACTCTAGGCTCTTCT
CTCGCAACAGCCTCCACCTTATACACTCCTCGTACGCTCTCCACTGGCTCTCTAAGGTTC
CAGAAAAACTCGAGAATGATAATGTGTTCATAACAAATACAAGTTCTCAAAGTGCATACA
AAGCTTACTTGAATCAATTCCAGCGAGATTTCACAATGTTTCTAAG*TTACGTTCTAATG
GTTCTTACCTTCATCGGTAGAAACACTCT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1CA95JQ 729 0 0
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AGAAACACTCTTAACAATGATCCATTGTATAGAGATTGTTGTCACCTTTGGTCACTGCTA
TCAAAGTCTCTACATGACCTAGTCTTCGAGGGCCTAGTGAGTAAATCAAAACTGGATGCA
TTCAACATGCCATTTTATGATCCGAACGAGCAAGAACTCAAAGAAGTGATACGAAACGAA
GGTTCTTTTGAAATCAATGCCTTAGAGACACATGGATTCGATCTTGGTCACTGTAACGAC
GAAGAAGATCATAACTATGAAACAGATGGATATAATGAAGCCAAATCTGTAAGAGCGGTT
ACTGAATCAATGCTCGTTGCTCATTTTGGAGAAGATATTAATATCGATATCTTGTTTGAC
AAGTATGCTCGCCATGTGACACAACACTCGAGCTGCAGAAACAAAACGAGTGTCACTCTT
GTCCTCGCGTTGACTAAAAAGTAAAACAGCTTTTGGTGCTTTTATTTTATCTTTACTTAT
TATTTCCCGATTCCATTAATACATTCTAAGACTTGCCCTTTATGTGATGATCATGTGCTG
CTTGTCCTGGAAAATAGATAGTGATTGTAATATGTTATACTTATATGTTATATGTGTGTG
AGTGATTGTAAGAGCTCTTTCTCAATATCTGTAAGATGTGTAATAATCATCAAACATAAA
AATGCATGT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL6758Contig1 724 2 2 U
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TATGAATAGTTAGAATTTTTGAGTTGAACGGAGCGGATTGGTGATTAATCAGCGGTTCAG
AGAAAGAAATGTCGACAGTGGGAGAGCTTGCTTGCAGCTACGCTGTTATGATCCTCGAGG
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GCATTGAGTCATACTGGCCGATGCTATTCGCCAAGATGGCTGAGAAACGTAACGTCACTG
ACCTCATCATGAACGTTGGTGCTGGTGGTGGAGGCGGTGCTCCAGTTGCTGCTGCTGCTC
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AAGTAGCTGAAGAGAGTGATGGAGATTTGGGTTTTGGCTTGTTCGACTAAGCAGCCAGCA
ATCACTTACGTTTCTTCTTTTTGGTTTTATCTGTTTCGAGACCTTCATGTTTTGTCGCAT
TGAACTACTACTTGGATTGGTCCACTGCTCTAAACAAGTTTTAGTTATTTTATTTTCTTA
TGTTAAAATTGATTACAATATTTTAGGAATGGTTTCTTTTATGAGGCTTGTAAATTAGGA
AACTGGGCTATTACCAATAGTAGTGTAAATTTTCCGGTGCGGCCTATTTAATTTGTTATT
AAGT


BQ
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TGAACTACTACTTGGATTGGTCCACTGCTCTAAACAAGTTTTAGTTATTTTATTTTCTTA
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AAGT

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DS 



AS 0 0

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BQ
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ACAAAGGGTTTGGTTATTGGTTTTTTTTCTGAAGCATAGAAAATTACAGGACAACATTTG
TTTG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

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AAAATCGAAA


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AF RR1CT45JQ C 1
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GCAACCCTAATTGTGGCCATCGCTGGAGGGAATAGAACTCTGTTGTAAGGCTACATTGAC
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QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D152JQ C 1
AF RR1D152TF U 1
BS 1 679 RR1D152TF
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DS 

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GCTTCTGGAAAGAGTGATC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL6765Contig1 767 2 3 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DS38JQ U 21
AF RR1DS38TF C 1
BS 1 20 RR1DS38TF
BS 21 699 RR1DS38JQ
BS 700 767 RR1DS38TF

RD RR1DS38JQ 679 0 0
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AGGACCTATAAACACGACA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1DS38TF 767 0 0
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CCTTCTCTTGCAATGCTTTTCCATCTCTTTCACGGCGTTGCTCAGGCGTCAACCCGTCGT
CAGCATTCTTTCCCTTTCCTCCAGCACGAGCTGCAGCTCTTTCACGGTCACGCTCTCTCT
GACTTCCACGTGCTGTTTCGCATCAAAGCTTGAATCAAAGAAAACAAAAAAAAAAGAGTT
TTGGATTTATAATTATCAGAATCGTGTGAGATCTAACTAAGCAAGATTCGATAAGCAATT
CACAGGATCTAATCAAAAGGATAATCTTGACAAGGAATCCGTGTACAAAAAAAAACCCTA
AATTCATAGATCGAACACACAGGACCTATAAACACGACAATTAAAAAGCTAATCAAGGAA
GAGAATCAAAGGATATGAGTCATTGTTGTGAATTCGCGTAAGGACCC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL6766Contig1 799 2 10 U
CTATAACTCGATCACACGATGAGACTCATTATGGCTGCGACCAAAAAATTCATTCGAAAG
TTACAATGAATGTTACAAAACGCAACGCTATCGCTAATCTATTTACAACACAACTTTTTA
CTTAAAAGTCATGGCATGTTGAACGTGTTGCGAGAGAGATGGCGATGAAGAAGAGGAACG
GAGGAATAGGCAGACTACGGACATATCGTCCATAGCGATTCCTCGTCTCTTCTTCTTCCA
AGCCCGAACTGCTTGCTCCACTAATCGCTTAGCCGCCTTAGGCCGCTCAGTGGTGGAAGA
AATGATCTCTATAGCTTCCTGGTTTGTAATCACATCCCATATCCCATCACTAGCCAAGAT
GATGAAGTGGTCTTTAGCAGAGATGTGCCTTTGAGTGACTTCAGGGACCGAGACCAATCC
ATACTCTTTAATACAATAGTCTCCGAACGCTATTGACATAGCCAGTCCCGGTGCTTCTGC
GCCTGGTTGCCATACACGGTGGACTCCTGGCTCATCTTTCATACAGAATACACGTCCATT
GCATCCGATAATTCTCTCCTTCTCCTGAGGCAGATTCGGTTTGAAATCCAGGGTGAGCTG
AACAGCAACCAAGTTCCCTTCATCTGAAGTGGTGGCTAGCACTGCTCGTGAATCGCCTAC
ATTTGATACATAAATTACATCACCCTGTCTGACAATGGTTATAGCAGTTGTGCCACTGTT
GTAAGAATCAATCTTGCGGTGATGTTCAAGTTCTTGATCAACCGATGCACATGTCTTGAG
ATATGAATGTTTCCATATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG30JQ U 1
AF RR1AO02TF C 39
BS 1 95 RR1DG30JQ
BS 96 96 RR1AO02TF
BS 97 481 RR1DG30JQ
BS 482 482 RR1AO02TF
BS 483 726 RR1DG30JQ
BS 727 727 RR1AO02TF
BS 728 729 RR1DG30JQ
BS 730 730 RR1AO02TF
BS 731 753 RR1DG30JQ
BS 754 799 RR1AO02TF

RD RR1DG30JQ 753 0 0
CTATAACTCGATCACACGATGAGACTCATTATGGCTGCGACCAAAAAATTCATTCGAAAG
TTACAATGAATGTTACAAAACGCAACGCTATCGCTGATCTATTTACAACACAACTTTTTA
CTTAAAAGTCATGGCATGTTGAACGTGTTGCGAGAGAGATGGCGATGAAGAAGAGGAACG
GAGGAATAGGCAGACTACGGACATATCGTCCATAGCGATTCCTCGTCTCTTCTTCTTCCA
AGCCCGAACTGCTTGCTCCACTAATCGCTTAGCCGCCTTAGGCCGCTCAGTGGTGGAAGA
AATGATCTCTATAGCTTCCTGGTTTGTAATCACATCCCATATCCCATCACTAGCCAAGAT
GATGAAGTGGTCTTTAGCAGAGATGTGCCTTTGAGTGACTTCAGGGACCGAGACCAATCC
ATACTCTTTAATACAATAGTCTCCGAACGCTATTGACATAGCCAGTCCCGGTGCTTCTGC
GTCTGGTTGCCATACACGGTGGACTCCTGGCTCATCTTTCATACAGAATACACGTCCATT
GCATCCGATAATTCTCTCCTTCTCCTGAGGCAGATTCGGTTTGAAATCCAGGGTGAGCTG
AACAGCAACCAAGTTCCCTTCATCTGAAGTGGTGGCTAGCACTGCTCGTGAATCGCCTAC
ATTTGATACATAAATTACATCACCCTGTCTGACAATGGTTATAGCAGTTGTGCCACTGTT
GTAAGA*TCGATCTTGCGGTGATGTTCAAGTTC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1AO02TF 761 0 0
TGCGACCAAAAATCA
TCGAAAGTTACAATGAATGTTACAAAACGCAACGCTATCGCTAATCTATTTACAACACAA
CTTTTTACTTAAAAGTCATGGCATGTTGAACGTGTTGCGAGAGAGATGGCGATGAAGAAG
AGGAATGGAGGAATAGGCAGACTACGGACATATCGTCCATAGCGATTCCTCGTCTCTTCT
TCTTCCAAGCCCGAACTGCTTGCTCCACTAATCGCTTAGCCGCCTTAGGCCGCTCAGTGG
TGGAAGAAATGATCTCTATAGCTTCCTGGTTTGTAATCACATCCCATATCCCATCACTAG
CCAAGATGATGAAGTGGTCTTTAGCAGAGATGTGCCTTTGAGTGACTTCAGGGACCGAGA
CCAATCCATACTCTTTAATACAATAGTCTCCGAACGCTCTTGACATAGCCAGTCCCGGTG
CTTCTGCGCCTGGTTGCCATACACGGTGGACTCCTGGCTCATCTTTCATACAGAATACAC
GTCCATTGCATCCGATAATTCTCTCCTTCTCCTGAGGCAGATTCGGTTTGAAATCCAGGG
TGAGCTGAACAGCAACCAAGTTCCCTTCATCTGAAGTG*TGGCTAGCACTGCTCGTGAAT
CGCCTACATTTGATACATAAATTACATCACCCTGTCTGACAATGGTTATAGCAGTTGTGC
CACTGTTGTAAGAATCAATCTTGCGGTGATGTTCAAGTTCTTGATCAACCGATGCACATG
TCTTGAGATATGAATGTTTCCATATC

QA 16 761 16 761
DS 



AS 1 2

CO CL6767Contig1 878 2 14 U
GGAGTAAAAAGAATATTGCAATCTGGGCCTATCTTGATGATGCTGATGACAAGATAGTGT
CTTCGAGGGATTCCTTACTGCGTGGTGACAAGACGTGGGCCTCCAGAATCTACTTTCTTC
CCGCAGGGGATAAAGCCTCGAGGCGTATCAGAATGTTAAATGACATTTATCTATGGGTAA
GGGACTCTCAAAGGTTCACCAGTTCTTATGAAGCAAGTTTGTTCGTGTTCGGAGATGAGT
TCAAAGATGACGCCTACTACATCCACATGCTTCAAAAGTTGAATGACCTGCGTTACGATG
TTTTCTTAGTCACTCCCACTCCGGACATCAACAATCCAGAAACTCCAGAATGGCCGCGAT
TGCTACTAAATAAAGGAGCATCCTGGTTGACTGATGATACTGGCGACGAACCCACCCCCC
AAATGCATCATCATGAAGCCCAAGTTTTTGGTGATCAAACCAGCGAAAGCTCTCAAGATT
CAGAGCCCGAAGAGATGCAGACCGAGGACGAGGACATGTCCCATCGCCCACTAAGATTGC
TAATAGAGGAAGGCCCTGCTTGGGAAAACGATGCCGTCGAAGAAGATTCACCTGACGACC
TTCCCCTGTATCGCTGGGATCCTCTTACTCGCATGTACAAACTTAAAAGCCTATTCCCCA
AAAAGAAGCATCAACCCCAGGCGGCGCCAGATGAAGAAACACCACCTCAGAAACTTGCCA
CGCATGACCATTTTTAGCCAATTAAAGATTGTGCCTTTTTGTAATAACCAAGTTTTAGCG
TTTGCGTTTTTGATCTGCATTCCCTGATTCACTCAGGTTGTAGAAAGATAGTGATTCATG
AATCATGATGAATTGCATATAGAACAGAGGCTTGACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ90TF U 1
AF RR1DQ90JQ C 226
BS 1 759 RR1DQ90TF
BS 760 760 RR1DQ90JQ
BS 761 775 RR1DQ90TF
BS 776 776 RR1DQ90JQ
BS 777 790 RR1DQ90TF
BS 791 791 RR1DQ90JQ
BS 792 808 RR1DQ90TF
BS 809 809 RR1DQ90JQ
BS 810 816 RR1DQ90TF
BS 817 817 RR1DQ90JQ
BS 818 835 RR1DQ90TF
BS 836 836 RR1DQ90JQ
BS 837 846 RR1DQ90TF
BS 847 878 RR1DQ90JQ

RD RR1DQ90TF 846 0 0
GGAGTAAAAAGAATATTGCAATCTGGGCCTATCTTGATGATGCTGATGACAAGATAGTGT
CTTCGAGGGATTCCTTACTGCGTGGTGACAAGACGTGGGCCTCCAGAATCTACTTTCTTC
CCGCAGGGGATAAAGCCTCGAGGCGTATCAGAATGTTAAATGACATTTATCTATGGGTAA
GGGACTCTCAAAGGTTCACCAGTTCTTATGAAGCAAGTTTGTTCGTGTTCGGAGATGAGT
TCAAAGATGACGCCTACTACATCCACATGCTTCAAAAGTTGAATGACCTGCGTTACGATG
TTTTCTTAGTCACTCCCACTCCGGACATCAACAATCCAGAAACTCCAGAATGGCCGCGAT
TGCTACTAAATAAAGGAGCATCCTGGTTGACTGATGATACTGGCGACGAACCCACCCCCC
AAATGCATCATCATGAAGCCCAAGTTTTTGGTGATCAAACCAGCGAAAGCTCTCAAGATT
CAGAGCCCGAAGAGATGCAGACCGAGGACGAGGACATGTCCCATCGCCCACTAAGATTGC
TAATAGAGGAAGGCCCTGCTTGGGAAAACGATGCCGTCGAAGAAGATTCACCTGACGACC
TTCCCCTGTATCGCTGGGATCCTCTTACTCGCATGTACAAACTTAAAAGCCTATTCCCCA
AAAAGAAGCATCAACCCCAGGCGGCGCCAGATGAAGAAACACCACCTCAGAAACTTGCCA
CGCATGACCATTTTTAGCCAATTAAAGATTGTGCCTTTT*GTAATAACCAAGTTT*AGCG
TTTGCGTTTT*GATCTGCATTCCCTGAT*CACTCAG*TTGTAGAAAGATAGTGAT*CATG
AATCAT

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR1DQ90JQ 653 0 0
TGTTCGGAGATGAGTTCAAAGATGACGCCTACTACATCCACATGCTTCAAAAGTTGAATG
ACCTGCGTTACGATGTTTTCTTAGTCACTCCCACTCCGGACATCAACAATCCAGAAACTC
CAGAATGGCCGCGATTGCTACTAAATAAAGGAGCATCCTGGTTGACTGATGATACTGGCG
ACGAACCCACCCCCCAAATGCATCATCATGAAGCCCAAGTTTTTGGTGATCAAACCAGCG
AAAGCTCTCAAGATTCAGAGCCCGAAGAGATGCAGACCGAGGACGAGGACATGTCCCATC
GCCCACTAAGATTGCTAATAGAGGAAGGCCCTGCTTGGGAAAACGATGCCGTCGAAGAAG
ATTCACCTGACGACCTTCCCCTGTATCGCTGGGATCCTCTTACTCGCATGTACAAACTTA
AAAGCCTATTCCCCAAAAAGAAGCATCAACCCCAGGCGGCGCCAGATGAAGAAACACCAC
CTCAGAAACTTGCCACGCATGACCATTTTTAGCCAATTAAAGATTGTGCCTTTTTGTAAT
AACCAAGTTTTAGCGTTTGCGTTTTTGATCTGCATTCCCTGATTCACTCAGGTTGTAGAA
AGATAGTGATTCATGAATCATGATGAATTGCATATAGAACAGAGGCTTGACCT

QA 1 653 1 653
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6769Contig1 706 2 1 U
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TGGTTCGCCGTCGAACGATCTGTTTCACCGGACTTCTCGCATCCATTTCTTCCAGAGAGT
AAGGATGAGTGGTTTTAGAGCATTCAAAGCGCAAGTGCCCATTGAATGGAGCCAGAGCTT
GTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTACCTGGAACCAGGAAGCTTCACAGGCGTACACTCGA
GGCTATGGGACTCCGGAGATGCCACCGCACTGTTTTGCACTCCAACACTTCTTCCATTAG
AGGAATGATTCAACAGGTTAAAAGGATGGTTGTTGTTGAAACGGAGGAGATGTACAAAGC
TCGCAAGGAAGCTGAAGCTAACCATAAAGCTCTGCGTCCGCCACTTGTTGTCAGTCATTC
AAGCCCTGCAACAGGCTCGTCCAGCATGTCTTGAGTTTTATTCAAGAAGATGGGTAAAGC
CTCTTCGAATCATCACTTTTGCTTAAGATCCACTTGTAATCTCTCCTTTTACTTTAAGAA
TCCGACAAGGTGTGAGGGAAGTCATAAGTAGTAGTCTAGACACAATAACAAGTGTTGGTA
TTGGTGAATTTGGTGCCTCTTAATGTTTCTGGTGTGTACACTGGATCCTCCTTATGTATG
TTTGCTCTCATTTTATCAAATCTCAAACCCATAAGTTTTGTTACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BV08TF U 1
AF RR1BV08JQ C 32
BS 1 706 RR1BV08TF

RD RR1BV08TF 706 0 0
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TGGTTCGCCGTCGAACGATCTGTTTCACCGGACTTCTCGCATCCATTTCTTCCAGAGAGT
AAGGATGAGTGGTTTTAGAGCATTCAAAGCGCAAGTGCCCATTGAATGGAGCCAGAGCTT
GTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTACCTGGAACCAGGAAGCTTCACAGGCGTACACTCGA
GGCTATGGGACTCCGGAGATGCCACCGCACTGTTTTGCACTCCAACACTTCTTCCATTAG
AGGAATGATTCAACAGGTTAAAAGGATGGTTGTTGTTGAAACGGAGGAGATGTACAAAGC
TCGCAAGGAAGCTGAAGCTAACCATAAAGCTCTGCGTCCGCCACTTGTTGTCAGTCATTC
AAGCCCTGCAACAGGCTCGTCCAGCATGTCTTGAGTTTTATTCAAGAAGATGGGTAAAGC
CTCTTCGAATCATCACTTTTGCTTAAGATCCACTTGTAATCTCTCCTTTTACTTTAAGAA
TCCGACAAGGTGTGAGGGAAGTCATAAGTAGTAGTCTAGACACAATAACAAGTGTTGGTA
TTGGTGAATTTGGTGCCTCTTAATGTTTCTGGTGTGTACACTGGATCCTCCTTATGTATG
TTTGCTCTCATTTTATCAAATCTCAAACCCATAAGTTTTGTTACTT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1BV08JQ 675 0 0
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CAAGTGCCCATTGAATGGAGCCAGAGCTTGTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTACCTGGA
ACCAGGAAGCTTCACAGGCGTACACTCGAGGCTATGGGACTCCGGAGATGCCACCGCACT
GTTTTGCACTCCAACACTTCTTCCATTAGAGGAATGATTCAACAGGTTAAAAGGATGGTT
GTTGTTGAAACGGAGGAGATGTACAAAGCTCGCAAGGAAGCTGAAGCTAACCATAAAGCT
CTGCGTCCGCCACTTGTTGTCAGTCATTCAAGCCCTGCAACAGGCTCGTCCAGCATGTCT
TGAGTTTTATTCAAGAAGATGGGTAAAGCCTCTTCGAATCATCACTTTTGCTTAAGATCC
ACTTGTAATCTCTCCTTTTACTTTAAGAATCCGACAAGGTGTGAGGGAAGTCATAAGTAG
TAGTCTAGACACAATAACAAGTGTTGGTATTGGTGAATTTGGTGCCTCTTAATGTTTCTG
GTGTGTACACTGGATCCTCCTTATGTATGTTTGCTCTCATTTTATCAAATCTCAAACCCA
TAAGTTTTGTTACTT

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL6770Contig1 708 2 1 U
GACTGTTCTCTAATCTAAATTTCAGCTTTCATTAAAAACCTACACACTTTACCTTATTAA
CAAAGCCCCTTGAGTTTCTGAAAATGTCGGAAGAATTCGACGAATCTGAGATCATTTTCC
CCGACAACTGCTTCCCAACTCACCGGCGTGATGAAGAGAACGAGAAAGAGAATCTTCCAG
TTGACAACCGAGAAAACTCGAGAAGGAGACGGAGCAAAACGACGCCGTTGCCTTCACCGG
CGGCATTCTCGACGTCTCTTCCGGTTAATATTCCGGGAGATATGATGCGGAGGTACTCGG
AGGATGATGAAGAATCTGATGGAGGAAGGAAAATGATTCCGCCGCATCTGATCGTGGGAC
AGAGGACGGAAGGTTATCAAATGGCGTTTTCCGTTTGTACAGGTAACGGGAGGACACTCA
AAGGACGAGATCTGAGCCGGGTTCGTAATTCGGTTCTCAGGTTAACCGGTTTTTTGGAGG
TTTAGTTTCAGACCGGTTCCCTATTTATCAAAATTTTCTGTCTTCCAATTTTTTTTCTCT
TTAGCGGAAGAAATCAGCGGTCTTATTGTTTTTTTTCATTTAGTTTAATTTGATCTTCAA
AAGGAAAATGTTAAAAAAACATTTATTCCCTTGTTTATTTATTTAGATTCTTAATTTTGA
TTGTTCTCAAATGTAATAGAGAAAAGCAGAAGAAAATAATTTCAGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B085TF U 1
AF RR1B085JQ C 18
BS 1 708 RR1B085TF

RD RR1B085TF 708 0 0
GACTGTTCTCTAATCTAAATTTCAGCTTTCATTAAAAACCTACACACTTTACCTTATTAA
CAAAGCCCCTTGAGTTTCTGAAAATGTCGGAAGAATTCGACGAATCTGAGATCATTTTCC
CCGACAACTGCTTCCCAACTCACCGGCGTGATGAAGAGAACGAGAAAGAGAATCTTCCAG
TTGACAACCGAGAAAACTCGAGAAGGAGACGGAGCAAAACGACGCCGTTGCCTTCACCGG
CGGCATTCTCGACGTCTCTTCCGGTTAATATTCCGGGAGATATGATGCGGAGGTACTCGG
AGGATGATGAAGAATCTGATGGAGGAAGGAAAATGATTCCGCCGCATCTGATCGTGGGAC
AGAGGACGGAAGGTTATCAAATGGCGTTTTCCGTTTGTACAGGTAACGGGAGGACACTCA
AAGGACGAGATCTGAGCCGGGTTCGTAATTCGGTTCTCAGGTTAACCGGTTTTTTGGAGG
TTTAGTTTCAGACCGGTTCCCTATTTATCAAAATTTTCTGTCTTCCAATTTTTTTTCTCT
TTAGCGGAAGAAATCAGCGGTCTTATTGTTTTTTTTCATTTAGTTTAATTTGATCTTCAA
AAGGAAAATGTTAAAAAAACATTTATTCCCTTGTTTATTTATTTAGATTCTTAATTTTGA
TTGTTCTCAAATGTAATAGAGAAAAGCAGAAGAAAATAATTTCAGATT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1B085JQ 691 0 0
AATTTCAGCTTTCATTAAAAACCTACACACTTTACCTTATTAACAAAGCCCCTTGAGTTT
CTGAAAATGTCGGAAGAATTCGACGAATCTGAGATCATTTTCCCCGACAACTGCTTCCCA
ACTCACCGGCGTGATGAAGAGAACGAGAAAGAGAATCTTCCAGTTGACAACCGAGAAAAC
TCGAGAAGGAGACGGAGCAAAACGACGCCGTTGCCTTCACCGGCGGCATTCTCGACGTTT
TTTCCGGTTAATATTCCGGGAGATATGATGCGGAGGTACTCGGAGGATGATGAAGAATTT
GATGGAGGAAGGAAAATGATTCCGCCGCATCTGATCGTGGGACAGAGGACGGAAGGTTAT
CAAATGGCGTTTTCCGTTTGTACAGGTAACGGGAGGACACTCAAAGGACGAGATTTGAGC
CGGGTTCGTAATTCGGTTCTCAGGTTAACCGGTTTTTTGGAGGTTTAGTTTCAGACCGGT
TCCCTATTTATCAAAATTTTCTGTCTTCCAATTTTTTTTCTCTTTAGCGGAAGAAATCAG
CGGTCTTATTGTTTTTTTTCATTTAGTTTAATTTGATCTTCAAAAGGAAAATGTTAAAAA
AACATTTATTCCCTTGTTTATTTATTTAGATTCTTAATTTTGATTGTTCTCAAATGTAAT
AGAGAAAAGCAGAAGAAAATAATTTCAGATT

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL6771Contig1 680 2 2 U
GGGGGTACGAATCATAAAAAGCCCTAAAAGATACTATGTTAAAAAACATGTTTCATGCTT
ATATATGTCTAATATCTTTTCATCTTCTTTCTAATCTTCAGATGAGAAGAACCATCCACT
TTTGATTCATTGCAACCGAGGAAAGCATAGGACAGGGTGTCTTGTTGGGTGCATGAGGAA
AATCCAGAAATGGTGCTTGACATCGATCGTGGATGAGTACAAGCGATTTGCAGCGGCTAA
AGCTAGAGTATCAGATCAAAGGTTCATGGAGTTATTCGATGTTTCGAGTTTCAAGAACAA
TCCAATGTCCTTCTCTTGCTCCAGTAGCTAGGTAGATGAAGCAGCAGCAAACATCAACAT
TGTCCTTTGGATTTGATTGATTGATCAATCGGTCAGTCCCTTGAGCCTTTTTCGTATATC
TTCTTAGTTGAATAACAAAAGGAGTAGAGCAATCATGAGCTACCAGAGGAATATCACCAT
CATTCTTCTTGTTTTTGTTTCTCTTCTCCTTATTCAGTCAATAATAATACAGCTATAGTA
ATTGGAAGAAGAAAGAAATAATAGATTCATTTTCTTTTGATTCTTTTGTACGCTAATAAT
GTAATGTATCCATGTACTCAACTCACCAGTCTAAGCATTCAGCTAGATAAATATAACCTT
AGACAAAAAAAAGTTTACCG


BQ
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DS 

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CATTCTTCTTGTTTTTGTTTCTCTTCTCCTTATTCAGTCAATAATAATACAGCTATAGTA
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GTAATGTATCCATGTACTCAACTCACCAGTCTAAGCATTCAGCTAGATAAATATAACCTT
AGACAAAAAAA
GTTTACCG

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAAAACATTACCTGC


BQ
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AF RR1AJ55TF U 1
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BS 798 975 RR1AJ55JQ

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ATACCAGAGACGAGTCAAAGAAATTGGAATTAACCACAAGAGAGATGATAATTCTCAGCA
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AATTGAGAAGTTGAAGGAAGAGGAGAGGAATCTCATCAATGAAAATAAAGAACTGAAGGA
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AAAACATTACCTGC

QA 1 854 1 854
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TGACATCTTCTGGGTCTTTGTTTCAAAATGGTGGTTCCGTGAAAGTGTGATGATTGTGGT
AGCACGTGGAGACAAGAGTGGAGAGGACGGGATCCCAATGCTACTAAAGATCCCACGTAT
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TCTTGTCACTTTTGCACTCAGATACGACTGGCTGGCAAACAAGAGGCTCAAGTCAGGATA
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TTTGATAGTGTTAGGTCACAAGAGAGGTGAGCTGGAGACCCTATGGACAACAGGGGAACC
AGAGAGGCCATGTCCTCACGTTCGACTTCAACCTCAATCTTAGAAAAGAAGAAAGAAAAA
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AGGTCTTTATATATGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GV73TF U 1
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DS 

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QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

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AAGAGTATGCTTGCCCCTTCTGCTCAGACTACTTTGATATCGTCTCTCTCTGCTGCCACA
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CGAGAAAAAGAAAATCAAGAAGAGGCGGGGTTCAATCCATGCTATCAATCTTGAAGAGAG
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AAAAAAATAACTTTGTCTACAAGTATTATTAGATCATTCAACTGTTGGAACAAATTTAAT
GGAGTTGTTGTTTGTTTTCAACAAGTGATATGGTGGGATA


BQ
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AF RR1B086TF U 1
AF RR1B086JQ C 32
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BS 708 760 RR1B086JQ

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DS 

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TGAAGGATCTTCACGTGTTGTTGTACCTTCTTCTTCCTCCAGTATGGCTGCTGACCCTTT
GTTGTCTTCCTTCATTTCTCCGATGGCGGATGGACTTTTCATTTCAGAGACGAGTTCTGC
CAAAAAGACATCAAACCAGAGTTTGCCTGAACGGAGTGTTGAGAAGAAGTCGCTTTCAGC
AGAGGATCGCAGAGAAAAGTTGAAACAGAGCGAGTTCGTTCAAGGGGTTTTCTGCTCAAT
GATTCTTGATGATGATTTATAAAGGAGAGAAAAAAATAACTTTGTCTACAAGTATTATTA
GATCATTCAACTGTTGGAACAAATTTAATGGAGTTGTTGTTTGTTTTCAACAAGTGATAT
GGTGGGATA

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL6777Contig1 675 2 1 U
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ACTTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCTTACGATGTCGTCAACGATCTCAAAGGAGGCTAT
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TCCAGACACACATTC


BQ
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AF RR1BE05JQ C 1
AF RR1BE05TF U 1
BS 1 675 RR1BE05TF

RD RR1BE05JQ 675 0 0
GGGGCGATTTTAGGTTTATCACTTTGTCGCGTCCACTCGAGAAAAAAAATGCCGGCGGGT
CATGGAGTTCGTGCTAGAACAAGAGATCTGTTCGCGAGGGGGTTCAGGAAGAAGGGTACA
ATTCCATTGTCGACCTACCTCAGGACCTTCAAAGTCGGCGACTACGTCGATGTTAAAGTG
AACGGTGCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACCGGTCGTGTC
TGGAACGTCACCAAACGTGCCGTCGGTGTCGAAGTCAACAAACAGATTGGCAACAGGATC
ATAAGGAAGAGGCTTCATGTGCGTGTGGAGCACGTGCAGCAGTCAAGGTGCGCAGAGGAG
TTCAAGCTGAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTCAAGGCTGCGGCCAAAGCCAAGGGTGAG
ACGATAAGCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGACCCAAACCAGGATTCATGGTTGAGGGTATG
ACTTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCTTACGATGTCGTCAACGATCTCAAAGGAGGCTAT
TAGTTTTTCTACTTTCTTCCCCTCCCAGTGTTTTGCTCAGACTTTTTTGGCTGTTTCTTG
TTCATTATTTGAGTGTTCTTCATGCGTTTTAGCTACATTTACATTGTCTTTAAGATGCAA
TCCAGACACACATTC

QA 1 675 1 675
DS 

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CATGGAGTTCGTGCTAGAACAAGAGATCTGTTCGCGAGGGGGTTCAGGAAGAAGGGTACA
ATTCCATTGTCGACCTACCTCAGGACCTTCAAAGTCGGCGACTACGTCGATGTTAAAGTG
AACGGTGCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACCGGTCGTGTC
TGGAACGTCACCAAACGTGCCGTCGGTGTCGAAGTCAACAAACAGATTGGCAACAGGATC
ATAAGGAAGAGGCTTCATGTGCGTGTGGAGCACGTGCAGCAGTCAAGGTGCGCAGAGGAG
TTCAAGCTGAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTCAAGGCTGCGGCCAAAGCCAAGGGTGAG
ACGATAAGCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGACCCAAACCAGGATTCATGGTTGAGGGTATG
ACTTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCTTACGATGTCGTCAACGATCTCAAAGGAGGCTAT
TAGTTTTTCTACTTTCTTCCCCTCCCAGTGTTTTGCTCAGACTTTTTTGGCTGTTTCTTG
TTCATTATTTGAGTGTTCTTCATGCGTTTTAGCTACATTTACATTGTCTTTAAGATGCAA
TCCAGACACACATTC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL6778Contig1 683 2 2 U
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TAGAAGTAGTATCTGTCTCATCATAAAACAACAACAAAAACGGATGGAACACATTCCACG
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CACCAGGCCTACCGTGCTTGACCGGCTTGTATGAGATGGAGAACTCAGCCAGGTAGTGAC
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TGCTTCCGATCATCTCAGGGACAATGATCATGTTCCTCAGGTGGGTTCTCACTGGTTCTG
GTTTCTCACCTTGTGGTGCCTCCCTTTTCGCCTTGCGAAGCTTCTTAATCAGAGCCATTG
GCTTCCTGGTCAAACCTCTTGAGAACCTTCTACGAATACGAGAAGGGAAGAGCTTGACAA
GGTCATCAGTAGACATATCGAGAAGAGCATCGAGATCGACTCCTTTGAAGGCAAACTTCT
TGAACGTCCTCTTCTTCGGGACTCCTGCCGCAGCAACCTCTGGTTCCACATCCGCCATGC
TTAGATCTCGGTGAAAGTATAAACCCTACGCAGCTACAGACTTGACTTGAGAGACTGGTT
GTCTTTGCGTGAGGTTAACAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GA88TF C 1
AF RR1GA88JQ U 9
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BS 9 683 RR1GA88JQ

RD RR1GA88TF 683 0 0
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TGCTTCCGATCATCTCAGGGACAATGATCATGTTCCTCAGGTGGGTTCTCACTGGTTCTG
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GCTTCCTGGTCAAACCTCTTGAGAACCTTCTACGAATACGAGAAGGGAAGAGCTTGACAA
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QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1GA88JQ 675 0 0
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ATCATCTCAGGGACAATGATCATGTTCCTCAGGTGGGTTCTCACTGGTTCTGGTTTCTCA
CCTTGTGGTGCCTCCCTTTTCGCCTTGCGAAGCTTCTTAATCAGAGCCATTGGCTTCCTG
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GTAGACATATCGAGAAGAGCATCGAGATCGACTCCTTTGAAGGCAAACTTCTTGAACGTC
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CGGTGAAAGTATAAACCCTACGCAGCTACAGACTTGACTTGAGAGACTGGTTGTCTTTGC
GTGAGGTTAACAGCC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL6779Contig1 679 2 1 U
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GATCAAGATTAAGAAACCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E474JQ C 1
AF RR1E474TF U 1
BS 1 679 RR1E474TF

RD RR1E474JQ 679 0 0
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TCGGAGGATCGATTCTTTTTCGACGGGTACGGATACGATGTCGTTTCAGATGATGATGAC
GAGAGGGAGAGTAGTGTGGATCTTCTGGTCAGATTCTTAACGAGTATGTTCAAGAAGGTC
TCTAAGCGAGCTAAAAAGGCCTCCCGCCGTGTTTTGCCAGCCGCCATGTCTCCTCGACTC
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CTTGAGGTGATATGCAATCTTGGGGGAACAGTGTTTACGGTGATTCTGCTGATTCGTTTG
TTCTGGACAGGAGCTTCCTTCTTCCAGAATTACGGCAACTCCTTTGGACCAAACCCGTTC
TAACTTAAAAAAAAAACATATATAGAGAGTTTCAGATGTTGTTGTTATTCATCATGCCCC
CTATATGTGAAGGGAACATGTGAGTTAGTTGTGTAAATATTCGTTGGGGAGTCATCTAAT
GATCAAGATTAAGAAACCG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1E474TF 679 0 0
GGAACTCGCTAAATGGCTACAACCTTATCATCATCCTCGTCGCTGCAATTGATCAATGTC
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CGATTGAAATGGCCACTCGCTTCCTACCGTGGCTCTCAGTCGCGTAGGAGATACAACGAA
TCGGAGGATCGATTCTTCTTCGACGGGTACGGATACGATGTCGTTTCAGATGATGATGAC
GAGAGGGAGAGTAGTGTGGATCTTCTGGTCAGATTCTTAACGAGTATGTTCAAGAAGGTC
TCTAAGCGAGCTAAAAAGGCCTCCCGCCGTGTTTTGCCAGCCGCCATGTCTCCTCGACTC
GTGTCATTTGCAGCAGATGGGATATTGCTATTGGGTTCACTTTCCATCACCAGAGCTTTT
CTTGAGGTGATATGCAATCTTGGGGGAACAGTGTTTACGGTGATTCTGCTGATTCGTTTG
TTCTGGACAGGAGCTTCCTTCTTCCAGAATTACGGCAACTCCTTTGGACCAAACCCGTTC
TAACTTAAAAAAAAAACATATATAGAGAGTTTCAGATGTTGTTGTTATTCATCATGCCCC
CTATATGTGAAGGGAACATGTGAGTTAGTTGTGTAAATATTCGTTGGGGAGTCATCTAAT
GATCAAGATTAAGAAACCG

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL6780Contig1 773 2 2 U
GAGCCTTTACAGTGAGGGTTGACGATCCACTCTCGCTGCTATTGCCTTTTTGGGTTCTCA
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AGTCCTCCTTCTACACCATGGACAGAGTCAAGCACCGTCTGTATTTTCCTTAACGACCTG
TTCACTTTGTTGATCTTACGATACGGCCACCTCATGATCCCATGCTGTCTGCATATCCTC
TTCAGCGTAGTAGGACAAACTGCAGCCATTAGATCCAAAAGTCAAGAGTCTGGTAATGGA
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BQ
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BQ
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AF RR1BA59TF U 1
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QA 1 694 1 694
DS 



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T


BQ
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20 

AF RR1B283JQ C 1
AF RR1B283TF U 1
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T

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T

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

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TATCTGATTTAATGCCGACAGTTTTGGATTTCATCTCGTGTTTCGGATCTACTACATCTC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AC44TF U 1
AF RR1AC44JQ C 390
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RD RR1AC44TF 853 0 0
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DS 

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QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

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ATTTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1B360JQ U 24
AF RR1CI68JQ U 1
BS 1 34 RR1CI68JQ
BS 35 35 RR1B360JQ
BS 36 230 RR1CI68JQ
BS 231 231 RR1B360JQ
BS 232 434 RR1CI68JQ
BS 435 435 RR1B360JQ
BS 436 506 RR1CI68JQ
BS 507 507 RR1B360JQ
BS 508 565 RR1CI68JQ
BS 566 566 RR1B360JQ
BS 567 640 RR1CI68JQ
BS 641 641 RR1B360JQ
BS 642 725 RR1CI68JQ

RD RR1B360JQ 650 0 0
ACCAACTCCCACGAACATAAACATAAAACTTGTCAACTGCACTGGAGAAGCCAGGTCATA
TCATATAAAAGTAAATGAGAAAAAAAAAAGATGGGGTCTCTGAGTTTAGGAGGGAGGAGG
AATGGAATTGATATGTTTCTTC***CACTATTGTTCTTCAAACTCGTGCATGTGATCTAA
AAAATAGTTGGCTGCAAGTTCTTCGTTATTGTTGCACGCAAAGAACACTTCCAAGACCAT
CGCACGATCAAACCCCATCGCTTCGAGTCGTTCAATGGCTTCACGTTCTTCAGGTGTGAC
GGTAACAGCTTGTGGCATGGCTGCTTCCAACTGTTCCATGGCGTTCTCTTCTCCCTCGAC
AGGTTCATTTATCAAGCGTAGGAAGTCGCCCTGGTGCTCTTGAATTAAACGAACAAGCTG
CGGGTTTTGTTTACCGAGCTCCTGAAGCATAGGCTGTAAAATCTGTGGGTTCGCTTGTAC
CATACCTCGTAGGGCTTGGAACTGTTGACTGTTACGCAGGAAATCAAGATTACCAGCTCC
AGCACCAGCGTCTGCAGCGGGCATGCCCTGAGGGAACAGGTCTAATGGATTTGCGTTTGG
ACCACCAGTTGCAGGAAATTGAGCAGCTTCTTGTTGGGTCTGTGCTAGAG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1CI68JQ 725 0 0
TTTTTAAAATGTAGCATAAACATACCAACTCCCATGAACATAAACATAAAACTTGTCAAC
TGCACTGGAAAAGCCAGGTCATATCATATAAAAGTAAATGAAAAAAAAAAAAGATGGGGT
CTCTGAGTTTAGGAGGGAGGAGGAATGGAATTGATATGTTTCTTCTTCCACTATTGTTCT
TCAAACTCGTGCATGTGATCTAAAAAATAGTTAGCTGCAAGTTCTTCGTTCTTGTTGCAC
GCAAAGAACACCTCCAAGACCATCGCACGATCAAACCCCATCGCTTCGAGCCGTTCAATG
GCTTCACGCTCTTCAGGTGTGACGGTAACAGCTTGTGGCATGGCTGCTTCCAACTGTTCC
ATGGCGTTCTCTTCTCCCTCGACAGGTTCATTTATCAAGCGTAGGAAGTCGCCCTGGTGC
TCTTGAATTAAACGCACAAGCTGCGGGTTTTGTTTACCAAGCTCCTGAAGCATAGGCTGT
AAAATCTGAGGGTTCGCTTGTACCATTCCTCGTAGGGCTTGGAACTGTTGACTGTTACGC
AGGAAATCAAGATTACCAGCTCCAGTACCAGCGTCTGCAGCGGGCATGCCCTGAGGGAAC
AGGTCTAATGGATTTGCGTTTGGACCACCAGTTGCAGGAACTTGAGCAGCTTCTTGTTGG
GTCTGTGCTAGAGGATTTGCAGCCTGTCCACCCGTAGCTGGGGCTTGAGGGGCTGGCGGG
ATTTC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL6785Contig1 298 2 1 U
CATGAAGATTAAGCTCATAGTCGCTGGTATCATCATTGCCTTGATTCTCATCATCATTAT
CTCGGTTTGTCCTGGCTTCAAGTGTACTTGAAAAGAAGTTTGAGAGATTATAAGCCCCTT
ATTGTTATACTAACCTAACTCCTCCCGGTATTTTCCCTTCTAATTTGTCTTTGATCTTTT
TGTTTTCGCAGTATCTTTTATAGTTTTTCTTAAAAGTTTGTTAGGGAAACGCAATATGAT
AACTTAGTATTGACAAATGATCCTTTGGGTCGTGAATGTTTGGAAAGAGATTTAAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CZ76TF U 1
AF RR1CZ76JQ C 194
BS 1 298 RR1CZ76TF

RD RR1CZ76TF 298 0 0
CATGAAGATTAAGCTCATAGTCGCTGGTATCATCATTGCCTTGATTCTCATCATCATTAT
CTCGGTTTGTCCTGGCTTCAAGTGTACTTGAAAAGAAGTTTGAGAGATTATAAGCCCCTT
ATTGTTATACTAACCTAACTCCTCCCGGTATTTTCCCTTCTAATTTGTCTTTGATCTTTT
TGTTTTCGCAGTATCTTTTATAGTTTTTCTTAAAAGTTTGTTAGGGAAACGCAATATGAT
AACTTAGTATTGACAAATGATCCTTTGGGTCGTGAATGTTTGGAAAGAGATTTAAGCT

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR1CZ76JQ 105 0 0
TT
TTTTATAGTTTTTTTTAAAAGTTTGTTAGGGAAACGCAATATGATAACTTAGTATTGACA
AATGATCCTTTGGGTCGTGAATGTTTGGAAAGAGATTTAAGCT

QA 3 105 3 105
DS 



AS 1 2

CO CL6786Contig1 631 2 1 U
GATTCTCGGAAAATTTGGAGCTGTGTTTGCGTCAATCCCTGCACCTATAATCGCTGCTTT
GTACTGTCTATTCTTTGCCTACGTAGGAGCTGGAGGTCTGAGTTTTCTTCAGTTCTGCAA
CTTAAACAGCTTCAGGACCAAGTTCATCTTAGGCTTCTCTGTCTTCCTCGGCTTGTCCAT
CCCTCAGTACTTCAACGAGTACACTGCAATCAAAGGCTATGGTCCTGTCCACACAGGAGC
TCGTTGGTTCAACGATATGGTGAATGTCCCGTTCTCCTCGGAACCTTTTGTTGCTGGCGT
GGTGGCTTTCTTCTTGGACAACACGTTGCACAAGAAAGATTCGTCGATAAGGAAAGACAG
AGGGAAGCATTGGTGGGATAAGTTTAGATCTTTCAAAGGTGACACAAGAAGCGAAGAGTT
CTACTCTCTTCCTTTCAATCTCAACAAGTACTTCCCTTCTGTCTAGAAACGGAGGAAGGA
GAGAAATGAGCAAAGAGTTTACTCAGAGTTTCACCATTGTTGCCTCTGAGTTCTTTTGTT
CTGTTCCTTTCACAACTTTGGAAACTTCTAAAAAGTATCTTGCATTCTATAGTCTTATTT
ACAAAATTAATGATCATGAACCTTAAAGAGC


BQ
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AF RR1FP25JQ C 1
AF RR1FP25TF U 1
BS 1 631 RR1FP25TF

RD RR1FP25JQ 631 0 0
GATTCTCGGAAAATTTGGAGCTGTGTTTGCGTCAATCCCTGCACCTATAATCGCTGCTTT
GTACTGTCTATTCTTTGCCTACGTAGGAGCTGGAGGTCTGAGTTTTCTTCAGTTCTGCAA
CTTAAACAGCTTCAGGACCAAGTTCATCTTAGGCTTCTCTGTCTTCCTCGGCTTGTCCAT
CCCTCAGTACTTCAACGAGTACACTGCAATCAAAGGCTATGGTCCTGTCCACACAGGAGC
TCGTTGGTTCAACGATATGGTGAATGTCCCGTTCTCCTCGGAACCTTTTGTTGCTGGCGT
GGTGGCTTTCTTCTTGGACAACACGTTGCACAAGAAAGATTCGTCGATAAGGAAAGACAG
AGGGAAGCATTGGTGGGATAAGTTTAGATCTTTCAAAGGTGACACAAGAAGCGAAGAGTT
CTACTCTCTTCCTTTCAATCTCAACAAGTACTTCCCTTCTGTCTAGAAACGGAGGAAGGA
GAGAAATGAGCAAAGAGTTTACTCAGAGTTTCACCATTGTTGCCTCTGAGTTCTTTTGTT
CTGTTCCTTTCACAACTTTGGAAACTTCTAAAAAGTATCTTGCATTCTATAGTCTTATTT
ACAAAATTAATGATCATGAACCTTAAAGAGC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1FP25TF 631 0 0
GATTCTCGGAAAATTTGGAGCTGTGTTTGCGTCAATCCCTGCACCTATAATCGCTGCTTT
GTACTGTCTATTCTTTGCCTACGTAGGAGCTGGAGGTCTGAGTTTTCTTCAGTTCTGCAA
CTTAAACAGCTTCAGGACCAAGTTCATCTTAGGCTTCTCTGTCTTCCTCGGCTTGTCCAT
CCCTCAGTACTTCAACGAGTACACTGCAATCAAAGGCTATGGTCCTGTCCACACAGGAGC
TCGTTGGTTCAACGATATGGTGAATGTCCCGTTCTCCTCGGAACCTTTTGTTGCTGGCGT
GGTGGCTTTCTTCTTGGACAACACGTTGCACAAGAAAGATTCGTCGATAAGGAAAGACAG
AGGGAAGCATTGGTGGGATAAGTTTAGATCTTTCAAAGGTGACACAAGAAGCGAAGAGTT
CTACTCTCTTCCTTTCAATCTCAACAAGTACTTCCCTTCTGTCTAGAAACGGAGGAAGGA
GAGAAATGAGCAAAGAGTTTACTCAGAGTTTCACCATTGTTGCCTCTGAGTTCTTTTGTT
CTGTTCCTTTCACAACTTTGGAAACTTCTAAAAAGTATCTTGCATTCTATAGTCTTATTT
ACAAAATTAATGATCATGAACCTTAAAGAGC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL6787Contig1 1386 2 2 U
GATCCTGATAATGAAGATGGTACAGTTTCCAAGTGGCAGCTCAAGGGCAAAAGAAACATG
CGCAATCTTCCAAGAACGTCTGCGCGTAAGAGGGAAATGCACCGCAATCGTCTGGAAGAT
GGAAGATATTCTGAATATAAGAGAAGGGCATTTGCCTATGGATTAGATTCTAGTGGGACA
AATGACATGAGCGATGGAACTGATGACACTGATCCCAACGAGAGACAGTTCAGGGACAGA
ATGATTGGACCAGGTGATGATGAGTATCGGCCCTCAACTATGGTTGCATCCGGATTTAAG
AACATCTACAGCCATGACATGCTGGACTGGGATGATGATCCTTGGGAAGGCCAGATTGGT
AAAAAGAAGCGATGGGAGGAAAAATTTGAAGGTTCAGGTCAGGAGTTCCATGCTTCTCAT
CGACATTCTAGAAGAACTATGTATTCTCCATTGATGGATGTGGAATTAGAAGTACGAGGA
AGCTACCAGAAAGGGCCTGTCCCTATTGTCTCCCTGATGAGTAAGTTAAACAGCAGAGCG
ATAATTGGACATCCAGTGGAAGTGGAAGTCTTAGCAGATGGTTCCTCTGAGTCATATATA
CAGAGAACTGAGTACTTCGGTAATGAAACAACATACCATGACAAACCCTTTCTACTACCC
CAGGCTTGGAAGACTGCAAGAAGGAGTAGCTCACGCGTTCCACGGCTGCATCCATTATCA
CCATCACTCGAAGCCGATGCTGGTGATCATTCTCCGTCAGGTCAGGGAAGAAAACCGTTT
TTTAAGAAACTTGGTTCGGGAAACTTTAATAATGATGATAACTCGCTGAGGAGAAGCAAC
CTAATGCACATTCCACGACCACCTGGAGAGAGAAAACAGCAGCAAAAGAAGCTGCTGAAG
AACACAAACGCAACCCCTAGTCAGAAGACGAGGGCACTGTCATCATTTGGCAATGAACAA
GCACACAACGGGACAAAGGCGCTGGGGGATGGGACTCGCGAGCTATCTAACAGACGTGTA
TTACCTGGACCACCAACCGTGGCCTGCATACCAGTCAAACTAGTTTTTAGCAGATTACTG
GAGAAAATAAATAGACCGCTATCAAAGCCACAGTGAAAGCCTTTTATAAGAGGAGGAGAA
ATCAATAACAAGAGCTCTGTACTTTAAGCCTAAAGGAGATTTACAGGTACAAAACATATA
ACCATGTCTTGTGTCTGGTTTTCGTAGAATGGGAGTCACGTTTAGGACATCAAAATTTTG
GGGTGATGGGTCTTTTTGAGTAACCATCAGGCTTGTATTATGTACTCCGAGGGAAAGTTA
GTCTAGGGAGAACAATTTACGTAGAGACTCTGGTTACTTATTGGTACAGATAAGGTGAAG
AGTTAG


BQ
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AF RR1CW50TF U 1
AF RR1CW50JQ C 590
BS 1 654 RR1CW50TF
BS 655 1386 RR1CW50JQ

RD RR1CW50TF 654 0 0
GATCCTGATAATGAAGATGGTACAGTTTCCAAGTGGCAGCTCAAGGGCAAAAGAAACATG
CGCAATCTTCCAAGAACGTCTGCGCGTAAGAGGGAAATGCACCGCAATCGTCTGGAAGAT
GGAAGATATTCTGAATATAAGAGAAGGGCATTTGCCTATGGATTAGATTCTAGTGGGACA
AATGACATGAGCGATGGAACTGATGACACTGATCCCAACGAGAGACAGTTCAGGGACAGA
ATGATTGGACCAGGTGATGATGAGTATCGGCCCTCAACTATGGTTGCATCCGGATTTAAG
AACATCTACAGCCATGACATGCTGGACTGGGATGATGATCCTTGGGAAGGCCAGATTGGT
AAAAAGAAGCGATGGGAGGAAAAATTTGAAGGTTCAGGTCAGGAGTTCCATGCTTCTCAT
CGACATTCTAGAAGAACTATGTATTCTCCATTGATGGATGTGGAATTAGAAGTACGAGGA
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ATAATTGGACATCCAGTGGAAGTGGAAGTCTTAGCAGATGGTTCCTCTGAGTCATATATA
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QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1CW50JQ 797 0 0
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ACAGACGTGTATTACCTGGACCACCAACCGTGGCCTGCATACCAGTCAAACTAGTTTTTA
GCAGATTACTGGAGAAAATAAATAGACCGCTATCAAAGCCACAGTGAAAGCCTTTTATAA
GAGGAGGAGAAATCAATAACAAGAGCTCTGTACTTTAAGCCTAAAGGAGATTTACAGGTA
CAAAACATATAACCATGTCTTGTGTCTGGTTTTCGTAGAATGGGAGTCACGTTTAGGACA
TCAAAATTTTGGGGTGATGGGTCTTTTTGAGTAACCATCAGGCTTGTATTATGTACTCCG
AGGGAAAGTTAGTCTAGGGAGAACAATTTACGTAGAGACTCTGGTTACTTATTGGTACAG
ATAAGGTGAAGAGTTAG

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL6788Contig1 555 2 1 U
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AAAAGAGTCATGGATTCCTTGAAAGTCTTTTCAGGTATTTTAAATTTATTTTGTTGGTTT
TGTTTCTTTGTGTTGGGGGAAGGAAAAAAAGACAGAACATTCTTTTTATTTTGTGTTTGA
TGGCTTTGTGTGGTTATAACTTTTATGTCTGTAAAACCTACAAAGATTTGGCTTTGTGTT
ATGGATGTGTGTTCG


BQ
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AF RR1BH38JQ C 1
AF RR1BH38TF U 1
BS 1 555 RR1BH38TF

RD RR1BH38JQ 555 0 0
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CAAAGGTGAAGAAGTCTCTTGTTAAGGCAAAGAAAGCAATCATTGGGAAATCTCCAAGCT
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TGTTTCTTTGTGTTGGGGGAAGGAAAAAAAGACAGAACATTCTTTTTATTTTGTGTTTGA
TGGCTTTGTGTGGTTATAACTTTTATGTCTGTAAAACCTACAAAGATTTGGCTTTGTGTT
ATGGATGTGTGTTCG

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1BH38TF 555 0 0
GCAAAGCACCAGCTACAGAAGAAGTAAACATCAAGAAGGATGATGAAACACCTGCTGCAG
ATGTCAAGAGCGAAGAAGAGACTTTGAAAGAAACTGAAGGAAACAAACAAGAGGAATCAG
TCGCAGAGAAAGTACCAGAGGTTGTAGAGACAGCACCCGTTGTTAAAGAGATCGAAGAAC
CGGAAGTCACAGCCAAAGAAGTTGTTGTTGTTAAGCCAAAAAATACAAACAGCATCATGT
CAAAGGTGAAGAAGTCTCTTGTTAAGGCAAAGAAAGCAATCATTGGGAAATCTCCAAGCT
CTAAGACTATCACAACTGAAGAAGCCAAAGAAGAGATCATCAAAGCCAAGTGAGTAAAGA
AAAAGAGTCATGGATTCCTTGAAAGTCTTTTCAGGTATTTTAAATTTATTTTGTTGGTTT
TGTTTCTTTGTGTTGGGGGAAGGAAAAAAAGACAGAACATTCTTTTTATTTTGTGTTTGA
TGGCTTTGTGTGGTTATAACTTTTATGTCTGTAAAACCTACAAAGATTTGGCTTTGTGTT
ATGGATGTGTGTTCG

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

CO CL6789Contig1 747 2 4 U
GCATGATCGACGGGGAAGACATAAGAAAGTACAATCTCGAAGCCCTAAGGAAACACATAG
CCATTGTCCCTCAAGAGCCGTGCCTATTTGGAACAACCATTCACGAAAACACTGCGTACG
GACACGAATGTGCCACCGAGGCAGAGATAATACAAGCAGCTACGCTAGCCAGCGCGCACA
AGTTCATATCCGCATTGCCTGATGGTTACAAGACGTATGTCGGAGAGAGAGGTGTTCAGC
TCTCCGGAGGACAGAAACAGAGAATTGCTATCGCGCGTGCCTTGGTGAGGAAGGCAGTAA
TCATGCTGCTAGATGAGGCTACAAGCGCTCTTGATGCAGAGTCAGAGAGGTCGGTGCAAG
AAGCGTTGGACCAGGCTTGTTCTGGTAGAACATCGATCGTTGTGGCTCATAGGTTGTCTA
CGATCAGGAATGCTCATACGATAGCTGTGATTGATGATGGGAATGTTGCGGAGCAAGGGT
CGCATTCGCAGCTTCTCAAGAATTATCCTGATGGAATCTACGCGAGGATGATTCAGTTGC
AGAGGTTTACGCATGGTCAGGTTATTGGTATGACGTCAGGGTCGAGTTCTAGGGTTAAGG
AAGATGATGCTTAGTACTTTGGTCGTATAGAAGAAGAAAGAAACAGAGTAAAAAAAAAGA
CAGCAAACACCATAACATGTTATGAGCAAAACTCCACGTGCTCTTTTTTTTTTTTTTCTT
AATGTTGTAATTTTGAGGTTACTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GQ56TF U 1
AF RR1GQ56JQ C 22
BS 1 657 RR1GQ56TF
BS 658 658 RR1GQ56JQ
BS 659 707 RR1GQ56TF
BS 708 747 RR1GQ56JQ

RD RR1GQ56TF 711 0 0
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CCATTGTCCCTCAAGAGCCGTGCCTATTTGGAACAACCATTCACGAAAACACTGCGTACG
GACACGAATGTGCCACCGAGGCAGAGATAATACAAGCAGCTACGCTAGCCAGCGCGCACA
AGTTCATATCCGCATTGCCTGATGGTTACAAGACGTATGTCGGAGAGAGAGGTGTTCAGC
TCTCCGGAGGACAGAAACAGAGAATTGCTATCGCGCGTGCCTTGGTGAGGAAGGCAGTAA
TCATGCTGCTAGATGAGGCTACAAGCGCTCTTGATGCAGAGTCAGAGAGGTCGGTGCAAG
AAGCGTTGGACCAGGCTTGTTCTGGTAGAACATCGATCGTTGTGGCTCATAGGTTGTCTA
CGATCAGGAATGCTCATACGATAGCTGTGATTGATGATGGGAATGTTGCGGAGCAAGGGT
CGCATTCGCAGCTTCTCAAGAATTATCCTGATGGAATCTACGCGAGGATGATTCAGTTGC
AGAGGTTTACGCATGGTCAGGTTATTGGTATGACGTCAGGGTCGAGTTCTAGGGTTAAGG
AAGATGATGCTTAGTACTTTGGTCGTATAGAAGAAGAAAGAAACAGAGTAAAAAAAA*GA
CAGCAAACACCATAACATGTTATGAGCAAAACTCCACGTGCTCTTTT
CTTT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1GQ56JQ 726 0 0
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GCCTATTTGGAACAACCATTCACGAAAACACTGCGTACGGACACGAATGTGCCACCGAGG
CAGAGATAATACAAGCAGCTACGCTAGCCAGCGCGCACAAGTTCATATCCGCATTGCCTG
ATGGTTACAAGACGTATGTCGGAGAGAGAGGTGTTCAGCTTTCCGGAGGACAGAAACAGA
GAATTGCTATCGCGCGTGCCTTGGTGAGGAAGGCAGTAATCATGCTGCTAGATGAGGCTA
CAAGCGCTCTTGATGCAGAGTCAGAGAGGTCGGTGCAAGAAGCGTTGGACCAGGCTTGTT
CTGGTAGAACATCGATCGTTGTGGCTCATAGGTTGTTTACGATCAGGAATGCTCATACGA
TAGCTGTGATTGATGATGGGAATGTTGCGGAGCAAGGGTCGCATTCGCAGCTTCTCAAGA
ATTATCCTGATGGAATCTACGCGAGGATGATTCAGTTGCAGAGGTTTACGCATGGTCAGG
TTATTGGTATGACGTCAGGGTCGAGTTCTAGGGTTAAGGAAGATGATGCTTAGTACTTTG
GTCGTATAGAAGAAGAAAGAAACAGAGTAAAAAAAAAGACAGCAAACACCATAACATGTT
ATGAGCAAAACTCCACGTGCTCTTTTTTTTTTTTTTCTTAATGTTGTAATTTTGAGGTTA
CTTACT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL6790Contig1 820 2 16 U
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TTAGTACAAAAGGAACCAGAATCTGCGATGTTTGCAGACAAGAAGTCAGAAACTTACCAG
TGATTCTGCTTCGTGTCCCGACAATCAATCAGCTTACCACTAGACGGGAACTCACGCAGC
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GCACAGTCTGCTACTTCTTCTTCCTTGAACATTTACTGATTCGTGATTTGAAATCACAAG
CCATCTTTGTAGCAGCGCCATTTTCATTCACCTTAGCTCTCTTAGCCTCAACTTTCGCCG
TTGTCCTCGCTATCAGAGAATACATGTGGACATACGCAGCTCTTGAGTTTGCACTAGTGG
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TCGCGGGGATTCTTGGTTTCGGTATGGCAATGTGCTTAAACCAGCTGTACATTTGCTACT
CTTCTCGGCTCGTGCGAGTTCCACAGAACCGGAACTTAGTATAAAGAAAGTCTCTTCCCT
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CTGGATAGAAAGATTCATCTGAAACAGTATAAGATCTGTAGATGTATTTGGGTTCTCTGT
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AACTGAAAGAGCTATTGTGAATGAGATCAGATACGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C073TF U 1
AF RR1BT59JQ C 26
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BS 643 681 RR1C073TF
BS 682 682 RR1BT59JQ
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BS 735 749 RR1C073TF
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RD RR1C073TF 749 0 0
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AGAATCCTCACACACAAGCCATTAGTGTGGGGCAAGAGTTTGTAGTGCTTGTACTCATCA
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TTGTCCTCGCTATCAGAGAATACATGTGGACATACGCAGCTCTTGAGTTTGCACTAGTGG
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TCGCGGGGATTCTTGGTTTCGGTATGGCAATGTGCTTAAACCAGCTGTACGTTTGCTACT
CTTCTCGGCTCGTGCGAGTTCCACAGAACCGGAACTTAGTATAGAGAAAGTCTCTTCCCT
TTTTGTAGTTCTTTCTGTTCTCCCTTGAAAGCTTGTATAT**GAAAGTGTATATTGCTTG
CTGGATAGAAAGATTCATCTGCAACAGTATAAGATCTGTAGATGTATTTGGGTTCTCTGT
ACGTTTTGTATGAGGAGACGAGAGTTTTG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1BT59JQ 795 0 0
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CGATGTTTGCAGACAAGAAGTCAGAAACTTACCAGTGATTCTGCTTCGTGTCCCGACAAT
CAATCAGCTTACCACTAGACGGGAACTCACGCAGCAGAATCCTCACACACAAGCCATTAG
TGTGGGGCAAGAGTTTGTAGTGCTTGTACTCATCGGCACAGTCTGCTACTTCTTCTTCCT
TGAACATTTACTGATTCGTGATTTGAAATCACAAGCCATCTTTGTAGCAGCGCCATTTTC
ATTCACCTTAGCTCTCTTAGCCTCAACTTTCGCCGTTGTCCTCGCTATCAGAGAATACAT
GTGGACATACGCAGCTCTTGAGTTTGCACTAGTGGCCTTGCTTGTTCATCTGTTATATGT
TACATTTGGTGTGCCGGTTGTTTACTCGATGCTTTTCGCGGGGATTCTTGGTTTCGGTAT
GGCAATGTGCTTAAACCAGCTGTACATTTGCTACTCTTCTCGGCTCGTGCGAGTTCCACA
GAACCGGAACTTAGTATAAAGAAAGTCTCTTCCCTTTTTGTAGTTCCTTCTGTTCTCCCT
TGAAAGCATGTATATATGAAAGTGTATATTGCTTGCTGGATAGAAAGATTCATCTGAAAC
AGTA**AGATCTGTAGATGTATTTGGGTTCTCTGTACGTTTTGTATGAAGAGACGAGAGT
TTTGTGGGATTACAATGAACATTGTGTGATACATCAACTGAAAGAGCTATTGTGAATGAG
ATCAGATACGTCTCC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL6791Contig1 674 2 1 U
GGACACCAATTATCCAAAACTACATTGTTTCAAATTTCTCAAAAAAATATTTAGTCCGAA
GCTAATTATCACGAGAACTACAAATTAATTCAAAAAATGAAGTTAATTTCATTGATGTGC
ATCGCTGTTGTCATACTCTTAACATCATTCCCGGCTACGGCTGAAAACGCCCTTTTTTGC
TATGATAATATTGATAATTGCGCCCGGGGCATATTAAGGAACCCGGACAACGGGGTGAGC
CCCGAATGTTGTAAACCTTGGACCGGGAATCTATCGTACAAAACAAGATATTGTGCATGC
TTTGCAATGACATATCGTAATCAAGAGAAGTTGCTTCGCGTTCTTTTATCCAGGTGTAAA
TTACCTAGTGGTGTCGAACGATTCAAGTGCCACGATCAAACTAGCATCACAGCAAAGTTT
ATTGACATTAAGAACGGTTATTAACTAACCAGAACCTTCAAACCAAACTGGAGATAATAA
GATTAGCAATCAATTGGCCGGGTATTTCTTTATTTCTTTTTAATCATTTTTAATAATGTT
ACAGTTCAATAAGGAGAGAGAACTGTTACGACTCCATAATTTTGTTTCTATGTATTTTCT
TATATTTTTAGCAAAAACAAAAATGTATAATCTACTTTGGATTAACTACCATAAATAAGT
TTTTGTTCTTAATC


BQ
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CCCGAATGTTGTAAACCTTGGACCGGGAATCTATCGTACAAAACAAGATATTGTGCATGC
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ATTGACATTAAGAACGGTTATTAACTAACCAGAACCTTCAAACCAAACTGGAGATAATAA
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TTTTGTTCTTAATC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

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BQ
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AATGCCTAATATTCTGTCAAACAATC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FJ76JQ C 1
AF RR1FJ76TF U 1
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AAAGCCACCATGTGTCTTTAGGCCAGATGAGATTATTATACTGTTGGATGACGATGATGA
GTCTGATGAAGAAACATCGGACGCCGAAGATGATGCGGATAGTGTTTCAGAAACGCCTTT
TAAGGGACCGGATATATCAATGAACGTGAAGAAGACATGTGGTCCGGATATTATCGTGTT
AAATGATGATGACTCAGATGATGACTCAGATGATGACTCAGAAACTGATGATGGAAGGAA
AAGGGAAGTTGAAAGGATGAATGTGATACATGAACAGCAGGGAAAATTCATGAGTTTGAA
ACCGGGCTTTCTCAACATTTAGCTGTTTGATTAGCTTTTGTTGTAAAGTGTTTCATTGAA
TTGTCTGTATTAGTTTGTATTTCTCATTTGTATACAATGTATTTTTACTTGGTTAATGTG
CTTTTGTTATCCCG

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1FJ76TF 674 0 0
GATTGAAAGCACCATTGAGGAAACATGCATAGAAGCTGTTTTATCTTCTTCTGTGAGTTC
GAAGAAGTTTTTGCAGGTTGAAAATAGCACCCGGGGCGTCAGGACCAGAGGCTTGTGTGG
TTCAGGAAAGGTTAGTGTGGATGTTTCGAAGAAACAAAGCGGTGGTTGTGTAGCTTTTCC
TTCAAAGAGGAAGTTTGGAAGTGAGAACAAGGCAGATGAAGAGGTCAAAGTGTCCAAGTC
AAAGCCACCATGTGTCTCTAGGCCAGATGAGATTATTATACTGTTGGATGACGATGATGA
GTCTGATGAAGAAACATCGGACGCCGAAGATGATGCGGATAGTGTTTCAGAAACGCCTTT
TAAGGGACCGGATATATCAATGAACGTGAAGAAGACATGTGGTCCGGATATTATCGTGTT
AAATGATGATGACTCAGATGATGACTCAGATGATGACTCAGAAACTGATGATGGAAGGAA
AAGGGAAGTTGAAAGGATGAATGTGATACATGAACAGCAGGGAAAATTCATGAGTTTGAA
ACCGGGCTTTCTCAACATTTAGCTGTTTGATTAGCTTTTGTTGTAAAGTGTTTCATTGAA
TTGTCTGTATTAGTTTGTATTTCTCATTTGTATACAATGTATTTTTACTTGGTTAATGTG
CTTTTGTTATCCCG

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL6794Contig1 880 2 4 U
GAGATGAAAAGGATCTTCACATTCTTGATATTGGTGTTTCTCATGGTATGCAATGGCCCA
CTTTGCTTGAAGCTCTGTGCTGCAGACCAGAAGGACCTCCTCTTCAAGTTCGAATAACCG
TTGTTTCCGATCTAACCGCAGACATACCATTCTCTGCTGGTCCACCATCTTACAACTATG
CCTCTCAACTCATCGGCTTTGCTAGGTCCCTCAATATCAACCTCCAGATAAGTGTAATTG
ACACGTTCCAGATCATTGATACCTCACCTCATGAAACCTTCATCGTCTGCGCTCAGTTCA
GGCTGTATCAACTGAAGAATACCATCCCTGATGCGAGATGTGAGGCTTTGAAAGCGCTGA
GAAGTTTGAATCCAAAAGGAGTGATTCTTTGTGAACACTATGGAGAAGGCAGTAGTAGTG
GTAGTAATGTGGACTTCGCAGCAGACTTCTCAAAGAAACTGGACTATCTGTGGAAGTTTC
TAGATTCAACAAGCTATGGATTCAAAGAAGAGAACAGCGAAGAGAGGAAGCTAATGGAAG
GAGAGGCAACAAAGGTGTTGATGAGCTCACGAGATACTAGTGAAGGGAAAGAGATATGGT
ATGAGAGGATGAGAAAAACTGGTTTCTTAGCAGAAGCATTTGGAGAAGATGCAATAGATG
GAGCCAAATCTTTACTTAGAAAGTATGATAACAATTGGGAAATAAATATGGCAGATGGAG
ATACCTTTGCTGGTTTACTGTGGAAAGGAGAGGAAGTTTCCTTTTGTTCCTTGTGGAAGT
AGCTAAGAATCTTTGTAAGTTTGTCTTAATGTTTGTTGTAAGCTTCCAAACTATTGCCTT
GTGTAAACTGTTATCTGCAAAACTTATTTGGTTGTGATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW34TF U 1
AF RR1DW34JQ C 11
BS 1 540 RR1DW34TF
BS 541 541 RR1DW34JQ
BS 542 705 RR1DW34TF
BS 706 880 RR1DW34JQ

RD RR1DW34TF 705 0 0
GAGATGAAAAGGATCTTCACATTCTTGATATTGGTGTTTCTCATGGTATGCAATGGCCCA
CTTTGCTTGAAGCTCTGTGCTGCAGACCAGAAGGACCTCCTCTTCAAGTTCGAATAACCG
TTGTTTCCGATCTAACCGCAGACATACCATTCTCTGCTGGTCCACCATCTTACAACTATG
CCTCTCAACTCATCGGCTTTGCTAGGTCCCTCAATATCAACCTCCAGATAAGTGTAATTG
ACACGTTCCAGATCATTGATACCTCACCTCATGAAACCTTCATCGTCTGCGCTCAGTTCA
GGCTGTATCAACTGAAGAATACCATCCCTGATGCGAGATGTGAGGCTTTGAAAGCGCTGA
GAAGTTTGAATCCAAAAGGAGTGATTCTTTGTGAACACTATGGAGAAGGCAGTAGTAGTG
GTAGTAATGTGGACTTCGCAGCAGACTTCTCAAAGAAACTGGACTATCTGTGGAAGTTTC
TAGATTCAACAAGCTATGGATTCAAAGAAGAGAACAGCGAAGAGAGGAAGCTAATGGAAG
*AGAGGCAACAAAGGTGTTGATGAGCTCACGAGATACTAGTGAAGGGAAAGAGATATGGT
ATGAGAGGATGAGAAAAACTGGTTTCTTAGCAGAAGCATTTGGAGAAGATGCAATAGATG
GAGCCAAATCTTTACTTAGAAAGTATGATAACAATTGGGAAATAA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1DW34JQ 870 0 0
AGGATC
TCACATTCTTGATATTGGTGTT*CTCATGGTATGCAATGGCCCACTT*GCTTGAAGCTCT
GTGCTGCAGACCAGAAGGACCTCCTCTTCAAGTTCGAATAACCGTTGTTTCCGATCTAAC
CGCAGACATACCATTCTCTGCTGGTCCACCATCTTACAACTATGCCTCTCAACTCATCGG
CTTTGCTAGGTCCCTCAATATCAACCTCCAGATAAGTGTAATTGACACGTTCCAGATCAT
TGATACCTCACCTCATGAAACCTTCATCGTCTGCGCTCAGTTCAGGCTGTATCAACTGAA
GAATACCATCCCTGATGCGAGATGTGAGGCTTTGAAAGCGCTGAGAAGTTTGAATCCAAA
AGGAGTGATTCTTTGTGAACACTATGGAGAAGGCAGTAGTAGTGGTAGTAATGTGGACTT
CGCAGCAGACTTCTCAAAGAAACTGGACTATCTGTGGAAGTTTCTAGATTCAACAAGCTA
TGGATTCAAAGAAGAGAACAGCGAAGAGAGGAAGCTAATGGAAGGAGAGGCAACAAAGGT
GTTGATGAGCTCAGGAGATACTAGTGAAGGGAAAGAGATATGGTATGAGAGGATGAGAAA
AACTGGTTTCTTAGCAGAAGCATTTGGAGAAGATGCAATAGATGGAGCCAAATCTTTACT
TAGAAAGTATGATAACAATTGGGAAATAAATATGGCAGATGGAGATACCTTTGCTGGTTT
ACTGTGGAAAGGAGAGGAAGTTTCCTTTTGTTCCTTGTGGAAGTAGCTAAGAATCTTTGT
AAGTTTGTCTTAATGTTTGTTGTAAGCTTCCAAACTATTGCCTTGTGTAAACTGTTATCT
GCAAAACTTATTTGGTTGTGATGT

QA 7 870 7 870
DS 



AS 1 2

CO CL6795Contig1 597 2 1 U
GGGAGGTAAATCGATTTTGATCACGAAGTTTCAATAGTATATCCGTAAGAAAACAATAAA
TTAAATGAAGATAAAAGCGAAGTGTTTGACGCAAGAAGAGCATCTCTCCACGTGCAAGGG
CTTCAGGATTCAGGACGCTGATATCGCAGTTTCCAAGCTGTCTGGCGGTAAGGGTTGTTC
TTATACCACTGCCTTTCGAACATGGATGAATACAAACATGTTACAGCTGTCTGGCGGTAA
AGGTTGTTGTTATACCACTGCCATGTTACAGCTGTCTGGCGGTAAAGGTTGTTGTTATAC
CACTGCCTTTCGAACATGGATGAATACAAACATGCTACAGCTGTCTGGCGGTAAAGGTTG
TTGTTATACCACTGCCTTTCCTCATGTTCGACACGCCTAGTCTCATTTTATTAGTCAAAT
ATAATGCGACATCCATCCAACAATCATTCCTCATGTTCGACACGCCTGATCTCATGACAT
TGTTGTTGATACCAATAGGGGTGCGCATCTATCTTATTAAAGCTAGCCGAAGTACAATTT
CGGTGTGTTTAGATACTTGGATAAGAGTATTAAAAATTTTTGATGTGTTTGGTTACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AA61JQ C 1
AF RR1AA61TF U 1
BS 1 597 RR1AA61TF

RD RR1AA61JQ 597 0 0
GGGAGGTAAATCGATTTTGATCACGAAGTTTCAATAGTATATCCGTAAGAAAACAATAAA
TTAAATGAAGATAAAAGCGAAGTGTTTGACGCAAGAAGAGCATCTCTCCACGTGCAAGGG
CTTCAGGATTCAGGACGCTGATATCGCAGTTTCCAAGCTGTCTGGCGGTAAGGGTTGTTC
TTATACCACTGCCTTTCGAACATGGATGAATACAAACATGTTACAGCTGTCTGGCGGTAA
AGGTTGTTGTTATACCACTGCCATGTTACAGCTGTCTGGCGGTAAAGGTTGTTGTTATAC
CACTGCCTTTCGAACATGGATGAATACAAACATGCTACAGCTGTCTGGCGGTAAAGGTTG
TTGTTATACCACTGCCTTTCCTCATGTTCGACACGCCTAGTCTCATTTTATTAGTCAAAT
ATAATGCGACATCCATCCAACAATCATTCCTCATGTTCGACACGCCTGATCTCATGACAT
TGTTGTTGATACCAATAGGGGTGCGCATCTATCTTATTAAAGCTAGCCGAAGTACAATTT
CGGTGTGTTTAGATACTTGGATAAGAGTATTAAAAATTTTTGATGTGTTTGGTTACT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1AA61TF 597 0 0
GGGAGGTAAATCGATTTTGATCACGAAGTTTCAATAGTATATCCGTAAGAAAACAATAAA
TTAAATGAAGATAAAAGCGAAGTGTTTGACGCAAGAAGAGCATCTCTCCACGTGCAAGGG
CTTCAGGATTCAGGACGCTGATATCGCAGTTTCCAAGCTGTCTGGCGGTAAGGGTTGTTC
TTATACCACTGCCTTTCGAACATGGATGAATACAAACATGTTACAGCTGTCTGGCGGTAA
AGGTTGTTGTTATACCACTGCCATGTTACAGCTGTCTGGCGGTAAAGGTTGTTGTTATAC
CACTGCCTTTCGAACATGGATGAATACAAACATGCTACAGCTGTCTGGCGGTAAAGGTTG
TTGTTATACCACTGCCTTTCCTCATGTTCGACACGCCTAGTCTCATTTTATTAGTCAAAT
ATAATGCGACATCCATCCAACAATCATTCCTCATGTTCGACACGCCTGATCTCATGACAT
TGTTGTTGATACCAATAGGGGTGCGCATCTATCTTATTAAAGCTAGCCGAAGTACAATTT
CGGTGTGTTTAGATACTTGGATAAGAGTATTAAAAATTTTTGATGTGTTTGGTTACT

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

CO CL6796Contig1 943 2 8 U
GGGAAGCTTTGATTCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTAGAGATGTGTAGTTTGTCGGC
GAGTCTGTTGTTACCAACAAAGCTGAAACCAGCTTTTTCCGACAACCGGAGTAACAGTAA
CAGCAACAGCTCACTCTTTCTGGCCAATACAAGATCCAAGAGGAAAAGCCATTCGATTGT
TCCCATGGCAAGGTTGTTTGGACCGGCGCTTTTCGAATCATCCAAGTTGAAAGTATTGTT
TTTAGGAGTTGACGAGAAGAAGCATCCCTTAACGCTTCCAAGAACTTATACCCTCACTCA
CAGTGACATTACTGCTAAACTAACTTTAGCTATTTCTCACTCCATTAACAATTCTCAGTT
GCAAGGATGGGCAAATAAGCTATACCGAGATGAAGTGGTAGCAGAATGGAAGAAAGTGAA
AGGGAAAATGTCTCTCCACGTTCACTGTCACATAAGCGGTGGCCATTTCCTTCTAGATCT
ATTCGCAAAGTTTAGATACTACATCTTTTGCAAAGAGCTACCAGTGGTGTTGAAGGCTTT
TGTCCATGGTGATGTGAACTTGTTGAACCACCATCCTGAGCTACAAGAAGCTCTTGTTTT
TGTTTATTTCCATTCCAATGTCAATGAGTTCAACAGAGTCGAATGTTGGGGTCCGCTTTG
GGAAGCTACTTCTCCTGATGGTCGTCACAGGACTCAAACTCTTCCTGAGAGGCAGTGCGT
TGATGAATGCAGTTGTTGTGCTCCACCGGTTAGCTCCATTCCGTGGTCTCATAGTCTTAG
TAATAATGAGGGTGTTGATAGCTACTACTCTGGGACTCAGGTGGAGGGAATGTCTACTCC
TAATCCGGAGAAACTCTAGTGATTTTAACCGATACACAACTTTCTGTTAAAAAACCTTTT
TGGTGGATGGATCTAATATATAGGTTTTGGTTTGGTTTGGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FS76TF U 1
AF RR1FS76JQ C 125
BS 1 690 RR1FS76TF
BS 691 691 RR1FS76JQ
BS 692 711 RR1FS76TF
BS 712 712 RR1FS76JQ
BS 713 761 RR1FS76TF
BS 762 762 RR1FS76JQ
BS 763 812 RR1FS76TF
BS 813 943 RR1FS76JQ

RD RR1FS76TF 812 0 0
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TCCCATGGCAAGGTTGTTTGGACCGGCGCTTTTCGAATCATCCAAGTTGAAAGTATTGTT
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CAGTGACATTACTGCTAAACTAACTTTAGCTATTTCTCACTCCATTAACAATTCTCAGTT
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AGGGAAAATGTCTCTCCACGTTCACTGTCACATAAGCGGTGGCCATTTCCTTCTAGATCT
ATTCGCAAAGTTTAGATACTACATCTTTTGCAAAGAGCTACCAGTGGTGTTGAAGGCTTT
TGTCCATGGTGATGTGAACTTGTTGAACCACCATCCTGAGCTACAAGAAGCTCTTGTTTT
TGTTTATTTCCATTCCAATGTCAATGAGTTCAACAGAGTCGAATGTTGGGGTCCGCTTTG
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TGATGAATGCAGTTGTTGTGCTCCACCGGTTAGCTCCATTC*GTGGTCTCATAGTCTTAG
TAATAATGAGGGTGTTGATAGCTACTACTCTG

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1FS76JQ 819 0 0
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ATGGCAAGGTTGTTTGGACCGGCGCTTTTCGAATCATCCAAGTTGAAAGTATTGTTTTTA
GGAGTTGACGAGAAGAAGCATCCCTTAACGCTTCCAAGAACTTATACCCTCACTCACAGT
GACATTACTGCTAAACTAACTTTAGCTATTTCTCACTCCATTAACAATTCTCAGTTGCAA
GGATGGGCAAATAAGCTATACCGAGATGAAGTGGTAGCAGAATGGAAGAAAGTGAAAGGG
AAAATGTCTCTCCACGTTCACTGTCACATAAGCGGTGGCCATTTCCTTCTAGATCTATTC
GCAAAGTTTAGATACTACATCTTTTGCAAAGAGCTACCAGTGGTGTTGAAGGCTTTTGTC
CATGGTGATGTGAACTTGTTGAACCACCATCCTGAGCTACAAGAAGCTCTTGTTTTTGTT
TATTTCCATTCCAATGTCAATGAGTTCAACAGAGTCGAATGTTGGGGTCCGCTTTGGGAA
GCTACTTCTCCTGATGGTCGTCACAGGACTCAAACTCTTCCTGAGAGGCAGTGCGTTGAT
GAATGCAGTTGTTGTGCTCCACCGGTTAGCTCCATTCCGTGGTCTCATAGTCTTAGTAAT
AATGAGGGTGTTGATAGCTACTACTCTGGGACTCAGGTGGAGGGAATGTCTACTCCTAAT
CCGGAGAAACTCTAGTGATTTTAACCGATACACAACTTTCTGTTAAAAAACCTTTTTGGT
GGATGGATCTAATATATAGGTTTTGGTTTGGTTTGGTGC

QA 1 819 1 819
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATTTTACTTTTCTGTTACCTTCTTCTTCTATCACGAATCGAGATTCTACTAATCGGATCG
ATGGCGTCGGGTCGGGTCAACTCGGGATTCGATTTCGGATCCGATGATATCCTCCGCACG
TACGACGACTTCACCAACCAGGACTCCTCTAACGGTTCCAACTCCGATCCTGCGATCTCC
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AAAGACCTAGCGAGGCTTCAAGTTGTGCATAAAGATTCATCTTCCCCGTCTCACTCCCAA
CAAAGCGAGGAGACTTCTGTTCCTGATCCTAAGAAG


BQ
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AF RR1CU67TF U 1
AF RR1EX08TF U 14
BS 1 696 RR1CU67TF

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ATTTTACTTTTCTGTTACCTTCTTCTTCTATCACGAATCGAGATTCTACTAATCGGATCG
ATGGCGTCGGGTCGGGTCAACTCGGGATTCGATTTCGGATCCGATGATATCCTCCGCACG
TACGACGACTTCACCAACCAGGACTCCTCTAACGGTTCCAACTCCGATCCTGCGATCTCC
GCCACCAACTTCAATAAGGAGTTTAACAAGACTAGGATGGCGAGGTCTTCGGTTTTTCCT
ACGAGCTCATACAGTCCACCAGAGGACTCTTTGAGCCAAGATCTTACCGCCACTGTTGAA
AGAACCATGAAGAAGTATACAGACAACGTGATGCGTTTTCTCGAAGGCATCAGCTCGCGC
TTGTCCCAGCTTGAGCTCTACTGCTACAACCTTGATAAGACTATTGGTGAGATGAGGTCG
GATTTGACTCGTGATAACGAGGAGGCTGATGTTAAGCTTAGATCTATGGAGAAACATCTT
CAAGAGGTTCGTAGATCAGTACAGATTCTCAGAGACAAACAAGAGTTGGCAGATACTCAG
AAAGACCTAGCGAGGCTTCAAGTTGTGCATAAAGATTCATCTTCCCCGTCTCACTCCCAA
CAAAGCGAGGAGACTTCTGTTCCTGATCCTAAGAAG

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DS 

RD RR1EX08TF 675 0 0
G
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GGTCAACTCGGGATTCGATTTCGGATCCGATGATATCCTCCGCACGTACGACGACTTCAC
CAACCAGGACTCCTCTAACGGTTCCAACTCCGATCCTGCGATCTCCGCCACCAACTTCAA
TAAGGAGTTTAACAAGACTAGGATGGCGAGGTCTTCGGTTTTTCCTACGAGCTCATACAG
TCCACCAGAGGACTCTTTGAGCCAAGATCTTACCGCCACTGTTGAAAGAACCATGAAGAA
GTATACAGACAACGTGATGCGTTTTCTCGAAGGCATCAGCTCGCGCTTGTCCCAGCTTGA
GCTCTACTGCTACAACCTTGATAAGACTATTGGTGAGATGAGGTCGGATTTGACTCGTGA
TAACGAGGAGGCTGATGTTAAGCTTAGATCTATGGAGAAACATCTTCAAGAGGTTCGTAG
ATCAGTACAGATTCTCAGAGACAAACAAGAGTTGGCAGATACTCAGAAAGACCTAGCGAG
GCTTCAAGTTGTGCATAAAGATTCATCTTCCCCGTCTCACTCCCAACAAAGCGAGGAGAC
TTCTGTTCCTGATC

QA 2 675 2 675
DS 



AS 1 2

CO CL6799Contig1 232 2 1 U
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TTGAAGTTATAACTCTTGTTTTTGAGAGTTTGATAAAAAAAAATATTTTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D095JQ C 1
AF RR1D095TF U 1
BS 1 232 RR1D095TF

RD RR1D095JQ 232 0 0
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TTGCTGTTCAGTACAATTTATCTCCGTTCTTTTTTTGTGACAGATCTTATCTAGTTTTGG
TTGAAGTTATAACTCTTGTTTTTGAGAGTTTGATAAAAAAAAATATTTTTCC

QA 1 232 1 232
DS 

RD RR1D095TF 232 0 0
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AGACTAGAAGAGCTATGCTCGTACTTCTTGTTTCTGATTGTTTTGTTTTCTGCTCTTTCT
TTGCTGTTCAGTACAATTTATCTCCGTTCTTTTTTTGTGACAGATCTTATCTAGTTTTGG
TTGAAGTTATAACTCTTGTTTTTGAGAGTTTGATAAAAAAAAATATTTTTCC

QA 1 232 1 232
DS 



AS 1 2

CO CL6800Contig1 690 2 3 U
GGATATCATTCCAATCTTGAACAAAAGAGCATTTTGTTCCTTTTCTTCTTCATCTCCAAT
CATTTCTGGTCTTTTTCCTTTTCTCATTTCTTTCGTAAACCAAACCTTTTTGACATTATC
GTCCAAGTGTCTCGGATTCGAGCATGACAACAAGATTCAAAGGGATTTATCAGAAGAGCT
TCAAGTGTTTCTCCCACATTTCTGATGAGAAGGATGAGGAGATGGTTATAGGTTATCCTA
CAGATGTTCGACACGTGTCACATATCGGTTGGGATAGTTCATCGAGTAGTGCACCGAGTT
GGCTACGGGAATTCAAGATGAGCAACAACGTTTTAGAGTCAAATTCATCGTGGCCGTTTA
CGGATTTGAAATCAGCCATGGAAGCGTTTGGAGATGTTGAAAGCAGCAAAGAATTAGGGA
AAGAATCAGCGAAACAATACCTGAAGAAGAAGCTCTCTTCAAAAGCCTCTAAATTGTGTA
ATCCATGGTCACCAAGATTCTTAAGATCAAGCAACGCCATTGCTTGATTATTTTAACTTT
AAAGTTCATTGCCGTTGTTTAATGTTTATGTAATATAGAGAATATAGTATGATATTTATG
TTGATGTTTTCATTCGAGATATCTATCTTCGGAAGTGTGTACATATTTACATTGAAAGTG
TCTTTGCAATGATATTGGAATTGTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FO04TF U 1
AF RR1FO04JQ C 12
BS 1 668 RR1FO04TF
BS 669 669 RR1FO04JQ
BS 670 690 RR1FO04TF

RD RR1FO04TF 690 0 0
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CATTTCTGGTCTTTTTCCTTTTCTCATTTCTTTCGTAAACCAAACCTTTTTGACATTATC
GTCCAAGTGTCTCGGATTCGAGCATGACAACAAGATTCAAAGGGATTTATCAGAAGAGCT
TCAAGTGTTTCTCCCACATTTCTGATGAGAAGGATGAGGAGATGGTTATAGGTTATCCTA
CAGATGTTCGACACGTGTCACATATCGGTTGGGATAGTTCATCGAGTAGTGCACCGAGTT
GGCTACGGGAATTCAAGATGAGCAACAACGTTTTAGAGTCAAATTCATCGTGGCCGTTTA
CGGATTTGAAATCAGCCATGGAAGCGTTTGGAGATGTTGAAAGCAGCAAAGAATTAGGGA
AAGAATCAGCGAAACAATACCTGAAGAAGAAGCTCTCTTCAAAAGCCTCTAAATTGTGTA
ATCCATGGTCACCAAGATTCTTAAGATCAAGCAACGCCATTGCTTGATTATTTTAACTTT
AAAGTTCATTGCCGTTGTTTAATGTTTATGTAATATAGAGAATATAGTATGATATTTATG
TTGATGTTTTCATTCGAGATATCTATCTTCGGAAGTGTGTACATATTTACATTGAAAGTG
TCTTTGCA*TGATATTGGAATTGTTTTACC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1FO04JQ 679 0 0
CAATCTTGAACAAAAGAGCATTTTGTTCCTTTTCTTCTTCATCTCCAATCATTTCTGGTC
TTTTTCCTTTTCTCATTTCTTTCGTAAACCAAACCTTTTTGACATTATCGTCCAAGTGTC
TCGGATTCGAGCATGACAACAAGATTCAAAGGGATTTATCAGAAGAGCTTCAAGTGTTTC
TCCCACATTTCTGATGAGAAGGATGAGGAGATGGTTATAGGTTATCCTACAGATGTTCGA
CACGTGTCACATATCGGTTGGGATAGTTCATCGAGTAGTGCACCGAGTTGGCTACGGGAA
TTCAAGATGAGCAACAACGTTTTAGAGTCAAATTCATCGTGGCCGTTTACGGATTTGAAA
TCAGCCATGGAAGCGTTTGGAGATGTTGAAAGCAGCAAAGAATTAGGGAAAGAATCAGCG
AAACAATACCTGAAGAAGAAGCTCTCTTCAAAAGCCTCTAAATTGTGTAATCCATGGTCA
CCAAGATTCTTAAGATCAAGCAACGCCATTGCTTGATTATTTTAACTTTAAAGTTCATTG
CCGTTGTTTAATGTTTATGTAATATAGAGAATATAGTATGATATTTATGTTGATGTTTTC
ATTCGAGATATCTATCTTCGGAAGTGTGTACATATTTACATTGAAAGTGTCTTTGCAATG
ATATTGGAATTGTTTTACC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL6801Contig1 674 2 1 U
GGCTGATAAAGACACACCTGGATCGCTAGTAGGGTTAAAACCCGAAAGGAACCAGATTCT
ACCTCAAGAAGACACTTATCGCCAACCTAACGTAGGTTCTTCTCCTGCTATATCTTCTTC
TGGATTAACTTCTCACCATTGGGTAGATGAGTTAAACAATGAAGTTAAGCTTCTGAAAAT
CGGTGAAAACGGTGAGCTTCAAGAGAATCTAGCCGGTAAAAGAGGAGAGCATTGTCCTCT
TTCCCCGAGCTTGCTTCATGATTCTAACTTCGGACACAAGAAAGACAATCTAGGAGGATA
CGAATCAGGACCAGGAACAAGAAGAGTTGGGTGTAATATGTTATTTTGTTGGAACACACA
CAAGACTCAAAAGAGCAACAAGTCGAAACAGAGTAAGGGAACTCCTGTTCGTCCCCGGAG
AAGCCGGAAGAGAGGCTTCTCTCTGTTTAATGGATGTGCTAAGCCAAGGAAGGCAGAAGG
TAACTTTAGAAGATGAAGCTTTAGTTCCAAGAGTCATTGAAAACAAATTGTTCTCTCAAA
AATCTAATTTTCTCATCTGATATTCCACTTCCGCATAGTTTTCCTTGAATACTATTTGAT
AATTGATATGTCAAAGGATAGTTTTATTTTATTCACTGTAAAGTTCATATCTTATTGAGT
TTAATAGACTCTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AU16JQ C 1
AF RR1AU16TF U 1
BS 1 674 RR1AU16TF

RD RR1AU16JQ 674 0 0
GGCTGATAAAGACACACCTGGATCGCTAGTAGGGTTAAAACCCGAAAGGAACCAGATTCT
ACCTCAAGAAGACACTTATCGCCAACCTAACGTAGGTTCTTCTCCTGCTATATCTTCTTC
TGGATTAACTTCTCACCATTGGGTAGATGAGTTAAACAATGAAGTTAAGCTTCTGAAAAT
CGGTGAAAACGGTGAGCTTCAAGAGAATCTAGCCGGTAAAAGAGGAGAGCATTGTCCTCT
TTCCCCGAGCTTGCTTCATGATTCTAACTTCGGACACAAGAAAGACAATCTAGGAGGATA
CGAATCAGGACCAGGAACAAGAAGAGTTGGGTGTAATATGTTATTTTGTTGGAACACACA
CAAGACTCAAAAGAGCAACAAGTCGAAACAGAGTAAGGGAACTCCTGTTCGTCCCCGGAG
AAGCCGGAAGAGAGGCTTCTCTCTGTTTAATGGATGTGCTAAGCCAAGGAAGGCAGAAGG
TAACTTTAGAAGATGAAGCTTTAGTTCCAAGAGTCATTGAAAACAAATTGTTCTCTCAAA
AATCTAATTTTCTCATCTGATATTCCACTTCCGCATAGTTTTCCTTGAATACTATTTGAT
AATTGATATGTCAAAGGATAGTTTTATTTTATTCACTGTAAAGTTCATATCTTATTGAGT
TTAATAGACTCTCG

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1AU16TF 674 0 0
GGCTGATAAAGACACACCTGGATCGCTAGTAGGGTTAAAACCCGAAAGGAACCAGATTCT
ACCTCAAGAAGACACTTATCGCCAACCTAACGTAGGTTCTTCTCCTGCTATATCTTCTTC
TGGATTAACTTCTCACCATTGGGTAGATGAGTTAAACAATGAAGTTAAGCTTCTGAAAAT
CGGTGAAAACGGTGAGCTTCAAGAGAATCTAGCCGGTAAAAGAGGAGAGCATTGTCCTCT
TTCCCCGAGCTTGCTTCATGATTCTAACTTCGGACACAAGAAAGACAATCTAGGAGGATA
CGAATCAGGACCAGGAACAAGAAGAGTTGGGTGTAATATGTTATTTTGTTGGAACACACA
CAAGACTCAAAAGAGCAACAAGTCGAAACAGAGTAAGGGAACTCCTGTTCGTCCCCGGAG
AAGCCGGAAGAGAGGCTTCTCTCTGTTTAATGGATGTGCTAAGCCAAGGAAGGCAGAAGG
TAACTTTAGAAGATGAAGCTTTAGTTCCAAGAGTCATTGAAAACAAATTGTTCTCTCAAA
AATCTAATTTTCTCATCTGATATTCCACTTCCGCATAGTTTTCCTTGAATACTATTTGAT
AATTGATATGTCAAAGGATAGTTTTATTTTATTCACTGTAAAGTTCATATCTTATTGAGT
TTAATAGACTCTCG

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL6802Contig1 1450 2 2 U
GTCTCAGACACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTCATGATGCTGATGGCGTATCTTTCTT
ATATGCTTGCCGAGCTTTTCGACTTGAGTGGCATCCTCACTGTGTTCTTCTGTGGGATTG
TCATGTCCCATTACACCTGGCACAACGTCACCGAGAGCTCAAGAATCACTACCAAGCATA
CCTTTGCAACATTGTCGTTTCTCGCGGAGACGTTTATATTCTCGTATGTGGGAATGGATG
CACTGGACATTGACAAGTGGAGATCGGTAAGTGACAGCCCGGGAACATCGGTCGCAGTGA
GCTCAATCCTAATAGGTTTGGTCATGCTTGGAAGAGCAGCATTCGTTTTTCCATTGTCGT
TCCTGTCGAACTTAGTCAAGAAGAACGAAAGCGAGAAGATCAACTTCAAGATGCAGGTAT
GAATCATTCCTACTTTGGTTTCTTAACGAGTTTAATAACTCTTGACTGTTTATATCTATC
CTTGTTTTTTTTTCCCACACTTCTCCAGGTTGTGATTTGGTGGTCTGGTCTCATGAGAGG
TGCTGTGTCAATGGCTCTTGCATACAACAAGGTACAATAGATTTGTCTTTAGTCTACTCT
CTATGAAGCTCTCAATTAATAACACTTGCTTCCAATGTTGTTGGTGGTGGTTACGTGTCT
CTTATAGAGGATTATTGTTTAGGCGGAAGTTTATATCGATTTTTTAATGTCTAAGCCAAT
TTTAAATAGTAAGCTGACGTCTAGACCGATTTTTAGAACACTGTTCGCTTCTGTTGCAGT
TTACAAGGGCTGGACACGCGGATCTGCGTGGGAATGCAATCATGATCACCAGTACTATAA
CCGTCTGTCTTTTCAGCACAGTGGTGTTCGGTATGCTGACGAAACCGCTCATAAGATACC
TATTGCCACACCAGAAAGCCACAACGAGCATGCTATCTGATGACAACAACAACACCCCAA
AATCCATCACGATCCCTTTGCTGGTGGACCAAGACTCGTTCATTGAGTTTACAGGGAATA
ACCACAATGTGCCTAGGCCTGATAGTATACGTGGCTTCTTGACACGGCCCACTAGAACAG
TGCATTATTACTGGAGAAAGTTTGATGACTCCTTCATGAGACCTGTCTTTGGAGGCCGTG
GCTTTGTCCCTTTCGTCCCTGGCTCTCCAACTGAGAGAGACCCTCCTGATCTCAGTAGAG
CTTGAAAAAAGGAGAACAACAAAACAAGAAGAAGCTTTTTTGTAGAAAAAAGGTGATTGA
AGTTATGCATTTTTGTATGATTTTCTTTTTTTTTATAAAAAATTTGTATTATTGTTTGTG
AGGACAGAAAGTTGTCCCTACGTTTTTGAGAACGTAAAGCAAAAACTTTGGAAGGATTTT
GGATTGATGTATATTCATTGTCTGTTCTGTTGTAACTTTTGTAAGTTGGAACAATCTGTT
GTTTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H770TF U 1
AF RR1H770JQ C 624
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BS 679 1450 RR1H770JQ

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TCCTGTCGAACTTAGTCAAGAAGAACGAAAGCGAGAAGATCAACTTCAAGATGCAGGTAT
GAATCATTCCTACTTTGGTTTCTTAACGAGTTTAATAACTCTTGACTGTTTATATCTATC
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CTTATAGAGGATTATTGT

QA 1 678 1 678
DS 

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CTGCGTGGGAATGCAATCATGATCACCAGTACTATAACCGTCTGTCTTTTCAGCACAGTG
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ACGAGCATGCTATCTGATGACAACAACAACACCCCAAAATCCATCACGATCCCTTTGCTG
GTGGACCAAGACTCGTTCATTGAGTTTACAGGGAATAACCACAATGTGCCTAGGCCTGAT
AGTATACGTGGCTTCTTGACACGGCCCACTAGAACAGTGCATTATTACTGGAGAAAGTTT
GATGACTCCTTCATGAGACCTGTCTTTGGAGGCCGTGGCTTTGTCCCTTTCGTCCCTGGC
TCTCCAACTGAGAGAGACCCTCCTGATCTCAGTAGAGCTTGAAAAAAGGAGAACAACAAA
ACAAGAAGAAGCTTTTTTGTAGAAAAAAGGTGATTGAAGTTATGCATTTTTGTATGATTT
TCTTTTTTTTTATAAAAAATTTGTATTATTGTTTGTGAGGACAGAAAGTTGTCCCTACGT
TTTTGAGAACGTAAAGCAAAAACTTTGGAAGGATTTTGGATTGATGTATATTCATTGTCT
GTTCTGTTGTAACTTTTGTAAGTTGGAACAATCTGTTGTTTTGTTTT

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL6803Contig1 852 2 4 U
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TGCATTTATGATTTTTTTTTTCTTTGTTTTACTTGTGTGCCGTGTGTTTTGATAATAGAT
TTTTTGTGTGCAGGTCGTGTTTACATTCTGGATATGTACAATCCTGAGATATATCCTTAT
GATTATAGTGCTAGAAGATTTATCGATCAGAAGGTTGAGGTGATGAGCGGGACCAGCACT
GATGAGTATTTGAGGAAACTAGATAAGGCGCTTGAGGTTGCTTTCCGGAACTTCCAACCA
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AAGATAAGCCCTGATGGCATAACCAGTAGAGACGAGAAAGTCTTCAGATGTGCAAGGGAG
AGAGAGATTCCTGTTGTGATGCTGACTTCAGGCGGGTACATGAAGTCCAACGCCAGAGTT
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CCAATGATCGTGTTGAAAGATAATGACTTTTTTAACTTCTGATTAATAAACAAAAGAAAG
AATGCATTTGAC


BQ
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AF RR1C629JQ C 21
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TGCATTTATGATTTTTTTTTTCTTTGTTTTACTTGTGTGCCGTGTGTTTTGATAATAGAT
TTTTTGTGTGCAGGTCGTGTTTACATTCTGGATATGTACAATCCTGAGATATATCCTTAT
GATTATAGTGCTAGAAGATTTATCGATCAGAAGGTTGAGGTGATGAGCGGGACCAGCACT
GATGAGTATTTGAGGAAACTAGATAAGGCGCTTGAGGTTGCTTTCCGGAACTTCCAACCA
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AAGATAAGCCCTGATGGCATAACCAGTAGAGACGAGAAAGTCTTCAGATGTGCAAGGGAG
AGAGAGATTCCTGTTGTGATGCTGACTTCAGGCGGGTACATGAAGTCCAACGCCAGAGTT
ATTGCGGATTCCATTGAAAATCTCTCACGTCAAGGGTTAATCAATACACAGCTGGTTTCA
GCTTCCACGTGAAACTGTTGTCAAGAGTCAAAGCAGT*ATGCTAGAAGCTTCTATGCGCT
GCGTACATGTG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1C629JQ 832 0 0
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GAAACAGATCTCGGCGATGATAGTATGAGAATCTCATATTTGCATTTATGATTTTTTTTT
*CTTTGTTTTACTTGTGTGCCGTGTGTTTTGATAATAGATTTTTTGTGTGCAGGTCGTGT
TTACATTCTGGATATGTACAATCCTGAGATATATCCTTATGATTATAGTGCTAGAAGATT
TATCGATCAGAAGGTTGAGGTGATGAGCGGGACCAGCACTGATGAGTATTTGAGGAAACT
AGATAAGGCGCTTGAGGTTGCTTTCCGGAACTTCCAACCAGAGTTGGTAGTTTACAATGC
TGGGACTGATATCTTAGGCGGTGACCCTCTGGGGCTTCTAAAGATAAGCCCTGATGGCAT
AACCAGTAGAGACGAGAAAGTCTTCAGATGTGCAAGGGAGAGAGAGATTCCTGTTGTGAT
GCTGACTTCAGGCGGGTACATGAAGTCCAACGCCAGAGTTATTGCGGATTCCATTGAAAA
TCTCTCACGTCAAGGGTTAATCAATACACAGCTGGTTTCAGCTTCCACGTGAAACTGTTG
TCAAGAGTCAAAGCAGTTATGCTAGAAGCTTCTATGCGCTGCGTACATGTGAATATATAA
CCGTCTTGTCTTGTGTGTGTAACATGATGTTCTTTTTCATCCCAAACACAACCTTTAGTG
GGATGGTCTTTCCTGCTTTCTTAAGGTGAAGAAAATTACACCAATGATCGTGTTGAAAGA
TAATGACTTTTTTAACTTCTGATTAATAAACAAAAGAAAGAATGCATTTGAC

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL6804Contig1 1156 2 2 U
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AGATCGCATCTCCGGTGACCGCCCGATCATAATGATCAACAACGACGACGGAATAGACGC
GCCTGGTCTCCGCTCTCTCGTTAGCGTCCTCGTCTCCACCAACCTCTACCAAGTCCGCGT
CTGCGCTCCCGATTCGGAGAAGTCTGCTGTAAGTCACAGTATCATATGGAGCAGACCTCT
CACTGCAAAACGAGTTGAGATTGAAGGAGCCGAGGCCTATGCCGTTTCTGGAACCCCTGC
GGATTGCACTGGTTTGGGGATATCGGAAGCACTCTTCCCTTCTCTTCCTGACCTGGTTCT
TAGTGGTATAAACGTGGGTAGCAACTGTGGATATAACATCGTCTACTCTGGAACTGTTGC
TGGTGCTCGTGAAGCTTTCATTTATGATGTCCCTTCTGCCTCCATTTCTTATGATTGGAA
GCGTGGAGACATCAATGCTAATGATTTTGTCCTTGCTGCCCAAGCTTGTTTGCCTATTAT
CAACGGCATGCTCACTGCCATCAAGAACAAAACTCACCCAACTAACCGCTTTCTGAATAT
CGATTTGCCTACTGATATTGCTAACCATAAGGGATACAAGCTAACTAGACAAGGAAAAAG
CTTGGGTAAGATGGGATGGAGACAAGTGGAGGAGGAAGCACAAGGTGCGAAGATGTTGTC
AACAATGTCAATGGAAACAGATTCAGGAGTAGTCTCAGACAACAACAACGACACATCTGC
TCATCATTCAAAATATGATAGCCGTTTGTTCAAGAGAGAGCTAAGGACTGTGATAGTTGA
AGAAGGCACTGATCTTCACTTCCTACGAGAAGGATATATTACAGTGACGCCGATAGGAGC
TCTCTCTCAGGTTGATGTGGATTGCCAAAACTACTACAAAGAATGGCTTCCTAAGATTTC
TTCATCCTTGTGATGCCACCAAATTAAAAAAAAAACTCTTTTAATAATTTAACTATTGTG
GACCACAGTTTGTGGTAGACCTATTATCCATAAGTTATTTATGTTGTGAGCAGCCAAATT
TATGGCACCAAGTTTGCAAGTCGATGACTGCCACACATGTTTCTTTTGCTTTTTGTTAAT
GGAACTCCTATGCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT34TF U 1
AF RR1DT34JQ C 477
BS 1 630 RR1DT34TF
BS 631 1156 RR1DT34JQ

RD RR1DT34TF 637 0 0
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AGATCGCATCTCCGGTGACCGCCCGATCATAATGATCAACAACGACGACGGAATAGACGC
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TGGTGCTCGTGAAGCTTTCATTTATGATGTCCCTTCTGCCTCCATTTCTTATGATTGGAA
GCGTGGAGACATCAATGCTAATGATTTTGTCCTTGCTGCCCAAGCTTGTTTGCCTATTAT
CAACGGCATGCTCACTGCCATCAAGAACAAAACTCACCCAACTAACCGCTTTCTGAATAT
CGATTTGCCTACTGATATTGCTAACCATAA
AGGGATA

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1DT34JQ 680 0 0
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AAAGCTTGGGTAAGATGGGATGGAGACAAGTGGAGGAGGAAGCACAAGGTGCGAAGATGT
TGTCAACAATGTCAATGGAAACAGATTCAGGAGTAGTCTCAGACAACAACAACGACACAT
CTGCTCATCATTCAAAATATGATAGCCGTTTGTTCAAGAGAGAGCTAAGGACTGTGATAG
TTGAAGAAGGCACTGATCTTCACTTCCTACGAGAAGGATATATTACAGTGACGCCGATAG
GAGCTCTCTCTCAGGTTGATGTGGATTGCCAAAACTACTACAAAGAATGGCTTCCTAAGA
TTTCTTCATCCTTGTGATGCCACCAAATTAAAAAAAAAACTCTTTTAATAATTTAACTAT
TGTGGACCACAGTTTGTGGTAGACCTATTATCCATAAGTTATTTATGTTGTGAGCAGCCA
AATTTATGGCACCAAGTTTGCAAGTCGATGACTGCCACACATGTTTCTTTTGCTTTTTGT
TAATGGAACTCCTATGCAGT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

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TTAGTGGAATCATCATCAGGAGGCATGGAAAACAGGCATGAAGAGGAGGAGAACAATGCT
TACAGACCAATGGATACCGTCTTGGCTCCCATCTTCATCCAGATGATGAAAAACTCCGCA
AGGAACGGAACCACCACCGACATGGATTCACAGCTTCAAGAGATTCTCAGGAGAAGAGGA
AGACGTCCCGTTTCCATTGACCAGCTGCTTCAGGGCATACGTACTGGCTTAACCCTCGCC
CCTGCTGATGATGCTGGTAGAGAGAGAGGACGCGTGATCGTCACCAATCCCTACAACCAG
ATCGTCGCTGTCCCTAGCTCTGCTGTTTCCGACACTCTGCCTCCTGTTGTTTCCGGCTCT
CTCAGCGAGTACTTCATCGGTCCTGAGTTCGAAGCCATGCTTGAGGATTTGACCGAGACT
GATCCCAGGAGGTATGGAACGCCTCCGGCTCGGAGAGATGCTGTTGAGGCTTTGGCTGAT
GTGATCATCCTACTCCCGGGGATGCAGTGTTTGGTTTGTTTGGATGATCTCGAGATGGGG
ACTGTTGGGAAGCAGATGCCTTGTGAGCACTTCTTTCACAGTTACTGCTTGCTCTACTGG
CTTCAGCTTCATAGCTCCTTTCCGGTTTGTAGGTGTCAGCTACCGACTGTGGAGGACGAG
ACAAACGGTGGTGGTACTGATGATGGGTCTTCTATTACAAGCAGCAGCCAGGGATCTGAG
AACAGTGACCAGGAGGAGGAGGAGGATCCCATGGCTGCTTAGCCAAGCCCCCACCTGGTT
CTCTAGATAGCAGTAACATTAGATATCATGAGGCCACCTTAAATAAGATTTTCTTTGTGA
CTTTGTCTTTACTTGGTTGAATGGCTACTACTGGGCTCTTATCATTTTGTAATGCTTCTC
AAGACTTATCTACCTTTTGGAGAATCCTTTAAGCCGCTTTGTGTTTTTTCTCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G763TF U 1
AF RR1G763JQ C 431
BS 1 669 RR1G763TF
BS 670 1015 RR1G763JQ

RD RR1G763TF 669 0 0
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TTAGTGGAATCATCATCAGGAGGCATGGAAAACAGGCATGAAGAGGAGGAGAACAATGCT
TACAGACCAATGGATACCGTCTTGGCTCCCATCTTCATCCAGATGATGAAAAACTCCGCA
AGGAACGGAACCACCACCGACATGGATTCACAGCTTCAAGAGATTCTCAGGAGAAGAGGA
AGACGTCCCGTTTCCATTGACCAGCTGCTTCAGGGCATACGTACTGGCTTAACCCTCGCC
CCTGCTGATGATGCTGGTAGAGAGAGAGGACGCGTGATCGTCACCAATCCCTACAACCAG
ATCGTCGCTGTCCCTAGCTCTGCTGTTTCCGACACTCTGCCTCCTGTTGTTTCCGGCTCT
CTCAGCGAGTACTTCATCGGTCCTGAGTTCGAAGCCATGCTTGAGGATTTGACCGAGACT
GATCCCAGGAGGTATGGAACGCCTCCGGCTCGGAGAGATGCTGTTGAGGCTTTGGCTGAT
GTGATCATCCTACTCCCGGGGATGCAGTGTTTGGTTTGTTTGGATGATCTCGAGATGGGG
ACTGTTGGGAAGCAGATGCCTTGTGAGCACTTCTTTCACAGTTACTGCTTGCTCTACTGG
CTTCAGCTT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1G763JQ 585 0 0
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GGTATGGAACGCCTCCGGCTCGGAGAGATGCTGTTGAGGCTTTGGCTGATGTGATCATCC
TACTCCCGGGGATGCAGTGTTTGGTTTGTTTGGATGATCTCGAGATGGGGACTGTTGGGA
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ATAGCTCCTTTCCGGTTTGTAGGTGTCAGCTACCGACTGTGGAGGACGAGACAAACGGTG
GTGGTACTGATGATGGGTCTTCTATTACAAGCAGCAGCCAGGGATCTGAGAACAGTGACC
AGGAGGAGGAGGAGGATCCCATGGCTGCTTAGCCAAGCCCCCACCTGGTTCTCTAGATAG
CAGTAACATTAGATATCATGAGGCCACCTTAAATAAGATTTTCTTTGTGACTTTGTCTTT
ACTTGGTTGAATGGCTACTACTGGGCTCTTATCATTTTGTAATGCTTCTCAAGACTTATC
TACCTTTTGGAGAATCCTTTAAGCCGCTTTGTGTTTTTTCTCTAG

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

CO CL6806Contig1 665 2 2 U
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TAATCGCGTACGAAAAACCGATTAAGAAAAGGAATATAAAAGAAGACAAGAATGCATTGG
TCATTAAATTTGCAGCCATTCTTGTTTTCTCTGATTTTTATTTTATTTTCTAGTTTATGA
TCCCT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR1FM40TF C 1
AF RR1FM40JQ U 4
BS 1 3 RR1FM40TF
BS 4 665 RR1FM40JQ

RD RR1FM40TF 665 0 0
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GAGTAATACCACAAAGATTTTTAATTTCCTTACTATTATTCAAAACAGAATCATCTATAG
ATCTCAGTCTCTTCACATAATCTAGACATGTATCAGCTCCATCCAATACAGCAGAAACTT
TAGTGTTCAGCCCCTCACCTTCACCGGAAGCTAAATGCTCAAAAGCTTCCTCGAGGTTTC
CAATAGCATTCTCGTATTCATCTAAGCATGATCTGTAAGCTAGTTTCGATCGTGGGTCGA
CTCCTCCATCAATAATAGATTGAAGTCTTTTGAATGTTTGTGTTGCTTTTGCTTGTGCAG
CATCAAGTGTAGAATTCGCCAAGGCTTGAAGATTAGGAGATGAAAATTCTGTGTTGAGAA
AGTCAAGACAGAAAGATGGATCTAAAGTTTTGTCACAGATTGTGCTCATCTCTGAACTTG
TAATCGCGTACGAGAAACCGATTAAGAAAAGGAATATAAAAGAAGACAAGAATGCATTGG
TCATTAAATTTGCAGCCATTCTTGTTTTCTCTGATTTTTATTTTATTTTCTAGTTTATGA
TCCCT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1FM40JQ 662 0 0
AATAATTAGTATATGATAAAGGTAATTATTATCTTACCAATAATAAAACTTAATCAGTCA
AACACATGATGATGGTTCCAAATTAATATTTGCGGGGTAGGATGTTGGAGATAACAAGAG
TAATACCACAAAGATTTTTAATTTCCTTACTATTATTCAAAACAGAATCATCTATAGATC
TCAGTCTCTTCACATAATCTAGACATGTATCAGCTCCATCCAATACAGCAAAAACTTTAG
TGTTCAGCCCCTCACCTTCACCGGAAGCTAAATGCTCAAAAGCTTCCTCGAGGTTTCCAA
TAGCATTCTCGTATTCATCTAAGCATGATCTGTAAGCTAGTTTCGATCGTGGGTCGACTC
CTCCATCAATAATAGATTGAAGTCTTTTGAATGTTTGTGTTGCTTTTGCTTGTGCAGCAT
CAAGTGTAGAATTCGCCAAGGCTTGAAGATTAGGAGATGAAAATTCTGTGTTGAGAAAGT
CAAGACAGAAAGATGGATCTAAAGTTTTGTCACAGATTGTGCTCATCTCTGAACTTGTAA
TCGCGTACGAAAAACCGATTAAGAAAAGGAATATAAAAGAAGACAAGAATGCATTGGTCA
TTAAATTTGCAGCCATTCTTGTTTTCTCTGATTTTTATTTTATTTTCTAGTTTATGATCC
CT

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL6807Contig1 609 2 5 U
CCATTTTATTGTATCAAATGAAACAAGTGATAAAAGGTACCACACACACAAATTAACCTC
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TCATAAATCAAGCTGGACATTTGAAGCCAGGCGGTGGAGTCTTTCCACAGGCGACAAGAA
CCTCAAGAGCAATTGGGATGATAAGGTTGATGTTGAAAAGTTTGGCTTTAATGGTGGTAC
ATAAGCAAACGGCTGCGTCTAGGTCAACTAAACCTCCCAAAACCGGACAACACTTTTCTT
TAGCGTACCCTTTACCAAGCCCGATGTGAATCAAACCTCCAAAAACGTCCACACAAGCCC
CTAGCTTCAACGTGTCGATTGGGCAAGTCTCTGGCTTAGGTGGAGTTGGGGGTGTTACAA
CCGGGGGTTTAGGCGGTTTGCTGGGATGTTTTGGCGGTTTGTGGGGGTGAGGTGATGGTT
TAGGAGGACTACAGTCCCAAGCGAAGGAAACGGCAAGAAAGCCAAGGAGGAGGAGGATAA
GAAAAGAGAGGTTTTGTGTACGAGACCCCATTTTTCTAGTATGAGGGTGTGGTTTACCCA
ACGGAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AF50JQ U 204
AF RR1AF50TF C 1
BS 1 203 RR1AF50TF
BS 204 219 RR1AF50JQ
BS 220 220 RR1AF50TF
BS 221 514 RR1AF50JQ
BS 515 609 RR1AF50TF

RD RR1AF50JQ 311 0 0
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TCAACTAAACCTCCCAAAACCGGACAACACTTTTCTTTAGCGTACCCTTTACCAAGCCCG
ATGTGAATCAAACCTCCAAAAACGTCCACACAAGCCCCTAGCTTCAACGTGTCGATTGGG
CAAGTCTCTGGCTTAGGTGGAGTTGGGGGTGTTACAACCGGGGGTTTAGGCGGTTTGCTG
GGATGTTTTGGCGGTTTGTGGGGGTGAGGTGATGGTTTAGGAGGACTACAGTCCCAAGCG
AAGGAAACGGC

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR1AF50TF 609 0 0
CCATTTTATTGTATCAAATGAAACAAGTGATAAAAGGTACCACACACACAAATTAACCTC
TCGTCAAAAGAGTTCATCAAACCAACACATTCTACAGAAACAAAAGCTTCGGAAGACTCT
TCATAAATCAAGCTGGACATTTGAAGCCAGGCGGTGGAGTCTTTCCACAGGCGACAAGAA
CCTCAAGAGCAATTGGGATGATAAGGTTGATGTTGAGAAGTTTGGCTTTAATGGTGGTAC
ATAAGCAAACGGCTGCGTCTAGGTCAACTAAACCTCCCAAAACCGGACAACACTTTTCTT
TAGCGTACCCTTTACCAAGCCCGATGTGAATCAAACCTCCAAGAACGTCCACACAAGCGC
CTAGCTTCAACGTGTCGATTGGGCAAGTCTCTGGCTTAGGTGGAGTTGGTGGTGTTACGA
CCGGTGGTTTAGGCGGTTTGCTGGGATGTTTTGGCGGTTTGTGGGGGTGAGGTGATGGTT
TAGGAGGACTACAGTCGCAAGCGAAGGAGACGGCAAGAAAGCCAAGGAGGAGGAGGATAA
GAAAAGAGAGGTTTTGTGTACGAGACCCCATTTTTCTAGTATGAGGGTGTGGTTTACCCA
ACGGAGTCC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL6808Contig1 920 2 6 U
TGAAAATCTAACAGAGATTCCATCCACATTCGTTGGGATAATCAACGACTGCATCATAGC
GAACAAAGCAGTTGTCATCATCAAAGGGTTAGACGAATGGCCAAACGAGTACCAAAGACA
GTACGGAACAATCGACTTGTACTGGATTGTGAGAGACGGTGGTCTCATGCTTCTTCTCTC
GCAGCTTCTTCTGACAAAGGAAAGCTTCGAAAGCTGCAAGATCCAGCTCTTCTGCATCGC
TGAAGAGGATTCAGACGCAGAAGCACTAAAAGCAGACGTGAAGAAGTTCCTCTACGACCT
GAGAATGCAAGCGGAAGTAATCGTGGTGACGATGAAATCGTGGGACATAAGATCAGAAGG
AAACAGCAAAGAAGATTCGTTGGAAGCTTTTGATGCTGCACAGAGACGAATCTCAGATTA
CTTGGGAGAGATAAAGAGTCAAGGCTCGACGCCTCGGTTGGCGAATGGGAAAGCGATGGT
GGTGAACGAGCAACGAGTGGAGAAGTTTTTGTACACGATGCTGAAACTGAACTCGACCAT
ACTCAGTTACTCGAGGATGGCAGCGGTGGTCCTGGTGAGTCTCCCGCCTCCTCCGTTGAA
CCACCCGGCGTATTTCTACATGGAGTATATGGATTTGCTGGTGGAGAATGTCCCAAGGAT
GTTGATCGTGAGAGGGTACCACAGAGATGTTGTAACTTTGTTTACTTAGTTTCAAATCTT
TTTTTTTTTTGATAATATCCACCAACAAAATCAAAGACCCTCCCTTCTTCAAGGTCAGCT
TCTTCTTTTCCTCTCCCAACCTTTTTTCGTTATATATTTTTACCGTTTATATATAATTTT
AACCCTGTAGTACAGATACTTCCATTTTGTTGAAATTGATTTTGATGGATTATTCCTGTG
AGCTATAGTTTTTTTTTCTC


BQ
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AF RR1EI68TF U 1
AF RR1EI68JQ C 410
BS 1 729 RR1EI68TF
BS 730 730 RR1EI68JQ
BS 731 773 RR1EI68TF
BS 774 774 RR1EI68JQ
BS 775 796 RR1EI68TF
BS 797 920 RR1EI68JQ

RD RR1EI68TF 796 0 0
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GAACAAAGCAGTTGTCATCATCAAAGGGTTAGACGAATGGCCAAACGAGTACCAAAGACA
GTACGGAACAATCGACTTGTACTGGATTGTGAGAGACGGTGGTCTCATGCTTCTTCTCTC
GCAGCTTCTTCTGACAAAGGAAAGCTTCGAAAGCTGCAAGATCCAGCTCTTCTGCATCGC
TGAAGAGGATTCAGACGCAGAAGCACTAAAAGCAGACGTGAAGAAGTTCCTCTACGACCT
GAGAATGCAAGCGGAAGTAATCGTGGTGACGATGAAATCGTGGGACATAAGATCAGAAGG
AAACAGCAAAGAAGATTCGTTGGAAGCTTTTGATGCTGCACAGAGACGAATCTCAGATTA
CTTGGGAGAGATAAAGAGTCAAGGCTCGACGCCTCGGTTGGCGAATGGGAAAGCGATGGT
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ACTCAGTTACTCGAGGATGGCAGCGGTGGTCCTGGTGAGTCTCCCGCCTCCTCCGTTGAA
CCACCCGGCGTATTTCTACATGGAGTATATGGATTTGCTGGTGGAGAATGTCCCAAGGAT
GTTGATCGTGAGAGGGTACCACAGAGATGTTGTAACTTTGTTTACTTAGTTTCAAATCTT
TTTTTTTTT*GATAATATCCACCAACAAAATCAAAGACCCTCCCTTCTTCAAG*TCAGCT
TCTTCTTTTCCTCTCC

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1EI68JQ 511 0 0
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AAAGCGATGGTGGTGAACGAGCAACGAGTGGAGAAGTTTTTGTACACGATGCTGAAACTG
AACTCGACCATACTCAGTTACTCGAGGATGGCAGCGGTGGTCCTGGTGAGTCTCCCGCCT
CCTCCGTTGAACCCCCCGGGGTATTTTTACATGGAGTATATGGATTTGCTGGTGGAGAAT
GTCCCAAGGATGTTGATCGTGAGAGGGTACCACAGAGATGTTGTAACTTTGTTTACTTAG
TTTCAAATTTTTTTTTTTTTTGATAATATCCACCAACAAAATCAAAGACCCTCCCTTCTT
CAAGGTCAGCTTTTTTTTTTCCTCTCCCAACCTTTTTTCGTTATATATTTTTACCGTTTA
TATATAATTTTAACCCTGTAGTACAGATACTTCCATTTTGTTGAAATTGATTTTGATGGA
TTATTCCTGTGAGCTATAGTTTTTTTTTCTC

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL6809Contig1 760 2 3 U
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TTGGTCAAGAATGTCAAACCATACAAAACTGGTTGGTGTATCCAAGTGAAGGTTCTTCAT
TCGTGGAAGCAATATACCACTTATGCTGGTCATTCACTGGAACTGATATTGGTTGATGAA
ATGGGTACGAAGATTCATTGCTCGTGCAAGAAGGATCACATGTTCCGTGTTCAACGTGAC
TTGCCTTTGGGAGTATGGCGCCTGGTTACCAACTTTTCACTCTCAAATGCAACTGGTCAG
TACCGACCAACCAACCATCCTTTCAAGATGTCTATTACAGGCGAAACAAAGATTGCGGAT
TCAGATTACCATTGCGATGACATGTTCTTCACCTTTGCAACTTATGAAGATGCTGGGAAT
GGGAGTATCAATTCACACTTTTTAATTGAAGTAATCGGTCAAGTTGAGAGCCTTAAAGAC
GTTCAGACTGTTCAAGTGAAAGGGAAGGACAGGAAAAAAGTTGAATTCCGGCTCCGTGAC
ACCAAGAGTGAAACGATTGCGTGTTGTCTGTGGGGATCATTTGCTGGACAAATTGAAGCT
TATGTTCAAGAAAACAATGATCCCAATATGATTTTGGTTATCAGATTCGCGAAGATTGGA
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BQ
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AF RR1FX61TF U 195
AF RR1H279TF U 1
BS 1 224 RR1H279TF
BS 225 225 RR1FX61TF
BS 226 760 RR1H279TF

RD RR1FX61TF 302 0 0
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ATGGCGCCTGGTTACCGACTTTTCACTCTCAAATGCAACTGGTCAGTACCGACCAACCAA
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CGATGACATGTTCTTCACCTTTGCAACTTATGAAGATGCTGGGAATGGGAGTATCAATTC
ACACTTTTTAATTGAAGTAATCGGTCAAGTTGAGAGCCTTAAAGACGTTCAGACTGTTCA
AG

QA 1 302 1 302
DS 

RD RR1H279TF 760 0 0
GGACATCTCAATCACTCTAATCTAAATCACCCTAAAATGTCTTCGAACAAGAGTGTATCC
TTGGTCAAGAATGTCAAACCATACAAAACTGGTTGGTGTATCCAAGTGAAGGTTCTTCAT
TCGTGGAAGCAATATACCACTTATGCTGGTCATTCACTGGAACTGATATTGGTTGATGAA
ATGGGTACGAAGATTCATTGCTCGTGCAAGAAGGATCACATGTTTCGTGTTCAACGTGAC
TTGCCTTTGGGAGTATGGCGCCTGGTTACCAACTTTTCACTCTCAAATGCAACTGGTCAG
TACCGACCAACCAACCATCCTTTCAAGATGTCTATTACAGGCGAAACAAAGATTGCGGAT
TCAGATTACCATTGCGATGACATGTTCTTCACCTTTGCAACTTATGAAGATGCTGGGAAT
GGGAGTATCAATTCACACTTTTTAATTGAAGTAATCGGTCAAGTTGAGAGCCTTAAAGAC
GTTCAGACTGTTCAAGTGAAAGGGAAGGACAGGAAAAAAGTTGAATTCCGGCTCCGTGAC
ACCAAGAGTGAAACGATTGCGTGTTGTCTGTGGGGATCATTTGCTGGACAAATTGAAGCT
TATGTTCAAGAAAACAATGATCCCAATATGATTTTGGTTATCAGATTCGCGAAGATTGGA
TTTTATCAAGTGAAGTTCAAATGACCAATGCATTTGATACATCTCTGGTTCTGATCATCC
GGACTTGCCTGAAGTCACGACTTTCAGAAGCTTGTTGCCA

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL6810Contig1 642 2 1 U
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GAGGGGCTCTTAAAGTTGTCCACGTTGGTGATTGTGTGCATGTTAGTGTCCGCTCCAATG
GCGTCCGAGGCAGCAATCTCGTGCGGTGCAGTCGCCAGCAATTTGGGCCAATGCATCAAC
TACCTCACCAAAGGTGGCTACGTTTCTCCAGCGTGTTGTTCTGGCGTTCGGAAGCTCAAC
AGCATGGCTCGAACCACCATTGACCGCCAGCAAGCTTGTCGTTGCATCCAAGGAGCAGCT
AAAGCCTTGGGTTCCAGACTTAACGCAGGCCGTGCTGTTGGTCTTCCTGGTGCTTGCCGT
GTTAGGATCTCTTACCCCATCAGCGCAAGAATCAACTGTAACAACGTCAGGTGAACATGA
GAGGATTTAGAAGTTGAAGGGTTTGTCATACTATGGTTGAGAGAGTATTAAAGAATAATT
AAGGTGTCACTAGTATAAGTGCATCCAATCCTATTACTGTTAAGTGTCGTTGTGTTTTAG
AATTTGTGTGTTTCAAGTATTTCTTTATATACGACGTTCCAGTTAATTGGTCGTCTGTGT
TATGTATTCCTCTGATGATATATGGAGTTATGTATTGTTTCC


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AF RR1DA63JQ C 1
AF RR1DA63TF U 1
BS 1 642 RR1DA63TF

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QA 1 642 1 642
DS 

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GAGGGGCTCTTAAAGTTGTCCACGTTGGTGATTGTGTGCATGTTAGTGTCCGCTCCAATG
GCGTCCGAGGCAGCAATCTCGTGCGGTGCAGTCGCCAGCAATTTGGGCCAATGCATCAAC
TACCTCACCAAAGGTGGCTACGTTTCTCCAGCGTGTTGTTCTGGCGTTCGGAAGCTCAAC
AGCATGGCTCGAACCACCATTGACCGCCAGCAAGCTTGTCGTTGCATCCAAGGAGCAGCT
AAAGCCTTGGGTTCCAGACTTAACGCAGGCCGTGCTGTTGGTCTTCCTGGTGCTTGCCGT
GTTAGGATCTCTTACCCCATCAGCGCAAGAATCAACTGTAACAACGTCAGGTGAACATGA
GAGGATTTAGAAGTTGAAGGGTTTGTCATACTATGGTTGAGAGAGTATTAAAGAATAATT
AAGGTGTCACTAGTATAAGTGCATCCAATCCTATTACTGTTAAGTGTCGTTGTGTTTTAG
AATTTGTGTGTTTCAAGTATTTCTTTATATACGACGTTCCAGTTAATTGGTCGTCTGTGT
TATGTATTCCTCTGATGATATATGGAGTTATGTATTGTTTCC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

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AAAATGCCGGAGACTTGTTAAGTGTGGAATCTTTTTATACTTGAACCGATATGAGTTATT
TTGAACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E572TF U 1
AF RR1E572JQ C 290
BS 1 572 RR1E572TF
BS 573 849 RR1E572JQ

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TACATCAGACGTCAAGATCAAGAGCATATCAATTGTTGGTGGTCCTGATGGAACAAGCCC
TTCCAAGTTGAGAGTGTTCATCAATCGTGAAGGGATTGACTTCTCTGACGCTGAGGGCAT
GCAAGCCGTTCAGGAATGGGAGTTAGCTGAAAATTTGCAAGGAGTGTTAGAATACCAGAC
CAGAGTGTTGGGAACATCACATTGCATTTCCCTGAGAGTTTTGGAGGTGACACATCCCAA
ATACGCTACATCGGTTTTAAAGGTGAAGCAAC

QA 1 572 1 572
DS 

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ACACATCCCAAATACGCTACATCGGTTTTAAAGGTGAAGCAACCCAGTTGAAAAGGGATG
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AGACTGGTGGAGGTTTCTCACAAGTTGAGTGAAGATATTATTTGCTTCCAACTTCACTCC
TTAGCCTTTTCACATACCTATGTTTCCTCAATAAGCTTTGGCCTATTGTAACAAACATAT
ATGTATCGAATAAAATGCCGGAGACTTGTTAAGTGTGGAATCTTTTTATACTTGAACCGA
TATGAGTTATTTTGAACTTT

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

CO CL6812Contig1 906 2 2 U
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AAGCTTTGTGTTTGGTCGCCAACCACTTCAGCCTTTAGGAACGTCGGCAGTGTCAACACA
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CCAAACAATGCTCACAAGGGCTGGTCATGCAGCCCCCATGTACAAGACAAAGCAACTGAA
GAACAACAAGTTCCAATCCACAGTGGAGTTTAACGGGACGCAGATCATGGGACAGCCTTG
CAGCAACAAGAAGAGTGCTGAGAAGGATGCTGCAGCTGAAGCGATACGATGGCTGATGGG
TGGGGGTAAGGAAAGGCATGAGCACGTGAATCATATGTCAAACCTGCTGAAGAGAGGCAA
GAAGGATCACCTCTGATTGCCTTTTGCTGAGACCAATGCCTTTGTAAAAGACAACAAGAA
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AAGAGAGAGTTGATCTGGATATGGTGAATTAACGTGAGCATTGAAATGCGGAGTCTGTTG
TCTGTTGCAATTCTTGGCATATGGTGTAATTCTAAGATGGGGTGGAGACTTTATAAGACG
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CCTTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1C583TF U 1
AF RR1C583JQ C 146
BS 1 791 RR1C583TF
BS 792 906 RR1C583JQ

RD RR1C583TF 791 0 0
GGCACACCGTGACCTCTTATTGGCTATACGGTTATTGGTCTCTGAGGATAGATGTGATGG
AAGCTTTGTGTTTGGTCGCCAACCACTTCAGCCTTTAGGAACGTCGGCAGTGTCAACACA
ACCGACATCGGTTTCAAGGACCGAAAGTGGGCCCGGGGGTGACAATTCCAAGAGTCAGCT
CCAAACAATGCTCACAAGGGCTGGTCATGCAGCCCCCATGTACAAGACAAAGCAACTGAA
GAACAACAAGTTCCAATCCACAGTGGAGTTTAACGGGACGCAGATCATGGGACAGCCTTG
CAGCAACAAGAAGAGTGCTGAGAAGGATGCTGCAGCTGAAGCGATACGATGGCTGATGGG
TGGGGGTAAGGAAAGGCATGAGCACGTGAATCATATGTCAAACCTGCTGAAGAGAGGCAA
GAAGGATCACCTCTGATTGCCTTTTGCTGAGACCAATGCCTTTGTAAAAGACAACAAGAA
AAGAGGCTATTTACAAATATTTCCTGGGCGAGCCTGAAAGCACAAGTGGGAAGAAAAAAG
GATTGACTCGGAGCATTTGTGGCATGCGACCAGATGGGGTTGAAGGGAGATAAATACTCA
TAATATAACACAGAAAGGGTGCAGCTAGAGTAAACTCAGTTGGTGCAAGCACGCAAAGAT
AAGAGAGAGTTGATCTGGATATGGTGAATTAACGTGAGCATTGAAATGCGGAGTCTGTTG
TCTGTTGCAATTCTTGGCATATGGTGTAATTCTAAGATGGGGTGGAGACTTTATAAGACG
GGGTTGAATGT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1C583JQ 761 0 0
AGTGGGCCCGGGGGTGACAATTCCAAGAGTCAGCTCCAAACAATGCTCACAAGGGCTGGT
CATGCAGCCCCCATGTACAAGACAAAGCAACTGAAGAACAACAAGTTCCAATCCACAGTG
GAGTTTAACGGGACGCAGATCATGGGACAGCCTTGCAGCAACAAGAAGAGTGCTGAGAAG
GATGCTGCAGCTGAAGCGATACGATGGCTGATGGGTGGGGGTAAGGAAAGGCATGAGCAC
GTGAATCATATGTCAAACCTGCTGAAGAGAGGCAAGAAGGATCACCTCTGATTGCCTTTT
GCTGAGACCAATGCCTTTGTAAAAGACAACAAGAAAAGAGGCTATTTACAAATATTTCCT
GGGCGAGCCTGAAAGCACAAGTGGGAAGAAAAAAGGATTGACTCGGAGCATTTGTGGCAT
GCGACCAGATGGGGTTGAAGGGAGATAAATACTCATAATATAACACAGAAAGGGTGCAGC
TAGAGTAAACTCAGTTGGTGCAAGCACGCAAAGATAAGAGAGAGTTGATCTGGATATGGT
GAATTAACGTGAGCATTGAAATGCGGAGTCTGTTGTCTGTTGCAATTCTTGGCATATGGT
GTAATTTTAAGATGGGGTGGAGACTTTATAAGACGGGGTTGAATGTTGTAGTAGAGCTGT
CCACATGTAAATTTTGTAAGTTGTAGCATGACTCTTGTTTGTAGGAGCTTGTAATCTGAT
ATTGAACACGTGAGTTTTATGTTGACATAGTCTCTCCTTCT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL6813Contig1 953 2 2 U
GGATTATTCTCGGATAGAGCTCGATCTCTCCTTGAGAAGACCTGATGCTTGTGAGAACCA
ACCCTCTCTTCATCCTTCTAGTGCCTCTGCTTTCACACGGTACGTTCACAGGCCGTTGCA
GACGCAATGTTCGGTCTCTCCCTTGGTTACCGATCAAAGAAAGAACGTTGATAACAACAT
TGTGCTGATCAACCAATACAATGTATCTGAACCACCTCAAAGTGCTCAGAGGAGAAACGA
GGCTAGCTTTTACAATAGTTCTGACTCACCTGGCCCACCTTTTAGCACCAGATGAACTCT
TGGCCAGGACAGGGTTCTTACCCAACGCCAGTTCCCATTATACAGTTCCCCGGACCTAAT
ACAGCTCACGCATCTGCCATGGCTCCTACTTCAGTGTCTCCAAGCCCTAGTTCCGTTAGC
CCGCATGAGTACAGTTCCATGTTTCACCCGTTCAACGGTAAACCCGAGGGCTTGCAAGAG
CGGGATGGTTCCATGGATATAGAGGAGAGAAGACACGTCTCCTCTGCAACAGAACATAGT
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GAGGAACGAAGAAGGATACTCGTCCTCTGTTGGGAAACTTCAGCAGTCTCTTCAACGGGA
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TTATGAGAGCCGGAAGAAATTAGCAGAACAACGGCCTCGAATCAAAGGGCAATTCGTTCG
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TATGTATTAATTATTAGATTTTGTATCAAAGAGGGAGGGGTTTGATTCCTCCGTTACATT
AGCTGTTCTTGTACTAACTCTCTACGTACGTAGTTGGTGATACTTTTGTGTGT


BQ
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AF RR1AD48TF U 1
AF RR1AD48JQ C 90
BS 1 657 RR1AD48TF
BS 658 953 RR1AD48JQ

RD RR1AD48TF 657 0 0
GGATTATTCTCGGATAGAGCTCGATCTCTCCTTGAGAAGACCTGATGCTTGTGAGAACCA
ACCCTCTCTTCATCCTTCTAGTGCCTCTGCTTTCACACGGTACGTTCACAGGCCGTTGCA
GACGCAATGTTCGGTCTCTCCCTTGGTTACCGATCAAAGAAAGAACGTTGATAACAACAT
TGTGCTGATCAACCAATACAATGTATCTGAACCACCTCAAAGTGCTCAGAGGAGAAACGA
GGCTAGCTTTTACAATAGTTCTGACTCACCTGGCCCACCTTTTAGCACCAGATGAACTCT
TGGCCAGGACAGGGTTCTTACCCAACGCCAGTTCCCATTATACAGTTCCCCGGACCTAAT
ACAGCTCACGCATCTGCCATGGCTCCTACTTCAGTGTCTCCAAGCCCTAGTTCCGTTAGC
CCGCATGAGTACAGTTCCATGTTTCACCCGTTCAACGGTAAACCCGAGGGCTTGCAAGAG
CGGGATGGTTCCATGGATATAGAGGAGAGAAGACACGTCTCCTCTGCAACAGAACATAGT
GGAACAGGCAATCAATGTAGTTACATTGAATATCATCATCAACAGCAGCCTTCTAGAGAA
GAGGAACGAAGAAGGATACTCGTCCTCTGTTGGGAAACTTCAGCAGTCTCTTCAACG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1AD48JQ 864 0 0
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CCGATCAAAGAAAGAACGTTGATAACAACATTGTGCTGATCAACCAATACAATGTATCTG
AACCACCTCAAAGTGCTCAGAGGAGAAACGAGGCTAGCTTTTACAATAGTTCTGACTCAC
CTGGCCCACCTTTTAGCACCAGATGAACTCTTGGCCAGGACAGGGTTCTTACCCAACGCC
AGTTCCCATTATACAGTTCCCCGGACCTAATACAGCTCACGCATCTGCCATGGCTCCTAC
TTCAGTGTCTCCAAGCCCTAGTTCCGTTAGCCCGCATGAGTACAGTTCCATGTTTCACCC
GTTCAACGGTAAACCCGAGGGCTTGCAAGAGCGGGATGGTTCCATGGATATAGAGGAGAG
AAGACACGTCTCCTCTGCAACAGAACATAGTGGAACAGGCAATCAATGTAGTTACATTGA
ATATCATCATCAACAGCAGCCTTCTAGAGAAGAGGAACGAAGAAGGATACTCGTCCTCTG
TTGGGAAACTTCAGCAGTCTCTTCAACGGGAAGCTGCTTTGAACAAATTCAGGATGAAGC
GCAAGGAGAGGTGCTTTGAGAAAAAGGTCCGTTATGAGAGCCGGAAGAAATTAGCAGAAC
AACGGCCTCGAATCAAAGGGCAATTCGTTCGTCAAGTCCAGTCAACTGAGACCTCAACAC
AAGAAGAAGTTCCACAATGATTCAACAAATTTATGTATTAATTATTAGATTTTGTATCAA
AGAGGGAGGGGTTTGATTCCTCCGTTACATTAGCTGTTCTTGTACTAACTCTCTACGTAC
GTAGTTGGTGATACTTTTGTGTGT

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 2

CO CL6814Contig1 767 2 3 U
TTTAGAAAACGACAAAGGATTTCCTGAAATTATGGTTTAATCTCCCCAACAAAATGACAT
CATATAAAGAAAAAAAAAGACATTACAAATAACACGAGATCGTCCAAGTACTATAAAACG
AAGAACACACTCAGCTGTATGAGTAAGAATCCATCCGTACCATACCGGAACCTATACCGG
CCAAAGAGTGATAAACGATAAATCTCTACATTATTTTACTTAAACGCTTCCCTCCGTAGT
AAACAGGTTAAACCAACAAAAAAATTCCTCAAGAGAGAAACAAATAAACGTGGTTTAAAC
CTGTTACCTTGTGCCCCACCATTCCAAGCCTCAGCTGCTACCCTTTTGTTTGAGGGTGAT
CTTGTCCCCAAGACTTAGAGCAATCCCTTGCGTCTTGCTCCTTATCCTTATGTAGCCACT
CAATGCTCCGTCTGTTTGCTTCTCGATACTCACATTCACTAGAGCATCCTCACCGAACAC
ACTTTTTGCGTATAAGTTTGCTGCAAGGAACCCACATTCTCCATCTAGTTCAGATGGGCC
AGTGAGACACTTCATGTTTGTGGATTTGATAATGTGGTCGAGGAACTCTCTTTCGTTCTC
AATCTTGGTGTTCACAGCAACCTTGTTTTCCCATTCAAACTCTGCCCACATGGTTCTGAA
AGCAACATCCGAGCAAACAGCAGGGGAGATATAATCCATGATATCGATGTGAATGTCGTT
AAGTACCACCACGTTTCGCTCCATAACATTTGATGTCTCATAGACAC


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AF RR1CT22JQ U 4
AF RR1CT22TF C 1
BS 1 5 RR1CT22TF
BS 6 657 RR1CT22JQ
BS 658 767 RR1CT22TF

RD RR1CT22JQ 654 0 0
AA
AAAACGACAAAGGATTTCCTGAAATTATGGTTTAATCTCCCCAACAAAATGACATCATAT
AAAGAAAAAAAAAGACATTACAAATAACACGAGATCGTCCAAGTACTATAAAACGAAGAA
CACACTCAGCTGTATGAGTAAGAATCCATCCGTACCATACCGGAACCTATACCGGCCAAA
GAGTGATAAACGATAAATCTCTACATTATTTTACTTAAACGCTTCCCTCCGTAGTAAACA
GGTTAAACCAACAAAAAAATTCCTCAAGAGAGAAACAAATAAACGTGGTTTAAACCTGTT
ACCTTGTGCCCCACCATTCCAAGCCTCAGCTGCTACCCTTTTGTTTGAGGGTGATCTTGT
CCCCAAGACTTAGAGCAATCCCTTGCGTCTTGCTCCTTATCCTTATGTAGCCACTCAATG
CTCCGTCTGTTTGCTTCTCGATACTCACATTCACTAGAGCATCCTCACCGAACACACTTT
TTGCGTATAAGTTTGCTGCAAGGAACCCACATTCTCCATCTAGTTCAGATGGGCCAGTGA
GACACTTCATGTTTGTGGATTTGATAATGTGGTCGAGGAACTCTCTTTCGTTCTCAATCT
TGGTGTTCACAGCAACCTTGTTTTCCCATTCAAACTCTGCCCACATGGTTCT

QA 3 654 3 654
DS 

RD RR1CT22TF 767 0 0
TTTAGAAAACGACAAAGGATTTC*TGAAATTATGGTTTAATCTCCCCAACAAAATGACAT
CATATAAAGAAAAAAAA*GACATTACAAATAACACGAGATCGTCCAAGTACTATAAAACG
AAGAACACACTCAGCTGTATGAGTAAGAATCCATCCGTACCATACCGGAACCTATACCGG
CCAAAGAGTGATAAACGATAAATCTCTACATTATTTTACTTAAACGCTTCCCTCCGTAGT
AAACAGGTTAAACCAACAAAAAAATTCCTCAAGAGAGAAACAAATAAACGTGGTTTAAAC
CTGTTACCTTGTGCCCCACCATTCCAAGCCTCAGCTGCTACCCTTTTGTTTGAGGGTGAT
CTTGTCCCCAAGACTTAGAGCAATCCCTTGCGTCTTGCTCCTTATCCTTATGTAGCCACT
CAATGCTCCGTCTGTTTGCTTCTCGATACTCACATTCACTAGAGCATCCTCACCGAACAC
ACTTTTTGCGTATAAGTTTGCTGCAAGGAACCCACATTCTCCATCTAGTTCAGATGGGCC
AGTGAGACACTTCATGTTTGTGGATTTGATAATGTGGTCGAGGAACTCTCTTTCGTTCTC
AATCTTGGTGTTCACAGCAACCTTGTTTTCCCATTCAAACTCTGCCCACATGGTTCTGAA
AGCAACATCCGAGCAAACAGCAGGGGAGATATAATCCATGATATCGATGTGAATGTCGTT
AAGTACCACCACGTTTCGCTCCATAACATTTGATGTCTCATAGACAC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL6815Contig1 1199 2 12 U
GGAGACGCGGTGGAGCCAAGGTGGCCTTGCCGCTGCTAAAGTCTGCTCGACCACGGCTGT
TCTCAACCGCCACTACGAGCACGATCCGTTCCATGTCTCACGAGACAACAAGCCATCTTC
TGAAACCAGCCGCTAGCATGAACACTTGGATCTGGAGCGGAGCTGGAGGCGTGCGATTTG
CTAGCACGGCTAGTTTAGGAGAGAAAACTCCGAGTCCGAAGAAAACAGAGGACGACGAAT
CATCCACCACCGGGGGTAACAAGGGTATCGCTAGCTATTGGGGTGTTGAACCGAGTAAGA
TCACCAAAGAAGATGGTACTGAATGGAAGTGGAACTGCTTCAGGCCTTGGGAGACGTATA
AGGCTGACTTGACGATAGATCTGTCGAAGCATCATGTTCCAACGACATTTCTTGACAGAT
TAGCTTATTGGACTGTCAAATCTCTTCGCTGGCCGACCGATCTCTTCTTCCAGAGGCGAT
GCGGATGCCGAGCTATGATGCTCGAAACTGTAGCAGCAGTGCCCGGAATGGTCGGAGGAA
TGTTACTCCACTTTAAATCTCTCAGACGCTTTGAGCAAAACGGTGGATGGATCAAAGCCC
TTCTCGAGGAAGCAGAGAACGAGAGGATGCATCTCATGACATTCATGGAAGTCGCTAAAC
CCAAATGGTACGAGAGAGCTCTTGTCATCACTGTCCAAGGAGTCTTCTTCAACGCTTATT
TCCTCGGATACCTAATCTCTCCCAAGTTTGCTCACCGTATGGTTGGTTACCTTGAGGAAG
AAGCAATCCATTCGTACACTGAGTTCCTCAAGGAGCTTGACAAAGGTAACATTGACAACG
TCCCTGCTCCGGCTATTGCTATTGATTACTGGAGGCTCCCTGCTGATGCAACCCTTCGTG
ACGTTGTCATGGTGGTCCGTGCCGACGAGGCACATCACCGAGATGTTAACCATTTTGCAT
CTGATATTCACTACCAAGGTCGTGAGTTAAAGGAAGCTCCAGCTCCAGTTGGATACCATT
GAGCTTAGCTATATCCCGTTGAATAAGAGTTTGTTTTCTCAAGTTTTAAAAAAAAAAGTT
TAAAACTTTGTTCTAAAGAAAATTGAAAAGAGTATATGGCCTCTTCGTTCATTTGTGTAT
AAGACCACCTCTACTAGAGCCATACATTGGAATCGACTTCTTTGAATGTTATATTTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EG25TF U 1
AF RR1EG25JQ C 504
BS 1 699 RR1EG25TF
BS 700 700 RR1EG25JQ
BS 701 748 RR1EG25TF
BS 749 749 RR1EG25JQ
BS 750 776 RR1EG25TF
BS 777 777 RR1EG25JQ
BS 778 781 RR1EG25TF
BS 782 782 RR1EG25JQ
BS 783 825 RR1EG25TF
BS 826 826 RR1EG25JQ
BS 827 839 RR1EG25TF
BS 840 1199 RR1EG25JQ

RD RR1EG25TF 839 0 0
GGAGACGCGGTGGAGCCAAGGTGGCCTTGCCGCTGCTAAAGTCTGCTCGACCACGGCTGT
TCTCAACCGCCACTACGAGCACGATCCGTTCCATGTCTCACGAGACAACAAGCCATCTTC
TGAAACCAGCCGCTAGCATGAACACTTGGATCTGGAGCGGAGCTGGAGGCGTGCGATTTG
CTAGCACGGCTAGTTTAGGAGAGAAAACTCCGAGTCCGAAGAAAACAGAGGACGACGAAT
CATCCACCACCGGGGGTAACAAGGGTATCGCTAGCTATTGGGGTGTTGAACCGAGTAAGA
TCACCAAAGAAGATGGTACTGAATGGAAGTGGAACTGCTTCAGGCCTTGGGAGACGTATA
AGGCTGACTTGACGATAGATCTGTCGAAGCATCATGTTCCAACGACATTTCTTGACAGAT
TAGCTTATTGGACTGTCAAATCTCTTCGCTGGCCGACCGATCTCTTCTTCCAGAGGCGAT
GCGGATGCCGAGCTATGATGCTCGAAACTGTAGCAGCAGTGCCCGGAATGGTCGGAGGAA
TGTTACTCCACTTTAAATCTCTCAGACGCTTTGAGCAAAACGGTGGATGGATCAAAGCCC
TTCTCGAGGAAGCAGAGAACGAGAGGATGCATCTCATGACATTCATGGAAGTCGCTAAAC
CCAAATGGTACGAGAGAGCTCTTGTCATCACTGTCCAAG*AGTCTTCTTCAACGCTTATT
TCCTCGGATACCTAATCTCTCCCAAGTT*GCTCACCGTATGGTTGGTTACCTTGAG*AAG
A*GCAATCCATTCGTACACTGAGTTCCTCAAGGAGCTTGACAAAG*TAACATTGACAAC

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR1EG25JQ 696 0 0
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AGACGCTTTGAGCAAAACGGTGGATGGATCAAAGCCCTTCTCGAGGAAGCAGAGAACGAG
AGGATGCATCTCATGACATTCATGGAAGTCGCTAAACCCAAATGGTACGAGAGAGCTCTT
GTCATCACTGTCCAAGGAGTCTTCTTCAACGCTTATTTCCTCGGATACCTAATCTCTCCC
AAGTTTGCTCACCGTATGGTTGGTTACCTTGAGGAAGAAGCAATCCATTCGTACACTGAG
TTCCTCAAGGAGCTTGACAAAGGTAACATTGACAACGTCCCTGCTCCGGCTATTGCTATT
GATTACTGGAGGCTCCCTGCTGATGCAACCCTTCGTGACGTTGTCATGGTGGTCCGTGCC
GACGAGGCACATCACCGAGATGTTAACCATTTTGCATCTGATATTCACTACCAAGGTCGT
GAGTTAAAGGAAGCTCCAGCTCCAGTTGGATACCATTGAGCTTAGCTATATCCCGTTGAA
TAAGAGTTTGTTTTCTCAAGTTTTAAAAAAAAAAGTTTAAAACTTTGTTCTAAAGAAAAT
TGAAAAGAGTATATGGCCTCTTCGTTCATTTGTGTATAAGACCACCTCTACTAGAGCCAT
ACATTGGAATCGACTTCTTTGAATGTTATATTTGCC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL6816Contig1 759 2 6 U
TTTTTATACTTTTGATCAAAATTCTTCACGAGGGAAACAATTTCGATTTCATAACTTACC
GATTCTCGAGGGATGGCGGCGGTAAATGGGCACCAAGGAAACACTCCGGCGGAGACAACC
CCGGCGGCCACCGGATCGAAACAACCTGCTCCTCCGGCTAAACCCGTAGATAGCCACTCC
GTTCTCAAAAGGCTGCAATCTGAACTAATGGGTTTAATGATGGGAGGTGATCCGGGGATA
TCTGCTTTCCCAGAGGAAGACAATATATTCTGCTGGAAAGGAACAATCACTGGGAGCAAA
GATACTGTGTTCCAAGGAACTGAGTACAGACTCTCCCTCGCTTTCTCCAACGATTACCCT
TTCAAACCTCCCAAAGTTAAGTTCGAGACTTGCTGCTTCCATCCCAATGTCGACCTCTAT
GGCAATATTTGCTTGGACATTCTTCAGGATAAATGGTCATCGGCTTACGATGTGAGGACG
TTATTACTCTCGATTCAAAGCCTTCTCGGAGAACCGAACATCAGCTCGCCATTGAACAAT
CAAGCAGCTCAGCTTTGGAGCAATCAAAAAGAGTACAGGAAGATGGTTGAGAAGCTCTAC
AAACCATTGAACGCATGATTCTCGATGTAATTGGTACAGCTATATTATGATTTTCCAGAA
GAAAGAGAAATCACTGCTTTCAATAGATCATGTTTCTTCTACTTTGTAATCTCAGTTCGA
GCCTATATTAGCAAATCAAAGACCCTTTTTATTAGAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1G245TF U 1
AF RR1G245JQ C 17
BS 1 629 RR1G245TF
BS 630 630 RR1G245JQ
BS 631 659 RR1G245TF
BS 660 660 RR1G245JQ
BS 661 669 RR1G245TF
BS 670 759 RR1G245JQ

RD RR1G245TF 676 0 0
TTTTTATACTTTTGATCAAAATTCTTCACGAGGGAAACAATTTCGATTTCATAACTTACC
GATTCTCGAGGGATGGCGGCGGTAAATGGGCACCAAGGAAACACTCCGGCGGAGACAACC
CCGGCGGCCACCGGATCGAAACAACCTGCTCCTCCGGCTAAACCCGTAGATAGCCACTCC
GTTCTCAAAAGGCTGCAATCTGAACTAATGGGTTTAATGATGGGAGGTGATCCGGGGATA
TCTGCTTTCCCAGAGGAAGACAATATATTCTGCTGGAAAGGAACAATCACTGGGAGCAAA
GATACTGTGTTCCAAGGAACTGAGTACAGACTCTCCCTCGCTTTCTCCAACGATTACCCT
TTCAAACCTCCCAAAGTTAAGTTCGAGACTTGCTGCTTCCATCCCAATGTCGACCTCTAT
GGCAATATTTGCTTGGACATTCTTCAGGATAAATGGTCATCGGCTTACGATGTGAGGACG
TTATTACTCTCGATTCAAAGCCTTCTCGGAGAACCGAACATCAGCTCGCCATTGAACAAT
CAAGCAGCTCAGCTTTGGAGCAATCAAAAAGAGTACAGGAAGATGGTTGAGAAGCTCTAC
AAACCATTGAACGCATGATTCTCGATGTA*TTGGTACAGCTATATTATGATTTTCCAGA*
GAAAGAGAA
TCACTGC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1G245JQ 743 0 0
CAAAATTCTTCACGAGGGAAACAATTTCGATTTCATAACTTACCGATTCTCGAGGGATGG
CGGCGGTAAATGGGCACCAAGGAAACACTCCGGCGGAGACAACCCCGGCGGCCACCGGAT
CGAAACAACCTGCTCCTCCGGCTAAACCCGTAGATAGCCACTCCGTTCTCAAAAGGCTGC
AATCTGAACTAATGGGTTTAATGATGGGAGGTGATCCGGGGATATCTGCTTTCCCAGAGG
AAGACAATATATTTTGCTGGAAAGGAACAATCACTGGGAGCAAAGATACTGTGTTCCAAG
GAACTGAGTACAGACTCTCCCTCGCTTTCTCCAACGATTACCCTTTCAAACCTCCCAAAG
TTAAGTTCGAGACTTGCTGCTTCCATCCCAATGTCGACCTCTATGGCAATATTTGCTTGG
ACATTCTTCAGGATAAATGGTCATCGGCTTACGATGTGAGGACGTTATTACTCTCGATTC
AAAGCCTTCTCGGAGAACCGAACATCAGCTCGCCATTGAACAATCAAGCAGCTCAGCTTT
GGAGCAATCAAAAAGAGTACAGGAAGATGGTTGAGAAGCTCTACAAACCATTGAACGCAT
GATTCTCGATGTAATTGGTACAGCTATATTATGATTTTCCAGAAGAAAGAGAAATCACTG
CTTTCAATAGATCATGTTTCTTCTACTTTGTAATCTCAGTTCGAGCCTATATTAGCAAAT
CAAAGACCCTTTTTATTAGAGTT

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL6817Contig1 908 2 2 U
GAAGACGTAAAGGGGCTGTCCGATAGCAAAATCTCTAATCAACCAACAGAGCCGTCTCAA
GATTGGGAGACCTTGGCTCAAGCCTGGGTCGCCGCCTTCCCCGACGCCAAGTCCGTCGTT
AGCGCCAGCGAAGTCGAGACTTGGATCGGCTCCAACTTCGAATCCTTACCCGCCGATCTC
CGTCAGAGACCCCTCTCCGATCTCGTCGACCGTTTCCTCTCCATGCAACAGTACATGAGA
CGAACCGCATCCGAACAGAACGAGCAAGAGAGTAATCAAGGTGATCAACATCCGGCTCGG
TTTCAGAGGACAGACCAGTGGTTACCAGTGTATTCGTGGTTAGAGTCTCTGGATAACGGA
GAGTTTGGTGAAATCGAAGGATATCTCTGAGTGGCTAGATGCGAATCCGGAGGTTAAGGA
AGAGCTCTCTTCAAGGCATTCCTCGTTATCATTTGACTCATTATGTCAAAAAATGTCATC
TCAAGATTCTTAAAAGAAAAGAGAAGAAGGGATTGATCCGCCTGAGTAGAGAAACTGCAA
TGGAAGTTCACAAAGAATTTGGGGAGAAACATCATAATGCCACACTTCCTGCTGATCCCA
TGAGCAATATACCAAAAGACAGTGACCTCTACCGTACAAAACTGAAAGAAGCTAAACGCA
GATTTGAGATCTTGGTTGAGCTCGAGAAGAAACTAGCTCCGCATTTTTCAAGGCCTCGAA
TAGCCAACACATGAAATTATCCACCCCTACTTCTGTGTAAAGTAAATCAGAAGCTGGTTT
CAAACACTTCCTTTTGATTGGCATTGTACGTCTGTTATCTGCTTTTGGTGTTGTAGAACT
GTTTGTGAAATGGTAAGGTCATGTAGTTGTATGGAGTTTAGTTTGAATGTAAACCGTAAC
TTGTAACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS62TF U 1
AF RR1CS62JQ C 209
BS 1 514 RR1CS62TF
BS 515 908 RR1CS62JQ

RD RR1CS62TF 514 0 0
GAAGACGTAAAGGGGCTGTCCGATAGCAAAATCTCTAATCAACCAACAGAGCCGTCTCAA
GATTGGGAGACCTTGGCTCAAGCCTGGGTCGCCGCCTTCCCCGACGCCAAGTCCGTCGTT
AGCGCCAGCGAAGTCGAGACTTGGATCGGCTCCAACTTCGAATCCTTACCCGCCGATCTC
CGTCAGAGACCCCTCTCCGATCTCGTCGACCGTTTCCTCTCCATGCAACAGTACATGAGA
CGAACCGCATCCGAACAGAACGAGCAAGAGAGTAATCAAGGTGATCAACATCCGGCTCGG
TTTCAGAGGACAGACCAGTGGTTACCAGTGTATTCGTGGTTAGAGTCTCTGGATAACGGA
GAGTTTGGTGAAATCGAAGGATATCTCTGAGTGGCTAGATGCGAATCCGGAGGTTAAGGA
AGAGCTCTCTTCAAGGCATTCCTCGTTATCATTTGACTCATTATGTCAAAAAATGTCATC
TCAAGATTCTTAAAAGAAAAGAGAAGAAGGGATT

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1CS62JQ 700 0 0
ACCGTTTCCTCTCCATGCAACAGTACATGAGACGAACCGCATCCGAACAGAACGAGCAAG
AGAGTAATCAAGGTGATCAACATCCGGCTCGGTTTCAGAGGACAGACCAGTGGTTACCAG
TGTATTCGTGGTTAGAGTCTCTGGATAACGGAGAGTT*GGTGAAATCGAAGGATATTTCT
GAGTGGCTAGATGCGAATCCGGAGGTTAAGGAAGAGCTCTCTTCAAGGCATTC*TCGTTA
TCATTTGACTCATTATGTCAAAAAATGTCATCTCAAGATTCTTAAAAGAAAAGAGAAGAA
GGGATTGATCCGCCTGAGTAGAGAAACTGCAATGGAAGTTCACAAAGAATTTGGGGAGAA
ACATCATAATGCCACACTTCCTGCTGATCCCATGAGCAATATACCAAAAGACAGTGACCT
CTACCGTACAAAACTGAAAGAAGCTAAACGCAGATTTGAGATCTTGGTTGAGCTCGAGAA
GAAACTAGCTCCGCATTTTTCAAGGCCTCGAATAGCCAACACATGAAATTATCCACCCCT
ACTTCTGTGTAAAGTAAATCAGAAGCTGGTTTCAAACACTTCCTTTTGATTGGCATTGTA
CGTCTGTTATCTGCTTTTGGTGTTGTAGAACTGTTTGTGAAATGGTAAGGTCATGTAGTT
GTATGGAGTTTAGTTTGAATGTAAACCGTAACTTGTAACC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL6818Contig1 1124 2 2 U
GAGGCTCTTAGATCAAAGGAAGGAGGTGTACTGAACAAGGTCAAGATGCTAACTGCGATT
CTCAAGTTTGTTGTTGAGTCTACAGAGATGGGTCTAGCTTCCCATTTCCAAGCAAGAATG
CTGAAGTTCACATCTGCGTATCTGAAGTACGCCATCTCCAGTTTCAACCACCATTCAACT
GGTAAGTTACAATTTGAGGATGCAGATCTGAAGGACATGATTCTGTGTACCAAAAGCTCG
ACCAGTTACGCCGGAAAGTTGATAAACCTGGTGATGAGGGAAGCGTCGTCATCCCCTTCG
TTTGAAGCTTTCGACCTTGCAAATGACCTGCTTGATCTTTTCACCATGGTGGAGATATCG
GTAGGCTCGGCTTATGCATCGAAACTTGTGACAGCTTTAAACCCTTGGATACCAGATTTG
GTTCTTGCATTAGGACCTTGTTTCATCAACAACAACAACTTGGAAGAAGAAGAAGAAGAT
TCATACACCAGCACATTCAATCACATCAAACTCTGCTTTCCGACATGGCTTGTTACATGT
GCCAAGCTGGAGCTACATGAAATGGATGACACCTCAGAAACTCATCTCCAGCTCCCGGCA
CTGAAACGACTGAGAAACACCATAGTTTCACTGGTGAAAGGTCACTCAAAAGTGGTTGAT
GGAATCGGTTATGTGCTTTTGATGTGCTCAGCCGTGTGTATAGAGAAGAAAGATTACAGT
ACAGTTTTAGGGTTGTTGCGGTTTCTATGTGTGAAGTTGCTTAGTAGAGAAGGAGCAGAA
GAAGATAGAGAGTGGAAAGAGCTTGACACAATGTTGGTCTCGCTTCCGAGAATATACCCG
GTAATAGAGCGAGAGATTGGTGAAGAAAGAGATGAAGAGGAAGTGAAGAAGCTCGAGGCG
GTAAGAGAATTGCTTCTACCTGTGTGGACGTACCATGTCTATGAAACCGGAAGGTTTCGC
ATGATGGAGGAAGAAGAATAGATAATGTTGGTTTCGAGCTGTGACGTGTTGTAATATATT
ACATTCGTTAGTGTGTTCATTTGAACTCTGAATCTCAATTTGATCCGAGTGCAGGGTTAC
ATCTGAAAGATGGAAATAAGAGTTAAAAAAATTTGCCATCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AK22TF U 1
AF RR1AK22JQ C 517
BS 1 726 RR1AK22TF
BS 727 1124 RR1AK22JQ

RD RR1AK22TF 726 0 0
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CTCAAGTTTGTTGTTGAGTCTACAGAGATGGGTCTAGCTTCCCATTTCCAAGCAAGAATG
CTGAAGTTCACATCTGCGTATCTGAAGTACGCCATCTCCAGTTTCAACCACCATTCAACT
GGTAAGTTACAATTTGAGGATGCAGATCTGAAGGACATGATTCTGTGTACCAAAAGCTCG
ACCAGTTACGCCGGAAAGTTGATAAACCTGGTGATGAGGGAAGCGTCGTCATCCCCTTCG
TTTGAAGCTTTCGACCTTGCAAATGACCTGCTTGATCTTTTCACCATGGTGGAGATATCG
GTAGGCTCGGCTTATGCATCGAAACTTGTGACAGCTTTAAACCCTTGGATACCAGATTTG
GTTCTTGCATTAGGACCTTGTTTCATCAACAACAACAACTTGGAAGAAGAAGAAGAAGAT
TCATACACCAGCACATTCAATCACATCAAACTCTGCTTTCCGACATGGCTTGTTACATGT
GCCAAGCTGGAGCTACATGAAATGGATGACACCTCAGAAACTCATCTCCAGCTCCCGGCA
CTGAAACGACTGAGAAACACCATAGTTTCACTGGTGAAAGGTCACTCAAAAGTGGTTGAT
GGAATCGGTTATGTGCTTTTGATGTGCTCAGCCGTGTGTATAGAGAAGAAAGATTACAGT
ACAGTT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1AK22JQ 608 0 0
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GAAACTCATCTCCAGCTCCCGGCACTGAAACGACTGAGAAACACCATAGTTTCACTGGTG
AAAGGTCACTCAAAAGTGGTTGATGGAATCGGTTATGTGCTTTTGATGTGTTCAGCCGTG
TGTATAGAGAAGAAAGATTACAGTACAGTTTTAGGGTTGTTGCGGTTTCTATGTGTGAAG
TTGCTTAGTAGAGAAGGAGCAGAAGAAGATAGAGAGTGGAAAGAGCTTGACACAATGTTG
GTCTCGCTTCCGAGAATATACCCGGTAATAGAGCGAGAGATTGGTGAAGAAAGAGATGAA
GAGGAAGTGAAGAAGCTCGAGGCGGTAAGAGAATTGCTTCTACCTGTGTGGACGTACCAT
GTCTATGAAACCGGAAGGTTTCGCATGATGGAGGAAGAAGAATAGATAATGTTGGTTTCG
AGCTGTGACGTGTTGTAATATATTACATTCGTTAGTGTGTTCATTTGAACTCTGAATCTC
AATTTGATCCGAGTGCAGGGTTACATCTGAAAGATGGAAATAAGAGTTAAAAAAATTTGC
CATCTCCC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL6819Contig1 360 2 1 U
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AAGGTTGGTTAGCCTTGGGCATCAAAAAGAAGAAGGGTGGTGGAAAGAAGAAGAAAGCCA
AGAAGGCAGGAGAGAAAGGAGAGGCCTCAACGGAGGCTGAGCCAATGGAAGCAAGTAGCA
ATGCTGAAGCATGATATCTTTCTTTTGTCTTCTTTTAAAAGAATTTTTGGAACTTCAGGT
CTTTTGTAGGTTTGAGTTTCAGAGAGTCTCTTAGATAAAAAAGAACAAAGAAAAACAAAT
TAAATGTGTCTTTTTGCACAAGTCCTTTTACTGAATGTTCATCATCATTGTTCTGATTTT


BQ
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AF RR1DC94JQ C 1
AF RR1DC94TF U 1
BS 1 360 RR1DC94TF

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AGAAGGCAGGAGAGAAAGGAGAGGCCTCAACGGAGGCTGAGCCAATGGAAGCAAGTAGCA
ATGCTGAAGCATGATATCTTTCTTTTGTCTTCTTTTAAAAGAATTTTTGGAACTTCAGGT
CTTTTGTAGGTTTGAGTTTCAGAGAGTCTCTTAGATAAAAAAGAACAAAGAAAAACAAAT
TAAATGTGTCTTTTTGCACAAGTCCTTTTACTGAATGTTCATCATCATTGTTCTGATTTT

QA 1 360 1 360
DS 

RD RR1DC94TF 360 0 0
GCACATCGCACACACTTCAGGAGATTCAACCTACGAAGACCATTGACGACCCTGAGATCA
AAGGTTGGTTAGCCTTGGGCATCAAAAAGAAGAAGGGTGGTGGAAAGAAGAAGAAAGCCA
AGAAGGCAGGAGAGAAAGGAGAGGCCTCAACGGAGGCTGAGCCAATGGAAGCAAGTAGCA
ATGCTGAAGCATGATATCTTTCTTTTGTCTTCTTTTAAAAGAATTTTTGGAACTTCAGGT
CTTTTGTAGGTTTGAGTTTCAGAGAGTCTCTTAGATAAAAAAGAACAAAGAAAAACAAAT
TAAATGTGTCTTTTTGCACAAGTCCTTTTACTGAATGTTCATCATCATTGTTCTGATTTT

QA 1 360 1 360
DS 



AS 1 2

CO CL6820Contig1 898 2 4 U
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ATGTGACGCATGGTGCCCAACAGGTCGTCTCTTCCAAGTAAAATACGCCATGGAAGCAGT
GAAGCAAGGCTCGGCCGCAATTGGACTCAGATCTCGCTCCCATGTCGTCCTCGCATGCGT
CAACAAGGCCCAGCCTGAGCTCTCTTCTCATCAGAAGAAGATCTTCAAAGTGGATGACCA
CATAGGCGTCGCAATTGCTGGACTCACAGCCGATGGCCGTGTTCTCTCCCGTTATATGAG
ATGGGAAGCAATCAATCACTCCTTCACCTATGAGTCTCCACTTCCCGTTGGTCGTCTCGT
CGTTCATCTCGCTGATAAGGCCCAGGTCTGCACCCAACGATCATGGAAACGTCCCTATGG
CGTGGGTTTGTTGGTAGGTGGACTGGATGAGTCTGGAGCCCACCTTTACTACAACTGCCC
AAGTGGAAACTACTTCGAGTATTAAGCTTTTGCTATTGGGTCCCGTTCACAAGCCGCAAA
GACTTATCTGGAGCGCAGGTTTGAGAGCTTTGGGGATTCTTCAAGAGAAGATCTGATAAA
AGATGCTATCTTGGCTGTTAGGGAGACACTGCAAGGTGAAACACTCAAGAGTCTCTCTGC
ACCGTATCTGTACTAGGAGTCGGTGAGCCATTCCACTTCTTGGACCAAGAAACTATACAA
AAGGTGATCGACACATTTGAGAAAGTACCTGAGGAAGAGGAAGGTGAGGCCGAAGCTGCT
GCACCAGCAGAACAGGGTGGTTCAGGTGACCAAGACGTGGCTCCAATGGAAATGTAAGGC
TTTTGTGTGCAACGCTGGAATCACTTTAAAATTTTAAATCATGTTAGTTGGATTGTCC


BQ
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EQ53TF U 1
AF RR1EQ53JQ C 296
BS 1 723 RR1EQ53TF
BS 724 724 RR1EQ53JQ
BS 725 749 RR1EQ53TF
BS 750 898 RR1EQ53JQ

RD RR1EQ53TF 749 0 0
GGAAAAAAGAAGAAAAGAGAGAAGCAAAGGAGAAGATGTTCAGGAATCAGTACGACACAG
ATGTGACGCATGGTGCCCAACAGGTCGTCTCTTCCAAGTAAAATACGCCATGGAAGCAGT
GAAGCAAGGCTCGGCCGCAATTGGACTCAGATCTCGCTCCCATGTCGTCCTCGCATGCGT
CAACAAGGCCCAGCCTGAGCTCTCTTCTCATCAGAAGAAGATCTTCAAAGTGGATGACCA
CATAGGCGTCGCAATTGCTGGACTCACAGCCGATGGCCGTGTTCTCTCCCGTTATATGAG
ATGGGAAGCAATCAATCACTCCTTCACCTATGAGTCTCCACTTCCCGTTGGTCGTCTCGT
CGTTCATCTCGCTGATAAGGCCCAGGTCTGCACCCAACGATCATGGAAACGTCCCTATGG
CGTGGGTTTGTTGGTAGGTGGACTGGATGAGTCTGGAGCCCACCTTTACTACAACTGCCC
AAGTGGAAACTACTTCGAGTATTAAGCTTTTGCTATTGGGTCCCGTTCACAAGCCGCAAA
GACTTATCTGGAGCGCAGGTTTGAGAGCTTTGGGGATTCTTCAAGAGAAGATCTGATAAA
AGATGCTATCTTGGCTGTTAGGGAGACACTGCAAGGTGAAACACTCAAGAGTCTCTCTGC
ACCGTATCTGTACTAGGAGTCGGTGAGCCATTCCACTTCTTGGACCAAGAAACTATACAA
AAG*TGATCGACACATTTGAGAAAGTACC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1EQ53JQ 603 0 0
ATGAGATGGGAAGCAATCAATCACTCCTTCACCTATGAGTCTCCACTTCCCGTTGGTCGT
CTCGTCGTTCATCTCGCTGATAAGGCCCAGGTCTGCACCCAACGATCATGGAAACGTCCC
TATGGCGTGGGTTTGTTGGTAGGTGGACTGGATGAGTCTGGAGCCCACCTTTACTACAAC
TGCCCAAGTGGAAACTACTTCGAGTATTAAGCTTTTGCTATTGGGTCCCGTTCACAAGCC
GCAAAGACTTATCTGGAGCGCAGGTTTGAGAGCTTTGGGGATTCTTCAAGAGAAGATCTG
ATAAAAGATGCTATCTTGGCTGTTAGGGAGACACTGCAAGGTGAAACACTCAAGAGTCTC
TCTGCACCGTATCTGTACTAGGAGTCGGTGAGCCATTCCACTTCTTGGACCAAGAAACTA
TACAAAAGGTGATCGACACATTTGAGAAAGTACCTGAGGAAGAGGAAGGTGAGGCCGAAG
CTGCTGCACCAGCAGAACAGGGTGGTTCAGGTGACCAAGACGTGGCTCCAATGGAAATGT
AAGGCTTTTGTGTGCAACGCTGGAATCACTTTAAAATTTTAAATCATGTTAGTTGGATTG
TCC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL6821Contig1 774 2 18 U
GGAAACGAAGACTTTCTGGATAGAAAATTAGGGTTTTTTTCCCTTTCTCGCAAAGTCTTT
GTCTGGATTGTTGCCGATCCAGCGATGGAAAGATCCGAATCCCCTCCACCGAAGCGTCAG
AAGATGGAGGAAACAACGTGCTATAATGGCCGTCCAGAGGATTTTGATTCCGACGAGTGC
TCCGACGAGGAGATGCAACTGTTCGAGCAAGAGTTGGATAAGATCGGCGGGGGCTATGAA
ATCGACTTCAAGAAACTTCGTTACTGTTTTGGATGGAAAACCACTGGATCTGGATGACAG
TACAATGGTTGATGAACCTGAAACTAACAGAGATTTCATAGGGAAGTTGGCGAACCTGGC
TCTTACCAAACATAACACAGACAGGGGAACAAGCTTTGAACTGGGAAAGATTATGATTGC
CAACTTTCATCTATCTTGTGGATTCTCCTTCTACATCTCATTCCAAGTCAATGATCCTTC
AGAAGAAGATGGTAATCAGACAAAACCCTTTTCGAGCAGTGGTTCGCTACTTTCCTGGAG
ATATTGAAGTTGTCTCTTGCAATCCAAAAGATTGAATTCTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTTTTATAGCAATCCACCCGCTC
GTTTCTGATATCATCACACATCTATCCTACCATCATTATCCTATCCTATCTATGAAACTG
CTAGCTCTTTTCTTGTTTATGTTCCAACTTGTTTGCTTGGTGTGGTGTTTAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1CR82TF U 1
AF RR1DP89TF U 33
BS 1 255 RR1CR82TF
BS 256 256 RR1DP89TF
BS 257 310 RR1CR82TF
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BS 312 511 RR1CR82TF
BS 512 512 RR1DP89TF
BS 513 648 RR1CR82TF
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BS 650 659 RR1CR82TF
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BS 740 743 RR1CR82TF
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BS 746 746 RR1DP89TF
BS 747 753 RR1CR82TF
BS 754 774 RR1DP89TF

RD RR1CR82TF 753 0 0
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GTCTGGATTGTTGCCGATCCAGCGATGGAAAGATCCGAATCCCCTCCACCGAAGCGTCAG
AAGATGGAGGAAACAACGTGCTATAATGGCCGTCCAGAGGATTTTGATTCCGACGAGTGC
TCCGACGAGGAGATGCAACTGTTCGAGCAAGAGTTGGATAAGATCGGCGGGGGCTATGAA
ATCGACTTCAAGAAATTTCGTTACTGTTTTGGATGGAAAACCACTGGATCTGGATGACAG
TACAATGGTTTATGAACCTGAAACTAACAGAGATTTCATAGGGAAGTTGGCGAACCTGGC
TCTTACCAAACATAACACAGACAGGGGAACAAGCTTTGAACTGGGAAAGATTATGATTGC
CAACTTTCATCTATCTTGTGGATTCTCCTTCTACATCTCATTCCAAGTCAATGATCCTTC
AGAAGAAGATGGTAATCAGACAAAACCCTTT*CGAGCAGTGGTTCGCTACTTTCCTGGAG
ATATTGAAGTTGTCTCTTGCAATCCAAAAGATTGAATTCTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTTTTATAGCA*TCCACCCGCTT
GTTTCTGATATCATCACACATCTATCCTACCATCATTATCCTATCCTATCTATGAAACTG
CTAGCTCTTTTCTTGTTTCTGTTTCCACTTGTT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1DP89TF 742 0 0
T
TTTTTTTCCCTTTCTCGCAAAGTCTTTGTCTGGATTGTTGCCGATCCAGCGATGGAAAGA
TCCGAATCCCCTCCACCGAAGCGTCAGAAGATGGAGGAAACAACGTGCTATAATGGCCGT
CCAGAGGATTTTGATTCCGACGAGTGCTCCGACGAGGAGATGCAACTGTTCGAGCAAGAG
TTGGATAAGATCGGCGGGGGTTATGAAATCGACTTCAAGAAACTTCGTTACTGTTTTGGA
TGGAAA*CCACTGGATCTGGATGACAGTACAATGGTTGATGAACCTGAAACTAACAGAGA
TTTCATAGGGAAGTTGGCGAACCTGGCTCTTACCAAACATAACGCAGACCGGGGAACAAG
CTTTGAACTGGGAAAGATTATGATTGCCAACTTTCATCTATCTTGTGGATTCTCCTTCTA
CATCTCATTCCAAGTCAATGATCCTTCAGAAGAAGATGGTAATCAGACAAAACCCTTTTC
GAGCAGTGGTTCGCTACTTTCCTGGAGATATTGAAGTTGTCTCTTGCAATCCAAAAGATT
GAATTCTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG**
****CTTTTATAGCAATCCACCCGCTCGTTTCTGATATCATCACACATCTATCCTACCAT
CATTATCCTATCCTATCTATGAAACTGCTAGCTCTTTTCTTGTTTATGTTCCAACTTGTT
TGCTTGGTGTGGTGTTTAAGT

QA 2 742 2 742
DS 



AS 1 2

CO CL6822Contig1 746 2 1 U
GCTGGACAGAAGCGGGCACATGAAACTATCAGATTTTGGATTATGTAAGCCATTAGACTG
TAGTATTCTGGAGGAAAAGGATTTCACATTTGCGCAGAACGTTAGTGGGGCTTTACAAAG
CGATGGTCGCCCTGTGGCACCTAGACGCTCCCGCTCCCAGATGGAACAGCTTCAGAACTG
GCAAAGAAATAGAAGGATGCTTGCTTATTCAACAGTTGGAACTCCTGATTATATTGCTCC
AGAAGTTTTGCTGAAGAAAGGGTATGGAATGGAATGTGATTGGTGGTCTCTTGGTGCTAT
AATGTATGAAATGCTTGTGGGGTTTCCACCATTTTATTCAGATGATCCAATGACAACTTG
TAGGAAGATAGTAAATTGGAAATTATTTGAAGTTCCCAGAAGAGGCTAGATTATCACCAG
AAGCTAAGGATCTCATCTGTAGACTTTTATGTAACGTAGAACAAAGGCTTGGAACAAAAG
GAGCCAATGAAATTAAGGATCATCCTTGGTTCGTGGGTGTGGAATGGGGAAAGTTATATC
AAATGAAGGCTGCTTTTATTCCCCAAGTCAATGACGAGTTGGACACCCAGAACTTCGAAA
AGTTTGATGAGACTGACAAGCAAGTTCCAAAGGTGACAAGATCAGTCCATGGAGAAAGAT
GCTGTCATCTAAAGACATAAACTTTGTGGGTTATACTTACAGAACGTTGAAATTGTAGAT
GAGATCAGTTATCAGGATAGCTGAGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H527TF U 1
AF RR1GZ14TFB U 1
BS 1 746 RR1GZ14TFB

RD RR1H527TF 642 0 0
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AGAAGTTTTGCTGAAGAAAGGGTATGGAATGGAATGTGATTGGTGGTCTCTTGGTGCTAT
AATGTATGAAATGCTTGTGGGGTTTCCACCATTTTATTCAGATGATCCAATGACAACTTG
TAGGAAGATAGTAAATTGGAAATTATTTGAAGTTCCCAGAAGAGGCTAGATTATCACCAG
AAGCTAAGGATCTCATCTGTAGACTTTTATGTAACGTAGAACAAAGGCTTGGAACAAAAG
GAGCCAATGAAATTAAGGATCATCCTTGGTTCGTGGGTGTGGAATGGGGAAAGTTATATC
AAATGAAGGCTGCTTTTATTCCCCAAGTCAATGACGAGTTGGACACCCAGAACTTCGAAA
AGTTTGATGAGACTGACAAGCAAGTTCCAAAGGTGACAAGAT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1GZ14TFB 746 0 0
GCTGGACAGAAGCGGGCACATGAAACTATCAGATTTTGGATTATGTAAGCCATTAGACTG
TAGTATTCTGGAGGAAAAGGATTTCACATTTGCGCAGAACGTTAGTGGGGCTTTACAAAG
CGATGGTCGCCCTGTGGCACCTAGACGCTCCCGCTCCCAGATGGAACAGCTTCAGAACTG
GCAAAGAAATAGAAGGATGCTTGCTTATTCAACAGTTGGAACTCCTGATTATATTGCTCC
AGAAGTTTTGCTGAAGAAAGGGTATGGAATGGAATGTGATTGGTGGTCTCTTGGTGCTAT
AATGTATGAAATGCTTGTGGGGTTTCCACCATTTTATTCAGATGATCCAATGACAACTTG
TAGGAAGATAGTAAATTGGAAATTATTTGAAGTTCCCAGAAGAGGCTAGATTATCACCAG
AAGCTAAGGATCTCATCTGTAGACTTTTATGTAACGTAGAACAAAGGCTTGGAACAAAAG
GAGCCAATGAAATTAAGGATCATCCTTGGTTCGTGGGTGTGGAATGGGGAAAGTTATATC
AAATGAAGGCTGCTTTTATTCCCCAAGTCAATGACGAGTTGGACACCCAGAACTTCGAAA
AGTTTGATGAGACTGACAAGCAAGTTCCAAAGGTGACAAGATCAGTCCATGGAGAAAGAT
GCTGTCATCTAAAGACATAAACTTTGTGGGTTATACTTACAGAACGTTGAAATTGTAGAT
GAGATCAGTTATCAGGATAGCTGAGC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL6823Contig1 760 2 8 U
GGGAACATACCAAACAAATGGCTAAAGCCAGAGGATCTTGCTTAGCAATCGTTATTATAG
CGATTGCCCATTTCTGTAACTGTGAAGCTGTCTTGTCTGAGAAAGAACATGACAAGGTCT
CCAAGTTGCCCGGTCAGAATTTCAATGTAAACTTTGCTCATTATTCTGGATTCGTTACAA
CAAATGAGAAACTGGGAAGAGCGCTCTTCTACTGGCTCTTTGAAGCCGATGAAGATCCTG
CCTCTAAGCCTCTTGTTCTCTGGCTCAATGGAGGACCAGGATGTTCATCAGTTGGGTTTG
GTGAAGCAGAAGAGATAGGACCATTTCACATTAAGCCAGATGGGAAGACTCTTTACCTTA
ATCAATATTCTTGGAACCAGGCTGCGAACATTTTGTTCGTTGATGCACCAGTTGGAGTTG
GCTTTTCATACTCAAACACTTCGTCTGATTTGCGTACCAATGGTGATAAGAGAACTGCAC
AAGACTCGCTTATATTTCTTCTGAAAGGGGTTGAGCGTTATCCGGAGTACAAAGGAAGAG
AGTTTTATATAGTTGGGGAGAGCTATGCAAGGCATTACATTCCTCAGCTGAGTCAAGCCA
TTGTAAGACATAACCAAGCTTCTGGCGAAAACACTATTAATCTAAAAGTTACATGGTAGA
AAACGGTTGATGGATGATCTCCAGACCAGCTCGGTCTTTCCAGTATATTGGACTTTGGGT
TTCATCTCCGACAACATACACCTTACTGAACTTCAGTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EU44TF U 1
AF RR1GE42TF U 7
BS 1 286 RR1EU44TF
BS 287 287 RR1GE42TF
BS 288 438 RR1EU44TF
BS 439 439 RR1GE42TF
BS 440 662 RR1EU44TF
BS 663 664 RR1GE42TF
BS 665 680 RR1EU44TF
BS 681 760 RR1GE42TF

RD RR1EU44TF 680 0 0
GGGAACATACCAAACAAATGGCTAAAGCCAGAGGATCTTGCTTAGCAATCGTTATTATAG
CGATTGCCCATTTCTGTAACTGTGAAGCTGTCTTGTCTGAGAAAGAACATGACAAGGTCT
CCAAGTTGCCCGGTCAGAATTTCAATGTAAACTTTGCTCATTATTCTGGATTCGTTACAA
CAAATGAGAAACTGGGAAGAGCGCTCTTCTACTGGCTCTTTGAAGCCGATGAAGATCCTG
CCTCTAAGCCTCTTGTTCTCTGGCTCAATGGAGGACCAGGATGTTCGTCAGTTGGGTTTG
GTGAAGCAGAAGAGATAGGACCATTTCACATTAAGCCAGATGGGAAGACTCTTTACCTTA
ATCAATATTCTTGGAACCAGGCTGCGAACATTTTGTTCGTTGATGCACCAGTTGGAGTTG
GCTTTTCATACTCAAACATTTCGTCTGATTTGCGTACCAATGGTGATAAGAGAACTGCAC
AAGACTCGCTTATATTTCTTCTGAAAGGGGTTGAGCGTTATCCGGAGTACAAAGGAAGAG
AGTTTTATATAGTTGGGGAGAGCTATGCAAGGCATTACATTCCTCAGCTGAGTCAAGCCA
TTGTAAGACATAACCAAGCTTCTGGCGAAAACACTATTAATCTAAAAGTTACATGGTAGA
AACGGGTTGATGGATGATCT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1GE42TF 754 0 0
ATACCAAACAAATGGCTAAAGCCAGAGGATCTTGCTTAGCAATCGTTATTATAGCGATTG
CCCATTTCTGTAACTGTGAAGCTGTCTTGTCTGAGAAAGAACATGACAAGGTCTCCAAGT
TGCCCGGTCAGAATTTCAATGTAAACTTTGCTCATTATTCTGGATTCGTTACAACAAATG
AGAAACTGGGAAGAGCGCTCTTCTACTGGCTCTTTGAAGCCGATGAAGATCCTGCCTCTA
AGCCTCTTGTTCTCTGGCTCAATGGAGGACCAGGATGTTCATCAGTTGGGTTTGGTGAAG
CAGAAGAGATAGGACCATTTCACATTAAGCCAGATGGGAAGACTCTTTACCTTGATCAAT
ATTCTTGGAACCAGGCTGCGAACATTTTGTTCGTTGATGCACCAGTTGGAGTTGGCTTTT
CATACTCAAACACTTCGTCTGATTTGCGTACCAATGGTGATAAGAGAACTGCACAAGACT
CGCTTATATTTCTTCTGAAATGGGTTGAGCGTTATCCGGAGTACAAAGGAAGAGAGTTTT
ATATAGTTGGGGAGAGCTATGCAGGGCATTACATTCCTCAGCTGAGTCAAGCCATTGTAA
GACATAACCAAGCTTCTGGCGAAA*CACTATTAATCTAAAAGTTACATGGTAGGAAACGG
TTGATGGATGATCTCCAGACCAGCTCGGTCTTTCCAGTATATTGGACTTTGGGTTTCATC
TCCGACAACATACACCTTACTGAACTTCAGTGTG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL6824Contig1 801 2 2 U
GGAGCTTTCCATCTACGAGAACGCTTACGGGTTGGCTAGATACGCTGTTATCTGCCAGGA
GAACGGTCTTGTTCCCATCGTTGAGCCTGAGATTCTCGTTGACGGTTCCCATGACATCCA
CAAGTGTGCTGCCGTCACCGAGCGTGTCCTTGCCGCTTGCTACAAGGCTCTTAGCGACCA
CCACGTCTTGCTTGAGGGAACTCTGTTGAAGCCTAACATGGTTACACCAGGATCCGACAG
TGCTAAGGTTGCTCCTGAGGTGATCGCTGAGCACACCGTCCGTGCCCTTCAGAGAACGGT
CCCAGCTGCTGTTCCAGCCATTGTGTTCTTGTCTGGTGGGCAGAGCGAGGAGGAGGCGAC
CAAGAACTTGAACGCGATGAACCAGTTGAAGACCAAGAAGCCATGGTCGTTGTCTTTCTC
TTTCGGACGTGCGTTGCAACAGAGCACTTTGAAGACATGGGCAGGTAAAGAGGAGAATGT
CTAGGCTGCTCAAGAGGCCTTGTATGTGAGGTGCAAGGCTAACTCTGAAGCTACGCTTGG
AACTTACAAAGGTGATGCTAAGCTTGGTGATGGAGCCGCAGAGAGCCTCCACGTGAAAGG
ATTACAAGTACTGAGAATCGTCGTTATCATTATTACCCTCAGACATTATCGGCCTTTTTT
CTCATTTTTCTTTGGATTTGTGTTTTATCTACAACTAAGATGTGTGCCTTTTGAGCTTCA
TCTTCTCTACACCTCTTGTTTCGGCCCTTTTAAATAACAGCTTTTGTTGTTCTGCTTTTT
GAATACTAATCTATTCTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F770TF U 1
AF RR1F770JQ C 285
BS 1 635 RR1F770TF
BS 636 801 RR1F770JQ

RD RR1F770TF 635 0 0
GGAGCTTTCCATCTACGAGAACGCTTACGGGTTGGCTAGATACGCTGTTATCTGCCAGGA
GAACGGTCTTGTTCCCATCGTTGAGCCTGAGATTCTCGTTGACGGTTCCCATGACATCCA
CAAGTGTGCTGCCGTCACCGAGCGTGTCCTTGCCGCTTGCTACAAGGCTCTTAGCGACCA
CCACGTCTTGCTTGAGGGAACTCTGTTGAAGCCTAACATGGTTACACCAGGATCCGACAG
TGCTAAGGTTGCTCCTGAGGTGATCGCTGAGCACACCGTCCGTGCCCTTCAGAGAACGGT
CCCAGCTGCTGTTCCAGCCATTGTGTTCTTGTCTGGTGGGCAGAGCGAGGAGGAGGCGAC
CAAGAACTTGAACGCGATGAACCAGTTGAAGACCAAGAAGCCATGGTCGTTGTCTTTCTC
TTTCGGACGTGCGTTGCAACAGAGCACTTTGAAGACATGGGCAGGTAAAGAGGAGAATGT
CTAGGCTGCTCAAGAGGCCTTGTATGTGAGGTGCAAGGCTAACTCTGAAGCTACGCTTGG
AACTTACAAAGGTGATGCTAAGCTTGGTGATGGAGCCGCAGAGAGCCTCCACGTGAAAGG
ATTACAAGTACTGAGAATCGTCGTTATCATTATTA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1F770JQ 517 0 0
CCCTTCAGAGAACGGTCCCAGCTGCTGTTCCAGCCATTGTGTTCTTGTCTGGTGGGCAGA
GCGAGGAGGAGGCGACCAAGAACTTGAACGCGATGAACCAGTTGAAGACCAAGAAGCCAT
GGTCGTTGTCTTTTTCTTTCGGACGTGCGTTGCAACAGAGCACTTTGAAGACATGGGCAG
GTAAAGAGGAGAATGTTTAGGCTGCTCAAGAGGCCTTGTATGTGAGGTGCAAGGCTAACT
CTGAAGCTACGCTTGGAACTTACAAAGGTGATGCTAAGCTTGGTGATGGAGCCGCAGAGA
GCCTCCACGTGAA*GGATTACAAGTACTGAGAATCGTCGTTATCATTATTACCCTCAGAC
ATTATCGGCCTTTTTTCTCATTTTTCTTTGGATTTGTGTTTTATCTACAACTAAGATGTG
TGCCTTTTGAGCTTCATCTTCTCTACACCTCTTGTTTCGGCCCTTTTAAATAACAGCTTT
TGTTGTTCTGCTTTTTGAATACTAATCTATTCTCTGC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 2

CO CL6825Contig1 691 2 2 U
GGACTCTCGCTCTCACTCTCACTCTCCTTCCTTGCTTCCGCCATTTTTGTTTGGTTTTGG
GTAATCAGAGTGAAAGGGAAGGGTCTCAATCAATTAGGGTTTTAACAGAGAGATGAGCCG
AAGTTTGGGGATACCGGTGAAGCTTCTTCACGAGGCATCAGGACATATAGTGACGGTAGA
GCTAAAGAGCGGGGAGTTATACAGAGGAAGCATGATCGAGTGTGAGGATAACTGGAACTG
TCAGCTCGAGGACATTACCTTCACCGCCAAGGATGGTAAGGTATCACAGCTTGAGCATGT
CTTCATTCGAGGCAGCAAAGTCAGGTTTATGGTCATACCAGACATTCTCAAGCATGCTCC
AATGTTCAAGCGCTTGGATGCTAGAATCAAGGGAAAGAGCGGATCACTTGGTGTTGGCAG
GGGTAGAGCTGCGATGCGAGGGAAAGCTCCGGCTACTGGGCGTGGAACGGGAGGAAGGGG
AGCAGTACCACCTGTTAGAAGATGATTGAATCTATGCTTTAACATGTAAGCTTCGATTCT
GATACAAAAACCAGCAGCCTCTCTTGCCTTTGTTATGTATTTTCTTTAAGGTTCACTTGT
AATGTAAAAACCAATGTTTTTCTCTAGGTACCAAGATGTTAAAACATTTGAGAACTTTTC
CTAATGATGTGTTTTTTTTTTCGCATTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EX37TF U 1
AF RR1EX37JQ C 51
BS 1 689 RR1EX37TF
BS 690 691 RR1EX37JQ

RD RR1EX37TF 689 0 0
GGACTCTCGCTCTCACTCTCACTCTCCTTCCTTGCTTCCGCCATTTTTGTTTGGTTTTGG
GTAATCAGAGTGAAAGGGAAGGGTCTCAATCAATTAGGGTTTTAACAGAGAGATGAGCCG
AAGTTTGGGGATACCGGTGAAGCTTCTTCACGAGGCATCAGGACATATAGTGACGGTAGA
GCTAAAGAGCGGGGAGTTATACAGAGGAAGCATGATCGAGTGTGAGGATAACTGGAACTG
TCAGCTCGAGGACATTACCTTCACCGCCAAGGATGGTAAGGTATCACAGCTTGAGCATGT
CTTCATTCGAGGCAGCAAAGTCAGGTTTATGGTCATACCAGACATTCTCAAGCATGCTCC
AATGTTCAAGCGCTTGGATGCTAGAATCAAGGGAAAGAGCGGATCACTTGGTGTTGGCAG
GGGTAGAGCTGCGATGCGAGGGAAAGCTCCGGCTACTGGGCGTGGAACGGGAGGAAGGGG
AGCAGTACCACCTGTTAGAAGATGATTGAATCTATGCTTTAACATGTAAGCTTCGATTCT
GATACAAAAACCAGCAGCCTCTCTTGCCTTTGTTATGTATTTTCTTTAAGGTTCACTTGT
AATGTAAAAACCAATGTTTTTCTCTAGGTACCAAGATGTTAAAACATTTGAGAACTTTTC
CTAATGATGTGTTTTTTTTTTCGCATTAT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1EX37JQ 641 0 0
TTGGTTTTGGGTAATCAGAGTGAAAGGGAAGGGTCTCAATCAATTAGGGTTTTAACAGAG
AGATGAGCCGAAGTTTGGGGATACCGGTGAAGCTTCTTCACGAGGCATCAGGACATATAG
TGACGGTAGAGCTAAAGAGCGGGGAGTTATACAGAGGAAGCATGATCGAGTGTGAGGATA
ACTGGAACTGTCAGCTCGAGGACATTACCTTCACCGCCAAGGATGGTAAGGTATCACAGC
TTGAGCATGTCTTCATTCGAGGCAGCAAAGTCAGGTTTATGGTCATACCAGACATTTTCA
AGCATGCTCCAATGTTCAAGCGCTTGGATGCTAGAATCAAGGGAAAGAGCGGATCACTTG
GTGTTGGCAGGGGTAGAGCTGCGATGCGAGGGAAAGCTCCGGCTACTGGGCGTGGAACGG
GAGGAAGGGGAGCAGTACCACCTGTTAGAAGATGATTGAATCTATGCTTTAACATGTAAG
CTTCGATTTTGATACAAAAACCAGCAGCCTCTCTTGCCTTTGTTATGTATTTTCTTTAAG
GTTCACTTGTAATGTAAAAACCAATGTTTTTCTCTAGGTACCAAGATGTTAAAACATTTG
AGAACTTTTCCTAATGATGTGTTTTTTTTTTCGCATTATCC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL6826Contig1 646 2 2 U
GGTCTAAAAAAAAAAGTAATAATAGCCAAAGAGTTCTGAACTGCAGAGCGGTAAAATGAA
ACAGCAATTCTTATTGGGTCTACTAAGAAACTTAAAGACTCAGATAATGTAACATAACTG
GAAGTAAGAGCACGATGATGATAAATAATCTCAACTACATCCAAAGAAGATTAAGCAAAA
TCAAAGAAGGGGCAAAGGAAGGTATCTCTCTTAGTTCTTGGCCTTGATGGAGTTGTTCTC
TTTGATTTTGGAACGGGTGTCAAGCTTGACAAAACGTTTGAGGTCATCGTAGGGAAGAGT
CTCGACGTTCTTCCTCCTGAGCTCACTAAGGGCAGGTCGAATATGGAGAAGACGCCAGAG
CCAATCAGGGTAGTCAGAGTCTGGAAGGATCTTGGGATCAGACCCGTCTTTGAGAGTGTT
AGCACCAACAACGGAAGTGGATTTGATCTCTTTGCTCAGAGACGATCCTTTAGGAGCATC
GCTGCCTCCTCCTTTCCCACCTTTCTTCGCTTTACCAGCCGCTGCTGCAAACGTTCTCCG
CACCACATCCTTGGATCCACCCGTTATCAATCCGATACGGTAATTCATTTCTCTTGGGAG
TTTCAGAGAGTGAACGCGGCAGAGAGGAGAGAGCGAGGAAACACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BA54TF C 1
AF RR1BA54JQ U 2
BS 1 6 RR1BA54TF
BS 7 646 RR1BA54JQ

RD RR1BA54TF 646 0 0
GGTCTAAAAAAAAAAGTAATAATAGCCAAAGAGTTCTGAACTGCAGAGCGGTAAAATGAA
ACAGCAATTCTTATTGGGTCTACTAAGAAACTTAAAGACTCAGATAATGTAACATAACTG
GAAGTAAGAGCACGATGATGATAAATAATCTCAACTACATCCAAAGAAGATTAAGCAAAA
TCAAAGAAGGGGCAAAGGAAGGTATCTCTCTTAGTTCTTGGCCTTGATGGAGTTGTTCTC
TTTGATTTTGGAACGGGTGTCAAGCTTGACAAAACGTTTGAGGTCATCGTAGGGAAGAGT
CTCGACGTTCTTCCTCCTGAGCTCACTAAGGGCAGGTCGAATATGGAGAAGACGCCAGAG
CCAATCAGGGTAGTCAGAGTCTGGAAGGATCTTGGGATCAGACCCGTCTTTGAGAGTGTT
AGCACCAACAACGGAAGTGGATTTGATCTCTTTGCTCAGAGACGATCCTTTAGGAGCATC
GCTGCCTCCTCCTTTCCCACCTTTCTTCGCTTTACCAGCCGCTGCTGCAAACGTTCTCCG
CACCACATCCTTGGATCCACCCGTTATCAATCCGATACGGTAATTCATTTCTCTTGGGAG
TTTCAGAGAGTGAACGCGGCAGAGAGGAGAGAGCGAGGAAACACCC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1BA54JQ 645 0 0
GGTCT
AAAAAAAAAGTAATAATAGCCAAAGAGTTCTGAACTGCAGAGCGGTAAAATGAAACAGCA
ATTCTTATTGGGTCTACTAAGAAACTTAAAGACTCAGATAATGTAACATAACTGGAAGTA
AGAGCACGATGATGATAAATAATCTCAACTACATCCAAAGAAGATTAAGCAAAATCAAAG
AAGGGGCAAAGGAAGGTATCTCTCTTAGTTCTTGGCCTTGATGGAGTTGTTCTCTTTGAT
TTTGGAACGGGTGTCAAGCTTGACAAAACGTTTGAGGTCATCGTAGGGAAGAGTCTCGAC
GTTCTTCCTCCTGAGCTCACTAAGGGCAGGTCGAATATGGAGAAGACGCCAGAGCCAATC
AGGGTAGTCAGAGTCTGGAAGGATCTTGGGATCAGACCCGTCTTTGAGAGTGTTAGCACC
AACAACGGAAGTGGATTTGATCTCTTTGCTCAGAGACGATCCTTTAGGAGCATCGCTGCC
TCCTCCTTTCCCACCTTTCTTCGCTTTACCAGCCGCTGCTGCAAACGTTCTCCGCACCAC
ATCCTTGGATCCACCCGTTATCAATCCGATACGGTAATTCATTTCTCTTGGGAGTTTCAG
AGAGTGAACGCGGCAGAGAGGAGAGAGCGAGGAAACACCC

QA 6 645 6 645
DS 



AS 1 2

CO CL6827Contig1 741 2 2 U
TTTTTCAAGAATCATAAAAGGAAAAGAGAGAGACAGAGATTCATAAATAAATAAAAAATG
GCGATCGTGGGCCTCAATTTTGCGCACCGTACCCAGTAGATTTGGGTATCGTACGTAAGG
TGATGACAATAACAGACGGTAACTTCGCCGTCACTGACGTCAACGGGAACCTCCTTTTCA
AAGTCAAAGAACCATGTTTAGCCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTTGATGCTTCAGACAA
TCCGATTCTGACCTTGAGAGAAAATAGGGTTAGCCTGCATGATAGATGGCAAGTATTTAG
AGGAAAGAGCACATATCAAAATGATTTGGTGTACACGTTGAAACGATCGTCAATGATTCA
ATTGATCAAGCCAAAACTAGATGTGTTTTTGGCTCAAAACAAGGAAATGAAGGTATGCGA
CTTCCATGTTAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCATGTGTCGTCTACGCAGGGAAATCTGA
TGCCATTGTTGCTCAGAATTGCAGTAGAGAAGAAGAAAATCACCGGAGATCCAGGAAAAT
TGGAACGTTTCGTTATTGCAGAAAAGCTTCATCGGATGTAAACTTGGATTCATCATGTCT
CGAGTTGAAGCGTTGAAGCTCTTGGGGGTTTACTCCAGACGTGATAGTGATAGACGATTC
ACTGTAGAACCTTGGATTTGGCCACAAAATACCTCAGAATCAGAGTTACTGTTTGCTTCA
TAGTTGATAGTTGTGACACAC


BQ
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AF RR1CO45TF U 1
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QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1A991JQ C 1
AF RR1A991TF U 1
BS 1 641 RR1A991TF

RD RR1A991JQ 641 0 0
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CAAATCAAAAAAAGATGTGCTCTTATCTTATTCATTGCAAAGAACAAATAGAGTTTTTAG
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CATGGGAAAAAAAACCAATTCGTGGATTCTATTTTTCGTTGGCAACATGGTACAGTATGT
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TTGTGATTGGTATTGTTGTGCTTTATTGATCTACCTCTAGC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL6829Contig1 950 2 2 U
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FT12TF U 1
AF RR1FT12JQ C 181
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BS 720 950 RR1FT12JQ

RD RR1FT12TF 719 0 0
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GACTATTCTATCCCTCCGAATTCCTAAATCTTTGCTCCGCTTCCCGTTCAGGAGAATGAG
AATAGTGGGTCTAACGGGAGGCATAGCGTCTGGGAAGAGTACAGTCTCCAACCTCTTCAA
AGCTAATGGCATTCCTGTTGTTGATGCTGATGTCATTGCTCGTAATGTACTGAAGAAAGG
AAGTGGTGGATGGAAGAGAGTAGTTGCAGCTTTTGGGGAGGAGATTCTTCTTCCTAGTAG
AGAAGTTGATCGGCCAAAGCTTGGTCAGATGGTCTTCTCTTCAGATTCCAAGCGCCAGCT
TCTCAACAAGTTAATGGCTCCGTACATATCATCTGGTATCTTTTGGGAGATCCTGAAACA
ATGGGTCAAAGGAGCTAAAGTGATAGTTGTCGATATCCCATTGCTGTTCGAAACTAAGAT
GGATAAATGGACAAAACCCGTTGTTGTTGTGTGGGTTAGTCAAGAAACACAGCTCAATAG
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QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1FT12JQ 770 0 0
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AGCTAATGGCATTCCTGTTGTTGATGCTGATGTCATTGCTCGTAATGTACTGAAGAAAGG
AAGTGGTGGATGGAAGAGAGTAGTTGCAGCTTTTGGGGAGGAGATTCTTCTTCCTAGTAG
AGAAGTTGATCGGCCAAAGCTTGGTCAGATGGTCTTCTCTTCAGATTCCAAGCGCCAGCT
TCTCAACAAGTTAATGGCTCCGTACATATCATCTGGTATCTTTTGGGAGATCCTGAAACA
ATGGGTCAAAGGAGCTAAAGTGATAGTTGTCGATATCCCATTGCTGTTCGAAACTAAGAT
GGATAAATGGACAAAACCCGTTGTTGTTGTGTGGGTTAGTCAAGAAACACAGCTCAATAG
ACTGATGGAGAGAGATGGACTGAGTGAGGAAGATGCAAGAAACAGAGTGATGGCTCAGAT
GTCTTTGGATTTGAAAAGAAGCAGAGCGGATATTGTGATTGATAATAATGGCGGTCTTGA
CGAGCTCCACCAACAGTTTGACAAGGTTTTGTCTGAGATCAGAAGACCATTGACATGGAT
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GTTTTAACTCGAGTGTTCTTGTTGAGGTTTGGTCGATTTTAAGCTGCTGG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

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TTGACATTCTTGTATTTCTCCTTTCAAACTCAAAAACTTTCAATAAATGTAAAACTCTTG
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EG79JQ C 1
AF RR1EG79TF U 1
BS 1 635 RR1EG79TF

RD RR1EG79JQ 635 0 0
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QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1EG79TF 635 0 0
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ACACCGTAGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTTGACATCAGGAGGAAGACTA
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TCTCATCGAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAGCCAATACGTTGCCAATATGATCC
GTTTCTTGGTGGATAGCTACGACAAGCCAGTGCCTGCGATTCTGGAGATCCCTTCCAAGG
ACCATCCCTATGATCCTGCTCATGATTCGGTTCTCTCCCGTGTCAAGTACCTCTTCTCTG
CTGAATCTGTGTCACAGCGTTAAACATAGCTCTCGCTGAACCTATATCATTTGTTTGTTT
TTGACATTCTTGTATTTCTCCTTTCAAACTCAAAAACTTTCAATAAATGTAAAACTCTTG
ATTTTTATTCGGAGATGATTGTTATATTATTGAGG

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL6831Contig1 756 2 6 U
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TCCCTTTAGGCTCTGTCCTCAACGACGCGGTTCGAGTCAGCTACGCGCTTCATCTTATGC
TGGTGTTCCCTTCGGTTGCCTCACCGCAGGTCTCATCTCTGTAGTCTTCTTGGGTGCAAA
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CGGCTTCATCTTCCCAGCTTCTATCATCTAAAGGATCATCATAGCAGAGCAACAAGCAGA
GACACGAGTTTAGCTGTTTTCGTGATTGTTCTTGCGGTGCTGTCCAATGCGATCGCTATT
TACAGCGATGCTTATGCGTTGTTCAAGAAGAACGCACCTCGTGAGTGAAATGTGCAGTTG
GGTGCGTTCTTGGATGAAAGGAAACAAACCGTTTTTTTCATCTTCACTGCTTATGTAAAA
TATAGTAATAAATCAAGAAGACGAGACTCATCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DS07TF U 1
AF RR1DS07JQ C 79
BS 1 683 RR1DS07TF
BS 684 684 RR1DS07JQ
BS 685 697 RR1DS07TF
BS 698 698 RR1DS07JQ
BS 699 727 RR1DS07TF
BS 728 756 RR1DS07JQ

RD RR1DS07TF 727 0 0
GCATCATGAAGTTGATCAGTGGTGGCGTGGCGATGCCGAGGTTGCTACCAGATGTTAGTG
ACCTAACATCCTTCTGGAACCTCTTCACTGTTGTGCCTGTTCTCGTCACCGCGTTCATTT
GCCATTACAATGTTCACAGCATACAGAACGAGCTTGACGACCCTGCTCAGATAAGACCTG
TAGTCCGATCAGCTCTTATGCTCTGCTCATCAGTGTACATAATGACAAGCATCTTCGGGT
TCCTCTTGTTCGGAGACGATACTCTCGATGATGTACTTGCAAACTTTGACACAATCTAAA
TCCCTTTAGGCTCTGTCCTCAACGACGCGGTTCGAGTCAGCTACGCGCTTCATCTTATGC
TGGTGTTCCCTTCGGTTGCCTCACCGCAGGTCTCATCTCTGTAGTCTTCTTGGGTGCAAA
CTTCATCCCAAGCATTTGGGATGCTTTCCAGTTCACTGGAGCCACTGCTGCTGTTTGTCT
CGGCTTCATCTTCCCAGCTTCTATCATCTAAAGGATCATCATAGCAGAGCAACAAGCAGA
GACACGAGTTTAGCTGTTTTCGTGATTGTTCTTGCGGTGCTGTCCAATGCGATCGCTATT
TACAGCGATGCTTATGCGTTGTTCAAGAAGAACGCACCTCGTGAGTGAAATGTGCAGTTG
GGTGCGTTCTTGGATGAAAGGAA*CAAACCGTTTTTT*CATCTTCACTGCTTATGTAAAA
TATAGTA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1DS07JQ 678 0 0
ACCTCTTCACTGTTGTGCCTGTTCTCGTCACCGCGTTCATTTGCCATTACAATGTTCACA
GCATACAGAACGAGCTTGACGACCCTGCTCAGATAAGACCTGTAGTCCGATCAGCTCTTA
TGCTCTGCTCATCAGTGTACATAATGACAAGCATCTTCGGGTTCCTCTTGTTCGGAGACG
ATACTCTCGATGATGTACTTGCAAACTTTGACACAATCTAAATCCCTTTAGGCTCTGTCC
TCAACGACGCGGTTCGAGTCAGCTACGCGCTTCATCTTATGCTGGTGTTCCCTTCGGTTG
CCTCACCGCAGGTCTCATCTCTGTAGTCTTCTTGGGTGCAAACTTCATCCCAAGCATTTG
GGATGCTTTCCAGTTCACTGGAGCCACTGCTGCTGTTTGTCTCGGCTTCATCTTCCCAGC
TTCTATCATCTAAAGGATCATCATAGCAGAGCAACAAGCAGAGACACGAGTTTAGCTGTT
TTCGTGATTGTTCTTGCGGTGCTGTCCAATGCGATCGCTATTTACAGCGATGCTTATGCG
TTGTTCAAGAAGAACGCACCTCGTGAGTGAAATGTGCAGTTGGGTGCGTTCTTGGATGAA
AGGAAACAAACCGTTTTTTTCATCTTCACTGCTTATGTAAAATATAGTAATAAATCAAGA
AGACGAGACTCATCTTCC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL6832Contig1 753 2 8 U
AAATAACTAAATACTTAAAAGTAGTTAAATGGAATAACCAGCAAAATCTTTCAAAGACTT
TCTTATAAAGAACTAAACTTCGTCGTCTTGTTCACATAAGCTGACTTATTGTTCCATTGA
ACTTTGGTTTCTATATTTTTATATCCGAGTTGGCCAAGTCTTCAGCTTCCTCCTCGGCTT
GAGTTTCGTCTAGTTCAGCCTCCTCAGTATGGTCGGGACCTGCTGCGGAATCTGAGGAGT
TGTTAGCGGCCTCTGTGATGTTCACAGGTGGCTGATTCTCCATCAAACCCGAGAGTGCTA
GCTTTGGTGACCACTCAAGGACATCATCAATGATGTTTGACATCCTCCTTTGGTACCTGG
CCCGAGCAGCCTCATCAGGGGCATGGCGCCTGAGCAGCATGACAACAACAACAACCACAA
CCGTGTAGAAAAGTCGAGACGTCCACTTGGGAGGTTCTTCGTCGTCTTTCTTTGGCCAGA
AACGGAACAGTTCCTTCAATGTGGCTTCCTCTGCAAGAATGTTGGGGAAGAACCAGACAC
GCTTTCCAAGAAGAATCCACATAGCACCGAAAGCAACAGCTCTCACGAAAAGCAAGGAGA
GAATCATCAAAAGAATGCCAGCACAAGAGTAGAGAACGATGAGCTTGCAACGGTGTGGGT
ACACAGGAAACAAACAAATAGCGAGAGTCAACACAGGCCAGAAGAAGGACAAAAGCGTTT
GCCACAGTGGATGCCGTTTCTCAAACGTCCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G943JQ U 1
AF RR1G360JQ U 52
BS 1 202 RR1G943JQ
BS 203 203 RR1G360JQ
BS 204 413 RR1G943JQ
BS 414 414 RR1G360JQ
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BS 643 703 RR1G943JQ
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RD RR1G943JQ 703 0 0
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TCTTATAAAGAACTAAACTTCGTCGTCTTGTTCACATAAGCTGACTTATTGTTCCATTGA
ACTTTGGTTTCTATATTTTTATATCCGAGTTGGCCAAGTCTTCAGCTTCCTCCTCGGCTT
GAGTTTCGTCTAGTTCAGCCTCTTCAGTATGGTCGGGACCTGCTGCGGAATCTGAGGAGT
TGTTAGCGGCCTCTGTGATGTTCACAGGTGGCTGATTCTCCATCAAACCCGAGAGTGCTA
GCTTTGGTGACCACTCAAGGACATCATCAATGATGTTTGACATCCTCCTTTGGTACCTGG
CCCGAGCAGCCTCATCAGGGGCATGGCGCCTGAGCAGCATGACAACAACAACAGCCACAA
CCGTGTAGAAAAGTCGAGACGTCCACTTGGGAGGTTCTTCGTCGTCTTTCTTTGGCCAGA
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GCTTTCCAAGAAGAATCCACATAGCACCGAAAGCAACAGCTCTCACGAAAAGCAAGGAGA
GAATCATCAAAAGAATGCCAGCACAAGAGTAGAGAACGATGGGCTTGCAACGGTGTGGGT
ACACAGGAAACAAACAAATAGCGAGAGTCAACACAGGCCAGAA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1G360JQ 702 0 0
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CCTCGGCTTGAGTTTCGTCTAGTTCAGCCTCCTCAGTATGGTCGGGACCTGCTGCGGAAT
CTGAGGAGTTGTTAGCGGCCTCTGTGATGTTCACAGGTGGCTGATTCTCCATCAAACCCG
AGAGTGCTAGCTTTGGTGACCACTCAAGGACATCATCAATGATGTTTGACATCCTCCTTT
GGTACCTGGCCCGAGCAGCCTCATCAGGGGCATGGCGCCTGAGCAGCATGACAACAACAA
CAACCACAACCGTGTAGAAAAGTCGAGACGTCCACTTGGGAGGTTCTTCGTCGTCTTTCT
TTGGCCAGAAACGGAACAGTTCCTTCAATGTGGCTTCCTCTGCAAGAATGTTGGGGAAGA
ACCAGACACGCTTTCCAAGAAGAATCCACATAGCACCGAAAGCAACAGCTCTCACGAAAA
GCAAGGAGAGAATCATCAAAAGAATGCCAGCACAAGAGTAGAGAACGATGAGCTTGCAAC
GGTGTGGGTACACAGGAAACAAACAAATAGCGAGAGTCAACACAGGCCAGAAGAAGGACA
AAAGCGTTTGCCACAGTGGATGCCGTTTCTCAAACGTCCACG

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

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AGCTGATCTATACCTAGACGCCAGACCCAATTACCCATCAGAATGGTTCTCCAAGCTCGC
CGATCTCACCGATCACCACTGTTTAGCCTGGGATGCCGCCACAGGAAACGGCCAAGCAGC
TCTCGCCGTCGCGGATCACTACGAGGGAGTCGTGGCGACGGACGTGAGCGAATCGCAGCT
GAAACTCTCAACGACGCATCCCAAGATCGACTATCGCCACACCCCGTCGACGATGACCGA
CGACGAGCTGGTGGAGCTGATCGGAGGAGAGGACTCGGTGGATCTGATCACCGTCGCGCA
AGCCGTGCACTGGTTCGACCTCCCGAGATTCTACGCAGTCGCAAAGCGCGTCCTGCGTAA
ACCCGGCGGAGTCATCGCCGTGTGGGGATACAACGACGTCGTGGTGTCGCCGGAGTTCGA
CGCGGTGCAGTATCGTTTCCACTCTCAAACGCTGCCGTATTGGAAGTATCCGAATATTCA
GCATGTTTTTGATGCGTACGAAGCGTTGCCGTTTCCTTTCGAGAGCGTGGGGATGGGATC
GGAAGGGGAGCCGTTGAAGCTGGAGATGCCTAAAACGACGTCGTTCGAGGGGATCGTGAG
GATGTTTAAGTCGTGGTCGGCTGTTGTCACGGCGAAAGAGAAAGGTGTTGATTTGTTAAC
GGAGAGTTTGGTCAGTGAGCTCGAGACTGCTTGGGGAGGATCTGACGTTATTCGTACTGT
CGTTTACAAAGCGTTTATGATCGCAGGAAAAGTTAGCGTTTGAATCCTCAAACGTTTTAA
AATGCGTTTGCGTCCATTTCTTACATAATAAAATGTTTAATAAAATATAACTCGCACGTA
GAAATGAAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B426TF U 1
AF RR1B426JQ C 171
BS 1 806 RR1B426TF
BS 807 808 RR1B426JQ
BS 809 831 RR1B426TF
BS 832 911 RR1B426JQ

RD RR1B426TF 831 0 0
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AGCTGATCTATACCTAGACGCCAGACCCAATTACCCATCAGAATGGTTCTCCAAGCTCGC
CGATCTCACCGATCACCACTGTTTAGCCTGGGATGCCGCCACAGGAAACGGCCAAGCAGC
TCTCGCCGTCGCGGATCACTACGAGGGAGTCGTGGCGACGGACGTGAGCGAATCGCAGCT
GAAACTCTCAACGACGCATCCCAAGATCGACTATCGCCACACCCCGTCGACGATGACCGA
CGACGAGCTGGTGGAGCTGATCGGAGGAGAGGACTCGGTGGATCTGATCACCGTCGCGCA
AGCCGTGCACTGGTTCGACCTCCCGAGATTCTACGCAGTCGCAAAGCGCGTCCTGCGTAA
ACCCGGCGGAGTCATCGCCGTGTGGGGATACAACGACGTCGTGGTGTCGCCGGAGTTCGA
CGCGGTGCAGTATCGTTTCCACTCTCAAACGCTGCCGTATTGGAAGTATCCGAATATTCA
GCATGTTTTTGATGCGTACGAAGCGTTGCCGTTTCCTTTCGAGAGCGTGGGGATGGGATC
GGAAGGGGAGCCGTTGAAGCTGGAGATGCCTAAAACGACGTCGTTCGAGGGGATCGTGAG
GATGTTTAAGTCGTGGTCGGCTGTTGTCACGGCGAAAGAGAAAGGTGTTGATTTGTTAAC
GGAGAGTTTGGTCAGTGAGCTCGAGACTGCTTGGGGAGGATCTGACGTTATTCGTACTGT
CGTTTACAAAGCGTTTATGATCGCAG**AAAGTTAGCGTTTGAATCCTCAA

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR1B426JQ 741 0 0
GCCAAGCAGCTCTCGCCGTCGCGGATCACTACGAGGGAGTCGTGGCGACGGACGTGAGCG
AATCGCAGCTGAAACTCTCAACGACGCATCCCAAGATCGACTATCGCCACACCCCGTTGA
CGATGACCGACGACGAGCTGGTGGAGCTGATCGGAGGAGAGGACTCGGTGGATCTGATCA
CCGTCGCGCAAGCCGTGCACTGGTTCGACCTCCCGAGATTTTACGCAGTCGCAAAGCGCG
TCCTGCGTAAACCCGGCGGAGTCATCGCCGTGTGGGGATACAACGACGTCGTGGTGTCGC
CGGAGTTCGACGCGGTGCAGTATCGTTTCCACTTTCAAACGCTGCCGTATTGGAAGTATC
CGAATATTCAGCATGTTTTTGATGCGTACGAAGCGTTGCCGTTTCCTTTCGAGAGCGTGG
GGATGGGATCGGAAGGGGAGCCGTTGAAGCTGGAGATGCCTAAAACGACGTCGTTCGAGG
GGATCGTGAGGATGTTTAAGTCGTGGTCGGCTGTTGTCACGGCGAAAGAGAAAGGTGTTG
ATTTGTTAACGGAGAGTTTGGTCAGTGAGCTCGAGACTGCTTGGGGAGGATCTGACGTTA
TTCGTACTGTCGTTTACAAAGCGTTTATGATCGCAGGAAAAGTTAGCGTTTGAATCCTCA
AACGTTTTAAAATGCGTTTGCGTCCATTTCTTACATAATAAAATGTTTAATAAAATATAA
CTCGCACGTAGAAATGAAATG

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL6834Contig1 582 2 1 U
GGAACCAAAACTCCTCTCTGGGTACACTTATATTCAAACCTCAAACTGTTTTGAGATATT
TAGAGGAGTGTTTGGTTCTTTGGATAATAGTATCCCAAACAAAACATGGCTAAGTCATAT
GGAGCTCTCTTCCTCAAGTGGATCTAGAGTGAAGTATGACCCGAAACGTTATGGACCAGG
AAGCCTGAAACGTTCCCAATGCCCCAAGGAATGCGATAGGAGGTGTAGCCAGACACAGTA
CCACAACGCTTGCATTTTGTTCTGCAACAAATGCTGCAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACC
AGGGTACTATGGAAACAAACAAGTTTGCTCTTGCTACAACAACTGGAAAACTCAAGAGGG
TGGACCAAAATGCCCTTAAACCCTCTCCTAATCCTTTTGATATATTGTTCCTTTTTATAA
TAAAAATTATCTGATGATAGTTTTATTCACTTTTGATCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTA
TCTTATTTTATTCCTAATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCC
TAAAAAAGAAACGGAGAGTGGCCTATGAATGAGATATTTTCT


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AF RR1D038JQ C 1
AF RR1D038TF U 1
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DS 

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TAAAAAAGAAACGGAGAGTGGCCTATGAATGAGATATTTTCT

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

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BS 816 944 RR1F374JQ

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TGAAGATGATGAAGAAGACATGCTTGAGCACTACTTGGCGGAGAAATCTGATGCAAGGGC
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QA 1 770 1 770
DS 



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AF RR1AD19JQ C 1
AF RR1AD19TF U 1
BS 1 625 RR1AD19TF
BS 626 627 RR1AD19JQ

RD RR1AD19JQ 627 0 0
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CAAATGATAACGCTGCTGGACATAACATGTAAATCCCTGGAGCATTTATGTGGGGTTATA
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QA 1 627 1 627
DS 

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GGGGTTGTAGAGAACAGAGGAAGAAGCCTAAGCCAGCGAGAGACGACGACGACGAGGAAG
AATATGAGGGAGACGGTGAAGTTGATAAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCATCGACAGG
GAAGCCGCCATGGTTTCTCATACTATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGGCTTTTCG
GAGTCGAAAGATGGTGTCGTGACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGATC
TGCCAGTACTTCTATTGGTCTCTACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACATC
GAGCCTGAACTGACTCTGGAGTTAATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACTTGAAGACTT
CAAATGATAACGCTGCTGGACATAACATGTAAATCCCTGGAGCATTTATGTGGGGTTATA
CTTCAAACATTTGACAAAAATTGATTTCTTGGACAACTATTGAATAGCTCCGAGGGAAAC
TCGTCTACTTTGTTTACTAGTTAATGACTATTTAATGCAAACATCAAAGTTCCTGTGGCG
TTATTCGTTGCTTATGTTCAAATAGCTTACAATGCTTTTGTAATAAGCGACAAACATATG
TCTTAATAACGATTGGTTTTGGTGC

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL6837Contig1 1054 2 6 U
GCTAGAGGTGGTGGAAGGGAAGATATGGGTTGTGTATGGATTCACAGGAGATGAGGCAGA
TGATGTTCATTGCTTCGACATAGCTAAAGGAGAGTGGAGTGAGGTCGAGAAGCTTCAGGG
GAGGCACCTCCTCCTAGAGTAGGCGTGGCCATGGCTGCGGTGGGACACGTCATCTACTTC
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AGCAACCAGTGGAAGCTCCTCTCCTCAGGGGAGACAGGTCCTGAAAACCGAAGCTACCAC
TCCATCGCTACGGATTCTCGGAACGTGTATGTGTTCGGTGGGTGCAGAGTCGATGGTCGT
CTCAAGGATCTTTGGGCGTACAACGTTGCTGATGGGAAGTGGGTTAAGTTCCCTTCTCCT
GGAGAGGGTTGTAAAGGGAGAGGAGGGCCGGGGCTAGAGGTGGTGGAAGGGAAGATATGG
GTTGTGTATGGATTCACAGGAGATGAGGCAGATGATGTTCATTGCCTCCACACTCTAACA
TGGTCCATCCAGAGAAACCCTCTGCGAGGAGCGTGTTTTCGACTGCTGTTGTTGGGAGAC
AGATTGTGATATTCGGAGGGGAGGTTGATCCTAGCGACTTGGGGCATATGGGAGCAGGGT
GTTTCACGGCTGAAGCTTATGGGCTTGACACAGAGACGCTGGAGTGGAGGAAGTGGGAGG
ATGGGTTTGGATCAGAGGAGGAGGAGCATCCAGGGGCTAGAGGATGGTGTGCGTTTGCGG
CTGGGTCGAGGGATGGTAAGGAAGGGTTGTTGGTTTATGGAGGGAACTCGCCGAGTAATG
ATAGGCTTGGTGATATCTTCTTCTTCACTCCAAACACTACTCATGTGGTTGGTAACTAAG
TGTTGTTTGGTTGGTAAGTCAATGTTATGATTCTGTGAGCTTTTAAGCCATGAGTCTGTT
ACTAAGTTGTTTCTGTTTTTGGTGAAGCTTTTATGTTTATCTACGCTTTTGTAAATTTGA
ATGATCATTGAAGAATTATAAATAAGCATTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BT78TF U 1
AF RR1BT78JQ C 323
BS 1 658 RR1BT78TF
BS 659 659 RR1BT78JQ
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GAGGCACCTCCTCCTAGAGTAGGCGTGGCCATGGCTGCGGTGGGACACGTCATCTACTTC
TTCGGCGGCCGGGACGAGAATCACCAGGAGCTCAACGAGCTCTACTCTTTCGACACTTCG
AGCAACCAGTGGAAGCTCCTCTCCTCAGGGGAGACAGGTCCTGAAAACCGAAGCTACCAC
TCCATCGCTACGGATTCTCGGAACGTGTATGTGTTCGGTGGGTGCAGAGTCGATGGTCGT
CTCAAGGATCTTTGGGCGTACAACGTTGCTGATGGGAAGTGGGTTAAGTTCCCTTCTCCT
GGAGAGGGTTGTAAAGGGAGAGGAGGGCCGGGGCTAGAGGTGGTGGAAGGGAAGATATGG
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AGATTGTGATATTCGGAGGGGAGGTTGATCCTAGCGACTTGGGGCATATGGGAGCAGG*T
GTTTCACGGCTGAAGCTTATGGGCTTGACACAGAGACGCTGGAGTGGAGGA*GTGGGAGG
ATGGGTTTGGATC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1BT78JQ 732 0 0
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ACGTTGCTGATGGGAAGTGGGTTAAGTTCCCTTCTCCTGGAGAGGGTTGTAAAGGGAGAG
GAGGGCCGGGGCTAGAGGTGGTGGAAGGGAAGATATGGGTTGTGTATGGATTCACAGGAG
ATGAGGCAGATGATGTTCATTGCCTCCACACTCTAACATGGTCCATCCAGAGAAACCCTC
TGCGAGGAGCGTGTTTTCGACTGCTGTTGTTGGGAGACAGATTGTGATATTCGGAGGGGA
GGTTGATCCTAGCGACTTGGGGCATATGGGAGCAGGGTGTTTCACGGCTGAAGCTTATGG
GCTTGACACAGAGACGCTGGAGTGGAGGAAGTGGGAGGATGGGTTTGGATCAGAGGAGGA
GGAGCATCCAGGGGCTAGAGGATGGTGTGCGTTTGCGGCTGGGTCGAGGGATGGTAAGGA
AGGGTTGTTGGTTTATGGAGGGAACTCGCCGAGTAATGATAGGCTTGGTGATATCTTCTT
CTTCACTCCAAACACTACTCATGTGGTTGGTAACTAAGTGTTGTTTGGTTGGTAAGTCAA
TGTTATGATTCTGTGAGCTTTTAAGCCATGAGTCTGTTACTAAGTTGTTTCTGTTTTTGG
TGAAGCTTTTATGTTTATCTACGCTTTTGTAAATTTGAATGATCATTGAAGAATTATAAA
TAAGCATTGTTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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TTTTTCTTCGCATATTTTCTAGGTAAACCAATCAAAACCTAAACTTATTTCGTTCTGTCT
TGCTCTTTTCTCTTCTCGGGATATACTCAACCGATAAAAACATGAAGAGAGACCGGTCGG
ATTACGAAGATCTCTTCACGCACATAGACATGGCAAAAACTCTAGCGATGTTATCTCATA
GTTTTGTGGTCAAGCAAATCGAACCTACCGGAAGCAAAAGCAATGATAACCGCTTTGAAT
GCAAAACGTGTAACCGGAAATTTGATTCGTTCCAAGCTCTCGGAGGTCATAGAGCCAGCC
ACAAGAAACCTAAGCTGATGAATGTTGAGCAAGAACAAGACAAGATTCGGAACAATGAGA
ATGCTGTGCATAAGTGTTCAATCTGCGGACAAATGTGGGACCGGTCAAGCTTTAGGTGGT
CACATGAGAAAGCACAGGGCGAGCATGATAAATGAACAATCTGTTATCTCTTCTATGATA
TATAGTACCAGTCCGGTTATGAATCGATGCAATAGCAGCAAGATGGCTATGCGCTTGGAC
CTGAATCTAACTCCCTTGGAGAATGATCTTGTATATATCTTTGCAAAGAATTTGGTTCCA
CAGATTGATTTGAAGTTTGTAAACTGGTTTTAGTGTGCATATACAAATCCTATTAGTAAT
TTTGTTGTAATTTCTCTTGCCAAATATTATTTTCATTCT


BQ
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AF RR1EW05TF U 1
AF RR1EW05JQ C 59
BS 1 699 RR1EW05TF

RD RR1EW05TF 699 0 0
TTTTTCTTCGCATATTTTCTAGGTAAACCAATCAAAACCTAAACTTATTTCGTTCTGTCT
TGCTCTTTTCTCTTCTCGGGATATACTCAACCGATAAAAACATGAAGAGAGACCGGTCGG
ATTACGAAGATCTCTTCACGCACATAGACATGGCAAAAACTCTAGCGATGTTATCTCATA
GTTTTGTGGTCAAGCAAATCGAACCTACCGGAAGCAAAAGCAATGATAACCGCTTTGAAT
GCAAAACGTGTAACCGGAAATTTGATTCGTTCCAAGCTCTCGGAGGTCATAGAGCCAGCC
ACAAGAAACCTAAGCTGATGAATGTTGAGCAAGAACAAGACAAGATTCGGAACAATGAGA
ATGCTGTGCATAAGTGTTCAATCTGCGGACAAATGTGGGACCGGTCAAGCTTTAGGTGGT
CACATGAGAAAGCACAGGGCGAGCATGATAAATGAACAATCTGTTATCTCTTCTATGATA
TATAGTACCAGTCCGGTTATGAATCGATGCAATAGCAGCAAGATGGCTATGCGCTTGGAC
CTGAATCTAACTCCCTTGGAGAATGATCTTGTATATATCTTTGCAAAGAATTTGGTTCCA
CAGATTGATTTGAAGTTTGTAAACTGGTTTTAGTGTGCATATACAAATCCTATTAGTAAT
TTTGTTGTAATTTCTCTTGCCAAATATTATTTTCATTCT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1EW05JQ 641 0 0
CTTGCTCTTTTCTCTTCTCGGGATATACTCAACCGATAAAAACATGAAGAGAGACCGGTC
GGATTACGAAGATCTCTTCACGCACATAGACATGGCAAAAACTCTAGCGATGTTATCTCA
TAGTTTTGTGGTCAAGCAAATCGAACCTACCGGAAGCAAAAGCAATGATAACCGCTTTGA
ATGCAAAACGTGTAACCGGAAATTTGATTCGTTCCAAGCTCTCGGAGGTCATAGAGCCAG
CCACAAGAAACCTAAGCTGATGAATGTTGAGCAAGAACAAGACAAGATTCGGAACAATGA
GAATGCTGTGCATAAGTGTTCAATCTGCGGACAAATGTGGGACCGGTCAAGCTTTAGGTG
GTCACATGAGAAAGCACAGGGCGAGCATGATAAATGAACAATCTGTTATCTCTTCTATGA
TATATAGTACCAGTCCGGTTATGAATCGATGCAATAGCAGCAAGATGGCTATGCGCTTGG
ACCTGAATCTAACTCCCTTGGAGAATGATCTTGTATATATCTTTGCAAAGAATTTGGTTC
CACAGATTGATTTGAAGTTTGTAAACTGGTTTTAGTGTGCATATACAAATCCTATTAGTA
ATTTTGTTGTAATTTCTCTTGCCAAATATTATTTTCATTCT

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL6839Contig1 1041 2 2 U
GGAGTCACTCAAAGGAAGGTTTGAGCAGAAACGTAAGGAACCCTAGGAAGATGGTGGAAT
CGGAGTATGAACAGATTCGATTGAAAAGATTGGAAGAGAACAAGAAGAGGATGATTGAGC
TTAATCTCAACAAGCTCTCTCAATCTCTTCGCCTCTCCTCTTCTCCTTCTCCCAAGCCTT
CTCCTGCTAAACCAAGGACGCCGCGTACTCCGGTGAACTCGTCGGAGGTCAGGAGATCAA
GCCGCGCCAAGAATCCTCCTCCCAGCTACAGAGAGTTTGGGATAGAACCTTTGGAAAAGC
CAAGAAGGAGCTATCAAAGACGGGATTTGCTGAACCGGGTTTATGCCTCTGACGACGCTA
GAGTCTATGCAATCCACAGGGCTGAGGACCTTCAGTCCAGCTTAGATCCTCAGTTCCCTA
GCTTTATTAAACCTATGCTCCAGTCGCACGTTACTGGAGGGTTTTGGCTGGGCTTGCCGC
GTCATTTTTGCCATACACATATGCCACAGCAGGTTGAGATGATCACACTAGTTGATGAAA
ACGATGATTAATCTGTGACCAAATACCTTGCTGATAAGAATGGTCTTAGCGGAGGCTGGA
GAGGTTTCGCTATTGATCATCAGCTTGTCGATGGAGATGCTGTTGTCTTTCACCTCATCA
ACCGAACAACCTTCAAGGTGTATATCATTAGGGTATATGATGAATCAAACAATGATAAAG
CGCTTGTCATTAAATCAAACAAGAATCAAGAGGAGAATGTTTCGAAGCTCCTCCGTTGTC
AAACAGTGGTAAAAGAAAACGAAGAGGGAGGAAGTAAGTAGAGTTTGATGAAGCTTGGAC
TAGGACTTCAGTGGAAGGATGCAGTGGTTTAAATAACCTAATTAAAACATTTTTTTTTGT
GGTTTCTCGGATGAGTGTGTAGCGTATGTGATGGAAGATATTGTTATGCTAATATTTTGG
TAGCTACGTTGATTTTATATGAAAATCGAACATATGTAGCGCTACTCTTGAGCTCTGGCA
TTTAATCGTGTTCATCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU15TF U 1
AF RR1CU15JQ C 293
BS 1 628 RR1CU15TF
BS 629 1041 RR1CU15JQ

RD RR1CU15TF 628 0 0
GGAGTCACTCAAAGGAAGGTTTGAGCAGAAACGTAAGGAACCCTAGGAAGATGGTGGAAT
CGGAGTATGAACAGATTCGATTGAAAAGATTGGAAGAGAACAAGAAGAGGATGATTGAGC
TTAATCTCAACAAGCTCTCTCAATCTCTTCGCCTCTCCTCTTCTCCTTCTCCCAAGCCTT
CTCCTGCTAAACCAAGGACGCCGCGTACTCCGGTGAACTCGTCGGAGGTCAGGAGATCAA
GCCGCGCCAAGAATCCTCCTCCCAGCTACAGAGAGTTTGGGATAGAACCTTTGGAAAAGC
CAAGAAGGAGCTATCAAAGACGGGATTTGCTGAACCGGGTTTATGCCTCTGACGACGCTA
GAGTCTATGCAATCCACAGGGCTGAGGACCTTCAGTCCAGCTTAGATCCTCAGTTCCCTA
GCTTTATTAAACCTATGCTCCAGTCGCACGTTACTGGAGGGTTTTGGCTGGGCTTGCCGC
GTCATTTTTGCCATACACATATGCCACAGCAGGTTGAGATGATCACACTAGTTGATGAAA
ACGATGATTAATCTGTGACCAAATACCTTGCTGATAAGAATGGTCTTAGCGGAGGCTGGA
GAGGTTTCGCTATTGATCATCAGCTTGT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1CU15JQ 749 0 0
GGAAAAGCCAAGAAGGAGCTATCAAAGACGGGATTTGCTGAACCGGGTTTATGCCTCTGA
CGACGCTAGAGTCTATGCAATCCACAGGGCTGAGGACCTTCAGTCCAGCTTAGATCCTCA
GTTCCCTAGCTTTATTAAACCTATGCTCCAGTCGCACGTTACTGGAGGGTTTTGGCTGGG
CTTGCCGCGTCATTTTTGCCATACACATATGCCACAGCAGGTTGAGATGATCACACTAGT
TGATGAAAACGATGATTAATCTGTGACCAAATACCTTGTTGATAAGAATGGTCTTAGCGG
AGGCTGGAGAGGTTTCGCTATTGATCATCAGCTTGTCGATGGAGATGCTGTTGTCTTTCA
CCTCATCAACCGAACAACCTTCAAGGTGTATATCATTAGGGTATATGATGAATCAAACAA
TGATAAAGCGCTTGTCATTAAATCAAACAAGAATCAAGAGGAGAATGTTTCGAAGCTCCT
CCGTTGTCAAACAGTGGTAAAAGAAAACGAAGAGGGAGGAAGTAAGTAGAGTTTGATGAA
GCTTGGACTAGGACTTCAGTGGAAGGATGCAGTGGTTTAAATAACCTAATTAAAACATTT
TTTTTTGTGGTTTCTCGGATGAGTGTGTAGCGTATGTGATGGAAGATATTGTTATGCTAA
TATTTTGGTAGCTACGTTGATTTTATATGAAAATCGAACATATGTAGCGCTACTCTTGAG
CTCTGGCATTTAATCGTGTTCATCTTTCC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL6840Contig1 717 2 5 U
TCATTCAGGAGCTCACTCGTTCGATTCTTCTGAAATGAACATGTCGCATGTGGTTAACCA
TCTTTCATTTGGGAGGCTGATTGATCCTACATTGATGACCGATGTGAAGCGGTTGATGCC
ATATCTTAGGCTATAGCCATGAAAAGCTGGATGAAAAATCATTCATAAACCATCACGAGT
TTGGTGCCAATAGTTACTATCGAACACTACCTACAAATAGTGAAAACAGAGGTTATTACA
CGAAGATACGGTCGAGAACATTCATTGATCGAGGAATATGAATACACCGCTCACAGCAGC
ATAGCTCAGACTTACTACTTACCCGTTGCAAAGTTTCACTTAGAACTCTCTCCCATGCAG
ATTGTAATAACTGAAAATCCAAAGTCCTTTTCACACTTCATCACAAATCTTTGCGCCATT
ATTGGTGGTGTTTTCACGGTTGCAGGAATAATAGATTCGGTTTTACACAGTACAATAAGA
CTGATAAAAGAAGGTTGAACTTGGGAAAAACTTTTGATTGGCTGCTGGAGGTTAGAGTTT
ACCATTAAATCTATAGCACCATAGAAGAACCTCATATTGTTTATTTGGGAACAGCTGTTC
CTTCATAGAAACACTCAGTAAAGAGAGAGAAGTTTTTGTTTGACAGCATCTTAGTTTTTT
TTTTTTTAATTTATCCTTAATATGCACACAATTAGAAAATATTATTTCATTTACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AG44TF U 1
AF RR1AG44JQ C 34
BS 1 690 RR1AG44TF
BS 691 691 RR1AG44JQ
BS 692 698 RR1AG44TF
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BS 700 717 RR1AG44TF

RD RR1AG44TF 717 0 0
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TCTTTCATTTGGGAGGCTGATTGATCCTACATTGATGACCGATGTGAAGCGGTTGATGCC
ATATCTTAGGCTATAGCCATGAAAAGCTGGATGAAAAATCATTCATAAACCATCACGAGT
TTGGTGCCAATAGTTACTATCGAACACTACCTACAAATAGTGAAAACAGAGGTTATTACA
CGAAGATACGGTCGAGAACATTCATTGATCGAGGAATATGAATACACCGCTCACAGCAGC
ATAGCTCAGACTTACTACTTACCCGTTGCAAAGTTTCACTTAGAACTCTCTCCCATGCAG
ATTGTAATAACTGAAAATCCAAAGTCCTTTTCACACTTCATCACAAATCTTTGCGCCATT
ATTGGTGGTGTTTTCACGGTTGCAGGAATAATAGATTCGGTTTTACACAGTACAATAAGA
CTGATAAAAGAAGGTTGAACTTGGGAAAAACTTTTGATTGGCTGCTGGAGGTTAGAGTTT
ACCATTAAATCTATAGCACCATAGAAGAACCTCATATTGTTTATTTGGGAACAGCTGTTC
CTTCATAGAAACACTCAGTAAAGAGAGAGAAGTTTTTGTTTGACAGCATCTTAGTTTTTT
TTTTTTTAATTTATCCTTAATATGCACACA*TTAGAAA*TATTATTTCATTTACATG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1AG44JQ 684 0 0
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AAAAATCATTCATAAACCATCACGAGTTTGGTGCCAAT*GTTACTATCGAACACTACCTA
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GAATATGAATACACCGCTCACAGCAGCATAGCTCAGACTTACTACTTACCCGTTGCAAAG
TTTCACTTAGAACTCTTTCCCATGCAGATTGTAATAACTGAAAATCCAAAGTCCTTTTCA
CACTTCATCACAAATCTTTGCGCCATTATTGGTGGTGTTTTCACGGTTGCAGGAATAATA
GATTCGGTTTTACACAGTACAATAAGACTGATAAA*GAAGGTTGAACTTGGGAAAAACTT
TTGATTGGCTGCTGGAGGTTAGAGTTTACCATTAAATTTATAGCACCATAGAAGAACCTC
ATATTGTTTATTTGG*AACAGCTGTTCCTTCATAGAAACACTCAGTAAAGAGAGAGAAGT
TTTTGTTTGACAGCATTTTAGTTTTTTTTTTTTTAATTTATCCTTAATATGCACACAATT
AGAAAATATTATTTCATTTACATG

QA 1 684 1 684
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATGGCTCTATCAACCATCGCTAAGCTCGAACAGTCTCATATTCTATTCAAAGCATCATCC
TCATCGTCGTCCACTATCTTCGTCCCAGATTCCCGTCGTAGAAACTGATGAGGACGACGA
CAAAGAAGGCCTTACTTTCAGTGGTTGCAGAGGATGCGGAAAAGAGGTGAAAGAGAATGG
TTGCAACGGCGACGGCCGGATTCAAGGCGGCATTGCCACTGTTCCTGGCTTCGGTTGGTG
GCCCATTAAGGCTTACCGGCCTTGTCCAGGCTTTGTCGAGGCCGGAGGTAGATACCGCCG
CATAGGGCAGAGCATGGATGAGGTTGCCTTTGGTCGTGGTGACTCTAAATCCTCCACCGA
TTCCTAGCCAAGGCTAAGCCCCAAAAATTTTGAGTTAAAAGTCGCAGCAAGTTCAACAAT
CGCAATAGTCAAAAATTAAGTGCAAACCAAGAAAAGACCTTTTACTTTTCTCATTTGTGT
AATCTAAGACTTTTCAATTCAAAGACTTTCAGACATCTAGAAATGTTGATGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CU07TF U 1
AF RR1CU07JQ C 166
BS 1 654 RR1CU07TF

RD RR1CU07TF 654 0 0
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TCATCGTCGTCCACTATCTTCGTCCCAGATTCCCGTCGTAGAAACTGATGAGGACGACGA
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TTGCAACGGCGACGGCCGGATTCAAGGCGGCATTGCCACTGTTCCTGGCTTCGGTTGGTG
GCCCATTAAGGCTTACCGGCCTTGTCCAGGCTTTGTCGAGGCCGGAGGTAGATACCGCCG
CATAGGGCAGAGCATGGATGAGGTTGCCTTTGGTCGTGGTGACTCTAAATCCTCCACCGA
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CGCAATAGTCAAAAATTAAGTGCAAACCAAGAAAAGACCTTTTACTTTTCTCATTTGTGT
AATCTAAGACTTTTCAATTCAAAGACTTTCAGACATCTAGAAATGTTGATGATT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1CU07JQ 489 0 0
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TGGCTTCGGTTGGTGGCCCATTAAGGCTTACCGGCCTTGTCCAGGCTTTGTCGAGGCCGG
AGGTAGATACCGCCGCATAGGGCAGAGCATGGATGAGGTTGCCTTTGGTCGTGGTGACTC
TAAATCCTCCACCGATTCCTAGCCAAGGCTAAGCCCCAAAAATTTTGAGTTAAAAGTCGC
AGCAAGTTCAACAATCGCAATAGTCAAAAATTAAGTGCAAACCAAGAAAAGACCTTTTAC
TTTTTTCATTTGTGTAATTTAAGACTTTTCAATTCAAAGACTTTCAGACATCTAGAAATG
TTGATGATT

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 2

CO CL6843Contig1 767 2 12 U
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AAGAACGCTTGATCATGATACACAAGGAGCATGTTGAGAAATGGCAGGAAGAGATCAAGG
AATTGCGCTTGCTTGATGCATCTAACGAGGAGACTACTTCCCTCTTACACAACGCTCGCT
TCCTCATTCAAAATCCTAACATTGAGCCTTGAGTGTGGAGAAATCTGACCATCAAACATA
GGATATGGTGAGCAAATGAACAATGTTCAAACAAATATCATGATTCAATCCAGAATCCAA
GATACGTTATATAATGGTTAATTAGAACATATTTAAAATGATTAAAAGGCTGTATCATCA
CTGGTGGATATTTTAGTTCACATGTTTTGTCGGTTCTACTCCTACTTGTGTAAGATAAAC
GATGTTATAAAATGTTATTAATATAACGAAAAAAGGATGGTTGTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DR89TF U 1
AF RR1DR89JQ C 90
BS 1 648 RR1DR89TF
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BS 650 694 RR1DR89TF
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BS 740 753 RR1DR89TF
BS 754 767 RR1DR89JQ

RD RR1DR89TF 753 0 0
AGGGGACACTCGCTTACTCTTTCATCTTCTCTCAAGTTCCTTCGGAGCAACTCTTCCTTC
ATCGTCGCGTGGATTTCATTTTTCGTTTACACAATCGCTGAAAAATGGAAGGAGAAGCAG
GAAACGGAGGATCTCGGAAACGCATGAAATCTTCTGATGAAGAGGGAAAAGGAGATTCGA
GAGATGGAATGAGCTTCGATACAACTGTGACTGAAGAAACTGAGACGAAACTTGTTGCTT
CTGATGAGATGGAACTTAACATTGCTCAGATTCTCGACAAGATTGAGAGCTTCACTCAGA
CCGTTTCTAATCTGCTCGACACAGGAAAGACAATGTTCAAGGAACTCAGTAACGAATTCG
AAGAACGCTTGATCATGATACACAAGGAGCATGTTGAGAAATGGCAGGAAGAGATCAAGG
AATTGCGCTTGCTTGATGCATCTAACGAGGAGACTACTTCCCTCTTACACAACGCTCGCT
TCCTCATTCAAAATCCTAACATTGAGCCTTGAGTGTGGAGAAATCTGACCATCAAACATA
GGATATGGTGAGCAAATGAACAATGTTCAAACAAATATCATGATTCAATCCAGAATCCAA
GATACGTTATATAATGGTTAATTAGAACATATTTAAAATGATTAAAAG*CTGTATCATCA
CTGGTGGATATTTTAGTTCACATGTTTTGTCGGT*CTACTCCTACTTGTGTA*GATAAAC
GATGTTATAAA*TGTTAT*AATATAACGAAAAA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1DR89JQ 678 0 0
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TCTTCTGATGAAGAGGGAAAAGGAGATTCGAGAGATGGAATGAGCTTCGATACAACTGTG
ACTGAAGAAACTGAGACGAAACTTGTTGCTTCTGATGAGATGGAACTTAACATTGCTCAG
ATTCTCGACAAGATTGAGAGCTTCACTCAGACCGTTTCTAATCTGCTCGACACAGGAAAG
ACAATGTTCAAGGAACTCAGTAACGAATTCGAAGAACGCTTGATCATGATACACAAGGAG
CATGTTGAGAAATGGCAGGAAGAGATCAAGGAATTGCGCTTGCTTGATGCATCTAACGAG
GAGACTACTTCCCTCTTACACAACGCTCGCTTCCTCATTCAAAATCCTAACATTGAGCCT
TGAGTGTGGAGAAATCTGACCATCAAACATAGGATATGGTGAGCAAATGAACAATGTTCA
AACAAATATCATGATTCAATCCAGAATCCAAGATACGTTATATAATGGTTAATTAGAACA
TATTTAAAATGATTAAAAGGCTGTATCATCACTGGTGGATATTTTAGTTCACATGTTTTG
TCGGTTCTACTCCTACTTGTGTAAGATAAACGATGTTATAAAATGTTATTAATATAACGA
AAAAAGGATGGTTGTTCG

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL6844Contig1 434 2 1 U
GGAACACATATTTACTTTGACACTGAGACAGCTGTAGGAAAAGAGGAATTTGACAAATGG
CACAGAGCAGACGGCAGCGTCGTCAAAGGTAGTTCATGCCAAGAAAATTGAGCCACTCAC
CATCTCTGAGCTTAATGAATATGTGATCACGACTGCCGAGCCTCAGATAGTAGAGCTTCT
CTGCATTCAAACTCAAGCTAACCGAGTTTAAAGGACATTAAGGCGTTCTCAGAAGCAATA
GATTTGGTTAGAGACAAAGGTGTTGCTGTGGTTGTGGCGTCCGCAGAAGACACTGATGCG
GCGAACGGTGCACGTCCCAACTTTTTCGAGGTTAAGAAAGCCTTCTAAGTTGATAACTTT
TACTGTAATAAGATTAAGAATATTTTTTGGATTTTGTTCTCTGCTGCGAGGGAGTATTTT
GGCAAAGCTAAATA


BQ
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AF RR1FN16JQ C 1
AF RR1FN16TF U 1
BS 1 434 RR1FN16TF

RD RR1FN16JQ 434 0 0
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CACAGAGCAGACGGCAGCGTCGTCAAAGGTAGTTCATGCCAAGAAAATTGAGCCACTCAC
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CTGCATTCAAACTCAAGCTAACCGAGTTTAAAGGACATTAAGGCGTTCTCAGAAGCAATA
GATTTGGTTAGAGACAAAGGTGTTGCTGTGGTTGTGGCGTCCGCAGAAGACACTGATGCG
GCGAACGGTGCACGTCCCAACTTTTTCGAGGTTAAGAAAGCCTTCTAAGTTGATAACTTT
TACTGTAATAAGATTAAGAATATTTTTTGGATTTTGTTCTCTGCTGCGAGGGAGTATTTT
GGCAAAGCTAAATA

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR1FN16TF 434 0 0
GGAACACATATTTACTTTGACACTGAGACAGCTGTAGGAAAAGAGGAATTTGACAAATGG
CACAGAGCAGACGGCAGCGTCGTCAAAGGTAGTTCATGCCAAGAAAATTGAGCCACTCAC
CATCTCTGAGCTTAATGAATATGTGATCACGACTGCCGAGCCTCAGATAGTAGAGCTTCT
CTGCATTCAAACTCAAGCTAACCGAGTTTAAAGGACATTAAGGCGTTCTCAGAAGCAATA
GATTTGGTTAGAGACAAAGGTGTTGCTGTGGTTGTGGCGTCCGCAGAAGACACTGATGCG
GCGAACGGTGCACGTCCCAACTTTTTCGAGGTTAAGAAAGCCTTCTAAGTTGATAACTTT
TACTGTAATAAGATTAAGAATATTTTTTGGATTTTGTTCTCTGCTGCGAGGGAGTATTTT
GGCAAAGCTAAATA

QA 1 434 1 434
DS 



AS 1 2

CO CL6845Contig1 645 2 1 U
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TTGGCCTTTGCTCTGCTGGAGGGTATGTGGCTATAGCAAACTTCCCATATCGATGGCAAG
CTATAATTGGTAAGGTGAATAAAGTGGCTGATGCGTTGGCTCAACAACTCGAAGATGCTA
TGCAAAAGGATCTTTCAGATGCAACGAATAATCTAGTAAACTTTGTGAATATTGTTGCCA
AGCCTTACCGAGAAGAAGCTCAGCTAAGACTTGATCGGCTTTTAGGCATCCAGAAAGAAC
TATCAGATATTAGGAGTAAATTACAGTTGCTACAAGTTGGAATTGATAACCTTCATGTAT
TAAGATGAGACTTTAGTTGCCCCAACAAAATGTCATTGACATTGTTCATTGGGGACAAGT
GTATGCGTTATCATACTGAATAAGACCAACCAGTTTCGACGAGTG


BQ
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AF RR1EA54JQ C 1
AF RR1EA54TF U 1
BS 1 645 RR1EA54TF

RD RR1EA54JQ 645 0 0
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GACTTTCTGCATCACTTCTAACCTCAGTACTACCCACCACATTGGAAGATCTTCTTGCTC
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CTATAATTGGTAAGGTGAATAAAGTGGCTGATGCGTTGGCTCAACAACTCGAAGATGCTA
TGCAAAAGGATCTTTCAGATGCAACGAATAATCTAGTAAACTTTGTGAATATTGTTGCCA
AGCCTTACCGAGAAGAAGCTCAGCTAAGACTTGATCGGCTTTTAGGCATCCAGAAAGAAC
TATCAGATATTAGGAGTAAATTACAGTTGCTACAAGTTGGAATTGATAACCTTCATGTAT
TAAGATGAGACTTTAGTTGCCCCAACAAAATGTCATTGACATTGTTCATTGGGGACAAGT
GTATGCGTTATCATACTGAATAAGACCAACCAGTTTCGACGAGTG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1EA54TF 645 0 0
GGCCAAAATATGTCAATTCAAAAACTCAATTGGGCATAGACACGTACGACTTGCTTCGGG
AAACTGATAAATTCAGCTTGAAAGCCATCCAGAACTTGAGTGCCGGAACCACATCAAAAC
GGTTGGAACAAGATATTCGTGAAGTGTTCTTTGTGACAGTTGGTGGGCTTGGAGCTGCAG
GACTTTCTGCATCACTTCTAACCTCAGTACTACCCACCACATTGGAAGATCTTCTTGCTC
TTGGCCTTTGCTCTGCTGGAGGGTATGTGGCTATAGCAAACTTCCCATATCGATGGCAAG
CTATAATTGGTAAGGTGAATAAAGTGGCTGATGCGTTGGCTCAACAACTCGAAGATGCTA
TGCAAAAGGATCTTTCAGATGCAACGAATAATCTAGTAAACTTTGTGAATATTGTTGCCA
AGCCTTACCGAGAAGAAGCTCAGCTAAGACTTGATCGGCTTTTAGGCATCCAGAAAGAAC
TATCAGATATTAGGAGTAAATTACAGTTGCTACAAGTTGGAATTGATAACCTTCATGTAT
TAAGATGAGACTTTAGTTGCCCCAACAAAATGTCATTGACATTGTTCATTGGGGACAAGT
GTATGCGTTATCATACTGAATAAGACCAACCAGTTTCGACGAGTG

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL6846Contig1 738 2 5 U
GGCTAATTAGAAATCCTTCAACTACTCAACACAAGAGAAGTAGAAAAGAAAAAGGGAACC
GATTTCCAAATTTTCGCCGCCTCCGTTGTCTTCGATCTCTTTATTTTGTTGAAGAGTAAG
CTAATCTTCTGATAGCTCTCTACGGATCTCTAAATCTTCTAATTCGGGAAGATGCTTCCT
CTTTCGCTGCTCAAGACTGCTCAAGGGCATCCCATGCTTGTGGAGCTCAAGAATGGAGAG
ACCTACAATGGGCATTTAGTAAATTGTGATACGTGGATGAACATTCATCTGCGTGAAGTC
ATCTGCACATCAAAGGACGGAGACAGGTTTTGGAGGATGCCGGAATGTTACATCCGTGGT
AACACAATCAAGTACCTTCGAGTTCCGGATGAGGTGATTGATAAAGTACAGGAGGAGAAG
ACCCGTACAGATAGAAAACCACCGGGGGTTGGACGTGGAAGAGGACGTGGTATGGATGAT
GGAGGAGGCAGAGGCCGAGGCCGAGGAGCTCCAATGGCGAAGATGACCGGCAACAGAGGA
GCAGGTCGTGGCCGTGGTTGATGCCAACAACTTATATAAAAAGACTATCCAATCTCTGCT
GCTGCTGCACTCGCATTTTAAGAGTTCTCTTGTTTGTTTTTTTTTTCATCTTTGAGCTGA
ATATATAAAACTAAATCACAATGAGCTGAATATAAAAAAATTCGAAGCTGTTCTAAGCTT
TTTTTCTTTGCCACTTTT


BQ
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C608TF U 1
AF RR1C608JQ C 85
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RD RR1C608TF 738 0 0
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CTTTCGCTGCTCAAGACTGCTCAAGGGCATCCCATGCTTGTGGAGCTCAAGAATGGAGAG
ACCTACAATGGGCATTTAGTAAATTGTGATACGTGGATGAACATTCATCTGCGTGAAGTC
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AACACAATCAAGTACCTTCGAGTTCCGGATGAGGTGATTGATAAAGTACAGGAGGAGAAG
ACCCGTACAGATAGAAAACCACCGGGGGTTGGACGTGGAAGAGGACGTGGTATGGATGAT
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GCAGGTCGTGGCCGTGGTTGATGCCAACAACTTATATAAAAAGACTATCCAATCTCTGCT
GCTGCTGCACTCGCATTTTAAGAGTTCTCTTGTTTGTTTTTTTTTTCATCTTTGAGCTGA
ATATATAAAACTAAATCACAATGAGCTGAATATAAAAAA*TTCGAAGCTGTTCTAAGCTT
TTTT*CTTTGCCACTTTT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1C608JQ 654 0 0
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GGGCATCCCATGCTTGTGGAGCTCAAGAATGGAGAGACCTACAATGGGCATTTAGTAAAT
TGTGATACGTGGATGAACATTCATCTGCGTGAAGTCATCTGCACATCAAAGGACGGAGAC
AGGTTTTGGAGGATGCCGGAATGTTACATCCGTGGTAACACAATCAAGTACCTTCGAGTT
CCGGATGAGGTGATTGATAAAGTACAGGAGGAGAAGACCCGTACAGATAGAAAACCACCG
GGGGTTGGACGTGGAAGAGGACGTGGTATGGATGATGGAGGAGGCAGAGGCCGAGGCCGA
GGAGCTCCAATGGCGAAGATGACCGGCAACAGAGGAGCAGGTCGTGGCCGTGGTTGATGC
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TTCTCTTGTTTGTTTTTTTTTTCATCTTTGAGCTGAATATATAAAACTAAATCACAATGA
GCTGAATATAAAAAAATTCGAAGCTGTTCTAAGCTTTTTTTCTTTGCCACTTTT

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL6847Contig1 665 2 4 U
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AAAAAAACCATAAAGAACTTAGAGTTTTAGTTTTAAACTAAATACTATGTCGTTGCTTGG
TTGTTTTGTTCAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTAC
AGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATA
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CTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 

AF RR1EF12JQ C 1
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RD RR1EF12JQ 665 0 0
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GCTTCTGGTTCTCCTCTTTTGCCATTGAACTTGAGAGTGACTCGTGGAAGAGTAAGAAGT
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GGTTTGGACATATGGCTTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTCTGTT
GAGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGGTAACTCTACATCAAAACTCCCTTCTTCTG
AAAAAAACCATAAAGAACTTAGAGTTTTAGTTTTAAACTAAATACTATGTCGTTGCTTGG
TTGTTTTGTTCAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTAC
AGCATTGGTTGGTGTTCTAACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATA
AAAGCCCCCCCCCCCCCCACATCTGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTT
CTCTC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1EF12TF 649 0 0
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TTGGTCGTGGCGCTATGATTGGTTTTGCTGTCGCCATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTA
AAGGACTTCTTGAGGTAACTCTACATCAAAACTCCCTTCTTCTGAAAAAAACCATAAAGA
ACTTAGAGTTTTAGTTTTAAACTAAATACTATGTCGTTGCTTGGTTGTTTTGTTCAGAAC
TTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTT
CTAACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATAAAAGCTCCCCCCCCCC
CCACATCTGTTTATTGTCATCATTTTGTTGTATCTAAGATTCTTCTCTC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6849Contig1 647 2 2 U
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ATAAAACAGAAAAGAGACTGTTTTTACTTCTTCTTATAAACGATTTGAGAGAATTACAAC
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AAACGAAGTAAGAACTTTAATGGCATTGATCTGACATTGCAGAGCCAATATGTAACTCGC
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AGCTTCAATCTTCTCCTCCACTCCTTCTTCATCATCATCTTCTACGCTGCTCTCTCTTAC
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CTCCATTGACGGAGGGACAAAGAGAGAGAGAGGTTGTGTTGGAATCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BU68TF C 1
AF RR1BU68JQ U 3
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RD RR1BU68TF 647 0 0
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CGTCTCTTCAAACAGCGCGTCCACTCCAAGCGCCGTTCCTCCTGGAACTATTGTCTGAAG
AGCTTCAATCTTCTCCTCCACTCCTTCTTCATCATCATCTTCTACGCTGCTCTCTCTTAC
ACTCTCCCTTGAATCTGACAATCTTTGTCTGGTTCTGCGCTTGAAACCAGCGGGACGTGC
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CTCCATTGACGGAGGGACAAAGAGAGAGAGAGGTTGTGTTGGAATCC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1BU68JQ 645 0 0
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TCCAAATTTTCTCAATATTCGGAATTTTAAAAAATTCAGAACAAAATAAGTTATGAACCC
CGGGTAAAAGAGCCAGTGAGCCACAATCAAAAATAAAATATAAAGTAAAAATAATTAAAT
AAAACAGAAAAGAGACTGTTTTTACTTCTTCTTATAAACGATTTGAGAGAATTACAACTT
GTTTGTTAAACATTTAACCACCAAACTTCATATCATCATCCTTCTCACAACTCTCAAGAA
ACGAAGTAAGAACTTTAATGGCATTGATCTGACATTGCAGAGCCAATATGTAACTCGCCG
TCTCTTCAAACAGCGCGTCCACTCCAAGCGCCGTTCCTCCTGGAACTATTGTCTGAAGAG
CTTCAATCTTCTCCTCCACTCCTTCTTCATCATCATCTTCTACGCTGCTCTCTCTTACAC
TCTCCCTTGAATCTGACAATCTTTGTCTGGTTCTGCGCTTGAAACCAGCGGGACGTGCGT
TCACGGCGGTGGAAGGCGACGGAGAAGAGCGTTTGGTATTGGAAGTAGCTAGGGTTTTCT
CCATTGACGGAGGGACAAAGAGAGAGAGAGGTTGTGTTGGAATCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL6850Contig1 791 2 6 U
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CTTTTCTCATCACTCTCCTCTTGGCGTCAGTGGCCTGCACTCACGGACAAGAATCGGTGA
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TCTACCAAGCACTCATTCCGTCCCAACCGGGCCTACCAGTTAGGTTCGCGTTTGCTGACC
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TCTTTGGGATCTGCAACGAATTTTCCAAGTTATGGGCAGTCAAAAACTCCTCATCGGCTT
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CCGTTGGAATGTCCCAGGTTTTCTTGGGGTACCAAAACTAGTTCTCACCAATGATGATGC
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TGAGAAGTCAGGTCTAAGGATGTTCCCATTCTAATAATCAAGATAATGTAATGTTAAGCC
TAAGACTCCTCCATGGCCAAAAATAAGGGGTTGAGAAAATACCCGCTCGCATGTTTCCTT
ACTTTCTTCAT


BQ
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AF RR1H288TF U 1
AF RR1H288JQ C 262
BS 1 671 RR1H288TF
BS 672 672 RR1H288JQ
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BS 680 742 RR1H288TF
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CTTTTCTCATCACTCTCCTCTTGGCGTCAGTGGCCTGCACTCACGGACAAGAATCGGTGA
AAGACACTGCTGGGAATTCTCTTGAGACAGATCAACAATATTACATCAAGCCAGCCGGGA
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TCTACCAAGCACTCATTCCGTCCCAACCGGGCCTACCAGTTAGGTTCGCGTTTGCTGACC
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TCTTTGGGATCTGCAACGAATTTTCCAAGTTATGGGCAGTCAAAAACTCCTCATCGGCTT
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TAAGACTCCTCCATGGCCAAAA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1H288JQ 530 0 0
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TCTTGGGGTACCAAAACTAGTTCTCACCAATGATGATGCTAAGACCATATTCGTCAAATT
CAACAAATATAGTGCAGCTACTACATCTGCTTCTCGTGTTGAGAAGTCAGGTCTAAGGAT
GTTCCCATTCTAATAATCAAGATAATGTAATGTTAAGCCTAAGACTCCTCCATGGCCAAA
AATAAGGGGTTGAGAAAATACCCGCTCGCATGTTTCCTTACTTTCTTCAT

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 2

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AF RR1CI28JQ C 1
AF RR1CI28TF U 1
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TGATTCCAATCCCTTCTTGAATTCTTAAAGCTCCAAAATCGTTTTTTTGTGTTTCTTTGG
TTATTGCTCATCAATATATTTTTAATTGGCATTCAAGATTTTTCTGGGTTTCTTCATTAG
GTCTTGCTCATTACTTCGATTTCCCCATTTAGGAGTAGATAACTAGGGTTTTCGTGGCCA
TTGCCCTCAAGATGTCACGTTAAACAAGACCCGTTTGCTGCTATTTGGATTTGAAGCTTT
CAATATCGCTCTTGAACTCGCATCTACTGATTTTGGGATGGTTCTCTGATATTCAACATG
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ACAGCTTGAGTGCGGTTGTTTTTCAATGAGGTCTAATGTTTATCGAGCTGGATTGGAGAG
TCTCCAAGTATTTTCATGACTGGTGAGATGGAGACGGATCTATTATTAATCTCAGCTACT
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GACACCAAATGTAAAAAACTGCTATTTGCATTAATGGAGAATATCTGGGTACG

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DS 

RD RR1CI28TF 653 0 0
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TGATTCCAATCCCTTCTTGAATTCTTAAAGCTCCAAAATCGTTTTTTTGTGTTTCTTTGG
TTATTGCTCATCAATATATTTTTAATTGGCATTCAAGATTTTTCTGGGTTTCTTCATTAG
GTCTTGCTCATTACTTCGATTTCCCCATTTAGGAGTAGATAACTAGGGTTTTCGTGGCCA
TTGCCCTCAAGATGTCACGTTAAACAAGACCCGTTTGCTGCTATTTGGATTTGAAGCTTT
CAATATCGCTCTTGAACTCGCATCTACTGATTTTGGGATGGTTCTCTGATATTCAACATG
TGTGTAGCTTTTATGCTTACTATCCTCTATCTCTCTATGAAAGCCTGATTCTTTGATTCT
ACAGCTTGAGTGCGGTTGTTTTTCAATGAGGTCTAATGTTTATCGAGCTGGATTGGAGAG
TCTCCAAGTATTTTCATGACTGGTGAGATGGAGACGGATCTATTATTAATCTCAGCTACT
GGCCTAGAGGATATAATACCAACATTTGCAAAAAAA*TTCTAAAGATTTGTAAGAGAGAA
GACACCAAATGTAAAAA*CTGCTATTTGCATTAATGGAGAATATCTGGGTACG

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL6852Contig1 653 2 2 U
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AF RR1D529JQ C 1
AF RR1D529TF U 1
BS 1 645 RR1D529TF
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QA 1 653 1 653
DS 

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ATCTGTACTAGACAGCTCTCCACCAGCAGCCAATGCTAATCAGAC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

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GTT


BQ
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 

AF RR1FT14JQ C 1
AF RR1FT14TF U 1
BS 1 363 RR1FT14TF

RD RR1FT14JQ 363 0 0
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GTT

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR1FT14TF 363 0 0
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GAAGGGGTTTACATGATTTACATTTGCCTGATGAAAGCACATAATTGGTGTGTACATGCA
TATGATTCTCTCTTGGATCCTAAAACACCAATGAAATGATGATTATAAAAGAAGAGTTTG
GTT

QA 1 363 1 363
DS 



AS 1 2

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TATAGGCTATATAGTCAAAACTAGAAAAAAGGGAATTGGTTCTGATTAATGTTATTTAAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR1C317TF U 1
AF RR1C317JQ C 116
BS 1 679 RR1C317TF
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RD RR1C317TF 793 0 0
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CTTGTTCCAAT
CT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1C317JQ 711 0 0
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TGCATCTGACCCTGTTGCTTCTGGTATTCGGATCGGGTCTGGTCAGGGCTCTACATGATG
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TTAATCTCAGCTTTTTGCATTAATTTACTTAGGCTTTTTAAGTTGTAAGTTTGTAATTCA
TCAGTCTTGTTCCAATTCTTAGTTATAATGAAAAAAATATCGGAAAATTGT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL6855Contig1 842 2 6 U
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ACCCCTGTGTCTCCATTACAATACGCCATCTCAAGCATCGATGGTTCTTCACAAAGTCAG
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TA


BQ
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10 10 

AF RR1FL78TF U 1
AF RR1FL78JQ C 55
BS 1 555 RR1FL78TF
BS 556 556 RR1FL78JQ
BS 557 668 RR1FL78TF
BS 669 669 RR1FL78JQ
BS 670 708 RR1FL78TF
BS 709 842 RR1FL78JQ

RD RR1FL78TF 708 0 0
GGGCCATTAGCTGCGTTATTTCAGAGCTTAAAACCTGCAGGATGGCATCGATTTCTGTTA
TTGCTGTGTCTGACCAGCTTATGATTCTCAAGGACAAGAAGGTACTATACTTCAAATTTC
ATCTAGTACTTCCCTGTTTGTGTACCTGCGGTTCACCTAGCCGTCCCCCAAATGGGGTGT
CCCTTGTGATATCTCCTCCATTGCTTCATTTCATATATACCGAGCCTCGAAGAACTGTCA
CGACGAATATTAACTCTAGAATCAGAGTTCTTGGCTCAACTCTCTCTAACCAAGGAAATT
TAATGGAGCTTTCATCATATGCTGTTGTATTAACGTCAACCGCCTCACCATCCTCACCGA
ACAGTTTGCTCCTCATCAGTGTTAGAATTGATCTAATGGGCTGTTTAGCTAAATCTAGGC
ATCTCAGGCCTCTTGGCTACTATTGTGCAAGAGTGTGGATTCACCAGATCTTCTCGCTTC
ACCCCTGTGTCTCCATTACAATACGCCATCTCAAGCATCGATGGTTCTTCACAAAGTCAG
CTCTACGATCTCCTATCCATTTCCGAGAGCTAGGGCTCTCTTCAGTCACGATCCACTACG
ACTGCCAAACGCTCATTCGAGCTATTTTTAACAAAAGTCAGACTAAAGAGATCTATGGTG
TTCAGCAG*ATATCATCAGCTTCTTGTCTCACTTTGTCTCTATCTCCT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1FL78JQ 788 0 0
CTGTTATTGCTGTGTCTGACCAGCTTATGATTCTCAAGGACAAGAAGGTACTATACTTCA
AATTTCATCTAGTACTTCCCTGTTTGTGTACCTGCGGTTCACCTAGCCGTCCCCCAAATG
GGGTGTCCCTTGTGATATCTCCTCCATTGCTTCATTTCATATATACCGAGCCTCGAAGAA
CTGTCACGACGAATATTAACTCTAGAATCAGAGTTCTTGGCTCAACTCTCTCTAACCAAG
GAAATTTAATGGAGCTTTCATCATATGCTGTTGTATTAACGTCAACCGCCTCACCATCCT
CACCGAACAGTTTGCTCCTCATCAGTGTTAGAATTGATCTAATGGGCTGTTTAGCTAAAT
CTAGGCATCTCAGGCCTCTTGGCTACTATTGTGCAAGAGTGTGGATTCACCAGATCTTCT
CGCTTCACCCCTGTGTCTCCATTACAATACGCCATCTCAAGCATCGATGGTTCTTCACAA
AGTCAGCTCTACGATCTCCTACCCATTTCCGAGAGCTAGGGCTCTCTTCAGTCACGATCC
ACTACGACTGCCAAACGCTCATTCGAGCTATTTTTAACAAAAGTCAGACTAAAGAGATCT
ATGGTGTTCAGCAGGATATCATCAGCTTCTTGTCTCACTTTGTCTCTATCTCCTTTCGGT
TCATCCCTTGTTCCCAGAACAGAGATGTTAACCTTTTAGTTAAGCAAACCCTTAAGGTTC
GTTGTCGTTCTTCATTTTGTTTTGTTGGCTAGCCTTTGGGCTCAAACTTTATTATCTTTC
TTCATTTA

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL6856Contig1 1071 2 2 U
GCGAATGGCCCCTCAAACACATCCTCCTCAGCATCTTCTCCATCCACAACGAGACCTTGA
ATGTCTGGACGCACTTGATTGGTTTTTTCCTGTTTCTAGCACTTACTATATACACAGCTA
CCAAAGTCCCAAGCGTTGTGGATCTTCAGCACCGTTTACCTCATCTCCTCAGGAAAACTG
ATCTTCACAAACTTCACTCTGACCTCATGTCTCGCCTTCCTTCTTCTCCTTCTAAGTGGC
ATCTCATGGAGCTTCTCTATAACTGTCTCCCTGACAGATTCTCTCATGCCAACTCCACTG
ACATGTGTGTCCTGCATTCAGTGAAGGAAGATCTTGCAAACATGATAGCTCCTTTGATCC
TCAGGCCAATCACTCGATGGCCCTTCTACGCCTTCCTAGGCGGCGCTATGTTCTGTCTAC
TAGCAAGCAGCACCTGCCACCTCCTCTCCTGTCACTCAGAGCGTGTCTCTTACATTATGC
TTAGGCTTGACTACGCTGGAATCGCAGCTCTCATCTCCACTTCCTTCTACCCTCCGGTCT
ACTACTCTTTCATGTGTGATCCCTTCTTCTGCAACCTCTACTTAGGATTCATCACAATCC
TGGGAATCTCCACTTTCCTCGCCTCCCTCCTACCCGTCTTCCAGAGCCCTGAGTTTCGTG
TGGTGAGGGCCTCTCTCTTCTTTGGAGTGGGGTTCTCCGGCGCCGCGCCGATCCTGCATA
AGCTGATCATCTTTTGGGACCAGCCCGAGGCGCTTCACACGACGGGGTATGAGGTTTTGA
TGGGTTTGCTTTACGGGTTGGGAGCTTTGGTTTATGCGACTAGGATCCCTGAGAGATGGA
TGCCTGGTAAGTTTGATATAGCTGGACATAGCCATCAGTTGTTTCATGTTTTGGTGGTTG
CTGGTGCCTTCACACATTATAGAGCTGGGCTTGTGTATCTCAAGTGGAGAGACATTGAAG
GATGTTGAAAGTATTTGATGGAATCTTCTAATGTTTTGAATCAAAAATGAAAAAAATTGG
GTTCTGTAAAGTCTTGTGTGTAAGCAATGTTATTAGTTTTTCCACTTATCC


BQ
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AF RR1EW96TF U 1
AF RR1EW96JQ C 424
BS 1 676 RR1EW96TF
BS 677 1071 RR1EW96JQ

RD RR1EW96TF 676 0 0
GCGAATGGCCCCTCAAACACATCCTCCTCAGCATCTTCTCCATCCACAACGAGACCTTGA
ATGTCTGGACGCACTTGATTGGTTTTTTCCTGTTTCTAGCACTTACTATATACACAGCTA
CCAAAGTCCCAAGCGTTGTGGATCTTCAGCACCGTTTACCTCATCTCCTCAGGAAAACTG
ATCTTCACAAACTTCACTCTGACCTCATGTCTCGCCTTCCTTCTTCTCCTTCTAAGTGGC
ATCTCATGGAGCTTCTCTATAACTGTCTCCCTGACAGATTCTCTCATGCCAACTCCACTG
ACATGTGTGTCCTGCATTCAGTGAAGGAAGATCTTGCAAACATGATAGCTCCTTTGATCC
TCAGGCCAATCACTCGATGGCCCTTCTACGCCTTCCTAGGCGGCGCTATGTTCTGTCTAC
TAGCAAGCAGCACCTGCCACCTCCTCTCCTGTCACTCAGAGCGTGTCTCTTACATTATGC
TTAGGCTTGACTACGCTGGAATCGCAGCTCTCATCTCCACTTCCTTCTACCCTCCGGTCT
ACTACTCTTTCATGTGTGATCCCTTCTTCTGCAACCTCTACTTAGGATTCATCACAATCC
TGGGAATCTCCACTTTCCTCGCCTCCCTCCTACCCGTCTTCCAGAGCCCTGAGTTTCGTG
TGGTGAGGGCCTCTCT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1EW96JQ 648 0 0
CAAGCAGCACCTGCCACCTCCTCTCCTGTCACTCAGAGCGTGTCTCTTACATTATGCTTA
GGCTTGACTACGCTGGAATCGCAGCTCTCATCTCCACTTCCTTCTACCCTCCGGTCTACT
ACTCTTTCATGTGTGATCCCTTCTTCTGCAACCTCTACTTAGGATTCATCACAATCCTGG
GAATCTCCACTTTCCTCGCCTCCCTCCTACCCGTCTTCCAGAGCCCTGAGTTTCGTGTGG
TGAGGGCCTCTCTCTTCTTTGGAGTGGGGTTCTCCGGCGCCGCGCCGATCCTGCATAAGC
TGATCATCTTTTGGGACCAGCCCGAGGCGCTTCACACGACGGGGTATGAGGTTTTGATGG
GTTTGCTTTACGGGTTGGGAGCTTTGGTTTATGCGACTAGGATCCCTGAGAGATGGATGC
CTGGTAAGTTTGATATAGCTGGACATAGCCATCAGTTGTTTCATGTTTTGGTGGTTGCTG
GTGCCTTCACACATTATAGAGCTGGGCTTGTGTATCTCAAGTGGAGAGACATTGAAGGAT
GTTGAAAGTATTTGATGGAATCTTCTAATGTTTTGAATCAAAAATGAAAAAAATTGGGTT
CTGTAAAGTCTTGTGTGTAAGCAATGTTATTAGTTTTTCCACTTATCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL6857Contig1 996 2 2 U
GGATCGTCTCTCAAGAACCATTCCTTTCCTCCCCCCATTAGATTCGCTTTCTTTCTCCCT
TTCATCACAATGAATGGCTTCTCCGATCTCAACTCTTCTGTGAGCAGCAGCAGACCTTCG
CTCTCACATCTTGCTCCTTTAGAAGCCATTCTCTTTGATGTTGATGGTACACTCTGTGAT
TCTGATCCATTCCACCTTATCGCCTTCCAACAACTTCTCCAACAGATTGGTTTTAACAAC
GGTGTCCTAATCGACGAGAAGTTCTACATCGAGAACATTGCTGGAAAACACAACTCTGAT
GTTGCTCTATCTCTCTTCCCTGATGACGTTGCTAGAGGGTTACATTTCTGTGAGGAAAAG
GAAGCTCTTTACCGCAAACTTGTAGCTGAGAAGATAAAGCCACTTGACGGGCTTATAAAA
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GAAAACGCGGAGCTCATGATATCCAAACTTGGTCTGACTGATTTCTTCCAGGCAGTGATT
CTCGGGTCCGAATGTGAGTACCCCAAGCCACACCCGGGGCCTTACTTGAAGGCTCTCGAA
GTGCTTAACGTGTCGAAGGAGCATACGTTAGTGTTCGAGGACTCGGTCTCTGGGATAAAA
GCTGGAGTTGCAGCTGGAATGCCTGTGGTTGGATTGACTACAGGTAATCCAGCGAGCATG
CTTATGCAAGCGAAACCTGCTTTTCTGATCGAGAACTATGCGGATCCGAAACTGTGGGCT
GTGTTGGAAGAGCTTGATAACAAGGGGAGTTCCCAAAAGTCTTGAGGAGTGAAGAGCTTG
TCGTTGTCTCACTTGTCTGGCTCATAGAGACTAAACAAGTATTAGCAGCCTCTGACATTT
ACCTTTTTTTATCTTTGTTGAATATTCTTGTGGGAATTTATGACAATGGGAGCTTTCAAA
TAATTGAAAATGGATGATCAGAAGGGTTATATAAAG


BQ
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BS 729 996 RR1A384JQ

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TCTGATCCATTCCACCTTATCGCCTTCCAACAACTTCTCCAACAGATTGGTTTTAACAAC
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GTTGCTCTATCTCTCTTCCCTGATGACGTTGCTAGAGGGTTACATTTCTGTGAGGAAAAG
GAAGCTCTTTACCGCAAACTTGTAGCTGAGAAGATAAAGCCACTTGACGGGCTTATAAAA
CTAACCAAATGGATAGAGGATTGTGGATTGAAGCGAGCTGCTGTCACAAACGCTCCAAAA
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CTCGGGTCCGAATGTGAGTACCCCAAGCCACACCCGGGGCCTTACTTGAAGGCTCTCGAA
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GCTGGAGTTGCAGCTGGAATGCCTGTGGTTGGATTGACTACAGGTAATCCAGCGAGCATG
CTTATGCA

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DS 

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TATCGCCTTCCAACAACTTCTCCAACAGATTGGTTTTAACAACGGTGTCCTAATCGACGA
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CCCTGATGACGTTGCTAGAGGGTTACATTTCTGTGAGGAAAAGGAAGCTCTTTACCGCAA
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GTACCCCAAGCCACACCCGGGGCCTTACTTGAAGGCTCTCGAAGTGCTTAACGTGTCGAA
GGAGCATACGTTAGTGTTCGAGGACTCGGTCTCTGGGATAAAAGCTGGAGTTGCAGCTGG
AATGCCTGTGGTTGGATTGACTACAGGTAATCCAGCGAGCATGCTTATGCAAGCGAAACC
TGCTTTTCTGATCGAGAACTATGCGGATCCGAAACTGTGGGCTGTGTTGGAAGAGCTTGA
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TGGCTCATAGAGACTAAACAAGTATTAGCAGCCTCTGACATTTACCTTTTTTTATCTTTG
TTGAATATTCTTGTGGGAATTTATGACAATGGGAGCTTTCAAATAATTGAAAATGGATGA
TCAGAAGGGTTATATAAAG

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DS 



AS 1 2

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TTGGGCATTTTCAACGATTGGGGCAGTGGAAGGAATAAACAAGATCGTGACAGGAGACTT
GATCTCTTTGTCTGAACAAGAACTGGTCGACTGTGACACATCTTACAACCAAGGTTGTAA
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AGAGGATTATCCATACAAAGCTGCTGATGGTCGTTGTGATCAGAACAGGAAAAACTCAAA
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GTACCCGGTTTGCAATGGCGATACCTGTTTGATGAGCAAGAACAGTCCGTTTAGCGTTAA
GGCCTTGAAGCGCACACCGGCTAAACCGTTCTGGGCACATAGCAGAAAGAACATTGCTTA
AGAGAACACTGAAGAGATTCATTCCTCTTGACAGAGGAAAGACAATGAGACATCAAAAAG
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GTTTTCTGTACATATAAAACCTCTTCCCTAAGTTTCATTCAGTTTCATCACTGTCAAATT
AACAACTCATGCAAATGGGTTTGGCTATTTTATCTTAAAACATTGGTAATTTATCAGTTT


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AF RR1D394TF U 1
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TTGGGCATTTTCAACGATTGGGGCAGTGGAAGGAATAAACAAGATCGTGACAGGAGACTT
GATCTCTTTGTCTGAACAAGAACTGGTCGACTGTGACACATCTTACAACCAAGGTTGTAA
TGGAGGTTTGATGGATTATGCGTTTGATTTCATCATCAAAAATGGCGGTATTGATACCGA
AGAGGATTATCCATACAAAGCTGCTGATGGTCGTTGTGATCAGAACAGGAAAAACTCAAA
GGTTGTCACAATTGATGCTTACGAAGATGTGCCTGAGAACAACGAGGCTGCGCTTAAGAA
AGCTTTGGCTAACCAGCCTATTAGTGTTGCCATTGAAGCTGGTGGTCGCGCTTTCCAGCT
CTATTCTTCGGGTGTATTTGATGGAACATGCGGTACGGAGCTAGACCACGGAGTTGTAGC
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CAACT

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DS 

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CTGCTTCGGTTGGGGATGTTGCCCTCTCGAAGCTGCTACTTGCTGCGATGATAACACTAG
CTGTTGTCCTCATGAGTACCCGGTTTGCAATGGCGATACCTGTTTGATGAGCAAGAACAG
TCCGTTTAGCGTTAAGGCCTTGAAGCGCACACCGGCTAAACCGTTCTGGGCACATAGCAG
AAAGAACATTGCTTAAGAGAACACTGAAGAGATTCATTCCTCTTGACAGAGGAAAGACAA
TGAGACATCAAAAAGCTTTCTCATTATTGTTGTTGTTCTAATTATTTTAAAATTGCTGAT
TCTGCTGTTTGGGGGGTTTTCTGTACATATAAAACCTCTTCCCTAAGTTTCATTCAGTTT
CATCACTGTCAAATTAACAACTCATGCAAATGGGTTTGGCTATTTTATCTTAAAACATTG
GTAATTTATCAGTTT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL6859Contig1 762 2 2 U
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BQ
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AF RR1AQ83TF U 1
AF RR1AQ83JQ C 1
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BS 647 762 RR1AQ83JQ

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DS 

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AAAATGTAAAAAAAGAAAATGAGAAATGGTATTTAATCTGCC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL6860Contig1 952 2 4 U
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TCTTTATGGGGCATGACCGCCATTACTGATTCTGGTGTTGTTCAAGTGGTATCAAGAACG
TCTTCCTTGCAGCATCTGAACATTGGAGGAACATTCATCACGGACGAGTCCCTTTTCGCA
ATTGCAGAACCCTGCCATCATTCAAGACAATCAGCATGTGGTGTTGCCGCCATGTGACAG
AGAGAGGCCTTCTTGTTCTTGTCAACAAATGCAGAAAACTAGAATCTCTCAACTTGTGGG
GAACTAGAGTTCCTGTGGACTGCTTCATTGCTTTGCTTACCATCAGTCCTGCACTTCAGA
TCAAACCCATTCAACTTCTCCTCAATGCTCAGAATCCACCACCTTTCTTGCATGCTGTCT
AGTCTTTTGTTGCTTTGCTTTGCTTTGTATATAGTAATTCATAAAAAAATGGAATCTACA
TTTCTCTCATGTGTTCTCTTATCAATAAAAAATATTATATAAATTATTCAGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F493TF U 1
AF RR1F493JQ C 229
BS 1 768 RR1F493TF
BS 769 769 RR1F493JQ
BS 770 800 RR1F493TF
BS 801 952 RR1F493JQ

RD RR1F493TF 806 0 0
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GAACTATTGAAGAGATTTGCATAAATACAATCTTGTCTTGTGAATGTACTGAGAAAACTT
TCTGCAAATAAATCATTCAACAAGTTCTTAAAAGTCATGGATGAAGAAGCAGCGATTGAT
CGGTTACCTTTACACCTTCTTGCTTATATATTTTCTCTGGTTACCTCTTTCACCGAGTTG
GCCCAGGCAAGTGGGGTTTGTAAGAAATGGAGAAAAGCTGTGAACCAATCAATGGCGAGA
AGAGAGTCTCTGAGCTTTGCTGGTTGGAAAATGGACGATGCATCCACTTCTCGGCTTATA
CATCTTGCTTACAATCTCAGAGAACTCGACATATCTAGAAGCAGATGGGGCTGTCATGTA
ACTGATAATGGTCTTTACCAAATAGCTTCCGCTAGATGTGTAGCCAATTTAACCTCAATC
TCTTTATGGGGCATGACCGCCATTACTGATTCTGGTGTTGTTCAAGTGGTATCAAGAACG
TCTTCCTTGCAGCATCTGAACATTGGAGGAACATTCATCACGGACGAGTCCCTTTTCGCA
ATTGCAGAACCCTGCCATCATTCAAGACAATCAGCATGTGGTGTTGCCGCCATGTGACAG
AGAGAGGCCTTCTTGTTCTTGTCAACAAATGCAGAAAACTAGAATCTCTCAACTTGTGGG
GAACTAGAGTTCCTGTGGACTGCTTCATTGCTTTGCTTACCATCAGTC*TGCACTTCAGA
TCAAACCCATTCAACTTCTC
TCATGC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1F493JQ 724 0 0
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TCAATGGCGAGAAGAGAGTCTCTGAGCTTTGCTGGTTGGAAAATGGACGATGCATCCACT
TCTCGGCTTATACATCTTGCTTACAATCTCAGAGAACTCGACATATCTAGAAGCAGATGG
GGCTGTCATGTAACTGATAATGGTCTTTACCAAATAGCTTCCGCTAGATGTGTAGCCAAT
TTAACCTCAATCTCTTTATGGGGCATGACCGCCATTACTGATTCTGGTGTTGTTCAAGTG
GTATCAAGAACGTCTTCCTTGCAGCATCTGAACATTGGAGGAACATTCATCACGGACGAG
TCCCTTTTCGCAATTGCAGAACCCTGCCATCATTCAAGACAATCAGCATGTGGTGTTGCC
GCCATGTGACAGAGAGAGGCCTTCTTGTTCTTGTCAACAAATGCAGAAAACTAGAATCTC
TCAACTTGTGGGGAACTAGAGTTCCTGTGGACTGCTTCATTGCTTTGCTTACCATCAGTC
CTGCACTTCAGATCAAACCCATTCAACTTCTCCTCAATGCTCAGAATCCACCACCTTTCT
TGCATGCTGTCTAGTCTTTTGTTGCTTTGCTTTGCTTTGTATATAGTAATTCATAAAAAA
ATGGAATCTACATTTCTCTCATGTGTTCTCTTATCAATAAAAAATATTATATAAATTATT
CAGT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL6861Contig1 771 2 1 U
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TTCAATAATTGTTGACTTCTTTTCTTCTCCAGATTCATTTTCGATTGATTCAATTGACCA
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TTGCTTGTAGAGATGATCCTTGTCCGGTTAAGCTAAATTTGAGTGTCGGTGCCTATCGAA
CCGAGGAGGGAAAACCTCTTGTTCTTGAGGTGGTGAGAAGAGCAGAGCAACAGTTAGCAA
ATGACAGGTCTTGTGACAAGGGATATCTCCCAATCGATGGACTTGCTGATTTTAACAAAT
TGGGCGCCAAGCTAATATTAGGTGATGATAGTCATGCACTGGAAGAGAACAGAGTTGTTA
CAATCCAGTGTTTGTCTGGTACTGGTTCTTTGAGAGTCGGAGCTGAGTTTCTGGCAAAAC
ACCACCAACAAAGTGTCATTTACGTTCCAAACCCAACTTGGGGGGAACCATCCCTCTATC
TTCACACTGGCGGGTTTGTCTGTACAGTATTTCCGTTACTATGATCCACAAACTAGAGGA
CTCGACTTTGAAGGCATGCTCGAGGATCTTGGTGCTGCACCATCTGGAGCTATAGTGGTA
TTGCAAGCTTGTGCACATAACCCCACAGGAATCGACCCAACTCTGGAACAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB71TF U 1
AF RR1E851TF U 90
BS 1 771 RR1FB71TF

RD RR1FB71TF 771 0 0
GACTCATATGAGAAATGATTTTAAATTTAACTGTATTTGTAGCAATTTATGAAAGGGGAG
TTTTACTGGATTCTCTATAAAAAGGGCTGTTATAGTTGGAGTTGGTGTGTCTAATAATGC
TTCAATAATTGTTGACTTCTTTTCTTCTCCAGATTCATTTTCGATTGATTCAATTGACCA
TGAGTTCCATCTTGTCAAAAGTCCAACCTGCTCCGGAAGATCCTGTTCTCAGTGTTATTT
TTGCTTGTAGAGATGATCCTTGTCCGGTTAAGCTAAATTTGAGTGTCGGTGCCTATCGAA
CCGAGGAGGGAAAACCTCTTGTTCTTGAGGTGGTGAGAAGAGCAGAGCAACAGTTAGCAA
ATGACAGGTCTTGTGACAAGGGATATCTCCCAATCGATGGACTTGCTGATTTTAACAAAT
TGGGCGCCAAGCTAATATTAGGTGATGATAGTCATGCACTGGAAGAGAACAGAGTTGTTA
CAATCCAGTGTTTGTCTGGTACTGGTTCTTTGAGAGTCGGAGCTGAGTTTCTGGCAAAAC
ACCACCAACAAAGTGTCATTTACGTTCCAAACCCAACTTGGGGGGAACCATCCCTCTATC
TTCACACTGGCGGGTTTGTCTGTACAGTATTTCCGTTACTATGATCCACAAACTAGAGGA
CTCGACTTTGAAGGCATGCTCGAGGATCTTGGTGCTGCACCATCTGGAGCTATAGTGGTA
TTGCAAGCTTGTGCACATAACCCCACAGGAATCGACCCAACTCTGGAACAA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1E851TF 656 0 0
GG
ATAGTTGGAGTTGGTGTGTCTAATAATGCTTCAATAATTGTTGACTTCTTTTCTTCTCCA
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TCCGGAAGATCCTGTTCTCAGTGTTATTTTTGCTTGTAGA**TGATCCTTGTCCGGTTAA
GCTAAATTTGAGTGTCGGTGCCTATCGAACCGAGGAGGGAAAACCTCTTGTTCTTGAGGT
GGTGAGAAGAGCAGAGCAACAGTTAGCAAATGACAGGTCTTGTGACAAGGGATATCTCCC
AATCGATGGACTTGCTGATTTTAACAAATTGGGCGCCAAGCTAATATTAGGTGATGATAG
TCATGCACTGGAAGAGAACAGAGTTGTTACAATCCAGTGTTTGTCTGGTACTGGTTCTTT
GAGAGTCGGAGCTGAGTTTCTGGCAAAACACCACCAACAAAGTGTCATTTACGTTCCAAA
CCCAACTTGGGGG*AACCATCCCTCTATCTTCACACTGGCGGGTTTGTCTGTACAGTATT
TCCGTTACTATGATCCACAAACTAGAGGACTCGACTTTGAAGGCATGCTCGAGGATCTTG
GTGCTGCACCATCTGGAGCTATAGTGGTATTGCAAGCTTGTGCACATAACCCCA

QA 3 656 3 656
DS 



AS 1 2

CO CL6862Contig1 547 2 5 U
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GAATCCGCCTATCATCTGTGATCTCTCCTCGACACAGAGAATCACTCGGCGTCTCCGCTC
TCGGAGTCTCTCCTCGACGACTCCGCCTCTGTTCTTTCATAGACGATTAAACCATCCGTC
TCTCTATCGACGGTTCTCCTCGACGGTCGGTCGAATCGAAAGATTTTTCTGGCCATCGTT
CAATCTCTTTATGATTCATGTCTCTGGATTGTGTGCTTTACTTGACGTATCTGGGCTTTT
GCAAGATGCTTGAGCCTAACCGTGAGCGCTTTAACCCGTGGTTGTAACTGGATATTAACA
TGACTACAGTTTTCGAGTGATGCAAAGTTCAAACAGTCACGAGCCATACTTGTATAAAGA
CTAGACTTGTGTAGTCACAGTCTCCAGTCTATGTCTTCTCTCATTTGTAGTCACTTTTGT
AATCTTGTGTAGTCACTTGTTTACTAGTGACTTGTGTACTCTCATTCTCTATATAAAGTT
TGTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW53TF U 157
AF RR1CW53JQ C 1
BS 1 156 RR1CW53JQ
BS 157 443 RR1CW53TF
BS 444 444 RR1CW53JQ
BS 445 474 RR1CW53TF
BS 475 547 RR1CW53JQ

RD RR1CW53TF 318 0 0
TCATAGACGATTAAACCATCCGTCTCTCTATCGACGGTTCTCCTCGACGGTCGGTCGAAT
CGAAAGATTTTTCTGGCCATCGTTCAATCTCTTTATGATTCATGTCTCTGGATTGTGTGC
TTTACTTGACGTATCTGGGCTTTTGCAAGATGCTTGAGCCTAACCGTGAGCGCTTTAACC
CGTGGTTGTAACTGGATATTAACATGACTACAGTTTTCGAGTGATGCAAAGTTCAAACAG
TCACGAGCCATACTTGTATAAAGACTAGACTTGTGTAGTCACAGTCTTCAGTCTATGTCT
TCTCTCATTTGTAGTCAC

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR1CW53JQ 547 0 0
TCTTTGATCTTTCGGTGGTCGGTGTCTCCGTCGGTGTCTCTCTGGTGGTTGTCGTCTGAT
GAATCCGCCTATCATCTGTGATCTCTCCTCGACACAGAGAATCACTCGGCGTCTCCGCTC
TCGGAGTCTCTCCTCGACGACTCCGCCTCTGTTCTTTCATAGACGATTAAACCATCCGTC
TCTCTATCGACGGTTCTCCTCGACGGTCGGTCGAATCGAAAGATTTTTCTGGCCATCGTT
CAATCTCTTTATGATTCATGTCTCTGGATTGTGTGCTTTACTTGACGTATCTGGGCTTT*
GCAAGATGCTTGAGCCTAACCGTGAGCGCTTTAACC*GTGGTTGTAACTGGATATTAACA
TGACTACAGTTTTCGAGTGATGCAAAGTTCAAACAGTCACGAGCCATACTTGTATAAAGA
CTAGACTTGTGTAGTCACAGTCTCCAGTCTATGTCTTCTCTCATTTGTAGTCACTTTTGT
AATCTTGTGTAGTCACTTGTTTACTAGTGACTTGTGTACTCTCATTCTCTATATAAAGTT
TGTGACC

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 2

CO CL6863Contig1 1024 2 2 U
GGGGTTTCTGTTCGGCCAACGTCCGTTGGCTCTCGAGCCACGGCGTTGAGCCTGTCCTTG
TTTCTTTGTAAGGTTCTCGGTCTCCTTGTTGTATGATGAAGCAACGGTCCATCTTTTAAG
CTTCGCTTCGATGTATGTGTGTGAGTCCCAGATCTGAAGAGGCGTTGATGCAGCAGTGAC
TATCTCAACCCTACCAATGGCTTCCTATCCTAAAGGCTCAGATCTATCCGCCTTCGTTTA
ACCTTACGGTTCGTTTCGTGTAAGCGCGTGAAGCGCGTGAAACAATCGTCCTCGATTCTT
CGTTTGAATCAGGTCGTTTGGGTGTGGTGGTTAAGCAAGTCTTGCGGATCTCGTCTCTAA
CGGTTGTGGCTCTGTTCCGGCTTTTTATCAGCAAGTAGATCGGGTTTTATTACTAGTTAT
GTGTTTTCATGAAGTTTAGATAGTCTTTTGGTTGTTATCCCTCTCAGGAAATTAGTGGAT
TCTCTGGTGGTTTTTGGTCATAAGCTTGTAGTGTTTTTGGGTTCTTGATGATGATGTGAA
CGCTTTCCTGTCTGTAACTGCTGATCTCTTGTTGTGTGGTCAGTGGTCGTTGACGGGTTT
GACCTCGTTGATCTCCATATCTTTGAGATTGGAGTGTTCTTTGTAAGGCTTTATTAAGGC
GTAGCTTGAGCGCAATGAAGTTGTGTCGCCGCCGTATCCGGAAGAATATGTGGTCCTAAA
GTGGAACTATCTTGCCGGGTTTTAAAGTCTGGTTTCGTTGGCTTGGAGAGGTGTGCTCTC
GGTGTTGCAGAGGTTGATGTTATCGTTCGGTGGGCCGAGGGCAACAACGATAAATCTCGT
TCAGAGGCTATGGCAAGCTTACAGTACTATTATCATGGAGGATTTAGAATTTTCCTTTGT
AGCAATGGATGTGTCCTTGTTCCTTATTCATATAAGTTACCTTGAATGGGTTCTAGTCGC
CTGTTCTGTAGGCTTTAGTTTGTATCAATGGTTGTAATCTTCAGTGAATGAATTTTCTCA
GACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR1AQ06TF U 1
AF RR1AQ06JQ C 196
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BS 644 1024 RR1AQ06JQ

RD RR1AQ06TF 643 0 0
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TTTCTTTGTAAGGTTCTCGGTCTCCTTGTTGTATGATGAAGCAACGGTCCATCTTTTAAG
CTTCGCTTCGATGTATGTGTGTGAGTCCCAGATCTGAAGAGGCGTTGATGCAGCAGTGAC
TATCTCAACCCTACCAATGGCTTCCTATCCTAAAGGCTCAGATCTATCCGCCTTCGTTTA
ACCTTACGGTTCGTTTCGTGTAAGCGCGTGAAGCGCGTGAAACAATCGTCCTCGATTCTT
CGTTTGAATCAGGTCGTTTGGGTGTGGTGGTTAAGCAAGTCTTGCGGATCTCGTCTCTAA
CGGTTGTGGCTCTGTTCCGGCTTTTTATCAGCAAGTAGATCGGGTTTTATTACTAGTTAT
GTGTTTTCATGAAGTTTAGATAGTCTTTTGGTTGTTATCCCTCTCAGGAAATTAGTGGAT
TCTCTGGTGGTTTTTGGTCATAAGCTTGTAGTGTTTTTGGGTTCTTGATGATGATGTGAA
CGCTTTCCTGTCTGTAACTGCTGATCTCTTGTTGTGTGGTCAGTGGTCGTTGACGGGTTT
GACCTCGTTGATCTCCATATCTTTGAGATTGGAGTGTTCTTTG

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1AQ06JQ 829 0 0
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TCGTGTAAGCGCGTGAAGCGCGTGAAACAATCGTCCTCGATTCTTCGTTTGAATCAGGTC
GTTTGGGTGTGGTGGTTAAGCAAGTCTTGCGGATCTCGTCTCTAACGGTTGTGGCTCTGT
TCCGGCTTTTTATCAGCAAGTAGATCGGGTTTTATTACTAGTTATGTGTTTTCATGAAGT
TTAGATAGTCTTTTGGTTGTTATCCCTCTCAGGAAATTAGTGGATTCTCTGGTGGTTTTT
GGTCATAAGCTTGTAGTGTTTTTGGGTTCTTGATGATGATGTGAACGCTTTCCTGTCTGT
AACTGCTGATCTCTTGTTGTGTGGTCAGTGGTCGTTGACGGGTTTGACCTCGTTGATCTC
CATATCTTTGAGATTGGAGTGTTCTTTGTAAGGCTTTATTAAGGCGTAGCTTGAGCGCAA
TGAAGTTGTGTCGCCGCCGTATCCGGAAGAATATGTGGTCCTAAAGTGGAACTATCTTGC
CGGGTTTTAAAGTCTGGTTTCGTTGGCTTGGAGAGGTGTGCTCTCGGTGTTGCAGAGGTT
GATGTTATCGTTCGGTGGGCCGAGGGCAACAACGATAAATCTCGTTCAGAGGCTATGGCA
AGCTTACAGTACTATTATCATGGAGGATTTAGAATTTTCCTTTGTAGCAATGGATGTGTC
CTTGTTCCTTATTCATATAAGTTACCTTGAATGGGTTCTAGTCGCCTGTTCTGTAGGCTT
TAGTTTGTATCAATGGTTGTAATCTTCAGTGAATGAATTTTCTCAGACG

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 2

CO CL6864Contig1 653 2 1 U
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GGCCAAGAGTACGCTCAAGTCCTCCGCATGCTCGGCAATGGCCGATGCGAAGCCATGTGC
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GCAGCCGGTGACATCGTCCTTGTTGGCCTGAGGGACTACCAAGATGACAAAGCTGACGTC
ATCCTCAAGTACATGTCTGGTGAGGCCAGGCTTCTCAAGGCCTATGGTGAGCTTCCTGAG
AATACCCGTCTTAATGAAGGCATTGTTGGTGATCTTGATGAAGATGATGATAATAATGTT
GATGATTACGTTGAGTTTGAGGACGAGGATATTGATAGGATCTAAGTTGGCCTTGTAATA
TCAAAGTTGGATGATGCAACATCTTCTGAGAAAACCCAAGATTTGGTGATATGTTAAAAT
AAAGAAAATTGTTATGTGTTGTATCTCTATTACTGTCATTTGATTCCCCCAAATAATTTA
CAGCATGTTCTTTATTTCCCGTTTTGCAGCTTGTTAGTGCGGTTTTGCCTTTC


BQ
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AF RR1G106JQ C 1
AF RR1G106TF U 1
BS 1 653 RR1G106TF

RD RR1G106JQ 653 0 0
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GGCCAAGAGTACGCTCAAGTCCTCCGCATGTTCGGCAATGGCCGATGCGAAGCCATGTGC
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GCAGCCGGTGACATCGTCCTTGTTGGCCTGAGGGACTACCAAGATGACAAAGCTGACGTC
ATCCTCAAGTACATGTCTGGTGAGGCCAGGCTTCTCAAGGCCTATGGTGAGCTTCCTGAG
AATACCCGTCTTAATGAAGGCATTGTTGGTGATCTTGATGAAGATGATGATAATAATGTT
GATGATTACGTTGAGTTTGAGGACGAGGATATTGATAGGATCTAAGTTGGCCTTGTAATA
TCAAAGTTGGATGATGCAACATCTTCTGAGAAAACCCAAGATTTGGTGATATGTTAAAAT
AAAGAAAATTGTTATGTGTTGTATCTCTATTACTGTCATTTGATTCCCCCAAATAATTTA
CAGCATGTTCTTTATTTCCCGTTTTGCAGCTTGTTAGTGCGGTTTTGCCTTTC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1G106TF 653 0 0
GGATTTGAGTTTAAAGATGCAGACACCATGCCGAAGAACAAGGGAAAAGGAGGAAAGAAC
AGGAAGAGAGGAAAGAACGAAGCTGATGACGAGAAGCGTGAGCTTATCTTTAAAGAAGAT
GGCCAAGAGTACGCTCAAGTCCTCCGCATGCTCGGCAATGGCCGATGCGAAGCCATGTGC
ATTGACGGAACCAAACGTCTCTGCCATATCCGTGGTAAGATGCACAAGAAGGTCTGGATC
GCAGCCGGTGACATCGTCCTTGTTGGCCTGAGGGACTACCAAGATGACAAAGCTGACGTC
ATCCTCAAGTACATGTCTGGTGAGGCCAGGCTTCTCAAGGCCTATGGTGAGCTTCCTGAG
AATACCCGTCTTAATGAAGGCATTGTTGGTGATCTTGATGAAGATGATGATAATAATGTT
GATGATTACGTTGAGTTTGAGGACGAGGATATTGATAGGATCTAAGTTGGCCTTGTAATA
TCAAAGTTGGATGATGCAACATCTTCTGAGAAAACCCAAGATTTGGTGATATGTTAAAAT
AAAGAAAATTGTTATGTGTTGTATCTCTATTACTGTCATTTGATTCCCCCAAATAATTTA
CAGCATGTTCTTTATTTCCCGTTTTGCAGCTTGTTAGTGCGGTTTTGCCTTTC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL6865Contig1 806 2 4 U
GAACCTTTATCAGATATAATCAAACGCACATCTGGATCCCCACCCAATCTCTACTGCTGA
TGCTTTGGTGAAAATGGGTTTCGGCGCGATCAGATCGATTCTCCGACCATTGTCGAGAAC
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GTTATGCTCCTTGTTCGGTGGATCGAGGTTGCCATTGATTCAAATGGCTAACCATTTTCA
CAGCTTGAGCTTAACCGATACTCGACTCCCGAAGAGACGACCCATGACTCATCCCAAGAA
GAAAAGATTCAAACTTAAACCTCCAGGGCCTTATGCATATGTTCAGTATACACCTGGAGA
GCCAATTGCTTCAAACAATCCCAACAAGGGTAGTCTCAAAAGACGGAATGCTAAGAAGCG
CATTGGGCAGCGCCGTGCTTTCATACTGTCTGAGAAGAAGAAGAGACAAGCGCTGGTGCA
AGAGGCGAAGAGGAAGAAGAGAATCAAAGAAGTGGAACGTAAGATGGCCAAAGTGGCAAG
GGAGCGAGCTTGGGAGGAAAGGCTGGCTGAGCTTCAGCGACTCGACGAAGAGAAGAAGAA
GTCTATGTCTTCTTGAATTTTGCTTTCACTCAACCAAAAAAAAAAACATAGAATAAATCT
CTCTTCTTTTTTTCTTTCGACTTAGGTTTTTTGTTCCCACTCTTTGTTGTGTGTTGCAAG
ATTTACTCACTCTGTTGTCTGCCGTTTTGTCAGAACCGAGAGTTACCTAACGTTTCTGGA
CTTTATAATCATGCCTTTTCTTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EI01TF U 1
AF RR1EI01JQ C 126
BS 1 685 RR1EI01TF
BS 686 686 RR1EI01JQ
BS 687 774 RR1EI01TF
BS 775 806 RR1EI01JQ

RD RR1EI01TF 774 0 0
GAACCTTTATCAGATATAATCAAACGCACATCTGGATCCCCACCCAATCTCTACTGCTGA
TGCTTTGGTGAAAATGGGTTTCGGCGCGATCAGATCGATTCTCCGACCATTGTCGAGAAC
CCTTGTTTCTCGCGTCGCCTCTAGCTGCTCGTCCACGGCGGTTCCTGCAGCGAAACCGGA
GTTATGCTCCTTGTTCGGTGGATCGAGGTTGCCATTGATTCAAATGGCTAACCATTTTCA
CAGCTTGAGCTTAACCGATACTCGACTCCCGAAGAGACGACCCATGACTCATCCCAAGAA
GAAAAGATTCAAACTTAAACCTCCAGGGCCTTATGCATATGTTCAGTATACACCTGGAGA
GCCAATTGCTTCAAACAATCCCAACAAGGGTAGTCTCAAAAGACGGAATGCTAAGAAGCG
CATTGGGCAGCGCCGTGCTTTCATACTGTCTGAGAAGAAGAAGAGACAAGCGCTGGTGCA
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GGAGCGAGCTTGGGAGGAAAGGCTGGCTGAGCTTCAGCGACTCGACGAAGAGAAGAAGAA
GTCTATGTCTTCTTGAATTTTGCTTTCACTCAACCAAAAAAAAAAACATAGAATAAATCT
CTCTTCTTTTTTTCTTTCGACTTAG*TTTTTTGTTCCCACTCTTTGTTGTGTGTTGCAAG
ATTTACTCACTCTGTTGTCTGCCGTTTTGTCAGAACCGAGAGTTACCTAACGTT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1EI01JQ 681 0 0
TTTCTCGCGTCGCCTCTAGCTGCTCGTCCACGGCGGTTCCTGCAGCGAAACCGGAGTTAT
GCTCCTTGTTCGGTGGATCGAGGTTGCCATTGATTCAAATGGCTAACCATTTTCACAGCT
TGAGCTTAACCGATACTCGACTCCCGAAGAGACGACCCATGACTCATCCCAAGAAGAAAA
GATTCAAACTTAAACCTCCAGGGCCTTATGCATATGTTCAGTATACACCTGGAGAGCCAA
TTGCTTCAAACAATCCCAACAAGGGTAGTCTCAAAAGACGGAATGCTAAGAAGCGCATTG
GGCAGCGCCGTGCTTTCATACTGTCTGAGAAGAAGAAGAGACAAGCGCTGGTGCAAGAGG
CGAAGAGGAAGAAGAGAATCAAAGAAGTGGAACGTAAGATGGCCAAAGTGGCAAGGGAGC
GAGCTTGGGAGGAAAGGCTGGCTGAGCTTCAGCGACTCGACGAAGAGAAGAAGAAGTCTA
TGTCTTCTTGAATTTTGCTTTCACTCAACCAAAAAAAAAAACATAGAATAAATCTCTCTT
CTTTTTTTCTTTCGACTTAGGTTTTTTGTTCCCACTCTTTGTTGTGTGTTGCAAGATTTA
CTCACTCTGTTGTCTGCCGTTTTGTCAGAACCGAGAGTTACCTAACGTTTCTGGACTTTA
TAATCATGCCTTTTCTTGTTC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

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TCCTCCGCTGTTTCCTCTGGCTGCCTCCCTGGGTTCTTCAACCTCTTTCTGTCAACCTTC
AACTTCTCTTCCAACCGCCGCAAATCCATCACTTTGGGATCTAAAAAACAAGAAGAGAGA
ACCGTCGTCTACGTTTCTCCTCCGGAAGATGCTGAACAATCACGAGTATAAAGACAACAA
AACATACAAAGTCAACAACATTAACCTAATCACTAGACCTGATCATTATGACGTCATTTC
CAAGAGAGCAACGATGGATACACATTGCACGACGCCACTTGTGGTGCGGAAGGTAAGATC
ACGGAGTTTGATGGACAGCGTGAACCAGGTTTGTGATGACTTAGCATCTGGTCAACGAAG
AGGGGTTGCTAAGATCGGTTTGGCACTTCATGACCACATATGCCGGGATTTGATCACAGA
GATCGTTGGCGAGCTCTCCTTTTCTTACTACTATGACGACGACGAGTGTCGTAAGTCGGC
GGTGGATTCTGTTGATTGTTACGGCAGAGGAGGTGGACGCCGACACATCCGACGTGGTGG
TACCAACTCACTCCCGCTCGACGCATGTCGAAGAAAATTAGTGTTTTGATGTGATCGATC
TCTTTTGTTTTTTTTGTTTAGTATGTCTTAGGCGCGACAGTTTTCACTACACGTGTTGTA
GCTCTTATTTTACGATCTTGTTGTATTAATAATCTAAGACATTGTTACCAAAATAATAAT
CTAAGACATATATACATTTCTAGGGGTGGGCAAACAAACCGAACCCGT


BQ
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AF RR1A725TF U 1
AF RR1A725JQ C 74
BS 1 717 RR1A725TF
BS 718 888 RR1A725JQ

RD RR1A725TF 717 0 0
AAAGATCTCAAGAAACACATAACACAGAGAATGACAACGAAGAGGACTAAAATAGAGAAC
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TCCTCCGCTGTTTCCTCTGGCTGCCTCCCTGGGTTCTTCAACCTCTTTCTGTCAACCTTC
AACTTCTCTTCCAACCGCCGCAAATCCATCACTTTGGGATCTAAAAAACAAGAAGAGAGA
ACCGTCGTCTACGTTTCTCCTCCGGAAGATGCTGAACAATCACGAGTATAAAGACAACAA
AACATACAAAGTCAACAACATTAACCTAATCACTAGACCTGATCATTATGACGTCATTTC
CAAGAGAGCAACGATGGATACACATTGCACGACGCCACTTGTGGTGCGGAAGGTAAGATC
ACGGAGTTTGATGGACAGCGTGAACCAGGTTTGTGATGACTTAGCATCTGGTCAACGAAG
AGGGGTTGCTAAGATCGGTTTGGCACTTCATGACCACATATGCCGGGATTTGATCACAGA
GATCGTTGGCGAGCTCTCCTTTTCTTACTACTATGACGACGACGAGTGTCGTAAGTCGGC
GGTGGATTCTGTTGATTGTTACGGCAGAGGAGGTGGACGCCGACACATCCGACGTGGTGG
TACCAACTCACTCCCGCTCGACGCATGTCGAAGAAAATTAGTGTTTTGATGTGATCG

QA 1 717 1 717
DS 

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CATCTTCATGGCGAGAAAACCATAATCCTCCTCGGAGAAACTCAAATTCCTCCGCTGTTT
CCTCTGGCTGCCTCCCTGGGTTCTTCAACCTCTTTCTGTCAACCTTCAACTTCTCTTCCA
ACCGCCGCAAATCCATCACTTTGGGATCTAAAAAACAAGAAGAGAGAACCGTCGTCTACG
TTTCTCCTCCGGAAGATGCTGAACAATCACGAGTATAAAGACAACAAAACATACAAAGTC
AACAACATTAACCTAATCACTAGACCTGATCATTATGACGTCATTTCCAAGAGAGCAACG
ATGGATACACATTGCACGACGCCACTTGTGGTGCGGAAGGTAAGATCACGGAGTTTGATG
GACAGCGTGAACCAGGTTTGTGATGACTTAGCATCTGGTCAACGAAGAGGGGTTGCTAAG
ATCGGTTTGGCACTTCATGACCACATATGCCGGGATTTGATCACAGAGATCGTTGGCGAG
CTCTCCTTTTCTTACTACTATGACGACGACGAGTGTCGTAAGTCGGCGGTGGATTCTGTT
GATTGTTACGGCAGAGGAGGTGGACGCCGACACATCCGACGTGGTGGTACCAACTCACTC
CCGCTCGACGCATGTCGAAGAAAATTAGTGTTTTGATGTGATCGATCTCTTTTGTTTTTT
TTGTTTAGTATGTCTTAGGCGCGACAGTTTTCACTACACGTGTTGTAGCTCTTATTTTAC
GATCTTGTTGTATTAATAATCTAAGACATTGTTACCAAAATAATAATCTAAGACATATAT
ACATTTCTAGGGGTGGGCAAACAAACCGAACCCGT

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL6867Contig1 382 2 1 U
GGGTACATAAAATCTCTAAGCTCTTTCATCAAAACAAGAATGGTGTGCAGAGCAGAAGAA
TCTTTGAAGCAGAGAGAGAACCTAAAGAGGTGTAAACAAGATCATGATCGCCAAAAGAAG
AAGGTGCAATCGATCACAGATTGCAACAAAGAGAAAAGTTGCAGATTCAAGCGAAGCACT
TCTAATCTCGACCAGGACGGCGCTTCCTCAGCCATATTTTTCCTCGCTTGCATTGCCTGC
TCATCCTTCTCCAATAATCTCTAAGTATTCTTAGCTGTAACAGCATCCACAATTAATTAC
TTTTCAGACAACGTTTCTTAATTAAATTGTAGTTCTTCTATTTGATTCTGTTGTTACCTT
ATCCTGTGTTATAATTTTCTTA


BQ
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AF RR1AI83JQ C 1
AF RR1AI83TF U 1
BS 1 382 RR1AI83TF

RD RR1AI83JQ 382 0 0
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QA 1 382 1 382
DS 

RD RR1AI83TF 382 0 0
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AAGGTGCAATCGATCACAGATTGCAACAAAGAGAAAAGTTGCAGATTCAAGCGAAGCACT
TCTAATCTCGACCAGGACGGCGCTTCCTCAGCCATATTTTTCCTCGCTTGCATTGCCTGC
TCATCCTTCTCCAATAATCTCTAAGTATTCTTAGCTGTAACAGCATCCACAATTAATTAC
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ATCCTGTGTTATAATTTTCTTA

QA 1 382 1 382
DS 



AS 1 2

CO CL6868Contig1 1228 2 2 U
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TCATACGTATTCCCCAAACAAATCTCGAACCGTTAGTCCTTTTCTTCTGGAATTAGGATT
CCGTACAACCGAATCCAGATGCGAATTCTCGGCGAGATCGCGGAGACACCTTTCGTGGTT
TCACAGCTAAGCCCTAATCCGACGGCCGCCGCCGGAGGTTTTATCGGCGGATGGGTCGGG
AAGTGCCATGGGTTTGTTCACAACACGGTACTGGTCATCGCAGCTCTTCTCTTCGTCGCT
TACTTAGCGTACGAGGCGAATAAGAGCTTGTCGAAGCTCTCGAATCGGAGATCTTACATT
ATGATCGCTTATTACGGATGCCTTTGGCTTGTTAGCTTGCTCAATCTTGCTTGGTGTTGC
CTCCAGGCATGGGAATGCACACCTGGGAAAGAAGTGGTTTGGAATGTATTGACTCTGTTC
ACAACATCTGGAATGTTGTTTCTGGAAGTAAGCTTGGTAGCCTTTCTCTTCCAAGGAAAC
TATGCAAGTGGCTCTGAAGCACTGACACGGACCTTTCTCATCTCTGGGCTTGTTATAGGT
CTTGATTTGCTTCTCAAGGCGATCTACCTCTTTGGATTTGGGGTACAGTTGTTTATTGAC
AACAATGAACATATACAAAAAGTCAAATGGGATTATGGGTCATCCACAAGCTCTTGCTTG
CGGCCATTTATGGGATGATATTTTTCATGTACAACTCTAAGTGGAGAGAAAGATTACCAG
CAAGACCTGCTTTCTATAAGTACATAACTTGCATGCTCGCCTTAAATGGACTCTCCCTAT
TTGCTTGTACTCTTGCGGCAAACGGCGCTCACTTTGGATTATGGTTGTATGGGATCACTA
GTATCTGTTACCACGCCTTCTACCTTCCACTTTTGTATGTTACTTTCCTTGCAGACTTTT
TCCAGGAGGAAGATCTGAACTTGGAGAACGTCTACTATTCAGAGATGAAAGACGCTGGAT
TCTTTGATGCCGATTGGGAATAATAAGAACCTGTAGATACAAGGTGGAATAGAAATGCTT
TATTGTCACTCACTTCCTTTAGGGCCCTACTGTTCTTGTGAATGTGTAAAGACTCCTTGT
ACATTATGATGATATAACAGTTTTCTTAATTCAGAAAGACGAAAAAAAGAACAAACATTC
ATATGTGAATGAGATTTCAATCAATGTT


BQ
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AF RR1GQ17TF U 1
AF RR1GQ17JQ C 493
BS 1 594 RR1GQ17TF
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TCACAGCTAAGCCCTAATCCGACGGCCGCCGCCGGAGGTTTTATCGGCGGATGGGTCGGG
AAGTGCCATGGGTTTGTTCACAACACGGTACTGGTCATCGCAGCTCTTCTCTTCGTCGCT
TACTTAGCGTACGAGGCGAATAAGAGCTTGTCGAAGCTCTCGAATCGGAGATCTTACATT
ATGATCGCTTATTACGGATGCCTTTGGCTTGTTAGCTTGCTCAATCTTGCTTGGTGTTGC
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TATGCAAGTGGCTCTGAAGCACTGACACGGACCTTTCTCATCTCTGGGCTTGTT

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DS 

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QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

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ATAACGTTGATTTCTCAGGTGGCAACGTTCATCTTATCACAACAAAAGAGAGCTGGGATG
AGAAATTAGCCGAAGCTGGTCGTGATGGCAAAATTGTGATTGCAAACTTCAGCGCGACAT
GGTGTGGTCCTTGTAAGATTGTGGCACCGTTTTACGTCGAGCTCTCTGAGAAACATCCTT
CTCTTATGTTCCTTCTCGTAGATGTTGATGAACTCAGCGATTTTAGCTCAACATGGGACA
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BQ
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AF RR1BB44TF U 1
AF RR1BB44JQ C 75
BS 1 718 RR1BB44TF

RD RR1BB44TF 718 0 0
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ATAACGTTGATTTCTCAGGTGGCAACGTTCATCTTATCACAACAAAAGAGAGCTGGGATG
AGAAATTAGCCGAAGCTGGTCGTGATGGCAAAATTGTGATTGCAAACTTCAGCGCGACAT
GGTGTGGTCCTTGTAAGATTGTGGCACCGTTTTACGTCGAGCTCTCTGAGAAACATCCTT
CTCTTATGTTCCTTCTCGTAGATGTTGATGAACTCAGCGATTTTAGCTCAACATGGGACA
TAAAGGCAACACCAACCTTCTTCTTCCTCAAGAACGGAGAGCAAATAGGCAAGCTTGTCG
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QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1BB44JQ 644 0 0
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TCAGGTGGCAACGTTCATCTTATCACAACAAAAGAGAGCTGGGATGAGAAATTAGCCGAA
GCTGGTCGTGATGGCAAAATTGTGATTGCAAACTTCAGCGCGACATGGTGTGGTCCTTGT
AAGATTGTGGCACCGTTTTACGTCGAGCTCTCTGAGAAACATCCTTCTCTTATGTTCCTT
CTCGTAGATGTTGATGAACTCAGCGATTTTAGCTCAACATGGGACATAAAGGCAACACCA
ACCTTCTTCTTCCTCAAGAACGGAGAGCAAATAGGCAAGCTTGTCGGTGCAAACAAGCCT
GAGCTACAGAAGAAGGTTACTTCTATCATCGACTCTGTCCCTGAAAGTCCACGACGGCCT
TGATGCCCCCAAGAAGGAGTCAACTGTGGAGTGTATCAAAAACTCTGTTCTATGATGTAT
GTAAAATGCACAAGGCTTTTTTTATAAAAAAATGTCATGAAAAC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL6870Contig1 707 2 1 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BF93TF U 1
AF RR1BF93JQ C 64
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RD RR1BF93TF 707 0 0
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AAAAGTCCCACGTGGTGGTCTCCTTCAGACCTTCAAATCATATGAGTTCGCTCACAACCG
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QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1BF93JQ 644 0 0
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QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL6871Contig1 652 2 3 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GL78JQ C 1
AF RR1GL78TF U 1
BS 1 612 RR1GL78TF
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RD RR1GL78JQ 652 0 0
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TCATTGGTTATAAACCAATTGTCTAATATTTAGCTTGTTGCAAGTGATGATTGGTTCATT
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QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1GL78TF 652 0 0
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TCACGAGACACTCTTTACATGTGAGTTAAAGCATGGGTATCACTTCATGCATTTCCAAAA
GTTCAAAGCTTATACGTCAAAATGGAATGGCTCCCTCAAGAATAGATCAAACGCGACATG
GTTAGCCGCAGAGAAAGGTCTCTACAAAATATGGGAACATAGGTCTCCTGAATTTATGTA
TCATTGGTTATAAACCAATTGTCTAATATTTAGCTTGTTGCAAGTGATGATTGGTTCATT
TTGTGTTGGAAATTCTTGATAAGTTTCAGCACTCACAAGATGTGTATATAATATTCGAGA
CTCAAAAAGATGTCCCCGCATATATGATTGTATATATGTTTCATAATCTAATTAAGTTGT
ATATTTGAAAAA*CCATATATGTTGTTTTTAATAAATACAAGTTTATTGTCG

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL6872Contig1 681 2 2 U
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GTGGAAGAAAGAGGATCGTGGTTTCTATCATCTCAAGGGATGGACTCTGAATCTGTGCAC
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CAGTGTGAAACACAAGGTGCCATTGAAGATCTTTTTGATGAAAATGAAGATGATAAGAAG
AAAGCAAGTAGTTCTGGAGTGGAGTCTTCAACATAAAAAAATGATATACTTGATGGATGG
TCCTGGTGGTTCAAAAAGGAAAATAGTAACTTATGGACACTTGCTGTGAAGTAGAATTTT
ATATTTGAGTTATGTTGTGATTTGTGATTTGTAAACTTTGAGTTTTTAGCTGAAATAAAA
CAGTGTAGTTTGACAGGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EC33TF U 1
AF RR1EC33JQ C 30
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BS 673 681 RR1EC33JQ

RD RR1EC33TF 672 0 0
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TGGGTTTCGATTTGTCTGTTCATCTCGTGTCTTCTACTTCTTCGTCTTCACTCTCTCTTC
CTCGCATCTTAGAGACAGTCAAGTATGAAACGAGTGTAGAGGAAGCAAGACACTCTCTCT
TACTCGCATCCATTTACGGTCAAGGGGAGGGGATGATGGTTTTGTAGCCGTTTGTTTGTA
GTGGAAGAAAGAGGATCGTGGTTTCTATCATCTCAAGGGATGGACTCTGAATCTGTGCAC
ACTATGGCGCTTCTTGAAGCTCAACGTGAATACATGGATATGAATGATGAAGATGCTGAA
TTTGAGGAAGATGAAGATGCTGAATTTGATGTCGATGAGGAGTTGGCAGAAGCAGACGTT
CAGTGTGAAACACAAGGTGCCATTGAAGATCTTTTTGATGAAAATGAAGATGATAAGAAG
AAAGCAAGTAGTTCTGGAGTGGAGTCTTCAACATAAAAAAATGATATACTTGATGGATGG
TCCTGGTGGTTCAAAAAGGAAAATAGTAACTTATGGACACTTGCTGTGAAGTAGAATTTT
ATATTTGAGTTATGTTGTGATTTGTGATTTGTAAACTTTGAGTTTTTAGCTGAAATAAAA
CAGTGTAGTTTG

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DS 

RD RR1EC33JQ 652 0 0
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ACGAGTGTAGAGGAAGCAAGACACTCTCTCTTACTCGCATCCATTTACGGTCAAGGGGAG
GGGATGATGGTTTTGTAGCCGTTTGTTTGTAGTGGAAGAAAGAGGATCGTGGTTTCTATC
ATCTCAAGGGATGGACTCTGAATCTGTGCACACTATGGCGCTTCTTGAAGCTCAACGTGA
ATACATGGATATGAATGATGAAGATGCTGAATTTGAGGAAGATGAAGATGCTGAATTTGA
TGTCGATGAGGAGTTGGCAGAAGCAGACGTTCAGTGTGAAACACAAGGTGCCATTGAAGA
TCTTTTTGATGAAAATGAAGATGATAAGAAGAAAGCAAGTAGTTCTGGAGTGGAGTCTTC
AACATAAAAAAATGATATACTTGATGGATGGTCCTGGTGGTTCAAAAAGGAAAATAGTAA
CTTATGGACACTTGCTGTGAAGTAGAATTTTATATTTGAGTTATGTTGTGATTTGTGATT
TGTAAACTTTGAGTTTTTAGCTGAAATAAAACAGTGTAGTTTGACAGGTTCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL6873Contig1 784 2 5 U
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ATAGTTCTGAGTTTTGTTGCCGGTTTTGATGTTCTTAGATCTGTTCTTCTCGTTTCTGAT
CTGTTCGGATGGAGTGAATCCGAAGGTGGTGGTGGTTTGATTTCCTCTGGTTCAGGCAGG
ATTCGGTGGTTCAGTATGGAGCCCCTTCTTGGACATGAGCAGTCAGACTTTCAGTGGTGC
TTGCCTTTGTCTTGGTGGAATCTTTCTCTTGGTCTACCTGCAGAAGAGGTTGGTCTCCCG
TATTTTATTGCCTCAAATCTGCGGGAGAAATCTGTTTTGTTCTTTTGATGGTTGGTTTAT
CGTTGCGGTTCTGTGGCTCATCAAGGCACTGGATGTCTGTGGGTGTAGCAGTAGAAGTGA
ACGCTTCTCTTCCCCTTCCGCCATTAGATTTGGCGTTGTTGATTTCTTCCTCATGTTTAT
TAGGTTTTCTTGTCTAAGTTTCTCGTTGTCTTACGACAATAGGTAGACTTTATATTAAAT
ATTAGCAATTCATAATGAAGGTTAACCGGCTAACTAACAAACGTACATATAGTTGTACAT
ATTGTTAGAGCTTAGCTATTCAATTTGTATTATTAACTTGCTAACCAGTAAGCGATTCGA
TCCGGTCAAAACATTGACTACGCTGCCAAGTTTAGTTCATTGTTAGAGACGCCAAATCCC
CTATGTAAGTATTATTTTGTAACCTGCTAACTTATTACTTATAATGCTATATTACAGTCT
TTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1BZ43TF U 39
AF RR1BZ43JQ C 1
BS 1 38 RR1BZ43JQ
BS 39 670 RR1BZ43TF
BS 671 671 RR1BZ43JQ
BS 672 686 RR1BZ43TF
BS 687 784 RR1BZ43JQ

RD RR1BZ43TF 648 0 0
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ATCTGTTCTTCTCGTTTCTGATCTGTTCGGATGGAGTGAATCCGAAGGTGGTGGTGGTTT
GATTTCCTCTGGTTCAGGCAGGATTCGGTGGTTCAGTATGGAGCCCCTTCTTGGACATGA
GCAGTCAGACTTTCAGTGGTGCTTGCCTTTGTCTTGGTGGAATCTTTCTCTTGGTCTACC
TGCAGAAGAGGTTGGTCTCCCGTATTTTATTGCCTCAAATCTGCGGGAGAAATCTGTTTT
GTTCTTTTGATGGTTGGTTTATCGTTGCGGTTCTGTGGCTCATCAAGGCACTGGATGTCT
GTGGGTGTAGCAGTAGAAGTGAACGCTTCTCTTCCCCTTCCGCCATTAGATTTGGCGTTG
TTGATTTCTTCCTCATGTTTATTAGGTTTTCTTGTCTAAGTTTCTCGTTGTCTTACGACA
ATAGGTAGACTTTATATTAAATATTAGCAATTCATAATGAAGGTTAACCGGCTAACTAAC
AAACGTACATATAGTTGTACATATTGTTAGAGCTTAGCTATTCAATTTGTATTATTAACT
TGCTAACCAGTAAGCGATTCGATCCGGTCAAA*CATTGACTACGCTGC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1BZ43JQ 784 0 0
GAAGCGGATGATGTTAGATCCCTCTTGTTTAGGGTTTCTGATATCTTTTCCGTTGTAGAT
ATAGTTCTGAGTTTTGTTGCCGGTTTTGATGTTCTTAGATCTGTTCTTCTCGTTTCTGAT
CTGTTCGGATGGAGTGAATCCGAAGGTGGTGGTGGTTTGATTTCCTCTGGTTCAGGCAGG
ATTCGGTGGTTCAGTATGGAGCCCCTTCTTGGACATGAGCAGTCAGACTTTCAGTGGTGC
TTGCCTTTGTCTTGGTGGAATCTTTCTCTTGGTCTACCTGCAGAAGAGGTTGGTCTCCCG
TATTTTATTGCCTCAAATCTGCGGGAGAAATCTGTTTTGTTCTTTTGATGGTTGGTTTAT
CGTTGCGGTTCTGTGGCTCATCAAGGCACTGGATGTCTGTGGGTGTAGCAGTAGAAGTGA
ACGCTTCTCTTCCCCTTCCGCCATTAGATTTGGCGTTGTTGATTTCTTCCTCATGTTTAT
TAGGTTTTCTTGTCTAAGTTTCTCGTTGTCTTACGACAATAGGTAGACTTTATATTAAAT
ATTAGCAATTCATAATGAAGGTTAACCGGCTAACTAACAAACGTACATATAGTTGTACAT
ATTGTTAGAGCTTAGCTATTCAATTTGTATTATTAACTTGCTAACCAGTAAGCGATTCGA
TCCGGTCAAAACATTGACTACGCTGCCAAGTTTAGTTCATTGTTAGAGACGCCAAATCCC
CTATGTAAGTATTATTTTGTAACCTGCTAACTTATTACTTATAATGCTATATTACAGTCT
TTGC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL6874Contig1 772 2 2 U
GGGAGTGAGTTGGTTAAAGAATCAGGAGATTCCAACTCAAAGCCAAAAACTTATACTTCC
TTCAGCCGAAGCCAAAAAGATTCCTTCCCTGAATTTGCTGCTAAGGATAGTAATATCTCT
CCGAGCTATCCTGACATATTGATCGCAAAACTCGGCCCTGGTCATGAGATTGAGCTGGAG
GCTCATGCGGTAAAGGGGATTGGTAAAACACATGCAAAGTGGTCACCAGTAGCGACGGCT
TGGTATCGGATGCTTCCTGAGGTTATTCTACTAAGGGAAGTTGAGGATGAAGATGCTGAA
CGACTCGTAAAAGCCTGCCCGCAGAAGGTTTTTGACATTGAAGACATGGGCAATGGTAGG
AAGAGGGCAACGGTAGCACGGCCACGTGATTGCACGCTGTGTAGGCAATGCGTGAGGAAA
AATTATGGAAAGGAAGAAAACAAAGACGAAGAAGAAAAAGAATGGATAGAGAATGTGGGT
CGAGAAAAAGAATGGGTAGAGAATGTGGCTCTTCGACGTGTCAAGAACCATTTTATATTT
AAGATTGAGTCTACTGGATCAATGCCTCCGGATGTTCTCTTCACTGAAGCTGTCAAGATT
TTGGAAACTAAATGTGAACGTGTTATCGCTACTCTCTCCTGAAAAGGATATTTTTATTGG
TTTTGTACTTTAGTTCTCTACTGGCATGGTCCCGATTTAGTTCAATTATGGGTTTTGTAT
CAAATCTTCTCTTTGATTTTCAATACTAAGGACATTGAGATGTTCATGTTGC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ46TFB U 1
AF RR1GZ46JQ C 4
BS 1 650 RR1GZ46TFB
BS 651 772 RR1GZ46JQ

RD RR1GZ46TFB 650 0 0
GGGAGTGAGTTGGTTAAAGAATCAGGAGATTCCAACTCAAAGCCAAAAACTTATACTTCC
TTCAGCCGAAGCCAAAAAGATTCCTTCCCTGAATTTGCTGCTAAGGATAGTAATATCTCT
CCGAGCTATCCTGACATATTGATCGCAAAACTCGGCCCTGGTCATGAGATTGAGCTGGAG
GCTCATGCGGTAAAGGGGATTGGTAAAACACATGCAAAGTGGTCACCAGTAGCGACGGCT
TGGTATCGGATGCTTCCTGAGGTTATTCTACTAAGGGAAGTTGAGGATGAAGATGCTGAA
CGACTCGTAAAAGCCTGCCCGCAGAAGGTTTTTGACATTGAAGACATGGGCAATGGTAGG
AAGAGGGCAACGGTAGCACGGCCACGTGATTGCACGCTGTGTAGGCAATGCGTGAGGAAA
AATTATGGAAAGGAAGAAAACAAAGACGAAGAAGAAAAAGAATGGATAGAGAATGTGGGT
CGAGAAAAAGAATGGGTAGAGAATGTGGCTCTTCGACGTGTCAAGAACCATTTTATATTT
AAGATTGAGTCTACTGGATCAATGCCTCCGGATGTTCTCTTCACTGAAGCTGTCAAGATT
TTGGAAACTAAATGTGAACGTGTTATCGCTACTCTCTCCTGAAAAGGATA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1GZ46JQ 769 0 0
AGTGAGTTGGTTAAAGAATCAGGAGATTCCAACTCAAAGCCAAAAACTTATACTTCCTTC
AGCCGAAGCCAAAAAGATTCCTTCCCTGAATTTGCTGCTAAGGATAGTAATATCTCTCCG
AGCTATCCTGACATATTGATCGCAAAACTCGGCCCTGGTCATGAGATTGAGCTGGAGGCT
CATGCGGTAAAGGGGATTGGTAAAACACATGCAAAGTGGTCACCAGTAGCGACGGCTTGG
TATCGGATGCTTCCTGAGGTTATTCTACTAAGGGAAGTTGAGGATGAAGATGCTGAACGA
CTCGTAAAAGCCTGCCCGCAGAAGGTTTTTGACATTGAAGACATGGGCAATGGTAGGAAG
AGGGCAACGGTAGCACGGCCACGTGATTGCACGCTGTGTAGGCAATGCGTGAGGAAAAAT
TATGGAAAGGAAGAAAACAAAGACGAAGAAGAAAAAGAATGGATAGAGAATGTGGGTCGA
GAAAAAGAATGGGTAGAGAATGTGGCTTTTCGACGTGTCAAGAACCATTTTATATTTAAG
ATTGAGTCTACTGGATCAATGCCTCCGGATGTTCTCTTCACTGAAGCTGTCAAGATTTTG
GAAACTAAATGTGAACGTGTTATCGCTACTCTCTCCTGAAAAGGATATTTTTATTGGTTT
TGTACTTTAGTTCTCTACTGGCATGGTCCCGATTTAGTTCAATTATGGGTTTTGTATCAA
ATCTTCTCTTTGATTTTCAATACTAAGGACATTGAGATGTTCATGTTGC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL6875Contig1 831 2 2 U
GCTTGAAATTGCAAGTCAGCAACTGAGCGCAAACCTCATTAGAGAAAACCTTTCTGTCGC
CAATAATGCTTGTTGGACCATTGGAGAATTAGCGGTCAAGGTTCGTCAAGAAGTCTCACC
GATTGTGACCAACGTTGTCTCTTCCCTAGGCCTAATTCTTCAGCATGGAGAGGCTGTGAA
TAAGTCACTAGTCGAAAACAGTGCAATTACCCTCGGGAGACTAGCGTGGATTCGTCCAGA
CCTCGTCGCACCTCACATGGAGCACTTCATGAAGCCATGGTGCTTGGCATTGTCAACGGT
ACGTGATGACATTGAGAAAGAAGATGCATTTAGAGGGTTATGTGCAGTGGTTAAAGTGAA
TCCATCAGGAGGTGTCAGCTCACTTGTTTTCATATGCATAGCCATTGCAAGCTGGCATGA
AATAAGAAGCGAGGACGTCAAAAACGAAGTCTCCCAAGTGCTGAACGGCTATAAACAGTT
GCTGGGAAACTCATGGGCGGAATGTTTGTCTGCTTTGGAACCTCCTGTTAAAGAAAGGCT
TGCGAGATACGTTTGATTATACACCGGTTTGTCTCAAATCAGAGAGATGTGATCTATCTT
GTTCATTGCAAACAAAAAGACTTCACAGAGCTTGAGACACCATTTTTTACAAGATTTAAT
GAAGGGAAAAAGAGTCCCAAGAAAAAGAGAAAAACAGTACAGAGTCTGTGTATGTGTGGG
GGCTCTTCAGATAATTTCTACGTCTGTCTTTTTTCTTTTCTTTTTATTTCTACACATCAA
TTCTTCAATGTGGCATGGTGGTGGTTTGAACGGTTTTGGTTAAGATTTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DX31TF U 1
AF RR1DX31JQ C 162
BS 1 229 RR1DX31TF
BS 230 831 RR1DX31JQ

RD RR1DX31TF 231 0 0
GCTTGAAATTGCAAGTCAGCAACTGAGCGCAAACCTCATTAGAGAAAACCTTTCTGTCGC
CAATAATGCTTGTTGGACCATTGGAGAATTAGCGGTCAAGGTTCGTCAAGAAGTCTCACC
GATTGTGACCAACGTTGTCTCTTCCCTAGGCCTAATTCTTCAGCATGGAGAGGCTGTGAA
TAAGTCACTAGTCGAAAACAGTGCAATTACCCTCGGGAGACTAGCGTGG
TT

QA 1 229 1 229
DS 

RD RR1DX31JQ 670 0 0
AGCATGGAGAGGCTGTGAATAAGTCACTAGTCGAAAACAGTGCAATTACCCTCGGGAGAC
TAGCGTGGATTCGTCCAGACCTCGTCGCACCTCACATGGAGCACTTCATGAAGCCATGGT
GCTTGGCATTGTCAACGGTACGTGATGACATTGAGAAAGAAGATGCATTTAGAGGGTTAT
GTGCAGTGGTTAAAGTGAATCCATCAGGAGGTGTCAGCTCACTTGTTTTCATATGCATAG
CCATTGCAAGCTGGCATGAAATAAGAAGCGAGGACGTCAAAAACGAAGTCTCCCAAGTGC
TGAACGGCTATAAACAGTTGCTGGGAAACTCATGGGCGGAATGTTTGTCTGCTTTGGAAC
CTCCTGTTAAAGAAAGGCTTGCGAGATACGTTTGATTATACACCGGTTTGTCTCAAATCA
GAGAGATGTGATCTATCTTGTTCATTGCAAACAAAAAGACTTCACAGAGCTTGAGACACC
ATTTTTTACAAGATTTAATGAAGGGAAAAAGAGTCCCAAGAAAAAGAGAAAAACAGTACA
GAGTCTGTGTATGTGTGGGGGCTCTTCAGATAATTTCTACGTCTGTCTTTTTTCTTTTCT
TTTTATTTCTACACATCAATTCTTCAATGTGGCATGGTGGTGGTTTGAACGGTTTTGGTT
AAGATTTCTG

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL6876Contig1 398 2 2 U
GGATTATGTCATCGTTCGACAGGTGGCTGGGACAGGGTGGTCGGAAGGAGAATACAAGGG
GAAAGCCGGGTGGTTCCCGTCGGCGTACGTGGAGAAACAGGAGAAAGCTCCTGCGAGCAA
GATTGTGGAAGCAAACCTTTAACTAGCAGCAATGATCTCTCCCTCTATAACATATGCATA
TATACACATACATACATACATAATGTATGGTATGTTTGATGTTTCCACGAGTACATATAT
GATATGATCATTGTGTGTTTTCTTCCTTGTTTATGTATCATCATAAGTCCACTACTCTTG
AGTCGTTTTCTCTCCCATCTCAACGTTTGTTTGATGGGTCCTCTGTTTCTTCTGTAATAT
TTACTCTGAAAATGATAGTGATCTTCCTTTGTCTCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DO56TF U 1
AF RR1H038TF U 78
BS 1 395 RR1DO56TF
BS 396 398 RR1H038TF

RD RR1DO56TF 395 0 0
GGATTATGTCATCGTTCGACAGGTGGCTGGGACAGGGTGGTCGGAAGGAGAATACAAGGG
GAAAGCCGGGTGGTTCCCGTCGGCGTACGTGGAGAAACAGGAGAAAGCTCCTGCGAGCAA
GATTGTGGAAGCAAACCTTTAACTAGCAGCAATGATCTCTCCCTCTATAACATATGCATA
TATACACATACATACATACATAATGTATGGTATGTTTGATGTTTCCACGAGTACATATAT
GATATGATCATTGTGTGTTTTCTTCCTTGTTTATGTATCATCATAAGTCCACTACTCTTG
AGTCGTTTTCTCTCCCATCTCAACGTTTGTTTGATGGGTCCTCTGTTTCTTCTGTAATAT
TTACTCTGAAAATGATAGTGATCTTCCTTTGTCTC

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR1H038TF 321 0 0
G
GTCGGCGTACGTGGAGAAACAGGAGAAAGCTCCTGCGAGCAAGATTGTGGAAGCAAACCT
TTAACTAGCAGCAATGATCTCTCCCTCTATAACATATGCATATATACACATACATACATA
CATAATGTATGGTATGTTTGATGTTTCCACGAGTACATATATGATATGATCATTGTGTGT
TTTCTTCCTTGTTTATGTATCATCATAAGTCCACTACTCTTGAGTCGTTTTCTCTCCCAT
CTCAACGTTTGTTTGATGGGTCCTCTGTTTCTTCTGTAATATTTACTCTGAAAATGATAG
TGATCTTCCTTTGTCTCAGT

QA 2 321 2 321
DS 



AS 1 2

CO CL6877Contig1 866 2 10 U
GGAACTCACTCCAAAACAAAACAAAAGAAAAAACATCACAATCATGTCATCATCCCTATT
GCTCTCCTTTGTCATCGCTCTCTTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGACAAGTACT
ACCGCCACCGGTGACGGACACGGACGGAAACATCGTTCGTGTCAATGAACGATACATCAT
CCAACCAGTCAATACCGGGATTAACGGAGGTGGTCTTATCCCAGTTGCTGCTATACTTCC
CTCTTGTCCACTTGGCATCACCGAAGCATTTCCGGGGGAATCGGGTGTGCTGGTTAGGAT
CTCATTTCCACCGTGGTTGATCCCTCCCATACTGCCACTCACCATTGTCCGTACAAATAC
CGACATGACCATCGAGTTCCAGTCCAACATCTGCAATCGCATCTCCAAGTTTTGGGAAGT
AGATGAATTCGCACAGAATCCCAACCAGCCTGAGATTCTCATCGGTGGTAACCGGAGGAG
ACAAAATAGCTGGTTTAGAATCGAGAGGGCCGGAAAAGAAGCACAAACAAACATTTACAA
ATTTACCACTTCTGCCGGAACCGTCGGAACCATCTCAGGGTCCTTGGACAGTCCACAACT
AGTTCTCACCAATGATGTGGATAAGACCATATTCGTCAAATTCATCAGAGATGTTAGTAC
CGTTGTTACTTCTACTTCTCGTGTTGAAAAGTAATGACTAAGGATGGTCCCATTTTGTTA
AACGTGAAACCTTGTAATGTAAAAGCCAAAGACTCGGTCAATGGCCAAATATAAGGGGTT
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GTTTTTTCAAACATGAAATTTGATAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CF42TF U 1
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AACGTGAAACCTTGTA
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CCGTGGTTGATCCCTCCCATACTGCCACTCACCATTGTCCGTACAAATACCGACATGACC
ATCGAGTTCCAGTCCAACATCTGCAATCGCATCTCCAAGTTTTGGGAAGTAGATGAATTC
GCACAGAATCCCAACCAGCCTGAGATTCTCATCGGTGGTAACCGGAGGAGACAAAATAGC
TGGTTTAGAATCGAGAGGGCCGGAAAAGAAGCACAAACAAACATTTACAAATTTACCACT
TCTGCCGGAACCGTCGGAACCATCTCAGGGTCCTTGGACAGTCCACAACTAGTTCTCACC
AATGATGTGGATAAGACCATATTCGTCAAATTCATCAGAGATGTTAGTACCGTTGTTACT
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ACATGAAATTTGATAT

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1BF33TF U 1
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RD RR1BF33TF 511 0 0
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TGAATAAAAAAAAATGATGATGCATCCGAGC

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL6879Contig1 811 2 4 U
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AAGTGTGTGTTGATTTCAAGTCAGTTCTATAAGTTCCATTATATTCAAGATATGAAATTT
TCATATTATTTTTAAGAACTTAGTAATGATT


BQ
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D889TF U 1
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AATTATCCTGAACAATGGTGGTCTGGAAAATGCAGAAACTATTGAGCAGGAATACATTGG
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G*CTGTAGAAATCT

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QA 1 790 1 790
DS 



AS 0 0

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BQ
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AF RR1CJ51TF C 1
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DS 

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QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F254TF C 1
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RD RR1F254TF 696 0 0
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GCCAAAAGGAGATACTAGCTGATGAAGCACTGCGAT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1BZ69JQ 706 0 0
AATTAACCACAAATTACACTGAACCATTAAAAACATTAACAAACAGTTTTCTGAAGGACA
GAATATGCTTTGATCAGCTGATGACACACAACAACAAATGATGAAACGCCAAACGCAAAT
TATTAAACCAAGTACTTAATTTGTATAGCATCATGAGCAATCAGTCTTGGAAACTCAATT
GTTGGTTTCTCATTAGATTGACTGCTCGTGATGTTATATCATTTTCTCTAAGGTCGGAAT
TCCACGTGGTAGAGTTTCTTTGTCTCAGTGAAAACTGGCGGAGCCGAGTGTCGGAGCCCA
ATAGTCGGCGCCGTTGTCGCTGCCAACTTGGAGTGTGTAGGAGATTGGAACAAGACATAA
ACCTCGACTTCTTAAATCTTTCTTAAGTTCTTCATTTGCATTCTGATTCTCTGTAGACGA
CGATCTTCTCTTCACGCATTGATCATTCACAAGCTGACCAGGGTCCTCAGGAAATAAGCA
ACTTCTGTCTACTCACAAATGTTGGTTCCTCAAATTCCCCGAGGCAGTTGTACCAAAATA
TGGATGACTCAGAGCCTCAATTTGACTGTGAAGGAATCTAATGTATCCAATAGCTTCCGA
CAGGACAGAAGCTGTGTCAGTCTTGCCAAAAGGAGATACTAGCTGATGAAGCACTGCGAT
CCGGCCCCCTAATTTCTCCTTTCTCACCTTGAGGGTGGACTGTGAC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL6883Contig1 1038 2 2 U
GATCTCAAGCTCGTCAAGGCTGATTTGCTGGACTACGCCTCTCTTCAATCTGCTATTGCA
GGTTGCATCGGCGTCTTCCATGTCGCAAGTCCTGTTCCATCGTCTTCAGTCCCAAATCCT
GAGGTGGAAGTGATGGCACCAGCTGTGGATGGGACGTTGAATGTGCTTAAGGCGTGTGTC
GAAGCGAGCGTTAAGCGTGTTGTGTACGTTTCCTCTGCAGCTGCTCTTATGATGAACCCT
AATTGGTCAAAGGATCGAGTCATAGATGAGTCTTGTTGGTCTGACCTGGAGTTTTGCAAA
AGAACTGAGAATTGGTATTGTGCGTCAAAGACACAAGCAGAAAGTGAAGCTTTCGAGTTC
GCAAAACGAACCGGGATTGATCTCGTCAGCATTTGCCCTACCATGGTATTTGGTCCTGTA
CTGCAGCAACACACCGTTAACGCTAGTACCCTTGCCCTTGCCAAGCCTCTTAAAGAGGGT
TTTGAGTCACGGGAGAACCAAGTGAGACTTATTGTAGATGTGCGTGATGTGGCTCAAGCG
TTACTTTTGGTTTATGAGAAACCAGAAGCTGAAGGAAGGTACATATGTACTGCCCACAAG
GCTAAAGAAAAGGATTTGGTTGAGAAGCTCAAGAGTCTTTACCCTAATTACAACTACCCT
AAGAGCTTCGTAGAAGTGGAAGAAAGGACTACGATGAGTTCGGAGAAACTGCAGAAGTTG
GGTCGGACTTTCAGGCCGTTGGAGGAAACACTTGTGGATTCGGTGGAGAGCTACAGGAAA
GCTAAGATTCTGGACTGAAAACTTGGAAACAAGAGCAAAAGAGAGTTCTTCTGGTTATGT
TCCTGGCTCCATGTGTTACAAGTGTTACAACCTGCGCAAACACACGTACTCAGACGTCTT
TAGATCATCTTTACTCAATAATAAGAGCTGCGTATTGTCTGTAATAAAATGGTTTGTGTG
TTTGAACTGCTGAAGGACAATCAAAATAAACCATGCATGATACAAGTCTAGTTATGATGT
GTTAAGACTTAAGAGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E314TF U 1
AF RR1E314JQ C 255
BS 1 734 RR1E314TF
BS 735 1038 RR1E314JQ

RD RR1E314TF 735 0 0
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GGTTGCATCGGCGTCTTCCATGTCGCAAGTCCTGTTCCATCGTCTTCAGTCCCAAATCCT
GAGGTGGAAGTGATGGCACCAGCTGTGGATGGGACGTTGAATGTGCTTAAGGCGTGTGTC
GAAGCGAGCGTTAAGCGTGTTGTGTACGTTTCCTCTGCAGCTGCTCTTATGATGAACCCT
AATTGGTCAAAGGATCGAGTCATAGATGAGTCTTGTTGGTCTGACCTGGAGTTTTGCAAA
AGAACTGAGAATTGGTATTGTGCGTCAAAGACACAAGCAGAAAGTGAAGCTTTCGAGTTC
GCAAAACGAACCGGGATTGATCTCGTCAGCATTTGCCCTACCATGGTATTTGGTCCTGTA
CTGCAGCAACACACCGTTAACGCTAGTACCCTTGCCCTTGCCAAGCCTCTTAAAGAGGGT
TTTGAGTCACGGGAGAACCAAGTGAGACTTATTGTAGATGTGCGTGATGTGGCTCAAGCG
TTACTTTTGGTTTATGAGAAACCAGAAGCTGAAGGAAGGTACATATGTACTGCCCACAAG
GCTAAAGAAAAGGATTTGGTTGAGAAGCTCAAGAGTCTTTACCCTAATTACAACTACCCT
AAGAGCTTCGTAGAAGTGGAAGAAAGGACTACGATGAGTTCGGAGAAACTGCAGAAGTTG
GGTCGGACTTTCAG
C

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1E314JQ 784 0 0
TCGAGTCATAGATGAGTCTTGTTGGTCTGACCTGGAGTTT*GCAAAAGAACTGAGAATTG
GTATTGTGCGTCAAAGACACAAGCAGAAAGTGAAGCTTTCGAGTTCGCAAAACGAACCGG
GATTGATCTCGTCAGCATTTGCCCTACCATGGTATTTGGTCCTGTACTGCAGCAACACAC
CGTTAACGCTAGTACCCTTGCCCTTGCCAAGCCTCTTAAAGAGGGTTTTGAGTCACGGGA
GAACCAAGTGAGACTTATTGTAGATGTGCGTGATGTGGCTCAAGCGTTACTTTTGGTTTA
TGAGAAACCAGAAGCTGAAGGAAGGTACATATGTACTGCCCACAAGGCTAAAGAAAAGGA
TTTGGTTGAGAAGCTCAAGAGTCTTTACCCTAATTACAACTACCCTAAGAGCTTCGTAGA
AGTGGAAGAAAGGACTACGATGAGTTCGGAGAAACTGCAGAAGTTGGGTCGGACTTTCAG
GCCGTTGGAGGAAACACTTGTGGATTCGGTGGAGAGCTACAGGAAAGCTAAGATTCTGGA
CTGAAAACTTGGAAACAAGAGCAAAAGAGAGTTCTTCTGGTTATGTTCCTGGCTCCATGT
GTTACAAGTGTTACAACCTGCGCAAACACACGTACTCAGACGTCTTTAGATCATCTTTAC
TCAATAATAAGAGCTGCGTATTGTCTGTAATAAAATGGTTTGTGTGTTTGAACTGCTGAA
GGACAATCAAAATAAACCATGCATGATACAAGTCTAGTTATGATGTGTTAAGACTTAAGA
GCTC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL6884Contig1 1260 2 2 U
GATACTCTGGACGCTCAACGAGCTCTCTTCACCATACGGAGATACCGATCAGAAACTCGC
TTCTTACTTCCTCCAAGCTCTCTTCAACCGCATGACCGGTTCAGGCGAACGATGCTACCG
AACCATGGTCACCGCTGCATCCACAGAGAAGACTTGCTCCTTCGAGTCAACGCGCAAGAC
CGTGCTCAAGTTCCAAGAGGTTAGCCCGTGGGCCACGTTTGGACACGTTGCGGCAAATGG
AGCGATCTTGGAAGCAGTAGACGGAGAGGCAAAGATCCACATCGTTGACATAAGTTCGAC
GTTTTGCACTCAATGGCCAACTCTTCTAGAAGCTTTAGCCACGAGGTCAGACGACACGCC
ACACCTAAGGCTAACCACAGTAGTGGTCGCTAATAAATTCGTAAACGATCAAACGGCGTC
GCATCGAATGATGAAAGAGCTTGGGAACCGAATGGAGAAGTTCGCTAGGCTCATGGGAGT
TCCTTTTAAATTTAACATTATTCATCACGTTGGTGATTTGTCCGAATTTGATCTCAACGA
GCTCGATGTGAAAGCAGACGGGGTCTTGGCCATCAACTGCGTAGGCGCGATGCATGGGAT
CGCTCCTCGTGGAAGCCCTAGAGACGCTGTGATATCGAACTTCCGACGGTAAGGCCGAGG
ATTGTGACCATCATCGAAGAAGAAGCTGATCTTGTCGGAGAAGAAGAAGGCTTTGACGAT
GAGTTCTTGAGATCTTTTGGAGAATGCCTGCGTTGGTTTAGGGTTTGTTTCGAGTCGTTG
GAAGAGAGTTTTCCGAGGACGAGCAACGAGAGGCTGATGCTTGGACGTGTGGCGGGATGT
GCGATCGTTGATTTGGTGGCTTGTGAGCCGTCGGGTTCCACGGAGAGGAGAGAGACGGCG
AGGAAGTGGTCGAGGGGGATGAGGAACGGAGGGTTTGGGGCCGTGGGGTATAGTGATGAA
GTGGCGGATGACGTCAGAGCTTTGTTGAGGAGGTATAAAGAAGGAGTTTGGTCGATGGTA
CCGTGCTCTGATGCCACCGGAATATTCCTTTGTTGGAGAGATCAGCCGGTGGTTTGGGCT
AGCGCGTGGCGGCCAACGTAAAAGGGTTTAGGGTTTTTATATTGATATATATGCACGCGC
AGTTGTCGGTTAAGATAGTTTCACACGTATGGGAATGGTTAATGATGGCTTGGGATTGAG
AGTTTACTACTGAGCTAATGCGTTCATAATATGAAATTTGCTTTTTGATATTTTTTTTTG


BQ
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AF RR1CI64TF U 1
AF RR1CI64JQ C 554
BS 1 652 RR1CI64TF
BS 653 1260 RR1CI64JQ

RD RR1CI64TF 652 0 0
GATACTCTGGACGCTCAACGAGCTCTCTTCACCATACGGAGATACCGATCAGAAACTCGC
TTCTTACTTCCTCCAAGCTCTCTTCAACCGCATGACCGGTTCAGGCGAACGATGCTACCG
AACCATGGTCACCGCTGCATCCACAGAGAAGACTTGCTCCTTCGAGTCAACGCGCAAGAC
CGTGCTCAAGTTCCAAGAGGTTAGCCCGTGGGCCACGTTTGGACACGTTGCGGCAAATGG
AGCGATCTTGGAAGCAGTAGACGGAGAGGCAAAGATCCACATCGTTGACATAAGTTCGAC
GTTTTGCACTCAATGGCCAACTCTTCTAGAAGCTTTAGCCACGAGGTCAGACGACACGCC
ACACCTAAGGCTAACCACAGTAGTGGTCGCTAATAAATTCGTAAACGATCAAACGGCGTC
GCATCGAATGATGAAAGAGCTTGGGAACCGAATGGAGAAGTTCGCTAGGCTCATGGGAGT
TCCTTTTAAATTTAACATTATTCATCACGTTGGTGATTTGTCCGAATTTGATCTCAACGA
GCTCGATGTGAAAGCAGACGGGGTCTTGGCCATCAACTGCGTAGGCGCGATGCATGGGAT
CGCTCCTCGTGGAAGCCCTAGAGACGCTGTGATATCGAACTTCCGACGGTAA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1CI64JQ 707 0 0
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AGCCCTAGAGACGCTGTGATATCGAACTTCCGACGGTAAGGCCGAGGATTGTGACCATCA
TCGAAGAAGAAGCTGATCTTGTCGGAGAAGAAGAAGGCTTTGACGATGAGTTCTTGAGAT
CTTTTGGAGAATGCCTGCGTTGGTTTAGGGTTTGTTTCGAGTCGTTGGAAGAGAGTTTTC
CGAGGACGAGCAACGAGAGGCTGATGCTTGGACGTGTGGCGGGATGTGCGATCGTTGATT
TGGTGGCTTGTGAGCCGTCGGGTTCCACGGAGAGGAGAGAGACGGCGAGGAAGTGGTCGA
GGGGGATGAGGAACGGAGGGTTTGGGGCCGTGGGGTATAGTGATGAAGTGGCGGATGACG
TCAGAGCTTTGTTGAGGAGGTATAAAGAAGGAGTTTGGTCGATGGTACCGTGCTCTGATG
CCACCGGAATATTCCTTTGTTGGAGAGATCAGCCGGTGGTTTGGGCTAGCGCGTGGCGGC
CAACGTAAAAGGGTTTAGGGTTTTTATATTGATATATATGCACGCGCAGTTGTCGGTTAA
GATAGTTTCACACGTATGGGAATGGTTAATGATGGCTTGGGATTGAGAGTTTACTACTGA
GCTAATGCGTTCATAATATGAAATTTGCTTTTTGATATTTTTTTTTG

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL6885Contig1 955 2 18 U
GCGGGAAGTGCAAGCTCGAGCTCGTCTAGTCTCTCAGAGAATATATGTTGTGTGAAGTGT
CCACTCTGTGAGAGGTTTGTGTGTGTGGACTGTGGTGTTCCTTGGCACGATTCTATGAGC
TGTGAAGAGTTTCAGATTCTTCCGGTTGACGAAAGATATCCAGATGATATTACGTTGCAT
CGCTTGGCTAGGTATAAGAGGTGGAAACGGTGTCAGCAATGCCGTATAATGATCGAGCTT
GCTCAAGGCTGTAACCACATGACTTGTCGGTGTGGGCATGAGTTTTGCTACTGTTGTGGA
GCAGAGTACAGAGAAGGGCAACAGACTTGCACATGCGCTTTTTGGGACGATGAGGAAGAA
GATGAAGAAAACTCAGAGTCGGAGAACACAATCCAAGAACTTGAGCAATGGCCTTGGGAC
ACATTCAGCTCAATTCCAACTGTAATGGACGCTTACTCTGAGCAAGAAAGATCTCAGCTT
GCTCTGATCCAACGGTTCTTAGCGGGTGGAGGGTTTAGTCTCAGTGATCACCATACTACT
TATCAGTCGCCACCGCCTCCTCCTCCTCCATGTACTACAGAGTCATCGTACGTTGAAGCA
GCCATGAAAGATCTTCACCAGCTTCCTTGGCTTGAGAGGTTTGTGGCGGTTATAAGTGAT
GATTACTATGAAGAGTTTAATAGCCAGTGAAAGGTGGAGAGAGGCTTAACGAGAGAGTCT
CTCGCTCTCTGAAGAAATTGTTGGGATTTTAGATTCTTGATTGAACTCAAAAGATTGAAA
CTATTTGCTTCAACTATATTAAAAAAAAAAGAACATTTAAGTGGTGTTTTTATCAATCTA
CTTTTCATTGTGTATATGTATCCAAGTTGGGGTTTCTTGATTGAACTCAAAAAGATGAAT
TGTGATTGAAACTATTTGCTTCAACTATATAAAAAGAGAATATTTTGAGTGGTCC


BQ
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AF RR1A426TF U 1
AF RR1A426JQ C 189
BS 1 638 RR1A426TF
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BS 793 793 RR1A426JQ
BS 794 809 RR1A426TF
BS 810 812 RR1A426JQ
BS 813 830 RR1A426TF
BS 831 831 RR1A426JQ
BS 832 835 RR1A426TF
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BS 837 862 RR1A426TF
BS 863 955 RR1A426JQ

RD RR1A426TF 862 0 0
GCGGGAAGTGCAAGCTCGAGCTCGTCTAGTCTCTCAGAGAATATATGTTGTGTGAAGTGT
CCACTCTGTGAGAGGTTTGTGTGTGTGGACTGTGGTGTTCCTTGGCACGATTCTATGAGC
TGTGAAGAGTTTCAGATTCTTCCGGTTGACGAAAGATATCCAGATGATATTACGTTGCAT
CGCTTGGCTAGGTATAAGAGGTGGAAACGGTGTCAGCAATGCCGTATAATGATCGAGCTT
GCTCAAGGCTGTAACCACATGACTTGTCGGTGTGGGCATGAGTTTTGCTACTGTTGTGGA
GCAGAGTACAGAGAAGGGCAACAGACTTGCACATGCGCTTTTTGGGACGATGAGGAAGAA
GATGAAGAAAACTCAGAGTCGGAGAACACAATCCAAGAACTTGAGCAATGGCCTTGGGAC
ACATTCAGCTCAATTCCAACTGTAATGGACGCTTACTCTGAGCAAGAAAGATCTCAGCTT
GCTCTGATCCAACGGTTCTTAGCGGGTGGAGGGTTTAGTCTCAGTGATCACCATACTACT
TATCAGTCGCCACCGCCTCCTCCTCCTCCATGTACTACAGAGTCATCGTACGTTGAAGCA
GCCATGAAAGATCTTCACCAGCTTCCTTGGCTTGAGAG*TTTGTGGCGGTTATAAGTGAT
GATTACTATGAAGAGTTTAATAGCCAGTGAAAG*TGGAGAGAGGCTTAACGAGAGAGTCT
CTCGCTCTCTGAAGAAATTGTTGGGATTTTAGATTCTTGATTGA*CTCAAA*GATTGAAA
CTATTTGCTTCA*CTATATTAAAAAAAAA**GACATTTAAGTGGTGTTTT*ATCA*TCTA
CTTTTCATTGTGTATATGTATC

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR1A426JQ 767 0 0
TAGGTATAAGAGGTGGAAACGGTGTCAGCAATGCCGTATAATGATCGAGCTTGCTCAAGG
CTGTAACCACATGACTTGTCGGTGTGGGCATGAGTTTTGCTACTGTTGTGGAGCAGAGTA
CAGAGAAGGGCAACAGACTTGCACATGCGCTTTTTGGGACGATGAGGAAGAAGATGAAGA
AAACTCAGAGTCGGAGAACACAATCCAAGAACTTGAGCAATGGCCTTGGGACACATTCAG
CTCAATTCCAACTGTAATGGACGCTTACTCTGAGCAAGAAAGATTTCAGCTTGCTCTGAT
CCAACGGTTCTTAGCGGGTGGAGGGTTTAGTCTCAGTGATCACCATACTACTTATCAGTC
GCCACCGCCTCCTCCTCCTCCATGTACTACAGAGTCATCGTACGTTGAAGCAGCCATGAA
AGATCTTCACCAGCTTCCTTGGCTTGAGAGGTTTGTGGCGGTTATAAGTGATGATTACTA
TGAAGAGTTTAATAGCCAGTGAAAGGTGGAGAGAGGCTTAACGAGAGAGTCTCTCGCTCT
CTGAAGAAATTGTTGGGATTTTAGATTCTTGATTGAACTCAAAAGATTGAAACTATTTGC
TTCAACTATATTAAAAAAAAAAGAACATTTAAGTGGTGTTTTTATCAATCTACTTTTCAT
TGTGTATATGTATCCAAGTTGGGGTTTCTTGATTGAACTCAAAAAGATGAATTGTGATTG
AAACTATTTGCTTCAACTATATAAAAAGAGAATATTTTGAGTGGTCC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL6886Contig1 706 2 4 U
GTTCTACATCCCCGAGATCTATCCGCAGCTAGAGAAGATTGTTTTCCTAGATGACGATGT
TGTCGTTCAGAAAGATTTGACTCCACTCTTCTCCTTGGATCTTCACGGGAACGTCAATGG
AGCTGTGGAGACGTGTCTTGAAGCCTTCCACCGTTATTACAAGTATCTAAACTTCTCAAA
CCCACTCATCAGCTCGAAGTTCGACCCGCAAGCATGCGGGTGGGCTTTTGGTATGAACGT
TTTCGACCTGGTCGCTTGGAGGAAAGCGAATGTGACTGCTAGGTACCACTACTGGCAAGA
GCAGAACGTAGAACGAACGCTTTGGAAGCTCGGGACTCTCCCGCCGGGTCTATTGGCTTT
CTATGGTCTCACCGAACCGCTAGACAGAAGGTGGCATGTGTTAGGTTTAGGTTACGATGT
GAACATTGATAACCGTCTGATCGAAACGGCTGCTGTGATTCACTACAATGGTAACATGAA
ACCTTGGCTGAAGCTGGCTATTGGTAGGTATAAACCGTTCTGGTCAAGGTTTTTGAACTC
CAGTCATCCTTATTTACAAGATTGTGTCGCAGCTTAAAAAAAACAAGAAAACACTTTTGA
GACATTGATTTCTTATACACTTTGAAGATTCTTTTTGTTTTCTTTTTTTTGTAATATTGT
AGAGATCTCAGAAAGTTTGTCAATTGTCATATTCAGATTTTCTCCC


BQ
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AF RR1CP96TF U 1
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CCCACTCATCAGCTCGAAGTTCGACCCGCAAGCATGCGGGTGGGCTTTTGGTATGAACGT
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ACCTTGGCTGAAGCTGGCTATTGGTAGGTATAAACCGTTCTGGTCAAGGTTTTTGAACTC
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GACATTGATTTCTTATACACTTTGAAGATTCTTTTTGTTTTCTTTTTTTTGTAATATTGT
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QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1BH73TF U 1
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QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1BH73JQ 879 0 0
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TTCACGTGTTCCTCCACTGTCCTTTTGCTGCCAGGGTCTGGGATCTCATCCCGTGTACGC
TCAAACCGCCGGTGGAAAGCATCGACTCCATGGCTTCCCTCCTGCAACATTGCAGGAAAA
TGATATCTCTTCCTCCGTTGGGTTTGGGAACTACTCCCCTTTACCCTTGGGTGTTATGGA
TCCTTTGGACAAATAGAAATAAGTTCTTGTTTGAGAACAAAGCTTTCTCAGAACAAGACT
CTGTTTTGAAAATGTTGCAGGATGCAAGAGCTTGGAGGGCTGCTCAGATGAGTATCGTAA
AGCCCTCCTTACCACAGAATGTGGTCCATTTTTCATCGGCTCCATTTAGACTGTTACCAG
TTGCAAACTCTTATACTTGGACTTCTTTTTCAGATGCAGCTTGGGACGCAGCAACAGGGA
ACTGTGGTGTTGGTTGGTTACTTCGTGACGCAAACAACTCCATCGCAGAAAGTTCTTCTT
CTAACCGGCGTTTTGTTCCTTCAGCCCTTGTGGCCGAAGCACTGGCGGTCAAGGCGGTAA
TTTCCGCTGCTCTATCTTCCCACGTCAGTAGCATCCGTGTGTGTTCAGACTCGAAGACCC
TCATCACCCTATTGAAGACCCATGGACAGGACGTAGTTTTGAAGGGAGTGCTCCACGACA
TCAGATTGTTGGCTCGCTCCTTTTCTTCTATCTCTTTTATCCATGTTCCGCGTTTAGCGA
ATGCAGAAGCTGACTCTATTGCTAAAGCAGCTTTATCTTCTCTTTCTTCGTCTGCAACTT
TGTAGAATGACTTTGAATCTATTAAATTTCGGTTTGCTC

QA 1 879 1 879
DS 



AS 1 2

CO CL6888Contig1 803 2 1 U
GGACAACACAATTAAAATCCTAAACAAGAAACAAATAAAGCTTTCAAACTCCAAACAAAA
TGGCTCCAACACTCTCTACATTCCAATTCGCAGACCCAGCTGAAGTAACCGAGTTCGTAG
TCAACAAAGGAAACGGCGTGAAGGGTTTATCCGAAACAGGAATCAGAGCCCTTCCTGATC
AATACATCCAACCATTCGAAGAACGTCTCATCAACATGCTCGTCAACGAAACAGACGAGG
CCATTCCTATCATCGACATGTCGAACCCGGACGAGGACAAAGTAGCTGAAGCTGTATGTG
ACGCTGCTGAGAGATGGGGTTTCTTTCAAGTGATCAACCATGGAGTTCCTTTGGAAGTTC
TTGACAACGTGAAGGCTGCAACTCACAGGTTCTTTAATCTCCCAGTGGAGGAGAAGAGTA
AATACACAAAGGAGAATTCTTTGTCCAGGAATGTTAGGTTTGGAACGAGTTTTAGTCCTC
GTGCAGAGAAAGCTCTTGAGTGGAAAGATTATCTCAGTCTTTTCTTTGTCTCTGAAGATG
AAGCTGAACAGTACTGGCCTGATGTTTGCAAGAACGAAGCTCTAGACTACATGAACAAGT
CCAAGACAATGGTGAGAAAGCTTCTAAAGTACTTGGGGAAGAATCTCAATGTCAAAGAGC
TAGACGAGACCAAAGAGCTACTCTTCATGGGTTCCATTCGAATCAACCTCAACTACTATC
CCATCTGTCCTAACCCTGACTAACCGTTGGCGTTGGTCGTCATTCAGACGTCTCTCCCTC
ACATCTCTACAGACATATCAGTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DF50TF U 1
AF RR1C108TF U 1
BS 1 803 RR1C108TF

RD RR1DF50TF 640 0 0
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CCAAGACAATGGTGAGAAAGCTTCTAAAGTACTTGGGGAA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1C108TF 803 0 0
GGACAACACAATTAAAATCCTAAACAAGAAACAAATAAAGCTTTCAAACTCCAAACAAAA
TGGCTCCAACACTCTCTACATTCCAATTCGCAGACCCAGCTGAAGTAACCGAGTTCGTAG
TCAACAAAGGAAACGGCGTGAAGGGTTTATCCGAAACAGGAATCAGAGCCCTTCCTGATC
AATACATCCAACCATTCGAAGAACGTCTCATCAACATGCTCGTCAACGAAACAGACGAGG
CCATTCCTATCATCGACATGTCGAACCCGGACGAGGACAAAGTAGCTGAAGCTGTATGTG
ACGCTGCTGAGAGATGGGGTTTCTTTCAAGTGATCAACCATGGAGTTCCTTTGGAAGTTC
TTGACAACGTGAAGGCTGCAACTCACAGGTTCTTTAATCTCCCAGTGGAGGAGAAGAGTA
AATACACAAAGGAGAATTCTTTGTCCAGGAATGTTAGGTTTGGAACGAGTTTTAGTCCTC
GTGCAGAGAAAGCTCTTGAGTGGAAAGATTATCTCAGTCTTTTCTTTGTCTCTGAAGATG
AAGCTGAACAGTACTGGCCTGATGTTTGCAAGAACGAAGCTCTAGACTACATGAACAAGT
CCAAGACAATGGTGAGAAAGCTTCTAAAGTACTTGGGGAAGAATCTCAATGTCAAAGAGC
TAGACGAGACCAAAGAGCTACTCTTCATGGGTTCCATTCGAATCAACCTCAACTACTATC
CCATCTGTCCTAACCCTGACTAACCGTTGGCGTTGGTCGTCATTCAGACGTCTCTCCCTC
ACATCTCTACAGACATATCAGTG

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL6889Contig1 636 2 1 U
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GGGAGGCCGTTTCCGCCGCCTCCTCCGAGAGGCGTTAATCAACCCCCTCGCCCTAAAGCC
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GGTCATCATACTAAGGAAGATTATGCTGTGAGAGGCAAAGAGCCAAAGGACGAAGTTCAG
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GTGGCAGCTAGGAGAAGAGATGCTAGATTATCGTTTGCGTTTGTTTATCCAGACAAGAAT
GGCCGCTTTATTGTCAGACAGGTTGGTCAGACGATGTCTTATCCAAACAGAAAACAACCA
GACGACAGTAAAACACTCGCGGACCTTCATTTTGAGATTGGAGATTATCTGGATGTGGCA
ATCTACTAGGAGGAGGAGGTTTCTGTTTTTTCCTCGAGTAACATTTAGGGGTGTGTGCAC
AAGGAAAAGAACACATTCGTCTCGTTCCCATTCCTTGTTTTCTTTAACAACAGTTGTTCC
CATTTCAAAACTTCGTTTAGACACATATTATGTATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D273JQ C 1
AF RR1D273TF U 1
BS 1 636 RR1D273TF

RD RR1D273JQ 636 0 0
GGGAGAGAGAGAGAGAGCGAAAGAGAGATGGCTGAAACAGCGAGAAGACAAGGTGGTGGT
GGGAGGCCGTTTCCGCCGCCTCCTCCGAGAGGCGTTAATCAACCCCCTCGCCCTAAAGCC
GAACCTGTCGATCGCGAGAAGACGTGTCCTTTGCTTCTTCGTGTGTTCACCAAGAGTGGT
GGTCATCATACTAAGGAAGATTATGCTGTGAGAGGCAAAGAGCCAAAGGACGAAGTTCAG
ATTTACACTTGGAAAGATGCCAATCTTCGCGATCTAACGGATTTGGTCAAAGAGGTTTCT
GTGGCAGCTAGGAGAAGAGATGCTAGATTATCGTTTGCGTTTGTTTATCCAGACAAGAAT
GGCCGCTTTATTGTCAGACAGGTTGGTCAGACGATGTCTTATCCAAACAGAAAACAACCA
GACGACAGTAAAACACTCGCGGACCTTCATTTTGAGATTGGAGATTATCTGGATGTGGCA
ATCTACTAGGAGGAGGAGGTTTCTGTTTTTTCCTCGAGTAACATTTAGGGGTGTGTGCAC
AAGGAAAAGAACACATTCGTCTCGTTCCCATTCCTTGTTTTCTTTAACAACAGTTGTTCC
CATTTCAAAACTTCGTTTAGACACATATTATGTATC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1D273TF 636 0 0
GGGAGAGAGAGAGAGAGCGAAAGAGAGATGGCTGAAACAGCGAGAAGACAAGGTGGTGGT
GGGAGGCCGTTTCCGCCGCCTCCTCCGAGAGGCGTTAATCAACCCCCTCGCCCTAAAGCC
GAACCTGTCGATCGCGAGAAGACGTGTCCTTTGCTTCTTCGTGTGTTCACCAAGAGTGGT
GGTCATCATACTAAGGAAGATTATGCTGTGAGAGGCAAAGAGCCAAAGGACGAAGTTCAG
ATTTACACTTGGAAAGATGCCAATCTTCGCGATCTAACGGATTTGGTCAAAGAGGTTTCT
GTGGCAGCTAGGAGAAGAGATGCTAGATTATCGTTTGCGTTTGTTTATCCAGACAAGAAT
GGCCGCTTTATTGTCAGACAGGTTGGTCAGACGATGTCTTATCCAAACAGAAAACAACCA
GACGACAGTAAAACACTCGCGGACCTTCATTTTGAGATTGGAGATTATCTGGATGTGGCA
ATCTACTAGGAGGAGGAGGTTTCTGTTTTTTCCTCGAGTAACATTTAGGGGTGTGTGCAC
AAGGAAAAGAACACATTCGTCTCGTTCCCATTCCTTGTTTTCTTTAACAACAGTTGTTCC
CATTTCAAAACTTCGTTTAGACACATATTATGTATC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

CO CL6890Contig1 995 2 2 U
GGATTCCATGAAGATCCAAAACCTCTCTCAACTCAAGACTCTCTGCTCTGGTACTGACGG
ATACAAATCCCGTTTCTTCTCTTCTGGAAAATATAACTGGAGATTGGTTATATATCCAAA
CGGAAACGAGAAAGATAACGGGTCAGGGTTTATTTCAATGTATGTTGAGTTAGATAGCAC
AACTCTAGAGTCTACGGTCTTAGCATACCTCACCTTCTTCGTCTACCACAAGAAAGAAAA
CAAATACTTTACTATTCAAGGTGTTGAAGGGAAGCAGTTCAATGCATTAAGACCGGTGTG
GGGGTTTCCGCAAGTACTTCCGCTTGATACATTCGATGATCCTAAAAACGGATATGTCTT
TGATGGAGATCAGTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGTTGGTTCCACTTACTAATTGGGAAGT
CGTCTCGTTTTCTAAGAAACCCTCCAATCCAAAGTTCTCTTGGACGCTCAACGATTTCTC
CAAGTTGAAAGAGCAAGGCTACGTATCAGACACCTTCTTAATGGGAGGAAGGAACTGGGC
CCTGTTTTTGTATCCCAAGGGCGGCCCTCAAGCAGATTGCAAATCGATATCCATCTTTCT
GAAGTTAGCCGATGAAGAAACATTGAAGGCAGGTGAGCTGATCTTCATCAAAGCGGATTT
GCGAATTATCGACCCATTTGGATGCAATCACAAGAAAAGGAAGATTTACCAGTGGCAGGA
GGGATCAGACTTACGCGGAGGTCTCGGTTGGCTTGATTTTTCTGTCTTTGGCTGAACTTG
AAAAGGCTTACTTGGACAATGATGGCTCACTGAAATTGGAGATCGAATTTAAAGTTGTTT
CTGCCACCACATACTCTCCATGAAGATCTAAAAACACACGCCATTTAGCTCTTTCATTAA
ATCAGTTATTTACTAATCTATGTTTTTTTTTTAAATTCAGATTCTCATCTTGATTGTTTA
GAAAAATATTTTAATGCTCAGTAGTTTTGGCTTTT


BQ
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AF RR1AM81TF U 1
AF RR1AM81JQ C 221
BS 1 869 RR1AM81TF
BS 870 995 RR1AM81JQ

RD RR1AM81TF 869 0 0
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AACTCTAGAGTCTACGGTCTTAGCATACCTCACCTTCTTCGTCTACCACAAGAAAGAAAA
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CCTGTTTTTGTATCCCAAGGGCGGCCCTCAAGCAGATTGCAAATCGATATCCATCTTTCT
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CTGCCACCACATACTCTCCATGAAGATCT

QA 1 869 1 869
DS 

RD RR1AM81JQ 775 0 0
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CCACTTACTAATTGGGAAGTCGTCTCGTTTTTTAAGAAACCCTCCAATCCAAAGTTCTCT
TGGACGCTCAACGATTTCTCCAAGTTGAAAGAGCAAGGCTACGTATCAGACCCCTTCTTA
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AAGATTTACCAGTGGCAGGAGGGATCAGACTTACGCGGAGGTCTCGGTTGGCTTGATTTT
*CTGTCTTTGGCTGAACTTGAAAAGGCTTACTTGGACAATGATGGCTCACTGAAATTGGA
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ATTCTCATCTTGATTGTTTAGAAAAATATTTTAATGCTCAGTAGTTTTGGCTTTT

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1CU01JQ C 1
AF RR1CU01TF U 1
BS 1 636 RR1CU01TF

RD RR1CU01JQ 636 0 0
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TCCATTGTATCTCTACTCAAGACTCTATTGAGTTTCTTCTACTTCTGTAATGACTAGTAC
GATTCTCCTCTCTCAATCCAGTTTCTTTTTTCCCCC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1CU01TF 636 0 0
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CGATTCTCCTCCTCCTCCTCAGCTGAACTTACCTTCTTTCGTTGTCAACCTGTTCCCCTT
CCTCAAACCTAAGTCTCCTGCTTCTTCTGCTAACGTTGCCGATGGTGGTCCTAAACCCGC
GGGAGGAGATAAGGAGACTCAGAACTCGACGGTCTCTTTCCCTTACAATCCTCCCAAGAG
CACTGAGCCACTCAAGGTTGAAGCCGAGCCTAGCTCCGGGACCACTTCCAATTCCCTCGT
CATTTGGCAGGTATATGCACTTGGAGGGTTTCTTGTCCTGAAGTGGGCTTGGGCGAGATG
GAATGAGAGGAACGAGAACAAGAAGTCAACGGATGATGATGATGATGATCAAGTTCCTCA
TCCCGAAGATGATTGATTGATGATGAAGGCTTGGTCATATTTGCACGACGAAGGCAATGA
AATCTTTTACCCCCATTTTGGTTCTGTATAGCAAAAACACCCTTTCAGATTTTCTTATAT
TCCATTGTATCTCTACTCAAGACTCTATTGAGTTTCTTCTACTTCTGTAATGACTAGTAC
GATTCTCCTCTCTCAATCCAGTTTCTTTTTTCCCCC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

CO CL6892Contig1 759 2 5 U
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TTTTGCTTTGCCGGACGTTCCCGTCAGCCTCTCCACTATCACCTCCACCCTTGGCGTGTC
CCTTCTCCCCGCGGTATTTCGTACACATAGCTTCCACAAGGGACCGCATCTCTGCCCTAA
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BQ
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G545JQ U 26
AF RR1ET94JQ U 1
BS 1 154 RR1ET94JQ
BS 155 155 RR1G545JQ
BS 156 509 RR1ET94JQ
BS 510 510 RR1G545JQ
BS 511 759 RR1ET94JQ

RD RR1G545JQ 655 0 0
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TCTCCTACTACAACTTGACCAAACAATTGATAAAGACAACAGACTCCACTCTATATTTAT
ACTCCTACGACTCTCCGTGAATGCCCGCAAAACCCTTGTGAGTCATGATAGACACTACTC
GACTCCACCAAATGTTGCACCTCCCGGATCTTTACTTTTGCTTTGCCGGACGTTCCCGTC
AGCCTCTCCACTATCACCTCCACCCTTGGCGTGTCCCTTCTCCCCGCGGTATTTCGTACA
CATAGCTTCCACAAGGGACCGCATCTCTGCCCTAAGGTTACTTAGTTCACCCCTCACAAG
GGCCCGCATCTCGACCCGACGAGTACCAATTTCACCCCTAAGCTCTCCAACAACTTTAGT
GAAATGATCTTTCAAACCCGCAACATACCCCGCAAACATAGTCTCTGCTCTTTCCTCATA
CTCCCCACCCGCCCTGCTAACTTCTTCATTTTCATGCCGAGGCGCCGATTTAACTTCTTC
ATTTTCATCCTTACAGTTGCCAACAGACGATTCAGGGACGTCCTTCTTATCAACACGTTT
CCGCTTCCTACCTTCCAAAACCTCATACTTCACGCCGCTACGCCAGATGTTAAGG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1ET94JQ 759 0 0
AACATAAAGAACTCTTAAGAATAAAGGTAACACAGATTGTACTGATAGAAAAGCCAAGTT
TACACAGAGACGTTAAGGACTCTCTTCTCCTACTACAACTTGACCAAACAATTGATAAAG
ACAACAGACTCCACTCTATATTTATACTCCTACGGCTCTCCGTGAATGCCCACAAAACCC
TTGTGAGTCATGATAGACACTACTCGACTCCACCAAATGTCGCACCTCCCGGATCTTTAC
TTTTGCTTTGCCGGACGTTCCCGTCAGCCTCTCCACTATCACCTCCACCCTTGGCGTGTC
CCTTCTCCCCGCGGTATTTCGTACACATAGCTTCCACAAGGGACCGCATCTCTGCCCTAA
GGTTACTTAGTTCACCCCTCACAAGGGCCCGCATCTCGACCCGACGAGTACCAATTTCAC
CCCTAAGCTCTCCAACAACTTTAGTGAAATGATCTTTCAAACCCGCAACATACCCCGCAA
ACATAGTCTCTGCTCTTTCCTCATACTCCTCACCCGCCCTGCTAACTTCTTCATTTTCAT
GCCGAGGCGCCGATTTAACTTCTTCATTTTCATCCTTACAGTTGCCAACAGACGATTCAG
GGACGTCCTTCTTATCAACACGTTTCCGCTTCCTACCTTCCAAAACCTCATACTTCACGC
CGCCACGCCAGATGTTAAGGTCAAACCGAAAATGTTCGACTATTAGCTGAACCATGTGAT
CCACAGCAGATCCTTAACCTCCTTAGCAATAGTCAAACG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL6893Contig1 919 2 8 U
GATTCTGGGCGAAGATGATGGAGAAGCTGGTTTCAGATTGTCTCATAGGCTTATTGCGAG
AGCTCTGAGTGTTCCAGGTGCATCTGTGCATTGGTATGACAAGCCAGAAATGAGAAAACA
GCGGAAGATGGGACACGTCACTCTTGTTGGGCAGTCTATGGGGGTTTTGGAACGAAGGCT
GCAGTGTATATTAAGTGAACAAAGCCATCAAGTGCATGAGACACCTCGTGTTGGTATCAT
CATGGGTTCAGACTCGGATCTTCCCGTTATGAAGGATGCTGCACAGATTCTTGACATGTT
TGGTGTTACATATGAGGTGAAGATAGTTTCAGCACATCGCACACCAGAGATGATGTTTTC
ATATGCAACCTCAGCGCATAGTCGAGGCGTACAAGTGATAATTGCAGGTGCTGGTGGTGC
TGCTCACTTACCAGGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTACCTGTGATTGGTGTCCCTGT
ACGTGCTACCCGTTTTGATGGTGTTGATTCACTTCTCTCCATCGTTCAGATGCCTAGGGG
TGTTCCTGTAGCAACAGTTGCTATAAACAACTCCACCAACGCAGCCTTGCTTGCTATCCG
GATGCTGGGGATCTCTGATACTAATCTCGTCTCAAGGATGAGTCAGTACCAGGAAGACAT
GAGAGAAGAGAACATGGTTAAGGGAGAGAAACTTGAGAGACAAGGTTGGGAATCATATTT
GAATCAGTGAATAATATTAGTGGTCAGAGTTAGCACTGGTTCTTGAGTTTTTGTTGTCAC
CGATTTAAGCCGTGTCATTGGCTGATTGTATTACGATTTATTTCCACACTGGCCACATTC
AACTGTAGATTTGATATTCTTATCACTATAAGTGACTTTAGGAAAAAAAAACATTCCATA
ACATAACATTATTGGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EC22TF U 1
AF RR1EC22JQ C 128
BS 1 683 RR1EC22TF
BS 684 684 RR1EC22JQ
BS 685 690 RR1EC22TF
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BS 692 704 RR1EC22TF
BS 705 705 RR1EC22JQ
BS 706 771 RR1EC22TF
BS 772 919 RR1EC22JQ

RD RR1EC22TF 779 0 0
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AGCTCTGAGTGTTCCAGGTGCATCTGTGCATTGGTATGACAAGCCAGAAATGAGAAAACA
GCGGAAGATGGGACACGTCACTCTTGTTGGGCAGTCTATGGGGGTTTTGGAACGAAGGCT
GCAGTGTATATTAAGTGAACAAAGCCATCAAGTGCATGAGACACCTCGTGTTGGTATCAT
CATGGGTTCAGACTCGGATCTTCCCGTTATGAAGGATGCTGCACAGATTCTTGACATGTT
TGGTGTTACATATGAGGTGAAGATAGTTTCAGCACATCGCACACCAGAGATGATGTTTTC
ATATGCAACCTCAGCGCATAGTCGAGGCGTACAAGTGATAATTGCAGGTGCTGGTGGTGC
TGCTCACTTACCAGGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTACCTGTGATTGGTGTCCCTGT
ACGTGCTACCCGTTTTGATGGTGTTGATTCACTTCTCTCCATCGTTCAGATGCCTAGGGG
TGTTCCTGTAGCAACAGTTGCTATAAACAACTCCACCAACGCAGCCTTGCTTGCTATCCG
GATGCTGGGGATCTCTGATACTAATCTCGTCTCAAGGATGAGTCAGTACCAGGAAGACAT
GAGAGAAGAGAACATGGTTAAGG*AGAGAA*CTTGAGAGACAAG*TTGGGAATCATATTT
GAATCAGTGAATAATATTAGTGGTCAGAGTTAGCACTGGTTCTTGAGTTTT
GTTGTCAC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1EC22JQ 792 0 0
ATGGGACACGTCACTCTTGTTGGGCAGTCTATGGGGGTTTTGGAACGAAGGCTGCAGTGT
ATATTAAGTGAACAAAGCCATCAAGTGCATGAGACACCTCGTGTTGGTATCATCATGGGT
TCAGACTCGGATCTTCCCGTTATGAAGGATGCTGCACAGATTCTTGACATGTTTGGTGTT
ACATATGAGGTGAAGATAGTTTCAGCACATCGCACACCAGAGATGATGTTTTCATATGCA
ACCTCAGCGCATAGTCGAGGCGTACAAGTGATAATTGCAGGTGCTGGTGGTGCTGCTCAC
TTACCAGGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTACCTGTGATTGGTGTCCCTGTACGTGCT
ACCCGTTTTGATGGTGTTGATTCACTTCTCTCCATCGTTCAGATGCCTAGGGGTGTTCCT
GTAGCAACAGTTGCTATAAACAACTCCACCAACGCAGCCTTGCTTGCTATCCGGATGCTG
GGGATCTCTGATACTAATCTCGTCTCAAGGATGAGTCAGTACCAGGAAGACATGAGAGAA
GAGAACATGGTTAAGGGAGAGAAACTTGAGAGACAAGGTTGGGAATCATATTTGAATCAG
TGAATAATATTAGTGGTCAGAGTTAGCACTGGTTCTTGAGTTTTTGTTGTCACCGATTTA
AGCCGTGTCATTGGCTGATTGTATTACGATTTATTTCCACACTGGCCACATTCAACTGTA
GATTTGATATTCTTATCACTATAAGTGACTTTAGGAAAAAAAAACATTCCATAACATAAC
ATTATTGGTTTT

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL6894Contig1 808 2 10 U
CTTTTCCATTTTGCCACTCTGTATCTGCCAAAGCCGGCATGATGCGGCTACTATCGCCTC
CACAGATGTCCGGAGCCGGACTTGGAATCGCCGCAATATCATACGTGGCGGTCGATTACA
TGAGATACGTGTCACCGTCGTGGCACTCTCGTCTTCAGCCAGTTCTTTGGTCGGTCCTGG
TTCTTGCCGTCGTTACGCGTGTCCCTTTCTACAAGCACTGGTCTAAAGAGCTACGAGCAG
CGATCCCTTTCCTCGCTTCTATCGTCTTTATGCTTGGAGCTCTTCTCTTCGAAGCTCTTT
GTGTTCGCTCTGTCACCGCCGTTCTTGGCTTAGATTGGCATCGGGATACGTCTCCACTTC
CTGACACAGGCCAATGGTTCCTACTCGCACTAAACGAGAGCCTTCCCCAGACAATTGTGG
AAATCCTGAGAGCTCATATCATAGGATTGCACCATTTTCTTATGCTGTTTGTAATGCTGG
GTTTCTCGGTTGTGTTTGACTCAGTGAAAGCTCCGGGTCTAGGATTAGGGGCACGATACA
TGTTCACCATGGGATTGGGCCGTCTTTTAAGAGCTATAACCTTCGTATCTACTATCTTAC
CTTCAGCTAGACCTTGGTGCGCTTCAGCCCGATTCAACAACGTCCCTTCTCATCCTCATC
GTTGGGCTCAGAAATACTATGTCCCTTATGCTAAAGACCCTTCTGCTATTCGCCAGCTCT
CCATTGGGATGCAGCTTACGCTGATCCTGGAAACTACATTGATGACTACAGAGCTGACTG
GGTCCATGAGCTCCTCAGCGACTCTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GP19TF U 1
AF RR1GT66TF U 12
BS 1 190 RR1GP19TF
BS 191 191 RR1GT66TF
BS 192 391 RR1GP19TF
BS 392 392 RR1GT66TF
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RD RR1GP19TF 691 0 0
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CTGACACAGGCCAATGGTTCCTACTCGCACTTAACGAGAGCCTTCCCGAGACAATTGTGG
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GTTTCTCGGTTGTGTTTGACTCAGTGAAAGCTCCGGGTCTAGGATTAGGGGCACGATACA
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GTTGGGCTCAGAAGTACTATGTCCCTTATGC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1GT66TF 797 0 0
G
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TCACCGCCGTTCTTGGCTTAGATTGGCATCGGGATACGTCTCCACTTCCTGACACAGGCC
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CTTGGTGCGCTTCAGCCCGATTCAACAACGTCCCTTCTCATCCTCATCGTTGGGCTCAGA
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CCTCAGCGACTCTTGA

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1CH61JQ C 1
AF RR1CH61TF U 1
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AATCGTGATCGATCTATCATCTGTTGGTCGTTACATTCCTCAAAAATATGATTTTCTTGG
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DS 

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AATCGTGATCGATCTATCATCTGTTGGTCGTTACATTCCTCAAAAATATGATTTTCTTGG
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TCATGCTTTACTGTCACTCTCTTTGTAATTTCTTAAGAATAAATCAATGTTTCTTG

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

CO CL6896Contig1 780 2 3 U
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TCTTGCATCATCAAAATCTAATAAAATTTGAAGATTTACAATATTTGTATTGATGATCTA
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TGAGAAGAAGGCTGGTGGGTCGAGGAAACAGAAAGAATCATTGGAGGAGAAGAGGAGAGA
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AAGATGGGAATGGAGAATATGAAGGCTTGATAGAGTTTGAGTTGAATTGCTTGTGGATAT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK45JQ U 4
AF RR1DK45TF C 1
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BS 644 780 RR1DK45TF

RD RR1DK45JQ 640 0 0
CAGAAGACACAAAAATGTGTAACCACTTTTGTAAATGTGATGTAATACATTTTGGTCTCT
TGCATCATCAAAATCTAATAAAATTTGAAGATTTACAATATTTGTATTGATGATCTACTC
AGTACTCACTAACAAAATTTGTATTTGCTTATTTCTTTCGGGTTTATGAGTCAAACCGGT
GAAGTTTGAGAAGAGTCTGGATGGTCGTTGTCGTCCACAGAGGTTTTGGTCGAAGTGATG
AAGACAGAGGAGCGACAGAGAGGGCAAGTGGTGTGAGAATAGAGCCAAAGGTGAATACAA
TCAAGATGAAATATGTGTTTGCATGAAGGCATTTCCACCAACTCTTCCTTTAACTCGAAT
TCTCCCAAACATACGCAACATAGAGAATCTCTTGTTTCAAGCTCTTCGTTGAAAAAAATG
ATATGAAGCTTGTCTTTGAGCTCTACTTTCACATCTAACAAACAAACCGAGGTGAGATGA
GAAGAAGGCTGGTGGGTCGAGGAAACAGAAAGAATCATTGGAGGAGAAGAGGAGAGAGCA
GAGGCTCTTCTCTTAAGGTAAAAAAGGTAGAACAGAAGGAAGAGAATGATGGAGAACAAG
ATGGGAATGGAGAATATGAAGGCTTGATAGAGTTTGAGTT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1DK45TF 780 0 0
TTTCAGAAGACACAAAAATGTGTAACCACTTT*GTAAATGTGATGTAATACATTTTGGTC
TCTTGCATCATCAAAATCTAATAAAATTTGAAGATTTACAATATTTGTATTGATGATCTA
CTCAGTACTCACTAACAAAATTTGTATTTGCTTATTTCTTTCGGGTTTATGAGTCAAACC
GGTGAAGTTTGAGAAGAGTCTGGATGGTCGTTGTCGTCCACAGAGGTTTTGGTCGAAGTG
ATGAAGACAGAGGAGCGACAGAGAGGGCAAGTGGTGTGAGAATAGAGCCAAAGGTGAATA
CAATCAAGATGAAATATGTGTTTGCATGAAGGCATTTCCACCAACTCTTCCTTTAACTCG
AATTCTCCCAAACATACGCAACATAGAGAATCTCTTGTTTCAAGCTCTTCGTTGAAAAAA
ATGATATGAAGCTTGTCTTTGAGCTCTACTTTCACATCTAACAAACAAACCGAGGTGAGA
TGAGAAGAAGGCTGGTGGGTCGAGGAAACAGAAAGAATCATTGGAGGAGAAGAGGAGAGA
GCAGAGGCTCTTCTCTTAAGGTAAAAAAGGTAGAACAGAAGGAAGAGAATGATGGAGAAC
AAGATGGGAATGGAGAATATGAAGGCTTGATAGAGTTTGAGTTGAATTGCTTGTGGATAT
AGGTGAGGTGGGATTGGTGTTTGAGGATCAACCATAATTTTTAGTTTTTGAAATCACACC
CAACAGAAAGAAATAAAATTGAAAGGAAAAGACCCAAATGAGAAATGAGAGTTTTGATCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL6897Contig1 648 2 1 U
AGGGGCAACACACAGACAGAACCGATGAGTAGCTCCTAATCTGAGAGCGGTGGCTCTTAT
CGCCGAGCGATAAAAACGTCCGAGGATGTATTCAATTCATCCAAGACACTTCCGGGACTA
CTCATGTTACAGGAAAGATCTCAGGACTGTCTCCTGGCTTCCATGGATTTCATATTCACT
CTTTCGGTGATACCACAAATGGCTGCAACTCTACTGGACCTCACTTCAATCCATTAAATC
GAGTTCATGGGCCACCGGATGAGGAAGAGCGTCATGCTGGAGACTTGGGTAACATTCTTG
CAGGATCAGACGGTGTTACTGAAATCTCGATCAAGGACAAACAGATACCACTTAGTGGGC
AGTATTCGATACTTGGGAGGGCGGTTGTTGTACATGGTGATCCTGATGATCTTGGCAGAG
GAGGACACAAGCTTAGCAAATCAACAGGAAACGCAGGCGCACGAGTTGGATGCGGTATTA
TCGGACTTCAATCAGCTGTGGATCCTAAACTTTAGCTTTTGAGATCAATGAACTACCCAC
ACCAAAGCCACACTCAGTTTTTCATCTGTAGATGTACATCAGAGACCATAGTTTGTATAT
TGATATACTGTTTGAGACGCAAGTCATAATAATGTAAGCCAATACGTC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GA08TF U 1
AF RR1GA08JQ C 4
BS 1 648 RR1GA08TF

RD RR1GA08TF 648 0 0
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CGCCGAGCGATAAAAACGTCCGAGGATGTATTCAATTCATCCAAGACACTTCCGGGACTA
CTCATGTTACAGGAAAGATCTCAGGACTGTCTCCTGGCTTCCATGGATTTCATATTCACT
CTTTCGGTGATACCACAAATGGCTGCAACTCTACTGGACCTCACTTCAATCCATTAAATC
GAGTTCATGGGCCACCGGATGAGGAAGAGCGTCATGCTGGAGACTTGGGTAACATTCTTG
CAGGATCAGACGGTGTTACTGAAATCTCGATCAAGGACAAACAGATACCACTTAGTGGGC
AGTATTCGATACTTGGGAGGGCGGTTGTTGTACATGGTGATCCTGATGATCTTGGCAGAG
GAGGACACAAGCTTAGCAAATCAACAGGAAACGCAGGCGCACGAGTTGGATGCGGTATTA
TCGGACTTCAATCAGCTGTGGATCCTAAACTTTAGCTTTTGAGATCAATGAACTACCCAC
ACCAAAGCCACACTCAGTTTTTCATCTGTAGATGTACATCAGAGACCATAGTTTGTATAT
TGATATACTGTTTGAGACGCAAGTCATAATAATGTAAGCCAATACGTC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1GA08JQ 645 0 0
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CG*GCGATAAAAACGTCCGAGGATGTATTCAATTCATCCAAGACACTTCCGGGACTACTC
ATGTTACAGGAAAGATCTCAGGACTGTCTCCTGGCTTCCATGGATTTCATATTCACTCTT
TCGGTGATACCACAAATGGCTGCAACTCTACTGGACCTCACTTCAATCCATTAAATCGAG
TTCATGGGCCACCGGATGAGGAAGAGCGTCATGCTGGAGACTTGGGTAACATTCTTGCAG
GATCAGACGGTGTTACTGAAATCTCGATCAAGGACAAACAGATACCACTTAGTGGGCAGT
ATTCGATACTTGGGAGGGCGGTTGTTGTACATGGTGATCCTGATGATCTTGGCAGAGGAG
GACACAAGCTTAGCAAATCAACAGGAAACGCAGGCGCACGAGTTGGATGCGGTATTATCG
GACTTCAATCAGCTGTGGATCCTAAACTTTAGCTTTTGAGATCAATGAACTACCCACACC
AAAGCCACACTCAGTTTTTCATCTGTAGATGTACATCAGAGACCATAGTTTGTATATTGA
TATACTGTTTGAGACGCAAGTCATAATAATGTAAGCCAATACGTC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL6898Contig1 636 2 1 U
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CTCAACAAGCTAAAGCATCTGTGCAATGCTTCGGGAGGAAGAAGACGGCCGTCGCCGTCA
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ACCCAGAGATCCTCAGGTTCAAGATCTTCGAGCCGGTCCTTCTCCTCGGGAAGCACCGTT
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CGATTCGTCAGAGTATCGCCAAGGCGCTCGTTGCTTTCTACCAGAAGTATGTGGACGATC
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ATCCGAGGAGGTGCGAGCCGAAGAAGTTTGGTGGGCGTGGTGCTCGTTCTCGTTTCCAGA
AGAGTTACCGTTAAGAGAATCTCTGGTTTGCTCTTTTCTCAACCGGAAATGAGTTGTTGA
ATTGTGAGACGTTAGATTCTCATTTGCGTTTTCTTTTTCTTTTTAATTGAACCATTATTG
CCGTTGAAATAAGATGATAAATGAATGATCGATAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FT61JQ C 1
AF RR1FT61TF U 1
BS 1 636 RR1FT61TF

RD RR1FT61JQ 636 0 0
GGAGGGTTTCCTCTACTCATACTTCACTTCGGCTGCACCTCTAAACCCTAGCCATGGCGA
CTCAACAAGCTAAAGCATCTGTGCAATGCTTCGGGAGGAAGAAGACGGCCGTCGCCGTCA
CCCACTGCAAGCGCGGCTGCGGTCTGATCAAGCTCAACGGTGCCCCGATCGAGCTGTTCA
ACCCAGAGATCCTCAGGTTCAAGATCTTCGAGCCGGTCCTTCTCCTCGGGAAGCACCGTT
TCGCGGGCGTTGACATGAGGATCCGCGTCAACGGCGGTGGTCACACTTCCCAGGTGTACG
CGATTCGTCAGAGTATCGCCAAGGCGCTCGTTGCTTTCTACCAGAAGTATGTGGACGATC
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ATCCGAGGAGGTGCGAGCCGAAGAAGTTTGGTGGGCGTGGTGCTCGTTCTCGTTTCCAGA
AGAGTTACCGTTAAGAGAATCTCTGGTTTGCTCTTTTCTCAACCGGAAATGAGTTGTTGA
ATTGTGAGACGTTAGATTCTCATTTGCGTTTTCTTTTTCTTTTTAATTGAACCATTATTG
CCGTTGAAATAAGATGATAAATGAATGATCGATAGG

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1FT61TF 636 0 0
GGAGGGTTTCCTCTACTCATACTTCACTTCGGCTGCACCTCTAAACCCTAGCCATGGCGA
CTCAACAAGCTAAAGCATCTGTGCAATGCTTCGGGAGGAAGAAGACGGCCGTCGCCGTCA
CCCACTGCAAGCGCGGCTGCGGTCTGATCAAGCTCAACGGTGCCCCGATCGAGCTGTTCA
ACCCAGAGATCCTCAGGTTCAAGATCTTCGAGCCGGTCCTTCTCCTCGGGAAGCACCGTT
TCGCGGGCGTTGACATGAGGATCCGCGTCAACGGCGGTGGTCACACTTCCCAGGTGTACG
CGATTCGTCAGAGTATCGCCAAGGCGCTCGTTGCTTTCTACCAGAAGTATGTGGACGATC
AGTCGAAGAAGGAGATCAAGGATATCATGATAAGGTATGATAGGACTTTGCTTGTGGCGG
ATCCGAGGAGGTGCGAGCCGAAGAAGTTTGGTGGGCGTGGTGCTCGTTCTCGTTTCCAGA
AGAGTTACCGTTAAGAGAATCTCTGGTTTGCTCTTTTCTCAACCGGAAATGAGTTGTTGA
ATTGTGAGACGTTAGATTCTCATTTGCGTTTTCTTTTTCTTTTTAATTGAACCATTATTG
CCGTTGAAATAAGATGATAAATGAATGATCGATAGG

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

CO CL6899Contig1 692 2 2 U
GTCAAGGAAGCTGGAATTGATGTTCGTCTATGTGACATTGGTGCTGCAATTCAGGAGGTC
ATGGAGTCCTATGAGGTTGAAATCAACGGAAAGGTCTTTCCAGTTAAAAGTATCCGAAAC
TTGAATGGTCATAGCATTGGACCTTATCAGGTACATGCTGGAAAGTCAGTTCCTATAGTT
AAAGGTGGCGAGCAGACAAAGATGGAAGAGGGTGAATTTTATGCCATCGAAACATTTGGA
TCAACTGGGAAAGGATATGTGAGAGAAGACTTGGAATGTAGTCACTACATGAAGAACTTT
GATGTTGGCCATGTCCCCTTGAGGTTGCCTAGAGCAAAACAACTCCTTGCCACTATCAAC
AACAATTTCTCCACTCTGGCCTTCTGCAGACGTTATTTGGACCGCATTGGTGAAACCAAA
TATCTAATGGCTTTAAAGAATCTGTGTGACGCTGGCATTGTTGAGCCGTATCCTCCTCTG
TGTGATGTGAAGGGGAGCTATGTATCACAGTTTGAGCACACCATTTTACTGCGACCTACT
TGCAAAGAAGTTCTTTCCAAGGGAGACGACTATTGATTCAGATTCCCTGTTTTTATGCTC
TGTTGTCATATACTGTTCTTGAGATTGTACACTGCTTTCTTTTTTTCTTGTCGTTAACGC
AGCTTTGAATCATTTCTATAAAGCTTCAATAC


BQ
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AF RR1EC56TF U 1
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TCAACTGGGAAAGGATATGTGAGAGAAGACTTGGAATGTAGTCACTACATGAAGAACTTT
GATGTTGGCCATGTCCCCTTGAGGTTGCCTAGAGCAAAACAACTCCTTGCCACTATCAAC
AACAATTTCTCCACTCTGGCCTTCTGCAGACGTTATTTGGACCGCATTGGTGAAACCAAA
TATCTAATGGCTTTAAAGAATCTGTGTGACGCTGGCATTGTTGAGCCGTATCCTCCTCTG
TGTGATGTGAAGGGGAGCTATGTATCACAGTTTGAGCACACCATTTTACTGCGACCTACT
TGCAAAGAAGTTCTTTCCAAGGGAGACGACTATTGATTCAGATTCCCTGTTTTTATGCTC
TGTTGTCATATACTGTTCTTGAGATTGTACACTGCTTTCTTTTTTTCTTGTCGTTAACGC
AGCTTTGAATCATTTCTATAAAGCTTCAATA

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DS 

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CATGAAGAACTTTGATGTTGGCCATGTCCCCTTGAGGTTGCCTAGAGCAAAACAACTCCT
TGCCACTATCAACAACAATTTTTCCACTCTGGCCTTCTGCAGACGTTATTTGGACCGCAT
TGGTGAAACCAAATATCTAATGGCTTTAAAGAATCTGTGTGACGCTGGCATTGTTGAGCC
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TTGTCGTTAACGCAGCTTTGAATCATTTCTATAAAGCTTCAATAC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F556TF U 1
AF RR1F556JQ C 29
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BS 659 673 RR1F556TF
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GGACCTGGAAAATCATTGTTTGACGCTATTTCAAGCGGCGTTGGGAAGATCAAAATCATA
GCTGAAGATTTGGGAGTAATTACTGAAGATGTAGTTGAGCTGAGGAAATCAATCGGAGCA
CCTGGAATGGCTGTACTCCAGTTCGCTTTTGGAGGGGGTGCGGATAACCCACATTTACCT
CATAATCACGAAGTGAACCAAGTTGTATACTCTGGAACCCATGACAATGACACTATTCGA
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GGTGAAGAAGACGATATATCATGGTCACTTATCAAAGCTGCCTTCTCTTCAGTAGCTCAA
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CCAGCCACTGAGGTGGGGAACTGGGGATGGAGGATTCCAAGTTCAACTACCTTTGGTAAT
CTTCAAACTGAATCTGACAGACTCAGAGGTCTATTATCATTGTACGGTCGGGTTTAGTAA
ATCCATTCAACATGGCAAAGAATGAAGAATCTCTCTCTTTTTCTTTTAATTATGACA*TA
TGCGAAATAAAAA

QA 1 673 1 673
DS 

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ATGTAGTTGAGCTGAGGAAATCAATCGGAGCACCTGGAATGGCTGTACTCCAGTTCGCTT
TTGGAGGGGGTGCGGATAACCCACATTTACCTCATAATCACGAAGTGAACCAAGTTGTAT
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AAAAGTTTAAGGCAATGAAGTACCTGTCAATAGGTGAAGAAGACGATATATCATGGTCAC
TTATCAAAGCTGCCTTCTCTTCAGTAGCTCAAACCGCAATCATACCAATGCAAGACATTC
TCGGACTTGGAAGTTCTGCCAGGATGAACACTCCAGCCACTGAGGTGGGGAACTGGGGAT
GGAGGATTCCAAGTTCAACTACCTTTGGTAATCTTCAAACTGAATCTGACAGACTCAGAG
GTCTATTATCATTGTACGGTCGGGTTTAGTAAATCCATTCAACATGGCAAAGAATGAAGA
ATCTCTCTCTTTTTCTTTTAATTATGACAATATGCGAAATAAAAAAAAACTGAAGCATTA
TATGCTTTGCTGAGAAGGTTA

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL6901Contig1 741 2 2 U
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TGTTGGCTCCTCCCCGAGGTCTGTGCAGGTTCAGTGTGTGGCGCTCTTTGTCGACATCTC
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CATCGTCGTTTGCGGACTCCTCCTCGTGTCGCCGGCTGGGTAATTTTGGACAAGTTTGCA
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AATAACCGTAGCTTCAAGGTCTGAGGGCGCCTTTCTCTCGGTAGCTCGCGGCAACCGGAT
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TGCCTTGGTCTCATCTCTTTCATGCTAGTACTTTTCGCTGTTTAGACCATTTGTTTAGAT
TTCATTAAGTTTTCCGCTAATTGTTTCTCTGTAACTTCTGTAACAAATTGAAAAATCTGG
TATAATACTTGACATTTTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ10TF U 1
AF RR1BQ10JQ C 50
BS 1 685 RR1BQ10TF
BS 686 741 RR1BQ10JQ

RD RR1BQ10TF 685 0 0
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TGTTGGCTCCTCCCCGAGGTCTGTGCAGGTTCAGTGTGTGGCGCTCTTTGTCGACATCTC
CTTCTCCCTCTTGTGTCTCTGCGGTGGGGTTTGCTTTGTGGAAGTTGATGTGTCTGTCGA
CAGAGAATAGGTATCAATTGAGTTCTCGGCCTTATAGTTTGTTTGAAGGTTGCTTCGTCG
GAGGGGGTGTGCCCAATCGATCCTGTTTCTCTATATGAGCTATGGGTTAAATGGGTGTAC
ACGGTCACGGGATTGGGTGGTTGGAGGCGACATTCTTCAGCTGCTCTTCCTGAACGACGG
CATCGTCGTTTGCGGACTCCTCCTCGTGTCGCCGGCTGGGTAATTTTGGACAAGTTTGCA
GGTCCGAGGTTGCGACTCTTTGAGCAGGTGTTGATGAGCTGGTCCCTCGGAAGCTGTAGG
AATAACCGTAGCTTCAAGGTCTGAGGGCGCCTTTCTCTCGGTAGCTCGCGGCAACCGGAT
GCTCGTTCCGCTCATGCCTCTTCTTCAGGTCCATCACTGCTTCGTTGTTGTCCAGTTCAT
TGCCTTGGTCTCATCTCTTTCATGCTAGTACTTTTCGCTGTTTAGACCATTTGTTTAGAT
TTCATTAAGTTTTCCGCTAATTGTT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1BQ10JQ 692 0 0
CGCGCTTGTGTTGTTGGCTCCTCCCCGAGGTCTGTGCAGGTTCAGTGTGTGGCGCTCTTT
GTCGACATCTCCTTCTCCCTCTTGTGTCTCTGCGGTGGGGTTTGCTTTGTGGAAGTTGAT
GTGTCTGTCGACAGAGAATAGGTATCAATTGAGTTCTCGGCCTTATAGTTTGTTTGAAGG
TTGCTTCGTCGGAGGGGGTGTGCCCAATCGATCCTGTTTCTCTATATGAGCTATGGGTTA
AATGGGTGTACACGGTCACGGGATTGGGTGGTTGGAGGCGACATTCTTCAGCTGCTCTTC
CTGAACGACGGCATCGTCGTTTGCGGACTCCTCCTCGTGTCGCCGGCTGGGTAATTTTGG
ACAAGTTTGCAGGTCCGAGGTTGCGACTCTTTGAGCAGGTGTTGATGAGCTGGTCCCTCG
GAAGCTGTAGGAATAACCGTAGCTTCAAGGTCTGAGGGCGCCTTTCTCTCGGTAGCTCGC
GGCAACCGGATGCTCGTTCCGCTCATGCCTCTTCTTCAGGTCCATCACTGCTTCGTTGTT
GTCCAGTTCATTGCCTTGGTCTCATCTCTTTCATGCTAGTACTTTTCGCTGTTTAGACCA
TTTGTTTAGATTTCATTAAGTTTTCCGCTAATTGTTTCTCTGTAACTTCTGTAACAAATT
GAAAAATCTGGTATAATACTTGACATTTTACC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL6902Contig1 1229 2 8 U
CATTGAAATGATAATTTTAACTTCTAATGTCTGGTTTGTTGCAAGCGAACTACACTACGA
GATTGTCGAAACTGATGGAGCTGGACAGGACCGTTTATCTCTCTCTCTCTCTAGGAGTGC
CATGAATTTGAGCGTGAACAGATGCATCGCCGGTGGATCTTTGAGTTGCAGAATCAATCA
TGGTGCTGAAAAAGGTTGGTCCGTGTTGCCAAGCACTGTGAGCTTCAGAGAGGGAGAAGT
TTAGGGTCTGATGCTCTCTCTTTAGAGAAGAAAGAGAGCACAAGTGCTAAACTTGCCATG
TTTGGTAGTGGTTTAGTAGGAGTGGCAAACTTGGTAACTCTTAGCTCAGCGAAGGCCGCA
GACTTGAAATTGGTTGTCTTGGATCAAGCCACTTCCGTTTACATCTTGGCTGAAGGGACG
CTGGGAGACTCGCTTGGAAACTTCTTGTATTCGGCTAACCAACAAGCTAATGAAGCTGTT
CAGGATCAGCTCTCAGCTCTCAGTGTAACAAGTTTGGCAGTCATATTTGGGGCTGGACTT
GTGACAAGTCTTTCTCCATGTACACTCAGTGTTCTGCCTTTGACCCTTGGTTATATTGGT
GCGTTTGGATCTGGCAAAAGCAGAGGTCAGGTTATTGGAGATGCAATTGCTTTCTCACTG
GGACTAGCAACTACCTTAGCACTTCTTGGGATAGTAGCCTCTTTTGCCGGAAAAGCATAT
GGACAAATAGGACAGGGACTACCAGTAGCTGCATCAGGTCTGGCTATTGTAATGGGTCTC
AATCTCCTTGAGGTGATCCAACTCCAGCTTCCATCTTTCTTTGACAACTTTGATCCTCGC
GCAGCAGCAGCAAACTTCCCATCTAGTGTACAAGCGTATCTAGCGGGTCTCACCTTCGCA
TTAGCTGCCTCACCTTGTAGTACTCCAGTTCTAGCCACCCTTCTTGGCTATGTGGCTACT
TCCAAGGATCCAGTAATAGGTGGAAGCTTACTATTGACGTATACAACAGGTTACGTTGCT
CCACTCATCCTCGCTGCTTCTTTCGCAGGAGCTTTACAGAGCTTACTCTCGTTTCGAAAA
GTCTCTGCATGGATCAATCCCATAAGTGGTGCTCTTCTACTTGGAGGAGGTTTGTATACT
TTCTTGGATAGGCTTTTCCCTGCTGCCACTATGGTCATGTAAATATTTGTTACTAAGAAG
AATCACATACTCATTTCTACCCAAAAGAA


BQ
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AF RR1C818TF U 1
AF RR1C818JQ C 590
BS 1 625 RR1C818TF
BS 626 626 RR1C818JQ
BS 627 630 RR1C818TF
BS 631 631 RR1C818JQ
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BS 715 726 RR1C818TF
BS 727 1229 RR1C818JQ

RD RR1C818TF 726 0 0
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GATTGTCGAAACTGATGGAGCTGGACAGGACCGTTTATCTCTCTCTCTCTCTAGGAGTGC
CATGAATTTGAGCGTGAACAGATGCATCGCCGGTGGATCTTTGAGTTGCAGAATCAATCA
TGGTGCTGAAAAAGGTTGGTCCGTGTTGCCAAGCACTGTGAGCTTCAGAGAGGGAGAAGT
TTAGGGTCTGATGCTCTCTCTTTAGAGAAGAAAGAGAGCACAAGTGCTAAACTTGCCATG
TTTGGTAGTGGTTTAGTAGGAGTGGCAAACTTGGTAACTCTTAGCTCAGCGAAGGCCGCA
GACTTGAAATTGGTTGTCTTGGATCAAGCCACTTCCGTTTACATCTTGGCTGAAGGGACG
CTGGGAGACTCGCTTGGAAACTTCTTGTATTCGGCTAACCAACAAGCTAATGAAGCTGTT
CAGGATCAGCTCTCAGCTCTCAGTGTAACAAGTTTGGCAGTCATATTTGGGGCTGGACTT
GTGACAAGTCTTTCTCCATGTACACTCAGTGTTCTGCCTTTGACCCTTGGTTATATTGGT
GCGTTTGGATCTGGCAAAAGCAGAG*TCAG*TTATTGGAGATGCAATTGCTTTCTCACTG
GGACTAGCAACTACCTTAGCACTTCTTGGGATAGTAGCCTCTTTTGCCGGAAA*GCATAT
GGACAA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1C818JQ 640 0 0
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CTTTCTCACTGGGACTAGCAACTACCTTAGCACTTCTTGGGATAGTAGCCTCTTTTGCCG
GAAAAGCATATGGACAAATAGGACAGGGACTACCAGTAGCTGCATCAGGTCTGGCTATTG
TAATGGGTCTCAATCTCCTTGAGGTGATCCAACTCCAGCTTCCATCTTTCTTTGACAACT
TTGATCCTCGCGCAGCAGCAGCAAACTTCCCATCTAGTGTACAAGCGTATCTAGCGGGTC
TCACCTTCGCATTAGCTGCCTCACCTTGTAGTACTCCAGTTCTAGCCACCCTTCTTGGCT
ATGTGGCTACTTCCAAGGATCCAGTAATAGGTGGAAGCTTACTATTGACGTATACAACAG
GTTACGTTGCTCCACTCATCCTCGCTGCTTCTTTCGCAGGAGCTTTACAGAGCTTACTCT
CGTTTCGAAAAGTCTCTGCATGGATCAATCCCATAAGTGGTGCTCTTCTACTTGGAGGAG
GTTTGTATACTTTCTTGGATAGGCTTTTCCCTGCTGCCACTATGGTCATGTAAATATTTG
TTACTAAGAAGAATCACATACTCATTTCTACCCAAAAGAA

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL6903Contig1 498 2 3 U
GAACACCGACCGTTGGTTTTGCTGATGAAGCTGTTCTGTCAGAACGGTGAAGTTAACTTG
GGACTAGATTTGTGGAAGTATATGCTGGAGAAGGGGTACTGCCCTCATGGCCACGCGTTG
GAACTTCTTACAACTGCACTCTGTGCTCGGAGAAGAGCTAACGATGCTTTTGAGTGCTCG
AGGCAGACGGTGGAGAGAGGAAGGTGCGTGAGCGAACCAGTGTTCAGAATGTTAGAGACC
TCCTTATCAAGCAAAGGCGAACTGGAGAAGCTAGAGGAACTCAAGAGGAAGATACAGAAA
CTGCATAGCTTTTTGCCGCCTCCTGGAACACAGTTAATTTAGAAGGTAACTTCAGTGTAA
TCGGTTTTCGTGTATGTGTTCAATTGTATACAACAATGTAGTAATTTTTGATAGAAAATC
AAACTTAGCTGATGATGATGATGAAGTGTTGTTTAAAGTGTTGTTTCTATACATTGTATA
AACGTCAAAGCTAAACTA


BQ
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AF RR1FS94TF U 1
AF RR1FS94JQ C 365
BS 1 416 RR1FS94TF
BS 417 417 RR1FS94JQ
BS 418 498 RR1FS94TF

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GGACTAGATTTGTGGAAGTATATGCTGGAGAAGGGGTACTGCCCTCATGGCCACGCGTTG
GAACTTCTTACAACTGCACTCTGTGCTCGGAGAAGAGCTAACGATGCTTTTGAGTGCTCG
AGGCAGACGGTGGAGAGAGGAAGGTGCGTGAGCGAACCAGTGTTCAGAATGTTAGAGACC
TCCTTATCAAGCAAAGGCGAACTGGAGAAGCTAGAGGAACTCAAGAGGAAGATACAGAAA
CTGCATAGCTTTTTGCCGCCTCCTGGAACACAGTTAATTTAGAAGGTAACTTCAGTGTAA
TCGGTTTTCGTGTATGTGTTCAATTGTATACAACAATGTAGTAATTTTTGATAGAAGATC
AAACTTAGCTGATGATGATGATGAAGTGTTGTTTAAAGTGTTGTTTCTATACATTGTATA
AACGTCAAAGCTAAACTA

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1FS94JQ 134 0 0
TTTTTGTGTATGTGTTCAATTGTATACAACAATGTAGTAATTTTTGATAGAAAATCAAAC
TTAGCTGATGATGATGATGAAGTTTTGTTTAAAGTGTTGTTTTTATACATTGTATAAACG
TCAAAGCTAAACTA

QA 1 134 1 134
DS 



AS 1 2

CO CL6904Contig1 1068 2 2 U
GGAAGTCTGAGCTTAAGAGGGGAACCATACAGGAACAACTTCGAAGGCTTCTTTGATGAT
ATTGAAGGTTATCAAAGCTTAAGGAGATTAAGAAACCTGGAGATTTTGGATCTCTCTTTC
AATTGCTTCAATAACAGCATTTTACCTTTTGTTAATGCTGCTACATCACTCACAACTCTT
TTTCTTGATAATAATTTCATGCTTGGACTTTTTCCAACTAAAGAAATAAAAGACTTGACA
AACTTGGAAGTGCTAAATCTGAGTGGAAACGAGCTAACCGGCTCTGTGTCAGTAGGTTTG
GGCACCTGAAAAAGCTAAAATCTCTGGATCTAAGTGATAATGGATTTTCTAGCTCAGTGG
AATTGAAAGGCAAGTTTAACTGATATCAGTGCCTTATTTTGATTTCTACAGCGATCAGTT
TATACTTTATAGAGTACATATATATCTTTACTTTGTTTCAGTACTAAAAGACCTGGGAAA
CCTAGAAAACCTGGATTTGAGTGCAAACTACTTAAACCGCTCCATACCAGGTAGAATCTA
CGTCAAAAATTCATTAGAAATTCAAAAGGCCTCAGGCCCATGGTTTAGCCCGTGGAGGAA
TTACAAGAGAGTTTCTGAGAGTGGATTTTGCCAAAGAGCCGGAATCCACATTAGACTTTT
ACCGATTCAGTTCGGTATATAATTGTAGGATTGATTCAAGTCATCTTAAAGATCATAATA
TCGAATACTAATTAGGTCTTCTTTTTGCTTTGTGTCAGAGTTGATTCAACTGAAAAAGTT
GAAAAATTTGGATCTAAGTTCCAATGATTTTTCTAGCCCAATGGAATTGCAAGTGCTAAA
TGACCTCAAAAACTTGGAAAAACTGCATCTAAGTAGAAACTTCCTAAATGGCTCCATACC
AGGTAGCATTTACGTCAATTGTCTTTGTCCAAAAAAATTTCTCTCAAGGATAGAACTACA
ACTTATTTAACTTTTTTTTTTTCTTTAACTCTATAAATCATTGTTGAATTGGTTTGTTGT
ATCTCGAAGATCATCACATCCATATTAATAATAAAGGGTTCTTTCTTT


BQ
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AF RR1DQ51JQ C 410
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BS 623 1068 RR1DQ51JQ

RD RR1DQ51TF 622 0 0
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TTTCTTGATAATAATTTCATGCTTGGACTTTTTCCAACTAAAGAAATAAAAGACTTGACA
AACTTGGAAGTGCTAAATCTGAGTGGAAACGAGCTAACCGGCTCTGTGTCAGTAGGTTTG
GGCACCTGAAAAAGCTAAAATCTCTGGATCTAAGTGATAATGGATTTTCTAGCTCAGTGG
AATTGAAAGGCAAGTTTAACTGATATCAGTGCCTTATTTTGATTTCTACAGCGATCAGTT
TATACTTTATAGAGTACATATATATCTTTACTTTGTTTCAGTACTAAAAGACCTGGGAAA
CCTAGAAAACCTGGATTTGAGTGCAAACTACTTAAACCGCTCCATACCAGGTAGAATCTA
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TTACAAGAGAGTTTCTGAGAGT

QA 1 622 1 622
DS 

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GACCTGGGAAACCTAGAAAACCTGGATTTGAGTGCAAACTACTTAAACCGCTCCATACCA
GGTAGAATCTACGTCAAAAATTCATTAGAAATTCAAAAGGCCTCAGGCCCATGGTTTAGC
CCGTGGAGGAATTACAAGAGAGTTTCTGAGAGTGGATTTTGCCAAAGAGCCGGAATCCAC
ATTAGACTTTTACCGATTCAGTTCGGTATATAATTGTAGGATTGATTCAAGTCATCTTAA
AGATCATAATATCGAATACTAATTAGGTCTTCTTTTTGCTTTGTGTCAGAGTTGATTCAA
CTGAAAAAGTTGAAAAATTTGGATCTAAGTTCCAATGATTTTTCTAGCCCAATGGAATTG
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GGCTCCATACCAGGTAGCATTTACGTCAATTGTCTTTGTCCAAAAAAATTTCTCTCAAGG
ATAGAACTACAACTTATTTAACTTTTTTTTTTTCTTTAACTCTATAAATCATTGTTGAAT
TGGTTTGTTGTATCTCGAAGATCATCACATCCATATTAATAATAAAGGGTTCTTTCTTT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL6905Contig1 757 2 2 U
GGACGTGCGGGAAACAACGAGGGGAAGTCTCCATCTGGTAGAATATCCAAGGTATCACAA
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AAGAGGGAAGTTCGGAAAAGGCGCCACCTTTATGAAATATCATTTTCAGATGTGGATTCA
CACTGGTTGTTGAACAAGCAAATAAAAATTTTGTGGCCTTTGGATGAGAATTGGTATCAT
GGCTTTGTGGATGGTTACAAAGGAGACAAGAATCTGCATCATGTAAATATGATGATCGCG
ATGAAGAGTGGATCAATTTACAGGGTGAAAGATTCAAAATTCTGTTGTTCCCTGCTGAAG
TTCCTGGAAAAAATCTACGGAAAGGGAGCAGTTCAGAGACCAAATCTTCTCCGAAAATAA
AAGGGAATGATACATCCAGTAAGGGCGAGGAGAAGCTGAAGGTAAAGCTAGAAGATGATT
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GGGACAAGTCTTCCACTCTTAAGGCTGCACGAAGACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BY65TF U 1
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CACTGGTTGTTGAACAAGCAAATAAAAATTTTGTGGCCTTTGGATGAGAATTGGTATCAT
GGCTTTGTGGATGGTTACAAAGGAGACAAGAATCTGCATCATGTAAATATGATGATCGCG
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TTCCTGGAAAAAATCTACGGAAAGGGAGCAGTTCAGAGACCAAATCTTCTCCGAAAATAA
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QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1BY65JQ 757 0 0
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CCGAACTGCACACAGTTTCCTTCGAATCCTGTTACTCCTGGTTCACCGTCTGCCAGTAGA
TTGAAACCGTTATCTTCTGGTAAAAATTCAGCTGCTTCTCAGTCTGAGTTGTTTAGTTCC
AAATGTGCCTCAGACGACCCTGATGATAGATTGTTGCGACCAAGGAGAGAGCTTGATGGG
AAGAGGGAAGTTCGGAAAAGGCGCCACCTTTATGAAATATCATTTTCAGATGTGGATTCA
CACTGGTTGTTGAACAAGCAAATAAAAATTTTGTGGCCTTTGGATGAGAATTGGTATCAT
GGCTTTGTGGATGGTTACAAAGGAGACAAGAATCTGCATCATGTAAATATGATGATCGCG
ATGAAGAGTGGATCAATTTACAGGGTGAAAGATTCAAAATTCTGTTGTTCCCTGCTGAAG
TTCCTGGAAAAAATCTACGGAAAGGGAGCAGTTCAGAGACCAAATCTTCTCCGAAAATAA
AAGGGAATGATACATCCAGTAAGGGCGAGGAGAAGCTGAAGGTAAAGCTAGAAGATGATT
GCTGCATGGGCGACATGGAATCAGAACCGACCATCAAATGGTTGGCTCGGTCTATGAATA
GGGACAAGTCTTCCACTCTTAAGGCTGCACGAAGACG

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL6906Contig1 743 2 2 U
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CTGTGTTATCTCAGTAGCCACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP59TF U 1
AF RR1FP59JQ C 37
BS 1 674 RR1FP59TF
BS 675 743 RR1FP59JQ

RD RR1FP59TF 680 0 0
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AAGGTGCACAAAAGGTGATTCAGCTCGCTGCGCAGTGTCTTAGCCGTGATCCCAAGGTTA
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CAAGAAAGGGGCAGCCGCAGCATGTGTTTAGGACACTGTCTAGTCCTCATGGATCTCAAG
GAGGAAAGGGGTTTGGATCGAGAAAAGGGCAGCCACCACAACCAGTGTTTAGGACACTGT
CTAGTCCTCATGGTGCGTCTCCTTACCGACCTCAGGTTCCTCCTTCTCCGATGCCTAAAG
GAGCAACTGCATAGCGTTCCCTTGCGTGTGTGCAAAGGGGATAACAAAGAAAGGCTTAAA
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TAAAACTCTCTTTA
TTGATT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1FP59JQ 707 0 0
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GGCTGGAGGGTCATTTCTCTATCAAAGGTGCACAAAAGGTGATTCAGCTCGCTGCGCAGT
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CGCTTCCGCATCTCAAAGACATGGCGAGCTCTTCTTACTACTTCCAGACAATGCAAGCCG
AACGTCTGAAAAACGGGTTTGGTTCAAGAAAGGGGCAGCCGCAGCATGTGTTTAGGACAC
TGTCTAGTCCTCATGGATCTCAAGGAGGAAAGGGGTTTGGATCGAGAAAAGGGCAGCCAC
CACAACCAGTGTTTAGGACACTGTCTAGTCCTCATGGTGCGTCTCCTTACCGACCTCAGG
TTCCTCCTTTTCCGATGCCTAAAGGAGCAACTGCATAGCGTTCCCTTGCGTGTGTGCAAA
GGGGATAACAAAGAAAGGCTTAAATGCTCAAAGCTTTTACCTCGTTTCAGCGGCAAGAGA
TATATTTTTAAACCAATGTTACTGTAAAACTCTCTTTAATTGATTAATGTAAAAACGTTG
TAAGAACGTTGTCTATGGACACTGCTGTGTTATCTCAGTAGCCACTC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL6907Contig1 666 2 3 U
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CACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ93JQ U 20
AF RR1DJ93TF C 1
BS 1 19 RR1DJ93TF
BS 20 654 RR1DJ93JQ
BS 655 666 RR1DJ93TF

RD RR1DJ93JQ 635 0 0
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GGTGGTGAGCCGTAGATGGATTGGCAGTATACGGTAGTAGTGCACGTAAAATGATAACAG
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CCATGATTAGTACGATAAGTGGTTGCCATGTTTTGAAAAGCTTTCCCGCCCCCGCAATGC
ATTGATCTGCTTGGTGGAAACCACATCTTGGAGCTTCTTTGGTTATCGCCTTCCAAATTC
CTCGCATTGATCGTCTCTTTAAGTTTACGGATCTCAGTCTGAGCACCAAATGCGTGATCC
ATATGAAGCAACAACACCAGGAGAAGAAGAAATAGCACTGAAGAAACTATAGAGGACAAC
ATCTTTAAATAACTCACAAGTATCTCTTGTACTGA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1DJ93TF 666 0 0
TTTTTGGAAATATACAACGTTTTTATTAATCGAGATTGGCCATGTATGGTCCATGAACAA
AAGTTCAACAGATACTAGGATATATACACATCATATTAGATTTTGCATCCGTTTTTTTTA
ACACATGCATATATATGAAACTAAGAACCATGGATGAAAAAAGAAACACACACACACACG
ATATATATAGTTTAACAAAGTTTTATAGTCTGATCAGTTGCCAGATCCGGGTTGACAGTT
CTCCGAGCGTGTGCACCTGGGTGGTGAGCCGTAGATGGATTGGCAGTATACGGTAGTAGT
GCACGTAAAATGATAACAGTTGGAGAAGTACGAGAAGCATGGCTGACAGAGAGAAGACAG
GTATCCTCCTGGAAGATGACCATGATTAGTACGATAAGTGGTTGCCATGTTTTGAAAAGC
TTTCCCGCCCCCGCAATGCATTGATCTGCTTGGTGGAAACCACATCTTGGAGCTTCTTTG
GTTATCGCCTTCCAAATTCCTCGCATTGATCGTCTCTTTAAGTTTACGGATCTCAGTCTG
AGCACCAAATGCGTGATCCATATGAAGCAACAACACCAGGAGAAGAAGAAATAGCACTGA
AGAAACTATAGAGGACAACATCTTTAAATAACTCACAAGTATCTCTTGTACTGATATAAT
CACTCC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL6908Contig1 832 2 2 U
GAATAATATAGTGTGTAATTGATAATAATAGTTACAAAAGCAAACACACAAGGAGTACTA
TTCTACAAGCCAACAAGAATCAAGAAGTGTGACTCTGTTCTAAAACTAAGGCCGAAAATG
TCAGTACCAGTTTTTCACCTCAAAAGCTCTTTTTAGTGATTTGTTCATCTCATCATATCA
GTTAACCAGACGTCTCTGCAACTGTGACCAAATGATCAGAAGCTAATCAGCAAAACCTCA
GAGGATTTTCACGTCCTAAACAAGTAACAAAACCCAAGATTGTGTTTTTTTAGTCTGAAT
CTGAACTAGACTGATCCATTCGTCTCTCTGTAATAGCTGGAAACAGCTTCTGTTTAGGAT
CTAACGACGGTGGTTGTCTTGGAGTTTCAAAAGAAGCTGAGGCTGTCGAACCCTGTTTCC
TCGCAATCTTCACCGGTCTTCCTTTTACTTCTTTGCAAATCTTATCCAAAATTATCAAGA
AATCGCGTACAATCACAAACAAACGCAACCCTTCGTCTTTCCCTGCTTTCCCATGGAAGT
AGTCCCCTGTGCTCTTCACCAGCGCCATTATACTCTTCTCTTCCTCTAGAATCGACACAA
TCCTTCCTTCAGCGTTTTGAATGAAATCTTCAAGCGCTTCACGAAACCCACTCTCCTCAC
CTGAGCTCTTCATCTCTGAGTTGACAAAGTCTTTGGCTTTCGACAAGGCATGACCCATTT
TCAGAACAGTCCCTGTCAAACCATCAGCATCGATGTTTGCTGATTTCTTCACATGTTCTA
GCTCACTGCTAAGGCCTGAGACTTTCTGAAGTCCAAGACTGCGGTAGTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AP67TF C 1
AF RR1AP67JQ U 16
BS 1 15 RR1AP67TF
BS 16 832 RR1AP67JQ

RD RR1AP67TF 832 0 0
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TCAGTACCAGTTTTTCAC*TCAAAAGCTCTTTTTAGTGATTTGTTCATCTCATCATATCA
GTTAACCAGACGTCTCTGCAACTGTGACCAAATGATCAGAAGCTAATCAGCAAAACCTCA
GAGGATTTTCACGTCCTAAACAAGTAACAAAACCCAAGATTGTGTTTTTTTAGTCTGAAT
CTGAACTAGACTGATCCATTCGTCTCTCTGTAATAGCTGGAAACAGCTTCTGTTTAGGAT
CTAACGACGGTGGTTGTCTTGGAGTTTCAGAAGAAGCTGAGGCTGTCGAACCCTGTTTCC
TCGCAATCTTCACCGGTCTTCCTTTTACTTCTTTGCAGATCTTATCCAAGATTATCAAGA
AATCGCGTACAATCACAAACAAACGCAACCCTTCGTCTTTCCCTGCTTTCCCATGGAAGT
AGTCCCCTGTGCTCTTCACCAGCGCCATTATACTCTTCTCTTCCTCTAGAATCGACACAA
TCCTTCCTTCAGCGTTTTGAATGAAATCTTCAAGCGCTTCACGAAACCCACTCTCCTCAC
CTGAGCTCTTCATCTCTGAGTTGACAAAGTCTTTGGCTTTCGACAAGGCATGACCCATTT
TCAGAACAGTCCCTGTCAAACCATCAGCATCGATGTTTGCTGATTTCTTCACATGTTCTA
GCTCACTGCTAAGGCCTGAGACTTTCTGAAGTCCAAGACTGCGGTAGTTCTC

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR1AP67JQ 817 0 0
TAATTGATAATAATAGTTACAAAAGCAAACACACAAGGAGTACTATTCTACAAGCCAACA
AGAATCAAGAAGTGTGACTCTGTTCTAAAACTAAGGCCGAAAATGTCAGTACCAGTTTTT
CACCTCAAAAGCTCTTTTTAGTGATTTGTTCATCTCATCATATCAGTTAACCAGACGTCT
CTGCAACTGTGACCAAATGATCAGAAGCTAATCAGCAAAACCTCAGAGGATTTTCACGTC
CTAAACAAGTAACAAAACCCAAGATTGTGTTTTTTTAGTCTGAATCTGAACTAGACTGAT
CCATTCGTCTCTCTGTAATAGCTGGAAACAGCTTCTGTTTAGGATCTAACGACGGTGGTT
GTCTTGGAGTTTCAAAAGAAGCTGAGGCTGTCGAACCCTGTTTCCTCGCAATCTTCACCG
GTCTTCCTTTTACTTCTTTGCAAATCTTATCCAAAATTATCAAGAAATCGCGTACAATCA
CAAACAAACGCAACCCTTCGTCTTTCCCTGCTTTCCCATGGAAGTAGTCCCCTGTGCTCT
TCACCAGCGCCATTATACTCTTCTCTTCCTCTAGAATCGACACAATCCTTCCTTCAGCGT
TTTGAATGAAATCTTCAAGCGCTTCACGAAACCCACTCTCCTCACCTGAGCTCTTCATCT
CTGAGTTGACAAAGTCTTTGGCTTTCGACAAGGCATGACCCATTTTCAGAACAGTCCCTG
TCAAACCATCAGCATCGATGTTTGCTGATTTCTTCACATGTTCTAGCTCACTGCTAAGGC
CTGAGACTTTCTGAAGTCCAAGACTGCGGTAGTTCTC

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL6909Contig1 638 2 1 U
GGATCCACCACAAGAAATCAAAGTCAGCAAACAAAGAAAAAAAAAAAAAACGAAAGATGA
ACTTCCTCTCCGACCAGGTAAAGAAATTCTCCGACTCCAAACCAGAGGAGCCAGACCACA
ACAAGCCCGCCGAAGGAACCGAAACAACCAACAGACCAGCTTCATCCTCCGAGCTCATGG
CTAGTGCCAAGGTCGTAGCCGAAGCTGCTCAAGCCGCTGCTCGTAACGAGTCAGACAAAC
TCGACAAGGCTAAAGTCGCTGGAGCCAGCGCTGATATCTTAGATGCCGCCCAGAAATACG
GAAAGCTCGATGAGAAGAGCGGCACTGGTCAGTACCTGGAGAAGGCCGAGAAGTATCTAA
ACGACTTCGAGTCCTCACATTCCTCCGGCGCCGCCGGTACTCCTCCCCCGGCTTCCGCCG
GTGCTCCTCCTCCGGCAAGTGAGGCTGAACCAGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTG
GTGGTGGCTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCT
TTATTATATACTGTGTATTAATAAATTTAAATAAGTGCGTACTAAACGTTGTTGTCTTTA
ATCTACCTATATATTTGTTGATGTAATATTTCCTTGTC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EZ13TF U 1
AF RR1EZ13JQ C 5
BS 1 638 RR1EZ13TF

RD RR1EZ13TF 638 0 0
GGATCCACCACAAGAAATCAAAGTCAGCAAACAAAGAAAAAAAAAAAAAACGAAAGATGA
ACTTCCTCTCCGACCAGGTAAAGAAATTCTCCGACTCCAAACCAGAGGAGCCAGACCACA
ACAAGCCCGCCGAAGGAACCGAAACAACCAACAGACCAGCTTCATCCTCCGAGCTCATGG
CTAGTGCCAAGGTCGTAGCCGAAGCTGCTCAAGCCGCTGCTCGTAACGAGTCAGACAAAC
TCGACAAGGCTAAAGTCGCTGGAGCCAGCGCTGATATCTTAGATGCCGCCCAGAAATACG
GAAAGCTCGATGAGAAGAGCGGCACTGGTCAGTACCTGGAGAAGGCCGAGAAGTATCTAA
ACGACTTCGAGTCCTCACATTCCTCCGGCGCCGCCGGTACTCCTCCCCCGGCTTCCGCCG
GTGCTCCTCCTCCGGCAAGTGAGGCTGAACCAGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTG
GTGGTGGCTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCT
TTATTATATACTGTGTATTAATAAATTTAAATAAGTGCGTACTAAACGTTGTTGTCTTTA
ATCTACCTATATATTTGTTGATGTAATATTTCCTTGTC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1EZ13JQ 634 0 0
CCACCACAAGAAATCAAAGTCAGCAAACAAAGAAAAAAAAAAAAAACGAAAGATGAACTT
CCTCTCCGACCAGGTAAAGAAATTCTCCGACTCCAAACCAGAGGAGCCAGACCACAACAA
GCCCGCCGAAGGAACCGAAACAACCAACAGACCAGCTTCATCCTCCGAGCTCATGGCTAG
TGCCAAGGTCGTAGCCGAAGCTGCTCAAGCCGCTGCTCGTAACGAGTCAGACAAACTCGA
CAAGGCTAAAGTCGCTGGAGCCAGCGCTGATATCTTAGATGCCGCCCAGAAATACGGAAA
GCTCGATGAGAAGAGCGGCACTGGTCAGTACCTGGAGAAGGCCGAGAAGTATCTAAACGA
CTTCGAGTCCTCACATTCCTCCGGCGCCGCCGGTACTCCTCCCCCGGCTTCCGCCGGTGC
TCCTCCTCCGGCAAGTGAGGCTGAACCAGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGG
TGGCTTGGGAGGTTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTAT
TATATACTGTGTATTAATAAATTTAAATAAGTGCGTACTAAACGTTGTTGTCTTTAATCT
ACCTATATATTTGTTGATGTAATATTTCCTTGTC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL6910Contig1 797 2 2 U
GGGAATCTACTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGGATCTCTATCGCCGGTGGCT
TGAGATGGCAAAGGATCAAGCAAGCCTTCTTCTTCAAAAACAGCTCAAAGATCTGTGTAA
GAACCCGGTTGATGGTTTCTCTGCTGGTCTCGTTGATGAAAATAACGTCTTCCAGTGGAG
CGTTTCGATTATGGGTCCTCCTGATACCTTGTATGAAGGGGGTTTCTTTAATGCAATTAT
GACGTTTCCACCGGATTATCCTAATAATCCACCAACTGTCAAGTTCACCTCCGAGGTGTG
GCATCCTAATGTTTATTCCGATGGAAAAGTTTGCATATCGATTCTTCATCCTCCTGGTAA
CGATCCTAATGGGTACGAGCTTGCCTCTGAACGTTGGAACCCTGTTCACACGGTAGAGAG
CATTGTGTTGAGTATCATATCGATGCTCTCGGGTCCCAACGATGAGTCACCGGCCAATGT
GGAAGCAGCAAAAGAATGGAGAGACAACAGAGCAGAGTTTAGGAAGAAAGTGAGTCGCTG
TGTTCGAAGATCGCAAGAGATGCTGTGATTCATCTCTCCTGCGTTTTTATGTATCGTAGA
AATTAATTTCTATCCTAAGCTAAGAGAGAGAGAGAAGGTAAGAAGAAGCAGCAGATGAAT
CTTTGTGCTCATCAAAAGCTTTTCTTTTGGTTTTGGATTTGTCTTTAAGGGTTTGGAATA
TTGTGGTGGAATCAAATCTAAACCCCCTTTTAGGATTATATTTTTACACTCGTTAATGGA
TTCCTTTTCATATTCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B464TF U 1
AF RR1B464JQ C 1
BS 1 635 RR1B464TF
BS 636 797 RR1B464JQ

RD RR1B464TF 635 0 0
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QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1B464JQ 797 0 0
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TGAGATGGCAAAGGATCAAGCAAGCCTTCTTCTTCAAAAACAGCTCAAAGATCTGTGTAA
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CGTTTCGATTATGGGTCCTCCTGATACCTTGTATGAAGGGGGTTTCTTTAATGCAATTAT
GACGTTTCCACCGGATTATCCTAATAATCCACCAACTGTCAAGTTCACCTCCGAGGTGTG
GCATCCTAATGTTTATTCCGATGGAAAAGTTTGCATATCGATTCTTCATCCTCCTGGTAA
CGATCCTAATGGGTACGAGCTTGCCTCTGAACGTTGGAACCCTGTTCACACGGTAGAGAG
CATTGTGTTGAGTATCATATCGATGCTCTCGGGTCCCAACGATGAGTCACCGGCCAATGT
GGAAGCAGCAAAAGAATGGAGAGACAACAGAGCAGAGTTTAGGAAGAAAGTGAGTCGCTG
TGTTCGAAGATCGCAAGAGATGCTGTGATTCATCTCTCCTGCGTTTTTATGTATCGTAGA
AATTAATTTCTATCCTAAGCTAAGAGAGAGAGAGAAGGTAAGAAGAAGCAGCAGATGAAT
CTTTGTGCTCATCAAAAGCTTTTCTTTTGGTTTTGGATTTGTCTTTAAGGGTTTGGAATA
TTGTGGTGGAATCAAATCTAAACCCCCTTTTAGGATTATATTTTTACACTCGTTAATGGA
TTCCTTTTCATATTCCT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL6911Contig1 951 2 2 U
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ACGGCGACGAGGTTTCCCGGAACATCGCAATCCAGCTAGCCAAACATGGTTGTCGGCTGG
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TCCATGTTGCTGTCCAAAAGGCATGGAATCGCTTGGGATCTTTGGATGCTTTTGTCAACT
GCTGTACCTACCAAGGGAAGATGCAGGACATTCTCCAAGTGTCTGAAGATGAATTCAAGA
AGATCACAAAGATCAATCTCACGGCTCCATGGTTTATCTTGAAGGCTGTGGCGAGTATGA
TGAAGGAGCATGGAACAGGAGGTTCCGTTGTCTTTATGGCTACGATCGCTAGTGGGGAGA
GAGGGCTTTACCCTGGAGCTGATGCCTATGCTACAGCCGCTGCTGGGATTCACCAGCTGG
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BQ
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AF RR1AQ49TF U 1
AF RR1AQ49JQ C 121
BS 1 755 RR1AQ49TF
BS 756 951 RR1AQ49JQ

RD RR1AQ49TF 755 0 0
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TCCATGTTGCTGTCCAAAAGGCATGGAATCGCTTGGGATCTTTGGATGCTTTTGTCAACT
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AGATCACAAAGATCAATCTCACGGCTCCATGGTTTATCTTGAAGGCTGTGGCGAGTATGA
TGAAGGAGCATGGAACAGGAGGTTCCGTTGTCTTTATGGCTACGATCGCTAGTGGGGAGA
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TGAAGGACGCTGCTCCTCTGGGACAGTGGCTTAACCCGGAGAAAGATATCTACTCGACTG
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QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1AQ49JQ 831 0 0
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TCCATGTTGCTGTCCAAAAGGCATGGAATCGCTTGGGATCTTTGGATGCTTTTGTCAACT
GCTGTACCTACCAAGGGAAGATGCAGGACATTCTCCAAGTGTCTGAAGATGAATTCAAGA
AGATCACAAAGATCAATCTCACGGCTCCATGGTTTATCTTGAAGGCTGTGGCGAGTATGA
TGAAGGAGCATGGAACAGGAGGTTCCGTTGTCTTTATGGCTACGATCGCTAGTGGGGAGA
GAGGGCTTTACCCTGGAGCTGATGCCTATGCTACAGCCGCTGCTGGGATTCACCAGCTGG
TTCGGGCATCAGCCATGAGTCTAGGGAAGCACAAGATAAGGGTCAACATGATCTCTAGAG
GACTGCATCTTGGAGATGAATATCCAGTTGCAGTGGGGATAGATAGAGCGGAGAAGCCGG
TGAAGGACGCTGCTCCTCTGGGACAGTGGCTTAACCCGGAGAAAGATATCTACTCGACTG
TTATTTACTTGATCAGTGACGGTTCATGCTTCATGACAGGTACCACTGTGATGGTCGATG
GAGCACAGTCTCTTATGAGACCACGTCTCAAATCCTACATGTGATTTGGTTTTTTTTTTT
ATAAAAATGCTTGTAATTGTATTATTATTTTCTTGAAAACTGAATTTGATCAAGCTTGAA
TAAGTACTCCTGGAGGGAGGATACGAATGAAATTAAATTCCATTTCTGAGC

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

CO CL6912Contig1 1057 2 4 U
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CAGTCCGCGTCTCACCAATCTCTATAACCCTTTTGCCTCTGAGAAGGTTGTAATTTCACT
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ATCTTCTCCAGACAAAGAAGACTGTGTCGTTGCTGCTAAACTGAATGCTCCATTTATCAG
TCTGTGCCGGCCAGGTGACTCGGAGTGGACACACGTTGAAACCCCTCCTACTTTTTTAAC
TTCAGAGATGATGTACTCCCTGAGGGACCGGAGATTCTATCTCCATTCATCTAGAATTAC
AGGTCCAAATGATCTGATCAGGACTAGCTCCGACTTCCCTCCCGTGAGTCCTTACCAAAG
ATTCCCCTTTTCCGACATCCCCAAGAGCACAGAGGATCTGATTGAGTCATGTGTCTTGAG
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GGGACTAAAGAAAGAAACAATCATGTCAGAAAGGCGTGAGACCAAAGCCTTTATGGTGTT
TAGACAAGACCCTGAACAAGGCATTTGTTCTTACACACAAGATATTGGTGATCTCTGTAT
TTTCCTCGGCAAGAATGAAGCTTTTTGTGTCTCTGCATCAGAATATCCTGGACTGAACCC
CAATTCCGTCTACTTCGAAAGTCATGAGACAGGGTTTGGTCATTATGACCTTATCTCGAA
CACTGTCCACGATCTTACACATTTGGTCTCCTCAAGTTTCCACTTGTGGCTTGCCCCTCT
CCACTAAGTTTTTTTTTTTCTTTTTAATAATCTTTTATTAGTTACTCTTCTGAGATTTGT
TTTGTGTATTTTATATTTCAACAAGGATGTTTTGTTC


BQ
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AF RR1AZ38TF U 1
AF RR1AZ38JQ C 221
BS 1 740 RR1AZ38TF
BS 741 741 RR1AZ38JQ
BS 742 862 RR1AZ38TF
BS 863 1057 RR1AZ38JQ

RD RR1AZ38TF 862 0 0
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GGATCCGTGTAAGCATGAGATGGTGAAGCTCCCGAATCAGACTCTGTCAAAGGAGCTCAG
TTTTTCGGTGAAGATAGGATCGTCCAAGGGATGGGTAGCTATGACAAACCTTGACGATCT
CAGTCCGCGTCTCACCAATCTCTATAACCCTTTTGCCTCTGAGAAGGTTGTAATTTCACT
GCCTCCTCCTGTGAAGATCTGCAGAGGTTCATTAGCTCGAGTTTGGAATGTCTCTCTCTC
ATCTTCTCCAGACAAAGAAGACTGTGTCGTTGCTGCTAAACTGAATGCTCCATTTATCAG
TCTGTGCCGGCCAGGTGACTCGGAGTGGACACACGTTGAAACCCCTCCTACTTTTTTAAC
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ATTCCCCTTTTCCGACATCCCCAAGAGCACAGAGGATCTGATTGAGTCATGTGTCTTGAG
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GGGACTAAAGAAAGAAACAATCATGTCAGAAAGGCGTGAGACCAAAGCCTTTATGGTGTT
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CAATTCCGTCTACTTCGAAAGT

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR1AZ38JQ 837 0 0
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GTTTGGAATGTCTCTCTCTCATCTTCTCCAGACAAAGAAGACTGTGTCGTTGCTGCTAAA
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ACCCCTCCTACTTTTTTAACTTCAGAGATGATGTACTCCCTGAGGGACCGGAGATTCTAT
CTCCATTCATCTAGAATTACAGGTCCAAATGATCTGATCAGGACTAGCTCCGACTTCCCT
CCCGTGAGTCCTTACCAAAGATTCCCCTTTTCCGACATCCCCAAGAGCACAGAGGATCTG
ATTGAGTCATGTGTCTTGAGGAATCAATACTTGGTCCAGTCACCTTCAGGCGACTCTTTC
ATTGTTTTCTGGTGTAAAGGGGGACTAAAGAAAGAAACAATCATGTCAGAAAGGCGTGAG
ACCAAGGCCTTTATGGTGTTTAGACAAGACCCTGAACAAGGCATTTGTTCTTACACACAA
GATATTGGTGATCTCTGTATTTTCCTCGGCAAGAATGAAGCTTTTTGTGTCTCTGCATCA
GAATATCCTGGACTGAACCCCAATTCCGTCTACTTCGAAAGTCATGAGACAGGGTTTGGT
CATTATGACCTTATCTCGAACACTGTCCACGATCTTACACATTTGGTCTCCTCAAGTTTC
CACTTGTGGCTTGCCCCTCTCCACTAAGTTTTTTTTTTTCTTTTTAATAATCTTTTATTA
GTTACTCTTCTGAGATTTGTTTTGTGTATTTTATATTTCAACAAGGATGTTTTGTTC

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 2

CO CL6913Contig1 740 2 2 U
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BQ
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AF RR1EW51TF U 1
AF RR1EW51JQ C 1
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BS 578 740 RR1EW51JQ

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QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1EW51JQ 740 0 0
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GTTAACGAGGCGTGCCGTGTCCTGGATGAAGGAGTTGTGATCCGAGCCTCAGACTTGGAC
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GACACGGTTGGACCAAAGTACATATATGAAAGGCTGAAGAGATTGTCGGAGACTTATGGT
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AACGAAAGATGGGTTGGAACATGTTTATGCAGGAGAAGCTGAAAGTGTTAGTCACTAAGC
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AAGTTTTATGTTCTCAAAGT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL6914Contig1 701 2 6 U
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CCTAGTCCCAGAAGGAGATCTCCTAGTCCTGTCTACAGGAGGCGTCCCAGTCCTGATTAC
GGCCGTCCTCGCAGTCCTGAGTATGACAGGTACAAGGGTCCAGCTCCTTATGAAAGGCGT
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GACAGATACAGAGGCCGGCCTCCTGTATACAGAGCAAGAGGTTGAAGATGTTGCTACGGA
ATGTGCTCTACGAGTGGTTGTGTTTTCTATGTTAGTCTGAACCTTAGTTGCTATGCTATT
ATGCTACGTGGGTGTTAGTTTTAGTAGCTTGTAATGACATTAATCTTTGTGAAGAATTTG
AAGCTTGGATTCTCTCTTAATCAATTCAGTTTCTTCATTAG


BQ
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AF RR1G041TF U 1
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BQ
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AF RR1DS24JQ C 1
AF RR1DS24TF U 1
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TATATGAATTTTGTATAAAGGTTTTAATTTGGAAGTCTTTATTATCTCGTTCATGGCTGG
TTGTGAGTGTCAAAGATTTGGAAAATATGGTTAG

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC47TF U 1
AF RR1EC47JQ C 247
BS 1 676 RR1EC47TF
BS 677 677 RR1EC47JQ
BS 678 741 RR1EC47TF
BS 742 946 RR1EC47JQ

RD RR1EC47TF 741 0 0
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CGAAATGATGAAGGCTTCAGTCAAAGGCAAGTACGATGGCGACAAGAGCACCGGAGTCGG
TTCACTCGCCTTCAACGCTGGCGATCTTAAGCTACGCGCCACGATGACCGATGCTACCTT
CGTCGCTGGGCCTACCTTGAACGGCCTCTCTCTCGCCGTGGAGAAGCCTGGTTTCTTCAT
CGTCGAGTATAACGTCCCTAAGAAAGATGTTAGGTTTCAGTTCATGAACACAGTTAGAGT
TGCTGAGAAGCCATTGAATCTGACTTACATTCATAGCAGAGCTGATAACAGAACAATCGT
GGATGGGAGCCTTTTAATTGATCCTGCTAACAAACTCTCTGTTAATCACATGGTGGGAAC
AAACAACTGTAAGCTTAAGTATACTTATGCTCACGGGAAGATTGCTACCTTCGAGCCGTG
CTACGACTTTGCCAAAAATGCCTGGGATTTTGCCGTTTCTCGCAGAGTTTATGGTGATGA
TGTTCTCAAGGCTACTTATCAGACGTCTAGTAAGTTGCTTGGTATGGAGTGGTCAAGGAC
CTCCAAATCCACTGGATCTTTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATCTGGTGGAGGAAGTGAA
AACGCCCAAATTGACG*CAGAAACAACATGGAACCTTGAAATGTAATCTCATTTTACTAT
TAACCAAGTTTCCCACTCAAT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1EC47JQ 700 0 0
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GAAGCCATTGAATCTGACTTACATTCATAGCAGAGCTGATAACAGAACAATCGTGGATGG
GAGCCTTTTAATTGATCCTGCTAACAAACTTTCTGTTAATCACATGGTGGGAACAAACAA
CTGTAAGCTTAAGTATACTTATGCTCACGGGAAGATTGCTACCTTCGAGCCGTGTTACGA
CTTTGCCAAAAATGCCTGGGATTTTGCCGTTTCTCGCAGAGTTTATGGTGATGATGTTCT
CAAGGCTACTTATCAGACGTCTAGTAAGTTGCTTGGTATGGAGTGGTCAAGGACCTCCAA
ATCCACTGGATCTTTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATCTGGTGGAGGAAGTGAAAACGCC
CAAATTGACGGCAGAAACAACATGGAACCTTGAAATGTAATCTCATTTTACTATTAACCA
AGTTTCCCACTCAATTTTTTGGTGTTACATACGATTAAACTAGCCCTTGCGAATCATCGT
CCCACATTTTATGGTACATTTCGTGAAACGTCATACATGCTTTTATTATTCCTTGCAATT
TATTTTTCTTTTAAAGTTTTGTTTGTTAAAGGATTAAAGTTTGACATAAGTAAGACATTG
ATGTACGAATTAACTCTGAAACATAAGAACTATGACTTAC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL6917Contig1 429 2 2 U
GGGTAAGACGGCGACCGGATAGTTTGGGCGAGCGGCGGCGATTTGGTTTCGATCTGAAAG
GATGTTTCGGAGGAACAGGTTTTTGTCTCTTCCGATGGTGGTTGGAGCTGTTGTAATTGG
TGTTGTTTCGGGTAAAGCCATATTCGGGCCACCACTTGATCAGTACTGGAAGGAGAAGCT
CGAAGGAGAAGCTGCTGCTAAGGAAGCCACTGAAAAGAGCTCAGATTAATTAAAAGCCTT
TAAAGGAGCAGAGTGTTTTGTAAATCACAGACCATAAACTAAAGAGCTTTTCTATAAGGA
AGCATTGTTTCATTGTATGATGCGATATAAAAGCCAGAAAGTGTAATAATGATGTAAGTG
CCTTGCGTATTACGTTTTGTTGTTTGAAGGAGAATGATAAAACCCTATAAAAGCCTTCAT
TCTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1GP22TF U 1
AF RR1GP22JQ C 95
BS 1 428 RR1GP22TF
BS 429 429 RR1GP22JQ

RD RR1GP22TF 428 0 0
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GATGTTTCGGAGGAACAGGTTTTTGTCTCTTCCGATGGTGGTTGGAGCTGTTGTAATTGG
TGTTGTTTCGGGTAAAGCCATATTCGGGCCACCACTTGATCAGTACTGGAAGGAGAAGCT
CGAAGGAGAAGCTGCTGCTAAGGAAGCCACTGAAAAGAGCTCAGATTAATTAAAAGCCTT
TAAAGGAGCAGAGTGTTTTGTAAATCACAGACCATAAACTAAAGAGCTTTTCTATAAGGA
AGCATTGTTTCATTGTATGATGCGATATAAAAGCCAGAAAGTGTAATAATGATGTAAGTG
CCTTGCGTATTACGTTTTGTTGTTTGAAGGAGAATGATAAAACCCTATAAAAGCCTTCAT
TCTTTTTT

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR1GP22JQ 335 0 0
ATGGTGGTTGGAGCTGTTGTAATTGGTGTTGTTTCGGGTAAAGCCATATTCGGGCCCCCA
CTTGATCAGTACTGGAAGGAGAAGCTCGAAGGAGAAGCTGCTGCTAAGGAAGCCACTGAA
AAGAGCTCAGATTAATTAAAAGCCTTTAAAGGAGCAGAGTGTTTTGTAAATCACAGACCA
TAAACTAAAGAGCTTTTTTATAAGGAAGCATTGTTTCATTGTATGATGCGATATAAAAGC
CAGAAAGTGTAATAATGATGTAAGTGCCTTGCGTATTACGTTTTGTTGTTTGAAGGAGAA
TGATAAAACCCTATAAAAGCCTTCATTTTTTTTTT

QA 1 335 1 335
DS 



AS 1 2

CO CL6918Contig1 767 2 10 U
TTTTTTCTTCTCACTTTCCGCAAGATTGTTCTGTTCTTGAAACAGTTCCACGATGAGTGA
AGAGGTCAATAAGCTTCAGAAGCCAACTCCACGTTTAAACGAGAGGACCCTCTCATCTTT
ATCTAAGAGATCGGTTGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTGGAGCTCC
AGTGATTTTCAATGTGGTTGTTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGATCAAATATGAACTTGA
CAAAAAGACAGGACTAATCAAGGTTGATAGGATCCTTTATTCATCAGTTGTGTATCCTCA
TAACTACGGCTTTATTCCCCGCACATTATGCGAAGACAATGATCCGTTGGATGTGCTAGT
CATCATGCAGGAGCCTGTACTTCCAGGCTGTTTTCTGCGCGCCCGAGCTATTGGATTAAT
GCCCATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCCGTATGTGTTGATGATCC
GGAGTATAAGCATTACACTGACATCAAAGAACTTCCTCCTCATCGTCTCACTGAAATCCG
GCGATTCTTTGAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAAGAAGTTGCTGTAAATGACTTTCT
ACCGAATGGTCCTGCTGTTGAAGCCATTCAGTACTCAATGGACCTTTACGCTGAGTACAT
TCTTCACACCTTGAGAAGATAAGGAAGGCCATTCCTGCCAAAGAAAGAGAGATTTGTCTG
ATTGAATTTGATAAAGCACGTGTTCATGAAACTGTTCTGATGTTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA33TF U 1
AF RR1ES66TF U 24
BS 1 107 RR1EA33TF
BS 108 108 RR1ES66TF
BS 109 499 RR1EA33TF
BS 500 500 RR1ES66TF
BS 501 576 RR1EA33TF
BS 577 577 RR1ES66TF
BS 578 676 RR1EA33TF
BS 677 677 RR1ES66TF
BS 678 687 RR1EA33TF
BS 688 767 RR1ES66TF

RD RR1EA33TF 687 0 0
TTTTTTCTTCTCACTTTCCGCAAGATTGTTCTGTTCTTGAAACAGTTCCACGATGAGTGA
AGAGGTCAATAAGCTTCAGAAGCCAACTCCACGTTTAAACGAGAGGATCCTCTCATCTTT
ATCTAAGAGATCGGTTGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTGGAGCTCC
AGTGATTTTCAATGTGGTTGTTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGATCAAATATGAACTTGA
CAAAAAGACAGGACTAATCAAGGTTGATAGGATCCTTTATTCATCAGTTGTGTATCCTCA
TAACTACGGCTTTATTCCCCGCACATTATGCGAAGACAATGATCCGTTGGATGTGCTAGT
CATCATGCAGGAGCCTGTACTTCCAGGCTGTTTTCTGCGCGCCCGAGCTATTGGATTAAT
GCCCATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCCGTATGTGTTGATGATCC
GGAGTATAAGCATTACACTTACATCAAAGAACTTCCTCCTCATCGTCTCACTGAAATCCG
GCGATTCTTTGAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGACTTTCT
ACCGAATGGTCCTGCTGTTGAAGCCATTCAGTACTCAATGGACCTTTACGCTGAGTACAT
TCTTCACACCTTGAGA*GATAAGGAAG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1ES66TF 744 0 0
GATTGTTCTGTTCTTGAAACAGTTCCACGATGAGTGAAGAGGTCAATAAGCTTCAGAAGC
CAACTCCACGTTTAAACGAGAGGACCCTCTCATCTTTATCTAAGAGATCGGTTGCTGCTC
ATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTGGAGCTCCAGTGATTTTCAATGTGGTTGTTG
AGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATATGAACTTGACAAAAAGACAGGACTAATCAAGG
TTGATAGGATCCTTTATTCATCAGTTGTGTATCCTCATAACTACGGCTTTATTCCCCGCA
CATTATGCGAAGACAATGATCCGTTGGATGTGCTAGTCATCATGCAGGAGCCTGTACTTC
CAGGCTGTTTTCTGCGCGCCCGAGCTATTGGATTAATGCCCATGATTGGTCAGGGAGAAA
AAGATGACAAGATCATTGCCGTATGTGTTGATGATCCGGAGTATAAGCATTACACTGACA
TCAAATAACTTCCTCCTCATCGTCTCACTGAAATCCGGCGATTCTTTGAAGATTACAAGA
AGAATGAGAACAAAGAAGTTGCTGTAAATGACTTTCTACCGAATGGTCCTGCTGTTGAAG
CCATTCAGTACTCAATGGACCTTTACGCTGAGTACATTCTTCACACCTTGAGAAGATAAG
GAAGGCCATTCCTGCCAAAGAAAGAGAGATTTGTCTGATTGAATTTGATAAAGCACGTGT
TCATGAAACTGTTCTGATGTTTGA

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL6919Contig1 944 2 2 U
GTGTTCGGTAAGGAAACCCATTCAGACGATGATGGCTTCGACTCCACAGCTTACCCTTTG
TACCTTCTCCATACACGACGGCTTCAACAAGCAACCCAGAAACAGACTACGCTCCAAAGG
ACGGAGCTTTGGTCCTTCTCTGCTCGGAAACAAGTCGGGATTAAGAGCTAGCATGATTGA
GCTTCTTCAGAGACGGCCAGCGATGATGGGTCGAAAAGAAACTGGATTTATAGCAAGAGA
GAGAGCTCTCAATCGTAAAAGAAGAGTCTTTAAGGTTAGCTGTAACAAAGGTTTAGGCTT
TAACGGAGGCGGAGATAACAACGGGAACGGGAACGGGAGGATCCTCGGGAACCTCGCTTT
GGCTATTGGTTTGACTTATCTCTCTATGACTGGTCAGATTGGTTGGGTTCTCGACGCTAT
TGTATCCGTCTGGCTGGTTGTGGTGATTGTTCCAATTTTGGGGTTGGGAGCTTTTCTTTG
GTGGGCACAACGAGATATTGTCCAGAGCAGTTGTCCAAATTGCGGAAACGAGTTTCAGAT
ATTCAAGTCATCGTTGGACGATGAAGTACAGCTTTGCCCTTTCTGCACTCAGCCATTCTC
AGTTGCGGATGATAAGTTTGTTAAGGAACCAGTGAAATTTTCCAACCAAACTACTGCTTT
CGGACAAGACCTAAATGGGTTTTCTTCTCCACCTAAGAAAGGAAAGGGTTTCTCAACAGC
GGTAGTGGACATAGAAGCTGAAGTAACAGATGCAGACTGAAAATGCGACCCAACATATTT
TCAAGTAGACCGAGCAAAGAAGATATTGTAGAGACAAAACAACAAATTCGTGCAAAGAGC
TCGGTGTTGTATATAGAAGTAATATAGATATACACATCCACCTGTATATATACATGTCCT
TCCTTGACATTGTTATTACATTTTGATCTTATGTTGTTTGAACG


BQ
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AF RR1H533TF U 1
AF RR1H533JQ C 286
BS 1 685 RR1H533TF
BS 686 944 RR1H533JQ

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GCTTCTTCAGAGACGGCCAGCGATGATGGGTCGAAAAGAAACTGGATTTATAGCAAGAGA
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TAACGGAGGCGGAGATAACAACGGGAACGGGAACGGGAGGATCCTCGGGAACCTCGCTTT
GGCTATTGGTTTGACTTATCTCTCTATGACTGGTCAGATTGGTTGGGTTCTCGACGCTAT
TGTATCCGTCTGGCTGGTTGTGGTGATTGTTCCAATTTTGGGGTTGGGAGCTTTTCTTTG
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AGTTGCGGATGATAAGTTTGTTAAGGAACCAGTGAAATTTTCCAACCAAACTACTGCTTT
CGGACAAGACCTAAATGGGTTTTCT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1H533JQ 659 0 0
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CGGGAACCTCGCTTTGGCTATTGGTTTGACTTATCTCTCTATGACTGGTCAGATTGGTTG
GGTTCTCGACGCTATTGTATCCGTCTGGCTGGTTGTGGTGATTGTTCCAATTTTGGGGTT
GGGAGCTTTTCTTTGGTGGGCACAACGAGATATTGTCCAGAGCAGTTGTCCAAATTGCGG
AAACGAGTTTCAGATATTCAAGTCATCGTTGGACGATGAAGTACAGCTTTGCCCTTTCTG
CACTCAGCCATTCTCAGTTGCGGATGATAAGTTTGTTAAGGAACCAGTGAAATTTTCCAA
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GGGTTTCTCAACAGCGGTAGTGGACATAGAAGCTGAAGTAACAGATGCAGACTGAAAATG
CGACCCAACATATTTTCAAGTAGACCGAGCAAAGAAGATATTGTAGAGACAAAACAACAA
ATTCGTGCAAAGAGCTCGGTGTTGTATATAGAAGTAATATAGATATACACATCCACCTGT
ATATATACATGTCCTTCCTTGACATTGTTATTACATTTTGATCTTATGTTGTTTGAACG

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

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ATATTCTTTCCCTATTTTGGCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGAA
CCTTACTAATGAATATCTCAACCACAAATGTCTCTTTAATCAAGGGAAATATAATTCTGG
AAGTGAGTACGAGAAAAACCTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTGA
GAATGTCGGCTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCCT
TCTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACATG
CCTTGACACCGCAATTTTAGGGGTAAATGAACCATCATACATTTAAATATAAAATTACGT
TTTTGCAATGATGTAAAACTGTATCTTTGAGCCAAAAGAGAATTGACTACATGAAACAAA
AACTAGATTAGAGTAACAAGAAAAAATATTAGCTGTCAAAGTTTCACATTTGTTAAAGAT
AGAAATAGGACAGTTGTTAAATACCTGGGGATCCAATGTGAAAATCTGGTTCGGCTC


BQ
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AF RR1BX48JQ C 1
AF RR1BX48TF U 1
BS 1 597 RR1BX48TF

RD RR1BX48JQ 597 0 0
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ATATTCTTTCCCTATTTTGGCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGAA
CCTTACTAATGAATATCTCAACCACAAATGTCTCTTTAATCAAGGGAAATATAATTCTGG
AAGTGAGTACGAGAAAAACCTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTGA
GAATGTCGGCTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCCT
TCTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACATG
CCTTGACACCGCAATTTTAGGGGTAAATGAACCATCATACATTTAAATATAAAATTACGT
TTTTGCAATGATGTAAAACTGTATCTTTGAGCCAAAAGAGAATTGACTACATGAAACAAA
AACTAGATTAGAGTAACAAGAAAAAATATTAGCTGTCAAAGTTTCACATTTGTTAAAGAT
AGAAATAGGACAGTTGTTAAATACCTGGGGATCCAATGTGAAAATCTGGTTCGGCTC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1BX48TF 597 0 0
GGATAAAAATCATCACTATTTATCTCAAAGGAAAAAAATATCTATAACAATGAAATTTTC
ATATTCTTTCCCTATTTTGGCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGAA
CCTTACTAATGAATATCTCAACCACAAATGTCTCTTTAATCAAGGGAAATATAATTCTGG
AAGTGAGTACGAGAAAAACCTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTGA
GAATGTCGGCTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCCT
TCTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACATG
CCTTGACACCGCAATTTTAGGGGTAAATGAACCATCATACATTTAAATATAAAATTACGT
TTTTGCAATGATGTAAAACTGTATCTTTGAGCCAAAAGAGAATTGACTACATGAAACAAA
AACTAGATTAGAGTAACAAGAAAAAATATTAGCTGTCAAAGTTTCACATTTGTTAAAGAT
AGAAATAGGACAGTTGTTAAATACCTGGGGATCCAATGTGAAAATCTGGTTCGGCTC

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

CO CL6921Contig1 417 2 2 U
GTACACACGATCGAGATCCATGCTGTTGAAGCTTGGTCTACAGAAGTACGAGAAGAACTT
CAAGAAAGGACTTCTAACTGATCCCACGTTGCCATTACTCACCGATAGTGCGCTAAGAGA
TGTGAGCATCCCACCAGGGCCAAGGCTTCTGATACTAGACCATATCCAGAGGGACCCTGA
GATAAAGGGCAAACGATGAAAGTAGTAGCTGAGCCTGCCCTTTTGTTTGTTTATATGGCC
ATTACTGGAATCCAATCTGTTTTGGCTGTAAGGATATGTTGAAACACAAATGTATGGTCT
TGTTTTAATGTTTTCCTTAGCTGATATTGCTAGGAAGAACCCTTGTTAGATTCTTCTGCC
TCTACTAGCAATGTTGTTTTGAATTCTCTTTAATATTTGAAAGCATTTTATATTTTG


BQ
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AF RR1D305JQ C 1
AF RR1D305TF U 1
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TCTACTAGCAATGTTGTTTTGAATTCTCTTTAATATTTGAAAGCATTTTATATTTTG

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DS 

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CAAGAAAGGACTTCTAACTGATCCCACGTTGCCATTACTCACCGATAGTGCGCTAAGAGA
TGTGAGCATCCCACCAGGGCCAAGGCTTCTGATACTAGACCATATCCAGAGGGACCCTGA
GATAAAGGGCAAACGATGAAAGTAGTAGCTGAGCCTGCCCTTTTGTTTGTTTATATGGCC
ATTACTGGAATCCAATCTGTTTTGGCTGTAAGGATATGTTGAAACACAAATGTATGGTCT
TGTTTTAATGTTTTCCTTAGCTGATATTGCTAGGAAGAACCCTTGTTAGATTCTTCTGCC
TCTACTAGCAATGTTGTTTTGAATTCTCTTTAATATTTGAAAGCATTTTATATT
CTG

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 2

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TCTTCCCCCGGAGAAATCGAATTAACTAGTAACGAGGCCGATTCTCTGAAGATGGATGTG
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GGTGTTCTTCTCGGGAGCAGCTCCCGTGGTGTCGTCGACGTCACCAACAGCTACGCAGTG
CCTTTTGAGGAGGATGATAAGGACCCAAGTATATGGTTTCTTGATCATAATTACCATGAG
TCAATGTTCCACATGTTCAAGAGAATCAACGCCAAGGAGCACGTTGTTGGTTGGTACAGC
ACAGGCCCTAAGCTTAGAGAGCATGATTTGGATGTTCAGGCGCTGTTCAATGGCTATGTT
CCAAATCCGGTGTTGGTCATTATAGATGTCCAGCCTAAGGAACTTGGAATTCCCACTAAA
GCTTACTATGCTGTGGAGGAGGTTAAGGAGAACGCTACTCAGAAAAGCCAGAAAGTCTTC
GTCCATGTGTCTACGGAAATTGCTGCTCATGAAGTCGAGGAGATTGGTGTGGAACATTTG
CTAAAGGGATGTGAAAGACACAACTATCAGTACCCTGGCGACTGAGGTCACTGCCAAACT
TACTGCTTTGAAGGGGCTGGATGCACGTCTTCGGGAGATCAGGAGTTACCTTGACCTTGT
GATTGAAGGAAAGCTCCCTCTAAATCATGAGATCTTATACCATCTGCAGGACGTTTTCAA
CTTGCTTCCAAACCTGAATGTGAACGAGTTGGTCAAGGCCTTCTCAGTGAAAACAAATGA
CATGATGCTCGTTATCTACCTATCGTCCCTCATCCGAAGTGTAATTGCGCTCCACAACTT
GATCAACAACAAGTTGCTAAACAAGGAACATGAAAAAGCAGAGGACTCAAAGCCCGTGGC
CATACCCGCCACCAGCAGCTAAATCACGCTGATCAGATGTGATTTACTCAGGCTATGATT
GGTGACATGTGGTGTGGTTGATTTACTCTGACTTAGGAGTAAAAGTCATTAGTAACTCAA
AATTGTTACCAATCATGATTTATATTTGATTTTTTTGATTTTAAGTTTGTTATTTTGTTT
TTAAGTTTGATTTAATATGTTTTATAGTTGAGTTACAATTTTGACTTAAACCCTATGTAA
AATTGTTAACTCAAATCATAAACCTACATCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AN88TF U 1
AF RR1AN88JQ C 579
BS 1 706 RR1AN88TF
BS 707 707 RR1AN88JQ
BS 708 736 RR1AN88TF
BS 737 1294 RR1AN88JQ

RD RR1AN88TF 736 0 0
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ATAAAGACGCAGCAGATATCAGCAAGGACGATCGAGAAAGTGGTCGTTCACCCACTCGTC
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GGTGTTCTTCTCGGGAGCAGCTCCCGTGGTGTCGTCGACGTCACCAACAGCTACGCAGTG
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TCAATGTTCCACATGTTCAAGAGAATCAACGCCAAGGAGCACGTTGTTGGTTGGTACAGC
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CCAAATCCGGTGTTGGTCATTATAGATGTCCAGCCTAAGGAACTTGGAATTCCCACTAAA
GCTTACTATGCTGTGGAGGAGGTTAAGGAGAACGCTACTCAGAAAAGCCAGAAAGTCTTC
GTCCATGTGTCTACGGAAATTGCTGCTCATGAAGTCGAGGAGATTGGTGTGGAACATTTG
CTAAAGGGATGTGAAAGACACAACTATCAGTACCCTGGCGACTGAG*TCACTGCCAAACT
TACTGCTTTGAAGGGG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1AN88JQ 716 0 0
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GGAGATTGGTGTGGAACATTTGCTAA*GGGATGTGAAAGACACAACTATCAGTACCCTGG
CGACTGAGGTCACTGCCAAACTTACTGCTTTGAAGGGGCTGGATGCACGTCTTCGGGAGA
TCAGGAGTTACCTTGACCTTGTGATTGAAGGAAAGCTCCCTCTAAATCATGAGATCTTAT
ACCATCTGCAGGACGTTTTCAACTTGCTTCCAAACCTGAATGTGAACGAGTTGGTCAAGG
CCTTCTCAGTGAAAACAAATGACATGATGCTCGTTATCTACCTATCGTCCCTCATCCGAA
GTGTAATTGCGCTCCACAACTTGATCAACAACAAGTTGCTAAACAAGGAACATGAAAAAG
CAGAGGACTCAAAGCCCGTGGCCATACCCGCCACCAGCAGCTAAATCACGCTGATCAGAT
GTGATTTACTCAGGCTATGATTGGTGACATGTGGTGTGGTTGATTTACTCTGACTTAGGA
GTAAAAGTCATTAGTAACTCAAAATTGTTACCAATCATGATTTATATTTGATTTTTTTGA
TTTTAAGTTTGTTATTTTGTTTTTAAGTTTGATTTAATATGTTTTATAGTTGAGTTACAA
TTTTGACTTAAACCCTATGTAAAATTGTTAACTCAAATCATAAACCTACATCAACC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL6923Contig1 1302 2 8 U
GGCTCCAAACATGCATGGACAAACTCCATTTGGGCAACAATTTAACATGGTTCCTCCTCA
TTCACAAAATATGGCTGGAGCCTCGCCGTATCACAGAGGAGGCTTCATGCACCAGCCTGG
CTCAGCCAGTTACAATCCTGGAGCAGTAACTTCGCACCCTACAAGCGAAAGCTTCCATCC
ACGACCAGTTTCTGCCACTTCATCGAGCTCACAGACCCCTTACTCTAACCCCAGTGGTCA
GTTCATGGCACAACAGGGTCATGGAATGCCGCCTTCCCATGGTCTACAAAGAACTCAATC
CGTGCCTGTAAATATGCAAGGGAACAGCAATTTCATGGGAGACATGTTTGGACCAACAAG
CACCTTGACGTCATCGTCCTCTCATCAAGACCTCACACCTTTGACAGGAGCGATTGGGAT
TGTTCCTCAGCCCCAGAAAAAGTTTGAGCCAAAGTCATCAGTCTGGGCAGACACGTTGAG
CAGGGGGCTTGTTAACTTCAACATCTCTGGACCTAAAACAAATCCATTGGCAGACATAGG
AGTCGACTTTGAGGCGATCAACAGGAGAGAAAAGCGGCCAGAGAAACCGACAAACACACC
AGCACCAACATCGACTATCAACATGGGTAAAGCAATGGGATCAGGCACTGGCTTAGGTCG
TGCCGGTGCAAATTCTATGAGACCTCCACCGAATCCGATGGTAGCTTCTGGCATGCCCAT
GGGCGGGGGAATGAATGTTGGTGGTTATGGAGGTATGAACCAAAACCAACCAATGGGTGG
TATGGGAATGAGACCAGGCATGAACCAGAACCAACCAATGGGTGGTATGGGAATGGGACC
AGGCATGAACCAGAACCAAAACCAAAACCAACTCATGGGTGGGATGGGAATGGGGCCAGG
CATGAACATGGGAGGATATGGCCAAGGCTATCCGATGCAACAACCACAAAACCCTGGTCA
AAACATGCCAGGTAACAACAACAATTATAATCCGATGATGGGTCAAGGCGGTTACAACCA
TCAACAATCCTATGGTGGTGGATACGGGTGAGATGAAGCCAAACCATTACACATTAGACT
ACTCTCCACTTGTAAAATCAAGAACTGAGCACACCCCGTCTCTGTTCCTCTCTCTGCTTG
TTGTGAAATTTGTGCTGGTGAGAGTGGCAGACCTCCCTCTGGTCTGTCTTTTTTTGTTAT
ATGCGTATTATAAATTTGATATATACACATTTTCTTCTTTATTTTTGGGTTTCACGTATT
ATTGAATGTGTAAAACATTTTTATTCACGGAACAAATAAAAA


BQ
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AF RR1CL77TF U 1
AF RR1CL77JQ C 592
BS 1 644 RR1CL77TF
BS 645 645 RR1CL77JQ
BS 646 656 RR1CL77TF
BS 657 657 RR1CL77JQ
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BS 685 709 RR1CL77TF
BS 710 1302 RR1CL77JQ

RD RR1CL77TF 709 0 0
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TTCACAAAATATGGCTGGAGCCTCGCCGTATCACAGAGGAGGCTTCATGCACCAGCCTGG
CTCAGCCAGTTACAATCCTGGAGCAGTAACTTCGCACCCTACAAGCGAAAGCTTCCATCC
ACGACCAGTTTCTGCCACTTCATCGAGCTCACAGACCCCTTACTCTAACCCCAGTGGTCA
GTTCATGGCACAACAGGGTCATGGAATGCCGCCTTCCCATGGTCTACAAAGAACTCAATC
CGTGCCTGTAAATATGCAAGGGAACAGCAATTTCATGGGAGACATGTTTGGACCAACAAG
CACCTTGACGTCATCGTCCTCTCATCAAGACCTCACACCTTTGACAGGAGCGATTGGGAT
TGTTCCTCAGCCCCAGAAAAAGTTTGAGCCAAAGTCATCAGTCTGGGCAGACACGTTGAG
CAGGGGGCTTGTTAACTTCAACATCTCTGGACCTAAAACAAATCCATTGGCAGACATAGG
AGTCGACTTTGAGGCGATCAACAGGAGAGAAAAGCGGCCAGAGAAACCGACAAACACACC
AGCACCAACATCGACTATCAACATGGGTAAAGCAATGGGATCAG*CACTGGCTTAG*TCG
TGCCGGTGCAAATTCTATGAGAC*TCCACCGAATCCGATGGTAGCTTCT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CL77JQ 711 0 0
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CTTAGGTCGTGCCGGTGCAAATTCTATGAGACCTCCACCGAATCCGATGGTAGCTTCTGG
CATGCCCATGGGCGGGGGAATGAATGTTGGTGGTTATGGAGGTATGAACCAAAACCAACC
AATGGGTGGTATGGGAATGAGACCAGGCATGAACCAGAACCAACCAATGGGTGGTATGGG
AATGGGACCAGGCATGAACCAGAACCAAAACCAAAACCAACTCATGGGTGGGATGGGAAT
GGGGCCAGGCATGAACATGGGAGGATATGGCCAAGGCTATCCGATGCAACAACCACAAAA
CCCTGGTCAAAACATGCCAGGTAACAACAACAATTATAATCCGATGATGGGTCAAGGCGG
TTACAACCATCAACAATCCTATGGTGGTGGATACGGGTGAGATGAAGCCAAACCATTACA
CATTAGACTACTCTCCACTTGTAAAATCAAGAACTGAGCACACCCCGTCTCTGTTCCTCT
CTCTGCTTGTTGTGAAATTTGTGCTGGTGAGAGTGGCAGACCTCCCTCTGGTCTGTCTTT
TTTTGTTATATGCGTATTATAAATTTGATATATACACATTTTCTTCTTTATTTTTGGGTT
TCACGTATTATTGAATGTGTAAAACATTTTTATTCACGGAACAAATAAAAA

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

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ATTGATGTTCTTCACCCAGGAAGAGCCAATGTCTCAAAGGCTGAGCTAAAGGAGAAGTTG
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TTTGGAGGTGGTAAATCATCTGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGTGCAAAG
AAGTTCGAGCCTAAGTACAGGCTCATCAGGAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAGTCA
AGGAAACAGATTAAGGAGAGAAAGAACAGAGCCAAGAAAATCCGTGGTGTTAAGAAGACC
AAGGCTGGTGACCCCAAGAAGAAGTAAGCTTACTGAAGAGAGCTTGCAGGAGGAGCAAGG
GTTGTTGTACTCTGCAGTGTATCCCTTGTTTATGGCCCCATGTTTACTATTAGTTACCAT
CTAATTCGATTTTGTGGTTTGCCATTGTCACACTCGTTTTGTCTCGGTTTGGATTATATG
CTTTAAAGCTTTAGAGAACCAATGTGCTAAGAT


BQ
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AF RR1EC67TF U 1
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BS 631 633 RR1EC67JQ

RD RR1EC67TF 630 0 0
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GTCACCATCAGGACAAGGAAGTTCATGACTAACAGGCTTCTCTCCAGGAAGCAGCTTGTT
ATTGATGTTCTTCACCCAGGAAGAGCCAATGTCTCAAAGGCTGAGCTAAAGGAGAAGTTG
GCAAGAATGTACGAGGTCAAGGACCCAAATGCAATCTTTGTATTCAAATTCAGAACCCAT
TTTGGAGGTGGTAAATCATCTGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGTGCAAAG
AAGTTCGAGCCTAAGTACAGGCTCATCAGGAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAGTCA
AGGAAACAGATTAAGGAGAGAAAGAACAGAGCCAAGAAAATCCGTGGTGTTAAGAAGACC
AAGGCTGGTGACCCCAAGAAGAAGTAAGCTTACTGAAGAGAGCTTGCAGGAGGAGCAAGG
GTTGTTGTACTCTGCAGTGTATCCCTTGTTTATGGCCCCATGTTTACTATTAGTTACCAT
CTAATTCGATTTTGTGGTTTGCCATTGTCACACTCGTTTTGTCTCGGTTTGGATTATATG
CTTTAAAGCTTTAGAGAACCAATGTGCTAA

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1EC67JQ 378 0 0
TCATCTGGGTTTGGTTTGATTTATGACAATGTCGAGAGTGCAAAGAAGTTCGAGCCTAAG
TACAGGTTCATCAGGAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAGTCAAGGAAACAGATTAAG
GAGAGAAAGAACAGAGCCAAGAAAATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGACCCC
AAGAAGAAGTAAGCTTACTGAAGAGAGCTTGCAGGAGGAGCAAGGGTTGTTGTATTTTGC
AGTGTATCCCTTGTTTATGGCCCCATGTTTATTATTAGTTACCATTTAATTCGATTTTGT
GGTTTGCCATTGTCACACTCGTTTTGTCTCGGTTTGGATTATATGCTTTAAAGCTTTAGA
GAACCAATGTGCTAAGAT

QA 1 378 1 378
DS 



AS 1 2

CO CL6925Contig1 643 2 2 U
TTTTTTTTGCGAAAGGTTTTCATATTTAAAGCATGAAAAAAATACAGACCTAGCCGAGGT
CAGAGTTTTTGTGGGACCTAAGTAGAGGTTACAAGAAACAAATAGAGCATGAGTAATTAT
AACCTAACATAGATCCCCTAAAATATTACTGGTCAAATGCTAGTAGGATTGATGAGTAAG
AAAACAGGACACCAAGGAGTCCTCACGGAGAGTATGAGTGTTTGCGACAAAGTACTCGAG
GAGGAGTTTCAGTACATAACCATAGCTGTAAGCCTCGAGGAGAGAGCGGGATTTTCATCT
CTGTAGCTTGAGAATTTGTTTCTCAGAAGACGGTTGTTACGCTCAGTCCAAATAAAATAA
ATGGTTGCCTTCGTATTCACCTTTCTTCGAAACGATCCACTGACCATCAAACCCCATAAT
TATCATAGAAGACAGAAGCCCCACAATTGAATCTCAAAACCCTACACTTTGGAATCAGAT
CGAAAGACGCCGTTGGAGAATTAAAACTTCGTGTTATAACAGAGTTGTTCGCCGGAGACG
TTTTCACCGGAGATGATTGAACAAACTGGATTCGACTTGTTACGACGGCGTGTGAGAGAT
CCAGATTAACTTTTCTCTATCGAGAGAGAAGAAACGTCCTTTT


BQ
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AF RR1CJ63TF C 1
AF RR1CJ63JQ U 9
BS 1 8 RR1CJ63TF
BS 9 643 RR1CJ63JQ

RD RR1CJ63TF 643 0 0
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CAGAGTTTTTGTGGGACCTAAGTAGAGGTTACAAGAAACAAATAGAGCATGAGTAATTAT
AACCTAACATAGATCCCCTAAAATATTACTGGTCAAATGCTAGTAGGATTGATGAGTAAG
AAAACAGGACACCAAGGAGTCCTCACGGAGAGTATGAGTGTTTGCGACAAAGTACTCGAG
GAGGAGTTTCAGTACATAACCATAGCTGTAAGCCTCGAGGAGAGAGCGGGATTTTCATCT
CTGTAGCTTGAGAATTTGTTTCTCAGAAGACGGTTGTTACGCTCAGTCCAAATAAAATAA
ATGGTTGCCTTCGTATTCACCTTTCTTCGAAACGATCCACTGACCATCAAACCCCATAAT
TATCATAGAAGACAGAAGCCCCACAATTGAATCTCAAAACCCTACACTTTGGAATCAGAT
CGAAAGACGCCGTTGGAGAATTAAAACTTCGTGTTATAACAGAGTTGTTCGCCGGAGACG
TTTTCACCGGAGATGATTGAACAAACTGGATTCGACTTGTTACGACGGCGTGTGAGAGAT
CCAGATTAACTTTTCTCTATCGAGAGAGAAGAAACGTCCTTTT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1CJ63JQ 635 0 0
GCGAAAGGTTTTCATATTTAAAGCATGAAAAAAATACAGACCTAGCCGAGGTCAGAGTTT
TTGTGGGACCTAAGTAGAGGTTACAAGAAACAAATAGAGCATGAGTAATTATAACCTAAC
ATAGATCCCCTAAAATATTACTGGTCAAATGCTAGTAGGATTGATGAGTAAGAAAACAGG
ACACCAAGGAGTCCTCACGGAGAGTATGAGTGTTTGCGACAAAGTACTCGAGGAGGAGTT
TCAGTACATAACCATAGCTGTAAGCCTCGAGGAGAGAGCGGGATTTTCATCTCTGTAGCT
TGAGAATTTGTTTCTCAGAAGACGGTTGTTACGCTCAGTCCAAATAAAATAAATGGTTGC
CTTCGTATTCACCTTTCTTCGAAACGATCCACTGACCATCAAACCCCATAATTATCATAG
AAGACAGAAGCCCCACAATTGAATCTCAAAACCCTACACTTTGGAATCAGATCGAAAGAC
GCCGTTGGAGAATTAAAACTTCGTGTTATAACAGAGTTGTTCGCCGGAGACGTTTTCACC
GGAGATGATTGAACAAACTGGATTCGACTTGTTACGACGGCGTGTGAGAGATCCAGATTA
ACTTTTCTCTATCGAGAGAGAAGAAACGTCCTTTT

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL6926Contig1 652 2 2 U
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GATTATTCTCTCCAGTAGTGTTGGTGTCTCTCTTCTTATCACTCTCATCAGCTATATGTT
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CCGAGTTTGTGAATTACGGTTACCCGGATCCTGTACCCGGTTCAAGCTGCTGCGACGCGA
TGACGGTCCTCGGAACTTACTCTGATTCTTCTGACAAGAGACGCTGGCTCTGTAACTGCT
TCATTGATCTCATCAATGTCTATAACTCAAACGCCACCGCCATCTCCACCTTGTCTGGCT
TCTGCGGCATCGTTTTGGGCTTCACCATCGACCCTAACACCGACTGCAACTTGTAAGTTA
TGTTACTTCCATCATTTAATAAGTTATTTTCTCTAAGTAATAAGTTATTTTCTATTTTTA
GCATTGCGTGAAGAAGGCAAGGGACAAGACTTTGGTTGTGGATCAAACTGACAGATTGTT
TATGAGTGTCTTTAAATCTAAACAAAGATGTATTTAAACTCATAGTTCTTGTCTTGTTTA
AAAACAGTAACATCGATTAGTTTAGAGTTTTGTTTTGATTGAACATTTAATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D406JQ C 1
AF RR1D406TF U 1
BS 1 604 RR1D406TF
BS 605 652 RR1D406JQ

RD RR1D406JQ 652 0 0
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GATTATTCTCTCCAGTAGTGTTGGTGTCTCTCTTCTTATCACTCTCATCAGCTATATGTT
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CCGAGTTTGTGAATTACGGTTACCCGGATCCTGTACCCGGTTCAAGCTGCTGCGACGCGA
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TCATTGATCTCATCAATGTCTATAACTCAAACGCCACCGCCATCTCCACCTTGTCTGGCT
TCTGCGGCATCGTTTTGGGCTTCACCATCGACCCTAACACCGACTGCAACTTGTAAGTTA
TGTTACTTCCATCATTTAATAAGTTATTTTCTCTAAGTAATAAGTTATTTTCTATTTTTA
GCATTGCGTGAAGAAGGCAAGGGACAAGACTTTGGTTGTGGATCAAACTGACAGATTGTT
TATGAGTGTCTTTAAATCTAAACAAAGATGTATTTAAACTCATAGTTCTTGTCTTGTTTA
AAAACAGTAACATCGATTAGTTTAGAGTTTTGTTTTGATTGAACATTTAATC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1D406TF 604 0 0
GGAGCTAGCTCAAAGATCTCTCATCCTTTTACTGTTAAATTATCCAATTAGGCATGAAGA
GATTATTCTCTCCAGTAGTGTTGGTGTCTCTCTTCTTATCACTCTCATCAGCTATATGTT
CAGCCACCGTTGAAAACGCGGCGGACTGTGTAGCCGTCGGAACGCTGATATCCTCGTTCA
CCGAGTTTGTGAATTACGGTTACCCGGATCCTGTACCCGGTTCAAGCTGCTGCGACGCGA
TGACGGTCCTCGGAACTTACTCTGATTCTTCTGACAAGAGACGCTGGCTCTGTAACTGCT
TCATTGATCTCATCAATGTCTATAACTCAAACGCCACCGCCATCTCCACCTTGTCTGGCT
TCTGCGGCATCGTTTTGGGCTTCACCATCGACCCTAACACCGACTGCAACTTGTAAGTTA
TGTTACTTCCATCATTTAATAAGTTATTTTCTCTAAGTAATAAGTTATTTTCTATTTTTA
GCATTGCGTGAAGAAGGCAAGGGACAAGACTTTGGTTGTGGATCAAACTGACAGATTGTT
TATGAGTGTCTTTAAATCTAAACAAAGATGTATTTAAACTCATAGTTCTTGTCTTGTTTA
AAAA

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL6927Contig1 650 2 2 U
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TTGTGGTGAGAGCGTCAGAAGCATCAATCACGAAGCAAATAGAGTCAGATGTGCAGGGAT
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CAGCAGCTGAGAAACTGAAAATCTCAATGGAGAGAATTGCTTTGTTAAAGGCAGCTCAGC
CGAAGAAGACTCCAAAGACCCAGGAAGAAAACCAAAGTGAAGAAGAAGAAGATGACGATG
AAGAAGAAGATGATGAAGAGAAAGAGAAGAAGGAAAAGGAGAAAGAAGAGGAGAAGAAGA
AGAAGAAAGAAAAGGAAAAAGGAACATTATCCAAGCTGACAGCAGAAGAAACAGAGCACA
TGGCGCTCCAGGCAGCAGTGCTCCAAGAATGGCACATGTTGTGCAAAGATAGAAAGTTAA
CTAAAAACAACTAAGATTTTGTATTCATTCTTTTTGTGTGTTTGAAGATGTGTTTGTCGT
TAAACATGGATGTTTATCTTTTGCTTTCATGTCTGCTATTTTGTATAACATCCAGAAACA
GGGCCGTGTCTATTGTCTGGCATTCAACAAACAGGAAAAGCTTACAAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H967TF U 1
AF RR1H967JQ C 92
BS 1 598 RR1H967TF
BS 599 650 RR1H967JQ

RD RR1H967TF 598 0 0
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CGAAGAAGACTCCAAAGACCCAGGAAGAAAACCAAAGTGAAGAAGAAGAAGATGACGATG
AAGAAGAAGATGATGAAGAGAAAGAGAAGAAGGAAAAGGAGAAAGAAGAGGAGAAGAAGA
AGAAGAAAGAAAAGGAAAAAGGAACATTATCCAAGCTGACAGCAGAAGAAACAGAGCACA
TGGCGCTCCAGGCAGCAGTGCTCCAAGAATGGCACATGTTGTGCAAAGATAGAAAGTTAA
CTAAAAACAACTAAGATTTTGTATTCATTCTTTTTGTGTGTTTGAAGATGTGTTTGTCGT
TAAACATGGATGTTTATCTTTTGCTTTCATGTCTGCTATTTTGTATAACATCCAGAAA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1H967JQ 559 0 0
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GGAAAAGGAGAAAGAAGAGGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAAAAGGAAAAAGGAACATTATC
CAAGCTGACAGCAGAAGAAACAGAGCACATGGCGCTCCAGGCAGCAGTGCTCCAAGAATG
GCACATGTTGTGCAAAGATAGAAAGTTAACTAAAAACAACTAAGATTTTGTATTCATTCT
TTTTGTGTGTTTGAAGATGTGTTTGTCGTTAAACATGGATGTTTATCTTTTGCTTTCATG
TCTGCTATTTTGTATAACATCCAGAAACAGGGCCGTGTCTATTGTCTGGCATTCAACAAA
CAGGAAAAGCTTACAAGCT

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL6928Contig1 730 2 8 U
GGCCATTCATTAATCTGACCGACGACGACGACGAAGTGTTGTCGATTCTCGGCGTCCCGA
AACCCTAACTCTTATCGATCGATCGATCGATCGAGCTTAGCAGCGAGCGAATAATGGCCA
ACAGTAATCTGCCCCGAAGAATCATCAAGGAAACTCAACGTCTGCTCAGTGAACCTGCTC
CTGGGATAAGCGCGTCTCCATCTGAGGAAAACATGCGTTACTTCAACGTTATGGTTCTTG
GTCCTTCACAATCACCTTATGAAGGAGGTGTTTTCAAGTTGGAGCTCTTTTTGCCTGAAG
AATACCCTATGTCAGCCCCCAAGGTTAGGTTTCTCACCAAGATATACCATCCTAACATTG
ATAAGCTTGGGAGAATTTGTCTTGATATTCTGAAAGACAAATGGAGCCCTGCTCTACAAA
TACGAACAGTGCTTTTAAGTATCCAAGCTCTGCTGAGTGCACCAAACCCTGATGATCCCT
TGTCCGAGAACATCGCTAAGCATTGGAAGAGTAATGAGGCAGAAGCTGTGGAGACAGCTA
AGGAATGGACCCGTCTTTACGCAAGTGGCGAATGATGCAGTGTCTCGCTCATCCAAATAA
CATTACATTTGGTTAAATCTTATCCTTTGCTGGTTCTTCCTCCTCATTACGAAGTTGTAA
TCTCTCTGAATGATTGTATCATTAACTAATACAGTCAGACATTTACTAGTTGCATTCCAA
ACGAATAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG42TF U 1
AF RR1FS90TF U 44
BS 1 156 RR1FG42TF
BS 157 157 RR1FS90TF
BS 158 172 RR1FG42TF
BS 173 173 RR1FS90TF
BS 174 659 RR1FG42TF
BS 660 660 RR1FS90TF
BS 661 696 RR1FG42TF
BS 697 730 RR1FS90TF

RD RR1FG42TF 696 0 0
GGCCATTCATTAATCTGACCGACGACGACGACGAAGTGTTGTCGATTCTCGGCGTCCCGA
AACCCTAACTCTTATCGATCGATCGATCGATCGAGCTTAGCAGCGAGCGAATAATGGCCA
ACAGTAATCTGCCCCGAAGAATCATCAAGGAAACTCGACGTCTGCTCAGTGAGCCTGCTC
CTGGGATAAGCGCGTCTCCATCTGAGGAAAACATGCGTTACTTCAACGTTATGGTTCTTG
GTCCTTCACAATCACCTTATGAAGGAGGTGTTTTCAAGTTGGAGCTCTTTTTGCCTGAAG
AATACCCTATGTCAGCCCCCAAGGTTAGGTTTCTCACCAAGATATACCATCCTAACATTG
ATAAGCTTGGGAGAATTTGTCTTGATATTCTGAAAGACAAATGGAGCCCTGCTCTACAAA
TACGAACAGTGCTTTTAAGTATCCAAGCTCTGCTGAGTGCACCAAACCCTGATGATCCCT
TGTCCGAGAACATCGCTAAGCATTGGAAGAGTAATGAGGCAGAAGCTGTGGAGACAGCTA
AGGAATGGACCCGTCTTTACGCAAGTGGCGAATGATGCAGTGTCTCGCTCATCCAAATAA
CATTACATTTGGTTAAATCTTATCCTTTGCTGGTTCTTCCTCCTCATTACGAAGTTGTA*
TCTCTCTGAATGATTGTATCATTAACTAATACAGTC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1FS90TF 687 0 0
GATTCTCGGCGTCCCGAAACCCTAACTCTTATCGATCGATCGATCGATCGAGCTTAGCAG
CGAGCGAATAATGGCCAACAGTAATCTGCCCCGAAGAATCATCAAGGAAACTCAACGTCT
GCTCAGTGAACCTGCTCCTGGGATAAGTGCGTCTCCATCTGAGGAAAACATGCGTTACTT
CAACGTTATGGTTCTTGGTCCTTCACAATCACCTTATGAAGGAGGTGTTTTCAAGTTGGA
GCTCTTTTTGCCTGAAGAATACCCTATGTCAGCCCCCAAGGTTAGGTTTCTCACCAAGAT
ATACCATCCTAACATTGATAAGCTTGGGAGAATTTGTCTTGATATTCTGAAAGACAAATG
GAGCCCTGCTCTACAAATACGAACAGTGCTTTTAAGTATCCAAGCTCTGCTGAGTGCACC
AAACCCTGATGATCCCTTGTCCGAGAACATCGCTAAGCATTGGAAGAGTAATGAGGCAGA
AGCTGTGGAGACAGCTAAGGAATGGACCCGTCTTTACGCAAGTGGCGAATGATGCAGTGT
CTCGCTCATCCAAATAACATTACATTTGGTTAAATCTTATCCTTTGCTGGTTCTTCCTCC
TCATTACGAAGTTGTAATCTCTCTGAATGATTGTATCATTAACTAATACAGTCAGACATT
TACTAGTTGCATTCCAAACGAATAGAT

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL6929Contig1 598 2 17 U
GCTGCGTGGAGACGATGATGCACCTCACCTGCACCAACATGCCCGTGGAGAAGATCGACC
ACGCGCTCGAGACGATCAGATCCAACGGGATCCAGAACGTGCTCGCGCTGAGAGGGGACC
CGCCCCATGGACAGGATAAGTTCGTTCAGGTGGAAGGAGGGTTCGCTTGTGCGTTGGATC
TGGTGAATCATATTAGGAGCAAGTATGGTGATTACTTTGGGATCACTGTTGCTGGCTATC
CTGAGGCTCATCCGGATGTGATTGAAGCTAATGGACTTGCTACTCCAGAGTCTTATCAGA
GTGATCTTGCTTACCTGAAGAGAAAGGTTGATGCAGGAGCGGATTTGATTGTGACGCAGC
TGTTCTATGATACTGATATATTCCTCAAGTTTGTGAATGACTGTCGGAAAATTGGGATTA
ACTGTCCCATTGTTCCGGGGATTATGCCCATTTCTAACTACAAGGGCTTCTTGCGTATGG
CTGGTTTCTGCAAGACCAAGATACCTGCTGAGCTCACTGCTGCCTTGGAGCCTATCAAGG
ACAATGAAGAAGCCGTGAAAGCTTTTGGTATTCACTTTGCAACAGAGATGTGCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BL33TF U 1
AF RR1FW05TF U 128
BS 1 172 RR1BL33TF
BS 173 173 RR1FW05TF
BS 174 274 RR1BL33TF
BS 275 275 RR1FW05TF
BS 276 286 RR1BL33TF
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BS 288 334 RR1BL33TF
BS 335 335 RR1FW05TF
BS 336 355 RR1BL33TF
BS 356 356 RR1FW05TF
BS 357 364 RR1BL33TF
BS 365 365 RR1FW05TF
BS 366 553 RR1BL33TF
BS 554 554 RR1FW05TF
BS 555 583 RR1BL33TF
BS 584 584 RR1FW05TF
BS 585 598 RR1BL33TF

RD RR1BL33TF 598 0 0
GCTGCGTGGAGACGATGATGCACCTCACCTGCACCAACATGCCCGTGGAGAAGATCGACC
ACGCGCTCGAGACGATCAGATCCAACGGGATCCAGAACGTGCTCGCGCTGAGAGGGGACC
CGCCCCATGGACAGGATAAGTTCGTTCAGGTGGAAGGAGGGTTCGCTTGTGCTTTGGATC
TGGTGAATCATATTAGGAGCAAGTATGGTGATTACTTTGGGATCACTGTTGCTGGCTATC
CTGAGGCTCATCCGGATGTGATTGAAGCTAATGGGCTTGCTACTCCTGAGTCTTATCAGA
GTGATCTTGCTTACCTGAAGAGAAAGGTTGATGCTGGAGCGGATTTGATTGTGACTCAGC
TGTTTTATGATACTGATATATTCCTCAAGTTTGTGAATGACTGTCGGAAAATTGGGATTA
ACTGTCCCATTGTTCCGGGGATTATGCCCATTTCTAACTACAAGGGCTTCTTGCGTATGG
CTGGTTTCTGCAAGACCAAGATACCTGCTGAGCTCACTGCTGCCTTGGAGCCTATCAAGG
ACAATGAAGAAGCTGTGAAAGCTTTTGGTATTCACTTTGCAACCGAGATGTGCAAAAA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1FW05TF 471 0 0
GGGC
CAGGATAAGTTCGTTCAGGTGGAAGGAGGTTTCGCTTGTGCGTTGGATCTGGTGAATCAT
ATTCGGAGCAAGTATGGTGATTACTTTGGGATCACTGTTGCTGGCTATCCTGAGGCTCAT
CCGGATGTGATTGAAGCTAATGGACTTGCTACTCCAGAGTCTTATCAGAGTGATCTTGCT
TACCTGAAGAGAAAGGTTGATGCAGGAGCGGATTTGATTGTGACGCAGTTGTTCTATGAT
ACTGATATATTCCTTAAGTTTGTGAATGACTGTCGGCAAATTGGGATTAACTGTCCCATT
GTTCCTGGGATTATGCCCATTTCTAACTACAAGGGCTTCTTGCGTATGGCTGGTTTCTGC
AAGACCAAGATACCTGCTGAGCTCACTGCTGCCTTGGAGCCTATCAAGGACAATGAAGAA
GCCGTGAAAGCTTTTGGTATTCACTTTGCAACAGAGATGTGCAAAAA

QA 5 471 5 471
DS 



AS 1 2

CO CL6930Contig1 779 2 1 U
GGGTTTTATATCATTTGCTTCGAGCTTTTAGATCAATCGAGAAAAGATGGGAAGATGTTC
AACGAAGAAAGTGTTTCTGATCCAGAGTCCGATCCTGTTTCTTCATCTCTTGATCTCCTT
CTCATCCGGTGCACTGAAACCGGATTTGAAAGGAGTATGCGTTTCCAAAGGAGGGAGGTT
TCCACCATATGAATCAGAAGGAAAGCCTCCTAAACCCGTTGGTAAAGGATCAAAGGATCT
AACTTTGTGTGGAGTGTTCAGTAAAAGAACCTGTTGCTCTCCTGCTCAGACAAACCATGC
TTTCGTAGCTGTCAGAAACTTGGCTACTTTTGGAGAAGCTAGTCAAGATTGTCTGCATCT
GTTCGAGCTGTTGGAGTGTTCGATCTGTAACCCCAACGTTGGAATTCAACCGGGTCCTCC
TCGCATTTGCGCTTCCTTCTGTAACAAAGTCTTCGAAGCTTGCAAAGACGCATACTTCGC
CAGTAATGCACTTACACAGATGATTGGCCCATGTGGAGTAAACGACATCATCTGCGTTAA
AACGTTAAAGTGGGAGTCTAACGGCACATCGTTCTGCGAAGCAGCTGGTTTCTCTGTTCA
AACAAAAGATGATTCTAGAGAAGAACCGTGTTATGGAAGCAAAGCAAGTCTAGAGTCGGT
GGTGGAGTCACGGCCGCGGAGAGTCTCCAGAAAGAAAAAGAAAAAGTCTCCTTTGAAGAC
TGAGACTTTATCATGTTTTAAAGATCTTTTGCAATGGGTTCGCGTAAGGACAACGATTC


BQ
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AF RR1D440TF U 11
AF RR1AJ65TF U 1
BS 1 779 RR1AJ65TF

RD RR1D440TF 644 0 0
GG
ATTTGCTTCGAGCTTTTAGATCAATCGAGAAAAGATGGGAAGATGTTCAACGAAGAAAGT
GTTTCTGATCCAGAGTCCGATCCTGTTTCTTCATCTCTTGATCTCCTTCTCATCCGGTGC
ACTGAAACCGGATTTGAAAGGAGTATGCGTTTCCAAAGGAGGGAGGTTTCCACCATATGA
ATCAGAAGGAAAGCCTCCTAAACCCGTTGGTAAAGGATCTAAGGATCTAACTTTGTGTGG
AGTGTTCAGTAAAAGAACCTGTTGCTCTCCTGCTCAGACAAACCATGCTTTCGTAGCTGT
CAGAAACTTGGCTACTTTTGGAGAAGCTAGTCAAGATTGTCTGCATCTGTTCGAGCTGTT
GGAGTGTTCGATCTGTAACCCCAACGTTGGAATTCAACCGGGTCCTCCTCGCATTTGCGC
TTCCTTCTGTAACAAAGTCTTCGAAGCTTGCAAAGACGCATACTTCGCCAGTAATGCACT
TACACAGATGATTGGCCCATGTGGAGTAAACGACATCATCTGCGTTAAAACGTTAAAGTG
GGAGTCTAACGGCACATCGTTCTGCGAAGCAGCTGGTTTCTCTGTTCAAACAAAAGATGA
TTCTAGAGAAGAACCGTGTTATGGAAGCAAAGCAAGTCTAGA

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR1AJ65TF 779 0 0
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AACGAAGAAAGTGTTTCTGATCCAGAGTCCGATCCTGTTTCTTCATCTCTTGATCTCCTT
CTCATCCGGTGCACTGAAACCGGATTTGAAAGGAGTATGCGTTTCCAAAGGAGGGAGGTT
TCCACCATATGAATCAGAAGGAAAGCCTCCTAAACCCGTTGGTAAAGGATCAAAGGATCT
AACTTTGTGTGGAGTGTTCAGTAAAAGAACCTGTTGCTCTCCTGCTCAGACAAACCATGC
TTTCGTAGCTGTCAGAAACTTGGCTACTTTTGGAGAAGCTAGTCAAGATTGTCTGCATCT
GTTCGAGCTGTTGGAGTGTTCGATCTGTAACCCCAACGTTGGAATTCAACCGGGTCCTCC
TCGCATTTGCGCTTCCTTCTGTAACAAAGTCTTCGAAGCTTGCAAAGACGCATACTTCGC
CAGTAATGCACTTACACAGATGATTGGCCCATGTGGAGTAAACGACATCATCTGCGTTAA
AACGTTAAAGTGGGAGTCTAACGGCACATCGTTCTGCGAAGCAGCTGGTTTCTCTGTTCA
AACAAAAGATGATTCTAGAGAAGAACCGTGTTATGGAAGCAAAGCAAGTCTAGAGTCGGT
GGTGGAGTCACGGCCGCGGAGAGTCTCCAGAAAGAAAAAGAAAAAGTCTCCTTTGAAGAC
TGAGACTTTATCATGTTTTAAAGATCTTTTGCAATGGGTTCGCGTAAGGACAACGATTC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

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TCTTTCTCTTCTTTTTGCTTTCACTCTTCTCTTCCAGTGAGAGAGAATGAAGAGGCTTCT
GTTGTTAGTTGGGTTTCTTGTAGTGGTAGGAGCTCAAGCAAATGATGAGTATTTAGATTT
CAATGTGACAGAGATAGACCGCATTGAGGAACTAGAGTTTGGATTCTCCAAGTACAGCTC
AAATTTGAACCCTTTATTAGTTGGTCTCACTCTTATCAGAGGAGCTGATTCAGGAGCTGT
TTGTTTGGATGGAACATTTGCCTGGATATCACTTGCACCGTGGACATGGATCTGGAGCTA
ATAGCTGGCTCATTCAATTGGAGGGAGGAGGATGGTGCAACAACGTCAGGACGTGTGTAT
ACAGGAAGAAGACTCGACGTGGATCCTCTAACTACATGGAGAAGCAGCTTCAGTTTACAG
GAATACTGAGTGATAAAGCTCAAGAGAATCCTGACTTCTTCAACTGGAATAGAGTTAAGC
TTCGTTACTGTGATGGCGCCTCTTTCAGTGGAGATGGTCAGAATCAGGCTGCACAGCTTC
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GATACGCCAACCAGGCACTTCTCTCTGGATGTTCTGCTGGTGGTTTAGCAGCAATTTTAC
GCTGCGATGAGTTTAGACTTGTCCCTGGTTCACAAGTCAGTGCTTGAGTGATGCTGCTGT
CTGACACAGCTGATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN09TF U 72
AF RR1GR27TF U 1
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AGATAGACCGCATTGAGGAACTAGAGTTTGGATTCTCCAAGTACAGCTCAAATTTGAACC
CTTTATTAGTTGGTCTCACTCTTATCAGAGGAGCTGATTCAGGAGCTGTTTGTTTGGATG
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GATGGCGCCTCTTTCAGTGGAGATGGTCAGAATCAGGCTGCACAGCTTCAGTTTAGAGGA
GAGCGTATCTGGAGAGCTGCAATAGCTGATCTGAAATCAAAAGGAATGCGATACGCCAAC
CAGGCACTTCTCTCTGGATGTTCTGCTGGTGGTTTAGCAGCAATTTTACGCTGCGATGAG
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1GR27TF 797 0 0
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TCTTTCTCTTCTTTTTGCTTTCACTCTTCTCTTCCAGTGAGAGAGAATGAAGAGGCTTCT
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CAATGTGACAGAGATAGACCGCATTGAGGAACTAGAGTTTGGATTCTCCAAGTACAGCTC
AAATTTGAACCCTTTATTAGTTGGTCTCACTCTTATCAGAGGAGCTGATTCAGGGGCTGT
TTGTTTGGATGGAACATTTGCCTGGATATCACTTGCACCGTGGACATGGATCTGGAGCTA
ATAGCTGGCTCATTCAATTGGAGGGAGGAGGATGGTGCAACAACGTCAGGACGTGTGTAT
ACAGGAAGAAGACTCGACGTGGATCCTCTAACTACATGGAGAAGCAGCTTCAGTTTACAG
GAATACTGAGTGATAAAGCTCAAGAGAATCCTGACTTCTTCAACTGGAATAGAGTTAAGC
TTCGTTACTGTGATGGCGCTTCTTTCAGTGGAGATGGTCAGAATCAG*CTGCACAGCTTC
AGTTTAGAGGAGAGCGTATCTGGAGAGCTGCAATAGCTGATCTGAA*TCAAAGG**ATGC
GATACGCCAACCAGGCACTTCTCTCTGGATGTTCTGCTGGTGGTTTAGCAGCAATTT*AC
GCTGCGATGAGTTTAGACTTGTCCCTGGTTCACAAGTCAGTGCTTGAGTGATGCTGCTGT
CTGACACAGCTGATGTT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL6932Contig1 785 2 2 U
GCCTGTTCCAAGTCTCTCACTATATATATGTGTGTGCCGCAACCCTAGTAATCTATCAAG
TCTTCTTTTTAATCAAAACCTTTGTGTTTTCTTCTCCCTTTGCGTTTGCGAGTTAAGAGA
GTGTCTGGTGTGTAATATTCAGTCTGTTGGTGTGTAATATCCAACACCCAAAGGCTTTAG
AAAGGTGTGTCATATCCGATCTAAGCCTAGGAGTATCAAGGAGCCTTTCCGCAGCCTCTT
GTGTCACCATTCGATCCACAACCTTGATGAACTTGAGTCTCTGATTCGTTTATGCAAGGA
TCTATCCCATATAATCCAGAGAAGAGTCCTAGGATCTCATTAAGTGGTATCAGAGCACTC
TGGAAGGGGAGTTTCAATTTCTCTTTTGTGTGTTCTTAAGATCTAATATTTGTCGTTTCA
TATCATTGATCTCTTGTGTTCTTGTGTGTTGTTTCTTACTCGATCTCTTTGTTTTCATTA
TCAGGATTGATAGATCTGTTGTCTCGCGTTTCATCATTGCTAGATCTAAGAGTTTCGATC
AAGTTTTAAACAAAACCCTTCGCATTCTTGTCAATCACGTTACGGTTTCGTTTGATCTAA
AAGTTTCTAGTGCTTGTTTGCTTCGATTTGTTATTGCTATCATAGATCCTTGTCTATTGA
ATCTGGAATCATCATCTGTTGAATCTGATTTGTTTTGTTTCAATCTTAAAAGTGTTTGAA
TTCGAATCGTTGCGTATTGATCAAGTATCTCTTTTTGCCGCTTTGTTTAAATCCTTTTGT
TTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DV57TF U 1
AF RR1DV57JQ C 285
BS 1 580 RR1DV57TF
BS 581 785 RR1DV57JQ

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AAAGGTGTGTCATATCCGATCTAAGCCTAGGAGTATCAAGGAGCCTTTCCGCAGCCTCTT
GTGTCACCATTCGATCCACAACCTTGATGAACTTGAGTCTCTGATTCGTTTATGCAAGGA
TCTATCCCATATAATCCAGAGAAGAGTCCTAGGATCTCATTAAGTGGTATCAGAGCACTC
TGGAAGGGGAGTTTCAATTTCTCTTTTGTGTGTTCTTAAGATCTAATATTTGTCGTTTCA
TATCATTGATCTCTTGTGTTCTTGTGTGTTGTTTCTTACTCGATCTCTTTGTTTTCATTA
TCAGGATTGATAGATCTGTTGTCTCGCGTTTCATCATTGCTAGATCTAAGAGTTTCGATC
AAGTTTTAAACAAAACCCTTCGCATTCTTGTCAATCACGT

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1DV57JQ 501 0 0
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AATATTTGTCGTTTCATATCATTGATCTCTTGTGTTCTTGTGTGTTGTTTCTTACTCGAT
CTCTTTGTTTTCATTATCAGGATTGATAGATCTGTTGTCTCGCGTTTCATCATTGCTAGA
TCTAAGAGTTTCGATCAAGTTTTAAACAAAACCCTTCGCATTCTTGTCAATCACGTTACG
GTTTCGTTTGATCTAAAAGTTTCTAGTGCTTGTTTGCTTCGATTTGTTATTGCTATCATA
GATCCTTGTCTATTGAATCTGGAATCATCATCTGTTGAATCTGATTTGTTTTGTTTCAAT
CTTAAAAGTGTTTGAATTCGAATCGTTGCGTATTGATCAAGTATCTCTTTTTGCCGCTTT
GTTTAAATCCTTTTGTTTCCT

QA 1 501 1 501
DS 



AS 1 2

CO CL6933Contig1 671 2 2 U
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CTAGTTTTCATGTTTTTAATGAATTTAATCTCTCTTTTATTTTCTAAAAATGTTGTTATG
GTGTTCAATGTTGTTCTTAGTTTCAACTGTGGTGTTGACATTTGAAGGAAGTAAGGATAT
ATAATCAAAAA


BQ
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AF RR1D193TF U 1
AF RR1D193JQ C 1
BS 1 638 RR1D193TF
BS 639 671 RR1D193JQ

RD RR1D193TF 638 0 0
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TTTACTCCGGTGAGTTTGAGTCAGACGGCGGAGATTCAGGCGGAGTGTTTGATGCGGAGG
AATCCGGTGAGAGGGTTTCATGTTGAGAAAAGACAGTCTTCGCTTGTCATGTGCTGGCAA
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CTAGTTTTCATGTTTTTAATGAATTTAATCTCTCTTTTATTTTCTAAAAATGTTGTTATG
GTGTTCAATGTTGTTCTTAGTTTCAACTGTGGTGTTGA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1D193JQ 671 0 0
GGGCCTCTCTCTCTCCGTTCGTCGGAGAAAGAAGCGGTCGCGGTGAACCTTCCTATAAGC
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GTCGTCGTTTGCTGCGACAGAGGATGTGACCGCAACGACGCGCCGTTTCCCAACGCTGTG
ATCCACGCGCTTCAGTACCACACCACTCTCCTCGAGTCTCTCGACGCCACCAATCAGAGC
CAAGAGGATTCGAGTGTTGAGAGGTTTTGGGTGCAGCCTTCTATCGAGAAGCTTTTGATG
AAACGACACCGTTGGATTGAACGGTCTCCCCCATGGAGAAGCTTGTTTACACAATGTGGG
TTTACTCCGGTGAGTTTGAGTCAGACGGCGGAGATTCAGGCGGAGTGTTTGATGCGGAGG
AATCCGGTGAGAGGGTTTCATGTTGAGAAAAGACAGTCTTCGCTTGTCATGTGCTGGCAA
AGGAAAGAACTTGTTAGCGTCTCTGCTTGGAATTGTTAGAAGAAACCAGATGCATCTCAG
CTAGTTTTCATGTTTTTAATGAATTTAATCTCTCTTTTATTTTCTAAAAATGTTGTTATG
GTGTTCAATGTTGTTCTTAGTTTCAACTGTGGTGTTGACATTTGAAGGAAGTAAGGATAT
ATAATCAAAAA

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL6934Contig1 1180 2 6 U
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AAGATGCAAACGCATCGGATATAAAGAGATCTTACTACAAGCTTTCTCTCGAACATCATC
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AGATATTGAAAGATAACGAGACGCGTTCACAGTATGATTATGCTATTGAGCATCCAAGTG
AGGTGTTTTACAACACTGCTCAATACTACCGAGCCAAATATGGACATAAGTCGGATCCTC
GTGCTGTTCTTGTTGGTCTTCTGGTAGTTTTGTCTGCGTTTCAGTATCTGAACAACGTTG
CTAGGTATAATGAGGCTTTGGCAACAGTTAAGCGAACTCCTGCTTACAAAAACAGGCTCA
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TCGACCAGAAACTACAGGAAGAGCTAAGCAATGAACTCGACCTACAAATCAAAGGAGCTG
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TTAAGCTTCTAGTATGGTACAGCAGTTGGGTATGGAGATATAAGGTTAAGAAAGCTCCTT
ATTCATGGGAAGACGCATCTTACCTAACACGAAGATCACTTGGGGTGCCTCTTGACGCAT
GGACTAATCTCGATGAATATAAGAAGGAAGATCTGGTGCAGAGAAGGCTATGGGAGAAGC
AGAATCTTGAGAACTACTATGCAGAAATGCGTAAAGAATCAAAGCGGAGAAGATAGATCC
ACTTATCACTTACCATGCAAGGAAGGATACACATGGGAACTCGAGTTCCAGAAGCACTTT
TGTTACCTTTATTACTTTTAATGTTATTAAGATATTTTGAACAAACAAACCAGTTACAAG
AAGAGACGGTATAATTTGTATGGTACAAGGAACCAAATCTCAATTTAGCATATACAAGTT
GGGTCATGTCTGATAATGGGCATGTTCCGGTTTTGACTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C322TF U 1
AF RR1C322JQ C 476
BS 1 664 RR1C322TF
BS 665 665 RR1C322JQ
BS 666 764 RR1C322TF
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BS 766 797 RR1C322TF
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AAGATGCAAACGCATCGGATATAAAGAGATCTTACTACAAGCTTTCTCTCGAACATCATC
CAGATAAGAATCCAGATCCTGAATCCAAGAAGCTCTTTGTCAAAATCGCCACTGCTTACG
AGATATTGAAAGATAACGAGACGCGTTCACAGTATGATTATGCTATTGAGCATCCAAGTG
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GTGCTGTTCTTGTTGGTCTTCTGGTAGTTTTGTCTGCGTTTCAGTATCTGAACAACGTTG
CTAGGTATAATGAGGCTTTGGCAACAGTTAAGCGAACTCCTGCTTACAAAAACAGGCTCA
AGGCCTTGGAACTCGAACGCACTGGTGGAGTATCTAGCAAGAAGAAGGGTCCAAAGCAGA
TCGACCAGAAACTACAGGAAGAGCTAAGCAATGAACTCGACCTACAAATCAAAGGAGCTG
AAAA*CCATCAGTCTGGGATCTTCTCGGTGTTCGATTCGTTCTCCTCCCTTACACTATCA
TTAAGCTTCTAGTATGGTACAGCAGTTGGGTATGGAGATATAAG*TTAAGAAAGCTCCTT
ATTCATGGGAAGACGCA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1C322JQ 705 0 0
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GCAGATCGACCAGAAACTACAGGAAGAGCTAAGCAATGAACTCGACCTACAAATCAAAGG
AGCTGAAAAACCATCAGTCTGGGATCTTCTCGGTGTTCGATTCGTTCTCCTCCCTTACAC
TATCATTAAGCTTCTAGTATGGTACAGCAGTTGGGTATGGAGATATAAGGTTAAGAAAGC
TCCTTATTCATGGGAAGACGCATCTTACCTAACACGAAGATCACTTGGGGTGCCTCTTGA
CGCATGGACTAATCTCGATGAATATAAGAAGGAAGATCTGGTGCAGAGAAGGCTATGGGA
GAAGCAGAATCTTGAGAACTACTATGCAGAAATGCGTAAAGAATCAAAGCGGAGAAGATA
GATCCACTTATCACTTACCATGCAAGGAAGGATACACATGGGAACTCGAGTTCCAGAAGC
ACTTTTGTTACCTTTATTACTTTTAATGTTATTAAGATATTTTGAACAAACAAACCAGTT
ACAAGAAGAGACGGTATAATTTGTATGGTACAAGGAACCAAATCTCAATTTAGCATATAC
AAGTTGGGTCATGTCTGATAATGGGCATGTTCCGGTTTTGACTCC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

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AGCCGAAGCTTTCCACATCCCTCTCGCTCTTTTCAATGATTTTTTCTTCTTGTTTTTCCA
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ATGTCTTGTGGCCGAGCAAACAGGCGAAGCTGACACTAGTTTAAGCTCAAGTGTCGTTGG
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AGAATATCTTTACGTCTCAGGCTTAGCCGTCTCCAAAGCTCAAAGAAGGAAGAAGATGGC
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CTCTAAGAGCTTACGAAGACGATGCAGCCGCTAGAAACCTCTACTCAAACGCTGGTTACA
CCGTGGTCGAGTCTGATCCACCTTGGACCTCTACTTGGATAGGAAGAAAACGTCGCGTTC
TTATGACCAAGCGCATTTCTTAGGGCGTTTTTGGTTTATATCTACTTCTTCATGTACATT
TGCTTTTAGCATTATAGGGTTTATCAAAATAACTTGGACCGATCAATACAGAGACAGTAA
CGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1GA43TF U 1
AF RR1GA43JQ C 116
BS 1 736 RR1GA43TF
BS 737 843 RR1GA43JQ

RD RR1GA43TF 736 0 0
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TTATGACCAAGCGCAT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1GA43JQ 728 0 0
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TTCCAGGCAGAAGTTTTGTCAGGGCTTCTCTACAAACTAAAGAATTCACCTCCTGACAGA
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GTTGAAGAATATCTTTACGTCTCAGGCTTAGCCGTCTCCAAAGCTCAAAGAAGGAAGAAG
ATGGCAAGTACATTGTTAAAGGCATGTGATGTAATATGTTACTT*GTGGGGTTTCAAGCT
TCTTGCTCTAAGAGCTTACGAAGACGATGCAGCCGCTAGAAACCTCTACTCAAACGCTGG
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CGTTCTTATGACCAAGCGCATTTCTTAGGGCGTTTTTGGTTTATATCTACTTCTTCATGT
ACATTTGCTTTTAGCATTATAGGGTTTATCAAAATAACTTGGACCGATCAATACAGAGAC
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QA 1 728 1 728
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTTTTGTTTTTTTTCTCCGAGAAAGAATGTAAAAGAACAAAACCAAAACCTTTCTCTATA
ACAAAGAATCAACAGACAGAGCCAATCCACTGAACTACCTTTTGAGTATAATTTGAGTAT
ATTATATCTGGGCAATGAAAAGTTCATTCCAAGTATCTGGAATCCCAGGTAAGCACCAAT
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TTATGTCAAGAATCTTGATCCTCGTCCCATTCACAGCACTCTCCACCGTAGCATCAACCG
ATCCATCATCCCCTGTGATCTCGCTTCCTCTAGACAAAGGCACCGTGTTGTTACAGTTCC
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BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B484TF C 1
AF RR1B484JQ U 5
BS 1 4 RR1B484TF
BS 5 813 RR1B484JQ

RD RR1B484TF 813 0 0
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CTTTTGTTTTTTT*CTCCGAGAAAGAATGTAAAAGAACAAAACCAAAACCTTTCTCTATA
ACAAAGAATCAACAGACAGAGCCAATCCACTGAACTACCTTTTGAGTATAATTTGAGTAT
ATTATATCTGGGCAATGAAAAGTTCATTCCAAGTATCTGGAATCCCAGGTAAGCACCAAT
GCAAGCAATCGTTAACCGTCGGAGCCGTGGAAGTCACGTTACCCCACACCTTTTTAGGTT
TTCTAGGTTTGAGTTTAGACCCTGAGATATGAGCTTCATCTCTCAGCTCAGAGAGTGCAG
TTATGTCAAGAATCTTGATCCTCGTCCCATTCACAGCACTCTCCACCGTAGCATCAACCG
ATCCATCATCCCCTGTGATCTCGCTTCCTCTAGACAAAGGCACCGTGTTGTTACAGTTCC
CACCAGTGTTCCAATCTCCGTTCCTGAAATGCCTCGGAGATATCGTCCTGAAGAAAGCTT
TCAAACGCGGATGATGCAACTTAAGCTGCGCATCCAGCCACTTGGCGACGCTGTGTATTG
TGAAAACCTTAGCGTGACTGATATCCTTGAGAAACTCTCCTTCTACCTTTGTTCCGTTCA
CGTGCATCACCCAGTGATTGCCTTCGATCTTGCCTCTGTTCCAGTGGTGACCTGTGTTTA
GAACCAACACATCGAAACGGTGAAGGTAGTTTCTCATGAACGCCGGTGGACGGTCCAGAT
GCATCGCGGTAAGACGAGGTGGTGGGTCAGACC

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1B484JQ 809 0 0
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TGTTTTTTTTCTCCGAGAAAGAATGTAAAAGAACAAAACCAAAACCTTTCTCTATAACAA
AGAATCAACAGACAGAGCCAATCCACTGAACTACCTTTTGAGTATAATTTGAGTATATTA
TATCTGGGCAATGAAAAGTTCATTCCAAGTATCTGGAATCCCAGGTAAGCACCAATGCAA
GCAATCGTTAACCGTCGGAGCCGTGGAAGTCACGTTACCCCACACCTTTTTAGGTTTTCT
AGGTTTGAGTTTAGACCCTGAGATATGAGCTTCATCTCTCAGCTCAAAGAGTGCAGTTAT
GTCAAGAATCTTGATCCTCGTCCCATTCACAGCACTCTCCACCGTAGCATCAACCGATCC
ATCATCCCCTGTGATCTCGCTTCCTCTAGACAAAGGCACCGTGTTGTTACAGTTCCCACC
AGTGTTCCAATCTCCGTTCCTGAAATGCCTCGGAAATATCGTCCTGAAGAAAGCTTTCAA
ACGCGGATGATGCAACTTAAGCTGCGCATCCAGCCACTTGGCGACGCTGTGTATTGTGAA
AACCTTAGCGTGACTGATATCCTTGAGAAACTCTCCTTCTACCTTTGTTCCGTTCACGTG
CATCACCCAGTGATTGCCTTCGATCTTGCCTCTGTTCCAGTGGTGACCTGTGTTTAGAAC
CAACACATCGAAACGGTGAAGGTAGTTTCTCATGAACGCCGGTGGACGGTCCAGATGCAT
CGCGGTAAGACGAGGTGGTGGGTCAGACC

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

CO CL6938Contig1 642 2 2 U
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AAATACAAATAACTAAGATAAAAACCTTTGTGCCGGCGTCGAAGAGGTTTGGTCGGCAAA
GCCTTGCATAGATCTCTTTCGTGCGGCTAATAACTTTGTCTTTTTCTCCTACTTGTTGAT
CTTCAAGGATTCTTCGGACCAAAAACTTGTAGTTAAGGGGAAGCTTGTGTTCCCACACAG
TGTCGGATCTCGACGCCCTATGAAATGACCTATTCACCCTTGCAAGTATGCATATCTCCG
GTGGCTCCATGTACATGAACATTGCCGTTATACAGTTCTCAGGCACGTCTTCGAGACCGC
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TCTATATTCAAGATTTAGGGTTTGATGCGGTGGAGAAGTAGGAAATATAGGGTGAAATAA
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BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BS23TF C 1
AF RR1BS23JQ U 5
BS 1 4 RR1BS23TF
BS 5 642 RR1BS23JQ

RD RR1BS23TF 642 0 0
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AAATACAAATAACTAAGATAAAAACCTTTGTGCCGGCGTCGAAGAGGTTTGGTCGGCAAA
GCCTTGCATAGATCTCTTTCGTGCGGCTAATAACTTTGTCTTTTTCTCCTACTTGTTGAT
CTTCAAGGATTCTTCGGACCAAAAACTTGTAGTTAAGGGGAAGCTTGTGTTCCCACACAG
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GTGGCTCCATGTACATGAACATTGCCGTTATACAGTTCTCAGGCACGTCTTCGAGACCGC
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TCTATATTCAAGATTTAGGGTTTGATGCGGTGGAGAAGTAGGAAATATAGGGTGAAATAA
ATGGGTTCGACATATTTTTCGATTCTTTTGTTCTTCGTCTCC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1BS23JQ 638 0 0
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TGCATAGATCTCTTTCGTGCGGCTAATAACTTTGTCTTTTTCTCCTACTTGTTGATCTTC
AAGGATTCTTCGGACCAAAAACTTGTAGTTAAGGGGAAGCTTGTGTTCCCACACAGTGTC
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CTCCATGTACATGAACATTGCCGTTATACAGTTCTCAGGCACGTCTTCGAGACCGCATAA
CTTTCCAGCATAAGCCTCGGATCCGGCGAGGCTCGATGAAGCTGCCCCCATAGATAAAAG
ACTGGATGATATATATACGAGTCCTCTACTCCTCTGGTCTTTATTTTCTTCTTTTGTCTA
TATTCAAGATTTAGGGTTTGATGCGGTGGAGAAGTAGGAAATATAGGGTGAAATAAATGG
GTTCGACATATTTTTCGATTCTTTTGTTCTTCGTCTCC

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

CO CL6939Contig1 674 2 3 U
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GTAATTTTTTGATT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB03TF U 1
AF RR1FB03JQ C 1
BS 1 3 RR1FB03JQ
BS 4 619 RR1FB03TF
BS 620 674 RR1FB03JQ

RD RR1FB03TF 619 0 0
GGG
CACTTCTTATTTCCAGCGTCCGTCTTTCTTCCGCTCATATCGTCGCTCGTCGCTCCTGGA
TCGCATAGTTCCCTTACTCCTGTGACACCTTCTTCTTCTCCTTCGAAGTCAGGTGAGAAT
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TGCCGGAAACAACCTGGCATCGCCATTGGGAGATTGTGCGAGAAATGTGATGGCAAGTGC
GTGGTCTGCGATTCCTACGTGCGCCCCTGTACGCTGGTTCGGATCTGCGATGAATGCAAC
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TACTGCAAAGAGTGTACACAGCAGGAGAAAGATCGAGATGGTTGTCCCAAGATTGTCAAT
CTCGGGAGTGCGAAGACTGATTTGTTTTATGAACGTAAGAAGTATGGATTCAAGAAACGA
TAGATTGTTTTGATCACTCAGGGGTGTTCATTTATTATCCTATGTAAGTGTCTGTACTCG
TCTGTGTTTAGGCATTGATTCAAAGAAAAGACCATTGTTTGTTACTCTTTGTTATGGTTG
TTTAATGTCTAGTATG

QA 4 619 4 619
DS 

RD RR1FB03JQ 674 0 0
GGACACTTCTTATTTCCAGCGTCCGTCTTTCTTCCGCTCATATCGTCGCTCGTCGCTCCT
GGATCGCATAGTTCCCTTACTCCTGTGACACCTTCTTCTTCTCCTTCGAAGTCAGGTGAG
AATCTTAAGAGGAGGAGACTTGTTTCAGCAGCCATGGCCAAGCATCATCCTGATTTGATC
ATGTGCCGGAAACAACCTGGCATCGCCATTGGGAGATTGTGCGAGAAATGTGATGGCAAG
TGCGTGGTCTGCGATTCCTACGTGCGCCCCTGTACGCTGGTTCGGATCTGCGATGAATGC
AACTATGGTTCGTTCCAAGGACGGTGCGTCATATGCGGAGGTGTTGGAATCTCAGATGCT
TACTACTGCAAAGAGTGTACACAGCAGGAGAAAGATCGAGATGGTTGTCCCAAGATTGTC
AATCTCGGGAGTGCGAAGACTGATTTGTTTTATGAACGTAAGAAGTATGGATTCAAGAAA
CGATAGATTGTTTTGATCACTCAGGGGTGTTCATTTATTATCCTATGTAAGTGTCTGTAC
TCGTCTGTGTTTAGGCATTGATTCAAAGAAAAGACCATTGTTTGTTACTCTTTGTTATGG
TTGTTTAATGTCTAGTATGTGATTGTTCCTCTGCAAAAACGACAACATCCTCTTGTCCGA
GTAATTTTTTGATT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL6940Contig1 884 2 2 U
GGATCCAACTCGGCTAAAAGTGCGTGCCCTAAGAGAGTAACGTCGCGACGGAGAGAGAGA
GAGGGAGAGAGGCGATGGAGGAAGAGGAGCACGAGGTATACGGCGGAGAGATTCCGGACG
TCGGAGAGATGGATGGAGACATGGACATGACTGCCGCTGATGATGACGCCGCTAAGGAGT
TGGATGAGATGAAGAAGCGATTGAAAGAGATTGAGGACGAAGCTGCTGCTCTTCGCGAGA
TGCAGGCCAAGGTTGAGAAGGATATGGGACCTCAAGATGCTGGTACTGTAGCAGCAGATC
AAGCAGGCAAAGAGGAGGTGGATGCTCGATCTGTTTTTGTTGGCAATGTTGATTACGCTT
GTACACCTGAAGAAGTGCAGCAACATTTCCAATCATGCGGCACAGTCCACCGAGTGACAA
TTCTGACAGACAAGTTCGGGCAGCCAAAGGGGTTCGCTTATGTCGAGTTTGTGGAAGCTG
AAGCTATACAAGAGGCGCTACAACTGAACGAATCAGAGTTACATGGTCGTCAGATAAAGG
TGATGCCTAAGAGAACAAACGTTCCTGGATTGAAACAGTTCCGCGGTAGAAGATTCAACC
CGTACATGGGCTTCCGCAGACCTTTCATGTCTCCGTATATGTATTCTCCATATGGATATG
GGAAAGTTCCAAGGTTCAGAAGGCCAATGCGTTACATGCCATATCAATAAAACCATCATG
GCTGCTTTATATCCATCCATTGTTTGAGCTTTCAATGACTTCTCGCTCTCTTTGTTTAAG
AACTTTGCAATCTTGAATTGTTTTACAAGTTTCATATCGTTTGGATCAGTGATGATACAT
TTTTGTTATGTGTTACATTATGCGGATGGGTTTAATATCAGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BT27TF U 1
AF RR1BT27JQ C 34
BS 1 677 RR1BT27TF
BS 678 884 RR1BT27JQ

RD RR1BT27TF 677 0 0
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GAGGGAGAGAGGCGATGGAGGAAGAGGAGCACGAGGTATACGGCGGAGAGATTCCGGACG
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TGGATGAGATGAAGAAGCGATTGAAAGAGATTGAGGACGAAGCTGCTGCTCTTCGCGAGA
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AAGCAGGCAAAGAGGAGGTGGATGCTCGATCTGTTTTTGTTGGCAATGTTGATTACGCTT
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AAGCTATACAAGAGGCGCTACAACTGAACGAATCAGAGTTACATGGTCGTCAGATAAAGG
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GGAAAGTTCCAAGGTTC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1BT27JQ 851 0 0
GAGAGT
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ACGGCGGAGAGATTCCGGACGTCGGAGAGATGGATGGAGACATGGACATGACTGCCGCTG
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AAGCTGCTGCTCTTCGCGAGATGCAGGCCAAGGTTGAGAAGGATATGGGACCTCAAGATG
CTGGTACTGTAGCAGCAGATCAAGCAGGCAAAGAGGAGGTGGATGCTCGATCTGTTTTTG
TTGGCAATGTTGATTACGCTTGTACACCTGAAGAAGTGCAGCAACATTTCCAATCATGCG
GCACAGTCCACCGAGTGACAATTTTGACAGACAAGTTCGGGCAGCCAAAGGGGTTCGCTT
ATGTCGAGTTTGTGGAAGCTGAAGCTATACAAGAGGCGCTACAACTGAACGAATCAGAGT
TACATGGTCGTCAGATAAAGGTGATGCCTAAGAGAACAAACGTTCCTGGATTGAAACAGT
TCCGCGGTAGAAGATTCAACCCGTACATGGGCTTCCGCAGACCTTTCATGTCTCCGTATA
TGTATTCTCCATATGGATATGGGAAAGTTCCAAGGTTCAGAAGGCCAATGCGTTACATGC
CATATCAATAAAACCATCATGGCTGCTTTATATCCATCCATTGTTTGAGCTTTCAATGAC
TTCTCGCTCTCTTTGTTTAAGAACTTTGCAATCTTGAATTGTTTTACAAGTTTCATATCG
TTTGGATCAGTGATGATACATTTTTGTTATGTGTTACATTATGCGGATGGGTTTAATATC
AGTTG

QA 7 851 7 851
DS 



AS 1 2

CO CL6941Contig1 817 2 4 U
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TAACTGATAAAGTCGTTGCGGATTTTGGCTGTGGCTGCGGTACTTTAAGTACTGCTGCTT
CTCTTCTAGATGCTGCCTGTGTGATTGGATACGATATCGACCTTCAGTCTCTTGAAACAG
CAACACTTAACGCTGAGGAACTTGAGGTGGAGATAGATTTTGTTCAGTGTGACATTACAA
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AAGATGAATCTGAAGCAGTTAGAAAGCTTGTATGGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E934TF U 1
AF RR1E934JQ C 101
BS 1 732 RR1E934TF
BS 733 733 RR1E934JQ
BS 734 748 RR1E934TF
BS 749 817 RR1E934JQ

RD RR1E934TF 748 0 0
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AAGGCTTGCTGGGTGATCTTCAACAGTTCTCTAATCCTAAAGTTGAATTGGAGCAGTACC
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TAACTGATAAAGTCGTTGCGGATTTTGGCTGTGGCTGCGGTACTTTAAGTACTGCTGCTT
CTCTTCTAGATGCTGCCTGTGTGATTGGATACGATATCGACCTTCAGTCTCTTGAAACAG
CAACACTTAACGCTGAGGAACTTGAGGTGGAGATAGATTTTGTTCAGTGTGACATTACAA
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CACGAAAGAAAGGAGCTGACATGGAGTTCCTCTCTGCGGCTATGAAGGTCGCCTCTCAAG
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ATTTTAATGCCAAAAGTGCTGAAGTTATATGTGAGCTCCGGTATGACTTGCCAAAACTCT
ACAAGTTCCACAAACGAAAAGAAGTCGATATTGCGGTTGATCTCTGGCGTTTTGAGCCTA
GACAGAACTAGACCCGCCACGTTCTTGCAATGTTTAGCTTTGAGTTGACATTTGGTTATA
ATGTGGGATATT*CATGATATGAACTCA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1E934JQ 717 0 0
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TGTTCAGTGTGACATTACAAAGTTAGAGTTAAAAGGCCACCAGATTGTGGATACTGTTGT
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TATGAAGGTCGCCTCTCAAGCTGTTTACTCCTTGCATAAGACATCTACCAGAGAACACAT
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GTATGACTTGCCAAAACTCTACAAGTTCCACAAACGAAAAGAAGTCGATATTGCGGTTGA
TCTCTGGCGTTTTGAGCCTAGACAGAACTAGACCCGCCACGTTCTTGCAATGTTTAGCTT
TGAGTTGACATTTGGTTATAATGTGGGATATTTCATGATATGAACTCAAGTTTTATAAAT
GTTTGCTGATTTGAACTAAGAAGATGAATCTGAAGCAGTTAGAAAGCTTGTATGGTG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL6942Contig1 692 2 1 U
AGGGGACTCCCTCTCTCTGTCTCTCAATCAGTGAAGCGATGTCGTCGTCTTCGTTTCGAT
CTCCGGCGGGCGCCGCTGCCACTATGTTCTCTGCGGATCAGAAGATCAGGCTTGGGAGGC
TCGACGTTTTGAGATCTTCTCATTCGGCTTTCTTAGGGAGAAATCCACGTGGCGTCGTCT
CGGTTCATCCATCCTCTTCCTCGTCGAGTCCTTCCCCTATCCAAGCCGTCTCCACGCCTG
CGAAGTCTGAGACTGCGACCAAGCGGAGTAAAGTGGAGATAATCAAGGAGAAGAGCAACT
TCATAAGGTATCCACTCAACGAGGAGCTTTTAACGGAGGCTCCAAACGTCAACGAGTCCG
TGCAGCTCATCAAGTTCCACGGGAGCTACCAGCAGTACAACAGAGAAGAGCGTGGCGGAA
GATCTTACTCCTTCATGCTCCGTACCAAGAACCCTTCAGGCAAGGTGCCTAACCAGCTCT
ACTTGACTATGGACGACTTGGCCGACGAGTTCGGCATCGGAACGCTTCGTTTGACCACCA
GGCAGACGTTTCAGCTCCACGGTGTTCTCAAGCAGAATCTCAAGACCGTGATGAGCTCGA
TTATTAGAAACATGGGGAGCACTCTTGGTGCGTGTGGTGATTTGAATAGAAACGTTCTTG
CTCCTGCGGCGCCTTATGTGAAGAAGACTATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX15TF U 4
AF RR1FW50TF U 1
BS 1 692 RR1FW50TF

RD RR1FX15TF 639 0 0
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CGGCGGGCGCCGCTGCCACTATGTTCTCTGCGGATCAGAAGATCAGGCTTGGGAGGCTCG
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CTTACTCCTTCATGCTCCGTACCAAGAACCCTTCAGGCAAGGTGCCTAACCAGCTCTACT
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AGACGTTTCAGCTCCACGGTGTTCTCAAGCAGAATCTCAAGACCGTGATGAGCTCGATTA
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QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1FW50TF 692 0 0
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CTCCGGCGGGCGCCGCTGCCACTATGTTCTCTGCGGATCAGAAGATCAGGCTTGGGAGGC
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CGGTTCATCCATCCTCTTCCTCGTCGAGTCCTTCCCCTATCCAAGCCGTCTCCACGCCTG
CGAAGTCTGAGACTGCGACCAAGCGGAGTAAAGTGGAGATAATCAAGGAGAAGAGCAACT
TCATAAGGTATCCACTCAACGAGGAGCTTTTAACGGAGGCTCCAAACGTCAACGAGTCCG
TGCAGCTCATCAAGTTCCACGGGAGCTACCAGCAGTACAACAGAGAAGAGCGTGGCGGAA
GATCTTACTCCTTCATGCTCCGTACCAAGAACCCTTCAGGCAAGGTGCCTAACCAGCTCT
ACTTGACTATGGACGACTTGGCCGACGAGTTCGGCATCGGAACGCTTCGTTTGACCACCA
GGCAGACGTTTCAGCTCCACGGTGTTCTCAAGCAGAATCTCAAGACCGTGATGAGCTCGA
TTATTAGAAACATGGGGAGCACTCTTGGTGCGTGTGGTGATTTGAATAGAAACGTTCTTG
CTCCTGCGGCGCCTTATGTGAAGAAGACTATC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

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AACCCAAAACAAAGATTCAATATCAAATCTACATT


BQ
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AF RR1FL70TF U 1
AF RR1FL70JQ C 114
BS 1 697 RR1FL70TF
BS 698 700 RR1FL70JQ
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RD RR1FL70TF 770 0 0
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ACTAGATGATGAGTATGTACTCATGAGATCTGCTAATATCAACCAAATATCATTGGCCGG
TACAAAAGATACAGAAATAGCAATGGGTGCATATCAACCCCATCATACATGGACTAACAA
GGGAAGACACCCACGTGGCCAGGTGTATGGGTACAGAATGTCACTATGAACAGAACATTT
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TTAAATATCCTCTACAAGTAGACAGTGAAGCTAAAGTGAGCTCACTTCCAGATTACGACA
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TAGCCATGTAATGTTACATGGTTCGTTTCGATTCTGAG**AAAAGA*GCTGAGAGAGTTT
TGTGTGATTTGTGTACATTTA*CTGTACATGCTCTGTGTTTCTTATTTTT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1FL70JQ 762 0 0
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GATAACGCAGAGTGATATGATATGTGACTTTAGTAGATATACATTAGGATTCTGTTAAGG
GGATGATACTAGATGATGAGTATGTACTCATGAGATCTGCTAATATCAACCAAATATCAT
TGGCCGGTACAAAAGATACAGAAATAGCAATGGGTGCATATCAACCCCATCATACATGGA
CTAACAAGGGAAGACACCCACGTGGCCAGGTGTATGGGTACAGAATGTCACTATGAACAG
AACATTTAGGCAAAACAGGAGATGAGTTCGTGGAGCCTGCTGATCTAGAATGCGTGAATA
ACTTTCGCTGAAGGAAACTGGAAAAGTTTCATAACTTCGGAATTCTCGGAGCTGCAAGAT
CACTTGATTAAATATCCTCTACAAGTAGACAGTGAAGCTAAAGTGAGCTCACTTCCAGAT
TACGACAGCTTCCCAGATGTTGGTGGTAAGATCATTGGAGTTCATTCAATGGCTCACCCT
GATACTCTAGCCATGTAATGTTACATGGTTCGTTTCGATTCTGAAGAAAAAGAAGCTGAG
AGAGTTTTGTGTGATTTGTGTACATTTAACTGTACATGCTCTGTGTTTCTTATTTTTCTC
AAGTAACAAAGAAACTGTAATATAATTCCACATGGATGTAATTTGAGGTTTCAGTTCAGA
TTTATTAAACCCAAAACAAAGATTCAATATCAAATCTACATT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL6944Contig1 748 2 2 U
TTTTTAATTGTACTTGTTTTAAACCGACAAATCTCAAGCCAGTCTTACTTATATCTAATC
TAACTATATATTTTATTTAAATTTTGTACCATCCTATTCAGATTTATATATAAACACATA
TTGCAGACAAGTTTTTTTCTACAAACTAAAGAATTCCGATCAATTTCATCCCCTGAGAGG
TAAATCGGAGAAACAAAATTTCATTTCAAGAAGATGATTACCCGTTTCCTTAGCTGAAAG
ACCTCTTTCTCTATCTCCTTGTGTTTTGTTAAAAAATTAGTAACGAATGTGCCTAAATGG
AATTGTGTTCCATACATCAACATGACAAAAGGTGGCAAGTACATTGTTAAAGGGCATGTG
ATGTCACTTAAGGGGGTTCAAGCTTCTTGTGTTCCATACATCATTTCAAGAAGATGATTA
CCCGTTTCCTTAGCTGAAAGACCTCTTTCTCTATCTCCTTGTGTTTTGTTAAAAAATTAG
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ACATTGTTAAAGGGCATGTGATGTCACTTAAGGGGGTTCAAGCTTCTTGTGTTCCATACA
TCATTTCAAGAAGATGATTACCCGTTTCCTTAGCTGAAAGACCTCTTTCTCTATCTCCTT
GTGTTTTGTCAAAAAATTAGTAACGAATGTGCCTAAATGGAATTGTGTTCCATACATCAA
CATGACAAAAGGTGGCAAGTACATTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FS58TF U 1
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BS 1 527 RR1FS58TF
BS 528 748 RR1FS58JQ

RD RR1FS58TF 527 0 0
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TAACTATATATTTTATTTAAATTTTGTACCATCCTATTCAGATTTATATATAAACACATA
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TAAATCGGAGAAACAAAATTTCATTTCAAGAAGATGATTACCCGTTTCCTTAGCTGAAAG
ACCTCTTTCTCTATCTCCTTGTGTTTTGTTAAAAAATTAGTAACGAATGTGCCTAAATGG
AATTGTGTTCCATACATCAACATGACAAAAGGTGGCAAGTACATTGTTAAAGGGCATGTG
ATGTCACTTAAGGGGGTTCAAGCTTCTTGTGTTCCATACATCATTTCAAGAAGATGATTA
CCCGTTTCCTTAGCTGAAAGACCTCTTTCTCTATCTCCTTGTGTTTTGTTAAAAAATTAG
TAACGAATGTGCCTAAATGGAATTGTGTTCCATACATCAACATGACA

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1FS58JQ 616 0 0
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ACAAAATTTCATTTCAAGAAGATGATTACCCGTTTCCTTAGCTGAAAGACCTCTTTCTCT
ATCTCCTTGTGTTTTGTTAAAAAATTAGTAACGAATGTGCCTAAATGGAATTGTGTTCCA
TACATCAACATGACAAAAGGTGGCAAGTACATTGTTAAAGGGCATGTGATGTCACTTAAG
GGGGTTCAAGCTTCTTGTGTTCCATACATCATTTCAAGAAGATGATTACCCGTTTCCTTA
GCTGAAAGACCTCTTTCTCTATCTCCTTGTGTTTTGTTAAAAAATTAGTAACGAATGTGC
CTAAATGGAATTGTGTTCCATACATCAACATGACAAAAGGTGGCAAGTACATTGTTAAAG
GGCATGTGATGTCACTTAAGGGGGTTCAAGCTTCTTGTGTTCCATACATCATTTCAAGAA
GATGATTACCCGTTTCCTTAGCTGAAAGACCTCTTTCTCTATCTCCTTGTGTTTTGTCAA
AAAATTAGTAACGAATGTGCCTAAATGGAATTGTGTTCCATACATCAACATGACAAAAGG
TGGCAAGTACATTGCT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

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ATAGGCGGGTTCTACGCTATTACTCTGGAGAAGAAGACGGGTTAGATATGAGGAAGGCAT
TATCAAGAGATGTAGAGAAAAAGTCTGTGATTCCCCTCAAGAGACCCATCACTCCTGATG
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TTCCTTTTGTTCTTGTCGTACTTTTGTATTTGTTCCTCACATTATGTTTTCACAATTGAC
ATTTCCCTATTTTTACCAGGCAAACGTATAATTTAATTTGATTTTGATTCTAATAAAGAA
AAAACTTAGTATAAGATTTG


BQ
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AF RR1EB54TF U 1
AF RR1EB54JQ C 70
BS 1 654 RR1EB54TF
BS 655 740 RR1EB54JQ

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GTCATGTGACAGCTTTCACTGTCTCTCCAGAATATCGCAGGCAGCAACTCGCCAAGAAGC
TGATGAACCTTCTTGAAGAGATCAGCGATATGATTGATAAGGCCTACTTTGTGGATCTTT
TCGTGAGAGCTTCCAACACACCAGCCATCAAGATGTATGAAAAGCTTGGCTATATAATAT
ATAGGCGGGTTCTACGCTATTACTCTGGAGAAGAAGACGGGTTAGATATGAGGAAGGCAT
TATCAAGAGATGTAGAGAAAAAGTCTGTGATTCCCCTCAAGAGACCCATCACTCCTGATG
AATTAGAGTATGATTAAGTCTCTATGTTCCTTTTGTTCTTGTCCTTTTTTTTTAAAACAC
TTCCTTTTGTTCTTGTCGTACTTTTGTATTTGTTCCTCACATTATGTTTTCACA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1EB54JQ 671 0 0
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CTTCCAACACACCAGCCATCAAGATGTATGAAAAGCTTGGCTATATAATATATAGGCGGG
TTTTACGCTATTACTCTGGAGAAGAAGACGGGTTAGATATGAGGAAGGCATTATCAAGAG
ATGTAGAGAAAAAGTCTGTGATTCCCCTCAAGAGACCCATCACTCCTGATGAATTAGAGT
ATGATTAAGTCTCTATGTTCCTTTTGTTCTTGTCCTTTTTTTTTAAAACACTTCCTTTTG
TTCTTGTCGTACTTTTGTATTTGTTCCTCACATTATGTTTTCACAATTGACATTTCCCTA
TTTTTACCAGGCAAACGTATAATTTAATTTGATTTTGATTCTAATAAAGAAAAAACTTAG
TATAAGATTTG

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL6946Contig1 703 2 3 U
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GCAATCTAAATAATTTTTTTTAAAATGAGAGACATACAATCATCATATTGTCAATAATGC
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CTAGCCTCGACATAACCTCTAGCGAACCGGAACAGTCCACTTCCTCCAATCACCGGCATC
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TTACCTGTCTTGAACGCGAAGTTCATCACCATAAGCGCAGAAGCATCGTGTTGGCCCGCA
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BQ
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AF RR1EU17JQ U 9
AF RR1EU17TF C 1
BS 1 8 RR1EU17TF
BS 9 651 RR1EU17JQ
BS 652 703 RR1EU17TF

RD RR1EU17JQ 643 0 0
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AATAATTTTTTTTAAAATGAGAGACATACAATCATCATATTGTCAATAATGCAAGACGTA
ACAGCTGTACTCAACAGTAGCATCTCCTGTCTTTACATCCAACCACTTAGTCCTAGCCTC
GACATAACCTCTAGCGAACCGGAACAGTCCACTTCCTCCAATCACCGGCATCTCCCTAAC
CTTAGTCAACACCGCGTTTCGACCAAGAATCGAGATCGTACTTCCGTTATACTTACCTGT
CTTGAACGCGAAGTTCATCACCATAAGCGCAGAAGCATCGTGTTGGCCCGCACCAGCGTA
CATCCCTTGAGCCTGGCCTACCAAAGTCGAGTTTACGGAGACCTCTGTAGTTAAACGGTT
ATCGATCATGGTGACCGCTCCGAAGAAGGAGGAGTTGGAGAGAGGAGGTCGGAGCACGAC
CGAGCTAGGGTTCGAGCCGCTTTGAATGTCATGCCAGTAGACACGGAAGAAAGTGAGTTA
CTCCTTACGGGTTCCGAGGTGTTTCCGGTTAATGGTTTTGCCAAAGTGTTGGCCCTTTCC
TGCGGAGACAACAGCTGCGAGAAGGATGATTAGAGAGGTGATG

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1EU17TF 703 0 0
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GCAATCTAAATAATTTTTTT*AAAATGAGAGACATACAATCATCATATTGTCAATAATGC
AAGACGTAACAGCTGTACTCAACAGTAGCATCTCCTGTCTTTACATCCAACCACTTAGTC
CTAGCCTCGACATAACCTCTAGCGAACCGGAACAGTCCACTTCCTCCAATCACCGGCATC
TCCCTAACCTTAGTCAACACCGCGTTTCGACCAAGAATCGAGATCGTACTTCCGTTATAC
TTACCTGTCTTGAACGCGAAGTTCATCACCATAAGCGCAGAAGCATCGTGTTGGCCCGCA
CCAGCGTACATCCCTTGAGCCTGGCCTACCAAAGTCGAGTTTACGGAGACCTCTGTAGTT
AAACGGTTATCGATCATGGTGACCGCTCCGAAGAAGGAGGAGTTGGAGAGAGGAGGTCGG
AGCACGACCGAGCTAGGGTTCGAGCCGCTTTGAATGTCATGCCAGTAGACACGGAAGAAA
GTGAGTTACTCCTTACGGGTTCCGAGGTGTTTCCGGTTAATGGTTTTGCCAAAGTGTTGG
CCCTTTCCTGCGGAGACAACAGCTGCGAGAAGGATGATTAGAGAGGTGATGCTGAGGATG
AGGTTTGCCATTTGTGTGGATTGTGGTATGAGTTTTATGTCCC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6948Contig1 698 2 1 U
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AATGCTGGTGAAGAAGTTAGCTATTGTCGAGGGCACCAGCAATACAGATCCATGGATGAA
GCGCGGTAAAGCGATGAAGAGGAGGGTGTTAAGTGCGCAACAACTCTTGAAAGAGCTTTG
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GGGGGAGCAAGAAGAGGACTTCTTGAAATGTATATTGGATGAAGATATGGAGATGCGGTC
CGAGAAATGGACAGAGTTTGATGATGTAGTCCGGGTATAGTGCTACACTTAGAGAGGCTT
CTCTTCAAGGATCTGGTGAGTGAGGTCGTGCATGGTGAGATTGATCGGCTGCAACCTATT
CCAAGCAGACGAGTAGTTACTGATTCATAAACTCGTTTTATATCCTCTGTATTCTAAAGC
CGTTTATAAATAATACAAGTCAAAAGAACCTGGCTGTAGTCCAGCGGTGCTCGAGGGAAA
TAAATCCAATATGGCAAATCCCGGTTCGAATCCCGCTTGCCGCATGGATATGAGTTATTG
ATTTCGATTCATTTGAATGTCCAGGAGAGGGTCTATCACTAGGTTGTACCTTCATGTGGT
GGTTGGGTCTGTGTCTTTAATAGACCCGAGTTTAACCC


BQ
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AF RR1GO36TF U 1
AF RR1GE04TF U 1
BS 1 698 RR1GE04TF

RD RR1GO36TF 638 0 0
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GGGGGAGCAAGAAGAGGACTTCTTGAAATGTATATTGGATGAAGATATGGAGATGCGGTC
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CTCTTCAAGGATCTGGTGAGTGAGGTCGTGCATGGTGAGATTGATCGGCTGCAACCTATT
CCAAGCAGACGAGTAGTTACTGATTCATAAACTCGTTTTATATCCTCTGTATTCTAAAGC
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TAAATCCAATATGGCAAATCCCGGTTCGAATCCCGCTTGCCGCATGGATATGAGTTATTG
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QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1GE04TF 698 0 0
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GGGGGAGCAAGAAGAGGACTTCTTGAAATGTATATTGGATGAAGATATGGAGATGCGGTC
CGAGAAATGGACAGAGTTTGATGATGTAGTCCGGGTATAGTGCTACACTTAGAGAGGCTT
CTCTTCAAGGATCTGGTGAGTGAGGTCGTGCATGGTGAGATTGATCGGCTGCAACCTATT
CCAAGCAGACGAGTAGTTACTGATTCATAAACTCGTTTTATATCCTCTGTATTCTAAAGC
CGTTTATAAATAATACAAGTCAAAAGAACCTGGCTGTAGTCCAGCGGTGCTCGAGGGAAA
TAAATCCAATATGGCAAATCCCGGTTCGAATCCCGCTTGCCGCATGGATATGAGTTATTG
ATTTCGATTCATTTGAATGTCCAGGAGAGGGTCTATCACTAGGTTGTACCTTCATGTGGT
GGTTGGGTCTGTGTCTTTAATAGACCCGAGTTTAACCC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL6949Contig1 1188 2 6 U
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GTTTTTAATAGGTAGAGGAGGAAGAAAAAACGAAAGAACCTGAACCGAAACGACAACGTC
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CAGAGCTTTTTCGTCATATCTTCAAGTTCTTATCCTCTGAGGATCTTCTATCATGCTCTT
TAGTGTGTAAATTTCTCAACTTTGCTGCCTCTGATGAATCCTTATGGCGTCGCCTGTACT
GTATCCGGTGGGGTCTAATGCCTTCAACTAGAATGTTACGTGAGTGTGCTTGGAAGAAGC
TTTATATCGATCGTGACGAGAAGGACATGATTGAACTTGTAAGAAGCTGTCCAACGGATT
TTAAAGAGTATTACATTCAAATGCAAGCAGCAAAGCGAAGCCAAGCACCTCTTGCGGCCC
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AGAAAAGCAAAGGACTTCCTGATAAAGCTGTAGTTGGCCATGTTTGTTTGGGAACAAAAT
GTGATTACCATCAGATCGACGACGTTTTCATATGCCAAGAGACTGGAAATGTTCATGTAT
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TCTCAGGGCTTTGTTCTGAAAGTTTGCTCGTACAAGATGATTCAGACGCAGATGAGGAAG
AAGCTGAACAAGAAGCTGAAGTTTTAACAGGAAGAGGCCGTTTTGGTCGAGCTTTTGAAT
TTGGATACAACTGCGAGAGTGAGCAGGAGTTAGATCGCTCCTTTGGGTTCTGCTGATCAA
AACTTTCAGCCTTTTCGTTCAGTTCCAAAATCTTTACCGTCTCTAATACCAAGTCTGCAT
GAGTTTTCACGGTAAAACATCTGTAGAGTGCAATGAATCAAAAGTAGCTTGTTGTTTTAG
TAGTCTTAATGTTTCTTTGTAATTTATGCAGATCTTTGTCTGTAATTTGCTATACAATCC
CCCTTACAAAAATGTTTACTTGTAGTAATTAAGCTCCATTATTTTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG76TF U 1
AF RR1EG76JQ C 545
BS 1 729 RR1EG76TF
BS 730 730 RR1EG76JQ
BS 731 743 RR1EG76TF
BS 744 744 RR1EG76JQ
BS 745 753 RR1EG76TF
BS 754 1188 RR1EG76JQ

RD RR1EG76TF 753 0 0
TTTTTTTCGATTTATGTGTATTTTGAATTGTGATTTACCATCTTTCATTGATGCCTCTGT
GTTTTTAATAGGTAGAGGAGGAAGAAAAAACGAAAGAACCTGAACCGAAACGACAACGTC
TTGACAAGGACAAAACAAAGGCTGTAGACAAGGATGGAGATCAAAAGGAAGATGGTAATA
ACAACAAAGATAGAAATGTTGTAAAGAGGATAGAGAGTGGAGTTTTCAGCAAAGTTCCTA
CAGAGCTTTTTCGTCATATCTTCAAGTTCTTATCCTCTGAGGATCTTCTATCATGCTCTT
TAGTGTGTAAATTTCTCAACTTTGCTGCCTCTGATGAATCCTTATGGCGTCGCCTGTACT
GTATCCGGTGGGGTCTAATGCCTTCAACTAGAATGTTACGTGAGTGTGCTTGGAAGAAGC
TTTATATCGATCGTGACGAGAAGGACATGATTGAACTTGTAAGAAGCTGTCCAACGGATT
TTAAAGAGTATTACATTCAAATGCAAGCAGCAAAGCGAAGCCAAGCACCTCTTGCGGCCC
AGATGGTGGATGACCAGATAGTTCTTGACAAAACTGTACTTGACAAAGTATCTCTGTGGA
AGAAAAGCAAAGGACTTCCTGATAAAGCTGTAGTTGGCCATGTTTGTTTGGGAACAAAAT
GTGATTACCATCAGATCGACGACGTTTTCATATGCCAAGAGACTGGAAATGTTCATGTAT
GTGATGACA*CTGCAAGGAAGTA*TATTTTGTC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1EG76JQ 644 0 0
GGTGGATGACCAGATAGTTCTTGACAAAACTGTACTTGACAAAGTATCTCTGTGGAAGAA
AAGCAAAGGACTTCCTGATAAGGCTGTAGTTGGCCATGTTTGTTTGGGAACAAAATGTGA
TTACCATCAGATCGACGACGTTTTCATATGCCAAGAGACTGGAAATGTTCATGTATGTGA
TGACAACTGCAAGGAAGTAATATTTTGTCGGGAGAGTGGGAACATGGTGTGTACTATCTC
AGGGCTTTGTTCTGAAAGTTTGCTCGTACAAGATGATTCAGACGCAGATGAGGAAGAAGC
TGAACAAGAAGCTGAAGTTTTAACAGGAAGAGGCCGTTTTGGTCGAGCTTTTGAATTTGG
ATACAACTGCGAGAGTGAGCAGGAGTTAGATCGCTCCTTTGGGTTCTGCTGATCAAAACT
TTCAGCCTTTTCGTTCAGTTCCAAAATCTTTACCGTCTCTAATACCAAGTCTGCATGAGT
TTTCACGGTAAAACATCTGTAGAGTGCAATGAATCAAAAGTAGCTTGTTGTTTTAGTAGT
CTTAATGTTTCTTTGTAATTTATGCAGATCTTTGTCTGTAATTTGCTATACAATCCCCCT
TACAAAAATGTTTACTTGTAGTAATTAAGCTCCATTATTTTTCC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL6950Contig1 379 2 2 U
GGAGAGAGATTAGATTCGAGAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAG
ATGAGTTTCCAAGACCTCGAAGCTGGCTCTCGATTCCAATCGCCGAATCGTTTCACCGGC
GGGAGGAGGCAGCAGAAACCTCTGTCGCGTGGAGATCCGTCTCAGGAGGTAGCCGCCGGG
ATCTTCAGGATAAGCACGGCCGTCAATTCCTTCTTCCGCCTCGTTAATTCGATCGGAACG
CCTAAGGATACTCTCGATTTGCGAGATAAGCTGCAAAAGACAAGGTTGCAGATATCAGAA
CTGGTGAAAAATACGTCAGCTAGCTTAAAGAAGCTAGCGAAGCCGACCTCCATGGAGCAA
CTACTCCAATTAAGAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP26TF U 1
AF RR1GR38TF U 98
BS 1 283 RR1GP26TF
BS 284 379 RR1GR38TF

RD RR1GP26TF 283 0 0
GGAGAGAGATTAGATTCGAGAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAG
ATGAGTTTCCAAGACCTCGAAGCTGGCTCTCGATTCCAATCGCCGAATCGTTTCACCGGC
GGGAGGAGGCAGCAGAAACCTCTGTCGCGTGGAGATCCGTCTCAGGAGGTAGCCGCCGGG
ATCTTCAGGATAAGCACGGCCGTCAATTCCTTCTTCCGCCTCGTTAATTCGATCGGAACG
CCTAAGGATACTCTCGATTTGCGAGATAAGCTGCAAAAGACAA

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR1GR38TF 282 0 0
G
ATCGCCGAATCGTTTCACCGGCGGGAGGAGGCAGCAGAAACCTCTGTCGCGTGGAGATCC
GTCTCAGGAGGTAGCCGCCGGGATCTTCAGGATAAGCACGGCCGTCAATTCCTTCTTCCG
CCTCGTTAATTCGATCGGAACGCCTAAGGATACTCTCGATTTGCGAGATAAGCTGCAAAA
GACAAGGTTGCAGATATCAGAACTGGTGAAAAATACGTCAGCTAGCTTAAAGAAGCTAGC
GAAGCCGACCTCCATGGAGCAACTACTCCAATTAAGAAGAT

QA 2 282 2 282
DS 



AS 1 2

CO CL6951Contig1 272 2 1 U
TTTTTTAGCATCCAAATTCGTTTGTGTATGTGTAACAAGTAGGCTTTAGAGCTTTGGCTG
CAAGTTTTGGGTGCAATAGAAGGTGGTAGGTAATAATAGCATTACCTAGCTAGGTGTTTT
AGACACTAAACAGTTTCTTCTTTTTCCGGAAATTAATCTTTATATTTGTCTTTCTTTTAG
CATTAGAGAATCGATTTGTTTTCTTTCTGGTGTGGTGGGGTTTTTTTCACTTCATGTAAA
CTATGTATTATTAAATAAAACTAATCTCTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F010JQ C 1
AF RR1F010TF U 1
BS 1 272 RR1F010TF

RD RR1F010JQ 272 0 0
TTTTTTAGCATCCAAATTCGTTTGTGTATGTGTAACAAGTAGGCTTTAGAGCTTTGGCTG
CAAGTTTTGGGTGCAATAGAAGGTGGTAGGTAATAATAGCATTACCTAGCTAGGTGTTTT
AGACACTAAACAGTTTCTTCTTTTTCCGGAAATTAATCTTTATATTTGTCTTTCTTTTAG
CATTAGAGAATCGATTTGTTTTCTTTCTGGTGTGGTGGGGTTTTTTTCACTTCATGTAAA
CTATGTATTATTAAATAAAACTAATCTCTTTT

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR1F010TF 272 0 0
TTTTTTAGCATCCAAATTCGTTTGTGTATGTGTAACAAGTAGGCTTTAGAGCTTTGGCTG
CAAGTTTTGGGTGCAATAGAAGGTGGTAGGTAATAATAGCATTACCTAGCTAGGTGTTTT
AGACACTAAACAGTTTCTTCTTTTTCCGGAAATTAATCTTTATATTTGTCTTTCTTTTAG
CATTAGAGAATCGATTTGTTTTCTTTCTGGTGTGGTGGGGTTTTTTTCACTTCATGTAAA
CTATGTATTATTAAATAAAACTAATCTCTTTT

QA 1 272 1 272
DS 



AS 1 2

CO CL6952Contig1 694 2 1 U
CGCTTAAGAAAAAAAAGCAGAGCGAGTGGAAAAAAAAAGAAAGTCGTCGTCTTTTCACCT
TCTCCGGCCACGGCATCTCGTCGTTGGTTCCGTGAGAAGGTGTTTGCCTGTCCTTTCTTG
TTTTATGCTTTTCTTTAGTCTAAATGGTCTCAAATCCAAACAGAAACTTCATATTTCCGG
ATTGAAGTGAAGGGATTCAGATCTGGACGCAACAGACATCGATCTCGACAGATCTATGAG
ATCTATGGTCTGTGGTGGTTGGCGAATGATTACCGGCTGTAAGGAGAAGATCCGTGTTAA
TTAAGGCTCGGGTAGTCTTGCCGTGGTGTGGAGGCGCGTAGAAGACGCGTGGTGAATCCT
TTCAAAGTCCAATAGCGAGTTGAAGTTGGAGTTGGAGGAGGTCAATGGAGTACATGCGCA
TAGGAGGTGGAGGCGCAGTCTACAGCAACGGTTTTCTATTAGTTAACAGTCCGGTTTGTT
TCCTCTATGAATGGGTTTGAGTCTGTCTAGGTGTTTGTCATAAGCTTGTCTTGTGTCTTG
TAGTTTATGTGTTAATTTTCATCCTTGGCTCTGGCTCCAGGTAGTATTGTTTACTACACT
GGCTTTTGGCTCCGAAAGAATCTGTTGTTTTGCCGGCTTGTTTGTGTCTTGATGTAACCT
TTGTTGAATATTTCTTATTAATCCAACAGATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B261TF U 1
AF RR1B261JQ C 58
BS 1 694 RR1B261TF

RD RR1B261TF 694 0 0
CGCTTAAGAAAAAAAAGCAGAGCGAGTGGAAAAAAAAAGAAAGTCGTCGTCTTTTCACCT
TCTCCGGCCACGGCATCTCGTCGTTGGTTCCGTGAGAAGGTGTTTGCCTGTCCTTTCTTG
TTTTATGCTTTTCTTTAGTCTAAATGGTCTCAAATCCAAACAGAAACTTCATATTTCCGG
ATTGAAGTGAAGGGATTCAGATCTGGACGCAACAGACATCGATCTCGACAGATCTATGAG
ATCTATGGTCTGTGGTGGTTGGCGAATGATTACCGGCTGTAAGGAGAAGATCCGTGTTAA
TTAAGGCTCGGGTAGTCTTGCCGTGGTGTGGAGGCGCGTAGAAGACGCGTGGTGAATCCT
TTCAAAGTCCAATAGCGAGTTGAAGTTGGAGTTGGAGGAGGTCAATGGAGTACATGCGCA
TAGGAGGTGGAGGCGCAGTCTACAGCAACGGTTTTCTATTAGTTAACAGTCCGGTTTGTT
TCCTCTATGAATGGGTTTGAGTCTGTCTAGGTGTTTGTCATAAGCTTGTCTTGTGTCTTG
TAGTTTATGTGTTAATTTTCATCCTTGGCTCTGGCTCCAGGTAGTATTGTTTACTACACT
GGCTTTTGGCTCCGAAAGAATCTGTTGTTTTGCCGGCTTGTTTGTGTCTTGATGTAACCT
TTGTTGAATATTTCTTATTAATCCAACAGATGAC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1B261JQ 637 0 0
CCTTCTCCGGCCACGGCATCTCGTCGTTGGTTCCGTGAGAAGGTGTTTGCCTGTCCTTTC
TTGTTTTATGCTTTTCTTTAGTCTAAATGGTCTCAAATCCAAACAGAAACTTCATATTTC
CGGATTGAAGTGAAGGGATTCAGATCTGGACGCAACAGACATCGATCTCGACAGATCTAT
GAGATCTATGGTCTGTGGTGGTTGGCGAATGATTACCGGCTGTAAGGAGAAGATCCGTGT
TAATTAAGGCTCGGGTAGTCTTGCCGTGGTGTGGAGGCGCGTAGAAGACGCGTGGTGAAT
CCTTTCAAAGTCCAATAGCGAGTTGAAGTTGGAGTTGGAGGAGGTCAATGGAGTACATGC
GCATAGGAGGTGGAGGCGCAGTCTACAGCAACGGTTTTCTATTAGTTAACAGTCCGGTTT
GTTTCCTCTATGAATGGGTTTGAGTCTGTCTAGGTGTTTGTCATAAGCTTGTCTTGTGTC
TTGTAGTTTATGTGTTAATTTTCATCCTTGGCTCTGGCTCCAGGTAGTATTGTTTACTAC
ACTGGCTTTTGGCTCCGAAAGAATCTGTTGTTTTGCCGGCTTGTTTGTGTCTTGATGTAA
CCTTTGTTGAATATTTCTTATTAATCCAACAGATGAC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL6953Contig1 833 2 6 U
GGAGTCCTTACTTCCTCTCTCTCTCACTCACTCTCTGGTCTCTACGGACTCTCGCCTTGT
CCGAATCTAGATTTTCTTTAAGGGTACCAATGAGTTATCTGGGGATCGGAATCAGTCCCG
GAAACGTCGCCATCTACCAAGGAGGCAAGATGAAGCTGATTGATCAGAGAGTCAGGCTAA
CGGAGGTTCTCTTACGCTGCTCCGTGAGTGTCTTCGCTCTCCTCGCACTTATTCTGATGG
TTACAGACACTCAGGTCAAGCGTATCTTCGTAGTTGAGAAGAGGGCCACGTACACCGACA
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BQ
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AF RR1BZ45TF U 1
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AAC

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QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GK77JQ C 1
AF RR1GK77TF U 1
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DS 

RD RR1GK77TF 577 0 0
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CGTTTGGAGCTGGACGAAGAATATGCCCTGGAATGTCTTTGTCTATGAAGACAGTATCTC
TCGTTCTTGCTTCTCTTCTTCATTCTTTTGAATGGAAGCTTCAAAACGGTGTCCTTCCTG
AGGATTTGAACATGGATGAGAGCTTCGGTGTTAGCTTGCATAAGACCAACCCACTTTATG
CAGTCCCCGTCAAGAAATTGAATAAAACTACCACTCTTGTATCGTAAGTCTTGGTTTTTA
TTCTGGATCTTATTTTTACTAGAACTTCAACTTGTTTGAATACGATAGTCAGAGGAAACT
ATCCATCCTCTTCTTCTTGCTTTGTTTTGTAAAATAAGTAATGAGATATTTCGATTTGAA
GGATACTTTCTAGGCGTGAATCTGAACTTGGAATTCG

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

CO CL6955Contig1 687 2 3 U
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TACCATATTGAATAGTCTTAGAGCAGCAGCAATGGTAAGTTCTTAAATGGTATACCATCT
ACCAACAAGTTTCATAGGTCCTTTTCCATCTCTCTCCAAGTAAATTCCATCACTCTTAGC
AATCCATGTGCGTAACCCATTTTTACATGGAGGTGTCGGAGCTGATAATTCTACTGTCAA
TGGATAATTAGGCTGTCCTTTTTTTTTAACGGAAAATTAATAAGTCCTTTAATCAAAAAA
CAACTCCATTTTGGAACGTTCGCTTCGTCACGATATACATATTTTTCATTAAATTTTAAG
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BQ
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BQ
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AF RR1F703TF C 1
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DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AO38TF U 1
AF RR1AO38JQ C 53
BS 1 94 RR1AO38TF
BS 95 95 RR1AO38JQ
BS 96 853 RR1AO38TF
BS 854 876 RR1AO38JQ

RD RR1AO38TF 853 0 0
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CTCCCTGTCACCAACCAGCAAGCCACACAACCCC*AACCCCAGCCACCAATCAACACCCA
CGCCTTCCGCACATTCCTCTCCCGCCTCTCCTCCTCCCTCCGCGACGGCCTCTCCCAGCG
CCGCCCCTGGCTGGAGCTCGCGGATCGGAGCTCCTTCGCCAGACCCGACTCTCTAACCGA
CTCCATCTCCCGGATCCGAAAGAACCTCTCCTACTTCAAGGTGAACTACGCCGCGGTCGT
CTCCCTGGTCCTCGCCTTCTCCCTCCTCTCCCACCCTTTCTCGCTCCTCGTCCTCCTCTC
CCTCCTCGGCGCGTGGATGTTCCTCTACCTCTTCAGATCCTCCGATCAGCCGCTGGTTAT
CTTCGGGCGCGGGTTCTCGGATCGGGAGACGCTGCTCGGCCTCGTCGTGGCGACGGTCGT
GGTTGTGTTTATGACGAGCGTTGGATCTCTGTTGACTTCCGCGTTGACTGTTGGAGTGGC
GGTTGTTTGCTTGCACGGGGCGTTTAGGGTTCCGGATGATTTGTTTCTGGATGAGCAGGA
GCCTGCTGCTAATGCTGGCTTGCTCTCGTTTGTTGGTAACTCCGCGGCTACTTCTGCTGC
TGCTTCCGTTGTCACGGGACGAGTTTGAGAGCTGGAGGTGGATTCAATTCGTAGCTGTTA
TGTTTTGAGTATAGATTCGATATGAAAGCTATGTAAGATTTTAAGATCTAAAGAGGCATT
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TCAAATCATTTTG

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DS 

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TCCCAGCGCCGCCCCTGGCTGGAGCTCGCGGATCGGAGCTCCTTCGCCAGACCCGACTCT
CTAACCGACTCCATCTCCCGGATCCGAAAGAACCTCTCCTACTTCAAGGTGAACTACGCC
GCGGTCGTCTCCCTGGTCCTCGCCTTCTCCCTCCTCTCCCACCCTTTCTCGCTCCTCGTC
CTCCTCTCCCTCCTCGGCGCGTGGATGTTCCTCTACCTCTTCAGATCCTCCGATCAGCCG
CTGGTTATCTTCGGGCGCGGGTTCTCGGATCGGGAGACGCTGCTCGGCCTCGTCGTGGCG
ACGGTCGTGGTTGTGTTTATGACGAGCGTTGGATCTCTGTTGACTTCCGCGTTGACTGTT
GGAGTGGCGGTTGTTTGCTTGCACGGGGCGTTTAGGGTTCCGGATGATTTGTTTCTGGAT
GAGCAGGAGCCTGCTGCTAATGCTGGCTTGCTCTCGTTTGTTGGTAACTCCGCGGCTACT
TCTGCTGCTGCTTCCGTTGTCACGGGACGAGTTTGAGAGCTGGAGGTGGATTCAATTCGT
AGCTGTTATGTTTTGAGTATAGATTCGATATGAAAGCTATGTAAGATTTTAAGATCTAAA
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TAGTTACTTCAAATCATTTTGATACTCTTGTAGTTTTTGTCACC

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGCAGAAAAGGAGGGAAAAATAAAGCTTTTGGGGTGTTGGGCAAGTCCTTTCAGTCGTAG
GGTCGAGATGGCTCTCAAACTCAAAGGCATACCATACGAATACTTGGAGGAAGCCTTGCC
CAACAAGAGCCCTTTGCTTCTTGAGCTAAACCCGATTCACAAGAAGGTTCCGGTTCTTGT
CCACAACGATAAAATATTACCCGAGTCACATCTAATCCTCGAGTACATCGACCAAACATG
GAGTAACAATCCAATTCTACCTCAAGATCCCTACGAGAAAGCCATGGCTCGATTCTGGGC
CTAATTCATCGATGATCAGATTCTAACGGTAGGATTCAGGTCTCTGGTAAAAGCAGAGAA
GGGGAGAGAGGTTGCTATTGAAGAGGCTCGAGAAAAGTTTGCGTTTCTTGAGAAGGAAGT
CACTGGAAAAGATTTCTTCGGTGGCAAGACACTCGGATTTGTGGACATGGTCGCAGGAAG
TATAATCCCGTTTTGTTTGGCTCGTCTTTGGGAAGGTATGAGAATAGATGTGATTCCAGA
GGACGAGTTTCCAGAGCTAAACAGATGGATCAAAAATCTGAAAGATATTGAGAGCGTGAG
GGAATGTATACCTCATAGAGAGAAACAAATTGAGCACATGATGAAAGTTTCAGAGCGATA
CAAATTGGCCTAGGAGAGAAGATCATCGTATTTCTGGAATGTTTACTACATATATGCTTG
CATGGCTTTGCTTTTTATACGTTTGGAATAAAAGTGGAGTTGTGTAGCTCGTACTGGTAG
TGGACACTTTTGTATGATATTATAATTATCTTAGAAGGTTTATACATGACAATATATTAT
ATGTTTTCTTCTGTAAACTATATATTATATTATATGTTTGTATTTTGATATATAAGAAAT
AAAATGGAAAATTGATAGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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BS 730 980 RR1GB13JQ

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QA 1 729 1 729
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CACTGGAAAAGATTTCTTCGGTGGCAAGACACTCGGATTTGTGGACATGGTCGCAGGAAG
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ATGTTTTCTTCTGTAAACTATATATTATATTATATGTTTGTATTTTGATATATAAGAAAT
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QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

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CCTCCTCCTCCTCAAACTTCCGCTTACACCACTCAAAATCCTTAGCCGGACTCCCTTCCC
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TATCTTTCGGGGAGGACTCCTCTGTTTACAAGAACACAACTTCAGTTTCATACACTCCTT
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TCATCACGAGACTGCCACCTTCCATTTACAAAGCTGTGAAGACAGAGTTTCTAAAACAGT
TCTCTGGGTTTCCTTCAGCTCCAAGTTATTCAATCTTGGACACTTGTTTTAACCTCACAA
GTTATGAAGACGTAAGCATACCAACTATCAAAATGATCTTCCAAGGTAACGCCGAGCTTG
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CCTTGGCAAGTCTTTCATATGAAAACGATGTTGGTATCATTGGAAACTATCAACAGAAAA
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ATAGAAAAATAATCAAATGAAGT


BQ
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AF RR1EQ26TF U 1
AF RR1EQ26JQ C 510
BS 1 739 RR1EQ26TF
BS 740 1283 RR1EQ26JQ

RD RR1EQ26TF 739 0 0
GGATAAAAGGTGAGCCACCAGTCAATCACCAAGTACTCCCTCTGAGCTCCTTCTTCACCA
TGGCGGCAGGTCTCTCAACCACCACCGTAACATTCAACCCCCTCCACCGCTCTTTCTCAT
CCTCCTCCTCCTCAAACTTCCGCTTACACCACTCAAAATCCTTAGCCGGACTCCCTTCCC
CTCTCCGGTTCAGAGGCTTCTCGGTCTGCTACGTCGTTGAACCGCGGAGGCAGAGCTCTC
CCGTCGATAATAACGATGAGAGAACCGAGAGAACCAACGCCATAGATCCCGAGCTATTGG
CGTTGCGTCTGGCTGAGAAACTGGAGAGGAAGGAGTCCGAGAGGTTCACTTATCTAGTAG
CTGCAGTGATGTCAAGCTTCGGTATCACTTCCATGGCCGTTACGGCCGGGGCAACTGGGC
GGAAAGTCGAGAGCTTTGTCTTTGGTTGTGGCCGAAGCAACAAAGGTTTGTTTGGAGGAG
CTTCTGGTCTTATGGGTTTGGGAAGAAGCTCTGTTTCTTTAGTCTCACAAACCATGAAAA
ACTTCAACGGTGTCTTCTCCTACTGTCTACCTTCTCTTGAAGATGGAGCTTCAGGCTCAC
TATCTTTCGGGGAGGACTCCTCTGTTTACAAGAACACAACTTCAGTTTCATACACTCCTT
TAGTACAAAACCCTCAGCTTAGTTCCTTTTACGTTCTGAACCTCACCGGTGCTAGCATTG
GTGGCGTGGAGCTGGAGTC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1EQ26JQ 774 0 0
TCTGTTTCTTTAGTCTCACAAACCATGAAAAACTTCAACGGTGTCTTCTCCTACTGTCTA
CCTTCTCTTGAAGATGGAGCTTCAGGCTCACTATCTTTCGGGGAGGACTCCTCTGTTTAC
AAGAACACAACTTCAGTTTCATACACTCCTTTAGTACAAAACCCTCAGCTTAGTTCCTTT
TACGTTCTGAACCTCACCGGTGCTAGCATTGGTGGCGTGGAGCTGGAGTCTTCAAGCTTT
GGAAGAGGGATTCTAATCGATTCAGGAACGGTCATCACGAGACTGCCACCTTCCATTTAC
AAAGCTGTGAAGACAGAGTTTCTAAAACAGTTCTCTGGGTTTCCTTCAGCTCCAAGTTAT
TCAATCTTGGACACTTGTTTTAACCTCACAAGTTATGAAGACGTAAGCATACCAACTATC
AAAATGATCTTCCAAGGTAACGCCGAGCTTGAGGTGGATGTCACTGGTGTGTTTTACTTT
GTCAAGCCAGATGCATCTCTAGTCTGCTTGGCCTTGGCAAGTCTTTCATATGAAAACGAT
GTTGGTATCATTGGAAACTATCAACAGAAAAACCAGAGAGTGATATATGATACCAAACAA
GAGAAGCTTGGGATAGCAAGAGAAAACTGCAGTTTCTGATGACTACCTAATGACTTGTGT
AATAAGCTTTGTGTGTTCCCCTCCTCCCCCCTCATATCATGAAAAGCCAATCATCTCTTT
TGGCAAAGTATTTGAAACAAACAATTATAAAATAGAAAAATAATCAAATGAAGT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

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AAATCTGAGTTACAAGTATTATAAAACTGAAACCATAATCAGCTATTTATTTCTACTGTC
ATGACAACAGTTCTGTGGTGAATGTGCTACTTTGTAATGTATACTAATGTATAACAAGCT
TTCTAGCAACTAAACGGATCCCAGCTCTTTGCTGATAATCATATGGCTCCAGGGACAAGA
AAGCGTCAAGGACAGTTCCTGGTTTCACCAAAGAGTCAAGCTCCTCACCACTTGGGTTGC
TTGAGATGAGTTTCTGAGAAGTAGTAGTAGTAGCTCCAGAGAACTCTCTCTGGTGTATCT
CAGCTGCATAACGGTACACATCTCCATTTAACCCTATCGGTATATGTATCCTTGCGGTAG
GGCTGAAAAACCCTTTCATAGGAATGATCACCGGGTTCCAGTCAGAACCGCTCCCTGAAT
CAACAGATATCGTCTTTGCAGCACTGTCACATTCTTGCAATACGTTGCAGAGACTTAGAA
TCAGATCAATCATAAAGTTCAGCTTCCTCCTCCCAAAATTATCCATAAACTTGCCACTGA
TTCCATACCGTACTTTCAGGTCAGGACAACGGAGCTGAAGAGGTTTGTTGTCTCCATGTA
AGAGCTGAGGCTTCGTTATTTGACTCCCCTGATAAAGCGGGACCTGAACGGCTTTGATGC
TTGGAATAGATATCTCCCCAGGCTCAAAGAATCTTTCCTGGTCAGAGGTAATAGACACAG
ATGGCTGATTACGTTCTTCTTCCATGGGAACATCTGGTTGAAGAGTCTCGGAGGCTATCT
CGTTGCTTAGAGTGCTCATATCA


BQ
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AF RR1DO95JQ U 21
AF RR1G879JQ U 1
BS 1 315 RR1G879JQ
BS 316 316 RR1DO95JQ
BS 317 479 RR1G879JQ
BS 480 480 RR1DO95JQ
BS 481 803 RR1G879JQ

RD RR1DO95JQ 654 0 0
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TATGTGCTACTTTGTAATGTATACTAATGTATAACAAGCTTTCTAGCAACTAAACGGATC
CCAGCTCTTTGCTGATAATCATATGGCTCCAGGGACAAGAAAGCGTCAAGGACAGTTCCT
GGTTTCACCAAAGAGTCAAGCTCCTCACCACTTGGGTTGCTTGAGATGAGTTTCTGAGAA
GTAGTAGTAGTAGCTCCAGAGAACTCTCTCTGGTGTATCTCAGCTGCATAACGGTACACA
TCTCCATTTAACC*TATCGGTATATGTATCCTTGCGGTAGGGCTGAAAAACCCTTTCATA
GGAATGATCACCGGGTTCCAGTCAGAACCGCTCCCTGAATCAACAGATATCGTCTTTGCA
GCACTGTCACATTCTTGCAATACGTTGCAGAGACTTGGAATCAGATCAATCATAAAGTTC
AGCTTCCTCCTCCCAAAATTATCCATAAACTTGCCACTGATTCCATACCGTACTTTCAGG
TCAGGACAACGGAGCTGAAGAGGTTTGTTGTCTCCATGTAAGAGCTGAGGCTTCGTTATT
TGACTCCCCTGATAAAGCGGGACCTGAACGGCTTTGATGCTTGGAATAGATATC

QA 1 654 1 654
DS 

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ATGACAACAGTTCTGTGGTGAATGTGCTACTTTGTAATGTATACTAATGTATAACAAGCT
TTCTAGCAACTAAACGGATCCCAGCTCTTTGCTGATAATCATATGGCTCCAGGGACAAGA
AAGCGTCAAGGACAGTTCCTGGTTTCACCAAAGAGTCAAGCTCCTCACCACTTGGGTTGC
TTGAGATGAGTTTCTGAGAAGTAGTAGTAGTAGCTCCAGAGAACTCTCTCTGGTGTATCT
CAGCTGCATAACGGTCCACATCTCCATTTAACCCTATCGGTATATGTATCCTTGCGGTAG
GGCTGAAAAACCCTTTCATAGGAATGATCACCGGGTTCCAGTCAGAACCGCTCCCTGAAT
CAACAGATATCGTCTTTGCAGCACTGTCACATTCTTGCAATACGTTGCAGAGACTTAGAC
TCAGATCAATCATAAAGTTCAGCTTCCTCCTCCCAAAATTATCCATAAACTTGCCACTGA
TTCCATACCGTACTTTCAGGTCAGGACAACGGAGCTGAAGAGGTTTGTTGTCTCCATGTA
AGAGCTGAGGCTTCGTTATTTGACTCCCCTGATAAAGCGGGACCTGAACGGCTTTGATGC
TTGGAATAGATATCTCCCCAGGCTCAAAGAATCTTTCCTGGTCAGAGGTAATAGACACAG
ATGGCTGATTACGTTCTTCTTCCATGGGAACATCTGGTTGAAGAGTCTCGGAGGCTATCT
CGTTGCTTAGAGTGCTCATATCA

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL6962Contig1 796 2 4 U
GGAAAGAAAGCAAAAACCAGACAAATAAATTTAAAAGAAAACTGATGATGAAGGGTCTTC
ATTTCAATCTCTTCCTGGTCACCATGACGGTTGTTGCATCCATCTCCGCGGCTACACCAG
CAGCTCCGGCGGCAGGGGGAGCTTTGGCAGACGAGTGCAGCCAAGATTTTCAAAAGGTGA
CATTATGTTTGGATTTCGCGACCGGGAAGGCACCAAATCCGTCCAAGAAGTGTTGTGACG
CTATTGAAGATACAAAAGAGAGGTATCCAAAGTGTTTGTGTTACGTGATACAGCAAGCGA
AGACAGGAGGACAAGCTTTGAAGGATCTTGGTGTCCAAGAAGATAAACTTATTCAGCTTC
CAACTTCTTGTCAGCTCCACAACGCTAGCATCTCCGACTGTCCAAAGCTTCTCGGGATTT
CACCGAGCTCACCAGACGCAGCCGTATTCACAAGCAATGCCACATCAACAACAACACCAG
CGGCTCCAGTAGGGAAGTCTCCTGCAACTCCAACGACGTCTACGGGTACAGGAGGATCAC
CTTCCATAAGAGATGGTCACGCCACCGTGGCTTTAGCTCTCGCTTTGATGGCCTTCTCCT
TTGTCTCGATCTTGCCTAGGATGGGTTTGGCCTAGATGGTAGGCACGTAACATTAGGGAT
GTAACCTTTCTTTATTATGTGGTGCTTTTGTTTCAAAAATTTCAAGACTATCGTTTCAAC
TGTGTTTCTTGGTTCGGACCATTTGTTGTAATGAGGGAACATTCCACTTAATCGAATCTC
GCACATAACTAAGACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FF74TF U 1
AF RR1FF74JQ C 131
BS 1 698 RR1FF74TF
BS 699 699 RR1FF74JQ
BS 700 772 RR1FF74TF
BS 773 796 RR1FF74JQ

RD RR1FF74TF 772 0 0
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ATTTCAATCTCTTCCTGGTCACCATGACGGTTGTTGCATCCATCTCCGCGGCTACACCAG
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CATTATGTTTGGATTTCGCGACCGGGAAGGCACCAAATCCGTCCAAGAAGTGTTGTGACG
CTATTGAAGATACAAAAGAGAGGTATCCAAAGTGTTTGTGTTACGTGATACAGCAAGCGA
AGACAGGAGGACAAGCTTTGAAGGATCTTGGTGTCCAAGAAGATAAACTTATTCAGCTTC
CAACTTCTTGTCAGCTCCACAACGCTAGCATCTCCGACTGTCCAAAGCTTCTCGGGATTT
CACCGAGCTCACCAGACGCAGCCGTATTCACAAGCAATGCCACATCAACAACAACACCAG
CGGCTCCAGTAGGGAAGTCTCCTGCAACTCCAACGACGTCTACGGGTACAGGAGGATCAC
CTTCCATAAGAGATGGTCACGCCACCGTGGCTTTAGCTCTCGCTTTGATGGCCTTCTCCT
TTGTCTCGATCTTGCCTAGGATGGGTTTGGCCTAGATGGTAGGCACGTAACATTAGGGAT
GTAACCTTTCTTTATTATGTGGTGCTTTTGTTTCAAAA*TTTCAAGACTATCGTTTCAAC
TGTGTTTCTTGGTTCGGACCATTTGTTGTAATGAGGGAACATTCCACTTAAT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1FF74JQ 666 0 0
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GGATTTCGCGACCGGGAAGGCACCAAATCCGTCCAAGAAGTGTTGTGACGCTATTGAAGA
TACAAAAGAGAGGTATCCAAAGTGTTTGTGTTACGTGATACAGCAAGCGAAGACAGGAGG
ACAAGCTTTGAAGGATCTTGGTGTCCAAGAAGATAAACTTATTCAGCTTCCAACTTCTTG
TCAGCTCCACAACGCTAGCATCTCCGACTGTCCAAAGCTTCTCGGGATTTCACCGAGCTC
ACCAGACGCAGCCGTATTCACAAGCAATGCCACATCAACAACAACACCAGCGGCTCCAGT
AGGGAAGTCTCCTGCAACTCCAACGACGTCTACGGGTACAGGAGGATCACCTTCCATAAG
AGATGGTCACGCCACCGTGGCTTTAGCTCTCGCTTTGATGGCCTTCTCCTTTGTCTCGAT
CTTGCCTAGGATGGGTTTGGCCTAGATGGTAGGCACGTAACATTAGGGATGTAACCTTTC
TTTATTATGTGGTGCTTTTGTTTCAAAAATTTCAAGACTATCGTTTCAACTGTGTTTCTT
GGTTCGGACCATTTGTTGTAATGAGGGAACATTCCACTTAATCGAATCTCGCACATAACT
AAGACT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL6963Contig1 640 2 2 U
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TAAGGCACCAGAAGGTTCCACAAGAAAAACAGAAGCTCAGAAGCAAGTACTTGAAGCCAT
GTCTCACAGACTTCATGTTGACAACAGTGTGAAACTCGTCGGCAAACTCTTGTTTGGCAT
TTCAGAAGGTTCTGAAGTGCTAAACAAAGTACGTCCTGCTGGACAACCACTCGCCGATGA
CTGGAGTTGCCTTAAAAACATGGTGAGAGCTTTCGAGAGACACTGTGGATCGCTGTCACA
GTACGGTATCAAGCACATGAGGTCATTTGCAAACATCTGCAACGCAGGGATCCAAATGGA
GCAAATGGAAGAGGCAGCTTCACAGGCTTGCACCTCAATCCCACCTGGTCCTTGGAGCTC
TCTTCACCGTGGATTCAGTGCTTAAAAACCCTAATCCCTCTTTGCATTTGTTTATATTAG
TACCAATGCGCAGATATTCCTATTTTCAATTTGTAATGGTTAATCTCCCTGTATATCTCA
TTATCATTTCCCTCTTCATTGTGTAATTACAGATTATCCATTTGGTAATGTACAAAATGG
TTGTAGAAACTCAAGTTAATGTATACAAGTTTGCTTATTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EP32TF U 1
AF RR1FN43TF U 1
BS 1 637 RR1EP32TF
BS 638 640 RR1FN43TF

RD RR1EP32TF 637 0 0
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TAAGGCACCAGAAGGTTCCACAAGAAAAACAGAAGCTCAGAAGCAAGTACTTGAAGCCAT
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TTCAGAAGGTTCTGAAGTGCTAAACAAAGTACGTCCTGCTGGACAACCACTCGCCGATGA
CTGGAGTTGCCTTAAAAACATGGTGAGAGCTTTCGAGAGACACTGTGGATCGCTGTCACA
GTACGGTATCAAGCACATGAGGTCATTTGCAAACATCTGCAACGCAGGGATCCAAATGGA
GCAAATGGAAGAGGCAGCTTCACAGGCTTGCACCTCAATCCCACCTGGTCCTTGGAGCTC
TCTTCACCGTGGATTCAGTGCTTAAAAACCCTAATCCCTCTTTGCATTTGTTTATATTAG
TACCAATGCGCAGATATTCCTATTTTCAATTTGTAATGGTTAATCTCCCTGTATATCTCA
TTATCATTTCCCTCTTCATTGTGTAATTACAGATTATCCATTTGGTAATGTACAAAATGG
TTGTAGAAACTCAAGTTAATGTATACAAGTTTGCTTA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1FN43TF 640 0 0
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TAAGGCACCAGAAGGTTCCACAAGAAAAACAGAAGCTCAGAAGCAAGTACTTGAAGCCAT
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TTCAGAAGGTTCTGAAGTGCTAAACAAAGTACGTCCTGCTGGACAACCACTCGCCGATGA
CTGGAGTTGCCTTAAAAACATGGTGAGAGCTTTCGAGAGACACTGTGGATCGCTGTCACA
GTACGGTATCAAGCACATGAGGTCATTTGCAAACATCTGCAACGCAGGGATCCAAATGGA
GCAAATGGAAGAGGCAGCTTCACAGGCTTGCACCTCAATCCCACCTGGTCCTTGGAGCTC
TCTTCACCGTGGATTCAGTGCTTAAAAACCCTAATCCCTCTTTGCATTTGTTTATATTAG
TACCAATGCGCAGATATTCCTATTTTCAATTTGTAATGGTTAATCTCCCTGTATATCTCA
TTATCATTTCCCTCTTCATTGTGTAATTACAGATTATCCATTTGGTAATGTACAAAATGG
TTGTAGAAACTCAAGTTAATGTATACAAGTTTGCTTATTT

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

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TTCTGTTGCGTGTTCAATTTTAGAATGATGAGTGGTTTAAAAACGCCCAAATAAAAAGAC
CATTTGAGGTTATTTCTGTTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FQ05JQ C 1
AF RR1FQ05TF U 1
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RD RR1FQ05JQ 261 0 0
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TCTATGGGCTTTTTTTACATTTTGCTTTGACATTATCGGCTTTTCGATTTGTGTTTTGAT
TTTTGTTGCGTGTTCAATTTTAGAATGATGAGTGGTTTAAAAACGCCCAAATAAAAAGAC
CATTTGAGGTTATTTTTGTTG

QA 1 261 1 261
DS 

RD RR1FQ05TF 261 0 0
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AGGACTACAAGTACTGAGAGAATCGTCTGTGACGTCCTCATTAAACACCCTCGATATATT
TCTATGGGCTTCTTCTACATTTTGCTTTGACATTATCGGCTTTTCGATTTGTGTTTTGAT
TTCTGTTGCGTGTTCAATTTTAGAATGATGAGTGGTTTAAAAACGCCCAAATAAAAAGAC
CATTTGAGGTTATTTCTGTTG

QA 1 261 1 261
DS 



AS 1 2

CO CL6965Contig1 771 2 8 U
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ATAGCAATAGCATTAATAATGGCGACGATGGTGGCTGCTGGTGAGGACAAGGCGAAGGAT
AAGGAAGAGTGTACCGAGCAGCTTGTGGGTATGGCCACATGTCTTCCTTACGTGCAAGGA
CAGGCAAAGACTCCGACGCCGGACTGTTGCTCAGGCTTAAAACAGGTTCTCAAATCCGAC
AAGAAGTGTCTTTGTGTGATCATCCAAGACAGGAATGATCCTGACTTGGGTCTCCAGATC
AACGTCTCTCTCGCTCTTGCTCTTCCTACTGTTTGCCACGCCGTTGCTGACGTCACCAAG
TGCCCTGCTTTGCTTCATATGGACCCAAAATCTCAAGAAGCCCAAGTGTTCTATCAGCTG
GCAAACGGTTTAAACAAAACTAGCCCAGCCTCTGCTCCTGCCGGTTCGGCCCCTGAGCCC
ACAAGTATATCTCCAACCGCAGGATCCGATGGTAACAACAGTGGCCGGACGACCTCTTTG
CCAAGCAAGAACCACGCTCATAGCTTTCGGAAACGGTGGCTAAGGCTTGAAGTTGTTGCC
CAACTCTTCATAATATCATTTATTATCACCGTTTAAAAATAGTACTGTATTGAAAAGTGA
ATTTGTGCGGTTGCAGTGAGTCGGTGCCATTGATTTTATGCAGTTACTGTTTCGTGAGAA
CTCTTCCCAACTTTTTTTTTGTATGACGCAAAATAAGACACGAGTTACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EL68TF U 1
AF RR1EL68JQ C 52
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QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1EL68JQ 720 0 0
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QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1BE76JQ C 1
AF RR1BE76TF U 1
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RD RR1BE76JQ 472 0 0
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TATTTTCAGCTCCTTCACACGGGAGGAAGTGTGAATGGCAAAAAGGCATTCCCTCTCTTT
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DS 

RD RR1BE76TF 472 0 0
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TATTTTCAGCTCCTTCACACGGGAGGAAGTGTGAATGGCAAAAAGGCATTCCCTCTCTTT
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QA 1 472 1 472
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DR05JQ C 1
AF RR1DR05TF U 1
BS 1 637 RR1DR05TF

RD RR1DR05JQ 637 0 0
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QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1DR05TF 637 0 0
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TATCCGTTCAGAGGATCTTCTTCCGCCGGCAAATACTCTTCGCCACCGCCGCCACAGACT
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ATCGCCACAGCAACTCAAGTCCATCTGAATCGTCATGCGAGAGAAAGGTTAGCTTTTTAC
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AACTGGAGAAACAGGAAGGCTAAGCACTTGATCGTTTGAACAATCTCGACCATGTAACTA
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CTGTTGGTACTTCAAGGGCGATAACGTCTGAAGATGTTGAGCAGATGTTCTCAAAGATGA
TAACGCATAAATCAATTTGAGTTTTTGCTTTGTTTTT

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL6968Contig1 866 2 8 U
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CAAGGGAACAGTAGAGGGAGCGAAAGAATGATAGACTTGCACGGGTTACATGTTAGTGAA
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ATGGCTAGACTCCCAGTTGCTGTACAGCGCTACCTACTCGAAGAAGAAGGCCTTGACTTC
TCCGAGACTCAGTCTGGTCTCCTTAGAGTCATCTTATACTGACCAGGTACTCTTATATAG
GAACCAGCGATACACAACCAGAAAGG


BQ
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AF RR1CB49TF U 1
AF RR1CB49JQ C 146
BS 1 699 RR1CB49TF
BS 700 700 RR1CB49JQ
BS 701 709 RR1CB49TF
BS 710 710 RR1CB49JQ
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BS 715 749 RR1CB49TF
BS 750 866 RR1CB49JQ

RD RR1CB49TF 749 0 0
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GAAGACGACGACGACGCTTACCCAAAGCTCGAATCCCTAGGTGTTACTTTAAAAGCACAA
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TCTATCTCTCTGATTCTTGTTGAAGATATGAACTTAAGCAAGAAAGCAACGACCCCGTCA
AGTGATTCAAAGCTAAGTTCTACTCTCAAGCCAACAACTTTGAACCCTCATGCTGCTGAG
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CAAGGTGACCATGCGCGCCTGCGGAATGTATACTTTGAACAGGCACGGCAAGCATACCTT
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ATGAAGGCTGCCCATGGGAAAGCTCAAGAAGCCATTTACCGTCAGAGGAACCCGGTGGGT
CAAGGGAACAGTAGAGGGAGCGAAAGAATGATAGACTTGCACGGGTTACATGTTAGTGAA
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GAGAGGCTTCAGGTTTACATATGCGTTGGGACTGGTCAC*ACACAAGGG*TTCTCGCACA
ATGGCTAGACTCCCAGTTGCTGTACAGCG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1CB49JQ 721 0 0
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ATATGAACTTAAGCAAGAAAGCAACGACCCCGTCAAGTGATTCAAAGCTAAGTTCTACTC
TCAAGCCAACAACTTTGAACCCTCATGCTGCTGAGTTTGTTCCCTTTACCCTACGCTCCC
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ATGTATACTTTGAACAGGCACGGCAAGCATACCTTGTGGGGAATAAGGCCTTAGCTAAAG
ATCTAAGCGCCAAGGGACAGATGCATAACATGCAGATGAAGGCTGCCCATGGGAAAGCTC
AAGAAGCCATTTACCGTCAGAGGAACCCGGTGGGTCAAGGGAACAGTAGAGGGAGCGAAA
GAATGATAGACTTGCACGGGTTACATGTTAGTGAAGCACTCGACGTGTTGAAGCACGAAC
TGAGCGTGTTGAGGAGCACAGCTCGAGCAACACAAGAGAGGCTTCAGGTTTACATATGCG
TTGGGACTGGTCACCACACAAGGGGTTCCCGCACAATGGCTAGACTCCCAGTTGCTGTAC
AGCGCTACCTACTCGAAGAAGAAGGCCTTGACTTCTCCGAGACTCAGTCTGGTCTCCTTA
GAGTCATCTTATACTGACCAGGTACTCTTATATAGGAACCAGCGATACACAACCAGAAAG
G

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL6969Contig1 745 2 2 U
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CCTTGATCTTATGGAGGAGGCGAGTGACCGCATTGGCCGCTGAATATCCGGATGTTGAAC
TGTCACATATGTATGTCGACAATGCTGCGATGCAGCTCGTTCGTGATCCGAAACAGTTTG
ACACCATTGTCACAAACAACATTTTTGGTGATATATTATCTGATGAAGCGTCAATGATCA
CAGGAAGCATCGGCATGCTTCCCTCTGCCAGTCTCAGTGATTCGGGACCTGGACTCTTTG
AACCTATACATGGCTCCGCACCTGATATTGCTGGACAGGATAAAGCAAACCCGTTGGCAA
CCATCCTCAGCGCTGCGATGCTTCTGAAGTACGGACCAGGAGAAGAAAAGGCAGCTAAGA
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TAAACATCCTGGTGGAGTTAAGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ET11TF U 1
AF RR1ET11JQ C 82
BS 1 678 RR1ET11TF
BS 679 745 RR1ET11JQ

RD RR1ET11TF 678 0 0
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TGTCACATATGTATGTCGACAATGCTGCGATGCAGCTCGTTCGTGATCCGAAACAGTTTG
ACACCATTGTCACAAACAACATTTTTGGTGATATATTATCTGATGAAGCGTCAATGATCA
CAGGAAGCATCGGCATGCTTCCCTCTGCCAGTCTCAGTGATTCGGGACCTGGACTCTTTG
AACCTATACATGGCTCCGCACCTGATATTGCTGGACAGGATAAAGCAAACCCGTTGGCAA
CCATCCTCAGCGCTGCGATGCTTCTGAAGTACGGACCAGGAGAAGAAAAGGCAGCTAAGA
GAATTGAAGACGCGGTGTTGGGTGCTCTGAACAAAGGATTCAGAACAGGAGACATCTACT
CCGCTGGAACTAAACTTGTGGGGTGCAAGGAGATGGGAGAGGAGGTTCTGAAGTCAGTGG
ACACCCATGTTCAAGCTTCTGTTTAATCATCTGTAAAACTTTGAAGAGAATTTTCATTAC
TTTTCCAATAATAAGTGCTTGTACGCGAAGAGAATATCAGTCACATCAGCCACAATGTAT
GTGTTATTAGCGGGACGT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1ET11JQ 664 0 0
GAGTGACCGCATTGGCCGCTGAATATCCGGATGTTGAACTGTCACATATGTATGTCGACA
ATGCTGCGATGCAGCTCGTTCGTGATCCGAAACAGTTTGACACCATTGTCACAAACAACA
TTTTTGGTGATATATTATCTGATGAAGCGTCAATGATCACAGGAAGCATCGGCATGCTTC
CCTCTGCCAGTCTCAGTGATTCGGGACCTGGACTCTTTGAACCTATACATGGCTCCGCAC
CTGATATTGCTGGACAGGATAAAGCAAACCCGTTGGCAACCATCCTCAGCGCTGCGATGC
TTTTGAAGTACGGACCAGGAGAAGAAAAGGCAGCTAAGAGAATTGAAGACGCGGTGTTGG
GTGCTCTGAACAAAGGATTCAGAACAGGAGACATCTACTCCGCTGGAACTAAACTTGTGG
GGTGCAAGGAGATGGGAGAGGAGGTTCTGAAGTCAGTGGACACCCATGTTCAAGCTTCTG
TTTAATCATCTGTAAAACTTTGAAGAGAATTTTCATTACTTTTCCAATAATAAGTGCTTG
TACGCGAAGAGAATATCAGTCACATCAGCCACAATGTATGTGTTATTAGCGGGACGTATT
TGATCACATTGAAACTTTTTGGCGTGTTTTTCTGTAAAATAAACATCCTGGTGGAGTTAA
GACG

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL6970Contig1 446 2 5 U
GGACTCACATCTCTCTCTCTCCTGGTCAACGCCTGCGACTCTCGAGATGTGGAAGCTCTG
CTTCTGTTTACCGTTCCTACTCCTTGGCGTCGGTGTAGCCAAGGCTTCTGCATCCATCTA
TCTCCCTAGTCAAACCGGAGTTGACGGTTCTTCAAACCCTGTTTGCTCCTCCCCGGATCC
TAACCTGAACTACAGACCAGTCATCGGGATACTGAGCCGCCCTGGAGATGGAGCTTCTGG
TCGGTTGAGCAATGATACGACCTCGACTTACATCGCAGCTTCTTACGTGAAGTTCGCTGA
GGCAGGTGGAGCACGTGTCATCCCTCTCATCTACAACGAGCCTGAAGATGTTCTCTTCAA
GAAGCTAGAGCTAGTCAATGGTTTGATATTCACTGGTGGTTGGGCTAAAAAAAAGGAATA
TTTCGACATGGTCACAAAAATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H821TF U 1
AF RR1H821JQ C 214
BS 1 412 RR1H821TF
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BS 414 414 RR1H821TF
BS 415 415 RR1H821JQ
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RD RR1H821TF 446 0 0
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CTTCTGTTTACCGTTCCTACTCCTTGGCGTCGGTGTAGCCAAGGCTTCTGCATCCATCTA
TCTCCCTAGTCAAACCGGAGTTGACGGTTCTTCAAACCCTGTTTGCTCCTCCCCGGATCC
TAACCTGAACTACAGACCAGTCATCGGGATACTGAGCCGCCCTGGAGATGGAGCTTCTGG
TCGGTTGAGCAATGATACGACCTCGACTTACATCGCAGCTTCTTACGTGAAGTTCGCTGA
GGCAGGTGGAGCACGTGTCATCCCTCTCATCTACAACGAGCCTGAAGATGTTCTCTTCAA
GAAGCTAGAGCTAGTCAATGGTTTGATATTCACTGGTGGTTGGGCTAAAAAATATGAATA
TTTCGACATGGTCACAAAAATTTTCC

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR1H821JQ 233 0 0
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CGCAGCTTCTTACGTGAAGTTCGCTGAGGCAGGTGGAGCACGTGTCATCCCTCTCATCTA
CAACGAGCCTGAAGATGTTCTCTTCAAGAAGCTAGAGCTAGTCAATGGTTTGATATTCAC
TGGTGGTTGGGCTAAAAAAAAGGAATATTTCGACATGGTCACAAAAATTTTCC

QA 1 233 1 233
DS 



AS 1 2

CO CL6971Contig1 888 2 10 U
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TACTGGAATTGATTGTTCCACTGCTGTGTGCGACGAACAATGCAGCCTACATGGAGGAGT
GTGTGACAATGGTGTTTGCGAGTTCCGTTGCTCTGATTATGCTGGCTACACATGTCAGAA
CAGCTCTAAACTAGTAACAAGTTTACTGGTATGCAAAAATGTGTTGGAGAGAGACATGTT
GGGGCAACATTGTGCTCCACGAGAACCTAGCATACTTCAGCAGCTTGAGGAAGTTGTGGT
CATGCCCAACTACAATAGGCTTTTTCCAGGCGGGGCTCGGAAATTATTTAGCATTTTTGG
TAACAGCTATTGTGATGAGGCAGCGAAAAGACTAGCATGTTGGATATCGATCCAGAGGTG
TGATATTGATGGAGACGATAGATTACGGGTATGCCATTCAGCATGTCAGTCCTATAATGT
GGCGTGTGGGGCTTCCTTAGACTGCTCGGATCAAACACTTTTCAGCACAGCGGAAGAAGG
CGATGCTGAATGTACGGGATCTGCCGAGATCAGATCGCCATGGTTTACCCGTTTGTGGAG
TAAACTGTTAGCAAGTAACTAGGAACAATTCGTGTGTAGAACGCAAAATTTGTGTGTTCA
AGGTAGATAGTGAGGCAGAGTTATTATTCCAAGCTGTAATTTTTCTAGGGTTTGTGAAGG
TAAGGAGCGGGCAAAATGACACCACCGTGTTACACACGTAAGTTAGGGGTCTTTTGCCTT
AGCCCACCTAATAGATTAATTAGAGTCTTTTGTCTGTCTTTCGAGTAATATGTATCGAAT
ATATATATTATAGAACAAATGAATTTATAGGCCGAAGGCCTATCAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EH14TF U 1
AF RR1EH14JQ C 115
BS 1 662 RR1EH14TF
BS 663 663 RR1EH14JQ
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BS 726 735 RR1EH14TF
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BS 770 785 RR1EH14TF
BS 786 888 RR1EH14JQ

RD RR1EH14TF 787 0 0
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CGATGCTGAATGTACGGGATCTGCCGAGATCAGATCGCCATGGTTTACCCGTTTGTGGAG
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TAAG*AGCGGGCAAA*TGACACCACCGTGTTACACACGTAAGTTAGGG*TCTTTTGCCTT
AGCCC
CC

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DS 

RD RR1EH14JQ 774 0 0
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CATGTTGGGGCAACATTGTGCTCCACGAGAACCTAGCATACTTCAGCAGCTTGAGGAAGT
TGTGGTCATGCCCAACTACAATAGGCTTTTTCCAGGCGGGGCTCGGAAATTATTTAGCAT
TTTTGGTAACAGCTATTGTGATGAGGCAGCGAAAAGACTAGCATGTTGGATATCGATCCA
GAGGTGTGATATTGATGGAGACGATAGATTACGGGTATGCCATTCAGCATGTCAGTCCTA
TAATGTGGCGTGTGGGGCTTCCTTAGACTGCTCGGATCAAACACTTTTCAGCACAGCGGA
AGAAGGCGATGCTGAATGTACGGGATCTGCCGAGATCAGATCGCCATGGTTTACCCGTTT
GTGGAGTAAACTGTTAGCAAGTAACTAGGAACAATTCGTGTGTAGAACGCAAAATTTGTG
TGTTCAAGGTAGATAGTGAGGCAGAGTTATTATTCCAAGCTGTAATTTTTCTAGGGTTTG
TGAAGGTAAGGAGCGGGCAAAATGACACCACCGTGTTACACACGTAAGTTAGGGGTCTTT
TGCCTTAGCCCACCTAATAGATTAATTAGAGTCTTTTGTCTGTCTTTCGAGTAATATGTA
TCGAATATATATATTATAGAACAAATGAATTTATAGGCCGAAGGCCTATCAAGC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL6972Contig1 785 2 6 U
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GACTCCGGAGGAACAGGCTGTGCGGAAGAGAGTGAGGGAGTTCATGGAGAAAGAAGTTGC
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TGGAGCTTTGGGCGTTGTTGGTGGTTCCATCAAGGGCTATGGTTGTCCTGGACTCTCTAT
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GAAGCAGAACTATTTGCCTTCTTTGGCTCAGATGAAAACTGTGACTTGTTGGGCTTTGAC
AGAACCTGACAACGGAAGTGATGCAAGTGCTCTACAAACAACTGCCACAAAGGTTGAAAG
AGGTTGGGTACTTACGGGACAAAAGCGTTGGATCGGTAACAGCACTTTTGCAGATCTGTT
GATCATCCTTGCTAGGAATACGACAACGAACCAAGTGAACGGATTCATAGTCAAGAAGAT
GCGCC


BQ
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1GJ17TF U 1
AF RR1AU04TF U 18
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GACTCCAGCCTCTAAGTTCCCACCCTGCACTTCAGACTATTATCATTTCAATGAACTATT
GACTCCGGAGGAACAGGCTGTGCGGAAGAGAGTGAGGGAGTTCATGGAGAAAGAAGTTGC
CCCTATCATGACAGAGTACTGGGAGAAGGCAGAGTTCCCATTCCATATCATTCCAAAGCT
TGGAGCTTTGGGCGTTGTTGGTGGTTCCATCAAGGGCTATGGTTGTCCTGGACTCTCTAT
CACAGCCAACGCAATTGCAACGGCAGAGATATCTAGAGTTGATGCAAGCTGTGGGACTTT
TAATTTGGTGCATACCTCTTTGGGCATGCTCACTATTGCACTTTGTGGATCAGAAGCACA
GAAGCAGAACTATTTGCCTTCTTTGGCTCAGATGAAAACTGTGACTTGTTGGGCTTTGAC
AGAACCTGACAACGGAAGTGATGCAAGTGCTCTACAAACAACTGCCACAAAG*TTGAAAG
AGGT*GGGTACTTACGGGACAAAAGCGTTGGATC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1AU04TF 768 0 0
GG
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GATTTGCCGGCTATGGACGTATCTATGGCATTTCCTCAAGCGACTCCAGCCTCTAAGTTC
CCACCCTGCACTTCAGACTATTATCATTTCAATGAACTATTGACTCCGGAGGAACAGGCT
GTGCGGAAGAGAGTGAGGGAGTTCATGGAGAAAGAAGTTGCCCCTATTATGACAGAGTAC
TGGGAGAAGGCAGAGTTCCCATTCCATATCATTCCAAAGCTTGGAGCTTTGGGCGTTGTT
GGTGGTTCCATCAAGGGCTATGGTTGTCCTGGACTCTCTATCACAGCCAACGCAATTGCA
ACGGCAGAGATATCTAGAGTTGATGCAAGCTGTGGGACTTTTAATTTGGTGCATACTTCT
TTGGGCATGCTCACTATTGCACTTTGTGGATCAGAAGCACAGAAGCAGAACTATTTGCCT
TCTTTGGCTCAGATGAAAACTGTGACTTGTTGGGCTTTGACAGAACCTGACAACGGAAGT
GATGCAAGTGCTCTACAAACAACTGCCACAAAGGTTGAAGGAGGTTGGGTACTTACGGGA
CAAAAGCGTTGGATCGGTAACAGCACTTTTGCAGATCTGTTGATCATCCTTGCTAGGAAT
ACGACAACGAACCAAGTGAACGGATTCATAGTCAAGAAGATGCGCC

QA 3 768 3 768
DS 



AS 1 2

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AAGAAGTTTGGTGGGCGTGGTGCTCGTTCTCGTTTCCAGAAGAGTTACCGTTAAACAATT
CTGGTTTTGGTTTGTTTCGATCGTTGCAAGGTTTGTTTTTGTTTGGGAGTGATGAGTATG
ATGGAGTTATGAGACTTTTTAGATTTTATCATTTTCGGTTCTTATGCTTTATTTGGATTA
CATTTGACGATGTTTACCTCTTTGCTATCATTTTCGGTTCTTATGCTTTATTATCCTG


BQ
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AF RR1D326JQ C 1
AF RR1D326TF U 1
BS 1 658 RR1D326TF

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GATATTCTGATTCGGTACGATAGGACTCTGCTTGTGGCGGATCCGAGGAGGTGCGAGCCG
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QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1D326TF 658 0 0
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GTCCAATGCTTCGGAAGGAAGAAGACAGCAGTGGCTGTCACCCACTGCAAACGCGGATGC
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AAGATCTTCGAGCCGGTCTTTCTCCTCGGGAAACACCGTTTCGCAGGTGTTGACATGAGG
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AAGGCTCTCGTCGCGTTTTACCAGAAGTATGTTGATGAGCAGTCGAAGAAAGAAGTGAAG
GATATTCTGATTCGGTACGATAGGACTCTGCTTGTGGCGGATCCGAGGAGGTGCGAGCCG
AAGAAGTTTGGTGGGCGTGGTGCTCGTTCTCGTTTCCAGAAGAGTTACCGTTAAACAATT
CTGGTTTTGGTTTGTTTCGATCGTTGCAAGGTTTGTTTTTGTTTGGGAGTGATGAGTATG
ATGGAGTTATGAGACTTTTTAGATTTTATCATTTTCGGTTCTTATGCTTTATTTGGATTA
CATTTGACGATGTTTACCTCTTTGCTATCATTTTCGGTTCTTATGCTTTATTATCCTG

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL6974Contig1 453 2 6 U
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TTAATATCAATAATGTATCAATTATTTTTCCAC


BQ
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AF RR1B323JQ C 1
AF RR1CE84TF U 1
BS 1 231 RR1CE84TF
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ATACTAACAATGGAGGCAATGAAGATGAAGCTTTTTGTGGCGGTTCTGGTTGCGATGATA
GCGTTTTTTGCGGTTCAACATTCGGCTGCAGCGGTTGACGCTCCGGCCCCGAGCCCCTCC
TCCGATGCCTCCTCGTTTATCCCTACTTTCTTTGCCTCCGTCGCCGTTCTGACATTTGGA
TTACTCTTTTAATAAGTTTTATGTTTTTTCTTCTTATTTTTAACTGAATTAAATAAATCA
ATTAATCTATGTCTAAGTCATGTATTGTTTGTGTCTCTTTGAATTCTTGTAATTGATTTA
TGTTGAGTTTGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCATGTATCGTTGTTGAATTTTACTCATC
TTAATATCAATAATGTATCAATTATTTTTCCAC

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR1CE84TF 449 0 0
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ATACTAACAATGGAGGCAATGAAGATGAAGCTTTTTGTGGCGGTTCTGGTTGCGATGATA
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TCCGATGCCTCCTCGTTTATCCCTACTTTCTTTGCCTCCGTCGCCGTTCTGGCATTTGGA
TTACTCTTTTAATAAGTTTTATGTTTTTTCTTCTTATTTTTAACTGAATTAAATAAATCA
ATTAATCTATGTCTAAGTCATGTATTGTTTGTGTCTCTTTGAATTCTTGTAATTGATTTA
TATTGAGTTTGGTCTCTCTCTCTCTCTC****CATGTATCGTTGTTGAATTTTACTCATC
TTAATATCAATAATGTATCAATTATTT
GG

QA 1 447 1 447
DS 



AS 1 2

CO CL6975Contig1 658 2 2 U
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TTATTTCACAATGAGGAAACGCTTCCCTCTTCTTAGTTGCTCTCTTGGTGTCTCTGGTTG
ATTATTTTTTGTGGGTGATCCTGGTTGTTTAGTGTGATCGTAGGGGGAGCTATTTGTGGT
TTACTCCTTGGCTTGAATGCCACTGATTTTTTGGGTAGGGTATATATATGCTAACCTAAT
GCGGTTTGTAAGGAGATGATGTAATGTTCTGAACCAGTTTATTAATCTAAAAGATGAC


BQ
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AF RR1C279JQ C 1
AF RR1C279TF U 1
BS 1 651 RR1C279TF
BS 652 658 RR1C279JQ

RD RR1C279JQ 658 0 0
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GTGATCATTGCTATGGATGATGCTACACTGCCCAACGTAATCCTCAGACCAAAAGCATGG
CCAAATTTCACATGTCAATATGCACAGATCATGGCGAGACTGAGAAAGCTGGAATGGTGG
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ACAAAAGGAGGCTTTTTGCATTCCTATGTAGCCACAGGAGCGCCCAATTGGTTGGCTGAT
TTATTTCACAATGAGGAAACGCTTCCCTCTTCTTAGTTGCTCTCTTGGTGTCTCTGGTTG
ATTATTTTTTGTGGGTGATCCTGGTTGTTTAGTGTGATCGTAGGGGGAGCTATTTGTGGT
TTACTCCTTGGCTTGAATGCCACTGATTTTTTGGGTAGGGTATATATATGCTAACCTAAT
GCGGTTTGTAAGGAGATGATGTAATGTTCTGAACCAGTTTATTAATCTAAAAGATGAC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1C279TF 657 0 0
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ATGGGCAGAGTTGTTTTGCATAGTCGAAGAGCTTTCTCTAACATTCCATCACTTGATGAA
GCCAAGCTCCAAGCTCTGATCTGGACGATTGAATGTTTGAGTTTTCACAGGGTCAATCGA
GTGATCATTGCTATGGATGATGCTACACTGCCCAACGTAATCCTCAGACCAAAAGCATGG
CCAAATTTCACATGTCAATATGCACAGATCATGGCGAGACTGAGAAAGCTGGAATGGTGG
AGGTTGATAAAAGAAGAGAAAACCACTAACAGAGGGGCTTTCCTCATTGCGCAAAGTGTG
ACAAAAGGAGGCTTTTTGCATTCCTATGTAGCCACAGGAGCGCCCAATTGGTTGGCTGAT
TTATTTCACAATGAGGAAACGCTTCCCTCTTCTTAGTTGCTCTCTTGGTGTCTCTGGTTG
ATTATTTTTTGTGGGTGATCCTGGTTGTTTAGTGTGATCGTAGGGGGAGCTATTTGTGGT
TTACTCCTTGGCTTGAATGCCACTGATTTTTTGGGTAGGGTATATATATGCTAACCTAAT
GCGGTTTGTAAGGAGATGATGTAATGTTCTGAACCAGTTTATTAATCTAAA
GATGAC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL6976Contig1 316 2 2 U
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TGGCAGATTGGTTTTGTTTGTCAGATTAGTGAACTTTCAATACTATTGGTGTTATTTGTC
TTTCTATTTAGTTTCCTGGTTAATATTTCTTTACTCTTCTGGAACATTGACAACAAGGTT
CTACTTGTATGTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B552JQ C 1
AF RR1B552TF U 42
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BS 42 316 RR1B552TF

RD RR1B552JQ 316 0 0
GCGTGATTGCAGCCTCTTTAGAATCTCTGGATTGATGAATGTATTGCAGCTTTGACCTAT
GTCTTTTTGCACTTGAATTGAATGTGTCTTGGCCTCTGAATACCTAGTTGTTCTCTATGA
ATGATTAGATTAGGATGTCTTACTTGTATTTGTTTTTTTTTTAAATTTCATAGACATAGT
TGGCAGATTGGTTTTGTTTGTCAGATTAGTGAACTTTCAATACTATTGGTGTTATTTGTC
TTTCTATTTAGTTTCCTGGTTAATATTTCTTTACTCTTCTGGAACATTGACAACAAGGTT
CTACTTGTATGTGATC

QA 1 316 1 316
DS 

RD RR1B552TF 275 0 0
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TAAATTTCATAGACATAGTTGGCAGATTGGTTTTGTTTGTCAGATTAGTGAACTTTCAAT
ACTATTGGTGTTATTTGTCTTTCTATTTAGTTTCCTGGTTAATATTTCTTTACTCTTCTG
GAACATTGACAACAAGGTTCTACTTGTATGTGATC

QA 1 275 1 275
DS 



AS 1 2

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TACAACCTGCATATGGTGTTAATATGTGGAACGAGGCACTCGATAAACAGCTCGTTACTC
AGAGACAGCGAGGCGTGAAATGTAATTTAATGAGCTGCATGATCATCATCCCTGAACAGG
ATGAGTGACAACATGTGTTGCTTTCATCCTTACAAATGGCAATGTACAAAGCCGCTGGTG
CATTCGGCCCTCGTTGTATCTCTGTTTGTGTTTTGTCTACTTTATGTTTATTTATTTATC
AAACTTTACCTTTTTAGTTATAAGGGAAGAAAACCACGTTTGAGAACAATTATATGTGAT
TATGTGATGATATTTTATAAAATATTATGTAGGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C289TF U 1
AF RR1C289JQ C 84
BS 1 745 RR1C289TF
BS 746 816 RR1C289JQ

RD RR1C289TF 751 0 0
GGACACACAAACACATGAAGGAAGATATTCAGATTTCGAAAATGAAGCAACTGAAAATGA
GTACCGAACTAAACCGGACCTGATCGTAACAATTCATCTTCGAGGCGGCCTTCTCAATCT
CAAGACATCCGAGGCACATAGCTTGGCTTGCATAGACCCATCTGTCTCTGCAACGCCGTG
TAGAATCACCTGGGAACTACTATTTCTCTGCCCGAGATCATACTTTGAACTTTAATTCAT
GGTAAGAGACAGCTGAGTTGGATTATGTAAGGCTTTTGATTAGTTCTCTCCTTGTAAAGT
GATGAGAACGTGAAGGTAATGCATGTGTAGCATTAGCGGTTTCAACATTGAAGGATACTT
CAAAGTAGTTTTGCTTCCTTTACATCCTGATATTCAGCTGGATCGATACTCTACCCCGTA
ACTACCAACCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTAATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTCGTG
TACAACCTGCATATGGTGTTAATATGTGGAACGAGGCACTCGATAAACAGCTCGTTACTC
AGAGACAGCGAGGCGTGAAATGTAATTTAATGAGCTGCATGATCATCATCCCTGAACAGG
ATGAGTGACAACATGTGTTGCTTTCATCCTTACAAATGGCAATGTACAAAGCCGCTGGTG
CATTCGGCCCTCGTTGTATCTCTGTTTGTGTTTTGTCTACTTTATGTTTATTTATTTATC
AAACTTTACCTTTTTAGTTATAAGG
AAAAAA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1C289JQ 733 0 0
TCGTAACAAT*CATCTTCGAGGCGGCTTTCTCAATCTCAAGACATCCGAGGCACATAGCT
TGGCTTGCATAGACCCATCTGTCTCTGCAACGCCGTGTAGAATCACCTGGGAACTACTAT
TTCTCTGCCCGAGATCATACTTTGAACTTTAATTCATGGTAAGAGACAGCTGAGTTGGAT
TATGTAAGGCTTTTGATTAGTTCTCTCCTTGTAAAGTGATGAGAACGTGAAGGTAATGCA
TGTGTAGCATTAGCGGTTTCAACATTGAAGGATACTTCAAAGTAGTTTTGCTTCCTTTAC
ATCCTGATATTCAGCTGGATCGATACTCTACCCCGTAACTACCAACCTCCCCTTGATGCT
CACTTGGTAATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTCGTGTACAACCTGCATATGGTGTTAAT
ATGTGGAACGAGGCACTCGATAAACAGCTCGTTACTCAGAGACAGCGAGGCGTGAAATGT
AATTTAATGAGCTGCATGATCATCATCCCTGAACAGGATGAGTGACAACATGTGTTGCTT
TCATCCTTACAAATGGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGCATTCGGCCCTCGTTGTATCTCT
GTTTGTGTTTTGTCTACTTTATGTTTATTTATTTATCAAACTTTACCTTTTTAGTTATAA
GGGAAGAAAACCACGTTTGAGAACAATTATATGTGATTATGTGATGATATTTTATAAAAT
ATTATGTAGGTTT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL6978Contig1 653 2 1 U
GAAAGACCGTGGTGCTCTCATGGGAGAGATCGCTAGAGAAGCTGATAACATGCTGTGGAT
GGTGGATATACTGATTGAGAAGAAGATGTGCGATGAGTTTGTGAAGCTATGGGCGGATCA
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GATCACTGCGCAGATATGCGTTGGTATCGGTAGAGGAAGGATCTTGGTGAACCGGGAGAC
TAGGTTTGCGGTTTTGAACACGTGGTTAGAGGCTTTGTATGATGATTTTGGGTGGATGAG
ACGGGTATTGTCGAGGTCTCTTGATAGGAAGCTGGTGGAGGATGGACTCAGCCAGACCAT
ATTGACCTTGTCGTTGAGGCAACAGCAGGTGATTCTGATGAAGTGGTTTGATAGGTTTCT
GAGCAAAGGAGATGATTGTCCGAATGTTCAACGAGCCTTTGAGGTCTGGTGGAGAAGAGC
CTTCATAAGACAGGTTATAGCAGAGCCGGATGCATCACAGCTGCAGATGACACTCTATGA
CTAATAAACTCAGATAGAATAAGATTGTTACCCCCTCAAAATGTTATATCTTTGTTTTTT
TTGTTGGTAAAGTGTTGTTACTGTTTGCGACTTTCAATGCGAAACAAAGGTTC


BQ
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AF RR1BR17JQ C 1
AF RR1BR17TF U 1
BS 1 653 RR1BR17TF

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DS 

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GATCACTGCGCAGATATGCGTTGGTATCGGTAGAGGAAGGATCTTGGTGAACCGGGAGAC
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GAGCAAAGGAGATGATTGTCCGAATGTTCAACGAGCCTTTGAGGTCTGGTGGAGAAGAGC
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TTGTTGGTAAAGTGTTGTTACTGTTTGCGACTTTCAATGCGAAACAAAGGTTC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL6979Contig1 1399 2 4 U
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TCGGATCACTCAAACCTTCTCTTTGAGTACAAGAAGAGCAGCAATGGACAAGTTCATGAC
TCCTTCAAGATCTCTAGAGACTACAGGGATGTTCTTGCTTGCACTCACGATAGCTGCGAG
CCCACCACATCAGCTTCATGATGTTTCTTTTTTTTTTTTTACATAGGATCGTTTTGGTTT
TTGTTTTTATCTTTCTAGGGTGGGTTTACACAATTATCTAGGACCTTTTATTTCTTAAAT
TGCAGAGATTTGTTTTCTC


BQ
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AF RR1FD40TF U 1
AF RR1FD40JQ C 665
BS 1 730 RR1FD40TF
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GATCAGTTCACAGCTCAAGTTGAGCCTGTTGCTTCCAAGGTTCCATACATGATTGCGAGT
GGCAACCACGAGCGTGATTGGCCAGACACGGGATCTTTCTACGCAGGTCAAGACTCTGGA
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TGGAGAGAAG*CACGGAGCAATACAAATCCATAGAGCATTGCCTCGC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1FD40JQ 735 0 0
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CTCAGCCGTGGCTCATCTTCATCGCTCACCGTGTCCTCGGTTATTCCTCCAATGATTGGT
ATGGCAAAGAAGGAACCTTTGAAGAGCCTATGGGAAGAGAGAGCCTGCAGAAACTGTGGC
AGAAGTACAAAGTAGACATTGCTTTCTACGGACATGTCCACAACTATGAACGAACTTGCC
CCATTTACCAGAGCCAATGTGTGAACGGTGAAAAGGATCACTACTCAGGGACCTTCCAAG
GAACCATTCACGTAGTTGTTGGTGGTGCAGGAAGTCACTTGTCTCCGTTCAGCTCGCTGA
CTCCTAAATGGAGTTTGGTCCAAGATTATGACTATGGGTTTGTGAAGTTGACTGCTTCGG
ATCACTCAAACCTTCTCTTTGAGTACAAGAAGAGCAGCAATGGACAAGTTCATGACTCCT
TCAAGATCTCTAGAGACTACAGGGATGTTCTTGCTTGCACTCACGATAGCTGCGAGCCCA
CCACATCAGCTTCATGATGTTTCTTTTTTTTTTTTTACATAGGATCGTTTTGGTTTTTGT
TTTTATCTTTCTAGGGTGGGTTTACACAATTATCTAGGACCTTTTATTTCTTAAATTGCA
GAGATTTGTTTTCTC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL6980Contig1 732 2 4 U
GGAACATAATGCATAACTAAACGGCCCTAGAGTTCCAATAAGCAGAATCCACCTTAAGAG
GGTAAAGATCGCTGGGGTTGGCCGTGGACGTAGAAGACGACGTGAATGATCCGTCGGTGC
TGAAAGTATGATCCAACATATTCATCTCCTCTTCATTTATCATCGCGTAATGCTTCTTCA
TCGCCCTCATGCTCTCTTCGTCTTTCTCGTTTCCTTTGTTGAAGGAAGCTTCAAGAAGCT
TGTCAACATTCACCGTGGAACTTCCTTCAAGTATGCTCACCACCGTAGACATCGACGGTC
TTTCCGACGAAACTTGACTAGTGCAGAGGATCCCTATCTGGATCATGGTCATTGCTTCTT
CTTTGTTGTAATCTGTTCCAAGCCTCGGGTCTACTACTTCCATCAGGTTGTTTTGCTCCC
TTAGAACGTGTACCCAGTCAAGAAGATTGAAAGTCTCGACTCTGGAACGTGTAATCGTGT
TGCTTCTTCCATGAACGATTTCTAGGGCCACAACTCCAAAACTATAGACGTCTGCTTTAT
CAGTCAAATGACCTTTCATGGCGTATTCTGGAGCCATGTATCCGTATGTTCCTGCGACTC
GTGTGCTGATGTGTGTGTTTTCTTCTTCATCAAGCTTAGCTAGACCGAAATCAGAAATCT
TTGCGTTGAGTTCCTTATCCAGCAAAACATTAGTGGCTTTGAGGTCTCGGTGTACAATCT
TGAGTCTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D096JQ U 1
AF RR1BR77TF C 31
BS 1 108 RR1D096JQ
BS 109 109 RR1BR77TF
BS 110 713 RR1D096JQ
BS 714 732 RR1BR77TF

RD RR1D096JQ 713 0 0
GGAACATAATGCATAACTAAACGGCCCTAGAGTTCCAATAAGCAGAATCCACCTTAAGAG
GGTAAAGATCGCTGGGGTTGGCCGTGGACGTAGAAGACGACGTGAATGGTCCGTCGGTGC
TGAAAGTATGATCCAACATATTCATCTCCTCTTCATTTATCATCGCGTAATGCTTCTTCA
TCGCCCTCATGCTCTCTTCGTCTTTCTCGTTTCCTTTGTTGAAGGAAGCTTCAAGAAGCT
TGTCAACATTCACCGTGGAACTTCCTTCAAGTATGCTCACCACCGTAGACATCGACGGTC
TTTCCGACGAAACTTGACTAGTGCAGAGGATCCCTATCTGGATCATGGTCATTGCTTCTT
CTTTGTTGTAATCTGTTCCAAGCCTCGGGTCTACTACTTCCATCAGGTTGTTTTGCTCCC
TTAGAACGTGTACCCAGTCAAGAAGATTGAAAGTCTCGACTCTGGAACGTGTAATCGTGT
TGCTTCTTCCATGAACGATTTCTAGGGCCACAACTCCAAAACTATAGACGTCTGCTTTAT
CAGTCAAATGACCTTTCATGGCGTATTCTGGAGCCATGTATCCGTATGTTCCTGCGACTC
GTGTGCTGATGTGTGTGTTTTCTTCTTCATCAAGCTTAGCTAGACCGAAATCAGAAATCT
TTGCGTTGAGTTCCTTATCCAGCAAAACATTAGTGGCTTTGAGGTCTCGGTGT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1BR77TF 702 0 0
AGTTCCAATAAGCAGAATCCAC*TTAAGAGGGTAAAGATCGCTGGGGTTGGCCGTGGACG
TAGAAGACGACGTGAATGATCCGTCGGTGCTGAGAGTATGATCCAACATATTCATCTCCT
CTTCATTTATCATCGCGTAATGCTTCTTCATCGCCCTCATGCTCTCTTCGTCTTTCTCGT
TTCCTTTGTTGAAGGAAGCTTCAAGAAGCTTGTCAACATTCACCGTGGAACTTCCTTCAA
GTATGCTCACCACCGTAGACATCGACGGTCTTTCCGACGAAACTTGACTAGTGCAGAGGA
TCCCTATCTGGATCATGGTCATTGCTTCTTCTTTGTTGTAATCTGTTCCAAGCCTCGGGT
CTACTACTTCCATCAGGTTGTTTTGCTCCCTTAGAACGTGTATCCAGTCAAGAAGATTGG
AAGTCTCGACTCTGGAACGTGTAATCGTGTTGCTTCTTCCATGAACGATTTCTAGGGCCA
CAACTCCAAAACTATAGGCGTCTGCTTTATCAGTCAAATGACCTTTCATGGCGTATTCTG
GAGCCATGTATCCGTATGTTCCTGCGACTCGTGTGCTGATGTGTGTGTTTTCTTCTTCAT
CAAGCTTAGCTAGACCGAAATCAGAAATCTTTGCGTTGAGTTCCTTATCCAGCAAAACAT
TAGTGGCTTTGATGTCTCGGTGTACAATCTTGAGTCTTGATC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL6981Contig1 743 2 7 U
GAGGTTGAGTCGGTCGCGCCGGAGACCGTTGGGTCAACGTCGGTCGTTGCGGTTGTTTTC
CCGACTCATATCTTTGTCGCGAACTGCGGTGACTCTAGAGCTGTTCTTTGTCGGGGAAAA
ACTGCGCTTCCGTTGTCCACTGACCATAAGCCGGATAGAGAAGATGAAGCGGCGAGGATT
GAAGCCGCCGGTGGGAAAGTGATCCGTTGGAACGGAGCTCGTGTGTTCGGTGTTCTCGCC
ATGTCAAGATCCATCGGCGATAGATACTTGAAACCGTCGATCATTCCTGATCCGGAAGTG
ACGGCTGTGAGGAGAGTCGAAGAAGATGACTGTCTGATTCTAGCCAGTGACGGTGTTTGG
GATGTAATGACGGATGAGGAAGCGTGTGAGATGGCGCGGAAGCGTATTCTCTTGTGGCAC
AAGAAGAACGCTGTGGCTGGAGATGCGTCGCTGCACACGGATGAGCGGAGAGGGGAAGGG
AAAGATCCAGCGGCGATGTCTGCGGCTGAGTACTTGTCAAAGCTAGCTTTACAGAGAGGA
AGCAAAGACAACATAACTGTGGTGGTTGTTGATTTGAAGCCTCAGAGGAAATTCAAGAGC
AAACCCTTGAACTGAAAAAACAGAGGGTCCTTTTTCTTATTTTTATCAATGAATATGGGT
CTCTCAAAGAAAATAATTATAATTTGTGCTAAAATTATTTTTAACTAACAAGGTATAATC
AAATCATATGACATGTTGTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EW39TF U 1
AF RR1EW39JQ C 76
BS 1 619 RR1EW39TF
BS 620 620 RR1EW39JQ
BS 621 693 RR1EW39TF
BS 694 694 RR1EW39JQ
BS 695 712 RR1EW39TF
BS 713 713 RR1EW39JQ
BS 714 743 RR1EW39TF

RD RR1EW39TF 743 0 0
GAGGTTGAGTCGGTCGCGCCGGAGACCGTTGGGTCAACGTCGGTCGTTGCGGTTGTTTTC
CCGACTCATATCTTTGTCGCGAACTGCGGTGACTCTAGAGCTGTTCTTTGTCGGGGAAAA
ACTGCGCTTCCGTTGTCCACTGACCATAAGCCGGATAGAGAAGATGAAGCGGCGAGGATT
GAAGCCGCCGGTGGGAAAGTGATCCGTTGGAACGGAGCTCGTGTGTTCGGTGTTCTCGCC
ATGTCAAGATCCATCGGCGATAGATACTTGAAACCGTCGATCATTCCTGATCCGGAAGTG
ACGGCTGTGAGGAGAGTCGAAGAAGATGACTGTCTGATTCTAGCCAGTGACGGTGTTTGG
GATGTAATGACGGATGAGGAAGCGTGTGAGATGGCGCGGAAGCGTATTCTCTTGTGGCAC
AAGAAGAACGCTGTGGCTGGAGATGCGTCGCTGCACACGGATGAGCGGAGAGGGGAAGGG
AAAGATCCAGCGGCGATGTCTGCGGCTGAGTACTTGTCAAAGCTAGCTTTACAGAGAGGA
AGCAAAGACAACATAACTGTGGTGGTTGTTGATTTGAAGCCTCAGAGGAAATTCAAGAGC
AAACCCTTGAACTGAAAAA*CAGAGGGTCCTTTTTCTTATTTTTATCAATGAATATGGGT
CTCTCAAAGAAAATAATTATAATTTGTGCTAAA*TTATTTTTAACTAACAAG*TATAATC
AAATCATATGACATGTTGTAGCT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1EW39JQ 668 0 0
GTCGCGAACTGCGGTGACTCTAGAGCTGTTCTTTGTCGGGGAAAAACTGCGCTTCCGTTG
TCCACTGACCATAAGCCGGATAGAGAAGATGAAGCGGCGAGGATTGAAGCCGCCGGTGGG
AAAGTGATCCGTTGGAACGGAGCTCGTGTGTTCGGTGTTCTCGCCATGTCAAGATCCATC
GGCGATAGATACTTGAAACCGTCGATCATTCCTGATCCGGAAGTGACGGCTGTGAGGAGA
GTCGAAGAAGATGACTGTCTGATTCTAGCCAGTGACGGTGTTTGGGATGTAATGACGGAT
GAGGAAGCGTGTGAGATGGCGCGGAAGCGTATTCTCTTGTGGCACAAGAAGAACGCTGTG
GCTGGAGATGCGTCGCTGCACACGGATGAGCGGAGAGGGGAAGGGAAAGATCCAGCGGCG
ATGTCTGCGGCTGAGTACTTGTCAAAGCTAGCTTTACAGAGAGGAAGCAAAGACAACATA
ACTGTGGTGGTTGTTGATTTGAAGCCTCAGAGGAAATTCAAGAGCAAACCCTTGAACTGA
AAAAACAGAGGGTCCTTTTTCTTATTTTTATCAATGAATATGGGTCTCTCAAAGAAAATA
ATTATAATTTGTGCTAAAATTATTTTTAACTAACAAGGTATAATCAAATCATATGACATG
TTGTAGCT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL6982Contig1 840 2 6 U
GGCTCTCTACATGGCTCGATCTCTCTCCCTATCACTTTCCCTCTCTAAAAACCGACTCGT
CACCGCAGCTGCAGCCTCTCTCCTCCCTTCAGCACACCTACTGTCCTTCCGATCTCAATC
CTCCGACCGTCGTGGCGATCTCTACGAATTCGACATCGCCGCGTCTCAATCCCCGTCTGA
TCCGTTAATTCAGAAGCTCGAGGACGCCGTTCACCGGATAGTTGTCCGCCGATCGGCACC
CGATTGGCTCTCGTTTGTTCCCGGTGCATCGTATTGGGTCCCGCCTCCTGGATCTGGATC
CCAGACTCACGGGATCGCTCAGCTCGTCGCGAAGCTGGCTAATCGTTGACGGACGAGGAA
TCTCTCTCCACTAATTCGTCTCGCGGATGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTTAAAGGTGTA
CAGCCTCTATTGATTGAGACTAAGACCGAGACGACATCGAATGCTGAGTCTCACTCCGAG
GATGAGGAAGGGTAAAGGTGCATACTACTCGAAGAATCGACCGGCGCGTTTCGATAGAAG
AAATAATGAAGCTATTCAGGATCTGTAGATTCTCATGAACAGGAGCCGCGATGATTCTGA
TGACGACTGAACCAAGTGAAAAGTGCAAAGACTCGCCATATAGACACGAGTAGGTTGCTT
TACTAATCCTGAAATGTAAACAAAAAATCGAATAAGAGTAGTTGTAAGCTTGTTTGTAGC
CATTTTCCCATATGTTTAATGTAATCTTTACCTTTCCAAAAAAAGACTGTTGTATATATT
TCACTTTCATTATTCTTTCACTTCTTCAGTCATGTAACCAGTTCATGTTAAGTTTGAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CI22TF U 1
AF RR1CI22JQ C 101
BS 1 686 RR1CI22TF
BS 687 687 RR1CI22JQ
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QA 1 763 1 763
DS 

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AATCGTTGACGGACGAGGAATCTCTCTCCACTAATTCGTCTCGCGGATGGCCTTCCTCTG
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QA 1 740 1 740
DS 



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BQ
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AF RR1EB43TF C 1
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BS 2 664 RR1EB43JQ
BS 665 677 RR1EB43TF

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ACACATCTATTTTCATTACATTTAACCAGCCAAAACAGGCTGCGTCTGGTTTTACCTCTT
TTGATTGGTGGTATTATGACACGACCTACCCTTAAGAGAACCAATTCTCCTTGGCCCTTT
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TGCAATGTACAGATTCTTCGCCCATTTTTCCTTGACATGAGTACTTGGAAAGGCGGTGGT
ACGAAGAGTCTCCTGAGTTTCGTCCATCATTTTACGTTTCGGTATGCTTAACACGAAAGC
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TATTCCATCGCTCGGGTACAAAAAATCAAGCTCCACCACCTGATCAGAGAAGCCAGCGTT
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TTCTTTCCATTTCTTAC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1EB43JQ 663 0 0
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AAAACAGGAAGTGGATAAAATAAGCACACACACTTGGAAGGCTTCAACAAGCCCTCAAAT
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CACATCTATTTTCATTACATTTAACCAGCCAAAACAGGCTGCGTCTGGTTTTACCTCTTT
TGATTGGTGGTATTATGACACGACCTACCCTTAAGAAAACCAATTCTCCTTGGCCCTTTC
TAACAGAACATAAGATGCTTAGTGTCACATCAGCACACTGTCCTCCCATAGCATACCGAT
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CGAAGAGTCTCCTGAGTTTCGTCCATCATTTTACGTTTCGGTATGCTTAACACGAAAGCC
GCTTGATCCGCAGTTGCCGCCATCGATGTGATTCTGTACCCGCTCTCCCACCTCCTATGT
ATTCCATCGCTCGGGTACAAAAAATCAAGCTCCACCACCTGATCAGAGAAGCCAGCGTTC
CTCGACATCACCACACCCCAACGGTTACCAGAAGTTGTCATCGACGTTACATGAAAATCT
TCT

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL6984Contig1 667 2 2 U
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TAAACCGGAGATGATTGGTCATTATCTTGCGGAGTTTTCGATGACTTGCAAGAAAGTTAA
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TCTGAGGTGATTGAAGGAAAATCTCTTTTATTTTCTGTTATATTGTGCTCAAATTATTTT
CTTGCTATGTTTTGTGTTTTCTCTACTTTAGAATGTTCTTTCACCTTCTAATAAAACTAA
AAATTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BS92TF U 1
AF RR1BS92JQ C 1
BS 1 658 RR1BS92TF
BS 659 667 RR1BS92JQ

RD RR1BS92TF 658 0 0
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CACATATAATCTCTCTAAGCTGTTCAACGCTCGTGTTCGAAGGAGATTCTATAGAGGGCT
AAAGAAGAAGCCTCTGATTCTGATCAAGACGCTACGCAAGGCGAAGAAAGAAGCAAAAGA
TGGGGACAAGAAGAAGCCTGAAGTGGTGAAAACGCATCTGAGGAACATGATCATTGTCCC
TGAGATGATTGGAAGTGTTGTCGGAGTGCATAACGGTATGAAGTTTAACGAGGTTGTGAT
TAAACCGGAGATGATTGGTCATTATCTTGCGGAGTTTTCGATGACTTGCAAGAAAGTTAA
TCACTATAGACCACGTATATGTGGTTGTGGTTGTTACCGTAATTCCACCAGGTTTATTCC
TCTGAGGTGATTGAAGGAAAATCTCTTTTATTTTCTGTTATATTGTGCTCAAATTATTTT
CTTGCTATGTTTTGTGTTTTCTCTACTTTAGAATGTTCTTTCACCTTCTAATAAAACT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1BS92JQ 667 0 0
GGACTTCACAATTCCCTCACGGCATATTCTATCACCTCGCAGAAAAATTCAAACTCAAAC
AACGATGGCGACGAGCAACGAACCAGAGTTTGCAACGGCGGTGGCGGTTGCGACAAAGCA
AAGAACGTTCAAGAAGTTCTCATTCAGAGGATTCAACGTCGAAGCTCTTCTCAAAATGTC
CACATATAATCTCTCTAAGCTGTTCAACGCTCGTGTTCGAAGGAGATTCTATAGAGGGCT
AAAGAAGAAGCCTCTGATTCTGATCAAGACGCTACGCAAGGCGAAGAAAGAAGCAAAAGA
TGGGGACAAGAAGAAGCCTGAAGTGGTGAAAACGCATCTGAGGAACATGATCATTGTCCC
TGAGATGATTGGAAGTGTTGTCGGAGTGCATAACGGTATGAAGTTTAACGAGGTTGTGAT
TAAACCGGAGATGATTGGTCATTATCTTGCGGAGTTTTCGATGACTTGCAAGAAAGTTAA
TCACTATAGACCACGTATATGTGGTTGTGGTTGTTACCGTAATTCCACCAGGTTTATTCC
TCTGAGGTGATTGAAGGAAAATCTCTTTTATTTTCTGTTATATTGTGCTCAAATTATTTT
CTTGCTATGTTTTGTGTTTTCTCTACTTTAGAATGTTCTTTCCCCTTCTAATAAAACTAA
AAATTGC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL6985Contig1 947 2 2 U
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CTTTAGAGATCGAGACGGTGTTAAGGGAGGAAGATGAGCGAGGTATTTGAAGGGTACGAG
AGACAGTACTGCGAGCTCTCAACCAATCTTTCCAGAAAATGTCATTCTGCCTCGCTTCTC
TCCCACGGAGAAGAGAAGAAGGAGAAGCTTGTTGAGATCAAGTCCGGAATGGACGAGGCT
GATGTCTTGATCCGGAAAATGGATCTCGAGGCAAGAAGTTTGTAGCCGAGTGCTAAAGCT
GTCTGTCTTTCCAAACTAAGAGAGTATAAATCTGATTTGAACCAACTCAAGAAAGAATTC
AAACGAGTCTCTTTCCCCAGATGCTAACCAATCTACACGTGAAGAACTTCTGGAATCCGG
ATTGGCTGATGTGCACGCGGTATCAGCTGATCAGAGCGGGAGATTGGCAATGTCAATGGA
GAGGCTTGACCAATCAAGCGACAGAATCAGGGAGAGTAGAAGACTAATGCTGGAGACAGA
AGAGTTTGCTATTTCAGTTGTTGAAAATCTCAGTCAGCAACGCCAAACCCTCCTTCACGC
TCACTCTAAGCTTCAGGGTGTGGATGATGCCATTGACAAGAGTAAGAAAGTGTTGACTGC
TATGTCTAGAAGAATGTCGAGGAACAAATGGATCGTTGGTTCCGTCATCGTGGCTCTCAT
TCTCGCCATCATCTTGATCATCTCATACAAGCTTTCTCATTGATTAATATACTCAAAACC
ATATGAATTCATCGTGATCGTGTGTATATAGGATGGTTGATTCCTTTGTAATGGGCCCAA
ATGTTTTTACTTGTGTGTGTATTGGAGTGCAATTACTTCAAACACATGGACAGGTCCTCG
TCGTCCTTGTGAAAACTAGATTACTAACACTTCATTGTTGTTAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DO04TF U 1
AF RR1DO04JQ C 523
BS 1 612 RR1DO04TF
BS 613 947 RR1DO04JQ

RD RR1DO04TF 612 0 0
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CTTTAGAGATCGAGACGGTGTTAAGGGAGGAAGATGAGCGAGGTATTTGAAGGGTACGAG
AGACAGTACTGCGAGCTCTCAACCAATCTTTCCAGAAAATGTCATTCTGCCTCGCTTCTC
TCCCACGGAGAAGAGAAGAAGGAGAAGCTTGTTGAGATCAAGTCCGGAATGGACGAGGCT
GATGTCTTGATCCGGAAAATGGATCTCGAGGCAAGAAGTTTGTAGCCGAGTGCTAAAGCT
GTCTGTCTTTCCAAACTAAGAGAGTATAAATCTGATTTGAACCAACTCAAGAAAGAATTC
AAACGAGTCTCTTTCCCCAGATGCTAACCAATCTACACGTGAAGAACTTCTGGAATCCGG
ATTGGCTGATGTGCACGCGGTATCAGCTGATCAGAGCGGGAGATTGGCAATGTCAATGGA
GAGGCTTGACCAATCAAGCGACAGAATCAGGGAGAGTAGAAGACTAATGCTGGAGACAGA
AGAGTTTGCTATTTCAGTTGTTGAAAATCTCAGTCAGCAACGCCAAACCCTCCTTCACGC
TCACTCTAAGCT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1DO04JQ 425 0 0
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CGTCATCGTGGCTCTCATTCTCGCCATCATCTTGATCATCTCATACAAGCTTTCTCATTG
ATTAATATACTCAAAACCATATGAATTCATCGTGATCGTGTGTATATAGGATGGTTGATT
CCTTTGTAATGGGCCCAAATGTTTTTACTTGTGTGTGTATTGGAGTGCAATTACTTCAAA
CACATGGACAGGTCCTCGTCGTCCTTGTGAAAACTAGATTACTAACACTTCATTGTTGTT
AGAGC

QA 1 425 1 425
DS 



AS 1 2

CO CL6986Contig1 878 2 4 U
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TCGGATGGGCTATGAGTTCTTTGACTCTCAAGGGTAAGCCATTGGATCAACCGTCTCTTG
CTTCTTCTTCTTCAGCACCATCCCTAGCTTCTGCAGGCTCAAATGCTACAACCACAGCAA
CGGAGGCTCCGAGTGTCAAAGCCAGTCATCATGCACGTTCCAACTCGGACTTCACAGATC
AACCAGCACCACCATCTCCAACATCAACAGATGGTTGGGGAGATATTGAAAATGACATTA
ACGAAGGTCATGAGAGCGACAAAGACGGTTGGGATCTTGATCCGATTGATGAACCAAAAC
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GACCTCCAGCTACAAGCTCAAGACCAAAGATTAGCACGGCAAAAGCAGCTGCGAAATTGG
AAGACGATGACATGTGGGGGATCCTTAGCTGCTCCTCCACCTGCAACTACTTCAAGACCG
TTGAACTTGAAGAAGACAGTACAGTCTGATGATGAAGACCCTTGGGCTGCCATTGCTGCT
CCACCACCAACCACCAGGGCAAAACCTTTGTCCTTTCTGGTCGTGGCCGAGCAGCCAGAC
CTGCAGCTCCTAAACTTGGTGCCCAACGCATTAACCGAACCTCATCTGGAATGTGATGAA
CACTAGAGAAAGAAGATACAATGTACTTTCTTTTGAGAGCATCTCCAGATGACTCTAGCA
ACCAACAAATTATTTGTGATATCATTCATTTTAATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB50TF U 1
AF RR1GB50JQ C 169
BS 1 691 RR1GB50TF
BS 692 692 RR1GB50JQ
BS 693 758 RR1GB50TF
BS 759 878 RR1GB50JQ

RD RR1GB50TF 758 0 0
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ACGCTGGAGAGACAGGAGTCACCGGAGGAGCCTCAGCTATACCTGAAACTGCTGGTCTGA
TCGGATGGGCTATGAGTTCTTTGACTCTCAAGGGTAAGCCATTGGATCAACCGTCTCTTG
CTTCTTCTTCTTCAGCACCATCCCTAGCTTCTGCAGGCTCAAATGCTACAACCACAGCAA
CGGAGGCTCCGAGTGTCAAAGCCAGTCATCATGCACGTTCCAACTCGGACTTCACAGATC
AACCAGCACCACCATCTCCAACATCAACAGATGGTTGGGGAGATATTGAAAATGACATTA
ACGAAGGTCATGAGAGCGACAAAGACGGTTGGGATCTTGATCCGATTGATGAACCAAAAC
CTGCTCCAGCTCTCTCAAACATTCAAGCAGCTCAAAAACGACCTGTGTCTCAGCCTTCTA
GACCTCCAGCTACAAGCTCAAGACCAAAGATTAGCACGGCAAAAGCAGCTGCGAAATTGG
AAGACGATGACATGTGGGGGATCCTTAGCTGCTCCTCCACCTGCAACTACTTCAAGACCG
TTGAACTTGAAGAAGACAGTACAGTCTGATGATGAAGACCCTTGGGCTGCCATTGCTGCT
CCACCACCAACCACCAGGGCAAAACCTTTGTTCTTTCTGGTCGTGGCCGAGCAGCCAGAC
CTGCAGCTCCTAAACTTGGTGCCCAACGCATTAACCGA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1GB50JQ 710 0 0
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CAACCACAGCAACGGAGGCTCCGAGTGTCAAAGCCAGTCATCATGCACGTTCCAACTCGG
ACTTCACAGATCAACCAGCACCACCATCTCCAACATCAACAGATGGTTGGGGAGATATTG
AAAATGACATTAACGAAGGTCATGAGAGCGACAAAGACGGTTGGGATCTTGATCCGATTG
ATGAACCAAAACCTGCTCCAGCTCTCTCAAACATTCAAGCAGCTCAAAAACGACCTGTGT
TTCAGCCTTCTAGACCTCCAGCTACAAGCTCAAGACCAAAGATTAGCACGGCAAAAGCAG
CTGCGAAATTGGAAGACGATGACATGTGGGG*ATCCTTAGCTGCTCCTCCACCTGCAACT
ACTTCAAGACCGTTGAACTTGAAGAAGACAGTACAGTCTGATGATGAAGACCCTTGGGCT
GCCATTGCTGCTCCACCACCAACCACCAGGGCAAAACCTTTGTC**TTCTGGTCGTGGCC
GAGCAGCCAGACCTGCAGCTCCTAAACTTGGTGCCCAACGCATTAACCGAACCTCATCTG
GAATGTGATGAACACTAGAGAAAGAAGATACAATGTACTTTCTTTTGAGAGCATCTCCAG
ATGACTCTAGCAACCAACAAATTATTTGTGATATCATTCATTTTAATCCC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL6987Contig1 676 2 2 U
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TCACTTTAGGGTTTTTTTTCTTGTTGGTCTCTTTTGTTGGGACTCTTTGTTTCTTCTTCT
GTTTCACTTATATATAGACACAAAAGGAGTTGTAGACTTGTAGTTGCATAAAAATGGAGT
CTGGAAAGATCTTTGGAACAGAAGAGGATTCTCGCAGCTGTGAATCTGGATGGACAATGT
ATTTAGCCTCATATTCTCAGGACCCCGATGACGACGGTTGCTATGAAGATGGTGATGACG
AAGATAGCGATGGTGGGGATTCAATGGACTCTGATGCATTTCTGGTCCCATGGAAGCCAC
ATCAACTCTCAAGCTTCCTCAAGAGATTGAAGAACAAAACTCTACAAAGAAAAAGAAGAA
GAGTAATGAGGAGATGGTTTTGGTGGAGCCCAGGGTTCACAACAACAATCATTATGACGA
TGATAATGATGATGATTATGATCAGGATGATGGTAATGATACCTACAGTGCAGTTCATAG
TTACGTTGGTGCAGTTAGACAAGGGTTTGTTTGAATTTATCGACTTGATGTTTGTGTTTC
TTTTAATTTATGTTCAGTTACATGATCAAATGCTATGTCCTTTTTTTGTTTAACGATGGA
AAAGTATTTTCTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1EP50TF U 1
AF RR1EP50JQ C 190
BS 1 673 RR1EP50TF
BS 674 676 RR1EP50JQ

RD RR1EP50TF 673 0 0
GGACACACACTTGCTTATTGGATTGTTTGCTTAGTATCTCAGTTTCTTGTGGTTACTCTC
TCACTTTAGGGTTTTTTTTCTTGTTGGTCTCTTTTGTTGGGACTCTTTGTTTCTTCTTCT
GTTTCACTTATATATAGACACAAAAGGAGTTGTAGACTTGTAGTTGCATAAAAATGGAGT
CTGGAAAGATCTTTGGAACAGAAGAGGATTCTCGCAGCTGTGAATCTGGATGGACAATGT
ATTTAGCCTCATATTCTCAGGACCCCGATGACGACGGTTGCTATGAAGATGGTGATGACG
AAGATAGCGATGGTGGGGATTCAATGGACTCTGATGCATTTCTGGTCCCATGGAAGCCAC
ATCAACTCTCAAGCTTCCTCAAGAGATTGAAGAACAAAACTCTACAAAGAAAAAGAAGAA
GAGTAATGAGGAGATGGTTTTGGTGGAGCCCAGGGTTCACAACAACAATCATTATGACGA
TGATAATGATGATGATTATGATCAGGATGATGGTAATGATACCTACAGTGCAGTTCATAG
TTACGTTGGTGCAGTTAGACAAGGGTTTGTTTGAATTTATCGACTTGATGTTTGTGTTTC
TTTTAATTTATGTTCAGTTACATGATCAAATGCTATGTCCTTTTTTTGTTTAACGATGGA
AAAGTATTTTCTG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1EP50JQ 487 0 0
TCTTTGGAACAGAAGAGGATTCTCGCAGCTGTGAATCTGGATGGACAATGTATTTAGCCT
CATATTCTCAGGACCCCGATGACGACGGTTGCTATGAAGATGGTGATGACGAAGATAGCG
ATGGTGGGGATTCAATGGATTCTGATGCATTTCTGGTCCCATGGAAGCCACATCAACTCT
CAAGCTTCCTCAAGAGATTGAAGAACAAAACTCTACAAAGAAAAAGAAGAAGAGTAATGA
GGAGATGGTTTTGGTGGAGCCCAGGGTTCACAACAACAATCATTATGACGATGATAATGA
TGATGATTATGATCAGGATGATGGTAATGATACCTACAGTGCAGTTCATAGTTACGTTGG
TGCAGTTAGACAAGGGTTTGTTTGAATTTATCGACTTGATGTTTGTGTTTCTTTTAATTT
ATGTTCAGTTACATGATCAAATGCTATGTCCTTTTTTTGTTTAACGATGGAAAAGTATTT
TCTGCCC

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

CO CL6988Contig1 742 2 2 U
GCCATCTGAATTTCATGTAATGGTTGATGAATTACAAACAATCAGAAAAGGGAGGAAACA
TACATTTTAAATTCGATTCGAATTGTCGAACCAAACCATCATAATCATAATCATAATACA
ATGCTCACATACTCTTTAAAGTCAACATCGTCTGATAGTTTTTCCAATACTTGAGGCAGT
AAACAAGCCTGGAAATCAAGACTCCCTTCCTCAACTCCTTGAAACACAACCAGCCTCCCG
TTCACATACGGCGGTCCAGCTCTCGCAGCAACCGGTTTACCCCAACCGAAATCATTTCCA
TACACATCAAACCGGTGAGAACTCGTCACAACCATATCTCTACCACCAACGGAAACCGGA
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CGCTCCATCTCCTCTATCTTCCCAGACGCCCACCCTATCCCATGGTCCATCAGCTCACCG
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GGACTCAGCCTTCTCCTCATGTCTATAGGTAACCTACAATGAGTCTCTTCCTCTCTACTC
ATCCCACCGTGCTTAGCCAACGAACACCAAACATGTCCTAACACCGCTTGAAAAGACGAG
ACTTTCTCATCCTTGGCTTTACCTTCAAGTCTCAAAACATTCTCCTTGGTGACATGAAAC
ATCAACTCCTGCAAACCAGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ77JQ U 1
AF RR1CG58JQ U 38
BS 1 691 RR1DJ77JQ
BS 692 742 RR1CG58JQ

RD RR1DJ77JQ 691 0 0
GCCATCTGAATTTCATGTAATGGTTGATGAATTACAAACAATCAGAAAAGGGAGGAAACA
TACATTTTAAATTCGATTCGAATTGTCGAACCAAACCATCATAATCATAATCATAATACA
ATGCTCACATACTCTTTAAAGTCAACATCGTCTGATAGTTTTTCCAATACTTGAGGCAGT
AAACAAGCCTGGAAATCAAGACTCCCTTCCTCAACTCCTTGAAACACAACCAGCCTCCCG
TTCACATACGGCGGTCCAGCTCTCGCAGCAACCGGTTTACCCCAACCGAAATCATTTCCA
TACACATCAAACCGGTGAGAACTCGTCACAACCATATCTCTACCACCAACGGAAACCGGA
ATCTTCACATCTCCCACCCATCTCTCCGCAAACGCTTTCGCGCTTTCGTACGTCTGCGAC
CGCTCCATCTCCTCTATCTTCCCAGACGCCCACCCTATCCCATGGTCCATCAGCTCACCG
ACCGTGACTCTAGCTATCCCGGTCTGACTCACGTTCCCAAAACACTCTTCTCCAAGCGGT
GGACTCAGCCTTCTCCTCATGTCTATAGGTAACCTACAATGAGTCTCTTCCTCTCTACTC
ATCCCACCGTGCTTAGCCAACGAACACCAAACATGTCCTAACACCGCTTGAAAAGACGAG
ACTTTCTCATCCTTGGCTTTACCTTCAAGTC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1CG58JQ 705 0 0
ACAATCAGAAAAGGGAGGAAACATACATTTTAAATTCGATTCGAATTGTCGAACCAAACC
ATCATAATCATAATCATAATACAATGCTCACATACTCTTTAAAGTCAACATCGTCTGATA
GTTTTTCCAATACTTGAGGCAGTAAACAAGCCTGGAAATCAAGACTCCCTTCCTCAACTC
CTTGAAACACAACCAGCCTCCCGTTCACATACGGCGGTCCAGCTCTCGCAGCAACCGGTT
TACCCCAACCGAAATCATTTCCATACACATCAAACCGGTGAGAACTCGTCACAACCATAT
CTCTACCACCAACGGAAACCGGAATCTTCACATCTCCCACCCATCTCTCCGCAAACGCTT
TCGCGCTTTCGTACGTCTGCGACCGCTCCATCTCCTCTATCTTCCCAGACGCCCACCCTA
TCCCATGGTCCATCAGCTCACCGACCGTGACTCTAGCTATCCCGGTCTGACTCACGTTCC
CAAAACACTCTTCTCCAAGCGGTGGACTCAGCCTTCTCCTCATGTCTATAGGTAACCTAC
AATGAGTCTCTTCCTCTCTACTCATCCCACCGTGCTTAGCCAACGAACACCAAACATGTC
CTAACACCGCTTGAAAAGACGAGACTTTCTCATCCTTGGCTTTACCTTCAAGTCTCAAAA
CATTCTCCTTGGTGACATGAAACATCAACTCCTGCAAACCAGTCG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6990Contig1 861 2 2 U
GGAGTGCTATAGCTTTGTGCCTCTTTTGACCATAGAAAGAAGAAGCTTTGTGCCTCTTTT
GCAGTTAAAGCTCAACCAACAAGATGATTATCACAGAGACCAACCGCAGAGAGATCTGCA
AGTACCTTTTCAAAGAAGTAGTATTGTTCGCGAAGAAGGATTTCAATCTCCCAAAGCATC
CGTTGATTGAGTCAGTGCCCAACCTTCAAGTGATCAAGCTCATGCAGAGTTTCAAGTCCA
AGGAGTACGTTAGGGAGACGTTCGCTTGGATGCACTACTATTGGTTTCTCACCAACGAAG
GGATTGAGTTCTTGAGAACTTATCTTAACCTCCCGTCAGACGTTGTTCCCGCGACTTTGA
AGAAGTCTGCTAAGCCCATTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCCGGTGATCGCCCAAGAG
GACCTCGCTTTGAGGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGGGTACCGTGCAGGGC
CACGTGGTGGTGATGCAGGAGGTGAAAAGGGTGGAGCTCCAGCTGATTACCAGCCTTCTT
TCCAAGTAAATCTCTCTCTCTCACTCATTCACCATCCCTGCCGAGTTTACTAATTAGCCT
TATTTTACGCAATAATGTCTAACAATGTGTGTTATGTTGACAGGGAGGTGGTGGTGGTAG
GCCTGGATTTGGCCGTGGTGCAGGCGGTTACAACGCAGCAGCACCATCTGGTTCGGGTTT
GCCTTGAAAGAGCACTTGTTATCGCTTTGATTATTGAAAGACAAGTTTTGTTTTTGTTTT
GGCCTTAGTTTTGTTTGTGTAACGCAACAAATCCAGAATCTATAATCTATCTATTTTTCT
GACTTTTTGGTCTGAGTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A245TF U 1
AF RR1A245JQ C 27
BS 1 679 RR1A245TF
BS 680 861 RR1A245JQ

RD RR1A245TF 679 0 0
GGAGTGCTATAGCTTTGTGCCTCTTTTGACCATAGAAAGAAGAAGCTTTGTGCCTCTTTT
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AGTACCTTTTCAAAGAAGTAGTATTGTTCGCGAAGAAGGATTTCAATCTCCCAAAGCATC
CGTTGATTGAGTCAGTGCCCAACCTTCAAGTGATCAAGCTCATGCAGAGTTTCAAGTCCA
AGGAGTACGTTAGGGAGACGTTCGCTTGGATGCACTACTATTGGTTTCTCACCAACGAAG
GGATTGAGTTCTTGAGAACTTATCTTAACCTCCCGTCAGACGTTGTTCCCGCGACTTTGA
AGAAGTCTGCTAAGCCCATTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCCGGTGATCGCCCAAGAG
GACCTCGCTTTGAGGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGGGTACCGTGCAGGGC
CACGTGGTGGTGATGCAGGAGGTGAAAAGGGTGGAGCTCCAGCTGATTACCAGCCTTCTT
TCCAAGTAAATCTCTCTCTCTCACTCATTCACCATCCCTGCCGAGTTTACTAATTAGCCT
TATTTTACGCAATAATGTCTAACAATGTGTGTTATGTTGACAGGGAGGTGGTGGTGGTAG
GCCTGGATTTGGCCGTGGT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1A245JQ 835 0 0
TGACCATAGAAAGAAGAAGCTTTGTGCCTCTTTTGCAGTTAAAGCTCAACCAACAAGATG
ATTATCACAGAGACCAACCGCAGAGAGATCTGCAAGTACCTTTTCAAAGAAGTAGTATTG
TTCGCGAAGAAGGATTTCAATCTCCCAAAGCATCCGTTGATTGAGTCAGTGCCCAACCTT
CAAGTGATCAAGCTCATGCAGAGTTTCAAGTCCAAGGAGTACGTTAGGGAGACGTTCGCT
TGGATGCACTACTATTGGTTTCTCACCAACGAAGGGATTGAGTTCTTGAGAACTTATCTT
AACCTCCCGTCAGACGTTGTTCCCGCGACTTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCCATTGGTCGT
CCCTTTGGTGGCCCACCCGGTGATCGCCCAAGAGGACCTCGCTTTGAGGGAGACCGTCCC
AGATTTGGTGACCGTGATGGGTACCGTGCAGGGCCACGTGGTGGTGATGCAGGAGGTGAA
AAGGGTGGAGCTCCAGCTGATTACCAGCCTTCTTTCCAAGTAAATCTCTCTCTCTCACTC
ATTCACCATCCCTGCCGAGTTTACTAATTAGCCTTATTTTACGCAATAATGTCTAACAAT
GTGTGTTATGTTGACAGGGAGGTGGTGGTGGTAGGCCTGGATTTGGCCGTGGTGCAGGCG
GTTACAACGCAGCAGCACCATCTGGTTCGGGTTTGCCTTGAAAGAGCACTTGTTATCGCT
TTGATTATTGAAAGACAAGTTTTGTTTTTGTTTTGGCCTTAGTTTTGTTTGTGTAACGCA
ACAAATCCAGAATCTATAATCTATCTATTTTTCTGACTTTTTGGTCTGAGTTAGC

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 2

CO CL6991Contig1 651 2 1 U
GGGTTGTTGTTTGTTGTGGTTGGTAAGGAAGGGAATGGCGATGGTTGGGCAGCGTCCTCG
GCGTGTTGAAGTCACGGCGGCGTACATGATACTCGTAATAATAGTGGTGGTAGTCAGCGA
TCTGTCAAACTGTGTGAGAGCCGAGAAGTCGGTGTCGGCATTCGTGCAGAACGCCATATT
GTCCAACAAGATTGTCATCTTCTCCAAGTCCTACTGCCCGTATTGCTTGCGCTCGAAACG
AATTTTCAGCCAACTTAAGGAACAACCTTTTGTTGTGGAGCTTGATCTCAGAGAGGACGG
AGATCAAATACAGTACGAGCTTCTGGAGTTTGTTGGTCGCCGTACTGTCCCGCAAGTTTT
TGTAAACGGCAAGCATATTGGTGGATCTGATGATCTTGTAGATGCTGTGGAGAATGGTCA
GTTGCAAAAGCTTCTTGCTGCTAGTTAGACTTTTTTTAAGAAGCTGGAATGGATTTGATC
ATGGAACCTTATGTGTTGTTATTTAGGGGAATCTTTGGTAATAAAGTAAACTGAATCAAG
GCATGGCTCTTCACTGACTTTTAATAGCTCCTTCCTTATATAATAAAAAAGTTATGATGG
GGTTTTTGTATAAACTCTTCTGTTATTGTATTGATCTGGTGATTGTTTGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AD92JQ C 1
AF RR1AD92TF U 1
BS 1 651 RR1AD92TF

RD RR1AD92JQ 651 0 0
GGGTTGTTGTTTGTTGTGGTTGGTAAGGAAGGGAATGGCGATGGTTGGGCAGCGTCCTCG
GCGTGTTGAAGTCACGGCGGCGTACATGATACTCGTAATAATAGTGGTGGTAGTCAGCGA
TCTGTCAAACTGTGTGAGAGCCGAGAAGTCGGTGTCGGCATTCGTGCAGAACGCCATATT
GTCCAACAAGATTGTCATCTTCTCCAAGTCCTACTGCCCGTATTGCTTGCGCTCGAAACG
AATTTTCAGCCAACTTAAGGAACAACCTTTTGTTGTGGAGCTTGATCTCAGAGAGGACGG
AGATCAAATACAGTACGAGCTTCTGGAGTTTGTTGGTCGCCGTACTGTCCCGCAAGTTTT
TGTAAACGGCAAGCATATTGGTGGATCTGATGATCTTGTAGATGCTGTGGAGAATGGTCA
GTTGCAAAAGCTTCTTGCTGCTAGTTAGACTTTTTTTAAGAAGCTGGAATGGATTTGATC
ATGGAACCTTATGTGTTGTTATTTAGGGGAATCTTTGGTAATAAAGTAAACTGAATCAAG
GCATGGCTCTTCACTGACTTTTAATAGCTCCTTCCTTATATAATAAAAAAGTTATGATGG
GGTTTTTGTATAAACTCTTCTGTTATTGTATTGATCTGGTGATTGTTTGGC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1AD92TF 651 0 0
GGGTTGTTGTTTGTTGTGGTTGGTAAGGAAGGGAATGGCGATGGTTGGGCAGCGTCCTCG
GCGTGTTGAAGTCACGGCGGCGTACATGATACTCGTAATAATAGTGGTGGTAGTCAGCGA
TCTGTCAAACTGTGTGAGAGCCGAGAAGTCGGTGTCGGCATTCGTGCAGAACGCCATATT
GTCCAACAAGATTGTCATCTTCTCCAAGTCCTACTGCCCGTATTGCTTGCGCTCGAAACG
AATTTTCAGCCAACTTAAGGAACAACCTTTTGTTGTGGAGCTTGATCTCAGAGAGGACGG
AGATCAAATACAGTACGAGCTTCTGGAGTTTGTTGGTCGCCGTACTGTCCCGCAAGTTTT
TGTAAACGGCAAGCATATTGGTGGATCTGATGATCTTGTAGATGCTGTGGAGAATGGTCA
GTTGCAAAAGCTTCTTGCTGCTAGTTAGACTTTTTTTAAGAAGCTGGAATGGATTTGATC
ATGGAACCTTATGTGTTGTTATTTAGGGGAATCTTTGGTAATAAAGTAAACTGAATCAAG
GCATGGCTCTTCACTGACTTTTAATAGCTCCTTCCTTATATAATAAAAAAGTTATGATGG
GGTTTTTGTATAAACTCTTCTGTTATTGTATTGATCTGGTGATTGTTTGGC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL6992Contig1 483 2 2 U
AATGGAAATAAAGTTTTCATTTCATATTTGTGTTCATAATGGACAAGACAAGACAAGACA
CAAGCTCATTGTTGTCTGACTACAAGAACAAAAATTAATAGGATTTATTTATATATTAGT
AATCTATAAAATATGTATGACATGTGAAGACAACATTGGTTACAAACATTCCAAGAGCAA
TTCAATCTTCTTCGTCAAAAGCAAAGCTTTTTCTTGATGGGGTTTATCTCTTGCATCTCA
CTTCCGACTATCAGTTCGAGAATTCCATCGACTCTGTTCTCAAAGCAGTCGACTTTAGCA
TCTTTGTATTCAAAAAAGTTTGCTTTGAGGCGCGAGGAGGGCAAACCCAGTTTCTACTTG
TCACTATCAGCGTATTCGATGATGGTGACTCCTATACAAGCCTCTTCTTCCTCCTCCTCC
ACCATTGGTATCCTAACTCTCTGTTTCTTCCCCTGTTCTGTTTTCGGCTTTTTTATGTTA
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 

AF RR1CG32TF C 1
AF RR1CG32JQ U 36
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BS 36 483 RR1CG32JQ

RD RR1CG32TF 483 0 0
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TCACTATCAGCGTATTCGATGATGGTGACTCCTATACAAGCCTCTTCTTCCTCCTCCTCC
ACCATTGGTATCCTAACTCTCTGTTTCTTCCCCTGTTCTGTTTTCGGCTTTTTTATGTTA
TCC

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR1CG32JQ 448 0 0
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TAATAGGATTTATTTATATATTAGTAATCTATAAAATATGTATGACATGTGAAGACAACA
TTGGTTACAAACATTCCAAGAGCAATTCAATCTTCTTCGTCAAAAGCAAAGCTTTTTCTT
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GTTCTCAAAGCAGTCGACTTTAGCATCTTTGTATTCAAAAAAGTTTGCTTTGAGGCGCGA
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TTCTGTTTTCGGCTTTTTTATGTTATCC

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DS 



AS 1 2

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TTATTATCCAACATCAAATAGTATTACAAGTATGCTTTTTTCTTTTCTTGGGCAACAAAA
ATTTTGCATCTTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CH62TF U 1
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G

QA 1 817 1 817
DS 

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QA 6 782 6 782
DS 



AS 1 2

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TGCATCTTCTTGTCCTCTGCTTCTCTTTATATCCTCCATAATCTCCATAAAGGAGAGAAC
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TCTTATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX89TF U 1
AF RR1GX89JQ C 148
BS 1 715 RR1GX89TF
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RD RR1GX89TF 800 0 0
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GCTATCGATGTTTATCTGGCTGGGACAGTTATGTTAATATTTAGTATGGGTTTGTATGGA
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TGCATCTTCT*GTCCTCTGC

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DS 

RD RR1GX89JQ 760 0 0
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TTCCTGGCGCTCTTGGCGGTAGGAGGTTCGTTAGCTGGTTCGCTACTCTGCTTCCTCAAT
GGATGTGTCTATATCATCGAGGCATACAAAGTCTATTGGACTAACTGTGTCAAAGGCATC
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GTTATGTTAATATTTAGTATGGGTTTGTATGGACTCTTCATCAGTAACTCGCCTCCTGAT
GTCCCTCCGGAATCCGACCGTGCCCTTAAAGCCTCTTCACTCTTTGGAATGTTTGCCATG
AAAGAAAGACCGAAGTGGATGAAAATCAGCTCACTGGACGAGCTGAAAACCAAAGTTGGA
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GAACCAAATCCAATATATATATATAACTTTTGTTCTTATT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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ACG


BQ
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20 20 20 

AF RR1FE71JQ C 1
AF RR1FE71TF U 1
BS 1 663 RR1FE71TF

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DS 

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TCAGCTTATGGAACTTTGCTTGGTCGACTTTCTAGGGTTTATAGTGACCGGAGATCCGGT
TGCAGCCTTGAAGAAATACGAAAATGAGCTTGTGGAATCAGTCATGGTTCGATCTCGAAA
CGTCTACCAAGATTTTGAGTCCGATGTAAGCTTCTTCCAATAAATTTTGGATCACTTTGT
TAAAAAGATTTGACAATTTTTTTTTTGTTTTTGATAAAAGATTTGACAAATTACTAAGAG
GTGACAAATTACTAAGAGGTGAAAACAATAGAATTTATAAAAGCCGTATTAATATATGTA
TTCGATACGAACCCCACATATAATTAGATTAATTAGCGATCTATTATTTTCAACGATTGA
ACG

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL6996Contig1 810 2 2 U
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CTATTTTAAAAGGTTTCTTCTATGAACAAGATTATGTATCTTTTAGTGATGTGAGACCAC
CACCACTACTACTTAGAATGATTTTGGTCC


BQ
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AF RR1FF47TF U 1
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TCCTTAGTGTTTTAATCTAGCAACTTGCTCCATAACATTTGAAGCTGTTTTGCACTTAGT
CTATTTTA

QA 1 728 1 728
DS 

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TTGCGTTTCAAAGAAGATGCAGCCATTGTGGCACAAACAACGCACCTCAATGGAGAACCG
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TATGTCCGGAATACAGACCAGCGGATAGCCCGACGTTCTCGAACGAGATCCACTCAAATC
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AGCAACTTGCTCCATAACATTTGAAGCTGTTTTGCACTTAGTCTATTTTAAAAGGTTTCT
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TGATTTTGGTCC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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TGATTATTAAAGAACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FM72TF U 1
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GGAATTTCACATTTATTTGATTATTAAAGAACACC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

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AC


BQ
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10 10 

AF RR1CK84TF U 1
AF RR1CK84JQ C 90
BS 1 710 RR1CK84TF
BS 711 711 RR1CK84JQ
BS 712 733 RR1CK84TF
BS 734 734 RR1CK84JQ
BS 735 753 RR1CK84TF
BS 754 782 RR1CK84JQ

RD RR1CK84TF 753 0 0
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TTCATTTTTTGTATGAAGTCTTTATTTTGTTTTTGTATGAAGTCTTCAATTTATTGCTAG
AAATAAAATCCTCCAATTGGGAAATTAAGCCTCCAAGTTAGACCCGTGTTGCCTATAAAA
GCAATCCCCAAGATAATAGACTCTCCTCATCTTCTCTTGTAAACCCAATCATATAATTTT
CTGTTCTTTAGAAAATGCATTCCTCTTATTCTTTTTCTACTTCGTCCACGTTGACAATCT
TAATCACATTAGCATGTCTTGTGCTTAGTGCGCATCTGTCCGATGCTCAACTTACTCCTA
CCTTCTACGACACTTCATGTCCTAACGTCACTAACATCGTACGAGAGACCATTATCAACG
AGCTAAGATCGGACCCTCGTATCGCCGCGAGCATTCTTCGTCTTCACTTCCACGATTGCT
TTGTCGATGGCCGTGATGCATCGATCTTGTTAGACAATACGACATCGTTCCAAACAGAGA
AAGATGCAGTCGGCAACGTAAACTCGGCTAGAGGATTCCCTGTGATTGATACAATGAAAG
CCGCAGTGGAGAGAGCTTGCCCGAGAACTCCAACTCTCTACTCCAAGATGTGGTTGAAAT
CGTTGATTTTGTTAGCTCTATATGAGAATAGTATCTTAGTATGTGGCTAC*AAAATATAT
GTTACTGTTGTGA*TGTGTGTATTATTAATGTC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1CK84JQ 693 0 0
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CCTCCAAGTTAGACCCGTGTTGCCTATAAAAGCAATCCCCAAGATAATAGACTCTCCTCA
TCTTCTCTTGTAAACCCAATCATATAATTTTCTGTTCTTTAGAAAATGCATTCCTCTTAT
TCTTTTTCTACTTCGTCCACGTTGACAATCTTAATCACATTAGCATGTCTTGTGCTTAGT
GCGCATCTGTCCGATGCTCAACTTACTCCTACCTTTTACGACACTTCATGTCCTAACGTC
ACTAACATCGTACGAGAGACCATTATCAACGAGCTAAGATCGGACCCTCGTATCGCCGCG
AGCATTCTTCGTCTTCACTTCCACGATTGCTTTGTCGATGGCCGTGATGCATCGATCTTG
TTAGACAATACGACATCGTTCCAAACAGAGAAAGATGCAGTCGGCAACGTAAACTCGGCT
AGAGGATTCCCTGTGATTGATACAATGAAAGCCGCAGTGGAGAGAGCTTGCCCGAGAACT
CCAACTCTCTACTCCAAGATGTGGTTGAAATCGTTGATTTTGTTAGCTCTATATGAGAAT
AGTATCTTAGTATGTGGCTACCAAAATATATGTTACTGTTGTGAATGTGTGTATTATTAA
TGTCGAATATGAGCTCCTTATATAGGGAGGTAC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL6999Contig1 845 2 26 U
GGGATTCACATCTTTCTTTTATACACACCTTCAAAACTCTCTCTCATCTCTCCGCTCATT
CTCTGGTGAAAGATTAAACCTTTGGAAGAAGAAGTCGTTTCGTTATCATTCGACAATGGC
GGAGAACGTTGGGATTCTGGCTATGGACATCTATTTTCCTCCTACCTGTGTTCAACAGGA
AGCTTTGGAAGCTCATGATGGAGCAAGCAAAGGCAAATACACCATCGGTCTTGGCCAAGA
TTGTCTAGCTTTCTGCACTGAGCTTGAAGATGTCATCTCAATGAGTTTCAATGCGGTGAC
ATCTCTTCTAGAAAAGTACAAGATCGACCCAAAGCAAATTGGGCGTCTTGAAGTAGGAAG
TGAGACTGTCATTGACAAAAGCAAGTCCATCAAAACCTTCTTGATGCAACTCTTTGAGAA
ATGTGGAAACACTGATGTGGAAGGTGTTGACTCGACCAATGCTTGTTATGGTGGAACTGC
AGCTTTGCTAAACTGTGTCAACTGGGTTGAGAGTAACTCCTGGGATGGACGCTATGGCCT
TGTCATCTGTACTGACAGTGCGGTATATGCAGAAGGACCTGCAAGACCCACTGGAGGAGC
AGCAGCGATTGCTATGTTGATAGGACCAAATGCTCCTATCGTCTTCGAAAGCAAACTGAG
AGGAAGCCACATGGCTCATGTCTATGACTTTTACAAGCCAAATCTTGCTAGCGAGTACCC
TGTTGTTGATGGTAAGCTTTCACAGACTTGCTACCTTATGGCACTTGACTCCTGCTATAA
ACATTTATGCAACAAGTTTGAGAAACTCGAGGGCAAAGAGTTCTCCATCAATGATGCTGA
CTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1C755TF U 1
AF RR1EB06TF U 106
BS 1 201 RR1C755TF
BS 202 202 RR1EB06TF
BS 203 457 RR1C755TF
BS 458 458 RR1EB06TF
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BS 823 836 RR1C755TF
BS 837 845 RR1EB06TF

RD RR1C755TF 836 0 0
GGGATTCACATCTTTCTTTTATACACACCTTCAAAACTCTCTCTCATCTCTCCGCTCATT
CTCTGGTGAAAGATTAAACCTTTGGAAGAAGAAGTCGTTTCGTTATCATTCGACAATGGC
GGAGAACGTTGGGATTCTGGCTATGGACATCTATTTTCCTCCTACCTGTGTTCAACAGGA
AGCTTTGGAAGCTCATGATGGTGCAAGCAAAGGCAAATACACCATCGGTCTTGGCCAAGA
TTGTCTAGCTTTCTGCACTGAGCTTGAAGATGTCATCTCAATGAGTTTCAATGCGGTGAC
ATCTCTTCTAGAAAAGTACAAGATCGACCCAAAGCAAATTGGGCGTCTTGAAGTAGGAAG
TGAGACTGTCATTGACAAAAGCAAGTCCATCAAAACCTTCTTGATGCAACTCTTTGAGAA
ATGTGGAAACACTGATGTGGAAGGTGTTGACTCGACCGATGCTTGTTATGGTGGAATTGC
AGCTTTGCTAAACTGTGTCAATTGGGTTGAGAGTAACTCCTGGGATGGACGCTATGGCCT
TGTCATCTGTACTGACAGTGCGGTATATGCAGAAGGACCTGCAAGGCCCACTGGAGGAGC
AGCATCGATTGCTATGTTGATAGGACCTAATGCTCCTATTGTTTTCGAAAGCAAACTGAG
AGGAAGCCACATGGCTCATGTCTATGACTTTTACAAGCCAAATCTTGCTAGCGAGTACCC
TGTTGTTGATGGTAAGCTTTCACAGACTTGCTACCTTATGGCACTTGACTCCTGCTATAA
ACATTTATGCAACAAGTTTGAGAA*CTGGAGGGCAAAGAGT*CTCCATCAATGATG

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1EB06TF 740 0 0
GG
ATTCGACAATGGCGGAGAACGTTGGGATTCTGGCTATGGACATCTATTTTCCTCCTACCT
GTGTTCAACAGGAAGCTTTGGAAGCTCATGATGGAGCAAGCAAAGGCAAATACACCATTG
GTCTTGGCCAAGATTGTCTAGCTTTCTGCACTGAGCTTGAAGATGTTATCTCAATGAGTT
TCAATGCGGTGACATCTCTTCTAGAAAAGTATAAGATCGACCCCAAGCAAATTGGGCGTC
TTGAAGTAGGAAGTGAGACTGTCATTGACAAAAGCAAGTCCATCAAAACCTTCTTGATGC
AACTCTTTGAGAAATGTGGAAACACTGATGTGGAAGGTGTTGACTCGACCAATGCTTGTT
ATGGTGGAACTGCAGCTTTGCTAAACTGTGTCAACTGGGTTGAGAGTAACTCCTGGTATG
GACGCTATGGCCTTGTCATCTGTACTGACAGTGCGGTTTATGCAGAAGGACCTGCAAGAC
CCACTGGAGGAGCAGCAGCGATTGCTATGTTGATAGGACCAAATGCTCCTATCGTCTTCG
AAAGCAAACTGAGAGGAAGCCACATGGCTCATGTCTATGACTTTTACAAGCCAAATCTTG
CTAGCGAGTACCCTGTTGTTGATGGTAAGCTTTCACAGACTTGCTACCTTATGGCACTTG
ACTCCTGCTATAAACATTTATGCAACAAGTTTGAGAAACTCGAGG*CAAAGAGTTCTCCA
TCAATGATGCTGACTACT

QA 3 740 3 740
DS 



AS 1 2

CO CL7000Contig1 710 2 1 U
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TCAGCCAGTACTCGGCCAAAGTCAGCTTTATTCTCAGAGGGGTCCCCTTCAGTCCAGTTA
CACCTCGCCCATGATCCGTGCTTGGTTTGATCCTCACCACCATCATCATCAATCCATCTC
CGATCTCAACTACCACCATATTCCTCCGGCGGTTCACCAAGGTGAATTCTCTTCCGGTGG
TTTCCGCATACCAGCACGGTTTCAGGGTCAAGAAGAGGAGCAGCACGATGGTCTCTCTAA
CAAACCGTCATCTGCTTCCTCCATTTCTCGCCATCGTTAACAATCCAAACAAGCATCCTC
TACTTCCAGGGAAGGCGTTTGTATTCAATGGCTTGAAGGGTAAAAAAAAGGCAAGGGAAG
GATGAAAGAGTGGGAAAAGAAGACCAAATGTGTCCTAAAACCTCAGGTTCTTCCTCTTCC
AGTATCCTGACCTTGTCATTTGTAATTTTCATCCTTTTCACCAGTTAGATCTGTAGCTCA
ATTATGGTTAGCTCCCGTTGTTATGTTGTGTCTGAAAACCCTTTTTGTTGTGTGTTGTAT
CATCATCCTCTTGTTACTGCACTAGCCAGATACTTGAGAACTTTCAATTCCCTGTTCTTG
TTGTGTGTAACTCCATTGGATGATGTAATAAAGTCTTGCACTTTGTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F086TF U 1
AF RR1F086JQ C 97
BS 1 710 RR1F086TF

RD RR1F086TF 710 0 0
GGCAGCAACGGAGACAGTAGGAGGAGGAGGGTTTCTGTTTGGTCCTCCAGCTCCTTCGTT
TCAGCCAGTACTCGGCCAAAGTCAGCTTTATTCTCAGAGGGGTCCCCTTCAGTCCAGTTA
CACCTCGCCCATGATCCGTGCTTGGTTTGATCCTCACCACCATCATCATCAATCCATCTC
CGATCTCAACTACCACCATATTCCTCCGGCGGTTCACCAAGGTGAATTCTCTTCCGGTGG
TTTCCGCATACCAGCACGGTTTCAGGGTCAAGAAGAGGAGCAGCACGATGGTCTCTCTAA
CAAACCGTCATCTGCTTCCTCCATTTCTCGCCATCGTTAACAATCCAAACAAGCATCCTC
TACTTCCAGGGAAGGCGTTTGTATTCAATGGCTTGAAGGGTAAAAAAAAGGCAAGGGAAG
GATGAAAGAGTGGGAAAAGAAGACCAAATGTGTCCTAAAACCTCAGGTTCTTCCTCTTCC
AGTATCCTGACCTTGTCATTTGTAATTTTCATCCTTTTCACCAGTTAGATCTGTAGCTCA
ATTATGGTTAGCTCCCGTTGTTATGTTGTGTCTGAAAACCCTTTTTGTTGTGTGTTGTAT
CATCATCCTCTTGTTACTGCACTAGCCAGATACTTGAGAACTTTCAATTCCCTGTTCTTG
TTGTGTGTAACTCCATTGGATGATGTAATAAAGTCTTGCACTTTGTCTTT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1F086JQ 614 0 0
GAGGGGTCCCCTTCAGTCCAGTTACACCTCGCCCATGATCCGTGCTTGGTTTGATCCTCA
CCACCATCATCATCAATCCATTTCCGATTTCAACTACCACCATATTCCTCCGGCGGTTCA
CCAAGGTGAATTTTCTTCCGGTGGTTTCCGCATACCAGCACGGTTTCAGGGTCAAGAAGA
GGAGCAGCACGATGGTCTTTTTAACAAACCGTCATTTGCTTCCTCCATTTCTCGCCATCG
TTAACAATCCAAACAAGCATCCTTTACTTCCAGGGAAGGCGTTTGTATTCAATGGCTTGA
AGGGTAAAAAAAAGGCAAGGGAAGGATGAAAGAGTGGGAAAAGAAGACCAAATGTGTCCT
AAAACCTCAGGTTTTTCCTCTTCCAGTATCCTGACCTTGTCATTTGTAATTTTCATCCTT
TTCACCAGTTAGATCTGTAGCTCAATTATGGTTAGCTCCCGTTGTTATGTTGTGTCTGAA
AACCCTTTTTGTTGTGTGTTGTATCATCATCCTCTTGTTACTGCACTAGCCAGATACTTG
AGAACTTTCAATTCCCTGTTCTTGTTGTGTGTAACTCCATTGGATGATGTAATAAAGTCT
TGCACTTTGTCTTT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL7001Contig1 761 2 2 U
AAAAAAACAATGGCAACCATTAATTCAACGGTCACGATTCTCTCTCCCAACTCGATCCCA
AAGATCATCAACTCGAAACTCGGAGTTGGTGTTTCTGATCAGACCGCCGGTTTCTCTCCC
AACGTTGTGAAATGTGTGAGTTCCTCCTCTTGCCGGAGATTGAAGCTAGCGAAGCTGGTC
TCTGCGGCTGGACTGTCGCAGATCGAACCAGATATCAACGAAGATCCCATTGGTCAGTTC
GAGCTTAACAGTATTGAAATGGAGGATTTCAAGTATGGTTATTACGATGGAGCTCACACT
TATTACGAAGGAGAAGTTGAAAAGGGAACGTTTTGGGGAGCAATTGCAGATGATATTGCT
GCTGTGGATCCTCCATCTGGGTTTCAAGGTTTAATCTCTTGGTTGTTTCTTCCTGCTATT
GCGGCTGGGATGTATTTTGATGCTCCGGGTGAGTACTTGTTCATAGGTGCGGGTTTGTTT
ACCATAGTGTTCTGTATAATAGAGATGGATAAACCAGACATGCCCCACAACTTCGAACCT
CAGATTTACAAAATGTAGAGAGGAGCTCGTGACAAGCTCATTAATGACTACAACACTATG
AGCATTTGGGACTTTAATGACAAGTATGGTGATATCTGGGATTTCACGGTCGAGAAGAAT
GATATCGCCACAAGATAAGATGTTGATTCTTACCAAAAAAATGATGATGATATTTGATGA
AAACTGTTTATAAATGATGAATGAAACGTGTTACCATGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CE04TF U 1
AF RR1CE04JQ C 33
BS 1 684 RR1CE04TF
BS 685 761 RR1CE04JQ

RD RR1CE04TF 684 0 0
AAAAAAACAATGGCAACCATTAATTCAACGGTCACGATTCTCTCTCCCAACTCGATCCCA
AAGATCATCAACTCGAAACTCGGAGTTGGTGTTTCTGATCAGACCGCCGGTTTCTCTCCC
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TCTGCGGCTGGACTGTCGCAGATCGAACCAGATATCAACGAAGATCCCATTGGTCAGTTC
GAGCTTAACAGTATTGAAATGGAGGATTTCAAGTATGGTTATTACGATGGAGCTCACACT
TATTACGAAGGAGAAGTTGAAAAGGGAACGTTTTGGGGAGCAATTGCAGATGATATTGCT
GCTGTGGATCCTCCATCTGGGTTTCAAGGTTTAATCTCTTGGTTGTTTCTTCCTGCTATT
GCGGCTGGGATGTATTTTGATGCTCCGGGTGAGTACTTGTTCATAGGTGCGGGTTTGTTT
ACCATAGTGTTCTGTATAATAGAGATGGATAAACCAGACATGCCCCACAACTTCGAACCT
CAGATTTACAAAATGTAGAGAGGAGCTCGTGACAAGCTCATTAATGACTACAACACTATG
AGCATTTGGGACTTTAATGACAAGTATGGTGATATCTGGGATTTCACGGTCGAGAAGAAT
GATATCGCCACAAGATAAGATGTT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1CE04JQ 729 0 0
CACGATTCTCTCTCCCAACTCGATCCCAAAGATCATCAACTCGAAACTCGGAGTTGGTGT
TTCTGATCAGACCGCCGGTTTCTCTCCCAACGTTGTGAAATGTGTGAGTTCCTCCTCTTG
CCGGAGATTGAAGCTAGCGAAGCTGGTCTCTGCGGCTGGACTGTCGCAGATCGAACCAGA
TATCAACGAAGATCCCATTGGTCAGTTCGAGCTTAACAGTATTGAAATGGAGGATTTCAA
GTATGGTTATTACGATGGAGCTCACACTTATTACGAAGGAGAAGTTGAAAAGGGAACGTT
TTGGGGAGCAATTGCAGATGATATTGCTGCTGTGGATCCTCCATCTGGGTTTCAAGGTTT
AATCTCTTGGTTGTTTCTTCCTGCTATTGCGGCTGGGATGTATTTTGATGCTCCGGGTGA
GTACTTGTTCATAGGTGCGGGTTTGTTTACCATAGTGTTCTGTATAATAGAGATGGATAA
ACCAGACATGCCCCACAACTTCGAACCTCAGATTTACAAAATGTAGAGAGGAGCTCGTGA
CAAGCTCATTAATGACTACAACACTATGAGCATTTGGGACTTTAATGACAAGTATGGTGA
TATCTGGGATTTCACGGTCGAGAAGAATGATATCGCCACAAGATAAGATGTTGATTCTTA
CCAAAAAAATGATGATGATATTTGATGAAAACTGTTTATAAATGATGAATGAAACGTGTT
ACCATGTGC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL7002Contig1 652 2 1 U
GACTAGTTTTCATCTACACTAAAGGATTCTTCCGATTCCAACCACGCAAAATTTCGTTTT
ACCTCAAAATATAGAACATCATAGATGGCTCGCTCCATATGTGCCCTTCAAAGATGAGTG
TGCTAATGAGCGCACACATGGCTAGATCTTGTGAAAAAGCTACGCAACACCACTGCGCAT
ATGCATTGTAGTATTTCACTTTCACAGATTTTCTTTCAACTTTGGTGAGTACTTTGCAAC
GACTAACATAAGAGTAAGACAGATAACAACACAACAACATCAATTTTCTGACGAAACGGA
AAATTATATTGTATTTATTTTTAACACAAAGAAAACTATATTGCATACATAGAAGATTTC
AGATTTATAATGTATTGAAAAGGTGTTCATTTCGAGCGAGCAAAAAGAATTTCATGCATG
GCAGAGGTTGGTTGTGTAGAGAAATGTAAATTTTATCACCACTAACCTGATGGAGACTAA
AATGATTTTCTGGATTTGGCTATGAACTCGGCTCAGTGAGGTTGAGTTGAGACGTTTCAG
GGATATAGTTTGAAAAGTTAGACCACCCATTTCACTCACCTTTTTAGAAGGCCAAAACAA
ACAAGGAGACCTACAGTTTCTACTTTGCATTCTAGTAATTAAATTCCTGCCC


BQ
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AF RR1AR73JQ C 1
AF RR1AR73TF U 1
BS 1 652 RR1AR73TF

RD RR1AR73JQ 652 0 0
GACTAGTTTTCATCTACACTAAAGGATTCTTCCGATTCCAACCACGCAAAATTTCGTTTT
ACCTCAAAATATAGAACATCATAGATGGCTCGCTCCATATGTGCCCTTCAAAGATGAGTG
TGCTAATGAGCGCACACATGGCTAGATCTTGTGAAAAAGCTACGCAACACCACTGCGCAT
ATGCATTGTAGTATTTCACTTTCACAGATTTTCTTTCAACTTTGGTGAGTACTTTGCAAC
GACTAACATAAGAGTAAGACAGATAACAACACAACAACATCAATTTTCTGACGAAACGGA
AAATTATATTGTATTTATTTTTAACACAAAGAAAACTATATTGCATACATAGAAGATTTC
AGATTTATAATGTATTGAAAAGGTGTTCATTTCGAGCGAGCAAAAAGAATTTCATGCATG
GCAGAGGTTGGTTGTGTAGAGAAATGTAAATTTTATCACCACTAACCTGATGGAGACTAA
AATGATTTTCTGGATTTGGCTATGAACTCGGCTCAGTGAGGTTGAGTTGAGACGTTTCAG
GGATATAGTTTGAAAAGTTAGACCACCCATTTCACTCACCTTTTTAGAAGGCCAAAACAA
ACAAGGAGACCTACAGTTTCTACTTTGCATTCTAGTAATTAAATTCCTGCCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1AR73TF 652 0 0
GACTAGTTTTCATCTACACTAAAGGATTCTTCCGATTCCAACCACGCAAAATTTCGTTTT
ACCTCAAAATATAGAACATCATAGATGGCTCGCTCCATATGTGCCCTTCAAAGATGAGTG
TGCTAATGAGCGCACACATGGCTAGATCTTGTGAAAAAGCTACGCAACACCACTGCGCAT
ATGCATTGTAGTATTTCACTTTCACAGATTTTCTTTCAACTTTGGTGAGTACTTTGCAAC
GACTAACATAAGAGTAAGACAGATAACAACACAACAACATCAATTTTCTGACGAAACGGA
AAATTATATTGTATTTATTTTTAACACAAAGAAAACTATATTGCATACATAGAAGATTTC
AGATTTATAATGTATTGAAAAGGTGTTCATTTCGAGCGAGCAAAAAGAATTTCATGCATG
GCAGAGGTTGGTTGTGTAGAGAAATGTAAATTTTATCACCACTAACCTGATGGAGACTAA
AATGATTTTCTGGATTTGGCTATGAACTCGGCTCAGTGAGGTTGAGTTGAGACGTTTCAG
GGATATAGTTTGAAAAGTTAGACCACCCATTTCACTCACCTTTTTAGAAGGCCAAAACAA
ACAAGGAGACCTACAGTTTCTACTTTGCATTCTAGTAATTAAATTCCTGCCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL7003Contig1 954 2 2 U
GGAAGCTGAGAAATAACATTATAGTAATATTAGAGATAAAGATAGAGAGACAGAGAGAGA
GAAAGAGATGAATATGATGCAAGAGGAAAACCGAAAGGGTCCATGGACAGAACAAGAAGA
CATCATTCTGGTAAATTTCGTACACTTATTTGGAGATCGGCGATGGGATTTTATAGCAAA
AGTATCAGGTTTGAAGGTGTAGGGAGAAAGATAAATAGGTAAGAAACATGTATTACTGAG
CTAGTTTTGGTTGTAGGTTTGAACAGAACAGGAAAGAGTTGCAGGCTAGGTGGGTTAACT
ACCTTCATCCTGGTCTCAAACGTGGCAAGATGACGCCACAAGAAGAGCGTCTTGTCCTTG
AGCTTCACGCTAAATGGGGAAACAGGTGGTCAAAAATAGCTCGGAAATTGCCAGGAAGAA
CAGATAACGAGATAAAGAATTACTGGAGGACTCATATGAGGAAGAAGACTCAAGAAAAGA
AGCGTCATGTTTCTCCAAGTTCCTCATGTTCCAACTGCTGCTCTTCGTCTATGACCACTA
CCAATACTCAAGATGTGTCTTTTCAGTCGTCAGGGAAAGTAAGCTTTTACGACACCGGAG
GAAATAGGGAGATGAATCAAGAAACCAAAGACGGATACTCGATGGACGATATATGGAAAG
AGATCGATCACTCTGCAGTAAAAGTAACTCAACCAGTTAAAGACATCTATTTAGAGCAAA
GCTACTGCTTAAGTTACCCCACTTTGGCTTCTCCATCATGGGAGAGCTCCTTGGATTCTG
TATGGAAGATGGATGCAGATAAAAGTAAGATGTCTTCCTTTGCAGATGATCAGTTTCCTT
TCTGTTTCCAACACAGTAGATCACCATGGTCTTCAGGTTAATTAGGATTCGATTTATTCG
TTGAAAATCTGTTTATATATGTTATATATTTTTATATAAATACAGAATAAAGCC


BQ
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AF RR1DH58TF U 1
AF RR1DH58JQ C 310
BS 1 569 RR1DH58TF
BS 570 954 RR1DH58JQ

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GAAAGAGATGAATATGATGCAAGAGGAAAACCGAAAGGGTCCATGGACAGAACAAGAAGA
CATCATTCTGGTAAATTTCGTACACTTATTTGGAGATCGGCGATGGGATTTTATAGCAAA
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CTAGTTTTGGTTGTAGGTTTGAACAGAACAGGAAAGAGTTGCAGGCTAGGTGGGTTAACT
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CCAATACTCAAGATGTGTCTTTTCAGTCG

QA 1 569 1 569
DS 

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AAGATGTGTCTTTTCAGTCGTCAGGGAAAGTAAGCTTTTACGACACCGGAGGAAATAGGG
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ACTCTGCAGTAAAAGTAACTCAACCAGTTAAAGACATCTATTTAGAGCAAAGCTACTGCT
TAAGTTACCCCACTTTGGCTTCTCCATCATGGGAGAGCTCCTTGGATTCTGTATGGAAGA
TGGATGCAGATAAAAGTAAGATGTCTTCCTTTGCAGATGATCAGTTTCCTTTCTGTTTCC
AACACAGTAGATCACCATGGTCTTCAGGTTAATTAGGATTCGATTTATTCGTTGAAAATC
TGTTTATATATGTTATATATTTTTATATAAATACAGAATAAAGCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

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GGTTGAGTCAAACATGTAAAGTGGTTTGAGGAGAATCTGATTCTGGATGGTCATTCTCGT
CGTCGTCGATAGAGGTTTTGGTCGAAGAGATAAAGACAGGGGAGCGACAGAGAGGGCAAG
TGGTGTGAGAATAAAGCCAAAGGTGAATGCAATCGAGATGAAATATGTGTTTGCATGAAG
GCATTTCCACCAACTCTTCCTTCAACTCGAATTCGCCCAAACATACGCAACATAGAGAAT
CTCTTGTTCCTAGTTCTTCATTAAACAAAACCAAATGAAGCCTTTCTTTGAGCTCTACTT
TCACATTAACAAACACACCGAGGGGAGATGAGGAGAAGTCTGGTGGGGCGAGGAAACAGG
AAGAGTCATTGGAGAGGGTGAAGATAGAGAAGAGGCTCTTCTCTTAAGGTAAAAAAGATA
GAACAAGAGGAAGAGAATGATGGAGAATAAGATGGGAATGGAGAAGATGAAGGCTTGATA
AAGTTTGAGTTGAATTGCTTGTGGGTATAGGTGAGGTGAGATTGGAGATTGAGGATCAAT
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GAGTTTTGATGGAAGCTCC


BQ
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AF RR1DM90JQ U 3
AF RR1DM90TF C 1
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BS 3 654 RR1DM90JQ
BS 655 739 RR1DM90TF

RD RR1DM90JQ 652 0 0
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TTACATTTTTGTATGGATCTATTGACTAACAAAACTTGTATCGTGCTTATTTCTTTCGGG
TTGAGTCAAACATGTAAAGTGGTTTGAGGAGAATCTGATTCTGGATGGTCATTCTCGTCG
TCGTCGATAGAGGTTTTGGTCGAAGAGATAAAGACAGGGGAGCGACAGAGAGGGCAAGTG
GTGTGAGAATAAAGCCAAAGGTGAATGCAATCGAGATGAAATATGTGTTTGCATGAAGGC
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CTTGTTCCTAGTTCTTCATTAAACAAAACCAAATGAAGCCTTTCTTTGAGCTCTACTTTC
ACATTAACAAACACACCGAGGGGAGATGAGGAGAAGTCTGGTGGGGCGAGGAAACAGGAA
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ACAAGAGGAAGAGAATGATGGAGAATAAGATGGGAATGGAGAAGATGAAGGCTTGATAAA
GTTTGAGTTGAATTGCTTGTGGGTATAGGTGAGGTGAGATTGGAGATTGAGG

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1DM90TF 739 0 0
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ATTTACATTTTTGTATGGATCTATTGACTAACAAAACTTGTATCGTGCTTATTTCTTTCG
GGTTGAGTCAAACATGTAAAGTGGTTTGAGGAGAATCTGATTCTGGATGGTCATTCTCGT
CGTCGTCGATAGAGGTTTTGGTCGAAGAGATAAAGACAGGGGAGCGACAGAGAGGGCAAG
TGGTGTGAGAATAAAGCCAAAGGTGAATGCAATCGAGATGAAATATGTGTTTGCATGAAG
GCATTTCCACCAACTCTTCCTTCAACTCGAATTCGCCCAAACATACGCAACATAGAGAAT
CTCTTGTTCCTAGTTCTTCATTAAACAAAACCAAATGAAGCCTTTCTTTGAGCTCTACTT
TCACATTAACAAACACACCGAGGGGAGATGAGGAGAAGTCTGGTGGGGCGAGGAAACAGG
AAGAGTCATTGGAGAGGGTGAAGATAGAGAAGAGGCTCTTCTCTTAAGGTAAAAAAGATA
GAACAAGAGGAAGAGAATGATGGAGAATAAGATGGGAATGGAGAAGATGAAGGCTTGATA
AAGTTTGAGTTGAATTGCTTGTGGGTATAGGTGAGGTGAGATTGGAGATTGAGGATCAAT
CATAACTTTTAGTTTCTAGAAATTAAACTCAACAGAAGAAAAAAAACAAATGAGAAATGA
GAGTTTTGATGGAAGCTCC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL7005Contig1 674 2 2 U
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AGAGTTTGGTGACAGAACACAAGTACGATAAGTGGGAGACTTGTTATGAGAAGCTCAATC
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AGTATGCTGCAGAAACGAGTGCACTTCAGCCGCCTCATGAATATGTGCCATGGGTAGTCG
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ACAAAGGTAATAAAGTGCCTGGAGCTTGTGCCAAGTATTCATCATACAACTTCATTGGCA
GTGTGAAAGTGAATCGCTTCCCTCTGGTTTGCATGAAAGGAGTCAATACGATGTGGGATT
TGTTGGAACGTATCAAAACCTCTTTATCCTCGTACGTCAACATCAGAGGCCTGCTATAAA
CAGTTAAACTAAACACCTTCACTTTCTGTTGTGTTATGTAACATGATACCCTAAAATGTG
ATAGATCCCAGTTACTCAGGACAATCAAATGTTGATCAAACTCTCTCCTCTCTCATTTGG
CTTTTTTGAAACTTACACCACAAGTTCCAACAATGTATACTTGGGTTGGGTTTAGACCAA
TGACTCATTATCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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DS 



AS 1 2

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CATTGTAAGCTTGTTGAATGGTGCTGCCGCTTATTTCAGGGTTTGTAATCACATCCCGCG
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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AF RR1BL14TF U 1
AF RR1A127TF U 1
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TAAGTGGAAGAGAAGGTGGAATCCCGACTCGGTAAAAGACCTGATGGTAATAGCAAAAGA
GAGAGAGTGTACGTCTCTCGTTCTCGTCGATGCAAACCCTTTGGGACATGATGAAATATG
CATTGTAAGCTTGTTGAATGGTGCTGCCGCTTATTTCAGGGTTTGTAATCACATCCCGCG
TGAGGATATACCGGATCAAGCAAACGCCCCGAAATGCCTCCTCGATCCTTATGTTCATAT
GGCACTTTTTACATCTCAGGCCGGTCTTGGCCTTAGCAGATTGATACAATCACTCTTCCC
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QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GP90JQ C 1
AF RR1GP90TF U 1
BS 1 659 RR1GP90TF

RD RR1GP90JQ 659 0 0
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ACAGGTTGCCTTCCGCCTGCGTCGGAGACATGGTGATGGCCACCGTGAAGAAGGGGAAGC
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GAGAAATGAAAGGTTCTGCCATCACTGGTCCTATCGGTAAAGAGTGCGCTGATCTTTGGC
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CTTTGCTGGCGTGCGTTTGGTCTTTCAAACAAATTTGAGAATTTTGATTTTCTGACAATA
TTTACGACATTCAAGTGTTTTGGTTATTTAGACATCAATCAATGTTTTTTTTACTTCTGT
GTCTTAAAATTATACTAAAATCTGAATATAATTATACAAAATAATAATGATGATTATAG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1GP90TF 659 0 0
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CGGGTAACAAGTTCAGGATGTCACTTGGTCTCCCCGTGGCGGCGACGGTTAACTGCGCCG
ACAACACCGGCGCCAAGAACCTCTACATCATTTCGGTGAAGGGGATCAAGGGTCGTCTCA
ACAGGTTGCCTTCCGCCTGCGTCGGAGACATGGTGATGGCCACCGTGAAGAAGGGGAAGC
CTGATCTGAGGAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCGCC
GAAAGGATGGTGTCTTCATGTACTTCGAAGATAATGCTGGAGTCATCGTGAACCCCAAGG
GAGAAATGAAAGGTTCTGCCATCACTGGTCCTATCGGTAAAGAGTGCGCTGATCTTTGGC
CAAGAATTGCAAGTGCTGCCAATGTCATTGTCTGAAGATAGGATCCAATCAATCACTGGT
CTTTGCTGGCGTGCGTTTGGTCTTTCAAACAAATTTGAGAATTTTGATTTTCTGACAATA
TTTACGACATTCAAGTGTTTTGGTTATTTAGACATCAATCAATGTTTTTTTTACTTCTGT
GTCTTAAAATTATACTAAAATCTGAATATAATTATACAAAATAATAATGATGATTATAG

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL7008Contig1 652 2 1 U
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CTTTTCTCTTCTACAGAGCTAATACTTTTATTGCTGTAATTCAGATACCTTTTCCTTTAC
TGAAAAGTTACGTAAAATATGAAATAAACTATTTCATAGAGCCGTCTCTAGAAATCAACG
TTTCCACAATTGGCTTATAAATACACTTTCAAAACCACAAGGCCACCCACCACAACTCAT
CATCGCATCAAAAACAAAACCTCAGAAACAAATCTATTGATTAAGTTTCTTCGAAGTGTA
AAAGAGGAGATATGGAGTCAATGAAGATGAGGCTTTTGGTGGTGTTGATGGTGGCTATTG
TGGCTTTCTCGGCCGTAGGAAAGGCGGCAGCTCAGACGGCAGAGGCTCCAGCTCCAAGTC
CGACTTCTGATGCCGCTATGTTCGTCCCGGCATTGTTTGCATCTGTTGTTGCTTTGGCAT
CTGGGTTTCTCTTTTAAACAAATCTCTACATATCATATAGAGTTAGGGTTTGTTACTTTG
TTTTCCCTTTACTTCCTGTCTATTTTCATCATTTGAGCCTTTTTGTTATTGTTTCTAATA
TTTGTTCTACTGTATACTATTTCTTATTAATATAACCTTCGGGTTTTGATGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DB63JQ C 1
AF RR1DB63TF U 1
BS 1 652 RR1DB63TF

RD RR1DB63JQ 652 0 0
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AAAGAGGAGATATGGAGTCAATGAAGATGAGGCTTTTGGTGGTGTTGATGGTGGCTATTG
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CTGGGTTTCTCTTTTAAACAAATCTCTACATATCATATAGAGTTAGGGTTTGTTACTTTG
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TTTGTTCTACTGTATACTATTTCTTATTAATATAACCTTCGGGTTTTGATGC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1DB63TF 652 0 0
GGAATGTTGATATAATTGAAATATTTCGTTAATACATCCGTTGTAGACGAGAACGTATTG
CTTTTCTCTTCTACAGAGCTAATACTTTTATTGCTGTAATTCAGATACCTTTTCCTTTAC
TGAAAAGTTACGTAAAATATGAAATAAACTATTTCATAGAGCCGTCTCTAGAAATCAACG
TTTCCACAATTGGCTTATAAATACACTTTCAAAACCACAAGGCCACCCACCACAACTCAT
CATCGCATCAAAAACAAAACCTCAGAAACAAATCTATTGATTAAGTTTCTTCGAAGTGTA
AAAGAGGAGATATGGAGTCAATGAAGATGAGGCTTTTGGTGGTGTTGATGGTGGCTATTG
TGGCTTTCTCGGCCGTAGGAAAGGCGGCAGCTCAGACGGCAGAGGCTCCAGCTCCAAGTC
CGACTTCTGATGCCGCTATGTTCGTCCCGGCATTGTTTGCATCTGTTGTTGCTTTGGCAT
CTGGGTTTCTCTTTTAAACAAATCTCTACATATCATATAGAGTTAGGGTTTGTTACTTTG
TTTTCCCTTTACTTCCTGTCTATTTTCATCATTTGAGCCTTTTTGTTATTGTTTCTAATA
TTTGTTCTACTGTATACTATTTCTTATTAATATAACCTTCGGGTTTTGATGC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL7009Contig1 898 2 2 U
GGGCTCTATCGAAGGTAAGATTGGTCCATCTATCTTTTCATAACTGTGGATTAAATCATT
GATATCTCAAAACTTTTTATGGTAACAGAATGTGATGATATTGCTACTGGTGTGAAAACT
TTGCAGTAACTGTAGAGATAAAGAGAGGAGCAAAATTTCCTCCAGTTTGATCCAGCTCCT
CTACAAGACAAAAGAACACTGGTCCTAAAATCTATACAATGGCATCTTCTCAGCATCGAA
AAGAGAATCAGGCTGGGGTTTTCAAACACAACTGAAAGCTTTCCTTTATGTACATTTGGT
ATATTTCTAACCTCTATAATCTCCAAGAAAACCTGCAGGTTCTTTAAAAGGATCAAAAGA
CTTAATTATAGAACAATAGGATACCATGAAGAAGCTACTTCAACTACTTCCAGCTCTTGA
AATTGGATTAAATTTAGGGAATTCTCTTTGCAGTTGATTCGTTGGCCAAAACATCAGAAG
CATAAGGAAAAGTTGTGCGTGTGCAGGTATATTGCCTCTATACATTGCACTGGCTTTCCA
GTATCTTCTACCAGATGTTTCCTTCCATGAAGTGTTAGAAAACTCAGGTTTGAGTTTGCC
TCGGTCAGAATCTTTGTAATCTGCTCCAGCACCTTACCAAGAGCTTCTGCAAATCATCAT
AGTAAGCTACCGGGTGGCGCTGATGGTGTGTGCCAAATAAGATCAACATCATAAGTCGGA
ACAGGGAAAAAGATTCAGATATTCATTTCATGTCTACAAACAAGACTTTCATCAAACACA
GAAGTGATTATGTAATTACATTATACGGTCACAGCATAAAGAAACGTGTTGTTACTTAAA
AAGTTACAAGATCCAAATGTAGTTCCCTTCCTTATACGTTCATATAAATCACTGTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C627TF U 1
AF RR1C627JQ C 74
BS 1 473 RR1C627TF
BS 474 898 RR1C627JQ

RD RR1C627TF 473 0 0
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GATATCTCAAAACTTTTTATGGTAACAGAATGTGATGATATTGCTACTGGTGTGAAAACT
TTGCAGTAACTGTAGAGATAAAGAGAGGAGCAAAATTTCCTCCAGTTTGATCCAGCTCCT
CTACAAGACAAAAGAACACTGGTCCTAAAATCTATACAATGGCATCTTCTCAGCATCGAA
AAGAGAATCAGGCTGGGGTTTTCAAACACAACTGAAAGCTTTCCTTTATGTACATTTGGT
ATATTTCTAACCTCTATAATCTCCAAGAAAACCTGCAGGTTCTTTAAAAGGATCAAAAGA
CTTAATTATAGAACAATAGGATACCATGAAGAAGCTACTTCAACTACTTCCAGCTCTTGA
AATTGGATTAAATTTAGGGAATTCTCTTTGCAGTTGATTCGTTGGCCAAAACA

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR1C627JQ 825 0 0
TTTTTATGGTA*CAGAATGTGATGATATTGCTACTGGTGTGAAAACTTTGCAGTAACTGT
AGAGATAAAGAGAGGAGCAAAATTTCCTCCAGTTTGATCCAGCTCCTCTACAAGACAAAA
GAACACTGGTCCTAAAATCTATACAATGGCATCTTCTCAGCATCGAAAAGAGAATCAGGC
TGGGGTTTTCAAACACAACTGAGAGCTTTCCTTTATGTACATTTGGTATATTTCTAACCT
CTATAATCTCCAAGAAAACCTGCAGGTTCTTTAAAAGGATCAAAAGACTTAATTATAGAA
CAATAGGATACCATGAAGAAGCTACTTCAACTACTTCCAGCTCTTGAAATTGGATTAAAT
TTAGGGAATTCTCTTTGCAGTTGATTCGTTGGCCAAAACATCAGAAGCATAAGGAAAAGT
TGTGCGTGTGCAGGTATATTGCCTCTATACATTGCACTGGCTTTCCAGTATCTTCTACCA
GATGTTTCCTTCCATGAAGTGTTAGAAAACTCAGGTTTGAGTTTGCCTCGGTCAGAATCT
TTGTAATCTGCTCCAGCACCTTACCAAGAGCTTCTGCAAATCATCATAGTAAGCTACCGG
GTGGCGCTGATGGTGTGTGCCAAATAAGATCAACATCATAAGTCGGAACAGGGAAAAAGA
TTCAGATATTCATTTCATGTCTACAAACAAGACTTTCATCAAACACAGAAGTGATTATGT
AATTACATTATACGGTCACAGCATAAAGAAACGTGTTGTTACTTAAAAAGTTACAAGATC
CAAATGTAGTTCCCTTCCTTATACGTTCATATAAATCACTGTACT

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL7010Contig1 975 2 4 U
GGATCAGCCGAGAAATCACTCTCACTCTTTCAGGCTCAGTTCAAAACTAAAACCCTAATT
TCTTCTTCCGCTGAGAGAACTTCTCCGTCGAAACGATGCCTACCCCGGCCAGCTTGACTA
TAGGCAAGATGATGATCCTCATAACTCTGGGCCAGCCAATGCCTTCCGTCGACACCTCAT
CATACGCTGATGCTAAGACAGGAGTCTTCTGGGACGTGGAGGACTGTCCGATCCCGGAAG
ATCTCGACCCCTGAGTCTGTTTATCAGAACATCAGATCTGCTCTCGCGAACAGTGGTTAC
CACGGCGAGGTGAAAATCAAGGCGTTTGGTGACAGGAACCAGATCCCTGGTTACTACGAA
TCTGCCGGAATCGAAATCTTTCCCAAAGGAGATAAGTATGAGAGGAATGGTCAGATGCAG
TTAGAGTTTTTCGGGTGGATGAGGGATAATAAGACTGAGTACACGAACATGATGGTGGTG
TCACGATCCGCGATGGAGCTGGTTTCTTACCTCGAGTATAAACATACTCATCACAACCTT
CTCTTTGCGGATCCTCTGAACCCAATGAAAAAGGCTTGCGGCTGCACATTCGGAGCTCGG
TCCAAAGATCCTAGCACTGAGAGATGGGTCTGGAAAACCCTAGCTGTCGGAGGAGGCCCC
ACCACCAAAACAGAAGAAGAAGAGCCTTGCAGATATCGTAATGCTGTTCAGGATTCTGTT
TCTCCATGAGATCGGGAATGTTCTTCCACGTAGCTACATATTGCTGCTAATTAGTTAAAA
TGTTTCTAAGTAGAGCTACTTAATTCCTTAGTAGTTAAATATTTATAACTTGCTACATAG
TAGTATTGCTTAGTACTTAATGTTTATAAGTTTTTTTTTGAAAAAAAAATGTTTATAAGC
TGCTTGCTTAATTGCTTAGTAGTTCATGTATTTAATTTGCTACATATTTCTTAGTGGTTA
ATGTTTTGTGTTACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AG66TF U 1
AF RR1AG66JQ C 213
BS 1 250 RR1AG66TF
BS 251 251 RR1AG66JQ
BS 252 869 RR1AG66TF
BS 870 975 RR1AG66JQ

RD RR1AG66TF 869 0 0
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TCTTCTTCCGCTGAGAGAACTTCTCCGTCGAAACGATGCCTACCCCGGCCAGCTTGACTA
TAGGCAAGATGATGATCCTCATAACTCTGGGCCAGCCAATGCCTTCCGTCGACACCTCAT
CATACGCTGATGCTAAGACAGGAGTCTTCTGGGACGTGGAGGACTGTCCGATCCCGGAAG
ATCTCGACCC*TGAGTCTGTTTATCAGAACATCAGATCTGCTCTCGCGAACAGTGGTTAC
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TCTGCCGGAATCGAAATCTTTCCCAAAGGAGATAAGTATGAGAGGAATGGTCAGATGCAG
TTAGAGTTTTTCGGGTGGATGAGGGATAATAAGACTGAGTACACGAACATGATGGTGGTG
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CTCTTTGCGGATCCTCTGAACCCAATGAAAAAGGCTTGCGGCTGCACATTCGGAGCTCGG
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ACCACCAAAACAGAAGAAGAAGAGCCTTGCAGATATCGTAATGCTGTTCAGGATTCTGTT
TCTCCATGAGATCGGGAATGTTCTTCCACGTAGCTACATATTGCTGCTAATTAGTTAAAA
TGTTTCTAAGTAGAGCTACTTAATTCCTTAGTAGTTAAATATTTATAACTTGCTACATAG
TAGTATTGCTTAGTACTTAATGTTTATAA

QA 1 869 1 869
DS 

RD RR1AG66JQ 763 0 0
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CAGATCTGCTCTCGCGAACAGTGGTTACCACGGCGAGGTGAAAATCAAGGCGTTTGGTGA
CAGGAACCAGATCCCTGGTTACTACGAATCTGCCGGAATCGAAATCTTTCCCAAAGGAGA
TAAGTATGAGAGGAATGGTCAGATGCAGTTAGAGTTTTTCGGGTGGATGAGGGATAATAA
GACTGAGTACACGAACATGATGGTGGTGTCACGATCCGCGATGGAGCTGGTTTCTTACCT
CGAGTATAAACATACTCATCACAACCTTCTCTTTGCGGATCCTCTGAACCCAATGAAAAA
GGCTTGCGGCTGCACATTCGGAGCTCGGTCCAAAGATCCTAGCACTGAGAGATGGGTCTG
GAAAACCCTAGCTGTCGGAGGAGGCCCCACCACCAAAACAGAAGAAGAAGAGCCTTGCAG
ATATCGTAATGCTGTTCAGGATTCTGTTTCTCCATGAGATCGGGAATGTTCTTCCACGTA
GCTACATATTGCTGCTAATTAGTTAAAATGTTTCTAAGTAGAGCTACTTAATTCCTTAGT
AGTTAAATATTTATAACTTGCTACATAGTAGTATTGCTTAGTACTTAATGTTTATAAGTT
TTTTTTTGAAAAAAAAATGTTTATAAGCTGCTTGCTTAATTGCTTAGTAGTTCATGTATT
TAATTTGCTACATATTTCTTAGTGGTTAATGTTTTGTGTTACT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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TCCTATTTTATTCATTGTTTCTTGTGTTGTTTTGTTGTTCGTTTTAAACTATCCTCAAGG
TATATATTATAATACTCATTTATGACTATAGAGACAGAGATATAAACCTAATTTTCAAAT
TGCTGCATTTTGAAAAGAAAAACTAAGCTTTGTTATTTATTATATAAATTTTCTTTTTCT
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TTTCAGCGGAAAATGCGGGAATGATGGAATACAGAGTTGCCTCAGGGATTTCAAGAAAAA
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GTCGATTATGGCATCCAATATAAAAATGCATATTTTAATTTT


BQ
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AF RR1FX52TF U 1
AF RR1FX52JQ C 1
BS 1 654 RR1FX52TF
BS 655 702 RR1FX52JQ

RD RR1FX52TF 654 0 0
GGAACAAGAGGACAAATCATTGTCTATGCGATCTCATATCATATATTGAACTATGAAATC
TCCTATTTTATTCATTGTTTCTTGTGTTGTTTTGTTGTTCGTTTTAAACTATCCTCAAGG
TATATATTATAATACTCATTTATGACTATAGAGACAGAGATATAAACCTAATTTTCAAAT
TGCTGCATTTTGAAAAGAAAAACTAAGCTTTGTTATTTATTATATAAATTTTCTTTTTCT
TTGTTGATATAAAACAGTAGAATCAAAAGCTGTTTCCCGGAGCTGTTCCACTTCAATGTT
TTTCAGCGGAAAATGCGGGAATGATGGAATACAGAGTTGCCTCAGGGATTTCAAGAAAAA
GAACAAGAATATTAATAAGTGTAGTAAATGTGTAGTCACTAAAGTCTTAAATGGTACCGA
ACAACGTTTCTGCCATTGCAGTTATCCTCCTTCTCCCAAGAGATATACCAGTAGAGAATT
TTTCCCTGGAAAACGTGGCAATGATGGAATACAAAGTTGCCTAAGAGATTTCAAGAAGAA
AAACAAGAATATTGATCGATGTAGTAAATGTGAAAAGAGTATTACTTCTAAAGGTGTAGA
AGAACGTTTCTGCTATTGCAGTTTCGTTTCCCTTTTCTCTTGCGGTCAAATTTT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1FX52JQ 702 0 0
GGAACAAGAGGACAAATCATTGTCTATGCGATCTCATATCATATATTGAACTATGAAATC
TCCTATTTTATTCATTGTTTCTTGTGTTGTTTTGTTGTTCGTTTTAAACTATCCTCAAGG
TATATATTATAATACTCATTTATGACTATAGAGACAGAGATATAAACCTAATTTTCAAAT
TGCTGCATTTTGAAAAGAAAAACTAAGCTTTGTTATTTATTATATAAATTTTCTTTTTCT
TTGTTGATATAAAACAGTAGAATCAAAAGCTGTTTCCCGGAGCTGTTCCACTTCAATGTT
TTTCAGCGGAAAATGCGGGAATGATGGAATACAGAGTTGCCTCAGGGATTTCAAGAAAAA
GAACAAGAATATTAATAAGTGTAGTAAATGTGTAGTCACTAAAGTCTTAAATGGTACCGA
ACAACGTTTCTGCCATTGCAGTTATCCTCCTTCTCCCAAGAGATATACCAGTAGAGAATT
TTTCCCTGGAAAACGTGGCAATGATGGAATACAAAGTTGCCTAAGAGATTTCAAGAAGAA
AAACAAGAATATTGATCGATGTAGTAAATGTGAAAAGAGTATTACTTCTAAAGGTGTAGA
AGAACGTTTCTGCTATTGCAGTTTCGTTTCCCTTTTCTCTTGCGGTCAAATTTTCTAGGG
GTCGATTATGGCATCCAATATAAAAATGCATATTTTAATTTT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL7012Contig1 743 2 3 U
GGCCACCAAATGTGTTTCTTTCATTTCATTTCATTTCATTTTATTATGTTACATTTTTTT
TAGGGAGAAAATCACAAGAAACGCTTAAAACTTGCCATTCTTGGGATTCAAGAAAACGAC
TCACGGATTAAGACATGGTGGTGATGGAGAAAGAGCTGGTCACAGGTAAAAAGAAAGGAG
AGGCTCCGATTTTTTTAGACCCTAACACATTCTTCACCAGAAGTTTCCATCTAACCTCAT
CCTTCTTGCTCTGTTTCTCCATCTTCTCCTTAAAGTTCCTGCATAGTGGGACTCGACACT
GATCAGAATCAGCGCAAACGCGTGAATGTAACTCGAGGAGCTGCCACATTCTCTTGCAAT
GCACGCAACCTCCTGGAACCCTAAGCTTACATCCAGCGAAATGCCTGATCAGCGATTCCA
ACCCTTTGCAAGATTCGTAGTGACACGTGGCGTAGTTGGGTTTTAAATCTTTATCGTGCG
GTCCTATTGTTTTGCACCCGTCTCTGCATATATGAACAAGCGCTTCCATCGCTTCGTACA
GCTCCGAGTATATCCTCTGTTCATTGCGTTTTCTGATCCTCTCTTTCCGCGTATTTTCTT
CGATGAAGACAGAGTCTCTAAGTTCTTTCTCGAGAAAAGGATGGCTTTTCTTCATAGCCG
TCCATGCTTCTGTGGCGTAAAGCTCCTTGAAGTGTTTCATGATCATGCGGTGAGATATGA
CGCTGAGCCGAGGGAAATCACAG


BQ
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AF RR1E947JQ U 11
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C
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DS 

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BQ
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AF RR1AE72JQ C 1
AF RR1AE72TF U 1
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DS 

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TCTAGCAAATGGTAGCTTTGGAACTCACCCGGATTCGGGTTTCGATGCAAATGCTTACCC
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GATGAGCTCGGACTCTCCTGATGATGATGATGATTCTTGGCAATGCTTGTATGTGGAGGG
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GCAAAAAGGTCAGATTCTTTTTCTTCTTAAAAATAAACCCCATTGTTGATGTTATTTGCA
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QA 1 657 1 657
DS 



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BQ
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AF RR1CS24TF U 1
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TTATTTTAGATATGTTCGTACTTTATGTACATATATAAACTAATATCACACACACATCTA
CTTCAATAGCTTACCAATAATGATGAGATAACCTAGTAGATGTATTATATATTAAATAAA
TTAATTTGGTAATTAGATAGTGGTAAATTTCAGCTAGCTCAAAATATTCGATTATACTTA
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QA 1 694 1 694
DS 

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AACTAATATCACACACACATCTACTTCAATAGCTTACCAATAATGATGAGATAACCTAGT
AGATGTATTATATATTAAATAAATTAATTTGGTAATTAGATAGTGGTAAATTTCAGCTAG
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QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1E638TF U 1
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QA 1 657 1 657
DS 

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QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DX73TF U 1
AF RR1DX73JQ C 403
BS 1 699 RR1DX73TF
BS 700 1114 RR1DX73JQ

RD RR1DX73TF 699 0 0
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TTGTGAAGCTTCTTTTAACCGAGTCAGACATCACTCTAGATGAAGCCAATGGTCTGCATT
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ATGTCAACCACAGTAACTCACGTGGCTACACGGTTCTTCATTTAGCTGCCATGCGTAAAG
AGCCTTCCATCATCATATCTCTGCTCAAGAAAGGTGCAAATGCGTCTTGCTTCACGTGTG
ATGGACGCAGTGCGGTTAATATATGTAGAAGATTGACAACTCCAAAGGATTATAATACGA
AAAAAGCGAAAGGCAGGGAAGCTAGTAAAGCAAGGTTATGTATAGATCTCTTGGAAAGAG
AAGTTAGGAGGAACCCTTTGGTTGTTGATTCACCAATGTGTTCTCTTTCTATGCCTGAAG
ATCTCCAAATGAGACTGTTATACTTAGAAAAGAGAGTGGGGCTTGCTCAGTTGTTCTTTC
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GTCTTCCACCACCTTCAAATGGGTTAACCGGAAACTTGAGTCAAGTTGATTTAAACGAAA
CTCCTCATATGCAAACCAAAAGACTTCTTACTCGTATGG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1DX73JQ 712 0 0
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CTCTTTCTATGCCTGAAGATCTCCAAATGAGACTGTTATACTTAGAAAAGAGAGTGGGGC
TTGCTCAGTTGTTCTTTCCAACAGAAGCTAAAGTAGCTATGGACATTGCTAATGTAGAAG
GTACAAGCGAGTTCACTGGTCTTCCACCACCTTCAAATGGGTTAACCGGAAACTTGAGTC
AAGTTGATTTAAACGAAACTCCTCATATGCAAACCAAAAGACTTCTTACTCGTATGGAGG
CTCTAATGAAAACAGTTGAGACTGGTCGAAGGTATTTTCCATATGGCTCAGGGGTTCTAG
ATAAGTACATGGAGGAGTACATAGACGATGACCTTCTGGATGATCTACAGATTGAGAAGG
GATCTCCACAGGAGAAAAGATTGAAAAGAATGAGATATAGAGAGCTTAAGGATGATGTCC
AAAAGGCGTATAGCAAAGACAAAGAGTCTAAGATTGCACGGTCTTGTCTTTCTGCTTCAC
CCTCCCCTTCTTCTTCGTCCTCTTTAAGAGGAGATGGTCTGGGGAACTCAACATGAAACT
GTAGTATAAGTTGAATGTTGTTTTATATGTGTTGAAAGGTTTTTCTTTTGGGGGTGTTGT
TTAGATACTTTAGGATCAGTTTAAATAAAAAGATGGATGGGTAGTTAGTTAT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL7017Contig1 711 2 7 U
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TCACTGGGTCAGGGGGCTTCCGGAGAACGAAACAGCTGCAAACATTTATCAAGATTTGGT
GACAGCTTCGACATTCACATCTTTCCTAGCTGATACATTTGGGAGAGAAACACTTTTGTG
GAAGCTCAAATTGCTTGATTCCGCCGCTCTTTTTGCCAATGCACATCTTCATCTAGTACA
AGCTCACACTCTTATTCTTTCCAGCGGAAATGACCATATATTACCCAGTAGATATGAAGG
CAAACGACTTCGCAAAAAACTGCCTAAATGTGAAGTCCGTTCTTTCAAAGACAACGGTCA
TTTCCTTTTTCTGGAGGACGGCATTGATCTGGTCAGTATCATTAAGGCCACTTCTTTTTA
CCGGCGTGGGTGTCATCAGGATTACATCTCTGACTTCATCCCACCAACCTTGTCTGAATT
TAACAAATGTTATGGCGTCAACAGGCTCCTTGAGATGATCATGGGCCCTGTGTTTCTGTC
GACTACAGTTGATGGGAAAGTGGTGAGGGGGCTTGGGGGAATACCATCGGAAGGACCTGT
ACTACTAGTTGGAAATCATATGCTACTGGCGAGTGACAAAATATCACTCCCAGGTCAATT
TGTTCACGAGAGGAACATCAATTTGCGGCCTCTAGTGCATCCCATGATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D211TF U 1
AF RR1C795TF U 20
BS 1 336 RR1D211TF
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BS 608 711 RR1D211TF

RD RR1D211TF 711 0 0
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TCACTGGGTCAGGGGGCTTCCGGAGAACGAAACAGCTGCAAACATTTATCAAGATTTGGT
GACAGCTTCGACATTCACATCTTTCCTAGCTGATACATTTGGGAGAGAAACACTTTTGTG
GAAGCTCAAATTGCTTGATTCCGCCGCTCTTTTTGCCAATGCACATCTTCATCTAGTACA
AGCTCACACTCTTATTCTTTCCAGCGGAAATGACCATATATTACCCAGTAGATATGAAGG
CAAACGACTTCGCAAAAAACTGCCTAAATGTGAAGTTCGTTCTTTCAAAGACAACGGTCA
TTTCCTTTTTCTGGGGGACGGCATTGATCTGGTCAGTATCATTAAGGCCACTTCTTTTTA
CCGGCGTGGGTGTCATCAGGATTACATCTCTGACTTCATCCCACCAACCTTGTCTGAATT
TAACAAATGTTATGGCGTCAACAGGCTCCTTGAGATGATCATGGGCCCTGTGTTTCTGTC
GACTACAGTTGATGGGAAAGTGGTGAGGGGGCTTGGGGGAATACCATCGGAAGGACCTGT
ACTACTGGTTGGAAATCATATGCTACTGGCGAGTGACAAAATATCACTCCCAGGTCAATT
TGTTCACGAGAGGAACATCAATTTGCGGCCTCTAGTGCATCCCATGATGTT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1C795TF 683 0 0
G
TAAGCTTGACTCCAGGTGGCCCTTTAAAAAGAATGCTTGCTCACTGGGTCAGGGGGCTTC
CGGAGAACGAAACAGCTGCAAACATTTATCAAGATTTGGTGACAGCTTCGACATTCACAT
CTTTCCTAGCTGATACATTTGGGAGAGAAACACTTTTGTG*AAGCTCAAATTGCTTGATT
CCGCTGCTCTTTTTGCCAATGCACATCTTCATCTAGTACAAGCTCACACTCTTATTCTTT
CCAGCGGAAATGACCATATATTACCCAGTAGATATGAAGGCAAACGACTTCGCAAAAAAC
TGCCTAAATGTGAAGTCCGTTCTTTCAAAGACAACGGTCATTTCCTTTTTCTGGAGGACG
GCATTGATCTGGTCAGTATCATTAAGGCCACTTCTTTTTACCGGCGTGGGTGTCATCAGG
ATTACATCTCTGACTTCATCCCACCAACCTTGTCTGAATTTAACAAATGTTATGGCGTCA
ACAGGCTCCTTGAGATGATCATGGGCCCTGTGTTTCTGTCGACTGCAGTTGATGGGAAAG
TGGTGAGGGGGCTTGGGGGAATACCATCGGAAGGACCTGTACTACTAGTTGGAAATCATA
TGCTACTGGCGAGTGACAAAATATCACTCCCAGGTCAATTTGTTCACGAGAGGAACATCA
ATTTGCGGCCTCTAGTGCATCC

QA 2 683 2 683
DS 



AS 1 2

CO CL7018Contig1 522 2 1 U
GGGTGCTGACAAAGAACATGAAGTTGAAGTTGAACATGTAGACTGTGAAACCATTGATAG
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GTCTTCTCAGAGTTTGAGAGCGTAAGAATTGAAGATTGAAGACTGTTGCTGAAGTTTGAA
GTCTTTTATTTTTATTTTGGTTTTGGTGTTCGCTTTGAGCTTTAGTTCGTATTTTTATTT
TGGTTTTGGTGTTCTCTTTGAGCTTTAGTTCGTTTTCAGTTGAAGTGTGTTCTGCTTGGT
TTGTTATGAACAAGTTCATTTTATTTTGAAGTTTAATTTCAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CZ95JQ C 1
AF RR1CZ95TF U 1
BS 1 522 RR1CZ95TF

RD RR1CZ95JQ 522 0 0
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GCCAAAAGTTATTGTGCCGAGGTCAGGTGTGTGGAAACACTACACCAGAACAAAGGAGAG
CCGTGACAAGTGCATTTGTCACTACTACCAAAAGCTTTTCTCATGTCAGACAAAGTCAGG
AACTTCCAATCTCCAGAAGCACCTGCAAATCTGCAGAGAGTACCTGCTATTGTATTTTGT
GTCTTCTCAGAGTTTGAGAGCGTAAGAATTGAAGATTGAAGACTGTTGCTGAAGTTTGAA
GTCTTTTATTTTTATTTTGGTTTTGGTGTTCGCTTTGAGCTTTAGTTCGTATTTTTATTT
TGGTTTTGGTGTTCTCTTTGAGCTTTAGTTCGTTTTCAGTTGAAGTGTGTTCTGCTTGGT
TTGTTATGAACAAGTTCATTTTATTTTGAAGTTTAATTTCAC

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1CZ95TF 522 0 0
GGGTGCTGACAAAGAACATGAAGTTGAAGTTGAACATGTAGACTGTGAAACCATTGATAG
CCGTGGGAAGAGGAAGGAAGCTGACTCACCGTGTGGAGAGAGTTCTCGGGCAAATAAGAT
GCCAAAAGTTATTGTGCCGAGGTCAGGTGTGTGGAAACACTACACCAGAACAAAGGAGAG
CCGTGACAAGTGCATTTGTCACTACTACCAAAAGCTTTTCTCATGTCAGACAAAGTCAGG
AACTTCCAATCTCCAGAAGCACCTGCAAATCTGCAGAGAGTACCTGCTATTGTATTTTGT
GTCTTCTCAGAGTTTGAGAGCGTAAGAATTGAAGATTGAAGACTGTTGCTGAAGTTTGAA
GTCTTTTATTTTTATTTTGGTTTTGGTGTTCGCTTTGAGCTTTAGTTCGTATTTTTATTT
TGGTTTTGGTGTTCTCTTTGAGCTTTAGTTCGTTTTCAGTTGAAGTGTGTTCTGCTTGGT
TTGTTATGAACAAGTTCATTTTATTTTGAAGTTTAATTTCAC

QA 1 522 1 522
DS 



AS 1 2

CO CL7019Contig1 1085 2 2 U
GGGATTCCCCTTTCCCCTTTTAAAACACATTTCCTTTTTTCTCACCGTCTCCTCGTTTAT
ACCAAACACTGTTCTTTACCTAATCATCTCCTCTCCCTGTCCGAATCATAACCATAAAAC
ACACACAGATTGAATGGGAGCTGGTACGACTGTGGGAGATCGAGTACGGAAAGATCTCTC
TGAGATTTCAAACAAACCGAATATTCCAACGACAAAAACCATCGTTTCCGCCTCTCGGAA
GAAGATCCACCGGCGGAGCAAGAAAGCTTTGATCTCTCCGGTGCAGAAGCTGTTCGAAAC
TTGCAAGAAAGTGTTCGCTAATGGCAAATCCGGAGCCGTCCCGTCTCAAGTACACATTAA
CATGCTTCGAGCCGTTCTTGACGAAATCAAGCCTGAAGATGTTGATGTGAGCCCTAAGAT
GCCGTATTTTCGATCTAAATCTATCGGACGGCCTCCAGTGACTTATCTCCACATCTACAA
ATGTCATAGCTTCTCGATGGGCATTTTCTGTTTACCACCGTCTGGTGTAATCCCACTTCA
CAATCATCCGGAGATGACTGTGTTTAGTAAGCTCTTGTTGGTACAATGCACATCAAATCA
TATGACTGGGTCGCTGATTCTCCCCAGCCGAGTTCGGATACTCGTTTGGCGAAAGTGAAA
GTAGATTCAGACTTCACGGCACTTTGTGACACTTCTATACTCTACCCTGCCGATGGAGGG
AATATGCATTGCTTCACCGCGATAACGGCTTGTGCGGTTCTTGATGTTCTTGGTCCTCCA
TACTCCGATCCTGCAGGACGTCACTGTACTTACTACTTCGATCACCCCTTCTCAAGCTTT
TCAGTTGATGGAGTTGAGGTTGGGGAAGAGGAGAAGGAAGAGTATGAGTGGTTGAAGGAG
AGGGAAGAGGAGCCTGAGGATTTGACGGTTACGGCGATGATGTATAGTGGACCAATCATC
AAAGAATGAATGTGTAGGAAGAAAAAAAAAAGTCTCTTTTTTGTTGTTTTTTAACTTTTC
TTTGTGTAGTTATCGGGTTTCTGTTGTTGGGTTTTGTCTGTATATAAAAAGAAGTCTTTG
AAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1D580TF U 1
AF RR1D580JQ C 439
BS 1 659 RR1D580TF
BS 660 1085 RR1D580JQ

RD RR1D580TF 659 0 0
GGGATTCCCCTTTCCCCTTTTAAAACACATTTCCTTTTTTCTCACCGTCTCCTCGTTTAT
ACCAAACACTGTTCTTTACCTAATCATCTCCTCTCCCTGTCCGAATCATAACCATAAAAC
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TGAGATTTCAAACAAACCGAATATTCCAACGACAAAAACCATCGTTTCCGCCTCTCGGAA
GAAGATCCACCGGCGGAGCAAGAAAGCTTTGATCTCTCCGGTGCAGAAGCTGTTCGAAAC
TTGCAAGAAAGTGTTCGCTAATGGCAAATCCGGAGCCGTCCCGTCTCAAGTACACATTAA
CATGCTTCGAGCCGTTCTTGACGAAATCAAGCCTGAAGATGTTGATGTGAGCCCTAAGAT
GCCGTATTTTCGATCTAAATCTATCGGACGGCCTCCAGTGACTTATCTCCACATCTACAA
ATGTCATAGCTTCTCGATGGGCATTTTCTGTTTACCACCGTCTGGTGTAATCCCACTTCA
CAATCATCCGGAGATGACTGTGTTTAGTAAGCTCTTGTTGGTACAATGCACATCAAATCA
TATGACTGGGTCGCTGATTCTCCCCAGCCGAGTTCGGATACTCGTTTGGCGAAAGTGAA

QA 1 659 1 659
DS 

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GGGCATTTTCTGTTTACCACCGTCTGGTGTAATCCCACTTCACAATCATCCGGAGATGAC
TGTGTTTAGTAAGCTCTTGTTGGTACAATGCACATCAAATCATATGACTGGGTCGCTGAT
TCTCCCCAGCCGAGTTCGGATACTCGTTTGGCGAAAGTGAAAGTAGATTCAGACTTCACG
GCACTTTGTGACACTTCTATACTCTACCCTGCCGATGGAGGGAATATGCATTGCTTCACC
GCGATAACGGCTTGTGCGGTTCTTGATGTTCTTGGTCCTCCATACTCCGATCCTGCAGGA
CGTCACTGTACTTACTACTTCGATCACCCCTTCTCAAGCTTTTCAGTTGATGGAGTTGAG
GTTGGGGAAGAGGAGAAGGAAGAGTATGAGTGGTTGAAGGAGAGGGAAGAGGAGCCTGAG
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AAGAAAAAAAAAAGTCTCTTTTTTGTTGTTTTTTAACTTTTCTTTGTGTAGTTATCGGGT
TTCTGTTGTTGGGTTTTGTCTGTATATAAAAAGAAGTCTTTGAAAGG

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

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TTTTAATTTCTTGTCGGAAGAATTAATAATGGCTTCAGGAGGATCAAAGTCGGCAGCTTT
CATGCTTCTGCTGCTGAATCTTGGTCTCTATTTTGTCGTCACCATCATCGCTTCCTGGGC
TGTTAATCACGGCATCGAGAGAGCTCGCGAGTCTGCGTCGGTGCTTTCTCTTCCGGCGAA
GATCTTCCCTATTTACTTCCCGGTGGGGAACATGGCGACTGGTTTTTTCGTAATATTCTC
GCTGATCGCCGGCGTCGTCGGAATGACGACTTCACTCGCCGGAATCATGAACGTTCTTGA
GTGGGACTCCCCGAATCTCCACTCCGCAGCGGCTTCCTCTCTCATCTCCTGGTCTCTCAC
TCTCCTCGCCATGGGATTGGCATGTAAGGAGATCAACATAGGCTGGACCGAGGCCAATTT
AAGAACTCTTGAAGTTATGACAATCATTGTGAGTGCTACTCAGTTATTGTGCATCGGAGC
CATTCACGTCGGAGTTGGAGAAACAGTCGCCGGTGAAAGGCCTCATGCGGGAAGAGTTTG
AGTTTCTACACTTAAAAGAGAGATATATATATATCGGTTAGATTTTCTTATTCGAAGCGT
GTGGTTTACTCAAAACAAGAGTTTGTGATCGTGTAATCTATCGTGTTCATTGTTTTTGTT
CGTTTAATTTTTTTCTATTATATGCACTGATTGTATACGGCATTACCTGAAATATGAATT
ACTATTATTGCTGTTCAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B041JQ C 1
AF RR1B041TF U 1
BS 1 797 RR1B041TF
BS 798 799 RR1B041JQ

RD RR1B041JQ 799 0 0
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TTTTAATTTCTTGTCGGAAGAATTAATAATGGCTTCAGGAGGATCAAAGTCGGCAGCTTT
CATGCTTCTGCTGCTGAATCTTGGTCTCTATTTTGTCGTCACCATCATCGCTTCCTGGGC
TGTTAATCACGGCATCGAGAGAGCTCGCGAGTCTGCGTCGGTGCTTTCTCTTCCGGCGAA
GATCTTCCCTATTTACTTCCCGGTGGGGAACATGGCGACTGGTTTTTTCGTAATATTCTC
GCTGATCGCCGGCGTCGTCGGAATGACGACTTCACTCGCCGGAATCATGAACGTTCTTGA
GTGGGACTCCCCGAATCTCCACTCCGCAGCGGCTTCCTCTCTCATCTCCTGGTCTCTCAC
TCTCCTCGCCATGGGATTGGCATGTAAGGAGATCAACATAGGCTGGACCGAGGCCAATTT
AAGAACTCTTGAAGTTATGACAATCATTGTGAGTGCTACTCAGTTATTGTGCATCGGAGC
CATTCACGTCGGAGTTGGAGAAACAGTCGCCGGTGAAAGGCCTCATGCGGGAAGAGTTTG
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CGTTTAATTTTTTTCTATTATATGCACTGATTGTATACGGCATTACCTGAAATATGAATT
ACTATTATTGCTGTTCAAC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1B041TF 798 0 0
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TTTTAATTTCTTGTCGGAAGAATTAATAATGGCTTCAGGAGGATCAAAGTCGGCAGCTTT
CATGCTTCTGCTGCTGAATCTTGGTCTCTATTTTGTCGTCACCATCATCGCTTCCTGGGC
TGTTAATCACGGCATCGAGAGAGCTCGCGAGTCTGCGTCGGTGCTTTCTCTTCCGGCGAA
GATCTTCCCTATTTACTTCCCGGTGGGGAACATGGCGACTGGTTTTTTCGTAATATTCTC
GCTGATCGCCGGCGTCGTCGGAATGACGACTTCACTCGCCGGAATCATGAACGTTCTTGA
GTGGGACTCCCCGAATCTCCACTCCGCAGCGGCTTCCTCTCTCATCTCCTGGTCTCTCAC
TCTCCTCGCCATGGGATTGGCATGTAAGGAGATCAACATAGGCTGGACCGAGGCCAATTT
AAGAACTCTTGAAGTTATGACAATCATTGTGAGTGCTACTCAGTTATTGTGCATCGGAGC
CATTCACGTCGGAGTTGGAGAAACAGTCGCCGGTGAAAGGCCTCATGCGGGAAGAGTTTG
AGTTTCTACACTTAAAAGAGAGATATATATATATCGGTTAGATTTTCTTATTCGAAGCGT
GTGGTTTACTCAAAACAAGAGTTTGTGATCGTGTAATCTATCGTGTTCATTGTTTTTGTT
CGTTTAATTTTTTTCTATTATATGCACTGATTGTATACGGCATTACCTGAAATATGAATT
ACTATTATTGCTGTTCA
C

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL7021Contig1 743 2 6 U
GCAGAGACACTGAGATCATTAAAAGCAAATGCCAATCAAGATTGTGGAACAACAACGACG
ATGATCTCTACTCTGCAGTCACTAACCGCATTCATATGGAGAAGCATTACAAGAGCAAGG
AGCTTATCAAACGATCAAGAAACCACTTGCAGGTTTGCAGTAGGAACTAGAACAAGATTG
AATCCACCGTTGCCTACGAATCACTTCGGAGTTTACGCATCTCTCGCAAGCACCACTGCC
AAAACTGGTGAAGTATTGGAGAATGTGTTAGGATGGGCTGCTTCGAAGCTGCATCAAGCT
GTAACAAAAAAAAGCGAGAATATCAGTTCCGAGCTCGAACAGTGGTTGAAGGCTCCTTTT
TTTGTGCAGCCGGATAAGTTTTCTGAACCGAACCTAATTCACATGGGAAGCTCGCCGAGG
TTTGACAAGTACGGGAGCGAGTTTGGGATGGGGAAAGCTGTTGCGGTTAGGAGCGGTTAT
AACAGTAAGCATGACGGGAAGGTGTCAGCTTACCCTGGGAGAGAAGGAGGTGGAAGCATT
GTTTTGGAGGTCTGTCTTTTGCCAGAGTTTATGGAAGCTTTGGAATCAGATCAAGAGTTC
ATGTCACTCGTCTCTGATTCTTGATCCTATTCATATTTCTCAGACAACAGAAACTAAGGT
TTCTTTGTTTGATAAGGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCTGATTTTGATTTATTAATTGTAA
GATGGATTCTGCAGTTGTTGGAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CG73TF U 1
AF RR1CG73JQ C 1
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RD RR1CG73TF 670 0 0
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ATGTCACTCGTCTCTGATTCTTGATCCTATTCATATT*CTCAGACAACAGAAACTAAG*T
TTCTTTGTTT

QA 1 670 1 670
DS 

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AAAACTGGTGAAGTATTGGAGAATGTGTTAGGATGGGCTGCTTCGAAGCTGCATCAAGCT
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AACAGTAAGCATGACGGGAAGGTGTCAGCTTACCCTGGGAGAGAAGGAGGTGGAAGCATT
GTTTTGGAGGTCTGTCTTTTGCCAGAGTTTATGGAAGCTTTGGAATCAGATCAAGAGTTC
ATGTCACTCGTCTCTGATTCTTGATCCTATTCATATTTCTCAGACAACAGAAACTAAGGT
TTCTTTGTTTGATAAGGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCTGATTTTGATTTATTAATTGTAA
GATGGATTCTGCAGTTGTTGGAG

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL7022Contig1 602 2 3 U
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CTACATAAACAAATTCAATGTTGTCTTTTTGATTTTTACTCCATCCACACCCACCACCAC
CTTCACAGTGGTTATTATTATTACTCAAGAGGAAATAAAAAAAGTAAGATAAAATTATTA
ATGATCCAATGAGCTAGCCACCAAAGACTTTGCTTTTGTTTCAAATCTATTCCACTCCCA
ACTCTCCAAAGCACAAAAAAAAGTAAACGTCTATTTTGCTCTTTTTGTGGAGAGAGCATG
CCAAATCCAAAAGCAAATCACTATTGACACAGCTAAGCTGAACAGTGTGGATACGGTCCC
ACTAGGCCACCAGGCGTGACCTAATTGTTTCAAACGCACGTTAATGCAAAAATACTGAAA
GAATCTTCTTCAGTCCTTTTTTTTATTTTTACCTCATTGATTGTCTTTTGTCTCTTGTCT
TCTCTTTAACCAACAAGCCATGCTTATCACAACAGAGTCAAACAAAGGGTTCTTGTTTTT
TTCACCAGTGGTTGTTTAAACATTTGGGTGAGGTTAAGTTTCGCTTCAGCAACTTGAGGT
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR1BN47JQ U 7
AF RR1BN47TF C 1
BS 1 6 RR1BN47TF
BS 7 586 RR1BN47JQ
BS 587 602 RR1BN47TF

RD RR1BN47JQ 580 0 0
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AAACAAATTCAATGTTGTCTTTTTGATTTTTACTCCATCCACACCCACCACCACCTTCAC
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TCTTCAGTCCTTTTTTTTATTTTTACCTCATTGATTGTCTTTTGTCTCTTGTCTTCTCTT
TAACCAACAAGCCATGCTTATCACAACAGAGTCAAACAAAGGGTTCTTGTTTTTTTCACC
AGTGGTTGTTTAAACATTTGGGTGAGGTTAAGTTTCGCTT

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1BN47TF 602 0 0
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CTACATAAACAAATTCAATGTTGTCTTTTTGATTTTTACTCCATCCACACCCACCACCAC
CTTCACAGTGGTTATTATTATTACTCAAGAGGAAATAAAAAAAGTAAGATAAAATTATTA
ATGATCCAATGAGCTAGCCACCAAAGACTTTGCTTTTGTTTCAAATCTATTCCACTCCCA
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CCAAATCCAAAAGCAGATCACTATTGACACAGCTAAGCTGAACAGTGTGGATACGGTCCC
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GAATCTTCTTCAGTCCTTTTTTTTATTTTTACCTCATTGATTGTCTTTTGTCTCTTGTCT
TCTCTTTAACCAACAAGCCATGCTTATCACAACAGAGTCAAACAAAGGGTTCTTGTTTTT
TTCACCAGTGGTTGTTTAAACATTTGGGTGAGGTTAAGTTTCGCTTCAGCAACTTGAGGT
AC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

CO CL7023Contig1 988 2 4 U
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CGGTGGAGCTGGTAGTTTGGTGAAGTGGAATCCTGTTGCGAATGTGGAAGGGAACGATGT
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GAGGTGGTGGTGGGAAGACGCCAAGGCTAAAGAGTGTGGACTTCACAAAGGGAACATCAA
GGAGAACAGCACAGCTAGTGTGAATGGGACATCATCATCATCTTCCACGGTTGCTGATAT
CTTCAAAAGCGAGAATGTGGTGAGCTTGAGCAGGCAAGGGATTGAGAATTTGATGAAGCT
GGAGAATCGTAGAGAGGCTTGGATCGTTGTGCTTTATGCACCTTGGTGCCCGTTTTGTCA
AGCGATGGAAGGTTCGTTTGATGAGTTGGCGGATAAGTTGGGTGGGAGTGGCGTGAAGGT
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GAACTTCCCGACGATACTTGTGTTCCCAAAGAACTCTTCGAGACCAATCAAGTATCCATC
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AAAAAAAATCCGTCGACTTTTACAAAACACATTCAGTCTAGTTCTAGAATGTTAGAACAG
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AGAAGGTATATAAGGAAAAGGTTTTGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AY56TF U 1
AF RR1AY56JQ C 169
BS 1 790 RR1AY56TF
BS 791 791 RR1AY56JQ
BS 792 859 RR1AY56TF
BS 860 988 RR1AY56JQ

RD RR1AY56TF 859 0 0
GCCAGGGACAAGGTCTGAGATTCCCGTTGTTCAGGTTGATCCGGTGTTTGAAGGGCTAGA
CGGTGGAGCTGGTAGTTTGGTGAAGTGGAATCCTGTTGCGAATGTGGAAGGGAACGATGT
TTGGAGCTTCTTGAGGACTATGGATGTTCCTGTCAACACGCTTCACGCTGCGGGGTATGT
TTCCATCGGGTGTGAGCCGTGCACGAGAGCGGTTTTGCCTGGTCAGCACGAGAGAGAAGG
GAGGTGGTGGTGGGAAGACGCCAAGGCTAAAGAGTGTGGACTTCACAAAGGGAACATCAA
GGAGAACAGCACAGCTAGTGTGAATGGGACATCATCATCATCTTCCACGGTTGCTGATAT
CTTCAAAAGCGAGAATGTGGTGAGCTTGAGCAGGCAAGGGATTGAGAATTTGATGAAGCT
GGAGAATCGTAGAGAGGCTTGGATCGTTGTGCTTTATGCACCTTGGTGCCCGTTTTGTCA
AGCGATGGAAGGTTCGTTTGATGAGTTGGCGGATAAGTTGGGTGGGAGTGGCGTGAAGGT
GGGTAAGTTCAGAGCTGATGGTGATCAAAAGGAGTTTGCTAAAAGGGAGTTGCAGCTTGG
GAACTTCCCGACGATACTTGTGTTCCCAAAGAACTCTTCGAGACCAATCAAGTATCCATC
AGAGAAGAGAGATGTTGATTCTCTGACCTCGTTCTTGAATCTTGTTCGGTAAAAAAGAGC
AAAAAAAATCCGTCGACTTTTACAAAACACATTCAGTCTAGTTCTAGAATGTTAGAACAG
ATGAAGAAGA*GGCTTGAGATTCTCTATTGAAAGCTTTTTTAATTTTGTATAGTTGTTGT
GGTCCACCAAAACTTATCC

QA 1 859 1 859
DS 

RD RR1AY56JQ 820 0 0
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CGAGAGAGAAGGGAGGTGGTGGTGGGAAGACGCCAAGGCTAAAGAGTGTGGACTTCACAA
AGGGAACATCAAGGAGAACAGCACAGCTAGTGTGAATGGGACATCATCATCATCTTCCAC
GGTTGCTGATATCTTCAAAAGCGAGAATGTGGTGAGCTTGAGCAGGCAAGGGATTGAGAA
TTTGATGAAGCTGGAGAATCGTAGAGAGGCTTGGATCGTTGTGCTTTATGCACCTTGGTG
CCCGTTTTGTCAAGCGATGGAAGGTTCGTTTGATGAGTTGGCGGATAAGTTGGGTGGGAG
TGGCGTGAAGGTGGGTAAGTTCAGAGCTGATGGTGATCAAAAGGAGTTTGCTAAAAGGGA
GTTGCAGCTTGGGAACTTCCCGACGATACTTGTGTTCCCAAAGAACTTTTCGAGACCAAT
CAAGTATCCATCAGAGAAGAGAGATGTTGATTTTTTGACCTCGTTCTTGAATCTTGTTCG
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ATGTTAGAACAGATGAAGAAGAAGGCTTGAGATTTTTTATTGAAAGCTTTTTTAATTTTG
TATAGTTGTTGTGGTCCACCAAAACTTATCCTTTTGTAGAACTTTTGCATTTGTGATGAT
GATATGAGCAAGTTTTCAAACATCAATTACTCTTGTGTGGAATTGATTCAATATTCCAAT
TTGAAAATGCAAAGAAGGTATATAAGGAAAAGGTTTTGTG

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL7024Contig1 813 2 8 U
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CACACACTTGCTGTTGTTACCCTATATGTTGGGGCCAATAGACTCTATTCCGGGTCCATG
GACAAATCTATTAAAGTTTGGAGCCTGGATAATCTTCAATGCATACAAACGCTCACGGAT
CATACATCAGTTGTCATGTCTCTCATTTGCTGGGACCAGTTTCTTTTGTCTTGCTCATTG
GACAACACTGTAAAGATATGGGCTGCAGTTGAAGGAGGCAACTTGGAAGTTACATACACT
CACAAAGAAGAACATGGAGTGCTAGCTTTATGCGGTGTACATGATGCAGAAGCAAAGCCG
GTTTTGTTGTGCTCTTGCAATGACAGTACCTTGCGTCTCTACGACTTGCCATCATTTACG
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ATATTTTTCACGGGTGATGGAACCGGTCAAGTTAAAGTATGGAAGTGGTCCACTGCTCCA
ACCACGGCTATGTCCTGAGGAAGTTCGAAATCTTGTCAAAAGTTCTTTCCTACGATCTTC
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GCCATGGTCTGATGAGATTGGTCGAGACTATGCCATGTTAGGAGTTTTGAGACAGAACCG
GGAGAGTTTTGTCCAGTTTCAGTGGATGTCTTGTAACACTTTGATTTGTATGGTCAGATT
TGTCATAATAAAAGATTTATCTATTCAACAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CB96TF U 1
AF RR1CB96JQ C 90
BS 1 660 RR1CB96TF
BS 661 661 RR1CB96JQ
BS 662 701 RR1CB96TF
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BS 731 787 RR1CB96TF
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RD RR1CB96TF 787 0 0
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CATACATCAGTTGTCATGTCTCTCATTTGCTGGGACCAGTTTCTTTTGTCTTGCTCATTG
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GTTTTGTTGTGCTCTTGCAATGACAGTACCTTGCGTCTCTACGACTTGCCATCATTTACG
GAAAGGGGCAAAATCTTTGCAAAGCAAGAGATACGGTCCATCCAGATAGGTCCAGGTGGC
ATATTTTTCACGGGTGATGGAACCGGTCAAGTTAAAGTATGGAAGTGGTCCACTGCTCCA
ACCACGGCTATGTCCTGAGGAAGTTCGAAATCTTGTCAAAAGTTCTTTCCTACGATCTTC
TTGTACCATTTATATATGCGTCTCTCTCTCTTTACGATTGTTGTGTCCATCCTAGCAAAG
*CCATGGTCTGATGAGATTGGTCGAGACTATGCCATGTTAG*AGTTTTGAGACAGAACCG
GGAGAGTTT*GTCCAGTTTCAGTGGATGTCTTGTAACACTTTGATTTGTATGGTCAGATT
TGTCATA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1CB96JQ 724 0 0
TGGGGCCAATAGACTCTATTCCGGGTCCATGGACAAATCTATTAAAGTTTGGAGCCTGGA
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TGAAGGAGGCAACTTGGAAGTTACATACACTCACAAAGAAGAACATGGAGTGCTAGCTTT
ATGCGGTGTACATGATGCAGAAGCAAAGCCGGTTTTGTTGTGCTCTTGCAATGACAGTAC
CTTGCGTCTTTACGACTTGCCATCATTTACGGAAAGGGGCAAAATCTTTGCAAAGCAAGA
GATACGGTCCATCCAGATAGGTCCAGGTGGCATATTTTTCACGGGTGATGGAACCGGTCA
AGTTAAAGTATGGAAGTGGTCCACTGCTCCAACCACGGCTATGTCCTGAGGAAGTTCGAA
ATCTTGTCAAAAGTTCTTTCCTACGATCTTCTTGTACCATTTATATATGCGTCTCTCTCT
CTTTACGATTGTTGTGTCCATCCTAGCAAAGGCCATGGTCTGATGAGATTGGTCGAGACT
ATGCCATGTTAGGAGTTTTGAGACAGAACCGGGAGAGTTTTGTCCAGTTTCAGTGGATGT
CTTGTAACACTTTGATTTGTATGGTCAGATTTGTCATAATAAAAGATTTATCTATTCAAC
AAGG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL7025Contig1 790 2 4 U
GGAGAGAAGTGAGCACCTCTAATCAACTAAAGAAATAGACTTCTCTCTCAGCTGCCGGAC
TATCCCTCAGCCTCTAGTTCTGTACTTTCCGGTGACCGGCGCGTGGTGGCTCCGTTAGCA
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TGTGTTTGGGTACGATTCTGGGTCTGCGTTTTGGTGACGGAGCGGAAAGCTTTCATCTCT
TTGAGGTCTCGTCGGGACTCGGTGGTGTGACGGGTGGAGTCAGTCCGTGTGGTTGTTTTG
TCGGAGGTCTCTGCTAGGCTTAAGCTTCGTTTCCTCTTCTCTCTCTTCTTCATCTTCTCC
TCTTTGTCTCTTATCAAATCTGGGTTTCTAGGGTTTTGATTTCGCTAAGATTTCTGGATC
TTGAGTTATCGCTCTGGTTTCAATCCTTTCAGATGATGTTGTTTTGGGTGTACCTTGTCT
GTATGCCTCAGATTGGTTTGTGCTTCATCTTTTATCCCATCTGATGTTTGTTATTTGACT
TAGAGGTTGAATCCGAGGCGTCCTTGTTGGTTGGTAGTGTTTGTTTTCTGTCTGATTTCA
GCATCGGTATAAGTGGGGGTGTGATGGTGGCGGTTGTGTATGATGAGCAGACCATGCCTT
TATTCTCCAGAAGCTGCAGGGTTCTTCTCCCCTCTCTATCTCTCAGACGTTAAGGAGTTC
TTCTCGCGGCCTTATAATAAGTGTTGTTTCCGGATGTTCTCATGAGTCTCTCGTTCTTCG
GTGGCTTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV15TF U 1
AF RR1AU42TF U 27
BS 1 96 RR1DV15TF
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RD RR1DV15TF 448 0 0
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TATCCCTCAGCCTCTAGTTCTGTACTTTCCGGTGACTGGCGCGTGGTGGCTCCGTTAGCA
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TGTGTTTGGGTACGATTCTGGGTCTGCGTTTTGGTGACGGAGCGGAAAGCTTTCATCTCT
TTGAGGTCTCGTCGGGACTCGGTGGTGTGACGGGTGGAGTCAGTCCGTGTGGTTGTTTTG
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TCTTTGTCTCTTATCAAATCTGGGTTTCTAGGGTTTTGATTTCGCTAAGATTTCTGGATC
TTGAGTTATCGCTCTGGTTTCAATCCTT

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR1AU42TF 764 0 0
GG
AAAGAAATAGACTTCTCTCTCAGCTGCCGGACTATCCCTCAGCCTCTAGTTCTGTACTTT
CCGGTGACCGGCGCGTGGTGGCTCCGTTAGCACCACCGCCGGTCTAGTTAGGCTCGTCGT
CTCTGCTCTTTGTAGATCTGCTAGTTAGGTGTTGTGTTTGGGTGCGATTCTGGGTCTGCG
TTTTGGTGACGGAGCGGAAAGCTTTCATCTCTTTGAGGTCTCGTCGGGACTCGGTGGTGT
GACGGGTGGAGTCAGTCCGTGTGGTTGTTTTGTCGGAGGTCTCTGCTAGGCTTAAGCTTC
GTTTCCTCTTCTCTCTCTTCTTCATCTTCTCCTCTTTGTCTCTTATCAAATCTGGGTTTC
TAGGGTTTTGATTTCGCTAAGATTTCTGGATCTTGAGTTATCGCTCTGGTTTCAATCCTT
TCAGATGATGTTGTTTTGGGTGTACCTTGTCTGTATGCCTCAGATTGGTTTGTGCTTCAT
CTTTTATCCCATCTGATGTTTGTTATTTGACTTAGAGGTTGAATCCGAGGCGTCCTTGTT
GGTTGGTAGTGTTTGTTTTCTGTCTGATTTCAGCATCGGTATAAGTGGGGGTGTGATGGT
GGCGGTTGTGTATGATGAGCAGACCATGCCTTTATTCTCCAGAAGCTGCAGGGTTCTTCT
CCCCTCTCTATCTCTCAGACGTTAAGGAGTTCTTCTCGCGGCCTTATAATAAGTGTTGTT
TCCGGATGTTCTCATGAGTCTCTCGTTCTTCGGTGGCTTCGC

QA 3 764 3 764
DS 



AS 1 2

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CTCAGATGGAGCCTCTACCAAGTGGAAACCTTCCTCCTGGTTTTGATCCCACTACTTGCC
GCAGTGTGTATGCTGGCAACATCCACACGCAGGTCACTGAGGTTCTTCTTCAAGAGATTT
TCGCAAGCACCGGTCCTGTTGAGAGCTGTAAGCTCATCAGAAAGGATAAGTCATCATATG
GATTTGTTCACTACTTTGATCGACGATCTGCTGGTTTGGCTATCATGTCTCTTAACGGAA
GGCATCTGTTTGGACAGCCTATCAAAGTTAACTGGGCGTATGCTACTGGTCAAAGGGAAG
ACACATCAAGCCATTTCAACATTTTTGTTGGAGATCTTATTCCAGATGTCACTGATGCAG
CTTTGTTTGAAAGCTTCTCTGCCTTTAACACTTGCTCGGATGCAAGAGTAATGTGGGACC
AGAAAACTGGACGCTCAAGAGGCTTTGGATTTGTTTCTTTCCGCATCA


BQ
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AF RR1H739TF U 306
AF RR1H752TF U 1
BS 1 648 RR1H752TF

RD RR1H739TF 172 0 0
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CTGTTTGGACAGCCTATCAAAGTTAACTGGGCGTATGCTACTGGTCAAAGGG

QA 1 172 1 172
DS 

RD RR1H752TF 648 0 0
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ATCCGAGGCTCAAACAGCAGCAGCAGCAGCAACAACAAGCAATGATGCAGCAAGCTTTGA
TGCAACAACACCACTCTCTCTATCATCCTAGCCTCATGGCTCCTCCACCTCCTCCTCCTC
CTCAGATGGAGCCTCTACCAAGTGGAAACCTTCCTCCTGGTTTTGATCCCACTACTTGCC
GCAGTGTGTATGCTGGCAACATCCACACGCAGGTCACTGAGGTTCTTCTTCAAGAGATTT
TCGCAAGCACCGGTCCTGTTGAGAGCTGTAAGCTCATCAGAAAGGATAAGTCATCATATG
GATTTGTTCACTACTTTGATCGACGATCTGCTGGTTTGGCTATCATGTCTCTTAACGGAA
GGCATCTGTTTGGACAGCCTATCAAAGTTAACTGGGCGTATGCTACTGGTCAAAGGGAAG
ACACATCAAGCCATTTCAACATTTTTGTTGGAGATCTTATTCCAGATGTCACTGATGCAG
CTTTGTTTGAAAGCTTCTCTGCCTTTAACACTTGCTCGGATGCAAGAGTAATGTGGGACC
AGAAAACTGGACGCTCAAGAGGCTTTGGATTTGTTTCTTTCCGCATCA

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL7027Contig1 657 2 1 U
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TGGTCTTGACTGCTTGAAAGATTCATTTGGATTCACATTTAAGTACTCTCATTATCC


BQ
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AF RR1D645JQ C 1
AF RR1D645TF U 1
BS 1 657 RR1D645TF

RD RR1D645JQ 657 0 0
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AATCTAAGAAGAGGCTTGAGCTTAAGGAGAAAATGGTGAGAATCAGTGTGCTCAACGATG
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CCTCAAAAGTCATCATCAAGTTTCTTATCGTCATTCAGAAGCACGGTTACATTGGTGAGT
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TTATGGACCATGAAGAAGCGAGGAGAAAGAATGTCGGAGGCAAGGTCCTCGGTTTCTTCT
ATTGAAGTTCTCTGTGGGGAAAAGAGACTTTTCATTCTATTATGTTTAACTATTGTTATC
AATTTGTCTTTTGAATTTTTGTGGTAACTCTGTTGGATAGTTCTGAAATTACTCCCTTTT
TGGTCTTGACTGCTTGAAAGATTCATTTGGATTCACATTTAAGTACTCTCATTATCC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1D645TF 657 0 0
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AATCTAAGAAGAGGCTTGAGCTTAAGGAGAAAATGGTGAGAATCAGTGTGCTCAACGATG
CTCTCAAGAGCATGTTCAATGCCGAGAAACGTGGCAAGAGGCAGGTCATGATCAGGCCTT
CCTCAAAAGTCATCATCAAGTTTCTTATCGTCATTCAGAAGCACGGTTACATTGGTGAGT
TTGAGTATGTCGATGACCACCGATCCGGCAAAATCGTTGTGGAATTGAACGGGAGGTTGA
ACAAGTGTGGTGTTATCAGTCCTCGTTTTGATGTTGGTGTCAAGGAGATTGAAGGTTGGA
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ATTGAAGTTCTCTGTGGGGAAAAGAGACTTTTCATTCTATTATGTTTAACTATTGTTATC
AATTTGTCTTTTGAATTTTTGTGGTAACTCTGTTGGATAGTTCTGAAATTACTCCCTTTT
TGGTCTTGACTGCTTGAAAGATTCATTTGGATTCACATTTAAGTACTCTCATTATCC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL7028Contig1 800 2 12 U
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GAACGTACCAACCTGGTGGGACTTCCTTGACTACCTCAAAAGAAGAGTCGTTTCCTCAGC
GACCTGATCAACCTGAGTGTCAATACTTTATGAGAACCGGAGACTGTAAATTCGGATCTT
CATGCAGATACCATCATCCTCTAGATGCGGTTCAGCCTAAAACCGGTGTTCTCTTCAGCT
CCATTGGCCTTCCACTCCGTCCAGGCGTGGCACAATGCACTCACTTTGCACAGCACGGAA
TCTGCAAGTTTGGGCCAGCGTGTAAGTTCGATCACTCGATGAGCTCTTCGCTTAGCTACA
GCCCGTCTGCTTCTTCGCTAACGGATATGCCAGTGGCTCCATACCCAATCGGATCATCAT
CACTCAGCGGCGCATCAGCTCCAGTAAGCTCGAGCGATGTACCAACCACCACACAGGCTG
TGACTGCTGCAGCTTCGGCTCCTATGGTCAGTGGGCTAAGCAGTCAAGAGCCAGCGGAGA
CTAGTGGTGACTCAGCTAGCGTCAGTGGCAGCGTAGAAGCTAAGACTTCTTCAAGTTAAG
TAAAGGAAAAGATTAATGAACTAAAACAACATTAAGGAAAAAGAAAAAGAAGATTATTTT
TGGGGTCTGAGATTTGATGGGAAGCAGAGAGAGACCAAACCAAAGCTTCTGTCATTTACC
ACTTGTCAATATATAATACGTTTCTCTCATACGGCCATCTCTCTGTCTTGAACAATGTTT
ACTACTTAATAATGGCCTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BW04JQ C 1
AF RR1B884TF U 64
BS 1 64 RR1BW04JQ
BS 65 256 RR1B884TF
BS 257 257 RR1BW04JQ
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BS 374 375 RR1BW04JQ
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BS 533 533 RR1BW04JQ
BS 534 640 RR1B884TF
BS 641 641 RR1BW04JQ
BS 642 800 RR1B884TF

RD RR1BW04JQ 748 0 0
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GACCTGATCAACCTGAGTGTCAATACTTTATGAGAACCGGAGACTGTAAATTCGGATCTT
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TGGGGTCTGAGATTTGATGGGAAGCAGAGAGAGACCAAACCAAAGCTTCTGTCATTTACC
ACTTGTCAATATATAATACGTTTCTC
CC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1B884TF 737 0 0
G
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CAAGTTTGGGCCAGCGTGTAAGTTCGATCACTCGATGAGCTCTTCGCTTAGCTACAGCCC
GTCTGCTTC**CGCTAACGGATATGCCAGTGGTTCCATACCCAATCGGATCATCATCACT
CAGCGGCGCATCAGCTCCAGTAAGCTCGAGCGATGTACCAACCACCACACAGGCTGTGAC
TGCTGCAGCTTCGGCTCCTATGGTCAGTGGGCTAAGCAGTCAAGAGCCGGCGGAGACTAG
TGGTGACTCAGCTAGCGTCAGTGGCAGCGTAGAAGCTAAGACTTCTTCAAGTTAAGTAAA
GGAAAAGATTAATGAACTAAAACAACATTAAGGAAAGAGAAAAAGAAGATTATTTTTGGG
GTCTGAGATTTGATGGGAAGCAGAGAGAGACCAAACCAAAGCTTCTGTCATTTACCACTT
GTCAATATATAATACGTTTCTCTCATACGGCCATCTCTCTGTCTTGAACAATGTTTACTA
CTTAATAATGGCCTTA

QA 2 737 2 737
DS 



AS 1 2

CO CL7029Contig1 791 2 1 U
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CGCTGATCTCTCCTCCGGAATCAAAGTCAATGGCTTCCCTTGCAAAGACGCAGCCAACGT
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CGGCTCCTTAGCCACAGGCGCAAACGTGATGACCATCCCAGGTCTCAACACGCTCGGCGT
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CGCCACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAGCCCTCGACGTCGGGTTCCTCACCACGGC
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TGTCCATTTCCAGAAGAACAACGGTCGTGTCCCTGCTTCTGTCATCGCTGCTTTCAATAG
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TAATGAGATCTTGGCTCAAGCGTTTCAGACATCTCCGGGAACTGTTAAACACATCAAAAC
CAAGTTCCAACCCAAAGTGTAATAATGATCTTTTGGTTCTGTTTTTTCTAACGGAATGAT
ATTTTCCTCCTTTATTTGTCTTGTGTAATAAAACCCATAACTGATGTTTTGGGTGTGCAT
TTGAGCTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BE81TF U 1
AF RR1BE81JQ C 119
BS 1 791 RR1BE81TF

RD RR1BE81TF 791 0 0
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TGTCGCCATTTTCTTCATTACAGTCTCCGCAGATCCCGACATGCTCCAAGACCTCTGTGT
CGCTGATCTCTCCTCCGGAATCAAAGTCAATGGCTTCCCTTGCAAAGACGCAGCCAACGT
CACACCACTCGATTTCTTCTCCCAAGGAATAGCCAATCCAGGCCTCACCAACAACACATT
CGGCTCCTTAGCCACAGGCGCAAACGTGATGACCATCCCAGGTCTCAACACGCTCGGCGT
CTCCCTCGCACGAATCGACTACGCGCCAGGCGGCTTAAACCCGCCTCACACTCACCCTCG
CGCCACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAGCCCTCGACGTCGGGTTCCTCACCACGGC
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TGTCCATTTCCAGAAGAACAACGGTCGTGTCCCTGCTTCTGTCATCGCTGCTTTCAATAG
CCAGCTTCCTGGGACTCAGTCTCTTGGTGCTACTCTGTTCGGTTCTACGCCTCCTGTTCC
TAATGAGATCTTGGCTCAAGCGTTTCAGACATCTCCGGGAACTGTTAAACACATCAAAAC
CAAGTTCCAACCCAAAGTGTAATAATGATCTTTTGGTTCTGTTTTTTCTAACGGAATGAT
ATTTTCCTCCTTTATTTGTCTTGTGTAATAAAACCCATAACTGATGTTTTGGGTGTGCAT
TTGAGCTTTCG

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1BE81JQ 673 0 0
GTCGCTGATCTCTCCTCCGGAATCAAAGTCAATGGCTTCCCTTGCAAAGACGCAGCCAAC
GTCACACCACTCGATTTCTTCTCCCAAGGAATAGCCAATCCAGGCCTCACCAACAACACA
TTCGGCTCCTTAGCCACAGGCGCAAACGTGATGACCATCCCAGGTCTCAACACGCTCGGC
GTCTCCCTCGCACGAATCGACTACGCGCCAGGCGGCTTAAACCCGCCTCACACTCACCCT
CGCGCCACCGAAGTCGTTTACGTCCTCGAAGGAGCCCTCGACGTCGGGTTCCTCACCACG
GCCAACAAGCTCATCTCTCAGTCTCTCAAGAAAGGCGACGTTTTCGCTTTCCCCAAGGGG
CTTGTCCATTTCCAGAAGAACAACGGTCGTGTCCCTGCTTCTGTCATCGCTGCTTTCAAT
AGCCAGCTTCCTGGGACTCAGTCTCTTGGTGCTACTCTGTTCGGTTTTACGCCTCCTGTT
CCTAATGAGATCTTGGCTCAAGCGTTTCAGACATCTCCGGGAACTGTTAAACACATCAAA
ACCAAGTTCCAACCCAAGGTGTAATAATGATCTTTTGGTTCTGTTTTTTCTAACGGAATG
ATATTTTCCTCCTTTATTTGTCTTGTGTAATAAAACCCATAACTGATGTTTTGGGTGTGC
ATTTGAGCTTTCG

QA 1 673 1 673
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7031Contig1 671 2 2 U
TTTTTTTTTAGTAAAATGCATGACCATTAAATTTTCTTTTTTCATGAAAGCAAACACATA
GTACATACGTATAACAAGCGAGACAAACACATATACTCAATATTATCTAACTCAAAAGAG
AGCAACAACAGCAGAAACAAAGGCGACCATAAAAGAAGCACCACCTAATGAAGAAGCGGT
GCTTTCAGCCGGAGCTGGTGTAGTTGTTTCACTAGATCCGGTAGGTGCAGTAGTCCCGGC
TCCTGGGGTTGTGGGAGAGGTTCCTTCAGCACCTGGGGCGGTTGCACCGCTAGGTGCTGG
AGTAGTAGCACCGCCGGATGCTGGAGTGGTAGCCTTGCTAGGTGCGGGAGTGGTAGCCTT
GCTAGGTGCTGGAGGAGTAGCACTGGCGTCGCCACCGCTATGTCCACCAGGACTACCACT
AGCATCGTCAACTACGTTGACGGTAAGTTTTTGACCAAAGCGGCAATGGTCAGCGGCGGT
GCAGATGAAGTATATTGGTCCGGTGTCGTTTAGCATAATCTTGGCAGGAGAAGTCTTAAT
GAGGCTGAGGGGTGTCTCTTTCTCGCAGTTTTCATATTCATCTGCTGTTACGATTGCCAC
ATCATGTCTCTCAGCATCGAAATCAAATTCGAGCACGTCGCCTACTAGGAAAGTTTTACC
GGCAGCCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GF13TF C 1
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BS 1 9 RR1GF13TF
BS 10 671 RR1GF13JQ

RD RR1GF13TF 671 0 0
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GCTAGGTGCTGGAGGAGTAGCACTGGCGTCGCCACCGCTATGTCCACCAGGACTACCACT
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GAGGCTGAGGGGTGTCTCTTTCTCGCAGTTTTCATATTCATCTGCTGTTACGATTGCCAC
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GGCAGCCCATC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1GF13JQ 662 0 0
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AGCAGAAACAAAGGCGACCATAAAAGAAGCACCACCTAATGAAGAAGCGGTGCTTTCAGC
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CTCAGCATCGAAATCAAATTCGAGCACGTCGCCTACTAGGAAAGTTTTACCGGCAGCCCA
TC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DM71TF U 1
AF RR1DM71JQ C 140
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RD RR1DM71TF 757 0 0
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GCTGTTGCTGCCCTTGGTTCCTTGAAAAGCATTGAACCCAACAAAATAATCTTGAAGAAG
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GATGTTGTTCAAGTTTCCTTTTTTTTT*GGTCAAGATGTTCAAGTTTCTCTGAATTCAAA
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QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1DM71JQ 670 0 0
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AGCCAGTGGGCACACATGGGGCAATGAAATGCATATTCAATGGAGTGGTGCAGCAACATG
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CGCAGCTTCTGTAATTCTAATTAATAGGATGAAGCTCTGATGATGTTGTTCAAGTTTCCT
TTTTTTTTTGGTCAAGATGTTCAAGTTTCTCTGAATTCAAATTCTTACTTTTGATAACTT
ATGGACCTGGTTTTGTGAAGTCCTCCAGTTTTGTTATGCATGTGATAATATATATACTTT
TTCTGTTCTT

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

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AGATTATACAGATCAAGAAGTTTTGTCATTTGTATGTTTGGATGAGGTATTGCGAAAGGT
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BQ
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AF RR1CG40JQ C 1
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TAATCCTCGCTTAGAGCCGGATAGAGATTTTTTATACATATAACAAATTATGTAC

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1CG40TF 655 0 0
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TAACGTTGGGTACGAGTTTCTTAGGAGGAACACTAGAGGTCCAAGAACCGCGTTGACCTC
GCCTTATGCGTCGACGATAGAAGTTGGTATGATCTACCATGTCTAAAGAGGTTATTTCGT
ATTTTGCCTTTGTACATGATCAATGATTTTGTTGTATGGTATTTTGCCTGAAAGTGGATT
AGATTATACAGATCAAGAAGTTTTGTCATTTGTATGTTTGGATGAGGTATTGCGAAAGGT
TAATCCTCGCTTAGAGCCGGATAGAGATTTTTTATACATATAACAAATTATGTAC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL7034Contig1 953 2 2 U
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CACTTGTTCTGATCAAACATACGCAGCCATCTTACTGAACACTACTCTTGCTTGTCCTCT
ATCTTCATTGCTTCACTCTCCTATTGACGAGCCATCTGCCCGTTTCATTACCGCCTCATG
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TGTGCAAGGCAAAGGCCATGGTTTCGCAGCTGACTGGTGGGCACTTGGAGTTTTGATATA
CTATATGCTAGAAGGTGAAATGCCATTTGGGTCATGGAGACAAAACGAGCTAGACACGTT
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TGAATCAATCAAGAAACATCCCTGGTTCAATGGACTCAACTGGGGCGCGATCAGTAACCG
CGAAGTTCAAGTTCCTCAAGAGATAGTCTCGCGCATTCATCACTATCTAGAGAATGATAA
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TGATGTTGAAAAACAAAGAGAGCCTAGTAGAATCTTAAAAACCTCTAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BX11TF U 1
AF RR1BX11JQ C 103
BS 1 766 RR1BX11TF
BS 767 953 RR1BX11JQ

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TGTGCAAGGCAAAGGCCATGGTTTCGCAGCTGACTGGTGGGCACTTGGAGTTTTGATATA
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TCTCATCACAAAGTTGCTTGAAGTTGATGAAAACCTGCGGCTCGGTAGCCAAGGAGGTCC
TGAATCAATCAAGAAACATCCCTGGTTCAATGGACTCAACTGGGGCGCGATCAGTAACCG
CGAAGTTCAAGTTCCTCAAGAGATAGTCTCGCGCATTCATCACTATCTAGAGAATGATAA
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QA 1 766 1 766
DS 

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CGGTAGCCAAGGAGGTCCTGAATCAATCAAGAAACATCCCTGGTTCAATGGACTCAACTG
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AAATTGTGGACTTGTATTTTTGTTCTGGTCCTCTTCATTTCAAATTTACATGCTTTATAG
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CTCTAAAAAAA

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

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AATTTGAAGAAGAGCAATAGTGGATGGGAAACATTTGGTTTAAAGGATCAGTACCTAGAC
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CCACATTATGCTTGCCTGCGAAACCAATGAAGCAATTTGGCACATGGCCATTTGAAGGCT
GGGTTATAGACCCCTCCTGTTTCACATTCGGATTTGCTTTATGCATTGGCTTGCGCTCAG
GGACTCCATCTTTCCAAGAATTCTTAAAACACTACAAACCCTTCTCATATTTATATGGTA
TATATTCACATATTTGGCAAGAAAGAAAAAGGTACAGTGGTCTCTTATTAGATCATTGCT
CTCAATCCAAAACCATAACTGATCTGTCTTATGATGTATTATTTGGTGAACTATCATTTT
AGATGTTGTAAAATAACTTTGTTTTTTTCAATAAGTTCCACATTTT


BQ
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AF RR1GZ50TFB U 1
AF RR1GZ50JQ C 355
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GGGTTATAGACCCCTCCTGTTTCACATTCGGATT

QA 1 694 1 694
DS 

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TCTCTTTGTGAGGTATGAATACTTCCTCCTCTTGGGTCTCTGTGATACTGAACCAAAAAC
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GCTCAGGGACTCCATCTTTCCAAGAATTCTTAAAACACTACAAACCCTTCTCATATTTAT
ATGGTATATATTCACATATTTGGCAAGAAAGAAAAAGGTACAGTGGTCTCTTATTAGATC
ATTGCTCTCAATCCAAAACCATAACTGATCTGTCTTATGATGTATTATTTGGTGAACTAT
CATTTTAGATGTTGTAAAATAACTTTGTTTTTTTCAATAAGTTCCACATTTT

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

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CACTTACGTCAAGGGTTACTTATGAATCTCGGTTATGTCGC


BQ
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AF RR1DD34TF U 1
AF RR1DD34JQ C 47
BS 1 701 RR1DD34TF

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ATTAAAGCAGTGAAAGAAGCAACAAAATTGGAAAGGAGACTTTTTGATCTAGGAGAGCAA
CCCTTGTTAAGAAAAGAGCAGGTAGAAGACTTGCCAAGTGATGGTGAGCCTTTAGCTCTC
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CACTTACGTCAAGGGTTACTTATGAATCTCGGTTATGTCGC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1DD34JQ 655 0 0
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ATCTAGGAGAGCAACCCTTGTTAAGAAAAGAGCAGGTAGAAGACTTGCCAAGTGATGGTG
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CGACAAGTAGTGTTATGTTTTATTTTAAATTTGATAATGGATGGTGAAATTGTACGTAAT
AATAGATTTGTAGACACTTACGTCAAGGGTTACTTATGAATCTCGGTTATGTCGC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL7037Contig1 709 2 6 U
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AAAGATGGAAGGCAAAACTGTGATATTAAGTGTTCTCATAATAGGTCTTGTCATGGCACA
AATTCAAGTAGAAGCAGAAAAGATCTGTTGCCGTAACACTAGAGCTAGAAATACGTTTAA
TTCTTGCACTGCTCAAGGTATCCCCGTGAGCTTCTGTGTACGAATCGTTGATTGCATAAT
ACTTCCTTATAATACATGCCCACCAGAATTTCCCGCGGATCGTCTGGAAAACTCAGCTGA
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ATGTTCTACTTTTTGCACTAATGGCTCTACTAAGCTTGCAATTGAAACTGCCTAAACAAT
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TCTAGTTTTCAGTAGAGTAATGGGTTTGCTTGTTGTCGGTGGGCCGGCTCATTAGACCAT
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BQ
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AF RR1EU40TF U 1
AF RR1G556TF U 3
BS 1 117 RR1EU40TF
BS 118 118 RR1G556TF
BS 119 258 RR1EU40TF
BS 259 259 RR1G556TF
BS 260 676 RR1EU40TF
BS 677 709 RR1G556TF

RD RR1EU40TF 676 0 0
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AAAGATGGAAGGCAAAACTGTGATATTAAGTGTTCTCATAATAGGTCTTGTCATGGCGCA
AATTCAAGTAGAAGCAGAAAAGATCTGTTGCCGTAACACTAGAGCTAGAAATACGTTTAA
TTCTTGCACTGCTCAAGGTATCCCCGTGAGCTTCTGTGTACGAATCGTTGATTGCATAAT
ACTTCCTTATAATACATGTCCACCAGAATTTCCCGCGGATCGTCTGGAAAACTCAGCTGA
TGTTGTCAATGAATACTGCAAGTTGGGATGTACGTCCTCTGTGTGCGGTCCTTTGACCAC
TCTCCAAAATTCGGGTGCAAGTGAAATTGGAGATGGAGCCGTTGAAGATTGTGCCAAAGT
ATGTTCTACTTTTTGCACTAATGGCTCTACTAAGCTTGCAATTGAAACTGCCTAAACAAT
CGTACCCTCGAAGATATACCACGTCTAAGTTTGAGAGTGTTGGTCTTGGTCTTTAGAAAG
CGGTCTGCTTGCATTTTAATAAGTTGTTATTTTCACATGTGTAGTCCAGCGGTGTGGAAA
TCTAGTTTTCAGTAGAGTAATGGGTTTGCTTGTTGTCGGTGGGCCGGCTCATTAGACCAT
CTTCATACAATTATAT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1G556TF 707 0 0
GG
AAATACAAGCTTAGTGTTTTCTCTACATTTAGTGATCAAACAAGTAATATCAATCAAAAG
ATGGAAGGCAAAACTGTGATATTAAGTGTTCTCATAATAGGTCTTGTCATGGCACAAATT
CAAGTAGAAGCAGAAAAGATCTGTTGCCGTAACACTAGAGCTAGAAATACGTTTAATTCT
TGCACTGCTCAAGGTATCCCCGTGAGCTTCTGTGTACGAATCGTTGATTGCATAATGCTT
CCTTATAATACATGCCCACCAGAATTTCCCGCGGATCGTCTGGAAAACTCAGCTGATGTT
GTCAATGAATACTGCAAGTTGGGATGTACGTCCTCTGTGTGCGGTCCTTTGACCACTCTC
CAAAATTCGGGTGCAAGTGAAATTGGAGATGGAGCCGTTGAAGATTGTGCCAAAGTATGT
TCTACTTTTTGCACTAATGGCTCTACTAAGCTTGCAATTGAAACTGCCTAA*CAATCGTA
CCCTCGAAGATATACCACGTCTAAGTTTGAGAGTGTTGGTCTTGGTCTTTAGAAAGCGGT
CTGCTTGCATTTTAATAAGTTGTTATTTTCACATGTGTAGTCCAGCGGTGTGGAAATCTA
GTTTTCAGTAGAGTAATGGGTTTGCTTGTTGTCGGTGGGCCGGCTCATTAGACCATCTTC
ATACAATTATATTTTTTCTAGATAAAGATAAATAATCTCTACTCC

QA 3 707 3 707
DS 



AS 1 2

CO CL7038Contig1 822 2 2 U
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CGGCGACATCCTCTAGCAATCCAGGTTTGAAAAAGATATAATCGTTCAAAAAATGGCAGA
AGAATCAACTGATATGGAAATTCAATCAGCAACTGAACCGGAGACACTGCCTGCTAAGCC
AATCTTTAAGCCACTCAAGGCTCACGAAATGTCTGATGGCAAGGTCCAGCTCAGGAAGGT
ATCCGTCCCACCAAACCGCTACTCTCCTCTCAATAGCTTGGTTAGACATCAGCACTACTG
TCGTCGACCAGATGAAAGTTGACATCCGCATGAATCACAACTCCCGCAGAGTCGAGCTCA
AAACCATAGCCGACACCCCCGACGTCAGTAACCTTCAAAAATCTGCTGATTTCGTGCACG
CTTTCATACTCGGTTTCGATGTCCCTGATGCCATCTCTCTCCTGAGGATGGACGAGCTCT
ACGTTGAGTCTTTTGAGATCAAGGATGTCAGACTCTTAAAGGCGAGCATCTGTCCAGAGC
AATAGGGAGATTGTCGGGGAAAGGAGGGAAGACCAAGTTTGCGATTGAGAATTCTACAAA
GACGAGGATTGTGATCGCTGACACGAGGATCCACACCTTGGGAGCATTCTCTAACATTAA
AATCGCGAGGGATTCTTTGTGTAGTCTCATCTTGGGGTCTCCAGCTGGCAAGGTTTACTC
CAAGCTCCGAGCAGCCTCTGCTAGATTAGCAGAACGGTTTTGATATGTTTGATTTTTTTT
TTGCATGAAGATTTTGCATTATAGAACTTTTATTTGAACGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A769TF U 1
AF RR1A769JQ C 55
BS 1 709 RR1A769TF
BS 710 822 RR1A769JQ

RD RR1A769TF 709 0 0
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CGGCGACATCCTCTAGCAATCCAGGTTTGAAAAAGATATAATCGTTCAAAAAATGGCAGA
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AATAGGGAGATTGTCGGGGAAAGGAGGGAAGACCAAGTTTGCGATTGAGAATTCTACAAA
GACGAGGATTGTGATCGCTGACACGAGGATCCACACCTTGGGAGCATTCTCTAACATTAA
AATCGCGAGGGATTCTTTGTGTAGTCTCATCTTGGGGTCTCCAGCTGGC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1A769JQ 768 0 0
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GGCAGAAGAATCAACTGATATGGAAATTCAATCAGCAACTGAACCGGAGACACTGCCTGC
TAAGCCAATCTTTAAGCCACTCAAGGCTCACGAAATGTCTGATGGCAAGGTCCAGCTCAG
GAAGGTATCCGTCCCACCAAACCGCTACTCTCCTCTCAATAGCTTGGTTAGACATCAGCA
CTACTGTCGTCGACCAGATGAAAGTTGACATCCGCATGAATCACAACTCCCGCAGAGTCG
AGCTCAAAACCATAGCCGACACCCCCGACGTCAGTAACCTTCAAAAATCTGCTGATTTCG
TGCACGCTTTCATACTCGGTTTCGATGTCCCTGATGCCATCTCTCTCCTGAGGATGGACG
AGCTCTACGTTGAGTCTTTTGAGATCAAGGATGTCAGACTCTTAAAGGCGAGCATCTGTC
CAGAGCAATAGGGAGATTGTCGGGGAAAGGAGGGAAGACCAAGTTTGCGATTGAGAATTC
TACAAAGACGAGGATTGTGATCGCTGACACGAGGATCCACACCTTGGGAGCATTCTCTAA
CATTAAAATCGCGAGGGATTCTTTGTGTAGTCTCATCTTGGGGTCTCCAGCTGGCAAGGT
TTACTCCAAGCTCCGAGCAGCCTCTGCTAGATTAGCAGAACGGTTTTGATATGTTTGATT
TTTTTTTTGCATGAAGATTTTGCATTATAGAACTTTTATTTGAACGTT

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL7039Contig1 341 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D574JQ C 1
AF RR1D574TF U 1
BS 1 341 RR1D574TF

RD RR1D574JQ 341 0 0
GGGAGCAGGAAGGCGTGAGTTCGTCTGAGGCAGAGGCTATAGTTAAGAAACTTCAAGCTG
AAGGAAGATACCTCAGAGATGTCTGGTGATTGATGATGTTTCGCTTTTTGGGGATGCTCT
GCCTTTTTCCAAAAGATTTCTTGATAGGAAGGCTGCTTTTACCATTTAGATATTTTATTT
GTTTATTTTCCTTCCTCTTGTCTCATTTTCTTACTTACTATAGTCAAAGATTCAAAGATT
TGTCAAAAGTGTCTCTTTGTATGGAACAAAAGTATTGAAGGGACGAAAGACTACAGTCCA
ATAAATCTGGGGAATGAAAAACTCCATGAGATTTTAGCATC

QA 1 341 1 341
DS 

RD RR1D574TF 341 0 0
GGGAGCAGGAAGGCGTGAGTTCGTCTGAGGCAGAGGCTATAGTTAAGAAACTTCAAGCTG
AAGGAAGATACCTCAGAGATGTCTGGTGATTGATGATGTTTCGCTTTTTGGGGATGCTCT
GCCTTTTTCCAAAAGATTTCTTGATAGGAAGGCTGCTTTTACCATTTAGATATTTTATTT
GTTTATTTTCCTTCCTCTTGTCTCATTTTCTTACTTACTATAGTCAAAGATTCAAAGATT
TGTCAAAAGTGTCTCTTTGTATGGAACAAAAGTATTGAAGGGACGAAAGACTACAGTCCA
ATAAATCTGGGGAATGAAAAACTCCATGAGATTTTAGCATC

QA 1 341 1 341
DS 



AS 1 2

CO CL7040Contig1 678 2 1 U
GGGACCACGTCCCTCACATGCTACACAAGTGTCCCGACTCCATCCCTGACCCAAAGGCGG
TCCAGTATGTGCGTAATGACCGTGGTACACCCATGGTATTAGACAACAACTACTACCGTA
ACATCCTAGACAACAAGGGTTTGCTCCTTGTGGACCACCAGCTCGCACACGACAAACGAA
CCAGACCAATTGTTAAGAAGATGGCTAAGGACCAGGCTTACTTCTTCAAGGAGTTTACTA
GAGCCATCCAGATCTTGTCTGAGAACAACCCTTTGACTGGTTCCAAGGGTGAGATCAGGA
AGCAGTGCAATCTCGCAAACAAGATTCACTGAGATTGCAAAGAGTGACAAGGGAGAGAGA
GAGCCTCTATGTGTTTTGGGTTCTCTCTGCACTTTCTTGGCATCGAACCAAGATGAATAA
TATTATATTTTAAGAAGTTAAAAATGAAATGAAGGGTGATGATGATGATGTACGCATCAT
AGTGGTGACCACATATGCACTCTTCTTTTTGTGTGTTGTTTTAGCCTTAATGCTTTAATT
ATGGTGGTAGTCGCCTTTTGAGTTAATTAATCTGTATGTTGTTTCTTTGTTGATTTTGGG
TTTGTGGTGGGGTTGATGATGGAATGGATGTATGATATGATGAACTGTGTGTTATGTAAT
AATAAGTGGTGAAATCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C291TF U 1
AF RR1C291JQ C 16
BS 1 678 RR1C291TF

RD RR1C291TF 678 0 0
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TCCAGTATGTGCGTAATGACCGTGGTACACCCATGGTATTAGACAACAACTACTACCGTA
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GAGCCATCCAGATCTTGTCTGAGAACAACCCTTTGACTGGTTCCAAGGGTGAGATCAGGA
AGCAGTGCAATCTCGCAAACAAGATTCACTGAGATTGCAAAGAGTGACAAGGGAGAGAGA
GAGCCTCTATGTGTTTTGGGTTCTCTCTGCACTTTCTTGGCATCGAACCAAGATGAATAA
TATTATATTTTAAGAAGTTAAAAATGAAATGAAGGGTGATGATGATGATGTACGCATCAT
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ATGGTGGTAGTCGCCTTTTGAGTTAATTAATCTGTATGTTGTTTCTTTGTTGATTTTGGG
TTTGTGGTGGGGTTGATGATGGAATGGATGTATGATATGATGAACTGTGTGTTATGTAAT
AATAAGTGGTGAAATCGC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1C291JQ 663 0 0
ACATGCTACACAAGTGTCCCGACTCCATCCCTGACCCAAAGGCGGTCCAGTATGTGCGTA
ATGACCGTGGTACACCCATGGTATTAGACAACAACTACTACCGTAACATCCTAGACAACA
AGGGTTTGCTCCTTGTGGACCACCAGCTCGCACACGACAAACGAACCAGACCAATTGTTA
AGAAGATGGCTAAGGACCAGGCTTACTTCTTCAAGGAGTTTACTAGAGCCATCCAGATCT
TGTCTGAGAACAACCCTTTGACTGGTTCCAAGGGTGAGATCAGGAAGCAGTGCAATCTCG
CAAACAAGATTCACTGAGATTGCAAAGAGTGACAAGGGAGAGAGAGAGCCTCTATGTGTT
TTGGGTTCTTTCTGCACTTTCTTGGCATCGAACCAAGATGAATAATATTATATTTTAAGA
AGTTAAAAATGAAATGAAGGGTGATGATGATGATGTACGCATCATAGTGGTGACCACATA
TGCACTTTTCTTTTTGTGTGTTGTTTTAGCCTTAATGCTTTAATTATGGTGGTAGTCGCC
TTTTGAGTTAATTAATCTGTATGTTGTTTCTTTGTTGATTTTGGGTTTGTGGTGGGGTTG
ATGATGGAATGGATGTATGATATGATGAACTGTGTGTTATGTAATAATAAGTGGTGAAAT
CGC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7042Contig1 884 2 6 U
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TTTGTCATTTTCGGAGCTAGGGTTTCCGTCTCTGAATCTATTTCAATGTGAAAATTTTGA
TCTTAAATTATTTTTGTATAATTAATTTATGGGGTAATTTCTGGTACGTCATCTGGGTTT
CAATTGTGTTTGTTTGTTTCTTCTTTAAAGTAGATTGGTGTAATGATGAAGGAAACTGAT
TCATGTGAGAAACAGAAAAGTCTATCATCATTACTAACTTTTTCTCGTTTTTCTGTTCTA
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ATTATAGTAGCATTAAAAGAGTAGATCTATTGATGGTCATAATCAATGATGAGGAATCAG
TTTCAGTTTCAGATCCGTCTGTTTACAAGAAACTAAACAGATCTACTAGATCTGAATCTT
CAAACAACTACGACTGTATATACATATACACATTTACTAGTCTAGGGTTTCTTCATTCCA
ACTCTCAAAATAAATAATTATACTACAACTCCAACATAATTTGTCTTATTCCTTTTGTGA
CTGATATGCATTATTTCTACTCACTTTCTTATACTTTTCCTTCTGCAGTACTTCAAGCAT
ATGGAGGATCAAGGAACTCGATTTTCTTTTTCTCATTTTGAATATTTCTAATGTCGCAAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F264TF U 1
AF RR1F264JQ C 100
BS 1 738 RR1F264TF
BS 739 739 RR1F264JQ
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TCATGTGAGAAACAGAAAAGTCTATCATCATTACTAACTTTTTCTCGTTTTTCTGTTCTA
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ATTGAGAATGTCATTTTT*ACTAACAGCTGTTTTGA*TGCTACTCTT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1F264JQ 785 0 0
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TCTGGTACGTCATCTGGGTTTCAATTGTGTTTGTTTGTTTCTTCTTTAAAGTAGATTGGT
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TTTTCTCGTTTTTCTGTTCTAGCTATGATTTTGTAATGATAAGTTTTGTTGTTTGTTTAT
TGTATGATGATGTCAGTACGAATTATAGTAGCATTAAAAGAGTAGATCTATTGATGGTCA
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ACTTT

QA 1 785 1 785
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAGATAGGAAGCAAAATCGCTGGAGAGAAATGAAACTTTAGAATCTGGTTTAATGATAAA
GAGAAGTAAACACTTCAATCTGGCCTTTACTCTATTTTTTGCATAATTAAATCAAAAACA
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TACTCGGCAGTCTTGGTCTTGAATTCTTCCAGTAAATCCTCGATGCTCTTCACCGAGTGG
GCTGCACTGTCTCTTATCCGTACACTCACCTGTCCTGTAGCAGCTTCGGTTTCACCAACC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ96JQ U 28
AF RR1B154TF C 1
BS 1 27 RR1B154TF
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BS 692 823 RR1B154TF

RD RR1CZ96JQ 664 0 0
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TACTCTATTTTTTGCATAATTAAATCAAAAACAAAACAGTATTCATCAAAATAAAATCAA
ACTTGAACTTTTAAGAGTCTGATCTCTCATTGATACTCGGCAGTCTTGGTCTTGAATTCT
TCCAGTAAATCCTCGATGCTCTTCACCGAGTGGGCTGCACTGTCTCTTATCCGTACACTC
ACCTGTCCTGTAGCAGCTTCGGTTTCACCAACCACAAGTATGTAGTTGTACTGCGCAAGC
TGAGCTTCTCGCACCTTTTTATCAATCTTTCTGTCAGTTATGTCAGCATCCACGTAGTAC
CCAGCGTCATGAATTTGGGCTTTCACCTTCAAAGCATACTCCTCAGACTTCTTCGATATA
GGGCACACTATGGCCTGTCGCGGACTTAACCAGAACGGCCATTTCCCTTTGTAGTGCTCC
AGTAAGATGGCGAACATGCGTTCCACAGATCCCAGCACAGCTCTGTGTATCATCACAGGC
CTGTTCCTCTTCGCTTCGTCGTCACCTGAGTACTCCAGTTTGAAGCGATCAGGAAGTTGA
AAGTCAAGCTGTAAAGTAGCACACTGGAACTTCCTGTTCAGCGCATCAGAGACAGTTATA
TCTA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1B154TF 823 0 0
AAGATAGGAAGCAAAATCGCTGGAGAGAAATGAAACTTTAGAATCTGGTTTAATGATAAA
GAGAAGTAAACACTTCAATCTGGTCTTTACTCTATTTTTTGCATAATTAAATCAAAAACA
AAACAGTATTCATCAAAATAAAATCAAACTTGAACTTTTAAGAGTCTGATCTCTCATTGA
TACTCGGCAGTCTTGGTCTTGAATTCTTCCAGTAAATCCTCGATGCTCTTCACCGAGTGG
GCTGCACTGTCTCTTATCCGTACACTCACCTGTCCTGTAGCAGCTTCGGTTTCACCAACC
ACAAGTATGTAGTTGTACTGCGCAAGCTGAGCTTCTCGCACCTTTTTATCAATCTTTCTG
TCAGTTATGTCAGCATCCACGTAGTACCCAGCGTCATGAATTTGGGCTTTCACCTTCAAA
GCATACTCCTCAGACTTCTTCGATATAGGGCACACTATGGCCTGTCGCGGACTTAACCAG
AACGGCCATTTCCCTTTGTAGTGCTCCAGTAAGATGGCGAACATGCGTTCCACAGATCCC
AGCACAGCTCTGTGTATCATCACAGGCCTGTTCCTCTTCGCTTCGTCGTCACCTGAGTAC
TCCAGTTTGAAGCGATCAGGAAGTTGAAAGTCAAGCTGTAAAGTAGCACACTGGAACTTC
CTGTTCGGCGCATCAGAGACAGTTATATCTATCTTAGGGCCATAAAAGGCACCATCTCCT
TCGTTCAACTGCCATGTCTTTCCAAAGGCATCTAGGGCAACTTTGAGATCGTTTTCAGCT
TTATCCCATGTCGCCAAATCTCCAAGGTACTTTTCTGGCCTCC

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 2

CO CL7045Contig1 681 2 3 U
TTCCCTCCTTGCAAGATTTTAACAAGCCAAACAGCATTTTGGCTCCAGTTTGTTTTTTTT
TCATAGTGCATATATAGCTTTTATCTCTACAAACAAACTCAACCCAAAACAAAAAAGGAA
AAGAAAGGGATGAGAAGAGAGACAAGTAGGTACATAAAGAGAGAGCCAACGTGTAATTGT
CAAGATTCAAGCTTTAGAGATACAACTCGAGACTGTCGATTGCGCTTAGCCGCCTTAACA
AAGACTACCGAGAGACAAGACGGTGCCCACCATGGCCTTCGAACTCTCTGCTCGCCTTTC
AAGCAAGCCACTTTGATCCTTCTGAGTTCTTTACAGAGAGTGATGAAGTCTCCCCATTTC
ATGTGATGCCTCCTTATGAAGTGAAGGATCTGTTCGGTTGTAAACACAGACATGCTTTCT
AGATATTCTCCATTGACGCCGTTTTCTTTGAAAATCAAGCGGTAGCTCCCAAGGTTGATT
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GGATGATGATGATGATCTCTGCTGCTCATAGTAGTCGTCTCCTCGAGGAGACAGCTGTTA
AAGATCTGAAATTCAAGCTTTGATTTTTAGGGTTTCAATAGCGAGCGAGAGAGAGAGGAG
ACGATGATAGGTTGGGGACCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA17TF C 1
AF RR1EA17JQ U 2
BS 1 1 RR1EA17TF
BS 2 666 RR1EA17JQ
BS 667 681 RR1EA17TF

RD RR1EA17TF 681 0 0
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*CATAGTGCATATATAGCTTTTATCTCTACAAACAAACTCAACCCAAAACAAAAAAGGAA
AAGAAAGGGATGAGAAGAGAGACAAGTAGGTACATAAAGAGAGAGCCAACGTGTAATTGT
CAAGATTCAAGCTTTAGAGATACAACTCGAGACTGTCGATTGCGCTTAGCCGCCTTAACA
AAGACTACCGAGAGACAAGACGGTGCCCACCATGGCCTTCGAACTCTCTGCTCGCCTTTC
AAGCAAGCCACTTTGATCCTTCTGAGTTCTTTACAGAGAGTGATGAAGTCTCCCCATTTC
ATGTGATGCCTCCTTATGAAGTGAAGGATCTGTTCGGTTGTAAACACAGACATGCTTTCT
AGATATTCTCCATTGACGCCGTTTTCTTTGAAAATCAAGCGGTAGCTCCCAAGGTTGATT
TCCTCAAGCCAAGATCCAACATCCTCAACAGTCCAGATGAAGAAATCAAGAGGCTCGGGT
GGATGATGATGATGATCTCTGCTGCTCATAGTAGTCGTCTCCTCGAGGAGACAGCTGTTA
AAGATCTGAAATTCAAGCTTTGATTTTTAGGGTTTCAATAGCGAGCGAGAGAGAGAGGAG
ACGATGATAGGTTGGGGACCC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1EA17JQ 665 0 0
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CATAGTGCATATATAGCTTTTATCTCTACAAACAAACTCAACCCAAAACAAAAAAGGAAA
AGAAAGGGATGAGAAGAGAGACAAGTAGGTACATAAAGAGAGAGCCAACGTGTAATTGTC
AAGATTCAAGCTTTAGAGATACAACTCGAGACTGTCGATTGCGCTTAGCCGCCTTAACAA
AGACTACCGAGAGACAAGACGGTGCCCACCATGGCCTTCGAACTCTCTGCTCGCCTTTCA
AGCAAGCCACTTTGATCCTTCTGAGTTCTTTACAGAGAGTGATGAAGTCTCCCCATTTCA
TGTGATGCCTCCTTATGAAGTGAAGGATCTGTTCGGTTGTAAACACAGACATGCTTTCTA
GATATTCTCCATTGACGCCGTTTTCTTTGAAAATCAAGCGGTAGCTCCCAAGGTTGATTT
CCTCAAGCCAAGATCCAACATCCTCAACAGTCCAGATGAAGAAATCAAGAGGCTCGGGTG
GATGATGATGATGATCTCTGCTGCTCATAGTAGTCGTCTCCTCGAGGAGACAGCTGTTAA
AGATCTGAAATTCAAGCTTTGATTTTTAGGGTTTCAATAGCGAGCGAGAGAGAGAGGAGA
CGATG

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL7046Contig1 820 2 2 U
GAACTCCAAAATCTTCCTTGTTGGACATTCTCAGGGGACTATCATGTCTTTTGCTGCTCT
TACTCAGCCACGTGTTGCGGAAATGGTTGAAGCAGCTGCGTTGCTTTGTCCAATATCGTA
TTTGGATCATGTCACAGCTCCACTTGTAGAAAGAATGGTTTTTATGCATCTCGATCAGAT
GGTCGTTGCTCTTGGCCTGCATCAAATAAACTTTCGAAGTGATACATTAGTTAAACTTGT
TGACTCATTATGCGAAGGGCATATGGATTGCACTGATTTCCTCTCATCCATAACAGGGAA
GAATTGTTGTTTCAATGCCTCGAGGATAGAATACTACCTAGATTACGAGCCTCACCCATC
ATCTGTGAAGAACTTGCGACATCTTTTCCAAATGATTCGGAAGGGGAGCTTTGCAAAATT
TGACTACGGCTTTCTTAAAAACATATTGACTTATGGGACATCAAAACCTCCGGAATTCGA
ACTTGGTCTCATTCCTGCATCATTACCTATGTGGATGGGGTACGGTGGAAGTGATCTCTT
AGCAGACGTGACAGATGTGGAACGTACTCTCGCCGAGCTACCTTCCAGACCAGAGTTGCT
ATACCTTGAGAATTATGGTCACACTGATTTTGTACTAAGCACAAGTGCCAAAGAAGATGT
GTATATGCACATGATTCAATTCTTCAGGGCAAGGAAAAAGTCCAGTAGTCGGTAAAAACT
ACTAACTGCAAGGCTGGACACATTTCATCTGTTATCTGTCTCCTACTTGATGTCGTGTGT
ACATATATGTATATTTATATTTCAAACTCAGTTGACTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FU53TF U 1
AF RR1FU53JQ C 39
BS 1 688 RR1FU53TF
BS 689 820 RR1FU53JQ

RD RR1FU53TF 705 0 0
GAACTCCAAAATCTTCCTTGTTGGACATTCTCAGGGGACTATCATGTCTTTTGCTGCTCT
TACTCAGCCACGTGTTGCGGAAATGGTTGAAGCAGCTGCGTTGCTTTGTCCAATATCGTA
TTTGGATCATGTCACAGCTCCACTTGTAGAAAGAATGGTTTTTATGCATCTCGATCAGAT
GGTCGTTGCTCTTGGCCTGCATCAAATAAACTTTCGAAGTGATACATTAGTTAAACTTGT
TGACTCATTATGCGAAGGGCATATGGATTGCACTGATTTCCTCTCATCCATAACAGGGAA
GAATTGTTGTTTCAATGCCTCGAGGATAGAATACTACCTAGATTACGAGCCTCACCCATC
ATCTGTGAAGAACTTGCGACATCTTTTCCAAATGATTCGGAAGGGGAGCTTTGCAAAATT
TGACTACGGCTTTCTTAAAAACATATTGACTTATGGGACATCAAAACCTCCGGAATTCGA
ACTTGGTCTCATTCCTGCATCATTACCTATGTGGATGGGGTACGGTGGAAGTGATCTCTT
AGCAGACGTGACAGATGTGGAACGTACTCTCGCCGAGCTACCTTCCAGACCAGAGTTGCT
ATACCTTGAGAATTATGGTCACACTGATTTTGTACTAAGCACAAGTGCCAAAGAAGATGT
GTATATGCACATGATTCAATTCTTCAGG
CAAGAAAAGTCCAGTAG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1FU53JQ 782 0 0
CTATCATGTCTTTTGCTGCTCTTACTCAGCCACGTGTTGCGGAAATGGTTGAAGCAGCTG
CGTTGCTTTGTCCAATATCGTATTTGGATCATGTCACAGCTCCACTTGTAGAAAGAATGG
TTTTTATGCATCTCGATCAGATGGTCGTTGCTCTTGGCCTGCATCAAATAAACTTTCGAA
GTGATACATTAGTTAAACTTGTTGACTCATTATGCGAAGGGCATATGGATTGCACTGATT
TCCTCTCATCCATAACAGGGAAGAATTGTTGTTTCAATGCCTCGAGGATAGAATACTACC
TAGATTACGAGCCTCACCCATCATCTGTGAAGAACTTGCGACATCTTTTCCAAATGATTC
GGAAGGGGAGCTTTGCAAAATTTGACTACGGCTTTCTTAAAAACATATTGACTTATGGGA
CATCAAAACCTCCGGAATTCGAACTTGGTCTCATTCCTGCATCATTACCTATGTGGATGG
GGTACGGTGGAAGTGATCTCTTAGCAGACGTGACAGATGTGGAACGTACTCTCGCCGAGC
TACCTTCCAGACCAGAGTTGCTATACCTTGAGAATTATGGTCACACTGATTTTGTACTAA
GCACAAGTGCCAAAGAAGATGTGTATATGCACATGATTCAATTCTTCAGGGCAAGGAAAA
AGTCCAGTAGTCGGTAAAAACTACTAACTGCAAGGCTGGACACATTTCATCTGTTATCTG
TCTCCTACTTGATGTCGTGTGTACATATATGTATATTTATATTTCAAACTCAGTTGACTT
CC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

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ACTAAGGTCGATGCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAACTCGTTGAAGCCGAGACTAAGCCA
CCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATGATGATTTTAATCCATATTTGCAATGC
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AAAAATGTTTTCTCT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC44TF U 1
AF RR1CC44JQ C 5
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BS 666 675 RR1CC44JQ

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GGTGCCGTCAATAGAGTCCTAGGCAAAATGGAAGGCGTTGAGTCATTTGACATTGATATC
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TCTAAGACTGGAAAGAATACTTCTTACTGGCCCGTGGAGGCTGAGGTTGAGCCTAAGGAC
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AAAAA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1CC44JQ 671 0 0
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TATTATCCTATGTTTATCTGTTGTTGTAAGAACTAAAAAATGTATCCGATTTACTAAAAA
ATGTTTTCTCT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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GGATAACTAATGGTTATAATAAGATCGAATTAAAGCTTTATTGTATTTGATCATCTTGAT
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ATTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 

AF RR1AR45JQ C 1
AF RR1AR45TF U 1
BS 1 664 RR1AR45TF

RD RR1AR45JQ 664 0 0
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GGATAACTAATGGTTATAATAAGATCGAATTAAAGCTTTATTGTATTTGATCATCTTGAT
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ATTC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1AR45TF 664 0 0
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TTATGACTGAATTGAAAATGGAGGTAGAGAGCAAGAAGGCTATGAGTGAGTTGCAAATGG
AGGAGGTAGAGACCAATCCCTCTTCGCAAGAGTCTCTCCCGAAGCCTCAATCCATGTACA
GGTGTAAGAAATGCAGAAGAATAGTGGCTATTGAGGAAAAATTGTTCCTCATGAACCAGG
GAAAGGTGAAGAATGCTTTGCTTGGAAAAAGAGAAGCGGTAACTATGCTGAACAAGTGCA
ATGCTCTTCCATCTTTGTCGAGCCTATGAAATGGATGCAAACTATACATGATGGAACTGT
TGAAGAGAAGCTTCTTTGTTTGGGATGTAACGCCCGGTTAGGTTATTTCAACTGGGCTGG
CATGCAATGTAGCTGTGGCGCCTGGGTTAATCCCGCTTTCCAGCTCCATAAAAGCCGATT
AGACGAGTGTAAGTCCGAGCCAAACCCAAATCAGGCAGCTGTATGAAACCAAATTTTCTT
GGATAACTAATGGTTATAATAAGATCGAATTAAAGCTTTATTGTATTTGATCATCTTGAT
GTGTTTTTCATTTGATAAATCCAACAAAAGTTCATTAGCTTAATGTTACAACTATATTAA
ATTC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL7049Contig1 1017 2 2 U
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GTTGAAGAGTGTATGTATACATCAATTGTTCCTGATCCGGATCTTGTAATAAGATCAGGA
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AGTCCCCAGCCGCAGCATGAACTCTTACCATCTATGTTGGAGTTACATGTTTCTTGTGGC
ACAAGAAACTATAAATATGAACAAGAAAACAGAAAAAAATCATTCTTATTATGTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FN19TF U 1
AF RR1FN19JQ C 214
BS 1 594 RR1FN19TF
BS 595 1017 RR1FN19JQ

RD RR1FN19TF 594 0 0
GGACTATGAAAAAAAATAAAACCTAAGTGTTCTCCAATTCTCCATTCCCATAACCATATA
AGCCGAGATGAATACCCGAGAAGAAGTAGATTCGCCAAGAAACACAATCTTCAAGGCCTA
GACGCAGGACACAGAGCCGGTTTCGTGTCCGTAACATATGTTCTTCAGTACTGCCAAGAG
ATTGGTGTACCCTACGTCACGCTCTACGCCTTTGGTATCGATAATTTCAAGAGAGAACCC
GAAGAAGTCAAGTGTATGATGGATCTAATGCTGGAGAAAATCGAGTTCACTATCGATCAA
GCCATCTCCGGGAATCTAAAAGATTTGAAAGTGATATTTGCTGGTGATTTGAATTTGGTA
AACGAGCGTCTTAAAGCCGCAGCTCAGAGACTGATGGAACTTACCGAGGAGAATAGGGGG
TTAGTGGTTGTGGTTATCGTTGCGTACAGTACAAGTCACGAGATTGTTCAGGCTATTAGA
GAATCTTGTGTTAGGAAGTGTGAGGGTGGAGATAGTCCTCAGGTTTTGGAGGTGAGTGAT
GTTGAAGAGTGTATGTATACATCAATTGTTCCTGATCCGGATCTTGTAATAAGA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1FN19JQ 804 0 0
GGTATCGATAATT*CAAGAGAGAACCCGAAGAAGTCAAGTGTATGATGGATCTAATGCTG
GAGAAAATCGAGTTCACTATCGATCAAGCCATCTCCGGGAATCTAAAAGATTTGAAAGTG
ATATTTGCTGGTGATTTGAATTTGGTAAACGAGCGTCTTAAAGCCGCAGCTCAGAGACTG
ATGGAACTTACCGAGGAGAATAGGGGGTTAGTGGTTGTGGTTATCGTTGCGTACAGTACA
AGTCACGAGATTGTTCAGGCTATTAGAGAATCTTGTGTTAGGAAGTGTGAGGGTGGAGAT
AGTCCTCAGGTTTTGGAGGTGAGTGATGTTGAAGAGTGTATGTATACATCAATTGTTCCT
GATCCGGATCTTGTAATAAGATCAGGAGGAATAGATCGGCTGAGTGATTTCATGACTTGG
CAGAGTTCAAGGTCTCTTCTTCATACCACGGCAGCTCTCTGGCCGGAGTTAGGTCTTTGG
CATTTGGTTTGGGCCATTCTTAAATTCCAGAGGATGCACGATTACTTGCAGAAGAAGCAA
AAGCTCGATTAAATAGGTTTAAGTTAAACCCTAGCAGAACGGACTTGAGAAATAAATTGT
TTTTACTAAGTAGATGCATAAAACCCATATATACTAGTTCTTAGAAATTTAGAAATTAAG
ACGAATGTTTCATTAGGTTAGAGCACCAGTCCCCAGCCGCAGCATGAACTCTTACCATCT
ATGTTGGAGTTACATGTTTCTTGTGGCACAAGAAACTATAAATATGAACAAGAAAACAGA
AAAAAATCATTCTTATTATGTATC

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL7050Contig1 778 2 2 U
GGACGGCGGTGTAGAACCCTAATTCTCTGCCTCCTTTCGCCGCCGACTCTAGAGTTATGA
AGGTGTTTCATCTAGACGGCGAAAACACACTCTCTGTTTCTCTCTTCTCCGATGTTACTA
ACTCCAAGGAGCTCTTGAACTCGATTCTAGATGGAAGTCTGAAGCTTGAAGTCTCATTTC
TCAATGCCTTACTCATACCAGATGTTTTCCCTCTCTTAGCTGCCGCTCAGAAAGCACTCG
TCTCCAAATCACGTGATTCGTTATCAACACGAACTCTTCATTCTGAGTTGGTCTACAACT
ACTCCGGCTCTAAACATATTACAGAATCGTTGAAACGATGTGGGATATCCGAGACTACTA
CTTACATTCTAGCTGCCCGGTTCAATGCTTCTCCCCTTGAGATGGAGGAGGTGGCGAAAT
TGATCAACGGGAAGGAGATTGACTTGGAGGAGTTAAAGACGCAAGCTAATCAAGCCCATA
TTCTAAAGCATTACAAGATAACTAGCCAAGAACTTGGGATCTCCTCTCTCGGTGATGCCA
TTGTTTGCCGGATCGCTGCACGCGACGCTTTGTAAAACAAGACATCTTTCTTTGTTTATT
TCTTTTTGTCATTACATTGTGTTCTTACGTCAGACCAAATATGGGTTTCTTAACCTCTTT
ATTCTCTGTCGTATGATTTAATTAGAACAAGAATCTTGCTCACGTTGGACAAGCCAAGCC
ACTATCACTCTCCTGTTGCAACTTAACTATAAAACACGCAACAAATTTTTAATCTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR1AA17TF U 1
AF RR1AA17JQ C 56
BS 1 711 RR1AA17TF
BS 712 778 RR1AA17JQ

RD RR1AA17TF 711 0 0
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AGGTGTTTCATCTAGACGGCGAAAACACACTCTCTGTTTCTCTCTTCTCCGATGTTACTA
ACTCCAAGGAGCTCTTGAACTCGATTCTAGATGGAAGTCTGAAGCTTGAAGTCTCATTTC
TCAATGCCTTACTCATACCAGATGTTTTCCCTCTCTTAGCTGCCGCTCAGAAAGCACTCG
TCTCCAAATCACGTGATTCGTTATCAACACGAACTCTTCATTCTGAGTTGGTCTACAACT
ACTCCGGCTCTAAACATATTACAGAATCGTTGAAACGATGTGGGATATCCGAGACTACTA
CTTACATTCTAGCTGCCCGGTTCAATGCTTCTCCCCTTGAGATGGAGGAGGTGGCGAAAT
TGATCAACGGGAAGGAGATTGACTTGGAGGAGTTAAAGACGCAAGCTAATCAAGCCCATA
TTCTAAAGCATTACAAGATAACTAGCCAAGAACTTGGGATCTCCTCTCTCGGTGATGCCA
TTGTTTGCCGGATCGCTGCACGCGACGCTTTGTAAAACAAGACATCTTTCTTTGTTTATT
TCTTTTTGTCATTACATTGTGTTCTTACGTCAGACCAAATATGGGTTTCTTAACCTCTTT
ATTCTCTGTCGTATGATTTAATTAGAACAAGAATCTTGCTCACGTTGGACA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1AA17JQ 723 0 0
TATGAAGGTGTTTCATCTAGACGGCGAAAACACACTCTCTGTTTCTCTCTTCTCCGATGT
TACTAACTCCAAGGAGCTCTTGAACTCGATTCTAGATGGAAGTCTGAAGCTTGAAGTCTC
ATTTCTCAATGCCTTACTCATACCAGATGTTTTCCCTCTCTTAGCTGCCGCTCAGAAAGC
ACTCGTCTCCAAATCACGTGATTCGTTATCAACACGAACTCTTCATTCTGAGTTGGTCTA
CAACTACTCCGGCTCTAAACATATTACAGAATCGTTGAAACGATGTGGGATATCCGAGAC
TACTACTTACATTCTAGCTGCCCGGTTCAATGCTTCTCCCCTTGAGATGGAGGAGGTGGC
GAAATTGATCAACGGGAAGGAGATTGACTTGGAGGAGTTAAAGACGCAAGCTAATCAAGC
CCATATTCTAAAGCATTACAAGATAACTAGCCAAGAACTTGGGATCTCCTCTCTCGGTGA
TGCCATTGTTTGCCGGATCGCTGCACGCGACGCTTTGTAAAACAAGACATCTTTCTTTGT
TTATTTCTTTTTGTCATTACATTGTGTTCTTACGTCAGACCAAATATGGGTTTCTTAACC
TCTTTATTCTCTGTCGTATGATTTAATTAGAACAAGAATCTTGCTCACGTTGGACAAGCC
AAGCCACTATCACTCTCCTGTTGCAACTTAACTATAAAACACGCAACAAATTTTTAATCT
GGG

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL7051Contig1 403 2 3 U
TCTGATGCTAAGTACAAAGAGATCAGCGGACAGAACATCTTCGCACCGCCACCTGAGATC
AAACCTCGGTCCGGAGCCACTCGTGCGTTGGCTCTAAAGGACAACTTCAACCTCGGAGCT
GAATCTCAGACCTCTGGTGAAGAAGACTCTTCTGTGAAGACGGCGAAGAAGATATACGAC
AAGAAGTTTGCAGAGCTTTCAGGGAATGATATATTCAAGGGAGATGCTGGTGCTGCTGGA
GCGACGTCGTCTTGTGGTGAGAAGCAGCTGAGTGAAGCGAAGCTAAAGGAGATAGGAGGG
AACAACATATTCGCTGATGGGAAGGTAGAGTCCAGAGACTATCTAGGAGGTGTCCGTAAA
CCACCGGGTGGTGAGACAAGCATTGCTCTCGTTTAGAATCAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B507TF U 94
AF RR1B507JQ C 1
BS 1 93 RR1B507JQ
BS 94 259 RR1B507TF
BS 260 403 RR1B507JQ

RD RR1B507TF 166 0 0
CTAAAGGACAACTTCAACCTCGGAGCTGAATCTCAGACCTCTGGTGAAGAAGACTCTTCT
GTGAAGACGGCGAAGAAGATATACGACAAGAAGTTTGCAGAGCTTTCAGGGAATGATATA
TTCAAGGGAGATGCTGGTGCTGCTGGAGCGACGTCGTCTTGTGGTG

QA 1 166 1 166
DS 

RD RR1B507JQ 403 0 0
TCTGATGCTAAGTACAAAGAGATCAGCGGACAGAACATCTTCGCACCGCCACCTGAGATC
AAACCTCGGTCCGGAGCCACTCGTGCGTTGGCTCTAAAGGACAACTTCAACCTCGGAGCT
GAATCTCAGACCTCTGGTGAAGAAGACTCTTCTGTGAAGACGGCGAAGAAGATATACGAC
AAGAAGTTTGCAGAGCTTTCAGGGAATGATATATTCAAGGGAGATGCTGGTGCTGCTGGA
GCGACGTCGTCTTGTGGTGAGAAGCAGCTGAGTGAAGCGAAGCTAAAGGAGATAGGAGGG
AACAACATATTCGCTGATGGGAAGGTAGAGTCCAGAGACTATCTAGGAGGTGTCCGTAAA
CCACCGGGTGGTGAGACAAGCATTGCTCTCGTTTAGAATCAAT

QA 1 403 1 403
DS 



AS 1 2

CO CL7052Contig1 786 2 8 U
GGCAGAACCAGCTCCTCTTTTATATATATAGTTTGATCAAAAGAACATATAATATACAAG
ATGAAACATAAAATCCCAACAAACAAAAAAGAAAGAAATGTAACCCTCTTATAAAACATC
AAAGAAACCTGTTTTCACCAAGCTACCTCTCTCACTCGTTCATGCTGAGGAATCTCTCTA
ACAAGTCTTTTCCGTTTTGTCTGACAAATCAATCAAATCCATATTATCTTTTTCTTTCCT
AGTCATTTGATGATTTATTTTATCCATTCTAAGCAGAAACAAATCCTCCTCCCACACTGT
TCTTGGGTTGCATCCGCAGGCCGGTACCTTTTGGTTGAGGAATTTGATCGACAAAGAAAC
ATGCGGCGATGATGACATAGCACATCACTAGGACAAGTCCCTTCATGTAATGAGATGTTC
CATCCTGTAAAGTGAATGCTGTGATGATAATTGACAGGGCTAGACAGCTTGTTTCAAGGA
TGTTGAAGTTGAGATCCATTTTGACTCCCATGATCCACGCAACAATAACACTCAAAGGGA
CCACAAACAAAGAAATCTGAGTTGCAGAGCCCAAGGCCACCCCTAGAGATATATCAAGCT
TGTTCTTGAATGCGAAGATGATGGCTCCAGCATGCTCAGCCGCATTTCCAACAATGGGAA
GCAATATGATGCTTATGAAACTCACTGATAGTCCCCATGAGTCCGATGCGTCCTCGATCG
TGGCCACAACATACTCTGATAGCAATGCGATGACGAGTGTCATCCCAGCGAGCCAAGTAA
ATCCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV89JQ U 1
AF RR1FQ88JQ U 35
BS 1 453 RR1BV89JQ
BS 454 454 RR1FQ88JQ
BS 455 504 RR1BV89JQ
BS 505 505 RR1FQ88JQ
BS 506 527 RR1BV89JQ
BS 528 528 RR1FQ88JQ
BS 529 702 RR1BV89JQ
BS 703 786 RR1FQ88JQ

RD RR1BV89JQ 702 0 0
GGCAGAACCAGCTCCTCTTTTATATATATAGTTTGATCAAAAGAACATATAATATACAAG
ATGAAACATAAAATCCCAACAAACAAAAAAGAAAGAAATGTAACCCTCTTATAAAACATC
AAAGAAACCTGTTTTCACCAAGCTACCTCTCTCACTCGTTCATGCTGAGGAATCTCTCTA
ACAAGTCTTTTCCGTTTTGTCTGACAAATCAATCAAATCCATATTATCTTTTTCTTTCCT
AGTCATTTGATGATTTATTTTATCCATTCTAAGCAGAAACAAATCCTCCTCCCACACTGT
TCTTGGGTTGCATCCGCAGGCCGGTACCTTTTGGTTGAGGAATTTGATCGACAAAGAAAC
ATGCGGCGATGATGACATAGCACATCACTAGGACAAGTCCCTTCATGTAATGAGATGTTC
CATCCTGTAAAGTGAATGCTGTGATGATAATTGCCAGGGCTAGACAGCTTGTTTCAAGGA
TGTTGAAGTTGAGATCCATTTTGATTCCCATGATCCACGCAACAATAGCACTCAAAGGGA
CCACAAACAAAGAAATCTGAGTTGCAGAGCCCAAGGCCACCCCTAGAGATATATCAAGCT
TGTTCTTGAATGCGAAGATGATGGCTCCAGCATGCTCAGCCGCATTTCCAACAATGGGAA
GCAATATGATGCTTATGAAACTCACTGATAGTCCCCATGAGT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1FQ88JQ 752 0 0
GATCAAAAGAACATATAATATACAAGATGAAACATAAAATCCCAACAAACAAAAAAGAAA
GAAATGTAACCCTCTTATAAAACATCAAAGAAACCTGTTTTCACCAAGCTACCTCTCTCA
CTCGTTCATGCTGAGGAATCTCTCTAACAAGTCTTTTCCGTTTTGTCTGACAAATCAATC
AAATCCATATTATCTTTTTCTTTCCTAGTCATTTGATGATTTATTTTATCCATTCTAAGC
AGAAACAAATCCTCCTCCCACACTGTTCTTGGGTTGCATCCGCAGGCCGGTACCTTTTGG
TTGAGGAATTTGATCGACAAAGAAACATGCGGCGATGATGACATAGCACATCACTAGGAC
AAGTCCCTTCATGTAATGAGATGTTCCATCCTGTAAAGTGAATGCTGTGATGATAATTGA
CAGGGCTAGACAGCTTGTTTCAAGGATGTTGAAGTTGAGATCCATTTTGACTCCCATGAT
CCACGCAACAATAACACTCAAAGGGACCACAAACAAAGAAATCTGAGTTGCAGAGCCCAA
GGCCACCCCTAGAGATATATCAAGCTTGTTCTTGAATGCGAAGATGATGGCTCCAGCATG
CTCAGCCGCATTTCCAACAATGGGAAGCAATATGATGCTTATGAAACTCACTGATAGTCC
CCATGAGTCCGATGCGTCCTCGATCGTGGCCACAACATACTCTGATAGCAATGCGATGAC
GAGTGTCATCCCAGCGAGCCAAGTAAATCCGC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL7053Contig1 634 2 4 U
GTTTTGCACATTTTTAAAAATGTAGAAGTAACCTCAGAAGTACAATAAGAAGACAACACA
CTGATTATTGATCTGACGTGGACTCATCATATCACCATGTCAAAGATCATCCATGTGTTA
AAATTTAAAAACATTATTCTGCGTACTTAACTCAGTGTTAAGTTGCTAGTTAGATATACT
AAGTCAAACCCACAATGCACCAGCCCGCTTAAGCATCGGGATTAAGGATCCGTTAAGGTG
TAGACTCATGACCTCATTGGCTCCACCGACCAACTCTCCGCCAATAAAAACAGCCGGAAC
CGCTGGGCTACACCCGAGCCGCAACAGCGCCTGCTCAATCTCCCTCCCTCTAGACACCTC
GTCTAACTCGTAAACCGCTGGATTCGCTCCAAAATCACAGAGCAAAGTCTTGACCGTGTG
AGACATACAACATGAGCTTTTGCTGTATATCACCACTGGTCTCTCCAACACCATCTTCGT
TATCATCTCCATTGTTGTTTTCGATGGTATCCAACTATTTAGATTTCTTCTTTACGTTGT
TTTTCAACAAGTTTAATAATCAAAAGAAAATATCGAAAAGATTTAAGGGGAAAACAAAGT
AAAACTCTTGATTGGACTTGAAGAATAAGGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AX58TF C 1
AF RR1AX58JQ U 6
BS 1 5 RR1AX58TF
BS 6 19 RR1AX58JQ
BS 20 20 RR1AX58TF
BS 21 634 RR1AX58JQ

RD RR1AX58TF 634 0 0
GTTTTGCACATTTTTAAAAATGTAGAAGTAACCTCAGAAGTACAATAAGAAGACAACACA
CTGATTATTGATCTGACGTGGACTCATCATATCACCATGTCAAAGATCATCCATGTGTTA
AAATTTAAAAACATTATTCTGCGTACTTAACTCAGTGTTAAGTTGCTAGTTAGATATACT
AAGTCAAACCCACAATGCACCAGCCCGCTTAAGCATCGGGATTAAGGATCCGTTAAGGTG
TAGACTCATGACCTCATTGGCTCCACCGACCAACTCTCCGCCAATAAAAACAGCCGGAAC
CGCTGGGCTACACCCGAGCCGCAACAGCGCCTGCTCAATCTCCCTCCCTCTAGACACCTC
GTCTAACTCGTAAACCGCTGGATTCGCTCCAAAATCACAGAGCAAAGTCTTGACCGTGTG
AGACATACAACATGAGCTTTTGCTGTATATCACCACTGGTCTCTCCAACACCATCTTCGT
TATCATCTCCATTGTTGTTTTCGATGGTATCCAACTATTTAGATTTCTTCTTTACGTTGT
TTTTCAACAAGTTTAATAATCAAAAGAAAATATCGAAAAGATTTAAGGGGAAAACAAAGT
AAAACTCTTGATTGGACTTGAAGAATAAGGTTTT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1AX58JQ 629 0 0
GCACATTTTTAAAA*TGTAGAAGTAACCTCAGAAGTACAATAAGAAGACAACACACTGAT
TATTGATCTGACGTGGACTCATCATATCACCATGTCAAAGATCATCCATGTGTTAAAATT
TAAAAACATTATTCTGCGTACTTAACTCAGTGTTAAGTTGCTAGTTAGATATACTAAGTC
AAACCCACAATGCACCAGCCCGCTTAAGCATCGGGATTAAGGATCCGTTAAGGTGTAGAC
TCATGACCTCATTGGCTCCACCGACCAACTCTCCGCCAATAAAAACAGCCGGAACCGCTG
GGCTACACCCGAGCCGCAACAGCGCCTGCTCAATCTCCCTCCCTCTAGACACCTCGTCTA
ACTCGTAAACCGCTGGATTCGCTCCAAAATCACAGAGCAAAGTCTTGACCGTGTGAGACA
TACAACATGAGCTTTTGCTGTATATCACCACTGGTCTCTCCAACACCATCTTCGTTATCA
TCTCCATTGTTGTTTTCGATGGTATCCAACTATTTAGATTTCTTCTTTACGTTGTTTTTC
AACAAGTTTAATAATCAAAAGAAAATATCGAAAAGATTTAAGGGGAAAACAAAGTAAAAC
TCTTGATTGGACTTGAAGAATAAGGTTTT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

CO CL7054Contig1 779 2 2 U
GGAAACCAACCTTCTGAGATTTCGCCGGAACGAGAGAAGAGAGAGAGAGAGATCTAACGG
TCGAGATGTTCCTTCGCGCAATCGGACGGCCACTACTGGCTAAAGTGAAGCAGACGACGG
GGATCGTCGGCCTCGACGTCGTGCCGAACGCGAGGGCGGTGCTGATCGATCTCTACAGCA
AAACCCTAAAGGAGATCCAAGCCGTGCCGGAGGACGAAGGATACCGCAAAGCGGTGGAAT
CGTTCACGCGCCACCGTCTCAGCGTGTGCAAAGAAGAGGAAGACTGGGAGGCGATCGAGA
AGCGTCTCGGCTGCGGTCAAGTCGAGGAGCTCATCGAAGAGGCGCAGGACGAGCTCACGC
TCATCGTAAGATGATCGAATGGGACCCTTGGGGTGTTCCAGATGACTACGAGTGTGAAGT
AATTGAGAACGATGCACCGATTCCAAAGCACGTTCCTCAACACCGACCTGGTCCTCTTCC
TGAGGATTTCTACAGAACCCTTGAAGGTCTGATTTCAGAGTCCAAAGCAAAAATCCCAGC
TGCTGCTGCTGCTGCTACTGCCTCCACTGATCCGCAGTTGAAGGAGTAACTTCCAGTTTT
TTCACATTGTTTGTTTGTGTACTTGTTTGCTTTGTTTGGCTACTGTTCAGAGACAGCGAG
CCTCTGAAATAAACTGGTTTATAATAATCTTTGAAAACTAGAACAATGTCACTCGTTTCA
TAAATGTTTTTTTATCTTTCTTCTCAAAGAACCTATGATAATACAAATGATGTTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FA65TF U 1
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BS 680 779 RR1FA65JQ

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CCTCTGAAATAAACTGGTT

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DS 

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QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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TCGTGG


BQ
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20 20 20 10 10 10 

AF RR1GM93JQ C 1
AF RR1GM93TF U 1
BS 1 663 RR1GM93TF
BS 664 666 RR1GM93JQ

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QA 1 666 1 666
DS 

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GCTGTAAATGGATCCTGAGGTTATAACACTCTGGACTTGTTAGTTGGCTGTGGACGGAAG
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GAAAAGAAAAAAAAACTTAGAAGTCTCTGGTCTTGTCAAAATTGCATATTGTAAGAAACA
CCATATGGTCTATCAGCAACTAACTCTGTTTTTTCTTCTAAATTCAAGTTCCTAGTGGTT
TCG

QA 1 663 1 663
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL7058Contig1 886 2 8 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E545TF U 1
AF RR1E545JQ C 44
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GCAGGAATGTCTTGACCCAATTCTGGGGTATGGACTTCACCACCGATAAGCTGAGGTCAT
TGGTGAAAAAGTGGCGGACATTGATTGAAGCCCATGTCGATGTGAAGACCCCTGACAGTT
ACACCTTGAGGTTGTTCTGCATTGGTTTCACCAAGAGGCGTGCTAACCAGGTCAAGCGTA
CTTGTTATGCTCAATCCAGCCAAATCCGCCAGATCCGCAGGAAGATGAGTGAAATCATGG
TGAAGGAGGCTTCATCTTGTGACCTTAAGGAGCTTGTCGCCAAGTTCATCCCTGAGTCCA
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A*GAGCCAACCGAAATCATCAGAGCTTAGAGGAT*ATAGATTTGTTTCCTTTTCA

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DS 

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TT
TTTCAAGGACTCAGGGTACCAAGATG**CTCTGAGGGAT*GAAACACAGGGTTTTTGAGG
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CTGAAGATGTCCAAGGCAGGAATGTCTTGACCCAATTCTGGGGTATGGACTTCACCACCG
ATAAGCTGAGGTCATTGGTGAAAAAGTGGCGGACATTGATTGAAGCCCATGTCGATGTGA
AGACCCCTGACAGTTACACCTTGAGGTTGTTCTGCATTGGTTTCACCAAGAGGCGTGCTA
ACCAGGTCAAGCGTACTTGTTATGCTCAATCCAGCCAAATCCGCCAGATCCGCAGGAAGA
TGAGTGAAATCATGGTGAAGGAGGCTTCATCTTGTGACCTTAAGGAGCTTGTCGCCAAGT
TCATCCCTGAGTCCATTGGTAGAGATATTGAGAAGGCCACACAAAGCATCTACCCTTTGC
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TCATGGAGGTGCATGGTGACTACACGGCAGACCTTGGTGTGAAGGTAGACAGGCCAGCAG
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AGAACTCTACTTCAGTGGTGACCGGTTTTGAACTCGTTTTTTTCTCTCTTATGGGTACTC
TTCCTGTTTAGCATATTTCACCTTCTTTATAGTAATTGTCTCAAGTTGTATTCTTCAATC
C

QA 3 843 3 843
DS 



AS 1 2

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CCTGAGACTTGTGAGAAGTATGGATTAAGTTATGTTGCACTCTCAATGGCGATTGGATCC
ATTTGCATATGGACTTATGTATACAATCTTATGAGAGTGCTAGCTAGGGAAACTCCGATA
ATCATCGGTACTTCCTCTACAGTGCCACTGATCCCTACCAAAGTCGTTCAAGTTGATCAG
GAGGAGTTTGGAACATGGAGGAAGATTAAGCAAAGAGTATGTTCTGCAGCAGAGAATATC
AATCTAGGAACAATCTTTGCTCCTTCAACTATTGCAGCGCTTATCGCGCTTGGGATTGGG
CTTATTCCTACGCTAAGGAAGCTACTAATCGGCAACATAGCTCCACTCAGAGTAATTGAG
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TCCACCGGCAATGAATCTTGGTACAATCACTCAACTATTCGGGTCAGGAGAAAGTGAATG
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TATAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AZ77TF U 1
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CTCTGTGATTCTCTTCTGGTCTTACGCTTTGGCTTCGGTTTCTCTCACCCTCTGGCCAAC
CTTCTTTATGTGGCTTGTAGCCTGAACTA*CACACACACATACATATACATATACGTGCA
GTATATTGCAAATCCTTACTACTTTGAGAA*CTAGAGCA*TGGATATAAAATTTT

QA 1 895 1 895
DS 

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GTTTGGAACATGGAGGAAGATTAAGCAAAGAGTATGTTCTGCAGCAGAGAATATCAATCT
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TCCTACGCTAAGGAAGCTACTAATCGGCAACATAGCTCCACTCAGAGTAATTGAGGACTC
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TTTGATTACATCGGAACCGCTCTACCAGTTT*GTTCTTCTGCTTCAATATGTTGTTCCAC
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TTATGTGGCTTGTAGCCTGAACTAACACACACACATACATATACATATACGTGCAGTATA
TTGCAAATCCTTACTACTTTGAGAAACTAGAGCAATGGATATAAAATTTTAATGTTATAA
AAG

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 2

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GGACCGAGTAGGACCGGTATTCCCAGCACTACGAGTGAGATTTGGCTACTGGGTATCTGT
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GCTTTCAGACAAGACTTTTCGTCCTTAATACTAGTGACGTATCGTAGAGGTTTTGAGCCT
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ATGCTCTTTGCACAGGCATTGCTATTTCAAAGGTTGGGAAGGTCTTGGAGG


BQ
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AF RR1BW37JQ C 1
AF RR1BW37TF U 1
BS 1 651 RR1BW37TF

RD RR1BW37JQ 651 0 0
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QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1BW37TF 651 0 0
GGGAAATCGATCTTCTCCAATTCAAACTTGCATCATTCGTCTCCGTTGATTCGCACCCCC
GTTCTCGCCGCAAGTCTTATCTCCGTCGTCTCTAGTCAGCCTGAACCGATACTATTGGTC
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GGTCTTTACTACGTCTAGGTAATGAAGGCTATGTGTGATAGATTTCTTCCTTCAAAATGT
TCTTCGTCAACCGCAGATGAGACACGTGATAAATCCCCACTTAACGGTTGGACAGTAATT
GTAAACACAGCTTCTTCTATGGCTAGTGGGGCTATTAGGAGGTTTCAGGATCGTGTTTTA
GGACCGAGTAGGACCGGTATTCCCAGCACTACGAGTGAGATTTGGCTACTGGGTATCTGT
TACAAAATCTCAGAAGGTGAATCCTCAGAAGATGCAGATGCTGCTGGCTGTGTGTTGGAT
GCTTTCAGACAAGACTTTTCGTCCTTAATACTAGTGACGTATCGTAGAGGTTTTGAGCCT
ATTGGAGACACAACTTATACTAGTGATGTTGGTTGGGGTTGCATGCTTAGAAGCGGCCAG
ATGCTCTTTGCACAGGCATTGCTATTTCAAAGGTTGGGAAGGTCTTGGAGG

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL7061Contig1 900 2 2 U
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TAGCCATACACATGAGGAGCGTCATAAGCATCATTCTCATAACCATACTCATGAGGAGCA
TCATGAAGACAAACACAGCCACGGGCAAGAACATGAGCATCATCATCATCATTCTGATCA
TAAACCCGCAAAAGGCGAAAACAAGGAGCATCGCCACATTGATCATAACATGGAAGGGAT
CTTCCTTCATGTTTTAGCAGACACAATGGGGAGTGTCGGAGTAGTGGTTTCGACACTCTT
GATCAAATACAAGGGATGGTTAGTTGCAGATCCAGCAAGCTCAATCTTCATCTCCATCCT
CATCATCGCTTCAGTCATTCCGTTGCTCAGAAACTCTGCAGGGATTCTACTGCAGAGAGT
CCCCAAGGCTCACGAGCACGAACTTAAGGAAGCAATGAGGAGCATCCTCAAGACGAAAGG
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ACAATTGATATAGTTTTGAGCGTTGTCACTGAGAAACACAGAAACATCTAAAACTTGTTT
TAAAATAAAATGTTTCATTGAAGTTGTGAAATTTTATTAAAGATATGACAATGCATACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E401TF U 1
AF RR1E401JQ C 27
BS 1 682 RR1E401TF
BS 683 900 RR1E401JQ

RD RR1E401TF 682 0 0
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TCATGAAGACAAACACAGCCACGGGCAAGAACATGAGCATCATCATCATCATTCTGATCA
TAAACCCGCAAAAGGCGAAAACAAGGAGCATCGCCACATTGATCATAACATGGAAGGGAT
CTTCCTTCATGTTTTAGCAGACACAATGGGGAGTGTCGGAGTAGTGGTTTCGACACTCTT
GATCAAATACAAGGGATGGTTAGTTGCAGATCCAGCAAGCTCAATCTTCATCTCCATCCT
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TCTGCATCTTCTTGTATCAGCT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1E401JQ 874 0 0
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AGAACAACCATGACCATCATCATTCCCATGGCCATGAGCATGGG*AGCATCATTCATGCA
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TGGGGAGTGTCGGAGTAGTGGTTTCGACACTCTTGATCAAATACAAGGGATGGTTAGTTG
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AGGAAGCAATGAGGAGCATCCTCAAGACGAAAGGCGTTTGCAGTATCCAGAGACTACATG
TATGGAGTTTCACGAACTCAGACGTGGTGGCTACTCTGCATCTTCTTGTATCAGCTAATT
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CACTGAGAAACACAGAAACATCTAAAACTTGTTTTAAAATAAAATGTTTCATTGAAGTTG
TGAAATTTTATTAAAGATATGACAATGCATACAT

QA 1 874 1 874
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7063Contig1 948 2 4 U
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TAAACTTGAATAAGAACATCATGATGTGAGTGTGTATACGAAATCATAAATGTGTTCACA
GTTCCATTGTGGGTAAACTCATCTTGCATAGATAAATGATTCTGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FA21TF U 1
AF RR1FA21JQ C 116
BS 1 750 RR1FA21TF
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BS 772 948 RR1FA21JQ

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GAAAAGAAAGGGTTTCAAGTCAAAGGCTCAGTCTGTGATGTAACCTCACGTCCTGAGAGA
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AACGTGGGAGTACTTCGCGGGAAGCCAACAATAAAATATGTGGCAGAAGATTTTCCTTAC
CATAGCTCAACGAACTTGGAAGCTGCTTTCCATCTTTGCCAGCTTTCACATCCTCTCTTA
AAGTCTACAGGCTATGGAAGCATCGTCTTCTTGTCCTCTGTTGCAGGGGTTGTATCATTT
GAGTGTGGTTCCATTTATGGTCTAACCAAAGGAGCTCTGAACCAGCTAGCAAGGAATTTG
GCATGTGAATGGGCAAAAGATGGCATAAGAGCAAACGCTGCTGCACCTAATGTTGTCAAG
ACTCGACAGTCTCAATCTTATCTTGAGGACGTCAGTTTCAAGGAAGAATTGTTTTGTAGA
ACTCCACTTGGTCGTGCTGGAGAGCCAAATGAAGTTGCATCACTAGTGGCCTTCTTGTGT
CTACCTGCAGCTTCCTTTATCACTGGTCAA*CCATTTGTGTTGATGGAGGC
TCA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1FA21JQ 833 0 0
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AATGGGAAAAGAAAGGGTTTCAAGTCAAAGGCTCAGTCTGTGATGTAACCTCACGTC*TG
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TAAATAACGTGGGAGTACTTCGCGGGAAGCCAACAATAAAATATGTGGCAGAAGATTTTC
CTTACCATAGCTCAACGAACTTGGAAGCTGCTTTCCATCTTTGCCAGCTTTCACATCCTC
TCTTAAAGTCTACAGGCTATGGAAGCATCGTCTTCTTGTCCTCTGTTGCAGGGGTTGTAT
CATTTGAGTGTGGTTCCATTTATGGTCTAACCAAAGGAGCTCTGAACCAGCTAGCAAGGA
ATTTGGCATGTGAATGGGCAAAAGATGGCATAAGAGCAAACGCTGCTGCACCTAATGTTG
TCAAGACTCGACAGTCTCAATCTTATCTTGAGGACGTCAGTTTCAAGGAAGAATTGTTTT
GTAGAACTCCACTTGGTCGTGCTGGAGAGCCAAATGAAGTTGCATCACTAGTGGCCTTCT
TGTGTCTACCTGCAGCTTCCTTTATCACTGGTCAAACCATTTGTGTTGATGGAGGCCTCA
CGGTTAACGGTTTCTCCTATCAGTCACAGGCTTGAAAATGGCCTTTTCGCGTTTTTAACT
GTCTTTAAACTTGAATAAGAACATCATGATGTGAGTGTGTATACGAAATCATAAATGTGT
TCACAGTTCCATTGTGGGTAAACTCATCTTGCATAGATAAATGATTCTGTTAC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

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TACTGATTTCGTTTGATTTGGAGGAAATAGAATGTAATTAATTGATTTACGTTCTTTCCC
TAAAAATATGATTCAATCAATATATTGATATATTTATATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CC23TF U 1
AF RR1CC23JQ C 47
BS 1 698 RR1CC23TF
BS 699 820 RR1CC23JQ

RD RR1CC23TF 698 0 0
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GGTCAGGGAATGGCATATTTTTTGTCCCTCAGCGACCTTATACATGTTTAGGGACGCTGA
GAGATCAGATTATATACCCTCTATCTAAAGAAGAAGCAGAGAAAAGGGCAGCAAAGTTAT
ACACCAATGGAGATAGCTCAGCTGAAGCTGGAAGCATTCTGGACGTTCATTTGAAAACCA
TACTGGAGAATGTTAGGTTAGTTTATCTATTGGAAAGAGATGAAAGTGGTCGGGATGCTA
CTACCAACTGGGAAGACATATTATCTCTTGGAGAGCAACAGAGGCTAGGCATGGCACGTT
TATTCTTTCACAGACCGAAGTTTGGAATCCTTGATGAATGCACCAATGCGACGAGTGTTG
ATGTTGAGGAACAGCTCTACAGGGTTGCAAAAGACATGGGAGTTACTTTCATAACCTCAT
CACAACGTCCGGCTCTGATCCCGTTCCACTCCTTGGAGCTGAGGCTGATCGATGGAGAAG
GAAACTGGGAGCTACGTTCTATCGAGCAGACAACAGAGTAGACATCAGCAAGACGCTTAG
TTTTAAAAACAATAATAAAGCTAAAGCTATTAGAACTTATGCGAATACAACCCTCCCACA
GATTATATGGTATGTAGTTTTCTCGATTCTTTCTCCGC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CC23JQ 774 0 0
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GGCAGCAAAGTTATACACCAATGGAGATAGCTCAGCTGAAGCTGGAAGCATTCTGGACGT
TCATTTGAAAACCATACTGGAGAATGTTAGGTTAGTTTATCTATTGGAAAGAGATGAAAG
TGGTCGGGATGCTACTACCAACTGGGAAGACATATTATCTCTTGGAGAGCAACAGAGGCT
AGGCATGGCACGTTTATTCTTTCACAGACCGAAGTTTGGAATCCTTGATGAATGCACCAA
TGCGACGAGTGTTGATGTTGAGGAACAGCTCTACAGGGTTGCAAAAGACATGGGAGTTAC
TTTCATAACCTCATCACAACGTCCGGCTCTGATCCCGTTCCACTCCTTGGAGCTGAGGCT
GATCGATGGAGAAGGAAACTGGGAGCTACGTTCTATCGAGCAGACAACAGAGTAGACATC
AGCAAGACGCTTAGTTTTAAAAACAATAATAAAGCTAAAGCTATTAGAACTTATGCGAAT
ACAACCCTCCCACAGATTATATGGTATGTAGTTTTCTCGATTCTTTCTCCGCAGAAGAGA
ACGCTTCCATGTTTTACTGATTTCGTTTGATTTGGAGGAAATAGAATGTAATTAATTGAT
TTACGTTCTTTCCCTAAAAATATGATTCAATCAATATATTGATATATTTATATG

QA 1 774 1 774
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7066Contig1 620 2 1 U
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ACAAGATATGGCTGCTAAGATGAGCGGTGGCCTCCTGACGCGGCTCCTTCTCTTCTTTCT
TTTTCCGGTGATGATTCAGGTCGGTGAGGCTATATTGCAAGGTATGCCTCCCACTGATAC
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TATCTCAGTTAAGGTGACCTCCCCATGCAACAAAAATATTAGCATCAACGTTGACCGCAT
CAAAACTACTCAGAAAGAAAAGATCGAGGGAGTGGAGGTGGAGATTAGAAAACTTGAAGG
CACAGTCAAAGCCATCCATGAAAATCTACTCAAGCTAATGAACGGAGACGCAGATGTAAT
AACAGTGAGTGCGAACACGAACACGCTATTAGCTTCGTACAGTATGATGGCGGTGGTTTT
TTGCATTATGATCTCTGTTTATCAAGTAGTCTACTTGAAGGCATACTTAGAGACGAAGAA
ACTTACATAAAGATTTGTGATTCATCGAGATCCTTTTCCATAATTTTTTTATGTTGAATT
ATATTCAGGTTCCTCCTTTC


BQ
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AF RR1EF92JQ C 1
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DS 

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TTGCATTATGATCTCTGTTTATCAAGTAGTCTACTTGAAGGCATACTTAGAGACGAAGAA
ACTTACATAAAGATTTGTGATTCATCGAGATCCTTTTCCATAATTTTTTTATGTTGAATT
ATATTCAGGTTCCTCCTTTC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

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TTTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW25TF U 1
AF RR1AW25JQ C 1
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BS 622 726 RR1AW25JQ

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DS 

RD RR1AW25JQ 726 0 0
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TTTTCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL7068Contig1 898 2 20 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GF76TF U 1
AF RR1GF76JQ C 131
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BS 802 898 RR1GF76JQ

RD RR1GF76TF 809 0 0
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GTACAAGGTTGCTCCATAGGAGCCGCTTCTCCATCTCCAATGGCACTCTTCTTCCTCGTT
TCACTTCTTCGTCTTCTTCTTCTCCAAGCTGGTCTGATAATAATGAATCGAGGAAGCTAG
GAGGGTTTGATTCATTCCGTTCCACAAGAGCTTTCGATTCACCAGCAGCGTCCTATCTCA
TTAGCTCGTTGACAAAGGCCGCTTCTTTCTCCTCCGCACTACCTAAACAAAACTTTACGT
ATTCATCGAGATGCTTTTCCACCGTTGGAGACTCTGTTCCTCAAGGATTTTCTCCTGATG
CGCCTCCAATAATCAAGTTCAAGCGGCTTGACAAAACCGCCAAGCATATCATGCAGATTG
TAGACAAGGAGGCAGTTGAGGAAGTGAGAACTCGTAGGGAGATTCCGGAGATAAGGCCCG
GTTACATTGTGCAGCTGAAAGTGGAAGTGCCTGAGAACAAGAGACGTGTTTCAATCGTTA
AAGGAATTGTCATAGCAAGGCGTAATGCTGGTCTTAACTCTACGTTCAGGATTAGAAGGC
TTGTGGCTGGAGTGGGAGTCGAATCCATGTTCCCTTTGTATTCTCCAAACCTGAGGGAGA
TTAAG*TTTTGGACAAGAAGAGGGTTAGAAGAGCGAAACTCTACTACCTCAGG*ACAAGA
TGA*TGCTCTCAAAA*GCATTA*CTCCTCAT**ATCATCACCAAAAA*GAGAGAGAA*GA
GAGAGA*CTCTGTACTCTTAA
CAAATCTT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1GF76JQ 768 0 0
TCGTCTC
TCTTCTCCAAGCTGGTCTGATAATAATGAATCGAGGAAGCTAGGAGGGTTTGATTCATTC
CGTTCCACAAGAGCTTTCGATTCACCAGCAGCGTCCTATCTCATTAGCTCGTTGACAAAG
GCCGCTTCTTTCTCCTCCGCACTACCTAAACAAAACTTTACGTATTCATCGAGATGCTTT
TCCACCGTTGGAGACTCTGTTCCTCAAGGATTTTCTCCTGATGCGCCTCCAATAATCAAG
TTCAAGCGGCTTGACAAAACCGCCAAGCATATCATGCAGATTGTAGACAAGGAGGCAGTT
GAGGAAGTGAGAACTCGTAGGGAGATTCCGGAGATAAGGCCCGGTTACATTGTGCAGCTG
AAAGTGGAAGTGCCTGAGAACAAGAGACGTGTTTCAATCGTTAAAGGAATTGTCATAGCA
AGGCGTAATGCTGGTCTTAACTCTACGTTCAGGATTAGAAGGCTTGTGGCTGGAGTGGGA
GTCGAATCCATGTTCCCTTTGTATTCTCCAAACCTGAGGGAGATTAAGGTTTTGGACAAG
AAGAGGGTTAGAAGAGCGAAACTCTACTACCTCAGGGACAAGATGAATGCTCTCAAAAAG
CATTAACTCCTCAATAATCATCACCAAAAAAGAGAGAGAAAGAGAGAGAACTCTGTACTC
TTAAACAAAATCTTGAGTGTTTTTTCTTTAATGATGGCTTAGCATTGAGTCATATATTGG
ACTGTGTAATGTTACGAATAATGATGGATCCAGCTTTTGAT

QA 8 768 8 768
DS 



AS 1 2

CO CL7069Contig1 861 2 2 U
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CCCTGACGTCTTGTCCCCTCCTCAGCCAAAGTACCAGCTGATTCGAGTAAACGCAAAGGG
GATGAACGATAGCTGCAAATGGGTAGAGATGTTTGAAGACGTACGAGCAGTCATCTTCTG
CATCAGCTTAAGCGACTACGACCAGATCAGCATCACACCAGAAGGCAGCGGAACAGCCAC
TTTTCAGAACAAGATGATCCAGAGCAAAGAGCTTTTCGAGTCCATGGTTAAGCATCCTAG
TTTCAAAGACACGCCTTTCATATTGATACTAAACAAGTATGATCTCTTCGAGGAGAAACT
AAACCGTTCGCCGTTAACATCCTGCGACTGGTTCAGCGAGTTCTGTCCGGTTAGGACGAA
CAACAACGTGCAGTCACTTGGTTACCAAGCTTACTTCTACGTTGCAATGAAGTTCAAGCT
GCTTTACGCTTCTCTCACGGGTCAGAAGCTGTTTGTGTGGCAAGGGAAGGCTAGGGATAG
AACCAATGTGGATGAAGGGTTTAAGTATGTGAGAGAGGTTTTGAAATGGGAGGAAGAGAA
GGAAGAGAGTTACTTAAATGGTGGTGAAGATTCCTATTATAGTACTGATATGAGTTCTTC
GCCGTATAGACCTGAGGAGTGAAGCGATGGGTTTCTTTGGAGAGAAACTCTTGATTCACC
ATTTGTTGTAATTTTTATGTTAGATTTGGTTTTTCGGTGTAGGATTTCTTTTAATTTGAG
TGGAATAAAAGTTTTGATGATATCAAATGTGTAAGTGTTAAACCATAATTCATATTTTAG
ATGAAATTTGTTGAGTGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ET34TF U 1
AF RR1ET34JQ C 55
BS 1 713 RR1ET34TF
BS 714 861 RR1ET34JQ

RD RR1ET34TF 713 0 0
GGCTTTCATGGAGTTTTCTCTTACAGAACAGAGTCAACAGTCTGAATCTTACCCGGACAA
CCCTGACGTCTTGTCCCCTCCTCAGCCAAAGTACCAGCTGATTCGAGTAAACGCAAAGGG
GATGAACGATAGCTGCAAATGGGTAGAGATGTTTGAAGACGTACGAGCAGTCATCTTCTG
CATCAGCTTAAGCGACTACGACCAGATCAGCATCACACCAGAAGGCAGCGGAACAGCCAC
TTTTCAGAACAAGATGATCCAGAGCAAAGAGCTTTTCGAGTCCATGGTTAAGCATCCTAG
TTTCAAAGACACGCCTTTCATATTGATACTAAACAAGTATGATCTCTTCGAGGAGAAACT
AAACCGTTCGCCGTTAACATCCTGCGACTGGTTCAGCGAGTTCTGTCCGGTTAGGACGAA
CAACAACGTGCAGTCACTTGGTTACCAAGCTTACTTCTACGTTGCAATGAAGTTCAAGCT
GCTTTACGCTTCTCTCACGGGTCAGAAGCTGTTTGTGTGGCAAGGGAAGGCTAGGGATAG
AACCAATGTGGATGAAGGGTTTAAGTATGTGAGAGAGGTTTTGAAATGGGAGGAAGAGAA
GGAAGAGAGTTACTTAAATGGTGGTGAAGATTCCTATTATAGTACTGATATGAGTTCTTC
GCCGTATAGACCTGAGGAGTGAAGCGATGGGTTTCTTTGGAGAGAAACTCTTG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1ET34JQ 807 0 0
CGGACAA
CCTGACGTCTTGTCCCCTCCTCAGCCAAAGTACCAGCTGATTCGAGTAAACGCAAAGGGG
ATGAACGATAGCTGCAAATGGGTAGAGATGTTTGAAGACGTACGAGCAGTCATCTTCTGC
ATCAGCTTAAGCGACTACGACCAGATCAGCATCACACCAGAAGGCAGCGGAACAGCCACT
TTTCAGAACAAGATGATCCAGAGCAAAGAGCTTTTCGAGTCCATGGTTAAGCATCCTAGT
TTCAAAGACACGCCTTTCATATTGATACTAAACAAGTATGATCTCTTCGAGGAGAAACTA
AACCGTTCGCCGTTAACATCCTGCGACTGGTTCAGCGAGTTCTGTCCGGTTAGGACGAAC
AACAACGTGCAGTCACTTGGTTACCAAGCTTACTTTTACGTTGCAATGAAGTTCAAGCTG
CTTTACGCTTCTCTCACGGGTCAGAAGCTGTTTGTGTGGCAAGGGAAGGCTAGGGATAGA
ACCAATGTGGATGAAGGGTTTAAGTATGTGAGAGAGGTTTTGAAATGGGAGGAAGAGAAG
GAAGAGAGTTACTTAAATGGTGGTGAAGATTCCTATTATAGTACTGATATGAGTTTTTCG
CCGTATAGACCTGAGGAGTGAAGCGATGGGTTTCTTTGGAGAGAAACTCTTGATTCACCA
TTTGTTGTAATTTTTATGTTAGATTTGGTTTTTCGGTGTAGGATTTCTTTTAATTTGAGT
GGAATAAAAGTTTTGATGATATCAAATGTGTAAGTGTTAAACCATAATTCATATTTTAGA
TGAAATTTGTTGAGTGCTTC

QA 8 807 8 807
DS 



AS 1 2

CO CL7070Contig1 821 2 4 U
GGACCATCATCCATTACCCTAACTCACCATCTCCATCATCCATTACTAATAGAGAAATCA
TAGGCTTTAACTAATTCCTCACAGTACCTATACATCAGAAAGTAAAAAGCACCATGGGCT
TCAAGTCTTTTGTTTCTGGCGTGTTCAAGTTAATCGTTGTTGCTGCTATTACCGTTCTTT
TGATAGAATCACCACCAGTGGCGACGCCAATAGTTTATCCAACCTATAACGCTGGCGGGA
ATCGGGGAGGTAATGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCCGGCAGGTAGTGCAAGCAATA
ACGCCGGCAGGAATCCGGGAGTTAATGCAAACAATAAGGCCGGCAGGAATCCGGGAGGTA
GTGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCCGGGAGGTAGTGCAAACAATAACGCCGTCAGGA
ATCCGGGAGGTGGTGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCCGCGAGTTAATGCAAACAATA
AGGCCGGCAGGAATCCTGGAGGTAGTGCAAACAATTACGCCGGCAGGAATTCGGGAGTTA
ATGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCAGCTTCAGCTGGCACAACGGGTATCTTGCAACA
TATGTGGCGACCCTCCTCACATATGTATCTGCGTCTTCATACGATTATAACCAAAATTCT
ATTAGATCCTTGTGCTTATTTACGTTAAGTAAGTTTGTCACTTCTCATGAGTAAGCTTAT
GGCATGTAGCAAGTGCGGCCAATTCAGAGCAGTGTGTGTTTGGCGTGTTGAAAATAAAAT
ATGTGTCTAAACGGAATCGTGGGCATCACATATGATTCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FU35TF U 1
AF RR1FU35JQ C 110
BS 1 741 RR1FU35TF
BS 742 742 RR1FU35JQ
BS 743 765 RR1FU35TF
BS 766 821 RR1FU35JQ

RD RR1FU35TF 765 0 0
GGACCATCATCCATTACCCTAACTCACCATCTCCATCATCCATTACTAATAGAGAAATCA
TAGGCTTTAACTAATTCCTCACAGTACCTATACATCAGAAAGTAAAAAGCACCATGGGCT
TCAAGTCTTTTGTTTCTGGCGTGTTCAAGTTAATCGTTGTTGCTGCTATTACCGTTCTTT
TGATAGAATCACCACCAGTGGCGACGCCAATAGTTTATCCAACCTATAACGCTGGCGGGA
ATCGGGGAGGTAATGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCCGGCAGGTAGTGCAAGCAATA
ACGCCGGCAGGAATCCGGGAGTTAATGCAAACAATAAGGCCGGCAGGAATCCGGGAGGTA
GTGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCCGGGAGGTAGTGCAAACAATAACGCCGTCAGGA
ATCCGGGAGGTGGTGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCCGCGAGTTAATGCAAACAATA
AGGCCGGCAGGAATCCTGGAGGTAGTGCAAACAATTACGCCGGCAGGAATTCGGGAGTTA
ATGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCAGCTTCAGCTGGCACAACGGGTATCTTGCAACA
TATGTGGCGACCCTCCTCACATATGTATCTGCGTCTTCATACGATTATAACCAAAATTCT
ATTAGATCCTTGTGCTTATTTACGTTAAGTAAGTTTGTCACTTCTCATGAGTAAGCTTAT
GGCATGTAGCAAGTGCGGCCA*TTCAGAGCAGTGTGTGTTTGGCG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1FU35JQ 712 0 0
CACCATGGGCTTCAAGTCTTTTGTTTCTGGCGTGTTCAAGTTAATCGTTGTTGCTGCTAT
TACCGTTCTTTTGATAGAATCACCACCAGTGGCGACGCCAATAGTTTATCCAACCTATAA
CGCTGGCGGGAATCGGGGAGGTAATGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCCGGCAGGTAG
TGCAAGCAATAACGCCGGCAGGAATCCGGGAGTTAATGCAAACAATAAGGCCGGCAGGAA
TCCGGGAGGTAGTGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCCGGGAGGTAGTGCAAACAATAA
CGCCGTCAGGAATCCGGGAGGTGGTGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCCGCGAGTTAA
TGCAAACAATAAGGCCGGCAGGAATCCTGGAGGTAGTGCAAACAATTACGCCGGCAGGAA
TTCGGGAGTTAATGCAAACAATAACGCCGGCAGGAATCAGCTTCAGCTGGCACAACGGGT
ATCTTGCAACATATGTGGCGACCCTCCTCACATATGTATCTGCGTCTTCATACGATTATA
ACCAAAATTTTATTAGATCCTTGTGCTTATTTACGTTAAGTAAGTTTGTCACTTCTCATG
AGTAAGCTTATGGCATGTAGCAAGTGCGGCCAATTCAGAGCAGTGTGTGTTTGGCGTGTT
GAAAATAAAATATGTGTCTAAACGGAATCGTGGGCATCACATATGATTCTAT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL7071Contig1 652 2 2 U
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TCAGTACTATCTTAACAAAAGACTAAACCTACCAAACACTTAAACACGAGCCAAGCTCTC
TACAACATAAACTAAAATCCCAGAAACAGATTTGCCCTTCAACGAAATCAAACACAAAAT
CCAAGAGAGTCTTCAAGCTCTTTCACCACGGATTCTCCTCGCGAGCTGGATATCCTTGGG
CATGATCGTAACCCTCTTGGCGTGAATCGCGCAAAGATTCGTGTCTTCGAACAACCCGAC
GAGGTAAGCCTCGGCGGCCTCCTGCAGAGCCGCGACGGCGCTGCTCTGGAACCTCAGATC
GGTTTTGAAATCCTGAGCGATCTCGCGGACCAGACGCTGGAAGGGGAGCTTGCGGATCAG
AAGCTCGGTGCTCTTCTGGTACTTCCTGATCTCCCTCAACGCCACCGTTCCGGGGCGGAA
ACTGGCTTCTTCACTCCTCCGGTGGCCGGTGCCGACTTCCTCGCCGCCTTCGTTGCGAGC
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TGATGTTTTTGTAAGAACAAAAGTTGCTATGTGAGAGGATTGTGATCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EI64TF C 1
AF RR1EI64JQ U 6
BS 1 5 RR1EI64TF
BS 6 652 RR1EI64JQ

RD RR1EI64TF 652 0 0
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CCAAGAGAGTCTTCAAGCTCTTTCACCACGGATTCTCCTCGCGAGCTGGATATCCTTGGG
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GAGGTAAGCCTCGGCGGCCTCCTGCAGAGCCGCGACGGCGCTGCTCTGGAACCTCAGATC
GGTTTTGAAATCCTGAGCGATCTCGCGGACCAGACGCTGGAAGGGGAGCTTGCGGATCAG
AAGCTCGGTGCTCTTCTGGTACTTCCTGATCTCCCTCAACGCCACCGTTCCGGGGCGGAA
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TGATGTTTTTGTAAGAACAAAAGTTGCTATGTGAGAGGATTGTGATCGATCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1EI64JQ 647 0 0
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ACTATCTTAACAAAAGACTAAACCTACCAAACACTTAAACACGAGCCAAGCTCTCTACAA
CATAAACTAAAATCCCAGAAACAGATTTGCCCTTCAACGAAATCAAACACAAAATCCAAG
AGAGTCTTCAAGCTCTTTCACCACGGATTCTCCTCGCGAGCTGGATATCCTTGGGCATGA
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AAGCCTCGGCGGCCTCCTGCAGAGCCGCGACGGCGCTGCTCTGGAACCTCAGATCGGTTT
TGAAATCCTGAGCGATCTCGCGGACCAGACGCTGGAAGGGGAGCTTGCGGATCAGAAGCT
CGGTGCTCTTCTGGTACTTCCTGATCTCCCTCAACGCCACCGTTCCGGGGCGGAAACTGG
CTTCTTCACTCCTCCGGTGGCCGGTGCCGACTTCCTCGCCGCCTTCGTTGCGAGCTGTTT
CCTCGGGGCCTTTCCTCCGGTCGATTTTCTCGCGGCTTGCTTAGTACGAGCCATTTGATG
TTTTTGTAAGAACAAAAGTTGCTATGTGAGAGGATTGTGATCGATCC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

CO CL7072Contig1 795 2 12 U
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TATCCATCTTCGTCGCAAGCTTTACGTGTCAAACTCACCGGAAACACTCTGTTCTCAGCT
GGAGTTAGATCCCCTGCTTCTTTTTCTTCATCATCGCTTCTGACTATTCGAAGCGCTGCA
ACGAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACTG
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TCGTCGTCTTGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCCGGCACAGAAGAGAATCCAGAGTT
TATCCAAAGTGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGCAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATC
CGCAGGGACTATGAAGCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGCCAACAATCCAGGTCTCTCAT
AGCTGCTTATGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTATTTCACCTTGAAGGTGGAAT
CTACACATGGAGCAAGGAAGGCCTTCCTATTGAATCTGAAGAAGACTAACTTCTCCTCTC
AGGTCTTATATCCAGTTTTGTATCTCTGTCGAATTCAGGTAGTGGCATTTAGAGGTTTTG
GCTTTTCCAGAATGTGTTTTAAAAGTTTGTAAAACTTCAGACATTTACCAATGAAAAGCA
AACCAGAATCCAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FD31TF U 1
AF RR1FD31JQ C 104
BS 1 662 RR1FD31TF
BS 663 663 RR1FD31JQ
BS 664 698 RR1FD31TF
BS 699 699 RR1FD31JQ
BS 700 731 RR1FD31TF
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BS 733 753 RR1FD31TF
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BS 766 766 RR1FD31JQ
BS 767 776 RR1FD31TF
BS 777 795 RR1FD31JQ

RD RR1FD31TF 781 0 0
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TATCCATCTTCGTCGCAAGCTTTACGTGTCAAACTCACCGGAAACACTCTGTTCTCAGCT
GGAGTTAGATCCCCTGCTTCTTTTTCTTCATCATCGCTTCTGACTATTCGAAGCGCTGCA
ACGAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACTG
GAGAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAGCTCTGCGGTTACAGAAGGAGAACAAC
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TATCCAAAGTGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGCAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATC
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AGCTGCTTATGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTATTTCACCTTGAAGGTGGAAT
CTACACATGGAGCAAGGAAGGCCTTCCTATTGAATCTGAAGAAGACTAACTTCTCCTCTC
AG*TCTTATATCCAGTTTTGTATCTCTGTCGAATTCAG*TAGTGGCATTTAGAGGTTTTG
GCTTTTCCAGA*TGTGTTTTAAAAGTTTGTAAA*CTTCAGACATT*ACCAATGAAA
GCAAA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1FD31JQ 692 0 0
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AGAGAGAGCTTCTACTGGAGAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAGCTCTGCGGT
TACAGAAGGAGAACAACTTTGTGATTCTTGATGTTAGACCAGAGGCTGATACGAGAATGG
ACGCCATGGGACATAGCTCGTCGTCTTGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCCGGCACA
GAAGAGAATCCAGAGTTTATCCAAAGTGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGCAAAGATA
ATAGTAGCTTGTTCATCCGCAGGGACTATGAAGCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGCCAA
CAATCCAGGTCTCTCATAGCTGCTTATGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTATTT
CACCTTGAAGGTGGAATCTACACATGGAGCAAGGAAGGCCTTCCTATTGAATCTGAAGAA
GACTAACTTCTCCTCTCAGGTCTTATATCCAGTTTTGTATCTCTGTCGAATTCAGGTAGT
GGCATTTAGAGGTTTTGGCTTTTCCAGAATGTGTTTTAAAAGTTTGTAAAACTTCAGACA
TTTACCAATGAAAAGCAAACCAGAATCCAGAC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7073Contig1 728 2 3 U
AACAAATGTTTTCCTAAACAGACAAACATAACATCTTTCTTCTCCACTATCCCTTGTTGA
TGATGAGTCTTCTACATTCCATCCGCTATCTTCTGGACCTCCTCAATTGCTGAAACTGCT
ATCTTCAACTTATCCGCAGCTTGCTTCACTTTCTTTTGCAAGAGGGCTGCTTTTTTCTTG
AACTCTTTCGGGTCTGCAGCTCCCTGCCCAGTAGTAGCTTCTGTTGCCTTCCTCGTCCTG
TTGGAAGTCCTCTGCTTGGCCACTTGCTCAGTTTTAGGTTTCCGTCCACGTTTCTTAGCT
GGAGCCCCCCCCGCCACGTCATCTCTCTTTGGCCTCCCACGCTTTCTCGATCCAGTCACC
ACAAACTCCGTCGCAGGCTGAGTGTTCGACCACCTTGGCCTACCACGGCCGCTCTTCACA
GCCGCCGCAAACGCAGCCGGAACAGCAGCCGCTACTGCCGTAGCGTTTCGTTTCGGGCGA
CCGCTTGGTTTCCGAGCCGAAACGGCGCCGTTTGGGTGGGAGTCGGATTTGGACTTGGGA
GGACGACCACGGCCGCGTTTCTGGGAACCACTCCCTGCGGGTGAACCGTCGGTGGGAGCA
AGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGGAGGAGGAGGGTTGTTTTCATCCGCATCAGATCCGAGA
GCCGCGGGAGAAGTGTCAGATCTCGCCATGAGGAATCTTAGTTCAGCTTACGAGATGAGG
AGGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C857JQ U 60
AF RR1C857TF C 1
BS 1 59 RR1C857TF
BS 60 434 RR1C857JQ
BS 435 728 RR1C857TF

RD RR1C857JQ 375 0 0
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TATCTTCAACTTATCCGCAGCTTGCTTCACTTTCTTTTGCAAGAGGGCTGCTTTTTTCTT
GAACTCTTTCGGGTCTGCAGCTCCCTGCCCAGTAGTAGCTTCTGTTGCCTTCCTCGTCCT
GTTGGAAGTCCTCTGCTTGGCCACTTGCTCAGTTTTAGGTTTCCGTCCACGTTTCTTAGC
TGGAGCCCCCCCCGCCACGTCATCTCTCTTTGGCCTCCCACGCTTTCTCGATCCAGTCAC
CACAAACTCCGTCGCAGGCTGAGTGTTCGACCACCTTGGCCTACCACGGCCGCTCTTCAC
AGCCGCCGCAAACGC

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR1C857TF 728 0 0
AACAAATGTTTTCCTAAACAGACAAACATAACATCTTTCTTCTCCACTATCCCTTGTTGA
TGATGAGTCTTCTACATTCCATCCGCTATCTTCTGGACCTCCTCAATTGCTGAAACTGCT
ATCTTCAACTTATCCGCAGCTTGCTTCACTTTCTTTTGCAAGAGTGCTGCTTTTTTCTTG
AACTCTTTCGGGTCTGCAGCTCCCTGCCCAGTAGTAGCTTCTGTTGCCTTCCTCGTCCTG
TTGGAAGTCCTCTGCTTGGCCACTTGCTCAGTTTTAGGTTTCCGTCCACGTTTCTTAGCT
GGAGCCGCCGCCGCCACGTCATCTCTCTTTGGCCTCCCACGCTTTCTCGATCCAGTCACC
ACAGACTCCGTCGCAGGCTGAGTGTTCGACCACCTTGGCCTACCACGGCCGCTCTTCACA
GCCGCCGCAGACGCAGCCGGAACAGCAGCCGCTACTGCCGTAGCGTTTCGTTTCGGGCGA
CCGCTTGGTTTCCGAGCCGAAACGGCGCCGTTTGGGTGGGAGTCGGATTTGGACTTGGGA
GGACGACCACGGCCGCGTTTCTGGGAACCACTCCCTGCGGGTGAACCGTCGGTGGGAGCA
AGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGGAGGAGGAGGGTTGTTTTCATCCGCATCAGATCCGAGA
GCCGCGGGAGAAGTGTCAGATCTCGCCATGAGGAATCTTAGTTCAGCTTACGAGATGAGG
AGGCTTCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL7074Contig1 737 2 7 U
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TCGAACAATCAATTCTCTGCCCACTCCTTTTACTCTCTTTAATGGAATCTCTTCGATTTC
TCACTCCTAGCTCCTTGGAGCGTTTCGTGTGCTTTGCTTCGACATCCTATATAAATCTAT
CTTTTGGTTTTAGATTTTCTCAAAAAAAATAGTCCAATCCTCTCCACTGCTCATTACGAT
GACGTTATCCGATTCACAGAAAACACTCTGTGACTCCGCCGTCTCCTCCGGTCAGAACAG
CTCCGTGGATCAGACCGTGGTCACTTCCGGCGTGGTGAACTCCGAGAAACGTGAAGGTGC
ATTGGTGGCTCCCGCTGCTCCGGTGAAACCAATCGGTCAGAAAACACTCGGCAAAGAGAT
TTGGGTTTACGGGTTTGTTGTTAGGCATGTACTCAGAGGTTGAAGCTCCTAGACCAACAC
TCTAAGCCCTGTTAACATCTAAGCTCAGGAAGGATGCATCTTGATGTTATTTTTAGGCGG
AGTTGTCTGTTTAGCTTCTCCATCTATCTTCGTATCCGCTTCTGATTGTGGTTTATTTTT
GTCGATTTGATTCATTTATCCAAGTTATTCATTATAATATTTGTGTTTCTGATTTATATT
TGTCTATTAGATTAGTTCCTGCGACTTTCAGTATAATGATTTTTTTGTGTTTCTGATTTA
TATTTGTCTATTAGATA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ81TF U 43
AF RR1BM07TF U 1
BS 1 210 RR1BM07TF
BS 211 211 RR1CZ81TF
BS 212 578 RR1BM07TF
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BS 678 678 RR1CZ81TF
BS 679 737 RR1BM07TF

RD RR1CZ81TF 671 0 0
TCTTCTTCCTGATCCTTTTCGAACAATCAATTCTCTGCCCACTCCTTTTACTCTCTTTAA
TGGAATCTCTTCGATTTCTCACTCCTAGCTCCTTGGAGCGTTTCGTGTGCTTTGCTTCGA
CATCCTATATAAATCTATCTTTTGGTTTTAGATTTTCTCAAAAAAA*TAGTCCAATCCTC
TCCACTGCTCATTACGATGACGTTATCCGATTCACAGAAAACACTCTGTGACTCCGCCGT
CTCCTCCGGTCAGAACAGCTCCGTGGATCAGACCGTGGTCACTTCCGGCGTGGTGAACTC
CGAGAAACGTGAAGGTGCATTGGTGGCTCCCGCTGCTCCGGTGAAACCAATCGGTCAGAA
AACACTCGGCAAAGAGATTTGGGTTTACGGGTTTGTTGTTAGGCATGTACTCAGAGGTTG
AAGCTCCTAGACCAACACTCTAAGCCCTGTTAACATCTAAGCTCAGGAAGGATGCATCTT
GATGTTATTTTTAGGCGGAGTTGTCTGTTTAGCTTCTCCATCTATCTTCGTATCCGCTTC
TGATTGTGGTTTATTTTTGTCGATTTGATTCATTTATCCAAGTTATTCATTATAATATTT
GTGTTTCTGATTTATATTTGTCTATTAGATTAGTTCCTGCGACTTTCAGTATAATGATTT
TTTT
TTGTGTT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1BM07TF 737 0 0
GGAATCTCACGATCTCGATTGAGAATCCTTTCATCTTCCTTCTCTTCTTCCTGATCCTTT
TCGAACAATCAATTCTCTGCCCACTCCTTTTACTCTCTTTAATGGAATCTCTTCGATTTC
TCACTCCTAGCTCCTTGGAGCGTTTCGTGTGCTTTGCTTCGACATCCTATATAAATCTAT
CTTTTGGTTTTAGATTTTCTCAAAAAAAATGGTCCAATCCTCTCCACTGCTCATTACGAT
GACGTTATCCGATTCACAGAAAACACTCTGTGACTCCGCCGTCTCCTCCGGTCAGAACAG
CTCCGTGGATCAGACCGTGGTCACTTCCGGCGTGGTGAACTCCGAGAAACGTGAAGGTGC
ATTGGTGGCTCCCGCTGCTCCGGTGAAACCAATCGGTCAGAAAACACTCGGCAAAGAGAT
TTGGGTTTACGGGTTTGTTGTTAGGCATGTACTCAGAGGTTGAAGCTCCTAGACCAACAC
TCTAAGCCCTGTTAACATCTAAGCTCAGGAAGGATGCATCTTGATGTTATTTTTAGGCGG
AGTTGTCTGTTTAGCTTCTCCATCTATCTTCGTATCCGTTTCTGATTGTGGTTTATTTTT
GTCGATTTGATTCATTTATCCAAGTTATTCATTATAATATTTGTGTTTCTGATTTATATT
TGTCTATTAGATTAGTTTCTGCGACTTTCAGTATAATGATTTTTTTGTGTTTCTGATTTA
TATTTGTCTATTAGATA

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL7075Contig1 283 2 2 U
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GAGTCTGGTCATTTTGCGAGGGACTGCACAAGCGGCGGTCGTTAAGTAAAAGGTTATGAA
GCGGCTTGTAGAAGGGTAAATCACTCATCTCGCCGCCTGCTATCTCAAAAAATAATATTT
ATCTATCTATCTATCTTCTATCGTCGTGGTGATTTATTAGGACTTTGTGGGTTATGATGG
TACTTGTGATGTTTAAGAATCTGGTTTCGTATTTGCATGTTTT


BQ
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AF RR1H510TF U 1
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BS 173 283 RR1H510JQ

RD RR1H510TF 172 0 0
GATGGTGGTGGTGGCCGTGGAGGCGGTGGAGGAGGCGGAGGGAGCTGCTACAGTTGTGGA
GAGTCTGGTCATTTTGCGAGGGACTGCACAAGCGGCGGTCGTTAAGTAAAAGGTTATGAA
GCGGCTTGTAGAAGGGTAAATCACTCATCTCGCCGCCTGCTATCTCAAAAAA

QA 1 172 1 172
DS 

RD RR1H510JQ 283 0 0
GATGGTGGTGGTGGCCGTGGAGGCGGTGGAGGAGGCGGAGGGAGCTGCTACAGTTGTGGA
GAGTCTGGTCATTTTGCGAGGGACTGCACAAGCGGCGGTCGTTAAGTAAAAGGTTATGAA
GCGGCTTGTAGAAGGGTAAATCAGTCATCTCGCCGCCTGCTATCTCAAAAAATAATATTT
ATCTATCTATCTATCTTCTATCGTCGTGGTGATTTATTAGGACTTTGTGGGTTATGATGG
TACTTGTGATGTTTAAGAATCTGGTTTCGTATTTGCATGTTTT

QA 1 283 1 283
DS 



AS 1 2

CO CL7076Contig1 646 2 1 U
GGGAGCGGTAAGAACACTGGTTCTGCCACCTGCAAGCGTGGGTTTGTCCAGTTCTGTTAT
GAACCCATCAAGCAAATCATTGCCACTTGCATGAATGACCAGAAGGACAAGTTGTGGCCT
ATGTTGCAGAAGCTTGGTGTCCAGATGAAGTCCGATGAGAAGGAGCTCATGGGTAAACCT
TTGATGAAGCGTGTCATGCAAACGTGGCTCCCTGCAAGTACTGCACTACTTGAGATGATG
ATCTTTCACCTTCCATCTCCCCATACGGCACAGAGGTACCGTGTTGAGAACTTGATCATT
GGGAGATGATGTCGTCTGACCCTCTGGAGGCAGGATCGCAGGCTTCAACGCTGGTGGCTG
ACATCAGGAAGGGGAAGGGTATGAAGGAGCAGATGACTCCATTGTCTGACTTCGAAGACA
AGCTGTAAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGCCATCAAACAAGACCACCTCTCTTTATATTTCA
CTCTGGTCACCTTTTGATCTCTTTGTTTTCTATTTTGTTGTTATGATGGATTGAGTATGA
CTTTTATCTCTGGCCATCTCTCCTTTAATACTTTTTAGTTGAGAACTGGTTTGTCAGTGT
TCGCAAATATTTTACTCTTTGCAGTCTATTATTATCTTGTTTTGAT


BQ
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AF RR1EO60JQ C 1
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DS 

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QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

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AF RR1B977JQ C 1
AF RR1B977TF U 1
BS 1 78 RR1B977TF
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TTACCAAGCTCGGCACCGTATCAAAGCAACAACAACAGCGATGCATCATCGTCTACACAA
GAAGAACAGAGAGAAAGATCTTCCTTCCGCCCACCCCAACCAACGAGCATAAACGCTCAC
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ATCAGATTTGGTGGTTCTCTCAACGGGCAACCGTATGCCACTTCTACTTCCCGTAAAACC
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CTTGCTGTGTTAATAAGAGCACCCC*ATCAAAG*TTCATGGGGGGATTCACACGTC

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1BP31JQ C 1
AF RR1BP31TF U 1
BS 1 646 RR1BP31TF

RD RR1BP31JQ 646 0 0
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CCTTCTCCTGCCTCTTAAAGCTGCAGGTGCGTATTGGTTGCTTATAGTTTCAGATCTAGC
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TTGAAATAATATCCGGCTCGTTTTCAAGGACTTGGGGGCTTCGGCTCTTTCTGCACCGTG
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ATAAGTTCGTCCAAGGGTGTGCGCTTATTTCTGCCTTCTTGCTTCGTTGGATTTGTCTAT
TTGGGCTTTTTGTTCATATGGATCTAGAATTTGTGTTGTTCTCTTTGGTAACCTCTGTGC
TATGTGCTTATGTTTGTTTCCAGAGAATTTTATATATTCTGCTGGCCTTTATCTCCAGAG
GAAGAGTATGTCTCCTGCTGGCTTAGTCTCTAGGGGTTTGTAACTCGCTAGCTTAGAATC
ATCTCATGTGTAAGTTATGTTTGAATCAATGGAAATCATTCAGAGC

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DS 

RD RR1BP31TF 646 0 0
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CCTTCTCCTGCCTCTTAAAGCTGCAGGTGCGTATTGGTTGCTTATAGTTTCAGATCTAGC
GAAGGTTGAAGGTTGTGCTTGTTCCTTGTCTCCGTTGCGACGGGTTGCTTTGTGGTCGGG
TTGAAATAATATCCGGCTCGTTTTCAAGGACTTGGGGGCTTCGGCTCTTTCTGCACCGTG
ACGTGGAGGTATGTAAGTTAAAAGTCGGGTCTTCATCCTCCGGGATATAGTTCGCTGTGG
TATCTCAGGGCTCGTCAGGTTGTTTGCGGAGCAGTATATTGAGATGCAGGTTCTTCCCTA
ATAAGTTCGTCCAAGGGTGTGCGCTTATTTCTGCCTTCTTGCTTCGTTGGATTTGTCTAT
TTGGGCTTTTTGTTCATATGGATCTAGAATTTGTGTTGTTCTCTTTGGTAACCTCTGTGC
TATGTGCTTATGTTTGTTTCCAGAGAATTTTATATATTCTGCTGGCCTTTATCTCCAGAG
GAAGAGTATGTCTCCTGCTGGCTTAGTCTCTAGGGGTTTGTAACTCGCTAGCTTAGAATC
ATCTCATGTGTAAGTTATGTTTGAATCAATGGAAATCATTCAGAGC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL7079Contig1 1299 2 4 U
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GATCTAGAAGACGCTGATCTCTGGGCGGTTATCGATTCCGCCGCAGCTTCTCTCGCTCAG
AAGAGTACTACTACTACCTCCTCCTCCTCCGGGAAATCTCCGAAACCTCTCGCTGTTAGG
TATCCAAACTTCAATTCCCCTCCGACGCCTGTTTCCAACGCTCCTCCACCGTCTAAGCTT
CTTCTCCAGGTCGCGAATCATAATAACCCTAGGTCACACCAGGAGTCGCCGCGCCCGAGC
AAAATCGCCAGATCTCGCGTCTTGTGCGAAGTGAACAGTAGTCCGATGGCTCTCGTTACT
ACGACGTCGTCGCATCGGAGCTCGAATCCGATTATCCACTCGACGAAGTCTTCTTCGCCG
GAGAGTTACTATTCGCCTGGGATCAGACAGTCCACGACCTTACCGGAATCACCGCGTCCG
ATGGCTCTTGTTACAACGGCGAACCGGGATTTGACTCCGGTTAACCACTCTACGAAGTTC
TCTTCGCCGGAGAGTTACTTGTCGCCTGGGATAAGGCAGCAGCAGTCTACGTCCTTCTCG
GAGGTTTCTCCACCGTCGAGCTGCGTTAAGAACGATGCCGTTAACGAGATGAGGCATAGT
TTGTCAGGGAGCTTTCCTTCAGCTACTCTGTTCAAAGAGTACCAGAACACAGCTATGGCG
ATTCTAGAGAAATCTGATTACACGATGATCTCCGGGAAAGCATATATTAAGAAGTCGGGT
TGGAGGAAGATATCGTTTTACTTCAATGTGTCTTACGAAATAAGGGACAAGAACATTGAG
TTTGATGAAAACAGAAACGTCCAGCGTGCTGAGTTCATCGTCCGAGCTATAATGCAAGGA
GGAAGATTCGCTGATGGATGGGGCTCTTGTGAGCGACGTGAGAAGAAGTTTCTCAAACCA
AATCATGATATCCCCAGTACCGCTGAGACCAGAGCCAAGAACAGAGCTTGCCAGGATCTT
CTAGGAATCGGTGAATACCGAGAAAGCCCAATTGGGTTTCCACGATGATCAGACGTCATC
AAATGTGTTTCCCGACTTCATCAGTACCAAGCTAAACAATCAAAACAACCAGACCAAGAT
CGATAAGGTATGCCTCTTCATTGATTTTCGTGGATTTAAGTCTTGACTTCACAGGAAGAA
AACGAATGAAAAACTTGTTTGTAATGGATTATGATTTGTGTCAAAGTATTTCACATCTAA
ATCAACAAAAACATAAATAATATTCAAATTACTAATCGT


BQ
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AF RR1FO42TF U 1
AF RR1FO42JQ C 623
BS 1 668 RR1FO42TF
BS 669 669 RR1FO42JQ
BS 670 731 RR1FO42TF
BS 732 1299 RR1FO42JQ

RD RR1FO42TF 733 0 0
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GATCTAGAAGACGCTGATCTCTGGGCGGTTATCGATTCCGCCGCAGCTTCTCTCGCTCAG
AAGAGTACTACTACTACCTCCTCCTCCTCCGGGAAATCTCCGAAACCTCTCGCTGTTAGG
TATCCAAACTTCAATTCCCCTCCGACGCCTGTTTCCAACGCTCCTCCACCGTCTAAGCTT
CTTCTCCAGGTCGCGAATCATAATAACCCTAGGTCACACCAGGAGTCGCCGCGCCCGAGC
AAAATCGCCAGATCTCGCGTCTTGTGCGAAGTGAACAGTAGTCCGATGGCTCTCGTTACT
ACGACGTCGTCGCATCGGAGCTCGAATCCGATTATCCACTCGACGAAGTCTTCTTCGCCG
GAGAGTTACTATTCGCCTGGGATCAGACAGTCCACGACCTTACCGGAATCACCGCGTCCG
ATGGCTCTTGTTACAACGGCGAACCGGGATTTGACTCCGGTTAACCACTCTACGAAGTTC
TCTTCGCCGGAGAGTTACTTGTCGCCTGGGATAAGGCAGCAGCAGTCTACGTCCTTCTCG
GAGGTTTCTCCACCGTCGAGCTGCGTTAAGAACGATGCCGTTAACGAGATGAGGCATAGT
TTGTCAGG*AGCTTTCCTTCAGCTACTCTGTTCAAAGAGTACCAGAACACAGCTATGGCG
ATTCTAGAGAA
TC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1FO42JQ 677 0 0
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CTACTCTGTTCAAAGAGTACCAGAACACAGCTATGGCGATTCTAGAGAAATCTGATTACA
CGATGATCTCCGGGAAAGCATATATTAAGAAGTCGGGTTGGAGGAAGATATCGTTTTACT
TCAATGTGTCTTACGAAATAAGGGACAAGAACATTGAGTTTGATGAAAACAGAAACGTCC
AGCGTGCTGAGTTCATCGTCCGAGCTATAATGCAAGGAGGAAGATTCGCTGATGGATGGG
GCTCTTGTGAGCGACGTGAGAAGAAGTTTCTCAAACCAAATCATGATATCCCCAGTACCG
CTGAGACCAGAGCCAAGAACAGAGCTTGCCAGGATCTTCTAGGAATCGGTGAATACCGAG
AAAGCCCAATTGGGTTTCCACGATGATCAGACGTCATCAAATGTGTTTCCCGACTTCATC
AGTACCAAGCTAAACAATCAAAACAACCAGACCAAGATCGATAAGGTATGCCTCTTCATT
GATTTTCGTGGATTTAAGTCTTGACTTCACAGGAAGAAAACGAATGAAAAACTTGTTTGT
AATGGATTATGATTTGTGTCAAAGTATTTCACATCTAAATCAACAAAAACATAAATAATA
TTCAAATTACTAATCGT

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL7080Contig1 502 2 1 U
GGACTACTGTTTAACATGATGATGAGACCCATGAGAGTTGGATTAGCAATGGCACTACTG
CTCATGACCATAACCGTTCTTACTACCATAGCCTCTGCACAGCAGCAAGAGGACCAGCAA
CCACCTCCACCGATGTTGCCAGTGGAAGAAGTGGGGATGTGCAGTAGAACATTCTTTTCT
GCTCTGGTTCAGCTGATACCGTGTAGAGCAGCAGTGGCTCCTTTCAGCCCGATCCCACCA
ACGGAGTCGTGTTGCGCTGCGGTCGTCACACTTGGTCGTCCTTGTCCTTGCCTCCTCGCC
AATGGACCTCCACTCTCAGGCATTGACCGATCCATGGCTCTTCAGCTTCCTCAGAGATGC
TTTGCTAATTTCCCTCCTTGCGATGTCATTAACTAGAAAGTCAGTCGTATAGGACCCCCC
ACCTATCAGCCTTCTTTCTTTCTTCTTTTTCATTTACCTTTTCGCTAATTAGTGTATTAT
GTGGTCTCGGACTTGCAAAACA


BQ
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AF RR1G533JQ C 1
AF RR1G533TF U 1
BS 1 502 RR1G533TF

RD RR1G533JQ 502 0 0
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CTCATGACCATAACCGTTCTTACTACCATAGCCTCTGCACAGCAGCAAGAGGACCAGCAA
CCACCTCCACCGATGTTGCCAGTGGAAGAAGTGGGGATGTGCAGTAGAACATTCTTTTTT
GCTTTGGTTCAGCTGATACCGTGTAGAGCAGCAGTGGCTCCTTTCAGCCCGATCCCACCA
ACGGAGTCGTGTTGCGCTGCGGTCGTCACACTTGGTCGTCCTTGTCCTTGCCTCCTCGCC
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GTGGTCTCGGACTTGCAAAACA

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR1G533TF 502 0 0
GGACTACTGTTTAACATGATGATGAGACCCATGAGAGTTGGATTAGCAATGGCACTACTG
CTCATGACCATAACCGTTCTTACTACCATAGCCTCTGCACAGCAGCAAGAGGACCAGCAA
CCACCTCCACCGATGTTGCCAGTGGAAGAAGTGGGGATGTGCAGTAGAACATTCTTTTCT
GCTCTGGTTCAGCTGATACCGTGTAGAGCAGCAGTGGCTCCTTTCAGCCCGATCCCACCA
ACGGAGTCGTGTTGCGCTGCGGTCGTCACACTTGGTCGTCCTTGTCCTTGCCTCCTCGCC
AATGGACCTCCACTCTCAGGCATTGACCGATCCATGGCTCTTCAGCTTCCTCAGAGATGC
TTTGCTAATTTCCCTCCTTGCGATGTCATTAACTAGAAAGTCAGTCGTATAGGACCCCCC
ACCTATCAGCCTTCTTTCTTTCTTCTTTTTCATTTACCTTTTCGCTAATTAGTGTATTAT
GTGGTCTCGGACTTGCAAAACA

QA 1 502 1 502
DS 



AS 1 2

CO CL7081Contig1 1073 2 2 U
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TCCATCAATTCATTGTAACGTTTCCACCTTCTATTGAAAATCCCTTAGTTCCGAGCTTTA
AGTGATTAACCCACTACTTCCACTCTGAAACATTCAATCGACCTCATTGCATCCTAAACA
AAGAGACATAGATCAGAGTTTCTTCATCAGAGAAGAAGACAGCGTGATTCGATTAGTATC
TACTGTGATATGATGCAGCAAGATGATGATCATCTCTCTAGAAAGCTGTCAAGGTGTTGG
AGGTGCTTTGTGAGTTAGAAGAAGACAACCTTGGACTTGGCTAAAGATTATGATGCCTTG
AAGATTAATGAGTCACTTCCGTTTTGAGCAACTCGTGGTGCTAACAAAGTCGCCTGCTAC
TTTTAAAGCTGTTAACTCTTTGCTTGACCACCTTCAAGTTCGCTTATAAAATTATTGCCA
ACTGCTCTTCTACTCTGCTCCCCTTGCAATATATCATCAATAATAAAAGCCTCTGTCAAC
ATGATGCACAACCTTCAGCAAGGAAATCTGGGCATCAATTTGCAAAGAACAGCACCGTGG
CTAGGGGAATATCAGCTGCTTGCATCAACAACTCACCCTCACATACAGATGAGCTCTTTT
GGAAGCTACGTTCTATGCGGCATCAAAATCTCTACCCTTGATTCTTATCTCCAGACCTCA
TCCTGCTCTTGTCATTTTCAGTTATGTACTGAGATTCTTCCCCCATCATTCGCTTCGCTG
TCCTAACTAAATTTGTTGAAACCACGGCGGTCACCACTCCAATACCGACGGGAATAAACA
TGTTTGGTTTTTCTCACTTGGCCAACTGCTCGGTAAAAATACCATTAACTAACAGAGCAG
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GATGTGTACATAGTCATCACTTTCATTTCGAATTACTTTTACTCCGAGGTTGAAAAAGTA
CATGCTGAGTTCAACAGTAATAACCAATATTTTAGTAACACATTATCTGACTT


BQ
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AF RR1DR76TF U 1
AF RR1DR76JQ C 442
BS 1 558 RR1DR76TF
BS 559 1073 RR1DR76JQ

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AAGAGACATAGATCAGAGTTTCTTCATCAGAGAAGAAGACAGCGTGATTCGATTAGTATC
TACTGTGATATGATGCAGCAAGATGATGATCATCTCTCTAGAAAGCTGTCAAGGTGTTGG
AGGTGCTTTGTGAGTTAGAAGAAGACAACCTTGGACTTGGCTAAAGATTATGATGCCTTG
AAGATTAATGAGTCACTTCCGTTTTGAGCAACTCGTGGTGCTAACAAAGTCGCCTGCTAC
TTTTAAAGCTGTTAACTCTTTGCTTGACCACCTTCAAGTTCGCTTATAAAATTATTGCCA
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ATGATGCACAACCTTCAG

QA 1 558 1 558
DS 

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CCTTGCAATATATCATCAATAATAAAAGCCTCTGTCAACATGATGCACAACCTTCAGCAA
GGAAATCTGGGCATCAATTTGCAAAGAACAGCACCGTGGCTAGGGGAATATCAGCTGCTT
GCATCAACAACTCACCCTCACATACAGATGAGCTCTTTTGGAAGCTACGTTCTATGCGGC
ATCAAAATCTCTACCCTTGATTCTTATCTCCAGACCTCATCCTGCTCTTGTCATTTTCAG
TTATGTACTGAGATTCTTCCCCCATCATTCGCTTCGCTGTCCTAACTAAATTTGTTGAAA
CCACGGCGGTCACCACTCCAATACCGACGGGAATAAACATGTTTGGTTTTTCTCACTTGG
CCAACTGCTCGGTAAAAATACCATTAACTAACAGAGCAGTAACAATATCATCATCTTGGT
TATTTCTGGCCATATTTACTTTAAGATTCTGCAGCTTTGGATGTGTACATAGTCATCACT
TTCATTTCGAATTACTTTTACTCCGAGGTTGAAAAAGTACATGCTGAGTTCAACAGTAAT
AACCAATATTTTAGTAACACATTATCTGACTT

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL7082Contig1 692 2 1 U
GGAGCCTTGTTAGGTGGGACCAGCTTAAAAACACCCTCCAATCCAAGAAACACAAGCTCC
AACACTGCGTATGTGCGTCGAAGAAATCGCCTTCACCTTTACATACCCTCGAATTGATTT
GGAGGTCTCAAAACAAATGAACCATTTGCTTAAGGCACCTTTCTGTGTCCATCCAAAAAC
AGGTCGTGTATGTGTTTCTATCGACCCAAACAACTGCGACGAGTTTGATCCATTGGCAGT
TCCAACACTTTCACAGCTAATAGAAGAAATCAACTCGGGAGGCCCCAAAATGGATGTGGA
TGATGATGATTCAGATACAAGTTTACTTGGGAAATCAATCAAGTTCTTCAGATCCTCATT
CTTAGAACCCTTACTAAAATCGTGCAAGATGGTTAAGGTGACGAATATTAAAAGGTGTAG
CCACAGTTTGGTCCCCATCAAGAAGTGCTTTGGCAACAATGAGATTGGCAGCTTCGGTTG
GGTGATATGCATCCCAAAACACAAACTTGGACCGGTCCTCACAGGCCGCTTCGCTTGAGT
TCTGGTTCGGTGCCTTGAAGCAAGTAAAGGGTGGAAAGTAGCCCCCACAGCAAGGCTTGT
CCGCGTTCTCCAACCCTTCCAAACCAAAACATTTCATTAGGATTCTTGATCAAACCAAAA
ACATTTTGTTACTAGACAACTAAATCATTACC


BQ
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AF RR1GH88TF U 1
AF RR1GH88JQ C 83
BS 1 692 RR1GH88TF

RD RR1GH88TF 692 0 0
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AACACTGCGTATGTGCGTCGAAGAAATCGCCTTCACCTTTACATACCCTCGAATTGATTT
GGAGGTCTCAAAACAAATGAACCATTTGCTTAAGGCACCTTTCTGTGTCCATCCAAAAAC
AGGTCGTGTATGTGTTTCTATCGACCCAAACAACTGCGACGAGTTTGATCCATTGGCAGT
TCCAACACTTTCACAGCTAATAGAAGAAATCAACTCGGGAGGCCCCAAAATGGATGTGGA
TGATGATGATTCAGATACAAGTTTACTTGGGAAATCAATCAAGTTCTTCAGATCCTCATT
CTTAGAACCCTTACTAAAATCGTGCAAGATGGTTAAGGTGACGAATATTAAAAGGTGTAG
CCACAGTTTGGTCCCCATCAAGAAGTGCTTTGGCAACAATGAGATTGGCAGCTTCGGTTG
GGTGATATGCATCCCAAAACACAAACTTGGACCGGTCCTCACAGGCCGCTTCGCTTGAGT
TCTGGTTCGGTGCCTTGAAGCAAGTAAAGGGTGGAAAGTAGCCCCCACAGCAAGGCTTGT
CCGCGTTCTCCAACCCTTCCAAACCAAAACATTTCATTAGGATTCTTGATCAAACCAAAA
ACATTTTGTTACTAGACAACTAAATCATTACC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1GH88JQ 610 0 0
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CATTTGCTTAAGGCACCTTTCTGTGTCCATCCAAAAACAGGTCGTGTATGTGTTTCTATC
GACCCAAACAACTGCGACGAGTTTGATCCATTGGCAGTTCCAACACTTTCACAGCTAATA
GAAGAAATCAACTCGGGAGGCCCCAAAATGGATGTGGATGATGATGATTCAGATACAAGT
TTACTTGGGAAATCAATCAAGTTCTTCAGATCCTCATTCTTAGAACCCTTACTAAAATCG
TGCAAGATGGTTAAGGTGACGAATATTAAAAGGTGTAGCCACAGTTTGGTCCCCATCAAG
AAGTGCTTTGGCAACAATGAGATTGGCAGCTTCGGTTGGGTGATATGCATCCCAAAACAC
AAACTTGGACCGGTCCTCACAGGCCGCTTCGCTTGAGTTCTGGTTCGGTGCCTTGAAGCA
AGTAAAGGGTGGAAAGTAGCCCCCACAGCAAGGCTTGTCCGCGTTCTCCAACCCTTCCAA
ACCAAAACATTTCATTAGGATTCTTGATCAAACCAAAAACATTTTGTTACTAGACAACTA
AATCATTACC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL7083Contig1 467 2 2 U
CCAACTTTACCTCAAGCTTTCTTATTTCTGCCTCGGCCTTAGCTTTCTGCAAATTTTGCC
AAGATGTGATTCTAGCTTCCTCGGTTTTCGCCCATGTCGAGCCTTGAGGATCCCTATCTT
GTCCATGCAAGTGGTCTCGCATTTTTGAGCTATCTCTTTGGTACAAGCTTCTATGCCTCT
TTGACCACCGAGTTACAGTTACCTTCTCATCTACCTGTAAGTCCTTGGCTTCTGCTCTGC
TGACACGAGCATTCAGTAGTTCCACAATTGATCTTGCTGTCGGAGATGAGGAAGATAACG
AACACTCTCTCTCAGGAGATAAACCGATGCTTCCCTCTGGACTCATTTGTGTGGCCATAT
CCCTTCTTGAGACAGCTCGAGCATCACCAGCCGCATCCTTAATACTTTCATGTATGTCAT
CTTGTGGTGCAAGAGTTTGAGAGCAGCCATGGATGCTAACAGACCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BM41TF C 1
AF RR1BM41JQ U 10
BS 1 9 RR1BM41TF
BS 10 467 RR1BM41JQ

RD RR1BM41TF 467 0 0
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AAGATGTGATTCTAGCTTCCTCGGTTTTCGCCCATGTCGAGCCTTGAGGATCCCTATCTT
GTCCATGCAAGTGGTCTCGCATTTTTGAGCTATCTCTTTGGTACAAGCTTCTATGCCTCT
TTGACCACCGAGTTACAGTTACCTTCTCATCTACCTGTAAGTCCTTGGCTTCTGCTCTGC
TGACACGAGCATTCAGTAGTTCCACAATTGATCTTGCTGTCGGAGATGAGGAAGATAACG
AACACTCTCTCTCAGGAGATAAACCGATGCTTCCCTCTGGACTCATTTGTGTGGCCATAT
CCCTTCTTGAGACAGCTCGAGCATCACCAGCCGCATCCTTAATACTTTCATGTATGTCAT
CTTGTGGTGCAAGAGTTTGAGAGCAGCCATGGATGCTAACAGACCTC

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR1BM41JQ 458 0 0
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GAGTTACAGTTACCTTCTCATCTACCTGTAAGTCCTTGGCTTCTGCTCTGCTGACACGAG
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TCTCAGGAGATAAACCGATGCTTCCCTCTGGACTCATTTGTGTGGCCATATCCCTTCTTG
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CAAGAGTTTGAGAGCAGCCATGGATGCTAACAGACCTC

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 2

CO CL7084Contig1 713 2 2 U
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GAAGGTTCTTGAGAAAGTGGAGAGACAAGAAAGGAGCATTGTTCATGAAGTGGCCGAGAG
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TAGCGGTCTGGTTATTAGATTCCAGGATTGCGCGCGCCTGTTCAGACAGCAAGTGAGTTC
TAAGCAAACGTAGAGACAACAAAGATTCGAAAAAACATGAGATAAGAATCCAAAAATCTA
AATTCTATAAATAAAACAATGAAACAAAATAACATAATTAAATACAATGTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AV32TF U 1
AF RR1AV32JQ C 50
BS 1 711 RR1AV32TF
BS 712 713 RR1AV32JQ

RD RR1AV32TF 711 0 0
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TTCCTCCTATCAGGTTGTTCAAACTCATTAAAATGGGCGATTACACAATTCAGATAAGTT
CAAGGCTGATCAATCAGTTAGCTGAAGGCGACAATCAACCAAAGAGGAAGGCGAAGAAAA
CCAAACCCAAAGTGTCACCTCAGAGCAAGGCAGACCAAGCGAAAACACACCACCATGCAG
AGAAACCAAAGCCATGGCAGAACCACCGACGCAGTCACCACCATTCTTCTTCCCAGTACC
GCAACAAGTAGCAGCAAACACGGAGCTGGAATTGATAAAGTCCGTTTTGAAAGAGGGTGA
GAAGGTTCTTGAGAAAGTGGAGAGACAAGAAAGGAGCATTGTTCATGAAGTGGCCGAGAG
AGCCAATGATCTGAGGGAGAAAGAGTTTAAGATCCCGGAACCGAAACCAATGCCTTGCTC
TTCGGATCACGAAGCGTGGAAGAAATGCTACGAGGAGAATGTCGGCAACTCTTTGAAATG
TAGCGGTCTGGTTATTAGATTCCAGGATTGCGCGCGCCTGTTCAGACAGCAAGTGAGTTC
TAAGCAAACGTAGAGACAACAAAGATTCGAAAAAACATGAGATAAGAATCCAAAAATCTA
AATTCTATAAATAAAACAATGAAACAAAATAACATAATTAAATACAATGTA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1AV32JQ 664 0 0
TTCTCGATCTTTTCCTCCTATCAGGTTGTTCAAACTCATTAAAATGGGCGATTACACAAT
TCAGATAAGTTCAAGGCTGATCAATCAGTTAGCTGAAGGCGACAATCAACCAAAGAGGAA
GGGGAAGAAAACCAAACCCAAAGTGTCACCTCAGAGCAAGGCAGACCAAGCGAAAACACA
CCCCCATGCAGAGAAACCAAAGCCATGGCAGAACCACCGACGCAGTCACCACCATTTTTC
TTCCCAGTACCGCAACAAGTAGCAGCAAACACGGAGCTGGAATTGATAAAGTCCGTTTTG
AAAGAGGGTGAGAAGGTTCTTGAGAAAGTGGAGAGACAAGAAAGGAGCATTGTTCATGAA
GTGGCCGAGAGAGCCAATGATCTGAGGGAGAAAGAGTTTAAGATCCCGGAACCGAAACCA
ATGCCTTGCTTTTCGGATCACGAAGCGTGGAAGAAATGCTACGAGGAGAATGTCGGCAAC
TCTTTGAAATGTAGCGGTCTGGTTATTAGATTCCAGGATTGCGCGCGCCTGTTCAGACAG
CAAGTGAGTTCTAAGCAAACGTAGAGACAACAAAGATTCGAAAAAACATGAGATAAGAAT
CCAAAAATCTAAATTCTATAAATAAAACAATGAAACAAAATAACATAATTAAATACAATG
TACC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL7085Contig1 647 2 1 U
GGTTCACGGCCGGACCAGAGACGAGAAAGACGGCAAAAGGTTTAGAGCCGACTGGGGCGC
CATCAAGGAGGTGAGAAACGCTCTGAGAATCCCTGTTTTAGCGAATGGGAACGGGAGATT
CATTGAAGATGTGGAGGACTGCATCAGAGAGACGGGCGTCGAAGGTGTCCTTTCCGCCGA
GACGCTCCTTGAAAACCCGGCGGTGTTTGCCGGGTTTAGAACAGCTGAATGGGCTGAAGA
TAATGAAGAAGGAGAGGGATACGTCGATGGAGGGTTGGATCAGGGAGATTTAGTTGTTGA
GTATTTGAAGTTATGTGAGAAGCATCCGGTTCCGTGGAGGATGATTCGGTCCCACGTGCA
TAAGATGTTGGGAGATTGGTTTAAGGTTCATCCACATGTTAGGGAGCAGCTCAATGCTCA
GAACATATTAACGTTTGAGTTTCTGTACGGTCTAGTGGACCAGCTTAAAGAGCTTGGAGG
ACGAGTTCCGCTCTACAAGAAAAGGAAGATGGATCCTCCACAAGAGTCTACACCAAATGG
TTTAGAGAGTTGAACCTATGCATTCTTGATTCATTGGTATTTTTATGTTGTATCATTGTC
CAAATACTTTTTGAAGTAAAACTCTCTTATAAACTAAATTGTTTATT


BQ
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AF RR1CM57JQ C 1
AF RR1CM57TF U 1
BS 1 647 RR1CM57TF

RD RR1CM57JQ 647 0 0
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QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1CM57TF 647 0 0
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CATCAAGGAGGTGAGAAACGCTCTGAGAATCCCTGTTTTAGCGAATGGGAACGGGAGATT
CATTGAAGATGTGGAGGACTGCATCAGAGAGACGGGCGTCGAAGGTGTCCTTTCCGCCGA
GACGCTCCTTGAAAACCCGGCGGTGTTTGCCGGGTTTAGAACAGCTGAATGGGCTGAAGA
TAATGAAGAAGGAGAGGGATACGTCGATGGAGGGTTGGATCAGGGAGATTTAGTTGTTGA
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TAAGATGTTGGGAGATTGGTTTAAGGTTCATCCACATGTTAGGGAGCAGCTCAATGCTCA
GAACATATTAACGTTTGAGTTTCTGTACGGTCTAGTGGACCAGCTTAAAGAGCTTGGAGG
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CAAATACTTTTTGAAGTAAAACTCTCTTATAAACTAAATTGTTTATT

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

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GAACTGCTTCTATTATTCTCTTCACTACTTCTCGATGCCTCAGGTTCCTTGGCGGCAGAT
CCAGTGGCGCCTTGACTCTTCTTACCCGTTAGCACTGCATGGGCTCAGCGTCGAGCACAA
CACAGTAAACACATTCTCTCTTTTACCCAGCCCTTGGTTTTTTGGATGGCTCTTGTTCTC
TTTCCACCAAAAGGGGGATTTTCGTTTCAGCCTAAGGAGCTCGTCTTCGTCCTCCTCTGG
CTGCTTCCGTGGAGGAGGCTTATAGTCTTCATCATCTTCATCGTCCTCATAGTCAACCAA
GCCTCCAGATCTCGTGCTGGAAGAAGAAGAAGGGCTTGCATCCACTCCATTTGGAAGATG
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ACGTTCTAAGCACTGTTCATACTTGAGCTTGAAAGCCTGGATGC


BQ
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AF RR1B771TF C 1
AF RR1B771JQ U 137
BS 1 136 RR1B771TF
BS 137 342 RR1B771JQ
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BS 432 433 RR1B771TF
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RD RR1B771TF 459 0 0
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TAAAATACTAAAAATTCAAAAATTTATAGTGTGGCTGCACCGCCATTTACAGCCATTTCA
GGTGGTGATGATTTTTGAGCTACTACCACGGATTCTTCCGCATTTAGCTTTCCATTCTCC
GATGATGTTCCCTCTTCACAACAGCAAAATCCATCATCCTC*TTATGGCTTTCATCATCT
GAACTGCTTCTATTATTCTCTTCACTACTTCTCGATGCCTCAGGTTCCTTGGCGGCAGAT
CCAGTGGCGCCTTGACTCTTCTTACCCGTTAGCACTGCATGGGCTCAGCGTCGAGCACAA
CACAGTAAACACATTCTCTCTTTTACCCAGCCCTTGGTTTTTTGGATGGCTCTTGTTCTC
TTTCCACCAAAAGGGGGATTTTCGTTTCAGCCTAAGGAG

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR1B771JQ 688 0 0
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CACAACAGCAAAATCCATCATCCTCCTTATGGCTTTCATCATCTGAACTGCTTCTATTAT
TCTCTTCACTACTTCTCGATGCCTCAGGTTCCTTGGCGGCAGATCCAGTGGCGCCTTGAC
TCTTCTTACCCGTTAGCACTGCATGG*CTCAGCGTCGAGCACAACACAGTAAACACATTC
TCTCTTTTACCCAGCC*TTGGTTTTTTGGATGGCTCTTGTTCTCTTTCCACCAAA**GGG
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GGCTTATAGTCTTCATCATCTTCATCGTCCTCATAGTCAACCAAGCCTCCAGATCTCGTG
CTGGAAGAAGAAGAAGGGCTTGCATCCACTCCATTTGGAAGATGAGGCTTTGCTTCATCT
TTCTGTGTCTTAGAATCAGGTTTTTCCTTTTGTGTATTAGAAGCAGATGCAGAATCTTCT
TCATCGCTCTCTTCATTGAAATAATCTTCCTCCTCTTTATCCAATGCACGCTCCTCAACT
CTTCTTCTCGGATCAACCGCATCGGCTGTGCTTTTCGGTTCGGCACGTTCTAAGCACTGT
TCATACTTGAGCTTGAAAGCCTGGATGC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

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GGACAATCCAAAAGTCTCTCTCTCTATTTCTCTCTCTTTACAGTTTTCTCTCTAACGGCG
AAGCAATGGGTTTTCCGGTGGGCTATTCCGAGCTCCTACTCCCAAAAATCTTCATTCATG
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TACCCGATTTCTTGGAACCCGAACCGGTTACATCTTCATGGCCCGACCCACCACCAAACT
CCACCACCTCAAGCCACCATGACTCACACTTGTTTTCAGCAGCGCTGCTAGCTGGACAGA
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GTCGTACGCAGTTTGTACCTGATGAGCTTCAAATGGACTTTAAACAAAAGCTTTGGTCGG
AATCTAGTGAAGACGTTTCTGAACTTCTTGCTCAATCATCTTATAGGGCATAGTTCTTTT
TCCTCTCGCTTGACATGGTAACATGAAAGGTTATTTTCTTTGTTAATACTTTTTTGTTAG
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TATTATTTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS85TF U 1
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BS 543 790 RR1GS85JQ

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AA

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DS 

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CACCATGACTCACACTTGTTTTCAGCAGCGCTGCTAGCTGGACAGATCTTGCCCGTTGTC
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GTTTCTGAACTTCTTGCTCAATCATCTTATAGGGCATAGTTCTTTTTCCTCTCGCTTGAC
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GTAGCTAATGGATGTAAATTAAAAATAGACAGTGGTTACAGGCTAGTGAAAGAAGAAGAA
GAGAACTTGTATCATCTATTCAGAAAAAGGAAACTAAAGTTTGAGTTATTATTTGG

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL7088Contig1 1018 2 8 U
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TCCGGCATGCACTATCCTTACACCAGACCCGGATTCATCGGAGCTTCAGATACCCAGACC
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AGCACAGTGATAATGCCTCGGTCCGATTCCGACACTTGTCAAGTTTGTAGAATCGATGGT
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BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
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AF RR1AQ02TF U 1
AF RR1AQ02JQ C 235
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GAAGAAGATGGGGTTACTAGTAATAGTAGTGGAAGAGAGGGCTCTTTGACGGCGGCGAAG
AAAGCGGAAGGCGGGAAGATAAGGAAGAGGAAGAACAAGAAGAATGGATACAGAGGAGTG
AGGCAGAGACCTTGGGGAAAGTTTGCAGCTGAGATCAGAGATCCTAAGAGATCGGTACGT
GTCTGGCTCGGCACCTTTGAAACAGCTGAGGACGCGGCTAGGGCCTATGATCGAGCCGCT
GTTGGGTTCCGTGGGCCACGGGCTAAACTAAACTTCCCGTTTATGGACTACACTTCATCT
ACCTCTCACGTTGAGAATGAAAGTACAAGTGTGAGTGCAAGAGCGAGTGCGAGCGTAAGC
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TTGAAGATGATGATGATGATGGATTTTGGGAGTGGAGATTCTTCAGATTCAG*AAACACA
*TTGCTGATATGTTTCAGTGATATTTTT*ACTTTGTTCTTTATTCTTGGCTTGTT

QA 1 895 1 895
DS 

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GCGAAGAAAGCGGAAGGCGGGAAGATAAGGAAGAGGAAGAACAAGAAGAATGGATACAGA
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GCCGCTGTTGGGTTCCGTGGGCCACGGGCTAAACTAAACTTCCCGTTTATGGACTACACT
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TTTTATAGTTAAGTGCTAGAGGAAAGTGACACTCGCTTGGCTTGTTCAAACTGAGTAAGA
TTTTGCCATGTAATTAGTAGTCTCAAGTTTATGTGTTTCTTTAATTGGTCAACTCTATGT
TAAG

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

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AAATACAACGAGATAGCGAAGAAGAAGAGAGAGGCGAAAGCGGATAGAAAGCGAGCTATC
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AAACGTCAGAGAAAACTCCTCCGAAAATGGCGCCGAGAGCAGAAAGAGATGGTGGAGAAG
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AAGAGATCCCCTAGAAAGTTTAGCGTGAAGAAGACCTTGAAGCTTAATAAACTAAAGAAT
AAAGCAGGCAAGAAGAAGAGAAGCCAGGGAGCTACTCCTAGCCAAGTATCTCCTGCTGAT
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CTG


BQ
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10 10 10 

AF RR1GK14TF U 1
AF RR1GI54TF U 7
BS 1 377 RR1GK14TF
BS 378 378 RR1GI54TF
BS 379 568 RR1GK14TF
BS 569 603 RR1GI54TF

RD RR1GK14TF 568 0 0
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AAATACAACGAGATAGCGAAGAAGAAGAGAGAGGCGAAAGCGGATAGAAAGCGAGCTATC
CACGGAGATCCACTCACCAATAAACTGAAGAGCAGAGCTCCGGTTCTCTCCGTCTCCGGA
AAACGTCAGAGAAAACTCCTCCGAAAATGGCGCCGAGAGCAGAAAGAGATGGTGGAGAAG
GGTCTTGTAACCATGGAGGATGTCGAGATGGCTTCTGCTGATGCTGCATCAGAAGAATCC
AAGAGATCCCCTAGAAAGTTTAGCGTGAAGAAGACCTTGAAGCTTAATAAACTAAAGAAT
AAAGCAGGCAAGAAGAATAGAAGCCAGGGAGCTACTCCTAGCCAAGTATCTCCTGCTGAT
CAGATGCTGGAATGAGTGTAAATCTTGAATCATCTCATAGGATCTCATTTTTTAATAAGT
TTTCTGAATCCTATAGTTTCTCTAATGTTTTTCTTAAAAAAAGATCTCATTTTGTATTCT
GGCCGGGAATCGGGTTCTACTACTTCTG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1GI54TF 597 0 0
G
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ACGAGATAGCGAAGAAGA*GAGAGAGGCGAAAGCGGATAGAAAGCGAGCTATCCACGGAG
ATCCACTCACCAATAAACTGAAGAGCAGAGCTCCGGTTCTCTCCGTCTCCGGAAAACGTC
AGAGAAAACTCCTCCGAAAATGGCGCCGAGAGCAGAAAGAGATGGTGGAGAAGGGTCTTG
TAACCATGGAGGATGTCGAGATGGCTTCTGCTGATGCTGCATCAGAAGAATCCAAGAGAT
CCCCTAGAAAGTTTAGCGTGAAGAAGACCTTGAAGCTTAATAAACTAAAGAATAAAG***
GCAAGAAGAAGAGAAGCTAGGGAGCTACTCCTAGCCAAGTATCTCCTGCTGATCAGATGC
TGGAATGAGTGTAAATCTTGAATCATCTCATAGGATCTCATTTTTTAATAAGTTTTCTGA
ATCCTATAGTTTCTCTAATGTTTTTCTTAAAAAAAGATCTCATTTTGTATTCTGGCCGGG
AATCGGGTTCTACTACTTCTGTATTATATGTCAAATTTGCAATACTACTACTTCTG

QA 2 597 2 597
DS 



AS 1 2

CO CL7090Contig1 912 2 2 U
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TGGGCAGTTGGAGATTGCAGGTCGTGCAATCAAGGTGTCAGCTGTAACAGATCAAACTGA
AGTCCCAGACGCTGGACAAGCGCAAAACACTGGTGATCTGGATGATGATGATGGGGCGGG
CCTGTCTCTGAATGCACAATCGCGGGCTGCACTCATGATGAAGCTCGATCGCAGTGGAGC
TGCATCAAGCACTGGCCTTACTGCAGTTCCTTCTATTCTCGGTGCAACTTCGACCGTCTC
TCCGCTTGTGGCTCCTCTTGTACAAGGGGGTTTCCCTGCTGTTGCTGGACTCGCAGGGCT
CGGTGTAAATGTTCCAGCTGTTGTCGACCCAGTTGGTGTCCCCAGCGAATGTCTACTGCT
TAAAAACATGTTTGATCCATCCACAGAGACTGAACTTAGTTTTGACGAGGACATCGAGGA
AGATGTTCGAGATGAATGCTCCAAGTTCGGAAAACTGAATCATATCTTTGTTGACAAGAA
CAGCATGGGTTTTGTCTACTTGAGATTTGAGAATGCACAAGCAGCAATGGGAGCGCAACG
TGCTCTCCATGGAAGATGGTTTGCCGGGAAGATGATTACAGCTACTTACATGACTACAGA
GACTTACGAGGCCAAGTTCCCTCAGAGTAAGTAGAGAGCTTCATGAGAACGTAAGCCTGG
GAAAAAAAATTAAGGTTTGTATTTTGGTGGAGCAGAGAAACAGTTTTTTTTTAGTATGGA
CTTTCTAGCATCAGTGAAGATGGTATTTTAGATAATGAAGCTTTTGTCTTATGGCTATTA
AAGAAATCCAAATCTTTGACTAACGTTTCTTGTATTATTAACCTCGGTATTGTATTGTGT
GTGTTGGTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C593TF U 1
AF RR1C593JQ C 76
BS 1 721 RR1C593TF
BS 722 912 RR1C593JQ

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CCTGTCTCTGAATGCACAATCGCGGGCTGCACTCATGATGAAGCTCGATCGCAGTGGAGC
TGCATCAAGCACTGGCCTTACTGCAGTTCCTTCTATTCTCGGTGCAACTTCGACCGTCTC
TCCGCTTGTGGCTCCTCTTGTACAAGGGGGTTTCCCTGCTGTTGCTGGACTCGCAGGGCT
CGGTGTAAATGTTCCAGCTGTTGTCGACCCAGTTGGTGTCCCCAGCGAATGTCTACTGCT
TAAAAACATGTTTGATCCATCCACAGAGACTGAACTTAGTTTTGACGAGGACATCGAGGA
AGATGTTCGAGATGAATGCTCCAAGTTCGGAAAACTGAATCATATCTTTGTTGACAAGAA
CAGCATGGGTTTTGTCTACTTGAGATTTGAGAATGCACAAGCAGCAATGGGAGCGCAACG
TGCTCTCCATGGAAGATGGTTTGCCGGGAAGATGATTACAGCTACTTACATGACTACAGA
GACTTACGAGGCCAAGTTCCCTCAGAGTAAGTAGAGAGCTTCATGAGAACGTAAGCCTGG
G

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1C593JQ 837 0 0
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ACAATCGCGGGCTGCACTCATGATGAAGCTCGATCGCAGTGGAGCTGCATCAAGCACTGG
CCTTACTGCAGTTCCTTCTATTCTCGGTGCAACTTCGACCGTCTCTCCGCTTGTGGCTCC
TCTTGTACAAGGGGGTTTCCCTGCTGTTGCTGGACTCGCAGGGCTCGGTGTAAATGTTCC
AGCTGTTGTCGACCCAGTTGGTGTCCCCAGCGAATGTCTACTGCTTAAAAACATGTTTGA
TCCATCCACAGAGACTGAACTTAGTTTTGACGAGGACATCGAGGAAGATGTTCGAGATGA
ATGCTCCAAGTTCGGAAAACTGAATCATATCTTTGTTGACAAGAACAGCATGGGTTTTGT
CTACTTGAGATTTGAGAATGCACAAGCAGCAATGGGAGCGCAACGTGCTCTCCATGGAAG
ATGGTTTGCCGGGAAGATGATTACAGCTACTTACATGACTACAGAGACTTACGAGGCCAA
GTTCCCTCAGAGTAAGTAGAGAGCTTCATGAGAACGTAAGCCTGGGAAAAAAAATTAAGG
TTTGTATTTTGGTGGAGCAGAGAAACAGTTTTTTTTTAGTATGGACTTTCTAGCATCAGT
GAAGATGGTATTTTAGATAATGAAGCTTTTGTCTTATGGCTATTAAAGAAATCCAAATCT
TTGACTAACGTTTCTTGTATTATTAACCTCGGTATTGTATTGTGTGTGTTGGTTGCC

QA 1 837 1 837
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7092Contig1 743 2 16 U
GGGAGAGAAAGCAGAAAGGATATGTGGCGGGAGAAGAGAGAGAGGTTACACTTCAATGGC
GTCTCTCCAACTCTGCGACGGTTATCTTCTCTCTAAGCCCTCTGTATCTCCACGCTTCCG
TCTCCCCCAACGAATCTCTCACCGCCTCATCCCCACCAAAGCATCCGCTTCTCCTCCTCC
ACCATCACCATCTTCATCTTCTTCACTGTCTCTCACTCGGCGGGACCTTCCCTACCAATC
GGCGGCAGTATCACTCTCCCTTTCCTCCATCGTCGGACCAGCTAAAGCTGATGAACAGTT
ATCCGAATGGGAAAGAGTCTTCCTCCCAATCGATCCCGGCGTCGTTCTTCTCGACATTGC
TTTCGTCCCCGACGAGCCTAGCCGCGGGTTTCTACTGGGGACGAGGCAGACTCTGTTAGA
GACCAAAGACGGTGGAAACACATGGGCCCCACGATCAATCCCTTCAGCCGAAGAAGAGGA
TTTCAACTACAGGTTCAATTCGATCAGCTTCAAAGGCAAAGAAGGGTGGATCATCGGCAA
GCCTGCTATCTTGCTGTACACTGCCGATGCCGGAGAGAATTGGGATCGAATCCCCCTTAG
CTCTCAACTTCCTGGTGATATGGTGTTTATAGAGGCGACGGGAGAAAAGAGCGCCGAGAT
GGTTACAGATGAAGGTGCTATCTATGTTACTTCTAACAAGGGATATAACTGGAAAGCTGC
TATCAGAAACAGTGTCAGCTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AE46TF U 1
AF RR1FB65TF U 24
BS 1 271 RR1AE46TF
BS 272 272 RR1FB65TF
BS 273 295 RR1AE46TF
BS 296 296 RR1FB65TF
BS 297 441 RR1AE46TF
BS 442 442 RR1FB65TF
BS 443 468 RR1AE46TF
BS 469 469 RR1FB65TF
BS 470 486 RR1AE46TF
BS 487 487 RR1FB65TF
BS 488 606 RR1AE46TF
BS 607 607 RR1FB65TF
BS 608 651 RR1AE46TF
BS 652 652 RR1FB65TF
BS 653 723 RR1AE46TF
BS 724 743 RR1FB65TF

RD RR1AE46TF 723 0 0
GGGAGAGAAAGCAGAAAGGATATGTGGCGGGAGAAGAGAGAGAGGTTACACTTCAATGGC
GTCTCTCCAACTCTGCGACGGTTATCTTCTCTCTAAGCCCTCTGTATCTCCACGCTTCCG
TCTCCCCCAACGAATCTCTCACCGCCTCATCCCCACCAAAGCATCCGCTTCTCCTCCTCC
ACCATCACCATCTTCATCTTCTTCACTGTCTCTCACTCGGCGGGACCTTCCCTACCAATC
GGCGGCAGTATCACTCTCCCTTTCCTCCATCTTCGGACCAGCTAAAGCTGATGAATAGTT
ATCCGAATGGGAAAGAGTCTTCCTCCCAATCGATCCCGGCGTCGTTCTTCTCGACATTGC
TTTCGTCCCCGACGAGCCTAGCCGCGGGTTTCTACTGGGGACGAGGCAGACTCTGTTAGA
GACCAAAGACGGTGGAAACACGTGGGCCCCACGATCAATCCCTTCAGCTGAAGAAGAGGA
TTTCAATTACAGGTTCAATTCGATCAGCTTCAAAGGCAAAGAAGGGTGGATCATCGGCAA
GCCTGCTATCTTGCTGTACACTGCCGATGCCGGAGAGAATTGGGATCGAATCCCCCTTAG
CTCTCAGCTTCCTGGTGATATGGTGTTTATAGAGGCGACGGGAGAAAAGAGTGCCGAGAT
GGTTACAGATGAAGGTGCTATCTATGTTACTTCTAACAAGGGATATAACTGGAAAGCTGC
TAT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1FB65TF 720 0 0
GG
GGCGGGAGAAGAGAGAGAGGTTACACTTCAATGGCGTCTCTCCAACTCTGCGACGGTTAT
CTTCTCTCTAAGCCCTCTGTATCTCCACGCTTCCGTCTCCCCCAACGAATCTCTCACCGC
CTCATCCCCACCAAAGCATCTGCTTCTCCTCCTCCACCATCACCATCTTCATCTTCTTCA
CTGTCTCTCACTCGGCGGGACCTTCTCTACCAATCGGCGGCAGTATCACTCTCCCTTTCC
TCCATCGTCGGACCAGCTAAAGCTGATGAACAGTTATCCGAATGGGAAAGAGTCTTCCTC
CCAATCGATCCCGGCGTCGTTCTTCTCGACATTGCTTTCGTCCCCGACGAGCCTAGCCGC
GGGTTTCTACTGGGGACGAGGCAGACTCTGTTAGAGACCAAAGACGGTGGAAACACATGG
GCCCCACGATCAATCCCTTCAGCCGAAGAAGAGGATTTCAACTACAGGTTCAATTCGATC
TGCTTCAAAGGCAAAGAAGGGTGGATCATTGGCAAGCCTGCTATCTTGTTGTACACTGCC
GATGCCGGAGAGAATTGGGATCGAATCCCCCTTAGCTCTCAACTTCCTGGTGATATGGTG
TTTATAGAGGCGACTGGAGAAAAGAGCGCGGAGATGGTTACGGATGAAG*TGCTATCTAT
GTTACTTCTAACA*GGGATATAACTGGAAAGCTGCTATCAGAAACAGTGTCAGCTACT

QA 3 720 3 720
DS 



AS 1 2

CO CL7093Contig1 656 2 2 U
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AGAGAAGCAAAGTGATTAATCAAAGCTAAAGCATTACTCGTTAAATGAGCAATAACCAAA
ATCCTTTCTCTAACAAAAACCTTAACCTTCCCATTCATGTCATCTCCTTCAAATCCGTCG
GTGCACGTGTTCTCATCGGTCAGAGCCGCACTAACCCATGTCTGAATATCACTCATGTAT
ACCTCATAGCTCGAGCCACTTAGCTGACCCATCTCACCAATTGATTTCCTAAGCTCATCC
AACGTGTCACCTAACTCCTCGACGCAGTCTCTCATGGCCGAAACTTCTCTTGGCTTGAGC
CGTCTACTAATCGAGAGACGCACCATCATTGCTGATGTAGCTTTTGCCGAGGCTAATGTG
ATGTTGAGAGCCGCGTGAGCCATAAGCTTGGGGCTGGTTTGGATGAGACTGGAATGAGTT
GAGAGTGAAGTGACACAGAGTCTTGGATATGTTGTGACTGTGCACGATGATTTTACGAAC
TCTGTGTTTGTTGCTGTTGTATGGACCGACTTGAGTGTGGTTATGGTTATGGCTACCGTT
ATGAGAAGAGACGTGAGGAAGTGATGAGTAGCTCTAAAAGATTCAGCCATCTCTTT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BJ84TF C 1
AF RR1BJ84JQ U 5
BS 1 4 RR1BJ84TF
BS 5 656 RR1BJ84JQ

RD RR1BJ84TF 655 0 0
GTCAAACAGAAATTTTCAATAAAAACGAAACTAAAAATATCTCAGTCTCTCTTACCATGA
AGAGAAGCAAAGTGATTAATCAAAGCTAAAGCATTACTCGTTAAATGAGCAATAACCAAA
ATCCTTTCTCTAACAAAAACCTTAACCTTCCCATTCATGTCATCTCCTTCAAATCCGTCG
GTGCACGTGTTCTCATCGGTCAGAGCCGCACTAACCCATGTCTGAATATCACTCATGTAT
ACCTCATAGCTCGAGCCACTTAGCTGACCCATCTCACCAATTGATTTCCTAAGCTCATCC
AACGTGTCACCTAACTCCTCGACGCAGTCTCTCATGGCCGAGACTTCTCTTGGCTTGAGC
CGTCTACTAATCGAGAGACGCACCATCATTGCTGATGTAGCTTTTGCCGAGGCTAATGTG
ATGTTGAGAGCCGCGTGAGCCATAAGCTTGGGGCTGGTTTGGATGAGACTGGAATGAGTT
GAGAGTGAAGTGACACAGAGTCTTGGATATGTTGTGACTGTGCACGATGATTTTACGAAC
TCTGTGTTTGTTGCTGTTGTATGGACCGACTTGAGTGTGGTTATGGTTATGGCTACCGTT
ATGAGAAGAGACGTGAGGAAGTGATGAGTAGCTCTAAAAGATTCAGCCATCTCTT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1BJ84JQ 652 0 0
AACAGAAATTTTCAATAAAAACGAAACTAAAAATATCTCAGTCTCTCTTACCATGAAGAG
AAGCAAAGTGATTAATCAAAGCTAAAGCATTACTCGTTAAATGAGCAATAACCAAAATCC
TTTCTCTAACAAAAACCTTAACCTTCCCATTCATGTCATCTCCTTCAAATCCGTCGGTGC
ACGTGTTCTCATCGGTCAGAGCCGCACTAACCCATGTCTGAATATCACTCATGTATACCT
CATAGCTCGAGCCACTTAGCTGACCCATCTCACCAATTGATTTCCTAAGCTCATCCAACG
TGTCACCTAACTCCTCGACGCAGTCTCTCATGGCCGAAACTTCTCTTGGCTTGAGCCGTC
TACTAATCGAGAGACGCACCATCATTGCTGATGTAGCTTTTGCCGAGGCTAATGTGATGT
TGAGAGCCGCGTGAGCCATAAGCTTGGGGCTGGTTTGGATGAGACTGGAATGAGTTGAGA
GTGAAGTGACACAGAGTCTTGGATATGTTGTGACTGTGCACGATGATTTTACGAACTCTG
TGTTTGTTGCTGTTGTATGGACCGACTTGAGTGTGGTTATGGTTATGGCTACCGTTATGA
GAAGAGACGTGAGGAAGTGATGAGTAGCTCTAAAAGATTCAGCCATCTCTTT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL7094Contig1 647 2 1 U
GTAATTAAGAATATGCGTGTCATAATAAAAGAGTGGCATGCCACTTTTTATTACTAAACC
ATATTCCCTATGTTTTAAAAAATAGATTTTTAGTGTTTTCACACATATTAAGAAAATGCA
TTAAATCACTATAATAAACTTATTGTTTTCTGTAGTTTTCAATTTTCAACAACTTTTGGC
CAATAATAATCCAATAGAACCAATTAATTTTCTTAAAGCTTGTAATTTTTTCATAAAAAA
TATAAAACATACATCTTTAAAAACAGAGGGAGTATTAAGTACTACGTCATGATCAGTTTA
TACCAACTGGTACCTAATCAAGGGTAGTAACACATTTTAATCATAGTCGTCAAACCTAAT
TAAGAACAATGTTTCAGTCAAAAAAACAATGTAAACTTAATTAATTATTGTCTGTAGTTG
CTGTCATAACTTTTTTTTTAATGAAGTTGCTGTCATAACTTCATTCTATCCCACAGTAAT
ATTTGACATTCCAAGTACCTAAAAGCCCTGTTCGGAATCGCGCTAGGCGCTATCCGTGCG
GTAACTCCGGGTCTAGCGAGTTGTTAAAAACTCGGGATAAACTCGGGGTATACGCGGGGA
CTAGTTTTCTGGTTCACAATTGTTGTTTCTTCAACCATATCTAATAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CL14JQ C 1
AF RR1CL14TF U 1
BS 1 647 RR1CL14TF

RD RR1CL14JQ 647 0 0
GTAATTAAGAATATGCGTGTCATAATAAAAGAGTGGCATGCCACTTTTTATTACTAAACC
ATATTCCCTATGTTTTAAAAAATAGATTTTTAGTGTTTTCACACATATTAAGAAAATGCA
TTAAATCACTATAATAAACTTATTGTTTTCTGTAGTTTTCAATTTTCAACAACTTTTGGC
CAATAATAATCCAATAGAACCAATTAATTTTCTTAAAGCTTGTAATTTTTTCATAAAAAA
TATAAAACATACATCTTTAAAAACAGAGGGAGTATTAAGTACTACGTCATGATCAGTTTA
TACCAACTGGTACCTAATCAAGGGTAGTAACACATTTTAATCATAGTCGTCAAACCTAAT
TAAGAACAATGTTTCAGTCAAAAAAACAATGTAAACTTAATTAATTATTGTCTGTAGTTG
CTGTCATAACTTTTTTTTTAATGAAGTTGCTGTCATAACTTCATTCTATCCCACAGTAAT
ATTTGACATTCCAAGTACCTAAAAGCCCTGTTCGGAATCGCGCTAGGCGCTATCCGTGCG
GTAACTCCGGGTCTAGCGAGTTGTTAAAAACTCGGGATAAACTCGGGGTATACGCGGGGA
CTAGTTTTCTGGTTCACAATTGTTGTTTCTTCAACCATATCTAATAC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1CL14TF 647 0 0
GTAATTAAGAATATGCGTGTCATAATAAAAGAGTGGCATGCCACTTTTTATTACTAAACC
ATATTCCCTATGTTTTAAAAAATAGATTTTTAGTGTTTTCACACATATTAAGAAAATGCA
TTAAATCACTATAATAAACTTATTGTTTTCTGTAGTTTTCAATTTTCAACAACTTTTGGC
CAATAATAATCCAATAGAACCAATTAATTTTCTTAAAGCTTGTAATTTTTTCATAAAAAA
TATAAAACATACATCTTTAAAAACAGAGGGAGTATTAAGTACTACGTCATGATCAGTTTA
TACCAACTGGTACCTAATCAAGGGTAGTAACACATTTTAATCATAGTCGTCAAACCTAAT
TAAGAACAATGTTTCAGTCAAAAAAACAATGTAAACTTAATTAATTATTGTCTGTAGTTG
CTGTCATAACTTTTTTTTTAATGAAGTTGCTGTCATAACTTCATTCTATCCCACAGTAAT
ATTTGACATTCCAAGTACCTAAAAGCCCTGTTCGGAATCGCGCTAGGCGCTATCCGTGCG
GTAACTCCGGGTCTAGCGAGTTGTTAAAAACTCGGGATAAACTCGGGGTATACGCGGGGA
CTAGTTTTCTGGTTCACAATTGTTGTTTCTTCAACCATATCTAATAC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7096Contig1 903 2 6 U
GGAGTGTCTCAAAAGAAGGATGAAGGTAGCTGTGGTTGGTGTACCTAAAACCATAGACAA
TGATATTTTGCATATGGATAAAACTTTTGGGTTTGACACTGCTGTTGAAGAAGCACAACG
AGCTATTAACTCTGCATACATCGAGGCACATAGTGCATATCATGGCATAGGCATTGTGAA
AGATGGGTCGTAGCAGTGGATTCATCGCCATGCAAGCATCCTTAGCCAGCGGACAAGTCG
ACATTTGTCTCATTCCCGAGGTTCCTTTCAACCTCCATGGACCTGATGGTGTACTGAAAC
ATCTGAACTACCTTATCGAAACAAAAGGCTCTGCTGTAGTTTGCGTTGCGGAAGGAGCAG
GACAGAGTTTTCTTGAGAATACAAATGCAAAAGATGCATCTGGAAACAAAGTACTAGGTG
ATATTGGTGTTCACATTCAACAAGAGACGAAGAAGTACTTCAAGGAGATTGGTGTTTCGG
CAGATGTAAAGTACATAGATCCAACATACATGATCCGAGCTGTACGTGCAAATGCATCAG
ATGGAATCCTCTGCACGGTCTTAGGACAAAACGCTGTACATGGAGCCTTTGCTGGGTATA
GTGGGATCACTGTGGGGAAAATAAACAATCATTATGCTTACTTACCAATTCCTGAAGTGA
TTGCTTATGATAAATCAGTTGATCCCAATAGTCGAATGTGGCATCGTTGCTTAACTTCCA
CAGGTCAACCTGATTTTATCTAAGTCCTTATAACATTTGTGACTTTTTAAAGAGCTTCTA
GAAGAATAAAACTAGACACACGTCTACTTTCCATGTCAAGAAGATTTTCAAAAGTTTTCT
GTAGAAATGTATAGAGAGAAAATGGTTGTTAAGGTATCAGTTATCACAATTTTCTTCTCC
CTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1DP09TF U 1
AF RR1DP09JQ C 225
BS 1 685 RR1DP09TF
BS 686 686 RR1DP09JQ
BS 687 723 RR1DP09TF
BS 724 724 RR1DP09JQ
BS 725 786 RR1DP09TF
BS 787 903 RR1DP09JQ

RD RR1DP09TF 790 0 0
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TGATATTTTGCATATGGATAAAACTTTTGGGTTTGACACTGCTGTTGAAGAAGCACAACG
AGCTATTAACTCTGCATACATCGAGGCACATAGTGCATATCATGGCATAGGCATTGTGAA
AGATGGGTCGTAGCAGTGGATTCATCGCCATGCAAGCATCCTTAGCCAGCGGACAAGTCG
ACATTTGTCTCATTCCCGAGGTTCCTTTCAACCTCCATGGACCTGATGGTGTACTGAAAC
ATCTGAACTACCTTATCGAAACAAAAGGCTCTGCTGTAGTTTGCGTTGCGGAAGGAGCAG
GACAGAGTTTTCTTGAGAATACAAATGCAAAAGATGCATCTGGAAACAAAGTACTAGGTG
ATATTGGTGTTCACATTCAACAAGAGACGAAGAAGTACTTCAAGGAGATTGGTGTTTCGG
CAGATGTAAAGTACATAGATCCAACATACATGATCCGAGCTGTACGTGCAAATGCATCAG
ATGGAATCCTCTGCACGGTCTTAGGACAAAACGCTGTACATGGAGCCTTTGCTGGGTATA
GTGGGATCACTGTGGGGAAAATAAACAATCATTATGCTTACTTACCAATTCCTGAAGTGA
TTGCTTATGATAAATCAGTTGATCC*AATAGTCGAATGTGGCATCGTTGCTTAACTTCCA
CAG*TCAACCTGATTTTATCTAAGTCCTTATAACATTTGTGACTTTTTAAAGAGCTTCTA
GAAGAA
AAAA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR1DP09JQ 679 0 0
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GATGGTGTACTGAAACATCTGAACTACCTTATCGAAACAAAAGGCTCTGCTGTAGTTTGC
GTTGCGGAAGGAGCAGGACAGAGTTTTCTTGAGAATACAAATGCAAAAGATGCATCTGGA
AACAAAGTACTAGGTGATATTGGTGTTCACATTCAACAAGAGACGAAGAAGTACTTCAAG
GAGATTGGTGTTTCGGCAGATGTAAAGTACATAGATCCAACATACATGATCCGAGCTGTA
CGTGCAAATGCATCAGATGGAATCCTCTGCACGGTCTTAGGACAAAACGCTGTACATGGA
GCCTTTGCTGGGTATAGTGGGATCACTGTGGGGAAAATAAACAATCATTATGCTTACTTA
CCAATTCCTGAAGTGATTGCTTATGATAAATCAGTTGATCCCAATAGTCGAATGTGGCAT
CGTTGCTTAACTTCCACAGGTCAACCTGATTTTATCTAAGTCCTTATAACATTTGTGACT
TTTTAAAGAGCTTCTAGAAGAATAAAACTAGACACACGTCTACTTTCCATGTCAAGAAGA
TTTTCAAAAGTTTTCTGTAGAAATGTATAGAGAGAAAATGGTTGTTAAGGTATCAGTTAT
CACAATTTTCTTCTCCCTT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL7097Contig1 820 2 7 U
CACAGGAATCTTGGCTGCTGCTGGCAGAGACACGATCGCAAATATATGGGATCTTCGTTC
AGGAAGACAGATGCATAAACTGAAAGGGCATACAAAATGGATACGGCCACTTCGAATGGT
GGAAGATACCTTGATAACAGGGAGCGATGACTGGACAGCAAGAGTGTGGTCTATCTCCAG
AGGATCATGCGACGCTGTTTTAGCATGCCATGCTGGGCCAGTACAATCTGTTGAATACTC
CACACTCGACAAAGGAATAATCACAGGTTCCGCTGATGGATTGCTCCGTTTTTGGGAAAA
TGATGATGATGGCATTAAATGCGTGAAGAACATAACGCTCCATAATTCGTCTATACTATC
AATCAACGCTGGTGAGCATTGGTTAGGCATCGGAGCAGCGGATAACTCGATGTCTCTTTT
CCATCGTCCTTCTAACGCTGGAACCAAAGTCTCAGGCTGGCAACTGTACAGAGTACCCCA
AAAAACAGCCGCTGTGGTGAGATGTGTTGCGTCTGATCTGGAGAGGAAACGGATATGTAG
CGGTGGCCGGAATGGAGTTCTCCGGCTTTGGGATGCGACCATCAACATCTGATTTCACTT
CCACATCGTTGTTATTCCTGTGTATCATTTATTTTCTTTCTGCTTTTTCTTTTACTTTCG
CTTTTTCTTTTACTCTGGGTGTTTTTCATTTATGATTTTTTATCTTAGTTTACATCTTTT
TTGCTTTTTTTATGCCCTTTGAAGAAACATTTTGATTTTTTTCTTCTACTTTTTCTCGGT
GTAATCTTGTTATGTTTAATTACTTATAAATATGTTCGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY19TF U 32
AF RR1AA93JQ C 1
BS 1 31 RR1AA93JQ
BS 32 59 RR1DY19TF
BS 60 60 RR1AA93JQ
BS 61 397 RR1DY19TF
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BS 399 666 RR1DY19TF
BS 667 820 RR1AA93JQ

RD RR1DY19TF 635 0 0
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ACAAAATGGATACGGCCACTTCGAATGGTGGAAGATACCTTGATAACAGGGAGCGATGAC
TGGACAGCAAGAGTGTGGTCTATCTCCAGAGGATCATGCGACGCTGTTTTAGCATGCCAT
GCTGGGCCAGTACAATCTGTTGAATACTCCACACTCGACAAAGGAATAATCACAGGTTCC
GCTGATGGATTGCTCCGTTTTTGGGAAAATGATGATGATGGCATTAAATGCGTGAAGAAC
ATAACGCTCCATAATTCGTCTATACTATCAATCAACGCTGGTGAGCATTGGTTAGGCATC
GGAGCATCGGATAACTCGATGTCTCTTTTCCATCGTCCTTCTAACGCTGGAACCAAAGTC
TCAGGCTGGCAACTGTACAGAGTACCCCAAAAAACAGCCGCTGTGGTGAGATGTGTTGCG
TCTGATCTGGAGAGGAAACGGATATGTAGCGGTGGCCGGAATGGAGTTCTCCGGCTTTGG
GATGCGACCATCAACATCTGATTTCACTTCCACATCGTTGTTATTCCTGTGTATCATTTA
TTTTCTTTCTGCTTTTTCTTTTACTTTCGCTTTTT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1AA93JQ 820 0 0
CACAGGAATCTTGGCTGCTGCTGGCAGAGACACGATCGCAAATATATGGGATCTTCGTTC
AGGAAGACAGATGCATAAACTGAAAGGGCATACAAAATGGATACGGTCACTTCGAATGGT
GGAAGATACCTTGATAACAGGGAGCGATGACTGGACAGCAAGAGTGTGGTCTATCTCCAG
AGGATCATGCGACGCTGTTTTAGCATGCCATGCTGGGCCAGTACAATCTGTTGAATACTC
CACACTCGACAAAGGAATAATCACAGGTTCCGCTGATGGATTGCTCCGTTTTTGGGAAAA
TGATGATGATGGCATTAAATGCGTGAAGAACATAACGCTCCATAATTCGTCTATACTATC
AATCAACGCTGGTGAGCATTGGTTAGGCATCGGAGCAGCGGATAACTCGATGTCTCTTTT
CCATCGTCCTTCTAACGCTGGAACCAAAGTCTCAGGCTGGCAACTGTACAGAGTACCCCA
AAAAACAGCCGCTGTGGTGAGATGTGTTGCGTCTGATCTGGAGAGGAAACGGATATGTAG
CGGTGGCCGGAATGGAGTTCTCCGGCTTTGGGATGCGACCATCAACATCTGATTTCACTT
CCACATCGTTGTTATTCCTGTGTATCATTTATTTTCTTTCTGCTTTTTCTTTTACTTTCG
CTTTTTCTTTTACTCTGGGTGTTTTTCATTTATGATTTTTTATCTTAGTTTACATCTTTT
TTGCTTTTTTTATGCCCTTTGAAGAAACATTTTGATTTTTTTCTTCTACTTTTTCTCGGT
GTAATCTTGTTATGTTTAATTACTTATAAATATGTTCGAC

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL7098Contig1 930 2 4 U
GGAGGTCTCGTCTTTCTCTTATTCCATCCGACTCTGTCTCCAACAACTTCCTTCTCTCCC
TCACTACTAACCGAGTCATCACCATGGCCAAGAAGAAGAACAACAACAGCAACAGCGAGA
AAAAAGGAGACGGTGGCGGCGATAAGAAAACGCCATGTATCACCGTCGTTTTGAAGGTCG
GTATGCATTGCGATGGCTGCGCTTCCAAAATCGTCAAATGCCTCCGTGCCTTCAAAGGCG
TTGAGACGGTGAAAACAGAGTCAGAGAGTGGGAAGGTAACGGTGACCGGAGAAGTAGATC
CGGCTAAACTCCGGGAGACACTAGCAGAGAAGACAAAGAAGAAAGTCGAGCTGGTTTCTC
CTCAGCCCAAAAAGGAGAATAAGAACAAAAGCGATGATGACAAAAACAAAGAAAAGAAAT
CATCTGACGAGAAGAAACCCAAAGAGGCTCCGGTAACAACGGCAGTGTTGAAGCTGAACT
TCCACTGTGACGGTTGTGTCGCTAACATCCAAAAGACTGTCAATAAAACCAAAGGTGTGC
ACGGGATGACAATGGAGAAAGAGAAGCAGTTGGTGACGGTTAAAGGAACAATGGATGTGA
AGAAGCTGGTGGAGAGTTTGTCGGAGAAGCTGAAACGTCCGGTGGAGATTGTGCCGCCGA
AGAAGGATAAAGACAAAGACAATGGGTCTGGCGATAAGAAGAAAGGCGGCGGCGGCGAGG
GGGTGAATATGATGGAGTACGTGGCGGCTCAGCCTTACTATGAGTCAGCGTATTACCCGG
GTGGGCCATACGGATATTATCCGGTTCAAGCCCACGCGCCTCAGATGTTCAGTGATGAGA
ATCCGAATGCTTGCGTCGTTATGTGATGGTAGAGTTGTAAATATGCTTTAATCTTTGGGG
TATTTTCGGGAAAGACGAGTACTTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EE66TF U 1
AF RR1EE66JQ C 282
BS 1 665 RR1EE66TF
BS 666 666 RR1EE66JQ
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BS 689 930 RR1EE66JQ

RD RR1EE66TF 688 0 0
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TCACTACTAACCGAGTCATCACCATGGCCAAGAAGAAGAACAACAACAGCAACAGCGAGA
AAAAAGGAGACGGTGGCGGCGATAAGAAAACGCCATGTATCACCGTCGTTTTGAAGGTCG
GTATGCATTGCGATGGCTGCGCTTCCAAAATCGTCAAATGCCTCCGTGCCTTCAAAGGCG
TTGAGACGGTGAAAACAGAGTCAGAGAGTGGGAAGGTAACGGTGACCGGAGAAGTAGATC
CGGCTAAACTCCGGGAGACACTAGCAGAGAAGACAAAGAAGAAAGTCGAGCTGGTTTCTC
CTCAGCCCAAAAAGGAGAATAAGAACAAAAGCGATGATGACAAAAACAAAGAAAAGAAAT
CATCTGACGAGAAGAAACCCAAAGAGGCTCCGGTAACAACGGCAGTGTTGAAGCTGAACT
TCCACTGTGACGGTTGTGTCGCTAACATCCAAAAGACTGTCAATAAAACCAAAGGTGTGC
ACGGGATGACAATGGAGAAAGAGAAGCAGTTGGTGACGGTTAAAGGAACAATGGATGTGA
AGAAGCTGGTGGAGAGTTTGTCGGAGAAGCTGAAACGTCCGGTGGAGATTGTGCCGCCGA
AGAAG*ATAAAGACAAAGACAATGGGTC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1EE66JQ 649 0 0
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AAAGTCGAGCTGGTTTCTCCTCAGCCCAAAAAGGAGAATAAGAACAAAAGCGATGATGAC
AAAAACAAAGAAAAGAAATCATCTGACGAGAAGAAACCCAAAGAGGCTCCGGTAACAACG
GCAGTGTTGAAGCTGAACTTCCACTGTGACGGTTGTGTCGCTAACATCCAAAAGACTGTC
AATAAAACCAAAGGTGTGCACGGGATGACAATGGAGAAAGAGAAGCAGTTGGTGACGGTT
AAAGGAACAATGGATGTGAAGAAGCTGGTGGAGAGTTTGTCGGAGAAGCTGAAACGTCCG
GTGGAGATTGTGCCGCCGAAGAAGGATAAAGACAAAGACAATGGGTCTGGCGATAAGAAG
AAAGGCGGCGGCGGCGAGGGGGTGAATATGATGGAGTACGTGGCGGCTCAGCCTTACTAT
GAGTCAGCGTATTACCCGGGTGGGCCATACGGATATTATCCGGTTCAAGCCCACGCGCCT
CAGATGTTCAGTGATGAGAATCCGAATGCTTGCGTCGTTATGTGATGGTAGAGTTGTAAA
TATGCTTTAATCTTTGGGGTATTTTCGGGAAAGACGAGTACTTTTGTTT

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL7099Contig1 677 2 2 U
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GAGAAATCAAGGATCACACTATCCATCAAACAACTGGAAGATGATCCTCTTCTAGAGACA
TTGGACAAAGTGATTTTAAAGGACAGCTCTGGTGGATCTCCTTCACTAAGCTCGAACAAT
GGGGATACAATTGAGCCTCTTCCAGGTCTAGAAACTATACTTGAAGAGCTACTGCAAGAA
GACGGAATAGAAGCTGTGAAAATCAACAGGCAAGGATTTGAGAAAAGAGTGGTTTCACAA
GACCTACAACTTTGGCTCTCAAATACACCACCTTCGGAAGGAAAGTTTGTTCTTCTTGCA
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AAGAAAGCGTTACAGCGAGTACTAGAACGCGTCCCCTAAAGAGACTGTGCTTCTTAGCCC
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AAGTGGAGCAGCAGCTACTTGGGAAATCTAGAAAACGGGCAATGCAAATTCATTTGTATG
TGACACATAACACAACCTATGAAAAAAAATATGTTGATACTCACTCAATTCACATTATAT
AATTCCATTTACATACG


BQ
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AF RR1FA28TF U 1
AF RR1FA28JQ C 1
BS 1 622 RR1FA28TF
BS 623 677 RR1FA28JQ

RD RR1FA28TF 622 0 0
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GAGAAATCAAGGATCACACTATCCATCAAACAACTGGAAGATGATCCTCTTCTAGAGACA
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GACGGAATAGAAGCTGTGAAAATCAACAGGCAAGGATTTGAGAAAAGAGTGGTTTCACAA
GACCTACAACTTTGGCTCTCAAATACACCACCTTCGGAAGGAAAGTTTGTTCTTCTTGCA
CGTGCTGGAAGACAGGTACAAGAGATACATTTGACAACGTCTCTGGATCAACAAGGAATC
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CTAATTCAGCTATATGTGCATCTCGCCCAACAACAGTTGGGTCATCATAAGCATAATCAA
AAGTGGAGCAGCAGCTACTTGGGAAATCTAGAAAACGGGCAATGCAAATTCATTTGTATG
TGACACATAACACAACCTATGA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1FA28JQ 677 0 0
GTTAGAGATGTGTTACGTGATGGTGATGAGGTTCGAGTTATAGTCACAAATATCGACAAA
GAGAAATCAAGGATCACACTATCCATCAAACAACTGGAAGATGATCCTCTTCTAGAGACA
TTGGACAAAGTGATTTTAAAGGACAGCTCTGGTGGATCTCCTTCACTAAGCTCGAACAAT
GGGGATACAATTGAGCCTCTTCCAGGTCTAGAAACTATACTTGAAGAGCTACTGCAAGAA
GACGGAATAGAAGCTGTGAAAATCAACAGGCAAGGATTTGAGAAAAGAGTGGTTTCACAA
GACCTACAACTTTGGCTCTCAAATACACCACCTTCGGAAGGAAAGTTTGTTCTTCTTGCA
CGTGCTGGAAGACAGGTACAAGAGATACATTTGACAACGTCTCTGGATCAACAAGGAATC
AAGAAAGCGTTACAGCGAGTACTAGAACGCGTCCCCTAAAGAGACTGTGCTTCTTAGCCC
CTAATTCAGCTATATGTGCATCTCGCCCAACAACAGTTGGGTCATCATAAGCATAATCAA
AAGTGGAGCAGCAGCTACTTGGGAAATCTAGAAAACGGGCAATGCAAATTCATTTGTATG
TGACACATAACACAACCTATGAAAAAAAATATGTTGATACTCACTCAATTCACATTATAT
AATTCCATTTACATACG

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL7100Contig1 863 2 2 U
GCACGTATAAAAGAATTACTAATGCTCTGCTTCAGAGAAGGTATGAAGATACATATGGGG
AAATTCATTGATGGTACTGTACTAAGATAAAGGCTGCTTAGTATATTAAGACGAGAGTCT
GTAGTGGGGACAGAAATCTGCAGGATATTACTAAAGAAGACAAATCTCAGCTATGCCCAA
CAGAGTGGTTATTCCGTTTTGATATTTTAAATAAATGGAAAGAGTCTTCAACGGTTTCAG
TGCTGCCCAAATGTTTAGATGATATCAAGATGTCTGGTACGGCCTTACTGGGGAGAAGAG
CATTGTCTTTAAGCCAATATACTTTGTTTTGGGACCTTCTCGAGATTCCTTTTGTCAAAA
AGAGGAATAGAATTATTTTGGTTCAATGGAAAATTAGCTCAGAAGTCCAGTGAGAAAGTG
TTGAAGGATTCAATGAAACCATCACAAAACAGTTCTAAGGTAATTTTGTTACTTCATAAA
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GAGACAAAAGGCGTGGAATGCATTGGATTGCTTGCTGCAAGAAATTTTTATGTCTAATAA
ACCAGAGGAGAAGAAGGTGGTCAAGTAAAGTGATGGAAGATCTAACTCCAATGATGGAGC
TAGAATAGGAGGAAGCTTTATGCTTGGATCAACAAGTCCTGCAACCAAGTCTCCACCCAC
AAGTGTAGACAAGATAATCAGTTTTTATGTTTTTTTGTATTTATTATTTGATCCCAATAA
TCCAGAAACTACAGTTGATAGTGACGAAGCCTTTTCTTTTGTATTTCTTCAGTATAAATA
AAAAAATTTAAAATTTCTTTCTC


BQ
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AF RR1H232TF U 1
AF RR1H232JQ C 223
BS 1 583 RR1H232TF
BS 584 863 RR1H232JQ

RD RR1H232TF 583 0 0
GCACGTATAAAAGAATTACTAATGCTCTGCTTCAGAGAAGGTATGAAGATACATATGGGG
AAATTCATTGATGGTACTGTACTAAGATAAAGGCTGCTTAGTATATTAAGACGAGAGTCT
GTAGTGGGGACAGAAATCTGCAGGATATTACTAAAGAAGACAAATCTCAGCTATGCCCAA
CAGAGTGGTTATTCCGTTTTGATATTTTAAATAAATGGAAAGAGTCTTCAACGGTTTCAG
TGCTGCCCAAATGTTTAGATGATATCAAGATGTCTGGTACGGCCTTACTGGGGAGAAGAG
CATTGTCTTTAAGCCAATATACTTTGTTTTGGGACCTTCTCGAGATTCCTTTTGTCAAAA
AGAGGAATAGAATTATTTTGGTTCAATGGAAAATTAGCTCAGAAGTCCAGTGAGAAAGTG
TTGAAGGATTCAATGAAACCATCACAAAACAGTTCTAAGGTAATTTTGTTACTTCATAAA
TTGGTCTAAACAAGCAGAAGAAGAAGGCTAAAGGGAAACCGGAACATTATCTTCTGGTTG
GAGACAAAAGGCGTGGAATGCATTGGATTGCTTGCTGCAAGAA

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1H232JQ 641 0 0
AGTCTTCAACGGTTTCAGTGCTGCCCAAATGTTTAGATGATATCAAGATGTCTGGTACGG
CCTTACTGGGGAGAAGAGCATTGTCTTTAAGCCAATATACTTTGTTTTGGGACCTTCTCG
AGATTCCTTTTGTCAAAAAGAGGAATAGAATTATTTTGGTTCAATGGAAAATTAGCTCAG
AAGTCCAGTGAGAAAGTGTTGAAGGATTCAATGAAACCATCACAAAACAGTTTTAAGGTA
ATTTTGTTACTTCATAAATTGGTCTAAACAAGCAGAAGAAGAAGGCTAAAGGGAAACCGG
AACATTATCTTCTGGTTGGAGACAAAAGGCGTGGAATGCATTGGATTGCTTGCTGCAAGA
AATTTTTATGTCTAATAAACCAGAGGAGAAGAAGGTGGTCAAGTAAAGTGATGGAAGATC
TAACTCCAATGATGGAGCTAGAATAGGAGGAAGCTTTATGCTTGGATCAACAAGTCCTGC
AACCAAGTCTCCACCCACAAGTGTAGACAAGATAATCAGTTTTTATGTTTTTTTGTATTT
ATTATTTGATCCCAATAATCCAGAAACTACAGTTGATAGTGACGAAGCCTTTTCTTTTGT
ATTTCTTCAGTATAAATAAAAAAATTTAAAATTTCTTTCTC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL7101Contig1 639 2 2 U
CAGAACAGTTTCTTTTGTGAGAGACAACAAATAATTGTACATTTTGTTCTTCGAAACCGA
AGGATGTAAACGATATTAGCAGAGACAGACAGAAACAAAAGAAATAGTAACACAACAGAG
CAGGGAGAAGAATGTTCAACTGGAAGCGTGAGCATGAGAACGTGATGCCCAAATTCCAAA
CACTAGAAACCAGAAGACGAACAAGATCGCCCAGTAACGTGCTGGTCCGTACCTGATTCT
AGTCAGCACTACGAATCTGAAGAAGATGACTACTGTTAAAGCACAGAGTCCACCCAGGAG
TATGTGCAGTCCACTCTTTGCAGTTCTTTTCCCCACACGTGGAGCAATGAGCCAAGCCAA
AGTAACAGTGAGTAACCCTGTAGCGAGCAGTATCCCTGTACCTTCCACAGCCCATTTAGT
CGCTCTGCTCTCCATAGGCAATATATCAAACCCAACTACACCCAAAGGCTGTTCAGATGT
CACCTGAGAAGAAGCAGCCACCCCCGCAGCAACAGCTGAATTACCACTACCACTACTACT
ATTGTTGTTGTTGTTTGTACAATGCGGACCAAACCACAACGAAATCTCACTAAGCCGTTG
CCTTCGAATGGCTGCTACCGCATCAGGATCTATCCCCGC


BQ
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AF RR1F060TF C 1
AF RR1F060JQ U 17
BS 1 16 RR1F060TF
BS 17 639 RR1F060JQ

RD RR1F060TF 639 0 0
CAGAACAGTTTCTTTTGTGAGAGACAACAAATAATTGTACATTTTGTTCTTCGAAACCGA
AGGATGTAAACGATATTAGCAGAGACAGACAGAAACAAAAGAAATAGTAACACAACAGAG
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CACTAGAAACCAGAAGACGAACAAGATCGCCCAGTAACGTGCTGGTCCGTACCTGATTCT
AGTCAGCACTACGAATCTGAAGAAGATGACTACTGTTAAAGCACAGAGTCCACCCAGGAG
TATGTGCAGTCCACTCTTTGCAGTTCTTTTCCCCACACGTGGAGCAATGAGCCAAGCCAA
AGTAACAGTGAGTAACCCTGTAGCGAGCAGTATCCCTGTACCTTCCACAGCCCATTTAGT
CGCTCTGCTCTCCATAGGCAATATATCAAACCCAACTACACCCAAAGGCTGTTCAGATGT
CACCTGAGAAGAAGCAGCCACCCCCGCAGCAACAGCTGAATTACCACTACCACTACTACT
ATTGTTGTTGTTGTTTGTACAATGCGGACCAAACCACAACGAAATCTCACTAAGCCGTTG
CCTTCGAATGGCTGCTACCGCATCAGGATCTATCCCCGC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1F060JQ 623 0 0
GTGAGAGACAACAAATAATTGTACATTTTGTTCTTCGAAACCGAAGGATGTAAACGATAT
TAGCAGAGACAGACAGAAACAAAAGAAATAGTAACACAACAGAGCAGGGAGAAGAATGTT
CAACTGGAAGCGTGAGCATGAGAACGTGATGCCCAAATTCCAAACACTAGAAACCAGAAG
ACGAACAAGATCGCCCAGTAACGTGCTGGTCCGTACCTGATTCTAGTCAGCACTACGAAT
CTGAAGAAGATGACTACTGTTAAAGCACAGAGTCCACCCAGGAGTATGTGCAGTCCACTC
TTTGCAGTTCTTTTCCCCACACGTGGAGCAATGAGCCAAGCCAAAGTAACAGTGAGTAAC
CCTGTAGCGAGCAGTATCCCTGTACCTTCCACAGCCCATTTAGTCGCTCTGCTCTCCATA
GGCAATATATCAAACCCAACTACACCCAAAGGCTGTTCAGATGTCACCTGAGAAGAAGCA
GCCACCCCCGCAGCAACAGCTGAATTACCACTACCACTACTACTATTGTTGTTGTTGTTT
GTACAATGCGGACCAAACCACAACGAAATCTCACTAAGCCGTTGCCTTCGAATGGCTGCT
ACCGCATCAGGATCTATCCCCGC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL7102Contig1 791 2 6 U
GCTTCTTCAATAAGACAAGCTCTCGATAGTCCCTTGAACTACGCAAGAAGCTACTTGTCC
GAGATTCTTTCCTCGTGTGTTCGCCGAGTGATTTACCTAGACTCAGATGTGATCGTGGTC
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GAGTATTGCCAAGCTAACTTCACCACGTACTTCACAGATCGTTTCTGGTCAGATGCAAAA
TTCTCGAGCGTCTTTGACTCCAAGACGCCTTGCTACTTCAACACGGGAGTGATGGTGATC
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CAGAAAGAAGAAAGGATTTACGAGTTGGGTTCGTTGCCGCCGTTTCTTCTGGTGTTTTCA
GGAGAGATTGAGGCTATTGATCACCAGTGGAACCAGCATGGTCTAGGTGGAGACAATGTG
GTGAGTAGTTGTAGGTCTTTGCATCCTGGTCCGGTGAGTTTGATACATTGGAGTGGGAAA
GGGAAGCCATGGGTAAGGCTTGATGATGGTAAGCCTTGTCCTGTTGATTATTTATGGGCT
CCTTATGATCTACACAAGTCACAGAGACAGTATCTTCAATACAATCAAGACTTAGATATT
CTTTGATTCTTCTAAAATATTCTTTTTTTCCTAATTAATTTGATGGACTCTATTTTTTTG
GTTCGTACAAAGTTTTGCTCTATCTTTTGATGTAAATAAAACAATACACATTTGAAGATT
TACGTTGCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN47TF U 1
AF RR1EN47JQ C 235
BS 1 718 RR1EN47TF
BS 719 719 RR1EN47JQ
BS 720 760 RR1EN47TF
BS 761 761 RR1EN47JQ
BS 762 776 RR1EN47TF
BS 777 791 RR1EN47JQ

RD RR1EN47TF 776 0 0
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GACGATATCAAGAAGCTATGGAAGACTTCTTTAACCGGGTCAAGAACCATCGGCGCACCG
GAGTATTGCCAAGCTAACTTCACCACGTACTTCACAGATCGTTTCTGGTCAGATGCAAAA
TTCTCGAGCGTCTTTGACTCCAAGACGCCTTGCTACTTCAACACGGGAGTGATGGTGATC
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CAGAAAGAAGAAAGGATTTACGAGTTGGGTTCGTTGCCGCCGTTTCTTCTGGTGTTTTCA
GGAGAGATTGAGGCTATTGATCACCAGTGGAACCAGCATGGTCTAGGTGGAGACAATGTG
GTGAGTAGTTGTAGGTCTTTGCATCCTGGTCCGGTGAGTTTGATACATTGGAGTGGGAAA
GGGAAGCCATGGGTAAGGCTTGATGATGGTAAGCCTTGTCCTGTTGATTATTTATGGGCT
CCTTATGATCTACACAAGTCACAGAGACAGTATCTTCAATACAATCAAGACTTAGATATT
CTTTGATTCTTCTAAAATATTCTTTTTTTCCTAATTAATTTGATGGACTCTATTTTTT*G
GTTCGTACAAAGTTTTGCTCTATCTTTTGATGTAAATAAA*CAATACACATTTGAA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1EN47JQ 557 0 0
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GTGATCGATTTAGAGAGATGGAGAGAAGGAGAGTACACGAGAAAGATCGAGAACTGGATG
AGGATTCAGAAAGAAGAAAGGATTTACGAGTTGGGTTCGTTGCCGCCGTTTCTTCTGGTG
TTTTCAGGAGAGATTGAGGCTATTGATCACCAGTGGAACCAGCATGGTCTAGGTGGAGAC
AATGTGGTGAGTAGTTGTAGGTCTTTGCATCCTGGTCCGGTGAGTTTGATACATTGGAGT
GGGAAAGGGAAGCCATGGGTAAGGCTTGATGATGGTAAGCCTTGTCCTGTTGATTATTTA
TGGGCTCCTTATGATCTACACAAGTCACAGAGACAGTATCTTCAATACAATCAAGACTTA
GATATTCTTTGATTCTTCTAAAATATTCTTTTTTTCCTAATTAATTTGATGGACTCTATT
TTTTTGGTTCGTACAAAGTTTTGCTCTATCTTTTGATGTAAATAAAACAATACACATTTG
AAGATTTACGTTGCTCC

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

CO CL7103Contig1 700 2 4 U
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CATTCGAGAAGTTCCAAAAGATTCCCCATTAGGACGACTAAGAGGCAGTGACAATATAGT
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GAACGACACAACTGCAGCCGGTGTTCTTGCAGACATCATCGACATGCAGGATCTTTTTCC
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GGATTGTTTTTATTCATCATAAAAGATATAGTCTTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D223TF U 1
AF RR1D223JQ C 15
BS 1 589 RR1D223TF
BS 590 590 RR1D223JQ
BS 591 642 RR1D223TF
BS 643 700 RR1D223JQ

RD RR1D223TF 642 0 0
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TGCTAAAACGCTGGGGTATACTGAACCAGATCCACGTGGTGACCTTAGTGGCATGGATGT
TGCTAGAAAGGGTTTGATTCTTGCTCGACTTCTTGGGAAGAGGATAATTATGGATAGCAT
TAAGATAGAGAGCTTGTACCCTGAAGAGATGAGACCTGGAGTGATGACTGTGGATGATTT
CCTCGAGAATGGAATAGCAAAACTTGATCAGAGCATTGAGGAGAGAGTTAAAAGAGCTTC
ATCAAACGGGTGTGTGCTTCGTTATGTTTGTGTGATTGAGGGCTCAAGCGTTCAAGTTGG
CATTCGAGAAGTTCCAAAAGATTCCCCATTAGGACGACTAAGAGGCAGTGACAATATAGT
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GAACGACACAACTGCAGCCGGTGTTCTTGCAGACATCATCGACATGCAG*ATCTTTTTCC
TTGAGAGAGAGCATGTGATCTGGTCATCATATCACAGTAATA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1D223JQ 686 0 0
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TGATTCTTGCTCGACTTCTTGGGAAGAGGATAATTATGGATAGCATTAAGATAGAGAGCT
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TGCTTCGTTATGTTTGTGTGATTGAGGGCTCAAGCGTTCAAGTTGGCATTCGAGAAGTTC
CAAAAGATTCCCCATTAGGACGACTAAGAGGCAGTGACAATATAGTAGAGATACGTAGCC
GTTGCTACAAGGAGCAGCCTTTGGTGATTCAAGGTGCCGGAGCCGGGAACGACACAACTG
CAGCCGGTGTTCTTGCAGACATCATCGACATGCAGGATCTTTTTCCTTGAGAGAGAGCAT
GTGATCTGGTCATCATATCACAGTAATAATAAACCTAATTTTCAAAGGATTGTTTTTATT
CATCATAAAAGATATAGTCTTTTGCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7104Contig1 623 2 1 U
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GCTGTCTGCGATACATTCCCTGCGCTCCACACTTGTTCAGGCAGGCATTCGCTTGTCATG
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CACACAGCTTACCCTCACCCGGCTCATTGAACCAGTCTCTAAGGCATAAGGGTCTCTTCT
TTGGTATCTGTACATATAAGCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DH17JQ C 1
AF RR1DH17TF U 1
BS 1 623 RR1DH17TF

RD RR1DH17JQ 623 0 0
GAAGTTCTAAATCTTTGTGGCTGTGTTGAAGCTGTATCTGACAATGCATTGCAGGCTATT
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CACACAGCTTACCCTCACCCGGCTCATTGAACCAGTCTCTAAGGCATAAGGGTCTCTTCT
TTGGTATCTGTACATATAAGCCT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1DH17TF 623 0 0
GAAGTTCTAAATCTTTGTGGCTGTGTTGAAGCTGTATCTGACAATGCATTGCAGGCTATT
GGAGAAAACTGCAGTCAGATGCAATCACTAAACTTGGGATGGTGTGAGAATGTAAGTGAT
GATGGAGTCATGAGTTTATCTTATGGCTGTCCTGATCTAAGAACCCTTGATCTTTGTGGA
TGTGTTCTTATTACAGATGAGAGTGTGGTGGCTTTGGCGAATAGGTGTGTACACTTGAGG
TCATTGGGGCTATACTATTGCAGGAACATAACTGACAGAGCAATGTACTCACTGGCTCAG
AGTGGAGTGAAGAACAAGCACGATATGAGGCGGTCGGTTAAGAAAGGCAAGTTCGATGAA
GAAGGACTAAGAAGCCTCAACATTAGCCAATGTACTTACCTTACACCTTCAGCTGTTCAA
GCTGTCTGCGATACATTCCCTGCGCTCCACACTTGTTCAGGCAGGCATTCGCTTGTCATG
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CACACAGCTTACCCTCACCCGGCTCATTGAACCAGTCTCTAAGGCATAAGGGTCTCTTCT
TTGGTATCTGTACATATAAGCCT

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL7105Contig1 885 2 4 U
TAGATCTTGACGGTGGTCGACTCCGGTGGCTCTCACAGCACCGGAGTCGAGTTAGTTGCT
CTATTGTTGTTTGCTCTCGTTGTTGTTGAAGGCGTGGGGGAGGATTCGACTGGTTTGATG
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CAGGTTGCTAAAGGCAGGTGCTTCAAGGTTGGTCGCTGCTAGGGTATTGTTTAGTTGGTA
GCGTACTCGCTTATCTTCTGAGTTCATCCTAGACTAACCTGTCATGGAGTGTAGAAAATG
GCTTAGTTTGTCTCTGATCCAGCAACGGTGTAGCAGAGTAGTAGTGGTTCTAATACGTCC
TTCTCCTGCCCTTCGAGTTACTTGTGGTCTTTCTTGGTCTCTGGAGTTCCTCGGTGGCTT
CTTGGTTTTGAAGCAATAGAAAGAGGTTGAGGCTTTGTTCTGTCCATATGAAGGTGTGGT
TGAGATGACTGTTCTACCGGGTGTTTGTTTCTTCTTGATTTAGGTTTTGGTTTCATCTTA
GTGATGGTGTGTGGTCATCGTGAATGGGTGGATCAGATGATGGTTTTAACTCTTCATGAA
GAACTTCTACTTCTCATGCTCTTTTGCCCTGTTGTGGTGAGACTTCCCGGCTACTCGTTA
GACAATTAAGTCTGGCTTCTATCATCTCTTCATAGGTTATGTTTTAGTTTTTTAAGAGTT
TGGTTTGTAGCTTAATGTTTCGTTTGAGCTTATGTTGTCTGTTTTGTGGACTCTTGTTTC
CCTTCTATGGGTTTGGTTGCCAGGGATATTCATGTGTTCCGCTGGTATTAGTATCCTTCT
CTTGTATTTTAAGAAGTTTATCAATGAATAAAAGTTAATTGGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AT13TF U 1
AF RR1AT13JQ C 135
BS 1 695 RR1AT13TF
BS 696 696 RR1AT13JQ
BS 697 766 RR1AT13TF
BS 767 885 RR1AT13JQ

RD RR1AT13TF 766 0 0
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CAGGTTGCTAAAGGCAGGTGCTTCAAGGTTGGTCGCTGCTAGGGTATTGTTTAGTTGGTA
GCGTACTCGCTTATCTTCTGAGTTCATCCTAGACTAACCTGTCATGGAGTGTAGAAAATG
GCTTAGTTTGTCTCTGATCCAGCAACGGTGTAGCAGAGTAGTAGTGGTTCTAATACGTCC
TTCTCCTGCCCTTCGAGTTACTTGTGGTCTTTCTTGGTCTCTGGAGTTCCTCGGTGGCTT
CTTGGTTTTGAAGCAATAGAAAGAGGTTGAGGCTTTGTTCTGTCCATATGAAGGTGTGGT
TGAGATGACTGTTCTACCGGGTGTTTGTTTCTTCTTGATTTAGGTTTTGGTTTCATCTTA
GTGATGGTGTGTGGTCATCGTGAATGGGTGGATCAGATGATGGTTTTAACTCTTCATGAA
GAACTTCTACTTCTCATGCTCTTTTGCCCTGTTGTGGTGAGACTTCCCGGCTACTCGTTA
GACAATTAAGTCTGGCTTCTATCATCTCTTCATAG*TTATGTTTTAGTTTTTTAAGAGTT
TGGTTTGTAGCTTAATGTTTCGTTTGAGCTTATGTTGTCTGTTTTG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1AT13JQ 751 0 0
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CAGGTGCTTCAAGGTTGGTCGCTGCTAGGGTATTGTTTAGTTGGTAGCGTACTCGCTTAT
CTTCTGAGTTCATCCTAGACTAACCTGTCATGGAGTGTAGAAAATGGCTTAGTTTGTCTC
TGATCCAGCAACGGTGTAGCAGAGTAGTAGTGGTTCTAATACGTCCTTCTCCTGCCCTTC
GAGTTACTTGTGGTCTTTCTTGGTCTCTGGAGTTCCTCGGTGGCTTCTTGGTTTTGAAGC
AATAGAAAGAGGTTGAGGCTTTGTTCTGTCCATATGAAGGTGTGGTTGAGATGACTGTTC
TACCGGGTGTTTGTTTCTTCTTGATTTAGGTTTTGGTTTCATCTTAGTGATGGTGTGTGG
TCATCGTGAATGGGTGGATCAGATGATGGTTTTAACTCTTCATGAAGAACTTCTACTTCT
CATGCTCTTTTGCCCTGTTGTGGTGAGACTTCC*GGCTACTCGTTAGACAATTAAGTCTG
GCTTCTATCATCTCTTCATAGGTTATGTTTTAGTTTTTTAAGAGTTTGGTTTGTAGCTTA
ATGTTTCGTTTGAGCTTATGTTGTCTGTTTTGTGGACTCTTGTTTCCCTTCTATGGGTTT
GGTTGCCAGGGATATTCATGTGTTCCGCTGGTATTAGTATCCTTCTCTTGTATTTTAAGA
AGTTTATCAATGAATAAAAGTTAATTGGTGG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL7106Contig1 700 2 3 U
TTTTCGTAGAACTTGAGCCTAGTCCTCACATACATTCAACAATAAGTACTTAACAAGACT
GTAAAAAGAATCGATTCAACTTAAGACTTTATACGCCGTGTTTGCCTGCACAAAGGAGAA
ACATTTTTCCGATGATCACGAACGTGTGCACTTGATGCCCTCACAAATAGCCAACCAGAT
ACAAAACAGAGTCAAGCAAATAGCAGCATCGATAGCAAGAACAATCTGAACTAGGCGTCG
CCACTTCCATTCAAAGCTTTGAGAACCAGAACGTCCTCTTCTCGGTACACACTCCTTCTG
CAAGGATGTCTCTGCTGCAGACGAAGCTTCGCAACGCTCGGAGCTCCTGTGTTCATCAAG
CTCAATACCTCTAACCGAGACAACATGATCTTTCCCTCCTCTCTTCTTCTCTTGCTTGTT
TGACTTCCCCAAAAGCGGAGCTTTAGTAGAAGAACTCACAGCTTCGCTCTGTTCGGCGAG
GTTACTATTATTGTTCGCAGTCTCAGCAGCAGCAACACGCTCGAGCGAAGCAATGAGTTT
GGAAACAACATCATCTACATTGACAGAACCAATCACCGCAGTGAAGCTTCCTTTCCTAGC
AGCTTTCTTGAACTCGTCTCTCAGATGCTCAAGAAACTTAAGAACACTGAGTTTCCCTAA
AGCCTCGTCAACAATGGCGAAATACACAAACCCATCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1H863JQ U 17
AF RR1H863TF C 1
BS 1 19 RR1H863TF
BS 20 642 RR1H863JQ
BS 643 700 RR1H863TF

RD RR1H863JQ 626 0 0
CCT
TAGTCCTCACATACATTCAACAATAAGTACTTAACAAGACTGTAAAAAGAATCGATTCAA
CTTAAGACTTTATACGCCGTGTTTGCCTGCACAAAGGAGAAACATTTTTCCGATGATCAC
GAACGTGTGCACTTGATGCCCTCACAAATAGCCAACCAGATACAAAACAGAGTCAAGCAA
ATAGCAGCATCGATAGCAAGAACAATCTGAACTAGGCGTCGCCACTTCCATTCAAAGCTT
TGAGAACCAGAACGTCCTCTTCTCGGTACACACTCCTTCTGCAAGGATGTCTCTGCTGCA
GACGAAGCTTCGCAACGCTCGGAGCTCCTGTGTTCATCAAGCTCAATACCTCTAACCGAG
ACAACATGATCTTTCCCTCCTCTCTTCTTCTCTTGCTTGTTTGACTTCCCCAAAAGCGGA
GCTTTAGTAGAAGAACTCACAGCTTCGCTCTGTTCGGCGAGGTTACTATTATTGTTCGCA
GTCTCAGCAGCAGCAACACGCTCGAGCGAAGCAATGAGTTTGGAAACAACATCATCTACA
TTGACAGAACCAATCACCGCAGTGAAGCTTCCTTTCCTAGCAGCTTTCTTGAACTCGTCT
CTCAGATGCTCAAGAAACTTAAG

QA 4 626 4 626
DS 

RD RR1H863TF 700 0 0
TTTTCGTAGAACTTGAGCCTAGTCCTCACATACATTCAACAATAAGTACTTAACAAGACT
GTAAAAAGAATCGATTCAACTTAAGACTTTATACGCCGTGTTTGCCTGCACAAAGGAGAA
ACATTTTTCCGATGATCACGAACGTGTGCACTTGATGCCCTCACAAATAGCCAACCAGAT
ACAAAACAGAGTCAAGCAAATAGCAGCATCGATAGCAAGAACAATCTGAACTAGGCGTCG
CCACTTCCATTCAAAGCTTTGAGAACCAGAACGTCCTCTTCTCGGTACACACTCCTTCTG
CAAGGATGTCTCTGCTGCAGACGAAGCTTCGCAACGCTCGGAGCTCCTGTGTTCATCAAG
CTCAATACCTCTAACCGAGACAACATGATCTTTCCCTCCTCTCTTCTTCTCTTGCTTGTT
TGACTTCCCCAAAAGCGGAGCTTTAGTAGAAGAACTCACAGCTTCGCTCTGTTCGGCGAG
GTTACTATTATTGTTCGCAGTCTCAGCAGCAGCAACACGCTCGAGCGAAGCAATGAGTTT
GGAAACAACATCATCTACATTGACAGAACCAATCACCGCAGTGAAGCTTCCTTTCCTAGC
AGCTTTCTTGAACTCGTCTCTCAGATGCTCAAGAAACTTAAGAACACTGAGTTTCCCTAA
AGCCTCGTCAACAATGGCGAAATACACAAACCCATCTCCC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL7107Contig1 798 2 2 U
GTTTCTCCACCGTGGTGGTCACCAAGCTTTTGCGTCATGGTGTCAAAGGAAACACTTACA
TAAATAGAGAGTAATTAAAGAAATTGATGAAGAAAATATGGTGAAGAATACTTTGAGAGG
CGGTAAGCATCTGTTTCCGACTTTTCATAACAAAATATATTTTTGGTCACTATTTTAAAA
TCTATCAGTAGTTCGGTTGATTAAATTAGCTTTTGTTCCGTTTAAAATAACCAGTTCAAA
ACTACTTGATATCCCTTATTTTGGATGTATTTCCAGCCCATAATATTTCTAAGTTTTTCA
GGACCGTGCTCCAAACGAACCTAGAGCTTAAAGGGGTGTGGGCCAATGTACCCCAACTTA
AATTATTTTTCTCCCATGAAAATTAGTACTAAACTATCTAAATACTCACGTAAACTCAAT
ATTAGTTACCAGAACCTGGTTATGTACCCCATACCGAAAATAATCTTCCGTCTGCCCCTG
ACGTAATATTTTGATGAGGATTGTGGTAATAAAGGTGAAATAATTTTAGACATTAAGGTG
AACTAGAGTTCCAGTCACTAACGTATCTTAAGTTCATTAAGAATGATGTTAAATTTCTGG
AAGGAAAGAAACAAAATGTTTAACCCGTTAATGTTTATATTTCTTTGGATCTTTTGTTAT
TTTTAGTGTCATCAGTCTTATCAAGTAGTGAGTTGAATGAAGTTGTTTCTATTTTCGGTG
GTTACGTACAGTAACCATATTTTTATAAGACAATTGCCTTTAATAATGTGGAACAAAATG
ACAAAACTTTCTAGTTCC


BQ
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AF RR1GL27TF U 1
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BS 714 798 RR1GL27JQ

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ATTAGTTACCAGAACCTGGTTATGTACCCCATACCGAAAATAATCTTCCGTCTGCCCCTG
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DS 

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AAATACTCACGTAAACTCAATATTAGTTACCAGAACCTGGTTATGTACCCCATACCGAAA
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ATAATTTTAGACATTAAGGTGAACTAGAGTTCCAGTCACTAACGTATCTTAAGTTCATTA
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TTTCTTTGGATCTTTTGTTATTTTTAGTGTCATCAGTCTTATCAAGTAGTGAGTTGAATG
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QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

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AATGGTTTCTCAACCACGGATCAACAGTGTGTGAAATCTGTGGGATAGCTGCTGAGAATA
TAAAAACAGCTGACTTCAACAAAGTGGTCATTGCCTTGAGAGATTACACGGCGCTGCATA
CAGATTCAACTGTAGATACAGATGTAGCTGCTGGCATTAGAAGGCAAAGGCTAAGTGAGA
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CTATGGAGAACCGTGCTACTAAATGGGCTGTGGAAGGTACTGGGATTCTACTTGCTACCG
GTTTGCTCACTGTTACTTTGGTCTGGATCGTTGCTCCTCGTGTTGGAAAGGAGACTGCTA
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GAATCCATCATCACCCCGCTGCTCTCTCTCTCTAAAGTCTTTGTAATCTTACAAAAATGT
ACATTTGTTTCATCAAAAGATAAATAATCTCATGCTCATTGATTAAATAAAAAA


BQ
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AF RR1CA94TF U 1
AF RR1CA94JQ C 310
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BS 644 1194 RR1CA94JQ

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GAGGAGATGCTGCCTTAGGGTTCTTGGGGATCACTCCTACCGTTCTTCTTCCAGAAGCTC
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TAAAAACAGCTGACTTCAACAAAGTGGTCATTGCCTTGAGAGATTACACGGCGCTGCATA
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CAA

QA 1 643 1 643
DS 

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CTGTTACTTTGGTCTGGATCGTTGCTCCTCGTGTTGGAAAGGAGACTGCTAGGAGTGGAC
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TGCTCACTAGGATCAGGTATGGTCCTGCACGCTACTGGGCAATCTTGTTCATCTTCTGGT
TTCTTGTGTTTGGTATTTGGGCTTCTCGTTCCAGTTCTCACAATAACTCTTGAATCCATC
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TCATCAAAAGATAAATAATCTCATGCTCATTGATTAAATAAAAAA

QA 1 885 1 885
DS 



AS 1 2

CO CL7109Contig1 984 2 4 U
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CTCCACAGATCGTTCTCTTACAACTACAAAGACATTGGATTTGCTCAGTACGGTGATGAT
TGGAGAGAGATGAGGAAGCTTGCAATGCTCGAGCTCTTCAGCTCGAAGAAACTAAAAGCA
TTCAGGTATATTAGAGAAGAAGAGAGTGAATTGCTCGTCAAGAGACTCTCGGAATCTGCT
GAGACACAAACTCTGGTGGATTTGAGAAAAGCTCTTTTCTCTCTTACCGCAAGTATTATA
TGTAGACTCGCTTTTGGACAGAACTTCCACGAGTGCGATTTTGTTGATATGGACAAAGTT
GAAGAGCTTGTGCTCGAATCTGAGACCAATCTTGGCTCATTCGCGTTCATTGACTTCTTC
CCCGCGGGTCTTGGGTGGGTTATAGACCGGATCTCTGGCCAACACTCGGAGTTGCACAAA
GCCTTTGCTAGACTTAGTAACTTCTTTCAACATGTGATTGATGATCATTTGAAGCCCGGA
CAACCTGAAGACCATTCAGACATCATTAGTGTCATGTTGGATATGATCAATAAAGAAAGC
AAACTTGGTTCGTTTAAAGTCACCTATGATCATCTAAAAGGAGTTATGTCGGATGTGTTT
TTAGCAGGAGTAAACACAGGAGCAATCACCATGATATGGGCGATGACAGAGCTAACTAGA
CACCCAAAAGTGATGAAGAAACTCCAACAAGAGATCCGAGTAACCCTTGGTGACAAGAAA
GAAAAAATCACTGAACAAGATCTAGAGAAGGTTCACTACTTGAAACTTGTGATCCAAGAA
ACATTTAGATTACACCCACCAGCTCCTCTCTTACTCCCAAGAGAGACCATGTCTGATATC
AAGATTCAAGGCTACAACATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BD68TF U 1
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CTATCTTTCTCTATTTCATCCTACTCTTACCTCTCCTTTTAATCTTCTTGAAACAAATCT
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TGGAGAGAGATGAGGAAGCTTGCAATGCTCGAGCTCTTCAGCTCGAAGAAACTAAAAGCA
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GAGACACAAACTCTGGTGGATTTGAGAAAAGCTCTTTTCTCTCTTACCGCAAGTATTATA
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GAAGAGCTTGTGCTCGAATCTGAGACCAATCTTGGCTCATTCGCGTTCATTGACTTCTTC
CCCGCGGGTCTTGGGTGGGTTATAGACCGGATCTCTGGCCAACACTCGGAGTTGCACAAA
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CACCCAAAAGTGATGAAGAAACTCCAACA*GAGATCCGAGTAACCCTTGGTGACA
GAAAG

QA 1 835 1 835
DS 

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AACTTCTTTCAACATGTGATTGATGATCATTTGAAGCCCGGACAACCTGAAGACCATTCA
GACATCATTAGTGTCATGTTGGATATGATCAATAAAGAAAGCAAACTTGGTTCGTTTAAA
GTCACCTATGATCATCTAAAAGGAGTTATGTCGGATGTGTTTTTAGCAGGAGTAAACACA
GGAGCAATCACCATGATATGGGCGATGACAGAGCTAACTAGACACCCAAAAGTGATGAAG
AAACTCCAACAAGAGATCCGAGTAACCCTTGGTGACAAGAAAGAAAAAATCACTGAACAA
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CCAGCTCCTCTCTTACTCCCAAGAGAGACCATGTCTGATATCAAGATTCAAGGCTACAAC
ATTCCC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

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CTATGAGAATATCGCCAAAAAGTGGATTCCTGAGCTCAGGCATTATGCCCCTGGTGTTCC
CATTATCCTCGTTGGAACAAAACTTGACCTTCGAGATGACAAGCAATTCTTCATAGATCA
TCCTGGTGCAGTACCCATTACTACAAACCAGGGAGAGGAGCTAAAGAAACTGATCGGCTC
TGCGGTCTACATTGAATGTAGTTCAAAGACACAGCAGAATGTGAAGGCAGTGTTTGATGC
AGCCATCAAAGTGGTGCTTCAGCCACCAAAGCAGAGGAAGAAGAAAAAGAACAAGAACCG
TTGCGCCTTCTTGTGATTTTTTTTAAAAAATCTCTAAAGACTACTAGGTAACCAACTTAA
AAGAAGAAGGAGAAGAATGATGATTTCAACTATTTGATTCGTCCCCATTTTATTAAGTAA
CAATTCCGATATCATTGAGAAGGGAGAACATTTCGAGTAGCTTTTTGTATAGTTTTGCTT
AAAACAAGCTGTGTTGTTGTTGTTGTGTCTTTTGCTCTTTCGTTTTGAGTTAACAGTGTG
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TCTAATTAATATTGCCAACTTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FJ38JQ C 1
AF RR1GV23TF U 169
BS 1 168 RR1FJ38JQ
BS 169 677 RR1GV23TF
BS 678 686 RR1FJ38JQ

RD RR1FJ38JQ 686 0 0
TCTGAGTTACCGTGGCGCTGATGTTTTCATTCTTGCCTTCTCCCTCATCAGCAAGGCTAG
CTATGAGAATATCGCCAAAAAGTGGATTCCTGAGCTCAGGCATTATGCCCCTGGTGTTCC
CATTATCCTCGTTGGAACAAAACTTGACCTTCGAGATGACAAGCAATTCTTCATAGATCA
TCCTGGTGCAGTACCCATTACTACAAACCAGGGAGAGGAGCTAAAGAAACTGATCGGCTC
TGCGGTCTACATTGAATGTAGTTCAAAGACACAGCAGAATGTGAAGGCAGTGTTTGATGC
AGCCATCAAAGTGGTGCTTCAGCCACCAAAGCAGAGGAAGAAGAAAAAGAACAAGAACCG
TTGCGCCTTCTTGTGATTTTTTTTAAAAAATCTCTAAAGACTACTAGGTAACCAACTTAA
AAGAAGAAGGAGAAGAATGATGATTTCAACTATTTGATTCGTCCCCATTTTATTAAGTAA
CAATTCCGATATCATTGAGAAGGGAGAACATTTCGAGTAGCTTTTTGTATAGTTTTGCTT
AAAACAAGCTGTGTTGTTGTTGTTGTGTCTTTTGCTCTTTCGTTTTGAGTTAACAGTGTG
TTGTACTCTTTGCTATGTAGTCTAATCTTTCTATTTCAAATTTATGTATTGACATATGAA
TCTAATTAATATTGCCAACTTTTGTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1GV23TF 509 0 0
CTTCATAGATCATCCTGGTGCAGTACCCATTACTACAAACCAGGGAGAGGAGCTAAAGAA
ACTGATCGGCTCTGCGGTCTACATTGAATGTAGTTCAAAGACACAGCAGAATGTGAAGGC
AGTGTTTGATGCAGCCATCAAAGTGGTGCTTCAGCCACCAAAGCAGAGGAAGAAGAAAAA
GAACAAGAACCGTTGCGCCTTCTTGTGATTTTTTTTAAAAAATCTCTAAAGACTACTAGG
TAACCAACTTAAAAGAAGAAGGAGAAGAATGATGATTTCAACTATTTGATTCGTCCCCAT
TTTATTAAGTAACAATTCCGATATCATTGAGAAGGGAGAACATTTCGAGTAGCTTTTTGT
ATAGTTTTGCTTAAAACAAGCTGTGTTGTTGTTGTTGTGTCTTTTGCTCTTTCGTTTTGA
GTTAACAGTGTGTTGTACTCTTTGCTATGTAGTCTAATCTTTCTATTTCAAATTTATGTA
TTGACATATGAATCTAATTAATATTGCCA

QA 1 509 1 509
DS 



AS 1 2

CO CL7111Contig1 769 2 2 U
GAACTTTCTTCCGTCGATCAAAGCTAAGCAAAAAAAAAATTTGATCTTTGCGTCACTTCT
CTAGGGTTCTTCTTCTCCAAGCTTCATCTACTAAACATGAGTCGTCATCCTGAAGTGAAG
TGGGCTGAGACCACTGACAAGATCTTCCTCACTGTAGTATTAGCTGATTCCAAGGAGACT
AAAGTTAATCTAGACCCTGAAGGTGTCTTTGATTTCTCTGCAAAAGCTGGTCCTAAGAAC
CACGTTTATGAACTTAAACTCGAACTTCACGATAAAGTCAATGTAGAGGAAAGCAAGATT
AACATTGGAGTGAGAAGCATCTTCTGCATAATAGAGAAAGCAGAGCCTGAAAGGTGGAAT
AAGCTAGTCCGTGGAGGGAAAGCGCCTCACTATGTCAAGATTGATTGGGACAAGTGGGTT
GATGAGGACGACGAAGGCACCGCTGGTGCTGGAGATAGGCATGGGTGGAATGGACGAGTT
TGAAGACAGTGATGATGAAGAATTTGCAAAACCAGGAGATAAGAAAGATGAAGCCGTCAA
GGAAGAAGCCAAACCAGTAGATGTCAAGGAAGACAAGTGAAGAAGATGCTGTTCGTTCCA
CGGATGAACTCATTACTGTGTTTTGTTTTCAAGTTTATTATTAGCTAAGGGTTATTATTA
TTAGCTTTTTGAGTTTATTAAACCCTCTGTTTTACTTCCTCTTTTCTAGAATGTTCTGCT
TTTATGGATTTGTTTACCGTTTTTAAGTATCTGCATTTTTGGCATTGCC


BQ
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AF RR1AC06TF U 1
AF RR1AC06JQ C 113
BS 1 739 RR1AC06TF
BS 740 769 RR1AC06JQ

RD RR1AC06TF 739 0 0
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CTAGGGTTCTTCTTCTCCAAGCTTCATCTACTAAACATGAGTCGTCATCCTGAAGTGAAG
TGGGCTGAGACCACTGACAAGATCTTCCTCACTGTAGTATTAGCTGATTCCAAGGAGACT
AAAGTTAATCTAGACCCTGAAGGTGTCTTTGATTTCTCTGCAAAAGCTGGTCCTAAGAAC
CACGTTTATGAACTTAAACTCGAACTTCACGATAAAGTCAATGTAGAGGAAAGCAAGATT
AACATTGGAGTGAGAAGCATCTTCTGCATAATAGAGAAAGCAGAGCCTGAAAGGTGGAAT
AAGCTAGTCCGTGGAGGGAAAGCGCCTCACTATGTCAAGATTGATTGGGACAAGTGGGTT
GATGAGGACGACGAAGGCACCGCTGGTGCTGGAGATAGGCATGGGTGGAATGGACGAGTT
TGAAGACAGTGATGATGAAGAATTTGCAAAACCAGGAGATAAGAAAGATGAAGCCGTCAA
GGAAGAAGCCAAACCAGTAGATGTCAAGGAAGACAAGTGAAGAAGATGCTGTTCGTTCCA
CGGATGAACTCATTACTGTGTTTTGTTTTCAAGTTTATTATTAGCTAAGGGTTATTATTA
TTAGCTTTTTGAGTTTATTAAACCCTCTGTTTTACTTCCTCTTTTCTAGAATGTTCTGCT
TTTATGGATTTGTTTACCG

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1AC06JQ 657 0 0
AAGTGAAGTGGGCTGAGACCACTGACAAGATCTTCCTCACTGTAGTATTAGCTGATTCCA
AGGAGACTAAAGTTAATCTAGACCCTGAAGGTGTCTTTGATTTCTCTGCAAAAGCTGGTC
CTAAGAACCACGTTTATGAACTTAAACTCGAACTTCACGATAAAGTCAATGTAGAGGAAA
GCAAGATTAACATTGGAGTGAGAAGCATCTTCTGCATAATAGAGAAAGCAGAGCCTGAAA
GGTGGAATAAGCTAGTCCGTGGAGGGAAAGCGCCTCACTATGTCAAGATTGATTGGGACA
AGTGGGTTGATGAGGACGACGAAGGCACCGCTGGTGCTGGAGATAGGCATGGGTGGAATG
GACGAGTTTGAAGACAGTGATGATGAAGAATTTGCAAAACCAGGAGATAAGAAAGATGAA
GCCGTCAAGGAAGAAGCCAAACCAGTAGATGTCAAGGAAGACAAGTGAAGAAGATGCTGT
TCGTTCCACGGATGAACTCATTACTGTGTTTTGTTTTCAAGTTTATTATTAGTTAAGGGT
TATTATTATTAGCTTTTTGAGTTTATTAAACCCTCTGTTTTACTTCCTCTTTTCTAGAAT
GTTCTGCTTTTATGGATTTGTTTACCGTTTTTAAGTATCTGCATTTTTGGCATTGCC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTAAATTAAAGTCAAGTGTGGATCTCTTATAACTTGTCAAGATGTTGATATATATACTTT
TGTTGGTTGTTATTTCTGATTTGATTGTGTTGTTTAAATGCTTACAAGATGATGTTCTTT
TTTTTATGCAGACAGCCAAATATAGTTGGTTAAGAACCTTCAGATCCTGTGTGTTTTAAG
TGGTTTTAGTCCCAAAAAAGTGGAATTATCGAATATAAACACATAGCGTGTTGAGTGTGC
ATGAATCATAAAAATATTTGGAGATGCGGGGGATCGAACCCCGTGCCTCTCGCATGCAAA
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TAAATATTTCTAAAACACAACGACGTAAGACAGAGAAAAGTTCGTTAAGTTAGTTACATA
TAATTGCGAGGGAAAACCCAGGAATTGCGCCAACACATAGGATCTGAAGGTTGAGATTCA
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ATAAATCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ12TF U 1
AF RR1FQ12JQ C 23
BS 1 645 RR1FQ12TF
BS 646 730 RR1FQ12JQ

RD RR1FQ12TF 645 0 0
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GGTGATGAGACTTTAAGCGTCTCTGACCAAAGTCAGTTTGAAAGATGTACTCTCTCAGCT
GGCGAAGACACTTTACGCACCTCTATCTCCGAAGAAGACATAGTTCAATGTCCAGACTCT
TTAAATTAAAGTCAAGTGTGGATCTCTTATAACTTGTCAAGATGTTGATATATATACTTT
TGTTGGTTGTTATTTCTGATTTGATTGTGTTGTTTAAATGCTTACAAGATGATGTTCTTT
TTTTTATGCAGACAGCCAAATATAGTTGGTTAAGAACCTTCAGATCCTGTGTGTTTTAAG
TGGTTTTAGTCCCAAAAAAGTGGAATTATCGAATATAAACACATAGCGTGTTGAGTGTGC
ATGAATCATAAAAATATTTGGAGATGCGGGGGATCGAACCCCGTGCCTCTCGCATGCAAA
GCGAGCGCTCTACCATTTGAGCTACATCCCCTTGTTGATTTACGTAATCATAATATAAAT
TAAATATTTCTAAAACACAACGACGTAAGACAGAGAAAAGTTCGTTAAGTTAGTTACATA
TAATTGCGAGGGAAAACCCAGGAATTGCGCCAACACATAGGATCT

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1FQ12JQ 708 0 0
GTTTACCCACGGCAGCTGTTACAGAAATTCTTGAAGATGGTGATGAGACTTTAAGCGTCT
CTGACCAAAGTCAGTTTGAAAGATGTACTCTCTCAGCTGGCGAAGACACTTTACGCACCT
CTATCTCCGAAGAAGACATAGTTCAATGTCCAGACTCTTTAAATTAAAGTCAAGTGTGGA
TCTCTTATAACTTGTCAAGATGTTGATATATATACTTTTGTTGGTTGTTATTTCTGATTT
GATTGTGTTGTTTAAATGCTTACAAGATGATGTTCTTTTTTTTATGCAGACAGCCAAATA
TAGTTGGTTAAGAACCTTCAGATCCTGTGTGTTTTAAGTGGTTTTAGTCCCAAAAAAGTG
GAATTATCGAATATAAACACATAGCGTGTTGAGTGTGCATGAATCATAAAAATATTTGGA
GATGCGGGGGATCGAACCCCGTGCCTCTCGCATGCAAAGCGAGCGCTCTACCATTTGAGC
TACATCCCCTTGTTGATTTACGTAATCATAATATAAATTAAATATTTCTAAAACACAACG
ACGTAAGACAGAGAAAAGTTCGTTAAGTTAGTTACATATAATTGCGAGGGAAAACCCAGG
AATTGCGCCAACACATAGGATCTGAAGGTTGAGATTCAGTCTTCTTCCGTCATTCACGGA
ACCATCTTCAAACCTCTTATTATATATCTTACCAGAGAATAAATCACC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL7114Contig1 641 2 3 U
GACAAAGCCATAACCTTTGGAACGCCCGGTGTTGGAATCAATCACAACTTTTGCACCTTT
CACAGATTGGTATGCAGCAAAGGTCTCCATCAGCAGAGTATCAGTCACATCAGGAGCCAA
ATCTCCTACGAATAAAGATAAATCTGGACCGTTGTTTTCCGAAACTCTCTTCTCGCCAGT
ACTGAAAGATGCCCAGTTCAAACGGAAGGGCTGCTCAGCGTTAGGCATCGTTACGCCGCT
GTAGCTCTGAAGAACTTCCTCAGCTGTGGAACGTGAGAGGAACTCGACAAAACCGTAGCC
TTCTGACTGACTAGTTTGCTTGTTTCGTATCACTTTCACAGAGGAAACCTGGTTGGTGTG
AGAGAAACAGGTGTGGAGATAAGTCTCGTCCATCCAATGGAGAAGATCACCAATCCAGAG
AGTCTTCACATCGTCTCCACCAGCACCAGATCCACCACGCTGCTTCTGTTGTTGTTGCTG
GTGATAAGGAGGAGCGTATTGAAACTGAGGATGATAAGCAGCAGCAGCTTGAGTAAGGAG
CGTATTGGTGAGGAGGAGGATACATCATCATCTGTTGCTGCTGCTGCATCATAGCCATAG
CCGCCATCCATTGTTGATGTTGTTGCCACTGTTGTTGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT46JQ U 100
AF RR1A926TF C 1
BS 1 99 RR1A926TF
BS 100 199 RR1AT46JQ
BS 200 641 RR1A926TF

RD RR1AT46JQ 100 0 0
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CGAAACTCTCTTCTCGCCAGTACTGAAAGATGCCCAGTTC

QA 1 100 1 100
DS 

RD RR1A926TF 641 0 0
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GTAGCTCTGAAGAACTTCCTCAGCTGTGGAACGTGAGAGGAACTCGACAAAACCGTAGCC
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AGAGAAACAGGTGTGGAGATAAGTCTCGTCCATCCAATGGAGAAGATCACCAATCCAGAG
AGTCTTCACATCGTCTCCACCAGCACCAGATCCACCACGCTGCTTCTGTTGTTGTTGCTG
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CGTATTGGTGAGGAGGAGGATACATCATCATCTGTTGCTGCTGCTGCATCATAGCCATAG
CCGCCATCCATTGTTGATGTTGTTGCCACTGTTGTTGTTGC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL7115Contig1 772 2 3 U
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CCTCAGAGCATGAAACCAGAAAAAACTTCCAAGAGCTGCGCTCGCTGTACCTCTGATACA
TCCGCACAAGGTCACCAGTCCAAATAGCAGCTTCATCTCCTCCAGTTCCTGCTCTGACTT
CGAGCAATATGTTTCTGGAATCAAGAGGATTGGTAGGAAGAAGTAACATCTTAAGTTGGT
TTTCAAGCTCCTCAATTTCTTTAGAGAGGGAGTTGATCTCACTTCCTATCATTTCAGCCA
TATCTTCATCATCTCCAGCCTCTTTCGCCAAACCTTTGGATTCTTGTAACTGCTTCTCAC
AGTCCTTGAATCTCCTGAAAACGGATACAACATCGTCAAGCTCGGACATGGACTGTGCAA
GTTTTTGGTATTCAGAAGGATTAGAAACAACATCCGGGTCAGCTAGTTTTACAGATAACT
CCTTCCATGTCTTCTCAACAGACTCCATTTTCGTAATGAGGTAAGGTTCTGCCATACAGA
CTAGCCGTGGGGTCCTTCGAGACGGCGAAGGCGGCCACAAGGCTAAACATAC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BH16JQ U 3
AF RR1BH16TF C 1
BS 1 2 RR1BH16TF
BS 3 611 RR1BH16JQ
BS 612 772 RR1BH16TF

RD RR1BH16JQ 609 0 0
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AAATCTTAGTCAACCTCTGGCATGATGGCTACAGTAGCTGTAGAAGTGTGAACACGGCCC
TGTGTTTCAGTTTGAGGGACACGCTGGACTCTATGAACACCAGATTCGTACTTGAGCTTG
CTGTAAACACGGTTTCCTTTAATCTCCATCACACATGTCTTGTAACCTCCATGTACAGCC
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CGCACAAGGTCACCAGTCCAAATAGCAGCTTCATCTCCTCCAGTTCCTGCTCTGACTTCG
AGCAATATGTTTCTGGAATCAAGAGGATTGGTAGGAAGAAGTAACATCTTAAGTTGGTTT
TCAAGCTCCTCAATTTCTTTAGAGAGGGAGTTGATCTCACTTCCTATCATTTCAGCCATA
TCTTCATCATCTCCAGCCTCTTTCGCCAAACCTTTGGATTCTTGTAACTGCTTCTCACAG
TCCTTGAATCTCCTGAAAACGGATACAACATCGTCAAGCTCGGACATGGACTGTGCAAGT
TTTTGGTAT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1BH16TF 772 0 0
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GAAAATCTTAGTCAAC*TCTGGCATGATGGCTACAGTAGCTGTAGAAGTGTGAACACGGC
CCTGTGTTTCAGTTTGAGGGACACGCTGGACTCTATGAACACCAGATTCGTACTTGAGCT
TGCTGTAGACACGGTTTCCTTTAATCTCCATCACACATGTCTTGTAACCTCCATGTACAG
CCTCAGAGCATGAAACCAGAGAAAACTTCCAAGAGCTGCGCTCGCTGTACCTCTGATACA
TCCGCACAAGGTCACCAGTCCAAATAGCAGCTTCATCTCCTCCAGTTCCTGCTCTGACTT
CGAGCAATATGTTTCTGGAATCAAGAGGATTGGTAGGAAGAAGTAACATCTTAAGTTGGT
TTTCAAGCTCCTCAATTTCTTTAGAGAGGGAGTTGATCTCACTTCCTATCATTTCAGCCA
TATCTTCATCATCTCCAGCCTCTTTCGCCAAACCTTTGGATTCTTGTAACTGCTTCTCAC
AGTCCTTGAATCTCCTGAAAACGGATACAACATCGTCAAGCTCGGACATGGACTGTGCAA
GTTTTTGGTATTCAGAAGGATTAGAAACAACATCCGGGTCAGCTAGTTTTACAGATAACT
CCTTCCATGTCTTCTCAACAGACTCCATTTTCGTAATGAGGTAAGGTTCTGCCATACAGA
CTAGCCGTGGGGTCCTTCGAGACGGCGAAGGCGGCCACAAGGCTAAACATAC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL7116Contig1 623 2 1 U
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TATTATTTTAAAACTGATTGGTTTGGAAAAGGATTGTACGGCTACATTGCCTTTTCTTTT
CTTGGCTGTTTTGGAGTTTGAGA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AJ31JQ C 1
AF RR1AJ31TF U 1
BS 1 623 RR1AJ31TF

RD RR1AJ31JQ 623 0 0
GGACATACGCTGTGCCCTAATTTCCGCCGGAGAAGGAACAAAGTTTGTTCAAACTCGCGG
CTTGGGGTTAGCGATGTCGTACGACGATGTGGAGATAGAGGACATGGAGTGGAACGAAGA
GATGAAGGCGTACACGTACCCTTGCCCATGTGGCGATCTGTTCCAGATCACCAAGGAGGA
TCTGCGTCTCGGCGAAGAAATCGCCAATTGCCCAAGCTGCTCGCTCTATATCACTGTCAT
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CAACCCATCGCCGTCGCTTGAGATTGTGATGGAATCGATTAGAAAAAAGTGTTCAAGAGC
AGTAGGAGAGAGATCGCATTGCTGTTGCTGAATAGTCTTGGATATCATATATGAAAGTGT
GTTGTCACCATTCCTTGATTAGGTGGTTTTGATACTAACAAGGAAACAGAGGTTTGTCTT
GCCGCTTGTGTATGATTATTGAACCCAATTCATGGTGTTTTCTTACACGTTTTGATCCGA
TATTATTTTAAAACTGATTGGTTTGGAAAAGGATTGTACGGCTACATTGCCTTTTCTTTT
CTTGGCTGTTTTGGAGTTTGAGA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1AJ31TF 623 0 0
GGACATACGCTGTGCCCTAATTTCCGCCGGAGAAGGAACAAAGTTTGTTCAAACTCGCGG
CTTGGGGTTAGCGATGTCGTACGACGATGTGGAGATAGAGGACATGGAGTGGAACGAAGA
GATGAAGGCGTACACGTACCCTTGCCCATGTGGCGATCTGTTCCAGATCACCAAGGAGGA
TCTGCGTCTCGGCGAAGAAATCGCCAATTGCCCAAGCTGCTCGCTCTATATCACTGTCAT
CTACAACATGGAGGATTTCAGAACGATACCAAGAAGAATAATAACCAGCCTAAAAGCAGC
CAACCCATCGCCGTCGCTTGAGATTGTGATGGAATCGATTAGAAAAAAGTGTTCAAGAGC
AGTAGGAGAGAGATCGCATTGCTGTTGCTGAATAGTCTTGGATATCATATATGAAAGTGT
GTTGTCACCATTCCTTGATTAGGTGGTTTTGATACTAACAAGGAAACAGAGGTTTGTCTT
GCCGCTTGTGTATGATTATTGAACCCAATTCATGGTGTTTTCTTACACGTTTTGATCCGA
TATTATTTTAAAACTGATTGGTTTGGAAAAGGATTGTACGGCTACATTGCCTTTTCTTTT
CTTGGCTGTTTTGGAGTTTGAGA

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL7117Contig1 1063 2 2 U
GGAGATTCACCTAGTGCTGGGAGACCAGGGTACAGGGAAGAGCACTTTCATAAAATTGCT
GGCTGGTTTTCTGCCACCAGATGGTGTAGAACCGTGGTGCCCAGAATATTTGGAATCATA
CAAACCGAAAGAAATTTCGTTTATCAGAGCCTGTACAGTCAGGGCAGCGCTAGAAACGCG
ATGTTTTCACCATCGGTTTGTATCAGATGTGATTGAGCCACTTCAGATTGACCGGTTGAT
GGGTCGGAAATTGACCTCACTCTCGCCTGGAGAAAGGCAGAGAGTTGCCATAACTTTCTG
TCTGATGAAGGACGCGCATGTGTATCTGATCGATGAGCCAAGCTTGGATCTGGACTCGGA
TATGCGTATCAGAGTCGCATTAGCTATAAGGAAGCACATTCTACGCATACAGAGAGCCGC
TGTTGTTGTGGAGAATGATTTTTTGATGGCTGCTTATTTAGCAGACAAAGTAATTTTGGT
TGAACCATCCATAGCTACTGCTTCTTGTCTCCCTCGTGATATCGCACGTCCAGTTTCCGG
CTTTTCTGTTTCTGCTGGTCGTGTTAACCGACGTCCAGTTTCCGACTTTTCTGTTTCTGC
TGGTCTGCGCCCACTTGTTAACGGACCTTCAGTTTTCGGCTTTTCTGTTTCTTCTCCATG
CGACCGTGTTGCTGGGTTCAACCTTTTGCTGGAGAAACTGAATATCACATTCAGACAGGT
TCCGAACAGCTCCAGATTAACACCAAGGGTCAACAAAGCAGGGTCCATGGAGGACAAGAC
CCAGAAACTTAATGGCAACTTTTACTACAATCTGGCTTGATTGATTCTAAGCTTAATAAA
ATAATAAATCAAAAATCGTACCTTCTCTCCAGTGTTGTGTGCTCCACTTGTTGTGGTTTT
TGCATCAAACACTTGTGTTTCTTTGTTGTTTATTGTGTTTCTTTGTTGTGCATCACTTTG
TTGTTTATCGTACCTTATTCTCACCTTTTCATATCCTCTTGGGGGAGTACTTTGCAGATC
ATTTCGAACCTAATAATTATCGAAGGAATCGAGTTTGATGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EM91TF U 1
AF RR1EM91JQ C 372
BS 1 715 RR1EM91TF
BS 716 1063 RR1EM91JQ

RD RR1EM91TF 715 0 0
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GGCTGGTTTTCTGCCACCAGATGGTGTAGAACCGTGGTGCCCAGAATATTTGGAATCATA
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ATGTTTTCACCATCGGTTTGTATCAGATGTGATTGAGCCACTTCAGATTGACCGGTTGAT
GGGTCGGAAATTGACCTCACTCTCGCCTGGAGAAAGGCAGAGAGTTGCCATAACTTTCTG
TCTGATGAAGGACGCGCATGTGTATCTGATCGATGAGCCAAGCTTGGATCTGGACTCGGA
TATGCGTATCAGAGTCGCATTAGCTATAAGGAAGCACATTCTACGCATACAGAGAGCCGC
TGTTGTTGTGGAGAATGATTTTTTGATGGCTGCTTATTTAGCAGACAAAGTAATTTTGGT
TGAACCATCCATAGCTACTGCTTCTTGTCTCCCTCGTGATATCGCACGTCCAGTTTCCGG
CTTTTCTGTTTCTGCTGGTCGTGTTAACCGACGTCCAGTTTCCGACTTTTCTGTTTCTGC
TGGTCTGCGCCCACTTGTTAACGGACCTTCAGTTTTCGGCTTTTCTGTTTCTTCTCCATG
CGACCGTGTTGCTGGGTTCAACCTTTTGCTGGAGAAACTGAATATCACATTCAGA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1EM91JQ 692 0 0
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TAGCTACTGCTTCTTGTCTCCCTCGTGATATCGCACGTCCAGTTTCCGGCTTTTCTGTTT
CTGCTGGTCGTGTTAACCGACGTCCAGTTTCCGACTTTTCTGTTTCTGCTGGTCTGCGCC
CACTTGTTAACGGACCTTCAGTTTTCGGCTTTTCTGTTTCTTCTCCATGCGACCGTGTTG
CTGGGTTCAACCTTTTGCTGGAGAAACTGAATATCACATTCAGACAGGTTCCGAACAGCT
CCAGATTAACACCAAGGGTCAACAAAGCAGGGTCCATGGAGGACAAGACCCAGAAACTTA
ATGGCAACTTTTACTACAATCTGGCTTGATTGATTCTAAGCTTAATAAAATAATAAATCA
AAAATCGTACCTTCTCTCCAGTGTTGTGTGCTCCACTTGTTGTGGTTTTTGCATCAAACA
CTTGTGTTTCTTTGTTGTTTATTGTGTTTCTTTGTTGTGCATCACTTTGTTGTTTATCGT
ACCTTATTCTCACCTTTTCATATCCTCTTGGGGGAGTACTTTGCAGATCATTTCGAACCT
AATAATTATCGAAGGAATCGAGTTTGATGATT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7118Contig1 621 2 1 U
TACACATTCTCACAAATGGCGTCTGTTCAATATGGTCTGGATCAAGGAATGGAGATTTTC
AACAACGAGCTTATGATCATGTCGTTTCTAGATGAAGAATCGCCTGTCGATAATCATGGT
AGCATCAACAAAGAGGAGGATGAGGCACTAAACCGCGTGATTAAACCGTTAGAAGTGGAG
ATCAACTCGAGTTCATCTTCGCCCATAGAATCTCGGGAAAATGATCTTCTACAGACAAAA
CCCGGTCTGGAAGATGATTTCGAGTGGCTTAACGACTTCGACATTGGTGTGGTTTCGTCT
CAAAATGATGACGAGATGATGAATTGGTGTACGGAGCTTTCTTACATGGATGGTGTAGAT
AGTAGCGTTCTTGAGATTGAAGGTGGCGACTATTATTCTCATATTAACTATGGACTTACA
TTTGAGGACGAACCAACTCTTTCTCTGTGGCAAGAGGGTAATGATGTAGTTATGTATTGA
TTGGTTGGTTTCGTGAAGTCATAATAATATAACAAAAGGCTGTTTCATATATGTTAATTA
TATATTCTTTAGATAATGCAATGATCATCTGTGAGAAGACTAGTTACTAAAACTAGCATC
TATCAACACGAGTTGGATACG


BQ
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AF RR1G893JQ C 1
AF RR1G893TF U 1
BS 1 621 RR1G893TF

RD RR1G893JQ 621 0 0
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AACAACGAGCTTATGATCATGTCGTTTCTAGATGAAGAATCGCCTGTCGATAATCATGGT
AGCATCAACAAAGAGGAGGATGAGGCACTAAACCGCGTGATTAAACCGTTAGAAGTGGAG
ATCAACTCGAGTTCATCTTCGCCCATAGAATCTCGGGAAAATGATCTTCTACAGACAAAA
CCCGGTCTGGAAGATGATTTCGAGTGGCTTAACGACTTCGACATTGGTGTGGTTTCGTCT
CAAAATGATGACGAGATGATGAATTGGTGTACGGAGCTTTCTTACATGGATGGTGTAGAT
AGTAGCGTTCTTGAGATTGAAGGTGGCGACTATTATTCTCATATTAACTATGGACTTACA
TTTGAGGACGAACCAACTCTTTCTCTGTGGCAAGAGGGTAATGATGTAGTTATGTATTGA
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TATATTCTTTAGATAATGCAATGATCATCTGTGAGAAGACTAGTTACTAAAACTAGCATC
TATCAACACGAGTTGGATACG

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1G893TF 621 0 0
TACACATTCTCACAAATGGCGTCTGTTCAATATGGTCTGGATCAAGGAATGGAGATTTTC
AACAACGAGCTTATGATCATGTCGTTTCTAGATGAAGAATCGCCTGTCGATAATCATGGT
AGCATCAACAAAGAGGAGGATGAGGCACTAAACCGCGTGATTAAACCGTTAGAAGTGGAG
ATCAACTCGAGTTCATCTTCGCCCATAGAATCTCGGGAAAATGATCTTCTACAGACAAAA
CCCGGTCTGGAAGATGATTTCGAGTGGCTTAACGACTTCGACATTGGTGTGGTTTCGTCT
CAAAATGATGACGAGATGATGAATTGGTGTACGGAGCTTTCTTACATGGATGGTGTAGAT
AGTAGCGTTCTTGAGATTGAAGGTGGCGACTATTATTCTCATATTAACTATGGACTTACA
TTTGAGGACGAACCAACTCTTTCTCTGTGGCAAGAGGGTAATGATGTAGTTATGTATTGA
TTGGTTGGTTTCGTGAAGTCATAATAATATAACAAAAGGCTGTTTCATATATGTTAATTA
TATATTCTTTAGATAATGCAATGATCATCTGTGAGAAGACTAGTTACTAAAACTAGCATC
TATCAACACGAGTTGGATACG

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL7119Contig1 875 2 20 U
GGAAGCAGAAACAAAGCAAGGAAGAGAAGAGAAGGAAGAAGCCGCTTGAAAGGGAGACTC
AAACGCGGAAGATAGAGAGATCTGCTCGTCTTCGTTCGAGATCCTCTCATTCATTCCGAG
TATTCCCCTTCAGTCTTAGGCTCATATTCTAAGAGGTGTGGGTGTATTCATACCGCTCTC
TTGCTTTGAAAGAGACTCAGCTATGCCTGGAAGATGCGTCCTGTTTCTAGGGCACTAGTT
GCACGAGCTAGCTGGAGCTACTAGTAGTCTTCTTCTTCTTCTTTCTTCCTCCTCTGCCTG
CTTAGTTGTTGTTGGATTAGATGGAAAACAAGCCGACCGTCTTGACCGATAAGTATGAAG
TCGGGAGGCTATTGGGTCAAGGTACTTTCGCCAAGGTGTATTACGGAAGGAGTGTTAATA
CTAACCAGAGTGTTGCTATCAAGATGATCGACAAGGACAAGGTTATGAAAGTTGGCCTTA
TGGACCAGATCAAGCGAGAGATCTCCGTTATGAGGATCGCTAAGCACCCTAACGTAGTGG
AGCTCTACGAGGTCATGGCGACTAAAACGAGGATCTACTTCGTTATGGAGTACTGTAAAG
GCGGGGAGCTTTTCAACAAGGTCGCCAAAGGGAAGCTGAGAGATGACGTTGCTTGGAAGT
ACTTTCATCAGCTTATCGACGCGGTTGACTTTTGCCACAGCAGGCAAGTGTATCACCGTG
ACATAAAGCCGGAGAATCTGCTGCTTGATGACAATGAGAATCTCAAGGTGTCTGATTTCG
GGTTAAGCGCCCTTGCTGATTGCAAGAGACAGGACGGTCTACTCCACACGACTTGTGGCA
CGCCTGCGTATGTTGCTCCCGAGGTGATCAATCGA


BQ
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AF RR1BO49TF U 1
AF RR1AH56TF U 60
BS 1 368 RR1BO49TF
BS 369 369 RR1AH56TF
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BS 545 545 RR1AH56TF
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BS 581 581 RR1AH56TF
BS 582 703 RR1BO49TF
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BS 705 730 RR1BO49TF
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BS 732 735 RR1BO49TF
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BS 741 741 RR1AH56TF
BS 742 749 RR1BO49TF
BS 750 875 RR1AH56TF

RD RR1BO49TF 749 0 0
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AAACGCGGAAGATAGAGAGATCTGCTCGTCTTCGTTCGAGATCCTCTCATTCATTCCGAG
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GCACGAGCTAGCTGGAGCTACTAGTAGTCTTCTTCTTCTTCTTTCTTCCTCCTCTGCCTG
CTTAGTTGTTGTTGGATTAGATGGAAAACAAGCCGACCGTCTTGACCGATAAGTATGAAG
TCGGGAGGTTATTGGGTCAAGGTACTTTCGCCAAGGTGTATTACGGAAGGAGTGTTCATA
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TGGACCAGATCAAGCGAGAGATCTCCGTTATGAGGATCGCTAAGCACCCTAACGTTGTGG
AGCTGTACGAGGTCATGGCGACTAAAACGAGGATCTACTTTGTTATGGAGTACTGTAAAG
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ACTTTCATCAGCTTATCGACGCGGTTGACTTTTGCCACAGCAG*CAAGTGTATCACCGTG
ACATAAAGCCTGAGA*TCTGTTGCTTGAT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1AH56TF 816 0 0
GG
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ATTCCCCTTCAGTCTTAGGCTCATATTCTAAGAGGTGTGGGTGTATTCATACCGCTTTCT
TGCTTTGAAAGAGACTCAGCTATGCCTGGAAGATGCGTCCTGTTTCTAGGGCACTAGTTG
CACGAGCTAGCTGGAGCTACTAGTAGTCTTCTTCTTCTTCTTTCTTCCTCCTCTGCCTTC
TTAGTTGTTGT*GGATTAGATGGAAAACAAGCCGAGCGTCTTGACCGATAAGTATGAAGT
CGGGAGGCTATTGGGTCAAGGTACTTTCGCCAAGGTGTATTACGGAAGGAGTGTTACTAC
TAACCAGAGTGTTGCTATCAAGATGATCGACAAGGACAAGGTTATGAAAGTTGGCCTTAT
GGACCAGATCAAGCGAGAGATCTCCGTTCTGAGGATCGCTAAGCACCCTAACGTAGTGGA
GCTCTACGAGGTCATGGCGACTAAAACGAGGATCTACTTCGTTATGGAGTACTGTAAAGG
CGGGGAGCTTTTCAACAAGGTTGCCAAAGGGAAGCTGAGAGATGACGTTGCTTGGAAGTA
CTTTCATCAGCTTATCGACGCGGTTGACTTTTGCCACAGCAGGCAAGTGTATCACCGTGA
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GTTAAGCGCCCTTGCTGATTGCAAGAGACAGGACGGTCTACTCCACACGACTTGTGGCAC
GCCTGCGTATGTTGCTCCCGAGGTGATCAATCGA

QA 3 816 3 816
DS 



AS 1 2

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TTAAAGTCCCCTCTTCCTGTGTCCTTTCAGGCTAGAAAGCTCTGAAACTTCCTTCGATTT
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AGTTATGATATTTTAAAGATCC


BQ
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AF RR1B659JQ C 1
AF RR1B659TF U 1
BS 1 622 RR1B659TF

RD RR1B659JQ 622 0 0
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CTCCTCAGGGACCAGAACTCCCGCCGTATTTCCCCCCTTCGTTTTCGAACCTACAGAGCT
CCTCCCTCCCTTCGCCCCCTAACGACACTGTTACGCTTCGTGAGCTAACGGAACGTGGGT
TTCTCCACCCATCTGGGCTTCCTTCCCTCGAGTTTTTCTTGCCGGAAGTTGATCCTTCAA
GTGAGCCATTGCTATTATTCCCCAAGAGGACATTCCAACCTAGCACCATCAGGCGCAAAC
GTAACCATGGATTCTTTGCTCGCAAAGCAACCAAAGGTGGACGGAGAGTCATTGCTCGGA
GAATAGCTAAAGGGCGTCACAGAGTCACTGCCTAGAATCTCTGGTTATCAAGTAGGCCGG
TTAAAGTCCCCTCTTCCTGTGTCCTTTCAGGCTAGAAAGCTCTGAAACTTCCTTCGATTT
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QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1B659TF 622 0 0
GGGGAGAAGAAATGGCGGCCAAAACCCTAATCAGGTCAGGAGCTTCGCTGATGAATCGGT
CCCTCTCGAAGCCGGCGGCGAATCTCGTGAGGAACAATCTCAGACCGTTTCAGCAGATAG
CTCCTCAGGGACCAGAACTCCCGCCGTATTTCCCCCCTTCGTTTTCGAACCTACAGAGCT
CCTCCCTCCCTTCGCCCCCTAACGACACTGTTACGCTTCGTGAGCTAACGGAACGTGGGT
TTCTCCACCCATCTGGGCTTCCTTCCCTCGAGTTTTTCTTGCCGGAAGTTGATCCTTCAA
GTGAGCCATTGCTATTATTCCCCAAGAGGACATTCCAACCTAGCACCATCAGGCGCAAAC
GTAACCATGGATTCTTTGCTCGCAAAGCAACCAAAGGTGGACGGAGAGTCATTGCTCGGA
GAATAGCTAAAGGGCGTCACAGAGTCACTGCCTAGAATCTCTGGTTATCAAGTAGGCCGG
TTAAAGTCCCCTCTTCCTGTGTCCTTTCAGGCTAGAAAGCTCTGAAACTTCCTTCGATTT
CATAAATAACTCGGATGTATTGAGATCCATGTTTTGATGTGTTGTTGAATCTTGGAGTCC
AGTTATGATATTTTAAAGATCC

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL7121Contig1 342 2 8 U
GTCTGCACGGCAAGCGACCGTTCATCCACCATAAAACCTCTGCGGCTGGATCCGCCGGCG
CTCATGTTGGAGGACAGCACTAGAAAGAGATTTTTCAAGGAAGAGGAGAGAGACTAAGAA
ACTGAGAGTGAAAGAGGAAGTATATAAGTTTGTATAAGATGCAAGTACATAATTATTTAT
ACAGTAATACATATTTAATCATATGATCATCGATGTCATCATGTCCGGTATTTTCTTCAT
GTACCGTTCTATCTTTTTTTTTGGGTCTGAATCTCTTGGAAGAAAACTCAAATTAATTCG
GGTAATGTGTCGCCATATCAATATCAGTGTCGTTCTCAGAGC


BQ
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AF RR1ET18TF U 1
AF RR1ET18JQ C 1
BS 1 250 RR1ET18TF
BS 251 251 RR1ET18JQ
BS 252 261 RR1ET18TF
BS 262 262 RR1ET18JQ
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BS 272 299 RR1ET18TF
BS 300 342 RR1ET18JQ

RD RR1ET18TF 299 0 0
GTCTGCACGGCAAGCGACCGTTCATCCACCATAAAACCTCTGCGGCTGGATCCGCCGGCG
CTCATGTTGGAGGACAGCACTAGAAAGAGATTTTTCAAGGAAGAGGAGAGAGACTAAGAA
ACTGAGAGTGAAAGAGGAAGTATATAAGTTTGTATAAGATGCAAGTACATAATTATTTAT
ACAGTAATACATATTTAATCATATGATCATCGATGTCATCATGTCCGGTATTTTCTTCAT
GTACCGTTCTTTCTTTTTTTT*GGGTCTGA*TCTCTTGGAAGAAAACTCAAATTAATTC

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR1ET18JQ 342 0 0
GTCTGCACGGCAAGCGACCGTTCATCCACCATAAAACCTCTGCGGCTGGATCCGCCGGCG
CTCATGTTGGAGGACAGCACTAGAAAGAGATTTTTCAAGGAAGAGGAGAGAGACTAAGAA
ACTGAGAGTGAAAGAGGAAGTATATAAGTTTGTATAAGATGCAAGTACATAATTATTTAT
ACAGTAATACATATTTAATCATATGATCATCGATGTCATCATGTCCGGTATTTTCTTCAT
GTACCGTTCTATCTTTTTTTTTGGGTCTGAATCTCTTGGAAGAAAACTCAAATTAATTCG
GGTAATGTGTCGCCATATCAATATCAGTGTCGTTCTCAGAGC

QA 1 342 1 342
DS 



AS 1 2

CO CL7122Contig1 621 2 1 U
GGACACAATCACTAACAATCTCCGCCTCCGATTTTGGTGTTAATAGATCCGACATATCTA
ATTATATGTCGTCATTCACCAAAACCGCTTCAACTTCAAACCCATCTTCAAACTCTATTC
CTCGTATCCTCTCTTTCCCTAAGTTTCTCTTTTCTTTTCAGTTTCTCCATAGAAGTTGAA
CATAGTGTTTCTTATTTCTCAATTTTCTAAACGTTTTGAATTCCTAAATTTTGAATATTT
TATTTGTTTGTGTTCATAAAACTGGATTTCATGGACCCTCCTCTCTTCCCATTCTCCTTG
ACGAAGTGAAACCTTTCTCCTCTTCCTGTCGACGAAGTGCAGATGGAACAAGATCCTATA
GCTCACACGAAAGAGACGGATTGGAGATGGAGGAAGGAAACGAGACGAATGAAGAGGCTG
AAGACCAGATCTGGCGGAGAGCAGGACGATGGAGGACGTGGCTGACGGCGTGACTGAAGC
TTCTATGATGGAGGAGGAGTTAGTGATAGAGGCGACCGGAGTAAGCAAAAAGAGGAATTA
GGGCTCTGTTAGGTTTAACTTTTTTTCTGTTTATTTTTTTGGTTTACATGTAAACCAAAT
TTGAATTATTTTTATATGTAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EI88JQ C 1
AF RR1EI88TF U 1
BS 1 621 RR1EI88TF

RD RR1EI88JQ 621 0 0
GGACACAATCACTAACAATCTCCGCCTCCGATTTTGGTGTTAATAGATCCGACATATCTA
ATTATATGTCGTCATTCACCAAAACCGCTTCAACTTCAAACCCATCTTCAAACTCTATTC
CTCGTATCCTCTCTTTCCCTAAGTTTCTCTTTTCTTTTCAGTTTCTCCATAGAAGTTGAA
CATAGTGTTTCTTATTTCTCAATTTTCTAAACGTTTTGAATTCCTAAATTTTGAATATTT
TATTTGTTTGTGTTCATAAAACTGGATTTCATGGACCCTCCTCTCTTCCCATTCTCCTTG
ACGAAGTGAAACCTTTCTCCTCTTCCTGTCGACGAAGTGCAGATGGAACAAGATCCTATA
GCTCACACGAAAGAGACGGATTGGAGATGGAGGAAGGAAACGAGACGAATGAAGAGGCTG
AAGACCAGATCTGGCGGAGAGCAGGACGATGGAGGACGTGGCTGACGGCGTGACTGAAGC
TTCTATGATGGAGGAGGAGTTAGTGATAGAGGCGACCGGAGTAAGCAAAAAGAGGAATTA
GGGCTCTGTTAGGTTTAACTTTTTTTCTGTTTATTTTTTTGGTTTACATGTAAACCAAAT
TTGAATTATTTTTATATGTAA

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1EI88TF 621 0 0
GGACACAATCACTAACAATCTCCGCCTCCGATTTTGGTGTTAATAGATCCGACATATCTA
ATTATATGTCGTCATTCACCAAAACCGCTTCAACTTCAAACCCATCTTCAAACTCTATTC
CTCGTATCCTCTCTTTCCCTAAGTTTCTCTTTTCTTTTCAGTTTCTCCATAGAAGTTGAA
CATAGTGTTTCTTATTTCTCAATTTTCTAAACGTTTTGAATTCCTAAATTTTGAATATTT
TATTTGTTTGTGTTCATAAAACTGGATTTCATGGACCCTCCTCTCTTCCCATTCTCCTTG
ACGAAGTGAAACCTTTCTCCTCTTCCTGTCGACGAAGTGCAGATGGAACAAGATCCTATA
GCTCACACGAAAGAGACGGATTGGAGATGGAGGAAGGAAACGAGACGAATGAAGAGGCTG
AAGACCAGATCTGGCGGAGAGCAGGACGATGGAGGACGTGGCTGACGGCGTGACTGAAGC
TTCTATGATGGAGGAGGAGTTAGTGATAGAGGCGACCGGAGTAAGCAAAAAGAGGAATTA
GGGCTCTGTTAGGTTTAACTTTTTTTCTGTTTATTTTTTTGGTTTACATGTAAACCAAAT
TTGAATTATTTTTATATGTAA

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL7123Contig1 883 2 6 U
GGGAGGGAAAGAGTTACCTACCTATTACCATCTATCTCTTTCTCTCTCTCTCTATCGAGC
TTTGTCTCCTCCTCCTGTTCTCATGGAAGCCTCACCCAATGATCGCCTTCATTTCGGCAT
AATGGGTTTCGGGTGCGACCATTACAATAGGAGATGTCAAATCAGAGCTCCATGCTGCAA
CGAAGTCTTCCCTTGTCGCCATTGTCACAACGAGAGCACTAGCACATTGCGTAATATCTA
TGACCGTCACGAGCTTGTTCGTCAAGATGTTAAACAAGTGATTTGCTCTGTTTGCGATAC
AGAGCAGCCGGTGACTAAAGTTTGCACCAACTGTGGTGTCAACATGGGAGAATACTTCTG
CGATATCTGCAAGTTCTATGATGATAATACTGAAAAAGAACAGTTCCATTGTGATGACTG
TGGAATTTTGCTGTCCTATTTGCTCGAGGTCAGTGATTGATATGTCAAAAACATGGCAGA
GAACGGATGAAGAGATTGAAGCTACTTCTATGCCTTCAGATTACCGCGATAAGAAGGTTT
GGATACTGTGCAACGACTGTAACGACACAACAGAGGTATACTTCCATATAATCGGTCAGA
AATGTAGACACTGTAGATCTTACAACACCAGAGCCGTCGCACCTCCTGTCCTTCCTCAAT
GAAAACACCAAACATCTTTCATGTATTGCCACCAGAAAGCAACCAAAGAAAAAAAAACTC
TGATCAATGATTCAATATGATCATTGGTCACAAAAGCAAGACTCACATTTGTCTTCTTCA
TGATTCTATTTGTTGTTGTTCTTATATGATTATGTTTATTACCATTTATATTTATGTGTG
AGAAAGCCAGGATAATGTATAATATATATATTCTTGATCCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF13TF U 1
AF RR1EF13JQ C 125
BS 1 716 RR1EF13TF
BS 717 717 RR1EF13JQ
BS 718 734 RR1EF13TF
BS 735 735 RR1EF13JQ
BS 736 754 RR1EF13TF
BS 755 883 RR1EF13JQ

RD RR1EF13TF 756 0 0
GGGAGGGAAAGAGTTACCTACCTATTACCATCTATCTCTTTCTCTCTCTCTCTATCGAGC
TTTGTCTCCTCCTCCTGTTCTCATGGAAGCCTCACCCAATGATCGCCTTCATTTCGGCAT
AATGGGTTTCGGGTGCGACCATTACAATAGGAGATGTCAAATCAGAGCTCCATGCTGCAA
CGAAGTCTTCCCTTGTCGCCATTGTCACAACGAGAGCACTAGCACATTGCGTAATATCTA
TGACCGTCACGAGCTTGTTCGTCAAGATGTTAAACAAGTGATTTGCTCTGTTTGCGATAC
AGAGCAGCCGGTGACTAAAGTTTGCACCAACTGTGGTGTCAACATGGGAGAATACTTCTG
CGATATCTGCAAGTTCTATGATGATAATACTGAAAAAGAACAGTTCCATTGTGATGACTG
TGGAATTTTGCTGTCCTATTTGCTCGAGGTCAGTGATTGATATGTCAAAAACATGGCAGA
GAACGGATGAAGAGATTGAAGCTACTTCTATGCCTTCAGATTACCGCGATAAGAAGGTTT
GGATACTGTGCAACGACTGTAACGACACAACAGAGGTATACTTCCATATAATCGGTCAGA
AATGTAGACACTGTAGATCTTACAACACCAGAGCCGTCGCACCTCCTGTCCTTCCTCAAT
GAAAACACCAAACATCTTTCATGTATTGCCACCAGAAAGCAACCAAAGAAAAAAAA*CTC
TGATCAATGATTCA*TATGATCATTGGTCACAAA
GC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1EF13JQ 759 0 0
GGTTTCGGGTGCGACCATTACAATAGGAGATGTCAAATCAGAGCTCCATGCTGCAACGAA
GTCTTCCCTTGTCGCCATTGTCACAACGAGAGCACTAGCACATTGCGTAATATCTATGAC
CGTCACGAGCTTGTTCGTCAAGATGTTAAACAAGTGATTTGCTCTGTTTGCGATACAGAG
CAGCCGGTGACTAAAGTTTGCACCAACTGTGGTGTCAACATGGGAGAATACTTCTGCGAT
ATCTGCAAGTTCTATGATGATAATACTGAAAAAGAACAGTTCCATTGTGATGACTGTGGA
ATTTTGCTGTCCTATTTGCTCGAGGTCAGTGATTGATATGTCAAAAACATGGCAGAGAAC
GGATGAAGAGATTGAAGCTACTTCTATGCCTTCAGATTACCGCGATAAGAAGGTTTGGAT
ACTGTGCAACGACTGTAACGACACAACAGAGGTATACTTCCATATAATCGGTCAGAAATG
TAGACACTGTAGATCTTACAACACCAGAGCCGTCGCACCTCCTGTCCTTCCTCAATGAAA
ACACCAAACATCTTTCATGTATTGCCACCAGAAAGCAACCAAAGAAAAAAAAACTCTGAT
CAATGATTCAATATGATCATTGGTCACAAAAGCAAGACTCACATTTGTCTTCTTCATGAT
TCTATTTGTTGTTGTTCTTATATGATTATGTTTATTACCATTTATATTTATGTGTGAGAA
AGCCAGGATAATGTATAATATATATATTCTTGATCCAGG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL7124Contig1 799 2 4 U
GGGATTTAGGTAAAGAAAAAAAAAAGAAGAAGATTTTCTCAGGTTTTTATTTGTTCAACT
TTCATCGTCTCCGATTTTCTCTCACCTTACCACAATTCTCCCAGCTTCAACCTAACGCCA
AGAGCCGCCTTGGGATTGATTGATAATCAACCGAAGCAATCGAAATCGATCAGATCATTG
CAGAGCGCAGCCTTTCTCAGACCAAACTAGGAAATGGTTAAAAGGCATGGAGATAATTGA
TTTGGTTAAGAAGATATCATGGCGCAGTGCATAGACGGTTTCAAGCATTTGTGCACCTCT
GTTTTAGGGTGTTTTGATCTTGATTTGTATAAACAACCTGGTGGCCTTGGAGACCCTGAG
TTGCTTGCGAGAGATACTGTTTTTAGCGTGAGTGAAATAGAAGCTCTTTATGAGCTGTTT
AAGAAAATCAGCAGTGCCGTCATTGATGATGGACTAATCAACAAGGAAGAGTTTCAGTTG
GCTTTGTTTAAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCTAATCGGGTTTTTGATTTGTTT
GATACAAAACACAATGGAATACTTGGTTTTGAAGAGTTTGCTCGTGCTCTCTCCGTTTTT
CACCCAAATGCGCCTATAGATGACAAAATCCACTTTTCATTTCAGCTATATGATCTTAAA
CAGCAAGGGTTCATTGAACGGCAAGAGGTGAAACAAATGGTTGTCGCAACGCTTGCTGAA
TCTGGAATGAACTTGAAGGATACTGTCATTGAAGATATAATCGACAAGACGTTTGAGGAG
CAGACACAAACATGATGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FR78TF U 1
AF RR1FD75TF U 44
BS 1 147 RR1FR78TF
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CAGCAAGGGTTCATTG

QA 1 676 1 676
DS 

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QA 1 756 1 756
DS 



AS 0 0

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BQ
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AF RR1AJ01JQ C 1
AF RR1AJ01TF U 1
BS 1 621 RR1AJ01TF

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TGCTGCTTCTATGATAATTTCGTTTACTTGTTCAAAAAATTTAAAGCTCATATATTTGCT
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DS 

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GATGTTTCTTTGGCTAGTAATTGTCTTAATGGTTTCAGGTTCTGCCTCTTCAAATGAATA
CAAACTCCATTGGGATATTCCTCCTGCAAATGCTTCAACAAGTCTTAACGATTGGGCTTC
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TGCTGCTTCTATGATAATTTCGTTTACTTGTTCAAAAAATTTAAAGCTCATATATTTGCT
AGTTGCTTACTTTTATAATCT

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL7127Contig1 938 2 2 U
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TTTGGCGTGATGACCGATCTAGCTCTGTCCTCCTTGTTTCCTGATTGTGTTGGTTGTGGG
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CTTTCTGACCTTGGCTTCTTCTTGCTACTGTTGCCGGTGCGAGCTTGTGTTTATCAGAGT
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GTTTCAGGCTGAAGTTTCTAATCAAGTATTGTTCAGCG


BQ
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AF RR1CY03TF U 1
AF RR1CY03JQ C 192
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BS 588 938 RR1CY03JQ

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DS 

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CGGTTCTGGTTCCCTTACTCGTGGAAGTTTCGACCTAAAACGGATATGCTAACCTGAGGA
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TGTGCAGCTCTGTTGTTTTCCTCTGTTCTATTTCTTAAGTCTCCCAGTGTTGGACTGTAG
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QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1A281TF U 1
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AAAAAAAAACAAACACTTTTAACTAAAAGGTGAAAGAAAGATCAATAGATACATAG

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1H228JQ C 1
AF RR1H228TF U 1
BS 1 626 RR1H228TF

RD RR1H228JQ 626 0 0
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TTGTTGGATCGTCATCGATGGCAAGGTTTATGATGTGACAAAGTTCTTGGACGACCATCC
TGGTGGTGACGAGGTCATCTTGACTTCTACTGGGAAAGACGCGACGGATGATTTTGAGGA
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GTCTAACCAGAGCTCCGATTTTCTCATTAAGGTCCTTCAGTTCCTTGTTCCTCTTCTTAT
CTTAGGCTTGGCTCTCGGTATCCGCTCTTACACCAAGACTCCTTCCTCTTGAGGAGTGTC
TTTGAGTGTGTTACTACGTGTTTGCCCCCCCTTTATCTCTGCCTGTCTTGTTAAGACTTC
AGATATTATTATATTCTCTTTTTGCAACCAACTGGATTATGTAAGAGACTTTTGTTTGTC
TTTTAATTAAATCAAATCCATTTTAC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1H228TF 626 0 0
GGGAAACCTTTTCAGTTCGTGTTTGAATAACAATTTAGGAGGATCATCATCGGAGGAGAT
GGGCGGAGACGGCAAAGTGTTCACCTTGGCAGAGGTTTCTGAGCACAGCAGCAGCCAGGA
TTGTTGGATCGTCATCGATGGCAAGGTTTATGATGTGACAAAGTTCTTGGACGACCATCC
TGGTGGTGACGAGGTCATCTTGACTTCTACTGGGAAAGACGCGACGGATGATTTTGAGGA
CGTGGGACACAGTTCCACTGCAAAAGCCATGCTTGATGAGTACTACGTCGGTGATATCGA
CTCCGCCACTGTCCCTCCCAAAACCAAGTTTGTTCCTCCTCCTCCCAACCAGACCACCCA
GTCTAACCAGAGCTCCGATTTTCTCATTAAGGTCCTTCAGTTCCTTGTTCCTCTTCTTAT
CTTAGGCTTGGCTCTCGGTATCCGCTCTTACACCAAGACTCCTTCCTCTTGAGGAGTGTC
TTTGAGTGTGTTACTACGTGTTTGCCCCCCCTTTATCTCTGCCTGTCTTGTTAAGACTTC
AGATATTATTATATTCTCTTTTTGCAACCAACTGGATTATGTAAGAGACTCTTGTTTGTC
TTTTAATTAAATCAAATCCATTTTAC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL7130Contig1 886 2 10 U
GGAAATCAGAAAACCACTCAAACAGAGCCCTAAAGTCGGCGACGGCGGCGACCATGAAAA
CCTCCATGGCTCTTCTCCTCCGCACTCTTTCGAAAGCTCGCATTTTTCATCCTCATTCTC
CATCTCTTTCTCCGGCTCGATGCAATTCTCTGTTGCCAGCTCTCCAATCACGAGACATCG
CTGCTTCGCGGCGATCCTACTCAGCGATGATCGCGTCGGCGAACTCTCCCTTCCGGTCCA
ACCTCCTCCGAATCATAAGAAACGAGATCGAGTATCAATCGGAATACGCTCCTCCGCATC
AGCCAGCGACTGAGTTCAGGTCATACTCTGTTGAGGATCGTCCCGGTGAGCAATGCATTG
TGATGAAAGGGAAGTTTGGAGAAGAGGAAAGCATCAAAATGGAAGCGACTATGTTCGATG
GGTTTATGACTGTTCCACGAACCGGTTTAGATGCTTCGGGCCGCGACGTCCGTCTTCACG
TTAGCTTGCTTGTCGACATTTCCAAGTCTGATGGGAGTGAAGACATGGAGTTCCTCTGCT
CCGTCTGGCCTAACCGTATCGAAATTCAAAACCTTTACATGCTTAAGCGCGATGAGATCA
ATGGTCAGCCTTACATGGGACCGAAGTTCGGGAGTTTGAAGTATGATTTTCAGACAGCGG
TTAAAGAGTTTTTGCGAGTGAGAGGGATAGACTCGGAGCTTTGCTTTTTCTTGCATGAGT
ATATGATGAATAAAGATAGGATTGAGCTCATTCAATGGTTGAGAAAGCTAAATTCATTCA
TCGTAAAGTAAATCTCCCATCGTTTTGACATCTTTTTGATGATTATGTTCTCAATTTATA
CAATGTTTGAAATGGAATAAATCATATACGATATAAAGTTGACCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G505TF U 1
AF RR1EZ78JQ C 141
BS 1 247 RR1G505TF
BS 248 248 RR1EZ78JQ
BS 249 749 RR1G505TF
BS 750 750 RR1EZ78JQ
BS 751 754 RR1G505TF
BS 755 755 RR1EZ78JQ
BS 756 771 RR1G505TF
BS 772 772 RR1EZ78JQ
BS 773 788 RR1G505TF
BS 789 886 RR1EZ78JQ

RD RR1G505TF 788 0 0
GGAAATCAGAAAACCACTCAAACAGAGCCCTAAAGTCGGCGACGGCGGCGACCATGAAAA
CCTCCATGGCTCTTCTCCTCCGCACTCTTTCGAAAGCTCGCATTTTTCATCCTCATTCTC
CATCTCTTTCTCCGGCTCGATGCAATTCTCTGTTGCCAGCTCTCCAATCACGAGACATCG
CTGCTTCGCGGCGATCCTACTCAGCGATGATCGCGTCGGCGAACTCTCCCTTCCGGTCCA
ACCTCCTTCGAATCATAAGAAACGAGATCGAGTATCAATCGGAATACGCTCCTCCGCATC
AGCCAGCGACTGAGTTCAGGTCATACTCTGTTGAGGATCGTCCCGGTGAGCAATGCATTG
TGATGAAAGGGAAGTTTGGAGAAGAGGAAAGCATCAAAATGGAAGCGACTATGTTCGATG
GGTTTATGACTGTTCCACGAACCGGTTTAGATGCTTCGGGCCGCGACGTCCGTCTTCACG
TTAGCTTGCTTGTCGACATTTCCAAGTCTGATGGGAGTGAAGACATGGAGTTCCTCTGCT
CCGTCTGGCCTAACCGTATCGAAATTCAAAACCTTTACATGCTTAAGCGCGATGAGATCA
ATGGTCAGCCTTACATGGGACCGAAGTTCGGGAGTTTGAAGTATGATTTTCAGACAGCGG
TTAAAGAGTTTTTGCGAGTGAGAGGGATAGACTCGGAGCTTTGCTTTTTCTTGCATGAGT
ATATGATGAATAAAGATAGGATTGAGCTCCTTCA*TGGTTGAGAAAGCTAA*TTCATTCA
TCGTAAAG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1EZ78JQ 746 0 0
TGCAATTCTCTGTTGCCAGCTCTCCAATCACGAGACATCGCTGCTTCGCGGCGATCCTAC
TCAGCGATGATCGCGTCGGCGAACTCTCCCTTCCGGTCCAACCTCCTCCGAATCATAAGA
AACGAGATCGAGTATCAATCGGAATACGCTCCTCCGCATCAGCTAGCGACTGAGTTCAGG
TCATACTCTGTTGAGGATCGTCCCGGTGATCAATGCATTGTGATGAAAGGGAAGTTTGGA
GAAGAGGAAAGCATCAAAATGGAAGCGACTATGTTCGATGGGTTTATGACTGTTCCACGA
ACCGGTTTAGATGCTTCGGGCCGCGACGTCCGTCTTCACGTTAGCTTGCTTGTCGACATT
TCCAAGTCTGATGGGAGTGAAGACATGGAGTTCCTCTGCTCCGTCTGGCCTAACCGTATC
GAAATTCAAAACCTTTACATGCTTAAGCGCGATGAGATCAATGGTCAGCCTTACATGGGA
CCGAAGTTCGGGAGTTTGAAGTATGATTTTCAGACAGCGGTTAAAGAGTTTTTGCGAGTG
AGAGGGATAGACTCGGAGCTTTGCTTTTTCTTGCATGAGTATATGATGAATAAAGATAGG
ATTGAGCTCATTCAATGGTTGAGAAAGCTAAATTCATTCATCGTAAAGTAAATCTCCCAT
CGTTTTGACATCTTTTTGATGATTATGTTCTCAATTTATACAATGTTTGAAATGGAATAA
ATCATATACGATATAAAGTTGACCAT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL7131Contig1 772 2 6 U
AAAAACGGCCGCTGGAACCCCCGAGTGGATGGCACCAGAGGTCCTGCGGGATGAGCAATC
TAATGAGAAATCAGATGTGTACAGCTTCGGGGTCATCTTGTGGGAGCTTGCTACATTGCA
GCAACCATGGGGTAACTTGAATCCGGCTCAGGTTGTAGCTGCGGTTGGTTTCAAGAATAA
ACGGCTTGAGATCCCACGGAATCTGAACCCTCAAGTTGCAGCCATAATCGAGAGTTGTTG
GACAAATGAGCCGTGGAAGCGTCCATCATTTGCAACAATAATGGACTTGCTAAGACCGTT
GATTAAATCAGCGGTTCCTCCACCTAATCGCTTGGATATGTGAAGTCCCAGGTCCACTTC
TAAACACAACACAATCATTGATGATGGTGCATATATACTCTTCTCAGCATTCTTTTGCTG
CCCAGGAGGGAGGCAGCTAGTTAAGATAGCTGCAACTCGCGAGCTAAGATAGCTGCAACT
CGTGAGCTATCCGTCTTATCCTATAAAAATTAGTCACATGGAGGAGAAAAAAGTAACTGA
AAAAATAGTAATGGAAAGAGCGAGGGATATTATCTTTATCTACCTCCTCCCAGGGGTAAG
CAAGCAAGGTTTTGTTGTAGTGTTTTGTTTGACCCCACATTTAATGTTTGTTTCTTTAAT
TACATTGTTGTACATCAAAACTGCTAAATTAGTAGTTAAGGTTCTAAGAGTGTGCCAACA
GCAAAAAGAAAAGACTCAATATGATTCATTTGGATATACATTTATTTATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H581JQ C 1
AF RR1FO16TF U 114
BS 1 114 RR1H581JQ
BS 115 280 RR1FO16TF
BS 281 281 RR1H581JQ
BS 282 349 RR1FO16TF
BS 350 350 RR1H581JQ
BS 351 772 RR1FO16TF

RD RR1H581JQ 705 0 0
AAAAACGGCCGCTGGAACCCCCGAGTGGATGGCACCAGAGGTCCTGCGGGATGAGCAATC
TAATGAGAAATCAGATGTGTACAGCTTCGGGGTCATCTTGTGGGAGCTTGCTACATTGCA
GCAACCATGGGGTAACTTGAATCCGGCTCAGGTTGTAGCTGCGGTTGGTTTCAAGAATAA
ACGGCTTGAGATCCCACGGAATCTGAACCCTCAAGTTGCAGCCATAATCGAGAGTTGTTG
GACAAATGAGCCGTGGAAGCGTCCATCATTTGCAACAATAATGGACTTGCTAAGACCGTT
GATTAAATCAGCGGTTCCTCCACCTAATCGCTTGGATATGTGAAGTCCCAGGTCCACTTC
TAAACACAACACAATCATTGATGATGGTGCATATATACTCTTCTCAGCATTCTTTTGCTG
CCCAGGAGGGAGGCAGCTAGTTAAGATAGCTGCAACTCGTGAGCTAAGATAGCTGCAACT
CGTGAGCTATCCGTCTTATCCTATAAAAATTAGTCACATGGAGGAGAAAAAAGTAACTGA
AAAAATAGTAATGGAAAGAGTGAGGGATTTTATCTTTATCTACCTCCTCCCAGGGGTAAG
CAAGCAAGGTTTTGTTGTAGTGTTTTGTTTGATTCCACATTTAATGTTTGTTTCTTTAAT
TACATTGTTGTACATCAAAACTGCTAAATTAGTAGTTAAGGTTCT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1FO16TF 659 0 0
G
ATTGCAGCAACCATGGGGTAACTTGAATCCGGCTCAGGTTGTAGCTGCGGTTGGTTTCAA
GAATAAACGGCTTGAGATCCCACGGAATCTGAACCCTCAAGTTGCAGCCATAATCGAGAG
TTGTTGGACAAATGAGCCGTGGAAGCGTCCATCATTTGCAACAATAGTGGACTTGCTAAG
ACCGTTGATTAAATCAGCGGTTCCTCCACCTAATCGCTTGGATATGTGAAGTCCCCGGTC
CACTTCTAAACACAACACAATCATTGATGATGGTGCATATATACTCTTCTCAGCATTCTT
TTGCTGCCCAGGAGGGAGGCAGCTAGTTAAGATAGCTGCAACTCGCGAGCTAAGATAGCT
GCAACTCGTGAGCTATCCGTCTTATCCTATAAAAATTAGTCACATGGAGGAGAAAAAAGT
AACTGAAAAAATAGTAATGGAAAGAGCGAGGGATATTATCTTTATCTACCTCCTCCCAGG
GGTAAGCAAGCAAGGTTTTGTTGTAGTGTTTTGTTTGACCCCACATTTAATGTTTGTTTC
TTTAATTACATTGTTGTACATCAAAACTGCTAAATTAGTAGTTAAGGTTCTAAGAGTGTG
CCAACAGCAAAAAGAAAAGACTCAATATGATTCATTTGGATATACATTTATTTATCTC

QA 2 659 2 659
DS 



AS 1 2

CO CL7132Contig1 783 2 2 U
CTTAGCTATGTCGGCCGATGATTCTTCAAATGTTACAGATATCGACGGGAAGCGAGAGCT
CAATTCAAACCTTAACTCTGACGGTGACGATGCAGCCGATAATGATTCCTCAAAGGCATT
GACTATTCCTGCTCCCGCCGTTTGTCTTGTCCGGTTTGCTGGAGATGCAGCTGGTGGTGC
CGTCATGGGCTCTATCTTTGGATATGGTTCAGGATTGTTCAAGAAGAAAGGCTTTAAAGG
ATCATTTGCAGATGCAGGGCAGTCTGCAAAGACTTTTGCTGTTTTGTCTGGAGTACACAG
TTTGGTTGTTTGCCTTCTGAAACAACTCAGAGGGAAAGATGACGCCATTAATGTTGGAGT
TGCTGGGTGCTGCACCGGTCTTGCTCTTAGTTTCCCTGGTGCTCCACAAGCTCTTCTACA
GAGTTGCCTCACTTTTGGGGCTTTCTCTTTTATCCTTGAGGGACTAAACAAAAGACAAAC
AGCTTTGGCTCACTCTGTCTCCTTGAGACACCAAACCGGAGACTTTGGAGATCATCAACG
TCCTTTACCACTCTCCCTGGCTCTCCCGATCCATGAAGAAATCAGAGGAGCCTTCTCTTC
TTTCTGCAAGTCCTTAGCTAAACCCAAGAAGATCTAGTTTCCCCATGTTTCTCCTTTTCT
AGTGCCTTAGGTTTTTTCTGTAGATTGTTTGTTAATCATTCCCTGCTTTTGTTCAACTTT
GTGAGAGAATGTTTTATGAATTGAAAAGGTTGATTGATGTACTCTGTGTACCGTTTGCTC
CAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1EX80TF U 1
AF RR1EX80JQ C 29
BS 1 666 RR1EX80TF
BS 667 783 RR1EX80JQ

RD RR1EX80TF 666 0 0
CTTAGCTATGTCGGCCGATGATTCTTCAAATGTTACAGATATCGACGGGAAGCGAGAGCT
CAATTCAAACCTTAACTCTGACGGTGACGATGCAGCCGATAATGATTCCTCAAAGGCATT
GACTATTCCTGCTCCCGCCGTTTGTCTTGTCCGGTTTGCTGGAGATGCAGCTGGTGGTGC
CGTCATGGGCTCTATCTTTGGATATGGTTCAGGATTGTTCAAGAAGAAAGGCTTTAAAGG
ATCATTTGCAGATGCAGGGCAGTCTGCAAAGACTTTTGCTGTTTTGTCTGGAGTACACAG
TTTGGTTGTTTGCCTTCTGAAACAACTCAGAGGGAAAGATGACGCCATTAATGTTGGAGT
TGCTGGGTGCTGCACCGGTCTTGCTCTTAGTTTCCCTGGTGCTCCACAAGCTCTTCTACA
GAGTTGCCTCACTTTTGGGGCTTTCTCTTTTATCCTTGAGGGACTAAACAAAAGACAAAC
AGCTTTGGCTCACTCTGTCTCCTTGAGACACCAAACCGGAGACTTTGGAGATCATCAACG
TCCTTTACCACTCTCCCTGGCTCTCCCGATCCATGAAGAAATCAGAGGAGCCTTCTCTTC
TTTCTGCAAGTCCTTAGCTAAACCCAAGAAGATCTAGTTTCCCCATGTTTCTCCTTTTCT
AGTGCC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1EX80JQ 755 0 0
AATGTTACAGATATCGACGGGAAGCGAGAGCTCAATTCAAACCTTAACTCTGACGGTGAC
GATGCAGCCGATAATGATTCCTCAAAGGCATTGACTATTCCTGCTCCCGCCGTTTGTCTT
GTCCGGTTTGCTGGAGATGCAGCTGGTGGTGCCGTCATGGGCTCTATCTTTGGATATGGT
TCAGGATTGTTCAAGAAGAAAGGCTTTAAAGGATCATTTGCAGATGCAGGGCAGTCTGCA
AAGACTTTTGCTGTTTTGTTTGGAGTACACAGTTTGGTTGTTTGCCTTTTGAAACAACTC
AGAGGGAAAGATGACGCCATTAATGTTGGAGTTGCTGGGTGCTGCACCGGTCTTGCTCTT
AGTTTCCCTGGTGCTCCACAAGCTCTTCTACAGAGTTGCCTCACTTTTGGGGCTTTTTCT
TTTATCCTTGAGGGACTAAACAAAAGACAAACAGCTTTGGCTCACTCTGTCTCCTTGAGA
CACCAAACCGGAGACTTTGGAGATCATCAACGTCCTTTACCACTCTCCCTGGCTCTCCCG
ATCCATGAAGAAATCAGAGGAGCCTTCTCTTCTTTTTGCAAGTCCTTAGCTAAACCCAAG
AAGATCTAGTTTCCCCATGTTTCTCCTTTTCTAGTGCCTTAGGTTTTTTCTGTAGATTGT
TTGTTAATCATTCCCTGCTTTTGTTCAACTTTGTGAGAGAATGTTTTATGAATTGAAAAG
GTTGATTGATGTACTCTGTGTACCGTTTGCTCCAC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL7133Contig1 780 2 3 U
TTCAGAAGTGTAATAAACAAAAGTACAGAGATTAAACTGCACTGCAATGTTCACAAGAGA
CAAAACAAAACTGAAGCTGAAAGCTTCAAAATAATTTCAGAAAATTTGCATTTGTTGAGA
TGTAGTTAGTGAACGCAAAGGAGCACAAACTAACAAGGGAATTAATTAAGGATAGCTTGC
TTTGTAAGTCCACACAATAATAGTAATTAGCTAATGTTGATCATCATCTTGACAAATTCA
TCATAGTTGATTTGACCATCACCATCCAAATCTGCCTCCTTTATCATTTGTTCAACTTCT
TCATCTGTTAGCTTTTCCCCTAGATTTATCATTACATGACTCAACTCACTGGCAGAGATA
TAACCATTTTGGTCTTTGTCAAAGACTTTGAATACTTCTTTCAGCTCTTCTTCTGCATCA
TTATCCTGAAGTTTGTTGGTCATGAGGTTAAGAAACTCAGCAAATTCAATGGTGGCATTA
CCATCGGAGTCGATCTCAGCGATGATATCTTGAAGTTCTTGTTCTGTTGGATTCTGATCC
AACGAGCTGATCACTGTTAAAAGTTCTTCTACCGTTATACGACCTGCTACGTCGCCGTCT
TTGTCGATGAGACAAATAACCTCCTTGAACTCGATAATCTGATCTTTTGTCAGTGCTGTC
TCTTCCATTGTTTATGGGTTCGTGAGGGAGAAGAGAAGAGAGAGAGAGTTCAAGGTTTGA
AGTAGTTGATGAATCTCTGATTTATGGTCTATTTGTAGAGTCGTGACAAGAACTTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ21JQ U 41
AF RR1DQ21TF C 1
BS 1 52 RR1DQ21TF
BS 53 196 RR1DQ21JQ
BS 197 780 RR1DQ21TF

RD RR1DQ21JQ 156 0 0
CTGCAATGGTCA
ACAAGAGACAAAACAAAACTGAAGCTGAAAGCTTCAAAATAATTTCAGAAAATTTGCATT
TGTTGAGATGTAGTTAGTGAACGCAAAGGAGCACAAACTAACAAGGGAATTAATTAAGGA
TAGCTTGCTTTGTAAGTCCACACA

QA 13 156 13 156
DS 

RD RR1DQ21TF 780 0 0
TTCAGAAGTGTAATAAACAAAAGTACAGAGATTAAACTGCACTGCAATGTTCACAAGAGA
CAAAACAAAACTGAAGCTGAAAGCTTCAAAATAATTTCAGAAAATTTGCATTTGTTGAGA
TGTAGTTAGTGAACGCAAAGGAGCACAAACTAACAAGGTAATTAATTAAGGATAGCTTGC
TTTGTAAGTCCACACAATAATAGTAATTAGCTAATGTTGATCATCATCTTGACAAATTCA
TCATAGTTGATTTGACCATCACCATCCAAATCTGCCTCCTTTATCATTTGTTCAACTTCT
TCATCTGTTAGCTTTTCCCCTAGATTTATCATTACATGACTCAACTCACTGGCAGAGATA
TAACCATTTTGGTCTTTGTCAAAGACTTTGAATACTTCTTTCAGCTCTTCTTCTGCATCA
TTATCCTGAAGTTTGTTGGTCATGAGGTTAAGAAACTCAGCAAATTCAATGGTGGCATTA
CCATCGGAGTCGATCTCAGCGATGATATCTTGAAGTTCTTGTTCTGTTGGATTCTGATCC
AACGAGCTGATCACTGTTAAAAGTTCTTCTACCGTTATACGACCTGCTACGTCGCCGTCT
TTGTCGATGAGACAAATAACCTCCTTGAACTCGATAATCTGATCTTTTGTCAGTGCTGTC
TCTTCCATTGTTTATGGGTTCGTGAGGGAGAAGAGAAGAGAGAGAGAGTTCAAGGTTTGA
AGTAGTTGATGAATCTCTGATTTATGGTCTATTTGTAGAGTCGTGACAAGAACTTTCTCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL7134Contig1 757 2 3 U
TAAGCTGAATTTTGGGAACTACCTCATACATAGATTGCATTACAGTAACTTAGAAAAGCT
ACAAAGTTTACAGTGTTGAAATACATTTTTCGTAATAATACTCATGTTTGGTTGCTCTAA
ACGCAAGTATAATCAATGAAGTTTTGTAATCAGCTTGCTGACGTCTCTATCTTTTGCCCA
TTTGGTCTTTCTGCTTCTGGTGGGACAGAGTATTCTCCTTTTTGGATTCCACCACTTCTC
TTCAAGCTTTTGTCATCAAGATAGTGTTGGTAGACATAGGACATGAAACCCCAAATAGCC
AAGATCATAGAAATCACCTTTAAACCGTTCATTTTGTCATGGAAAATGATGACAGCTATG
ATGGGAACCACAGGCAGCCCAAGTACGCTTATTGCATTCGAGAACAGAGAGGAAAGCTCA
AAGATAAGTCCCGTGCCACCGATGTTGAACACCTGCCAGGTTATAGCTGTCCACACTAGG
TTCATAACGTAAGATACTTTCCCAAGCTTGTAGTTTTCCATCTCATTGCTCAGAGTTTTC
CACTCGCTGCTGGCGAAAAGCCCCACCGAGCTAACGCAACTGGCCACTAGACTCATGCAG
ATGATCATATCCATAACTTCTGTGAAAGTCTGCCTCTTCAGGACTTTGCGGAAGGCTAGC
TGTTGTAAGGATAAGACTAGACCGAACCCAGCAGAAGCACCGATGGTGCATAAGAAGCTT
GTGACATACTGTGCTTTTGTGACTTTTTGAGAGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DU32JQ U 14
AF RR1DU32TF C 1
BS 1 21 RR1DU32TF
BS 22 649 RR1DU32JQ
BS 650 757 RR1DU32TF

RD RR1DU32JQ 636 0 0
GGAACTAT
CCTCATACATAGATTGCATTACAGTAACTTAGAAAAGCTACAAAGTTTACAGTGTTGAAA
TACATTTTTCGTAATAATACTCATGTTTGGTTGCTCTAAACGCAAGTATAATCAATGAAG
TTTTGTAATCAGCTTGCTGACGTCTCTATCTTTTGCCCATTTGGTCTTTCTGCTTCTGGT
GGGACAGAGTATTCTCCTTTTTGGATTCCACCACTTCTCTTCAAGCTTTTGTCATCAAGA
TAGTGTTGGTAGACATAGGACATGAAACCCCAAATAGCCAAGATCATAGAAATCACCTTT
AAACCGTTCATTTTGTCATGGAAAATGATGACAGCTATGATGGGAACCACAGGCAGCCCA
AGTACGCTTATTGCATTCGAGAACAGAGAGGAAAGCTCAAAGATAAGTCCCGTGCCACCG
ATGTTGAACACCTGCCAGGTTATAGCTGTCCACACTAGGTTCATAACGTAAGATACTTTC
CCAAGCTTGTAGTTTTCCATCTCATTGCTCAGAGTTTTCCACTCGCTGCTGGCGAAAAGC
CCCACCGAGCTAACGCAACTGGCCACTAGACTCATGCAGATGATCATATCCATAACTTCT
GTGAAAGTCTGCCTCTTCAGGACTTTGC

QA 9 636 9 636
DS 

RD RR1DU32TF 757 0 0
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ACAAAGTTTACAGTGTTGAAATACATTTTTCGTAATAATACTCATGTTTGGTTGCTCTAA
ACGCAAGTATAATCAATGAAGTTTTGTAATCAGCTTGCTGACGTCTCTATCTTTTGCCCA
TTTGGTCTTTCTGCTTCTGGTGGGACAGAGTATTCTCCTTTTTGGATTCCACCACTTCTC
TTCAAGCTTTTGTCATCAAGATAGTGTTGGTAGACATAGGACATGAAACCCCAAATAGCC
AAGATCATAGAAATCACCTTTAAACCGTTCATTTTGTCATGGAAAATGATGACAGCTATG
ATGGGAACCACAGGCAGCCCAAGTACGCTTATTGCATTCGAGAACAGAGAGGAAAGCTCA
AAGATAAGTCCCGTGCCACCGATGTTGAACACCTGCCAGGTTATAGCTGTCCACACTAGG
TTCATAACGTAAGATACTTTCCCAAGCTTGTAGTTTTCCATCTCATTGCTCAGAGTTTTC
CACTCGCTGCTGGCGAAAAGCCCCACCGAGCTAACGCAACTGGCCACTAGACTCATGCAG
ATGATCATATCCATAACTTCTGTGAAAGTCTGCCTCTTCAGGACTTTGCGGAAGGCTAGC
TGTTGTAAGGATAAGACTAGACCGAACCCAGCAGAAGCACCGATGGTGCATAAGAAGCTT
GTGACATACTGTGCTTTTGTGACTTTTTGAGAGTTTC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL7135Contig1 938 2 4 U
GGGAGCAAAGATCGGCCACGACCAGTATACACGGATCGATGAATACAATGAGAAATTTTG
TAACCTCAATGAAGATGTCTGCTAAGAAGATGCAATACGGCCTCTTCACGGCGCTCCTTC
TGTTCATTCTGGTTTCTGTCGGTGAGGCGGTTTGGCTAGACGTGCCTGCCACGGGAATGA
AGTGTGTGTCTGAAGAAATCCAGAGCAATGTGGTTGTCTTGGCCGATTACATCATCATCT
CCGAGGATGATTCCTTATTACCCACTATATCCGTCAAGGTGACTTCCCCATACGGTAAGA
ACCTGCACCACATGGAAAACGTGACGGTTGGGGAATTTGCATTTACAACGCAAGAATCAG
GGAACTACATGGCGTGCTTTACGGCAGACGCAAAGAGTCACGGAAACAAAAACGTTAGCA
TAAGCGTTGACTGGAAAACTGGAATCGCTGCAAAGGATTGGAAAAATATTGCTAAGAAAG
AGAAGATCGAGGGAGTGGAGCTAGAGATACGGAAACTTGAAGCCGCAGTGGAATCCATCC
ATGAAAATTTAGTTTACATAAGAAACAAGGAAGCAGATATGAGGACAGTGAGTGAGAAAA
CGAACTCTCGAGTTGCTTGGTATAGTACAATGCCGATGGGTATTTGCATTGCTGTCTCTG
GTGTACAAGTAGTCTACTTGAAGCAATACTTTCAGAAGAAGAAGCTTATCTAAGCTTAGC
CTTTTCACTCATCCACATCCTTTCTAAGAGTTTTCTTTTTGTTGGGTTCAAAGTAACAAG
AGCATCTCCAATGTATTACTCCAAATTTTACTCTAAAACTAGATTTGACCCGCGCTTCAA
AAGCGCAGGTATTATTTTTCACTTTTATAAAATATATTATTTGTTTGTAGTTATTGAATT
TATTTATTTTAATAAAATTTTCTTTATAATAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D109TF U 1
AF RR1D109JQ C 65
BS 1 564 RR1D109TF
BS 565 565 RR1D109JQ
BS 566 695 RR1D109TF
BS 696 938 RR1D109JQ

RD RR1D109TF 695 0 0
GGGAGCAAAGATCGGCCACGACCAGTATACACGGATCGATGAATACAATGAGAAATTTTG
TAACCTCAATGAAGATGTCTGCTAAGAAGATGCAATACGGCCTCTTCACGGCGCTCCTTC
TGTTCATTCTGGTTTCTGTCGGTGAGGCGGTTTGGCTAGACGTGCCTGCCACGGGAATGA
AGTGTGTGTCTGAAGAAATCCAGAGCAATGTGGTTGTCTTGGCCGATTACATCATCATCT
CCGAGGATGATTCCTTATTACCCACTATATCCGTCAAGGTGACTTCCCCATACGGTAAGA
ACCTGCACCACATGGAAAACGTGACGGTTGGGGAATTTGCATTTACAACGCAAGAATCAG
GGAACTACATGGCGTGCTTTACGGCAGACGCAAAGAGTCACGGAAACAAAAACGTTAGCA
TAAGCGTTGACTGGAAAACTGGAATCGCTGCAAAGGATTGGAAAAATATTGCTAAGAAAG
AGAAGATCGAGGGAGTGGAGCTAGAGATACGGAAACTTGAAGCCGCAGTGGAATCCATCC
ATGAAAATTTAGTTTACATAAGAA*CAAGGAAGCAGATATGAGGACAGTGAGTGAGAAAA
CGAACTCTCGAGTTGCTTGGTATAGTACAATGCCGATGGGTATTTGCATTGCTGTCTCTG
GTGTACAAGTAGTCTACTTGAAGCAATACTTTCAG

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1D109JQ 874 0 0
CTCAATGAAGATGTCTGCTAAGAAGATGCAATACGGCCTCTTCACGGCGCTC*TTCTGTT
CATTCTGGTTTCTGTCGGTGAGGCGGTTTGGCTAGACGTGCCTGCCACGGGAATGAAGTG
TGTGTCTGAAGAAATCCAGAGCAATGTGGTTGTCTTGGCCGATTACATCATCATCTCCGA
GGATGATTCCTTATTACCCACTATATCCGTCAAGGTGACTTCCCCATACGGTAAGAACCT
GCACCACATGGAAAACGTGACGGTTGGGGAATTTGCATTTACAACGCAAGAATCAGGGAA
CTACATGGCGTGCTTTACGGCAGACGCAAAGAGTCACGGAAACAAAAACGTTAGCATAAG
CGTTGACTGGAAAACTGGAATCGCTGCAAAGGATTGGAAAAATATTGCTAAGAAAGAGAA
GATCGAGGGAGTGGAGCTAGAGATACGGAAACTTGAAGCCGCAGTGGAATCCATCCATGA
AAATTTAGTTTACATAAGAAACAAGGAAGCAGATATGAGGACAGTGAGTGAGAAAACGAA
CTCTCGAGTTGCTTGGTATAGTACAATGCCGATGGGTATTTGCATTGCTGTCTCTGGTGT
ACAAGTAGTCTACTTGAAGCAATACTTTCAGAAGAAGAAGCTTATCTAAGCTTAGCCTTT
TCACTCATCCACATCCTTTCTAAGAGTTTTCTTTTTGTTGGGTTCAAAGTAACAAGAGCA
TCTCCAATGTATTACTCCAAATTTTACTCTAAAACTAGATTTGACCCGCGCTTCAAAAGC
GCAGGTATTATTTTTCACTTTTATAAAATATATTATTTGTTTGTAGTTATTGAATTTATT
TATTTTAATAAAATTTTCTTTATAATAAAAAAAA

QA 1 874 1 874
DS 



AS 1 2

CO CL7136Contig1 1231 2 6 U
GAAGGATTCGGATCATGGTAGCAGGTGGTGATGGTACAGTTGGTTGGGTACTTGGTTGTC
TCGGTGAGCTTCACAAAGAAGGAAAATCTCATATTCCTCCAGTTGGCGTCATTCCTCTCG
GTACAGGAAACGACCTCTCCAGGAGTTTTAATTGGGGTGGTGCATTTCCTTTTGCTTGGA
GATCTGCTATGAAAAGAACATTGCACCGAGCGACTCTAGGTCCTGTTGCTAAATTAGATA
GCTGGTGTATTGTAGTGTCGATGCCATCCGGAGAAGTCGTTGATCCTCCTTATTCTTTGA
AGCCTTCAGAAGAAACTGCACTTGACCAGGCTTTGGATGCTGAAGGGGATGTACCTCCTA
AAGCAAAGTCCTACGAAGGAGTGTTCTACAACTACTTTAGCATAGGTATGGATGCTCAAG
TTGCATATGGATTCCACCATCTTCGCAACGAGAAACCATATCTAGCTCAAGGTCCCGTTA
CAAATAAGATTATTTATTCAAGTTACAGTTGCACTCAAGGTTGGTTTTGCACGCCTTGTG
TCAGCAATCCGGGTTTAAGGGGACTAAGAAACATAATGAAAATCCACATTAAAAAGGCAA
ATTGCTCAGAATGGGAGGAGGTCCTGATTCCTAAAAGCGTGAGATCCATTGTGGTATTGA
ATCTTGATAATTATGGAAGTGGAAGACATCCATGGGGTAATCTGAAACCAAACTATTTAG
AGAAGAGAGGATTTGCGGAGGCACATTGTGATGATGGGCTGATAGAGATTTTCGGTTTGA
AGCAAGGTTGGCATGCGTCATTTGTAATGGCTCAAATTATCACGGCTAAGCACATTGCTC
AGGCTGCTGCGATTAGGTTTGAACTAAGAGGGGGTGATTGGAAAGATGCGTTTCTGCAAA
TGGATGGTGAGCCATGGAAGCAACCGATGAAAACTGATTATTCTACTTTTGTGGAGATAA
AGAAAGTTCCTTTTCAGTCGCTAATGATCAATGGTGAATGATCTTGAGCATTTTCCAGAG
ATTTAATGAGATGATGTGATAGAGAAAAAAAAAGAGGATCCTGATTTCACATGTATTTTT
TATTAAGTAGTCAAAATAGCCATCTCTGTTCAGCTTCTGTTGCTGCAGATGTTGTTGTTG
TTGTTGTGCCTATGAAGAATGTATTTGTAGAAGGGATTGTAATTTATGATGAAGTTTCAG
TATCTATTCAAAACACTGTCAAGATTCAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F258TF U 1
AF RR1F258JQ C 571
BS 1 733 RR1F258TF
BS 734 734 RR1F258JQ
BS 735 777 RR1F258TF
BS 778 778 RR1F258JQ
BS 779 808 RR1F258TF
BS 809 1231 RR1F258JQ

RD RR1F258TF 808 0 0
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TCGGTGAGCTTCACAAAGAAGGAAAATCTCATATTCCTCCAGTTGGCGTCATTCCTCTCG
GTACAGGAAACGACCTCTCCAGGAGTTTTAATTGGGGTGGTGCATTTCCTTTTGCTTGGA
GATCTGCTATGAAAAGAACATTGCACCGAGCGACTCTAGGTCCTGTTGCTAAATTAGATA
GCTGGTGTATTGTAGTGTCGATGCCATCCGGAGAAGTCGTTGATCCTCCTTATTCTTTGA
AGCCTTCAGAAGAAACTGCACTTGACCAGGCTTTGGATGCTGAAGGGGATGTACCTCCTA
AAGCAAAGTCCTACGAAGGAGTGTTCTACAACTACTTTAGCATAGGTATGGATGCTCAAG
TTGCATATGGATTCCACCATCTTCGCAACGAGAAACCATATCTAGCTCAAGGTCCCGTTA
CAAATAAGATTATTTATTCAAGTTACAGTTGCACTCAAGGTTGGTTTTGCACGCCTTGTG
TCAGCAATCCGGGTTTAAGGGGACTAAGAAACATAATGAAAATCCACATTAAAAAGGCAA
ATTGCTCAGAATGGGAGGAGGTCCTGATTCCTAAAAGCGTGAGATCCATTGTGGTATTGA
ATCTTGATAATTATGGAAGTGGAAGACATCCATGGGGTAATCTGAAACCAAACTATTTAG
AGAAGAGAGGATT*GCGGAGGCACATTGTGATGATGGGCTGATAGAGATTTTCGGTT*GA
AGCAAGGTTGGCATGCGTCATTTGTAAT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR1F258JQ 661 0 0
ACATAATGAAAATCCACATTAAAAAGGCAAATTGCTCAGAATGGGAGGAGGTCCTGATTC
CTAAAAGCGTGAGATCCATTGTGGTATTGAATCTTGATAATTATGGAAGTGGAAGACATC
CATGGGGTAATCTGAAACCAAACTATTTAGAGAAGAGAGGATTTGCGGAGGCACATTGTG
ATGATGGGCTGATAGAGATTTTCGGTTTGAAGCAAGGTTGGCATGCGTCATTTGTAATGG
CTCAAATTATCACGGCTAAGCACATTGCTCAGGCTGCTGCGATTAGGTTTGAACTAAGAG
GGGGTGATTGGAAAGATGCGTTTCTGCAAATGGATGGTGAGCCATGGAAGCAACCGATGA
AAACTGATTATTCTACTTTTGTGGAGATAAAGAAAGTTCCTTTTCAGTCGCTAATGATCA
ATGGTGAATGATCTTGAGCATTTTCCAGAGATTTAATGAGATGATGTGATAGAGAAAAAA
AAAGAGGATCCTGATTTCACATGTATTTTTTATTAAGTAGTCAAAATAGCCATCTCTGTT
CAGCTTCTGTTGCTGCAGATGTTGTTGTTGTTGTTGTGCCTATGAAGAATGTATTTGTAG
AAGGGATTGTAATTTATGATGAAGTTTCAGTATCTATTCAAAACACTGTCAAGATTCAAG
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL7137Contig1 677 2 3 U
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AAGAAAGGGTTAAAGGGTTTGTGTGAGGCAGAGATTCAGAGGAAGAAGAGAGTGGCTGCT
TATAATGTATATGGTGTTGAAGGGAAAGTGAAGGGGTCTGTGAAAAAGAGCTTCAAATGG
TTCAAGGAGACTTGTTCAAATGCTGTCTATGGTTTGTGGTGATCTGTTAGAGATATTCTG
CAAAAGGAAAAGAGTATTAATCACGTACAATCTGGTTTAATCAAGAGCGGTTTCAGGAAC
GTATCTTAATCACGCAATAATCATGTTTAAATAAGAGCGAGAGACACAAGGCAAAGCAAG
TGGTGGCTTCATTGTTTCTGTTGTCTTTTTCTTTATATCAGTTCTTAACTCATCGTTTTT
CAGCTAGATGTTGATGTTAACTGAATGTTATGTTTGTTTGTAACAAGAGATTAAGTCTGA
ATCACATAAGATATTAT


BQ
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0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CO62TF U 1
AF RR1CO62JQ C 144
BS 1 660 RR1CO62TF
BS 661 661 RR1CO62JQ
BS 662 677 RR1CO62TF

RD RR1CO62TF 677 0 0
GGGCAAATGAAGGAGATGTTCAGATCCAAGCCATGCAGAGAAGAGATCAGAGGAAGAAGC
AGCATCACCAACAAGTACCATTGCTTAACTAGTAATGGAGAAGCAGCACCAAGCCCAACA
AACCAGCTGCCTCCAGTGATGCTGAGATCTTACAGTGCATCAACTTATAGTCCATACAAG
AATCCAACGACGGTGAGAGACAGTCCTAACAGTAAATCAAAGAGAAGCAGTAGCAAGGGG
AAGAAAGGGTTAAAGGGTTTGTGTGAGGCAGAGATTCAGAGGAAGAAGAGAGTGGCTGCT
TATAATGTATATGGTGTTGAAGGGAAAGTGAAGGGGTCTGTGAAAAAGAGCTTCAAATGG
TTCAAGGAGACTTGTTCAAATGCTGTCTATGGTTTGTGGTGATCTGTTAGAGATATTCTG
CAAAAGGAAAAGAGTATTAATCACGTACAATCTGGTTTAATCAAGAGCGGTTTCAGGAAC
GTATCTTAATCACGCAATAATCATGTTTAAATAAGAGCGAGAGACACAAGGCAAAGCAAG
TGGTGGCTTCATTGTTTCTGTTGTCTTTTTCTTTATATCAGTTCTTAACTCATCGTTTTT
CAGCTAGATGTTGATGTTAACTGAATGTTATGTTTGTTTGTAACAAGAGATTAAGTCTGA
*TCACATAAGATATTAT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1CO62JQ 534 0 0
GAGATTTTACAGTGCATCAACTTATAGTCCATACAAGAATCCAACGACGGTGAGAGACAG
TCCTAACAGTAAATCAAAGAGAAGCAGTAGCAAGGGGAAGAAAGGGTTAAAGGGTTTGTG
TGAGGCAGAGATTCAGAGGAAGAAGAGAGTGGCTGCTTATAATGTATATGGTGTTGAAGG
GAAAGTGAAGGGGTTTGTGAAAAAGAGCTTCAAATGGTTCAAGGAGACTTGTTCAAATGC
TGTTTATGGTTTGTGGTGATTTGTTAGAGATATTTTGCAAAAGGAAAAGAGTATTAATCA
CGTACAATTTGGTTTAATCAAGAGCGGTTTCAGGAACGTATTTTAATCACGCAATAATCA
TGTTTAAATAAGAGCGAGAGACACAAGGCAAAGCAAGTGGTGGCTTCATTGTTTTTGTTG
TTTTTTTTTTTATATCAGTTTTTAACTCATCGTTTTTCAGCTAGATGTTGATGTTAACTG
AATGTTATGTTTGTTTGTAACAAGAGATTAAGTTTGAATCCCATAAGATATTAT

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL7138Contig1 581 2 2 U
GTCCAGGAGTTGAGCATGTCTCCGGAGACATGTTTATAGAAGTTCCAAAGGGAGATGCCG
TCTTTATGAAATGGATACTACATGATTGGACGGACGAACATTGTATAAAGCTTCTAAAAA
ATTGTTGGAAGAGTCTTCCAGAAAAAGGAAAAGTGATCCTTGTAGAGATGATTACACCAG
TAGAACCAAAGCCTAGCGATTTTCACTCTAACATCGTGTTTGCTATGGACTTGTTGATGT
TAGCACAATGCTCAAATGGTAAAGAAAGATCTCTATCGCAGTTTGAAAAACTAGCATTTG
CTTCAGGTTTTTTCCGATGTGAAGTTATTTGCCATTCGTATTCCTATTCTGTTATCGAGT
TCCATAAATAGATATGATTTGTTTGGTGTTTCTATGTTCTTGATGGTTTTTACTGCATGT
AATATATAGTTTCATGATATTGTCTTGTTGTATTGTTTCTTTCAACGTTTGGTGGTGATT
GTAGTATTAATGAACTGTAGTTGTGCCAAGTGTGCTTATGCTAAAACTATTGTAACCTGC
TTCATTTCCTTCTTAAACAATAAAAATTAACATTTGCAACT


BQ
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AF RR1DZ29TF U 1
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QA 1 290 1 290
DS 

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QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

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ATATAAAATAGAGTTTCC


BQ
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AF RR1GW70JQ C 1
AF RR1GW70TF U 1
BS 1 498 RR1GW70TF

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QA 1 498 1 498
DS 

RD RR1GW70TF 498 0 0
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TCACCGCTCCCGGAATTGTGGAGGCCCTATTGGAAGCGTCGATATCAGTGGAGAAAAGGG
ACCTTGTAGACGTCCACGACCTCCCAATGCCGCGGCTTTAGAATAAGCGACCGAAGCGGT
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ATATAAAATAGAGTTTCC

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 2

CO CL7140Contig1 809 2 4 U
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CGTACCAGCAAATATGTGTCTAATCAAAGATATCAGGGTCATTTGGTTGCCGCATATGAC
GCTGATATCGCTCAAAGTTCTTTTGTGTTTTTTTTTTAATTTGGTTTGTCGCAAGTTGTC
AAAACAGAGATGTTACTCTTCACTGAACCTATTATGTTTTGCTTTGGGCGATGTCTTTAA
TTTCAAGAAAATATATAGTTACTGCGGAC


BQ
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AF RR1F048TF U 1
AF RR1F048JQ C 165
BS 1 637 RR1F048TF
BS 638 638 RR1F048JQ
BS 639 689 RR1F048TF
BS 690 809 RR1F048JQ

RD RR1F048TF 689 0 0
GGGTCATCAGATTCTCTCACCCTACCCGACGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAGAT
TCTCTCTTTTATTAGGGTTACCAATTATCAGCGATCAAAAATCGATGGCCTCTCTCGATT
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AGGCGAAGAGATTCGAAGTGAAGAAGTGGAGCGCCGTGGCTCTCTGGGCTTGGGGTAACC
GCCGAACAGTTTCTCTTTTAATACCATCTGGAATTATGATCGTTCGATTGTATCCGTTTC
TTTAACGTTAGCTAGGGTTTTCTTTTTAATTGATTTGATCTTTTTTTTTGTTTTTGTTTT
GGTTGGCAGATATCGTTGTTGATAATTGCGCCATCTGCAGAAACCACATCATGGATCTCT
GCATTGAATGTCAGGCTAATCAGGCTAGTGCGACGAGTGAGGAATGCACTGTTGCTTGGG
GGGTTTGCAACCACGCCTTCCACTTTCACTGCATCAGCAGATGGCTAAAGACTCGTCAAG
TTTGTCCATTAGATAACAGTGAGTGGGAGTTCCAGAAGTATGGTCACTAAACCATCTAAT
CGTACCAGCAAATATGTGTCTAATCAAAGATATCAGG*TCATTTGGTTGCCGCATATGAC
GCTGATATCGCTCAAAGTTCTTTTGTGTT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1F048JQ 645 0 0
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TGGGCTTGGGGTAACCGCCGAACAGTTTCTCTTTTAATACCATCTGGAATTATGATCGTT
CGATTGTATCCGTTTCTTTAACGTTAGCTAGGGTTTTCTTTTTAATTGATTTGATCTTTT
TTTTTGTTTTTGTTTTGGTTGGCAGATATCGTTGTTGATAATTGCGCCATCTGCAGAAAC
CACATCATGGATCTCTGCATTGAATGTCAGGCTAATCAGGCTAGTGCGACGAGTGAGGAA
TGCACTGTTGCTTGGGGGGTTTGCAACCACGCCTTCCACTTTCACTGCATCAGCAGATGG
CTAAAGACTCGTCAAGTTTGTCCATTAGATAACAGTGAGTGGGAGTTCCAGAAGTATGGT
CACTAAACCATCTAATCGTACCAGCAAATATGTGTCTAATCAAAGATATCAGGGTCATTT
GGTTGCCGCATATGACGCTGATATCGCTCAAAGTTCTTTTGTGTTTTTTTTTTAATTTGG
TTTGTCGCAAGTTGTCAAAACAGAGATGTTACTCTTCACTGAACCTATTATGTTTTGCTT
TGGGCGATGTCTTTAATTTCAAGAAAATATATAGTTACTGCGGAC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL7141Contig1 730 2 1 U
GGAAGACAAAAAAAATATAAGAAAGATCTGATCATTTCAAAATAACAAATCGGAACACCG
AAAAAAAGAAGAAGAAGAGAGAATGGCATCAGCAGAGCAAAAGGAGGTAGAAGAAAATGG
GTCGATGATTTCAGGCTTGCTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTTGCGGAGAAGCTAGCTAG
TGTTCCGACACCGGAAGCCGCCGTGGACCACGTAGACTTTAAGGGAGTGACACGTCAAGG
TGTAGACTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAGACGATCCCTATTTG
CCAGATCTCTTACGTCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATAGCGTCGGGGACAATACCGGA
TCCGGGTTCGTTGGTTGGGAACAATACAACGGTTTTGGACGTACCGGTTAAGGTGGCTTA
TAGCATAGCGGTCAGTTTAATGAAGGACATTGGCTCGGACTGGGACATTGACTATCAACT
TGACATTGGACTAACCTTCGACATTCCTGTTGTTGGTGACATTACCATTCCTGTCTCTAC
TCAGGGCGAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCAATTATGGGTTGT
CTTAATTATCATCTAATGTTCAATAACGTACGATCCGATCCACAAACATAGGCGATTCGG
AGATTATCAATTCTGCATTTCTTTTTATTTATTTTTATTATTTGGATTTGTTAAAGGATA
TTTGTTGGTT


BQ
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AF RR1AO87JQ C 1
AF RR1AO87TF U 1
BS 1 730 RR1AO87TF

RD RR1AO87JQ 730 0 0
GGAAGACAAAAAAAATATAAGAAAGATCTGATCATTTCAAAATAACAAATCGGAACACCG
AAAAAAAGAAGAAGAAGAGAGAATGGCATCAGCAGAGCAAAAGGAGGTAGAAGAAAATGG
GTCGATGATTTCAGGCTTGCTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTTGCGGAGAAGCTAGCTAG
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TGTAGACTATCACGCCAAGGTTTCCGTCAAGAATCCTTACTTTCAGACGATCCCTATTTG
CCAGATTTCTTACGTCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATAGCGTCGGGGACAATACCGGA
TCCGGGTTCGTTGGTTGGGAACAATACAACGGTTTTGGACGTACCGGTTAAGGTGGCTTA
TAGCATAGCGGTCAGTTTAATGAAGGACATTGGCTCGGACTGGGACATTGACTATCAACT
TGACATTGGACTAACCTTCGACATTCCTGTTGTTGGTGACATTACCATTCCTGTCTCTAC
TCAGGGGGAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCAATTATGGGTTGT
CTTAATTATCATTTAATGTTCAATAACGTACGATCCGATCCACAAACATAGGCGATTCGG
AGATTATCAATTTTGCATTTCTTTTTATTTATTTTTATTATTTGGATTTGTTAA*GGATA
TTTGTTGGTT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1AO87TF 730 0 0
GGAAGACAAAAAAAATATAAGAAAGATCTGATCATTTCAAAATAACAAATCGGAACACCG
AAAAAAAGAAGAAGAAGAGAGAATGGCATCAGCAGAGCAAAAGGAGGTAGAAGAAAATGG
GTCGATGATTTCAGGCTTGCTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTTGCGGAGAAGCTAGCTAG
TGTTCCGACACCGGAAGCCGCCGTGGACCACGTAGACTTTAAGGGAGTGACACGTCAAGG
TGTAGACTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACTCTCAGACGATCCCTATTTG
CCAGATCTCTTACGTCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATAGCGTCGGGGACAATACCGGA
TCCGGGTTCGTTGGTTGGGAACAATACAACGGTTTTGGACGTACCGGTTAAGGTGGCTTA
TAGCATAGCGGTCAGTTTAATGAAGGACATTGGCTCGGACTGGGACATTGACTATCAACT
TGACATTGGACTAACCTTCGACATTCCTGTTGTTGGTGACATTACCATTCCTGTCTCTAC
TCAGGGCGAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTCAATTATGGGTTGT
CTTAATTATCATCTAATGTTCAATAACGTACGATCCGATCCACAAACATAGGCGATTCGG
AGATTATCAATTCTGCATTTCTTTTTATTTATTTTTATTATTTGGATTTGTTAAAGGATA
TTTGTTGGTT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL7142Contig1 1170 2 2 U
GGAAACAGTACAGAACGTAGGAGGTTAGGTTACTTCTCCTGCTCAACCGGAAACCCAATC
GACGATTGTTGGCGTTGCGATAAAAAATGGCATCGCCAGAGAAAGCGTCTAGCAAATTGC
GCCATCGGATTTGGACATAACGCCGTCGGAGGCAGAGACGGACGTTTCTACGTTGTTACT
GATCCCTCGGATCACGATCCGGTGAAACCTAAACCCGGTACGCTCCGGTACGCTGTGATA
CAAGACCGACCACTATGGATCGTCTTCAAGCGCGACATGGTCATCACTCTAAGTCAAGAG
CTCATCATGAATAGCTTCAAAACGATCGATGGTCGTGGCGTGAACGTGCACATCGCTGGT
GGAGCATGTATTACGATTCAGTACGTGACGAACATCATCATTCACGGGATTAACATTCAT
GATTGTAAGCGTACTGGTAATGCCATGGTTAGAAGCTCGGAGACACATTATGGTTGGAGA
ACGATGGCTGATGGTGATGGGATCTCGATTTTTGGGTCGAGCCATATCTGGATCGATCAT
AATTCTCTGTCGAATTGTGCTGATGGTTTGATCGATGCGATTATGGGATCTACTGCTATA
ACCATTTCGAATAACTATCTTACTCACCACAACGAGGCTATTTTGTTGGGGCATACCGAT
TCCTACACCAGAGACAAAATGATGCAAGTGACGATTGCATATAATCATTTTGGGGAGGGT
TTATACAGAGAATGCCCAGGTGCAGGCATGGATACTTCCATGTGGTAAACAACGATTACA
CTCACTGGGAAATGTATGCAATCGGTGGAAGTGCAAACCCTACCATAAACAGTCAAGGAA
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GGAAAGGAGAATGGAACCAGTGGAACTGGAGATCACAAGGAGACCTATTGCTCAATGGTG
CTTACTTCACTTCATCTGGAGCTGGAGCTTCTTCAAGCTACGCTAGAGCCTCTAGTTTGG
CTGCTAAATCATCTTCCCTTGTAGGCATGCTTACCTATAGCTCTGGTGCCCTGAAATGCA
GGATCGGCACGCCTTGTTAATCATTTGTATACAACTTTGGAACCAAAACTGAACACATAG
AAACTATATGAAATGGGAAAGAACGAACCC


BQ
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AF RR1D307TF U 1
AF RR1D307JQ C 509
BS 1 567 RR1D307TF
BS 568 1170 RR1D307JQ

RD RR1D307TF 567 0 0
GGAAACAGTACAGAACGTAGGAGGTTAGGTTACTTCTCCTGCTCAACCGGAAACCCAATC
GACGATTGTTGGCGTTGCGATAAAAAATGGCATCGCCAGAGAAAGCGTCTAGCAAATTGC
GCCATCGGATTTGGACATAACGCCGTCGGAGGCAGAGACGGACGTTTCTACGTTGTTACT
GATCCCTCGGATCACGATCCGGTGAAACCTAAACCCGGTACGCTCCGGTACGCTGTGATA
CAAGACCGACCACTATGGATCGTCTTCAAGCGCGACATGGTCATCACTCTAAGTCAAGAG
CTCATCATGAATAGCTTCAAAACGATCGATGGTCGTGGCGTGAACGTGCACATCGCTGGT
GGAGCATGTATTACGATTCAGTACGTGACGAACATCATCATTCACGGGATTAACATTCAT
GATTGTAAGCGTACTGGTAATGCCATGGTTAGAAGCTCGGAGACACATTATGGTTGGAGA
ACGATGGCTGATGGTGATGGGATCTCGATTTTTGGGTCGAGCCATATCTGGATCGATCAT
AATTCTCTGTCGAATTGTGCTGATGGT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1D307JQ 662 0 0
TTTTTGGGTCGAGCCATATCTGGATCGATCATAATTCTCTGTCGAATTGTGCTGATGGTT
TGATCGATGCGATTATGGGATCTACTGCTATAACCATTTCGAATAACTATCTTACTCACC
ACAACGAGGCTATTTTGTTGGGGCATACCGATTCCTACACCAGAGACAAAATGATGCAAG
TGACGATTGCATATAATCATTTTGGGGAGGGTTTATACAGAGAATGCCCAGGTGCAGGCA
TGGATACTTCCATGTGGTAAACAACGATTACACTCACTGGGAAATGTATGCAATCGGTGG
AAGTGCAAACCCTACCATAAACAGTCAAGGAAATCGATTCCTAGCCCCAGGAAACCGTTT
TGCTAAGGAGGTGACAAAGAGAGTAGGTGCAGGGAAAGGAGAATGGAACCAGTGGAACTG
GAGATCACAAGGAGACCTATTGCTCAATGGTGCTTACTTCACTTCATCTGGAGCTGGAGC
TTCTTCAAGCTACGCTAGAGCCTCTAGTTTGGCTGCTAAATCATCTTCCCTTGTAGGCAT
GCTTACCTATAGCTCTGGTGCCCTGAAATGCAGGATCGGCACGCCTTGTTAATCATTTGT
ATACAACTTTGGAACCAAAACTGAACACATAGAAACTATATGAAATGGGAAAGAACGAAC
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL7143Contig1 716 2 2 U
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TTCAGCCATCATGGAGCCAGAAAAGACTGGAGAATTTGACTACCTGCCGTTTTTCTACTC
AAGGGTCTTTGCCTTCTCGTGGCAGTTCTACGGAGACCCTGTCGGTGAAGTTGTGCACTT
TGGGGAGTTTGAAGAGGGTAAAACCTTTGGAGCGTATTGGATTAAAAAGGGTCACCTTGT
TGGGTCTTTTCTTGAAGGAGGGTCTCAAGAAGAATATGAAACTATCTCGAAGGCGACTCG
GTTGAAACCAGCCGTGACTGATCTGGAAGAGCTGGAAAGAGTAGGACTCGGGTATGCTGA
GACCGTAGTGAATCAACACATTGTTCCAGAAGTCAAGGATGTTCCGAGCTCTGAGCTGGT
GAGGCAGGCGTCAAGAGTGGTGATGATGGAGAAGCCTTTGTATGTATGGCATGCGGCGAC
TGGAGTCCTTGTTGCTGCATCTGTGGCTGCATTTGCGTTTTGGTACGGGAGGAGACGCCG
TAGGTGGTAAAAACCTCTTTGCAGGTTTTGGATTCATTTGCTGTGTTGTTTGTAGCATTG
GTGGGAATATATAGAAGGGGGGGGAAGGGGGGAGAGAAATCGAAACTACTCAATGTGATT
ACATTGGTATACGATCATTATATTGCTCTTTTGAATTAAAAGAATGTTTCCACTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B560JQ C 1
AF RR1B560TF U 1
BS 1 705 RR1B560TF
BS 706 716 RR1B560JQ

RD RR1B560JQ 716 0 0
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QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1B560TF 705 0 0
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GTTGAAACCAGCCGTGACTGATCTGGAAGAGCTGGAAAGAGTAGGACTCGGGTATGCTGA
GACCGTAGTGAATCAACACATTGTTCCAGAAGTCAAGGATGTTCCGAGCTCTGAGCTGGT
GAGGCAGGCGTCAAGAGTGGTGATGATGGAGAAGCCTTTGTATGTATGGCATGCGGCGAC
TGGAGTCCTTGTTGCTGCATCTGTGGCTGCATTTGCGTTTTGGTACGGGAGGAGACGCCG
TAGGTGGTAAAAACCTCTTTGCAGGTTTTGGATTCATTTGCTGTGTTGTTTGTAGCATTG
GTGGGAATATATAGAAGGGGGGGGAAGGGGGGAGAGAAATCGAAACTACTCAATGTGATT
ACATTGGTATACGATCATTATATTGCTCTTTTGAATTAAAAGAAT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL7144Contig1 1151 2 2 U
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CGTCGCCGGAGCCGATAACAACAATTCCATCTCGAGAGGAGGAGGGAGGGGAATGGATTG
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GAAGAGCCGTCTCAAATGCAATCTCTACTACTATCGGACGAATTACTTTATCCTGGTCAT
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TTCCTTAAGCATAGCTTTCCTTAACGATAGTTTCGCGGCTACTTTTAGTGAGAAGTTTAT
AAGGACTATTAGGCTTTTCTCTCCGCACCTGGCCGCCAAAATGAGGCCTCCCCACATGCC
TGTCATACGTGGGAGATCAGCTTCAAGAAAGACGGTATACGTCTGTGGGAAACCACGATG
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CCTCAAGACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CN11TF U 1
AF RR1CN11JQ C 387
BS 1 670 RR1CN11TF
BS 671 1151 RR1CN11JQ

RD RR1CN11TF 670 0 0
GGATTTCACTCACACCAAAAATTCGAATCTGAAGAAACTCATCGGAGCTTGATTTTTCTC
CGTCGCCGGAGCCGATAACAACAATTCCATCTCGAGAGGAGGAGGGAGGGGAATGGATTG
GGAGAACGTAGCAGCAGAGGATGTGATCGAGGCGCTAAGAGAAGTAGAATGGTCGACGCC
TCCTCGTTCATTCGGCGAGTTCTTCTCTAGATTCGCGTTCCCTCGCTCTTTCTCGAAATG
GAAGAGCCGTCTCAAATGCAATCTCTACTACTATCGGACGAATTACTTTATCCTGGTCAT
CTTCCTTCTTGGTCTTGCTCTGATCACAAGACCATTGGCTATTGTTGGTGCTGCTTTTAC
TTCCTTAAGCATAGCTTTCCTTAACGATAGTTTCGCGGCTACTTTTAGTGAGAAGTTTAT
AAGGACTATTAGGCTTTTCTCTCCGCACCTGGCCGCCAAAATGAGGCCTCCCCACATGCC
TGTCATACGTGGGAGATCAGCTTCAAGAAAGACGGTATACGTCTGTGGGAAACCACGATG
GGTATTTGTCGTCATTTTCCTTACTGCTAGCCTTGTCATGTGGTTATCTTCCTGCGGTTT
ATTGTGGGTCCTCTATGCATTTCTCACTTCCCTCTCCGTGATTATTGTTCATGCAAGCGT
GAGAACACCA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1CN11JQ 765 0 0
ATAGTTTCGCGGCTACTTTTAGTGAGAAGTTTATAAGGACTATTAGGCTTTTCTCTCCGC
ACCTGGCCGCCAAAATGAGGCCTCCCCACATGCCTGTCATACGTGGGAGATCAGCTTCAA
GAAAGACGGTATACGTCTGTGGGAAACCACGATGGGTATTTGTCGTCATTTTCCTTACTG
CTAGCCTTGTCATGTGGTTATCTTCCTGCGGTTTATTGTGGGTCCTCTATGCATTTCTCA
CTTCCCTCTCCGTGATTATTGTTCATGCAAGCGTGAGAACACCAAGTCTCAAGGCACGCT
TAAACACATTCCGTGAAGAGTTTCGAGCTGTTTGGCGTAACTACAGTGAACTCTAAAGTC
ACAAAGGTTCGCTAGCTACTGACTACACAATCTAGAAGCAAACCGAGCAGCTGTCATGTT
TGTCAAGTAAGGGCATGTCTAAGCAAATCTAGGTTGTTAATCTGAAGTCAATGAGTCCCT
ACTGTTTTGTCAGATGATGGTAGGTGCTCTCAGCTGGTTATTGCCTGTTCAATCACATAC
AGAACAGATTCGCTTGAAATACTGGACATACTTGACCAATTTACTTCTGATTACTGTAGT
GATGCTCATACTTTTCAGACTCTGTTAGTGGTTTGACTTCACAACACTCTTTTTTTATTT
TATAAATAGATCCAAACAGAACATAATTGTGTTTCAAGTACAGAATTTGGAAAAACAGAG
AGCATCAGAAAACTGAAATAAAGTGTTCTGTTTTCCTCAAGACTT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL7145Contig1 983 2 2 U
GGAGAGGCATATACACACACACAACACACGCGCATACATACTCGAGAATCAAGAGAAAAA
CTATCAAAAGATGAAACGAAAGAGATGTGAGATGGAAGAGGCAACGAAGGAAAAGAAGAT
AACAATGATTGGATCTGCCGTTGAAGAACTCTCTGTTCTTTCTATAGCCAAGACCACAAT
AGTTACCACCGAAACAGAAGCCACCACCAACATCATCAATCTACCATTAAAGCCTCTCCT
CTCATTTTGCAGATTAATCATCCAAGTTCTTGATAAGATTGGCCCGACAATGGCTGTTCT
CCGACAAGACATTGATCAAAATATTAAAAGATTAGAGGAGATGTGGGAATCTGATCCCAT
CGTGTACTCAAATTTGGTTGAGATAATGAGAAAAGAATCCAATGAAGGATCCTCTAAGAA
GCCTACAAGCTGTAGCAGAGCTGCTCTTTGGCTAACCAGAGCGATGGATTTTACATTGGC
ACTATTGCAACGGCTGGTCAAAGACATGTCACAAAACATGGAACAAGCCGTAGAAGAAAG
TTATAACTTGACTATAAAACCATGGCATGGATGGATCTCTTGTGCTGCTTTCAGGTGGCT
CTTAAGCTGGTACCAAACAATAACACATTCATTAACGTGCTTGCGGGTAAAGACGAGAGT
CACCAGATGGTTCAAGATGATATAAGAAGTTTAATTTCTTTGCTCATTCCACTTCTAAGC
CAACTCCATTCAATTTTGGAACTGTACGAAGTGCACAAACTAAAGTCATCGTGAGAAAGA
GAACGGAGGAGAAGGACTGCAGGAGTATAGTTTGGTTGTGACATAGTTTAACTTAAAGCA
TCACTTTTTTGATGGGTTTATCAGTTTTTTTTTGAATGAGTTATATTACCTCGCAGGCAA
TGATGATTTTTTTTTTGGTACATGCACTTTTGTTTATTTTAAGACATTTACACGAAAATT
GATGTTGAAATTATTTAAATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BR55TF U 1
AF RR1BR55JQ C 580
BS 1 782 RR1BR55TF
BS 783 983 RR1BR55JQ

RD RR1BR55TF 783 0 0
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CTATCAAAAGATGAAACGAAAGAGATGTGAGATGGAAGAGGCAACGAAGGAAAAGAAGAT
AACAATGATTGGATCTGCCGTTGAAGAACTCTCTGTTCTTTCTATAGCCAAGACCACAAT
AGTTACCACCGAAACAGAAGCCACCACCAACATCATCAATCTACCATTAAAGCCTCTCCT
CTCATTTTGCAGATTAATCATCCAAGTTCTTGATAAGATTGGCCCGACAATGGCTGTTCT
CCGACAAGACATTGATCAAAATATTAAAAGATTAGAGGAGATGTGGGAATCTGATCCCAT
CGTGTACTCAAATTTGGTTGAGATAATGAGAAAAGAATCCAATGAAGGATCCTCTAAGAA
GCCTACAAGCTGTAGCAGAGCTGCTCTTTGGCTAACCAGAGCGATGGATTTTACATTGGC
ACTATTGCAACGGCTGGTCAAAGACATGTCACAAAACATGGAACAAGCCGTAGAAGAAAG
TTATAACTTGACTATAAAACCATGGCATGGATGGATCTCTTGTGCTGCTTTCAGGTGGCT
CTTAAGCTGGTACCAAACAATAACACATTCATTAACGTGCTTGCGGGTAAAGACGAGAGT
CACCAGATGGTTCAAGATGATATAAGAAGTTTAATTTCTTTGCTCATTCCACTTCTAAGC
CAACTCCATTCAATTTTGGAACTGTACGAAGTGCACAAACTAAAGTCATCGTGAGAAAGA
GA
C

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1BR55JQ 404 0 0
TTGTGCTGCTTTCAGGTGGCTCTTAAGCTGGTACCAAACAATAACACATTCATTAACGTG
CTTGCGGGTAAAGACGAGAGTCCCCAGATGGTTCAAGATGATATAAGAAGTTTAATTTTT
TTGCTCATTCCACTTTTAAGCCAACTCCATTCAATTTTGGAACTGTACGAAGTGCACAAA
CTAAAGTCATCGTGAGAAAGAGAACGGAGGAGAAGGACTGCAGGAGTATAGTTTGGTTGT
GACATAGTTTAACTTAAAGCATCACTTTTTTGATGGGTTTATCAGTTTTTTTTTGAATGA
GTTATATTACCTCGCAGGCAATGATGATTTTTTTTTTGGTACATGCACTTTTGTTTATTT
TAAGACATTTACACGAAAATTGATGTTGAAATTATTTAAATTTG

QA 1 404 1 404
DS 



AS 1 2

CO CL7146Contig1 844 2 2 U
GCAAAGAAGGGGCAGCCCGAGGGTGCTGTCTATGACTTTGAGGATAAAATCAACTTTGCC
GTGTTCCCTGCGCTTCAAGGTGGTCCTCACAATCACCAGATTGGTGCTCTGGCTGTTGCA
CTGAAGCAGGTTAATACTCCTGGTTTCAAGGTCTATGCCAAACAGGTGAAAGCCAATGCT
GTTGCTCTTGCAAACTACCTGATGGGCAAGGGATACAGCATTGTAACCGGTGGAACTGAG
AACCACCTTGTTCTTTGGGATCTTCGCCCTCTTGGATTGACCGGTAACAAGGTTGAGAAG
CTTTGCGATCTGTGCAACATTACTCTGAACAAGAATGCTGTATTTGGAGATAGCAGTGCT
CTTGCTCCTGGAGGTGTAAGAATCGGTACACCTGCGATGACATCCAGAGGATTGGTGGAG
AAGGACTTTGAGAAGATAGGAGAGTTCTTGAGCCGATCAGTGACACTGACGTTGAACATC
CAGAAGGAGCATGGTAAGCTGTTGAAGGACTTCAACAAGGGATTGGTGAACAACAAGGAG
ATCGAGGAGCTCAAGGCTGATGTGGAGAAGTTCTCGGCCTCTTATGAGATGCCTGGATTT
CTCATGTCTGAGATGAAGTACCAGGATTAGATATCTCATCTTCTCTATGAAAAGAGTAAT
TTTCTATTTCTCTATATATGATATGCTTTTGTAGGGTCGCCTTATTGGAAATTACAAGGC
GACTAGATGAAAAACAAACAGTAAAAAAGGGTTTTCTTGGGTTATTTTCTTGAATGTTTT
CTTGTTTTTTCTTATTGAATTGTTGTATTTTTGTTGGCTTTAATAATATCAGCGAGTTTC
TCTT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1B725TF U 1
AF RR1B725JQ C 1
BS 1 701 RR1B725TF
BS 702 844 RR1B725JQ

RD RR1B725TF 701 0 0
GCAAAGAAGGGGCAGCCCGAGGGTGCTGTCTATGACTTTGAGGATAAAATCAACTTTGCC
GTGTTCCCTGCGCTTCAAGGTGGTCCTCACAATCACCAGATTGGTGCTCTGGCTGTTGCA
CTGAAGCAGGTTAATACTCCTGGTTTCAAGGTCTATGCCAAACAGGTGAAAGCCAATGCT
GTTGCTCTTGCAAACTACCTGATGGGCAAGGGATACAGCATTGTAACCGGTGGAACTGAG
AACCACCTTGTTCTTTGGGATCTTCGCCCTCTTGGATTGACCGGTAACAAGGTTGAGAAG
CTTTGCGATCTGTGCAACATTACTCTGAACAAGAATGCTGTATTTGGAGATAGCAGTGCT
CTTGCTCCTGGAGGTGTAAGAATCGGTACACCTGCGATGACATCCAGAGGATTGGTGGAG
AAGGACTTTGAGAAGATAGGAGAGTTCTTGAGCCGATCAGTGACACTGACGTTGAACATC
CAGAAGGAGCATGGTAAGCTGTTGAAGGACTTCAACAAGGGATTGGTGAACAACAAGGAG
ATCGAGGAGCTCAAGGCTGATGTGGAGAAGTTCTCGGCCTCTTATGAGATGCCTGGATTT
CTCATGTCTGAGATGAAGTACCAGGATTAGATATCTCATCTTCTCTATGAAAAGAGTAAT
TTTCTATTTCTCTATATATGATATGCTTTTGTAGGGTCGCC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1B725JQ 844 0 0
GCAAAGAAGGGGCAGCCCGAGGGTGCTGTCTATGACTTTGAGGATAAAATCAACTTTGCC
GTGTTCCCTGCGCTTCAAGGTGGTCCTCACAATCACCAGATTGGTGCTCTGGCTGTTGCA
CTGAAGCAGGTTAATACTCCTGGTTTCAAGGTCTATGCCAAACAGGTGAAAGCCAATGCT
GTTGCTCTTGCAAACTACCTGATGGGCAAGGGATACAGCATTGTAACCGGTGGAACTGAG
AACCACCTTGTTCTTTGGGATCTTCGCCCTCTTGGATTGACCGGTAACAAGGTTGAGAAG
CTTTGCGATCTGTGCAACATTACTCTGAACAAGAATGCTGTATTTGGAGATAGCAGTGCT
CTTGCTCCTGGAGGTGTAAGAATCGGTACACCTGCGATGACATCCAGAGGATTGGTGGAG
AAGGACTTTGAGAAGATAGGAGAGTTCTTGAGCCGATCAGTGACACTGACGTTGAACATC
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CTTGTTTTTTCTTATTGAATTGTTGTATTTTTGTTGGCTTTAATAATATCAGCGAGTTTC
TCTT

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DS 



AS 1 2

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TCCGTCTGATCTCATGCGTGCTTGTCTTGTTTCACGTTCCTGGTGCCGATTTGTGAGTGG
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GACTTTTGCCACACCTTTCTTTCCGATGACTCAGAATAGGTGCCAGAAATTTAGTCTCAG
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ATCTGATGGTCTATACCATATGGGGGTCTCGTATATCCATGTCAAGGGAAGAGATCTTGG
AAGCTCATTTAGACTTTTTCAGACAAGGGACTTGGCGCTGCAAGCTATCACTTACTTGGA
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CAAATGATGTACAGTTTCTCAATTGTAAACTTCGATGCATGTAAGCATGTTCACCAAAAT
GTTGTTTCAAAATATTATGTTTACTAGTCAGTTACAATGGC


BQ
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QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1H486JQ 812 0 0
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CAAGATATACCTAGAACCAACTTATCCTAGCCTACCGGTCTCTCCAGTCTATGGAGCACA
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QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 2

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AAGCTGCTGCTCCGCTCTGCTTTTGATGCTTCATCCTACTTCTTTCGCTCTCATCTATCT
TTGGTTATGCTGTTTTGTCTAAAACTTGTCACACATACAGAAGCTGCTGCTCCCCTCTCA
TTTTATTTGCACTATATTTTATATATTAATATAATTTAGCGAAATAAAAATATCG


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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF41JQ C 1
AF RR1GF41TF U 1
BS 1 724 RR1GF41TF
BS 725 725 RR1GF41JQ
BS 726 739 RR1GF41TF
BS 740 775 RR1GF41JQ

RD RR1GF41JQ 775 0 0
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GAGTAGGCATCAAAGGATGAATGCCATTCGTATCAGAAAGGAGAACCAGGTTTATAGTGC
TGAGGACAAACGGGCGCTGGCTATGTTTAACTATGAGGAGAAGGCCAAGCGTGAGGCTAA
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TCATGACCCTTTTGGTTCTGGAAAGACTGATGGACTTGATGACTGAATTGGGACATACAG
AAGCTGCTGCTCCGCTCTGCTTTTGATGCTTCATCCTACTTCTTTCGCTCTCATCTATCT
TTGGTTATGCTGTTTTGTCTAAAACTTGTCACACATACAGAAGCTGCTGCTCCCCTCTCA
TTTTATTTGCACTATATTTTATATATTAATATAATTTAGCGAAATAAAAATATCG

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1GF41TF 739 0 0
GAGTAGTAGAAAGAGGCGAGGAGGAGATACAAGGAAGAGGAGATACACCGATTCTGATGA
TGGTTCTCTCAAGGCAAAACTTGAAGAAAAGGTCAAGGTACCTCAGCTTGATCAAGAGGA
ATCGAACAAGAAAGCTTTAGCTCCTGAAGATGAAGAAGAAGATGCTGTGGTGGGTCCAAT
GCCTTTGCCTAAACCTGGAGGACACATCAGAAACTACCACGGTCGTGATTTAAGACCTGG
TGAAGGAGACGCTATAGCACAGTATGTGCAGCAAGGGAAACGTATCCCACGTAGAGGAGA
AGTTGGTCTTAACGCTGATGAGATTCAGAGGTTTGAGGATCTTGGGTACGTCATGAGTGG
GAGTAGGCATCAAAGGATGAATGCCATTCGTATCAGAAAGGAGAACCAGGTTTATAGTGC
TGAGGACAAACGGGCGCTGGCTATGTTTAACTATGAGGAGAAGGCCAAGCGTGAGGCTAA
GGTCATGTCTGATCTTTCCAGGCTTGTGCAGCGCCATATGGGACAAGAGTTGGGTCCCAA
TCATGACCCTTTTGGTTCTGGAAAGACTGATGGACTTGATGACTGAATTGGGACATACAG
AAGCTGCTGCTCCGCTCTGCTTTTGATGCTTCATCCTACTTCTTTCGCTCTCATCTATCT
TTGGTTATGCTGTTTTGTCTAAAACTTGTCACACATACAGAAGCTGCTGCTCCCCTCTCA
TTTT*TTTGCACTATATTT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL7149Contig1 827 2 7 U
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GAAAAAGAAAACTTGAAACGTGACTTACCTCTCTCTCTTTGTGTTTTGTAAACTGAAAGT
TTCTATTGAGAAGCAACATAGGTACAACAAAAAGCTGTTCTTGAATCAAAAACATCACTA
ATCCCAAACTCCACAACGCATTACCAAATATGAAAAGGTGGCCACGTTGTTGATGATGAT
GTGAGTCAATGGATGGTTTGGTCGGAAAATGGTTCTGCTAGCCGAGGAGATCTTTGAACA
GTGTAGGGTTCTGACTTGTCGGGTTCACACCCATTTGTCTAACAAGAGCATCTTTCTCGA
GAGCTTCCTTTGAGTTTGGTCCTTTTGAGGTTTGGGATTGATATATGCCTGGGTTCCCTT
TGGAGCTATCAGACAGTTCTGATAAGAGAGAGTCAACACTTGTGGTTGTGGTCACAGGCG
CTGCATCTGAGTATAGTCCCATCACATCGGTTGAACCACCATCTTGGCTCGAAGCATCCA
TAAGCCCTTCCAACTCTTTAAAAGGATCCGTTGCTGTTACACTTGTAGCAGTTGGCTCGT
CAAAGTCGAGCAAGTCTGGTGGCGGCTGAACAGGGATTGGATTTTCCTTGGGGGGTCTGT
TAGATGTTCCTTTTGCCGGCTTGTGTCCACCAGAAGATGACTTTCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GA39JQ U 1
AF RR1GL01JQ U 21
BS 1 288 RR1GA39JQ
BS 289 289 RR1GL01JQ
BS 290 333 RR1GA39JQ
BS 334 334 RR1GL01JQ
BS 335 386 RR1GA39JQ
BS 387 387 RR1GL01JQ
BS 388 827 RR1GA39JQ

RD RR1GA39JQ 827 0 0
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GAAAAAGAAAACTTGAAACGTGACTTACCTCTCTCTCTTTGTGTTTTGTAAACTGAAAGT
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GTGAGTCAATGGATGGTTTGGTCGGAGAATGGTTCTGCTAGCCGAGGAGATCTTTGAACA
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TGGAGCTATCAGACAGTTCTGATAAGAGAGAGTCAACACTTGTGGTTGTGGTCACAGGCG
CTGCATCTGAGTATAGTCCCATCACATCGGTTGAACCACCATCTTGGCTCGAAGCATCCA
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CAAAGTCGAGCAAGTCTGGTGGCGGCTGAACAGGGATTGGATTTTCCTTGGGGGGTCTGT
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QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1GL01JQ 767 0 0
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TTACCAAATATGAAAAGGTGGCCACGTTGTTGATGATGATGTGAGTCAATGGATGGTTTG
GTCGGAAAATGGTTCTGCTAGCCGAGGAGATCTTTGAACAGTGTAGGGTTCTGACTTGTT
GGGTTCACACCCATTTGTCTAACAAGAGCATCTTTCTCGAGAGCTTCCTTTGAGTTTGGT
CCTTTTGAGGTTTGGGATTGATATATGCCTGGGTTCCCTTTGGAGCTATCAGACAGTTCT
GATAAGAGAGAGTCAACACTTGTGGTTGTGGTCACAGGCGCTGCATCTGAGTATAGTCCC
ATCACATCGGTTGAACCACCATCTTGGCTCGAAGCATCCATAAGCCCTTCCAACTCTTTA
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GGCGGCTGAACAGGGATTGGATTTTCCTTGGGGGGTCTGTTAG
CTGT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL7150Contig1 864 2 2 U
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TGATAGTGATTCTGTCGAAATTGAAGGTTATGTTTTTCCTTGATTTCGTTAGCAACCGAA
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TTGTCACTTCTGCATTCTGGGATGTTTTAATCGTTTCCTTCCTCGTGGTTCCTGGTTTGT
TTACGGAGCAAGATTGAGGTGCAGTCTGCGGTTCTTCCAAAATAAAGTTTGGCTTTCTAG
GCGCATTTATTCTATCCGCCTTCTTCGATGGTCTCTATTGCCAGAGTGTCTTGTGGCTAT
AATGTTGATCTTGCTTTCTAAACTTTCTAGTCACTTGTAATTTGTTCTTCTTTTTGACAT
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CTTTAGCCTCCGGAAGTATTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H694TF U 1
AF RR1H694JQ C 117
BS 1 756 RR1H694TF
BS 757 864 RR1H694JQ

RD RR1H694TF 756 0 0
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TTCCTTTGTCTTTTGTTGTGATTAGATGATTTTGAGAAGTGGATCTAGATCTAGATCTTA
GATCAGGAAATTTGGTTGAAGTCTGTAAGTGGTAGATCGTTCTTCCTTCGGTGAGGCTTC
GTTTCTCTGTCTCTTCTGTGCTTCGGCCATTAGGGTTTGTCGGCAGGTCGTTGGAGCTCT
GTTCCTTTTCTGTTGGTGGCCCTTTGATTCCGATCTGCTTGTGCGTTTTCCGGTTGCTTC
TGATAGTGATTCTGTCGAAATTGAAGGTTATGTTTTTCCTTGATTTCGTTAGCAACCGAA
TAGATTATGTTGTTTTTAAGTTCTGTTGTGGTCCGGCTTTAGTGTCTTCGGCTTGTTTTC
AAGGACGAGGAGCTTCGGTTCTTTTCTGCTCTATGTCGTGGGTGTCTGAAGGTTAAATGA
TTGTCACTTCTGCATTCTGGGATGTTTTAATCGTTTCCTTCCTCGTGGTTCCTGGTTTGT
TTACGGAGCAAGATTGAGGTGCAGTCTGCGGTTCTTCCAAAATAAAGTTTGGCTTTCTAG
GCGCATTTATTCTATCCGCCTTCTTCGATGGTCTCTATTGCCAGAGTGTCTTGTGGCTAT
AATGTTGATCTTGCTTTCTAAACTTTCTAGTCACTT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1H694JQ 748 0 0
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CTTAGATCAGGAAATTTGGTTGAAGTCTGTAAGTGGTAGATCGTTCTTCCTTCGGTGAGG
CTTCGTTTCTCTGTCTCTTCTGTGCTTCGGCCATTAGGGTTTGTCGGCAGGTCGTTGGAG
CTCTGTTCCTTTTCTGTTGGTGGCCCTTTGATTCCGATCTGCTTGTGCGTTTTCCGGTTG
CTTCTGATAGTGATTCTGTCGAAATTGAAGGTTATGTTTTTCCTTGATTTCGTTAGCAAC
CGAATAGATTATGTTGTTTTTAAGTTCTGTTGTGGTCCGGCTTTAGTGTCTTCGGCTTGT
TTTCAAGGACGAGGAGCTTCGGTTCTTTTCTGCTCTATGTCGTGGGTGTCTGAAGGTTAA
ATGATTGTCACTTCTGCATTCTGGGATGTTTTAATCGTTTCCTTCCTCGTGGTTCCTGGT
TTGTTTACGGAGCAAGATTGAGGTGCAGTCTGCGGTTCTTCCAAAATAAAGTTTGGCTTT
CTAGGCGCATTTATTCTATCCGCCTTCTTCGATGGTCTCTATTGCCAGAGTGTCTTGTGG
CTATAATGTTGATCTTGCTTTCTAAACTTTCTAGTCACTTGTAATTTGTTCTTCTTTTTG
ACATCAGAAAATCTCTGAATTCTGCTGACTCTTGTCTCTAGATGAAATTATAGTTTCATG
CTGGCTTTAGCCTCCGGAAGTATTTGCC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7152Contig1 783 2 5 U
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CAACGACGAAGATCACTTCTTATGGCGGCGGAGAAATGGGTGCACACGGTGACGGCTCAA
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CCCGTAAACGACAGCATCAGCGTAACTCTCGATCCCGATCACCTCTGCACCGTCACCACC
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CTATCGGGGAGTAGGTACCAGAACTGTTTGAGGGAGATTCGAAGCCGTGGTGGTGATGTC
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AAGTGGAAAATGGGAAGCAAAGAAGATGGAAGTGATAGCGTTGCAGTTCAACTTGCAGAT
GAGAAGCACTGGGATGATCTTGTTATCATCATTGCTGTGGTAAGTTCACGGCAGAAGAAA
CGAGCAGCACCTCTGGAATGCGAGAAGTGTTGAGACGAGTTTGCTTTTACAGCACAGAGC
AAA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1E777TF U 3
AF RR1BK13TF U 1
BS 1 564 RR1BK13TF
BS 565 565 RR1E777TF
BS 566 668 RR1BK13TF
BS 669 669 RR1E777TF
BS 670 783 RR1BK13TF

RD RR1E777TF 711 0 0
GG
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QA 3 711 3 711
DS 

RD RR1BK13TF 783 0 0
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CCCGTAAACGACAGCATCAGCGTAACTCTCGATCCCGATCACCTCTGCACCGTCACCACC
GTCGCCGTCAGTCCCGCTTTCGATCGGGATCGAATGTGGCTCAACGGCAAGGAGATCTCT
CTATCGGGGAGTAGGTACCAGAACTGTTTGAGGGAGATTCGAAGCCGTGGTGGTGATGTC
GAAGACAAGGAGAAAGGTGTGAAGATTGAGAAGAAAGATTGGGAGAGATTGAATCTGCAT
ATTGCTTCTCATAACAACTTCCCTACAGCTGCTGGTTTAGCTTCTTCAGCTGCTGGATTT
GCTTGTCTAGTTTTCTCTCTTGCAAAGTTGATGAATGTAGAGGAAGATCTAAGCCAGCTT
TCTGCGATAGCCAGGCAAGGTTCAGGAAGTGCTTGCCGTAGTTTGTTTGGTGGATTTGTC
AAGTGGAAAATGGGAAGCAAAGAAGATGGAAGTGATAGCGTTGCAGTTCAACTTGCAGAT
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CGAGCAGCACCTCTGGAATGCGAGAAGTGTTGAGACGAGTTTGCTTTTACAGCACAGAGC
AAA

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL7153Contig1 645 2 3 U
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BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC18TF C 1
AF RR1CC18JQ U 6
BS 1 5 RR1CC18TF
BS 6 637 RR1CC18JQ
BS 638 645 RR1CC18TF

RD RR1CC18TF 645 0 0
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AAATAAAGAAATTAAAACCCTGATAATCTTTTTGATACGGAATAAAAGTTTTTGAACTTC
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AGATCGATGTATAAAGTGTTTTTCTTTTCTTTATATGTTTCTGATGATTTCATACTTTCA
TAAACGGTGACGGTGGTAAACACGGAGAAGATGATAATTTCTTTTCAAAAAGGAATTTTT
TTTAAATAGAAAGAAAGAAAGTACATATCAATCATAGGTTATAATCAAGAAACCAAGAAC
AGTCGTTATAAAAAAAAAAAATCAAGAAACCAAGAACAATCGATTATTATAATGATATAA
AATCACGACCTGAGAGAGAACCCAACAAAAGAGAGATTGTGGATGTGGTTGAATCAGGGA
GCAACTCAGGAAAAGAGAAGAACTTCGAACAGTCGAAGACAAAAA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1CC18JQ 632 0 0
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AAGAGAATGAGAAAGAGAAAGAGAGACGTGTAAGTTTTGATTCTTTGATAATTAAAAAAA
ATAGGAACAATCTTGTTAACACATCGTATTCTCACGCCGCAATTACAGATGAAAAAAATA
AAGAAATTAAAACCCTGATAATCTTTTTGATACGGAATAAAAGTTTTTGAACTTCAATTT
CAGTGACGCGAACAAAAAAAATGATTGAGCAGAAAGATGATGATGAAATCATGAAAGATC
GATGTATAAAGTGTTTTTCTTTTCTTTATATGTTTCTGATGATTTCATACTTTCATAAAC
GGTGACGGTGGTAAACACGGAGAAGATGATAATTTCTTTTCAAAAAGGAATTTTTTTTAA
ATAGAAAGAAAGAAAGTACATATCAATCATAGGTTATAATCAAGAAACCAAGAACAGTCG
TTATAAAAAAAAAAAATCAAGAAACCAAGAACAATCGATTATTATAATGATATAAAATCA
CGACCTGAGAGAGAACCCAACAAAAGAGAGATTGTGGATGTGGTTGAATCAGGGAGCAAC
TCAGGAAAAGAGAAGAACTTCCAACAGTCGAA

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL7154Contig1 287 2 1 U
GCCACACACTCATCTTCTTCGCTGCTTACACCATCTTGATCCTCGCTGTCAATCCCCACA
TCACCACCGGCTGATTTAGGGTTTTTTTTCCGTCGAAATAAAGGTAACCCCCTTATTGGA
TCTGGGGGGAACTTCAAGAATCTTCTTGGATTTGGATCTCTGTTTTTAGAGCTTTTACTT
TTACTTACGAACATAAACTTGTTGTGTTGTACTGAAAATGTATTATGTTATTAGCTGTTA
CGCTTGTATCATTGCGATTAAGATTAATGAAAATTGAACCTTTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DP80TF U 1
AF RR1DP80JQ C 13
BS 1 287 RR1DP80TF

RD RR1DP80TF 287 0 0
GCCACACACTCATCTTCTTCGCTGCTTACACCATCTTGATCCTCGCTGTCAATCCCCACA
TCACCACCGGCTGATTTAGGGTTTTTTTTCCGTCGAAATAAAGGTAACCCCCTTATTGGA
TCTGGGGGGAACTTCAAGAATCTTCTTGGATTTGGATCTCTGTTTTTAGAGCTTTTACTT
TTACTTACGAACATAAACTTGTTGTGTTGTACTGAAAATGTATTATGTTATTAGCTGTTA
CGCTTGTATCATTGCGATTAAGATTAATGAAAATTGAACCTTTTTGG

QA 1 287 1 287
DS 

RD RR1DP80JQ 275 0 0
TTTTT
TTCGCTGCTTACACCATCTTGATCCTCGCTGTCAATCCCCACATCACCACCGGCTGATTT
AGGGTTTTTTTTCCGTCGAAATAAAGGTAACCCCCTTATTGGATCTGGGGGGAACTTCAA
GAATCTTCTTGGATTTGGATCTCTGTTTTTAGAGCTTTTACTTTTACTTACGAACATAAA
CTTGTTGTGTTGTACTGAAAATGTATTATGTTATTAGCTGTTACGCTTGTATCATTGCGA
TTAAGATTAATGAAAATTGAACCTTTTTGG

QA 6 275 6 275
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7156Contig1 857 2 2 U
GGGAATTGAATATCCGGGAATTCGGTTTCCACCAGCTGAATGCAAACTTGCTCTGGCCTG
GTTCCTTCGCCTTTGCTGATTGGTTAGTCCAACGTCCCCATCTCATCCGTAACCGCCGTT
GTCTCGAGATTGGAAGCGGCACGGGTGCTCTAGCTATTTTCCTTAAGAAGGAGTTTAATC
TAGACATAACTACCTCAGACTACGATGACCAGGAGATTCAAGACAACATTGCTCATAACT
GTACTGCAAACAACACCACCCCTTCTCTCCCCCATATCAACCATACATGGGGAGATGAAT
TTCCAACCTCAGTACCAGATTGGGATTTGATCATTGCCAGTGATATCCTTCTATATGTGA
AACAGTACCCAAACTTGATTAAGTCTCTCTCTTTTCTCCTTAAGTCCTACAAACCTAATA
CACCACCACCAATGCCGTTAGTCCATCAGAGTGCAAGCCAAATGTAGGAGCAGAGTCTGA
TATGCTACCGTGGCCGGTGTTCTTAATGAGTTGGAGAAGACGGATTGGGAAAGAGGACGA
GTCTTTATTCTTTAGTGGTTGCCAAGAAGCTGGATTCGAGGTGAAGCATCTTGGAAACCG
AGTTTATTGCATCAGCCTTACAGAAACCAACCTCTGAAGAATACGTTACTATACTACTCC
TTATGAGTCGGGTCTCCTTCCGCAGATTGTTCACCTCTGAAATTAGTGTGTTACTCTTGC
CGCTTATTTGGATTTGCGTCTCTTTTCTTTTTTGGGTCAAAGTTAAAGGTGAAATGAGAT
ACTGTTGTGGTAGGGGTCATTTCATCAGTTTGCGTCGCTTCCCGTGTAGATTGAATTTTT
AACAAACGTTCTATTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F920TF U 1
AF RR1F920JQ C 230
BS 1 622 RR1F920TF
BS 623 857 RR1F920JQ

RD RR1F920TF 622 0 0
GGGAATTGAATATCCGGGAATTCGGTTTCCACCAGCTGAATGCAAACTTGCTCTGGCCTG
GTTCCTTCGCCTTTGCTGATTGGTTAGTCCAACGTCCCCATCTCATCCGTAACCGCCGTT
GTCTCGAGATTGGAAGCGGCACGGGTGCTCTAGCTATTTTCCTTAAGAAGGAGTTTAATC
TAGACATAACTACCTCAGACTACGATGACCAGGAGATTCAAGACAACATTGCTCATAACT
GTACTGCAAACAACACCACCCCTTCTCTCCCCCATATCAACCATACATGGGGAGATGAAT
TTCCAACCTCAGTACCAGATTGGGATTTGATCATTGCCAGTGATATCCTTCTATATGTGA
AACAGTACCCAAACTTGATTAAGTCTCTCTCTTTTCTCCTTAAGTCCTACAAACCTAATA
CACCACCACCAATGCCGTTAGTCCATCAGAGTGCAAGCCAAATGTAGGAGCAGAGTCTGA
TATGCTACCGTGGCCGGTGTTCTTAATGAGTTGGAGAAGACGGATTGGGAAAGAGGACGA
GTCTTTATTCTTTAGTGGTTGCCAAGAAGCTGGATTCGAGGTGAAGCATCTTGGAAACCG
AGTTTATTGCATCAGCCTTACA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1F920JQ 628 0 0
TGCTCATAACTGTACTGCAAACAACACCACCCCTTCTCTCCCCCATATCAACCATACATG
GGGAGATGAATTTCCAACCTCAGTACCAGATTGGGATTTGATCATTGCCAGTGATATCCT
TCTATATGTGAAACAGTACCCAAACTTGATTAAGTCTCTCTCTTTTCTCCTTAAGTCCTA
CAAACCTAATACACCACCACCAATGCCGTTAGTCCATCAGAGTGCAAGCCAAATGTAGGA
GCAGAGTCTGATATGCTACCGTGGCCGGTGTTCTTAATGAGTTGGAGAAGACGGATTGGG
AAAGAGGACGAGTCTTTATTCTTTAGTGGTTGCCAAGAAGCTGGATTCGAGGTGAAGCAT
CTTGGAAACCGAGTTTATTGCATCAGCCTTACAGAAACCAACCTCTGAAGAATACGTTAC
TATACTACTCCTTATGAGTCGGGTCTCCTTCCGCAGATTGTTCACCTCTGAAATTAGTGT
GTTACTCTTGCCGCTTATTTGGATTTGCGTCTCTTTTCTTTTTTGGGTCAAAGTTAAAGG
TGAAATGAGATACTGTTGTGGTAGGGGTCATTTCATCAGTTTGCGTCGCTTCCCGTGTAG
ATTGAATTTTTAACAAACGTTCTATTAT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL7157Contig1 789 2 8 U
GGACACACAACAAACAAAGAATAAACTACAAAAAGCTTGAAAACTTTTTTTTGTTTTTGC
TAAAGAATAACTTGAGAGATCTATTTGCAAACTAAGAAGATATGGGAAACAGTTTACGGT
GCTGTTTGGCTTGTGTACTTCCATGTGGAGCTTTAGATTTGATCCGAATCGTACATCTCA
ACGGCCACGTCGACGAAATAACTCGTCCAATGACCGCGGGAGAGATCCTTCAGGCGAATC
CTAATCATGTCTTAAGCAAACCATGTTCTCAAGGAGTTGTTCGTAAGATCTTGGTCTTGT
CTCCTGAATCTGAGCTTAAGCGTGGAAGCATCTATTTTCTTATACCGGATACTTCCTTGC
CGGAAAAGAAGACGACAAAGAACAAAAAGGATCGTCCACGTCGGAAAAGGCCTCTTGAAA
ACGCCAACGATAGTAATAGTGATCATATGGTAAGTACTACTAATAATAATGATCTTGATT
TGACGTTGTGTGAGAAATATTTGGAAGATGTTATGATGTCATCGTCAGAGAAGCATTGTT
CGGCCGGTAAAGAGAACCGTCACCGTCGGAGACATAGTCGGTCGGCGTCGGTGTCCATGT
GGCGGCCTCACCTTGATAGCATCTCTGAGGATCTAAACTAGTGTTTGCTTTCTTCCTTCG
TTAATGATGTCTCTATTTTCTTTATTTTTTATTAACATCCCCAGCGAGAATATTTTCATT
TTTTTGGGGATGAAGTTAAAAACAAAAACTTTGTAATGTACTGCTGTGGATAAGATCTAT
GTTAAATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EB42TF U 1
AF RR1EB42JQ C 57
BS 1 689 RR1EB42TF
BS 690 690 RR1EB42JQ
BS 691 724 RR1EB42TF
BS 725 725 RR1EB42JQ
BS 726 741 RR1EB42TF
BS 742 744 RR1EB42JQ
BS 745 774 RR1EB42TF
BS 775 789 RR1EB42JQ

RD RR1EB42TF 774 0 0
GGACACACAACAAACAAAGAATAAACTACAAAAAGCTTGAAAACTTTTTTTTGTTTTTGC
TAAAGAATAACTTGAGAGATCTATTTGCAAACTAAGAAGATATGGGAAACAGTTTACGGT
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CGGAAAAGAAGACGACAAAGAACAAAAAGGATCGTCCACGTCGGAAAAGGCCTCTTGAAA
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TGACGTTGTGTGAGAAATATTTGGAAGATGTTATGATGTCATCGTCAGAGAAGCATTGTT
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GGCGGCCTCACCTTGATAGCATCTCTGAGGATCTAAACTAGTGTTTGCTTTCTTCCTTCG
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DS 

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TTGCCGGAAAAGAAGACGACAAAGAACAAAAAGGATCGTCCACGTCGGAAAAGGCCTCTT
GAAAACGCCAACGATAGTAATAGTGATCATATGGTAAGTACTACTAATAATAATGATCTT
GATTTGACGTTGTGTGAGAAATATTTGGAAGATGTTATGATGTCATCGTCAGAGAAGCAT
TGTTCGGCCGGTAAAGAGAACCGTCACCGTCGGAGACATAGTCGGTCGGCGTCGGTGTCC
ATGTGGCGGCCTCACCTTGATAGCATCTCTGAGGATCTAAACTAGTGTTTGCTTTCTTCC
TTCGTTAATGATGTCTCTATTTTCTTTATTTTTTATTAACATCCCCAGCGAGAATATTTT
CATTTTTTTGGGGATGAAGTTAAAAACAAAAACTTTGTAATGTACTGCTGTGGATAAGAT
CTATGTTAAATTT

QA 1 733 1 733
DS 



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GCATCTTGTCTAAACGATGGGAGTGTCTTTGGATGTGGTTACCAAAACTCGACTATATTA
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TCTTACGCGAGCTTGAAGTTTGTTATCTTGATCATCTGGACAAGAAAAACATATTACCAA
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ATGTTCCTCGTATGGTTGGTCTTCCCTCTCTGAAAACTTTGCAACTTCGACATCTGAAGC
TCTTAGATGGAGAATCTTTTCAAAAGCTCCTATCCATCTGTCCTGTTCTTGAAAATCTGT
CGGTCATGCTCTATGGTGGTTATGTCAATATGGGAAAGATCACGGCTATCATCCCGTCTT
TGCGGAGTTTATCACTAGATATACCTTCTAATTGGCTTCTATATGGTCTTGTAGATGGTT
TAGTGATAGATACCCCGTCTTTGAAGTATTTGAAGCTTGAGGATTATGATAATAATAATC
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CTGATATTGAGAGACTTATAGGATCAATCACATCCGTCAAGCGGCTTACCTTATCTTTGG
AGGCTATATATCATGGCAGGTTTGTTTTCGACCAGCTTGAGCATTTGGAACTATGCGTAA
GCACTGATTGTGAGTCTAGTCTCCTTGTCCGGTTACTCGAAGATTCTCCTAACTTACGAG
AGCTAGACCTCTATGAAATGGATCATAAAAAGGGTTATATGGCTTGGTGGAACCAACCGG
ACACTGCTCCTAAGTGTATTATGTCGAGTTTGCAAACTTTCAGCTGGTCAGGGTACTGCG
GGATACCGCAAGACAAAGATATTGTGGTTTACATCTTGACAAATGCTTGTCAATTGGAGA
CTGTAACAATCTCGTCTGACAATATTTATACTCCAAAGTATGAGATGATCAAGGAGTTGT
CACTTTCCTACCGAGCATCGACTTCATGCCGACTCGTATTTGATTAAGGTTCTTTTTATA
TTTTAGAATGTTTTCGTTTATACATTAGAATCCAAATCGAACTTTACCATTTGTGTCTTG
TCGCC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1A394TF U 1
AF RR1A394JQ C 587
BS 1 797 RR1A394TF
BS 798 1385 RR1A394JQ

RD RR1A394TF 797 0 0
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CAGATGACTTGCTGGTCAAGATATTATCGTTTCTCCCCACAAAAGTTGCAATCTCCACCA
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GCAGATGTTTTGAATGCAAGGGTTTCAAGTCCGAATACGAGAGTTCACTACGGTGTTTTC
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TCTTACGCGAGCTTGAAGTTTGTTATCTTGATCATCTGGACAAGAAAAACATATTACCAA
GTAGCTTGTACGCCTCTAAATCTCTAGTGACTTTGAAACTTAGCGGCAACATTCGCTTGG
ATGTTCCTCGTATGGTTGGTCTTCCCTCTCTGAAAACTTTGCAACTTCGACATCTGAAGC
TCTTAGATGGAGAATCTTTTCAAAAGCTCCTATCCATCTGTCCTGTTCTTGAAAATCTGT
CGGTCATGCTCTATGGTGGTTATGTCAATATGGGAAAGATCACGGCTATCATCCCGTCTT
TGCGGAGTTTATCACTAGATATACCTTCTAATTGGCTTCTATATGGTCTTGTAGATGGTT
TAGTGATAGATACCCCGTCTTTGAAGTATTTGAAGCTTGAGGATTATGATAATAATAATC
ACTCTTGTCTTATTGAG

QA 1 797 1 797
DS 

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TATCATCCCGTCTTTGCGGAGTTTATCACTAGATATACCTTCTAATTGGCTTCTATATGG
TCTTGTAGATGGTTTAGTGATAGATACCCCGTCTTTGAAGTATTTGAAGCTTGAGGATTA
TGATAATAATAATCACTCTTGTCTTATTGAGGATATGCCTCAGGTGGAGGAGGCATATCT
AGATGTTAAGTGTCCTGATATTGAGAGACTTATAGGATCAATCACATCCGTCAAGCGGCT
TACCTTATCTTTGGAGGCTATATATCATGGCAGGTTTGTTTTCGACCAGCTTGAGCATTT
GGAACTATGCGTAAGCACTGATTGTGAGTCTAGTCTCCTTGTCCGGTTACTCGAAGATTC
TCCTAACTTACGAGAGCTAGACCTCTATGAAATGGATCATAAAAAGGGTTATATGGCTTG
GTGGAACCAACCGGACACTGCTCCTAAGTGTATTATGTCGAGTTTGCAAACTTTCAGCTG
GTCAGGGTACTGCGGGATACCGCAAGACAAAGATATTGTGGTTTACATCTTGACAAATGC
TTGTCAATTGGAGACTGTAACAATCTCGTCTGACAATATTTATACTCCAAAGTATGAGAT
GATCAAGGAGTTGTCACTTTCCTACCGAGCATCGACTTCATGCCGACTCGTATTTGATTA
AGGTTCTTTTTATATTTTAGAATGTTTTCGTTTATACATTAGAATCCAAATCGAACTTTA
CCATTTGTGTCTTGTCGCC

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DS 



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GGCAATTATCCCCACCGATCCATATGAACAACTAGATCTCGCAAGGAAGATCACTTCAAT
GGCGATCGCATCCAGGGTGTCCAATCTAGAGTCCCAAGTATCCGTGCTCACGCAGAAGCT
TGTAGAGAAGGATAGGATTGTGTACGAGCTAGAAGGTAGAGCATCTTCCTTGGAAAGACT
ATACCATGATTCTGATTCCTCCTTGAAGAATGCACTCGATTCTTTCTCCAACAACAACAA
CACCCAAGGTTTAAGGCAAAGAGCCTCTTTGACTCCCCCCGGGTTAACTCCTAGCGGAAC
ACCAAAGATGGTGTCGGCTGGTGGATCTCCGAGAAGCTACTCTGCTGCATCATCGCCAAA
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ATCAAAAATCCAGCAATCTTCTGTACCAAACTCTCCTCCTCGCTCACATTCTTCTACTTC
AGCTCGCCATGCGAGGATTGATGGGAAAGAGTTCTTTAGGCAAGCAAGTTCAGCGCTTTC
CTAGCTAACATCAAGGAACTAAACGCTCGGAAGCAGAGCCGTGAGGAAACGTTAAGGAAA
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ACCAGCGGCCGTTGATATTTTTATATATATGATGACAACACCAACCTTTTTTTTTTAGCT
TCTTCTCATACTCTTTTATTCTTCTCATGACCAATTTAGTCATGGCTGACTTCAATAAAA
TTCTTTTTGTAATAGATGTTCAGCG


BQ
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AF RR1BG39TF U 1
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BQ
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GCACGTTGCTTCTCATCATTCGTTTCCAGATCCTGATTCTTGTCGGATTCTTCAGAAACC
TTCTTCTTCTCTTCAGTCGTTTCACTCTGATGCCTCTTTGTCTTCGCGTACTTCTTTGCT
CTTAAAATTTTTATAACCTCTTGTGAAGTGATGAGACGGTAAGCATGACCAAGTACAAGA
CTCTCCGTTGGTCTAAGAAGTTTCACACGCGTGAACTTCACGACCCTTCTCTCACTCTTA
TCTTCTTCCAGCGTCTTGGTCGTCGTCGCCGAAACATTCGTCTCCGGTAATGGAATAATA
AGAGAAACATAGTGACCAGGATACACACGCATGATTTCAGCGACGGGTACAGGACCGTAA
TATCTATCGAGTTTCCCGTCGGGATGCTGTACAACCAACGCCGCCGCATCAACCGCCTGA
CAATTTCCCATCTGTCCCTCAAAAAAAAAATTGTTATGATTGAGAGAACAAAAGAAAACA
GAGTAGAGAATCC

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ACGCCGCCGCATCAACCGCCTGACAATTTCCCATCTGTCCCTCAAAAAAAAAATTGTTAT
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QA 1 456 1 456
DS 



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TATTTTATCACCAATATTTGTACTTGTGCTCTTGTAGCATATTATAGTCATATTTTTTGG
TT


BQ
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20 20 

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AATGAAACAAGAAGGAAGCTTGGGAGTTTCCAGATATGTTCAGTTTGCACTTGTTGTGGA
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AATAGACCCTTTGGTTACTGCTCCTTCACTCCCAAATCCTGCAATTGCTTTGGCTGCCAT
GTCTGAGATCTTTCATTGTGGGCAGAGAAAGAATAAATCAACAATCTTGATTTCATATGC
AAAGTGTGAAAGGGAAGAAAAATGGAATATCTGTTCTTGGTTTGGTTCTTTATTTTTATT
TTTTTGTTTATAATTTTATTTTCAGTCTTCTTTAAATTTCATTACCTACAATCTTCAGCA
ACATCATCATCCTCATTAATTAATTATCTTTTTTGCATTGCCATTCTTATAAAAAAAAAC
AAATTAGGGTCTTTTATGGAGGATCTCACCCACACTTCAGCTATATTTGTTTTCCTTCTC
TCTTCATTCGGTTTCTATATCTGTTCTTTTTCTTGTGTCTCCATTTTGTTTCCCATCGGT
TATTTTATCACCAATATTTGTACTTGTGCTCTTGTAGCATATTATAGTCATATTTTTTGG
TT

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DS 

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TATGGTAATGAATGAAACAAGAAGGAAGCTTGGGAGTTTCCAGATATGTTCAGTTTGCAC
TTGTTGTGGAGGTGTAAAAGGAGCTTGCCTACCTCTACCTTGTTGCTTTGCAATTAACTG
CAACATCCCAAATAGACCCTTTGGTTACTGCTCCTTCACTCCCAAATCCTGCAATTGCTT
TGGCTGCCATGTTTGAGATCTTTCATTGTGGGCAGAGAAAGAATAAATCAACAATCTTGA
TTTCATATGCAAAGTGTGAAAGGGAAGAAAAATGGAATATCTGTTCTTGGTTTGGTTCTT
TATTTTTATTTTTTTGTTTATAATTTTATTTTCAGTTTTCTTTAAATTTCATTACCTACA
ATTTTCAGCAACATCATCATCCTCATTAATTAATTATCTTTTT*GCATTGCCATTTTTAT
AAAAAAAAACAAATTAGGGTCTTTTATGGAGGATCTCACCCACACTTCAGCTATATTTGT
TTTCCTTCTCTCTTCATTCGGTTTCTATATCTGTTCTTTTTCTTGTGTCTCCATTTTGTT
TCCCATCGGTTATTTTATCACCAATATTTGTACTTGTGCTCTTGTAGCATATTATAGTCA
TATTTTTTGGTT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATCGTGACGGTTAACGGCGATCTCCGGGAATACAATTTCCCGGTGTTAGCTTCACAGGTT
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CCATTAAAAGAGTGCTCTCAACAATCCACGAAGAAAACATTTTTTAGATTTCTAAGAATA
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AAAAAAAAAACTTTCTGTAAATTACAGTGTTCGTTTGTTTCTGTGATATGATATTTTCCC
GTTTGGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI21TF U 1
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GC

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TCTCCGGTGATGGGGATGAATCAGCCTAACGAACGGACCGTCGCCGTTAATAGAAGTTCC
ACGACGGTGATGCAAATCAGGGGAAACCTATCGATTAAAACGACGCAGTTTAAGAGTACT
AATACAATCGGTTATTACCGGTCCGGTTCGGTACGGCAATTGAAAAGATATGCGTCTGGG
AGAGCTAGGAAGCTTGCGGATCGATCCATTAAAAGAGTGCTCTCAACAATCCACGAAGAA
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AAATTATTGTTAATGTTTGAAATGGAAAAAAAAAACTTTCTGTAAATTACAGTGTTCGTT
TGTTTCTGTGATATGATATTTTCCCGTTTGGTTAT

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

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TCTTCGCTGTCGCATTGGTTCAGTATGACGATGATAAAATCATATATATACTAATGGTTT
ATGTGGGATTTTGGGTCGTGTTTCCTGTTATAATACTTGTAAGCCAACTAGTTCGGTTTT
TAGGTTGGCTTATTTGTTTCATATGTTGTTGTTGTTGTCCACGTCGACGGCGGTCCCCTC
GACGGCTGCTGCCAATGACTCCATCTCCCGCTCGTTAACGAAGAAGAGGAGCATGTGGCT
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CCCATGCATGTCCATTATTATAAGGTTTATATAAGGCTGTCACTTGATTGTATGGGGTTT
GTCTTGTTAAATTAGTACTATATTCTTTGATTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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AF RR1D689TF U 1
AF RR1D689JQ C 75
BS 1 651 RR1D689TF
BS 652 934 RR1D689JQ

RD RR1D689TF 651 0 0
TTTTTTTTCTCCTTTTATAATCTCGACGAAAAGAGAAGTTACATATATTAAAAACTATAC
TAGAAAACAAAAACACTCTTGTCAGACATCTAGAGCTTTGAATCATGGAAGTTAACGGTG
GAGAAGATCAATACGAAGAAGCATCAGAGTGGTTTGTAAAGTATTTAAATCGTCAAGGTG
ATTGGTTAGAAAAGACACGAGGAAATCTTATGGTTGCAGCGACAGTTATAGCTGGTATGA
GTTTCCAAGTTATGGTTAATCCTCCTGGTGGCGTATGGCAGAGTGATATTTGTTCTTCCG
GTGATCAAACCGGTACCGCACCGGTTTGTAAGGCAAAAGCGGGAACTTCGGTATTGGAGC
ACGACAGTTCGAAACGTGGGCTCTATCTTGGAATGGTTATTAGCAGTACAGTTTCGTTTT
CTGCCTCCATGAGCCTCATTCTACTTGTCATCAGTGGATTACGACTCAGGAACCGGATGA
TAATGGCGATCCTTGTGACATTTATGGTACTAGCGGTTCTCTGCATATCGGCGGCGTTTT
TCTTCGCTGTCGCATTGGTTCAGTATGACGATGATAAAATCATATATATACTAATGGTTT
ATGTGGGATTTTGGGTCGTGTTTCCTGTTATAATACTTGTAAGCCAACTAG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1D689JQ 860 0 0
CACTC
TGTCAGACATCTAGAGCTTTGAATCATGGAAGTTAACGG*GGAGAAGATCAATACGAAGA
AGCATCAGAGTGGTTTGTAAAGTATTTAAATCGTCAAGGTGATTGGTTAGAAAAGACACG
AGGAAATCTTATGGTTGCAGCGACAGTTATAGCTGGTATGAGTTTCCAAGTTATGGTTAA
TCCTCCTGGTGGCGTATGGCAGAGTGATATTTGTTCTTCCGGTGATCAAACCGGTACCGC
ACCGGTTTGTAAGGCAAAAGCGGGAACTTCGGTATTGGAGCACGACAGTTCGAAACGTGG
GCTCTATCTTGGAATGGTTATTAGCAGTACAGTTTCGTTTTCTGCCTCCATGAGCCTCAT
TCTACTTGTCATCAGTGGATTACGACTCAGGAACCGGATGATAATGGCGATCCTTGTGAC
ATTTATGGTACTAGCGGTTCTCTGCATATCGGCGGCGTTTTTCTTCGCTGTCGCATTGGT
TCAGTATGACGATGATAAAATCATATATATACTAATGGTTTATGTGGGATTTTGGGTCGT
GTTTCCTGTTATAATACTTGTAAGCCAACTAGTTCGGTTTTTAGGTTGGCTTATTTGTTT
CATATGTTGTTGTTGTTGTCCACGTCGACGGCGGTCCCCTCGACGGCTGCTGCCAATGAC
TCCATCTCCCGCTCGTTAACGAAGAAGAGGAGCATGTGGCTCAAACCCACATATGAAATG
GAAGTACGGTGTTACTAGTGCGACCACTAGAATAAAAGTCTCCCATGCATGTCCATTATT
ATAAGGTTTATATAAGGCTGTCACTTGATTGTATGGGGTTTGTCTTGTTAAATTAGTACT
ATATTCTTTGATTAG

QA 6 860 6 860
DS 



AS 1 2

CO CL7165Contig1 748 2 2 U
GGAGATAGGAAGTTTCTAAAACAGAGAAAAGCTGTGTCACGAATCTTTCACATAACTCTA
CGCTTCTTCTCTTACCGGGACGAATCTTGTCATAACTTATGGATATTTTCATGAATCCAA
AGGCTTTTATGTAAAAAAAAGAATAATAATTGTTGAGAGATGGAACGATTATGTGAGGTT
TGCAAAGCGTATAGAGCCGTGGTTTATTGTATAGCAGATGCTGCGAGTCTGTGTCTGACA
TGTGATGCAAAGGTTCATTCAGCTAATGCACTCTCAGGGAGACATCTACGCACACTTTAT
GTGGCTTTTGTAAGAATCAACCTTGTGTCGTTCGATGTTTGGACCACAAGGTGTTTCTTT
GTAATGGATGCAACGACAAGGTCCATGGTACCCTCTCGTCTAAGCATGTTAGACGCGATG
TGAGCTGTTATACGGGGTGTCCTTCTGCTAAAGATTTCGCGGTTATGTGGGGCTTTCGAG
TTATGGATAATGATGTTTCGCTAGAGAAGTCTTTTGCGATGGCTAAAACTAAGGTGCAAA
GAGAAGCTGGTTTTGTCTTGGAACAAATTCTTGAATTGGAGAAGCTTCAGCTCAGGAAGA
GAATAAGGGTTCGTCCTTGACAGAACATGCTGATTCATCTCCATCAGAGATTCCAAAGCA
TCTGAGACGTTTAGTCGATCTTCACAGACGGAAAGAGCTGATGTGACTTTCACACTGTCT
CATCTCACACTGGTGATCTTTTGGGATG


BQ
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AF RR1DZ77TF U 1
AF RR1F070TF U 1
BS 1 293 RR1DZ77TF
BS 294 748 RR1F070TF

RD RR1DZ77TF 293 0 0
GGAGATAGGAAGTTTCTAAAACAGAGAAAAGCTGTGTCACGAATCTTTCACATAACTCTA
CGCTTCTTCTCTTACCGGGACGAATCTTGTCATAACTTATGGATATTTTCATGAATCCAA
AGGCTTTTATGTAAAAAAAAGAATAATAATTGTTGAGAGATGGAACGATTATGTGAGGTT
TGCAAAGCGTATAGAGCCGTGGTTTATTGTATAGCAGATGCTGCGAGTCTGTGTCTGACA
TGTGATGCAAAGGTTCATTCAGCTAATGCACTCTCAGGGAGACATCTACGCAC

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR1F070TF 748 0 0
GGAGATAGGAAGTTTCTAAAACAGAGAAAAGCTGTGTCACGAATCTTTCACATAACTCTA
CGCTTCTTCTCTTACCGGGACGAATCTTGTCATAACTTATGGATATTTTCATGAATCCAA
AGGCTTTTATGTAAAAAAAAGAATAATAATTGTTGAGAGATGGAACGATTATGTGAGGTT
TGCAAAGCGTATAGAGCCGTGGTTTATTGTATAGCAGATGCTGCGAGTCTGTGTCTGACA
TGTGATGCAAAGGTTCATTCAGCTAATGCACTCTCAGGGAGACATCTACGCACACTTTAT
GTGGCTTTTGTAAGAATCAACCTTGTGTCGTTCGATGTTTGGACCACAAGGTGTTTCTTT
GTAATGGATGCAACGACAAGGTCCATGGTACCCTCTCGTCTAAGCATGTTAGACGCGATG
TGAGCTGTTATACGGGGTGTCCTTCTGCTAAAGATTTCGCGGTTATGTGGGGCTTTCGAG
TTATGGATAATGATGTTTCGCTAGAGAAGTCTTTTGCGATGGCTAAAACTAAGGTGCAAA
GAGAAGCTGGTTTTGTCTTGGAACAAATTCTTGAATTGGAGAAGCTTCAGCTCAGGAAGA
GAATAAGGGTTCGTCCTTGACAGAACATGCTGATTCATCTCCATCAGAGATTCCAAAGCA
TCTGAGACGTTTAGTCGATCTTCACAGACGGAAAGAGCTGATGTGACTTTCACACTGTCT
CATCTCACACTGGTGATCTTTTGGGATG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL7166Contig1 880 2 2 U
GGATTCCATTCCCGGTCTGTGTAGAGAAGAAAGAGATTCTCTACAGTTCTCATCTTCATC
GTGATCTTAGGGGTTATTCGATTCGCCTGTACCTTGGGAATTCGATTTCTTCAGCTCCAT
CCAATGTCTTACGCTTATCTCTTCAAGTATATCATCATCGGCGATACTGGAGTAGGGAAG
TCATGCCTTCTGCTTCAGTTCACAGACAAGAGGTTTCAGCCCGTTCATGATCTCACCATC
GGTGTTGAGTTTGGGGCTAGGATGATCACCATCGACAACAAGCCCCTCAAACTCCAGATC
TGGGATACGGCTGGTCAAGAATCCTTTAGGTCTATTACAAGATCCTATTATAGAGGTGCT
GCAGGTGCATTGCTTGTCTACGATATCACTAGGAGGGAGACATTTAACCATCTAGCCAGC
TGGCTAGAGGATGCAAGGCAGCATGCTAACGCAAATATGACCATTATGCTCATCGGGAAT
AAGTGTGATCTTTCCAGCAGAAGGGCAGTCACCACAGAGGAAGGCGAGCAGTTTGCAAGG
GAGCACGGTCTTATTTTCATGGAGGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAACGTCGAGGAGGCA
TTCATTAAGACAGCGGCAACAATATACAAGAAGATACAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCA
AATGAGTCATATGGAATAAAAGTTGGATATGGAGGAATCCCTGGGCCAACAGGTGGTAAA
GACGGATCCACACCACAAGGCGGTTGCTGCGGCTAATATGTTAAATGGGTGTCTATATCA
TCATCATGTAAAAAAAATAATCACATAATGATGTAACAAAAAAATTCTCCGATTTTTTTT
CCTATAGTTGTAAATCCACGTGATGTTCGATTTGGTGGTG


BQ
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AF RR1H803TF U 1
AF RR1H803JQ C 381
BS 1 583 RR1H803TF
BS 584 880 RR1H803JQ

RD RR1H803TF 583 0 0
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GTGATCTTAGGGGTTATTCGATTCGCCTGTACCTTGGGAATTCGATTTCTTCAGCTCCAT
CCAATGTCTTACGCTTATCTCTTCAAGTATATCATCATCGGCGATACTGGAGTAGGGAAG
TCATGCCTTCTGCTTCAGTTCACAGACAAGAGGTTTCAGCCCGTTCATGATCTCACCATC
GGTGTTGAGTTTGGGGCTAGGATGATCACCATCGACAACAAGCCCCTCAAACTCCAGATC
TGGGATACGGCTGGTCAAGAATCCTTTAGGTCTATTACAAGATCCTATTATAGAGGTGCT
GCAGGTGCATTGCTTGTCTACGATATCACTAGGAGGGAGACATTTAACCATCTAGCCAGC
TGGCTAGAGGATGCAAGGCAGCATGCTAACGCAAATATGACCATTATGCTCATCGGGAAT
AAGTGTGATCTTTCCAGCAGAAGGGCAGTCACCACAGAGGAAGGCGAGCAGTTTGCAAGG
GAGCACGGTCTTATTTTCATGGAGGCCTCTGCCAAGACTGCTC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1H803JQ 500 0 0
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GCATGCTAACGCAAATATGACCATTATGCTCATCGGGAATAAGTGTGATCTTTCCAGCAG
AAGGGCAGTCACCACAGAGGAAGGCGAGCAGTTTGCAAGGGAGCACGGTTTTATTTTCAT
GGAGGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAACGTCGAGGAGGCATTCATTAAGACAGCGGCAAC
AATATACAAGAAGATACAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCAAATGAGTCATATGGAATAAA
AGTTGGATATGGAGGAATCCCTGGGCCAACAGGTGGTAAAGACGGATCCACACCACAAGG
CGGTTGCTGCGGCTAATATGTTAAATGGGTGTCTATATCATCATCATGTAAAAAAAATAA
TCACATAATGATGTAACAAAAAAATTCTCCGATTTTTTTTCCTATAGTTGTAAATCCACG
TGATGTTCGATTTGGTGGTG

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 2

CO CL7167Contig1 1229 2 2 U
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GTTAAGGTAGCTTATGACGCATCCGTGAAGACAGTTTTAACACTGTTGGAGAAGAATCTT
TTACCAGATGTTGTCATAAGGCGGTTGACGCGTCTGCTTCTCGCCGGTCGACTTCGTTCC
GGTTACAAACCCACGGCGGATCTGCAACTTTCCGATCTCCTCCGTTTCGCCAACGCTATA
AAAGAGATGCCTATAGCGATCAACACCGAGAAGCCAAAGACTCAACACTATGAATTACCA
ACAGCTTTCTTCGAGCTTGTTCTTGGAAGAAACATGAAATACAGCTCTTGCTACTTCTCT
AACGATTCAAGTAGCCTAGAAGATGCAGAGGAAGCAATGCTGGCTCTATATTGCCAGAGG
GCTAAAGTGGAAGATGGACAGAGTGTTCTTGATGTCGGATGTGGCTGGGGATCTTTGTCC
TTGTACATTGCCCGCAAGTACAGCAACTGCAAGATAACAGGTCTCTGCAACTCAAAAACA
CAGAAAGCATTCATCGAGGAGCAATGCTGGAAACGTGGGATTCAAAATATCGAAATAATG
GTTGGAGATATTAGCACATTTGAGCATGAAGGGACATATGACCGAGTATTCTCCATCGAA
ATGTTCGAGCATATGAAAAACTATGGGGAGCTTCTGAAGAAAATTGGAAAGTGGATGAAG
GAAGATGGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCATAAGACATTTGCTTACCACTTTGAG
GATGTGAATGACGATGACTGGATCACAAGACACTTCTTCAGTGGAGGAACAATGCCATCA
GCAAATCTTCTCCTCTACTTCCAAGAAGATGTTGCGATTGTGGATCATTGGCTACTAAAT
GGGAAGCATTATGCAAATACCAGAGTGGCTGAAAAGAATGGACAAGGAGAGAGTTGCGAT
AAAGGAGATAATGGAAATGACTTATGGGAAAGAGGAGGCAGTGAAGTGGACGGTTTACTG
GAGAACCTTCTTCATCGCGGTTGCTGAGCTTTTTGGATACAACAATGGAGAAGAGTGGAT
GGTTTCACACTTCTTGTTCAAGAAGAAGTGATTTACATATCTTTCTTCTCTTATTTATCA
GTTCTTGAAATTTCGTGTGCCAAAAATAAAGAATACTACAACATTCTGCTTCTAGTATGC
TTTCCTATTTTTTTAAAAAAAAGTTGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AV42TF U 1
AF RR1AV42JQ C 342
BS 1 716 RR1AV42TF
BS 717 1229 RR1AV42JQ

RD RR1AV42TF 716 0 0
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GTTAAGGTAGCTTATGACGCATCCGTGAAGACAGTTTTAACACTGTTGGAGAAGAATCTT
TTACCAGATGTTGTCATAAGGCGGTTGACGCGTCTGCTTCTCGCCGGTCGACTTCGTTCC
GGTTACAAACCCACGGCGGATCTGCAACTTTCCGATCTCCTCCGTTTCGCCAACGCTATA
AAAGAGATGCCTATAGCGATCAACACCGAGAAGCCAAAGACTCAACACTATGAATTACCA
ACAGCTTTCTTCGAGCTTGTTCTTGGAAGAAACATGAAATACAGCTCTTGCTACTTCTCT
AACGATTCAAGTAGCCTAGAAGATGCAGAGGAAGCAATGCTGGCTCTATATTGCCAGAGG
GCTAAAGTGGAAGATGGACAGAGTGTTCTTGATGTCGGATGTGGCTGGGGATCTTTGTCC
TTGTACATTGCCCGCAAGTACAGCAACTGCAAGATAACAGGTCTCTGCAACTCAAAAACA
CAGAAAGCATTCATCGAGGAGCAATGCTGGAAACGTGGGATTCAAAATATCGAAATAATG
GTTGGAGATATTAGCACATTTGAGCATGAAGGGACATATGACCGAGTATTCTCCATCGAA
ATGTTCGAGCATATGAAAAACTATGGGGAGCTTCTGAAGAAAATTGGAAAGTGGAT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1AV42JQ 888 0 0
CAGCTCTTGCTACTTCTCTAACGATTCAAGTAGCCTAGAAGATGCAGAGGAAGCAATGCT
GGCTCTATATTGCCAGAGGGCTAAAGTGGAAGATGGACAGAGTGTTCTTGATGTCGGATG
TGGCTGGGGATCTTTGTCCTTGTACATTGCCCGCAAGTACAGCAACTGCAAGATAACAGG
TCTCTGCAACTCAAAAACACAGAAAGCATTCATCGAGGAGCAATGCTGGAAACGTGGGAT
TCAAAATATCGAAATAATGGTTGGAGATATTAGCACATTTGAGCATGAAGGGACATATGA
CCGAGTATTCTCCATCGAAATGTTCGAGCATATGAAAAACTATGGGGAGCTTCTGAAGAA
AATTGGAAAGTGGATGAAGGAAGATGGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCATAAGAC
ATTTGCTTACCACTTTGAGGATGTGAATGACGATGACTGGATCACAAGACACTTCTTCAG
TGGAGGAACAATGCCATCAGCAAATCTTCTCCTCTACTTCCAAGAAGATGTTGCGATTGT
GGATCATTGGCTACTAAATGGGAAGCATTATGCAAATACCAGAGTGGCTGAAAAGAATGG
ACAAGGAGAGAGTTGCGATAAAGGAGATAATGGAAATGACTTATGGGAAAGAGGAGGCAG
TGAAGTGGACGGTTTACTGGAGAACCTTCTTCATCGCGGTTGCTGAGCTTTTTGGATACA
ACAATGGAGAAGAGTGGATGGTTTCACACTTCTTGTTCAAGAAGAAGTGATTTACATATC
TTTCTTCTCTTATTTATCAGTTCTTGAAATTTCGTGTGCCAAAAATAAAGAATACTACAA
CATTCTGCTTCTAGTATGCTTTCCTATTTTTTTAAAAAAAAGTTGCTC

QA 1 888 1 888
DS 



AS 1 2

CO CL7168Contig1 783 2 7 U
GGACAAACAATAAAGTTCTTAGAAGCCATCACAGATTAAGCATGAAGATATTCATACTCT
CCATCCTACTTCTAAGCATCACCACGTTAATCAATGGTGGAATAACAAGCAAATACGTGC
GACAAGCCCAACCAGCAAACGAGATGTCTCTCAAAACATTCCCTTCTCCACCCGGTCACA
ATGCTCCAGAACAGGTTCATCTAACGCAAGGAGATCGCGATGGCCGTGGCATGATCATCT
CGTGGGTGACACCGTTAAACCTAGCTGGTTCTGACGTGGTTACTTACTGGATCGCCGATA
ATGGAAGTGACGTGAAGCGGAGAAAAAAGAAAGCCTCCACGTCGTCTTACAAATTTTATG
ACTATTCTTCTGGATTTCTTCATCACGCCACCATTAAAAATCTCGAGTACGATACTAAAT
ACATCTATGAGGTTGGTACTGATAAATCAGTTAGACAATTCTCCTTCACAACTCCCCCGA
AGGTTGGACCTAATGTTCCATACACATTCGGGATTATTGGTGATCTTGGACAAACCTATG
CTTCTAACGAAACCTTGTACCAATACATGTCGAACCCTAAAGGCCAAACCATTCTCTTTC
CCGGAGACTTGGCTTACCAAGACAACCATCCGAACCATGACCAGAGAAAATGGGATACTT
ATGGAAGATTCATGGAGCCTTGCGCTGCTTACCAGCCCATTATCTATGCCGCCCGGAATC
ACGAGATTGATTTCGTCCAACATAGTGAGCGTCACCCATTCAGCCTTATAATCACCGCTA
CAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FJ83TF U 7
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GG
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CAC

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DS 



AS 1 2

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BQ
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DS 

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DS 



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CTATGAGAGGCCAAGCATAAAAATCCCTGCGTTTGTCATGATGCCGATCGCATATGTGGT
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AAGAGTTAGGCTGCTCTCGTGCAGCAGAACTTTTGATTGCACAAAAGCAAAGGATCGGCT
AGGCTATGCTCCTGTTGTACCACTTCAGGAAGGTATACGGAGGACTATAGATTCATTTTC
TCATCTTACAGCTGGAAGTCAATCCAAAAGAGAGAGCCTATCCAAGGCGTCTAGGATCCT
TGGAGGTGGAAAGGTTGCTGATACACTGCTTTGGAAGGATTTAAAGCAGACTCTCACTGC
CGTACTCATTCTTTTTAGTATCTATTATAACTTTGTTGCAACTGGACCTACCATCATAAC
TGCTCTTTCGAAAGCTCTACTGGTATCATCAGTATTTTTGTTCCTCCATGGCATTCTACC
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TGTTTTCAACAACCTTTAACTCCGGTTTGAAAATTTATTTCACATATCTGTTGCTCCC


BQ
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AF RR1AI03TF U 1
AF RR1AI03JQ C 535
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BS 783 1258 RR1AI03JQ

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AG

QA 1 782 1 782
DS 

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CATAACTGCTCTTTCGAAGGCTCTACTGGTATCATCAGTATTTTTGTTCCTCCATGGCAT
TCTACCAGAAAAAATATTTGGTTATACAATTGAAAAGATTCCTGCATCCAAGTTTCACCT
ATCGAAAGACACGTCACATCACCTCTCATTGTCAATGGTAACCTCATGGAACACAACTGT
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CGTTTTGTTAATAATGAGTTTTGCTGGAGCCGTATCTCTTCACAGCATATTTGTTATAGG
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TGTAATGGTGGGTTTTAAATCATTCGCATGCAAGCGGAAAAACGAGGTGTGTGAGAAACT
GTTTGGAAGCAAGAAACATGACTAAGGATTTTTTTTTTTCTGTGCCAAGAATTTGTACTA
TTCTTTTGTTTTCAACAACCTTTAACTCCGGTTTGAAAATTTATTTCACATATCTGTTGC
TCCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

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TTCACCTACCAAAAACTAAACCCTAGAGACACGTACCAAAACAGAACATATTTTCAAGAA
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CTCGAAATTGTTTGGGTTTCTTTTTTTTTAGATTAAAAATGATAATTAATAGTGAAAAGT
ATAATTATATTATATATAGTTATTCTGTGGGCTTTTGCAGTTGTTTTAGTCTTTTGAATT
TTCAATAATAAAATGTTTTGCTAAAGATGATAATAAAATAAAACATATTATAGTAAG


BQ
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AF RR1AL52JQ C 1
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RD RR1AL52TF 717 0 0
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QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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ATTACAT


BQ
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AF RR1BK27TF U 1
AF RR1BK32TF U 1
BS 1 718 RR1BK27TF
BS 719 787 RR1BK32TF

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ATTACAT

QA 1 787 1 787
DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA27TF U 1
AF RR1GA27JQ C 40
BS 1 56 RR1GA27TF
BS 57 57 RR1GA27JQ
BS 58 759 RR1GA27TF
BS 760 846 RR1GA27JQ

RD RR1GA27TF 759 0 0
GGAATTGTGTAGTAGTACACACTCTCAGAAATCATTTAGATCGAAACCTCTCTCTCTTGT
TGCAGAAATGGCGGCAGCTTTAGCTTCCAGACTTACCAAAGGACGTTCGTTGCTTGGAGG
TCTTACCAATGCTTTCTCTGGTCTTGTGAGTTCATCCAGTGGAAGCATCCTTTCTCAGCA
GCAGCAGCAGCAACAAAGGACATTCATTCAAATGGGAACAAGACTCAAAGTCGTGGATAA
CTCTGGTGCAAAGGAGGTGATGTGCATTCAATCTCTAAGGGGAAAGAAAGGAGCAAGACT
TGGCGATATCGTCATTTGTTCAGTGAAAGAGTCTGCGCAAAAAGTTGATGTAAAGAAAGG
GAAAGACGCCATACAGAAAGGCAAAGTGAAGAAAGGGAGCGTCGTGTACGGTGTGGTTGT
GCGTGCTGCGATGCAGAAAGGGCGTGTCGATGGAAGCCAAGTAAGGTTTGATGACAACGC
CGTCGTTATTTTGGGGATTAAGGAGAAAAAGACAGATGAAAAGGGTAAGGAAAAAAAGCA
AAACTATAAGGGTGGTTTTAACCAACCGCTTGGTACCCGAGTGTTTGGTCCTGTCCCGCA
CGAGATGCGCCTCAAGAAACAGCTCAAGATCCTTTCTTTGGCTCAGCATCTTGTTTGAGA
CTGAGAGAGACTACACCACCTATCATCTTGTTTGAGACTGAGACTACACCACCTATTATT
ATCTCTTTATATTATGCGACTGTAATCCATTCATCAGAT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1GA27JQ 807 0 0
ATCGAAACCTCTCTCTCCTGT*GCAGAAATGGCGGCAGCTTTAGCTTCCAGACTTACCAA
AGGACGTTCGTTGCTTGGAGGTCTTACCAATGCTTTCTCTGGTCTTGTGAGTTCATCCAG
TGGAAGCATCCTTTCTCAGCAGCAGCAGCAGCAACAAAGGACATTCATTCAAATGGGAAC
AAGACTCAAAGTCGTGGATAACTCTGGTGCAAAGGAGGTGATGTGCATTCAATCTCTAAG
GGGAAAGAAAGGAGCAAGACTTGGCGATATCGTCATTTGTTCAGTGAAAGAGTCTGCGCA
AAAAGTTGATGTAAAGAAAGGGAAAGACGCCATACAGAAAGGCAAAGTGAAGAAAGGGAG
CGTCGTGTACGGTGTGGTTGTGCGTGCTGCGATGCAGAAAGGGCGTGTCGATGGAAGCCA
AGTAAGGTTTGATGACAACGCCGTCGTTATTTTGGGGATTAAGGAGAAAAAGACAGATGA
AAAGGGTAAGGAAAAAAAGCAAAACTATAAGGGTGGTTTTAACCAACCGCTTGGTACCCG
AGTGTTTGGTCCTGTCCCGCACGAGATGCGCCTCAAGAAACAGCTCAAGATCCTTTCTTT
GGCTCAGCATCTTGTTTGAGACTGAGAGAGACTACACCACCTATCATCTTGTTTGAGACT
GAGACTACACCACCTATTATTATCTCTTTATATTATGCGACTGTAATCCATTCATCAGAT
AGTCAGACTTCTGTTTTATTAATTAAACTATTTGACATTTTTTATTCCCAACTCTTAACG
TCTCTCAGGCAATTAGTTTTCAGTCTT

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

CO CL7174Contig1 723 2 2 U
TTTACCAAATGGAACACGAAACTTATTATTATGGTAAATAATGTACACAAGGCCTTGGGA
TTCGTTTGCTATATACAGACGCGGATACTTGACACTTACACTTGACACATTTCAATAGTA
AGATGCGTTTTTATGCATCAACAGAGACCGACACAGCGTTAAGCTCGACATGTTGTCTAC
CACCGCCTTGTGGATGGACTGTTAGCGTTGCACGAGCTTCAGCTTGAGGGTTTTCATCAT
CCCCTGGTCTAGAGACCGATATGGAGCTCACTGTTGACGCATCATTCTTGTTGCCGTCCG
ATATGATATCCCACGATTCCTTCACGGAAGCAACTTCGACTCCGTTCTGGTGGTGTTCCT
CCGTTTCGAATGTGGTGGGAAGGATGACGTAGTCGTTTATAGGGTTGTAGAACGGGTCAG
GCTCGCCTACGTTAAGCCATTGCTTGAGCATCCTGAAGACACGGTGGTCGTTGAGGATTC
CACGGTGCTCACCAGGGACTCCAACTCTTGCCACTGCTTCAAGCCCATCCGCCATTGCAG
ATTCCACCGGGACTGTGCCATCACCGTCAACACATATATACGTGGGCTGGAAGTATCTTA
GGTTGGTTAGATCTTTGACAGGCATGTTCTCATTCCCATAGCAAACACTATGAGGGGTTG
CTAGATTGGTCCCATATATGTTGTAGAATTTAACTTTAGGAGGAAGCTTGGCAGTGTGTA
ACC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR1G287TF C 1
AF RR1G287JQ U 4
BS 1 3 RR1G287TF
BS 4 723 RR1G287JQ

RD RR1G287TF 723 0 0
TTTACCAAATGGAACACGAAACTTATTATTATGGTAA*TAATGTACACAAGGC*TTGGGA
TTCGTTTGCTATATACAGACGCGGATACTTGACACTTACACTTGACACATTTCAATAGTA
AGATGCGTTTTTATGCATCAACAGAGACCGACACAGCGTTAAGCTCGACATGTTGTCTAC
CACCGCCTTGTGGATGGACTGTTAGCGTTGCACGAGCTTCAGCTTGAGGGTTTTCATCAT
CCCCTGGTCTAGAGACCGATATGGAGCTCACTGTTGACGCATCATTCTTGTTGCCGTCCG
ATATGATATCCCACGATTCCTTCACGGAAGCAACTTCGACTCCGTTCTGGTGGTGTTCCT
CCGTTTCGAATGTGGTGGGAAGGATGACGTAGTCGTTTATAGGGTTGTAGAACGGGTCAG
GCTCGCCTACGTTAAGCCATTGCTTGAGCATCCTGAAGACACGGTGGTCGTTGAGGATTC
CACGGTGCTCACCAGGGACTCCAACTCTTGCCACTGCTTCAAGCCCATCCGCCATTGCAG
ATTCCACCGGGACTGTGCCATCACCGTCAACACATATATACGTGGGCTGGAAGTATCTTA
GGTTGGTTAGATCTTTGACAGGCATGTTCTCATTCCCATAGCAAACACTATGAGGGGTTG
CTAGATTGGTCCCATATATGTTGTAGAATTTAACTTTAGGAGGAAGCTTGGCAGTGTGTA
ACC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1G287JQ 720 0 0
ACCAAATGGAACACGAAACTTATTATTATGGTAAATAATGTACACAAGGCCTTGGGATTC
GTTTGCTATATACAGACGCGGATACTTGACACTTACACTTGACACATTTCAATAGTAAGA
TGCGTTTTTATGCATCAACAGAGACCGACACAGCGTTAAGCTCGACATGTTGTCTACCAC
CGCCTTGTGGATGGACTGTTAGCGTTGCACGAGCTTCAGCTTGAGGGTTTTCATCATCCC
CTGGTCTAGAGACCGATATGGAGCTCACTGTTGACGCATCATTCTTGTTGCCGTCCGATA
TGATATCCCACGATTCCTTCACGGAAGCAACTTCGACTCCGTTCTGGTGGTGTTCCTCCG
TTTCGAATGTGGTGGGAAGGATGACGTAGTCGTTTATAGGGTTGTAGAACGGGTCAGGCT
CGCCTACGTTAAGCCATTGCTTGAGCATCCTGAAGACACGGTGGTCGTTGAGGATTCCAC
GGTGCTCACCAGGGACTCCAACTCTTGCCACTGCTTCAAGCCCATCCGCCATTGCAGATT
CCACCGGGACTGTGCCATCACCGTCAACACATATATACGTGGGCTGGAAGTATCTTAGGT
TGGTTAGATCTTTGACAGGCATGTTCTCATTCCCATAGCAAACACTATGAGGGGTTGCTA
GATTGGTCCCATATATGTTGTAGAATTTAACTTTAGGAGGAAGCTTGGCAGTGTGTAACC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL7175Contig1 803 2 2 U
GGGAAAAGCAGCAATGCTTTTGAGAGAAGGGATAACCAAGATGGGTTTGAAGCCGAGACA
TCTGACGTATAACATTCTGATGGAAGGTTACTGTAAGGAAGGGAATCTGAAAGGAGCAGG
GAACGTGAGGATACAGATGGAGAAAGAGAGGCGGTTGCGGGTGAACGTGGCATCGTATAA
TGTGCTTCTGCAAGGATATTCCCAGAAGGGAAAGATGGAGGAAGCAAACAGGCTTTTGAA
TGAGATGCTGGAGAAAGGTCTGATCCCGAACCGGATAACCTATGAGATAGTTAAAGCAGA
AATGGTGGATAAAGGTTTTGTTCCAGACATTGAAGGGCATCTGTTTAACGTGTCCACTAA
ATCATAACCTTTCAATGATCGGCGTGAGAAGCAATCCCCTGCATGGTGGCTTTGTTACTC
ACATGATTGGCTCGACGCTGATTCCTGAGGTCAGCATACTCAACCTCTTCCTCTCATGGA
AAAAAACTGTGCTCACTGTAAGTACTGAAGCAAACACCAAAGAAGAGACGGTGACAATAG
GTGAAATCAGACCCTGTAGAATCTTTGTTCAAGCATAGACAAGGATGACGAATAGTGTAG
CTTTACTCTGTATTTCTCTGCTTATGCCGACAGGGTCCTTGGTAGTGTAAAGGCTTCAGC
TTCAGTTTGGAAATTCAGAGAAGTTCTTGTAATTTTGTTGTGTTTACTGACTGACCCTAC
TGTGTATATGAACGTCTACGTCTGGCATGGTAGATTCCCATGTGATGATGAGAATATTAT
ACATAGTATATGAACCTTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FI63TF U 1
AF RR1FI63JQ C 25
BS 1 789 RR1FI63TF
BS 790 803 RR1FI63JQ

RD RR1FI63TF 789 0 0
GGGAAAAGCAGCAATGCTTTTGAGAGAAGGGATAACCAAGATGGGTTTGAAGCCGAGACA
TCTGACGTATAACATTCTGATGGAAGGTTACTGTAAGGAAGGGAATCTGAAAGGAGCAGG
GAACGTGAGGATACAGATGGAGAAAGAGAGGCGGTTGCGGGTGAACGTGGCATCGTATAA
TGTGCTTCTGCAAGGATATTCCCAGAAGGGAAAGATGGAGGAAGCAAACAGGCTTTTGAA
TGAGATGCTGGAGAAAGGTCTGATCCCGAACCGGATAACCTATGAGATAGTTAAAGCAGA
AATGGTGGATAAAGGTTTTGTTCCAGACATTGAAGGGCATCTGTTTAACGTGTCCACTAA
ATCATAACCTTTCAATGATCGGCGTGAGAAGCAATCCCCTGCATGGTGGCTTTGTTACTC
ACATGATTGGCTCGACGCTGATTCCTGAGGTCAGCATACTCAACCTCTTCCTCTCATGGA
AAAAAACTGTGCTCACTGTAAGTACTGAAGCAAACACCAAAGAAGAGACGGTGACAATAG
GTGAAATCAGACCCTGTAGAATCTTTGTTCAAGCATAGACAAGGATGACGAATAGTGTAG
CTTTACTCTGTATTTCTCTGCTTATGCCGACAGGGTCCTTGGTAGTGTAAAGGCTTCAGC
TTCAGTTTGGAAATTCAGAGAAGTTCTTGTAATTTTGTTGTGTTTACTGACTGACCCTAC
TGTGTATATGAACGTCTACGTCTGGCATGGTAGATTCCCATGTGATGATGAGAATATTAT
ACATAGTAT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR1FI63JQ 779 0 0
AGAAGGGATAACCAAGATGGGTT*GAAGCCGAGACATCTGACGTATAACATTCTGATGGA
AGGTTACTGTAAGGAAGGGAATCTGAAAGGAGCAGGGAACGTGAGGATACAGATGGAGAA
AGAGAGGCGGTTGCGGGTGAACGTGGCATCGTATAATGTGCTTCTGCAAGGATATTCCCA
GAAGGGAAAGATGGAGGAAGCAAACAGGCTTTTGAATGAGATGCTGGAGAAAGGTCTGAT
CCCGAACCGGATAACCTATGAGATAGTTAAAGCAGAAATGGTGGATAAAGGTTTTGTTCC
AGACATTGAAGGGCATCTGTTTAACGTGTCCACTAAATCATAACCTTTCAATGATCGGCG
TGAGAAGCAATCCCCTGCATGGTGGCTTTGTTACTCACATGATTGGCTCGACGCTGATTC
CTGAGGTCAGCATACTCAACCTCTTCCTCTCATGGAAAAAAACTGTGCTCACTGTAAGTA
CTGAAGCAAACACCAAAGAAGAGACGGTGACAATAGGTGAAATCAGACCCTGTAGAATCT
TTGTTCAAGCATAGACAAGGATGACGAATAGTGTAGCTTTACTCTGTATTTCTCTGCTTA
TGCCGACAGGGTCCTTGGTAGTGTAAAGGCTTCAGCTTCAGTTTGGAAATTCAGAGAAGT
TCTTGTAATTTTGTTGTGTTTACTGACTGACCCTACTGTGTATATGAACGTCTACGTCTG
GCATGGTAGATTCCCATGTGATGATGAGAATATTATACATAGTATATGAACCTTTGATC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL7176Contig1 711 2 1 U
GGACATATCCAAACCCCATAAAAGCTCCCAAGAATCCAAAACATGAAGAATCTTGCAATC
CTTCTTGCTATCATACTTGTCTCATGCTATCTCACATCTCTAGTCACAGCAAGTGATTTG
GAGCCAATGCCGACATTGCGTAACGAAAAGCTCGAATGGTGGCATTACTATTCCTACCCT
TACTTTCACTCCAAGCCACCACATTGGCCGTTCCCATGTTCTTCCGGAAAAGCCTTTCCG
CCACTCCCTGCCGGCTACAACCATTCCCACCCTGTTCCATTCCATCCACCACCGGTAGTC
ACTAAGTGCTTGTCTGATTGCAAGGATGTAAAAACATGTATGGCGGATATCCGGAAAGCT
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GAAGACTGTGACAAGACTGTCTTTGGAGCTTACCATAACCCTTTCTTTGACTGCTTTGTT
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BQ
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AF RR1AT69JQ C 1
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QA 1 711 1 711
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AS 1 2

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AF RR1FU18JQ C 1
AF RR1FU18TF U 1
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RD RR1FU18JQ 711 0 0
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QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1FU18TF 711 0 0
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TATTTATTATATTTGTAATCGTGATTGTCCTTAATATATTTATTATAAACC

QA 1 711 1 711
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AS 1 2

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AF RR1D179JQ C 1
AF RR1D179TF U 1
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BS 732 759 RR1D179TF
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TAAAAAAAAAACCTAATGTATTTCCATACTCCAGAAAAATAATCAGATTTATCGATAT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1D179TF 759 0 0
GGGAGATCGACTACCAGAATTTACTGAAGCACAGAAGAACAAGTTGAAAAATTCTGCTGA
TTTTGTAGGAATCAATTACTATAATTCACTATTTGCATTGCACGGCGAAGAGCCAGATCC
TTCGAAACCTAGTTGGCAGAGTGATTCTCTCATTGACTATGAACCTAGGTATGTGGATAA
ATTCAATGCATTTACAATCAAGCCTGATGTTGCCAGAGTTGAAGTCTACGCAAATGGTTT
GAGAAGACTTCTGAACTACATAAAGGATAAATACGGCAATCCTGAAGTCATTATCACCGG
GAATGGATACGGAGAAGATCTAGGTGAGCAAGACAGAAGTCTTGTACTGGCGCTCTCAGA
TGACCACAGAACATACTACATTCAGAAGCATCTCTTGAGCTTGCACCAAGCAATTTGGGT
ATTTTCTTTGGTCATTGATGGATAATTTTGAATGGCAAGAGGGGTACAGCGCGAGATTTG
GACTATACTACGTCGATTACAATAATAATTTGACACGCCATGAAAAATTATCAGCCCAGT
GGTACTCGAGTTTTCTCCAAGATGGACTAAAAGAGTTCGAGTATGATCAGCACGATGAGC
AACACGAGCACGATGAGCAACACGAGCACGATGAGTTGTAGTGCGAATGCTCTACTACAG
ACTTTGATATTTTGAGTCATAAACTACACTCAACTGATGTATTTCTTTTAACATTTTAGA
TAAAAAAAAA*CCTAATGTATTTCCATACTCCAGAAAAA

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

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GTCTACGGCAGCCTCATGGCGGACGACGTCGTTCGTCTGCTCCTCAACCGCGTCCCTTCC
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GCGATTCTACCAGCTCAAGCCGATAAAGTCTCTGGCAAGGTACTGTTTGGTATCACAGAT
GATGAACTTTACATTTTAGATGAGTTTGAAGATATCGAGTATGAAAGAGGCAACGTCCAT
GTTTTTCTTACAGATAGCTTAGAGAAACTGGAAACAAAGACATACATCTGGGCCAACAAA
GATGATCCTGATCTCTACGGTACATGGGATTTCGAGGAATGGAAGCAAGTCCACATGGAA
GGTTTCTTGAAGATGACCACAGAATTTTCACAAGAGATGAAGTTCCCAGAATCATCTGAG
ACATGATTTGAGTCAGTAGATGAGATTCGGATCTTGAAATGGAAAACGCTGGAATTGGGT
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TCTTTATTGTGAATGAACGGTCGGTCAGCAATACTCATGCATATATGTTAGACCTTCGAT
TGTTTG


BQ
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AF RR1GV05TF U 1
AF RR1GV05JQ C 214
BS 1 591 RR1GV05TF
BS 592 666 RR1GV05JQ

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TGATGTCTTATTATTACTGGGTTGATATACAATACATATTGTGTTAAGGAA

QA 1 591 1 591
DS 

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TTGAAATGGAAAACGCTGGAATTGGGTTGATGTCTTATTATTACTGGGTTGATATACAAT
ACATATTGTGTTAAGGAATAAGAGTTTTCTTTATTGTGAATGAACGGTCGGTCAGCAATA
CTCATGCATATATGTTAGACCTTCGATTGTTTG

QA 1 453 1 453
DS 



AS 1 2

CO CL7180Contig1 807 2 2 U
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TCTTCACTGCCGAGAAGAAACTGAAGAAAGGTCGTTATTTCCCTCTAACCGCTGTTCAGA
GATTTGATGCTGCGGGGAAGAGAATAGAGAATGGGGTGTATCTTGGTCCAATAGGAGCTT
TGACATTCGAAGGAAAGTTTTCACGGAAGAACCGTATCCTAGCCTTCATATTCGAACAGA
TACGCATCAAGATTGGACCGTTGGATCCCATAGAGATCGGCTTGGGAAAGAAAGACGCAG
AGGTAGAGCCGAGTAACAAAGACCCTTTCTTCGTTTGGTTTTATGTCGATGAAGAAATAC
AGTTGCTCGTGGAAGAAGCGGCGGTACAGCTTTCTGGTGTCGTTGTCGCCGCATTGCTTC
ATGATGATCACTCTCTTCTTCTTCTCAAAAATACTTCCCCCTGTAAAAATCTTTGAATGT
GTGAATGAATGATACAATATGAGTCAC


BQ
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AF RR1F574TF U 1
AF RR1F574JQ C 2
BS 1 750 RR1F574TF
BS 751 807 RR1F574JQ

RD RR1F574TF 754 0 0
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GTTCATGGGTTTTGTCCCCATCTTCTTCTTCTGTCTTTTTTAGTCGTCGCCAGAGATTAC
CTTTGGTGAGATCAACGGTCGATGGTAGGAGCCAGATTGTTCCACCGGGACAAAGCCAAA
CGCCTAACAAAGAAGTAGCAGACAGCGTGAGTGTGCTAAAAACGGCTGCAAAAACTTGGA
AAGTTGCAGCAGAGGAGATTTTAGCTGCTTTTTCAGCTATCGAAAAGGCTAAGGTTGATC
CATCACCATTCCTTGAAACACTAGGTGGATCCGAGTCCCCTGGACGTACATGGATGCTCA
TCTTCACTGCCGAGAAGAAACTGAAGAAAGGTCGTTATTTCCCTCTAACCGCTGTTCAGA
GATTTGATGCTGCGGGGAAGAGAATAGAGAATGGGGTGTATCTTGGTCCAATAGGAGCTT
TGACATTCGAAGGAAAGTTTTCACGGAAGAACCGTATCCTAGCCTTCATATTCGAACAGA
TACGCATCAAGATTGGACCGTTGGATCCCATAGAGATCGGCTTGGGAAAGAAAGACGCAG
AGGTAGAGCCGAGTAACAAAGACCCTTTCTTCGTTTGGTTTTATGTCGATGAAGAAATAC
AGTTGCTCGTGGAAGAAGCGGCGGTACAGCTTTCTGGTGTCGTTGTCGCCGCATTGCTTC
ATGATGATCACTCTCTTCTTCTTCTCAAAA
TACT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1F574JQ 806 0 0
GGG
GGAAAAGAAGAACGATGAAGCAGTAAGCTTTTTAGTTGCGATGATGGTCTCATCAGGTTC
ATGGGTTTTGTCCCCATCTTCTTCTTCTGTCTTTTTTAGTCGTCGCCAGAGATTACCTTT
GGTGAGATCAACGGTCGATGGTAGGAGCCAGATTGTTCCACCGGGACAAAGCCAAACGCC
TAACAAAGAAGTAGCAGACAGCGTGAGTGTGCTAAAAACGGCTGCAAAAACTTGGAAAGT
TGCAGCAGAGGAGATTTTAGCTGCTTTTTCAGCTATCGAAAAGGCTAAGGTTGATCCATC
ACCATTCCTTGAAACACTAGGTGGATCCGAGTCCCCTGGACGTACATGGATGCTCATCTT
CACTGCCGAGAAGAAACTGAAGAAAGGTCGTTATTTCCCTCTAACCGCTGTTCAGAGATT
TGATGCTGCGGGGAAGAGAATAGAGAATGGGGTGTATCTTGGTCCAATAGGAGCTTTGAC
ATTCGAAGGAAAGTTTTCACGGAAGAACCGTATCCTAGCCTTCATATTCGAACAGATACG
CATCAAGATTGGACCGTTGGATCCCATAGAGATCGGCTTGGGAAAGAAAGACGCAGAGGT
AGAGCCGAGTAACAAAGACCCTTTCTTCGTTTGGTTTTATGTCGATGAAGAAATACAGTT
GCTCGTGGAAGAAGCGGCGGTACAGCTTTCTGGTGTCGTTGTCGCCGCATTGCTTCATGA
TGATCACTCTCTTCTTCTTCTCAAAAATACTTCCCCCTGTAAAAATCTTTGAATGTGTGA
ATGAATGATACAATATGAGTCAC

QA 4 806 4 806
DS 



AS 1 2

CO CL7181Contig1 837 2 2 U
GGCTCTACAGAGGGATCCCTAAATCCCAAACCCTAGATTTTAATCCTCGTGTAACTTGTT
AATTCAAATTCGCGCATTCGTTTTGGAAGAAAGTTTGGGAATTTTGAGCCAATCAATCAT
AAGAAGCAAAATGGGGAAGAATCAAGCGTACAAGGCGATGCAGAGATCTAGGGTTGGCTC
CACCTCAGCTCAGCCCGAGGAGGTTGAAGACGGAATGGTGGATGGTTCATTTCATACACC
AGAGTGGCATGCTGCTCGTTTGGCTAGTCTCAAGACTACCCACACTATCACCTGGGAAGA
GTACAAGAATAAGCAAAAGGAAGAAGAAATGAAAAAGGGAGAACTTGAAGCAGATACTGA
CAAACTGATGCGTGAGTATAGAGCTCAGCTGGATGCTGAAAGAGCCTTGAAACTCTCCAA
GGGAAGGAACTATTCCACTGACAACAAGTCCCGGAAAGATAAGAAAGACAGATATTCGTC
AAAGAAGAAAAAAAGCAAAAAGAGAAAGCATTATTCTTCCTCAGAGTCGTCATCTAGTAG
CGATGAAGACGAATCAAGAAGATCAAGATCGAGTTCTAAAAGATCAAAGAAGGATAAGAA
GCACAAGTCCAACAGAGACAAACGCTCTAGCAAAAGTAAAGACGAAACCGATGGCCCTGT
TCCACTCTCTAGATTCTTTGGCAATTTGAAGAGTTAGACATTGATTGACGCAAAGAACCA
TTGCAAGGATTTAGTAAGATCGTCCTCAATCAGAAATATTCATATTCTCCAAAATAGAAG
ATATGACTTGTTTTCTTCCTTGTTGCAATGTTATAATTTTTGACAACATTCTCATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AT72TF U 1
AF RR1AT72JQ C 50
BS 1 796 RR1AT72TF
BS 797 837 RR1AT72JQ

RD RR1AT72TF 796 0 0
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AATTCAAATTCGCGCATTCGTTTTGGAAGAAAGTTTGGGAATTTTGAGCCAATCAATCAT
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GTACAAGAATAAGCAAAAGGAAGAAGAAATGAAAAAGGGAGAACTTGAAGCAGATACTGA
CAAACTGATGCGTGAGTATAGAGCTCAGCTGGATGCTGAAAGAGCCTTGAAACTCTCCAA
GGGAAGGAACTATTCCACTGACAACAAGTCCCGGAAAGATAAGAAAGACAGATATTCGTC
AAAGAAGAAAAAAAGCAAAAAGAGAAAGCATTATTCTTCCTCAGAGTCGTCATCTAGTAG
CGATGAAGACGAATCAAGAAGATCAAGATCGAGTTCTAAAAGATCAAAGAAGGATAAGAA
GCACAAGTCCAACAGAGACAAACGCTCTAGCAAAAGTAAAGACGAAACCGATGGCCCTGT
TCCACTCTCTAGATTCTTTGGCAATTTGAAGAGTTAGACATTGATTGACGCAAAGAACCA
TTGCAAGGATTTAGTAAGATCGTCCTCAATCAGAAATATTCATATTCTCCAAAATAGAAG
ATATGACTTGTTTTCT

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1AT72JQ 788 0 0
TGTAACTTGTTAATTCAAATTCGCGCATTCGTTTTGGAAGAAAGTTTGGGAATTTTGAGC
CAATCAATCATAAGAAGCAAAATGGGGAAGAATCAAGCGTACAAGGCGATGCAGAGATCT
AGGGTTGGCTCCACCTCAGCTCAGCCCGAGGAGGTTGAAGACGGAATGGTGGATGGTTCA
TTTCATACACCAGAGTGGCATGCTGCTCGTTTGGCTAGTCTCAAGACTACCCACACTATC
ACCTGGGAAGAGTACAAGAATAAGCAAAAGGAAGAAGAAATGAAAAAGGGAGAACTTGAA
GCAGATACTGACAAACTGATGCGTGAGTATAGAGCTCAGCTGGATGCTGAAAGAGCCTTG
AAACTCTCCAAGGGAAGGAACTATTCCACTGACAACAAGTCCCGGAAAGATAAGAAAGAC
AGATATTCGTCAAAGAAGAAAAAAAGCAAAAAGAGAAAGCATTATTCTTCCTCAGAGTCG
TCATCTAGTAGCGATGAAGACGAATCAAGAAGATCAAGATCGAGTTCTAAAAGATCAAAG
AAGGATAAGAAGCACAAGTCCAACAGAGACAAACGCTCTAGCAAAAGTAAAGACGAAACC
GATGGCCCTGTTCCACTCTCTAGATTCTTTGGCAATTTGAAGAGTTAGACATTGATTGAC
GCAAAGAACCATTGCAAGGATTTAGTAAGATCGTCCTCAATCAGAAATATTCATATTCTC
CAAAATAGAAGATATGACTTGTTTTCTTCCTTGTTGCAATGTTATAATTTTTGACAACAT
TCTCATGT

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL7182Contig1 1045 2 2 U
GGAAGTGAATACGTTTCAGATAGATTGATGGAGCAATATAGACCGGTTCGGTTTCTTATC
TTCAAAGCCATGTCCACCACAAGGCGCATATAAATTCCCACCTGCGCCTCAACCGGTGCC
ATCACTAGCACCTTGCACATGTCCGTGTCCATCTGACCCATCTCCAAGACAAGAGCCACC
AAAGAACGTTACCGTACCGGCATTGTTTGTGTTTGGGGATTCGCTCGTAGACACAGGAAA
TAACAATAACGTAAGCACACCTCTCAGGTGTAATTTTCGACCATATGGTATCGATTTCTT
ACAAGGTGTTCCCACTGGTCGGTACTCCGATGGCAAAGTCCCTTCTGACTTTTTAGCGGA
GTATTTGGGGATAAAATCGCTCGTACCGGCATATATGGATCCAAAATTGCAACAAGATGA
TTTACTCACCGGTGTATGCTTTGCTTCGGGTGGTAGTGGTTACATTCCTTTGACACCCAC
ATATTTCCAATTGTATGGATATGGAGCAAGACATATAGGAGTGGCGGGAATGACACCACT
GGGATGTATTCCAGCACAAAGAACTCTAAAAGGAGGTCCTCATCGAAAATGTGCTGAAGA
TGTTAACTATGCTGCTCAGCTTTTCAATGCCAAACTCTCCACTGCTTTAGGTCACCTGGC
TAAAACTCTACCAGATTTTAAATTGGTTTTCATGGACATCTATTCTCCATTCAGTCAGAT
TTTGCAAAACCCCACCGATTACGGGTTTGAAGTGATAAACAGAGGGTGTTGTGGAACCGG
ACTAGTAGAAACAGGTCCACTTTGCAACCAAGAGACATCAACTGTGTGTAGAAATATATC
TGCTTATCTGGTTTGGGATAGTTTCCATCCACCGCAAAGATTATATGAAATCTTAACCAA
AATACTTGTTAAAAAGTACATCCCTCTATTATTTTGAGTAGTAGATTTTTACTTGAGACT
TTTTAAAAAATATTCTGAGAGGATATAATACTTTGTATATGTATTATAATCATGTTGTTC
TTACGAAATGGTCGTTGTTTATGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B380TF U 1
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BS 647 1045 RR1B380JQ

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ATCACTAGCACCTTGCACATGTCCGTGTCCATCTGACCCATCTCCAAGACAAGAGCCACC
AAAGAACGTTACCGTACCGGCATTGTTTGTGTTTGGGGATTCGCTCGTAGACACAGGAAA
TAACAATAACGTAAGCACACCTCTCAGGTGTAATTTTCGACCATATGGTATCGATTTCTT
ACAAGGTGTTCCCACTGGTCGGTACTCCGATGGCAAAGTCCCTTCTGACTTTTTAGCGGA
GTATTTGGGGATAAAATCGCTCGTACCGGCATATATGGATCCAAAATTGCAACAAGATGA
TTTACTCACCGGTGTATGCTTTGCTTCGGGTGGTAGTGGTTACATTCCTTTGACACCCAC
ATATTTCCAATTGTATGGATATGGAGCAAGACATATAGGAGTGGCGGGAATGACACCACT
GGGATGTATTCCAGCACAAAGAACTCTAAAAGGAGGTCCTCATCGAAAATGTGCTGAAGA
TGTTAACTATGCTGCTCAGCTTTTCAATGCCAAACTCTCCACTGCT

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DS 

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AGATGATTTACTCACCGGTGTATGCTTTGCTTCGGGTGGTAGTGGTTACATTCCTTTGAC
ACCCACATATTTCCAATTGTATGGATATGGAGCAAGACATATAGGAGTGGCGGGAATGAC
ACCACTGGGATGTATTCCAGCACAAAGAACTCTAAAAGGAGGTCCTCATCGAAAATGTGC
TGAAGATGTTAACTATGCTGCTCAGCTTTTCAATGCCAAACTCTCCACTGCTTTAGGTCA
CCTGGCTAAAACTCTACCAGATTTTAAATTGGTTTTCATGGACATCTATTCTCCATTCAG
TCAGATTTTGCAAAACCCCACCGATTACGGGTTTGAAGTGATAAACAGAGGGTGTTGTGG
AACCGGACTAGTAGAAACAGGTCCACTTTGCAACCAAGAGACATCAACTGTGTGTAGAAA
TATATCTGCTTATCTGGTTTGGGATAGTTTCCATCCACCGCAAAGATTATATGAAATCTT
AACCAAAATACTTGTTAAAAAGTACATCCCTCTATTATTTTGAGTAGTAGATTTTTACTT
GAGACTTTTTAAAAAATATTCTGAGAGGATATAATACTTTGTATATGTATTATAATCATG
TTGTTCTTACGAAATGGTCGTTGTTTATGAT

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

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GTTCTGTAAAGACCCGATGCGAGTTAATGCAGAAGATTTTTTCTTCTCAGACCTCAACGT
GCCTGGGAACACCACTAATCAAGTTGGGTCCAATGTGACCACGGTTAATGTTGATCAGAT
CCCAGGGCTAAACACCATGGGCATATCATTGGTGCGCATAGACTACGCTCCATATGGACA
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ATACGTCGGGTTTGTCTCTTCCAATCAAGACAATAACCGTTTATTCGCCAAAGTATTGCA
TCCTGGCGACGTATTTGTGTTCCCCATTGGAATGATTCATTTTCAGGTAAATATTGGGAA
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AAATGCTGTGTTCGGGTCAAACCCTCCTATATATCCAAAAGTTCTAGCCAGGGCGTTCCA
GTTGGATGCAAATATTGTTAAAGAACTTCACGCTAAGTTTGGTCCATGAAACTTCTAAGT
CATTGGAGTGCTTATCATTGCTATATTTATGCACTTAAACAATGATGTAAAACTAAATGT
TATGTCATATAAAACTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A239TF U 1
AF RR1A239JQ C 39
BS 1 793 RR1A239TF
BS 794 798 RR1A239JQ

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CCCAGGGCTAAACACCATGGGCATATCATTGGTGCGCATAGACTACGCTCCATATGGACA
AAACCCGCCTCACACGCATCCCCGTGGGTCGGAGATCCTTGTCCTCATCACAGGAAAATT
ATACGTCGGGTTTGTCTCTTCCAATCAAGACAATAACCGTTTATTCGCCAAAGTATTGCA
TCCTGGCGACGTATTTGTGTTCCCCATTGGAATGATTCATTTTCAGGTAAATATTGGGAA
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AAATGCTGTGTTCGGGTCAAACCCTCCTATATATCCAAAAGTTCTAGCCAGGGCGTTCCA
GTTGGATGCAAATATTGTTAAAGAACTTCACGCTAAGTTTGGTCCATGAAACTTCTAAGT
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TATGTCATATAAA
CTAA

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DS 

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ATGGCGTTTTTGTGAATGGTAGGTTCTGTAAAGACCCGATGCGAGTTAATGCAGAAGATT
TTTTCTTCTCAGACCTCAACGTGCCTGGGAACACCACTAATCAAGTTGGGTCCAATGTGA
CCACGGTTAATGTTGATCAGATCCCAGGGCTAAACACCATGGGCATATCATTGGTGCGCA
TAGACTACGCTCCATATGGACAAAACCCGCCTCACACGCATCCCCGTGGGTCGGAGATCC
TTGTCCTCATCACAGGAAAATTATACGTCGGGTTTGTCTCTTCCAATCAAGACAATAACC
GTTTATTCGCCAAAGTATTGCATCCTGGCGACGTATTTGTGTTCCCCATTGGAATGATTC
ATTTTCAGGTAAATATTGGGAAAGTCCCGGCCGTTGCTTTTGCAGGATTGAGTAGTCAGA
ACGCTGGTGTAATCACAATCGCAAATGCTGTGTTCGGGTCAAACCCTCCTATATATCCAA
AAGTTCTAGCCAGGGCGTTCCAGTTGGATGCAAATATTGTTAAAGAACTTCAGGCTAAGT
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ACAATGATGTAAAACTAAATGTTATGTCATATAAAACTAA

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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TTCACTTCCAAGAGAAGAAACCCAGAAGAAGAAGCTGCGTCTTCCTAGCAACTGCTACAA
GCCAACAAGCACCACCTGAAACATCCACCAACAACAGCAACTCCTCCTCCAAACCGAAAC
GTGTCATGGTCATCGGCGGAGACGGTTACTGCGGCTGGGCCACTGCTCTCCACTTATCCA
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CTCTGACAGGAAAGTCTATCGAGCTCTACGTCGGAGACATCTGCGACTTCGAGTTCTTAG
CCGAGTCGTTCAAGTCTTTCGAGCCGGACTCCGTTGTCCACTTCGGTGAACAACGGTCTG
CTCCTTACTCTATGATTGACCGTTCCAGAGCTGTGTTCACGCAGCACAACAACGTGATCG
GGACTCTCAACGTCCTCTTTGCTATCAAAGAGTTTCGAGAAGAGTGTCATCTCGTGAAGC
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TAACGCATAACGGTAGGACTGATACGCTGCCGTATCCGAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DY86TF U 1
AF RR1AN75TF U 229
BS 1 238 RR1DY86TF
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BS 707 756 RR1DY86TF
BS 757 757 RR1AN75TF
BS 758 767 RR1DY86TF
BS 768 940 RR1AN75TF

RD RR1DY86TF 767 0 0
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QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1AN75TF 712 0 0
G
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AACTGCTACAAGCCAACAAGCACCACCTGAAACATCCACCAACAACAGCAACTCCTCCTC
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QA 2 712 2 712
DS 



AS 1 2

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CGTTTATTATAATAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FM46TF U 1
AF RR1FM46JQ C 1
BS 1 666 RR1FM46TF
BS 667 667 RR1FM46JQ
BS 668 748 RR1FM46TF
BS 749 796 RR1FM46JQ

RD RR1FM46TF 754 0 0
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CGCACA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1FM46JQ 796 0 0
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AAAAAAGTGTGTCCCATGCAACGCTAAGGATCTACACCCCATGACTGAACAAAGTGCCCA
AGAACTACTTCAGAAGGTTGCTGGATGGGATATGGCTAATGACAATGGCACATTAAAGCT
GCATCGATCGTGGACGGTGAAAAGTTTTACAAAAGGACTAGACTTCTTCAAACGTGTAGC
TGATATCGCTGAATCAGAAGGTCATCACCCGGATTTGCATCTGGTAGGCTGGAATAATGT
GAAGATCGACATATGGACACATGCCATAGGTGGTTTGACCGAGAACGACTTCATTCTAGC
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AATAAAACGTGAGCTAGAGTGAAACATTTTGATGTTTCTTCAGCGTCTAGAGTTCTTGTA
AAGCTGTTTCTGTTCTTACAATCACAAAACGCACAAATAAGGCAGTTTGGAATCAAGTAC
CGTTTATTATAATAGC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL7186Contig1 652 2 1 U
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BQ
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AF RR1EE08JQ C 1
AF RR1EE08TF U 1
BS 1 652 RR1EE08TF

RD RR1EE08JQ 652 0 0
GGGACACTTATTTAGTTAAACAAGTCCACAAATTTTGAATCGATAATGTGGACTGTCTCC
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GCTTCACCAGCTCTCCATCCAGATGAATTGAAAGCGCTTGGGGAGATAGCTACTACACTT
GGAATCAAGAGACTGAACCTAAGTGATGGAGATCCTTGCCTTTTAAAAACTCTAAAAATT
GGTGTAGTTTCTAATTCGGATTCGGATATGGAAAACATCGTTGCTTGTGATTGTAGTTTC
AACAACAACATGACATGTCATATTATAGAACTAAAACTCAAGTCCTTAAGTCTTTCAGGG
AAACTCCCGCCTGAGTTGGCCAAACTTCAGCATCTCCAGAAGATAAACTTGTGCCGAAAC
TACCTTTCTGGCTCAATCCCAATGGAGTGGGCTTCATTGCCAAACCTCACTTACATGTCG
TTCTGCGCGAATCGTTTGTCTGGGCCATTACCACCTGGTTTACAAAACTTCAAGAGTCTA
CAATTCCTAGGGGTTGAAGCCAACCAGTTCTCTGGTCCTATTCCTGATGAGCTTGGTAAC
ATGATCAACCTAACAGGATTGTATGATTCTCTTTGCATCTTAACTATCTTCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1EE08TF 652 0 0
GGGACACTTATTTAGTTAAACAAGTCCACAAATTTTGAATCGATAATGTGGACTGTCTCC
TCGTCTCTCGTTCTGTTCTTCACCATCATCACAAGCTTCTTCTCCACTCTAACAACATCC
GCTTCACCAGCTCTCCATCCAGATGAATTGAAAGCGCTTGGGGAGATAGCTACTACACTT
GGAATCAAGAGACTGAACCTAAGTGATGGAGATCCTTGCCTTTTAAAAACTCTAAAAATT
GGTGTAGTTTCTAATTCGGATTCGGATATGGAAAACATCGTTGCTTGTGATTGTAGTTTC
AACAACAACATGACATGTCATATTATAGAACTAAAACTCAAGTCCTTAAGTCTTTCAGGG
AAACTCCCGCCTGAGTTGGCCAAACTTCAGCATCTCCAGAAGATAAACTTGTGCCGAAAC
TACCTTTCTGGCTCAATCCCAATGGAGTGGGCTTCATTGCCAAACCTCACTTACATGTCG
TTCTGCGCGAATCGTTTGTCTGGGCCATTACCACCTGGTTTACAAAACTTCAAGAGTCTA
CAATTCCTAGGGGTTGAAGCCAACCAGTTCTCTGGTCCTATTCCTGATGAGCTTGGTAAC
ATGATCAACCTAACAGGATTGTATGATTCTCTTTGCATCTTAACTATCTTCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL7187Contig1 802 2 4 U
GGCTAGCTCATTGCCTCTCTCGATATAACTCTATTCCTTATCTCGATCTCTTTTTCTCTT
TTCTTTTGCATTACTTATCTCAATGGGATCAACCACGGCGGGCGTTCTCTTCTTTCTCCT
TCTAGCTGGAGCCCCTGCCGTCTTGGCCGTGACTTTTAAGGTCGGTGATGTTGCTGGCTG
GACCAGTGGTGTCGATTACACGACTTGGGTCACTGGAAAGACATTCAGAGTCGGTGACAC
TCTAGAGTTCAAGTACGGTCCCTCACACTCGGTGTCCGTTGTGAATAAAGCTGGCTTCGA
TGCCTGCGACAGTAGCGGAGCTACGCAAAGCTTCTCAGGCGGAGATACTAAGATCAATCT
TACAACAGTTGGAACTATACACTTCATTTGCCCTACTCCTGGTCATTGCCTAGGTGGCAT
GAAACTCGCCGTTCCCGTCCTTGCTCCGGCCACTCCTTCCCCAAAATCTCCACCGCTTGC
CCCACGCTCTCCGCGTAAACCTAAGACTCCATCTCCATCAGAGTCGCCCTCCCCTTCGCC
GTCCTTGCCGACTTCAACAATCCCTTATCCGTCAAACGCAGCGTTTAAGGGAGTCGCGGT
GAGCTATGGAATGATGGGGCTCACCATGTTACTGATATTTGTTGCCATGAGCTAAATTAC
ATAGTGTACAGAGCTTTGTTTGCTCAATATTGTTTTTTGGTCTGGATCTTTGTAACTACT
ATTACTACACTATCACCTGCTTTTGTTTCTAATGATTTTTTCCTTGTCATTTTCATTTTT
GTAATTGGTAAATTGTGCAGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FI45TF U 1
AF RR1FI45JQ C 1
BS 1 743 RR1FI45TF
BS 744 744 RR1FI45JQ
BS 745 760 RR1FI45TF
BS 761 802 RR1FI45JQ

RD RR1FI45TF 767 0 0
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CCTTGTC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1FI45JQ 802 0 0
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GACCAGTGGTGTCGATTACACGACTTGGGTCACTGGAAAGACATTCAGAGTCGGTGACAC
TCTAGAGTTCAAGTACGGTCCCTCACACTCGGTGTCCGTTGTGAATAAAGCTGGCTTCGA
TGCCTGCGACAGTAGCGGAGCTACGCAAAGCTTCTCAGGCGGAGATACTAAGATCAATCT
TACAACAGTTGGAACTATACACTTCATTTGCCCTACTCCTGGTCATTGCCTAGGTGGCAT
GAAACTCGCCGTTCCCGTCCTTGCTCCGGCCACTCCTTCCCCAAAATCTCCACCGCTTGC
CCCACGCTCTCCGCGTAAACCTAAGACTCCATCTCCATCAGAGTCGCCCTCCCCTTCGCC
GTCCTTGCCGACTTCAACAATCCCTTATCCGTCAAACGCAGCGTTTAAGGGAGTCGCGGT
GAGCTATGGAATGATGGGGCTCACCATGTTACTGATATTTGTTGCCATGAGCTAAATTAC
ATAGTGTACAGAGCTTTGTTTGCTCAATATTGTTTTTTGGTCTGGATCTTTGTAACTACT
ATTACTACACTATCACCTGCTTTTGTTTCTAATGATTTTTTCCTTGTCATTTTCATTTTT
GTAATTGGTAAATTGTGCAGAC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL7188Contig1 750 2 1 U
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CCATGTGGTAGTGTTTGTGATTTGGGAGCTTGCGATCTTACTACTCCTGGTGTGTTCAGC
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GATGCTTCTTCCTCTCTCTATGTAAAAAAGGACCAAACCGAGGAGAACCTTTTTTTTTTT
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GAGTTAGGGTCAGACTTGTCTCTGGCGTCTTCTTATCCTTTGAAGAATAGACCTGATATT
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TAAAGACATGTTAGTCCGCATACACTATTCAAAAACAAAAGTTTTGATTAGCAGTACAAA
ATGTAAGAAAATGCTCGAGGAGTTTTGCTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AI30JQ C 1
AF RR1AI30TF U 1
BS 1 750 RR1AI30TF

RD RR1AI30JQ 750 0 0
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GCATGATTGGGCCTCCGTCTCTTTCTTCTCTTCCACCTCCACTTTCTCTTCTTCCAGGGT
CCATGTGGTAGTGTTTGTGATTTGGGAGCTTGCGATCTTACTACTCCTGGTGTGTTCAGC
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GATGCTTCTTCCTCTCTCTATGTAAAAAAGGACCAAACCGAGGAGAACCTTTTTTTTTTT
AATTTTTTTAGACAACCATGACCAACTCTTTTCTCTGTGGTATAATGCTAATGAAGACGA
GAGTTAGGGTCAGACTTGTCTCTGGCGTCTTCTTATCCTTTGAAGAATAGACCTGATATT
GGAAACCAGGTGCCGCTATTCCAGGGTTTAGCTTAGACAAATCAGAGCTACGTAACTCAG
AACTAAAGTGGTTTGAGAATATTGTTTTGTTTTTTCTCCTGTATATGGTGGTTTTGAAAT
TAAAGACATGTTAGTCCGCATACACTATTCAAAAACAAAAGTTTTGATTAGCAGTACAAA
ATGTAAGAAAATGCTCGAGGAGTTTTGCTG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1AI30TF 750 0 0
GGGGCTGCTGCATCCATCCTCTTGTTTTCCTCCGACGCTTCTTAGGGGTTTCAAAGGAAG
AGCGATGATAACGAGATCGAATCTAGCGGAACAGCTCAGGGAATATCAGATTCGATCAAA
GCATGATTGGGCCTCCGTCTCTTTCTTCTCTTCCACCTCCACTTTCTCTTCTTCCAGGGT
CCATGTGGTAGTGTTTGTGATTTGGGAGCTTGCGATCTTACTACTCCTGGTGTGTTCAGC
AGTATCATTGTTCTTCAGGCGGTTGCAACTAGCATTTATCATGGTTTGTGTCGACTTGTT
TTTGCTCTTCTGTATGAAAATTATAAAGCAAGCGAGACTAGCTAGAAACAAGAAGCGGAG
GATGCTTCTTCCTCTCTCTATGTAAAAAAGGACCAAACCGAGGAGAACCTTTTTTTTTTT
AATTTTCTTAGACAACCATGACCAACTCTTTTCTCTGTGGTATAATGCTAATGAAGACGA
GAGTTAGGGTCAGACTTGTCTCTGGCGTCTTCTTATCCTTTGAAGAATAGACCTGATATT
GGAAACCAGGTGCCGCTATTCCAGGGTTTAGCTTAGACAAATCAGAGCTACGTAACTCAG
AACTAAAGTGGTTTGAGAATATTGTTTTGTTTTTTCTCCTGTATATGGTGGTTTTGAAAT
TAAAGACATGTTAGTCCGCATACACTATTCAAAAACAAAAGTTTTGATTAGCAGTACAAA
ATGTAAGAAAATGCTCGAGGAGTTTTGCTG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL7189Contig1 391 2 1 U
GGTTACGACTCAGGGGGCCGGTTCTACTCTGGTGAAGTGGCTTTGCTCTCCACTCCTATT
GACATTCCTATTCGTCAGATCAAAATAATCAGCAAGAACGGTGTGATCCGTTTAATCATC
CCACCCGCTTGATTTTTGATGATGTTATAAAGTTTGTGGACGGACCTCTTCTTTGAGGAT
GATGTCGTTTATTTTGGGATATGTCGTTTTTATGAGTTAGACCATAAGAAAGCTTTGGAT
GCGTTGCGGTTATAAAATACAAGATTTTGCGTCAGATCAAATAAAGAAAGTTTAGTGTGC
TGCTTCAAGTTGATAGGAGTTTAAGCTACCAAAGCAGCTTACTGGTTGTACATGATCATT
ACTTGAAAATTTTCTATTCGCGGGTCAAAGA


BQ
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AF RR1BM06JQ C 1
AF RR1BM06TF U 1
BS 1 391 RR1BM06TF

RD RR1BM06JQ 391 0 0
GGTTACGACTCAGGGGGCCGGTTCTACTCTGGTGAAGTGGCTTTGCTCTCCACTCCTATT
GACATTCCTATTCGTCAGATCAAAATAATCAGCAAGAACGGTGTGATCCGTTTAATCATC
CCACCCGCTTGATTTTTGATGATGTTATAAAGTTTGTGGACGGACCTCTTCTTTGAGGAT
GATGTCGTTTATTTTGGGATATGTCGTTTTTATGAGTTAGACCATAAGAAAGCTTTGGAT
GCGTTGCGGTTATAAAATACAAGATTTTGCGTCAGATCAAATAAAGAAAGTTTAGTGTGC
TGCTTCAAGTTGATAGGAGTTTAAGCTACCAAAGCAGCTTACTGGTTGTACATGATCATT
ACTTGAAAATTTTCTATTCGCGGGTCAAAGA

QA 1 391 1 391
DS 

RD RR1BM06TF 391 0 0
GGTTACGACTCAGGGGGCCGGTTCTACTCTGGTGAAGTGGCTTTGCTCTCCACTCCTATT
GACATTCCTATTCGTCAGATCAAAATAATCAGCAAGAACGGTGTGATCCGTTTAATCATC
CCACCCGCTTGATTTTTGATGATGTTATAAAGTTTGTGGACGGACCTCTTCTTTGAGGAT
GATGTCGTTTATTTTGGGATATGTCGTTTTTATGAGTTAGACCATAAGAAAGCTTTGGAT
GCGTTGCGGTTATAAAATACAAGATTTTGCGTCAGATCAAATAAAGAAAGTTTAGTGTGC
TGCTTCAAGTTGATAGGAGTTTAAGCTACCAAAGCAGCTTACTGGTTGTACATGATCATT
ACTTGAAAATTTTCTATTCGCGGGTCAAAGA

QA 1 391 1 391
DS 



AS 1 2

CO CL7190Contig1 1285 2 2 U
GGATGGACACCTCTCTCTCCCACCAGGGTTCCCTCCCTTTCCTCCCTTCGCGCCGCGATT
CCCCCCGACGGATAACCGGCGGCGTTTGCGCTCTCCTCCCGTGGCGACGTAAGGTCCGGT
ACGATTCTATGGTGGTTGTTGCAGCGTCTTCCGCGGGAGCTGGAGCTGGAGCTGGAGCTG
GAGCTAGCCTCGACGCGCCTCTCGTACCCCGCTCGGCTCAGGGGAAGTTCCTAAGCTGCG
TCTTGACGAAAAAGCGGCCGCTTTTTCACTTCGCCGTCGCTGATTTGCTCAAGCAGCTCG
CCCAAGACAAGGAAGCTGCTTTATCTCGCATGTTCCTCAGTTCTGGATCCGACGAAGCTT
CCCTCCACAGAAGGATAGCTCAACTCAAGGAGAGTAACTGCCAAACCGCGGTTGAAGACA
TAATGTACATGTTGATCTTGTACAAATTCTCAGAGATCAGAGTCCCTCTCCTCCCAAAGC
TCTCCACTTGCATCTACAGCGGAAGACTCGAGATCTGGCCTTCCAAAGACTGGGAGCTCG
AATCGATCCACACCCGCGACGTTCTCGAGCTCATCAAGGAACACAGCAACGCAGTCATCA
GTTTGAGAGTGGATTCGACTTTGACCGACGATCTGGAGACGACCGAGATCAATAAGCATC
ATCTCAGCAGAGTGTACACGGCTTCGATCTTGTACGGTTACTTTCTGAAGTCCGCTTCAC
TCAGGCACCAGCTCGAATGTTCGTTATCAGAAGGCATCACGAAGCAGCTGAGACATTACA
TCTCCGGGTTCGATCCCAAGATACTGCAGAGATGCGCAAAGCCGAGGTCGCGTGAGGCGA
AGAGCCTGATAGAGAAGCAGAGCTTAGCTCTATTCGGTCCTGAGGAGGGAAAGGAGGAAG
ACAGCGTCATCGTGACGTCGTTTTCGAGCTTGAAGAGGCTGCTTCTGGAGGCTGTGGCGT
TTGGTACGTTTCTGTGGGACACAGAGGAGTATGTAGATGGCGCGTTTAAGCTCAAGGAGA
ATGAGAATGCAGAAGAGAATAGCAGTGTCTGAAATGAGACCAGTTTTGTATCTTTTTTTT
GTGTGCACACTGCATATATATAGAGGGAGCGATGAAAGGTTTTTACAGGACTATGAAAAC
TATTTGTTTTTTGTCTATAGTTTGCGTGATTATATGTATAGTGTGTTGTTTAGATAGAGA
AGACAGTTTGGATTCGTTTTAGCTGTTATATGTCGTATCATATGTTGGTTATCAGTGAAA
TACAAAGCCTAACGTTTCGAATGGC


BQ
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AF RR1CQ21TF U 1
AF RR1CQ21JQ C 556
BS 1 717 RR1CQ21TF
BS 718 1285 RR1CQ21JQ

RD RR1CQ21TF 717 0 0
GGATGGACACCTCTCTCTCCCACCAGGGTTCCCTCCCTTTCCTCCCTTCGCGCCGCGATT
CCCCCCGACGGATAACCGGCGGCGTTTGCGCTCTCCTCCCGTGGCGACGTAAGGTCCGGT
ACGATTCTATGGTGGTTGTTGCAGCGTCTTCCGCGGGAGCTGGAGCTGGAGCTGGAGCTG
GAGCTAGCCTCGACGCGCCTCTCGTACCCCGCTCGGCTCAGGGGAAGTTCCTAAGCTGCG
TCTTGACGAAAAAGCGGCCGCTTTTTCACTTCGCCGTCGCTGATTTGCTCAAGCAGCTCG
CCCAAGACAAGGAAGCTGCTTTATCTCGCATGTTCCTCAGTTCTGGATCCGACGAAGCTT
CCCTCCACAGAAGGATAGCTCAACTCAAGGAGAGTAACTGCCAAACCGCGGTTGAAGACA
TAATGTACATGTTGATCTTGTACAAATTCTCAGAGATCAGAGTCCCTCTCCTCCCAAAGC
TCTCCACTTGCATCTACAGCGGAAGACTCGAGATCTGGCCTTCCAAAGACTGGGAGCTCG
AATCGATCCACACCCGCGACGTTCTCGAGCTCATCAAGGAACACAGCAACGCAGTCATCA
GTTTGAGAGTGGATTCGACTTTGACCGACGATCTGGAGACGACCGAGATCAATAAGCATC
ATCTCAGCAGAGTGTACACGGCTTCGATCTTGTACGGTTACTTTCTGAAGTCCGCTT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1CQ21JQ 730 0 0
GCGACGTTCTCGAGCTCATCAAGGAACACAGCAACGCAGTCATCAGTTTGAGAGTGGATT
CGACTTTGACCGACGATCTGGAGACGACCGAGATCAATAAGCATCATCTCAGCAGAGTGT
ACACGGCTTCGATCTTGTACGGTTACTTTCTGAAGTCCGCTTCACTCAGGCACCAGCTCG
AATGTTCGTTATCAGAAGGCATCACGAAGCAGCTGAGACATTACATCTCCGGGTTCGATC
CCAAGATACTGCAGAGATGCGCAAAGCCGAGGTCGCGTGAGGCGAAGAGCCTGATAGAGA
AGCAGAGCTTAGCTCTATTCGGTCCTGAGGAGGGAAAGGAGGAAGACAGCGTCATCGTGA
CGTCGTTTTCGAGCTTGAAGAGGCTGCTTCTGGAGGCTGTGGCGTTTGGTACGTTTCTGT
GGGACACAGAGGAGTATGTAGATGGCGCGTTTAAGCTCAAGGAGAATGAGAATGCAGAAG
AGAATAGCAGTGTCTGAAATGAGACCAGTTTTGTATCTTTTTTTTGTGTGCACACTGCAT
ATATATAGAGGGAGCGATGAAAGGTTTTTACAGGACTATGAAAACTATTTGTTTTTTGTC
TATAGTTTGCGTGATTATATGTATAGTGTGTTGTTTAGATAGAGAAGACAGTTTGGATTC
GTTTTAGCTGTTATATGTCGTATCATATGTTGGTTATCAGTGAAATACAAAGCCTAACGT
TTCGAATGGC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL7191Contig1 876 2 2 U
GGGAGAGATCCCTCTGCCGTACCGCTGCGGTGGCGGCCTCCGTCGCTACGCTCCGATCAT
TGAGATCCCCCTCTCAAAATCAGCTATTGCGCAATCGTTCCCTCACGCAAGGATTCTTCA
CTGTTTCTTCATTTCCTTCAAATCGAACTCCTTACGATTGTCGGTATCCTCGAGCAAGGG
GCACAGGAAAAGTGCGCAACTTCAGCAAAGATGTGTCTCACATGCCTGAAATCAAAGACA
GTGATGTTCTGAATGCTTTCAAAGGATTGATGGCTGCAGACTGGTCAGCGCTGCCTTCTG
CTGTTGTTAACGACGCGAAAAAGGCAGTCTTGTAAAACACAGCCGACAAGGTAGGGCTTA
ACGAATGTGTTCAGAGCAGCTGAAGATGTTGAAGAGTTTGGTGGGATTCTAAATTCTCTA
AAGATGGAAATCGACGATAGCATTGGGATGAGTGGAGAGAATGTGAAGAGCTTACCAGAA
GATATAATTAATACTTTGCGTCTTGCTTATCAAAGGTATACTACCTACCTAGATGCGTTT
GGACCTGAAGAAGTTTACTTGAAGAAGAAGGTTGATACGGAGTTGGGGACAAAGATGATC
CACTTGAAGATGAGATGCAGCGGGCTTGGTTCAGAATGGGGAAAGGTTACCGTTCTTGGA
ACATCCGGACTCTAGGGGTCTTACGTGGAGCAAAGGGTTTAAAACGAACAGAGAAGATCC
TTAATGATATGTTTGTTATTTGCGTTATTGTGTTTTTAACACATAATAATAAGGTCAATA
ACTGACCAAAGACGTATAAGGTGAGTGTTTGTTCATTGTCGTTGCCCCGACAAAAACAAG
CTTTTGGGTTCTGTTTTATTACATTAGAGTTTCTTT


BQ
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AF RR1BZ70TF U 1
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BS 1 698 RR1BZ70TF
BS 699 876 RR1BZ70JQ

RD RR1BZ70TF 698 0 0
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CACTTGAAGATGAGATGCAGCGGGCTTGGTTCAGAATGGGGAAAGGTTACCGTTCTTGGA
ACATCCGGACTCTAGGGGTCTTACGTGGAGCAAAGGGT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1BZ70JQ 737 0 0
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QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1C467TF U 1
AF RR1C467JQ C 2
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RD RR1C467TF 764 0 0
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QA 1 764 1 764
DS 

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AAGGTAATCCCACTAAGCACTTAAAAGGAGCTGAAGCAAAAGCCTCCAGAGGTGCACAAC
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AAGAAGAAGGTGGTAAGGTTTGGTGTGATGTTGGGGTGCCAAGATTGGTACAAAGACCTT
TGGAGATAGCAATAACGGGTTCGATGAGCAAACGTTGCGCTTGCTTTGAGGAAGACCAAC
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TCTGAGTTTGATTACAAGACAGCTTGCAATTAGCTAGTTTCTTCCTTTCTTGAGCCTTGT
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QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

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ATGGTTGTCCTTCATAGACAATGACTCGGTCTGCCAGATATGTTGCCATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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GTCTGC

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AP93TF C 1
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BS 1 4 RR1AP93TF
BS 5 757 RR1AP93JQ

RD RR1AP93TF 757 0 0
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QA 1 757 1 757
DS 

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GCCAGCGAGGTAAAGATCACGATCTTGAGGGTAAGCAGCGTAGTGGAGAAAAGAAGGTTG
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QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1F538JQ U 1
AF RR1FV87JQ U 1
BS 1 732 RR1F538JQ
BS 733 775 RR1FV87JQ

RD RR1F538JQ 732 0 0
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TGATACAAACTGAATTTGAATCATAAAATGCTTGGCTACATGAAAGAAACAAGAATCTGC
AACTCTTGATAACACACATAATCATTCCATATCCTAAACACACAACAACAAGAACACATT
CCTTATTACACAAGCTCAGTGAAACGTTATTACCAGTTTGATGAGTCGAAACCATTTCTA
TTGCACAATCTTATGTTTTGAATCTAGTTCAATGGCGAGAATCAGATGAATCAGACGATG
GCTTGTCTCCGTGATCATCTTGTTCACTCTGATACGGGGCTGGTACACGTAAACCGGATA
ATTCACAACTAGAGGCAAACGCAATGCCTGGTATTGCTGATTGGTAAGGATGGTAATGAT
GATGATGATGATGATGATCGTTGGTCGTAACGGACTGATGGTGATGGTAAGGATCAAACC
AAGCACGAAGCATTGGTGTGTTAATGGACTGAAGGGGACCCCTTTGAGAAAAAAACTGAC
TTTGTGGCTGAAACGACGTCGTTGTAGCCGCCGGAGAAGCAAACACAAACCCTCCTCCTC
CTCCACTTGCGGCGGAATCAGCTGCTCCGCCGTTGTTCCACGTCACCAGCCGATGATTCT
GCTGCGACTGGT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1FV87JQ 775 0 0
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ACAAGGCGTGAGCTTGCGTGACTAGAAAAACACAATAGAGTTTACAGAAAATCGTCTAAC
TGATACAAACTGAATTTGAATCATAAAATGCTTGGCTACATGAAAGAAACAAGAATCTGC
AACTCTTGATAACACACATAATCATTCCATATCCTAAACACACAACAACAAGAACACATT
CCTTATTACACAAGCTCAGTGAAACGTTATTACCAGTTTGATGAGTCGAAACCATTTCTA
TTGCACAATCTTATGTTTTGAATCTAGTTCAATGGCGAGAATCAGATGAATCAGACGATG
GCTTGTCTCCGTGATCATCTTGTTCACTCTGATACGGGGCTGGTACACGTAAACCGGATA
ATTCACAACTAGAGGCAAACGCAATGCCTGGTATTGCTGATTGGTAAGGATGGTAATGAT
GATGATGATGATGATGATCGTTGGTCGTAACGGACTGATGGTGATGGTAAGGATCAAACC
AAGCACGAAGCATTGGTGTGTTAATGGACTGAAGGGGACCCCTTTGAGAAAAAAACTGAC
TTTGTGGCTGAAACGACGTCGTTGTAGCCGCCGGAGAAGCAAACACAAACCCTCCTCCTC
CTCCACTTGCGGCGGAATCAGCTGCTCCGCCGTTGTTCCACGTCACCAGCCGATGATTCT
GCTGCGACTGGTCCCAGCTCGCCGTCGACAAATCAAACCCTAATGGATTGCTCTG

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

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GGCCAAGTAGTTGCTCAATGGAAGCCACCATATGAATGTATTTCTTTCTTGGGAGACTCT
TGAGAAACTTCTTAACTATCTTAGTTTCCTCTATGGTTTCGCCTAACGCTGCTGACTTTG
CGGTGATCGTCGATAGCTTGCCGACGAAGTCATCGATGGATTCAGTTTCTTTCATCTTTA
ATCTATCAAACTCCTCTGACAGAGTCATAAGCCTTGCTTCACGAACTCTATCTGCTCCTA
GATGTCGTCCCTTCACAGCTTCCCATACTTTCTTTGCGGTTACCAACTCTCCAATTTGCA
GTACGAGTGCCTCTAGTAAGGATTGGAGGAGGAATCCGATGGCCAGGTCGTTTTTCTCCT
TCTCTGCGTTTTCTTCTTCAATAGTTTCCCAGACCCCATGAATCTTAAGAAGGTTTTTCA
TTCGAATTGCCCAGAATGTGTAGTTGCTTGATGTTAACATTGGACATGATATCGATGAAA
CCCCTTCTTTAGGTTTCTTCGGAACTGTTGTAATATCTCCCATCTCTCACGAGTTCTGGT
CTCAGAATTTTGAGGCTCTGATACCAATTATTGTTCTAACTTTAGAATATGGAATCAAGA
ATATAGAAAACTCTTCTTATTAGCTTAAGAAAATCTCTCAAAACTTAAGCTTTCACAAGT
TCTATAATCTCTCACACATAAGTTCATGGCACACCTCACCATCTTCTTATATAGATTCTA
AAACTTCCAAAAACATAACAATAGAAGTTTTCCTTTTCTCCTAATCTTAACTTTTAGTAT
TGCTTAGTCTCCAAGTCATCTCCATGTTTATCTTCAAGTTTAACTCCAACAGGAGTAGTA
AATACACATCTTGCCTGCCTACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BD55TF U 1
AF RR1BD55JQ C 81
BS 1 792 RR1BD55TF
BS 793 793 RR1BD55JQ
BS 794 834 RR1BD55TF
BS 835 925 RR1BD55JQ

RD RR1BD55TF 834 0 0
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GATGTCGTCCCTTCACAGCTTCCCATACTTTCTTTGCGGTTACCAACTCTCCAATTTGCA
GTACGAGTGCCTCTAGTAAGGATTGGAGGAGGAATCCGATGGCCAGGTCGTTTTTCTCCT
TCTCTGCGTTTTCTTCTTCAATAGTTTCCCAGACCCCATGAATCTTAAGAAGGTTTTTCA
TTCGAATTGCCCAGAATGTGTAGTTGCTTGATGTTAACATTGGACATGATATCGATGAAA
CCCCTTCTTTAGGTTTCTTCGGAACTGTTGTAATATCTCCCATCTCTCACGAGTTCTGGT
CTCAGAATTTTGAGGCTCTGATACCAATTATTGTTCTAACTTTAGAATATGGAATCAAGA
ATATAGAAAACTCTTCTTATTAGCTTAAGAAAATCTCTCAAAACTTAAGCTTTCACAAGT
TCTATAATCTCTCACACATAAGTTCATGGCACACCTCACCATCTTCTTATATAGATTCTA
AAACTTCCAAAA*CATAACAATAGAAGTTTTCCTTTTCTCCTAATCTTAACTTT

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR1BD55JQ 845 0 0
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TTAGTTTCCTCTATGGTTTCGCCTAACGCTGCTGACTTTGCGGTGATCGTCGATAGCTTG
CCGACGAAGTCATCGATGGATTCAGTTTCTTTCATCTTTAATCTATCAAACTCCTCTGAC
AGAGTCATAAGCCTTGCTTCACGAACTCTATCTGCTCCTAGATGTCGTCCCTTCACAGCT
TCCCATACTTTCTTTGCGGTTACCAACTCTCCAATTTGCAGTACGAGTGCCTCTAGTAAG
GATTGGAGGAGGAATCCGATGGCCAGGTCGTTTTTCTCCTTCTCTGCGTTTTCTTCTTCA
ATAGTTTCCCAGACCCCATGAATCTTAAGAAGGTTTTTCATTCGAATTGCCCAGAATGTG
TAGTTGCTTGATGTTAACATTGGACATGATATCGATGAAACCCCTTCTTTAGGTTTCTTC
GGAACTGTTGTAATATCTCCCATCTCTCACGAGTTCTGGTCTCAGAATTTTGAGGCTCTG
ATACCAATTATTGTTCTAACTTTAGAATATGGAATCAAGAATATAGAAAACTCTTCTTAT
TAGCTTAAGAAAATCTCTCAAAACTTAAGCTTTCACAAGTTCTATAATCTCTCACACATA
AGTTCATGGCACACCTCACCATCTTCTTATATAGATTCTAAAACTTCCAAAAACATAACA
ATAGAAGTTTTCCTTTTCTCCTAATCTTAACTTTTAGTATTGCTTAGTCTCCAAGTCATC
TCCATGTTTATCTTCAAGTTTAACTCCAACAGGAGTAGTAAATACACATCTTGCCTGCCT
ACTCC

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 2

CO CL7197Contig1 1058 2 2 U
GGATTTAAATCCTATGTATTCTTCCAACAGAGAAATGATGCATACCGTTGAAGCCAACGA
TTTAGTCTATAACACCCAAATGAGATATAACACTGTTCAAGCGACGACCATGCCGTTTAA
CCCCACCATGGAATGTCAAACTCCTCTGTTGAATCCAGTTTACAACCTCTCACCGATTGA
TTGTTTGGCTCAACGGTCCATGAAACCGATGATCCATTCCGTTGAAAGTTCCTTGACGTT
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GAGGAAACGTCCCAGAGAAGATTTAGCCGCTGTTAACCATATAACGAGACAGAGACGTTG
CACTGATCCTCTCATGTTTCTAGGCCAAGACTTGTCTTCTAACGTCCAACATCACAACTT
CGATATCGACCGCTTGATCTCTCATCACGTTGAGATAATGAGAATGGAGATTGAACAGAA
AAGAAAAGCGCAAGGTAGGAAGATAATGGAAGTCATTGAACAAGGGTTGATGAAGACACT
GAGAGCAAAAGACGAAGAGATCAATCACATCGGAAAACTAAACCTCTTTCTTGAAGAAAA
AGTTAAGTCTCTCTGCGTAGAGAATCAGATATGGCGTGACATGGCACAGACTAATGAAGC
CACCGTGAACTCCCTACGTTCAAACTTACAGCAAGTCCTCGCAGCCGTGGAACGTAACAA
GTGGGAGGAGCCCACGGCGGCTGATGGCGCGCAGTCTTGTTGTGGAAGCAACGACGAGGG
TGATAGTGACGAGCGGTGGAGGCTAGCAGGAGAGGCTAAAAGCGTGCGTACGATCGCAAG
CACGATGTGTAGAGGGTGCGGAAAAGAAGAAGCAAGTGTGTTACTGTTACCGTGTAGACA
CATGTGTTTATGCAGTGTGTGTGGATCTTCGGTTAACACTTGTCCAGTCTGTAAATCTCC
AAAGAACGCTAGTCTCCATGTTAATCTTTCCTCGTGAAACTAACGTTACTAGTAAATTGT
AAATGTCCTTGAAATAGTAAATAGTTGAAACAGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GV76TF U 1
AF RR1GV76JQ C 373
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RD RR1GV76TF 521 0 0
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CGATATCGACCGCTTGATCTCTCATCACGTTGAGATAATGAGAATGGAGATTGAACAGAA
AAGAAAAGCGCAAGGTAGGAAGATAATGGAAGTCATTGAAC

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR1GV76JQ 686 0 0
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CTTGATCTCTCATCACGTTGAGATAATGAGAATGGAGATTGAACAGAAAAGAAAAGCGCA
AGGTAGGAAGATAATGGAAGTCATTGAACAAGGGTTGATGAAGACACTGAGAGCAAAAGA
CGAAGAGATCAATCACATCGGAAAACTAAACCTCTTTCTTGAAGAAAAAGTTAAGTCTCT
CTGCGTAGAGAATCAGATATGGCGTGACATGGCACAGACTAATGAAGCCACCGTGAACTC
CCTACGTTCAAACTTACAGCAAGTCCTCGCAGCCGTGGAACGTAACAAGTGGGAGGAGCC
CACGGCGGCTGATGGCGCGCAGTCTTGTTGTGGAAGCAACGACGAGGGTGATAGTGACGA
GCGGTGGAGGCTAGCAGGAGAGGCTAAAAGCGTGCGTACGATCGCAAGCACGATGTGTAG
AGGGTGCGGAAAAGAAGAAGCAAGTGTGTTACTGTTACCGTGTAGACACATGTGTTTATG
CAGTGTGTGTGGATCTTCGGTTAACACTTGTCCAGTCTGTAAATCTCCAAAGAACGCTAG
TCTCCATGTTAATCTTTCCTCGTGAAACTAACGTTACTAGTAAATTGTAAATGTCCTTGA
AATAGTAAATAGTTGAAACAGTCTCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

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CCAAACTCTTCCCGAATCCCTTAGTTTGCTTAGCTAACCACTCATTCCGTGCGACTAGCT
TCTCCATCACGTGGGAGATTATAGTCAGCACCCTTGGAGTGGCGGCCTCCGTTGGTAGAT
CTTGTCCCACGACCAGGTCCGGTTCATCGTCTCCGGTTGAGGCTAGCATGGTGGGTTCTC
GTTCTCGTTAATGGCCCATGTCGTTCGCTTTTGATGTGTCTTAGCTTGTAATTGGGTGGT
GGAGATACGATTAGTTTAAGAAGCTTACGTGTGGATGTTATCATGTCTCGTCTGACTTTT
GAGCAGCTTGTGAGATGAATTTGACACGTGTCGTCACTTGGCGAGAAGATAAGATTCTGA
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BQ
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AF RR1BB70TF U 1
AF RR1BB70JQ C 3
BS 1 666 RR1BB70TF
BS 667 667 RR1BB70JQ
BS 668 772 RR1BB70TF
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RD RR1BB70TF 775 0 0
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GCA

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1BB70JQ 867 0 0
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TCTCGTTAATGGCCCATGTCGTTCGCTTTTGATGTGTCTTAGCTTGTAATTGGGTGGTGG
AGATACGATTAGTTTAAGAAGCTTACGTGTGGATGTTATCATGTCTCGTCTGACTTTTGA
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GTTTGGTACTTACCGAACAAGACAAATCCATCTGACCGTGTCTTTTAGCATCTCCAACAT
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AATGAGCGATTTTCGCCATGGGAATCGAATTTTGAAGTGTATTCTCTACAAGCAAGGAAC
GAAGCTAAGTTGAGTGATAAAGAGAAACTGAAGCGCACGTGAGCGTTTTTCTGTCTATTT
TTTTTAATTGTTACAAGATAGAGTTTT

QA 1 867 1 867
DS 



AS 1 2

CO CL7199Contig1 849 2 8 U
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AGACGGTAACACTTTCCAATATGATGTTCCTAGATCAAGGGGAAATCTCTAAGAGGAGGA
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GTTCGGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP02TF U 1
AF RR1CP02JQ C 164
BS 1 692 RR1CP02TF
BS 693 693 RR1CP02JQ
BS 694 705 RR1CP02TF
BS 706 706 RR1CP02JQ
BS 707 709 RR1CP02TF
BS 710 710 RR1CP02JQ
BS 711 726 RR1CP02TF
BS 727 849 RR1CP02JQ

RD RR1CP02TF 726 0 0
GGGGGGTGCTCTGTCGAGTAATATGATAAGATTTTTCAAGAACAGTGATGAAACATGGGG
CCATGAGGTGGTTATCCAAGTTAAACCACTGAAAGTAGAGAACTGGATTCTACCAGAAAT
GCCGGGGCTTATCACCGACTTCTTGATCTCCCTCGATGACCGGTTCCTCTACTTTGTGAA
CTGGCTTCATGGAGACATTCGTCAGTACAACATTGAAGACCCTGAAAACCCTGTCTTAAC
CGGACAAATATGGGTGGGAGGATTACTACAAAAGGGCAGTCCTGTTAAGGCGGTTGGAGA
AGACGGTAACACTTTCCAATATGATGTTCCTAGATCAAGGGGAAATCTCTAAGAGGAGGA
CCTCAAATGATCCAGCTGAGCCTCGATGGGAAACGATTGTATGCAACAAACTCGCTCTAT
AGTGCATGGGATCGTCAATTTTACCCGGAACTCATGGATAAAGGATCACACATAATACAG
CTTGATGTTGATACAGAGAAAGGTGGTCTCTCCATAAACCCTGATCTCTTTGTGGACTTT
GGTGATGAACCAGAGGGTCCTGCGCTTGCCCATGAGATGAGGTATCCAGGTGGAGACTGC
ACTTCCTATATTTGGATTTGAGTCTGGCCTGTTTATATGGTGAATTGTTAAGCTACGCTT
AAACTGAGTTTTTATTAGTTTGTTGAATAAAA*GCGTAAGTAATA*GAG*TCCCCTATAT
TTCGTG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1CP02JQ 686 0 0
TTCCTCTACTTTGTGAACTGGCTTCATGGAGACATTCGTCAGTACAACATTGAAGACCCT
GAAAACCCTGTCTTAACCGGACAAATATGGGTGGGAGGATTACTACAAAAGGGCAGTCCT
GTTAAGGCGGTTGGAGAAGACGGTAACACTTTCCAATATGATGTTCCTAGATCAAGGGGA
AATCTCTAAGAGGAGGACCTCAAATGATCCAGCTGAGCCTCGATGGGAAACGATTGTATG
CAACAAACTCGCTCTATAGTGCATGGGATCGTCAATTTTACCCGGAACTCATGGATAAAG
GATCACACATAATACAGCTTGATGTTGATACAGAGAAAGGTGGTCTCTCCATAAACCCTG
ATCTCTTTGTGGACTTTGGTGATGAACCAGAGGGTCCTGCGCTTGCCCATGAGATGAGGT
ATCCAGGTGGAGACTGCACTTCCTATATTTGGATTTGAGTCTGGCCTGTTTATATGGTGA
ATTGTTAAGCTACGCTTAAACTGAGTTTTTATTAGTTTGTTGAATAAAAAGCGTAAGTAA
TAAGAGGTCCCCTATATTTCGTGTGTTGATGGTGTGTAGACAATTTATACTTTGTTCGTA
AAGTTGGCCTCCTTGTGGCTAATAAATTATTTAATAATGCTTTGTAATAAAACTTTCTAC
ATTTCGAGTAACACACTGTTCGGTCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7200Contig1 825 2 5 U
GGGAATTGTCTCTCGTTATCCTCAGCTTCATTATCATCTCCGTATCGAGAAGAGAGAGAG
GAGGGAGATTAAACAAGGAGGCCGGAATCATCTCGATTCCTTATTTCTTCTTCAATCTTT
TTCTCGTTCAAGCTTATTAAAAAATGGCTGAGGCTGATGATATTCAACCCATCGTCTGTG
ACAATGGTACCGGTATGATCAAGGCCGGTTTCGCCGGAGATGATGCTCCCAGGGCTGTTT
TCCCTAGCGTTGTTGGTAGGCCGAGGCATCACGGTGTCATGGTTGGGATGAACCAGAAGG
ATGCTTACGTTGGTGACGAAGCGCAGTCCAAGAGAGGTATCCTCACCTTGAAGTACCCTA
TTGAGCACGGTGTTGTGAGCAACTGGGATGATATGGAGAAGATCTGGCATCACACTTTCT
ACAATGAGCTACGTATCGCTCCTGAGGAGCACCCGGTGCTTCTTACAGAGGCTCCTCTTA
ACCCGAAGGCTAACAGAGAGAAGATGACGCAGATCATGTTCGAAACTTTCAACTCTCCAG
CTATGTATGTCGCTATTCAAGCTGTTCTCTCCTTGTACGCTAGTGGTCGTACTACCGGTA
TTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTGTCCCACACTGTGCCAATCTACGAGGGTTTCTCTC
TACCACACGCCATCCTCCGTCTTGACCTTGCTGGTCGTGACCTTACTGATTACCTCATGA
AGATCCTTACCGAGAGAGGTTACATGTTCACCACCACAGCAGAGCGGGAAATTGTGAGAG
ACATCAAGAGAAGCTTTCCTTCGTCGCTGTCGACTACGAGCAGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FD94TF U 6
AF RR1C516TF U 1
BS 1 197 RR1C516TF
BS 198 198 RR1FD94TF
BS 199 740 RR1C516TF
BS 741 741 RR1FD94TF
BS 742 825 RR1C516TF

RD RR1FD94TF 760 0 0
GG
GTCTCTCGTTATCCTCAGCTTCATTATCATCTCCGTATCGAGAAGAGAGAGAGGAGGGAG
ATTAAACAAGGAGGCCGGAATCATCTCGATTCCTTATTTCTTCTTCAATCTTTTTCTCGT
TCAAGCTTATTAAAAAATGGCTGAGGCTGATGATATTCAACCCATCGTCTGTGACAATGG
TACCGGTATGATCAAGGCCGGTTTCGCCGGAGATGATGCTCCCAGGGCTGTTTTCCCTAG
CGTTGTTGGTAGGCCGAGGCATCACGGTGTCATGGTTGGGATGAACCAGAAGGATGCTTA
CGTTGGTGACGAAGCGCAGTCCAAGAGAGGTATCCTCACCTTGAAGTACCCTATTGAGCA
CGGTGTTGTGAGCAACTGGGATGATATGGAGAAGATCTGGCATCACACTTTCTACAATGA
GCTACGTATCGCTCCTGAGGAGCACCCGGTGCTTCTTACAGAGGCTCCTCTTAACCCGAA
GGCTAACAGAGAGAAGATGACGCAGATCATGTTCGAAACTTTCAACTCTCCGGCTATGTA
TGTCGCTATTCAAGCTGTTCTCTCCTTGTACGCTAGTGGTCGTACTACCGGTATTGTGTT
GGATTCTGGTGATGGTGTGTCCCACACTGTGCCAATCTACGAGGGTTTCTCTCTACCACA
CGCCATCCTCCGTCTTGACCTTGCTGGTCGTGACCTTACTGATTACCTCATGAAGATCCT
TACCGAGAGAGGTTACATGTTCACCACCACAGCAGAGC

QA 3 760 3 760
DS 

RD RR1C516TF 825 0 0
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GAGGGAGATTAAACAAGGAGGCCGGAATCATCTCGATTCCTTATTTCTTCTTCAATCTTT
TTCTCGTTCAAGCTTATTAAAAAATGGCTGAGGCTGATGATATTCAACCCATCGTCTGTG
ACAATGGTACCGGTATGGTCAAGGCCGGTTTCGCCGGAGATGATGCTCCCAGGGCTGTTT
TCCCTAGCGTTGTTGGTAGGCCGAGGCATCACGGTGTCATGGTTGGGATGAACCAGAAGG
ATGCTTACGTTGGTGACGAAGCGCAGTCCAAGAGAGGTATCCTCACCTTGAAGTACCCTA
TTGAGCACGGTGTTGTGAGCAACTGGGATGATATGGAGAAGATCTGGCATCACACTTTCT
ACAATGAGCTACGTATCGCTCCTGAGGAGCACCCGGTGCTTCTTACAGAGGCTCCTCTTA
ACCCGAAGGCTAACAGAGAGAAGATGACGCAGATCATGTTCGAAACTTTCAACTCTCCAG
CTATGTATGTCGCTATTCAAGCTGTTCTCTCCTTGTACGCTAGTGGTCGTACTACCGGTA
TTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTGTCCCACACTGTGCCAATCTACGAGGGTTTCTCTC
TACCACACGCCATCCTCCGTCTTGACCTTGCTGGTCGTGACCTTACTGATTACCTCATGA
AGATCCTTACCGAGAGAGGT*ACATGTTCACCACCACAGCAGAGCGGGAAATTGTGAGAG
ACATCAAGAGAAGCTTTCCTTCGTCGCTGTCGACTACGAGCAGGA

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL7201Contig1 895 2 2 U
GGATCTCCTTCAGCTATGTCATCGACGTCATCTTTCAGCTCGGCGGCGATCTCTCTCTCT
TTCTCAATTTTTCTCTTTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTGATTTTGAATCGGAAATGTTAT
CTTCTTCTTCCTTGATCTCCTATCTCTCGCTTAGAGGTTTTGACCGTTTCTGATTTACTA
TATTTGATTGGATCCCGGCGTTTTTCAGGAGGTGAATTTTGTTTTCCTGCTCGATCGTAT
TTGCTGCGAAAATTCCACCGGTTTACAGGGAAGCTCATGACCTTTAAGGAGAGCGAGTAT
GGTTACGCTCGCAAGGTTTCAGGACCTGTCGTTGTTGCGGATGGTATGGCTGGTGCTGCC
ATGTATGAGTTATCTTCAAGAACGTTCCTTTCAATCCTGGCTTCTACTCTGAAGCTTCTT
TCTTCTTCAGAGGAGATAGTTAGTGGAGATAACTCCAAGATCATCCCATGCTTGTGGATC
TCAAGAATGGAGAGACCTACAGTGGGCATTTAGTAAATTGTGATACGTGGATGAACATTT
ATCTTCGTGAAGTAATCTGCACATCAAAGGACGGTGACAGGTTTTGGAGAATGCCGGAAT
GTTGCATCCTCAACAAGGATTGTCTAATATTTTTTACACACTTTTGATTTCGAAAACAGA
CTTGTGCAAAAAAACACACTCATTTTATTTTTCTGGAAACTCATCCTAAGATTGCCAAAA
TCTATCCTATATAACACATGTGTTTTTTAATAATACCACATTTAACACTTTTTCGATAGA
ATTATTGAAAATGCTTCAAGCTATCCAATTTTAGTGTTCTCTATTTGATATGTGTTCTAT
ATTTTGTAGACAATGAACTATATTTGGTGATTTCAATAGCCAGTGAATTTTTAAC


BQ
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AF RR1BJ55TF U 1
AF RR1BJ55JQ C 73
BS 1 817 RR1BJ55TF
BS 818 895 RR1BJ55JQ

RD RR1BJ55TF 818 0 0
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TTCTCAATTTTTCTCTTTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTGATTTTGAATCGGAAATGTTAT
CTTCTTCTTCCTTGATCTCCTATCTCTCGCTTAGAGGTTTTGACCGTTTCTGATTTACTA
TATTTGATTGGATCCCGGCGTTTTTCAGGAGGTGAATTTTGTTTTCCTGCTCGATCGTAT
TTGCTGCGAAAATTCCACCGGTTTACAGGGAAGCTCATGACCTTTAAGGAGAGCGAGTAT
GGTTACGCTCGCAAGGTTTCAGGACCTGTCGTTGTTGCGGATGGTATGGCTGGTGCTGCC
ATGTATGAGTTATCTTCAAGAACGTTCCTTTCAATCCTGGCTTCTACTCTGAAGCTTCTT
TCTTCTTCAGAGGAGATAGTTAGTGGAGATAACTCCAAGATCATCCCATGCTTGTGGATC
TCAAGAATGGAGAGACCTACAGTGGGCATTTAGTAAATTGTGATACGTGGATGAACATTT
ATCTTCGTGAAGTAATCTGCACATCAAAGGACGGTGACAGGTTTTGGAGAATGCCGGAAT
GTTGCATCCTCAACAAGGATTGTCTAATATTTTTTACACACTTTTGATTTCGAAAACAGA
CTTGTGCAAAAAAACACACTCATTTTATTTTTCTGGAAACTCATCCTAAGATTGCCAAAA
TCTATCCTATATAACACATGTGTTTTTTAATAATACCACATTTAACACTTTTTCGATAGA
ATTATTGAAAATGCTTCAAGCTATCCAATTTTAGTGT
C

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1BJ55JQ 823 0 0
CTCTTTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTGATTTTGAATCGGAAATGTTATCTTCTTCTTCCT
TGATCTCCTATCTCTCGCTTAGAGGTTTTGACCGTTTCTGATTTACTATATTTGATTGGA
TCCCGGCGTTTTTCAGGAGGTGAATTTTGTTTTCCTGCTCGATCGTATTTGCTGCGAAAA
TTCCACCGGTTTACAGGGAAGCTCATGACCTTTAAGGAGAGCGAGTATGGTTACGCTCGC
AAGGTTTCAGGACCTGTCGTTGTTGCGGATGGTATGGCTGGTGCTGCCATGTATGAGTTA
TCTTCAAGAACGTTCCTTTCAATCCTGGCTTCTACTCTGAAGCTTCTTTCTTCTTCAGAG
GAGATAGTTAGTGGAGATAACTCCAAGATCATCCCATGCTTGTGGATCTCAAGAATGGAG
AGACCTACAGTGGGCATTTAGTAAATTGTGATACGTGGATGAACATTTATCTTCGTGAAG
TAATCTGCACATCAAAGGACGGTGACAGGTTTTGGAGAATGCCGGAATGTTGCATCCTCA
ACAAGGATTGTCTAATATTTTTTACACACTTTTGATTTCGAAAACAGACTTGTGCAAAAA
AACACACTCATTTTATTTTTCTGGAAACTCATCCTAAGATTGCCAAAATCTATCCTATAT
AACACATGTGTTTTTTAATAATACCACATTTAACACTTTTTCGATAGAATTATTGAAAAT
GCTTCAAGCTATCCAATTTTAGTGTTCTCTATTTGATATGTGTTCTATATTTTGTAGACA
ATGAACTATATTTGGTGATTTCAATAGCCAGTGAATTTTTAAC

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 2

CO CL7202Contig1 538 2 2 U
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TCCAATAATCAAAACAGAACCTGGAGATCAATGGCCACCGTGCTCCTTGGCATGCTGCTG
GTGCTCGAGATGGCGACGCTCGTTAGGGAGAGCGACGAGGTAAGAGAAAGCCATGCCTCC
GAAGCAGATGTGGAGGAGAGGTTGGACGGAGCTTGTCTGGATGTATTTGTCGTTGTAGTT
ATCGAGACCTTTCTTCACATACGTCTTCACGGACTGAGTTGAAAACGAAGATTTGATATA
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TTTCGATCTCGATTCGTTGGTTTGCGCTCACGAGTAGGGAGAGATATGTAAGAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1H572TF C 1
AF RR1H572JQ U 45
BS 1 44 RR1H572TF
BS 45 538 RR1H572JQ

RD RR1H572TF 538 0 0
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GAAGAAAATAAAAAGGTTTTCCTTTTGATCAACAATAATATCAATCCAGGAGATTCAGGA
AAATAAGAAATAACAAAGACATGCAATCTTCAGTCTGTCACACCATCGCAGAAACCAACA
TCCAATAATCAAAACAGAACCTGGAGATCAATGGCCACCGTGCTCCTTGGCATGCTGCTG
GTGCTCGAGATGGCGACGCTCGTTAGGGAGAGCGACGAGGTAAGAGAAAGCCATGCCTCC
GAAGCAGATGTGGAGGAGAGGTTGGACGGAGCTTGTCTGGATGTATTTGTCGTTGTAGTT
ATCGAGACCTTTCTTCACATACGTCTTCACGGACTGAGTTGAAAACGAAGATTTGATATA
GGAAGGAAGCTCCTTCACCTTTTTGCCTTTGATCTCGCTGTATACTCTCCTCATCGCCAT
TTTCGATCTCGATTCGTTGGTTTGCGCTCACGAGTAGGGAGAGATATGTAAGAAAAAA

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1H572JQ 494 0 0
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TCCAGGAGATTCAGGAAAATAAGAAATAACAAAGACATGCAATCTTCAGTCTGTCACACC
ATCGCAGAAACCAACATCCAATAATCAAAACAGAACCTGGAGATCAATGGCCACCGTGCT
CCTTGGCATGCTGCTGGTGCTCGAGATGGCGACGCTCGTTAGGGAGAGCGACGAGGTAAG
AGAAAGCCATGCCTCCGAAGCAGATGTGGAGGAGAGGTTGGACGGAGCTTGTCTGGATGT
ATTTGTCGTTGTAGTTATCGAGACCTTTCTTCACATACGTCTTCACGGACTGAGTTGAAA
ACGAAGATTTGATATAGGAAGGAAGCTCCTTCACCTTTTTGCCTTTGATCTCGCTGTATA
CTCTCCTCATCGCCATTTTCGATCTCGATTCGTTGGTTTGCGCTCACGAGTAGGGAGAGA
TATGTAAGAAAAAA

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 2

CO CL7203Contig1 634 2 2 U
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TCTCTTATGAGAAACATTGGAATGGCTACTACTCTCTCTTTTCTCTTGGTTTTGGTTTCC
AAATCTTTTGAACTTTTTCGGTTTCTTGACATTTAGTTTGGGAACCTTAACTACATAAAC
TCTTCTGCTCTGATCAGAACAAGTGAAAATTCTC


BQ
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AF RR1BV83JQ C 1
AF RR1BV83TF U 1
BS 1 625 RR1BV83TF
BS 626 634 RR1BV83JQ

RD RR1BV83JQ 634 0 0
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TCTCTTATGAGAAACATTGGAATGGCTACTACTCTCTCTTTTCTCTTGGTTTTGGTTTCC
AAATCTTTTGAACTTTTTCGGTTTCTTGACATTTAGTTTGGGAACCTTAACTACATAAAC
TCTTCTGCTCTGATCAGAACAAGTGAAAATTCTC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1BV83TF 625 0 0
GGGAGCGGTTTTCATCAGCAGCAGCCAGACGCACTTTAACGATCTACCATCAACGAGGAG
AATACTTACTTGTTCATTACAATGGCAACCAGAAGCGCTTTCAGATTTGTGTCTCGCAGG
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AAAATGGAGCAATAGAAGCTTGAGAAGATAGCTAGACAGGGTCCGGGAGAACAAGCAGCA
AGTGGAGGAGCCAAGGCTAGTAGTGGTGGTGGTGGAACATCATCAGCTGAATCAGGGCCA
AAAGTGTCAGAAGACAAGGACAGAAACTATGCGGTTGTGGCAGGTGTGGTCGCTGTTGTC
GGAGCCATTGGTTGGTACATGAAATCAGGTGGAAAGAAGCAGCAGCCAGAGGTTCAAGAG
TGAAATCATGATGGGAGTAGCGAGTGAATAAAACAGAGTGTGGAATCTTTTACTAATTCC
TCTCTTATGAGAAACATTGGAATGGCTACTACTCTCTCTTTTCTCTTGGTTTTGGTTTCC
AAATCTTTTGAACTTTTTCGGTTTCTTGACATTTAGTTTGGGAACCTTAACTACATAAAC
TCTTCTGCTCTGATCAGAACAAGTG

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL7204Contig1 982 2 2 U
GGCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCTTACTTGATTGATTAGTACCAAACCCTTAATCA
GTTAATCTGATTTATACATAGTCCCACTTTCACTTGCAATCTGGGGTGGTTCTGTAGTAA
AGAAGGTGGAGTGAGAGAGAAAAAAAGAGTCTTTTTTTATAAAAAAAAAAAAGAGAAAGG
GATGAGGATATTGTGCGATGCGTGCGAGAACGCAGCCGCTATCGTCTTCTGCGCTGCCGA
TGAAGCTGCCCTTTGCCGCGCCTGCGATGAAAAAGTACATATGTGCAATAAGCTAGCTAG
CCGGCATGTACGTGTAGGTTTAGCCGAACCAAGCAATGCCCCCTGCTGCGATATTTGCGA
GAATGCTCCTGCCTTCTTTTACTGCGAGATAGACGGTAGTTCGCTTTGTCTTCAATGTGA
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AATTGAGTTTCCAGGGGACAAGCCTAAATCAAACAATACGAGAGACAATTTGCAAAACCA
AAGAGTCTCTGCAAATGCAAACGGTGAAGCTAATGGCAAGACTGATGACGAAATGATTGA
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AAGCTAACATACCTGAAAATTCTCAACAATTTATTTATTTCCGCTTTCTTTTTATATTTT
TCTTTTTATAAAAATCTTTTCGAAATTAAAGTATATATCCACAAACTCTCCCTATCAGAA
AAAGTATATACAACTTAGTGCC


BQ
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GATGAGGATATTGTGCGATGCGTGCGAGAACGCAGCCGCTATCGTCTTCTGCGCTGCCGA
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AAGAGTCTCTGCAAATGCA

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GCCGCG
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TATCTTTTAGTTTAAAGGAAAGAGCTCACACAAATGTATAAGCTAACATACCTGAAAATT
CTCAACAATTTATTTATTTCCGCTTTCTTTTTATATTTTTCTTTTTATAAAAATCTTTTC
GAAATTAAAGTATATATCCACAAACTCTCCCTATCAGAAAAAGTATATACAACTTAGTGC
C

QA 7 727 7 727
DS 



AS 1 2

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TATACGGTATAAATTGGATAAAAACTCGGAAGTTACAGTTTATTTT


BQ
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AF RR1E454TF U 1
BS 1 646 RR1E454TF

RD RR1E454JQ 646 0 0
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CCCCGACTTGATGGATGCGTCGAGGTGTCTGGTCACGGAAGCCATCGAGGAGGAATACGC
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TATACGGTATAAATTGGATAAAAACTCGGAAGTTACAGTTTATTTT

QA 1 646 1 646
DS 

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CATGGCCGGGAAGCTAGGCGGCGATGGTCTGATCGGAGAGCTCTGCAACGGATTCGAGCT
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GGTGCTGGGTCTCGGAGATCTGACGGACGAAGACGTGAGGTCTATGATCAAGGAAGGGGA
TTTCGACTGCGACGGGGCGTTGAACCAGATGGAGTTCTGCGTGTTGATGTTTAGGCTTAG
CCCCGACTTGATGGATGCGTCGAGGTGTCTGGTCACGGAAGCCATCGAGGAGGAATACGC
CCGGTATTAAAACACTCTGGATGACACCGAGGGTTTACCTCTTCCTATGATTTTAACTGA
TTCGATTCTTACATTTATTTGTACTCATGTTGTTATTATCATTCACAAAATTCTTGGAAC
TATACGGTATAAATTGGATAAAAACTCGGAAGTTACAGTTTATTTT

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

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CGAATCTATTGTTGTACTGGAAGTAACTACGCTATTATTAATCATGCATTCTCTCG


BQ
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AF RR1FR21TF U 1
AF RR1FR21JQ C 4
BS 1 752 RR1FR21TF
BS 753 836 RR1FR21JQ

RD RR1FR21TF 752 0 0
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GTAAACCCGAGCTCATTCACGATATTCTGGCAACACTTAAGAGTAACTTAGACGTCCCTG
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CTGCATCGGTGATGGTTGCAAGAGGAGCTATGTGGAATGCTTCGATTTTCTCTCCAAAAG
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QA 1 752 1 752
DS 

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GATGTTTTAGAATACGATGATTTCTCTCGCATTAAAACTGCAACAGGCGCTGCATCGGTG
ATGGTTGCAAGAGGAGCTATGTGGAATGCTTCGATTTTCTCTCCAAAAGGAAAGTCACAC
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TTGTACTGGAAGTAACTACGCTATTATTAATCATGCATTCTCTCG

QA 9 833 9 833
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1E507JQ C 1
AF RR1E507TF U 1
BS 1 739 RR1E507TF
BS 740 740 RR1E507JQ
BS 741 749 RR1E507TF
BS 750 763 RR1E507JQ

RD RR1E507JQ 763 0 0
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QA 1 763 1 763
DS 

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TGATCAGAAAATTCTTGATCCTTGGCGTTTTCGGAGTTTTGGGCACACTACTTTTGTTGC
ATTTCCAAAAGGTGTTCGCCTACTTGCACCTCATGCCGAACTACAATTTATTGGCGAACT
GTTTGAGTACGTGTTTGCCAAACAGTTTGTCTGGGAAACTTTATTGACTGATAATTTGGC
TCAAGAAACTTTATTATACACATGTGATTACGAACCTCGCTGCATTTGCTACATATGCGA
TGATGTATACGAAGTATGTGACGAATTCATCACTCATCTCAAGAGTGAAGAGCACAGAAA
AGAGTTGTTTCTACTTCAAGAAGAGGCAAGACGCCATCTTTTGGACCTTTTGGAAGAAGA
AGAAATCTCTTTGATCGAGGCGGAAAAGAAGAGGCAAGAAGCCGCATCCCCATGGGGTCT
TTGTGTTAAAGAGTTTACTGAATGGAAATAAATGGGAACCCTTGTCTTTTTTCTCCTATT
TCATGTAGCATATCAATATGTTTCCATGTATGATTGCTTTATGAGCCTAATAATATTTCT
TAAAACTTGAGTTTGAGTA*TAAGTTACA
G

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL7208Contig1 745 2 1 U
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CTCTTACCTCCTCCTCCTCGCGATCATAATCTCTTCCCTTTCAATCTCCTCCATCGCCGC
TCGTCCTTGCAAAACCTTCCTCATCTCCTCCTATTCCCTCTCAATAACCCCAGAAAACCC
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CACCGCGGCTACCATGTACCTCGCCTGGGCTTTCGTCGTGGACCGTCGCGGCGGATCCGA
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GTTTTAAAGTGTTACTTTTGTCTGC


BQ
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BQ
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QA 1 554 1 554
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AF RR1B828TF C 1
AF RR1B828JQ U 6
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TGTCATAAGCATCCACGAGGTAGACAACTGCATCAACCTTGGCATAGTAATCTTTCCAAA
CTCTTCGAGCAATCTGATGGCCACCCAAATCAAAAGCCTTGAACTTGATATTGCCAATGC
TGAGTTCCTCAAAGGTTGGATGTTGTGTTGGCTGGTGCTGAACCAATCTCTCGTCTTTGA
GCATGTGAAGGAGTGTGGTTTTTCCGGCATTGTCGAGGCCGAGAAACAAGATCTTCGCCT
CTTTCTGCCATAACCCCAACGACGCCAAGATTCCGTAGAACCAATCGAAAAAAAACATTG
TCTCGTTCGCTGATCTCACAGAAGTAACCGATAAGCGCAAAT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL7211Contig1 940 2 2 U
GGAGGAGGATCAAGGAGAAGATACGTTGAACTTCTATACTGTGAGTATATTAGCAGCCAT
AAACGTCGGAGTGTGTCTGTTTGAAGCAGCGGCTCCAGTGAGGAATAACGAAATGGGACT
CTTATCGCTTCCGTTGCTCTATGGAGCAAAGATAAACGATCTAATCGTGGCTGGAGAATG
GTGGAGGCTCGTCACACCCATGTTTCTGCACTCTGGAATCCCTCACGTAGCACTTAGCTC
ATGGGCTCTGCTTACCTTTGGACCAAAAGTGTGCCGTGACTATGGGATATTCACGTTTTG
TCTGATTTACATTCTTGGAGGAGTCTCTGGTAATTTCATGAGCTTTCTTCATACACCAGA
TCCTACAGTTGGTGGAACTGGACCAGCATTTGCGTTAATAGGAGCTTGGCTTGTGGACCA
ATCTCAGAACAAGGAGATGATCAAAGGAGATGAGTACGAGGACTTGTTTCAGAAGGCCAT
TGTAATGACAGGGCTTGGTCTCATATTAAGCCATTTCGGTCCTATAGATGATTGGACAAA
TCTGGGAGCACTTGTAGCTGGGATCGTGTACGGGTTCTTCACTTGTCCAGTGCTTCAATT
TGGAAGAGGAAGTGAAAGACCAGAAGGGATTGTGACTGTTGGACAGGAGAAATAGAATAG
TGGTGATCCATGTAAATCGCTTCTTGTGTTCGTAGTCTTTGTTGCGGTTCTTGTGACTTG
TGTGCTAGTCCTTGGGGATGGATCGTTGGACTTCCCTACTTATGATGATGTTGTCTACTC
TCTCATTTAGAGTAGCATCATCAAGACAACAACTATTAGGTACTTGTGTGTGTGGGTACG
TGTGTAATTGACAAGTTAAATATCTGTATTGGTTAACAATGGAGGGAGAGCTCTTTGGTT
CGGGGTATAGCACAATGAGAAATCTATACTATTCTCACGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GE15TF U 1
AF RR1GE15JQ C 260
BS 1 702 RR1GE15TF
BS 703 940 RR1GE15JQ

RD RR1GE15TF 702 0 0
GGAGGAGGATCAAGGAGAAGATACGTTGAACTTCTATACTGTGAGTATATTAGCAGCCAT
AAACGTCGGAGTGTGTCTGTTTGAAGCAGCGGCTCCAGTGAGGAATAACGAAATGGGACT
CTTATCGCTTCCGTTGCTCTATGGAGCAAAGATAAACGATCTAATCGTGGCTGGAGAATG
GTGGAGGCTCGTCACACCCATGTTTCTGCACTCTGGAATCCCTCACGTAGCACTTAGCTC
ATGGGCTCTGCTTACCTTTGGACCAAAAGTGTGCCGTGACTATGGGATATTCACGTTTTG
TCTGATTTACATTCTTGGAGGAGTCTCTGGTAATTTCATGAGCTTTCTTCATACACCAGA
TCCTACAGTTGGTGGAACTGGACCAGCATTTGCGTTAATAGGAGCTTGGCTTGTGGACCA
ATCTCAGAACAAGGAGATGATCAAAGGAGATGAGTACGAGGACTTGTTTCAGAAGGCCAT
TGTAATGACAGGGCTTGGTCTCATATTAAGCCATTTCGGTCCTATAGATGATTGGACAAA
TCTGGGAGCACTTGTAGCTGGGATCGTGTACGGGTTCTTCACTTGTCCAGTGCTTCAATT
TGGAAGAGGAAGTGAAAGACCAGAAGGGATTGTGACTGTTGGACAGGAGAAATAGAATAG
TGGTGATCCATGTAAATCGCTTCTTGTGTTCGTAGTCTTTGT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1GE15JQ 681 0 0
GGACCAAAAGTGTGCCGTGACTATGGGATATTCACGTTTTGTCTGATTTACATTCTTGGA
GGAGTCTCTGGTAATTTCATGAGCTTTCTTCATACACCAGATCCTACAGTTGGTGGAACT
GGACCAGCATTTGCGTTAATAGGAGCTTGGCTTGTGGACCAATCTCAGAACAAGGAGATG
ATCAAAGGAGATGAGTACGAGGACTTGTTTCAGAAGGCCATTGTAATGACAGGGCTTGGT
CTCATATTAAGCCATTTCGGTCCTATAGATGATTGGACAAATCTGGGAGCACTTGTAGCT
GGGATCGTGTACGGGTTCTTCACTTGTCCAGTGCTTCAATTTGGAAGAGGAAGTGAAAGA
CCAGAAGGGATTGTGACTGTTGGACAGGAGAAATAGAATAGTGGTGATCCATGTAAATCG
CTTCTTGTGTTCGTAGTCTTTGTTGCGGTTCTTGTGACTTGTGTGCTAGTCCTTGGGGAT
GGATCGTTGGACTTCCCTACTTATGATGATGTTGTCTACTCTCTCATTTAGAGTAGCATC
ATCAAGACAACAACTATTAGGTACTTGTGTGTGTGGGTACGTGTGTAATTGACAAGTTAA
ATATCTGTATTGGTTAACAATGGAGGGAGAGCTCTTTGGTTCGGGGTATAGCACAATGAG
AAATCTATACTATTCTCACGT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL7212Contig1 776 2 3 U
GGGGGCTGTACATCGACAAGGAGTAGAAATGGGATTCCAAGGTAGGACGAACAAATTGGT
CAATGGTTGCTACACTTTTTGGCAGGCAGCCCCTTGTGTTCTACTTCAGCGATTTTTTTC
ATTCCGGGATCTGGTACGTCATGGATCATCACATATGTCACAAGAGACAGATGAAGATCA
CGAGGAACATGCTCATGATGAAGATGATCCCGAAGACATTTATGAAGAAGATTCTGATGA
GGACAGCGATGAAGATCCAGGGAACGGTCACCAAATCCATCATTCATCAACCTACATTAA
CAGGAGAATTCAACCTGTTTTTTGATAGCCCTCGGCTTGCAAAGATATGTGCTCTTGTGC
TCTAAGGTTCCTGAAGGTGGATTCAGAGATAAGCTGAGGAAACCCCGTGACTTCTACCAC
ACATGTTACTGTCTAAGCGGTCTTTCAGTGGCTCAACACGCTTGGTCAAAAGACGAGGAT
ACTCCTCCTTTGACTCGTGACATTTTGGGTGCCTACGCGAACCACCTTGAACCTGTTCAC
CTCCTACACAACGTTGTCATGGATCAGTACAACGAAGCTATCGAGTTCTTCCATAGAGCA
GCATGACCCCTTCTCGTCACACACGGGAAACTCTCAAGCCTGATTGTCTCTGAGAGAGTT
TCTCGTTCTGTTGTATGTGTACTTTTCAACAGAAGTTTTACTAGTGTAACCTATGGAAGA
TTTCGATTAAGTTTGTTTTAAAATCATATTATGATTCAAAGCTTTCGATGATTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AR54TF U 211
AF RR1AR54JQ C 1
BS 1 210 RR1AR54JQ
BS 211 364 RR1AR54TF
BS 365 776 RR1AR54JQ

RD RR1AR54TF 154 0 0
CGAAGACATTTATGAAGAAGATTCTGATGAGGACAGCGATGAAGATCCAGGGAACGGTCA
CCAAATCCATCATTCATCAACCTACATTAACAGGAGAATTCAACCTGTTTTTTGATAGCC
CTCGGCTTGCAAAGATATGTGCTCTTGTGCTCTA

QA 1 154 1 154
DS 

RD RR1AR54JQ 776 0 0
GGGGGCTGTACATCGACAAGGAGTAGAAATGGGATTCCAAGGTAGGACGAACAAATTGGT
CAATGGTTGCTACACTTTTTGGCAGGCAGCCCCTTGTGTTCTACTTCAGCGATTTTTTTC
ATTCCGGGATCTGGTACGTCATGGATCATCACATATGTCACAAGAGACAGATGAAGATCA
CGAGGAACATGCTCATGATGAAGATGATCCCGAAGACATTTATGAAGAAGATTCTGATGA
GGACAGCGATGAAGATCCAGGGAACGGTCACCAAATCCATCATTCATCAACCTACATTAA
CAGGAGAATTCAACCTGTTTTT*GATAGCC*TCGGCTTGCAAAGATATGTGCTCTTGTGC
TCTAAGGTTCCTGAAGGTGGATTCAGAGATAAGCTGAGGAAACCCCGTGACTTCTACCAC
ACATGTTACTGTCTAAGCGGTCTTTCAGTGGCTCAACACGCTTGGTCAAAAGACGAGGAT
ACTCCTCCTTTGACTCGTGACATTTTGGGTGCCTACGCGAACCACCTTGAACCTGTTCAC
CTCCTACACAACGTTGTCATGGATCAGTACAACGAAGCTATCGAGTTCTTCCATAGAGCA
GCATGACCCCTTCTCGTCACACACGGGAAACTCTCAAGCCTGATTGTCTCTGAGAGAGTT
TCTCGTTCTGTTGTATGTGTACTTTTCAACAGAAGTTTTACTAGTGTAACCTATGGAAGA
TTTCGATTAAGTTTGTTTTAAAATCATATTATGATTCAAAGCTTTCGATGATTGTT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL7213Contig1 349 2 1 U
GGAGAAAATAAAGAATTATCAGATCTTCGGCGAAAATTGATCCTTTCATAAGATAACATA
TCCCTTTAATTTGATGAAGTTTTGAAGATCTTCTTTTCAAACGAAAGGTCTTCTTCTTCA
ATTCTGTTCATTTAGTGTGGTTATAGAAAGGAAAACTTCTTGATGTTTGATCTCAGATTG
TCTGAAACTATTCAAATTTGAGTTGTGATCTTGATAGGTCTCTTGTGAAGTAGCGTTTTG
TTTACATTAACAATGAGGAAATTCAAAATAGCTATGTTGTGACAGCCGTATATCTATCAG
AAAGTGTACTTTGTTGAATTATAAGGCGTTCATTATCCTCTTTTTTTCG


BQ
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AF RR1C261JQ C 1
AF RR1C261TF U 1
BS 1 349 RR1C261TF

RD RR1C261JQ 349 0 0
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QA 1 349 1 349
DS 

RD RR1C261TF 349 0 0
GGAGAAAATAAAGAATTATCAGATCTTCGGCGAAAATTGATCCTTTCATAAGATAACATA
TCCCTTTAATTTGATGAAGTTTTGAAGATCTTCTTTTCAAACGAAAGGTCTTCTTCTTCA
ATTCTGTTCATTTAGTGTGGTTATAGAAAGGAAAACTTCTTGATGTTTGATCTCAGATTG
TCTGAAACTATTCAAATTTGAGTTGTGATCTTGATAGGTCTCTTGTGAAGTAGCGTTTTG
TTTACATTAACAATGAGGAAATTCAAAATAGCTATGTTGTGACAGCCGTATATCTATCAG
AAAGTGTACTTTGTTGAATTATAAGGCGTTCATTATCCTCTTTTTTTCG

QA 1 349 1 349
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AU87TF U 1
AF RR1AU87JQ C 2
BS 1 747 RR1AU87TF
BS 748 761 RR1AU87JQ

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AATGGTTTATGTGTGATTGATTCATATAACTATATATAAAATTTTATAGATGCAATAAGA
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TTTTCCACGTTTTGTTCTTGATTTAATGTTACTCTTTCTTAGTCACTGGCTTCTCCATTT
GTAAAGTATTTTTTTAAGAATTAAATT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR1AU87JQ 760 0 0
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CGAAACAAGGTAGGTTTAGTTCCTTCACCGCCAAGCAACAGCACTCTTTTCATCAAAACA
AACAACAGTATCAGCAGAATCAGGACAACTTAAGAAGTAACCTGACCAGTCACACTAACA
ACAACAACAAGAGTAGCAAGAACACTGGTAATGTTCATGCTTCTATCCCAAGAAGAACCT
ACAGAGATGCAGCATCTATCTACACTTGATTGATTTTTCACATCTGTCTACACTTGATTA
ATGGTTTATGTGTGATTGATTCATATAACTATATATAAAATTTTATAGATGCAATAAGAT
TTATTTGTTTGTAAATCAGCAGATAGTGAGGATTCTTTATAAGGAAGGTCTTGGAGATTT
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QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL7215Contig1 828 2 2 U
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BQ
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AF RR1GX57TF U 1
AF RR1GX57JQ C 417
BS 1 576 RR1GX57TF
BS 577 828 RR1GX57JQ

RD RR1GX57TF 576 0 0
GCGGTTGAGGATGTGGCATTCAGCCCGACTAGTGCACAAGAATTCTGCAGTGTTGGTGAC
GATTCTTGCCTCGTACTATGGGATGCGAGAACAGGCACTAGCCCTGTCACGAAGGTTGAA
AAGGCTCACGATGCTGATCTTCATTGTGTCGACTGGAATCCTCATGACGACAATCTGATC
CTGACAGGGTCTGCAGACAACACTGTCCGTATGATCGTAGGAACCTTACCTCCAATGGAG
TTGGTACGCCCATCTACAAATTTGAAGGGCACAAAGCTGCTGTTCTTTGCGTTCAGTGGT
GTCCTGATAAGTCATCTGTTTTTGGGAGTTCCGCAGAAGATGGTCTCTTGAACATCTGGG
ATTATGACAGGGTCAGTAAGAAGTCTGATCGTGCAGCTAAGAGCCCCGCTGGTCTCTTCT
TCCAGCATGCTGGTCACAGGGACAAAGTTGTTGATTTCCACTGGAATGCGGCGGACCCGT
GGACTATTGTCAGTGTTTCTGATGACTGTGAGACTACTGGTGGAGGTGGAACATTGCAGA
TATGGCGGATGAGTGACTTGATTTACAGACCAGAAG

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR1GX57JQ 412 0 0
TTCTTCCAGCATGCTGGTCACAGGGACAAAGTTGTTGATTTCCACTGGAATGCGGCGGAC
CCGTGGACTATTGTCAGTGTTTCTGATGACTGTGAGACTACTGGTGGAGGTGGAACATTG
CAGATATGGCGGATGAGTGACTTGATTTACAGACCAGAAGAGGAGGTTTTGGCAGAGTTG
GAAACGTTCAAGTCGCATGTTATGACATGTGCCTTTAAACCTTGAGGGCAAAGAAATAAA
AATGTACCATTGTCTATCTATCGCCTGTGGTAAAACTAATGCGGCTAAGTTGTCGTTTTA
GCGAGGAATACTATCTTCTTTAGTTTGTGTTTTTGACTTGAAACTGGTTGGTTTCAATTT
TGTTGTGTTTCAGAATAAGAAAACAATTACTAATCCAAGTCCAATCCATTTT

QA 1 412 1 412
DS 



AS 1 2

CO CL7216Contig1 950 2 4 U
GGATCATTGTCTTCTTCTTACAAAAACTTTTGTCTGCACTTAGCCGTGAGCGCAGAGGAA
AAATTGCTTTTTTTCTTCCCTTTTTATCAGATGATAGGAGGAAGGGAACAACACATCAGA
AGATTCCAATTCCGCAGAAATCAATCTCAGATTCGCCTCTTTTCTCTCTCTGCTCCGTCG
TCTTCTAGGGTTTCCTGATGCATGAGTTCTCTACTGTTGATGGTTTTTCGGAGATAAACG
AGTGCTTAGCCGAGATGATTAAGTACATTGCTAACGAACCCTCTGTGGGGCTTTATTACA
TCCAGCAGCACGTCCGCAACGCAGCACCCAACGTCCTCAACCTCAACGCCCAAGTCTTGG
ACAAGTCCCGTGAAACTGCTCTCCGTACCGAAGACTCGGAAGAGTCTATCGCCATGGTGA
AATCGATGAAAGAGTGTGGTTCTCCTATAGCTGATGGGATGATAGGAGACATCAAGAGCT
CCTTAGCGTTAATGTCCTCGAAACAACCGAGGAGAGGGCTCATCCTCAATACCGGGAGCT
CTTGGAGCACCAGATCCAGCAGCAGTATAGCAACACCAACAACAACAACAATGCGTGGTT
CTGATTATAGTCAGGATACTAGCGAAAGCGGCAGCTATTTCACATCGGTGTTCAAGTCGG
CTAAGGAGAAAGCAAGCAATATCAAATGGCCACAGCTTGACTTCAAAGAACAGAAGGTGG
AGACTATCCCCAATGTGGAAAGCAATGAGTTAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGTCTTAA
GCAAAGGTGAACAACATATGGTGGAGAAGACAAAGTTTGAGGAGTTTAAGGCTGGTAAAG
AAGCGAGTCTTAAGGCATGGCTTGGAGATATGGATGAAGATGCAGATGCTAGTGGACGTG
CTACTGAGAGGATTTAGTGTTTTGTATAATGGTGCTGATGGAGACACAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA41TF U 1
AF RR1CA41JQ C 210
BS 1 614 RR1CA41TF
BS 615 615 RR1CA41JQ
BS 616 658 RR1CA41TF
BS 659 950 RR1CA41JQ

RD RR1CA41TF 660 0 0
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AAATTGCTTTTTTTCTTCCCTTTTTATCAGATGATAGGAGGAAGGGAACAACACATCAGA
AGATTCCAATTCCGCAGAAATCAATCTCAGATTCGCCTCTTTTCTCTCTCTGCTCCGTCG
TCTTCTAGGGTTTCCTGATGCATGAGTTCTCTACTGTTGATGGTTTTTCGGAGATAAACG
AGTGCTTAGCCGAGATGATTAAGTACATTGCTAACGAACCCTCTGTGGGGCTTTATTACA
TCCAGCAGCACGTCCGCAACGCAGCACCCAACGTCCTCAACCTCAACGCCCAAGTCTTGG
ACAAGTCCCGTGAAACTGCTCTCCGTACCGAAGACTCGGAAGAGTCTATCGCCATGGTGA
AATCGATGAAAGAGTGTGGTTCTCCTATAGCTGATGGGATGATAGGAGACATCAAGAGCT
CCTTAGCGTTAATGTCCTCGAAACAACCGAGGAGAGGGCTCATCCTCAATACCGGGAGCT
CTTGGAGCACCAGATCCAGCAGCAGTATAGCAACACCAACAACAACAACAATGCGTGGTT
CTGATTATAGTCAG*ATACTAGCGAAAGCGGCAGCTATTTCACATCGGTGTTCAAGTC
TG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1CA41JQ 741 0 0
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GAAGACTCGGAAGAGTCTATCGCCATGGTGAAATCGATGAAAGAGTGTGGTTCTCCTATA
GCTGATGGGATGATAGGAGACATCAAGAGCTCCTTAGCGTTAATGTCCTCGAAACAACCG
AGGAGAGGGCTCATCCTCAATACCGGGAGCTCTTGGAGCACCAGATCCAGCAGCAGTATA
GCAACACCAACAACAACAACAATGCGTGGTTCTGATTATAGTCAGGATACTAGCGAAAGC
GGCAGCTATTTCACATCGGTGTTCAAGTCGGCTAAGGAGAAAGCAAGCAATATCAAATGG
CCACAGCTTGACTTCAAAGAACAGAAGGTGGAGACTATCCCCAATGTGGAAAGCAATGAG
TTAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGTCTTAAGCAAAGGTGAACAACATATGGTGGAGAAG
ACAAAGTTTGAGGAGTTTAAGGCTGGTAAAGAAGCGAGTCTTAAGGCATGGCTTGGAGAT
ATGGATGAAGATGCAGATGCTAGTGGACGTGCTACTGAGAGGATTTAGTGTTTTGTATAA
TGGTGCTGATGGAGACACAGA

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL7217Contig1 241 2 1 U
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CGCATCTCCGGGACATCCGTATCTCGTTAAAGGAATTCAAACAGTTTGCTGAGCTACGCA
CTAAACTTGGGCCGTTTTCTCTCGCGCTTTTCGCTTATGGCAAAGCCAATGGTTTACTTA
C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1DI56JQ C 1
AF RR1DI56TF U 1
BS 1 241 RR1DI56TF

RD RR1DI56JQ 241 0 0
GTGACTATAAACGAAGAGAAACTATATCGGCCAAAGATTTTGCATTGTCTATGGTGGCTG
CGGCTGATGCAAGCCATTTGGGCAAACTGCTTGATCGAGTGGAGGATCTGAGCGAACACC
CGCATCTCCGGGACATCCGTATCTCGTTAAAGGAATTCAAACAGTTTGCTGAGCTACGCA
CTAAACTTGGGCCGTTTTCTCTCGCGCTTTTCGCTTATGGCAAAGCCAATGGTTTACTTA
C

QA 1 241 1 241
DS 

RD RR1DI56TF 241 0 0
GTGACTATAAACGAAGAGAAACTATATCGGCCAAAGATTTTGCATTGTCTATGGTGGCTG
CGGCTGATGCAAGCCATTTGGGCAAACTGCTTGATCGAGTGGAGGATCTGAGCGAACACC
CGCATCTCCGGGACATCCGTATCTCGTTAAAGGAATTCAAACAGTTTGCTGAGCTACGCA
CTAAACTTGGGCCGTTTTCTCTCGCGCTTTTCGCTTATGGCAAAGCCAATGGTTTACTTA
C

QA 1 241 1 241
DS 



AS 1 2

CO CL7218Contig1 828 2 4 U
GGAGTCAAGTCAAGCAAGGTTTCTCAACTCAAATCTAGGTTCCAATCTGTTAAACAGCTG
GCTATTGATTCAGTTTCGAAGCACAAGCTGAGTCCGGTTCATCCAAGCATGGGGAAGAAG
TTCAACTCTGAAACGAACCTAACTTGTCCTGCAAGTAGTAGGTCTTCATCTCCTTACAGA
CACCCTAGATGTATGTCACCATTTCGGACTACAAACGCTACGTGTTCCCTGACACTCGTA
AGGAAACAGAGAGCCTGAGAGCCAACAGGTTGAACAAGCATATTAGAAGCATGAGCATGT
CTCAGGAATTACTCTACCCAAACGGTTCCACCGAGAATTCTCCCAAGAGTACTAGTGACC
ATCATAGTTCAATCTTTCCAGAGGAATTAGAGAAGGAACCAAACACCTCCTCTTGCAGGT
CACCTCTTGCACCACCGTCGCCTAAAAAGCCTTCTGAGTCTTGGCTTTGCCATAATCTGC
CATCTCACATCCCTTCACGTAGATATCCTTTCCATCCTCAAAAGCAGGATCTTAATGACA
ACAACAACTACAGGAATGTTACCAAGTGGGAAACTATTGTTAAGACTTCCTACCTGCACA
GAGATCATATTCGATATTCCGAAGAACTGGTTGCTCATACATCTCTTCAATGAGTGAGCT
TGAAGCTTCTCCGAGATGTACTTCCTCACAATCATCAGGTTTATTATAGATGCGTTTTCA
TCTTTGATTAGAAGTTGTTGGACATAAGTCATTTCTTTTACCCCATGTAAAGAAAGCCTG
TCATTGTGCAGCTGAGTTTTACCTAATAATAATCACTCATTTTGGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H663TF U 1
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BS 700 736 RR1H663TF
BS 737 828 RR1H663JQ

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TTCAACTCTGAAACGAACCTAACTTGTCCTGCAAGTAGTAGGTCTTCATCTCCTTACAGA
CACCCTAGATGTATGTCACCATTTCGGACTACAAACGCTACGTGTTCCCTGACACTCGTA
AGGAAACAGAGAGCCTGAGAGCCAACAGGTTGAACAAGCATATTAGAAGCATGAGCATGT
CTCAGGAATTACTCTACCCAAACGGTTCCACCGAGAATTCTCCCAAGAGTACTAGTGACC
ATCATAGTTCAATCTTTCCAGAGGAATTAGAGAAGGAACCAAACACCTCCTCTTGCAGGT
CACCTCTTGCACCACCGTCGCCTAAAAAGCCTTCTGAGTCTTGGCTTTGCCATAATCTGC
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ACAACAACTACAGGAATGTTACCAAGTGGGAAACTATTGTTAAGACTTCCTACCTGCACA
GAGATCATATTCGATATTCCGAAGAACTGGTTGCTCATACATCTCTTCAATGAGTGAGCT
TGAAGCTTCTCCGAGATGTACTTCCTCACAATCATCAG*TTTATTATAGATGCGTTTTCA
TCTTTGATTAGAAGTT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1H663JQ 765 0 0
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AACTCTGAAACGAACCTAACTTGTCCTGCAAGTAGTAGGTCTTCATCTCCTTACAGACAC
CCTAGATGTATGTCACCATTTCGGACTACAAACGCTACGTGTTCCCTGACACTCGTAAGG
AAACAGAGAGCCTGAGAGCCAACAGGTTGAACAAGCATATTAGAAGCATGAGCATGTCTC
AGGAATTACTCTACCCAAACGGTTCCACCGAGAATTCTCCCAAGAGTACTAGTGACCATC
ATAGTTCAATCTTTCCAGAGGAATTAGAGAAGGAACCAAACACCTCTTCTTGCAGGTCAC
CTCTTGCACCACCGTCGCCTAAAAAGCCTTCTGAGTCTTGGCTTTGCCATAATCTGCCAT
CTCACATCCCTTCACGTAGATATCCTTTCCATCCTCAAAAGCAGGATCTTAATGACAACA
ACAACTACAGGAATGTTACCAAGTGGGAAACTATTGTTAAGACTTCCTACCTGCACAGAG
ATCATATTCGATATTCCGAAGAACTGGTTGCTCATACATCTCTTCAATGAGTGAGCTTGA
AGCTTTTCCGAGATGTACTTCCTCACAATCATCAGGTTTATTATAGATGCGTTTTCATCT
TTGATTAGAAGTTGTTGGACATAAGTCATTTCTTTTACCCCATGTAAAGAAAGCCTGTCA
TTGTGCAGCTGAGTTTTACCTAATAATAATCACTCATTTTGGCAC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL7219Contig1 791 2 3 U
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TGTTTTGAATATGTTCTTAATGTATTCTAAATAACTAAATTCATCTTATAAGAAAACAAA
GACAAGGTCAATGCAATAAAAATAACATTGTGGATCAAATCATCGTGTTCTACAAAGTTT
GACTATCAAAATAGTTGAGCCACTCATCGTAAACATCTAACCCTGGTTCAACCATTTGGC
TACACAACTCATCATGTGATTGCCTATGGATTTCTAGAGAGTCCGGTTTAAATATAGGGG
GAGGAGGGATTTGGCGATCTTCAAAAAGATATTCTAGTGATTGTGGTGCATTCACTTCAA
ATCCACATGGCATATGCTCCACCAAGATCTCCAACTCCTCTTCTTGATTATGCATATCGC
TGTTAATAACGTCATTAGAGACTGATGAGGAGGAAGAGGTTTGGTTAGTAACATCTGATG
CTGATGAGTTGCTCTTCACCGATCGTTTCTTGAGATGAGTGTTCCACACATTCTTGATCT
CGTTGTATGTTCTTCCTGGCAAGTGTGATGCTATCTTTGACCACCTGATTAATTAATACA
CTAGTTATACTTCTTGCTTGTTTTTATATAAATTTTAGATGGGGGATGTTGAAACTAGGG
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CTTTGGTGAAGTCGCCTCGTTTGAGACCTGGTCTCAGATAGTTTATCCATCTTAAACGGC
AACTCTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A234JQ U 30
AF RR1A234TF C 1
BS 1 29 RR1A234TF
BS 30 779 RR1A234JQ
BS 780 791 RR1A234TF

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TAAACATCTAACCCTGGTTCAACCATTTGGCTACACAACTCATCATGTGATTGCCTATGG
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GAGGAAGAGGTTTGGTTAGTAACATCTGATGCTGATGAGTTGCTCTTCACCGATCGTTTC
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GCTATCTTTGACCACCTGATTAATTAATACACTAGTTATACTTCTTGCTTGTTTTTATAT
AAATTTTAGATGGGGGATGTTGAAACTAGGGAGACATGGCTTTACTTGTTTCCAAGAACT
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QA 1 750 1 750
DS 

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CGTTGTATGTTCTTCCTGGCAAGTGTGATGCTATCTTTGACCACCTGATTAATTAATACA
CTAGTTATACTTCTTGCTTGTTTTTATATAAATTTTAGATGGGGGATGTTGAAACTAGGG
AGACATGGCTTTACTTGTTTCCAAGAACTTGGTGAAGGTGTATAATAGTTTCTACCTCCT
CTTTGGTGAAGTCGCCTCGTTTGAGACCTGGTCTCAGATAGTTTATCCATCTTAAACGGC
AACTCTTTCCC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

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CGCCGATCTGCTCATTGTTTTATCGATTTCTCGTTTCCACCCCCAACTCCAAGTCAAACA
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CAGGACCCCTTTCTGTTCTTATGATGAGTGTTAAGAACAACACTCAGGTGTTGATCAATT
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AAGCTCTTCCCGTCAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTG
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CTGGAGTATAGGTATAGCTCGCAGGATTGGATTATAATTGAGATGTCTGCTCTTCTATGT
GTAATACCCCTTAACTTTGTAATTGCAAGTGACAGACGAGGTTTTCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV35TF U 1
AF RR1EV35JQ C 5
BS 1 692 RR1EV35TF
BS 693 768 RR1EV35JQ

RD RR1EV35TF 692 0 0
GGGTCAGAAACTTATTTGGAAAAACCGAGATCGTGATTTTAGCTGCTGAAAACCTAATAT
CGCCGATCTGCTCATTGTTTTATCGATTTCTCGTTTCCACCCCCAACTCCAAGTCAAACA
TGAGTAGTAGGCCAATGGAAGAGGATACCAACGAAAAGACAGAAGAGGAGGAATTCAACA
CAGGACCCCTTTCTGTTCTTATGATGAGTGTTAAGAACAACACTCAGGTGTTGATCAATT
GCCGCAACAACAGGAAACTCCTTGGCCGTGTTAGGGCTTTCGACAGGCACTGCAACATGG
TTCTTGAGAATGTCAGAGAAATGTGGACTGAGGTACCAAAAACTGGAAAAGGAAAAAAGA
AAGCTCTTCCCGTCAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTG
TCATTATCGTCCTTAGGAATCCCAAGTAAGAGACATTACAAGAGATGTATCTGCTCCTAG
TTGTTTCTTCATATGATAACCTTCATCTTTGATCATGAGTCTTGAAAATCTAGCGTTGCC
TTGTACTTTTTCACTTGTCTTCTGTCTTATCTCGTATGACTAAGAAGTAGCGCTAAGTAG
TTTGTAATAGCCAAAGACAGTTTTTTTTTGAGGGTTAAAACGATAGACAAAGTTGCATTA
CTGGAGTATAGGTATAGCTCGCAGGATTGGAT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1EV35JQ 764 0 0
CAGAAACTTATTTGGAAAAACCGAGATCGTGATTTTAGCTGCTGAAAACCTAATATCGCC
GATCTGCTCATTGTTTTATCGATTTCTCGTTTCCACCCCCAACTCCAAGTCAAACATGAG
TAGTAGGCCAATGGAAGAGGATACCAACGAAAAGACAGAAGAGGAGGAATTCAACACAGG
ACCCCTTTCTGTTCTTATGATGAGTGTTAAGAACAACACTCAGGTGTTGATCAATTGCCG
CAACAACAGGAAACTCCTTGGCCGTGTTAGGGCTTTCGACAGGCACTGCAACATGGTTCT
TGAGAATGTCAGAGAAATGTGGACTGAGGTACCAAAAACTGGAAAAGGAAAAAAGAAAGC
TCTTCCCGTCAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCAT
TATCGTCCTTAGGAATCCCAAGTAAGAGACATTACAAGAGATGTATCTGCTCCTAGTTGT
TTCTTCATATGATAACCTTCATCTTTGATCATGAGTCTTGAAAATCTAGCGTTGCCTTGT
ACTTTTTCACTTGTCTTCTGTCTTATCTCGTATGACTAAGAAGTAGCGCTAAGTAGTTTG
TAATAGCCAAAGACAGTTTTTTTTTGAGGGTTAAAACGATAGACAAAGTTGCATTACTGG
AGTATAGGTATAGCTCGCAGGATTGGATTATAATTGAGATGTCTGCTCTTCTATGTGTAA
TACCCCTTAACTTTGTAATTGCAAGTGACAGACGAGGTTTTCTT

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL7221Contig1 844 2 4 U
CCCTAAGAAAAACCCTTGGCCATGGTGGTTGGTGGTCTGAGAGAGTTCGCGCTCAGAAGA
AACGGAGATGGCACACCAGCTCTGGACGAGTCTAACGGCGAGGAGCTTATGCACGTGCAG
CCCTCAGTCGCCGTCGCTCTCGGCAACCGCTCCGTCGAGTCTCCCGGAACTCTCTACATC
ACTTCCAGGAAACTGATTTGGCTGAGTGATGTAGACGTGGCGAAAGGCTACGCCGTTTAT
TTCTTGTCGATATCGCTTCACGCGGTTTCTAGAGATCCACAAACTTATTCATCTCCTTGT
ATTTATACTCAGATTGAAGTTGTAGAAGATGATGAGGATGATACAGAGTCCACTGGAGTG
TTGGACTTGTCTAAGATCAGAGAGATGAGGCTTGTTCCTTCTGACTCTACTCAGTTGGAT
ACCCTGTTTGATGTATTCTGCGAATGTGCTGAGCTGAGTCCAGAACCGATTGAAGAAGAA
GAAGAAGAAAGTGGACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTTGTTGGTGGAGGA
GGGGAAGAAGATGCAGAATGGCAAATATCTCAGAGCCCGACGAGTGTAATTGGTCATTCC
AATGGAGGAGATGAAAGTATTGCTCAGCCTATGCTCGAGCTCCGGATCAATGATCAGAGG
TTTGATGATGCTGAAGAGATGGTTCATGAAAGTGAGACCAAAGATCACTAATTTGTTAAA
ACAATGTACTCTAAAAACCCAGAGTTGTTTCTTATGTTTGAAACAATGTTGTATCTGTCT
TCTTTTAAGTTTATGTGCTTTGTTAAATATGAGTCGAGACAGATAGTTACCTCTCTCATT
AACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR1AM16TF U 1
AF RR1AM16JQ C 130
BS 1 736 RR1AM16TF
BS 737 737 RR1AM16JQ
BS 738 837 RR1AM16TF
BS 838 844 RR1AM16JQ

RD RR1AM16TF 837 0 0
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GGGGAAGAAGATGCAGAATGGCAAATATCTCAGAGCCCGACGAGTGTAATTGGTCATTCC
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ACAATGTACTCTAAAA*CCCAGAGTTGTTTCTTATGTTTGAAACAATGTTGTATCTGTCT
TCTTTTAAGTTTATGTGCTTTGTTAAATATGAGTCGAGACAGATAGTTACCTCTCTC

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR1AM16JQ 715 0 0
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ATATCGCTTCACGCGGTTTCTAGAGATCCACAAACTTATTCATCTCCTTGTATTTATACT
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TCTAAGATCAGAGAGATGAGGCTTGTTCCTTCTGACTCTACTCAGTTGGATACCCTGTTT
GATGTATTCTGCGAATGTGCTGAGCTGAGTCCAGAACCGATTGAAGAAGAAGAAGAAGAA
AGTGGACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTTGTTGGTGGAGGAGGGGAAGAA
GATGCAGAATGGCAAATATCTCAGAGCCCGACGAGTGTAATTGGTCATTCCAATGGAGGA
GATGAAAGTATTGCTCAGCCTATGCTCGAGCTCCGGATCAATGATCAGAGGTTTGATGAT
GCTGAAGAGATGGTTCATGAAAGTGAGACCAAAGATCACTAATTTGTTAAAACAATGTAC
TCTAAAAACCCAGAGTTGTTTCTTATGTTTGAAACAATGTTGTATCTGTCTTCTTTTAAG
TTTATGTGCTTTGTTAAATATGAGTCGAGACAGATAGTTACCTCTCTCATTAACC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7222Contig1 796 2 2 U
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AAGACTTCAGAGCCATTGATTTTTCTGGAAACAGAATTTCTGGAAGTATCCCTACATCCA
TTGCCTACTTGAAAGAATTGCGTCTTCTCAACTTATCAGGTAACGCCTTCACAAGCAATA
TCCCGCGGTCTTTGGCGAATTTAACAAAGCTGGAAACATTGGACGTATCATGTAATAATC
TGTCAGGTCAAATCCCTCAAGATCTTGGTAAACTATCCTTTCTATCATACATGAACTTCT
CTCATAACCTTCTCCAAGGTCCAGTCCCACAAGGCACACAGTTTCAAATACAAAAATGTT
CTTCGTTCCTGGACAACCCTGGACTATATGGTCTCGAGGAAATATGTGGAGAACCCCATG
TCCCGAGTCCTACATCACATCAACCCGAGGAACTGTCAGAGACGGAGGAGAAAATGATCA
ATTGGGTAGCAGCTGCAATAGCATATGGACCTGGTGTATTCTGTGGATTGGTGATTGGAC
ATATCTTCTTCACTTCACACATTCAAGAGCGTGAAAAGCTTGGTCGAAGAAAAATCAGAG
TCACCCCATTTGCTCGTTGAGCCCATCTCTTGCAGTCTCTCTCTGTTAAGCATGTGTGGA
GCATAGCATGTGTTGTACTGAATTGGTAAGATAAGAAGATATGTTTTGTGTTTGTTTGTA
ATTTTCGGTTTACTTGTTTCGTAGTAGACCCTTTTGTTTTACTTGATAGTTGATATGTTA
TATACCCTTTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BC17TF U 1
AF RR1BC17JQ C 192
BS 1 790 RR1BC17TF
BS 791 796 RR1BC17JQ

RD RR1BC17TF 790 0 0
TTTATTTCTCTGTGGAAATGGTGAACAAAGGAATAGAGACCAAGTTTGAGAGAATCCGAC
AAGACTTCAGAGCCATTGATTTTTCTGGAAACAGAATTTCTGGAAGTATCCCTACATCCA
TTGCCTACTTGAAAGAATTGCGTCTTCTCAACTTATCAGGTAACGCCTTCACAAGCAATA
TCCCGCGGTCTTTGGCGAATTTAACAAAGCTGGAAACATTGGACGTATCATGTAATAATC
TGTCAGGTCAAATCCCTCAAGATCTTGGTAAACTATCCTTTCTATCATACATGAACTTCT
CTCATAACCTTCTCCAAGGTCCAGTCCCACAAGGCACACAGTTTCAAATACAAAAATGTT
CTTCGTTCCTGGACAACCCTGGACTATATGGTCTCGAGGAAATATGTGGAGAACCCCATG
TCCCGAGTCCTACATCACATCAACCCGAGGAACTGTCAGAGACGGAGGAGAAAATGATCA
ATTGGGTAGCAGCTGCAATAGCATATGGACCTGGTGTATTCTGTGGATTGGTGATTGGAC
ATATCTTCTTCACTTCACACATTCAAGAGCGTGAAAAGCTTGGTCGAAGAAAAATCAGAG
TCACCCCATTTGCTCGTTGAGCCCATCTCTTGCAGTCTCTCTCTGTTAAGCATGTGTGGA
GCATAGCATGTGTTGTACTGAATTGGTAAGATAAGAAGATATGTTTTGTGTTTGTTTGTA
ATTTTCGGTTTACTTGTTTCGTAGTAGACCCTTTTGTTTTACTTGATAGTTGATATGTTA
TATACCCTTT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1BC17JQ 605 0 0
TTGGCGAATTTAACAAAGCTGGAAACATTGGACGTATCATGTAATAATCTGTCAGGTCAA
ATCCCTCAAGATCTTGGTAAACTATCCTTTCTATCATACATGAACTTCTTTCATAACCTT
CTCCAAGGTCCAGTCCCACAAGGCACACAGTTTCAAATACAAAAATGTTTTTCGTTCCTG
GACAACCCTGGACTATATGGTCTCGAGGAAATATGTGGAGAACCCCATGTCCCGAGTCCT
ACATCACATCAACCCGAGGAACTGTCAGAGACGGAGGAGAAAATGATCAATTGGGTAGCA
GCTGCAATAGCATATGGACCTGGTGTATTTTGTGGATTGGTGATTGGACATATTTTTTTC
ACTTCACACATTCAAGAGCGTGAAAAGCTTGGTCGAAGAAAAATCAGAGTCCCCCCATTT
GCTCGTTGAGCCCATCTCTTGCAGTCTCTTTTTGTTAAGCATGTGTGGAGCATAGCATGT
GTTGTACTGAATTGGTAAGATAAGAAGATATGTTTTGTGTTTGTTTGTAATTTTCGGTTT
ACTTGTTTCGTAGTAGACCCTTTTGTTTTACTTGATAGTTGATATGTTATATACCCTTTT
GTTTT

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL7223Contig1 705 2 3 U
TTCTAAATTTCGAACCGAAGGTTCAAGTCTACTCCATAGCATAATAAAATCCTCTGGGGC
TTACGAAGAACAAGTTCTAACTTCATCTCTGGTCAAGCAAAACCATCGAGATCAAAGTCA
CTAGTACTACTTACATTCCAATCCTCATTCCAGAAACTAGTCAGACAATAGATTGATCAT
TTCATCCTCCATGTAAGCCAAAATCGAGTTCTTCACATCTGCGTTCTTCTCCTCTAACAC
TCGAACTTGGTTTTCAAGAAACTCCCTCTCACTCCTCAATTCACTATCTTCATCAACACA
AATCTCCTTCTGAAACTCAAAGCACATCTTCACAAACCCTTCCCGCTTTTCGGTTATCTT
TCTGAGTATCTCGGAGTGTTCGTTCCTCAGGCGACGAATCTCATCATCCAATAGCTTCAG
AGAGTTTTTTGAATCGGCTGCTACGGAGATCAAGCCGGTGAGCTCGAACTGAGAAGCGAG
GAACGATCTAGTAAGATCGGATTCCTTGACGGACATAGCCGATTCCATCTCAGAGCATTT
TACGATCTCTGATTCGATCTCTCGCGTCACCTGAATGTTCGCCTCGATTTCCAAATTGAC
CTGATCAAGCATGTCCTTGTAAATGGAGATTTGACATAGAATCGCTCCTGAATCTTCCAT
CTCAACTCAATCCCTGGCTTCTTTCCGGAATCAGAAATCGCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AS84JQ U 16
AF RR1AS84TF C 1
BS 1 15 RR1AS84TF
BS 16 529 RR1AS84JQ
BS 530 705 RR1AS84TF

RD RR1AS84JQ 514 0 0
CGAAGGTTCAAGTCTACTCCATAGCATAATAAAATCCTCTGGGGCTTACGAAGAACAAGT
TCTAACTTCATCTCTGGTCAAGCAAAACCATCGAGATCAAAGTCACTAGTACTACTTACA
TTCCAATCCTCATTCCAGAAACTAGTCAGACAATAGATTGATCATTTCATCCTCCATGTA
AGCCAAAATCGAGTTCTTCACATCTGCGTTCTTCTCCTCTAACACTCGAACTTGGTTTTC
AAGAAACTCCCTCTCACTCCTCAATTCACTATCTTCATCAACACAAATCTCCTTCTGAAA
CTCAAAGCACATCTTCACAAACCCTTCCCGCTTTTCGGTTATCTTTCTGAGTATCTCGGA
GTGTTCGTTCCTCAGGCGACGAATCTCATCATCCAATAGCTTCAGAGAGTTTTTTGAATC
GGCTGCTACGGAGATCAAGCCGGTGAGCTCGAACTGAGAAGCGAGGAACGATCTAGTAAG
ATCGGATTCCTTGACGGACATAGCCGATTCCATC

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR1AS84TF 705 0 0
TTCTAAATTTCGAACCGAAGGTTCAAGTCTACTCCATAGCATAATAAAATCCTCTGGGGC
TTACGAAGAACAAGTTCTAACTTCATCTCTGGTCAAGCAAAACCATCGAGATCAAAGTCA
CTAGTACTACTTACATTCCAATCCTCATTCCAGAAACTAGTCAGACAATAGATTGATCAT
TTCATCCTCCATGTAAGCCAAAATCGAGTTCTTCACATCTGCGTTCTTCTCCTCTAACAC
TCGAACTTGGTTTTCAAGAAACTCCCTCTCACTCCTCAATTCACTATCTTCATCAACACA
AATCTCCTTCTGAAACTCAAAGCACATCTTCACAAACCCTTCCCGCTTTTCGGTTATCTT
TCTGAGTATCTCGGAGTGTTCGTTCCTCAGGCGACGAATCTCATCATCCAATAGCTTCAG
AGAGTTTTTTGAATCGGCTGCTACGGAGATCAAGCCGGTGAGCTCGAACTGAGAAGCGAG
GAACGATCTAGTAAGATCGGATTCCTTGACGGACATAGCCGATTCCATCTCAGAGCATTT
TACGATCTCTGATTCGATCTCTCGCGTCACCTGAATGTTCGCCTCGATTTCCAAATTGAC
CTGATCAAGCATGTCCTTGTAAATGGAGATTTGACATAGAATCGCTCCTGAATCTTCCAT
CTCAACTCAATCCCTGGCTTCTTTCCGGAATCAGAAATCGCACCC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL7224Contig1 942 2 4 U
GCTGGTTTTCTTTCCGATGTTTACCGTCCAGCTGCAGATAGAGTTGGAAAAATCTTCATG
ATCGCAGATGAGAGGGTGCAAGGAGCTGTGTTTGATCTACCAGAGGACATCGCGAAAGAG
CTGCTAGAGAATGAAGTGCCAGAAGGAAACAGTATATCCTTGATAACAAAGTTGCCCCCG
CTGCAAGATGATGGACCGTCTAGTGATAACTATGGACGGTTCTCTAGCAGAGACAGGATG
CCTAGAGGAGGAGGAGGTTCTAGAGGGTCAAGATTTGGCGGTAAAGGAGGAGGATCATCA
CGAGGACGTGATAGTTGGGGAGGTGATGATGACAGAAGAAGTAGAAGCAGTGGTGGTGGA
GGTAGCAGCTGGTCCCGTGGTGGTGGTTCCAGAGGAAGTTCTGATGATTGGTTGATTGGC
GGCGGTAGTGACAGAAGATCATCAAGCAGCAGAGCTCCTTCTAGGGAGAGGAGTTTCGGA
GGTGCTTGCTTCAATTGTGGAAGTTCAGGACACAGGGCAGCAGATTGTCCTGACAAGAGA
GGGTTTTAAAGTTAATGGCTCTGTTCTTGAGACAGAGAGAGAGATCCTTGTCCTTTTTTT
GGTGTTCTTAATGTGAATCCTTTCGTGATTGCTTCAACCGTTTGTTTCAAGACGGTAGAG
ATTGCAGTCATGGAGGATGTATTCTTCAGACAAAGGGTTTAATTATAAGCATAGTGCAGC
AGAAAAGTAAGTAAAGGAGAAGGTTTTCCTCAATTGGCATTTTCAGAGATTGCTTCAGAA
ACAAGGAAAGCTGATGGATCCTTTTTGTTTTTTTTTTTAGGTTATTATGATGATCAGATT
CCATGTTTCTGAATTTTGTATGATTTCAAGTGGTTAGACAGTCTATTTACACTACTCTTA
TTGTTCTGTACGTTTCTATTATTATATGTGAATCGTTATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO39TF U 1
AF RR1AO39JQ C 9
BS 1 742 RR1AO39TF
BS 743 743 RR1AO39JQ
BS 744 780 RR1AO39TF
BS 781 942 RR1AO39JQ

RD RR1AO39TF 780 0 0
GCTGGTTTTCTTTCCGATGTTTACCGTCCAGCTGCAGATAGAGTTGGAAAAATCTTCATG
ATCGCAGATGAGAGGGTGCAAGGAGCTGTGTTTGATCTACCAGAGGACATCGCGAAAGAG
CTGCTAGAGAATGAAGTGCCAGAAGGAAACAGTATATCCTTGATAACAAAGTTGCCCCCG
CTGCAAGATGATGGACCGTCTAGTGATAACTATGGACGGTTCTCTAGCAGAGACAGGATG
CCTAGAGGAGGAGGAGGTTCTAGAGGGTCAAGATTTGGCGGTAAAGGAGGAGGATCATCA
CGAGGACGTGATAGTTGGGGAGGTGATGATGACAGAAGAAGTAGAAGCAGTGGTGGTGGA
GGTAGCAGCTGGTCCCGTGGTGGTGGTTCCAGAGGAAGTTCTGATGATTGGTTGATTGGC
GGCGGTAGTGACAGAAGATCATCAAGCAGCAGAGCTCCTTCTAGGGAGAGGAGTTTCGGA
GGTGCTTGCTTCAATTGTGGAAGTTCAGGACACAGGGCAGCAGATTGTCCTGACAAGAGA
GGGTTTTAAAGTTAATGGCTCTGTTCTTGAGACAGAGAGAGAGATCCTTGTCCTTTTTTT
GGTGTTCTTAATGTGAATCCTTTCGTGATTGCTTCAACCGTTTGTTTCAAGACGGTAGAG
ATTGCAGTCATGGAGGATGTATTCTTCAGACAAAGGGTTTAATTATAAGCATAGTGCAGC
AGAAAAGTAAGTAAAGGAGAAG*TTTTCCTCAATTGGCATTTTCAGAGATTGCTTCAGAA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1AO39JQ 934 0 0
TCTTTCCGATGTTTACCGTCCAGCTGCAGATAGAGTTGGAAAAATCTTCATGATCGCAGA
TGAGAGGGTGCAAGGAGCTGTGTTTGATCTACCAGAGGACATCGCGAAAGAGCTGCTAGA
GAATGAAGTGCCAGAAGGAAACAGTATATCCTTGATAACAAAGTTGCCCCCGCTGCAAGA
TGATGGACCGTCTAGTGATAACTATGGACGGTTCTCTAGCAGAGACAGGATGCCTAGAGG
AGGAGGAGGTTCTAGAGGGTCAAGATTTGGCGGTAAAGGAGGAGGATCATCACGAGGACG
TGATAGTTGGGGAGGTGATGATGACAGAAGAAGTAGAAGCAGTGGTGGTGGAGGTAGCAG
CTGGTCCCGTGGTGGTGGTTCCAGAGGAAGTTCTGATGATTGGTTGATTGGCGGCGGTAG
TGACAGAAGATCATCAAGCAGCAGAGCTCCTTCTAGGGAGAGGAGTTTCGGAGGTGCTTG
CTTCAATTGTGGAAGTTCAGGACACAGGGCAGCAGATTGTCCTGACAAGAGAGGGTTTTA
AAGTTAATGGCTCTGTTCTTGAGACAGAGAGAGAGATCCTTGTCCTTTTTTTGGTGTTCT
TAATGTGAATCCTTTCGTGATTGCTTCAACCGTTTGTTTCAAGACGGTAGAGATTGCAGT
CATGGAGGATGTATTCTTCAGACAA*GGGTTTAATTATAAGCATAGTGCAGCAGAAAAGT
AAGTAAAGGAGAAGGTTTTCCTCAATTGGCATTTTCAGAGATTGCTTCAGAAACAAGGAA
AGCTGATGGATCCTTTTTGTTTTTTTTTTTAGGTTATTATGATGATCAGATTCCATGTTT
CTGAATTTTGTATGATTTCAAGTGGTTAGACAGTCTATTTACACTACTCTTATTGTTCTG
TACGTTTCTATTATTATATGTGAATCGTTATCAC

QA 1 934 1 934
DS 



AS 1 2

CO CL7225Contig1 847 2 14 U
CTTAGCATTAGAACTCATTCATAGAAATGTTAAGTAAGAGTACAAGGAAAATATCAAACT
AAGTCTATGCATCAAAAAGCAGGGAAGCTTTCTTTCAGGAATAAACATATTTTTGGCATT
TTCTTTTTAAATTTTCTCACAAGTCTTTTTGCTCAAATAAAACATTACTCATCATCATAC
AGACTTTTGCTGCATCTCAGCAGCACTAACACCAACAGCTTCATCAGGAATAAACCTTCC
CCAGAACCAGTGTGCCTTCCACACTCTATTCATCTCTTCAATGGGTACATTCTTCGTCTC
AGGCAACATCAAGTAGATGAATATCGTCATTATGAAGACAAACACCGCAAAGAAGAAGAA
TAGTCCAAACTTCATGTGACAGAGCATTGTCAGGAAGAGCTGAGCTACAAGGAACGTGAA
GAACATGTTGACCGCTACGTTTATAGCTTGAGCTGCTGATCGGATCTCTAGTGGAGATAT
CTCACTAGGTACCAGCCATCCCAACGGTCCCCATGACCAGGCGAAACCCGCTACATAAAT
GCAGATCAGCGCCACGATCAGATTAGCATCTGTTTTCCCTATGTTCCCTGCTCCAACCGT
TCCAAATTTGACTCCAATCATGACTCCAATAGCGATCTGAGAGATAAGCATCTGGATTCC
TCCCTGGAGGAACAAGACTCTTCTTCCAAACCTATCAACTGTGAAAACAGAGACAAATGT
AAACAAGAGCTCGATGATTCCCGTTACCATGGCCGACAAGAGCGAGGCTTTACTACCGAA
CCCTAGTGTCTGAAACAGAACCGGCGCATAAAACGTAATAACATTGATCCCGGTAAGCTG
TTGGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AT90JQ U 1
AF RR1BZ82JQ U 98
BS 1 402 RR1AT90JQ
BS 403 403 RR1BZ82JQ
BS 404 542 RR1AT90JQ
BS 543 543 RR1BZ82JQ
BS 544 590 RR1AT90JQ
BS 591 591 RR1BZ82JQ
BS 592 721 RR1AT90JQ
BS 722 722 RR1BZ82JQ
BS 723 799 RR1AT90JQ
BS 800 800 RR1BZ82JQ
BS 801 819 RR1AT90JQ
BS 820 820 RR1BZ82JQ
BS 821 836 RR1AT90JQ
BS 837 847 RR1BZ82JQ

RD RR1AT90JQ 836 0 0
CTTAGCATTAGAACTCATTCATAGAAATGTTAAGTAAGAGTACAAGGAAAATATCAAACT
AAGTCTATGCATCAAAAAGCAGGGAAGCTTTCTTTCAGGAATAAACATATTTTTGGCATT
TTCTTTTTAAATTTTCTCACAAGTCTTTTTGCTCAAATAAAACATTACTCATCATCATAC
AGACTTTTGCTGCATCTCAGCAGCACTAACACCAACAGCTTCATCAGGAATAAACCTTCC
CCAGAACCAGTGTGCCTTCCACACTCTATTCATCTCTTCAATGGGTACATTCTTCGTCTC
AGGCAACATCAAGTAGATGAATATCGTCATTATGAAGACAAACACCGCAAAGAAGAAGAA
TAGTCCAAACTTCATGTGACAGAGCATTGTCAGGAAGAGCTGGGCTACAAGGAACGTGAA
GAACATGTTGACCGCTACGTTTATAGCTTGAGCTGCTGATCGGATCTCTAGTGGAGATAT
CTCACTAGGTACCAGCCATCCCAACGGTCCCCATGACCAGGCGAAACCCGCTACATAAAT
GCGGATCAGCGCCACGATCAGATTAGCATCTGTTTTCCCTATGTTCCCTGTTCCAACCGT
TCCAAATTTGACTCCAATCATGACTCCAATAGCGATCTGAGAGATAAGCATCTGGATTCC
TCCCTGGAGGAACAAGACTCTTCTTCCAAACCTATCAACTGTGAAAACAGAGACAAATGT
ACACAAGAGCTCGATGATTCCCGTTACCATGGCCGACAAGAGCGAGGCTTTACTACCGAA
CCCTAGTGTCTGAAACAGACCCGGCGCATAAAACGTAATGACATTGATCCCGGTAA

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR1BZ82JQ 750 0 0
GGAATAAACATATTTTTGGCATTTTCTTTTTAAATTTTCTCACAAGTCTTTTTGCTCAAA
TAAAACATTACTCATCATCATACAGACTTTTGCTGCATCTCAGCAGCACTAACACCAACA
GCTTCATCAGGAATAAACCTTCCCCAGAACCAGTGTGCCTTCCACACTCTATTCATCTCT
TCAATGGGTACATTCTTCGTCTCAGGCAACATCAAGTAGATGAATATCGTCATTATGAAG
ACAAACACCGCAAAGAAGAAGAATAGTCCAAACTTCATGTGACAGAGCATTGTCAGGAAG
AGCTGAGCTACAAGGAACGTGAAGAACATGTTGACCGCTACGTTTATAGCTTGAGCTGCT
GATCGGATCTCTAGTGGAGATATCTCACTAGGTACCAGCCATCCCAACGGTCCCCATGAC
CAGGCGAAACCCGCTACATAAATGCAGATCAGCGCCACGATCAGATTAGCATCTGTTTTC
CCTGTGTTCCCTGCTCCAACCGTTCCAAATTTGACTCCAATCATGACTCCAATAGCGATC
TGAGAGATAAGCATCTGGATTCCTCCCTGGAGGAACAAGACTCTTCTTCCAAACCTATCA
ACTGTGAAAACAGAGACGAATGTAAACAAGAGCTCGATGATTCCCGTTACCATGGCCGAC
AAGAGCGAGGCTTTACTACCGAACCCTAGTGTCTGAAACAGAACCGGCGCATAAAACGTA
ATAACATTGATTCCGGTAAGCTGTTGGAAG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL7226Contig1 732 2 9 U
GGGTCATGAGATTCAAAAACGTATTAAGCCATGGGTAGTATCGCTGAGCCATGGGGAATC
TCCACGGAGAGCGAAAACGCAAACGCGACACCAAAGGGTTTGAGCAGGGAGCTGCGACAT
GGGAAAACGGCACACAACATGTCGTCATCGTCGCTAAGGAAGAAGTCAGACCTGCGATTG
ATTCAGAAGGTTCCATGCAAAACTCTCAAGAACGTTCTCTCTAATCTCCAAGAAGTCATT
CTTGGTACTAAACTCACTGTCTTGTTTCTCGCGATCCCTCTCGCCGTTATCGCCGATTAT
TACCACTACGGTCGCCCGTTGATATTTGGACTGAGCTTGATAGGACTGACACCTCTTGCT
GAGCGAGTTAGCTTTTTGACAGAACAACTAGCTTTCTACACCGGCCCAACAGTGGGCGGT
TTGTTGAACGCCACTTGTGGAAACGCGACTGAGCTGATAATAGCGATTCTAGCGTTGGCC
CATAACAAAGTGGCCGTGGTGAAATACTCTCTGTTGGGCTCAATTCTCTCAAACCTTCTC
CTGGTTCTCGGCTCTTCCCTCTTCTGTGGTGGAATTGCCAATATCCGCCGCGACCAGCGG
TTTGACCGGAAACAAGCGGATGTGAACTTCTTCTTGCTGCTCATGGGTCTGTTATGTCAT
TTGCTCCCATTGCTGCTAAGATATGCAGCGACCGGAGAAGCATCCACCTCTCTGATAAAC
AAAATGTCGCTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ88TF U 1
AF RR1BV89TF U 1
BS 1 317 RR1BV89TF
BS 318 318 RR1FQ88TF
BS 319 459 RR1BV89TF
BS 460 460 RR1FQ88TF
BS 461 518 RR1BV89TF
BS 519 519 RR1FQ88TF
BS 520 579 RR1BV89TF
BS 580 580 RR1FQ88TF
BS 581 732 RR1BV89TF

RD RR1FQ88TF 726 0 0
GGGTCATGAGATTCAAAAACGTATTAAGCCATGGGTAGTATCGCTGAGCCATGGGGAATC
TCCACGGAGAGCGAAAACGCAAACGCGACACCAAAGGGTTTGAGCAGGGAGCTGCGACAT
GGGAAAACGGCACACAACATGTCGTCATCGTCGCTAAGGAAGAAGTCAGACCTGCGATTG
ATTCAGAAGGTTCCATGCAAAACTCTCAAGAACGTTCTCTCTAATCTCCAAGAAGTCATT
CTTGGTACTAAACTCACTGTCTTGTTTCTCGCGATCCCTCTCGCCGTTATCGCCGATTAT
TACCACTACGGTCGCCCGTTGATATTTGGACTGAGCTTGATAGGACTGACACCTCTTGCT
GAGCGAGTTAGCTTTTTGACAGAACAACTAGCTTTCTACACCGGCCCAACAGTGGGCGGT
TTGTTGAACGCCACTTGTGGAAACGCGACTGAGCTGATAATAGCGATTCTAGCGTTGGCC
CATAACAAAGTGGCCGTGGTGAAATACTCTCTGTTGGGCTCAATTCTCTCAAACCTTCTC
CTGGTTCTCGGCTCTTCCCTCTTCTGTGGTGGAATTGCCAATATCCGCCGCGACCAGCGG
TTTGACCGGAAACAAGCGGATGTGAACTTCTTCTTGCTGCTCATGGGTCTGTTATGTCAT
TTGCTCCCATTGCTGCTAAGATATGCAGCGACCGGAGAAGCATCCACCTCTCTGATAA
CAAATGTC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1BV89TF 732 0 0
GGGTCATGAGATTCAAAAACGTATTAAGCCATGGGTAGTATCGCTGAGCCATGGGGAATC
TCCACGGAGAGCGAAAACGCAAACGCGACACCAAAGGGTTTGAGCAGGGAGCTGCGACAT
GGGAAAACGGCACACAACATGTCGTCATCGTCGCTAAGGAAGAAGTCAGACCTGCGATTG
ATTCAGAAGGTTCCATGCAAAACTCTCAAGAACGTTCTCTCTAATCTCCAAGAAGTCATT
CTTGGTACTAAACTCACTGTCTTGTTTCTCGCGATCCCTCTCGCCGTTATCGCCGATTAT
TACCACTACGGTCGCCCTTTGATATTTGGACTGAGCTTGATAGGACTGACACCTCTTGCT
GAGCGAGTTAGCTTTTTGACAGAACAACTAGCTTTCTACACCGGCCCAACAGTGGGCGGT
TTGTTGAACGCCACTTGTGGAAACGCGACTGAGCTGATAGTAGCGATTCTAGCGTTGGCC
CATAACAAAGTGGCCGTGGTGAAATACTCTCTGTTGGGTTCAATTCTCTCAAACCTTCTC
CTGGTTCTCGGCTCTTCCCTCTTCTGTGGTGGAATTGCCTATATCCGCCGCGACCAGCGG
TTTGACCGGAAACAAGCGGATGTGAACTTCTTCTTGCTGCTCATGGGTCTGTTATGTCAT
TTGCTCCCATTGCTGCTAAGATATGCAGCGACCGGAGAAGCATCCACCTCTCTGATAAAC
AAAATGTCGCTT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL7227Contig1 745 2 4 U
GGAAACTGAATCCAAAGAAACTAAGATAAAACATAGAAACAAAACACATTTCATCTCTTT
CATATTCAAATGGCTATGGCTCAAAAGGATAGGAATACAAGGATGGCTCAAAGGGCCTTT
GAAATGGTCGATAAGGTGTACGGTAGGTCCCAGAAAACAGGCCTTCCAGTACTATATGTT
CCTAGAGACGAGCCTGCTCCTCGTTTTAGCCAAAATTCTTACGAATATGGTGGTCCAAAA
GTCTATACCGTAAAAGAGGGAACTAATACTACTAGTTGCCGCCGAGTCATTTATCAGTAT
TCAAAAGAGTCAACCACAAAGGAACCGGTTGTTTCTCTCCCCACAGAACATATTCAATAC
TTCGGTGGTGCCCGTCCTCACATGGGCCATGCAAACAGGTTTGGAACTCCGAAAGGAGGG
GCTATTAGCTGCGACGAGGCCGTTCAACTCTATGGAGGGGTTCTTATAAAGGAATATCGT
AAATAACCGAGGGAAACTAAATTAATGTTGAAGATGGATGGTGAGTTTGTATAAAAGTGT
TTATAGTTGTTATTTCTGATAACGGAAAAGTGCAGACCAACACATATACTAAAGCTTGTT
GTAATGGTTTTCACTTGGAATAAGCTTTAGATCAGTACAAGTGTTTGTGTCTGTTAAGTA
TCTACAAGTACTTCAAGTTGAAGCTTTATGTATTATAAAATCCCAGGGTGTTACTTCTGA
TGAAGATAAATAATATGCTTTATAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CM65TF U 1
AF RR1CM65JQ C 2
BS 1 699 RR1CM65TF
BS 700 700 RR1CM65JQ
BS 701 721 RR1CM65TF
BS 722 745 RR1CM65JQ

RD RR1CM65TF 721 0 0
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T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1CM65JQ 744 0 0
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AAATGGTCGATAAGGTGTACGGTAGGTCCCAGAAAACAGGCCTTCCAGTACTATATGTTC
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TCTATACCGTAAAAGAGGGAACTAATATTACTAGTTGCCGCCGAGTCATTTATCAGTATT
CAAAAGAGTCAACCACAAAGGAACCGGTTGTTTCTCTCCCCACAGAACATATTCAATACT
TCGGTGGTGCCCGTCCTCACATGGGCCATGCAAACAGGTTTGGAACTCCGAAAGGAGGGG
CTATTAGCTGCGACGAGGCCGTTCAACTCTATGGAGGGGTTTTTATAAAGGAATATCGTA
AATAACCGAGGGAAACTAAATTAATGTTGAAGATGGATGGTGAGTTTGTATAAAAGTGTT
TATAGTTGTTATTTTTGATAACGGAAAAGTGCAGACCAACACATATACTAAAGCTTGTTG
TAATGGTTTTCACTTGGAATAAGCTTTAGATCAGTACAAGTGTTTGTGTCTGTTAAGTAT
CTACAAGTACTTCAAGTTGAAGCTTTATGTATTATAAAATCCCAGGGTGTTACTTCTGAT
GAAGATAAATAATATGCTTTATAC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

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GTGTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1BN82TF U 1
AF RR1BN82JQ C 1
BS 1 703 RR1BN82TF
BS 704 726 RR1BN82JQ

RD RR1BN82TF 703 0 0
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QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1BN82JQ 726 0 0
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AGAACAGTGAAGCGTCTGATAACTTTATCTCCTTCAGAAGGAAAATGGAACGGTAGCTGG
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GGCCCTACTAATCCCCGTGTCGCCGTCGATCTCTCTGTCCAAAGGCACGCAAGCATGGGA
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GCTTATCCTCGTCTGATTGACACAACTTTCATTGTTTGGATCTTGCCATCAAGTAGGGAG
AATCGAGCTTCAACACTCCCAGATATTGGTGGTGATGATCCTTCTGTTATATATGTGAGA
CCTGGATGAAGCTTCTTGATTCTCTTGTACAAGACACTATCAGGCTCACAACTTACGCTC
AAGATATATGCTCGGATTCCTGCAAAAAATCGGAACCTACATTGCATTATGTTGGAGAGA
CAAATACAGCTTCTGTTCAGAAAAGATGGTCAAGACTACTTGAGCTTAAGAAGAAGTAGA
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GAAACTGTTCATATTTAAACATATACCAAAGTATAAGAAATGAAGCAAGAAAATGTCGTT
GTGTTT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL7229Contig1 1291 2 2 U
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TGTTTGATCTTGGTGAGAATATAATCACGTA


BQ
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AF RR1CZ80TF U 1
AF RR1CZ80JQ C 573
BS 1 635 RR1CZ80TF
BS 636 1291 RR1CZ80JQ

RD RR1CZ80TF 635 0 0
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GTTACTGAGCAATCACGAGGTTTATTCAATCGCCGGAGATCTCCACAACAGCAGCAGCAG
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ATACAGCAGCAGCAGCGTCACGTCGTCTTGTAGCTACAAGATCTTGAGGCGTTGCTATGA
TCAAGACGAGGATAAATTGTGGTTTGTTGAGAGTGAGATGTATGATCTTTGCTCTGATTC
TTGGCGGGTTCTTGATTCCCGCGCTCTTGACTACGGAATGTACTGCAGTGGCGTGTCTTT
GAGAGGAGATACGTACTTCGTTGCTGGTGATGAAG

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1CZ80JQ 719 0 0
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AAGTTGCAGTGTGTTGTGAGATTTGTGACGAGGACATTAGTAGACCTAATGGTGAAGAGA
GGACCACCATCTACATTGTTGGACAAGATATGTACAAAAGCGTTTATAACGCTACTGCAA
AGGGATCTTTTCTCAGCTGTCCACTTGTCCTCACCTATGTTCCAAGCTTGGTTCACATTC
ACTAAGAGACACATGTTCTTCTCGGTTTGGTCCGGTTTAGGCGATAACATGATTATTGTT
TTCATGCGTCTTTTCTTCTTATTCTTTTGTGTATTGGATCGTTTGTTAAGTTACATTGTT
CTGCTTGCAGCCACTTTTAACTACAAAATGTTTGATCTTGGTGAGAATATAATCACGTA

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

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TGTGTTATGATTGTAGGTCTTGCAAGTTAGGATTCGTAAGATCTGTAAGAAGGAAATGGT
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TCTTCTTGGCCACGTTTTGGGAACGTTTCAAGGGTTAATCATCATCATGATGGTCTTCTA
ATTAGGAGAGTTTTTTTCTTTTTCCTGTGTGGTAAAATAATATCTTTCTTCTTCATTCGT
TTTAGTACTCAAGCAGATGTTTTGTAATAAAGTGGTTTGATTCAGC


BQ
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AF RR1AH15JQ C 1
AF RR1AH15TF U 1
BS 1 703 RR1AH15TF
BS 704 706 RR1AH15JQ

RD RR1AH15JQ 706 0 0
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GCGCATGCAACGAGCTTGCTTACGGATCTCCAAACGATAAACCTTATAATAGAAGAAAAA
TGCCACCTATAAAGAATGGATGTTGTATGCCGCCAGAGACATGCAACATGGACGGTTTAA
ACGCTACGTTTTGGTATAGAAGAAAAGACGAGGGACAACCATTGAAGACGGAGGTGCTGT
ACGGGGGCATGGTCGGAAGACTAAGTGACTGTCAGCTGTGGAGGAACGATTGGAGCGTGT
TGTGTTATGATTGTAGGTCTTGCAAGTTAGGATTCGTAAGATCTGTAAGAAGGAAATGGT
GGCAGCTAGGTGTCTTCTTGATAGTCGTCTCCATTCTTCTTCTCATCTCTCACCTCTTGA
TCTTCTTGGCCACGTTTTGGGAACGTTTCAAGGGTTAATCATCATCATGATGGTCTTCTA
ATTAGGAGAGTTTTTTTCTTTTTCCTGTGTGGTAAAATAATATCTTTCTTCTTCATTCGT
TTTAGTACTCAAGCAGATGTTTTGTAATAAAGTGGTTTGATTCAGC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1AH15TF 703 0 0
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GCTGATAGTGCTCAAGTAGTACCCGCCGAGGAACCAGCTGCAACCGCCACCGCCACGGCA
ACCGTAGTAACAACAACAACAACGACTGGAACAATATCAAATCGTGTGTCTACGACAAAG
GCGCATGCAACGAGCTTGCTTACGGATCTCCAAACGATAAACCTTATAATAGAAGAAAAA
TGCCACCTATAAAGAATGGATGTTGTATGCCGCCAGAGACATGCAACATGGACGGTTTAA
ACGCTACGTTTTGGTATAGAAGAAAAGACGAGGGACAACCATTGAAGACGGAGGTGCTGT
ACGGGGGCATGGTCGGAAGACTAAGTGACTGTCAGCTGTGGAGGAACGATTGGAGCGTGT
TGTGTTATGATTGTAGGTCTTGCAAGTTAGGATTCGTAAGATCTGTAAGAAGGAAATGGT
GGCAGCTAGGTGTCTTCTTGATAGTCGTCTCCATTCTTCTTCTCATCTCTCACCTCTTGA
TCTTCTTGGCCACGTTTTGGGAACGTTTCAAGGGTTAATCATCATCATGATGGTCTTCTA
ATTAGGAGAGTTTTTTTCTTTTTCCTGTGTGGTAAAATAATATCTTTCTTCTTCATTCGT
TTTAGTACTCAAGCAGATGTTTTGTAATAAAGTGGTTTGATTC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL7231Contig1 726 2 1 U
GGAAATCCAGAATTTTGTACAAAATGTTCTCTTTTCTCAGCACATTGTTGGATGTTATTA
AGGTTGTTGTTGCTTCCGTGACTTCTGTAGTCTTATTTGCATTTGCGTGTCTAACACTCG
CCGGTTCAGCCGTGGCATTAGTTGTATCCACACCGCTTTTCCTCATATTCAGTCCAATTC
TCCTTCCCGCCACTATAGCCACTACTCTCCTAGCCTCTGGGCTAACGGCCGGTGCCACCC
TCGGAATCACCGCCATTAGTCTCATCTTGGGGCTCATCAAGACAGCGGAAGGAACTTCGT
TGGCCCGCTTAGCCCAAACACCATTGAAAATGTTTAAGTTTTCAGGTGGCTTTGGAGGTT
CATGGGGAGGAAAATCATTTTCTGGAACATTTGGAAATAAACCAGGTGGTGGAGTTCAGA
CGTCCGGAAATATCCCAGAATGGTTAAAAAATCTACTCAAAGGTGTACCAACGGGTGGGG
CGGTACCTGCGGCAGGAGGAGCAGCACCTGCACCCGCAGCAGGAGGAGCTGCACCTGCGG
GAGGAGCTACACCCCCAGGATAAGGGAGATTAGCCGAGCATGGTCCAAACATATAGCATA
TATTCTAATTGTGTATAACTTAATAGTTTTATCAAACTAAAAGGAAAAAGTCTTTTTATT
AATACATTTTATGGAATGGTGAAAAATATGTGGCTACATATATATATGGATAATTTCCTG
AGCTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1A047TF U 1
AF RR1A047JQ C 30
BS 1 726 RR1A047TF

RD RR1A047TF 726 0 0
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TCCTTCCCGCCACTATAGCCACTACTCTCCTAGCCTCTGGGCTAACGGCCGGTGCCACCC
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CGGTACCTGCGGCAGGAGGAGCAGCACCTGCACCCGCAGCAGGAGGAGCTGCACCTGCGG
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AGCTCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1A047JQ 697 0 0
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CTAGCCTCTGGGCTAACGGCCGGTGCCACCCTCGGAATCACCGCCATTAGTTTCATCTTG
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ATGTTTAAGTTTTCAGGTGGCTTTGGAGGTTCATGGGGAGGAAAATCATTTTCTGGAACA
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AATCTACTCAAAGGTGTACCAACGGGTGGGGCGGTACCTGCGGCAGGAGGAGCAGCACCT
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TATCAAACTAAAAGGAAAAAGTCTTTTTATTAATACATTTTATGGAATGGTGAAAAATAT
GTGGCTACATATATATATGGATAATTTCCTGAGCTCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

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TCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1AX32TF U 1
AF RR1AX32JQ C 130
BS 1 821 RR1AX32TF
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AACCACCAAGTCCACCTTCTGATCTTTCGAGGGAAAGTATTGGCAAGCAAAAGCATGACG
CTTTGATGAGATATCCTCAGAGGATCCGCAGGCTGAATATATTTCCAGCTACTAAGACTG
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AGAGACTCGCGCCTATAGTGAGTTACAGACAGAGTTCGAAA*GATCAAATCTTTGATGAT
TCCATC

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR1AX32JQ 717 0 0
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GAGCAGAACTCGCTGAGCAAGTTCCTGATGAGATTGAAAGAGTGATAGTCGGGATACAAG
CGTATTTGAGCATCCGAAAGCATTCTTCATCCTCTGGTTTAAACTTTTTTCTCAAAGGAG
AATCTGAAAATAGTCATTCTGAAAAGGATTTCGTGGAGGATCTATGGGATCGAACACAGT
CTCTAGCTTCCAATGGATGGAAACTTGACAGTGTTCCTAGGCCTCATCTTTCGTTCGAAG
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GATATCCTCAGAGGATCCGCAGGCTGAATATATTTCCAGCTACTAAGACTGAGGTGATGT
GATATCTATGCTCATCTGG*AAATTTATTACACAGACAATTTCAGTTATCAACATCTATT
ATCTCTAATCTGTCATATATGTAAATTGATATATGAGTTCGCATTCTCCAGAGAGACTCG
CGCCTATAGTGAGTTACAGACAGAGTTCGAAAAGATCAAATCTTTGATGATTCCATC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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AAGCCGCAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ23JQ U 1
AF RR1BC90JQ U 21
BS 1 124 RR1CJ23JQ
BS 125 125 RR1BC90JQ
BS 126 730 RR1CJ23JQ
BS 731 789 RR1BC90JQ

RD RR1CJ23JQ 730 0 0
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TTCCAAAACAAACAGAGTCTACAAATTATTTAAGAACCGAGATATTCTTCTATGGTTTTG
TAGATCATAAAAATAAAACTTAAAAAATCAACTTGTAATCACTCACTCCTCCCTTTCAAA
AGTTCTTCCCTAGTTCGACCTTTTTCATTATTCCGTAAGTGCTTTGAAATATCGAATCTA
GTATCCCGGCAACCGTGAAAACACCACCTATTATGGCGCAAACATTTGTAACGAAGTGTG
AGAATGACTTTGGGTTCTCACTTATCATGACCTGCATAGGAGAGAGGTCGAAGTGAAACT
TTGCAACAGGGTAATAGTAACCATGAGCCACACTGCTATGAGCTGTATATTCATATTCCT
CAATCACCGAGTGTTCTTGACCGAACCTTCTTGAAACGACTTCTGTTTTGACTACTTGAA
GATAATGTTCGATAGTAACATTAGCAGCAAACTTTCCTTCATTAACGAACCATTTTCCAT
TAAGCCTGTCATGGCTTAAACCAAGATAAGGCAGTAACCGTTTCATATCAGTCAACAACC
TAGCTGAAATCATCCTACCAAACGATAGATGGTTTACAAAATGTGTCATGTTCATTCGAG
AAGCATCGAATGAATGAGCCCCTGAAACAGCTGAGATAACGAGTTCACCAGGAACCTTCT
TGGCACGCAC

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DS 

RD RR1BC90JQ 769 0 0
CG
TCAAGATGCTATTATTTATCTTCTCTTTGGAACTTTTATTCCAAAACAAACAGAGTCTAC
AAATTATTTAAGAACCGAGATATTCTTCTATGGTTTTGTAGACCATAAAAATAAAACTTA
AAAAATCAACTTGTAATCACTCACTCCTCCCTTTCAAAAGTTCTTCCCTAGTTCGACCTT
TTTCATTATTCCGTAAGTGCTTTGAAATATCGAATCTAGTATCCCGGCAACCGTGAAAAC
ACCACCTATTATGGCGCAAACATTTGTAACGAAGTGTGAGAATGACTTTGGGTTCTCACT
TATCATGACCTGCATAGGAGAGAGGTCGAAGTGAAACTTTGCAACAGGGTAATAGTAACC
ATGAGCCACACTGCTATGAGCTGTATATTCATATTCCTCAATCACCGAGTGTTCTTGACC
GAACCTTCTTGAAACGACTTCTGTTTTGACTACTTGAAGATAATGTTCGATAGTAACATT
AGCAGCAAACTTTCCTTCATTAACGAACCATTTTCCATTAAGCCTGTCATGGCTTAAACC
AAGATAAGGCAGTAACCGTTTCATATCAGTCAACAACCTAGCTGAAATCATCCTACCAAA
CGATAGATGGTTTACAAAATGTGTCATGTTCATTCGAGAAGCATCGAATGAATGAGCCCC
TGAAACAGCTGAGATAACGAGTTCACCAGGAACCTTCTTGGCACGCACATAGCCTTCGAT
TCTACAGCCTCCACTAACTGGTGCCTTTCTAATACTTGAAGCCGCAT

QA 3 769 3 769
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAGTTCCGTTGATGATAGTACACGGAGGAGACGACGTCGTCTGCGATCCCTCCTCCGTGG
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GGCATCAGCTGATTGGAGAGTCCGAAGAGAACGTCGACTTAGTGTTCGGAGATGTTTTGG
AATGGATCACGAACCGGTCTCGAAACGACGCCGTTAACGGTGGTAGCAAAGCTTAATAAA
CGATTCAACTTAGCTTTCATATATACATATAAATAAAACGCTCCGAGATTGTTGTACTCA
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AGAAATAATGATAAAGTAGTTAATTTTTAC


BQ
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AF RR1GA44TF U 1
AF RR1GA44JQ C 24
BS 1 672 RR1GA44TF
BS 673 750 RR1GA44JQ

RD RR1GA44TF 672 0 0
AGGGCCTACCTTCCTTCCTCTACTCCGAGTCCCTCGGCGGCGCAATAGCTCTCTACATTA
CCCTCCGCCAGAAATCGCAATGGAACGGTCTCATCCTCAGCGGCGCCATGTGCTCCATCA
GCCACAAATTCAAACCTCCGTGGCCGTTACAACACCTCTTAACCCTAGCAGCCACTCTCA
TCCCCACCTGGCGCGTCGTTCCGACTCGCGGCACCATCGCCGGCGTTTCTTTCAAGGAGC
CCTGGAAACGAAAGCTGGCCTTCGCTAACCCCAACAGAACGGTCGGTAAACCACGCGCCG
CCACGGCCTACGAGCTGGTACGAGTCTGCGAGGATCTTCAAAGCAGGTTCGAAGAAGTAG
AAGTTCCGTTGATGATAGTACACGGAGGAGACGACGTCGTCTGCGATCCCTCCTCCGTGG
AGGAGCTTTACATGAGATGCAAGAGCAGAGACAAGACGATAAAGATCTATCCGGAGATGT
GGCATCAGCTGATTGGAGAGTCCGAAGAGAACGTCGACTTAGTGTTCGGAGATGTTTTGG
AATGGATCACGAACCGGTCTCGAAACGACGCCGTTAACGGTGGTAGCAAAGCTTAATAAA
CGATTCAACTTAGCTTTCATATATACATATAAATAAAACGCTCCGAGATTGTTGTACTCA
AGATCCTCGAGA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1GA44JQ 727 0 0
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AACGGTCTCATCCTCAGCGGCGCCATGTGCTCCATCAGCCACAAATTCAAACCTCCGTGG
CCGTTACAACACCTCTTAACCCTAGCAGCCACTCTCATCCCCACCTGGCGCGTCGTTCCG
ACTCGCGGCACCATCGCCGGCGTTTCTTTCAAGGAGCCCTGGAAACGAAAGCTGGCCTTC
GCTAACCCCAACAGAACGGTCGGTAAACCACGCGCCGCCACGGCCTACGAGCTGGTACGA
GTCTGCGAGGATCTTCAAAGCAGGTTCGAAGAAGTAGAAGTTCCGTTGATGATAGTACAC
GGAGGAGACGACGTCGTCTGCGATCCCTCCTCCGTGGAGGAGCTTTACATGAGATGCAAG
AGCAGAGACAAGACGATAAAGATCTATCCGGAGATGTGGCATCAGCTGATTGGAGAGTCC
GAAGAGAACGTCGACTTAGTGTTCGGAGATGTTTTGGAATGGATCACGAACCGGTCTCGA
AACGACGCCGTTAACGGTGGTAGCAAAGCTTAATAAACGATTCAACTTAGCTTTCATATA
TACATATAAATAAAACGCTCCGAGATTGTTGTACTCAAGATCCTCGAGAATAGGTCAAAC
TATGTTCCGTGGCACTCAAGAAACATTTGTTAACAATAGAAATAATGATAAAGTAGTTAA
TTTTTAC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL7236Contig1 801 2 4 U
TTTTTGAGCGCCATGGCTTCCTTATCTCCGATGACTCAGCCGTCGTTATTACACATTCCC
GGCGAATCCGTCCCCCATCATCACGTACTAGTACCAAGCACGTGCTCTTTCCCGCGGAAG
CCAACAACCACGAAACGGATTATCTGTTCGCCGGCGAGGAGTTCCGGTGAGACGTCGACG
GACGGAGAAACCGACGGTGGAGGATCTAGCACTACTGCCGTCGATGAAGCGCCGAAAGAG
AGTCCATCTTTAATCTCCGCTCTCAACGTCGGACGCGCTCTCCGTGGCCTTCCCATTACA
GATGCTGATCACTACGGTCGGCTTGGACTTCCCAGAAACTGTTCGTATGATCAGGTAAGA
CTTGGTTACCAAGATAGAGTTAAGGAGCTAATGGGACAAGGGCTAGACGAAGAACAGCTC
AAGAACAAGATGGAGCTTGTCAAAGATTCATATACGATCTTGTCGTCGGTGGAAGAGAGA
AGGATGTACGATTGGAGTCTAGCCAGAAGCGAAAAAGCAGAGCGGTACATTTGGCCGTTC
GAGGTTGACATCATGGAACCCTCCAGGGAAGAGCCTCCTCCTCAGGAACCAGAAGATGTA
GGACCGACGAGGATTCTTGGATACTTCATCGGGGCGTGGCTTGTCCTTGGTGTCGCCCTT
TCTGTTGCATTCAATCGTTAGTCACTTTCGTTTCTTTCACCATCTTCTTCCTCGCCTTAT
ATTAAATCATTTCGAGAAAATGTATATTTAGTAGTCGATTATATACTTAAGTGTATTAAT
TATCTGACGAATGTTCAAGCC


BQ
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AF RR1FL03TF U 1
AF RR1FL03JQ C 28
BS 1 585 RR1FL03TF
BS 586 586 RR1FL03JQ
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RD RR1FL03TF 735 0 0
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GATGCTGATCACTACGGTCGGCTTGGACTTCCCAGAAACTGTTCGTATGATCAGGTAAGA
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AAGAACAAGATGGAGCTTGTCAAAGATTCATATACGATCTTGTCGTCGGTGGAAGAGAGA
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GAGGTTGACATCATGGAACCCTCCAGGGAAGAGCCTCCTCCTCAG*AACCAGAAGATGTA
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TCTGTTGCATTCAATCGTTAGTCACTTTCGTTTCTTTCACCATCTTCTTCCTCGCCTTAT
ATTAAATCATTTCGA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1FL03JQ 774 0 0
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CTAGTACCAAGCACGTGCTCTTTCCCGCGGAAGCCAACAACCACGAAACGGATTATCTGT
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AGCACTACTGCCGTCGATGAAGCGCCGAAAGAGAGTCCATCTTTAATCTCCGCTCTCAAC
GTCGGACGCGCTCTCCGTGGCCTTCCCATTACAGATGCTGATCACTACGGTCGGCTTGGA
CTTCCCAGAAACTGTTCGTATGATCAGGTAAGACTTGGTTACCAAGATAGAGTTAAGGAG
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TCATATACGATCTTGTCGTCGGTGGAAGAGAGAAGGATGTACGATTGGAGTCTAGCCAGA
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ATCGGGGCGTGGCTTGTCCTTGGTGTCGCCCTTTCTGTTGCATTCAATCGTTAGTCACTT
TCGTTTCTTTCACCATCTTCTTCCTCGCCTTATATTAAATCATTTCGAGAAAATGTATAT
TTAGTAGTCGATTATATACTTAAGTGTATTAATTATCTGACGAATGTTCAAGCC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1BD25JQ C 1
AF RR1BD25TF U 1
BS 1 703 RR1BD25TF
BS 704 708 RR1BD25JQ

RD RR1BD25JQ 708 0 0
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CGAATCCGCAGCGGGAGCTCTCAACGATCTCTCCCTCAGACCTCAGGGCAAGAAGATGCT
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TTTTGTGTGGTAGAAGAACTTGTTCTGTAATATTAAGATAAAAAGGTT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1BD25TF 703 0 0
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CGAATCCGCAGCGGGAGCTCTCAACGATCTCTCCCTCAGACCTCAGGGCAAGAAGATGCT
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CGTTGACATCTGCACTGGTTACTTCATCGAGAAAACAATGGAGGATGGTAAAGACTATTG
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TTTTGTGTGGTAGAAGAACTTGTTCTGTAATATTAAGATAAAA

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL7238Contig1 825 2 8 U
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CAATGCCACAACAATGACACCAGAGGCGCCGGCAGGGAAGTCTCCGGCAACTCCAGCGAC
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BQ
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AF RR1CV11TF U 1
AF RR1CV11JQ C 42
BS 1 661 RR1CV11TF
BS 662 662 RR1CV11JQ
BS 663 678 RR1CV11TF
BS 679 679 RR1CV11JQ
BS 680 689 RR1CV11TF
BS 690 690 RR1CV11JQ
BS 691 762 RR1CV11TF
BS 763 825 RR1CV11JQ

RD RR1CV11TF 762 0 0
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AGAAAGAATCTGATAATGAAGGGTCTTCATCTCCACCTCTTCCTAGTCACCATGACGGTC
GCTGCATCCATCTCCGCGGAAACACCAGCCGCTCCGGCGGGCGGAGGAGCATTGGCTGAG
AAATGTAGCCAAGTTATTCCAAAGGTAAGTTTGTGTTTGGATTTCGCGACCGGGAAAGCA
CCAAAACCGTCTGAGAAGTGCTGTGACGCTATCGAAGATATAAAAGAGAAGGATCCAAAG
TGTTTGTGTCTTGGTACAACAAGCGAAGACAGGAGGACAAGCTATGAAGGATCTTGGTGT
TCAAGAAGCCAAGCTTATTCAACTTCCAACTGCTTGTCAGCTCCAAAACGCTAGCATCTC
CAATTGTCCAAAACTTCTCGGGATTTCGCCGAGCTCGCCAGACGCAGCCGTATTCACAAG
CAATGCCACAACAATGACACCAGAGGCGCCGGCAGGGAAGTCTCCGGCAACTCCAGCGAC
GTCTGCGGAGAAAGGAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTCACCTCGTTGTGGCTCTAGC
CATCTCTTTGATTACCGTCTCCTTCGTCTCGACCTTGCCTAGGATGGCTTTGGCATAGAC
G*TAGCTAAGCACGTGAG*TTTTGCTGAG*CACATGTGACATTAGGGATGTAATTTTTCT
TTCTTTATTATGTTGTGGTGCTTTTGTTTCAAACTTTCAAGA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1CV11JQ 784 0 0
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CCTAGTCACCATGACGGTCGCTGCATCCATCTCCGCGGAAACACCAGCCGCTCCGGCGGG
CGGAGGAGCATTGGCTGAGAAATGTAGCCAAGTTATTCCAAAGGTAAGTTTGTGTTTGGA
TTTCGCGACCGGGAAAGCACCAAAACCGTCTGAGAAGTGCTGTGACGCTATCGAAGATAT
AAAAGAGAAGGATCCAAAGTGTTTGTGTCTTGGTACAACAAGCGAAGACAGGAGGACAAG
CTATGAAGGATCTTGGTGTTCAAGAAGCCAAGCTTATTCAACTTCCAACTGCTTGTCAGC
TCCAAAACGCTAGCATCTCCAATTGTCCAAAACTTCTCGGGATTTCGCCGAGCTCGCCAG
ACGCAGCCGTATTCACAAGCAATGCCACAACAATGACACCAGAGGCGCCGGCAGGGAAGT
TTCCGGCAACTCCAGCGACGTCTGCGGAGAAAGGAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTC
ACCTCGTTGTGGCTCTAGCCATCTCTTTGATTACCGTCTCCTTCGTCTCGACCTTGCCTA
GGATGGCTTTGGCATAGACGGTAGCTAAGCACGTGAGGTTTTGCTGAGGCACATGTGACA
TTAGGGATGTAATTTTTCTTTCTTTATTATGTTGTGGTGCTTTTGTTTCAAACTTTCAAG
ACTTTCTTTTCAAGTATGTTTCGTGGTTCGAACCATTTGTTGTAATGAGTGAACTTTCCC
ACAC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL7239Contig1 440 2 1 U
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TACTCAGGGAAGGCAAGATCATTTGTTTGTATCTTTGATGTTAAATGCCTTGAAGATCTC
AAGAAACCAACCCAACTTCTTGATTTTGATGATGATGATGCGTACACGAAGAGGAAAAAG
AAGAACAAGCAATCATCTTCATCTTCATCTTCATTTTCTGCTGCTGTTAACAGCAATGTT
AACTATCAAAACTACCCTTGTCGTAGAGTTTCTAGTAGCACACATTGTTCCTCACCTTGT
GTTAGTGCTTAGATTAAAAAGATAACTGGTTCTCAATTTATCACAAACCTTCATCAATAC
GTTATACAGTATTGACATCG


BQ
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AF RR1H919JQ C 1
AF RR1H919TF U 1
BS 1 440 RR1H919TF

RD RR1H919JQ 440 0 0
TTTTTGGTATCTCTCTCTCTATTATATCTGTAAACTATGGAAAACGTAAGTGGGTTGATG
GCTTTTGACATGGGAGAGCTAAGAAACAACCTTCCCAACAAGAGAGGATTGTCAAGGTAC
TACTCAGGGAAGGCAAGATCATTTGTTTGTATCTTTGATGTTAAATGCCTTGAAGATCTC
AAGAAACCAACCCAACTTCTTGATTTTGATGATGATGATGCGTACACGAAGAGGAAAAAG
AAGAACAAGCAATCATCTTCATCTTCATCTTCATTTTCTGCTGCTGTTAACAGCAATGTT
AACTATCAAAACTACCCTTGTCGTAGAGTTTCTAGTAGCACACATTGTTCCTCACCTTGT
GTTAGTGCTTAGATTAAAAAGATAACTGGTTCTCAATTTATCACAAACCTTCATCAATAC
GTTATACAGTATTGACATCG

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR1H919TF 440 0 0
TTTTTGGTATCTCTCTCTCTATTATATCTGTAAACTATGGAAAACGTAAGTGGGTTGATG
GCTTTTGACATGGGAGAGCTAAGAAACAACCTTCCCAACAAGAGAGGATTGTCAAGGTAC
TACTCAGGGAAGGCAAGATCATTTGTTTGTATCTTTGATGTTAAATGCCTTGAAGATCTC
AAGAAACCAACCCAACTTCTTGATTTTGATGATGATGATGCGTACACGAAGAGGAAAAAG
AAGAACAAGCAATCATCTTCATCTTCATCTTCATTTTCTGCTGCTGTTAACAGCAATGTT
AACTATCAAAACTACCCTTGTCGTAGAGTTTCTAGTAGCACACATTGTTCCTCACCTTGT
GTTAGTGCTTAGATTAAAAAGATAACTGGTTCTCAATTTATCACAAACCTTCATCAATAC
GTTATACAGTATTGACATCG

QA 1 440 1 440
DS 



AS 1 2

CO CL7240Contig1 995 2 2 U
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AATGCTGGAGAGAAAAGATCAAGCGATTAAGCTCTTCGGCATGAAAATTCCTCTTCCAAC
GGTTCTTGAGGCTGAAGAAGATGGAATATCGAAAGAGAAGAACCAAAACGAGACATTAAA
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ATGCAATAGTATGGAAACAAAGTTCTGTTACTACAACAACTACAACGCAAACCAACCTCG
CCATTTCTGCAAAGCTTGTCAAAGGTACTGGACCTCTGGTGGGACCATGAGGAGTGTCCC
TGTCGGAGCCGGAAGACGCAAGAACAAAAACAACTCCTCATCTTGTTCACACAATTACCA
CCACGCCACCATCTCTGAAACACGTAACCCGGTCCTTAGTTTCACCCATGGGGATGATCA
AAATGTCTCAAATAATAGGATAACGCATTCGTGGCCATACATGTGGAATCCCGGTTTTTA
CCCGGTTTATCCTTATTGGAACGTGCCAATGTTGTCTCCGTCGCCTAATTCAAGTCCTAA
ATCTACTATTGGTAAGCATTCTAGAGACGAAGATGAGACGGTCAAGCAAAAACAGAGGAA
TGTGTCAGTATTGGTCCCTAAGACTTTAAGAGTTGATGATCCTAACGAAGCTGCAAAGAG
TTCTATATGGACAACACTCGGGATCAAGAACGAAGTTATGTTTAAAGGGTTTGATTTTAA
AAAAGAGGTTACGATTGACAAAGAAGAAACCGAGACTTTTTTAGTTTTATGTGGGAATCC
AGCTGCGTTGTCAAGATCAGCCAATTTCCATGAACGGCTGTGATCCTATGCATAATATAT
ACAGACCTTTATGTGTAGATGTGGCTTACATTTTTTTTTTTTTGCTGATTGACTTTGTAT
TGATAGGCTTTAACAGTTTTGTATCGTTACTTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BD88TF U 1
AF RR1BD88JQ C 438
BS 1 776 RR1BD88TF
BS 777 995 RR1BD88JQ

RD RR1BD88TF 779 0 0
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AATGCTGGAGAGAAAAGATCAAGCGATTAAGCTCTTCGGCATGAAAATTCCTCTTCCAAC
GGTTCTTGAGGCTGAAGAAGATGGAATATCGAAAGAGAAGAACCAAAACGAGACATTAAA
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ATGCAATAGTATGGAAACAAAGTTCTGTTACTACAACAACTACAACGCAAACCAACCTCG
CCATTTCTGCAAAGCTTGTCAAAGGTACTGGACCTCTGGTGGGACCATGAGGAGTGTCCC
TGTCGGAGCCGGAAGACGCAAGAACAAAAACAACTCCTCATCTTGTTCACACAATTACCA
CCACGCCACCATCTCTGAAACACGTAACCCGGTCCTTAGTTTCACCCATGGGGATGATCA
AAATGTCTCAAATAATAGGATAACGCATTCGTGGCCATACATGTGGAATCCCGGTTTTTA
CCCGGTTTATCCTTATTGGAACGTGCCAATGTTGTCTCCGTCGCCTAATTCAAGTCCTAA
ATCTACTATTGGTAAGCATTCTAGAGACGAAGATGAGACGGTCAAGCAAAAACAGAGGAA
TGTGTCAGTATTGGTCCCTAAGACTTTAAGAGTTGATGATCCTAACGAAGCTGCAAAGAG
TTCTATATGGACAACACTCGGGATCAAGAACGAAGTTATGTTTAAAGGGTTTGATT
CTA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1BD88JQ 558 0 0
AAACACGTAACCCGGTCCTTAGTTTCACCCATGGGGATGATCAAAATGTTTCAAATAATA
GGATAACGCATTCGTGGCCATACATGTGGAATCCCGGTTTTTACCCGGTTTATCCTTATT
GGAACGTGCCAATGTTGTTTCCGTCGCCTAATTCAAGTCCTAAATTTACTATTGGTAAGC
ATTTTAGAGACGAAGATGAGACGGTCAAGCAAAAACAGAGGAATGTGTCAGTATTGGTCC
CTAAGACTTTAAGAGTTGATGATCCTAACGAAGCTGCAAAGAGTTTTATATGGACAACAC
TCGGGATCAAGAACGAAGTTATGTTTAAAGGGTTTGATTTTAAAAAAGAGGTTACGATTG
ACAAAGAAGAAACCGAGACTTTTTTAGTTTTATGTGGGAATCCAGCTGCGTTGTCAAGAT
CAGCCAATTTCCATGAACGGCTGTGATCCTATGCATAATATATACAGACCTTTATGTGTA
GATGTGGCTTACATTTTTTTTTTTTTGCTGATTGACTTTGTATTGATAGGCTTTAACAGT
TTTGTATCGTTACTTTTT

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 2

CO CL7241Contig1 590 2 2 U
GGAATTGCCTCTTCATTTCGAGAGAAGCTCAAGCGACGCATTTATAAGAGCCAAATACGA
TGAGAAGAAATGGGTTTCACCGGGAGGGATTCAACCGGCTCCTGTAACTAACCAGCCAAG
CTGCAAAGTTAGTCACTTGGTAGAGAGAGGACATAAGCCAGAAACTCCAACGAAAACAAG
AACTCGTTCCCTTGATGAAGAGTTCCTTCTTAAGCATGTTCTTGGAGTTACACCACCAGA
AACAAGAATCCGTGCGGGTTCGGTGGATATGAAGATGAAGGAGAATTTATATGTTCTACC
TCTACCAGTGGGGATAGATGTTAAGAAACCAAATCAAAAGAATGATATTTTTTCCGGAGA
TTTGTATCATAATAGAAGAACCACCATTGCACCACCCTCCAGCTGGGCTACTTTCGACTG
AAGAAGAGAACAAATCACCACTTGGACTTTTAATTATAGTCAACAGGTTGTCAAAGATGG
GGTTATGATGAACTCAAATCAACGACATAAGTTTGTTCTGTTTTCTATGTTTTTATTGGT
CTTTCTATAATATTTTTCTATATACAATTTTGGTTGCTTGTAACTAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DY18TF U 1
AF RR1DY18JQ C 22
BS 1 235 RR1DY18TF
BS 236 590 RR1DY18JQ

RD RR1DY18TF 235 0 0
GGAATTGCCTCTTCATTTCGAGAGAAGCTCAAGCGACGCATTTATAAGAGCCAAATACGA
TGAGAAGAAATGGGTTTCACCGGGAGGGATTCAACCGGCTCCTGTAACTAACCAGCCAAG
CTGCAAAGTTAGTCACTTGGTAGAGAGAGGACATAAGCCAGAAACTCCAACGAAAACAAG
AACTCGTTCCCTTGATGAAGAGTTCCTTCTTAAGCATGTTCTTGGAGTTACACCA

QA 1 235 1 235
DS 

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GGGAGGGATTCAACCGGCTCCTGTAACTAACCAGCCAAGCTGCAAAGTTAGTCACTTGGT
AGAGAGAGGACATAAGCCAGAAACTCCAACGAAAACAAGAACTCGTTCCCTTGATGAAGA
GTTCCTTCTTAAGCATGTTCTTGGAGTTACACCACCAGAAACAAGAATCCGTGCGGGTTC
GGTGGATATGAAGATGAAGGAGAATTTATATGTTCTACCTCTACCAGTGGGGATAGATGT
TAAGAAACCAAATCAAAAGAATGATATTTTTTCCGGAGATTTGTATCATAATAGAAGAAC
CACCATTGCACCACCCTCCAGCTGGGCTACTTTCGACTGAAGAAGAGAACAAATCACCAC
TTGGACTTTTAATTATAGTCAACAGGTTGTCAAAGATGGGGTTATGATGAACTCAAATCA
ACGACATAAGTTTGTTCTGTTTTCTATGTTTTTATTGGTCTTTCTATAATATTTTTCTAT
ATACAATTTTGGTTGCTTGTAACTAAACC

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL7242Contig1 858 2 2 U
GGGCAAAGAAGACTTCTACAAGTAGACCCCTTCCTCTGTCTGTCCCTCTTTAATATTGTG
TTCGTGTGAGATCTACCCACCTATAGACAACCTTCGAATCTGGCACTTCTTGTTTCTGAC
ACAAACACATAAGATATTATAACACAAACAGGAAGTGTACAAAATTGTCGGGAATGTTGA
GAGATGGCGCGGAGTACTCTGCAGTCGATGAGGAGCAAGAAGAAGAGAGATCTTTCTACT
ATGGCAGAGCTTCCATACCGTTCATATGGGAGTCAAGGCCAGGCACACCCAAACACGATC
ACTTTTCCGATTTCTCTCTTCCTCCGCAGCTCACGCCACCTCCGTCCTATTACTCCTCAT
CAGGGGTTTTGTCGACGCCAAAGAGACAGAACAAGGTGAGAACAAAACTAACTAGAATCC
TGTCCATGTCTCTGTTCCATGACCTCAAGAAGACCAGTAACAGTAGCAAGACGACGACCA
ACTACATCTCAGGGTCTACGTCTTCTTCATCTTCGTTTTCCTCGTCACCACATTCTTTGA
GAAAACCAGCGAGTCATGTTACAAAGAGCATGAGTTTAGGTCGTCACCGACCTTAACTCT
GTGTTGCTCCAATGGTGGAAGAAAAGGTTTAAGTTCTTCACTGGGGAGTATGAAGAGAGC
TTTCTTCTCTGTTCCTAGACATGGATCCACTGGTAAATCTATCACCATCGGCGACACCGA
ACAAAGATAGATTATGTTCATTTATTGTGTTCTTGATTCGTTCAATGAGCGGTTATGCCT
CATTGAACAGAAAGTGTGCTATAATGATTTGATGTTTGAATGTATTTTTGTGATGTATAT
ATCTATATAGTTTGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EI41TF U 1
AF RR1EI41JQ C 211
BS 1 623 RR1EI41TF
BS 624 858 RR1EI41JQ

RD RR1EI41TF 623 0 0
GGGCAAAGAAGACTTCTACAAGTAGACCCCTTCCTCTGTCTGTCCCTCTTTAATATTGTG
TTCGTGTGAGATCTACCCACCTATAGACAACCTTCGAATCTGGCACTTCTTGTTTCTGAC
ACAAACACATAAGATATTATAACACAAACAGGAAGTGTACAAAATTGTCGGGAATGTTGA
GAGATGGCGCGGAGTACTCTGCAGTCGATGAGGAGCAAGAAGAAGAGAGATCTTTCTACT
ATGGCAGAGCTTCCATACCGTTCATATGGGAGTCAAGGCCAGGCACACCCAAACACGATC
ACTTTTCCGATTTCTCTCTTCCTCCGCAGCTCACGCCACCTCCGTCCTATTACTCCTCAT
CAGGGGTTTTGTCGACGCCAAAGAGACAGAACAAGGTGAGAACAAAACTAACTAGAATCC
TGTCCATGTCTCTGTTCCATGACCTCAAGAAGACCAGTAACAGTAGCAAGACGACGACCA
ACTACATCTCAGGGTCTACGTCTTCTTCATCTTCGTTTTCCTCGTCACCACATTCTTTGA
GAAAACCAGCGAGTCATGTTACAAAGAGCATGAGTTTAGGTCGTCACCGACCTTAACTCT
GTGTTGCTCCAATGGTGGAAGAA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1EI41JQ 648 0 0
AGGAGCAAGAAGAAGAGAGATCTTTCTACTATGGCAGAGCTTCCATACCGTTCATATGGG
AGTCAAGGCCAGGCACACCCAAACACGATCACTTTTCCGATTTCTCTCTTCCTCCGCAGC
TCACGCCACCTCCGTCCTATTACTCCTCATCAGGGGTTTTGTCGACGCCAAAGAGACAGA
ACAAGGTGAGAACAAAACTAACTAGAATCCTGTCCATGTCTCTGTTCCATGACCTCAAGA
AGACCAGTAACAGTAGCAAGACGACGACCAACTACATCTCAGGGTCTACGTCTTCTTCAT
CTTCGTTTTCCTCGTCACCACATTCTTTGAGAAAACCAGCGAGTCATGTTACAAAGAGCA
TGAGTTTAGGTCGTCACCGACCTTAACTCTGTGTTGCTCCAATGGTGGAAGAAAAGGTTT
AAGTTCTTCACTGGGGAGTATGAAGAGAGCTTTCTTCTCTGTTCCTAGACATGGATCCAC
TGGTAAATCTATCACCATCGGCGACACCGAACAAAGATAGATTATGTTCATTTATTGTGT
TCTTGATTCGTTCAATGAGCGGTTATGCCTCATTGAACAGAAAGTGTGCTATAATGATTT
GATGTTTGAATGTATTTTTGTGATGTATATATCTATATAGTTTGTCCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL7243Contig1 635 2 2 U
GGAGAGCGAGAGAACAGAAAGAGATGGCGCTGAGGTTACTTCATCTTCTACCCCAAAACA
CTTCCTTTAATCGGAATCTGGAGTTTAGCCGTGTGCTGACCCGACCCGCAACCAGGATTC
AGTGCATAAGGAGAGAGGAGGATGAAGAGGATGGCATGATGAGCAACAGGAGGACGAGGA
AGGCGAAGAAGAAGAAGAAAACAATGAGCGATGCGGAGCTGGCGAAGGATTTGGCGAGAG
AGATCGGGAAGGCGAACACGGTGTCGGAACAGAGACGAGAAGCGATGAAGAAGAGCGGGG
AAATTCTGTGGGGAGAATTGTGCAAGCATGTGGGTTTGAAAGAAGAGGAGATGAGGGTTA
AGTGGAGGAAGATTGGAGAAGAGGAGAAAGTGGTTATGGTCAGAGAGTTTGTGGATGAGT
GGGGTGTTGATTTTCAGCCTTTGTCTGTTAGATCTGTTAAGGAAATGGTGGAAGAAGAGT
GTTTGGTTTCTGACAAAACAACAACCGAGCCTTCTTTTTCGATGTCTTCGTTTTCTGGGT
TGTTTCCTGGTTTGAAGAGAATCATAGGATTTGAGTAAAAATCTTATAAACCATATGTTG
TTGCATATTTTGAGTAAAGATGACAGCTTTTGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F584TF U 1
AF RR1F584JQ C 81
BS 1 492 RR1F584TF
BS 493 635 RR1F584JQ

RD RR1F584TF 492 0 0
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CTTCCTTTAATCGGAATCTGGAGTTTAGCCGTGTGCTGACCCGACCCGCAACCAGGATTC
AGTGCATAAGGAGAGAGGAGGATGAAGAGGATGGCATGATGAGCAACAGGAGGACGAGGA
AGGCGAAGAAGAAGAAGAAAACAATGAGCGATGCGGAGCTGGCGAAGGATTTGGCGAGAG
AGATCGGGAAGGCGAACACGGTGTCGGAACAGAGACGAGAAGCGATGAAGAAGAGCGGGG
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AGTGGAGGAAGATTGGAGAAGAGGAGAAAGTGGTTATGGTCAGAGAGTTTGTGGATGAGT
GGGGTGTTGATTTTCAGCCTTTGTCTGTTAGATCTGTTAAGGAAATGGTGGAAGAAGAGT
GTTTGGTTTCTG

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR1F584JQ 555 0 0
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GATGAAGAGGATGGCATGATGAGCAACAGGAGGACGAGGAAGGCGAAGAAGAAGAAGAAA
ACAATGAGCGATGCGGAGCTGGCGAAGGATTTGGCGAGAGAGATCGGGAAGGCGAACACG
GTGTCGGAACAGAGACGAGAAGCGATGAAGAAGAGCGGGGAAATTCTGTGGGGAGAATTG
TGCAAGCATGTGGGTTTGAAAGAAGAGGAGATGAGGGTTAAGTGGAGGAAGATTGGAGAA
GAGGAGAAAGTGGTTATGGTCAGAGAGTTTGTGGATGAGTGGGGTGTTGATTTTCAGCCT
TTGTCTGTTAGATCTGTTAAGGAAATGGTGGAAGAAGAGTGTTTGGTTTCTGACAAAACA
ACAACCGAGCCTTCTTTTTCGATGTCTTCGTTTTCTGGGTTGTTTCCTGGTTTGAAGAGA
ATCATAGGATTTGAGTAAAAATCTTATAAACCATATGTTGTTGCATATTTTGAGTAAAGA
TGACAGCTTTTGTGG

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

CO CL7244Contig1 1120 2 2 U
GGACACATTATCTTCTTCCTCTTTTAGCTTCTTCTTTTTCAGTCCCCCAATGGCTTCTTT
AAAATACAAACCTATGAACTTCATATTTCATGTTTTTTATTTGATTTTTATTTTCTCCGC
CCATAGTTCCACGGCGGAGCTCAAGAGGCTACTGCAGCCAGCGAAACCCGATGGTATAGT
AAGATTTCTCGTCATCGGAGACTGGGGAAGGCGAGGCTCCTATAATCAGTCCAACGTAGC
TCTTCAGATGGGAGAAATTGGAGAAAAGTTAAATATAGATTTTGTAATCTCAACCGGAGA
TAATTTTTACGACAATGGGTTACTTGGCTTGGACGATTCTGCGTTTCAAGATTCTTTCAC
CAACATTTATAACGCGTCGAGCTTGCAAAAGCCTTGGTATACTGTTTTAGGAAACCACGA
CTATAGAGGTGATGTCGAGGCACAACTTAGCCCTATGCTAAGGGCTTTGGACAACAGATG
GGTCTGCATGAGATCTTTCGTTGTTAATGCCGAGATCGTCGAGTTTTGGTTCGTCGACAC
AACTCCATTCGTTGATAAATACTTTGTCCAACCAAATAAGCATGTCTATGACTGGAGAGG
TGTATTACCCAGACAGAGATATCTGAACAATCTCTTAAAGGAAGTGGATGTGGAATTGAA
AGAGTCAACTGCAAAGTGGAAAATAGTGATTGGTCACCACCCGATCAAAAGCGCAGGCCA
CCACAGGAACACCATTGAATTGGAGAAGCAGCTTTTGCCTATTCTTCACGCGAATGAAGT
GGATCTCTACGTAAACGGACATGATCATTGCTTAGAACACATAAGCAGCGTGGAGAGTAA
AATACAGTTTATGACGAGTGGAGGTGGATCAAAGGCTTGGAAAGGTGACGTGAACCACTT
GGATCCAGAAGAGCTGAAGTTTTACTACGACGGACAAGGATTCATGTCGGTTGACATTTC
GGAGGCCGAGCTTAGTGTCGTGTTTTATGATGTTTCTGGAAACGTTTTGCATCATTGGAA
GACTTACAAGGAGGTGCTTTATTTCGCATCCTAAAACATAATGAAATTGACCACATTGTT
TATAAATTGTGATGCAATGTCATAATTTCATATTTCGTTG


BQ
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AF RR1BY24TF U 1
AF RR1BY24JQ C 459
BS 1 709 RR1BY24TF
BS 710 1120 RR1BY24JQ

RD RR1BY24TF 722 0 0
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AAAATACAAACCTATGAACTTCATATTTCATGTTTTTTATTTGATTTTTATTTTCTCCGC
CCATAGTTCCACGGCGGAGCTCAAGAGGCTACTGCAGCCAGCGAAACCCGATGGTATAGT
AAGATTTCTCGTCATCGGAGACTGGGGAAGGCGAGGCTCCTATAATCAGTCCAACGTAGC
TCTTCAGATGGGAGAAATTGGAGAAAAGTTAAATATAGATTTTGTAATCTCAACCGGAGA
TAATTTTTACGACAATGGGTTACTTGGCTTGGACGATTCTGCGTTTCAAGATTCTTTCAC
CAACATTTATAACGCGTCGAGCTTGCAAAAGCCTTGGTATACTGTTTTAGGAAACCACGA
CTATAGAGGTGATGTCGAGGCACAACTTAGCCCTATGCTAAGGGCTTTGGACAACAGATG
GGTCTGCATGAGATCTTTCGTTGTTAATGCCGAGATCGTCGAGTTTTGGTTCGTCGACAC
AACTCCATTCGTTGATAAATACTTTGTCCAACCAAATAAGCATGTCTATGACTGGAGAGG
TGTATTACCCAGACAGAGATATCTGAACAATCTCTTAAAGGAAGTGGATGTGGAATTGAA
AGAGTCAACTGCAAAGTGGAAAATAGTGATTGGTCACCACCCGATCAAA
GCGCAGCCACCAC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1BY24JQ 662 0 0
TAAGGGCTTTGGACAACAGATGGGTCTGCATGAGATCTTTCGTTGTTAATGCCGAGATCG
TCGAGTTTTGGTTCGTCGACACAACTCCATTCGTTGATAAATACTTTGTCCAACCAAATA
AGCATGTCTATGACTGGAGAGGTGTATTACCCAGACAGAGATATCTGAACAATCTCTTAA
AGGAAGTGGATGTGGAATTGAAAGAGTCAACTGCAAAGTGGAAAATAGTGATTGGTCACC
ACCCGATCAAAAGCGCAGGCCACCACAGGAACACCATTGAATTGGAGAAGCAGCTTTTGC
CTATTCTTCACGCGAATGAAGTGGATCTCTACGTAAACGGACATGATCATTGCTTAGAAC
ACATAAGCAGCGTGGAGAGTAAAATACAGTTTATGACGAGTGGAGGTGGATCAAAGGCTT
GGAAAGGTGACGTGAACCACTTGGATCCAGAAGAGCTGAAGTTTTACTACGACGGACAAG
GATTCATGTCGGTTGACATTTCGGAGGCCGAGCTTAGTGTCGTGTTTTATGATGTTTCTG
GAAACGTTTTGCATCATTGGAAGACTTACAAGGAGGTGCTTTATTTCGCATCCTAAAACA
TAATGAAATTGACCACATTGTTTATAAATTGTGATGCAATGTCATAATTTCATATTTCGT
TG

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL7245Contig1 572 2 1 U
GGGAGAAAAAAAGCTATAACCGTAAGAAAATGGGAGTGGTAGTGATCGACGGATCAACGG
TGCGGTCGTTCGTGGAGGACGAGGAGCAGTTCAAAAAGACCATAGACGAGAGGTTCGCGG
CTCTGGATCTAAACAACGACGGCGTTTTATCTCGATCCGAGCTACGAAAGACGTTCGAAT
CGATGAGGCTTTTGGAATCGCACTTCGGCGTCGACGTGGTGACACCTCAGGAGGAGCTGA
CGAGTCTTTACGACTCGATATTCGACAAGTTCGACACGGATCAGAGCGGTTCCGTGGATC
TGGAGGAGTTTAGATCGGAGGTGAAGAAGATCGTGCTAGCGATTGCCGATGGGCTCGGAT
CGTGTCCGATTACGATGGCGTTGGATGACAATGATGATAATTTGCTGAAGAAGGCGGCGG
ATCTGGAAGCTTCGAAGCTCGAGAAGAAGGCTTCTTGATGAACGATGATTTAAATGGTTC
TTTTTAAAGTGTTCTTCGTCTTCGTTGTTGCTTATGTAGTGTTTGTTTGTGATGTAAGCA
ATATGAATAATAATAAAGGCCTTTCGATTTGT


BQ
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AF RR1E877JQ C 1
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DS 

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CGTGTCCGATTACGATGGCGTTGGATGACAATGATGATAATTTGCTGAAGAAGGCGGCGG
ATCTGGAAGCTTCGAAGCTCGAGAAGAAGGCTTCTTGATGAACGATGATTTAAATGGTTC
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ATATGAATAATAATAAAGGCCTTTCGATTTGT

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D042JQ C 1
AF RR1D042TF U 1
BS 1 598 RR1D042TF

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DS 

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CATATTGTACACAACAATGTTAGCTTTGCTTGTCAGTTAATAGTTATGTGTTTGGTTT

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CW27TF U 1
AF RR1CW27JQ C 19
BS 1 720 RR1CW27TF
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RD RR1CW27TF 743 0 0
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CAAACCTGCCGCCATCATTAGCACCGGTGGAATATTTGGTGGAGGAGTATCTCAATATCA
TCTTCGCCAAATTGGTGTATTCCTTGATCTTCATTTTATCAACAAGCCAGAATTTACTCT
CAGTGCATTCCAACCGCCTGAGAAATTTGATGTGGAAGGAAACTTGGTCGATGAACCAGC
TAAGGAGAGGTTGAAAAAAGTCCTTATCTCATTGCAAGAATTTACTATTCGACTTCAGGG
TCGTGATTGAGGGAATTCTTGATCATTTGTAAGGCTTGTTTGTGTGATGGAAATAATGCA
AATTGTTGTAATAAAAACAGTGTGTCACTTGTCTTATAATCGTTTATGTCTATTATAAAT
ATGTATATGATGTTAGTGGTTTGTCCGTGCTACGCGGAGTGTTTTTAATTGTGTAGCTAA
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QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1CW27JQ 726 0 0
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CGCGATTGACTGGGCTTCCCGACCACCTAATGTTTGGGCGGACAAACCTGCCGCCATCAT
TAGCACCGGTGGAATATTTGGTGGAGGAGTATCTCAATATCATTTTCGCCAAATTGGTGT
ATTCCTTGATTTTCATTTTATCAACAAGCCAGAATTTACTTTCAGTGCATTCCAACCGCC
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ATGCTG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATGAGAACGAGGTGAATCTGGAAACTTCCAATGATAATGTGTTTGTGGCTGATACTTGCT
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ATAGCAACAATCTTCCAATCAGTGACGGTCTACAAGATGATTTTAACTTTGAAGATTATC
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GATCTGAAGATACTCTTCCTGACCAAGAAGACTCCACCAGAAACCTTCACCTGAGAATTG
GAGAA


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1BP60TF U 1
AF RR1CC95TF U 1
BS 1 625 RR1BP60TF
BS 626 725 RR1CC95TF

RD RR1BP60TF 625 0 0
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AAGGATTGGGTATTGATGATGATGATGTTTATCTCGACATTGACGAGAGGCCTGGCAATC
TGGTGGTCTATGATGCTATTCCTGTTCAGACTAATTATTGTCATGGAGAATCAAGCAATA
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ACGGTAGCATTCAGCCTTGTTCTCTGTTTTCCGGTGAACAGAGTGGCTGTGGTGTGGATG
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TTAACTTCTTGGAGGATGATGATGC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1CC95TF 725 0 0
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AGGAGGAGTGGGAAGAGGATACAATGACGTTTGTACCAGAACAAGATGCTCTTCTCAGTG
AAGGATTGGGTATTGATGATGATGATGTTTATCTCGACATTGACGAGAGGCCTGGCAATC
TGGTGGTCTATGATGCTATTCCTGTTCAGACTAATTATTGTCATGGAGAATCAAGCAATA
ACGTTGAATCAGGAAACTGTGAAGACTACATTCAACCGGGGAACTGTGTTGTTGACTCTG
GTGGTTACTCTGCACAACCGTTTGAGGCTTTTGAGGAGGATCAGAAGCCTATTATCCGGG
ACGGTAGCATTCAGCCTTGTTCTCTGTTTTCCGGTGAACAGAGTGGCTGTGGTGTGGATG
ATGAGAACGAGGTGAATCTGGAAACTTCCAATGATAATGTGTTTGTGGCTGATACTTGCT
ACAGTGACGTTCCTATTGATGATGATGCCAATTATATCCCTGACGAGCCATTCATCGATC
ATAGCAACAATCTTCCAATCAGTGACGGTCTACAAGATGATTTTAACTTTGAAGATTATC
TTAACTTCTTGGAGGATGATGATGCTCACGATTTGTCTCTTGCTGTTTCTCAATTGTTGG
GATCTGAAGATACTCTTCCTGACCAAGAAGACTCCACCAGAAACCTTCACCTGAGAATTG
GAGAA

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL7250Contig1 719 2 2 U
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GGGCCGTAACAGAAGCCGACGTTGTGATTTAACGGATCGTTACGATCGGTGTTATTATTA
TCTTTCTTTTTTTTTTTAATCAACGGTGGAGCTAAAAAAATGCCAATTATTGAGCCATGG
TCCCCCTATGTCGATGCTCTTATCTTTTCTTTTCTTTAATTTTCCCTTTTTCTATGCTGG
TGGGGTTTTTAATTTTGAATTTTAAAAATAAAAGGAATCTTCCTGAAAATAACATAATGT
TTTTGTTTTTTAGTGGTTTGGATATTGCATGATTGTGGTATCAAGTTGGCAAATTGTTTT
TTTCTTCAAACAATTAATAGAGGAAATTTCCTGAAAAATAACATAATGTTTTTTTTCTTT
TTTTTTAGTGGTTTTGGATATTTGCATGATTTTGGTATCAAGTTGGCAAATGGGCTGAAG
GCAATGGATTCGGTATCACACATCAAACGGACTTTTTTGGGCCTGGCCCATTTCTAAGAT
ATCGGGTTTATTCAGTCAATGAAAGCCTCTCCGAATAGTTTTGTTCGTTGATGGTTCTTC
TTACAGACTAAGTTGGGTTTCCTGAGATAGTTTAGTGGCAAGAAGTGCAGCAGTTTCAGA
TTAGATAGATAGCTCAGTTTGCAATTTTGTTACATATGGTGAGCTAAGTTGTTGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FJ87TF U 1
AF RR1FJ87JQ C 227
BS 1 698 RR1FJ87TF
BS 699 719 RR1FJ87JQ

RD RR1FJ87TF 698 0 0
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TCTTTCTTTTTTTTTTTAATCAACGGTGGAGCTAAAAAAATGCCAATTATTGAGCCATGG
TCCCCCTATGTCGATGCTCTTATCTTTTCTTTTCTTTAATTTTCCCTTTTTCTATGCTGG
TGGGGTTTTTAATTTTGAATTTTAAAAATAAAAGGAATCTTCCTGAAAATAACATAATGT
TTTTGTTTTTTAGTGGTTTGGATATTGCATGATTGTGGTATCAAGTTGGCAAATTGTTTT
TTTCTTCAAACAATTAATAGAGGAAATTTCCTGAAAAATAACATAATGTTTTTTTTCTTT
TTTTTTAGTGGTTTTGGATATTTGCATGATTTTGGTATCAAGTTGGCAAATGGGCTGAAG
GCAATGGATTCGGTATCACACATCAAACGGACTTTTTTGGGCCTGGCCCATTTCTAAGAT
ATCGGGTTTATTCAGTCAATGAAAGCCTCTCCGAATAGTTTTGTTCGTTGATGGTTCTTC
TTACAGACTAAGTTGGGTTTCCTGAGATAGTTTAGTGGCAAGAAGTGCAGCAGTTTCAGA
TTAGATAGATAGCTCAGTTTGCAATTTTGTTACATATG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1FJ87JQ 493 0 0
TTTTTCTATGCTGGTGGGGTTTTTAATTTTGAATTTTAAAAATAAAAGGAATCTTCCTGA
AAATAACATAATGTTTTTGTTTTTTAGTGGTTTGGATATTGCATGATTGTGGTATCAAGT
TGGCAAATTGTTTTTTTCTTCAAACAATTAATAGAGGAAATTTCCTGAAAAATAACATAA
TGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGGTTTTGGATATTTGCATGATTTTGGTATCAAGTTGG
CAAATGGGCTGAAGGCAATGGATTCGGTATCACACATCAAACGGACTTTTTTGGGCCTGG
CCCATTTTTAAGATATCGGGTTTATTCAGTCAATGAAAGCCTCTCCGAATAGTTTTGTTC
GTTGATGGTTTTTTTTACAGACTAAGTTGGGTTTCCTGAGATAGTTTAGTGGCAAGAAGT
GCAGCAGTTTCAGATTAGATAGATAGCTCAGTTTGCAATTTTGTTACATATGGTGAGCTA
AGTTGTTGTTTCC

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 2

CO CL7251Contig1 1340 2 2 U
GGGACGAGCTCTGCATCTGGAATCTCTCACTAACATTCGTTCCCTCGCCGAATTCAATTT
TCCCCGAGAAGTCTCTTCCTTTTTCTCTCTCTCTCTGCTCCAGAAATCGGAAAAGATCAG
ATTTTTCTCCATTGATCGTGATTGGGTTTAAAAACTATGCATAGATCTGGCACAACAATG
GCGTGGAACATTTTTAAATTCTGTACAGCTCTACGTGGACTCGGATCGATCATGATCCTT
CTGGTCTTAGGGATCGTTGGTGTGACCTATTACGCCGTCGTTTGGACCAATTACGGTCCC
GCATTATTATCATCTGGAGGGCTCGCTTCTCTCGCAGCTCTCGCCGTTATACTCATGTTT
CATTTCTTGTTGGGGATGGTTTTGTGGAGCTACTTCTCTGTTGTGTTTACTGATCCTGGA
GCTGTGCCTCCTAATTGGAGGCCAGTTTCAGACGAAGAAGAGCAACAACAGGGTGAGTGT
GATCCGTTGAATGGTTTGGAGTTTGGCGGGTTACAGAACGATTCTTCCAACCAACGAACT
CGGTTCTGTAGGAAATGCAATCAGCATAAGCCTCCTCGCTGCCATCATTGCTCTGTTTGT
GGTCGGTGTGTGTTGAAGATGGACCACCATTGTGTTTGGGTTGTTAACTGTGTTGGGGCC
CTTAACTACAAGTATTTTCTTCTCTTCTTGCTTTACACCTTTTTGGAAACAACTCCTGTG
ACTTTACTTCTCATGCCACAATTCATAGCCTTCTTTAGCGAGGAAGAGATACCTGGAACT
CCAGGCACCCTTGCTACTACTTTTCTTGCATTTGTTTTAAACCTGGCATTTGCTTTAAGC
GTTATGGGTTTCTTAATCATGCACATCTCCCTCGTTGCTGCTAATACCACAACTATAGAG
GCGTATGAGAAGAAAACAAGCCCGAAATGGCCTTATGACCTTGGTCGAAAGAAGAACTTT
GAACAAGTGTTTGGTACGGATAGGAAGTATTGGTTGATTCCAGCCTACTCAGAAGAAGAT
TTAAGACGAATGCCTGAACTTCAGGGACTCGAGTACCCGTCAAAACCTGACTTTGATTCT
CAAGATTTTTGAAGAAAAGGAAGGCTGTAACAATACCTTAGGGATGACAGAGATAGAGAA
GATGTTGTGTAAAGAGTTCCACGCCATTGAAGAAAGCTGAGACTAAAAGGCCTCCTAATC
CTAATTCATACGACTAGATGTTCTTCTTCTTCTTTCATGAGTAGATATCATTTGATCTCT
AGTTATAAATGTAGAGCCAAAGTCTCACGTTGATAACAATCTTTACTGATCTTTCTGAAT
AGTCAAAATCCCTTTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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BS 1 675 RR1DI88TF
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CATTTCTTGTTGGGGATGGTTTTGTGGAGCTACTTCTCTGTTGTGTTTACTGATCCTGGA
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CTTAACTACAAGTAT

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DS 

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AACTCCTGTGACTTTACTTCTCATGCCACAATTCATAGCCTTCTTTAGCGAGGAAGAGAT
ACCTGGAACTCCAGGCACCCTTGCTACTACTTTTCTTGCATTTGTTTTAAACCTGGCATT
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AACTATAGAGGCGTATGAGAAGAAAACAAGCCCGAAATGGCCTTATGACCTTGGTCGAAA
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CTTTGATTCTCAAGATTTTTGAAGAAAAGGAAGGCTGTAACAATACCTTAGGGATGACAG
AGATAGAGAAGATGTTGTGTAAAGAGTTCCACGCCATTGAAGAAAGCTGAGACTAAAAGG
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TTTGATCTCTAGTTATAAATGTAGAGCCAAAGTCTCACGTTGATAACAATCTTTACTGAT
CTTTCTGAATAGTCAAAATCCCTTTTGTTG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

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TTTCCACTCTCTGAGATCCTCTATTGATTTAATCTACATCGTTTGTATATATTACATAGT
TCCATGTATATATATAGACGTATATTTATTATTATTGGTTCGTATTTTTGTTATATGTTC
TTTTTATAAGTTAAAAAAATATATATGTGTGCTACTTGTGATAGTTTACACTTTATGATC
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ATCATCAAATGACTATTCCTAACAATAATCCCTACCACACCATCATCACCACACCACCAC
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CCACGATGACCAGTAGGCCACAAGAACCAAGAAACTGTCCAAGATGCAACTCAAGCAACA
CCAAATTCTGTTACTACAACCTAATTCCTCTTCTTCTTCTCCCACCAAGAATCTCCCAGA
TCTCAACCCTCCTTTTGTCTTCACATCTACATCAAACCCTAGCAAGAGTACCCATCAAAA
TAATGACCTCAGCCTTTCCTTCTCCTCTCCTACTATGCGAGATAAGGAAGCTCAAGGGCA
CTATGGTCACTTTGCTGAGCAAGCTATGACAGGAGGGCAAAACTGTATTTTCACAGCTCC
CATGGGAATGATTCAGTTTCGTCAGGATTATGATAATGATCACAGCAAAACCGATATTAG
GTTTTCTTTAGATAGAAACAAGCAGGAGATTAGTGGAGGAGGAAGTAAGTTGATGTTTCC
TTATGGAAATGGTGATGAACATCATCATGACCATGAGAGACACGACGATGGTAATAAGAC
GAGAGAAAGTGGTTCAAGCAATGAGCTATGGAGTGGAATCATCCTAGGTGGTGATATTGG
TGGACCAACATGGTGATATTGAAGAATATTGTCAAAAGAAAAAGACAATAAAGACAAAAA
CAAACAGTTTCGAGCAAAAATATGTGATTAGATTTGGGAGTTTTCAGACCCGGAAGAGTC
GCCTTCGGAGGAGCATGATGATTCTTCTTGCTGCTTTTTAAAAGTTCCTCTGTTCATTTT
CATTGTCTTATTGGGTTTTAGTTTGCTTCTCTAGGACTTTTTAAAACATATATGTGTCTA
ATCCATATTATTAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV29TF U 1
AF RR1DV29JQ C 616
BS 1 706 RR1DV29TF
BS 707 707 RR1DV29JQ
BS 708 752 RR1DV29TF
BS 753 1274 RR1DV29JQ

RD RR1DV29TF 769 0 0
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TTTCCACTCTCTGAGATCCTCTATTGATTTAATCTACATCGTTTGTATATATTACATAGT
TCCATGTATATATATAGACGTATATTTATTATTATTGGTTCGTATTTTTGTTATATGTTC
TTTTTATAAGTTAAAAAAATATATATGTGTGCTACTTGTGATAGTTTACACTTTATGATC
ATGCTTTTATGTAATCACATGGTTTGATCATATGTCTAACAGGGATTGTATAAATTATAA
TTGAAGCACACATCATGGACCATCATCACTATACTCATCATGATCCTGATCAATACCAAC
ATCATCAAATGACTATTCCTAACAATAATCCCTACCACACCATCATCACCACACCACCAC
CAAGAACAACAACAGTGGATTCAACAACAATGATAATGGATGCTGAAAAGAAGATGATAA
CCACGATGACCAGTAGGCCACAAGAACCAAGAAACTGTCCAAGATGCAACTCAAGCAACA
CCAAATTCTGTTACTACAACCTAATTCCTCTTCTTCTTCTCCCACCAAGAATCTCCCAGA
TCTCAACCCTCCTTTTGTCTTCACATCTACATCAAACCCTAGCAAGAGTACCCATCAAAA
TAATGACCTCAGCCTTTCCTTCTCCTCTCCTACTATGCGAGATAAG*AAGCTCAAGGGCA
CTATGGTCACTTTGCTGAGCAAGCTATGACAG
AGGCAAACTGTATTTCA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1DV29JQ 659 0 0
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TTCCTTCTCCTCTCCTACTATGCGAGATAAGGAAGCTCAAGGGCACTATGGTCACTTTGC
TGAGCAAGCTATGACAGGAGGGCAAAACTGTATTTTCACAGCTCCCATGGGAATGATTCA
GTTTCGTCAGGATTATGATAATGATCACAGCAAAACCGATATTAGGTTTTCTTTAGATAG
AAACAAGCAGGAGATTAGTGGAGGAGGAAGTAAGTTGATGTTTCCTTATGGAAATGGTGA
TGAACATCATCATGACCATGAGAGACACGACGATGGTAATAAGACGAGAGAAAGTGGTTC
AAGCAATGAGCTATGGAGTGGAATCATCCTAGGTGGTGATATTGGTGGACCAACATGGTG
ATATTGAAGAATATTGTCAAAAGAAAAAGACAATAAAGACAAAAACAAACAGTTTCGAGC
AAAAATATGTGATTAGATTTGGGAGTTTTCAGACCCGGAAGAGTCGCCTTCGGAGGAGCA
TGATGATTCTTCTTGCTGCTTTTTAAAAGTTCCTCTGTTCATTTTCATTGTCTTATTGGG
TTTTAGTTTGCTTCTCTAGGACTTTTTAAAACATATATGTGTCTAATCCATATTATTAT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL7253Contig1 741 2 4 U
TTTTTTCACAATTTTTTTGTCACAAACAATCGTAAGGGTTCGATGGACCCGTTTCTTTCT
CAGCCGTCGTCATATAGGATCAGACCCTAGGGTTTCGATTCAGTTGCTTTATCTTCTTCC
TACCGATCTAGAAATTTAACAGTTACAGATTCATCTTCTTAAAGTCTTCCTTAAATCAAT
TCTCCACGATCTACATTCAATGCGAAATTCGATCTTGCAAAGCGGTGAAAGTTCGAGTAT
AAAAGGTGGGAATCCCTACTCTCGAAATCATCTTACCTTTTTATTGTTTTAGGTGTCAGT
AGTTTAATCTATGTTCTGAAGTAGTTGTGATTCTTCTTAGGACATGTTTGTTCTTTTATA
ATGCATTTTGCTCTTTTCGTTGTTTCAGATATTAGACTCTTTAATATAAGAAGGTATATA
AAGTTTGCGAACAGGTGGCTTTAGTGGACATGACTATCCTACCAAGGATGGTGGTGCGGT
AAACACCAGTCTCATCTCAGACTCCGGCTTTCCGTTTTTTTAATAAGAGTAGTGCATGGA
ACGTCTGCTCCACTACCAAAGAATGTCTGTGTTAAAAATGGTTGCTGCTTTTAAAAAAGC
TCCTGGCAAGAAAATACCTATCAAGCTTTGTCCGAGAAGGCCAGTAGATGCAACTGCAGA
GAGCTGATAAATAATTATGTATCAATTTTGATTTCCTTTTACACCACATCTCTTTATAAT
AACATTCTTTTTGATGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF10TF U 1
AF RR1EF10JQ C 12
BS 1 639 RR1EF10TF
BS 640 640 RR1EF10JQ
BS 641 718 RR1EF10TF
BS 719 741 RR1EF10JQ

RD RR1EF10TF 718 0 0
TTTTTTCACAATTTTTTTGTCACAAACAATCGTAAGGGTTCGATGGACCCGTTTCTTTCT
CAGCCGTCGTCATATAGGATCAGACCCTAGGGTTTCGATTCAGTTGCTTTATCTTCTTCC
TACCGATCTAGAAATTTAACAGTTACAGATTCATCTTCTTAAAGTCTTCCTTAAATCAAT
TCTCCACGATCTACATTCAATGCGAAATTCGATCTTGCAAAGCGGTGAAAGTTCGAGTAT
AAAAGGTGGGAATCCCTACTCTCGAAATCATCTTACCTTTTTATTGTTTTAGGTGTCAGT
AGTTTAATCTATGTTCTGAAGTAGTTGTGATTCTTCTTAGGACATGTTTGTTCTTTTATA
ATGCATTTTGCTCTTTTCGTTGTTTCAGATATTAGACTCTTTAATATAAGAAGGTATATA
AAGTTTGCGAACAGGTGGCTTTAGTGGACATGACTATCCTACCAAGGATGGTGGTGCGGT
AAACACCAGTCTCATCTCAGACTCCGGCTTTCCGTTTTTTTAATAAGAGTAGTGCATGGA
ACGTCTGCTCCACTACCAAAGAATGTCTGTGTTAAAAATGGTTGCTGCTTTTAAAAAAGC
TCCTGGCAAGAAAATACCTATCAAGCTTTGTCCGAGAAG*CCAGTAGATGCAACTGCAGA
GAGCTGATAAATAATTATGTATCAATTTTGATTTCCTTTTACACCACATCTCTTTATA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1EF10JQ 730 0 0
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ATATAGGATCAGACCCTAGGGTTTCGATTCAGTTGCTTTATCTTCTTCCTACCGATCTAG
AAATTTAACAGTTACAGATTCATCTTCTTAAAGTCTTCCTTAAATCAATTCTCCACGATC
TACATTCAATGCGAAATTCGATCTTGCAAAGCGGTGAAAGTTCGAGTATAAAAGGTGGGA
ATCCCTACTCTCGAAATCATCTTACCTTTTTATTGTTTTAGGTGTCAGTAGTTTAATCTA
TGTTCTGAAGTAGTTGTGATTCTTCTTAGGACATGTTTGTTCTTTTATAATGCATTTTGC
TCTTTTCGTTGTTTCAGATATTAGACTCTTTAATATAAGAAGGTATATAAAGTTTGCGAA
CAGGTGGCTTTAGTGGACATGACTATCCTACCAAGGATGGTGGTGCGGTAAACACCAGTC
TCATCTCAGACTCCGGCTTTCCGTTTTTTTAATAAGAGTAGTGCATGGAACGTCTGCTCC
ACTACCAAAGAATGTCTGTGTTAAAAATGGTTGCTGCTTTTAAAAAAGCTCCTGGCAAGA
AAATACCTATCAAGCTTTGTCCGAGAAGGCCAGTAGATGCAACTGCAGAGAGCTGATAAA
TAATTATGTATCAATTTTGATTTCCTTTTACACCACATCTCTTTATAATAACATTCTTTT
TGATGCTTCC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL7254Contig1 816 2 10 U
GACATTCAGTGTACCTTGATGTTCTGCGCTTGTTTGCTCATGGCACCTGGGCTGACTACA
AATGCAATGCTAGCCGTATCCCTCAGTTGTCTCCTGACCAAACTCTGAAGCTAAAACAGC
TCACTGTGCTTACCCTTGCCGAGTCAAACAAGGTTTTGCCTTATGATACGCTCATGGACG
AGTTGGATGTCACCAATGTTCGTGAGCTCGAGGACTTTCTTATCAATGAATGCATGTACG
CGGGTATAGTTAGAGGAAAACTTGATCAGTTGAAAAGATGCTTCGAGGTTCCATTTGCAG
CTGGTAGAGATCTAAGGCCTGGACAACTAGGGAATATGTTACACACTTTGTCCAACTGGT
TGAACACATCAGAAAATCTTCTCGGCTCCATTCAAGACAAGATAAAATGGGCGGATAATA
TGAGCGAGATAGACAAGAAACATCGCAAGGAAGCAGAAGAGAGAGTGGAAGAAGTGAAGA
AGTCTCTGTCCATGAAGAGGGCATAAAGAAATGTTTGGGGAACCAAGTGGAGTGATGGAC
TATGAAGAAGATAGAATCCGACCAAAGAGGAGAAGGCATCCGGTAACAAGGTAGAGAGAG
AAGAGAGGAGACAGAGTAAAAAAGGGATTTGTAATGGTGTTTAATGGACGTATCATTTAC
GTTTGGTGGAGGTTTTTTGATTGTTAGCATTTTATTTCAACTTGTGTAATGAAGTATCTC
GTCTCTTGTCTCTTTCTCAAGGCACGAACAAATTCAGCGGTTATTTGACTTTAAAAAAAT
GATATGAATAGACAAGCAAAAAGTTGGTTGCATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C609TF U 1
AF RR1C609JQ C 79
BS 1 622 RR1C609TF
BS 623 623 RR1C609JQ
BS 624 741 RR1C609TF
BS 742 742 RR1C609JQ
BS 743 778 RR1C609TF
BS 779 779 RR1C609JQ
BS 780 787 RR1C609TF
BS 788 788 RR1C609JQ
BS 789 801 RR1C609TF
BS 802 816 RR1C609JQ

RD RR1C609TF 813 0 0
GACATTCAGTGTACCTTGATGTTCTGCGCTTGTTTGCTCATGGCACCTGGGCTGACTACA
AATGCAATGCTAGCCGTATCCCTCAGTTGTCTCCTGACCAAACTCTGAAGCTAAAACAGC
TCACTGTGCTTACCCTTGCCGAGTCAAACAAGGTTTTGCCTTATGATACGCTCATGGACG
AGTTGGATGTCACCAATGTTCGTGAGCTCGAGGACTTTCTTATCAATGAATGCATGTACG
CGGGTATAGTTAGAGGAAAACTTGATCAGTTGAAAAGATGCTTCGAGGTTCCATTTGCAG
CTGGTAGAGATCTAAGGCCTGGACAACTAGGGAATATGTTACACACTTTGTCCAACTGGT
TGAACACATCAGAAAATCTTCTCGGCTCCATTCAAGACAAGATAAAATGGGCGGATAATA
TGAGCGAGATAGACAAGAAACATCGCAAGGAAGCAGAAGAGAGAGTGGAAGAAGTGAAGA
AGTCTCTGTCCATGAAGAGGGCATAAAGAAATGTTTGGGGAACCAAGTGGAGTGATGGAC
TATGAAGAAGATAGAATCCGACCAAAGAGGAGAAGGCATCCGGTAACAAGGTAGAGAGAG
AAGAGAGGAGACAGAGTAAAAA*GGGATTTGTAATGGTGTTTAATGGACGTATCATTTAC
GTTTGGTGGAGGTTTTTTGATTGTTAGCATTTTATTTCAACTTGTGTAATGAAGTATCTC
GTCTCTTGTCTCTTTCTCAAG*CACGAACAAATTCAGCGGTTATTTGACTTTAAAAAA*T
GATATGA*TAGACAAGCAAAA
GTGGGTGCATTC

QA 1 801 1 801
DS 

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TTCGTGAGCTCGAGGACTTTCTTATCAATGAATGCATGTACGCGGGTATAGTTAGAGGAA
AACTTGATCAGTTGAAAAGATGCTTCGAGGTTCCATTTGCAGCTGGTAGAGATCTAAGGC
CTGGACAACTAGGGAATATGTTACACACTTTGTCCAACTGGTTGAACACATCAGAAAATC
TTTTCGGCTCCATTCAAGACAAGATAAAATGGGCGGATAATATGAGCGAGATAGACAAGA
AACATCGCAAGGAAGCAGAAGAGAGAGTGGAAGAAGTGAAGAAGTCTCTGTCCATGAAGA
GGGCATAAAGAAATGTTTGGGGAACCAAGTGGAGTGATGGACTATGAAGAAGATAGAATC
CGACCAAAGAGGAGAAGGCATCCGGTAACAAGGTAGAGAGAGAAGAGAGGAGACAGAGTA
AAAAAGGGATTTGTAATGGTGTTTAATGGACGTATCATTTACGTTTGGTGGAGGTTTTTT
GATTGTTAGCATTTTATTTCAACTTGTGTAATGAAGTATCTCGTCTCTTGTCTCTTTCTC
AAGGCACGAACAAATTCAGCGGTTATTTGACTTTAAAAAAATGATATGAATAGACAAGCA
AAAAGTTGGTTGCATTCG

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

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AGGCGGCGCTTCCACGGCGGTGCTCCACCGATTGACTTATCCAACACGGCTTCTGTGGCT
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GAGAGTCACCAAGCCTATGTCTCCTTCTCGGAGAGAAATATTAGGAACAAATCTTACGAT
GTTGATAACCATGAGAAGCTTGTAGGAGCAGCCAAAGAGGCGAAAGATAGATTGGACGAG
CGGCTGAGAAACCCGCGAAGAAGGTTTGGTTTGTTTAAACAAGTGTATGATAGCAAACCA
AGTCCTAATCCACCTTAAAATCCACTGAACCAGCTCAATCATTTTGCTTTAATTCCATGA
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TTGTGAGATTGCCTTTTGTCGGACAATTATTTTATCCTTTTAGCGACTT


BQ
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AF RR1B292JQ C 1
AF RR1B292TF U 1
BS 1 589 RR1B292TF

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GGAAAACCTCTGTGGCTGCCGGTCATTTATCTCTCTCTCTCCCTTCCTCTAAGCTAAAGC
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GTTGATAACCATGAGAAGCTTGTAGGAGCAGCCAAAGAGGCGAAAGATAGATTGGACGAG
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DS 

RD RR1B292TF 589 0 0
GGAAAACCTCTGTGGCTGCCGGTCATTTATCTCTCTCTCTCCCTTCCTCTAAGCTAAAGC
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AGGCGGCGCTTCCACGGCGGTGCTCCACCGATTGACTTATCCAACACGGCTTCTGTGGCT
GCAGCAACGGGACACGTATGGACTCGCCGACCATCCTTCTCTCCCTACACTACCAATCAC
GAGAGTCACCAAGCCTATGTCTCCTTCTCGGAGAGAAATATTAGGAACAAATCTTACGAT
GTTGATAACCATGAGAAGCTTGTAGGAGCAGCCAAAGAGGCGAAAGATAGATTGGACGAG
CGGCTGAGAAACCCGCGAAGAAGGTTTGGTTTGTTTAAACAAGTGTATGATAGCAAACCA
AGTCCTAATCCACCTTAAAATCCACTGAACCAGCTCAATCATTTTGCTTTAATTCCATGA
TAACGACGCATGCTGATGTACTATTATCTTTCTAACATGTGGTATCACATGAGCATATAA
TTGTGAGATTGCCTTTTGTCGGACAATTATTTTATCCTTTTAGCGACTT

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

CO CL7256Contig1 1316 2 6 U
GGGTCTTTCACTCCTTGTCTCTCCCCCAACCCCTTCTCTCACACAGAATATAGACAAAAG
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GAAGACACTTCCGGGTTCGAGGAGGAGGAGGAAGACGACAAATCTGACGGAAAGTTTCCA
TTTTTCCATCTGGGTTTTCTCGATCGGGAGGACGACGACGAGTTGTCGAGTCTGATCTCC
AAGGAAAACGAGCTGAGACCGTCTCTCACCGAAGAGGGTGGTGTCTTAGACGACGAGTTT
CTCGCCTTGTGTCGTGAAAAGGCCGTTGATTGGATCCTCAGGGTGAAATCTCATCACGGG
TTTAGCTCCGTGACGGCTCTTCTCGCTGTTAACTACTTCGATAGGTTTATCACGAGCAGG
AATTTTCAGACAGAGTATCCATGGATGTCTCAGCTCACGGCTCTGGCTTGTTTGTCTTTA
GCTGCAAAAGTTGAGGAGGTCCGAGTTCCTCTGCTCGTAGATTTCCAAGTGGAAGAGGCA
AGCTATGTCTTTGAGGCTAAAACCATACAGCGAATGGAGCTTCTCGTTCTCTCTACTCTT
CGATGGAGGATGCATCCCGTGACTCCGATCTCGTTCTTCGATCACATTATCCGTCGATTC
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TTTCTCGATGTGTTCACTAGTAGTCCTCGCTAATAATTTCAATCAAACGATCAAAAAAAA
TCTGCCAGATTTAGAAACATCATGCGTTTTGCTTGGTTCTTGTGTTAATGGACGGTTTCA
AAATGGGCGTACTATTCAGTATTTGATCATTTAAAAACAGAGATCTTTTTTTTTCT


BQ
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AF RR1ED72TF U 1
AF RR1ED72JQ C 489
BS 1 597 RR1ED72TF
BS 598 598 RR1ED72JQ
BS 599 668 RR1ED72TF
BS 669 669 RR1ED72JQ
BS 670 700 RR1ED72TF
BS 701 1316 RR1ED72JQ

RD RR1ED72TF 700 0 0
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GAAGACACTTCCGGGTTCGAGGAGGAGGAGGAAGACGACAAATCTGACGGAAAGTTTCCA
TTTTTCCATCTGGGTTTTCTCGATCGGGAGGACGACGACGAGTTGTCGAGTCTGATCTCC
AAGGAAAACGAGCTGAGACCGTCTCTCACCGAAGAGGGTGGTGTCTTAGACGACGAGTTT
CTCGCCTTGTGTCGTGAAAAGGCCGTTGATTGGATCCTCAGGGTGAAATCTCATCACGGG
TTTAGCTCCGTGACGGCTCTTCTCGCTGTTAACTACTTCGATAGGTTTATCACGAGCAGG
AATTTTCAGACAGAGTATCCATGGATGTCTCAGCTCACGGCTCTGGCTTGTTTGTCTTTA
GCTGCAAAAGTTGAGGAGGTCCGAGTTCCTCTGCTCGTAGATTTCCAAGTGGAAGAG*CA
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CGATGGAG*ATGCATCCCGTGACTCCGATCTCGTTCTTCG

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1ED72JQ 828 0 0
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CTTTGAGGCTAAAACCATACAGCGAATGGAGCTTCTCGTTCTCTCTACTCTTCGATGGAG
GATGCATCCCGTGACTCCGATCTCGTTCTTCGATCACATTATCCGTCGATTCATCTTTAA
ATCTCACCAGCAACTGGAGTTCTTGAGTAGATGTGAATCTCTGTTGCTCTCCGTTGTTCC
TGATTCGAGGTTTTTAAGTTATAGCCCCTCTGTGTTAGCCACGGCAATAATGGTCTTTGT
CTTTAGAGGTTTCAAGACGTGTGACGAATCTGAATACCAATCTCAGCTCATGACACTACT
CAAAGTTGATTCGGAGAAAGTAAATAAATGCTACGAGTTAGTGTTTGACCACATTCCAAG
CGAGAAAAGGATGCAACCCGCTAGTCCAACCGGTGTATTCGATGCATCATTCAGCTCTGA
TAGCTCGAACGAGTCATGGGTTGTGTCTGCATCACCGTCTCCTCCAGAGCCTCTGTTCAA
GAGGAGAAGAGTGCAAGAGCAGCAGATGAAGTTGTCTTCAATAAACAGAGTGTTTCTCGA
TGTGTTCACTAGTAGTCCTCGCTAATAATTTCAATCAAACGATCAAAAAAAATCTGCCAG
ATTTAGAAACATCATGCGTTTTGCTTGGTTCTTGTGTTAATGGACGGTTTCAAAATGGGC
GTACTATTCAGTATTTGATCATTTAAAAACAGAGATCTTTTTTTTTCT

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

CO CL7257Contig1 863 2 2 U
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GGTTTCTCGACGGCTGTCGTTTCCTCAAAGAGTCGTTGAGATCCGGCATTGATCGATTTA
GTTCAGTAAAAGGTTTGCAAAATGGTTGCTCAACGGTTCACTGTGGACCTTAATAAGCCT
CTTGTATTTCAGGTTGGTCATCTTGGTGAAGCTTACGAGGAATGGGTTCACCAACCCATT
GTGACAAAGGAAGGCCCTCGTTTTTTCCAGAGTAACTTTTGGGAGTTCTTGACCCTTACA
AGATGGTGGGTGGTTCCTGTTATTTGGTTTCCAGTTGCGGTCTGGTGCATCTCCAAGTCA
GTAACCATGGGCCTTTCACTTCCAGAAATCGTCCCAATGGACCACCTTCGACTCGTCTTT
CCTCCTGCTGCAACAGCGGTTTTATGCTTTCCCTTCTGGAACCTTGTGAAGCTTTTCGCA
ACACCTTCAACCACACCTGCCTTGTTTGGAGGCGGCATGCTTGGGTACGTGATGTACGAT
ATTACTCACTACTACCTTCACCATGCACAACCAACTAGAGCAGTGACCAAGAATCTCAAG
AAATATCATTTGAACCATCACTTCAGGATTCAAGACAAGGGATTTGGTATAACATCGTCG
CTATGGGACATAGTGTTTGGGACACTACCTACCACAAAAGCCCCTAAAAGAGAGCAGTAG
TGTACTAAAGATGCAAAACTAAAAGGATATTTGCAACACAGTTAAATTATTGATCATCCC
TCATGAGTTTTGAGATGTTTGTTTGAGGTTTCATTTGGATCACAGTCTTTGTAAATCAAT
GTTACACGTCCTACTTAATAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B848TF U 1
AF RR1B848JQ C 61
BS 1 762 RR1B848TF
BS 763 863 RR1B848JQ

RD RR1B848TF 762 0 0
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CCTCCTGCTGCAACAGCGGTTTTATGCTTTCCCTTCTGGAACCTTGTGAAGCTTTTCGCA
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ATTACTCACTACTACCTTCACCATGCACAACCAACTAGAGCAGTGACCAAGAATCTCAAG
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CTATGGGACATAGTGTTTGGGACACTACCTACCACAAAAGCCCCTAAAAGAGAGCAGTAG
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QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1B848JQ 803 0 0
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CTTGTATTTCAGGTTGGTCATCTTGGTGAAGCTTACGAGGAATGGGTTCACCAACCCATT
GTGACAAAGGAAGGCCCTCGTTTTTTCCAGAGTAACTTTTGGGAGTTCTTGACCCTTACA
AGATGGTGGGTGGTTCCTGTTATTTGGTTTCCAGTTGCGGTCTGGTGCATCTCCAAGTCA
GTAACCATGGGCCTTTCACTTCCAGAAATCGTCCCAATGGACCACCTTCGACTCGTCTTT
CCTCCTGCTGCAACAGCGGTTTTATGCTTTCCCTTCTGGAACCTTGTGAAGCTTTTCGCA
ACACCTTCAACCACACCTGCCTTGTTTGGAGGCGGCATGCTTGGGTACGTGATGTACGAT
ATTACTCACTACTACCTTCACCATGCACAACCAACTAGAGCAGTGACCAAGAATCTCAAG
AAATATCATTTGAACCATCACTTCAGGATTCAAGACAAGGGATTTGGTATAACATCGTCG
CTATGGGACATAGTGTTTGGGACACTACCTACCACAAAAGCCCCTAAAAGAGAGCAGTAG
TGTACTAAAGATGCAAAACTAAAAGGATATTTGCAACACAGTTAAATTATTGATCATCCC
TCATGAGTTTTGAGATGTTTGTTTGAGGTTTCATTTGGATCACAGTCTTTGTAAATCAAT
GTTACACGTCCTACTTAATAGTG

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL7258Contig1 919 2 2 U
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GCTTCATTCTCCCATCACCACCACCCCTCACGCATCTCTCTTCTCCGCCGCATCTCATCG
AGATCTCCGCCACCAACCCTCTCTCTCCCTTCTCTCCATACTCCTTCTCCTCGGTGTACT
TAACTGGGACGATTGCCTTAGCGAAAAATCAGCTTGGGACACGTTAGCTTGGTTCGCGGT
CTTGGTGGGGATGGCAGGACAGCTGACAAGCCTCGGTGTTGTGTCATGGATGTCTGATTG
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CTTCTCGGCTTTCTTGGCTATGAATATAGCAGCGGGTGTTCCGGGTGTATTAGCTGCACT
TGCGTTGGCGTATAACACCAATCTTTTTGGTGCTTTGACTCATTACAGTAGCGGTCAAGC
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GGGTCTCTATTAAAGAGCTTTACTTAAAATCATCACAAGTTGTTCTTCAAAGCTTGCAAC
GACGTTTAATCTCGTTGATCATTTGGTTACTTTTAGAGGGTTTTGTTTCCTCTTCTTTTA
AGAAAAAATTTACATTCAGAGACTTTACAATGGATCTGCATTTACTTCATTTTCAGATCT
GTTTATGGATGTTATGACT


BQ
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AF RR1AE23TF U 1
AF RR1AE23JQ C 136
BS 1 619 RR1AE23TF
BS 620 919 RR1AE23JQ

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GCTTCATTCTCCCATCACCACCACCCCTCACGCATCTCTCTTCTCCGCCGCATCTCATCG
AGATCTCCGCCACCAACCCTCTCTCTCCCTTCTCTCCATACTCCTTCTCCTCGGTGTACT
TAACTGGGACGATTGCCTTAGCGAAAAATCAGCTTGGGACACGTTAGCTTGGTTCGCGGT
CTTGGTGGGGATGGCAGGACAGCTGACAAGCCTCGGTGTTGTGTCATGGATGTCTGATTG
CGTAGCCAAAGTTTTGCAGTCTCTCTCATTGAGCTGGCCTGCTGCGTTTGGTCCTCTCCA
AGCAGCTTACTTCTTCATTCACTACCTTTTCGCAAGCCAAACGGGTCACGTCGGAGCTCT
CTTCTCGGCTTTCTTGGCTATGAATATAGCAGCGGGTGTTCCGGGTGTATTAGCTGCACT
TGCGTTGGCGTATAACACCAATCTTTTTGGTGCTTTGACTCATTACAGTAGCGGTCAAGC
CGCTGTCTACTATGGAGCT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1AE23JQ 784 0 0
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ACCCTCTCTCTCCCTTCTCTCCATACTCCTTCTCCTCGGTGTACTTAACTGGGACGATTG
CCTTAGCGAAAAATCAGCTTGGGACACGTTAGCTTGGTTCGCGGTCTTGGTGGGGATGGC
AGGACAGCTGACAAGCCTCGGTGTTGTGTCATGGATGTCTGATTGCGTAGCCAAAGTTTT
GCAGTCTCTCTCATTGAGCTGGCCTGCTGCGTTTGGTCCTCTCCAAGCAGCTTACTTCTT
CATTCACTACCTTTTCGCAAGCCAAACGGGTCACGTCGGAGCTCTCTTCTCGGCTTTCTT
GGCTATGAATATAGCAGCGGGTGTTCCGGGTGTATTAGCTGCACTTGCGTTGGCGTATAA
CACCAATCTTTTTGGTGCTTTGACTCATTACAGTAGCGGTCAAGCCGCTGTCTACTATGG
AGCTGGTTATGTTGATCTACCTGATGTATTCAAGATTGGATTTGTGATGGCAACCATTAA
TGCTATCATCTGGGGAGTAGTTGGAACTTTCTGGTGGAAGTTTTTGGGTCTCTATTAAAG
AGCTTTACTTAAAATCATCACAAGTTGTTCTTCAAAGCTTGCAACGACGTTTAATCTCGT
TGATCATTTGGTTACTTTTAGAGGGTTTTGTTTCCTCTTCTTTTAAGAAAAAATTTACAT
TCAGAGACTTTACAATGGATCTGCATTTACTTCATTTTCAGATCTGTTTATGGATGTTAT
GACT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL7259Contig1 922 2 6 U
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TCCTGGTTTGTCTTTGAAATCCGCGTTTTCTTATCGAGCTAACATGGATCTCTGGAGAGG
TATCACTCCAAAGCTAGAAGCCTGCAAGCCCTATGACATCTTTCTCAGTAGTCCTCATGT
CTCAGTATCTGGGATCATCGGTAGTGTGATGACTGCAGCGTTTGGTGAAAATTCAATCAG
AACAAAACTTGAGAAGGACTCTGAAGGTGTTGGAGGGTTCTCTCTTCATTTACCATCTGT
AAACTCCGGATTCATGGCTGATGCCTTGGGACGTGCGTCGCTCACAGCTCAGTATGGAAA
CTTTCAGAAGCTCTTCTTTGATCTCACCCGTTTCCACGCTAGACTAGACTTCCCTCATGG
TCTGAGGTTCCTTACCGGTGCCACTAGTGTCGCACAAGAACTTTTGAATTCTCGGCAGCC
TAGTTTAGAAGCGTTTCAGAAGATCTGCCCGGAAGTATCAGTATCTCTGCAGCAACAGAT
CGTTGGACCTTTCAGTTTAAGAGCTGAGTCTGGAATTCATTGATCTGAAGAATGGAGCTA
ACCCTGTGACTCTACATAACACAACTCTTGCCATTGGATATGCTCTCCAAGTGCTTGCTT
CTGCCAAGGCTGTCGCGTGGTACTCACCAAAACAGAGAGAATTTATGATTGAGCTTCGCT
TTTACGAGACATAGCATGAGTTGCACCAAAAAACATGAGGTTTTGCATGACCTTGTGAAG
ATTGTAACAAATTTATACTCATTGTCATCAAATTATTACAGAACCTGAAATGACCATAAA
CATATTATCTGGTCTTAGTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A603TF U 1
AF RR1A603JQ C 16
BS 1 709 RR1A603TF
BS 710 710 RR1A603JQ
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RD RR1A603TF 750 0 0
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CTGCCA*GGCTGTCGCGTG
TACTCACAAAC

QA 1 739 1 739
DS 

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CATCGGTAGTGTGATGACTGCAGCGTTTGGTGAAAATTCAATCAGAACAAAACTTGAGAA
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GGCTGATGCCTTGGGACGTGCGTCGCTCACAGCTCAGTATGGAAACTTTCAGAAGCTTTT
CTTTGATCTCACCCGTTTCCACGCTAGACTAGACTTCCCTCATGGTTTGAGGTTCCTTAC
CGGTGCCACTAGTGTCGCACAAGAACTTTTGAATTCTCGGCAGCCTAGTTTAGAAGCGTT
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ATGAGTTGCACCAAAAAACATGAGGTTTTGCATGACCTTGTGAAGATTGTAACAAATTTA
TACTCATTGTCATCAAATTATTACAGAACCTGAAATGACCATAAACATATTATCTGGTCT
TAGTAGG

QA 1 907 1 907
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AACACGAGAATGCAAATTCTTATCTGACCTTGCTTCTGCTATTGATGAAGAAGACATAGC
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GACTATGTTGTTGAGGGTGAAGGAGAAGCTGAAGGCAAAGGAGCTTGAGGAAGATGATCT
TACCTAAACATATCTCTCTCTATCTATAACCCAAGCTTTCCCTTATTAATTACTGCTGGT
TCGTATCATAACTAGTGTTAGTGTTACTTCTTCATTCATGTTTGGTTTTATTGTGTGAGG
TCATCAGCTTCTAAGGTTGCCTGTGAGGTTTGATAAAATTGGTTTGTTTGATATCAAAAG
ACTATATTTGCTGTCTCTCTCATAACTTCAGTTGTGAGAACTTCTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1G804TF U 1
AF RR1G804JQ C 4
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GACTATGTTGTTGAGGGTGAAGGAGAAGCTGAAGGCAAAGGAGCTTGAGGAAGATGATCT
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TCATCAGCTTCTAAGGTTGCCTGTGAGGTTTGATAAAATTGGTTTGTTTGATATCAAAAG
ACTATATTTGCTGTCTCTCTCATAACTTCAGTTGTGAGAACTTCT

QA 1 705 1 705
DS 

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GTATGGAGTTAAAGGCCATCTTCTCAATGCTGGAATGTGCCACCTTTGCAAAGCTGATGT
TGTTTCCATTACCAATGCACTGGAGAAATATCAGGATCTTGATCCAACTTTTACAGGAAC
ACGAGAATGCAAATTCTTATCTGACCTTGCTTCTGCTATTGATGAAGAAGACATAGCAAA
GTTCACAGACGTTGTCAAGGAGTTTGATAGCATGACTCCTCTGGATTCATGGAAGACGAC
TATGTTGTTGAGGGTGAAGGAGAAGCTGAAGGCAAAGGAGCTTGAGGAAGATGATCTTAC
CTAAACATATCTCTCTCTATCTATAACCCAAGCTTTCCCTTATTAATTACTGCTGGTTCG
TATCATAACTAGTGTTAGTGTTACTTCTTCATTCATGTTTGGTTTTATTGTGTGAGGTCA
TCAGCTTCTAAGGTTGCCTGTGAGGTTTGATAAAATTGGTTTGTTTGATATCAAAAGACT
ATATTTGCTGTCTCTCTCATAACTTCAGTTGTGAGAACTTCTC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

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TGGATGAGATCCGCAGGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DQ50JQ U 62
AF RR1G772JQ U 1
BS 1 247 RR1G772JQ
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QA 1 520 1 520
DS 

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QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A340TF U 26
AF RR1A340JQ C 1
BS 1 25 RR1A340JQ
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RD RR1A340TF 721 0 0
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G

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1A340JQ 795 0 0
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GGTGCAAGTCTTCAGAGTGCTAATTTACAAGATGCCTGCTTAGTGGACTGTAGCTTCTGT
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GGAGCAAACCTTCAACAGGCTTACTTGAGGCATGTGAATCTGCGAGAAGCGCACTTGGAA
GTGGCAAACCTAGGTGGTGCTAATATGACCGGTGCTATCCGATAATAAACCTCCCCTTTG
TTCAGCAGACTTGCAAGTCTCGGCTTATATTTATTGTCAAATGGTTTGAGTTGTAAACAT
AAAAGTTGGACCTCAAAGCTTCTTTGTTGATTTTTTTTAAAATATTTTCTTTGCTGATTA
TTGTTTTCTTTCTCC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL7264Contig1 812 2 2 U
GCAGAAATCTCGTGATCATGACATACCAGACCAGATCACAAGATTTTCTTTTATTATTAA
TCATAACTTCATGAAACATAACATGTCGCTGGTTTACGTCCAGAGATAACAGAGGAAGAC
ATCAAACGAAAACAGAGCATAACACGTAATACAACATAAATTACGAGAATAAGACATCAA
CTCAAAGCCCCTCTTGGAAAGTAACTCCAGTGGGCTTCAGCCATAATCCTCCTTGGATAA
GCTTTGCGACAGTAAACTTATCAGCCTCTTTTGAGTCTTTAATAACTCTATATCCCTTCC
ATGTCACTCTCTTGCTCGTATCAGCTCCAGGCCCATTATTCGCATACTCACCGTAGTACA
ATGTGGAGAGCGCAAAATCACCGTCCCATGGGAACCAACCGGCCGGATCAATGTGGCTGT
CGATGAAAGACTGCATGATCACTGTCCTCGAGTACAACTCCCACGGCCGTCCAAGGTACG
TCTTCACAGATCCTTTCACCGGAGCAAGATCAGAGCTAGCAGTTAATTTACATTTTTGGA
ACGAGATGGCTGTGTTCTGGTTAGGATCCTCCCGTCCCTGAACCGTCAGCATGTTCTTCT
GCCCAGCACCGGGCTTCCGCGCTACGATGTCGCAGTTTTGAAATACAACCGCTGAGTTTC
CGAATATAAAGTCTACGGTACCCGTTATGAAGCTGTCGCGGTAGAATTGTCGTAGGGTGT
GAGTGTAGAGCGTGTCTTGATACGCGTCTATGCGGCAACGGTTTATGACCGATTGGTCAG
CACTCACGCGGAGAGCCACAGCCTGATGCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU23JQ U 1
AF RR1CE61JQ U 34
BS 1 756 RR1BU23JQ
BS 757 812 RR1CE61JQ

RD RR1BU23JQ 756 0 0
GCAGAAATCTCGTGATCATGACATACCAGACCAGATCACAAGATTTTCTTTTATTATTAA
TCATAACTTCATGAAACATAACATGTCGCTGGTTTACGTCCAGAGATAACAGAGGAAGAC
ATCAAACGAAAACAGAGCATAACACGTAATACAACATAAATTACGAGAATAAGACATCAA
CTCAAAGCCCCTCTTGGAAAGTAACTCCAGTGGGCTTCAGCCATAATCCTCCTTGGATAA
GCTTTGCGACAGTAAACTTATCAGCCTCTTTTGAGTCTTTAATAACTCTATATCCCTTCC
ATGTCACTCTCTTGCTCGTATCAGCTCCAGGCCCATTATTCGCATACTCACCGTAGTACA
ATGTGGAGAGCGCAAAATCACCGTCCCATGGGAACCAACCGGCCGGATCAATGTGGCTGT
CGATGAAAGACTGCATGATCACTGTCCTCGAGTACAACTCCCACGGCCGTCCAAGGTACG
TCTTCACAGATCCTTTCACCGGAGCAAGATCAGAGCTAGCAGTTAATTTACATTTTTGGA
ACGAGATGGCTGTGTTCTGGTTAGGATCCTCCCGTCCCTGAACCGTCAGCATGTTCTTCT
GCCCAGCACCGGGCTTCCGCGCTACGATGTCGCAGTTTTGAAATACAACCGCTGAGTTTC
CGAATATAAAGTCTACGGTACCCGTTATGAAGCTGTCGCGGTAGAATTGTCGTAGGGTGT
GAGTGTAGAGCGTGTCTTGATACGCGTCTATGCGGC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1CE61JQ 779 0 0
GG
TCACAAGATTTTCTTTTATTATTAATCATAACTTCATGAAACATAACATGTCGCTGGTTT
ACGTCCAGAGATAACAGAGGAAGACATCAAACGAAAACAGAGCATAACACGTAATACAAC
ATAAATTACGAGAATAAGACATCAACTCAAAGCCCCTCTTGGAAAGTAACTCCAGTGGGC
TTCAGCCATAATCCTCCTTGGATAAGCTTTGCGACAGTAAACTTATCAGCCTCTTTTGAG
TCTTTAATAACTCTATATCCCTTCCATGTCACTCTCTTGCTCGTATCAGCTCCAGGCCCA
TTATTCGCATACTCACCGTAGTACAATGTGGAGAGCGCAAAATCACCGTCCCATGGGAAC
CAACCGGCCGGATCAATGTGGCTGTCGATGAAAGACTGCATGATCACTGTCCTCGAGTAC
AACTTCCACGGCCGTCCAAGGTACGTCTTCACAGATCCTTTCACCGGAGCAAGATCAGAG
CTAGCAGTTAATTTACATTTTTGGAACGAGATGGCTGTGTTCTGGTTAGGATCCTCCCGT
CCCTGAGCCGTCAGCATGTTCTTCTGCCCAGCACCGGGCTTCCGCGCTACGATGTCGCAG
TTTTGAAATACAACCGCTGAGTTTCCGAATATAAAGTCTACGGTACCCGTTATGAAGCTG
TCGCGGTAGAATTGTCGTAGG*TGTGAGTGTAGAGCGTGTCTTGATACGCGTCTATGCGG
CAACGGTTTATGACCGATTGGTCAGCACTCACGCGGAGAGCCACAGCCTGATGCTTT

QA 3 779 3 779
DS 



AS 1 2

CO CL7265Contig1 720 2 2 U
GGGCACCGTTCTATGTGTTCATGGTGGCCTTTCACCTGATGTACGGACAATCGACCAGAT
AAGACTGATTGATCGGAACTGCGAAATCCCGCATGAAGGACCATTCTGTGATCTTATGTG
GAGTGATCCTGAAGACATTAAAACATGGGCTGTAAGTCCACGTGGGGCTGGTTGGCTTTT
CGGCTCTAGGGTTACCGCTGAGTTTAACCATATAAACAATCTTGAACTAGTTTGCCGCGC
ACATCAGCTTGTACAAGAAGGTCTCAAGTACATGTTTCAAGACAAAGGCCTTGTAACTGT
GTGGTCTGCACCTAACTACTGCTACCGCTGTGGGAATGTAGCTTCTATGTTGAGCTTCAA
TGACAACATGGAAAGGGATGTGAAGTTCTTCACGGAGACAGAAGAGAACAATCAAATGAG
AGGGCCAAGAACAGGTGTTCCTTACTTCCTATGATGATCACGTTATTAGTCTCATATTGT
TCTGACGAAGTTAGCGCCATTACCGTTGGCTTATGTTCTTGCAAGGTATATCTTCTGATG
TTGTGCTTACACTTTCATTGTTTTTACGTCTTTTTCTGGAAACAAACACATTTTCTTGTG
GAACTGATCGTCACTTTAGCAATTCTAGTGGTTTTTATGAAGTTTCTTTTTTCTTTTTAA
CTTTGATCTCTGACTCCGGACGTTGTTATACATGTGTTCTGTATGTAAGACCATTCTTTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI80TF U 1
AF RR1CI80JQ C 2
BS 1 709 RR1CI80TF
BS 710 720 RR1CI80JQ

RD RR1CI80TF 709 0 0
GGGCACCGTTCTATGTGTTCATGGTGGCCTTTCACCTGATGTACGGACAATCGACCAGAT
AAGACTGATTGATCGGAACTGCGAAATCCCGCATGAAGGACCATTCTGTGATCTTATGTG
GAGTGATCCTGAAGACATTAAAACATGGGCTGTAAGTCCACGTGGGGCTGGTTGGCTTTT
CGGCTCTAGGGTTACCGCTGAGTTTAACCATATAAACAATCTTGAACTAGTTTGCCGCGC
ACATCAGCTTGTACAAGAAGGTCTCAAGTACATGTTTCAAGACAAAGGCCTTGTAACTGT
GTGGTCTGCACCTAACTACTGCTACCGCTGTGGGAATGTAGCTTCTATGTTGAGCTTCAA
TGACAACATGGAAAGGGATGTGAAGTTCTTCACGGAGACAGAAGAGAACAATCAAATGAG
AGGGCCAAGAACAGGTGTTCCTTACTTCCTATGATGATCACGTTATTAGTCTCATATTGT
TCTGACGAAGTTAGCGCCATTACCGTTGGCTTATGTTCTTGCAAGGTATATCTTCTGATG
TTGTGCTTACACTTTCATTGTTTTTACGTCTTTTTCTGGAAACAAACACATTTTCTTGTG
GAACTGATCGTCACTTTAGCAATTCTAGTGGTTTTTATGAAGTTTCTTTTTTCTTTTTAA
CTTTGATCTCTGACTCCGGACGTTGTTATACATGTGTTCTGTATGTAAG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CI80JQ 719 0 0
GGCACCGTTCTATGTGTTCATGGTGGCCTTTCACCTGATGTACGGACAATCGACCAGATA
AGACTGATTGATCGGAACTGCGAAATCCCGCATGAAGGACCATTCTGTGATCTTATGTGG
AGTGATCCTGAAGACATTAAAACATGGGCTGTAAGTCCACGTGGGGCTGGTTGGCTTTTC
GGCTCTAGGGTTACCGCTGAGTTTAACCATATAAACAATCTTGAACTAGTTTGCCGCGCA
CATCAGCTTGTACAAGAAGGTCTCAAGTACATGTTTCAAGACAAAGGCCTTGTAACTGTG
TGGTCTGCACCTAACTACTGCTACCGCTGTGGGAATGTAGCTTCTATGTTGAGCTTCAAT
GACAACATGGAAAGGGATGTGAAGTTCTTCACGGAGACAGAAGAGAACAATCAAATGAGA
GGGCCAAGAACAGGTGTTCCTTACTTCCTATGATGATCACGTTATTAGTCTCATATTGTT
CTGACGAAGTTAGCGCCATTACCGTTGGCTTATGTTCTTGCAAGGTATATCTTCTGATGT
TGTGCTTACACTTTCATTGTTTTTACGTCTTTTTCTGGAAACAAACACATTTTCTTGTGG
AACTGATCGTCACTTTAGCAATTCTAGTGGTTTTTATGAAGTTTCTTTTTTCTTTTTAAC
TTTGATCTCTGACTCCGGACGTTGTTATACATGTGTTCTGTATGTAAGACCATTCTTTT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL7266Contig1 865 2 2 U
GGGTCTCAAGGAAGATAAGCCAAGTCATCATGTTGATGGATGCTTCCACTGTGTCTCCTG
TGGCAAAACAAACAGCTTGCTTGAGTGTTGGAAGAAGCAACTGTTGATCGCAAAGGAAAC
CAGAAGCGTAGACGTGCTTTGTTACCGTCTTGTATTGGCTCAGAAGCTTCTCAAGGGCAC
GGAGAAGTACAGAAAACTATCTGAGACCGTGGAGGAAGCTGTGAAGAGTTTAGAAACTGA
GCTGTGTGGTCCTCTTACTGATCTTCCATCGGCAATGTGTAGAGGAAACGTAAACAGGCT
TGGCTCAGCGACAAAAGTGAAGGATCTTTGCTCTTCTGCTTTGAAATCCCTCCAAGATAC
CAAAGTCTTGACAAGAACCCTTGGAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGAAGCAGCTTTTGTGAG
TAGCTTGAGCACAAAAGAGGAAGAAGAAGAAACTGTTTCAGAGAAGGCGGCGGTCAACGG
TAAGAGTTCAACAAGCTGCGGTTTTGGGTTGGAGGATTGCGTGAAGATTATGCGACAGCT
CGAGTGTTCAGGTCACGTTGAGAAGAGTTTCAGACAGGAGTTTCTGACTTGGTATAGCTT
AAAAGCCAGTGCTCAGGAGATAAATGTTGTCAAGACATTCGTTGATGCTTTCCAGGACGA
TTCGGTAGCTTTAGCTGAGCAGCTCGTTGACACATTCTCTGATTGCATATCAAGAAAGCG
GTGACAAGGATTATTATGTATGAAGAAGCAGCGGCAATGATTGGAAGGAGATTTTTATTT
AGAAAGGATTCAACTTTTGTAAACAAAAGAGTTTGATGAATGGTTTTGTTTTGCTCTTTT
GGACAAGTAAACAAGATCATACTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CX33TF U 1
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TAGAGGAAACGTAAACAGGCTTGGCTCAGCGACAAAAGTGAAGGATCTTTGCTCTTCTGC
TTTGAAATCCCTCCAAGATACCAAAGTCTTGACAAGAACCCTTGGAGAAGAAGAAGAAGA
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GTTTCTGACTTGGTATAGCTTAAAAGCCAGTGCTCAGGAGATAAATGTTGTCAAGACATT
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ATGGTTTTGTTTTGCTCTTTTGGACAAGTAAACAAGATCATACTGC

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FU13TF U 1
AF RR1C454TF U 95
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CGAAGGTTTGCTTCTCCGCTCGCAGTCACGAGACTCTTGGGACCGTGAGTCTAACTGGTT
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CAA

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TACGCCACGGCTCGTGTCTCTCTCCCCGAAGGTTTGCTTCTCCGCTCGCAGTCACGAGAC
TCTTGGGACCGTGAGTCTAACTGGTTCGGTTACATCGCGGTGACGTCTGACGAACGTACC
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GTGGATTAATGTCTTAGGAGCTAGGCCTACTTCAGCTGACCCGTTGCTGACCGGACCGGA
ACAGAACGG

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 2

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ACGTGGCGAGAGCAGGGCCGAGCACGAGTAGCTACTTGCTCGCGTTCGCAATTCCAGCTA
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ATAATCATATGATGATG


BQ
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AF RR1FD95TF U 1
AF RR1FD95JQ C 1
BS 1 335 RR1FD95TF
BS 336 617 RR1FD95JQ

RD RR1FD95TF 335 0 0
GGGGTTTTCCAAATCCCATGGCGAGACTCTTGGTCTCTATCCCTATGCAACCCACACAAA
CGGCCTTGACGGCGTTTGCTCAGCCGTCATTTCCGCCGCCGGCGAAAAATTTAGTGTCTC
GGGGTGGAGTAGGAGGGGCGGGGAGATTATGTATTAACCGGAGAAACAGAGAGTGTTCCT
ACGTGGCGAGAGCAGGGCCGAGCACGAGTAGCTACTTGCTCGCGTTCGCAATTCCAGCTA
CTCTTATCGCCGCCACCGTCTTCACTTCAGCCAAAATCGCTGATAAGCTTGACGATGATT
TCCTTGAGGATATTGCGTTGAACCAAGCGATAAAA

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR1FD95JQ 617 0 0
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CGGCCTTGACGGCGTTTGCTCAGCCGTCATTTCCGCCGCCGGCGAAAAATTTAGTGTCTC
GGGGTGGAGTAGGAGGGGCGGGGAGATTATGTATTAACCGGAGAAACAGAGAGTGTTCCT
ACGTGGCGAGAGCAGGGCCGAGCACGAGTAGCTACTTGCTCGCGTTCGCAATTCCAGCTA
CTCTTATCGCCGCCACCGTCTTCACTTCAGCCAAAATCGCTGATAAGCTTGACGATGATT
TCCTTGAGGATATTGCGTTGAACCAAGCGATAAAAGCAGCAGAAGAGGGAGAGAATGCTG
AAGGTGAAATGTCGCTGGACGAGGTGATTAAAGAACCTGTGCTTCAACGAACCCGTAAAC
GTCCTAAGCGTGAAGTTTAGCCAAAACACACACACACACATATATATAAGCTTCTTAATG
AGATTCTCCAATGTTGTAATATGTTGTGTTTGTATAAGGTTGTATGCTTGTAGTAGCAGT
CTTCCTTGTTACATATATATAGTTGTAGCTACTGAAAATTTCCAGAATATTATTTGTATA
ATAATCATATGATGATG

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL7269Contig1 795 2 4 U
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CGGAATCTTTAAGCACTGTCCTTCGGGGCATATGCTCGAACAGGGGGGATTCACTGTAAT
GAACCGTTTCGGGACTCTTGTGTATAAAGGAATGGTTTTTGCGACCGTGGGGTTAGCTGC
GGGTCTTGTCGGAACGGCGATCTCTAACGGGTTGATTGTTCTGAGGAAGAAGATGGATCC
GGGGTTCGAGACGCCGAGCAAACCGCCGCCGACGGTGCTTAACTCGCTGACATGGGCGGC
TCATATGGGTGTGAGTGCTAATGTGAGGTACCAGACGTTGAACGGGGTTGAGTTCTTGCT
CGCGAGGGCGATGCCGCCTGTGGTGTTTAAGACGAGTGTGTTTGTGTTGAGGTGTGTGAA
CAATGTTGTGGGAGGGATGTCTTTTGTTTTGTTGGCGAGGATGACTGGATCGCAGTCTGT
GGAGGGGAAGAAGGAGGAGGTTGCAGTTGAGGAGGAGGAGAAGACGGAGATTCATGTGAA
GGTGAAGGATGTTTGAATCTCATCGTTTATCTTTTGGAAGCTCTCCTCTTTGTTTTCACT
TGTTCATAGGAACTAAAGAGAGGTTCCTTCTTCAATGATAAAAGCTTGAGACTTTTTTAG
AGTTGTGTTATGTTTATGAATGAATAAATAAGACTAGTCCCTCTTTAGGTTCATCCTAAT
ATTTGGATTTCATTGTTTGTTGTTTTCTTTATCTACATTTACCAAGAAAATAAATTCAAT
AGAAGGGTTTTCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN86TF U 1
AF RR1AN86JQ C 64
BS 1 708 RR1AN86TF
BS 709 709 RR1AN86JQ
BS 710 775 RR1AN86TF
BS 776 795 RR1AN86JQ

RD RR1AN86TF 775 0 0
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GGGGTTCGAGACGCCGAGCAAACCGCCGCCGACGGTGCTTAACTCGCTGACATGGGCGGC
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GGTGAAGGATGTTTGAATCTCATCGTTTATCTTTTGGAAGCTCTCCTCTTTGTTTTCACT
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AGTTGTGTTATGTTTATGAATGAATAAATAAGACTAGTCCCTCTTTAG*TTCATCCTAAT
ATTTGGATTTCATTGTTTGTTGTTTTCTTTATCTACATTTACCAAGAAAATAAAT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1AN86JQ 732 0 0
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TATGGGTGTGAGTGCTAATGTGAGGTACCAGACGTTGAACGGGGTTGAGTTCTTGCTCGC
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TGTTGTGGGAGGGATGTCTTTTGTTTTGTTGGCGAGGATGACTGGATCGCAGTCTGTGGA
GGGGAAGAAGGAGGAGGTTGCAGTTGAGGAGGAGGAGAAGACGGAGATTCATGTGAAGGT
GAAGGATGTTTGAATCTCATCGTTTATCTTTTGGAAGCTCTCCTCTTTGTTTTCACTTGT
TCATAGGAACTAAAGAGAGGTTCCTTCTTCAATGATAAAAGCTTGAGACTTTTTTAGAGT
TGTGTTATGTTTATGAATGAATAAATAAGACTAGTCCCTCTTTAGGTTCATCCTAATATT
TGGATTTCATTGTTTGTTGTTTTCTTTATCTACATTTACCAAGAAAATAAATTCAATAGA
AGGGTTTTCATG

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL7270Contig1 786 2 10 U
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TTGTTGAACAAATAAAGTAGTCTTTGGTACGAACTTTGTTAAGATAGCGATCGCATCACT
AGAAATCTTCACCTTTTTACTCTCCTCTCCGAGCAAAATCAGACACTTTCTTCCATCGTC
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GACCATATCAACGATCACTCCCTCCACACCCATCAAATATTGTAAGTAAACCAATTCCAC
GACATTGTTAAGCTGGCCATAGGATATAAGTGAAAGTTTTGAGTCCTTGACTAGAGTGAC
TGCGTTGGGGGTTCTTAATATGGCCTTAACCTCGGAAACAATCCCTTGCAAAACGCCTTC
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TCCTCCATTTGTTAAGAAGAATACAAGATAGGTCATTTGCAATTTCCTGATGAGTCGAGC
CGCATCAGGATGAAAGCTCGAGAAGATTATGGGCCGGTTATCTGCATGCTCATCCACAAC
GTTCAAGATGTTTTCAAGAGTTTGACGTAACTCTTCTTCTCCATACACAACATTATCATC
GAATTTGAGCTCGATATTGAATCCTTGAGAGCGTTTAACTTTTACAAAGGCATCTTTAAG
GTGCAC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1G153JQ U 1
AF RR1D578JQ U 6
BS 1 353 RR1G153JQ
BS 354 354 RR1D578JQ
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RD RR1G153JQ 756 0 0
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AGAAAAAATGTAGTAAGAAATAGTCTATTTACAAGCCGAATAATTAACTCAAAAACTTCA
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AGAAATCTTCACCTTTTTACTCTCCTCTCCGAGCAAAATCAGACACTTTCTTCCATCGTC
TTCTTCATCATCTTCCTCATTCCTAGCCTCGATACTGGCGATAGCTTCAGAGATCTCCAT
GACCATATCAACGATCACTCCCTCCACACCCATCAAATATTGTAAGTAAACCACTTCCAC
GACATTGTTAAGCTGGCCATAGGATATAAGTGAAAGTTTTGAGTCCTTGGCTAGAGTGAC
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CGCATCAGGATGAAAGCTCGAGAAGATTATGGGCCGGTTATCTGCATGCTCATCCACAAC
GTTCAAGATGTTTTCAAGAGTTTGACGTAACTCTTCTTCTCCATACACAACATTATCATC
GAATTTGAGCTCGATATTGAATCCTTGAGAGCGTTT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1D578JQ 781 0 0
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GAACAAATAAAGTAGTCTTTGGTACGAACTTTGTTAAGATAGCGATCGCATCACTAGAAA
TCTTCACCTTTTTACTCTCCTCTCCGAGCAGAATCAGACACTTTCTTCCATCGTCTTCTT
CATCATCTTCCTCATTCCTAGCCTCGATACTGGCGATAGCTTCAGAGATCTCCATGACCA
TATCAACGGTCACTCCCTCCACGCCCATCAGATATTGTAAGTAAACCAATTCCACGACAT
TGTTAAGCTGGCCATAGGATATAAGTGAAAGTTTTGAGTCCTTGACTAGAGTGACTGCGT
TGGGGGTTCTTAATATGGCCTTAACCTCGGAAACAATCCCTTGCAAACCGCCTTCTTTGC
AAATCTTGATGGCTTCGTCCAGTGAGTTACTTCTTACATCCGCATAGATCTCACATCCTC
CATTTGTTAAGAAGAATACAAGATAGGTCATTTGCAATTTCCTGATGAGTCGAGCCGCAT
CAGGATGAAAGCTCGAGAAGATTATGGGCCGGTTATCTGCATGCTCATCCACAACGTTCA
AGATGTTTTCAAGAGTTTGACGTAACTCTTCTTCTCCATACACAACATTATCATCGAATT
TGAGCTCGATATTGAATCCTTGAGAGCGTTTAACTTTTACAAAGGCATCTTTAAGGTGCA
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL7271Contig1 1314 2 2 U
GGAGAAAAGTCCGAGAGAGGTGAGAAAAAGTTACTCACAAGTCTCTCCACCCGAACCCTA
GTCTTCTCGAACCTCACCGTCTGAACCTCATTTCCACCGGCGGTGGTCTTTAATCGTCGG
TCACCACCCCAAATCGCTCCTTCTGTCAAACCTCACCCCTGTCAAGTTCTGTTTTCCTCA
CCTCCTCCTTGCTTCATTACCTCTATTTTTTGTTTGGATAGGGGCCGGATTTATGGGTGT
CGACTCAGTCTCTATGGAGTGGTGGCGAGGTCGTGGATGCTCAGATCTCTTGAGGAGGCA
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ACCTGAGTCAAGCCGTTTAACCTCTGCTTTCGCCAGCATGTATCTTATACATGCTTATCT
GCTGGCTTCTTTGCCTCGATTTGGATTTTTCCGGGATTGGTCTCATCTTTTTTTTCTGGA
GTAAGCTTCATCTGGAGTAGATTTCACTGGTTGTGATGGTCGGATCAGGACTTAGTCGAC
TATGCTTTGCATGTCCTCTTTTTTGAGTCACCTTCGGGAAGGTCTGCGGTACCTCGGATC
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AGCCGTGGTCTCCTGATGCTCAATGGTGGTTACAAATTCATACATTGCCAAGTTTAAATC
ATATCTTTAGAGATATGCCTGAACCTTAATCTGTTTTAGAGAATTTTTTAAAACCTTCTT
GGTGGCTCTCTCTATCACTTATGCTTTAATTAGCAACTTAGATTCCTAGATTTGATTTCA
GACTCTTGTAATCTCTCTGTGTCACTACCAGCTAATGAAATTCACATACTTAAC


BQ
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AF RR1AN35JQ C 583
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ACCTGAGTCAAGCC

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DS 

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GATCAGGACTTAGTCGACTATGCTTTGCATGTCCTCTTTTTTGAGTCACCTTCGGGAAGG
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CACATACTTAAC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL7272Contig1 790 2 4 U
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TTCAGGACATTGAAGCTTGCTTGAAAAGAATAATGCCTATTGATTCTCATATCGTCCAAG
CTATCAAATCAGCCAAATCTTTAGGATGTGATTTGAAGATTGTGAGTGATGCGAATCAGT
TTTTCATCGAGAAGATACTAGAGCAGCATGATTTGTTGGATTGTTTCTCAGATATCTACA
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CTGCATCGACTCCTCCACATAGCCGCAATCTCTGCCCTCCAAATCTGTGCAAGGGTTTGG
TGATGGATCAAATACGAGCTTCTTCTTCTCCCGACGATCAGATTCTAACGAGGTTTATCT
ACCTTGGAGATGGAGGAGGTGACTTCTGTCCAACGTTGAAGCTGAGGGAGTGTGATTGTG
TGATGCCAAGGACGAATTATCCCCTATGGAAGCGGATTTCAGACAATCCCTCGCTGATCA
AAGCAGATGTCAAGGAATGGAGCAATGCAGAGGAACTACGGAGAATCCTTATGCAGCTTG
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AAGTGTTTCTGATTGATGCAAAAAGGTGATGATAGGAACTATGTGTTTGTCTATCTTCAC
TTGATTTACACGTTGTCTTGTGTAATGGTGATGACTTTCATCAAATAAAGGATTTTGTTT
TTATTACATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN24TF U 1
AF RR1FN24JQ C 9
BS 1 683 RR1FN24TF
BS 684 684 RR1FN24JQ
BS 685 724 RR1FN24TF
BS 725 790 RR1FN24JQ

RD RR1FN24TF 724 0 0
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TTCAGGACATTGAAGCTTGCTTGAAAAGAATAATGCCTATTGATTCTCATATCGTCCAAG
CTATCAAATCAGCCAAATCTTTAGGATGTGATTTGAAGATTGTGAGTGATGCGAATCAGT
TTTTCATCGAGAAGATACTAGAGCAGCATGATTTGTTGGATTGTTTCTCAGATATCTACA
CAAACCCAACCTCTGTTGATGAAAATGGAAAGTTACGGATCTTACCCTACCATGGTGGTG
CTGCATCGACTCCTCCACATAGCCGCAATCTCTGCCCTCCAAATCTGTGCAAGGGTTTGG
TGATGGATCAAATACGAGCTTCTTCTTCTCCCGACGATCAGATTCTAACGAGGTTTATCT
ACCTTGGAGATGGAGGAGGTGACTTCTGTCCAACGTTGAAGCTGAGGGAGTGTGATTGTG
TGATGCCAAGGACGAATTATCCCCTATGGAAGCGGATTTCAGACAATCCCTCGCTGATCA
AAGCAGATGTCAAGGAATGGAGCAATGCAGAGGAACTACGGAGAATCCTTATGCAGCTTG
TCAGCACAATAACAAAGGAAGATTCATAACAAAACTATACTCTTTTTGAAACAAAGCTGA
AAGTGTTTCTGATTGATGCAAAA*GGTGATGATAGGAACTATGTGTTTGTCTATCTTCAC
TTGA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1FN24JQ 782 0 0
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ATTGAAGCTTGCTTGAAAAGAATAATGCCTATTGATTCTCATATCGTCCAAGCTATCAAA
TCAGCCAAATCTTTAGGATGTGATTTGAAGATTGTGAGTGATGCGAATCAGTTTTTCATC
GAGAAGATACTAGAGCAGCATGATTTGTTGGATTGTTTCTCAGATATCTACACAAACCCA
ACCTCTGTTGATGAAAATGGAAAGTTACGGATCTTACCCTACCATGGTGGTGCTGCATCG
ACTCCTCCACATAGCCGCAATTTCTGCCCTCCAAATCTGTGCAAGGGTTTGGTGATGGAT
CAAATACGAGCTTCTTCTTCTCCCGACGATCAGATTCTAACGAGGTTTATCTACCTTGGA
GATGGAGGAGGTGACTTCTGTCCAACGTTGAAGCTGAGGGAGTGTGATTGTGTGATGCCA
AGGACGAATTATCCCCTATGGAAGCGGATTTCAGACAATCCCTCGCTGATCAAAGCAGAT
GTCAAGGAATGGAGCAATGCAGAGGAACTACGGAGAATCCTTATGCAGCTTGTCAGCACA
ATAACAAAGGAAGATTCATAACAAAACTATACTCTTTTTGAAACAAAGCTGAAAGTGTTT
CTGATTGATGCAAAAAGGTGATGATAGGAACTATGTGTTTGTCTATCTTCACTTGATTTA
CACGTTGTCTTGTGTAATGGTGATGACTTTCATCAAATAAAGGATTTTGTTTTTATTACA
TT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7274Contig1 1533 2 2 U
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TTTTCTAAGCTTTCTGTCTGTGTGTTCTTCTTTCTGTCTTTGCGATTTATTGTTTGGATA
CTGTGAAGATATGGACAAGATCAGTCAGTTGCCGGACGAATTGCTTTTGAATGTACTATT
GTTTCTTCCAACAAAAGTTGCTGCAAGCACAAGTATTTTATCAAAGAGATGGGGGTTTAT
TTGGATGTGGTTGCCTAAACTTGAGTACAACGACTGCCCAGCGTCTGGATCCGAGAGCTT
AAGTCGATCTGCCATTACATAGAGCTCCAGTCATAGAAAGCTTGCGTCTCAATTGTAGTC
GTCAAAACACGATTAAACCTGAAGATGTCAGACTATGTGTACTTATTGCAGTTTCTCGCT
GCGTTCGTGAGTTAAGTCTCAACCTTTATCCTCATCTAGATGATCCTACTAAATTGCCTA
CTAGTTTGTATACATGCAAATCTCTCATCATCTTGGAACTGAAAGAGAAAAATATCGTTG
ATGTTCCTCGTACGTCTTGTCTCCCCTGCCTGAAAACTTTGCGTCTTCAGCGTGTGGTTT
ATGCAAATGAAAAATCTCTTAACCAACTACTTTCCATTTGCCCTGTTCTTGAGGAGCTAT
TTGTGGAACGAGACTTAGTTGAGGATTTGGAAACACTGAGTGTTATTGCGCCATCCTTGC
AGAAACTAACCCTAAAGATAGGCAGAGGATATTCTTTTGAAAGGCTTGTGTTAAACACAC
CTTCTTTGAAGTATTTCAATGTTACGAATTATATTTCTGAGTGGGATGACGATGATTATA
GTGAGAGTGATTATGACTCCTTTAATTCTGAATGTATGCCTAAACTGGAGGAGGTGGAAG
TCGATTCGACATACCCTGGTATTGACAACATTGTTAGTTCAATCATATATATCAAGCGGC
TTTCATTATGCCTAAGAGTCAGAGCCGAAGAGGCCCTATATCGTGAGGGTATTGTCTTCA
ACCAGCTTCAGCATCTGAAGCTATGTTCATGTGCTATAACTTGGTCAAAATCACTTGTCC
GGTTACTCAACGATTCTCCTAATTTACGAAAGCTTGAGATTTCTTTAAATGATGATCACT
CAGATAGTTGTGTGGATTCACTAATTTGCTGGGAGGATCAACTGGATTCTGTTCCTACAT
GTGTGTTGTCGAGTCTTCAAACTTTCACGTGGACAGATATACATGGATCACCAAAAGAGA
TAGATCTGGTCAAATATATCTTGCGAAATGCTCGCTGCCTAGAGACTGCGACAATTTTGT
TCTGGGAACGGAATAGTCCAGAGGAAGGAGATGAACGTGAGATTCTTATTCAAGATTTGT
CACTTTCTTTTAGAGGTTCAAAACACGCCAAACTCGTATTTGTTTGAGTAGTTATATCAT
TTGATATTTAAAATTCTATTGGACATGTATATATGACTATATATTATCAGATTTTTTCCA
ACTTAGATATATATATTGTTATATTTTAAAGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AG58TF U 1
AF RR1AG58JQ C 632
BS 1 739 RR1AG58TF
BS 740 1533 RR1AG58JQ

RD RR1AG58TF 739 0 0
GGAAATCAGTTTGCCCTAGACTATATTTAACACCCGCCCCTAGTGAGAGACGGTTAGAAT
TTTTCTAAGCTTTCTGTCTGTGTGTTCTTCTTTCTGTCTTTGCGATTTATTGTTTGGATA
CTGTGAAGATATGGACAAGATCAGTCAGTTGCCGGACGAATTGCTTTTGAATGTACTATT
GTTTCTTCCAACAAAAGTTGCTGCAAGCACAAGTATTTTATCAAAGAGATGGGGGTTTAT
TTGGATGTGGTTGCCTAAACTTGAGTACAACGACTGCCCAGCGTCTGGATCCGAGAGCTT
AAGTCGATCTGCCATTACATAGAGCTCCAGTCATAGAAAGCTTGCGTCTCAATTGTAGTC
GTCAAAACACGATTAAACCTGAAGATGTCAGACTATGTGTACTTATTGCAGTTTCTCGCT
GCGTTCGTGAGTTAAGTCTCAACCTTTATCCTCATCTAGATGATCCTACTAAATTGCCTA
CTAGTTTGTATACATGCAAATCTCTCATCATCTTGGAACTGAAAGAGAAAAATATCGTTG
ATGTTCCTCGTACGTCTTGTCTCCCCTGCCTGAAAACTTTGCGTCTTCAGCGTGTGGTTT
ATGCAAATGAAAAATCTCTTAACCAACTACTTTCCATTTGCCCTGTTCTTGAGGAGCTAT
TTGTGGAACGAGACTTAGTTGAGGATTTGGAAACACTGAGTGTTATTGCGCCATCCTTGC
AGAAACTAACCCTAAAGAT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1AG58JQ 902 0 0
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TGAGGAGCTATTTGTGGAACGAGACTTAGTTGAGGATTTGGAAACACTGAGTGTTATTGC
GCCATCCTTGCAGAAACTAACCCTAAAGATAGGCAGAGGATATTCTTTTGAAAGGCTTGT
GTTAAACACACCTTCTTTGAAGTATTTCAATGTTACGAATTATATTTCTGAGTGGGATGA
CGATGATTATAGTGAGAGTGATTATGACTCCTTTAATTCTGAATGTATGCCTAAACTGGA
GGAGGTGGAAGTCGATTCGACATACCCTGGTATTGACAACATTGTTAGTTCAATCATATA
TATCAAGCGGCTTTCATTATGCCTAAGAGTCAGAGCCGAAGAGGCCCTATATCGTGAGGG
TATTGTCTTCAACCAGCTTCAGCATCTGAAGCTATGTTCATGTGCTATAACTTGGTCAAA
ATCACTTGTCCGGTTACTCAACGATTCTCCTAATTTACGAAAGCTTGAGATTTCTTTAAA
TGATGATCACTCAGATAGTTGTGTGGATTCACTAATTTGCTGGGAGGATCAACTGGATTC
TGTTCCTACATGTGTGTTGTCGAGTCTTCAAACTTTCACGTGGACAGATATACATGGATC
ACCAAAAGAGATAGATCTGGTCAAATATATCTTGCGAAATGCTCGCTGCCTAGAGACTGC
GACAATTTTGTTCTGGGAACGGAATAGTCCAGAGGAAGGAGATGAACGTGAGATTCTTAT
TCAAGATTTGTCACTTTCTTTTAGAGGTTCAAAACACGCCAAACTCGTATTTGTTTGAGT
AGTTATATCATTTGATATTTAAAATTCTATTGGACATGTATATATGACTATATATTATCA
GATTTTTTCCAACTTAGATATATATATTGTTATATTTTAAAGAG

QA 19 902 19 902
DS 



AS 1 2

CO CL7275Contig1 719 2 2 U
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ATCCAGCTCCTCTATTCGGTGATCTTCGCCGAAATGGCTTTAATCCTCCTTCTCCTCTTC
AAGACGCCTCTCCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCGATCGCATCAAACGCGGCCGCGGC
CCCGTCGTCGTCAAAACCATCGACGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGTCTAC
AGTTTGCTTAGGAAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGC
AAGAACACGAGCGGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTTAAGGCA
AAGATCAAGAAATTAGAATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAA
GCTGAAACAGAGGCTCTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTG
CTTGAGGATAATCAGAATCTCAGGAACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGA
AAGAAGAGTATGTGAAACAGAGAAATACAATGGTATTAATGTAATATTTTCTTTTGTAGA
GCACAAAGAAACTTTAGGAAATGTGGATTTTCTGATCTTTGCTTTCTTACATTATGATAT
GTTTTCTTATCTTTGAAAATACTTTAATGTGTTTTGATATATAGTAGACATAATTGTGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FN83JQ C 1
AF RR1FN83TF U 1
BS 1 710 RR1FN83TF
BS 711 719 RR1FN83JQ

RD RR1FN83JQ 719 0 0
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QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1FN83TF 710 0 0
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CCCGTCGTCGTCAAAACCATCGACGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGTCTAC
AGTTTGCTTAGGAAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGC
AAGAACACGAGCGGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTTAAGGCA
AAGATCAAGAAATTAGAATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAA
GCTGAAACAGAGGCTCTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTG
CTTGAGGATAATCAGAATCTCAGGAACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGA
AAGAAGAGTATGTGAAACAGAGAAATACAATGGTATTAATGTAATATTTTCTTTTGTAGA
GCACAAAGAAACTTTAGGAAATGTGGATTTTCTGATCTTTGCTTTCTTACATTATGATAT
GTTTTCTTATCTTTGAAAATACTTTAATGTGTTTTGATATATAGTAGACA

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL7276Contig1 396 2 1 U
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ATTGTATTCTTGTAGATTATGTATTTAATGAGCGATTGTTATTAGTAGATTGTCTCTGGG
AATGGTTGATTGGGTTAAATTTGTCGATGAGTAACCCTTTTAATCTGTCGTTGTTTGATC
CTATTTATAAATAAATGTATTTGCATATGTTTCTTTTGGTCAAGAGTATTTAGCTATGTA
ATTAAGTAATCTTTTTAACAATGTAGTTTGCACCAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D726JQ C 1
AF RR1D726TF U 1
BS 1 396 RR1D726TF

RD RR1D726JQ 396 0 0
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QA 1 396 1 396
DS 

RD RR1D726TF 396 0 0
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GTTGCGTCTGCGAAAGCCATGTCTTCATTGTCTCAATCAAAGAAGAAGAAAAGTGAAGTG
TTATTCAAAGAAGAAGCTGAAGATTTCATCAGAATCCGGAAGAAGTTATTTTGGTTTGTT
ATTGTATTCTTGTAGATTATGTATTTAATGAGCGATTGTTATTAGTAGATTGTCTCTGGG
AATGGTTGATTGGGTTAAATTTGTCGATGAGTAACCCTTTTAATCTGTCGTTGTTTGATC
CTATTTATAAATAAATGTATTTGCATATGTTTCTTTTGGTCAAGAGTATTTAGCTATGTA
ATTAAGTAATCTTTTTAACAATGTAGTTTGCACCAG

QA 1 396 1 396
DS 



AS 1 2

CO CL7277Contig1 727 2 2 U
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AGTTTTTCCCAACCAAATCCTTCACGCGACTAGTGTCATCACTAGAGACCATGACGTCGT
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TTTTTGACCCTTTGGCAGTTGGCATCGATATATTCTCCGTTGGTCAAAGCTGATGTTGGG
GCTAAGAGAAATTGTGACAAGATTGTCATTGTAAGGACGAAGGAATAACTTGACGAAAAA
GCCATTTCTATCGCCGAGTTTATTTTTTCTCTCGACCTCTAAGTGATGGGAATCAGATTT
TGATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CM24TF C 1
AF RR1CM24JQ U 10
BS 1 9 RR1CM24TF
BS 10 727 RR1CM24JQ

RD RR1CM24TF 727 0 0
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AGAAGTTTC*TAAGATTCAATTATCAGCGATATAATGTTTCTATGTCTTTTGAATCTATT
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AGTTTTTCCCAACCAAATCCTTCACGCGACTAGTGTCATCACTAGAGACCATGACGTCGT
AGTTTGCAGTGTCTGGTGTTTTCTTAAGCTCCAATGACGCGCTTTTTAGAGACGCAACAA
ATAGATACATAGGCGTCATGGGCTATTGATAGGTTGATTACGGCTTCCGCCAATTGTAAC
AGGCTGGTGGCAGAAACCGTGGGAGGATAGGTGGTTAATGTGTCGACACAAAATGTAATG
TTTTTGACCCTTTGGCAGTTGGCATCGATATATTCTCCGTTGGTCAAAGCTGATGTTGGG
GCTAAGAGAAATTGTGACAAGATTGTCATTGTAAGGACGAAGGAATAACTTGACGAAAAA
GCCATTTCTATCGCCGAGTTTATTTTTTCTCTCGACCTCTAAGTGATGGGAATCAGATTT
TGATTTT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1CM24JQ 718 0 0
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CTAAGATTCAATTATCAGCGATATAATGTTTCTATGTCTTTTGAATCTATTCATGTTTTC
ACCAAAAGCAAACCACAAACTGAAAACCCCCGACTTAGTTCAAACATCATTAAGTACGAC
GACGTATGTTCTCGTCGTCGTCATCAACAGCATCGGTGGCACCAGCAGCGATATCAAGAA
GTTTTTCCATCTGCAATGTCATCTCCATGAGCGTCTTGGATGATTTGTCCAAGTTTTTCC
CAACCAAATCCTTCACGCGACTAGTGTCATCACTAGAGACCATGACGTCGTAGTTTGCAG
TGTCTGGTGTTTTCTTAAGCTCCAATGACGCGCTTTTTAGAGACGCAACAAATAGATACA
TAGGCGTCATGGGCTATTGATAGGTTGATTACGGCTTCCGCCAATTGTAACAGGCTGGTG
GCAGAAACCGTGGGAGGATAGGTGGTTAATGTGTCGACACAAAATGTAATGTTTTTGACC
CTTTGGCAGTTGGCATCGATATATTCTCCGTTGGTCAAAGCTGATGTTGGGGCTAAGAGA
AATTGTGACAAGATTGTCATTGTAAGGACGAAGGAATAACTTGACGAAAAAGCCATTTCT
ATCGCCGAGTTTATTTTTTCTCTCGACCTCTAAGTGATGGGAATCAGATTTTGATTTT

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL7278Contig1 776 2 2 U
GATGTGGTGAGCCGTTCGAAGACTTCTATAGTGACGAGACAGAGGAATGGATGTACAAAG
GTGCGGTGTACATGAATGCTCCTGATGGATCAACAACAGATTTGGACAAGTCTCAGTTAG
GTCCTATTGTACATGCTAAGTGCAGGCCAGAGTCCAATGGGGGTGATATGGAAGAGGGTA
GTCAAAGAAAAAGAATGCGGAGTTAGATCGCTTAGACCAACTATTAGGTCTTTTTCTTGA
CTTATTTTAAGTTACATTCTTATTTCTTCATCATCTATATGCACTTAGTCACACACAATG
GAGAGAGTTTTCTTTCTCCTGAAACTGTACCATTGAAAAGATAAAAAGAGAGGTTGACAC
CCAGAGATCTCTTATCGTTCTTTACACCTCTTAAATCCTGTTGTGGCTTAGGACATGGAT
ATCTCTGCTACACCTATAATAACCTGGGGGTGCTTGTAGTAAAATCAGATGGCTCAGCGT
GGTAGTTCCCCATGTATATGTATCATATAATGTGTCTCTTTTCTTTCTTGTTTTCGGATT
GTCTTTCTTTTTCGTCTTGAGATATTGCAGCGGAAGCTTTGGGAAGACCGATGTTTGAGT
GAGAGCATATTTTCTATGATGATATAAATCTCGTGGATTTTATTGCTAAGAGAAAACCAG
TTTCAGCTGTTTATTTTCTTCTTCTTTAGAACTTCCCCTGTCTGAACTATGATACTCTTT
ATGGTAGTTAACAGAACTCTCTCTCAATGGTCTATAATGAAACAAGTGTTACATTT


BQ
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AF RR1CS11TF U 1
AF RR1CS11JQ C 1
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BS 713 776 RR1CS11JQ

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CCAGAGATCTCTTATCGTTCTTTACACCTCTTAAATCCTGTTGTGGCTTAGGACATGGAT
ATCTCTGCTACACCTATAATAACCTGGGGGTGCTTGTAGTAAAATCAGATGGCTCAGCGT
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GTCTTTCTTTTTCGTCTTGAGATATTGCAGCGGAAGCTTTGGGAAGACCGATGTTTGAGT
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TTTCAGCTGTTTATTTTCTTCTTCTTTAGAACTTCCCCTGTCTGAACTATGA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1CS11JQ 776 0 0
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GTCCTATTGTACATGCTAAGTGCAGGCCAGAGTCCAATGGGGGTGATATGGAAGAGGGTA
GTCAAAGAAAAAGAATGCGGAGTTAGATCGCTTAGACCAACTATTAGGTCTTTTTCTTGA
CTTATTTTAAGTTACATTCTTATTTCTTCATCATCTATATGCACTTAGTCACACACAATG
GAGAGAGTTTTCTTTCTCCTGAAACTGTACCATTGAAAAGATAAAAAGAGAGGTTGACAC
CCAGAGATCTCTTATCGTTCTTTACACCTCTTAAATCCTGTTGTGGCTTAGGACATGGAT
ATTTCTGCTACACCTATAATAACCTGGGGGTGCTTGTAGTAAAATCAGATGGCTCAGCGT
GGTAGTTCCCCATGTATATGTATCATATAATGTGTCTCTTTTCTTTCTTGTTTTCGGATT
GTCTTTCTTTTTCGTCTTGAGATATTGCAGCGGAAGCTTTGGGAAGACCGATGTTTGAGT
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TTTCAGCTGTTTATTTTCTTCTTCTTTAGAACTTCCCCTGTCTGAACTATGATACTCTTT
ATGGTAGTTAACAGAACTCTCTCTCAATGGTCTATAATGAAACAAGTGTTACATTT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL7279Contig1 1160 2 2 U
GGCCACTGTTCATGACCGTTGACATTTTGTCCGAAGAAGAGAAAATAAAAACTTTCCCTC
TTTATTTTCCTGGAAACAAAAAAAAGAAAGCTATTCCCAGTTTTAGATCTCTCTAAGCGA
CTGAGTAACTAATGTCGATGTCCCGCGGTGGATTGTTGTTGCTACTCTTCACCATCTTCC
TTGTCCAGCTTCAGTCTTCTACCTCTCTGATTAGTTCTCCAAGTTCTATCATCAACCCTT
CAAAAGTCAAACAGGTTTCTTCAAAACCCAGGGCATTTGTGTATGAAGGTTTTCTGACGG
ACTTGGAATGTGATCACCTGATCTCACTTGCGAAAGAGAATCTATCGAGATCTGCGGTTG
CTGATAACGATAATGGAGAGAGTCAAGTTAGTGATGTTCGGACCAGCTCCGGCACGTTTA
TCTCCAAAGGAAAGGATCCTATTGTTTCTGGTATAGAGGACAAGCTCTCCACATGGACAT
TCCTCCCAAAAGAAAATGGAGAAGACCTTCAGGTGTTGAGATATGAGCACGGTCAGAAAT
ATGACGCACACTTTGACTACTTTCACGACAAAGTCAACATCGCCCGTGGTGGACACCGCA
TAGCAACGGTTCTCATGTATCTATCAAATGTCCCAAAAGGTGGAGAAACTGTCTTCCCTA
ATGCAGTGGAATCTCCTCGCCGTAAGCTTTCTGTAAACAAAGACGATCTTTCTGATTGTG
CAAAGAAAGGAATCGCTGTGAAACCGAGGAAAGGAGATGCGCTGTTGTTCCTTAACCTCC
ACGAAGACGCAACTCCAGATGTATTGAGCCTTCACGGAGGTTGTCCTGTGATTGAAGGAG
AGAAATGGTCAGCAACTAAGTGGATCCACGTGGACTCGTTCGATAAGATTGTGACGCATG
ATGGTAACTGTACGGATGTAAACGAGAGCTGTGAAAGATGGGCAGTGCTTGGAGAATGCG
CGAAGAACCCGGAGTATATGGTGGGAACTCCAGAGCTCCCTGGAAACTGTAGGCGTAGCT
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CTTGTTATCTTGATTGAGCTTCGTTTTCTAAGTTTCTTGTTTCTGACTGTTCTTGAATGA
GTTAAAACAAAATTCTTATC


BQ
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AF RR1D636TF U 1
AF RR1D636JQ C 561
BS 1 635 RR1D636TF
BS 636 1160 RR1D636JQ

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TTTATTTTCCTGGAAACAAAAAAAAGAAAGCTATTCCCAGTTTTAGATCTCTCTAAGCGA
CTGAGTAACTAATGTCGATGTCCCGCGGTGGATTGTTGTTGCTACTCTTCACCATCTTCC
TTGTCCAGCTTCAGTCTTCTACCTCTCTGATTAGTTCTCCAAGTTCTATCATCAACCCTT
CAAAAGTCAAACAGGTTTCTTCAAAACCCAGGGCATTTGTGTATGAAGGTTTTCTGACGG
ACTTGGAATGTGATCACCTGATCTCACTTGCGAAAGAGAATCTATCGAGATCTGCGGTTG
CTGATAACGATAATGGAGAGAGTCAAGTTAGTGATGTTCGGACCAGCTCCGGCACGTTTA
TCTCCAAAGGAAAGGATCCTATTGTTTCTGGTATAGAGGACAAGCTCTCCACATGGACAT
TCCTCCCAAAAGAAAATGGAGAAGACCTTCAGGTGTTGAGATATGAGCACGGTCAGAAAT
ATGACGCACACTTTGACTACTTTCACGACAAAGTCAACATCGCCCGTGGTGGACACCGCA
TAGCAACGGTTCTCATGTATCTATCAAATGTCCCA

QA 1 635 1 635
DS 

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TTTCACGACAAAGTCAACATCGCCCGTGGTGGACACCGCATAGCAACGGTTCTCATGTAT
CTATCAAATGTCCCAAAAGGTGGAGAAACTGTCTTCCCTAATGCAGTGGAATCTCCTCGC
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AAACCGAGGAAAGGAGATGCGCTGTTGTTCCTTAACCTCCACGAAGACGCAACTCCAGAT
GTATTGAGCCTTCACGGAGGTTGTCCTGTGATTGAAGGAGAGAAATGGTCAGCAACTAAG
TGGATCCACGTGGACTCGTTCGATAAGATTGTGACGCATGATGGTAACTGTACGGATGTA
AACGAGAGCTGTGAAAGATGGGCAGTGCTTGGAGAATGCGCGAAGAACCCGGAGTATATG
GTGGGAACTCCAGAGCTCCCTGGAAACTGTAGGCGTAGCTGTAAAGCTTGTTAATCAAAA
GAGTTTAAACTTCTTCTTCTTCTCTATGTATCATTTAGTACTTGTTATCTTGATTGAGCT
TCGTTTTCTAAGTTTCTTGTTTCTGACTGTTCTTGAATGAGTTAAAACAAAATTCTTATC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL7280Contig1 738 2 7 U
GGAGAAGGAGAGAACGCCGTCACATACACAACACGCAGACACACCTTCTCCGTCGTCTCC
TCCACCAATCTCATCGCAATCATGATTATGTCAGAGGAGAACCGCCGCGCAATCTCCAAG
TACCTCTTCCAAGAGGGAGTTCTGTTTGCGAAGAAGGATTTCAATTTGGCGCAGCATCCT
TTGATCGAAGGAGTACGTGCGCGAGACGTTTGCGTGGATGCACTACTACTGGTTCCTGAC
TAACGAAGGCATTGACTTTCTGAGGACTTACCTCAACCTCCCTTCTGAGATTGTTCCCGC
CACTTTGAAGAAGCAGCAGAAGCCTCTTGGTCGTCCCATGGGTGACCGTCCTCGTGGCCC
ACCTCGTTCTGATGGAGAGAGGAGATTTGGTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGCACC
TAGGTCTGGTGGTGAGTTTGGTGATAAGAGTGGAGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCTT
CAGGGCACCTGGAGCTGGATCTAGGCCTGGTTTTGGCCGTGGAGCAGGTGGCTATGGTGC
TGGTCCAGCTGCTGCATCTGATCTTCCTTGAAAGGGAAATGTAATCCCTGTCTCTTTTTG
GTTATATTGTACCTTGGATTTGTGATGGAATTGTCTTTTACTCAATATGATTGTTTCTTT
ACGTTACAGAGAATGTTCAATGTTCTGGATCGTTACAATTTTTTTAGTGTCTAATGGCTT
AAAGTTATAATTTTTGGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GW52JQ C 1
AF RR1GW52TF U 1
BS 1 679 RR1GW52TF
BS 680 680 RR1GW52JQ
BS 681 704 RR1GW52TF
BS 705 705 RR1GW52JQ
BS 706 713 RR1GW52TF
BS 714 714 RR1GW52JQ
BS 715 738 RR1GW52TF

RD RR1GW52JQ 738 0 0
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TCCACCAATCTCATCGCAATCATGATTATGTCAGAGGAGAACCGCCGCGCAATCTCCAAG
TACCTCTTCCAAGAGGGAGTTCTGTTTGCGAAGAAGGATTTCAATTTGGCGCAGCATCCT
TTGATCGAAGGAGTACGTGCGCGAGACGTTTGCGTGGATGCACTACTACTGGTTCCTGAC
TAACGAAGGCATTGACTTTTTGAGGACTTACCTCAACCTCCCTTTTGAGATTGTTCCCGC
CACTTTGAAGAAGCAGCAGAAGCCTTTTGGTCGTCCCATGGGTGACCGTCCTCGTGGCCC
ACCTCGTTTTGATGGAGAGAGGAGATTTGGTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGCACC
TAGGTCTGGTGGTGAGTTTGGTGATAAGAGTGGAGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCTT
CAGGGCACCTGGAGCTGGATCTAGGCCTGGTTTTGGCCGTGGAGCAGGTGGCTATGGTGC
TGGTCCAGCTGCTGCATCTGATCTTCCTTGAAAGGGAAATGTAATCCCTGTCTCTTTTTG
GTTATATTGTACCTTGGATTTGTGATGGAATTGTCTTTTACTCAATATGATTGTTTCTTT
ACGTTACAGAGAATGTTCAATGTTCTGGATCGTTACAATTTTTTTAGTGTCTAATGGCTT
AAAGTTATAATTTTTGGG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1GW52TF 738 0 0
GGAGAAGGAGAGAACGCCGTCACATACACAACACGCAGACACACCTTCTCCGTCGTCTCC
TCCACCAATCTCATCGCAATCATGATTATGTCAGAGGAGAACCGCCGCGCAATCTCCAAG
TACCTCTTCCAAGAGGGAGTTCTGTTTGCGAAGAAGGATTTCAATTTGGCGCAGCATCCT
TTGATCGAAGGAGTACGTGCGCGAGACGTTTGCGTGGATGCACTACTACTGGTTCCTGAC
TAACGAAGGCATTGACTTTCTGAGGACTTACCTCAACCTCCCTTCTGAGATTGTTCCCGC
CACTTTGAAGAAGCAGCAGAAGCCTCTTGGTCGTCCCATGGGTGACCGTCCTCGTGGCCC
ACCTCGTTCTGATGGAGAGAGGAGATTTGGTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGCACC
TAGGTCTGGTGGTGAGTTTGGTGATAAGAGTGGAGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCTT
CAGGGCACCTGGAGCTGGATCTAGGCCTGGTTTTGGCCGTGGAGCAGGTGGCTATGGTGC
TGGTCCAGCTGCTGCATCTGATCTTCCTTGAAAGGGAAATGTAATCCCTGTCTCTTTTTG
GTTATATTGTACCTTGGATTTGTGATGGAATTGTCTTTTACTCAATATGATTGTTTCTTT
ACGTTACAGAGAATGTTCA*TGTTCTGGATCGTTACAATTTTTT*AGTGTCTA*TGGCTT
AAAGTTATAATTTTTGGG

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL7281Contig1 829 2 6 U
CTGTTATGTTGTAGAACTTTTGATTCATATATGTTACAAAACATTTATTATTGCTATATA
TTATTAAAAAATGATTTATAACATATGGAAAAATCTTTGAATCAAGAGCTTTTTATTAAT
TTGAGCCTGAGATTTATGATAAAGCCAAGTAAAAGAAGAAAAAGAAAACAGTGTGTCCTC
TGAAAGTTCAAATCTTTGTTACTGAAATGGAGCCGGAGTGCCTTGGTTTCGGTTGACAAT
AGCCATTGCAAGATACCTCGTGCCCATCCCAATCGGTGTCTGTTCATCAGGCCCTTCCCA
GAAAGGTGCCTCGCCATCCCCAACAAGCCTCCAGTATCCAGACCTCAAGGACTCAGCTTG
CTCATCATCACAGTTCTTCAGCAGCGCATCAACTCTGAAGTTTATTCCAAGCGAACCCAA
GAACTGAGACTGCGTCATAGGTCCATGGACTGTCACATTTTCTGAAGCTTCCTCAGCAGA
GTGTTTTATTGAAGGAAAATCAACATAAGCACTTAAATCCGCAGATCCTGGATCATCCAG
TATGTTGACGAACTTGTGTTCTCTAATAGCCTGAAGACTGTCTGAAATGATTCCATCCAT
CCCGTAATCGATGATAAGTGCACCACCTCCATCAGAACCTATTCTCTTGGCTATTTCTTG
AGTCAGATCCATTGATTTGGGGCTGATCTCGACATGCTCCAGCTTCTCCCTTTCCTCAGG
TGTAGCCCATGTGCAACGTTTCACCAGATATAAGGCCGCAGGTGTAGGCTGCGGGGATAG
AACAAACCGGAACTGTGAATCTTCTCCCACATCAACCATTTTCTCACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B626JQ U 1
AF RR1GZ24JQ U 99
BS 1 291 RR1B626JQ
BS 292 292 RR1GZ24JQ
BS 293 756 RR1B626JQ
BS 757 757 RR1GZ24JQ
BS 758 819 RR1B626JQ
BS 820 829 RR1GZ24JQ

RD RR1B626JQ 819 0 0
CTGTTATGTTGTAGAACTTTTGATTCATATATGTTACAAAACATTTATTATTGCTATATA
TTATTAAAAAATGATTTATAACATATGGAAAAATCTTTGAATCAAGAGCTTTTTATTAAT
TTGAGCCTGAGATTTATGATAAAGCCAAGTAAAAGAAGAAAAAGAAAACAGTGTGTCCTC
TGAAAGTTCAAATCTTTGTTACTGAAATGGAGCCGGAGTGCCTTGGTTTCGGTTGACAAT
AGCCATTGCAAGATACCTCGTGCCCATCCCAATCGGTGTCTGTTCATCAGGTCCTTCCCA
GAAAGGTGCCTCGCCATCCCCAACAAGCCTCCAGTATCCAGACCTCAAGGACTCAGCTTG
CTCATCATCACAGTTCTTCAGCAGCGCATCAACTCTGAAGTTTATTCCAAGCGAACCCAA
GAACTGAGACTGCGTCATAGGTCCATGGACTGTCACATTTTCTGAAGCTTCCTCAGCAGA
GTGTTTTATTGAAGGAAAATCAACATAAGCACTTAAATCCGCAGATCCTGGATCATCCAG
TATGTTGACGAACTTGTGTTCTCTAATAGCCTGAAGACTGTCTGAAATGATTCCATCCAT
CCCGTAATCGATGATAAGTGCACCACCTCCATCAGAACCTATTCTCTTGGCTATTTCTTG
AGTCAGATCCATTGATTTGGGGCTGATCTCGACATGCTCCAGCTTCTCCCTTTCCTCAGG
TGTAGCCCATGTGCAACGTTTCACCAGATATAAGGCTGCAGGTGTAGGCTGCGGGGATAG
AACAAACCGGAACTGTGAATCTTCTCCCACATCAACCAT

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR1GZ24JQ 731 0 0
GAATCAAGAGCTTTTTATTAATTTGAGCCTGAGATTTATGATAAAGCCAAGTAAAAGAAG
AAAAAGAAAACAGTGTGTCCTCTGAAAGTTCAAATCTTTGTTACTGAAATGGAGCCGGAG
TGCCTTGGTTTCGGTTGACAATAGCCATTGCAAGATACCTCGTGCCCATCCCAATCGGTG
TCTGTTCATCAGGCCCTTCCCAGAAAGGTGCCTCGCCATCCCCAACGAGCCTCCAGTATC
CAGACCTCAAGGACTCAGCTTGCTCATCATCACAGTTCTTCAGCAGCGCATCAACTCTGA
AGTTTATTCCAAGCGAACCCAAGAACTGAGACTGCGTCATAGGTCCATGGACTGTCACAT
TTTCTGAAGCTTCCTCAGCAGAGTGTTTTATTGAAGGAAAATCAACATAAGCACTTAAAT
CCGCAGATCCTGGATCATCCAGTATGTTGACGAACTTGTGTTCTCTAATAGCCTGAAGAC
TGTCTGAAATGATTCCATCCATCCCGTAATCGATGATAAGTGCACCACCTCCATCAGAAC
CTATTCTCTTGGCTATTTCTTGAGTCAGATCCATTGATTTGGGGCTGATCTCGACATGCT
CCAGCTTCTCCCTTTCCTCAGGTGTAGCCCATGTGCAACGTTTCACCAGATATAAGGCCG
CAGGTGTAGGCTGCGGGGATAGAACAAACCGGAACTGTGAATCTTCTCCCACATCAACCA
TTTTCTCACAC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL7282Contig1 727 2 2 U
GGAAAGTTTTACATAATGGGAATGGTATTTGGTAAAATCTCGGTGGAGACACCCAAATAC
ACCGTGGTTAAATCCGGCGACGGTTACGAGATCCGTGAGTATCCACCGACCGTTGCGGCC
GAGATCACTTACGATCCTTCCGAGTTCAAAGACAACAAAGACGGCGGTTTCACGGTCTTG
GCCAAGTACCTAGGCGTGTTCGGCAAGCCTGAGAACCAGAAACCTGAGAAGATCGCCATG
ACTGCTCCTGTGATCACCAAAGAAGGAGAGAAGATCGCCATGACTGCTCCGGTCGTGACC
AAGGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAGGAGAAGAAGACGGTGACGATGCAGTTTCTGTTGCCG
GAGATGTACAAGAAGGCTGAGGATGCGCCGCGTCCGACTGATGAGAGGGTGGTGATTAGG
GAGGAAGGAGGGAGGAAGTATGGCGTGGTCACGTTCAGTGGTAATGCGGTGGAGAGCGTG
GTGAGCGAGAAGGTGAAGAAGCTGACGAGTGATCTCGAGAGAGATGGGTTTAAGATCACC
GGAGAGTTCGTCCTTTCTAGGTACAATCCTCCATGGACAATACCTCCGTTCAAGACCAAC
GAAGTCATGATTCCTGTTGAATGATGAAATCTATATCCAAAGTTTATAGCTTTTGGTCTC
AAAAACACTTGTCTTTTCAGAACAATAATGTAATACAATGCCAGGTTTTGATTTTTAATG
AATCAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G860TF U 1
AF RR1G860JQ C 57
BS 1 488 RR1G860TF
BS 489 727 RR1G860JQ

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GAGGAAGGAGGGAGGAAGTATGGCGTGGTCACGTTCAGTGGTAATGCGGTGGAGAGCGTG
GTGAGCGA

QA 1 488 1 488
DS 

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GGCCGAGATCACTTACGATCCTTCCGAGTTCAAAGACAACAAAGACGGCGGTTTCACGGT
CTTGGCCAAGTACCTAGGCGTGTTCGGCAAGCCTGAGAACCAGAAACCTGAGAAGATCGC
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CAACGAAGTCATGATTCCTGTTGAATGATGAAATCTATATCCAAAGTTTATAGCTTTTGG
TCTCAAAAACACTTGTCTTTTCAGAACAATAATGTAATACAATGCCAGGTTTTGATTTTT
AATGAATCAAC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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TCCCAGTACTTCTCAGCAATACGGTTAACTTTCTCAATGCATTCCAAGCTTGAGGGATCT
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TCTTGGGCCCTCATATAGTCCGTGTCACGGTCTGGTCTCTCCGCAGGCTCATACTCTCCT
TCCC


BQ
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AF RR1CY88TF C 1
AF RR1CY88JQ U 10
BS 1 9 RR1CY88TF
BS 10 724 RR1CY88JQ

RD RR1CY88TF 716 0 0
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ACCAAAGGAGTACAAAAGTGCATATCATCACACCAACTTATTAGTTCTCAAGGTAGATAG
ATAGAGAGAGAGACACTCAATTTATTCAAAGCTACTGCAGCAGCAATGTAGGGACAGTGA
ACTTAGGTTGTAAGGATTGGAGGCAGGTAGTCTACTTTGTTTCCGAGGATACGAGCCTTT
GTGTCCGGGAAGAACTCAAATCCTGGAAGCTCACTGATGTTACCTTCATTGTCCACACTA
ATTGGGTAGCGCAGCAAGTGGCCAGGAAGGTCATGTTCCAGTGACTCGCTTGAGTAGAAG
TCCCAGTACTTCTCAGCAATACGGTTAACTTTCTCAATGCATTCCAAGCTTGAGGGATCT
AGGAACGTCTCATCAAGCATTCCCAAGTGTTCGTACCAGAGTGACATACGGAAGCCATGG
ACTTGGCCACGAGCTGGTTGTCTATGTGACAAGTGATGTGGTTGATACCCTCCCATTGCT
ATCTCAGAGTCCCTTGCACCATCCATTGACCTCTGGTTGATGTTAGCAGACCCAACGATA
ATGTATTCATCGTCAACGATCATCATTTTGCTATGGACGTAGATCATGAAGCGACGTGCT
TCTTGGGCCCTCATATAGTCCGTGTCACGGTCTGGTCTCTCCGCAGGCTCATACTC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1CY88JQ 715 0 0
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GTACAAAAGTGCATATCATCACACCAACTTATTAGTTCTCAAGGTAGATAGATAGAGAGA
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AAGAACTCAAATCCTGGAAGCTCACTGATGTTACCTTCATTGTCCACACTAATTGGGTAG
CGCAGCAAGTGGCCAGGAAGGTCATGTTCCAGTGACTCGCTTGAGTAGAAGTCCCAGTAC
TTCTCAGCAATACGGTTAACTTTCTCAATGCATTCCAAGCTTGAGGGATCTAGGAACGTC
TCATCAAGCATTCCCAAGTGTTCGTACCAGAGTGACATACGGAAGCCATGGACTTGGCCA
CGAGCTGGTTGTCTATGTGACAAGTGATGTGGTTGATACCCTCCCATTGCTATCTCAGAG
TCCCTTGCACCATCCATTGACCTCTGGTTGATGTTAGCAGACCCAACGATAATGTATTCA
TCGTCAACGATCATCATTTTGCTATGGACGTAGATCATGAAGCGACGTGCTTCTTGGGCC
CTCATATAGTCCGTGTCACGGTCTGGTCTCTCCGCAGGCTCATACTCTCCTTCCC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7284Contig1 711 2 3 U
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GTCCTGTTCCCTCAGCGAACCAAGATCCTTACCGTCCATGCCTGACATCCTGACGTCATC
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TAAGAAAGCAGACACGGGGGCTGAGGTTGGACGAGCAGAGGGAGTAGTTAGGCCATGGTT
CGGACGAGGCTTGGTTCTGCATCTTGATACGATAAGGTTGACGAAAGAGACGATAGTTAT
GGATAAGTCTCTCCTTGGAGTTGGTTTGTACGTCGGAGCTGTAGCTATCCGCCATGGCTA
CGATTGTGGTTGTCGCACTGCTCAGCTTCTAGCCATCTACGACTCTGATCTCTACCATTC
TAAGCTGGTTAGGTTTTACAAAAGAATTGGGTTCAAAGAAGTGAAAGAAGTGAGTGGTGG
GACGATAGGAGACATGGCTGACATGTTGGTGTGGGGGTGGAGTTGGCACTCGTATGGATG
CTAATATCCATCATCTCCTTGTTAAATGGTCCAAAGTTTTCCTCAAATCAGTTTCTTAAT
GACTTGTGTTATATCATGTTCAATTCTTAAAAGGAATCAGACCATACTATTTTTTTACTA
AGATCATATGTATACAGTATACTTCATCACTATTGTTGTAGTCTATTTGAC


BQ
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AF RR1AO69TF U 1
AF RR1DQ70TF U 1
BS 1 516 RR1AO69TF
BS 517 517 RR1DQ70TF
BS 518 711 RR1AO69TF

RD RR1AO69TF 711 0 0
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GACTTGTGTTATATCATGTTCAATTCTTAAAAGGAATCAGACCATACTATTTTTTTACTA
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QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1DQ70TF 710 0 0
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AAAAGCTCGAAATCTTGACTTAAAGATCCAGACTTTAGGACCGTTTTTCAGAGTGACGGG
TAAGAAAGCAGACACGGGGGCTGAGGTTGGACGAGCAGAGGGAGTAGTTAGGCCATGGTT
CGGACGAGGCTTGGTTCTGCATCTTGATACGATAAGGTTGACGAAAGAGACGATAGTTAT
GGATAAGTCTCTCCTTGGAGTTGGTTTGTACGTCGGAGCTGTAGCTATCCGCCATGGCTA
CGATTGTGGTTGTCGCACTGCTCAGCTTCTAGCCATCTACGACTCTGATCTCTACCATTC
TAAGCTGGTTAGGTTTTACAAAAGAATTGGGTTCAAAGAAGTGAAAGAAGTGAGTGGTGG
GACGATAGGAGACATGGCTGACATGTTGGTGTGGGGGTGGAGTTGGCACTCGTATGGATG
CTAATATCCATCATCTCCTTGTTAAATGGTCCAAAGTTTTCCTCAAATCAGTTTCTTAAT
GACTTGTGTTATATCATGTTCAATTCTTAAAAGGAATCAGACCATACTATTTTTTTACTA
AGATCATATGTATACAGTATACTTCATCACTATTGTTGTAGTCTATTTGA

QA 1 710 1 710
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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CTTACTTCTCGCCAGTGACATCGAGATCAATGACTTCATCGACCTCTCTGGAAAACCCTG
CAGGGCTGTTGATCTCTACACGAAGGGAGGCCTTTGTCACTTCGGCGCCATAAATATGTT
AACTGGCAACATGGTGAGGAGCATTGTTCCCCCTTCCACACAGTTTGTTATTCCAGATGT
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GCATCGTAGCGGTGCCTACACTAGGGACGATATCTTTCTTCCCCGGAACAGGAACCTCAG
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ATTGGGGCAGGATGCTGTTTATGCCGTCGATGTCTACCAGGCCGGTACAGCTATTACATT
CGATCCCAATGATGATCTTTTGAACCAAAGCAAAACAAATGACAGTAGTGATGTTGTTTT
GGTCCGAAATGTTGGCTTCTAAGAAATAACTAGTCCCTAATTGTCTTGCCATGGCCATAA
TGCCTGACAATTACTGAACCCGAACCCTGATATTAAGTCTTTGGTTATCCTAGTATTGTA
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CTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1AW37TF U 1
AF RR1AW37JQ C 26
BS 1 787 RR1AW37TF
BS 788 843 RR1AW37JQ

RD RR1AW37TF 787 0 0
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GCATCGTAGCGGTGCCTACACTAGGGACGATATCTTTCTTCCCCGGAACAGGAACCTCAG
GACCATGATGGTTGGTGGATTCAACAATGGTAACAGCGTTGTTGTGGGTATCGTCACTTC
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GGTCCGAAATGTTGGCTTCTAAGAAATAACTAGTCCCTAATTGTCTTGCCATGGCCATAA
TGCCTGACAATTACTGAACCCGAACCCTGATATTAAGTCTTTGGTTATCCTAGTATTGTA
ACAACAACACTCTGGAAGATAAAACATTATGTAGTTGTTTTTTTGTGTTGTTTTATTTCT
CTTCAAA

QA 1 787 1 787
DS 

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GTTCCCCCTTCCACACAGTTTGTTATTCCAGATGTGAGCCGTGATCTTTACCAGTTGACG
GGTATCTCCTACAAGGATGATACTGTTACCCTTCTGCATCGTAGCGGTGCCTACACTAGG
GACGATATCTTTCTTCCCCGGAACAGGAACCTCAGGACCATGATGGTTGGTGGATTCAAC
AATGGTAACAGCGTTGTTGTGGGTATCGTCACTTCATTGGGGCAGGATGCTGTTTATGCC
GTCGATGTCTACCAGGCCGGTACAGCTATTACATTCGATCCCAATGATGATCTTTTGAAC
CAAAGCAAAACAAATGACAGTAGTGATGTTGTTTTGGTCCGAAATGTTGGCTTCTAAGAA
ATAACTAGTCCCTAATTGTCTTGCCATGGCCATAATGCCTGACAATTACTGAACCCGAAC
CCTGATATTAAGTCTTTGGTTATCCTAGTATTGTAACAACAACACTCTGGAAGATAAAAC
ATTATGTAGTTGTTTTTTTGTGTTGTTTTATTTCTCTTCAAAAAAAATAAAAATTATCTG
GGTGTTGGTTATTTTGGTAAATAAAATAAATGTTCCTT

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 2

CO CL7288Contig1 758 2 11 U
TTGGATTCTGCCATTCGCGTGGAATCATGCACAGAGATGTGAAACCGCATAATGTTATGA
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TGGATTTAATGGATTATGACTATTCATTAGACCTGTGGAGTCTTGGCTGTATGTTCGCTG
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AAATCGCTAAGGTACTCGGTACAGACGAACTCAACACCTACCTAAACAGATACCGCATTG
AGTTGGACCCTAATCTTGCATCCCTCGTTGGGAGACATAGCCGCAAGCCATGGTCAAAGT
TCATCAATTCCGAAAACCAGCACTTGGCAGTTCCTGAGGCTGTTGATTTTGTGGACAAGT
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TCAACCCGATTAGAAATGCAGAAAGCAGTCGCACCACCCCGCGTGGCCAATGATCCTGTA
ACATTTGCTTGTTCAGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTCATTTTTATTTCCTCACAGGAATTC
TATTTGTTTTAAAAGTCGGTTTGCCATGTTTCTTTTTCTTAATTGTGCGTGTTGCTGTTT
TGACCTTTCTCAGTGTTTCCTTTGAATCTTGCATGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH32JQ C 1
AF RR1GP44TF U 11
BS 1 11 RR1CH32JQ
BS 12 67 RR1GP44TF
BS 68 68 RR1CH32JQ
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BS 656 737 RR1GP44TF
BS 738 758 RR1CH32JQ

RD RR1CH32JQ 758 0 0
TTGGATTCTGCCATTCGCGTGGAATCATGCACAGAGATGTGAAACCGCATAATGTTATGA
TTGATCACGAGCAACGGAAGCTACGCTTAATCGACTGGGGTTTGGCAGAGTTCTACCATC
CTGGGAAAGAATACAATGTTCGTGTTGCTTCAAGATACTTTAAAGGACCAGAGCTGCTGG
TGGATTTAATGGATTATGACTATTCATTAGACCTGTGGAGTCTTGGCTGTATGTTCGCTG
GAATGATATTCCGCAAGGAACCCTTCTTTTATGGTCATGACAACTATGATCAATTGGTCA
AAATCGCTAAGGTACTCGGTACAGACGAACTCAACACCTACCTAAACAGATACCGCATTG
AGTTGGACCCTAATCTTGCATCCCTCGTTGGGAGACATAGCCGCAAGCCATGGTCAAAGT
TCATCAATTCCGAAAACCAGCACTTGGCAGTTCCTGAGGCTGTTGATTTTGTGGACAAGT
TACTGAAATATGATCACCAAGAAAGGCCAACTGCTAAAGAAGCAATGGCACATCCGTATT
TCAACCCGATTAGAAATGCAGAAAGCAGTCGCACCACCCCGCGTGGCCAATGATCCTGTA
ACATTTGCTTGTTCAGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTCATTTTTATTTCCTCACAGGAATTC
TATTTGTTTTAAAAGTCGGTTTGCCATGTTTCTTTTTTTTAATTGTGCGTGTTGCTGTTT
TGACCTTTCTCAGTGTTTCCTTTGAATCTTGCATGATT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1GP44TF 727 0 0
G
CATTCGCGTGGAATCATGCACAGAGATGTGAAACCGCATAATGTTATGATTGATCATGAG
CAACGGAAGCTACGCTTAATCGACTGGGGTTTGGCAGAGTTCTACCATCCTGGGAAAGAA
TACAATGTTCGTGTTGCTTCAAGATACTTTAAAGGACCAGAGCTGCTGGTGGATTTAATG
GATTATGACTATTCATTAGACCTGTGGAGTCTTGGCTGTATGTTCGCTGGAATGATATTC
CGCAAGGAACCCTTCTTTTATGGTCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATCGCTAAG
GTACTCGGTACAGACGAACTCAACACCTACCTAAACAGATACCGCATTGAGTTGGACCCT
AATCTTGCATCCCTCGTTGGGAGACATAGCCGTAAGCCATGGTCAAAGTTCATCAATTCC
GAAAACCAGCACTTGGCAGTTCCTGAGGCTGTTGATTTTGTGGACAAGTTACTGAAATAT
GATCACCAAGAAAGGCCAACTGCTAAAGAAGCAATGGCACATCCGTATTTCAACCCGATT
AGAAATGCAGAAAGCAGTCGCACCACCCCGCGTGGCCAATGATCCTGTAACATTTGCTTG
TTCAGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTCATTTTTATT*CCTCACAG*AATTCTATTTGTTTTA
AAAGTCGGTTTGCCATGTTTCTTTTTCTTAATTGTGCGTGTTGCTGTTTTGACCTTTCTC
AGTGTT

QA 2 727 2 727
DS 



AS 1 2

CO CL7289Contig1 681 2 3 U
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TATCATTACATGATTTATACATATAGATAAAGAAGATGTGCATGCGTAGTAGTTTATTTG
CAGAATAGGTGACTGACAGCCTTCAGAGCACAAACTTTGTAGCATACATGTCGAATACCT
CAGATGATGTTAGAAGTGGCACCGGGGTCTCATCAGGGTTTGTGTAGTGCCCATCACTGG
CGAGGCGAGACTGAGCCTCTCGTATCGCAAAACACATGTGGTTAAGCAGGTGACCGTACG
TTGGCACTGTTCCAGCTGTTTTCACCGCCTTTATGAAGCTATAAGTCATGGCTCCTGCGT
TCTTCCCTGTGAATACAGGAGTGTAACCACTGGCTTCATGATCATCACACGCACTGAAAC
AAATAGCTGTTCCGCCATTTGTTCCTTTGTAAGTTCTCCCTGATGTTTGACGTTCCCACT
CATAATAACCATTCCTCTCCATCCTGCAAACAGAGGGTAAATCAAGGACAGTCCCGCTGT
TACATGCGTCGATGACAGCGTGTAGCTTAGCTCCATGGACGAGCGGCCTCACGAGTATCT
TGTTGATCTCATCATCTATGATTTTTCCTTCGGCTAGACATGACTGATATTTGTTTTCTC
TTTGTGCTTCTTCTGCTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY08JQ U 187
AF RR1FY08TF C 1
BS 1 186 RR1FY08TF
BS 187 567 RR1FY08JQ
BS 568 681 RR1FY08TF

RD RR1FY08JQ 381 0 0
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GAGACTGAGCCTCTCGTATCGCAAAACACATGTGGTTAAGCAGGTGACCGTACGTTGGCA
CTGTTCCAGCTGTTTTCACCGCCTTTATGAAGCTATAAGTCATGGCTCCTGCGTTCTTCC
CTGTGAATACAGGAGTGTAACCACTGGCTTCATGATCATCACACGCACTGAAACAAATAG
CTGTTCCGCCATTTGTTCCTTTGTAAGTTCTCCCTGATGTTTGACGTTCCCACTCATAAT
AACCATTCCTCTCCATCCTGCAAACAGAGGGTAAATCAAGGACAGTCCCGCTGTTACATG
CGTCGATGACAGCGTGTAGCT

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR1FY08TF 681 0 0
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TATCATTACATGATTTATACATATAGATAAAGAAGATGTGCATGCGTAGTAGTTTATTTG
CAGAATAGGTGACTGACAGCCTTCAGAGCACAAACTTTGTAGCATACATGTCGAATACCT
CAGATGATGTTAGAAGTGGCACCGGGGTCTCATCAGGGTTTGTGTAGTGCCCATCACTGG
CGAGGCGAGACTGAGCCTCTCGTATCGCAGAGCACATGTGGTTAAGCAGGTGACCGTACG
TTGGCACTGTTCCAGCTGTTTTCACCGCCTTTATGAAGCTATAAGTCATGGCTCCTGCGT
TCTTCCCTGTGAATACAGGAGTGTAACCACTGGCTTCATGATCATCACACGCACTGAAAC
AAATAGCTGTTCCGCCATTTGTTCCTTTGTAAGTTCTCCCTGATGTTTGACGTTCCCACT
CATAATAACCATTCCTCTCCATCCTGCAAACAGAGGGTAAATCAAGGACAGTCCCGCTGT
TACATGCGTCGATGACAGCGTGTAGCTTAGCTCCATGGACGAGCGGCCTCACGAGTATCT
TGTTGATCTCATCATCTATGATTTTTCCTTCGGCTAGACATGACTGATATTTGTTTTCTC
TTTGTGCTTCTTCTGCTACCC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL7290Contig1 595 2 2 U
GGGAGCTTTGATCTATCCTATCAATGGCGGATGGTAAACCGGACGAGCAGTTCTTCCAGC
TTCTTTCGGGTCTTCTCCAACAGGTTGAATCGTTGACGAATACAGAGGAAGTAGAATTAC
GTTCGAAGATCGAAGCACTCGGCTTAGAAGTCACCAAAGTGCCATCAAAGTCTTCTCAAC
CCCTCACTGAGGTGGAGATTGCTAATGAATTGGATAAGTTATCAGCCAAGCTTGACGATG
TTGATGAGATGATCTCCTCTGCTATTGCTTCTGATCCTCAAGTTCAGACCCTCCTTAGTG
GTACTGCTGATGTTTGGATGCCTGTTATCACTGCCAACACCCAAGAGAGGCTCAACTTCA
CTGCCTCAATCGGTGATGAAGATGATGGTAAGGATAAGGATGCTACTACCGATAAGGACA
AGAACAACAGCTCGTAAATCTTTCTTGCAGAGCATGTTTCTTATTGTTAAACTCAGTGTT
GTTCTGTCTTTTTTTATTTATGCAGTCTTGTTACTTTCTCGATTCAATGGGTCATCCCTC
AGATATTTGATGGTGGAGATTTATGCGAACTGAATACATCTGTTTATTTTATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CF73JQ C 1
AF RR1CF73TF U 48
BS 1 51 RR1CF73JQ
BS 52 595 RR1CF73TF

RD RR1CF73JQ 595 0 0
GGGAGCTTTGATCTATCCTATCAATGGCGGATGGTAAACCGGACGAGCAGTTCTTCCAGC
TTCTTTCGGGTCTTCTCCAACAGGTTGAATCGTTGACGAATACAGAGGAAGTAGAATTAC
GTTCGAAGATCGAAGCACTCGGCTTAGAAGTCACCAAAGTGCCATCAAAGTTTTCTCAAC
CCCTCACTGAGGTGGAGATTGCTAATGAATTGGATAAGTTATCAGCCAAGCTTGACGATG
TTGATGAGATGATCTCCTCTGCTATTGCTTCTGATCCTCAAGTTCAGACCCTCCTTAGTG
GTACTGCTGATGTTTGGATGCCTGTTATCACTGCCAACACCCAAGAGAGGCTCAACTTCA
CTGCCTCAATCGGTGATGAAGATGATGGTAAGGATAAGGATGCTACTACCGATAAGGACA
AGAACAACAGCTCGTAAATCTTTCTTGCAGAGCATGTTTCTTATTGTTAAACTCAGTGTT
GTTCTGTCTTTTTTTATTTATGCAGTCTTGTTACTTTCTCGATTCAATGGGTCATCCCTC
AGATATTTGATGGTGGAGATTTATGCGAACTGAATACATCTGTTTATTTTATACC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1CF73TF 548 0 0
CAGC
TCTTCCAGCTTCTTTCGGGTCTTCTCCAACAGGTTGAATCGTTGACGAATACAGAGGAAG
TAGAATTACGTTCGAAGATCGAAGCACTCGGCTTAGAAGTCACCAAAGTGCCATCAAAGT
CTTCTCAACCCCTCACTGAGGTGGAGATTGCTAATGAATTGGATAAGTTATCAGCCAAGC
TTGACGATGTTGATGAGATGATCTCCTCTGCTATTGCTTCTGATCCTCAAGTTCAGACCC
TCCTTAGTGGTACTGCTGATGTTTGGATGCCTGTTATCACTGCCAACACCCAAGAGAGGC
TCAACTTCACTGCCTCAATCGGTGATGAAGATGATGGTAAGGATAAGGATGCTACTACCG
ATAAGGACAAGAACAACAGCTCGTAAATCTTTCTTGCAGAGCATGTTTCTTATTGTTAAA
CTCAGTGTTGTTCTGTCTTTTTTTATTTATGCAGTCTTGTTACTTTCTCGATTCAATGGG
TCATCCCTCAGATATTTGATGGTGGAGATTTATGCGAACTGAATACATCTGTTTATTTTA
TACC

QA 5 548 5 548
DS 



AS 1 2

CO CL7291Contig1 934 2 2 U
CGCCGTCTTGTTCTCATATATACTCTTCGACTCGCTTCTCTTCTCGATCTCCGTTGCTTC
AGTTTCATAATCCATGGCTTTACCTAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGCT
CGTCATCGTTGGTGATGGAGGCACAGGGAAAACGACGTTTGTGAAGAGACATCTCACTGG
AGAGTTTGAGAAGAAATATGAACCCACCATTGGTGTTGAGGTTCACCCTCTAGACTTCTT
CACTAACTGTGGAAAGATCAGGTTTTACTGCTGGGATACTGCTGGACAAGAGAAGTTTGG
TGGTCTAAGGGATGGTTACTACATCCATGGGCAGTGTGCCGTCATCATGTTTGATGTCAC
AGCACGTCTGACATACAAGAATGTCCCTACATGGCACCGTGATCTTTGCAGGGTCTGTGA
AAACATCCCGATTGTTCTTTGTGGGAACAAAGTTGATGTGAAGAACAGGCAAGTGAAGGC
AAAGCAGGTGACATTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTATTACGAGATCTCTGCCAAGAG
CAACTACAATTTCGAGAAGCCATTCTTGTACCTTGCTAGAAAACTTGCCGGTGACCCTAA
CCTTCACTTTGTGGAATCACCTGCCCTTGCTCCTCCAGAAGTCCAGATTGACATGGCTGC
TCAGCAACAGCATGAGGCGGAGCTTGCAGCGGCAGCAAGTCAGCCACTCCCTGATGACGA
TGATGACACCTTCGAGTAGGGAGAGAGAGAGAGAGTTCCGCAGTATGTGATTCCGTCACA
AGTATTATCATTTCTTTTTTTTTTTTGATGGTGCTACTTTTATTTGTGTGTTCAAAATAT
GAATTTTAAAAATCGAGGTTTGCTTAGTATTTTCCCGTTTAAGTCCCCACCTTTTAATTC
TAGTTATGAAAACTATAAAATTTCATAATTTGGG


BQ
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AF RR1B114TF U 1
AF RR1B114JQ C 29
BS 1 737 RR1B114TF
BS 738 934 RR1B114JQ

RD RR1B114TF 737 0 0
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AGTTTCATAATCCATGGCTTTACCTAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGCT
CGTCATCGTTGGTGATGGAGGCACAGGGAAAACGACGTTTGTGAAGAGACATCTCACTGG
AGAGTTTGAGAAGAAATATGAACCCACCATTGGTGTTGAGGTTCACCCTCTAGACTTCTT
CACTAACTGTGGAAAGATCAGGTTTTACTGCTGGGATACTGCTGGACAAGAGAAGTTTGG
TGGTCTAAGGGATGGTTACTACATCCATGGGCAGTGTGCCGTCATCATGTTTGATGTCAC
AGCACGTCTGACATACAAGAATGTCCCTACATGGCACCGTGATCTTTGCAGGGTCTGTGA
AAACATCCCGATTGTTCTTTGTGGGAACAAAGTTGATGTGAAGAACAGGCAAGTGAAGGC
AAAGCAGGTGACATTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTATTACGAGATCTCTGCCAAGAG
CAACTACAATTTCGAGAAGCCATTCTTGTACCTTGCTAGAAAACTTGCCGGTGACCCTAA
CCTTCACTTTGTGGAATCACCTGCCCTTGCTCCTCCAGAAGTCCAGATTGACATGGCTGC
TCAGCAACAGCATGAGGCGGAGCTTGCAGCGGCAGCAAGTCAGCCACTCCCTGATGACGA
TGATGACACCTTCGAGT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1B114JQ 906 0 0
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CAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCATCGTTGGTGATGGAGGCACAGGG
AAAACGACGTTTGTGAAGAGACATCTCACTGGAGAGTTTGAGAAGAAATATGAACCCACC
ATTGGTGTTGAGGTTCACCCTCTAGACTTCTTCACTAACTGTGGAAAGATCAGGTTTTAC
TGCTGGGATACTGCTGGACAAGAGAAGTTTGGTGGTCTAAGGGATGGTTACTACATCCAT
GGGCAGTGTGCCGTCATCATGTTTGATGTCACAGCACGTCTGACATACAAGAATGTCCCT
ACATGGCACCGTGATCTTTGCAGGGTCTGTGAAAACATCCCGATTGTTCTTTGTGGGAAC
AAAGTTGATGTGAAGAACAGGCAAGTGAAGGCAAAGCAGGTGACATTCCACAGGAAGAAG
AATCTCCAGTATTACGAGATTTCTGCCAAGAGCAACTACAATTTCGAGAAGCCATTCTTG
TACCTTGCTAGAAAACTTGCCGGTGACCCTAACCTTCACTTTGTGGAATCACCTGCCCTT
GCTCCTCCAGAAGTCCAGATTGACATGGCTGCTCAGCAACAGCATGAGGCGGAGCTTGCA
GCGGCAGCAAGTCAGCCACTCCCTGATGACGATGATGACACCTTCGAGTAGGGAGAGAGA
GAGAGAGTTCCGCAGTATGTGATTCCGTCACAAGTATTATCATTTCTTTTTTTTTTTTGA
TGGTGCTACTTTTATTTGTGTGTTCAAAATATGAATTTTAAAAATCGAGGTTTGCTTAGT
ATTTTCCCGTTTAAGTCCCCACCTTTTAATTCTAGTTATGAAAACTATAAAATTTCATAA
TTTGGG

QA 1 906 1 906
DS 



AS 1 2

CO CL7292Contig1 775 2 5 U
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TCGCATCAGGCAGATTTTTGGACAGCATGAATGTCCGAACCACCACCACCACCACCACTG
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AGAGACTGTTCCGATACACCGTTTTGCCCGGACTCCCCGAGGCTGAGCTTAAACATGCCA
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AF RR1GW25JQ U 32
AF RR1GW25TF C 1
BS 1 31 RR1GW25TF
BS 32 167 RR1GW25JQ
BS 168 168 RR1GW25TF
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RD RR1GW25JQ 419 0 0
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AAGACGAACCACCAACGAGTTTCAACGAAAGAGACTGTTCCGATACACCGTTTTGCCCGG
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TCGAGTGCACAGCTGTTGGCCTGAGGATCTCGTGAGTCTCTTCCTTGGCCGGCTCGGTGA
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QA 1 419 1 419
DS 

RD RR1GW25TF 775 0 0
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TCGCATCAGGCAGATTTTTGGACAGCATGAATGTCCGAACCACCACCACCACCACCACTG
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AGAGACTGTTCCGATACACCGTTTTGCCCGGACTCCCCGAGGCTGAGCTTAGACATGCCA
AGAAGCTGATCAACATTAATCGGGGCTGCTTTCGAGTGCACAGCTGTTGGCCTGAGGATC
TCGTGAGTCTCTTCCTTGGCCGGCTCGGTGACGTAGGCAGCAGGCCATACCGGGAAGGGG
AATGAGTAGAATGGTGAGAAGTAAGTCGGGTACAGCACTGGGAATGAACCAGGTGGTGGT
TGTACTTGTAGCAGGGTTTGGATGGTGTCTTCTGGTGTGAAAGAAGAAGAAGAAGCTGTT
ACTGTCGGCGGCTCCTCAGCACTAGAGTTGGTGGATTTCATGGATTCACATTCCTCTGTT
TCCGGGATCAGTGGCGCTGGAACAGAGTCAGTGCTCTGTATTTGTGTTTCCATAGGAACG
TCCTCGGCTTGCTGTTCTTGAGAAGAATCCACCATAACGTCTGTTAACTCATCAGGAATC
ATATCAAAGAGACTAGAACGTCGATTGCGGCGAGACACATTAGACTGTCTGATGC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL7293Contig1 1116 2 2 U
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TTTGTATGCTGCGGTTATCTTTGTGGGAATCAACAATTGTTCCACGGTACAGCCGATGGT
GGCAGTGGAGAGGACTGTGTTCTACAGGGAAAGAGCAGCAGGAATGTACTCAGCTATGCC
ATACGCCATCTCCCAAGTCACCTGTGAGCTTCCGTATGTGCTGATTCAGACCACTTACTA
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CCTCTTTTCGGGCTTCTTTATCCCACGACCAAGAATCCCCAAGTGGTGGATATGGTACTA
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GGACAATTACGGGTTCGAGTCTGACTTTATGGGACCAGTAGCTGCCGTCCTAGTTGCATT
CACCGTCTTTTTTGCCTTCATCTTTGCCTTCTGCATAAGAACTCTCAACTTCCAGACCAG
ATAAAACCCTTTCAAAATCTCGTTCCTTCTTTCATTTTCTCTGTACCCTTGTGATTGATA
TATGCATTTGCTCTCTTTTCTTACTATGTATTCTAGAGTCATAAGGATTTGTTTTTAATA
ATTTGATTAAATACCTCATGTAGTCGTATAGATGAT


BQ
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ATC

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QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

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BQ
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TGGCGATCAGGTTGAGAAATCTGATGTTGGAAACACACAACAGAAGCCAACAGAATCCAC
TAGACAAGAAGAAGAAGAAAAAGAGGAGAGGAAGGAGAAGAAAATGAAGAAAGGAGTTGA
AACAGATGCGAAGAAGCCTAAACGAGAAAGATTGGAGGCTTTCAGCAAAAGACTCCGGCT
TTGCATCATAAAGCGAGTTAACCATGGAAGACATCGTTTTTCGCAACCTTAACAAACATA
AGCTCAAGAAAATACTCTAATATATTTGTTGTATACATCTTCTCTGCATCTTGTCATGTA
CAACATGGAGCCCAATCACATCTGTACTACTGTATCGATTGCAAATGAACTACATTTCCC
TCCCTAATCATATCCTTAGATACGC

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL7295Contig1 779 2 5 U
CTCAAAGTTTGGTTATACTTTTCTTTCTTTGTCATATATTGTAATAAGGAAATAAAATTA
CATTAAAAACACAGGAATAATTCACAAGATGGAGAGATCAAAAACCAAAATTTCATCCTA
AACTTGAAAAAAAGCAGCAAAAATGATTGGGAGTTGGTCAGCTATGGGAGGGAGTTACAT
GACAATACGGAGGACGGCAAGACCAACGGCTGAAATGGAGACAAGTGTACCGATACAATA
CTTGATCACCTCGTACTTGGCCGCTTCCAGTTGCCCTCTCAAAGTGTGAATCTCACGATC
AAACTTGTTTGTAAGGTTAAAGGTTTCGGAATTTTGATTTGTCAGCTCATCTCTTATCCT
CCCTTTTTCGAGATTCAGGTCCAACCGTTGTCCTGCAGTGACTTTATCTATCTCATGCCT
TATATCAGTGCGGATTCGCTCAATGTCATTGCGGAGTTTCTCATTCTCGTGTTGCAGCAA
AGAGAAATGGTGGTCCAGTGAGCTGTTGATTTCACTTTTGAACTTGGATAAGTTCGATTC
CTGTGTCATTTCAGCCTTCTGCATCTCTCCCTTGCAAACAACCAACTGAGAAACAACTCC
TAAGCTATCATTCAGAACTTCAGTTATAGCACCAGTTATTGCCTCTGCTTGCTTTGAAGG
TAGTCCTTGTGCTTCTAAGCTCCTAACCTGACAAATCAGATAACCAATAATCTCCTTTGA
ATTAGACTCTAAAAAGAAAATATCTAAAACATATCGACCAGAAGCATGTGCATTGGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F925JQ U 92
AF RR1F925TF C 1
BS 1 91 RR1F925TF
BS 92 197 RR1F925JQ
BS 198 198 RR1F925TF
BS 199 368 RR1F925JQ
BS 369 779 RR1F925TF

RD RR1F925JQ 277 0 0
GAGAGATCAAAAACCAAAATTTCATCCTAAACTTGAAAAAAAGCAGCAAAAATGATTGGG
AGTTGGTCAGCTATGGGAGGGAGTTACATGACAATACGGAGGACGGGAAGACCAACGGCT
GAAATGGAGACAAGTGTACCGATACAATACTTGATCACCTCGTACTTGGCCGCTTCCAGT
TGCCCTCTCAAAGTGTGAATCTCACGATCAAACTTGTTTGTAAGGTTAAAGGTTTCGGAA
TTTTGATTTGTCAGCTCATCTCTTATCCTCCCTTTTT

QA 1 277 1 277
DS 

RD RR1F925TF 779 0 0
CTCAAAGTTTGGTTATACTTTTCTTTCTTTGTCATATATTGTAATAAGGAAATAAAATTA
CATTAAAAACACAGGAATAATTCACAAGATGGAGAGATCAGAGACCAAGATTTCATCCTA
GACTTGAAAAAAAGCAGCAAAGATGATTGGGAGTTGGTCAGCTATGGGAGGGAGTTACAT
GACAATACGGAGGACGGCAAGACCAACGGCTGAGATGGAGACAAGTGTACCGATACAATA
CTTGATCACCTCGTACTTGGCCGCTTCCAGTTGCGCTCTCAAAGTGTGAATCTCACGATC
AAGCTTGTTTGTAAGGTTAGAGGTTTCGGAGTTTTGATTTGTCAGCTCATCTCTTATCCT
CCCTTTTTCGAGATTCAGGTCCAACCGTTGTCCTGCAGTGACTTTATCTATCTCATGCCT
TATATCAGTGCGGATTCGCTCAATGTCATTGCGGAGTTTCTCATTCTCGTGTTGCAGCAA
AGAGAAATGGTGGTCCAGTGAGCTGTTGATTTCACTTTTGAACTTGGATAAGTTCGATTC
CTGTGTCATTTCAGCCTTCTGCATCTCTCCCTTGCAAACAACCAACTGAGAAACAACTCC
TAAGCTATCATTCAGAACTTCAGTTATAGCACCAGTTATTGCCTCTGCTTGCTTTGAAGG
TAGTCCTTGTGCTTCTAAGCTCCTAACCTGACAAATCAGATAACCAATAATCTCCTTTGA
ATTAGACTCTAAAAAGAAAATATCTAAAACATATCGACCAGAAGCATGTGCATTGGATC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL7296Contig1 947 2 8 U
GGATAGATACAAAAGGAGCCAATCTTTAACCCTTCTTCGTCATCTTCCTACTCCAACATC
TCCTGCTCATCGCCGGTTTGTGATTCCCAAAGTCGCCGTAAATATTGCTCGGCTTCCAGC
TGCGCCTACCTTATCGGCTACGGCGATAACTCGTCCACCTCCGGATTCCTCGCCAAGGAG
AAATTTACGTTAACGGACACAGATGTCTTCGACAGTGTTAACTTTGGCTGTGGTCAGAAC
AATTCTGGATTTTTAGGAGGTATTGCCGGACTTCTCGGTCTTGGCCGCGGAAAATTCTCG
TTTCCGTCGCAGACGGCGATGACCTACAACAATATATTCTCCTACTGCCTCCCTTCTTCC
CCAATGTACACTGGCCATCTCACTTTCGGATCCGCTGGATTATCTAACTCCGTCAAATAC
ACTTTGGTTTCTACAGTCCGTGAGAGCGCATCTTTTTATGGCCTTGATATCGTTGGTATC
TCTGTCTACGACAAGGAACTGGAGATACCTGTAACCATGTTCTCTACTCCCGGTGCTATA
ATCGACTCCGGTACCGTGATTACTCGCCTTCCTCCACAGGCCTACGCGGCACTTCGAACC
GCGTTCAAGGAGAAGATGTCGAATTATAAGACTGCGCCGGGACGATCGCTATTTGACACG
TGCTACGATTTCACTGGCTTGGAGTCTGTGGGAATCCCTAAAGTCTCCTTCTCTTTCAAA
GGCGGCACCGTCTTGGAACTTGACTTTAAAGGGGTCTTGTACGTGTATGATGTGTCGCAG
GTTTTTTTGCGTTTGCAGGGAATAGCAACGATCATGACATTGCTATTTTCGGGAACGTTC
AGCAAAGGACAATGCAAGTTGTGTACGACGGTCCGGGTGGTCGGGTCGGGTTTGCTCCCA
ATGGTTGTATGTAGTTGATGACAAACAAAAGTAAAACTGTTTAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EI78TF U 1
AF RR1EI78JQ C 193
BS 1 721 RR1EI78TF
BS 722 722 RR1EI78JQ
BS 723 733 RR1EI78TF
BS 734 734 RR1EI78JQ
BS 735 753 RR1EI78TF
BS 754 754 RR1EI78JQ
BS 755 780 RR1EI78TF
BS 781 947 RR1EI78JQ

RD RR1EI78TF 780 0 0
GGATAGATACAAAAGGAGCCAATCTTTAACCCTTCTTCGTCATCTTCCTACTCCAACATC
TCCTGCTCATCGCCGGTTTGTGATTCCCAAAGTCGCCGTAAATATTGCTCGGCTTCCAGC
TGCGCCTACCTTATCGGCTACGGCGATAACTCGTCCACCTCCGGATTCCTCGCCAAGGAG
AAATTTACGTTAACGGACACAGATGTCTTCGACAGTGTTAACTTTGGCTGTGGTCAGAAC
AATTCTGGATTTTTAGGAGGTATTGCCGGACTTCTCGGTCTTGGCCGCGGAAAATTCTCG
TTTCCGTCGCAGACGGCGATGACCTACAACAATATATTCTCCTACTGCCTCCCTTCTTCC
CCAATGTACACTGGCCATCTCACTTTCGGATCCGCTGGATTATCTAACTCCGTCAAATAC
ACTTTGGTTTCTACAGTCCGTGAGAGCGCATCTTTTTATGGCCTTGATATCGTTGGTATC
TCTGTCTACGACAAGGAACTGGAGATACCTGTAACCATGTTCTCTACTCCCGGTGCTATA
ATCGACTCCGGTACCGTGATTACTCGCCTTCCTCCACAGGCCTACGCGGCACTTCGAACC
GCGTTCAAGGAGAAGATGTCGAATTATAAGACTGCGCCGGGACGATCGCTATTTGACACG
TGCTACGATTTCACTGGCTTGGAGTCTGTGGGAATCCCTAAAGTCTCCTTCTCTTTCAAA
G*CGGCACCGTCT*GGAACTTGACTTTAAAGGG*TCTTGTACGTGTATGATGTGTCGCAG

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1EI78JQ 755 0 0
ACGGACACAGATGTCTTCGACAGTGTTAACTTTGGCTGTGGTCAGAACAATTCTGGATTT
TTAGGAGGTATTGCCGGACTTCTCGGTCTTGGCCGCGGAAAATTCTCGTTTCCGTCGCAG
ACGGCGATGACCTACAACAATATATTCTCCTACTGCCTCCCTTCTTCCCCAATGTACACT
GGCCATCTCACTTTCGGATCCGCTGGATTATCTAACTCCGTCAAATACACTTTGGTTTCT
ACAGTCCGTGAGAGCGCATCTTTTTATGGCCTTGATATCGTTGGTATCTCTGTCTACGAC
AAGGAACTGGAGATACCTGTAACCATGTTCTCTACTCCCGGTGCTATAATCGACTCCGGT
ACCGTGATTACTCGCCTTCCTCCACAGGCCTACGCGGCACTTCGAACCGCGTTCAAGGAG
AAGATGTCGAATTATAAGACTGCGCCGGGACGATCGCTATTTGACACGTGCTACGATTTC
ACTGGCTTGGAGTCTGTGGGAATCCCTAAAGTCTCCTTCTCTTTCAAAGGCGGCACCGTC
TTGGAACTTGACTTTAAAGGGGTCTTGTACGTGTATGATGTGTCGCAGGTTTTTTTGCGT
TTGCAGGGAATAGCAACGATCATGACATTGCTATTTTCGGGAACGTTCAGCAAAGGACAA
TGCAAGTTGTGTACGACGGTCCGGGTGGTCGGGTCGGGTTTGCTCCCAATGGTTGTATGT
AGTTGATGACAAACAAAAGTAAAACTGTTTAGTTT

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL7297Contig1 741 2 6 U
GGGCTGCTGCGCTCCTCTTCCTTGATTCCACTCTCTTGCCTCGTCCTTCTTCTTCTTCTT
CCGATCTCAAACTTTCACGGATCCGTCGAAGCGGCGGGGAAGCGACGGATCGAGATCACC
GACGATCTAGACGACGTTGAAGACAACGAAGAAGACGAAACATTGAAGCAGTGGGGGAGT
AAAGCAGCGACGCCTGAGTTCGACCCGCCTCCGGATTTCTCCAACATGGGATTCGATCAG
ATCCAAGAGGAGATGGCTAAGCGTACTTTCGGACCGGTCGTCGGATTCGTCAAGCTCCGG
TTAGGCGTCCAACGTTCTAAGGATATGGTGGTGGAGATTGCAATGAAATGGACGAAAGTG
CTGAGAACTGGTGGGTTAGGAGTGAGATTCATGGCTGTGGACCGAAGCACGGTGATGTTC
AATATGCAGAACGGGAAGGAAGTGACTGAGCTAAGGGAGTTCGTGTTGAGTCAAGAAGAG
GCTTACGAGGTCAAGATAGGGAAGCAAGAGTTTCGACGACCTGGAGATCCCCCGCTTGAT
GATGTTGTTGAGAAACTTAAGGCGAAGCAGAGCAAGGGTGATGAAGATGGTGATAGTGAT
AACAAGGAGGGTGTTACCAAGGATGAACTATAGGAAAGCTTTTGTAATTCTGGGAACCAA
GTTTATGTATGAGACTGAAAGTTCAAACTCTTTAGCTTGACATCTTAGAATACAATAAAG
AAGGAAGACATGTTTTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1BL27TF U 1
AF RR1BL27JQ C 25
BS 1 709 RR1BL27TF
BS 710 710 RR1BL27JQ
BS 711 723 RR1BL27TF
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BS 725 739 RR1BL27TF
BS 740 741 RR1BL27JQ

RD RR1BL27TF 740 0 0
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CCGATCTCAAACTTTCACGGATCCGTCGAAGCGGCGGGGAAGCGACGGATCGAGATCACC
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AAAGCAGCGACGCCTGAGTTCGACCCGCCTCCGGATTTCTCCAACATGGGATTCGATCAG
ATCCAAGAGGAGATGGCTAAGCGTACTTTCGGACCGGTCGTCGGATTCGTCAAGCTCCGG
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CTGAGAACTGGTGGGTTAGGAGTGAGATTCATGGCTGTGGACCGAAGCACGGTGATGTTC
AATATGCAGAACGGGAAGGAAGTGACTGAGCTAAGGGAGTTCGTGTTGAGTCAAGAAGAG
GCTTACGAGGTCAAGATAGGGAAGCAAGAGTTTCGACGACCTGGAGATCCCCCGCTTGAT
GATGTTGTTGAGAAACTTAAGGCGAAGCAGAGCAAGGGTGATGAAGATGGTGATAGTGAT
AACAAGGAGGGTGTTACCAAGGATGAACTATAGGAAAGCTTTTGTAATTCTGGGAACCAA
GTTTATGTATGAGACTGAAAGTTCAAACTCTTTAGCTTGACATCTTAGA*TACAATAAAG
AAG*AAGACATGTTTTTTT
C

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1BL27JQ 717 0 0
ATTCCACTCTCTTGCCTCGTCCTTCTTCTTCTTCTTCCGATCTCAAACTTTCACGGATCC
GTCGAAGCGGCGGGGAAGCGACGGATCGAGATCACCGACGATCTAGACGACGTTGAAGAC
AACGAAGAAGACGAAACATTGAAGCAGTGGGGGAGTAAAGCAGCGACGCCTGAGTTCGAC
CCGCCTCCGGATTTCTCCAACATGGGATTCGATCAGATCCAAGAGGAGATGGCTAAGCGT
ACTTTCGGACCGGTCGTCGGATTCGTCAAGCTCCGGTTAGGCGTCCAACGTTCTAAGGAT
ATGGTGGTGGAGATTGCAATGAAATGGACGAAAGTGCTGAGAACTGGTGGGTTAGGAGTG
AGATTCATGGCTGTGGACCGAAGCACGGTGATGTTCAATATGCAGAACGGGAAGGAAGTG
ACTGAGCTAAGGGAGTTCGTGTTGAGTCAAGAAGAGGCTTACGAGGTCAAGATAGGGAAG
CAAGAGTTTCGACGACCTGGAGATCCCCCGCTTGATGATGTTGTTGAGAAACTTAAGGCG
AAGCAGAGCAAGGGTGATGAAGATGGTGATAGTGATAACAAGGAGGGTGTTACCAAGGAT
GAACTATAGGAAAGCTTTTGTAATTCTGGGAACCAAGTTTATGTATGAGACTGAAAGTTC
AAACTCTTTAGCTTGACATCTTAGAATACAATAAAGAAGGAAGACATGTTTTTTTTC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL7298Contig1 894 2 2 U
GGAGTCGGGTTGGGCAAAACCTAACAAGAAAAGGGAATAAAAACAAAGACATATCTGATC
AACCCGACCCACTTTAACCTCTTTGTTGGCCGCGTAACTTGTTCGCACGCGGCCATCTCA
CAAAGAACATACATTAAAATAAAACCACAAGAACCAAGAAAGAAGAACCCTAGTTTGCAG
ACACAAGGCACATCTCCATAACACATTACCTTTATACACACGGCAAGTGATATATATGCA
AAATGGTGAGGATAAGAGAAAACCTTACATGGTCAGTCTCAACGCCTGCACTTCGGGAGG
TCAGAACGACAGCAACAACGCCGGTGGCTTCACAAAAACCAAAATAACGGTTAACAAAAC
AACTATCTATGTGTGAGTCACCACGAGACATTGCTTGGGAAAGAAGGAAACGTCAGATGA
TAATGATTCAAGAGAAGAAGATGCGCGTTTCAGAAAATCTTAGCGAACAGAAGAAACTAA
CCGATGAGGATTTGAACGAGCTTAAAGGATCCATTGAGCTAGGTTTCGGTTTTAAAGAAG
AAGCAGGACAAAAGCTCTGTAATACATTACCAGCTCTTGATCTTTACTTTGCAGTGAATC
GTCAGCTGTCTCCTCTCCCTTCACCTAGCAGCAGCCGTAGCAGCAGCGCATGCGCATCAG
CTTTCTCGATGAGCATACCTTGTAGCCCTAAGAAAACTGATTCAGATTCATTAAAGATCG
TGTGTCCAGGGGACAATCCTCAACAAGTGAAACAGAGATTGAGACATTGGGCACAAGCAG
TTGCATGTTCAGTGATGCAGACTTATTGATAAGTGTATATGTGATCTTCTTTTGAGAGAT
ATATAGGATGTAAAAGAATCCTTTTATGGCTGTGTATATACTTTGTGTAAAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G513TF U 1
AF RR1G513JQ C 617
BS 1 725 RR1G513TF
BS 726 894 RR1G513JQ

RD RR1G513TF 725 0 0
GGAGTCGGGTTGGGCAAAACCTAACAAGAAAAGGGAATAAAAACAAAGACATATCTGATC
AACCCGACCCACTTTAACCTCTTTGTTGGCCGCGTAACTTGTTCGCACGCGGCCATCTCA
CAAAGAACATACATTAAAATAAAACCACAAGAACCAAGAAAGAAGAACCCTAGTTTGCAG
ACACAAGGCACATCTCCATAACACATTACCTTTATACACACGGCAAGTGATATATATGCA
AAATGGTGAGGATAAGAGAAAACCTTACATGGTCAGTCTCAACGCCTGCACTTCGGGAGG
TCAGAACGACAGCAACAACGCCGGTGGCTTCACAAAAACCAAAATAACGGTTAACAAAAC
AACTATCTATGTGTGAGTCACCACGAGACATTGCTTGGGAAAGAAGGAAACGTCAGATGA
TAATGATTCAAGAGAAGAAGATGCGCGTTTCAGAAAATCTTAGCGAACAGAAGAAACTAA
CCGATGAGGATTTGAACGAGCTTAAAGGATCCATTGAGCTAGGTTTCGGTTTTAAAGAAG
AAGCAGGACAAAAGCTCTGTAATACATTACCAGCTCTTGATCTTTACTTTGCAGTGAATC
GTCAGCTGTCTCCTCTCCCTTCACCTAGCAGCAGCCGTAGCAGCAGCGCATGCGCATCAG
CTTTCTCGATGAGCATACCTTGTAGCCCTAAGAAAACTGATTCAGATTCATTAAAGATCG
TGTGT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1G513JQ 278 0 0
CCCTTCACCTAGCAGCAGCCGTAGCAGCAGCGCATGCGCATCAGCTTTCTCGATGAGCAT
ACCTTGTAGCCCTAAGAAAACTGATTCAGATTCATTAAAGATCGTGTGTCCAGGGGACAA
TCCTCAACAAGTGAAACAGAGATTGAGACATTGGGCACAAGCAGTTGCATGTTCAGTGAT
GCAGACTTATTGATAAGTGTATATGTGATCTTCTTTTGAGAGATATATAGGATGTAAAAG
AATCCTTTTATGGCTGTGTATATACTTTGTGTAAAGGG

QA 1 278 1 278
DS 



AS 1 2

CO CL7299Contig1 712 2 1 U
GGCCGTAAAGTCCCGCTCTTTTCCTTTCTCTATCTTCATCACCAGCTTCTGTAAATCCCC
CAGTCTATCTGAGATTCAAAGAGGAAAGAAAAAAAAAAATGCAGGAGCAAACGACTAGCT
CTTTACCTGCGAGCTCTCTACCATCAAGCAGCGAGAGATCATCAAGCTCTGCTCCTCATT
TGGAGATCAAAGAAGGAATTGAAAGCGATGAGGAGATACGGAGAGTTCCGGAATTTGGAG
GAGAAGGTACCGGAAAGGAAATCTCCGGACGGGAATCTGGATCGGGGACCGGTCAGGACC
AGACACAGATAACGGTCGGAGGAGGAGAGGGTCAAAGGAAGCGAGGGAGGACTCCGGCTG
AGAAAGAGACCAAGCGGCTTAAGAGGTTGTTGAGGAACAGAGTTTCAGCACAGCAAGCAA
GAGAGAGGAAAAAAGCTTACTTGGGTGAGTTGGAAAACAGAGTGAAAGACTTGGAGAACA
GAAACTCTGAACTTGAAGAGAGACTCTCTACTTTGCAGAACGAGAACCAGATGCTTAGAC
AAATCCTGAAGAACACAACAGGAAACAAGAGAGGAGGCGGTGGTTCTAATGCTGATGCAA
GCCTTTGACATCCTCGTTCTTGTGCTATTTATGTTGATAAATTTTACAGGGAATTGTACT
AATAAATATTTACATTACATGGTATGAGACTTGCGAGTTCTCTTGTAGTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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ATTTACATTACATGGTATGAGACTTGCGAGTTCTCTTGTAGTAGT

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DS 



AS 1 2

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GATGTTATTTCAAGATTTGAGTTATTCGCATGAGAAACAAAGCAGAAATTTATTTAAAGA
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ATTTGCATCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E681TF U 1
AF RR1E681JQ C 464
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QA 1 768 1 768
DS 

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GTTGGCTCTCGCTGGTTGATGTTATTTCAAGATTTGAGTTATTCGCATGAGAAACAAAGC
AGAAATTTATTTAAAGAGTAATTTAAGTTATATAGTAAAAACGATTAGAATTACAGTATT
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GTTTACTTCTGTCTTAATAGTAGACTTAAAAATGTCCTTGATCAAGTACTATATTCTTAA
AAATAAGAAGTTTGATGTTTGTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTTAAAGGCATTAGTTTGATG
TTTGTTTTTAAATGAATATTTGCATCTC

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL7301Contig1 699 2 1 U
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ACTACCCACCTTGTCCACAACCTGACCTAACTTTGGGAATAAATAAACACACCGATAACT
CTTTCCTTACGCTTCCTCTTCAAGACCAAATTGGTGGTCTCCAAGTTCTTCATAAAGATT
ATTGGGTCGATGTAACCCCTGTTCATGGAGCTATTGTTGTCAATATGGGTGATTTCATGC
AGGCAAGTCCCTCAATCGATGAATTCTTCTTAAAGAACTAGAAGAATATTATTGTTACAC
TTTTTGGCATTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGCAGCTGATAACGAATGATAAGTTCT
TAAGTGTGTAACATAGGGTACGTGCGAACATAGATGGACCACGGATTTCAGTTGCATGTT
TCTTTAGCTCGAGTCTGTTTCCAAATGCCACGGTTTATGGACCGATCAAAGAGCTTTTGT
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GTAAAACGATTCACACATTATTTATTTATTTAGTTCTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BW02JQ C 1
AF RR1BW02TF U 1
BS 1 699 RR1BW02TF

RD RR1BW02JQ 699 0 0
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QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1BW02TF 699 0 0
GGGACTCTGATGTACTTAAGAGGATGGATTGTCTCAAGGGTTTGTTTATGCTCTGCCACT
ACTACCCACCTTGTCCACAACCTGACCTAACTTTGGGAATAAATAAACACACCGATAACT
CTTTCCTTACGCTTCCTCTTCAAGACCAAATTGGTGGTCTCCAAGTTCTTCATAAAGATT
ATTGGGTCGATGTAACCCCTGTTCATGGAGCTATTGTTGTCAATATGGGTGATTTCATGC
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TAAGTGTGTAACATAGGGTACGTGCGAACATAGATGGACCACGGATTTCAGTTGCATGTT
TCTTTAGCTCGAGTCTGTTTCCAAATGCCACGGTTTATGGACCGATCAAAGAGCTTTTGT
CTGATGAAAGTCCTGCAAAGTACATAGGTATCACCATACCAGAGTATACCGCAGGTTACC
TTGCCAGCGGCTTCGATGGGAGATCACATTTGTCTAAATATAGGATATGAAAAAAAAGAG
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GTAAAACGATTCACACATTATTTATTTATTTAGTTCTAC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL7302Contig1 706 2 1 U
GGACGTTTCTGAAAGATTTACTCGGCTTTATTTATTTCCTTGTTGTTTAATTTATCGATT
TTCTATTTTATCTTTCATTGATATGAAAAGAGCTGGAAAAAATATGGCCCAAGATTAAAA
AGGTGGTCGAAAATCGCTAAACACCTTTCAGGAAGAACCGACAACGAAATCAAGAATTTC
TGGAGGACAAGAATCCAAAAATACATTAAACAAACCGATGTGACAGCAACAACAACGTCC
TCCGTTGGATCTCATCACAGCTCAGAAATCAACGATCAAGCTGCAAGTACGTCGAACCAT
AATGTTTTTTGTACACAAGATCAAGCGATGGAGACATATTCTCCTTCAACTACGTCCTAT
CAACATACCAACATGGATTTCAACTATAGTAACTACTCTGCGGCTGCGGCTACTGGGACT
GCGACTGCAACGGCAGATTATTCAATTCCAATGACTGTTGATGATCAAACCGGTGAAAAC
TATTGGGGCATGGATGATATTTGGTCATCAATGCATTTACTCAATGGTAATTGATTAGTC
AAAGATGGATCAGAAATATGGAATATTACTTTGAGATTTGTGATTTTTAGGATTACTGTA
ATTAGTAAGTGACATGTATATGGTTTTTGCCTCGTTGCTTAGAGGTTTGGGGATATAATT
TATATGTAATATTAATGATCTAAATCCTTGATATATATTTGAACTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BG57JQ C 1
AF RR1BG57TF U 1
BS 1 706 RR1BG57TF

RD RR1BG57JQ 706 0 0
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AGGTGGTCGAAAATCGCTAAACACCTTTCAGGAAGAACCGACAACGAAATCAAGAATTTC
TGGAGGACAAGAATCCAAAAATACATTAAACAAACCGATGTGACAGCAACAACAACGTCC
TCCGTTGGATCTCATCACAGCTCAGAAATCAACGATCAAGCTGCAAGTACGTCGAACCAT
AATGTTTTTTGTACACAAGATCAAGCGATGGAGACATATTCTCCTTCAACTACGTCCTAT
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AAAGATGGATCAGAAATATGGAATATTACTTTGAGATTTGTGATTTTTAGGATTACTGTA
ATTAGTAAGTGACATGTATATGGTTTTTGCCTCGTTGCTTAGAGGTTTGGGGATATAATT
TATATGTAATATTAATGATCTAAATCCTTGATATATATTTGAACTC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1BG57TF 706 0 0
GGACGTTTCTGAAAGATTTACTCGGCTTTATTTATTTCCTTGTTGTTTAATTTATCGATT
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AGGTGGTCGAAAATCGCTAAACACCTTTCAGGAAGAACCGACAACGAAATCAAGAATTTC
TGGAGGACAAGAATCCAAAAATACATTAAACAAACCGATGTGACAGCAACAACAACGTCC
TCCGTTGGATCTCATCACAGCTCAGAAATCAACGATCAAGCTGCAAGTACGTCGAACCAT
AATGTTTTTTGTACACAAGATCAAGCGATGGAGACATATTCTCCTTCAACTACGTCCTAT
CAACATACCAACATGGATTTCAACTATAGTAACTACTCTGCGGCTGCGGCTACTGGGACT
GCGACTGCAACGGCAGATTATTCAATTCCAATGACTGTTGATGATCAAACCGGTGAAAAC
TATTGGGGCATGGATGATATTTGGTCATCAATGCATTTACTCAATGGTAATTGATTAGTC
AAAGATGGATCAGAAATATGGAATATTACTTTGAGATTTGTGATTTTTAGGATTACTGTA
ATTAGTAAGTGACATGTATATGGTTTTTGCCTCGTTGCTTAGAGGTTTGGGGATATAATT
TATATGTAATATTAATGATCTAAATCCTTGATATATATTTGAACTC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL7303Contig1 939 2 4 U
GGAAGCATACATAGATTTGGGGGAAGTGAGAAATAGGGTTTAGCGATCTGCGAGCTTTCG
GTGTAGAAACGAAAATGGCGTTTAGAGGGAAAGAGATGATGAAGAAGATAGTGAAGAAGG
TCGGAGCGGAGACTCTGACGCCTGAGCTGAAAGAGAAGCTCCAGGCCTGCGTTCCCGATT
CAAAAGTCGTGATGGGGAGAGCTAAACGCGGTCTCTACGCCGGCCGCCATATCCAGTACG
GAAACTGCGTCAGTGAAGACGGTGGCAACAAGTCAAGAAGGTGTTGGAAACCGAACGTAC
AGGAGAAGCGATTGTTCAGCTACATATTCGACCGTCACATTAAAGTCAAAGTCACAACCC
ACGCACTCCGCTGCATCGACAAAGCAGGAGGGATAGACGAGTACTTGCTGAAAACACCCT
ACCAGAAGATGGACACTGAGATGGGTCTTTTCTGGAAAACCAAAGTGGAGCAAAGATACG
CTGAGCTAGGTCAGATGGAAGTAGCCTTCTTCACTCCCGAGGATGAGGCCAAGTTTGAGC
AAGGGTTCAAGGATTTGAATATTGCTAAGAAAGAGGCTCGTAGGGAAGCTCGTAAGGAAG
CTAGAAGAAAGATGTATGGAGGAGATAAAGGCGGAGAAGACAAGGGTGAGGAAGAAGCTT
CTCTTGAAGGTGGAGGAGGGTCAGAGTCGCACCAGGATGATCATGGATGGTTAGAAGCTA
GTGCTTAAAGAGTGTTGGTTGGTTCTCTTTTCTTTCTTTCCTTTTTTTTTTGCTGAGTTT
CTTCTTGAACGTTTTGGATTTTGGAAGATGAGAATGATAAGTGATGTTGTAGGTCATACG
AATCCCATTACTCAGGTTTTGAGTTTGATCAATGCCGAAAAAGTCCTGTGATAAACGGTT
TACACCGATCTCTATTTGCCTGTTACACCGATCTCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C587TF U 1
AF RR1C587JQ C 171
BS 1 667 RR1C587TF
BS 668 668 RR1C587JQ
BS 669 692 RR1C587TF
BS 693 939 RR1C587JQ

RD RR1C587TF 692 0 0
GGAAGCATACATAGATTTGGGGGAAGTGAGAAATAGGGTTTAGCGATCTGCGAGCTTTCG
GTGTAGAAACGAAAATGGCGTTTAGAGGGAAAGAGATGATGAAGAAGATAGTGAAGAAGG
TCGGAGCGGAGACTCTGACGCCTGAGCTGAAAGAGAAGCTCCAGGCCTGCGTTCCCGATT
CAAAAGTCGTGATGGGGAGAGCTAAACGCGGTCTCTACGCCGGCCGCCATATCCAGTACG
GAAACTGCGTCAGTGAAGACGGTGGCAACAAGTCAAGAAGGTGTTGGAAACCGAACGTAC
AGGAGAAGCGATTGTTCAGCTACATATTCGACCGTCACATTAAAGTCAAAGTCACAACCC
ACGCACTCCGCTGCATCGACAAAGCAGGAGGGATAGACGAGTACTTGCTGAAAACACCCT
ACCAGAAGATGGACACTGAGATGGGTCTTTTCTGGAAAACCAAAGTGGAGCAAAGATACG
CTGAGCTAGGTCAGATGGAAGTAGCCTTCTTCACTCCCGAGGATGAGGCCAAGTTTGAGC
AAGGGTTCAAGGATTTGAATATTGCTAAGAAAGAGGCTCGTAGGGAAGCTCGTAAGGAAG
CTAGAAGAAAGATGTATGGAGGAGATAAAGGCGGAGAAGACAAGGGTGAGGAAGAAGCTT
CTCTTGA*GGTGGAGGAGGGTCAGAGTCGCAC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1C587JQ 769 0 0
GTTCCCGATTCAAAAGTCGTGATGGGGAGAGCTAAACGCGGTCTCTACGCCGGCCGCCAT
ATCCAGTACGGAAACTGCGTCAGTGAAGACGGTGGCAACAAGTCAAGAAGGTGTTGGAAA
CCGAACGTACAGGAGAAGCGATTGTTCAGCTACATATTCGACCGTCACATTAAAGTCAAA
GTCACAACCCACGCACTCCGCTGCATCGACAAAGCAGGAGGGATAGACGAGTACTTGCTG
AAAACACCCTACCAGAAGATGGACACTGAGATGGGTCTTTTCTGGAAAACCAAAGTGGAG
CAAAGATACGCTGAGCTAGGTCAGATGGAAGTAGCCTTCTTCACTCCCGAGGATGAGGCC
AAGTTTGAGCAAGGGTTCAAGGATTTGAATATTGCTAAGAAAGAGGCTCGTAGGGAAGCT
CGTAAGGAAGCTAGAAGAAAGATGTATGGAGGAGATAAAGGCGGAGAAGACAAGGGTGAG
GAAGAAGCTTCTCTTGAAGGTGGAGGAGGGTCAGAGTCGCACCAGGATGATCATGGATGG
TTAGAAGCTAGTGCTTAAAGAGTGTTGGTTGGTTCTCTTTTCTTTCTTTCCTTTTTTTTT
TGCTGAGTTTCTTCTTGAACGTTTTGGATTTTGGAAGATGAGAATGATAAGTGATGTTGT
AGGTCATACGAATCCCATTACTCAGGTTTTGAGTTTGATCAATGCCGAAAAAGTCCTGTG
ATAAACGGTTTACACCGATCTCTATTTGCCTGTTACACCGATCTCTACC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL7304Contig1 481 2 3 U
GATGATTTATACCGACAACACTCATAATACTCTTTTCAATAAAGCAGAAGAGAAGAAAGG
ATATGAGAGATAAAAAACCAAAGTGACAAACGAATAGCAAAAGTAAACACTATAATAACT
TTGTCTCACAGCTTGGTTATTTCAAGTCCTTAAAAAAATAGCAAATACCCCAAAAACAAT
GTCTTCCATTGCCTCACAGTGCATCTAAATATCACCGCTTCAACACTGAAAATTCGAGAC
TTAAAAGTCGAGCTTGAGCTCATCCTTGGAATCGGAGAAATACGAGAGGACGTACGGAAC
AGCGCGGATAGCGACAACCCAGCCGCCGAACAGAGCGACATGTGTTCGCAGCTGCTTCAA
AGCCGCGGCTTTGTCTGGCTTCTCCATGAACATCCCTGGAAACATGGCTGCTGTTTCTTC
TTTCTTCTTCTTCTTCCTCTCTTTTCCGGAAACAAGCTTCTCTGAGATTCTAAAACCCTC
C


BQ
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10 

AF RR1DW30JQ U 67
AF RR1DW30TF C 1
BS 1 66 RR1DW30TF
BS 67 255 RR1DW30JQ
BS 256 481 RR1DW30TF

RD RR1DW30JQ 189 0 0
GAGATAAAAAACCAAAGTGACAAACGAATAGCAAAAGTAAACACTATAATAACTTTGTCT
CACAGCTTGGTTATTTCAAGTCCTTAAAAAAATAGCAAATACCCCAAAAACAATGTCTTC
CATTGCCTCACAGTGCATCTAAATATCACCGCTTCAACACTGAAAATTCGAGACTTAAAA
GTCGAGCTT

QA 1 189 1 189
DS 

RD RR1DW30TF 481 0 0
GATGATTTATACCGACAACACTCATAATACTCTTTTCAATAAAGCAGAAGAGAAGAAAGG
ATATGAGAGATAAGAAACCAAAGTGACAAACGAATAGCAAAAGTAAACACTATAATAACT
TTGTCTCACAGCTTGGTTATTTCAAGTCCTTAAGAAAATAGCAAATACGCCAAAAACAAT
GTCTTCCATTGCCTCACAGTGCATCTAAATATCACCGCTTCAACACTGAAAATTCGAGAC
TTAGAAGTCGAGCTTGAGCTCATCCTTGGAATCGGAGAAATACGAGAGGACGTACGGAAC
AGCGCGGATAGCGACAACCCAGCCGCCGAACAGAGCGACATGTGTTCGCAGCTGCTTCAA
AGCCGCGGCTTTGTCTGGCTTCTCCATGAACATCCCTGGAAACATGGCTGCTGTTTCTTC
TTTCTTCTTCTTCTTCCTCTCTTTTCCGGAAACAAGCTTCTCTGAGATTCTAAAACCCTC
C

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 2

CO CL7305Contig1 1083 2 2 U
GGGAAGCGGACTGTTGGATGTGGTATCTTTTCTCCTTATATTTTCTCTTCCAAATTGTCA
CTACCATTGAAACCGGCTCTGATGCGAGTTGTTAATTCTTTCATTGGATTTGGTTAAGCC
CTGTACATGAGAGTCAATGGTGGACTGAGTTCTGGTCCTTCACCTCCATACCTTCCTCGG
TCCCAGTTTGTTGAAGGACCCCAAAGCTGTCTTGTCCTTCCGTTCCTTCACGGGTATCTC
CTAATACCAGTTCTCATAGCCTAGAGGATCTTGATCTTTGATTCGTTATGTTTAGAGTGT
TCTTGGGATTTTGCGGCTTCCATCTTCTAGTTTCCTTGTGGTGCCTGTGTTCGTCACTCT
GAACCGCTAGGGAAGCAACGGGTATTAGCTCAATTATGGCCCAGTGGTCTTAGTCTTAGT
CGTATATTCATGGTTCTTTTGTCTTCAGTATCATCTCTCCACTCCTTCAGCGTAGGAGTC
TCTTACTCTTGACACTGTCGTTTTCTGTCTCGGGCTTCTTGTTGCTCCATCTTTGTCATA
TGTGGTCTCTACTTAAGCGGTTGAAGAGGATCGTTGCGACGCGTTATGGTCTCTATTTTG
TTATCTGTGGTCTCTACTTTGTCATCTGAGGACGCGTTGTGGTCTATGTAGAATGGTTCC
AGTTATGGTAAGTGGTTCTCTTGGTGTCCAGAGGGTTTGATGCTTCTTTATTGGATTCAG
TCAAGTTGCGGGTGTGTTTAGACTCTGTTTGTTAAGTCTACGTGTGAAGTCGTTCTCCTG
ATCTTGATTCTAGCTTCCGGCTTCTTTGGATGATGGCTTTAAGGCGCTGTGCTTCTTAGG
TGAAGATGGTAATGCTATATGAGTGAAGCCGGATACTTTTGTGAAGGTGTTTCTCTTTAG
ATTTTGGGTCAAGTTTCTGGTTATAAACTCTCCGGCTTATGGCTCCAGTTTCTATCCGGT
TTAGTTGTTTTCTTAAGGTTTTTAGTATGGTGTTATGATGATCAGCCCATCACGTCTATG
GGATGTGATGATTATATGTATCGAACTTGTTCTTTTGATGTTTAAATGCAATCTTCAGAT
GGT


BQ
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10 10 10 

AF RR1DU37TF U 1
AF RR1DU37JQ C 405
BS 1 778 RR1DU37TF
BS 779 1083 RR1DU37JQ

RD RR1DU37TF 778 0 0
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CTACCATTGAAACCGGCTCTGATGCGAGTTGTTAATTCTTTCATTGGATTTGGTTAAGCC
CTGTACATGAGAGTCAATGGTGGACTGAGTTCTGGTCCTTCACCTCCATACCTTCCTCGG
TCCCAGTTTGTTGAAGGACCCCAAAGCTGTCTTGTCCTTCCGTTCCTTCACGGGTATCTC
CTAATACCAGTTCTCATAGCCTAGAGGATCTTGATCTTTGATTCGTTATGTTTAGAGTGT
TCTTGGGATTTTGCGGCTTCCATCTTCTAGTTTCCTTGTGGTGCCTGTGTTCGTCACTCT
GAACCGCTAGGGAAGCAACGGGTATTAGCTCAATTATGGCCCAGTGGTCTTAGTCTTAGT
CGTATATTCATGGTTCTTTTGTCTTCAGTATCATCTCTCCACTCCTTCAGCGTAGGAGTC
TCTTACTCTTGACACTGTCGTTTTCTGTCTCGGGCTTCTTGTTGCTCCATCTTTGTCATA
TGTGGTCTCTACTTAAGCGGTTGAAGAGGATCGTTGCGACGCGTTATGGTCTCTATTTTG
TTATCTGTGGTCTCTACTTTGTCATCTGAGGACGCGTTGTGGTCTATGTAGAATGGTTCC
AGTTATGGTAAGTGGTTCTCTTGGTGTCCAGAGGGTTTGATGCTTCTTTATTGGATTCAG
TCAAGTTGCGGGTGTGTTTAGACTCTGTTTGTTAAGTCTACGTGTGAAGTCGTTCTCC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1DU37JQ 679 0 0
TGGTCTTAGTCTTAGTCGTATATTCATGGTTCTTTTGTCTTCAGTATCATCTCTCCACTC
CTTCAGCGTAGGAGTCTCTTACTCTTGACACTGTCGTTTTCTGTCTCGGGCTTCTTGTTG
CTCCATCTTTGTCATATGTGGTCTCTACTTAAGCGGTTGAAGAGGATCGTTGCGACGCGT
TATGGTCTCTATTTTGTTATCTGTGGTCTCTACTTTGTCATCTGAGGACGCGTTGTGGTC
TATGTAGAATGGTTCCAGTTATGGTAAGTGGTTCTCTTGGTGTCCAGAGGGTTTGATGCT
TCTTTATTGGATTCAGTCAAGTTGCGGGTGTGTTTAGACTCTGTTTGTTAAGTCTACGTG
TGAAGTCGTTCTCCTGATCTTGATTCTAGCTTCCGGCTTCTTTGGATGATGGCTTTAAGG
CGCTGTGCTTCTTAGGTGAAGATGGTAATGCTATATGAGTGAAGCCGGATACTTTTGTGA
AGGTGTTTCTCTTTAGATTTTGGGTCAAGTTTCTGGTTATAAACTCTCCGGCTTATGGCT
CCAGTTTCTATCCGGTTTAGTTGTTTTCTTAAGGTTTTTAGTATGGTGTTATGATGATCA
GCCCATCACGTCTATGGGATGTGATGATTATATGTATCGAACTTGTTCTTTTGATGTTTA
AATGCAATCTTCAGATGGT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7307Contig1 793 2 2 U
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AGGTGACTGTTATTCGAGGAAAGAAACTAGCGATCCGAGACTTCAAGTCAAGTGATCCTT
ACGTGATAGTCAAGTTGGGCAATGAGACAGCCAAGACCAAAGTGATCAACAATTGCTTGA
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TGGAAGTGTTTGATAAAGATAGGTTCAAGGCAGATGACAAGATGGGTCATGCCACTCTCA
GCCTTCAACCACTCATCTCAGTAGCCAGACTAAGGCATATAGTGCACGTGTCCTCTGGCG
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CGGGTGAGATTGAGTTGAAGATCAAGTTGATTGATCCTCCTGGAACCAAGAAGCATTAGG
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TAGTTAAATTGCAACATGTATGGTCTTTGTTTCCAAATGAATGTGAAACAGCTTTTAAGA
CTTTAGAGCTTTACCCATTGTGTTGTGTCTTGTGACTTCTCACCAGCTAATAAATACTGT
CACCGTGTTTAGC


BQ
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AF RR1BU03TF U 1
AF RR1BU03JQ C 3
BS 1 748 RR1BU03TF
BS 749 793 RR1BU03JQ

RD RR1BU03TF 748 0 0
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AGGTGACTGTTATTCGAGGAAAGAAACTAGCGATCCGAGACTTCAAGTCAAGTGATCCTT
ACGTGATAGTCAAGTTGGGCAATGAGACAGCCAAGACCAAAGTGATCAACAATTGCTTGA
ATCCTGTGTGGGATGAGGAACTGAGCTTTATACTCAAAGATCCTGCAGCAGTTCTCGTAT
TGGAAGTGTTTGATAAAGATAGGTTCAAGGCAGATGACAAGATGGGTCATGCCACTCTCA
GCCTTCAACCACTCATCTCAGTAGCCAGACTAAGGCATATAGTGCACGTGTCCTCTGGCG
AGACAACGCTTAGGAAAGTGTTGCCTGATTCAGACAACTGCTTATCTCGTGAGAGCACAA
TCAGTTGCATAGACGGAGAGGTGGTGCAGAGCGTGTGGCTGAAGCTGTGCGCTGTTGAGT
CGGGTGAGATTGAGTTGAAGATCAAGTTGATTGATCCTCCTGGAACCAAGAAGCATTAGG
GATTTAATGATTCCAGATGCGTGTGGTATGTTAGTTTGTAGCATGCAACCCCTTTGTGTT
TAGTTAAATTGCAACATGTATGGTCTTTGTTTCCAAATGAATGTGAAACAGCTTTTAAGA
CTTTAGAGCTTTACCCATTGTGTTGTGT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1BU03JQ 791 0 0
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TTTAGTTTGGTAGACTCGAGTTTCTGTTTCTGTTTACAAAGTTTGAGCCTTTGTTGATCA
CGTTCTGGTTGCGATCTAGGTCTGAGATGGCTGAACCACTAGGACAGCTCCAGGTGACTG
TTATTCGAGGAAAGAAACTAGCGATCCGAGACTTCAAGTCAAGTGATCCTTACGTGATAG
TCAAGTTGGGCAATGAGACAGCCAAGACCAAAGTGATCAACAATTGCTTGAATCCTGTGT
GGGATGAGGAACTGAGCTTTATACTCAAAGATCCTGCAGCAGTTCTCGTATTGGAAGTGT
TTGATAAAGATAGGTTCAAGGCAGATGACAAGATGGGTCATGCCACTCTCAGCCTTCAAC
CACTCATCTCAGTAGCCAGACTAAGGCATATAGTGCACGTGTCCTCTGGCGAGACAACGC
TTAGGAAAGTGTTGCCTGATTCAGACAACTGCTTATCTCGTGAGAGCACAATCAGTTGCA
TAGACGGAGAGGTGGTGCAGAGCGTGTGGCTGAAGCTGTGCGCTGTTGAGTCGGGTGAGA
TTGAGTTGAAGATCAAGTTGATTGATCCTCCTGGAACCAAGAAGCATTAGGGATTTAATG
ATTCCAGATGCGTGTGGTATGTTAGTTTGTAGCATGCAACCCCTTTGTGTTTAGTTAAAT
TGCAACATGTATGGTCTTTGTTTCCAAATGAATGTGAAACAGCTTTTAAGACTTTAGAGC
TTTACCCATTGTGTTGTGTCTTGTGACTTCTCACCAGCTAATAAATACTGTCACCGTGTT
TAGC

QA 8 791 8 791
DS 



AS 1 2

CO CL7308Contig1 873 2 2 U
GGACCACCCGTCGGCATTTGTGTGTTTAATCATGATGCAGTCGAGGGAGGAGAGGAGAGC
TGAGTCACCATCAGGTCTCGTCCTCACCACCGACCCTAAGCCTCGCCTTCGCTGGGCCGC
AGAGCTTCATGAACGTTTCGTTGACGCCGTCACTCACCTTGGTGGCCCTGACAAGGCTAC
ACCAAAGACGATTATGAGAGTGATGGCTGTGAAGGGTCTTACACTTTACCATCTCAAGAG
CCATCTCCAGAAGTTCAGACTTGGAAAGCAACCTCACAAGGAACATAGTCATGGTCACTC
CATAAATATTAGGGATAGTAACAAAGCTGTTAATCATCGATCGATTACACATGCAGCTTC
CATGTTGGATCTTCAAAGGAATGTGGTATTCACTACTCCACACATCATTGGTCGCAATAT
GAACGAGATGCAAATGGAAGTGAAAAGAAGAATAGCGGAAGAGGTAGAAGTAGAAAGACA
GGTTAATCAAAGGATTGAAGCACAAGGGAAATACATGGAGAGCATGTTGGAGAAAGCATG
TGAAACACAAGAAGCAAGTCTCACCTAAGACTACTCTACTCTCTTTTTCAACAACACATC
ACCCCTCCCAATTATATGGTTTGAGGATCATTTTCCCTCGTCTTCCTCCTTGGACTCCAC
ATTGAATCTTTCTGGCATCAATCCCAACTTCTCCCTCCAAGATTCTCTGAGTTCCATCAC
CAAGAACCGTACGGTTTGTCTCGGTTAGAGAAAACATTTATAGGTATAGCTATTTGACGC
TTTCTACTCTAGTGTTCTAATGCGCATTTGGTGTTATAAATGCACAAACTCACATGTAAT
AACTTCTGCCAAACATGAAGTAGATCTTTATTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A625TF U 1
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ATTGAATCTTTCTGGCATCAATCCCAACTTCTCCCTCCAAGATTCTCTGAGTTCCATCAC
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TCAAAGGAATGTGGTATTCACTACTCCACACATCATTGGTCGCAATATGAACGAGATGCA
AATGGAAGTGAAAAGAAGAATAGCGGAAGAGGTAGAAGTAGAAAGACAGGTTAATCAAAG
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TATATGGTTTGAGGATCATTTTCCCTCGTCTTCCTCCTTGGACTCCACATTGAATCTTTC
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QA 1 861 1 861
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GR57JQ U 3
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DS 

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QA 1 588 1 588
DS 



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CTGGATTTAAGGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ20TF U 1
AF RR1BQ20JQ C 2
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BS 725 725 RR1BQ20JQ
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BS 737 760 RR1BQ20TF
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RD RR1BQ20TF 760 0 0
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TTAA*TCTCAGTTTT*GTGTATCAGACTGTTTTTTTCTTC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1BQ20JQ 792 0 0
GGA
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GGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGTTGCGAGACAAAAGAAAGCAGTGA
AGATCTTCCCTCGTCCTACTGCTGGACCTCTCCGTCCTGTTGTGCATGGTCAGACTCTCA
AGTACAACATGAAGGTCCGAACCGGTAAAGGTTTCACTCTTGAAGAGCTCAAGTCTGCTG
GAATCCCCAAGAAGTTGGCACCAACCATCGGTATTTCTGTTGACCATCGCCGTAAGAACA
GATCTCTCGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGG
TCATCTTCCCTCGTCGTGCCAGGAAGACCAAGGCTGGTGACTCTACTGCAGAAGAGCTGG
CCAATGCCACTCAAGTCCAAGGAGACTACATGCCTATAGTCCGTGAGAAGCAAGCAACTG
AGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGACAAGATCCGTCTAG
AGCGCACAAATAAGAGACACGCCGGTGCTAGAGCCAAGAGAGCTGCTGATGCCGAGAAGG
AAGAGAAGAAGTGAGACAACCCTTAGAAGAAACTCTTTTTATCTTGTTGTCATCGTTTAA
ATCTCAGTTTTTGTGTATCAGACTGTTTTTTTCTTCAGATTTTTGCAATTACTTATCTGG
ATTTAAGGA

QA 4 792 4 792
DS 



AS 1 2

CO CL7311Contig1 1023 2 4 U
ACATAAAATAAGTTTGATATAACCTTCAAAATTTAGTGTTTCCTAAAACATGTCTGGGTT
TATAAATAATTCGATTAGTAACATTGTTAAATAGTATAACTACGGAGTATAACAAAAGAT
TTGCCAAACTAAATCGTACTATCCTTGAGGGAAAAAAATTATTTGCATCAAAATTTTGAG
GCTAGTTGTTTTTTATATATTTCGCGATTTTGTATGTGTTTCAACAACTAACCATCATAC
TAACCACTAAAATGTGTGATCTTATATTATATGTAGAGATGCTCTAAGATGGTATTAAAC
ATTCATCTCTAGTTATAATTAACAAATAATAAATCGGTTATATTGTGATGCCATCCCATG
ATGAAACCAACAATACATTTAACAGTCAACTTGTTGGATTCCTGATTTTATTTTGAGATA
AAAAAATCTGTCAACTCAACGTAAAGAATGGCAAGAGCAAGCAAACTTGTCAACTCAACG
TAAAGAATGGCAAGAGCAAGCAAACTTTGGAAGGCATGCACATGGCTAAAGGGAACAAAT
CTGGAAGGAACTGTTAAACCAGAAAAATTTCATGTCATGCTCTTATGAGCTTTAGCTTTG
ACGTGTGTGTGTGTGTGGAGTTTAGAGCAACATAAACTCTGGGGTCTCGATGTAGCCCTT
GAATGCTTTCAACCATTCAGCTCCAATGGCACCATCTATTACACGGTGGTCACAGCTAAG
TGTTACAGACATGTAGGAAGCAACGTTGTATTGGTCAGGACCACTACCAGTAACAACTCT
CTTCTCAGCAGATCCGATGGCTAGAATAGCAGCTTGAGGTGGATTGATGACAGCGCAGAA
CTGTTTGATGCCAAAAGGTCCTCCCAGGTTGGAAACTGTGAATGTTCCTCCCTCGTAATC
TTCAGGCTTCAAGCTGTTTTCTTTAGCCTTCTGAGCCAAGAACCGAACCTCTTCTCCAAT
TGTAGACAGCCCTTTCTTGTCAGCGTCCTTGACAACAGGAACGTAAAGCCCATTTTCTGT
TTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1GY84JQ U 1
AF RR1DI36JQ U 409
BS 1 563 RR1GY84JQ
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BS 624 1023 RR1DI36JQ

RD RR1GY84JQ 623 0 0
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TATAAATAATTCGATTAGTAACATTGTTAAATAGTATAACTACGGAGTATAACAAAAGAT
TTGCCAAACTAAATCGTACTATCCTTGAGGGAAAAAAATTATTTGCATCAAAATTTTGAG
GCTAGTTGTTTTTTATATATTTCGCGATTTTGTATGTGTTTCAACAACTAACCATCATAC
TAACCACTAAAATGTGTGATCTTATATTATATGTAGAGATGCTCTAAGATGGTATTAAAC
ATTCATCTCTAGTTATAATTAACAAATAATAAATCGGTTATATTGTGATGCCATCCCATG
ATGAAACCAACAATACATTTAACAGTCAACTTGTTGGATTCCTGATTTTATTTTGAGATA
AAAAAATCTGTCAACTCAACGTAAAGAATGGCAAGAGCAAGCAAACTTGTCAACTCAACG
TAAAGAATGGCAAGAGCAAGCAAACTTTGGAAGGCATGCACATGGCTAAAGGGAACAAAT
CTGGAAGGAACTGTTAAACCAGAGAAATTTCATGTCATGCTCTTATGAGCTTTAGCTTTG
ACGTGTGTGTGTGTGTGGAGTTT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR1DI36JQ 615 0 0
TATTTTGAGATAAAAAAATCTGTCAACTCAACGTAAAGAATGGCAAGAGCAAGCAAACTT
GTCAACTCAACGTAAAGAATGGCAAGAGCAAGCAAACTTTGGAAGGCATGCACATGGCTA
AAGGGAACAAATCTGGAAGGAACTGTTAAACCAGAAAAATTTCATGTCATGCTCTTATGA
GCTTTAGCTTTGACGTGTGTGTGTGTGTGGAGTTTAGAGCAACATAAACTCTGGGGTCTC
GATGTAGCCCTTGAATGCTTTCAACCATTCAGCTCCAATGGCACCATCTATTACACGGTG
GTCACAGCTAAGTGTTACAGACATGTAGGAAGCAACGTTGTATTGGTCAGGACCACTACC
AGTAACAACTCTCTTCTCAGCAGATCCGATGGCTAGAATAGCAGCTTGAGGTGGATTGAT
GACAGCGCAGAACTGTTTGATGCCAAAAGGTCCTCCCAGGTTGGAAACTGTGAATGTTCC
TCCCTCGTAATCTTCAGGCTTCAAGCTGTTTTCTTTAGCCTTCTGAGCCAAGAACCGAAC
CTCTTCTCCAATTGTAGACAGCCCTTTCTTGTCAGCGTCCTTGACAACAGGAACGTAAAG
CCCATTTTCTGTTTG

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL7312Contig1 949 2 8 U
GGACGCCGCCGCCTCTGAGCCCTTCGATCCTGAGGCGAAACGGTGTCTCCATGAACGCAT
CGTATTGCTCGGAGGCGTCTTCTTCGTGCGAGTCGTCTCCGTTGAGTATGGCTTCTACTT
CGAGCGGGAAGAGGGCTCTGCGGCGTAACGGTTCAAACACTTCAAGTGCACTGAGAAGGA
ATCTGACGGAGGAGAGAGATGAAAAGGCAGGCGGTGATTGCTTCTTCTCTGATGGTCGTA
AAAGATGCGCTTGGATCACTCCCAAATCTGACCAATGTTACATTGCTTTCCACGATGAAG
AGTGGGGACTTCCTGTCCATGATGACAAGAAACTTTTCGAGTTGTTAAGCCTCTCTGGTG
CTCTTGCTGAACTATCATGGAAAGACATTCTTTCCAAAAGACAATCATTCAGGGAAGTTT
TCATGGACTTCGATCCGATTGCTATAACTGAACTAACTAACAAAAAAATAACATCCCCTG
AGATTGCTACCACCTCTTTACTATCAGATCAAAAGCTACGCTCGATCCTCGAGAATGCAA
ACCAAGTTCGCAAGATAATAGTAGAGTTTGGATCATTTGACAAGTACATTTGGAACTTCG
TTAACCAGAAGCCTACTCAGAGCCAGTTCCCGTACCCACGCCAAGTCCCTGTGAAGACTT
CCAAAGCCGATTTCATAAGCAAAGACCTTGTCCGCAGAGGCTTTCGCAGTGTTAGTCCTA
CGGTTATCTACTCCTTCATGCAAACAGCCGGTCTCACTAACGACCATCTCGTTAGCTGCT
TCAGACACCAAGAATGCGTATCCAAGGACCAGACCGGTTAAACCCAATAATTAATGTTTA
AGAGAGAGAGGGAGGATAGATTAACACTTTGATGCTTAGTTTGTTATTTTGTGTTATATG
TTTGCATTTTGTACAGTATGTTCTCGAACTAGTAGGAGTTGCTAAGCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CE60TF U 1
AF RR1CE60JQ C 363
BS 1 699 RR1CE60TF
BS 700 700 RR1CE60JQ
BS 701 722 RR1CE60TF
BS 723 723 RR1CE60JQ
BS 724 764 RR1CE60TF
BS 765 765 RR1CE60JQ
BS 766 793 RR1CE60TF
BS 794 949 RR1CE60JQ

RD RR1CE60TF 793 0 0
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CGTATTGCTCGGAGGCGTCTTCTTCGTGCGAGTCGTCTCCGTTGAGTATGGCTTCTACTT
CGAGCGGGAAGAGGGCTCTGCGGCGTAACGGTTCAAACACTTCAAGTGCACTGAGAAGGA
ATCTGACGGAGGAGAGAGATGAAAAGGCAGGCGGTGATTGCTTCTTCTCTGATGGTCGTA
AAAGATGCGCTTGGATCACTCCCAAATCTGACCAATGTTACATTGCTTTCCACGATGAAG
AGTGGGGACTTCCTGTCCATGATGACAAGAAACTTTTCGAGTTGTTAAGCCTCTCTGGTG
CTCTTGCTGAACTATCATGGAAAGACATTCTTTCCAAAAGACAATCATTCAGGGAAGTTT
TCATGGACTTCGATCCGATTGCTATAACTGAACTAACTAACAAAAAAATAACATCCCCTG
AGATTGCTACCACCTCTTTACTATCAGATCAAAAGCTACGCTCGATCCTCGAGAATGCAA
ACCAAGTTCGCAAGATAATAGTAGAGTTTGGATCATTTGACAAGTACATTTGGAACTTCG
TTAACCAGAAGCCTACTCAGAGCCAGTTCCCGTACCCACGCCAAGTCCCTGTGAAGACTT
CCAAAGCCGATTTCATAAGCAAAGACCTTGTCCGCAGAG*CTTTCGCAGTGTTAGTCCTA
CG*TTATCTACTCCTTCATGCAAACAGCCGGTCTCACTAACGAC*ATCTCGTTAGCTGCT
TCAGACACCAAGA

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR1CE60JQ 587 0 0
CTTGCTGAACTATCATGGAAAGACATTCTTTCCAAAAGACAATCATTCAGGGAAGTTTTC
ATGGACTTCGATCCGATTGCTATAACTGAACTAACTAACAAAAAAATAACATCCCCTGAG
ATTGCTACCACCTCTTTACTATCAGATCAAAAGCTACGCTCGATCCTCGAGAATGCAAAC
CAAGTTCGCAAGATAATAGTAGAGTTTGGATCATTTGACAAGTACATTTGGAACTTCGTT
AACCAGAAGCCTACTCAGAGCCAGTTCCGGTACCCACGCCAAGTCCCTGTGAAGACTTCC
AAAGCCGATTTCATAAGCAAAGACCTTGTCCGCAGAGGCTTTCGCAGTGTTAGTCCTACG
GTTATCTACTCCTTCATGCAAACAGCCGGTCTCACTAACGACCATCTCGTTAGCTGCTTC
AGACACCAAGAATGCGTATCCAAGGACCAGACCGGTTAAACCCAATAATTAATGTTTAAG
AGAGAGAGGGAGGATAGATTAACACTTTGATGCTTAGTTTGTTATTTTGTGTTATATGTT
TGCATTTTGTACAGTATGTTCTCGAACTAGTAGGAGTTGCTAAGCCG

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL7313Contig1 1104 2 2 U
GGAGGACTAATGATAAAGGAGATCTTGTAGTAACTAAAGGCGACCAATATGATGTGAGAG
AGCAATCTAACGAAAACGAGGTTCGTAATCTTGGAAAACCCGTGGATTTAGCTGGTCAGT
ATTACAAAGATGGTGCAGATGAGATTAGCTTTTTAAACATAACTGGATTCCGTGATTTTC
CGCTAGGGGATTTGCCTATGATACGGGTTTTGAGGTACACATCAGAGAATGTCTTTGTAC
CACTAACCGTTGGAGGTGGTATTAGAGATTTTACAGATGCTACCGGCAGATACTATTCGA
GTCTGGAAGTTGCTGCTGAGTATTTCAGATCCGGTGCTGATAAGATCTCCATAGGAAGCG
ACGCTGTTTATGCTGCGGAAGAGTTTATTAAATCAGGGGTGAAGACAGGAAAGAGTAGTT
TAGAACAAATATCCAGAGTTTATGGAAATCAGGCAGTGGTTGTAAGTATCGATCCTCGTA
GAGTTTATGTGAACCATCCTGATGATGTGCCATACAAAGTCATCAGAGTTACTAACCCAG
GTCCGAATGGGGAAGAATATGCATGGTACCAGTGCACGGTAAGTGGAGGACGAGAAGGTC
GGCCTATTGGAGCATATGAGCTTGCAAAAGCGGTGGAAGAGTTAGGTGCTGGTGAAATTC
TACTGAACTGCATAGACTGTGATGGTCAAGGGAAAGGATTTGACACAGACTTGGTAAAGC
TCATCTTTGATTCAGTGGGCATACCGGTTATCGCAAGCAGTGGAGCAGGCACTCCTGAGC
ACTTTTTTGAGGTGTTTGAGACGACAAATGCTTTTGCTGCGCTTGCTGCCGGAATTTTCC
ACCGGAAAGAGGTACCCATCCAATCTGTGAAAGAGCACTTGCTAGAGAAGAGCATAGAAG
TCAGGATGTAAGAAATTCCTGGTTTTCCGTTTCTGTTCACGTGTTACCATTATTCGTGTC
ACACTTCCAACAAGATCGATTCTTATTTCAATAAGTTATTATTATAACAGATTAATCGAT
CACTGACCATTTCGTTGTATGAGAGTAGATGAACTTATGTTTTAATCTTTTTCATTGCAT
ATACATTTTCAAAATTATTCACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A903TF U 1
AF RR1A903JQ C 389
BS 1 688 RR1A903TF
BS 689 1104 RR1A903JQ

RD RR1A903TF 688 0 0
GGAGGACTAATGATAAAGGAGATCTTGTAGTAACTAAAGGCGACCAATATGATGTGAGAG
AGCAATCTAACGAAAACGAGGTTCGTAATCTTGGAAAACCCGTGGATTTAGCTGGTCAGT
ATTACAAAGATGGTGCAGATGAGATTAGCTTTTTAAACATAACTGGATTCCGTGATTTTC
CGCTAGGGGATTTGCCTATGATACGGGTTTTGAGGTACACATCAGAGAATGTCTTTGTAC
CACTAACCGTTGGAGGTGGTATTAGAGATTTTACAGATGCTACCGGCAGATACTATTCGA
GTCTGGAAGTTGCTGCTGAGTATTTCAGATCCGGTGCTGATAAGATCTCCATAGGAAGCG
ACGCTGTTTATGCTGCGGAAGAGTTTATTAAATCAGGGGTGAAGACAGGAAAGAGTAGTT
TAGAACAAATATCCAGAGTTTATGGAAATCAGGCAGTGGTTGTAAGTATCGATCCTCGTA
GAGTTTATGTGAACCATCCTGATGATGTGCCATACAAAGTCATCAGAGTTACTAACCCAG
GTCCGAATGGGGAAGAATATGCATGGTACCAGTGCACGGTAAGTGGAGGACGAGAAGGTC
GGCCTATTGGAGCATATGAGCTTGCAAAAGCGGTGGAAGAGTTAGGTGCTGGTGAAATTC
TACTGAACTGCATAGACTGTGATGGTCA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1A903JQ 716 0 0
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TCAGGCAGTGGTTGTAAGTATCGATCCTCGTAGAGTTTATGTGAACCATCCTGATGATGT
GCCATACAAAGTCATCAGAGTTACTAACCCAGGTCCGAATGGGGAAGAATATGCATGGTA
CCAGTGCACGGTAAGTGGAGGACGAGAAGGTCGGCCTATTGGAGCATATGAGCTTGCAAA
AGCGGTGGAAGAGTTAGGTGCTGGTGAAATTCTACTGAACTGCATAGACTGTGATGGTCA
AGGGAAAGGATTTGACACAGACTTGGTAAAGCTCATCTTTGATTCAGTGGGCATACCGGT
TATCGCAAGCAGTGGAGCAGGCACTCCTGAGCACTTTTTTGAGGTGTTTGAGACGACAAA
TGCTTTTGCTGCGCTTGCTGCCGGAATTTTCCACCGGAAAGAGGTACCCATCCAATCTGT
GAAAGAGCACTTGCTAGAGAAGAGCATAGAAGTCAGGATGTAAGAAATTCCTGGTTTTCC
GTTTCTGTTCACGTGTTACCATTATTCGTGTCACACTTCCAACAAGATCGATTCTTATTT
CAATAAGTTATTATTATAACAGATTAATCGATCACTGACCATTTCGTTGTATGAGAGTAG
ATGAACTTATGTTTTAATCTTTTTCATTGCATATACATTTTCAAAATTATTCACTT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL7314Contig1 838 2 4 U
GGGCCAATCAGGGCCGTAGACGCAACTCTCTTTTCCATTGACGCAGTTGCCTTATCTTCT
CCATCTCTCTCGATCTCAGACACATCTCTCTCGATCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCGAAC
CCAGCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCGAACCCAGCTCTCTCTCTCTCTCTCGAACTC
AGCTTTCTCTGTCTCTCTCGTTCTCTCGATCTCTCGATCTCTTGAAGCTCTCTCTGTCTC
TCTCGAACTCAGCTCTCTCTGTCACTCTCTCGTCTTCAGAGCTCTCTCTCTTCTTTGCCG
CAGCTCGAGCTCTCCCTCTCTCTCTTCTGTGTTTTGGCTCTCTTGTCTCAAGCTCACACT
GCTTAGCTCACTCTCTCGAGTCTTCAGTTCTTGAGGTCTCAAGCTCTCCCAAGCTCACTC
AGTGTCTGTCTCCCTCTCTCTGTCTTGAGAGCATCGGACTGTGGAAGAGAGAAGAGAGTG
GTAAGCTCTGTAAATTTGGAGTCATACATGGGCATGAAGGTCCGGTGAAATGCTTGCAAG
CTTCACCCAACAATGTGGGTGCTGGATTCATGCTTTACAGCGGAGGTCTTGACAAGAGCA
TTAGGGTTTGGTGGGTGCCAAAACAAGACACCTTAGAAGAAGGGAAGAAGAAAACAAGTT
TTAAAACGTTGTTGATGCAGCAGGGATGAGTGAAAGATATTTTATTTGGTATTATTTTTG
TGGGATTTCATATACGTTTTGGTTTATATTTGTAATTTGTTATTCGATTTGTAAAGTCAA
GATTTTTGGTGTTACTGATTTTTTTTCCAAGATATATAAAGATATGATTCGTTTAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AG76TF U 1
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RD RR1AG76TF 803 0 0
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GTAAGCTCTGTAAATTTGGAGTCATACATGGGCATGAAGGTCCGGTGAAATGCTTGCAAG
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DS 

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TCGAACCCAGCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCGAACCCAGCTCTCTCTCTCTCTCTC
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TGTCTCTCTCGAACTCAGCTCTCTCTGTCACTCTCTCGTCTTCAGAGCTCTCTCTCTTCT
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CACACTGCTTAGCTCACTCTCTCGAGTCTTCAGTTCTTGAGGTCTCAAGCTCTCCCAAGC
TCACTCAGTGTCTGTCTCCCTCTCTCTGTCTTGAGAGCATCGGACTGTGGAAGAGAGAAG
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CAAGTTTTAAAACGTTGTTGATGCAGCAGGGATGAGTGAAAGATATTTTATTTGGTATTA
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AGTCAAGATTTTTGGTGTTACTGATTTTTTTTCCAAGATATATAAAGATATGATTCGTTT
AAAG

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AK35JQ C 1
AF RR1AK35TF U 1
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BS 741 768 RR1AK35JQ

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QA 1 768 1 768
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QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B896JQ C 1
AF RR1B896TF U 1
BS 1 251 RR1B896TF
BS 252 252 RR1B896JQ
BS 253 744 RR1B896TF

RD RR1B896JQ 744 0 0
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CCAAAGAGTCAAGCTAAATTCAACTCAGGATTGTAATGACTAGTGACCAAGGGAGAGAGA
ATCTTCAAGCAATCATAAAAATCTCATATGTTGGAAGGAGAGGGAAAAACTATTTGGTAA
AATAAAAGCTTTTTTCTTTTGCTTAATAATAACAATAAAGCTCTGGATTTTGAGTTTTGA
GTGTTGTTCAAATCTATAACCTGCAGCTACCTATGTTCATCATATCCATGTGACTTGTTT
TTGATTTGTTTATGTTGCTGGGCTGCGAAGCTAGAGCATAAAATTATATAAAATACTAAA
CAATGTAAAAATTGTATACATACG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1B896TF 744 0 0
GGAGATTTAGGAGTACACTAGCAATGGAATCAGAGCTGATACTTCACGAAGGAGGATGCC
ACTGTGGGAAAATCAAATGGAGAGTGAAAGCACCAAGAAGAGTGGTGGCGTGGAGCTGCA
ACTGCACGGACTGTTCAATGAGAGGCAACGTTCATTTCATTGTTCCTTCAAGCGACTTTG
AGCTTCTCGATGATTCCAAAGATTTCATCACCACTTACACTTTCGGGACTCACACGGCCA
AGCACACCTTCTGCAAGATCTGTGGGATCACATCGTTTTATACCCCCAGGTCTAACCCCG
ATGGAGTTGCAGTCACTGTTAAGTGTGTCAAGCCAGGGACACTGGACCATGTCGAGATCA
GAAGCTATGATGGTTTGAATTGGGAAAAGTCGCATAAAGAGACCGGTATTGCCTCGTTCT
CCAAAGAGTCAAGCTAAATTCAACTCAGGATTGTAATGACTAGTGACCAAGGGAGAGAGA
ATCTTCAAGCAATCATAAAAATCTCATATGTTGGAAGGAGAGGGAAAAACTATTTGGTAA
AATAAAAGCTTTTTTCTTTTGCTTAATAATAACAATAAAGCTCTGGATTTTGAGTTTTGA
GTGTTGTTCAAATCTATAACCTGCAGCTACCTATGTTCATCATATCCATGTGACTTGTTT
TTGATTTGTTTATGTTGCTGGGCTGCGAAGCTAGAGCATAAAATTATATAAAATACTAAA
CAATGTAAAAATTGTATACATACG

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL7317Contig1 821 2 4 U
GGAAGAATTAATGACCAAAGAACCAAGAACATTAGAGCCTTATATCTTATCATTTGTCAC
TAAACAAGCAATCAGATTCTGTAGAAAAAAAATGGTTTACTAGTGGTGCGTGTGCGTGTG
TGTTATAGTGGGGGGAAAGGGCTCAGAAATCAGCACGAATCCTCCATTGTCAAACATTAG
TCCATGATCCAACGGCCTGTCGTTAATGCTATTCAACCAGTTTGTGTTCTTGACGTCTTC
CTTCAACAGCGATGAGTCTTACCTTGAGCTCTCATACATACAAGTCCATCTCCCTCAACT
TCCCCAACGGTCTTATTCCCTCTTGCTTCATTCCCGTTGTTCTCTGCACTGTTGCTGCTT
ATAGAATCCGAATGGATGGTTATTCCCTGAACGGATTGGCTGGAGCATGGACGAGGCTTG
TCTGATGCTCTGAGGTTAAATAATGTTGTGGTTGATAGTGCGCAACCGTTACTCTTCCCG
TTTCTTTTGTGAAAGGACACAATCGTACAATTTGCCTCATAGCCATATATATCTCAAGTG
AACTCTTTGAGAATGACCCCCAAGCCCGTTGTTATTGTCCGTCACAGTTGAAGAAATGTT
CACCGTGAATTCTTCAATGGTTATTCTATATCAAATTTAGTAAAGAACAAATTTGTTTTT
CAATTCTCTAAATGTATGAAAAAAATGAGAAAAAATAAATATTCTTTATGATTGGTAAAA
TCTTTGGTCACCATACATATTTACAGGATGTTCAGCTTTAGTGTCGACATTGTCACATAT
CGTCATTTCCGATAAATATTTATATACAAGATGGATTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B236TF U 1
AF RR1B236JQ C 23
BS 1 91 RR1B236TF
BS 92 92 RR1B236JQ
BS 93 771 RR1B236TF
BS 772 821 RR1B236JQ

RD RR1B236TF 771 0 0
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TAAACAAGCAATCAGATTCTGTAGAAAAAAA*TGGTTTACTAGTGGTGCGTGTGCGTGTG
TGTTATAGTGGGGGGAAAGGGCTCAGAAATCAGCACGAATCCTCCATTGTCAAACATTAG
TCCATGATCCAACGGCCTGTCGTTAATGCTATTCAACCAGTTTGTGTTCTTGACGTCTTC
CTTCAACAGCGATGAGTCTTACCTTGAGCTCTCATACATACAAGTCCATCTCCCTCAACT
TCCCCAACGGTCTTATTCCCTCTTGCTTCATTCCCGTTGTTCTCTGCACTGTTGCTGCTT
ATAGAATCCGAATGGATGGTTATTCCCTGAACGGATTGGCTGGAGCATGGACGAGGCTTG
TCTGATGCTCTGAGGTTAAATAATGTTGTGGTTGATAGTGCGCAACCGTTACTCTTCCCG
TTTCTTTTGTGAAAGGACACAATCGTACAATTTGCCTCATAGCCATATATATCTCAAGTG
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CACCGTGAATTCTTCAATGGTTATTCTATATCAAATTTAGTAAAGAACAAATTTGTTTTT
CAATTCTCTAAATGTATGAAAAAAATGAGAAAAAATAAATATTCTTTATGATTGGTAAAA
TCTTTGGTCACCATACATATTTACAGGATGTTCAGCTTTAGTGTCGACATT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1B236JQ 799 0 0
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AGAAAAAAAATGGTTTACTAGTGGTGCGTGTGCGTGTGTGTTATAGTGGGGGGAAAGGGC
TCAGAAATCAGCACGAATCCTCCATTGTCAAACATTAGTCCATGATCCAACGGCCTGTCG
TTAATGCTATTCAACCAGTTTGTGTTCTTGACGTCTTCCTTCAACAGCGATGAGTCTTAC
CTTGAGCTCTCATACATACAAGTCCATCTCCCTCAACTTCCCCAACGGTCTTATTCCCTC
TTGCTTCATTCCCGTTGTTTTCTGCACTGTTGCTGCTTATAGAATCCGAATGGATGGTTA
TTCCCTGAACGGATTGGCTGGAGCATGGACGAGGCTTGTCTGATGCTCTGAGGTTAAATA
ATGTTGTGGTTGATAGTGCGCAACCGTTACTCTTCCCGTTTCTTTTGTGAAAGGACACAA
TCGTACAATTTGCCTCATAGCCATATATATCTCAAGTGAACTCTTTGAGAATGACCCCCA
AGCCCGTTGTTATTGTCCGTCACAGTTGAAGAAATGTTCACCGTGAATTCTTCAATGGTT
ATTCTATATCAAATTTAGTAAAGAACAAATTTGTTTTTCAATTCTCTAAATGTATGAAAA
AAATGAGAAAAAATAAATATTCTTTATGATTGGTAAAATCTTTGGTCACCATACATATTT
ACAGGATGTTCAGCTTTAGTGTCGACATTGTCACATATCGTCATTTCCGATAAATATTTA
TATACAAGATGGATTTGCC

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL7318Contig1 759 2 2 U
GGACACATTTCTCATCTCTCTTAGTGATCAGACGAGTTATAAAAACAACAGAGAATCAAA
CAATGGCCGTACTCTCCGCCTCGTTTCCTCTCCTCCTCCTCTTCCTCTCTGTTTCCTCTT
TTTCTGTTAACGGAAACACCGTCGAGTGCTCCGCCGTGATCCCAACCATGGCGAAATGTT
TGCCTTTCGTGATGATCGGGAGCCAACTGGATAAACCCGCGACCGAGTGCTGTTCCGTTC
TCAAAACCGTGCTCGAAACGAAAGCTGAATGTCTGTGCGAAGGGTTGAAGAGCAGTGGCG
CCTTTGGAATCACTCTGAACGTCACTAAAGCCGCTACTCTTCCCGCTGCTTGCAAACTTA
ACGCCCCTCCGATGTCTGCTTGTTCATCGTCTACTAAACCTCCTGCTAGTGCGCCAGCTC
CAGTTCCTGTAGCTGGACCATCAAAAGGATTGGGACCAGGTTTGAGCACTGCTCCAGCTC
CAAGCCCATCTCATAGTAACCATGGATCTTCAATATCTGTCTTGTCATTTGCAATCAGCG
GCGCATTGGTCATATTGTTCGCTCGTATCTAACACCCCTATACCTTTTCTTTAGTTGAGA
GTTGGCTTTTATCTTGTGAGTAACTATGGAGTTCTACAGCTTATTTTTAGCTATGACATT
ATCAAGACTTGGTTTTAATGTGTGCTCTGTCACGCATTTGTTGTTTTTATTTATTTGAAT
TGAGCGGTTATTATTTATAAGATTGTGTTACATTGGACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ59JQ C 1
AF RR1FJ59TF U 1
BS 1 740 RR1FJ59TF
BS 741 759 RR1FJ59JQ

RD RR1FJ59JQ 759 0 0
GGACACATTTCTCATCTCTCTTAGTGATCAGACGAGTTATAAAAACAACAGAGAATCAAA
CAATGGCCGTACTCTCCGCCTCGTTTCCTCTCCTCCTCCTCTTCCTCTCTGTTTCCTCTT
TTTCTGTTAACGGAAACACCGTCGAGTGCTCCGCCGTGATCCCAACCATGGCGAAATGTT
TGCCTTTCGTGATGATCGGGAGCCAACTGGATAAACCCGCGACCGAGTGCTGTTCCGTTC
TCAAAACCGTGCTCGAAACGAAAGCTGAATGTCTGTGCGAAGGGTTGAAGAGCAGTGGCG
CCTTTGGAATCACTCTGAACGTCACTAAAGCCGCTACTCTTCCCGCTGCTTGCAAACTTA
ACGCCCCTCCGATGTCTGCTTGTTCATCGTCTACTAAACCTCCTGCTAGTGCGCCAGCTC
CAGTTCCTGTAGCTGGACCATCAAAAGGATTGGGACCAGGTTTGAGCACTGCTCCAGCTC
CAAGCCCATCTCATAGTAACCATGGATCTTCAATATCTGTCTTGTCATTTGCAATCAGCG
GCGCATTGGTCATATTGTTCGCTCGTATCTAACACCCCTATACCTTTTCTTTAGTTGAGA
GTTGGCTTTTATCTTGTGAGTAACTATGGAGTTCTACAGCTTATTTTTAGCTATGACATT
ATCAAGACTTGGTTTTAATGTGTGCTCTGTCACGCATTTGTTGTTTTTATTTATTTGAAT
TGAGCGGTTATTATTTATAAGATTGTGTTACATTGGACT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1FJ59TF 740 0 0
GGACACATTTCTCATCTCTCTTAGTGATCAGACGAGTTATAAAAACAACAGAGAATCAAA
CAATGGCCGTACTCTCCGCCTCGTTTCCTCTCCTCCTCCTCTTCCTCTCTGTTTCCTCTT
TTTCTGTTAACGGAAACACCGTCGAGTGCTCCGCCGTGATCCCAACCATGGCGAAATGTT
TGCCTTTCGTGATGATCGGGAGCCAACTGGATAAACCCGCGACCGAGTGCTGTTCCGTTC
TCAAAACCGTGCTCGAAACGAAAGCTGAATGTCTGTGCGAAGGGTTGAAGAGCAGTGGCG
CCTTTGGAATCACTCTGAACGTCACTAAAGCCGCTACTCTTCCCGCTGCTTGCAAACTTA
ACGCCCCTCCGATGTCTGCTTGTTCATCGTCTACTAAACCTCCTGCTAGTGCGCCAGCTC
CAGTTCCTGTAGCTGGACCATCAAAAGGATTGGGACCAGGTTTGAGCACTGCTCCAGCTC
CAAGCCCATCTCATAGTAACCATGGATCTTCAATATCTGTCTTGTCATTTGCAATCAGCG
GCGCATTGGTCATATTGTTCGCTCGTATCTAACACCCCTATACCTTTTCTTTAGTTGAGA
GTTGGCTTTTATCTTGTGAGTAACTATGGAGTTCTACAGCTTATTTTTAGCTATGACATT
ATCAAGACTTGGTTTTAATGTGTGCTCTGTCACGCATTTGTTGTTTTTATTTATTTGAAT
TGAGCGGTTATTATTTATAA

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL7319Contig1 745 2 4 U
GAAGCATTCTTTACTTAAGATATCAAATACACACTAATGGAGAGGTTCCATAGGTTTCCT
CTCCTTGGTTTGGTTCTTTTCCTCGGCTTTATTGGCTCACCGACCACGGCCATTGTACAT
GCTTGCTCCAGTACAGAACTAACCTTTAGTTGTGCCAACTTCCCTGAGGGTTTCATTTTT
GGTACCTCGACCGCAGCTTTTCAGGTGTTAATATGAATATGCATGTTGCGAAGAAGAAGT
GTGTGGTCATAACAGACTGGGAACCTCAGCCAGGAGGAGCATTGTTAGGACGCATGTCGT
TTCAATCTTTCAACCCCTCTATTGAGAAACTAAATGAAGAGGCGATAAGCAGAGGTGGAG
AAACAGATGCTCCTCCCACAAGCTCTAGCGGCGGAAGTATGTCTTTTAGTGGACCGAACA
AGGTTGAGAGAAGCCGGGAAACAACAAATGGTGGTGGTGACTTCAAAAGGAAACAGCCTG
AGGAACAACAACACCATCCAAGCAAGTCCATGAGGAGCAGTGACAAACCATCACCCAGCA
ACAGAAAACCGATGGTTTCAAGAAACCCAAGAGCTGGAGCGGTTTGAAACCACCAAAAAC
TCAAACCAAAAATTAGCTTAAGCGCAGCGAACCTAGTTCACATGTTTTAGTAGATCATGT
TTGTATCATCAATTCATTCACATGGTGTTGATGCTTGTTTTATGCTTGTGTTTAGCTCCA
GATATATGATGAAACAGTTTTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EU28JQ C 1
AF RR1EU28TF U 1
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RD RR1EU28JQ 745 0 0
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GTGTGGTCATAACAGACTGGGAACCTCAGCCAGGAGGAGCATTGTTAGGACGCATGTCGT
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GATATATGATGAAACAGTTTTTTTT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1EU28TF 744 0 0
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CTCCTTGGTTTGGTTCTTTTCCTCGGCTTTATTGGCTCACCGACCACGGCCATTGTACAT
GCTTGCTCCAGTACAGAACTAACCTTTAGTTGTGCCAACTTCCCTGAGGGTTTCATTTTT
GGTACCTCGACCGCAGCTTTTCAGGTGTTAATATGAATATGCATGTTGCGAAGAAGAAGT
GTGTGGTCATAACAGACTGGGAACCTCAGCCAGGAGGAGCATTGTTAGGACGCATGTCGT
TTCAATCTTTCAACCCCTCTATTGAGAAACTAAATGAAGAGGCGATAAGCAGAGGTGGAG
AAACAGATGCTCCTCCCACAAGCTCTAGCGGCGGAAGTATGTCTTTTAGTGGACCGAACA
AGGTTGAGAGAAGCCGGGAAACAACAAATGGTGGTGGTGACTTCAAAAGGAAACAGCCTG
AGGAACAACAACACCATCCAAGCAAGTCCATGAGGAGCAGTGACAAACCATCACCCAGCA
ACAGAAAACCGATGGTTTCAAGAAACCCAAGAGCTGGAGCGGTTTGAAACCACCAAAAAC
TCAAACCAAAAATTAGCTTAAGCGCAGCGAACCTAGTTCACATGTTTTAGTAGATCATGT
TTGTATCATCAATTCATTCACATGGTGTTGATGCTTGTTTTATGCTTGTGTTTAGCTC*A
GATATATGATGAAACAGTTTTTTT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL7320Contig1 1059 2 2 U
CAAGTCTGGATATTGGGTTGCTCAAAATCTTTTGAAGGATGCAGAAGAAAAGCATGTGTT
AGAGCCAAGCATTACAAAGCCCCAAGCCTTTGCTTGGAAGATAAAGGCGTCAAAGAAAAT
TTGTCATCTTATATGGCAATTATTAACTGGTCATGTGGCAGTAACGAGGAATTTAGTAAG
GCGAAATATGAGATGTGACAATTTCTGTCCAAGATGTGGTGAACCAGAGGAGTCAGTAAC
ACATGCTATTTTCGAATGTCCACCTGCTCTACAAGTTTGGTTACACTCATCGACTCCAAC
AAATCCTGGTGTTTTTCCAGCACCGAGTATCTACACGAACATGAACTACCTCTTCTGGGA
AACAGACGGTTCACTTGAACCAGAGCAAGACAGGGATCCTTATCCCTGGCTAATTTGGTA
CATCTGGAAGGCTAGAAATGATAAACTCTTTAGAGGAATAGACAGAGATCCTCTAGAACT
AGTTCGATATGCTGAGAGTGAGTGTCAAGCTTGGTTTAACGCCAATGAGATGATACCGCC
AATAGTACAAGAGAGTAATGCAGAGGAACCCAAGTCATAAGCTTGGGTAATATTTGCTTA
CTGGATGGATCATAGACATATCATGCTCAATTTAGTGGGTGTGGATGGGTCTGGTTGGAT
AGTGGGGAGAAGATACAACTCATGGGTTCACAGAACTTCCTCAGAAGAGAATCAGCTCTG
CACTCAGAAGTAGAAGCACTGCGATGGGCGATGGAAAATATGCTTCAGCATTCAACATGT
CAGAACTTCGGGACAGACTGTAAAGAACTGATTGCAATGATCAAGGAACCTCATGCTTGG
CCAAGTTTTGCTACAGAATTAGAGAGGATAGAGACATTGCTCATATGCTTCCCGGATTTC
AAGATTTCTTTTGTTCCAAGAGCGCATAATCAGATTTCAGATTTTTTAGTTAAGACAGTT
AGATCCTTCCATAGGAAGTTACATTTTGTTGGTTGTTCTATTCCGGTCTGGTTACCCAGA
CCACCTCAAGTTTGAGTAATAGAATAGCCGTTTGCCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BP90TF U 1
AF RR1BP90JQ C 351
BS 1 774 RR1BP90TF
BS 775 1059 RR1BP90JQ

RD RR1BP90TF 782 0 0
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AGAGCCAAGCATTACAAAGCCCCAAGCCTTTGCTTGGAAGATAAAGGCGTCAAAGAAAAT
TTGTCATCTTATATGGCAATTATTAACTGGTCATGTGGCAGTAACGAGGAATTTAGTAAG
GCGAAATATGAGATGTGACAATTTCTGTCCAAGATGTGGTGAACCAGAGGAGTCAGTAAC
ACATGCTATTTTCGAATGTCCACCTGCTCTACAAGTTTGGTTACACTCATCGACTCCAAC
AAATCCTGGTGTTTTTCCAGCACCGAGTATCTACACGAACATGAACTACCTCTTCTGGGA
AACAGACGGTTCACTTGAACCAGAGCAAGACAGGGATCCTTATCCCTGGCTAATTTGGTA
CATCTGGAAGGCTAGAAATGATAAACTCTTTAGAGGAATAGACAGAGATCCTCTAGAACT
AGTTCGATATGCTGAGAGTGAGTGTCAAGCTTGGTTTAACGCCAATGAGATGATACCGCC
AATAGTACAAGAGAGTAATGCAGAGGAACCCAAGTCATAAGCTTGGGTAATATTTGCTTA
CTGGATGGATCATAGACATATCATGCTCAATTTAGTGGGTGTGGATGGGTCTGGTTGGAT
AGTGGGGAGAAGATACAACTCATGGGTTCACAGAACTTCCTCAGAAGAGAATCAGCTCTG
CACTCAGAAGTAGAAGCACTGCGATGGGCGATGGAAAATATGCTTCAGCATTCA
CATGTCAG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1BP90JQ 709 0 0
TCTTCTGGGAAACAGACGGTTCACTTGAACCAGAGCAAGACAGGGATCCTTATCCCTGGC
TAATTTGGTACATCTGGAAGGCTAGAAATGATAAACTCTTTAGAGGAATAGACAGAGATC
CTCTAGAACTAGTTCGATATGCTGAGAGTGAGTGTCAAGCTTGGTTTAACGCCAATGAGA
TGATACCGCCAATAGTACAAGAGAGTAATGCAGAGGAACCCAAGTCATAAGCTTGGGTAA
TATTTGCTTACTGGATGGATCATAGACATATCATGCTCAATTTAGTGGGTGTGGATGGGT
CTGGTTGGATAGTGGGGAGAAGATACAACTCATGGGTTCACAGAACTTCCTCAGAAGAGA
ATCAGCTCTGCACTCAGAAGTAGAAGCACTGCGATGGGCGATGGAAAATATGCTTCAGCA
TTCAACATGTCAGAACTTCGGGACAGACTGTAAAGAACTGATTGCAATGATCAAGGAACC
TCATGCTTGGCCAAGTTTTGCTACAGAATTAGAGAGGATAGAGACATTGCTCATATGCTT
CCCGGATTTCAAGATTTCTTTTGTTCCAAGAGCGCATAATCAGATTTCAGATTTTTTAGT
TAAGACAGTTAGATCCTTCCATAGGAAGTTACATTTTGTTGGTTGTTCTATTCCGGTCTG
GTTACCCAGACCACCTCAAGTTTGAGTAATAGAATAGCCGTTTGCCGCC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL7321Contig1 740 2 1 U
AGGGGGCCACAACGTTTTCGTGTGTGTGTGTGTGGATCAAATCGGTGGAACATGTCGGAC
GAGGAGCACCACTTTGAGTCAAGCGACGCTGGAGCTTCAAAGACCTATCCTCAGCAAGCT
GGTAACATCCGTAAGGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGTGGTTGAG
GTTTCGACTTCCACGACTGGAAAGCACGGTCACGCCAAGTGTCACTTTGTTGCTATCGAT
ATCTTCACTTCTAAGAAGCTCGAAGATATTGTTCCTTCTTCCCACAACTGTGATGTTCCA
CATGTGAACCGTACTGACTATCAGTTGATTGATATCTCTGAAGATGGCTTTGTCAGCCTT
CTTACTGACAATGGTAGCACTAAGGATGATCTCAAGCTCCCAACAGATGAAACTCTCCCC
ACACAGCTCAAGTCTGGATTTGAAGAGGGAAAGGATATAGTTGTGTCTGTCATGTCTGCA
ATGGGAGAGGAGCAGATGTGTGCCCTGAAGGAAGTTGCTCCCAAGTAACAATAATGATAA
AAGTGTGCATTCTCCTCTGCTCTACTAGTATAGAGGATACTATCATTATCATTTTGACAG
AGTCAAATGTTTTATAAGAAAAAGTTTGGTCTTTTCTTCTTCTTAATCTTCATAATAAAT
AATTTAAAGCCCAATGTTTCATGCAAAAGACACACCTTATCTTATCTTACTGATTTGGTT
TTTGTTGTGGAGAAGTTACT


BQ
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AF RR1BA27JQ C 1
AF RR1BA27TF U 1
BS 1 740 RR1BA27TF

RD RR1BA27JQ 740 0 0
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TTTGTTGTGGAGAAGTTACT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1BA27TF 740 0 0
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GAGGAGCACCACTTTGAGTCAAGCGACGCTGGAGCTTCAAAGACCTATCCTCAGCAAGCT
GGTAACATCCGTAAGGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGTGGTTGAG
GTTTCGACTTCCACGACTGGAAAGCACGGTCACGCCAAGTGTCACTTTGTTGCTATCGAT
ATCTTCACTTCTAAGAAGCTCGAAGATATTGTTCCTTCTTCCCACAACTGTGATGTTCCA
CATGTGAACCGTACTGACTATCAGTTGATTGATATCTCTGAAGATGGCTTTGTCAGCCTT
CTTACTGACAATGGTAGCACTAAGGATGATCTCAAGCTCCCAACAGATGAAACTCTCCCC
ACACAGCTCAAGTCTGGATTTGAAGAGGGAAAGGATATAGTTGTGTCTGTCATGTCTGCA
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AAGTGTGCATTCTCCTCTGCTCTACTAGTATAGAGGATACTATCATTATCATTTTGACAG
AGTCAAATGTTTTATAAGAAAAAGTTTGGTCTTTTCTTCTTCTTAATCTTCATAATAAAT
AATTTAAAGCCCAATGTTTCATGCAAAAGACACACCTTATCTTATCTTACTGATTTGGTT
TTTGTTGTGGAGAAGTTACT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL7322Contig1 890 2 2 U
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CTCGCTTACCTCCAACTATTTGATCCTGAATAAGTAAGTGTAGCATGTGTTCAATTTTAT
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TTCTTTTTGGTTAGATGTCCTGATGGACCACAAGTTGATAATTTTCATGTATCTGTTATA
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ATGAGTTGTAACAATAAATGTATGCATGTATGTGGTTCTTTTCCTTCTGAAAATGTGTTG
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TGGCAATGGATTTCATGGGGAAGTTCGTTACTTGACTTAGAAATGATATGGTCGCGTGCA
GCTTTGCGCACATTCTCATAACCAATGTACTCAGTCATCTTTGCCGAAACACAAGTAATT
AAGAATGAAATTAGAGAGAGGACTAAGATAGTTGTTGGAAACATGTACAAAACAACAATT
TATTGTGGATTAAAAGATCAAGGAGGACAAACCTTGATCAACATGATCAAACTACACAAA
TCTTTGTTGAAAACCATGTGGGAGAACTCTTCTTGTGATTTCTTTACAAGGGGGAGCACC
GCAGAGAACAGCTTCTCGGGATTTTTCGGATAAAAACAAGCAAACTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F335TF U 1
AF RR1F335JQ C 347
BS 1 769 RR1F335TF
BS 770 890 RR1F335JQ

RD RR1F335TF 769 0 0
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TTCTTTTTGGTTAGATGTCCTGATGGACCACAAGTTGATAATTTTCATGTATCTGTTATA
TGAGGGATACTATGTGTACAGTAGGAATATACATGACAATTATAAAACTCTCTTAAATAT
ATGAGTTGTAACAATAAATGTATGCATGTATGTGGTTCTTTTCCTTCTGAAAATGTGTTG
TTAGCTTATCTCACATGCTCTCCACTTCTTTATTTAGTTGTTAGGTTATCTCTAAACACA
GCTTTCTTCATCCCTAACATTTATTAGGCCCATCAGTTTAATAAATAAATACTCTGACTA
AAATGTATTGAATGATTAGAAGCTAAAAATGTGAAAATTTAGATGAGAGACTTGAGGTTT
TGGCAATGGATTTCATGGGGAAGTTCGTTACTTGACTTAGAAATGATATGGTCGCGTGCA
GCTTTGCGCACATTCTCATAACCAATGTACTCAGTCATCTTTGCCGAAACACAAGTAATT
AAGAATGAAATTAGAGAGAGGACTAAGATAGTTGTTGGAAACATGTACAAAACAACAATT
TATTGTGGATTAAAAGATCAAGGAGGACAAACCTTGATCAACATGATCA

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1F335JQ 544 0 0
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AAATACTCTGACTAAAATGTATTGAATGATTAGAAGCTAAAAATGTGAAAATTTAGATGA
GAGACTTGAGGTTTTGGCAATGGATTTCATGGGGAAGTTCGTTACTTGACTTAGAAATGA
TATGGTCGCGTGCAGCTTTGCGCACATTCTCATAACCAATGTACTCAGTCATCTTTGCCG
AAACACAAGTAATTAAGAATGAAATTAGAGAGAGGACTAAGATAGTTGTTGGAAACATGT
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TCAAACTACACAAATCTTTGTTGAAAACCATGTGGGAGAACTCTTCTTGTGATTTCTTTA
CAAGGGGGAGCACCGCAGAGAACAGCTTCTCGGGATTTTTCGGATAAAAACAAGCAAACT
ACCC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL7323Contig1 1049 2 4 U
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CCCCTCTTGTCTTTGTTACAGATTTTGTTTGATTAAAGGTTTCATTCTTGTCCTGCTCTT
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GATAAAGAGTCTCTCCTCTTGGCTATCTTCTATGTATCATTCTAACTCATTTTTCATTCA
CTTTTCATCTATTGTCTTTGTTCATTTAATTTACGTGTGCTTAAATCCTTTTTTCTCCTG
TCGGTTTGGATCATGTTTCTACTACCAAAAGGTACTCGGATGCATTAGAGGAATTTGAAA
CGGAAAGCATAGATGTCAGTGGCTTTCAAGTTCTTCCTTCACAGGTTTGAAACTCGTAAA
TAGTTCAAACTGCTGTTAGTCTTCAATACACATGATCATTTGTTTTTTATTAGTAACGTT
TTGTGTTCTGATGCTTTATACATCTCTCTCCATTCACAGGTAGAATCTGTGAGACTTATC
TTTAAAAGACATCCGGACATTGCAGTAGAGTTCCGTGCAAAGAACCAACATCTGAGGAAC
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TCCAATGAAGATCTCGTGGAAGCAGACATCGCATTGACATATTTGAAAGACGCTGGTTTT
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TCCAGTTTGACTCGGCTACAAGAAATGGAGGATAGTTTACTGAAATTGAAGCAATAATGT
TCAGACCTGGATGCTCTAGTGGAGAAGGAAAAGGAAGAGTTGTCGGACACAAGAACTCCT
ATGTCATTGGATGATGTTGTTTGATTAGTTGAGTTCTTAGACATTTTTTGTGTTTGTTGT
CACATTTTCTCCCTTGGTTTCAAAACAAGATGTTCTCTTGTTAGGTAATTAAACTTGGGG
TCATTTCGTGAAAATGTTTTTTTTTTGCC


BQ
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AF RR1CL36TF U 1
AF RR1CL36JQ C 463
BS 1 723 RR1CL36TF
BS 724 724 RR1CL36JQ
BS 725 742 RR1CL36TF
BS 743 1049 RR1CL36JQ

RD RR1CL36TF 743 0 0
GGGCTGTAGTGTTTGTCCTCTCCCTTTACGTCACTTGGAAAGGTAATCTTTAGATTAGAT
CCCCTCTTGTCTTTGTTACAGATTTTGTTTGATTAAAGGTTTCATTCTTGTCCTGCTCTT
GCAGTTTTCACTCTGAGGAATCTTCATGGAAAATCAAGGTGATAAGAAGTTCACTTGGGT
GATAAAGAGTCTCTCCTCTTGGCTATCTTCTATGTATCATTCTAACTCATTTTTCATTCA
CTTTTCATCTATTGTCTTTGTTCATTTAATTTACGTGTGCTTAAATCCTTTTTTCTCCTG
TCGGTTTGGATCATGTTTCTACTACCAAAAGGTACTCGGATGCATTAGAGGAATTTGAAA
CGGAAAGCATAGATGTCAGTGGCTTTCAAGTTCTTCCTTCACAGGTTTGAAACTCGTAAA
TAGTTCAAACTGCTGTTAGTCTTCAATACACATGATCATTTGTTTTTTATTAGTAACGTT
TTGTGTTCTGATGCTTTATACATCTCTCTCCATTCACAGGTAGAATCTGTGAGACTTATC
TTTAAAAGACATCCGGACATTGCAGTAGAGTTCCGTGCAAAGAACCAACATCTGAGGAAC
GCATGCATGGATTTCCTGCTCAGCTTAATTGAAACGCTGTGCCAATCACTCGAGGACCTC
TCCAATGAAGATCTCGTGGAAGCAGACATCGCATTGACATATTTGAAAGACGCTGGTTTT
AAG*TGGATTGGTTGGAGAAAA
G

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1CL36JQ 587 0 0
TTTTTTATTAGTAACGTTTTGTGTTCTGATGCTTTATACATCTCTCTCCATTCACAGGTA
GAATCTGTGAGACTTATCTTTAAAAGACATCCGGACATTGCAGTAGAGTTCCGTGCAAAG
AACCAACATTTGAGGAACGCATGCATGGATTTCCTGTTCAGCTTAATTGAAACGCTGTGC
CAATCACTCGAGGACCTCTCCAATGAAGATTTCGTGGAAGCAGACATCGCATTGACATAT
TTGAAAGACGCTGGTTTTAAGGTGGATTGGTTGGAGAAAAAGCTGAACGTAGTTAAAGAC
AAGAAGGAGAAAGAGCAGTCCAGTTTGACTCGGCTACAAGAAATGGAGGATAGTTTACTG
AAATTGAAGCAATAATGTTCAGACCTGGATGCTCTAGTGGAGAAGGAAAAGGAAGAGTTG
TCGGACACAAGAACTCCTATGTCATTGGATGATGTTGTTTGATTAGTTGAGTTCTTAGAC
ATTTTTTGTGTTTGTTGTCACATTTTCTCCCTTGGTTTCAAAACAAGATGTTCTCTTGTT
AGGTAATTAAACTTGGGGTCATTTCGTGAAAATGTTTTTTTTTTGCC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL7324Contig1 1036 2 2 U
GGAACCCCAAGCGTAAAGATGCGGTCACTACTCTTGCCGCCGGCGAGCTCTCCCGGCGTA
TTCGCCGTTGCGCTGCGGCCTGGTTTCCAACAACGCCTCTCAACCCGCCACCTGCCATTG
TTCAATCCACTCGGCTTGGCTCCAACCCAGCTTATCTCGCCGAAGAGGAGATCGACCATA
TCTTCCTACCAGTCTCCGTCATCTCTACCCGTCTACGGTTTCCAAATTCGAGGATCTAAA
CCTAGTTTCACGGTGGCTTTTTCCTCTCCCACGTCTCCTGCTTCAGTTTCGGCTGATAAT
GAAGTCGACAAGGCGAAACTCGCTCAGGTTGCAAAGAGACTAGAGAAGACTTCAAGGTAC
TTCAAGAGGCTTGGGAGTATTGGTTTCTGGGGGCAGCTTGTGTCAACTGTTGTGGCTGCT
GTCATTCTATCCTTTTCCATTGTTGTAACTGGGAAACCCACTTCACCTGCTACTTTCTAC
GCTACCGCAACTGGCATCGCTGCTGCTTTTGTCTCTGTCTTCTGGTCCTTTGGTTATATT
CGCCTCTCTGACAGGCTCCGTCGAACTGCCGCTGACCCTGCCAAGGCCCCGCCTCGTGCA
GATGTTGTGAAAGGGTTGAGAAGTGGGATTATGGTAAATCTTCTTGGAATGGGAGCTGCA
ATTCTCGGGATGCAAGCAACGGTTGGGTTTTTAGTTGCAAAGGCGTTGACAACCTCAGCA
AACCCTTTCTACCAAGGAGTCTCTCAAGGATACAGTCCCGTTCTTGCTCTTGATGTCTTC
CTCGTTCAGGCATCGGCGAACACCTTGCTTTCTCATTTTTTAGGCCTTGTTTGTTCCTCA
GAGCTGTTGCGATCCGTGACAGTACCCAACTCCGAATCCGCCTTCGTTCCTAAAGTTGCT
TGAGTTTCTGCCTTTTGTAGGCCTTAGCTCTTGTATTCACAAACGTTTACCGCAGACTTA
TTTTCTTTCATAAATGAGAACCAACTGTTGTGGACTCAACCGCTTTATTACTGCCTAAAG
CACATGCTTCTTTGCC


BQ
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AF RR1B016TF U 1
AF RR1B016JQ C 303
BS 1 698 RR1B016TF
BS 699 1036 RR1B016JQ

RD RR1B016TF 698 0 0
GGAACCCCAAGCGTAAAGATGCGGTCACTACTCTTGCCGCCGGCGAGCTCTCCCGGCGTA
TTCGCCGTTGCGCTGCGGCCTGGTTTCCAACAACGCCTCTCAACCCGCCACCTGCCATTG
TTCAATCCACTCGGCTTGGCTCCAACCCAGCTTATCTCGCCGAAGAGGAGATCGACCATA
TCTTCCTACCAGTCTCCGTCATCTCTACCCGTCTACGGTTTCCAAATTCGAGGATCTAAA
CCTAGTTTCACGGTGGCTTTTTCCTCTCCCACGTCTCCTGCTTCAGTTTCGGCTGATAAT
GAAGTCGACAAGGCGAAACTCGCTCAGGTTGCAAAGAGACTAGAGAAGACTTCAAGGTAC
TTCAAGAGGCTTGGGAGTATTGGTTTCTGGGGGCAGCTTGTGTCAACTGTTGTGGCTGCT
GTCATTCTATCCTTTTCCATTGTTGTAACTGGGAAACCCACTTCACCTGCTACTTTCTAC
GCTACCGCAACTGGCATCGCTGCTGCTTTTGTCTCTGTCTTCTGGTCCTTTGGTTATATT
CGCCTCTCTGACAGGCTCCGTCGAACTGCCGCTGACCCTGCCAAGGCCCCGCCTCGTGCA
GATGTTGTGAAAGGGTTGAGAAGTGGGATTATGGTAAATCTTCTTGGAATGGGAGCTGCA
ATTCTCGGGATGCAAGCAACGGTTGGGTTTTTAGTTGC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1B016JQ 734 0 0
AGTCGACAAGGCGAAACTCGCTCAGGTTGCAAAGAGACTAGAGAAGACTTCAAGGTACTT
CAAGAGGCTTGGGAGTATTGGTTTCTGGGGGCAGCTTGTGTCAACTGTTGTGGCTGCTGT
CATTCTATCCTTTTCCATTGTTGTAACTGGGAAACCCACTTCACCTGCTACTTTCTACGC
TACCGCAACTGGCATCGCTGCTGCTTTTGTCTCTGTCTTCTGGTCCTTTGGTTATATTCG
CCTTTCTGACAGGCTCCGTCGAACTGCCGCTGACCCTGCCAAGGCCCCGCCTCGTGCAGA
TGTTGTGAAAGGGTTGAGAAGTGGGATTATGGTAAATCTTCTTGGAATGGGAGCTGCAAT
TCTCGGGATGCAAGCAACGGTTGGGTTTTTAGTTGCAAAGGCGTTGACAACCTCAGCAAA
CCCTTTCTACCAAGGAGTCTCTCAAGGATACAGTCCCGTTCTTGCTCTTGATGTCTTCCT
CGTTCAGGCATCGGCGAACACCTTGCTTTCTCATTTTTTAGGCCTTGTTTGTTCCTCAGA
GCTGTTGCGATCCGTGACAGTACCCAACTCCGAATCCGCCTTCGTTCCTAAAGTTGCTTG
AGTTTCTGCCTTTTGTAGGCCTTAGCTCTTGTATTCACAAACGTTTACCGCAGACTTATT
TTCTTTCATAAATGAGAACCAACTGTTGTGGACTCAACCGCTTTATTACTGCCTAAAGCA
CATGCTTCTTTGCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL7325Contig1 704 2 2 U
GGACTCCTCAAATCTCTCTCTCATCTCCAAGTCCCTCCGACCGATGGCGGCGACAATGGC
AACATCAACCAAATGCATGTCCTTAAACCCATCTCCTCCTAAGTCTCTAAACCAAACCAA
ACCCACCTCCTCAAAACCCTACATCTCCCTCCCTACACCACCAAAATCCACCGTCTCCCT
CGCCGTCACAAGCACCGCCCTCGCCGGCGCCTTCTTCTCCGCCCTCAGCTACTCAGAGCC
CGCTTTCGCCGCCCACCAGATCGCTGAGCTCGCGGCGGCGGCAGCGGCGGGAGGTAACGA
CAACCGAGGACTAGCTCTTCTCCTCCCGATCGTCCCAGCGATCGGATGGGTGCTCTTCAA
CATTCTCCAGCCAGCTCTCAACCAGATCAACAAGATGCGAGAGAGCAAAGGAGTCGTCGT
GGGTCTTGGCATCGGTGGTGGTCTCGCTGCGTCAGGGCTTTTGACTATGCCGCAGGAGGC
CTCCGCTAGTATGGTTAACGAGATGGCGGCCGTGGCGGAAGCGGCGGCGAAAGGTGGAGA
CAACAGGGGACAGTTGTTGTTGTTCGTGGTTGCACCGGCTCTGCTTTGGGTTCTTTACAA
TATATTGCAGCCTGCTTTGAACCAACTCAATAAAATGAGGTCTGAGTAATAATCTTTGTA
TATATATTAATCATCGTTGGGATTCAAATGTAAAATTAATCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G872TF U 1
AF RR1G872JQ C 130
BS 1 697 RR1G872TF
BS 698 704 RR1G872JQ

RD RR1G872TF 697 0 0
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AACATCAACCAAATGCATGTCCTTAAACCCATCTCCTCCTAAGTCTCTAAACCAAACCAA
ACCCACCTCCTCAAAACCCTACATCTCCCTCCCTACACCACCAAAATCCACCGTCTCCCT
CGCCGTCACAAGCACCGCCCTCGCCGGCGCCTTCTTCTCCGCCCTCAGCTACTCAGAGCC
CGCTTTCGCCGCCCACCAGATCGCTGAGCTCGCGGCGGCGGCAGCGGCGGGAGGTAACGA
CAACCGAGGACTAGCTCTTCTCCTCCCGATCGTCCCAGCGATCGGATGGGTGCTCTTCAA
CATTCTCCAGCCAGCTCTCAACCAGATCAACAAGATGCGAGAGAGCAAAGGAGTCGTCGT
GGGTCTTGGCATCGGTGGTGGTCTCGCTGCGTCAGGGCTTTTGACTATGCCGCAGGAGGC
CTCCGCTAGTATGGTTAACGAGATGGCGGCCGTGGCGGAAGCGGCGGCGAAAGGTGGAGA
CAACAGGGGACAGTTGTTGTTGTTCGTGGTTGCACCGGCTCTGCTTTGGGTTCTTTACAA
TATATTGCAGCCTGCTTTGAACCAACTCAATAAAATGAGGTCTGAGTAATAATCTTTGTA
TATATATTAATCATCGTTGGGATTCAAATGTAAAATT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1G872JQ 575 0 0
CTCAAAACCCTACATCTCCCTCCCTACACCACCAAAATCCACCGTTTCCCTCGCCGTCAC
AAGCACCGCCCTCGCCGGCGCCTTTTTTTCCGCCCTCAGCTACTCAGAGCCCGCTTTCGC
CGCCCACCAGATCGCTGAGCTCGCGGCGGCGGCAGCGGCGGGAGGTAACGACAACCGAGG
ACTAGCTTTTTTCCTCCCGATCGTCCCAGCGATCGGATGGGTGCTTTTCAACATTCTCCA
GCCAGCTTTCAACCAGATCAACAAGATGCGAGAGAGCAAAGGAGTCGTCGTGGGTCTTGG
CATCGGTGGTGGTCTCGCTGCGTCAGGGCTTTTGACTATGCCGCAGGAGGCCTCCGCTAG
TATGGTTAACGAGATGGCGGCCGTGGCGGAAGCGGCGGCGAAAGGTGGAGACAACAGGGG
ACAGTTGTTGTTGTTCGTGGTTGCACCGGCTCTGCTTTGGGTTCTTTACAATATATTGCA
GCCTGCTTTGAACCAACTCAATAAAATGAGGTCTGAGTAATAATCTTTGTATATATATTA
ATCATCGTTGGGATTCAAATGTAAAATTAATCCTT

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL7326Contig1 989 2 2 U
GGAAACAAGTTCGTCTTCCTTTTCGCAAAACCGTTTGAAAGAGGTTTATCTTTTGTTTAT
CGTATCTTTCATCATGAAGTTCCTGGAGTACACCAACCTTGACAGATTGAATGTGTTTAT
GGGTCATCTAAATCTCGGGGAAATAACTATCAAAGGTTGCCTTGAAGCTTACTCTTGTAA
ACATGCTGGAACTGATAAAAGATTGTCTCTCAGTTTGGAGAATGAGATGCTCGATTATCT
CGGGAAATCTTCTGACACTGACTCATCTTCACCCGTTGATCTTTTGTTAAGCAGATCAAG
TCGAAAGGCTTTGATCTACTTGGTTCTTACACTCTATCAGATGTACCCGGACTACGATTT
CAGCGCTGTGAAAGCACATCAGTTTTTCTCCGAGGAGAGCTGGGACACGTTTACTCAGAT
TTTTAACAACTATATGTTTGAAGCTTCTAAGGAATGGACTGAGAGGAATGAGGATGGTTT
CCTACTTGAGGCAATCTACGAGGCTCTTGATGAGGTTGTGAAACTAGCTGAATGTGAGAT
ATATGTGTACAACCCGAATCCTAATGCTGATCCTTTTCTCGAAGACGGAGCGATATGGTC
TTTCTGTTTCTTATTCTACAACCGAAAACTGAAGCGTGTTGCAGGATTTCGTTTCTGCTG
CATAAGTAACCTGGCAAGTGATGCCTTTCTCGCCGACACACCTCCATATGGAGAGGATGA
AGAGATCTTTGACGACATGGATATGTGATCTCTTTATCTTCAAGTTGAGCTCCGCAGTCT
GTAGAAATTCTGTATATCATCCATGTTAGATGTTATGCTCTCTAGTTTCTAGGCTTGTGA
ATCCAAGTCCCAGGTTAAGCTCTTCGCTTTCCTTTATCTGTGTAGTTAACGTATACTCTG
TACCTTGTCATGTCCAATAAGCTTATCAGAGACTTTGTTGTAATCTAATGTCCCTAAATA
ATGAGACAAAAAAATGTTGTGATTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CM23TF U 1
AF RR1CM23JQ C 194
BS 1 640 RR1CM23TF
BS 641 989 RR1CM23JQ

RD RR1CM23TF 640 0 0
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CGTATCTTTCATCATGAAGTTCCTGGAGTACACCAACCTTGACAGATTGAATGTGTTTAT
GGGTCATCTAAATCTCGGGGAAATAACTATCAAAGGTTGCCTTGAAGCTTACTCTTGTAA
ACATGCTGGAACTGATAAAAGATTGTCTCTCAGTTTGGAGAATGAGATGCTCGATTATCT
CGGGAAATCTTCTGACACTGACTCATCTTCACCCGTTGATCTTTTGTTAAGCAGATCAAG
TCGAAAGGCTTTGATCTACTTGGTTCTTACACTCTATCAGATGTACCCGGACTACGATTT
CAGCGCTGTGAAAGCACATCAGTTTTTCTCCGAGGAGAGCTGGGACACGTTTACTCAGAT
TTTTAACAACTATATGTTTGAAGCTTCTAAGGAATGGACTGAGAGGAATGAGGATGGTTT
CCTACTTGAGGCAATCTACGAGGCTCTTGATGAGGTTGTGAAACTAGCTGAATGTGAGAT
ATATGTGTACAACCCGAATCCTAATGCTGATCCTTTTCTCGAAGACGGAGCGATATGGTC
TTTCTGTTTCTTATTCTACAACCGAAAACTGAAGCGTGTT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1CM23JQ 796 0 0
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GACACTGACTCATCTTCACCCGTTGATCTTTTGTTAAGCAGATCAAGTCGAAAGGCTTTG
ATCTACTTGGTTCTTACACTCTATCAGATGTACCCGGACTACGATTTCAGCGCTGTGAAA
GCACATCAGTTTTTCTCCGAGGAGAGCTGGGACACGTTTACTCAGATTTTTAACAACTAT
ATGTTTGAAGCTTCTAAGGAATGGACTGAGAGGAATGAGGATGGTTTCCTACTTGAGGCA
ATCTACGAGGCTCTTGATGAGGTTGTGAAACTAGCTGAATGTGAGATATATGTGTACAAC
CCGAATCCTAATGCTGATCCTTTTCTCGAAGACGGAGCGATATGGTCTTTCTGTTTCTTA
TTCTACAACCGAAAACTGAAGCGTGTTGCAGGATTTCGTTTCTGCTGCATAAGTAACCTG
GCAAGTGATGCCTTTCTCGCCGACACACCTCCATATGGAGAGGATGAAGAGATCTTTGAC
GACATGGATATGTGATCTCTTTATCTTCAAGTTGAGCTCCGCAGTCTGTAGAAATTCTGT
ATATCATCCATGTTAGATGTTATGCTCTCTAGTTTCTAGGCTTGTGAATCCAAGTCCCAG
GTTAAGCTCTTCGCTTTCCTTTATCTGTGTAGTTAACGTATACTCTGTACCTTGTCATGT
CCAATAAGCTTATCAGAGACTTTGTTGTAATCTAATGTCCCTAAATAATGAGACAAAAAA
ATGTTGTGATTTGTTT

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL7327Contig1 688 2 1 U
GTAAGTTTTAAATAAAACTTTATTCCATAAATGACGTGGACCGGTTTGAGAAAAGATTAA
ACCGTGGATATACATATCACATACCCCTTTTATTACCAAGAGCATTCAACAACATGAGCT
TCTGAAAATATTAAAGAACACATAAGAGACGTGGATTATTATTGGAAGAGTTTACTTGAA
GTAACTAAACTGAAGACCAAGCGTTGGCTTCGACCCAGTTGAATGCAATCGGACCCAAGA
ACGCGTCAGGAATCCCGAATGAAGTGACAAGTGCAAGCGCGTGTGGTCTAAGCTCTCCGC
AGAGCTTAAAAACCTCTCTCCTCACATCTCCAACGTTGTCCCTCGAGAGGTAGCCGTATC
TCAAGAACGATGGATCTTCTTCAATGCTGATCAAAGCATACATTGATCTTACAAGACCCA
ACACATCCTTCAATGAGCCAGCAGGTAGTTTGGCCTCAGCATCCAAAACAGTTTGCAGTA
TTGCTTTCTCTGTGAAAGCTTTGCCTAAGTCCTCAGCAAGTTCATGATTCACGAGGAAAG
AGGACTCTCGGCTCTCCCCCCTTCCTTGAAGCTGCGCAACTTCAGAAGTGAATCTTTCTA
GAAGATCTCTCTCTCTTAAGCAGAACACATTTTTCTGAAACTGGCTGCATCTGAGGGTAG
AAGATGAGAGCTGCATAGGCAATTCAGG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1A654JQ U 1
AF RR1H653JQ U 3
BS 1 688 RR1A654JQ

RD RR1A654JQ 688 0 0
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TCTGAAAATATTAAAGAACACATAAGAGACGTGGATTATTATTGGAAGAGTTTACTTGAA
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QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1H653JQ 661 0 0
G
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GAAAATATTAAAGAACACATAAGAGACGTGGATTATTATTGGAAGAGTTTACTTGGAGTA
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CGTCAGGAATCCCGAATGAAGTGACAAGTGCAAGCGCGTGTGGTCTAAGCTCTCCGCAGA
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CTTTCTCTGTGAAAGCTTTGCCTAAGTCCTCAGCAAGTTCATGATTCACGAGGAAAGAGG
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QA 2 661 2 661
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AI42TF U 1
AF RR1AI42JQ C 114
BS 1 808 RR1AI42TF
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BS 863 900 RR1AI42JQ

RD RR1AI42TF 862 0 0
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AACAGCGTGATGAAGGTCGTCTTCGTTGCAAGCTCTTTGGCTATAGTTTGGTGTATGCGT
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GTTGTGTTGGCGTGTTTCGTGTTGGGGCTTCTCCTGCATGAGAGTTTCACATTTCAAGAG
GTGTTCTGGGCCTTTTCTATATACTTGGAGGCAGTTGCTATCCTTCCTCAGTTGGTTCTG
CTACAAAGAAGTGGGAATGTGGACAATTTGACTGGACAATATGTTCTCTTTCTCGGGGCG
TATCGTGGATTATATATCATCAACTGGATCTATCGCTATTTCACAGAAGATCATTTCACT
AGATGGATCGCTTGTGTATCCGGTCTTGTCCAAACTGCTCTCTATGCTGATTTCTTCTAC
TACTACTACTTGAGCTGGAAAACTAACACTAAACTGAAGCTTCCGGCTTGAGCAGAACCA
GGCAAATTTTGCAAGTGTTAGAAAAACAAAACAAGAGACATGGTTAGTATTTGGTTTCAC
CCCGTTGTTTCAATCTAACAAGAGTTGA*CGATACAGAATTGTTGTGTA*GATGCTTCAC
ATTGTAACTTTCCCGTGTATGA

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR1AI42JQ 787 0 0
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GGAGCTATATGCGCTTGTGTTCTTGACTCGGTACCTGGATCTGTTCACGGATTACGTGTC
TCTCTACAACAGCGTGATGAAGGTCGTCTTCGTTGCAAGCTCTTTGGCTATAGTTTGGTG
TATGCGTAGGCATCCACTCGTGCGAAAGTCGTACGATAAGGATCTGGATACGTTTCGTCA
TCAGTACGTTGTGTTGGCGTGTTTCGTGTTGGGGCTTCTCCTGCATGAGAGTTTCACATT
TCAAGAGGTGTTCTGGGCCTTTTCTATATACTTGGAGGCAGTTGCTATCCTTCCTCAGTT
GGTTCTGCTACAAAGAAGTGGGAATGTGGACAATTTGACTGGACAATATGTTCTCTTTCT
CGGGGCGTATCGTGGATTATATATCATCAACTGGATCTATCGCTATTTCACAGAAGATCA
TTTCACTAGATGGATCGCTTGTGTATCCGGTCTTGTCCAAACTGCTCTCTATGCTGATTT
CTTCTACTACTACTACTTGAGCTGGAAAACTAACACTAAACTGAAGCTTCCGGCTTGAGC
AGAACCAGGCAAATTTTGCAAGTGTTAGAAAAACAAAACAAGAGACATGGTTAGTATTTG
GTTTCACCCCGTTGTTTCAATCTAACAAGAGTTGAACGATACAGAATTGTTGTGTAAGAT
GCTTCACATTGTAACTTTCCCGTGTATGAATTTCACGCAGAGATTGAAATCAAAACTATT
CGTTTTC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL7329Contig1 383 2 2 U
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GCTCTTGCAAAACTCTTTGGAATATACTGGAAATTCATTACAATAGAGCACGGTTTTGAT
CAAAATCAGACCCTTTAAATGAGAGCTTTTGGTTAAAAAATGAGGAGTAGATACCAGCAT
GTCATATCGCAGGCTTGAAGGCGTGACATTAGCCACATAACAAGATGGATCTAGTGTACA
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TCATCCACACAAGCTATCCCTGGAACTTAAATTCTCTATGGACTTTCTCTCCTTGGCAAA
CAACACTGATCCCACATGATACC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BO11TF C 1
AF RR1BO11JQ U 255
BS 1 254 RR1BO11TF
BS 255 383 RR1BO11JQ

RD RR1BO11TF 383 0 0
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GCTCTTGCAAAACTCTTTGGAATATACTGGAAATTCATTACAATAGAGCACGGTTTTGAT
CAAAATCAGACCCTTTAAATGAGAGCTTTTGGTTAAAAAATGAGGAGTAGATACCAGCAT
GTCATATCGCAGGCTTGAAGGCGTGACATTAGCCACATAACAAGATGGATCTAGTGTACA
AGACTCTGCTTCTCTTTTTGTATTCTTTTTCACTTTCTTCTTGCTTTGAATCTTTATGGA
TCATCCACACAAGCTATCGCTGGAACTTAAATTCTCTATGGACTTTCTCTCCTTGGCAAA
CAACACTGATCCCACATGATACC

QA 1 383 1 383
DS 

RD RR1BO11JQ 129 0 0
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TATCCCTGGAACTTAAATTCTCTATGGACTTTCTCTCCTTGGCAAACAACACTGATCCCA
CATGATACC

QA 1 129 1 129
DS 



AS 1 2

CO CL7330Contig1 799 2 6 U
GGGTCTCTGATCTTGTTGCTTCTCTAACGTAGTAGAACAGTGTTGATGTTGGATTGAAGA
TGAGGTTTTTGTTTACTTGAATCTCAAATAAATCTTAGGCATTTCGTCGAACATTTGGAA
GACGCCTTGTTCTATATAAACCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCGCGTTGTTACCACAATCG
AAGCCTTGAAATGGAAAAGCTTATTGAGAATCATCAGTTTGCGACTCATGCTATAGCAGC
CTCGGCATCTGTCTCGCTAGGAACTGCTCTAGCTTACCCTCTAGATACCATCAAAACCAT
CATCCAGGCTGGCTCAGGACCCAGTAAGAAACTGAGCCCATCTCAAGTCGTCAACAGAGT
TTTCCGCTTCTCTGGCTATTCAGGTTTGTATAGTGGTCTTGGACGGTTAACTCTAGGAAG
AATATCAGGTGTTGGTGCAAGGTTCGGTGTCTATGAGATTCTCACAGCTTTCTACAAAGA
TGGTCGACATGATAACTATGTGCAAGTCAGTGAAGCTGTTCTAGCTGGTATGGTGGGAGG
TGCAGCAGAAACAGTGATGACTTCCCCCTTTGAGCTAATCAAAGTCCGACAACAAGTAAC
CGCTGCTTCACGGGCTCCAAACGCTGCAGCCGCTGCGGAGACCGCACCTGTAGTTTCACC
AATGATCACAAAACTTCTAAGAAGATACACTCTCGATGTGAAGTCATTGACACAAACAGT
CAGTCTCTTGTCCGTCTTGAACCATAAACACCCAAACATGGCAGCCGCTTTGCGAGAGTA
CCCTTGGATGATGACTGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B495TF U 1
AF RR1AY90TF U 71
BS 1 353 RR1B495TF
BS 354 355 RR1AY90TF
BS 356 403 RR1B495TF
BS 404 404 RR1AY90TF
BS 405 658 RR1B495TF
BS 659 799 RR1AY90TF

RD RR1B495TF 658 0 0
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TGAGGTTTTTGTTTACTTGAATCTCAAATAAATCTTAGGCATTTCGTCGAACATTTGGAA
GACGCCTTGTTCTATATAAACCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCGCGTTGTTACCACAATCG
AAGCCTTGAAATGGAAAAGCTTATTGAGAATCATCAGTTTGCGACTCATGCTATAGCAGC
CTCGGCATCTGTCTCGCTAGGAACTGCTCTAGCTTACCCTCTAGATACCATCAAAACCAT
CATCCAGGCTGGCTCAGGACCCAGTAAGAAACTGAGCCCATCTCAAGTCGTCA**AGAGT
TTTCCGCTTCTCTGGCTATTCAGGTTTGTATAGTGGTCTTGGATGGTTAACTCTAGGAAG
AATATCAGGTGTTGGTGCAAGGTTCGGTGTCTATGAGATTCTCACAGCTTTCTACAAAGA
TGGTCGACATGATAACTATGTGCAAGTCAGTGAAGCTGTTCTAGCTGGTATGGTGGGAGG
TGCAGCAGAAACAGTGATGACTTCCCCCTTTGAGCTAATCAAAGTCCGACAACAAGTAAC
CGCTGCTTCACGGGCTCCAAACGCTGCAGCCGCTGCGGAGACCGCACCTGTAGTTTCA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1AY90TF 729 0 0
GTTTACTTGAATCTCAAATAAATCTTAGGCATTTCGTCGAACATTTGGAAGACGCCTTGT
TCTATATAAACCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTC*CGTTGTTACCACAATCGAAGCCTTGAA
ATGGAAAAGCTTATTGAGAATCATCAGTTTGCGACTCATGCTATAGCAGCCTCGGCATCT
GTCTCGCTAGGAACTGCTCTAGCTTACCCTCTAGATACCATCAAAACCATCATCCAGGTT
GGCTCAGGACCCAGTAAGAAACTGAGCCCATCTCAAGTCGTCAACAGAGTTTTCCGCTTC
TCTGGCTATTCAGGTTTGTATAGTGGTCTTGGACGGTTAACTCTAGGAAGAATATCAGGT
GTTGGTGCAAGGTTCGGTGTCTATGAGATTCTCACAGCTTTCTACAAAGATGGTCGACAT
GATAACTATGTGCAAGTCAGTGAAGCTGTTCTAGCTGGTATGGTGGGAGGTGCAGCAGAA
ACAGTGATGACTTCCCCCTTTGAGCTAATCAAAGTCCGACAACAAGTAACCGCTGCTTCA
CGGGCTCCAAACGCTGCAGCCGCTGCGGAGACCGCACCTGTAGTTTCACCAATGATCACA
AAACTTCTAAGAAGATACACTCTCGATGTGAAGTCATTGACACAAACAGTCAGTCTCTTG
TCCGTCTTGAACCATAAACACCCAAACATGGCAGCCGCTTTGCGAGAGTACCCTTGGATG
ATGACTGGA

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL7331Contig1 866 2 10 U
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TTGCAAGAAAGAATGGCGAAAGAGTCCACCACCATTGACGTCGGCGAGCCGAACACAATG
ACCAAAAGTACAAGCCATGTCGTAGTGGATGAGAAGAAAAAGAAAGGCTTTGTGGCAGCC
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GCCATAGGAATCACTATCGGGGCTTCCTCTGTCATGTTTACCGCCGAGGAGACACTTCCC
TTCTTCACTCAGTTCTTACAGTTCCAAGCCGGTTACGATGACTTTCCCACATTTCAGTTC
TTTGTGATAGCAATAGCCATTGTCGCCAGCTATCTCGTCCTATCACTTCCATTCTCTATC
GTAACTATTGTCCGCCCACTTGCGGTTGCACCCCGGCTCATCCTGCTCATCTCCGACACT
GTTGTTTTAACGCTTACCACAGCAGCAGCTGCTGCCGCAGCATCAATTGCCTACCTTGCA
CATAACGGCAACACAAACACCAATTGGCTCCCCATTTGTCAGCAATTTGGAGACTTCTGC
CAAACCGCGAGTACTGCTGTTGTAGCCGCCTCTATCTCCGTTGTCTTCTTCGTCCTTCTT
ATTGTCATCTCAGCCATTGCCCTAAAAAGGCATTGATTTGATATTTTCCGCGTGTCAAGA
TGGAAAAGGGATCTAGTGTCTTCATGTATATGTGGTGTAGTGTGTGCTTTGTGTAACATG
AGATTGTAAGTATATGGTATCATTATGGTGTGGAAAATGTAACCGGAGTTCACATGTTTT
AAGAAGATTTGTCTTGGTTCAGCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EC15TF U 1
AF RR1EC15JQ C 61
BS 1 689 RR1EC15TF
BS 690 690 RR1EC15JQ
BS 691 717 RR1EC15TF
BS 718 718 RR1EC15JQ
BS 719 729 RR1EC15TF
BS 730 730 RR1EC15JQ
BS 731 775 RR1EC15TF
BS 776 776 RR1EC15JQ
BS 777 794 RR1EC15TF
BS 795 866 RR1EC15JQ

RD RR1EC15TF 794 0 0
GGACAAGTAGAAAACATATCAATACACAACCAACACATTTCTTCTTTCTTTGAATCCTAA
TTGCAAGAAAGAATGGCGAAAGAGTCCACCACCATTGACGTCGGCGAGCCGAACACAATG
ACCAAAAGTACAAGCCATGTCGTAGTGGATGAGAAGAAAAAGAAAGGCTTTGTGGCAGCC
GCTGCAGGAGGCGGCTACAAGAGAGGTTTGGCCGTATTCGATTTCCTCCTCCGTTTGGCG
GCCATAGGAATCACTATCGGGGCTTCCTCTGTCATGTTTACCGCCGAGGAGACACTTCCC
TTCTTCACTCAGTTCTTACAGTTCCAAGCCGGTTACGATGACTTTCCCACATTTCAGTTC
TTTGTGATAGCAATAGCCATTGTCGCCAGCTATCTCGTCCTATCACTTCCATTCTCTATC
GTAACTATTGTCCGCCCACTTGCGGTTGCACCCCGGCTCATCCTGCTCATCTCCGACACT
GTTGTTTTAACGCTTACCACAGCAGCAGCTGCTGCCGCAGCATCAATTGCCTACCTTGCA
CATAACGGCAACACAAACACCAATTGGCTCCCCATTTGTCAGCAATTTGGAGACTTCTGC
CAAACCGCGAGTACTGCTGTTGTAGCCGCCTCTATCTCCGTTGTCTTCTTCGTCCTTCTT
ATTGTCATCTCAGCCATTGCCCTAAAAAG*CATTGATTTGATATTTTCCGCGTGTCA*GA
TGGAAAAGG*ATCTAGTGTCTTCATGTATATGTGGTGTAGTGTGTGCTTTGTGTA*CATG
AGATTGTAAGTATA

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1EC15JQ 806 0 0
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ACCAAAAGTACAAGCCATGTCGTAGTGGATGAGAAGAAAAAGAAAGGCTTTGTGGCAGCC
GCTGCAGGAGGCGGCTACAAGAGAGGTTTGGCCGTATTCGATTTCCTCCTCCGTTTGGCG
GCCATAGGAATCACTATCGGGGCTTCCTCTGTCATGTTTACCGCCGAGGAGACACTTCCC
TTCTTCACTCAGTTCTTACAGTTCCAAGCCGGTTACGATGACTTTCCCACATTTCAGTTC
TTTGTGATAGCAATAGCCATTGTCGCCAGCTATCTCGTCCTATCACTTCCATTCTCTATC
GTAACTATTGTCCGCCCACTTGCGGTTGCACCCCGGCTCATCCTGCTCATTTCCGACACT
GTTGTTTTAACGCTTACCACAGCAGCAGCTGCTGCCGCAGCATCAATTGCCTACCTTGCA
CATAACGGCAACACAAACACCAATTGGCTCCCCATTTGTCAGCAATTTGGAGACTTCTGC
CAAACCGCGAGTACTGCTGTTGTAGCCGCCTCTATCTCCGTTGTCTTCTTCGTCCTTCTT
ATTGTCATCTCAGCCATTGCCCTAAAAAGGCATTGATTTGATATTTTCCGCGTGTCAAGA
TGGAAAAGGGATCTAGTGTCTTCATGTATATGTG*TGTAGTGTGTGCTTTGTGTAACATG
AGATTGTAAGTATATGGTATCATTATGGTGTGGAAAATGTAACCGGAGTTCACATGTTTT
AAGAAGATTTGTCTTGGTTCAGCTTG

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL7332Contig1 776 2 2 U
GGATGAAAGCATAAAGCCGTCGCTGCCGCTCTATCCGTCCCCTCTCTACTACATTCTTAC
CTGTCGGGAACAAAACAACAAGCCATGGCGGAACAGACTGAGAAAGCTTTTCTAAAGCAA
CCTAAGGTCTTCCTCAGCTCCAAGACATCAGGCAAGGGAAAGCGACCTGGGAAGGGTGGA
AACAGATTTGTGAAGAACATCGGCTTGGGCTTCAATACTCCTCGCGAAGCCATTTCAGGA
ACTTACATTGACAGTAAATGTCCCTTCACTGGAACTGTTTCTATTAGAGGCCGTATCTTA
GCTGGTACTTGCCACAGTGCCAAGATGCAGAGGACCATTATCGTGCGAAGGAACTACCTT
CACTTTGTCAAGAAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCATTCGAACATCCCAGCTCATGTC
TCACCTTGCTTCCGTGTCAAGGAAGGCGACCATGTCATCATTGGCCAATGCAGGCCATTG
TCCAAGACTGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATACCAGCTGGTGCTTCTGCTTTCTCA
AAGAAGGCTTTCACTGGAATGTAAGGAGGGATTTTCTTGGATAGTGTTGAGATCTACTAC
TATTTTATCCATTTTATCTATTGAGAATTTCACATTTAATTTTCAAGATTTTAATGCACT
ATGATTTTTGTCTACTTGTTATAGCTTTTTAATCCCAGTTTCGAGATATCCCTGTGTTTT
ATTATATTTCTTAAACAATTAAAAATCAGTTACCAGGGTCTAATAAGTTAAAGTAG


BQ
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AF RR1AG60JQ C 1
AF RR1AG60TF U 1
BS 1 740 RR1AG60TF
BS 741 776 RR1AG60JQ

RD RR1AG60JQ 776 0 0
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QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1AG60TF 740 0 0
GGATGAAAGCATAAAGCCGTCGCTGCCGCTCTATCCGTCCCCTCTCTACTACATTCTTAC
CTGTCGGGAACAAAACAACAAGCCATGGCGGAACAGACTGAGAAAGCTTTTCTAAAGCAA
CCTAAGGTCTTCCTCAGCTCCAAGACATCAGGCAAGGGAAAGCGACCTGGGAAGGGTGGA
AACAGATTTGTGAAGAACATCGGCTTGGGCTTCAATACTCCTCGCGAAGCCATTTCAGGA
ACTTACATTGACAGTAAATGTCCCTTCACTGGAACTGTTTCTATTAGAGGCCGTATCTTA
GCTGGTACTTGCCACAGTGCCAAGATGCAGAGGACCATTATCGTGCGAAGGAACTACCTT
CACTTTGTCAAGAAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCATTCGAACATCCCAGCTCATGTC
TCACCTTGCTTCCGTGTCAAGGAAGGCGACCATGTCATCATTGGCCAATGCAGGCCATTG
TCCAAGACTGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATACCAGCTGGTGCTTCTGCTTTCTCA
AAGAAGGCTTTCACTGGAATGTAAGGAGGGATTTTCTTGGATAGTGTTGAGATCTACTAC
TATTTTATCCATTTTATCTATTGAGAATTTCACATTTAATTTTCAAGATTTTAATGCACT
ATGATTTTTGTCTACTTGTTATAGCTTTTTAATCCCAGTTTCGAGATATCCCTGTGTTTT
ATTATATTTCTTAAACAATT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL7333Contig1 1215 2 2 U
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AGATGATATTGTCCGAACAATACTTGCATTCTCGCCTTACAAGCATAGATCTAACTGATT
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GCTCCATGCCCCTTCTCCATTCTCTCGAAATAGTTGACTGCGAAAAATTAAAGGAGCTTC
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AGATTGGAGAGAAGACGGAACAGAACTTCCTTCAGTTTGATCCAGCACCCGAACCTCATA
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ACATGAGTGATCGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G458TF U 1
AF RR1G458JQ C 481
BS 1 558 RR1G458TF
BS 559 1215 RR1G458JQ

RD RR1G458TF 558 0 0
GACTGCGATTCATCACTTCCTTGGAGAATCTCAGTGTTAGCTTAAGGGGAGAGCAGTGCA
AGATGATATTGTCCGAACAATACTTGCATTCTCGCCTTACAAGCATAGATCTAACTGATT
GTCGTTTTGAGGAGGATCCTACGCCTATTTTAGAGAAATTGCTTTACCTGCAACGGATTT
ATTTAGACCACATATCTTTTGGTGGGAATAGAATGGTTTGCTCGAGGGGTGGGTTTCCTC
AATTGAAAGAACTACAGTTTAGGGAATTAGAGGAGTGGGAAGAGTGGATAGTAGAAGATG
GCTCCATGCCCCTTCTCCATTCTCTCGAAATAGTTGACTGCGAAAAATTAAAGGAGCTTC
CTGATGGGCTGCGATTCATCACTTCCTTGGAGAAGCTGACCTGTGATGGTATGGGAGAGG
AGTGGACGAAGAGATTGTCGGAAGGAGGAGAAGATTATTACAAAGTCCAACACATCCCTT
CTGTTGAATTCGGGTACTAAATTATTATTTTCGGCAAAACTGGAGTCAGTCAGCAGCTGA
AGGAGACTCTCAGAAATT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1G458JQ 735 0 0
CTGTTGAATTCGGGTACTAAATTATTATTTTCGGCAAAACTGGAGTCAGTCAGCAGCTGA
AGGAGACTCTCAGAAATTACGGACTATCAGTTTCATTGGAACATAAACATTGACGCGGTG
AAGCTGTTTGACGAAACGTCTACACTGCAAAACGGAGTGCAGTATCAAATAAATTTCTGA
CGATGAAGGAAAGTGATAAAAGATCAAATGGATCCGATTCAAAAGGACTAGCCGACTAGG
CCTTGTATTTCAGATATTCTTGCAGATCGTGGCTACTACTCAGTTGAAACAGTCTCCCTA
TTGGTGGCACTGAAGGTGCGTTACAGAGACAGACTCACGATCCTGCGTGGGAATCATGAG
AGTCGTCAAATTACACAAGTTTATGGGTTTTATGACGAGTGCTTGAGGAATATGGCAATG
CAAACGTGTGGAAGCATTTCACGGACCTCTTTGATTACCTACCTCTTACAGCACTTATAG
AGATTGGAGAGAAGACGGAACAGAACTTCCTTCAGTTTGATCCAGCACCCGAACCTCATA
CCACTCGCAAGACTCCTGATTATTTTTTGTGATTTTCTTTCCACTTCTATTTTTTTTTTC
AAGTTCCAAAGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCATTGTAGTAGATGTGTTTCTTTGTTTCAT
TTGGTTTGGCGATGGATGTTCTAGTCCCACATGTTCTTTGCATAGTTGCAAGTGAATATC
ACATGAGTGATCGCC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL7334Contig1 711 2 2 U
CTCCCTGTTTATCGCCTCCGAAAAGACTTAACGCAGACCATCGTCTTGTAACCGTATCCT
TCACTGAGATCAAAAGAAACATGGCGGATGTTGAGCCAGAGGTTGCTGCTGCTGCAGGAG
TCCCGAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCTTC
TTGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTCT
CGAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTGATTAAGAAGCTGCGTAAGGCGAAAAGGG
AGGCACCACAAGGTGAGAAGCCTGAGCCAGTGAGAACCCATTTGAGGAACATGATCATCG
TCCCTGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTCTACAATGGGAAGACTTTCAACCAGGTCG
AGATCAAGCCCGAGATGATTGGTCACTACCTGGCTGAGTTCTCCATCTCTTACAAGCCGG
TTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGATTCATTCCTCTCAAGT
GAAGATCTTGTTGTACTTGCGGGAATGTCTTTACATGGTCTCTTGCCTTTGATTTTACAA
CGTTCGTTTGTTAGACCTTTTTTTGTTTTGCTTTATGATGAAAAACTTCTTAGATACCAT
CTCTCATCTATTATGTGACCAGGATCTTAAAATCAAATCCTTTTGAGTTTT


BQ
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AF RR1BZ66TF U 1
AF RR1BZ66JQ C 179
BS 1 691 RR1BZ66TF
BS 692 711 RR1BZ66JQ

RD RR1BZ66TF 692 0 0
CTCCCTGTTTATCGCCTCCGAAAAGACTTAACGCAGACCATCGTCTTGTAACCGTATCCT
TCACTGAGATCAAAAGAAACATGGCGGATGTTGAGCCAGAGGTTGCTGCTGCTGCAGGAG
TCCCGAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCTTC
TTGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTCT
CGAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTGATTAAGAAGCTGCGTAAGGCGAAAAGGG
AGGCACCACAAGGTGAGAAGCCTGAGCCAGTGAGAACCCATTTGAGGAACATGATCATCG
TCCCTGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTCTACAATGGGAAGACTTTCAACCAGGTCG
AGATCAAGCCCGAGATGATTGGTCACTACCTGGCTGAGTTCTCCATCTCTTACAAGCCGG
TTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGATTCATTCCTCTCAAGT
GAAGATCTTGTTGTACTTGCGGGAATGTCTTTACATGGTCTCTTGCCTTTGATTTTACAA
CGTTCGTTTGTTAGACCTTTTTTTGTTTTGCTTTATGATGAAAAACTTCTTAGATACCAT
CTCTCATCTATTATGTGACCAGGATCTTAAA
T

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1BZ66JQ 533 0 0
TCTTGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTTTCGTATTCGCAGAAGGTT
CTCGAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTGATTAAGAAGCTGCGTAAGGCGAAAAG
GGAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCTGAGCCAGTGAGAACCCATTTGAGGAACATGATCAT
CGTCCCTGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTTTACAATGGGAAGACTTTCAACCAGGT
CGAGATCAAGCCCGAGATGATTGGTCACTACCTGGCTGAGTTCTCCATCTCTTACAAGCC
GGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGATTCATTCCTCTCAA
GTGAAGATCTTGTTGTACTTGCGGGAATGTCTTTACATGGTCTCTTGCCTTTGATTTTAC
AACGTTCGTTTGTTAGACCTTTTTTTGTTTTGCTTTATGATGAAAAACTTCTTAGATACC
ATCTCTCATCTATTATGTGACCAGGATCTTAAAATCAAATCCTTTTGAGTTTT

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

CO CL7335Contig1 1114 2 4 U
GGATAGAAGGGCAAAATCTACTACATTTTACAACTTTCTTACTGTTTCTCCTATAATGGA
AGCTTCACAAAATCTTCAGACACCACCAAAGCTCACTAAGTCGCCCTCAAATTTCATGAA
GGACGATGATGTGAGCCAAGAATGTCTGAATCTGATCTCTTCTTTACCTTCAGAGAAAGA
TTTCACGGGAAAAAAACTCTACAACTACCAAGGATCTTGGTACTATCCCAATACACTCCA
AGCAATCCTAAACTTCCAAAAACATTTCCGAGCACGAGACACCGATATCATCCTAGCTTC
TGTACCCAAATCAGGAACCACCTGGCTCAAGGCTCTTGTATTCGCTGTCGTCCATAGAAG
CAAGTATGCTCCTAATCTTGTATCTCATCCTCTCCTCTCTGATAATCCCCACAACCTCGT
CCGGTTTCTTGAACTTGATTTATATGTCAAGAATCAATGTCCTGGCCTAGAAGAGCTTCC
TTCGCCTCGGATTTTTGCAACCCACATGCCTTTTCAAATGCTTCATGAATCTCTAAGAGA
TTCTCCTTGCAAGGTTGTTTACGTGTGTAGAAACATAAAAGATGTGTTGGTCTCTCGTTG
GCATTTCAGGAGCAAGCTTGTTAGGAACTACGCGCTTGAAGATATAGTTGAAGAGTATGT
TAAAGGGGCTAGCTTCTTTGGACCGTTTCAGGAACAAGTATTAAGTTACTGGAAAGAGAG
CTTGGTGGATTGGAATCCGGTACTCTTCATGAGGTATGAAGAAATGATAGAGAAGCCTGA
GGCTCAAGTTATGAGGCTCGCAGATTTCTTAGGTTGTTCTTTCACCGAAGAAGAAAAGCA
AAGTGGAATTGTAGAGAAGATCTTGGAGCTGTGTAGTCTTGGTAACTTGAGTAACCTGGA
GGCCAACAAGACAGGGAGATCTACTTGTGGAATTCCTCACCATGGTTTTTTTCGTAAAGG
AGGAGTTGGTGACTGGAAGAATCATCTCACTGATGATATGGCAAGAAAACTCGATGAGAT
GGTTGAGAAGAAACTAAAAGGTTCAGGGTTGAAGTTTGAGTGATCCAAGTTCATTTGATG
TCTGATATTCAATAAAAAATCTTTGTTATGATAG


BQ
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AF RR1H908TF U 1
AF RR1H908JQ C 535
BS 1 609 RR1H908TF
BS 610 610 RR1H908JQ
BS 611 643 RR1H908TF
BS 644 1114 RR1H908JQ

RD RR1H908TF 643 0 0
GGATAGAAGGGCAAAATCTACTACATTTTACAACTTTCTTACTGTTTCTCCTATAATGGA
AGCTTCACAAAATCTTCAGACACCACCAAAGCTCACTAAGTCGCCCTCAAATTTCATGAA
GGACGATGATGTGAGCCAAGAATGTCTGAATCTGATCTCTTCTTTACCTTCAGAGAAAGA
TTTCACGGGAAAAAAACTCTACAACTACCAAGGATCTTGGTACTATCCCAATACACTCCA
AGCAATCCTAAACTTCCAAAAACATTTCCGAGCACGAGACACCGATATCATCCTAGCTTC
TGTACCCAAATCAGGAACCACCTGGCTCAAGGCTCTTGTATTCGCTGTCGTCCATAGAAG
CAAGTATGCTCCTAATCTTGTATCTCATCCTCTCCTCTCTGATAATCCCCACAACCTCGT
CCGGTTTCTTGAACTTGATTTATATGTCAAGAATCAATGTCCTGGCCTAGAAGAGCTTCC
TTCGCCTCGGATTTTTGCAACCCACATGCCTTTTCAAATGCTTCATGAATCTCTAAGAGA
TTCTCCTTGCAAGGTTGTTTACGTGTGTAGAAACATAAAAGATGTGTTGGTCTCTCGTTG
GCATTTCAG*AGCAAGCTTGTTAGGAACTACGCGCTTGAAGAT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1H908JQ 580 0 0
AAGAGATTCTCCTTGCAAGGTTGTTTACGTGTGTAGAAACATAAAAGATGTGTTGGTCTC
TCGTTGGCATTTCAGGAGCAAGCTTGTTAGGAACTACGCGCTTGAAGATATAGTTGAAGA
GTATGTTAAAGGGGCTAGCTTCTTTGGACCGTTTCAGGAACAAGTATTAAGTTACTGGAA
AGAGAGCTTGGTGGATTGGAATCCGGTACTCTTCATGAGGTATGAAGAAATGATAGAGAA
GCCTGAGGCTCAAGTTATGAGGCTCGCAGATTTCTTAGGTTGTTCTTTCACCGAAGAAGA
AAAGCAAAGTGGAATTGTAGAGAAGATCTTGGAGCTGTGTAGTCTTGGTAACTTGAGTAA
CCTGGAGGCCAACAAGACAGGGAGATCTACTTGTGGAATTCCTCACCATGGTTTTTTTCG
TAAAGGAGGAGTTGGTGACTGGAAGAATCATCTCACTGATGATATGGCAAGAAAACTCGA
TGAGATGGTTGAGAAGAAACTAAAAGGTTCAGGGTTGAAGTTTGAGTGATCCAAGTTCAT
TTGATGTCTGATATTCAATAAAAAATCTTTGTTATGATAG

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL7336Contig1 754 2 1 U
GGAAAGACAACAATGGCGTCGTCCTCCTCTCACCTCCTCCTCCTCGTCGCGATCACCGTC
TCTTCCCTTTCAATCTCCACCACCTCCGCACGTCCCTGCAAAACCTTCCTCATCTCCTCA
TACTCCCTCTCAATAACCCCAGAAAACCCACCCTCGATCCCCAATCCGATCTCTCCTCAT
CCTCGACCCGATTCGTCACCGTCTTCACGATCCGCCGCCTCAACCCCAACCCGATCGTCC
CTTTCTTCGTCAACCGCCACGGATTCGGGAAGAAGCAGCAGCCTCATCAGATCCAGCAGG
AGGAGGAGAATCGTCCTTCTCATCAGCTGTCTTTCCCTTTCGTCTCGGAGAACGTCAAGG
ATCGCACGAGGGACATCCTCAGCGTCGTGATGGCTCTCCTGTTCGGTGTCGGATGCGGGG
CCTTGACCGCCGCGACTATGTACCTCGTGTGGGCTCTGGTTGTGAATCGCCGCGGGTACA
GTTTCGAGGAAGAGGAAGATGATTACGAGAACGAGGAGTCGGATGCAGCTAGCTTGAAGA
AGCTGGGATACGTCAAGATCCCTGAACCTGTCAAGGAAGCTGCTTAAATTGGAGTTATCC
TATTTACCCAACCAAACAGACACTTCTGCATATTATTTACGTTATTGTCTATCTATCTAT
GTTGCGTTGCTTTATCAGTTGATTCGAATGTTTGTATGGATTTATCTATTTTATAGCTTA
ATATATAATACTGATGAGATATTATCAGTGCTCG


BQ
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AF RR1B152JQ C 1
AF RR1B152TF U 1
BS 1 754 RR1B152TF

RD RR1B152JQ 754 0 0
GGAAAGACAACAATGGCGTCGTCCTCCTCTCACCTCCTCCTCCTCGTCGCGATCACCGTC
TCTTCCCTTTCAATCTCCACCACCTCCGCACGTCCCTGCAAAACCTTCCTCATCTCCTCA
TACTCCCTCTCAATAACCCCAGAAAACCCACCCTCGATCCCCAATCCGATCTCTCCTCAT
CCTCGACCCGATTCGTCACCGTCTTCACGATCCGCCGCCTCAACCCCAACCCGATCGTCC
CTTTCTTCGTCAACCGCCACGGATTCGGGAAGAAGCAGCAGCCTCATCAGATCCAGCAGG
AGGAGGAGAATCGTCCTTCTCATCAGCTGTCTTTCCCTTTCGTCTCGGAGAACGTCAAGG
ATCGCACGAGGGACATCCTCAGCGTCGTGATGGCTCTCCTGTTCGGTGTCGGATGCGGGG
CCTTGACCGCCGCGACTATGTACCTCGTGTGGGCTCTGGTTGTGAATCGCCGCGGGTACA
GTTTCGAGGAAGAGGAAGATGATTACGAGAACGAGGAGTCGGATGCAGCTAGCTTGAAGA
AGCTGGGATACGTCAAGATCCCTGAACCTGTCAAGGAAGCTGCTTAAATTGGAGTTATCC
TATTTACCCAACCAAACAGACACTTCTGCATATTATTTACGTTATTGTCTATCTATCTAT
GTTGCGTTGCTTTATCAGTTGATTCGAATGTTTGTATGGATTTATCTATTTTATAGCTTA
ATATATAATACTGATGAGATATTATCAGTGCTCG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1B152TF 754 0 0
GGAAAGACAACAATGGCGTCGTCCTCCTCTCACCTCCTCCTCCTCGTCGCGATCACCGTC
TCTTCCCTTTCAATCTCCACCACCTCCGCACGTCCCTGCAAAACCTTCCTCATCTCCTCA
TACTCCCTCTCAATAACCCCAGAAAACCCACCCTCGATCCCCAATCCGATCTCTCCTCAT
CCTCGACCCGATTCGTCACCGTCTTCACGATCCGCCGCCTCAACCCCAACCCGATCGTCC
CTTTCTTCGTCAACCGCCACGGATTCGGGAAGAAGCAGCAGCCTCATCAGATCCAGCAGG
AGGAGGAGAATCGTCCTTCTCATCAGCTGTCTTTCCCTTTCGTCTCGGAGAACGTCAAGG
ATCGCACGAGGGACATCCTCAGCGTCGTGATGGCTCTCCTGTTCGGTGTCGGATGCGGGG
CCTTGACCGCCGCGACTATGTACCTCGTGTGGGCTCTGGTTGTGAATCGCCGCGGGTACA
GTTTCGAGGAAGAGGAAGATGATTACGAGAACGAGGAGTCGGATGCAGCTAGCTTGAAGA
AGCTGGGATACGTCAAGATCCCTGAACCTGTCAAGGAAGCTGCTTAAATTGGAGTTATCC
TATTTACCCAACCAAACAGACACTTCTGCATATTATTTACGTTATTGTCTATCTATCTAT
GTTGCGTTGCTTTATCAGTTGATTCGAATGTTTGTATGGATTTATCTATTTTATAGCTTA
ATATATAATACTGATGAGATATTATCAGTGCTCG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL7337Contig1 891 2 4 U
GGGTCTTACTGATTGAATCATTTACTCTGTTTGTTTCGTTTACTCGCGCGCTTCCGAGAA
GAAGGAGAGATGGGCTCACGACAAGGACCACCGAAGCATCAGAACAAATTCGCATGGGTA
CCCAACGCCGGCGTGAAGATCAACGAAACCGAAGTGGGCGGGAGATTCAGACCGCTCTCG
GAGATAACCGGAGTTTGCCTTCGCTGTCGGGAGCAGATCGCTTGGAAACGCAAATACGGC
AAATACAAAAAGCTAACCGAACCCGCCAAATGTCAGAAGTGTACGAAGCGTAATGTTCGT
CAAGCGTATCACAAGTTATGCTCTGGTTGTGCCAAGGAGCAGAAAGTGTGTGCCAAGTGT
TATTCTTCTACTGAGCAAATCATGGGAAGAGATATTTATGAGGTAGAGGCTGAACAGAAG
ATGCTTGATGAGACTATCAAGAATGCTAGGGAAAGAGATCGCAGGACGCTTTTGCGTGCT
ATGAACAAAGATAACAACCCGAAGAAATCAGATGAAGCAGTAGCAACAAGGAGCGATAGC
AGCAAGGTTGGTGATGTGTTTCCATCAACATCCCTTGAAGAATATGCAAACAAGTCTGGA
AAAGTTAGCGGGATTGTTGGTCATGGTAGTGTGTCTGATCATGGCCATGTCGTTGAGGAT
GATGAAGAAGATGATGATGATGTTGTTAGTGAACCTGAATTAGATGAAGATCACTGTGGT
GATGATGATGATGAACTCCAGAAGTGAATGTAACTTTGGTTGTAGTTCTGTCAATTTTGA
TAGGCTTGTGAGATTTTACAAAACTGATTATTCTTCTTGTTTTAATACACTTCACTCTGT
TATGGCTATAATGTATTGGGCTGAAAACTTCAAACGGGCCTCATATTTTCC


BQ
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DS 

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ATGCTAGGGAAAGAGATCGCAGGACGCTTTTGCGTGCTATGAACAAAGATAACAACCCGA
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CATCAACATCCCTTGAAGAATATGCAAACAAGTCTGGAAAAGTTAGCGGGATTGTTGGTC
ATGGTAGTGTGTCTGATCATGGCCATGTCGTTGAGGATGATGAAGAAGATGATGATGATG
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GAAAACTTCAAACGGGCCTCATATTTTCC

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DS 



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BQ
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AF RR1D717TF U 1
AF RR1D717JQ C 356
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BS 628 957 RR1D717JQ

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QA 1 627 1 627
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CT

QA 1 602 1 602
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GCTTTTTGTATATATATTAAAAGCGGTACTAGCCCCACATAGCAACCACCCCCTTCTTAT
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BQ
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CTTTTCTTCTTCTGCGGTCATGGCTTAAGGTCTGGTAAATTTTTTCTAGACGAATTATCG
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QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1ET82JQ U 1
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QA 1 824 1 824
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QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FR08JQ C 1
AF RR1FR08TF U 1
BS 1 740 RR1FR08TF
BS 741 764 RR1FR08JQ

RD RR1FR08JQ 764 0 0
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ATGGCTTCCTCTGAATCCACTGTGAAATTTGTGCCAGAAGAAGATAATTTCTTGCAGAGA
CATGTCGCCTTCTTCGACAGGAACAAAGATGGTATCGTTTATCCTTCAGAGACACTTCAA
GGGTTTAGAGCAATTGGATGTGGATATCTCTTGTCGGCATTCGCTTCTTTGTTCATCAAC
ATGGGTCTTAGCAGCAAAACTCGTCCGGGAAAAGGTTTCTCGCTCTCTTTTCCGATAGAG
ATTAAGAATATCCACCTTGGCAAACATGGTAGCGATTCAGGCGTTTACGACAAGGATGGG
AGGTTTGTGGAATCGAAGTTCGAGGAGATATTTGCGAAGCATTCACATACACATCCCGAT
GCTTTGACGGGCAAAGAACTCCAAGAACTCCTCGACCCAAACAAAGAAGCTAATGATCGT
AAAGGAGCGATTGCTGCCTATACGGAGTGGAAAATCTTGCAATATTTATGCAAAGACAAG
AACGGTTTGTTGCACAAAGAAACAGTGAGAGCTGTTTACGATGGTTCTCTTTTTGAGAAA
CTCGAGAAACAAACAGCCTCTAAGAAACATCCATGAAACACACCATTTTAAAACAAACTT
GCACGCCTGTGAATCTGTTTATTTATAAAACTTTGTACAAGTGAATTATGCTGTGAAGAT
TGCAATGTGTTTGATTCTTTAAAAAATTATAGTTTTCTGTGTGG

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1FR08TF 740 0 0
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ATGGCTTCCTCTGAATCCACTGTGAAATTTGTGCCAGAAGAAGATAATTTCTTGCAGAGA
CATGTCGCCTTCTTCGACAGGAACAAAGATGGTATCGTTTATCCTTCAGAGACACTTCAA
GGGTTTAGAGCAATTGGATGTGGATATCTCTTGTCGGCATTCGCTTCTTTGTTCATCAAC
ATGGGTCTTAGCAGCAAAACTCGTCCGGGAAAAGGTTTCTCGCTCTCTTTTCCGATAGAG
ATTAAGAATATCCACCTTGGCAAACATGGTAGCGATTCAGGCGTTTACGACAAGGATGGG
AGGTTTGTGGAATCGAAGTTCGAGGAGATATTTGCGAAGCATTCACATACACATCCCGAT
GCTTTGACGGGCAAAGAACTCCAAGAACTCCTCGACCCAAACAAAGAAGCTAATGATCGT
AAAGGAGCGATTGCTGCCTATACGGAGTGGAAAATCTTGCAATATTTATGCAAAGACAAG
AACGGTTTGTTGCACAAAGAAACAGTGAGAGCTGTCTACGATGGTTCTCTTTTTGAGAAA
CTCGAGAAACAAACAGCCTCTAAGAAACATCCATGAAACACACCATTTTAAAACAAACTT
GCACGCCTGTGAATCTGTTTATTTATAAAACTTTGTACAAGTGAATTATGCTGTGAAGAT
TGCAATGTGTTTGATTCTTT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL7343Contig1 752 2 2 U
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CACTCATGAGTAAGCACAAGTAAAAAAAAGTATTGGAAATCAAACCCTAGCTAGGAGGGT
GTAAACAAGATTCTTTGTGACTCTCATCTTAATCTGTCTTCGAGGCACTTTTGTGTTCTG
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GATTAGCTGCGGGAGGAGCTTGACCTTCCGCAGCAAGGTTCTTGAGAAGGTTCATGACCG
TGGGAACAAACTTTGCGGATATAGATATGAGCCCTGGAAGTGCACCATTGCGGAACTCGC
CAGGGATATCTAGTTGCGTCCAGAGTGCTTTCAAGAGAAGATAACCGACGAACAAGAGAC
CGAGATAAAGAGGGTTTCTTAGAAGAGTCATGAACTCGTTGAATCCAAGTATGATCAATG
CAAGAATTGCCCATGGAGGGGGTAACCAGTTACTACCACGCTTATTCGCTTCCTGTGCAG
ATATGGCTTGAGTCACTGTATACTCTGTTTACGTCTTGAACTGTCTCCATATAGATTTAC
ACTGTACCGGTGTGATCAAAGTTCTTGATGATGGAATCTCATCCCAAGTGCTTGAAGCTA
ATGGATCAGATGCTGTAATGCTCTTTTTAGACGTTGTTGGATCCAAAAGAGCAACAGTTA
GTGTCTTCTCTATGTTATCGGTCTCATCACCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FM20TF C 1
AF RR1FM20JQ U 3
BS 1 2 RR1FM20TF
BS 3 752 RR1FM20JQ

RD RR1FM20TF 752 0 0
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GATTAGCTGCGGGAGGAGCTTGACCTTCCGCAGCAAGGTTCTTGAGAAGGTTCATGACCG
TGGGAACAAACTTTGCGGATATAGATATGAGCCCTGGAAGTGCACCATTGCGGAACTCGC
CAGGGATATCTAGTTGCGTCCAGAGTGCTTTCAAGAGAAGATAACCGACGAACAAGAGAC
CGAGATAAAGAGGGTTTCTTAGAAGAGTCATGAACTCGTTGAATCCAAGTATGATCAATG
CAAGAATTGCCCATGGAGGGGGTAACCAGTTACTACCACGCTTATTCGCTTCCTGTGCAG
ATATGGCTTGAGTCACTGTATACTCTGTTTACGTCTTGAACTGTCTCCATATAGATTTAC
ACTGTACCGGTGTGATCAAAGTTCTTGATGATGGAATCTCATCCCAAGTGCTTGAAGCTA
ATGGATCAGATGCTGTAATGCTCTTTTTAGACGTTGTTGGATCCAAAAGAGCAACAGTTA
GTGTCTTCTCTATGTTATCGGTCTCATCACCC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1FM20JQ 750 0 0
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CTCATGAGTAAGCACAAGTAAAAAAAAGTATTGGAAATCAAACCCTAGCTAGGAGGGTGT
AAACAAGATTCTTTGTGACTCTCATCTTAATCTGTCTTCGAGGCACTTTTGTGTTCTGGT
GGATTTTTTGACGAAGAAACACTTGAAGAAGCGTTGTTGCTCGGAGGACGGTTCTCAGGA
TTAGCTGCGGGAGGAGCTTGACCTTCCGCAGCAAGGTTCTTGAGAAGGTTCATGACCGTG
GGAACAAACTTTGCGGATATAGATATGAGCCCTGGAAGTGCACCATTGCGGAACTCGCCA
GGGATATCTAGTTGCGTCCAGAGTGCTTTCAAGAGAAGATAACCGACGAACAAGAGACCG
AGATAAAGAGGGTTTCTTAGAAGAGTCATGAACTCGTTGAATCCAAGTATGATCAATGCA
AGAATTGCCCATGGAGGGGGTAACCAGTTACTACCACGCTTATTCGCTTCCTGTGCAGAT
ATGGCTTGAGTCACTGTATACTCTGTTTACGTCTTGAACTGTCTCCATATAGATTTACAC
TGTACCGGTGTGATCAAAGTTCTTGATGATGGAATCTCATCCCAAGTGCTTGAAGCTAAT
GGATCAGATGCTGTAATGCTCTTTTTAGACGTTGTTGGATCCAAAAGAGCAACAGTTAGT
GTCTTCTCTATGTTATCGGTCTCATCACCC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL7344Contig1 1035 2 2 U
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CTCTCAAGCTCTCACCACTAAAACTTCCAATCGTCGAAAAGGAGTGCGGCACAGTATGGG
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GCCATTGATGTTAGCGAAGGGGATAATGAGAGAGAGTATTTAAGGAGAGCTTGGCGGAGG
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GTGGTGAATGGCGGTGGGAATTTCTTCGTATAAACTGGAAGTATCTCTCTTTCTCTCTTG
TTGGTTTAATTTTCTTCCTTTTATATATTTCAGTGACGATTTTGTTTGTAGTGCATCTCT
AATCTCATTTGATGTATTTCAGAGTTTCTTCGCTGCATTGACCAGGATAACAATGTCTCT
CGGTCCTAACAGTGGCTCTATTACGGACGCTGATTATCACTATGAGACACTTGATAATCT
GCAAATTGCTGGTGGTGAAGACCAGATGATGAGGGGCTGTTAATCTATCCGTGGACTCAA
ACCCAATTGTCAACAACATTGGTCCAGATAACATTAACAGCTGTGATGCTGCTGCAACCA
TCGAAGACTGTTCAGAAGTGTCCGAACCGATTCCTCCGCAAACTGATCACTGGTTAACAC
GAAGAAACTATAACTATAGATAAAGGGGTCCAAATCTTAAGAAACTATAAAGGATCCTGG
TCACTCCAACTTCATTTCCAGTACCTAAGTTTTTACCCTTCACTGAAGTAGTTGTCTTTC
AGCTTCTTAATTATAATTGTCTGATCAACCTGGTTTTCGTTTGTTCAAGTATAATTGGCA
CACATGGTAATTTTAGTATTTATGTTGTTATGAAATTTTTGGTTAACTAGATAATTGGTT
TCATATTGTTTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ70TF U 1
AF RR1DZ70JQ C 243
BS 1 663 RR1DZ70TF
BS 664 1035 RR1DZ70JQ

RD RR1DZ70TF 663 0 0
GGATCATTTTGTTCTTCACATCATAGCTCTAAAATTTTTGTGAAGCACAATGGGAAAGTC
CTCTCAAGCTCTCACCACTAAAACTTCCAATCGTCGAAAAGGAGTGCGGCACAGTATGGG
AGGCAAACACGGCGATGGAGGAGAGAAGGAGGAGGAGTAATCGGTAAGAGAAGGGAGAAA
GCCATTGATGTTAGCGAAGGGGATAATGAGAGAGAGTATTTAAGGAGAGCTTGGCGGAGG
TTTCTGCATAAAGTCTTTTCGCGATTCTGGAAGCTTTGATTTAAAGGCTATTTCATCGGT
TAGCTTGAAGCATTGCTATTTTCTGGTGGTTTCAGAGTTCACCGACTTGGTTCTAAGTCT
GTGGTGAATGGCGGTGGGAATTTCTTCGTATAAACTGGAAGTATCTCTCTTTCTCTCTTG
TTGGTTTAATTTTCTTCCTTTTATATATTTCAGTGACGATTTTGTTTGTAGTGCATCTCT
AATCTCATTTGATGTATTTCAGAGTTTCTTCGCTGCATTGACCAGGATAACAATGTCTCT
CGGTCCTAACAGTGGCTCTATTACGGACGCTGATTATCACTATGAGACACTTGATAATCT
GCAAATTGCTGGTGGTGAAGACCAGATGATGAGGGGCTGTTAATCTATCCGTGGACTCAA
ACC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1DZ70JQ 793 0 0
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GCTTGAAGCATTGCTATTTTCTGGTGGTTTCAGAGTTCACCGACTTGGTTCTAAGTCTGT
GGTGAATGGCGGTGGGAATTTCTTCGTATAAACTGGAAGTATCTCTCTTTCTCTCTTGTT
GGTTTAATTTTCTTCCTTTTATATATTTCAGTGACGATTTTGTTTGTAGTGCATCTCTAA
TCTCATTTGATGTATTTCAGAGTTTCTTCGCTGCATTGACCAGGATAACAATGTCTCTCG
GTCCTAACAGTGGCTCTATTACGGACGCTGATTATCACTATGAGACACTTGATAATCTGC
AAATTGCTGGTGGTGAAGACCAGATGATGAGGGGCTGTTAATCTATCCGTGGACTCAAAC
CCAATTGTCAACAACATTGGTCCAGATAACATTAACAGCTGTGATGCTGCTGCAACCATC
GAAGACTGTTCAGAAGTGTCCGAACCGATTCCTCCGCAAACTGATCACTGGTTAACACGA
AGAAACTATAACTATAGATAAAGGGGTCCAAATCTTAAGAAACTATAAAGGATCCTGGTC
ACTCCAACTTCATTTCCAGTACCTAAGTTTTTACCCTTCACTGAAGTAGTTGTCTTTCAG
CTTCTTAATTATAATTGTCTGATCAACCTGGTTTTCGTTTGTTCAAGTATAATTGGCACA
CATGGTAATTTTAGTATTTATGTTGTTATGAAATTTTTGGTTAACTAGATAATTGGTTTC
ATATTGTTTTGGT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL7345Contig1 748 2 2 U
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GCATGCAATCCACGAGACAAAAAGTATAACAATGGCAAATAAAAATTAGACAGAAATAAA
AAGGTAATATAGAATTCAAAGCTAAAGAGATGACATCATTGATTTTGTTGTTGTTGTTGT
TGTTGTTGTTGCTGTGGTTGTTGTTGTTTCTCCTTGTGACATATATCACTTAGATGCGGC
AGTTTCATAGTCAATAACGGTTTGAAAGGCTCCAGCAAGAGCCAAAACTTTGTTCTTCCT
TGGATTCTCTTGCATCTTACTTGCTATTACATCGTTGTAGGCCGATGGAGATTCCTTCTT
ACCTTTCACTATTTCCTTCTTCTTTCCTTCTCCTGATTCTTCTTTAATTTTATCCTTTTC
CTTTTCCTCATCTTTAACCTCTTCCTTCTCTTCTCTGTTCACTTCCTTTTCTTCTTCCAC
TTCTTCTTTTTCTTCCCTAGTCTCTTTCACGCTTTCAACTTCTTCGACCTTCTCAACTTC
TTTTGGTTTCATGTCAGCATCGACCTTCTCTGAAGTCTCACCTTCATCAATCTTTGGTAT
AACCTCTAGATCAGTGAGTTCACCCTTGTTCTCTTGTTCTTTCTTTTCCTCTATCTTCTC
TTCTGAGTTATGTTCATTGACCAATATTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTTTCATTTTCTTT
GGCAACAACAACAACAATGTCTTCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DQ04TF C 1
AF RR1DQ04JQ U 9
BS 1 8 RR1DQ04TF
BS 9 748 RR1DQ04JQ

RD RR1DQ04TF 748 0 0
TTTTTTTTCCATTCAAACATATAGTGTAATTAGGTGCGTGTAACTTTGTTCACTCCAAAA
GCATGCAATCCACGAGACAAAAAGTATAACAATGGCAAATAAAAATTAGACAGAAATAAA
AAGGTAATATAGAATTCAAAGCTAAAGAGATGACATCATTGATTTTGTTGTTGTTGTTGT
TGTTGTTGTTGCTGTGGTTGTTGTTGTTTCTCCTTGTGACATATATCACTTAGATGCGGC
AGTTTCATAGTCAATAACGGTTTGAAAGGCTCCAGCAAGAGCCAAAACTTTGTTCTTCCT
TGGATTCTCTTGCATCTTACTTGCTATTACATCGTTGTAGGCCGATGGAGATTCCTTCTT
ACCTTTCACTATTTCCTTCTTCTTTCCTTCTCCTGATTCTTCTTTAATTTTATCCTTTTC
CTTTTCCTCATCTTTAACCTCTTCCTTCTCTTCTCTGTTCACTTCCTTTTCTTCTTCCAC
TTCTTCTTTTTCTTCCCTAGTCTCTTTCACGCTTTCAACTTCTTCGACCTTCTCAACTTC
TTTTGGTTTCATGTCAGCATCGACCTTCTCTGAAGTCTCACCTTCATCAATCTTTGGTAT
AACCTCTAGATCAGTGAGTTCACCCTTGTTCTCTTGTTCTTTCTTTTCCTCTATCTTCTC
TTCTGAGTTATGTTCATTGACCAATATTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTTTCATTTTCTTT
GGCAACAACAACAACAATGTCTTCCACC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1DQ04JQ 740 0 0
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TCCACGAGACAAAAAGTATAACAATGGCAAATAAAAATTAGACAGAAATAAAAAGGTAAT
ATAGAATTCAAAGCTAAAGAGATGACATCATTGATTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG
TTGCTGTGGTTGTTGTTGTTTCTCCTTGTGACATATATCACTTAGATGCGGCAGTTTCAT
AGTCAATAACGGTTTGAAAGGCTCCAGCAAGAGCCAAAACTTTGTTCTTCCTTGGATTCT
CTTGCATCTTACTTGCTATTACATCGTTGTAGGCCGATGGAGATTCCTTCTTACCTTTCA
CTATTTCCTTCTTCTTTCCTTCTCCTGATTCTTCTTTAATTTTATCCTTTTCCTTTTCCT
CATCTTTAACCTCTTCCTTCTCTTCTCTGTTCACTTCCTTTTCTTCTTCCACTTCTTCTT
TTTCTTCCCTAGTCTCTTTCACGCTTTCAACTTCTTCGACCTTCTCAACTTCTTTTGGTT
TCATGTCAGCATCGACCTTCTCTGAAGTCTCACCTTCATCAATCTTTGGTATAACCTCTA
GATCAGTGAGTTCACCCTTGTTCTCTTGTTCTTTCTTTTCCTCTATCTTCTCTTCTGAGT
TATGTTCATTGACCAATATTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTTTCATTTTCTTTGGCAACAA
CAACAACAATGTCTTCCACC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL7346Contig1 751 2 8 U
GAGCGAGATCTGAGTAGCTACATCGAAGAAGAAGAAGAAGATGAAGCGTGAGTTTGCGAC
AACGCTCTTACTCTCGACTCTCTTTACCTTTCTGGTGCCGGAGCTGATTCCGGTATGCGA
AGCCGTGTGGCTCAACATTCCCAAGACCGGAACAAAGTGCGTGTCGGAGGAAATCCAGAG
CAAGGTCGTCGTTTTGGCCGATTACCTCGTCATCTCCGACGAACATTCCATCTTCCCTAC
TGTTTCTCTCAAGGTTACATCACCATATGGCAGCGTTTTGCACCATAGCGAAAATGCTAC
GCATGGTCAGTTTGCGTTTACAACCCAGGAATCAGGAACCTACTTGGCCTGTTTTGAGGC
CGTAGGGAATAGTCACGGTAACAAGGATATTAGTATCAACCTTGACTGGAAAACTGGAAT
CGCGGCCAAGGATTGGGACTCCATTGCTAGAAAAGAGAAGATCGAGGGTGTGGAGCTTGA
GCTTAGGAAACTCGAAGGTTCAGTTGAGGCCATACATGAAAACCTACTTTACCTCCGAAA
CAGAGAAGCAGACATGAGGATTGTGAGTGAAAAAACAAACTCGCGAGTCGCATGGTACAG
TATAATGTCACTAGGCATCTGCATTGTGGTCTCTGGTTTACAGATTTTGTACTTGAAGCA
ATACTTTGAAAAGAAGAAGCTTATTTAGATGAGAGTGATCCATGGGTACTTGAGACACCA
ACAGACTGTTCAGTTTCCTTTGCTTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DG42TF U 1
AF RR1E324TF U 18
BS 1 153 RR1DG42TF
BS 154 154 RR1E324TF
BS 155 271 RR1DG42TF
BS 272 272 RR1E324TF
BS 273 671 RR1DG42TF
BS 672 672 RR1E324TF
BS 673 735 RR1DG42TF
BS 736 751 RR1E324TF

RD RR1DG42TF 735 0 0
GAGCGAGATCTGAGTAGCTACATCGAAGAAGAAGAAGAAGATGAAGCGTGAGTTTGCGAC
AACGCTCTTACTCTCGACTCTCTTTACCTTTCTGGTGCCGGAGCTGATTCCGGTATGCGA
AGCCGTGTGGCTCAACATTCCCAAGACCGGAACGAAGTGCGTGTCGGAGGAAATCCAGAG
CAAGGTCGTCGTTTTGGCCGATTACCTCGTCATCTCCGACGAACATTCCATCTTCCCTAC
TGTTTCTCTCAAGGTTACATCACCATATGGCGGCGTTTTGCACCATAGCGAAAATGCTAC
GCATGGTCAGTTTGCGTTTACAACCCAGGAATCAGGAACCTACTTGGCCTGTTTTGAGGC
CGTAGGGAATAGTCACGGTAACAAGGATATTAGTATCAACCTTGACTGGAAAACTGGAAT
CGCGGCCAAGGATTGGGACTCCATTGCTAGAAAAGAGAAGATCGAGGGTGTGGAGCTTGA
GCTTAGGAAACTCGAAGGTTCAGTTGAGGCCATACATGAAAACCTACTTTACCTCCGAAA
CAGAGAAGCAGACATGAGGATTGTGAGTGAAAAAACAAACTCGCGAGTCGCATGGTACAG
TATAATGTCACTAGGCATCTGCATTGTGGTCTCTGGTTTACAGATTTTGTACTTGAAGCA
ATACTTTGAAA*GAAGAAGCTTATTTAGATGAGAGTGATCCATGGGTACTTGAGACACCA
ACAGACTGTTCAGTT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1E324TF 734 0 0
GG
ACATCGAAGAAGAAGAAGAAGATGAAGCGTGAGTTTGCGACAACGCTCTTACTCTCGACT
CTCTTTACCTTTCTGGTGCCGGAGCTGATTCCGGTATGCGAAGCCGTGTGGCTCAACATT
CCCAAGACCGGAACAAAGTGCGTGTCGGAGGAAATCCAGAGCAAGGTCGTCGTTTTGGCC
GATTACCTCGTCATCTCCGACGAACATTCCATCTTCCCTACTGTTTCTCTCAAGGTTACA
TCACCATATGGCAGCGTTTTGCACCATAGCGAAAATGCTACGCATGGTCAGTTTGCGTTT
ACAACCCAGGAATCAGGAACCTACTTGGCCTGTTTTGAGGCCGTAGGGAATAGTCACGGT
AACAAGGATATTAGTATCAACCTTGACTGGAAAACTGGAATCGCGGCCAAGGATTGGGAC
TCCATTGCTAGAAAAGAGAAGATCGAGGGTGTGGAGCTTGAGCT*AGGAAACTCGAAGGT
TCAGTTGAGGCCATACATGAAAACCTACTTTACTTCCGAAACAGAGAAGCAGACATGAGG
ATTGTGAGTGAAAAAACAAACTCGCGAGTCGCATGGTACAGTATAATGTCACTAGGCATC
TGCATTGTGGTCTCTGGTTTACAGATTTTGTACTTGAAGCAATACTTTGAAAAGAAGAAG
CTTATTTAGATGAGAGTGATCCATGGGTACTTGAGACACCAACAGACTGTTCAGTTTCCT
TTGCTTTTGTTT

QA 3 734 3 734
DS 



AS 1 2

CO CL7347Contig1 1161 2 2 U
GGAATGGCAGACCGCCTGACAACTCACGGGCGAGTGTCAAGAACTTTATTGCTGAGGGAA
GTCTTGGCAAGCGGATAGATCTTGACACAAATGGAGTCTTGCATGGTGAGTTATTACCTG
ATCCAATTTCCTTTCTGGTGAATGACGAAGGATATATGTGTGTAGTTGCCATATTATAGT
TTTAAACAATCGTGAGAATGGAACCAAACCAAACAAGTTACAGAGACACTCAGCATCTGT
GGAAAATGGAAGAACTTTAGGTACACACCCACGTCCTCCAATCCCTGCTGCTCCTGAGGT
GCAAGGAACGGCTTGCAAGCCAGAAGCCAAGGAAGTTAAAACTAACGGCTCGCTGAGTCC
TGCTTTGGCTGCAACAATGAAAGTCAATGTCAAAGAAAATGGTGAAGCATCCGCAAAGCC
GCCGCCTCATCCGGACCTAAAGTACTTGGATCAGATACTCAGTGTACCGAAAAGAGAGCT
GTTTGTGGAGGTTGATAATGAGGAAGAATGGCTATATGGCCCGTTGGGTGTCAAGTTAAA
AAAGGCAAGAACATATTCTCCTGATTCTGGTGAATCCTCCTTGCAGGTCTGGAACCGAGC
TTTCAAAATAGAATCTGCCGACATTTTAGCTCTTCCGTATGTTGTTCCATTTTAGCTGCT
GTGGCTGTATTTTCTGATGTTCTCACGCCACAAACTATGAGAAGAAATTTGCCCACTTTG
CAGCAGTTTCTGCTCTGTTAGCAGCATCAATGATGGGGGCACATAAAGGAGACTGACACA
GCACTCCATGGCTCCCCAAAGTAAATAAGTTGGGATGAAAAAACGTTCCTTACACGGCTA
TAATACGCACACCCATAAAGCTCTGCCTGAGTGGGGAAGTGAATGAGGGAAGATGTAAGT
AGAGTAGATCCTTAGAGAAGTTGAAAAATATGTTGTTGAACATTTGTTTAAGATGTGTCG
TAAGGACAAGGATATGTGTGGCATATGGTTCTGCACTGTATCACAGAGGGTTCCGTGTGT
GTGTTACTGCGGATATGTGAATGGTGTCATGCTAATGTAAACCCTTTAACTTCTTATTAG
CTGCATACCCAATGTGGTGTGCAGACCTCGATACTGTCTAACTTGTTGGGGATAAATAAA
TGAGAGAGTTCCTTTTCTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CG85TF U 1
AF RR1CG85JQ C 415
BS 1 577 RR1CG85TF
BS 578 1161 RR1CG85JQ

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GTCTTGGCAAGCGGATAGATCTTGACACAAATGGAGTCTTGCATGGTGAGTTATTACCTG
ATCCAATTTCCTTTCTGGTGAATGACGAAGGATATATGTGTGTAGTTGCCATATTATAGT
TTTAAACAATCGTGAGAATGGAACCAAACCAAACAAGTTACAGAGACACTCAGCATCTGT
GGAAAATGGAAGAACTTTAGGTACACACCCACGTCCTCCAATCCCTGCTGCTCCTGAGGT
GCAAGGAACGGCTTGCAAGCCAGAAGCCAAGGAAGTTAAAACTAACGGCTCGCTGAGTCC
TGCTTTGGCTGCAACAATGAAAGTCAATGTCAAAGAAAATGGTGAAGCATCCGCAAAGCC
GCCGCCTCATCCGGACCTAAAGTACTTGGATCAGATACTCAGTGTACCGAAAAGAGAGCT
GTTTGTGGAGGTTGATAATGAGGAAGAATGGCTATATGGCCCGTTGGGTGTCAAGTTAAA
AAAGGCAAGAACATATTCTCCTGATTCTGGTGAATCC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1CG85JQ 747 0 0
AAAGCCGCCGCCTCATCCGGACCTAAAGTACTTGGATCAGATACTCAGTGTACCGAAAAG
AGAGCTGTTTGTGGAGGTTGATAATGAGGAAGAATGGCTATATGGCCCGTTGGGTGTCAA
GTTAAAAAAGGCAAGAACATATTCTCCTGATTCTGGTGAATCCTCCTTGCAGGTCTGGAA
CCGAGCTTTCAAAATAGAATCTGCCGACATTTTAGCTCTTCCGTATGTTGTTCCATTTTA
GCTGCTGTGGCTGTATTTTCTGATGTTCTCACGCCACAAACTATGAGAAGAAATTTGCCC
ACTTTGCAGCAGTTTCTGCTCTGTTAGCAGCATCAATGATGGGGGCACATAAAGGAGACT
GACACAGCACTCCATGGCTCCCCAAAGTAAATAAGTTGGGATGAAAAAACGTTCCTTACA
CGGCTATAATACGCACACCCATAAAGCTCTGCCTGAGTGGGGAAGTGAATGAGGGAAGAT
GTAAGTAGAGTAGATCCTTAGAGAAGTTGAAAAATATGTTGTTGAACATTTGTTTAAGAT
GTGTCGTAAGGACAAGGATATGTGTGGCATATGGTTCTGCACTGTATCACAGAGGGTTCC
GTGTGTGTGTTACTGCGGATATGTGAATGGTGTCATGCTAATGTAAACCCTTTAACTTCT
TATTAGCTGCATACCCAATGTGGTGTGCAGACCTCGATACTGTCTAACTTGTTGGGGATA
AATAAATGAGAGAGTTCCTTTTCTCCT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL7348Contig1 581 2 1 U
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TTGATGAAACTCTTGAGGCTCATGTGAGGTTAGGCATCGAAAAAGGCCGATCTGAGCTGA
TTGTTCGTGGTGCTTTGGCTCTACCACACTCTGTTAAAAAGGATGTGAGAGTGGCTTTCT
TTGCCGAGGGTTCGGATGCAGAGGATGCAAAGGCTGCAGGAGCTGATGTTGTCGGTGGTC
TTGAGCTTATTGAGGAAATCTTGAAAAGTGGCAAGATCGACTTTGATAGATGTCTCGCAA
CTCCCAAAATGATGCCCCGTGTTTACAAGATATCAAGGATTCTTAACAATCATGGTCTGA
TGCCTAACCCCAAACAAGGGAGTGTGACCAAGGATGTAATGAAAGCAGTGAAAGACGCAA
AAGCAGGACATACCAAATTCAGAATGGATAAAACTTCCATTCTTCATGTGCCACTTGGAA
AGATGAGCTTTCCTGAGGATGCTTTGAAGGAGAACGTTGGTGCATTCATGAACGCCCTGT
TGCTGGCTAAGCCTGCCGGATTGAAAAAGACATTTCACCCG


BQ
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AF RR1A233JQ C 1
AF RR1A233TF U 1
BS 1 581 RR1A233TF

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TTGATGAAACTCTTGAGGCTCATGTGAGGTTAGGCATCGAAAAAGGCCGATTTGAGCTGA
TTGTTCGTGGTGCTTTGGCTCTACCACACTCTGTTAAAAAGGATGTGAGAGTGGCTTTCT
TTGCCGAGGGTTCGGATGCAGAGGATGCAAAGGCTGCAGGAGCTGATGTTGTCGGTGGTC
TTGAGCTTATTGAGGAAATCTTGAAAAGTGGCAAGATCGACTTTGATAGATGTCTCGCAA
CTCCCAAAATGATGCCCCGTGTTTACAAGATATCAAGGATTCTTAACAATCATGGTCTGA
TGCCTAACCCCAAACAAGGGAGTGTGACCAAGGATGTAATGAAAGCAGTGAAAGACGCAA
AAGCAGGACATACCAAATTCAGAATGGATAAAACTTCCATTCTTCATGTGCCACTTGGAA
AGATGAGCTTTCCTGAGGATGCTTTGAAGGAGAACGTTGGTGCATTCATGAACGCCCTGT
TGCTGGCTAAGCCTGCCGGATTGAAAAAGACATTTCACCCG

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1A233TF 581 0 0
GGACATTTCACCCGAAAAAAAGAAAAACCTCAGAGTGAACGAACAATGCAAAGGCCAAGT
TTGATGAAACTCTTGAGGCTCATGTGAGGTTAGGCATCGAAAAAGGCCGATCTGAGCTGA
TTGTTCGTGGTGCTTTGGCTCTACCACACTCTGTTAAAAAGGATGTGAGAGTGGCTTTCT
TTGCCGAGGGTTCGGATGCAGAGGATGCAAAGGCTGCAGGAGCTGATGTTGTCGGTGGTC
TTGAGCTTATTGAGGAAATCTTGAAAAGTGGCAAGATCGACTTTGATAGATGTCTCGCAA
CTCCCAAAATGATGCCCCGTGTTTACAAGATATCAAGGATTCTTAACAATCATGGTCTGA
TGCCTAACCCCAAACAAGGGAGTGTGACCAAGGATGTAATGAAAGCAGTGAAAGACGCAA
AAGCAGGACATACCAAATTCAGAATGGATAAAACTTCCATTCTTCATGTGCCACTTGGAA
AGATGAGCTTTCCTGAGGATGCTTTGAAGGAGAACGTTGGTGCATTCATGAACGCCCTGT
TGCTGGCTAAGCCTGCCGGATTGAAAAAGACATTTCACCCG

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

CO CL7349Contig1 610 2 3 U
GGACACAAGAGAAAGAGAGAGAAAAAAACTTCAAAAAAAAAGGGTGAAGTTTTTACTCAT
TCCCTCTTCTCCTCTTCCATGGAAACACGATCAAAGGAAGCTCGGATTTGAGATGGGTTT
AGTTTAATTTCGATTCTTAAAGTTTGTTTCTTTTTAGCTGATGTATAGGGTTTAGAGTTA
GAGGTGTGTGGTCGTATTAGGGTTTTCTTTCTTGGGTTATGTGGATGGCTACACGATCAT
CTACCTCTGGGTTCAGTCACGAGTCTATAAATTTCCACTCTTTGAGAAGTTCATCTGAGA
TGATTCCGATGGGTCCTTACTTGGGTCGAAGTGGTTCCTTGTTGGGGATGCATATGATCA
GTAATGTTAGTAACTCTGGTTTAGTTCAAACCGGGAACTCTTTTGATTCGGTTTCTGGGC
TCAAGCTAGATATTTCTTTGGCTAGTGAATGGTCAACCGAAGAGCAACTCAAGTTGGAGG
TTGGCCTTGAGAAATATAAGGATAAACCAAGTATCATGAAATATATTAAAATTGCAGCCA
CTTTACCTGACAAAACCGTTCGAGATGTTGCCCTGCGGTGTAGATGGACGACGAGGAAGA
GAAGAAAAGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1FB41TF U 1
AF RR1GT90TF U 1
BS 1 446 RR1FB41TF
BS 447 447 RR1GT90TF
BS 448 610 RR1FB41TF

RD RR1FB41TF 610 0 0
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AGTTTAATTTCGATTCTTAAAGTTTGTTTCTTTTTAGCTGATGTATAGGGTTTAGAGTTA
GAGGTGTGTGGTCGTATTAGGGTTTTCTTTCTTGGGTTATGTGGATGGCTACACGATCAT
CTACCTCTGGGTTCAGTCACGAGTCTATAAATTTCCACTCTTTGAGAAGTTCATCTGAGA
TGATTCCGATGGGTCCTTACTTGGGTCGAAGTGGTTCCTTGTTGGGGATGCATATGATCA
GTAATGTTAGTAACTCTGGTTTAGTTCAAACCGGGAACTCTTTTGATTCGGTTTCTGGGC
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GAAGAAAAGC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1GT90TF 610 0 0
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AGTTTAATTTCGATTCTTAAAGTTTGTTTCTTTTTAGCTGATGTATAGGGTTTAGAGTTA
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CTACCTCTGGGTTCAGTCACGAGTCTATAAATTTCCACTCTTTGAGAAGTTCATCTGAGA
TGATTCCGATGGGTCCTTACTTGGGTCGAAGTGGTTCCTTGTTGGGGATGCATATGATCA
GTAATGTTAGTAACTCTGGTTTAGTTCAAACCGGGAACTCTTTTGATTCGGTTTCTGGGC
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CTTTACCTGACAAAACCGTTCGAGATGTTGCCCTGCGGTGTAGATGGACGACGAGGAAGA
GAAGAAAAGC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL7350Contig1 773 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AO44JQ C 1
AF RR1AO44TF U 1
BS 1 773 RR1AO44TF

RD RR1AO44JQ 773 0 0
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TCCTCCACTTCAAGACTCTTTCCGCTACCCTCAGAGACACGGTCCCAAGCATCCAGAGAT
TCGCAGACACTTACAAAATGGACTGTCCGTCCGCTCTTTACCGCCTCGTTACATCAGGTG
TTCCCGCCACGGTTGAACACCGAGCCACCGTCGAAGCATCTACCTCCAACTCTGCTTCCA
TTGTTGCTGAATGTGTGCAGAACTTCATCACGTCGATGGATTCTTTGAAACTAAACATGG
TTGCTGTCGATCAGGTTTATCCTCTCTTGTCTGATCTGTCTGCTTCTCTCAACAAACTGA
GTTATTCTACCGCCGGATTTCGAAGGGAAGACAAAGATGAAAGAATGGCTTTCGAGGTTG
TCTAAGATGGGAGCAGCTGATGAGCTCACGGAACAGCAGTCAAGGCAACTTCACTTTGAT
CTTGAGTCTTCATACAACTCTTTCATGGCAGCTTTGCCTAAAGGTGGTAATTGAAAAACC
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GTCGACCAAAAGCTTTGTAGCTCAAATAGTTTGAAACTACTAAAGTTACTCGT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1AO44TF 773 0 0
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AGATGTACGAGAACTTCGCAGAGCTTTTTGCAATCATCAAAGCCACAGAGAAGCTCGAGA
AAGCTTACATCAGAGACCTAATCTCTCCTCCAGACTACGAATCCGAGTGCAACAAACTCA
TCCTCCACTTCAAGACTCTCTCCGCTACCCTCAGAGACACGGTCCCAAGCATCCAGAGAT
TCGCAGACACTTACAAAATGGACTGTCCGTCCGCTCTTTACCGCCTCGTTACATCAGGTG
TTCCCGCCACGGTTGAACACCGAGCCACCGTCGAAGCATCTACCTCCAACTCTGCTTCCA
TTGTTGCTGAATGTGTGCAGAACTTCATCACGTCGATGGATTCTTTGAAACTAAACATGG
TTGCTGTCGATCAGGTTTATCCTCTCTTGTCTGATCTGTCTGCTTCTCTCAACAAACTGA
GTTATTCTACCGCCGGATTTCGAAGGGAAGACAAAGATGAAAGAATGGCTTTCGAGGTTG
TCTAAGATGGGAGCAGCTGATGAGCTCACGGAACAGCAGTCAAGGCAACTTCACTTTGAT
CTTGAGTCTTCATACAACTCTTTCATGGCAGCTTTGCCTAAAGGTGGTAATTGAAAAACC
AATGTACGTTGGTTTCTTGTTTTTGGTGTGTAAAGTATCGAATGTTCTTGCACACTTATA
GTCGACCAAAAGCTTTGTAGCTCAAATAGTTTGAAACTACTAAAGTTACTCGT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL7351Contig1 896 2 2 U
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ATTCGTTACATTGCTTGCTCAACCTGGTTCACAAACGGTCTTAACTTACCACGGGACGGC
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TCAAGATACTCTATGCGACGACAAAGGCAACCATTTTTTCAAGGACTGTTACATCGAAGG
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TGGATACACATTCGTGCACTGCAAAATCACTGGAACCGGAACCGGAATTTATTTGGGCCG
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TACTTCCTCCTCCTAAATACTGAGAAATTTTCTTTAAAGATAAAATATTGATTTGTAAAA
CAGTCCTTTTGGCGAAATGTTCCCCATCTTTTATAAAAATTCAATTCATTCCTTCC


BQ
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AF RR1AP90TF U 1
AF RR1AP90JQ C 69
BS 1 847 RR1AP90TF
BS 848 896 RR1AP90JQ

RD RR1AP90TF 847 0 0
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ATTCGTTACATTGCTTGCTCAACCTGGTTCACAAACGGTCTTAACTTACCACGGGACGGC
CGCTCAGTACGGAACGGTAGAGAGTGCAACTCTTATTGTCTGGTCTGATTATTTCATGGC
AGCTAACCTCACCATTAAAAATACTTCTCCTATGCCGAAACCAGGCTCACAAGGACAAGC
TCTAGCTATGAGGATCAACGGTGATTATGCAGCTTTCTACACTTGTAGTTTCTACGGTTT
TCAAGATACTCTATGCGACGACAAAGGCAACCATTTTTTCAAGGACTGTTACATCGAAGG
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TGTTGGAGACGGATTAAGAGTGATTACGGCACAAAGCAGAACAAGTAACACCGAACAAAA
TGGATACACATTCGTGCACTGCAAAATCACTGGAACCGGAACCGGAATTTATTTGGGCCG
GTCTTGGATGAGCCACCCCAAAGTCATTTATGCTTTCACAGAGATGACCAGCGTGGTCAA
CCCAGCTGGCTGGAGGGAAAACTTCAACCGCGGATATGACAAGACGGTCTTCTATGGAGA
GTACAAGTGTTTTGGACCAGGGTCACACCAAGAGAAGAGAGTGCCTTACACACAAGATGC
TGACCAAAACGAAGTTAGGCCTTTCCTCACTCTTGGTTACATTAAAGGGCTCCAAGTGGC
TACTTCCTCCTCCTAAATACTGAGAAATTTTCTTTAAAGATAAAATATTGATTTGTAAAA
CAGTCCT

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1AP90JQ 828 0 0
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ACGGAACGGTAGAGAGTGCAACTCTTATTGTCTGGTCTGATTATTTCATGGCAGCTAACC
TCACCATTAAAAATACTTCTCCTATGCCGAAACCAGGCTCACAAGGACAAGCTCTAGCTA
TGAGGATCAACGGTGATTATGCAGCTTTCTACACTTGTAGTTTCTACGGTTTTCAAGATA
CTCTATGCGACGACAAAGGCAACCATTTTTTCAAGGACTGTTACATCGAAGGAACCTATG
ATTTTATCTTCGGAAGAGGAGCTTCCTTGTACTTGAACACGAAATTACACGCTGTTGGAG
ACGGATTAAGAGTGATTACGGCACAAAGCAGAACAAGTAACACCGAACAAAATGGATACA
CATTCGTGCACTGCAAAATCACTGGAACCGGAACCGGAATTTATTTGGGCCGGTCTTGGA
TGAGCCACCCCAAAGTCATTTATGCTTTCACAGAGATGACCAGCGTGGTCAACCCAGCTG
GCTGGAGGGAAAACTTCAACCGCGGATATGACAAGACGGTCTTCTATGGAGAGTACAAGT
GTTTTGGACCAGGGTCACACCAAGAGAAGAGAGTGCCTTACACACAAGATGCTGACCAAA
ACGAAGTTAGGCCTTTCCTCACTCTTGGTTACATTAA*GGGCTCCAAGTGGCTACTTCCT
CCTCCTAAATACTGAGAAATTTTCTTTAAAGATAAAATATTGATTTGTAAAACAGTCCTT
TTGGCGAAATGTTCCCCATCTTTTATAAAAATTCAATTCATTCCTTCC

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

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CTCTTGTGCCGATCCCTTGAAGAGTCGATGAATTTTTACCAAAAGGTGTTAGGGTTCTTC
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TCCAGAGATAACCATATCTCTTTTCAGTGCGAGAGTATGGCAACAGTGGAGAAGAAGCTT
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GGATCGGTGAATGTGATCCCCCCCCCCCCTCTCCCCTGAGGGAATGATCATTCTCGTTAT
ATGATATAACCACCAAGGGAATTAATGTTACATATATTGTTTTAGTTGGTTTC


BQ
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AF RR1BH56TF U 1
AF RR1BH56JQ C 1
BS 1 722 RR1BH56TF
BS 723 833 RR1BH56JQ

RD RR1BH56TF 722 0 0
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GATGAAATGGAAATAGAGTATGTGAGGGAGATGGTAGAAGGAAGAGGGATCAAAGTGGGC
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CCTGTTGTCCCTCTCGTAGGAGGACTGGCCCAGTACTGCGCAAGAGCTAAACTTCATCAG
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TTGTGTGTGTGCTTTGGGTGTGTTTGCTTTTGTGTGTGATGAATAAGAGACCGATCAACG
GG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1BH56JQ 833 0 0
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GGTAAAATGAAGGAAAACGCAGTCAACCCTCTCCGTCTCACATCACTGAACCATGTGTCT
CTCTTGTGCCGATCCCTTGAAGAGTCGATGAATTTTTACCAAAAGGTGTTAGGGTTCTTC
CCGGTTCGAAGACCAGAATCTTTAGATTTTGAAGGCGCTTGGTTGTTTGGACATGGAATA
GGAATACATCTCTTGCCTTCCACAGAGCCTGAAAAACTTCCCAAGAAAACTGCGATTGAC
TCCAGAGATAACCATATCTCTTTTCAGTGCGAGAGTATGGCAACAGTGGAGAAGAAGCTT
GATGAAATGGAAATAGAGTATGTGAGGGAGATGGTAGAAGGAAGAGGGATCAAAGTGGGC
CAGCTCTTCTTCCACGACCCTGATGGCTTCATGATAGAGATCTGCAATTGTGATAGCCTC
CCTGTTGTCCCTCTCGTAGGAGGACTGGCCCAGTACTGCGCAAGAGCTAAACTTCATCAG
ATGGGGCAACCACAACCACAGACTAATTAAGATCAATCCTTAACTATCTCTGTTTTGTGT
TTGTGTGTGTGCTTTGGGTGTGTTTGCTTTTGTGTGTGATGAATAAGAGACCGATCAACG
GGATCGGTGAATGTGATCCCCCCCCCCCCTCTCCCCTGAGGGAATGATCATTCTCGTTAT
ATGATATAACCACCAAGGGAATTAATGTTACATATATTGTTTTAGTTGGTTTC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL7353Contig1 867 2 2 U
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GGAAATGTTACTATCAAGCTATGGGATCTTGGTGGTCAACCTAGGTTCCGCAGCATGTGG
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TTCTAAAGCATTTGCAATTTTTGGAAA


BQ
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AF RR1DY35TF U 1
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QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AP25JQ C 1
AF RR1AP25TF U 1
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QA 1 774 1 774
DS 

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QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GK50JQ C 1
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QA 1 323 1 323
DS 

RD RR1GK50TF 323 0 0
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QA 1 323 1 323
DS 



AS 1 2

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ATAGCACTTTAAGAACTCATTTCTCCT


BQ
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AF RR1H840JQ C 1
AF RR1H840TF U 1
BS 1 267 RR1H840TF

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QA 1 267 1 267
DS 

RD RR1H840TF 267 0 0
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ATTAAATTACGTTTACCTTATAGATGATGAGTACATAATTGTTCTCTACCGAACAAGTAA
CACGTGGCCGTGACATTGTTTGTAATTTTTATGTCTCCTTGCAAAACTTGTTGTCAACAA
ATTATAGGGCCTTCAGTTTTCCTAATGGTTTGGCTTTGGCTTATTACAAGACTGGGATAT
ATAGCACTTTAAGAACTCATTTCTCCT

QA 1 267 1 267
DS 



AS 1 2

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CTCACTCGCACAGATTCTCTCAGTGTCGAATGAAGAAGGGATTGCTGCTTACTGGTGTAG
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TTGGTACCCGGATTAGCATATGGAGAAGAAGTGGACAACGAAGCATCTTTCCATCTCGTG
AAGGCACCATTCCTAAGGGACTTTGTATGCGTTACATTGACCCAGAAGCTGTAGTTGGAT
GCGAGGATGGAACAGCTCGTGTATTTGATATGTACAGTAAGACATGTTCACAGATCATTA
GGACTCACGGTGGGCCAATAACGTGTTTATCTTTGAGCGACAATCAACTGTTTCTTAGCG
GGTCTTCGCTGGGGAGAGTAACAGTATCTGACCCTCTAGTGGATCAACCGGTGGCTACGC
TTAAATCCACGATAACTGCAGGAGGTATACAGACCATCTGTTTTAACCAAGGCTCCAATC
TCGCCTTTTCTGGAACAACAGCTGGATATGTTTCATGCTGGGACCTCAGGAAAATGAGAC
AAGTGTGGGAAAATCGGGTGAGTCCTAATGTCGTGTACTCAATACAACAGTTAAGGAACG
ATACATCGGTTATGGTTGCTGGTGGAATAGATGGTGTGCTGCGAGTGATTGATCAGAAGA
GTGGCAGAGTTCTGTCTAGCTGTATAATGGATGACAAAGTTTCAACAGTTGTGAGGAGGC
AAACCCAAGTCGTGGTTGAGAAAAGGAGAGGAAAAAGAGTATCTCAAGACGTGGAGATCG
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TAGTAACAGCTCACAGTGGTAAATTCATAAGCGTGTGGAAGTTCAACCACTCATGATGTC
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CAAAACAGATGGTTTGTAGTGAGAATTACAATTAAGTATAACACTTGTTTTGTCC


BQ
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BS 718 1315 RR1CC07JQ

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GGACTCACGGTGGGCCAATAACGTGTTTATCTTTGAGCGACAATCAACTGTTTCTTAGCG
GGTCTTCGCTGGGGAGAGTAACAGTATCTGACCCTCTAGTGGATCAACCGGTGGCTA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1CC07JQ 711 0 0
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GTGGGAAAATCGGGTGAGTCCTAATGTCGTGTACTCAATACAACAGTTAAGGAACGATAC
ATCGGTTATGGTTGCTGGTGGAATAGATGGTGTGCTGCGAGTGATTGATCAGAAGAGTGG
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AATAGAAAGGAAAGCACGGCCTCAGATCAGCTGCATAGCAATGGGAATGAAGAAGGTAGT
AACAGCTCACAGTGGTAAATTCATAAGCGTGTGGAAGTTCAACCACTCATGATGTCACAA
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ACAGATGGTTTGTAGTGAGAATTACAATTAAGTATAACACTTGTTTTGTCC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL7358Contig1 1387 2 4 U
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GGCTTAAGCTTGAACTTCTGGATGGCAATTGGCACAAGGTTTCTTCTAGGGAGTTTCAAC
TGTTTGCTTGGAACTATGAAGGCATATGCATCAGAGATATTTCGTGATGAATACCAAGCA
ACAGCAATGTCAGCTGTTAGTACTGCTTGGGGCATTGGCCTGATCATTGGCCCGGCTCTA
GGGGGATTTTTAGCACAGCCGGCAGACAAGTATCCAAATGTGTTCTCCAAAGACTCCATC
TTTGGCAGGTTCCGGTATGCATTGCCTTGCTTTACCATATCAGCTTTCGCATTGGTTGTG
ACAGTACTATGCTGCTTCATTCCGGAAACACTACACAATCATAAGCAGGACATCACTTCA
GATGATGACTCATACGAAGTACTTGAAGCTGCATCTCGTGAATCTGGAAAAAAGGAAAAG
GCTTCTCAAGGGTCTCTGTTGAAGAATTGGCCTCTAATGTCATCCATCATTGTCTATTGC
GTGCTGTGTCTGCATGATACTGCATACTCTGAGATATTTGCTTTATGGGCTAACAGTCCA
AGAAAATATGGAGGTTTGAGCTGCTCAACGAATGATGTCGGTACAGTCCTTGCAATCTCA
GGTCTCGGCCTATTCTCCTTTCAGGTTTTTGTTTATCCTTTTGCCGAGAGATTGCTAGGT
CCTGTGCTGGTCACCCGTTTTGCTGGGGCACTGATGATACCAATACAGATGAGTCATCCA
TTTATAGCTAATTTATCAGGTCTCAGTCTAAGCTTGCTGTTGAACTGTGCATCAATCCTC
ATCAATGTGCTAAGTGTTTCGGCCATAACCGGCTTGCTGATCCTACAAAACAAAGCTGTG
GATCAAAGTCAAAGAGGGGCTGCTAATGGAATTGCTATGACTGCCATGTCTCTCTTTAAG
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GCATTTCTACCAGGATCACATTTGGTGTTCTTCGTCCTGAATCTGATAGTGGTGGTCGGT
GTAGCTCTCACGTTCAAGCCGTTTCTGACGACTACGGCGAGAAGGTGAAGTTCATTGGAA
TTGGTGATAGGGAAATGTATGGGGGGCTCGTTGATTCTTTAGTGTTAGATTTGAAAAACA
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AGCGGTGGGGTTATTGATCGCTTAGAAGAAGTGGATGTGTGTTGAGGATCTATCGGATGG
ATTGTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FL42TF U 1
AF RR1FL42JQ C 538
BS 1 661 RR1FL42TF
BS 662 662 RR1FL42JQ
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GGCTTAAGCTTGAACTTCTGGATGGCAATTGGCACAAGGTTTCTTCTAGGGAGTTTCAAC
TGTTTGCTTGGAACTATGAAGGCATATGCATCAGAGATATTTCGTGATGAATACCAAGCA
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GGGGGATTTTTAGCACAGCCGGCAGACAAGTATCCAAATGTGTTCTCCAAAGACTCCATC
TTTGGCAGGTTCCGGTATGCATTGCCTTGCTTTACCATATCAGCTTTCGCATTGGTTGTG
ACAGTACTATGCTGCTTCATTCCGGAAACACTACACAATCATAAGCAGGACATCACTTCA
GATGATGACTCATACGAAGTACTTGAAGCTGCATCTCGTGAATCTGGAAAAAAGGAAAAG
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GTGCTGTGTCTGCATGATACTGCATACTCTGAGATATTTGCTTTATGGGCTAACAGTCCA
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G*TCTCGGCCTAT

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DS 

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GGTCCTGTGCTGGTCACCCGTTTTGCTGGGGCACTGATGATACCAATACAGATGAGTCAT
CCATTTATAGCTAATTTATCAGGTCTCAGTCTAAGCTTGCTGTTGAACTGTGCATCAATC
CTCATCAATGTGCTAAGTGTTTCGGCCATAACCGGCTTGCTGATCCTACAAAACAAAGCT
GTGGATCAAAGTCAAAGAGGGGCTGCTAATGGAATTGCTATGACTGCCATGTCTCTCTTT
AAGACTGTGGGACCAGCTGGAGCTGGCATCTTATTTTCTTGGAGCGAGAGGCGACTAAAC
GCCGCATTTCTACCAGGATCACATTTGGTGTTCTTCGTCCTGAATCTGATAGTGGTGGTC
GGTGTAGCTCTCACGTTCAAGCCGTTTCTGACGACTACGGCGAGAAGGTGAAGTTCATTG
GAATTGGTGATAGGGAAATGTATGGGGGGCTCGTTGATTCTTTAGTGTTAGATTTGAAAA
ACAAAAATTAGTGAAGTGTCACTAACTTTTAGGATTCCAGTCTTTTTCCTTTGTTTTGGT
AAGTGCGATCTTCTACCAAAGATTATAGAACATCAATGACATAATAACAGTACCATTTTA
ATAAGCGGTGGGGTTATTGATCGCTTAGAAGAAGTGGATGTGTGTTGAGGATCTATCGGA
TGGATTGTTT

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 2

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GTTGGGATTATGTCCTGCCTGTGCAGATCTGATCTTCATGGAATCTTTTGACTGGCTGTG
TGAATTTGCATGTTTGGATTCGCGATGTCTTTGTTGTCTTCTCCGGTTCGATCTTCTACC
TTATTGTTTCTTGCATGCAGTGGAATCCGAGGTTGATTGGATTCGCTCCTTGTCATTTAC
CAATTGATCTGATCGAGATCTTCACTTTCGTCAAGCTTCAATTTGGCGGTCTCAAGTCGT
TCGCGACAATGCCGTTCTGGTTTGAAGACTTAGAAATGGTTTGTCTTCATGTTGTACTGG
TTCTTGTTGCTTGGGTTCTCAATTGTCTGGACTATTCACTATAAGAGGTTTCTCTTCACG
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GGCTTATGTTTCTGGGAACTTTTGTTAAGTTCGCCGGCTGTTTTCTCCGGGATACTTTTA
TCCTTGGAGCTGTATGGTTCTTATCTTTGATCAATATAATTTTAATAGTGTG


BQ
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AF RR1AE33TF U 1
AF RR1AE33JQ C 44
BS 1 832 RR1AE33TF

RD RR1AE33TF 832 0 0
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GTTTTTAAGGGATGTTTGTAGATCTTTCTCGTTACAGCACTTTTCTCATCTAGTTGTTTG
GTTGGGATTATGTCCTGCCTGTGCAGATCTGATCTTCATGGAATCTTTTGACTGGCTGTG
TGAATTTGCATGTTTGGATTCGCGATGTCTTTGTTGTCTTCTCCGGTTCGATCTTCTACC
TTATTGTTTCTTGCATGCAGTGGAATCCGAGGTTGATTGGATTCGCTCCTTGTCATTTAC
CAATTGATCTGATCGAGATCTTCACTTTCGTCAAGCTTCAATTTGGCGGTCTCAAGTCGT
TCGCGACAATGCCGTTCTGGTTTGAAGACTTAGAAATGGTTTGTCTTCATGTTGTACTGG
TTCTTGTTGCTTGGGTTCTCAATTGTCTGGACTATTCACTATAAGAGGTTTCTCTTCACG
GTGGTTGATCAAGTTATCATCATCGGTTTGTTCTTCTCAAAGGATCCGAAGACTGCATGC
AATTTTACTCGTCTTTATGATTCTGCTGTTTTGTCTTTTGCTTAACTAAATGTTATAAAG
TGCTGTTTTATATTATTGTCTTGTTAAATGTTTTTCTTTTCATCACGTCTCCCTTAATTG
GGCTTATGTTTCTGGGAACTTTTGTTAAGTTCGCCGGCTGTTTTCTCCGGGATACTTTTA
TCCTTGGAGCTGTATGGTTCTTATCTTTGATCAATATAATTTTAATAGTGTG

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR1AE33JQ 789 0 0
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AGTCGGAGTCGGGTGTAGTTTTTAAGGGATGTTTGTAGATCTTTCTCGTTACAGCACTTT
TCTCATCTAGTTGTTTGGTTGGGATTATGTCCTGCCTGTGCAGATCTGATCTTCATGGAA
TCTTTTGACTGGCTGTGTGAATTTGCATGTTTGGATTCGCGATGTCTTTGTTGTCTTCTC
CGGTTCGATCTTCTACCTTATTGTTTCTTGCATGCAGTGGAATCCGAGGTTGATTGGATT
CGCTCCTTGTCATTTACCAATTGATCTGATCGAGATCTTCACTTTCGTCAAGCTTCAATT
TGGCGGTCTCAAGTCGTTCGCGACAATGCCGTTTTGGTTTGAAGACTTAGAAATGGTTTG
TCTTCATGTTGTACTGGTTCTTGTTGCTTGGGTTCTCAATTGTCTGGACTATTCACTATA
AGAGGTTTCTCTTCACGGTGGTTGATCAAGTTATCATCATCGGTTTGTTCTTCTCAAAGG
ATCCGAAGACTGCATGCAATTTTACTCGTCTTTATGATTTTGCTGTTTTGTCTTTTGCTT
AACTAAATGTTATAAAGTGCTGTTTTATATTATTGTCTTGTTAAATGTTTTTCTTTTCAT
CACGTCTCCCTTAATTGGGCTTATGTTTCTGGGAACTTTTGTTAAGTTCGCCGGCTGTTT
TTTCCGGGATACTTTTATCCTTGGAGCTGTATGGTTTTTATCTTTGATCAATATAATTTT
AATAGTGTG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL7360Contig1 773 2 1 U
GGATTTTCTTTGGTTTCTCCGTAGTGTCTTTCTTCATTCTCTCACCACCATTTCTCTGTT
TTTTTCGTCGGAACACTAACCACAATTTTTTACCAATCTCCCACAATCCATCTGTGTTCT
CCGACGGAGCCATTGTTCCAAAACAAGTTTCCGCCTGTCCTGTCGTATGCAAACTAATCC
TTCTTTCAGAATCAGTTCTCCTGTAAAATCTTCTGTTAATTTATCTTTCTCTTCTCTCCT
AATTCTCTCATCCTCTCTTTTACTGAACTTTCATCTCCACTGTTTGCATGTACTCGGATT
TTCATCAGATAGAGGAAGAAGAAAATGTTTCAAAGAAAGAAGATGATAGGTTCCGATATA
TTTGACCACAAGACAGAGATGGATTCAATTTTCTCTCACCATGCTTCATCTCCAGATGGC
GATTTCGGTTCTGATTTCAACATCAGGTACTTCTCCAGACCATTTGCTTCGCACCAGAAT
CATAGGTGGGCCGTCGGATTCTAACTCTGATGGTGAAGGTTGTACGAGGATTCTCATTCG
CTTTCACAGGCTCTGTAATCCAGATCCGTAGAATCTCAGTTGTTCCACTTGATTGTCTAA
ATTGGGCTAACATTTTGAATGTTCGGCTATGTATGAATGGTTATGTTTTCTCTGGTTTAT
ATCCGGACATGTAATATATTAACCGGTTATGTTATTTTGTATTACCGCTGTGTATTTTGA
AAATAAAAAACGGTTTATGTATCATTATTTGTATATGCATCTATTTACATACC


BQ
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AATTCTCTCATCCTCTCTTTTACTGAACTTTCATCTCCACTGTTTGCATGTACTCGGATT
TTCATCAGATAGAGGAAGAAGAAAATGTTTCAAAGAAAGAAGATGATAGGTTCCGATATA
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AAATAAAAAACGGTTTATGTATCATTATTTGTATATGCATCTATTTACATACC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1A680TF U 1
AF RR1A680JQ C 62
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GGAT
GATGTCTC

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DS 

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GACGCTGTACACTGATGAAGATGAGTGGTCGAGCTGGAACAAGATCGGCGATCCTGTGCT
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ATTAGGGAAGATTGCTGGTGGGCTGTGTGATAATCTTCTGACTTGTATCATTCGAGCTTG
GGATTATAGCAAACCGCTTTTCGTTGCACCTGCGATGAATACTTTGATGTGGAACAATCC
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CTATTCCACCGTCAGGCTCTTCTGGGAGTCGCAGGCTCATCAGCAAAGCGGTGGTACAAC
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TAAATAGATTATTCAGTCTGTAATGCTTGTTTTTTTGTACATCTTTAAGACAGCTGTCTG
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TATTT

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 2

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CTTATCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

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BQ
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TAAACCATGTTTAATTAATTTGCCTATTTGTTATTCTTTTTTTTGCTTAAAACCTATTTG
TTATTCTCTCTTGCTTTTTGACTATTTGCATTGTTCTGTCACATCAGTGTTTACTAAATA
CTAGAATT

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL7364Contig1 775 2 1 U
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CTTAAACTTACACGAACACATCCCGATCTTGCAGGTCTGAAGGGAGAGTGAACAGGAGGC
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GATGAAAGCTGTTGGGAGAGACGGTACGCTCTTGTTCAACAAATACCATGCTTGGGTTAA
TTTTGATATGTTGCTTGAGAAATGCCTTGTTGGAGTTTTGGATGACTCCAAAGTGAAGAG
CAAATGCTAAAAAGTTGATTATAATCATTTACTCGTATAGATGATTCTTATGTCAAATAA
GTGCTTACATTTTTGATTATTCAAATGAAAACTCTGGTCACAAGTTGTGACTCAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B562JQ C 1
AF RR1B562TF U 1
BS 1 775 RR1B562TF

RD RR1B562JQ 775 0 0
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QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1B562TF 775 0 0
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CTTAAACTTACACGAACACATCCCGATCTTGCAGGTCTGAAGGGAGAGTGAACAGGAGGC
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GATGAAAGCTGTTGGGAGAGACGGTACGCTCTTGTTCAACAAATACCATGCTTGGGTTAA
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GTGCTTACATTTTTGATTATTCAAATGAAAACTCTGGTCACAAGTTGTGACTCAC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL7365Contig1 777 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FN27TF C 1
AF RR1FN27JQ U 8
BS 1 7 RR1FN27TF
BS 8 777 RR1FN27JQ

RD RR1FN27TF 777 0 0
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TTCTTTGCAGCCTCTAGCTTCAAAGCCCTTTCGAGCTCTCTAGACTTGGAAAGCCTCCGC
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TTAGCAGCCTCTTCCACATCCAACTTAGCCTTACCTTTATCTGCAATCTTACTCTCCTCC
TCCACAGTCTTCTCCTCTCTCTTTCTCTTATTAGGCACAATCTTCTTCCTCTTTTCC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1FN27JQ 770 0 0
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CAAAGCCAGGGCGAAGGAGCTTCTTCTCCCTCTTAGCGATCTTCCTCATCTTATTCTGCT
CAATCCTCTCCGCAATGTTCCCTGATCTCTTCTGTTGCTTCTCAACTCTAACCTTCTGCT
GCCCTTCAACTCTCTCCTTCCACTTCTCTGCGTTCTTCTCCTGCCTCTTCTTCTCCTTGT
GGATGCTCTGCTTCAGTAGCTTCGGATCGTCGTGGACCTTGATACCAGCTGCTCTGCTTG
TAGCCGCCTGCCAAGAGTGTTTCTTCGCTATCACTTCGCCTTTCTCTGGATCCTTCTTTG
CAGCCTCTAGCTTCAAAGCCCTTTCGAGCTCTCTAGACTTGGAAAGCCTCCGCTTCTTAC
CCTTTCCGTGTTCCTCATCGTCATCGATCTTGACGTAACCGTACGTCAGGTCCTTAGCAG
CCTCTTCCACATCCAACTTAGCCTTACCTTTATCTGCAATCTTACTCTCCTCCTCCACAG
TCTTCTCCTCTCTCTTTCTCTTATTAGGCACAATCTTCTTCCTCTTTTCC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL7366Contig1 772 2 1 U
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CAAGCAAGTGGGGCTCTTGAACTGATGAATTATCCAGTGTGGCTTAGGGATCTTGTTCCC
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CCGATAAAGAAGTGGGAAGACCTAACAGACGATAAAGAAGCAATAGAAGCACTAGATGAC
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ATCAAAGGATTCGCTATTAGCGAGACTGCCTTTAACATTTTTCTCCTCATGGCCACAAGG
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AATTGCCAAAAATCCAATCCCTCTCTATCTCCGAGTTCCACCATCTTAATCAGAGATCGA
TCATGTCTATATATGATGCACTTTAAAGGACTTGTATTTTGTTTAATTGGTATTCTTTGT
TAATGTGAGCTGTGTGTGTGTTGCTGCGAGCTCTCAATATCATTCATATAGT


BQ
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AF RR1BH67JQ C 1
AF RR1BH67TF U 1
BS 1 772 RR1BH67TF

RD RR1BH67JQ 772 0 0
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QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1BH67TF 772 0 0
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CAAGCAAGTGGGGCTCTTGAACTGATGAATTATCCAGTGTGGCTTAGGGATCTTGTTCCC
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GGACTTGAATGGGTGAATACTACAGAGAATCTCAAAGACGTTTTTGATCGCCATTATCCT
GAAATGACCGATAGATGGATGAACTCTCAAAGTGCATTTTCAGTATGGGGATTCACCACC
AATTGCCAAAAATCCAATCCCTCTCTATCTCCGAGTTCCACCATCTTAATCAGAGATCGA
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TAATGTGAGCTGTGTGTGTGTTGCTGCGAGCTCTCAATATCATTCATATAGT

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL7367Contig1 705 2 2 U
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BQ
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AF RR1CR69JQ C 1
AF RR1CR69TF U 1
BS 1 689 RR1CR69TF
BS 690 705 RR1CR69JQ

RD RR1CR69JQ 705 0 0
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TACTTGTAAAATCCCAGTGAGAGAGAAACCATATAATTCTTTTCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1CR69TF 694 0 0
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AAAAGAGATGGTTCTTGACGGAGAAGAGAAGAACAGAGGAGTGGGAGGTCAGGGAGAAGT
TCCCATGGGATGAATTAGCTGAGAGAGAAGACAACTTTGACGATGTGGCTATCACAAGCT
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TGGAGAATATGTCTGTGGCCAAGGCTTTGTTGCTGTTTAGACAAGTGGGACTCAGGCATT
TGCTTATTGTTCCCAAGATTCAAGCCTCAGGAATGTCTCCTGTGGTAGGGATCCTAACCA
GGCAGGATCTAAGGGCACACAACATTTTACAAGCTTTTCCTCACTTGGAAAAATCTAAAG
GTAGAAAAGCACACTGAATTGCTACTTGTACTTTTGTTTTATACCTGTGGTTGTAAAATT
TGGCTTTGCAGCCATGTTGTTTCCTTTTCATTTTTGAAGATGTTTCTGTCCAGTTTTGCT
CCTTTTCTTCATATTCAACATAAGTTGATAAGTTATAAACATTGTACACATCTCTTTTTG
TACTTGTAAAATCCCAGTGAGAGAGAAAC
ATATA

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL7368Contig1 1210 2 6 U
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TTGATTCAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AU28TF U 1
AF RR1AU28JQ C 515
BS 1 776 RR1AU28TF
BS 777 777 RR1AU28JQ
BS 778 806 RR1AU28TF
BS 807 807 RR1AU28JQ
BS 808 863 RR1AU28TF
BS 864 1210 RR1AU28JQ

RD RR1AU28TF 863 0 0
GGAACGTGCTCTTCCACCACCACGATGTTCTCGGACTCATCTCCGTCAATGGATCCGACT
CCACCCGAATCCAATCCCCCCTCCGCCGCAACCGATCTCACCGCCGTACAACCAATCGAA
GCGACGACGGCATTCGAATCAACCCCATCATCATCAGCCGTCGCCGATCCACCACGATCC
GATTCCCTCGACGAGCTAACACACGATCTCAGCGCCCTCCACGACCTCTCCACCCGGGGG
CAATGGGAAGCGATCCTCGACAAAATCTCCCAAACCAGAGCCCTCTTCCTCCTCACCAAG
CCCCACGAGCACCTCACCTACCTAACCTACCAAGTCATCGCCCTCACCAAGCTCCGCCGC
TCCGACGAAGCCTCCCGCGAGCTCGACTCCCTCCACAACGACCTCGACGGGGATCACTAC
AGGTACGAATCGTTCCCCGAGATCTACCCGGGTCGGAAGGGATCCATGGTGCCTTTCTCG
CTCCGGTGGATGCACGCTCTGGTCCCGACGAAGATCGGGAATCGCCAGGAGGGGTTGGAT
CGGTTGTACACGCTGCTCGGGTTCGTGAGAGAGAGGATTGAAGAGAAAGAAGGGAATGAG
GTTTGAAAGAAAAGAGAGATCTTTGTGATGAGTTGTTTGTTAGGGTTTCATTTAGGGCAC
AAGGAGTTTGGTGTCTCCTTGGAGTTGATTAAAGAGTTGATAAAGCGTGATCCTTTGGGA
TCCTGTTTTGGTTTCGAAGCTAGGCTCTGTTCAGATGCAGTTCGGTGACGTACAAG*AGC
GAAAGCCACGTTTGGTCGCGTCGAGA*GATGAATAGTAATGGTTTGGTGAGTGAGACTCA
GTTCAAGAATCTTGTGGGGAGGA

QA 1 863 1 863
DS 

RD RR1AU28JQ 696 0 0
TCGGGAATCGCCAGGAGGGGTTGGATCGGTTGTACACGCTGCTCGGGTTCGTGAGAGAGA
GGATTGAAGAGAAAGAAGGGAATGAGGTTTGAAAGAAAAGAGAGATCTTTGTGATGAGTT
GTTTGTTAGGGTTTCATTTAGGGCACAAGGAGTTTGGTGTCTCCTTGGAGTTGATTAAAG
AGTTGATAAAGCGTGATCCTTTGG*ATCCTGTTTTGGTTTCGAAGCTAGGCTCTGTTCAG
ATGCAGTTCGGTGACGTACAAGGAGCGAAAGCCACGTTTGGTCGCGTCGAGAAGATGAAT
AGTAATGGTTTGGTGAGTGAGACTCAGTTCAAGAATCTTGTGGGGAGGAACAAGGCTTTG
GTTTATGTGGTGGAGAAGGACTACGTCTCTGCTGATGACTTTGATTCTTCTTGTACCAGA
GTTTGAGGGTTTTAGCTAAGCAAAGGTAATTAGCCAAAGACCGAAGAGAAGAACCGAGGA
TCTTGATCTTGCTGGGTTTGGCCTTTGCTTGAGTCTCTGTTGATAGGAAGGAGTATTGGC
TGCATATGTTTTGTACGTTCTGTATTGTGTGAGTTAGGAAATGGTTGTTGCCCCCAAACA
CTTGGTAACTTTCTTACATTCTTTGCCATATACATCTTCCTATAAAGATTTTTGCTACAC
TTGCTGTTAAATAATAAGAGAGTTTGTTGATTCAGC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL7369Contig1 774 2 2 U
GGGTCTTCCTTTTGGTTCAAAAGCCATACATAGATCGATCTCTCACGCCTTCCCCAAACC
TCAGTCTCCGTTGACTACTGAGACTCGCCAAACTGCTGTGATGATGGCTGGAAGTCTCGT
GCGATCCCTAGTTTTGATTCTCGCCGTAGCAATCTGCGGTGCTGCTTCAGTGTCTCAGCC
CATCTCAGACTCTCACCGATCCGCAGCTCTCGATGTCTTCCTACCACTCGATGGATCCTA
CAAAAGCTTGGAGGAGGCTTATGAAGCATTGAAGACTTTGGAGATTCTTGGGATTGATAA
GAAGTCTGATCTAAGCTCTGCTACTTGTGAGAATGTGGTTAAAGTTCTTGCCTCGCCTTC
TTCTACTCCTAATGATGCATTCTATGCTTTGAGCGTTAATGGGATTCTCAAATGCAAATC
TGGAGAAGATGTTCCTAAGGACATTGTCTCTAAACTTCAAGCTGGAGTTAAAGATGCCAA
GTTATTGCTTGACTTCTACTATTCTATCAGAGGATTGGTGCTGGTTAAGGAGCAATTTTC
TGGAACTGATCTAAGTCTTGGAGATGCTGAAGCTGTTTTCCGTTCCATTAAGGCTCTTAG
CCGGAGTGATGGAAGATGGTGGTACAGCTCCAACAATCCGGAATCAAGCACCTTTGCTGC
TGGATTAGCTTTCGAAACGCTTGCTGGAGTTATTTCATTAGCACCTTCAGAGATTGATCA
ATCATTGATCCAGACATCGAAGACGGGTATCCTGAAGGTTTTTGACAATATCCG


BQ
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AF RR1AH74JQ C 1
AF RR1AH74TF U 1
BS 1 741 RR1AH74TF
BS 742 774 RR1AH74JQ

RD RR1AH74JQ 774 0 0
GGGTCTTCCTTTTGGTTCAAAAGCCATACATAGATCGATCTCTCACGCCTTCCCCAAACC
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GCGATCCCTAGTTTTGATTCTCGCCGTAGCAATCTGCGGTGCTGCTTCAGTGTCTCAGCC
CATCTCAGACTCTCACCGATCCGCAGCTCTCGATGTCTTCCTACCACTCGATGGATCCTA
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GAAGTCTGATCTAAGCTCTGCTACTTGTGAGAATGTGGTTAAAGTTCTTGCCTCGCCTTC
TTCTACTCCTAATGATGCATTCTATGCTTTGAGCGTTAATGGGATTCTCAAATGCAAATC
TGGAGAAGATGTTCCTAAGGACATTGTCTCTAAACTTCAAGCTGGAGTTAAAGATGCCAA
GTTATTGCTTGACTTCTACTATTCTATCAGAGGATTGGTGCTGGTTAAGGAGCAATTTTC
TGGAACTGATCTAAGTCTTGGAGATGCTGAAGCTGTTTTCCGTTCCATTAAGGCTCTTAG
CCGGAGTGATGGAAGATGGTGGTACAGCTCCAACAATCCGGAATCAAGCACCTTTGCTGC
TGGATTAGCTTTCGAAACGCTTGCTGGAGTTATTTCATTAGCACCTTCAGAGATTGATCA
ATCATTGATCCAGACATCGAAGACGGGTATCCTGAAGGTTTTTGACAATATCCG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1AH74TF 741 0 0
GGGTCTTCCTTTTGGTTCAAAAGCCATACATAGATCGATCTCTCACGCCTTCCCCAAACC
TCAGTCTCCGTTGACTACTGAGACTCGCCAAACTGCTGTGATGATGGCTGGAAGTCTCGT
GCGATCCCTAGTTTTGATTCTCGCCGTAGCAATCTGCGGTGCTGCTTCAGTGTCTCAGCC
CATCTCAGACTCTCACCGATCCGCAGCTCTCGATGTCTTCCTACCACTCGATGGATCCTA
CAAAAGCTTGGAGGAGGCTTATGAAGCATTGAAGACTTTGGAGATTCTTGGGATTGATAA
GAAGTCTGATCTAAGCTCTGCTACTTGTGAGAATGTGGTTAAAGTTCTTGCCTCGCCTTC
TTCTACTCCTAATGATGCATTCTATGCTTTGAGCGTTAATGGGATTCTCAAATGCAAATC
TGGAGAAGATGTTCCTAAGGACATTGTCTCTAAACTTCAAGCTGGAGTTAAAGATGCCAA
GTTATTGCTTGACTTCTACTATTCTATCAGAGGATTGGTGCTGGTTAAGGAGCAATTTTC
TGGAACTGATCTAAGTCTTGGAGATGCTGAAGCTGTTTTCCGTTCCATTAAGGCTCTTAG
CCGGAGTGATGGAAGATGGTGGTACAGCTCCAACAATCCGGAATCAAGCACCTTTGCTGC
TGGATTAGCTTTCGAAACGCTTGCTGGAGTTATTTCATTAGCACCTTCAGAGATTGATCA
ATCATTGATCCAGACATCGAA

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL7370Contig1 746 2 1 U
GGGTGCAGCCGTCTTCGTCTCTGAGATAACAAAGACTTTTTTTAAAAGGCATTTGAAAGA
GACAAACATGTCTGGTGAAGAGGCTGCTGTTCCAGTTGTTGTTCCTCCCGTTGCTGAGCC
AGCGGCCATCCCGGAGGACATGGATTTGTTGACCGCATTGGAGTTGACTCTCAGGAAATC
ACGTGCACATGGTGGTGTTGTTCGTGGTCTCCACGAAAGCGCTAAGCTTATTGAGAAGCG
TGTGGCTCAGCTCTGCGTATTGGCCGAAGACTGCAACCAGCCTGATTACGTCAAGCTTGT
GAAGGCTCTCTGCGCTGATCACAATATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAGACCCT
CGGCGAATGGGCTGGTCTCTGTAAGATTGACTCTGAGGGTAATGCTAGAAAGGTTGTTGG
ATGCTCCTGTCTTGTGGTCAAGGTATGTACCTGTCGATCCACGTCAATGAGAAAATCAAT
TAATTTCGTTTCTTCTGGTCATTTACTTAATGGGTTTTCGTGCTTTGCTGTTTCTAGGAC
TACGGCGAGGACACGACTGCTCTCAACATCGTCAAGAAGCACATCGAATCTAACTAAGTC
TAATTTGAAATCTCGATTTACAAATGTTTTCGTTCTCAAATTTTCAATGCTGTTTTCTAC
TGGTTTTGATATTTACGTTTACCATGTTAGCAGACACCTCTCCAGATTTGTTTGGAATAT
AAACAAGTTTTGCTGTTATGTAGGAT


BQ
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AF RR1AW92JQ C 1
AF RR1AW92TF U 1
BS 1 746 RR1AW92TF

RD RR1AW92JQ 746 0 0
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CGGCGAATGGGCTGGTCTCTGTAAGATTGACTCTGAGGGTAATGCTAGAAAGGTTGTTGG
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TAATTTCGTTTCTTCTGGTCATTTACTTAATGGGTTTTCGTGCTTTGCTGTTTCTAGGAC
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AAACAAGTTTTGCTGTTATGTAGGAT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1AW92TF 746 0 0
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AGCGGCCATCCCGGAGGACATGGATTTGTTGACCGCATTGGAGTTGACTCTCAGGAAATC
ACGTGCACATGGTGGTGTTGTTCGTGGTCTCCACGAAAGCGCTAAGCTTATTGAGAAGCG
TGTGGCTCAGCTCTGCGTATTGGCCGAAGACTGCAACCAGCCTGATTACGTCAAGCTTGT
GAAGGCTCTCTGCGCTGATCACAATATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAGACCCT
CGGCGAATGGGCTGGTCTCTGTAAGATTGACTCTGAGGGTAATGCTAGAAAGGTTGTTGG
ATGCTCCTGTCTTGTGGTCAAGGTATGTACCTGTCGATCCACGTCAATGAGAAAATCAAT
TAATTTCGTTTCTTCTGGTCATTTACTTAATGGGTTTTCGTGCTTTGCTGTTTCTAGGAC
TACGGCGAGGACACGACTGCTCTCAACATCGTCAAGAAGCACATCGAATCTAACTAAGTC
TAATTTGAAATCTCGATTTACAAATGTTTTCGTTCTCAAATTTTCAATGCTGTTTTCTAC
TGGTTTTGATATTTACGTTTACCATGTTAGCAGACACCTCTCCAGATTTGTTTGGAATAT
AAACAAGTTTTGCTGTTATGTAGGAT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7372Contig1 886 2 2 U
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GGACCAGTTGAATACTCTGTTCCCAGTAAGGATAAAGATGAATCAAACTTAATACTCTCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BF02TF U 1
AF RR1BF02JQ C 575
BS 1 705 RR1BF02TF
BS 706 886 RR1BF02JQ

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CTAGTCAGCCAGATGGAAATGGCCAAACCTCAATTCAGTCAAACAGATAGAGTTCAGACC
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CAGGAGAGAACTTCAGTCTATGGTACCAGTGATGAATCAAGAAGCATAGAGCCATCTGAA
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AAAGCTGAGATGTGTTGCTCTTGCACCAAAAAATCTCTGTGCAAGACGAAAAGCTGCAAA
TGCAGAGCAAATGGAAGTGGGTGCGGTATCTCTTGTGGCTGCATAGCCTCCAAATGTAGC
AACAGAGGAGAAAACGTAAGATCTGACAAAGCAATGCAAGCAGTTGTAGATGGTAAGAAG
CCCGTTGACGACACTAAAGTTGCAAACAAACAACCATTGCGTGAT

QA 1 705 1 705
DS 

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GG
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AAGCCAGTTGTTAAGAAGTAATGAAAATGACAAAGCTCCAAGACTCCAGAGATGTGAGAG
GTAGACAAAGTTAAGATTGCCAGAAGCTTGATTGGTTTTGTTTTGTTTGACTATTTATTT
TTTTTTCAGA

QA 3 312 3 312
DS 



AS 1 2

CO CL7373Contig1 851 2 2 U
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CTAGTCCCTCCAGTGTTCCCAAACTTTGGGTGGCCGTCGACAGGAGAGTACGAGAGTTAC
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AACTTTTCAGTATCTAACGTGTTAAGTGGGTTAGAAGAAGATGGGTTTGTTCTTGTGGAT
GTTTCATCTTCAAGGTCTCATGGAGAAAGGCTCTTCTACACTTTACATCTTCAAATGGGA
AATATAGATAATCACAATCTGACGTGCGAAGAGCTAAACCAGAGAATGTTGTACTTGTAT
GAGGAATGTGGAAACTCGTTTAGATGATCATCTGTTCCTATTTCTTTTAGTTATGTCATC
CTTTTCTCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B010TF U 1
AF RR1B010JQ C 99
BS 1 670 RR1B010TF
BS 671 851 RR1B010JQ

RD RR1B010TF 670 0 0
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CTAGTCCCTCCAGTGTTCCCAAACTTTGGGTGGCCGTCGACAGGAGAGTACGAGAGTTAC
TACCTGGCCGGAGAGAACCTCGACGACTTTACGTTTCTTGATTTTCCAGCACAAGAGACA
TATGGAGTGGAACATCATCAGGAGATTCAGGAATTGTTGGGGGTCTCTGTTCCGTCCGAG
GGCAATGGGGTCGTGACCAAGAAGCTTAATCACAATGCTAGTGAGCGTGACCGTCGCAAG
AAGATCAACTCTTTGTTCTCGTCTCTCCGTTCATGTCTTCCAGCTTCTGATCAGTCGAAG
AAGTTAAGTATTCCTCAGACGGTTTCTCGGAGCTTGAAGTACATACCGGAGCTACAAGGA
GAAGTGAAGAAGTTAATAAAAAAGAAGGAAGAACTCTTGGTGCGAGTATCGAGTCAAAGA
GACATTGAACATTACGTTGAGCCGCAACCAAAGGCCGTTACACGTTACGTCTCGACCATT
TCTGCGACTAGGCTTGGAGACAACGAAGTGATGGTCCAAATCTCATCGTCCAAGATTCAT
AACTTTTCAGTATCTAACGTGTTAAGTGGGTTAGAAGAAGATGGGTTTGTTCTTGTGGAT
GTTTCATCTT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1B010JQ 753 0 0
GACAGGAGAGTACGAGAGTTACTACCTGGCCGGAGAGAACCTCGACGACTTTACGTTTCT
TGATTTTCCAGCACAAGAGACATATGGAGTGGAACATCATCAGGAGATTCAGGAATTGTT
GGGGGTCTCTGTTCCGTCCGAGGGCAATGGGGTCGTGACCAAGAAGCTTAATCACAATGC
TAGTGAGCGTGACCGTCGCAAGAAGATCAACTCTTTGTTCTCGTCTCTCCGTTCATGTCT
TCCAGCTTCTGATCAGTCGAAGAAGTTAAGTATTCCTCAGACGGTTTCTCGGAGCTTGAA
GTACATACCGGAGCTACAAGGAGAAGTGAAGAAGTTAATAAAAAAGAAGGAAGAACTCTT
GGTGCGAGTATCGAGTCAAAGAGACATTGAACATTACGTTGAGCCGCAACCAAAGGCCGT
TACACGTTACGTCTCGACCATTTCTGCGACTAGGCTTGGAGACAACGAAGTGATGGTCCA
AATCTCATCGTCCAAGATTCATAACTTTTCAGTATCTAACGTGTTAAGTGGGTTAGAAGA
AGATGGGTTTGTTCTTGTGGATGTTTCATCTTCAAGGTCTCATGGAGAAAGGCTCTTCTA
CACTTTACATCTTCAAATGGGAAATATAGATAATCACAATCTGACGTGCGAAGAGCTAAA
CCAGAGAATGTTGTACTTGTATGAGGAATGTGGAAACTCGTTTAGATGATCATCTGTTCC
TATTTCTTTTAGTTATGTCATCCTTTTCTCAAC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL7374Contig1 832 2 5 U
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TAGATCCTCCCAGGTGTTGACTTAAAGCTTGTGAAGATGCTCGTACTGTTTGAGACGCCT
GGTGGTTTCGCCCTTTTTAAAGTATTAGATGAAGGAAAGCTTTCTAATGTTGAGGATTTG
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AAGTTTGACAACACGTCTGAAGCTCTCGAAGCAGTGGCTAAATTGCTGGAGGGAGCTCCA
AGCAAGGGTCTCCGCAAGTTTCTTAAAGCTAACTACGAAGGTGAAACTCTAGCTGTGGCT
GATTCCAAGCTTGGAAACATTATCAAGGAGAAACTGAAAATAGACTGTGTTCACAACAAT
GCTGTTATGGAGCTGTTGAGAGGTGTGAGAAGCCAGCTTTCAGAACTTATATCTGGGTTA
GGTGATCAAGACTTGGCTCCAATGAGCTTGGGGTTGTCTCACAGTCTTGCTAGATACAAA
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GATCTTGACAAAGAGCTCAACACTTACGCTATGAGGGTTCGTGAATGGTACGGTTGGCAT
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BQ
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AF RR1H274TF U 1
AF RR1AX80TF U 1
BS 1 334 RR1AX80TF
BS 335 335 RR1H274TF
BS 336 376 RR1AX80TF
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BS 378 832 RR1AX80TF

RD RR1H274TF 755 0 0
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GCTGTTATGGAGCTGTTGAGAGGTGTGAGAAGCCAGCTTTCAGAACTTATATCTGGGTTA
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CTAAAGTTCAGCTCTGACAAGGTGGATACCATGATAATCCAAGCTATTGGCCTGCTTGAT
GATCTTGACAAAGAGCTCAACACTTACGCTATGAGGGTTCGTGAATGGTACGGTTGGCAT
TTTCCCGAGCTTGCTAAGATCATCTCGGACAATATCCTCTACGCCAAGTCTGTAAAATTG
ATGGGGGATCGTATTAATGCAGCAAAGCTAGACT
C

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1AX80TF 832 0 0
GGACCACACGGCTCCTGACCACTTTCTCTTTTGTGTCTCTCCCAACGCTTCAGCTCTTCG
TAGATCCTCCCAGGTGTTGACTTAAAGCTTGTGAAGATGCTCGTACTGTTTGAGACGCCT
GGTGGTTTCGCCCTTTTTAAAGTATTAGATGAAGGAAAGCTTTCTAATGTTGAGGATTTG
GGTAATGTGTTCTCGTCTGCAGACCCAGCTCGAAAGATGGTGAAGCTTAAAGCTTTTGAC
AAGTTTGACAACACGTCTGAAGCTCTCGAAGCAGTGGCTAAATTGCTGGAGGGAGCTCCA
AGCAAGGGTCTCCGCAAGTTTCTTAAAGCTAACTGCGAAGGTGAAACTCTAGCTGTGGCT
GATTCCAAGCTTGGAA*CATTATCAAGGAGAAACTGAAAATAGACTGTGTTCACAACAAT
GCTGTTATGGAGCTGTTGAGAGGTGTGAGAAGCCAGCTTTCAGAACTTATATCTGGGTTA
GGTGATCAAGACTTGGCTCCAATGAGCTTGGGGTTGTCTCACAGTCTTGCTAGATACAAA
CTAAAGTTCAGCTCTGACAAGGTGGATACCATGATAATCCAAGCTATTGGCCTGCTTGAT
GATCTTGACAAAGAGCTCAACACTTACGCTATGAGGGTTCGTGAATGGTACGGTTGGCAT
TTTCCCGAGCTTGCTAAGATCATCTCGGACAATATCCTCTACGCCAAGTCTGTAAAATTG
ATGGGGGATCGTATTAATGCAGCAAAGCTAGACTTCTCTGAGATATTGGCTGATGAAGTT
GAAGCGGACTAAAGAGGCATCTGTGATATCTATGGGACTGAGTCAGCGACCT

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL7375Contig1 1348 2 6 U
GGGAACTCCAGAGTCTTGGATCACAATAGGCAACACACGGTTTTACTATTGTCGATGGAT
ACCAAAGAGAGTAAGATTATTCCTCTCCTCACACCCTATAAGATGGGACCTTTCAATCTT
TCTCACAGGGTTGTTCTAGCGCCAATGACGAGACAGAGAGCGTATGGTTACATTGCTCAG
CCTCAGGCCAAGTTATATTACACTTAAAGAACAACACCTGGTGGTTTTCTTATTTCTGAA
TCTTGTGCAGTGTCCCACACAACAAAGGGCTATCCGGATATACCTGGAATATGGACCAGA
GAGCAAGTGGAAGCATGGAAGCCCATTGTGGATTCGGTTCATGCCAAAGGCGGCATCTTC
TTCTGCCAGATTTGGCACGGTGGCAGAGTCTTTAATCAAGACCAGCCAAATGGGGAAGCT
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CCTCCAAGGCGGTTAAGGACGGAAAGAGATCCCAGCCATTGTCAACGACTTTAGAGTTGC
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CACTAGAGAACCGCTGTAGATTCGCAGTGGAAGTAATAGAAGCTGTGGTTAAGGAGATTG
GTTCAGATCGTGTGGGAATAAGACTGTCGCCATTTGCAGATTACATGGAGTCTGGAGACT
CGAACCCTGAGGCATTAGGACTCTACATGGTGCAAGAAATGGACAAGCGTGGGATCCTTT
ACTGTCACATGGTTGAACCTAGAATGAAACTCCTTGAAGAAATGTTTGAATGCACCGAGT
CGCTTACTCCCATGAGAAGTGCCTTCAAAGGAACGTTCATAGTAGCTGGAGGTTACTCTA
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ATGACAGATCAACGTTCTATACTTCTGATCCTGTCGTGGGATACACAGACTACCCTTTTC
TTGAGAATGCAGACTCAGCTGCTTGATGTTGGTGCCACTTCAAAAAATCTACAGCAACTA
ATTAATAAAACCTTTTTGAGTTGCACGTTTGGGAACATCACTCTGTTTGAAAAATTTTAG
TACATTTTTAGAAGTGTCATTTTTTTTTTTCTCTGAGAAAGAAATGTCTTTTGTTTGAAA
AATAATAAAATACGTACACTTAGTTAGC


BQ
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AF RR1GX78TF U 1
AF RR1GX78JQ C 622
BS 1 654 RR1GX78TF
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TCTTGTGCAGTGTCCCACACAACAAAGGGCTATCCGGATATACCTGGAATATGGACCAGA
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DS 

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TGGAAGAGGGAGGAGCCGACCTGGTGGGGTATGGACGGACGTTCTTGGCCAATCCTGATC
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CTTGATGTTGGTGCCACTTCAAAAAATCTACAGCAACTAATTAATAAAACCTTTTTGAGT
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AGTTAGC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1B871JQ C 1
AF RR1B871TF U 1
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DS 

RD RR1B871TF 753 0 0
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QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL7377Contig1 755 2 1 U
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GCATATCTTTAGTCGTCTTCTTTGTATTCTCTGTGAATGTTGCCAGTGGCGAGGGTTACC
AGAGAGCGGTGCCTACGGAAGATAAAACGACTACGGTTTGGTTCTCTAGGATCAAACAGT
CTGGTAATGATTACTGGGCGAAACTCAAAGAGAGTTTAGGTCGTAGTCACGCCCGCTTTT
TCCCTCCAAACACAGATTTTAGAGGAAAGGATGATGCATCAATGGGAGCCGGAGGAAAGA
TGAAAGAGGCGGTCACAAGGAGCTTCGAGCATAGTAAAGATACGGTGGAGGAAGTTGCCA
GATCAGCAGTGGAGGTGGCGTGTGATGCGGCAGAAGCGGTTAAAGAAAAGGTGAAGAGGA
GCTTTTCCGGCAGCGAGACGACGCAGCAGCACTCGGATGGTACTGATGAGCTCTAAATAC
GTCGTGTCATTCTAGCTCATGTGCTTGTTTGATTTCTTCGTCGACCCGGGTGTTTTTTTC
CTCTAAATAGTATATACCCAACAACCACGTCACATGGGGGATTTGAGATATGTTATATTC
AAATAGGTATAGAGTTATGGTTCTGGCCTCAACCATGGACTCACAAATATCTTTCTTTTC
TTTTTCTTTTCACCAAAATATCTATCTGTGACCCAACACATCCATCTATACATAAAGGTG
TGGAAATCATTATAAAAATGAGAATTACAAAGACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AP32JQ C 1
AF RR1AP32TF U 1
BS 1 755 RR1AP32TF

RD RR1AP32JQ 755 0 0
GGAACGCAAATAAAAACATGGCCGGAAAATTAATGACTTTGCAAGTTTTCCACCTGCTAT
GCATATCTTTAGTCGTCTTCTTTGTATTCTCTGTGAATGTTGCCAGTGGCGAGGGTTACC
AGAGAGCGGTGCCTACGGAAGATAAAACGACTACGGTTTGGTTCTCTAGGATCAAACAGT
CTGGTAATGATTACTGGGCGAAACTCAAAGAGAGTTTAGGTCGTAGTCACGCCCGCTTTT
TCCCTCCAAACACAGATTTTAGAGGAAAGGATGATGCATCAATGGGAGCCGGAGGAAAGA
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GCTTTTCCGGCAGCGAGACGACGCAGCAGCACTCGGATGGTACTGATGAGCTCTAAATAC
GTCGTGTCATTCTAGCTCATGTGCTTGTTTGATTTCTTCGTCGACCCGGGTGTTTTTTTC
CTCTAAATAGTATATACCCAACAACCACGTCACATGGGGGATTTGAGATATGTTATATTC
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TTTTTCTTTTCACCAAAATATCTATCTGTGACCCAACACATCCATCTATACATAAAGGTG
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QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1AP32TF 755 0 0
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GCATATCTTTAGTCGTCTTCTTTGTATTCTCTGTGAATGTTGCCAGTGGCGAGGGTTACC
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CTGGTAATGATTACTGGGCGAAACTCAAAGAGAGTTTAGGTCGTAGTCACGCCCGCTTTT
TCCCTCCAAACACAGATTTTAGAGGAAAGGATGATGCATCAATGGGAGCCGGAGGAAAGA
TGAAAGAGGCGGTCACAAGGAGCTTCGAGCATAGTAAAGATACGGTGGAGGAAGTTGCCA
GATCAGCAGTGGAGGTGGCGTGTGATGCGGCAGAAGCGGTTAAAGAAAAGGTGAAGAGGA
GCTTTTCCGGCAGCGAGACGACGCAGCAGCACTCGGATGGTACTGATGAGCTCTAAATAC
GTCGTGTCATTCTAGCTCATGTGCTTGTTTGATTTCTTCGTCGACCCGGGTGTTTTTTTC
CTCTAAATAGTATATACCCAACAACCACGTCACATGGGGGATTTGAGATATGTTATATTC
AAATAGGTATAGAGTTATGGTTCTGGCCTCAACCATGGACTCACAAATATCTTTCTTTTC
TTTTTCTTTTCACCAAAATATCTATCTGTGACCCAACACATCCATCTATACATAAAGGTG
TGGAAATCATTATAAAAATGAGAATTACAAAGACC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL7378Contig1 912 2 2 U
GAGGCGAGAGAAGAGGAAGCAAAGCCGCCATGGTTGGACCAGGAAGACCTCAAATCGTCC
TCTTCGGTTCTTCAATCGTTCAGTACAGTTTCAGCAATGGTGGCTGGGGAGCCACTCTCG
CTGACGTCTACTCTCGCACGGCTGATGTTATCCTTCGTGGATATGGTGGTTGGAACTCAA
GATTTGCCTTAAAGGTTCTTGACCAAGTCTTCCCAAAGGATGCTGTAGTACAACCTTCTT
TGGTGATAGTTTACTTTGGTGGGAATGATTCAATGCCTCCTCATCCATCAGGGAAGGGAG
CTCATGTTCCTCTCTCTGAGTTCATTGATAACATGAGGAAGATTGGGGAGCATCTTCTGA
GCCTTTCAGACAAGACCCGTGTCATTTTCCTCTCTCCACCACCAATGAACGAGAGACAGA
TCCAGTTAGTTTTTGGAGATGCAATAAAAGGCCGGAGAAACGAAGCTTGCCGTCCATATG
CAGAAGCGTTGTTGAACCTATGCAGTGAGATCGATGTGAAATGTGTTGATCTCTGGAACG
TTATACAGCAACAAGATGATTGGTTGAACACCTGCTTCACAGATGGGATCCATTTCACAG
CCAAGGCAAGCGAGATTGTGGCGAAGGAGGTGTTGAAGGTAGTGAGAGAAGCGGAGTGGA
AACCGAGTCTTTACTGGAAGTCCCTACCTATTGAGTTTCCTTTAGATTATGGCGTACCAG
ACTCGCTAAGCCTTAGTGAGCTAGAGTTATTCAGAAACGAACAGTTGGAGCTACTAACTA
GTACGGCTCTACTGTAAAACGTTTAGAGAACATACTAGTGGATGGTATACTATTTTATTC
TCTCTTGTGTGCATCAGATATACAGAACAATATGCATTCGAATGTAAAAAACTCTGTTTC
CGTTTGGGGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B413TF U 1
AF RR1B413JQ C 46
BS 1 820 RR1B413TF
BS 821 912 RR1B413JQ

RD RR1B413TF 820 0 0
GAGGCGAGAGAAGAGGAAGCAAAGCCGCCATGGTTGGACCAGGAAGACCTCAAATCGTCC
TCTTCGGTTCTTCAATCGTTCAGTACAGTTTCAGCAATGGTGGCTGGGGAGCCACTCTCG
CTGACGTCTACTCTCGCACGGCTGATGTTATCCTTCGTGGATATGGTGGTTGGAACTCAA
GATTTGCCTTAAAGGTTCTTGACCAAGTCTTCCCAAAGGATGCTGTAGTACAACCTTCTT
TGGTGATAGTTTACTTTGGTGGGAATGATTCAATGCCTCCTCATCCATCAGGGAAGGGAG
CTCATGTTCCTCTCTCTGAGTTCATTGATAACATGAGGAAGATTGGGGAGCATCTTCTGA
GCCTTTCAGACAAGACCCGTGTCATTTTCCTCTCTCCACCACCAATGAACGAGAGACAGA
TCCAGTTAGTTTTTGGAGATGCAATAAAAGGCCGGAGAAACGAAGCTTGCCGTCCATATG
CAGAAGCGTTGTTGAACCTATGCAGTGAGATCGATGTGAAATGTGTTGATCTCTGGAACG
TTATACAGCAACAAGATGATTGGTTGAACACCTGCTTCACAGATGGGATCCATTTCACAG
CCAAGGCAAGCGAGATTGTGGCGAAGGAGGTGTTGAAGGTAGTGAGAGAAGCGGAGTGGA
AACCGAGTCTTTACTGGAAGTCCCTACCTATTGAGTTTCCTTTAGATTATGGCGTACCAG
ACTCGCTAAGCCTTAGTGAGCTAGAGTTATTCAGAAACGAACAGTTGGAGCTACTAACTA
GTACGGCTCTACTGTAAAACGTTTAGAGAACATACTAGTG

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1B413JQ 867 0 0
GACCTCAAATCGTCCTCTTCGGTTCTTCAATCGTTCAGTACAGTTTCAGCAATGGTGGCT
GGGGAGCCACTCTCGCTGACGTCTACTCTCGCACGGCTGATGTTATCCTTCGTGGATATG
GTGGTTGGAACTCAAGATTTGCCTTAAAGGTTCTTGACCAAGTCTTCCCAAAGGATGCTG
TAGTACAACCTTCTTTGGTGATAGTTTACTTTGGTGGGAATGATTCAATGCCTCCTCATC
CATCAGGGAAGGGAGCTCATGTTCCTCTCTCTGAGTTCATTGATAACATGAGGAAGATTG
GGGAGCATCTTCTGAGCCTTTCAGACAAGACCCGTGTCATTTTCCTCTCTCCACCACCAA
TGAACGAGAGACAGATCCAGTTAGTTTTTGGAGATGCAATAAAAGGCCGGAGAAACGAAG
CTTGCCGTCCATATGCAGAAGCGTTGTTGAACCTATGCAGTGAGATCGATGTGAAATGTG
TTGATCTCTGGAACGTTATACAGCAACAAGATGATTGGTTGAACACCTGCTTCACAGATG
GGATCCATTTCACAGCCAAGGCAAGCGAGATTGTGGCGAAGGAGGTGTTGAAGGTAGTGA
GAGAAGCGGAGTGGAAACCGAGTCTTTACTGGAAGTCCCTACCTATTGAGTTTCCTTTAG
ATTATGGCGTACCAGACTCGCTAAGCCTTAGTGAGCTAGAGTTATTCAGAAACGAACAGT
TGGAGCTACTAACTAGTACGGCTCTACTGTAAAACGTTTAGAGAACATACTAGTGGATGG
TATACTATTTTATTCTCTCTTGTGTGCATCAGATATACAGAACAATATGCATTCGAATGT
AAAAAACTCTGTTTCCGTTTGGGGTAT

QA 1 867 1 867
DS 



AS 1 2

CO CL7379Contig1 903 2 10 U
GCATTGGTTTCATTATAAAATTTTGAAAACCATGTTGTCTTGGTGATGATTGGCAGATAT
CCTCGGTGCGCATGGGGAGGTTCCGAACAGTGTGTCCTAGTTTGAAGCGCGTCTTCAGCA
GTCCTAATCTTTTGCAAGATTAGTGTTTGTTTTTATTATATGCAACTACTTTTTTTCTGC
AGATCTGTACAAATGCTTTGTTGTGATGTGTGATGTTTGAGATGTAAATGGGTACAAGCC
TTCAGTGGTGCTTGTACCTCTCGAGCAAGCTTGTACTATGTCCCTTCTACTTAGTCTGCT
TGTGTGATGGATACAAACCTAATAACATAAATACTGTACCTATTTTTTTTCTTTTTATTT
TTGTAGTATTTGCTTTGATTATATTGTTGCTACGTTATAAATGGAGTTATTCTATTTGCC
TCAATGATTTGGTTTCATTCTGATCGGATTGGGACATTAAGTTTTCATGTCGGAGAAAAA
GCAACTAACAAACAAATCTTCCGTTGATCATTTATCATTTATTTGCTGATTTACTGTATT
AAAATCTAAGAAAATTTAGCAACACAAATGCTTACAAAATTAACAATAAAAGAATGAAAA
ACCTATATAAAATATTGCTAAAACAAACATAATTAACCATCAGTACTGTAGTTTGTTTTG
ATATTAATTAATGTTATGTTATAAATCGCTAATTATTGAAATCAATTCCGCGCATACCTT
TATTTATTATCAGTTGTGCGTATGCATAAATTGTAGAGACAAATTAAATTGTGTTTTTTC
AAAGTCGTTTCGTCTTCTTTTTTTGCGAATATGCGATCCGAGAGGGCGGGAAGTCAACCG
TAATTATTATTATTTTAATTTTACTTTTGTACTTTGTTTTTCTTTTGCTTGCGGTTTTAC
TCC


BQ
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10 10 10 

AF RR1AR77TF U 1
AF RR1AR77JQ C 84
BS 1 803 RR1AR77TF
BS 804 804 RR1AR77JQ
BS 805 836 RR1AR77TF
BS 837 837 RR1AR77JQ
BS 838 842 RR1AR77TF
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BS 858 885 RR1AR77TF
BS 886 903 RR1AR77JQ

RD RR1AR77TF 885 0 0
GCATTGGTTTCATTATAAAATTTTGAAAACCATGTTGTCTTGGTGATGATTGGCAGATAT
CCTCGGTGCGCATGGGGAGGTTCCGAACAGTGTGTCCTAGTTTGAAGCGCGTCTTCAGCA
GTCCTAATCTTTTGCAAGATTAGTGTTTGTTTTTATTATATGCAACTACTTTTTTTCTGC
AGATCTGTACAAATGCTTTGTTGTGATGTGTGATGTTTGAGATGTAAATGGGTACAAGCC
TTCAGTGGTGCTTGTACCTCTCGAGCAAGCTTGTACTATGTCCCTTCTACTTAGTCTGCT
TGTGTGATGGATACAAACCTAATAACATAAATACTGTACCTATTTTTTTTCTTTTTATTT
TTGTAGTATTTGCTTTGATTATATTGTTGCTACGTTATAAATGGAGTTATTCTATTTGCC
TCAATGATTTGGTTTCATTCTGATCGGATTGGGACATTAAGTTTTCATGTCGGAGAAAAA
GCAACTAACAAACAAATCTTCCGTTGATCATTTATCATTTATTTGCTGATTTACTGTATT
AAAATCTAAGAAAATTTAGCAACACAAATGCTTACAAAATTAACAATAAAAGAATGAAAA
ACCTATATAAAATATTGCTAAAACAAACATAATTAACCATCAGTACTGTAGTTTGTTTTG
ATATTAATTAATGTTATGTTATAAATCGCTAATTATTGAAATCAATTCCGCGCATACCTT
TATTTATTATCAGTTGTGCGTATGCATAAATTGTAGAGACAAATTAAATTGTGTTTTTTC
AAAGTCGTTTCGTCTTCTTTTTT*GCGAATATGCGATCCGAGAGGGCGGGAAGTCA*CCG
TA**TATTATTATTT**ATTTTACTTTTGTACTTTGTTTTTCTTT

QA 1 885 1 885
DS 

RD RR1AR77JQ 820 0 0
CGAACAGTGTGTCCTAGTTTGAAGCGCGTCTTCAGCAGTCCTAATCTTTTGCAAGATTAG
TGTTTGTTTTTATTATATGCAACTACTTTTTTTCTGCAGATCTGTACAAATGCTTTGTTG
TGATGTGTGATGTTTGAGATGTAAATGGGTACAAGCCTTCAGTGGTGCTTGTACCTCTCG
AGCAAGCTTGTACTATGTCCCTTCTACTTAGTCTGCTTGTGTGATGGATACAAACCTAAT
AACATAAATACTGTACCTATTTTTTTTCTTTTTATTTTTGTAGTATTTGCTTTGATTATA
TTGTTGCTACGTTATAAATGGAGTTATTCTATTTGCCTCAATGATTTGGTTTCATTCTGA
TCGGATTGGGACATTAAGTTTTCATGTCGGAGAAAAAGCAACTAACAAACAAATCTTCCG
TTGATCATTTATCATTTATTTGCTGATTTACTGTATTAAAATCTAAGAAAATTTAGCAAC
ACAAATGCTTACAAAATTAACAATAAAAGAATGAAAAACCTATATAAAATATTGCTAAAA
CAAACATAATTAACCATCAGTACTGTAGTTTGTTTTGATATTAATTAATGTTATGTTATA
AATCGCTAATTATTGAAATCAATTCCGCGCATACCTTTATTTATTATCAGTTGTGCGTAT
GCATAAATTGTAGAGACAAATTAAATTGTGTTTTTTCAAAGTCGTTTCGTCTTCTTTTTT
TGCGAATATGCGATCCGAGAGGGCGGGAAGTCAACCGTTATTATTATTATTTTATTTTTA
CTTTTGTACTTTGTTTTTCTTTTGCTTGCGGTTTTACTCC

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL7380Contig1 946 2 2 U
GGGGTATCGCCTTTCTCATTACACCAACGCTGAACACACTTCCTATGAGCATACTAGACG
ACACAATAGAAAAAAGACAACAACTCAGTTTTCAGGGAGAATATACAGACAAAAAAAAAC
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AGAATCCTCCTCTTGGCAAATACGGCATTCAACTGATTGTTGGATAAGCGGCTCCTCCTC
TTCATCGCTTTCTTCCTTATCATCTACAGGTTTAGTAGTGGTGGTGTCTTGAGCTCTGGA
ACTTTCTCCAGAAGATTGATTGGATCCTTTATCTGAATTAAGGTGATCAGATGTAACGAG
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AAAAAACGTTGACCTGTTTTTTTTTTTAATTTTAAAAAACTCCAATTATGACAAATGTTC
AGGATTCAAATCTCAACCATGAACACGAAGGAGAGAGAGAGATACGATTCGATAACAATT
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ATTATTGTTTACCTGATAGAAAATACTCTGAATCGTTGATTTCTTGAAGGCAGAGAGTCT
TTTTTTTTTGAGCAACCAGAGACAGTCTTTGAAACGAAACTTTTGGACAAATGTGTGTTG
TTCTTGTGTTGATGATCGGTCTGAAAGAATTTTCAGATAAGTATATTTATTAAATGTCTC
TCGAAGCGCGTGTATACTTTATCTATAAGTTTTCAAAACACAAACCGGAGCTGTGGATGT
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BQ
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AF RR1DY85TF U 1
AF RR1DY85JQ C 209
BS 1 292 RR1DY85TF
BS 293 946 RR1DY85JQ

RD RR1DY85TF 292 0 0
GGGGTATCGCCTTTCTCATTACACCAACGCTGAACACACTTCCTATGAGCATACTAGACG
ACACAATAGAAAAAAGACAACAACTCAGTTTTCAGGGAGAATATACAGACAAAAAAAAAC
AGAAGAAGACTTGACCTTCAAGCTGCCGCTGCAAGAACACGGAGACTCGAGGTTCTTAAC
AGAATCCTCCTCTTGGCAAATACGGCATTCAACTGATTGTTGGATAAGCGGCTCCTCCTC
TTCATCGCTTTCTTCCTTATCATCTACAGGTTTAGTAGTGGTGGTGTCTTGA

QA 1 292 1 292
DS 

RD RR1DY85JQ 738 0 0
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GGTTTAGTAGTGGTGGTGTCTTGAGCTCTGGAACTTTCTCCAGAAGATTGATTGGATCCT
TTATCTGAATTAAGGTGATCAGATGTAACGAGACGGTCGGTACATGAACTCAGATGATCA
GACATCTCTCTCTCAATGCTGCAAAAAAAAGAAAAAAACGTTGACCTGTTTTTTTTTTTA
ATTTTAAAAAACTCCAATTATGACAAATGTTCAGGATTCAAATCTCAACCATGAACACGA
AGGAGAGAGAGAGATACGATTCGATAACAATTCAGATAGCGAAACCCGAAAAATCGCAGA
AATCAAAATTCTCAGATCGGTGAAAAAAAGAGATTATTGTTTACCTGATAGAAAATACTC
TGAATCGTTGATTTCTTGAAGGCAGAGAGTCTTTTTTTTTTGAGCAACCAGAGACAGTCT
TTGAAACGAAACTTTTGGACAAATGTGTGTTGTTCTTGTGTTGATGATCGGTCTGAAAGA
ATTTTCAGATAAGTATATTTATTAAATGTCTCTCGAAGCGCGTGTATACTTTATCTATAA
GTTTTCAAAACACAAACCGGAGCTGTGGATGTTGACGGTTTGACACGGTGACTTCCGTTA
AAAGGCTTTTAGACGGAATAAGCTGTGGAATGTTGGCAGTTAAACAAAAATGGTGCATAA
TAAAATGTAAATAGTAGG

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL7381Contig1 766 2 2 U
GGGAATCGCTTTGTCTCCGACCCGACGAAGCATCTCGCGATGAACGCAGACGATGAGGGT
GCGGCGGGGGCATTGGCGCCGCCGACGAGAGTTAGGCATATCGGGAAGAGAGCTCTAAAG
AACAAAAGCGTCACCGTCTCTTTTGATGAGAAAGATCTCAAGGATTTTGTGACTGGGTTT
CACAAGAGGAAGAAGAAAAGGAGAAAGGAAGCTCAGAAGCAGCAGGATGAATGTCTGAGG
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GGTGAGGAGATTGAAGTTGGAGAAGCTGATGAGAAGGATGCAGAGCATGAAGAAACAGAG
CCTGATGCTTCAACTTCTGGAAGAACAATGTATGATACAGGGGAGCTGAAAGTAACTGTG
ACAACAAGCGAGATATCTCGTGAAGAGGACGAGCCTGTTCGCAGGGAAAAGACACAATCA
ACAGAATCCGGTTCTACGGCCAAAGCTTCCACATCACAGCCGGCGCCTTTAAGAAAACCC
AAACCCTCGAAGAAGAACCGAAGGTCTAGCACCAAAACTATGAAGAAAAGGGATAAGAAG
AAAAAAGCAAGAGGGATCAAGGGCACGCGGTAGTTAAAGAGGGTTTTGTGTTTGTTTCTT
TTGAAAACTCTCAAGCGTTTGATGCTGTTGAAATTGCGTGTTAACAATCAGATAATGTTT
TGTCTTAGTAACAAGAACTTGATCCAATCACATCATGTTTACAAAA


BQ
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AF RR1A619JQ C 1
AF RR1A619TF U 1
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TGTCTTAGTAACAAGAACTTGATCCAATCACATCATGTTTACAAAA

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DS 

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CACAAGAGGAAGAAGAAAAGGAGAAAGGAAGCTCAGAAGCAGCAGGATGAATGTCTGAGG
CGGAAGCGTATCGAGGCTCGTAAGAAGAGGAAGTTGGAAGAGATGATGGTGGCGGGTCTT
GGTGAGGAGATTGAAGTTGGAGAAGCTGATGAGAAGGATGCAGAGCATGAAGAAACAGAG
CCTGATGCTTCAACTTCTGGAAGAACAATGTATGATACAGGGGAGCTGAAAGTAACTGTG
ACAACAAGCGAGATATCTCGTGAAGAGGACGAGCCTGTTCGCAGGGAAAAGACACAATCA
ACAGAATCCGGTTCTACGGCCAAAGCTTCCACATCACAGCCGGCGCCTTTAAGAAAACCC
AAACCCTCGAAGAAGAACCGAAGGTCTAGCACCAAAACTATGAAGAAAAGGGATAAGAAG
AAAAAAGCAAGAGGGATCAAGGGCACGCGGTAGTTAAAGAGGGTTTTGTGTTTGTTTCTT
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TGTCTTAGTAACAAGAACTTGATCCAATCACATCATGTTTAC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

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ACCCATCCAAGAAAGAGAGACCCAGAAGCTCAAATCAACTCTCATCGCCTCCAAGAAGAA
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TCCTTACGTCGCTGACATCTGTGCCTATCTCCGCGAAATGGAGATTTTTCAGGGGAAGTT
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BQ
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AF RR1BW52TF U 406
AF RR1EF88TF U 1
BS 1 415 RR1EF88TF
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QA 1 238 1 238
DS 

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TCCTTACGTCGCTGACATCTGTGCCTATCTCCGCGAAATGGAGATTTTTCAGGGGAAGTT
AAAGCAGAGACCTTTACATGACTACATTGAAAAGGTTCAGAGTGATTTGACTCCC*AACA
TGAGAGGGGTTTTGATGGACTGGTTAGTGGAGGTT*GCTGAGGAGTACAAACTTGTCTCC
GACACGCTCTATCTCACTGTCTCTTATGTTGATCGGTTCTTGTCTGTAAAGCCTATTAAC
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ATAAGTCCTCCTAAAGTGGAAGATTTTGTGTACATCACTGATAATACTTTTACTAGACAA
GATGTGGTGTCCATGGAGGCAGATATACTCT

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL7383Contig1 742 2 1 U
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AF RR1A363JQ C 1
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QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL43JQ U 1
AF RR1F865JQ U 1
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BQ
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1GB86TF C 1
AF RR1GB86JQ U 4
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CTCCGCCGCCGGATCGTGAGACTGTCTGATGAGTGATTGGATATATCCTAAGGTATCGGT
CATGTTTCCGAGCACGACGTTGGCCATTGCGGAGGCTATAGACTTGGTATCAGAAGGTGA
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GAGTCC

QA 1 726 1 726
DS 

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GTCTCCGAGCACATACGTCGCGAATCCGAACTCTCCTCGCCGCATTGCCTCGATAGCCTG
AGGAATGTTGAACCGAACCACCGGCCGGTACACTTCGGCGCACTGAGCCAGCGCTCGCTC
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GTTTCCGAGCACGACGTTGGCCATTGCGGAGGCTATAGACTTGGTATCAGAAGGTGAGGG
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AGAGACAGTGTTGATGTGACGGCGGAGGATTTCTTCATCGTCTGAGATAGTTGAAACTCG
AAGAAAGTAAGAATAAGGCTGATGTGCAAATAGGTTAAGACGTGTGTTGCTTGTTGTGAG
TCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AN79JQ C 1
AF RR1AN79TF U 1
BS 1 742 RR1AN79TF

RD RR1AN79JQ 742 0 0
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QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1AN79TF 742 0 0
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AGAATGTTGATCATGTATTATTTATTCACGCTATTTATTTTCAAGTTTGATGTGTTAATC
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QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL7387Contig1 814 2 6 U
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BQ
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AF RR1F867TF U 1
AF RR1EN14TF U 25
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RD RR1F867TF 795 0 0
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GATGGCTTCACTAACAACTTCTTCTTCTCTTCTCAACAAGTCCTTTTTACCTAACCGCTC
TTCCCTCTCCTCCTCCTCTACCTCTCATTCTCGTCTTTACCGATTCTCTTCCTCTGTTCG
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TCCAAATTCCGACAAGAAAGACACTGAAACTCAAAGTGTTAAAGTTGAGGAGACACAAGT
GTTCGCGTGTCCTGTTTGTTACGAACCGCTTATGAGGAAAGGACCTTCAGGTATTAACCT
ACAAGCAATCTACAGGTCTGGTTTCAAGTGTGGACAGTGTAACAAGACATACTCTAGCAA
AGATGAATACTTGGATCTAACCGTCACTGCTGGTTTTGATTCTTTCAATGAAGTCAAACC
CATTACAACTGAACTCTTTCGGAGTCCATTAGTATCATTCTTGTATGAAAGAGGTTGGAG
ACAGAACTTTGCTCGAAGCGGTTTTCCTGGTCCACATGAAGAGTTTAGGATGGCTGAGGA
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DS 

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GGG
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AACTCAAAGTGTTAAAGTTGAGGAGACACAAGTGTTCGCGTGTCCTGTTTGTTACGAACC
GCTTATGAGGAAAGGACCTTCGGGTATTAACCTACAAGCAATCTACAGGTCTGGTTTCAA
GTGTGGACAGTGTAACAAGACATACTCTAGCAAAGATGAATACTTGGATCTAACCGTCAC
TGCTGGTTTTGATTCTTTCAATGAAGTCAAACCCATTACAACTGAACTCTTTCGGAGTCC
ATTAGTATCATTCTTGTATGAAAGAGGTTGGAGACAGAACTTTGCTCGAAGTGGTTTTCC
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TCTCGTGGACGTTAGCTGTGGAAGCGGTTTATTCTCAAGAAAATTTGCAAAGTCTGGCAA
ATACTCTGGCGTCATTGCTCTTGACTACTCTGAAA*CATGCTTCGTCAGTGTAATGACTT
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CTCTCGC

QA 4 790 4 790
DS 



AS 1 2

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CGCTCTCTATCCGTTGCTGCCCTGGTTTCGGAGATGCGACTCTCTCCTTCTTGGGGAAGA
TCTGTCACCAGCTTCAAGATATTGAGCTCTGCGGATTGAATGGTGTGACTGACGCAGGCG
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TCAATGTCTCGGACAACACGGTCTCTGCGATATCCGTCTGCCACGGACGCACGTTGGAGT
CTCTTAACCTTGATGGATGCAAGAACGTCACTGATGCAAGCCTTGTGGTGGTGGCCAAGA
ACTGCTACTCGGTCAACGACCTAGACGTCTCGAACACTTTGGTCTCGGATCAGGGGGTCA
AGGCTTTGGCGTGTTCTCCCAACCACCTGAATCTTCAGGTTCTTTCGGTTGGCGGCTGTT
CAGCGATCACAGACAAGAGCAAGGCGTGTATGCAGAAACTCGGCCGTACGCTTTTGGGGT
TGAACATCCAAAGATGCGGTAGAATCAGCAGCAGTACTGTGGATAGCCTTCTTGAACATC
TATGGAGGTGCGATATACTTTATTAAGTAAGTATTATTAGTCAAAAAAAAGTCTGTCTTC
TAGCTTTTGGTCGCTGCCAAACCCATAGATTCCACCTAGAACTCGGTTTCTTTCCTAGGA
AGCAGCCAGCTGTTTTTTCTCAAATTTTTTAGCAGGTTCCTTGGAGCTTGTTTCTACAGC
TGTTGTGTTCCTAAGAACATGTTACTGAGTTCTGGTGATCTAGTTAGGGTTTGGTCTTGA
CCTTTTTTGGAGTTGTTGTCTCTTTATCATGTTTAGTGTTCTTGTGGGGGAGATCTTGTT
CTCTGGTTTAGGTTTGTGGTAGTGCCTTCATCTTCCTCTTGTAGAGCTATTGGCAACAAC
TCTTTGGAGTTGTTTTTTTTATGTGTTGTCTTTTGCCAAAAGCTCTGTTTTTTTTCCACT
TTTTTTTTGTTTTAAGGCACTATCTGTACTGCTTAGATCATTGTATAAGCTTCCCCTGAA
CATACTACTATCCTTTTGTAATATATAACATGATCCTTGGATCATTTTGTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD46TF U 1
AF RR1CD46JQ C 469
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BS 647 1134 RR1CD46JQ

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TGAACATCCAAAGATGCGGTAGA*TCAGCAGCAGTACTGTGGATAGCCTTCTTGA*CATC
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QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1CD46JQ 666 0 0
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CGCTTTTGGGGTTGAACATCCAAAGATGCGGTAGAATCAGCAGCAGTACTGTGGATAGCC
TTCTTGAACATCTATGGAGGTGCGATATACTTTATTAAGTAAGTATTATTAGTCAAAAAA
AAGTCTGTCTTCTAGCTTTTGGTCGCTGCCAAACCCATAGATTCCACCTAGAACTCGGTT
TCTTTCCTAGGAAGCAGCCAGCTGTTTTTTCTCAAATTTTTTAGCAGGTTCCTTGGAGCT
TGTTTCTACAGCTGTTGTGTTCCTAAGAACATGTTACTGAGTTCTGGTGATCTAGTTAGG
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GGAGATCTTGTTCTCTGGTTTAGGTTTGTGGTAGTGCCTTCATCTTCCTCTTGTAGAGCT
ATTGGCAACAACTCTTTGGAGTTGTTTTTTTTATGTGTTGTCTTTTGCCAAAAGCTCTGT
TTTTTTTCCACTTTTTTTTTGTTTTAAGGCACTATCTGTACTGCTTAGATCATTGTATAA
GCTTCCCCTGAACATACTACTATCCTTTTGTAATATATAACATGATCCTTGGATCATTTT
GTTTTG

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

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TCAACAACACCTGATTGAGCCCATGGATCCCGTTTCGTCTATGGTTGTCATCAGAGAATC
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GCTCGCTTCTTCCGTCTCCGAATTCGATAACAGATACCTCGAATCCCCATCGGAATCCGA
CTCCCCGTCATCTTCTTCCAGAGGCTCCGCTTCCTCTTTCTCCTTCCCGTCTGATTCAGA
CGGACAACCTCCACTCGCTCCCTGCGAATTTTACCAGAATTCTCCGTCGGAAAACGAAGA
AAAATCTCCGCGTTCGATGCAGATAGACAATCGCCGCCGTTGATAGGTTCTAAACGAGGC
GGCGGAGAGTCTCCACCGCCGAGGAAGGTCTTGTATCATCGTGAGGCTGATGATGTGCTC
CAGCATTGGTGGGAGCTTCTTCTCGTACGAACATACTCCAAGTTCAAAAATCTGATGACG
TGGTTCTCGACGACTCTACGGCCGTTTTATCCCGTCCTCGCCGTTGTGGTATGGTGGTGG
ATGCGTGTACGAGCTCGCCGGAGGCGTGTCGATGGAGAAACCGCGTGTCGCCTTCGAGAT
GCGATCAAAGAGAGAGACGAGAGGATAGTTCAGCTATTGCATCAGATTGCTCAAATGAAT
GAGTTACTCATAAAACACCACAAGGAGATCGTATCAAGATAGATGATGATTCAGAAAACT
CTTTTAGCTTGATTCTTTGTTTCTTGTTTTATATTCTTTATTACCAAAGTCCACTCTGTT
TCTGTCAATTTCTTTACATTTCAATCTCTCTAATAAATAAGACAAGACGTAGACTCTCCC
TGTTCTAACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU72TF U 1
AF RR1CU72JQ C 218
BS 1 677 RR1CU72TF
BS 678 971 RR1CU72JQ

RD RR1CU72TF 677 0 0
GGGAAACTTTCATGGATTGGCTTCTTCGTTTTCTTCTCCTACGCTTCTCCTCTCTCTCGT
AATCTAACCCTAGCAGCTCAAATCCAAACCTATAATGGCCGAATACGAAGATATATACTC
TCAACAACACCTGATTGAGCCCATGGATCCCGTTTCGTCTATGGTTGTCATCAGAGAATC
CCCAATTTTCGCCAAAGACGACCGTCTCGTCTTCCCGCCGGTCAACCACGAGAATCTCCA
GCTCGCTTCTTCCGTCTCCGAATTCGATAACAGATACCTCGAATCCCCATCGGAATCCGA
CTCCCCGTCATCTTCTTCCAGAGGCTCCGCTTCCTCTTTCTCCTTCCCGTCTGATTCAGA
CGGACAACCTCCACTCGCTCCCTGCGAATTTTACCAGAATTCTCCGTCGGAAAACGAAGA
AAAATCTCCGCGTTCGATGCAGATAGACAATCGCCGCCGTTGATAGGTTCTAAACGAGGC
GGCGGAGAGTCTCCACCGCCGAGGAAGGTCTTGTATCATCGTGAGGCTGATGATGTGCTC
CAGCATTGGTGGGAGCTTCTTCTCGTACGAACATACTCCAAGTTCAAAAATCTGATGACG
TGGTTCTCGACGACTCTACGGCCGTTTTATCCCGTCCTCGCCGTTGTGGTATGGTGGTGG
ATGCGTGTACGAGCTCG

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1CU72JQ 754 0 0
CCGGTCAACCACGAGAATCTCCAGCTCGCTTCTTCCGTCTCCGAATTCGATAACAGATAC
CTCGAATCCCCATCGGAATCCGACTCCCCGTCATCTTCTTCCAGAGGCTCCGCTTCCTCT
TTCTCCTTCCCGTCTGATTCAGACGGACAACCTCCACTCGCTCCCTGCGAATTTTACCAG
AATTCTCCGTCGGAAAACGAAGAAAAATCTCCGCGTTCGATGCAGATAGACAATCGCCGC
CGTTGATAGGTTCTAAACGAGGCGGCGGAGAGTCTCCACCGCCGAGGAAGGTCTTGTATC
ATCGTGAGGCTGATGATGTGCTCCAGCATTGGTGGGAGCTTCTTCTCGTACGAACATACT
CCAAGTTCAAAAATCTGATGACGTGGTTCTCGACGACTCTACGGCCGTTTTATCCCGTCC
TCGCCGTTGTGGTATGGTGGTGGATGCGTGTACGAGCTCGCCGGAGGCGTGTCGATGGAG
AAACCGCGTGTCGCCTTCGAGATGCGATCAAAGAGAGAGACGAGAGGATAGTTCAGCTAT
TGCATCAGATTGCTCAAATGAATGAGTTACTCATAAAACACCACAAGGAGATCGTATCAA
GATAGATGATGATTCAGAAAACTCTTTTAGCTTGATTCTTTGTTTCTTGTTTTATATTCT
TTATTACCAAAGTCCACTCTGTTTCTGTCAATTTCTTTACATTTCAATCTCTCTAATAAA
TAAGACAAGACGTAGACTCTCCCTGTTCTAACTT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL7390Contig1 762 2 1 U
GGTCATCTCCTTCATCATCAATCACCAAGCTAAGTCTCCTCCTCGAGATCTGATCGTACA
CGTTCGTTGACTTCGTCTTCTCTAGAGAAATGAGTCAGCAGAAAGGTTTGATTTACAGCT
TCGTAGCCAAAGGAACCGTCGTTCTAGCCGAGCATACTCCTTACTCTGGAAACTTCAGCA
CCATCGCTGTTCAATGTCTCCAGAAGCTTCCCACTAACAGCAGCAAGTATACCTACTCCT
GCGATGGACACACCCTCTTGCTGATGATGATGACGAGGATGATGATTTGTTTGGGGATCG
GTTTAGCATCGCTTACAATCTTGACAGGGAGTTCGGGCCTATACTTAAGGAGCATATGCA
GTATTGTATGAGCCATCCTGAAGAGATGAGCAAGCTTTCAAAGTTGAAGGCTCAAATAAA
TGATGTCAAGGGGATCATGATGGACAACATTGAGAAGGTTCTGGACAGGGGAGAGAAGAT
AGAACTTCTGGTTGACAAAACGGAGAACCTTCAGTTCCAGGCAGATAGCTTCCAGAGGCA
AGGAAGGCAACTTAGAAGGAAGATGTGGATACAGAGCCTGCAGATGAAGCTGATGGTGGG
AGGTGCTGTTTTGTCCTTTATTCTCATCGTTTGGGTTGTTGCTTGTGGTGGTTTTAAATG
CTCGTCATGATTCTCTGTATCTGTTTGATCGCCACCACCTTGTTTACCACGTAAAACGCA
TGCTCATGTTTGTACATGTTATGATCAATAACCATCATTCCC


BQ
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AF RR1AD54TF U 1
AF RR1AD54JQ C 34
BS 1 762 RR1AD54TF

RD RR1AD54TF 762 0 0
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CGTTCGTTGACTTCGTCTTCTCTAGAGAAATGAGTCAGCAGAAAGGTTTGATTTACAGCT
TCGTAGCCAAAGGAACCGTCGTTCTAGCCGAGCATACTCCTTACTCTGGAAACTTCAGCA
CCATCGCTGTTCAATGTCTCCAGAAGCTTCCCACTAACAGCAGCAAGTATACCTACTCCT
GCGATGGACACACCCTCTTGCTGATGATGATGACGAGGATGATGATTTGTTTGGGGATCG
GTTTAGCATCGCTTACAATCTTGACAGGGAGTTCGGGCCTATACTTAAGGAGCATATGCA
GTATTGTATGAGCCATCCTGAAGAGATGAGCAAGCTTTCAAAGTTGAAGGCTCAAATAAA
TGATGTCAAGGGGATCATGATGGACAACATTGAGAAGGTTCTGGACAGGGGAGAGAAGAT
AGAACTTCTGGTTGACAAAACGGAGAACCTTCAGTTCCAGGCAGATAGCTTCCAGAGGCA
AGGAAGGCAACTTAGAAGGAAGATGTGGATACAGAGCCTGCAGATGAAGCTGATGGTGGG
AGGTGCTGTTTTGTCCTTTATTCTCATCGTTTGGGTTGTTGCTTGTGGTGGTTTTAAATG
CTCGTCATGATTCTCTGTATCTGTTTGATCGCCACCACCTTGTTTACCACGTAAAACGCA
TGCTCATGTTTGTACATGTTATGATCAATAACCATCATTCCC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1AD54JQ 729 0 0
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GTCAGCAGAAAGGTTTGATTTACAGCTTCGTAGCCAAAGGAACCGTCGTTCTAGCCGAGC
ATACTCCTTACTCTGGAAACTTCAGCACCATCGCTGTTCAATGTCTCCAGAAGCTTCCCA
CTAACAGCAGCAAGTATACCTACTCCTGCGATGGACACACCCTCTTGCTGATGATGATGA
CGAGGATGATGATTTGTTTGGGGATCGGTTTAGCATCGCTTACAATCTTGACAGGGAGTT
CGGGCCTATACTTAAGGAGCATATGCAGTATTGTATGAGCCATCCTGAAGAGATGAGCAA
GCTTTCAAAGTTGAAGGCTCAAATAAATGATGTCAAGGGGATCATGATGGACAACATTGA
GAAGGTTCTGGACAGGGGAGAGAAGATAGAACTTCTGGTTGACAAAACGGAGAACCTTCA
GTTCCAGGCAGATAGCTTCCAGAGGCAAGGAAGGCAACTTAGAAGGAAGATGTGGATACA
GAGCCTGCAGATGAAGCTGATGGTGGGAGGTGCTGTTTTGTCCTTTATTCTCATCGTTTG
GGTTGTTGCTTGTGGTGGTTTTAAATGCTCGTCATGATTCTCTGTATCTGTTTGATCGCC
ACCACCTTGTTTACCACGTAAAACGCATGCTCATGTTTGTACATGTTATGATCAATAACC
ATCATTCCC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL7391Contig1 867 2 12 U
GTGTTACTGATGGAGAGCTGAGCGATGACAATGTTGCTGCTTTGTTAAGGTTAAGAGTCA
TGCTCTGCATTCCTCAGCAAACTATTGAAGCAGCTCATGCAGAAATCTGTGGAAGCATAT
TTGAAAAGGTTGTCAGAGAAGCAATTTCTTCTGGAGTTGATGGTTATGATGCTGAAACTC
GCAAATCAGTAAGAAAGGCTGCTCATGGTCTTCGGTTATCCAGAGAGACTGCCATGTCTA
TTGCTAGCAAGGCTGCCCGTAGGGTTTTCACAAACTATATCAGACGAGCAAGGGCGGCAG
AGAACCGCACCGAGTCAGCAAAGGAGCTCAAGAAAATGATTGCTTTCAACACGTTAGTTG
TGACTGAAATGGTGGCTGACATTAAGGGAGAATCTTCTGACAAGGAACCTGAAGAGCCTG
TTCAAGTGAAAGCAGAAGATGGCGAAGATGAGGAATGGGGATCCCTTGAATCGCTCAAAA
AGACAAGACCTGACAAAGAACTCTCCGAGAAGATGGGAAAGCCTGGCCAGACTGAGATAA
CTCTCAAAGACGACCTTCCCGACAGAGACAGGATCGATCTCTACAAAACGTACCTGCTCT
ACTGTGTAACGGGAGAGGTCACAAGAATCCCGTTTGGCGCTCAGATCACAACAAAGAGAG
ACGACTCAGAGTACTTACTTCTCAATCAGCTCGGTGGGATTCTCGGATTGACTTCGAAAG
AAATAGTCAACATTCACGTAGGTTTAGCCGAGCAGGCTTTCAGGCAACAAGCTGAAGTGA
TTTTAGCTGATGGGCAACTGACAAAAGCTAGAGTAGAGCAGTTAGACGAGCTGCAGAAAC
AAGTTGGGTTACCTCAGCCACAAGCTG


BQ
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DK53TF U 1
AF RR1GS42TF U 188
BS 1 550 RR1DK53TF
BS 551 551 RR1GS42TF
BS 552 684 RR1DK53TF
BS 685 685 RR1GS42TF
BS 686 722 RR1DK53TF
BS 723 723 RR1GS42TF
BS 724 729 RR1DK53TF
BS 730 730 RR1GS42TF
BS 731 741 RR1DK53TF
BS 742 742 RR1GS42TF
BS 743 755 RR1DK53TF
BS 756 867 RR1GS42TF

RD RR1DK53TF 774 0 0
GTGTTACTGATGGAGAGCTGAGCGATGACAATGTTGCTGCTTTGTTAAGGTTAAGAGTCA
TGCTCTGCATTCCTCAGCAAACTATTGAAGCAGCTCATGCAGAAATCTGTGGAAGCATAT
TTGAAAAGGTTGTCAGAGAAGCAATTTCTTCTGGAGTTGATGGTTATGATGCTGAAACTC
GCAAATCAGTAAGAAAGGCTGCTCATGGTCTTCGGTTATCCAGAGAGACTGCCATGTCTA
TTGCTAGCAAGGCTGCCCGTAGGGTTTTCACAAACTATATCAGACGAGCAAGGGCGGCAG
AGAACCGCACCGAGTCAGCAAAGGAGCTCAAGAAAATGATTGCTTTCAACACGTTAGTTG
TGACTGAAATGGTGGCTGACATTAAGGGAGAATCTTCTGACAAGGAACCTGAAGAGCCTG
TTCAAGTGAAAGCAGAAGATGGCGAAGATGAGGAATGGGGATCCCTTGAATCGCTCAAAA
AGACAAGACCTGACAAAGAACTCTCCGAGAAGATGGGAAAGCCTGGCCAGACTGAGATAA
CTCTCAAAGATGACCTTCCCGACAGAGACAGGATCGATCTCTACAAAACGTACCTGCTCT
ACTGTGTAACGGGAGAGGTCACAAGAATCCCGTTTGGCGCTCAGATCACAACAAAGAGAG
ACGACTCAGAGTACTTACTTCTCA*TCAGCTCGGTGGGATTCTCGGATTGACTTCGAAAG
AA*TAGTCA*CATTCACGTAG*TTTAGCCGAGCAG
CTTTCAGCACGAGCTGAGT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1GS42TF 680 0 0
G
GTAAGAAAGGCTGCTCATGGTCTTCGGTTATCCAGAGAGACTGCCATGTCTATTGCTAGC
AAGGCTGCCCGTAGGGTTTTCACAAACTATATCAGACGAGCAAGGGCGGCAGAGAACCGC
ACCGAGTCAGCAAAGGAGCTCAAGAAAATGATTGCTTTCAACACGTTAGTTGTGACTGAA
ATGGTGGCTGACATTAAGGGAGAATCTTCTGACAAGGAACCTGAAGAGCCTGTTCAAGTG
AAAGCAGAAGATGGCGAAGATGAGGAATGGGGATCCCTTGAATCGCTCAAAAAGACAAGA
CCTGACAAAGAACTCTCCGAGAAGATGGGAAAGCCTGGCCAGACTGAGATAACTCTCAAA
GACGACCTTCCCGACAGAGGCAGGATCGATCTCTACAAAACGTACCTGCTCTACTGTGTA
ACGGGAGAGGTCACAAGAATCCCGTTTGGCGCTCAGATCACAACAAAGAGAGACGACTCA
GAGTACTTACTTCTCAATCAGCTCGGTGGGATTCTCGGATTGACTTCGAAAGAAATAGTC
AACATTCACGTAGGTTTAGCCGAGCAGGCTTTCAGGCAACAAGCTGAAGTGATTTTAGCT
GATGGGCAACTGACAAAAGCTAGAGTAGAGCAGTTAGACGAGCTGCAGAAACAAGTTGGG
TTACCTCAGCCACAAGCTG

QA 2 680 2 680
DS 



AS 1 2

CO CL7392Contig1 962 2 6 U
GGCATCCTCTGTCGATGGCGCGATTAGTCAGATGTCTGAGGAGAACCGTCTTCTTCAATT
CGTCTACTTCGATTGCGTACCGGAACCCCAAAATCGGTTTACCCACGAATCAAAATGGAA
ACTTTTTGATTAGCTCTGGGAGATGTCTAAGCTCGGCGGGGAGTTACGTCTCAGAAATGC
AGAAATCAGCTTTCCAAGGAAACATCTGCCGTCTAATCCGTAATGAGATCGATTACGAAC
TCAATCACTCGCCTCCTCTTCAGTCGCCTAGCAGTTATGGTCCATTCACTGTGGAGGAAC
GGCCTGGAGAGCAGTGGATTAGCTTGAAGAGGAAGTATGGTGAGAAAGAAGACATCAAAG
TCGAGGCAACCATGTTTGATAGATCAGTTCCGTCCTCAAAATCCACCAGCACTGAACCTG
ACTTTATTCTTCACATCACTTTCCTTGTCAACATCTCTAAGGGCGTTCCTGGTGAATCCT
TGGAGATCGTGTGTTCCGCTTGGCCTGATAACATTGAGATATCCAAGCTCTGCATTCGTA
AAGGCACCAACAGCTCGCCGTCTTCCTACGCTGGACCAGAGTTTGAGGAATTAGATGATG
AGCCTCAAGACGCTCTTTATCAGTTTTTAGAGGAGAGGGGTATAAGCGACGAGCTTGCTG
TTTTCTTGCATCGTTATATGAAGAACAAAAGTAAATTCGAGTACGTTAGATGGATGGAGA
GCGTTAAATCTTATGTCGAGCAGAATTAGACATTAGTCTCTTTGGCTTTCCACTCCTTGG
TTCCTCATAAATGCAGTGTGTATGCGAGTACATAACTCTCTTTGATTTGGATATGCTCCA
AATAACAAGTTCAGTTGCCATTTTTTTTATTCGTTGCTTGGGTTCTTAGTTTACAGGTTT
GTGTAAAAACTACTCCCTGATGCATAATACAAGACCGTTTCAGAAATGCATGTTTACATG
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1BF80TF U 1
AF RR1BF80JQ C 134
BS 1 847 RR1BF80TF
BS 848 848 RR1BF80JQ
BS 849 858 RR1BF80TF
BS 859 859 RR1BF80JQ
BS 860 871 RR1BF80TF
BS 872 962 RR1BF80JQ

RD RR1BF80TF 871 0 0
GGCATCCTCTGTCGATGGCGCGATTAGTCAGATGTCTGAGGAGAACCGTCTTCTTCAATT
CGTCTACTTCGATTGCGTACCGGAACCCCAAAATCGGTTTACCCACGAATCAAAATGGAA
ACTTTTTGATTAGCTCTGGGAGATGTCTAAGCTCGGCGGGGAGTTACGTCTCAGAAATGC
AGAAATCAGCTTTCCAAGGAAACATCTGCCGTCTAATCCGTAATGAGATCGATTACGAAC
TCAATCACTCGCCTCCTCTTCAGTCGCCTAGCAGTTATGGTCCATTCACTGTGGAGGAAC
GGCCTGGAGAGCAGTGGATTAGCTTGAAGAGGAAGTATGGTGAGAAAGAAGACATCAAAG
TCGAGGCAACCATGTTTGATAGATCAGTTCCGTCCTCAAAATCCACCAGCACTGAACCTG
ACTTTATTCTTCACATCACTTTCCTTGTCAACATCTCTAAGGGCGTTCCTGGTGAATCCT
TGGAGATCGTGTGTTCCGCTTGGCCTGATAACATTGAGATATCCAAGCTCTGCATTCGTA
AAGGCACCAACAGCTCGCCGTCTTCCTACGCTGGACCAGAGTTTGAGGAATTAGATGATG
AGCCTCAAGACGCTCTTTATCAGTTTTTAGAGGAGAGGGGTATAAGCGACGAGCTTGCTG
TTTTCTTGCATCGTTATATGAAGAACAAAAGTAAATTCGAGTACGTTAGATGGATGGAGA
GCGTTAAATCTTATGTCGAGCAGAATTAGACATTAGTCTCTTTGGCTTTCCACTCCTTGG
TTCCTCATAAATGCAGTGTGTATGCGAGTACATAACTCTCTTTGATTTGGATATGCTCCA
AATAACA*GTTCAGTTGC*ATTTTTTTTATT

QA 1 871 1 871
DS 

RD RR1BF80JQ 829 0 0
CTCTGGGAGATGTCTAAGCTCGGCGGGGAGTTACGTCTCAGAAATGCAGAAATCAGCTTT
CCAAGGAAACATCTGCCGTCTAATCCGTAATGAGATCGATTACGAACTCAATCACTCGCC
TCCTCTTCAGTCGCCTAGCAGTTATGGTCCATTCACTGTGGAGGAACGGCCTGGAGAGCA
GTGGATTAGCTTGAAGAGGAAGTATGGTGAGAAAGAAGACATCAAAGTCGAGGCAACCAT
GTTTGATAGATCAGTTCCGTCCTCAAAATCCACCAGCACTGAACCTGACTTTATTCTTCA
CATCACTTTCCTTGTCAACATCTCTAAGGGCGTTCCTGGTGAATCCTTGGAGATCGTGTG
TTCCGCTTGGCCTGATAACATTGAGATATCCAAGCTCTGCATTCGTAAAGGCACCAACAG
CTCGCCGTCTTCCTACGCTGGACCAGAGTTTGAGGAATTAGATGATGAGCCTCAAGACGC
TCTTTATCAGTTTTTAGAGGAGAGGGGTATAAGCGACGAGCTTGCTGTTTTCTTGCATCG
TTATATGAAGAACAAAAGTAAATTCGAGTACGTTAGATGGATGGAGAGCGTTAAATCTTA
TGTCGAGCAGAATTAGACATTAGTCTCTTTGGCTTTCCACTCCTTGGTTCCTCATAAATG
CAGTGTGTATGCGAGTACATAACTCTCTTTGATTTGGATATGCTCCAAATAACAAGTTCA
GTTGCCATTTTTTTTATTCGTTGCTTGGGTTCTTAGTTTACAGGTTTGTGTAAAAACTAC
TCCCTGATGCATAATACAAGACCGTTTCAGAAATGCATGTTTACATGTT

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 2

CO CL7393Contig1 868 2 2 U
GGACCACCATCACTCACAATCTCTCTCTCTCTCTCTAAAGATCAAGATTCAAGATCATTT
CCAATCCTCCAAGATGACATTGAGCAGAGTCCACCAACAAGTTCTTGCATTAATCCCAGA
AGTCAAGACTGCTCCGGCAGGTTACTTGCCTGACCCAGCAGCTTCCATCAACAAGCTCCA
AATCCCATCTCCTTCCAAGAAATCTGAAAAAGTTAAGGGGAAATCGTTTGAACGGACCAA
TAGCTTCACAAATGGAGCTAAGGATCAAAGCAAGTTAGGACCAAAGCTAACTGAAACAGT
CAAGAGAAAGCTATCCCTAGGAGCTAAGATCATTCAAATGGGAGGATTAGAAAAGATCTA
CAAGCGGCTCTTTAGAGTCTACGACGAAGAGAAACTCTTCAAGGCCTACCAATGTTACCT
ATCAACAACCGAAGGTCCCATCGCAGGCTTACTCTTCATTTCATCAAAGAAGATTGCTTT
CTGCAGTGAGAGGTCTATTAAAGTGGCTTCTCTTCAGGGAGATAACATGAGGGTTCACTA
CAAAGTGTCAATCCCCCTGTGCAAAATCAAGGGAGTGAACCAGAGTCTGAACACAGAGAA
ACCATCTCAGAAATATATTGAAGTAGTCACGGTCGATGACTTTGATTTCTGGTTCATGGG
GATTCACGAGCTACCAGAAAGCATTCAACTGTCTCGACCAAGCACTTTCTCTCGAGCAGT
AACAAGCTGAAGGTTGAAGAGGAAATATTTCATTTCTAATTTAACCCATTTTCAATCCAA
AAATGTTAATTAGGAGAGGGCCTAGAAAATTTAAACAATATTGTACAAACTCTTTTTTTT
AATTAAAGCTTTAATGTTATTGTTATCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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BS 766 868 RR1AZ52JQ

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CTGCAGTGAGAGGTCTATTAAAGTGGCTTCTCTTCAGGGAGATAACATGAGGGTTCACTA
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DS 

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AGCTGAAGGTTGAAGAGGAAATATTTCATTTCTAATTTAACCCATTTTCAATCCAAAAAT
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QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1E816TF U 1
AF RR1E816JQ C 342
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DS 

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TACTAATACGATTGGTTCTGCCATGGCCATTGAAACTCCTAAAGTTTTTTAGTTGCTCAG
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QA 1 672 1 672
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ACATCATGTGGCACTTCTGTATAATTTGGTTTTCATCATATTTGTTCTATAACTTGTCCT
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TGTATATTACTACTGAATGTCTTTGCTTTTTGGTTATTTGACCAGTGTTCGGTTTCATGT
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BQ
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AF RR1BW47TF U 1
AF RR1BW47JQ C 5
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DS 

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QA 6 813 6 813
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FU43TF U 1
AF RR1FU43JQ C 15
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ATGACTTCAGTGTGAAGTTTAAGTGGTCGAGACAGGTGAAGCTTAGCCCTGAGAGCCAAG
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DS 

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ACGTTTTGGTCGGGATGTCCACGTAACGACCTGATGACGGAGGGATCTTTCGCTGTGGTG
GAGACGCTGCGTGACGGAGGGAAGTGGGTCCCGGTTTACGACGATGATGACTTCAGTGTG
AAGTTTAAGTGGTCGAGACAGGTGAAGCTTAGCCCTGAGAGCCAAGCCACGGTGGAGTGG
AGGATACCGGAATCTGCGGTGGCAGGAGTTTATAGATTAAGACATTACGGAGCTTCGAAG
TCGCTGTTTGGTTCCATTACAAGCTTCTCTGGTTCTTCTAGCGCCTTTGTAGTTGTATGA
AAATTTAACCTAAAGTAATATAGCGTATCACACACGCATTCTCC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1A092TF C 1
AF RR1A092JQ U 118
BS 1 117 RR1A092TF
BS 118 147 RR1A092JQ
BS 148 148 RR1A092TF
BS 149 856 RR1A092JQ
BS 857 859 RR1A092TF

RD RR1A092TF 859 0 0
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TCCAAAAAATCAAAACAAAACAGACAAAAGTAAAATCATTTGTATAGATATCATTATCAC
AAACAATGCATTATATCCAAAAACACCCAGTCGTTTTTTT*ACCTCTGGACCCCCCAAGT
TTCCTGATCAAATGTTTGTGTGGGGTCATGAATATGCAAATCTGTTTCTTCTAGACTTCC
TCACGGTCCAAGTTGCTGCTCTTAAGGATGTTGTATTTGCAGAGTGGGCAAGTTGCGTTT
ATGTATAGCCATTTGTCTACGCATGAGCAGTGGAAATGATGGCCACAAGGAAGTTCCCTT
AGTTCGGTGTTTGCTTGGGCTTCATCGCCGGCGTGTTTGTTGACACCACCAACTTTTCGA
AACTTGAATTTGGTGAGCTGCTCAATGTCTTCTTTTGACGCCCCTTCCTGATCTGCAACA
GCGTACAAAACTGCAATGATGCATGGAAGGCAACAGCAGACAGCAATACCAATAACGCAG
GCCAACGCAAAACAGAAGACAACAAAGAACACATCGAAACCAAGAAAGACGATAGATAAC
CAGTAAATCCGTGGGGATTCTTGCGCCAACTCTTGACCACCAGCAGATACCCAGTAGAAC
CCAATGATCCACCAAATAAATGAGAACATTGTGTTGGCAGATTCCAGATGCTTCGCAACA
CTGCTGCCTTCACTCTCCAGCTGCTCATCTGAGTTCCTCCTTGAAACCAAAGCATCTTCC
TCCATGGAGGAAGAAGACGAAGACGACGAAGAAGGAGTCCTTCTATTAGTCCTCATCCTG
TTCCTCCTCCTATACTCCC

QA 1 859 1 859
DS 

RD RR1A092JQ 739 0 0
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AGTTTCCTGATCAAATGTTTGTGTGGGGTCATGAATATGCAAATCTGTTTCTTCTAGACT
TCCTCACGGTCCAAGTTGCTGCTCTTAAGGATGTTGTATTTGCAGAGTGGGCAAGTTGCG
TTTATGTATAGCCATTTGTCTACGCATGAGCAGTGGAAATGATGGCCACAAGGAAGTTCC
CTTAGTTCGGTGTTTGCTTGGGCTTCATCGCCGGCGTGTTTGTTGACACCACCAACTTTT
CGAAACTTGAATTTGGTGAGCTGCTCAATGTCTTCTTTTGACGCCCCTTCCTGATCTGCA
ACAGCGTACAAAACTGCAATGATGCATGGAAGGCAACAGCAGACAGCAATACCAATAACG
CAGGCCAACGCAAAACAGAAGACAACAAAGAACACATCGAAACCAAGAAAGACGATAGAT
AACCAGTAAATCCGTGGGGATTCTTGCGCCAACTCTTGACCACCAGCAGATACCCAGTAG
AACCCAATGATCCACCAAATAAATGAGAACATTGTGTTGGCAGATTCCAGATGCTTCGCA
ACACTGCTGCCTTCACTCTCCAGCTGCTCATCTGAGTTCCTCCTTGAAACCAAAGCATCT
TCCTCCATGGAGGAAGAAGACGAAGACGACGAAGAAGGAGTCCTTCTATTAGTCCTCATC
CTGTTCCTCCTCCTATACT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL7399Contig1 881 2 2 U
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TCTCTCTCTTTCTCAAAGTCTCCAGTCGCGGGAAGTTACCTCTCACACAACATGAAGCAA
TTCTGGAGCCCAAACAGTATCAACAAGAACAAAGCTATGGTGGAGAATCTTCAAAGCCAT
GGCGTGATTACCTCTGATGAAGTCGCTAAAGCTATGGAGGCTGTCGACAGAGGCCTCTTT
GTACCAGACCGTTCCTATGCTTACGTCGACAGTCCCTTGTCTATTGGCTACAACGTCACC
ATATCAGCTCCTCACATGCACGCAATGTGCCTTGAGCTCCTCGAAAAGAATCTGAAACCA
GGGATGCGTGTTCTTGATGTCGGCTCTGGAACCGGGTACTTAACAGCTTGCTTTGCGGTT
ATGGTTGGATCCGAAGGTCGTGCTATTGGTGTGGAGCACATCCCTGAATTGGTGGCTTCT
TCCATCAAGAACATTGAAGTGAGTGATGCTGCTTCGCCATTTCTGAAACAAGGATCTCTG
GCTATTCATGTTGGAGATGGAAGGCAAGGATGGGCTGAGTTTGCACCTTATGATGCTATT
CATGTGGGAGCAGCGGCACCGGAGATCCCAGAGGCATTGATCGATCAATTGAAACCTGGT
GGGAGACTGGTGATCCCGGTTGGCAACTTATTCCAAGATCTGCAAGTGGTGGATAAGGAC
TCTGATGGTTCGGTTAGCATCAGGAGCGAAACATCAGTTCGTTATGTTCCTTTAACTAGC
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TATGCTTCACTTGGATTTCTAAATCAACTTTGTTACTCGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EM94TF U 1
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BS 1 487 RR1EM94TF
BS 488 881 RR1EM94JQ

RD RR1EM94TF 487 0 0
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TCTCTCTCTTTCTCAAAGTCTCCAGTCGCGGGAAGTTACCTCTCACACAACATGAAGCAA
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GGCGTGATTACCTCTGATGAAGTCGCTAAAGCTATGGAGGCTGTCGACAGAGGCCTCTTT
GTACCAGACCGTTCCTATGCTTACGTCGACAGTCCCTTGTCTATTGGCTACAACGTCACC
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GGGATGCGTGTTCTTGATGTCGGCTCTGGAACCGGGTACTTAACAGCTTGCTTTGCGGTT
ATGGTTGGATCCGAAGGTCGTGCTATTGGTGTGGAGCACATCCCTGAATTGGTGGCTTCT
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QA 1 487 1 487
DS 

RD RR1EM94JQ 688 0 0
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CCTATGCTTACGTCGACAGTCCCTTGTCTATTGGCTACAACGTCACCATATCAGCTCCTC
ACATGCACGCAATGTGCCTTGAGCTCCTCGAAAAGAATCTGAAACCAGGGATGCGTGTTC
TTGATGTCGGCTCTGGAACCGGGTACTTAACAGCTTGCTTTGCGGTTATGGTTGGATCCG
AAGGTCGTGCTATTGGTGTGGAGCACATCCCTGAATTGGTGGCTTCTTCCATCAAGAACA
TTGAAGTGAGTGATGCTGCTTCGCCATTTCTGAAACAAGGATCTCTGGCTATTCATGTTG
GAGATGGAAGGCAAGGATGGGCTGAGTTTGCACCTTATGATGCTATTCATGTGGGAGCAG
CGGCACCGGAGATCCCAGAGGCATTGATCGATCAATTGAAACCTGGTGGGAGACTGGTGA
TCCCGGTTGGCAACTTATTCCAAGATCTGCAAGTGGTGGATAAGGACTCTGATGGTTCGG
TTAGCATCAGGAGCGAAACATCAGTTCGTTATGTTCCTTTAACTAGCCGTGAAGCCCAAT
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GATTTCTAAATCAACTTTGTTACTCGTG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

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GACGAAGCCGGATACTTCGGTTTTGAATAGGCTTGTGGATGCTGGGATGTCTCCGAGAGT
TGAGGAGTCCATGTCGGTTGTGAATAATGAGATTCTGAGACGGCATTTCTTGGAGTTGAC
TACCAACTTCTTGGCTCCTTTTGGTCCTTACTTCCAGGTTAACGCTCCTTCTGATGGCAC
TTCCCCTTATATCGCACCTCCTTCGCTCCCTTCGTTCAGTGCTGATGAGTTCCTTATAAG
CTTATCCGCGAGAGGTGTTGGGAAGTTTTTGTCTAAACGCATGAAATCAAACTGGCCTGA
CTTGTATAGGCGGTTTCTACAAGGGCCTAATTTTGTGCCATGGTTCCAAAGACGGCGTGC
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GCTGATTACATGTCAGATGAATGAACTGGAGGCTGTGGATTCGTTTGATGCCATTGAGAA
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CGAATGATTCATCTTTGTTTTTTTTCACTTAGGGTTTCCATGAGGGATTATGATGTCATT
CTCTTATGTTCTGTTTCATTCTTTTTAACTGTCAAAGAAAAAATTTCATCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CC37TF U 1
AF RR1CC37JQ C 6
BS 1 744 RR1CC37TF
BS 745 835 RR1CC37JQ

RD RR1CC37TF 744 0 0
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GACGAAGCCGGATACTTCGGTTTTGAATAGGCTTGTGGATGCTGGGATGTCTCCGAGAGT
TGAGGAGTCCATGTCGGTTGTGAATAATGAGATTCTGAGACGGCATTTCTTGGAGTTGAC
TACCAACTTCTTGGCTCCTTTTGGTCCTTACTTCCAGGTTAACGCTCCTTCTGATGGCAC
TTCCCCTTATATCGCACCTCCTTCGCTCCCTTCGTTCAGTGCTGATGAGTTCCTTATAAG
CTTATCCGCGAGAGGTGTTGGGAAGTTTTTGTCTAAACGCATGAAATCAAACTGGCCTGA
CTTGTATAGGCGGTTTCTACAAGGGCCTAATTTTGTGCCATGGTTCCAAAGACGGCGTGC
GGTTGCTGAGCAAGAACAGCGTAGGTTATGGAAGCTGGCTAGAATGAGGACTGATATGCG
GCTGATTACATGTCAGATGAATGAACTGGAGGCTGTGGATTCGTTTGATGCCATTGAGAA
GTACATTAATGAGGAAGTGAAGTTGAGGGAATCAGGAGGAGGAGGTGCAGATTCAGAAGC
AACATTTGAGAAACTGAAGAAGGATTTACAGGCGGTGTTTAGTGTACTGCCAAGGGATAT
GCACGAACTTTTGCTTTCAAATCCGCAAAGAGCATCACTTCTTCAAGATCCATCAGAGCT
CGAATGATTCATCTTTGTTTTTTT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1CC37JQ 830 0 0
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AGCCGGATACTTCGGTTTTGAATAGGCTTGTGGATGCTGGGATGTCTCCGAGAGTTGAGG
AGTCCATGTCGGTTGTGAATAATGAGATTCTGAGACGGCATTTCTTGGAGTTGACTACCA
ACTTCTTGGCTCCTTTTGGTCCTTACTTCCAGGTTAACGCTCCTTCTGATGGCACTTCCC
CTTATATCGCACCTCCTTCGCTCCCTTCGTTCAGTGCTGATGAGTTCCTTATAAGCTTAT
CCGCGAGAGGTGTTGGGAAGTTTTTGTCTAAACGCATGAAATCAAACTGGCCTGACTTGT
ATAGGCGGTTTCTACAAGGGCCTAATTTTGTGCCATGGTTCCAAAGACGGCGTGCGGTTG
CTGAGCAAGAACAGCGTAGGTTATGGAAGCTGGCTAGAATGAGGACTGATATGCGGCTGA
TTACATGTCAGATGAATGAACTGGAGGCTGTGGATTCGTTTGATGCCATTGAGAAGTACA
TTAATGAGGAAGTGAAGTTGAGGGAATCAGGAGGAGGAGGTGCAGATTCAGAAGCAACAT
TTGAGAAACTGAAGAAGGATTTACAGGCGGTGTTTAGTGTACTGCCAAGGGATATGCAGG
AACTTTTGCTTTCAAATCCGCAAAGAGCATCACTTCTTCAAGATCCATCAGAGCTCGAAT
GATTCATCTTTGTTTTTTTTCACTTAGGGTTTCCATGAGGGATTATGATGTCATTCTCTT
ATGTTCTGTTTCATTCTTTTTAACTGTCAAAGAAAAAATTTCATCTTCCC

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

CO CL7401Contig1 808 2 8 U
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TACTGCGCTTTACCTCAAGGAGTCCCTTATAGATTCCTTGCCCAGTTACTTGACCGTTCA
GTTTGTGCTATTCTTCTGGAAAAGGGAGACTAATCAGAAAGCAAAGATCCTCAGGAAAGT
GGATTATCCGCTGGAGTTGGATATTTTTGACCTTTGTTCTGAGGATCTCCGAAAGAAACT
GGAAGCTCCTCGCCAGAAACTAAGAGATGAGGAAGGTAAAAAGCTCGGTCTGCAACCAAA
GAGTAGCTCAAAGGAGACCGATGTGAAAATGACTGATGCAGAGGCGACATCAAATGAAAG
TGGAGAATCATCCACCGTTACTCAACAAGAAGGTGCTTCATCTGAGAAGGGAACTCTTCA
CATGACCGGAATCTATGACCTGGTCTCTGTGCTAACCCACAAGGGAAGGAGTGCGGACTC
TGGGCATTATGTTGCATGGGTCAAGCAAGAGAGTGGCAAATGGATTCAGTACGATGATAG
CCACCCAAGCCTGCAACGCGAGGAAGACATCACCAAGCTCTCCGGAGGAGGTGATTGGCA
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TCAGAGGTTTCAGTGATCTCGTTTATTACAATGTTGAGACTATTTTCTTGTCACAGTATC
CTATCAAAACCGTCAATTGTTTCTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CZ06TF U 1
AF RR1CZ06JQ C 30
BS 1 692 RR1CZ06TF
BS 693 693 RR1CZ06JQ
BS 694 729 RR1CZ06TF
BS 730 730 RR1CZ06JQ
BS 731 750 RR1CZ06TF
BS 751 751 RR1CZ06JQ
BS 752 785 RR1CZ06TF
BS 786 808 RR1CZ06JQ

RD RR1CZ06TF 785 0 0
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TACTGCGCTTTACCTCAAGGAGTCCCTTATAGATTCCTTGCCCAGTTACTTGACCGTTCA
GTTTGTGCTATTCTTCTGGAAAAGGGAGACTAATCAGAAAGCAAAGATCCTCAGGAAAGT
GGATTATCCGCTGGAGTTGGATATTTTTGACCTTTGTTCTGAGGATCTCCGAAAGAAACT
GGAAGCTCCTCGCCAGAAACTAAGAGATGAGGAAGGTAAAAAGCTCGGTCTGCAACCAAA
GAGTAGCTCAAAGGAGACCGATGTGAAAATGACTGATGCAGAGGCGACATCAAATGAAAG
TGGAGAATCATCCACCGTTACTCAACAAGAAGGTGCTTCATCTGAGAAGGGAACTCTTCA
CATGACCGGAATCTATGACCTGGTCTCTGTGCTAACCCACAAGGGAAGGAGTGCGGACTC
TGGGCATTATGTTGCATGGGTCAAGCAAGAGAGTGGCAAATGGATTCAGTACGATGATAG
CCACCCAAGCCTGCAACGCGAGGAAGACATCACCAAGCTCTCCGGAGGAGGTGATTGGCA
TATGGCGTACATCATTATGTACAAAGCCCGCTTCGTCTCAATGTGATCTCGCGCTCTTTC
TTGTGGTTGTTTTTAGTTCTTGAAACGTTCAG*ATCGTTAAAAGCTTGAAATAGACCACC
TCAGAGGTT*CAGTGATCTCGTTTATTACA*TGTTGAGACTATTTTCTTGTCACAGTATC
CTATC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1CZ06JQ 779 0 0
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TAGATTCCTTGCCCAGTTACTTGACCGTTCAGTTTGTGCTATTCTTCTGGAAAAGGGAGA
CTAATCAGAAAGCAAAGATCCTCAGGAAAGTGGATTATCCGCTGGAGTTGGATATTTTTG
ACCTTTGTTTTGAGGATCTCCGAAAGAAACTGGAAGCTCCTCGCCAGAAACTAAGAGATG
AGGAAGGTAAAAAGCTCGGTCTGCAACCAAAGAGTAGCTCAAAGGAGACCGATGTGAAAA
TGACTGATGCAGAGGCGACATCAAATGAAAGTGGAGAATCATCCACCGTTACTCAACAAG
AAGGTGCTTCATTTGAGAAGGGAACTCTTCACATGACCGGAATCTATGACCTGGTCTCTG
TGCTAACCCACAAGGGAAGGAGTGCGGACTCTGGGCATTATGTTGCATGGGTCAAGCAAG
AGAGTGGCAAATGGATTCAGTACGATGATAGCCACCCAAGCCTGCAACGCGAGGAAGACA
TCACCAAGCTCTCCGGAGGAGGTGATTGGCATATGGCGTACATCATTATGTACAAAGCCC
GCTTCGTCTCAATGTGATCTCGCGCTCTTTCTTGTGGTTGTTTTTAGTTCTTGAAACGTT
CAGGATCGTTAAAAGCTTGAAATAGACCACCTCAGAGGTTTCAGTGATCTCGTTTATTAC
AATGTTGAGACTATTTTCTTGTCACAGTATCCTATCAAAACCGTCAATTGTTTCTTTCG

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL7402Contig1 922 2 2 U
GGAAAAGCTCAAAGAGCAGTGACAATAATGGCGGAAAGTATGACGAGCCTATCTCCGGAA
CTCGATCCCAGATCTCCTTACTACGTCGATCCAGATTACCAACCCGACGAGAATCTCCCC
ATGGTTATACTCAGCCAAGCAGACGACAACTACTTCATCTGGAAAAGACATTTCCTCCAG
TTCCTCCTAAGCAAGAGCAAGACCGACTTCGTCAACGACGCCACCTTCGCGATACCACCA
CCGGAGCCTTCCTCTCCGCTTCACGAACCATGGAGAGTGTGCAACGCTAGGGTCAAGTTC
TGGATGATGAACTCCGTTAGCGAGAACCTACAAGACTACGTGCGTTACGCGGAGGCGGCG
CGTAAGGCTTGGGATGATCTCCGTGTGATATTCGTTCCTAGCGTGGATTTCAAGATCTAC
CAGCTTCGTCAGAGAATCGCGACGCTGAGGCAGGATGGTGACGAGTCGTTGCCGAGGTAT
TTCGCGAAGATGAGGATCGCTTGGATGGAGCTTTGGGAGTATGATCGCTTGCCGGAGTGT
ACGTGTGGCTGCGGTTGCACGTGCGAGATCAAGAAACGTGCGGAGGAGGCGAGGGAGAAG
GAGGAGCGTTACGCGTTTCTGATGGGTTTGAATCAAGATTTAGGCTATGTGAGAACTCAG
ATCATGATCATGGATCCTCCTCCTTCTTTGAACGAAGCTTACGCTCTGGTTAACAAAGCA
GATTCGAGGATGAATAATGTTTAATTCTCTCTGTTTTGTGCTTTTCTTTTAAACCTACCT
GTTTCTTTCTTTGAGTTAATTGCTTCTGTAACCATACCTACTAGTATGTATCTCAATGTC
ATATGAAATAAGCGGCTAGCTTCAGCAGACCGTGTTACTTGTATCCCCTTGTTTAATAGT
TATGTCAGAACTGATTCTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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A

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BQ
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TCGACATATGGACACATGCCATAGGTGGTTTGACCGAGAACGACTTCATTCTAGCTGCTA
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BQ
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AF RR1AI53JQ C 1
AF RR1AI53TF U 1
BS 1 729 RR1AI53TF

RD RR1AI53JQ 729 0 0
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AGGTTCTAGCGGCGTCATCGTTCCACAATCTGTACGGACGACGTCACAGGAGCTTTGTTC
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CTAGAACTTTCTGCTCCTCCCTACAAGATTTATCAGCAAAAAAGTGTGTCCCATGCAACG
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TCGACATATGGACACATGCCATAGGTGGTTTGACCGAGAACGACTTCATTCTAGCTGCTA
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TGTGTTGTTGGTCCACAAACTCTCTCAAACAAGCTTTAGATGTATGCAAGATGAGAATAA
AAAGTGAGCTAGGGTGACATTTTTATGTTTCTTCAGCGTCTTTGGTTCTTGTAAAACTGT
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TATAATAGC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1AI53TF 729 0 0
CTGCGACACCACCGATGAGTCGGCTCTTGCTGCCTACGCTTTTCTCAATCTGTAGAAAAC
AGGTTCTAGCGGCGTCATCGTTCCACAATCTGTACGGACGACGTCACAGGAGCTTTGTTC
ATTGGACGAGCGCTGCTATGTCGCAAGATAGTGCAATTGGTGACTCTGCTTCTTCTGGGT
CTAGAACTTTCTGCTCCTCCCTACAAGATTTATCAGCAAAAAAGTGTGTCCCATGCAACG
CTAAGGATCTACACCCCATGACTGAACAAAGTGCCCAAGAACTACTTCAGAAGCTGCATC
GATCGTGGACGGTGAAAAGTTTTACAAAAGGACTAGACTTCTTCAAACGTGTAGCTGATA
TCGCTGAATCAGAAGGTCATCACCCGGATTTGCATCTGGTAGGCTGGAATAATGTGAAGA
TCGACATATGGACACATGCCATAGGTGGTTTGACCGAGAACGACTTCATTCTAGCTGCTA
AGATCAACGAGCTCCAAGTGGAAGATCTTCTGAGGAAGAAGAAAGTTGCCAAATGAGGAA
TGTGTTGTTGGTCCACAAACTCTCTCAAACAAGCTTTAGATGTATGCAAGATGAGAATAA
AAAGTGAGCTAGGGTGACATTTTTATGTTTCTTCAGCGTCTTTGGTTCTTGTAAAACTGT
TTCTGTTCTTACAATCACGAAAGGCACTTATAAGGCAGTTTGGAAGCAAGTACCGTTTAT
TATAATAGC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL7406Contig1 834 2 2 U
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ATTCCGTACGAGCGGAGAGATAATGAAGATACAGCTTCACAAGTGGCCTAAATCTGTTAT
CGACCGACTCGATCTCGTGTTCCTCGACGCGCCTTTTCCTTGTCAAGGCAAATCTGATGT
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GTACACGAATTTCGAGAACTGTTTGGAGTATTTAGAGGATAGTATGATCAAGCTTGGCCC
CTTTGATGGTCTCATTGGCTTTTCTCAGGGTGCAATTTTGTCTGGAGGATTACCAGGACT
GCAAGCTAGGGGAATTGCACTCCAGAAAGTACCAAAGATCAAGTTCATCATCATTATTGG
AGGAGCTATGTTCAAATCCACCAAGGTCGCCAAGGATGCGTATTCATCTACCATGGATAC
TCCCTCCCTCCACTTTCTAGGAGAGACTGATTTCTTGAAACCTTACGGAACTGAGCTGAT
AGATTCTTTCAAGAATCCGGTGGTAGTTAATCATCCTAAAGGCCATACAGTCCCAAGACT
TGATGAGAAGAGCTTAGAGAAAGTTACTGCATTCATCGACACCATTGAGCATCTGCTAAT
GGAGGAACTCAAGATTGGTGAAGAAGCCACTACTAATAAGCCAGAATAGAACAACCACCT
TATAGTGGTAATGTATAAGACAAATAATTGTGAAATGGCTGTAAAATCAAATTCTTCATT
ACACACTCTTTTGCCTTTTACTACACAAGACAAATAATAAACGTTTCATTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FM49TF U 1
AF RR1FM49JQ C 69
BS 1 143 RR1FM49TF
BS 144 834 RR1FM49JQ

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CGACCGACTCGATCTCGTGTTCC

QA 1 143 1 143
DS 

RD RR1FM49JQ 766 0 0
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GGGGAATTGCACTCCAGAAAGTACCAAAGATCAAGTTCATCATCATTATTGGAGGAGCTA
TGTTCAAATCCACCAAGGTCGCCAAGGATGCGTATTCATCTACCATGGATACTCCCTCCC
TCCACTTTCTAGGAGAGACTGATTTCTTGAAACCTTACGGAACTGAGCTGATAGATTCTT
TCAAGAATCCGGTGGTAGTTAATCATCCTAAAGGCCATACAGTCCCAAGACTTGATGAGA
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TTTTGCCTTTTACTACACAAGACAAATAATAAACGTTTCATTCTTT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL7407Contig1 801 2 2 U
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CTGAATATAGCACGCAACATGGCTCGTGGACTTAAGGGTGTTGAGAATGTGTACACTCAA
CATCAGCCACTTCTGTTTCAAACAATGGAGAGCATAACCAGAGGGAGATTACGAGATGTG
GATTACCCTTTTGTTGGAGATCACTTTCAACAGGGACGGCCACAAGAGGTGGTGATATTC
ATGGTGGGTGGAACAACGTACGAGGAATCACGCTGCGTTGCTCTACAAAACTCGACCAAC
TCCGGGATTCGGTTTATTCTCGGCGGCACCGCAGTGCTTAACTCCAAGAGGTTTCTCATG
GACTTGGAAGAAGCACAAAGAATATCAAGATCAGGTAGCCATATGGTGTGAAGAGGGATA
TAACAAACGAGATTGTGCATTAGTAGTCTATATATATATAAGATTCTTCCTTATGATAAA
TATTTTGAGTACAGAAGAACTAAACATGATTGTGTGACCATTTTTGGAGAGACAGTTAAG
AAGAAGATTGTGGTTAGGTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B594TF U 1
AF RR1B594JQ C 46
BS 1 779 RR1B594TF
BS 780 801 RR1B594JQ

RD RR1B594TF 779 0 0
GGGAAACTGATGCTGGTTTCACAAACAGAGCAGGACTTAGCCTGCAATGGTGGCCAAGGA
GCTGCATATGAGGCAGTTACGGATCTCTTAAACAATGAAAGTGTGTCTGACATCGACCGG
CTACGTTTGGTGATGCTGTATGCTCTGCGCTATGAGAAAGAGAATCCCGTTCAGTTGATG
CAACTATTCAACAAATTGGCTTCACGGTCTCCCAAGTACAAACAAGGGCTTGTTCAATTT
CTCTTGAAACAAGCCGGAGTAGAGAAGCGAACTGGTGATCTGTTTGGGAATAGAGATCTT
CTGAATATAGCACGCAACATGGCTCGTGGACTTAAGGGTGTTGAGAATGTGTACACTCAA
CATCAGCCACTTCTGTTTCAAACAATGGAGAGCATAACCAGAGGGAGATTACGAGATGTG
GATTACCCTTTTGTTGGAGATCACTTTCAACAGGGACGGCCACAAGAGGTGGTGATATTC
ATGGTGGGTGGAACAACGTACGAGGAATCACGCTGCGTTGCTCTACAAAACTCGACCAAC
TCCGGGATTCGGTTTATTCTCGGCGGCACCGCAGTGCTTAACTCCAAGAGGTTTCTCATG
GACTTGGAAGAAGCACAAAGAATATCAAGATCAGGTAGCCATATGGTGTGAAGAGGGATA
TAACAAACGAGATTGTGCATTAGTAGTCTATATATATATAAGATTCTTCCTTATGATAAA
TATTTTGAGTACAGAAGAACTAAACATGATTGTGTGACCATTTTTGGAGAGACAGTTAA

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1B594JQ 756 0 0
AATGGTGGCCAAGGAGCTGCATATGAGGCAGTTACGGATCTCTTAAACAATGAAAGTGTG
TCTGACATCGACCGGCTACGTTTGGTGATGCTGTATGCTCTGCGCTATGAGAAAGAGAAT
CCCGTTCAGTTGATGCAACTATTCAACAAATTGGCTTCACGGTCTCCCAAGTACAAACAA
GGGCTTGTTCAATTTTTCTTGAAACAAGCCGGAGTAGAGAAGCGAACTGGTGATCTGTTT
GGGAATAGAGATCTTCTGAATATAGCACGCAACATGGCTCGTGGACTTAAGGGTGTTGAG
AATGTGTACACTCAACATCAGCCACTTCTGTTTCAAACAATGGAGAGCATAACCAGAGGG
AGATTACGAGATGTGGATTACCCTTTTGTTGGAGATCACTTTCAACAGGGACGGCCACAA
GAGGTGGTGATATTCATGGTGGGTGGAACAACGTACGAGGAATCACGCTGCGTTGCTCTA
CAAAACTCGACCAACTCCGGGATTCGGTTTATTCTCGGCGGCACCGCAGTGCTTAACTCC
AAGAGGTTTCTCATGGACTTGGAAGAAGCACAAAGAATATCAAGATCAGGTAGCCATATG
GTGTGAAGAGGGATATAACAAACGAGATTGTGCATTAGTAGTCTATATATATATAAGATT
CTTCCTTATGATAAATATTTTGAGTACAGAAGAACTAAACATGATTGTGTGACCATTTTT
GGAGAGACAGTTAAGAAGAAGATTGTGGTTAGGTAC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL7408Contig1 759 2 6 U
GGGACAACACACGTTACAGTTTGAACACTCCTTCACACGCCTTCTCCACCAACTGGCGTC
TTCCTTCACGGTGTTACTCGGAGATTCCCAAGCGAAAGGTTTCATTTTTCAGCTCCAGGG
CCAATGGAGAAAAGAGACGAGGATCTGAAGAAGGCTCAGATGCTGGACGCTCGAGCCAGA
AACATCAGCCACAACGTTCGCTGCACTGAATGTGGGAGTCAGTCCATCGAAGACTCACAG
GCAGATGTTGCTATTCTCCTCAGACAGCTGATCCGTGATGAAATAGGAGCTGGAAAAACA
GACAAAGAGATCTACAGTAAGCTCGAGGATGAGTTTGGGGAGACTGTGCTTTATGCTCCA
AAATTTGATATGCAGACAGCGGCACTCTGGTTAACTCCGGTTCTGATTGCTGGAGGTACT
GCAGCAGGGCTGGTTTATAGTAAGCACAGGCAAAGGACAAATGTACACATCATGGCGCTG
GACCTTATTAGAAGCGTTCCATTGACTCCAAAAGAGAGAGTTACCATTCTCGATCTTCTT
ATTCCACCTCCCCCTCCTCCCCAAGGAGTGGTTTCCCGGTTGAGGAGATGGCTAAACCTC
CGTTAGCTCCTAAGCGTCTCTACTGTTTCTCGAGTCAGATATTGTTGTCTTAGCCCAAAT
AAAACAATGCACACTGACTGTCTAGAAGAATCAGATAAGAACTGATTTTTTGCATCTTTT
ACAAGCAATGTGGTCTTGCACTGAATATTCCCTGTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP01TF U 1
AF RR1CO21TF U 64
BS 1 238 RR1GP01TF
BS 239 239 RR1CO21TF
BS 240 494 RR1GP01TF
BS 495 495 RR1CO21TF
BS 496 561 RR1GP01TF
BS 562 759 RR1CO21TF

RD RR1GP01TF 561 0 0
GGGACAACACACGTTACAGTTTGAACACTCCTTCACACGCCTTCTCCACCAACTGGCGTC
TTCCTTCACGGTGTTACTCGGAGATTCCCAAGCGAAAGGTTTCATTTTTCAGCTCCAGGG
CCAATGGAGAAAAGAGACGAGGATCTGAAGAAGGCTCAGATGCTGGACGCTCGAGCCAGA
AACATCAGCCACAACGTTCGCTGCACTGAATGTGGGAGTCAGTCCATCGAAGACTCACGG
GCAGATGTTGCTATTCTCCTCAGACAGCTGATCCGTGATGAAATAGGAGCTGGAAAAACA
GACAAAGAGATCTACAGTAAGCTCGAGGATGAGTTTGGGGAGACTGTGCTTTATGCTCCA
AAATTTGATATGCAGACAGCGGCACTCTGGTTAACTCCGGTTCTGATTGCTGGAGGTACT
GCAGCAGGGCTGGTTTATAGTAAGCACAGGCAAAGGACAAATGTACACATCATGGCGCTG
GACCTTATTAGAAGTGTTCCATTGACTCCAAAAGAGAGAGTTACCATTCTCGATCTTCTT
ATTCCACCTCCCCCTCCTCCC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1CO21TF 696 0 0
AGGG
ACGGTGTTACTCGGAGATTCCCAAGCGAAAGGTTTCATTTTTCAGCTCCAGGGCCAATGG
AGAAAAGAGACGAGGATCTGAAGAAGGCTCAGATGCTGGACGCTCGAGCCAGAAACATCA
GCCACAACGTTCGCTGCACTGAATGTGGGAGTCAGTCCATCGAAGACTCACAGGCAGATG
TTGCTATTCTCCTCAGACAGCTGATCCGTGATGAAATAGGAGCTGGAAAAACAGACAAAG
AGATCTACAGTAAGCTCGAGGATGAGTTTGGGGAGACTGTGCTTTATGCTCCAAAATTTG
ATATGCAGACAGCGGCACTCTGGTTAACTCCGGTTCTGATTGCTGGAGGTACTGCAGCAG
GGCTGGTTTATAGTAAGCACAGGCAAAGGACAAATGTACACATCATGGCGCTGGACCTTA
TTAGAAGCGTTCCATTGACTCCAAAAGAGAGAGTTACCATTCTCGATCTTCTTATTCCAC
CTCCCCCTCCTCCCCAAGGAGTGGTTTCCCGGTTGAGGAGATGGCTAAACCTCCGTTAGC
TCCTAAGCGTCTCTACTGTTTCTCGAGTCAGATATTGTTGTCTTAGCCCAAATAAAACAA
TGCACACTGACTGTCTAGAAGAATCAGATAAGAACTGATTTTTTGCATCTTTTACAAGCA
ATGTGGTCTTGCACTGAATATTCCCTGTATTT

QA 5 696 5 696
DS 



AS 1 2

CO CL7409Contig1 1060 2 8 U
GGCTTGCAACAGAGGCTCTAAAGTTAACCTTAAGGTTTTATTAGGTTTTTTTGTTTGTTG
GAAAAGAAAGAAACGATGAATCAGTGGGCGGTCCAGCCAAACGATCAGATTGTTGTTGTT
TGCCCAAAACCACGTCGTATTGCTATCCGTAACCCTTCCCTTTACCACCATCCCGCTCGT
TCTCTCCGTTGTTACTTCAGCCATCAACAAGTGGAGGTCTGTGAATCCGAGGCATAGACT
GATGTCTTAGATATCATACTCACAAAGGATGGTCATGATGAGGAACAAGTTCATCACACG
AAGATACTAGACTCGCCGTCCCCGTTTTTATGTGGGTCGCCGCCGAGCAGAGTCGCTAAC
CCTTTAACACAGGATGCTCGTTTCAGAGATGAGCTCTCACTGGTCTCCTCACCGATACCG
ACTCCGCTGGGCCAACCTCAGTCCTCCTCAGGGAGGAATGGAGGATGTGTTAGAGGCAAT
TTTGGTAACAGCCCAGTGGTTAGGATAGAAGGGTTCGATTGTCTCGACAGGGACAGTAGA
AACTGCAGCATCCCTGCCTTGGCATGAGAACCCAACCTTAAAAAACACCACCATACTCTG
TTGAATTAGCTCAAAATCTCGTGTGTATATATAACGAGTTAAGGGTCTGGAAAATTGAAT
TCGTTGAAAATCTTTGAGGGAAGCTGAGAGAGTAAACGAGAGATCGATTCTTTTGGAGTT
CTTAAAGAGTGTAAATAGGTGCAATTTTCTGGGCTGAGTTTGTAGTAATAATGGTCATTT
TGTAAAAATAGTATTAAGGCAGAAAAACAGTTGTTGAGGAGAGAATAAAAAGATTATTAG
GTTTTTGGAGAAATATTAATATTAGGTTATTGTGTAAATAGAGAGATGGAGACAGAAAAG
AAGTCTTCTTTTGTTTTTCTTTTGGTTGAGTTTGTTTAGGAAGAATATGAGAAAAAAGAA
TTTGTACAAAAGGAAAGAATTTCAAATGATACTGTATTTTACTTTGAAATCGAATCTTAT
TACTGTAAAGCTGTGAACGGTAAGGTGCGAGGCTAAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G039TF U 1
AF RR1G039JQ C 322
BS 1 644 RR1G039TF
BS 645 645 RR1G039JQ
BS 646 679 RR1G039TF
BS 680 680 RR1G039JQ
BS 681 713 RR1G039TF
BS 714 714 RR1G039JQ
BS 715 725 RR1G039TF
BS 726 1060 RR1G039JQ

RD RR1G039TF 733 0 0
GGCTTGCAACAGAGGCTCTAAAGTTAACCTTAAGGTTTTATTAGGTTTTTTTGTTTGTTG
GAAAAGAAAGAAACGATGAATCAGTGGGCGGTCCAGCCAAACGATCAGATTGTTGTTGTT
TGCCCAAAACCACGTCGTATTGCTATCCGTAACCCTTCCCTTTACCACCATCCCGCTCGT
TCTCTCCGTTGTTACTTCAGCCATCAACAAGTGGAGGTCTGTGAATCCGAGGCATAGACT
GATGTCTTAGATATCATACTCACAAAGGATGGTCATGATGAGGAACAAGTTCATCACACG
AAGATACTAGACTCGCCGTCCCCGTTTTTATGTGGGTCGCCGCCGAGCAGAGTCGCTAAC
CCTTTAACACAGGATGCTCGTTTCAGAGATGAGCTCTCACTGGTCTCCTCACCGATACCG
ACTCCGCTGGGCCAACCTCAGTCCTCCTCAGGGAGGAATGGAGGATGTGTTAGAGGCAAT
TTTGGTAACAGCCCAGTGGTTAGGATAGAAGGGTTCGATTGTCTCGACAGGGACAGTAGA
AACTGCAGCATCCCTGCCTTGGCATGAGAACCCAACCTTAAAAAACACCACCATACTCTG
TTGAATTAGCTCAAAATCTCGTGTGTATATATAACGAGTTAAGG*TCTGGAAAATTGAAT
TCGTTGAAAATCTTTGAGG*AAGCTGAGAGAGTAAACGAGAGATCGATTCTTT*GGAGTT
CTTAA
GAGTGTAA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1G039JQ 739 0 0
CCCG
TTTTATGTGGGTCGCCGCCGAGCAGAGTCGCTAACCCTTTAACACAGGATGCTCGTTTCA
GAGATGAGCTCTCACTGGTCTCCTCACCGATACCGACTCCGCTGGGCCAACCTCAGTCCT
CCTCAGGGAGGAATGGAGGATGTGTTAGAGGCAATTTTGGTAACAGCCCAGTGGTTAGGA
TAGAAGGGTTCGATTGTCTCGACAGGGACAGTAGAAACTGCAGCATCCCTGCCTTGGCAT
GAGAACCCAACCTTAAAAAACACCACCATACTCTGTTGAATTAGCTCAAAATCTCGTGTG
TATATATAACGAGTTAAGGGTCTGGAAAATTGAATTCGTTGAAAATCTTTGAGGGAAGCT
GAGAGAGTAAACGAGAGATCGATTCTTTTGGAGTTCTTAAAGAGTGTAAATAGGTGCAAT
TTTCTGGGCTGAGTTTGTAGTAATAATGGTCATTTTGTAAAAATAGTATTAAGGCAGAAA
AACAGTTGTTGAGGAGAGAATAAAAAGATTATTAGGTTTTTGGAGAAATATTAATATTAG
GTTATTGTGTAAATAGAGAGATGGAGACAGAAAAGAAGTCTTCTTTTGTTTTTCTTTTGG
TTGAGTTTGTTTAGGAAGAATATGAGAAAAAAGAATTTGTACAAAAGGAAAGAATTTCAA
ATGATACTGTATTTTACTTTGAAATCGAATCTTATTACTGTAAAGCTGTGAACGGTAAGG
TGCGAGGCTAAGTTC

QA 5 739 5 739
DS 



AS 1 2

CO CL7410Contig1 800 2 4 U
GGGCGGCTCTGCGAAAACTTGGAAAATGGGTGCTTACAAGTATGTGTCCGAGCTATGGAG
GAAGAAACAGTCCGATGTCATGAGGTTCGTCCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTACAGACA
GCAGCCTTCCATTGTCCGTCTCGTCAGGCCTACTCGTCCCGACAAGGCTCGTCGTTTGGG
CTACAAGGCCAAACAAGGATTTGTGGTGTACCGTGTCCGTGTGAGACGTGGTGGACGCAA
GAGGCCAGTGCCAAAGGGTATTGTGTATGGTAAGCCCACAAACCAGGGAGTCACCCAACT
CAAGTTCCAGAGGAGCAAGCGTTCTGTTGCCGAGGAGCGTGCTGGAAGGAAACTTGGCGG
CCTCAGAGTCGTCAACTCCTACTGGCTCAACGAGGATTCGACCTACAAGTACTACGAGAT
CATCTTGGTTGACCCGGCACACAACGCAGTGCGTAACGACCCGAGGATCAACTGGATCTG
CAACCCTGTGCACAAACACCGTGAGCTCAGAGGACTTACGTCCGAGGGAAAGAAGAACAG
AGGACTGCGCGGAAAAGGGCACAACAACCACAAGAACCGCCCGTCTCGCAGAGCAACCTG
GAAGAAGAACAACTCTCTCTCCCTTCGTCGTTACCGTTGATTGCTCTTTTGCTATCATCA
TTGTTTCTGCTGCTATCTTCACTCTTCGTTTAGGTTTCATGTTGTTGCTGTTTTATCTAT
TGCGTGATGACTTTTTGTTTTTGCAATTTTGGAGACTATACAATTGCCTTCGGATTATGG
TTTTAAACGAATACCTTTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CI46TF U 1
AF RR1CI46JQ C 1
BS 1 745 RR1CI46TF
BS 746 746 RR1CI46JQ
BS 747 762 RR1CI46TF
BS 763 800 RR1CI46JQ

RD RR1CI46TF 764 0 0
GGGCGGCTCTGCGAAAACTTGGAAAATGGGTGCTTACAAGTATGTGTCCGAGCTATGGAG
GAAGAAACAGTCCGATGTCATGAGGTTCGTCCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTACAGACA
GCAGCCTTCCATTGTCCGTCTCGTCAGGCCTACTCGTCCCGACAAGGCTCGTCGTTTGGG
CTACAAGGCCAAACAAGGATTTGTGGTGTACCGTGTCCGTGTGAGACGTGGTGGACGCAA
GAGGCCAGTGCCAAAGGGTATTGTGTATGGTAAGCCCACAAACCAGGGAGTCACCCAACT
CAAGTTCCAGAGGAGCAAGCGTTCTGTTGCCGAGGAGCGTGCTGGAAGGAAACTTGGCGG
CCTCAGAGTCGTCAACTCCTACTGGCTCAACGAGGATTCGACCTACAAGTACTACGAGAT
CATCTTGGTTGACCCGGCACACAACGCAGTGCGTAACGACCCGAGGATCAACTGGATCTG
CAACCCTGTGCACAAACACCGTGAGCTCAGAGGACTTACGTCCGAGGGAAAGAAGAACAG
AGGACTGCGCGGAAAAGGGCACAACAACCACAAGAACCGCCCGTCTCGCAGAGCAACCTG
GAAGAAGAACAACTCTCTCTCCCTTCGTCGTTACCGTTGATTGCTCTTTTGCTATCATCA
TTGTTTCTGCTGCTATCTTCACTCTTCGTTTAGGTTTCATGTTGTTGCTGTTTTATCTAT
TGCGTGATGACTTTTTGTTTTTGCA*TTTTGGAGACTATACA
TT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1CI46JQ 800 0 0
GGGCGGCTCTGCGAAAACTTGGAAAATGGGTGCTTACAAGTATGTGTCCGAGCTATGGAG
GAAGAAACAGTCCGATGTCATGAGGTTCGTCCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTACAGACA
GCAGCCTTCCATTGTCCGTCTCGTCAGGCCTACTCGTCCCGACAAGGCTCGTCGTTTGGG
CTACAAGGCCAAACAAGGATTTGTGGTGTACCGTGTCCGTGTGAGACGTGGTGGACGCAA
GAGGCCAGTGCCAAAGGGTATTGTGTATGGTAAGCCCACAAACCAGGGAGTCACCCAACT
CAAGTTCCAGAGGAGCAAGCGTTCTGTTGCCGAGGAGCGTGCTGGAAGGAAACTTGGCGG
CCTCAGAGTCGTCAACTCCTACTGGCTCAACGAGGATTCGACCTACAAGTACTACGAGAT
CATCTTGGTTGACCCGGCACACAACGCAGTGCGTAACGACCCGAGGATCAACTGGATCTG
CAACCCTGTGCACAAACACCGTGAGCTCAGAGGACTTACGTCCGAGGGAAAGAAGAACAG
AGGACTGCGCGGAAAAGGGCACAACAACCACAAGAACCGCCCGTCTCGCAGAGCAACCTG
GAAGAAGAACAACTCTCTCTCCCTTCGTCGTTACCGTTGATTGCTCTTTTGCTATCATCA
TTGTTTCTGCTGCTATCTTCACTCTTCGTTTAGGTTTCATGTTGTTGCTGTTTTATCTAT
TGCGTGATGACTTTTTGTTTTTGCAATTTTGGAGACTATACAATTGCCTTCGGATTATGG
TTTTAAACGAATACCTTTAT

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL7411Contig1 764 2 7 U
GGGACTCTCGACTGCAACAAAACACTCTCGTTTAGACAGAGAAAGTGAGAAACAAAACCC
ACAAAAAAACATGATAATGAGAAAAGATCTAAGGCTAAGAAGCCTCACGATGATGGTGTT
AATGGCGGTTTTGGTATGGTCTGTAACTCTAGAGACCTGCATTGCTAGAAGAGGAAGACA
TTGGAGACATAACCACCGAAGCTCCACTGACTTGTCTGATTCCTTGTCAAGCAAGAAACC
GAAAAGCCATGGGAACAGTCACCGCAGCTCTCACAATAACAACAACAATCATCACAACAA
GTCTAAACCTAAACCGAAGCCGAAGCAGAAAACGCCGCCAAAAGCTGACGACAATAACTC
ACCAGTGGTTTCACAACCACCACAAGTCCAACCACCGTCTCTTCCGCCGGTAAAGGGATC
TCAGGTCTTCAATGTGATGGATTTTGGAGCAAAGGGTGATGGCAAATGTGATGACACTAA
GGTAAAAAAATGAATAACCAAATTCATTAGAATTTTTTTTTTAAAAAGCTCATTAATTTC
GTAATCCGTACCATACCGTACATGTTTCAACCCTAGTGTTAGTATTTGATTTAATTAGAG
CATTTAATACTCCATTTTCATGAGAATTAGAAAAAGTATAAATTACAGTTGACAGATCAT
TGAGACAAAACACGAGACAGAGCTAAGAAAAAGGTTTCTCTGTAAAGTTACTTTAAAAAC
TTTTAGTAATATTTTTCTTCCTATCGTAAATGTTAAATTGCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C306TF U 1
AF RR1C306JQ C 8
BS 1 693 RR1C306TF
BS 694 694 RR1C306JQ
BS 695 718 RR1C306TF
BS 719 719 RR1C306JQ
BS 720 728 RR1C306TF
BS 729 729 RR1C306JQ
BS 730 764 RR1C306TF

RD RR1C306TF 764 0 0
GGGACTCTCGACTGCAACAAAACACTCTCGTTTAGACAGAGAAAGTGAGAAACAAAACCC
ACAAAAAAACATGATAATGAGAAAAGATCTAAGGCTAAGAAGCCTCACGATGATGGTGTT
AATGGCGGTTTTGGTATGGTCTGTAACTCTAGAGACCTGCATTGCTAGAAGAGGAAGACA
TTGGAGACATAACCACCGAAGCTCCACTGACTTGTCTGATTCCTTGTCAAGCAAGAAACC
GAAAAGCCATGGGAACAGTCACCGCAGCTCTCACAATAACAACAACAATCATCACAACAA
GTCTAAACCTAAACCGAAGCCGAAGCAGAAAACGCCGCCAAAAGCTGACGACAATAACTC
ACCAGTGGTTTCACAACCACCACAAGTCCAACCACCGTCTCTTCCGCCGGTAAAGGGATC
TCAGGTCTTCAATGTGATGGATTTTGGAGCAAAGGGTGATGGCAAATGTGATGACACTAA
GGTAAAAAAATGAATAACCAAATTCATTAGAATTTTTTTTTTAAAAAGCTCATTAATTTC
GTAATCCGTACCATACCGTACATGTTTCAACCCTAGTGTTAGTATTTGATTTAATTAGAG
CATTTAATACTCCATTTTCATGAGAATTAGAAAAAGTATAAATTACAGTTGACAGATCAT
TGAGACAAAACACGAGACAGAGCTAAGAAAAAG*TTTCTCTGTAAAGTTACTTTAAAA*C
TTTTAGTA*TATTTTTCTTCCTATCGTAAATGTTAAATTGCGCC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1C306JQ 757 0 0
TCGACTGCAACAAAACACTCTCGTTTAGACAGAGAAAGTGAGAAACAAAACCCACAAAAA
AACATGATAATGAGAAAAGATCTAAGGCTAAGAAGCCTCACGATGATGGTGTTAATGGCG
GTTTTGGTATGGTCTGTAACTCTAGAGACCTGCATTGCTAGAAGAGGAAGACATTGGAGA
CATAACCACCGAAGCTCCACTGACTTGTCTGATTCCTTGTCAAGCAAGAAACCGAAAAGC
CATGGGAACAGTCACCGCAGCTCTCACAATAACAACAACAATCATCACAACAAGTCTAAA
CCTAAACCGAAGCCGAAGCAGAAAACGCCGCCAAAAGCTGACGACAATAACTCACCAGTG
GTTTCACAACCACCACAAGTCCAACCACCGTCTCTTCCGCCGGTAAAGGGATCTCAGGTC
TTCAATGTGATGGATTTTGGAGCAAAGGGTGATGGCAAATGTGATGACACTAAGGTAAAA
AAATGAATAACCAAATTCATTAGAATTTTTTTTTTAAAAAGCTCATTAATTTCGTAATCC
GTACCATACCGTACATGTTTCAACCCTAGTGTTAGTATTTGATTTAATTAGAGCATTTAA
TACTCCATTTTCATGAGAATTAGAAAAAGTATAAATTACAGTTGACAGATCATTGAGACA
AAACACGAGACAGAGCTAAGAAAAAGGTTTCTCTGTAAAGTTACTTTAAAAACTTTTAGT
AATATTTTTCTTCCTATCGTAAATGTTAAATTGCGCC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL7412Contig1 515 2 1 U
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TACGATCTCGATTCACGGTGGGTGATTCACCGTCGCGTACCGCTGGGACTGCTCCAAGTC
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AF RR1DB58JQ U 1
AF RR1CB88JQ U 1
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RD RR1DB58JQ 749 0 0
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ATAGATATAGAGATATATGATGTTTGACTGATTGATATGTAACTTAAGAAAAAGAAAAAG
CTAAAAGACTCCAATTCTTTGATCCAGCCAGCAACCTCAACAAGCTCTGTTATTCATTGG
ATTCAGGTTTTGTGGACACGGTTCCACCATTCTGGTGGTGAGGCTGCTGCTGTCTTGACT
GGCTGATGTTGAGTTGCTGGAACATGTCAGCGTTGAGTGATTGCATCTTTGATCTGTCAG
ATTCGCTCTCACCGATTGCCAGTTTCAGTCTCTGGACTTCCCCATTCAATGCTTCGTTCA
GAGCATCGCGAAGTCGGGCTTGCTGCTCCATAGCTTGAAGACGAAACTTGAGCTCATTGT
TCTGGTTTGTCAACCCCATCATATCTCTCTGCAAAAGGGTGAGCTGAGCAGACAAAGTAG
TAGCCTCGGTCTGAAGAGTCTGCACTTTGTGTTCCAATTCCACAATGTACCTCATCTTCC
TCTCCTTTGACCTCGCTGCAGACTGTCGGTTCGCCAAGATTCTTTTGACACGCTTAGGGT
CAGAGAGGGCCATCTCAGCAAGTTTATCATTGGCCATGATCTTCTTTATTTCTGCAGCAC
TGAACTCTCCCTTCTTAAACTCACCCATGCTAAATGCAGCTGCTGCACCACCACCATCAA
CCGAATTGGTAGGGGAAACTTTCCGAGAC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1CB88JQ 817 0 0
GCTGTAAAATTAAACTTGTTGGACTTATATATGTAAAATTCAACAGACTCTGCACATAAA
ATAGATATAGAGATATATGATGTTTGACTGATTGATATGTAACTTAAGAAAAAGAAAAAG
CTAAAAGACTCCAATTCTTTGATCCAGCCAGCAACCTCAACAAGCTCTGTTATTCATTGG
ATTCAGGTTTTGTGGACACGGTTCCACCATTCTGGTGGTGAGGCTGCTGCTGTCTTGACT
GGCTGATGTTGAGTTGCTGGAACATGTCAGCGTTGAGTGATTGCATCTTTGATCTGTCAG
ATTCGCTCTCACCGATTGCCAGTTTCAGTCTCTGGACTTCCCCATTCAATGCTTCGTTCA
GAGCATCGCGAAGTCGGGCTTGCTGCTCCATAGCTTGAAGACGAAACTTGAGCTCATTGT
TCTGGTTTGTCAACCCCATCATATCTCTCTGCAAAAGGGTGAGCTGAGCAGACAAAGTAG
TAGCCTCGGTCTGAAGAGTCTGCACTTTGTGTTCCAATTCCACAATGTACCTCATCTTCC
TCTCCTTTGACCTCGCTGCAGACTGTCGGTTCGCCAAGATTCTTTTGACACGCTTAGGGT
CAGAGAGGGCCATCTCAGCAAGTTTATCATTGGCCATGATCTTCTTTATTTCTGCAGCAC
TGAACTCTCCCTTCTTAAACTCACCCATGCTAAATGCAGCTGCTGCACCACCACCATCAA
CCGAATTGGTAGGGGAAACTTTCCGAGACATAGGGAAGGAGGCGGTTTTAGAGAGTCTTG
AGCAAAGAGAGCTTATCCATGAACACTGTCACAGAAC

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL7415Contig1 753 2 1 U
GGATCCTAAAGCTAATTAAACCAACCAGAATACATAAACACATATATATATCTCCGACAA
TGTCTCGTACAGGCGAAAGCTCCTCAGGCTCTTCCTCCGACAAGACCATAAAACTGTTCG
GCTTCGAACTCATCAGCGGTGGTAATCGTTCCCCGGATGTCACGACGGCGGATAGCGTAA
GCTCTTCAACGAAGAAGACGACGTCGTTCACAGCGAAAAGACTCGAGTGCCAATACTGCG
GCAAAGAGTTTGCAAATTCTCAAGCCTTGGGTGGTCACCAAAACGCTCACAAGAAGGAGA
GGTTGAAGAAGAAGAGGCTTCAGCTTCAAGCTCGACGAGCCAGCATCGGCTATTATCTCA
CCAGCCACCAACAACCCATAACGACGTCATTTCAGAGACAGTACAAGACGCCGTCATATT
GCGCGTTCTCTTCCATGCATTTGAATAATCAGATGGGTTTGTTCAACGAGGAGTGGTCGT
CCATGTCGTCGCAGATTAGCTTTGGTAATAAAGACACTTCTCAAGATTTTAGTGAACAAA
ATGGTGAGATGGGTAAGATGTACGGTGCGAGACAAAACATGATTCAGTTCCAGAGAGATC
TGACTTCTCGTTCTGATTCGAAGAGAAGCATTAACCCGCTGGATCTTCATCTAGGTTTTG
CCGGTGATACGGCATAATATCCATATGATTTAAAATGTATACTGGTGATGTATTTTATTG
CAGAAAAAAAAACGAGACATAGTATACTTGATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AF33JQ C 1
AF RR1AF33TF U 1
BS 1 753 RR1AF33TF

RD RR1AF33JQ 753 0 0
GGATCCTAAAGCTAATTAAACCAACCAGAATACATAAACACATATATATATCTCCGACAA
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GCTCTTCAACGAAGAAGACGACGTCGTTCACAGCGAAAAGACTCGAGTGCCAATACTGCG
GCAAAGAGTTTGCAAATTCTCAAGCCTTGGGTGGTCACCAAAACGCTCACAAGAAGGAGA
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GCGCGTTCTCTTCCATGCATTTGAATAATCAGATGGGTTTGTTCAACGAGGAGTGGTCGT
CCATGTCGTCGCAGATTAGCTTTGGTAATAAAGACACTTCTCAAGATTTTAGTGAACAAA
ATGGTGAGATGGGTAAGATGTACGGTGCGAGACAAAACATGATTCAGTTCCAGAGAGATC
TGACTTCTCGTTTTGATTCGAAGAGAAGCATTAACCCGCTGGATCTTCATCTAGGTTTTG
CCGGTGATACGGCATAATATCCATATGATTTAAAATGTATACTGGTGATGTATTTTATTG
CAGAAAAAAAAACGAGACATAGTATACTTGATG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1AF33TF 753 0 0
GGATCCTAAAGCTAATTAAACCAACCAGAATACATAAACACATATATATATCTCCGACAA
TGTCTCGTACAGGCGAAAGCTCCTCAGGCTCTTCCTCCGACAAGACCATAAAACTGTTCG
GCTTCGAACTCATCAGCGGTGGTAATCGTTCCCCGGATGTCACGACGGCGGATAGCGTAA
GCTCTTCAACGAAGAAGACGACGTCGTTCACAGCGAAAAGACTCGAGTGCCAATACTGCG
GCAAAGAGTTTGCAAATTCTCAAGCCTTGGGTGGTCACCAAAACGCTCACAAGAAGGAGA
GGTTGAAGAAGAAGAGGCTTCAGCTTCAAGCTCGACGAGCCAGCATCGGCTATTATCTCA
CCAGCCACCAACAACCCATAACGACGTCATTTCAGAGACAGTACAAGACGCCGTCATATT
GCGCGTTCTCTTCCATGCATTTGAATAATCAGATGGGTTTGTTCAACGAGGAGTGGTCGT
CCATGTCGTCGCAGATTAGCTTTGGTAATAAAGACACTTCTCAAGATTTTAGTGAACAAA
ATGGTGAGATGGGTAAGATGTACGGTGCGAGACAAAACATGATTCAGTTCCAGAGAGATC
TGACTTCTCGTTCTGATTCGAAGAGAAGCATTAACCCGCTGGATCTTCATCTAGGTTTTG
CCGGTGATACGGCATAATATCCATATGATTTAAAATGTATACTGGTGATGTATTTTATTG
CAGAAAAAAAAACGAGACATAGTATACTTGATG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL7416Contig1 897 2 2 U
GGGAACTCAAATCGTCTCGCCCACCAAAATCTCGAAAACCCTAAATAGTAGTATCTCCGA
TTCGCCAAAAGGAACTTCGGGGCTCTTCTGGTTTCTCCGTAATGAGCGCCATCAACATCA
CCAACGTCACCGCCTTGGATAATCCAGCGCCTTTTGTTAGCCCTTTTCAGTTCGAGATCT
CCTACGAGTGCCTTACCTCTCTCAAAGACGATTTGGAGTGGAAGCTTATCTACGTTGGCT
CAGCAGAAGATGAGACTTATGATCAAACTCTAGAGAGTGTGCTTGTTGGACCTGTTAATG
TTGGCAACTACCGGTTTGTACTGCAGGCTGATCCTCCGGATCCATCAAAGATCCGTGAGG
AAGACATCATAGGTGTGACGGTTCTGTTGTTGACGTGTTCTTACATGGGGCAAGAGTTCT
TGAGAGTTGGGTATTACGTGAACAATGACTATGAAGATGAGCAACTCAGGGAAGAGCCTC
CAACTAAGGTTTTGATTGATAAAGTCCAGAGGAACATTCTCTCCGACAAGCCTAGAGTTA
CTAAGTTCCCTATAAATTTTCATCCAGAAGACGAGCAAACTGCTACCGCTCCTCCTCCTG
AACCATCTGATGAACAACAACCTGATGTCAATGACGCATCTCAAGTTTCACCTGACCAGA
CACCAAAACCGCAGGAGTCTCCCCAGGAATCATGATTCTTTCTTGAGTCAAATGGTCTAA
AATTGGATGAAAGAAAGAAAGATTGTGTCCTTGTCCCCAAAGATCTTGGGTTTTGCTTCT
CTATCTCCAAACATTATCTGCAATTTTGCTGTACTTGTTTGAATGTTTTTGTTATTGGGC
AAAGATTTAGTTGAAGCAAAGCCCACATTTCGAAAGCAAGATAATGTTTCTAGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM59TF U 1
AF RR1EM59JQ C 338
BS 1 669 RR1EM59TF
BS 670 897 RR1EM59JQ

RD RR1EM59TF 669 0 0
GGGAACTCAAATCGTCTCGCCCACCAAAATCTCGAAAACCCTAAATAGTAGTATCTCCGA
TTCGCCAAAAGGAACTTCGGGGCTCTTCTGGTTTCTCCGTAATGAGCGCCATCAACATCA
CCAACGTCACCGCCTTGGATAATCCAGCGCCTTTTGTTAGCCCTTTTCAGTTCGAGATCT
CCTACGAGTGCCTTACCTCTCTCAAAGACGATTTGGAGTGGAAGCTTATCTACGTTGGCT
CAGCAGAAGATGAGACTTATGATCAAACTCTAGAGAGTGTGCTTGTTGGACCTGTTAATG
TTGGCAACTACCGGTTTGTACTGCAGGCTGATCCTCCGGATCCATCAAAGATCCGTGAGG
AAGACATCATAGGTGTGACGGTTCTGTTGTTGACGTGTTCTTACATGGGGCAAGAGTTCT
TGAGAGTTGGGTATTACGTGAACAATGACTATGAAGATGAGCAACTCAGGGAAGAGCCTC
CAACTAAGGTTTTGATTGATAAAGTCCAGAGGAACATTCTCTCCGACAAGCCTAGAGTTA
CTAAGTTCCCTATAAATTTTCATCCAGAAGACGAGCAAACTGCTACCGCTCCTCCTCCTG
AACCATCTGATGAACAACAACCTGATGTCAATGACGCATCTCAAGTTTCACCTGACCAGA
CACCAAAAC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1EM59JQ 560 0 0
GGATCCATCAAAGATCCGTGAGGAAGACATCATAGGTGTGACGGTTCTGTTGTTGACGTG
TTCTTACATGGGGCAAGAGTTCTTGAGAGTTGGGTATTACGTGAACAATGACTATGAAGA
TGAGCAACTCAGGGAAGAGCCTCCAACTAAGGTTTTGATTGATAAAGTCCAGAGGAACAT
TCTCTCCGACAAGCCTAGAGTTACTAAGTTCCCTATAAATTTTCATCCAGAAGACGAGCA
AACTGCTACCGCTCCTCCTCCTGAACCATCTGATGAACAACAACCTGATGTCAATGACGC
ATCTCAAGTTTCACCTGACCAGACACCAAAACCGCAGGAGTCTCCCCAGGAATCATGATT
CTTTCTTGAGTCAAATGGTCTAAAATTGGATGAAAGAAAGAAAGATTGTGTCCTTGTCCC
CAAAGATCTTGGGTTTTGCTTCTCTATCTCCAAACATTATCTGCAATTTTGCTGTACTTG
TTTGAATGTTTTTGTTATTGGGCAAAGATTTAGTTGAAGCAAAGCCCACATTTCGAAAGC
AAGATAATGTTTCTAGTTTG

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

CO CL7417Contig1 832 2 6 U
GGGTGCTTAACAGTAGTCTTTCTTTAGATTAGGCGATTTGGGCGATAGAAGCAAAGCAAA
GATCAAAGCAAGAGGGAAGTTATGTCGGGAGGAATAGCACGTGGTCGACTCACAGAGGAA
CGAAAAGCGTGGCGTAAGAACCATCCTCATGCTCTTGTTGCCAAGCCGGAGACTTGTTCA
GATGGAACAAATAACCTAATGATCTGGCAGTGCATCATCCCTGGCAAATCTGGGACTGAT
TGGGAAGGTGGGTTTTATCCACTGACACTCAATTTCTCGGAGGACTACCCAAGCAAACCT
CCAAAGTGCAAGTTTCCTCAAGGCTTCTTTCATCCTAATGTCTATCCTTCTGGAACTGTT
TGCCTCTCTATTCTCAATGAAGATTATGGATGGAGACCAGCCATCACTGTGAAGCAAATC
TTGGTTGGTATTCAGGACTTGCTAGATGAACCAAACCCGAATGACCCTGCACAGACTGAA
GGATACCAGCTCTTTGTCCAGGATAAGAATGAATACAAGAGAAGGGTGAAACAACAGGCT
AAACAGTACCCACCAACTATTTGATATCTTGCCTTGTCTCAAGTCCAAGTCTTGGATAAA
TTTGTTTCTCTGAATGATTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACTT
TGCAAGAGCTATTGAGAGAACATTTTCAGTAATAAGAACATTACATTTTCATGAAGACAG
ATCAATGGTTGTTGCTTACGCAGTCTACCAATAGTCATGATTAGTTTCACATTTTCTGTA
ATAAGAAAATTACAGTTTTGTATATACTGATCGATGATGGTTATTGCTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 0 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C769TF U 1
AF RR1C769JQ C 33
BS 1 780 RR1C769TF
BS 781 783 RR1C769JQ
BS 784 788 RR1C769TF
BS 789 789 RR1C769JQ
BS 790 811 RR1C769TF
BS 812 832 RR1C769JQ

RD RR1C769TF 811 0 0
GGGTGCTTAACAGTAGTCTTTCTTTAGATTAGGCGATTTGGGCGATAGAAGCAAAGCAAA
GATCAAAGCAAGAGGGAAGTTATGTCGGGAGGAATAGCACGTGGTCGACTCACAGAGGAA
CGAAAAGCGTGGCGTAAGAACCATCCTCATGCTCTTGTTGCCAAGCCGGAGACTTGTTCA
GATGGAACAAATAACCTAATGATCTGGCAGTGCATCATCCCTGGCAAATCTGGGACTGAT
TGGGAAGGTGGGTTTTATCCACTGACACTCAATTTCTCGGAGGACTACCCAAGCAAACCT
CCAAAGTGCAAGTTTCCTCAAGGCTTCTTTCATCCTAATGTCTATCCTTCTGGAACTGTT
TGCCTCTCTATTCTCAATGAAGATTATGGATGGAGACCAGCCATCACTGTGAAGCAAATC
TTGGTTGGTATTCAGGACTTGCTAGATGAACCAAACCCGAATGACCCTGCACAGACTGAA
GGATACCAGCTCTTTGTCCAGGATAAGAATGAATACAAGAGAAGGGTGAAACAACAGGCT
AAACAGTACCCACCAACTATTTGATATCTTGCCTTGTCTCAAGTCCAAGTCTTGGATAAA
TTTGTTTCTCTGAATGATTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACTT
TGCAAGAGCTATTGAGAGAACATTTTCAGTAATAAGAACATTACATTTTCATGAAGACAG
ATCAATGGTTGTTGCTTACGCAGTCTACCAATAGTCATGATTAGTTTCACATTTTCTGTA
**TAGAAA*TTACAGTTTTGTATATACTGAT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR1C769JQ 800 0 0
GCGATTTGGGCGATAGAAGCAAAGCAAAGATCAAAGCAAGAGGGAAGTTATGTCGGGAGG
AATAGCACGTGGTCGACTCACAGAGGAACGAAAAGCGTGGCGTAAGAACCATCCTCATGC
TCTTGTTGCCAAGCCGGAGACTTGTTCAGATGGAACAAATAACCTAATGATCTGGCAGTG
CATCATCCCTGGCAAATCTGGGACTGATTGGGAAGGTGGGTTTTATCCACTGACACTCAA
TTTCTCGGAGGACTACCCAAGCAAACCTCCAAAGTGCAAGTTTCCTCAAGGCTTCTTTCA
TCCTAATGTCTATCCTTCTGGAACTGTTTGCCTCTCTATTCTCAATGAAGATTATGGATG
GAGACCAGCCATCACTGTGAAGCAAATCTTGGTTGGTATTCAGGACTTGCTAGATGAACC
AAACCCGAATGACCCTGCACAGACTGAAGGATACCAGCTCTTTGTCCAGGATAAGAATGA
ATACAAGAGAAGGGTGAAACAACAGGCTAAACAGTACCCCCCAACTATTTGATATCTTGC
CTTGTCTCAAGTCCAAGTCTTGGATAAATTTGTTTCTCTGAATGATTCTCTCTCTCTC*T
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACTTTGCAAGAGCTATTGAGAGAACATTTTCAGTAA
TAAGAACATTACATTTTCATGAAGACAGATCAATGGTTGTTGCTTACGCAGTCTACCAAT
AGTCATGATTAGTTTCACATTTTCTGTAATAAGAAAATTACAGTTTTGTATATACTGATC
GATGATGGTTATTGCTTACG

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL7418Contig1 663 2 2 U
GGGGTATCAAATCACATGTTTCTAGATCAACATTGATATCTCTTGGCAAGGGACCTATCA
GTGGTATCAGATCATGTTTTGTTTTTGATCCGGACCACTTTGTGGTATCAAAAACTTTAT
ATTTTTCATCTTCCTTGTTATCGGTATTCTTCAGGAATCAACGGTTATCAAGAATCCTCG
ACGAACGGCTATTCTTCAGAATCAACGGTCATCGAGTCTATCCAGCGATTGTTTCTTTTC
ACCATTTTTTTCTTTTCGGGTTTGTTGATCAAGTTCAACATCCTTTCTTTTATATGGATT
AAAATCTGTATTTCTTCCATTGTTTTTCAGTTATCTAAAAAAAAAAAAAAGAATTTGGCT
TTTCTGTAGAACAAGTCTGAGTATGATTTTTTGTTTGGCTATTCTTTGAATCAACAAACA
TAGAATATCTCGTTTGTTTTGTTTATTAAAAAAAAAAAAAAGAAACGTTTTTCAATAATG
AAACATCGAAATAGCTTGGTCTTGGTTTTAAGTTTTCCTCAGTTTCAAGTGAACCTTGAG
GACAAGGTTCTGTTGAAGAGCGGGAGTATTGATAGGATACAAGACCAGGAAGAATCGGTG
ACAGATATGGGGCTGAGGTGGCAATAATGAAGTCATCACTTAGACCAAATCAAAGTGAGA
AGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1C881TF U 1
AF RR1C881JQ C 272
BS 1 607 RR1C881TF
BS 608 663 RR1C881JQ

RD RR1C881TF 607 0 0
GGGGTATCAAATCACATGTTTCTAGATCAACATTGATATCTCTTGGCAAGGGACCTATCA
GTGGTATCAGATCATGTTTTGTTTTTGATCCGGACCACTTTGTGGTATCAAAAACTTTAT
ATTTTTCATCTTCCTTGTTATCGGTATTCTTCAGGAATCAACGGTTATCAAGAATCCTCG
ACGAACGGCTATTCTTCAGAATCAACGGTCATCGAGTCTATCCAGCGATTGTTTCTTTTC
ACCATTTTTTTCTTTTCGGGTTTGTTGATCAAGTTCAACATCCTTTCTTTTATATGGATT
AAAATCTGTATTTCTTCCATTGTTTTTCAGTTATCTAAAAAAAAAAAAAAGAATTTGGCT
TTTCTGTAGAACAAGTCTGAGTATGATTTTTTGTTTGGCTATTCTTTGAATCAACAAACA
TAGAATATCTCGTTTGTTTTGTTTATTAAAAAAAAAAAAAAGAAACGTTTTTCAATAATG
AAACATCGAAATAGCTTGGTCTTGGTTTTAAGTTTTCCTCAGTTTCAAGTGAACCTTGAG
GACAAGGTTCTGTTGAAGAGCGGGAGTATTGATAGGATACAAGACCAGGAAGAATCGGTG
ACAGATA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1C881JQ 392 0 0
AGTTCAACATCCTTTCTTTTATATGGATTAAAATCTGTATTTCTTCCATTGTTTTTCAGT
TATCTAAAAAAAAAAAAAAGAATTTGGCTTTTCTGTAGAACAAGTCTGAGTATGATTTTT
TGTTTGGCTATTCTTTGAATCAACAAACATAGAATATCTCGTTTGTTTTGTTTATTAAAA
AAAAAAAAAAGAAACGTTTTTCAATAATGAAACATCGAAATAGCTTGGTCTTGGTTTTAA
GTTTTCCTCAGTTTCAAGTGAACCTTGAGGACAAGGTTCTGTTGAAGAGCGGGAGTATTG
ATAGGATACAAGACCAGGAAGAATCGGTGACAGATATGGGGCTGAGGTGGCAATAATGAA
GTCATCACTTAGACCAAATCAAAGTGAGAAGT

QA 1 392 1 392
DS 



AS 1 2

CO CL7419Contig1 858 2 11 U
GGAAAGTGAAATGAACCAAACCATACACAAAGTTTCACCAATCCCTCTGACCATGTCAGA
GCTGACAACATTTCTCAGCTCAAGTGGTTCTATCTTTGAGATATTTGCTACTTTACTAGT
ATTGCATTTGATCTACCAAAGAGTTAAGAGAAGAGTCAAAGTCTACTTACTTGACTTCAC
TTGTTACCGAGCCCCTGACTCAAACCGCCTCCCAATGTCTACTCTCCTCGAGACCATCTA
CTTAGCTAACCAGATTGATCAAGAGAGTATCGATTTCCAAGCCCGGGTTCTCGAGAGGTC
CTGGTTAAGCAACCAAACCAGCATCCCTCCTTCTCTGACCGAAATACCCCTCAAGAAAAG
CCTCACCTCGGTCCAAACCGAAACCATGACCACTCTATTCACCTCTGTTGAGAATCTCCT
CAAGAAAAACAAATTAAGCCCAAGAAGCATAGACATACTGATAACAAACTGTAGCCTGCA
TACACCTACGCCGTCTCTTAGTGCAATGGTGATCAACAAGTTCCACATGAGAAGCAACAT
CAAGAGCTTTAGCCTGTCGGGGATGGGCTGTGCAGCTGGGATTCTATCAGTCTCTTTAGC
CAACGACTTGCTAAAGGTTCACCGAGGCTCCTTGGCTCTTATCGTCAGCACAGAAGCGTT
GAACACGCATTGGTACATCGGTAAAGACAGATCTATGCTTCTTACGAACTGTCTCTTAAG
AATGGGAGCAGCCGCAGTGTTGATGTCTAGCAATGAACAAGACAGAGGAAACGCGAAGTA
CGAGCTCTTGCATGTCGTTAGGACAAACAAAGCGAAAGATGACCGAGCTTACCGATGTAT
CTACCAAGACATAGACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D087TF U 6
AF RR1BH17TF U 1
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BS 264 409 RR1BH17TF
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BS 662 718 RR1BH17TF
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BS 731 731 RR1D087TF
BS 732 858 RR1BH17TF

RD RR1D087TF 791 0 0
GG
GAAATGAACCAAACCATACACAAAGTTTCACCAATCCCTCTGACCATGTCAGAGCTGACA
ACATTTCTCAGCTCAAGTGGTTCTATCTTTGAGATATTTGCTACTTTACTAGTATTGCAT
TTGATCTACCAAAGAGTTAAGAGAAGAGTCAAAGTCTACTTACTTGACTTCACTTGTTAC
CGAGCCCCTGACTCAAACCGCCTCCCAATGTCTACTCTCCTCGAGACCATCTACTTAGCT
AACCAGATTGATCAAGAGAGTATCGATTTCCAAGCCCGGGTTCTCGAGAGGTCCTGGTTA
AGCAACCAAACCAGCATCCCTCCTTCTCTGACCGAAATGCCCCTCAAGAAAAGCCTCACC
TCGGTCCAAACCGAAACCATGACCACTCTATTCACCTCTGTTGAGAATCTCCTCAAGAAA
AACAAATTAAGCCCAAGAAGCATAGACATACTGATAACAAACTGTAGCCTGCATACACCT
ACGCCGTCTCTTAGTGCAATGGTGATCAACAAGTTCCACATGAGAAGCAACATCAAGAGC
TTTAGCCTGTCGGGGATGGGCTGTGCAGCTGGGATTCTATCAGTCTCTTTAGCCAACGAC
TTGCTAAAGGTTCACCGAGGCTCCTTGGCTCTTATCGTCAGCACAGAATCGTTGAACACG
CATTGGTACATCGGTAAAGACAGATCTATGCTTCTTACGAACTGTCTCTTTAGAATGGGA
GCAGCCGCAGTGTTGATGTCTAGCAATGAACAAGACAGAGGAA*CGCGAAGTACGAGCTC
TTGCATGTC

QA 3 791 3 791
DS 

RD RR1BH17TF 858 0 0
GGAAAGTGAAATGAACCAAACCATACACAAAGTTTCACCAATCCCTCTGACCATGTCAGA
GCTGACAACATTTCTCAGCTCAAGTGGTTCTATCTTTGAGATATTTGCTACTTTACTAGT
ATTGCATTTGATCTACCAAAGAGTTAAGAGAAGAGTCAAAGTCTACTTACTTGACTTCAC
TTGTTACCGAGCCCCTGACTCAAACCGCCTCCCAATGTCTACTCTCCTCGAGACCATCTA
CTTAGCTAACCAGATTGATCAATAGAGTATCGATTTCCAAGCCCGGGTTCTCGAGAGGTC
CTGGTTAAGCAACCAAACCAGCATCCCTCCTTCTCTGACCGAAATACCCCTCAAGAAAAG
CCTCACCTCGGTCCAAACCGAAACCATGACCACTCTATTCACCTCTGTTTAGAATCTCCT
CAAGAAAAACAAATTAAGCCCAAGAAGCATAGACATACTGATAACAAACTGTAGCCTGCA
TACACCTACGCCGTCTCTTAGTGCAATGGTGATCAACAAGTTCCACATGAGAAGCAACAT
CAAGAGCTTTAGCCTGTCGGGGATGGGCTGTGCAGCTGGGATTCTATCAGTCTCTTTAGC
CAACGACTTGCTAAAGGTTCACCGAGGCTCCTTGGCTCTTATCGTCAGCACAGAAGCGTT
TAACACGCATTGGTACATCGGTAAAGACAGATCTATGCTTCTTACGAACTGTCTCTTA**
AATGGGAGCATCCGCAGTGTTGATGTCTAGCAATGAACAAGACAGAGGAAACGCGAAGTA
CGAGCTCTTGCATGTCGTTAGGACAAACAAAGCGAAAGATGACCGAGCTTACCGATGTAT
CTACCAAGACATAGACTC

QA 1 858 1 858
DS 



AS 1 2

CO CL7420Contig1 664 2 4 U
CCAGATGTATGCCGCAACATCTTCGGTTCTGTCTCCAACACCACAAAGTCTCTTCCTTTC
CTCTCATCTTCCTCAAATCCAGTTCCTTTATCGGATTAAATTTCTGGGTTTTCCCGTAAC
GAACCGGTGCTATGGCGGCGGCGGTTCGTTGTATAACCGACGGAGCTGCGATGAAAGACG
ACGACAGAGGAATCGAATCATGGTGCCGAGAGCTAGAGCATCTCCTTACGAGGTTCTTGG
TGTGTCTCCATCAGCGACTCCTCAAGATATAAAGAGGGCTTACCGCAAACTTGCTCTCAA
GTATCACCCTGATGTTAATAAAGAGGCAAATGCGCAGGAGAAGTTTCTGAGGATAAAGCA
TGCGTACACCATTTTGATTAACTCTGAGTCACGGCGTAAGTACGGTTCAGATACTCGTGC
GTCGTCTGGTTACTCTACGGGTCAACAAACAAGCCGGAAAAGCAGCAACAGTCAAGTCGA
GGAAGATTTCTATGGACTTGGGGATTTCTTCAAAGATCTTCAAGAAGAGTTCAAGAACTG
GGAAGCTAGTGCGTCTTCACAAAAAACCTAAAAGTCTTTGGGAAGAACTAGCGGAAATTG
GGGAAGAGTTTGTGGAGTTTCTTGAGAAAGAACTAAACATAACCGATGAAGACAATGATG
GATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1EZ72TF U 1
AF RR1EZ72JQ C 134
BS 1 270 RR1EZ72TF
BS 271 271 RR1EZ72JQ
BS 272 333 RR1EZ72TF
BS 334 664 RR1EZ72JQ

RD RR1EZ72TF 333 0 0
CCAGATGTATGCCGCAACATCTTCGGTTCTGTCTCCAACACCACAAAGTCTCTTCCTTTC
CTCTCATCTTCCTCAAATCCAGTTCCTTTATCGGATTAAATTTCTGGGTTTTCCCGTAAC
GAACCGGTGCTATGGCGGCGGCGGTTCGTTGTATAACCGACGGAGCTGCGATGAAAGACG
ACGACAGAGGAATCGAATCATGGTGCCGAGAGCTAGAGCATCTCCTTACGAGGTTCTTGG
TGTGTCTCCATCAGCGACTCCTCAAGATATGAAGAGGGCTTACCGCAAACTTGCTCTCAA
GTATCACCCTGATGTTAATAAAGAGGCAAATGC

QA 1 333 1 333
DS 

RD RR1EZ72JQ 531 0 0
GGCGGCGGCGTTTCGTTGTATAACCGACGGAGCTGCGATGAAAGACGACGACAGAGGAAT
CGAATCATGGTGCCGAGAGCTAGAGCATCTCCTTACGAGGTTCTTGGTGTGTCTCCATCA
GCGACTCCTCAAGATATAAAGAGGGCTTACCGCAAACTTGCTCTCAAGTATCACCCTGAT
GTTAATAAAGAGGCAAATGCGCAGGAGAAGTTTCTGAGGATAAAGCATGCGTACACCATT
TTGATTAACTCTGAGTCACGGCGTAAGTACGGTTCAGATACTCGTGCGTCGTCTGGTTAC
TCTACGGGTCAACAAACAAGCCGGAAAAGCAGCAACAGTCAAGTCGAGGAAGATTTCTAT
GGACTTGGGGATTTCTTCAAAGATCTTCAAGAAGAGTTCAAGAACTGGGAAGCTAGTGCG
TCTTCACAAAAAACCTAAAAGTCTTTGGGAAGAACTAGCGGAAATTGGGGAAGAGTTTGT
GGAGTTTCTTGAGAAAGAACTAAACATAACCGATGAAGACAATGATGGATC

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 2

CO CL7421Contig1 457 2 1 U
GGGATTTCTCCAATCAAGCAAGGTCTCGTATAACATCCTTCAGATCAGAATGGGCGGCTG
TAGTATAACAGAAGATTGGGTAGCCAAGATGGTCGAGAGGAATAGGATGATGGAAGCTCT
CGAAGATGCAATAGACAACCAAACCAAGGAACTTGATGCTCCCATTGCAGAAAGAGAGGA
CGGATGCTTGAAAGATGATGCCATACACATTGGAAACTTGAAGGTTTTGACATATCTCCA
TTGGTTTTGTGAAACAGTTGGTTTTGCTCCAAAAACTAAAGAACATAGAGAATGAAAGAA
TGCAGAATGGAGATTTCACAACACAATATAATAATAGATTTGACATTAACGAGTTAGATG
TGTTTCTTGTTTTACCTATCTATCTACTTTAAAACTCTGTCTGGTTTACATGGTCTATTC
AGCAAGGGTAAGCAAATATTACCCAAAGAATGTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A148TF U 1
AF RR1A148JQ C 28
BS 1 457 RR1A148TF

RD RR1A148TF 457 0 0
GGGATTTCTCCAATCAAGCAAGGTCTCGTATAACATCCTTCAGATCAGAATGGGCGGCTG
TAGTATAACAGAAGATTGGGTAGCCAAGATGGTCGAGAGGAATAGGATGATGGAAGCTCT
CGAAGATGCAATAGACAACCAAACCAAGGAACTTGATGCTCCCATTGCAGAAAGAGAGGA
CGGATGCTTGAAAGATGATGCCATACACATTGGAAACTTGAAGGTTTTGACATATCTCCA
TTGGTTTTGTGAAACAGTTGGTTTTGCTCCAAAAACTAAAGAACATAGAGAATGAAAGAA
TGCAGAATGGAGATTTCACAACACAATATAATAATAGATTTGACATTAACGAGTTAGATG
TGTTTCTTGTTTTACCTATCTATCTACTTTAAAACTCTGTCTGGTTTACATGGTCTATTC
AGCAAGGGTAAGCAAATATTACCCAAAGAATGTGTTT

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1A148JQ 430 0 0
GTATAACATCCTTCAGATCAGAATGGGCGGCTGTAGTATAACAGAAGATTGGGTAGCCAA
GATGGTCGAGAGGAATAGGATGATGGAAGCTCTTGAAGATGCAATAGACAACCAAACCAA
GGAACTTGATGCTCCCATTGCAGAAAGAGAGGACGGATGCTTGAAAGATGATGCCATACA
CATTGGAAACTTGAAGGTTTTGACATATCTCCATTGGTTTTGTGAAACAGTTGGTTTTGC
TCCAAAAACTAAAGAACATAGAGAATGAAAGAATGCAGAATGGAGATTTCACAACACAAT
ATAATAATAGATTTGACATTAACGAGTTAGATGTGTTTCTTGTTTTACCTATCTATTTAC
TTTAAAACTCTGTTTGGTTTACATGGTTTATTCAGCAAGGGTAAGCAAATATTACCCAAA
GAATGTGTTT

QA 1 430 1 430
DS 



AS 1 2

CO CL7422Contig1 766 2 2 U
TTTTCTGTCCAAAATGTCATTAATAAATACAAAAGAAAGCTTCTTTAATAGGGGTAAACA
GAGTAAAAATCCAAATGTGCTTTTAATAGTATAGATAATACAATATGAGATACAATATAA
GATACAATATGAGATCTTATTTGTGTTTCTAACTCACAAATCATTTATTGGTGACACTGA
TTTATTTGGAATTAAAGAAGATAAAGGGAGACGCATTCTTCAAGCCACGGGCGGATCTTC
TTCTACAAATTTGGCAAACTCTTCCCTTGATCTCCCATTTGGATTCTTCTTCCATTCGAT
GAACTTCGCTGACGCCTCTATGAACTTTTCCATGTGAAGCTTCTTCCATTCCTCGAAATC
CCATTCTCCATACATGTCAGGATCATCTTTGTTAGCCCATATAAAGGCTTCCACTTGCAT
CTTCTCGGATGTGTCAGTCAATACAACCTCAACAGTCTTCCTCACATACTCATCTCCTTC
AATCATACCTAAATTCTCTAGCTGAGCATCTGTTAATCCAGTTAGTACCTTGCCGTTGAT
GACTCCGGTCTCAAGAGGAGCAATACAAGGATGCAAACGCCCTTTGAGTCTATACCTGTG
AAAGCCGTGGAGTTGAGCGGAGACAATGACCGGAGTGCATTCGAGGATCAAACCCACGAC
GGCTGGTTCTTGGAAACTGCCGTAGACGAAGACGTTGTGCGACGAGGATTGATCAGAACT
ACCCATATTTTCTTCTTCCTCTGATAGTTATAGTTTGAAAATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR1D375TF C 1
AF RR1D375JQ U 7
BS 1 6 RR1D375TF
BS 7 766 RR1D375JQ

RD RR1D375TF 762 0 0
TTTTCTGTCCAAAATGTCATTAATAAATACAAAAGAAAGCTTCTTTAATAGGG*TAAACA
GAGTAAAAATCCAAATGTGCTTTTAATAGTATAGATAATACAATATGAGATACAATATAA
GATACAATATGAGATCTTATTTGTGTTTCTAACTCACAAATCATTTATTGGTGACACTGA
TTTATTTGGAATTAAAGAAGATAAAGGGAGACGCATTCTTCAAGCCACGGGCGGATCTTC
TTCTACAAATTTGGCAAACTCTTCCCTTGATCTCCCATTTGGATTCTTCTTCCATTCGAT
GAACTTCGCTGACGCCTCTATGAACTTTTCCATGTGAAGCTTCTTCCATTCCTCGAAATC
CCATTCTCCATACATGTCAGGATCATCTTTGTTAGCCCATATAAAGGCTTCCACTTGCAT
CTTCTCGGATGTGTCAGTCAATACAACCTCAACAGTCTTCCTCACATACTCATCTCCTTC
AATCATACCTAAATTCTCTAGCTGAGCATCTGTTAATCCAGTTAGTACCTTGCCGTTGAT
GACTCCGGTCTCAAGAGGAGCAATACAAGGATGCAAACGCCCTTTGAGTCTATACCTGTG
AAAGCCGTGGAGTTGAGCGGAGACAATGACCGGAGTGCATTCGAGGATCAAACCCACGAC
GGCTGGTTCTTGGAAACTGCCGTAGACGAAGACGTTGTGCGACGAGGATTGATCAGAACT
ACCCATATTTTCTTCTTCCTCTGATAGTTATAGTTTGAAAAT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1D375JQ 760 0 0
GTCCAAAATGTCATTAATAAATACAAAAGAAAGCTTCTTTAATAGGGGTAAACAGAGTAA
AAATCCAAATGTGCTTTTAATAGTATAGATAATACAATATGAGATACAATATAAGATACA
ATATGAGATCTTATTTGTGTTTCTAACTCACAAATCATTTATTGGTGACACTGATTTATT
TGGAATTAAAGAAGATAAAGGGAGACGCATTCTTCAAGCCACGGGCGGATCTTCTTCTAC
AAATTTGGCAAACTCTTCCCTTGATCTCCCATTTGGATTCTTCTTCCATTCGATGAACTT
CGCTGACGCCTCTATGAACTTTTCCATGTGAAGCTTCTTCCATTCCTCGAAATCCCATTC
TCCATACATGTCAGGATCATCTTTGTTAGCCCATATAAAGGCTTCCACTTGCATCTTCTC
GGATGTGTCAGTCAATACAACCTCAACAGTCTTCCTCACATACTCATCTCCTTCAATCAT
ACCTAAATTCTCTAGCTGAGCATCTGTTAATCCAGTTAGTACCTTGCCGTTGATGACTCC
GGTCTCAAGAGGAGCAATACAAGGATGCAAACGCCCTTTGAGTCTATACCTGTGAAAGCC
GTGGAGTTGAGCGGAGACAATGACCGGAGTGCATTCGAGGATCAAACCCACGACGGCTGG
TTCTTGGAAACTGCCGTAGACGAAGACGTTGTGCGACGAGGATTGATCAGAACTACCCAT
ATTTTCTTCTTCCTCTGATAGTTATAGTTTGAAAATGTCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL7423Contig1 824 2 2 U
GGACGGAACGCGGAAGCGCGTGAGAGAGAGATGCCAAGGCCAAGAACTACACGCAGATCT
GTAAAACAAAGGCTCCAATATATACAAGTTATCCAAGAATTGGAAACTGAATGGTGAGGG
TCTAGAAGGTCTGAGCTACACCGAGCTGGCTTCACTTGAAAGTATGTTAAAGGAGGGCTT
CCGCATTGTGGATGAACAAACAGATAAGGCACAGCAGGAGTTATTACTCAGCGAGATTGT
TGATTGCGATGTTATGGGAAAGGAATGGCTTGACGAAAAAGAGAAAGAGGATTCGGCTTA
CCAATCGCTTCTGGCAAGGAGAAGAACAGCTTTGAGGAACAAGGCTCGAGAACTCCGCCT
CAGTCCTCCTCAAGACAGCCCTCCTCATAGCTATGACCCTGAAACACTGATGTTAACCAT
CGAATCTTTGAAGATCGAGAAGGAGAGATTACGGCTTTTGAACCAGAGAATGATTGGTAA
AGAGCTTGACGGTATGGGATACTTGGAGCTGTTGGTGTTTGGCTGTGCGATACAGGGTGG
TATGTTGAAAGCCGAAGAAGAGAAAAATAAGATAAAACGTGCAAGGCAGGTTCTTGGGGG
CACATGAAGAAAATATTGAATAAGACTCTTGTGACTATGTATTGTACTTAGATAATTATA
TGTTGTTGGTTCTGGCTTTTTGTGTGTTAATAATCTGTCTCTCTGGTGATAATTATATGA
TCAAACTTAAAAGACTTATGGTTTGCTGGATTCTAATATGTTAGGCTATATGTGCAAAAG
ATCAAATATATTCAAAATAAAACTGTAAACGGATTCATAGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AD68TF U 1
AF RR1AD68JQ C 10
BS 1 760 RR1AD68TF
BS 761 824 RR1AD68JQ

RD RR1AD68TF 760 0 0
GGACGGAACGCGGAAGCGCGTGAGAGAGAGATGCCAAGGCCAAGAACTACACGCAGATCT
GTAAAACAAAGGCTCCAATATATACAAGTTATCCAAGAATTGGAAACTGAATGGTGAGGG
TCTAGAAGGTCTGAGCTACACCGAGCTGGCTTCACTTGAAAGTATGTTAAAGGAGGGCTT
CCGCATTGTGGATGAACAAACAGATAAGGCACAGCAGGAGTTATTACTCAGCGAGATTGT
TGATTGCGATGTTATGGGAAAGGAATGGCTTGACGAAAAAGAGAAAGAGGATTCGGCTTA
CCAATCGCTTCTGGCAAGGAGAAGAACAGCTTTGAGGAACAAGGCTCGAGAACTCCGCCT
CAGTCCTCCTCAAGACAGCCCTCCTCATAGCTATGACCCTGAAACACTGATGTTAACCAT
CGAATCTTTGAAGATCGAGAAGGAGAGATTACGGCTTTTGAACCAGAGAATGATTGGTAA
AGAGCTTGACGGTATGGGATACTTGGAGCTGTTGGTGTTTGGCTGTGCGATACAGGGTGG
TATGTTGAAAGCCGAAGAAGAGAAAAATAAGATAAAACGTGCAAGGCAGGTTCTTGGGGG
CACATGAAGAAAATATTGAATAAGACTCTTGTGACTATGTATTGTACTTAGATAATTATA
TGTTGTTGGTTCTGGCTTTTTGTGTGTTAATAATCTGTCTCTCTGGTGATAATTATATGA
TCAAACTTAAAAGACTTATGGTTTGCTGGATTCTAATATG

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1AD68JQ 815 0 0
GCGGAAGCGCGTGAGAGAGAGATGCCAAGGCCAAGAACTACACGCAGATCTGTAAAACAA
AGGCTCCAATATATACAAGTTATCCAAGAATTGGAAACTGAATGGTGAGGGTCTAGAAGG
TCTGAGCTACACCGAGCTGGCTTCACTTGAAAGTATGTTAAAGGAGGGCTTCCGCATTGT
GGATGAACAAACAGATAAGGCACAGCAGGAGTTATTACTCAGCGAGATTGTTGATTGCGA
TGTTATGGGAAAGGAATGGCTTGACGAAAAAGAGAAAGAGGATTCGGCTTACCAATCGCT
TCTGGCAAGGAGAAGAACAGCTTTGAGGAACAAGGCTCGAGAACTCCGCCTCAGTCCTCC
TCAAGACAGCCCTCCTCATAGCTATGACCCTGAAACACTGATGTTAACCATCGAATCTTT
GAAGATCGAGAAGGAGAGATTACGGCTTTTGAACCAGAGAATGATTGGTAAAGAGCTTGA
CGGTATGGGATACTTGGAGCTGTTGGTGTTTGGCTGTGCGATACAGGGTGGTATGTTGAA
AGCCGAAGAAGAGAAAAATAAGATAAAACGTGCAAGGCAGGTTCTTGGGGGCACATGAAG
AAAATATTGAATAAGACTCTTGTGACTATGTATTGTACTTAGATAATTATATGTTGTTGG
TTCTGGCTTTTTGTGTGTTAATAATCTGTCTCTCTGGTGATAATTATATGATCAAACTTA
AAAGACTTATGGTTTGCTGGATTCTAATATGTTAGGCTATATGTGCAAAAGATCAAATAT
ATTCAAAATAAAACTGTAAACGGATTCATAGTATT

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL7424Contig1 763 2 2 U
GGTATCAATTAACGAACAGGGGAAAGTTGTTAATCTATTCCAGACTGCTAGCGAGTTTCT
ACCAATGATCGATAAGGTGCTTTGTTCGCTTGTGGAGAGTACAAAGGATATCAAAGGAGT
CAAAGTAGAAGACAACAGGTTCTGCATCTCTGTGCATTACCTAATGTAGAAGATAAGAAC
TGGAAATTGGTTGCACAATGCGTTGATGATGTCATTAAACCGTATCCAAAGTTACGGCTA
ACACATGGCCGGAAGGTTTTAGAGATCCGTCCTGTTATAGACTGGGACAAAGGGAAAGCT
CTGACATTTCTTTGAATCTCTCGGCCTAAACAACTGTGACTATGTTCTTCCAATCTATGT
CGGGGATGATCGAACCGATGAAGATGCATTTAAGGTCTTACGAGATGGACCAAACTACGG
TTATGGTGTATTAGTTTCTGCTATGCCTAAAGTCAGCAATGCCTTTTACTCTCTTCGTGA
CCCATCTGAGGTGATGGAGTTTCTGAAAGCATTGGTGACATGGAAGAGATCATTGGGTTA
GTAAAAGAAAATGGCTGACCTTATATATATATTATATATATGGAAGTTAGAAGATCATTG
TTATACAGAGACAATGGAGAAAGAGATGATGCAGAAGTAAAGCATTTAGTTTTTGTTTCT
TTGGTTTTTTATTTTTTAAGTTGTTTAAATACAGTTGAGATTACTATTTACCGGGTGGGT
GCAAGAGATCGAAGGGTTAAAATATGCCAGAGATCGTTTTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BH96TF U 1
AF RR1BH96JQ C 68
BS 1 166 RR1BH96TF
BS 167 763 RR1BH96JQ

RD RR1BH96TF 166 0 0
GGTATCAATTAACGAACAGGGGAAAGTTGTTAATCTATTCCAGACTGCTAGCGAGTTTCT
ACCAATGATCGATAAGGTGCTTTGTTCGCTTGTGGAGAGTACAAAGGATATCAAAGGAGT
CAAAGTAGAAGACAACAGGTTCTGCATCTCTGTGCATTACCTAATG

QA 1 166 1 166
DS 

RD RR1BH96JQ 696 0 0
ATCGATAAGGTGCTTTGTTCGCTTGTGGAGAGTACAAAGGATATCAAAGGAGTCAAAGTA
GAAGACAACAGGTTCTGCATCTCTGTGCATTACCTAATGTAGAAGATAAGAACTGGAAAT
TGGTTGCACAATGCGTTGATGATGTCATTAAACCGTATCCAAAGTTACGGCTAACACATG
GCCGGAAGGTTTTAGAGATCCGTCCTGTTATAGACTGGGACAAAGGGAAAGCTCTGACAT
TTCTTTGAATCTCTCGGCCTAAACAACTGTGACTATGTTCTTCCAATCTATGTCGGGGAT
GATCGAACCGATGAAGATGCATTTAAGGTCTTACGAGATGGACCAAACTACGGTTATGGT
GTATTAGTTTCTGCTATGCCTAAAGTCAGCAATGCCTTTTACTCTCTTCGTGACCCATCT
GAGGTGATGGAGTTTCTGAAAGCATTGGTGACATGGAAGAGATCATTGGGTTAGTAAAAG
AAAATGGCTGACCTTATATATATATTATATATATGGAAGTTAGAAGATCATTGTTATACA
GAGACAATGGAGAAAGAGATGATGCAGAAGTAAAGCATTTAGTTTTTGTTTCTTTGGTTT
TTTATTTTTTAAGTTGTTTAAATACAGTTGAGATTACTATTTACCGGGTGGGTGCAAGAG
ATCGAAGGGTTAAAATATGCCAGAGATCGTTTTCCC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL7425Contig1 756 2 2 U
CAGTTTGATCACATACACTCTCTGCATAGAACATATATACGTTTATATGTAAAGGCACCC
AAAAAGACAAAAACTCTTTTAATTTTTCATAGCTCGAAACGTACAACAGTTTTTGATTCC
GGGGGGGACCACATAGTTACTACGTACTATCATCAATCACTGGTGGTAAGTGCCATTCTT
TCTTTCTGAGCTTCTGATGGCAGCTTAACATCGGTTGCTAAGCCAATGGCTTGGAGGAAT
CTAACGACGTACCAAGTCATATCAAATTGCCACCATTCAAGTCCATGTCGAGCAGAGAAC
TCGAAAGCATGGTGATTGTTGTGCCATCCTTCTCCAAATGCTAGAGCTGCTACCCACCAG
TTGTTCTTAGACAAATCTCCAGTGTTCCATGCTTGGTTTCCCCAAACGTGACAAGCTGAG
TTTACAAGCCACGTTATGTGATATACCCATACTATTCTTACACCCATTCCCCAAACGATG
AAGGGGAAGCCACCCATTGCGTAAAGAGCCACCGCCAGAGCCACCGGATGCCAAATGTAA
GTGTTTTTAAGGAACTGATAGAAGGGCTGCTTCTCCAAGTCCCCGACATTATTAGGCTCT
TCAACCCTTTGCGTGATAGTATTGGTATCAAACATCCAATTCATGTGACTAAACCAAAAC
CCTTCAAGCGGACTATGAGGATCCTTGTCTGAATCACAAACCTGATGATGGTACCTATGC
GTACTCACCCAATCAATAGGGTGCCCCTGAAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C971TF C 1
AF RR1C971JQ U 49
BS 1 48 RR1C971TF
BS 49 756 RR1C971JQ

RD RR1C971TF 756 0 0
CAGTTTGATCACATACACTCTCTGCATAGAACATATATACGTTTATATGTAAAGGCACCC
AAAAAGACAAAAACTCTTTTAATTTT*CATAGCTCGAAACGTACAACAGTTTTTGATTCC
GGTGGTGACCACATAGTTACTACGTACTATCATCAATCACTGGTGGTAAGTGCCATTCTT
TCTTTCTGAGCTTCTGATGGCAGCTTAACATCGGTTGCTAAGCCAATGGCTTGGAGGAAT
CTAACGACGTACCAAGTCATATCAAATTGCCACCATTCAAGTCCATGTCGAGCAGAGAAC
TCGAAAGCATGGTGATTGTTGTGCCATCCTTCTCCAAATGCTAGAGCTGCTACCCACCAG
TTGTTCTTAGACAAATCTCCAGTGTTCCATGCTTGGTTTCCCCAAACGTGACAAGCTGAG
TTTACAAGCCACGTTATGTGATATACCCATACTATTCTTACACCCATTCCCCAAACGATG
AAGGGGAAGCCACCCATTGCGTAAAGAGCCACCGCCAGAGCCACCGGATGCCAAATGTAA
GTGTTTTTAAGGAACTGATAGAAGGGCTGCTTCTCCAAGTCCCCGACATTATTAGGCTCT
TCAACCCTTTGCGTGATAGTATTGGTATCAAACATCCAATTCATGTGACTAAACCAAAAC
CCTTCAAGCGGACTATGAGGATCCTTGTCTGAATCACAAACCTGATGATGGTACCTATGC
GTACTCACCCAATCAATAGGGTGCCCCTGAAGAGCC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1C971JQ 708 0 0
GTAAAGGCACCCAAAAAGACAAAAACTCTTTTAATTTTTCATAGCTCGAAACGTACAACA
GTTTTTGATTCCGGGGGGGACCACATAGTTACTACGTACTATCATCAATCACTGGTGGTA
AGTGCCATTCTTTCTTTCTGAGCTTCTGATGGCAGCTTAACATCGGTTGCTAAGCCAATG
GCTTGGAGGAATCTAACGACGTACCAAGTCATATCAAATTGCCACCATTCAAGTCCATGT
CGAGCAGAGAACTCGAAAGCATGGTGATTGTTGTGCCATCCTTCTCCAAATGCTAGAGCT
GCTACCCACCAGTTGTTCTTAGACAAATCTCCAGTGTTCCATGCTTGGTTTCCCCAAACG
TGACAAGCTGAGTTTACAAGCCACGTTATGTGATATACCCATACTATTCTTACACCCATT
CCCCAAACGATGAAGGGGAAGCCACCCATTGCGTAAAGAGCCACCGCCAGAGCCACCGGA
TGCCAAATGTAAGTGTTTTTAAGGAACTGATAGAAGGGCTGCTTCTCCAAGTCCCCGACA
TTATTAGGCTCTTCAACCCTTTGCGTGATAGTATTGGTATCAAACATCCAATTCATGTGA
CTAAACCAAAACCCTTCAAGCGGACTATGAGGATCCTTGTCTGAATCACAAACCTGATGA
TGGTACCTATGCGTACTCACCCAATCAATAGGGTGCCCCTGAAGAGCC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL7426Contig1 1404 2 2 U
GGACCACCAAAAACCAGCAATGGAAGCTAGACTCTCGGAGAGTCTCGGCCTCCCGTCTCC
TCCGAATCTCAACCACTACCACCTCACCAACGATTTCAACTCCCTCGTCACTTACTTCTC
CGATCGCACCTCCTCCGCTCAACTCCCCGCCGCCGCCAGAAAAACCAAAATCAAATCCTC
GAGAAAGCCATCTCCTCCGTTCGCGTCCGCCTCGGTCTCCGATTCCGATTCCAAACCAGG
CTTCCTGAAATGGATGAAGCCTGCTTCCCGAAGCAGCCCGAAGATCCAGACGCTGATGAA
GCACCTCTCCGTCTTCGAGCGCGCCTTAATCGGCGCGGGAGGCGGCGGAATCGCCGGCGC
CTTCACCTACGTCTGCCTCCTCCCGCTTGACACGATCAAAACGAAGCTCCAGGCCAAAGG
CGCGTCGCAATTGTACAGCAGCAGCTTCGACGCGATAGTGAAGACTTTTCAAGAGAGAGG
GATTCTAGGTTTCTACAGCGGCGTATCGGCCGTGATCGTGGGGTCCACGTTCTCCTCCGC
GGTGTATTTCAGCACGTGCGAGTTCGGTAAGTCACTCCTAGGTAAGTTCCCGGAGTTTCC
TTCGGTTCTCATCCCTCCCACGGCTGGCGCCATGGGGAACATAATCTCGTCGGCGATAAT
GGTTCCCAAGGAGCTTATCACGCAGAGGATGCAGGTCGGAGCTAGCGGGAGGAGGTCGTA
CCAAGTTCTGCTTGAGATTCTTGAGAAAGATGGGATCTTGGGGCTTTACGCTGGCTACTC
CGCCACGTTGCTGAGGAACTTACCGGCGGGTGTGCTGAGTTACTCGTCGTTCGAGTATCT
TAAAGCTGCGGTATTGGAGAAGACGCAGCAGAACAATCTCGAGCCTCTGCAGAGCGTTTG
CTGTGGGGCGTTAGCTGGTGCGATATCGGCTTCCATAACGACGCCGTTGGATGTGGTGAA
GACGAGGCTGATGACGCAGGTTCATGTGGAGGCGGCTAATAAACTTGGCGCTGCTGTGTA
TTCGGGTGTGGCTGGGACGGTGAGGCAGATACTGAAAGAGGAAGGGTTGGTGGGTTTTAC
TCGAGGTATGGGGCCAAGAGTTGTTCATAACGCTTGCTTCTCGGCTATAGGGTACTTTGC
GTTTGAGACTGCGAGGTTGACGATCTTGAATGAGTATTTGAAGAGGAAGCAGGATTCAGA
AGCAGCTACCGTTGATGCTTGATTCTTTTTGAGAGACTCAAATTAGCATTCTGAGTTCTA
GCTTGTTTTTTCAGACAAGGTTTGTCTTAGAGCTGAGTTGTTCTGAAATTGAGTTGCTGT
TTTAATTGGTTTAACTTATTGTTGGAGTATTTTGTAGTTGCTGCATTTTCATCCAATCTT
AAACCAATTTGTGTGTTTGATTCG


BQ
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AF RR1CI24TF U 1
AF RR1CI24JQ C 641
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BS 693 1404 RR1CI24JQ

RD RR1CI24TF 692 0 0
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TCCGAATCTCAACCACTACCACCTCACCAACGATTTCAACTCCCTCGTCACTTACTTCTC
CGATCGCACCTCCTCCGCTCAACTCCCCGCCGCCGCCAGAAAAACCAAAATCAAATCCTC
GAGAAAGCCATCTCCTCCGTTCGCGTCCGCCTCGGTCTCCGATTCCGATTCCAAACCAGG
CTTCCTGAAATGGATGAAGCCTGCTTCCCGAAGCAGCCCGAAGATCCAGACGCTGATGAA
GCACCTCTCCGTCTTCGAGCGCGCCTTAATCGGCGCGGGAGGCGGCGGAATCGCCGGCGC
CTTCACCTACGTCTGCCTCCTCCCGCTTGACACGATCAAAACGAAGCTCCAGGCCAAAGG
CGCGTCGCAATTGTACAGCAGCAGCTTCGACGCGATAGTGAAGACTTTTCAAGAGAGAGG
GATTCTAGGTTTCTACAGCGGCGTATCGGCCGTGATCGTGGGGTCCACGTTCTCCTCCGC
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TTCGGTTCTCATCCCTCCCACGGCTGGCGCCATGGGGAACATAATCTCGTCGGCGATAAT
GGTTCCCAAGGAGCTTATCACGCAGAGGATGC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1CI24JQ 764 0 0
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GGGCTTTACGCTGGCTACTCCGCCACGTTGCTGAGGAACTTACCGGCGGGTGTGCTGAGT
TACTCGTCGTTCGAGTATCTTAAAGCTGCGGTATTGGAGAAGACGCAGCAGAACAATCTC
GAGCCTCTGCAGAGCGTTTGCTGTGGGGCGTTAGCTGGTGCGATATCGGCTTCCATAACG
ACGCCGTTGGATGTGGTGAAGACGAGGCTGATGACGCAGGTTCATGTGGAGGCGGCTAAT
AAACTTGGCGCTGCTGTGTATTCGGGTGTGGCTGGGACGGTGAGGCAGATACTGAAAGAG
GAAGGGTTGGTGGGTTTTACTCGAGGTATGGGGCCAAGAGTTGTTCATAACGCTTGCTTC
TCGGCTATAGGGTACTTTGCGTTTGAGACTGCGAGGTTGACGATCTTGAATGAGTATTTG
AAGAGGAAGCAGGATTCAGAAGCAGCTACCGTTGATGCTTGATTCTTTTTGAGAGACTCA
AATTAGCATTCTGAGTTCTAGCTTGTTTTTTCAGACAAGGTTTGTCTTAGAGCTGAGTTG
TTCTGAAATTGAGTTGCTGTTTTAATTGGTTTAACTTATTGTTGGAGTATTTTGTAGTTG
CTGCATTTTCATCCAATCTTAAACCAATTTGTGTGTTTGATTCG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

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TTAAGCGTAACCTCCACAAACTTTTCTTTTTATTTCTCATTGTTCTAAAAAGAACTCGTC
GATCACAAAATGCCGGGAAATTATCACAGCCGGGGATCCAACGTTGCAGTCATCATCTTC
ACGGTGACGATCACGTTGTTGACTTGTCCAATAATCATCAACGCTTCATCAGATTCTTCT
TCAGCCAACATGAGAAAGCTCGACGAGGTAGATCCCATAAAGTGTTCTCCAAGCTGCGTC
CAAAATCCTCCTCCGCCCTCTCCTCCACCACCGTCTCCACCGCCTCCCGCATGTCCTCCT
CCCCCGGCTCTTCCTCCACCGCCGAAGAAAGTCTCACCCAACTGTCCCCCGCCTCCGCCG
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GGTGCTGCCGCCGGAAAAAGCTTTACAGTGGTGAAGCTCGCCGGTCTAATGGGGTTCGGA
GTTCTGGGGTTGTTGATTCTTTAAGACATGATCGGAGAAACAAGAAATGGAAGATTTGTT
GGTATGTTCGTTCGGATACTTGTGATCAGTTTATTGAAGAACGTTACTGATCTTTGGTTA
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BQ
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AF RR1CP07TF U 1
AF RR1CP07JQ C 5
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BS 764 769 RR1CP07JQ

RD RR1CP07TF 768 0 0
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TTAAGCGTAACCTCCACAAACTTTTCTTTTTATTTCTCATTGTTCTAAAAAGAACTCGTC
GATCACAAAATGCCGGGAAATTATCACAGCCGGGGATCCAACGTTGCAGTCATCATCTTC
ACGGTGACGATCACGTTGTTGACTTGTCCAATAATCATCAACGCTTCATCAGATTCTTCT
TCAGCCAACATGAGAAAGCTCGACGAGGTAGATCCCATAAAGTGTTCTCCAAGCTGCGTC
CAAAATCCTCCTCCGCCCTCTCCTCCACCACCGTCTCCACCGCCTCCCGCATGTCCTCCT
CCCCCGGCTCTTCCTCCACCGCCGAAGAAAGTCTCACCCAACTGTCCCCCGCCTCCGCCG
GCTAATTTCTTGTACATAACGGGTCCGCCGGGAAATCTATACCCCGTTGATGAGCAGTTT
GGTGCTGCCGCCGGAAAAAGCTTTACAGTGGTGAAGCTCGCCGGTCTAATGGGGTTCGGA
GTTCTGGGGTTGTTGATTCTTTAAGACATGATCGGAGAAACAAGAAATGGAAGATTTGTT
GGTATGTTCGTTCGGATACTTGTGATCAGTTTATTGAAGAACGTTACTGATCTTTGGTTA
ATAATAAATTTTCTAGCTAGGATCATATTTGTTTCATCATATTTTCGTGTATCCAATTTT
CTAATGGGGTTTTAA*CACATTAATAAG*TGCGTAGACCAAAA
TTATG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1CP07JQ 765 0 0
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GCGTAACCTCCACAAACTTTTCTTTTTATTTCTCATTGTTCTAAAAAGAACTCGTCGATC
ACAAAATGCCGGGAAATTATCACAGCCGGGGATCCAACGTTGCAGTCATCATCTTCACGG
TGACGATCACGTTGTTGACTTGTCCAATAATCATCAACGCTTCATCAGATTCTTCTTCAG
CCAACATGAGAAAGCTCGACGAGGTAGATCCCATAAAGTGTTCTCCAAGCTGCGTCCAAA
ATCCTCCTCCGCCCTCTCCTCCACCACCGTCTCCACCGCCTCCCGCATGTCCTCCTCCCC
CGGCTCTTCCTCCACCGCCGAAGAAAGTCTCACCCAACTGTCCCCCGCCTCCGCCGGCTA
ATTTCTTGTACATAACGGGTCCGCCGGGAAATCTATACCCCGTTGATGAGCAGTTTGGTG
CTGCCGCCGGAAAAAGCTTTACAGTGGTGAAGCTCGCCGGTCTAATGGGGTTCGGAGTTC
TGGGGTTGTTGATTCTTTAAGACATGATCGGAGAAACAAGAAATGGAAGATTTGTTGGTA
TGTTCGTTCGGATACTTGTGATCAGTTTATTGAAGAACGTTACTGATCTTTGGTTAATAA
TAAATTTTCTAGCTAGGATCATATTTGTTTCATCATATTTTCGTGTATCCAATTTTCTAA
TGGGGTTTTAAACACATTAATAAGGTGCGTAGACCAAAAATTATG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7429Contig1 901 2 6 U
GGCTTCCGCAAAACGCTAATGGCCTTCGATTTCCGAATCGCAATGCAAAGAAACCATTTA
CCCAGAACTCGACCTTTCTCGTGTTGCTGCTTTCAGCTCATCGTCTCCTTTCGCTTCCAC
AAAATTTTCCAGTTCCAGGGCTAGAAGATGTCTTTGTTGGTTATCTATTTGGGAAGAAGA
AGGCAACAGAAGTAGCTCATGTTGTGTGGGAGCAGGTGATCCGAAAGGGAGATACGGTCG
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ATTCTGATGGTTGTGGCGGCTGTGTGTATGCAATGGACATTCAGAAAGATGCCGTTGAGA
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TTAACATGTGTCACAGTAAGATGGAAGAGATTGTTCCTGAAAACTCCTCTGTGAGGATGG
TTGCATTCAATCTGGGGTATCTTCCAGGTGGAAACAAGTCGGTAATCACTGTTTCGAATA
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TGGTGGTATACATTGGTCATCCTGGTGGAAGGGAAGAGTTAGAAGTGGTTGAAGCTTTTG
GGTCGGGTTTGCCGGTCAGTGATTGGGTCTGCTGCAAATTTCAAATGTTGAACCGGCCGT
TAGCACCTCTTCTTGTTTTCATGTTCAAGAGAGAGAAGTGATATTTTTTCAGATATATAC
AAAAGCGTTGTGGGCATCTACATCACCTTATTCACTTGCATGGTATGTTCTTATTAGTGT
TGTAACTTGTAACCTCAGAATCAGATTGTTTTTTTGTTAGTATACGAAGCTGCTTCCCCT
T


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR1BF15TF U 1
AF RR1BF15JQ C 2
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QA 1 745 1 745
DS 

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TTCTGATGGTTGTGGCGGCTGTGTGTATGCAATGGACATTCAGAAAGATGCCGTTGAGAG
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TAACATGTGTCACAGTAAGATGGAAGAGATTGTTCCTGAAAACTCCTCTGTGAGGATGGT
TGCATTCAATCTGGGGTATCTTCCAGGTGGAAACAAGTCGGTAATCACTGTTTCGAATAC
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QA 1 900 1 900
DS 



AS 1 2

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H976TF U 1
AF RR1H828TF U 1
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TTTTCCTTTTTAAAAAA

QA 1 317 1 317
DS 

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AATGGGGATGATGATGACATCATAAACAGTATTAATGGATTGGAGATTTTTCTCTTGCTG
TTTGTGTTTGGTCAGTGTCATCATAGTGGTGACATTTTATTAAATGAAAAAAGGAGGGTG
TGATTTGATTAATAAGGTTACTGTTTTTTCCTTCGTTGACAGGTCAGAAATAGAAGAAGA
TAAAAAAGGATACATGGCTGGATGATAAGAGCCTCATCTCCGGAGGAGTTTCGGAGTTTT
TTTTCCTTTTTAAAAAAGGATGTCAGTCTCTTTCCCTCGTCTTCCGAGGTGGTTGTGTGG
TGGAACTCTAAAGAGAGAGATAAGAAAGATCCAGAGGATCCTCCTCTTCACTCAAGAAGA
TATTTATAATAACAAGACTG

QA 1 440 1 440
DS 



AS 1 2

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AGAAGGGATTGGGAAATGACGAAGGTAATTATTTGGTTGTCTATTTCGGGTTTGGGTTTG
TTTCTAAGTTTACTAAATTATGTTTACTTTAAAACCACAAGACTATAAACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1HB88TF U 1
AF RR1HB88JQ C 240
BS 1 396 RR1HB88TF
BS 397 711 RR1HB88JQ

RD RR1HB88TF 396 0 0
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TCTTCTCTCCCTCCTCTTTTCGAAAAGATCTCATACAAAAGATATTTTCTGAGAGCTGTG
GATCTCACGATGCTCGGGCTTCTCTTTTCTCTTCTCTTGTACCGGATTCTACATATGAGC
CAAAACGACAACGTTTGGGTCTTAGCTTTCTTGTGTGAATCTTTTTTCACTTTCATATGG
CTGCTTGTCACTTGCATAAAATGGACCCCTGCTGAGTATAAACCATATCCAGATCGAGTT
GATGAAAGGGTTCATGAGCTTCCATCGGTAGATATGTTTGTTACCACGGCGGATCCCGTC
AAAGAGCCGCCGATTCTTGTTGTGAACACCGTGCTT

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR1HB88JQ 472 0 0
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TGATGAAAGGGTTCATGAGCTTCCATCGGTAGATATGTTTGTTACCACGGCGGATCCCGT
CAAAGAGCCGCCGATTCTTGTTGTGAACACCGTGCTTTCGCTGCTAGCTGTGAATTATCC
GGCGAATAAACTAGCATGTTATGTTTCAGACGATGGATGCTCACCTCTCACTTACTTCTC
TCTCAAGGAAGCTTCTAATTTCGCCAAGATTTGGGTTCCTTTCTGCAAAAAGTACAACGT
TAGAGTTAGAGCTCCTTTTACATATTTCTTGAATCCTCTGGATGCGGAGGATTCAGAATT
CAGAAGGGATTGGGAAATGACGAAGGTAATTATTTGGTTGTCTATTTCGGGTTTGGGTTT
GTTTCTAAGTTTACTAAATTATGTTTACTTTAAAACCACAAGACTATAAACT

QA 1 472 1 472
DS 



AS 1 2

CO CL7432Contig1 961 2 6 U
AACGACGTTGGGAATGTTTACATGATCACAAAGGCTAATCTCGTTACATATCGTGGACCC
ACGATGGTGGCTAATACTCTCCATGCATGTGCCATTCTCTTGAAGCAGAGTAAAGAATGG
GATTGGTTTATAAATCTCAGTGCCTCTGATTATCCTCTAGTGACTCAAGATGATCTTATT
CATACATTCGCTGGACTGGACCGGAACCTCAACTTCATCGACCACTCTAGCAAACTAGGC
TGGAAAGAAGAAAAAAGAGCAAAGCCTCTGATCATAGACCCGGGGCTGTACTCGACAAGG
AAGTCAGATGTCTACTGGGTCACACCTCGTAGAACCATGCCAACTGCATTCAAACTATTC
ACTGGTTCTGCTTGGATGGTCTTGTCACGGTCCTTCATAGAATATTGCATTTGGGGATGG
GACAACCTTCCACGTACCCTTCTAATGTATTACACCAACTTCCTCTCTACACCTGAAGGA
TACTTCCACACTGTGATATGCAACGCACCAGAGTATTCGAACACGGTGGTTAACCACGAC
CTGCATTACATCTCGTGGGACAAACCTCCCAAACAACATCCTCGGACGCTCAACATCATT
GACACGAAGAGGATGACTGCGAGTGGAGCTGCCTTCGCACGCAAGTTCAGACACGATGAT
CTTGCTTTGGACAAGATCGACATAGAGCTGCTCGGTAGAGGTAATGGGAACTTCACACCT
GGTGGTTGGTGTGCAGGCGAGCCGAAATGCTCCAGGGTTGGTGATCCGTCAAGGATCAAA
CCGGGTCCTGGAGCGAACCGGTTAAGTGCGCTTGTTAGAAGACTTGTTTGGGCATCTAAA
CTGACTCAAAGGCAATGTAGATAGGCTCAATGCACTTGCAGCTGAATGCTGTCCTTAGAA
GCCAAACAATGTGGAGATTTTCTCACTAATTTTGAAGCCAGAATAATATAGCAACTCACT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1BD45TF U 1
AF RR1BD45JQ C 205
BS 1 736 RR1BD45TF
BS 737 737 RR1BD45JQ
BS 738 790 RR1BD45TF
BS 791 791 RR1BD45JQ
BS 792 815 RR1BD45TF
BS 816 961 RR1BD45JQ

RD RR1BD45TF 815 0 0
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ACGATGGTGGCTAATACTCTCCATGCATGTGCCATTCTCTTGAAGCAGAGTAAAGAATGG
GATTGGTTTATAAATCTCAGTGCCTCTGATTATCCTCTAGTGACTCAAGATGATCTTATT
CATACATTCGCTGGACTGGACCGGAACCTCAACTTCATCGACCACTCTAGCAAACTAGGC
TGGAAAGAAGAAAAAAGAGCAAAGCCTCTGATCATAGACCCGGGGCTGTACTCGACAAGG
AAGTCAGATGTCTACTGGGTCACACCTCGTAGAACCATGCCAACTGCATTCAAACTATTC
ACTGGTTCTGCTTGGATGGTCTTGTCACGGTCCTTCATAGAATATTGCATTTGGGGATGG
GACAACCTTCCACGTACCCTTCTAATGTATTACACCAACTTCCTCTCTACACCTGAAGGA
TACTTCCACACTGTGATATGCAACGCACCAGAGTATTCGAACACGGTGGTTAACCACGAC
CTGCATTACATCTCGTGGGACAAACCTCCCAAACAACATCCTCGGACGCTCAACATCATT
GACACGAAGAGGATGACTGCGAGTGGAGCTGCCTTCGCACGCAAGTTCAGACACGATGAT
CTTGCTTTGGACAAGATCGACATAGAGCTGCTCGGTAGAGGTAATGGGAACTTCACACCT
GGTGGTTGGTGTGCAG*CGAGCCGAAATGCTCCAGGGTTGGTGATCCGTCAAGGATCAAA
CCGGGTCCTG*AGCGAACCGGTTAAGTGCGCTTGT

QA 1 815 1 815
DS 

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CCTCTGATCATAGACCCGGGGCTGTACTCGACAAGGAAGTCAGATGTCTACTGGGTCACA
CCTCGTAGAACCATGCCAACTGCATTCAAACTATTCACTGGTTCTGCTTGGATGGTCTTG
TCACGGTCCTTCATAGAATATTGCATTTGGGGATGGGACAACCTTCCACGTACCCTTCTA
ATGTATTACACCAACTTCCTCTCTACACCTGAAGGATACTTCCACACTGTGATATGCAAC
GCACCAGAGTATTCGAACACGGTGGTTAACCACGACCTGCATTACATCTCGTGGGACAAA
CCTCCCAAACAACATCCTCGGACGCTCAACATCATTGACACGAAGAGGATGACTGCGAGT
GGAGCTGCCTTCGCACGCAAGTTCAGACACGATGATCTTGCTTTGGACAAGATCGACATA
GAGCTGCTCGGTAGAGGTAATGGGAACTTCACACCTGGTGGTTGGTGTGCAGGCGAGCCG
AAATGCTCCAGGGTTGGTGATCCGTCAAGGATCAAACCGGGTCCTGGAGCGAACCGGTTA
AGTGCGCTTGTTAGAAGACTTGTTTGGGCATCTAAACTGACTCAAAGGCAATGTAGATAG
GCTCAATGCACTTGCAGCTGAATGCTGTCCTTAGAAGCCAAACAATGTGGAGATTTTCTC
ACTAATTTTGAAGCCAGAATAATATAGCAACTCACTT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL7433Contig1 1104 2 6 U
GGGAAGTAACCTCATAGCAAGCACACAAGAATCAAAAAGAAAGAAATCAGAGAAATGGCT
CGTTGATGAGGATGATATCTCTTCACTTCCCCACTCCCTCCCTCTCTCTTCTCACATCCC
ATTCCAATTCCAATTCCAGATTTTTCAAAAACTCTAATAATAATCCAATTCCTCGTCTCA
ACTTCACCAACCAATCTCAATCCGTTCCTCTCCCTCCTCTCACTTTCAAAGCAACACATT
CAAACCGTCGGAATCTGGGCTGCCACGGACTCAAAGATTCTAGCGAGACAGCGAAGTCCG
CCCCGCCGTTAGACTCCGGCGGCGGTAACGGCGAAGGAGGCGACGGCGGAGACAACGGTG
ATGACGAAGGCAGTGAAGTGGAGGTGGAGAAAAACAGACTGTTTCCGGGATGGCTTGATT
TCACTTCGGACGATGCCAAGACTGGGTTCTTGGCTATCACTGTGTCTTTGGCGTTTCGAT
ATTTTATTGCAGAACCAAGATACATTCCTTCCTTGTCCATGTATCCTACTTTTGATGTCG
GAGACAGATTAGTTGCAGAGAAGGTGAGTTATTATTTCAGGAAGCCTTGTGCAAACGACA
TTGTAATATTCAAAAGTCCACCGGTTCTTCAGGAAGTTGGCTACACTGATGCTGATGTTT
TCATTAAACGGATTGTTGCCAAAGAAGGCGACCTTGTGGAGGTTCATAATGGGAAACTGA
TGGTTAACGGTGTTCCTCGGAATGAAAGTTTCATCTTAGAGCCTCCTGGTTATGAAATGA
CACCTGTTCGGGTACCTGAGAACTCAGTTTTGTGATGGGTGACAACCGGAACAACAGTTA
TGATTCGCACGTGTGGGGACCTCTGCCTTTGAAGAATATTATAGGACGGTCAGTTTTTCG
GTATTGGCCACCAAACAGAGTAAGCGGGACAGTGCTAGAAGGTGGCTGTGCTGTAGACAT
ACAGCAATAGAGCATATTTGGAACATTTTGTTATTTAGCAGCATCTCTTCTTTTAAAACA
CTTGTGGTGCACATAGAAATGAAATCCATGTACCTTTTCTTGTGAAGGATAAAAGATTGA
ACACTTGGAATTAGATTGCAGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FM08TF U 1
AF RR1FM08JQ C 361
BS 1 687 RR1FM08TF
BS 688 688 RR1FM08JQ
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BS 705 716 RR1FM08TF
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RD RR1FM08TF 721 0 0
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CGTTGATGAGGATGATATCTCTTCACTTCCCCACTCCCTCCCTCTCTCTTCTCACATCCC
ATTCCAATTCCAATTCCAGATTTTTCAAAAACTCTAATAATAATCCAATTCCTCGTCTCA
ACTTCACCAACCAATCTCAATCCGTTCCTCTCCCTCCTCTCACTTTCAAAGCAACACATT
CAAACCGTCGGAATCTGGGCTGCCACGGACTCAAAGATTCTAGCGAGACAGCGAAGTCCG
CCCCGCCGTTAGACTCCGGCGGCGGTAACGGCGAAGGAGGCGACGGCGGAGACAACGGTG
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TCACTTCGGACGATGCCAAGACTGGGTTCTTGGCTATCACTGTGTCTTTGGCGTTTCGAT
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TCATTAAACGGATTGTTGCCAAAGAAG*CGACCTTGTGGAGGT*CATAATGGGAAA
TGTGT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1FM08JQ 744 0 0
ATGACGAAGGCAGTGAAGTGGAGGTGGAGAAAAACAGACTGTTTCCGGGATGGCTTGATT
TCACTTCGGACGATGCCAAGACTGGGTTCTTGGCTATCACTGTGTCTTTGGCGTTTGGAT
ATTTTATTGCAGAACCAAGATACATTCCTTCCTTGTCCATGTATCCTACTTTTGATGTCG
GAGACAGATTAGTTGCAGAGAAGGTGAGTTATTATTTCAGGAAGCCTTGTGCAAACGACA
TTGTAATATTCAAAAGTCCACCGGTTCTTCAGGAAGTTGGCTACACTGATGCTGATGTTT
TCATTAAACGGATTGTTGCCAAAGAAGGCGACCTTGTGGAGGTTCATAATGGGAAACTGA
TGGTTAACGGTGTTCCTCGGAATGAAAGTTTCATCTTAGAGCCTCCTGGTTATGAAATGA
CACCTGTTCGGGTACCTGAGAACTCAGTTTTGTGATGGGTGACAACCGGAACAACAGTTA
TGATTCGCACGTGTGGGGACCTCTGCCTTTGAAGAATATTATAGGACGGTCAGTTTTTCG
GTATTGGCCACCAAACAGAGTAAGCGGGACAGTGCTAGAAGGTGGCTGTGCTGTAGACAT
ACAGCAATAGAGCATATTTGGAACATTTTGTTATTTAGCAGCATCTCTTCTTTTAAAACA
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ACACTTGGAATTAGATTGCAGATT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL7434Contig1 779 2 4 U
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ATCATGTCATGGGACCATGATGGTTACTTTGCTCTGGTTACAGCTAACAACTACCAGAAA
CACCGTTATATTCTTTCACCGGGATGGAGAATGAGCTGGAGATGGGCCAAGAAAGAGGTC
ATCAGGAGCATGGTCGGCGCGAAAACCACAGAGCGAGGAGACTGTTCCATGTTCAAAAGA
AACATCCCTCGTTCCTGCCTTAGGAAACCAACAGTCGTCGATTTGCTCCCTGGTGCTCCT
TACACTCAGCAGATCGCTAATTGCTGCAGAGGTGGAATCTTGAAACCCGGTTCGGAAAGT
GAATTCCTGATATCCGTTGGTAGAGCTGGTAACTCGGTTAAGACTGTTCGGTTGCCGGCA
AACTTCGTGTTCGCGGCACCTAAACAGCAGTATGTATGTGGACCGGCTAAGAACGTTAGA
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BQ
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AF RR1FC28TF U 1
AF RR1FC28JQ C 2
BS 1 655 RR1FC28TF
BS 656 656 RR1FC28JQ
BS 657 730 RR1FC28TF
BS 731 779 RR1FC28JQ

RD RR1FC28TF 730 0 0
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TGTTTCACTTCTTCAGAAGCTCTCACCAGCAACAACGGAAACATCACAATCAAATGGGAT
ATCATGTCATGGGACCATGATGGTTACTTTGCTCTGGTTACAGCTAACAACTACCAGAAA
CACCGTTATATTCTTTCACCGGGATGGAGAATGAGCTGGAGATGGGCCAAGAAAGAGGTC
ATCAGGAGCATGGTCGGCGCGAAAACCACAGAGCGAGGAGACTGTTCCATGTTCAAAAGA
AACATCCCTCGTTCCTGCCTTAGGAAACCAACAGTCGTCGATTTGCTCCCTGGTGCTCCT
TACACTCAGCAGATCGCTAATTGCTGCAGAGGTGGAATCTTGAAACCCGGTTCGGAAAGT
GAATTCCTGATATCCGTTGGTAGAGCTGGTAACTCGGTTAAGACTGTTCGGTTGCCGGCA
AACTTCGTGTTCGCGGCACCTAAACAGCAGTATGTATGTGGACCGGCTAAGAACGTTAGA
CCGACAGTGTTTATGTCCCCTGACAAAGAGAGAAGCACTAGTGCCTTTATGACCTGGAAG
ATTGTATGCGTGTTCAACAAGGCATCATAAACAACGCAAAGTATCTAAAGGAAAA*GCTC
ATAAGCAGTTATATCTCTCCAGAATTTTCTGTTCTTCTATATTTTCTTGTATGGTTTTAA
TTTTAAGGGG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1FC28JQ 778 0 0
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GTTTCACTTCTTCAGAAGCTCTCACCAGCAACAACGGAAACATCACAATCAAATGGGATA
TCATGTCATGGGACCATGATGGTTACTTTGCTCTGGTTACAGCTAACAACTACCAGAAAC
ACCGTTATATTCTTTCACCGGGATGGAGAATGAGCTGGAGATGGGCCAAGAAAGAGGTCA
TCAGGAGCATGGTCGGCGCGAAAACCACAGAGCGAGGAGACTGTTCCATGTTCAAAAGAA
ACATCCCTCGTTCCTGCCTTAGGAAACCAACAGTCGTCGATTTGCTCCCTGGTGCTCCTT
ACACTCAGCAGATCGCTAATTGCTGCAGAGGTGGAATCTTGAAACCCGGTTCGGAAAGTG
AATTCCTGATATCCGTTGGTAGAGCTGGTAACTCGGTTAAGACTGTTCGGTTGCCGGCAA
ACTTCGTGTTCGCGGCACCTAAACAGCAGTATGTATGTGGACCGGCTAAGAACGTTAGAC
CGACAGTGTTTATGTCCCCTGACAAAGAGAGAAGCACTAGTGCCTTTATGACCTGGAAGA
TTGTATGCGTGTTCAACAAGGCATCATAAACAACGCAAAGTATCTAAAGGAAAAAGCTCA
TAAGCAGTTATATCTCTCCAGAATTTTCTGTTCTTCTATATTTTCTTGTATGGTTTTAAT
TTTAAGGGGGAACAAAATATAATATGATTGAATTTAGTCCATTCTAGATGGATTCCTT

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL7435Contig1 1277 2 2 U
GGAAATAAGCGTGATAGCAAACATGAGAGCAAACATGGTTCCCTGTTTGCCCTGGTTATT
GTAAAGCTTTCAAGAAAATTTATCTTTTATAAAATCTTATTTTATTTTTACATTACAAGA
AAGCAAACATGAAAGACAATACAAGCCGGTCTATTTCTTGTTCTTCGTTGAAACTATGTT
TGTTGTCCATTCTCTTTCTCACTGAGACAGTCGTCGCCATCAAGCTGCCGCCAAACTTGA
AGATTCCAGCGCTAATAGCTTTCGGAGACTCCATTGTTGATACTGGAAATAACAACAATG
TCCAAACCGTTGTTAAGTGCAATTTTCAACCTTACGGTATCAATTTTCAAGGCGGAGTTC
CCACCGGGAGATTCTGCGACGGACGAAATCCTGCCGATTTGCTAGCCGAGGAAGTAGGGA
TAAAATCAGTTGTACCTGCATATCTCGATCCAAATTTATCGCCTAAAGATCTTTTAACCG
GTGTATCATTCGCGTCGGGGGGTTCTGGTTATGATCCTATAACACCCAAACTCGTGGCAG
CAATATCATTACAAAAGCAGTTGGAATATTTTGAGGAGTACATAGAAAAATTGAAGAATT
TAGTTGGGGGAGAAAGAAAAGACTTCATATTAGCCAACAGCTTGTTCTTATTGGTGGCAG
GAAGCGACGACATCGCCAATACTTACTATGATCTTCATGCAAGACCTCACTATGACGTCG
ATTCGTACACTACTCTTATGGCCAACTCTGCCTCCGATTTTGTGAATAAACTATACGGAT
ATGGAGTGAGAAGATTAGCTGTGTTTGGTGCACCACCACTTGGCTGTATACCATCACAGA
GAACCTTAGGAGGAGGTCTTTTGAGAGAGTGTGCGGAGTATTACAATGATGCAGCAAAGC
TTTTTAATTTAAAGATCTCCACAAAATTGGATCACCTGCGTAAAACTTTACCGGGTATAA
AACCGGTCTACATTAATATCTATGACCCTCTTTATGATATCATCCAGAATCCTACAAAAT
ACGGATTTGGAGAGTCTAACAAAGGATGCTGTGGAACAGGAGCCATAGAAGTTGCTGTCC
TCTGCAATAGAATCACATCTTCAGTATGTTCCGACGTTTCTAGCCATGTATTTTGGGACA
GTTATCATCCCACAGAAAAAACTTACAAAGTTTTAGTCTCATTGTTGATTAACAAATTTG
TTAATCAGTTTCTCTGAATTAAAAACTATTTTCACTTCGTAATGATTGATTATATTTCAT
CATATTTTGTTTGTACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BH09TF U 1
AF RR1BH09JQ C 398
BS 1 845 RR1BH09TF
BS 846 1277 RR1BH09JQ

RD RR1BH09TF 845 0 0
GGAAATAAGCGTGATAGCAAACATGAGAGCAAACATGGTTCCCTGTTTGCCCTGGTTATT
GTAAAGCTTTCAAGAAAATTTATCTTTTATAAAATCTTATTTTATTTTTACATTACAAGA
AAGCAAACATGAAAGACAATACAAGCCGGTCTATTTCTTGTTCTTCGTTGAAACTATGTT
TGTTGTCCATTCTCTTTCTCACTGAGACAGTCGTCGCCATCAAGCTGCCGCCAAACTTGA
AGATTCCAGCGCTAATAGCTTTCGGAGACTCCATTGTTGATACTGGAAATAACAACAATG
TCCAAACCGTTGTTAAGTGCAATTTTCAACCTTACGGTATCAATTTTCAAGGCGGAGTTC
CCACCGGGAGATTCTGCGACGGACGAAATCCTGCCGATTTGCTAGCCGAGGAAGTAGGGA
TAAAATCAGTTGTACCTGCATATCTCGATCCAAATTTATCGCCTAAAGATCTTTTAACCG
GTGTATCATTCGCGTCGGGGGGTTCTGGTTATGATCCTATAACACCCAAACTCGTGGCAG
CAATATCATTACAAAAGCAGTTGGAATATTTTGAGGAGTACATAGAAAAATTGAAGAATT
TAGTTGGGGGAGAAAGAAAAGACTTCATATTAGCCAACAGCTTGTTCTTATTGGTGGCAG
GAAGCGACGACATCGCCAATACTTACTATGATCTTCATGCAAGACCTCACTATGACGTCG
ATTCGTACACTACTCTTATGGCCAACTCTGCCTCCGATTTTGTGAATAAACTATACGGAT
ATGGAGTGAGAAGATTAGCTGTGTTTGGTGCACCACCACTTGGCTGTATACCATCACAGA
GAACC

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR1BH09JQ 880 0 0
TTTGCTAGCCGAGGAAGTAGGGATAAAATCAGTTGTACCTGCATATCTCGATCCAAATTT
ATCGCCTAAAGATCTTTTAACCGGTGTATCATTCGCGTCGGGGGGTTCTGGTTATGATCC
TATAACACCCAAACTCGTGGCAGCAATATCATTACAAAAGCAGTTGGAATATTTTGAGGA
GTACATAGAAAAATTGAAGAATTTAGTTGGGGGAGAAAGAAAAGACTTCATATTAGCCAA
CAGCTTGTTCTTATTGGTGGCAGGAAGCGACGACATCGCCAATACTTACTATGATCTTCA
TGCAAGACCTCACTATGACGTCGATTCGTACACTACTCTTATGGCCAACTCTGCCTCCGA
TTTTGTGAATAAACTATACGGATATGGAGTGAGAAGATTAGCTGTGTTTGGTGCACCACC
ACTTGGCTGTATACCATCACAGAGAACCTTAGGAGGAGGTCTTTTGAGAGAGTGTGCGGA
GTATTACAATGATGCAGCAAAGCTTTTTAATTTAAAGATCTCCACAAAATTGGATCACCT
GCGTAAAACTTTACCGGGTATAAAACCGGTCTACATTAATATCTATGACCCTCTTTATGA
TATCATCCAGAATCCTACAAAATACGGATTTGGAGAGTCTAACAAAGGATGCTGTGGAAC
AGGAGCCATAGAAGTTGCTGTCCTCTGCAATAGAATCACATCTTCAGTATGTTCCGACGT
TTCTAGCCATGTATTTTGGGACAGTTATCATCCCACAGAAAAAACTTACAAAGTTTTAGT
CTCATTGTTGATTAACAAATTTGTTAATCAGTTTCTCTGAATTAAAAACTATTTTCACTT
CGTAATGATTGATTATATTTCATCATATTTTGTTTGTACT

QA 1 880 1 880
DS 



AS 1 2

CO CL7436Contig1 809 2 4 U
GGAACACTCATCTCTCTGATGAAGACCATGGAGCTTTTCTCTCTCTCATCCATCCTCCTT
CTCCTTGGGCTCTCCTTCACTAGTCCCGTTCTCTCCATCTCTGATCAGCCATTATTAATC
TCATCTGTTGTTCATGATGAAGAAGAAAGCTGCCCTTACACCGTGATTGTCACCACGAGC
TGTTTCTCTCCTGATTTGTCAAGGGATCAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGT
AACAAGGTGGTCGCACCGAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAA
TGTTCATCTGACACATTCCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTAC
ATCTACCGTTCCGGTCCCGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGT
TCCAAGTCCGTGAAATTCGATTTCAACAAAAACGTCCCTGAGAACACTTGGTACGGCCAC
AACTATTGCAACAACACCGGTTTGCCACCACCAGCACCACCCCATGCACCACCCCATCCA
CCACCATCTGCTGCCTCTGGACGTGGAGGTGGTGAGAGTTTGGTTGTTGCGTCTGCTGCG
ATTCTGATTGCGTTAGCGGCTATGGTGGTTTGAGTTTCTAGTTAAGAGTTGCTTTAATGA
CTAATAAGTATGGTGTAATGACTTTTGTTTTTGTTTGTAGTAGTTGGAGATCCTGGAGAC
CTTTGATTAGTTAATGTATCGAGTCATGAAGTACTAGTAATCAATATAAATGAAACATGC
ACTGGTGTTTTTGCATGTGATTTATAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1F981TF U 1
AF RR1F981JQ C 78
BS 1 791 RR1F981TF
BS 792 792 RR1F981JQ
BS 793 807 RR1F981TF
BS 808 809 RR1F981JQ

RD RR1F981TF 807 0 0
GGAACACTCATCTCTCTGATGAAGACCATGGAGCTTTTCTCTCTCTCATCCATCCTCCTT
CTCCTTGGGCTCTCCTTCACTAGTCCCGTTCTCTCCATCTCTGATCAGCCATTATTAATC
TCATCTGTTGTTCATGATGAAGAAGAAAGCTGCCCTTACACCGTGATTGTCACCACGAGC
TGTTTCTCTCCTGATTTGTCAAGGGATCAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGT
AACAAGGTGGTCGCACCGAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAA
TGTTCATCTGACACATTCCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTAC
ATCTACCGTTCCGGTCCCGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGT
TCCAAGTCCGTGAAATTCGATTTCAACAAAAACGTCCCTGAGAACACTTGGTACGGCCAC
AACTATTGCAACAACACCGGTTTGCCACCACCAGCACCACCCCATGCACCACCCCATCCA
CCACCATCTGCTGCCTCTGGACGTGGAGGTGGTGAGAGTTTGGTTGTTGCGTCTGCTGCG
ATTCTGATTGCGTTAGCGGCTATGGTGGTTTGAGTTTCTAGTTAAGAGTTGCTTTAATGA
CTAATAAGTATGGTGTAATGACTTTTGTTTTTGTTTGTAGTAGTTGGAGATCCTGGAGAC
CTTTGATTAGTTAATGTATCGAGTCATGAAGTACTAGTAATCAATATAAATGAAACATGC
ACTGGTGTTTT*GCATGTGATTTATAG

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR1F981JQ 732 0 0
CACTAGTCCCGTTCTCTCCATCTCTGATCAGCCATTATTAATCTCATCTGTTGTTCATGA
TGAAGAAGAAAGCTGCCCTTACACCGTGATTGTCACCACGAGCTGTTTCTCTCCTGATTT
GTCAAGGGATCAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGTAACAAGGTGGTCGCACC
GAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAATGTTCATCTGACACATT
CCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTACATCTACCGTTCCGGTCC
CGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGTTCCAAGTCCGTGAAATT
CGATTTCAACAAAAACGTCCCTGAGAACACTTGGTACGGCCACAACTATTGCAACAACAC
CGGTTTGCCACCACCAGCACCACCCCATGCACCACCCCATCCACCACCATCTGCTGCCTC
TGGACGTGGAGGTGGTGAGAGTTTGGTTGTTGCGTCTGCTGCGATTCTGATTGCGTTAGC
GGCTATGGTGGTTTGAGTTTCTAGTTAAGAGTTGCTTTAATGACTAATAAGTATGGTGTA
ATGACTTTTGTTTTTGTTTGTAGTAGTTGGAGATCCTGGAGACCTTTGATTAGTTAATGT
ATCGAGTCATGAAGTACTAGTAATCAATATAAATGAAACATGCACTGGTGTTTTTGCATG
TGATTTATAGTT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL7437Contig1 781 2 2 U
GCTTAATCGTAATTGCGCTTTGACTACCAAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTT
GTCAGCTGGCTTGGCATGTACTCTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTTCAATCCGATCAAGTT
TGGTTTCACATTCACTCTTGGAAATTTGATGGCACTTGGGAGGTCCGTATTGGATTTTTT
TTTTTAATTTAGCTTGTAACATTACAAGTCTCTGTGAACAAGTATTTTATCCATTTCAAC
TGTTTTACTCTCTCTACTCATAGATTTTAAGTTCCATGTCGTTTTTGTATGGCAGCACAG
CATTCCTTATAGGCCCACAGAGGCAGGTCTCGATGATGCTTGACCCAGCTCGCATCTACG
CTACTGCTTTGTATCTTGCCAGCATTATCATTGCCTTGTTTTGCGCTCTCTATGTTCGTA
ACAAGCTGCTGACGCTACTTGCTATCATTCTTGAGTTCTCTGGTCTAATATGGTATAGCT
TGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTCTCAAAGGTGTTCATGACTTGTTTCGACA
CCGAGTTTTGAGCACAGCTCCTATACCCATCAAGGATTTGTCGTCCCAAAACCAGTGTGC
TCTGTTCTAATGATCGGTCTGTGTTCAAAGCTGGACTTGTTTGATGCACGAAGAATGCTG
AAAGCTCTGATAGTCTTTGGTTTCTATTTTGCTTCTTAACATGAACTTCATGTCTTCACA
ACTCGCAGCACGGTTTATTGTATATTTTGCTGTGGAATATAACGTAAATTTTGTGCGGGG
C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR1FI38TF U 1
AF RR1FI38JQ C 1
BS 1 733 RR1FI38TF
BS 734 781 RR1FI38JQ

RD RR1FI38TF 733 0 0
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GTCAGCTGGCTTGGCATGTACTCTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTTCAATCCGATCAAGTT
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TCTGTTCTAATGATCGGTCTGTGTTCAAAGCTGGACTTGTTTGATGCACGAAGAATGCTG
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QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1FI38JQ 781 0 0
GCTTAATCGTAATTGCGCTTTGACTACCAAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTT
GTCAGCTGGCTTGGCATGTACTCTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTTCAATCCGATCAAGTT
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TTTTTAATTTAGCTTGTAACATTACAAGTCTCTGTGAACAAGTATTTTATCCATTTCAAC
TGTTTTACTCTCTCTACTCATAGATTTTAAGTTCCATGTCGTTTTTGTATGGCAGCACAG
CATTCCTTATAGGCCCACAGAGGCAGGTCTCGATGATGCTTGACCCAGCTCGCATCTACG
CTACTGCTTTGTATCTTGCCAGCATTATCATTGCCTTGTTTTGCGCTCTCTATGTTCGTA
ACAAGCTGCTGACGCTACTTGCTATCATTCTTGAGTTCTCTGGTCTAATATGGTATAGCT
TGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTCTCAAAGGTGTTCATGACTTGTTTCGACA
CCGAGTTTTGAGCACAGCTCCTATACCCATCAAGGATTTGTCGTCCCAAAACCAGTGTGC
TCTGTTCTAATGATCGGTCTGTGTTCAAAGCTGGACTTGTTTGATGCACGAAGAATGCTG
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C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL7438Contig1 853 2 4 U
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CCTGGTAAAGCCGTAGGTGTTTCAATCGGTGGCTCTGCTGCTGCTCCTGCCCAAGCTGAG
GCACCTGCAGTAGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGATCTGTTTGGTGATGAGACT
GAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTAAGAAGGACACCAAGAAGCCC
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GATGACCTCGTGTCCCCAGACAACCTCATTGAAGACTATCTCACCTCTGAACCTAACAAC
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CCCTTCCAAAAGATATTTTGTTTTGCTTTTGTTTCTTTTTGTGTTGTTTGCTTTGGGATG
TTTATTTTCTAGTTGCAAGACCTCTCATGTTGCAATGAAACATAAACTATCAATGCCTTA
GTATTCCTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AK92TF U 1
AF RR1AK92JQ C 101
BS 1 797 RR1AK92TF
BS 798 798 RR1AK92JQ
BS 799 839 RR1AK92TF
BS 840 853 RR1AK92JQ

RD RR1AK92TF 839 0 0
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AGTTTCCCTAATGCTAGCAAGTGGTACGACTGTGTTGCCTCCCACCTTGCTAAAAGTTTC
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GCACCTGCAGTAGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGATCTGTTTGGTGATGAGACT
GAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTAAGAAGGACACCAAGAAGCCC
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ATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGCCTGGTCTTCTATGGGGAGCT
TCAAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGGATCAAGAAGCTCACGATCATGCTCACAATCGTT
GATGACCTCGTGTCCCCAGACAACCTCATTGAAGACTATCTCACCTCTGAACCTAACAAC
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CCCTTCCAAAAGATATTTTGTTTTGCTTTTGTTTCTTTTTGTGTTGTTTGCTTTGGGATG
TTTATTTTCTAGTTGCA*GACCTCTCATGTTGCAATGAAACATAAACTATCAATGCCTT

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR1AK92JQ 753 0 0
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CCCACCTTGCTAAAAGTTTCCCTGGTAAAGCCGTAGGTGTTTCAATCGGTGGCTCTGCTG
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ATCTGTTTGGTGATGAGACTGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTA
AGAAGGACACCAAGAAGCCCAAAGAGAGTGGAAAGTCATCTGTGCTCATGGAAGTGAAAC
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CGATCATGCTCACAATCGTTGATGACCTCGTGTCCCCAGACAACCTCATTGAAGACTATC
TCACCTCTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATCGTCGCATTCAACAAGA
TCTAGAGACTTTAATCCTCTCCCTTCCAAAAGATATTTTGTTTTGCTTTTGTTTCTTTTT
GTGTTGTTTGCTTTGGGATGTTTATTTTCTAGTTGCAAGACCTCTCATGTTGCAATGAAA
CATAAACTATCAATGCCTTAGTATTCCTTTACC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7440Contig1 872 2 10 U
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GTTTGATTCTGCTCTGTTGATTTCAGATCTAAGATCTAGGAATGATTCTATGAGCTGCTC
AATTCTGTTTCGTCGGATTCGCATTGTACACTCCTTCTCCGTCGTTTACCTATACTACTC
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ATTATTATTATATTGTTTAAATTTTGGTGAACAAAAAAAAAGTCAATGGGGTCGTTGCAA
AGACAGACAAGTCCTGATTCCGACAATGATCCGAGGTACGCTTCGGTGACGGATGAGAGG
AAGAGGAAGAGAATGATCTCCAACAGAGAATCCGCACGGAGATCGAGGATGAGGAAACAG
AAGCAACTCGGCGATCTCATCAACGAGGTCACTGTTCTCAAGAGCGATAACGCCAAGATC
TCCGATCAGGTTGATGCGGCCACGAGGAAGTACGCCGAAATGGAGTCCAAGAACGACGTT
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ATGGTTGAAGAGATTAGTGGTCAGGCTTTGGATATTCCCGAGATTAACCCTTGGCAGGTT
TCTTGTCCGATGTAGCCGATTAGGGCTTCTGCTGATATGTTCGAGTTCTGAGGATTTTGG
AAAACGTGTCCTGGTCGGTTTACTCATTTGTCTTGTTGGTTCGAGTTTTGTTGCAACTAG
AGTCATTGGTGTGTTTGTCTCATCTTTATATT


BQ
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AF RR1CY91TF U 1
AF RR1BN81TF U 177
BS 1 270 RR1CY91TF
BS 271 271 RR1BN81TF
BS 272 382 RR1CY91TF
BS 383 383 RR1BN81TF
BS 384 549 RR1CY91TF
BS 550 550 RR1BN81TF
BS 551 566 RR1CY91TF
BS 567 567 RR1BN81TF
BS 568 608 RR1CY91TF
BS 609 872 RR1BN81TF

RD RR1CY91TF 608 0 0
CTCGATCAGCTAAGCTTTGATCAATCCTCTTTCTCGCTTTTCAAAATCATCTCCTCCTTC
GTTTGATTCTGCTCTGTTGATTTCAGATCTAAGATCTAGGAATGATTCTATGAGCTGCTC
AATTCTGTTTCGTCGGATTCGCATTGTACACTCCTTCTCCGTCGTTTACCTATACTACTC
TTACGTTTTCTCATGAACTACTAATCCTCTCCGATCTGATTTTGCTTTAGCTCTTCTCGA
ATAAATTTTCGTTGGATATAACTGATTCTTTGATAGATTAGAGGAATCTAGAAGAAATAT
ATTATTATTATATTGTTTAAATTTTGGTGAACAAAAAAAAAGTCAATGGGGTCGTTGCAA
AGACAGACAAGTCCTGATTCCGGCAATGATCCGAGGTACGCTTCGGTGACGGATGAGAGG
AAGAGGAAGAGAATGATCTCCAACAGAGAATCCGCACGGAGATCGAGGATGAGGAAACAG
AAGCAACTCGGCGATCTCATCAACGAGGTCACTGTTCTCAAGAGCGATAACGCCAAGATC
TCCGATCAG*TTGATGCGGCCACGAG*AAGTACGCCGAAATGGAGTCCAAGAACGACGTT
CTGAGAGC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1BN81TF 696 0 0
G
CTCTTACGTTTTCTCATGAACTACTAATCCTCTCCGATCTGATTTTGCTTTAGCTCTTCT
CGAATAAATTTTCGTTGGATATAACTGATTCTTCGATAGATTAGAGGAATCTAGAAGAAA
TATATTATTATTATATTGTTTAAATTTTGGTGAACAAAAAAAAAGTCAATGGGGTCGTTG
CAAAGACAGACAAGTCCTGATTCCGACAATGATCCGAGGTACGCTTCGGTGACGGATGAG
AGGAAGAGGAAGAGAATGATCTCCAACAGAGAATCCGCACGGAGATCGAGGATGAGGAAA
CAGAAGCAACTCGGCGATCTCATCAACGAGGTCACTGTTCTCAAGAGCGATAACGCCAAG
ATCTCCGATCAGGTTGATGCGGCCACGAGGAAGTACGCCGAAATGGAGTCCAAGAACGAC
GTTCTGAGAGCGCAGGCCTCGGAGTTGACGGAGAGGTTGAGGTCGTTGAACTCTGTGCTC
GAGATGGTTGAAGAGATTAGTGGTCAGGCTTTGGATATTCCCGAGATTAACCCTTGGCAG
GTTTCTTGTCCGATGTAGCCGATTAGGGCTTCTGCTGATATGTTCGAGTTCTGAGGATTT
TGGAAAACGTGTCCTGGTCGGTTTACTCATTTGTCTTGTTGGTTCGAGTTTTGTTGCAAC
TAGAGTCATTGGTGTGTTTGTCTCATCTTTATATT

QA 2 696 2 696
DS 



AS 1 2

CO CL7441Contig1 684 2 3 U
TAGTTTTAACTCAGCTTATTGTCCGGTCCAGTCTATTAGATCAGAGCGAGGAACACATAT
CTTCGACAGTTGTTCTTCAGCTACTGTATCATTAACAACACCTCGACACACGGGAAAGCC
ACATGAACATGAAAGCCGCTCATCGACTGAAAAGAACCTGTAGTCATAGGTAAGCTCTTC
CCATTTAGCTATATCTCTCTTTGCGAAAATGATAATGTGTTCATCTCCATTAACAGTGAT
GACTCTCGAGTAGCAATTTGGCACACAGGAGTGATTAATCAGGTGGGCAATGCTTCCTGC
CCTTGTAACATCTATGACTCGCTCATCATCAATTCTAAACATATAAGTACCCGCACCCAC
CATTGAATTGTAGATAAGACGTTCTCTTTTGTCAGCTATTGAAGGCCTAACAAGTTCTCC
GGTGTATTCAATCACCATATCTCCAGCCCTGTGCGGAAGCTTTCCAAATGTGCCAAAACC
ATGAATTCCTGATTTCCCAAATGTTAATCTCTTCTTGTATGTTTCCTTCATGTATCTATA
TTTCTCAGCCATCGAGAGGATGCTGGTTGGTGTATTCATCTGTGACACCTTTGATCCGTG
AATGCACTCATAGGTTGAAACCTCATTTCGAGAGTAACCACCGATAAGATATGGCTGATT
CTCAACAAATAACCGCTTTGAAGC


BQ
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AF RR1G895JQ U 46
AF RR1G895TF C 1
BS 1 45 RR1G895TF
BS 46 362 RR1G895JQ
BS 363 684 RR1G895TF

RD RR1G895JQ 317 0 0
GCGAGGAACACATATCTTCGACAGTTGTTCTTCAGCTACTGTATCATTAACAACACCTCG
ACACACGGGAAAGCCACATGAACATGAAAGCCGCTCATCGACTGAAAAGAACCTGTAGTC
ATAGGTAAGCTCTTCCCATTTAGCTATATCTCTCTTTGCGAAAATGATAATGTGTTCATC
TCCATTAACAGTGATGACTCTCGAGTAGCAATTTGGCACACAGGAGTGATTAATCAGGTG
GGCAATGCTTCCTGCCCTTGTAACATCTATGACTCGCTCATCATCAATTCTAAACATATA
AGTACCCGCACCCACCA

QA 1 317 1 317
DS 

RD RR1G895TF 684 0 0
TAGTTTTAACTCAGCTTATTGTCCGGTCCAGTCTATTAGATCAGAGCGAGGAACACATAT
CTTCGACAGTTGTTCTTCAGCTACTGTATCATTAACAACACCTCGACACACGGGAAAGCC
ACATGAACATGAAAGCCGCTCATCGACTGAAAAGAACCTGTAGTCATAGGTAAGCTCTTC
CCATTTAGCTATATCTCTCTTTGCGAAAATGATAATGTGTTCATCTCCATTAACAGTGAT
GACTCTCGAGTAGCAATTTGGCACACAGGAGTGATTAATCAGGTGGGCAATGCTTCCTGC
CCTTGTAACATCTATGACTCGCTCATCATCAATTCTAAACATATAAGTACCCGCACCCAC
CATTGAATTGTAGATAAGACGTTCTCTTTTGTCAGCTATTGAAGGCCTAACAAGTTCTCC
GGTGTATTCAATCACCATATCTCCAGCCCTGTGCGGAAGCTTTCCAAATGTGCCAAAACC
ATGAATTCCTGATTTCCCAAATGTTAATCTCTTCTTGTATGTTTCCTTCATGTATCTATA
TTTCTCAGCCATCGAGAGGATGCTGGTTGGTGTATTCATCTGTGACACCTTTGATCCGTG
AATGCACTCATAGGTTGAAACCTCATTTCGAGAGTAACCACCGATAAGATATGGCTGATT
CTCAACAAATAACCGCTTTGAAGC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL7442Contig1 788 2 3 U
TAGGTCTGATACAAGCTTATACGTAAAATTAAAAACACTAGGAATGTACAATTGGTTAGA
GGATATATGGGATATGGCCAGAAAATTACATGGCAAAAAAATGAAGTAAAACCGAAACGT
GCAAAAGCTGCGTTACCATTTTGGTAATATGACAAAACCTTACTTGCCAACCAAATAAAC
CAAATGTATTGAATGTGTACTCTCATAGTTCCACGACATAGCCCCAAGAGAAGCCCCATA
AACCCAAAACGGTGGAATTATTCTTCTCTTTCCCTCGACCAAGCCGCAACCAAAAATGAT
TAAACTATTTTTCATCACGGTTAGTTTGTGACATAGCCCATGGCAAACACGCAGACACAT
CATAATATGCACATATTTATGTATATATATTCATTAGTTGGTATGGAACGTTTATTTAGA
TAGAGTTGATGTTGGACAGTCCTGACTAGATGGTGTCTTCGTGAGACTCGTCGAGGGGGA
AACACGTCTCATCACCGCCGGTGTTCCACAAGAAATTAGCGTAATTAGCGGCGTAGAAAG
AGTTGGTGGGATCGGCATCGATTGCTTCCAAGAAAGTCTCCTCGGCCGCCCAAAGATCGT
CTCGTGCTCTCCATAAGAACGTGGCGTATTTACTCAGCGCCTCTGCGTCTTTGGGTTCCA
CTCCTACTGCTCTCTTGAAGTACTCCTCTGCTCTGTCGTAATCATCGGAGACGATGTAGA
GGAACTGAGCATAGTTAGCGAGAAGCAGAGGATTATCAGGCTCTTGAGACAGTCCTGTTT
GGTAGTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B347JQ U 2
AF RR1B347TF C 1
BS 1 1 RR1B347TF
BS 2 224 RR1B347JQ
BS 225 788 RR1B347TF

RD RR1B347JQ 223 0 0
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CAAAAGCTGCGTTACCATTTTGGTAATATGACAAAACCTTACTTGCCAACCAAATAAACC
AAATGTATTGAATGTGTACTCTCATAGTTCCACGACATAGCCC

QA 1 223 1 223
DS 

RD RR1B347TF 788 0 0
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GGATATATGGGATATGGCCAGAGAATTACATGGCAAAGAAATGAAGTAGAACCGAAACGT
GCAAAAGCTGCGTTACCATTTTGGTAATATGACAAAACCTTACTTGCCAACCAAATAAAC
CAAATGTATTGAATGTGTACTCTCATAGTTCCACGACATAGCCCCAAGAGAAGCCCCATA
AACCCAAAACGGTGGAATTATTCTTCTCTTTCCCTCGACCAAGCCGCAACCAAAAATGAT
TAAACTATTTTTCATCACGGTTAGTTTGTGACATAGCCCATGGCAAACACGCAGACACAT
CATAATATGCACATATTTATGTATATATATTCATTAGTTGGTATGGAACGTTTATTTAGA
TAGAGTTGATGTTGGACAGTCCTGACTAGATGGTGTCTTCGTGAGACTCGTCGAGGGGGA
AACACGTCTCATCACCGCCGGTGTTCCACAAGAAATTAGCGTAATTAGCGGCGTAGAAAG
AGTTGGTGGGATCGGCATCGATTGCTTCCAAGAAAGTCTCCTCGGCCGCCCAAAGATCGT
CTCGTGCTCTCCATAAGAACGTGGCGTATTTACTCAGCGCCTCTGCGTCTTTGGGTTCCA
CTCCTACTGCTCTCTTGAAGTACTCCTCTGCTCTGTCGTAATCATCGGAGACGATGTAGA
GGAACTGAGCATAGTTAGCGAGAAGCAGAGGATTATCAGGCTCTTGAGACAGTCCTGTTT
GGTAGTGC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL7443Contig1 809 2 4 U
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AGTGGTAGCCCAAGTTATGGACAGAGAAGCAACAGTTCAAGCAGTGCTTCAAAGATGGCA
TTAAAGGAGAGATTCAAAGGTTTCAATGCTAGTTTTGAAGAGTTATACAGGCTTCAAACA
GCTTGGAAGGTCCCGGATCCTCAACTGCGTGAAGAACTGAGAATATCGATACAAGAGAAA
GTGATTCCGGCTTACCGGGCATTCTTTGGAAGGAACAAGAGTCAACTTGAAGGTGGTAGG
CATGCGGGGAAGTACATAAAGTACACACCAGATGACCTGGAGAGTTACTTGCCAGACCTA
TTCGAAGGAAATCAAATGGTAATTCACCCCAGAAGGAAAAGTTCTTAAGAGGAAGTGCAG
GCATTGGGAGACGGCTCTTCTTACTGGAAGGAGAATCTTATATGTATGAAAGATGACAGT
GGTTGGCAGGTGATTTTATAAATCAGGGGTTTTAAGTTTATATATATGTTAAAAGTCAGA
ATTTATACCCTTCTCTATACCGTGTCTAAATTCTTGTGTACATGTCTTAATACTTCTTTA
TCATGTTATGGAACCATGGGTTTTCTATATATTGACTGTGCTCTTGAGTCAAATGTGGTG
TTTGCTCTGTTGTTGTCTTGTTGATGTTGAGATCACACAGAGGAACTTGTGGCGAGAAGT
ACATTTATTACAGGTTGTAGCTTGAGTGTTTTCTCGATAATATATGGTGTTTTCTCTGTT
GTTGATTTTGAGTCGAAAGAGCAACCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FC07TF U 1
AF RR1FC07JQ C 38
BS 1 733 RR1FC07TF
BS 734 734 RR1FC07JQ
BS 735 777 RR1FC07TF
BS 778 809 RR1FC07JQ

RD RR1FC07TF 777 0 0
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GTGATTCCGGCTTACCGGGCATTCTTTGGAAGGAACAAGAGTCAACTTGAAGGTGGTAGG
CATGCGGGGAAGTACATAAAGTACACACCAGATGACCTGGAGAGTTACTTGCCAGACCTA
TTCGAAGGAAATCAAATGGTAATTCACCCCAGAAGGAAAAGTTCTTAAGAGGAAGTGCAG
GCATTGGGAGACGGCTCTTCTTACTGGAAGGAGAATCTTATATGTATGAAAGATGACAGT
GGTTGGCAGGTGATTTTATAAATCAGGGGTTTTAAGTTTATATATATGTTAAAAGTCAGA
ATTTATACCCTTCTCTATACCGTGTCTAAATTCTTGTGTACATGTCTTAATACTTCTTTA
TCATGTTATGGAACCATGGGTTTTCTATATATTGACTGTGCTCTTGAGTCAAATGTGGTG
TTTGCTCTGTTGTTGTCTTGTTGATGTTGAGATCACACAGAGGAACTTGTGGCGAGAAGT
ACATTTATTACAG*TTGTAGCTTGAGTGTTTTCTCGATAATATATGGTGTTTTCTCT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1FC07JQ 772 0 0
ACGAGAGTATGGGTGGAGGCTCAAGTGGTAGCCCAAGTTATGGACAGAGAAGCAACAGTT
CAAGCAGTGCTTCAAAGATGGCATTAAAGGAGAGATTCAAAGGTTTCAATGCTAGTTTTG
AAGAGTTATACAGGCTTCAAACAGCTTGGAAGGTCCCGGATCCTCAACTGCGTGAAGAAC
TGAGAATATCGATACAAGAGAAAGTGATTCCGGCTTACCGGGCATTCTTTGGAAGGAACA
AGAGTCAACTTGAAGGTGGTAGGCATGCGGGGAAGTACATAAAGTACACACCAGATGACC
TGGAGAGTTACTTGCCAGACCTATTCGAAGGAAATCAAATGGTAATTCACCCCAGAAGGA
AAAGTTCTTAAGAGGAAGTGCAGGCATTGGGAGACGGCTCTTCTTACTGGAAGGAGAATC
TTATATGTATGAAAGATGACAGTGGTTGGCAGGTGATTTTATAAATCAGGGGTTTTAAGT
TTATATATATGTTAAAAGTCAGAATTTATACCCTTCTCTATACCGTGTCTAAATTCTTGT
GTACATGTCTTAATACTTCTTTATCATGTTATGGAACCATGGGTTTTCTATATATTGACT
GTGCTCTTGAGTCAAATGTGGTGTTTGCTCTGTTGTTGTCTTGTTGATGTTGAGATCACA
CAGAGGAACTTGTGGCGAGAAGTACATTTATTACAGGTTGTAGCTTGAGTGTTTTCTCGA
TAATATATGGTGTTTTCTCTGTTGTTGATTTTGAGTCGAAAGAGCAACCCTG

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL7444Contig1 480 2 1 U
GGGGCGCAGCCGCATCGTAGAGTGAAACAAGCTGCATCCTCCATTTAGGGTTTTCACCAA
GTCGTCTTCCTCGCATTTCCGCAAGCAATCATGGTTCTCCAAAATGACATCGACCTCCTC
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AAATATGTTGCTGTGATGTTCAGTTTGGTTTTTCTAGTTATTGTTATTGTCTTGTGACGT
TTCTTATGTTTCTTATGAAAAGATTTTGAAGACATGAAAACTAGTTGAGTTATTAATCCT


BQ
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AF RR1DZ12JQ C 1
AF RR1DZ12TF U 1
BS 1 480 RR1DZ12TF

RD RR1DZ12JQ 480 0 0
GGGGCGCAGCCGCATCGTAGAGTGAAACAAGCTGCATCCTCCATTTAGGGTTTTCACCAA
GTCGTCTTCCTCGCATTTCCGCAAGCAATCATGGTTCTCCAAAATGACATCGACCTCCTC
AACCCTCCAGCTGAGCTGGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTGCAATCTCCC
AACTCTTTCTTCATGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTCAACATAACAACTGTGTTCAGC
CACTCTCAAACAGTTGTAGTATGTGGAAACTGTCAGACTGTTCTGTGCTAGCCCACCGGT
GGTAAAGCAAGGCTCACTGAGGGTTGCTCTTTCAGGAAAAAGTGAAATCATCATCTTTTC
AAATATGTTGCTGTGATGTTCAGTTTGGTTTTTCTAGTTATTGTTATTGTCTTGTGACGT
TTCTTATGTTTCTTATGAAAAGATTTTGAAGACATGAAAACTAGTTGAGTTATTAATCCT

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR1DZ12TF 480 0 0
GGGGCGCAGCCGCATCGTAGAGTGAAACAAGCTGCATCCTCCATTTAGGGTTTTCACCAA
GTCGTCTTCCTCGCATTTCCGCAAGCAATCATGGTTCTCCAAAATGACATCGACCTCCTC
AACCCTCCAGCTGAGCTGGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTGCAATCTCCC
AACTCTTTCTTCATGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTCAACATAACAACTGTGTTCAGC
CACTCTCAAACAGTTGTAGTATGTGGAAACTGTCAGACTGTTCTGTGCTAGCCCACCGGT
GGTAAAGCAAGGCTCACTGAGGGTTGCTCTTTCAGGAAAAAGTGAAATCATCATCTTTTC
AAATATGTTGCTGTGATGTTCAGTTTGGTTTTTCTAGTTATTGTTATTGTCTTGTGACGT
TTCTTATGTTTCTTATGAAAAGATTTTGAAGACATGAAAACTAGTTGAGTTATTAATCCT

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL7445Contig1 725 2 1 U
GACATCCTAAAGCTTTTGCAGTGTTTCTCCCTATAGTAAAAAGAACAAAAAACCAAAAAA
AACATAATAATAGTACTGCTTTAGCTTTTGGAATATCCTCTTATTAATCTCAATAAAAAC
AAAAATAAAAATGGCACGCCAGTTTATCGTATTTGCTCTATTGGCTTTGACTGTTGCCAC
CGCTTTCGCCGCCGATGCTCCCTCAGCTTCCCCGAAGAAGTCTCCGTCTCCGACCACCGC
ACCAGCAACCAAGACTCCTACTGCCCCAACGAAGGCTCCTACCGCCACTCCAAATCTTCC
TCCGCTGATGCGCCTAAGTCATCTTCAGGCGCCGCTTCTCCCAAAGCATCTTCCCCTGCT
GCAGGAGGTCCCGCCGCCGAGGATGACTACTCTGCCTCTAGTCCCGGTGACAGCTCCGAT
GCACCTACCGTGTCCTCTCCGCCCGCTCCCACACCCGACAGCACATCCACTGCTGATGGC
CCAAGCGATGGACCCAGTGCAGAGTCGCCAACCAGCGGTGCCGTGTCCACCGTCAAGCTC
TCTGTTGCAGGCATAACAGCCGCCATCAGCTTGTTCTTTTTTTCTTTCTAAGTTAAATTA
GTACATATTTTGCTTAGAAAGATTGTCGCCTAATCTTTCAACATGAGTCGTGAACTTATT
ATATATATATACGTTTATAAGTTGAGATTAATTGGAGTTAATATAAACTCAAAAGTTAAT
ATGAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 

AF RR1AQ50JQ C 1
AF RR1AQ50TF U 1
BS 1 725 RR1AQ50TF

RD RR1AQ50JQ 725 0 0
GACATCCTAAAGCTTTTGCAGTGTTTCTCCCTATAGTAAAAAGAACAAAAAACCAAAAAA
AACATAATAATAGTACTGCTTTAGCTTTTGGAATATCCTCTTATTAATCTCAATAAAAAC
AAAAATAAAAATGGCACGCCAGTTTATCGTATTTGCTCTATTGGCTTTGACTGTTGCCAC
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TCCGCTGATGCGCCTAAGTCATCTTCAGGCGCCGCTTCTCCCAAAGCATCTTCCCCTGCT
GCAGGAGGTCCCGCCGCCGAGGATGACTACTCTGCCTCTAGTCCCGGTGACAGCTCCGAT
GCACCTACCGTGTCCTCTCCGCCCGCTCCCACACCCGACAGCACATCCACTGCTGATGGC
CCAAGCGATGGACCCAGTGCAGAGTCGCCAACCAGCGGTGCCGTGTCCACCGTCAAGCTC
TCTGTTGCAGGCATAACAGCCGCCATCAGCTTGTTCTTTTTTTCTTTCTAAGTTAAATTA
GTACATATTTTGCTTAGAAAGATTGTCGCCTAATCTTTCAACATGAGTCGTGAACTTATT
ATATATATATACGTTTATAAGTTGAGATTAATTGGAGTTAATATAAACTCAAAAGTTAAT
ATGAA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1AQ50TF 725 0 0
GACATCCTAAAGCTTTTGCAGTGTTTCTCCCTATAGTAAAAAGAACAAAAAACCAAAAAA
AACATAATAATAGTACTGCTTTAGCTTTTGGAATATCCTCTTATTAATCTCAATAAAAAC
AAAAATAAAAATGGCACGCCAGTTTATCGTATTTGCTCTATTGGCTTTGACTGTTGCCAC
CGCTTTCGCCGCCGATGCTCCCTCAGCTTCCCCGAAGAAGTCTCCGTCTCCGACCACCGC
ACCAGCAACCAAGACTCCTACTGCCCCAACGAAGGCTCCTACCGCCACTCCAAATCTTCC
TCCGCTGATGCGCCTAAGTCATCTTCAGGCGCCGCTTCTCCCAAAGCATCTTCCCCTGCT
GCAGGAGGTCCCGCCGCCGAGGATGACTACTCTGCCTCTAGTCCCGGTGACAGCTCCGAT
GCACCTACCGTGTCCTCTCCGCCCGCTCCCACACCCGACAGCACATCCACTGCTGATGGC
CCAAGCGATGGACCCAGTGCAGAGTCGCCAACCAGCGGTGCCGTGTCCACCGTCAAGCTC
TCTGTTGCAGGCATAACAGCCGCCATCAGCTTGTTCTTTTTTTCTTTCTAAGTTAAATTA
GTACATATTTTGCTTAGAAAGATTGTCGCCTAATCTTTCAACATGAGTCGTGAACTTATT
ATATATATATACGTTTATAAGTTGAGATTAATTGGAGTTAATATAAACTCAAAAGTTAAT
ATGAA

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL7446Contig1 931 2 6 U
CTCAGGTAGCTTACGTGGAGCACCAGGAAGCGGTGACTATAAAGAACGACGTCAATCTAA
ACAAGGAGACCCTCCGATTCGAGCCTGACGAATCTAACCCTGCCAAGTTCCTCCTCTCCT
TCACCTTCGATTCCAACGTTCCCGCAAGCATCACTGTGATGTTCTTTGCTAAAGAAGACA
AAGATTGTAACTTGATTGCTACTAAGCCGGATCTGTTTGCATCTACAACTGTTACTTTCC
CCAAGGGTCTAGGCCAGAAGTTCAAGCAACCTTCTGGAACTGGGATTGATTTCTCTGCTT
TATCAGAGGCTGAGTTGGTTGAGGCCAACGAGTCTGACGTGTATCATGTAGCGGTTAAAG
CAGAGGCATCATCATCAGAGTCTAGAACGCCGAACCGTCAGATAACTCACGCGGTTTTGG
AGAAAGATAAAGGGGAGTACAAGGCTAAAGTGGTGAAGCAGATCTTGTGGGTGAATGGGA
GTAAGTATGTTCTTCAGGAGATTTATGGGATTGGTAATACAGCTAATAGTGGTGGTGGAG
AAGATGAAACCGAGTGTGGTAAAGAATGTGTGATTTGCTTGACTGAGCCACAAGACACCA
CTGTTCTCCCTTGCAGGCACATGTGTATGTGTAGCGGTTGTGCAAAGCTTTTGAGGTTTC
AGACAAACCTCTGTCCCATCTGTAGACAACCTGTGGATAAGCTTTTGGAGATTACTGTCA
ACACCAATGGCTCCATCCACTGAGCTCTGCTTCGTTGCTTTTTGTGGTTGGATATGTTGA
AACTCAAGTTACTTACTACTACATCATGCCAACGATACTTTAATATTCCAGTTTCCAAGT
GTTTAGTATATGTATATCATTTAGGCTACCTTTGGTACTATTAGGCGAGTTCAGGTCTTG
TGATTAGTTGAATAAACAGAGCACTAGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A043TF U 1
AF RR1A043JQ C 130
BS 1 811 RR1A043TF
BS 812 812 RR1A043JQ
BS 813 835 RR1A043TF
BS 836 836 RR1A043JQ
BS 837 863 RR1A043TF
BS 864 931 RR1A043JQ

RD RR1A043TF 863 0 0
CTCAGGTAGCTTACGTGGAGCACCAGGAAGCGGTGACTATAAAGAACGACGTCAATCTAA
ACAAGGAGACCCTCCGATTCGAGCCTGACGAATCTAACCCTGCCAAGTTCCTCCTCTCCT
TCACCTTCGATTCCAACGTTCCCGCAAGCATCACTGTGATGTTCTTTGCTAAAGAAGACA
AAGATTGTAACTTGATTGCTACTAAGCCGGATCTGTTTGCATCTACAACTGTTACTTTCC
CCAAGGGTCTAGGCCAGAAGTTCAAGCAACCTTCTGGAACTGGGATTGATTTCTCTGCTT
TATCAGAGGCTGAGTTGGTTGAGGCCAACGAGTCTGACGTGTATCATGTAGCGGTTAAAG
CAGAGGCATCATCATCAGAGTCTAGAACGCCGAACCGTCAGATAACTCACGCGGTTTTGG
AGAAAGATAAAGGGGAGTACAAGGCTAAAGTGGTGAAGCAGATCTTGTGGGTGAATGGGA
GTAAGTATGTTCTTCAGGAGATTTATGGGATTGGTAATACAGCTAATAGTGGTGGTGGAG
AAGATGAAACCGAGTGTGGTAAAGAATGTGTGATTTGCTTGACTGAGCCACAAGACACCA
CTGTTCTCCCTTGCAGGCACATGTGTATGTGTAGCGGTTGTGCAAAGCTTTTGAGGTTTC
AGACAAACCTCTGTCCCATCTGTAGACAACCTGTGGATAAGCTTTTGGAGATTACTGTCA
ACACCAATGGCTCCATCCACTGAGCTCTGCTTCGTTGCTTTTTGTGGTTGGATATGTTGA
AACTCAAGTTACTTACTACTACATCATGCCA*CGATACTTTAATATTCCAGTTTC*AAGT
GTTTAGTATATGTATATCATTTA

QA 1 863 1 863
DS 

RD RR1A043JQ 802 0 0
ATTCCAACGTTCCCGCAAGCATCACTGTGATGTTCTTTGCTAAAGAAGACAAAGATTGTA
ACTTGATTGCTACTAAGCCGGATCTGTTTGCATCTACAACTGTTACTTTCCCCAAGGGTC
TAGGCCAGAAGTTCAAGCAACCTTCTGGAACTGGGATTGATTTCTCTGCTTTATCAGAGG
CTGAGTTGGTTGAGGCCAACGAGTCTGACGTGTATCATGTAGCGGTTAAAGCAGAGGCAT
CATCATCAGAGTCTAGAACGCCGAACCGTCAGATAACTCACGCGGTTTTGGAGAAAGATA
AAGGGGAGTACAAGGCTAAAGTGGTGAAGCAGATCTTGTGGGTGAATGGGAGTAAGTATG
TTCTTCAGGAGATTTATGGGATTGGTAATACAGCTAATAGTGGTGGTGGAGAAGATGAAA
CCGAGTGTGGTAAAGAATGTGTGATTTGCTTGACTGAGCCACAAGACACCACTGTTCTCC
CTTGCAGGCACATGTGTATGTGTAGCGGTTGTGCAAAGCTTTTGAGGTTTCAGACAAACC
TCTGTCCCATCTGTAGACAACCTGTGGATAAGCTTTTGGAGATTACTGTCAACACCAATG
GCTCCATCCACTGAGCTCTGCTTCGTTGCTTTTTGTGGTTGGATATGTTGAAACTCAAGT
TACTTACTACTACATCATGCCAACGATACTTTAATATTCCAGTTTCCAAGTGTTTAGTAT
ATGTATATCATTTAGGCTACCTTTGGTACTATTAGGCGAGTTCAGGTCTTGTGATTAGTT
GAATAAACAGAGCACTAGAACC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL7447Contig1 563 2 1 U
GGGATAGACGTGAGGGAACATGATAAAATAAAGGTGGCGGGAGAATTTGATAGCCATGAA
ATGAGGAAAAAACTGAGGAAGATATACAGATATGCTGAGATTCTCCGGCCTGAATCAGAG
CCAACTGATAGCCCGGTTCAAGGACTGGTTACGCCGCAAACTGATGGTTGTACTGATGGT
TGTACAAGTAAAACCCGTACTTGTACCATCATGTGAACAGCTATACTATTAGATTTCTTT
TGAAGAAATCAATTTGAGGTGGTGATCGATCGGTTTGACTTCTTTGAGGAGTATTTTCAT
CTGTTGAATTTTCATACTGTAAGAGTGACTTGTCTTCTTCTCCTTTTAAAAAAAAAAAAT
ATTTTGTGGTTTATTTAAGTATTGGAATTCTGTCTTAATGATCATCCAAATTGTGTTAGT
TGCGTGATACCCAAGTATTAAGTGATACCGTTTTGTTGATTTGAGATTCAAGTTAAGGCT
AATGACATTCATAACAAGCACAGGTGCCTTTAAGATGTGAATCCCAACAAAGGTTGCAGT
GCTTATATTATGTTGTTTGTTGG


BQ
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QA 1 563 1 563
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BQ
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TAG

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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1CV09TF U 1
AF RR1CV09JQ C 1
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BS 662 662 RR1CV09JQ
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AAGTTA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1CV09JQ 785 0 0
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GTTAG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AR04JQ C 1
AF RR1AR04TF U 1
BS 1 733 RR1AR04TF

RD RR1AR04JQ 733 0 0
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DS 

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TACCACTTTGACC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL7451Contig1 666 2 2 U
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TTATTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER43TF U 1
AF RR1ER43JQ C 1
BS 1 638 RR1ER43TF
BS 639 666 RR1ER43JQ

RD RR1ER43TF 638 0 0
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ATCGTTGGAGCTACTTTGGAGGTCATTCAGAAGAAGCGTGCAGAGAAGCCTGAAGTTCGT
GATGCAGCCAGAGAAGCTGCTTTACGTGACATTAAGGAGAGAATCTAGAAGACTAAAGAC
GAGAAGAAGGCAAAGAAGGCCGAGTTTGCTTCCAAGCAACAAAAAATCAAGGGCAATATC
CCCAAGGCTTCAGCCGCACCAAAGGCTGCCAAGTTGGGTGGTGGCGGTGGCAGACGTGAA
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AAGTTTTGCACCTTATTGATATATTGTGTACTCAAAAA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1ER43JQ 666 0 0
TTTTTAGGGCATCCATTGTAAAACAACTCTCAGCGCGGCCACGGAGCCATGGTTCTCAAG
ACTGAGCTTTGCCGATTCAGTGGACACAAGATTTACCCAGGCAGGGGTATCAGATTCATC
AGATCTGACTCTCAGGTGTTTTTGTTCATTAACTCAAAATGCAAGCATTATTTTCATAAT
AAGTTGAAGCCTTCCAAGCTTGCATGGACCACTATGTACCGTAAACAGCACAAGAAGGAT
GCTGCTCAAGAAGCTGTGAAGAAGAGGAGACGTGCAACCAAGAAGCCGTACTCTAGGTCC
ATCGTTGGAGCTACTTTGGAGGTCATTCAGAAGAAGCGTGCAGAGAAGCCTGAAGTTCGT
GATGCAGCCAGAGAAGCTGCTTTACGTGACATTAAGGAGAGAATCTAGAAGACTAAAGAC
GAGAAGAAGGCAAAGAAGGCCGAGTTTGCTTCCAAGCAACAAAAAATCAAGGGCAATATC
CCCAAGGCTTCAGCCGCACCAAAGGCTGCCAAGTTGGGTGGTGGCGGTGGCAGACGTGAA
TAGATTAGCCCCCTCTTATTCATCTCTCTGCACTTATCTTTTTATTTGTTTCAATTTTTG
AAGTTTTGCACCTTATTGATATATTGTGTACTCAAAAAGAGATTTTATGGATTATGAATT
TTATTT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

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GGCTACATACGACGATGCATCCGCCAGTAAACTGTCTTGTGTCAAAAAGGGTTACATGAA
AGACGATTATGTTCATCTCTTTGTCAAAAGACCCCTTCGAAGATCCCCGATTATTAATCG
AGGTTACTTTTCCCGTTGGGCTGCCTTCCGAAAGCTTTTGGCTCAGTTTCTGGAAAGTGG
GCCTCCTGCTCAACCCAAGAAACAGATACTCTCACTCGGAGCTGGCTTCGATACTACTTA
CTTCCAGCTACTGGATGAGGGGAAAGGGCCCTATTTGTACGTGGAACTGGACTTTAAGGA
GGTCACAAGTAAGAAGGCTGCGGTTATAGAAAACTCCAGCCAGCTGAGGGACAAACTAGG
AGCTAATTCATCTATATCAATTGAGGAAGGCCAAGTTCTCACTGATCATTACAAGTTACT
TCCAGTTGACCTGCGTGATATACCAAAACTAAGAGATGTTATATCGTTTGCTGGTATGGA
TCCTAGTCTGCCGACATTTATTATTGCAGAATGTGTTCTGATATACCTGGACCCAGATTC
AAGCCGTGCCATCGTCAATTGGGCGTCAGAGACGTTTTCAACTGCAGTTTTTTTCTTATA
TGAGCAGATCCGTCCAGATGATGCATTTGGACATCAGATGATTATAAACTTGGAGAGTCG
GGGTTGTGCACTCTTAAGCATTGATGCAACACCGACTTTACTTGCAAAGGAGAGATTATT
TCTTGACAATGGATGGCAGAGAGCTGTTGCCTGGGATATGCTAAAAGTGTATGGAAGTTT
TGTTGATTCTCAAGAAAAACGCAGGATCGAGCGATTGGAGCTGTTTGACGAATTTGAAGA
GTGGCACATGATGCAGGAACATTACTGCGTCACATATGCTGTCAACGACGCAATGGGGAT
ATTTGGGGATTTCGGTTTCACAAGAGGAAGCCGTGAAAGCACGAACATCTCATCTGCAAT
GTCACCTTGAAAATGGAAAGGAAGGAGTGTTTTTGTTTTGAAAACGGAAACAAGCTGCTA
AGCTGAATGAATGCTACCGACTGTATCTCTTCGAGTTACGTGGGCCCGTCGTCGCGTCCT
CCTCGAGGCTTAATAACTCAATAACTCGGTTTCTTCTTCTTTTTGTTTCTGCTGTTCTTG
TTTGTCATACCCAATGAACGACGATGCAAATGCAAATCTTCATTGTCTGTTTAAACGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BR93TF U 1
AF RR1BR93JQ C 545
BS 1 716 RR1BR93TF
BS 717 1258 RR1BR93JQ

RD RR1BR93TF 716 0 0
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GGCTACATACGACGATGCATCCGCCAGTAAACTGTCTTGTGTCAAAAAGGGTTACATGAA
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AGGTTACTTTTCCCGTTGGGCTGCCTTCCGAAAGCTTTTGGCTCAGTTTCTGGAAAGTGG
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CTTCCAGCTACTGGATGAGGGGAAAGGGCCCTATTTGTACGTGGAACTGGACTTTAAGGA
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AGCTAATTCATCTATATCAATTGAGGAAGGCCAAGTTCTCACTGATCATTACAAGTTACT
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AAGCCGTGCCATCGTCAATTGGGCGTCAGAGACGTTTTCAACTGCAGTTTTTTTCTTATA
TGAGCAGATCCGTCCAGATGATGCATTTGGACATCAGATGATTATAAACTTGGAGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1BR93JQ 714 0 0
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TGTGCACTCTTAAGCATTGATGCAACACCGACTTTACTTGCAAAGGAGAGATTATTTCTT
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GGGGATTTCGGTTTCACAAGAGGAAGCCGTGAAAGCACGAACATCTCATCTGCAATGTCA
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GAATGAATGCTACCGACTGTATCTCTTCGAGTTACGTGGGCCCGTCGTCGCGTCCTCCTC
GAGGCTTAATAACTCAATAACTCGGTTTCTTCTTCTTTTTGTTTCTGCTGTTCTTGTTTG
TCATACCCAATGAACGACGATGCAAATGCAAATCTTCATTGTCTGTTTAAACGT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

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GGGAGAGCATCTTTAACGCAGTTTCTAAACAGGGTTTTTAAAGAAAATCAGGCATTTAAT
TAAATGGAAACAAAATTAAAATTGAATAACCGATCCTAAATTCAGGCCTTTTGTGACCGA
TCACATGGGGTTTCTTACAACACGTGTCAGCATAAAGTATTTTTGATTTTTTTTCTCTTT
CTTTTCTTCTCTTTCTCTTTCTCTTATCTTCTCTCGCGTTCTCCAGACGACGAAACCAAT
CGTTTCCTCCATTCAATCGTCACTCCAGAAATCGTCTTTCCCTCTGTCGTCTTCTCCTCT
CCGTCGTGAAGGGCACCTCTCCTCCGTTCAATCGGCGTCTTCTCCGTCTTTCCCTTCTGT
CGTCTTCTCCTCTCCGTCGCGAAGGGAAGCGTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCGTCTTCTC
CGTCGCTAAGGGTAGCGTCTCCTCCCTTCAATCCTTTTCCAATCGCTGCGACCCCATCTT
CTCTCTCTTCTGACCGTGCTTAACCGTATGAAGATTGAGAAGAACATCCAGAAGTTGGTG
TCTGCTTCTAAACTTAGTCCTGTAAAGGCCCTGAAGTTTGTTTCGTGACTCAAAGCATGA
CATCTGCCTTCATGCTTTGCGCATTGTGGTTGTGGGTGCTGTCGCACAGGCTAAGACAAC
AACTTCTTCGAGAAGCAACCACTACCTGAGACAAGTAGTGTTTCTGTTTTATATTGGTTC
TGTTTCGTTGTTGTTTCTTGTTGTTCCCATTGTTATTTTTGCTCTGTATCAGGCGACTGA
GTGTAATTCTCATTGTTATAAATTTTTTTTATAAACCCTTTATTAAAAACTCCAATGGAG
GCGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1AJ61TF U 1
AF RR1AJ61JQ C 38
BS 1 768 RR1AJ61TF
BS 769 844 RR1AJ61JQ

RD RR1AJ61TF 768 0 0
GGGAGAGCATCTTTAACGCAGTTTCTAAACAGGGTTTTTAAAGAAAATCAGGCATTTAAT
TAAATGGAAACAAAATTAAAATTGAATAACCGATCCTAAATTCAGGCCTTTTGTGACCGA
TCACATGGGGTTTCTTACAACACGTGTCAGCATAAAGTATTTTTGATTTTTTTTCTCTTT
CTTTTCTTCTCTTTCTCTTTCTCTTATCTTCTCTCGCGTTCTCCAGACGACGAAACCAAT
CGTTTCCTCCATTCAATCGTCACTCCAGAAATCGTCTTTCCCTCTGTCGTCTTCTCCTCT
CCGTCGTGAAGGGCACCTCTCCTCCGTTCAATCGGCGTCTTCTCCGTCTTTCCCTTCTGT
CGTCTTCTCCTCTCCGTCGCGAAGGGAAGCGTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCGTCTTCTC
CGTCGCTAAGGGTAGCGTCTCCTCCCTTCAATCCTTTTCCAATCGCTGCGACCCCATCTT
CTCTCTCTTCTGACCGTGCTTAACCGTATGAAGATTGAGAAGAACATCCAGAAGTTGGTG
TCTGCTTCTAAACTTAGTCCTGTAAAGGCCCTGAAGTTTGTTTCGTGACTCAAAGCATGA
CATCTGCCTTCATGCTTTGCGCATTGTGGTTGTGGGTGCTGTCGCACAGGCTAAGACAAC
AACTTCTTCGAGAAGCAACCACTACCTGAGACAAGTAGTGTTTCTGTTTTATATTGGTTC
TGTTTCGTTGTTGTTTCTTGTTGTTCCCATTGTTATTTTTGCTCTGTA

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1AJ61JQ 807 0 0
TTAAAGAAAATCAGGCATTTAATTAAATGGAAACAAAATTAAAATTGAATAACCGATCCT
AAATTCAGGCCTTTTGTGACCGATCACATGGGGTTTCTTACAACACGTGTCAGCATAAAG
TATTTTTGATTTTTTTTCTCTTTCTTTTCTTCTCTTTCTCTTTCTCTTATCTTCTCTCGC
GTTCTCCAGACGACGAAACCAATCGTTTCCTCCATTCAATCGTCACTCCAGAAATCGTCT
TTCCCTCTGTCGTCTTCTCCTCTCCGTCGTGAAGGGCACCTCTCCTCCGTTCAATCGGCG
TCTTCTCCGTCTTTCCCTTCTGTCGTCTTCTCCTCTCCGTCGCGAAGGGAAGCGTCTCTC
TCTCTCTCTTCTCTCGTCTTCTCCGTCGCTAAGGGTAGCGTCTCCTCCCTTCAATCCTTT
TCCAATCGCTGCGACCCCATCTTCTCTCTCTTCTGACCGTGCTTAACCGTATGAAGATTG
AGAAGAACATCCAGAAGTTGGTGTCTGCTTCTAAACTTAGTCCTGTAAAGGCCCTGAAGT
TTGTTTCGTGACTCAAAGCATGACATCTGCCTTCATGCTTTGCGCATTGTGGTTGTGGGT
GCTGTCGCACAGGCTAAGACAACAACTTCTTCGAGAAGCAACCACTACCTGAGACAAGTA
GTGTTTCTGTTTTATATTGGTTCTGTTTCGTTGTTGTTTCTTGTTGTTCCCATTGTTATT
TTTGCTCTGTATCAGGCGACTGAGTGTAATTCTCATTGTTATAAATTTTTTTTATAAACC
CTTTATTAAAAACTCCAATGGAGGCGC

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

CO CL7454Contig1 782 2 4 U
TTTCGTCTGACAAATTGATGAATGTTTTGAATAGAAATGTAAATCATTTGCTCAAAAGTT
TCCTACTCGAAATGACAAAATCGTGACTTCCTTTTTATCTTATATTCGCCTCACTTATTA
GCTTATATCTCTTCCATCAAGGGGGTATCATCTTCATCGTCGCTGCTTAATTCGGAATCA
TTGTCATTCTCACCATAAAAATGCTCTTCTACATCATCATCATCTCCACTTTCATCAATC
TCTTGATCATCAACCCTTGTTTGAATTTCTTTCCCTGCAGCTTTATTGATCTGAGCTGTA
ACAAGTTGTAAGCGCCCAGATAACTGTAGTAACTGCTGAAGAGCCGTTCCTCTGGACTTG
GTTATCTTCTGCAATGTATTAAGCAGCTGTTGGTTTTTTGGTTCTTGGGACATGATGTAA
TGACTATGATTCACCAATATGCTGTATATCCATGGAGAAGATATCTCCCACCACATCCCC
TCGTCTGCCACATAGCAACCAGAGCTTCTAGTGTTTTGAATGCAGTGGAGGGTGCCATTG
ACATAACAGCAGACTTTAACTTCTTCGGTGGTAGATGAGCCTCAAGATCAATTCCATCAA
TCACTGAAGCATAAGAAAGGCTGCTTGGTTCATCTGTGCCTTTAAGTATTCCTAATGATC
TCAACTTATCTTCCATGCTAAATGTTTCTACATAATCCGTTTGACTTTGGTCAACCATGT
CTGTATCCTTATCAGATGAGTGCAGCTGTGCGCTCTTCTTATCGTGCAGATCAGCAACTC
TC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1FV81TF C 1
AF RR1FV81JQ U 3
BS 1 5 RR1FV81TF
BS 6 62 RR1FV81JQ
BS 63 63 RR1FV81TF
BS 64 782 RR1FV81JQ

RD RR1FV81TF 782 0 0
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**CTACTCGAAATGACAAAATCGTGACT*CCTTTTTATCTTATATTCGCCTCACTTATTA
GCTTATATCTCTTCCATCAAGGGGGTATCATCTTCATCGTCGCTGCTTAATTCGGAATCA
TTGTCATTCTCACCATAGAAATGCTCTTCTACATCATCATCATCTCCACTTTCATCAATC
TCTTGATCATCAACCCTTGTTTGAATTTCTTTCCCTGCAGCTTTATTGATCTGAGCTGTA
ACAAGTTGTAAGCGCCCAGATAACTGTAGTAACTGCTGAAGAGCCGTTCCTCTGGACTTG
GTTATCTTCTGCAATGTATTAAGCAGCTGTTGGTTTTTTGGTTCTTGGGACATGATGTAA
TGACTATGATTCACCAATATGCTGTATATCCATGGAGAAGATATCTCCCACCACATCCCC
TCGTCTGCCACATAGCAACCAGAGCTTCTAGTGTTTTGAATGCAGTGGAGGGTGCCATTG
ACATAACAGCAGACTTTAACTTCTTCGGTGGTAGATGAGCCTCAAGATCAATTCCATCAA
TCACTGAAGCATAAGAAAGGCTGCTTGGTTCATCTGTGCCTTTAAGTATTCCTAATGATC
TCAACTTATCTTCCATGCTAAATGTTTCTACATAATCCGTTTGACTTTGGTCAACCATGT
CTGTATCCTTATCAGATGAGTGCAGCTGTGCGCTCTTCTTATCGTGCAGATCAGCAACTC
TC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR1FV81JQ 780 0 0
CGT
TCTGACAAATTGATGAATGTTTTGAATAGAAATGTAAATCATTTGCTCAAAAGTTTCTTA
CTCGAAATGACAAAATCGTGACTTCCTTTTTATCTTATATTCGCCTCACTTATTAGCTTA
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ATTCTCACCATAAAAATGCTCTTCTACATCATCATCATCTCCACTTTCATCAATCTCTTG
ATCATCAACCCTTGTTTGAATTTCTTTCCCTGCAGCTTTATTGATCTGAGCTGTAACAAG
TTGTAAGCGCCCAGATAACTGTAGTAACTGCTGAAGAGCCGTTCCTCTGGACTTGGTTAT
CTTCTGCAATGTATTAAGCAGCTGTTGGTTTTTTGGTTCTTGGGACATGATGTAATGACT
ATGATTCACCAATATGCTGTATATCCATGGAGAAGATATCTCCCACCACATCCCCTCGTC
TGCCACATAGCAACCAGAGCTTCTAGTGTTTTGAATGCAGTGGAGGGTGCCATTGACATA
ACAGCAGACTTTAACTTCTTCGGTGGTAGATGAGCCTCAAGATCAATTCCATCAATCACT
GAAGCATAAGAAAGGCTGCTTGGTTCATCTGTGCCTTTAAGTATTCCTAATGATCTCAAC
TTATCTTCCATGCTAAATGTTTCTACATAATCCGTTTGACTTTGGTCAACCATGTCTGTA
TCCTTATCAGATGAGTGCAGCTGTGCGCTCTTCTTATCGTGCAGATCAGCAACTCTC

QA 4 780 4 780
DS 



AS 1 2

CO CL7455Contig1 766 2 2 U
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TTGGCAATTTCACCTCCTCTCAGTCTCACCTTCTCTTCTCGAACAAGAAGAACTTCGTTC
CCCATCATGGACTCAACGGTAGTGAGGAGGTGAACCAAACACTTCAATCCGGAAACCAAG
CACTCAGGCGTGGCTGATCTCAGACGCAGAAGCTGATGTTGTCTTGTCTTTCTTGGCTAG
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TTTGCAATGAGTTAACAGTTGGGTAGCTAGTTAGTTTAGTTCTCTAGCCTCTTACAGTAG
TAGTGTAGCTTGATTTATGGTTCCCATTTGTGTTTTTGTCTGGTTTCATGGTGTCATGTT
ATGTAGCAGGGGGTGATGGTCAGCCGTTTGTGGGGAAGATCATAACAATGAAGTATGGAG
ACTATAGAAGAAGAGTTGGGATCGATGGTACAGCTGAAGCCATCAAAGAAGCTAAAAGAA
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AGGTGTTTTACACGGAAGAGGATTACAGAGAGTTCTTGGGACTAAGAGGATGGACGTGTC
TGAGAGAGTTTGATGGAGGGTTTATCATTGTACATACCATGAAATATTAACAAAGTGAGG
CTCACCATTGTACATACCATTTTGTTTAGGGTCCTTAACTATTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AM88TF U 1
AF RR1AM88JQ C 15
BS 1 745 RR1AM88TF
BS 746 766 RR1AM88JQ

RD RR1AM88TF 745 0 0
CCATCTTCCTTCTGAATTCCTCTCCTCTTTTCGTTAGAGCTCTGGTTAGTAATGGCGGGA
TTGGCAATTTCACCTCCTCTCAGTCTCACCTTCTCTTCTCGAACAAGAAGAACTTCGTTC
CCCATCATGGACTCAACGGTAGTGAGGAGGTGAACCAAACACTTCAATCCGGAAACCAAG
CACTCAGGCGTGGCTGATCTCAGACGCAGAAGCTGATGTTGTCTTGTCTTTCTTGGCTAG
TTTAGTTTTGGGTATCTAGTTTGTTTAGTCTCTAGCCGCTTACATTAGAAGATGCAGGCC
TTTGCAATGAGTTAACAGTTGGGTAGCTAGTTAGTTTAGTTCTCTAGCCTCTTACAGTAG
TAGTGTAGCTTGATTTATGGTTCCCATTTGTGTTTTTGTCTGGTTTCATGGTGTCATGTT
ATGTAGCAGGGGGTGATGGTCAGCCGTTTGTGGGGAAGATCATAACAATGAAGTATGGAG
ACTATAGAAGAAGAGTTGGGATCGATGGTACAGCTGAAGCCATCAAAGAAGCTAAAAGAA
TAGCTGTTAGAGTGTGTCACTATGATGAGTCTGATCCGTTACCAGTTCATCAAGAGGAGA
AGGTGTTTTACACGGAAGAGGATTACAGAGAGTTCTTGGGACTAAGAGGATGGACGTGTC
TGAGAGAGTTTGATGGAGGGTTTATCATTGTACATACCATGAAATATTAACAAAGTGAGG
CTCACCATTGTACATACCATTTTGT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1AM88JQ 752 0 0
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TCCTCTCAGTCTCACCTTCTCTTCTCGAACAAGAAGAACTTCGTTCCCCATCATGGACTC
AACGGTAGTGAGGAGGTGAACCAAACACTTCAATCCGGAAACCAAGCACTCAGGCGTGGC
TGATCTCAGACGCAGAAGCTGATGTTGTCTTGTCTTTCTTGGCTAGTTTAGTTTTGGGTA
TCTAGTTTGTTTAGTCTCTAGCCGCTTACATTAGAAGATGCAGGCCTTTGCAATGAGTTA
ACAGTTGGGTAGCTAGTTAGTTTAGTTCTCTAGCCTCTTACAGTAGTAGTGTAGCTTGAT
TTATGGTTCCCATTTGTGTTTTTGTCTGGTTTCATGGTGTCATGTTATGTAGCAGGGGGT
GATGGTCAGCCGTTTGTGGGGAAGATCATAACAATGAAGTATGGAGACTATAGAAGAAGA
GTTGGGATCGATGGTACAGCTGAAGCCATCAAAGAAGCTAAAAGAATAGCTGTTAGAGTG
TGTCACTATGATGAGTCTGATCCGTTACCAGTTCATCAAGAGGAGAAGGTGTTTTACACG
GAAGAGGATTACAGAGAGTTCTTGGGACTAAGAGGATGGACGTGTCTGAGAGAGTTTGAT
GGAGGGTTTATCATTGTACATACCATGAAATATTAACAAAGTGAGGCTCACCATTGTACA
TACCATTTTGTTTAGGGTCCTTAACTATTCAG

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL7456Contig1 765 2 6 U
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AATATAGTCTATAACACAAGACAAAACGATATTGGAAACAAACAAAAAAAAAAGGCGGGT
ACAAAAGAAAAAAAAGTTTCTCCATCACAAGAGTTATAGACCAAAGCTGATTCCTCCTTA
CTGAGGACCTCCTTTATACGTGTCTATTAGCTCCTTGAGTTTCTCGAATCCCATGCGAGT
TGTGAATTCTCCAAACGATTCTTTAGTTTGTCTCTCGACTTTCCAGTGATAAAACAATGG
CTCGAAAACTTTCCCAAAGTCGTGAACCTTCACCTTATCCATGAAACTCCTCGCTATCTG
TGTCTGGTTCGGTGTTCCTCCTAGCCAAACCTGATAGCTGTTGGGTCCATCACCGACAAG
ACCGAGCTCAGCCATGTACGGTCTTGCACAGCCGTTAGGACAACCGGTTACTCTTATCAC
AACAAACTCATCGTACTCCAAACCAACCTTCTCGAACATTGCTCTAACTCGCTTTAAAAT
GCTGGGGATCCCGCGCTCTGCCTCGGTTATCGCCAGAGGGCACAGAGGAAAAGCTGGACA
AGCCATTGCCGTTTGGTTTAGTGGGTCAACAAACTCAGGTTGCAGCAAGCCGGCCTGAGC
AAGCACTGTGGTGATCGGACGCTTCCATTCGGTTTTTATATCACACAACACAATGTTCTG
GTTTGGTGTGATGCGGACATCAATTTTGTATTTCTCTATTACTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FW50JQ U 1
AF RR1FX15JQ U 1
BS 1 129 RR1FW50JQ
BS 130 130 RR1FX15JQ
BS 131 132 RR1FW50JQ
BS 133 133 RR1FX15JQ
BS 134 742 RR1FW50JQ
BS 743 765 RR1FX15JQ

RD RR1FW50JQ 742 0 0
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GTTTGGTGTGATGCGGACATCA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1FX15JQ 765 0 0
AAAAAGAAGGGAGATCCAATCACATTAAAGAAAGTGAAAGAGATGCTTATTGATGTTGCT
AATATAGTCTATAACACAAGACAAAACGATATTGGAAACAAACAAAAAAAAAAGGCGGGT
ACAAAAGAAAAAAAAGTTTCTCCATCACAAGAGTTATAGACCAAAGCTGATTCCTCCTTA
CTGAGGACCTCCTTTATACGTGTCTATTAGCTCCTTGAGTTTCTCGAATCCCATGCGAGT
TGTGAATTCTCCAAACGATTCTTTAGTTTGTCTCTCGACTTTCCAGTGATAAAACAATGG
CTCGAAAACTTTCCCAAAGTCGTGAACCTTCACCTTATCCATGAAACTCCTCGCTATCTG
TGTCTGGTTCGGTGTTCCTCCTAGCCAAACCTGATAGCTGTTGGGTCCATCACCGACAAG
ACCGAGCTCAGCCATGTACGGTCTTGCACAGCCGTTAGGACAACCGGTTACTCTTATCAC
AACAGACTCATCGTACTCCAAACCAACCTTCTCGAACATTGCTCTAACTCGCTTTAAAAT
GCTGGGGATCCCGCGCTCTGCCTCGGTTATCGCCAGAGGGCACAGAGGAAAAGCTGGACA
AGCCATTGCCGTTTGGTTTAGTGGGTCAACAAACTCAGGTTGCAGCAAGCCGGCCTGAGC
AAGCACTGTGGTGATCGGACGCTTCCATTCGGTTTTTATATCACACAACACAATGTTCTG
GTTTGGTGTGATGCGGACATCAATTTTGTATTTCTCTATTACTTC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL7457Contig1 359 2 1 U
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AACTCTCTCTACTTGATGTTTATTTCCTCTTTTTTATATCTATTAACAAAAGATATTTAA
TATTACTTAAACCTCATAATATTAGATATACGTTTTTAATAAGTAAAAAAGAGTATTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DH50JQ C 1
AF RR1DH50TF U 1
BS 1 359 RR1DH50TF

RD RR1DH50JQ 359 0 0
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GCATAGTCATCATCGGTCGAGAGATAGACTGAAGGATTCAAGTGATAGATCAAGACATCA
CTCTTTTCGTGATCGTGACTATCGGGAATCTTCGCACTCATCAAAAGACCGCCGTAGTAG
GCACCATTAAGTCAATCTTCTTTCACTTAAGCTTTTTCATCCTTTCGGACAAGCCCCTTT
AACTCTCTCTACTTGATGTTTATTTCCTCTTTTTTATATCTATTAACAAAAGATATTTAA
TATTACTTAAACCTCATAATATTAGATATACGTTTTTAATAAGTAAAAAAGAGTATTCC

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR1DH50TF 359 0 0
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CTCTTCTCGTGATCGTGACTATCGGGAATCTTCGCACTCATCAAAAGACCGCCGTAGTAG
GCACCATTAAGTCAATCTTCTTTCACTTAAGCTTTCTCATCCTTTCGGACAAGCCCCTTT
AACTCTCTCTACTTGATGTTTATTTCCTCTTTTTTATATCTATTAACAAAAGATATTTAA
TATTACTTAAACCTCATAATATTAGATATACGTTTTTAATAAGTAAAAAAGAGTATTCC

QA 1 359 1 359
DS 



AS 1 2

CO CL7458Contig1 1197 2 4 U
GGACTCTAACTCTCTTTTCCCTCTATTCCAATCCAGTTCTCTCTATATATGAGATTGAGG
TTATATCCTCATATCATTCACATAGTAACGTCCTCATCAACGTTTCGTTCAAGTTCTGAC
AACATTTTGTTACCTTTTAATTTCTTTGGCTTCTTTCATAATACATAACCGTTGAAAGAA
AAATAAAATGAAGGGACGTATGTTTTGCGCTTCTCAAGCATCAACAGCCATATGTTCAAG
CATGGACCACATTCACAAACCAACCACCATCACCACCACCGTCGTGGACGATGAAAACCT
CAGCGGCGGCAGAGCTATCGACCGCCACAATCCGATCATTGAAGATGGCAAGAGATCCTC
CGCCGACGACTATATCAGAATACCCGCTTCCCCCGGAGAGATCAGTAACAAAACATTAGA
GATCTACAAGGGCAGGAGGAGCGTCACTGCCAGAAAAAGCACCGGCGGTGGAGCCGCGGC
GTTGTTGAAGCTCATCACAAATGACCTCAGCTTGGCGAGGAAGAGTTTCAGCTGTGTAGC
GAGACCCGCAAGTGAGTTCACCAAAACCCCTGCTGGTTCTACAAGGTGTCTTTTGGGATC
TGACCCGGGTTCTCTTACCGGGTCTGCGGGTAAGGATACGGTAGCTCCTAAATCTCCTGA
TGGTGAAGAGTTAAAGCCGTCAATGGAGGAGAAGACTAGTGGTGGAGGAGGTAGTGGTTC
AGACCAGGTCGTTGTTCTCAAAGTGTCTCTCCACTGTAGAGGCTGTGAAGCAAAAGTTAG
GAAACATCTGTCTAGAATGCAAGGTGTGACATCGTTCAACATAGATTTTGCTGCAAAGAA
AGTGACTGTGACTGGAGACATCACTCCCTTGGGAATATTGGATAGCATCTCAAAGGTTAA
AAATGCTCAATTCTGGACAGCCCCAACACTCCCAACTCCAAACCTCCCAGTGCCAAATCT
GGAAACTCCAAATCCCTAGTTTACTTTTTCACTGTCTTATCTCTCTCACTTGTTGTAAAG
TCAACAGTAAAGTTTCAAACTTTACTGCACCTACTTTTCGTTAGAACCAGCTTCGCAGGT
TTCATCATGAGGCTACGCCTCCTCTTTATGCAGTGATGCTTAAACATATCATTACATGTT
TGCATTTTTCACAAATGTTTTTTTCTTTTATATAATTGATAGATACTATGCAACTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DS20TF U 1
AF RR1DS20JQ C 583
BS 1 634 RR1DS20TF
BS 635 635 RR1DS20JQ
BS 636 655 RR1DS20TF
BS 656 1197 RR1DS20JQ

RD RR1DS20TF 655 0 0
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TTATATCCTCATATCATTCACATAGTAACGTCCTCATCAACGTTTCGTTCAAGTTCTGAC
AACATTTTGTTACCTTTTAATTTCTTTGGCTTCTTTCATAATACATAACCGTTGAAAGAA
AAATAAAATGAAGGGACGTATGTTTTGCGCTTCTCAAGCATCAACAGCCATATGTTCAAG
CATGGACCACATTCACAAACCAACCACCATCACCACCACCGTCGTGGACGATGAAAACCT
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CGCCGACGACTATATCAGAATACCCGCTTCCCCCGGAGAGATCAGTAACAAAACATTAGA
GATCTACAAGGGCAGGAGGAGCGTCACTGCCAGAAAAAGCACCGGCGGTGGAGCCGCGGC
GTTGTTGAAGCTCATCACAAATGACCTCAGCTTGGCGAGGAAGAGTTTCAGCTGTGTAGC
GAGACCCGCAAGTGAGTTCACCAAAACCCCTGCTGGTTCTACAAGGTGTCTTTTGGGATC
TGACCCGGGTTCTCTTACCGGGTCTGCGGGTAAG*ATACGGTAGCTCCTAAATCT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1DS20JQ 615 0 0
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AGCTCCTAAATCTCCTGATGGTGAAGAGTTAAAGCCGTCAATGGAGGAGAAGACTAGTGG
TGGAGGAGGTAGTGGTTCAGACCAGGTCGTTGTTCTCAAAGTGTCTCTCCACTGTAGAGG
CTGTGAAGCAAAAGTTAGGAAACATCTGTCTAGAATGCAAGGTGTGACATCGTTCAACAT
AGATTTTGCTGCAAAGAAAGTGACTGTGACTGGAGACATCACTCCCTTGGGAATATTGGA
TAGCATCTCAAAGGTTAAAAATGCTCAATTCTGGACAGCCCCAACACTCCCAACTCCAAA
CCTCCCAGTGCCAAATCTGGAAACTCCAAATCCCTAGTTTACTTTTTCACTGTCTTATCT
CTCTCACTTGTTGTAAAGTCAACAGTAAAGTTTCAAACTTTACTGCACCTACTTTTCGTT
AGAACCAGCTTCGCAGGTTTCATCATGAGGCTACGCCTCCTCTTTATGCAGTGATGCTTA
AACATATCATTACATGTTTGCATTTTTCACAAATGTTTTTTTCTTTTATATAATTGATAG
ATACTATGCAACTTC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL7459Contig1 364 2 2 U
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CAGTACATATAGTGCCTTAAACAAAACAAGTCGATAAACAGAGCTTTTGGCAGAACACGA
AAAAAAAAACATCTCCCAAGAGATGTAATGGCGACTAAGAAGACACACCGCCATTTACCA
AAAGCTCCAAGAGGGAAGATAAAGGCACTACTATTACACACCTAAACCATAAAACAAGGA
CTCCGACTAAAACATAAAGAGACAACACACAAACCCTAACTAGATTTACCAAAACTCAGT
AACAACATTCCCAGGAAACATAACAGCTGTGGAAACAGGCTCAAGAACCTGCCAAAAACT
TTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 

AF RR1F779TF C 1
AF RR1F779JQ U 169
BS 1 168 RR1F779TF
BS 169 364 RR1F779JQ

RD RR1F779TF 364 0 0
GATCTAAGGAACATGTTTTATTACAAAGGATATATGTTCAGTGGAAGCTTACACAATGAT
CAGTACATATAGTGCCTTAAACAAAACAAGTCGATAAACAGAGCTTTTGGCAGAACACGA
AAAAAAAAACATCTCCCAAGAGATGTAATGGCGACTAAGAAGACACACCGCCATTTACCA
AAAGCTCCAAGAGGGAAGATAAAGGCACTACTATTACACACCTAAACCATAGAACAAGGA
CTCCGACTAGAACATAGAGAGACAACACACAAACCCTAACTAGATTTACCAGAACTCAGT
AACAACATTCCCAGGAAACATAACAGCTGTGGAAACAGGCTCAAGAACCTGCCAAAAACT
TTGC

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR1F779JQ 196 0 0
CGCCATTTACCAAAAGCTCCAAGAGGGAAGATAAAGGCACTACTATTACACACCTAAACC
ATAAAACAAGGACTCCGACTAAAACATAAAGAGACAACACACAAACCCTAACTAGATTTA
CCAAAACTCAGTAACAACATTCCCAGGAAACATAACAGCTGTGGAAACAGGCTCAAGAAC
CTGCCAAAAACTTTGC

QA 1 196 1 196
DS 



AS 1 2

CO CL7460Contig1 844 2 2 U
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CTGTTCATGCTGTTAGAAAGTTTGTTAGAAAGCAGCTTGCATCTGAACTTAAAACTGAGC
TTCTAAAGATAGTTGATAACAATAGGAGCACAGAGGCTTATGTATTTGACCACCCAAACA
TGGCTAGGCGTGCTTTGAAGAACACGGCTCTAGCTTATCTTGCATCTCTTGAGGATCCAG
CATACGTGGAACTTGCATTGGGTGAATACAAGTCGGCCACCAATTTGACAGACCAAATTG
CTGCTTTGGCAGCTCTTGCAATGTGGAGAATGTCAAGAAGCTTTTGGATCACCCAGCTTT
TGATCTGCGCAATCCAAACAAGGTTTACTCGCTCATTGGAGGGTTCTGCGGTTCGCCAGT
GAATTTCCATGCAAAAGATGGATCAGGTTACAAGTTCTTGGGTGACATTGTTGTCCAGTT
AGACAAAATCAATCCTCAGGTTGCTTCTCGTATGGTATCTGCGTTTTCGAGGTGGAAGCG
CTACGATGAAACCCGACAAGCTCTGGCCAAGGCACAGTTGGAGATGATAATGTCAGCTAA
TGGGTTATCTGAAAATGTATTTGAGATTGCCTCTAAGAGCTTGGCTACTTGAGAGACCAC
ATCAAGAATCAATTCTACTCGTTGCTCCGGATTATCATGTTATGAGCTTTTTACATTCAA
CGCATGCACTTTTATAATAAACTGATCCTGAACGTCACATGTTTTTCTTTTTATGTTATG
AACTTTGTCTCCAACGAAATGATGTTTTTCTTTTATATCAAGTTGAAAGAATGAACATTC
ACCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1FL94TF U 1
AF RR1FL94JQ C 53
BS 1 786 RR1FL94TF
BS 787 844 RR1FL94JQ

RD RR1FL94TF 786 0 0
GAATAACATTGCCTGGGGAGGGAGAGATTATGGACATGATGGCCGTGGCGGATCCTGATG
CTGTTCATGCTGTTAGAAAGTTTGTTAGAAAGCAGCTTGCATCTGAACTTAAAACTGAGC
TTCTAAAGATAGTTGATAACAATAGGAGCACAGAGGCTTATGTATTTGACCACCCAAACA
TGGCTAGGCGTGCTTTGAAGAACACGGCTCTAGCTTATCTTGCATCTCTTGAGGATCCAG
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AGACAAAATCAATCCTCAGGTTGCTTCTCGTATGGTATCTGCGTTTTCGAGGTGGAAGCG
CTACGATGAAACCCGACAAGCTCTGGCCAAGGCACAGTTGGAGATGATAATGTCAGCTAA
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ATCAAGAATCAATTCTACTCGTTGCTCCGGATTATCATGTTATGAGCTTTTTACATTCAA
CGCATGCACTTTTATAATAAACTGATCCTGAACGTCACATGTTTTTCTTTTTATGTTATG
AACTTT

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DS 

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ATCC
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CCAGCATACGTGGAACTTGCATTGGGTGAATACAAGTCGGCCACCAATTTGACAGACCAA
ATTGCTGCTTTGGCAGCTCTTGCAATGTGGAGAATGTCAAGAAGCTTTTGGATCACCCAG
CTTTTGATCTGCGCAATCCAAACAAGGTTTACTCGCTCATTGGAGGGTTCTGCGGTTCGC
CAGTGAATTTCCATGCAAAAGATGGATCAGGTTACAAGTTCTTGGGTGACATTGTTGTCC
AGTTAGACAAAATCAATCCTCAGGTTGCTTCTCGTATGGTATCTGCGTTTTCGAGGTGGA
AGCGCTACGATGAAACCCGACAAGCTCTGGCCAAGGCACAGTTGGAGATGATAATGTCAG
CTAATGGGTTATCTGAAAATGTATTTGAGATTGCCTCTAAGAGCTTGGCTACTTGAGAGA
CCACATCAAGAATCAATTCTACTCGTTGCTCCGGATTATCATGTTATGAGCTTTTTACAT
TCAACGCATGCACTTTTATAATAAACTGATCCTGAACGTCACATGTTTTTCTTTTTATGT
TATGAACTTTGTCTCCAACGAAATGATGTTTTTCTTTTATATCAAGTTGAAAGAATGAAC
ATTCACCC

QA 5 792 5 792
DS 



AS 1 2

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TGCATGTGAAGAGGAAAACTGGTTGGAAGAATATAATCTGGATGAGAACCGTTATAGTGC
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GATCCCAGCGATGGTTGACAATCTTATTAAGAAAACTCTAGTTTGGGAAGAGGAAACGCA
CAAGTCACTTCTCTATGATGGTGTTCGGTTGGTTAACATACTAGAAGACTACAAGTTAAC
AAGGAAACAACAGGAAGAGGAAAAGAAAAGATACCGGGACCAAAAGAAGAGGCAAGATCT
CCTACTAACCCAAAGGGAATCCATATATGGATCAAAACCGAGTCCAAGAAGAAGCAGCAG
CTTCAGGAAGCCTAGTGGTTACAGCATTAGCAATGGGAATGGCTCAATGCCTCCCACGCC
TCGCAGAAGCTCAGTGGGGACAACAACACCTGACCTTCTTCTGACCCCGAGATCTTACTC
GGGTCATCATCGCCAAAACGGGTATTTTAAAGAAGTTAGGAGACTCGCTTCTACTCCTTT
AAACTATGTGGCCATACAAAAGGAAGATACTGCTTCTACTACTTACACATCGATCTATAG
CTCTGAGCCAGACTCACCTCTCCAAAGGCTGACTTTGACTCTCCTTTGCACTGAGATTCA
TGTTAGAAGTTGGATATATGTATGTGGTTAAGGATTTGGGAAGTAATCTTTAATAATGAC
GTTATCGTAAAGAAGAAGTCAGTGATGGATGAAGATGCAGACTTGTGAATACAGAAAGGT
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TAACTCTTTTTAATCTTGCAGTGAGAAAATACTATTTTTGCCGTGCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AB65TF U 1
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RD RR1AB65TF 878 0 0
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QA 1 878 1 878
DS 

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TGACTTGTTTAGGGGAGATATGGTGAGACAATGAGTATAAAATAAAACTGTATCTGTAAC
TCTTTTTAATCTTGCAGTGAGAAAATACTATTTTTGCCGTGCGG

QA 1 884 1 884
DS 



AS 1 2

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CATCCAACAAATGTTCCTCCAGAGACTCCAGCGAAGGCTGCGGAGCCAGCAGCACAGCTT
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AGTGTGACCTGAATCCACCTAGAAAAAAAGACTACTCTCTTTAGAAAACTGTTATCCCCG
CTCAAATGGAAAATTAATCAGGCTTTCATGCTATTGTCAGTGCC


BQ
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AF RR1C033TF U 1
AF RR1C033JQ C 400
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TATGGTTCTTTGGATCTCCAGTTACTTTTTTGTCAACCCGTCAAGCTTAAAGAACAGAAC
ACCACAGAAACTCCTAAAGCTGCTAAAACCACTGGGCGGATGAAAAGGTCTTCTGTTAGA
ACAGTCGGAAGTCGTGGAGATGTTGCTTCTTCAGAGCAGACTGAGAATGGTCGGGAAATT
ATGGAAACTCATCAAGCTACTGCTCTTGCTGAGCTGAAAATTACTGTTCCAGAGACGGTA
GAGAATAATACAGAGGTTTCAGCTGAGACAGAAGCTAGTTCCGTAGCTGGTGGAAGTTCT
CATCCAACAAATGTTCCTCCAGAGACTCCAGCGAAGGCTGCGGAGCCAGCAGCACAGCTT
GCTCCAGAAACCCCAGCAAGGACATCAGAGCAAACAGGGATTGCTCCAGAAACACCAGTA
GTCTCTGAGCAAGTAGAGATTGCTCCTGAAACGCCCGTGAGGGAATCAATGTCGAAGAGA
TATTTCAACGACCATGAGACCTTTGAACAAGAAACAAGACCTGGAAACTCCTTCACATCC
TTTGAAGAGCGCCCGTCAGAAATTTGCGAGGATA

QA 1 634 1 634
DS 

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CCTGGAAACTCCTTCACATCCTTTGAAGAGCGCCCGTCAGAAATTTGCGAGGATAGAAGG
GACCTTGATGCAATTTTGATGAACGAGGAGCAGGTGAATGCACATGATGAAACAGAGGAC
CTGCAACAAGAGACATGGTCAGCAAGAACAAGGAATGTGGCGAAATTCCTGGAGAAGAAC
TCAGAAGGAAAGCGCGAGACTCTTCTACGAGACTTTGGTGTTGAAGACGAGAGGTTACTT
GGAAGTGAAGCAAGATAATCCATATAGTGATATTTTTCTCTCTCGGTTCACCAGACAACA
AGAAGCTTGTTGAAAAAGCGCTATAGCTAGGTTTCTTCTCTCCAGTTTAGGTTTTCTAAG
AAGTATCTGTGGATCAAAGTTGATTAGGTTTTTGGAGTTTTAGCCTTTTTGCTTTAAAAC
CTGTAGACTTGTAGAGTGATCAGTGTGACCTGAATCCACCTAGAAAAAAAGACTACTCTC
TTTAGAAAACTGTTATCCCCGCTCAAATGGAAAATTAATCAGGCTTTCATGCTATTGTCA
GTGCC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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ACCGCAAACTCCACCGGCTCGAGTCGTTTCGATTTATCCTCCTCCGCTGACTCGCCTCCT
CCCAAGCTCTCTCTCTCCCCCGATCAACTCAGCTACTGCCACCAATCTCTCAAGATTCTC
CGTGAGAAGATCTCAGATCCTGACTCCATCTCTCGGGAGTTCGCGAATCTGCAGGCTAAT
AGGATGAGAGCGTCGGATATGCTACTAAACGCTACAGTGGCTATGAACAATGTCAATTTC
GATAAGAACAGATACACCGACGTTTTGCCATTTGATGAGAATAGAGTTGTTCTGAGTCCG
TGCAAAGATGCAGATGGATATGTGAATGCAAGCTTGATTAAGGCGTCGTCGTCTGAGAGT
GTTTCTGAGTTTATTGCTACGCAAGGTCCTCTACAACGCACGACGGAGGACTTTTGGGAG
ATGGTGGTTCAGCAGCACTGTCCCGTCAT


BQ
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AF RR1GU75TF U 1
AF RR1GU27TF U 6
BS 1 136 RR1GU75TF
BS 137 137 RR1GU27TF
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RD RR1GU75TF 501 0 0
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ACGGGCAATCTCACTTCTTCCTGCCGCCGCGCTAAACCCCGCCGCCGATCGATCATGGCT
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CCCAAGCTCTCTCTCTCCCCCGATCAACTCAGCTACTGCCACCAATCTCTCAAGATTCTC
CGTGAGAAGATCTCAGATCCTGACTCCATCTCTCGGGAGTTCGCGAATCTGCAGGCTAAT
AGGATGAGAGCGTCGGATATGCTACTAAACGCTACAGTGGCTATGAACAATGTCAATTTC
GATAAGAACAGATACACCGACGTTTTGCCATTTGATGAGAATAGAGTTGTTCTGAGTCCG
TGCAAAGATGCAGATGGATATGTGAATGCAAGCTTGATTAAGGCGTCGTCGTCTGAGAGT
GTTTCTGAGTTTATTGCTACG

QA 1 501 1 501
DS 

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GGGA
AAAAAAAAATAACCTAAAGAAAGAAAAGGTCGATTCTCTCCGCCTCACACGACGGGCAAT
CTCACTTCTTCCTGCCGCCGCGCTAAACCCCGCCGCCGATCGATCATGGCTACCGCAAAC
TCCACCGGCTCGAGTCGTTTCGATTTATCCTCCTCCGCTGACTCGCCTCCTCCCAAGCTC
TCTCTCTCCCCCGATCAACTCAGCTACTGCCACCAATCTCTCAAGATTCTCCGTGAGAAG
ATCTCAGATCCTGACTCCATCTCTCGGGAGTTCGCGAATCTGCAGGCTAATAGGATGAGA
GCGTCGGATATGCTACTAAACGCTACAGTGGCTATGAACAATGTCAATTTCGATAAGAAC
AGATACACCGACGTTTTGCCATTTGATGAGAATAGAGTTGTTCTGAGTCCGTGCAAAGAT
GCAGATGGATATGTGAATGCAAGCTTGATTAAGGCGTCGTCGTCTGAGAGTGTTTCTGAG
TTTATTGCTACGCAAGGTCCTCTACAACGCACGACGGAGGACTTTTGGGAGATGGTGGTT
CAGCAGCACTGTCCCGTCAT

QA 5 564 5 564
DS 



AS 1 2

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TCAATCCTTCGCAAGCTCGCCGTGACTCTTCACCATCTCCTCCATCCTTTTTTTTTTCAC
CACCATTTCCAGCGACTCGGATCACCACCATCACCACCATCTCATCCATCCTTTTTTTTT
CACCACCATCACCACCATCACCACCACCATCTCCTCCATCCCTCCTCCTCCGCCGTCGTT
TTGGATTTCGATCAGATACCGACGACGCTCCGGCGCCAAACTCCGCCAATCCTTCGCAAG
CCTCGCCGTGGCTCCTCACCATCTCCTCCATCCCTCTTTTTTTCACCACCATCTGCAACA
AAATCTTCTCAACTCTTTTTTAAAAATATCTTATCCCACCCGAAAATATCTTCTCCTCTT
CTAAAATATTTTATCCTCATCAAAATATCTTCTTCTCTTATCTTCACTTGACATCTCGAA
AATAACCGGTTTTAAAAGCATGTTTACCTTCTCAATAGCC


BQ
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AF RR1D308TF U 1
AF RR1D308JQ C 179
BS 1 520 RR1D308TF

RD RR1D308TF 520 0 0
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TCAATCCTTCGCAAGCTCGCCGTGACTCTTCACCATCTCCTCCATCCTTTTTTTTTTCAC
CACCATTTCCAGCGACTCGGATCACCACCATCACCACCATCTCATCCATCCTTTTTTTTT
CACCACCATCACCACCATCACCACCACCATCTCCTCCATCCCTCCTCCTCCGCCGTCGTT
TTGGATTTCGATCAGATACCGACGACGCTCCGGCGCCAAACTCCGCCAATCCTTCGCAAG
CCTCGCCGTGGCTCCTCACCATCTCCTCCATCCCTCTTTTTTTCACCACCATCTGCAACA
AAATCTTCTCAACTCTTTTTTAAAAATATCTTATCCCACCCGAAAATATCTTCTCCTCTT
CTAAAATATTTTATCCTCATCAAAATATCTTCTTCTCTTATCTTCACTTGACATCTCGAA
AATAACCGGTTTTAAAAGCATGTTTACCTTCTCAATAGCC

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR1D308JQ 342 0 0
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TTTTGGATTTCGATCAGATACCGACGACGCTCCGGCGCCAAACTCCGCCAATCCTTCGCA
AGCCTCGCCGTGGCTCCTCACCATCTCCTCCATCCCTCTTTTTTTCACCACCATCTGCAA
CAAAATCTTCTCAACTCTTTTTTAAAAATATCTTATCCCACCCGAAAATATCTTCTCCTC
TTCTAAAATATTTTATCCTCATCAAAATATCTTCTTCTCTTATCTTCACTTGACATCTCG
AAAATAACCGGTTTTAAAAGCATGTTTACCTTCTCAATAGCC

QA 1 342 1 342
DS 



AS 1 2

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TAGAACCGGAGCAGACTCTCCCTTCCTCCACAAGGCACGCTCAGGTAAAACAGAGATCAG
AGAACTCGAAGCAGTGTTCAAAAAGTTCGACGTGAATGGAGACGGTAAGATCTCCTCCAA
AGAGCTCGGTGCAATAATGACAAGCCTAGGTCACGAGGTTCCAGAGGAAGTGCTGCAGAA
GGCCATAACGGATATCGACCGTAAAGGAGACGGTTACATAAACTTCGAGGAGTTCGTTGG
GCTGAACACGAAAGGGATGGATCAGAACGAGGTGTTGGAGAATCTGAAAGATGCGTTCTC
TGTTTATGATATCGACGGGAACGGGTCGATCTCGGCGGAGGAGCTGCATGAGGTTTTGAG
GAGTCTTGGAGATGAGTGTTCGATCGCGGAGTGTAGGAAGATGATTGGTGGTGTGGATAA
GGATGGTGATGGGACGATTGATTTTGAGGAGTTTAAGATTATGATGACGTTGGGATCAAG
GCGTGATAATGTTATGGGAGGTGGTCAGAGGTAGAGTTTCATGGCTTCATCCTCCTAGCT
TTCTCGGTTTCGTCATCCATTGTTGATTATTCCACCATTGTTTCAGTCTTTTTTTTTCTT
GTTCTTTGGGATTTTTCATGCTAAAGTTATTCTTTTATAAAAACATTTAATGTAACTCTT
TTTGTTTTATCAC


BQ
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AF RR1AG15JQ C 1
AF RR1AG15TF U 1
BS 1 733 RR1AG15TF

RD RR1AG15JQ 733 0 0
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TTTGTTTTATCAC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1AG15TF 733 0 0
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GGCCATAACGGATATCGACCGTAAAGGAGACGGTTACATAAACTTCGAGGAGTTCGTTGG
GCTGAACACGAAAGGGATGGATCAGAACGAGGTGTTGGAGAATCTGAAAGATGCGTTCTC
TGTTTATGATATCGACGGGAACGGGTCGATCTCGGCGGAGGAGCTGCATGAGGTTTTGAG
GAGTCTTGGAGATGAGTGTTCGATCGCGGAGTGTAGGAAGATGATTGGTGGTGTGGATAA
GGATGGTGATGGGACGATTGATTTTGAGGAGTTTAAGATTATGATGACGTTGGGATCAAG
GCGTGATAATGTTATGGGAGGTGGTCAGAGGTAGAGTTTCATGGCTTCATCCTCCTAGCT
TTCTCGGTTTCGTCATCCATTGTTGATTATTCCACCATTGTTTCAGTCTTTTTTTTTCTT
GTTCTTTGGGATTTTTCATGCTAAAGTTATTCTTTTATAAAAACATTTAATGTAACTCTT
TTTGTTTTATCAC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL7466Contig1 913 2 4 U
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CGAGCTGTTAGGGTTTGCGATATTTTAGGCTTGTTTCGGTTTAGTTTGATCTCAAAGATT
AAGAAAAAAAGGGACTAGGGCTTTGTCTTGTCGCACTCTTTGGAAGCTCTGGTTTAAGTT
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TCTCGTTGCTTGT


BQ
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AF RR1FN76TF U 1
AF RR1FN76JQ C 427
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BS 679 679 RR1FN76JQ
BS 680 746 RR1FN76TF
BS 747 913 RR1FN76JQ

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GGATCGTCTCGTCAAGGAGGAGTGAAAGAGAAAGAAAAAAAATATGCGAAAGTCGTTCAA
GGATTCACTCAAAGCTCTCGAAGCTGATATCCAGTTCGCCAATACCCTGGCATCTGAGTA
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AGGGATAAACGATGTAGAAGAAAGGAAGCAAAAGGAGATATGCGAGAAAAGATACCGGAG
AAAGGACACAACAGAGAAAGGAAAGATGTCAGAGGTGGATTTGGAGAGGGAAGAAGAGTG
TGGCATTTGCTTGGAGAT*CGCAATAAAGTTGTTCTTCCTACTTGTAATCACTCCATGTG
CATAAATTGCTACAGAGACTGGCGGT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1FN76JQ 487 0 0
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TTGCTACAGAGACTGGCGGTTGAGGTCACAGTCGTGCCCGTTCTGTAGAGGGAGCTTGAA
AAGAGTGAATTCTGGTGATCTATGGGTTTACACTTCGAGCAGGGAGATAGTGGAGTTACC
GGAGATATACAAGGAGAATGTGAAGAGGTTGTTAATGTACATTGACAAATTGCCTCTCGT
TGCTTGT

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

CO CL7467Contig1 811 2 2 U
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AAAGAGTTATTTACTCTTTCACCCCACTACAACCACGACCACACATTCAATGTCTCTCTC
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TGCTGCAGGGGCTAAATCATCCTAAAGTTTACATCATTTTCAGTCTATGGAACATGATTT
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CTTCTCGAGGCAACTCTTTTTATTTCTGTCACAGATGGTTATGTTTTCGTCTGCTTAGTT
TTGTATAATATACTATTACGAATTTGACCAA


BQ
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AF RR1G195TF U 1
AF RR1G195JQ C 266
BS 1 544 RR1G195TF
BS 545 811 RR1G195JQ

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TGCT

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DS 

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GACCAA

QA 1 546 1 546
DS 



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BQ
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AF RR1BR19TF C 1
AF RR1BR19JQ U 8
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BS 8 742 RR1BR19JQ
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BS 744 767 RR1BR19JQ

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DS 

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CGCAACTTCTTCTAAGTACTTTTCATTCAGTTTCACACACTGCTGATCACCACGTTTAAC
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TTTCTTCTCCGGCAAGGAAGAATCAGGGATGAGAAAATAGATACTTCCTCGCTTGAGCTC
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GACATGGTTTGGGTTTGCTTGGAGGATCTCCCCGGCGGTTATTGAGCGTGTGATCTCATC
GACGTGGCCGTTTAGATGGACGATCCTGATCAAGTCCAGCGCTCCACATGGAAGAACACA
AGCTAGACAACACCTTAGACTGTTTCCCATCTCTCTCTTTAATTAAAACTTCTCACACTT
TCTTTTGATTTTTTT*CCCTATATTAGAGAGTTTTGTGCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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ACAAATGGAAGCAAGATTCTCTCTTGATTCCATTCTCAGTTTGATTGCTGCTTTATCAGA
AGATCTCGAGGAGGAATTTGTTCCCTTCCTTCCACGAGTTGTCAACTCGTTATTAATTAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BX20TF U 1
AF RR1BX20JQ C 137
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RD RR1BX20TF 724 0 0
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ACAAATGGAAGCAAGATTCTCTCTTGATTCCATTCTCAGTTTGATTGCTGCTTTATCAGA
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CCTGAACAATGGTGGTCTGGAAAATGCAGAAACTATTGAGCAGATATTTACATCCTGGTC
TAAAATAATAGTAAACCTAAGGTTTTATTTCGCACGCGACATCCAAAGTGCTCTCAGGAA
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ATCG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1BX20JQ 762 0 0
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AAAGATTTTATTTCGTTTTTTGAAGAACTGTTGCCGTCTGTACAATCTCTGCAGTCAATT
AAGCGGTATTCAGTATTCATCTTCTCAAAACTCGTCTCTGAATTACAAATGGAAGCAAGA
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TTTGTTCCCTTCCTTCCACGAGTTGTCAACTCGTTATTAATTATCCTGAACAATGGTGGT
CTGGAAAATGCAGAAACTATTGAGCAGATATTTACATCCTGGTCTAAAATAATAGTAAAC
CTAAGGTTTTATTTCGCACGCGACATCCAAAGTGCTCTCAGGAATACATTGGAGCTGAGG
TACTACCCCAGTGACTTATCAATGAAAAAATATCAAAATCGATGTCACGTGTGTTGGATC
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AACCGGAAAGAGCTGCTAGAGCCGGTTTCCTCCATTATGATATGATCGTGAGGCTGTAGA
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TTGATTTCAAGTCAGTTCTATAAGTTCCATTATATTCAAGATATGAAATTTTCATATTAT
TTTTAAGAACTTAGTAATGATTCTTTAGATCTCTGCACAGCG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AM30JQ C 1
AF RR1AM30TF U 1
BS 1 736 RR1AM30TF

RD RR1AM30JQ 736 0 0
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TGCTTCCAGAGCTTGAACTTGGGAGGTGTTGTGTAAAGGCTTCATCTTGATATGCATTTG
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AATCTAGCGTAATTGATTGTTTGGCTAATTTTTCTGTGGGGGAGAGAACCCTCAAGGGAG
ATATGAAAGTGAAGTTGATCTTCTTACAACAGTAAGGATAATAGTTCACCGTAAAGAGAA
GTTTGTTATTTTTTTCGATGTTTGTGTTCTGTTATTGTGTAACGTCTGTTAAATGACATT
GTTGGTCGGTATTTTGTAGGAATTCGACTGTTACATATTCAGGAAACAAAGTTGTTTAAG
AGTTTCTTCTGTTTTG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1AM30TF 736 0 0
GGGCACCTGCGTTTAAGGTGGAGGCGGTTGATACTGTTGGATGTGGAGACAGTTTTGTGG
CTGCAATTGCATTGGGCTATATACGCAACATGCCGCTTGTTAACACCTTGACGATTGCAA
ACGCGGTTGGAGCAGCAACCGCGATGGGGTGTGGAGCAGGAAGAAATGTTGCGAAAAGGC
ATCAAGTGGTGGATCTCATTAAGTCGTCGAAACTCAACGATGAAGGAAACTTGTTAAAAG
AACTACTCGCCGAAAATCCGGAAACTCCTAAAGTCAATCTTCTTTCAAAAGGGTTGAGAA
AGGACGGAAGCAACAAGCAGCAGGTAGAAGTAATCTCAATGGAAAAAGTGGTTTCTGAGT
TGCTTCCAGAGCTTGAACTTGGGAGGTGTTGTGTAAAGGCTTCATCTTGATATGCATTTG
TGAAACAGACTCAAAGTTCTTGGAGAGATTTTGATGGCGCGGGGAAGCTTGTGATGAAGA
AATCTAGCGTAATTGATTGTTTGGCTAATTTTTCTGTGGGGGAGAGAACCCTCAAGGGAG
ATATGAAAGTGAAGTTGATCTTCTTACAACAGTAAGGATAATAGTTCACCGTAAAGAGAA
GTTTGTTATTTTTTTCGATGTTTGTGTTCTGTTATTGTGTAACGTCTGTTAAATGACATT
GTTGGTCGGTATTTTGTAGGAATTCGACTGTTACATATTCAGGAAACAAAGTTGTTTAAG
AGTTTCTTCTGTTTTG

QA 1 736 1 736
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TAT


BQ
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10 10 10 

AF RR1DZ76TF U 1
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DS 



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BQ
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RD RR1BH86TF 692 0 0
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ACGGCCAAGAAAGATCCAACGCTGAAGACTTCGTTTACGGAGTGCCACAAGGCCTACTTG
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AACTACGACGTCAGGTCTTCGATCGACCACATGAGGCGCGTGATGGAATTGATTGGGAAA
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ATCTTGCAGCTGGAGCAGCTGATGCCGTGGACGACGATGACGAGAACATCCACCGTCGCG
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AAGTATATTATCATGTATATAAAATACAAAGT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

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TTTTCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CF06TF U 1
AF RR1FU26TF U 1
BS 1 692 RR1CF06TF
BS 693 787 RR1FU26TF

RD RR1CF06TF 692 0 0
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GTTAAGAATCGTGGAAAACAATCAATTCCTTTCTCAATAAGAAGATCTCGAGCTGGCTTC
TCTGATTCTTTCTCTTCTCATGATGAAGAACAAATAGCAACATTCTGCACCAACAAATCA
GAATCAGACGATGATCTACTAAGTATAGAATCTGAAACATTATCATCTTCCGTGTTGAGC
ACGTCAGACACATCATCATCAGAAGCTAATCATCATCCCCACAATCGCCGTCATCATCAC
TCGCATGTAGGTCCTACCAACGGTCACTGGAGAGGTTTCCACCGTTTACTCAAGAAAGGA
TCATCAGCTATGCCGTTCAATACATTCTCACATCTCAAAGGAGTCCCTAAACTAACCAGA
CGCAAGAGCAAACGCATAAAAGACAACATGGTCCCTGCTCTACCTGCTGCTGCTCTTGAC
ACTGATGACTTGTTCCTTTTCAAACCTTCCTGGAAAAATTATTCCCTCCAAGATATTCAA
ACCGCGACAAATGGCTATAGCCCTGAGAATCTGATCGGAGAAGGAGGATATGCAGAGGTC
TACAAGGGAGAGATGGCAGATGGGCAGATAGTAGCAATAAAGAAACTGACTAGAGGGTCT
GCGGAAGAGATGACGATGGATTATTTGTCAGA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1FU26TF 787 0 0
GGATCAGAAACTCTTGCTTCCACGACAACGTCTTCTCCGTCTCCCTCCGACGATGTAAAC
GTTAAGAATCGTGGAAAACAATCAATTCCTTTCTCAATAAGAAGATCTCGAGCTGGCTTC
TCTGATTCTTTCTCTTCTCATGATGAAGAACAAATAGCAACATTCTGCACCAACAAATCA
GAATCAGACGATGATCTACTAAGTATAGAATCTGAAACATTATCATCTTCCGTGTTGAGC
ACGTCAGACACATCATCATCAGAAGCTAATCATCATCCCCACAATCGCCGTCATCATCAC
TCGCATGTAGGTCCTACCAACGGTCACTGGAGAGGTTTCCACCGTTTACTCAAGAAAGGA
TCATCAGCTATGCCGTTCAATACATTCTCACATCTCAAAGGAGTCCCTAAACTAACCAGA
CGCAAGAGCAAACGCATAAAAGACAACATGGTCCCTGCTCTACCTGCTGCTGCTCTTGAC
ACTGATGACTTGTTCCTTTTCAAACCTTCCTGGAAAAATTATTCCCTCCAAGATATTCAA
ACCGCGACAAATGGCTATAGCCCTGAGAATCTGATCGGAGAAGGAGGATATGCAGAGGTC
TACAAGGGAGAGATGGCAGATGGGCAGATAGTAGCAATAAAGAAACTGACTAGAGGGTCT
GCGGAAGAGATGACGATGGATTATTTGTCAGAACTAGGGATCATAGTTCATGTAGATCAT
CCAAACATTGCTAAGCTTATTGGATATTGTGTTGAAGAGGAATGCATCTTGTTCTTGAGC
TTTTCCT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL7475Contig1 879 2 2 U
GGGTAACATCGGTTCCACTTCAACAACACGGCACAGTAGAAGAGAAAGAAAAATCAAAAC
CCAAACTTATCGGCAAAGAGATCGCAAAACCCATGATCTTATTCTTATACACACGATCCC
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TTCAAAACGGTGGAGATGATGAATCGAGTTCTGATAGCTGTAGTAGTGGCATTAGCTCTT
GTAGCTTCGTCGGCGTTACTACCGGTGGAAGGGAAGAAGCCCTTGTCATCGGCTCCGAGA
AAGGAGGGTGTTCCGTATATCAAGTGTCAGGTGTGCGAGAAGCTAGCTTCGCGGCTGCAC
AAGCTAGTGAAGGATAAGCAAGCTGAGATCTCCCCCAAGAAGATCTCGGAGTATGAGATC
ATTGAGATTGCTGAAATGGACAAGATCATGAGATCTATGCAGGGTATGCCAGGAGCACCT
GGCATGAAGGTATACTCTAGGGAAGATTTAGAGAAGTACAAAGCGAACCCTAAAAAATTC
GGTACTGAAGATGAAGATGGTGACGACGATGATGAAGACAGTCACTAAGTTACTCAAGGA
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GAAAGGATCTTCTTCTTCGAAGAAACCTAAATCCGGGAAATCTGAACTATAGGAGGATAA
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AAAAGTGTTGAGAGAGACATCAGTGTTCTGTAAACACGAAAAAAAGGAACATACAAATGT
AATGGTTTTAGATCAAAATCATGAATTCAAGTTTGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A950TF U 1
AF RR1A950JQ C 18
BS 1 709 RR1A950TF
BS 710 879 RR1A950JQ

RD RR1A950TF 709 0 0
GGGTAACATCGGTTCCACTTCAACAACACGGCACAGTAGAAGAGAAAGAAAAATCAAAAC
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TTCAAAACGGTGGAGATGATGAATCGAGTTCTGATAGCTGTAGTAGTGGCATTAGCTCTT
GTAGCTTCGTCGGCGTTACTACCGGTGGAAGGGAAGAAGCCCTTGTCATCGGCTCCGAGA
AAGGAGGGTGTTCCGTATATCAAGTGTCAGGTGTGCGAGAAGCTAGCTTCGCGGCTGCAC
AAGCTAGTGAAGGATAAGCAAGCTGAGATCTCCCCCAAGAAGATCTCGGAGTATGAGATC
ATTGAGATTGCTGAAATGGACAAGATCATGAGATCTATGCAGGGTATGCCAGGAGCACCT
GGCATGAAGGTATACTCTAGGGAAGATTTAGAGAAGTACAAAGCGAACCCTAAAAAATTC
GGTACTGAAGATGAAGATGGTGACGACGATGATGAAGACAGTCACTAAGTTACTCAAGGA
GAAAGGAGAGTCTCTGAGGGGAAAGATGAAGATGGTGTCGAACCGGGTGAGGAGATGGTG
GAAAGGATCTTCTTCTTCGAAGAAACCTAAATCCGGGAAATCTGAACTA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1A950JQ 862 0 0
CTTCAACAACACGGCACAGTAGAAGAGAAAGAAAAATCAAAACCCAAACTTATCGGCAAA
GAGATCGCAAAACCCATGATCTTATTCTTATACACACGATCCCGTGCTATATAACTCGCT
TAAAGTCTCCAGCTTTACGAGAGAAGTCTCTGTCTTTTATCCATTCAAAACGGTGGAGAT
GATGAATCGAGTTCTGATAGCTGTAGTAGTGGCATTAGCTCTTGTAGCTTCGTCGGCGTT
ACTACCGGTGGAAGGGAAGAAGCCCTTGTCATCGGCTCCGAGAAAGGAGGGTGTTCCGTA
TATCAAGTGTCAGGTGTGCGAGAAGCTAGCTTCGCGGCTGCACAAGCTAGTGAAGGATAA
GCAAGCTGAGATCTCCCCCAAGAAGATCTCGGAGTATGAGATCATTGAGATTGCTGAAAT
GGACAAGATCATGAGATCTATGCAGGGTATGCCAGGAGCACCTGGCATGAAGGTATACTC
TAGGGAAGATTTAGAGAAGTACAAAGCGAACCCTAAAAAATTCGGTACTGAAGATGAAGA
TGGTGACGACGATGATGAAGACAGTCACTAAGTTACTCAAGGAGAAAGGAGAGTCTCTGA
GGGGAAAGATGAAGATGGTGTCGAACCGGGTGAGGAGATGGTGGAAAGGATCTTCTTCTT
CGAAGAAACCTAAATCCGGGAAATCTGAACTATAGGAGGATAATTCAAACTTGCTCTGTG
TTTTAGCTGTCTTTGTTTAGTTTCTTATCTATCTTTTCAAGAGAAAAGTGTTGAGAGAGA
CATCAGTGTTCTGTAAACACGAAAAAAAGGAACATACAAATGTAATGGTTTTAGATCAAA
ATCATGAATTCAAGTTTGAAGC

QA 1 862 1 862
DS 



AS 1 2

CO CL7476Contig1 1095 2 2 U
GCGATATGATGGCAAACGAAGTGGGAACCGAGAGACAAGCGTTTGGTTCATCTGAAGAAG
AAGATGATGAATCTCGAGCTGGAAATGCCAACAATTTGTTACAGATCACTCAACAACAAC
AACAACCGCTAGCTCCTGTTGTTGTTGATTGGGAGAGATATCTCCCAGTTAGATCGCTTA
AGGTTCTTCTGGTGGAGAATGATGACTCAACCCGCCATATTGTTACCGCTCTCTTGAAGA
ACTGCAGCTATGAAGTTACTGCTGTTCCGGATGTCCTTGAAGCCTGGACAGTCCTAGAAG
ACGAGAACAGTTGCATCGACCTTGTCTTAACGGAGGTTGTTATGCCTGTGAACTCTGGAA
CCGGTCTGTTGTCCAAGATTATGAGCCATAAGACACTTAAGAACATCCCTGTCATAATGA
TGTCATCTCATGATTCCATGGTTCTGGTGTTCAAGTGTTTGTCGAATGGTGCTGTTGATT
TCCTCGTGAAACCTATTAGAAAGAACGAGCTGAAGAATCTTTGGCAGCATGTCTGGAGAA
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AAACTGAAAGCACTGAAGGGTCAGAAGACGATGATGCCATCATGAGTGATGAAGAAGATC
AAGGGAATGATAATGGATTGAGTAACGGAGATGGTGGGAGCGATAACGGGAGTGGAACTC
AGAGCTCTTGGACCAAAAGAGCCAGTGATGTTAACAAACTGAAAGAGGTTGAAGATGAGC
ATGGACAAATAGGCAGGGGATCCAGGCAAGACAGTGTATGATGAGTAAGGAAGCTGAAGA
AGAAGCAGGAAATCTAGAGAGGGATGCAAAGTATTCTTCTGTTCAAGCTTTGGAGAGAAA
CAGTGATGACATGCTGAATCGCTCACAAGTAGGAAACAAAACACCATCTAATCCTCCAGA
AGATTTGCAATCACTCGAGCTAACTCTGACAAAACCAAGAGAGACTGGAGATCAGATAGT
CAATGTTCTGAAGCAGTCAAATCACTCTGCATTCTCAAAATACGATAACGGTGCTACTTC
TGCTAAAAAGTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GA72TF U 1
AF RR1GA72JQ C 373
BS 1 617 RR1GA72TF
BS 618 1095 RR1GA72JQ

RD RR1GA72TF 624 0 0
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AAGATGATGAATCTCGAGCTGGAAATGCCAACAATTTGTTACAGATCACTCAACAACAAC
AACAACCGCTAGCTCCTGTTGTTGTTGATTGGGAGAGATATCTCCCAGTTAGATCGCTTA
AGGTTCTTCTGGTGGAGAATGATGACTCAACCCGCCATATTGTTACCGCTCTCTTGAAGA
ACTGCAGCTATGAAGTTACTGCTGTTCCGGATGTCCTTGAAGCCTGGACAGTCCTAGAAG
ACGAGAACAGTTGCATCGACCTTGTCTTAACGGAGGTTGTTATGCCTGTGAACTCTGGAA
CCGGTCTGTTGTCCAAGATTATGAGCCATAAGACACTTAAGAACATCCCTGTCATAATGA
TGTCATCTCATGATTCCATGGTTCTGGTGTTCAAGTGTTTGTCGAATGGTGCTGTTGATT
TCCTCGTGAAACCTATTAGAAAGAACGAGCTGAAGAATCTTTGGCAGCATGTCTGGAGAA
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AAACTGAAAGCACTGAA
AGGGTCA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1GA72JQ 723 0 0
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ATTCCATGGTTCTGGTGTTCAAGTGTTTGTCGAATGGTGCTGTTGATTTCCTCGTGAAAC
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CTAGCGGCAGTGGGAGTGAGAGTGGGATACATGACAAGAAGTCAGTGAAAACTGAAAGCA
CTGAAGGGTCAGAAGACGATGATGCCATCATGAGTGATGAAGAAGATCAAGGGAATGATA
ATGGATTGAGTAACGGAGATGGTGGGAGCGATAACGGGAGTGGAACTCAGAGCTCTTGGA
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GCTGAATCGCTCACAAGTAGGAAACAAAACACCATCTAATCCTCCAGAAGATTTGCAATC
ACTCGAGCTAACTCTGACAAAACCAAGAGAGACTGGAGATCAGATAGTCAATGTTCTGAA
GCAGTCAAATCACTCTGCATTCTCAAAATACGATAACGGTGCTACTTCTGCTAAAAAGTA
TCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL7477Contig1 768 2 2 U
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AAGAAAACCCCTAACTTGTTGCCCAAGTCAACTCCAAAATGCAGCCGCAATCAGACGTTT
TCAACCTCCGTAACTACATAAACTCCTCGATCCCATCTCCATATCCTTCCCATTTACCGA
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CTACAAACATTCCACCATCCATGAGCCTAAGTAGCAACTCGACATCAGATGAAGCAGAAG
AGCAGCAGCCGGACGAAAACATAATCAACGAGCGGAAGCAGAGAAGGATGATATCAAATA
GAGAATCCGCAAGAAGGTCACGTATGAGGAAGCAGCGACACCTTGACGAGCTTTGGTCTC
AGGTGATGTGGTTTAGGGTCGAGAATCATCAGTTGCTTGATAAACTTAACAATCTCTCTG
AGTCTCACGAAAAGGTTCTTCAAGAGAATATTCAGCTTAAAGAGGAAACATCTGAGCTAA
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TCCCCATCGAATAGAGCATTTTTACCCCCAAGCACCGACGTTCATATATGAATTATGTGT
TTTATGTTCGGAGAATTTTTTAGTTTACCAAGACTCCAAGAGGATGCAGTAATTTTAAAA
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BQ
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AF RR1FE64TF U 1
AF RR1FE64JQ C 77
BS 1 670 RR1FE64TF
BS 671 768 RR1FE64JQ

RD RR1FE64TF 674 0 0
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AAGAAAACCCCTAACTTGTTGCCCAAGTCAACTCCAAAATGCAGCCGCAATCAGACGTTT
TCAACCTCCGTAACTACATAAACTCCTCGATCCCATCTCCATATCCTTCCCATTTACCGA
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CTACAAACATTCCACCATCCATGAGCCTAAGTAGCAACTCGACATCAGATGAAGCAGAAG
AGCAGCAGCCGGACGAAAACATAATCAACGAGCGGAAGCAGAGAAGGATGATATCAAATA
GAGAATCCGCAAGAAGGTCACGTATGAGGAAGCAGCGACACCTTGACGAGCTTTGGTCTC
AGGTGATGTGGTTTAGGGTCGAGAATCATCAGTTGCTTGATAAACTTAACAATCTCTCTG
AGTCTCACGAAAAGGTTCTTCAAGAGAATATTCAGCTTAAAGAGGAAACATCTGAGCTAA
AGCAGGTGATTAGTGATATGAAAATTCAAAGCCCTTTCTCTTGCTTCAGAGACGATATAA
TCCCCATCGAATAGAGCATTTTTACCCCCAAGCACCGACGTTCATATATGAATTATGTGT
TTTATGTTCG
AGAA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1FE64JQ 692 0 0
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CATAAACTCCTCGATCCCATCTCCATATCCTTCCCATTTACCGACATCGTCTCCATATCC
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ATCCATGAGCCTAAGTAGCAACTCGACATCAGATGAAGCAGAAGAGCAGCAGCCGGACGA
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GGTCGAGAATCATCAGTTGCTTGATAAACTTAACAATCTCTCTGAGTCTCACGAAAAGGT
TCTTCAAGAGAATATTCAGCTTAAAGAGGAAACATCTGAGCTAAAGCAGGTGATTAGTGA
TATGAAAATTCAAAGCCCTTTCTCTTGCTTCAGAGACGATATAATCCCCATCGAATAGAG
CATTTTTACCCCCAAGCACCGACGTTCATATATGAATTATGTGTTTTATGTTCGGAGAAT
TTTTTAGTTTACCAAGACTCCAAGAGGATGCAGTAATTTTAAAAACTAAAAACATTAGTA
TTATTGAAGAATATATATAAGTGTTGTTGGCC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7478Contig1 661 2 2 U
TTTTTTGGGAAATTTCAAGAAGACTGGTCATGTTAATTGTTTTTGAACGTGTCTTTGCAG
ATTAATAGCAGTTTCTAGTGGTAGATCAGATCATCAAGAAAGGGTTTTGAGAATGTCGAC
AAACATATTCTGGCAAGAATCACCCATTGGGAAAACTGAGAGGCAGAAGCTGATAAACCA
GAAGGGTTGTGTGGCGTGGATCACAGGGCTCAGTGGCTCATCTTTTATCGAGGTTTACAT
GAACATGTCTCTACAATTGTGCGAAGCAAGAGACCCTAAAGGCTTATACAAGCTTGCACG
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TGAGAGCTGAAAGAGAAGGAAGGAGAGTGTCCTTCACCTGTAGCAATGGCAGAGGAAGTC
ATCGCTTATTTAGAAGACAAAGGCTTCCTTCAAAACCAGTAGTAGTAACCCCTCCACCAC
CATGAATCCAACAAAGTCACATTTGATTTGATTTTATTTATGTTTCTTTCACTCTCCTGA
AATAATGCATATCATAAAGAAGTTTGAACTATGAAAGACATATTGTAGCTTTCTTCCTTT
GCAACTTACTTTTTCTTGTTTTCTTATAAAAAAAAGAATAATAAAAGCAAACAAGTCATG
C


BQ
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10 

AF RR1GL23TF U 1
AF RR1GL23JQ C 1
BS 1 621 RR1GL23TF
BS 622 661 RR1GL23JQ

RD RR1GL23TF 621 0 0
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GCAACTTACTTTTTCTTGTTT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR1GL23JQ 661 0 0
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ATTAATAGCAGTTTCTAGTGGTAGATCAGATCATCAAGAAAGGGTTTTGAGAATGTCGAC
AAACATATTCTGGCAAGAATCACCCATTGGGAAAACTGAGAGGCAGAAGCTGATAAACCA
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GAACATGTCTCTACAATTGTGCGAAGCAAGAGACCCTAAAGGCTTATACAAGCTTGCACG
TGCAGGAAAGATCAAAGGCTTCACAGGGATTGATGATCCATATGAATCTCCCTTGAATTG
TGAGAGCTGAAAGAGAAGGAAGGAGAGTGTCCTTCACCTGTAGCAATGGCAGAGGAAGTC
ATCGCTTATTTAGAAGACAAAGGCTTCCTTCAAAACCAGTAGTAGTAACCCCTCCACCAC
CATGAATCCAACAAAGTCACATTTGATTTGATTTTATTTATGTTTCTTTCACTCTCCTGA
AATAATGCATATCATAAAGAAGTTTGAACTATGAAAGACATATTGTAGCTTTCTTCCTTT
GCAACTTACTTTTTCTTGTTTTCTTATAAAAAAAAGAATAATAAAAGCAAACAAGTCATG
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL7479Contig1 750 2 3 U
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CTATTCACTAGATGGGGAGGGGTGGGTACAGAGGTTTTTGGTTGCTAAGCTAAAACCAAA
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GATGCTCCAGATACTGTTGCATGTCTCATAAGCCGTCATCTTATTTGTCTCGAACTGGAA
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GATAGATCTCTGTGTCTGATTGAAATCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E218JQ U 8
AF RR1E218TF C 1
BS 1 7 RR1E218TF
BS 8 703 RR1E218JQ
BS 704 750 RR1E218TF

RD RR1E218JQ 696 0 0
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GGTATAACTTTTGTGACAGAAGCGTACATAGAGAGCTTTTTCTCAGCTCTCAAGTCGTCA
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QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1E218TF 750 0 0
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GATGCTCCAGATACTGTTGCATGTCTCATAAGCCGTCATCTTATTTGTCTCGAACTGGAA
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GTCGTCACGCTCTTTTCTCTTAATAGATTGCCTCTGTTCATCAACAGACGTCAATTGTGC
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GATAGATCTCTGTGTCTGATTGAAATCCTC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL7480Contig1 1138 2 2 U
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CTTCTTCTTCTTCCGTATCTGCGATTCTCTGATCGGATCCCATGAAGGAGATCACTGATT
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BQ
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AF RR1DI50TF U 1
AF RR1DI50JQ C 428
BS 1 617 RR1DI50TF
BS 618 1138 RR1DI50JQ

RD RR1DI50TF 617 0 0
TTTTTTTTTCCTTCCTCTTCCTTTACCCATCTTCATGACTACGCCTAGTTTTCTGTTTGC
TTTGTCTGGTCTGTCTCATAGACTCATCTCAACCAAAAAAGAAAAAAAAAAGGAAAATCA
AAAAATTTAATTTACAAATTTCAATCTAAGAAATTGTAATGACGTGGTGGCTTCTGCTTT
GTGGGTTCATAAGTCATTGGTCAAGAAGAGAGTTTCATACCAGGAGGAATAAGACTCTTC
CTCCTACATTTAAAACTAATCCCCCTTTTCCCCTTCTCTCTTCCTCTCTCTCTACTTTTT
CTTCTTCTTCTTCCGTATCTGCGATTCTCTGATCGGATCCCATGAAGGAGATCACTGATT
CCGTCGATCCCAGGATCATGTTCAAGCATCAATCCCTTATGCAGGATTATCACGACTTGC
AAAAGGAAACAGAGTTTAAGATGAGGAAGTTGGAGATGATGAAACAGAGACGATCAAACC
TTGGCGCAGAAGTTAGGTTCTTGAGACGTAGATACAAACACTTGAAGCAAGACCAAACTC
TTGAAACATCTCCCGACATGTTGAAGGTGCCTAGTAAACAGAGTGGCAAAAGAAAGAAGT
ACTCTGCTCCTTGCAAT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1DI50JQ 711 0 0
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AGAAGTTAGGTTCTTGAGACGTAGATACAAACACTTGAAGCAAGACCAAACTCTTGAAAC
ATCTCCCGACATGTTGAAGGTGCCTAGTAAACAGAGTGGCAAAAGAAAGAAGTACTCTGC
TCCTTGCAATGAGAAGGAAGCATTGGCGTTATTAGATAATGCAAATTGTGAATTGGACAA
TAAGAATCCGAAAAGGACGAGAGGGAACGAGGTTCTGTCAAACACCACTCCTCTTCCTGA
TCTTAATGGAGATGGGAGCACTGACAAAGTCCCGACGGGCTTTGACCTAAACCAGATCTC
GAGAGAAGAAGAGGAACCGGAAGCGAATGGTGGACAAGTGCTCGCTGAGGCAACAAAGAA
GGAAGTGCTTGGTGATGGAATCGATGATCTACGTGGTGGAATGAAGTTGCCGATATGCAG
AGACGTGGAGAAAGAGTTGAACAGAACAGCGGTGAAGAGGAAGGTTTCATGGCAAGGTCC
AGTGGCTTTGAGTGTTTGAGAGGGGATTTAAGTAAGAATATCAAGTAGGATTCTGAGATA
TTGTGATTTACCCCAATATGCACATATTCTTTAAAGGGCTTTTATATATGCACAGGTGTA
GTAGATATACGAAGATTTTATCGGTTTGAATTCATAATTTTCATATGTTCC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL7481Contig1 779 2 1 U
GAGACACAAACTTTAACTTCCGATTCATTGTCTGAATAGTCATTGTGATGTTATCAACAT
GAACAAAAAGAATCGTTACAACGATAAGAGATTCTAAATCAAGAAAGAAATCTGTTCTGT
TCGAACTGATCATCCATCAAGACAGAAACTTTAGTTCCAATTCATTGTCCGAATCTCCCC
TGATCTCTCTGGTTTAAGCAAACTCCTCGTCTTCATCATCTTCCTCTTCTTCCTCGTACT
CAGAATCAGACTCCTCCTCCTCTCTTTCGGGTTGCATCAACGTACTCATATCAAAAGAAG
CTGGACCAGACTCAACTTCCTCTATATCTATAGTATCATAACTCATCCTCTGTTCGAACT
TCTCCTCTGAACAGTTCAGCATCCAAGCCAACGAACATTTAATCCCCTTCTTGAACACCC
TCTTGTGCCTCGGCTTCACCGTCGACTCCAACCCGTAAGTAAAGAACGCAGGGAAGTCCA
CGAGATCCTGAAGAGGTCTTCTCATCTCCTTTAAGAAGAACTCAAAGCTAAGCTTCATGA
TCCCAATGTTCAAAGCCAGAACCTGAGGACACCCGATCACCATCTCCCTCGTCTGATCGA
TCGAGAAGCCACACTCTTTAAGGAACGCAATGTGCTTCAGCATAGGCGACTCGCTCAAGC
TAACAAACTGTGGCATCCTCTCCACCAAAGAGCCGAGATCCTCAGGGTTTAGATCAATAG
CCGAAGAAAGCAGCTTCCTCTGCGTCTCGAGCTTAGGTTTAAGATCTATCCCCACGATC


BQ
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AF RR1GL40JQ U 2
AF RR1EY64JQ U 1
BS 1 779 RR1EY64JQ

RD RR1GL40JQ 138 0 0
G
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ACAAAAAGAATCGTTACAACGATAAGAGATTCTAAATCAAGAAAGAAATCTGTTCTGTTC
GAACTGATCATCCATCA

QA 2 138 2 138
DS 

RD RR1EY64JQ 779 0 0
GAGACACAAACTTTAACTTCCGATTCATTGTCTGAATAGTCATTGTGATGTTATCAACAT
GAACAAAAAGAATCGTTACAACGATAAGAGATTCTAAATCAAGAAAGAAATCTGTTCTGT
TCGAACTGATCATCCATCAAGACAGAAACTTTAGTTCCAATTCATTGTCCGAATCTCCCC
TGATCTCTCTGGTTTAAGCAAACTCCTCGTCTTCATCATCTTCCTCTTCTTCCTCGTACT
CAGAATCAGACTCCTCCTCCTCTCTTTCGGGTTGCATCAACGTACTCATATCAAAAGAAG
CTGGACCAGACTCAACTTCCTCTATATCTATAGTATCATAACTCATCCTCTGTTCGAACT
TCTCCTCTGAACAGTTCAGCATCCAAGCCAACGAACATTTAATCCCCTTCTTGAACACCC
TCTTGTGCCTCGGCTTCACCGTCGACTCCAACCCGTAAGTAAAGAACGCAGGGAAGTCCA
CGAGATCCTGAAGAGGTCTTCTCATCTCCTTTAAGAAGAACTCAAAGCTAAGCTTCATGA
TCCCAATGTTCAAAGCCAGAACCTGAGGACACCCGATCACCATCTCCCTCGTCTGATCGA
TCGAGAAGCCACACTCTTTAAGGAACGCAATGTGCTTCAGCATAGGCGACTCGCTCAAGC
TAACAAACTGTGGCATCCTCTCCACCAAAGAGCCGAGATCCTCAGGGTTTAGATCAATAG
CCGAAGAAAGCAGCTTCCTCTGCGTCTCGAGCTTAGGTTTAAGATCTATCCCCACGATC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL7482Contig1 1042 2 4 U
TCTTTGCTTGCAGTGAATGTGCTGCTGTTCATGTGGCTAATGCTGGTCACAATATCAAGG
ACTGCAGTGGTCCAACAAGTTCTCGACGGCGTGGTGCTCATTTATGGGTCAAAGGCACCA
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TAAAGCATGAATCCCGGTTTGACTATGAAAGAATCCCAGCGGTTGTTGAGCTATGCGTCC
AAGCTGGAGTTGAGATCCCAGAGTATCCTTCTCGAAGAAGAACACAACCAGTTAGAATGA
TGGGAAAGAGGGTGATAGATCGAGGTGGGTATGTTAAAGAGCCTGATAAAACTTGCAGCT
CGACATTATCATCTCCACTAGCTGATCTTGACACACTTGGTGCTTGTGAGAGGTATCCAC
CTCCCACGCCAGAGGAGGTACCTAAGATAGCGCAGGAAACAATGGATGCTTACGAGAAAG
TGAGATGGGGTGTGACGAAACTGATGAGGGAATACACGGTGAAAGCATGCGGGTATTGCT
CTGAAGTGCATGTAGGACCATGGGGACATAGTGTGAAGCTGTGTGGAGAGTTCAAACACC
AGTGGAGAGACGGGAAACACGGATGGCAAGATGCTCTTGTGGAGGAGGTTCTTCCTCCAA
ACTATGTATGGCATGTTAGAGACATTAAGGGAACTCCGCTTACCGGAAATCTAAAGAGGT
TTTATGGTAAAGCACCTGCTTTGGTGGAGATTTGTATGCACAGCGGAGCCAGGGTTCCTA
AATACTACAAGGCCATGATGAGGCTTGACATCATCGTTCCTGATTCACAGGAAGCCGACA
TGGTAGCATAGGTCCTTTGACATGTTCATAGTAGAACACCATTATTAGGGTAAAGAAGCT
TCAAAACATGGCTGATGATGGAATGGGCTGACAAAGCTAAGAATCTTTCTACAGTGGTTT
GACACATCTGCCTATGTACAAAAATGAATTTATTTCAGTGTAATTTGGCACTAAAATTTA
TAAGTTACTTAATATAAATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BX76TF U 1
AF RR1BX76JQ C 252
BS 1 591 RR1BX76TF
BS 592 592 RR1BX76JQ
BS 593 608 RR1BX76TF
BS 609 1042 RR1BX76JQ

RD RR1BX76TF 608 0 0
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ACTGCAGTGGTCCAACAAGTTCTCGACGGCGTGGTGCTCATTTATGGGTCAAAGGCACCA
TCAATGATGTTCTGATTCCTGTTGAGTCGTACCACATGTATGACCCTTTTGGGCGGCGTA
TAAAGCATGAATCCCGGTTTGACTATGAAAGAATCCCAGCGGTTGTTGAGCTATGCGTCC
AAGCTGGAGTTGAGATCCCAGAGTATCCTTCTCGAAGAAGAACACAACCAGTTAGAATGA
TGGGAAAGAGGGTGATAGATCGAGGTGGGTATGTTAAAGAGCCTGATAAAACTTGCAGCT
CGACATTATCATCTCCACTAGCTGATCTTGACACACTTGGTGCTTGTGAGAGGTATCCAC
CTCCCACGCCAGAGGAGGTACCTAAGATAGCGCAGGAAACAATGGATGCTTACGAGAAAG
TGAGATGGGGTGTGACGAAACTGATGAGGGAATACACGGTGAAAGCATGCGGGTATTGCT
CTGAAGTGCATGTAGGACCATGGGGACATAGTGTGAAGCTGTGTGGAGAGT*CAAACACC
AGTGGAGA

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1BX76JQ 791 0 0
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GTGATAGATCGAGGTGGGTATGTTAAAGAGCCTGATAAAACTTGCAGCTCGACATTATCA
TCTCCACTAGCTGATCTTGACACACTTGGTGCTTGTGAGAGGTATCCACCTCCCACGCCA
GAGGAGGTACCTAAGATAGCGCAGGAAACAATGGATGCTTACGAGAAAGTGAGATGGGGT
GTGACGAAACTGATGAGGGAATACACGGTGAAAGCATGCGGGTATTGTTTTGAAGTGCAT
GTAGGACCATGGGGACATAGTGTGAAGCTGTGTGGAGAGTTCAAACACCAGTGGAGAGAC
GGGAAACACGGATGGCAAGATGCTCTTGTGGAGGAGGTTCTTCCTCCAAACTATGTATGG
CATGTTAGAGACATTAAGGGAACTCCGCTTACCGGAAATCTAAAGAGGTTTTATGGTAAA
GCACCTGCTTTGGTGGAGATTTGTATGCACAGCGGAGCCAGGGTTCCTAAATACTACAAG
GCCATGATGAGGCTTGACATCATCGTTCCTGATTCACAGGAAGCCGACATGGTAGCATAG
GTCCTTTGACATGTTCATAGTAGAACACCATTATTAGGGTAAAGAAGCTTCAAAACATGG
CTGATGATGGAATGGGCTGACAAAGCTAAGAATCTTTCTACAGTGGTTTGACACATCTGC
CTATGTACAAAAATGAATTTATTTCAGTGTAATTTGGCACTAAAATTTATAAGTTACTTA
ATATAAATTAC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL7483Contig1 789 2 2 U
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ATTGAAGAAATGGTGAGATTGTTCAAATCACGTCACAGAACAAGTCACTTGTTCAAGATA
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CTCGGTGGTCACAAATGGAGACTTCGTGTGTATCCAAATGGGAGTAATCGTATGAAAGCA
AGGGGTCATGTTTCTATCTTCTTAACGAATCAAGCTTCGGTAAATGTAAAGATCGAATAT
GAGGTCTTTGTCGTCAGTCAACTAGAGCAAATATGGGAATCTTCTGGCCACAAAGTATTT
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AAGAGGAACGGGTTCCTTATTGGAGATTGTTGTATGTGTGGTGTCAAGCTTCATGGGATT
GAACCTTCTGCTTCCGGAACAGCGGAATGTTTTAGCTTAATTGAGAAACCTCCCAACCAC
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AGAAACATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT27TF U 1
AF RR1FV50TF U 1
BS 1 692 RR1DT27TF
BS 693 789 RR1FV50TF

RD RR1DT27TF 692 0 0
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CATGAATTTGTCGTTGGAAACAGGAAATGGAGAATTCAAGTTCATCCAAGAGGGTTTGAG
GAAGAAAAGACGAATCATTTTCTGTGTATCTA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1FV50TF 789 0 0
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ATTGAAGAAATGGTGAGATTGTTCAAATCACGTCACAGAACAAGTCACTTGTTCAAGATA
GACAACTTCTCGTTATTCAAAAAATACAAAATCGAGAAGGTCTATTCCTCAGTTTTTGAT
CTCGGTGGTCACAAATGGAGACTTCGTGTGTATCCAAATGGGAGTAATCGTATGAAAGCA
AGGGGTCATGTTTCTATCTTCTTAACGAATCAAGCTTCGGTAAATGTAAAGATCGAATAT
GAGGTCTTTGTCGTCAGTCAACTAGAGCAAATATGGGAATCTTCTGGCCACAAAGTATTT
GGTACCTATTCAGAACCGGTTAGCGAGGGGAGTCCAAAACTTATATCTCTTGTTGATCTT
AAGAGGAACGGGTTCCTTATTGGAGATTGTTGTATGTGTGGTGTCAAGCTTCATGGGATT
GAACCTTCTGCTTCCGGAACAGCGGAATGTTTTAGCTTAATTGAGAAACCTCCCAACCAC
AAAGTCACTTGGATGATGACCAGGTTCTCGTCTTTCGATCCTGAGAAGGTTCATCATTCT
CATGAATTTGTCGTTGGAAACAGGAAATGGAGAATTCAAGTTCATCCAAGAGGGTTTGAG
GAAGAAAAGACGAATCATTTTCTGTGTATCTAATAGAGAAGGTTCATCAACAACGCGCCA
AATACAGAGACTTACGCGAAATTAAGCTGAGGTATTGGATCAAGTAACCGCATCATGTTG
AGAAACATG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

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TTCTCCAATGCCTGCTTAAGATGGCACCTACCAAAGAAGAAGAGGCCAAGCTCAAGGAGC
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AGATGGTTAGAGAAGTAACGGAGTACTTCCATGGGAACTCGGAGTCTCATCCTTGTCGGA
TATTCACCGTGGTCAGAGACTTTCTGACGGTTCTTGATCAAGTGTGTAAAGAAGTTGGCC
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CCATCACCACGCCGCTTTTCCCCGTGGCTAACGATAACAACTCAGACAACGAAGGAGACG
AGGACTTGTTCTAAGTGAAAACCGATTTGATTCAGTGTATTTGTCTAGTGTGTTTTGGTT
TCATGTGGTCCGTACCGAAGAAAACATGTATGTTTATGTGTATTTAAATTTTGTGATGAA
AGTTATTAGATTTTTGGATGTGTTTCTGTCAGATTGTGCAAGTTGCTATCGAGTTCTGTA
GTAAGAATTATTTATGTCACGTGTAGATGTAATTATTATCGACGAAATAAAGAAGATGGG
CGGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1H846TF U 1
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GTAAGAAT
ATTTATG

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DS 

RD RR1H846JQ 749 0 0
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AACTCGGAGTCTCATCCTTGTCGGATATTCACCGTGGTCAGAGACTTTCTGACGGTTCTT
GATCAAGTGTGTAAAGAAGTTGGCCGTGTAAACGAGAGAACAGTGTACGGTTCTTCAGTA
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AACAACTCAGACAACGAAGGAGACGAGGACTTGTTTTAAGTGAAAACCGATTTGATTCAG
TGTATTTGTCTAGTGTGTTTTGGTTTCATGTGGTCCGTACCGAAGAAAACATGTATGTTT
ATGTGTATTTAAATTTTGTGATGAAAGTTATTAGATTTTTGGATGTGTTTCTGTCAGATT
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TTATCGACGAAATAAAGAAGATGGGCGGG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AACTTGCCATATGGCTGTTTCACGTGAAAAGCTGTTTATTCCTGGCGTGTGGGGACCTTT
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TTATGGCACACGTCATATTGTAGAGCATTGCAATGCTCATGGTCACAAAATTAACACACT
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GCATCTTCCGTGACTCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FL65TF U 1
AF RR1DC15TF U 56
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BS 79 79 RR1DC15TF
BS 80 114 RR1FL65TF
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RD RR1FL65TF 805 0 0
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QA 1 805 1 805
DS 

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TTACTTGATCACATCATCGAAAACCACGTTGCTTCTCCTCGTCTTGCAAATCAAGCTGCT
TCCCAGAAAGTTTCTGTGTTTGAACTTCTGAACAACATTTTAAAATCAATGGCGCAAGAA
GATACAAGTTCTCCGTTTGTAGCTGCTCTTACCTCAGAGATGCATATCCTTCCCGACTTT
CACGGAAACAGGTCTCCGGTTGCAGATCCAAATTCGAAAGGAGTGGTCTTTGGAATGACT
CTTGACACATCAGAGAAGCAGTTGGCTCTTCTATACTTAGCCACAGTACAGGGGATTGCT
TATGGCACACGTCATATTGTAGAGCATTGCAATGCTCATGGTCACAAAATTAACACACTG
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GCTGGACA*GTGGTTCATCCATCATCAGACCCTAAGTAGAGTATCACGATGCAAATACCG
CATCTTCCGTGACTCTA

QA 7 803 7 803
DS 



AS 1 2

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CTTCAAATGGATCTTGGAGGAGAAAAGGAAAGTGAAACCTAGAAATGCGGAAGAGAAGAA
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TCTTGTGGATATCATATATCTCTTGCTTTTGTAAAGAAAGACATAATACTTTGAATGTTG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GW51TF U 1
AF RR1GW51JQ C 74
BS 1 615 RR1GW51TF

RD RR1GW51TF 615 0 0
GGATTCTCATCATATATTATCGCCCTTCGAAGCCAATTTCAACGCTTCCACCCTTCCTCC
ATCCATCGTCTTCGTAAATACTATGGATGGTGGTTCTGTTCCTCCTCAGCCTCCGAAGGA
ATCATTCGCTCGAAGGTACAAGTACGCCTTGCCTCTTCTCCTCACCGCCGTCGGAGGTTA
CCTTTTCTTGAGGACCAAGAAAAAGGACATAGATCCTGCAAGTGAAGTGGTTGCTGCCGA
ATCAGGTTCAGCCTCTGCAGCTTCTGTTACCATGGAAAAACCTGTGTCTTCTGCAGTGGT
TGCAGAGCCAGTTGTGATCAAGACACGTGAGCCAATACCTGAGATGCAACAACGTGCGCT
CTTCAAATGGATCTTGGAGGAGAAAAGGAAAGTGAAACCTAGAAATGCGGAAGAGAAGAA
GAAGATTGATGAAGAAAAAGCGATTCTGAAACATTTCATTGGATCCAAAACCATTCCTAC
TCTCTGATTGTATTTTATGTTTCTGTATTGATTTGGTTTCAGTTTTTTTTTTTTAATTAT
TCTTGTGGATATCATATATCTCTTGCTTTTGTAAAGAAAGACATAATACTTTGAATGTTG
GAACCATTAACTTTG

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1GW51JQ 542 0 0
GTAAATACTATGGATGGTGGTTCTGTTCCTCCTCAGCCTCCGAAGGAATCATTCGCTCGA
AGGTACAAGTACGCCTTGCCTCTTCTCCTCACCGCCGTCGGAGGTTACCTTTTCTTGAGG
ACCAAGAAAAAGGACATAGATCCTGCAAGTGAAGTGGTTGCTGCCGAATCAGGTTCAGCC
TTTGCAGCTTCTGTTACCATGGAAAAACCTGTGTTTTTTGCAGTGGTTGCAGAGCCAGTT
GTGATCAAGACACGTGAGCCAATACCTGAGATGCAACAACGTGCGCTCTTCAAATGGATC
TTGGAGGAGAAAAGGAAAGTGAAACCTAGAAATGCGGAAGAGAAGAAGAAGATTGATGAA
GAAAAAGCGATTTTGAAACATTTCATTGGATCCAAAACCATTCCTACTCTTTGATTGTAT
TTTATGTTTCTGTATTGATTTGGTTTCAGTTTTTTTTTTTTAATTATTCTTGTGGATATC
ATATATCTCTTGCTTTTGTAAAGAAAGACATAATACTTTGAATGTTGGAACCATTAACTT
TG

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 2

CO CL7488Contig1 791 2 11 U
GACGGCACAACTACAAAACCCTAATCTCCAGTTTCTGGTGTTTTTGTGCTCTTTTGGTTT
GTCGAAGTTTGGATCTTTTTTCTTAAGGATTTGAGGTGAAAGAGATGAACAGAGGAAGGA
GGAATCTGAAACAAGCGGCGTCAGAGCAGGACTTCACGCTTGAGGAATGTCAGAGTATCG
CTCAGGTCGTCTCTCTCAGAGGTTCCAATCAAATTGAGATAATGGATGCAAAAGGAGAGA
ACTCATTAGCATTGTTTCCAGCCAAGTTTCGTGAGAGGATGTGGATCAGACGAGGAAGCT
TTGTGGTTATTGACCATACAGGAAAGGAAAAGGCGCAAGAATCTGGTAGCAAAGTTACAT
CTATCGTCTGTAAAGTTCTCTTCTTTGAGCAAATCCGTCTCCTCCAAAAGTCTCCTGAAT
GGCCAGAAATTTTCAGGGATGCTAAGCCAATTCCAGCTGATGAAAGCTCTCAAATTCCCA
TGGTAAAGCAAGACGGTGATGGCGAAATAGGTTCGAGTGATGAGAGCGATGATGGGATGC
CTCCACTGGAAGCAAACACAAACAGATTGAGACCGTTTGGGGTGCAGTGTGATGCAGAAA
CAGATTCTGAATCAGATTCTGACTCATAGAAACATCTGGCAACATGCTTTTCTCTTGTTT
CTCAAAAGAGAGAAATGTCTCTTATTAAACAGTATGTAACCAACTCACAGCTGCTTAAAA
ATGCAGAGTTTTGATTTTGCAATGAATTGTTTATTGATCTATTGATTTTTCAATGAATTG
TTTATTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BQ63TF U 1
AF RR1BQ63JQ C 77
BS 1 666 RR1BQ63TF
BS 667 667 RR1BQ63JQ
BS 668 720 RR1BQ63TF
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BS 732 732 RR1BQ63JQ
BS 733 737 RR1BQ63TF
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BS 739 769 RR1BQ63TF
BS 770 770 RR1BQ63JQ
BS 771 791 RR1BQ63TF

RD RR1BQ63TF 791 0 0
GACGGCACAACTACAAAACCCTAATCTCCAGTTTCTGGTGTTTTTGTGCTCTTTTGGTTT
GTCGAAGTTTGGATCTTTTTTCTTAAGGATTTGAGGTGAAAGAGATGAACAGAGGAAGGA
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ACTCATTAGCATTGTTTCCAGCCAAGTTTCGTGAGAGGATGTGGATCAGACGAGGAAGCT
TTGTGGTTATTGACCATACAGGAAAGGAAAAGGCGCAAGAATCTGGTAGCAAAGTTACAT
CTATCGTCTGTAAAGTTCTCTTCTTTGAGCAAATCCGTCTCCTCCAAAAGTCTCCTGAAT
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TGGTAAAGCAAGACGGTGATGGCGAAATAGGTTCGAGTGATGAGAGCGATGATGGGATGC
CTCCACTGGAAGCAAACACAAACAGATTGAGACCGTTTGGGGTGCAGTGTGATGCAGAAA
CAGATTCTGAATCAGATTCTGACTCATAGAAACATCTGGCAACATGCTTTTCTCTTGTTT
CTCAAA*GAGAGAAATGTCTCTTATTAAACAGTATGTAACCAACTCACAGCTGCTTAAAA
*TGCAGAGTTT*GATTT*GCAATGAATTGTTTATTGATCTATTGATTTT*CAATGAATTG
TTTATTGATCC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1BQ63JQ 715 0 0
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GGCGTCAGAGCAGGACTTCACGCTTGAGGAATGTCAGAGTATCGCTCAGGTCGTCTCTCT
CAGAGGTTCCAATCAAATTGAGATAATGGATGCAAAAGGAGAGAACTCATTAGCATTGTT
TCCAGCCAAGTTTCGTGAGAGGATGTGGATCAGACGAGGAAGCTTTGTGGTTATTGACCA
TACAGGAAAGGAAAAGGCGCAAGAATCTGGTAGCAAAGTTACATCTATCGTCTGTAAAGT
TCTCTTCTTTGAGCAAATCCGTCTCCTCCAAAAGTCTCCTGAATGGCCAGAAATTTTCAG
GGATGCTAAGCCAATTCCAGCTGATGAAAGCTCTCAAATTCCCATGGTAAAGCAAGACGG
TGATGGCGAAATAGGTTCGAGTGATGAGAGCGATGATGGGATGCCTCCACTGGAAGCAAA
CACAAACAGATTGAGACCGTTTGGGGTGCAGTGTGATGCAGAAACAGATTCTGAATCAGA
TTCTGACTCATAGAAACATCTGGCAACATGCTTTTCTCTTGTTTCTCAAAAGAGAGAAAT
GTCTCTTATTAAACAGTATGTAACCAACTCACAGCTGCTTAAAAATGCAGAGTTTTGATT
TTGCAATGAATTGTTTATTGATCTATTGATTTTTCAATGAATTGTTTATTGATCC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7489Contig1 703 2 2 U
AAAGGCTTGCAAAACTACATTATTGAGAAATTTCATAATTCAAATGAAATTATTAGGAAA
AAGATACCATCTACCGTTCGCACATGTACATATACAGTGGGTCGACGTTTAAAGTCGAGA
ATCATAACATGCATAAAATTAAATAAAATAGGAAAAAGCTATCTAAATGAAAGAACCTTT
AACATGATTGTGGTTAATTCCAACTAGGCAACTATTGATCATTTTCGGGAACAAGAACGG
AAACTTCTACGCCTCTTGGCCACCGTGAGAGCCGTCGTAGTGGTAGTAGTTGTTGAGGGG
GATGACGTCATCTTCTGGTTATAAACAGAAGAGAAGAAGCGATCGATCTCATCTTTGTTG
ACAATAATCTCAAACTTGGATGACGTCATAAGCTTCCTCTTGCAAGATCTGACAAGAGAA
GACGGCGTGGGAGGTGGGCGCCGTTTCTGTGGCGGAGGAGGAGGAGTAGTGGCGGTTGAG
GGAGGAATCTTGTGATGTGAGGAAGTAGGAGTGGTGCAGCCGCCGCCGTTGCCGTCATCA
TCTATGTTGGTGTTGTTGGATCGGATCTTGATCGGTGTTGAGAAATTCAACATGGGCAGA
TCTTGTATTAAACCAACATCCATTTGTTTTCTTTTGTTTATATATGAATATTAAACTGAT
CTGTTCTTGAAGGTTTTGTTTTTGTGTTTTGGCGTGTGCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D658TF C 1
AF RR1D658JQ U 12
BS 1 11 RR1D658TF
BS 12 703 RR1D658JQ

RD RR1D658TF 703 0 0
AAAGGCTTGCAAAACTACATTATTGAGAAATTTCATAATTCAAATGAAATTATTAGGAAA
AAGATACCATCTACCGTTCGCACATGTACATATACAGTGGGTCGACGTTTAAAGTCGAGA
ATCATAACATGCATAAAATTAAATAAAATAGGAAAAAGCTATCTAAATGAAAGAACCTTT
AACATGATTGTGGTTAATTCCAACTAGGCAACTATTGATCATTTTCGGGAACAAGAACGG
AAACTTCTACGCCTCTTGGCCACCGTGAGAGCCGTCGTAGTGGTAGTAGTTGTTGAGGGG
GATGACGTCATCTTCTGGTTATAAACAGAAGAGAAGAAGCGATCGATCTCATCTTTGTTG
ACAATAATCTCAAACTTGGATGACGTCATAAGCTTCCTCTTGCAAGATCTGACAAGAGAA
GACGGCGTGGGAGGTGGGCGCCGTTTCTGTGGCGGAGGAGGAGGAGTAGTGGCGGTTGAG
GGAGGAATCTTGTGATGTGAGGAAGTAGGAGTGGTGCAGCCGCCGCCGTTGCCGTCATCA
TCTATGTTGGTGTTGTTGGATCGGATCTTGATCGGTGTTGAGAAATTCAACATGGGCAGA
TCTTGTATTAAACCAACATCCATTTGTTTTCTTTTGTTTATATATGAATATTAAACTGAT
CTGTTCTTGAAGGTTTTGTTTTTGTGTTTTGGCGTGTGCCTCC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1D658JQ 692 0 0
AAACTACATTATTGAGAAATTTCATAATTCAAATGAAATTATTAGGAAAAAGATACCATC
TACCGTTCGCACATGTACATATACAGTGGGTCGACGTTTAAAGTCGAGAATCATAACATG
CATAAAATTAAATAAAATAGGAAAAAGCTATCTAAATGAAAGAACCTTTAACATGATTGT
GGTTAATTCCAACTAGGCAACTATTGATCATTTTCGGGAACAAGAACGGAAACTTCTACG
CCTCTTGGCCACCGTGAGAGCCGTCGTAGTGGTAGTAGTTGTTGAGGGGGATGACGTCAT
CTTCTGGTTATAAACAGAAGAGAAGAAGCGATCGATCTCATCTTTGTTGACAATAATCTC
AAACTTGGATGACGTCATAAGCTTCCTCTTGCAAGATCTGACAAGAGAAGACGGCGTGGG
AGGTGGGCGCCGTTTCTGTGGCGGAGGAGGAGGAGTAGTGGCGGTTGAGGGAGGAATCTT
GTGATGTGAGGAAGTAGGAGTGGTGCAGCCGCCGCCGTTGCCGTCATCATCTATGTTGGT
GTTGTTGGATCGGATCTTGATCGGTGTTGAGAAATTCAACATGGGCAGATCTTGTATTAA
ACCAACATCCATTTGTTTTCTTTTGTTTATATATGAATATTAAACTGATCTGTTCTTGAA
GGTTTTGTTTTTGTGTTTTGGCGTGTGCCTCC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7490Contig1 708 2 6 U
GGTACTAAGAAAGAGGTTCAAGACACCAAATTGGGTTAAGCACAAGGAGCCACGAGAGGT
TCACATGTATGTCGATATGCTTCTACAACAGTTAGAAGAAGTTGGTAAAGAAGTGAAACA
AATTTTACCACAAGGGACTTTCCGTAAGCACAAGAGATCCGACAGCAACGGAAGTAACAC
TACGACCTCATCACGGAGCACTACACTGCATAGCGATAAGATGGCACGGTCGAATTCACA
GAGAGCTCGTAGTCAGCTTTTCGAGACGCATCTTGCAAAGCTGTTCAAGCAAAAAGTAGA
AATATTCACCAAGGTTGAATTTACCCAGGAATCAGTTGTTACAACAACAGTGAAGCTGTG
TCTGAAGAGTTTGCAAGAATATGTACGGCTCCAAACGTTTAATAGGAGCGGGTTCCAGCA
GATTCAGCTAGACATTCAGTTCTTAAAAGCTCCTTTGAAAGAAACAGTTGAGGACGAAGC
TGCAATTGACTTCTTACTCGATGAGGTGATCGTTGCGGCTTCGGAGAGGTGTCTTGATGT
GACTCCACTGGAGCCACCAATCCTGGACAAACTCGTACAAGCCAAGCTCGCTAAATCAAA
GGAGCACAACAACAACACAGCTTCGTCTTGAAAATTATAAGCCCGTAGCTCAAAACCCAA
ATGTGTGTTTGTGTGTCTCATGATTCTTGAATCTTTTGGTACCTCTTC


BQ
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AF RR1CO50JQ C 1
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DS 

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QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1AO36TF U 1
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CTTTTGAACATTTCCTCATCAGTTGAATATTTTTATATTCAATCAAACTGTGAATAATAT

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DS 

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ATGGTGAAACACTAATGGGTCTTTTGCTTATTGTGCAGAGTGAATATGATGAAGCGCACG
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TTTTATATTCAATCAAACTGTGAATAATATTAGGC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1B422TF U 56
AF RR1B422JQ C 1
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CTCAAAAAACATTCTTGACTAGGTCATTGCAATCAAGAGCACATTCAACGGCGGTACACA
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TCCATTGTTTGTAACTTTTTACAACCTTGTATGGTATCTTATTCTCCAAGAATTTCATCT
TCATTGATACTTTACAGCGATGTGAATGTGTGAGTGTTAGTCTGTTCGATGGCCTAGCTT
TTGCATTTCATAAGAAATTGCATGAAGCTTTG

QA 1 632 1 632
DS 

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CATCTACAACTAAAAGACTCAGAGCACTCAACGCCTTCACAGGGAGGCTGTTTCTGGACG
CTACACCGGGAACGAATTATATCTTGACAACAAGCGTGGAGTGAGCAATAGCTTTCTCAA
AAAACATTCTTGACTAGGTCATTGCAATCAAGAGCACATTCAACGGCGGTACACATGGGA
TACAGCGTGTAATTCTGACTCTGCGTCTACAATGG*AAGCCTCGACAGTTTAAAATCCAT
TGTTTGTAACTTTTTACAACCTTGTATGGTATCTTATTCTCCAAGAATTTCATCTTCATT
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TTTCATAAGAAATTGCATGAAGCTTTGCAGTGATATAGTAGGAAATGCTATTATGTTGCT
CTTGAAGTAGATGAAATTACAGAAAG

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

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AGACGTTTTGGCTGCACAATGGCAGTGTTGTGAATAGAGAACTGGTCCATTTCAGTAAAT
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TTGTT


BQ
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AF RR1F780JQ C 1
AF RR1F780TF U 1
BS 1 665 RR1F780TF

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CGGTTAAAGGGATTTTATGGGAGCTTCAACGCAAAGCGAGACATTTCCAGCAATCGACCG
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GGAGACCTCCTATGCCTCTACCGTGAGTGTTCTTGAGGTTTCAACATCCCCACAAGAATC
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TTGTT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1F780TF 665 0 0
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TGTATGAATCCTTCTTTGTGGAATGTGTTCCGGTTCTCTTATCTGACCACGCCGAGCTAC
CTTTCCAGAATGTCATCGACTACGCCCAAGTTTCCATCAAATGGCCATCATCTCGAATAG
GCGCAGAGCTTCTTGATTACTTAGCTTCAATACCCGATAGAGACATAGAAGGGATGATAG
CTCGTGGTCGGAAAATTAGATGTCTGTTTGTGTACGGTCCAGAATCTGCACCATGCAGTG
CGGTTAAAGGGATTTTATGGGAGCTTCAACGCAAAGCGAGACATTTCCAGCAATCGACCG
AGACGTTTTGGCTGCACAATGGCAGTGTTGTGAATAGAGAACTGGTCCATTTCAGTAAAT
GGAGACCTCCTATGCCTCTACCGTGAGTGTTCTTGAGGTTTCAACATCCCCACAAGAATC
TCCTTGTTTTTTTTGTGGCCTTTTTACCCATAGCTCTTTTTTTTGTCAAGTTAACATACT
AGAAGACATATTTTTTGAGTGAATGTACAGATCTTATTTGACTAAAACTCCACAGCAGTG
TTGTT

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1B230TF C 1
AF RR1B230JQ U 30
BS 1 29 RR1B230TF
BS 30 710 RR1B230JQ

RD RR1B230TF 710 0 0
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CTAACGTCAACCGGAGCTTACAGAGTGAGAAGATATAGAGATTTAAAGGATGTCAGTTTT
CGCGAGAGGCGCGAGCGTACACGGCGGAATCTGTCCAAGTGATTACACCGGCGACAGTGA
GAGTCTCCGACGTCGATGGAGGAGGCTTATATAGATGGAGGAAAGGGACC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1B230JQ 681 0 0
GAACCATCATCCTCGTCTTCAGAGACCTTTCTTCTAACGTTTCTACTTTCCTCTCTAACA
GGCACCTCTTCATCACTGTCATCAGACTGCCCACTTTTCTTTCTAAACCTCTTCTTAGCC
TTATCTGACTTTCTAGATTCAGAAGCTGAAGGTTTTTTCTCCTTAACCACTTCGTCTTCA
TCATCATCATCATCATCTATAAGAGTGTATGTTTGTTGCTTCCTAACTAGCATCGCTGCC
TCTGCTTCCCGCTGTTGGTAGAGATTGACACCAGCAGTTTTATGAGGAACTCTAGCAAAA
ATCTCTTCAGCAAAGGAACGAGTATCACCAGAAGAAGCAATCCCATAATCCACCAACACT
CCAACAATTTCAGCTGGTGATTTTGATTCTATAGCCATTTTAATGAGATAGCTAACAACA
GATTTGTCAGAATAGCCAAGTAGCACCATCAGCTTGTCCGAAACCCATGTCCTCAAATCG
TTGCTCCCCATTCTCACCTAGATTTCGGTAACTAACGTCAACCGGAGCTTACAGAGTGAG
AAGATATAGAGATTTAAAGGATGTCAGTTTTCGCGAGAGGCGCGAGCGTACACGGCGGAA
TCTGTCCAAGTGATTACACCGGCGACAGTGAGAGTCTCCGACGTCGATGGAGGAGGCTTA
TATAGATGGAGGAAAGGGACC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL7495Contig1 694 2 2 U
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AGAGGTGATCCAAGAATATACATCGTCACTCTTCTTTTTCTTTCATGTATCGTCACAGGA
GGAGTCCTTCTCGGACTTTACCTCCTCCTCCCTGATCCGGACCCTCTGTTTCTAACAGCG
GGTATGTTCTTCGTTGGTATCCCTTGGCTCTTCTGGTTCTTGGCTTACCTTTACTCCTGC
GTCCTCAAGCCCTGCACCGTCTCCGTAAGCAAAAGCGCTGCCAGTTTCGATCCAGAGAAA
GGCGAGGAAAAGAACAACAAGAATATCCCCGAAGGTGAGAAGAACGTGCAGCTTGAGAAT
GTGGTGGTGGAGGTAGAACAAGAAAATGGTAGATTGAGTTCAAGAGGCCATGATGATGAG
GACTGCGATAGAACTCCCTTGAGATTATCAGTCGGGAACAAATGATTTGATACTGAATGA
TCATCAGGAACTGATGTTAATATTGAACAGATCTAGAGGAGTGGATTTGTGAAAAAGCTC
TCCCTCATTGGCTTGTGAGACAAGGAACGCTGTTCTTTGAGTAAGAACAATATATAATGT
GAAAGATCCTTAGAAGAGTTTGTTTTATTGTAGCTTTAATTTTTTTATACTTATGAATTG
ATTAAATAAACAAATAATCTGTAACCAAAATCAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1H566JQ C 1
AF RR1H566TF U 1
BS 1 689 RR1H566TF
BS 690 694 RR1H566JQ

RD RR1H566JQ 694 0 0
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AGAGGTGATCCAAGAATATACATCGTCACTCTTCTTTTTCTTTCATGTATCGTCACAGGA
GGAGTCCTTCTCGGACTTTACCTCCTCCTCCCTGATCCGGACCCTCTGTTTCTAACAGCG
GGTATGTTCTTCGTTGGTATCCCTTGGCTCTTCTGGTTCTTGGCTTACCTTTACTCCTGC
GTCCTCAAGCCCTGCACCGTCTCCGTAAGCAAAAGCGCTGCCAGTTTCGATCCAGAGAAA
GGCGAGGAAAAGAACAACAAGAATATCCCCGAAGGTGAGAAGAACGTGCAGCTTGAGAAT
GTGGTGGTGGAGGTAGAACAAGAAAATGGTAGATTGAGTTCAAGAGGCCATGATGATGAG
GACTGCGATAGAACTCCCTTGAGATTATCAGTCGGGAACAAATGATTTGATACTGAATGA
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TCCCTCATTGGCTTGTGAGACAAGGAACGCTGTTCTTTGAGTAAGAACAATATATAATGT
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ATTAAATAAACAAATAATCTGTAACCAAAATCAG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1H566TF 693 0 0
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AGAGGTGATCCAAGAATATACATCGTCACTCTTCTTTTTCTTTCATGTATCGTCACAGGA
GGAGTCCTTCTCGGACTTTACCTCCTCCTCCCTGATCCGGACCCTCTGTTTCTAACAGCG
GGTATGTTCTTCGTTGGTATCCCTTGGCTCTTCTGGTTCTTGGCTTACCTTTACTCCTGC
GTCCTCAAGCCCTGCACCGTCTCCGTAAGCAAAAGCGCTGCCAGTTTCGATCCAGAGAAA
GGCGAGGAAAAGAACAACAAGAATATCCCCGAAGGTGAGAAGAACGTGCAGCTTGAGAAT
GTGGTGGTGGAGGTAGAACAAGAAAATGGTAGATTGAGTTCAAGAGGCCATGATGATGAG
GACTGCGATAGAACTCCCTTGAGATTATCAGTCGGGAACAAATGATTTGATACTGAATGA
TCATCAGGAACTGATGTTAATATTGAACAGATCTAGAGGAGTGGATTTGTGAAAAAGCTC
TCCCTCATTGGCTTGTGAGACAAGGAACGCTGTTCTTTGAGTAAGAACAATATATAATGT
GAAAGATCCTTAGAAGAGTTTGTTTTATTGTAGCTTTAATTTTTTTATACTTATGAATTG
ATTAAATAAACAAATAATCTGTAACCAAA
TCAG

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL7496Contig1 988 2 6 U
GTATGGTTTATTAGGGCTAAAAGCTGTTTACCTGAAGATGGCCAAAAATGGGGTCTCCTC
ATTTGGCTCGTGTTCAGCTACTGTGGACTCCTCTGCATTGATTGCATCTGTGTCGGAAAG
TGGTTGGCCCGAAGACAGGTACACTCACTACGTGCTCAGCAGGGAATTCCGAGTTCAGAA
TTTGGTATTTTGGTTGACATGATCAGGGTACCGGACTGGGCAGTTGAAGCCGCAGGACAA
GAGATGAGAAGCATGAATCAAGATGCTGCTACTTACCATCCTGGACTTTACTTGACTCCA
GCTCAGACGGAAGCTGTTGAGGCACTCATTCAAGAACTTCCAAAGTTCAGGCTAAAAGCT
GTCCCAGATGATTGCGGCGAATGCTTAATCTGCTTAGAGGAGTTCCAGATTGGACATGAG
GTTAGAGGATTACCTTGCGCCCATAATTTCCATGTGGAGTGCATAGACCAGTGGCTGCGC
TTGAATGTCAAATGTCCTCGGTGCCGGAGCTCGGTCTTTCCAGACCTTGATCTCAGAGCA
TTATCCAACCTCCAGAGTTCAGAAACACAACAGCCCCCACAAGGGAACACGGAGACAACA
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GTAATCCACCCTCCTGTCCACACAGACACCGCTCTGGAGACTGCAGAGAATGTTGGAGTT
CCTCCTGTCTTGGCTGGTGGATCTCAATCTAGGAGATAGAGAAAAAGAAGTCTCAGAGTA
TGAAAATTCTACTCATTACTAACTCTTGGACTTATTGAAGGGAAGAGAAAAAAAGATATT
TGGAGTCTACCCCCATCCCTTTCAAAAGTTTCTTTGAGGCTTTGACAGTCTTGCAATGTA
AATAAATTGTGGTTGAAAGAACAAAAAGTCTTGGGGGCTTTACATTTTGTAAGAATGAAG
AATTGTTTATTCGTACACTATTTACGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E363TF U 1
AF RR1E363JQ C 381
BS 1 564 RR1E363TF
BS 565 565 RR1E363JQ
BS 566 752 RR1E363TF
BS 753 753 RR1E363JQ
BS 754 766 RR1E363TF
BS 767 988 RR1E363JQ

RD RR1E363TF 767 0 0
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ATTTGGCTCGTGTTCAGCTACTGTGGACTCCTCTGCATTGATTGCATCTGTGTCGGAAAG
TGGTTGGCCCGAAGACAGGTACACTCACTACGTGCTCAGCAGGGAATTCCGAGTTCAGAA
TTTGGTATTTTGGTTGACATGATCAGGGTACCGGACTGGGCAGTTGAAGCCGCAGGACAA
GAGATGAGAAGCATGAATCAAGATGCTGCTACTTACCATCCTGGACTTTACTTGACTCCA
GCTCAGACGGAAGCTGTTGAGGCACTCATTCAAGAACTTCCAAAGTTCAGGCTAAAAGCT
GTCCCAGATGATTGCGGCGAATGCTTAATCTGCTTAGAGGAGTTCCAGATTGGACATGAG
GTTAGAGGATTACCTTGCGCCCATAATTTCCATGTGGAGTGCATAGACCAGTGGCTGCGC
TTGAATGTCAAATGTCCTCGGTGCCGGAGCTCGGTCTTTCCAGACCTTGATCTCAGAGCA
TTATCCAACCTCCAGAGTTCAGAA*CACAACAGCCCCCACAAGGGAACACGGAGACAACA
GAAGCTCGGTACATAAGAAGCCAACCACAAAGCGATAGCTATTTCTTGAGACTTCAACCC
GTAATCCACCCTCCTGTCCACACAGACACCGCTCTGGAGACTGCAGAGAATGTTGGAGTT
CCTCCTGTCTTGGCTGGTGGATCTCAATCTAG*AGATAGAGAAAAA
A

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1E363JQ 608 0 0
ATGCTTAATCTGCTTAGAGGAGTTCCAGATTGGACATGAGGTTAGAGGATTACCTTGCGC
CCATAATTTCCATGTGGAGTGCATAGACCAGTGGCTGCGCTTGAATGTCAAATGTCCTCG
GTGCCGGAGCTCGGTCTTTCCAGACCTTGATCTCAGAGCATTATCCAACCTCCAGAGTTC
AGAAACACAACAGCCCCCACAAGGGAACACGGAGACAACAGAAGCTCGGTACATAAGAAG
CCAACCACAAAGCGATAGCTATTTCTTGAGACTTCAACCCGTAATCCACCCTCCTGTCCA
CACAGACACCGCTTTGGAGACTGCAGAGAATGTTGGAGTTCCTCCTGTCTTGGCTGGTGG
ATCTCAATTTAGGAGATAGAGAAAAAGAAGTCTCAGAGTATGAAAATTCTACTCATTACT
AACTCTTGGACTTATTGAAGGGAAGAGAAAAAAAGATATTTGGAGTCTACCCCCATCCCT
TTCAAAAGTTTCTTTGAGGCTTTGACAGTCTTGCAATGTAAATAAATTGTGGTTGAAAGA
ACAAAAAGTCTTGGGGGCTTTACATTTTGTAAGAATGAAGAATTGTTTATTCGTACACTA
TTTACGGC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL7497Contig1 689 2 1 U
GGGGAAATTGTAGGAGCTTTTCCTTGGAGCCGGTGACACCTCTACAAAAACAATACAGTG
GACAATGGCTGAAATCATCAACAACCCTAAGATCCTTGAAAGAGTGAGAGAAGAAATAGA
TTCAATAGTAGGAAGTACAAGATTGATCCAAGAAGCTGATCTACCAAAACTCCCTTACTT
GCAAGCGGTCATCAAAGAATCTCTAAGATTACACCCTCCGGCGCCTCTATTTCCAAGGGA
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TATTAATGTTTATGCTGTGATGAGAGATCCTGATTCTTGGAAAGATCCTGATGAGTTTAA
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BQ
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AF RR1FI31JQ C 1
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DS 



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AF RR1CQ47TF U 1
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QA 1 689 1 689
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AS 1 2

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AF RR1FI65TF U 1
AF RR1FI65JQ C 3
BS 1 691 RR1FI65TF
BS 692 811 RR1FI65JQ

RD RR1FI65TF 691 0 0
GAGATGAGAATCTTCAAGATGTGATCACAACATTGTTGAACATATCCATACACGATGACA
ACAACAAGAAGCTAGTCTGCGAGAACCCTAACGTTATCCCTCTCCTGATCGATGCATTGA
GGCGTGGAACGGTAGCCACTAGAAGCAATGCGGCTGCAGCGATCTTCACACTCTCTGCCC
TCGATTCTAACAAAGTACTCATAGGCAAATCAGGAGTCCTGAAACCGCTTATAGATCTCT
TAGAAGAAGGGAATCCATTAGCTATCAAAGACGTGGCCGCAGCCATCTTCGCTCTCTGCA
TAGCTCATGAGAACAGGAGTAGAGCTGTGAAGGACGGAGCTGTTAGGGTTTTAGGTAAGA
AAATCTCTGACGGGTTGTATGTGGATGAGCTTTTAGCTTTATTAGCGATGCTTGTCACTC
ACTGGAAGGCTGTGTAGGAACTTGGTGAGCTCGGTGGGGTTTCTTGGTTGCTGAAGATAA
CTAGAGAGAGTGAATGCAAGCGTAACAAAGAGAACGCGATTGTGATACTGCATACTATAT
GTTTCAGCGATAGGACAAAGTGGAAGGAGATCAGAGAAGAGGAGAGTAGTCATGGAACGA
TAACAAGGCTTGCACGGGAAGGAACCTCTAGGGCACAGAGGAAAGCAAATGGGATCTTGG
ATAGGTTGAGAAAAGCTATGAACCTCACTCA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1FI65JQ 809 0 0
GATGAGAATCTTCAAGATGTGATCACAACATTGTTGAACATATCCATACACGATGACAAC
AACAAGAAGCTAGTCTGCGAGAACCCTAACGTTATCCCTCTCCTGATCGATGCATTGAGG
CGTGGAACGGTAGCCACTAGAAGCAATGCGGCTGCAGCGATCTTCACACTCTCTGCCCTC
GATTCTAACAAAGTACTCATAGGCAAATCAGGAGTCCTGAAACCGCTTATAGATCTCTTA
GAAGAAGGGAATCCATTAGCTATCAAAGACGTGGCCGCAGCCATCTTCGCTCTCTGCATA
GCTCATGAGAACAGGAGTAGAGCTGTGAAGGACGGAGCTGTTAGGGTTTTAGGTAAGAAA
ATCTCTGACGGGTTGTATGTGGATGAGCTTTTAGCTTTATTAGCGATGCTTGTCACTCAC
TGGAAGGCTGTGTAGGAACTTGGTGAGCTCGGTGGGGTTTCTTGGTTGCTGAAGATAACT
AGAGAGAGTGAATGCAAGCGTAACAAAGAGAACGCGATTGTGATACTGCATACTATATGT
TTCAGCGATAGGACAAAGTGGAAGGAGATCAGAGAAGAGGAGAGTAGTCATGGAACGATA
ACAAGGCTTGCACGGGAAGGAACCTCTAGGGCACAGAGGAAAGCAAATGGGATCTTGGAT
AGGTTGAGAAAAGCTATGAACCTCACTCACACGGCCTGAGAGAATCCCCTAAAATCCATG
GTTTTTACGTATAAATCTGTGTGAATAGTTTTTTTTTCTTGCGTTTGATGTTTCTTGGGA
ATCAATAAAAGCAACGTTGGCTTTTTCAG

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

CO CL7501Contig1 744 2 6 U
GCACCTAAACAACTTGTGGATGAACTAAGGGACATAGGAAGGGCTTTCCTTCCTCCATCA
GCAAGCAGCAAAGCTCTTCCCGCACCAGCAGTAGCAGTAGCAGAAGCAGCTACAACCACC
ACTGTGGATGAAAAGGAGCCTGAGCCAGTGATTGAAGCGGCCACTGCACAAGTAACCTCA
GAGGCAGCGACCAAAGCAGCAGCCAGTGAACAAATAATCACAGAACCAACGAAAACTGAA
ACCAAACCGCAATCTTATCCGAGACCTCTATCTCCATATGCATCGTACGCTGACTTGAAG
CCTCCAACATCCCCCACACCAGTAAGCAGCAAGGGTCTTCCCGCACCAGCACCAGTAGCA
GCTACAACCACCACCGTCAATGAACCAGTTCCTGAGCTAGAGCCAGCAATCAAAGCGGCC
ACTGCACAAGTAAACTCAGAGCCCGCACTGGAAGCCGCCACTGAACAAGTAATCACAGAA
CCAGCCAAAACTGAAGCCAAACTGAATTCTTATTCAAGACCTCTCTCTCCCTATGCATCG
TACCCTGACTTGAAGCCTCCAACATCTCCGACACCATCGCATCCATGAAACAGAATAACA
ATATTGATCGAAACGTTGTACACTTCTTGTCTGTTTTATGTTTCCTTCAAGGACTTTAGA
TGGTACCTTCCGTCGGTTCTGAGACGAGTAATACTCTGGTTTTTTTTAATGCTGTGATGT
TGCATTGTTCAAACATCTTTGACC


BQ
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AF RR1FQ18TF U 1
AF RR1FQ18JQ C 2
BS 1 651 RR1FQ18TF
BS 652 652 RR1FQ18JQ
BS 653 675 RR1FQ18TF
BS 676 676 RR1FQ18JQ
BS 677 706 RR1FQ18TF
BS 707 744 RR1FQ18JQ

RD RR1FQ18TF 707 0 0
GCACCTAAACAACTTGTGGATGAACTAAGGGACATAGGAAGGGCTTTCCTTCCTCCATCA
GCAAGCAGCAAAGCTCTTCCCGCACCAGCAGTAGCAGTAGCAGAAGCAGCTACAACCACC
ACTGTGGATGAAAAGGAGCCTGAGCCAGTGATTGAAGCGGCCACTGCACAAGTAACCTCA
GAGGCAGCGACCAAAGCAGCAGCCAGTGAACAAATAATCACAGAACCAACGAAAACTGAA
ACCAAACCGCAATCTTATCCGAGACCTCTATCTCCATATGCATCGTACGCTGACTTGAAG
CCTCCAACATCCCCCACACCAGTAAGCAGCAAGGGTCTTCCCGCACCAGCACCAGTAGCA
GCTACAACCACCACCGTCAATGAACCAGTTCCTGAGCTAGAGCCAGCAATCAAAGCGGCC
ACTGCACAAGTAAACTCAGAGCCCGCACTGGAAGCCGCCACTGAACAAGTAATCACAGAA
CCAGCCAAAACTGAAGCCAAACTGAATTCTTATTCAAGACCTCTCTCTCCCTATGCATCG
TACCCTGACTTGAAGCCTCCAACATCTCCGACACCATCGCATCCATGAAACAGAATAACA
ATATTGATCGAAACGTTGTACACTTCTTGTCTGTTTTATGTTTCCTTCAAG*ACTTTAGA
TGGTACCTTCCGTCG*TTCTGAGACGAGTAATACTCTGGTTTTTTT
A

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1FQ18JQ 743 0 0
GCA
CTAAACAACTTGTGGATGAACTAAGGGACATAGGAAGGGCTTTCCTTCCTCCATCAGCAA
GCAGCAAAGCTCTTCCCGCACCAGCAGTAGCAGTAGCAGAAGCAGCTACAACCACCACTG
TGGATGAAAAGGAGCCTGAGCCAGTGATTGAAGCGGCCACTGCACAAGTAACCTCAGAGG
CAGCGACCAAAGCAGCAGCCAGTGAACAAATAATCACAGAACCAACGAAAACTGAAACCA
AACCGCAATCTTATCCGAGACCTCTATCTCCATATGCATCGTACGCTGACTTGAAGCCTC
CAACATCCCCCACACCAGTAAGCAGCAAGGGTCTTCCCGCACCAGCACCAGTAGCAGCTA
CAACCACCACCGTCAATGAACCAGTTCCTGAGCTAGAGCCAGCAATCAAAGCGGCCACTG
CACAAGTAAACTCAGAGCCCGCACTGGAAGCCGCCACTGAACAAGTAATCACAGAACCAG
CCAAAACTGAAGCCAAACTGAATTCTTATTCAAGACCTCTCTCTCCCTATGCATCGTACC
CTGACTTGAAGCCTCCAACATTTCCGACACCATCGCATCCATGAAACAGAATAACAATAT
TGATCGAAACGTTGTACACTTCTTGTCTGTTTTATGTTTCCTTCAAGGACTTTAGATGGT
ACCTTCCGTCGGTTCTGAGACGAGTAATACTCTGGTTTTTTTTAATGCTGTGATGTTGCA
TTGTTCAAACATCTTTGACC

QA 4 743 4 743
DS 



AS 1 2

CO CL7502Contig1 717 2 6 U
GGACAGCCACATATAAAGAAAAGATGGCGATGATATTATGCAACACTCTCTACTCTTCTT
CTCCGCCCTTTCTCTCGCCGTTAACTTCGATACGATCAAAACCGTCGCGATTTTCAAAGA
CACTCACAGTCCGAGCTCAGTTCCAGTCCATGGATGATCAAAGCGATCTTCTCCTCCGTC
AGAGATTCATGGAGTTTCCATACGTCTCGCCCACGCGCAGGGCTCTAATGGTTGATCTCA
TGTCGACGTTGGAGGATCGCCTCCACTCGCAACTCCTTCCCTGTACCCTCCCGCCGGATG
TACGGAACTTCAAGAACCCTAACGGTTCCGCCGAAGCGTCTCTTCACATCAGATCCGGCG
AGAAATCTTCTCCGATTGATTTTGTTATAGGAAGTTGGATACACGTCAAGATTCCGACAG
GAGTGTCACTCAACATAACAAGCATCTCTGCATTCCTAAACACCTCAACAGAAGCTCCAA
ACTTTGTGGTCGAACTCATACAGAGCAGTCCCACGTCGCTCGTTCTCATCCTCGACCTCC
CTCATCGCAAAGACCTCGTTCGTCACCCTGGCTATCTCGAGACATATTACCAAGACACCG
CTCTCGATACTCATCGCCAGTCACTCCTCAAGCTTCCCGAGGTCAAACCCTACGTCTCGC
CTTCTCTCTTTGTCCGCTCTGCTTTCTCTCCAACAGCTTCCATGCTTAAATCGACGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BM47TF U 1
AF RR1GR32TF U 2
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BS 676 676 RR1GR32TF
BS 677 690 RR1BM47TF
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CTCCGCCCTTTCTCTCGCCGTTAACTTCGATACGATCAAAACCGTCGCGATTTTCAAAGA
CACTCACAGTCCGAGCTCAGTTCCAGTCCATGGATGATCAAAGCGATCTTCTCCTCCGTC
AGAGATTCATGGAGTTTCCATACGTCTCGCCCACGCGCAGGGCTCTAATGGTTGATCTCA
TGTCGACGTTGGAGGATCGCCTCCACTCGCAACTCCTTCCCTGTACCCTCCCGCCGGATG
TACGGAACTTCAAGAACCCTAACGGTTCCGCCGAAGCGTCTCTTCACATCAGATCCGGCG
AGAAATCTTCTCCGATTGATTTTGTTATAGGAAGTTGGATACACGTCAAGATTCCGACAG
GAGTGTCACTCAACATAACAAGCATCTCTGCATTCCTAAACACCTCAACAGAAGCTCCAA
ACTTTGTGGTCGAACTCATACAGAGCAGTCCCACGTCGCTCGTTCTCATCCTCGACCTCC
CTCATCGCAAAGACCTCGTTCGTCACCCTGGCTATCTCGAGACATATTACCAAGACACCG
CTCTCGATACTCATCGCCAGTCACTCCTCAAGCTTCCCGAGGTCAAACCCTACGTCTCGC
CTTCTCTCTTTGTCC*CTCTGCTTTCTCTC*AACAGCTTC
ATGC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1GR32TF 716 0 0
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TCCGCCCTTTCTCTCGCCGTTAACTTCGATACGATCAAAACCGTCGCGATTTTCAAAGAC
ACTCACAGTCCGAGCTCAGTTCCAGTCCATGGATGATCAAAGCGATCTTCTCCTCCGTCA
GAGATTCATGGAGTTTCCATACGTCTCGCCCACGCGCAGGGCTCTAATGGTTGATCTCAT
GTCGACGTTGGAGGATCGCCTCCACTCGCAACTCCTTCCCTGTACCCTCCCGCCGGATGT
ACGGAACTTCAAGAACCCTAACGGTTCCGCCGAAGCGTCTCTTCACATCAGATCCGGCGA
GAAATCTTCTCCGATTGATTTTGTTATAGGAAGTTGGATACACGTCAAGATTCCGACAGG
AGTGTCACTCAACATAACAAGCATCTCTGCATTCCTAAACACCTCAACAGAAGCTCCAAA
CTTTGTGGTCGAACTCATACAGAGCAGTCCCACGTCGCTCGTTCTCATCCTCGACCTCCC
TCATCGCAAAGACCTCGTTCGTCACCCTGGCTATCTCGAGACATATTACCAAGACACCGC
TCTCGATACTCATCGCCAGTCACTCCTCAAGCTTCCCGAGGTCAAACCCTACGTCTCGCC
TTCTCTCTTTGTCCGCTCTGCTTTCTCTCCAACAGCTTCCATGCTTAAATCGACGC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL7503Contig1 782 2 2 U
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GCTGGTGTGCACGGATTTGGCTGCGAGGGGTCTGGACCTTGACGTCGATCATGTAATCAT
GTTTGATTTTCCAAAGAACTCTATTGACTACCTTCACCGCACTGGAAGAACAGCTCGCAT
GGGAGCTAAAGGAAAAGTGACGAGTCTGATAAGCAGGAAGGACCAAATGTTAGCAGCAAG
GATCGAGGAAGCTATGAGGAACAACGAGAGCTTAGAAGCACTCACCAACGATAACGTCAG
GAGGGATGCTGCAAGAACCCAAATCACTCAAGAGAAAGGAAGGAGCGTTAAGCAGATCAG
AGCGGTGAGCAAGCAACGAAACACTAGAGACAGAGGAACATCATCATCTCCACCTGCAAG
ATCGGCAGGTTCGAAGACACCAGTGAGGAAGTCTACTACTTCAGCGAGAAAGTCAACTTC
GGGAAGAGCATCGTCTCCTCCAGAAAAATCCACAAAGCCCAAGAAAAAAATATTAAAGAC
GGTTGGATCCAGATCGATAGCTGCGAGGGGGAAGAAGGGTTCAGAAAGAACAGGTAAGAA
AATAAGTGTTGTTGGGTTCAGAGGTCGGTCTTCTGCGGCTAGACCCTCCTCTTAATTACA
TGATGTTTTAGAGACTAAGCGGTAAGAAATTAAGTGTTGTTGGGTTACGTAACGCCTTGG
TGGAAAAGGCGCTTGCCTTTTAAAACTTAAATCAAAAGCTTCATCTCAACAAAATGCTAG
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1A563TF U 1
AF RR1A563JQ C 31
BS 1 724 RR1A563TF
BS 725 782 RR1A563JQ

RD RR1A563TF 724 0 0
GGCAGAACAAAGGGTTGAGAACTTGAAAAAGTTTAAGGAGGAAGAAGGAGACTGCCCCAC
GCTGGTGTGCACGGATTTGGCTGCGAGGGGTCTGGACCTTGACGTCGATCATGTAATCAT
GTTTGATTTTCCAAAGAACTCTATTGACTACCTTCACCGCACTGGAAGAACAGCTCGCAT
GGGAGCTAAAGGAAAAGTGACGAGTCTGATAAGCAGGAAGGACCAAATGTTAGCAGCAAG
GATCGAGGAAGCTATGAGGAACAACGAGAGCTTAGAAGCACTCACCAACGATAACGTCAG
GAGGGATGCTGCAAGAACCCAAATCACTCAAGAGAAAGGAAGGAGCGTTAAGCAGATCAG
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ATCGGCAGGTTCGAAGACACCAGTGAGGAAGTCTACTACTTCAGCGAGAAAGTCAACTTC
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GGTTGGATCCAGATCGATAGCTGCGAGGGGGAAGAAGGGTTCAGAAAGAACAGGTAAGAA
AATAAGTGTTGTTGGGTTCAGAGGTCGGTCTTCTGCGGCTAGACCCTCCTCTTAATTACA
TGATGTTTTAGAGACTAAGCGGTAAGAAATTAAGTGTTGTTGGGTTACGTAACGCCTTGG
TGGA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1A563JQ 752 0 0
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TCTGGACCTTGACGTCGATCATGTAATCATGTTTGATTTTCCAAAGAACTCTATTGACTA
CCTTCACCGCACTGGAAGAACAGCTCGCATGGGAGCTAAAGGAAAAGTGACGAGTCTGAT
AAGCAGGAAGGACCAAATGTTAGCAGCAAGGATCGAGGAAGCTATGAGGAACAACGAGAG
CTTAGAAGCACTCACCAACGATAACGTCAGGAGGGATGCTGCAAGAACCCAAATCACTCA
AGAGAAAGGAAGGAGCGTTAAGCAGATCAGAGCGGTGAGCAAGCAACGAAACACTAGAGA
CAGAGGAACATCATCATCTCCACCTGCAAGATCGGCAGGTTCGAAGACACCAGTGAGGAA
GTTTACTACTTCAGCGAGAAAGTCAACTTCGGGAAGAGCATCGTCTCCTCCAGAAAAATC
CACAAAGCCCAAGAAAAAAATATTAAAGACGGTTGGATCCAGATCGATAGCTGCGAGGGG
GAAGAAGGGTTCAGAAAGAACAGGTAAGAAAATAAGTGTTGTTGGGTTCAGAGGTCGGTC
TTCTGCGGCTAGACCCTCCTCTTAATTACATGATGTTTTAGAGACTAAGCGGTAAGAAAT
TAAGTGTTGTTGGGTTACGTAACGCCTTGGTGGAAAAGGCGCTTGCCTTTTAAAACTTAA
ATCAAAAGCTTCATCTCAACAAAATGCTAGAC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL7504Contig1 698 2 1 U
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GTCAATAAGAAGACTCCCTCCGCTCCTCTGCCTTCACGTGAAGCGTTTCGAGCACTCGCT
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CGACGGAGAAGGCGAGCACCACGACGGTTCTTCAGCGTCTGAGTTTGAGATATTTGCGGT
TGTGACTCGCTCGGGGATGCTGGCGTCTGGTCATTACGTGACGTACCTGAGGCTTAAAGG
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TTATTGATTGAAAGTTAATGCAAAATATTTGGAAAGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BC79JQ C 1
AF RR1BC79TF U 1
BS 1 698 RR1BC79TF

RD RR1BC79JQ 698 0 0
GGCGCCGATGCCGACGCTCTCCGGGTGCTTAGACCTATTCACTCGGTCGGAGAAACTCGG
TCCCGACCAGAAACTGAACTACCAGAGCTGCGGAGACAAGAGAGAGTCTTCGAAACAAAT
GTCAATAAGAAGACTCCCTCCGCTCCTCTGCCTTCACGTGAAGCGTTTCGAGCACTCGCT
CACCCGCAAGGCCTCGAGGAAAATCGACAGCTACTTGCAGTATCCCTTCCGTTTGAACAT
GTCTCCTTACCTCTCTTCCTCCATCATCGGGAAGCGGTTCGGGAACAGGATGTTCGCGTT
CGACGGAGAAGGCGAGCACCACGACGGTTTTTCAGCGTCTGAGTTTGAGATATTTGCGGT
TGTGACTCGCTCGGGGATGCTGGCGTCTGGTCATTACGTGACGTACCTGAGGCTTAAAGG
GTTGTGGTATAGATGCGATGACGCGTGGATCAATGAGGTCGAAGAGGAGGTGGTGAGAGG
GTGTGAGTGTTATATGTTGTTCTATGCGCAGGAGAGAGTGATTCAGAAGGCTCACAAGGA
GTTGAGTTATCAAGTTATCTCCATGGCTGATGCATTTCCCTTTGATTGATTGTTTGCTGA
CTCTCTTTTTTTTTTACTTGGCCAAAGATTTTGATGCATTTTTACCTTAAATACTTTTTT
TTATTGATTGAAGGTTAATGCAAAATATTTGGAAAGCC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1BC79TF 698 0 0
GGCGCCGATGCCGACGCTCTCCGGGTGCTTAGACCTATTCACTCGGTCGGAGAAACTCGG
TCCCGACCAGAAACTGAACTACCAGAGCTGCGGAGACAAGAGAGAGTCTTCGAAACAAAT
GTCAATAAGAAGACTCCCTCCGCTCCTCTGCCTTCACGTGAAGCGTTTCGAGCACTCGCT
CACCCGCAAGGCCTCGAGGAAAATCGACAGCTACTTGCAGTATCCCTTCCGTTTGAACAT
GTCTCCTTACCTCTCTTCCTCCATCATCGGGAAGCGGTTCGGGAACAGGATGTTCGCGTT
CGACGGAGAAGGCGAGCACCACGACGGTTCTTCAGCGTCTGAGTTTGAGATATTTGCGGT
TGTGACTCGCTCGGGGATGCTGGCGTCTGGTCATTACGTGACGTACCTGAGGCTTAAAGG
GTTGTGGTATAGATGCGATGACGCGTGGATCAATGAGGTCGAAGAGGAGGTGGTGAGAGG
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GTTGAGTTATCAAGTTATCTCCATGGCTGATGCATTTCCCTTTGATTGATTGTTTGCTGA
CTCTCTTTTTTTTTTACTTGGCCAAAGATTTTGATGCATTTTTACCTTAAATACTTTTTT
TTATTGATTGAAAGTTAATGCAAAATATTTGGAAAGCC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL7505Contig1 800 2 2 U
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CATTATCTTTTTCAACAGCCTTATCAACAATGCAAGAGCTCCATGAAGCGGCAACAGCCT
ATTACAACAACGGCTCCACGGAGCAACAGAATTTGGCATGGCAGTTTTTCTGTTCAATGG
ACGGTGACGGTAATGGCCGTGTCAGCTTTCAAGAGTATACCGACTTCTTGTGTAGAACCA
CTGGTTTAGCTTGGGTCCATCGCGACATGTTTCAGGAACTATACCGAAATAGAGACGGCC
AGCTTGACTTCTGGGAGGTTTTGACGCTTTACTATGTGGCTCGGACGCGGACCATCGGCT
GCCGCACGTGCCTCCAGCCTCTCATTGGTTTACACTTTACGTGTGTAACGTGCTTCGAAT
CGCAGTGTGTTGGAGAGACGTTTGATCTCTGCGTCAACTGTTATATGCGGCGGAATTACA
ATCATCCGCATCATGTCTTCCTGGATAGTTTCGTTTTATTACGATCTAGGCGTAGCCACC
CTCCTCTGTTGCAGGAGCCGCCTGGCGACCAAAACATGCCCGAACAACGACCTGCGAGGA
TGGGATGGTGGGTCGCGATGAGCGCAATGGAAATTGCAATTTCTATGGGACTCAGTACCT
TTTGCACTATTATGTAAAAACTCATTTTCCATCTCATTGTTGTTTTTTTTGGTCAAAATC
TCATTGTTGTTTTTATCAAAAAAAAAAAATCCCATTGTTGTTTTTTCTTATATATTTAGC
CAATAAACATATATTAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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BS 681 800 RR1E195JQ

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DS 

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ATGGGACTCAGTACCTTTTGCACTATTATGTAAAAACTCATTTTCCATCTCATTGTTGTT
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TTCTTATATATTTAGCCAATAAACATATATTAGTTT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1A992JQ C 1
AF RR1A992TF U 1
BS 1 690 RR1A992TF

RD RR1A992JQ 690 0 0
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QA 1 690 1 690
DS 

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CACGAGTGGTGCATGTGCTGCGTGCAAGTACCAACGCAGACGCTGCGCCGCGTACTGCCC
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CGGCGTTAGAAGCATCGTCAAAATACTCGAGAACCTCGACGAAGTTCAGAGACCAGAAGC
CATGAAATCTATTATATTTCAGTCTTACGTCCGAGATCGTAACCCTGTCCACGGTTGCCT
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TGTTTCAGAATGTTTTGTTTGTTGATCAATCCCTCTTGTGTGAGACTTGGTTTATCCAGA
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QA 1 690 1 690
DS 



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CO CL7507Contig1 710 2 6 U
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AATACCCGTAAAACACCTATAATATTCGGGTATTGTTCGGATCCGGGTCGGTTCGGGTAT
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ACCTAATATATAAAATAAATCTCGGGTATTTCGGGTACCCGATCGGGTCT


BQ
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AF RR1CB16TF U 1
AF RR1E210TF U 1
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TTTCGGGTCGGTTCCGGGTCGGGTCTTGTCGGGTCCGGGTTGGTTCGGATCTAGAATTTC
AATACCCGTAAAACACCTATAATATTCGGGTATTGTTCGGATCCGGGTCGGTTCGGGTAT
ATAAAACTCGAAATACCCAAACTTGACCCGAAAACTCGAAAAGTACCCGAAAAACCGTAA
AAGTACCTGAATATTTACCTAAAATCAGATCTAAAAACTCAAAAAAATATCTGAATACCC
AAATTATATTTTCTGAAAATCTAAAATTACACTCGAAATTTGAAATTATATCCGAAAATA
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ACCTAATATATAAA*TAAATCTCGGGTATTTCGGGTACC
GA

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DS 

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CTGGGCTTTCCTCCCAATTCTCGTCCCGATCCTTCTCAGGTTAAAGCAGCGTGCCGGAAG
AAAGTATGGGAATCACACCCTGACCTGTTCCCTGATGATCAGAAGCTCTGTGCCGAGTCT
AAGTTCAAATCTGTGAGTTAGGCCTGGGCATCCGGGTCTTCGGGTCGGGTTCGGGTCGGG
TTTTGTCGGGTCCGGGTCTTTCGGGTCCTCGGAATTTAGACTCATATGGGTATTTATAAT
TTTCGGGTCGGTTCCGGGTCGGGTCTTGTCGGGTCCGGGTTGGTTCGGATCTAGAATTTC
AATACCCGTAAAACACCTATAATATTCGGGTATTGTTCGGATCCGGGTCGGTTCGGGTAT
ATAAAACTCGAAATACCCAAACTTGACCCGAAAACTCGAAAAGTACCCGAAAAACCGTAA
AAGTACCTGAATATTTACCTAAAATCAGATCTAAAAACTCAAAAAAATATCTGAATACCC
AAATTATATTTTCTGAAAATCTAAAATTACACTCGAAATTTGAAATTATATCCGAAAATA
TGAACCTAAAACTTAAAAAAAGATTAGAAATACCAAAAATATACCCAATCACCCAAATAT
ACCTAATATATAAAATAAATCTCGGGTATTTCGGGTACCCGATCGGGTCT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CCATATCTACTTGTCTTAGTCTTTCCTCGTTGAAGTTGGGAATATGTCTGAATATAACAG
ACAGAGGACTCTCGTACATTGGTATGGGCTGCTTTAATCTCCGTGAACTTGATCTCTACA
GGTCGGTGGGAATAACAGACATAGGAATCTCGTCGATCGCGCAAGGCTGCTGTCATCTCG
AAACAATCAACATATCATACTGCAAAGACATAACAGACAAGTCCTTGGTCTCGCTGTCCA
GATGCTCATTGTTACAAACATTCGAGAGCCGGGGATGTCCTCACATCACTTCCCAAGGAC
TTGCCGCCATTGCTGTGCGATGTAAGCGGCTCACCAAGCTCGACTTGAAAAAGTGTCCAT
ACATCAATGACTCTGGTTTGCTCACTCTCGCTCGCTTTTCACAGAGCCTCAGACAGATAA
GCGTGTCGGAAACAGGGGTGACAGATGTGGGACTTGTGTCGCTAGCAAACATAGGGTGTT
TGCAGAACATAGCGGCAGTGAACACGAGGGGTTTGAGCCCGAGTGGAGTAGCAGCAGCGT
TGGTTGGGTGTGGAGGGTTAAGAAAAGTGAAACTCCACGCTTCCCTCAGATCACTACTTC
TTCCGTCTCTTATAAACCACATGGAAGCTCGTGGTTGCGCCTTCCTGTGGAAAGACTACC
ATACTAATAATAACAAGAATACACTTCAGGCGGAGTTAGATCCCAAATACTGGAAGCTAC
AGCTGGAAGAAGATATTGTGCTTTAGAAAGAAAAAAAAAACCAATGTTGTGAAGAAACAT
TCTCAAATGGAAAGAAACGGAGCCACCAGACAATACATGTATGTCGGAAATGTATATCCT
TACGTTTTAACCAAAAAAAATGTATTTCCTTGTAACATGGTGGTTGGTAGTATGTACCCT
TTTTGTAATTTCAATTCTTTTCTCTTTTTTTTTCTTATGCCGAAGTTAAGGGACGTCACA
AGAGATGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BA81TF U 1
AF RR1BA81JQ C 163
BS 1 749 RR1BA81TF
BS 750 750 RR1BA81JQ
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BS 798 812 RR1BA81TF
BS 813 1029 RR1BA81JQ

RD RR1BA81TF 812 0 0
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CCATATCTACTTGTCTTAGTCTTTCCTCGTTGAAGTTGGGAATATGTCTGAATATAACAG
ACAGAGGACTCTCGTACATTGGTATGGGCTGCTTTAATCTCCGTGAACTTGATCTCTACA
GGTCGGTGGGAATAACAGACATAGGAATCTCGTCGATCGCGCAAGGCTGCTGTCATCTCG
AAACAATCAACATATCATACTGCAAAGACATAACAGACAAGTCCTTGGTCTCGCTGTCCA
GATGCTCATTGTTACAAACATTCGAGAGCCGGGGATGTCCTCACATCACTTCCCAAGGAC
TTGCCGCCATTGCTGTGCGATGTAAGCGGCTCACCAAGCTCGACTTGAAAAAGTGTCCAT
ACATCAATGACTCTGGTTTGCTCACTCTCGCTCGCTTTTCACAGAGCCTCAGACAGATAA
GCGTGTCGGAAACAGGGGTGACAGATGTGGGACTTGTGTCGCTAGCAAACATAGGGTGTT
TGCAGAACATAGCGGCAGTGAACACGAGGGGTTTGAGCCCGAGTGGAGTAGCAGCAGCGT
TGGTTGGGTGTGGAGGGTTAAGAAAAGTGAAACTCCACGCTTCCCTCAGATCACTACTTC
TTCCGTCTCTTATAAACCACATGGAAGCTCGTGGTTGCGCCTTCCTGTGGAAAGACTACC
ATACTAATAATAACAAGAATACACTTCAG*CGGAGTTAGATCCCAAATACTGGAAGCTAC
AGCTGGGAGA*GATAT*GTGCTTTAGAAAGAA

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR1BA81JQ 867 0 0
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AAGGCTGCTGTCATCTCGAAACAATCAACATATCATACTGCAAAGACATAACAGACAAGT
CCTTGGTCTCGCTGTCCAGATGCTCATTGTTACAAACATTCGAGAGCCGGGGATGTCCTC
ACATCACTTCCCAAGGACTTGCCGCCATTGCTGTGCGATGTAAGCGGCTCACCAAGCTCG
ACTTGAAAAAGTGTCCATACATCAATGACTCTGGTTTGCTCACTCTCGCTCGCTTTTCAC
AGAGCCTCAGACAGATAAGCGTGTCGGAAACAGGGGTGACAGATGTGGGACTTGTGTCGC
TAGCAAACATAGGGTGTTTGCAGAACATAGCGGCAGTGAACACGAGGGGTTTGAGCCCGA
GTGGAGTAGCAGCAGCGTTGGTTGGGTGTGGAGGGTTAAGAAAAGTGAAACTCCACGCTT
CCCTCAGATCACTACTTTTTCCGTTTTTTATAAACCACATGGAAGCTCGTGGTTGCGCCT
TCCTGTGGAAAGACTACCATACTAATAATAACAAGAATACACTTCAGGCGGAGTTAGATC
CCAAATACTGGAAGCTACAGCTGGAAGAAGATATTGTGCTTTAGAAAGAAAAAAAAAACC
AATGTTGTGAAGAAACATTCTCAAATGGAAAGAAACGGAGCCACCAGACAATACATGTAT
GTCGGAAATGTATATCCTTACGTTTTAACCAAAAAAAATGTATTTCCTTGTAACATGGTG
GTTGGTAGTATGTACCCTTTTTGTAATTTCAATTCTTTTCTCTTTTTTTTTCTTATGCCG
AAGTTAAGGGACGTCACAAGAGATGCC

QA 1 867 1 867
DS 



AS 1 2

CO CL7510Contig1 756 2 7 U
TTTTTTAACAAGAATAACCAAAACAACGATGGATAGAAGTTAGACTTTCCTTTTTTATCA
CATTTTAGAAAAGGTACCTAAAAAGCATAGTAGTAAATTATTATTCCCAGTTTTTTTAGA
GAGGATCCAAATCTAGAAAACCCTAGGCCGAACCACCGTTCGCCGCCGCGGATCCGTTGT
TGCTGCTGTTGTTAGCGAGGGAGGACGACGTCATCATCTTCTGAAACTCCTCGAAGTTGA
CATTCCCGTCGCCGTCAGCATCCACGGGGCCGATCATCCGAGCGCAGTCCTCCACGGAGC
ACGGCATCCCCAAACGGTTAAGCACCTTGTGGAGCTCGGCGGCGGAGATGAGCCCGTTCT
TGTCCTCGTCGTACAGATCGAAGGCGTCGCGGATCTCGGACGCGGAGGAGGAGGAGCGGC
AGAGGGCGGAAAACTCGTCCACGTTGATGAAGCCGTCGCGATCGGTGTCGACCTCCTCCA
GGACGCGGTTGAGCTCCGTCTCCGTGTAGGAAGTCCCCATGGCCTTGAAAACGCCTCCGA
GCTCGGTCACCGAGATCTTGCCGTCGCCGTTGGAGCCGAACTGGTCGAAAACCTTCTTGA
GCTCCTCGGGATTCGCCATGTCAACCACCGGTGCTGGTGGTGGCGTGGGTTTGGCGGTTT
CGGGATGAGCGCTTGCCATTTTTCTTTTTTTTTCTGTTAGAGGTAAAAGTTAGAGAGAGA
GAGAAAATTAGTTGGAGGGCTCTGCTTTGTGGCTCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CW05TF C 1
AF RR1CW05JQ U 2
BS 1 1 RR1CW05TF
BS 2 48 RR1CW05JQ
BS 49 49 RR1CW05TF
BS 50 692 RR1CW05JQ
BS 693 693 RR1CW05TF
BS 694 722 RR1CW05JQ
BS 723 756 RR1CW05TF

RD RR1CW05TF 756 0 0
TTTTTTAACAAGAATAACCAAAACAACGATGGATAGAAGTTAGACTTTC**TTTTTATCA
CATTTTAGAAAAG*TAC*TAAAAAGCATAGTAGTAAATTATTATTCCCAGTTTTTT*AGA
GAGGATCCAAATCTAGAAAACCCTAGGCCGAACCACCGTTCGCCGCCGCGGATCCGTTGT
TGCTGCTGTTGTTAGCGAGGGAGGACGACGTCATCATCTTCTGAAACTCCTCGAAGTTGA
CATTCCCGTCGCCGTCAGCATCCACGGGGCCGATCATCCGAGCGCAGTCCTCCACGGAGC
ACGGCATCCCCAAACGGTTAAGCACCTTGTGGAGCTCGGCGGCGGAGATGAGCCCGTTCT
TGTCCTCGTCGTACAGATCGAAGGCGTCGCGGATCTCGGACGCGGAGGAGGAGGAGCGGC
AGAGGGCGGAGAACTCGTCCACGTTGATGAAGCCGTCGCGATCGGTGTCGACCTCCTCCA
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GCTCGGTCACCGAGATCTTGCCGTCGCCGTTGGAGCCGAACTGGTCGAAAACCTTCTTGA
GCTCCTCGGGATTCGCCATGTCAACCACCGGTGCTGGTGGTGGCGTGGGTTTGGCGGTTT
CGGGATGAGCGCTTGCCATTTTTCTTTTTTTTTCTGTTAGAGGTAAAAGTTAGAGAGAGA
GAGAAAATTAGTTGGAGGGCTCTGCTTTGTGGCTCC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1CW05JQ 721 0 0
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ATTTTAGAAAAGGTACCTAAAAAGCATAGTAGTAAATTATTATTCCCAGTTTTTTTAGAG
AGGATCCAAATCTAGAAAACCCTAGGCCGAACCACCGTTCGCCGCCGCGGATCCGTTGTT
GCTGCTGTTGTTAGCGAGGGAGGACGACGTCATCATCTTCTGAAACTCCTCGAAGTTGAC
ATTCCCGTCGCCGTCAGCATCCACGGGGCCGATCATCCGAGCGCAGTCCTCCACGGAGCA
CGGCATCCCCAAACGGTTAAGCACCTTGTGGAGCTCGGCGGCGGAGATGAGCCCGTTCTT
GTCCTCGTCGTACAGATCGAAGGCGTCGCGGATCTCGGACGCGGAGGAGGAGGAGCGGCA
GAGGGCGGAAAACTCGTCCACGTTGATGAAGCCGTCGCGATCGGTGTCGACCTCCTCCAG
GACGCGGTTGAGCTCCGTCTCCGTGTAGGAAGTCCCCATGGCCTTGAAAACGCCTCCGAG
CTCGGTCACCGAGATCTTGCCGTCGCCGTTGGAGCCGAACTGGTCGAAAACCTTCTTGAG
CTCCTCGGGATTCGCCATGTCAACCACCGGTGCTGGTGGTGGCGTGGGTTTGGCGGTTTC
GGGATGAGCGCTTGCCATTTTTCTTTTTTTT*CTGTTAGAGGTAAAAGTTAGAGAGAGAG
A

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL7511Contig1 1005 2 2 U
GATGATCATCCTCCTGTTCTAACAGTTGAAGAACAGGCTAAGTATGTAAGTAGTAGCGAG
GGGGCACTAAGTAAGAATCTCTTCTTGAAGGATAAGAAAAATCGTTATTACATTGTTTCA
GCCATGGTGGATACAAAAGTTGACATGAAAGTTTTATCTCAGATACTCGGTCTGGGAAAA
GGAGGAATAAGAATGGCTCCTGAGGAAGCACTTGCTGAGCTGTTGCAGGTGACCCTTGGA
TGTGTTACTCCGTTTGCTGTTGTAAATGAATCAGCAAGAGATGTGTCGCTCTTGTTAGAC
CAAAAATTCAAGAACCAGACACGCTGCATCTTCCACCCATTGTCTAACGACGTCTCAATC
TCTCTTAACACATCGGGTCTAGACAAGTTTCTTCAGTCCATTGGGAGAGATCCCGTATAC
GTTGGCCTTGAGGCTAACCCAGTGGTTGGCAAAGACCAGCCTCCAGATCTAGCTGTTTAT
GTTCCGTCTCATTCAGTTGTTGTTCTCGAGCTTCCTAACAAAACAGCTTCTATTCAAACT
CCTTCAAAGAATGTGTCAGCAGAGAAAACTAAGCCTGTTACTTCGGCCAGTAATGTGAAG
AGTGCCGTGGACAATTCAGCTCTATTAGTATTCAAGAAACCTGAGAAATTTGTGGAGGAG
ATTTTGGACAAAACATCGGCTCTGCTGTTGTCTGAGGTGAAGGGAGAGAATGTAGAAGCT
TTAACAGAAACACTGAGGAAACGTCTGGCCTCAGAGTTTACCAACCTCGCTGTTATGTAC
AAGAACACAGCTTACAGTGAAGGTTTTTACGCCGGTACGCGGTCCCAACCTAAGCGACCG
TGAGAGAAGGTTCGGTTTGTATGCTGAACCGGAGATAATTGGAGGGAAAAACTACCGGTT
TACTCATTTTCTACTGTATTTTTTTTCTGTTGCACAACCATTTTATTTTAGTTAAGACTG
AAAATGATTTTACTTTATGAGCTTCTCGAACCATTATTGTTTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AH19TF U 1
AF RR1AH19JQ C 103
BS 1 797 RR1AH19TF
BS 798 1005 RR1AH19JQ

RD RR1AH19TF 797 0 0
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GGGGCACTAAGTAAGAATCTCTTCTTGAAGGATAAGAAAAATCGTTATTACATTGTTTCA
GCCATGGTGGATACAAAAGTTGACATGAAAGTTTTATCTCAGATACTCGGTCTGGGAAAA
GGAGGAATAAGAATGGCTCCTGAGGAAGCACTTGCTGAGCTGTTGCAGGTGACCCTTGGA
TGTGTTACTCCGTTTGCTGTTGTAAATGAATCAGCAAGAGATGTGTCGCTCTTGTTAGAC
CAAAAATTCAAGAACCAGACACGCTGCATCTTCCACCCATTGTCTAACGACGTCTCAATC
TCTCTTAACACATCGGGTCTAGACAAGTTTCTTCAGTCCATTGGGAGAGATCCCGTATAC
GTTGGCCTTGAGGCTAACCCAGTGGTTGGCAAAGACCAGCCTCCAGATCTAGCTGTTTAT
GTTCCGTCTCATTCAGTTGTTGTTCTCGAGCTTCCTAACAAAACAGCTTCTATTCAAACT
CCTTCAAAGAATGTGTCAGCAGAGAAAACTAAGCCTGTTACTTCGGCCAGTAATGTGAAG
AGTGCCGTGGACAATTCAGCTCTATTAGTATTCAAGAAACCTGAGAAATTTGTGGAGGAG
ATTTTGGACAAAACATCGGCTCTGCTGTTGTCTGAGGTGAAGGGAGAGAATGTAGAAGCT
TTAACAGAAACACTGAGGAAACGTCTGGCCTCAGAGTTTACCAACCTCGCTGTTATGTAC
AAGAACACAGCTTACAG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1AH19JQ 903 0 0
CGTTATTACATTGTT*CAGCCATGGTGGATACAAAAGTTGACATGAAAGTTTTATCTCAG
ATACTCGGTCTGGGAAAAGGAGGAATAAGAATGGCTCCTGAGGAAGCACTTGCTGAGCTG
TTGCAGGTGACCCTTGGATGTGTTACTCCGTTTGCTGTTGTAAATGAATCAGCAAGAGAT
GTGTCGCTCTTGTTAGACCAAAAATTCAAGAACCAGACACGCTGCATCTTCCACCCATTG
TCTAACGACGTCTCAATCTCTCTTAACACATCGGGTCTAGACAAGTTTCTTCAGTCCATT
GGGAGAGATCCCGTATACGTTGGCCTTGAGGCTAACCCAGTGGTTGGCAAAGACCAGCCT
CCAGATCTAGCTGTTTATGTTCCGTCTCATTCAGTTGTTGTTCTCGAGCTTCCTAACAAA
ACAGCTTCTATTCAAACTCCTTCAAAGAATGTGTCAGCAGAGAAAACTAAGCCTGTTACT
TCGGCCAGTAATGTGAAGAGTGCCGTGGACAATTCAGCTCTATTAGTATTCAAGAAACCT
GAGAAATTTGTGGAGGAGATTTTGGACAAAACATCGGCTCTGCTGTTGTCTGAGGTGAAG
GGAGAGAATGTAGAAGCTTTAACAGAAACACTGAGGAAACGTCTGGCCTCAGAGTTTACC
AACCTCGCTGTTATGTACAAGAACACAGCTTACAGTGAAGGTTTTTACGCCGGTACGCGG
TCCCAACCTAAGCGACCGTGAGAGAAGGTTCGGTTTGTATGCTGAACCGGAGATAATTGG
AGGGAAAAACTACCGGTTTACTCATTTTCTACTGTATTTTTTTTCTGTTGCACAACCATT
TTATTTTAGTTAAGACTGAAAATGATTTTACTTTATGAGCTTCTCGAACCATTATTGTTT
CCG

QA 1 903 1 903
DS 



AS 1 2

CO CL7512Contig1 802 2 6 U
GGATCAAAACACATATCCACATTCCTCATAACCATATCCATCCTATCTCACGTCTCTCAA
CCTCTCCACTTCGAGCTAAAATCAGGCAAATCAAGATGCATCTCTGAGGACATCAAAAGC
AACGCGATGACCGTCGGGAAGTACACCGTCTCCAACCCCAACGACCCTCACCCTTTCCCT
CAGTCTCACAAGATCAACATTAGGGTGACGTCGAGTCACGGAAACACGTACCATCACGCG
GAGGAGGTGGACTCGGGACAGTTCTCGTTCACGGCCGTGGAAGGCGGAGATTACTCGGCG
TGTTTCGCCGCCAGCGATCATAAGCCTGACGTGACGTTGAGTATCGATTTGGAGTGGGGA
TCGGGTGTTCATTACAAGAGCTTGGGGAGTTTGGCCAAGAAGAGCAAAGTCGAAGTTATG
GAGTTTCAAGTGAAGGCTTTGATTGAAACCGTTAACTCGATTCATGATGAGATGTTTTAT
CTTAGAGACAGGGAGGAAGAGATGCAGGATCTGAACAGGGCTACGAACTCGAAGATGGCG
TGGTTTGGTTTGCTCTCTCTTTTCGTGTGCTTAGGAGTTGCTGGGATGCAGTTTCTGCAC
TTGAAGACGTTTTTTGAGAAGAAGAAAGTCATCTAAAGATGATTTTTAGATGGAATAATT
CCACTCTTGCTTTAATCAACACAAGGAAGAATCTTTTTATTCCCTGAGGTTTTGTACATT
TAGATCTTTGTGGCTTGAGCATGTGTCCTCTTGAAAAACTAAACGAATGTGAAAATGTAA
TGCCATTTTTGCAGTTTCTGTC


BQ
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AF RR1GK90TF U 1
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QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1GK90JQ 756 0 0
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ATGTGAAAATGTAATGCCATTTTTGCAGTTTCTGTC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1E540JQ C 1
AF RR1E540TF U 1
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QA 1 736 1 736
DS 

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CGTCGACACCGCCCTTTGTGGAGGTGTTTTGTGAAATATCCGGTAAAGACTACCGATTCA
CAGCTGGGACCAAGGCCGAGTTTGCTGTCTCCGTCATCAATCGCAAACTTGTTGGTTCGT
CAAAATCCAAAGCACTTTACATCGAAGCCGTAAAGGAAGGTGAAGAGCCTATCAGTTTCG
GGGATGGTGCTTCTCTTGTGAGTTACGGACTTGGTTGGAGGCTTCAGACAGTGATTGACG
ATTCTGTTTTGCCTGGAACGGAGAAAGAGGACACTTTTCAGAGACAGTTCCCTTCTGTAT
TATCAACGGGTTCCAAAGATTCAAAGCCTGCTGCAAAAGTTATGAAAGCAGAAGTTGAAG
GAGACCAAAGTCTGAAATACATTGGGAGGATAATGTTTGCATTTGTTTTGATGTTTATAC
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AGTTAAGGCTTTATTTATTTGTCTATCTAACTCATTTAGAGAACGTTCCATGGAGAGCCA
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GTGATTGATGATTCTG

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL7514Contig1 807 2 8 U
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BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN54TF U 1
AF RR1GN54JQ C 26
BS 1 706 RR1GN54TF
BS 707 707 RR1GN54JQ
BS 708 714 RR1GN54TF
BS 715 716 RR1GN54JQ
BS 717 720 RR1GN54TF
BS 721 721 RR1GN54JQ
BS 722 751 RR1GN54TF
BS 752 807 RR1GN54JQ

RD RR1GN54TF 751 0 0
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GTTTCTGTATCAGACTGGACAGTAGATGGAGTTCTTGCATCAAACAAAGAACAAGAGAAA
AACTCAAACAGTGCAAAATCTGGAGAGACTTTGATCAAGAAAGACCTTCCTGAGTTCTCA
CCAGAAGCAAAGGCCAAAGCTGCAGAAGCAAAAGCAAGAGGACAAGACGCGTTCTACAAG
AAGGATTACCAGATGGCCATTGACGCCTACACACAAGCTATTGATTTTGACCCTACGGAT
CATACCTTCTTCTCAAACCGAAGCCTCTGCTGGTTGCTGTTAGGACAAGGTGAGCATGCC
TTGTCGGATGCTAAAGCCTGCAGAGAACTAAAGCCTGACTGGCCTAAAGCTTGTTTTCAG
AGAAGGCGCTGCACTTCGTTTGCTACAGCGATTTGATGAGGCAGCCAATGCATTTTACGA
GGGAGTGTTGCTAAGCCCTGAAAGCAAAGAGCTCATTGATGCGTTCAGAGAAGCTGTAGA
TGCTGGAAGGAAGTTTCACGGCAAGGACAAGATTAAGGACAAAGCATAAGATCTTCAAGA
GATGGCTCTGTTTAGTATCTGTATGAAGTTTTGATCTTGCTACTTAACCTGGCCTCTCCC
TTTATGCAGTTGCTACCTTATCTTTTATTTACTTAAACTTTCTAAA*GCTTCAG**ACAA
*GTTTAGTGTGTGGTCTGATTTTGTCATTTG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR1GN54JQ 782 0 0
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ATGGAGTTCTTGCATCAAACAAAGAACAAGAGAAAAACTCAAACAGTGCAAAATCTGGAG
AGACTTTGATCAAGAAAGACCTTCCTGAGTTCTCACCAGAAGCAAAGGCCAAAGCTGCAG
AAGCAAAAGCAAGAGGACAAGACGCGTTCTACAAGAAGGATTACCAGATGGCCATTGACG
CCTACACACAAGCTATTGATTTTGACCCTACGGATCATACCTTTTTCTCAAACCGAAGCC
TTTGCTGGTTGCTGTTAGGACAAGGTGAGCATGCCTTGTCGGATGCTAAAGCCTGCAGAG
AACTAAAGCCTGACTGGCCTAAAGCTTGTTT*CAGAGAAGGCGCTGCACTTCGTTTGCTA
CAGCGATTTGATGAGGCAGCCAATGCATTTTACGAGGGAGTGTTGCTAAGCCCTGAAAGC
AAAGAGCTCATTGATGCGTTCAGAGAAGCTGTAGATGCTGGAAGGAAGTTTCACGGCAAG
GACAAGATTAAGGACAAAGCATAAGATCTTCAAGAGATGGCTCTGTTTAGTATCTGTATG
AAGTTTTGATCTTGCTACTTAACCTGGCCTCTCCCTTTATGCAGTTGCTACCTTATCTTT
TATTTACTTAAACTTTCTAAAAGCTTCAGGAACAAAGTTTAGTGTGTGGTCTGATTTTGT
CATTTGTTCGGATTTACAGCTATGATTTCTTTTTCTAAATGGTAAAACGATTATTTTATG
AG

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL7515Contig1 732 2 2 U
TTTTTTTTTGGCAAAATGTATTAGAGATAGTATTATAGCTTCTCCTACCATGTTCATAAC
TTCTTTAATGAGTCTTATGTCATCCAACGAGACAATTCGGTGGCAAAATTTCTTCGGATT
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TCGTCGTTCGGCACAATTTTACGTCTGGTAAGAACAGGGGTAGTAGAAGCAGTGTTCCCG
TTTGATGTTTTCTGAGTACATGCGACTAAGAGAGACATGAGGGATGATCCATCTCCTAAT
GAATGGTGAGATCTTATCACACCGACAGCCTCTGCATCAGATGTTTTGACGTTGAGGATG
TGAATATCCCATAAAGGTTTCGATTTATCAAGAGGAAGCATAGTGAGACGTGTAACGTAG
TCCTCAACGTAACTTTCTCCATCTTCTCCGATCTCGTTCGAGTCCATATATCTACTATAA
ACACATGGTCCTCTATGTTGACTTTTGTCTTAACCCAACTCAAACCATCATCTGACAATT
TGCTTGAGAAACGAGGATGTGTGGAAACATTATGGTTCAAGCCACTTAGAATGACGTCAG
CATTGATCTTGATTTTGCAACCGATCATGGTGATGATGCAGCAGCTGGTGCCTGGCGACT
GGAACACACGCGCCATCGGGCTGAGCGGTTCTCCGTCTTCGTCCCCCACCGACATCGTCT
ATTTCCTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BL88TF C 1
AF RR1BL88JQ U 10
BS 1 9 RR1BL88TF
BS 10 732 RR1BL88JQ

RD RR1BL88TF 732 0 0
TTTTTTTTTGGCAAAATGTATTAGAGATAGTATTATAGCTTCTC*TACCATGTTCATA*C
TTCTTTAATGAGTCTTATGTCATCCAACGAGACAATTCGGTGGCAAAATTTCTTCGGATT
ACTCTGGATACTCATATCGCCTTTTAGATGTGTCTTCGTATCCTTAAGAACCATGAGGTT
TCGTCGTTCGGCACAATTTTACGTCTGGTAAGAACAGGGGTAGTAGAAGCAGTGTTCCCG
TTTGATGTTTTCTGAGTACATGCGACTAAGAGAGACATGAGGGATGATCCATCTCCTAAT
GAATGGTGAGATCTTATCACACCGACAGCCTCTGCATCAGATGTTTTGACGTTGAGGATG
TGAATATCCCATAAAGGTTTCGATTTATCAAGAGGAAGCATAGTGAGACGTGTAACGTAG
TCCTCAACGTAACTTTCTCCATCTTCTCCGATCTCGTTCGAGTCCATATATCTACTATAA
ACACATGGTCCTCTATGTTGACTTTTGTCTTAACCCAACTCAAACCATCATCTGACAATT
TGCTTGAGAAACGAGGATGTGTGGAAACATTATGGTTCAAGCCACTTAGAATGACGTCAG
CATTGATCTTGATTTTGCAACCGATCATGGTGATGATGCAGCAGCTGGTGCCTGGCGACT
GGAACACACGCGCCATCGGGCTGAGCGGTTCTCCGTCTTCGTCCCCCACCGACATCGTCT
ATTTCCTCTTCC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1BL88JQ 723 0 0
GGCAAAATGTATTAGAGATAGTATTATAGCTTCTCCTACCATGTTCATAACTTCTTTAAT
GAGTCTTATGTCATCCAACGAGACAATTCGGTGGCAAAATTTCTTCGGATTACTCTGGAT
ACTCATATCGCCTTTTAGATGTGTCTTCGTATCCTTAAGAACCATGAGGTTTCGTCGTTC
GGCACAATTTTACGTCTGGTAAGAACAGGGGTAGTAGAAGCAGTGTTCCCGTTTGATGTT
TTCTGAGTACATGCGACTAAGAGAGACATGAGGGATGATCCATCTCCTAATGAATGGTGA
GATCTTATCACACCGACAGCCTCTGCATCAGATGTTTTGACGTTGAGGATGTGAATATCC
CATAAAGGTTTCGATTTATCAAGAGGAAGCATAGTGAGACGTGTAACGTAGTCCTCAACG
TAACTTTCTCCATCTTCTCCGATCTCGTTCGAGTCCATATATCTACTATAAACACATGGT
CCTCTATGTTGACTTTTGTCTTAACCCAACTCAAACCATCATCTGACAATTTGCTTGAGA
AACGAGGATGTGTGGAAACATTATGGTTCAAGCCACTTAGAATGACGTCAGCATTGATCT
TGATTTTGCAACCGATCATGGTGATGATGCAGCAGCTGGTGCCTGGCGACTGGAACACAC
GCGCCATCGGGCTGAGCGGTTCTCCGTCTTCGTCCCCCACCGACATCGTCTATTTCCTCT
TCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL7516Contig1 1186 2 4 U
GACAGTCTTTCTTCTCTCGAGCTTGGAATTTCAAAGATCCTTGTAACATGGAGTACTCGA
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TAGATGGTTGTGTTGCACGTATCGCGGCTAAGCTTGAGATGATGCAGCCTTGCTCTAGTG
TCAAGGACAGAATTGCTTATGGTATGATTAAAGATGCAGAAGACAAGGGTTTGATTACTC
CCGGAAAGAGCATATTGATTGAGCCAACATCTGGTAACACCGGGATTGGTATAGCAATGG
TTGGGGCAGCTAGAGGTTACAAAGTTGTGATTACACTGCCTGCATCAGTCAGCATTGAGA
GAAGAATCATTCTTCTAGCATTAGGTGCAGAGGTTCACCTCACAGATCCTAAAAAAGGCG
TTATGGGAGTAATTGTCAAAGCTGAAGAGTTATTAAGCAAAACTCCAGATGGTCACATAC
TAGAGCAATTCAGAAACCCTTCAAACCCACAATCTCATTACGAGGCCACTGGTCCGGAGA
TATGGAGAGACTCTGCAGAGAAAGTAGATATATTGGTTGTTGGTGTTGGGACTGGTGGAA
CGATCTCTGGAGCAGGGAAGTTCCTCAAGGATAAGAATCAAGACGTTAAGGTTTATGGAG
TGGAACCTGCAGAGAGTGCAGTACTCAGTGGAGGGCAACCTGGTCCACATGGGATCCAAG
GTATAGGAGCTGGACTCATCCCAGACAATTTGGATTTCAGCGTTCTTGATGAAGTCATTC
AAGTGACAAGTGTGGAAGCTATTGAAACAGCCAAACTTCTTGCCCTGAAAGAAGGATTAC
TGGTTGGAATATCATCCGGAGCTGCTGCAGCCGCTGCGATAAAGGTTGCAAAACGACCAG
AAAACGCAGATAAGCTCATAGTTGTGGTTTTCCCGAGTGGCGGGGAACGGTACTTGTCGA
CTCCGATGTTCGACTCTATCAGAAGTGAAGCGGAGAATTTGGCAATTGAATGAGAGAGAC
TTATCCACTGCTACTACTACGTAACTCGGTTCGGTTATGTAATAAAGTACCAAGATACCG
GTTCTGTCATTTTTGACATACATTGAAAGTGTTGTTTGACTTGAAATGACATGACGTAAT
ATTGTTTTCAAAAGTAAGAAAATTATAGACATGCATGCATGTACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EV56TF U 1
AF RR1EV56JQ C 377
BS 1 650 RR1EV56TF
BS 651 651 RR1EV56JQ
BS 652 722 RR1EV56TF
BS 723 1186 RR1EV56JQ

RD RR1EV56TF 722 0 0
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TCAAGGACAGAATTGCTTATGGTATGATTAAAGATGCAGAAGACAAGGGTTTGATTACTC
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TTGGGGCAGCTAGAGGTTACAAAGTTGTGATTACACTGCCTGCATCAGTCAGCATTGAGA
GAAGAATCATTCTTCTAGCATTAGGTGCAGAGGTTCACCTCACAGATCCTAAAAAAGGCG
TTATGGGAGTAATTGTCAAAGCTGAAGAGTTATTAAGCAAAACTCCAGATGGTCACATAC
TAGAGCAATTCAGAAACCCTTCAAACCCACAATCTCATTACGAGGCCACTGGTCCGGAGA
TATGGAGAGACTCTGCAGAGAAAGTAGATATATTGGTTGTTGGTGTTGGGACTGGTGGAA
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GT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1EV56JQ 810 0 0
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CCCTTCAAACCCACAATCTCATTACGAGGCCACTGGTCCGGAGATATGGAGAGACTCTGC
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GAAGTTCCTCAAGGATAAGAATCAAGACGTTAAGGTTTATGGAGTGGAACCTGCAGAGAG
TGCAGTACTCAGTGGAGGGCAACCTGGTCCACATGGGATCCAAGGTATAGGAGCTGGACT
CATCCCAGACAATTTGGATTTCAGCGTTCTTGATGAAGTCATTCAAGTGACAAGTGTGGA
AGCTATTGAAACAGCCAAACTTCTTGCCCTGAAAGAAGGATTACTGGTTGGAATATCATC
CGGAGCTGCTGCAGCCGCTGCGATAAAGGTTGCAAAACGACCAGAAAACGCAGATAAGCT
CATAGTTGTGGTTTTCCCGAGTGGCGGGGAACGGTACTTGTCGACTCCGATGTTCGACTC
TATCAGAAGTGAAGCGGAGAATTTGGCAATTGAATGAGAGAGACTTATCCACTGCTACTA
CTACGTAACTCGGTTCGGTTATGTAATAAAGTACCAAGATACCGGTTCTGTCATTTTTGA
CATACATTGAAAGTGTTGTTTGACTTGAAATGACATGACGTAATATTGTTTTCAAAAGTA
AGAAAATTATAGACATGCATGCATGTACGC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL7517Contig1 715 2 1 U
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CGACTTCTTCTTACCAGAAGTTGATCCATCAAGTGAGCCATTGCTTTTATTTCCCAAGAG
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ATTACCTTTTGTTTTTCAACAATCTCAACTCCTTTTTAAATGGTTACTTTACACC


BQ
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AF RR1AY28JQ C 1
AF RR1AY28TF U 1
BS 1 715 RR1AY28TF

RD RR1AY28JQ 715 0 0
GGGAAGCAATCGTAGCAATCTCAGAGAAGGGGAGAAGACAATGGCTGCCAAAACCCTAAT
CAGGTCGGGAGCTTCGCTAATGAATCGTTTTCTATCGAAGCCAACGACGAACCTTTTTGT
GCAGAACAATCTGAGATCGTTTCAGCAGATAGCTCCTCAGCGGCGACAAGAACTCCCGCC
GCGTTTTTTCCCGTCGTTGACGAATCTACAGAACTCACTTAGTTCGCACCCTAGCGAAAG
TGCTACGCTTAAGGAATTAACGGAACGTGGGTTTCTTCACCCTTCTGGTCTTCCTTCACT
CGACTTCTTCTTACCAGAAGTTGATCCATCAAGTGAGCCATTGCTTTTATTTCCCAAGAG
GACATTCCAACCTAGCACTATCAGGCGCAAACGTAACCATGGATTCTTTGCCCGCAAAGC
AACCAAAGGTGGACGAAGAGTCATAGCTCGGAGAATAGCAAAAGGGCGTCACAGAGTCAC
TGCCTAGAATATCTCTCTTTTGTCCCTTCTATGAATCTATCAGATTATGCGGATAAGTAT
CTTCCTTGCGTCTTTCCAGTCTAGAAAATCTGAAACTTCGGTCTCATCAATAACTACAAT
AGATGTACTGTTGTGTTGAATCTCGGAGTCGAAGCGAATTTCATAATTTTTAAAGATCTC
ATTACCTTTTGTTTTTCAACAATCTCAACTCCTTTTTAAATGGTTACTTTACACC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1AY28TF 715 0 0
GGGAAGCAATCGTAGCAATCTCAGAGAAGGGGAGAAGACAATGGCTGCCAAAACCCTAAT
CAGGTCGGGAGCTTCGCTAATGAATCGTTTTCTATCGAAGCCAACGACGAACCTTTTTGT
GCAGAACAATCTGAGATCGTTTCAGCAGATAGCTCCTCAGCGGCGACAAGAACTCCCGCC
GCGTTTTTTCCCGTCGTTGACGAATCTACAGAACTCACTTAGTTCGCACCCTAGCGAAAG
TGCTACGCTTAAGGAATTAACGGAACGTGGGTTTCTTCACCCTTCTGGTCTTCCTTCACT
CGACTTCTTCTTACCAGAAGTTGATCCATCAAGTGAGCCATTGCTTTTATTTCCCAAGAG
GACATTCCAACCTAGCACTATCAGGCGCAAACGTAACCATGGATTCTTTGCCCGCAAAGC
AACCAAAGGTGGACGAAGAGTCATAGCTCGGAGAATAGCAAAAGGGCGTCACAGAGTCAC
TGCCTAGAATATCTCTCTTTTGTCCCTTCTATGAATCTATCAGATTATGCGGATAAGTAT
CTTCCTTGCGTCTTTCCAGTCTAGAAAATCTGAAACTTCGGTCTCATCAATAACTACAAT
AGATGTACTGTTGTGTTGAATCTCGGAGTCGAAGCGAATTTCATAATTTTTAAAGATCTC
ATTACCTTTTGTTTTTCAACAATCTCAACTCCTTTTTAAATGGTTACTTTACACC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7518Contig1 778 2 2 U
GGAGACTGAATCAGATCAAACGCCTACGACCAAAACAAGAGCGGGCAGAAGAAAGAGACG
AGACATAAAAGTTTGAAGATGGGCAACACTTCCTCGATGCTGACTCAATACGACATTGAA
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AGGTTCTGCCAGTTAGATCGAAACTCAAAGGGATTTATATCATCTGATGGGTTTCTCTCC
GTCCCTGAGTTCGCCATGAACCCACTCTCTCAGAGGCTGCTTAAGATGGTTGACGGTTTG
AACTTTAAAGACTTTGTGGCCTTCTTGTCTGCTTTCAGTGCCAAGGCTAGTCTTAAACAA
AAGGTTAAACTGATCTTCCAAGTCTATGATTCGGACGGCAACGGGAAGGTCTCGTTTAAA
GACATCATGGAAGTGTTGCGGGACTTATCTGGGACATTCATGTCTGATGATCAAAGAGAG
CAAGTACTGAGCCAGGTTTTGAAGGAAGCAGGCTACACGAATGACTCTTTCTTAACACTG
GAGGATTTCATTAAGGTCTTTGGGAGTGGTAAACCGGAGATGGACGTTGAAATTCCTGTG
GATTAAGGGATTTAAAGCTGAAAAATCTCAATCATGTATTTGTCCACTTTGTTAGTAGAA
TAATCCAACCTTGTTGATTTGATCAAAATAACCATTTCAAGTATGTTTTTGTCAGTCCCA
AAACTGACTTCAGCTTACATGTACGAATAACTTTCATCTTAAAAGCATTTTTTTTTTC


BQ
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BQ
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DS 

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QA 1 695 1 695
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BQ
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AF RR1AW10JQ C 1
AF RR1AW10TF U 1
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BS 685 716 RR1AW10JQ

RD RR1AW10JQ 716 0 0
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ATCTAGATAATGTCGTGGCAAACTTACGTTGATGAGCATCTGATGTGCGATGTCGGTGAC
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GATGAGCCTGGTCACCTCGCTCCCACAGGCTTGTTCCTCGCAGGACTTAAGTATATGGTT
ATCCAAGGCGAGCCTGGTGCAGTCATTCGCGGCAAAAAGGGGGTTGGAGGAATCACAATC
AAAAAGACAGGACAGTCAATGGTGTTTGGTCTGTACGAAGAACCAGTGACTCCAGGACAA
TGTAACATGGTCGTCGAGAGGCTGGGTGATTACTTGATCGAACAGGATCTCTAAAACCTT
ATAGAATGCTATAATGATGTTGTTCCAATCCTTTGAACCATTGTTTCACTTTTATTTTTG
GCTGGGTGCATGGGTTTTATGTTTTCCTAATTTAATTTTTGGCGTTTCTACTTTAGCAAT
GTTTAAAAGAATGTGAACCTTCCTCTTTTGCATGGTTTCCTGATTAATTTTGTGTGTTTT
GGTTTAATTTTATCTTAACATGTATTTATTGCGTATATACTCATCTGGTTCTGACT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1AW10TF 684 0 0
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ATCTAGATAATGTCGTGGCAAACTTACGTTGATGAGCATCTGATGTGCGATGTCGGTGAC
GGCCAAGGTCACCACCTCACCGCTGCCGCCATCATCGGCCATGACGGAAGCGTTTGGGCT
CAGAGCGCTAATTTTCCTCAGTTCAAACCTCAAGAGATGACAGATATCATGAAAGATTTC
GATGAGCCTGGTCACCTCGCTCCCACAGGCTTGTTCCTCGCAGGACTTAAGTATATGGTT
ATCCAAGGCGAGCCTGGTGCAGTCATTCGCGGCAAAAAGGGGGTTGGAGGAATCACAATC
AAAAAGACAGGACAGTCAATGGTGTTTGGTCTGTACGAAGAACCAGTGACTCCAGGACAA
TGTAACATGGTCGTCGAGAGGCTGGGTGATTACTTGATCGAACAGGATCTCTAAAACCTT
ATAGAATGCTATAATGATGTTGTTCCAATCCTTTGAACCATTGTTTCACTTTTATTTTTG
GCTGGGTGCATGGGTTTTATGTTTTCCTAATTTAATTTTTGGCGTTTCTACTTTAGCAAT
GTTTAAAAGAATGTGAACCTTCCTCTTTTGCATGGTTTCCTGATTAATTTTGTGTGTTTT
GGTTTAATTTTATCTTAACATGTA

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

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TTATTGACTAGCTTCATAACCTCTGCGCTCTTGGACAGATGCCCAACTGTTCGAGCAACA
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TCATTTCGCTTTGCAGCTTCTTTAATAGCTTTCTGTACATTTCTCTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BO47TF C 1
AF RR1BO47JQ U 6
BS 1 5 RR1BO47TF
BS 6 708 RR1BO47JQ

RD RR1BO47TF 708 0 0
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GCCTTGTGCGCGGGTACCTTTATCCTTTCCTTCCTGACAGCTTCTGGGAGCTCAGCAGCG
GTTTCTCCAGCAATAGCTGTCAATACTTGATCAACCTCATCGTCGATCTCATCTTCCATA
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GCAACACTTTCACCGAGGTGCATTGAAATGGAATTCATCTGCGCTTTGTTTTCGTATAGA
CGGTTCACTGTTCTTCTCGAACTCACAATCTCCTTAGCAAGCGCCTTGGCTGAGACCATA
TCATTTCGCTTTGCAGCTTCTTTAATAGCTTTCTGTACATTTCTCTCC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1BO47JQ 703 0 0
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TCCAGCAATAGCTGTCAATACTTGATCAACCTCATCGTCGATCTCATCTTCCATATCCTC
AAAATCCAGTGCATTGTCAATGGCATCATTCACAAACTCCTCAATCACTCCAGCCTTAGT
CATCTCTTTGCTGAACTCCAGCATAGTTGCAGCCATTTGGGGGGCTTTCATGAGGTTATT
GACTAGCTTCATAACCTCTGCGCTCTTGGACAGATGCCCAACTGTTCGAGCAACAGCAAC
ACTTTCACCGAGGTGCATTGAAATGGAATTCATCTGCGCTTTGTTTTCGTATAGACGGTT
CACTGTTCTTCTCGAACTCACAATCTCCTTAGCAAGCGCCTTGGCTGAGACCATATCATT
TCGCTTTGCAGCTTCTTTAATAGCTTTCTGTACATTTCTCTCC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL7522Contig1 847 2 2 U
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TTATTCTTTACTAATTTGGTTTTGAATAGATTTGTCGAAGATTTGTTCTTGATCAGTATT
TATTAATTTGCATCATCGAGGTCATTTCCTTTGTTCTTTACTAATTGGGATTTGATCGAT
TTATGAAAAATTTGTTCTTGATTAGTGTTTATTATTTGCTTAGTAGAATCAATTTATCAA
ATATTTGTTACTTCTAGACTCTATGTTTTTTTTTTCGTTTTTGTTTTTCTCTTTAGAGTC
TATGGTTTAGTTTTGTTTTTAACTTTCTTTGTTGGTTGTGTGAGGGATTGGTGATCATGA
AGAAGTGGGCATGACAGTTGGGGAGTTTCCATTCATTCATTATGTATTGAACATCAACAA
AGCATCCTTCTTTCACTGCAATCAGCAAGAGAAATCAGGTCCCATGACGATAGAGAAATT
GCAGATCCAAGGTACAAGATCCAAGGTATCATTGGTGGGGTTATGGACTTGGCTCCATCG
CCGAGTGAGAGAAAGTGATTCTCGGTGGGTTAGAGTGATTTTATCAGTGGGGTTAGGGAT
TACATCGACGAGATAAGCAGCAGGATAGGGATTTCATTGACGAGAAAATTGTAAAATTAA
GTATTGGGGATTGTGGATTCTTTGTTTGATTTTTAATAAAGAGAAAAAAAATCTAATCGT
TAGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ20TFB U 1
AF RR1GZ20JQ C 261
BS 1 606 RR1GZ20TFB
BS 607 847 RR1GZ20JQ

RD RR1GZ20TFB 606 0 0
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GAACTATCAAAGGATTTTTTTTGTCAATATTTAGACTTGTATTGTTGTTGCATGCATCAT
CGAGGTCAAAGATTTGTTCTTGATCAGTGTTTATTAATTTGCATCATTCAGCTCAGAGAT
TTATTCTTTACTAATTTGGTTTTGAATAGATTTGTCGAAGATTTGTTCTTGATCAGTATT
TATTAATTTGCATCATCGAGGTCATTTCCTTTGTTCTTTACTAATTGGGATTTGATCGAT
TTATGAAAAATTTGTTCTTGATTAGTGTTTATTATTTGCTTAGTAGAATCAATTTATCAA
ATATTTGTTACTTCTAGACTCTATGTTTTTTTTTTCGTTTTTGTTTTTCTCTTTAGAGTC
TATGGTTTAGTTTTGTTTTTAACTTTCTTTGTTGGTTGTGTGAGGGATTGGTGATCATGA
AGAAGTGGGCATGACAGTTGGGGAGTTTCCATTCATTCATTATGTATTGAACATCAACAA
AGCATCCTTCTTTCACTGCAATCAGCAAGAGAAATCAGGTCCCATGACGATAGAGAAATT
GCAGAT

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1GZ20JQ 587 0 0
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ATTAGTGTTTATTATTTGCTTAGTAGAATCAATTTATCAAATATTTGTTACTTCTAGACT
CTATGTTTTTTTTTTCGTTTTTGTTTTTCTCTTTAGAGTCTATGGTTTAGTTTTGTTTTT
AACTTTCTTTGTTGGTTGTGTGAGGGATTGGTGATCATGAAGAAGTGGGCATGACAGTTG
GGGAGTTTCCATTCATTCATTATGTATTGAACATCAACAAAGCATCCTTCTTTCACTGCA
ATCAGCAAGAGAAATCAGGTCCCATGACGATAGAGAAATTGCAGATCCAAGGTACAAGAT
CCAAGGTATCATTGGTGGGGTTATGGACTTGGCTCCATCGCCGAGTGAGAGAAAGTGATT
CTCGGTGGGTTAGAGTGATTTTATCAGTGGGGTTAGGGATTACATCGACGAGATAAGCAG
CAGGATAGGGATTTCATTGACGAGAAAATTGTAAAATTAAGTATTGGGGATTGTGGATTC
TTTGTTTGATTTTTAATAAAGAGAAAAAAAATCTAATCGTTAGGCCC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL7523Contig1 816 2 1 U
GTAATTTGGGGTTTCATTTCCTTCCCCTTAGCCCTCCTCGGGACAGTCGTTGGGAGAAAC
TGGAGTGGTGCTCCAAACAATCCATGCCGTGTGAAGACTATTCCACGTCCAATCCCTGAG
AAAAAATGGTACTTGACTCCATCGGTTATCTCCCTGATGGGAGGTTTGCTACCATTTGGA
AGCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTCTTCACATCCTTCTGGAACTACAAGGTGTACTAC
GTGTATGGATTCATGCTGCTGGTATTTGTGATTCTGGTCATAGTGACGGTCTGTGTGACA
ATAGTGGGAACGTATTTCCTGCTGAATGCAGAGAATTATCACTGGCAATGGACTTCGTTT
TTCTCTGCTGCATCAACGGCGGTCTATGTCTACCTATACTCCATCTATTACTACTACGTG
AAGACGAAGATGTCAGGATTCTTCCAGACAAGCTTCTACTTTGGGTACACCATGATGTTC
TGTCTTGGCCTTGGAATCCTTTGCGGAGCTGTTGGATTCTTGGGATCAAACCTGTTTGTG
AGGAGAATCTACAGAAACATCAAATGCGACTAGAGGAAAAAAACATCCAGTTGGGAAGGG
AATGAAGCTTGCTATTGTGGACATACACCTCTATATATAAAAGCATTAGAGAGGGAGAAT
ATATACATGTATCATCCTTCAATGGGGGCTTTTTGTCAGTCTTATTTAATTCCCAATTTG
GTAAGTGAACTGTTTTTTCTCTTTAGATTAGAATTTGAGTGGGTGTAATATACAACATAA
CTACTACTACTACCTGTAATTTTTTCCCCTGTTCCT


BQ
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BS 1 816 RR1A183TF

RD RR1A183TF 816 0 0
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ATATACATGTATCATCCTTCAATGGGGGCTTTTTGTCAGTCTTATTTAATTCCCAATTTG
GTAAGTGAACTGTTTTTTCTCTTTAGATTAGAATTTGAGTGGGTGTAATATACAACATAA
CTACTACTACTACCTGTAATTTTTTCCCCTGTTCCT

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DS 

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TGTGAAGACTATTCCACGTCCAATCCCTGAGAAAAAATGGTACTTGACTCCATCGGTTAT
CTCCCTGATGGGAGGTTTGCTACCATTTGGAAGCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTCTT
CACATCCTTCTGGAACTACAAGGTGTACTACGTGTATGGATTCATGCTGCTGGTATTTGT
GATTCTGGTCATAGTGACGGTCTGTGTGACAATAGTGGGAACGTATTTCCTGCTGAATGC
AGAGAATTATCACTGGCAATGGACTTCGTTTTTCTCTGCTGCATCAACGGCGGTCTATGT
CTACCTATACTCCATCTATTACTACTACGTGAAGACGAAGATGTCAGGATTCTTCCAGAC
AAGCTTCTACTTTGGGTACACCATGATGTTCTGTCTTGGCCTTGGAATCCTTTGCGGAGC
TGTTGGATTCTTGGGATCAAACCTGTTTGTGAGGAGAATCTACAGAAACATCAAATGCGA
CTAGAGGAAAAAAACATCCAGTTGGGAAGGGAATGAAGCTTGCTATTGTGGACATACACC
TCTATATATAAAAGCATTAGAGAGGGAGAATATATACATGTATCATCCTTCAATGGGGGC
TTTTTGTCAGTCTTATTTAATTCCCAATTTGGTAAGTGAACTGTTTTTTCTCTTTAGATT
AGAATTTGAGTGGGTGTAATATACAACATAACTACTACTACTACCTGTAATTTTTTCCCC
TGTTCCT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

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CTTATGAACCTTAACGCGACGGAGCTCTGTCTCGGCCTCCCTGGCGGCACTAAAGCCGTC
GAGAGCCCGGCCAGATCGTCGGTGAGGAACAAGAGAGGCTTCTCCGAGACTGTGGATCTC
ATGCTCAATCTTCAGTGCAACAAAGAAGAAACCGTCGATCTTAACAACGCCACAGCTTCC
AAAGAGAAGACTCTCCTCAAAGACCCTGCTAAGCCTCCTGCTAAAGCCCGAGTGGTGGGA
TGGCCACCTGTGAGGAACTACAGGAAGAACATGATGACTCAGCAGAAAACAAGCGCCGAG
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ATGGATGGAGCTCCTTACCTAAGAAAAATTAACCTCACGATGTACAAAAGCTATCAGGAT
CTCTCTGATGCTTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACTATGGGTACGTGTTAGAAATTT
CATATCGAAGAAGTGCGAAAAATATAAATTAGTATATAAATATTGGAAACTCGCGAATAT
TTATCATTACTTTAAATCATATTTATGTCTGCAAGAGGAATGGTGAACTTGTGGTATGTA
TTTATATACAAATAAGCGCTTAAATTTTATATAATCTGTGAATAATTTCAAGGAAACTAT
GGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTCATGAATCTGTTGAACAGT
TCCGAATATGTTCCAAGCTACGAGGACAAAGATGGCGATTGGATGCTCGTCGGAGATGTC
CCATGGGAAATGTTCGTCCAGTCGTGCAAACGTTTGCGCATCATGAAGGGATCTGAAGCA
ATTGGACTTGCTCCCAGAGCAATGGAGAAGTACTGCAAGAACAGATCGTGAATTTTATAA
TAAGAAGAAAAAAAGAACCATCAATGTCCATATGACGGGTTCTTGATTTGCATTTTTATG
ATTTTTATGTATTTCTATCTCCTATATGCGTGTTGTAATTTAAATACTTGATGGGTATCT
AGGGCAATAGTATTATGTTACCAGTAAGGTGTGGAAAAAAATGTAATGTGACCAAAAGAG
AGGAAACTGAAAATATCTCTGTGTTTGTGTCATATTTATTGCCCAGCATGTGTCTGTCGG
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TTGATCCCTACTAGAGCATGTGTCTGTCGGTTAATGATCAATCACTACTTGATATATGCA
TATATAAATGTATGTACATGTGTTTTGATCCCT


BQ
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AF RR1EG77TF U 1
AF RR1EG77JQ C 624
BS 1 708 RR1EG77TF
BS 709 1353 RR1EG77JQ

RD RR1EG77TF 708 0 0
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CTTATGAACCTTAACGCGACGGAGCTCTGTCTCGGCCTCCCTGGCGGCACTAAAGCCGTC
GAGAGCCCGGCCAGATCGTCGGTGAGGAACAAGAGAGGCTTCTCCGAGACTGTGGATCTC
ATGCTCAATCTTCAGTGCAACAAAGAAGAAACCGTCGATCTTAACAACGCCACAGCTTCC
AAAGAGAAGACTCTCCTCAAAGACCCTGCTAAGCCTCCTGCTAAAGCCCGAGTGGTGGGA
TGGCCACCTGTGAGGAACTACAGGAAGAACATGATGACTCAGCAGAAAACAAGCGCCGAG
GAGGAGGCCAGCAGCGAGAAGGCCGGAAATGGTGGAGGAGCTGCCTTGGTGAAGGTATCC
ATGGATGGAGCTCCTTACCTAAGAAAAATTAACCTCACGATGTACAAAAGCTATCAGGAT
CTCTCTGATGCTTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACTATGGGTACGTGTTAGAAATTT
CATATCGAAGAAGTGCGAAAAATATAAATTAGTATATAAATATTGGAAACTCGCGAATAT
TTATCATTACTTTAAATCATATTTATGTCTGCAAGAGGAATGGTGAACTTGTGGTATGTA
TTTATATACAAATAAGCGCTTAAATTTTATATAATCTGTGAATAATTT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1EG77JQ 730 0 0
TATGTCTGCAAGAGGAATGGTGAACTTGTGGTATGTATTTATATACAAATAAGCGCTTAA
ATTTTATATAATCTGTGAATAATTTCAAGGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTT
CATGAACGAGAGCAAGCTCATGAATCTGTTGAACAGTTCCGAATATGTTCCAAGCTACGA
GGACAAAGATGGCGATTGGATGCTCGTCGGAGATGTCCCATGGGAAATGTTCGTCCAGTC
GTGCAAACGTTTGCGCATCATGAAGGGATCTGAAGCAATTGGACTTGCTCCCAGAGCAAT
GGAGAAGTACTGCAAGAACAGATCGTGAATTTTATAATAAGAAGAAAAAAAGAACCATCA
ATGTCCATATGACGGGTTCTTGATTTGCATTTTTATGATTTTTATGTATTTCTATCTCCT
ATATGCGTGTTGTAATTTAAATACTTGATGGGTATCTAGGGCAATAGTATTATGTTACCA
GTAAGGTGTGGAAAAAAATGTAATGTGACCAAAAGAGAGGAAACTGAAAATATCTCTGTG
TTTGTGTCATATTTATTGCCCAGCATGTGTCTGTCGGTTTAATGATCAATCACTAATTGA
CATATGCATATATAAACATGTATGTATGTGTCTGTTATTGATCCCTACTAGAGCATGTGT
CTGTCGGTTAATGATCAATCACTACTTGATATATGCATATATAAATGTATGTACATGTGT
TTTGATCCCT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL7525Contig1 788 2 4 U
GGGAAGGTAAACAACACAAAATAATGCTTCTCTACTTTATCATCTCCTGTCTCTCTTTTC
TTTTCTTGTCCAAATCATTCTCTCTTCCTCCATGGGCATCTGAAACAAAAACCTTGCTCT
CCCTCTACTTCTCCAAGAACCTCTTCACCAGAACTCTGCATCCAACCACACCTGATCCAG
CTTCTCCCTTGGACCACCAAATGTCAGTCCTTGACCTCCCTGACCTGGCTCTGGACCTCA
TTCTCGAGCTTCTTCCACCTTCTGGACTCTCTAGCATGGCCAGGGTTTGTAGCTCCTTGA
GGGAGAGATGTGTGAGTGATCATCTCTGGGAAAAACACTTGATCACCAAATGGGGCAAAG
TCCTTGGCCCTGCTGCTCATAGAGATTGGAGATGCTACCTCTCTTCCTCGTGTCATCTTG
ATTCACCAAATCACCGAATTGGTCATCATCCTCTTGGTTTTGACAAAATCATCTCTCTGA
TCCGATCTATTTCCTCTGGTGATGAAAAGAGGAAGAGATATGCTGCGTCTTCTCTGCCAC
TTGATTCCACCATGAGCTTCTACCTCTCCCTTGAAACTGGTCGTTTTTGGTTCCCAGCTC
AAGTTTACAACCGTGAGAATGGGCATGTAGGGTTCATGTTGTCATGCTATGATGCGGAGC
TCAACTATGATACTCACACTGATACGTTTCAAGCCAGGTATGCACCACATGGTAGAAAGG
CAGTTGCGGTTGAAAAAGTGTGACATGGGAAAGGCTAAGAGCAGCTCCCATCGATATATC
TCTTCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW84TF U 1
AF RR1D489TF U 93
BS 1 137 RR1AW84TF
BS 138 138 RR1D489TF
BS 139 711 RR1AW84TF
BS 712 788 RR1D489TF

RD RR1AW84TF 711 0 0
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TTTTCTTGTCCAAATCATTCTCTCTTCCTCCATGGGCATCTGAAACAAAAACCTTGCTCT
CCCTCTACTTCTCCAAGTACCTCTTCACCAGAACTCTGCATCCAACCACACCTGATCCAG
CTTCTCCCTTGGACCACCAAATGTCAGTCCTTGACCTCCCTGACCTGGCTCTGGACCTCA
TTCTCGAGCTTCTTCCACCTTCTGGACTCTCTAGCATGGCCAGGGTTTGTAGCTCCTTGA
GGGAGAGATGTGTGAGTGATCATCTCTGGGAAAAACACTTGATCACCAAATGGGGCAAAG
TCCTTGGCCCTGCTGCTCATAGAGATTGGAGATGCTACCTCTCTTCCTCGTGTCATCTTG
ATTCACCAAATCACCGAATTGGTCATCATCCTCTTGGTTTTGACAAAATCATCTCTCTGA
TCCGATCTATTTCCTCTGGTGATGAAAAGAGGAAGAGATATGCTGCGTCTTCTCTGCCAC
TTGATTCCACCATGAGCTTCTACCTCTCCCTTGAAACTGGTCGTTTTTGGTTCCCAGCTC
AAGTTTACAACCGTGAGAATGGGCATGTAGGGTTCATGTTGTCATGCTATGATGCGGAGC
TCAACTATGATACTCACACTGATACGTTTCAAGCCAGGTATGCACCACATG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1D489TF 696 0 0
G
GGGCATCTGAAACAAAAACCTTGCTCTCCCTCTACTTCTCCAAGAACCTCTTCACCAGAA
CTCTGCATCCAACCACACCTGATCCAGCTTCTCCCTTGGACCACCAAATGTCAGTCCTTG
ACCTCCCTGACCTGGCTCTGGATCTCATTCTCGAGCTTCTTCCACCTTCTGGACTCTCTA
GCATGGCCAGGGTTTGTAGCTCCTTGAGGGAGAGATGTGTGAGTGATCATCTCTGGGAAA
AACACTTGATCACCAAATGGGGCAAAGTCCTTGGCCCTGCTGCTCATAGAGATTGGAGAT
GCTACCTCTCTTCCTCGTGTCATCTTGATTCACCAAATCACCGAATTGGTCATCATCCTC
TTGGTTTTGACAAAATCATCTCTCTGATCCGATCTATTTCCTCTGGTGATGAAAAGAGGA
AGAGATATGCTGCGTCTTCTCTGCCACTTGATTCCACCATGAGCTTCTACCTCTCCCTTG
AAACTGGTCGTTTTTGGTTCCCAGCTCAAGTTTACAACCGTGAGAATGGGCATGTAGGGT
TCATGTTGTCATGCTATGATGCGGAGCTCAGCTATGATACTCACACTGATACGTTTCAAG
CCAGGTATTCACCACATGGTAGAAAGGCAGTTGCGGTTGAAAAAGTGTGACATGGGAAAG
GCTAAGAGCAGCTCCCATCGATATATCTCTTCATC

QA 2 696 2 696
DS 



AS 1 2

CO CL7526Contig1 1237 2 8 U
CAGCAATTAGCAGAACGAATCTGATCTTCCGAGGAGCTTGCGTGAATAATCACAAGCATC
ATCATGTAGATGATTACTCTGTTGTGTCATCGCCGGTGAGTTTTGGTCTGAGGAAGAGCT
TCTCCTCCTCCTCTCTCAAGCTGAAGAATCCTCATACTCTGTTCCAGACCACCTTCACAG
GGAGCTTCAGATCATCATCATCATCATCCATCTCAGCTCAGACAACGCTGAGGATTGGGA
CACCTCAGAAATGGTGGGAGAAGGGATTGAAAGAGAACATGAGAGAGATCTCTTCAGCTC
AGGACCTTGTTGACTCTCTCACCAACGCTGGTGATAAGCTCGTTGTGGTTGATTTTTTCT
CTCCTGCCTGTGGTGGCTGCAAGGCTCTTCATCCTAAGATATGTCAGTTGGCAGAGCAGA
ACCCTGATGTGCAGTTTCTTCAGGTGAACTACGAGGAGCACAAGTCCATGTGTTACAGTC
TTGGTGTCCATGTCCTCCCGTTCTTTAGATTCTACCGTGGCGCTCATGGTCGTGTCTGCA
GCTTTAGCTGCACCAATGCTACGATCAAGAAGTTCAGAGATGCGTTGGCGAAGCATAGTC
CAGATAGGTGCAGCCTCGGACCGACCAAAGGGCTTGAAGAGAAAGAGCTTGTGGCACTTG
CAGCCAACAAGGAACTCGATTTTAGCTACACGCCCAAGGCTGTACCTGTTGAGGAAGAAG
CACCCGTGCCCGCTTCCAACCCTGTTCCTCATCCATCGATGAGCGCCAATGATGAAAAGA
CATTGGTCTCCGCAGGGAGATGATTACCGTTCTGAGAGCCAGTAAACAATTATCTGTACA
GTTGTTTGCGTGATATTAGTACTAGCAACTGGATATACATATGTTGCAGTATCTAAAGTT
GTAAGTTCTTGGAGCAGCCGGTTTAGTGGGGGGTTTAGTTTTTTTTCGGGTTCCCCTGAG
CTAAACCGGTTTCATGTGGTTTTCCTAGAGCAAGACCAGTTCTTATGGTTTTGCTCAGTT
CTTATGGGATTGAAGAGTGGATGGTCGTGCGCCTGTGGTGCAACCATGGAAGCTTTCTTC
TTCAGTCTGCTTCAGTAGGATGTTTTTCTGTCTTTGGCTTGTGTTTTTTTTTACTGTTTA
AAGGTATTTTCTATGTAAGTAAAAATATCCAGTAAAGTTTATGCAAAAGTCGCTCTATGG
ATTTTATATTTTGTATAAGAATGTAAAGGTTGTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI89TF U 1
AF RR1DI89JQ C 504
BS 1 698 RR1DI89TF
BS 699 699 RR1DI89JQ
BS 700 718 RR1DI89TF
BS 719 719 RR1DI89JQ
BS 720 738 RR1DI89TF
BS 739 739 RR1DI89JQ
BS 740 757 RR1DI89TF
BS 758 1237 RR1DI89JQ

RD RR1DI89TF 757 0 0
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ATCATGTAGATGATTACTCTGTTGTGTCATCGCCGGTGAGTTTTGGTCTGAGGAAGAGCT
TCTCCTCCTCCTCTCTCAAGCTGAAGAATCCTCATACTCTGTTCCAGACCACCTTCACAG
GGAGCTTCAGATCATCATCATCATCATCCATCTCAGCTCAGACAACGCTGAGGATTGGGA
CACCTCAGAAATGGTGGGAGAAGGGATTGAAAGAGAACATGAGAGAGATCTCTTCAGCTC
AGGACCTTGTTGACTCTCTCACCAACGCTGGTGATAAGCTCGTTGTGGTTGATTTTTTCT
CTCCTGCCTGTGGTGGCTGCAAGGCTCTTCATCCTAAGATATGTCAGTTGGCAGAGCAGA
ACCCTGATGTGCAGTTTCTTCAGGTGAACTACGAGGAGCACAAGTCCATGTGTTACAGTC
TTGGTGTCCATGTCCTCCCGTTCTTTAGATTCTACCGTGGCGCTCATGGTCGTGTCTGCA
GCTTTAGCTGCACCAATGCTACGATCAAGAAGTTCAGAGATGCGTTGGCGAAGCATAGTC
CAGATAGGTGCAGCCTCGGACCGACCAAAGGGCTTGAAGAGAAAGAGCTTGTGGCACTTG
CAGCCAACAAGGAACTCGATTTTAGCTACACGCCCAAG*CTGTACCTGTTGAGGAAGA*G
CACCCGTGCCCGCTTCCA*CCCTGTTCCTCATCCATC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1DI89JQ 734 0 0
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ATCAAGAAGTTCAGAGATGCGTTGGCGAAGCATAGTCCAGATAGGTGCAGCCTCGGACCG
ACCAAAGGGCTTGAAGAGAAAGAGCTTGTGGCACTTGCAGCCAACAAGGAACTCGATTTT
AGCTACACGCCCAAGGCTGTACCTGTTGAGGAAGAAGCACCCGTGCCCGCTTCCAACCCT
GTTCCTCATCCATCGATGAGCGCCAATGATGAAAAGACATTGGTCTCCGCAGGGAGATGA
TTACCGTTCTGAGAGCCAGTAAACAATTATCTGTACAGTTGTTTGCGTGATATTAGTACT
AGCAACTGGATATACATATGTTGCAGTATCTAAAGTTGTAAGTTCTTGGAGCAGCCGGTT
TAGTGGGGGGTTTAGTTTTTTTTCGGGTTCCCCTGAGCTAAACCGGTTTCATGTGGTTTT
CCTAGAGCAAGACCAGTTCTTATGGTTTTGCTCAGTTCTTATGGGATTGAAGAGTGGATG
GTCGTGCGCCTGTGGTGCAACCATGGAAGCTTTCTTCTTCAGTCTGCTTCAGTAGGATGT
TTTTCTGTCTTTGGCTTGTGTTTTTTTTTACTGTTTAAAGGTATTTTCTATGTAAGTAAA
AATATCCAGTAAAGTTTATGCAAAAGTCGCTCTATGGATTTTATATTTTGTATAAGAATG
TAAAGGTTGTTTGC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL7527Contig1 907 2 2 U
GGGTGTGTTGTGTTATCATTCTCCGTCTCTTTTCACCAGAAGCAGACGTTGTTGTCTGTC
TGTCTGTCTTTGGCTCCAAACGTATGAGCCAGAAGAAAGGGCTTTTCGATACACTTCCGT
TTTGCAAACCCTAAGATAATATTTCCAATCAATTCAACCCCTTCTCGTGATTTAGAAGAA
ACCCTAAACCGATCAATCATCATGATGGACTGCTCATGCAGCACTCGCCCTTCTTCCTCT
CTACTCATCTCCTCCGAACCGTCTCTTCGCTTCCCTCGCTGCTCTAACCTCTCCTCGAAT
CTCACCTTACTGGTGCCTAAAGATGCGAAGGTGGTGAAGAAGCAGCAGCGTCTGGTAGTG
AGGAGTTGTTCTGCTCAAAACGGCGACGTTGATGGGTTTCCTCCTCTCAAGCCAAACAAA
CTCTTTATGCAAGAGGCGATTGGAGCTGAGTATGGAGAAGGGTTTGAGACTTTTAGACAG
GATGGTCCTCTTAAAGTCGATGTGGATTTCTGGAATGAGAAACCATCAAAATGTGTTGTG
TTTGAGGATGATCCAAGGGGTATTACCGCTGCTCACAACTGTACTATGATGGCCATTGGA
TTAATCGGTGCTCACAGAGCGTATGATCTGGTTCAGGCTGATCTTGCTGTTGGAAACTTC
TACGAGCTATCGGTGATAAACCTCAGAAGATTATTTGCAAACAAAGGCTCTACATTCATG
GAACACGAGAAGCAAATCATAGAAAAATCTCCTCCCAAAAGAAAGCTAACCATTGATACC
ATATTCTGAAGGCATTGGATCGTGGTATATAGTAGTTAGGTTAGGTTCGAAATACCTTAA
GTTCTTTGTTGTTATGGTTTACATGTTTAATACTACAAGTAAAACCGTATTTGATTTGAG
TGAAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F504TF U 1
AF RR1F504JQ C 189
BS 1 555 RR1F504TF
BS 556 907 RR1F504JQ

RD RR1F504TF 555 0 0
GGGTGTGTTGTGTTATCATTCTCCGTCTCTTTTCACCAGAAGCAGACGTTGTTGTCTGTC
TGTCTGTCTTTGGCTCCAAACGTATGAGCCAGAAGAAAGGGCTTTTCGATACACTTCCGT
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ACCCTAAACCGATCAATCATCATGATGGACTGCTCATGCAGCACTCGCCCTTCTTCCTCT
CTACTCATCTCCTCCGAACCGTCTCTTCGCTTCCCTCGCTGCTCTAACCTCTCCTCGAAT
CTCACCTTACTGGTGCCTAAAGATGCGAAGGTGGTGAAGAAGCAGCAGCGTCTGGTAGTG
AGGAGTTGTTCTGCTCAAAACGGCGACGTTGATGGGTTTCCTCCTCTCAAGCCAAACAAA
CTCTTTATGCAAGAGGCGATTGGAGCTGAGTATGGAGAAGGGTTTGAGACTTTTAGACAG
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TTTGAGGATGATCCA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1F504JQ 719 0 0
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CTCCTCCGAACCGTCTCTTCGCTTCCCTCGCTGCTCTAACCTCTCCTCGAATCTCACCTT
ACTGGTGCCTAAAGATGCGAAGGTGGTGAAGAAGCAGCAGCGTCTGGTAGTGAGGAGTTG
TTCTGCTCAAAACGGCGACGTTGATGGGTTTCCTCCTCTCAAGCCAAACAAACTCTTTAT
GCAAGAGGCGATTGGAGCTGAGTATGGAGAAGGGTTTGAGACTTTTAGACAGGATGGTCC
TCTTAAAGTCGATGTGGATTTCTGGAATGAGAAACCATCAAAATGTGTTGTGTTTGAGGA
TGATCCAAGGGGTATTACCGCTGCTCACAACTGTACTATGATGGCCATTGGATTAATCGG
TGCTCACAGAGCGTATGATCTGGTTCAGGCTGATCTTGCTGTTGGAAACTTCTACGAGCT
ATCGGTGATAAACCTCAGAAGATTATTTGCAAACAAAGGCTCTACATTCATGGAACACGA
GAAGCAAATCATAGAAAAATCTCCTCCCAAAAGAAAGCTAACCATTGATACCATATTCTG
AAGGCATTGGATCGTGGTATATAGTAGTTAGGTTAGGTTCGAAATACCTTAAGTTCTTTG
TTGTTATGGTTTACATGTTTAATACTACAAGTAAAACCGTATTTGATTTGAGTGAAATA

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL7528Contig1 481 2 1 U
AATCAAAAGAGAGTTCTCGAATCAGTTTCAATGGCGATTAACAACAAGCTTCCTCTTCTT
CTCCTTCTCTCAGTCATCATTCTCTTCCTCAGTCGCCCTGTGCTCAGCGACACTGATGAA
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TGTTTGGCAAGAAAAACTAATGTTGTGGAGTTTTGTTAAGAGAACTTCTACCTCTTTGCG
ACTGTTTTTCGTTCTCGTTTTTTGATGGATTATAATCATAATTTTTATATTGTCTTCATT
C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR1CQ28JQ C 1
AF RR1CQ28TF U 1
BS 1 481 RR1CQ28TF

RD RR1CQ28JQ 481 0 0
AATCAAAAGAGAGTTCTCGAATCAGTTTCAATGGCGATTAACAACAAGCTTCCTCTTCTT
CTCCTTCTCTCAGTCATCATTCTCTTCCTCAGTCGCCCTGTGCTCAGCGACACTGATGAA
GAGGACGTCCTTTTCACAGGCATCAACAGCTACAGAACATCTACCCATTGCAGAATGTGT
TCATCCGTAAAGTCAAGATCCTTAAGGCTCCTAAGTTTGACCTTGGAAAGCTCATGGAGG
TTCATGGTGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTAGACAGGCCAGCTGAAGAGA
CAGCTGAGGAACCAACTGAAATCATCGGAGCATAGAAGATTTATAGATTTGTTTTTTTCA
TGTTTGGCAAGAAAAACTAATGTTGTGGAGTTTTGTTAAGAGAACTTCTACCTCTTTGCG
ACTGTTTTTCGTTCTCGTTTTTTGATGGATTATAATCATAATTTTTATATTGTCTTCATT
C

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR1CQ28TF 481 0 0
AATCAAAAGAGAGTTCTCGAATCAGTTTCAATGGCGATTAACAACAAGCTTCCTCTTCTT
CTCCTTCTCTCAGTCATCATTCTCTTCCTCAGTCGCCCTGTGCTCAGCGACACTGATGAA
GAGGACGTCCTTTTCACAGGCATCAACAGCTACAGAACATCTACCCATTGCAGAATGTGT
TCATCCGTAAAGTCAAGATCCTTAAGGCTCCTAAGTTTGACCTTGGAAAGCTCATGGAGG
TTCATGGTGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTAGACAGGCCAGCTGAAGAGA
CAGCTGAGGAACCAACTGAAATCATCGGAGCATAGAAGATTTATAGATTTGTTTTTTTCA
TGTTTGGCAAGAAAAACTAATGTTGTGGAGTTTTGTTAAGAGAACTTCTACCTCTTTGCG
ACTGTTTTTCGTTCTCGTTTTTTGATGGATTATAATCATAATTTTTATATTGTCTTCATT
C

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 2

CO CL7529Contig1 516 2 1 U
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BQ
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20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1C482JQ C 1
AF RR1C482TF U 1
BS 1 516 RR1C482TF

RD RR1C482JQ 516 0 0
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GTCAGTATTTACAGTGAAGAGGATAATATCATCAGTGGCGATTGCAGTTACAGGGACAGC
TATAGCTACTGGTATACTTCTTGCAAGAAGAAGGTGAAAACGATTTGTGATGTGGGCAGA
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ATTTTTCATTACATAAAGCTTTTTGTTACCGAAGAT

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1C482TF 516 0 0
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ATCTCTCATGGATACACTTGTGCATGAGCGAGACCAGTACATGGCGTCCTCTTTACTGAG
AGCTGCAAGTGAGCACAGTTCGGTTGTGGCAGTGATCGGCAGAGGGCATATTAATGGAAT
CAAGAAGAATTGGCAGCAACCTATAACGATGAAAGATTTGATGGAGATACCGAGCGACGA
GTCAGTATTTACAGTGAAGAGGATAATATCATCAGTGGCGATTGCAGTTACAGGGACAGC
TATAGCTACTGGTATACTTCTTGCAAGAAGAAGGTGAAAACGATTTGTGATGTGGGCAGA
GTTTTTTCTCTCCTCATTCTCCTGAGAGCCATACAAAAGAAAACTACACAAACTTAACAA
CATTTTACAGTCTTTATGCTTTTTCTCTTTCTTTTATTTTACTTTTGTATGGGTGATGAA
ATTTTTCATTACATAAAGCTTTTTGTTACCGAAGAT

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 2

CO CL7530Contig1 894 2 4 U
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TTCCGGTACCTAAGACGTATGGAGTGCTACATCATCAGACCAGCTTAGGGGCTTCTGTTT
CGTCCGAGGGAAATGGAATAAATAACAATTCGGTCGTGATCAAGAAGCTAAATCACAATG
CTAATGAGCGTAACCGTCGCAAGAAAACCAACTCTTTGTTCTCATCTCTTCGTTCATGTC
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AGTACATACCGGAGCTGAAAGAGGAGGTGAAGAACCTAATACAAAAGAAGGAAGACCTCT
TGTTGCGAGAATCGGGTCAAAGAGGACGTTACGCTAAGCAGCAACCAAAGGTGGTTGCTA
GTTATTTCTCCACAGTTCTTGCGACTAAGCTTAGAGATAACGAAGTGATGGTCCAAATCT
CATCGTCCAAGATTCGTAATTTTTCGATATATAATGTTTTGAGTGGGCTAGAAAAAGATG
GGTTTGTTCTCGTTGATATTTCATCTTCGAGTTCTCGAGCAAAACAGCTCTTCCACACCT
TGCATCTCCAAGTGGACAAAATGGATAATTACAAGCTAATTTGCGAAGATCTGAGTCAAA
GGATCTTGTACTTGTATGAGGAATGTGGAAATTCGTTTAAATAAGAGATATTTGTTCTTA
TTTCGTTTGAACTATATGTCGTCCTTTTCTATAGATAATATGTCATTCTTGACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B474TF U 1
AF RR1B474JQ C 1
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BS 14 14 RR1B474JQ
BS 15 797 RR1B474TF
BS 798 894 RR1B474JQ

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QA 1 797 1 797
DS 

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TAGCAAAAATGCGTGCATTGGACCCTCCATTGTTCCCAAACTGTGGACGGGCGTCAACGG
GAGAGTACGAGAGCTACAACCTCGTCCGAGATAACTATAAAATCAGCACGTTTCTTGATT
TTCCGGTACCTAAGACGTATGGAGTGCTACATCATCAGACCAGCTTAGGGGCTTCTGTTT
CGTCCGAGGGAAATGGAATAAATAACAATTCGGTCGTGATCAAGAAGCTAAATCACAATG
CTAATGAGCGTAACCGTCGCAAGAAAACCAACTCTTTGTTCTCATCTCTTCGTTCATGTC
TTCCAAGCTCATATGCGCCGAAGAAGCTAAGTATTCCTCAGACGATTTCTAGGAGCGTGC
AGTACATACCGGAGCTGAAAGAGGAGGTGAAGAACCTAATACAAAAGAAGGAAGACCTCT
TGTTGCGAGAATCGGGTCAAAGAGGACGTTACGCTAAGCAGCAACCAAAGGTGGTTGCTA
GTTATTTCTCCACAGTTCTTGCGACTAAGCTTAGAGATAACGAAGTGATGGTCCAAATCT
CATCGTCCAAGATTCGTAATTTTTCGATATATAATGTTTTGAGTGGGCTAGAAAAAGATG
GGTTTGTTCTCGTTGATATTTCATCTTCGAGTTCTCGAGCAAAACAGCTCTTCCACACCT
TGCATCTCCAAGTGGACAAAATGGATAATTACAAGCTAATTTGCGAAGATCTGAGTCAAA
GGATCTTGTACTTGTATGAGGAATGTGGAAATTCGTTTAAATAAGAGATATTTGTTCTTA
TTTCGTTTGAACTATATGTCGTCCTTTTCTATAGATAATATGTCATTCTTGACC

QA 1 894 1 894
DS 



AS 1 2

CO CL7531Contig1 778 2 6 U
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ATGGCTGATCTATTGCAGTTCAGCGGTCACGCGATAGGGTTTCTTGGAGAACAAGGAAAA
GGAAAATCACCACGATGTGAGGAGATTCTTGGAGAGGTAGAGAAAGATCTCAAGAGTCTA
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AAGACACCGAACCCTAGTTTCTCAAGCCCCGGAAGCGAGCCAGAAAAGATTTTAAATACG
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GAGAAAATGGGGAAAGAGGCAAGAGAAATTGAGGAGATGGTTAAAGAGATTGTGCAGTCG
GAGACAGGGGCGGATGCACGTTGGTACGTACGGGGTCACGTGCCCCCTACTACTTTTAAA
ATAATTTACATCGTCCCTTAACAAAATAAGTTAGGTAGCTCAGTGGCTTATAGTTCCATT
TAATTTTGGAGCCACGTTCGATGCCCACTACTATCAACTTTTAGTTTAGCTATTTTTTTT
ATTTCTTTCTTTTACTTTATATTTTCCTTTAGTCCCATTTAATATTATAACAGAATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FD26TF U 1
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TGTGGAAGAAGAAAGAGAAGAGGTTAAAGTGGACAAGAGCGAAGTTGTGTTAAGTTTGAG
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QA 1 737 1 737
DS 



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BQ
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20 20 20 20 

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TGCT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DW48TF U 1
AF RR1DW48JQ C 157
BS 1 528 RR1DW48TF
BS 529 833 RR1DW48JQ

RD RR1DW48TF 528 0 0
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TCCCGAGTGATCGGACTCCCTTCCAGAAAAGATGGCTTTTTCAGTATCGTTTGCCGGCTC
TTGACTCTGTCATTGCTCCTTATCCTTTGGTGTAGACGGCTGACTCTTTACTGGTTCATC
CGGCGTTTATATTTCTGCTGTTTTATTTTTCTTTTGTTTTTTATATTTTCTTCTCCACTC
CTAACCTCCATGTTTAACCTCTAGATTCAGTTGGGTTTCGATTTTCATCGGAATGGTCTT
TCCTTCCCCAGTTGTGGGCTGGTTTATCTTCGAACTTATCTGCATCAATAAAGATGATCA
TTTTGATTAGGAATTTCTGATGAATCAGATTGATTTCATGCAACTAAATCACCTTCTTCT
TTGAAGTGATGGCGGTCTTGCCCTCTTTTTCTGCTTGTGTTGTTACTC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR1DW48JQ 677 0 0
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CGGCTGACTCTTTACTGGTTCATCCGGCGTTTATATTTCTGCTGTTTTATTTTTCTTTTG
TTTTTTATATTTTCTTCTCCACTCCTAACCTCCATGTTTAACCTCTAGATTCAGTTGGGT
TTCGATTTTCATCGGAATGGTCTTTCCTTCCCCAGTTGTGGGCTGGTTTATCTTCGAACT
TATCTGCATCAATAAAGATGATCATTTTGATTAGGAATTTCTGATGAATCAGATTGATTT
CATGCAACTAAATCACCTTCTTCTTTGAAGTGATGGCGGTCTTGCCCTCTTTTTCTGCTT
GTGTTGTTACTCGGTGAGTGGCATTCAGTTCCGGTGGTTGGCCGCTTTGGCTTCCGGTGA
GGACTTTCAAGGCGACGTATGAAGTCGATGTATTCCTCTTTCAGAGAGGCGTGTTTCTGC
TTCGTCTCATCAGAACATGTGGTGTTGTGGTGTTGAACTGGATAAGATTATTGGGCTTCC
TTCTTGGACTTTTTTGGCTGGGCCTTTTTTAGTTTTTGTAGTTTTCTTTTGTCTATTTAC
CTTTCTAATGGGATTTCTTGTAAATTTTGACTTTGTTTCATAAAATATCAGTGATAAAAA
AAAGAATTGAATGCTTC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL7534Contig1 511 2 1 U
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GGGTGATCTCATTGGTGTATTACAAGAATTCTTCTCTCGGTTAGGGATGTCCAAGCTACG
TTTCAAGCCTGCATACAACCCATACACTGAACCAAGCATGGAGATTTTCAGCTACCATGA
CAAAATAGGGTGGCTAGAGATTGGAAACTCTGGCATGTTCAGACCCGAAATGCTACAACC
AATGGGTCTTCCAGAGGATGTTCGAGTCATTGCATGGGGTCTCTCTCTTGAAAGACCAAC
AATGATCTTATACGAAACTGAAAACATCCGCGAGCTGTTTAGACACAAGGTGAATCTTGC
TACAATTAAACAGAGTCGCATATGTCGCATAGGAATCGAGGCTGCTTGATTTGGATACAT
GCAAAGTGCTGTACACAATCTAAGATCCTGCAATTTTACCTTTTTTTTTTTATCTCGTAT
ATTATTATAAGACAATTAAAGAAAATTTCAT


BQ
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AF RR1BA35JQ C 1
AF RR1BA35TF U 1
BS 1 511 RR1BA35TF

RD RR1BA35JQ 511 0 0
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ATTATTATAAGACAATTAAAGAAAATTTCAT

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1BA35TF 511 0 0
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GGGTGATCTCATTGGTGTATTACAAGAATTCTTCTCTCGGTTAGGGATGTCCAAGCTACG
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CAAAATAGGGTGGCTAGAGATTGGAAACTCTGGCATGTTCAGACCCGAAATGCTACAACC
AATGGGTCTTCCAGAGGATGTTCGAGTCATTGCATGGGGTCTCTCTCTTGAAAGACCAAC
AATGATCTTATACGAAACTGAAAACATCCGCGAGCTGTTTAGACACAAGGTGAATCTTGC
TACAATTAAACAGAGTCGCATATGTCGCATAGGAATCGAGGCTGCTTGATTTGGATACAT
GCAAAGTGCTGTACACAATCTAAGATCCTGCAATTTTACCTTTTTTTTTTTATCTCGTAT
ATTATTATAAGACAATTAAAGAAAATTTCAT

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL7535Contig1 736 2 4 U
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TGCAACAGTTTTGGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C522TF U 1
AF RR1C522JQ C 1
BS 1 682 RR1C522TF
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BS 684 698 RR1C522TF
BS 699 736 RR1C522JQ

RD RR1C522TF 698 0 0
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GAGTTGGGTGGGGCTCAAGAGCTTCTTCACATGCTGGGCGCTGCTAAAGATGACAAGACA
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GATTCCAATGTTCTTTGTTCAA*TGAAAATAATGGTTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1C522JQ 736 0 0
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GATACTTTGATTCAGCAATCAGTCTCGCTTTTACATGTGAAGGATCCCTTGTTTAAGAGA
ATAGGTGCTTCTAGACTTTCCCGTTTCGCCATTGATGATGAGAGGAGGATGAAGGTTGTA
GAGTTGGGTGGGGCTCAAGAGCTTCTTCACATGCTGGGCGCTGCTAAAGATGACAAGACA
AGGAAAGAAGCTCTAAAAGCTCTTGCCGCTCTCTCTAAATCAGATGAAGCTGCCAACTTA
CAAGTCAAACATACTCAAGAAGCTAGATGATAAAGACCTACCTCTTTCTTCCAACTGAAT
TTAGTCTTTTCAGAAAATGGATAGGTCCCAGGAATGATTAAGTGAACTCTTGAATTTTTG
TCCAAAGGAAAGAAGCAGTCTGATTCTCTAGCTTCTATTCTTACTGCTGAATACTGTTTT
GATTCCAATGTTCTTTGTTCAAATGAAAATAATGGTTTAAGGAATAAGTCCTAAAGAATG
TGCAACAGTTTTGGTT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL7536Contig1 747 2 4 U
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TTTTACGGATAGGATCTCGGATCTAGG


BQ
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AF RR1GN43TF U 1
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QA 1 697 1 697
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BQ
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AF RR1C449TF U 1
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ATGGGTATCCAAGTTAAGTACCCTAATGGAACATTTGTTTTCTTCTTCCATATTTGTTAA
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DS 



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BQ
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QA 1 692 1 692
DS 



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BQ
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AF RR1D878TF U 1
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CACCATTCTTCTTCCCAATTCCACAACAAACAGCAGCAAGCACGGAGCTGGAATCGATTA
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GTTCTGAAGGAAAGTAGAGATAAAAATGTTCTTTCTTTTGTTTTGTTTTGCTTTCTGAGA
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ACAGATAAACTGAATATGTGATTATATTCATGAGATTTAAACTGTGTTTTTGATTTTGTA
TATGGGCATATCTTCCACTTGTGCTCTTCTTTAAAGACAGTTTCTATTTTTTGAT

QA 1 715 1 715
DS 

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AAGCAATGTTATAAGGAGAACGTCGAGAACCCCTTAAGTTGTAGCGGTCTGGTCATGAGA
TTCCAGGAATGTGCTCGCCGGTTTGGACAGCAAATGAGTTCTGAAGGAAAGTAGAGATAA
AAATGTTCTTTCTTTTGTTTTGTTTTGCTTTCTGAGATCTTATGACTGATCAGAAGAAAT
TAACTTTTTTCCTTTTTCTTACTCTAATAAAAAAAGAACAGATAAACTGAATATGTGATT
ATATTCATGAGATTTAAACTGTGTTTTTGATTTTGTATATGGGCATATCTTCCACTTGTG
CTCTTCTTTAAAGACAGTTTCTATTTTTTGAT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

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TAAATCTCGTTCTTGATCCATCCAACTATTTGTTCTGATCC


BQ
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AF RR1GE81TF U 1
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DS 

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GAATAGGGTCGAAACACTCTTGTGACGAGTCTTTAGTTTGTGTTTTCTCGAAACTACAAT
TTCATGTCTCTCTGGTGTTTTGAGTTTCTACTATGGTTTTATCTTACTCGATTTGTGTGT
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QA 1 521 1 521
DS 



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BQ
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AF RR1A670TF U 1
AF RR1E463TF U 68
BS 1 773 RR1A670TF

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AGGTCGTTGCTTGGAGAACGAAGTCGACACATGGATGTACATGAGATCAAAAAGACCAGA
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AGGTCTGCAGTACGGTGTTGATTTTGTGGCGTACCGTCACCATCCATCTCTTGTCCACTC
TGAATACTCTGTTTTGGTTCAGTCTGGTGATAGTGATCGGTTAAGAGTGTGGTCAGATAT
CCATTGTGCTGTTCGGTTGAGCGGGAGTGTTGCCAAAACGTTGTTGACTCTCCATGTCAG
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QA 1 773 1 773
DS 

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GG
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TGGAGAACT

QA 3 694 3 694
DS 



AS 1 2

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BQ
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QA 1 397 1 397
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BQ
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QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1BJ47TF U 1
AF RR1BJ47JQ C 45
BS 1 647 RR1BJ47TF
BS 648 649 RR1BJ47JQ

RD RR1BJ47TF 647 0 0
GGAAACAAATAAAGAAACAAAAGTCTATTCCAACTAATCCTCTCTTCTTCTTCGTTCAGG
ATGAGAATCTTGAAGACTCAAAGATCCTCGAGAGGAGGAAAAAGAAACAGCAAGAAACTA
GGAAGCAGAAGATCAGATGTTTCTTCACGAGCCAGCATTCTCAGGAACTGCTCTGGAAAC
AGCGTAGATAAGTTCTCCGAGAAGCTTCAGGCGCTTAAGAGTCTTCTTCCTCCGTCAGAG
ACGAACAAAACGGACCACAATCATCACGTGAGGAAGAAACCAAATAGTGGAGATACGGAA
CAGCTGTTTCAAGATACGGCGGATTACATCGTCAGGCTTAGGAACCAAGTCGTCGTGTTG
CAAAAGCTAATCGAGATATATGGATCATCACCAGCCTCTGATCAGACGGAAGGCTTTGTT
TTATAATGTTCATATTTTTAAATTATGATTTTGTTTTTTGAAACTTTAAGCTTTTTACTT
TTATGTATTACGTACTTTAAACCTATATGGGTTTACGTAGTTTTATGTATAATGGTCTTA
TATATATTTGTTATCCGACATACTAATCAAAGGGGGTTGTTTGGCATGAGCGACTAGCGA
CACGATATGTAATTTGTTTGATTGTTAATTTTAGATACCACCTACTA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1BJ47JQ 605 0 0
TTCTTCTTCGTTCAGGATGAGAATCTTGAAGACTCAAAGATCCTCGAGAGGAGGAAAAAG
AAACAGCAAGAAACTAGGAAGCAGAAGATCAGATGTTTCTTCACGAGCCAGCATTCTCAG
GAACTGCTCTGGAAACAGCGTAGATAAGTTTTCCGAGAAGCTTCAGGCGCTTAAGAGTCT
TCTTCCTCCGTCAGAGACGAACAAAACGGACCACAATCATCACGTGAGGAAGAAACCAAA
TAGTGGAGATACGGAACAGCTGTTTCAAGATACGGCGGATTACATCGTCAGGCTTAGGAA
CCAAGTCGTCGTGTTGCAAAAGCTAATCGAGATATATGGATCATCACCAGCCTCTGATCA
GACGGAAGGCTTTGTTTTATAATGTTCATATTTTTAAATTATGATTTTGTTTTTTGAAAC
TTTAAGCTTTTTACTTTTATGTATTACGTACTTTAAACCTATATGGGTTTACGTAGTTTT
ATGTATAATGGTCTTATATATATTTGTTATCCGACATACTAATCAAAGGGGGTTGTTTGG
CATGAGCGACTAGCGACACGATATGTAATTTGTTTGATTGTTAATTTTAGATACCACCTA
CTAGC

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL7548Contig1 878 2 2 U
GGAGGCTCTAGTGGAGGTAGTGGCTTTGGAGAAGGGATAGGCTCTAGTGGAGGTAGTGGC
TTTGGAGAAGGAATAGGCTCTAGTGGAGGAAGTGGCTTTGGGGAAGGAATTGGCTCTAGT
GGTGGTTCAGGTGTTGGCATTGGAGAAGGAAGAGGATCAGGGTATGGCCAACCTAACTGC
GGTCCTGTCACAGGAGCCCCAGGTAGCGGATTTGGTGAAGGCATTGGACGAGGTAGTGGT
CCAGGTGAAGGGATTGGTATCGGTATAGGAGGAAGTGGCTCTACTGGTGGTGTAGTTGTC
CCTCCCATAAATGTTCCAGGGACAACAATCCCTCCCATAACAGTACCAGGCACCCATATT
CCAGGTTTTGTGATTCCAGGAGTGACGGTTCCTGGTTATGGTACTGGTGGATGCCAAACC
GGTGGGTGCACCCCAAGCGTGCCATACTACCATCCACCTATATACCAGCCACCAGAGTGT
CCACATTGTCCACCTTTCACTTCAGGACAAGACAAACACGTGTCAGATAAAGGAACCATG
ACTGAAGCTCTTGCACCCATGTCAAACGAGATGCACAACTAGACTTTGTGTTCATGGAAA
ACACAAAGTCAGATCACTGAGGATGAGATTAAAGTATATTTTGGTTTGGTAAAAGCTTCA
CGTTAAGTTGAATAATCCAACTTTACCCAAATAAAGTTCTGAATAAGTGAAATGTGGAGA
AAAAAAATAGTATTATCATGTAAAGAAGCAGGCAACTAGAACTGTATTTTGCATTTTCAT
GGATGTATCTTTGACAATGAGTTTTTAATAGGTCCCAAGCTTGTATTATAGTGTGTTATT
TTCTTAAAATTTAAAATAAAGAGTTATTATGGTGGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BX37TF U 1
AF RR1BX37JQ C 133
BS 1 672 RR1BX37TF
BS 673 878 RR1BX37JQ

RD RR1BX37TF 672 0 0
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TTTGGAGAAGGAATAGGCTCTAGTGGAGGAAGTGGCTTTGGGGAAGGAATTGGCTCTAGT
GGTGGTTCAGGTGTTGGCATTGGAGAAGGAAGAGGATCAGGGTATGGCCAACCTAACTGC
GGTCCTGTCACAGGAGCCCCAGGTAGCGGATTTGGTGAAGGCATTGGACGAGGTAGTGGT
CCAGGTGAAGGGATTGGTATCGGTATAGGAGGAAGTGGCTCTACTGGTGGTGTAGTTGTC
CCTCCCATAAATGTTCCAGGGACAACAATCCCTCCCATAACAGTACCAGGCACCCATATT
CCAGGTTTTGTGATTCCAGGAGTGACGGTTCCTGGTTATGGTACTGGTGGATGCCAAACC
GGTGGGTGCACCCCAAGCGTGCCATACTACCATCCACCTATATACCAGCCACCAGAGTGT
CCACATTGTCCACCTTTCACTTCAGGACAAGACAAACACGTGTCAGATAAAGGAACCATG
ACTGAAGCTCTTGCACCCATGTCAAACGAGATGCACAACTAGACTTTGTGTTCATGGAAA
ACACAAAGTCAGATCACTGAGGATGAGATTAAAGTATATTTTGGTTTGGTAAAAGCTTCA
CGTTAAGTTGAA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR1BX37JQ 746 0 0
GTTGGCATTGGAGAAGGAAGAGGATCAGGGTATGGCCAACCTAACTGCGGTCCTGTCACA
GGAGCCCCAGGTAGCGGATTTGGTGAAGGCATTGGACGAGGTAGTGGTCCAGGTGAAGGG
ATTGGTATCGGTATAGGAGGAAGTGGCTCTACTGGTGGTGTAGTTGTCCCTCCCATAAAT
GTTCCAGGGACAACAATCCCTCCCATAACAGTACCAGGCACCCATATTCCAGGTTTTGTG
ATTCCAGGAGTGACGGTTCCTGGTTATGGTACTGGTGGATGCCAAACCGGTGGGTGCACC
CCAAGCGTGCCATACTACCATCCACCTATATACCAGCCACCAGAGTGTCCACATTGTCCA
CCTTTCACTTCAGGACAAGACAAACACGTGTCAGATAAAGGAACCATGACTGAAGCTCTT
GCACCCATGTCAAACGAGATGCACAACTAGACTTTGTGTTCATGGAAAACACAAAGTCAG
ATCACTGAGGATGAGATTAAAGTATATTTTGGTTTGGTAAAAGCTTCACGTTAAGTTGAA
TAATCCAACTTTACCCAAATAAAGTTCTGAATAAGTGAAATGTGGAGAAAAAAAATAGTA
TTATCATGTAAAGAAGCAGGCAACTAGAACTGTATTTTGCATTTTCATGGATGTATCTTT
GACAATGAGTTTTTAATAGGTCCCAAGCTTGTATTATAGTGTGTTATTTTCTTAAAATTT
AAAATAAAGAGTTATTATGGTGGTGG

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL7549Contig1 921 2 8 U
GGAACCACGTCGTCGTTGGCGTCGACACAAAGCCCATCTTTTACGTCTCTCTCTCTCTCT
CTGCGTCGCGCTCCTCCTCACCGACGAAGATCGCGGCCGTATTCTCTATTGCACAACTAG
CGGTAGTTTTCGAGATCAACCATGAATCCTGAATATGACTATCTGTCCAAGCTTTTGCTC
ATTGGTGATTCTGGTGTTGGCAAGTCATGCTTGCTTCTTAGGTTTGCTGATGATTCCTAC
CTGGATAGCTACATCAGCACCATTGGTGTTGACTTTAAAATCCGCACAGTTGAACAAGAT
GGAAAGACCATCAAACTCCAGATTTGGGATACGGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAACCATC
ACTAGCAGTTACTACAGAGGAGCTCACGGCATCATTGTGACTTATGATGTAACAGACCAA
GAAAGTTTCAACAATGTCAAGCAATGGCTAAATGAAATCGACCGCTACGCCAGCGAGAAT
GTGAACAAGCTACTTGTTGGGAACAAAAACGATCTCACTTCACAGAAAGTTGTCTCCACT
GAAACTGCCAAGGCTTTCGCTGATGAACTTGGCATCCCATTCCTGGAAACAAGTGCCAAG
AATGCTACCAATGTCGAAGAAGCTTTCATGGCCATGACTGCTGCAATCAAGACAAGAATG
GCGAGTCAACCTGCAGGAGGGGCCAAGCCAGCAACGGTCCAGATCCGAGGACAACCAGTT
AACCAACAATCAGGCTGTTGCTCTTCTTAATTCGCTCTGTGAAACACTTATTAACCAACC
ATATGTCATATGTTATCTCCTTCGTATGCATGTAAGACATCTGAACATCGTTTTTCTTTC
ATCTGGTCTTTGGTTTTTCAGTTTATGTCCAAAAATTTATAAATTCTTTGTAATGTTACT
TGCAATAATAAACTTCTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA16TF U 1
AF RR1GA16JQ C 116
BS 1 676 RR1GA16TF
BS 677 677 RR1GA16JQ
BS 678 713 RR1GA16TF
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BS 735 771 RR1GA16TF
BS 772 921 RR1GA16JQ

RD RR1GA16TF 771 0 0
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CTGCGTCGCGCTCCTCCTCACCGACGAAGATCGCGGCCGTATTCTCTATTGCACAACTAG
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QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1GA16JQ 806 0 0
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AAGATGGAAAGACCATCAAACTCCAGATTTGGGATACGGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAA
CCATCACTAGCAGTTACTACAGAGGAGCTCACGGCATCATTGTGACTTATGATGTAACAG
ACCAAGAAAGTTTCAACAATGTCAAGCAATGGCTAAATGAAATCGACCGCTACGCCAGCG
AGAATGTGAACAAGCTACTTGTTGGGAACAAAAACGATCTCACTTCACAGAAAGTTGTCT
CCACTGAAACTGCCAAGGCTTTCGCTGATGAACTTGGCATCCCATTCCTGGAAACAAGTG
CCAAGAATGCTACCAATGTCGAAGAAGCTTTCATGGCCATGACTGCTGCAATCAAGACAA
GAATGGCGAGTCAACCTGCAGGAGGGGCCAAGCCAGCAACGGTCCAGATCCGAGGACAAC
CAGTTAACCAACAATCAGGCTGTTGCTCTTCTTAATTCGCTCTGTGAAACACTTATTAAC
CAACCATATGTCATATGTTATCTCCTTCGTATGCATGTAAGACATCTGAACATCGTTTTT
CTTTCATCTGGTCTTTGGTTTTTCAGTTTATGTCCAAAAATTTATAAATTCTTTGTAATG
TTACTTGCAATAATAAACTTCTTAGC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL7550Contig1 733 2 2 U
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TTTTTTTGTTGAG


BQ
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AF RR1F957TF U 1
AF RR1F957JQ C 11
BS 1 703 RR1F957TF
BS 704 733 RR1F957JQ

RD RR1F957TF 703 0 0
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AAGCCGTGGATATCACAAGACATCGCCACGATGTCAACTTAGCGAACATGGCCATTTCCA
AGATCCAGAACAATGCGGTGCATGAGCTCGTCGATCCGAGTCTTGGATTCGCGGAGGATC
CAGAAGTGAAGAGGATGATGGTGTCGGTGGCCGAGCTTGCGTTCCGATGTTTGCAACATG
AGAGGGAAGGTAGGCCGTCGATGGATGAGGTGTTGGATATTTTGAAAGGGATCAAAGGCG
GGAAGTTACCAGATGTGGTGGATATTGAGGTAAGCAGAGGAGATGACGTTGGATTACTGA
GGCATAGTGATCCTCCGCCGGTTTCACCTGATACTGATAAGTGGACTAGCAGTTCGGATA
CGGCTGCGAGTTCATTTTGACAGATTGTATAATCAGGTGGTGTGTAATAAATTCACTCTG
TACAACTCTTCTTTTATCTTTTATTTTTGTTCAGCTAAGAAGATCTTTATCTTTTGTATA
TATATGTGTGTGAATCTGTGATTGCGTTTTGGGCTACTTTCAA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1F957JQ 723 0 0
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AGGCACTCCTGGATATGTAGATCCTGAGTATTACCAATGTTACCGTCTAAACGAGAAGAG
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TAGGCCGTCGATGGATGAGGTGTTGGATATTTTGAAAGGGATCAAAGGCGGGAAGTTACC
AGATGTGGTGGATATTGAGGTAAGCAGAGGAGATGACGTTGGATTACTGAGGCATAGTGA
TCCTCCGCCGGTTTCACCTGATACTGATAAGTGGACTAGCAGTTCGGATACGGCTGCGAG
TTCATTTTGACAGATTGTATAATCAGGTGGTGTGTAATAAATTCACTCTGTACAACTCTT
CTTTTATCTTTTATTTTTGTTCAGCTAAGAAGATCTTTATCTTTTGTATATATATGTGTG
TGAATCTGTGATTGCGTTTTGGGCTACTTTCAAAATGACAATTTTAGTTTTTTTTTTGTT
GAG

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL7551Contig1 871 2 2 U
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TGAGAGAGAGAGAGAGAGTTTTAGACAGAGAGAGAGAAAAAATGGCGAGATTCACGGTGT
TGATTGCGGCAGTGGTACTGGCCATTGTAGTGGCGGTGCCTGAAGTAACTGCGAAGAAGT
ACACAGTCGGCGAGAACAAGTTTTGGAACCCCAACATCAACTATACCATTTGGGCTCAGG
GAAAGCATTTCTACCTCGGAGACTGGCTCTATTTCGTGTTCGACAGGAACCAACACAACA
TTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACGAAAACTGTGACGCCGACCATCCTCTCGTAAACT
GGACGCGTGGAGCTGGGAGAGACATTGTCACTCTCAACGTGACCAAACATTACTATCTAC
TCGACGGAAGGGGTGGCTGTTACGGCGGCATGAAGCTCGCTGTTAAAGTCGAGAAGCTTC
CTCCTCCACCGAAAGCGGCACCTGTCAAGAGCATTGGTTCAGTTTCCATGGCCACTGGTG
TTGCTCAGTTCGCGATCCCGTTTGCTCTTTTCTCTGTTTCCACGGTGTGGGACGCCATCT
TAAGGATGTGGTAAATGACCAATGCTCGGTCCGAGTCGGACCTCTTTAGTTGGAATCCAT
TTTCGAGTTTAAAGAAACATCAAATTCTTTTTCAGGGAAAGCATTTTTAAGTTAGAAAGT
TCATCAGCTGAGTTTATGTTTGTAATGTTGGATTGTTGGTTTTTAATCTTTTGTTTTGTA
TGTCTCTTTGAAATCAATTGTTGAAAAATGTTGTATTTTGATTTACTTGAGATTGATTAC
ATTTAATTATTGGAACTTTCATTTAAGATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H117TF U 1
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BS 601 871 RR1H117JQ

RD RR1H117TF 600 0 0
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ACACAGTCGGCGAGAACAAGTTTTGGAACCCCAACATCAACTATACCATTTGGGCTCAGG
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TTGCTCAGTTCGCGATCCCGTTTGCTCTTTTCTCTGTTTCCACGGTGTGGGACGCCATCT

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DS 

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TTCGACAGGAACCAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACGAAAACTGTGAC
GCCGACCATCCTCTCGTAAACTGGACGCGTGGAGCTGGGAGAGACATTGTCACTCTCAAC
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GCTGTTAAAGTCGAGAAGCTTCCTCCTCCACCGAAAGCGGCACCTGTCAAGAGCATTGGT
TCAGTTTCCATGGCCACTGGTGTTGCTCAGTTCGCGATCCCGTTTGCTCTTTTCTCTGTT
TCCACGGTGTGGGACGCCATCTTAAGGATGTGGTAAATGACCAATGCTCGGTCCGAGTCG
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QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DC25TF U 1
AF RR1D928TF U 6
BS 1 563 RR1DC25TF
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AACAAAAAATCTTAATATTTAGGGGATTTTAAGATTTGATTTGTGCAAACAAATTTGGGC
AAAAATATCTTCAAATAGCAGTGCATTAATCTGAAGGATTTTACCAGTTTGGATAACAAA
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AGCTGAAACGCTTATATTTTTTCTGACTATATATTTTTTGCAGTATAAAGTTTTCCAAAG
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DS 

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G
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ATCTTCAAATAGCAGTGCATTAATCTGAAGGATTTTACCAGTTTGGATAACAAAGTCTAT
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AACAACTGAAAAGGGTATATTTCTTTGTTTAAAAGAGTTTTAAATTCTGATACCAGCTGA
AACGCTTATATTTTTTCTGACTATATATTTTTTGCAGTATAAAGTTTTCCAAAGAGAGGT
ATCATGGCTGAGGACATGATCAGTCAGTTGCCTGAATATTTGATTCTGCAAATCCTTTCT
TTAGTTCCAATAAAAAAATGTCGTGTCAACGAGTGTCTTGTCTAAAGAATGGCAGTTTCG
ATGGAAGTCAGTGCCAAAACTCAAATTTAATTCTGAGGATCACCAGAGTGAACACCAAAC
ATTTTCAGAGACTGTTCACAAGTCACTCGTTTCATATGAACCTAAG*TTCTAGATAGTTT
CACTCAGCTTCGATCAGATAAGCTGATGCAGTAGATGTGTACATGGATAAAACTGAGTTT
GCTCTAATTTGCGTACACTGGTACTCG

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DS 



AS 1 2

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GGACGCTTCCTCTTCGCGCAGTACCCGAAACTGGCCCTCCTCGTGGAGCCCATCTTCCCG
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GCGACGCTCGATGTACTGTTGGCGGTTCCGGTGTTGCTGACGAGGATTCTGGATCCGGGT
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CCCCCTTGTCGCTGATGCTGCTGGGAGACAACTTTAGTTATGTTCTTTCTTTTTTGTATA
CCATCATCATAAAGGTTTCAGCTTTCAGAATCCAATGCATGCTTCCAGCAGTTGTTAATG
TATGGTATGGTGTGTTTGTTCGG


BQ
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AF RR1BV02TF U 1
AF RR1BV02JQ C 1
BS 1 42 RR1BV02TF
BS 43 43 RR1BV02JQ
BS 44 654 RR1BV02TF
BS 655 655 RR1BV02JQ
BS 656 674 RR1BV02TF
BS 675 675 RR1BV02JQ
BS 676 717 RR1BV02TF
BS 718 743 RR1BV02JQ

RD RR1BV02TF 724 0 0
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GCGGCTCCTACTACTAGAGCTACACTACTCTCCTTCCCTACCTCCACCATCTCACTCCGC
TCCACATCCAGACGCCCCTCCACCTTAACCACACGCGCGTCCTACACCCCAACGCCAGCA
ACCGAGCGCGTGATCTCAATCGCATCCTACGCCTTGCCCTTCTTCAACTCCCTCCAGTAC
GGACGCTTCCTCTTCGCGCAGTACCCGAAACTGGCCCTCCTCGTGGAGCCCATCTTCCCG
ATACTGAACCTCTACAGATCCGTCCCCGGCGCGAGCTTCGTGGCCTTCTTCGGGCTGTAC
TTGGGTGTGGTGAGGAACACGAGTTTCAGCAGGTACGTCAGGTTCAACGCGATGCAGGCG
GCGACGCTCGATGTACTGTTGGCGGTTCCGGTGTTGCTGACGAGGATTCTGGATCCGGGT
CATGGAGGTGGGTTTGGGGGTGAAGGCGATGATGTGGGGACATACCGGTGTGTTTGTGTT
TAGCTTCATGTGTTTTGTCTATGGAGTCGTGAGCTGTTTGGTCGGGAAGACGCCTTATAT
CCCCCTTGTCGCTGATGCTGCTGGGAGACAACTTTAGTTATGTTCTTTCTTTTT*GTATA
CCATCATCATAAAG*TTTCAGCTTTCAGAATCCAATGCATGCTTCCAGCAGTTGTTA
TGTATGG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1BV02JQ 743 0 0
GATTTGTTGTGAAAATGGCGTCTCTGTGCTTATCTCTCCCCCCAAACCCTAAAACCCTTG
GCGGCTCCTACTACTAGAGCTACACTACTCTCCTTCCCTACCTCCACCATCTCACTCCGC
TCCACATCCAGACGCCCCTCCACCTTAACCACACGCGCGTCCTACACCCCAACGCCAGCA
ACCGAGCGCGTGATCTCAATCGCATCCTACGCCTTGCCCTTCTTCAACTCCCTCCAGTAC
GGACGCTTCCTCTTCGCGCAGTACCCGAAACTGGCCCTCCTCGTGGAGCCCATCTTCCCG
ATACTGAACCTCTACAGATCCGTCCCCGGCGCGAGCTTCGTGGCCTTTTTCGGGCTGTAC
TTGGGTGTGGTGAGGAACACGAGTTTCAGCAGGTACGTCAGGTTCAACGCGATGCAGGCG
GCGACGCTCGATGTACTGTTGGCGGTTCCGGTGTTGCTGACGAGGATTCTGGATCCGGGT
CATGGAGGTGGGTTTGGGG*TGAAGGCGATGATGTGGGGACATACCGGTGTGTTTGTGTT
TAGCTTCATGTGTTTTGTCTATGGAGTCGTGAGCTGTTTGGTCGGGAAGACGCCTTATAT
CCCCCTTGTCGCTGATGCTGCTGGGAGACAACTTTAGTTATGTTCTTTCTTTTTTGTATA
CCATCATCATAAAGGTTTCAGCTTTCAGAATCCAATGCATGCTTCCAGCAGTTGTTAATG
TATGGTATGGTGTGTTTGTTCGG

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL7554Contig1 1013 2 2 U
GGATCTTCAGCTATCGTTCTTCATCAGTCTTCCAATCATGACGAACTCTTCATGCAGCAG
ACTCTTCAATTTTCACAAACTCTCAAGGATTTAAAGAACTTGCGGAAACAGTTATACTCT
GCTGCTGAGTACTTCGAAACATCTTATGGCAAAGAAGAACACAAAGAAACGGTGATAGAG
ACGTTGAAAGAGTATGCAGCCAAGGCAGTAGTGAACACAGTGGATCATCTTGGTTCTGTC
TCTGATAAATTCAACTCTTTTCTCTCTGATAACTCAGCCCATCTCTCCACCACTCGTCTT
CGTTTATCTTCTCTCGAACAAAGGATGAAACTATGCAGAGAGTACATGGGGAAGAGTGGG
ACTTCTCAGCATTGTTTTCGTATTCAATCTCCTCACCATCATGAGCGTTACTTCTTCTCT
CAACATGGAAGAGGCTCAAGTTTGGCTGCAGGAGATGACTCACATCGGTTCAAGAGTGCT
GTTCGATCAACAATACTAGAAAACCACTCCAATACTGCAAGTAAAACTAACAAGACAGGA
AGCTTCTCCTTCTTACACAACAATATCAGCAACATAACACCAAGTAAAATAACACAATCT
CCTCTGAGATTTCCTCTCATGCGTTCAGGATCTCTACTGAAACGTTCAAGCTCCCCAAGC
CAGCCAAGAATACTGGGGTTGCCGGAACCACAAAGAGCGATATCTATGTCGACAAGTAGA
GAGATAGTGGAGATAAAGCAAAAATCTTCACTGAGAAAGGGGAAGAAGAGTTTGATGCTC
AAGGCATTGATGAGTATGAGCAGCGAGTCCAGAAACTAAATAAATCTTGTATTTTTACGT
TAATATGTACAAAATTAATATGTGAAATATGAAAAGAGAAGAAATATGCTCACCCACAGA
GAGCTCTATTCACTTTCTTTTTACACTCTCTCCAGCTTCGACTTTAGACTATAGAGTCAA
TCATCACTTGTAAATTGACTGTGCTCTTCAATGCATCCAATTTGTTTTGTCCT


BQ
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AF RR1AV12TF U 1
AF RR1AV12JQ C 417
BS 1 681 RR1AV12TF
BS 682 1013 RR1AV12JQ

RD RR1AV12TF 681 0 0
GGATCTTCAGCTATCGTTCTTCATCAGTCTTCCAATCATGACGAACTCTTCATGCAGCAG
ACTCTTCAATTTTCACAAACTCTCAAGGATTTAAAGAACTTGCGGAAACAGTTATACTCT
GCTGCTGAGTACTTCGAAACATCTTATGGCAAAGAAGAACACAAAGAAACGGTGATAGAG
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TCTGATAAATTCAACTCTTTTCTCTCTGATAACTCAGCCCATCTCTCCACCACTCGTCTT
CGTTTATCTTCTCTCGAACAAAGGATGAAACTATGCAGAGAGTACATGGGGAAGAGTGGG
ACTTCTCAGCATTGTTTTCGTATTCAATCTCCTCACCATCATGAGCGTTACTTCTTCTCT
CAACATGGAAGAGGCTCAAGTTTGGCTGCAGGAGATGACTCACATCGGTTCAAGAGTGCT
GTTCGATCAACAATACTAGAAAACCACTCCAATACTGCAAGTAAAACTAACAAGACAGGA
AGCTTCTCCTTCTTACACAACAATATCAGCAACATAACACCAAGTAAAATAACACAATCT
CCTCTGAGATTTCCTCTCATGCGTTCAGGATCTCTACTGAAACGTTCAAGCTCCCCAAGC
CAGCCAAGAATACTGGGGTTG

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1AV12JQ 597 0 0
CTCTCAACATGGAAGAGGCTCAAGTTTGGCTGCAGGAGATGACTCACATCGGTTCAAGAG
TGCTGTTCGATCAACAATACTAGAAAACCACTCCAATACTGCAAGTAAAACTAACAAGAC
AGGAAGCTTCTCCTTCTTACACAACAATATCAGCAACATAACACCAAGTAAAATAACACA
ATCTCCTTTGAGATTTCCTCTCATGCGTTCAGGATCTCTACTGAAACGTTCAAGCTCCCC
AAGCCAGCCAAGAATACTGGGGTTGCCGGAACCACAAAGAGCGATATCTATGTCGACAAG
TAGAGAGATAGTGGAGATAAAGCAAAAATCTTCACTGAGAAAGGGGAAGAAGAGTTTGAT
GCTCAAGGCATTGATGAGTATGAGCAGCGAGTCCAGAAACTAAATAAATCTTGTATTTTT
ACGTTAATATGTACAAAATTAATATGTGAAATATGAAAAGAGAAGAAATATGCTCACCCA
CAGAGAGCTCTATTCACTTTCTTTTTACACTCTCTCCAGCTTCGACTTTAGACTATAGAG
TCAATCATCACTTGTAAATTGACTGTGCTCTTCAATGCATCCAATTTGTTTTGTCCT

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

CO CL7555Contig1 685 2 1 U
GGCCATCATCAGATTCTCTCACCCTACCCGACGCTTCTTCTTCTTCTTCAGATTCTCTCT
TTTATTAGGGTTACCGATTATCAGAGATCAAAAGTCGATGGCTACACTCGATTCAGACGT
GAACATGGTTCCCGCAGGAGAACCCTCAGCCCCTTCGTCGTGTCTGCGAAGAAGGCGAAG
AGATTCGAAGTGAAGAAGTGGAGCGCCGTGGCTCTCTGGGCTTGGGATATCGTTGTTGAT
AATTGCGCCATCTGCAGAAACCACATCATGGATCTCTGCACTGAATGTCAGGCTAATCAG
GCCAGTGCTACGAGTGAGGAGTGCACTGTTGCTTGGGGGGTTTGCAACCACGCCTTCCAC
TTTCACTGCATCAGTAGATGGCTAAAGACTCGTCAAGTTTGTCCATTGGATAACAGCGAG
TGGGAGTTCCAGAAGTATGGTCACTAAACCCCACTACTAGACGTACCAGCAAATATGTGT
CTAATCGAAGATATTAGAGGTCATCTGGTTGCCGCATATGAGATGCTGATATCGCTCAAG
TTCTTTGGTTTTTTTTTTAATTTGGTTTGTCGCAAGTTGTCAAAAACATAGATATTACTC
TTCACTAAACCTATTATGTTTTGCTTTGGGCGATGTCTTTAATTTCAAGAAAATATATAG
TTACTGCGGAGAAAGTTTTAGTAGT


BQ
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AF RR1H016JQ C 1
AF RR1H016TF U 1
BS 1 685 RR1H016TF

RD RR1H016JQ 685 0 0
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DS 

RD RR1H016TF 685 0 0
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GAACATGGTTCCCGCAGGAGAACCCTCAGCCCCTTCGTCGTGTCTGCGAAGAAGGCGAAG
AGATTCGAAGTGAAGAAGTGGAGCGCCGTGGCTCTCTGGGCTTGGGATATCGTTGTTGAT
AATTGCGCCATCTGCAGAAACCACATCATGGATCTCTGCACTGAATGTCAGGCTAATCAG
GCCAGTGCTACGAGTGAGGAGTGCACTGTTGCTTGGGGGGTTTGCAACCACGCCTTCCAC
TTTCACTGCATCAGTAGATGGCTAAAGACTCGTCAAGTTTGTCCATTGGATAACAGCGAG
TGGGAGTTCCAGAAGTATGGTCACTAAACCCCACTACTAGACGTACCAGCAAATATGTGT
CTAATCGAAGATATTAGAGGTCATCTGGTTGCCGCATATGAGATGCTGATATCGCTCAAG
TTCTTTGGTTTTTTTTTTAATTTGGTTTGTCGCAAGTTGTCAAAAACATAGATATTACTC
TTCACTAAACCTATTATGTTTTGCTTTGGGCGATGTCTTTAATTTCAAGAAAATATATAG
TTACTGCGGAGAAAGTTTTAGTAGT

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

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AATGAGTTCGTCATCACAGCCGAGTCTCAGGTGACTGGAATCAAGATGGACAGAGAATAG
TGTTACGTTTTCTTCTACAGGTGCACAAAGAATCTCTAAAGACCTGTCTCACCTTTTACT
TGCGTGTCCTGAAACAACACAAGCGCTGTTCGTGTGCTCCGGTATCGGGTGGAGATGGGC
ATTACTGACTACACGGAAAAAAACAACATCTGACTGAGAAATCTGATATTTACTCTTTTT
GTGTGGTTATGCGTTAAGCTCTATGCGGGAAACCAGTCATGGGTCTATGAAATTTGTGTG
GATTTGAATGCATGATTGTTTTGGTGAGAATTGCAGAGAGTGAGGAGGAGGAAGAGTCTG
ATATGGCGGAGCATTGGGAGTCGTACGGAGGAGACGAGCAAGAAACAAAGGGAGAGGAGA
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AAGGTTGGGTACGAGTAGGAGTCGGAAGAGATCAAGGTCGTTAGATCTTAAGACGTTGTA
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TATGAATTGTGAAACATGACTAGCAGGAGGAATGTTGGAAACGCAGACAGTTCCCGATAA
GTCATGCAATGGTACCTCGATATTGGACAGTTTGGAGGACTCGGATATGGGTTTGGATGT
GATAATGTGTAATGGTAATCAGCTTCAAGAGATTTCAGTTGGGTTGGAAGGTAGTATGAT
TTATGCTCCTACACGCAAGATGGATTATGTTGGAAGGAGTGGGTATGAGAAACAATGGGA
AGTCAGGAAACTTCAAATCTTTTACATATTTGTTTATGTTGCTGTACTTTCTTAAAGAAT
AGTTGTGCTCCTACACCTGTTTATATATAGTTTAAGAAATAAGCAAAATAAAGCATATTA
ACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1BI42TF U 1
AF RR1BI42JQ C 662
BS 1 779 RR1BI42TF
BS 780 1323 RR1BI42JQ

RD RR1BI42TF 779 0 0
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GGCGGCTCGAAATGCCAAGCGTGCTCCTCCTTGATGCTCAGCCACCGTCAATGTTCACCG
GCTCCCTGCTTTCAGGCAACGACAGACATTCAGCTGGTCTCGAGAAACACTGAGAACAAC
CCGGCTCCTTCATTGCTGAGAGGATACGCCAAGATCGAACCAGTGAGCCTATCTGAGCTG
AATGAGTTCGTCATCACAGCCGAGTCTCAGGTGACTGGAATCAAGATGGACAGAGAATAG
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TGCGTGTCCTGAAACAACACAAGCGCTGTTCGTGTGCTCCGGTATCGGGTGGAGATGGGC
ATTACTGACTACACGGAAAAAAACAACATCTGACTGAGAAATCTGATATTTACTCTTTTT
GTGTGGTTATGCGTTAAGCTCTATGCGGGAAACCAGTCATGGGTCTATGAAATTTGTGTG
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GGGGAGTCGGCGGAGTTAAAGCTGATCAGAGAGGAAACAGCGTTTATATCAGATGATCC

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1BI42JQ 662 0 0
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ATGTGTAGCATTCCCAATGATTCTGTTGATAAGAGCTTTAAGTGGAAACACAGGTTTGAT
ATGAATTGTGAAACATGACTAGCAGGAGGAATGTTGGAAACGCAGACAGTTCCCGATAAG
TCATGCAATGGTACCTCGATATTGGACAGTTTGGAGGACTCGGATATGGGTTTGGATGTG
ATAATGTGTAATGGTAATCAGCTTCAAGAGATTTCAGTTGGGTTGGAAGGTAGTATGATT
TATGCTCCTACACGCAAGATGGATTATGTTGGAAGGAGTGGGTATGAGAAACAATGGGAA
GTCAGGAAACTTCAAATCTTTTACATATTTGTTTATGTTGCTGTACTTTCTTAAAGAATA
GTTGTGCTCCTACACCTGTTTATATATAGTTTAAGAAATAAGCAAAATAAAGCATATTAA
CG

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL7557Contig1 796 2 13 U
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TTACTGTTTCTGGGTAAGACTTTCAGTCCCCATAAAAACAATTGCGGAGCAACAAATGTT
GTAACTTCCTCTGTCTTTATTATTTAACTCATTCAAAAAGAAACAAATTTATCTCTCACT
GGAGACATCTAAAACAATTTAAGATGACTTGGTGACTTCATGTATGGCATTCGCAAGGTA
TTCCACGTTTCCTGTTGTAACACCGGCCATACTGATACGGCCATTACGGGTCAAATAGAT
GTGATACTCGCTAGTTAAGCGGTCAACCTGTTCTGGTGTTAACCCACTGTAGCAAAACAT
TCCAATCTGCTTGGTTACGTGCTCCCATGATAGAGGCGATCCTAACTTCTCTAGGCTTTC
TCTCAAAGTAGTTCTCATGCCAATTATCCGATCAGCCATGATCTTAACTTCCTGTAGCCA
CTGGTTCTTTAACCGTGGGTCTCCAAGAATGATTGAGACTATTTGAGCTCCATGTAAAGG
TGGGTTGCTGTACATTGGTCTAGCTAGTTGCTGCAACTGACTTTTCACAGTCACAGCTTG
CTTCTCATCTTCACAAAGCACGCTGAGACATCCGACCCTCTGGCCGTAGAGCCCCATGTT
CTTCGCATAAGACTGAGAAATTCCAATATGATGACCATCCTCGAGAAAGATCCTGATGGA
CTTGGCATCTTTCCTTGGATCACCACTTGCGAAACCTTGATAGGCCATATCGAAGATGCA
AAATGCTTTTTCGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FQ22JQ U 30
AF RR1EV34JQ U 1
BS 1 62 RR1EV34JQ
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CATTCAAAAAGAAACAAATTTATCTCTCACTGGAGACATCTAAAACAATTTAAGATGACT
TGGTGACTTCATGTATGGCATTCGCAAGGTATTCCACGTTTCCTGTTGTAACACCGGCCA
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TGATTGAGACTATTTGAGCTCCATGTAAAGGTGGGTTGCTGTACATTGGTCTAGCTAGTT
GCTGCAACTGACTTTTCACAGTCACAGCTTGCTTCTCATCTTCACAAAGCACGCTGAGAC
ATCCGACCCTCTGGCCGTAGAGCCCCATGTTCTTCGCATAAGACTGAGAAATTCCAATAT
GATGACCATCCTCGAGAAAGATCCTGATGGACTTGGCATCTTTCCTTGGATCACCACTTG
CGAA
CCTTG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1EV34JQ 796 0 0
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TTGCTGTTTCTGGGTAAGACTTTCAGTCCCCATCAAAACAATTGCGGAGCAACAAATGTT
GTAACTTCCTCTGTCTTTATTATTTAACTCATTCAAAAAGAAACAAATTTATCTCTCACT
GGAGACATCTAAAACAATTTAAGATGACTTGGTGACTTCATGTATGGCATTCGCAAGGTA
TTCCACGTTTCCTGTTGTAACACCGGCCATACTGATACGGCCATTACGGGTCATATAGAT
GTGATACTCGCTAGTTAAGCGGTCAACCTGTTCTGGTGTTAGCCCACTGTAGCAAAACAT
TCCAATCTGCTTGGTTACGTGCTCCCATGATAGAGGCGATCCTAACTTCTCTAGGCTTTC
TCTCAAAGTAGTTCTCATGCCAATTATCCGATCAGCCATGATCTTAACTTCCTGTAGCCA
CTGGTTCTTTAACTGTGGGTCTCCAAGAATGATTGAGACTATTTGAGCTCCATGTAAAGG
TGGGTTGCTGTACATTGGTCTAGCTAGTTGCTGCAACTGACTTTTCACAGTCACAGCTTG
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CTTGGCATCTTTCCTTGGATCACCACTTGCGAAACCTTGATAGGCCATATCGAAGATGCA
AAATGCTTTTTCGCCT

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

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GACGTCCTGAAATCCTTATACGGATCATGTGACTTCTTCACCACCGCAAAACTCTCCCCC
TTGGAGTAGTCCGAGGAGAAGCTTCTCGAAGAAAAGTGTGTACCTCTGTCGTCACTTTCT
TTTTCTTCCTCGCTACAAGACCAGCACCAAGACCCACTTGACGTAAAACTAGTGGCAAAA
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ATATCTCTAAAGGAACCGCTTCCTTCGTAGAAAGGGTTTGAAGGGAACGCATACGGCTTA
GGTTTGTGACTCTTCACGTGTGGAGCTTTGGTAAGGAAGAACCTCTCGGAAGAGGTGGTG
TGACTTGCAACAGCAGAAGTGTCAACGACGTCGTGTAAATCTCGTGATCGGCAAGAGCTT
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ATCGATGGAGAGAGTGAGAGAGACGAGGAAAATGAATATTAAAGAAGACTCGTGTATTAA
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BQ
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AF RR1GS04JQ U 2
AF RR1GS04TF C 1
BS 1 9 RR1GS04TF
BS 10 712 RR1GS04JQ
BS 713 808 RR1GS04TF

RD RR1GS04JQ 711 0 0
GGTTGATA
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ACTAAGGTTGAACATAGTGATTAGGTAGAGAACAAGGCGCCATAAATTTCTAAGAACACT
TGGATAATAACACTGTGGTGTTGAAGAGAGTTCAACGATAGAAAGCACTGAAGAAGCTGT
TGCAGCTCGGCCGCTGCAAAGATCTGTCTCTCAACGATCATTTCCACCATTGACGTCCTG
AAATCCTTATACGGATCATGTGACTTCTTCACCACCGCAAAACTCTCCCCCTTGGAGTAG
TCCGAGGAGAAGCTTCTCGAAGAAAAGTGTGTACCTCTGTCGTCACTTTCTTTTTCTTCC
TCGCTACAAGACCAGCACCAAGACCCACTTGACGTAAAACTAGTGGCAAAATGAGGATCG
GAACCAAACTGAGATGATCTCTGCTTCCTCTTTGTCTTCATCTTCTTCCTTATATCTCTA
AAGGAACCGCTTCCTTCGTAGAAAGGGTTTGAAGGGAACGCATACGGCTTAGGTTTGTGA
CTCTTCACGTGTGGAGCTTTGGTAAGGAAGAACCTCTCGGAAGAGGTGGTGTGACTTGCA
ACAGCAGAAGTGTCAACGACGTCGTGTAAATCTCGTGATCGGCAAGAGCTTAGAGTAGAC
CGGACTATGCTTGGAACCCTGAGTCTCATTCTTTTGTCCATGT

QA 9 711 9 711
DS 

RD RR1GS04TF 808 0 0
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AAGAACACTTGGATAATAACACTGTGGTGTTGAAGAGAGTTCAACGATAGAAAGCACTGA
AGAAGCTGTTGCAGCTCGGCCGCTGCAAAGATCTGTCTCTCAACGATCATTTCCACCATT
GACGTCCTGAAATCCTTATACGGATCATGTGACTTCTTCACCACCGCAAAACTCTCCCCC
TTGGAGTAGTCCGAGGAGAAGCTTCTCGAAGAAAAGTGTGTACCTCTGTCGTCACTTTCT
TTTTCTTCCTCGCTACAAGACCAGCACCAAGACCCACTTGACGTAAAACTAGTGGCAAAA
TGAGGATCGGAACCAAACTGAGATGATCTCTGCTTCCTCTTTGTCTTCATCTTCTTCCTT
ATATCTCTAAAGGAACCGCTTCCTTCGTAGAAAGGGTTTGAAGGGAACGCATACGGCTTA
GGTTTGTGACTCTTCACGTGTGGAGCTTTGGTAAGGAAGAACCTCTCGGAAGAGGTGGTG
TGACTTGCAACAGCAGAAGTGTCAACGACGTCGTGTAAATCTCGTGATCGGCAAGAGCTT
AGAGTAGACCGGACTATGCTTGGAACCCTGAGTCTCATTCTTTTGTCCATGTTAGAGTAT
ATCGATGGAGAGAGTGAGAGAGACGAGGAAAATGAATATTAAAGAAGACTCGTGTATTAA
AGGAGTGTATGCCATACGAGACTTGTCC

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL7559Contig1 683 2 2 U
GGGATTTCCCACGCTTCTAGAAACAAAAACATCAACTGAATTTCGATTTGGGAAATTCTT
CTTCTTCCAATCTCAGAGTTTTGTAGATTGCATGTTTCATCAGTATAAAGGTATTGCTTG
GGGATGTTGGAGCTGGAAAATCAACTCTTGTGCTTCATGGGTGTTTTGGTTATAGATTTG
ATTGAATTGATGTTTTGGTTCTGTTTAGATGATGTTAATCTGCAAAATGGGAGCTTTATG
GTGGTGGATGATGATTCTCAAGCTGATAAGAGAAGTTCACTCCATGTGACTGATGTCTGC
AATTTTGAAGCATATAGAAAGGCACTGAAGAGTGCTGAGAACCAGACTTCTAAACTGAAA
GCCAGAGGCTTTGGTGATGCTTTGAAAGAAAGGTGTCGTGGGTTTGTAACGAAGCTTGCG
TTTCCTTTTCATACCAGAGACTGGCAGTGGCAAAACAACTCAGATTCCTCAGGTGAAGCT
TGTGACAAGAAGGACCTGTTGATTGAGGTTACTACTCAGATCAGAACGTTGCTTTGTAGT
GGTAAAAGTCATCCTGTTTAATTTAGTTTTGCTAGACTACACTGCAATGTGATGATCCCT
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TCTATATCCAATCATTCAACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C764JQ C 1
AF RR1C764TF U 14
BS 1 13 RR1C764JQ
BS 14 683 RR1C764TF

RD RR1C764JQ 683 0 0
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CTTCTTCCAATCTCAGAGTTTTGTAGATTGCATGTTTCATCAGTATAAAGGTATTGCTTG
GGGATGTTGGAGCTGGAAAATCAACTCTTGTGCTTCATGGGTGTTTTGGTTATAGATTTG
ATTGAATTGATGTTTTGGTTCTGTTTAGATGATGTTAATCTGCAAAATGGGAGCTTTATG
GTGGTGGATGATGATTCTCAAGCTGATAAGAGAAGTTCACTCCATGTGACTGATGTCTGC
AATTTTGAAGCATATAGAAAGGCACTGAAGAGTGCTGAGAACCAGACTTCTAAACTGAAA
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GGTAAAAGTCATCCTGTTTAATTTAGTTTTGCTAGACTACACTGCAATGTGATGATCCCT
TTGTGTATTGTGTGTATACATGTTCATCTTGTCGTATTGCGTATTGTGTGTATTGTGTGT
TCTATATCCAATCATTCAACTTC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1C764TF 670 0 0
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TGGAAAATCAACTCTTGTGCTTCATGGGTGTTTTGGTTATAGATTTGATTGAATTGATGT
TTTGGTTCTGTTTAGATGATGTTAATCTGCAAAATGGGAGCTTTATGGTGGTGGATGATG
ATTCTCAAGCTGATAAGAGAAGTTCACTCCATGTGACTGATGTCTGCAATTTTGAAGCAT
ATAGAAAGGCACTGAAGAGTGCTGAGAACCAGACTTCTAAACTGAAAGCCAGAGGCTTTG
GTGATGCTTTGAAAGAAAGGTGTCGTGGGTTTGTAACGAAGCTTGCGTTTCCTTTTCATA
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ACCTGTTGATTGAGGTTACTACTCAGATCAGAACGTTGCTTTGTAGTGGTAAAAGTCATC
CTGTTTAATTTAGTTTTGCTAGACTACACTGCAATGTGATGATCCCTTTGTGTATTGTGT
GTATACATGTTCATCTTGTCGTATTGCGTATTGTGTGTATTGTGTGTTCTATATCCAATC
ATTCAACTTC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

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TTCACTCGCTTTCTGGTAACTGGTCTGCCTCTGCCAATTCTTGTGCGCCACGGTGGAGTT
TGTGCAACAGGAACCCCAAGCACACGCTTGTCGTGCTGCGTGCAGAGTCCTCTAAATCTT
CCACAACAACAACCAAAACTGACGAATCATGTGATGCTTCAACGGGGAAGGGTACTGTTC
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AGGTTGCTGTGCTCAAACTTAAGGTTGGAGATTTCGAGATGAACTTAAAGCGGAAGATTG
GACAGACCGAAACTCCCATTCCTGTGCCTGATATTTCTCCATCAGTAGCTCCTCCGATTC
CTTCTGAACCCATGAACAAATCAGTTTCTGCTGCTGCTGCTGCTACCCCATCCAAAGCAA
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TGGCTGCTTTGGATGCATCTGGATCTAACAACTATGTTCTAGTCACATCTCCCTCAGTGG
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CV67TF U 4
AF RR1CR62TF U 1
BS 1 215 RR1CR62TF
BS 216 216 RR1CV67TF
BS 217 680 RR1CR62TF
BS 681 681 RR1CV67TF
BS 682 773 RR1CR62TF

RD RR1CV67TF 696 0 0
GG
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GAGTCTTCTGCAGCTCTCGGATCTCTCCGTCAGACTTTTGGTTCCTCAATAAATGTTCAC
TCGCTTTCTGGTAACTGGTCTGCCTCTGCCAATTCTTGTGCGCCACGGTGGAGTTTGTGC
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ACAACAACCAAAACTGACGAATCATGTGATGCTTCAACGGGGAAGGGTACTGTTCGACGC
ACAACGTTCCCGAAAGAAGTGGAGGCACTGGTTCACGAGATGTGTGATGAGACTGAGGTT
GCTGTGCTCAAACTTAAGGTTGGAGATTTCGAGATGAACTTAAAGCGGAAGATTGGACAG
ACCGAAACTCCCATTCCTGTGCCTGATATTTCTCCATCAGTAGCTCCTCCGATTCCTTCT
GAACCCATGAACAAATCAGTTTCTGCTGCTGCTGCTGCTACCCCATCCAAAGCAAAACCT
GCCTCTGAAAAAGTGTCTCCATTTATTAATGCTGCATACCGAAAATCATCAAAGTTGGCT
GCTTTGGATGCATCTGGATCTAACAACTATGTTCTAGTCACATCTCCCTCAGTGGGCAAG
TTTCAGAGAAGCAGAACTGTAAAAGAAAGAAACA

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR1CR62TF 773 0 0
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TTCACTCGCTTTCTGGTAACTGGTCTGCCTCTGCCAATTCTTGTGCGCCACGGTGGAGTT
TGTGCAACAGGAACCCCAAGCACACGCTTGTCGTGTTGCGTGCAGAGTCCTCTAAATCTT
CCACAACAACAACCAAAACTGACGAATCATGTGATGCTTCAACGGGGAAGGGTACTGTTC
GACGCACAACGTTCCCGAAAGAAGTGGAGGCACTGGTTCACGAGATGTGTGATGAGACTG
AGGTTGCTGTGCTCAAACTTAAGGTTGGAGATTTCGAGATGAACTTAAAGCGGAAGATTG
GACAGACCGAAACTCCCATTCCTGTGCCTGATATTTCTCCATCAGTAGCTCCTCCGATTC
CTTCTGAACCCATGAACAAATCAGTTTCTGCTGCTGCTGCTGCTACCCCATCCAAAGCAA
AACCTGCCTCTGAAAAAGTGTCTCCATTTATTAATGCTGCATACCGAAAATCATCAAAGT
TGGCTGCTTTGGATGCATCTGGATCTAACAACTATGTTCTAGTCACATCTCCCTCAGTGG
GCAAGTTTCAGAGAAGCAGA*CTGTAAAAGAAAGAAACAAGTCCTAGCTGCAAAGAGGTG
ATGCAAAAAGGAAGGGCAGTGATGGATACGTGCATCAGCTGGGAAAGACTTCA

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL7561Contig1 1066 2 2 U
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CTCGTTTCTTCGGGATAGTCTCATTCAAGCTAAAAAAAAATACTCGAGACATCATTCACA
AGACAATCAAAATGGCTTTAAACGTATTGGCATTTACATTTGGAATCATGGGCAACATCA
TATCGTTCGTCGTGTTCTTGGCACCAGTGCCAACTTTTGTTAGGATCTGCAAGAAAAAAT
CGACAGAAGGCTTTCAATCACTTCCCTATGTGTCAGCGCTCTTTAGTGCGATGCTATGGA
TTTATTACGCTTTGCAAAAAGATGGATCAGGCTTCCTCCTGATTACCATAAACTCTGTGG
GATGTTTTATCGAAACCATCTACATTATCCTCTTCATAACATATGCTAACAAGAAAGCAA
GAATATCAACTTTGAAGGTTCTTGGGCTCTTGAATTTCTTGGGTTTTGCCGCTATTATTC
TTGTCTGTGAGTTATTGACCAAAGGATCAAACCGCGAGAAAGTCCTTGGAGGGATTTGCG
TCGGATTTTCCGTTTGCGTCTTCGCTGCTCCTTTGAGCATCATGAGAGTGGTAATACGAA
CAAAGAGTGTGGAGTTTATGCCCTTCTCTCTATCATTATTTCTTACACTCAGTGCCATTA
CATGGCTCTTCTATGGTCTTGCTATTAAAGACTTCTACGTTGCGCTTCCAAATATAATGG
GTGCGTTTCTCGGAGCAGTTCAAATGATTCTTTACGTCATATACAAGTACTACAAAGCTC
CAAAAACTGATGACACAGAGAAACCCAAAACGGTGTCGGATCATTCTATTGATATGGTCA
AGCTTGTATCAACTCCAGCTTCCGGTGACATAACGGGTCATCCTCAAACTCATGGTGGTG
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TATTAGTGATTTTATCGTTGTTGTACTGTTGAGTGGTGTCTCACTAGATTATACTTGGCG
CCTTGTCTTTCCCCCACATTATTATTTCCAAATTGTGTTATCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AB12TF U 1
AF RR1AB12JQ C 346
BS 1 598 RR1AB12TF
BS 599 1066 RR1AB12JQ

RD RR1AB12TF 598 0 0
GGATCGAAGAAAAACTCAAATAGAGCTATCAAGGGTTAAAGATCTCCTCTTGTTTCCTTA
CTCGTTTCTTCGGGATAGTCTCATTCAAGCTAAAAAAAAATACTCGAGACATCATTCACA
AGACAATCAAAATGGCTTTAAACGTATTGGCATTTACATTTGGAATCATGGGCAACATCA
TATCGTTCGTCGTGTTCTTGGCACCAGTGCCAACTTTTGTTAGGATCTGCAAGAAAAAAT
CGACAGAAGGCTTTCAATCACTTCCCTATGTGTCAGCGCTCTTTAGTGCGATGCTATGGA
TTTATTACGCTTTGCAAAAAGATGGATCAGGCTTCCTCCTGATTACCATAAACTCTGTGG
GATGTTTTATCGAAACCATCTACATTATCCTCTTCATAACATATGCTAACAAGAAAGCAA
GAATATCAACTTTGAAGGTTCTTGGGCTCTTGAATTTCTTGGGTTTTGCCGCTATTATTC
TTGTCTGTGAGTTATTGACCAAAGGATCAAACCGCGAGAAAGTCCTTGGAGGGATTTGCG
TCGGATTTTCCGTTTGCGTCTTCGCTGCTCCTTTGAGCATCATGAGAGTGGTAATACG

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1AB12JQ 721 0 0
CCATAAACTCTGTGGGATGTTTTATCGAAACCATCTACATTATCCTCTTCATAACATATG
CTAACAAGAAAGCAAGAATATCAACTTTGAAGGTTCTTGGGCTCTTGAATTTCTTGGGTT
TTGCCGCTATTATTCTTGTCTGTGAGTTATTGACCAAAGGATCAAACCGCGAGAAAGTCC
TTGGAGGGATTTGCGTCGGATTTTCCGTTTGCGTCTTCGCTGCTCCTTTGAGCATCATGA
GAGTGGTAATACGAACAAAGAGTGTGGAGTTTATGCCCTTCTCTCTATCATTATTTCTTA
CACTCAGTGCCATTACATGGCTCTTCTATGGTCTTGCTATTAAAGACTTCTACGTTGCGC
TTCCAAATATAATGGGTGCGTTTCTCGGAGCAGTTCAAATGATTCTTTACGTCATATACA
AGTACTACAAAGCTCCAAAAACTGATGACACAGAGAAACCCAAAACGGTGTCGGATCATT
CTATTGATATGGTCAAGCTTGTATCAACTCCAGCTTCCGGTGACATAACGGGTCATCCTC
AAACTCATGGTGGTGATTTAGAGGGTCAGATGGAGAAAAAAGTGGCAAACCAAATCCAAA
TCTAAGTAGTTTTTGTATTAGTGATTTTATCGTTGTTGTACTGTTGAGTGGTGTCTCACT
AGATTATACTTGGCGCCTTGTCTTTCCCCCACATTATTATTTCCAAATTGTGTTATCCTT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL7562Contig1 772 2 5 U
AGAGATGTTGAAGCTGTGTGCTTCGATGTGGATAGCACGGTTTGTGTGGATGAAGGTATT
GATGAACTTGCTGAGTTTTGTGGAGCTGGAAAGGCTGTTGCTGAATGGACTGCCAGAGCA
ATGGGTGGATCTGTTCCATTTGAAGAAGCTCTAGCCGCAAGACTTTCTTTGTTCAAGCCT
TCTCTTTCCAAAGTTGAGGAATATCTCCAAATGAGACCTCCGAGACTGTCCCCTGGCATT
GAAGAGTTAGTCAAGAAGCTCAGAGCCAATAAAATTGATGTCTATTTGATATCTGGAGGT
TTTCGACAGATGATCAATCCTGTAGCGTCGATTCTTGGCATCCCTCGAGAGAATATTTTT
GCCAACAATATTCTATTTGGAGATTCTGGCGAGTTTGTGGGCTTTGATGAGAACGAACCT
ACATCACGAAGTGGAGGCAAAGCCAAGGCAGTGCAACAAATACGAAAGGGTCGTCTCTAC
AAGACTATGGCCATGATTGGAGATGGTGCTACTGATCTCGAAGCACGTAAACCTGGTGGC
GCAGATTTGTTCATATGCTACGCCGGAGTTCAGCTTCGTGAAGCTGTTGCAGCACAAGCA
GACTGGCTGATCTTCAATTTTGAACCTCTCATAAACTTGTTGGACTAAGTGGAATCTATA
TAGTGATTAGTCTCATTGAGCTGAACTCATTATTGATGATATCTCAAAATTTATACTTTT
TTCCTTGAATGTGTGAAACTCCATTGAATCAATAAATGTTTTTGCCAACTTG


BQ
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AF RR1CC63TF U 11
AF RR1CC63JQ C 1
BS 1 10 RR1CC63JQ
BS 11 684 RR1CC63TF
BS 685 685 RR1CC63JQ
BS 686 700 RR1CC63TF
BS 701 772 RR1CC63JQ

RD RR1CC63TF 690 0 0
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CTGAGTTTTGTGGAGCTGGAAAGGCTGTTGCTGAATGGACTGCCAGAGCAATGGGTGGAT
CTGTTCCATTTGAAGAAGCTCTAGCCGCAAGACTTTCTTTGTTCAAGCCTTCTCTTTCCA
AAGTTGAGGAATATCTCCAAATGAGACCTCCGAGACTGTCCCCTGGCATTGAAGAGTTAG
TCAAGAAGCTCAGAGCCAATAAAATTGATGTCTATTTGATATCTGGAGGTTTTCGACAGA
TGATCAATCCTGTAGCGTCGATTCTTGGCATCCCTCGAGAGAATATTTTTGCCAACAATA
TTCTATTTGGAGATTCTGGCGAGTTTGTGGGCTTTGATGAGAACGAACCTACATCACGAA
GTGGAGGCAAAGCCAAGGCAGTGCAACAAATACGAAAGGGTCGTCTCTACAAGACTATGG
CCATGATTGGAGATGGTGCTACTGATCTCGAAGCACGTAAACCTGGTGGCGCAGATTTGT
TCATATGCTACGCCGGAGTTCAGCTTCGTGAAGCTGTTGCAGCACAAGCAGACTGGCTGA
TCTTCAATTTTGAACCTCTCATAAACTTGTTGGACTAAGTGGAATCTATATAGTGATTAG
TCTCATTGAGCTGA*CTCATTATTGATGAT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1CC63JQ 772 0 0
AGAGATGTTGAAGCTGTGTGCTTCGATGTGGATAGCACGGTTTGTGTGGATGAAGGTATT
GATGAACTTGCTGAGTTTTGTGGAGCTGGAAAGGCTGTTGCTGAATGGACTGCCAGAGCA
ATGGGTGGATCTGTTCCATTTGAAGAAGCTCTAGCCGCAAGACTTTCTTTGTTCAAGCCT
TCTCTTTCCAAAGTTGAGGAATATCTCCAAATGAGACCTCCGAGACTGTCCCCTGGCATT
GAAGAGTTAGTCAAGAAGCTCAGAGCCAATAAAATTGATGTCTATTTGATATCTGGAGGT
TTTCGACAGATGATCAATCCTGTAGCGTCGATTCTTGGCATCCCTCGAGAGAATATTTTT
GCCAACAATATTCTATTTGGAGATTCTGGCGAGTTTGTGGGCTTTGATGAGAACGAACCT
ACATCACGAAGTGGAGGCAAAGCCAAGGCAGTGCAACAAATACGAAAGGGTCGTCTCTAC
AAGACTATGGCCATGATTGGAGATGGTGCTACTGATCTCGAAGCACGTAAACCTGGTGGC
GCAGATTTGTTCATATGCTACGCCGGAGTTCAGCTTCGTGAAGCTGTTGCAGCACAAGCA
GACTGGCTGATCTTCAATTTTGAACCTCTCATAAACTTGTTGGACTAAGTGGAATCTATA
TAGTGATTAGTCTCATTGAGCTGAACTCATTATTGATGATATCTCAAAATTTATACTTTT
TTCCTTGAATGTGTGAAACTCCATTGAATCAATAAATGTTTTTGCCAACTTG

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL7563Contig1 819 2 8 U
GGATATACATCCTCGATGCACTTCTGTATTTTGACGCTCTCTTTTCTCTTCCCAAGATTG
AAGCCCTGAAGAAAGAATTGGAGGCATTTTATGGGAATAACCCTATGGGGTCCAAAGATA
CGTCACGTATTGTAAACTTGAATCACTTTGATCGCCTGTCTAAGATGTTAGAGGAGAAGG
AAGTTTCTAATAAAATCGTCTATGGAGGTCAAAAGAACAGAGAGAACCTGAAAATTTCTC
CAACAGTCTTGCTTGACGTGCCATTAGATTCTTTGATCATGAGTGAAGAAATATTTGGCC
CTCTCCTGCCAATCGTCACGCTCAACAACCTGGAGGAGTGTTTTGGCGTGATTAATTCTC
GACCCAAGCCACTTGCTGCGTATTTGTTTACCAAAAACCACAAGCTGAAAAAGAAATTTA
CCAAGACAGTTTCTGCTGGAGTCATTGTAGTCAACGACACAGCTGTTCATTTTACACTTC
CCACATTGCCATTTGGAGGAGTCGGTGAAAGTGGAATTGGTTCTTACCATGGTAAATTCT
CATTTGATGCATTCAGTCACAAGAAATCTGTTCTCTTCAAAAGCTTTTTAGGTGATTCAG
CCATCAGGTATCCACCATACTCTAGACGAAAGCTTGGACTGTTAAAGACACTTGTCAACA
GCAATCTAGTGGACACATTCAAAGTCCTTTTAGGTTTATCCTAAAAGGATGACGACAATG
GGTTATACATCCCCTTGTATCTTACTTTCTTCGGATATGAACTTTGGTTGTTAAAGATTT
ATGTGTGTTAATGAATAAGAGATTTGAGATTGATTGTGG


BQ
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AF RR1FN88TF U 1
AF RR1FN88JQ C 70
BS 1 693 RR1FN88TF
BS 694 694 RR1FN88JQ
BS 695 707 RR1FN88TF
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BS 709 717 RR1FN88TF
BS 718 718 RR1FN88JQ
BS 719 768 RR1FN88TF
BS 769 819 RR1FN88JQ

RD RR1FN88TF 770 0 0
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AAGCCCTGAAGAAAGAATTGGAGGCATTTTATGGGAATAACCCTATGGGGTCCAAAGATA
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AAGTTTCTAATAAAATCGTCTATGGAGGTCAAAAGAACAGAGAGAACCTGAAAATTTCTC
CAACAGTCTTGCTTGACGTGCCATTAGATTCTTTGATCATGAGTGAAGAAATATTTGGCC
CTCTCCTGCCAATCGTCACGCTCAACAACCTGGAGGAGTGTTTTGGCGTGATTAATTCTC
GACCCAAGCCACTTGCTGCGTATTTGTTTACCAAAAACCACAAGCTGAAAAAGAAATTTA
CCAAGACAGTTTCTGCTGGAGTCATTGTAGTCAACGACACAGCTGTTCATTTTACACTTC
CCACATTGCCATTTGGAGGAGTCGGTGAAAGTGGAATTGGTTCTTACCATGGTAAATTCT
CATTTGATGCATTCAGTCACAAGAAATCTGTTCTCTTCAAAAGCTTTTTAGGTGATTCAG
CCATCAGGTATCCACCATACTCTAGACGAAAGCTTGGACTGTTAAAGACACTTGTCAACA
GCAATCTAGTGGACACATTCAAAGTCCTTTTAG*TTTATCCTAAAAG*ATGACGACA*TG
GGTTATACATCCCCTTGTATCTTACTTTCTTCGGATATGAACTTTGGT
GT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR1FN88JQ 750 0 0
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TTGTAAACTTGAATCACTTTGATCGCCTGTCTAAGATGTTAGAGGAGAAGGAAGTTTCTA
ATAAAATCGTCTATGGAGGTCAAAAGAACAGAGAGAACCTGAAAATTTCTCCAACAGTCT
TGCTTGACGTGCCATTAGATTCTTTGATCATGAGTGAAGAAATATTTGGCCCTCTCCTGC
CAATCGTCACGCTCAACAACCTGGAGGAGTGTTTTGGCGTGATTAATTCTCGACCCAAGC
CACTTGCTGCGTATTTGTTTACCAAAAACCACAAGCTGAAAAAGAAATTTACCAAGACAG
TTTCTGCTGGAGTCATTGTAGTCAACGACACAGCTGTTCATTTTACACTTCCCACATTGC
CATTTGGAGGAGTCGGTGAAAGTGGAATTGGTTCTTACCATGGTAAATTCTCATTTGATG
CATTCAGTCACAAGAAATCTGTTCTCTTCAAAAGCTTTTTAGGTGATTCAGCCATCAGGT
ATCCACCATACTCTAGACGAAAGCTTGGACTGTTAAAGACACTTGTCAACAGCAATCTAG
TGGACACATTCAAAGTCCTTTTAGGTTTATCCTAAAAGGATGACGACAATGGGTTATACA
TCCCCTTGTATCTTACTTTCTTCGGATATGAACTTTGGTTGTTAAAGATTTATGTGTGTT
AATGAATAAGAGATTTGAGATTGATTGTGG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL7564Contig1 893 2 4 U
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ACCTTCGAACAATAAGATTCTTGAGCAGCTGAGACATGGACTCGCTAGGTTCGAGCTTGT
GTCCTCCCCTACTCTTTCAGTCTCCTCTGCTTCCTTCTTAGGCGCCACGCAGAGCAATAG
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TGAGCAGTACGCGGTGGATAGAGTTACTGGGGATGGTCGCTGTCTCTTTAGAGCTTTGGT
GAAAGGAATGGCCTTTAACAAAGGACTTACTATCAATCCCCGGAGAGAGAGAGATGATGC
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GTCGGGGTTTATACCAATTGCAGAGTATGGAGCTGAGTTTAGAGGAGGCTGGGGAAAAGG
GAACAACAAGAAGAATGTTGTTAGGCTTCTTTACAGTGGTAGAAACCATTATGATCTGCT
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TTGTTTAAAACTTGGATTCGGTTTGGCTACTTTGGATCCAGCCAAACTTAATTACGTCTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FM34TF U 1
AF RR1FM34JQ C 70
BS 1 684 RR1FM34TF
BS 685 685 RR1FM34JQ
BS 686 763 RR1FM34TF
BS 764 893 RR1FM34JQ

RD RR1FM34TF 763 0 0
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GTCCTCCCCTACTCTTTCAGTCTCCTCTGCTTCCTTCTTAGGCGCCACGCAGAGCAATAG
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GAAAGGAATGGCCTTTAACAAAGGACTTACTATCAATCCCCGGAGAGAGAGAGATGATGC
AGATGAACTACGAATGGCTGTGAAAGAGGTTATATGCATTGACCCCAAGGAAAGGGAGAA
GTACAAAGAAGCTTTAGTAGCTATCACTGTGGAAGAGTCTATTAAACGGTATTGTCAGCG
GATTGGAAGACATGATTTCTGGGGAGGAGAGTCTGAGCTGCTTGTGCTTTCCAAGCTATG
TAAACAGCCTATCATCGTCTACATACCAGAGCATGAGCATAGGAGAGGAGGAGGGTATGG
GTCGGGGTTTATACCAATTGCAGAGTATGGAGCTGAGTTTAGAGGAGGCTGGGGAAAAGG
GAACAACAAGAAGAATGTTGTTAG*CTTCTTTACAGTGGTAGAAACCATTATGATCTGCT
TCGATAGACCAAATAGATTGGAGTCTTGTACCTCTGTTTGAAT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1FM34JQ 824 0 0
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TACTCTTTCAGTCTCCTCTGCTTCCTTCTTAGGCGCCACGCAGAGCAATAGCTATGCCTT
CTTCGCCAGAATCGGTTCCTCCTTAAATGGGTCTCCAGCAGCGAAGAAGGTTGAGCAGTA
CGCGGTGGATAGAGTTACTGGGGATGGTCGCTGTCTCTTTAGAGCTTTGGTGAAAGGAAT
GGCCTTTAACAAAGGACTTACTATCAATCCCCGGAGAGAGAGAGATGATGCAGATGAACT
ACGAATGGCTGTGAAAGAGGTTATATGCATTGACCCCAAGGAAAGGGAGAAGTACAAAGA
AGCTTTAGTAGCTATCACTGTGGAAGAGTCTATTAAACGGTATTGTCAGCGGATTGGAAG
ACATGATTTCTGGGGAGGAGAGTTTGAGCTGCTTGTGCTTTCCAAGCTATGTAAACAGCC
TATCATCGTCTACATACCAGAGCATGAGCATAGGAGAGGAGGAGGGTATGGGTCGGGGTT
TATACCAATTGCAGAGTATGGAGCTGAGTTTAGAGGAGGCTGGGGAAAAGGGAACAACAA
GAAGAATGTTGTTAGGCTTCTTTACAGTGGTAGAAACCATTATGATCTGCTTCGATAGAC
CAAATAGATTGGAGTCTTGTACCTCTGTTTGAATCATCCATTATTCCAAATTTGTTTAAA
ACTTGGATTCGGTTTGGCTACTTTGGATCCAGCCAAACTTAATTACGTCTGGTTTGGTTT
CGTGTTTGGATTTAGTACGGTTTGGTTTGATTTGGTTACAAAGT

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL7565Contig1 460 2 2 U
GGAACCCATTCGTTGCGTTTCTTCTGCATTGACCGTCGGATCGCCTCGTCCTTACGCGAA
TTCACAACAATGACTCGTGGAAGTCATAGAGAGCGTGACCGTGAAAGAGCTGCAGCTCGT
GCTGGAGGAAAGGGAAAGAATGCTGACGACGGGTTGACGCCTGAGCAACGCCGTGAAAGA
GATGGAAAAGCATTGCAAGAGAAGGCAGCAAAGAAGGCTGCTCAAGCTGCAGCCGCTGCA
GCTTCTGGTGGAAGCAAAGGAACTGCTAAGAAATGATCCTTTTCGTTTCTCCTTTGGGCT
TATTTGTAGACTTATTACATTTTTCTTTATTTCTCTCAAAATGTGGGTTAACTTAGACTT
GAACTTTGCTCTCGTCTGAATCCGAACTATACTGTCTTTCGTGTTGAAAATTGCAACTGT
GGTACCTTATTTGATCTTTATATGATTGGTTATAAAGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EX10JQ C 1
AF RR1EX10TF U 9
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DS 

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GACTTATTACATTTTTCTTTATTTCTCTCAAAATGTGGGTTAACTTAGACTTGAACTTTG
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ATTTGATCTTTATATGATTGGTTATAAAGTAT

QA 1 452 1 452
DS 



AS 1 2

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CTGGTTTTGGTGTTTACCGGCTATGAATTGTTTAGTAGAATTCAAAATTTCTGTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BD75JQ C 1
AF RR1BD75TF U 1
BS 1 686 RR1BD75TF
BS 687 717 RR1BD75JQ

RD RR1BD75JQ 717 0 0
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QA 1 717 1 717
DS 

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CTGGTTTTGGTGTTTACCGGCTATGA

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7567Contig1 842 2 6 U
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CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1FM04TF U 1
AF RR1FM04JQ C 245
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TTTCATATGTATTTTTTGAAGTTTCCCAAACATTCGTGCGTCTTTTATGGGTTTGTCGCA
*CATAAACCTTGTTT*GCTTGCAGACTATCTTTGAGACTTT
ATAATGT

QA 1 821 1 821
DS 

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GGTCAAGCCAGCGAGGAAGAGGATGATAGTGACAGGGATGGATACAGACAGAGACGTGAA
GTGGTTAGAAAGGATGATGAGTACAAGCGTGGCAGGGACAGGTACAGAGGCGATAAGGAG
GACAGGTACAGAGATGATGTTGCTGCTGGGAAAAGACATGTGACGGGTAAGGAAGACGAA
GATGATGAAAGAGTTAACAGGGAGCGTGAGTACTCAAACAAGGGTCGAAGTCATTACGAT
GGCAGATCAAGCGAGAAGAGGTCCTCCTACGGTGATAGAGACTAATGATAATCTTGTTTC
ATATGTATTTTTTGAAGTTTCCCAAACATTCGTGCGTCTTTTATGGGTTTGTCGCAACAT
AAACCTTGTTTTGCTTGCAGACTATCTTTGAGACTTTTATTAATGTTACATGTTTGCC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL7568Contig1 731 2 2 U
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AGAGGAAGAGAGCGATCTCTAAAGCGATTTCAATGGCTGACGATGATTATAACGAAGTTG
ATGATTTGGGTTATGAGGATGAGCCAGTGGAGCCTGAAATTGAAGAAGGAGTAGAGGAAG
ATGTTGATATGAAGGATAACGAGGATATCAATGGAGAACCTTTTGAAACTGAAGATAAGG
CCGAAGCAGAACCTGTTCAACGTCCTCGTAAAACCTCCAAGTTTATGACCAAGTATGAAC
GTGCACGTATCCTAGGCACTCGCGCTCTGCAGATCAGCATGAATGCTCCTGTCATGGTCG
AGCTTGAGGGTGAGACTGACCCACTTGAGATTGCTATGAAGGAGCTGAGGCAAAGAAAGA
TACCATTCACTATTAGACGTTACCTACCTGATGGGGGTTTTGAGGAGTGGGTAGTTGATG
AGTTGATCGTTGAGGACTCGTGGAAACGTCAAGTTGGTGGTGATTGAGAATCTTGTTATT
ACCCAAATACTAATATGTATTTTGCAAGAAGCTTCTTACTTCTCATGACGTTGATCAATT
CTTCTCTGCTATGTTAGCTCAGCTCCAAAGTTCAAATGTAGTTAACCGACATGTTTACTT
TTTGCCTTAACCGACTTAACCAAATGGAGTAGAAAGTGAACCGAAGTATTAAAGACATCT
TATTAACCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES52TF U 1
AF RR1ES52JQ C 20
BS 1 705 RR1ES52TF
BS 706 731 RR1ES52JQ

RD RR1ES52TF 705 0 0
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AGAGGAAGAGAGCGATCTCTAAAGCGATTTCAATGGCTGACGATGATTATAACGAAGTTG
ATGATTTGGGTTATGAGGATGAGCCAGTGGAGCCTGAAATTGAAGAAGGAGTAGAGGAAG
ATGTTGATATGAAGGATAACGAGGATATCAATGGAGAACCTTTTGAAACTGAAGATAAGG
CCGAAGCAGAACCTGTTCAACGTCCTCGTAAAACCTCCAAGTTTATGACCAAGTATGAAC
GTGCACGTATCCTAGGCACTCGCGCTCTGCAGATCAGCATGAATGCTCCTGTCATGGTCG
AGCTTGAGGGTGAGACTGACCCACTTGAGATTGCTATGAAGGAGCTGAGGCAAAGAAAGA
TACCATTCACTATTAGACGTTACCTACCTGATGGGGGTTTTGAGGAGTGGGTAGTTGATG
AGTTGATCGTTGAGGACTCGTGGAAACGTCAAGTTGGTGGTGATTGAGAATCTTGTTATT
ACCCAAATACTAATATGTATTTTGCAAGAAGCTTCTTACTTCTCATGACGTTGATCAATT
CTTCTCTGCTATGTTAGCTCAGCTCCAAAGTTCAAATGTAGTTAACCGACATGTTTACTT
TTTGCCTTAACCGACTTAACCAAATGGAGTAGAAAGTGAACCGAA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1ES52JQ 712 0 0
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TGAGCCAGTGGAGCCTGAAATTGAAGAAGGAGTAGAGGAAGATGTTGATATGAAGGATAA
CGAGGATATCAATGGAGAACCTTTTGAAACTGAAGATAAGGCCGAAGCAGAACCTGTTCA
ACGTCCTCGTAAAACCTCCAAGTTTATGACCAAGTATGAACGTGCACGTATCCTAGGCAC
TCGCGCTCTGCAGATCAGCATGAATGCTCCTGTCATGGTCGAGCTTGAGGGTGAGACTGA
CCCACTTGAGATTGCTATGAAGGAGCTGAGGCAAAGAAAGATACCATTCACTATTAGACG
TTACCTACCTGATGGGGGTTTTGAGGAGTGGGTAGTTGATGAGTTGATCGTTGAGGACTC
GTGGAAACGTCAAGTTGGTGGTGATTGAGAATCTTGTTATTACCCAAATACTAATATGTA
TTTTGCAAGAAGCTTCTTACTTCTCATGACGTTGATCAATTCTTCTCTGCTATGTTAGCT
CAGCTCCAAAGTTCAAATGTAGTTAACCGACATGTTTACTTTTTGCCTTAACCGACTTAA
CCAAATGGAGTAGAAAGTGAACCGAAGTATTAAAGACATCTTATTAACCACT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL7569Contig1 385 2 1 U
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CCTTCTTCCTCAAGCGGCCTCACCGAGGAAGTTGAAGCCGACGCTGATACCGGTGGTGGC
CAGAGTTAGAGCGAAGACGGCTGCAAGACGCAGCCTGGCCTGGTCTTTATCCCTCCGAAT
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TATCCAGAAATTTTTGCTGGATGTGTCGTTGTTATCTACATTGATTTAGATGTCTATATG
TCTAATTGGGTGGCTAGATGTGTCGTTGTTATTGAATCCTTAAAAAGTGTAGAACTTTTC
AAGCACAAGTCGCTATACATTAATG


BQ
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AF RR1FG37JQ C 1
AF RR1FG37TF U 1
BS 1 385 RR1FG37TF

RD RR1FG37JQ 385 0 0
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CCTTCTTCCTCAAGCGGCCTCACCGAGGAAGTTGAAGCCGACGCTGATACCGGTGGTGGC
CAGAGTTAGAGCGAAGACGGCTGCAAGACGCAGCCTGGCCTGGTCTTTATCCCTCCGAAT
ACCAGAAAGGCGCCGCCACTTTCCAGAATCGCTTCCACAGAGCTCTCAACTCAGACGCCT
TATCCAGAAATTTTTGCTGGATGTGTCGTTGTTATCTACATTGATTTAGATGTCTATATG
TCTAATTGGGTGGCTAGATGTGTCGTTGTTATTGAATCCTTAAAAAGTGTAGAACTTTTC
AAGCACAAGTCGCTATACATTAATG

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR1FG37TF 385 0 0
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CCTTCTTCCTCAAGCGGCCTCACCGAGGAAGTTGAAGCCGACGCTGATACCGGTGGTGGC
CAGAGTTAGAGCGAAGACGGCTGCAAGACGCAGCCTGGCCTGGTCTTTATCCCTCCGAAT
ACCAGAAAGGCGCCGCCACTTTCCAGAATCGCTTCCACAGAGCTCTCAACTCAGACGCCT
TATCCAGAAATTTTTGCTGGATGTGTCGTTGTTATCTACATTGATTTAGATGTCTATATG
TCTAATTGGGTGGCTAGATGTGTCGTTGTTATTGAATCCTTAAAAAGTGTAGAACTTTTC
AAGCACAAGTCGCTATACATTAATG

QA 1 385 1 385
DS 



AS 1 2

CO CL7570Contig1 717 2 7 U
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AGTCTACAAATACATTTTTAGAAGCTTTATGGGAATGATGCATCATCTTCTAGGAAGTAG
TACAAGATGCTATACACAAAATAATACCTCAAGATAAGAATTTTTAAACTTCAAACAGTC
TCATTCTCTTCCGTGTTGAAAATCAAAGGGAAGTCTTCATCTTGTTCTGTAAACGAGTAA
CCTTGTTTCTCAGCCATAGCTCTAAGTGACTGATACGCCTTAAACATAGACCATCTCTCT
TTAGGCCTTGAAGCCACACAGTTACAAGCAACCTCAACAAACTTAATAATCTCTTCATCA
CACCCTTTCCCTTTAATGTCTTCATCAATAGCATCAACCAATCTCCCGGAGCTTTCAAGC
TGTTTCACCCAATCAACCAAGCTCCCTTTAAAACCTTCCTTGCCAAGAGCTTTTACCCCT
GTAGCTAGCTCCAAGAGGACAACACCAAGTCCATACACGTCACCTTTTAGCGAAGCTAGC
ATTGTGGTGGGATACTCTGGAGCTACATACCCAAACTCACCCAAGTCACCGGTCACGAAA
CTGCTCTCATTATTATCCGAAGGAACCATAAGCCTAGCAAGCCCTGAATCCACAATCCTC
GCGTCGAAATCTTCATCAACAAGAATCACACTCGAACAAATATTCTGGTGAAGTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1G737JQ U 9
AF RR1EU77JQ U 1
BS 1 150 RR1EU77JQ
BS 151 151 RR1G737JQ
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BS 263 400 RR1EU77JQ
BS 401 401 RR1G737JQ
BS 402 717 RR1EU77JQ

RD RR1G737JQ 421 0 0
CAAGGGAAGACACTTAGCATATACACTTTGTTTTCTTTTACAATATAACATAAGTCTACA
AATACATTTTTAGAAGCTTTATGGGAATGATGCATCATCTTCTAGGAAGTAGTACAAGAT
GCTATACACAAAATAATACCTCAAGATAAGAATTTTTAAACTTCAAACAGTCTCATTCTC
TTCCGTGTTGAAAATCAAAGGGAAGTCTTCATCTTGTTCTGTAAACGAGTAACCTTGTTT
CTCAGCCATAGCTCTAAGTGACTGATACGCCTTAAACATAGACCATCTCTCTTTAGGCCT
TGAAGCCACACAGTTACAAGCAACCTCAACAAACTTAATAATCTCTTCATCACACCCTTT
CCCTTTAATGTCTTCATCAATAGCATCAACCAATCTCCCGGAGCTTTCAAGCTGTTTCAC
C

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR1EU77JQ 717 0 0
CAGAGACACAAGGGAAGACACTTAGCATATACACTTTGTTTTCTTTTACAATATAACATA
AGTCTACAAATACATTTTTAGAAGCTTTATGGGAATGATGCATCATCTTCTAGGAAGTAG
TACAAGATGCTATACACAAAATAATACCTCGAGATAAGAATTTTTAAACTTCAAACAGTC
TCATTCTCTTCCGTGTTGAAAATCAAAGGGAAGTCTTCATCTTGTTCTGTAAACGAGTAA
CCTTGTTTCTCAGCCATAGCT*TAAGTGACTGATACGCCTTAAACATAGACCATCTCTCT
TTAGGCCTTGAAGCCACACAGTTACAAGCAACCTCAACAAACTTAATAATCTCTTCATCA
CACCCTTTCCCTTTAATGTCTTCATCAATAGCATCAACCAGTCTCCCGGAGCTTTCAAGC
TGTTTCACCCAATCAACCAAGCTCCCTTTAAAACCTTCCTTGCCAAGAGCTTTTACCCCT
GTAGCTAGCTCCAAGAGGACAACACCAAGTCCATACACGTCACCTTTTAGCGAAGCTAGC
ATTGTGGTGGGATACTCTGGAGCTACATACCCAAACTCACCCAAGTCACCGGTCACGAAA
CTGCTCTCATTATTATCCGAAGGAACCATAAGCCTAGCAAGCCCTGAATCCACAATCCTC
GCGTCGAAATCTTCATCAACAAGAATCACACTCGAACAAATATTCTGGTGAAGTATC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL7571Contig1 730 2 2 U
GGAAAGTCTTTCCCTTTGCGCGATTCATGTCTCCTCCTCCGACAGCTTTTCGATCGCTTT
ACGCTTCCTCATCTTCTATTCGTACACCGATTTCTCCACCAATCCGAATCATACCCTTAC
TTAATTCATTTAACAGATTCTACGGTCTATCATTCTCAACCTCCTCCTCTCTTCCTTCAA
ATCTAGTTTTCTCAACAAGGAAGCAGTCTCTCTGTATAAAGGTACAAGCTTTAGCTGCTG
AAACAGAACAGCCAAAATGGTGGGAGAAGAAAGCAGGGCCAAACATGATCGACATTACCT
CAACCGAACAGTTTCTTAACGCTTTGAAAGATGCGGGAGATAGATTAGTTATCGTTGATT
TTTATGGAAGTTGGTGTGGTTCTTGCCGAGCAATGTTCCCTAAGCTGTGCAAAACAGCGG
AAGAACACCCTGAAATCTTGTTCCTTAAAGTAAACTTTGATGAGAACAAGTCACTCTGCA
AAAGCTTGAACGTCAAGGTGTTACCATACTTCCACTTGTACCGCGGCTCTGATGGCCAAG
TCGATTCCTTCTCCTGCTCTCTTGCCAAGTTCAAGAAACTCAGAGAGGCTATAGAGAGAC
ATAATGTAGGAATTAGCAGTGACCATTCTTCTTCGGTTTCTGAGCAAGTTGAAGATTCAA
CTTCAAGCCTGTAATCAACCAATGTCTGGATCTGATTGAAGAAGTTTTATTTATTTGATC
GTTTCAATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AH66TF U 1
AF RR1AH66JQ C 43
BS 1 728 RR1AH66TF
BS 729 730 RR1AH66JQ

RD RR1AH66TF 728 0 0
GGAAAGTCTTTCCCTTTGCGCGATTCATGTCTCCTCCTCCGACAGCTTTTCGATCGCTTT
ACGCTTCCTCATCTTCTATTCGTACACCGATTTCTCCACCAATCCGAATCATACCCTTAC
TTAATTCATTTAACAGATTCTACGGTCTATCATTCTCAACCTCCTCCTCTCTTCCTTCAA
ATCTAGTTTTCTCAACAAGGAAGCAGTCTCTCTGTATAAAGGTACAAGCTTTAGCTGCTG
AAACAGAACAGCCAAAATGGTGGGAGAAGAAAGCAGGGCCAAACATGATCGACATTACCT
CAACCGAACAGTTTCTTAACGCTTTGAAAGATGCGGGAGATAGATTAGTTATCGTTGATT
TTTATGGAAGTTGGTGTGGTTCTTGCCGAGCAATGTTCCCTAAGCTGTGCAAAACAGCGG
AAGAACACCCTGAAATCTTGTTCCTTAAAGTAAACTTTGATGAGAACAAGTCACTCTGCA
AAAGCTTGAACGTCAAGGTGTTACCATACTTCCACTTGTACCGCGGCTCTGATGGCCAAG
TCGATTCCTTCTCCTGCTCTCTTGCCAAGTTCAAGAAACTCAGAGAGGCTATAGAGAGAC
ATAATGTAGGAATTAGCAGTGACCATTCTTCTTCGGTTTCTGAGCAAGTTGAAGATTCAA
CTTCAAGCCTGTAATCAACCAATGTCTGGATCTGATTGAAGAAGTTTTATTTATTTGATC
GTTTCAAT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1AH66JQ 688 0 0
CAGCTTTTCGATCGCTTTACGCTTCCTCATCTTCTATTCGTACACCGATTTCTCCACCAA
TCCGAATCATACCCTTACTTAATTCATTTAACAGATTCTACGGTCTATCATTCTCAACCT
CCTCCTCTCTTCCTTCAAATCTAGTTTTCTCAACAAGGAAGCAGTCTCTCTGTATAAAGG
TACAAGCTTTAGCTGCTGAAACAGAACAGCCAAAATGGTGGGAGAAGAAAGCAGGGCCAA
ACATGATCGACATTACCTCAACCGAACAGTTTCTTAACGCTTTGAAAGATGCGGGAGATA
GATTAGTTATCGTTGATTTTTATGGAAGTTGGTGTGGTTCTTGCCGAGCAATGTTCCCTA
AGCTGTGCAAAACAGCGGAAGAACACCCTGAAATCTTGTTCCTTAAAGTAAACTTTGATG
AGAACAAGTCACTCTGCAAAAGCTTGAACGTCAAGGTGTTACCATACTTCCACTTGTACC
GCGGCTCTGATGGCCAAGTCGATTCCTTCTCCTGCTCTCTTGCCAAGTTCAAGAAACTCA
GAGAGGCTATAGAGAGACATAATGTAGGAATTAGCAGTGACCATTCTTCTTCGGTTTCTG
AGCAAGTTGAAGATTCAACTTCAAGCCTGTAATCAACCAATGTCTGGATCTGATTGAAGA
AGTTTTATTTATTTGATCGTTTCAATGT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL7572Contig1 844 2 2 U
TTTTTTAAAGATTGTATTGGAGCATTGGATGGTACTCATATCTCAGTTCGTCCTCCTAAG
GGAAATGCAGAAGCGTACAGGGGTAGAAAACAGGTGCCAACCATGAATGTCCTTGCTATA
TGTAACTTTGATATGAAGTTCATATATGCTTATGTGGGGGTACCAGGTAGAGCCCATGAC
ACAAAGGTATTGACTTACTGTGCAAGGAATGAGCCCTTTTTTCCACATCCGCCAAATGGA
AAGTATTATGTGGTTGATGCTGGATATCCTACAAGAACAGGGTATCTTGGTCCGTATCGT
AGAGCTCGGTATCATCTTGATCAGTTCAACAGAGGAGGACCACCAACGAACACTCGAGAA
GTGTTTAACCGGAGACATTCAAGCTTACGATCAGTGATTGAGCGGACATTTGGAGTGTGG
AAAGCAAAATGGAGAATTCTTGACCGTGGGCATCCTAAATATGGTTTGATCAAATGGATG
AAGCTAGTGACGGCAACAATGGCTCTACACAACTTCATACGTGATTCACATCGAGAAGAT
AATGATTTTGTGCATTGGCAGGGAAGAGAAGAATATCATGCTCATGGTGATAATGAAGTT
GAAGATGATGAAGAAGAAGAAGATGATGGTGATGGTTATGATGGACATATTCCATATAAT
CCGACTGGTGACAGAGTCATGGAAGATTTACGTGATCATATTACTAGTGAGTTGAGTAGA
GGATATCGATTACCTTATTAGTTTATTTGATTTGAGTTTGTAAAACATTTGACTTTTGTT
TTTAAACATTTATTTATGTTTTGTTTGTTGATATAGTTTTTATATTACAAGATATGAATA
AGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1FB83TF U 1
AF RR1FB83JQ C 273
BS 1 617 RR1FB83TF
BS 618 844 RR1FB83JQ

RD RR1FB83TF 617 0 0
TTTTTTAAAGATTGTATTGGAGCATTGGATGGTACTCATATCTCAGTTCGTCCTCCTAAG
GGAAATGCAGAAGCGTACAGGGGTAGAAAACAGGTGCCAACCATGAATGTCCTTGCTATA
TGTAACTTTGATATGAAGTTCATATATGCTTATGTGGGGGTACCAGGTAGAGCCCATGAC
ACAAAGGTATTGACTTACTGTGCAAGGAATGAGCCCTTTTTTCCACATCCGCCAAATGGA
AAGTATTATGTGGTTGATGCTGGATATCCTACAAGAACAGGGTATCTTGGTCCGTATCGT
AGAGCTCGGTATCATCTTGATCAGTTCAACAGAGGAGGACCACCAACGAACACTCGAGAA
GTGTTTAACCGGAGACATTCAAGCTTACGATCAGTGATTGAGCGGACATTTGGAGTGTGG
AAAGCAAAATGGAGAATTCTTGACCGTGGGCATCCTAAATATGGTTTGATCAAATGGATG
AAGCTAGTGACGGCAACAATGGCTCTACACAACTTCATACGTGATTCACATCGAGAAGAT
AATGATTTTGTGCATTGGCAGGGAAGAGAAGAATATCATGCTCATGGTGATAATGAAGTT
GAAGATGATGAAGAAGA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1FB83JQ 572 0 0
AAGAACAGGGTATCTTGGTCCGTATCGTAGAGCTCGGTATCATCTTGATCAGTTCAACAG
AGGAGGACCACCAACGAACACTCGAGAAGTGTTTAACCGGAGACATTCAAGCTTACGATC
AGTGATTGAGCGGACATTTGGAGTGTGGAAAGCAAAATGGAGAATTCTTGACCGTGGGCA
TCCTAAATATGGTTTGATCAAATGGATGAAGCTAGTGACGGCAACAATGGCTTTACACAA
CTTCATACGTGATTCACATCGAGAAGATAATGATTTTGTGCATTGGCAGGGAAGAGAAGA
ATATCATGCTCATGGTGATAATGAAGTTGAAGATGATGAAGAAGAAGAAGATGATGGTGA
TGGTTATGATGGACATATTCCATATAATCCGACTGGTGACAGAGTCATGGAAGATTTACG
TGATCATATTACTAGTGAGTTGAGTAGAGGATATCGATTACCTTATTAGTTTATTTGATT
TGAGTTTGTAAAACATTTGACTTTTGTTTTTAAACATTTATTTATGTTTTGTTTGTTGAT
ATAGTTTTTATATTACAAGATATGAATAAGCC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL7573Contig1 822 2 4 U
GGAGTCCTAATCAGCAATGTGGAGCATCAACGGAGCATTGTGCGTGGCGGTGCCTACTAC
CGCCTCCGCATTCCGACCAAAACCCTTCCTCGTCTCCTCTAACCTTCTTCCCCAGCAAAC
GAAGAAGCTCCATCTCTGTCCTCCACAGCCTCCGGCTCTATCATCACATTTCTCCTCCTC
TTCTTTCAAAACCGCTGCTACTTCAGTTCAACAACAGTCTGATAATAATAAAAAGGGAGA
GAAGAGCACTAAGTACTACTTCCTTGTTGCAAACGCCAAGTTCATGCTCGACGAAGAGGA
GCATTTTCAGGAGCAACTGTTTGAGCGTCTTCGTTACTACGGAGAGCGTGACAAGGAGCA
AGACTTCTGGCTCGTCGTTGAGCCTAAGTTCCTCGACAAGTTCCCCAAACTCACTCAAAG
ACTCAGTCGTCCTGCCGTCGCTCTTGTTTCCACCAATGGCCCCTGGATCACGTTTATGAA
GTTAAGATTGGATCGAGTTCTAGCTGATTCCTTTGAAGCTACCTCTCTCGATGAAGCCTT
GGCCTCTAGTCCAACTACTCTAGAGTTTGACCAGCCTGGAAATTGGGTGGCGCCATACAC
TAAGTATGAACCTGGATGGTGGGACACCTTCTTGCCCAAAGCAAAACAAGAATCTCTAGC
ATAGAACTTTGCTCTTTTGTCTGTATTGTCCGATCCAGAAGCTTTGTCTTAGTGTTGTAT
TACTGAGCTTTGTACTATCCGTGTGCTCCAAGTATGTTGGCACTCAGTTGAGTCTAGTGA
CCGGAGTTGATCAGACATGTTTCTACTTGGGTATGTTTCTGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DB91TF U 1
AF RR1EH28TF U 2
BS 1 72 RR1DB91TF
BS 73 73 RR1EH28TF
BS 74 693 RR1DB91TF
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RD RR1DB91TF 700 0 0
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TTCTTTCAAAACCGCTGCTACTTCAGTTCAACAACAGTCTGATAATAATAAAAAGGGAGA
GAAGAGCACTAAGTACTACTTCCTTGTTGCAAACGCCAAGTTCATGCTCGACGAAGAGGA
GCATTTTCAGGAGCAACTGTTTGAGCGTCTTCGTTACTACGGAGAGCGTGACAAGGAGCA
AGACTTCTGGCTCGTCGTTGAGCCTAAGTTCCTCGACAAGTTCCCCAAACTCACTCAAAG
ACTCAGTCGTCCTGCCGTCGCTCTTGTTTCCACCAATGGCCCCTGGATCACGTTTATGAA
GTTAAGATTGGATCGAGTTCTAGCTGATTCCTTTGAAGCTACCTCTCTCGATGAAGCCTT
GGCCTCTAGTCCAACTACTCTAGAGTTTGACCAGCCTGGAAATTGGGTGGCGCCATACAC
TAAGTATGAACCTGGATGGTGGGACACCTTCTTGCCCAAAGCAAAACAAGAATCTCTAGC
ATAGAACTTTGCTCTTTTGTCTGTATTGTCCGA
ATCCAGA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1EH28TF 821 0 0
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GCCTCCGTATTCCGACCAAAACCCTTCCTCGTCTCCTCTAACCTTCTTCCCCAGCAAACG
AAGAAGCTCCATCTCTGTCCTCCACAGCCTCCGGCTCTATCATCACATTTCTCCTCCTCT
TCTTTCAAAACCGCTGCTACTTCAGTTCAACAACAGTCTGATAATAATAAAAAGGGAGAG
AAGAGCACTAAGTACTACTTCCTTGTTGCAAACGCCAAGTTCATGCTCGACGAAGAGGAG
CATTTTCAGGAGCAACTGTTTGAGCGTCTTCGTTACTACGGAGAGCGTGACAAGGAGCAA
GACTTCTGGCTCGTCGTTGAGCCTAAGTTCCTCGACAAGTTCCCCAAACTCACTCAAAGA
CTCAGTCGTCCTGCCGTCGCTCTTGTTTCCACCAATGGCCCCTGGATCACGTTTATGAAG
TTAAGATTGGATCGAGTTCTAGCTGATTCCTTTGAAGCTACCTCTCTCGATGAAGCCTTG
GCCTCTAGTCCAACTACTCTAGAGTTTGACCAGCCTGGAAATTGGGTGGCGCCATACACT
AAGTATGAACCTGGATGGTGGGACACCTTCTTGCCCAAAGCAAAACAAGAATCTCTAGCA
TAGAACTTTGCTCTTTTGTCTGTATTGTCCGATCCAGAAGCTTTGTCTTAGTGTTGTATT
ACTGAGCTTTGTACTATCCGTGTGCTCCAAGTATGTTGGCACTCAGTTGAGTCTAGTGAC
CGGAGTTGATCAGACATGTTTCTACTTGGGTATGTTTCTGA

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

CO CL7574Contig1 630 2 3 U
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AAGCAACATAAAAATCAAACCGATGAATCCTGTATATAGCTTTTCGGTAGAACTCTTAAA
TTTCCATATTAGCAGGAGGAAGCAGTGCGAAATAAGCTCCAAGAGAGTTTAGGTTTTTGT
TAGAAGATCCATGAAACCCAATGATCTTCTTGTCTTTCACTTGAAGTTTAAACTTGGTAC
CAAGGTTGTACCCCATGAGTGCAGAACTCCTGGTGTTGGTTTTGACCACAAGGCCTTGTA
TCGCACCCTCGTCGTAGTAACACTTAATAGATACGATATGCCCACCAATGGTATGGTTAA
GATCAAACATGTCAGTGAAATCTTGACCCGAGCCACCATGGATTAGTCCAGCTTCAGGTT
CTCCGTTCTTGACATAGTCGAACTTGATGGACTCTATACCTTCGCTACCCTCTCGTATAT
AAATCTTTGATACACCTTCATGATCGGCTCCATCATCCCATTCTTTGCCTCCATTCCCAC
CTTTCGCTTCCAACTTTTGTGCCATTGGGAATGGATTTGAACCTGATGGACCTTCAGAAG
AGAGAGGGCTTTGCATCTTTTGAAGTATCC


BQ
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AF RR1EN31JQ U 19
AF RR1EN31TF C 1
BS 1 18 RR1EN31TF
BS 19 172 RR1EN31JQ
BS 173 630 RR1EN31TF

RD RR1EN31JQ 154 0 0
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GAAGCAGTGCGAAATAAGCTCCAAGAGAGTTTAG

QA 1 154 1 154
DS 

RD RR1EN31TF 630 0 0
AAGTGAAAGGCACGCTAAAACAATAAGGAAGATGGTACAAAGTCAATTAATACAGATTCA
AAGCAACATAAAAATCAAACCGATGAATCCTGTATATAGCTTTTCGGTAGAACTCTTAGA
TTTCCATATTAGCAGGAGGAAGCAGTGCGAAATAAGCTCCAAGAGAGTTTAGGTTTTTGT
TAGAAGATCCATGAAACCCAATGATCTTCTTGTCTTTCACTTGAAGTTTAAACTTGGTAC
CAAGGTTGTACCCCATGAGTGCAGAACTCCTGGTGTTGGTTTTGACCACAAGGCCTTGTA
TCGCACCCTCGTCGTAGTAACACTTAATAGATACGATATGCCCACCAATGGTATGGTTAA
GATCAAACATGTCAGTGAAATCTTGACCCGAGCCACCATGGATTAGTCCAGCTTCAGGTT
CTCCGTTCTTGACATAGTCGAACTTGATGGACTCTATACCTTCGCTACCCTCTCGTATAT
AAATCTTTGATACACCTTCATGATCGGCTCCATCATCCCATTCTTTGCCTCCATTCCCAC
CTTTCGCTTCCAACTTTTGTGCCATTGGGAATGGATTTGAACCTGATGGACCTTCAGAAG
AGAGAGGGCTTTGCATCTTTTGAAGTATCC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL7575Contig1 686 2 2 U
GGCTGTTTCGATGACTAGTACAATAAATGGTTACTTTGGGGCAGTGATGTTATCTCCAAG
CACTGGAATCGTTCTAAACAACGAGATGGATGATTTCTCGGTCCCTACGAAATCCAACGG
TAACCTAAATGTGCCGCCACCGGCACCAGCTAACTTCATCCGACCAGGGAAACGACCATT
GTCTTCAATGTCACCCACCATTGTACTCAAGGACGGTAAAGTGAAAGCTGCGGTGGGTGC
GAGCGGTGGAGCGAACATCATCGCCGGGACAATAGAAGTTTTCTTGAATCATTTTTTCCT
CAACATGGATCCTCTTTCTTCCGTCTTGGCTCCAAGAATCTACCATCAGCTGATACCAAA
CAGAGTTTCGTTTGAAAATTGGACGACAGTGTTCAGTGATCATTTCGAGGTTCCTAAAGA
GACAAGAATTGTGTTGGAAGAGAAAGGTCATGTTCTAACGCCAATCGCCGGAGGGACGAT
TGCTCAGTTCATTGTTCAAGAATCCGATAGAAATGCCGGGGGAATGAGTAAGCTTGTGGC
AGTTAGTGATCCAAGGAAAGGAGGGTTCCCCTCTGGATATTGAGTTTTTTTTTTTAATTT
AGTTTTCCTGCCATTGTTTATTGCATCGAACTTGCGATGATTATCAACATTTTAATTGAT
GAATAATAATAAATAAAGTTTGTATT


BQ
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DS 



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CACCGCTGCTAAGTCTTTCCCTAGTTTCGGAACCACCGGCGACCTTACCACAAGGAAGAG
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BQ
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AF RR1BT76TF U 1
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BS 1 735 RR1BT76TF
BS 736 1094 RR1BT76JQ

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DS 

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AACCATCGTGCCACGGCGTGATCACCAACCAGTGGCAGCCTTCATACAACGACATTGGAG
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ATCCATGCAATAAGAGAATATCAAACTAAGTACTTCCTTTTTATT

QA 1 825 1 825
DS 



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GTTGTTTCCATAATGAGCATATAATAAACG


BQ
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AF RR1F403JQ C 1
AF RR1F403TF U 1
BS 1 683 RR1F403TF
BS 684 690 RR1F403JQ

RD RR1F403JQ 690 0 0
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GTTGTTTCCATAATGAGCATATAATAAACG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1F403TF 683 0 0
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ATTCATCTCAATTCGTTTCGCAATTCTGGGGGAAAAAGTTATTCTTTGTTTTGGTTTTGC
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GAATGAAGTGCTTCTTATTCCCTCACAAGAGAGATGACGAACAGAGAAGCCCTAAACCTC
TCTCACCCCTCTCCGACCACCACCACCGTGCTACTGGATTCACCAACAACGGTTCCAACG
GCTCTGTAGCCAGCACGGTTTCATCATCCACCACCGGGAGGAACTCCAACCACTCCTTAC
CCACCAAAGATTGTGGAAGCTTCTTCTCCTAGGAGTGGTGGTGGCAAGAAGCAGCAGCTG
CTTCCTTTGAGGAGTCTAGAAGCTTCTAGAGATGAGGAAGACAAGAACAAGAAGGTTGTT
GTTGATGGTGGCGGCGAAGGAGGTTGGTTGGATAAATTATGGAATCCAAAGAACGTGAGA
GCTTGTTGATTCTGATACAAGTACACTACTACAGCCTTTGCTTATCTTCTGTAATTCAAC
AAATTCAAATATTGTTTTTCTGGTTTGTTAATTTAATATTTGTAACTTAACAGTGGTTGT
GTTGTTTCCATAATGAGCATATA

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL7578Contig1 918 2 10 U
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CGTTACGTGCAAGACGCGCTTTCCTTCGATTGGTACCAACGCTACTCTTCTCTCCGCCCT
TTCGTCCGAAGCTTCGTCCCTACTTCTTCACGAGTCCTCATGGTTGGCTGTGGCAATTCC
CTTATGTCAGAGGATATGGTCAAGGACGGATACGAGGACATTATGAACGTTGACATATCT
TCAGTGGCTGTTGAGATGATGCAAACCAAATATGCTTCTGTTCCTCAGCTCAAATATATG
CAAATGGATGTTAGAGATATGAGTTACTTTGCGGACGATTCCTTTGACACTGTCGTTGAC
AAAGGAACCCTTGATTCATTGATAGTAGGGAGTGTATCTTGAATCTACTCTCATCCTTTG
TTTTACGGCTGATTAAACCTGGAGGGACCTATTTCCTGATAACCTATGGTGATCCGAAAG
TGAGAATGCCTCATTTGAATCCTTCTGCTTACAACTGGAAGATCTCCTTATACATCATAC
CAAGACCAGAATTTAAAAAGCCTGGTGACTGTATCTCGTCATCGAAGTCGTGTCTTGAAG
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TCCCATTTTATCTACATATGCAGAAAGACGGATGAAGTAGCAGCTCAAATACTCTCGTAC
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ATCTTACTTTTTTTTAGT


BQ
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AF RR1B642TF U 1
AF RR1B642JQ C 144
BS 1 768 RR1B642TF
BS 769 769 RR1B642JQ
BS 770 778 RR1B642TF
BS 779 779 RR1B642JQ
BS 780 794 RR1B642TF
BS 795 795 RR1B642JQ
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BS 815 854 RR1B642TF
BS 855 918 RR1B642JQ

RD RR1B642TF 858 0 0
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CAAATGGATGTTAGAGATATGAGTTACTTTGCGGACGATTCCTTTGACACTGTCGTTGAC
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TTTTACGGCTGATTAAACCTGGAGGGACCTATTTCCTGATAACCTATGGTGATCCGAAAG
TGAGAATGCCTCATTTGAATCCTTCTGCTTACAACTGGAAGATCTCCTTATACATCATAC
CAAGACCAGAATTTAAAAAGCCTGGTGACTGTATCTCGTCATCGAAGTCGTGTCTTGAAG
CAATACCATTGACAAGTGAAGGAATGTTGCCACATGATTATGTTCTGGGAGGATCCTGAT
TCCCATTTTATCTACATATGCAGAAAGACGGATGAAGTAGCAGCTCAAATACTCTCGTAC
CCATTAATGGAGGATGTTCTGTAGTGTGATGCTTGTGGATGGCGTAAA*CAATGCAAA*C
TGTGCACTGAGTGT*ACCTTCTTTGATCTATG**TGTATTTTGTATTTCTCTTTTGATCT
ATATCCCATTTGTA
CTCT

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR1B642JQ 775 0 0
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TTACTTTGCGGACGATTCCTTTGACACTGTCGTTGACAAAGGAACCCTTGATTCATTGAT
AGTAGGGAGTGTATCTTGAATCTACTCTCATCCTTTGTTTTACGGCTGATTAAACCTGGA
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TCTGCTTACAACTGGAAGATCTCCTTATACATCATACCAAGACCAGAATTTAAAAAGCCT
GGTGACTGTATCTCGTCATCGAAGTCGTGTCTTGAAGCAATACCATTGACAAGTGAAGGA
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AAAGACGGATGAAGTAGCAGCTCAAATACTCTCGTACCCATTAATGGAGGATGTTCTGTA
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TGATCTATTGTTGTATTTTGTATTTCTCTTTTGATCTATATCCCATTTGTAACTCTTAAA
AGTGTATACTCTCTGTGTCTCTTTTATACGAATAAACATCTTACTTTTTTTTAGT

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

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TAACAAAATGGGTTCTTATTCTACACCTCAAGAAGAGCCTCAACTAGTAGATACATCTGC
CATTGTTCCTTCCCCGTTAGCTCAGGAACCGGACAACGATGTACCTGCGCCGGGAAACCA
GTTTGCTGAGTTCGCCGCCGGTTGTTTCTGGGGGGTGGAGCTTGCTTTCCAGAGGATCCC
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GGATGTCTGCACCAACACAACGAACCATGCAGAGGTTGTAAGGGTCCAGTATGATCCCAA
TGAGTGCACCTATGAGACTCTGCTTGATTTGTTCTGGTCTAGGCATGATCCCACCACCTT
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AGAGCAAGAGAAGCTAGCACGTGAATCTCTAGAGACTCAGCAGAAGAAACTAGAGAAGAA
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TTACCTCTCTAAAGGTGGGACGAGTGGCCATGCGCAGTCCCCTGCAAAGAGCTGCAAAGA
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TCTCTGAGGTTCTGTATCTGTTTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTTGATTTTTAAGTCTC
AGTTAGTAATAAAGATGCATGTGGGATCATCTCAACTGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C672TF U 1
AF RR1C672JQ C 81
BS 1 683 RR1C672TF
BS 684 684 RR1C672JQ
BS 685 711 RR1C672TF
BS 712 712 RR1C672JQ
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BS 719 728 RR1C672TF
BS 729 729 RR1C672JQ
BS 730 772 RR1C672TF
BS 773 773 RR1C672JQ
BS 774 787 RR1C672TF
BS 788 821 RR1C672JQ

RD RR1C672TF 787 0 0
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TAACAAAATGGGTTCTTATTCTACACCTCAAGAAGAGCCTCAACTAGTAGATACATCTGC
CATTGTTCCTTCCCCGTTAGCTCAGGAACCGGACAACGATGTACCTGCGCCGGGAAACCA
GTTTGCTGAGTTCGCCGCCGGTTGTTTCTGGGGGGTGGAGCTTGCTTTCCAGAGGATCCC
TGGTGTGACAGAGACTGAGGTTGGGTACACTCAGGGTATCTCTCACAATCCGTCTTACAA
GGATGTCTGCACCAACACAACGAACCATGCAGAGGTTGTAAGGGTCCAGTATGATCCCAA
TGAGTGCACCTATGAGACTCTGCTTGATTTGTTCTGGTCTAGGCATGATCCCACCACCTT
GAATCGTCAGGGAAAACTTGTGGGAGCTCAGTACAGATCAGGTATATACTTCTACACACC
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GATTGTGACAGAGATATTACCGACCAAGAAATTCTACAAAGCTGAGGAATACCATCAGCA
TTACCTCTCTAAAGGTGGGACGAGTGGCCATGCGCAGTCCCCTGCAAAGAGCTGCAAAGA
CCCTATCAGCTGCTTTGGCTAAG*AAAAGCCTTTGTTCCTCTTCACCCAAA*CAGAG*AT
TCTCTGAG*TTCTGTATCTGTTTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTTGATTTT*AAGTCTC
AGTTAGT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR1C672JQ 741 0 0
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CTCAGGAACCGGACAACGATGTACCTGCGCCGGGAAACCAGTTTGCTGAGTTCGCCGCCG
GTTGTTTCTGGGGGGTGGAGCTTGCTTTCCAGAGGATCCCTGGTGTGACAGAGACTGAGG
TTGGGTACACTCAGGGTATCTCTCACAATCCGTCTTACAAGGATGTCTGCACCAACACAA
CGAACCATGCAGAGGTTGTAAGGGTCCAGTATGATCCCAATGAGTGCACCTATGAGACTC
TGCTTGATTTGTTCTGGTCTAGGCATGATCCCACCACCTTGAATCGTCAGGGAAAACTTG
TGGGAGCTCAGTACAGATCAGGTATATACTTCTACACACCAGAGCAAGAGAAGCTAGCAC
GTGAATCTCTAGAGACTCAGCAGAAGAAACTAGAGAAGAAGATTGTGACAGAGATATTAC
CGACCAAGAAATTCTACAAAGCTGAGGAATACCATCAGCATTACCTCTCTAAAGGTGGGA
CGAGTGGCCATGCGCAGTCCCCTGCAAAGAGCTGCAAAGACCCTATCAGCTGCTTTGGCT
AAGGAAAAGCCTTTGTTCCTCTTCACCCAAAACAGAGGATTCTCTGAGGTTCTGTATCTG
TTTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTTGATTTTTAAGTCTCAGTTAGTAATAAAGATGCAT
GTGGGATCATCTCAACTGTGG

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL7580Contig1 748 2 3 U
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AATCAGGAAGCAACGAATCGTACACACTTGATCCAGAATTTGATTGCATATGAAATCTCA
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GACTCAAACCCTAAGAGGTTTCCAATACTGGTGCATTGAGGCCAAACGGTTCTAGCATCG
AATGATTTTGTTAGCTTCGAAGACTGATCATTGCTTACAACAGGGAGCACCTAACAATAA
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CTAATGCTCTTTGATTTCTTTCTCTACTTTCTTTATAGGTGCGGAGCATGGCCTAACCCC
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CTCTGGTTCAAGTCTCTATGCTTCGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B081JQ U 112
AF RR1B081TF C 1
BS 1 111 RR1B081TF
BS 112 359 RR1B081JQ
BS 360 748 RR1B081TF

RD RR1B081JQ 253 0 0
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CTAGCATCGAATGATTTTGTTAGCTTCGAAGACTGATCATTGCTTACAACAGGGAGCACC
TAACAATA
CATCA

QA 1 248 1 248
DS 

RD RR1B081TF 748 0 0
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AA*GTTAGTAACCATAATGAAAAAGAAACACAAAACTAGTGTGAAAA*GAAAGCTAAAAA
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AATGATTTTGTTAGCTTCGAAGACTGATCATTGCTTACAACAGG*AGCACCTAACAATAA
CATCATAGGTGTTGGTTTAACCCCAACGAGAGAAACTCTGCAACCTAAACAGATAGTGCT
CTAATGCTCTTTGATTTCTTTCTCTACTTTCTTTATAGGTGCGGAGCATGGCCTAACCCC
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ATGGTGAGTAAACATCTGGAACGGCACATGTTGGGGAGGGAGACTCTGAGATTTCCGTCG
AAGATCCTGATTGTGCCTTATATTCACCTTCGTCTCCTTTGATTTCTTCTCCATATTTCT
TCCATTTGAAAAGAGGGAAAGACAGAGGAAACCCTAATTTTCTTCTTTGATTCTCTCTTT
CTCTGGTTCAAGTCTCTATGCTTCGAGT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL7581Contig1 795 2 8 U
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GGATTCAGCCTTTTCACTGCGAAATCGACTGAATGCATCGAATGGCTAAACTCAAAGCAG
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ATGGAGCTAGCAACCGGTCTGAAACAGAGCGGATGTTTCTTCTTGTGGGTTGTGAGAGAA
ACAGAAACAAACAAGATTCCAAAAAACTATGTAGATGAAACCGGTGAGAAGGGACTCATT
GTGAGCTGGAGTCCTCAGCTTGAAGTTCTTGCGCATAAATCTGTTGGTTGTTTCTTGACA
CATTGTGGATGGAACTCGACCTTAGAAGGATTAAGTTTGGGTGTTCCAATGATTGGTATG
CCTCATTGGACAGATCAACCTACAAATGCTAAGTTCATGGAGGATGTGTGGAAGGTTGGG
GTTAGGGTTAAAGCAGAAGCTGATGGGTTTGTGGGAAGAGAGGAGATAGTGAGATGTGTG
GGAGAAGTTATGGAAGGAGAGAAAGGGAAAGAGATTAGAAAGAATGCTGAGAAGTGGGAA
GTGTTGGCTCGAGAAGCTGTTTCTGAAGAAGGTAGCTCTGATAAGAGCATTGATGAGTTT
GTTTCTATGGTTTGTTGAATGATTTATAATTGAGATGTTAGAAAGTAATTGTCTATTGCA
AATTCACTGGTTTTTTTGTCAAGTCTTTTTCACTATTAGTTGTTGATTTTGTTTTGTTGT
TTTGATAATTCACTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D731TF U 1
AF RR1D731JQ C 66
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RD RR1D731TF 769 0 0
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ATGGAGCTAGCAACCGGTCTGAAACAGAGCGGATGTTTCTTCTTGTGGGTTGTGAGAGAA
ACAGAAACAAACAAGATTCCAAAAAACTATGTAGATGAAACCGGTGAGAAGGGACTCATT
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CCTCATTGGACAGATCAACCTACAAATGCTAAGTTCATGGAGGATGTGTGGAAGGTTGGG
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GGAGAAGTTATGGAAGGAGAGAAAGGGAAAGAGATTAGAAAGAATGCTGAGAAGTGGGAA
GTGTTGGCTCGAGAAGCTGTTTCTGAAGAAG*TAGCTCTGATAAGAGCATTGATGAGTTT
GTTTCTATGGTTTGTTGAATGATTTATAATTGAGATGTTAGAAAGTAATTGTCTATTGCA
AATTCACTGGTTTTTT*GTCAAGTCTTTT*CACTATTAGTTGTTGATTT

QA 1 769 1 769
DS 

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TCAGCC
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TCCTCAGCTTGAAGTTCTTGCGCATAAATCTGTTGGTTGTTTCTTGACACATTGTGGATG
GAACTCGACCTTAGAAGGATTAAGTTTGGGTGTTCCAATGATTGGTATGCCTCATTGGAC
AGATCAACCTACAAATGCTAAGTTCATGGAGGATGTGTGGAAGGTTGGGGTTAGGGTTAA
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AGAAGCTGTTTCTGAAGAAGGTAGCTTTGATAAGAGCATTGATGAGTTTGTTTCTATGGT
TTGTTGAATGATTTATAATTGAGATGTTAGAAAGTAATTGTCTATTGCAAATTCACTGGT
TTTTTTGTCAAGTCTTTTTCACTATTAGTTGTTGATTTTGTTTTGTTGTTTTGATAATTC
ACTT

QA 7 730 7 730
DS 



AS 1 2

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ATAAAGAGTAAAAATATATATATTTTTACCATGGCTGATGTTGCCTATTGTATTAGGCAT
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BQ
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AF RR1H577JQ C 1
AF RR1H577TF U 1
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QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1H577TF 567 0 0
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TCTTGTTGATCATCAATATCAATGGCGGAATCAAAGACAAAGTTTGCAGAAATCAGAGAA
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TCGATCGCCTACAACTGGTCCAAACTGGTATGAAAACCAGTGTCCGTATCATCCACGCCA
GGCTACATGCTCAGGCCCTGACATTGGCCGCTCTAGCTGGAGCAGCTGCGGTGGAGTATT
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ATAAAGAGTAAAAATATATATATTTTTACCATGGCTGATGTTGCCTATTGTATTAGGCAT
ATTGTAGCTACTGAAAGATTTTTTTTTTTATGTTTCTTTAATTCCTTGTTCCCGTACTTT
GAAATGAGCTAACTTTGGGTTATATGATCCATACGCCCTGCAGATTGTTTGCAAAATACG
GGATGCTAATCTGTAAGAGATACACCT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL7583Contig1 650 2 2 U
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BQ
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AF RR1D021JQ C 1
AF RR1D021TF U 1
BS 1 645 RR1D021TF
BS 646 650 RR1D021JQ

RD RR1D021JQ 650 0 0
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QA 1 650 1 650
DS 

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TGAAGAAACTATCTGATGAAAATGCTGAGAAGGCAAGGCTCACTGCAAAGAACATGGCCA
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GATCTTGTATCACGTGTGGTGGAAGTGGAAAGATAAGCTTCTAGCGCCTTTGACCTTTCA
TAGATTAAACTCTTATAACATAGCTTTCTTGTAATGGTTGTCTGGAAACTCTCATTAAAC
TAAAGTTTTTCACATGTCGTATTAGTTTAGTTTCTTCTTACTATATCCAGATGCGGTTAA
TGCGATATGATTCTGAGACGTAAAGAGTACTAAAGTCAATTGCTT

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL7584Contig1 951 2 2 U
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CTCCGTCTACTTGAACCAGTCCTGCGACGCCAAGTACGAGACGGAGCTCCGTTACGACAC
GAACATCACCGGGACGATAGGCTCTGCCAACATCGGAGATTTGTCGGGGATATCGGCTCA
GGAGCTGTTCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGGATTCGGGTCGACGTGCCGAGCTCGGGGCT
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BQ
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AF RR1D370TF U 1
AF RR1D370JQ C 267
BS 1 695 RR1D370TF
BS 696 951 RR1D370JQ

RD RR1D370TF 695 0 0
GGGATAACGAACAAAACAGATCAGCAGAAGCAAAAACAAGTGGTCCTCCTCCAACGCTAT
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CGCCGTGATCTCGTCCGAGAGCGAGACCATATACGAGATCCTCCAGCGGAACGGGCTGCC
GTCGGGGATATTCCCGAAAGGCGTGACGGAATTCGCCTTCGACGGCGACACGGGACGGTT
CTCCGTCTACTTGAACCAGTCCTGCGACGCCAAGTACGAGACGGAGCTCCGTTACGACAC
GAACATCACCGGGACGATAGGCTCTGCCAACATCGGAGATTTGTCGGGGATATCGGCTCA
GGAGCTGTTCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGGATTCGGGTCGACGTGCCGAGCTCGGGGCT
TATATACTTCGATGTCGGCGTTGTTCGCAAGCAGTACTCTCTGTCTTTGTTCGAGACGCC
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CAAGTAGATCAAACTCTTGGGAGAAACGTTATATAGCCCGGAGGGTTTAAAAAAAAGAAA
TGTTGTTATACTATACCCACCACAAAGATAGACAGATGTTCTCATCAAAATTCTTGAAGA
TACTTGTGTTACTGTTCTTTTTGGTCTCAAAAAAA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1D370JQ 685 0 0
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AAGGGATTCGGGTCGACGTGCCGAGCTCGGGGCTTATATACTTCGATGTCGGCGTTGTTC
GCAAGCAGTACTCTCTGTCTTTGTTCGAGACGCCGAGGGATTGTGTCGCGGTTCGTGGTG
GAAATGAGGTTGAATCTTCAGTGTCTCATTGCATCAAGTAGATCAAACTCTTGGGAGAAA
CGTTATATAGCCCGGAGGGTTTAAAAAAAAGAAATGTTGTTATACTATACCCACCACAAA
GATAGACAGATGTTCTCATCAAAATTCTTGAAGATACTTGTGTTACTGTTCTTTTTGGTC
TCAAAAAAAAATGGTTCAACTCTTTTCCCCTCCTCATTCCAGTTTTGTTTCTGTATTGCA
TTCTTTGTTCCTGAGGAGGAGTTAGATGGAAAAGAAACAAGATCTGGTTTGTTTTGGAGA
AAAAAAAAGGTGTTGGAAGGAATGGTCCATATTTTGGTTCAAGTGATTGATGATAACAGT
GATGTGAGGTGATGAATGTTGTATTATTTTTGTTGTCTATTGTTTAAACAGATATTATTA
TCCTATATATAGCCAAATAAGTCTC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

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TCTGAGATCTAAGTTTGAAAAATAATGGGCGAGGATCAGCGTGACAAAGGACTCTTCCAC
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CATGGTTATGGAATTCCTTATGCATACCCTGCTCCTCCTCCTCCGTATGGTTATCCACCA
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CCTCACGGTTATCCATCTCACGGTAATTATCCCGGTCAGTCTCACGGACACCACCACCAC
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CACCACCACGGACACTATGGTCACCATCACGGTCACGGCTATGGGTACGGGTATCACAAA
CACGGTAAGTTCAAGCATGGGAAGTTCGGGAAACGCTGGAAACATGGCATATTTGGGAAG
CACAAGGGAAAATTCTTCAAGAAATGGAAGTGATTTGTTTCCTGAAAAAGATTGATCCAA
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CTGAAAATATTACATAGTTATTGTGAGCCTTAAGAGGCTAGAATGTCATAATTTTTCTTT
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CATGATCCACTTGTTTGAAAACGATCTTTAATACGG


BQ
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AF RR1GN22TF U 1
AF RR1GN22JQ C 48
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BS 721 816 RR1GN22JQ

RD RR1GN22TF 720 0 0
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TCTGAGATCTAAGTTTGAAAAATAATGGGCGAGGATCAGCGTGACAAAGGACTCTTCCAC
CACTTAGCAGGTGGACACTACCGACCTTACGGTCATCATGGTTATAGTAATCACGGTCAT
CATGGTTATGGAATTCCTTATGCATACCCTGCTCCTCCTCCTCCGTATGGTTATCCACCA
GTTGCTTATCCTCCACACGGTGGTTACCATCCAACCGGTTATCCTCCTACCGGTTATCCA
CCTCACGGTTATCCATCTCACGGTAATTATCCCGGTCAGTCTCACGGACACCACCACCAC
GGAGGTATAGGAGCGATGATCGCGGGTGGAGCGGCTATGGCAGCTGCAGCAGTTGGTTCT
CACCACCACGGACACTATGGTCACCATCACGGTCACGGCTATGGGTACGGGTATCACAAA
CACGGTAAGTTCAAGCATGGGAAGTTCGGGAAACGCTGGAAACATGGCATATTTGGGAAG
CACAAGGGAAAATTCTTCAAGAAATGGAAGTGATTTGTTTCCTGAAAAAGATTGATCCAA
TCCAGAGACTATACATTATATATATATATCACTATGTAACAACAATAAATGTTCAAGTCT
CTGAAAATATTACATAGTTATTGTGAGCCTTAAGAGGCTAGAATGTCATAATTTTTCTTT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1GN22JQ 769 0 0
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TGGTTATCCACCAGTTGCTTATCCTCCACACGGTGGTTACCATCCAACCGGTTATCCTCC
TACCGGTTATCCACCTCACGGTTATCCATCTCACGGTAATTATCCCGGTCAGTCTCACGG
ACACCACCACCACGGAGGTATAGGAGCGATGATCGCGGGTGGAGCGGCTATGGCAGCTGC
AGCAGTTGGTTCTCACCACCACGGACACTATGGTCACCATCACGGTCACGGCTATGGGTA
CGGGTATCACAAACACGGTAAGTTCAAGCATGGGAAGTTCGGGAAACGCTGGAAACATGG
CATATTTGGGAAGCACAAGGGAAAATTCTTCAAGAAATGGAAGTGATTTGTTTCCTGAAA
AAGATTGATCCAATCCAGAGACTATACATTATATATATATATCACTATGTAACAACAATA
AATGTTCAAGTCTCTGAAAATATTACATAGTTATTGTGAGCCTTAAGAGGCTAGAATGTC
ATAATTTTTCTTTCTCGGTTTGGTATTATCAAGCTTTTCTTTTGTTTTATATTCTCATGT
ATAAAGTTTGCTTCATGATCCACTTGTTTGAAAACGATCTTTAATACGG

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL7586Contig1 1043 2 2 U
TTTTTCTCTGTGGTCGAACATGGTCCTTTTCTTCTCCAAACCTTTCACATTTCATCTCCC
AGTTCTGTGTACATGGCAAGTTTGAATCTTGGAGCTAACTCGTCGACCAACGAGTCTTGT
GTCGTTCTCGGCTCCTCCTTACAACTTAGCTTCATAAATAAACGGGTTAGACGAGTTGCA
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CTAGCTCGTTCTGCTAAAAGAAGCAAGGCCTTGAGACAGATCCTAAAGCAATATGGAATA
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GATGTTTCAGACCTAAATCACCACAACGGTAAAGAGAAGCATGACGCTGTTCCTTCTGTA
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TATTGTGAGACTGTGAGCACCACAGAGGATGTTTCAAGACAAAATCACCACAGGTTTCCC
CATTTAAAAACAGGTTCTTTGTTCACTTCTTCTCTGCTTCCTGTTCTTGGTTTCTGCATG
TTATGCATTATTGGAACGCTACACGCAATAATCTCACGAAGTGGTCATCACGATAGCTCC
AAAAGAGCGAGGTGGAGAACCGCATTGAGTGAAAGGAACGAGCCCGTTGCTTCTGATGAA
CATGATACGTCGCCAGAATACACAGTCAGTTCAGCGTATCCGGAAGCTACTAATGAAGTG
GATGAAGCATGTAGCAAAGTTGAGCGTGAGTACAAGAGATTTCTTTTGGAATGTGGATTG
AATGAAGATTAGGTTCCTACAAGTAGTTCTTAAGCAAAACAAAAACGTAAATCTGTGTTT
GGCTTAAGTTACGACAAGGCGGTTTTGTAGCTGGTTCAGATTATTTTGTTTCCTTGTTTA
CTCATTGTGATTTTTATTGAGGC


BQ
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AF RR1DV14TF U 1
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TTTACTCATTGTGATTTTTATTGAGGC

QA 1 627 1 627
DS 



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AF RR1GQ34TF U 1
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QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1CQ23TF U 1
AF RR1CQ23JQ C 207
BS 1 642 RR1CQ23TF
BS 643 827 RR1CQ23JQ

RD RR1CQ23TF 642 0 0
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AAACTCCCTGAAGCGAGTTGAAGCAAGTACTGGTTGCCGTTTTCTCATAAGAGGAAGAGG
CAGTATAAAAGACCAATATAAGGAGGAAATGATGAGAGGAAAGCCTGGATTTGAGCACTT
AAGTGAGCCACTTCATATCTTAGTCGAAGCTGAGTTACCTATTGAAATAGTCGATGCACG
TCTCATGCAAGCTCGTGAAGTACTAGATGAACTTCTTACTCCTATGGAGGAAACTCATGA
CTTTTACAAGAAACAACAGCTGAGAGAGCTAGCATTGCTGAATGGAAGTCTTCGTGAAGG
AGGAGGATCTCCAATGTCTGGTTCTGTTTCTCCTTTCAGTAGCCTTGGTATGAAGAGAGC
CAAAACAAGAGAAGTGTAGAAAACGAATGCCTTTTGTTGTTGTGATCTCTCCCACATCTC
AAGGAATATGAAACCAATCCAGTTCGACGCAGAAAGGCCAAACCTCTCTTGGCTACACAG
TACTGTTCTCTCCTCCCCTGCAAATTGTTGCTGTATATATGATTATGAATGTGGTTGTTT
GGTCTATTTTACCATTGTCCTGGAGAGAGATAAGATGACAAC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1CQ23JQ 621 0 0
AAGCTGAGTTACCTATTGAAATAGTCGATGCACGTCTCATGCAAGCTCGTGAAGTACTAG
ATGAACTTCTTACTCCTATGGAGGAAACTCATGACTTTTACAAGAAACAACAGCTGAGAG
AGCTAGCATTGCTGAATGGAAGTCTTCGTGAAGGAGGAGGATCTCCAATGTCTGGTTCTG
TTTCTCCTTTCAGTAGCCTTGGTATGAAGAGAGCCAAAACAAGAGAAGTGTAGAAAACGA
ATGCCTTTTGTTGTTGTGATCTCTCCCACATCTCAAGGAATATGAAACCAATCCAGTTCG
ACGCAGAAAGGCCAAACCTCTCTTGGCTACACAGTACTGTTCTCTCCTCCCCTGCAAATT
GTTGCTGTATATATGATTATGAATGTGGTTGTTTGGTCTATTTTACCATTGTCCTGGAGA
GAGATAAGATGACAACATTTCAAGGAAACACAAGGCATGATGAGTCTTTATCTCTCTCCC
AGTTTTTGGGTTTGTTTTTGTTTATTTCAATGCATTTTGTCAACTTGTTTGTTTTTCTTG
TCAACCTTTTTAATTGTTTTTACTCTTTGGAACGGTTTGGTTCTGATTTCTAAGGGGGCT
TTATAAGCTTTGTATGTTAGT

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL7589Contig1 511 2 1 U
GGATTTCTCGGTAATACGAAAACATACACACATCGCTCTCTCATCTCCGTCGTCTCATCG
CTTCTCCATAATTCTCCGTCATCCGAGCAACCCTAAAAATGGATGGGCATGATTCTGAGG
ATACTAAGCAGAGCACTGCTGATATGACTGCTTTTGTCCAAAATCTCCTGCAGCAGATGC
AAAGCAGGTTTCAGACAATGTCCGACTCCATCATCACAAAGATCGATGACATGGGAGGCA
GAATCAATGAGCTGGAGCAAAGCATCAATGATCTAAGAGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCA
CTCCACCTCCTGCCTCCAAATCAGGCGATGAACCCAAAACACCGGCTAGTTAATTCCCAC
TTGAAAAAAAAACTATGGTCCATTATCTTTTCTGCTTGTCTCGCAAACACTGAAATTTAT
TAAGCGCAGTACTATGACTTTTTAAAATTTTCTGTTTCGAAAGACATGAATATCTTGTTG
AGTTCATTCAATAGATTCATGATGTGGTGGT


BQ
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AF RR1CN76TF U 1
AF RR1CN76JQ C 4
BS 1 511 RR1CN76TF

RD RR1CN76TF 511 0 0
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CTTCTCCATAATTCTCCGTCATCCGAGCAACCCTAAAAATGGATGGGCATGATTCTGAGG
ATACTAAGCAGAGCACTGCTGATATGACTGCTTTTGTCCAAAATCTCCTGCAGCAGATGC
AAAGCAGGTTTCAGACAATGTCCGACTCCATCATCACAAAGATCGATGACATGGGAGGCA
GAATCAATGAGCTGGAGCAAAGCATCAATGATCTAAGAGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCA
CTCCACCTCCTGCCTCCAAATCAGGCGATGAACCCAAAACACCGGCTAGTTAATTCCCAC
TTGAAAAAAAAACTATGGTCCATTATCTTTTCTGCTTGTCTCGCAAACACTGAAATTTAT
TAAGCGCAGTACTATGACTTTTTAAAATTTTCTGTTTCGAAAGACATGAATATCTTGTTG
AGTTCATTCAATAGATTCATGATGTGGTGGT

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1CN76JQ 508 0 0
TTTT
TCGGTAATACGAAAACATACACACATCGCTCTTTCATTTCCGTCGTTTCATCGCTTTTCC
ATAATTTTCCGTCATCCGAGCAACCCTAAAAATGGATGGGCATGATTTTGAGGATACTAA
GCAGAGCACTGCTGATATGACTGCTTTTGTCCAAAATTTCCTGCAGCAGATGCAAAGCAG
GTTTCAGACAATGTCCGACTCCATCATCACAAAGATCGATGACATGGGAGGCAGAATCAA
TGAGCTGGAGCAAAGCATCAATGATTTAAGAGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCACTCCCCC
TCCTGCCTCCAAATCAGGCGATGAACCCAAAACCCCGGCTAGTTAATTCCCACTTGAAAA
AAAAACTATGGTCCATTATCTTTTTTGCTTGTCTCGCAAACACTGAAATTTATTAAGCGC
AGTACTATGACTTTTTAAAATTTTTTGTTTCGAAAGACATGAATATCTTGTTGAGTTCAT
TCAATAGATTCATGATGTGGTGGT

QA 5 508 5 508
DS 



AS 1 2

CO CL7590Contig1 904 2 4 U
GGGTGGAAAAAAAACAAGGTGGTTCTGTCTGTAAAAAAACGAGTTTCGTGTTTCACTCAG
ATTTTGTTTCTCTCTCCCTCTTCTACTGACTTTGATAAAAAAGAAAACGAGAGTGAAAAC
ACCTTTTCAAGGGAATGCAGAGAGATGGTCGGATCATCGCAGGTGAAGACTAAGCTGTGT
GATCGGTTTAACCGATCTGTCGGCGGCAGGAACTGCCACCGTAAACACGTCGAGGACGGG
TGATCATATCCAACACTCTCGAATTCTCCGGACATCGAAAGCTTATCAAACCTTTTTTTC
TGTTTTATTTTTACTTTTTAATTTTTAAAATCATCGTTGTAATAAAATAAATAAAAAACA
TGGTCGGACCAAAACCGGTGGAAAAAAAACAAGTTTGATGTGAGGAAGAGCGAGTGTAGA
GTGAGGATTGAAGGGAAACAGAATGGCCGGAAAGGGAAGTTGGCGGTGGAGGCGGAGATA
TTCGCGGTGGCTCCGTCGTTTGTTGTCGTGGAGGTGAAAAGATCATGGGGACACTCTTGA
GTACAATAACTTTTGCAGTACGGCTCTTAGACCAGCTCTCAAGGACGTCTTCTGGACTTC
TACTACACCTGCTTGATTTTTAATCTGTTTAATAAATCTTGTGTGTTTTTAATTCCTCTG
TCTGTAAAATATTGTTGGGTTCTAGATTCGGTTCTTGATTCTTGTTCTTGTTCTTGATTC
TTAAATGAGTATCGCTTGAACTTTGATTAATCGTGTAAAAAAGGTTTGAGTCTTTTCATC
ATTTGTGTCGTTGTTGCCGATTTGTTGCGTCACGAAGCAGAGAATGTTTGTGTGGTGTGT
GTTCGTGCGGTGTTAGAATCGTGTCTTTGAAAATTCCATATCAATAAATGAGTATTTATG
ACCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1CT23TF U 1
AF RR1CT23JQ C 224
BS 1 690 RR1CT23TF
BS 691 691 RR1CT23JQ
BS 692 762 RR1CT23TF
BS 763 904 RR1CT23JQ

RD RR1CT23TF 762 0 0
GGGTGGAAAAAAAACAAGGTGGTTCTGTCTGTAAAAAAACGAGTTTCGTGTTTCACTCAG
ATTTTGTTTCTCTCTCCCTCTTCTACTGACTTTGATAAAAAAGAAAACGAGAGTGAAAAC
ACCTTTTCAAGGGAATGCAGAGAGATGGTCGGATCATCGCAGGTGAAGACTAAGCTGTGT
GATCGGTTTAACCGATCTGTCGGCGGCAGGAACTGCCACCGTAAACACGTCGAGGACGGG
TGATCATATCCAACACTCTCGAATTCTCCGGACATCGAAAGCTTATCAAACCTTTTTTTC
TGTTTTATTTTTACTTTTTAATTTTTAAAATCATCGTTGTAATAAAATAAATAAAAAACA
TGGTCGGACCAAAACCGGTGGAAAAAAAACAAGTTTGATGTGAGGAAGAGCGAGTGTAGA
GTGAGGATTGAAGGGAAACAGAATGGCCGGAAAGGGAAGTTGGCGGTGGAGGCGGAGATA
TTCGCGGTGGCTCCGTCGTTTGTTGTCGTGGAGGTGAAAAGATCATGGGGACACTCTTGA
GTACAATAACTTTTGCAGTACGGCTCTTAGACCAGCTCTCAAGGACGTCTTCTGGACTTC
TACTACACCTGCTTGATTTTTAATCTGTTTAATAAATCTTGTGTGTTTTTAATTCCTCTG
TCTGTAAAATATTGTTGGGTTCTAGATTCG*TTCTTGATTCTTGTTCTTGTTCTTGATTC
TTAAATGAGTATCGCTTGAACTTTGATTAATCGTGTAAAAAA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1CT23JQ 681 0 0
AACACGTCGAGGACGGGTGATCATATCCAACACTCTCGAATTCTCCGGACATCGAAAGCT
TATCAAACCTTTTTTTCTGTTTTATTTTTACTTTTTAATTTTTAAAATCATCGTTGTAAT
AAAATAAATAAAAAACATGGTCGGACCAAAACCGGTGGAAAAAAAACAAGTTTGATGTGA
GGAAGAGCGAGTGTAGAGTGAGGATTGAAGGGAAACAGAATGGCCGGAAAGGGAAGTTGG
CGGTGGAGGCGGAGATATTCGCGGTGGCTCCGTCGTTTGTTGTCGTGGAGGTGAAAAGAT
CATGGGGACACTCTTGAGTACAATAACTTTTGCAGTACGGCTCTTAGACCAGCTCTCAAG
GACGTCTTCTGGACTTCTACTACACCTGCTTGATTTTTAATCTGTTTAATAAATCTTGTG
TGTTTTTAATTCCTCTGTCTGTAAAATATTGTTGGGTTCTAGATTCGGTTCTTGATTCTT
GTTCTTGTTCTTGATTCTTAAATGAGTATCGCTTGAACTTTGATTAATCGTGTAAAAAAG
GTTTGAGTCTTTTCATCATTTGTGTCGTTGTTGCCGATTTGTTGCGTCACGAAGCAGAGA
ATGTTTGTGTGGTGTGTGTTCGTGCGGTGTTAGAATCGTGTCTTTGAAAATTCCATATCA
ATAAATGAGTATTTATGACCC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL7591Contig1 513 2 1 U
GCAAGCAGAGACGAGGGGCTGGCCAAGAAGATTGTCGGAGAAGAAGAGAACGTGCAACGT
TTGTTCCCGAGATCAGACGTAGAGAGCGTGTGGGAGATCTACAAAGATGCATTTGGAGAA
CCCATGAAAGATGAAAAGGGAGAGCCAATGAAAGATGCTGTCGAAAAGGTCGTGGAAGGT
ACAACAAAATGGGTAGTGAACCCGAGGTATCCAGGGAGATACAAGAAGGAGCTTATGGAT
AAGTCTGGTGGTGTTCCTTGGGCTGCTCAAATGCTGGCGAAGATGGAGCCTCTAAAAAAC
GATGAAGACAAGGACTTGTAGAATAACTTGTAACTTGCAAAGCAAGGATGTTATTTACTC
TCTAATTAGCCTAAGGGCGCGTTTCAAGATTACTAGTACTGTATTTCAAGTTTATTATAT
TTTCCTATAGAAACTGTTATGTACTTGTAAGTTGTAACTCTCTGCTGGTATTTGACAATA
AACAATGTAATAAAGAGTTTTAACACAAATTAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1EY13TF U 1
AF RR1FC13TF U 1
BS 1 513 RR1EY13TF

RD RR1EY13TF 513 0 0
GCAAGCAGAGACGAGGGGCTGGCCAAGAAGATTGTCGGAGAAGAAGAGAACGTGCAACGT
TTGTTCCCGAGATCAGACGTAGAGAGCGTGTGGGAGATCTACAAAGATGCATTTGGAGAA
CCCATGAAAGATGAAAAGGGAGAGCCAATGAAAGATGCTGTCGAAAAGGTCGTGGAAGGT
ACAACAAAATGGGTAGTGAACCCGAGGTATCCAGGGAGATACAAGAAGGAGCTTATGGAT
AAGTCTGGTGGTGTTCCTTGGGCTGCTCAAATGCTGGCGAAGATGGAGCCTCTAAAAAAC
GATGAAGACAAGGACTTGTAGAATAACTTGTAACTTGCAAAGCAAGGATGTTATTTACTC
TCTAATTAGCCTAAGGGCGCGTTTCAAGATTACTAGTACTGTATTTCAAGTTTATTATAT
TTTCCTATAGAAACTGTTATGTACTTGTAAGTTGTAACTCTCTGCTGGTATTTGACAATA
AACAATGTAATAAAGAGTTTTAACACAAATTAG

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1FC13TF 510 0 0
GCAAGCAGAGACGAGGGGCTGGCCAAGAAGATTGTCGGAGAAGAAGAGAACGTGCAACGT
TTGTTCCCGAGATCAGACGTAGAGAGCGTGTGGGAGATCTACAAAGATGCATTTGGAGAA
CCCATGAAAGATGAAAAGGGAGAGCCAATGAAAGATGCTGTCGAAAAGGTCGTGGAAGGT
ACAACAAAATGGGTAGTGAACCCGAGGTATCCAGGGAGATACAAGAAGGAGCTTATGGAT
AAGTCTGGTGGTGTTCCTTGGGCTGCTCAAATGCTGGCGAAGATGGAGCCTCTAAAAAAC
GATGAAGACAAGGACTTGTAGAATAACTTGTAACTTGCAAAGCAAGGATGTTATTTACTC
TCTAATTAGCCTAAGGGCGCGTTTCAAGATTACTAGTACTGTATTTCAAGTTTATTATAT
TTTCCTATAGAAACTGTTATGTACTTGTAAGTTGTAACTCTCTGCTGGTATTTGACAATA
AACAATGTAATAAAGAGTTTTAACACAA
TT

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 2

CO CL7592Contig1 860 2 2 U
AATTATATATGTTGCAGAATATTAAAACCAGGGATTTCTGGGCTTTGATAGGATTAAGAC
ACGATCGCAGAGAAAGTAGAATCAATCGTGGAAGAAGGAAGGGAAGGGATATTCGAAACC
CTAATTTCGATCGTATCCCCATCTTCTACGAAATCATCGATCGAATCCCCCAAAAAAAAC
CTCAACTTTTTTCTGATTTAGTGATAAGTTTGAAATCAAAGTTCAAATTTTATTTCTTCG
GATGGGTTTCTTAAAGAAGTTAACGGGGATTTTCGGGTTCGGGCACAACGATGGTGGTGG
GCACCAGGGAGTTGCGAGTGAAGGGGATAACAACACTAGAACAGTCTCTGAGGACGGCCG
GGAGGATAATCAGGGGAGGTTCCGTGAATCCGGACTTCCAAGGAGAGGTTTTGGAGTACC
GGTTCAAGTAGCGGTTGAACGGTCTAATCCTGGTCCTATTCTTCAGCCTTGTGCTGCTTC
TGACGGTGGTGTTCAGGGACTACGATGGTACTCAATGCGGCTAAGGATTGATGAAGATGG
AGATGTTGCAGATGAGTTCTTGGAAGATCATAACTGTAAGACTTCGTCAAGAAAATGCAA
AACAAAAGCTGCAAAAGTGAGAGGTTTAGTGATATCTTCTGATGGGAAACTTCAGCCATT
AATGCACTGAACAATGGAGAAATATTTACTGATTAGTGTGGTTGAATCAGAGAAAGGTTA
GAAACTGGGTTTCATTTAGCCATTCAATCTTGATATAAAATCGATTAGATTCTGGTTGTT
GATACTTGAGAACTTGAAATATTATGTAACTGTGAATTTTGTTTTTGAAAATAGACAAGT
AAATCTGTTTGGGCTTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC82TF U 1
AF RR1BC82JQ C 29
BS 1 712 RR1BC82TF
BS 713 860 RR1BC82JQ

RD RR1BC82TF 712 0 0
AATTATATATGTTGCAGAATATTAAAACCAGGGATTTCTGGGCTTTGATAGGATTAAGAC
ACGATCGCAGAGAAAGTAGAATCAATCGTGGAAGAAGGAAGGGAAGGGATATTCGAAACC
CTAATTTCGATCGTATCCCCATCTTCTACGAAATCATCGATCGAATCCCCCAAAAAAAAC
CTCAACTTTTTTCTGATTTAGTGATAAGTTTGAAATCAAAGTTCAAATTTTATTTCTTCG
GATGGGTTTCTTAAAGAAGTTAACGGGGATTTTCGGGTTCGGGCACAACGATGGTGGTGG
GCACCAGGGAGTTGCGAGTGAAGGGGATAACAACACTAGAACAGTCTCTGAGGACGGCCG
GGAGGATAATCAGGGGAGGTTCCGTGAATCCGGACTTCCAAGGAGAGGTTTTGGAGTACC
GGTTCAAGTAGCGGTTGAACGGTCTAATCCTGGTCCTATTCTTCAGCCTTGTGCTGCTTC
TGACGGTGGTGTTCAGGGACTACGATGGTACTCAATGCGGCTAAGGATTGATGAAGATGG
AGATGTTGCAGATGAGTTCTTGGAAGATCATAACTGTAAGACTTCGTCAAGAAAATGCAA
AACAAAAGCTGCAAAAGTGAGAGGTTTAGTGATATCTTCTGATGGGAAACTTCAGCCATT
AATGCACTGAACAATGGAGAAATATTTACTGATTAGTGTGGTTGAATCAGAG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1BC82JQ 832 0 0
CAGGGATTTCTGGGCTTTGATAGGATTAAGACACGATCGCAGAGAAAGTAGAATCAATCG
TGGAAGAAGGAAGGGAAGGGATATTCGAAACCCTAATTTCGATCGTATCCCCATCTTCTA
CGAAATCATCGATCGAATCCCCCAAAAAAAACCTCAACTTTTTTCTGATTTAGTGATAAG
TTTGAAATCAAAGTTCAAATTTTATTTCTTCGGATGGGTTTCTTAAAGAAGTTAACGGGG
ATTTTCGGGTTCGGGCACAACGATGGTGGTGGGCACCAGGGAGTTGCGAGTGAAGGGGAT
AACAACACTAGAACAGTCTCTGAGGACGGCCGGGAGGATAATCAGGGGAGGTTCCGTGAA
TCCGGACTTCCAAGGAGAGGTTTTGGAGTACCGGTTCAAGTAGCGGTTGAACGGTCTAAT
CCTGGTCCTATTCTTCAGCCTTGTGCTGCTTCTGACGGTGGTGTTCAGGGACTACGATGG
TACTCAATGCGGCTAAGGATTGATGAAGATGGAGATGTTGCAGATGAGTTCTTGGAAGAT
CATAACTGTAAGACTTCGTCAAGAAAATGCAAAACAAAAGCTGCAAAAGTGAGAGGTTTA
GTGATATCTTCTGATGGGAAACTTCAGCCATTAATGCACTGAACAATGGAGAAATATTTA
CTGATTAGTGTGGTTGAATCAGAGAAAGGTTAGAAACTGGGTTTCATTTAGCCATTCAAT
CTTGATATAAAATCGATTAGATTCTGGTTGTTGATACTTGAGAACTTGAAATATTATGTA
ACTGTGAATTTTGTTTTTGAAAATAGACAAGTAAATCTGTTTGGGCTTGTGT

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL7593Contig1 691 2 1 U
GGATCGAAACAAAGAACACATCTTTGATTCTTCCCTCTCGCTCCTCTCGCTCATTCCTCT
TGTCCGTGTCTCAAACCCTCAAAAGAGCATTAGGAAAGAAAAACCATGGATCCGGCTGAG
ATGAGGTACTTGGAAGAAGAGGACGGTCCCATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTGACT
GGTTTCGCCGCTGGGACGATCTACGGAACCATTCTGGCCACGTGGAAAGATGTTCCGAGA
GTGGAGAGGAACGTGGCGCTTCCGGGGCTCATCAGGACGCTGAAGATGATGGGAACCCAC
GGGCTCACTTTCGCTGCCATTGGTGGAGTGTACATCGGTGTTGAGCAGGTGGTTCAGAGT
TATAGAGGAAAGAGAGATTTTTTCAATGGTGCAACACTAGCAGTTACATCTGCTTTGATT
GACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGGAGAGAGTATTATCCTTACACCCCC
GTCGAGAAAACAGCTAAAGCTGATGCCTGATTTCTATTCTTGGCGTCTCTGAAGTCAATA
AAGCTTATCCCAGCTAGGCCTCTTGAAGATTGTCTCTCTTCGTTGTCATCTCTTTTTTTT
TTTAATCTACTGTTGTATCTGGAGATATGAAATCATAGAACTCTTGTTTACTCCTGTGTT
TATGGAGATTGAGACTTTCATCTTTTGTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E069TF U 1
AF RR1E069JQ C 30
BS 1 691 RR1E069TF

RD RR1E069TF 691 0 0
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ATGAGGTACTTGGAAGAAGAGGACGGTCCCATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTGACT
GGTTTCGCCGCTGGGACGATCTACGGAACCATTCTGGCCACGTGGAAAGATGTTCCGAGA
GTGGAGAGGAACGTGGCGCTTCCGGGGCTCATCAGGACGCTGAAGATGATGGGAACCCAC
GGGCTCACTTTCGCTGCCATTGGTGGAGTGTACATCGGTGTTGAGCAGGTGGTTCAGAGT
TATAGAGGAAAGAGAGATTTTTTCAATGGTGCAACACTAGCAGTTACATCTGCTTTGATT
GACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGGAGAGAGTATTATCCTTACACCCCC
GTCGAGAAAACAGCTAAAGCTGATGCCTGATTTCTATTCTTGGCGTCTCTGAAGTCAATA
AAGCTTATCCCAGCTAGGCCTCTTGAAGATTGTCTCTCTTCGTTGTCATCTCTTTTTTTT
TTTAATCTACTGTTGTATCTGGAGATATGAAATCATAGAACTCTTGTTTACTCCTGTGTT
TATGGAGATTGAGACTTTCATCTTTTGTCTG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1E069JQ 662 0 0
CTTCCCTCTCGCTCCTCTCGCTCATTCCTCTTGTCCGTGTCTCAAACCCTCAAAAGAGCA
TTAGGAAAGAAAAACCATGGATCCGGCTGAGATGAGGTACTTGGAAGAAGAGGACGGTCC
CATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTGACTGGTTTCGCCGCTGGGACGATCTACGGAAC
CATTCTGGCCACGTGGAAAGATGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTGGCGCTTCCGGGGCT
CATCAGGACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTCGCTGCCATTGGTGGAGT
GTACATCGGTGTTGAGCAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGAAAGAGAGATTTTTTCAATGG
TGCAACACTAGCAGTTACATTTGCTTTGATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGA
CAACGGGAGAGAGTATTATCCTTACACCCCCGTCGAGAAAACAGCTAAAGCTGATGCCTG
ATTTCTATTCTTGGCGTCTCTGAAGTCAATAAAGCTTATCCCAGCTAGGCCTCTTGAAGA
TTGTCTCTCTTCGTTGTCATCTCTTTTTTTTTTTAATCTACTGTTGTATCTGGAGATATG
AAATCATAGAACTCTTGTTTACTCCTGTGTTTATGGAGATTGAGACTTTCATCTTTTGTC
TG

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL7594Contig1 1312 2 2 U
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TGAATCCATGAGTTTGAGAGAGGAAGTAGACGACGAGAGAAGAATGCTGCAGATGGCTGA
GGTTTGGCGTGAGGAACGTGTCCAAATGAAGCTCATTGATGCCAAAATAACACTCGAGGA
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TGATACTACAAGTGTGAAAGAGGTGAGAGAGGCTGAAGTGTTAAGAGAGACGGTTGCATC
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CTTCATGTTATTTGAAGAAATGAACTTGGGTGAAGCCAACCAAGATGAAGAAGGCCACGG
TTCAGAAGTTCACAGGGTAAGCTCAGATGTCAATTTGATCAACAATGGGAGACACCCTAA
TGCCTTCACCGACCAGAATGGTGAGTTTGAAGAAGAAGATGACAGTGGTTGGGAAACTGT
GAGCCATCAGGAAGAACACAGATCAGGTTTCTCTCCAGATGAGAGCGTCCATTTCAGTAG
CAACAATCATCAACGTGACAGCAATGTAACGGCGAATGGCACAGTGTTTCAGAAGACTCC
ATTAAGAGAAATAAAAGAAGTATGCTCGGCTCCTAGAAGGCAAACCAAGAAAGTGTCGTC
AATGGCGAAGCTATGGAGTTCATTAGAAGGTATAAACGGAAGGGTTTCAAACGCGAGAAA
GTCAAATGCGGGGATGGTTTCACCAGGGAAAGGCGGATTCAGCAGGTTGGACTTGGTGGG
CTCGTCACCGGACTCAGCATATGCTAATGTAAACCGAGGAGGGATGAAAGGGTGCATAGA
GTGGCCTAGAGGTACTACACATAAGAACAGCGTAAAGACAAAGCTTATGGAAACACAAGT
CGAGAGACAAAAGGTTCAGCTGAAACATGTCCTTGAGCATAAGATCTAGGCTACTACATA
CTCTGAAACTAGTCTTTGTGGCTGAGCAGCAGCTCAACTGCTATTACCATTGTCTTGTGA
TCTAGCCGGTGAAGCCAATCACGGTGGTGTATTGATGGTAGCTATAGCAAAATAACCTTG
TGTTTGATTACTGCCATAGGTTGGCTGAGCTAGCTTTAGCGACAAACCCAACTACTTGAT
GGTTGCTAGGAGCAAAGACTTAATGGTACTTTTCTTTGACCAATTTTGTGGCCACCTTAG
CCCAAATTGAGATGTTAGGTCAATGATATATATCTTCTTATATTTTACTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C779TF U 1
AF RR1C779JQ C 509
BS 1 688 RR1C779TF
BS 689 1312 RR1C779JQ

RD RR1C779TF 692 0 0
GTGCGACGAACTCGCCAAGGAGATAGAAGAAGATAAAGCTGAGATTGATGCATTGAAGAG
TGAATCCATGAGTTTGAGAGAGGAAGTAGACGACGAGAGAAGAATGCTGCAGATGGCTGA
GGTTTGGCGTGAGGAACGTGTCCAAATGAAGCTCATTGATGCCAAAATAACACTCGAGGA
GAAGTACTCGCAAATGAACGAGCTCGTAGGAGACTTGGAGGCGTTTCTCAGTTCAAGAAA
TGATACTACAAGTGTGAAAGAGGTGAGAGAGGCTGAAGTGTTAAGAGAGACGGTTGCATC
AGTCAGTAATGTGCAAGAAGTCAAGGAGTTTACGTATGAACCTTCAAAACCGGATGATAT
CTTCATGTTATTTGAAGAAATGAACTTGGGTGAAGCCAACCAAGATGAAGAAGGCCACGG
TTCAGAAGTTCACAGGGTAAGCTCAGATGTCAATTTGATCAACAATGGGAGACACCCTAA
TGCCTTCACCGACCAGAATGGTGAGTTTGAAGAAGAAGATGACAGTGGTTGGGAAACTGT
GAGCCATCAGGAAGAACACAGATCAGGTTTCTCTCCAGATGAGAGCGTCCATTTCAGTAG
CAACAATCATCAACGTGACAGCAATGTAACGGCGAATGGCACAGTGTTTCAGAAGACTCC
ATTAAGAGAAATAAAAGAAGTATGCTCG
CTCC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1C779JQ 804 0 0
GAAGAAGAAGATGACAGTGGTTGGGAAACTGTGAGCCATCAGGAAGAACACAGATCAGGT
TTCTCTCCAGATGAGAGCGTCCATTTCAGTAGCAACAATCATCAACGTGACAGCAATGTA
ACGGCGAATGGCACAGTGTTTCAGAAGACTCCATTAAGAGAAATAAAAGAAGTATGCTCG
GCTCCTAGAAGGCAAACCAAGAAAGTGTCGTCAATGGCGAAGCTATGGAGTTCATTAGAA
GGTATAAACGGAAGGGTTTCAAACGCGAGAAAGTCAAATGCGGGGATGGTTTCACCAGGG
AAAGGCGGATTCAGCAGGTTGGACTTGGTGGGCTCGTCACCGGACTCAGCATATGCTAAT
GTAAACCGAGGAGGGATGAAAGGGTGCATAGAGTGGCCTAGAGGTACTACACATAAGAAC
AGCGTAAAGACAAAGCTTATGGAAACACAAGTCGAGAGACAAAAGGTTCAGCTGAAACAT
GTCCTTGAGCATAAGATCTAGGCTACTACATACTCTGAAACTAGTCTTTGTGGCTGAGCA
GCAGCTCAACTGCTATTACCATTGTCTTGTGATCTAGCCGGTGAAGCCAATCACGGTGGT
GTATTGATGGTAGCTATAGCAAAATAACCTTGTGTTTGATTACTGCCATAGGTTGGCTGA
GCTAGCTTTAGCGACAAACCCAACTACTTGATGGTTGCTAGGAGCAAAGACTTAATGGTA
CTTTTCTTTGACCAATTTTGTGGCCACCTTAGCCCAAATTGAGATGTTAGGTCAATGATA
TATATCTTCTTATATTTTACTACT

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL7595Contig1 1217 2 4 U
GGGAGATAGCAGAGGCCAGGAGAGATATAGGCGAATGAAGTAAAAGAGATAAGCATATAA
CTCAACGTAAACCACTCTCTCTTTTGATTCTTCCCTGTTGAGGATCTAGAGATGGTGGCG
GCGGGGAGGACGGATTCGAAGAGCCAGGCGACGATTCCGCCGTACATGAAGGCAATCTCG
GGTTCACTAGGCGGAGTGGTCGAGGCTTGCTGTCTCCAGCCCATCGACGTCATCAAGACG
CGTCTCCAGCTAGATCGCGGCGGCGCCTACAAGGGAATCGCGCACTGCGGCTCCACGGTG
GTTCGAACCGAAGGCGTCCGCGCACTGTGGAAAGGATTGACGCCGTTCGCGACTCACCTG
ACGCTGAAATACACGCTGCGGATGGGATCCAACGCAATGTTCCAAACAGTGTTCAAGGAT
AAGGATACGGGAAAGGTGAGCAACCATGGCCGTTTGCTCTCCGGATTTGGCGCCGGTGTT
CTCGAAGCCCTCGCCATTGTTACTCCCTTCGAGGTTGTGAAGATCAGACTAGCAACAGAA
AGGACTAAGCCCCGACCTTTTCAAATACAAAGGTCCCATTCACTGTGCTCGAACCATCGT
CAGAGAAGAATCCATTTTGGGTCTTTGGTCTGGTGCTGCCCCCACCGTTATGCGTAACGG
CACCAACCAAGCTGTCATGTTCACTGCCAAAAACTCCTTTGACGTCCTCTTGTGGAACAA
ACACGAAGGCGATGGTAAATCCTTGCACCCTTGGCAATCCATGATTTCAGGTTTTTTAGC
TGGAACCGCTGGTCCCTTTTGCACTGGGCCGTTTGATGTTGTCAAGACCAGGTTGATGGC
TCAGACCAGAGACGGTGAAGGTGGGCTGAAATACAAAGGGATGGTGCATGCCATTAGGAC
GATTTATGCGGAGGAAGGATTAGTGGCTCTATGGAGAGGATTGTTACCGAGGCTGATGAG
GATCCCTCCAGGACAAGCCATTATGTGGGCTGTTGCTGATCAGGTCACTGGTCTTTATGA
GAAGAGATATCTCCTTAACGCACCTTTATAGAGAGAGAGTGACAGACTTTTGTTTCTTTT
CATGTCATGGTTTCTTGTTGGTTTATTTTTGCGAGGAATGGGAAAATCCAAATTCAATTC
TCCCCCAAAGACACTTTTGATAATAACGAAACACATTTTTTTTTTTACTTCCAATCATAA
AAGTTGACATAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ75TF U 1
AF RR1CZ75JQ C 512
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RD RR1CZ75TF 729 0 0
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GCGGGGAGGACGGATTCGAAGAGCCAGGCGACGATTCCGCCGTACATGAAGGCAATCTCG
GGTTCACTAGGCGGAGTGGTCGAGGCTTGCTGTCTCCAGCCCATCGACGTCATCAAGACG
CGTCTCCAGCTAGATCGCGGCGGCGCCTACAAGGGAATCGCGCACTGCGGCTCCACGGTG
GTTCGAACCGAAGGCGTCCGCGCACTGTGGAAAGGATTGACGCCGTTCGCGACTCACCTG
ACGCTGAAATACACGCTGCGGATGGGATCCAACGCAATGTTCCAAACAGTGTTCAAGGAT
AAGGATACGGGAAAGGTGAGCAACCATGGCCGTTTGCTCTCCGGATTTGGCGCCGGTGTT
CTCGAAGCCCTCGCCATTGTTACTCCCTTCGAGGTTGTGAAGATCAGACTAGCAACAGAA
AGGACTAAGCCCCGACCTTTTCAAATACAAAGGTCCCATTCACTGTGCTCGAACCATCGT
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CAACACGAAGCGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1CZ75JQ 706 0 0
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GGTGCTGCCCCCACCGTTATGCGTAACGGCACCAACCAAGCTGTCATGTTCACTGCCAAA
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TGGCAATCCATGATTTCAGGTTTTTTAGCTGGAACCGCTGGTCCCTTTTGCACTGGGCCG
TTTGATGTTGTCAAGACCAGGTTGATGGCTCAGACCAGAGACGGTGAAGGTGGGCTGAAA
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TGGAGAGGATTGTTACCGAGGCTGATGAGGATCCCTCCAGGACAAGCCATTATGTGGGCT
GTTGCTGATCAGGTCACTGGTCTTTATGAGAAGAGATATCTCCTTAACGCACCTTTATAG
AGAGAGAGTGACAGACTTTTGTTTCTTTTCATGTCATGGTTTCTTGTTGGTTTATTTTTG
CGAGGAATGGGAAAATCCAAATTCAATTCTCCCCCAAAGACACTTTTGATAATAACGAAA
CACATTTTTTTTTTTACTTCCAATCATAAAAGTTGACATAAAAAAA

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL7596Contig1 675 2 3 U
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TGATCGATCTCGTTGCGCGCATAGGGAAACACGTGTACAGCAAAAATGGCGTACTCACGG
AGGCCAAATCATTCGGCAAGGTCGAATTGGGTTACGGTATTAAGAAGCTCGACGGAAGAC
ACTATCAGGGACAACTGATGCAGATAACAATGATGGCAACACCAAACATGAACAAGGAGC
TTCACTACCTCAACAAGGAAGACAAACTCCTGCGCTGGCTCCTCGTTAAACACCGCGACA
TCAAGATTGGATCATCTGAAATGGAAGATCGTCAGGACGAGTTTAGCAGAGTTACTAACA
GGAGCTTATATGAGGAATCCTCAACGGACGAAGAAGACGATCTCCTTGGCTTAAGACGAT
GATGAGGAGAAGAGGAAATCGTTTTTTACTCGGACCAGAGTCTGTCCCCTTCATCTTTGT
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AGGTGATCGTTGGTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EE41JQ C 1
AF RR1EE41TF U 1
BS 1 654 RR1EE41TF
BS 655 655 RR1EE41JQ
BS 656 675 RR1EE41TF

RD RR1EE41JQ 675 0 0
GGATTCATTCACTCACTCTCTCTCTCTCTCTCGTCGGAAGGAAGGAAGAAGACGACGATC
TCGAGATGCCTCTGTACGACTGTATGCTTCTCTTCAAGCCAATAATACGGAAGGAGGGTC
TGATCGATCTCGTTGCGCGCATAGGGAAACACGTGTACAGCAAAAATGGCGTACTCACGG
AGGCCAAATCATTCGGCAAGGTCGAATTGGGTTACGGTATTAAGAAGCTCGACGGAAGAC
ACTATCAGGGACAACTGATGCAGATAACAATGATGGCAACACCAAACATGAACAAGGAGC
TTCACTACCTCAACAAGGAAGACAAACTCCTGCGCTGGCTCCTCGTTAAACACCGCGACA
TCAAGATTGGATCATCTGAAATGGAAGATCGTCAGGACGAGTTTAGCAGAGTTACTAACA
GGAGCTTATATGAGGAATCCTCAACGGACGAAGAAGACGATCTCCTTGGCTTAAGACGAT
GATGAGGAGAAGAGGAAATCGTTTTTTACTCGGACCAGAGTCTGTCCCCTTCATCTTTGT
CTTATGGTTTTATTGGCTGATAAATGCAAACATGTATTGACACGTCATCTTTGCATGGGC
AGAGATGTGTCTCTGTTTTTAGAATTTTCTCATTTTTGATTTTAATTATTAAAAATAGAG
AGGTGATCGTTGGTG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1EE41TF 675 0 0
GGATTCATTCACTCACTCTCTCTCTCTCTCTCGTCGGAAGGAAGGAAGAAGACGACGATC
TCGAGATGCCTCTGTACGACTGTATGCTTCTCTTCAAGCCAATAATACGGAAGGAGGGTC
TGATCGATCTCGTTGCGCGCATAGGGAAACACGTGTACAGCAAAAATGGCGTACTCACGG
AGGCCAAATCATTCGGCAAGGTCGAATTGGGTTACGGTATTAAGAAGCTCGACGGAAGAC
ACTATCAGGGACAACTGATGCAGATAACAATGATGGCAACACCAAACATGAACAAGGAGC
TTCACTACCTCAACAAGGAAGACAAACTCCTGCGCTGGCTCCTCGTTAAACACCGCGACA
TCAAGATTGGATCATCTGAAATGGAAGATCGTCAGGACGAGTTTAGCAGAGTTACTAACA
GGAGCTTATATGAGGAATCCTCAACGGACGAAGAAGACGATCTCCTTGGCTTAAGACGAT
GATGAGGAGAAGAGGAAATCGTTTTTTACTCGGACCAGAGTCTGTCCCCTTCATCTTTGT
CTTATGGTTTTATTGGCTGATAAATGCAAACATGTATTGACACGTCATCTTTGCATGGGC
AGAGATGTGTCTCTGTTTTTAGAATTTTCTCATTTTTGATTTTAATTATTAAAA*TAGAG
AGGTGATCGTTGGTG

QA 1 675 1 675
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7598Contig1 746 2 2 U
GTGACGTGAAACTGTAGTGTTTCCATATTAAATTCCACTTTTTCAGGAAAAGAAGATGAA
CACAACTAAATATGAAAAATATCCCAATCGGAATGCAAAACTACTTGAAAGAAACAAGAC
AGATGATGCAGAGAGAGATTAGGCGTAGTAATTCAAGCTTGCTTTCTTCTTGGCCTGGAC
TTGGATGATACCTTCATTAAAGTCCTCATGGTTCACCTCTGTGGCATCACGACGAAAAGC
CAACATGCCAGCCTCTACACAAACTGCTTTCAGTTGAGCACCATTGAAATCGTCTGTTGA
TCTTGCAAGCTCCTCAAAGTTGACGTCTGGGTGGACATTCATCTTCCTCGAGTGAATCTG
CAAGATTCTGGCTCTTGCTTCTTCTGTAGGATGTGGGAACTCAATCTTCCTGTCTAGTCG
ACCAGAACGCATCAGTGCTAGGTCTAGAATATCTGCACGGTTAGTGGCTGCAATCACCTT
AATACGCTCATCGCTACTGAATCCATCAAGCTGATTAAGCAGCTCCAACATAGTCCTCTG
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GGCATTGGTCTGTGCTGCACAAGCAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE61JQ U 1
AF RR1FR05JQ U 1
BS 1 688 RR1EE61JQ
BS 689 746 RR1FR05JQ

RD RR1EE61JQ 688 0 0
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CACTTCCCTGTCTCCACTTACTTCACTGTCAAAACGCTTTGTACCAATTGCATCGATTTC
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TTTTGCTCCATCTCCAATGAACATCTGG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1FR05JQ 746 0 0
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AGATGATGCAGAGAGAGATTAGGCGTAGTAATTCAAGCTTGCTTTCTTCTTGGCCTGGAC
TTGGATGATACCTTCATTAAAGTCCTCATGGTTCACCTCTGTGGCATCACGACGAAAAGC
CAACATGCCAGCCTCTACACAAACTGCTTTCAGTTGAGCACCATTGAAATCGTCTGTTGA
TCTTGCAAGCTCCTCAAAGTTGACGTCTGGGTGGACATTCATCTTCCTCGAGTGAATCTG
CAAGATTCTGGCTCTTGCTTCTTCTGTAGGATGTGGGAACTCAATCTTCCTGTCTAGTCG
ACCAGAACGCATCAGTGCTAGGTCTAGAATATCTGCACGGTTAGTGGCTGCAATCACCTT
AATACGCTCATCGCTACTGAATCCATCAAGCTGATTAAGCAGCTCCAACATAGTCCTCTG
CACTTCCCTGTCTCCACTTACTTCACTGTCAAAACGCTTTGTACCAATTGCATCGATTTC
ATCAATGAAGATGATGCATGGAGCTTTCTCTTTCGCTAGTTGAAAGGCATCACGGACAAG
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GGCATTGGTCTGTGCTGCACAAGCAC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL7599Contig1 826 2 2 U
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GAAGATGGCAACATCTGTCCTAACATCCGTATTGCCGACTGTGGACACAAAATTGGATTA
AACGGTGTTGACAATGGCCGAATCTGGTTTGACAATCTTCGAATTCCAAGAGAGAATTTA
CTGAACTCAGTTGCTGATGTCTCGCCTGATGGAGAGTATGTTAGTGCAATCAAAGATCCT
GATCAGAGATTTGGAGCGTTCATGGCCCCTTTAACCTCTGGCCGAGTCACAATTGCATCA
AGTGCAATTTACTCTGCAAAGGTCGGATTAGCTATTGCTTTAAGGTATTCACTTTCAAGA
AGAGCCTTCTCTATTAAAGCTAATGGTCCTGAAGTGCTCCTTCTTGATTATCCAAGTCAT
CAAAGGCGACTGCTACCTCTCCTAGCAAAGACATATGCTATGAGTTTTGCTGCAAATGAC
TTGAAGATGATTTACGTGAAGAGGACACCTGAAACCAACAAAGCCATCCATGTTGTCTCA
AGTGGTCTCAAAGCTGTTCTCACCTGGCACAATATGCGTACGCTTCAGGAATGCCGTGAA
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CTGTTTGCTGAATATGTGCCTTGTAAGAGAGAACAACCTTTCAAGGGTTGGGATTGGAGC
ACATGAACAGTGCTCGTCCTGATTGCTATGCAGCTCTCATCTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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AF RR1A654TF U 1
AF RR1H653TF U 57
BS 1 753 RR1A654TF
BS 754 826 RR1H653TF

RD RR1A654TF 762 0 0
GAGCTTAATATCAACGGAACCAACCAGGGAGTTCATGCCTTTATCGCACAAATTAGGGAT
GAAGATGGCAACATCTGTCCTAACATCCGTATTGCCGACTGTGGACACAAAATTGGATTA
AACGGTGTTGACAATGGCCGAATCTGGTTTGACAATCTTCGAATTCCAAGAGAGAATTTA
CTGAACTCAGTTGCTGATGTCTCGCCTGATGGAGAGTATGTTAGTGCAATCAAAGATCCT
GATCAGAGATTTGGAGCGTTCATGGCCCCTTTAACCTCTGGCCGAGTCACAATTGCATCA
AGTGCAATTTACTCTGCAAAGGTCGGATTAGCTATTGCTTTAAGGTATTCACTTTCAAGA
AGAGCCTTCTCTATTAAAGCTAATGGTCCTGAAGTGCTCCTTCTTGATTATCCAAGTCAT
CAAAGGCGACTGCTACCTCTCCTAGCAAAGACATATGCTATGAGTTTTGCTGCAAATGAC
TTGAAGATGATTTACGTGAAGAGGACACCTGAAACCAACAAAGCCATCCATGTTGTCTCA
AGTGGTCTCAAAGCTGTTCTCACCTGGCACAATATGCGTACGCTTCAGGAATGCCGTGAA
GCTGTTGGAGGGCAAGGTGTGAAAACAGAAAATCTAGTTGGTCAGTTGAAAGGTGAATTT
GATGTGCAGACAACCTTTGAGGGTGACAATAATGTATTGATGCAGCACGTGAGCAAAGCT
CTGTTTGCTGAATATGTGCCTTGTAAGAGAGAA
ACAAACCTT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1H653TF 770 0 0
GGATGAAGATGGCAACATCTGTCCTAACATCCGTATTGCCGACTGTGGACACAAAATTGG
ATTAAACGGTGTTGACAATGGCCGAATCTGGTTTGACAATCTTCGAATTCCAAGAGAGAA
TTTACTGAACTCAGTTGCTGATGTCTCGCCTGATGGAGAGTATGTTAGTGCAATCAAAGA
TCCTGATCAGAGATTTGGAGCGTTCATGGCCCCTTTAACCTCTGGCCGAGTCACAATTGC
ATCAAGTGCAATTTACTCTGCAAAGGTCGGATTAGCTATTGCTTTAAGGTATTCACTTTC
AAGAAGAGCCTTCTCTATTAAAGCTAATGGTCCTGAAGTGCTCCTTCTTGATTATCCAAG
TCATCAAAGGCGACTGCTACCTCTCCTAGCAAAGACATATGCTATGAGTTTTGCTGCAAA
TGACTTGAAGATGATTTACGTGAAGAGGACACCTGAAACCAACAAAGCCATCCATGTTGT
CTCAAGTGGTCTCAAAGCTGTTCTCACCTGGCACAATATGCGTACGCTTCAGGAATGCCG
TGAAGCTGTTGGAGGGCAAGGTGTGAAAACAGAAAATCTAGTTGGTCAGTTGAAAGGTGA
ATTTGATGTGCAGACAACCTTTGAGGGTGACAATAATGTATTGATGCAGCA*GTGAGCAA
AGCTCTGTTTGCTGAATATGTGTCTTGTAAGAGAGAACAACCTTTCAAGGGTTGGGATTG
GAGCACATGAACAGTGCTCGTCCTGATTGCTATGCAGCTCTCATCTCTAC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL7600Contig1 699 2 1 U
GGACAAAAAAAAAGACTCTCTTGTTCCGTCAGTTCAATAAAAATCTCATTACTCTACCAT
GGACGCCGGCGGAGATTCACGACACTGCGGAGGAAGCAGCGGTGACGGTTCTGTCGGAGT
ACAGATCCGACAAACCCGGATCCTACCGGACTTTCTCCAAAGCGTGAATCTCAAGTACGT
GAAGCTAGGCTACCATTACGTAATCTCCAATCTCTTAGCTCTCTGTCTGCTCCCTCTCGC
CGTCGTCATCTCCGTCGAAGCATCTCAGACCAACCCCGAAGATCTCCGCCAGCTGTGGAT
CCATCTCCAATACAATCTGGTCAGCATCATCGTCTGCTCCGCCGTCCTCGTCTTCGGTCT
AACCGTCTACGTCATGACCAGGCCCAGGCCCATTTACTTGGTGGACTTCTCGTGCCACCT
CCCGCCTAACCGCGTTTGGCAGATTGCTTTTGGTAGTGGGTTTAAGTGTAACAGTGCGGT
TTGGGAAGCTTTAAGGAATGTGAAACCTTCTAAGGACAGTCCTTGGGAAGATTGTATTGA
CAAGTATCCTGTAACGTTAAGTTATTAGGCTTTAATTTGTTCCAGAGACTCAGTATCCAT
GGTTGTCTTCCGTCTTTTATCTTTGACAAATGTCAACGTTCTTGTTTTTGTTTTATTATG
TTTGGGAGATTTTGTGATATTTTTGATTTACATTTCTTG


BQ
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AF RR1E743JQ C 1
AF RR1E743TF U 1
BS 1 699 RR1E743TF

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TTTGGGAGATTTTGTGATATTTTTGATTTACATTTCTTG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1E743TF 699 0 0
GGACAAAAAAAAAGACTCTCTTGTTCCGTCAGTTCAATAAAAATCTCATTACTCTACCAT
GGACGCCGGCGGAGATTCACGACACTGCGGAGGAAGCAGCGGTGACGGTTCTGTCGGAGT
ACAGATCCGACAAACCCGGATCCTACCGGACTTTCTCCAAAGCGTGAATCTCAAGTACGT
GAAGCTAGGCTACCATTACGTAATCTCCAATCTCTTAGCTCTCTGTCTGCTCCCTCTCGC
CGTCGTCATCTCCGTCGAAGCATCTCAGACCAACCCCGAAGATCTCCGCCAGCTGTGGAT
CCATCTCCAATACAATCTGGTCAGCATCATCGTCTGCTCCGCCGTCCTCGTCTTCGGTCT
AACCGTCTACGTCATGACCAGGCCCAGGCCCATTTACTTGGTGGACTTCTCGTGCCACCT
CCCGCCTAACCGCGTTTGGCAGATTGCTTTTGGTAGTGGGTTTAAGTGTAACAGTGCGGT
TTGGGAAGCTTTAAGGAATGTGAAACCTTCTAAGGACAGTCCTTGGGAAGATTGTATTGA
CAAGTATCCTGTAACGTTAAGTTATTAGGCTTTAATTTGTTCCAGAGACTCAGTATCCAT
GGTTGTCTTCCGTCTTTTATCTTTGACAAATGTCAACGTTCTTGTTTTTGTTTTATTATG
TTTGGGAGATTTTGTGATATTTTTGATTTACATTTCTTG

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

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CATCTCCCGGTGTTGAAAGAGTAGTAAGAGTTCCTCAGGATCTTGACCGTTACAAGGACA
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AAACATTATTTTTATTGAATGAAAACTATTAC


BQ
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AF RR1EA95TF U 1
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BS 692 692 RR1EA95JQ

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CCAAACTGTCTGAAGCTGAACTCGCTAAGTCCATACCAGACAACATCTCCTTAGAGGTTT
CATCTCCCGGTGTTGAAAGAGTAGTAAGAGTTCCTCAGGATCTTGACCGTTACAAGGACA
GGTCAATGTATGTGAGGTACGTTAACGAGGAAGCTGAAAATGAAGGTGATGGTATCTTCA
GGCTTGTTTCTTTTGATGTGGAAACCAAAAGCTGCGTCTGGGGGATAGCTGATATTAGAG
TGAACCGTGAGAAGGCAGGCAAAGGGAGACCTTTGAGCAAGAAGCAAAGAGAATGGCGTC
TTGAAACGTCTTTTGAGTCACTACGTTTAGTTCGTTTGCATTCTGAATGTTGAAACACAT
AAACATTATTTTTATTGAATGAAAACTATTA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1EA95JQ 689 0 0
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CATTATTTTTATTGAATGAAAACTATTAC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL7602Contig1 793 2 2 U
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GGTTTTGGTTTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C484TF U 1
AF RR1C484JQ C 1
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QA 1 777 1 777
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TCATCTCTTGCAGAAGTGTTAGACCATAAGTCATTCATTAGCTATATAATCTATGGTATT
GGTTTTGGTTTCG

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

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GACGAATGTTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A587JQ C 1
AF RR1A587TF U 1
BS 1 672 RR1A587TF

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GACGAATGTTAC

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DS 

RD RR1A587TF 672 0 0
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GACGAATGTTAC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EO17TF U 1
AF RR1EO17JQ C 7
BS 1 678 RR1EO17TF

RD RR1EO17TF 678 0 0
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ATTTATGAAAGTGATTTGTATATGTTTGTATAAATACTTGGTCAAGTATATGATGACACA
TGGGCGAACATGGCATTT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1EO17JQ 672 0 0
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TCTCCGACTGCAAAAACTGTTGTATCACATGCTGGTGTCCCTGTATCACATTTGGCCAAG
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GAGCTCAATACAATATCGGAGGCAGTGAATGTGGAGATTGCCTTAAACATTTCTTCTGCG
AACTCTGTGCTCTCACTCAACAATACCGTTAACTCAAGAACCGTGGTTTCGATATGAAAC
TTGGATGGGCCGGAAACGCACAGAGGCAGCAGAACCAAGGCGTGGCAATGGGTGCCCCAG
TCTTCCAAGGCGGCATGACCCGCTAATATCCGTTCCTTTATATGTAATTCATTTAGCCAT
TTAATAAAGTGAGGTTTAATCCTCTGTGTGGATTTGTGTAATATGCTTGTTGTGATTTAT
GAAAGTGATTTGTATATGTTTGTATAAATACTTGGTCAAGTATATGATGACACATGGGCG
AACATGGCATTT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL7605Contig1 767 2 2 U
GGAGATCTTCCGTAACAAAAAAGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTC
GAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCC
GAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTT
CGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGTACGTAATCATCCGAGATCCATTTTTCAAG
TTCAGATTCTGATCTGAACTTGAGATCCAGTATTATTAGGGTTTCTTCATTTCAGATCTT
TTGATCCTTAGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAAC
CTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGA
CCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAA
TGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTC
AGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAAGGGATGCAGCTTCGCCAGGCTGTGC
AGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAGATGCTCAATCAGTATGTTTTA
TCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATT
GTATGGTTTGTTTACTTTTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1ES75TF U 1
AF RR1ES75JQ C 36
BS 1 723 RR1ES75TF
BS 724 767 RR1ES75JQ

RD RR1ES75TF 723 0 0
GGAGATCTTCCGTAACAAAAAAGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTC
GAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCC
GAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTT
CGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGTACGTAATCATCCGAGATCCATTTTTCAAG
TTCAGATTCTGATCTGAACTTGAGATCCAGTATTATTAGGGTTTCTTCATTTCAGATCTT
TTGATCCTTAGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAAC
CTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGA
CCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAA
TGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTC
AGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAAGGGATGCAGCTTCGCCAGGCTGTGC
AGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAGATGCTCAATCAGTATGTTTTA
TCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATT
GTA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1ES75JQ 732 0 0
AAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTTAC
CGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAGGACGTGTCT
ATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGTACGT
AATCATCCGAGATCCATTTTTCAAGTTCAGATTCTGATCTGAACTTGAGATCCAGTATTA
TTAGGGTTTCTTCATTTCAGATCTTTTGATCCTTAGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCA
AAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGAT
CATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTA
GTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCC
TCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAA
GGGATGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACT
AAAGATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATA
ATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTGTTTACTTTTGAAATATTAAAAATAT
ATATATGATGAG

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL7606Contig1 765 2 2 U
TTTTTCCTTCGCGTCGTGTTTCAACACGTAGAGGGGCAAGTGGCGTTCTGGTTTTTCGTG
GACTTGGTATTGTCGGTGACCTTTTGGGTTTGTTGGTTTTTCTGTGTTGTTGTTTGGTCT
TGGGTCTTGTTGGACCGGGTTGTAATTATGTCTTCTATAACCTTTTGGACTTTTAATAAT
ATTTTATCAAATGGCAAAAAAAAAATGAAACATAAAGGTTCGCTTGCTCAGACGTGGCAT
CATTTTCACACAATGGACCCACACTTCGCACGTGCATTTCACTATGGAGAGCTTGCCGTA
AATAGTTTTAGTAAATAAAAAACTATGGCTGTTTTTACAGTCATATTGTTCATTGACAAT
TGATCTGATTGACGTACAGGTATCTGTTCAGATAATTAGTATCTGACATGACAAAAACAA
TTGTGTTATCCTGATTCCTTAAATAAGCAGCGCAGCTCAGAATAATTAATACAAATAAAA
TGGGAGGAAAACTAAAACCAGCACAACATATGTTTTCTCTCGATAAATCATGAGAGAAGA
AAGAAACAATTTTACTCTATTTTAACATTGACAAGCAAAAAATTAAGTGAAATCCGCCGG
ATTGACTAAATACTAGCCGAAGTCAGAGTAAATATGTTTTACTCTTAAATTATATTGTTA
GATATACCAAACAATCATAGCCAAGGTAACGAAAATATTTTGGAATGGTTTTCTCGTTTA
GGATTTCAAACCAACCAACTATAAAAATAAAATATAAACCACCCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1G391TF U 1
AF RR1G391JQ C 5
BS 1 676 RR1G391TF
BS 677 765 RR1G391JQ

RD RR1G391TF 676 0 0
TTTTTCCTTCGCGTCGTGTTTCAACACGTAGAGGGGCAAGTGGCGTTCTGGTTTTTCGTG
GACTTGGTATTGTCGGTGACCTTTTGGGTTTGTTGGTTTTTCTGTGTTGTTGTTTGGTCT
TGGGTCTTGTTGGACCGGGTTGTAATTATGTCTTCTATAACCTTTTGGACTTTTAATAAT
ATTTTATCAAATGGCAAAAAAAAAATGAAACATAAAGGTTCGCTTGCTCAGACGTGGCAT
CATTTTCACACAATGGACCCACACTTCGCACGTGCATTTCACTATGGAGAGCTTGCCGTA
AATAGTTTTAGTAAATAAAAAACTATGGCTGTTTTTACAGTCATATTGTTCATTGACAAT
TGATCTGATTGACGTACAGGTATCTGTTCAGATAATTAGTATCTGACATGACAAAAACAA
TTGTGTTATCCTGATTCCTTAAATAAGCAGCGCAGCTCAGAATAATTAATACAAATAAAA
TGGGAGGAAAACTAAAACCAGCACAACATATGTTTTCTCTCGATAAATCATGAGAGAAGA
AAGAAACAATTTTACTCTATTTTAACATTGACAAGCAAAAAATTAAGTGAAATCCGCCGG
ATTGACTAAATACTAGCCGAAGTCAGAGTAAATATGTTTTACTCTTAAATTATATTGTTA
GATATACCAAACAATC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1G391JQ 761 0 0
TCCTTCGCGTCGTGTTTCAACACGTAGAGGGGCAAGTGGCGTTCTGGTTTTTCGTGGACT
TGGTATTGTCGGTGACCTTTTGGGTTTGTTGGTTTTTCTGTGTTGTTGTTTGGTCTTGGG
TCTTGTTGGACCGGGTTGTAATTATGTCTTCTATAACCTTTTGGACTTTTAATAATATTT
TATCAAATGGCAAAAAAAAAATGAAACATAAAGGTTCGCTTGCTCAGACGTGGCATCATT
TTCACACAATGGACCCACACTTCGCACGTGCATTTCACTATGGAGAGCTTGCCGTAAATA
GTTTTAGTAAATAAAAAACTATGGCTGTTTTTACAGTCATATTGTTCATTGACAATTGAT
CTGATTGACGTACAGGTATCTGTTCAGATAATTAGTATCTGACATGACAAAAACAATTGT
GTTATCCTGATTCCTTAAATAAGCAGCGCAGCTCAGAATAATTAATACAAATAAAATGGG
AGGAAAACTAAAACCAGCACAACATATGTTTTCTCTCGATAAATCATGAGAGAAGAAAGA
AACAATTTTACTCTATTTTAACATTGACAAGCAAAAAATTAAGTGAAATCCGCCGGATTG
ACTAAATACTAGCCGAAGTCAGAGTAAATATGTTTTACTCTTAAATTATATTGTTAGATA
TACCAAACAATCATAGCCAAGGTAACGAAAATATTTTGGAATGGTTTTCTCGTTTAGGAT
TTCAAACCAACCAACTATAAAAATAAAATATAAACCACCCC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL7607Contig1 464 2 1 U
GGGAACCAATGCAACAAGAACAAACCATCATCTATCAAGCTGGTGGACATAAGCTTCAAG
AATATCAGAGGAACATCAGCGAACAAAGACGCAGTTAAGCTTTTGTGCAGCAAGGGATTC
CCATGCAAGAACGTGGAGATCGGTGACATTAACATTAGGTACAACGGAGCCGACGGTCCA
GCAACATTCCAATGCTCCGACCTATCTCCCAAACTGATGGGAATTCAGGTTCCTAGAGCC
TGTAGCAGCCCAGTGACTAAGCTACCAGGCCAATAAGAAATCTCGATGTACGTGACAACC
TATACGCAATCTAAAATGTACAACCCAATGTGCGTTATATTTTTTCACTTGATTTGTTTG
TGAAATAACATATTTATTTTTGCAAAATGATAAGTTTGGAGGAAACCTCAGTAATGTAAT
AGTTTCTCCCATCTTATTAACTTAGCCAATAAACTTATTTATAC


BQ
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AF RR1GN76JQ C 1
AF RR1GN76TF U 1
BS 1 464 RR1GN76TF

RD RR1GN76JQ 464 0 0
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AATATCAGAGGAACATCAGCGAACAAAGACGCAGTTAAGCTTTTGTGCAGCAAGGGATTC
CCATGCAAGAACGTGGAGATCGGTGACATTAACATTAGGTACAACGGAGCCGACGGTCCA
GCAACATTCCAATGCTCCGACCTATCTCCCAAACTGATGGGAATTCAGGTTCCTAGAGCC
TGTAGCAGCCCAGTGACTAAGCTACCAGGCCAATAAGAAATCTCGATGTACGTGACAACC
TATACGCAATCTAAAATGTACAACCCAATGTGCGTTATATTTTTTCACTTGATTTGTTTG
TGAAATAACATATTTATTTTTGCAAAATGATAAGTTTGGAGGAAACCTCAGTAATGTAAT
AGTTTCTCCCATCTTATTAACTTAGCCAATAAACTTATTTATAC

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR1GN76TF 464 0 0
GGGAACCAATGCAACAAGAACAAACCATCATCTATCAAGCTGGTGGACATAAGCTTCAAG
AATATCAGAGGAACATCAGCGAACAAAGACGCAGTTAAGCTTTTGTGCAGCAAGGGATTC
CCATGCAAGAACGTGGAGATCGGTGACATTAACATTAGGTACAACGGAGCCGACGGTCCA
GCAACATTCCAATGCTCCGACCTATCTCCCAAACTGATGGGAATTCAGGTTCCTAGAGCC
TGTAGCAGCCCAGTGACTAAGCTACCAGGCCAATAAGAAATCTCGATGTACGTGACAACC
TATACGCAATCTAAAATGTACAACCCAATGTGCGTTATATTTTTTCACTTGATTTGTTTG
TGAAATAACATATTTATTTTTGCAAAATGATAAGTTTGGAGGAAACCTCAGTAATGTAAT
AGTTTCTCCCATCTTATTAACTTAGCCAATAAACTTATTTATAC

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL7608Contig1 892 2 2 U
GGGCCGTAACTCAATCCAACTTTCTTTGATATTCACTCTGTTTTCTTCTTTATCCGAGCA
GATCTGAGCCGAAAACTAACTACACGACCGCCGTTGAGACAATGACGTCACCGGCAACTT
CCTCCGACGCCACAACAAGTGTCCACGTAAGCGCTCTCGACGGACTAGTCAACGTGAACT
CTCTCTTCACCATCGCCGTCTTCGTAGGTCTCTCCATAGCCACTCCAGGACAGCACAGCC
TCGAGCTCCGATCCAGCTGTGACGCGAGCGCTGACGTGGCGAAGAAGCTGCTGGTCTTCG
AAGTCGTCTCCTTCAGCTTCTTCCTCTTCTCCTCTCTCGTAGCTCAGGGTCTCAAGCTCG
CCCTGAACCTCCTCAACAGCAAAGACGTCGACGAGATTTTCAGAGCTCATATCAACATCA
AGGTTCTGAGATGGGGAATGATGGCGTCTGCTGTTGGATCTGTGATGGGTTGTCTGTTCC
TGATGCTGTCTATGGTTAACGTGATTCAGATCCGTTTAGGGCTGCTTTCTTGCGGCAGTG
AGTCCTCTGCTCAGGCGGTTGCAACGCTGGTGTCGTTGGTTTCCTCTGCTCTCTTGGTTT
ATATCTCTACTGCTATTTATGCTTTCTGGCAGTGAAACTGATTCAAATAATCAGGACAAA
ATGATTTTGCAATGATGAGCCTACTCAAGTTCCAAAGTCACTGGCTTTATTTTGATTGGC
CAATGTAGTCTTTAATTCTTTTTGTTTCTTTTTTTGTTTTTTTTTGGTTAAAACAGCTTC
TCTCTATTTCTTTGCTTCATGAACACAAATGAAGCTGTGTGTTTTGTTGTTTTATTCAGT
TGAGGGTTTTAGTAAAAGCATTGGACTCTATTTATCTTACACTTTGGATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AX23TF U 1
AF RR1AX23JQ C 93
BS 1 638 RR1AX23TF
BS 639 892 RR1AX23JQ

RD RR1AX23TF 638 0 0
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GATCTGAGCCGAAAACTAACTACACGACCGCCGTTGAGACAATGACGTCACCGGCAACTT
CCTCCGACGCCACAACAAGTGTCCACGTAAGCGCTCTCGACGGACTAGTCAACGTGAACT
CTCTCTTCACCATCGCCGTCTTCGTAGGTCTCTCCATAGCCACTCCAGGACAGCACAGCC
TCGAGCTCCGATCCAGCTGTGACGCGAGCGCTGACGTGGCGAAGAAGCTGCTGGTCTTCG
AAGTCGTCTCCTTCAGCTTCTTCCTCTTCTCCTCTCTCGTAGCTCAGGGTCTCAAGCTCG
CCCTGAACCTCCTCAACAGCAAAGACGTCGACGAGATTTTCAGAGCTCATATCAACATCA
AGGTTCTGAGATGGGGAATGATGGCGTCTGCTGTTGGATCTGTGATGGGTTGTCTGTTCC
TGATGCTGTCTATGGTTAACGTGATTCAGATCCGTTTAGGGCTGCTTTCTTGCGGCAGTG
AGTCCTCTGCTCAGGCGGTTGCAACGCTGGTGTCGTTGGTTTCCTCTGCTCTCTTGGTTT
ATATCTCTACTGCTATTTATGCTTTCTGGCAGTGAAAC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1AX23JQ 800 0 0
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GCTCTCGACGGACTAGTCAACGTGAACTCTCTCTTCACCATCGCCGTCTTCGTAGGTCTC
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GACGTGGCGAAGAAGCTGCTGGTCTTCGAAGTCGTCTCCTTCAGCTTCTTCCTCTTCTCC
TCTCTCGTAGCTCAGGGTCTCAAGCTCGCCCTGAACCTCCTCAACAGCAAAGACGTCGAC
GAGATTTTCAGAGCTCATATCAACATCAAGGTTCTGAGATGGGGAATGATGGCGTCTGCT
GTTGGATCTGTGATGGGTTGTCTGTTCCTGATGCTGTCTATGGTTAACGTGATTCAGATC
CGTTTAGGGCTGCTTTCTTGCGGCAGTGAGTCCTCTGCTCAGGCGGTTGCAACGCTGGTG
TCGTTGGTTTCCTCTGCTCTCTTGGTTTATATCTCTACTGCTATTTATGCTTTCTGGCAG
TGAAACTGATTCAAATAATCAGGACAAAATGATTTTGCAATGATGAGCCTACTCAAGTTC
CAAAGTCACTGGCTTTATTTTGATTGGCCAATGTAGTCTTTAATTCTTTTTGTTTCTTTT
TTTGTTTTTTTTTGGTTAAAACAGCTTCTCTCTATTTCTTTGCTTCATGAACACAAATGA
AGCTGTGTGTTTTGTTGTTTTATTCAGTTGAGGGTTTTAGTAAAAGCATTGGACTCTATT
TATCTTACACTTTGGATACC

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL7609Contig1 1151 2 2 U
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AGTAACAATCACAAACTATCATTGTGATCCCTTGTTTCTCTATCAATAACACACACAAAA
TGTCAATTTCTGTTTGTCAACCTCAAGATAAACTCATCACCAAAAGTTTCTCCCAAAAAG
GGGACATGGGTGGGTTGAGTTTCCTGCAATCTATGTCCGATATCACTGCCATTGTCCGAA
ACAGAGAGGACAAAGCTTATGTTCACCCGACCGAGAAGCGCTCTGTTTCTATGCTGAATG
AGAAAAGCCTAGAGATGTGCACTGAGAGTCTTGGAGCCGAAACAGGAAGCGAGAGCGGTG
ACGAGTTGTCCTTACTTGCGCTTGAAGCAAACGCTATCTCTAGGGCTCATTCTCTTTCTC
CTAAGCCGAAACCACAAGAAGAGGAAAAGGACACTGACTTTCACGCCAAGAAATCAACGA
TGAGTCGCAGCAAAAGTTTCCCACCACCGATAAAGTTCGTTAAAGAATCAAGGTATAACC
GTATGGTGAGGTCGTTAGGAGAAGATGGTCGTGTCGTTGTTCATGCAATCAGGTCTTCGT
CTCCGCCCCGTTGCTTTGTAGCGGAACGTGAGGAAGGAAGGCTCCGTCTCTGTTTATCGC
CGGAAAGTTCTTTACTTAGGGACAATCATGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAA
CAGAGGAGGGCATGGCCGAGGAGAATAATGAGAACTTGGAGGGTAAAAATGGAAATAAAA
AGATTAGCAGGCTAAGCAGCAGATGCAAAGAGAATGGTCGTGAGCCTCAACCAATGCTTA
CTTGGAAGCAGCAGCAGTTTTGGGTCGCCACTTAAAAAGACTCCATTAAGCTTCTAATCA
AATAAGTTAAAAATATGAGTTTCTTAATTTTATAACGTATGCTTTTGTATGATTTCTCGA
GGGTACTGGGAGTTGTTTTCCAATTCTATTTGGTGTAGTGTTAAATGAGACTTTGTTATT
ATGATAATGTTTCTTCTTATTATTATTTTAGCAGTCAGCAACAAAAGCTGAACATGTACT
ATAGCAGTCACTTCGTACCTGAAAAACTCGAAAATGTAGTTGGAAATTTCTGAGCGGTTC
ATTTCTTTCCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F388TF U 1
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TTAGGAGAAGATGGTCGTGTCGTTGTTCATGCAATCAGGTCTTCGTCTCCGCCCCGTTGC
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TCTTATTATTATTTTAGCAGTCAGCAACAAAAGCTGAACATGTACTATAGCAGTCACTTC
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QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1CH17JQ C 1
AF RR1CH17TF U 1
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CACATGTATTTAGAAAATGGTATCAAACATATGGACAAACAA

QA 1 702 1 702
DS 

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AGATTTTATTTAATTTTAGACTGAAATTTATTCGGTTTAACTCAAAATTTTAAAA*CATG
CACATGTATTTAGAAAATGGTATCAAACATATGG

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

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TCGCTGACTGATGAAGAATACGTGGTTGTCGACGATGTTGAAACTCCTAAAATTGAGAGA
GCAGGCGCGATTCAAATGATGGAACTCGCAAAAGGTGTTGAAGAGTTGGACCTCGAAGAT
GCAGGATCCGGCAATGAAGATGCTGGATCCGACAGTGATGCTTGGGTGGTTGTGTAACTA
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BQ
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AF RR1AD09JQ C 1
AF RR1AD09TF U 1
BS 1 689 RR1AD09TF

RD RR1AD09JQ 689 0 0
GGGATTTGTTTACATCAACGCTAATCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCTGATTTGAA
GAAGTTTCTTGATTATCGATATCCCCTTAATCGTCCAAGATCATGGCAACATTGGCACCA
GTTCATGCAACTTCGTTCAAATCCATGGAATCACGCAAGAGGAGGATTCCTTTACCGTAT
TTGATCCGACCATGTAAGAGGCAGCCTGTTTACGACACCTACGCACTCTACAACGATTTC
ATTGCCTATTCATCTCTCGAGGATGGGTTCGACTCTGAGAGTGATGACGAAGAATCATCT
GTCAAGGCTGTTAGAACCTCTCTGGAGAAAGTCGATTTATCCGAAACAGCATCTGCGGGT
TCGCTGACTGATGAAGAATACGTGGTTGTCGACGATGTTGAAACTCCTAAAATTGAGAGA
GCAGGCGCGATTCAAATGATGGAACTCGCAAAAGGTGTTGAAGAGTTGGACCTCGAAGAT
GCAGGATCCGGCAATGAAGATGCTGGATCCGACAGTGATGCTTGGGTGGTTGTGTAACTA
ACAAGTTTATGTTTGGTTGGGGTTTTAGGATAATGGAATCAGTTTATTTCTCTGCCTCTT
CTTTTCTGGACCAGTTTGACATTTTTGTGAAGCTTTCTTTTTTATGATCAGTACATATGA
CAAGATGGTTTCCGATTGAATAATTGATC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1AD09TF 689 0 0
GGGATTTGTTTACATCAACGCTAATCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCTGATTTGAA
GAAGTTTCTTGATTATCGATATCCCCTTAATCGTCCAAGATCATGGCAACATTGGCACCA
GTTCATGCAACTTCGTTCAAATCCATGGAATCACGCAAGAGGAGGATTCCTTTACCGTAT
TTGATCCGACCATGTAAGAGGCAGCCTGTTTACGACACCTACGCACTCTACAACGATTTC
ATTGCCTATTCATCTCTCGAGGATGGGTTCGACTCTGAGAGTGATGACGAAGAATCATCT
GTCAAGGCTGTTAGAACCTCTCTGGAGAAAGTCGATTTATCCGAAACAGCATCTGCGGGT
TCGCTGACTGATGAAGAATACGTGGTTGTCGACGATGTTGAAACTCCTAAAATTGAGAGA
GCAGGCGCGATTCAAATGATGGAACTCGCAAAAGGTGTTGAAGAGTTGGACCTCGAAGAT
GCAGGATCCGGCAATGAAGATGCTGGATCCGACAGTGATGCTTGGGTGGTTGTGTAACTA
ACAAGTTTATGTTTGGTTGGGGTTTTAGGATAATGGAATCAGTTTATTTCTCTGCCTCTT
CTTTTCTGGACCAGTTTGACATTTTTGTGAAGCTTTCTTTTTTATGATCAGTACATATGA
CAAGATGGTTTCCGATTGAATAATTGATC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL7612Contig1 801 2 2 U
GCGATGCTAAGAGGGAAGCATTGTATGAACACTATCATCCTCTTGAGTTCTCTCCGATCA
TTCCTCTTGAAGAGAAAACCAAACTCATGGAAGAATGGTGGAGTAAAACTCATGATCTTC
TCATTGAGGGAGGTTTAACATACGATGCGATCAAGCAATCTGTTGCTAGTTCCTCCATAG
CTTTTAGAGATGGTGTGGTTGAACTGTTTGAGTTTTTGGAGGAAAAGGACATCCCAGTTT
TGATTTTTTCAGCAGGACTTGCTGATGTTATTGAAGAGGTTTTGAGGCAAAAACTTCATA
GAACATTCAAGAATGTAAAGATTGTGTCAAACAGGATGGTGTTTGATAATGATGGTCGGC
TTGTCTCTTTTAAAGGGAAGCTGATTCACGTGTTAAACAAGAACGAACACGCTTTAGACA
TGGCTGCTCCCCTTCACGACAACCTCGGTGTTGACAATGGTGAGGAAGATGAAGAGAATG
CGTACGTGAAACAAAGAAGAAACGTTTTGCTTCTAGGAGATCATTTGGGTGATCTGAGGA
TGTCTGATGGTTTGAATTACGAGTCTCGAATATCTATTGGATTCCTGAATGATAACGTTG
AGAAGAGTCTTGAAAGCTACCGTGAGGCCTTTGATGTTGTTTATCTTAATGATGCACCTA
TGTGGGGAGCGTTGGAGCTTGTTTCTCAGTTATTTCCAACAGAAGGGAGTTGACCCCAAT
GAGTGCAAACTCTCTCTTCAGTTGACTTAATGGAAACAATATTTTAACTAGAAGTTCTGT
GTGGTTTTCTTCTGACTTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG25TF U 1
AF RR1GG25JQ C 593
BS 1 700 RR1GG25TF
BS 701 801 RR1GG25JQ

RD RR1GG25TF 700 0 0
GCGATGCTAAGAGGGAAGCATTGTATGAACACTATCATCCTCTTGAGTTCTCTCCGATCA
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TCATTGAGGGAGGTTTAACATACGATGCGATCAAGCAATCTGTTGCTAGTTCCTCCATAG
CTTTTAGAGATGGTGTGGTTGAACTGTTTGAGTTTTTGGAGGAAAAGGACATCCCAGTTT
TGATTTTTTCAGCAGGACTTGCTGATGTTATTGAAGAGGTTTTGAGGCAAAAACTTCATA
GAACATTCAAGAATGTAAAGATTGTGTCAAACAGGATGGTGTTTGATAATGATGGTCGGC
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TGGCTGCTCCCCTTCACGACAACCTCGGTGTTGACAATGGTGAGGAAGATGAAGAGAATG
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TGTCTGATGGTTTGAATTACGAGTCTCGAATATCTATTGGATTCCTGAATGATAACGTTG
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TGTGGGGAGCGTTGGAGCTTGTTTCTCAGTTATTTCCAAC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1GG25JQ 209 0 0
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TGCACCTATGTGGGGAGCGTTGGAGCTTGTTTCTCAGTTATTTCCAACAGAAGGGAGTTG
ACCCCAATGAGTGCAAACTCTCTCTTCAGTTGACTTAATGGAAACAATATTTTAACTAGA
AGTTCTGTGTGGTTTTCTTCTGACTTTTA

QA 1 209 1 209
DS 



AS 1 2

CO CL7613Contig1 697 2 3 U
GGAGAGAACCCCCATCCAAAAAAGCCCGAGCATTTTGTCTCTTCTCATCCATCGGTGAAC
ATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCCCAAGGAGGAAACAGTGACTCTAGGACCTGCTGTT
CGTGACGGAGAGCAAGTGTTCGGTGTTGTTCACATCTTTGCTTCTTTCAACGACACTTTC
ATTCATGTTACTGATCTGTCGGGAAGAGAAACTCTCGTCCGTATCACCGGTGGGATGAAG
GTGAAGGCTGACCGTGATGAATCCTCTCCTTACGCTGCCATGCTTGCCGCTCAAGATGTT
GCTCAAAGATGCAAGGAGCTTGGCATCACAGCCATGCACGTGAAGCTCCGTGCCACTGGA
GGAAACAAAACCAAGACTCCAGGCCCTGGTGCTTAGTCTGCTCTCAGAGCCCTTGCTCGT
TCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGAGGACGTTACTCCAATTCCCACCGACAGTACACGT
AGAAAGGGTGGACGAAGAGGAAGAAGACTCTGATTGCCCTATGAGAGCCTCATGATCGTT
CAGCTGTGTGCCCTGGACTCGTGTAGTTTCTTGGGTACACGCTTTGAAGTTAGTTTTGTC
TCTCCATTTCATCTTGTCAAGTTTGGTTCGAAAACTTGCATCTTTCTTGAGCATTGTAAA
ACATTTATACATTTGGAGTTATTTTGCATTTTCTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E478JQ C 1
AF RR1E478TF U 1
BS 1 660 RR1E478TF
BS 661 661 RR1E478JQ
BS 662 697 RR1E478TF

RD RR1E478JQ 697 0 0
GGAGAGAACCCCCATCCAAAAAAGCCCGAGCATTTTGTCTCTTCTCATCCATCGGTGAAC
ATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCCCAAGGAGGAAACAGTGACTCTAGGACCTGCTGTT
CGTGACGGAGAGCAAGTGTTCGGTGTTGTTCACATCTTTGCTTCTTTCAACGACACTTTC
ATTCATGTTACTGATCTGTCGGGAAGAGAAACTTTCGTCCGTATCACCGGTGGGATGAAG
GTGAAGGCTGACCGTGATGAATCCTCTCCTTACGCTGCCATGCTTGCCGCTCAAGATGTT
GCTCAAAGATGCAAGGAGCTTGGCATCACAGCCATGCACGTGAAGCTCCGTGCCACTGGA
GGAAACAAAACCAAGACTCCAGGCCCTGGTGCTTAGTCTGCTCTCAGAGCCCTTGCTCGT
TCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGAGGACGTTACTCCAATTCCCACCGACAGTACACGT
AGAAAGGGTGGACGAAGAGGAAGAAGACTCTGATTGCCCTATGAGAGCCTCATGATCGTT
CAGCTGTGTGCCCTGGACTCGTGTAGTTTCTTGGGTACACGCTTTGAAGTTAGTTTTGTC
TCTCCATTTCATCTTGTCAAGTTTGGTTCGAAAACTTGCATCTTTCTTGAGCATTGTAAA
ACATTTATACATTTGGAGTTATTTTGCATTTTCTTTC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1E478TF 697 0 0
GGAGAGAACCCCCATCCAAAAAAGCCCGAGCATTTTGTCTCTTCTCATCCATCGGTGAAC
ATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCCCAAGGAGGAAACAGTGACTCTAGGACCTGCTGTT
CGTGACGGAGAGCAAGTGTTCGGTGTTGTTCACATCTTTGCTTCTTTCAACGACACTTTC
ATTCATGTTACTGATCTGTCGGGAAGAGAAACTCTCGTCCGTATCACCGGTGGGATGAAG
GTGAAGGCTGACCGTGATGAATCCTCTCCTTACGCTGCCATGCTTGCCGCTCAAGATGTT
GCTCAAAGATGCAAGGAGCTTGGCATCACAGCCATGCACGTGAAGCTCCGTGCCACTGGA
GGAAACAAAACCAAGACTCCAGGCCCTGGTGCTTAGTCTGCTCTCAGAGCCCTTGCTCGT
TCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGAGGACGTTACTCCAATTCCCACCGACAGTACACGT
AGAAAGGGTGGACGAAGAGGAAGAAGACTCTGATTGCCCTATGAGAGCCTCATGATCGTT
CAGCTGTGTGCCCTGGACTCGTGTAGTTTCTTGGGTACACGCTTTGAAGTTAGTTTTGTC
TCTCCATTTCATCTTGTCAAGTTTGGTTCGAAAACTTGCATCTTTCTTGAGCATTGTAAA
*CATTTATACATTTGGAGTTATTTTGCATTTTCTTTC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL7614Contig1 1320 2 4 U
GGGGATTATCTCTCCATCTCTTTCTCTTGTTCTTGTCCCGGTCTGAATCCCGGATTTGTC
CGAATTCGAGACTCTTCGGTGTAGTTTTTTTAAGAAAGGAAGCGAATTTTTTATGGCGGC
GAGTGCGAATCCGCCGGGGAACAATCAGGAAGGTACGTCGGCGGCTCAGAAGGTGACGTC
TTCATCTCCGGCGGCGGCGGTGGCTACGAATGGTGCTGTGGATAACGGTGGTAATAAGGC
GGCGGCGGATAATTCAGAGACGATAAGCGCGTTGAGGCATAATCCAGGGATCTTTGTGGA
TTGGACTCATGAGGAGCAATCTCTATTGGAAGATTTGCTCGCAAAGTACGCGTCAGAGCC
TACAATTGTTCGTTATGCCAAGATTTCGATGAAAATGAAGGATAAAACTGTTAGAGATGT
TGCTTTACGCTGTAGATGGATGACTAAAAAGGAAAATGGAAAGCGTAGAAAAGATGATCA
TTCTTCAAGGAAGAGCAAAGATAAGAAAGAAAAGACTACAGACTCTTCAGCCAAGTCCTC
ATCTCACATGAATGTGCATCCGAATGGTCCTTTCATATCCTCCTCCTATGATGCCTTTAG
ATACTGATAATGGTATTTCATATAAAGCTATTGGTGGCGTGAGTGGGGATCTTCTCGAAC
AAAATGCTCAGATGTTCAACCAAGTTTCCACAAACTTCTCAGCTTTCCAGATACATGAGA
ACGTCAATATCTTGTGCAAAGCGAGGGACAATATCCTCTCAATCTTGAACGACCTGAATG
ACTTGCCAGAGGTTATGAAGCAGATGCCACCTCTTCCTGTGAAGGTGAACGAAGAGCTGG
CTAATTCAATCCTCCTCGCCCGCCCCATCAAAAGAAGTCGTGATGGGCTCGTATAGAGCC
ATCTATGGTTTGGTTATGACCAAAAAAGGTACTCTCTTCACACACACCAGGATCAGTGAA
GAAAAGGAAATAAATCGTGGGATGTAGAGAGAGTTCCCACTCGTAATGGATGATGAGATG
CAGGTTTTCTACTTGCCATAGAGTTACTACTAGTCTCTTCTGCAGTTTCAGTCGTCTCTG
GATGTTTTTTTTTAGCAAATGGTGAATTGATACATGTGAGTAGAGTTGTATTGTGTCGTT
TAGGATGTGAATAGATTTCTACTGTTAATGGTAAAAGTCTGTGTGTAAAATTGGTTTCAA
GCTGAAAGGTTTTGAGATTCCATGAGCTATATCCTCCTACAGATGATGCTGAGATGTTAG
CTTAGAAGGAAATGATTGTACTCATAAATTTTCTTGTATTAATAAAATATTTGTCTTTCG


BQ
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AF RR1G906TF U 1
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CGAATTCGAGACTCTTCGGTGTAGTTTTTTTAAGAAAGGAAGCGAATTTTTTATGGCGGC
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TTCATCTCCGGCGGCGGCGGTGGCTACGAATGGTGCTGTGGATAACGGTGGTAATAAGGC
GGCGGCGGATAATTCAGAGACGATAAGCGCGTTGAGGCATAATCCAGGGATCTTTGTGGA
TTGGACTCATGAGGAGCAATCTCTATTGGAAGATTTGCTCGCAAAGTACGCGTCAGAGCC
TACAATTGTTCGTTATGCCAAGATTTCGATGAAAATGAAGGATAAAACTGTTAGAGATGT
TGCTTTACGCTGTAGATGGATGACTAAAAAGGAAAATGGAAAGCGTAGAAAAGATGATCA
TTCTTCAAGGAAGAGCAAAGATAAGAAAGAAAAGACTACAGACTCTTCAGCCAAGTCCTC
ATCTCACATGAATGTGCATCCGAATGGTCCTT*CATATCCTCCTCCTATGATGCCTTTAG
ATACTGATAATGGTATTTCATATAAAGCTATTGGTGGCGTGAGTGGGGATCTTCTCGAAC
AAAATGCTCAGATGTTCAACCAAGTTTCCACAAACTTCTCAG

QA 1 702 1 702
DS 

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ATCCTCCTCCTATGATGCCTTTAGATACTGATAATGGTATTTCATATAAAGCTATTGGTG
GCGTGAGTGGGGATCTTCTCGAACAAAATGCTCAGATGTTCAACCAAGTTTCCACAAACT
TCTCAGCTTTCCAGATACATGAGAACGTCAATATCTTGTGCAAAGCGAGGGACAATATCC
TCTCAATCTTGAACGACCTGAATGACTTGCCAGAGGTTATGAAGCAGATGCCACCTCTTC
CTGTGAAGGTGAACGAAGAGCTGGCTAATTCAATCCTCCTCGCCCGCCCCATCAAAAGAA
GTCGTGATGGGCTCGTATAGAGCCATCTATGGTTTGGTTATGACCAAAAAAGGTACTCTC
TTCACACACACCAGGATCAGTGAAGAAAAGGAAATAAATCGTGGGATGTAGAGAGAGTTC
CCACTCGTAATGGATGATGAGATGCAGGTTTTCTACTTGCCATAGAGTTACTACTAGTCT
CTTCTGCAGTTTCAGTCGTCTCTGGATGTTTTTTTTTAGCAAATGGTGAATTGATACATG
TGAGTAGAGTTGTATTGTGTCGTTTAGGATGTGAATAGATTTCTACTGTTAATGGTAAAA
GTCTGTGTGTAAAATTGGTTTCAAGCTGAAAGGTTTTGAGATTCCATGAGCTATATCCTC
CTACAGATGATGCTGAGATGTTAGCTTAGAAGGAAATGATTGTACTCATAAATTTTCTTG
TATTAATAAAATATTTGTCTTTCG

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL7615Contig1 783 2 3 U
TTTTGTAATCCAGAAAATTGTAATATATATTTCCAGTAATAATATACACAATATCATACG
ATCATTTTTTGTATCATAAAGTAGCAATTTTAAATGCACAAACAAATATTGATGTTTTAT
GAATCCCGAATGTAAGAAAATCAAGAGAAGACATTAAAAGCTTGACCCGTTCTAGCAACC
TTGATGAAGACATCTTCAAGTGTTGTGTCTGCGAGTCCCCAAGCAAAGACCGTAAAGTTG
CTCTTAGCCTTCTCAACCGCCTGAAACACCTCTGAGATCCGAACCTCCTCCTTTGGGAGC
TCAAACTTCTGGGTCCCTGCGATATGATATATCTTCTTGGCGCTTGGTGAGACATCTTGA
ATCAGCTTCTCCACGTTTCCCTCGTGTTCTGAAGATGTTGTCATTGTAAACACGTAAGAT
CCACCATACCTTCCTTTCAGCTCTTTTGGGTTGCCTATGCATTGCAAGCTTCCGTCTACG
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ATGGCAGTGTTTTGTTTTGCACGCTTGATGACAGTCCATAGATTCTTTCTTGAGGCTGGA
TCAAGTCCTGTGCTTGGCTCATCCATATAGACAACCTTAGGATTTCCAATAAGCGAAATG
GCAACGCTCAGCCGCCTTTTCATACCTCCGCTGTATTTCCCAGCAGGTTTATCAGCAACT
CCTCCGTGGAAAAGGTTGACACTCTTAAGAGACTCTTCCACAGCTTCGATGAGTTCAGAT
CCC


BQ
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10 10 10 

AF RR1B880JQ U 20
AF RR1B880TF C 1
BS 1 19 RR1B880TF
BS 20 707 RR1B880JQ
BS 708 783 RR1B880TF

RD RR1B880JQ 688 0 0
GTAATATATATTTCCAGTAATAATATACACAATATCATACGATCATTTTTTGTATCATAA
AGTAGCAATTTTAAATGCACAAACAAATATTGATGTTTTATGAATCCCGAATGTAAGAAA
ATCAAGAGAAGACATTAAAAGCTTGACCCGTTCTAGCAACCTTGATGAAGACATCTTCAA
GTGTTGTGTCTGCGAGTCCCCAAGCAAAGACCGTAAAGTTGCTCTTAGCCTTCTCAACCG
CCTGAAACACCTCTGAGATCCGAACCTCCTCCTTTGGGAGCTCAAACTTCTGGGTCCCTG
CGATATGATATATCTTCTTGGCGCTTGGTGAGACATCTTGAATCAGCTTCTCCACGTTTC
CCTCGTGTTCTGAAGATGTTGTCATTGTAAACACGTAAGATCCACCATACCTTCCTTTCA
GCTCTTTTGGGTTGCCTATGCATTGCAAGCTTCCGTCTACGAAAATACCAAGTCGGTCAC
AAAGAAATTCTGCTTCTTCCATTGAGTGGGTTGTGAGGATGATGGCAGTGTTTTGTTTTG
CACGCTTGATGACAGTCCATAGATTCTTTCTTGAGGCTGGATCAAGTCCTGTGCTTGGCT
CATCCATATAGACAACCTTAGGATTTCCAATAAGCGAAATGGCAACGCTCAGCCGCCTTT
TCATACCTCCGCTGTATTTCCCAGCAGG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1B880TF 783 0 0
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ATCATTTTTTGTATCATAAAGTAGCAATTTTAAATGCACAAACAAATATTGATGTTTTAT
GAATCCCGAATGTAAGAAAATCAAGAGAAGACATTAAAAGCTTGACCCGTTCTAGCAACC
TTGATGAAGACATCTTCAAGTGTTGTGTCTGCGAGTCCCCAAGCAAAGACCGTAAAGTTG
CTCTTAGCCTTCTCAACCGCCTGAAACACCTCTGAGATCCGAACCTCCTCCTTTGGGAGC
TCAAACTTCTGGGTCCCTGCGATATGATATATCTTCTTGGCGCTTGGTGAGACATCTTGA
ATCAGCTTCTCCACGTTTCCCTCGTGTTCTGAAGATGTTGTCATTGTAAACACGTAAGAT
CCACCATACCTTCCTTTCAGCTCTTTTGGGTTGCCTATGCATTGCAAGCTTCCGTCTACG
AAAATACCAAGTCGGTCACAAAGAAATTCTGCTTCTTCCATTGAGTGGGTTGTGAGGATG
ATGGCAGTGTTTTGTTTTGCACGCTTGATGACAGTCCATAGATTCTTTCTTGAGGCTGGA
TCAAGTCCTGTGCTTGGCTCATCCATATAGACAACCTTAGGATTTCCAATAAGCGAAATG
GCAACGCTCAGCCGCCTTTTCATACCTCCGCTGTATTTCCCAGCAGGTTTATCAGCAACT
CCTCCGTGGAAAAGGTTGACACTCTTAAGAGACTCTTCCACAGCTTCGATGAGTTCAGAT
CCC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL7616Contig1 704 2 1 U
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CGTGTAACCGGAGGAGAAGTCGGAGCCGCCAGTTCCCTCGCTCCCAAGATCCCCTCGGTC
TCGCACCAAAGAAGATCGGAGAAGACATCGCCAAAGAGACCGCCAAAGAGTGGAAGGGAC
TTCGCGTCACCGTCAAGCTAACGGTTCAGAATCGTCAGGCTAAGGTCACGGTGGTTCCAT
CGGCTGCGGCGCTTGTGATAAAGGCGTTGAAGGAGCCGGAGAGGGACCGTAAGAAGGTGA
AGAACATCAAGCACAATGGTAACATTTCGTTTGATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCA
TGAGGCCTAGATCTATTGCTAAGGAGTTGAGTGGGACTGTGAGGGAGATTCTTGGGACCT
GTGTCTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGCAAAGACCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATCC
AAGAGGGCGAGATTGATATTCCTGAGAACTAAGTAAAACGAGAAAGATAGATGTTGTCTT
TTTTTTCACTTAGAAATGACTCAGTTTTGGATTTGTTGTTGCGTTTTCTTTTCTCTGTTT
CAAGAACACTAATGAGTTTATCAATCGCAATGTTTTGAATCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F444TF U 1
AF RR1F444JQ C 13
BS 1 704 RR1F444TF

RD RR1F444TF 704 0 0
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TTCGCGTCACCGTCAAGCTAACGGTTCAGAATCGTCAGGCTAAGGTCACGGTGGTTCCAT
CGGCTGCGGCGCTTGTGATAAAGGCGTTGAAGGAGCCGGAGAGGGACCGTAAGAAGGTGA
AGAACATCAAGCACAATGGTAACATTTCGTTTGATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCA
TGAGGCCTAGATCTATTGCTAAGGAGTTGAGTGGGACTGTGAGGGAGATTCTTGGGACCT
GTGTCTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGCAAAGACCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATCC
AAGAGGGCGAGATTGATATTCCTGAGAACTAAGTAAAACGAGAAAGATAGATGTTGTCTT
TTTTTTCACTTAGAAATGACTCAGTTTTGGATTTGTTGTTGCGTTTTCTTTTCTCTGTTT
CAAGAACACTAATGAGTTTATCAATCGCAATGTTTTGAATCTCT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1F444JQ 692 0 0
AAAAAAAAAAAAAAACCCTAATAGAAATCATTTGACGGCGCCTCTCACACTCCACAACCA
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GGAGAAGTCGGAGCCGCCAGTTCCCTCGCTCCCAAGATCCCCTCGGTCTCGCACCAAAGA
AGATCGGAGAAGACATCGCCAAAGAGACCGCCAAAGAGTGGAAGGGACTTCGCGTCACCG
TCAAGCTAACGGTTCAGAATCGTCAGGCTAAGGTCACGGTGGTTCCATCGGCTGCGGCGC
TTGTGATAAAGGCGTTGAAGGAGCCGGAGAGGGACCGTAAGAAGGTGAAGAACATCAAGC
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CTATTGCTAAGGAGTTGAGTGGGACTGTGAGGGAGATTCTTGGGACCTGTGTCTCTGTTG
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TTGATATTCCTGAGAACTAAGTAAAACGAGAAAGATAGATGTTGTCTTTTTTTTCACTTA
GAAATGACTCAGTTTTGGATTTGTTGTTGCGTTTTCTTTTTTCTGTTTCAAGAACACTAA
TGAGTTTATCAATCGCAATGTTTTGAATCTCT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7617Contig1 683 2 2 U
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AATCTGAGGATATATCGTCTAAAACAAATCCAAATGGTGACTGCAGCTGATACTTTTTAC
AGCATTGAATCTTCCCTTTACTTAATTCTTTAAAATATTTTTCAAGTGATTCAATGGTAA
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GTACAAAAACAAAATGAGTTCACAGTCCTTCTAACCACTTAAAACAAATGGCTCTGTGTC
TGCAGAGCTTGTCCCGAAACGTCTTTGGAGTCACTATGGTTAGTTCGTTTGCATTAAAGT
AGACATTATTGGTAGGAGGAGAATGTTGGTTTCAAGCACCCATGGTGATGATGAAACAGA
TGCTTTCTCCCTTCAACATGTAATCAAAGGCCTTGTTGATCTCAGAGATGTGAGCGATGA
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TGGGTTTGTAGTTCCCAAAGAAAGTACTCTTGAGAGTCCTCTCGTTTAGCATGTTCATTG
GATGAGTCTTGAAGGCATTGTCTTTGCTTGGCACACCAACCAGCAACGCAACACCCCAGC
CCGTTACGGATCTGTATCGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E923TF C 1
AF RR1E923JQ U 12
BS 1 11 RR1E923TF
BS 12 683 RR1E923JQ

RD RR1E923TF 683 0 0
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AATCTGAGGATATATCGTCTAAAACAAATCCAAATGGTGACTGCAGCTGATACTTTTTAC
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ATAGAATCACAAAGCTGCCATTGGATCAATCTCAGGAACTGGCCTTGAAAACAAAGGGTT
GTACAAAAACAAAATGAGTTCACAGTCCTTCTAACCACTTAAAACAAATGGCTCTGTGTC
TGCAGAGCTTGTCCCGAAACGTCTTTGGAGTCACTATGGTTAGTTCGTTTGCATTAAAGT
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TGCTTTCTCCCTTCAACATGTAATCAAAGGCCTTGTTGATCTCAGAGATGTGAGCGATGA
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TGGGTTTGTAGTTCCCAAAGAAAGTACTCTTGAGAGTCCTCTCGTTTAGCATGTTCATTG
GATGAGTCTTGAAGGCATTGTCTTTGCTTGGCACACCAACCAGCAACGCAACACCCCAGC
CCGTTACGGATCTGTATCGGCCC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1E923JQ 672 0 0
AATAAATCCAACTGATATTTATGATGAACAAACTGTTTAGCAGAACCAAAATCTGAGGAT
ATATCGTCTAAAACAAATCCAAATGGTGACTGCAGCTGATACTTTTTACAGCATTGAATC
TTCCCTTTACTTAATTCTTTAAAATATTTTTCAAGTGATTCAATGGTAAATAGAATCACA
AAGCTGCCATTGGATCAATCTCAGGAACTGGCCTTGAAAACAAAGGGTTGTACAAAAACA
AAATGAGTTCACAGTCCTTCTAACCACTTAAAACAAATGGCTCTGTGTCTGCAGAGCTTG
TCCCGAAACGTCTTTGGAGTCACTATGGTTAGTTCGTTTGCATTAAAGTAGACATTATTG
GTAGGAGGAGAATGTTGGTTTCAAGCACCCATGGTGATGATGAAACAGATGCTTTCTCCC
TTCAACATGTAATCAAAGGCCTTGTTGATCTCAGAGATGTGAGCGATGAACTTCTCAAGC
TCCATGTCCTTGTTCATGTACTTTTCGACCACCCCTGGAATGTCAGTTTTGGGTTTGTAG
TTCCCAAAGAAAGTACTCTTGAGAGTCCTCTCGTTTAGCATGTTCATTGGATGAGTCTTG
AAGGCATTGTCTTTGCTTGGCACACCAACCAGCAACGCAACACCCCAGCCCGTTACGGAT
CTGTATCGGCCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL7618Contig1 857 2 2 U
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TCCACTTCTGGAGGAGGATCGAATTCTAATCCAAACTCGAGAGTTTCCTGCAATAGAAAG
GAACACATGGATACAAAAGGCAATAGGTCAAACTTTTCAAACCACAGCTCATCTAGCTAA
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GAAGCTGCAGTTTAGCTAGCAGATTCATGACCGCAACGCTAGTTTTCATCTGTGGATTCT
CTTGTTTCATACTTAGTTTCACAGATTCTTACAAGGACTTGAATGGGAACTCTTGCTATG
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GTGCCAGAACTTATAAGTTAAGGTTTATAGACTTTGCACACGCTATCATGTCGTTTCTGG
TGTTTGGAGCAGTGGTTATGTTTGATCAGAATGCGGTCAAGTGTTTCATCCCTGAACCAT
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TGATGTTTGCTACATTTCCTACTACACGTCATGGTATCGGTTTCTCCATATCTTGATAAA
TGATGTCCTGATTCAATCATTTCACAGCTTTGGATTCTGTACTTATTCGTTGTTGTATTT
GAGATGATCTTCTGAATAGAGTATCTCAATGTTTGTGTAAACTGTTCATGGAATACTCAA
ATCAAAATCACATAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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DS 



AS 1 2

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CTTTGAGCTGCAGATAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR1CM50JQ U 47
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GG
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BQ
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AF RR1C938TF C 1
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CTTCGCCAACATCGACGCCC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1C442JQ C 1
AF RR1C442TF U 1
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QA 1 391 1 391
DS 

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QA 1 391 1 391
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DL92JQ C 1
AF RR1DL92TF U 1
BS 1 671 RR1DL92TF

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DS 

RD RR1DL92TF 671 0 0
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CCAGTTTCCTTTCTTCATTGTATCTTATTGTTATCAGAGTCGGAGAACAAGTTGCAGACA
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TTATTACTTGC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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TTTTACAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G310TF U 1
AF RR1G310JQ C 188
BS 1 553 RR1G310TF
BS 554 848 RR1G310JQ

RD RR1G310TF 553 0 0
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GGATTTATCTTTATAGCTTTACTGTGGAGACTCGATACTGTATTACTGTTTGATCTATGG
AAGCGGTAGAGAAGCCAGAAGAAACCATCCCAGGCAACTCTTCAAGATTAGCTGGGAATC
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AAGAGGCTTCTGCTTCTGTGAGCAAGGATGCAGAGGTGATGTTGAAGATGGGTAGTACAC
AGGACGAGCGAGAGCAACACAGATTGATGCGAGATGCGATGGAGAAACGATTCACCCGAG
TAACTCGTGGCTCCCTCATCGGAGGGATGCGCCTTGGAATGTTCACCGCATCGTACTTCA
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CTGGTTCAGCTACTGCTGCCGTATTTGGCTTAATCATGCCGGGGTCTCTTGCTTGGCGTG
CGCGGAATGTGAT

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1G310JQ 661 0 0
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TTCTGCTTCTGTGAGCAAGGATGCAGAGGTGATGTTGAAGATGGGTAGTACACAGGACGA
GCGAGAGCAACACAGATTGATGCGAGATGCGATGGAGAAACGATTCACCCGAGTAACTCG
TGGCTCCCTCATCGGAGGGATGCGCCTTGGAATGTTCACCGCATCGTACTTCAGTCTACA
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TGTGATACTTGGTTCAGTTCTTGGAGCTACAGTCTGCTTCCCTCTTGGTTGGTTACAACT
GAAGCTTATGGAGAAAGCAAACGAAGGCAACAAAGAAGACACGAGCCACCATGGCGAGGT
CACGAGTGGTGTTGGTGCAGCTATTGAGAGACTCGAACAGCAGTTGAGAAAATACGAAAG
TGGGAGCGTTCACAGTTTTGTTTGTATGCTAAAATTTTCAAGCCGATTGGGAATAAGATA
ACGAACATAAACTCTGTTATTTTTGTAATTGCGTAACAAAATGTTGATGGTTATTTTACA
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL7624Contig1 804 2 2 U
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TGTGAGATTTGCTTCTCATGTTGTTGACTCTGCCCAATCGCAGAACCATCGATCTACTTC
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TGTCGAAGATCCTACAGAGGCTGTCAAGGAGCTACACGGTAAGATACTTGACTCTGTGAA
TGTCAAGAGATCGATGCCTCCGAATGCTTTGTTGTGGTCACTGATTGAGAATTGCCGGAA
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TGTCCGTGTGGGAGCAATTAACCATGGTAAACGGGCTCTTTGGAAACATAATGTTCATGG
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GTACAGCGGATTTAGTTTTCGGATCTGCATGAGACAGATAGCTGGGATCTATTAGCTAAG
TATTCTAGAATTCTGCAAGCTGGA


BQ
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AF RR1DF78TF U 1
AF RR1GV54TF U 39
BS 1 691 RR1DF78TF
BS 692 804 RR1GV54TF

RD RR1DF78TF 692 0 0
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TGATTCAATCCGACAACACGGCTTGACTCAGAGAGGCTAAGGATCCCGAGTCATGCAGTA
TCTATCGAACTCTCGTAGAATCGTTCGGGTTCTAAAACCCCTTGAACTCTTCAAGTCTGA
TGTGAGATTTGCTTCTCATGTTGTTGACTCTGCCCAATCGCAGAACCATCGATCTACTTC
AGTCTCTGTCTCTCCAGGGCTGATGATGCTGAGATCAAGCTTCTCCTCTGAAGCAAAACT
TGTCGAAGATCCTACAGAGGCTGTCAAGGAGCTACACGGTAAGATACTTGACTCTGTGAA
TGTCAAGAGATCGATGCCTCCGAATGCTTTGTTGTGGTCACTGATTGAGAATTGCCGGAA
GGAGGATGACATTAGTTTCCTCTTTGACGCTCTCCAGAATCTCAGGAGATTTAGGTTGTC
TAATCTCCGCATACATGACAACTTTAATTGCAATCTATGCCGGGAAGTTGCTAAGACTTG
TGTCCGTGTGGGAGCAATTAACCATGGTAAACGGGCTCTTTGGAAACATAATGTTCATGG
TTTGACTCCTAGCGTTGCATCTGCTCACCATTTACTGTCACATGCGTTAGAGCACAAGAA
CGCTAACCTCATGGACGAAGTGATGAAACTC
T

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1GV54TF 766 0 0
GG
GCTGTTCTTCCACACTGAACTGATTCAATCCGACAACACGGCTTGACTCAGAGAGGCTAA
GGATCCCGAGTCATGCTGTATCTATCGAACTCTCGTAGAATCGTTCGGGTTCTAAAACCC
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CAGAACCATCGATCTACTTCAGTCTCTGTCTCTCCAGGGCTGATGATGCTGAGATCAAGC
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CTGATTGAGAATTGCCGGAAGGAGGATGACATTAGTTTCCTCTTTGACGCTCTCCAGAAT
CTCAGGAGATTTAGGTTGTCTAATCTCCGCATACATGACAACTTTAATTGCAATCTATGC
CGGGAAGTTGCTAAGACTTGTGTCCGTGTGGGAGCAATTAACCATGGTAA*CGGGCTCTT
TGGAAACATAATGTTCATGGTTTTACTCCTAGCGTTGCATCTGCTCACCATTTACTGTCA
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ATGACCTGCCTCTACACCCGGTACAGCGGATTTAGTTTTCGGATCTGCATGAGACAGATA
GCTGGGATCTATTAGCTAAGTATTCTAGAATTCTGCAAGCTGGA

QA 3 766 3 766
DS 



AS 1 2

CO CL7625Contig1 874 2 12 U
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AGCTCTTTAATGGTTCTCATCCCCACCACGTCGTCTTTAATGTCTAGCTTCAACCCAAAG
TCGGAGATTTCTGGATATAAATATGTTCCGGCCGGTGCTCATCCACCGTCGAAAGTAGGC
TTCTGAGGTTCTGGGAGGCTGAAAACGTGAAACGCGACGGTGAGCTCATGTGGATCGACA
TGCTGATGGTTGACGTCAATGGGGATCAGCAATCGATGTCAAGGAAACACTGGATGATGA
CATATATGTGCTTATCTCCAGCTTTAGTTACCAATGCTTATACCTTCGTCTATGTACAAA
ACGCAGCCGCTTTAGACAAGAAACCAGAAGTTTACTGTAACTGCCAGAGCATTGATTATA
TGTGTGGGGCTACAGGAAAATGGAAAGCTCTCAACCGAAAAGGATCCAAAGATGTGTATG
AGTTTACTGAATGTCCTAACTGTTACCCTCTGGCAAACAACAAAGGACTCCTTAGAAGGC
CTGGTGCTCATGAGCTCCTCGATACGATGTACAATGGTCGTCTTCTTCTCAATTCACGAG
CAGCAGAGGCAATAGAAGAGGAAGAAAAGTAATACATTGGGGATGGCATGGGAAGCTATA
GGAGAATGGGATGCGAGAACATGTTTTTGTAATATGCTGCTAGCTAGCTTTGTATTGTTA
AATCTTTATAAACCAAAGAGTTTCCTTTTTCCTTAGACAGTCTTGACGACTCAATTTCAC
GTTTCCTACATTAATTATTTGTCTCTAGACAAATGAGGGGTACTTATAAATTCCTGTTGA
TTATTTCAAGTAAATTAAAGACAGCTTTTTCTCC


BQ
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AF RR1GE50TF U 1
AF RR1GE50JQ C 86
BS 1 661 RR1GE50TF
BS 662 662 RR1GE50JQ
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GTTTC
TACAT

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DS 



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BQ
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AF RR1ES30JQ C 1
AF RR1ES30TF U 1
BS 1 674 RR1ES30TF

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ACACCTTTATACTT

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DS 

RD RR1ES30TF 674 0 0
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AGTCATAGCTCCGCAGTTAATGATCTGAACAGAACCAAACAAAGAAGAATTTGTTATGTT
GCAAGTAATGAACTGAAGTGAAGCAAACATGATCGTCTAAACTATCCTGCTGTCTAAGAA
GAATCTGTATGTAAAATGTAGTCTGCAGATAAGAGTTTTGTATTGTATATTTATTTTAAT
ATATTAGTCAACCAACGGTTTAGTTATAATTTAATTTAGACTTACAACAACGGTTTTGTT
CTACGACATGTGGTGGTCTGATTTAAATATTCCGGTTGAATCATCAAGTAGCATCTATCT
TATTAAAACAGAAACATTATGTTGGACCTAATATTTATTTTGTAAGTTTTTAAATTAAAT
ACACCTTTATACTT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL7627Contig1 784 2 2 U
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AGGG


BQ
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10 10 10 10 

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TCAAAAGTACCATTTGTGCAAAAGGATTTTTTAAACCTTCACATCTCTGTCATGCTTCTG
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CGTAATATTTATGTTCCTATTGTAAACTGAATTTGATATTTATGGGTGTTTGTTCTTGGC
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QA 1 784 1 784
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AS 1 2

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BQ
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AF RR1GT54JQ C 1
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TATTCGAAACCTTTAACAC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL7629Contig1 739 2 2 U
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BQ
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AF RR1D745TF U 1
AF RR1D745JQ C 1
BS 1 677 RR1D745TF
BS 678 739 RR1D745JQ

RD RR1D745TF 683 0 0
GACGAGAGACAAGTGAAACACACAAGAAAGCTAACCCTTTCTTGCATCCCACCACGCTTC
TCGCGAAAAGATTAAACGAATCCATTTAGGTTTTTTAGAACACAACAAAAAATAAAAACA
TGGTTCGCTTTGCAGCTCTGATATTGGACCGTCTGCGTCTGTAGTCGCGGCTGCGATTGC
TCAGGGGCTTTATAACAGACAGAAAACAACGGTTAAAGCGGTTGCGGGGAAAGAGGACGC
GAGTTCGATACTCGAAGGGAAGACAGAAGGGATTGAGCATAGAGTTGAGAGGTGGAGAGC
GGAGAAAAGTAGCGCGGGTAGAGCGGTTGAAGCGGCTGGCTCGAGCGATGATTCTAGCGG
GAAAGGAGGAGGAGGGAGGAGGCAGAGAAGGAGGAGGAGAAGAAAGGAGAAGCGACGGAG
GAGAAACGGTGAAGGTAAGAAAGGGTTGTTCTCGTGTTTTGGAAACGTGTTTGGGTGTGA
GATTTCGATTACTTGCGGCGGTGGAAGCGGCGGAGAAGGAGACAGCACGAAGAAGAAGTA
TAACAGCAATAAAGTAGTCAATCTTAGTGCTGTAGACGAAACGTTTAGTCATTCTGCGAC
TTGAGAACACAAACAAAAAAAAGAGTTGTGTATAATTTTCTTTTCCCTTTTGGTGTGTGT
AAACGTTTGGTTTGAAA
GTTTGA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1D745JQ 739 0 0
GACGAGAGACAAGTGAAACACACAAGAAAGCTAACCCTTTCTTGCATCCCACCACGCTTC
TCGCGAAAAGATTAAACGAATCCATTTAGGTTTTTTAGAACACAACAAAAAATAAAAACA
TGGTTCGCTTTGCAGCTCTGATATTGGACCGTTTGCGTCTGTAGTCGCGGCTGCGATTGC
TCAGGGGCTTTATAACAGACAGAAAACAACGGTTAAAGCGGTTGCGGGGAAAGAGGACGC
GAGTTCGATACTCGAAGGGAAGACAGAAGGGATTGAGCATAGAGTTGAGAGGTGGAGAGC
GGAGAAAAGTAGCGCGGGTAGAGCGGTTGAAGCGGCTGGCTCGAGCGATGATTCTAGCGG
GAAAGGAGGAGGAGGGAGGAGGCAGAGAAGGAGGAGGAGAAGAAAGGAGAAGCGACGGAG
GAGAAACGGTGAAGGTAAGAAAGGGTTGTTCTCGTGTTTTGGAAACGTGTTTGGGTGTGA
GATTTCGATTACTTGCGGCGGTGGAAGCGGCGGAGAAGGAGACAGCACGAAGAAGAAGTA
TAACAGCAATAAAGTAGTCAATCTTAGTGCTGTAGACGAAACGTTTAGTCATTTTGCGAC
TTGAGAACACAAACAAAAAAAAGAGTTGTGTATAATTTTCTTTTCCCTTTTGGTGTGTGT
AAACGTTTGGTTTGAAAAGTTTGAAAAAGTAAATGAGTTGATAAACGTATGAATAAAACT
TCCTTCACATTCCTATTTG

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL7630Contig1 728 2 2 U
GCTAACAACAAACTGATCCTCGTGTTACTCTCCCTACTTCCTCACATCATATTTTCCTCG
GTAGCAGCAAGAAAAGACTACAACACGAAGGCCTACGTGGACTCTTGGTGCCGAACAACC
TTGTACCCGAACCTGTGCGCCCGGTCGCTGTCTCGTTACGTGCGTTCAAGGGCTATGCAA
AATCCACAGGACCTGGCCCGATTCGCACTCAAAGCAAGTCTCTACCGAGCCAAGTACACA
AAGGCATTTTTGTTAAAAGAGGTAACAAACCTGGAGACGCTAAGGCCTAAATACTATGCG
TTGGTACATGACTGCTTGACCCAAATCAGAGACAGCGTGGACCAACTGGGCCTAGCAATA
GCGGAGCTGAACAGAGTCAACAGGAGAGGCGGAAAGAGACAAGTAGATCTGGACTGGCAC
ATAAACAACCTGCAGACGTGGACAAGCACAGCTCTCACAGACGCCGAGACATGCGTGAGT
CAGTTCCCGGGGCGGAGGATAGCAAGTTGAAGGCAACAATTAAAGGGAAGGTGAAGAATG
TGGAAGAAACCACAAGCAATGCCCTCGCCTTCATCGAGCACTACGCTGCTGCTAGGTACA
GAGCCAGACGTCCATGACCGTTGCCTCCACCGACTTGTGTTTTGATCATAAATGACATTC
TTGCCTTAATTAATATGTTGTATATCACTTCTTGATCTCGTAATTAATCATACATAAGTT
CTCTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU60TF U 1
AF RR1BU60JQ C 23
BS 1 694 RR1BU60TF
BS 695 728 RR1BU60JQ

RD RR1BU60TF 694 0 0
GCTAACAACAAACTGATCCTCGTGTTACTCTCCCTACTTCCTCACATCATATTTTCCTCG
GTAGCAGCAAGAAAAGACTACAACACGAAGGCCTACGTGGACTCTTGGTGCCGAACAACC
TTGTACCCGAACCTGTGCGCCCGGTCGCTGTCTCGTTACGTGCGTTCAAGGGCTATGCAA
AATCCACAGGACCTGGCCCGATTCGCACTCAAAGCAAGTCTCTACCGAGCCAAGTACACA
AAGGCATTTTTGTTAAAAGAGGTAACAAACCTGGAGACGCTAAGGCCTAAATACTATGCG
TTGGTACATGACTGCTTGACCCAAATCAGAGACAGCGTGGACCAACTGGGCCTAGCAATA
GCGGAGCTGAACAGAGTCAACAGGAGAGGCGGAAAGAGACAAGTAGATCTGGACTGGCAC
ATAAACAACCTGCAGACGTGGACAAGCACAGCTCTCACAGACGCCGAGACATGCGTGAGT
CAGTTCCCGGGGCGGAGGATAGCAAGTTGAAGGCAACAATTAAAGGGAAGGTGAAGAATG
TGGAAGAAACCACAAGCAATGCCCTCGCCTTCATCGAGCACTACGCTGCTGCTAGGTACA
GAGCCAGACGTCCATGACCGTTGCCTCCACCGACTTGTGTTTTGATCATAAATGACATTC
TTGCCTTAATTAATATGTTGTATATCACTTCTTG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1BU60JQ 706 0 0
TGTTACTCTCCCTACTTCCTCACATCATATTTTCCTCGGTAGCAGCAAGAAAAGACTACA
ACACGAAGGCCTACGTGGACTCTTGGTGCCGAACAACCTTGTACCCGAACCTGTGCGCCC
GGTCGCTGTCTCGTTACGTGCGTTCAAGGGCTATGCAAAATCCACAGGACCTGGCCCGAT
TCGCACTCAAAGCAAGTCTCTACCGAGCCAAGTACACAAAGGCATTTTTGTTAAAAGAGG
TAACAAACCTGGAGACGCTAAGGCCTAAATACTATGCGTTGGTACATGACTGCTTGACCC
AAATCAGAGACAGCGTGGACCAACTGGGCCTAGCAATAGCGGAGCTGAACAGAGTCAACA
GGAGAGGCGGAAAGAGACAAGTAGATCTGGACTGGCACATAAACAACCTGCAGACGTGGA
CAAGCACAGCTCTCACAGACGCCGAGACATGCGTGAGTCAGTTCCCGGGGCGGAGGATAG
CAAGTTGAAGGCAACAATTAAAGGGAAGGTGAAGAATGTGGAAGAAACCACAAGCAATGC
CCTCGCCTTCATCGAGCACTACGCTGCTGCTAGGTACAGAGCCAGACGTCCATGACCGTT
GCCTCCACCGACTTGTGTTTTGATCATAAATGACATTCTTGCCTTAATTAATATGTTGTA
TATCACTTCTTGATCTCGTAATTAATCATACATAAGTTCTCTGTTT

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL7631Contig1 849 2 4 U
GGATCATTAGCCTTTTAGACAACAAAACCATACATATCATAAAGGAAGTACAAATTAACT
ACTAATTTAGTAGTTGTAACTATTATCTGGAGCAGCAAAAATGGAGAGAAAGCCTCTAGA
AGTCGAGTCAACGGATCACCAAAAACCTTCCTCCGCCTTGTACGATGGCTCTGTTCCGGC
GGTTGATTCTGTTGAGGAAGAAGTTAAGGAAACCAAAGTCGTTTATAGAGGCTGGAAAGT
CATGCCCTTTATCATTGGGAATGAGACATTTGAGAAGCTTGGGATCATTGGAACGCTATC
AAACCTTCTGGTTTATTTAACCGCTGTCTTCAACATGAAGAGTATCACAGCTGCAACAAT
CATCAACGCATTCAGTGGCACAATCAACTTCGGAACCTTCCTTGCTGCTTTCCTCTGCGA
CACTTACTTCGGTCGATACAAGACTCTAACCGTCGCTGTCATCGCCTGTTTTCTCGGATC
ACTTGTGATACTATTGACAGCTGCAGTGCCACAACTACATCCAACTCCATGCGGAACAGC
TCTCTCATGTGTCGGGCCTAGCGGTGGCCAGATAGCGTTTCTACTGCTGGGTCTCGGGTT
TCTTGTAGTTGGAGCACGCGGGATTAGACCGTGTAATCTAGCTTTCGGAGCTGATCAGTT
TAACCCCAAGAGCGAGTCCTCTTAGACTCTTGGACTTGCATGTAGTAAGCCATAAAGAAA
TGCTGTAGTCATATATACTTGTTCTGGCTCTTTATTTTTGGGATTTTTACTGGTTAGTAT
GTTATGATCACATCTCTTTAGTTCTATCATCGTGGAGAAAAGACAGATTATAAAATCAAA
TGTATTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F932TF U 1
AF RR1F932JQ C 158
BS 1 767 RR1F932TF
BS 768 768 RR1F932JQ
BS 769 813 RR1F932TF
BS 814 849 RR1F932JQ

RD RR1F932TF 813 0 0
GGATCATTAGCCTTTTAGACAACAAAACCATACATATCATAAAGGAAGTACAAATTAACT
ACTAATTTAGTAGTTGTAACTATTATCTGGAGCAGCAAAAATGGAGAGAAAGCCTCTAGA
AGTCGAGTCAACGGATCACCAAAAACCTTCCTCCGCCTTGTACGATGGCTCTGTTCCGGC
GGTTGATTCTGTTGAGGAAGAAGTTAAGGAAACCAAAGTCGTTTATAGAGGCTGGAAAGT
CATGCCCTTTATCATTGGGAATGAGACATTTGAGAAGCTTGGGATCATTGGAACGCTATC
AAACCTTCTGGTTTATTTAACCGCTGTCTTCAACATGAAGAGTATCACAGCTGCAACAAT
CATCAACGCATTCAGTGGCACAATCAACTTCGGAACCTTCCTTGCTGCTTTCCTCTGCGA
CACTTACTTCGGTCGATACAAGACTCTAACCGTCGCTGTCATCGCCTGTTTTCTCGGATC
ACTTGTGATACTATTGACAGCTGCAGTGCCACAACTACATCCAACTCCATGCGGAACAGC
TCTCTCATGTGTCGGGCCTAGCGGTGGCCAGATAGCGTTTCTACTGCTGGGTCTCGGGTT
TCTTGTAGTTGGAGCACGCGGGATTAGACCGTGTAATCTAGCTTTCGGAGCTGATCAGTT
TAACCCCAAGAGCGAGTCCTCTTAGACTCTTGGACTTGCATGTAGTAAGCCATAAAGAAA
TGCTGTAGTCATATATACTTGTTCTGGCTCTTTATTTTTGGGATTTT*ACTGGTTAGTAT
GTTATGATCACATCTCTTTAGTTCTATCATCGT

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR1F932JQ 692 0 0
TTGTACGATGGCTCTGTTCCGGCGGTTGATTCTGTTGAGGAAGAAGTTAAGGAAACCAAA
GTCGTTTATAGAGGCTGGAAAGTCATGCCCTTTATCATTGGGAATGAGACATTTGAGAAG
CTTGGGATCATTGGAACGCTATCAAACCTTCTGGTTTATTTAACCGCTGTCTTCAACATG
AAGAGTATCACAGCTGCAACAATCATCAACGCATTCAGTGGCACAATCAACTTCGGAACC
TTCCTTGCTGCTTTCCTCTGCGACACTTACTTCGGTCGATACAAGACTCTAACCGTCGCT
GTCATCGCCTGTTTTCTCGGATCACTTGTGATACTATTGACAGCTGCAGTGCCACAACTA
CATCCAACTCCATGCGGAACAGCTCTCTCATGTGTCGGGCCTAGCGGTGGCCAGATAGCG
TTTCTACTGCTGGGTCTCGGGTTTCTTGTAGTTGGAGCAGGCGGGATTAGACCGTGTAAT
CTAGCTTTCGGAGCTGATCAGTTTAACCCCAAGAGCGAGTCCTCTTAGACTCTTGGACTT
GCATGTAGTAAGCCATAAAGAAATGCTGTAGTCATATATACTTGTTCTGGCTCTTTATTT
TTGGGATTTTTACTGGTTAGTATGTTATGATCACATCTCTTTAGTTCTATCATCGTGGAG
AAAAGACAGATTATAAAATCAAATGTATTGCC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7632Contig1 1125 2 2 U
GGTCGCCGGTGAGACAATCTCAGCTCTACCAAAACTTCAAATCTCACATCTCCACCTTCT
CCGATCTGATCTGACTTATGATGGAGGAAGAAGACGAGGCTCACTCTCCCGTGAATCCAT
CGTCACTAGCTCCAATTTTACCTACGGTGGCCTCCTCATCTCAGTCTCCGTTGGCTTTAA
CGGTTCACACTCCCTCCGTTACCGTTACCGTAAACAAAAACGGACGAGGCGGAGGCGAAG
GCGGAGGCGGAGGAAGAGACGATTGCTGGAGCGAGGAAGCGACGAAGGTTCTAATCGAGG
CGTGGGGGGATCGGTTCGCCGAGCCAGGGAAAGGAACTCTGAAGCAGCAGCAATGGCACC
AAGTGGCTGAGATCGTTAACGAGAGCGGTCACTGCAAGTACGCCAGAACAGACGTTCAGT
GTAAGAACAGGATCGATACGGTTAAGAAGAAGTATAAGCAAGAGAAGGCCAAGATCGCTT
CTTCTGGTGATGGGCCTAGCAAATGGGCTTTCTTCAATAAGCTCGAGGCTTTGATCGGTG
GTGGTGGGGAGGCTCCGCCGATGAGGTGGCATTTTAGGAAACCAAGTGCTTCTGAGACTG
AGTCCGAGTCTGAACCTGAACCTGAGCACTCAGCTGAGAGTCTCCCTCCAAAGCGGTTGA
AGATGGGAGTTGTTGGAGAAGTGGCCAAGGCGATTCTTGGATTCACTGAGGCTTATGAGA
AGGCGGAGAGTGGGAAGATTAAGGTGATGTTGGAGTTGGAGAAGGAGAGGATGAAGTTTG
TTAAGGAGATGGAGCTGCAGAGGATGCAGTTCTTGAAAACTCAGATGGAGATGACGCAGA
AGAATCAAGTGGAGGAGAGGAGCAAGACAAGGATTGAATGATGATGATCGGAATGTCAAG
AATAGTGGCGATGTAAGTAGCTGACAGATTGAACACAAATGTTTTGTTGTGATATTTTCT
ATGATTAAAAACGTCATTTGATTTAACAGTTGTTGTTGTGCCTTGTGGGATATGTAAATG
TAGAAGCTTATGATGGGTTTACTTTAGAGAACTGTGATTATCATCACCATGTTGTTATGT
TACCTTGTCCGAAACATTGGCAAATTAAAGAATCAACCTTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EA02TF U 1
AF RR1EA02JQ C 459
BS 1 561 RR1EA02TF
BS 562 1125 RR1EA02JQ

RD RR1EA02TF 561 0 0
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CCGATCTGATCTGACTTATGATGGAGGAAGAAGACGAGGCTCACTCTCCCGTGAATCCAT
CGTCACTAGCTCCAATTTTACCTACGGTGGCCTCCTCATCTCAGTCTCCGTTGGCTTTAA
CGGTTCACACTCCCTCCGTTACCGTTACCGTAAACAAAAACGGACGAGGCGGAGGCGAAG
GCGGAGGCGGAGGAAGAGACGATTGCTGGAGCGAGGAAGCGACGAAGGTTCTAATCGAGG
CGTGGGGGGATCGGTTCGCCGAGCCAGGGAAAGGAACTCTGAAGCAGCAGCAATGGCACC
AAGTGGCTGAGATCGTTAACGAGAGCGGTCACTGCAAGTACGCCAGAACAGACGTTCAGT
GTAAGAACAGGATCGATACGGTTAAGAAGAAGTATAAGCAAGAGAAGGCCAAGATCGCTT
CTTCTGGTGATGGGCCTAGCAAATGGGCTTTCTTCAATAAGCTCGAGGCTTTGATCGGTG
GTGGTGGGGAGGCTCCGCCGA

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1EA02JQ 667 0 0
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AAGCTCGAGGCTTTGATCGGTGGTGGTGGGGAGGCTCCGCCGATGAGGTGGCATTTTAGG
AAACCAAGTGCTTCTGAGACTGAGTCCGAGTCTGAACCTGAACCTGAGCACTCAGCTGAG
AGTCTCCCTCCAAAGCGGTTGAAGATGGGAGTTGTTGGAGAAGTGGCCAAGGCGATTCTT
GGATTCACTGAGGCTTATGAGAAGGCGGAGAGTGGGAAGATTAAGGTGATGTTGGAGTTG
GAGAAGGAGAGGATGAAGTTTGTTAAGGAGATGGAGCTGCAGAGGATGCAGTTCTTGAAA
ACTCAGATGGAGATGACGCAGAAGAATCAAGTGGAGGAGAGGAGCAAGACAAGGATTGAA
TGATGATGATCGGAATGTCAAGAATAGTGGCGATGTAAGTAGCTGACAGATTGAACACAA
ATGTTTTGTTGTGATATTTTCTATGATTAAAAACGTCATTTGATTTAACAGTTGTTGTTG
TGCCTTGTGGGATATGTAAATGTAGAAGCTTATGATGGGTTTACTTTAGAGAACTGTGAT
TATCATCACCATGTTGTTATGTTACCTTGTCCGAAACATTGGCAAATTAAAGAATCAACC
TTTTCCC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL7633Contig1 652 2 1 U
GGGAGACTAGCAGCAGTGAGATAGTTGTTGAAAGCGTTGCCAAAGATGTTTCCAGATTGA
AACTTGAAGGGAGTAATGATGATGATATGGGTAGTGGAGGAGATGTTAGCAAGACTGCGA
AAGATGATGATCAAGTGAGCAATGTTGGTTTGAAGACAGACACAGATTCACAAGTTCCAG
AAGAATCAAAACCAGTTGTTGAAGAGTCGTCTACTCCTCCTGCCTCTGCCTCTGATGAGG
CTCCAATCCAAGATGCGGTCAAACCAGAAGAAGCTGTTCCCAAATCCGAGGAGAGTGCTC
TATCAGCTAAACCAGATGGTGCAGCTTCTTCATCAACTCAAGAAGAGGATATGGGATGGG
ACGAGATTGAGGATATGAGCAGCATCGATGGTAAAGAAGCGAGTCGTTCGAGTGGAAGTC
CAGAAAACAGAGTTGAGCTGCGTAAACGCCTGAGTGCTGCAGAGGAAGAAGGTGAAGAAG
ACTTAAGTTGGGACATTGAAGATGATGATGACGAGGAAGAAACATCACCATCAACAAAAG
CTTAAGTGTTGTGCTTTTTTAATTTCTCTCCTACTTAATCATCATTATTATCTTGTTTTC
TCTTTAAACGTTCTGTTTTATTTCATTTGAAAATCATATGCTTGATTTGATG


BQ
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AF RR1DV56JQ C 1
AF RR1DV56TF U 1
BS 1 652 RR1DV56TF

RD RR1DV56JQ 652 0 0
GGGAGACTAGCAGCAGTGAGATAGTTGTTGAAAGCGTTGCCAAAGATGTTTCCAGATTGA
AACTTGAAGGGAGTAATGATGATGATATGGGTAGTGGAGGAGATGTTAGCAAGACTGCGA
AAGATGATGATCAAGTGAGCAATGTTGGTTTGAAGACAGACACAGATTCACAAGTTCCAG
AAGAATCAAAACCAGTTGTTGAAGAGTCGTCTACTCCTCCTGCCTCTGCCTCTGATGAGG
CTCCAATCCAAGATGCGGTCAAACCAGAAGAAGCTGTTCCCAAATCCGAGGAGAGTGCTC
TATCAGCTAAACCAGATGGTGCAGCTTCTTCATCAACTCAAGAAGAGGATATGGGATGGG
ACGAGATTGAGGATATGAGCAGCATCGATGGTAAAGAAGCGAGTCGTTCGAGTGGAAGTC
CAGAAAACAGAGTTGAGCTGCGTAAACGCCTGAGTGCTGCAGAGGAAGAAGGTGAAGAAG
ACTTAAGTTGGGACATTGAAGATGATGATGACGAGGAAGAAACATCACCATCAACAAAAG
CTTAAGTGTTGTGCTTTTTTAATTTCTCTCCTACTTAATCATCATTATTATCTTGTTTTC
TCTTTAAACGTTCTGTTTTATTTCATTTGAAAATCATATGCTTGATTTGATG

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1DV56TF 652 0 0
GGGAGACTAGCAGCAGTGAGATAGTTGTTGAAAGCGTTGCCAAAGATGTTTCCAGATTGA
AACTTGAAGGGAGTAATGATGATGATATGGGTAGTGGAGGAGATGTTAGCAAGACTGCGA
AAGATGATGATCAAGTGAGCAATGTTGGTTTGAAGACAGACACAGATTCACAAGTTCCAG
AAGAATCAAAACCAGTTGTTGAAGAGTCGTCTACTCCTCCTGCCTCTGCCTCTGATGAGG
CTCCAATCCAAGATGCGGTCAAACCAGAAGAAGCTGTTCCCAAATCCGAGGAGAGTGCTC
TATCAGCTAAACCAGATGGTGCAGCTTCTTCATCAACTCAAGAAGAGGATATGGGATGGG
ACGAGATTGAGGATATGAGCAGCATCGATGGTAAAGAAGCGAGTCGTTCGAGTGGAAGTC
CAGAAAACAGAGTTGAGCTGCGTAAACGCCTGAGTGCTGCAGAGGAAGAAGGTGAAGAAG
ACTTAAGTTGGGACATTGAAGATGATGATGACGAGGAAGAAACATCACCATCAACAAAAG
CTTAAGTGTTGTGCTTTTTTAATTTCTCTCCTACTTAATCATCATTATTATCTTGTTTTC
TCTTTAAACGTTCTGTTTTATTTCATTTGAAAATCATATGCTTGATTTGATG

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL7634Contig1 671 2 1 U
GGAACGGGGCACGAGACGAACTTCGCGGCGTGGCTGTATTGTTTAGCGAAGATGGGGATC
GTCAAGGAAGAAGATTACCACGGTGTGGTGGCTAGGGTTTTCGTCAAGTATCTTGAATTG
ATGCGGAAGTTGCAGATCGTTTATTGCTTGGAGCCTGCTGGTTCTCATGGAGTATGGGGA
CTTGATGATTACCATTTCTTGCCGTTTATATTCGGGAGCTCTCAGTTGATTGATCACAAG
TATATGAAGCCTAAATCGATTCACAACGATGATATCTTGGACAATTTCTCTAGCGAGTAC
ATGTACTTGTCTTGTATTGGGTTCGTGAAGAAGGTGAAGAAAGGGTTGTTTGCTGAGCAC
TCTCCCTTGCTTGATGATATAAGCGGTGCACCCAACTGGAAGAAAGTGAATAGCGGTATG
CTCAAGATGTACAAGGTTGAAGTGCTCGAGAAGGTTCCCATTATGCAGCATTTTCTCTTT
GGCTGGCTTATCAAATGGGAGGAGTAAATTACTTTACCATAATACATTGGAGCAGGGACG
ATTTCTACTTGGGAGAGATGGCTTATAATGTAGTAGAGACACGTCTTTGCTTTTGCATGT
ATCGAATAGATGGATGGGATAGATATGAACCTGCTTATGCTATATTTCGTATTTTATACT
GTGGGTTTGAT


BQ
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AF RR1BP19TF U 1
AF RR1D817TF U 9
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BS 229 229 RR1D817TF
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BS 464 464 RR1D817TF
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BS 473 474 RR1D817TF
BS 475 493 RR1BP19TF
BS 494 592 RR1D817TF

RD RR1BP19TF 497 0 0
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AACGGGGAGTTTCGGAAATAGGAGGAACAAGAGTCACACACTCTGTGTGAGATGTGGCCG
TCGCAGTTTCCACATCCAGAAGAGCCGTTGCTCCGCCTGTGCTTACCCCGCCGCTCGCAA
GAGGACCTATAACTGGAGTGTGAAGGCCATCCGTAGAAAGACTACAGGGACAGGAAGGAT
GAGGTATCTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTTCAGAGAAGGTACCGAAGC
CAAGCCAAGGAACAAGGGAGCGGCTTCATCAGATTAAACTGTTGTTTGAGTATTCGCAGG
AAAAAAGAGTTAAAACTTAGTTTTTGGCTTCTGAGTTTGTTCGCAGTACTACAACTATTA
TTGATCATTTGATTAGTAATATCTTTCGGTGTGTTGTTTACTTTTTATAAAA**GTTTCG
AACTTGGATGAAA
AAAA

QA 1 493 1 493
DS 

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GGCACTTCTC
AGAGACCTAAAGTTATTTCGCATCCTCTGCAATGACGAAGGGAACGGGGAGTTTCGGAAA
GAGGAGGAACAAGAGTCACACTCTCTGTGTGAGATGTGGCCGTCGCAGTTTCCACATCCA
GAAGAGCCGTTGCTCCGCCTGTGCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTATAACTGGAG
TGTGAAGGCCATCCGTAGAAAGACTACAGGAACAGGAAGGATGAGGTATCTCCGCAATGT
GCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTTCAGAGAAGGTACGGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGGG
AGCGGCTTCATCAGCTTAAACTGTTGTTTGAGTATTCGCAGGGAAAA*GAGTTAAAACTT
AGTTTTTGGCTTCTGAGTTTGTTCGCAGTACTACAACTATTATTGATCATTTGATTAGTA
ATATCTTTCGTTGTGTTGTTTACTTGTTATAAAAAAGTTTTGAACTTGGATGAAATTTCT
TTTGCCTCTTCAATTTGCAAGTCTCTTACCCTATCGTCTTTTATTGACTGTATCAATTAG
ATTCATGCAATTTGATCTCTTGTTTTTCAATTCC

QA 11 584 11 584
DS 



AS 1 2

CO CL7637Contig1 615 2 3 U
AACATTTAACCAAAAAAAAATTACATAAATTAAAAACCTTGCATAAACTTGTTGAACATA
ATGATGAACATTGTCTTAAAATAAAAGCATACATGAAAAAGTACTACATAAACATGATGA
ACAGCAACTGATAAAGATTATTATATAGCATAGCATACGTTAAATTTGCTATTAATCTTA
CTAAGTCTCCATTGCGTCACTCTCATCAACAACTCCATTACTCATTTTTAACTTGAACTC
TCCAAGTTTCTCCACTTTCTCCACCCACACACTGTAGCTCGAGTTCTTCGCCAAGACATC
CAAAGAAACTTCCTTCATCTGCACCAATGTATCAGCATAGCTCTTAAACCCAACAATCTT
TTCCCTCAACAAAGTTCGCTTCTGCAAATCTATACCCTCACAGCTCAAATCATCCAAACA
TTCTTTTGCTTCCTCAAGCTTAGCCCAAAAACAAGTATCCTGCGTAGTGCTAGCATACCG
AGTTCTCGCACGCTTCTCTTTATGAGGCGCTCCTCTTTCTTTCCACCACTTATCAATCAC
TTCATACCTTTTGGGTCTATTCCCACTCTTCATGTAATGACCACTCGTCCTTGAATATTT
GTACTTGTAGAAGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK88JQ U 35
AF RR1AZ09JQ U 1
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BS 54 54 RR1CK88JQ
BS 55 615 RR1AZ09JQ

RD RR1CK88JQ 101 0 0
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GAAAAAGTACTACATAAACATGATGAACAGCAACTGATAAA

QA 1 101 1 101
DS 

RD RR1AZ09JQ 615 0 0
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ATGATGAACATTGTCTTAAAATAAAAGCATACATGAAAAAGTACTACATAAACATGATGA
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TCCAAGTTTCTCCACTTTCTCCACCCACACACTGTAGCTCGAGTTCTTCGCCAAGACATC
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TTCCCTCAACAAAGTTCGCTTCTGCAAATCTATACCCTCACAGCTCAAATCATCCAAACA
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TTCATACCTTTTGGGTCTATTCCCACTCTTCATGTAATGACCACTCGTCCTTGAATATTT
GTACTTGTAGAAGTA

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL7638Contig1 697 2 2 U
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BQ
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AF RR1EO91JQ C 1
AF RR1EO91TF U 1
BS 1 696 RR1EO91TF
BS 697 697 RR1EO91JQ

RD RR1EO91JQ 697 0 0
GGGGAGAGATTCTAGTTGAGGCTGAGAAATTGGGTATCTCGCGAGAGGAAGCTGCTCACA
ACCTCCTCTTCGCCACGTGCCTCAACACGTGGGGAGGGATGAAGATCCTCTTTTCGAACC
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GATCGGTTATCGAATCCAACGGCGGAGAGGTCACGATGGGAGGGATTGAGCAGATGGAGC
TCACGAAATCAGTCGTCTTCGAGTGTCTCCGGTTCGAACCGCCGGTTCCGGCGCAATACG
CACGTGCGAAGAAGGACTTTGTTGTCGAGAGCCACGACGCGGCGTTTAGAGTCAAGGCTG
GAGAAATGCTTTACGGGTATCAACCGCTTGCGACTAGGGATCCGAAGATATTCGAAAGAG
CAGAGGAGTTTCTGCCGGAGAGATTCCTCGGGGAGGAAGGAGAGAGGTTGTTGCAGCATG
TCGTGTGGTCGAATGGTCCGCAGACGGAGAATCCGACCGTGGGGAATAAACAGTGCGCCG
GTAAGGACTTCGTTGTTTTGGTGGCGAGGTTGTTTTTGATTGAGATTTTCAGGAGGTATG
ATTCGTTTGATATTGAGGTCGGTTCATCGCCGTTGGGAAGCTCCGTTAAATTCACGTCTC
TGAGTAAGGCTAGCTTTTAGAGAGTCAAGGGTCAGTG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1EO91TF 696 0 0
GGGGAGAGATTCTAGTTGAGGCTGAGAAATTGGGTATCTCGCGAGAGGAAGCTGCTCACA
ACCTCCTCTTCGCCACGTGCCTCAACACGTGGGGAGGGATGAAGATCCTCTTTTCGAACC
TGGCTAAACGGGTCGGGCGGGCGGGTACCAAACTCCAGATCCGGTTAGCTGAGGAGATAA
GATCGGTTATCGAATCCAACGGCGGAGAGGTCACGATGGGAGGGATTGAGCAGATGGAGC
TCACGAAATCAGTCGTCTTCGAGTGTCTCCGGTTCGAACCGCCGGTTCCGGCGCAATACG
CACGTGCGAAGAAGGACTTTGTTGTCGAGAGCCACGACGCGGCGTTTAGAGTCAAGGCTG
GAGAAATGCTTTACGGGTATCAACCGCTTGCGACTAGGGATCCGAAGATATTCGAAAGAG
CAGAGGAGTTTCTGCCGGAGAGATTCCTCGGGGAGGAAGGAGAGAGGTTGTTGCAGCATG
TCGTGTGGTCGAATGGTCCGCAGACGGAGAATCCGACCGTGGGGAATAAACAGTGCGCCG
GTAAGGACTTCGTTGTTTTGGTGGCGAGGTTGTTTTTGATTGAGATTTTCAGGAGGTATG
ATTCGTTTGATATTGAGGTCGGTTCATCGCCGTTGGGAAGCTCCGTTAAATTCACGTCTC
TGAGTAAGGCTAGCTTTTAGAGAGTCAAGGGTCAGT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL7639Contig1 760 2 2 U
GGACAAAAAAAAAAAAAAAAAACATCCACCACTAACCCCTTTAAATAAACAAAAAATAAT
AGAGTTGCTAAAGCACTATTTGATAACCAGATGAAAAAAAAAAAACATTAAAAAAGTAAG
TAAGGCTTTGAGTTTTCCATGTCGAGCTATGCCATGCGTGCCTACTTCTTTCCATTCTCA
TTTGAGCCAATTATCGGTTTGGTTGATGCTGGACGGTCGCCGATGATGGTTGATTGTTGA
CATTTGTAGTTTCTCCAAGTTCTGCTGTCACACCACCTGCTGCCTCAACAACAGCGTTAG
ACCTTAGATGCTATTGGATTCTCTCCAGGCGTATCACCACCCGAACCATTGTTACCTCCC
TGACTAACCTTCTCATCCATGAAGAGCATGTCGACGCCCACGTGTTTTTTCACTTTCTTT
GCCTCTCAAAACCTCGGAAGGTAGGAGTTGATACTTGTCAGAGTTTGACTTTTTCGATTT
CGTAGTAGTGAGGATGTTCATAGCTTGCAAGGAATCAATTTATAAACGGAGCTCCGAACG
GTAATCTTAAGGATGATGAGGACGTTTAAATGCGAGAGAGTAGGAGGAGTGGTGAGAACG
ACCTTGATGCTTGGATTTAAAAGATGATAGCCGAGAACGGAAGACGTTACATAGGCTTTT
CTAGGAGGACTGGAGATCCAAAGAGGCATGTCGCTTGAACTCGACCCAAAACCTTATGCG
TGAGTGAACGAAACCCTAATAAACAATGGATCTGGTTTGT


BQ
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AF RR1A573TF U 1
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BS 694 760 RR1A573JQ

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QA 1 693 1 693
DS 

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TGAGTGAACGAAACCCTAATAAACAATGGATCTGGTTTGT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FD44JQ U 5
AF RR1FD44TF C 1
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BS 5 709 RR1FD44JQ
BS 710 768 RR1FD44TF

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QA 1 705 1 705
DS 

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ATCTTCATTAACTTCTCCCTATTCATCTTGTTAATTCGATTTCTAGGGTTCTTCCTCCGA
CGAAGGGTATAAGAAGACGCTAAGACAGAGAGATAGGGAGAGAGATCC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

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TGAAGGAACTTTCGGAGCGTGTTGCGAGTTATGTTCATTTATGCACTCTCTATTGGTGGC
TTAGGCCTTTTGGTTGTGGAGTCATTCTTGGAGGTTATGATAAAGATGGACCCCAATTGT
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TCTGTTGTAAAACTTTAAAATTTGCCTCTGAGGGGCAAATCACTGCATTTTCTCATGAAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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QA 1 827 1 827
DS 



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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FQ47TF U 1
AF RR1FQ47JQ C 30
BS 1 725 RR1FQ47TF
BS 726 730 RR1FQ47JQ

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CCAACCACGTGGACGAATCAAACAAAGACACGTCAGCAAAGCTTCACAGTTTTTGCGAAT
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TGATT

QA 1 725 1 725
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QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G944TF U 1
AF RR1G944JQ C 1
BS 1 680 RR1G944TF
BS 681 768 RR1G944JQ

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TGACTCTGATTCTGATTCTA

QA 1 680 1 680
DS 

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CGTCAGACTTACAAGAAGGATCATCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGAAAAGCT
GGTGGAGAGAAGTGGAAATCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCTCCCTACGTAGCTAAGGCT
GATAAGCGCAAG*GTTGAGTATGAGAAGACCATGAAGGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGA
AG*GTCCAAAGGAGGACGAGGAATCTGATGATAAGTCAGTCTCTGACGTTAGTGAAGAGG
AGGATGCTGATGATAAGAGTGATGAGGAGGAAG*GCGATTGACTAACAAGTTGAAGTTGG
CAGCATATTATATAAAGGATCTCTCTCTCATGTTTTTCTTTCTCTTAAATTGTTAACGAG
GCTGCTTTTATTTTTTCTCATGTTTCTGTTTAGTAAGCTATCACTATCTCCCACTGATTC
TGACTCTGATTCTGATTCTACGGGTAATGGAAAAGTTGTGCTATCTTCATGTTTGCAGCT
AAGTTTTTATGGCTCTATGTTTGTTATGATCATAGATTCTTAATTCTC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

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GCCTGAGTGCAAATTTATCAACTTAATAAATAATAACAGATAATTGTGTGTTGTGTAAAC
TTGTATCATGTTCGCTTTCGCTACTTTTTCATGATAAAAGATAAATGGTTTCCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DJ05JQ C 1
AF RR1DJ05TF U 1
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QA 1 415 1 415
DS 

RD RR1DJ05TF 415 0 0
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GAAGAAGAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAGGAACTAAGAGCCAAGGCGTCACAGAAGGG
ATCCTTTGGAGGCTCTGGCCTTAAGAAGAGCGGCAAGAAATGATCCGTTTTATCCATGTA
GCCTGAGTGCAAATTTATCAACTTAATAAATAATAACAGATAATTGTGTGTTGTGTAAAC
TTGTATCATGTTCGCTTTCGCTACTTTTTCATGATAAAAGATAAATGGTTTCCTC

QA 1 415 1 415
DS 



AS 1 2

CO CL7645Contig1 768 2 3 U
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AAAAATTCCGGTCGGACCAAACGCAGGAGGTCCTGGAAAGGTCGGTGTCCCTGGAGCTCC
TGTCCCAGCATTTCCAGGACTTGAAGGATAGATGCAACCAGTAACCACAGTTGAAGGAGG
ATTTGGACTGGTAGTAGCAGTTCCTGAGAAATTACAGCTTCCAGGAACTTGACGGGCTCT
TTGGAAATAGCTATTCACTGCCCAATCACAATGGCCCTTGACATTGTTGGGTTGGTAACA
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GCTGGTTAAGGCCAATAGAAACACGAGACCAAGAAGCATTCTCATGATGAATTACTAATG
ATAAAGATACAACCCAATGTTGGAGAGAAGGAGAGATTTAAGACTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EY74JQ U 15
AF RR1EY74TF C 1
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BS 15 715 RR1EY74JQ
BS 716 768 RR1EY74TF

RD RR1EY74JQ 701 0 0
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GTGCTATTGCAGTGATCAAACTCAAAGCATCATTCCCTGAAGGATCAAAAATTCCGGTCG
GACCAAACGCAGGAGGTCCTGGAAAGGTCGGTGTCCCTGGAGCTCCTGTCCCAGCATTTC
CAGGACTTGAAGGATAGATGCAACCAGTAACCACAGTTGAAGGAGGATTTGGACTGGTAG
TAGCAGTTCCTGAGAAATTACAGCTTCCAGGAACTTGACGGGCTCTTTGGAAATAGCTAT
TCACTGCCCAATCACAATGGCCCTTGACATTGTTGGGTTGGTAACAAGGACCTTTCTCAT
GGATTTGATTACAATCTCCTAAAACTCCACATGCATAGTCTATCGACGTTTGAAGATCTT
TCTCTGCAACTCCATCTCTACATAGACAGTAAGTTGCACTTGAGTAGCTGGTTAAGGCCA
ATAGAAACACGAGACCAAGAAGCATTCTCATGATGAATTAC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1EY74TF 768 0 0
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TACTAATATTTTTTTTTTGGTAAAAGACTAGTCATACTAATATAGAAACACAATGACGGA
GAAACCAAGTGTGAGTGCTATTGCAGTGATCAAACTCAAAGCATCATTCCCTGAAGGATC
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TGTCCCAGCATTTCCAGGACTTGAAGGATAGATGCAACCAGTAACCACAGTTGAAGGAGG
ATTTGGACTGGTAGTAGCAGTTCCTGAGAAATTACAGCTTCCAGGAACTTGACGGGCTCT
TTGGAAATAGCTATTCACTGCCCAATCACAATGGCCCTTGACATTGTTGGGTTGGTAACA
AGGACCTTTCTCATGGATTTGATTACAATCTCCTAAAACTCCACATGCATAGTCTATCGA
CGTTTGAAGATCTTTCTCTGCAACTCCATCTCTACATAGACAGTAAGTTGCACTTGAGTA
GCTGGTTAAGGCCAATAGAAACACGAGACCAAGAAGCATTCTCATGATGAATTACTAATG
ATAAAGATACAACCCAATGTTGGAGAGAAGGAGAGATTTAAGACTATC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL7646Contig1 785 2 10 U
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AGTAAAGGCGCTGGATTTCAGCCCTTGGATGCCTTCATCACCGTTCACGATGCGTCATTC
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AGATCTACATGGATGGCCGCCGGTGTTCGTTCTCTTGCGGGGAACAATAGAGCAAGCATG
GTCTCATTACAGAGATGATGTTGTGAGCTTTCACCATCTGATTTTGCAAGCATCTCTGTT
CTTGAAAACTCAAGAACTATGCAGCTGATTGTAACATCTCTCTCTCTTCTCTGAGTTTCT
ATTGTGAAATTCAATTTATTTTGAGATTCATAATTAGTTTCTGTTGATTTTTTTTCCCTT
TTATCTACTCAAAGTTACCTTATTTTGTAAGTCACTTTCAATTCTCAATGGTATTTCTTC
TTTGG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1F150TF U 1
AF RR1F150JQ C 17
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BS 608 608 RR1F150JQ
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ATTGTGAAATTCAATTTATTT*GAGATTCATAATTAGTTTCTGT*GATTTTTTT*CCCTT
TTATCTACTC

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DS 

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GCCAGAGCCCACACTTCGTTAAAGCTCTCTGTCTTGACCTCTAAATTTTTCTCGATCCGA
GACTGCTTCGCGGAGTTAGCCTCTCCAAGCTGTCCACTCGCATAGCCGTGCTCCAGCTCC
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CCGCCGGTGTTCGTTCTCTTGCGGGGAACAATAGAGCAAGCATGGTCTCATTACAGAGAT
GATGTTGTGAGCTTTCACCATCTGATTTTGCAAGCATCTCTGTTCTTGAAAACTCAAGAA
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TATTTTGAGATTCATAATTAGTTTCTGTTGATTTTTTTTCCCTTTTATCTACTCAAAGTT
ACCTTATTTTGTAAGTCACTTTCAATTCTCAATGGTATTTCTTCTTTGG

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DS 



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BQ
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AF RR1EC45TF U 11
AF RR1FG50TF U 1
BS 1 699 RR1FG50TF

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G
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AGAATATTCATGGACGTGAAGATGAGCCGAATCGTATCCTCTTGGTGACAGTCCATCACA
TGCTGTATCCAATCACCGTTGACGTCCTGCATCAAGTTTTTTCTCCCTACGGATTTGTGG
AGAAGATCGTCACTTTCCAGAAGTCTGCTGGTTTTCAAGCTCTTATACAGTATCAGGCAC
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QA 1 699 1 699
DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A254TF U 1
AF RR1A254JQ C 76
BS 1 706 RR1A254TF
BS 707 707 RR1A254JQ
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BS 728 786 RR1A254TF
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RD RR1A254TF 795 0 0
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GAATTCAGCGAAATCTTTGTGCACCAGCTCATTCACACCATTGAGTTTGTGCTTGGAGCT
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TATTCA
GACAAAATT

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DS 

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TCTTATCTTCGTCTCTGGGCCCTCAGTCTTGCACACTCGGAGTTGTCGTCAGTCTTCTAC
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CTC

QA 1 843 1 843
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1DO10JQ U 1
AF RR1DO11JQ U 30
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RD RR1DO10JQ 739 0 0
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G
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TCGACGCAACGAAAGTGCACAGAAGCAGTAAACTTGTGGTTTTCTACTATGACT

QA 2 715 2 715
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GM33TF U 1
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QA 1 702 1 702
DS 

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QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

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C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR1EW76TF C 1
AF RR1EW76JQ U 9
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BS 9 721 RR1EW76JQ

RD RR1EW76TF 705 0 0
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QA 1 705 1 705
DS 

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ATCATTTATTTATAATATTGGTTTATAATCAACATAGTACACAAGAAATGAATATGGACT
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CTCAGCGCCTCCTGAGCATGAGCCCCATGGTTATCCTTACACCTCACAGACAC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL7653Contig1 711 2 3 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EA29TF C 1
AF RR1EA29JQ U 8
BS 1 7 RR1EA29TF
BS 8 708 RR1EA29JQ
BS 709 711 RR1EA29TF

RD RR1EA29TF 711 0 0
TTTTTTTGCAAATAAACTGACAATTTT*AGAGACAAATCTGTAGAGTAAATATTACAGAT
ACAAGGGACAGCTTAAAAGAAAAAGGATAAGAACCCAAAACAAAACAGTAAAAAAAAATC
TGCAAAGTTGTGTTGTTTGGTTGTTACATTGTTTAATGAAAGGCTTGTGTCGTAACACCG
AGCTGATGGAGAACACTGGTTGGAGAAGTCGAGGAGGAAGATCTCAGGGCTTCTGCCAAC
GGTCCACTCATTTGGTGGTTGTTGTTGAGATGGGACCCTCCTCCACCACCGCTCCACCAG
CTGCTCATGTTTTGCTGGTCCCTCCCATTGTTATTATTATTATTGGTCCTAGCTTCTTCC
TCTTCGTTGCCAGTGGACAGCTTCAGAGAGACGTCTGAGGAAGAGTTTCCGGGCATGGAG
ATGGAGAGACAAGTAGCCGAGGTCATAGGGGTTGAACTGTTGTCGGCTTCGGAACGAGGC
CAGTCGTCAAAGAAGTGCCTTAAAGTGTGGCCTCCGTCTGATGTGTTGTTGTTGCCGAAT
CCATGGGACTCATACGGCCTCTTGTTGTTGCTTTCTTGCTTCATCTCTGAACAACTGTTA
AAACAAAATCAAACCCATAAAGAAAAACAAAGCACAAAGCAAAATAAATTAAATAAACCC
TTTTAAATGGTTTTTAGGACTCAAAAGCACTTTTCTAATGCAAGTTTTCCC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1EA29JQ 701 0 0
GCAAATAAACTGACAATTTTTAGAGACAAATCTGTAGAGTAAATATTACAGATACAAGGG
ACAGCTTAAAAGAAAAAGGATAAGAACCCAAAACAAAACAGTAAAAAAAAATCTGCAAAG
TTGTGTTGTTTGGTTGTTACATTGTTTAATGAAAGGCTTGTGTCGTAACACCGAGCTGAT
GGAGAACACTGGTTGGAGAAGTCGAGGAGGAAGATCTCAGGGCTTCTGCCAACGGTCCAC
TCATTTGGTGGTTGTTGTTGAGATGGGACCCTCCTCCACCACCGCTCCACCAGCTGCTCA
TGTTTTGCTGGTCCCTCCCATTGTTATTATTATTATTGGTCCTAGCTTCTTCCTCTTCGT
TGCCAGTGGACAGCTTCAGAGAGACGTCTGAGGAAGAGTTTCCGGGCATGGAGATGGAGA
GACAAGTAGCCGAGGTCATAGGGGTTGAACTGTTGTCGGCTTCGGAACGAGGCCAGTCGT
CAAAGAAGTGCCTTAAAGTGTGGCCTCCGTCTGATGTGTTGTTGTTGCCGAATCCATGGG
ACTCATACGGCCTCTTGTTGTTGCTTTCTTGCTTCATCTCTGAACAACTGTTAAAACAAA
ATCAAACCCATAAAGAAAAACAAAGCACAAAGCAAAATAAATTAAATAAACCCTTTTAAA
TGGTTTTTAGGACTCAAAAGCACTTTTCTAATGCAAGTTTT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL7654Contig1 786 2 10 U
GGGCTCTATTAGAATACTACACGATACCCATAGTAGCCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTT
CCCATTCTTTCTTTCAAGAGCTTCCCCTTCTGTGATTCTGTAAGTACACATCTTGTGTTC
TTCTGATGAATCCAGATCATGGCAGCTTCACTCCCTCCCACTCTAATCCTTTTGAGGATC
CTAAAGTAAGATTTAAGCACCATAGCCTTTTGCAAGACTATCAAGAACTGCATATGTATG
CTGAAGCAATGAGAAAGAAGTTGCAGACTATGCAAGAGAGAAAGGCAACACTAGTGGCCG
AAGTCCGGTTTCTGCGGCGGAGGTACAGACATTTGAGACAAGAGTCCCAGCCTGTTATGC
AGCCACCGGAGGTTAAGAAAGGGAGAGGAAGATCAAATGGTGGGAAGAAGAGTAAGACGC
AGTTGATCCGAGTGGAAGTGTCTCCTACTAAGACAAGTGAAGCAGAAACTAAACATGTTT
CACTTCCTGACTTAAACCACTCAGGAGAGGTTCATCATGACGAAACCAAACCCAAAAGAG
TTCCATTGTTCGATCTAAACCAGATATCTGGAGAAGAAGAGGAAGAGATGAACAACACCA
GCGAAGAGAGAATGAGAGTGGAACAAAGTAAGAGAATGAGCAGCAGCAGCATCGAGATGC
TGTCGTGCAGGAATGGAGGAACCGGTTCACATAAGAGAAAATCTCATGGCAAGATCCTGT
TGCAGCTCTTAGAGTCTAAAAAGACATCAATGTCAAAGTTCTATCTTGTACATATAGCTC
TCACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1CM42TF U 1
AF RR1C474TF U 17
BS 1 644 RR1CM42TF
BS 645 645 RR1C474TF
BS 646 672 RR1CM42TF
BS 673 673 RR1C474TF
BS 674 680 RR1CM42TF
BS 681 681 RR1C474TF
BS 682 697 RR1CM42TF
BS 698 698 RR1C474TF
BS 699 739 RR1CM42TF
BS 740 786 RR1C474TF

RD RR1CM42TF 743 0 0
GGGCTCTATTAGAATACTACACGATACCCATAGTAGCCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTT
CCCATTCTTTCTTTCAAGAGCTTCCCCTTCTGTGATTCTGTAAGTACACATCTTGTGTTC
TTCTGATGAATCCAGATCATGGCAGCTTCACTCCCTCCCACTCTAATCCTTTTGAGGATC
CTAAAGTAAGATTTAAGCACCATAGCCTTTTGCAAGACTATCAAGAACTGCATATGTATG
CTGAAGCAATGAGAAAGAAGTTGCAGACTATGCAAGAGAGAAAGGCAACACTAGTGGCCG
AAGTCCGGTTTCTGCGGCGGAGGTACAGACATTTGAGACAAGAGTCCCAGCCTGTTATGC
AGCCACCGGAGGTTAAGAAAGGGAGAGGAAGATCAAATGGTGGGAAGAAGAGTAAGACGC
AGTTGATCCGAGTGGAAGTGTCTCCTACTAAGACAAGTGAAGCAGAAACTAAACATGTTT
CACTTCCTGACTTAAACCACTCAGGAGAGGTTCATCATGACGAAACCAAACCCAAAAGAG
TTCCATTGTTCGATCTAAACCAGATATCTGGAGAAGAAGAGGAAGAGATGAACAACACCA
GCGAAGAGAGAATGAGAGTGGAACAAAGTAAGAGAATGAGCAGCGGCAGCATCGAGATGC
TGTCGTGCAGGA*TGGAGGA*CCGGTTCACATAAGAGGAAATCTCATGGCAAGATCCTGT
TGCAGCTCTTAGAGTCTAA
TAAA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1C474TF 770 0 0
GG
ACACGATACCCATAGTAGCCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTTCCCATTCTTTCTTTCAAG
AGCTTCCCCTTCTGTGATTCTGTAAGTACACATCTTGTGTTCTTCTGATGAATCCAGATC
ATGGCAGTTTCACTCCCTCCCACTCTAATCCTTTTGAGGATCCTAAAGTAAGATTTAAGC
ACCATAGCCTTTTGCAAGACTATCAAGAACTGCATATGTATGCTGAAGCAATGAGAAAGA
AGTTGCAGACTATGCAAGAGAGAAAGGCAACACTAGTGGCCGAAGTCCGGTTTCTGCGGC
GGAGGTACAGACATTTGAGACAAGAGTCCCAGCCTGTTATGCAGCCACCGGAGGTTAAGA
AAGGGAGAGGAAGATCAAATGGTGGGAAGAAGAGTAAGACGCAGTTGATCCGAGTGGAAG
TGTCTCCTACTAAGACAAGTGAAGCAGAAACTAAACATGTTTCACTTCCTGACTTAAACC
ACTCAGGAGAGGTTCATCATGACGAAACCAAACCCAAAAGAGTTCCATTGTTCGATCTAA
ACCAGATATCTGGAGAAGAAGAGGAAGAGATGAACAACACTAGCGAAGAGAGAATGAGAG
TGGAACAAAGTAAGAGAATGAGCAGCAGCAGCATCGAGATGCTGTCGTGCAGGAATGGAG
GAACCGGTTCACATAAGAGAAAATCTCATGGCAAGATCCTGTTGCAGCTCTTAGAGTCTA
AAAAGACATCAATGTCAAAGTTCTATCTTGTACATATAGCTCTCACAT

QA 3 770 3 770
DS 



AS 1 2

CO CL7655Contig1 701 2 2 U
GGATTTAAAAAAAAACGAGGAGGAGGAGGTGGATAAGACAGCAGCAAACAGACATAGGAC
TCGGTGGAGAACTCCGGCGGCGACATGGGTGGTTCAATTTCTGTGTCTGAAAAATCCATC
CATGAATTCACTGTCAAGAATAGCTCCGGCAAGGAGGTTGACCTTAGCGTTTACCAAGGG
AAGGTTCTTCTCGTCGTCAACGTCGCTTCTAAATGTGGTTTCACGGAATCCAATTACACA
CAGCTCACTGAACTTTACCGGAAATACAAAGATCAAGGGTTTGTGATATTGGCGTTTCCT
TGCAACCAGTTTTTGAACCAAGAGCCTGGTACAAGCCAAGATGCTCATGAATTTGCTTGT
ACCAGATTTAAGGCCGAGTACCCTGTCTTCCAAAAGGTGCGTGTAAATGGACAAAACACA
GCACCAGTCTACAAATTCCTCAAGTCTAAGAAACCATCGAGAAAGACATCAAGAAAGCCC
TCGGAGACGCAGAAGCGTTTCCAAGTACTTAGCCCTTGAAGAAGAAGAAGAGAGAGGCGA
GAGGCTCTTGAAGAATTCGTCTCTTACTCTTTGATATCCACTCATTTTGTAGTTTCTCTG
GTGATGGTGTACAAGTTTCTTCCATATACCTATTTGGGCCTTAGCATGAACGAAATATCC
AAAGTCTATTTCGATAATTTATAAGTATAAAAATATCAACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BQ46JQ C 1
AF RR1BQ46TF U 1
BS 1 692 RR1BQ46TF
BS 693 701 RR1BQ46JQ

RD RR1BQ46JQ 701 0 0
GGATTTAAAAAAAAACGAGGAGGAGGAGGTGGATAAGACAGCAGCAAACAGACATAGGAC
TCGGTGGAGAACTCCGGCGGCGACATGGGTGGTTCAATTTCTGTGTCTGAAAAATCCATC
CATGAATTCACTGTCAAGAATAGCTCCGGCAAGGAGGTTGACCTTAGCGTTTACCAAGGG
AAGGTTCTTCTCGTCGTCAACGTCGCTTCTAAATGTGGTTTCACGGAATCCAATTACACA
CAGCTCACTGAACTTTACCGGAAATACAAAGATCAAGGGTTTGTGATATTGGCGTTTCCT
TGCAACCAGTTTTTGAACCAAGAGCCTGGTACAAGCCAAGATGCTCATGAATTTGCTTGT
ACCAGATTTAAGGCCGAGTACCCTGTCTTCCAAAAGGTGCGTGTAAATGGACAAAACACA
GCACCAGTCTACAAATTCCTCAAGTCTAAGAAACCATCGAGAAAGACATCAAGAAAGCCC
TCGGAGACGCAGAAGCGTTTCCAAGTACTTAGCCCTTGAAGAAGAAGAAGAGAGAGGCGA
GAGGCTCTTGAAGAATTCGTCTCTTACTCTTTGATATCCACTCATTTTGTAGTTTCTCTG
GTGATGGTGTACAAGTTTCTTCCATATACCTATTTGGGCCTTAGCATGAACGAAATATCC
AAAGTCTATTTCGATAATTTATAAGTATAAAAATATCAACT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1BQ46TF 700 0 0
GGATTTAAAAAAAAACGAGGAGGAGGAGGTGGATAAGACAGCAGCAAACAGACATAGGAC
TCGGTGGAGAACTCCGGCGGCGACATGGGTGGTTCAATTTCTGTGTCTGAAAAATCCATC
CATGAATTCACTGTCAAGAATAGCTCCGGCAAGGAGGTTGACCTTAGCGTTTACCAAGGG
AAGGTTCTTCTCGTCGTCAACGTCGCTTCTAAATGTGGTTTCACGGAATCCAATTACACA
CAGCTCACTGAACTTTACCGGAAATACAAAGATCAAGGGTTTGTGATATTGGCGTTTCCT
TGCAACCAGTTTTTGAACCAAGAGCCTGGTACAAGCCAAGATGCTCATGAATTTGCTTGT
ACCAGATTTAAGGCCGAGTACCCTGTCTTCCAAAAGGTGCGTGTAAATGGACAAAACACA
GCACCAGTCTACAAATTCCTCAAGTCTAAGAAACCATCGAGAAAGACATCAAGAAAGCCC
TCGGAGACGCAGAAGCGTTTCCAAGTACTTAGCCCTTGAAGAAGAAGAAGAGAGAGGCGA
GAGGCTCTTGAAGAATTCGTCTCTTACTCTTTGATATCCACTCATTTTGTAGTTTCTCTG
GTGATGGTGTACAAGTTTCTTCCATATACCTATTTGGGCCTTAGCATGAACGAAATATCC
AAAGTCTATTTCGATAATTTATAAGTATAAAA
TATCAACT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7656Contig1 997 2 2 U
GGGCTCACTTGAAAACCAAAAAGAACAAGACTTTTGCTTTCTCTTCTTTTTCAAAAAAGA
CACAAACTTGACTTGAGTGAGTGCCGCTCTTTCATCGTGAGAGGAAGATGGAAGGAGGAG
GAGGTGCCCACTACAACCCTCGAACCGTCGAAGAAGTCTTCCGAGATTTCAAGGGCCGTC
GTGCTGGCATCCTCCGTGCTCTCACCACCGATGTGAAAGAGTTTTTCCAGCAATGCAATC
CTGAGAAGGACAACCTTTGCTTGTATGGATTCCCGAATCAAGTGTGGGAAGTTAACTTAC
CAGCTGAAGAAGTGCCTCCTGAGCTCCCTGAGCCTGCTCTCGGCATCAACTTTGCTAGGG
ACGGAATGCAGGAAAAAGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTGTCACAGTGATGCCTGGTTGCT
TTCTGTCTCCTTTTACTTCGGTTCAAGATTTGGTATTGATAAAGCTGACAGGAAACGCTT
GTTCAACATGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGAAGTTGTAACTGGAAGTGCTAAAAA
ACAAACAGAGGAGCAGCCTTCTTCAGTAACTAAAAATGGCAACAGATCCAAGTCTAATTC
AAAAGTGAGAGATTTAGATGTCAAAAGCTCAAGGAAGATACAGGTTAGTGAAGAGGATGA
AGGAGCAGAGGAGGAAGGAGTAGAGGAAGAGGATGAAGAAGAACACGGTGAAACCCTGTG
TGCAGCTTGTGGAGATAACTATGCTTTTGATTTTTGGATTTGTTGCGACATGTGCGAGAA
ATGGTTCCATGGGAAGTGTGTGAAAATCACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATCAAGCAATA
CAAGTGCCCTTTTTGCAGCAACAAAAGATCTCGACCCTAAAATGTTTTATTCCATTTGCC
TTGGCTATCTATCAATCTATCCATCCCCCCAAATTGTACAATGCACTTCGAAATCTGTTT
GTTGTTCAGACCGTTAGTTTGAAGCATGTCCAGATTT


BQ
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AF RR1F290TF U 1
AF RR1F290JQ C 429
BS 1 629 RR1F290TF
BS 630 997 RR1F290JQ

RD RR1F290TF 629 0 0
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ACGGAATGCAGGAAAAAGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTGTCACAGTGATGCCTGGTTGCT
TTCTGTCTCCTTTTACTTCGGTTCAAGATTTGGTATTGATAAAGCTGACAGGAAACGCTT
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AAAAGTGAGAGATTTAGATGTCAAAAGCT

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DS 

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TGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGAAGTTGTAACTGGAAGTGCTAAAAAACAAACAG
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CTTTTTGCAGCAACAAAAGATCTCGACCCTAAAATGTTTTATTCCATTTGCCTTGGCTAT
CTATCAATCTATCCATCCCCCCAAATTGTACAATGCACTTCGAAATCTGTTTGTTGTTCA
GACCGTTAGTTTGAAGCATGTCCAGATTT

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

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ATCAAACATACTATTTTGGTCCAACCGCAACTTTGACTGATGCATATAAAAGAAAGAAAC
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GAGATACGTTATTTTCTTGTGAAATTACTCAAGAAAGGTTTTAATCCGTAAAGAAGCACC
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AAAGATATTGTAACTTGTGGCTCCCAAAATGTAAAAGGAGCCCTTGTAAGATGTTGAAAC
TAAAG


BQ
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15 15 15 15 10 

AF RR1GL88TF U 1
AF RR1A330TF U 30
BS 1 270 RR1GL88TF
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BS 272 515 RR1GL88TF
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BS 649 724 RR1GL88TF
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RD RR1GL88TF 724 0 0
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CAATTATCAGTTTCACCCTACAAGATCAACACTGCCATGTTCAACTCCTCATCTAACTCC
ATTAAAGTGTCTCATGCCAACTGTGGAACGTTTCCAAAAATGCCTCTCCATGTTGAAGTG
TCAAACACCGGCGAATTCGATGGAACCCACACGGTGTTTGTGTTTGCCGAGCCTCCAGAA
AATGGGATAAAAGGACTGGGAGTGAACAAGTAATTGATAGCGTTTGAGAAGGTTCATGTC
ACTGCAGGTGCAAAACGGACCGTTAAAGTCGATATTGAGGCTTGCAAGCATCTTGGTGTA
GTGGATGAATATGGGATGAGGAGAATCCCAATGGGTGAACATAAATTACACATTGGTGAG
ATCAAACATACTATTTTGGTCCAACCGCAACTTTGACTGATGCATATAAAAGAAAGAAAC
AACAAATACAGACATTCTCTTAAATAAGTGGAATGTCTCTGATTTATATTATAAGATAGA
GAGATACGTTATTTTCTTGTGAAATTACTCAAGAAAGGTTTTAATCCGTAAAGAAGCACC
AAAGGGGTCGCTTCTTGGATGTGTG**TTTTCTTTAATTTTATTTTT*GTGTCAATTGCC
AAAGATATTGTAACTTGTGGCTCCCAAAATGTAAAAGGAGCCCTTGTAAGATGTTGAAAC
TAAA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1A330TF 696 0 0
G
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ACTGCCATGTTCAACTCCTCATCTAACTCCATTAAAGTGTCTCATGCCAACTGTGGAACG
TTTCCAAAAATGCCTCTCCATGTTGAAGTGTCAAACACCGGCGAATTCGATGGAACCCAC
ACGGTGTTTGTGTTTGCCGAGCCTCCAGAAAATGGGATAAAAGGACTGGGAGTGAACAAG
CAATTGATAGCGTTTGAGAAGGTTCATGTCACTGCAGGTGTAAAACGGACCGTTAAAGTC
GATATTGAGGCTTGCAAGCATCTTGGTGTAGTGGATGAATATGGGATGAGGAGAATCCCA
ATGGGTGAACATAAATTACACATTGGTGAGATCAAACATACTATTTTGGTCCAACCGCAA
CTTTGACTGATGCATATAAAAGAAAGAAACAACAAATACAGACATTCTCTTAAATAAGTG
GAATGCCTCTGATTTATATTATAAGATAGAGAGATACGTTATTTTCTTGTGAAATTACTC
AAGAAAGGTTTTAATCCGTAAAGAAGCACCAAAGGGGTCGCTTCTTGGATGTGTGTGTTT
TCTTTAATTTTATTTTTTGTGTCAATTGCCAAAGATATTGTAACTTGTGGCTCCCAAAAT
GTAAAAGGAGCCCTTGTAAGATGTTGAAACTAAAG

QA 2 696 2 696
DS 



AS 1 2

CO CL7658Contig1 909 2 2 U
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GGGTTGCAGGGAGACCCAAGACTACAGGCCATCTCCGACGCCATTCGAGTCATTCCTCAC
TTCCCCAAGACTGGAATCATGTTTCAAGACATAACGACGCTGTTGCTAGATCCAGTTGCC
TTCAAACATGTCGTTGATATCTTTGTAGATCGTTACAAGCACATGGACATCTCTCTCGTC
GCCGGCGTAGAGGCGAGAGGATTCATATTTGGACCTCCCATTGCATTAGCCATAGGTGCT
AAGTTCATCCCTCTACGTAAACCAGGAAAATTACCCGGGAAAGTGATAAGCGAAGAATAC
GAGCTAGAGTATGGAAACGATCGTCTAGAGATGAGTATGGAGGCCGTTAAATCCCATGAA
AGAGCTCTTGTCATCGACGATTTAGTTGCCACTGGTGGAACACTCTCGGCTTCCATTAAC
CTCTTGGAACGTGCTGGGGCCGAAGTTGTGGAATGTGCCTGCGTAAGCTAAAGGGAAAGC
CATTGTACGTTTTGGTGGAGCCTAGCCAGTTAGATGAAATAACCTTCTAAGACTGTCACC
TCCATGACTCCATCAATATCTTCAATCTGGGGTACTTGCAAAACTAGATGTAATATCAAG
GTTTATGACAATAATAATATAGATCGGTTTGATCAATTTATGTGTAACTAGAGACCCTTT
AATAGACTCAATGTGGAATGATTCATGATAGTAACAAGCTACCTTGTATGTACGTAGCTC
TTCCATTATTCAAAGCTTGTTTGTTTCATCAGTGTTGATCTGGTTGTTGAATTGGAATAC
TTGTGTGTTGTTAACATGAATAACGGGTTTCATTTACAATAAATCAAATATATTATTTTT
TTTCATGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AG24TF U 1
AF RR1AG24JQ C 97
BS 1 797 RR1AG24TF
BS 798 909 RR1AG24JQ

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TTCAAACATGTCGTTGATATCTTTGTAGATCGTTACAAGCACATGGACATCTCTCTCGTC
GCCGGCGTAGAGGCGAGAGGATTCATATTTGGACCTCCCATTGCATTAGCCATAGGTGCT
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GAGCTAGAGTATGGAAACGATCGTCTAGAGATGAGTATGGAGGCCGTTAAATCCCATGAA
AGAGCTCTTGTCATCGACGATTTAGTTGCCACTGGTGGAACACTCTCGGCTTCCATTAAC
CTCTTGGAACGTGCTGGGGCCGAAGTTGTGGAATGTGCCTGCGTAAGCTAAAGGGAAAGC
CATTGTACGTTTTGGTGGAGCCTAGCCAGTTAGATGAAATAACCTTCTAAGACTGTCACC
TCCATGACTCCATCAATATCTTCAATCTGGGGTACTTGCAAAACTAGATGTAATATCAAG
GTTTATGACAATAATAATATAGATCGGTTTGATCAATTTATGTGTAACTAGAGACCCTTT
AATAGACTCAATGTGGAATGATTCATGATAGTAACAAGCTACCTTGTATGTACGTAGCTC
TTCCATTATTCAAAGCT

QA 1 797 1 797
DS 

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AAGCACATGGACATCTCTCTCGTCGCCGGCGTAGAGGCGAGAGGATTCATATTTGGACCT
CCCATTGCATTAGCCATAGGTGCTAAGTTCATCCCTCTACGTAAACCAGGAAAATTACCC
GGGAAAGTGATAAGCGAAGAATACGAGCTAGAGTATGGAAACGATCGTCTAGAGATGAGT
ATGGAGGCCGTTAAATCCCATGAAAGAGCTCTTGTCATCGACGATTTAGTTGCCACTGGT
GGAACACTCTCGGCTTCCATTAACCTCTTGGAACGTGCTGGGGCCGAAGTTGTGGAATGT
GCCTGCGTAAGCTAAAGGGAAAGCCATTGTACGTTTTGGTGGAGCCTAGCCAGTTAGATG
AAATAACCTTCTAAGACTGTCACCTCCATGACTCCATCAATATCTTCAATCTGGG*TACT
TGCAAAACTAGATGTAATATCAAGGTTTATGACAATAATAATATAGATCGGTTTGATCAA
TTTATGTGTAACTAGAGACCCTTTAATAGACTCAATGTGGAATGATTCATGATAGTAACA
AGCTACCTTGTATGTACGTAGCTCTTCCATTATTCAAAGCTTGTTTGTTTCATCAGTGTT
GATCTGGTTGTTGAATTGGAATACTTGTGTGTTGTTAACATGAATAACGGGTTTCATTTA
CAATAAATCAAATATATTATTTTTTTTCATGTT

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL7659Contig1 1134 2 8 U
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TATTTACCGCACAACCCTAATAAAAACCCTCCAACGCCGTCTCTCCTCTTCTTCTTCCTC
GCTCGCGGCTCCGTCACGGTTACTTCACTCTCTCTCTCTCAAACTCGCTCATCTTATCGA
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GTATCCTCGACGACATCGGCGGGGCCTTCGGCATGGGAGCCGTGGGAGGAGGAGCCTTTC
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GTAGTCGTCGACCTATCATTATTTGTTTCTTCTGCAGAATTATATACTTGTTCTTGGAAG
AACGAGTCTACTCTTCCTTGGCTTAAAGTTTTATGTTTTAATGTTCTCTTGTGCTTATTG
CGAAATCATTCCACAACTATTTATTTGAATAATGTACTAGTATTTTAGAGTGGC


BQ
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AF RR1GO70TF U 1
AF RR1GO70JQ C 474
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RD RR1GO70TF 798 0 0
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TATTTACCGCACAACCCTAATAAAAACCCTCCAACGCCGTCTCTCCTCTTCTTCTTCCTC
GCTCGCGGCTCCGTCACGGTTACTTCACTCTCTCTCTCTCAAACTCGCTCATCTTATCGA
CTCCCCAGGTTTTTGATTTGATGGGAACTCCAGAGTCATCTCGCGAGCCATGCCCCGACC
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ATTTCATCAAAGGGACGTACAACTCCCCCAAAGGAAGTCGCTTTATGGGAGGAAGACAAG
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TGTTTGGTAAGAAGA
TGA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1GO70JQ 661 0 0
TCGATATTCGCTGGTGCTGCGACTGGAGGGTTTCTGGCTATGCGTCAGGGGCCTAGCGCG
GCTGTGAGGTCTGCGCTTTTTGGTGGGGTTTTGCTCGCTTTGCTCGAAGGAGCGGGGATT
GCGTTGAATAAGATGTTGGCTCAGCCTCAGCATATGCAGATGGAGGAGGGGATGATGATG
CCTGGAGGAATGCCTGTGATGCAGCAGATGGGGCAGGTGCCTGGAATGGGGCAGCAGATG
CCTAATCAAGGGCAGGTGATTATGCAAGAGAATACTGATTCATCATCATCGTCATGGTTG
GGAGGTCTGTTTGGTAAGAAGAATGATGAGGCGCAGGGGCAGACGAGTAGTGGAAGTGAA
ACGAAGGTGTTGGAGAGTTTTGATGCGCCTCCAGTGCCATCATTTGAGTACAAGTGAGAG
CTTGATAGATGGGATCCTCTCTTGTTGCCTGCTGGTGGCTCTTCAGAGCAGTCTGTTATG
TTTTGTGGTAGTCGTCGACCTATCATTATTTGTTTCTTCTGCAGAATTATATACTTGTTC
TTGGAAGAACGAGTCTACTCTTCCTTGGCTTAAAGTTTTATGTTTTAATGTTCTCTTGTG
CTTATTGCGAAATCATTCCACAACTATTTATTTGAATAATGTACTAGTATTTTAGAGTGG
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL7660Contig1 1247 2 4 U
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TCGAACTATCACATGAACGCTCCTGCCAAAGTAGTGTTCAACAATCGGCATTATACTCTA
CCTGCTTGGTCCACAAGCATTCTTCCCGATTGCAGAAACGTTTTTTTCAACACTGCCACG
GTTGTGGCAAAGACATCACAAGTGCAAATGGTCCCATCTGGCTCCATCTTGTACTCGGTA
GGTAGATACGATGAAGATATTTCTACTTATGGAGACCGTGGGACAATCACAGCTTTTGGA
TTGTTGGAGCAGATTAATGTTACACGAGATGCAAGTGATTACCTTTGGTACATAACAAGT
GTGGATATCAAGGCATCCGAATCTTTCTTGCGTGGAGGAAAATGGCCGAGTCTTACGGTG
GATTCAGCAGGGCATGCTGTTCATGTGTTTGTTAATGGACATTTTTACGGATCTGCCTTT
GGGACAAGAGAAAACAGAAGATTTTCCTTTAGCGCACCGGTCAATCTACGAGGTGGATCT
AACAGAATCGCTCTACTAAGCATAGCAGTTGGTTTACCGAATGTGGGACCACATTTTTGA
GACGTGGGCCACGGGGATTGTTGGGTCTGTCGCGCTTCACGGCCTTGACGGGGGTAGCAA
AGACTTGAGTGGACAGAGATGGACCTATCAGGTTGGTCTCCGAGGTGAAGCAATGAACTT
GATCTCTCCTTCAGAAGCTTCCTCTGTTGATTGGATCAAAGGCTCATTAGCAAAGCAAAA
CAAACAGCCTTTGACCTGGTACAAGGCCTTCTTTGACGCTCCTAGAGGGAACGAGCCGGT
GGCTTTGGATCTGAGAAGTATGGGGAAAGGACAAGCTTGGATAAACGGACAAAGTTTAGG
GAGATACTGGATGGCTTTCGCCAAAGGAAACTGCGGGAGTTGCAACTACGCAGGAACATA
CAGAGAAGCCAAATGCCAATCTGGTTGTGGCGAACCAACACAAAGATGGTATCATGTTCC
GCGTTCGTGGTTAAAGCCAAGAGGGAACTTGTTAGTGCTCTTTGAAGAACTTGGTGGAGA
CGTCTCCAAAGTCTCTGTTGTAAAGAGATCAGTACACTAAAAAGAAACAAAAACTCAATC
TTGTGTTGTTCATTACACAACAGCATTCCTCATGCTGCTCTTAAGTTATCAATCCATGGT
TCGTAATCATAACAAGATAAGTTTATAAATACCAAATTTGCACCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D377TF U 1
AF RR1D377JQ C 481
BS 1 691 RR1D377TF
BS 692 692 RR1D377JQ
BS 693 739 RR1D377TF
BS 740 1247 RR1D377JQ

RD RR1D377TF 739 0 0
GGAAACTACGAGGATGCACACGTTTTCTCTGCCGGTAAAGGAAGCTGTGTGGCTTTCCTA
TCGAACTATCACATGAACGCTCCTGCCAAAGTAGTGTTCAACAATCGGCATTATACTCTA
CCTGCTTGGTCCACAAGCATTCTTCCCGATTGCAGAAACGTTTTTTTCAACACTGCCACG
GTTGTGGCAAAGACATCACAAGTGCAAATGGTCCCATCTGGCTCCATCTTGTACTCGGTA
GGTAGATACGATGAAGATATTTCTACTTATGGAGACCGTGGGACAATCACAGCTTTTGGA
TTGTTGGAGCAGATTAATGTTACACGAGATGCAAGTGATTACCTTTGGTACATAACAAGT
GTGGATATCAAGGCATCCGAATCTTTCTTGCGTGGAGGAAAATGGCCGAGTCTTACGGTG
GATTCAGCAGGGCATGCTGTTCATGTGTTTGTTAATGGACATTTTTACGGATCTGCCTTT
GGGACAAGAGAAAACAGAAGATTTTCCTTTAGCGCACCGGTCAATCTACGAGGTGGATCT
AACAGAATCGCTCTACTAAGCATAGCAGTTGGTTTACCGAATGTGGGACCACATTTTTGA
GACGTGGGCCACGGGGATTGTTGGGTCTGTCGCGCTTCACGGCCTTGACGGGGGTAGCAA
AGACTTGAGTGGACAGAGATGGACCTATCAG*TTGGTCTCCGAGGTGAAGCAATGAACTT
GATCTCTCCTTCAGAAGCT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1D377JQ 767 0 0
GGGACAAGAGAAAACAGAAGATTTTCCTTTAGCGCACCGGTCAATCTACGAGGTGGATCT
AACAGAATCGCTCTACTAAGCATAGCAGTTGGTTTACCGAATGTGGGACCACATTTT*GA
GACGTGGGCCACGGGGATTGTTGGGTCTGTCGCGCTTCACGGCCTTGACGGGGGTAGCAA
AGACTTGAGTGGACAGAGATGGACCTATCAGGTTGGTCTCCGAGGTGAAGCAATGAACTT
GATCTCTCCTTCAGAAGCTTCCTCTGTTGATTGGATCAAAGGCTCATTAGCAAAGCAAAA
CAAACAGCCTTTGACCTGGTACAAGGCCTTCTTTGACGCTCCTAGAGGGAACGAGCCGGT
GGCTTTGGATCTGAGAAGTATGGGGAAAGGACAAGCTTGGATAAACGGACAAAGTTTAGG
GAGATACTGGATGGCTTTCGCCAAAGGAAACTGCGGGAGTTGCAACTACGCAGGAACATA
CAGAGAAGCCAAATGCCAATCTGGTTGTGGCGAACCAACACAAAGATGGTATCATGTTCC
GCGTTCGTGGTTAAAGCCAAGAGGGAACTTGTTAGTGCTCTTTGAAGAACTTGGTGGAGA
CGTCTCCAAAGTCTCTGTTGTAAAGAGATCAGTACACTAAAAAGAAACAAAAACTCAATC
TTGTGTTGTTCATTACACAACAGCATTCCTCATGCTGCTCTTAAGTTATCAATCCATGGT
TCGTAATCATAACAAGATAAGTTTATAAATACCAAATTTGCACCAAA

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL7661Contig1 420 2 2 U
GGTGCTCTTAAACACATCGCTTTCATAAATTTACAAGGAAATGTAGGAACATGACAACTT
CTATAGACATAGATAATACATGTTATAAATCTAGATATGCATACACATCATCACCAAATG
GGAGATCTCAAAATAGTATATCGGAATATCACCATGGAACAAAACGGTCCATGAAAAGAC
ATACAGTGAGTTCAGACATGGTTGCAGCTTCATCTTTCTCGCTTATCTTTTGTTTAAGTC
CTCTTTCTTCTTCTCCTTGCTGTTGTTTAGACACAACAGAATATGTACTCTTCTTCTTTT
GCATCAATGGGTTTCTAGGGTTTATCTTCTCACCCATCTTTTTCATCTCTCCCACCCAGA
CCTCCATAGCTTTTGCCATTCTTTTTTTTTCTTCTTGTTGATCCTAATTTGAAAATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CY69TF C 1
AF RR1CY69JQ U 7
BS 1 6 RR1CY69TF
BS 7 420 RR1CY69JQ

RD RR1CY69TF 362 0 0
GGTGCTCTTAAACACATCGCTTTCATAAATTTACAAGGAAATGTAGGAACATGACAACTT
CTATAGACATAGATAATACATGTTATAAATCTAGATATGCATACACATCATCACCAAATG
GGAGATCTCAAAATAGTATATCGGAGTATCACCATGGAACAAAACGGTCCATGAGAAGAC
ATACAGTGAGTTCAGACATGGTTGCAGCTTCATCTTTCTCGCTTATCTTTTGTTTAAGTC
CTCTTTCTTCTTCTCCTTGCTGTTGTTTAGACACAACAGAATATGTACTCTTCTTCTTTT
GCATCAATGGGTTTCTAGGGTTTATCTTCTCACCCATCTTTTTCATCTCTCCCACCCAGA
CC

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR1CY69JQ 414 0 0
CTTAAACACATCGCTTTCATAAATTTACAAGGAAATGTAGGAACATGACAACTTCTATAG
ACATAGATAATACATGTTATAAATCTAGATATGCATACACATCATCACCAAATGGGAGAT
CTCAAAATAGTATATCGGAATATCACCATGGAACAAAACGGTCCATGAAAAGACATACAG
TGAGTTCAGACATGGTTGCAGCTTCATCTTTCTCGCTTATCTTTTGTTTAAGTCCTCTTT
CTTCTTCTCCTTGCTGTTGTTTAGACACAACAGAATATGTACTCTTCTTCTTTTGCATCA
ATGGGTTTCTAGGGTTTATCTTCTCACCCATCTTTTTCATCTCTCCCACCCAGACCTCCA
TAGCTTTTGCCATTCTTTTTTTTTCTTCTTGTTGATCCTAATTTGAAAATATCC

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 2

CO CL7662Contig1 882 2 2 U
GGACAATTCATCAAACATTCTCTTATCTTCTCATTTCAACATAAAAGAAAGTAAAAGAAA
AATCAAATCACTATGGAGTCCCACAACGTGAACAACAGCTTGAACGTAGACATGGAGAAA
GATCAAGAAAAGGCTCTTGACTTCTCCAAAAGAGCTCAGTGGCTACGAGCCGCCGTCCTC
GGTGCCAACGATGGTCTTGTCTCCACGGCTTCGCTTATGATGGGTGTCGGTGCGGTTAAG
GGAGACGTTAAAACCATGATGTTATCTGGTTTTGCCGGTTTAGTCGCCGGGGCTTGTAGC
ATGGCGATCGGAGAGTTTGTCTCTGTTTACTCTCAGTACGACATAGAGGTGGCTCAGATG
AAGAGAGAGAGCGGAGGGGAGATCGAGAAAGAAAAGCTTCCTAGCCCGATGCAAGCGGCT
GCTGCGTCTGCGTTAGCGTTTTCTGTTGGAGCGATTGTGCCTTTATTGGCGGCTGCGTTT
GTGAAAGAGTATAGAGTGAGGGTTGGAGTGATTCTGGGGGCGGTGACGTTGGCTTTGGTT
ATGTTTGGGTGGTTAGGAGCGGTTTTGGGGGAAAGCACCGGTGGTTAAGTCATCGGCTAG
GGTTTTGATTGGGAGGATGGTTAGCTATGGCCGTTACGTTTGGTTTGACCAAACTGGTCG
GATCACATGGTATGTGATAGTTTGTGTGTGTGTTTTACATACGTGACCGAACACTTCTTC
ATGTTTCATGCAACACACTTTAAGCGGTTACGTTTCTTTTTTATGTAAGAAACTTTGGAA
TATATGGATTCATGACTTGTTTTTAGATTTATGTAAGCCAATATGTTTATAAGTCTCTCA
AATGGCGTTTTTCTTAATAATGATAAATGGCCCGTTGGGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B832TF U 1
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ATGTTTCATGCAACACACTTTAAGCGGTTACGTTTCTTTTT

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GGAGCGATTGTGCCTTTATTGGCGGCTGCGTTTGTGAAAGAGTATAGAGTGAGGGTTGGA
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GGG*AAAGCACCGGTGGTTAAGTCATCGGCTAGGGTTTTGATTGG*AGGATGGTTAGCTA
TGGCCGTTACGTTTGGTTTGACCAAACTGGTCGGATCACATGGTATGTGATAGTTTGTGT
GTGTGTTTTACATACGTGACCGAACACTTCTTCATGTTTCATGCAACACACTTTAAGCGG
TTACGTTTCTTTTTTATGTAAGAAACTTTGGAATATATGGATTCATGACTTGTTTTTAGA
TTTATGTAAGCCAATATGTTTATAAGTCTCTCAAATGGCGTTTTTCTTAATAATGATAAA
TGGCCCGTTGGGTCC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

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BQ
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GAGACTTCAACGGCAACTGAGTCACACAATCATCTCTTGGTTTCTTCCACCTTGTAATCA
TCAAGCGTCACTTCAGTCAGATAAAACGCAGGATGCAAGCTATCGAGTATCTTCTGAACG
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TCCTCGATTTCCTTCTTCGATAGCTTCGCGGAGAAC

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CGCTTCTTGGGCCGACGCGGTGGTCGGCGGCCCACAAACGCCATGAAATCCTCCTCGATT
TCCTTCTTCGATAGCTTCGCGGAGAAC

QA 1 387 1 387
DS 



AS 1 2

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ATTTACAAACGTATATTATAAGATACATTTACGAGCTCATCTCAAAAAATAATTGTCTGG
CAAAATGTGGACTGCTTTAAACTTAGAGAGAAAAGAAGAAGAAGCTGACGGCGGTGATGA
TAGTGCCGGCAACAGAGAGCTTGACAGTGGCCACGGCGCTGCTACTTGGTGCCTCTGCCT
CACTTGGTCCATCTGCTGATGTGCTATCGGGTGTAGGAGCCGGTGGAGAGGAGACGTCGG
GCGCCACACCAGCATCACTGGGGCCAGCCGCGGAGTAGTCATCTTCGGCAGCAGGTCCTT
CAGCAGCAGGTCCTTCCGCAGCAGGGGAAGATGCTTTAGGAGAAGAGGCTGAGGTTGACT
TAGGTGCAGCGGCCGGAGCTTTGGTTGGGGCGGCGGGAGCCTTGGTTGGGGCAGAGGTGG
GTGATGGAGATTTTTTGGGAGAGGCTGAGGGAGCGTCAGCAGCGAAAACGGTGGCCACGG
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TTTTTCTTACTGCAAAAGCTCTAGGATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BK24TF C 1
AF RR1BK24JQ U 25
BS 1 24 RR1BK24TF
BS 25 750 RR1BK24JQ

RD RR1BK24TF 750 0 0
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TTTGAGTTAAACAAAATTTCATATTGATACTCGAGATTATATTAACTCCAGTTAACCTCG
ATTTACAAACGTATATTATAAGATACATTTACGAGCTCATCTCAAAAAATAATTGTCTGG
CAAAATGTGGACTGCTTTAAACTTAGAGAGAAAAGAAGAAGAAGCTGACGGCGGTGATGA
TAGTGCCGGCAACAGAGAGCTTGACAGTGGCCACGGCGCTGCTACTTGGTGCCTCTGCCT
CACTTGGTCCATCTGCTGATGTGCTATCGGGTGTAGGAGCCGGTGGAGAGGAGACGTCGG
GCGCCACACCAGCATCACTGGGGCCAGCCGCGGAGTAGTCATCTTCGGCAGCAGGTCCTT
CAGCAGCAGGTCCTTCCGCAGCAGGGGAAGATGCTTTAGGAGAAGAGGCTGAGGTTGACT
TAGGTGCAGCGGCCGGAGCTTTGGTTGGGGCGGCGGGAGCCTTGGTTGGGGCAGAGGTGG
GTGATGGAGATTTTTTGGGAGAGGCTGAGGGAGCGTCAGCAGCGAAAACGGTGGCCACGG
TCAAAGCCAATAGGGCCAATATGACAAATTGACGTGCCATTTTATAGGTTTTTGATGAGA
TTAAAAAGGAATATATTCCAAAAGCTAGAGCAGTATTTTTATTTTATTTATCTTGCTTTT
TTTTTCTTACTGCAAAAGCTCTAGGATCCC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1BK24JQ 726 0 0
CACCAGGGCACAAAAATCATACGCCTTTCCGTAACATTTGAGTTAAACAAAATTTCATAT
TGATACTCGAGATTATATTAACTCCAGTTAACCTCGATTTACAAACGTATATTATAAGAT
ACATTTACGAGCTCATCTCAAAAAATAATTGTCTGGCAAAATGTGGACTGCTTTAAACTT
AGAGAGAAAAGAAGAAGAAGCTGACGGCGGTGATGATAGTGCCGGCAACAGAGAGCTTGA
CAGTGGCCACGGCGCTGCTACTTGGTGCCTCTGCCTCACTTGGTCCATCTGCTGATGTGC
TATCGGGTGTAGGAGCCGGTGGAGAGGAGACGTCGGGCGCCACACCAGCATCACTGGGGC
CAGCCGCGGAGTAGTCATCTTCGGCAGCAGGTCCTTCAGCAGCAGGTCCTTCCGCAGCAG
GGGAAGATGCTTTAGGAGAAGAGGCTGAGGTTGACTTAGGTGCAGCGGCCGGAGCTTTGG
TTGGGGCGGCGGGAGCCTTGGTTGGGGCAGAGGTGGGTGATGGAGATTTTTTGGGAGAGG
CTGAGGGAGCGTCAGCAGCGAAAACGGTGGCCACGGTCAAAGCCAATAGGGCCAATATGA
CAAATTGACGTGCCATTTTATAGGTTTTTGATGAGATTAAAAAGGAATATATTCCAAAAG
CTAGAGCAGTATTTTTATTTTATTTATCTTGCTTTTTTTTTCTTACTGCAAAAGCTCTAG
GATCCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

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GGTCATGTTTCGACCGTGGTTAAAGGAAGTTTCGGGTACTTAGATCCGGAGTACTTTAGG
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TTATGCGCTAGGCCGGCTTTAAACCCTAGCTTGCCTAAGGAGCAAGTGAGTCTTGGTGAC
TGGGCGTTGAACTGTAAACGTAAAGGGACTCTTGAAGATCTTATTGATCCTAACTTGAAA
GGTAAGATCAATGCGGAGTGTTTGAAGAAGTTTGCGGACACGGCTGAGAAGTGTCTTTCC
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CAGGTGCAAGAAACTGCTGATGGAACGCGTCGTCGAACGCCTAGTCGTGGCAGCGGTTCG
GAGGATCTAGGCGGAGGAGGAGGTGGGGGAGGTATGGCGATCAACGTTAGCGCCGGTGAA
CATGACGTCAGTGACTTGTCCTCGGAAGAAAATAGCGGGATATTTTCTCAAATTGTAAAT
CCTAAAGGGCGATAAGGTAATTTCACAATCGAACATTCTTGAATGATATGAAAAGTCATT
TTTTCTTATTTTGTTTTCTTTTATGTCATGTGATAGACAAAGAAGTAACTATACAGTCTA
TTCATTCGTTTTAATTTGCTTGTGGTTTTATAAATTAATCAAAACTCAAAACATTTGTAA
AATTATATATCTATGTGTTGTTATATATGTTATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AQ21JQ C 1
AF RR1AQ21TF U 1
BS 1 770 RR1AQ21TF
BS 771 771 RR1AQ21JQ
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BS 786 814 RR1AQ21JQ

RD RR1AQ21JQ 814 0 0
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QA 1 814 1 814
DS 

RD RR1AQ21TF 785 0 0
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TTATGCGCTAGGCCGGCTTTAAACCCTAGCTTGCCTAAGGAGCAAGTGAGTCTTGGTGAC
TGGGCGTTGAACTGTAAACGTAAAGGGACTCTTGAAGATCTTATTGATCCTAACTTGAAA
GGTAAGATCAATGCGGAGTGTTTGAAGAAGTTTGCGGACACGGCTGAGAAGTGTCTTTCC
GACAGTGGGTTAGACCGGCCCTCCATGGGAGATGTGTTGTGGAACCTTGAGTTTGCGCTT
CAGGTGCAAGAAACTGCTGATGGAACGCGTCGTCGAACGCCTAGTCGTGGCAGCGGTTCG
GAGGATCTAGGCGGAGGAGGAGGTGGGGGAGGTATGGCGATCAACGTTAGCGCCGGTGAA
CATGACGTCAGTGACTTGTCCTCGGAAGAAAATAGCGGGATATTTTCTCAAATTGTAAAT
CCTAAAGGGCGATAAGGTAATTTCACAATCGAACATTCTTGAATGATATGAAAAGTCATT
TTTTCTTATTTTGTTTTCTTTTATGTCATGTGATAGACAAAGAAGTAACTATACAGTCTA
TTCATTCGTTTTAATTTGCTTGTGGTTTTATAAATTAATCAAAACTCAAA*CATTTGTAA
AATTA

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DG20JQ C 1
AF RR1DG20TF U 1
BS 1 224 RR1DG20TF

RD RR1DG20JQ 224 0 0
GCGATAAGAGATCGTCAATTTGGAGTTTGGTGTGATATTTTCAGTTATGAATGACGAAAG
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AGAATCTGTTACTTGTCGTGAGTGGAAATCCCGGAATCCGTCTTTAGGAAGGGCTTGTCT
GGTTTTGTCTACAGAATTTCTTCCTTTTCCTAATTGTGTCTCTG

QA 1 224 1 224
DS 

RD RR1DG20TF 224 0 0
GCGATAAGAGATCGTCAATTTGGAGTTTGGTGTGATATTTTCAGTTATGAATGACGAAAG
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AGAATCTGTTACTTGTCGTGAGTGGAAATCCCGGAATCCGTCTTTAGGAAGGGCTTGTCT
GGTTTTGTCTACAGAATTTCTTCCTTTTCCTAATTGTGTCTCTG

QA 1 224 1 224
DS 



AS 1 2

CO CL7667Contig1 772 2 6 U
GGAGGTAAAAAAAACAAACTGATCTCTCTCTCTCTGTCCTCGTGTCTTATGTACACATAT
CTTCCATTGTGCCTCATACTTTTTGCGACACTTTCAGGTTCTAGCGGCGTCATCGTTCCA
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AGATAGTGCAATTGGTGACTCTGCTTCTTCTGGGTCTAGAACTTTCTGCTCCTCCCTACA
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CACATTAAAGCTGCATCGATCGTGGACGGTGAAAAGTTTTACAAAAGGACTAGACTTCTT
CAAACGTGTAGCTGATATCGCTGAATCAGAAGGTCATCACCCGGATTTGCATCTGGTAGG
CTGGAATAATGTGAAGATCGACATATGGACACATGCCATAGGTGGTTTGACCGAGAACGA
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GGTTCTTGTAAACTGTTTCTGTTCTTACAATCACGAAAGGCACTTATAAGGC


BQ
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AF RR1BV77TF U 1
AF RR1BV77JQ C 2
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BS 691 691 RR1BV77JQ
BS 692 737 RR1BV77TF
BS 738 772 RR1BV77JQ

RD RR1BV77TF 737 0 0
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CTTCCATTGTGCCTCATACTTTTTGCGACACTTTCAGGTTCTAGCGGCGTCATCGTTCCA
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AGATAGTGCAATTGGTGACTCTGCTTCTTCTGGGTCTAGAACTTTCTGCTCCTCCCTACA
AGATTTATCAGCAAAAAAGTGTGTCCCATGCAACGCTAAGGATCTACACCCCATGACTGA
ACAAAGTGCCCAAGAACTACTTCAGAAGGTTGCTGGATGGGATATGGCTAATGACAATGG
CACATTAAAGCTGCATCGATCGTGGACGGTGAAAAGTTTTACAAAAGGACTAGACTTCTT
CAAACGTGTAGCTGATATCGCTGAATCAGAAGGTCATCACCCGGATTTGCATCTGGTAGG
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CTTCATTCTAGCTGCTAAGATCAACGAGCTCCAAGTGGAAGATCTTCTGAGGAAGAAGAA
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GGTTCTTGTAAACTGTT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1BV77JQ 771 0 0
GAGGTAAAAAAAACAAACTGATCTCTCTCTCTCTGTCCTCGTGTCTTATGTACACATATC
TTCCATTGTGCCTCATACTTTTTGCGACACTTTCAGGTTCTAGCGGCGTCATCGTTCCAC
AATCTGTACGGACGACGTCACAGGAGCTTTGTTCATTGGACGAGCGCTGCTATGTCGCAA
GATAGTGCAATTGGTGACTCTGCTTCTTCTGGGTCTAGAACTTTCTGCTCCTCCCTACAA
GATTTATCAGCAAAAAAGTGTGTCCCATGCAACGCTAAGGATCTACACCCCATGACTGAA
CAAAGTGCCCAAGAACTACTTCAGAAGGTTGCTGGATGGGATATGGCTAATGACAATGGC
ACATTAAAGCTGCATCGATCGTGGACGGTGAAAAGTTTTACAAAAGGACTAGACTTCTTC
AAACGTGTAGCTGATATCGCTGAATCAGAAGGTCATCACCCGGATTTGCATCTGGTAGGC
TGGAATAATGTGAAGATCGACATATGGACACATGCCATAGGTGGTTTGACCGAGAACGAC
TTCATTCTAGCTGCTAAGATCAACGAGCTCCAAGTGGAAGATCTTCTGAGGAAGAAGAAA
GTTGCCAAATGAGGAATGTGTTGTTGGTCCACAAACTCTCTCAAACAAGCTTTAGATGTA
CGCAAGATGAGAATAAAAAGTGAGCTAGGGTGACATTTTTATGTTTCTTCAGCGTCTTTG
GTTCTTGTAAACTGTTTCTGTTCTTACAATCACGAAAGGCACTTATAAGGC

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL7668Contig1 1404 2 4 U
GGGATCTAGGGTTGAGTCGAGGGGGTAACTCACCGGCGATTTTGCGAGATGGGAAGAGAC
CGCGACGACTCTCCGCCGGAGAAGGCGAGATGCGACGTCGAGGATAAAGACTACAGAAGA
GAATCATCCCGGGAGAAATCGAGCCGTATCGAAAAGAAGCCGGTCGAAGAAGATGTGAGT
CGCCGCGAATCAAAGAGAAAATCAAAAGACGGCAGAGACTCCGATTCTGGTTCGGGACTG
GAGAGTGGTAGCGAGTCCGAGTCGGAGAAGGAAGAGAGACGTAGAAGTGGCAAGTCGAGA
GGGAAAAGGAAATCAGATCGGAGATCTCGTAGTAGTAGTAGTAGACGAAGCAGGAGACGC
CGCGATGATTCCAGTAGTAGCTCGGAATCGGAATCTGAGTCGGAGTATTCGTCTGAGTAT
TCGGATTCCGAGGAGAGCGAGGGTGAGGATGAGCGAAGGAGAAGGAAGAGGAAGAGAAGG
GAGAGGGAGGAGAGAGATAAGAAGAGAAGGAGGAGAGAGAAAGAGAAGAAGAAGAAGAAG
AGAAGGAAGGAGAAAGGAGATGATAGCAGCAAGAAGAAGAAGCGGAAGAAGGAGAAGAAG
TCTGAGAAAGCCAAGAAAGGAGCTGTTACTGAATCTTGGGGCAAGTATGGAGTCATCAGA
GAGACTGATATGTGGAATAAACGACCAGAGTTCACAGCATGGCTGCTTGAAGTAAAAGAG
GTCAACTTGGAAAGCTTGCCACCATGGGAAGAGAAGAAAATGTTTAAAGATTTCATGGAA
GATCACAATACTGGTACATTTACCTCCAAGAAGTATTATGACATTGATGGTTACTATAGA
CGTAAGTTGGAGAAAGAGATGAAGAAGGGTTTGAAGAAAGCTGGGCAGAGTGAACGGACT
GTGTTCAATGACGAGGAGCAACGCCGGCTAGAGATGCAGGAAGCACGCGAAAAGCAGAAG
GAAGAAGAAGTTTTAGCTCTAAAGCGATCAATGGAAGGCGGAATGGCTCAAGCTATGAAG
GAACAAGCTCGGCTTAAGGAAGAAATGGTCTACTTGTACAAGATTGGGGACATGGAGGGT
GCAAATGCTATTCAGAAAAGATTGGATCCAGATGTTCCCATGTAATGTGGAGCTTTTGGT
TTAAGCTACAACATCTTCTAGTTCTCGTTTTTAAGCTGTGTTCCAAGTATCGAGCTTGTG
TAACACGGCAATAAGAAGAAAAAGCTAAAACTTTCATCTCTAGAGCTTTAAAGCATGATC
TTGCCTTTTTTGGATATTATACACCATCGGCTAGTCAAGTATTGAAAACCGTTATGCTTT
CCAGACTGTGTCTGTGACAAAGAAGAAAAATTGGACTCTTCCTAGAAATGGACCCTATGC
AAATATATGTTGCAACAATGATGC


BQ
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AF RR1E746TF U 1
AF RR1E746JQ C 576
BS 1 720 RR1E746TF
BS 721 721 RR1E746JQ
BS 722 739 RR1E746TF
BS 740 1404 RR1E746JQ

RD RR1E746TF 739 0 0
GGGATCTAGGGTTGAGTCGAGGGGGTAACTCACCGGCGATTTTGCGAGATGGGAAGAGAC
CGCGACGACTCTCCGCCGGAGAAGGCGAGATGCGACGTCGAGGATAAAGACTACAGAAGA
GAATCATCCCGGGAGAAATCGAGCCGTATCGAAAAGAAGCCGGTCGAAGAAGATGTGAGT
CGCCGCGAATCAAAGAGAAAATCAAAAGACGGCAGAGACTCCGATTCTGGTTCGGGACTG
GAGAGTGGTAGCGAGTCCGAGTCGGAGAAGGAAGAGAGACGTAGAAGTGGCAAGTCGAGA
GGGAAAAGGAAATCAGATCGGAGATCTCGTAGTAGTAGTAGTAGACGAAGCAGGAGACGC
CGCGATGATTCCAGTAGTAGCTCGGAATCGGAATCTGAGTCGGAGTATTCGTCTGAGTAT
TCGGATTCCGAGGAGAGCGAGGGTGAGGATGAGCGAAGGAGAAGGAAGAGGAAGAGAAGG
GAGAGGGAGGAGAGAGATAAGAAGAGAAGGAGGAGAGAGAAAGAGAAGAAGAAGAAGAAG
AGAAGGAAGGAGAAAGGAGATGATAGCAGCAAGAAGAAGAAGCGGAAGAAGGAGAAGAAG
TCTGAGAAAGCCAAGAAAGGAGCTGTTACTGAATCTTGGGGCAAGTATGGAGTCATCAGA
GAGACTGATATGTGGAATAAACGACCAGAGTTCACAGCATGGCTGCTTGAAGTAAAAGAG
*TCAACTTGGAAAGCTTGC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1E746JQ 829 0 0
AGAA
AAGCGGAAGAAGGAGAAGAAGTCTGAGAAAGCCAAGAAAGGAGCTGTTACTGAATCTTGG
GGCAAGTATGGAGTCATCAGAGAGACTGATATGTGGAATAAACGACCAGAGTTCACAGCA
TGGCTGCTTGAAGTAAAAGAGGTCAACTTGGAAAGCTTGCCACCATGGGAAGAGAAGAAA
ATGTTTAAAGATTTCATGGAAGATCACAATACTGGTACATTTACCTCCAAGAAGTATTAT
GACATTGATGGTTACTATAGACGTAAGTTGGAGAAAGAGATGAAGAAGGGTTTGAAGAAA
GCTGGGCAGAGTGAACGGACTGTGTTCAATGACGAGGAGCAACGCCGGCTAGAGATGCAG
GAAGCACGCGAAAAGCAGAAGGAAGAAGAAGTTTTAGCTCTAAAGCGATCAATGGAAGGC
GGAATGGCTCAAGCTATGAAGGAACAAGCTCGGCTTAAGGAAGAAATGGTCTACTTGTAC
AAGATTGGGGACATGGAGGGTGCAAATGCTATTCAGAAAAGATTGGATCCAGATGTTCCC
ATGTAATGTGGAGCTTTTGGTTTAAGCTACAACATCTTCTAGTTCTCGTTTTTAAGCTGT
GTTCCAAGTATCGAGCTTGTGTAACACGGCAATAAGAAGAAAAAGCTAAAACTTTCATCT
CTAGAGCTTTAAAGCATGATCTTGCCTTTTTTGGATATTATACACCATCGGCTAGTCAAG
TATTGAAAACCGTTATGCTTTCCAGACTGTGTCTGTGACAAAGAAGAAAAATTGGACTCT
TCCTAGAAATGGACCCTATGCAAATATATGTTGCAACAATGATGC

QA 5 829 5 829
DS 



AS 1 2

CO CL7669Contig1 733 2 3 U
GGGCTTTCCGACAATGGCTTCAGCTTCTCCGACCGCTGCTCTTCTCAAACCCAGTTCTGT
TCCACCGCAGCATAAACCAGTCATCACCGCCTCCGTATCTCCCCCTCTCCCTTCTCCACG
ACGCCACAACCTCCTCCGCCGCGATGTACTCTCCTTATCCGCCGCATCGACGCTTCTACT
AACGCAATCGCTCCCGTTTCTAGCTCCGTCGCCCGCTTCCGCCGCCGAAGACGAAGAGTA
CGTGAAAGACACGTCGGCGGTGATCTCCAAAGTTCGGACGACGCTGTCGATGGAGAGGAC
GGATCCGAATGTGGCGGACGCGGTGGCTGAGCTGAGAGAAGCGTCGAACTCGTGGGTTGC
CAAGTACAGGAAGGAGAAAGCTCTTCTCGGGAAAGCGTCTTTCAGGGATATATACTCGGC
GTTGAACGCTGTGTCCGGACATTATGTGAGTTTTGGACCGACGGCTCCGATCCCGGCGAA
GAGGAAGGCGAGGATTCTTGAAGAGATGGAGACTGCTGAGAAAGCTCTCTCGAGAGGAAG
ATAAATCTATATGTGAGCCTAACAATTTCTTCTTCTTCTCCAGTTCCTTGTCGATGAAGT
TTTCTTTTACCTTTAAATGCATATTGGAGATTATATGAGAAGAGAAAAAACTTGAATTTG
CTCGTTTGTTTTCGTAAAACACTTTCATGATAATTTACTTAATTATCATTTACAATAACG
AATTCCATTTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E580JQ C 1
AF RR1E580TF U 1
BS 1 649 RR1E580TF
BS 650 650 RR1E580JQ
BS 651 733 RR1E580TF

RD RR1E580JQ 733 0 0
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TCCACCGCAGCATAAACCAGTCATCACCGCCTCCGTATCTCCCCCTCTCCCTTCTCCACG
ACGCCACAACCTCCTCCGCCGCGATGTACTCTCCTTATCCGCCGCATCGACGCTTCTACT
AACGCAATCGCTCCCGTTTCTAGCTCCGTCGCCCGCTTCCGCCGCCGAAGACGAAGAGTA
CGTGAAAGACACGTCGGCGGTGATCTCCAAAGTTCGGACGACGCTGTCGATGGAGAGGAC
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GAGGAAGGCGAGGATTCTTGAAGAGATGGAGACTGCTGAGAAAGCTCTCTCGAGAGGAAG
ATAAATCTATATGTGAGCCTAACAATTTCTTCTTCTTCTCCAGTTCCTTGTCGATGAAGT
TTTCTTTTACCTTTAAATGCATATTGGAGATTATATGAGAAGAGAAAAAACTTGAATTTG
CTCGTTTGTTTTCGTAAAACACTTTCATGATAATTTACTTAATTATCATTTACAATAACG
AATTCCATTTTCC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1E580TF 733 0 0
GGGCTTTCCGACAATGGCTTCAGCTTCTCCGACCGCTGCTCTTCTCAAACCCAGTTCTGT
TCCACCGCAGCATAAACCAGTCATCACCGCCTCCGTATCTCCCCCTCTCCCTTCTCCACG
ACGCCACAACCTCCTCCGCCGCGATGTACTCTCCTTATCCGCCGCATCGACGCTTCTACT
AACGCAATCGCTCCCGTTTCTAGCTCCGTCGCCCGCTTCCGCCGCCGAAGACGAAGAGTA
CGTGAAAGACACGTCGGCGGTGATCTCCAAAGTTCGGACGACGCTGTCGATGGAGAGGAC
GGATCCGAATGTGGCGGACGCGGTGGCTGAGCTGAGAGAAGCGTCGAACTCGTGGGTTGC
CAAGTACAGGAAGGAGAAAGCTCTTCTCGGGAAAGCGTCTTTCAGGGATATATACTCGGC
GTTGAACGCTGTGTCCGGACATTATGTGAGTTTTGGACCGACGGCTCCGATCCCGGCGAA
GAGGAAGGCGAGGATTCTTGAAGAGATGGAGACTGCTGAGAAAGCTCTCTCGAGAGGAAG
ATAAATCTATATGTGAGCCTAACAATTTCTTCTTCTTCTCCAGTTCCTTGTCGATGAAGT
TTTCTTTTACCTTTAAATGCATATTGGAGATTATATGAGAAGAGAAAAA*CTTGAATTTG
CTCGTTTGTTTTCGTAAAACACTTTCATGATAATTTACTTAATTATCATTTACAATAACG
AATTCCATTTTCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL7670Contig1 899 2 2 U
TTTTTGAAGCACCCAACATCGTTAGGTTTGTGGGCGCGTGTATTAAACCGATGGTGTGGT
GCATCGTGACTGAGTATGCGAAAGGAGGCTCCGTGAGGCAGTTTTTGACGAAGAGACAGA
ACAGGGCTGTGCCTTTGAAGTTAGCTGTTAAACAGGCGTTGGATGTTGCTAGAGGTATGG
CTTACGTCCATGAGCGCAACTTTATACACCGGGATTTGAAGTCGGATAACCTCCTCATAT
CGGCTGACCGGTCCATCAAGATTGCTGATTTTGGCGTTGCGAGAATTGAAGTTCAGACTG
AAGGGATGACACCAGAGACCGGGACTTACAGATGGATGGCTCCAGAGATGATCAGCATAG
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GGGTCTGTTACCGTTCCAGAACATGACGGCGGTTCAAGCTGCGTTTGCTGTGGTAAACCG
AGGAGTTCGTCCAACTGTCCCAGCTGATTGCCTCCCTGTGCTTGGGGAGATCATGACACG
TTGCTGGGATGCGAACCCTGAAGTCCGTCCTTGTTTTGCAGAGGTTGTCAATTTTTTTGA
GGCTGCTGAAACCGAGGTTATGACGACAGTGAGAAAAGCCCGTTTCAGATGTTGCATGAC
GCAGCCAATGACGATCGACTAGTTTGTTGTTTGAAGAAGAAGAAGAGGAAATAATAAAGA
TGATAACATAAAAGGAAGCAGAAAAAAAGCTTTAGATATATATAAGTTTGTGTGTACCAA
TATGTAATATCCTGTTTGTGTATCTCTTTTCCCATGATAGGAGAAGTAACCCAACCATTT
TAGACCACTGAATGTTTTAAGATTTTATGTTGCGACTGTTTGAAGTGTTTGGTTTAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DY20TF U 1
AF RR1DY20JQ C 387
BS 1 579 RR1DY20TF
BS 580 899 RR1DY20JQ

RD RR1DY20TF 579 0 0
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GCATCGTGACTGAGTATGCGAAAGGAGGCTCCGTGAGGCAGTTTTTGACGAAGAGACAGA
ACAGGGCTGTGCCTTTGAAGTTAGCTGTTAAACAGGCGTTGGATGTTGCTAGAGGTATGG
CTTACGTCCATGAGCGCAACTTTATACACCGGGATTTGAAGTCGGATAACCTCCTCATAT
CGGCTGACCGGTCCATCAAGATTGCTGATTTTGGCGTTGCGAGAATTGAAGTTCAGACTG
AAGGGATGACACCAGAGACCGGGACTTACAGATGGATGGCTCCAGAGATGATCAGCATAG
ACCCTACACTCAAAAAGTGGACGTCTATAGTTTTGGAATCGTGCTGTGGGAGCTGATAAC
GGGTCTGTTACCGTTCCAGAACATGACGGCGGTTCAAGCTGCGTTTGCTGTGGTAAACCG
AGGAGTTCGTCCAACTGTCCCAGCTGATTGCCTCCCTGTGCTTGGGGAGATCATGACACG
TTGCTGGGATGCGAACCCTGAAGTCCGTCCTTGTTTTGC

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1DY20JQ 513 0 0
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CGGCGGTTCAAGCTGCGTTTGCTGTGGTAAACCGAGGAGTTTGTCCAACTGTCCCAGCTG
ATTGCCTCCCTGTGCTTGGGGAGATCATGACACGTTGCTGGGATGCGAACCCTGAAGTCC
GTCCTTGTTTTGCAGAGGTTGTCAATTTTTTTGAGGCTGCTGAAACCGAGGTTATGACGA
CAGTGAGAAAAGCCCGTTTCAGATGTTGCATGACGCAGCCAATGACGATCGACTAGTTTG
TTGTTTGAAGAAGAAGAAGAGGAAATAATAAAGATGATAACATAAAAGGAAGCAGAAAAA
AAGCTTTAGATATATATAAGTTTGTGTGTACCAATATGTAATATCCTGTTTGTGTATCTC
TTTTCCCATGATAGGAGAAGTAACCCAACCATTTTAGACCACTGAATGTTTTAAGATTTT
ATGTTGCGACTGTTTGAAGTGTTTGGTTTAGTG

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 2

CO CL7671Contig1 813 2 2 U
GAACACAACTCTTAACGAACGCTTCTCTCAATCTCAATCACATCCATGGCCTTAGATCAA
AGCACGAATCCACCGATCATGGAGTCAAAGACTAGACACCACCACCCTCTCCACCAGATC
GCAGACACGCCAACGCACAAGCTCCTCCTTAAACAGTGGCTGAAAGAAGAAGAGCTCATC
CTCAGCCGCGTCTCCCACAAAGAATCTCAGATCGATTCCGTTCGACGAGAGATTACTCAG
CTCTACATCTTCTTCTTCCTCTTCCACTCCATTTCCCTCCTCCTCCTCTTCCACGCCGCT
TCCTCTTCTTCTACTTCTTCATCATCAGCCTGTAAGAGATCATGGATCCCTTCTCTCTGC
TCCCTCGTGTCTTCCCTCGGGATCTTCTGGGCCGTGCGGTACAAGTCTGAAGTCGAGTCG
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AGGGCGAAGAGCTTGAGGGTTGAGTCGAAGTTGGTGGCTGCTGCTGTGAGGAAATGGTCT
GCGAGGGATTTCGTGACGCTCTTCTTCTTCTCTGTTTCGTGTTTGGTTCTTGCGATGGTT
AGGCTCATTCTCTGCGATTAGATTCTTCTCTTGCTTTTTTTTTCTCTCTTTTGTTATACT
TTGCAGTACTATTTAGCAGAAAGTTTCTTGTTTCTGCAAGTTTTAATGCTTTTTTTTGGA
GATAATAAAGAGAATAAAAACATGTTTGATCCT


BQ
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AF RR1A794TF U 1
AF RR1A794JQ C 55
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BS 784 813 RR1A794JQ

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GCAGACACGCCAACGCACAAGCTCCTCCTTAAACAGTGGCTGAAAGAAGAAGAGCTCATC
CTCAGCCGCGTCTCCCACAAAGAATCTCAGATCGATTCCGTTCGACGAGAGATTACTCAG
CTCTACATCTTCTTCTTCCTCTTCCACTCCATTTCCCTCCTCCTCCTCTTCCACGCCGCT
TCCTCTTCTTCTACTTCTTCATCATCAGCCTGTAAGAGATCATGGATCCCTTCTCTCTGC
TCCCTCGTGTCTTCCCTCGGGATCTTCTGGGCCGTGCGGTACAAGTCTGAAGTCGAGTCG
CATGCCGAGAAGTTGTTGGAGAGGGAGAGAGAAGACGCGAAGCTGTTGCGGAAGTGCGTT
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AGGCTCATTCTCTGCGATTAGATTCTTCTCTTGCTTTTTTTTTCTCTCTTTTGTTATACT
TTGCAGTACTATTTAGCAGAAAGTTTCTTGTTTCTGCAAGTTTTAATGCTTTTTTTTGGA
GAT

QA 1 783 1 783
DS 

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CAGATCGCAGACACGCCAACGCACAAGCTCCTCCTTAAACAGTGGCTGAAAGAAGAAGAG
CTCATCCTCAGCCGCGTCTCCCACAAAGAATCTCAGATCGATTCCGTTCGACGAGAGATT
ACTCAGCTCTACATCTTCTTCTTCCTCTTCCACTCCATTTCCCTCCTCCTCCTCTTCCAC
GCCGCTTCCTCTTCTTCTACTTCTTCATCATCAGCCTGTAAGAGATCATGGATCCCTTCT
CTCTGCTCCCTCGTGTCTTCCCTCGGGATCTTCTGGGCCGTGCGGTACAAGTCTGAAGTC
GAGTCGCATGCCGAGAAGTTGTTGGAGAGGGAGAGAGAAGACGCGAAGCTGTTGCGGAAG
TGCGTTGAGGAGTTGAAGAAGAAAGGGGTTGAGTTTGATTTGCTTAAGGAAGTGGACGCG
CTTCGTAGGGCGAAGAGCTTGAGGGTTGAGTCGAAGTTGGTGGCTGCTGCTGTGAGGAAA
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ATGGTTAGGCTCATTCTCTGCGATTAGATTCTTCTCTTGCTTTTTTTTTCTCTCTTTTGT
TATACTTTGCAGTACTATTTAGCAGAAAGTTTCTTGTTTCTGCAAGTTTTAATGCTTTTT
TTTGGAGATAATAAAGAGAATAAAAACATGTTTGATCCT

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1D248TF U 1
AF RR1BY14TF U 2
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BS 180 717 RR1D248TF
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RD RR1D248TF 717 0 0
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AATCTCCGTGCCCTCACACAAATCTGAATACACAACAACTATAATGGCAAAGGATTCAAT
TAGTTTGTTGGATCATTTGGGATGGGAGAAAGCTCATGTAATTGGGCATTCAATGGGAGC
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TAACGTTACTGGTGGAGGTTTCGAGTGTTTCCCCAAGCTTGACAGGCTAACGCTTTCTAT
TGCGATACGTTTCTGGATGGCAAAGACCCCTAAACAAAGAGCTAAAGTTGATCTGGACAC
ACATTATTCACAGGTGGGAGATCTTCAGTGTGATGTGATGAAACACTATAACAACCA

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DS 

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GG
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TCTCATCATAGGTTTAGCCGGAACACATGAATCGTGGGGACCTCAAATCATGGGATTAAC
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GATACGTTTCTGGATGGCAAAGACCCCTAAACAAAGAGCTAAAGTTGATCTGGACACACA
TTATTCACAGGTGGGAGATCTTCAGTGTGATGTGATGAAACACTATAACAACCACATTTT
TACATAGAACATTGTTTTATAGATGTGATGATTATTGTTGGAGGATGTTT

QA 3 772 3 772
DS 



AS 1 2

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CGATTTGACGATAGAGAGTGCTCCTTTAGATCCCAGGAAGTTGGCAGCTTCATCTGATTT
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CGGCATGTGAAGAAGCTCTTGAGCCCCACCCAACTCTACAACCTTCATCTTCCTCTCATC
ATCAATGGCGAAACGGGAAAGTCTAGAAGCACCTATTCTCTTAAACAAGGGATCCTTCAC
ATGTAAAAGCGAGACTGATTGCTGAATCAAAGTATCACCCATATAAGGGAAGAACTGGTA
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AGGATACCCATTTCTCCCTCTCCGAAAATGGTTAGCGAGGCGAGCAGCAAAGGTTCGCAT
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BQ
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AF RR1A106TF C 1
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DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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DS 



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BQ
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AF RR1A334TF U 1
AF RR1FH21TF U 1
BS 1 248 RR1A334TF
BS 249 249 RR1FH21TF
BS 250 446 RR1A334TF
BS 447 447 RR1FH21TF
BS 448 753 RR1A334TF
BS 754 764 RR1FH21TF

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GTATGGACACGAACGGTGATGGGAAGCTAGAGT

QA 1 753 1 753
DS 

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TGGCCAAGGTGGTGGTTTGCACGTTGCTGACCACCATCTTCATCATCGGCGTCCTCCTCT
TCCTTACTCCTTGTAAACACAACGAGGCTCAATCCGTTGAGGCTCTCATAACACGCCGCC
TCGGACGCCGGCTTGAAATGCCCGTGTTCGACCCTCTCGTGACCCGAATTGAGAGGTTGT
CTCATGAGAAAGAAGCGAGCACCGCTGAGGCTGTTGTGAAGGAGGAAAAGGATGATATGT
TTGATGAGTATTTTGCGCAAGACAGGAGGCTAAACACGACGATGAGGATCAAATTCTTGT
TTCCTCTGCTTGACGGTTCACCTAGAGATGGGTATGTGAGCTTGAAAGAGCTTCAGACGT
GGATGATGCAGCAGACAGAGGACAACATGGGTTACAGAACCGCCAACGAGCTTGAGTTGC
AAGATAAAGACAAGGATGGTGTCATAACCTTCGAAGAGTATCTGCCTCAATTCTCTAAAG
AAGACATTGAGAAAAATGAGAAGGGTCACGGTGGAGCTGGTTGGTGGATGGAGCAATTCA
G*AATGCTGATTTTGATCATAATGGCTATCTCGACATCGAAGAGTTCAACAATTTCTTGC
ACCCTGA*GACAGCAGAAACGGAGATGTTCAAAGATGGGTTCTACGAGAGCGAATGACGG
GTATGGACACGAACGGTGATGGGAAGCTAGAGTACAAAGAGTTT

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL7676Contig1 1296 2 2 U
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TCTCTGAACACCTTCTCTCTAAAACAATCATCACTCAAAAAATAAAATCCTCTCTCTTTC
TCTGTGTCTCTGTAATCTGATTCAATATGGGTTTTAGCAAAGAAGAGATTAGCAGAAGCA
GAAGGTTCTGGTCTTTTCTATGGAGAGGCGTCAAAACTGTATTCGTTTTGTTCACAATGT
TCCTCTCTTTTCTCCTCGTCTCTGCTCCCATCTTCCTCGCCCTAGCCGACGCTCTCCTCC
CTTCCGCCCTCCTCCACCGCCTCTCTGCGCCGACGAACCTCTCTTCTCATCTCACCAACT
ACGATTTCCGCCACTCCCTCATCGATATTCCACTACTCTCCATCGTTAGATCCGCCGTTA
TACTCTGCGTTTACGGGCTTTGCGATGGACCCAAGTTATCGAGGGGTCCGTATCTGATGA
TAACGATGATCTGCTCTGTTTCTTCTCTGATCTACGTTTCGTTAAAAGCCGCGTTCGTGT
TCGGCGTACCGGCGAACGGAGACGGCGGAGGTAGTTACTTCAGAGCTGCGGAAGTTGCTC
TGTTTCTATGCTCGTCGGTCTTAGCCATCGGTCATATAGTCGTGGCGTATCGAACAAGTT
GTCGAGAGAGGCGAAAGCTCCTCGTCTTCAAGATCGACATCGAAGCCGTTTCGGCATGTA
AAAACGTGTATCCAAGATATCAAAAGATCCTCCAACAAGAGAGACTCAAGTAGATACGTA
TTTCAAGGAGATTCGAATACTTGTTGTAAATATGCATACACACATGACACGTACCCTAAC
GTATGTATAAATATATAAAAAATACAACGTGTAAATTTAGCAGCTTATTCTCCTGCCTTT
CGGTGTTCACCCATCAACTCCTTCGCTTTTAAGTTTGAGAAAGATCCAAAGGGCAAAAGA
TAGTCTGTAAAAGAGGGAGGAACAGATGGCGGGGGCGTATATATATCACTTAATGAGAAT
TATACATATTTTAATGCAAGACAACTCCGATGAATTGGCAGTTGTTAGCTTTGATATTAG
ATTAGTTAAGTGAGATCTGTATATAATATAGTTTTCTTTGTTTTGTAATAACCTAGAGTT
CATCGATGAGAAAAGTAGCCCGAGGCATCTTTTTTATTTCTTTCTATAATTTCTGAATTT
TGGGTTTAATGTGTTTGCAATTGTAATCAAGTAAAGCATATAAGAACATGTGTGTTATGT
CCGCGTGAATGCCTTTATGCGTCATCAAAACTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EQ80TF U 1
AF RR1EQ80JQ C 550
BS 1 709 RR1EQ80TF
BS 710 1296 RR1EQ80JQ

RD RR1EQ80TF 709 0 0
GGATCCTCCTCGTCATCATCGCTTTGTATCGTTCCACCTTTTAAAACCCTCTCAAAAATC
TCTCTGAACACCTTCTCTCTAAAACAATCATCACTCAAAAAATAAAATCCTCTCTCTTTC
TCTGTGTCTCTGTAATCTGATTCAATATGGGTTTTAGCAAAGAAGAGATTAGCAGAAGCA
GAAGGTTCTGGTCTTTTCTATGGAGAGGCGTCAAAACTGTATTCGTTTTGTTCACAATGT
TCCTCTCTTTTCTCCTCGTCTCTGCTCCCATCTTCCTCGCCCTAGCCGACGCTCTCCTCC
CTTCCGCCCTCCTCCACCGCCTCTCTGCGCCGACGAACCTCTCTTCTCATCTCACCAACT
ACGATTTCCGCCACTCCCTCATCGATATTCCACTACTCTCCATCGTTAGATCCGCCGTTA
TACTCTGCGTTTACGGGCTTTGCGATGGACCCAAGTTATCGAGGGGTCCGTATCTGATGA
TAACGATGATCTGCTCTGTTTCTTCTCTGATCTACGTTTCGTTAAAAGCCGCGTTCGTGT
TCGGCGTACCGGCGAACGGAGACGGCGGAGGTAGTTACTTCAGAGCTGCGGAAGTTGCTC
TGTTTCTATGCTCGTCGGTCTTAGCCATCGGTCATATAGTCGTGGCGTATCGAACAAGTT
GTCGAGAGAGGCGAAAGCTCCTCGTCTTCAAGATCGACATCGAAGCCGT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1EQ80JQ 747 0 0
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GCTCGTCGGTCTTAGCCATCGGTCATATAGTCGTGGCGTATCGAACAAGTTGTCGAGAGA
GGCGAAAGCTCCTCGTCTTCAAGATCGACATCGAAGCCGTTTCGGCATGTAAAAACGTGT
ATCCAAGATATCAAAAGATCCTCCAACAAGAGAGACTCAAGTAGATACGTATTTCAAGGA
GATTCGAATACTTGTTGTAAATATGCATACACACATGACACGTACCCTAACGTATGTATA
AATATATAAAAAATACAACGTGTAAATTTAGCAGCTTATTCTCCTGCCTTTCGGTGTTCA
CCCATCAACTCCTTCGCTTTTAAGTTTGAGAAAGATCCAAAGGGCAAAAGATAGTCTGTA
AAAGAGGGAGGAACAGATGGCGGGGGCGTATATATATCACTTAATGAGAATTATACATAT
TTTAATGCAAGACAACTCCGATGAATTGGCAGTTGTTAGCTTTGATATTAGATTAGTTAA
GTGAGATCTGTATATAATATAGTTTTCTTTGTTTTGTAATAACCTAGAGTTCATCGATGA
GAAAAGTAGCCCGAGGCATCTTTTTTATTTCTTTCTATAATTTCTGAATTTTGGGTTTAA
TGTGTTTGCAATTGTAATCAAGTAAAGCATATAAGAACATGTGTGTTATGTCCGCGTGAA
TGCCTTTATGCGTCATCAAAACTTCTT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL7677Contig1 745 2 2 U
AAAGTTTATTTTATTGGCAAATGTACGAAGTAAAAATCATTACTGTTTTCACATATTTAG
AATGCATGTAAAAAGATGTACATACCAGTAATAACATCCATCTCTAAAACATTACTGATT
TGTGGACCATACCGAAACGTTTGTCCGCTTATACCGCCGTTAGATAACGTTCCACCGACC
GTTAAATACAAATAATCCGTCCAAGAAACCGGCGTCAGCCCTAACTCCAAAGTTTTATTC
AACACCTCGATCCATAGCCACGCGCTGTCCACGTCAACGTATAAACCGGTCCTAGACACC
TTGATGCCTCGGTCCCTGTTTACCATTGACCGCATGTTGACCACGACTCCGTCTTTAGCC
GCGGCTTGACCACGGTGGCAATGTCCGTGGCCACGAGCGGCTAGAGGAAAAGAGGATTGA
GAATCGAAAGAAAGTTTTATAAGATCGGTGATATCTTGGACGGAGGAAGGGTTTAAGACG
GCAGATGGAAAGACTTTGGTGATGTGGCCGAAATCAGTGGCAGCTGACTCGACGGAGGAG
GATGCGGTGGTGAGTTTTCCGGCGAAGTTGTCGTTGGAAAGGATACTCCATGGTAGTGAT
GATGTGTTGGTTGTGATCGGGGTTAAAAGAGTTGTGATGATAACTAATATTGTTATCACT
AGAAGATGAATTTGTGATGGAGAATTATAGCTCACCATAGTTTTCTCTTTCAGAGAAACT
TTTTTTTCCTAACACTTTAGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EF93TF C 1
AF RR1EF93JQ U 13
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RD RR1EF93TF 745 0 0
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QA 1 745 1 745
DS 

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CGAAACGTTTGTCCGCTTATACCGCCGTTAGATAACGTTCCACCGACCGTTAAATACAAA
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CACTTTAGCTTCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AC63TF U 1
AF RR1AC63JQ C 52
BS 1 779 RR1AC63TF
BS 780 869 RR1AC63JQ

RD RR1AC63TF 779 0 0
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QA 1 779 1 779
DS 

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TATCCAGTATAGTTTTCTAAAATCATCTTTTTTTTTCG

QA 1 818 1 818
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1C386TF U 1
AF RR1C386JQ C 76
BS 1 734 RR1C386TF
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BS 819 834 RR1C386JQ

RD RR1C386TF 818 0 0
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CGTTTATTCACCTGAATGTTGAATATGGGGATGGACAGCTTGATATAAATTTGGAGCGAT
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CGCTGGTGAAAGACTTTGGAAGCAGGTGGAAGACAGCGATAGAGTTGATGCACAAAGATA
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AACTGTTGCTCTATTACACACGGCTTACAGACTGCATCAAGAAGATACCTGGAGGATCTG
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QA 1 818 1 818
DS 

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TGTAATCAAACAATTCACTATTGCTAAAGATTTGAAATG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

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AGGACATGGTCGCCGGTAGATATGATATACGAAGGAGCTCTGAATCAGAGCAAAGCATCA
ACGTCCACGTCTCATCTTTCGTTATGTGGAATCACAGTCACTCTTGCGCTGGCATTTTGT
CGGATGTGGTGGCTCTTTTGACCTAACATTTGTCTCCCGCGGTAAATACTTAATCAGGAC
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ACGACGTCGGTGTGAGTCAGAGTTGAAAAAGGTAAGAGCAAAAAGTTCCTTACCCGAAAT
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CTATTAGTTTTAAATGGGGGGAATATTTCATTTGTTTGATATCTAATGCTGCGTTGGCCA
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BQ
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AF RR1AU34JQ C 1
AF RR1AU34TF U 1
BS 1 764 RR1AU34TF

RD RR1AU34JQ 764 0 0
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AAAGTGGGCTGCTTGAGGAGGTCAAAAAGATGGGGATGATAATTGTAAGGTCACAGAATA
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CTATTAGTTTTAAATGGGGGGAATATTTCATTTGTTTGATATCTAATGCTGCGTTGGCCA
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QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1AU34TF 764 0 0
GGTGCGTACAGCTACGCTTACGATGATCAGAGCAGCACCTTCACATGCGCTAAGTCGCCT
AACTACGTCATCACGTTCTGTCCGTCTCCGAACACGAGTCAAAAATCATCTCAAGATCAG
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AGGACATGGTCGCCGGTAGATATGATATACGAAGGAGCTCTGAATCAGAGCAAAGCATCA
ACGTCCACGTCTCATCTTTCGTTATGTGGAATCACAGTCACTCTTGCGCTGGCATTTTGT
CGGATGTGGTGGCTCTTTTGACCTAACATTTGTCTCCCGCGGTAAATACTTAATCAGGAC
GATGTGGGCCCTTACTATAAGCCTTATCTCTTCCCCGGCCCATGTGTCTTTTTCCTTAGA
ACGACGTCGGTGTGAGTCAGAGTTGAAAAAGGTAAGAGCAAAAAGTTCCTTACCCGAAAT
TACAACAGTACTAATCACGGGAGGATTCTTATTTTGTGGTGAGGAACACGTGGGGAAAAG
AAAGTGGGCTGCTTGAGGAGGTCAAAAAGATGGGGATGATAATTGTAAGGTCACAGAATA
TTTGTTTAATTTTTAGTATGATTAGGATTAGAATATAATGTACACTACATAAAGTTAAAT
CTATTAGTTTTAAATGGGGGGAATATTTCATTTGTTTGATATCTAATGCTGCGTTGGCCA
TTTGAAACATTGAAATGAATAATAATGCTACTACATGTTTTGTT

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL7682Contig1 856 2 2 U
GGAAATAAAACATAAAAATCCAACTCCTAGCAAAAAGAAAAGCAATTGATTCAGTCGAAA
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AAATTGCTACCGCTAATGAGCCGGTGCCGGCGCCATGGCCACACCAATTTCACGCGCTAC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FC49TF U 1
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DS 

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CGAGGCTTGTTCATC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

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GGAATAAAAA


BQ
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR1AV20JQ C 1
AF RR1AV20TF U 1
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GGAATAAAAA

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DS 

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AGGACATAAGGAATAAGCTCAGCATTTTGAAGACTAAGAAAGTGAAGGGGATGGAAGAAG
GTTTACAATATTGGTTTAGCACTAGAGTTTAATTTCTTTTGTTCTCTAGTTTTTATCTGA
GTTTATGCAAAGTGTGAGGTTTCATTAAGGGTTGCATCCACTGTAAACAGGTTTTTTTGA
GGAAT

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL7684Contig1 734 2 1 U
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GTATTGGTTGATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GC63TF U 1
AF RR1GC63JQ C 49
BS 1 734 RR1GC63TF

RD RR1GC63TF 734 0 0
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ATTTCCCGTAAATCCTTTTCTTATTTTTGAAATTGAATGTAAAATTTTATTCAACAAAAG
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TCGTGATACTGTAACTCTTTAAAATGTCTATATGAAAACGAGGAACGAAGCTTCTCTGAA
TTTTGTTTTAGGAGTTGATCTGAATTGCTTTTATCAACAAAGAAGAAGAAGAAGAAAGCT
TCCTGGGTTTCCTGTTCTGTATAGATGAGCTTTGTACATTTCTGTTGATAAAAGTTTTAT
CTGACGTCATCCTAACCACTCCACCTCATACGTTATGTATGATGGTTACTGCTTTTGGGG
TCAATTTTATATGTATGCACATGTCCCCCATGTGATTGTCTTTTCATTTACATATAAATC
GTATTGGTTGATGT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1GC63JQ 686 0 0
TTAAAGGCACTAATTTTATCATAATTTGAAGGTAAGTGTTATTTATGTGAATCGTAACTT
GGTACCTTTAGGTAGGATCTGTTTACTGGAAAGTAGATAAGAGATTATATATTTGTCTCC
AATGAAGGGATACATATATATGGGTATCTGAATATTTTGTACTGAAAATTGCCAAATTCT
ATACAGCTTCTAATTTCCCGTAAATCCTTTTCTTATTTTTGAAATTGAATGTAAAATTTT
ATTCAACAAAAGCATTTTTACTACTATTGCAGCCAATTGTTATTTTTGTACATTTTCCGA
TTTTGAGTTTGAGTTTGAGTTTGGGTTTAATTCTTTCTGAAGATTATTAATTCTAGGTTT
CCCTCTAAACCATCGTGATACTGTAACTCTTTAAAATGTCTATATGAAAACGAGGAACGA
AGCTTCTCTGAATTTTGTTTTAGGAGTTGATCTGAATTGCTTTTATCAACAAAGAAGAAG
AAGAAGAAAGCTTCCTGGGTTTCCTGTTCTGTATAGATGAGCTTTGTACATTTCTGTTGA
TAAAAGTTTTATCTGACGTCATCCTAACCACTCCACCTCATACGTTATGTATGATGGTTA
CTGCTTTTGGGGTCAATTTTATATGTATGCACATGTCCCCCATGTGATTGTCTTTTCATT
TACATATAAATCGTATTGGTTGATGT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7685Contig1 578 2 1 U
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GTTTCATCTTAATTATCGTAGCCATGTCTCAGACTGTGGTCCTCAAAGTTGGTATGTCAT
GCCAAGACTGCGTTGGTGCCGTCAACAGAGTCTTGGGCAAAATGGAAGGGGTTGAGTCAT
TTGACATTGATATAAAGGAGCAAAAGGTGAAAGTGAAAGGTAATGTTGAGCCTGAAGCAG
TTTTTCAAACAGTTTCAAAGACGGGAAAGAAGAATTCTTACTGGCCTGTGGAGTCTGAGG
TTGAGTGTAAAGCTGAGGCCGAACCTAAGGCTGAGGTCGTGACGACTGAGACTAATACTG
AGGCTGAGACTAAGACGACTGAGGCTAAGGTTGATGCAAAGCCTGATATTGAACCAATAC
TCGCAGAAGCTGAGACTAAGCCATCACAAGTTTAAGTACTCAAGATTACAATGAGGCTTC
TTATCTGTATTTGGAATGCTACTTATTATCTCTGGATTGTATTGTTGTAAGAACTAAGAA
ATTTGTAATTTCTCTGAGTACCTAATACAGTATGTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CF05JQ C 1
AF RR1CF05TF U 1
BS 1 578 RR1CF05TF

RD RR1CF05JQ 578 0 0
GGGATTCAACAAGTTAAAAAAAATTAACTCGGATCATCGATCTCAAACGCTTCTCGTTTC
GTTTCATCTTAATTATCGTAGCCATGTCTCAGACTGTGGTCCTCAAAGTTGGTATGTCAT
GCCAAGACTGCGTTGGTGCCGTCAACAGAGTCTTGGGCAAAATGGAAGGGGTTGAGTCAT
TTGACATTGATATAAAGGAGCAAAAGGTGAAAGTGAAAGGTAATGTTGAGCCTGAAGCAG
TTTTTCAAACAGTTTCAAAGACGGGAAAGAAGAATTCTTACTGGCCTGTGGAGTCTGAGG
TTGAGTGTAAAGCTGAGGCCGAACCTAAGGCTGAGGTCGTGACGACTGAGACTAATACTG
AGGCTGAGACTAAGACGACTGAGGCTAAGGTTGATGCAAAGCCTGATATTGAACCAATAC
TCGCAGAAGCTGAGACTAAGCCATCACAAGTTTAAGTACTCAAGATTACAATGAGGCTTC
TTATCTGTATTTGGAATGCTACTTATTATCTCTGGATTGTATTGTTGTAAGAACTAAGAA
ATTTGTAATTTCTCTGAGTACCTAATACAGTATGTTTC

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR1CF05TF 578 0 0
GGGATTCAACAAGTTAAAAAAAATTAACTCGGATCATCGATCTCAAACGCTTCTCGTTTC
GTTTCATCTTAATTATCGTAGCCATGTCTCAGACTGTGGTCCTCAAAGTTGGTATGTCAT
GCCAAGACTGCGTTGGTGCCGTCAACAGAGTCTTGGGCAAAATGGAAGGGGTTGAGTCAT
TTGACATTGATATAAAGGAGCAAAAGGTGAAAGTGAAAGGTAATGTTGAGCCTGAAGCAG
TTTTTCAAACAGTTTCAAAGACGGGAAAGAAGAATTCTTACTGGCCTGTGGAGTCTGAGG
TTGAGTGTAAAGCTGAGGCCGAACCTAAGGCTGAGGTCGTGACGACTGAGACTAATACTG
AGGCTGAGACTAAGACGACTGAGGCTAAGGTTGATGCAAAGCCTGATATTGAACCAATAC
TCGCAGAAGCTGAGACTAAGCCATCACAAGTTTAAGTACTCAAGATTACAATGAGGCTTC
TTATCTGTATTTGGAATGCTACTTATTATCTCTGGATTGTATTGTTGTAAGAACTAAGAA
ATTTGTAATTTCTCTGAGTACCTAATACAGTATGTTTC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL7686Contig1 1020 2 8 U
GAAGACGAATCTTAAACTGTGCAACATCTGGTTTGACATTGGTGAATACAGACGGATGAC
TAAGATCCTGAAGGAACTGCATAAGTCTTGTCAAAAGGAAGATGGGACGGATGATCAGAA
GAAAGGAAGTCAGCTGCTTGAGGTTTATGCCATTGAAATTCAGATTTACACTGAAACTAG
GGACAACAAAAAGCTCAAGCAACTGTACCAGAAAGCACTTGCTATCAAATCTGCTATTCC
TCATCCTAGGATCATGGGTATTATCCGCGAGTGTGGTGGCAAGATGCACATGGCCGAACG
TCGGTGGGCTGAAGCGGCCACTGACTTCTTTGAGGCTTTCAAAAATTATGATGAAGCTGG
CAACCAAAGGCGTATTCAGTGCTTAAAGTATCTTGTTCTTGCGAATATGCTGATGGAGTC
AGAAGTGAATCCATTTGACGGTCAAGAGGCAAAGCCGTACAAAAACGACCCTGAGATCTT
GGCTATGACGAATCTGGTAGCAGCCTATCAACGAAACGAAATCATAGAGTTTGAGAAAAT
ACTCAAGAATAACCGGAAGACAATAATGGACGATCCATTCATCAGAAACTACATGGAAGA
TCTGCTGAAGAAGGTGAGGACACAGGTGTTGCTGAAGCTGATAAAGCCCTACACAAAAAT
CGGGATCCCTTTCATATCGAAGGAGCTTAACGTGCCAGAGAAGGATGTGACGGAGCTGCT
GGTGTCGCTTATACTGGACAGCCGAATCGATGGACGCATTGATGAGATCAACCGTTACTT
GCTGAGAGGTGACAGTGCTAATGGAAGGAAACTTCACAAGGCGGTTGATAAATGGAACAC
ACAGCTCAAGTCTCTTTCCATGAGTATCACCAACCGAGTCTGTTAATTTACCAATCCACC
TCTCTCTCTCTTTTCCATAGCTTTGACATTTTCGTGTTTCTACCATTTTGTGGATTACAT
TTTTTTTCCTTCACTTCGCTGAATTCTCTTTTGATGGTGATATGTGAGTTACATTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GA17TF U 1
AF RR1AC26TF U 438
BS 1 657 RR1GA17TF
BS 658 658 RR1AC26TF
BS 659 667 RR1GA17TF
BS 668 668 RR1AC26TF
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BS 684 695 RR1GA17TF
BS 696 1020 RR1AC26TF

RD RR1GA17TF 695 0 0
GAAGACGAATCTTAAACTGTGCAACATCTGGTTTGACATTGGTGAATACAGACGGATGAC
TAAGATCCTGAAGGAACTGCATAAGTCTTGTCAAAAGGAAGATGGGACGGATGATCAGAA
GAAAGGAAGTCAGCTGCTTGAGGTTTATGCCATTGAAATTCAGATTTACACTGAAACTAG
GGACAACAAAAAGCTCAAGCAACTGTACCAGAAAGCACTTGCTATCAAATCTGCTATTCC
TCATCCTAGGATCATGGGTATTATCCGCGAGTGTGGTGGCAAGATGCACATGGCCGAACG
TCGGTGGGCTGAAGCGGCCACTGACTTCTTTGAGGCTTTCAAAAATTATGATGAAGCTGG
CAACCAAAGGCGTATTCAGTGCTTAAAGTATCTTGTTCTTGCGAATATGCTGATGGAGTC
AGAAGTGAATCCATTTGACGGTCAAGAGGCAAAGCCGTACAAAAACGACCCTGAGATCTT
GGCTATGACGAATCTGGTAGCAGCCTATCAACGAAACGAAATCATAGAGTTTGAGAAAAT
ACTCAAGAATAACCGGAAGACAATAATGGACGATCCATTCATCAGAAACTACATGGAAGA
TCTGCTGAAGAAGGTGAGGACACAGGTGTTGCTGAAGCTGATAAAGCCCTACACAAAGAT
CGGGATCTCTTTCATATCGAAG*AGCTTAACGTGC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1AC26TF 583 0 0
G
CGGTCAAGAGGCAAAGCCGTACAAAAACGACCCTGAGATCTTGGCTATGACGAATCTGGT
AGCAGCCTATCAACGAAACGAAATCATAGAGTTTGAGAAAATACTCAAGAATAACCGGAA
GACAATAATGGACGATCCATTCATCAGAAACTACATGGAAGATCTGCTGAAGAAGGTGAG
GACACAGGTGTTGCTGAAGCTGATAAAGCCCTACACAAAAATCGGGATCCCTTTCATATC
GAAGGAGCTTAACGTGCCAGAGAAGGATGTGACGGAGCTGCTGGTGTCGCTTATACTGGA
CAGCCGAATCGATGGACGCATTGATGAGATCAACCGTTACTTGCTGAGAGGTGACAGTGC
TAATGGAAGGAAACTTCACAAGGCGGTTGATAAATGGAACACACAGCTCAAGTCTCTTTC
CATGAGTATCACCAACCGAGTCTGTTAATTTACCAATCCACCTCTCTCTCTCTTTTCCAT
AGCTTTGACATTTTCGTGTTTCTACCATTTTGTGGATTACATTTTTTTTCCTTCACTTCG
CTGAATTCTCTTTTGATGGTGATATGTGAGTTACATTTTCTT

QA 2 583 2 583
DS 



AS 1 2

CO CL7687Contig1 959 2 4 U
GGGGTGCCGTGAAACTGGTTCGGATCTCACACGGAGGAGTAACGGTGGCGCAGTGTTCCG
GCGTTTGGCGATTGGAGCTCGATTGGAGCTCGATTAGGTCATATTATAAGTTCCCTCTCT
CTCTCTTGTTATCTCGATTCCTCCTCTTCACTTGAAACTAAAGGATTTTTTATTCTTCTC
ATTTTCTCCTGAGAAATCTGACCTTTTCGAGCTTCAAGCTTTTAGTTCCAGAGGAAATTG
ACTTGGTGGAACGAGGGGATGGGTTCGGAACGGAAGCTGATGGAGTTGTTGATGAATTCC
AGGAAAATGTGATAGACGAGGAGATGAGGGTTTGTGGAGAAGATAAGCAGAGAGACTCGG
TGGAAGAGCTCCTGTAGTTATGTGTTGATGTTGTTGTGCTTGCTTGGTGTAAATCTAATT
TGTTTCCTGTCTTTTTACTCTGCTTGTAGGTTATGCATAGATGCAGAATCTTCGGCTTTT
GGAGTTGTGATAAAGAACACACAAAAAAAACATAATGGGAGGCTGCTGTTGTTGTTCTTC
TTCACGAAAAGCTGATGTTGATAACGGACCTCTCTGCTATTACGACTTCCTCTACAATCT
CCTCTGGTGTTGTTGTAGTTGACACAAACTTAGAGACTTCATCTCCTGATGCTTATATAC
CACCACCGCTCCCTACTCCTTTCGATGTGGCTATAGGTAAAGGCTGAAGTTGGTCACGGG
TGCACTGAAGGTTGGGCAAGTCACGGGTGCGTTAGGAGTAGTGGAAGTCACGGGTGCTTT
GAAGTAGTTCACGGGTTCATCTCTTGCAGTTTATGTAGTATAAGTAGTTCTCGTTTGGCC
TTTAGCTTTGTATCAGCTTATCTTTCTTTCCTCTGCATCAAAACTTTTATGTTCTTCTGT
TTGCTCGGATATGTTGTAATCTTTTGTTGGACATCTTCTCAACCCGATTTTTCACTTGT


BQ
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AF RR1ER78TF U 1
AF RR1ER78JQ C 228
BS 1 702 RR1ER78TF
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BS 714 959 RR1ER78JQ

RD RR1ER78TF 713 0 0
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GCGTTTGGCGATTGGAGCTCGATTGGAGCTCGATTAGGTCATATTATAAGTTCCCTCTCT
CTCTCTTGTTATCTCGATTCCTCCTCTTCACTTGAAACTAAAGGATTTTTTATTCTTCTC
ATTTTCTCCTGAGAAATCTGACCTTTTCGAGCTTCAAGCTTTTAGTTCCAGAGGAAATTG
ACTTGGTGGAACGAGGGGATGGGTTCGGAACGGAAGCTGATGGAGTTGTTGATGAATTCC
AGGAAAATGTGATAGACGAGGAGATGAGGGTTTGTGGAGAAGATAAGCAGAGAGACTCGG
TGGAAGAGCTCCTGTAGTTATGTGTTGATGTTGTTGTGCTTGCTTGGTGTAAATCTAATT
TGTTTCCTGTCTTTTTACTCTGCTTGTAGGTTATGCATAGATGCAGAATCTTCGGCTTTT
GGAGTTGTGATAAAGAACACACAAAAAAAACATAATGGGAGGCTGCTGTTGTTGTTCTTC
TTCACGAAAAGCTGATGTTGATAACGGACCTCTCTGCTATTACGACTTCCTCTACAATCT
CCTCTGGTGTTGTTGTAGTTGACACAAACTTAGAGACTTCATCTCCTGATGCTTATATAC
CACCACCGCTCCCTACTCCTTTCGATGTGGCTATAGGTAAAG*CTGAAGTTGG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1ER78JQ 732 0 0
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GTTGATGAATTCCAGGAAAATGTGATAGACGAGGAGATGAGGGTTTGTGGAGAAGATAAG
CAGAGAGACTCGGTGGAAGAGCTCCTGTAGTTATGTGTTGATGTTGTTGTGCTTGCTTGG
TGTAAATCTAATTTGTTTCCTGTCTTTTTACTCTGCTTGTAGGTTATGCATAGATGCAGA
ATCTTCGGCTTTTGGAGTTGTGATAAAGAACACACAAAAAAAACATAATGGGAGGCTGCT
GTTGTTGTTCTTCTTCACGAAAAGCTGATGTTGATAACGGACCTCTCTGCTATTACGACT
TCCTCTACAATCTCCTCTGGTGTTGTTGTAGTTGACACAAACTTAGAGACTTCATCTCCT
GATGCTTATATACCACCACCGCTCCCTACTCCTTTCGATGTGGCTATAGGTTAAGGCTGA
AGTTGGTCACGGGTGCACTGAAGGTTGGGCAAGTCACGGGTGCGTTAGGAGTAGTGGAAG
TCACGGGTGCTTTGAAGTAGTTCACGGGTTCATCTCTTGCAGTTTATGTAGTATAAGTAG
TTCTCGTTTGGCCTTTAGCTTTGTATCAGCTTATCTTTCTTTCCTCTGCATCAAAACTTT
TATGTTCTTCTGTTTGCTCGGATATGTTGTAATCTTTTGTTGGACATCTTCTCAACCCGA
TTTTTCACTTGT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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AGGAACCAGAAACTAAAAAACACGAACACGATGTTGTTAGGGAAGAGACAGAGACAAGAG
ATAAAGAGAACCACGAGTCTGTCGGAGATAAAATTCGACTTGAACTTACCTAGTGAACCA
GAAGAGCCGTCCGATCATCATCAGGTTCAGATGTTGAGTCCGAGGAAAAGTAAGCTCGTG
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GTAGGTACACCGAGGAGACACTCAGAAGATTACTCCACTCACGCCGGAGATTTTCTGAGG
TCTTGCTCTCTCTGTAAACGTCATCTTGTTCCCGGCCGAGACATCTATATGTATAGAGGA
GATAGGGCGTTTTGTAGCTTAGAGTGCAGGCAACAGCAGATTACGGTGGACGAGAGGAAA
GAGAAGGGCTTGGTTAGGTCTACCGTCGCCACCGGATCCGGCAAAGGAGAGAGAGTTTCC
GCCGCCGTGTAGGTCACCTCGACAAATATATATTTATATCCGTATGATTGTATATGGTTA
TTATTATTATGTCTAAAAGGATTGGGCATTATTGGCCATGATTAACCTTGTCAATCATCT
TAAGCTTTGCTCTAAAACTTAATTTAAGAGTTAAGACTAGACTATGGCGCTTTGCATATT
AAG


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20 10 10 

AF RR1BB37TF U 1
AF RR1BB37JQ C 14
BS 1 283 RR1BB37TF
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BS 285 721 RR1BB37TF
BS 722 723 RR1BB37JQ

RD RR1BB37TF 721 0 0
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GCCATTGATGAACATCGCCAGGTTAATCATGGCTTGTTAGATCGACGTCTCTTAGCGATG
GTAGGTACACCGAGGAGACACTCAGAAGATTACTCCACTCACGCCGGAGATTTTCTGAGG
TCTTGCTCTCTCTGTAAACGTCATCTTGTTCCCGGCCGAGACATCTATATGTATAGAGGA
GATAGGGCGTTTTGTAGCTTAGAGTGCAGGCAACAGCAGATTACGGTGGACGAGAGGAAA
GAGAAGGGCTTGGTTAGGTCTACCGTCGCCACCGGATCCGGCAAAGGAGAGAGAGTTTCC
GCCGCCGTGTAGGTCACCTCGACAAATATATATTTATATCCGTATGATTGTATATGGTTA
TTATTATTATGTCTAAAAGGATTGGGCATTATTGGCCATGATTAACCTTGTCAATCATCT
TAAGCTTTGCTCTAAAACTTAATTTAAGAGTTAAGACTAGACTATGGCGCTTTGCATATT
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1BB37JQ 710 0 0
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TAAAAAACACGAACACGATGTTGTTAGGGAAGAGACAGAGACAAGAGATAAAGAGAACCA
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ATCATCATCAGGTTCAGATGTTGAGTCCGAGGAAAAGTAAGCTCGTGGCCATTGATGAAC
ATCGCCAGGTTAATCATGGCTTGTTAGATCAACGTCTCTTAGCGATGGTAGGTACACCGA
GGAGACACTCAGAAGATTACTCCACTCACGCCGGAGATTTTTTGAGGTCTTGCTCTCTCT
GTAAACGTCATCTTGTTCCCGGCCGAGACATCTATATGTATAGAGGAGATAGGGCGTTTT
GTAGCTTAGAGTGCAGGCAACAGCAGATTACGGTGGACGAGAGGAAAGAGAAGGGCTTGG
TTAGGTCTACCGTCGCCACCGGATCCGGCAAAGGAGAGAGAGTTTCCGCCGCCGTGTAGG
TCACCTCGACAAATATATATTTATATCCGTATGATTGTATATGGTTATTATTATTATGTC
TAAAAGGATTGGGCATTATTGGCCATGATTAACCTTGTCAATCATCTTAAGCTTTGCTCT
AAAACTTAATTTAAGAGTTAAGACTAGACTATGGCGCTTTGCATATTAAG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL7689Contig1 1143 2 2 U
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ATGGGTTCAGTGAATGCTCTCGTTAAGAAAGCACTTGATGTTGGCGTTAATCATATGATC
TTTGCTGCATATAGAATGGCTATTTCTGCTTTGATATTGGTTCCGTTTTCTTATATTTGG
GAGAGGAAAACAAGGCCAATGTTAACGTTCATGCTCTTGTGCGAGCATTTCATCAGCGGA
TTACTTGGGGCAAGCTTGATGCAATTTTTCTTTCTGCTTGGACTATCGTACACGTCACCC
ACTGTTGCGATGGCTCTAAATAGCATGTTACCCGCTATTACCTTTGCCCTGGCTCTTATT
TTCAGAATAGAGAATGCACAGAAACTGAAGAGCAGAGCAGGCGTGCTCAAGTTAATAGGA
ACCCTAATTTGCATACTTGGAGCAATGTTCTTAACATTCTATAAAGGTCTTCAAGTATCA
AATCCTCATACTCATCCAGAGGCTATTGACAACAATACATTACATAACAATGGTCACGAC
CAAGCAAAGAAATGGCTTCTAGGCTGTGTTTACTTGTTCACTGGGATAGTGTTATTGTCG
CTATGGATGTTGTTTCAAGGGAAATTAAGCATTAAGTATCCGTGTACTAAGTACTCAAGT
ACTTGCCTCATGTCGGTCTTTGCAGCATTTCAATGTGCCATTTTGAGTCTTTATAAGAGT
AGAGAAGTCGAAGATTGGATCATCAAAGACAAACTCGTCATGTTCGTTATCCTTTACGCT
GGAATAGTGGGACAAGCGATGTCGACAGTGGTAACGTCATGGTCAATAAAAAGGACGGGA
GCAGTATTCGTGTCAACATTTAGTCCCGTTTGCCTTGTGTCTGCTACGTTATGCGATTTC
CTCATCTTGCGGTCTCCTTTATACCTCGGCAGTATAATTGGATCAGTAGTGACCATAACG
GGCCTCAACGTATTTCTTTGGGGAAAGAGGAGTGAGACAGATCAGACTGTTTCGAAGACT
TTGACCGTTTCCAAGTCTTGTCAAATGATCGAAAACAAAGACAATATAACAGTAGATGAC
AACAATACTAAATTGCCTGTTTGATATATTATAATAATCTATACAAATAAAAGTAGCAAT
TTG


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10 10 10 

AF RR1DO69TF U 1
AF RR1DO69JQ C 382
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ACTTGCCTCATG

QA 1 672 1 672
DS 

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TGATATATTATAATAATCTATACAAATAAAAGTAGCAATTTG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FV87TF U 1
AF RR1F538TF U 1
BS 1 665 RR1F538TF
BS 666 666 RR1FV87TF
BS 667 822 RR1F538TF

RD RR1FV87TF 692 0 0
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QA 1 692 1 692
DS 

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CCCGCCGACACAATCCGTCAAGCTGCTGCAAACAAACCCAAAAGATCCAAAACTTTAGTT
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CGCAGCAGATCATCGCTGTGACGTGACACGCGAGCAGCTGAT

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

CO CL7691Contig1 744 2 4 U
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ATTCACTGCCTTGGTTGGAGGATGTGCTGGTGAAGGTAAAGTTGATGAAGCTAAAATGTG
GTATAAGGAGTTAGAGAAGAACGGTTTTCGACCGATGAAATTGATTTTTTCCTCGTTGCT
TCCTGCAATGTGTAAGGCTGGCGATTTGGAGTCAGCCATTGAGTTCTGTAAGGAGATATT
CACTAAGCGCTTACTCGTGGATGGTGCTATCATGCAAGAGGTGGTCGATGAATTGGTGAA
AGGGTCAAAGCGAGAAGAAGCTGAGGAGATTGTTGAACTTGCGAAGAAGAATGAGTATTT
ACAGTTCAAACTACGTCTCTCTTCTGAAGAGTAAAGTAGTAGTTCATTGCCAAGCTTATC
AACAAGTTTCTAGTCTATGTTTTTCTCTCTTTAAGTGTCTTGTTGTTTGGCTGTAATCAT
TGAGTTAGTGGCTCAATACATTTGATTTAAGACAAAAAAAAACAGAGCAAACTTTTCTAT
TTCAATGAATAACAGAGTTGGTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CP62TF U 1
AF RR1CP62JQ C 1
BS 1 623 RR1CP62TF
BS 624 624 RR1CP62JQ
BS 625 692 RR1CP62TF
BS 693 744 RR1CP62JQ

RD RR1CP62TF 692 0 0
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QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1CP62JQ 744 0 0
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TAGAGATATACGTAGTTACAATGCTAGGTTGTTAGGATTAGCCTTAGAGATGAAGTCAGA
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ATTCACTGCCTTGGTTGGAGGATGTGCTGGTGAAGGTAAAGTTGATGAAGCTAAAATGTG
GTATAAGGAGTTAGAGAAGAACGGTTTTCGACCGATGAAATTGATTTTTTCCTCGTTGCT
TCCTGCAATGTGTAAGGCTGGCGATTTGGAGTCAGCCATTGAGTTCTGTAAGGAGATATT
CACTAAGCGCTTACTCGTGGATGGTGCTATCATGCAAGAGGTGGTCGATGAATTGGTGAA
AGGGTCAAAGCGAGAAGAAGCTGAGGAGATTGTTGAACTTGCGAAGAAGAATGAGTATTT
ACAGTTCAAACTACGTCTCTCTTCTGAAGAGTAAAGTAGTAGTTCATTGCCAAGCTTATC
AACAAGTTTCTAGTCTATGTTTTTCTCTCTTTAAGTGTCTTGTTGTTTGGCTGTAATCAT
TGAGTTAGTGGCTCAATACATTTGATTTAAGACAAAAAAAAACAGAGCAAACTTTTCTAT
TTCAATGAATAACAGAGTTGGTTG

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL7692Contig1 713 2 1 U
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CGGATAACACTGATAACCGGAGAGCGATATGGGGAGTTCCGAGAAGCTTCAGCTTCACAT
AGCCATGCTCACGTTACAATTCGGTTACGCTGGACTCCACGTGGTCTCGAGAGCTGCTCT
AAATATGGGAATCAGCAAACTCGTCTTTCCTGTTTATCGTAACATCATCGCCTTGCTTCT
TCTACTTCCCTTTGCTTACTTCCTCGAAAAGAAGGAGAGACCAGCGATTACTCTCAACTT
TCTCATTCAGTTCTTCTTTTTGGCACTCATCGGAATAACAGCGAACCAAGGGTTTTACTC
GTTGGGACTGGACTACACTTCACCAACATTTGCTTCTTCCATGCAAAACTCTGTCCCAGC
CATTACCATTCTCATGGCTGCTCTTCTCAGGATTGAGAAAGTTAGAATAAACAGAAGAGA
CGGTATCTCCAAAGTCTTAGGAACAGCTCTTTGCGTTGCTGGAGCTTCCGTCATCACTCT
CTACAAGGGTCCAACCATCTACACTCCGACTAGCCACCTCCACGCTCACCTCCTCACCAC
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BQ
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AF RR1GH69TF U 1
AF RR1GQ22TF U 1
BS 1 713 RR1GH69TF

RD RR1GH69TF 713 0 0
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CTACAAGGGTCCAACCATCTACACTCCGACTAGCCACCTCCACGCTCACCTCCTCACCAC
CAACCCGGCCGTATTAGCGCCGCTTGGAGACGCCGCGCCTAAAAACTGGACTCTTGGTTG
CCTCTACCTAATTGGTCACTGTCTCTCCTGGTCCGGTGGCTCGTGTTTCAAGC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1GQ22TF 687 0 0
GGAATCAAACACACTCATTCATTCTCCATCGTCGTCGGATACAACGGTCTGTTCCAATGG
CGGATAACACTGATAACCGGAGAGCGATATGGGGAGTTCCGAGAAGCTTCAGCTTCACAT
AGCCATGCTCACGTTACAATTCGGTTACGCTGGACTCCACGTGGTCTCGAGAGCTGCTCT
AAATATGGGAATCAGCAAACTCGTCTTTCCTGTTTATCGTAACATCATCGCCTTGCTTCT
TCTACTTCCCTTTGCTTACTTCCTCGAAAAGAAGGAGAGACCAGCGATTACTCTCAACTT
TCTCATTCAGTTCTTCTTTTTGGCACTCATCGGAATAACAGCGAACCAAGGGTTTTACTC
GTTGGGACTGGACTACACTTCACCAACATTTGCTTCTTCCATGCAAAACTCTGTCCCAGC
CATTACCATTCTCATGGCTGCTCTTCTCAGGATTGAGAAAGTTAGAATAAACAGAAGAGA
CGGTATCTCCAAAGTCTTAGGAACAGCTCTTTGCGTTGCTGGAGCTTCCGTCATCACTCT
CTACAAGGGTCCAACCATCTACACTCCGACTAGCCACCTCCACGCTCACCTCCTCACCAC
CAACCCGGCCGTATTAGCGCCGCTTGGAGACGCCGCGCCTAAAAACTGGACTCTTGGTTG
CCTCTACCTAATTGGTCACTGTCTCTC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL7693Contig1 796 2 2 U
TTCTTACTCATGTGTTGAGAGCCTAAAAGAAACAGACAACGCGAAGCTTCTCTTTACGTG
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AATCATCATCACTCTACGATAGAACGATTTGACTTTCAGAAGAGCAAGAGTCTGAGAAAA
GAAAGGCTCAATGGTAGGTGGTCATGTGGCTTGAAGGCTAATCAAGCACAAGGGTCAGCT
GAAGGGATTAGTGTGGTACAAGAAAAAGAGGTTGACAATCAAACCGATTATGGAGTTGTT
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AACATTCTAGGCCTTGAGATAAACGAGGCAAGACCACATGATAAGCTTCCGTACAGAGGA
GCATGGTTATGGGTAGGCTCGGAGATGATTCATTTAATGGAGCTTCCAAATCCTGATCCA
TTAACAGGCAGACCCGAGCACGGAGGCCGGGATCGACACGCTTGTATCGCAATCCGCGAT
GTTTCAAATCTTAAACAGATTTTGGACAAAGCTGGGATTGAGTATACGATGAGTAGGTCA
GGGAGGCCTGCGATATTCACTCGTGATCCAGACGCAAACGCTCTTGAGTTTACTCAAGTT
TGATTCTTGAGTCTCTCTTTTTTTATAGATATAAAGTTGCAGATACTTAAATACTGTTCA
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TTTATAAAACAAGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DK31TF U 1
AF RR1DK31JQ C 386
BS 1 565 RR1DK31TF
BS 566 796 RR1DK31JQ

RD RR1DK31TF 565 0 0
TTCTTACTCATGTGTTGAGAGCCTAAAAGAAACAGACAACGCGAAGCTTCTCTTTACGTG
ATGGTGTCTATTTTCAGACCTTCAGTTTCACTTGATCTACGACCAAAGGTGACTTGCACG
AATCATCATCACTCTACGATAGAACGATTTGACTTTCAGAAGAGCAAGAGTCTGAGAAAA
GAAAGGCTCAATGGTAGGTGGTCATGTGGCTTGAAGGCTAATCAAGCACAAGGGTCAGCT
GAAGGGATTAGTGTGGTACAAGAAAAAGAGGTTGACAATCAAACCGATTATGGAGTTGTT
GGGGTACACCATGTTGGTCTGCTCTGCGAAAACTTAGAACGGTCACTGGAGTTTTACCAG
AACATTCTAGGCCTTGAGATAAACGAGGCAAGACCACATGATAAGCTTCCGTACAGAGGA
GCATGGTTATGGGTAGGCTCGGAGATGATTCATTTAATGGAGCTTCCAAATCCTGATCCA
TTAACAGGCAGACCCGAGCACGGAGGCCGGGATCGACACGCTTGTATCGCAATCCGCGAT
GTTTCAAATCTTAAACAGATTTTGG

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1DK31JQ 411 0 0
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TGATTCATTTAATGGAGCTTCCAAATCCTGATCCATTAACAGGCAGACCCGAGCACGGAG
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ATCCAGACGCAAACGCTCTTGAGTTTACTCAAGTTTGATTCTTGAGTCTCTCTTTTTTTA
TAGATATAAAGTTGCAGATACTTAAATACTGTTCAAGTCTCACCCTTCAAATTTGTGTGT
CGGCTTGGATCAGTTTCATTAAGCATCCCACTTTATTTATAAAACAAGCTG

QA 1 411 1 411
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7695Contig1 869 2 6 U
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ATCCTTCTATAGTATAGAATGCGTTATACAAGGAAATATATTTTGGTTTTAAGGTATTTG
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CAAGAGTTACAGATACTAGATTGTGTTTAGTCAAGCCAATAAAAAACTTTGGAAACAGAA
AATACAGTTTGGTTCATCTCTCGAAGTTGTACAAAGCTTCAAGATCTGGAGAGGATAACA
CGAGATAGGTAAAAAGACAAGATTGGAATCTCTCATTTCTTCCCACCACCGGAAACGTTG
AACTTGAAGAAAATGATATCTCCGTCCTGAACAACATATGTTTTCCCCTCCTGTCTGTAT
TTTCCTGCCCCCTGCATTAGTTTTATAGGATTTTGAAATTTAGACTCGGCTGTTAAATTT
CATGATGGTGGAGTTTATATTGCATGATGGTGGAGTTACACTAGCATTTTCATGTCGGTT
TTAGAGGGTACTTTAGTAGCTTAATCCACAAAACTTATTATGGGAGGAGGAAATAACGTT
TTAGACAAGTACCTTGACTGCAGTTTCATTGCCAAGTTCCTTGAGATCCTCAAACTTCAT
CACCTGCGATATCAACAACAACAGGTTAACCACATCGAACTCCCAAAGTAAACCCAAAGA
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CATTAGGATTCTAGTTTTCAGATATACAGGCACAAATCCAAATAATTAATAAGAACCAAC
ACCAAGATGAATATGAAGATATGCAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A684TF U 1
AF RR1A684JQ C 110
BS 1 731 RR1A684TF
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RD RR1A684TF 805 0 0
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CGAGATAGGTAAAAAGACAAGATTGGAATCTCTCATTTCTTCCCACCACCGGAAACGTTG
AACTTGAAGAAAATGATATCTCCGTCCTGAACAACATATGTTTTCCCCTCCTGTCTGTAT
TTTCCTGCCCCCTGCATTAGTTTTATAGGATTTTGAAATTTAGACTCGGCTGTTAAATTT
CATGATGGTGGAGTTTATATTGCATGATGGTGGAGTTACACTAGCATTTTCATGTCGGTT
TTAGAGGGTACTTTAGTAGCTTAATCCACAAAACTTATTATGGGAGGAGGAAATAACGTT
TTAGACAAGTACCTTGACTGCAGTTTCATTGCCAAGTTCCTTGAGATCCTCAAACTTCAT
CACCTGCGATATCAACAACAACAGGTTAACCACATCGAACTCCCAAAGTAAACCCAAAGA
ATTCAACTCAG*TAAACAATTGATTTGTTTGTGAAACTGATGAATCTACAAATGGGTTTG
CATTAG*ATTCTAGTTTTCAGATAT

QA 1 805 1 805
DS 

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AGAGGATAACACGAGATAGGTAAAAAGACAAGATTGGAATCTCTCATTTCTTCCCACCAC
CGGAAACGTTGAACTTGAAGAAAATGATATCTCCGTCCTGAACAACATATGTTTTCCCCT
CCTGTCTGTATTTTCCTGCCCCCTGCATTAGTTTTATAGGATTTTGAAATTTAGACTCGG
CTGTTAAATTTCATGATGGTGGAGTTTATATTGCATGATGGTGGAGTTACACTAGCATTT
TCATGTCGGTTTTAGAGGGTACTTTAGTAGCTTAATCCACAAAACTTATTATGGGAGGAG
GAAATAACGTTTTAGACAAGTACCTTGACTGCAGTTTCATTGCCAAGTTCCTTGAGATCC
TCAAACTTCATCACCTGCGATATCAACAACAACAGGTTAACCACATCGAACTCCCAAAGT
AAACCCAAAGAATTCAACTCAGGTAAACAATTGATTTGTTTGTGAAACTGATGAATCTAC
AAATGGGTTTGCATTAGGATTCTAGTTTTCAGATATACAGGCACAAATCCAAATAATTAA
TAAGAACCAACACCAAGATGAATATGAAGATATGCAAAGC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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TCTTCACTCCATCTCTATCGCCATCGTCTTCAAAAGGCTACGTGTTTGATGGGGATAATA
ATCTCTCTACACTCTCTCTTTCTTCCGTCCAGTCTCCTCCTCTTCAAGACGCCCAGGTTA
AGACAAAACCCACTCCGCAAGACAAACATAACAACAACGACAGAGATGAGTTCTACATCA
ACCTCGGTCTCGCTGTCCGTACGCTTCGTGAAGATATGCCTTTGATCTTCGCTAGAGATC
TAAACTACGACATCTACAGGGATGATGTAACGTTTGTGGATCCGATGAACACATTCAGTG
GGATTGAGAACTACAAGTTGATCTTCTGGGCACTCAGGTTTCACGGGAAGATATTGTTCA
GAGACATTTCTCTTGAGATCTTCAGGGTATGGCAACCATCAGAGAACATGATTCTCATCA
GGTGGACTCTCAAGGGTGTGCCTAGAGTTCCATGGGAAGCTAAAGGAGAGTTTCAAGGCA
CTTCTCGGTATAAACTCGACCGTAATGGCAAAATCTATGAGCATAAAGTCGATAACTTGG
CCTTCAATTTCCCTCATCAGCTCAAACCCGCAGTGTCGGTTTTGGATTTGGTGACTGCTT
CTGCAAGTAGTCCGAATCCAACCTTCTTTTCCGGTTCTGCCGACTCGTGTTCGTGTTCAT
GGATCGAGTTCTATCAAGCGGTGAGGCGGACAGTGGACAAGACAGAGGATATGCTTGTGA
CAGACAGTTTAATCACATGCTCATAGTGGAAGTAGAGTTGTTGCTATACACATACTCAGG
GACACACCCTTCTCGGGCGTATATAGGTGTTACATTTGAAGGTTATATATATATGTGTGA
GTAGATCTGGTTGGCTCTAAGCTTTAGAGGAAACATAAAAGTGTAATGTGGTTCCAAAAG
CTTTTATACAACTTTGTCAATACATTGGAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AR81TF U 1
AF RR1AR81JQ C 163
BS 1 840 RR1AR81TF
BS 841 841 RR1AR81JQ
BS 842 854 RR1AR81TF
BS 855 993 RR1AR81JQ

RD RR1AR81TF 854 0 0
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TCTTCACTCCATCTCTATCGCCATCGTCTTCAAAAGGCTACGTGTTTGATGGGGATAATA
ATCTCTCTACACTCTCTCTTTCTTCCGTCCAGTCTCCTCCTCTTCAAGACGCCCAGGTTA
AGACAAAACCCACTCCGCAAGACAAACATAACAACAACGACAGAGATGAGTTCTACATCA
ACCTCGGTCTCGCTGTCCGTACGCTTCGTGAAGATATGCCTTTGATCTTCGCTAGAGATC
TAAACTACGACATCTACAGGGATGATGTAACGTTTGTGGATCCGATGAACACATTCAGTG
GGATTGAGAACTACAAGTTGATCTTCTGGGCACTCAGGTTTCACGGGAAGATATTGTTCA
GAGACATTTCTCTTGAGATCTTCAGGGTATGGCAACCATCAGAGAACATGATTCTCATCA
GGTGGACTCTCAAGGGTGTGCCTAGAGTTCCATGGGAAGCTAAAGGAGAGTTTCAAGGCA
CTTCTCGGTATAAACTCGACCGTAATGGCAAAATCTATGAGCATAAAGTCGATAACTTGG
CCTTCAATTTCCCTCATCAGCTCAAACCCGCAGTGTCGGTTTTGGATTTGGTGACTGCTT
CTGCAAGTAGTCCGAATCCAACCTTCTTTTCCGGTTCTGCCGACTCGTGTTCGTGTTCAT
GGATCGAGTTCTATCAAGCGGTGAGGCGGACAGTGGACAAGACAGAGGATATGCTTGTGA
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*ACACACCCTTCTC

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR1AR81JQ 831 0 0
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GAGATGAGTTCTACATCAACCTCGGTCTCGCTGTCCGTACGCTTCGTGAAGATATGCCTT
TGATCTTCGCTAGAGATCTAAACTACGACATCTACAGGGATGATGTAACGTTTGTGGATC
CGATGAACACATTCAGTGGGATTGAGAACTACAAGTTGATCTTCTGGGCACTCAGGTTTC
ACGGGAAGATATTGTTCAGAGACATTTCTCTTGAGATCTTCAGGGTATGGCAACCATCAG
AGAACATGATTCTCATCAGGTGGACTCTCAAGGGTGTGCCTAGAGTTCCATGGGAAGCTA
AAGGAGAGTTTCAAGGCACTTCTCGGTATAAACTCGACCGTAATGGCAAAATCTATGAGC
ATAAAGTCGATAACTTGGCCTTCAATTTCCCTCATCAGCTCAAACCCGCAGTGTCGGTTT
TGGATTTGGTGACTGCTTCTGCAAGTAGTCCGAATCCAACCTTCTTTTCCGGTTCTGCCG
ACTCGTGTTCGTGTTCATGGATCGAGTTCTATCAAGCGGTGAGGCGGACAGTGGACAAGA
CAGAGGATATGCTTGTGACAGACAGTTTAATCACATGCTCATAGTGGAAGTAGAGTTGTT
GCTATACACATACTCAGGGACACACCCTTCTCGGGCGTATATAGGTGTTACATTTGAAGG
TTATATATATATGTGTGAGTAGATCTGGTTGGCTCTAAGCTTTAGAGGAAACATAAAAGT
GTAATGTGGTTCCAAAAGCTTTTATACAACTTTGTCAATACATTGGAGTTT

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1BI93JQ C 1
AF RR1BI93TF U 1
BS 1 687 RR1BI93TF

RD RR1BI93JQ 687 0 0
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GTCTTTCTCCTTTCTCCTCTCCCTAGAAGTTCCAGGTTTCTATTATTTCTTCACCGGGTG
AGGTGTGGATCCGTCTATCCTGTGGCGGTCTAGAGGTTTGTTACCTCAATCGGAGGTTCT
TCTCGGTTCTTCTAATACAGATCCTCAACCATCGTCTTCTGATCTGTTGTAACCGGTGCG
GGTTTGGAGTTTGTGGGGTTTGATTGTGACTTCTTGACCATTGAGCTGCAGGATCTGTCT
TCCTTGATTTGGCTAGGAGCTTATCGCCGTTTCCGTTCATAGTTGGTCTATGATGTCTAT
GGCCTATTTGGTAAAACGGATGTTGACTGTACCGAAGGGAACTCATGGCTTCGACAACGT
AATGACATGTTGGTGTAAGGGTTAAGTGAGAAGTTCGGTCTCAGTCTTTATTCACTGTCT
TTTGTGGTTCTGGTCAAGTTTATGGTTTGATGGGTCTTGTAAGTTTAGCCTTCTTGTTTA
GAATCTTAGTTGTTTGCTTGATGTTGTTTCAGTTTCTTTTCCCACTTGTGGGCTTAGTTT
CCAGGGACATCTATATCGTTCGCTGGCTTAGTATGCTCGACTATGTAATGGTTGATGTTG
CAAGCTCTAATAAAATCTGTTCAGAGT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1BI93TF 687 0 0
GGCTTGCAAGCTCAATCGTCGGATACTGATTCGATGCTGGTGGGTGTGGGATGTGGTCTC
GTCTTTCTCCTTTCTCCTCTCCCTAGAAGTTCCAGGTTTCTATTATTTCTTCACCGGGTG
AGGTGTGGATCCGTCTATCCTGTGGCGGTCTAGAGGTTTGTTACCTCAATCGGAGGTTCT
TCTCGGTTCTTCTAATACAGATCCTCAACCATCGTCTTCTGATCTGTTGTAACCGGTGCG
GGTTTGGAGTTTGTGGGGTTTGATTGTGACTTCTTGACCATTGAGCTGCAGGATCTGTCT
TCCTTGATTTGGCTAGGAGCTTATCGCCGTTTCCGTTCATAGTTGGTCTATGATGTCTAT
GGCCTATTTGGTAAAACGGATGTTGACTGTACCGAAGGGAACTCATGGCTTCGACAACGT
AATGACATGTTGGTGTAAGGGTTAAGTGAGAAGTTCGGTCTCAGTCTTTATTCACTGTCT
TTTGTGGTTCTGGTCAAGTTTATGGTTTGATGGGTCTTGTAAGTTTAGCCTTCTTGTTTA
GAATCTTAGTTGTTTGCTTGATGTTGTTTCAGTTTCTTTTCCCACTTGTGGGCTTAGTTT
CCAGGGACATCTATATCGTTCGCTGGCTTAGTATGCTCGACTATGTAATGGTTGATGTTG
CAAGCTCTAATAAAATCTGTTCAGAGT

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL7698Contig1 733 2 4 U
GGGACCCGGATGAGAACAACCCAAACCTAAAAGAGGCTTCTACTTCTTTCATCCTCCTTA
CTGAGCCGCCATCTATCCTCCTCCGACCTCCGTCGTCTCTTTCGCTAAGCTTCTCCAAAG
GGACAATGCCGAAGATTAAGACTAACAGAGTAAAGTACCCAGAAGGTTGGGAGTTGATTG
AGCCTACTCTTCTTGAGATAGAGGCCAAGATGAGAGAAGCTGAGATAGATACACATGATG
GCAAGAGAAAGTGTGAAGCCTTGTGGCCTATCTTCAAACTCTCTCATCAGAGGAGTCGCT
ATGTCTATGACCTCTATTACCGTAGGGAGGAGATCTCTAAAGACCTTTATGAGTTCTGCT
TGGATCAGAACTATGCTGATCGTAACCTCATTGCCAAGTGGAAAAAGTCAGGATATGAGC
GTTTGTGCTGCTTGCGCTGCATACAGCCAAGAGACCACAACTACGGAACAACATGCGTAT
GCCGTGTTCCCAAACACTTGCGTGAAGAGAAAGTGGTTGAATGCGTTCACTGCGGTTGTC
AAGGATGCGCCAGTGGCGATTAATCTCCACCATTATGTTTTTCTTCACTGTTGCTGTATT
CTATATCTTGTCAAAATCTGAATCATGTACCCTAAAAACACCCTGAAGAGACTACCTTTT
GAAACCTCTACTCGTTAACTATGTTGTTGAAACTGTAAAGACGTTCCCGGTTTTGGTATA
TATATGAATTTAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CP32TF U 1
AF RR1CP32JQ C 1
BS 1 637 RR1CP32TF
BS 638 638 RR1CP32JQ
BS 639 691 RR1CP32TF
BS 692 733 RR1CP32JQ

RD RR1CP32TF 695 0 0
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ATGTCTATGACCTCTATTACCGTAGGGAGGAGATCTCTAAAGACCTTTATGAGTTCTGCT
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GTTTGTGCTGCTTGCGCTGCATACAGCCAAGAGACCACAACTACGGAACAACATGCGTAT
GCCGTGTTCCCAAACACTTGCGTGAAGAGAAAGTGGTTGAATGCGTTCACTGCGGTTGTC
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CTATATCTTGTCAAAATCTGAATCATGTACCCTAAAA*CACCCTGAAGAGACTACCTTTT
GAAACCTCTACTCGTTAACTATGTTGTTGAA
CTGT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1CP32JQ 733 0 0
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CTGAGCCGCCATCTATCCTCCTCCGACCTCCGTCGTCTCTTTCGCTAAGCTTCTCCAAAG
GGACAATGCCGAAGATTAAGACTAACAGAGTAAAGTACCCAGAAGGTTGGGAGTTGATTG
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GCAAGAGAAAGTGTGAAGCCTTGTGGCCTATCTTCAAACTCTCTCATCAGAGGAGTCGCT
ATGTCTATGACCTCTATTACCGTAGGGAGGAGATCTCTAAAGACCTTTATGAGTTCTGCT
TGGATCAGAACTATGCTGATCGTAACCTCATTGCCAAGTGGAAAAAGTCAGGATATGAGC
GTTTGTGCTGCTTGCGCTGCATACAGCCAAGAGACCACAACTACGGAACAACATGCGTAT
GCCGTGTTCCCAAACACTTGCGTGAAGAGAAAGTGGTTGAATGCGTTCACTGCGGTTGTC
AAGGATGCGCCAGTGGCGATTAATCTCCACCATTATGTTTTTCTTCACTGTTGCTGTATT
CTATATCTTGTCAAAATCTGAATCATGTACCCTAAAAACACCCTGAAGAGACTACCTTTT
GAAACCTCTACTCGTTAACTATGTTGTTGAAACTGTAAAGACGTTCCCGGTTTTGGTATA
TATATGAATTTAG

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL7699Contig1 797 2 2 U
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CCTACAAGTGTTTCTGAGGAAACTTCTAGTGGTTCGAACAAGAAGCCATAGATCAATGGA
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ATAACGTTTTGTAATTT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C239TF U 1
AF RR1C239JQ C 4
BS 1 766 RR1C239TF
BS 767 797 RR1C239JQ

RD RR1C239TF 782 0 0
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CTCTCAAGTTGGTTTCCATTCAAGAGAAAATACCATATCACAAAAATGATTAATCTTCGC
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GCTACGCCTGTTTTTGCTGCTCGAGTAGGTCGATCTCTAGTCCAAGAAGAGGTCACAATG
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GAGGAACCTGAGGAGTCACCAAAGGAATCAGAAGGATCAAGTTTTGAATTCCCCTCGTGG
ATTCCAAGCTTCCCTTTTCTTGGTAATAACGGCGGTTTTCCAAAGACTGAAAAGACAAAA
CCTACAAGTGTTTCTGAGGAAACTTCTAGTGGTTCGAACAAGAAGCCATAGATCAATGGA
TTGAAAACATTAAGGGAATCTATATTCTGCTCTTGCTTGATTAATGATAAATAAAAGTAT
ATTTGTAATTATAAGTTGGTTTGTGTTTTATGAAATACGAGAGAGTACTTATTAACTTAT
GCATTGTTGCAGTTTCATGTCATGTTTGGTCACTGACGTCTCGATATTAAGTCTTGTACT
GAGTCTCTCTTGTATTGTAATTGTATGTCTTTCTTTGTGGTACAAA
TAATATTTTACTATAA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1C239JQ 794 0 0
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TCAAGTTGGTTTCCATTCAAGAGAAAATACCATATCACAAAAATGATTAATCTTCGCATT
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ACGCCTGTTTTTGCTGCTCGAGTAGGTCGATCTCTAGTCCAAGAAGAGGTCACAATGATT
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AAAACATTAAGGGAATCTATATTCTGCTCTTGCTTGATTAATGATAAATAAAAGTATATT
TGTAATTATAAGTTGGTTTGTGTTTTATGAAATACGAGAGAGTACTTATTAACTTATGCA
TTGTTGCAGTTTCATGTCATGTTTGGTCACTGACGTCTCGATATTAAGTCTTGTACTGAG
TCTCTCTTGTATTGTAATTGTATGTCTTTCTTTGTGGTACAAAATATATATTTTACTATA
ACGTTTTGTAATTT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL7700Contig1 649 2 2 U
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ACTTCATTTGCAAAGGAAATAATGTGCTCAGCTCTGGCAGAGCATATAAAATCACTATGT
TTAGTTCGTTGATAAACATAAGATGTGCTTGATCATGTTCAGTGAGTTATGTATAAACCC
TTTCTTCTCCTTCCAGCAAATTTCTCGAATTTTATTTTTCTTGTGTTCCCACGTCTGTTT
TAACATGTATAAACGATCACTCCATGGAAAAGGGCCATCCATGTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DM80TF U 1
AF RR1DM80JQ C 381
BS 1 647 RR1DM80TF
BS 648 649 RR1DM80JQ

RD RR1DM80TF 647 0 0
GATCATCATTCTTGGCCACAGACACAGATAGGAAACCACCCGTCTCCTAACGAGGTGAGA
GTGACTAAACTTGACAGAAGAGAGGAAGCGTTGCTTAAATTTAGACGTAAAAGGAACCAA
AGGTGTTTTGATAAGAAGATTAGGTATGTGAATAGGAAGCGGCTTGCTGAGAGGAGACCA
CGTGTTAAGGGTCAGTTCGTTAGAAAAATGAACGGCGTGAATGTTGACTTGAACGGGCAG
CCTGAGCCTGACTCTGCTGACTATGATGACGAGGATGAAGATGAATAGGAGAACCGAGAC
TCATCTCCTCAGGATGATGCTCTTGGAACTTGAGAAAACATGGGAGAGAATTGAAAAACC
GTGTTTGGTTTTATATCGAGAATGATGCTGCTGCCACAGCCAAAAACACTGGATATGTGT
ACTTCATTTGCAAAGGAAATAATGTGCTCAGCTCTGGCAGAGCATATAAAATCACTATGT
TTAGTTCGTTGATAAACATAAGATGTGCTTGATCATGTTCAGTGAGTTATGTATAAACCC
TTTCTTCTCCTTCCAGCAAATTTCTCGAATTTTATTTTTCTTGTGTTCCCACGTCTGTTT
TAACATGTATAAACGATCACTCCATGGAAAAGGGCCATCCATGTGTT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1DM80JQ 269 0 0
AATGATGCTGCTGCCACAGCCAAAAACACTGGATATGTGTACTTCATTTGCAAAGGAAAT
AATGTGTTCAGTTCTGGCAGAGCATATAAAATCACTATGTTTAGTTCGTTGATAAACATA
AGATGTGCTTGATCATGTTCAGTGAGTTATGTATAAACCCTTTCTTCTCCTTCCAGCAAA
TTTCTCGAATTTTATTTTTCTTGTGTTCCCACGTCTGTTTTAACATGTATAAACGATCAC
TCCATGGAAAAGGGCCATCCATGTGTTCC

QA 1 269 1 269
DS 



AS 1 2

CO CL7701Contig1 910 2 2 U
GGCACGATACTCTGTTCTTCTCCTCTGCCGCCATCACAATTATTTTTTCACCCCATTCCA
GATCTCGTCCTCCGTCTTCTATTCCTCCTTCTCCTCAACTGTCTCTTCCTACACCTGTTA
TTCCCTTCTACATCCTCTATTTGAACCCCATCACCGTCGGTATCAAAATCACCATTGAAT
TTTTTAGGCGGCGACGGAAGAGAATCCTCTCGAATTCCATCTTCGTTGTCTCTTTCTTCG
GTGGGTTATCAACAAGAGTGGTGGTTGGTAACTCCGTCGGAGGAGTCGATTTGCCTGTGA
TAGTGATTCTGGTTTGTATTCTCTTGTTAGTCTCAACAGTAATCAAATAATGTTATTAAA
CCGTAGAATTTGCTTACTGGTTGTTCAATTTTGGATATAATTTGTTACTTGTTATCAGAG
GATTGTTGTTTGGTATATTCTGATGTTAGCTAGAGAATTGTATTGCATTGCAGGTGACCT
TTCTGTTGTGATATTGCGTGCCAGTCCTGGTCTAGCAGATGCTGGGATTATGATGTACGA
CCTTATCACAACAGTTTCTATAGTATGCAATGTTTATGCTACAACAGCCACATCAATTCC
TCTGAATTATCTCTTAAGCCTATTAGCGTTAGATGAAGAAAGCAACATATACATTATAAT
AAACAAGAGTGCAATCTAAGCCTCCATCTCCACCATCACACAAGCCTCCACTTCCACACC
CGCATTTGCAATATGGATTTGTTTGTTTGGTCTTTTTGTTGGTCTATATTTTTGTGTTTT
GGATATTTTCGTTATGGTTGCAGCATCAATATTGTTTGGATGGTTGGGTTTTATGGATGT
AGTCAGTTGTTGTTGTATATTTATCCTTCCTTTGGACAGTTCTCTTGAACTTGTTTCTTT
TATGAACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AE69TF U 1
AF RR1AE69JQ C 113
BS 1 810 RR1AE69TF
BS 811 910 RR1AE69JQ

RD RR1AE69TF 810 0 0
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TTCCCTTCTACATCCTCTATTTGAACCCCATCACCGTCGGTATCAAAATCACCATTGAAT
TTTTTAGGCGGCGACGGAAGAGAATCCTCTCGAATTCCATCTTCGTTGTCTCTTTCTTCG
GTGGGTTATCAACAAGAGTGGTGGTTGGTAACTCCGTCGGAGGAGTCGATTTGCCTGTGA
TAGTGATTCTGGTTTGTATTCTCTTGTTAGTCTCAACAGTAATCAAATAATGTTATTAAA
CCGTAGAATTTGCTTACTGGTTGTTCAATTTTGGATATAATTTGTTACTTGTTATCAGAG
GATTGTTGTTTGGTATATTCTGATGTTAGCTAGAGAATTGTATTGCATTGCAGGTGACCT
TTCTGTTGTGATATTGCGTGCCAGTCCTGGTCTAGCAGATGCTGGGATTATGATGTACGA
CCTTATCACAACAGTTTCTATAGTATGCAATGTTTATGCTACAACAGCCACATCAATTCC
TCTGAATTATCTCTTAAGCCTATTAGCGTTAGATGAAGAAAGCAACATATACATTATAAT
AAACAAGAGTGCAATCTAAGCCTCCATCTCCACCATCACACAAGCCTCCACTTCCACACC
CGCATTTGCAATATGGATTTGTTTGTTTGGTCTTTTTGTTGGTCTATATTTTTGTGTTTT
GGATATTTTCGTTATGGTTGCAGCATCAAT

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1AE69JQ 798 0 0
ACCTGTTATTCCCTTCTACATCCTCTATTTGAACCCCATCACCGTCGGTATCAAAATCAC
CATTGAATTTTTTAGGCGGCGACGGAAGAGAATCCTCTCGAATTCCATCTTCGTTGTCTC
TTTCTTCGGTGGGTTATCAACAAGAGTGGTGGTTGGTAACTCCGTCGGAGGAGTCGATTT
GCCTGTGATAGTGATTCTGGTTTGTATTCTCTTGTTAGTCTCAACAGTAATCAAATAATG
TTATTAAACCGTAGAATTTGCTTACTGGTTGTTCAATTTTGGATATAATTTGTTACTTGT
TATCAGAGGATTGTTGTTTGGTATATTCTGATGTTAGCTAGAGAATTGTATTGCATTGCA
GGTGACCTTTCTGTTGTGATATTGCGTGCCAGTCCTGGTCTAGCAGATGCTGGGATTATG
ATGTACGACCTTATCACAACAGTTTCTATAGTATGCAATGTTTATGCTACAACAGCCACA
TCAATTCCTCTGAATTATCTCTTAAGCCTATTAGCGTTAGATGAAGAAAGCAACATATAC
ATTATAATAAACAAGAGTGCAATCTAAGCCTCCATCTCCACCATCACACAAGCCTCCACT
TCCACACCCGCATTTGCAATATGGATTTGTTTGTTTGGTCTTTTTGTTGGTCTATATTTT
TGTGTTTTGGATATTTTCGTTATGGTTGCAGCATCAATATTGTTTGGATGGTTGGGTTTT
ATGGATGTAGTCAGTTGTTGTTGTATATTTATCCTTCCTTTGGACAGTTCTCTTGAACTT
GTTTCTTTTATGAACACC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL7702Contig1 955 2 2 U
TAACTGACGTATCATCTTCTTCTCTATTGCTCCACTGTAACCTCAGCCACCAATCCATCT
CTCTCATTAAAGCCCCTTCTTCACTCCTTCAATCGACCAAAAACAGAGTGACGACGCGGT
TGGTTCACGACATGACTTATATAGCATTCAGAGGAGAAGATTCCAATTGACATCCACCCA
TGGATGTCTCACTGTCTGCTTATCAACTTTGCCCTTCACGTGAACTTTTAGGAGTGGAGA
TGGAAACCTAGCCATCGTCCGCGAGTCCCGTCACTGGCACTGATGTCTTCTGGTCAGCCA
TCTTCGTGATCCACCTCATATGCTTAGGATTCGTGCTCGCGGTGCTTGGACTCAACAGGT
TTAGGATATCAGATAGGTTAAACATCGATCGATAGATACACTCTAAGGCTTCTTTGAGAA
TCACAAAGGCCTCACCGAGGACTACTGGCCTCTCTACGCCGTCGCTGGTGGCATTGGAGT
CTTTATCAGCTGGGTCTGGTCGTTGCTTCTCGGCTCTTACGCCAACGAGATGATGAACGT
CTCTGTCCACATCTTGACCACATACTTGGCTGTGGTCAGCGTGCTGTGTTTCTGGTTTAG
ACAGTTCTTTTGGGGCGGTGCGTTCGCTATTGGAGCTCTGTTGCAGTTCTTATATGTTGT
TTCGGTTATAGACAGGCTTCCCTTTACGATGCTGGTTCTGTAAGAAAGCGCTGAATTTCA
TGTTATTACACCACTGTTATGATGTAATGTTTGATCTTGCTTAAGGCAAGTGATTTTCTT
TCTAGCCTTTTTAGTTCATGTTTCCTGAGTCACTTAGCAAGTTTTTGAGCTTTTGTGCTC
TTACTAGCTACCTGCTTACCTATATATCTTTACAATTGTGTAAAAACATCTTTTTCTTTT
GAGCCTTTCTAAGGTCGTAGGTATAATAAATTGTCAAGATACGTTTGATAAAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B467TF U 1
AF RR1B467JQ C 82
BS 1 661 RR1B467TF
BS 662 955 RR1B467JQ

RD RR1B467TF 661 0 0
TAACTGACGTATCATCTTCTTCTCTATTGCTCCACTGTAACCTCAGCCACCAATCCATCT
CTCTCATTAAAGCCCCTTCTTCACTCCTTCAATCGACCAAAAACAGAGTGACGACGCGGT
TGGTTCACGACATGACTTATATAGCATTCAGAGGAGAAGATTCCAATTGACATCCACCCA
TGGATGTCTCACTGTCTGCTTATCAACTTTGCCCTTCACGTGAACTTTTAGGAGTGGAGA
TGGAAACCTAGCCATCGTCCGCGAGTCCCGTCACTGGCACTGATGTCTTCTGGTCAGCCA
TCTTCGTGATCCACCTCATATGCTTAGGATTCGTGCTCGCGGTGCTTGGACTCAACAGGT
TTAGGATATCAGATAGGTTAAACATCGATCGATAGATACACTCTAAGGCTTCTTTGAGAA
TCACAAAGGCCTCACCGAGGACTACTGGCCTCTCTACGCCGTCGCTGGTGGCATTGGAGT
CTTTATCAGCTGGGTCTGGTCGTTGCTTCTCGGCTCTTACGCCAACGAGATGATGAACGT
CTCTGTCCACATCTTGACCACATACTTGGCTGTGGTCAGCGTGCTGTGTTTCTGGTTTAG
ACAGTTCTTTTGGGGCGGTGCGTTCGCTATTGGAGCTCTGTTGCAGTTCTTATATGTTGT
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1B467JQ 874 0 0
TCACT
CTTCAATCGACCAAAAACAGAGTGACGACGCGGTTGGTTCACGACATGACTTATATAGCA
TTCAGAGGAGAAGATTCCAATTGACATCCACCCATGGATGTCTCACTGTCTGCTTATCAA
CTTTGCCCTTCACGTGAACTTTTAGGAGTGGAGATGGAAACCTAGCCATCGTCCGCGAGT
CCCGTCACTGGCACTGATGTCTTCTGGTCAGCCATCTTCGTGATCCACCTCATATGCTTA
GGATTCGTGCTCGCGGTGCTTGGACTCAACAGGTTTAGGATATCAGATAGGTTAAACATC
GATCGATAGATACACTCTAAGGCTTCTTTGAGAATCACAAAGGCCTCACCGAGGACTACT
GGCCTCTCTACGCCGTCGCTGGTGGCATTGGAGTCTTTATCAGCTGGGTCTGGTCGTTGC
TTCTCGGCTCTTACGCCAACGAGATGATGAACGTCTCTGTCCACATCTTGACCACATACT
TGGCTGTGGTCAGCGTGCTGTGTTTCTGGTTTAGACAGTTCTTTTGGGGCGGTGCGTTCG
CTATTGGAGCTCTGTTGCAGTTCTTATATGTTGTTTCGGTTATAGACAGGCTTCCCTTTA
CGATGCTGGTTCTGTAAGAAAGCGCTGAATTTCATGTTATTACACCACTGTTATGATGTA
ATGTTTGATCTTGCTTAAGGCAAGTGATTTTCTTTCTAGCCTTTTTAGTTCATGTTTCCT
GAGTCACTTAGCAAGTTTTTGAGCTTTTGTGCTCTTACTAGCTACCTGCTTACCTATATA
TCTTTACAATTGTGTAAAAACATCTTTTTCTTTTGAGCCTTTCTAAGGTCGTAGGTATAA
TAAATTGTCAAGATACGTTTGATAAAGTC

QA 6 874 6 874
DS 



AS 1 2

CO CL7703Contig1 749 2 3 U
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CAAAACATTGCTTGGACGTCATGAAGAAGAGAACTCTAGCCATTGAACATAAACAAAAAT
AACAAACAATTGACTGCAACTTTGGGCTTTGGACATTTCACCAAACAAGGCAAGTCAGTA
GGATCTCGGTCTTCTCTACAGATACTTTCTTGCAAGTGCACGCACCTTGGTGTCAAAATG
TGACGATGAAATCCGAGAACCGGGCAGATACAATGGATTCAGAAGAATCTTAATATAAAG
CTCATGAACCTCCTGGAAGAAGCTCTTGATGCCGTCTTCATTGCGTGAATCATGAAGGAG
CATGAGTCGTGTATGGCCAGCGGTAACATAGACAGACACAACCAGATCGTTAAACCTGTC
AACTGACTTCAAGAACATGGCACTTGTAGTCCAAGCAAGGTCTTGGACAACATCTAACGC
AGCGTGTAGTATAAACTGGTGCAACTGAGCAGCATCTTCTCTTTTGGCAGCAGAACCAAC
TTCAGCTTCATAGATGGGAATATCATTCCGACCCACTATTATAAAGCACGCTGTGTTAGC
CATTCCGTCTACAAAATAGACCAAGATCTTGTGTCTCCTCGTCTAGAAATGAATGCAAGT
GAGCGATGCGAAAAGCTGCAGTAAATTCAACCAGGCAGGATCGCACAGTCCTCAAACGCG
ATGAATCACAACTCCAATTCTTCGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DU90JQ U 21
AF RR1DU90TF C 1
BS 1 20 RR1DU90TF
BS 21 707 RR1DU90JQ
BS 708 749 RR1DU90TF

RD RR1DU90JQ 687 0 0
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CGGTAACATAGACAGACACAACCAGATCGTTAAACCTGTCAACTGACTTCAAGAACATGG
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QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1DU90TF 749 0 0
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AACTGACTTCAAGAACATGGCACTTGTAGTCCAAGCAAGGTCTTGGACAACATCTAACGC
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ATGAATCACAACTCCAATTCTTCGAATCC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

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CATGAGAGAGATAAATGTGAGAAGGAAGGAGGATTGGCATCTGGGGTCCACCATCTAATG
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TTAGCCAAATTTTGCTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1B726JQ C 1
AF RR1B726TF U 1
BS 1 735 RR1B726TF
BS 736 737 RR1B726JQ

RD RR1B726JQ 737 0 0
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TTAGCCAAATTTTGCTG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1B726TF 735 0 0
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ATCGAACTTGAAGCTTGGATTCTGTGGTTACCCTTCTTAGCCTTCTTAAGATTCACACAA
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CTGGTGGTGCAGCTGCAAAATCTGAAGGACTGAAGGTTTGTCTCCAAAGAGACTGGGCTT
CGGTCAGCAGCTCCACTTCTAAGAGGACATGCCAAGGTTGAGAATCTGACTATATCTGAG
CTTAACGAGTTTGTTGTAACTGCTCCATCTCAGGGGAGTTTATTTGATCGAGCCCACCAA
CAGCAAATCCCGAGTGCTTGAACAAGTGTGAGTGTGGTCAGCCGAATATAATGTGTCTGA
CATGAGAGAGATAAATGTGAGAAGGAAGGAGGATTGGCATCTGGGGTCCACCATCTAATG
GTGTCGGCAACTGCATTCTCGCAAAGCTCATTCTACTTATTGTCAAAGAAAAAGCCAAGC
AGCTTCAACAATCCTAGGTTTCAAAAAGAAGCTTGGCTGTGGAGGTTTTATAATATTTTT
TTTTTTTTATAAATCTATAAGCTCTATGATGCATCACAATCAAATAAGAAGACATTGGCT
TTAGCCAAATTTTGC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7706Contig1 792 2 12 U
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CACGCTGGAGAAGATATGTGCTAGAATGCCAAGAGGTGTAGAAAAGTTCATATCCATAGG
AGATCTGCAAGGGTGGGGATATTCTAACTGTGACATCCGCGGCTACCTTGCTGCTCTTTC
CACTTTGCAGGATTGCTACCCAGAGAGACTAGGGAAACTCTACATAGTGCATGCCCCCTA
CATTTTCATGACCGCATGGAAGGTCGTTTACCCCTTTATCGACACCAACACCAAGAAAAA
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GTATTTTGAATTAAAACTTAAAAAGCTTATCGAGTATTGCCAATTTTATCATAAAGAAGC
CATATTGAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF82TF U 1
AF RR1EF82JQ C 45
BS 1 620 RR1EF82TF
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BS 773 792 RR1EF82JQ

RD RR1EF82TF 772 0 0
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TGGGAACAGACATAACCCTTCCAAAGGCAACCCTGACGAGTTCAAGCGTTTTGTAGTCTA
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CACTTTGCAGGATTGCTACCCAGAGAGACTAGGGAAACTCTACATAGTGCATGCCCCCTA
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GATTGTTTTCGTGGAGAACAAGAAACTCACAGAAACTCTGCTTGAAGACATAGACGAAAC
CCAACTTCCAGACATCTACG*TGGCAAGATGCCACTTACTCCTATTCACGACTCCTAATG
ACGGATGATATTACTTACTACTCTTT*ATCTCCAAACTATTACCCTACTTACTATTCTTT
GTATTTTGAATTAAA*CTTAAAA*GCTTATCGAGTATTGCCA*TTTTATCAT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1EF82JQ 748 0 0
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TCAAGTACCTTGCTTGGAAGAAAAGTTTCCTCCCAAAGGGATGCATACCTGAATCAGAGA
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AGCGTTTTGTAGTCTACACGCTGGAGAAGATATGTGCTAGAATGCCAAGAGGTGTAGAAA
AGTTCATATCCATAGGAGATCTGCAAGGGTGGGGATATTCTAACTGTGACATCCGCGGCT
ACCTTGCTGCTCTTTCCACTTTGCAGGATTGCTACCCAGAGAGACTAGGGAAACTCTACA
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CCAACACCAAGAAAAAGATTGTTTTCGTGGAGAACAAGAAACTCACAGAAACTCTGCTTG
AAGACATAGACGAAACCCAACTTCCAGACATTTACGGTGGCAAGATGCCACTTACTCCTA
TTCAGGACTCCTAATGACGGATGATATTACTTACTACTCTTTTATCTCCAAACTATTACC
CTACTTACTATTCTTTGTATTTTGAATTAAAACTTAAAAAGCTTATCGAGTATTGCCAAT
TTTATCATAAAGAAGCCATATTGAGAGC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

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CGAATCATGTTCGGTGAAGTAATCGAATGGTTGCGAAATTTCCCTTGATGGAGAAAAAAC
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BQ
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AF RR1AG92TF C 1
AF RR1AG92JQ U 3
BS 1 2 RR1AG92TF
BS 3 705 RR1AG92JQ

RD RR1AG92TF 705 0 0
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CTCTTGCAACCTCATCTCATCGTAGAACTTTTTGATGAATCTCTCCGCCTTCAAGTCAAT
CGAATCATGTTCGGTGAAGTAATCGAATGGTTGCGAAATTTCCCTTGATGGAGAAGAAAC
TCCGTCTACAAAATGCAGAGGCTCCATCTCCATCAAATTGTGTGTTATTGTATCAACAAT
ATGCTCATCACTAGACCGACGGATGCACCGAGAAAGAAACAATAAACTGTAAATTTGTTT
GAGACCCAACCTAGATATGCGATTTCGCTTCCTACGGTATGAGATAACAGATGTGCGTAA
AGGTGAGAACTGAGACTCTTGAAGAAACTTGTAGTTGTATTGTTGAAGGAGCTTGACCCG
CTTGGCTGATCTTCTTTGTTTTATAGGAAGCTTGAGTCTTGGGATGATTGCTCTTCTCAG
GATCGAGACTTTTAGTATATTTGAGACTCTCTGAAAAATGGGCCTTCTTCTTTGGAACAT
TTTGATTGAAACTTTAAAGATTTTCTTGGACAATAAAAGGTTTCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1AG92JQ 703 0 0
GGAGCAAAACAAATACAGTATTGGTCACATCTGGTTGACAAAAAAAAAAATTGGTGACAT
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CTTGCAACCTCATCTCATCGTAAAACTTTTTGATGAATCTCTCCGCCTTCAAGTCAATCG
AATCATGTTCGGTGAAGTAATCGAATGGTTGCGAAATTTCCCTTGATGGAGAAAAAACTC
CGTCTACAAAATGCAGAGGCTCCATCTCCATCAAATTGTGTGTTATTGTATCAACAATAT
GCTCATCACTAGACCGACGGATGCACCGAGAAAGAAACAATAAACTGTAAATTTGTTTGA
AACCCAACCTAAATATGCGATTTCGCTTCCTACGGTATGAAATAACAGATGTGCGTAAAG
GTGAGAACTGAGACTCTTGAAGAAACTTGTAGTTGTATTGTTGAAGGAGCTTGACCCGCT
TGGCTGATCTTCTTTGTTTTATAGGAAGCTTGAGTCTTGGGATGATTGCTCTTCTCAGGA
TCGAGACTTTTAGTATATTTGAGACTCTCTGAAAAATGGGCCTTCTTCTTTGGAACATTT
TGATTGAAACTTTAAAGATTTTCTTGGACAATAAAAGGTTTCC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL7708Contig1 704 2 2 U
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TCTGATAAAAAAAAGAGAGAATCTTTTTGTTATTCTCGTGGGCTTTTGTCTTCAAAGCTC
AACGACGATTGGGCTGGGCCGCTGTAGAGTCGGGCTTAAGAGAGCGAGTAAGAGACAGTT
TAGCTATATCGGAATTAGCCCCGTTTCGAACGGCGGCGGAATCACTGACCAGGAACTCAT
ACGCCGCCTCGAAAGCCTCTCGCCAGAACTGAGGCACCCTAACTCCACCGGATCGTCCGT
ACGCATCCCACATATGCCTAACCACTTTCTCTCTCTCCTCAATTTCCAAAACGTCGAGAT
CGTGGCTGACGTGGAATCCGAACTTGCCTTCAACGGAATGAAACAGACCGAGTCCTTTGA
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AGAGCGTTTGCGATCCTTCAAATTTCATCTCTGATCTCTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1ET38TF C 1
AF RR1ET38JQ U 8
BS 1 7 RR1ET38TF
BS 8 704 RR1ET38JQ

RD RR1ET38TF 704 0 0
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TAATACATAGACAACAATCTGGCTGCTACATAATAGTTTTCAGACAACAATACTTCAATG
AAAACGCTATTTATGCATTTTCATTTATTTGTGATTTCTATATACAAGAGAATCTTTTTG
TCTGATAAAAAAAAGAGAGAATCTTTTTGTTATTCTCGTGGGCTTTTGTCTTCAAAGCTC
AACGACGATTGGGCTGGGCCGCTGTAGAGTCGGGCTTAAGAGAGCGAGTAAGAGACAGTT
TAGCTATATCGGAATTAGCCCCGTTTCGAACGGCGGCGGAATCACTGACCAGGAACTCAT
ACGCCGCCTCGAAAGCCTCTCGCCAGAACTGAGGCACCCTAACTCCACCGGATCGTCCGT
ACGCATCCCACATATGCCTAACCACTTTCTCTCTCTCCTCAATTTCCAAAACGTCGAGAT
CGTGGCTGACGTGGAATCCGAACTTGCCTTCAACGGAATGAAACAGACCGAGTCCTTTGA
GAGTGACGGAACCGGTTAACATAGAACCTAACGCCAAGAGAAGAACCGCTACTAAAACCC
ACAGCTTGTAACCAGCGCGTTTGCGGTCCGAACCGCCGTTTGCAGGTTTTCTCACCGGTA
AGAGCGTTTGCGATCCTTCAAATTTCATCTCTGATCTCTGATCC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1ET38JQ 697 0 0
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TAGACAACAATCTGGCTGCTACATAATAGTTTTCAGACAACAATACTTCAATGAAAACGC
TATTTATGCATTTTCATTTATTTGTGATTTCTATATACAAGAGAATCTTTTTGTCTGATA
AAAAAAAGAGAGAATCTTTTTGTTATTCTCGTGGGCTTTTGTCTTCAAAGCTCAACGACG
ATTGGGCTGGGCCGCTGTAGAGTCGGGCTTAAGAGAGCGAGTAAGAGACAGTTTAGCTAT
ATCGGAATTAGCCCCGTTTCGAACGGCGGCGGAATCACTGACCAGGAACTCATACGCCGC
CTCGAAAGCCTCTCGCCAGAACTGAGGCACCCTAACTCCACCGGATCGTCCGTACGCATC
CCACATATGCCTAACCACTTTCTCTCTCTCCTCAATTTCCAAAACGTCGAGATCGTGGCT
GACGTGGAATCCGAACTTGCCTTCAACGGAATGAAACAGACCGAGTCCTTTGAGAGTGAC
GGAACCGGTTAACATAGAACCTAACGCCAAGAGAAGAACCGCTACTAAAACCCACAGCTT
GTAACCAGCGCGTTTGCGGTCCGAACCGCCGTTTGCAGGTTTTCTCACCGGTAAGAGCGT
TTGCGATCCTTCAAATTTCATCTCTGATCTCTGATCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

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TTTTGGCTCTTAGACCAACTCACAAGCAAGTTCTAACCGAAGAACAATATGTCAGAAAAT
GGTAAAGAGCGTGGAGATGGAAGTGCAGAGCTGGTAAAATCCTTGGGTGATAAGCACGCC
AGTGTTATCAGACCAGCTGCTAGGTACTACTCTGCTATTAAAGATGCTATGGTTTGTGGG
AAAGGAAGATATACGCTTGTAAAAGACGTGGATGATGTTGAAAATGGAGCGTATGACAAA
CCTCTCCCATGCTTCGGTTGCGGAATCGGATGGTTCTCCTTCCTCCTGGGTTTTGTGTTC
CCTTTCTTGTGGTACTATGCGACATTTCTCTATTTCGGGAACTACTACCGGAAGGATCCT
AGAGAAGGAGCCGGCCTTGCTGCTTCCGCAATCACTGCGATGGGATTCTCTCTCTTGCTA
CTGGTGATTATTGTTTTCAGGTGGTTTTAATGGCTTCGTCTTTACGTATACACACACCAT
ACTCTTGAGCTATATTATGTATAATCTTGGTCCCGTCCTTGTCAAAAGGATTATAGAGGA
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CTCCTGTTTACTTAACCTCTGTATCATTTTCTTCTCACAGTCTACAATGTGTACAAAGGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1G580TF U 1
AF RR1G580JQ C 38
BS 1 720 RR1G580TF
BS 721 721 RR1G580JQ
BS 722 732 RR1G580TF
BS 733 761 RR1G580JQ

RD RR1G580TF 746 0 0
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GGTAAAGAGCGTGGAGATGGAAGTGCAGAGCTGGTAAAATCCTTGGGTGATAAGCACGCC
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AAAGGAAGATATACGCTTGTAAAAGACGTGGATGATGTTGAAAATGGAGCGTATGACAAA
CCTCTCCCATGCTTCGGTTGCGGAATCGGATGGTTCTCCTTCCTCCTGGGTTTTGTGTTC
CCTTTCTTGTGGTACTATGCGACATTTCTCTATTTCGGGAACTACTACCGGAAGGATCCT
AGAGAAGGAGCCGGCCTTGCTGCTTCCGCAATCACTGCGATGGGATTCTCTCTCTTGCTA
CTGGTGATTATTGTTTTCAGGTGGTTTTAATGGCTTCGTCTTTACGTATACACACACCAT
ACTCTTGAGCTATATTATGTATAATCTTGGTCCCGTCCTTGTCAAAAGGATTATAGAGGA
GGGACTTAGATATGTGTCTTGTACATTCAATATATACCCAAAATACAGATATTATTATAT
CTCCTGTTTACTTAACCTCTGTATCATTTTCTTCTCACAGTCTACAATGTGTACAAAGGA
*CAGTAAATAAA
TAAACAAATAAAAA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1G580JQ 724 0 0
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CGAAGAACAATATGTCAGAAAATGGTAAAGAGCGTGGAGATGGAAGTGCAGAGCTGGTAA
AATCCTTGGGTGATAAGCACGCCAGTGTTATCAGACCAGCTGCTAGGTACTACTCTGCTA
TTAAAGATGCTATGGTTTGTGGGAAAGGAAGATATACGCTTGTAAAAGACGTGGATGATG
TTGAAAATGGAGCGTATGACAAACCTCTCCCATGCTTCGGTTGCGGAATCGGATGGTTCT
CCTTCCTCCTGGGTTTTGTGTTCCCTTTCTTGTGGTACTATGCGACATTTCTCTATTTCG
GGAACTACTACCGGAAGGATCCTAGAGAAGGAGCCGGCCTTGCTGCTTCCGCAATCACTG
CGATGGGATTCTCTCTCTTGCTACTGGTGATTATTGTTTTCAGGTGGTTTTAATGGCTTC
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CTTGTCAAAAGGATTATAGAGGAGGGACTTAGATATGTGTCTTGTACATTCAATATATAC
CCAAAATACAGATATTATTATATCTCCTGTTTACTTAACCTCTGTATCATTTTCTTCTCA
CAGTCTACAATGTGTACAAAGGAACAGTAAATAAAATAAAACAAATAAAAATGGTTGGTT
GTTT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL7710Contig1 700 2 2 U
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CCAGAGAGTCGGTTGTCTCAGCGTGCTCTGTGAAAATGAAAAGCAAGCAGTGACTGTGAA
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AGGATCGCCTCTATCATGGGAGCACGTAACCAAGCAGATTGGAATGTTCTGTTACAGTGG
GTTAACACCAGAACAGGTTGACCGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAA
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ATTTTTCTTCTTCTTGTTGATGTTGACGAGTCAATAAGACACGGGAAGCTTCTTCCTCAA
TTGTTTTCGTGGGAACTGAAAGTTTATCCACATATAGTAAACTTCTCATCGCATTTTTGT
TCTTAGCTGTGCAATAAAACAGAGAATTATGCTTGCAATC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1BZ54JQ C 1
AF RR1BZ54TF U 1
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BS 698 700 RR1BZ54JQ

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TTGTTTTCGTGGGAACTGAAAGTTTATCCACATATAGTAAACTTCTCATCGCATTTTTGT
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1BZ54TF 699 0 0
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AAGTCAGTTGCAGCAACTAGCTAGACCAATGTACAGCAACCCACCTTTACATGGAGCTCA
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GATCATGGCTGATCGGATAATTGGGATGAGAACTACTTTGAGAGAAAGCCTTGAGAAGTT
AGGATCGCCTCTATCATGGGAGCACGTAACCAAGCAGATTGGAATGTTCTGTTACAGTGG
GTTAACACCAGAACAGGTTGACCGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAA
TGGCCGTATCAGTATGGCTGGTGTTACAACAGGCAATGTCGGATACCTTGCGAATGCTAT
ACATGAAGTCACCAAGTCATCTTAAAATCATTTTTATTTACTCATCTCCAGCCAAACATG
ATTTTTCTTCTTCTTGTTGATGTTGACGAGTCAATAAGACACGGGAAGCTTCTTCCTCAA
TTGTTTTCGTGGGAACTGAAAGTTTATCCACATATAGTAAACTTCTCATCGCATTTTTGT
TCTTAGCTGTGCAATAAAACAGAGAATTATGCTTGCA
TC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL7711Contig1 697 2 6 U
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TTACAGATGCATCAAGGAAGCGCTGAGGCTTCACCCTCCGTTGATCATGCTCATGGGAGC
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GAGAATGTTCTAATTACAATGGAGATTTGATCCGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA29TF U 1
AF RR1G787TF U 134
BS 1 283 RR1CA29TF
BS 284 284 RR1G787TF
BS 285 566 RR1CA29TF
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BS 568 664 RR1CA29TF
BS 665 697 RR1G787TF

RD RR1CA29TF 664 0 0
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ACCGTTCCCTGAGATCGACTGGAACGCTATGGTTGTTGGCGTTAAAGGCAGTGTGATGGT
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TTTTGGGTGTTCTGCTTCTCTGGTTT*AGTATTGTTGTTGGTTGGTTCTTCTGCTTTTTT
ACTTGTTTTTGCCCTTTAAATGGACTCTTGATTTCTAGCTTTCTAAAGTTTGTTGTTTCT
GAGA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1G787TF 564 0 0
G
TCAGCGTGACGGCTCGTGATGGGAAGACCTTTGACATCCCCAAGGGTCATATCGTTGCTA
CCTCGCCTGCGTTTGCCAACCGCTTGCCGCATATCTTCAAGAACCCTGACAGTTATGACC
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TCGACTGGAACGCTATGGTTGTTGGCGTTAAAGGCAGTGTGATGGTGCGTTACAAGCGTC
GCCAACTGTCTTAAGAAGAAAGGTTTTTAAGGTGGTATTTTGCAACTTT*GGGTGTTCTG
CTTCTCTGGTTTTAGTATTGTTGTTGGTTGGTTCTTCTGCTTTTTTACTTGTTTTTGCCC
TTTAAATGGACTCTTGATTTCTAGCTTTCTAAAGTTTGTTGTTTCTGAGAATGTTCTAAT
TACAATGGAGATTTGATCCGAAA

QA 2 564 2 564
DS 



AS 1 2

CO CL7712Contig1 838 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B394TF U 1
AF RR1B394JQ C 92
BS 1 770 RR1B394TF
BS 771 838 RR1B394JQ

RD RR1B394TF 770 0 0
GGGATCATCTTCTTCATTAAGCAAAACAAAAAACTTCAACCACTTCCTCTTCTTCAGTTT
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GGTTCCGCCATTGCCTACGCGAAGCTGACGTCACTTTTGGCCTTGCTGTCGGTGGTCAAA
TCACACTAATCACCGGAGTTTTCTACTGGGTGGCTCAGCTTCTCGGCTCTACCGCCGCTT
GCTTCCTTCTTAAATACGTCACCGGTGGTTTGGCGGTTCCAACCCACAGTGTTGCTGCGG
GAGTAGGAGCGATAGAAGGAGTAGTGATGGAGATCATCATCACTTTCGCTTTAGTCTACA
CGGTCTACGCCACCGCCGCTGATCCCAAGAAAGGTTCTCTCGGAACCATCGCTCCTCTCG
CCATTGGTCTCATCGTCGGTGCCAACATCCTAGCCGCGGGTCCATTCTCCGGTGGATCCA
TGAACCCAGCACGTTCCTTTGGACCAGCTGTTGCAGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGGG
TCTACTGGGTTGGACCACTCATCGGTGGTGGACTCGCTGGAGTTACCTACGGAAATGTCT
TCATGACTTCCGAACATGTTCCTCTTGCTTCTGAGTTCTAAGCAAGAAAATGTGATGATT
CTGTGTTTGGTTTCTTTGTCTCTCGATCGATCTGTTGCTTTGTTCGGAGT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1B394JQ 747 0 0
GTTCTTTTGATGATTCTTTCAGCTTGGCTTCTCTAAGAGCTTACCTGGCTGAGTTCATCT
CCACTTTGCTCTTTGTTTTCGCTGGTGTTGGTTCCGCCATTGCCTACGCGAAGCTGACGT
CACTTTTGGCCTTGCTGTCGGTGGTCAAATCACACTAATCACCGGAGTTTTCTACTGGGT
GGCTCAGCTTCTCGGCTCTACCGCCGCTTGCTTCCTTCTTAAATACGTCACCGGTGGTTT
GGCGGTTCCAACCCACAGTGTTGCTGCGGGAGTAGGAGCGATAGAAGGAGTAGTGATGGA
GATCATCATCACTTTCGCTTTAGTCTACACGGTCTACGCCACCGCCGCTGATCCCAAGAA
AGGTTCTCTCGGAACCATCGCTCCTCTCGCCATTGGTCTCATCGTCGGTGCCAACATCCT
AGCCGCGGGTCCATTCTCCGGTGGATCCATGAACCCAGCACGTTCCTTTGGACCAGCTGT
TGCAGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGGGTCTACTGGGTTGGACCACTCATCGGTGGTGG
ACTCGCTGGAGTTACCTACGGAAATGTCTTCATGACTTCCGAACATGTTCCTCTTGCTTC
TGAGTTCTAAGCAAGAAAATGTGATGATTCTGTGTTTGGTTTCTTTGTCTCTCGATCGAT
CTGTTGCTTTGTTCGGAGTTTGGTCAGGTTTCATTGTATCTTATATCCAATTTGTATGAG
TATCATTTAATGGAATCAGTTCGTTGT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL7713Contig1 814 2 3 U
TACGGCCGGAGGAGTGTTCTGGGGCTGTTCGCGAGGAAGATGGACAAGTTTGGTAGCTCG
AAGAAGAAGAAGAAGAAGGATGAGACGAAGGAGAAAGAGTTTTGGGAATACGACTACGAG
AGCTTCGTTGAGGTTTCAAAGGGAGTGATGCAAGGACGATCGAGGGCACAGCAGCAAGAG
GTTGTGAGAGAGGTTCTTCTCTCCATGCTCCCTCCCGGCGCTCCTGAACAGTTTAGAAAA
CTCTTCCCACCGACGAAATGGGCAGCAGAGTTCAATGCAGCTCTTACGGTGCCTTTCTTT
CACTGGCTGGTTGGTCCTTCTCAGGTCATAGAAGTGGAAGTGAATGGTGTGAAACAGAAA
AGTGGCGTTCGTATAAAGAAATGCAGGTATCTAGAGAACAGTGGGTGTGTAGGAATGTGT
GTGAATATGTGCAAGATCCCAACACAAGATTTCTTCACGAATGAGTTTGGTCTCCCACTC
ACCATGAACCCAAATTTTGAAGATATGAGTTGCGAGATGATATACGGACAAGTGCCTCCT
ACATTTGAGGAAGATCCGGCCACCAAACAACCTTGTTTAGCAGACATATGTTCTATAGCC
AATCCGAGCTCCCCAATCTGCCCTAAACTACAAGCATGAACAGCATTGGATCAGCCAGAT
GTGCTATTTCCAAAGATATACATTTACATACTTTTACACACACACACACAGAAAAGTCAC
AATATTGTAGAGATTTGATACTGGTTAGTATTATTATGTGTTTCTATTCTGGTTGAGTTG
TGAAAGTATGCGATAATACACAGTTGACCTACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BE12TF U 10
AF RR1BE12JQ C 1
BS 1 9 RR1BE12JQ
BS 10 652 RR1BE12TF
BS 653 814 RR1BE12JQ

RD RR1BE12TF 643 0 0
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AAGAAGAAGGATGAGACGAAGGAGAAAGAGTTTTGGGAATACGACTACGAGAGCTTCGTT
GAGGTTTCAAAGGGAGTGATGCAAGGACGATCGAGGGCACAGCAGCAAGAGGTTGTGAGA
GAGGTTCTTCTCTCCATGCTCCCTCCCGGCGCTCCTGAACAGTTTAGAAAACTCTTCCCA
CCGACGAAATGGGCAGCAGAGTTCAATGCAGCTCTTACGGTGCCTTTCTTTCACTGGCTG
GTTGGTCCTTCTCAGGTCATAGAAGTGGAAGTGAATGGTGTGAAACAGAAAAGTGGCGTT
CGTATAAAGAAATGCAGGTATCTAGAGAACAGTGGGTGTGTAGGAATGTGTGTGAATATG
TGCAAGATCCCAACACAAGATTTCTTCACGAATGAGTTTGGTCTCCCACTCACCATGAAC
CCAAATTTTGAAGATATGAGTTGCGAGATGATATACGGACAAGTGCCTCCTACATTTGAG
GAAGATCCGGCCACCAAACAACCTTGTTTAGCAGACATATGTTCTATAGCCAATCCGAGC
TCCCCAATCTGCCCTAAACTACAAGCATGAACAGCATTGGATC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1BE12JQ 814 0 0
TACGGCCGGAGGAGTGTTCTGGGGCTGTTCGCGAGGAAGATGGACAAGTTTGGTAGCTCG
AAGAAGAAGAAGAAGAAGGATGAGACGAAGGAGAAAGAGTTTTGGGAATACGACTACGAG
AGCTTCGTTGAGGTTTCAAAGGGAGTGATGCAAGGACGATCGAGGGCACAGCAGCAAGAG
GTTGTGAGAGAGGTTCTTCTCTCCATGCTCCCTCCCGGCGCTCCTGAACAGTTTAGAAAA
CTCTTCCCACCGACGAAATGGGCAGCAGAGTTCAATGCAGCTCTTACGGTGCCTTTCTTT
CACTGGCTGGTTGGTCCTTCTCAGGTCATAGAAGTGGAAGTGAATGGTGTGAAACAGAAA
AGTGGCGTTCGTATAAAGAAATGCAGGTATCTAGAGAACAGTGGGTGTGTAGGAATGTGT
GTGAATATGTGCAAGATCCCAACACAAGATTTCTTCACGAATGAGTTTGGTCTCCCACTC
ACCATGAACCCAAATTTTGAAGATATGAGTTGCGAGATGATATACGGACAAGTGCCTCCT
ACATTTGAGGAAGATCCGGCCACCAAACAACCTTGTTTAGCAGACATATGTTCTATAGCC
AATCCGAGCTCCCCAATCTGCCCTAAACTACAAGCATGAACAGCATTGGATCAGCCAGAT
GTGCTATTTCCAAAGATATACATTTACATACTTTTACACACACACACACAGAAAAGTCAC
AATATTGTAGAGATTTGATACTGGTTAGTATTATTATGTGTTTCTATTCTGGTTGAGTTG
TGAAAGTATGCGATAATACACAGTTGACCTACTC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

CO CL7714Contig1 1050 2 10 U
GGGTCCAATGCAACTGTTCCGTTTGTGTTTCATGGACATTCTTCGCTCAAAGGTGAGTGT
AGGCAAGAAAGCAAATATGATATTTCTCTTCTTCTTGCTAAGGAAGCTTATCTTACCATT
CTACTCATTCACTCTCTTCTGCGTCATTCTCCCATTGACAATGTTCTTCCCAGAAGCTAA
CTTACCATCATGGGTTGTTTGCTACATCCCCGGGATCATGTCCATCTTAAACATCATCCC
AGCCCCGAGATCGTTCCCTTTCATAGTCCCTTACCTCCTGTTTGAAAACACAATGTCGGT
CACCAAGTTCGGAGCCATGATCTCTGGTTTGTTCAAGTTTGGAAGCTCTTACGAGTGGGT
GGTCACCAAAAAGCTAGGGAGATCCTCTGAGGCTGATCTGATTGCGTACGCGGAGTCAGG
CTCTTTGGTTGACTCCACAAGCATCCAAAGATCATCATCTGATTCGGGTTTAACCGAGCT
TAGCAAACTAGGAGCAGCTAAGAAAGCAGGGAAGACCAAAAGAAACCGTCTGTACAGAAC
AGAGATTGCTTTGGCTTTCATTCTCTTGGCAGCCTCGGTGAGAAGCTTGTTGTCGGCACA
AGGGATACACTTCTACTTCCTCTTGTTCCAGGGACTCACTTTCGTGATTGTTGGTCTTGA
TTTGATCGGAGAACAGGTCAGTTAGTTTATATAAAAAACACCTTTCCTCGTTTTAAACTA
CACTGCACCATACAAGTTGAAGAACAGAAAAGAAGAGAGATGCTCAAGGCCAAGTCAGGA
GGATGAACCAACTCAGATATGGATTCTTGCTGGTCCTCTCTGCATAAAAAAAAAAGAACA
ATTCATTTAAAAACTTTTTTTTTTTGTTTTTGATACTCTTTTACCTGTGATGGTTTAGAT
TTTTATTTTTTTTGTTTTACGGATAGTATTAGGGAAGTGGCAGAAAGAAAGGCTTGATTG
ATGACCTCTCTTTGTTTGTGGTTTTAAGCCAAAAAGACTTGACTACCGATTTAGAGTTTT
GTTGTAATGCCCCACTCAATTTTTTTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AC66TF U 1
AF RR1AC66JQ C 412
BS 1 676 RR1AC66TF
BS 677 677 RR1AC66JQ
BS 678 766 RR1AC66TF
BS 767 767 RR1AC66JQ
BS 768 768 RR1AC66TF
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BS 770 778 RR1AC66TF
BS 779 779 RR1AC66JQ
BS 780 825 RR1AC66TF
BS 826 1050 RR1AC66JQ

RD RR1AC66TF 825 0 0
GGGTCCAATGCAACTGTTCCGTTTGTGTTTCATGGACATTCTTCGCTCAAAGGTGAGTGT
AGGCAAGAAAGCAAATATGATATTTCTCTTCTTCTTGCTAAGGAAGCTTATCTTACCATT
CTACTCATTCACTCTCTTCTGCGTCATTCTCCCATTGACAATGTTCTTCCCAGAAGCTAA
CTTACCATCATGGGTTGTTTGCTACATCCCCGGGATCATGTCCATCTTAAACATCATCCC
AGCCCCGAGATCGTTCCCTTTCATAGTCCCTTACCTCCTGTTTGAAAACACAATGTCGGT
CACCAAGTTCGGAGCCATGATCTCTGGTTTGTTCAAGTTTGGAAGCTCTTACGAGTGGGT
GGTCACCAAAAAGCTAGGGAGATCCTCTGAGGCTGATCTGATTGCGTACGCGGAGTCAGG
CTCTTTGGTTGACTCCACAAGCATCCAAAGATCATCATCTGATTCGGGTTTAACCGAGCT
TAGCAAACTAGGAGCAGCTAAGAAAGCAGGGAAGACCAAAAGAAACCGTCTGTACAGAAC
AGAGATTGCTTTGGCTTTCATTCTCTTGGCAGCCTCGGTGAGAAGCTTGTTGTCGGCACA
AGGGATACACTTCTACTTCCTCTTGTTCCAGGGACTCACTTTCGTGATTGTTGGTCTTGA
TTTGATCGGAGAACAG*TCAGTTAGTTTATATAAAAAACACCTTTCCTCGTTTTAAACTA
CACTGCACCATACAAGTTGAAGAACAGAAAAGAAGAGAGATGCTCACG*CCAAGTCAG*A
GGATGAACCAACTCAGATATGGATTCTTGCTGGTCCTCTCTGCAT

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR1AC66JQ 639 0 0
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AACCGAGCTTAGCAAACTAGGAGCAGCTAAGAAAGCAGGGAAGACCAAAAGAAACCGTCT
GTACAGAACAGAGATTGCTTTGGCTTTCATTTTCTTGGCAGCCTCGGTGAGAAGCTTGTT
GTCGGCACAAGGGATACACTTTTACTTCCTCTTGTTCCAGGGACTCACTTTCGTGATTGT
TGGTCTTGATTTGATCGGAGAACAGGTCAGTTAGTTTATATAAAAAACACCTTTCCTCGT
TTTAAACTACACTGCCCCATACAAGTTGAAGAACAGAAAAGAAGAGAGATGCTCAAGGCC
AAGTCAGGAGGATGAACCAACTCAGATATGGATTCTTGCTGGTCCTCTTTGCATAAAAAA
AAAAGAACAATTCATTTAAAAACTTTTTTTTTTTGTTTTTGATACTCTTTTACCTGTGAT
GGTTTAGATTTTTATTTTTTTTGTTTTACGGATAGTATTAGGGAAGTGGCAGAAAGAAAG
GCTTGATTGATGACCTCTCTTTGTTTGTGGTTTTAAGCCAAAAAGACTTGACTACCGATT
TAGAGTTTTGTTGTAATGCCCCACTCAATTTTTTTGAGT

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL7715Contig1 1041 2 2 U
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GAAGAAAGTCATAGTAGTTGAGCTCAGTTCCTGACATGGTAAGTATAGTGGGTAATATCT
AAACATCACAAAGCTGTCATCCTTCCCACCACTTATACAGCCTGTCACCACTCTTCTACC
GGTCTACAACACGACAATGTCTTACGTGGCTTCCAATTTTTTTTCTGTAATACAAACTCT
CTCTATTTATAACACAAATCTCCCCTTCCTTTCTCCACATCATTATCTCCACTCAATAAT
CCCTTCTTTCACCGGAAAACGAGTCACGACTCACGAGTCAACTCAACAAGTCACCAAGAA
TCATATTAACACGTACATATGGGTATATGCAGTTCGAGCGAGTCGATACAAGTCGCGTCA
GCAAAACTGATCTTGCAAGACAGGAAGATGATGGAGTTTACGAACTCCGTGAAAGTCGGA
TACGTGTTGCAGAAGTATCCCATGTGTTTTATCTAACTCAGACGATATGGACTTCGACGA
CGCCGTTTCAGCTATCAGTGCCGATGAAGAGCTTCAGCTAGGTCAGATATACTTCGCTCT
TCCTCTTCGTTGGCTTCGTGAGCCACTTGGAGCGGAGGAGATGGCTGCATTGGCCGTTAA
AGCTAGCTCTGCTCTCATGAGAAGTGGTGGTGGTGGTGGAGGAAGTTGTCGCCGGAAGTG
TATTGATCCTATTGTTGTGTCTGGTAAATATAGTCTTGGAGTTGGCTCCGGTGATGAAAC
GGTGGGATCTGGTGGGGTGAGGAGGAAAGGGAGAAACGCTGACGGTGGTGGTAGCAGTAG
TAGTGGTCGGAGGAGGAAGTGTTACGCGGTGGAGTTGAGTACGATAGAAGAGTGAAGGGT
AGTTTTGGAATTTGTGGATAGTTGTAATTATGTTGGTAGTCATTTAATTAAGAAGCAATT
TGCAAATTAGCAATGTTCGGAAAGTTCTCTTTTGGGAATTTAGTAGTTAGACCATCATTA
ATATCAAGGATATCTTTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GT10TF U 1
AF RR1GT10JQ C 336
BS 1 683 RR1GT10TF
BS 684 1041 RR1GT10JQ

RD RR1GT10TF 683 0 0
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GAAGAAAGTCATAGTAGTTGAGCTCAGTTCCTGACATGGTAAGTATAGTGGGTAATATCT
AAACATCACAAAGCTGTCATCCTTCCCACCACTTATACAGCCTGTCACCACTCTTCTACC
GGTCTACAACACGACAATGTCTTACGTGGCTTCCAATTTTTTTTCTGTAATACAAACTCT
CTCTATTTATAACACAAATCTCCCCTTCCTTTCTCCACATCATTATCTCCACTCAATAAT
CCCTTCTTTCACCGGAAAACGAGTCACGACTCACGAGTCAACTCAACAAGTCACCAAGAA
TCATATTAACACGTACATATGGGTATATGCAGTTCGAGCGAGTCGATACAAGTCGCGTCA
GCAAAACTGATCTTGCAAGACAGGAAGATGATGGAGTTTACGAACTCCGTGAAAGTCGGA
TACGTGTTGCAGAAGTATCCCATGTGTTTTATCTAACTCAGACGATATGGACTTCGACGA
CGCCGTTTCAGCTATCAGTGCCGATGAAGAGCTTCAGCTAGGTCAGATATACTTCGCTCT
TCCTCTTCGTTGGCTTCGTGAGCCACTTGGAGCGGAGGAGATGGCTGCATTGGCCGTTAA
AGCTAGCTCTGCTCTCATGAGAA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1GT10JQ 706 0 0
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GTTTACGAACTCCGTGAAAGTCGGATACGTGTTGCAGAAGTATCCCATGTGTTTTATCTA
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AGCTAGGTCAGATATACTTCGCTCTTCCTCTTCGTTGGCTTCGTGAGCCACTTGGAGCGG
AGGAGATGGCTGCATTGGCCGTTAAAGCTAGCTCTGCTCTCATGAGAAGTGGTGGTGGTG
GTGGAGGAAGTTGTCGCCGGAAGTGTATTGATCCTATTGTTGTGTCTGGTAAATATAGTC
TTGGAGTTGGCTCCGGTGATGAAACGGTGGGATCTGGTGGGGTGAGGAGGAAAGGGAGAA
ACGCTGACGGTGGTGGTAGCAGTAGTAGTGGTCGGAGGAGGAAGTGTTACGCGGTGGAGT
TGAGTACGATAGAAGAGTGAAGGGTAGTTTTGGAATTTGTGGATAGTTGTAATTATGTTG
GTAGTCATTTAATTAAGAAGCAATTTGCAAATTAGCAATGTTCGGAAAGTTCTCTTTTGG
GAATTTAGTAGTTAGACCATCATTAATATCAAGGATATCTTTTTAC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL7716Contig1 765 2 1 U
GGATATAACTCAACTCAAACAAACAAAAAAACAATGGCAATCATGACATCATTTGCCTCT
TTTCTCATCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGAGAAGAATCGGTAAAG
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GGGATTAACGGCGGCAGTCTTGCTCCACGTGTAATAAGTCCCGTTTGTCAACTACTTGAC
ATTAGCGAAACATTTACGGGCGAACCGGGCGTGCCAGTTAGCATAGCATATCCACCGGGG
TTCCTCACGCCATTAGAAGTTGTCAAAACAAATTTCAATATAACCACCGAGTTCAAGTAC
AACGACGACTGTAAGGAGATATCCAAGTTCTGGCAAGTCTACGAATTTATTTATGATCCA
ATTCTCATCGGGGGTAGACCTGAGGAACCAAATAGCCACTTTAAGATAGAGAAAGTCGGA
GAAGAAGATGGCACAAACATTTACAAGTTGACTACTTCTGCCGGAACCGTTGGAGCCATC
CCAACACCACAGCTAGTTCTACATCTCACCAATGATGTGGCTCAGTCCATATTCGTCAAA
TTCGTCAAAGTTAAAGCTGCTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGTCTAAGGATGATCCCA
TTCTAATAATCAAGTCCATGTAATGTGACTCGGCCCATGATCAAATATAAGGGGTTGTAA
TAATACCCGTCAAGATAAATAAAATAAAAAATCATGTTTTCAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AI64JQ C 1
AF RR1AI64TF U 1
BS 1 765 RR1AI64TF

RD RR1AI64JQ 765 0 0
GGATATAACTCAACTCAAACAAACAAAAAAACAATGGCAATCATGACATCATTTGCCTCT
TTTCTCATCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGAGAAGAATCGGTAAAG
GACAGCAACGGGAACGAAGTTCGACTCAAAGAACAATACTACATCCAACCGATCAGTAAC
GGGATTAACGGCGGCAGTCTTGCTCCACGTGTAATAAGTCCCGTTTGTCAACTACTTGAC
ATTAGCGAAACATTTACGGGCGAACCGGGCGTGCCAGTTAGCATAGCATATCCACCGGGG
TTCCTCACGCCATTAGAAGTTGTCAAAACAAATTTCAATATAACCACCGAGTTCAAGTAC
AACGACGACTGTAAGGAGATATCCAAGTTCTGGCAAGTCTACGAATTTATTTATGATCCA
ATTCTCATCGGGGGTAGACCTGAGGAACCAAATAGCCACTTTAAGATAGAGAAAGTCGGA
GAAGAAGATGGCACAAACATTTACAAGTTGACTACTTCTGCCGGAACCGTTGGAGCCATC
CCAACACCACAGCTAGTTCTACATCTCACCAATGATGTGGCTCAGTCCATATTCGTCAAA
TTCGTCAAAGTTAAAGCTGCTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGTCTAAGGATGATCCCA
TTCTAATAATCAAGTCCATGTAATGTGACTCGGCCCATGATCAAATATAAGGGGTTGTAA
TAATACCCGTCAAGATAAATAAAATAAAAAATCATGTTTTCAAGC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1AI64TF 765 0 0
GGATATAACTCAACTCAAACAAACAAAAAAACAATGGCAATCATGACATCATTTGCCTCT
TTTCTCATCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGAGAAGAATCGGTAAAG
GACAGCAACGGGAACGAAGTTCGACTCAAAGAACAATACTACATCCAACCGATCAGTAAC
GGGATTAACGGCGGCAGTCTTGCTCCACGTGTAATAAGTCCCGTTTGTCAACTACTTGAC
ATTAGCGAAACATTTACGGGCGAACCGGGCGTGCCAGTTAGCATAGCATATCCACCGGGG
TTCCTCACGCCATTAGAAGTTGTCAAAACAAATTTCAATATAACCACCGAGTTCAAGTAC
AACGACGACTGTAAGGAGATATCCAAGTTCTGGCAAGTCTACGAATTTATTTATGATCCA
ATTCTCATCGGGGGTAGACCTGAGGAACCAAATAGCCACTTTAAGATAGAGAAAGTCGGA
GAAGAAGATGGCACAAACATTTACAAGTTGACTACTTCTGCCGGAACCGTTGGAGCCATC
CCAACACCACAGCTAGTTCTACATCTCACCAATGATGTGGCTCAGTCCATATTCGTCAAA
TTCGTCAAAGTTAAAGCTGCTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGTCTAAGGATGATCCCA
TTCTAATAATCAAGTCCATGTAATGTGACTCGGCCCATGATCAAATATAAGGGGTTGTAA
TAATACCCGTCAAGATAAATAAAATAAAAAATCATGTTTTCAAGC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL7717Contig1 961 2 2 U
GGATACAAGGGTGTCTGAAGCAGACATGTGCTAGTTAACCACACGACGACGACGAGGAAC
TCTAAAGTAAACCCTAATTTCAAAGTTTCGCCCTTAACATTGTTTTCAAAGCGGTTCTGC
TGCGATGGAAGACGATACGTGGGCTGTTTCCTCTTCTGGTTCTTCCAGAAGCTATCGATC
ACCGGCAACTACAGCTGCTAAGTATCAATCTGGTTCTTATCTAGATTCGGGAGACCTTGA
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGATGATGATGTTGTAGTGGATTACCCATGTCCGTTTTG
CTCCGATGATTATGATTTAGTCGAGTTGTGTCACCATATCGACGAAGAGCATCAGCTTGA
AGCTACCTATGGGCTATGCCCGGTTTGTAACAAAATGGTGAAGATGGACATGGTGGATCA
TATAACCTCATATCATAGAGATGTCTTGAAGAGTGTGCAGAAGCAGACATCTTCTTACAT
GGACGATCCATACTCATCAGATAAACATCTTCGATCATTTCACGATGACTTTCCACCATA
TACGCATACTTCTAAACCCGTTGTTGCGGACCACTTTTTATCTTTCCTCAACAGTCCCCC
ATTGCCAAAGCAAACCAAGCCTGTGCATGAGGTTGATTCAAGTGCAGAAGACAAGAATTT
GACTGAGGCTGATTCCTCTACAGTAAAAGACAGGACATCTTCAACACCTTTATCGGATAC
TGAACAACTTGAGAAGGCAAATAAGTGTGAGTTTGTACAGGGACTGTTGTCGTCAGCCAT
GTTTGGTGATGGATGCGACTTCTTTTGAGATAAGAAGCAAAATAAAGATGTGAAGCCTGT
AATGGCAAAAGGCAGGTTATTGGCATTGTTGTAATTTTGTTCAGTTCCGTTTTATCTGTT
TTTCTCAGACACTAAAGTAGGTTTAGCTTCGTAATATATAAAGCCAATGCGTTTTAAGTT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1CG11TF U 1
AF RR1CG11JQ C 240
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BS 664 961 RR1CG11JQ

RD RR1CG11TF 663 0 0
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AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGATGATGATGTTGTAGTGGATTACCCATGTCCGTTTTG
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AGCTACCTATGGGCTATGCCCGGTTTGTAACAAAATGGTGAAGATGGACATGGTGGATCA
TATAACCTCATATCATAGAGATGTCTTGAAGAGTGTGCAGAAGCAGACATCTTCTTACAT
GGACGATCCATACTCATCAGATAAACATCTTCGATCATTTCACGATGACTTTCCACCATA
TACGCATACTTCTAAACCCGTTGTTGCGGACCACTTTTTATCTTTCCTCAACAGTCCCCC
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GAC

QA 1 663 1 663
DS 

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ATATAACCTCATATCATAGAGATGTCTTGAAGAGTGTGCAGAAGCAGACATCTTCTTACA
TGGACGATCCATACTCATCAGATAAACATCTTCGATCATTTCACGATGACTTTCCACCAT
ATACGCATACTTCTAAACCCGTTGTTGCGGACCACTTTTTATCTTTCCTCAACAGTCCCC
CATTGCCAAAGCAAACCAAGCCTGTGCATGAGGTTGATTCAAGTGCAGAAGACAAGAATT
TGACTGAGGCTGATTCCTCTACAGTAAAAGACAGGACATCTTCAACACCTTTATCGGATA
CTGAACAACTTGAGAAGGCAAATAAGTGTGAGTTTGTACAGGGACTGTTGTCGTCAGCCA
TGTTTGGTGATGGATGCGACTTCTTTTGAGATAAGAAGCAAAATAAAGATGTGAAGCCTG
TAATGGCAAAAGGCAGGTTATTGGCATTGTTGTAATTTTGTTCAGTTCCGTTTTATCTGT
TTTTCTCAGACACTAAAGTAGGTTTAGCTTCGTAATATATAAAGCCAATGCGTTTTAAGT
TT

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL7718Contig1 810 2 4 U
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AAAATATAGTATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCGTTGTTCTTATTAT
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GCTTCAAATCTTGGTTCTTCCAGCAAACCTGCGCGCTCTTCCTTCTCTCAATCCAGCAGA
AGCGGCGGGAGAGGAAGAGGAAACGAGAGAGACAATGATCGTCGAGGAGGCAAAGATAAA
ATTGATGCGCTTGGAAGACTCTTGTAAGTGAGATTTCGAGATGTAATTGAAATCTTCTTT
TTTTTTGGGATTTGATTAGGACGCGAGTCTTGCGACACATGGCTACTGAGCTGAGATTGA
ACATGAGAGGTGATGGTTTTGTTAAAGTTGAAGACTTGCTTCAGCTTAATCTCAAAACAT
CTGCAAACATTCAGTTGAAGTCTCATACCATTAATGAGATTAGAGAGGCAGTGAGAAGAG
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AAGCGTATGAATAGACTCCATTTCACTTTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A635TF U 1
AF RR1F482TF U 1
BS 1 14 RR1A635TF
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BS 16 707 RR1A635TF
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RD RR1A635TF 707 0 0
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AAAATATAGTATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCGTTGTTCTTATTAT
CTTTTCTGCTTTCGGTGACGTTTACCATCGATGCTATTGAACAATGTGCCGTTGAAAGAA
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GCTTCAAATCTTGGTTCTTCCAGCAAACCTGCGCGCTCTTCCTTCTCTCAATCCAGCAGA
AGCGGCGGGAGAGGAAGAGGAAACGAGAGAGACAATGATCGTCGAGGAGGCAAAGATAAA
ATTGATGCGCTTGGAAGACTCTTGTAAGTGAGATTTCGAGATGTAATTGAAATCTTCTTT
TTTTTTGGGATTTGATTAGGACGCGAGTCTTGCGACACATGGCTACTGAGCTGAGATTGA
ACATGAGAGGTGATGGTTTTGTTAAAGTTGAAGACTTGCTTCAGCTTAATCTCAAAACAT
CTGCAAACATTCAGTTGAAGTCTCATACCATTAATGAGATTAGAGAGGCAGTGAGAAGAG
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AAGGTCACTCCATTACGACAGTTGAATCTGAAAAGTTACTTAAACCA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1F482TF 810 0 0
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CTTTTCTGCTTTCGGTGACGTTTACCATCGATGCTATTGAACAATGTGCCGTTGAAAGAA
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GCTTCAAATCTTGGTTCTTCCAGCAAACCTGCGCGCTCTTCCTTCTCTCAATCCAGCAGA
AGCGGCGGGAGAGGAAGAGGAAACGAGAGAGACAATGATCGTCGAGGAGGCAAAGATAAA
ATTGATGCGCTTGGAAGACTCTTGTAAGTGAGATTTCGAGATGTAATTGAAATCTTCTTT
TTTTTTGGGATTTGATTAGGACGCGAGTCTTGCGACACATGGCTACTGAGCTGAGATTGA
ACATGAGAGGTGATGGTTTTGTTAAAGTTGAAGACTTGCTTCAGCTTAATCTCAAAACAT
CTGCAAACATTCAGTTGAAGTCTCATACCATTAATGAGATTAGAGAGGCAGTGAGAAGAG
ACAATATGCAACGTTTTTGCTTCGTTGAAGAGAATGGTGAGCTCTTGATTCGCGCTAACC
AAGGTCACTCCATTACGACAGTTGAATCTGAAA*GTTACTTAAACCAATAATGTCACCGG
AGAGCTCCAGTGTGTGTGCATGGACTTAAAGAGATTTGGATCATATTAGCATCTGGCTTA
AAGCGTATGAATAGACTCCATTTCACTTTC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL7719Contig1 702 2 1 U
GGGGAGAGGAAACAAGAGAAGAGCAGGTGATCGGCGATTGAGATAGAGAGAGAGGAGATG
GGAACTAGACAAGTATACGAAGAGAAGCTGAGACGTGCGAATCTTGAGTATGATCCGACC
ATGAACCCTGGTCTTGGTTCCGCTCGCTGTCCACGTTGCCTTTCTCTCTTAACCCCTACT
CAAGAGAAAGGAGAGTGGACCATTACTCCAGTTCTTCACGATGCTGCTGCTGTGGCTGGT
TCTGGTATTGGTGGCCTGCTTAGTGCCGTCAATGCTTTCAACACAGGGATCCCCTATCTT
CAAAATCGGTTTCCAGGGTCAAAGCGTCTCTCTTTCCTTGTCGGGGTTCCATTGCTACTA
GGGTATTCAGGTTTAGGAGCTGCCTTTGGAGGTTATGCACTTCCCAAGTTTGCTCAGCTG
ACAGTTACCTCGTATTATGCATCTTCAAGTGCTTCACATTATGTGATCTCTATGCTCACC
CGCCGCATCGAAGACGCTCATCTCTCTCGAACTCGGAAAGAAGAGGTCAAATGAAGCCAT
ATGCACATGAAAAACGAGATTCTATGGCACTACTCCTGTATTATTAGCTTATTTCAAAAT
TTCTCTTTCTATTTGTTCTTTTTGTTGGTTACCTTGTTCTATAGCTTATACCTCGGCCAC
ATCTATAACGTTTATTCGACATAATTATATACAAATACAATG


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BP36TF U 1
AF RR1BP36JQ C 4
BS 1 702 RR1BP36TF

RD RR1BP36TF 702 0 0
GGGGAGAGGAAACAAGAGAAGAGCAGGTGATCGGCGATTGAGATAGAGAGAGAGGAGATG
GGAACTAGACAAGTATACGAAGAGAAGCTGAGACGTGCGAATCTTGAGTATGATCCGACC
ATGAACCCTGGTCTTGGTTCCGCTCGCTGTCCACGTTGCCTTTCTCTCTTAACCCCTACT
CAAGAGAAAGGAGAGTGGACCATTACTCCAGTTCTTCACGATGCTGCTGCTGTGGCTGGT
TCTGGTATTGGTGGCCTGCTTAGTGCCGTCAATGCTTTCAACACAGGGATCCCCTATCTT
CAAAATCGGTTTCCAGGGTCAAAGCGTCTCTCTTTCCTTGTCGGGGTTCCATTGCTACTA
GGGTATTCAGGTTTAGGAGCTGCCTTTGGAGGTTATGCACTTCCCAAGTTTGCTCAGCTG
ACAGTTACCTCGTATTATGCATCTTCAAGTGCTTCACATTATGTGATCTCTATGCTCACC
CGCCGCATCGAAGACGCTCATCTCTCTCGAACTCGGAAAGAAGAGGTCAAATGAAGCCAT
ATGCACATGAAAAACGAGATTCTATGGCACTACTCCTGTATTATTAGCTTATTTCAAAAT
TTCTCTTTCTATTTGTTCTTTTTGTTGGTTACCTTGTTCTATAGCTTATACCTCGGCCAC
ATCTATAACGTTTATTCGACATAATTATATACAAATACAATG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1BP36JQ 699 0 0
GAGAGGAAACAAGAGAAGAGCAGGTGATCGGCGATTGAGATAGAGAGAGAGGAGATGGGA
ACTAGACAAGTATACGAAGAGAAGCTGAGACGTGCGAATCTTGAGTATGATCCGACCATG
AACCCTGGTCTTGGTTCCGCTCGCTGTCCACGTTGCCTTTCTCTCTTAACCCCTACTCAA
GAGAAAGGAGAGTGGACCATTACTCCAGTTCTTCACGATGCTGCTGCTGTGGCTGGTTCT
GGTATTGGTGGCCTGCTTAGTGCCGTCAATGCTTTCAACACAGGGATCCCCTATCTTCAA
AATCGGTTTCCAGGGTCAAAGCGTCTCTCTTTCCTTGTCGGGGTTCCATTGCTACTAGGG
TATTCAGGTTTAGGAGCTGCCTTTGGAGGTTATGCACTTCCCAAGTTTGCTCAGCTGACA
GTTACCTCGTATTATGCATCTTCAAGTGCTTCACATTATGTGATCTCTATGCTCACCCGC
CGCATCGAAGACGCTCATCTCTCTCGAACTCGGAAAGAAGAGGTCAAATGAAGCCATATG
CACATGAAAAACGAGATTCTATGGCACTACTCCTGTATTATTAGCTTATTTCAAAATTTC
TCTTTCTATTTGTTCTTTTTGTTGGTTACCTTGTTCTATAGCTTATACCTCGGCCACATC
TATAACGTTTATTCGACATAATTATATACAAATACAATG

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL7720Contig1 890 2 6 U
GGAGACACAGCAAGGAGGGTAGAGCCATTCTGTACGGTAGAAGAAGTGTGGTTCGAAAGC
TTCGAGAAGCCATGGATAAAAACGATGCTGAGTTCGATGCGATAATCATGTTCGAGCAAA
TTCGCAAAGTATCAGAAGCCACCTACTTGAAAAACCCCTTAGATGCCGATAACTTGATTA
GATGGGCAGGAGCTCTAATGGAACTAGCTCAGTTTCAAAACGAAGATCCAAAGCAATTTG
TTCAAGAGGCAATTACTAAGCTTGAAGAGGCGTTGTTGATTGATCCAAAGAAACACGCTG
CGATGTGGTGCCTCGGTAATGCATACACTACGCTTGCGTTTTGGACTCCTGAAGAGACTG
AAGCTAAACACATCTTTGACTTAGCTGCTCTCTTATTTCAAACTGCTGTCGATGAGCAAC
CGGATAATGAAACCTACCAGAAATCACTTGTAATGACGGCCAAGGCTCCACTACTGCACG
CAGAGATTCACAGGCAAGGCTTTGGCACACAGCCACTGGGGTGGCGCCGGTCCATCAGGA
CCGTCAAGATCAAAGGTTCTCTCTTTTTTTATGTTCATTCTCATCACCATATTTTATTTT
AGTATTTGTGGTTTGAATCTTATTATGATCATGTTGTTTTCTCCAAACAGGTAGTGAAAA
GCAGTGAGTTGAGGTATGATGTGATGGGGATGGGTGATACTAGCTGTTGGCCTTGTTGCT
TTGGTTGGTTACGCCAAATCTAGTGCACCTATCTCTGCTCCTCGATAACTCGTGTTTTAA
TCACACTCAGATAGGATGATTATTTTTTTTTACCTGGAGTTTTCAGTTTTGAGGTTTTCA
TTTATTTTTCTATTGGATTTGGCGAAAGACATGAATATGAATGACATTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C527TF U 1
AF RR1C527JQ C 29
BS 1 49 RR1C527TF
BS 50 50 RR1C527JQ
BS 51 760 RR1C527TF
BS 761 761 RR1C527JQ
BS 762 777 RR1C527TF
BS 778 890 RR1C527JQ

RD RR1C527TF 788 0 0
GGAGACACAGCAAGGAGGGTAGAGCCATTCTGTACGGTAGAAGAAGTGTTGTTCGAAAGC
TTCGAGAAGCCATGGATAAAAACGATGCTGAGTTCGATGCGATAATCATGTTCGAGCAAA
TTCGCAAAGTATCAGAAGCCACCTACTTGAAAAACCCCTTAGATGCCGATAACTTGATTA
GATGGGCAGGAGCTCTAATGGAACTAGCTCAGTTTCAAAACGAAGATCCAAAGCAATTTG
TTCAAGAGGCAATTACTAAGCTTGAAGAGGCGTTGTTGATTGATCCAAAGAAACACGCTG
CGATGTGGTGCCTCGGTAATGCATACACTACGCTTGCGTTTTGGACTCCTGAAGAGACTG
AAGCTAAACACATCTTTGACTTAGCTGCTCTCTTATTTCAAACTGCTGTCGATGAGCAAC
CGGATAATGAAACCTACCAGAAATCACTTGTAATGACGGCCAAGGCTCCACTACTGCACG
CAGAGATTCACAGGCAAGGCTTTGGCACACAGCCACTGGGGTGGCGCCGGTCCATCAGGA
CCGTCAAGATCAAAGGTTCTCTCTTTTTTTATGTTCATTCTCATCACCATATTTTATTTT
AGTATTTGTGGTTTGAATCTTATTATGATCATGTTGTTTTCTCCAAACAGGTAGTGAAAA
GCAGTGAGTTGAGGTATGATGTGATGGGGATGGGTGATACTAGCTGTTGGCCTTGTTGCT
TTGGTTGGTTACGCCAAATCTAGTGCACCTATCTCTGCTC*TCGATAACTCGTGTTT
ATCACACTCAG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1C527JQ 862 0 0
TCTGTACGGTAGAAGAAGTGTG**TCGAAAGCTTCGAGAAGCCATGGATAAAAACGATGC
TGAGT*CGATGCGATAATCATGTTCGAGCAAAT*CGCAAAGTATCAGAAGCCACCTACTT
GAAAAACCCCTTAGATGCCGATAACTTGATTAGATGGGCAGGAGCTCTAATGGAACTAGC
TCAGTTTCAAAACGAAGATCCAAAGCAATTTGTTCAAGAGGCAATTACTAAGCTTGAAGA
GGCGTTGTTGATTGATCCAAAGAAACACGCTGCGATGTGGTGCCTCGGTAATGCATACAC
TACGCTTGCGTTTTGGACTCCTGAAGAGACTGAAGCTAAACACATCTTTGACTTAGCTGC
TCTCTTATTTCAAACTGCTGTCGATGAGCAACCGGATAATGAAACCTACCAGAAATCACT
TGTAATGACGGCCAAGGCTCCACTACTGCACGCAGAGATTCACAGGCAAGGCTTTGGCAC
ACAGCCACTGGG*TGGCGCCGGTCCATCAGGACCGTCAAGATCAAAGGTTCTCTCTTTTT
T*ATGTTCATTCTCATCACCATATTTTATTTTAGTATTTGTGGTTTGAATCTTATTATGA
TCATGTTGTTTTCTCCAAACAGGTAGTGAAAAGCAGTGAGTTGAGGTATGATGTGATGGG
*ATGGGTGATACTAGCTGTTGGCCTTGTTGCTTTGGTTGGTTACGCCAAATCTAGTGCAC
CTATCTCTGCTCCTCGATAACTCGTGTTTTAATCACACTCAGATAGGATGATTATTTTTT
TTTACCTGGAGTTTTCAGTTTTGAGGTTTTCATTTATTTTTCTATTGGATTTGGCGAAAG
ACATGAATATGAATGACATTGT

QA 1 862 1 862
DS 



AS 1 2

CO CL7721Contig1 839 2 2 U
GTGTTCGCACGCGGCCATCTCACAAAGAACATACACTAACAAAAAAACCACAAGAACCAA
GAAAGAAGAACCCTAGATTGCAGACACAAGGCACATCTTCATAACACATTGCTTTATACA
CACGGAGTGATATATATGCAAAATGGTGAGAATAAGAGAAAACCTTACATTTTCAGTCTC
AACACCTGCACTTCGAGAGGTCAGAACGACAGCAACAACGCCGGTGGCTTCACAAAAACC
AAAACAACGGTTAGCAAAACAACTATCTATGTGTGAGTCACCACGAGACATTGCTTGGGA
AAGAAGAAAACGTCAGATGATAATGATTCAGGAGAAGAAGATGTTTCATAAAGGCGTTTC
AGATAATCTTAGTGAACAGAAGAAACTAACCGATGAGGATTTGAACGAGCTTAAAGGATC
CATTGAGCTAGGTTTCGGTTTTAAAGAAGAAGCAGGACAAAATCTCTGTAATACATTACC
AGCTCTTGATCTTTACTTTGCAGTGAATCGTCAGCTGTCTCCTCTCCCTTCTCCTAGCAG
CAGCCGTAGCAGCAGCGCATATGCATCAGCTTTCTCGATGAGTATACCTTGTAGCCCTAA
GAAAACTGATTCAGATTCATTAAAGATCGTGTGTCCAGGGGACAATCCTCAACAAGTGAA
GGAGAGATTGAGACATTGGGCACAAGCAGTTGCATGCTCTGTGATGCAGACATATTGATA
AGTGTATAAGATTTTATTTGGAGAGATAGGAAGTAAAAGAATCCTTTTATGGCTGTGTAT
ATATACTTTGTGTAAAGGGAACAAAAAGATAAGAAACAATAAAGCTTTTCTTGTTCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AI93TF U 1
AF RR1AI93JQ C 77
BS 1 802 RR1AI93TF
BS 803 839 RR1AI93JQ

RD RR1AI93TF 802 0 0
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GAAAGAAGAACCCTAGATTGCAGACACAAGGCACATCTTCATAACACATTGCTTTATACA
CACGGAGTGATATATATGCAAAATGGTGAGAATAAGAGAAAACCTTACATTTTCAGTCTC
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DS 

RD RR1AI93JQ 763 0 0
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TCATTAAAGATCGTGTGTCCAGGGGACAATCCTCAACAAGTGAAGGAGAGATTGAGACAT
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GGGAACAAAAAGATAAGAAACAATAAAGCTTTTCTTGTTCGTT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1A709TF U 1
AF RR1A709JQ C 33
BS 1 752 RR1A709TF
BS 753 858 RR1A709JQ

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TAACCTAAAGTCATCAGACACGTGGGTTGCTGAATATAGAAAGTGGATGGACAAAGTTGG
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GGTGGAACACGCCCCTGCGGGACTCATTTCAGGTCTCTCGGCTTCTTACCCTGCAAAAGG
TGGAGTTGGTACTATGCAGGCTCCCAATTTGGCTAACCGCTACTTCAGACATGTGATCCA
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DS 

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GTCTCTCGGCTTCTTACCCTGCAAAAGGTGGAGTTGGTACTATGCAGGCTCCCAATTTGG
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TTGAACTCTGGAAAAATATCCTCTTTGGCACAGCCGTGGCCTTGACGGCTTTGGCCATTA
TGGTGGTTAGTAGGCAGTGGAAGGCTGTACTGTTAGGTTCAGCTGCGTTGTGCTCAGCTT
CAGCTTATGCTTGCTTAAGAGCTATACAAATGAACACCAATAACTTCATTAGAACACACA
GAAGGCTATGAAAAAATGTGTACCGGCATGGCATGTCTCTTCTTCCTACCAATTTGTATT
TCTATAAAATACTATTTTGCTTGTGATCATGAAGTTTATATGTTAC

QA 1 826 1 826
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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ATATTCCAATTCTCCTCAATCCGCGGGTATGCTTAATGCCCCTTCGCCTCAGCAACAACA
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ACTACTTGCACAACAGCAACAGCAACAGCTCAGGCAATCTTCTATGCAAGCATTGGGTCA
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GCTATCAGGTGGACATATTCAGCATGGCATGTCTCAAGGACAGCTCAATCCAGCGATGAA
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ACAGCAACAACAACAACAGCAGCAGCAACAGCAAGGAAGCTATGGAAATATGCAAACCAA
TCAGCAGAATCTACAGCCTAACATGTTGCAGAATCCACAACAAAGACACCAAAACCCTCA
ATAAAACCTCTCCTTTGTACGTACGACTTGGGCTTGTAATAAGATCGTTTCCAGCTTGTG
GTTATAACGTACCGGTAGGGGCCTGGTCTTTACTATGAAACAAGGTTTTTTAGAT


BQ
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0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C407TF U 1
AF RR1C407JQ C 76
BS 1 707 RR1C407TF
BS 708 708 RR1C407JQ
BS 709 752 RR1C407TF
BS 753 753 RR1C407JQ
BS 754 780 RR1C407TF
BS 781 783 RR1C407JQ
BS 784 818 RR1C407TF
BS 819 895 RR1C407JQ

RD RR1C407TF 818 0 0
GGGACGATCAGCTGCATCTCCATCTAATGCTAACTTTGACACCGCGAGATCTCCCTTGCC
ATATTCCAATTCTCCTCAATCCGCGGGTATGCTTAATGCCCCTTCGCCTCAGCAACAACA
GCAGCAGCTTCAACAGCAGCAAAGGTCCAAGTTAATGCAGTTGCCTCAGCACCAACAACA
ACTACTTGCACAACAGCAACAGCAACAGCTCAGGCAATCTTCTATGCAAGCATTGGGTCA
GAGTCAGATGCCATCTCTCCACGATTTGCAAGCTCAGCAGAAGTTTCAGTCGTTGCATGG
GCAACAACATCAAATGCCGTATTCTCAGTCAATGGGCCACCAACAATACCAAGCTAGACA
GCTATCAGGTGGACATATTCAGCATGGCATGTCTCAAGGACAGCTCAATCCAGCGATGAA
CCGTCACTTGAACCAGTTTTCAGGTGGAGCAAATAGTGCAATGTTTACATCTGCACAGGG
CTCCCCAAGTAGCCAGATGTTACCAAACATGTCATCTATGCAATCTCAGACACTTAATCC
TAGAATGCAGCAATATGGAGTTTCGGGTACTAATGCCCAAAGAGGACATGCGTCTCAGAT
GTTGGGTGACCAGATGTTCAACAACAGCGGAATGATGCAAACTCAACAGTCGCAGCAACC
ACAGCAACAACAACAACAGCAGCAGCAACAGCAAGGAAGCTATGGAA*TATGCAAACCAA
TCAGCAGAATCTACAGCCTAACATGTTGCAGA*TCCACAACAAAGACACCAAAACCCTCA
**TAAACCTCTCCTTTGTACGTACGACTTGGGCTTGTA

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR1C407JQ 820 0 0
TCAATCCGCGGGTATGCTTAATGCCC*TTCGCCTCAGCAACAACAGCAGCAGCTTCAACA
GCAGCAAAGGTCCAAGTTAATGCAGTTGCCTCAGCACCAACAACAACTACTTGCACAACA
GCAACAGCAACAGCTCAGGCAATCTTCTATGCAAGCATTGGGTCAGAGTCAGATGCCATC
TCTCCACGATTTGCAAGCTCAGCAGAAGTTTCAGTCGTTGCATGGGCAACAACATCAAAT
GCCGTATTCTCAGTCAATGGGCCACCAACAATACCAAGCTAGACAGCTATCAGGTGGACA
TATTCAGCATGGCATGTCTCAAGGACAGCTCAATCCAGCGATGAACCGTCACTTGAACCA
GTTTTCAGGTGGAGCAAATAGTGCAATGTTTACATCTGCACAGGGCTCCCCAAGTAGCCA
GATGTTACCAAACATGTCATCTATGCAATCTCAGACACTTAATCCTAGAATGCAGCAATA
TGGAGTTTCGGGTACTAATGCCCAAAGAGGACATGCGTCTCAGATGTTGGGTGACCAGAT
GTTCAACAACAGCGGAATGATGCAAACTCAACAGTCGCAGCAACCACAGCAACAACAACA
ACAGCAGCAGCAACAGCAAGGAAGCTATGGAAATATGCAAACCAATCAGCAGAATCTACA
GCCTAACATGTTGCAGAATCCACAACAAAGACACCAAAACCCTCAATAAAACCTCTCCTT
TGTACGTACGACTTGGGCTTGTAATAAGATCGTTTCCAGCTTGTGGTTATAACGTACCGG
TAGGGGCCTGGTCTTTACTATGAAACAAGGTTTTTTAGAT

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL7726Contig1 778 2 12 U
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CATAAAGGCAGCCGCTAAAGATGAAGCTAGTGCTGTCCTTTGCCTGGAGCTTCTGATTGC
AGTAACTCTGAACAACCGAGACAGAATCCTACTGATCTGGCAAACTGTTTACGAGCACAT
CTCTGGTATTGTCCAATCAACGACGACACCATGCCCGCTAGTTGAAAAGGCTGTGCTTGG
TGTGTTGAAGATTTGTCAGAGATTATTGCCTTACAAGGAGAACCTAACAGATGAGCTTCT
GAAATTACTCCAACTGGTTCTCAAACTTGATGCAAGAGTGGCTGATGCATACTGTGAGCC
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TGGTTGGCGAACAATCATATCTCTGATATCAATCACAGCTCGACATCCAGAAGCTTCTGA
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BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1C018TF U 1
AF RR1EG06TF U 5
BS 1 78 RR1C018TF
BS 79 79 RR1EG06TF
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BS 751 778 RR1EG06TF

RD RR1C018TF 750 0 0
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TGTGTTGAAGATTTGTCAGAGATTATTGCCTTACAAGGATAACCTAACAGATGAGCTTCT
GAAATTACTCCAACTGGTTCTCAAACTTGATGCAAGAGTGGCTGATGCATACTGTGAGCC
CATCACACAAGAAGTAGCCCGTCTCGTAAAAGCCAATGCATCTCACGTCAGATCTCATGT
TGGTTGGCGAACAATCATATCTCTGATATCAATCACAGCTCGACATCCAGAAGCTTCTGA
TGCTGGATTCGAAGCTCTCCGGTTTATAATGTCAGAAGGAACTCACTTGTTGCTAGCAAA
CTACATTCTCTGTTCGGATGCGGCTAGGCAGTTTGCTGAATCCCGTGTCGGGGAAATCGA
TCGGTCTATCTCATCCATCGACTTGATGTCAAATTCTGTGTTCTGTCTTGCTAGGTGGTC
TCAAGAGGCGAAAAACTCTGTCGGAGAAGATGAAGCTATGAAGAAACTAAGTCAAGATAT
CGGAGAGATGTGGCTCAGCTTGTGACACCT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1EG06TF 774 0 0
G
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AGGCAGCCGCTAAAGATGAAGCTAGTGCTGTCCTTTGCCTGGAGCTTCTGATTGCAGTAA
CTCTGAACAACCGAGACAGAATCCTACTGATCTGGCAAACTGTTTACGAGCACATCTCTG
GTATTGTCCAATCAACGACGACACCATGCCCGCTAGTTGAAAAGGCTGTGCTTGGTGTGT
TGAAGATTTGTCAGAGATTATTGCCTTACAAGGAGAACCTAACAGATGAGCTTCTGAAAT
TACTCCAACTGGTTCTCAAACTTGATGCAAGAGTGGCTGATGCATACTTTGAGCCCATCA
CACAAGAAGTAGCCCGTCTCGTAAAAGCCAATGCATCTCACGTCAGATCTCATGTTGGTT
GGCGAACAATCATATCTCTGATATCAATCACAGCTCGACATCCAGAAGCTTCTGATGCTG
GATTCGAAGCTCTCCGGTTTATAATGTCAGAAGGAACTCACTTGTTGCTAGCAAACTACA
TTCTCTGTTCGGATGCGGCTAGGCAGTTTGCTGAATCCCGTGTCGGGGAAATCGATCGGT
CTATCTCAGCCATCGACTTGATGTCAAATTCTGTGTTCTGTCTTGCTAGGTGGTCTCAAG
AGGCGAAAAACTCTGTCGGAGAAGATGAAGCTATGAAGAAACTAAGTCAAGATATCGGAG
AGATGTGGCTCAGCTTGTGACACCTCAAAAGGTTTGTCTTGATCAACGCGACC

QA 2 774 2 774
DS 



AS 1 2

CO CL7727Contig1 808 2 14 U
GGATCAATCAGCTTCATTTTACAAATCACACAACACCAACAAGATCAAGATTACTCTCAT
TAATCCTCTAAAGATGAACATGATCAGAACTGAGCAACAAGTTATTACTTATCCGGTTGG
TTATTTACCTGATCCGGCTTCGAGTAGCAACACAAAATCAGTTCTTAAAAGGAAGAAAAC
CGATGGTTTCACCAATGGGGACAGAGACCAGAGCAAGCTAAGACAAAAGCTAACCGAAAC
AGTGAAGAGAAAGCTATCTTTGGGGGCTAGGATTCTTCAGGTGGGAGGTTTAGAGAAGAT
CTACAAGCGGCTCTTCAGAGTCAACGAAGATGAGAAACTCTTCAAAACTTTCCAGTGTTC
CCTGTCCACCACAGCTGGTCCCATCGCAGGCCTTCTCTTCATTTCTTCCGAGAAGATGGC
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GAAACCGTCACAGAAGTACATGGAAGTAGTCACGGTCGATGGTTTCGACTTCTGGTTCAT
GGGATTCTTGAGTTACCAGGAAGCTTTCAGATGTCTAGAGAAAGCTCTTTCTCTGAGCTT
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TTAGAAAGTTACTGTACAAAACTTAAATTCTTGTAATATGTGTTTTACGTGAATTCATTT
ATCTTAGCAAATCTCATTCAATCTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CH38TF U 1
AF RR1CH38JQ C 19
BS 1 679 RR1CH38TF
BS 680 680 RR1CH38JQ
BS 681 689 RR1CH38TF
BS 690 690 RR1CH38JQ
BS 691 717 RR1CH38TF
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BS 757 765 RR1CH38TF
BS 766 808 RR1CH38JQ

RD RR1CH38TF 772 0 0
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GGGATTCTTGAGTTACCAGGAAGCTTTCAGATGTCTAGAGAAAGCTCTTTCTCTGAGCTT
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TTAGAAAGT*ACTGTACAAA*CTTAAATTCTTGTA*TATGTGTTT
ACGTGAA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1CH38JQ 790 0 0
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TCCCATCGCAGGCCTTCTCTTCATTTCTTCCGAGAAGATGGCTTTCTGCAGCGAGAGATC
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TTTGTGTAAGATCGAGAGAGTGAACCAGAGTCAGAACACAAAGAAACCGTCACAGAAGTA
CATGGAAGTAGTCACGGTCGATGGTTTCGACTTCTGGTTCATGGGATTCTTGAGTTACCA
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AATAGTTAAAAAGTGTCACTGATTGGTCAAAGAATATAGGTCTTAGAAAGTTACTGTACA
AAACTTAAATTCTTGTAATATGTGTTTTACGTGAATTCATTTATCTTAGCAAATCTCATT
CAATCTTTAC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL7728Contig1 724 2 3 U
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TTTG


BQ
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20 20 20 20 

AF RR1CV31JQ C 1
AF RR1CV31TF U 1
BS 1 710 RR1CV31TF
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BS 712 724 RR1CV31TF

RD RR1CV31JQ 724 0 0
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TTGGCGAAAGGGATCAAACGTTTGCTTAAGTTTGGGAAGAAAACTCGTGCTGCGGATAGT
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TCGGATGAACTAAGGAAAACAAGAATGGCATCTTCTCAAAGTCAGCATTCTGAGGATGAG
CAAGGGAGCTTTAAAGCGAAAGATGGGGAGTTTAAGAAATCATTCTTCTCACTCTCTACA
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CTGTGTTTCTTCCTTTACAACAACACAAGTACAAAGTTTGTAATCTTGAAACAGAGTTAC
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GAGATAAACATATTTTTGAAACACTAGAAAAGTATATAGAAATCTTCCCAACAGAGTTGT
TTTG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1CV31TF 724 0 0
AGGATTGCCTCGTTAATGGATTCACCTAGCGAGAGTCCTCTCTCGTGGAACTCAAACTTG
CAACACGCTTTCTCTTATCCTCACGAGCATTCGGATGCCGATGCTTCGATGGATTACTCT
CCCATGGGAAGTCCTGCTTCTTGGAGTTCGAGGATGAGAAAGAAATGGGGAACAACGACA
ACAACAGGTCAGAGTCCTAACATTGTTTCAAACTCTTCACCGCTCCACTCTCGGAAGGAT
TTGGCGAAAGGGATCAAACGTTTGCTTAAGTTTGGGAAGAAAACTCGTGCTGCGGATAGT
CTGATGGATTGGGTCTCTGTTACCACATCTGAAGGTGACGACGATTTTGCTTATAGATCA
TCGGATGAACTAAGGAAAACAAGAATGGCATCTTCTCAAAGTCAGCATTCTGAGGATGAG
CAAGGGAGCTTTAAAGCGAAAGATGGGGAGTTTAAGAAATCATTCTTCTCACTCTCTACA
TTCCGTAACAAAGGAAACGACTCGAAGCCAAGATAACAGAAGAAGGAAACAAAACCATAT
CTGTGTTTCTTCCTTTACAACAACACAAGTACAAAGTTTGTAATCTTGAAACAGAGTTAC
AGTGTTTGATTATGATTTGAGTACATTATTGTTTGTTGATTTTCTTTAATATTTTAAAAT
GAGATAAACATATTTTTGAAACACTAGAAAAGTATATAGAAATCTTCCCA*CAGAGTTGT
TTTG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL7729Contig1 926 2 2 U
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AATAAACCTTGATCTGATTTCAGACGAACCCATTTTCAAAAAAAAAGGAGACATTTTTGA
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CCCATACTTTGACTCGACATCAGGAGATTCTTCAAGATCTCACACAGGAGTTTTATCGAC
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ATGATCGGACTAGATTAGACTTAGAAGCTGGGGGGGATGATGGCTCGACAGAGCAAGCGC
TGCTCAAAGAACATGTGGGGATCAACCGCAATACAGCGCAGATGGATGGTGTCATTTCAC
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CGAAGCTTAGCAATGTCACTAGCCGTCTACCCACGGTGAACACTATTCTGTCAGCTATAA
AGAGGAAAAAGTCCATGGATACAATCATTCTTTCACTTGTTGCAGCTGTATGCACTTTTC
TCATTTTCATCTACTGGTTAACCAAGTAAAAAAAGTCTGCTTTCATCTCTCTGTGTTGGG
CCACGTCTGGGTTTTCCCGTGTTGCTATTTTGTTATCATTGATGTTCTCTAGTAAAGCAT
GTACAGATCGAAAACATAAATATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AP92TF U 1
AF RR1AP92JQ C 72
BS 1 862 RR1AP92TF
BS 863 926 RR1AP92JQ

RD RR1AP92TF 873 0 0
GGGGATCGCATCTTCCAAGGAGGGGAACTCGGAGGTTCGGTTACGAGGAAGAGGAGGAAG
AATAAACCTTGATCTGATTTCAGACGAACCCATTTTCAAAAAAAAAGGAGACATTTTTGA
TTGATTCATAGGACTCCATGGCCGTTCCTAGTTCTTGGGATGATTTACGGAAACAGGCTA
GAAAGATTGAAGCTCAGCTTGACGAGCAGATGCATTCATATCGCAGACTTGTTTCCACGA
AGTCAGATGGTGGTGCAGAGAGTGACCTCGAAGCTGGGATTGACTTGCTATTAAGGCAAC
TTCAACAAGTTAATGCTCAGATGCAAGCGTGGGTTTCTTCTGGTGGCTCAGAGATGGTCT
CCCATACTTTGACTCGACATCAGGAGATTCTTCAAGATCTCACACAGGAGTTTTATCGAC
ACCGATCCAATCTTAGAAAAAAGCAAGAGCATGCTTCACTTCTTGAAGACTTTAAAGAAT
ATGATCGGACTAGATTAGACTTAGAAGCTGGGGGGGATGATGGCTCGACAGAGCAAGCGC
TGCTCAAAGAACATGTGGGGATCAACCGCAATACAGCGCAGATGGATGGTGTCATTTCAC
ATGCTCAAGCAACGCTCGATACACTTGTGTTTCAACGTTCAAATTTTGGCGGAATCAACT
CGAAGCTTAGCAATGTCACTAGCCGTCTACCCACGGTGAACACTATTCTGTCAGCTATAA
AGAGGAAAAAGTCCATGGATACAATCATTCTTTCACTTGTTGCAGCTGTATGCACTTTTC
TCATTTTCATCTACTGGTTAACCAAGTAAAAAAAGTCTGCTTTCATCTCTCTGTGTTGGG
CCACGTCTGGGTTTTCCCGTGT
GCTATTTGTTA

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR1AP92JQ 855 0 0
ATCTGATTTCAGACGAACCCATTTTCAAAAAAAAAGGAGACATTTTTGATTGATTCATAG
GACTCCATGGCCGTTCCTAGTTCTTGGGATGATTTACGGAAACAGGCTAGAAAGATTGAA
GCTCAGCTTGACGAGCAGATGCATTCATATCGCAGACTTGTTTCCACGAAGTCAGATGGT
GGTGCAGAGAGTGACCTCGAAGCTGGGATTGACTTGCTATTAAGGCAACTTCAACAAGTT
AATGCTCAGATGCAAGCGTGGGTTTCTTCTGGTGGCTCAGAGATGGTCTCCCATACTTTG
ACTCGACATCAGGAGATTCTTCAAGATCTCACACAGGAGTTTTATCGACACCGATCCAAT
CTTAGAAAAAAGCAAGAGCATGCTTCACTTCTTGAAGACTTTAAAGAATATGATCGGACT
AGATTAGACTTAGAAGCTGGGGGGGATGATGGCTCGACAGAGCAAGCGCTGCTCAAAGAA
CATGTGGGGATCAACCGCAATACAGCGCAGATGGATGGTGTCATTTCACATGCTCAAGCA
ACGCTCGATACACTTGTGTTTCAACGTTCAAATTTTGGCGGAATCAACTCGAAGCTTAGC
AATGTCACTAGCCGTCTACCCACGGTGAACACTATTCTGTCAGCTATAAAGAGGAAAAAG
TCCATGGATACAATCATTCTTTCACTTGTTGCAGCTGTATGCACTTTTCTCATTTTCATC
TACTGGTTAACCAAGTAAAAAAAGTCTGCTTTCATCTCTCTGTGTTGGGCCACGTCTGG*
TTTTCCCGTGTTGCTATTTTGTTATCATTGATGTTCTCTAGTAAAGCATGTACAGATCGA
AAACATAAATATTTT

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

CO CL7730Contig1 1009 2 2 U
GAATCATACCAAGCAATAATTCTTCTAATTATTTCCTCCTATCCACGAAACCCACTACGC
CCTACTTAATTTCCCTTTATTACCTTTTCTAGGTTTCTGATCTTATAAATAGGGATGAAA
GCGTCACAAATCTCATCGCTTCTTAGCTTCTATGCTTTAATTTCTTTTTAAACCATTGTT
ACGACGATGGCGAATTATTTTTAGGTCGTTGTATGCAAACTGTTGTGGCGCCTCATCTTT
GCTACTGGGAAGCCCGGAGAGTGGAGAAAAGTGGGGGAGTTCATGGGTACTTGCTACTTC
TGGATGGGAAGGTTGTCTTACTAATTTTCAAATCACCGTTTGATCACAGTTCATCGTCTA
AAGATGCCACGGCTGAAGAGCTAGAGCGCTCTGTGAATGAACGCCTCTCCAAACCTTATC
GAGGATCATTGTTCTAGAGGCCCAGGTTTTATATGATCCCTGACACTGTTCTTCATCAAT
GGCACATATTTTCTCTAATTCTAGCTTGCCCGGTTCACCTATCTGGCTTTCATATCTTAG
AGCAGACCAGGGCCAGTTAAACAAGTTGCTCGAAAAGGAGAGGCAGAGAGCGGCAGAGAA
TACACAAGAGTATCAGGCAGCTAAGGAGGAAGCCGATACCCTAGAAGGTCGAGCAAACCA
ACTTGAAGTGTAAATTAGGAAACTGCGGAGAAAACATAAGCAAGTGTTACAAAAAGGGCA
GCTCCAAAACGAGCTTATTCAGAAGGTGCTACGTAGTCTTACAGAAGAAACAATCACTTC
AGACTTTCAGACTCTGTGCCTCTGAGTAACTCTGCCTTAATCTTCATGAATCTGCTTCTG
AGTTGTTGATGCAGTTGGGAGGTATAACAAAATTACGTTCTGTTTCAATATCTGCAACAT
CGAGGATATGAAAGACGAAGGAATCTATCCTTCACAAGCATGTGCTGTGTTTTCTTATTT
TATAAGTTGGGTTAAAAAATTTAATATATAAAAAACTATCATGTTTGCT


BQ
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AF RR1G794TF U 1
AF RR1G794JQ C 236
BS 1 612 RR1G794TF
BS 613 1009 RR1G794JQ

RD RR1G794TF 612 0 0
GAATCATACCAAGCAATAATTCTTCTAATTATTTCCTCCTATCCACGAAACCCACTACGC
CCTACTTAATTTCCCTTTATTACCTTTTCTAGGTTTCTGATCTTATAAATAGGGATGAAA
GCGTCACAAATCTCATCGCTTCTTAGCTTCTATGCTTTAATTTCTTTTTAAACCATTGTT
ACGACGATGGCGAATTATTTTTAGGTCGTTGTATGCAAACTGTTGTGGCGCCTCATCTTT
GCTACTGGGAAGCCCGGAGAGTGGAGAAAAGTGGGGGAGTTCATGGGTACTTGCTACTTC
TGGATGGGAAGGTTGTCTTACTAATTTTCAAATCACCGTTTGATCACAGTTCATCGTCTA
AAGATGCCACGGCTGAAGAGCTAGAGCGCTCTGTGAATGAACGCCTCTCCAAACCTTATC
GAGGATCATTGTTCTAGAGGCCCAGGTTTTATATGATCCCTGACACTGTTCTTCATCAAT
GGCACATATTTTCTCTAATTCTAGCTTGCCCGGTTCACCTATCTGGCTTTCATATCTTAG
AGCAGACCAGGGCCAGTTAAACAAGTTGCTCGAAAAGGAGAGGCAGAGAGCGGCAGAGAA
TACACAAGAGTA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1G794JQ 774 0 0
TCTTTGCTACTGGGAAGCCCGGAGAGTGGAGAAAAGTGGGGGAGTTCATGGGTACTTGCT
ACTTCTGGATGGGAAGGTTGTCTTACTAATTTTCAAATCACCGTTTGATCACAGTTCATC
GTCTAAAGATGCCACGGCTGAAGAGCTAGAGCGCTCTGTGAATGAACGCCTCTCCAAACC
TTATCGAGGATCATTGTTCTAGAGGCCCAGGTTTTATATGATCCCTGACACTGTTCTTCA
TCAATGGCACATATTTTCTCTAATTCTAGCTTGCCCGGTTCACCTATCTGGCTTTCATAT
CTTAGAGCAGACCAGGGCCAGTTAAACAAGTTGCTCGAAAAGGAGAGGCAGAGAGCGGCA
GAGAATACACAAGAGTATCAGGCAGCTAAGGAGGAAGCCGATACCCTAGAAGGTCGAGCA
AACCAACTTGAAGTGTAAATTAGGAAACTGCGGAGAAAACATAAGCAAGTGTTACAAAAA
GGGCAGCTCCAAAACGAGCTTATTCAGAAGGTGCTACGTAGTCTTACAGAAGAAACAATC
ACTTCAGACTTTCAGACTCTGTGCCTCTGAGTAACTCTGCCTTAATCTTCATGAATCTGC
TTCTGAGTTGTTGATGCAGTTGGGAGGTATAACAAAATTACGTTCTGTTTCAATATCTGC
AACATCGAGGATATGAAAGACGAAGGAATCTATCCTTCACAAGCATGTGCTGTGTTTTCT
TATTTTATAAGTTGGGTTAAAAAATTTAATATATAAAAAACTATCATGTTTGCT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7732Contig1 733 2 6 U
TTTCGAATCTTAGCGACAAAGGGCTGAATCTCAGTGGATCGTGGCAGCAAGGCCACTCTG
CCCACTTACAATACCCCGTCGCGTATTTAAGTCGTCTGCAAAAGGATTCTACCCGCCGCT
CGGTGGTAATTATAATTCAAGGCGGTCCGAACGGCGCTTCCACTGAACGGACTTAGCCAA
CGACACGTGCCTTTGGGAGCCGAAGCTCCTACTGAGGGTCGGCAATCGGGCGGCGGGCGC
ATGCGTCGCTTCTAGCCCGGATTCTGACTTAGAGGAGTTCAGTCATAATCCAGCGCACGG
TAGCTTCGAGCCACTGGCTTTTCAACCAAGCGCGATGACCAATTGTGCGAATCAACGGTT
CCTCTCGTACTAGGTTGAATTACTATCGCGACGCGGGCATCAGTAGGGTAAAACTAACCT
GTCTCACGACGGTCTAACCCCAGCTCACGTTCCCTATTGGTGGGTGAACAATCCAACACT
TGGTGAATTCTGCTTCACAATGATAGGAAGAGCCGACATCGAAGGATCAAAAAGCAACGT
CGCTATGAACGCTTGGCTGCCACAAGCCAGTTATCCCTGTGGTAACTTTTCTGACACCTC
TAGCTTCAAATTCCGAAGGTCTAAAGGATCGATAGGCCACGCTTTCACGGTTCGTATTCG
TACTGAAAATCAGAATCAAACGAGCTTTTACCCTTTTGTTCCACAGATTTCTGTTCTCGT
TGAGCTCATCTTC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A151TF C 1
AF RR1A151JQ U 4
BS 1 3 RR1A151TF
BS 4 62 RR1A151JQ
BS 63 63 RR1A151TF
BS 64 102 RR1A151JQ
BS 103 103 RR1A151TF
BS 104 733 RR1A151JQ

RD RR1A151TF 733 0 0
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CCCACTTACAATACCCCGTCGCGTATTTAAGTCGTCTGCAAAAGGATTCTACCCGCCGCT
CGGTGGTAATTATAATTCAAGGCGGTCCGAACGGCGCTTCCACTGAACGGACTTAGCCAA
CGACACGTGCCTTTGGGAGCCGAAGCTCCTACTGAGGGTCGGCAATCGGGCGGCGGGCGC
ATGCGTCGCTTCTAGCCCGGATTCTGACTTAGAGGAGTTCAGTCATAATCCAGCGCACGG
TAGCTTCGAGCCACTGGCTTTTCAACCAAGCGCGATGACCAATTGTGCGAATCAACGGTT
CCTCTCGTACTAGGTTGAATTACTATCGCGACGCGGGCATCAGTAGGGTAAAACTAACCT
GTCTCACGACGGTCTAACCCCAGCTCACGTTCCCTATTGGTGGGTGAACAATCCAACACT
TGGTGAATTCTGCTTCACAATGATAGGAAGAGCCGACATCGAAGGATCAAAAAGCAACGT
CGCTATGAACGCTTGGCTGCCACAAGCCAGTTATCCCTGTGGTAACTTTTCTGACACCTC
TAGCTTCAAATTCCGAAGGTCTAAAGGATCGATAGGCCACGCTTTCACGGTTCGTATTCG
TACTGAAAATCAGAATCAAACGAGCTTTTACCCTTTTGTTCCACAGATTTCTGTTCTCGT
TGAGCTCATCTTC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1A151JQ 730 0 0
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ACTTACAATACCCCGTCGCGTATTTAAGTCGTCTGCAAA*GGATTCTACCCGCCGCTCGG
TGGTAATTATAATTCAAGGCGGTCCGAACGGCGCTTCCACTGAACGGACTTAGCCAACGA
CACGTGCCTTTGGGAGCCGAAGCTCCTACTGAGGGTCGGCAATCGGGCGGCGGGCGCATG
CGTCGCTTCTAGCCCGGATTCTGACTTAGAGGAGTTCAGTCATAATCCAGCGCACGGTAG
CTTCGAGCCACTGGCTTTTCAACCAAGCGCGATGACCAATTGTGCGAATCAACGGTTCCT
CTCGTACTAGGTTGAATTACTATCGCGACGCGGGCATCAGTAGGGTAAAACTAACCTGTC
TCACGACGGTCTAACCCCAGCTCACGTTCCCTATTGGTGGGTGAACAATCCAACACTTGG
TGAATTCTGCTTCACAATGATAGGAAGAGCCGACATCGAAGGATCAAAAAGCAACGTCGC
TATGAACGCTTGGCTGCCACAAGCCAGTTATCCCTGTGGTAACTTTTCTGACACCTCTAG
CTTCAAATTCCGAAGGTCTAAAGGATCGATAGGCCACGCTTTCACGGTTCGTATTCGTAC
TGAAAATCAGAATCAAACGAGCTTTTACCCTTTTGTTCCACAGATTTCTGTTCTCGTTGA
GCTCATCTTC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL7733Contig1 583 2 1 U
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TGTGCAGATTGTCATCAAAGATACACTCTTTAACCCAGAGGCTAAGCAAGACGAATGTCC
ACGTCTCCTCCATACCCTCTCCCATTAAATCTTCATTACCCACTCCCCCTCGTATCATCA
ATCCTTCTTTTAGAGTACCTGTGGAGCTGATTAGCTGTGTATCTCTGTTTCCACTACACA
GTGCCATTGCATCTTCCAGATTAGTGTCAAGTCTCTCTGTTGAATCCATCAGCTGGGGTT
TAGTTCCTCAAGTATTTTCATCTTACAAACAAGTTTCCAGGATGAGAAAGTTGTGTGGCT
CATCGAATCTAAAGGTCCTGAATTCAAGACTGGTTTTATGCTCAAACTCTTATTTTGAGT
TGTCTTTTTTTTGTTCGTGGGTTTATCAGGAATTGAGTGATCAGTGTAATGTTGCTGGCA
GAGATTGTACTCTTAGTTTTCATTGAAATGTCTCATCTTTTACCTTGAGTCAGTAGTTGT
TGGGATTAATAAATTCTTACACATATATCATCTTTAGTTTGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CK42JQ C 1
AF RR1CK42TF U 1
BS 1 583 RR1CK42TF

RD RR1CK42JQ 583 0 0
GGAAACGCGATCTCAATCTGAAAATCAGCTCTCCGATGGCGTCTTCTTCTTCTTCGAAAG
TGTGCAGATTGTCATCAAAGATACACTCTTTAACCCAGAGGCTAAGCAAGACGAATGTCC
ACGTCTCCTCCATACCCTCTCCCATTAAATCTTCATTACCCACTCCCCCTCGTATCATCA
ATCCTTCTTTTAGAGTACCTGTGGAGCTGATTAGCTGTGTATCTCTGTTTCCACTACACA
GTGCCATTGCATCTTCCAGATTAGTGTCAAGTCTCTCTGTTGAATCCATCAGCTGGGGTT
TAGTTCCTCAAGTATTTTCATCTTACAAACAAGTTTCCAGGATGAGAAAGTTGTGTGGCT
CATCGAATCTAAAGGTCCTGAATTCAAGACTGGTTTTATGCTCAAACTCTTATTTTGAGT
TGTCTTTTTTTTGTTCGTGGGTTTATCAGGAATTGAGTGATCAGTGTAATGTTGCTGGCA
GAGATTGTACTCTTAGTTTTCATTGAAATGTCTCATCTTTTACCTTGAGTCAGTAGTTGT
TGGGATTAATAAATTCTTACACATATATCATCTTTAGTTTGAC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1CK42TF 583 0 0
GGAAACGCGATCTCAATCTGAAAATCAGCTCTCCGATGGCGTCTTCTTCTTCTTCGAAAG
TGTGCAGATTGTCATCAAAGATACACTCTTTAACCCAGAGGCTAAGCAAGACGAATGTCC
ACGTCTCCTCCATACCCTCTCCCATTAAATCTTCATTACCCACTCCCCCTCGTATCATCA
ATCCTTCTTTTAGAGTACCTGTGGAGCTGATTAGCTGTGTATCTCTGTTTCCACTACACA
GTGCCATTGCATCTTCCAGATTAGTGTCAAGTCTCTCTGTTGAATCCATCAGCTGGGGTT
TAGTTCCTCAAGTATTTTCATCTTACAAACAAGTTTCCAGGATGAGAAAGTTGTGTGGCT
CATCGAATCTAAAGGTCCTGAATTCAAGACTGGTTTTATGCTCAAACTCTTATTTTGAGT
TGTCTTTTTTTTGTTCGTGGGTTTATCAGGAATTGAGTGATCAGTGTAATGTTGCTGGCA
GAGATTGTACTCTTAGTTTTCATTGAAATGTCTCATCTTTTACCTTGAGTCAGTAGTTGT
TGGGATTAATAAATTCTTACACATATATCATCTTTAGTTTGAC

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL7734Contig1 725 2 1 U
GATAAACATTTGCGAACAGTTTGTGTTGATCGGAGCCTCGGAGGAAACGAAAAAATCGCC
ATGAGTGAAGAAGGTCCCAAGCTTTTCACCAACAAACCCAAGAAGAAGGATATCATCGCC
CAGCTGAAGCACATCGAAGCCAACGGAGCCACCGCTGTTCCTCCATCGAATCCCGCTGCA
GCGGCGGCGGCTTCGTATACGATGGGCGGTGGTTCTGCTCCTCCTCCTATTCCGCCTCCC
GAGGAATCATTCGCTCGAAGGTACAAATATATGTGGCCGCTTCTCCTCACCGTCAATCTC
GCCGTCGGAGGTTACCTTTTCTTTAGGACTAAGAAGAAGGACATAGAGCCTGCAAGTGAA
GAGATTGCTGCTAAATCAGACTCAGTCTCGGCTCCTGTTACCATTGAGAAGCCTGTGTCT
TCTGCAATGGTTGCAGTTGCTGAGCCAGTGGTGGTCAAGGCACGTGAGCCAATACCGGAG
AAGCAGCAACGTGAGCTCTTCAAATGGATGTTGGAGGAGAAAAGGAAAGTAAAACCGCAA
AACGCGGAAGAGAAGAAGAGGATTGACGAAGAAAAAGCGATTCTGAAACAATTCATAGCA
TCCAAAACCATTCCGACTCTCTGATTAAATTTCTGTTGATTTCGTTTTAGTTATTTTTGT
GGATGTTTTGTTTTTTTGGAGGAAAAAATAATGATCAGTTTGAATATTTAAACCAGTAAC
TTTGG


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR1AX78JQ C 1
AF RR1AX78TF U 1
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RD RR1AX78JQ 725 0 0
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QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1AX78TF 725 0 0
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TCTGCAATGGTTGCAGTTGCTGAGCCAGTGGTGGTCAAGGCACGTGAGCCAATACCGGAG
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AACGCGGAAGAGAAGAAGAGGATTGACGAAGAAAAAGCGATTCTGAAACAATTCATAGCA
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TTTGG

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR1AR88JQ C 1
AF RR1AR88TF U 1
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RD RR1AR88JQ 721 0 0
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C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1AR88TF 721 0 0
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C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL7736Contig1 740 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BU34TF C 1
AF RR1BU34JQ U 15
BS 1 14 RR1BU34TF
BS 15 740 RR1BU34JQ

RD RR1BU34TF 740 0 0
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QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1BU34JQ 726 0 0
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AGGTCCATGTCATTTTTTTGCAAAAACTCTGCAACAATGTCAGCTCCAAAAGTGTACGAA
ACACCACGATCATTCACCCCCCATCCTTTGACGTCTGCACTAGGATCCGACCAGAGCAAA
TCACATACCAAACCTGATTCAGGAATATCCATTGGGCGTGAGATGTTCCTGATCTGGTCC
AAGCTCGTCAACTCCGGGGAGATCCCACCGTGCATACACAGTATCCTGTCATCGATCAAA
GCGGCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL7737Contig1 720 2 1 U
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ATAAAAAGCCCAAACTAAACTGTACTTTTTCTTGTTTGGAGATATAATCTGGGCTTCAGT
TTAATATCTTAAATTGAACCTCCTCAAATTTAGAATTGATTTAGTCAGTGGATTGGTTAG
GAGTATACAATATATAAATGATTAGTTACATGCAGATTTATAGAGCCCTTGAAAACGTAT
AACGTTAGACCCATCCTGTGTCCTGCTGACTCATTTGCTAGCTATTTTCTTTTTTTTTCT
TTCCTTTTTTGTTTGTTTGTGTGAGGAAATGCGTAGTTTCATGGGCACAAGGCGTCAAAA
TCCACCTGCATTGCTACTATATTCAGCACTGTATGGTCTTTTTCCAAAGTCATTCATTAA
TTTATAATAAAATAAGAACAGAGCCAAAGAAGACTTTGAAGTTATAAGAGCAACCCAACA
TTATTTCTGTTCACACCCACATCTCCATTACTTTTTTTTTCTTGCATCGCTAAAATTTCT
AAACCATAAAAAGGTTTGATCTTTTCAACACTAGTAAATGATATTTTACACTCTCTTTAT
AGAGGTTTTCTCTTCCTTGTATAATGTATTCGTGTAACATCTAAGAATTTATGTATAACA
TCATCGCGAAAAAACGGATTGGAGTGGGTAACACTACCAATATAATATTTTACTAAAGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BG71JQ C 1
AF RR1BG71TF U 1
BS 1 720 RR1BG71TF

RD RR1BG71JQ 720 0 0
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ATAAAAAGCCCAAACTAAACTGTACTTTTTCTTGTTTGGAGATATAATCTGGGCTTCAGT
TTAATATCTTAAATTGAACCTCCTCAAATTTAGAATTGATTTAGTCAGTGGATTGGTTAG
GAGTATACAATATATAAATGATTAGTTACATGCAGATTTATAGAGCCCTTGAAAACGTAT
AACGTTAGACCCATCCTGTGTCCTGCTGACTCATTTGCTAGCTATTTTCTTTTTTTTTCT
TTCCTTTTTTGTTTGTTTGTGTGAGGAAATGCGTAGTTTCATGGGCACAAGGCGTCAAAA
TCCACCTGCATTGCTACTATATTCAGCACTGTATGGTCTTTTTCCAAAGTCATTCATTAA
TTTATAATAAAATAAGAACAGAGCCAAAGAAGACTTTGAAGTTATAAGAGCAACCCAACA
TTATTTCTGTTCACACCCACATCTCCATTACTTTTTTTTTCTTGCATCGCTAAAATTTCT
AAACCATAAAAAGGTTTGATCTTTTCAACACTAGTAAATGATATTTTACACTCTCTTTAT
AGAGGTTTTCTCTTCCTTGTATAATGTATTCGTGTAACATCTAAGAATTTATGTATAACA
TCATCGCGAAAAAACGGATTGGAGTGGGTAACACTACCAATATAATATTTTACTAAAGTT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1BG71TF 720 0 0
GAGAGCATATATTTTGGGGTTCAATTCTGAGGATCTCAATATCAAAGTTATTTTGAATAG
ATAAAAAGCCCAAACTAAACTGTACTTTTTCTTGTTTGGAGATATAATCTGGGCTTCAGT
TTAATATCTTAAATTGAACCTCCTCAAATTTAGAATTGATTTAGTCAGTGGATTGGTTAG
GAGTATACAATATATAAATGATTAGTTACATGCAGATTTATAGAGCCCTTGAAAACGTAT
AACGTTAGACCCATCCTGTGTCCTGCTGACTCATTTGCTAGCTATTTTCTTTTTTTTTCT
TTCCTTTTTTGTTTGTTTGTGTGAGGAAATGCGTAGTTTCATGGGCACAAGGCGTCAAAA
TCCACCTGCATTGCTACTATATTCAGCACTGTATGGTCTTTTTCCAAAGTCATTCATTAA
TTTATAATAAAATAAGAACAGAGCCAAAGAAGACTTTGAAGTTATAAGAGCAACCCAACA
TTATTTCTGTTCACACCCACATCTCCATTACTTTTTTTTTCTTGCATCGCTAAAATTTCT
AAACCATAAAAAGGTTTGATCTTTTCAACACTAGTAAATGATATTTTACACTCTCTTTAT
AGAGGTTTTCTCTTCCTTGTATAATGTATTCGTGTAACATCTAAGAATTTATGTATAACA
TCATCGCGAAAAAACGGATTGGAGTGGGTAACACTACCAATATAATATTTTACTAAAGTT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL7738Contig1 1146 2 2 U
GGAACACACAGCTCATAAACCCTAAAGAATCTCAGAATCCGATCCCGAGGAAAGAAAGAT
GCTCTTACGAAGCGCGTCGACCCCACTCCTCAACTCGCTGGTCCATGCCTCGAACCCGAG
GGAATCATCTCCAATCGAAGCCGAATCTGTTCACCAGATCCAACGGCCCAGATCACTGAT
GCTCTCTTCCTCTTCCTCCTGCTGTTGTTACAGCCCCATGTCCGTCCACTCGAGCGACGA
ATCCGCGAGGAGGATGAAACGGACGGCGTCGGAGAGCGGTCTACGTCATCTGACGTCGAC
TAAGCCGAGTAAGTTCCTCAGCGGCGGCGGCGGTGCTCTGATGGAGGACGTGGAAGAAGG
AATCGGGTTCGGGCTTATACGCACGTCTTCTTATGATGGATTGAGCTGGGATGATACTGA
GATTAGCGGCGGTTGCGGTGGTGGTGGTCGGGTTATCCACGGCGGAGGAAACGGCGACGG
ATCCGACGGTGGGGATGGAGGAGATGATAGCACAGACGTTCACTATCGTAAGATGATTGG
AGCGAATCCTGGAAACGGGATTTTTCTCAGCAATTACGCCAAGTTCTTGAAAGAGGTACG
AAAAGATTACTTGAAAGCAGAGGAGTATTGCGGGAGAGCGATTCTAATGAATCCTAACGA
TGGGAATGTTCTGGCAATGTATGCGGAGCTAGTGTGGATGATTCATAAGGATTCGTCTCG
TGCTGAGTCTTACTTCAATCGAGCTGTTGCAGCTGCTCCTGATGACTGTTATGTACAAGC
TTCATACGCACGGTTTCTTTGGGATGCGGAAGAGGAAGAAGAGGGACATGAAGAACTTGA
GCCTCAAACTTCTCGGATGAGTTTCTACACTGGTCCTTCTCCAATTACGGCCATGTATTA
GTCTCGGCATCTCCATCCAGTTTTATGTTTCATAGATTTAGATAAACGTGTTACGTCTAT
GATATGATATATCTAACCGGTTTGTTTTAATGTAAATTCGTTATTATTGTTTCCCTGTTT
CTCTGCTTCAGTTTTAGAATTTGTCTTAGTTGTAGTAGTACCACTGGAAGAAAAATAAAG
AATATGGAATTAACCCTTTTTTTTTCGATTGATGTTAATAAATTGTGAATGTGTTGATTA
CTGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP20TF U 1
AF RR1BP20JQ C 272
BS 1 703 RR1BP20TF
BS 704 1146 RR1BP20JQ

RD RR1BP20TF 703 0 0
GGAACACACAGCTCATAAACCCTAAAGAATCTCAGAATCCGATCCCGAGGAAAGAAAGAT
GCTCTTACGAAGCGCGTCGACCCCACTCCTCAACTCGCTGGTCCATGCCTCGAACCCGAG
GGAATCATCTCCAATCGAAGCCGAATCTGTTCACCAGATCCAACGGCCCAGATCACTGAT
GCTCTCTTCCTCTTCCTCCTGCTGTTGTTACAGCCCCATGTCCGTCCACTCGAGCGACGA
ATCCGCGAGGAGGATGAAACGGACGGCGTCGGAGAGCGGTCTACGTCATCTGACGTCGAC
TAAGCCGAGTAAGTTCCTCAGCGGCGGCGGCGGTGCTCTGATGGAGGACGTGGAAGAAGG
AATCGGGTTCGGGCTTATACGCACGTCTTCTTATGATGGATTGAGCTGGGATGATACTGA
GATTAGCGGCGGTTGCGGTGGTGGTGGTCGGGTTATCCACGGCGGAGGAAACGGCGACGG
ATCCGACGGTGGGGATGGAGGAGATGATAGCACAGACGTTCACTATCGTAAGATGATTGG
AGCGAATCCTGGAAACGGGATTTTTCTCAGCAATTACGCCAAGTTCTTGAAAGAGGTACG
AAAAGATTACTTGAAAGCAGAGGAGTATTGCGGGAGAGCGATTCTAATGAATCCTAACGA
TGGGAATGTTCTGGCAATGTATGCGGAGCTAGTGTGGATGATT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1BP20JQ 875 0 0
CGAGAGC
GTCTACGTCATCTGACGTCGACTAAGCCGAGTAAGT*CCTCAGCGGCGGCGGCGGTGCTC
TGATGGAGGACGTGGAAGAAGGAATCGGGTTCGGGCTTATACGCACGTCTTCTTATGATG
GATTGAGCTGGGATGATACTGAGATTAGCGGCGGTTGCGGTGGTGGTGGTCGGGTTATCC
ACGGCGGAGGAAACGGCGACGGATCCGACGGTGGGGATGGAGGAGATGATAGCACAGACG
TTCACTATCGTAAGATGATTGGAGCGAATCCTGGAAACGGGATTTTTCTCAGCAATTACG
CCAAGTTCTTGAAAGAGGTACGAAAAGATTACTTGAAAGCAGAGGAGTATTGCGGGAGAG
CGATTCTAATGAATCCTAACGATGGGAATGTTCTGGCAATGTATGCGGAGCTAGTGTGGA
TGATTCATAAGGATTCGTCTCGTGCTGAGTCTTACTTCAATCGAGCTGTTGCAGCTGCTC
CTGATGACTGTTATGTACAAGCTTCATACGCACGGTTTCTTTGGGATGCGGAAGAGGAAG
AAGAGGGACATGAAGAACTTGAGCCTCAAACTTCTCGGATGAGTTTCTACACTGGTCCTT
CTCCAATTACGGCCATGTATTAGTCTCGGCATCTCCATCCAGTTTTATGTTTCATAGATT
TAGATAAACGTGTTACGTCTATGATATGATATATCTAACCGGTTTGTTTTAATGTAAATT
CGTTATTATTGTTTCCCTGTTTCTCTGCTTCAGTTTTAGAATTTGTCTTAGTTGTAGTAG
TACCACTGGAAGAAAAATAAAGAATATGGAATTAACCCTTTTTTTTTCGATTGATGTTAA
TAAATTGTGAATGTGTTGATTACTGTCT

QA 8 875 8 875
DS 



AS 1 2

CO CL7739Contig1 1059 2 2 U
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CCTTTTCTTCTTCTTCTCTTCTATGCTCAAAGATGGGTCGTGGAAAAATTGATATAAAGA
GGATCGAGAATGCGAACAGCAGGCAAGTTACCTTCTCCAAGAGGCGTGCTGGTTTGCTCA
AGAAAGCTCATGAGCTCTCTGTTCTTTGTGACGCCGAGGTTGCCGTTATCGTCTTCTCCA
AGTCTGGCAAGCTCTTCGAGTTCTCAAGTAGTAGGTGCATGAAGAAAACGCTTTTGAGAT
ACGGCAATTACCAGATCCCTTCAGATGTTGCTGGTATTAACTGTAAAGCAGAGAACCAGG
AGGAGAGTACAGAGGTGGATCTTTTAAAGGATGAGATCTCAAAGCTTCAAGAGAAACACT
TACAACTGAAGGGTAAGCGCTTGAATACTCTGAGCTTGAAACAGCTGCAACACCTTGAGC
AGCAACTAAATGTCTCATTAATATCTGTGAGAGAGCGAAAGGAACTATTGTTGACTAAAC
AACTTGAAGAATCACGGTTGAAGCAACAGCGAGCAGAGCTGGAAAACGAGACCTTACGTA
GACAGGTTCAAGAACTCAGGAGTTTTCTCCCTTCGATCAACCAACAACACTATGCTCCAT
CCTACATCAGATGCTTCACTATAGATCCTAAGAGCTCACTCTTAAACAACACTTCCTATC
GCGACATTAACTGCAGCCTCCTCCAGAACACTAACTCAGATACAACTTTGCAACTAGGGT
TGCCCGGGGGAAGCACATGATACAAGGAAGAACGAAGGAGACAGAGAGATCCCATCAAGT
GATTCAGTGACAGCGAGCACAACTAGAGCAAGTGCTCAAAGGATTAGTCTAGTTTAGAAA
TTAATATTCCATCTGAAAAAACAAAAGCCAAAATGTTCTCTGTTTAACCTCGCTCTTTGT
ACTTTTATCTTTTGATTAACTAGTTTGTGGAGTTTTAATATTCCATAATCTGTACAATTA
ACTCTATGCTTTATTAATTAATCACTAGCTATTAAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BH24TF U 1
AF RR1BH24JQ C 240
BS 1 802 RR1BH24TF
BS 803 1059 RR1BH24JQ

RD RR1BH24TF 802 0 0
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GGATCGAGAATGCGAACAGCAGGCAAGTTACCTTCTCCAAGAGGCGTGCTGGTTTGCTCA
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AGTCTGGCAAGCTCTTCGAGTTCTCAAGTAGTAGGTGCATGAAGAAAACGCTTTTGAGAT
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AGGAGAGTACAGAGGTGGATCTTTTAAAGGATGAGATCTCAAAGCTTCAAGAGAAACACT
TACAACTGAAGGGTAAGCGCTTGAATACTCTGAGCTTGAAACAGCTGCAACACCTTGAGC
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TGCCCGGGGGAAGCACATGATA

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR1BH24JQ 820 0 0
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GAGGAGAGTACAGAGGTGGATCTTTTAAAGGATGAGATCTCAAAGCTTCAAGAGAAACAC
TTACAACTGAAGGGTAAGCGCTTGAATACTCTGAGCTTGAAACAGCTGCAACACCTTGAG
CAGCAACTAAATGTCTCATTAATATCTGTGAGAGAGCGAAAGGAACTATTGTTGACTAAA
CAACTTGAAGAATCACGGTTGAAGCAACAGCGAGCAGAGCTGGAAAACGAGACCTTACGT
AGACAGGTTCAAGAACTCAGGAGTTTTCTCCCTTCGATCAACCAACAACACTATGCTCCA
TCCTACATCAGATGCTTCACTATAGATCCTAAGAGCTCACTCTTAAACAACACTTCCTAT
CGCGACATTAACTGCAGCCTCCTCCAGAACACTAACTCAGATACAACTTTGCAACTAGGG
TTGCC*GGGGGAAGCACATGATACAAGGAAGAACGAAGGAGACAGAGAGATCCCATCAAG
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TACTTTTATCTTTTGATTAACTAGTTTGTGGAGTTTTAATATTCCATAATCTGTACAATT
AACTCTATGCTTTATTAATTAATCACTAGCTATTAAAGCC

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL7740Contig1 1028 2 2 U
GGATCCTCTTTAGCTGCAACTTCTTTTATTCAAATCTTTCTTCTCAAAATCATCAAACAA
TGGAATTCTGGGGAGTTGAAGTTCTAGCAGGGAAGTCAGTTAAAGTGAAGCCTGATTTTG
AAACACTCATCCATGTTTCCCAGGCATCACTTGATAAAGGGAAGAAGGGAGAGACCGCTT
TGTTGTATGTGACGGTTGATGGGAAGAAGCTTGTGATGGGAACCCTCTCTCAGGGCAACA
TTCCTCAGATTAGCTTCGATCTCGTCTTTGAGAAAGAGTTTGAGCCTTCCCACAGTTTGG
AGAGCGGGAGTGTCCACTTTGTCGGGTACAAATCCCCCAACATGCCCGAAGACGAGGAGG
ACTTCTCTGATTCAGAAGAGGAGGAGGAAGCGGCTGCAGTTCCTGCAGCTGTCACTGTCA
AGGCTGACTCGAAACCAAAGGCCAAGCCTGCCGAGGAAGTGAAGCCTGAATCAGACGATG
ATGATGATGATTCTGACGAGGAGGATGATTCTGAAGAGGATGGATCCGACTCTGAGAAAG
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AAGCATCTGTTTCAGCAAAGAAAGCAAAACCAGCTACACCACACCCAGCTAAAAAGGGTG
GAAAGAGTCCTGTGAATGCTAACCAGAGCCCTAAATCTGGAGGTCAATCACCCTCCGGTG
GTGGTGCTAACAAGAAGCAATTCAATTCTGGCAAGTAATTTGGGTTCTAACAACAAGGGC
AAAGGAAAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTTTGAAGTGGGAGTTTTGGATGAAAGAAACCG
GTTTTGTTTTTGTTTTTATTTTTATTTTTGTTGTCTTAAGATTTTTATCTAAATTGCAAT
TTTATAACTATTATGTAATTTCAGTATGAAAAGTGCTGGATTGAGAAAGAATACTTTTTT
GAATCATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AD70TF U 1
AF RR1AD70JQ C 283
BS 1 838 RR1AD70TF
BS 839 1028 RR1AD70JQ

RD RR1AD70TF 838 0 0
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TGGAATTCTGGGGAGTTGAAGTTCTAGCAGGGAAGTCAGTTAAAGTGAAGCCTGATTTTG
AAACACTCATCCATGTTTCCCAGGCATCACTTGATAAAGGGAAGAAGGGAGAGACCGCTT
TGTTGTATGTGACGGTTGATGGGAAGAAGCTTGTGATGGGAACCCTCTCTCAGGGCAACA
TTCCTCAGATTAGCTTCGATCTCGTCTTTGAGAAAGAGTTTGAGCCTTCCCACAGTTTGG
AGAGCGGGAGTGTCCACTTTGTCGGGTACAAATCCCCCAACATGCCCGAAGACGAGGAGG
ACTTCTCTGATTCAGAAGAGGAGGAGGAAGCGGCTGCAGTTCCTGCAGCTGTCACTGTCA
AGGCTGACTCGAAACCAAAGGCCAAGCCTGCCGAGGAAGTGAAGCCTGAATCAGACGATG
ATGATGATGATTCTGACGAGGAGGATGATTCTGAAGAGGATGGATCCGACTCTGAGAAAG
GAATGGATGTTGACGAGGATGATTCAGAGGATGAAGATGATTCTGAGGATGAAGATGATG
AGACCCCTAAGAAGCCTGAGGTGTCCAACAAAAAGAGGCCTAATGAATCTGCTGCTTCCA
AAGCATCTGTTTCAGCAAAGAAAGCAAAACCAGCTACACCACACCCAGCTAAAAAGGGTG
GAAAGAGTCCTGTGAATGCTAACCAGAGCCCTAAATCTGGAGGTCAATCACCCTCCGGTG
GTGGTGCTAACAAGAAGCAATTCAATTCTGGCAAGTAATTTGGGTTCTAACAACAAGG

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR1AD70JQ 746 0 0
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TGCCCGAAGACGAGGAGGACTTCTCTGATTCAGAAGAGGAGGAGGAAGCGGCTGCAGTTC
CTGCAGCTGTCACTGTCAAGGCTGACTCGAAACCAAAGGCCAAGCCTGCCGAGGAAGTGA
AGCCTGAATCAGACGATGATGATGATGATTCTGACGAGGAGGATGATTCTGAAGAGGATG
GATCCGACTCTGAGAAAGGAATGGATGTTGACGAGGATGATTCAGAGGATGAAGATGATT
CTGAGGATGAAGATGATGAGACCCCTAAGAAGCCTGAGGTGTCCAACAAAAAGAGGCCTA
ATGAATTTGCTGCTTCCAAAGCATCTGTTTCAGCAAAGAAGGCAAAACCAGCTACACCAC
ACCCAGCTAAAAAGGGTGGAAAGAGTCCTGTGAATGCTAACCAGAGCCCTAAATCTGGAG
GTCAATCACCCTCCGGTGGTGGTGCTAACAAGAAGCAATTCAATTCTGGCAAGTAATTTG
G*TTCTAACAACAAGGGCAAAGGAAAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTTTGAAGTGGGAGT
TTTGGATGAAAGAAACCGGTTTTGTTTTTGTTTTTATTTTTATTTTTGTTGTCTTAAGAT
TTTTATCTAAATTGCAATTTTATAACTATTATGTAATTTCAGTATGAAAAGTGCTGGATT
GAGAAAGAATACTTTTTTGAATCATG

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL7741Contig1 231 2 1 U
GCGAGGAGCCGAAGAACCTCCACGAGGCTCTGTCTTCTGCTGCTCCTGCTGAATCGTCGA
AACCGAAACCTGGAATCAGAGGAAGTCTCAAGAAGTGAGTGTCTTGTCGGGTTTGTTTGT
GTCGAATTGCTTTTTTAAAGAAAAGTTGACATCTTTTTTATTATGGTTTGATGTGAGTTT
ATAAAACTGCAATGATGCTTATTATATAAAGTTTACTGATTTGTCTTTATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B629JQ C 1
AF RR1B629TF U 1
BS 1 231 RR1B629TF

RD RR1B629JQ 231 0 0
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AACCGAAACCTGGAATCAGAGGAAGTCTCAAGAAGTGAGTGTCTTGTCGGGTTTGTTTGT
GTCGAATTGCTTTTTTAAAGAAAAGTTGACATCTTTTTTATTATGGTTTGATGTGAGTTT
ATAAAACTGCAATGATGCTTATTATATAAAGTTTACTGATTTGTCTTTATT

QA 1 231 1 231
DS 

RD RR1B629TF 231 0 0
GCGAGGAGCCGAAGAACCTCCACGAGGCTCTGTCTTCTGCTGCTCCTGCTGAATCGTCGA
AACCGAAACCTGGAATCAGAGGAAGTCTCAAGAAGTGAGTGTCTTGTCGGGTTTGTTTGT
GTCGAATTGCTTTTTTAAAGAAAAGTTGACATCTTTTTTATTATGGTTTGATGTGAGTTT
ATAAAACTGCAATGATGCTTATTATATAAAGTTTACTGATTTGTCTTTATT

QA 1 231 1 231
DS 



AS 1 2

CO CL7742Contig1 699 2 2 U
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TTCGACAATGGAGAAAGTAGTTCCGGTAGAACTAACTAGAGGGTCTGCTAATTGGTCTAA
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CGGAGAAACTTTGGGCTATGTCATGTATTCTTGGCCCTCTTCTCTCTCCGCTTCCATTAC
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AGCGATTGAAAAGTGCAGAAGCAGAAAGATACAGCGGGTCTCACTTCATGTCGACCCCAC
CAGGATTGCTGCTGTGAATCTGTACAAAAAACATGGGTTCCAAGTAGACTGTCTGGTGAA
AAGCTACTACTCTGCAGATAGAGATGCTTACAGAATGTACCTTGATTTTGATGAATCCAT
TTAGCTCAAAAAAAAAGATTTATTGGGGGTTATCAAAGCTATGGTGAAGCATTGTTGGAT
AGTGAATCAATAGCCTTGTACACACTCATTAATTACTCTCCACATCAGTATACTTTACTA
ATTATTTTCTGTTTTACAATACATAATAGACTTTTGGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DS83TF U 1
AF RR1DS83JQ C 310
BS 1 692 RR1DS83TF
BS 693 699 RR1DS83JQ

RD RR1DS83TF 692 0 0
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TTCGACAATGGAGAAAGTAGTTCCGGTAGAACTAACTAGAGGGTCTGCTAATTGGTCTAA
AGTGGTGGAAGAGATCGTGAAGCTGGAGAAGAAAACATTCCCTAAACACGAATCTCTCGC
TCAAACATTCGACGGTGAGCTCCGCAAGAGAAACGCCGGGTTGCTATACGTGGAAGCCGA
CGGAGAAACTTTGGGCTATGTCATGTATTCTTGGCCCTCTTCTCTCTCCGCTTCCATTAC
CAAGCTCGCAGTGAAGGAGAGTTGCAGGAGACAAGGACATGGAGAAGCATTGCTAAGAGC
AGCGATTGAAAAGTGCAGAAGCAGAAAGATACAGCGGGTCTCACTTCATGTCGACCCCAC
CAGGATTGCTGCTGTGAATCTGTACAAAAAACATGGGTTCCAAGTAGACTGTCTGGTGAA
AAGCTACTACTCTGCAGATAGAGATGCTTACAGAATGTACCTTGATTTTGATGAATCCAT
TTAGCTCAAAAAAAAAGATTTATTGGGGGTTATCAAAGCTATGGTGAAGCATTGTTGGAT
AGTGAATCAATAGCCTTGTACACACTCATTAATTACTCTCCACATCAGTATACTTTACTA
ATTATTTTCTGTTTTACAATACATAATAGACT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR1DS83JQ 390 0 0
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TGCTGTGAATTTGTACAAAAAACATGGGTTCCAAGTAGACTGTTTGGTGAAAAGCTACTA
CTTTGCAGATAGAGATGCTTACAGAATGTACCTTGATTTTGATGAATCCATTTAGCTCAA
AAAAAAAGATTTATTGGGGGTTATCAAAGCTATGGTGAAGCATTGTTGGATAGTGAATCA
ATAGCCTTGTACACACTCATTAATTACTTTCCACATCAGTATACTTTACTAATTATTTTT
TGTTTTACAATACATAATAGACTTTTGGGG

QA 1 390 1 390
DS 



AS 1 2

CO CL7743Contig1 732 2 2 U
GGATTCGCCATTCGAATAGAAATATTAACATTTTAATTACTCTCTTCTTCTTCTGTGACC
GTTACTGGCTATAACCGTAGAAGCAATATGCTGAACACATCATGCTGGTCGATCTCGGCC
GCAACGATGTTGGAAAGGTTGCCAAATACGGTTCAGTGAAAGTTGAGAAACTCATGAACA
TCGAACGTTATTCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACGGTGACAGGAGAGTTACAAGATG
ATTTATCTTGCTGGGACACACTACGTGCGGCTCTACCAGTTGGAACAGTTAGTGGGGCAC
CAAAGGTAAAAGCCATGGAGCTAATCGATGAACTCCAGCCTACACGGCGTGGACCATACA
GTGGCGGTTTTGGTGGAGTCTCGTTCACTGGTGATATGGACATTGCTTTATCACTTAGGA
CGATTGTTTTCCCGACAGCAAGTCAATACAATACAATGTACTCTTACAAAGATGCTAACA
AACGCCGTGAATGGGTGGCTTATCTTCAAGCTGGAGCAGGTGTAGTAGCTGATAGTGACC
CTGAAGACGAGCACCGAGAGTGTCAGAATAAAGCAGCTGGTCTTGCTCGAGCCATCGACT
TGGCTGAATCCGCATTTGTTAAAAAATGAGTTTGCACACTTGAGAACAGAGGTTTTTTTG
AGCTTTGGGTCATGTGTATAATAACAGTTACAAGCAGAACAAGCTTTCTTTTCTTAATTT
TGTGGAATTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER75TF U 1
AF RR1ER75JQ C 255
BS 1 626 RR1ER75TF
BS 627 732 RR1ER75JQ

RD RR1ER75TF 626 0 0
GGATTCGCCATTCGAATAGAAATATTAACATTTTAATTACTCTCTTCTTCTTCTGTGACC
GTTACTGGCTATAACCGTAGAAGCAATATGCTGAACACATCATGCTGGTCGATCTCGGCC
GCAACGATGTTGGAAAGGTTGCCAAATACGGTTCAGTGAAAGTTGAGAAACTCATGAACA
TCGAACGTTATTCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACGGTGACAGGAGAGTTACAAGATG
ATTTATCTTGCTGGGACACACTACGTGCGGCTCTACCAGTTGGAACAGTTAGTGGGGCAC
CAAAGGTAAAAGCCATGGAGCTAATCGATGAACTCCAGCCTACACGGCGTGGACCATACA
GTGGCGGTTTTGGTGGAGTCTCGTTCACTGGTGATATGGACATTGCTTTATCACTTAGGA
CGATTGTTTTCCCGACAGCAAGTCAATACAATACAATGTACTCTTACAAAGATGCTAACA
AACGCCGTGAATGGGTGGCTTATCTTCAAGCTGGAGCAGGTGTAGTAGCTGATAGTGACC
CTGAAGACGAGCACCGAGAGTGTCAGAATAAAGCAGCTGGTCTTGCTCGAGCCATCGACT
TGGCTGAATCCGCATTTGTTAAAAAA

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1ER75JQ 478 0 0
GACACACTACGTGCGGCTCTACCAGTTGGAACAGTTAGTGGGGCACCAAAGGTAAAAGCC
ATGGAGCTAATCGATGAACTCGAGCCTACACGGCGTGGACCATACAGTGGCGGTTTTGGT
GGAGTCTCGTTCACTGGTGATATGGACATTGCTTTATCACTTAGGACGATTGTTTTCCCG
ACAGCAAGTCAATACAATACAATGTACTCTTACAAAGATGCTAACAAACGCCGTGAATGG
GTGGCTTATCTTCAAGCTGGAGCAGGTGTAGTAGCTGATAGTGACCCTGAAGACGAGCAC
CGAGAGTGTCAGAATAAAGCAGCTGGTCTTGCTCGAGCCATCGACTTGGCTGAATCCGCA
TTTGTTAAAAAATGAGTTTGCACACTTGAGAACAGAGGTTTTTTTGAGCTTTGGGTCATG
TGTATAATAACAGTTACAAGCAGAACAAGCTTTCTTTTCTTAATTTTGTGGAATTTGC

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL7744Contig1 728 2 1 U
GGTCTACCACATCGATCTTGTCCTGTAATCTCCCGGCTCCGTCTCCTTCCATAAAACATC
TCCGCCAGATAAAAACTCCGATCTCTGCTTGCCTGAAGATGCAGTATTTCTACATATTGA
TCGTATCTATACTCCTCACCCTTAATTTCAAGGGTGAAGCCAGTGTCTCTGTTTTCTTCA
TTGATGGATCCAACAACCAATACCTTCGACCACCATCACAGCAGGCGCTTCCCATGTCGC
TCTCTCAAGTATCTGCATCAGTCTCTGCCTTGTTGGGTTTCGCACCTCCAGCTACTTTAA
CACCTGATGGCTCATCCATGCTGAACAAGATTCTTAAACCTAATCCATTTGAGAGGCCTC
GTGCTGCTTTTGTGCTAGAAATCGCTGGAGCTGATGATGCGCTTGTGGAAACCTTACCTA
GTCATTCTTTGTTGGGCAATGCTGTGAGAGGCAGTATCAGTTCTGATTCTTACAAAGCTG
ATATTGAACTTCCAGAAAGTGAAGTAGCTGTTGTGTCTGTCAATGAACCCTTAACTGATG
CGACTGACAAAGACATGAACGAGTTTGCATCTTGGTTGGGGTGGATCATATGTTGCTGCT
GGATCTGCTGAACCATTGACTGGATTGCTGAGTATCTCTCTGGTTGGTGCGGCTAACGTT
GAGTTCCATTTGGAAAAGGAAGCAGAGAGGAAATTTGCTTTGAACCTTTTGGAACTATAT
AAGAATGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC47TF U 1
AF RR1A879TF U 1
BS 1 728 RR1A879TF

RD RR1BC47TF 674 0 0
GGTCTACCACATCGATCTTGTCCTGTAATCTCCCGGCTCCGTCTCCTTCCATAAAACATC
TCCGCCAGATAAAAACTCCGATCTCTGCTTGCCTGAAGATGCAGTATTTCTACATATTGA
TCGTATCTATACTCCTCACCCTTAATTTCAAGGGTGAAGCCAGTGTCTCTGTTTTCTTCA
TTGATGGATCCAACAACCAATACCTTCGACCACCATCACAGCAGGCGCTTCCCATGTCGC
TCTCTCAAGTATCTGCATCAGTCTCTGCCTTGTTGGGTTTCGCACCTCCAGCTACTTTAA
CACCTGATGGCTCATCCATGCTGAACAAGATTCTTAAACCTAATCCATTTGAGAGGCCTC
GTGCTGCTTTTGTGCTAGAAATCGCTGGAGCTGATGATGCGCTTGTGGAAACCTTACCTA
GTCATTCTTTGTTGGGCAATGCTGTGAGAGGCAGTATCAGTTCTGATTCTTACAAAGCTG
ATATTGAACTTCCAGAAAGTGAAGTAGCTGTTGTGTCTGTCAATGAACCCTTAACTGATG
CGACTGACAAAGACATGAACGAGTTTGCATCTTGGTTGGG*TGGATCATATGTTGCTGCT
GGATCTGCTGAACCATTGACTGGATTGCTGAGTATCTCTCTGGTTGGTGCGGCTAACGTT
GAGTTCCATTTGGA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1A879TF 728 0 0
GGTCTACCACATCGATCTTGTCCTGTAATCTCCCGGCTCCGTCTCCTTCCATAAAACATC
TCCGCCAGATAAAAACTCCGATCTCTGCTTGCCTGAAGATGCAGTATTTCTACATATTGA
TCGTATCTATACTCCTCACCCTTAATTTCAAGGGTGAAGCCAGTGTCTCTGTTTTCTTCA
TTGATGGATCCAACAACCAATACCTTCGACCACCATCACAGCAGGCGCTTCCCATGTCGC
TCTCTCAAGTATCTGCATCAGTCTCTGCCTTGTTGGGTTTCGCACCTCCAGCTACTTTAA
CACCTGATGGCTCATCCATGCTGAACAAGATTCTTAAACCTAATCCATTTGAGAGGCCTC
GTGCTGCTTTTGTGCTAGAAATCGCTGGAGCTGATGATGCGCTTGTGGAAACCTTACCTA
GTCATTCTTTGTTGGGCAATGCTGTGAGAGGCAGTATCAGTTCTGATTCTTACAAAGCTG
ATATTGAACTTCCAGAAAGTGAAGTAGCTGTTGTGTCTGTCAATGAACCCTTAACTGATG
CGACTGACAAAGACATGAACGAGTTTGCATCTTGGTTGGGGTGGATCATATGTTGCTGCT
GGATCTGCTGAACCATTGACTGGATTGCTGAGTATCTCTCTGGTTGGTGCGGCTAACGTT
GAGTTCCATTTGGAAAAGGAAGCAGAGAGGAAATTTGCTTTGAACCTTTTGGAACTATAT
AAGAATGT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL7745Contig1 607 2 2 U
GGGGAGTGGAGTACACGACGGACCAACAACCCCTCAACTCAACCAGACCTGTCTGTCCGT
CACACGACGACAATGGAAGGCGATCAAGAGACATCTGATTTCACTTTGGTAACGAGGAAG
CCTTGCTTCGGTCTCCCAACAGCTTGCCCTAACTGCCTTCCCGCTTACATATACCTGAAA
CTAGCCCAGCTTCCTTTTCAACTTGCCTTCAATTCCACCTTCCCTGATTCAGAAGAACTG
CCATACTTTGAAAGTGGGACATATGTTGCATACAACAACGAAGATGGAGGGGTGATTGAG
AAGCTGAAGAAAGATGGGATTGTCAATCTTGACTCTCAGCTCCAGTCTCTTCCTGAGTAT
CTATCCTTGAAGGCTCTTATCGTATCATGGCTTGATGAAGCGCTTAGGTATGAGATATGG
GTTGGTACCGAGGGGATATGTGCTTCCAAGATTTGCTACTCAGATCTTCCTTGGGTGATC
GGCAAGGTCCTGTTTTATAAGCAGTCGTATTTGGCCAAGAACCGTCTAGGACTCACCAAA
GAAAACGCAGAGCAAAGAGAAAAACTGATATACAAGAGGGCAAGTGAGGCGTATGAAGCT
TTGTCGA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC64TF U 1
AF RR1DP63TF U 3
BS 1 282 RR1DC64TF
BS 283 607 RR1DP63TF

RD RR1DC64TF 282 0 0
GGGGAGTGGAGTACACGACGGACCAACAACCCCTCAACTCAACCAGACCTGTCTGTCCGT
CACACGACGACAATGGAAGGCGATCAAGAGACATCTGATTTCACTTTGGTAACGAGGAAG
CCTTGCTTCGGTCTCCCAACAGCTTGCCCTAACTGCCTTCCCGCTTACATATACCTGAAA
CTAGCCCAGCTTCCTTTTCAACTTGCCTTCAATTCCACCTTCCCTGATTCAGAAGAACTG
CCATACTTTGAAAGTGGGACATATGTTGCATACAACAACGAA

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR1DP63TF 605 0 0
GGAGTGGAGTACACGACGGACCAACAACCCCTCAACTCAACCAGACCTGTCTGTCCGTCA
CACGACGACAATGGAAGGCGATCAAGAGACATCTTATTTCACTTTGGTAACGAGGAAGCC
TTGCTTCGGTCTCCCAACAGCTTGCCCTAACTGCCTTCCCGCTTACATATACCTGAAACT
AGCCCAGCTTCCTTTTCAACTTGCCTTCAATTCCACCTTCCCTGATTCAGAGGAACTGCC
ATACTTTGAAAGTGGGACATATGTTGCATACAACAACGAAGATGGAGGGGTGATTGAGAA
GCTGAAGAAAGATGGGATTGTCAATCTTGACTCTCAGCTCCAGTCTCTTCCTGAGTATCT
ATCCTTGAAGGCTCTTATCGTATCATGGCTTGATGAAGCGCTTAGGTATGAGATATGGGT
TGGTACCGAGGGGATATGTGCTTCCAAGATTTGCTACTCAGATCTTCCTTGGGTGATCGG
CAAGGTCCTGTTTTATAAGCAGTCGTATTTGGCCAAGAACCGTCTAGGACTCACCAAAGA
AAACGCAGAGCAAAGAGAAAAACTGATATACAAGAGGGCAAGTGAGGCGTATGAAGCTTT
GTCGA

QA 1 605 1 605
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7747Contig1 1090 2 2 U
GGCTTCATGTCTCAGAGAGAGGCCACCGTCGCAGCCTCCACTAGATTGGCCAACGAGGAA
GAGAATAGCACTAGGCTCAGCTCGTGGTTTATCTTACTTACACGACCACTGCGACCCTAA
GATCATCCACCGTGACGTGAAAGCAGCGAACATTCTACTAGACGAGGACTTCGAAGCTGT
TGTTGGTGACTTCGGGCTAGCGAAGCTCATGGACTACAAAGACACTCACGTGACAACAGC
TGTACGTGGCACGATAGGCCACATCGCTCCTGAGTATCTCTCAACCGGAAAGTCATCAGA
GAAAACAGACGTGTTCGGTTACGGTATCATGCTTTTGGAGCTCATCACAGGACAAAGAGC
CTTTGATCTCGCTAGGCTAGCTAACGACGATGACGTCATGTTGCTTGACTGGGTGAAAGG
GTTGTTGAAGGAGAAGAAGTTGGAGATGTTGGTGGATCCTGATCTTCAGACGAACTACGA
GGAGAGGGAACTGGAACAGGTGATACAAGTGGCGTTGCTTTGCACGCAAGGTTCACCGAT
GGAAAGACCAAGGATGTCGGAGGTTGTGAGGATGCTTGAAGGAGATGGGCTTGCGGAGAG
ATGGGATGAGTGGCAGAAGGTTGAGATATTGAGGAAAGATGTTGATTTGAGTCCTAATCT
TCACTCTGATTGGATCGTTGATTCTACTTACAATTTGCATGCTGTTGAGTTATCTGGTCC
TAGGTAACCAACCCCACAGGAAAATAATTAAGTATTTGAGAGGGAACAAAAAGTCATATT
TTTATAAGGTTAGGTAGCTTTTGTTACAAGTTGTTTTTTAACATTGAAAAGATATGTGAT
TTTGTGAAAGTTGTGCTACGGTTCTATAAAAGGAAAGAAAAAAGAATCATTAGCTAAGGA
TTTGTAAGATTTGTCTGATTTTATGGAAGAACAATGTGTATATTTTTAGTCTGGTGGTTC
TGGTGGGCATCTGAGAAGCCCTTCCTGCCTAACCTGGCTTACCTTGGGTCAGTCTGCTCT
GGTTATCATGTTGCTCCCAAATTTGGATAATTTTAGATAATTCATTTTTAAATATAATTA
AAATTAAATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX59TF U 1
AF RR1FX59JQ C 396
BS 1 527 RR1FX59TF
BS 528 1090 RR1FX59JQ

RD RR1FX59TF 527 0 0
GGCTTCATGTCTCAGAGAGAGGCCACCGTCGCAGCCTCCACTAGATTGGCCAACGAGGAA
GAGAATAGCACTAGGCTCAGCTCGTGGTTTATCTTACTTACACGACCACTGCGACCCTAA
GATCATCCACCGTGACGTGAAAGCAGCGAACATTCTACTAGACGAGGACTTCGAAGCTGT
TGTTGGTGACTTCGGGCTAGCGAAGCTCATGGACTACAAAGACACTCACGTGACAACAGC
TGTACGTGGCACGATAGGCCACATCGCTCCTGAGTATCTCTCAACCGGAAAGTCATCAGA
GAAAACAGACGTGTTCGGTTACGGTATCATGCTTTTGGAGCTCATCACAGGACAAAGAGC
CTTTGATCTCGCTAGGCTAGCTAACGACGATGACGTCATGTTGCTTGACTGGGTGAAAGG
GTTGTTGAAGGAGAAGAAGTTGGAGATGTTGGTGGATCCTGATCTTCAGACGAACTACGA
GGAGAGGGAACTGGAACAGGTGATACAAGTGGCGTTGCTTTGCACGC

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1FX59JQ 695 0 0
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ATCCTGATCTTCAGACGAACTACGAGGAGAGGGAACTGGAACAGGTGATACAAGTGGCGT
TGCTTTGCACGCAAGGTTCACCGATGGAAAGACCAAGGATGTCGGAGGTTGTGAGGATGC
TTGAAGGAGATGGGCTTGCGGAGAGATGGGATGAGTGGCAGAAGGTTGAGATATTGAGGA
AAGATGTTGATTTGAGTCCTAATCTTCACTCTGATTGGATCGTTGATTCTACTTACAATT
TGCATGCTGTTGAGTTATCTGGTCCTAGGTAACCAACCCCACAGGAAAATAATTAAGTAT
TTGAGAGGGAACAAAAAGTCATATTTTTATAAGGTTAGGTAGCTTTTGTTACAAGTTGTT
TTTTAACATTGAAAAGATATGTGATTTTGTGAAAGTTGTGCTACGGTTCTATAAAAGGAA
AGAAAAAAGAATCATTAGCTAAGGATTTGTAAGATTTGTCTGATTTTATGGAAGAACAAT
GTGTATATTTTTAGTCTGGTGGTTCTGGTGGGCATCTGAGAAGCCCTTCCTGCCTAACCT
GGCTTACCTTGGGTCAGTCTGCTCTGGTTATCATGTTGCTCCCAAATTTGGATAATTTTA
GATAATTCATTTTTAAATATAATTAAAATTAAATG

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL7748Contig1 740 2 2 U
GATTCATTCATCGTTAACGTCGAGTCCTCCTCTCTCTCTCGCTCTATCTTTGCCGTTTCG
AATCAAAGTCGTTTCTTTTACCGCAGATATGTCGAAGAAGATCATCCTGAAGAGTTCCGA
CGGCGAATCGTTCGAGGTCGATGAAGCGGTTGCGCTTGAGTCCCAGACGATCAAGCACAT
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CGCTAAGGTAATCGAGTACTGCAAGAAGCACGTCGACGCCGCCGCCGAAGCTGAGGCCGG
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TGTCAATGTTGATCAGCCTACGCTCTTCGATCTCATCTTGGCTGCTAACTATCTGAACAT
CAGTGGACTTCTTGACTTGACGTGCAAGACTGTGGCGGATATGATGGTAGGCAAGACTCC
AGAGCAGATGCGCGCCCACTTCAACATCAAGAACGACTACACGAAGGAGGAAGAAGAAGA
GGTTCGCAAGGAGCATGCATGAGCCTTCGAGTGACTTATGATCTCTCCTGGTGTTTGTTT
TAGGATTGTCTTCTATTAGATGTCTTCTTTCTTTTTCTCTTTTGGTTTGGAGTTTGATCA
TCCATTTACGAACCGCTAATGGCTTTGTTCTACTGACAAGTTCTGTTGGTTTTTTTTAAT
CTCATAAAGTTTGGGTCAAC


BQ
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AF RR1BI39TF U 1
AF RR1BI39JQ C 1
BS 1 716 RR1BI39TF
BS 717 740 RR1BI39JQ

RD RR1BI39TF 716 0 0
GATTCATTCATCGTTAACGTCGAGTCCTCCTCTCTCTCTCGCTCTATCTTTGCCGTTTCG
AATCAAAGTCGTTTCTTTTACCGCAGATATGTCGAAGAAGATCATCCTGAAGAGTTCCGA
CGGCGAATCGTTCGAGGTCGATGAAGCGGTTGCGCTTGAGTCCCAGACGATCAAGCACAT
GGTCGAAGACGACTGCGTCGCTGACGGGATCCCTCTTCCGAACGTCACGAGTGTCATCCT
CGCTAAGGTAATCGAGTACTGCAAGAAGCACGTCGACGCCGCCGCCGAAGCTGAGGCCGG
AGACAAGGATATCTACGGTAACACCGAGGACACTGAGCTCAAGAAGTGGGATACCGAGTT
TGTCAATGTTGATCAGCCTACGCTCTTCGATCTCATCTTGGCTGCTAACTATCTGAACAT
CAGTGGACTTCTTGACTTGACGTGCAAGACTGTGGCGGATATGATGGTAGGCAAGACTCC
AGAGCAGATGCGCGCCCACTTCAACATCAAGAACGACTACACGAAGGAGGAAGAAGAAGA
GGTTCGCAAGGAGCATGCATGAGCCTTCGAGTGACTTATGATCTCTCCTGGTGTTTGTTT
TAGGATTGTCTTCTATTAGATGTCTTCTTTCTTTTTCTCTTTTGGTTTGGAGTTTGATCA
TCCATTTACGAACCGCTAATGGCTTTGTTCTACTGACAAGTTCTGTTGGTTTTTTT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1BI39JQ 740 0 0
GATTCATTCATCGTTAACGTCGAGTCCTCCTCTCTCTCTCGCTCTATCTTTGCCGTTTCG
AATCAAAGTCGTTTCTTTTACCGCAGATATGTCGAAGAAGATCATCCTGAAGAGTTCCGA
CGGCGAATCGTTCGAGGTCGATGAAGCGGTTGCGCTTGAGTCCCAGACGATCAAGCACAT
GGTCGAAGACGACTGCGTCGCTGACGGGATCCCTCTTCCGAACGTCACGAGTGTCATCCT
CGCTAAGGTAATCGAGTACTGCAAGAAGCACGTCGACGCCGCCGCCGAAGCTGAGGCCGG
AGACAAGGATATCTACGGTAACACCGAGGACACTGAGCTCAAGAAGTGGGATACCGAGTT
TGTCAATGTTGATCAGCCTACGCTCTTCGATCTCATCTTGGCTGCTAACTATCTGAACAT
CAGTGGACTTCTTGACTTGACGTGCAAGACTGTGGCGGATATGATGGTAGGCAAGACTCC
AGAGCAGATGCGCGCCCACTTCAACATCAAGAACGACTACACGAAGGAGGAAGAAGAAGA
GGTTCGCAAGGAGCATGCATGAGCCTTCGAGTGACTTATGATCTCTCCTGGTGTTTGTTT
TAGGATTGTCTTCTATTAGATGTCTTCTTTCTTTTTCTCTTTTGGTTTGGAGTTTGATCA
TCCATTTACGAACCGCTAATGGCTTTGTTCTACTGACAAGTTCTGTTGGTTTTTTTTAAT
CTCATAAAGTTTGGGTCAAC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL7749Contig1 725 2 4 U
GGAGGTGGGAATTTGCAAACGATGGGTTCTTGTTAGGACAGAGACAGTTACTTAAGTTCA
TCAAGAGACGAGCTTCCTTCGGTTCGTCGTCTCCGTCAATCAATGATCCTTGTACCGAGC
TTCGTAGGGAGAAGCAGTTGTTAATGATGGAGCTGGTGTGTCTGAGACAACAGCAACAAA
CCACGAGGAGATACATCAAAGCTATGGAACAGAGGATTGAAGCAGCAGAGAGGAAACAGA
GACAGATGATGTCTTTCTTGGCTAGAGCGATGCAGAGCCCTTCGTTTCTGCATCAGCTGC
TGAAGCAGAGAGATATGAGACTCAAGGAGATTGAGGATGAGGCGGCAGAGAGAGAAAGGT
GTTCTCCTATGTCGGAACTTGAAACTCTTGCTTTGGAGATGCAAGGCTATGGTAAACAGA
AGAATGTGAAGGAAGAAGAGGATATGGTGGTCGAGAGAGAACTGGATGATGGTTTCTGGG
AAGAGTTACTTAGTAATGAGAGTTTGGCTTCGACTTCTAGCTATTAGATGGATATCCTTT
GGGTTTTTTAGTTGTGCTCAGAAGCTTTTTTATTTTATTTTTTATCAAGTACTCTGAAGC
TTTTATTATCTTCCAAATATTTCTTGCCAGTTTTCAATTAGTAACAGTGTATAATTACAG
AACGTTATAATTCTTTCATGTATGCCAATAGCTATATGTGAAATATACTTTTCCTTTAAT
GCGGC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1BW42TF U 1
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BQ
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20 20 20 20 20 20 

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AF RR1AR50TF U 1
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QA 1 786 1 786
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BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1CK16TF U 1
AF RR1CK16JQ C 30
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BS 690 690 RR1CK16JQ
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BS 707 755 RR1CK16TF
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GATGAAATCTGTGCTCGACGATTTCCTTGTCGGCGCTGGAATCAAACCAACCTCGATAGT
GAGCTACGATCACCTTGGAAACAACGACGGCATGAATTTGTCAGCGCCGCAGACATTCCG
GTCCAAGGAGATATCTAAGAGCAATGTTGTCGACGACATGGTTGCTAGCAATGGTATTTT
ATTCGAGTCCGGTGAACACCCTGACCATGTTGTCGTCATTAAGTATGTGCCGTATGTGGG
AGACAGCAAGAGAGCCATGGACGAATATACATCAGAGATATTCATGGGAGGGAAGAACAC
GATTGTGATGCACAACACTTGTGAAGACTCTCTCTTGGCTGCTCCTATTATCTTGGACCT
TGTTCTTCTCGCCGAGCTCACCACCAGGATCGAGTTAAAGTCGGAAAATGAGGGAAAGTT
CCATTCCTTCCATCCGGTGGCTACTCTTCTGAGTTACCTCTCCAAGGCACCACTGGTCCC
ACCTGGCACGCCAGTTGTGAACGCTTTGTCGAAACAGCGTGCAATGCTTGAGAACATACT
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GCTTTAT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1CK16JQ 816 0 0
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GCATGAATTTGTCAGCGCCGCAGACATTCCGGTCCAAGGAGATATCTAAGAGCAATGTTG
TCGACGACATGGTTGCTAGCAATGGTATTTTATTCGAGTCCGGTGAACACCCTGACCATG
TTGTCGTCATTAAGTATGTGCCGTATGTGGGAGACAGCAAGAGAGCCATGGACGAATATA
CATCAGAGATATTCATGGGAGGGAAGAACACGATTGTGATGCACAACACTTGTGAAGACT
CTCTCTTGGCTGCTCCTATTATCTTGGACCTTGTTCTTCTCGCCGAGCTCACCACCAGGA
TCGAGTTAAAGTCGGAAAATGAGGGAAAGTTCCATTCCTTCCATCCGGTGGCTACTCTTC
TGAGTTACCTCTCCAAGGCACCACTGGTCCCACCTGGCACGCCAGTTGTGAACGCTTTGT
CGAAACAGCGTGCAATGCTTGAGAACATACTCAGAGCTTGTGTCGGACTTGCTCCGGAGA
ACAACATGATTCTCGAATACAAGTGAAGAAGAGATCAGTCGAGAGATGATCCGCTTCATT
TAGTTTTGCTTTATTCTATGTTTAATGAATAAGTACCTTTTTTATAAGGTTTGACTTCTT
ATTTAAGAGTCATTAATAAATGTTATGTTTGAGACC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL7752Contig1 1116 2 6 U
GGGATGATTAAACGCAGGCTGGGAGATGGGGTCTCTACACGGTTCTGGTATGACAACTGG
TCGCCTTTCGGACAACTTGATTCCTTTCTAAAGCCGGCTTCTTCGAGATTAGGAATCGCA
AAGAATGCATCACTAGCATCCCTGTATCAAGGAGGCAACTGGTTAATACCTCCTGTAAGG
TCAGAAACTCAACTACTGCTACGAATACACCTCACTACTCTATCGCTTACTACTGATGCT
GATTTCTATGAGTGGGAGATGGAAGGGAAGGTATTGGAATCTTACTCTATGGGCAGTATG
TATACTTTTCTGTGTGGAGACAGGGCTTCAGTCTCATGGGCGAAAGTCGTCTGGTCCTCC
TTCGGGATTCCGAGGCATGACTTTCTTGCTTGGCTAACTGTACTAAATAGATGCCCAACA
AGGGATCGACTACTTAGTTGGGGCTTGACAGTGAGCCCTCTCTGTCTCCTTTGTAACTCC
GCATCAGAATCTCGGGACTACCTTTACTTTATTTGCCCCTACTCTCATTCTCTCTGGTCT
TCAATCGCAAGGCGTTGCAATCTGGTCGCCCATCACTCTTGGGAGGATACTCTGACTCAG
ATGCAAGGACTCTCTTCAAGCCGCCCAATTATGCGACTCACTTTAATAGCGGTCAAAGCG
ACAATCTACTGGTTATGGAGTGAGCGCAACAGCAGGCTGCATAGAGCGACTTTCAAAGGA
AAAGAGTCTCTCCTCCTGACCATTGATCGGCAAATCAGAAACAGGATCTCATCACTGCGT
GTTTCCCACCCGGCGACCTCTTCGGCGATGATGCAGCACTGGTTAGCTACGCCGCAGGCC
TCAGTCATCCTCCTCTACTCCAACAAACTGTTTCCTCTCCCTCAAACGCTCTCTCCTTCG
TGATCAAACTCTGCGGAGGTTGCCATGTCAACAATGTTACTTTGCTGGGCTTTTCACATT
CTCATGGGCTCAACACCTTTTACTACAAATTTGGGCTTAATTTAGTTCTTCCACTATGTG
TTTCCTCTATCTATTATTAGGCTGGGCTCGTAAAAACTTAACCTTTCGGTTGTAACATTT
TCTTTTTCTTATGCTTTAAATATGAATGCCATTTAC


BQ
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AF RR1DJ39TF U 1
AF RR1DJ39JQ C 474
BS 1 695 RR1DJ39TF
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TCGCCTTTCGGACAACTTGATTCCTTTCTAAAGCCGGCTTCTTCGAGATTAGGAATCGCA
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TCAGAAACTCAACTACTGCTACGAATACACCTCACTACTCTATCGCTTACTACTGATGCT
GATTTCTATGAGTGGGAGATGGAAGGGAAGGTATTGGAATCTTACTCTATGGGCAGTATG
TATACTTTTCTGTGTGGAGACAGGGCTTCAGTCTCATGGGCGAAAGTCGTCTGGTCCTCC
TTCGGGATTCCGAGGCATGACTTTCTTGCTTGGCTAACTGTACTAAATAGATGCCCAACA
AGGGATCGACTACTTAGTTGGGGCTTGACAGTGAGCCCTCTCTGTCTCCTTTGTAACTCC
GCATCAGAATCTCGGGACTACCTTTACTTTATTTGCCCCTACTCTCATTCTCTCTGGTCT
TCAATCGCAAGGCGTTGCAATCTGGTCGCCCATCACTCTTGGGAGGATACTCTGACTCAG
ATGCAAGGACTCTCTTCAAGCCGCCCAATTATGCGACTCACTTTAATAGCGGTCAAAGCG
ACAATCTACTGGTTATGGAGTGAGCGCAACAGCAG*CTGCATAGAGCGACTTTCAAAGGA
AA*GAGTCTCTCC
CCTGACATTGAT

QA 1 733 1 733
DS 

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CTGGTCTTCAATCGCAAGGCGTTGCAATCTGGTCGCCCATCACTCTTGGGAGGATACTCT
GACTCAGATGCAAGGACTCTCTTCAAGCCGCCCAATTATGCGACTCACTTTAATAGCGGT
CAAAGCGACAATCTACTGGTTATGGAGTGAGCGCAACAGCAGGCTGCATAGAGCGACTTT
CAAAGGAAAAGAGTCTCTCCTCCTGACCATTGATCGGCAAATCAGAAACAGGATCTCATC
ACTGCGTGTTTCCCACCCGGCGACCTCTTCGGCGATGATGCAGCACTGGTTAGCTACGCC
GCAGGCCTCAGTCATCCTCCTCTACTCCAACAAACTGTTTCCTCTCCCTCAAACGCTCTC
TCCTTCGTGATCAAACTCTGCGGAGGTTGCCATGTCAACAATGTTACTTTGCTGGGCTTT
TCACATTCTCATGGGCTCAACACCTTTTACTACAAATTTGGGCTTAATTTAGTTCTTCCA
CTATGTGTTTCCTCTATCTATTATTAGGCTGGGCTCGTAAAAACTTAACCTTTCGGTTGT
AACATTTTCTTTTTCTTATGCTTTAAATATGAATGCCATTTAC

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

CO CL7753Contig1 577 2 1 U
GGAAGCAAGTCATTCTTCCGCAAAGCCAAAACTGAAGAACCATTGGGTCTTCATCGACGT
ACATCCGTCTCTTAGTCCGTTGAAATATGGCCAAGTCTTGCAAGGGTCTTGCTGAAGAGC
TTGTCAAGTGTCTCAGTGAATCCATGTGTGTCAAGGAGGAGAAACGGTCAATTAGGGACT
GCGCGGGTGAGAAAAGCCCATGTATACCAAGTGAATGTGTTGGCCTACGAGAAACCTACT
TCAATTGTAAAAGAGGACAAGTAGACATGAGAGCCAGGATTCGAGGAAACAAGGGTTACT
AACAGAAGACATGTTCTGAGCACCTGCTTTCTTGTTCAATACCACCGCATTTTTCACCTT
TTTAAATTGTCTTCTTTCTGGTTTCTGCACGATGCTAAAGGTGGGAATGCAGGGACTTAC
AATACTTGCCATGTCAATATCAAGTTAGGCTTGTTCCTAATGATACTCAACTTGATTCCC
TTTTCCTTCCATAAAAGCTGTATTTCATCGGACCGGATGCACTTGAATGTCTTCCTTCAT
GTAGCTTAAAAGAAAGAGAAACAGTGAAAACGATGCC


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AF RR1C119JQ C 1
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QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

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CT


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CT

QA 1 722 1 722
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AS 1 2

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AF RR1AH38TF U 1
AF RR1AH38JQ C 2
BS 1 719 RR1AH38TF
BS 720 814 RR1AH38JQ

RD RR1AH38TF 719 0 0
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CTCCTCAGCCTCCTCACCGGCGGTTCAGACCTACTGATCCCAACATCCGAACCGGGTCAT
GTCGGGAAGTTCCCGCCTTCGTGTAACAGAATCGAGTGCCCAAACTACGAGTTGGTCCAC
GCGGGAAACGGGTACGAGATTCGCCGGTACGATACAACTGTCTGGATCTCCACCGAACCG
ATTCAAGACATCTCTCTAGTCGATGCCACAAGAACAGCTTTCTTCCAGTTGTTTAATTAC
ATACAAGGGAAGAACGAGTATCATCAGAAGATTGAGATGACAGCTCCGGTGATCAGCCAA
GTCTCACCGAGCGACGGTCCTTTCTGCGAATCTTCCTTCAGTGTCTCCTTCTACGTCCCC
AAAAAGAACCAGCCCGATCCAGCTCCCGCCGAGAATCTCCACATCCAGAAATGGACGCCT
AGGTACGTGGCCGTGAGACAGTTCAGTGGCTTCGTCTCCGACTCTACCGTCGGAGAGGAA
GCCGCGGCGCTGTCTGCTAGCCTCCAAGGCACGGCTTGGGCTAACGCGATAGAGAAAAGC
AAAGAAGACGGTGGAGTTGGGGCCGATTCGGCTTACACGGTTGCTCAGTATAACTCTCCG
TTCGAGTTCACCGGTCGTGTCAATGAGATTTGGTTACCCTTTCAAATGGAATGATTATT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1AH38JQ 813 0 0
GAAACACCTCGAAAGCCGCCATGGAACTAGCCGGTTTAAGGTTCCTTAAGCTCTCTTTCC
TCCTCAGCCTCCTCACCGGCGGTTCAGACCTACTGATCCCAACATCCGAACCGGGTCATG
TCGGGAAGTTCCCGCCTTCGTGTAACAGAATCGAGTGCCCAAACTACGAGTTGGTCCACG
CGGGAAACGGGTACGAGATTCGCCGGTACGATACAACTGTCTGGATCTCCACCGAACCGA
TTCAAGACATCTCTCTAGTCGATGCCACAAGAACAGCTTTCTTCCAGTTGTTTAATTACA
TACAAGGGAAGAACGAGTATCATCAGAAGATTGAGATGACAGCTCCGGTGATCAGCCAAG
TCTCACCGAGCGACGGTCCTTTCTGCGAATCTTCCTTCAGTGTCTCCTTCTACGTCCCCA
AAAAGAACCAGCCCGATCCAGCTCCCGCCGAGAATCTCCACATCCAGAAATGGACGCCTA
GGTACGTGGCCGTGAGACAGTTCAGTGGCTTCGTCTCCGACTCTACCGTCGGAGAGGAAG
CCGCGGCGCTGTCTGCTAGCCTCCAAGGCACGGCTTGGGCTAACGCGATAGAGAAAAGCA
AAGAAGACGGTGGAGTTGGGGCCGATTCGGCTTACACGGTTGCTCAGTATAACTCTCCGT
TCGAGTTCACCGGTCGTGTCAATGAGATTTGGTTACCCTTTCAAATGGAATGATTATTAA
AAAAGTGAACTCTTTTTTCTTTTTAATATGTAATAAATAATAATCAGACAAGAGGTTGTT
GATTATATCATGAAAAGACAAAATGTTTTCGGC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL7756Contig1 1040 2 2 U
GGAGACTCCACCAGCTGGTGCTGGTAAGACGAGTAAGCCGAGCCCCTTTGGGGCAGCTAG
GCCAAGGGAGGAGGTTTTAGCCGAGAAAGGTTTGGACTGGAAGAAGCTTGACTCGGAGAT
TGAGGCTAAGAAAGGAGGAGGTTCTCAGACGAGCAGGCCAGCGAGCGCACATTCTAGCAG
ACCTTCTAGTGCTCAGTCTAACAGGTCTGAGAGTTCGGGTTTGAATAATGTGGTGAAACC
TAGACCCAAGGTGAATCCTTTTGGAGATGCCAAGCCTCGAGAAGTGTTGCTGGAGGAACA
AGGGAAGGATTGGCGCAAGATGGATATGGAACTTGAGCATCGCAGAGTTGACAGGCCTGA
AACAGAAGAAGAGAAGATGTTAAAGGAAGAGATTGAAGAACTGAGGAAAAAACTCGAGAA
GGAATCCATTGCTCCTGAGATCAAGCAAGAACCTGGCACTAATAATAATCACCATGATTT
ACCAGAAACTCTACGTGGCAAAGAGAAAGATCTGGAAATACTAACCCGTGAGTTGGACGA
CAAAGTCAGGTTCAGGCAAAACCAGTTGAGAGGCCCGGGTCTGGTGCAGGCAGAACCGGT
TCTTACTCAGAAAGAACACATTCTCGGTCTGGATCAATCGATGAGTCCAGGAGTTTCGAG
TCCACAGAGAGACCTAGATCTCGTGGAGCAGTTGATGCCTGGGTTAGACCTGTGGATGAT
CAGCGAAGAAATTTCCAAGGAAGCAAAGAGCGTGGATTCTTCAGCAACAGGCCGTCGTCT
AGGGAAGGATGGTAAGAAGGAAACGAAGACCAGCCCTATGTTAGATGTCCTGACAGGTGG
TCCCTGTCAGGCGTTAATTTGTAGTAATAAAAATTTATCATCTCCTTGAAGAAAACACAC
TAATCTTTGTTCCTTTTTTGTTGGTTCATCTTCGGAATCAGAGCCTTGTTGTTTGTTTTT
GGTATTCTTGTAAGCGAAGGCGTGTGTCAAGAGAATGTCTCTTTCGGTTTTACTTTTTAA
AGAAGCGTTTGTTTGCCAGT


BQ
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AF RR1DG79TF U 1
AF RR1DG79JQ C 360
BS 1 724 RR1DG79TF
BS 725 1040 RR1DG79JQ

RD RR1DG79TF 724 0 0
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GCCAAGGGAGGAGGTTTTAGCCGAGAAAGGTTTGGACTGGAAGAAGCTTGACTCGGAGAT
TGAGGCTAAGAAAGGAGGAGGTTCTCAGACGAGCAGGCCAGCGAGCGCACATTCTAGCAG
ACCTTCTAGTGCTCAGTCTAACAGGTCTGAGAGTTCGGGTTTGAATAATGTGGTGAAACC
TAGACCCAAGGTGAATCCTTTTGGAGATGCCAAGCCTCGAGAAGTGTTGCTGGAGGAACA
AGGGAAGGATTGGCGCAAGATGGATATGGAACTTGAGCATCGCAGAGTTGACAGGCCTGA
AACAGAAGAAGAGAAGATGTTAAAGGAAGAGATTGAAGAACTGAGGAAAAAACTCGAGAA
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ACCAGAAACTCTACGTGGCAAAGAGAAAGATCTGGAAATACTAACCCGTGAGTTGGACGA
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TCTTACTCAGAAAGAACACATTCTCGGTCTGGATCAATCGATGAGTCCAGGAGTTTCGAG
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CAGC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1DG79JQ 681 0 0
AAACAGAAGAAGAGAAGATGTTAAAGGAAGAGATTGAAGAACTGAGGAAAAAACTCGAGA
AGGAATCCATTGCTCCTGAGATCAAGCAAGAACCTGGCACTAATAATAATCACCATGATT
TACCAGAAACTCTACGTGGCAAAGAGAAAGATCTGGAAATACTAACCCGTGAGTTGGACG
ACAAAGTCAGGTTCAGGCAAAACCAGTTGAGAGGCCCGGGTCTGGTGCAGGCAGAACCGG
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GTCCACAGAGAGACCTAGATCTCGTGGAGCAGTTGATGCCTGGGTTAGACCTGTGGATGA
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TAGGGAAGGATGGTAAGAAGGAAACGAAGACCAGCCCTATGTTAGATGTCCTGACAGGTG
GTCCCTGTCAGGCGTTAATTTGTAGTAATAAAAATTTATCATCTCCTTGAAGAAAACACA
CTAATCTTTGTTCCTTTTTTGTTGGTTCATCTTCGGAATCAGAGCCTTGTTGTTTGTTTT
TGGTATTCTTGTAAGCGAAGGCGTGTGTCAAGAGAATGTCTCTTTCGGTTTTACTTTTTA
AAGAAGCGTTTGTTTGCCAGT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL7757Contig1 723 2 3 U
GACAGCAGGATACTATAACACTAGGTTCAGAGACGGATACCTCCCGATCGCTCAAATGCT
AGCCAGACACAACGCCATATTCAACTTCACGTGCATCGAGATGAGAGACCACGAGCAGCC
TCAAGACGCGCTTTGTGCACCAGAGAAGCTAGTGAACCAGGTGGCTCTAGCTACTCTAGC
TGCAGAAGTTCCTCTGGCTGGTGAAAACGCATTGCCTAGGTACGATGACTACGCGCACGA
GCAGATCCTCAAGGCGTCTGCACTGAGCTTTGATCAGAACCAAGAGGGAGAAAACAGAGA
GATGTGTGCGTTTTACGTACCTGAGGATGAACCCGGAGCTGTTTAAGGCCGAAAATTGGG
GGAAGTTTGTAGGGTTTGTGAAAAAAATGGGTGAAGGGAGAGACTCTGATAGGTGTCGGG
AAGAAGTGGAGCGTGAAGCTGAGCATTTTGTGCATGTTACTCAGCCTCTGGTTCAAGAAG
CTGCAGTGGCTCTCACTCACTAGAACGAGAGATTGTGGCATGGTTCGACCCAATGGTTTA
TGTTTGTATGCGATGTGATGAAATGATTACTATGATGATGCCGAAAAGATGTTTAGGCTA
AGGTTGTGTATGTATCGGCGGTATAAAAAATGATTATGGGCCATAGCTGTGGTTTTTTGG
CTCAGGGTTGTGGCGTTTGTACTATTTCTGATACATACTAGAATAATATGTATATGTTTT
CAT


BQ
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20 20 20 

AF RR1C441JQ C 1
AF RR1C441TF U 1
BS 1 657 RR1C441TF
BS 658 658 RR1C441JQ
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GGAAGTTTGTAGGGTTTGTGAAAAAAATGGGTGAAGGGAGAGACTCTGATAGGTGTCGGG
AAGAAGTGGAGCGTGAAGCTGAGCATTTTGTGCATGTTACTCAGCCTCTGGTTCAAGAAG
CTGCAGTGGCTCTCACTCACTAGAACGAGAGATTGTGGCATGGTTCGACCCAATGGTTTA
TGTTTGTATGCGATGTGATGAAATGATTACTATGATGATGCCGAAAAGATGTTTAGGCTA
AGGTTGTGTATGTATCGGCGGTATAAAAAATGATTATGGGCCATAGCTGTGGTTTTTTGG
CTCAGGGTTGTGGCGTTTGTACTATTTCTGATACATACTAGAATAATATGTATATGTTTT
CAT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1C441TF 723 0 0
GACAGCAGGATACTATAACACTAGGTTCAGAGACGGATACCTCCCGATCGCTCAAATGCT
AGCCAGACACAACGCCATATTCAACTTCACGTGCATCGAGATGAGAGACCACGAGCAGCC
TCAAGACGCGCTTTGTGCACCAGAGAAGCTAGTGAACCAGGTGGCTCTAGCTACTCTAGC
TGCAGAAGTTCCTCTGGCTGGTGAAAACGCATTGCCTAGGTACGATGACTACGCGCACGA
GCAGATCCTCAAGGCGTCTGCACTGAGCTTTGATCAGAACCAAGAGGGAGAAAACAGAGA
GATGTGTGCGTTTTACGTACCTGAGGATGAACCCGGAGCTGTTTAAGGCCGAAAATTGGG
GGAAGTTTGTAGGGTTTGTGAAAAAAATGGGTGAAGGGAGAGACTCTGATAGGTGTCGGG
AAGAAGTGGAGCGTGAAGCTGAGCATTTTGTGCATGTTACTCAGCCTCTGGTTCAAGAAG
CTGCAGTGGCTCTCACTCACTAGAACGAGAGATTGTGGCATGGTTCGACCCAATGGTTTA
TGTTTGTATGCGATGTGATGAAATGATTACTATGATGATGCCGAAAAGATGTTTAGGCTA
AGGTTGTGTATGTATCGGCGGTATAAAAAATGATTATGGGCCATAGCTGTGGTTTTT*GG
CTCAGGGTTGTGGCGTTTGTACTATTTCTGATACATACTAGAATAATATGTATATGTTTT
CAT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL7758Contig1 957 2 4 U
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TTCAGAGAAAATGGAGGACAAGCTTGCTGCTGGTAGGCGAATTGACTTTCAACTTGGCTG
GTTCTTAGATCCTTTGTTTTATGGAGACTATCCTGCAAGTATGCGCCAGAAACTGGGAGA
TAATCTTCCTACGTTTACTCCAGAAGAAAAGGAGTTTATGCTTCAGAACTCATGGGACTT
TCTTGGCCTAAACCACTACACTTCTAGGTTAATTGCTCATGTCTCAAACAAAGAAGCTGA
GAGTGACTTTTACCAAGCACAAGAACTGGAGAGGATTGTTGAATGGGAAGATGGAGAGCC
AATAGGTGAAAGGGCTGCTTCAGACTGGCTTTATATTGTGCCTTGGGGAATCCGGAAGAC
TTTAAATTACATCAGCAAAAAATACAACCACCCTCCAATATTTATTACTGAGAATGGCAT
GGATGATGAAGATGACGGATCTGCTTCTATGCATGAGATGCTAGACGATAAGCGTAGAGT
TGCCTACTTCAAGAGTTACCTTGCCAATGTCGCTGAGGCTATCAAAGACGGAGTGGACAT
AAAGGGATACTTTGCGTGGTCTTTGCTGGACAACTTTGAGTGGGCGCAAGGGTTCACCAA
AAGGTTCGGTTTGGTATATGTCGATTACAAGAACGGTTTGGCCCGTCACCCAAAATTTTC
TGCTTATTGGTTCATGAAATTCCTGAAAGGTGATGAAGACAACAAAGGTAAAAAAGATTA
AAAAAAAACAGGAAGAATAAAGCAAAATCTATGACTACATTTACATGATTTGCGTTGTGT
TGTTATAAATTTATACCAAATAGATTATTATGAGCCATAACAAACCAAATTACTTGGGTT
GTTTTTTTGGTTTCAAACTCGTATTCTGACTAAGTTTATCTTCTTCATTAGATACCC


BQ
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AF RR1C694TF U 1
AF RR1C694JQ C 299
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BS 665 691 RR1C694TF
BS 692 957 RR1C694JQ

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TCTTGGCCTAAACCACTACACTTCTAGGTTAATTGCTCATGTCTCAAACAAAGAAGCTGA
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AATAGGTGAAAGGGCTGCTTCAGACTGGCTTTATATTGTGCCTTGGGGAATCCGGAAGAC
TTTAAATTACATCAGCAAAAAATACAACCACCCTCCAATATTTATTACTGAGAATGGCAT
GGATGATGAAGATGACGGATCTGCTTCTATGCATGAGATGCTAGACGATAAGCGTAGAGT
TGCCTACTTCAAGAGTTACCTTGCCAATGTCGCTGAGGCTATCAAAGACGGAGTGGACAT
AAAGGGATACTTTGCGTGGTCTTTGCTGGACAACTTTGAGTGGGCGCAAGGGTTCACCAA
AAG*TTCGGTTTGGTATATGTCGATTACAAG

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DS 

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ATGGATGATGAAGATGACGGATCTGCTTCTATGCATGAGATGCTAGACGATAAGCGTAGA
GTTGCCTACTTCAAGAGTTACCTTGCCAATGTCGCTGAGGCTATCAAAGACGGAGTGGAC
ATAAAGGGATACTTTGCGTGGTCTTTGCTGGACAACTTTGAGTGGGCGCAAGGGTTCACC
AAAAGGTTCGGTTTGGTATATGTCGATTACAAGAACGGTTTGGCCCGTCACCCAAAATTT
TCTGCTTATTGGTTCATGAAATTCCTGAAAGGTGATGAAGACAACAAAGGTAAAAAAGAT
TAAAAAAAAACAGGAAGAATAAAGCAAAATCTATGACTACATTTACATGATTTGCGTTGT
GTTGTTATAAATTTATACCAAATAGATTATTATGAGCCATAACAAACCAAATTACTTGGG
TTGTTTTTTTGGTTTCAAACTCGTATTCTGACTAAGTTTATCTTCTTCATTAGATACCC

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

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AGAAAAATAAATAAGTAGCAACACCAACTAAACCACCCAGAAGAAAAGGCTTTTGTACTT
ATTAAAATCTCTCATCACTCACTCATAATCACTCAGCAGCAGCGTTTCCCTGAAGAAGAC
CATCCCTGATCTGCGAAGCAATGTCCTTAACAGCACCCGGACCGTGCGGTATGAACACCG
AGTTCGACTTCGAAGACGCACCAATCTCCTTCAAAGTATCAAAGTACTGAGTGACCAGAA
CCATGTCCATGACGTCCTTGGAAGACGTCCCTGGAACAGACTCGGAGAAGGCCAGCACGC
TGTTCCTCAGACCGTCCACGATGGCTTGTCTCTGACGTGCTATACCGAGACCCGAAAGGT
ACTTGGACTCAGCTTCTCCTTCGGCTCTCTTGATCTGAAGTATCTTCTCTGCTTCTGCCT
TCTCACTAGCTGCCTCTCTCATTCTCGAAGCAGCGTTGATCTCATTCATAGCTCTCTTGA
CATGCACATCAGGCTCGATGTCCACAATAAGCGTCTGGACTATCTCATACCCGTAATGCG
ACATAGCCTTTTCGAGCTCACTCTCAACGGTTTTCGCAATGTCGTTCTTCTGCTCAAAGG
TTGAGTCTAGATCCAGCTTAGGCACACTTGCTCGGATCACATCAAAGACATGAATCTGAT
TCCTGGTGTTGCTGAGCTTGTAAAAAGCATCTTGAGCACTCTCAGCTAAAGCACGGTACT


BQ
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AF RR1AT52JQ U 1
AF RR1D586JQ U 75
BS 1 413 RR1AT52JQ
BS 414 414 RR1D586JQ
BS 415 765 RR1AT52JQ
BS 766 766 RR1D586JQ
BS 767 840 RR1AT52JQ

RD RR1AT52JQ 840 0 0
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AGTCTACCAACGATAAGCAATCCATAAGGACTTCAATACTAGAAAAGCCCAACCGCTAAA
AGAAAAATAAATAAGTAGCAACACCAACTAAACCACCCAGAAGAAAAGGCTTTTGTACTT
ATTAAAATCTCTCATCACTCACTCATAATCACTCAGCAGCAGCGTTTCCCTGAAGAAGAC
CATCCCTGATCTGCGAAGCAATGTCCTTAACAGCACCCGGACCGTGCGGTATGAACACCG
AGTTCGACTTCGAAGACGCACCAATCTCCTTCAAAGTATCAAAGTACTGAGTGACCAGAA
CCATGTCCATGACGTCCTTGGAAGACGTCCCTGGAACAGACTCGGAGAAGGCCGGCACGC
TGTTCCTCAGACCGTCCACGATGGCTTGTCTCTGACGTGCTATACCGAGACCCGAAAGGT
ACTTGGACTCAGCTTCTCCTTCGGCTCTCTTGATCTGAAGTATCTTCTCTGCTTCTGCCT
TCTCACTAGCTGCCTCTCTCATTCTCGAAGCAGCGTTGATCTCATTCATAGCTCTCTTGA
CATGCACATCAGGCTCGATGTCCACAATAAGCGTCTGGACTATCTCATACCCGTAATGCG
ACATAGCCTTTTCGAGCTCACTCTCAACGGTTTTCGCAATGTCGTTCTTCTGCTCAAAGG
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QA 1 840 1 840
DS 

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TCACTCACTCATAATCACTCAGCAGCAGCGTTTCCCTGAAGAAGACCATCCCTGATCTGC
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GACGCACCAATCTCCTTCAAAGTATCAAAGTACTGAGTGACCAGAACCATGTCCATGACG
TCCTTGGAAGACGTCCCTGGAACAGACTCGGAGAAGGCCAGCACGCTGTTCCTCAGACCG
TCCACGATGGCTTGTCTCTGACGTGCTATACCGAGACCCGAAAGGTACTTGGACTCAGCT
TCTCCTTCGGCTCTCTTGATCTGAAGTATCTTCTCTGCTTCTGCTTTCTCACTAGCTGCC
TCTCTCATTCTCGAAGCAGCGTTGATCTCATTCATAGCTCTCTTGACATGCACATCAGGC
TCGATGTCCACAATAAGCGTCTGGACTATCTCATACCCGTAATGCGACATAGCCTTTTCG
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AGCTTGTAAA

QA 1 730 1 730
DS 



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AS 1 2

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TTGATGCTGTCTGCTGCTGGATTAGACTATAGGATTGAATACGCGAAGCAAAGGATAGTG
TCTGGGACTTGATATT


BQ
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AF RR1B180TF U 1
AF RR1DH05TF U 2
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TGCTTTGGTCAATCCACATGGTATCAGGGCTTCAGTCGGTTCTTTGGGTCTAGAGCTTCC
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AATCCAAAGAAAGGAGGAAACTTTCTTGCGTTTTCAAGTCCTCCAGCTAGAGATGGGACA
AGCGTGAAGCAAAGTGTGTTCATGGCTGTCACCTTTCTTTATCTTCTTGAGTTTCCACAA
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GTGACCTTGTATTACATCAAAGGTTGAAGCTTTAAAGCTGGAGCATCTCAAATACCAGAT
CCGGAAAGTAATCACACGAATTTTGTTTATCAAGGGTATGTATCTGTCCTTCTATCCTAG
ACAGAACCAAGTGAATGGTAGTTTGTTAGATTGAGAAGAACGTGTTGGTTTCTGGTTCGT
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TCTGGGACTTGATAT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1DH05TF 735 0 0
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CTTACTCATCTTGGTGACAAGCACAGAGCTTCTTCCTTTCTTTAGTTTCATTGCACAATA
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GCTTTGGTCAATCCACATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCTTTGGGTCTAGAGCTTCCG
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GCGTGAAGCAAAGTATGTTCATGGCTGTCACCTTTCTTTATCTTCTTGAGTTTCCACAAC
TTAACGCCAGCAAGCCAGCCCAAGACAAGAAGAAGATCTTCATCAACTTATAAGTGCTCG
TGACCTTGTATTACATCAAAGGTTGAAGCTTTAAAGCTGGAGCATCTCAAATACCAGATC
CGGAAAGTAATCACACGAATTCTGTTTATCAAGGGTATGTATCTGTCCTTCTATCCTAGA
CAGAACCAAGTGAATGGTAGTTTGTTAGATTGAGAAGAACGTGTTGGTTTCTGGTTCGTT
TGATGCTGTCTGCTGCTGGATTAGACTATAGGATTGAATACGCGAAGCAA*GGATAGTGT
CTGGGACTTGATATT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

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GCAAGTCTTGAGGTGTGTTAACTTGTTCCTTAGTCTGTGCTTTGAACTCTGCTTCCTCTT
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CAAAATGTGCTACCTTAGCATCTCCCTCCTTGATAACTCTAAGATCATGGATAGAGAATG
CTCCGTCATCACTCCCTGAGGCCAACATGCAACTAGCCAACCTGTTCCATGAGATGACAT
TCACATCTGCGTTATGTGCTTTGAAAGATAATGCAGGCGTCTTCCCAACTCGGACATCCC
ATAGTGCAATAGTCCCATCCACAGAACACGACGCAAACACATTGGCCTCAGCTGGACTCC
ATTGTAAATCTTCACACTTGCGGTGTGTCCTCTTACGGA


BQ
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AF RR1FI03JQ U 1
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CAAAATGTGCTACCTTAGCATCTCCCTCCTTGATAACTCTAAGATCATGGATAGAGAATG
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TCACATCTGCGTTATGTGCTTTGAAAGATAATGCAGGCGTCTTCCCAACTCGGACATCCC
ATAGTGCAATAGTCCCATCCACAGAACACGACGCAAACACATTGGCCTCAGCTGGACTCC
ATTGTAAATCTTCACACTTGCGGTGTGTCCTCTTACGGA

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DS 

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AG
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AAAAAGACGCAAGCTTTTCAGGCAGCAAGATCAGGAAGTGTGTTCTGAATGTTGTAAGGC
ATCAAGATGTTGAACCCATCTTCAGCAGTTGAGATGATCATCCCTGGAATCTGGTTGTGC
CGGTGAAGTTCCTTCAAGTCCTTTTGTCCCTGGTGAACGAAAAGAAGCTGAGGAGGCAAG
TCTTGAGGTGTGTTAACTTGTTCCTTAGTCTGTGCTTTGAACTCTGCTTCCTCTTCTTCA
TCCTTCTCTAATGATAAATCCCATATCGTGAGCTGGTTATCGCCGGAAGAGACAGCAAGT
GTTGAGGATTCATGAGCGCTCCACTCAATCGACGTGATAGGATGCTTATGATACTCAAAA
TGTGCTACCTTAGCCTCTCCCTCCTTGATAACTCTAAGATCATGGATAGAGAATGCTCCG
TCATCACTCCCTGAGGCCAACATGCAACTAGCTAACCTGTTCCATGAGATGACATTCACA
TCTGCGTTATGTGCTTTGAAAGATAATGCAGGCGTCTTCCCAACTCGGACATCCCATAGT
GCAATAGTCCCATCCACAGAACACGACGCAAACACATTGGCCTCAGCTGGACTCCATTGT
AAATCTTCA
ACACTGCG

QA 3 731 3 731
DS 



AS 1 2

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TCAACTCCTCCCGCCACCATCTCCATTCCTCCATAAGAAACCATCTGGTCCACGGATCAG
AAACTCAGGATCTGAGTCTCTTGAGACCCTTCTCTGCTTACCTCACCAATCCCAACACCA
ACAAGCTTCGATCTCAGACATGGCCAACGAGGTACCTCTCAACGACACCAAGCGGAGACG
TCAATCCGAATCCACCAGAGGAGGAGCCGAAGATGAAGCACCAGGAGATCGCAGGACCAA
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TGAAGAACATGTACAGTCTAAGTGGAGCCATGGGTCTTCTCGGTTTAACTCAATTGGTCG
TCGGAGGCGCGGTTCTGTACTGGACTCGTTCGAATCCGATGCACGTGATGACGATTCAGA
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TCTTGCTTCTGTTTTGTCAATCAAACT


BQ
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AF RR1EL63TF U 1
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TGTTTTGTCAATCAAACT

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DS 



AS 1 2

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CGCGATAGCCAAGAAGTTGAAAGAGAAAGACGACGAAATCATACGGATGAGGAACCTTAA
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AGCTCAAACCAACGAAGCGCAAGCTAACAATCTTCGTGCAAACCTCGACCAAGTTCTTGC
TCAAATCAAAACGTTACCAACCGCTGTAGAAAACGAC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D525TF U 1
AF RR1AT36TF U 1
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QA 1 713 1 713
DS 

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QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AM80JQ C 1
AF RR1AM80TF U 1
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QA 1 717 1 717
DS 

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QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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TGATGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1ES31JQ C 1
AF RR1ES31TF U 1
BS 1 662 RR1ES31TF
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QA 1 726 1 726
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AA*TCATTTTGTTGTACCGATGTAGCTGTCTTTACACTGTTTGA*TTTAATGGATGTTGT
TGATGC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL7767Contig1 640 2 2 U
GGGAAAAAGAAAATGATGTCACCAATGGCACTTCTTCATCTGCTTCCCTCTGCCCTTCTT
TCATCTCTCAACATCCAAAACTCTCCATCAAAGCTTCTCCCTCGTTCCTTAACCAATCCA
CCAAACCCATCTCTCTAAACCGGAGAACCGTGGCTCTTGCAGCTCCAGAGACCCTCACCT
CTGAACCAGTCACCGGCATTGAAACTTCCGACACTCCACAGCCAAAACAGGTGGTGAATC
AACAAGATGAGAAGGCAAGAGTGGTTCTCAAGTTTGTGTGGATGGAGAAGAACATAGGAT
TAGGATTGGACCAGCATGTTCCTGGACATGGCACAATCCCACTGAGTCCTTACTTCTTCT
GGCCAAGAAAAGATGCTTGGGAAGAGCTCAAGACTACTCTTGAAGCCAAGCCCGTGGATT
CTCTCAGAAGAAGATGATTATTCTCCTTAATCAAGCTACTGACATCATCAATCTCTGGCA
ACAAAGTGGCGGCAACTTAACTTCCCAATAATCTCTCCTCTTTTTTTAATTTTATTTTGC
AATTCAAGAACTCAACTCATTTTTCCTCCATTGTCTTATTGATATTTTTGCTATTCAGAG
TTATTTGTTACAATCATATAACTAAACAATAATTCCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AS57JQ C 1
AF RR1AS57TF U 294
BS 1 293 RR1AS57JQ
BS 294 640 RR1AS57TF

RD RR1AS57JQ 640 0 0
GGGAAAAAGAAAATGATGTCACCAATGGCACTTCTTCATCTGCTTCCCTCTGCCCTTCTT
TCATCTCTCAACATCCAAAACTCTCCATCAAAGCTTCTCCCTCGTTCCTTAACCAATCCA
CCAAACCCATCTCTCTAAACCGGAGAACCGTGGCTCTTGCAGCTCCAGAGACCCTCACCT
CTGAACCAGTCACCGGCATTGAAACTTCCGACACTCCACAGCCAAAACAGGTGGTGAATC
AACAAGATGAGAAGGCAAGAGTGGTTCTCAAGTTTGTGTGGATGGAGAAGAACATAGGAT
TAGGATTGGACCAGCATGTTCCTGGACATGGCACAATCCCACTGAGTCCTTACTTCTTCT
GGCCAAGAAAAGATGCTTGGGAAGAGCTCAAGACTACTCTTGAAGCCAAGCC*GTGGAT*
CTCTCAGAAGAAGATGATTATTCTCCTTAATCAAGCTACTGACATCATCAATCTCTGGCA
ACAAAGTGGCGGCAACTTAACTTCCCAATAATCTCTCCTCTTTTTTTAATTTTATTTTGC
AATTCAAGAACTCAACTCATTTTTCCTCCATTGTCTTATTGATATTTTTGCTATTCAGAG
TTATTTGTTACAATCATATAACTAAACAATAATTCCCATC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1AS57TF 347 0 0
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TTCTTCTGGCCAAGAAAAGATGCTTGGGAAGAGCTCAAGACTACTCTTGAAGCCAAGCCC
GTGGATTCTCTCAGAAGAAGATGATTATTCTCCTTAATCAAGCTACTGACATCATCAATC
TCTGGCAACAAAGTGGCGGCAACTTAACTTCCCAATAATCTCTCCTCTTTTTTTAATTTT
ATTTTGCAATTCAAGAACTCAACTCATTTTTCCTCCATTGTCTTATTGATATTTTTGCTA
TTCAGAGTTATTTGTTACAATCATATAACTAAACAATAATTCCCATC

QA 1 347 1 347
DS 



AS 1 2

CO CL7768Contig1 728 2 2 U
GTGGGCTGCTCTCTTCGCCGCCGTCTGCTTCTCTCTCCTCCTCTGCAACATCCAAAACGT
CTTCGACAGCTACATCTTCAAACGCACGGAACCAACCACTAGAAAACCGAGCTTCGCGTC
CGTTTTCGAAGTCATAGTCTTCTCCTCTCTAGTCGCCACGCTCATCTCCGCGGTGGGTCT
TCTCATCGCCGGGGAACAGCACGGTCTGGAGAGAGAGATGAACGGTTTCCCGAAGGGGAA
AGGCGCGTACGTGATGGTTATGGTGGGACAAGCCGTTTCGTGGCAGTTGTACTGGGTCGG
GATCGTGGGACTGGTCTTCTCTGTCTCGAGCGTGTTGTCGAATGTGATCAACGTCGTTAC
GTGGCCGCTCGTGTCGTTGCTTGTTGTCGTCTTCTTTAACTTCAAGAACTTCACGAGGGA
AGGCGATGATGAGTTCTATACTCTCAAAGGTTGCGCTTTGATTCCTGCCGCGTTAAGCGT
CGCCGCTTATTTCTTTGGGCTTCACAAAGAGAATCGTGATAGTGCGTATTAAGTTTTTTT
TCTTCTAATTTTTCATTGATTTGTTGGTAAATTAAGTAACCAATATTTTGTGTTTAAAAA
AAAAGTAATAGTGTATTTTATTGTTTTTTCTTGTCAACTGTATATTTTTATTGTTTATTT
GTGTGCAAGTGACAGTATGTCGTTACAGAATGTATATTTATCTAATTTTAATTTGTATGT
TTTACAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E846TF U 1
AF RR1E846JQ C 1
BS 1 717 RR1E846TF
BS 718 728 RR1E846JQ

RD RR1E846TF 717 0 0
GTGGGCTGCTCTCTTCGCCGCCGTCTGCTTCTCTCTCCTCCTCTGCAACATCCAAAACGT
CTTCGACAGCTACATCTTCAAACGCACGGAACCAACCACTAGAAAACCGAGCTTCGCGTC
CGTTTTCGAAGTCATAGTCTTCTCCTCTCTAGTCGCCACGCTCATCTCCGCGGTGGGTCT
TCTCATCGCCGGGGAACAGCACGGTCTGGAGAGAGAGATGAACGGTTTCCCGAAGGGGAA
AGGCGCGTACGTGATGGTTATGGTGGGACAAGCCGTTTCGTGGCAGTTGTACTGGGTCGG
GATCGTGGGACTGGTCTTCTCTGTCTCGAGCGTGTTGTCGAATGTGATCAACGTCGTTAC
GTGGCCGCTCGTGTCGTTGCTTGTTGTCGTCTTCTTTAACTTCAAGAACTTCACGAGGGA
AGGCGATGATGAGTTCTATACTCTCAAAGGTTGCGCTTTGATTCCTGCCGCGTTAAGCGT
CGCCGCTTATTTCTTTGGGCTTCACAAAGAGAATCGTGATAGTGCGTATTAAGTTTTTTT
TCTTCTAATTTTTCATTGATTTGTTGGTAAATTAAGTAACCAATATTTTGTGTTTAAAAA
AAAAGTAATAGTGTATTTTATTGTTTTTTCTTGTCAACTGTATATTTTTATTGTTTATTT
GTGTGCAAGTGACAGTATGTCGTTACAGAATGTATATTTATCTAATTTTAATTTGTA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1E846JQ 728 0 0
GTGGGCTGCTCTCTTCGCCGCTGTCTGCTTCTCTCTCCTCCTCTGCAACATCCAAAACGT
CTTCGACAGCTACATCTTCAAACGCACGGAACCAACCACTAGAAAACCGAGCTTCGCGTC
CGTTTTCGAAGTCATAGTCTTCTCCTCTCTAGTCGCCACGCTCATCTCCGCGGTGGGTCT
TCTCATCGCCGGGGAACAGCACGGTCTGGAGAGAGAGATGAACGGTTTCCCGAAGGGGAA
AGGCGCGTACGTGATGGTTATGGTGGGACAAGCCGTTTCGTGGCAGTTGTACTGGGTCGG
GATCGTGGGACTGGTCTTCTCTGTCTCGAGCGTGTTGTCGAATGTGATCAACGTCGTTAC
GTGGCCGCTCGTGTCGTTGCTTGTTGTCGTCTTCTTTAACTTCAAGAACTTCACGAGGGA
AGGCGATGATGAGTTCTATACTCTCAAAGGTTGCGCTTTGATTCCTGCCGCGTTAAGCGT
CGCCGCTTATTTCTTTGGGCTTCACAAAGAGAATCGTGATAGTGCGTATTAAGTTTTTTT
TCTTCTAATTTTTCATTGATTTGTTGGTAAATTAAGTAACCAATATTTTGTGTTTAAAAA
AAAAGTAATAGTGTATTTTATTGTTTTTTCTTGTCAACTGTATATTTTTATTGTTTATTT
GTGTGCAAGTGACAGTATGTCGTTACAGAATGTATATTTATCTAATTTTAATTTGTATGT
TTTACAGC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL7769Contig1 739 2 4 U
GGACATTTCTTCAGACTTGTAGTATTCTACAAGATCCAAAACTCAAGACTTGTAGTCAAT
CCTCTTCAAGCAAGCAAGAAGATGAAGCAAAAGATCTTGTTTAGAGTGACTATGACTGAT
GACAAGACCCGAGCAAAAGCTATGACCAAAGCAGTTCAGTTTAAAGGTGTGTCAGCCGTG
GAGATAAAAGGCGATCATAGGAACCAGATAGAGGTGACCGGTACTGAAGTTGATATGATC
GTCCTCACCAAAAGGCTGAGAAAGAAGGTAGCCTTTGCAGAGCTTGTAAGCGTAAGCAAA
GTCGAACCTCCAAAGAAACCAGATGAGAAGAAGGATGGGGACAAAAAGGACGGTGACAAA
AAAGATGGTGACAAGAAAGATGGTGACAAAAAGGATGGCGATAAGAAAGATGGAGACAAG
AAGAAGGAAGAGGAGAAGAAGCCCCCGCCCTGTTGTAAACCATGCCCGCCGCCGTGTAAA
CCATGTCCTCCCCCATCTAATCCATGTCCTCCTCCTCCCTGTTATCCATCTCCTCAAGGA
TACGGTGTGCCTTCCGCCTTTCCCTACCCGTGCAACCCACACAGTTACATAGGGGAACCA
GTTTACAATCAGGAACCGGGTTGCACAATCCTGTGAAATGGGAGGAAGATTAATGGAGAA
AGAGATCACAGCTTGTGTGACCAAATATGAAAAAAAAAACTAAAGAATCAAATATGTTTA
GTCACATGAATAAAACTCT


BQ
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AF RR1C032JQ C 1
AF RR1C032TF U 1
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BS 699 699 RR1C032JQ
BS 700 729 RR1C032TF
BS 730 739 RR1C032JQ

RD RR1C032JQ 739 0 0
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GTCACATGAATAAAACTCT

QA 1 739 1 739
DS 

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CCTCTTCAAGCAAGCAAGAAGATGAAGCAAAAGATCTTGTTTAGAGTGACTATGACTGAT
GACAAGACCCGAGCAAAAGCTATGACCAAAGCAGTTCAGTTTAAAGGTGTGTCAGCCGTG
GAGATAAAAGGCGATCATAGGAACCAGATAGAGGTGACCGGTACTGAAGTTGATATGATC
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GTCGAACCTCCAAAGAAACCAGATGAGAAGAAGGATGGGGACAAAAAGGACGGTGACAAA
AAAGATGGTGACAAGAAAGATGGTGACAAAAAGGATGGCGATAAGAAAGATGGAGACAAG
AAGAAGGAAGAGGAGAAGAAGCCCCCGCCCTGTTGTAAACCATGCCCGCCGCCGTGTAAA
CCATGTCCTCCCCCATCTAATCCATGTCCTCCTCCTCCCTGTTATCCATCTCCTCAAGGA
TACGGTGTGCCTTCCGCCTTTCCCTACCCGTGCAACCCACACAGTTACATAGGGGAACCA
GTTTACAATCAGGAACCGGGTTGCACAATCCTGTGAAATGGGAGGAAGATTAATGGAGAA
AGAGATCACAGCTTGTGTGACCAAATATGAAAAAAAAA*CTAAAGAATCAAATATGTTTA
GTCACATGA

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

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CAGTGGCACTACTCCTGAGCTGGGAGCTTCAACTAGGACAATAGATAAAGCAGAGTCTGG
TCTGAATGAATCTAGGTTTGATACTCTTCAAGAGAAGTTTGCAGAGGAAGAGACACACAA
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CCCACATTTTCGTTACTGCTTCCACGGTAAAGGCGAAAACACCGTGGAAGACCGAGGAGA
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GTGGAGACTTGTTCAGCAGAGAGCTAAGCAGCACTACGAGCATGAGAGGGACATTGTGTT
ACATAGCGCCAGAGTACGGAGGAGGAGGTTGCTGTTACTTGATGGAGAAAGGAGATATCT
ACAGCTTCGGAGTACTGATTCTAGTGATCATCTCAGGTAGGAGGCCTTTGCACGTCCTTG
CATCGCCGATGAAGCTTGAGAAAGCCAACTTGGTGAGCTGGTGTAGGCAGTTGGCTCAGT
CAGGGAACGTTCTCGAGCTGGTGGACGAGAGATTGAAGGATTTGTATAACAAGGAAGAAG
CGGGACTGTGCATTAACTTGGCTTTGGCTTGTCTGCAGAAAGCGCCTGAGTTAAGGCCTG
ATATTAGTGAAGTTGTGAGGATCTTGAGAGGTGAAATGGACATCTCCTCGGCTGCTTTCG
AGTTTTCGCCATCGCCTCCTGCAAAAATTTATGGCAGTAGATCAAAGCGGAGAAGCTATA
ACAGAGAGAGCATTGCAGAGTATTATTAGTTCTTTTTTGGTTGGTGTTTTCTTTCTGAAA
ATTGTTTTGAGTTTTTGTTGAGAATTGTGTTATGACTTGTAATGTTTGTAAACTATGCAA
ACTCCATCAAAACGCAGAAGAATGTATATCAAATTATAGAGTTCAGCTGC


BQ
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AF RR1G839TF U 1
AF RR1G839JQ C 634
BS 1 693 RR1G839TF
BS 694 694 RR1G839JQ
BS 695 785 RR1G839TF
BS 786 1370 RR1G839JQ

RD RR1G839TF 785 0 0
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CGAGGGGAGAGGAAAAGAGGTTGAGGAGAATGAGTTTGTTGAGCAGGGGAAGGAGGAGAT
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GAAGCAAGAAGGGAGTGGTGAGTTGTGTAGTAAAGATTACGTTAGGGAATGGATAGGGAG
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TCTGAATGAATCTAGGTTTGATACTCTTCAAGAGAAGTTTGCAGAGGAAGAGACACACAA
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ACATAACAACAAAAACAAGATCAGAGTCTTGAGAGTCAAGTTCAAGAACCGTCTAAGAGT
CCCACATTTTCGTTACTGCTTCCACGGTAAAGGCGAAAACACCGTGGAAGACCGAGGAGA
AGGAGGAGAAGCAGCTGCTGGGAGAGTTCAGCTTCAGAAGAGGATGGAGAAGGAAAAGCA
GCAGCAGCAGCAACAACAAGAACAAGAAGAAGA*CAAATCAATAGGGAGCGAGATGTGGA
GTGGAGACTTGTTCAGCAGAGAGCTAAGCAGCACTACGAGCATGAGAGGGACATTGTGTT
ACATA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1G839JQ 737 0 0
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CTACGAGCATGAGAGGGACATTGTGTTACATAGCGCCAGAGTACGGAGGAGGAGGTTGCT
GTTACTTGATGGAGAAAGGAGATATCTACAGCTTCGGAGTACTGATTCTAGTGATCATCT
CAGGTAGGAGGCCTTTGCACGTCCTTGCATCGCCGATGAAGCTTGAGAAAGCCAACTTGG
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TGAAGGATTTGTATAACAAGGAAGAAGCGGGACTGTGCATTAACTTGGCTTTGGCTTGTC
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AAATGGACATCTCCTCGGCTGCTTTCGAGTTTTCGCCATCGCCTCCTGCAAAAATTTATG
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TTTTTGGTTGGTGTTTTCTTTCTGAAAATTGTTTTGAGTTTTTGTTGAGAATTGTGTTAT
GACTTGTAATGTTTGTAAACTATGCAAACTCCATCAAAACGCAGAAGAATGTATATCAAA
TTATAGAGTTCAGCTGC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL7771Contig1 1009 2 4 U
GTTAGTTCTTGAGCCATGCATTTATCATTCGACCATTGTGATTGATTTTCATCCATATTG
CTTGATCTCATTTAAAATAATGATTGATCCTTATTCAAAATTCTAAAGGGCTTGGAAACC
CTATATGAAATTATATACATATATATAATCAATCCAAATATGAATTATAATTAAAAGGAT
CACTAGATGCAGTGATCAATTGATCATTGTCATACTAGAAATGCTTAAAGCAAATAGATT
ATATGATTTGGGGGGAAGCATTATTGAAAATCATATACATTTGCTTGCATAATTCTTGAT
GCTTGAAAGCAAAGCTAAATATTCAGATGTTGAAAATCATCTTGAAATCTAAATCTTGGT
GACTGTATCTAAATTTCTCACTTTTGAGATAGATACAAGGCGATTTTCTTAATCATACGC
CATCACCTTACTGAAAGTCTCAATGATCAATATCTCAATATTGAGAATCCTCTGGACCTT
TGGATAAAAACTGAAATCCAGATATGATCACCATATAATGGTACTCTTACCAAAGGCCCT
ATATAATTTGAGGGATCTAAAGACCCAAGACTATAAGTCTGTGGATGAGTATAACTCGGC
TCTATTCATGATAGTCTCAAAGTTGAAACTGTGTGGGAGAGACTATCACATATGCTGACA
TGTTAGAGAAGAAATTCTCTACATTCCACAAGCAATGCTTTGCTTCAGCAATAATACCGA
GAAATGGGTTCCTCCACATATGCAAATTTAATCTCTTGTTTGTTGCTTGCTAAGCAAAAC
AATGAGTTACTCATGAGGAATAGTGAGATGAGGCCTCCTGGATTTTAAGGCATTGCCTAA
GGCACATACGGCCACAGAGCCAAATGAAAGAGTCAAACCATGGCCATGTGAAAGGCCATG
GAAGATGGCAAGGGTGTGCGTGGATATCACCCACAGTCACAGCATTAGTCGAGGCCGAGG
CCAAGGTTATCAACCTAGCCGTGGGTATAAGTCCGTGGGAACAAGTCCG


BQ
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AF RR1AO65TF U 1
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QA 1 828 1 828
DS 

RD RR1AO65JQ 884 0 0
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CCTTACTGAAAGTCTCAATGATCAATATCTCAATATTGAGAATCCTCTGGACCTTTGGAT
AAAAACTGAAATCCAGATATGATCACCATATAATGGTACTCTTACCAAAGGCCCTATATA
ATTTGAGGGATCTAAAGACCCAAGACTATAAGTCTGTGGATGAGTATAACTCGGCTCTAT
TCATGATAGTCTCAAAGTTGAAACTGTGTGG*AGAGACTATCACATATGCTGACATGTTA
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TGGCAAGGGTGTGCGTGGATATCACCCACAGTCACAGCATTAGTCGAGGCCGAGGCCAAG
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QA 1 884 1 884
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AD59JQ C 1
AF RR1AD59TF U 1
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RD RR1AD59JQ 680 0 0
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GAGCACACAGATACCTTCATTGCCTAACCCAACACAGCCCATTAATATCCCAAACTTTCC
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CACCAGCATTCCTACCATCCCTTTCTTCACTCCACCACCTTCCAAATGAGAAGCTACGCT
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TTTGTAATGTTTCTTATTCTTTTGCTGTTGCTTGATGAATGTACTCCTTGTTGTTGGTGT
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AATGAATTCTTGCTTTCTTC

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DS 

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AATGCCTTCTTCGCTCCCTCAACCAACTCTTCCTCAACCAACAGCGCTTCCACCATTACA
GAGCACACAGATACCTTCATTGCCTAACCCAACACAGCCCATTAATATCCCAAACTTTCC
ACAAATCAATATTCCTAATTTCCCATTTAACATTCCAAACAACTTCCCCTTTAATATTCC
CACCAGCATTCCTACCATCCCTTTCTTCACTCCACCACCTTCCAAATGAGAAGCTACGCT
CTTCAGCTGCTGTCACACAACACTTTACGGTCTTTTTCTCACACACTTTGTTTGCACATG
TTTGTAATGTTTCTTATTCTTTTGCTGTTGCTTGATGAATGTACTCCTTGTTGTTGGTGT
TGTGTGTTTCTGGCGTGATTTAGTTGCTTTTGTAATATCTATACGGCTTATTATTGTTCT
AATGAATTCTTGCTTTCTTC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL7773Contig1 1233 2 2 U
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AACTGGTCCCACTATTTTCATTTGGTTTCAGTCTCAATTCGTTCATTCATTGCAAGAATT
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BQ
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AF RR1AJ19TF U 1
AF RR1AJ19JQ C 397
BS 1 780 RR1AJ19TF
BS 781 1233 RR1AJ19JQ

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AAGGTAACTACTGGAACTCTTTAACAGTTCCTACAAACGATTTTTTTTTTTCATTTTGCT
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TTAAAGGAATCCTTTTGAATAAAGCCTAAACCTTTGCTTATATTGTTGAATCATGATGAA
TGGTTCCTAAAGGTATTTTTCTGTTGCTATTATTGTTGTTATCTCTCAAGTCTTTCTGTA

QA 1 780 1 780
DS 

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GAAACTATATCATCTTCATTACTGAGCTGGAAAGCTGTGTGTTCTTCTGTCGACGCGTCA
ATAGTTTAGAATTTCTAAGATCTTTTAAAGGAATCCTTTTGAATAAAGCCTAAACCTTTG
CTTATATTGTTGAATCATGATGAATGGTTCCTAAAGGTATTTTTCTGTTGCTATTATTGT
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ATAAGATGAGAACATGATAGTGTAAATTTGGTTTCACCTGTTGACTTCACCATTCTGTTC
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GTCATAACAGCTCTGTGGTAAAAATGCATCCATTTTCCGCAATGTGTGATTGGCAAGTTT
GGGCATACCCGCAATTTTGATCACTCCATGAGCTCTTCTTCTTCTTTACTAAGCTGGAAC
TAAAAATTAGTATGATGTGTGAAGAAACTAAAATTTTTGTGTATAACATCTTTATGC

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 2

CO CL7774Contig1 796 2 2 U
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ATCAATAAGTGGAGGT


BQ
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AF RR1B089TF U 1
AF RR1B089JQ C 16
BS 1 745 RR1B089TF
BS 746 796 RR1B089JQ

RD RR1B089TF 745 0 0
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QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1B089JQ 781 0 0
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ATTTAGTGGTGGAAGCTCACCAATTAGTGGAGGTTCACCAAGCGGTGGAAGTTCACCTAG
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AAGAACAATTTTGGATAAAGTTAAATCCAAGATTAAAAGCAAATTGAAAAGTAAGAGCGG
CTCTTCTAGTGGTGGAAGTTCACCAAATAGTGGAAGTTCACCAAGTGGTGGAAGTTCACC
TAATAATGGAAATTCATCTAGCGGTGCAATTTCACCTAAAGATGGAAGTAAACACAAGGA
TAAAAACACAATTTTGGATAAAGTTAAATCCAAGTTTAAAAGCAAATTGAAAGGTAAGAG
TGGCTCTTCTAGTGGTGGAAGCTCATCAATAAGTGGAGGTTCACCAAGCCGTAAAAGTTC
ACCTAGTAGTGGAAATTCATCAAGCGGTGTAAGTTCACCTAAGGCTGGAAGTAAAAACAA
GAGCAAAAGCACAATTTTAGATAAAGTTAAATCCAAGATTAAAAGCAAATTGAAAGGTAA
GAGTGGCGCCTCTAGTGGTGGAAGCTCATCAATAAGTGGAGGT

QA 19 781 19 781
DS 



AS 1 2

CO CL7775Contig1 741 2 2 U
GGATAGAATCCTGAACCAGCTTTGAGATGGATGGGATGAACGCCAAGAAGACTGTCTTCA
TCATCGGAGCGACCAACAGGCCAGACATTATTGATTCTGCTCTCCTCCGTCCAGGGAGGC
TCGACCAGCTCATTTACATTCCACTGCCGGACGAGGATTCACGTCTCAACATCTTCAAGG
CCGCCTTGAGGAAGTCTCCTATTGCTAAAGATGTTGACATCAACGCTCTGGCTAAGTACA
CGCAGGGATTCAGTGGTGCTGATATCACTGAGATTTGCCAGAGGGCTTGCAAATACGCCA
TCAGAGAAAACATCGAGAAGGACATTGAGAAGGAGAAGAGGAGGAGCGAGAATCCAGAGG
CCATGGAGGAAGATGGAGTGGATGAAGTGTCAGAGATCAAGGCTGCACATTTTGAGGAGT
CGATGAAGTATGCGCGCAGGAGTGTGAGTGATGCAGACATCAGGAAGTACCAAGCCTTTG
CTCAGACGCTGCAGCAGTCTAGAGGGTTTGGTTCTGAGTTCAGGTTCGAGACTAATGCTG
CTGGTTCAGGTGCAACCACTGGAGTCGCTGATCCTTTTGCCACCTCGGCAGCTGCTGCTG
CGGACGATGATGATCTCTACAACTAAAAGACCCATCCTTTTTAATATTTTAAGTTGTCAA
TCGAATCCAGACTGGGAAAGTGATACTCTCATCTTTTCATAGTGTTTTTTAAGTTTATCA
GAAACTTTGTTTGACATTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FE24TF U 1
AF RR1FE24JQ C 15
BS 1 728 RR1FE24TF
BS 729 741 RR1FE24JQ

RD RR1FE24TF 728 0 0
GGATAGAATCCTGAACCAGCTTTGAGATGGATGGGATGAACGCCAAGAAGACTGTCTTCA
TCATCGGAGCGACCAACAGGCCAGACATTATTGATTCTGCTCTCCTCCGTCCAGGGAGGC
TCGACCAGCTCATTTACATTCCACTGCCGGACGAGGATTCACGTCTCAACATCTTCAAGG
CCGCCTTGAGGAAGTCTCCTATTGCTAAAGATGTTGACATCAACGCTCTGGCTAAGTACA
CGCAGGGATTCAGTGGTGCTGATATCACTGAGATTTGCCAGAGGGCTTGCAAATACGCCA
TCAGAGAAAACATCGAGAAGGACATTGAGAAGGAGAAGAGGAGGAGCGAGAATCCAGAGG
CCATGGAGGAAGATGGAGTGGATGAAGTGTCAGAGATCAAGGCTGCACATTTTGAGGAGT
CGATGAAGTATGCGCGCAGGAGTGTGAGTGATGCAGACATCAGGAAGTACCAAGCCTTTG
CTCAGACGCTGCAGCAGTCTAGAGGGTTTGGTTCTGAGTTCAGGTTCGAGACTAATGCTG
CTGGTTCAGGTGCAACCACTGGAGTCGCTGATCCTTTTGCCACCTCGGCAGCTGCTGCTG
CGGACGATGATGATCTCTACAACTAAAAGACCCATCCTTTTTAATATTTTAAGTTGTCAA
TCGAATCCAGACTGGGAAAGTGATACTCTCATCTTTTCATAGTGTTTTTTAAGTTTATCA
GAAACTTT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1FE24JQ 727 0 0
ACCAGCTTTGAGATGGATGGGATGAACGCCAAGAAGACTGTCTTCATCATCGGAGCGACC
AACAGGCCAGACATTATTGATTCTGCTCTCCTCCGTCCAGGGAGGCTCGACCAGCTCATT
TACATTCCACTGCCGGACGAGGATTCACGTCTCAACATCTTCAAGGCCGCCTTGAGGAAG
TCTCCTATTGCTAAAGATGTTGACATCAACGCTCTGGCTAAGTACACGCAGGGATTCAGT
GGTGCTGATATCACTGAGATTTGCCAGAGGGCTTGCAAATACGCCATCAGAGAAAACATC
GAGAAGGACATTGAGAAGGAGAAGAGGAGGAGCGAGAATCCAGAGGCCATGGAGGAAGAT
GGAGTGGATGAAGTGTCAGAGATCAAGGCTGCACATTTTGAGGAGTCGATGAAGTATGCG
CGCAGGAGTGTGAGTGATGCAGACATCAGGAAGTACCAAGCCTTTGCTCAGACGCTGCAG
CAGTCTAGAGGGTTTGGTTCTGAGTTCAGGTTCGAGACTAATGCTGCTGGTTCAGGTGCA
ACCACTGGAGTCGCTGATCCTTTTGCCACCTCGGCAGCTGCTGCTGCGGACGATGATGAT
CTCTACAACTAAAAGACCCATCCTTTTTAATATTTTAAGTTGTCAATCGAATCCAGACTG
GGAAAGTGATACTCTCATCTTTTCATAGTGTTTTTTAAGTTTATCAGAAACTTTGTTTGA
CATTTCG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL7776Contig1 786 2 2 U
GAAGAGAAGGAATTGTTGCTTTGGAAACTGGTTGGGGTGAGTTTTGTGAAGCCAATGGCT
TCAAGTTAGGAGAATCTTTCACTTTGGAGTGCATTAAAGAGCAAGACGAAACAGCTCCTG
TGCTCAAGTTATGTTCTCAGGAGACTAATAAATAAAAATAGGTTAGTTAGGAATAGAAAG
CATGTAGTGTAGAGTTGTTCTTTCTGTGTAGAGTTGGAGAGACTGAAGGAAAGGAAGAAG
CTCTGCAGTAAACATGATTTCTATTGTAGATCCCTTAGCTCGACGGTGGTGATAGAAGTC
TTCAAGTTGGTTTGTTTTATTATTCTCTCCAGACTTAGAGCTTTTGAAGTTTTTGAGGAT
TGTGGGTAAACATTTTTTCAAGCCTCGTCTTACTGGCTTCCACGGCCACATGACAAACTG
ATCCAAAGAGAGCAACTTCGGTCTCAAAATCGCAGTCTCCTTCAACAAAAATGGTACAAC
CTGCAATGGAAAAGCACACATTGAGCTGGAAGTTCTTTACTTTCAGACTGATGTGTTTTT
TTTCAGAGTCAGAAGAAGAATACTGGTCATCAGAAGCTAATGAATTTACGTATTTTTCCA
CAGAACCCGAAAGAGACAAAGAGATCAACCAAAATGAAAGAAATTCACAGGAATGTTCCA
AAATGAATGGTAAAAAGGGTAGATCGATTTGTGACTTTTAACTCTCAAAACCCTAAGACT
TCCAAAAATTCTAGACTAGTCATTTTTATCAACATGTTATTTGTCTTTTTAACCGTATAA
ATTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG74TF U 1
AF RR1CG74JQ C 52
BS 1 334 RR1CG74TF
BS 335 786 RR1CG74JQ

RD RR1CG74TF 334 0 0
GAAGAGAAGGAATTGTTGCTTTGGAAACTGGTTGGGGTGAGTTTTGTGAAGCCAATGGCT
TCAAGTTAGGAGAATCTTTCACTTTGGAGTGCATTAAAGAGCAAGACGAAACAGCTCCTG
TGCTCAAGTTATGTTCTCAGGAGACTAATAAATAAAAATAGGTTAGTTAGGAATAGAAAG
CATGTAGTGTAGAGTTGTTCTTTCTGTGTAGAGTTGGAGAGACTGAAGGAAAGGAAGAAG
CTCTGCAGTAAACATGATTTCTATTGTAGATCCCTTAGCTCGACGGTGGTGATAGAAGTC
TTCAAGTTGGTTTGTTTTATTATTCTCTCCAGAC

QA 1 334 1 334
DS 

RD RR1CG74JQ 735 0 0
CCAATGGCTTCAAGTTAGGAGAATCTTTCACTTTGGAGTGCATTAAAGAGCAAGACGAAA
CAGCTCCTGTGCTCAAGTTATGTTCTCAGGAGACTAATAAATAAAAATAGGTTAGTTAGG
AATAGAAAGCATGTAGTGTAGAGTTGTTCTTTCTGTGTAGAGTTGGAGAGACTGAAGGAA
AGGAAGAAGCTCTGCAGTAAACATGATTTTTATTGTAGATCCCTTAGCTCGACGGTGGTG
ATAGAAGTTTTCAAGTTGGTTTGTTTTATTATTCTCTCCAGACTTAGAGCTTTTGAAGTT
TTTGAGGATTGTGGGTAAACATTTTTTCAAGCCTCGTCTTACTGGCTTCCACGGCCACAT
GACAAACTGATCCAAAGAGAGCAACTTCGGTCTCAAAATCGCAGTCTCCTTCAACAAAAA
TGGTACAACCTGCAATGGAAAAGCACACATTGAGCTGGAAGTTCTTTACTTTCAGACTGA
TGTGTTTTTTTTCAGAGTCAGAAGAAGAATACTGGTCATCAGAAGCTAATGAATTTACGT
ATTTTTCCACAGAACCCGAAAGAGACAAAGAGATCAACCAAAATGAAAGAAATTCACAGG
AATGTTCCAAAATGAATGGTAAAAAGGGTAGATCGATTTGTGACTTTTAACTCTCAAAAC
CCTAAGACTTCCAAAAATTCTAGACTAGTCATTTTTATCAACATGTTATTTGTCTTTTTA
ACCGTATAAATTTTG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL7777Contig1 845 2 14 U
GAACAGTGAGCTAAAAAAAAAAAGAGACGATGGCGGAGAGATCAGAGGAAGTGAAGCTAC
TGGGGATGTGGGCGAGTCCTTTCAGCCGTAGGGTCGAGATAGCTCTCACCCTCAAAGGCG
TACCATACGAGTTCTCTGAGCAAGATATCGCCAACAAGAGCCCCCTGCTACTCCAATCAA
ACCCGGTTCACAAGAAGATTCCGGTTCTTCTCCATAACGGTAAACCAATCTCAGAATCGC
TCGTGATCCTTGAGTATATCGATGATACATGGCAGAATAATCCCATCCTGCCTCAAGATC
CATACGACAGAGCTACGGCTCGGTTTTGGGGAAGATTCGTCGATGAACAGATCTATGTAA
CGGCGATGAAAGTGGTGGGGAAGGTTGGAGAAGAAAAAGACGCGGCGGTGGAATCGACTA
GAGATTTATTGAAGTTGCTGGAGAAAGAGCTTGTCGGGAAAGATTTTCTCGGTGGGGAAA
GGTTAGGGTTCGTGGACATAGTTGCAACTTTGGTGGCGTTTTGGCTGATGAGAACGGAAG
AGGTGGTTGGAGTCAAGATTGTTACTATAGAGATGTTCCCAGAGATTCACAGATGGGTTA
AGAATCTTTTGGACGTTGATGTCATCAAGAAATATATCCCTCCTGAAGATGAACATCTCA
ACTACATTAGAGCTCGCATGGATCGCCTCAAACTCAAATCTGTTTGATAACCACTTATAT
ATATAAGTTCAGTAAATCAAATAATCTCTTTGTTATTGTTTAAATCTTGTTATATGTGTT
GAAATAACATTGTCAGTTCTTGTTATGTTGTGTAAGAGTTTTCATAAATATAAGTTCAAT
AAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR1FV18TF U 1
AF RR1FV18JQ C 3
BS 1 709 RR1FV18TF
BS 710 710 RR1FV18JQ
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RD RR1FV18TF 816 0 0
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QA 1 816 1 816
DS 

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QA 13 843 13 843
DS 



AS 1 2

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GTTCTTAGG


BQ
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AF RR1B623TF U 1
AF RR1B623JQ C 1
BS 1 714 RR1B623TF
BS 715 729 RR1B623JQ

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QA 1 714 1 714
DS 

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TCTTTCAAAGAGAATCCGGAGAGCCAAAAAGCAAGAAATGTCGATGATTTGATCATGTTA
GGAGCGAATAACGCCTTATCATACTTGATGAACGTGAAAAGAATTGTGGAGAAGATTATA
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GTTCTTAGG

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL7779Contig1 833 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AQ12TF U 1
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BS 1 754 RR1AQ12TF
BS 755 833 RR1AQ12JQ

RD RR1AQ12TF 754 0 0
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GTATTTATCTGGAAAGAGAAGGATACTAGACTTGATAACAATACTTCTGGACCGGCCAGT
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RD RR1AQ12JQ 793 0 0
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QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1A343TF U 1
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BS 1 730 RR1A343TF
BS 731 790 RR1A343JQ

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CAACCTCTCGGCTTATAACAACTACCAACAGCTTTCACATGCCGTTGACCAACTTTTCTT
TAAGAAAGATTCGTCGGATCTAAACAGACAATACACTTTGGTTTACGAAGACACTGAAGG
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GCATGTTTTAAAGAGCTCCCACGTTTCCATGCTCTCACCTAGGAAACACGGCAAGGAATA
GAGTGAGGTTCGCCACAATCATCAGTTCGATGATTTGTTTTAAAAATGTAATTTATGGAA
ACCATGGGGCTTGGCTTGATTTACCGAGTTTTTTTTTTGTTCGTTAGAATTTGTTTTTCA
ACTTATATTCTCGATTTTTTTTTTTGCTTATGGAAGATGATTTTGTGTAAATATGTTGTT
TGCTTAAGTAAGCTGTGTGGTGTGGTATTATGTATTAATCGTGTGTATAAACTATAAAGA
TATTGTAAAC

QA 1 790 1 790
DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A478JQ C 1
AF RR1A478TF U 1
BS 1 792 RR1A478TF

RD RR1A478JQ 792 0 0
GACGACGGTTCCAACTCGGTTCTGTACTGTAACAGAGCAGCGTGTTGGTATAAGCTCGGT
TTGTGGGAGAAGTCCGTTGAAGACTGTAACCAAGCGCTTAAAATCCACACTAGTTACATC
AAGGCACTTCTAAGAAGGGCTGCTTCATACGGAAAGCTTGGTCGATGGGAAGATGCGGTT
AGAGATTATGAGTTCGTGAGAAGGAAACTACCGGGAGACAGTGAAGTTGCAGAGTCACTG
GAGAGAGCGAAACTCGCGCTAAGTCAAGAATCCAAAAGCTTAGGACTCTTCAATAACGAA
GTTGGAGCGGTTTCAACTTTGGATAAGTTCAAGAACTCAGTTTCACTTCCTGGTGTCTCT
GTGTTTCATTTCAAATCATCATCAAACCGAAAATGCGAAGAGATCTCTCCTTACGTCAAC
ACTTTATGCCTCCGGTATCCATTAGTACATTTCTTCATGGTGGATGTGGAGGAGAGCTTG
GCGTTGGCCAAGGCAGAGAGTATCAGGAAAGTTCCAACGTTTAAGATGTACAAGAACGGA
GACAAAGTGAAGGAGATGATATGTCCGAGCCATCAGTTTCTCGAGGACTCTATAAAGCAA
CTCTTATAGTTTGATAAGCCTATCATCATTCTCTGCTTCATTATAATTTGATCCCAAGAG
CCTTTATTGTTTCAAGATTTGAGAGAAGATATCTTATGAAATATGGGGGGG*AAGAGCTA
TTCTATCATTCAACAAATTGTTCATTATTATTATTTTTTTCTATATAACTTTTTGGAGTT
TACCTCTGCTCG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1A478TF 792 0 0
GACGACGGTTCCAACTCGGTTCTGTACTGTAACAGAGCAGCGTGTTGGTATAAGCTCGGT
TTGTGGGAGAAGTCCGTTGAAGACTGTAACCAAGCGCTTAAAATCCACACTAGTTACATC
AAGGCACTTCTAAGAAGGGCTGCTTCATACGGAAAGCTTGGTCGATGGGAAGATGCGGTT
AGAGATTATGAGTTCGTGAGAAGGAAACTACCGGGAGACAGTGAAGTTGCAGAGTCACTG
GAGAGAGCGAAACTCGCGCTAAGTCAAGAATCCAAAAGCTTAGGACTCTTCAATAACGAA
GTTGGAGCGGTTTCAACTTTGGATAAGTTCAAGAACTCAGTTTCACTTCCTGGTGTCTCT
GTGTTTCATTTCAAATCATCATCAAACCGAAAATGCGAAGAGATCTCTCCTTACGTCAAC
ACTTTATGCCTCCGGTATCCATTAGTACATTTCTTCATGGTGGATGTGGAGGAGAGCTTG
GCGTTGGCCAAGGCAGAGAGTATCAGGAAAGTTCCAACGTTTAAGATGTACAAGAACGGA
GACAAAGTGAAGGAGATGATATGTCCGAGCCATCAGTTTCTCGAGGACTCTATAAAGCAA
CTCTTATAGTTTGATAAGCCTATCATCATTCTCTGCTTCATTATAATTTGATCCCAAGAG
CCTTTATTGTTTCAAGATTTGAGAGAAGATATCTTATGAAATATGGGGGGGGAAGAGCTA
TTCTATCATTCAACAAATTGTTCATTATTATTATTTTTTTCTATATAACTTTTTGGAGTT
TACCTCTGCTCG

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL7782Contig1 924 2 2 U
GGAATAAGAGAGTCGTTCATCGGATCCATCTCCTCATGGCGGGACTGCTTCTGATCAAAT
CGTTGAATCTGATCTGCGCGGCGGAGGATAAACATTACGTGAAGATCACTGGGACGCCTC
ACGGATGGGATATACTCTTCTACATCTTCCAATTTATCCGCGTTGTTTTGCTCTTTACTG
TGATCATCTTGATTGGAACGGGATGGTCGTTTTTGAAACCGTTCTTGCAGGAGAAGGAGA
AGAACGTATTGATTATTGTGATCCCGCTTCAGGTGCTAGCCAACATTGCTTCGATTGTGA
TCGGTGAGACTGGGCCTTTTATTAAAGATTGGGTGACGTGGAACCAGGTGTTCTTGTTGG
CTGATATCGTATGCTGCTGTGCGATTATCTTCCCTCGTGTGGTCGATTCGGTCGTTGAGG
GAGACGTCGAAGACGGATGGGAAAGCCGCGAGGAACTTGTCGAAGCTGACGCTGTTTAGG
CAGTTTTACATTGTTGTTATTGGGTATCTTTACTTCACGAGGATTGTGGTGTTTGCGCTT
AAGACGATCGCGGCTTATAAGTATCAGTGGGTGAGCTTTGCGGCGGAGGAGATTGTGAGT
TTGGTGTTCTATGTGATTATGTTTTATATGTTTAGGCCTGAGGAGAAGAATGAGTACTTT
GCTGTTGATGATGATGAAGAAGAGGCTGCTGCTTTGGCTCTTATGGATGATGAGTTTGAG
CTTTGAAATTGGAGGATGTTTATGGGTAAAGGTAAAGCACACGCTAAGATTTAATTGTTT
TGTGTTGATGAAAGCTCTTTTGAAGACTAGAGTCTATGTCTGATGTTGCATCTTTCTTTT
TTTCTGTTAAATTTTGTTCTTTATTTTACATGGTGATTTCATTGTTACAGATGTTCCACT
TTTATATAGTTTTTATTCACAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DG53TF U 1
AF RR1DG53JQ C 210
BS 1 631 RR1DG53TF
BS 632 924 RR1DG53JQ

RD RR1DG53TF 631 0 0
GGAATAAGAGAGTCGTTCATCGGATCCATCTCCTCATGGCGGGACTGCTTCTGATCAAAT
CGTTGAATCTGATCTGCGCGGCGGAGGATAAACATTACGTGAAGATCACTGGGACGCCTC
ACGGATGGGATATACTCTTCTACATCTTCCAATTTATCCGCGTTGTTTTGCTCTTTACTG
TGATCATCTTGATTGGAACGGGATGGTCGTTTTTGAAACCGTTCTTGCAGGAGAAGGAGA
AGAACGTATTGATTATTGTGATCCCGCTTCAGGTGCTAGCCAACATTGCTTCGATTGTGA
TCGGTGAGACTGGGCCTTTTATTAAAGATTGGGTGACGTGGAACCAGGTGTTCTTGTTGG
CTGATATCGTATGCTGCTGTGCGATTATCTTCCCTCGTGTGGTCGATTCGGTCGTTGAGG
GAGACGTCGAAGACGGATGGGAAAGCCGCGAGGAACTTGTCGAAGCTGACGCTGTTTAGG
CAGTTTTACATTGTTGTTATTGGGTATCTTTACTTCACGAGGATTGTGGTGTTTGCGCTT
AAGACGATCGCGGCTTATAAGTATCAGTGGGTGAGCTTTGCGGCGGAGGAGATTGTGAGT
TTGGTGTTCTATGTGATTATGTTTTATATGT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1DG53JQ 715 0 0
TTTTTGAAACCGTTCTTGCAGGAGAAGGAGAAGAACGTATTGATTATTGTGATCCCGCTT
CAGGTGCTAGCCAACATTGCTTCGATTGTGATCGGTGAGACTGGGCCTTTTATTAAAGAT
TGGGTGACGTGGAACCAGGTGTTCTTGTTGGCTGATATCGTATGCTGCTGTGCGATTATC
TTCCCTCGTGTGGTCGATTCGGTCGTTGAGGGAGACGTCGAAGACGGATGGGAAAGCCGC
GAGGAACTTGTCGAAGCTGACGCTGTTTAGGCAGTTTTACATTGTTGTTATTGGGTATCT
TTACTTCACGAGGATTGTGGTGTTTGCGCTTAAGACGATCGCGGCTTATAAGTATCAGTG
GGTGAGCTTTGCGGCGGAGGAGATTGTGAGTTTGGTGTTCTATGTGATTATGTTTTATAT
GTTTAGGCCTGAGGAGAAGAATGAGTACTTTGCTGTTGATGATGATGAAGAAGAGGCTGC
TGCTTTGGCTCTTATGGATGATGAGTTTGAGCTTTGAAATTGGAGGATGTTTATGGGTAA
AGGTAAAGCACACGCTAAGATTTAATTGTTTTGTGTTGATGAAAGCTCTTTTGAAGACTA
GAGTCTATGTCTGATGTTGCATCTTTCTTTTTTTCTGTTAAATTTTGTTCTTTATTTTAC
ATGGTGATTTCATTGTTACAGATGTTCCACTTTTATATAGTTTTTATTCACAGTT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7783Contig1 895 2 2 U
AGGGGATAGGTTTCATAGCTGCTCGTTCAGTCCCTCCCTCCCTCTCAACATTCTAAAGCA
GCAGTCAGCAACAATGGCCGTTACCTTCTCAGATCTACACACAGAGCAGGGTGTCAAATC
CGTGGAGGAGCACCTCGCCGGAAAAACCTACATCTCCGGAGATCAATTGTCTGTGGATGA
TGTGAAGGTGTACGCTGCCGTTTCGAAGAAACCAAGCGATGCTTTCCCCAATGCTAGCAA
GTGGTACGATTGCGTCGCTTCCCACCTCGCTAAAAGTTTCCCGGGAAAAGCCGTTGGAGT
GTCGATCGGTGGCTCTGCTGCTCAAGCTGCTGAGGCACCTGCAGCTGTTGACGATGATGA
CATGGATCTGTTTGGTGACGAGACTGAGGAGGAGAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGC
TGCCAAGAAGGAAACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCATCTGTGCTCATGGAAGT
AAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATGAAGAAACTGGAAGCAGCTGTTCGCAGTGTTGA
GATGCCTGGTCTCTTATGGGGAGCTTCAAAACTGGTACCAGTTGGATACGGTATCAAGAA
GCTCACGATCATGCTCACAATTGTTGATGACCTCGTCTCCCCAGACAACCTCATTGAGGA
CTATCTCACCTCTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATTGTCGCCTTCAA
CAAGATTTAAACCTCTCTCCCTTCCCGAAAGATGTTTTGGGGATTATTGGTTTAAGAATT
CTAATGGAATTATGAAATTTTGAAAATCCATTGTTATTGTTTTATACTCCCTCTGTTTTC
TTTTATTTGACGTTTGAGGATGATTCACACAAATTAAGACACCCATTATAATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G920TF U 1
AF RR1G920JQ C 152
BS 1 740 RR1G920TF
BS 741 895 RR1G920JQ

RD RR1G920TF 740 0 0
AGGGGATAGGTTTCATAGCTGCTCGTTCAGTCCCTCCCTCCCTCTCAACATTCTAAAGCA
GCAGTCAGCAACAATGGCCGTTACCTTCTCAGATCTACACACAGAGCAGGGTGTCAAATC
CGTGGAGGAGCACCTCGCCGGAAAAACCTACATCTCCGGAGATCAATTGTCTGTGGATGA
TGTGAAGGTGTACGCTGCCGTTTCGAAGAAACCAAGCGATGCTTTCCCCAATGCTAGCAA
GTGGTACGATTGCGTCGCTTCCCACCTCGCTAAAAGTTTCCCGGGAAAAGCCGTTGGAGT
GTCGATCGGTGGCTCTGCTGCTCAAGCTGCTGAGGCACCTGCAGCTGTTGACGATGATGA
CATGGATCTGTTTGGTGACGAGACTGAGGAGGAGAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGC
TGCCAAGAAGGAAACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCATCTGTGCTCATGGAAGT
AAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATGAAGAAACTGGAAGCAGCTGTTCGCAGTGTTGA
GATGCCTGGTCTCTTATGGGGAGCTTCAAAACTGGTACCAGTTGGATACGGTATCAAGAA
GCTCACGATCATGCTCACAATTGTTGATGACCTCGTCTCCCCAGACAACCTCATTGAGGA
CTATCTCACCTCTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATTGTCGCCTTCAA
CAAGATTTAAACCTCTCTCC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1G920JQ 744 0 0
ATCTCCGGAGATCAATTGTCTGTGGATGATGTGAAGGTGTACGCTGCCGTTTCGAAGAAA
CCAAGCGATGCTTTCCCCAATGCTAGCAAGTGGTACGATTGCGTCGCTTCCCACCTCGCT
AAAAGTTTCCCGGGAAAAGCCGTTGGAGTGTCGATCGGTGGCTCTGCTGCTCAAGCTGCT
GAGGCACCTGCAGCTGTTGACGATGATGACATGGATCTGTTTGGTGACGAGACTGAGGAG
GAGAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCCAAGAAGGAAACCAAGAAGCCTAAAGAG
AGTGGAAAGTCATCTGTGCTCATGGAAGTAAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATGAAG
AAACTGGAAGCAGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTCTTATGGGGAGCTTCAAAA
CTGGTACCAGTTGGATACGGTATCAAGAAGCTCACGATCATGCTCACAATTGTTGATGAC
CTCGTCTCCCCAGACAACCTCATTGAGGACTATCTCACCTCTGAACCTAACAACGAGTAC
ATCCAGAGTGTTGACATTGTCGCCTTCAACAAGATTTAAACCTCTCTCCCTTCCCGAAAG
ATGTTTTGGGGATTATTGGTTTAAGAATTCTAATGGAATTATGAAATTTTGAAAATCCAT
TGTTATTGTTTTATACTCCCTCTGTTTTCTTTTATTTGACGTTTGAGGATGATTCACACA
AATTAAGACACCCATTATAATACC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL7784Contig1 1031 2 4 U
GGAATGCAGAATCCAAAGAGTCAAGGCTGTATGTGATCTATGTTGTCCTATTTTACAAAA
TTAGCAATTAGTTATTATGGTTCATCAAAACCATCTGCATTGTCAAGAAAAATAGTTTTC
AATTGAATGTTCTTGTGATTTGATTCCCACCTTTTCTGGACTCTTTTGATTCCATACAAG
AAAATTGTTTCCACCTTCGTTTTCTTTCCTTAGGGTGAAAACTGTTTCTTGAAATGCAAG
AACACAAATCATCAAAAGCTGCAAGGATTTAGAGGTTTTGTTAAGGGAATGCATGTTGGG
ACCCAACCAATGAGACGCAAATCTGGATTTGATTGCGTAAAGAGTTGATGGGAAATCGCT
GTTCTAGAACTCCTTGTTGTAGAAAGTTATGGTCACGTATATGTTGCTGCTGCAGCAACA
TCAACAACATTAATGGTCAAGCCCGAAGCCACCACGGTTCCAATGGAATGGTCTATCCTG
TAACCAGAATCGAAATATGGGAAGAAAAAGTCACAGAAGCTAAAACCAATGGCAAGATTC
TAGTGGTGAATTTCAACGCGTCATGGTGTGTACCTTGTAAAAAATTAGAACCAATCTTCA
GAGAACTTGCTTCTAGATACCATTCAATGATATTTGTAACCATTGATGTCGAGGAGCTTG
CTGAGTTTAGTAATGAATGGAATGTGGAAGCTACACCAACTGTAGTGTTCCTTAAAGATG
GGAGACAAATGGATAAACTAGTTGGTGCTGAAACATCAGAGCTTCAAAAGAAAACAGCTG
CAGCTGCCGATCTCTAACTCTTGAGAACCATAAAATCTTAACAACAGAAACAGAGGAGAG
TTAGGTTTTTTTCCATGTCTGTCAGAAATTTGTTCAGATCAACCTAACTTGCAGATGAAG
TTATGAGATTCGTTAAACTTCATCTACTTCTCTTTTCTGTAAATTTACCAAATGGTTACA
GTTAGTGCCAACAACCAGTAAACAAGTTTCTTCTTGTAAATATTTGTTTAAACTATTTAC
AAAAATCCTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F777TF U 1
AF RR1F777JQ C 291
BS 1 304 RR1F777TF
BS 305 305 RR1F777JQ
BS 306 445 RR1F777TF
BS 446 1031 RR1F777JQ

RD RR1F777TF 445 0 0
GGAATGCAGAATCCAAAGAGTCAAGGCTGTATGTGATCTATGTTGTCCTATTTTACAAAA
TTAGCAATTAGTTATTATGGTTCATCAAAACCATCTGCATTGTCAAGAAAAATAGTTTTC
AATTGAATGTTCTTGTGATTTGATTCCCACCTTTTCTGGACTCTTTTGATTCCATACAAG
AAAATTGTTTCCACCTTCGTTTTCTTTCCTTAGGGTGAAAACTGTTTCTTGAAATGCAAG
AACACAAATCATCAAAAGCTGCAAGGATTTAGAGGTTTTGTTAAGGGAATGCATGTTGGG
ACCCCACCAATGAGACGCAAATCTGGATTTGATTGCGTAAAGAGTTGATGGGAAATCGCT
GTTCTAGAACTCCTTGTTGTAGAAAGTTATGGTCACGTATATGTTGCTGCTGCAGCAACA
TCAACAACATTAATGGTCAAGCCCG

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1F777JQ 741 0 0
GCATGTTGGGACCCAACCAATGAGACGCAAATCTGGATTTGATTGCGTAAAGAGTTGATG
GGAAATCGCTGTTCTAGAACTCCTTGTTGTAGAAAGTTATGGTCACGTATATGTTGCTGC
TGCAGCAACATCAACAACATTAATGGTCAAGCCCGAAGCCACCACGGTTCCAATGGAATG
GTCTATCCTGTAACCAGAATCGAAATATGGGAAGAAAAAGTCACAGAAGCTAAAACCAAT
GGCAAGATTCTAGTGGTGAATTTCAACGCGTCATGGTGTGTACCTTGTAAAAAATTAGAA
CCAATCTTCAGAGAACTTGCTTCTAGATACCATTCAATGATATTTGTAACCATTGATGTC
GAGGAGCTTGCTGAGTTTAGTAATGAATGGAATGTGGAAGCTACACCAACTGTAGTGTTC
CTTAAAGATGGGAGACAAATGGATAAACTAGTTGGTGCTGAAACATCAGAGCTTCAAAAG
AAAACAGCTGCAGCTGCCGATCTCTAACTCTTGAGAACCATAAAATCTTAACAACAGAAA
CAGAGGAGAGTTAGGTTTTTTTCCATGTCTGTCAGAAATTTGTTCAGATCAACCTAACTT
GCAGATGAAGTTATGAGATTCGTTAAACTTCATCTACTTCTCTTTTCTGTAAATTTACCA
AATGGTTACAGTTAGTGCCAACAACCAGTAAACAAGTTTCTTCTTGTAAATATTTGTTTA
AACTATTTACAAAAATCCTAC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL7785Contig1 793 2 9 U
ACAGGTTGACGGAGACTTACGGGCCAGGCACTGTCTGCACGTGGAAGCCTGAGTGGGAGT
CTCTGCCTAGGGAAGAGCAGGCGAAGATGAAGGCGAGGCAAGGAGTGAATCACGTGGGGA
TCGAGGAGGTCGCTGTGAAAGATCCTGTGACCATGAGGACTCTCCCGGCTGATGGGGTGA
GTATGGGTGAGGTTGTCTTCAGGGGGAACACGGTGATGAATGGTTACTTGAAGAACCCTG
AAGCGACCAAGGAGTGTTTCAAAGGAGGTTGGTTTTGGAGTGGGGACTTGGGTGTGAAGC
ATCCTGATGGGTACGTAGAGCTGAAAGATAGGTCCAAAGACATTATAATCTCGGGAGGAG
AGAACATTAGCTCGATCGAAGTCGAGTCTGTTCTGTTTACTCATCCTTGTGTTCTCGAAG
CGGCTGTGGTCGCGAGGCCTGATGAGTATTGGGGTGAGACTGCCTGTGCGTTTGTGAAGC
TTAAAGACGGGTCTAAAGCCACGGCCGAGGAGATTATAAGCTACTGCAGGGGGAAGCTTC
CGCATTACATGGCTCCGAGGAGTATTGTGTTTGAGGATCTTCCGAAAACATCGACTGGGA
AAGTTCAGAAGTTTGTCCTGAGGAGTAAGGCTCAGGCTATGGGAAGCTTATCGAAGAAAG
GAACAAGCAAGCTATGAACCGGTAAGTTTTTTTTTTTTTTGTGTGTGTCGTGTTGGTTAA
GGTAAACCGGAAAAACATTGTACTACGGACAAGCCAAGTTGTGTCATTTTGAAATAAAGT
ATCATGTTTGATT


BQ
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AF RR1A189TF U 191
AF RR1A189JQ C 1
BS 1 190 RR1A189JQ
BS 191 559 RR1A189TF
BS 560 560 RR1A189JQ
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BS 589 601 RR1A189TF
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RD RR1A189TF 416 0 0
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GTTCA

QA 1 411 1 411
DS 

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CGCATTACATGGCTCCGAGGAGTATTGTGTTTGAGGATCTTCCGAAAACATCGACTGGGA
AAGTTCAGAAGTTTGTCCTGAGGAGTAAGGCTCAGGCTATGGGAAGCTTATCGAAGAAAG
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GGTAAACCGGAAAAACATTGTACTACGGACAAGCCAAGTTGTGTCATTTTGAAATAAAGT
ATCATGTTTGATT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

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AAGGAGAGACGCCAAACACACTGCGCTGAAGTTGGTTCCCACCTTATTCAACGTTTGAAA
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GC


BQ
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20 20 

AF RR1AM91JQ C 1
AF RR1AM91TF U 1
BS 1 722 RR1AM91TF

RD RR1AM91JQ 722 0 0
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GATCTCCAGAAAAGACAGGATATCATTGGAGATGTGAGAGGAAGAGGATTAATGGTTGGG
ATAGAGCTTGTGTCTGACAGGAAGGACAAGACACCAGCCAAGGCTGAAACAGCTGTCTTG
TTTGAGCAACTTAGAGAATTGGGCATTCTCGTTGGAAAAGGAGGACTTCATGGGAATGTT
TTCAGGATAAAGCCACCAATGTGTTTCACCAAAGACGACGCAGATTTCTTGGTAGATGCA
TTGGACTATTCAATCTCCAGGTTTTGAAGAAGGACGAAAGAAAGCGAATGAGAGTTTTAA
CCTTATGTCCTGTTTTAATGTTTTTTTAATGTTCCAATCCAACTCTCTCACTCTTCCTTG
TTCCTTTTGTAATAACACTCTCTTCATGTGATCTGAAAATTAAATAAAATAAGTATTCAA
GC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1AM91TF 722 0 0
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CAAGATGTAGTTCCCGACATAGTCACAATGGCAAAGGGAATCGGAAATGGATTGCCATTA
GGAGCTGTGGTTACTACACCAGAAATCGCTAGCGTATTAGCTACGAAGATTCAGTTCAAC
ACTTTTGGTGGGAACCCGGTCTGTTCAGCTGGTGGACATGCTGTTCTAAAGGTTATTGAT
AAGGAGAGACGCCAAACACACTGCGCTGAAGTTGGTTCCCACCTTATTCAACGTTTGAAA
GATCTCCAGAAAAGACAGGATATCATTGGAGATGTGAGAGGAAGAGGATTAATGGTTGGG
ATAGAGCTTGTGTCTGACAGGAAGGACAAGACACCAGCCAAGGCTGAAACAGCTGTCTTG
TTTGAGCAACTTAGAGAATTGGGCATTCTCGTTGGAAAAGGAGGACTTCATGGGAATGTT
TTCAGGATAAAGCCACCAATGTGTTTCACCAAAGACGACGCAGATTTCTTGGTAGATGCA
TTGGACTATTCAATCTCCAGGTTTTGAAGAAGGACGAAAGAAAGCGAATGAGAGTTTTAA
CCTTATGTCCTGTTTTAATGTTTTTTTAATGTTCCAATCCAACTCTCTCACTCTTCCTTG
TTCCTTTTGTAATAACACTCTCTTCATGTGATCTGAAAATTAAATAAAATAAGTATTCAA
GC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL7787Contig1 820 2 5 U
AGTGCTGTCTATGGTGGGACTTACATGTTGAATAAACCTGAGTGCAAGGTAGAGTTCGAT
GAGGAAGGTAAGGTTATGGGTGTTACGTCTGAGGGAGAGACTGCCAAATGCAAGAAAGTT
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ATTGCCATTATGAGCCACCCTATTCCAAACACCAATGATTCTCACTCGGTGCAAGTCATC
CTACCTCAAAAGCAATTGGGTCGCAAATCAGACATGTATGTCTTCTGTTGTTCGTATTCC
CACAACGTTGCTCCCAAGGGGAAATTCATAGCATTTGTGTCGACAGACGCAGAGACTGAT
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GCAGAGGAATGATGGAGAATAATTCAAAAGCTCTCTTCCTCTCTAGTCAAAAACAACTTG
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TCAGATTGATCTCATCATGTTCCCGGTTATAACTGTGTCTGTTTCTTTCGTAAAGACAAA
AAGGTTGGATCTCGTGGTTTCTATTTGCAGTGGCTTATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ES67TF U 153
AF RR1AL40JQ C 1
BS 1 152 RR1AL40JQ
BS 153 350 RR1ES67TF
BS 351 351 RR1AL40JQ
BS 352 777 RR1ES67TF
BS 778 820 RR1AL40JQ

RD RR1ES67TF 625 0 0
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CAATGATTCTCACTCGGTGCAAGTCATCCTACCTCAAAAGCAATTGGGTCGCAAATCAGA
CATGTATGTCTTCTGTTGTTCGTATTCCCACAACGTTGCTCCCAAGGGGAAATTCATAGC
ATTTGTGTCGACAGACGCTGAGACTGATAACCCTCAAACCGAGCTGAAGCCTGGAATCGA
CCTTCTTGGTCAAGTTGATGAGCTGTTCTTCGACATCTATGATAGATACGAGCCTGTCAA
CGAACCCACTCTGGACAACTGCTTCATATCAACGAGTTATGATGCTACAACACACTTTGA
TACAACTGTTGTTGATGTGTTGAACATGTATAAATTGATCACGGGAAAGGAACTGGATCT
AAGTGTGGACCTTAACGCAGCTAGTGCTGCAGAGGAATGATGGAGAATAATTCAAAAGCT
CTCTTCCTCTCTAGTCAAAAACAACTTGATGTACTGGTTGTCTTTATCCCATCTTAAACG
TTCTCATGTTGTCTGTTCAAACTCGAAATCAGATTGATCTCATCATGTTCCCGGTTATAA
CTGTGTCTGTTTCTTTCGTAAAGAC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1AL40JQ 820 0 0
AGTGCTGTCTATGGTGGGACTTACATGTTGAATAAACCTGAGTGCAAGGTAGAGTTCGAT
GAGGAAGGTAAGGTTATGGGTGTTACGTCTGAGGGAGAGACTGCCAAATGCAAGAAAGTT
GTCTGCGATCCTTCATACCTTCCCAACAAGGTGAGGAAGATTGGCAAGGTTGCTAGGGCG
ATTGCCATTATGAGCCACCCTATTCCAAACACCAATGATTCTCACTCGGTGCAAGTCATC
CTACCTCAAAAGCAATTGGGTCGCAAATCAGACATGTATGTCTTCTGTTGTTCGTATTCC
CACAACGTTGCTCCCAAGGGGAAATTCATAGCATTTGTGTCGACAGACGCAGAGACTGAT
AACCCTCAAACCGAGCTGAAGCCTGGAATCGACCTTCTTGGTCAAGTTGATGAGCTGTTC
TTCGACATCTATGATAGATACGAGCCTGTCAACGAACCCACTCTGGACAACTGCTTCATA
TCAACGAGTTATGATGCTACAACACACTTTGATACAACTGTTGTTGATGTGTTGAACATG
TATAAATTGATCACGGGAAAGGAACTGGATCTAAGTGTGGACCTTAACGCAGCTAGTGCT
GCAGAGGAATGATGGAGAATAATTCAAAAGCTCTCTTCCTCTCTAGTCAAAAACAACTTG
ATGTACTGGTTGTCTTTATCCCATCTTAAACGTTCTCATGTTGTCTGTTCAAACTCGAAA
TCAGATTGATCTCATCATGTTCCCGGTTATAACTGTGTCTGTTTCTTTCGTAAAGACAAA
AAGGTTGGATCTCGTGGTTTCTATTTGCAGTGGCTTATGT

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL7788Contig1 1004 2 2 U
GGACAATGGTTACAAGTCAAAAGGTTACGGCTTCTACGGGTACGGCAAGGAGAATGCCGA
GTGGCTTAACGAGCTTAACAGAGGGCCAAGAGCCAAGGGCTTCAAGATTGGTCAGCCTGA
AACCGTTAAACCGCATAATAAGGCAACTGAAGATGTGTCTCTTCTTCCGGATTCAAAGGA
GTACAACAAGGAAGATTTCTCTGATAACTACACCAACGCGAAGCTCTTTGTGATCAAGTC
TTACAGCGAAGATGATATTCACAAAAGCATCAAGTACAATGTGTGGTCCAGTACCCCCAA
TGGCAATAAGAAGCTTAACGCTGCATACAATGAAGCAGTTGGAGACAAATCCTCCTGCCC
TGTTTTTCTCATCTTCTCTGTAAACACAAGTGGGCAGTTTGTAGGTTTAGCGGAGATGGT
AGGACCAGTTGATTTCAACCAGACTGTGGAATACTGGCAGCAGGACAAGTGGGTTGGTTG
CTTCCCTGTGAAGTGGCACATCGTTAAAGATATCCCAAACAGTTCACTGAGGCATATTAC
TCTGGAGAATAATGAGAACAAGCCTGTTACTAATAGCCGAGACACACAGGAGGTAAAGAT
AGAGCAAGGAGTCAAAGTAATCAAGATTTTCAAGGAACATGAGAGCAAGACAAGCATACT
CGATGATTTTGTCTTCTATGAGAGTCGTGAGAAGATAATCAAAGAGGTGAAAAGGAAGCA
CCAGCTGTATAAAAAACAGCAACTTTGGCTGCCAGTGACAAGAAGGTGACACCAAAAGAC
GAGGCTAAGGAAACCAAAGAGACTACTAGTATGATACCAGAAGTAGTTGAAGAGATATCA
CAAAACGGCGTTGCAGAAGTTGCTAGCGCATGCTGAATGCAGCTGCAGCAAGCTGCTTAC
TTTACCTTGGGTGGTTCTTTCCTAGGAGTTTTGTTTTTTTTTTTGGGTATTTGGTTTTGA
AGATGAGAGAGATATACCAGTAAAATCCGCAAGTCCCGTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E477TF U 1
AF RR1E477JQ C 377
BS 1 706 RR1E477TF
BS 707 1004 RR1E477JQ

RD RR1E477TF 709 0 0
GGACAATGGTTACAAGTCAAAAGGTTACGGCTTCTACGGGTACGGCAAGGAGAATGCCGA
GTGGCTTAACGAGCTTAACAGAGGGCCAAGAGCCAAGGGCTTCAAGATTGGTCAGCCTGA
AACCGTTAAACCGCATAATAAGGCAACTGAAGATGTGTCTCTTCTTCCGGATTCAAAGGA
GTACAACAAGGAAGATTTCTCTGATAACTACACCAACGCGAAGCTCTTTGTGATCAAGTC
TTACAGCGAAGATGATATTCACAAAAGCATCAAGTACAATGTGTGGTCCAGTACCCCCAA
TGGCAATAAGAAGCTTAACGCTGCATACAATGAAGCAGTTGGAGACAAATCCTCCTGCCC
TGTTTTTCTCATCTTCTCTGTAAACACAAGTGGGCAGTTTGTAGGTTTAGCGGAGATGGT
AGGACCAGTTGATTTCAACCAGACTGTGGAATACTGGCAGCAGGACAAGTGGGTTGGTTG
CTTCCCTGTGAAGTGGCACATCGTTAAAGATATCCCAAACAGTTCACTGAGGCATATTAC
TCTGGAGAATAATGAGAACAAGCCTGTTACTAATAGCCGAGACACACAGGAGGTAAAGAT
AGAGCAAGGAGTCAAAGTAATCAAGATTTTCAAGGAACATGAGAGCAAGACAAGCATACT
CGATGATTTTGTCTTCTATGAGAGTCGTGAGAAGATAATCAAAGAG
TGA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1E477JQ 628 0 0
TCTGTAAACACAAGTGGGCAGTTTGTAGGTTTAGCGGAGATGGTAGGACCAGTTGATTTC
AACCAGACTGTGGAATACTGGCAGCAGGACAAGTGGGTTGGTTGCTTCCCTGTGAAGTGG
CACATCGTTAAAGATATCCCAAACAGTTCACTGAGGCATATTACTTTGGAGAATAATGAG
AACAAGCCTGTTACTAATAGCCGAGACACACAGGAGGTAAAGATAGAGCAAGGAGTCAAA
GTAATCAAGATTTTCAAGGAACATGAGAGCAAGACAAGCATACTCGATGATTTTGTTTTT
TATGAGAGTCGTGAGAAGATAATCAAAGAGGTGAAAAGGAAGCACCAGCTGTATAAAAAA
CAGCAACTTTGGCTGCCAGTGACAAGAAGGTGACACCAAAAGACGAGGCTAAGGAAACCA
AAGAGACTACTAGTATGATACCAGAAGTAGTTGAAGAGATATCACAAAACGGCGTTGCAG
AAGTTGCTAGCGCATGCTGAATGCAGCTGCAGCAAGCTGCTTACTTTACCTTGGGTGGTT
CTTTCCTAGGAGTTTTGTTTTTTTTTTTGGGTATTTGGTTTTGAAGATGAGAGAGATATA
CCAGTAAAATCCGCAAGTCCCGTTTTAT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL7789Contig1 866 2 1 U
GGATAGATCTGCAAGTTCTAACGCGACATCCCATAAAATCCTCCGTTCGATCGGATCGAG
TCGAATCGAGGATCTAGAAGGGGTTCAAAAAGATGTCGCAACAGTCGTTGATCTACAGTT
TCGTGGCACGCGGGACGGTGATCCTCGTGGAGTTCACAGATTTCAAAGGCAACTTCACAA
CCATCGCCGCACAGTGCCTCCAGAAGCTCCCCTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACT
GCGACGGTCACACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTCACCTATTGTGTTGTTGCGG
TTGAATCTGCTGGGAGGCAGACTCCGATGGCCTTTTTGGAAAGAGTTAAGGAGGATTTTA
ACAAGAGATATGGCGGGGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAACAGCTTGAATAAAGAGT
TCGGCTCTAAGCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCA
AGCTTGCTAAGGTTAAGGCACAAGACTTTAGAACAACGGGGACGCAGATGAGAAGAAAGA
TGTGGCTTCAGAACATGAAGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCGCACTGATTC
TCATAATCGTGCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGGAAAAATTCAA
GACTCTCTTGAGATCTTTCTCACTCGGTACATCGTGTACTTGCCTTTTTTCCCTTTATTG
CCCCTATCATCATCATTCTAATGTTTCTGCTTGAATTGGTTTTTGTATAGATGGACATAT
ATGTAAGCTTCACGTTTGCTTATATTACTTGTTGCACCTGATGACGTTGATCCCTAAGAG
ATCTAAACTATTAAATGATTTTGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AA75TF U 1
AF RR1AA75JQ C 141
BS 1 866 RR1AA75TF

RD RR1AA75TF 866 0 0
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TGTGGCTTCAGAACATGAAGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCGCACTGATTC
TCATAATCGTGCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGGAAAAATTCAA
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QA 1 866 1 866
DS 

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AAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAACAGCTTGAATAAAGAGTTCGGCTTTAAGCTGAAAGAG
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ATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCGCACTGATTCTCATAATCGTGCTCTCAGTT
TGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGGAAAAATTCAAGACTCTCTTGAGATCTTTCT
CACTCGGTACATCGTGTACTTGCCTTTTTTCCCTTTATTGCCCCTATCATCATCATTCTA
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TATATTACTTGTTGCACCTGATGACGTTGATCCCTAAGAGATCTAAACTATTAAATGATT
TTGTCG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

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TTG


BQ
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AF RR1BH69JQ C 1
AF RR1BH69TF U 1
BS 1 363 RR1BH69TF

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QA 1 363 1 363
DS 

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TTAAAAAAAATCTAAAAATCTAAAAACTACAAAAATTACAAAAAATGAGAACCACGCTCC
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CATGTGAAGGTGAAGGTATCGAACGGTGATTACGTGAAGTGAAAGAAGTTTTCTTTGTCT
TTTCTACTGCATCATGCACAAGTCACAACTCGTGGATATGAAGAAACACTGTTCTTTTGT
CTGGTTGTGAAACAGTTAATGTTTGGTGTTTTTCAATAACGAATCTCTATTATATCAGAG
TTG

QA 1 363 1 363
DS 



AS 1 2

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AGGAATCCATGGGAGACATGATGAAGACATCGTCTTCTGCTCTTACCGAAGTCAAGTACG
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TCCGTTCGAGGCAAGAGAACATCGCTGGTGTGAAGCTTCCGAAGTTTGATCACTTCTCTG
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GCCGTGTCGCTTATGTGAAAGCTATTGAGGTTCTCGTTGAGCTTGCTTCTCTCCAGACTT
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ATGCAGACATTATTTTTTGAAGTGTGAGGCTCTCTCTCTATTTATCTTTTGTTATTATTA
CTCTCTTCATAAGACTTTTATGTTTCTACAAATAAAATGGATTTGATGTAGATGAAATAC
TGTATCATCTTGAATTGTGCTTTGCTATAATTTTCCTCTTGAGAGATTTGTGATTGTTAC
TCTTCTGCGTTATGATAATGTAAAACGTTACCTTGCTTATAGACCAAGTATTGATTCTTG
TGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1CU91TF U 1
AF RR1CU91JQ C 334
BS 1 682 RR1CU91TF
BS 683 683 RR1CU91JQ
BS 684 700 RR1CU91TF
BS 701 1083 RR1CU91JQ

RD RR1CU91TF 706 0 0
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GAGGCCCAGTTAACATGGCTGGCCAAAACGCGCGTTTGAATGTGGTTCCCACTGTTACTA
TGCTCGGAGTTATGAAAGCCCGTCTTGTTGGAGCGACAAGAGGCCATGCTCTCCTCAAGA
AGAAGAACGATGCTTTAACTGTTCAGTTCAGGGCTCTTCTCAAGAAAATCGTCACGGCTA
AGGAATCCATGGGAGACATGATGAAGACATCGTCTTCTGCTCTTACCGAAGTCAAGTACG
TTGCTGGTGAGAATGTCAAACACGTTGTCCTCGAGAACGTCAAAGAAGCTACGCTCAAGG
TCCGTTCGAGGCAAGAGAACATCGCTGGTGTGAAGCTTCCGAAGTTTGATCACTTCTCTG
AAGGCGAGACCAAGAATGACTTAACCGGTTTAGCTAGAGGTGGTCAACAGGTCCAAGCTT
GCCGTGTCGCTTATGTGAAAGCTATTGAGGTTCTCGTTGAGCTTGCTTCTCTCCAGACTT
CGTTCTTGACGCTTGATGAAGCAATCAAGACGACTAACCGCAGGGTCAACGCTCTGGATA
ATGTGGTGAAACCGAAGATTGAGAATACGATCAGTTACATCAAGGGAGAGCTTGACGAGC
TTGAGAGGGAAGATTTCTTCAG*CTTAAGAAGATTCAGGG
TACAGA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR1CU91JQ 750 0 0
AGAACGTCAAAGAAGCTACGCTCAAGGTCCGTTCGAGGCAAGAGAACATCGCTGGTGTGA
AGCTTCCGAAGTTTGATCACTTCTCTGAAGGCGAGACCAAGAATGACTTAACCGGTTTAG
CTAGAGGTGGTCAACAGGTCCAAGCTTGCCGTGTCGCTTATGTGAAAGCTATTGAGGTTC
TCGTTGAGCTTGCTTCTCTCCAGACTTCGTTCTTGACGCTTGATGAAGCAATCAAGACGA
CTAACCGCAGGGTCAACGCTCTGGATAATGTGGTGAAACCGAAGATTGAGAATACGATCA
GTTACATCAAGGGAGAGCTTGACGAGCTTGAGAGGGAAGATTTCTTCAGGCTTAAGAAGA
TTCAGGGGTACAAGAGGAGGGAAGTCGAGAGACAAGCTGCTAATGCTAAGGCGTTTGCTG
AGGAGATGGTTCTTGAAGGGATCTCTATGCAGAGAGGGATTTCTATAAACGCTGCTCGTA
ACTTGCTTGAAGGTGGGGCAGAGAAGGATGCAGACATTATTTTTTGAAGTGTGAGGCTCT
CTCTCTATTTATCTTTTGTTATTATTACTCTCTTCATAAGACTTTTATGTTTCTACAAAT
AAAATGGATTTGATGTAGATGAAATACTGTATCATCTTGAATTGTGCTTTGCTATAATTT
TCCTCTTGAGAGATTTGTGATTGTTACTCTTCTGCGTTATGATAATGTAAAACGTTACCT
TGCTTATAGACCAAGTATTGATTCTTGTGC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL7792Contig1 433 2 1 U
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GTCTTCCTCGCATTTCCGCAAGCAATCATGGTTCTCCAAAATGACGATGTACTACGAGGT
AGATGACGTTGACGGAGAGAGGTGTGTTGATAGAGACGGAGAGTTAACGGCCGTTAACTA
CGGAGGTGGTTTGGGTAGTTGCGGAGAGTGGTGGGAGAGATGGGAAAGAGTGTTGAAGAT
GAGAACTGGTGATGACGATTGGTACCGTTACGTAGACTTGACGGTGATAAACGGGAGTGT
CGTAAGGTTATGGGATGACAAACGGAATTCGTAAGCGAGCCATGTGTCTAAACTAGAGGA
TATTCCTAGTTTGGAAGAATTATATCCCTCGAACCTCATCTACTATATTAATTTAGAGTC
CTAAAATTTATCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BJ21JQ C 1
AF RR1BJ21TF U 1
BS 1 433 RR1BJ21TF

RD RR1BJ21JQ 433 0 0
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GTCTTCCTCGCATTTCCGCAAGCAATCATGGTTCTCCAAAATGACGATGTACTACGAGGT
AGATGACGTTGACGGAGAGAGGTGTGTTGATAGAGACGGAGAGTTAACGGCCGTTAACTA
CGGAGGTGGTTTGGGTAGTTGCGGAGAGTGGTGGGAGAGATGGGAAAGAGTGTTGAAGAT
GAGAACTGGTGATGACGATTGGTACCGTTACGTAGACTTGACGGTGATAAACGGGAGTGT
CGTAAGGTTATGGGATGACAAACGGAATTCGTAAGCGAGCCATGTGTCTAAACTAGAGGA
TATTCCTAGTTTGGAAGAATTATATCCCTCGAACCTCATCTACTATATTAATTTAGAGTC
CTAAAATTTATCT

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR1BJ21TF 433 0 0
GGGCAGCCGCATCGTAGAGTGAAACAAGCTGCATCCTCCATTTAGGGTTTTCACCAAGTC
GTCTTCCTCGCATTTCCGCAAGCAATCATGGTTCTCCAAAATGACGATGTACTACGAGGT
AGATGACGTTGACGGAGAGAGGTGTGTTGATAGAGACGGAGAGTTAACGGCCGTTAACTA
CGGAGGTGGTTTGGGTAGTTGCGGAGAGTGGTGGGAGAGATGGGAAAGAGTGTTGAAGAT
GAGAACTGGTGATGACGATTGGTACCGTTACGTAGACTTGACGGTGATAAACGGGAGTGT
CGTAAGGTTATGGGATGACAAACGGAATTCGTAAGCGAGCCATGTGTCTAAACTAGAGGA
TATTCCTAGTTTGGAAGAATTATATCCCTCGAACCTCATCTACTATATTAATTTAGAGTC
CTAAAATTTATCT

QA 1 433 1 433
DS 



AS 1 2

CO CL7793Contig1 803 2 9 U
GGCTGCTGTTAGTAAACGTGAAAGGAGAAGCGAGCAGAGGATTGTCGATGAGCCAGGAAC
TTCGATATTTGTGTCAAATCTGCCAATGGATGCAATGCCGCCTCAAGTCCATGAACTGTT
CAAGGAGTTTGGTCCTATCAAAGAACATGGTGTTCAAGTCAGAAGCTCCAATGCTCGTGG
AACTTGCTTCGGTTTTGTTGCCTTTGAATCTGTTACCTCCGTCCAGAGCGTGCTTGAGGC
TGCCAAGAACAATCCCTTCAAGCTTGGAGACCGTAAGCTTCGTGTAAAGGAGAAGCAAGT
TGAGTATGATGGAAGCAAACCGTCTGGTGGGAGAAAGACTGAGAATGGCTCTGCAGATGG
AAGCAAGCCTTCTGGTGTGAAAAGCGGTGGAGGAGGAAGCAAGAGTGAGAATGGCTCTGC
CTCTGCAGTAGATGGAAGCAAGACAGAGAATGGGTCTGCTGCAGATGCGGAAGATGACTT
CAAGCCTATTAGAAGCCGTAGGAACAGAAGCGAGAAAAAGGGAAACGTTAACGAGAAAAA
CAATGTGCAAACAACACCAAAACCAAAGGCTTGATTGATGCTCTCCCCTCTGCCAGTTCC
AACAACAACAACACCAAAAAGAGTCGACTTGAGATTATTTTTCTATATTACAGATTCATC
ATCTCTTTACTTCTTTAGGTCTTTTCTTGCATCTTATTGGGAGCCAACATGATTTTTTTT
CTGTTTTGTTTTCGTATTTTTTTCAACAGACAACTTCTACCGTTTTTGTTTTTTCTTCTA
TTCGAAATTTATTTTTCATCCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AQ07JQ C 1
AF RR1BO05TF U 38
BS 1 38 RR1AQ07JQ
BS 39 54 RR1BO05TF
BS 55 55 RR1AQ07JQ
BS 56 122 RR1BO05TF
BS 123 123 RR1AQ07JQ
BS 124 742 RR1BO05TF
BS 743 743 RR1AQ07JQ
BS 744 781 RR1BO05TF
BS 782 803 RR1AQ07JQ

RD RR1AQ07JQ 803 0 0
GGCTGCTGTTAGTAAACGTGAAAGGAGAAGCGAGCAGAGGATTGTCGATGAGCCAGGAAC
TTCGATATTTGTGTCAAATCTGCCAATGGATGCAATGCCGCCTCAAGTCCATGAACTGTT
CAAGGAGTTTGGTCCTATCAAAGAACATGGTGTTCAAGTCAGAAGCTCCAATGCTCGTGG
AACTTGCTTCGGTTTTGTTGCCTTTGAATCTGTTACCTCTGTCCAGAGCGTGCTTGAGGC
TGCCAAGAACAATCCCTTCAAGCTTGGAGACCGTAAGCTTCGTGTAAAGGAGAAGCAAGT
TGAGTATGATGGAAGCAAACCGTCTGGTGGGAGAAAGACTGAGAATGGCTCTGCAGATGG
AAGCAAGCCTTCTGGTGTGAAAAGCGGTGGAGGAGGAAGCAAGAGTGAGAATGGCTCTGC
CTCTGCAGTAGATGGAAGCAAGACAGAGAATGGGTCTGCTGCAGATGCGGAAGATGACTT
CAAGCCTATTAGAAGCCGTAGGAACAGAAGCGAGAAAAAGGGAAGCGTTAACGAGAAAAA
CAATGTGCAAACAACACCAAAACCAAAGGCTTGATTGATGCTCTCCCCTCTGCCAGTTCC
AACAACAACAACACCAAAAAGAGTCGACTTGAGATTATTTTTCTATATTACAGATTCATC
ATCTCTTTACTTCTTTAGGTCTTTTCTTGCATCTTATTGGGAGCCAACATGATTTTTTTT
CTGTTTTGTTTTCGTATTTTTTTCAACAGACAACTTCTACCGTTTTTGTTTTTTCTTCTA
TTCGAAATTTATTTTTCATCCGC

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1BO05TF 744 0 0
G
GGATTGTCGATGAGCCGGGAACTTCGATATTTGTGTCAAATCTGCCAATGGATGCAATGC
CGCCTCAAGTCCATGAACTGTTCACGGAGTTTGGTCCTATCAAAGAACATGGTGTTCAAG
TCAGAAGCTCCAATGCTCGTGGAACTTGCTTCGGTTTTGTTGCCTTTGAATCTGTTACCT
CCGTCCAGAGCGTGCTTGAGGCTGCCAAGAACAATCCCTTCAAGCTTGGAGACCGTAAGC
TTCGTGTAAAGGAGAAGCAAGTTGAGTATGATGGAAGCAAACCGTCTGGTGGGAGAAAGA
CTGAGAATGGCTCTGCAGATGGAAGCAAGCCTTCTGGTGTGAAAAGCGGTGGAGGAGGAA
GCAAGAGTGAGAATGGCTCTGCCTCTGCAGTAGATGGAAGCAAGACAGAGAATGGGTCTG
CTGCAGATGCGGAAGATGACTTCAAGCCTATTAGAAGCCGTAGGAACAGAAGCGAGAAAA
AGGGAAACGTTAACGAGAAAAACAATGTGCAAACAACACCAAAACCAAAGGCTTGATTGA
TGCTCTCCCCTCTGCCAGTTCCAACAACAACAACACCAAAAAGAGTCGACTTGAGATTAT
TTTTCTATATTACAGATTCATCATCTCTTTACTTCTTTAGGTCTTTTCTTGCATCTTATT
GGGAGCCAACATGATTTTTTTTCTGTTTTGTTTTCGTATTTTTT*CAACAGACAACTTCT
ACCGTTTTTGTTTTTTCTTCTAT

QA 2 744 2 744
DS 



AS 1 2

CO CL7794Contig1 724 2 1 U
TTTTTGAGGGTTGATGAAGTATCTGTTTCTAGCATCAGGGCAAGTTTTAACCCCGGGAGC
TTAAGAATGGAGCTGTTCCATGACGACGACCCTCTGCAACTCTGTGTGGACAGCTTGAAA
ATCCGCTTTGGAATAAGCCGTAAGTTTTTGAATCATGAAGGCCGACCGAGGTTGAATATT
GTTGTCGACTTGCCTCCTGATTTATGCAAGATCTTGGATGAAGCCAATGATGTTGCACAT
AAGTTATCTATTGAGTCAGGCACAGCCTCAGAGTGGAGGCTCACCGTTATGAGGAAAAAA
GGCTTTACCAACTATCCCACAGCAAGATTGCAAATAAGCTCAGAATCAAATGGAGATGGA
ACCGAGGTGTACCAGAAAGAAGAACCTTTGGAAACCATTCAAAAGCTCGATTTCAGTAGC
GACGAGTTTGAAGAGCTCGAGTCAGCGTTACTTCCTGGTACACTGGTTGATGCATACTTC
TCACTGGAGCCTTATGATTATCAGAAAAGAGCAGGGATACGTCTAGCAGCCAAAAAGTTG
GTTATCCACATGAAGAAATGATCCACAAAAATCATTCCTCTGCCTCTTCCTAGTCAGTAA
GCTATCTCTGTTATTTGGTTAGTGATCAGTTGCTAATTAGTTATCTAAAATGATTTGTCT
TGTACCGATCAATGACTAGTAGTAGTGTAACATTCATTCTGATTCTACAATCAAATCATG
GATC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 

AF RR1EX32TF U 1
AF RR1EX32JQ C 4
BS 1 724 RR1EX32TF

RD RR1EX32TF 724 0 0
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TTAAGAATGGAGCTGTTCCATGACGACGACCCTCTGCAACTCTGTGTGGACAGCTTGAAA
ATCCGCTTTGGAATAAGCCGTAAGTTTTTGAATCATGAAGGCCGACCGAGGTTGAATATT
GTTGTCGACTTGCCTCCTGATTTATGCAAGATCTTGGATGAAGCCAATGATGTTGCACAT
AAGTTATCTATTGAGTCAGGCACAGCCTCAGAGTGGAGGCTCACCGTTATGAGGAAAAAA
GGCTTTACCAACTATCCCACAGCAAGATTGCAAATAAGCTCAGAATCAAATGGAGATGGA
ACCGAGGTGTACCAGAAAGAAGAACCTTTGGAAACCATTCAAAAGCTCGATTTCAGTAGC
GACGAGTTTGAAGAGCTCGAGTCAGCGTTACTTCCTGGTACACTGGTTGATGCATACTTC
TCACTGGAGCCTTATGATTATCAGAAAAGAGCAGGGATACGTCTAGCAGCCAAAAAGTTG
GTTATCCACATGAAGAAATGATCCACAAAAATCATTCCTCTGCCTCTTCCTAGTCAGTAA
GCTATCTCTGTTATTTGGTTAGTGATCAGTTGCTAATTAGTTATCTAAAATGATTTGTCT
TGTACCGATCAATGACTAGTAGTAGTGTAACATTCATTCTGATTCTACAATCAAATCATG
GATC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1EX32JQ 721 0 0
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AGAATGGAGCTGTTCCATGACGACGACCCTCTGCAACTCTGTGTGGACAGCTTGAAAATC
CGCTTTGGAATAAGCCGTAAGTTTTTGAATCATGAAGGCCGACCGAGGTTGAATATTGTT
GTCGACTTGCCTCCTGATTTATGCAAGATCTTGGATGAAGCCAATGATGTTGCACATAAG
TTATCTATTGAGTCAGGCACAGCCTCAGAGTGGAGGCTCACCGTTATGAGGAAAAAAGGC
TTTACCAACTATCCCACAGCAAGATTGCAAATAAGCTCAGAATCAAATGGAGATGGAACC
GAGGTGTACCAGAAAGAAGAACCTTTGGAAACCATTCAAAAGCTCGATTTCAGTAGCGAC
GAGTTTGAAGAGCTCGAGTCAGCGTTACTTCCTGGTACACTGGTTGATGCATACTTCTCA
CTGGAGCCTTATGATTATCAGAAAAGAGCAGGGATACGTCTAGCAGCCAAAAAGTTGGTT
ATCCACATGAAGAAATGATCCACAAAAATCATTCCTCTGCCTCTTCCTAGTCAGTAAGCT
ATCTCTGTTATTTGGTTAGTGATCAGTTGCTAATTAGTTATCTAAAATGATTTGTCTTGT
ACCGATCAATGACTAGTAGTAGTGTAACATTCATTCTGATTCTACAATCAAATCATGGAT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL7795Contig1 800 2 4 U
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CGTCCCGGTTCGCGTTAGCAACACCTCTGGTAGTTCCGCTGGTTCTGGATCCGGTGATTT
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TGCAGAGGAAAAAACATCAAAGAAGCGTTTGAAACGTCAGAAGAAGAAGCAGAGAAAGCA
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TAACATATCGAGGTTCAAAGAGAAGTGTCCATAATCTTTTGTTGTGACATGTTACTATGT
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TCTTAAGAAGAGAATCATAGCAGGTCTTGCCTGGTTTGTGGTATGTGCACAGCAAATGAA
GTGATGGATCTTTTAAGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CJ69TF U 1
AF RR1CJ69JQ C 8
BS 1 719 RR1CJ69TF
BS 720 720 RR1CJ69JQ
BS 721 739 RR1CJ69TF
BS 740 800 RR1CJ69JQ

RD RR1CJ69TF 739 0 0
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GACCGGGAAACCTAAGCAAGGCGACACGAGATTGGTGGTGGCTGCCACGACGGCGTCGGC
ATTAATGGAGGCAAAGAAAGCTGATAACGGAGGATCGACATCTATCGTGGAGTATAAACC
TCCGGTGATGCTGGAAGACGAAGAAGATCTAGAGATAAAGCTTAGAAGAATCTTGGAGAA
CGTCCCGGTTCGCGTTAGCAACACCTCTGGTAGTTCCGCTGGTTCTGGATCCGGTGATTT
CCACCAGTACCGGCAAATGAGGCGAAGAGAGCAAGACCGACTGACAAGGATGGATATTGA
CTACAACAAGCGTTTGAAAATGGCGGAATTTACTATAAGAAGAGAAGAGAAACTGAAAGC
TGCAGAGGAAAAAACATCAAAGAAGCGTTTGAAACGTCAGAAGAAGAAGCAGAGAAAGCA
AGAGAAGAAGAGAAAACCGAACACTGAAGAACAAGGAGAGCAACCTAGAAAAGAAGTATC
ATCTGATGACGAAGCAGATGAAGAAGAGTCTGTTGTAGAAGCTCGTCCACGTCCGATATT
TAACATATCGAGGTTCAAAGAGAAGTGTCCATAATCTTTTGTTGTGACATGTTACTATGT
ATCCCAAAACTGTCGTTGCCAGATGCGTTTCTTTCTTTTCCTTTCATTGCATTGGATGA*
TCTTAAGAAGAGAATCATA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1CJ69JQ 793 0 0
GATATCCCCAATTGTGATCGAATTAGGGTTTTCGGGAGCAAAAAA*CAATGTCGACCGGG
AAACCTAAGCAAGGCGACACGAGATTGGTGGTGGCTGCCACGACGGCGTCGGCATTAATG
GAGGCAAAGAAAGCTGATAACGGAGGATCGACATCTATCGTGGAGTATAAACCTCCGGTG
ATGCTGGAAGACGAAGAAGATCTAGAGATAAAGCTTAGAAGAATCTTGGAGAACGTCCCG
GTTCGCGTTAGCAACACCTCTGGTAGTTCCGCTGGTTCTGGATCCGGTGATTTCCACCAG
TACCGGCAAATGAGGCGAAGAGAGCAAGACCGACTGACAAGGATGGATATTGACTACAAC
AAGCGTTTGAAAATGGCGGAATTTACTATAAGAAGAGAAGAGAAACTGAAAGCTGCAGAG
GAAAAAACATCAAAGAAGCGTTTGAAACGTCAGAAGAAGAAGCAGAGAAAGCAAGAGAAG
AAGAGAAAACCGAACACTGAAGAACAAGGAGAGCAACCTAGAAAAGAAGTATCATCTGAT
GACGAAGCAGATGAAGAAGAGTCTGTTGTAGAAGCTCGTCCACGTCCGATATTTAACATA
TCGAGGTTCAAAGAGAAGTGTCCATAATCTTTTGTTGTGACATGTTACTATGTATCCCAA
AACTGTCGTTGCCAGATGCGTTTCTTTCTTTTCCTTTCATTGCATTGGATGAATCTTAAG
AAGAGAATCATAGCAGGTCTTGCCTGGTTTGTGGTATGTGCACAGCAAATGAAGTGATGG
ATCTTTTAAGAGT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL7796Contig1 825 2 6 U
GGATACGAAGTTGTCACCCACTTCATCATTTCTCAATCGAGGATCGATCCGGAGACTCTT
CTCTCACCCCCGGCCGTCATCATCTTCCTTTTAATTCACAACCGTTTGTCGGCGCGACAA
GAGATGCTTGCTTGACGACGACCGTTCTCGCCTCCATCTTTACCCTTTTCTTTTGTGCTC
AACAAGTAAAGAGAAGAATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGA
GGTTGCAGCAAGACCCTCCTGCTGGTATTAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAATATCATGC
TCTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGACACCCCATGGGATGGATGTACTTTCAAAC
TCTCACTCCAGTTTTCCGAAGATTATCCAAACAAACCACCTACTGTTCGGTTTGTTTCAC
GGATGTTCCATCCAAACATTTATGCTGATGGGAGTATATGCTTAGACATCCTCCAAAACC
AGTGGAGTCCTATATATGATGTCGCTGCTATACTTACCTCCATTCAGTCATTGCTCTGTG
ATCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAATTCCGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAAC
GCGAGTACAACAGAAGAGTTCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTATTTAT
TATAATATGCTCTGGAACATCCTCGCTTTTGTGTTTGCTTCCACTAGCTCTTTCTCTTTC
CTGTCTTCCGTTTGTTTTTCAAACTCTGTGATTGTTGCTTTTAATGTTCTTGTATTTCCA
TGTATTATCTCAAGCACTTTCATCTTTATCTATTTCAGTTTGACC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C620TF U 1
AF RR1C620JQ C 2
BS 1 738 RR1C620TF
BS 739 741 RR1C620JQ
BS 742 785 RR1C620TF
BS 786 786 RR1C620JQ
BS 787 804 RR1C620TF
BS 805 825 RR1C620JQ

RD RR1C620TF 804 0 0
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CTCTCACCCCCGGCCGTCATCATCTTCCTTTTAATTCACAACCGTTTGTCGGCGCGACAA
GAGATGCTTGCTTGACGACGACCGTTCTCGCCTCCATCTTTACCCTTTTCTTTTGTGCTC
AACAAGTAAAGAGAAGAATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGA
GGTTGCAGCAAGACCCTCCTGCTGGTATTAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAATATCATGC
TCTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGACACCCCATGGGATGGATGTACTTTCAAAC
TCTCACTCCAGTTTTCCGAAGATTATCCAAACAAACCACCTACTGTTCGGTTTGTTTCAC
GGATGTTCCATCCAAACATTTATGCTGATGGGAGTATATGCTTAGACATCCTCCAAAACC
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ATCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAATTCCGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAAC
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TATAATATGCTCTGGAACATCCTCGCTTTTGTGTTTGCTTCCACTAGCTCTTTCTCTTTC
CTGTCTTCCGTTTGTTTT**CAACTCTGTGATTGTTGCTTTTAATGTTCTTGTATTTCCA
TGTAT*ATCTCAAGCACTTTCATC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR1C620JQ 824 0 0
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TCTCACCCCCGGCCGTCATCATCTTCCTTTTAATTCACAACCGTTTGTCGGCGCGACAAG
AGATGCTTGCTTGACGACGACCGTTCTCGCCTCCATCTTTACCCTTTTCTTTTGTGCTCA
ACAAGTAAAGAGAAGAATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGAG
GTTGCAGCAAGACCCTCCTGCTGGTATTAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAATATCATGCT
CTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGACACCCCATGGGATGGATGTACTTTCAAACT
CTCACTCCAGTTTTCCGAAGATTATCCAAACAAACCACCTACTGTTCGGTTTGTTTCACG
GATGTTCCATCCAAACATTTATGCTGATGGGAGTATATGCTTAGACATCCTCCAAAACCA
GTGGAGTCCTATATATGATGTCGCTGCTATACTTACCTCCATTCAGTCATTGCTCTGTGA
TCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAATTCCGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAACG
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ATAATATGCTCTGGAACATCCTCGCTTTTGTGTTTGCTTCCACTAGCTCTTTCTCTTTCC
TGTCTTCCGTTTGTTTTTCAAACTCTGTGATTGTTGCTTTTAATGTTCTTGTATTTCCAT
GTATTATCTCAAGCACTTTCATCTTTATCTATTTCAGTTTGACC

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL7797Contig1 735 2 2 U
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CAATACATGAAGTGTGTGTATGTATGTATCATTGTCTCTTATTATATGATGAACAAAAAA
GAGATAAAAGAAGAGACGTATCAAGGTTCTAACATGCTTACCCAATATGGCAATATCCAC
CAACATCATCATCATCATCATGAAAAGGAGGCGCATAGATATATATATTACCAGACATCA
GGACGAAGCCCTCCGGTAGCTGGTGGCATCCAGCGACCAGAGTTATAGACGTTTTCGCCA
ACTTTCCAACCAGGAACATCTTTCATCACATCAGCCTCGTAATCTAGATACTTCTTCCAC
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CCCCAAGCAAAGGCACCAGAAACAGCAAGGAAAATAGCCATGGCGCTTGGACCCGTGTTG
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AGAAAGAAATGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BN02TF C 1
AF RR1BN02JQ U 8
BS 1 7 RR1BN02TF
BS 8 735 RR1BN02JQ

RD RR1BN02TF 735 0 0
TTTTTTTGTAGAAATTCATTTT*GCCATTGACAAAGAGACATAAACAAGCATATGTTCCT
CAATACATGAAGTGTGTGTATGTATGTATCATTGTCTCTTATTATATGATGAACAAAAAA
GAGATAAAAGAAGAGACGTATCAAGGTTCTAACATGCTTACCCAATATGGCAATATCCAC
CAACATCATCATCATCATCATGAAAAGGAGGCGCATAGATATATATATTACCAGACATCA
GGACGAAGCCCTCCGGTAGCTGGTGGCATCCAGCGACCAGAGTTATAGACGTTTTCGCCA
ACTTTCCAACCAGGAACATCTTTCATCACATCAGCCTCGTAATCTAGATACTTCTTCCAC
TCAGATACAAACCTTTCATCTTCTTCTGCTTGAAGAATGGGAAGAATTGCTCTACGTGCA
GCGTATTTCTCTTCCTTCAACGCCCTGCGGATTTTGTTGCCCTGACCGACTTGGTACATA
CCCCAAGCAAAGGCACCAGAAACAGCAAGGAAAATAGCCATGGCGCTTGGACCCGTGTTG
GAGATCCGACGAGCATACCGAACCGGCGGGAACCCACCCGGCGGTGGACCATCCTGAAGC
AAAGGCATATCCTTCACACTCGCCATTCCTGCCTTCTTCCTTATCATCGCCTCCGTCATC
TTCTTCAACCCCCTGAGATTGATTGATTACTCTATCTGATGGATTCCGAACAAGACAATC
AGAAAGAAATGTGTC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1BN02JQ 728 0 0
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TGAAGTGTGTGTATGTATGTATCATTGTCTCTTATTATATGATGAACAAAAAAGAGATAA
AAGAAGAGACGTATCAAGGTTCTAACATGCTTACCCAATATGGCAATATCCACCAACATC
ATCATCATCATCATGAAAAGGAGGCGCATAGATATATATATTACCAGACATCAGGACGAA
GCCCTCCGGTAGCTGGTGGCATCCAGCGACCAGAGTTATAGACGTTTTCGCCAACTTTCC
AACCAGGAACATCTTTCATCACATCAGCCTCGTAATCTAGATACTTCTTCCACTCAGATA
CAAACCTTTCATCTTCTTCTGCTTGAAGAATGGGAAGAATTGCTCTACGTGCAGCGTATT
TCTCTTCCTTCAACGCCCTGCGGATTTTGTTGCCCTGACCGACTTGGTACATACCCCAAG
CAAAGGCACCAGAAACAGCAAGGAAAATAGCCATGGCGCTTGGACCCGTGTTGGAGATCC
GACGAGCATACCGAACCGGCGGGAACCCACCCGGCGGTGGACCATCCTGAAGCAAAGGCA
TATCCTTCACACTCGCCATTCCTGCCTTCTTCCTTATCATCGCCTCCGTCATCTTCTTCA
ACCCCCTGAGATTGATTGATTACTCTATCTGATGGATTCCGAACAAGACAATCAGAAAGA
AATGTGTC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL7798Contig1 846 2 12 U
GGGGAGATAGATAAAGATGTCGTCGAGTGTGGTGGAGGAGGAGGAGGAGATGCAATGTGG
GTCTACGTTGTTCGAGGAAGAGGAGCTACAAGAGATGAGTGGGGTCAACGTTGGTGGCGG
TTACGTTGAGGTCATGTGTGGTTGTACTAGCCACCGTTACGGCGATGCCGTTGCTAGGCT
TAGGGTTTTCCCCAACGGCGATCTCGAAATCACCTGTGAATGCACGCCTGGCTGTGACGA
AGACAAGTTAACACCAGCTGCATTCGAGAAGCATTCTGGCAGAGAAACGGCTAGGAAGTG
GAAGAACAATGTGTGGGTTATCATTGGAGGAGAAAAAGTTCCATTGTCAAAGACAGTATT
GCTCAAATACTACAACGAATCATCAAAGAAGTTGAATAGATCAAACAAATCACAAGGCAC
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GAAATGCTCAGACTTTCCATACGGCAAGATAGCATGTGAGGCAGAGGAAGAGAGAGGAAG
CAGGAAAGTGTATAAAGGCTGCACACGTTCACCGACTTGCAAAGGCTGCACTTCTTGCGT
CTGCTTTGGCTGCGAGTTATGCCGTTTCTCTGATTGTTCTTGCCAGACCTGCGTCGATTT
CACCAGCAACGTCGAAGCTTAGAAGAAAACCAAACATTTTACTAATGAAAAATGTCTTTT
AGAGAGACTACTTGGTGGTTGCATTTAATATTTTATTATTCTAAAAATTCTGAAACTGTT
ATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP52TF U 1
AF RR1BP52JQ C 66
BS 1 719 RR1BP52TF
BS 720 720 RR1BP52JQ
BS 721 743 RR1BP52TF
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BS 781 821 RR1BP52TF
BS 822 846 RR1BP52JQ

RD RR1BP52TF 821 0 0
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TTACGTTGAGGTCATGTGTGGTTGTACTAGCCACCGTTACGGCGATGCCGTTGCTAGGCT
TAGGGTTTTCCCCAACGGCGATCTCGAAATCACCTGTGAATGCACGCCTGGCTGTGACGA
AGACAAGTTAACACCAGCTGCATTCGAGAAGCATTCTGGCAGAGAAACGGCTAGGAAGTG
GAAGAACAATGTGTGGGTTATCATTGGAGGAGAAAAAGTTCCATTGTCAAAGACAGTATT
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CAGGTTGAGGAGCAGAGACGAATGCCGCTTGCACCACAACGCAGTGGCTGATCCAAACTG
GAAATGCTCAGACTTTCCATACGGCAAGATAGCATGTGAGGCAGAGGAAGAGAGAGGAAG
CAGGAAAGTGTATAAAGGCTGCACACGTTCACCGACTTGCAAAGGCTGCACTTCTTGCGT
CTGCTTTGGCTGCGAGTTATGCCGTTTCTCTGATTGTTCTTGCCAGACCTGCGTCGATT*
CACCAGCAACGTCGAAGCTTAGA**GAAACCAAACATTT*ACTAATGAAAA*TGTCTTT*
AGAGAGACTACTTGGTGGTTGCATTTAATATTTTATTATTC

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1BP52JQ 781 0 0
TACGTG
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TCATGTGTGGTTGTACTAGCCACCGTTACGGCGATGCCGTTGCTAGGCTTAGGGTTTTCC
CCAACGGCGATCTCGAAATCACCTGTGAATGCACGCCTGGCTGTGACGAAGACAAGTTAA
CACCAGCTGCATTCGAGAAGCATTCTGGCAGAGAAACGGCTAGGAAGTGGAAGAACAATG
TGTGGGTTATCATTGGAGGAGAAAAAGTTCCATTGTCAAAGACAGTATTGCTCAAATACT
ACAACGAATCATCAAAGAAGTTGAATAGATCAAACAAATCACAAGGCACGAAAGTATTCC
ACAGAGATGCGTTTGTTGGGTGCATCTAATGTGGCAAAGAGAGGAGGTTCAGGTTGAGGA
GCAGAGACGAATGCCGCTTGCACCACAACGCAGTGGCTGATCCAAACTGGAAATGCTCAG
ACTTTCCATACGGCAAGATAGCATGTGAGGCAGAGGAAGAGAGAGGAAGCAGGAAAGTGT
ATAAAGGCTGCACACGTTCACCGACTTGCAAAGGCTGCACTTCTTGCGTCTGCTTTGGCT
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TCGAAGCTTAGAAGAAAACCAAACATTTTACTAATGAAAAATGTCTTTTAGAGAGACTAC
TTGGTGGTTGCATTTAATATTTTATTATTCTAAAAATTCTGAAACTGTTATATCC

QA 7 781 7 781
DS 



AS 1 2

CO CL7799Contig1 815 2 3 U
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CCAATGTTGATCTCCACGGCAATATCTGTTTGGACATTCTTCAGGATAAATGGTCATCTG
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TTTGCCTTTGATTATCACATAACATGATTTTCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C404TF U 1
AF RR1C404JQ C 88
BS 1 792 RR1C404TF
BS 793 793 RR1C404JQ
BS 794 815 RR1C404TF

RD RR1C404TF 815 0 0
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GAGGTGACCCGGGAATATCTGCTTTCCCGGAGGAAGACAACATCTTCTGTTGGAAAGGGA
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TCTCCAATGACTATCCTTTCAAACCTCCCAAGATCAAGTTCCAGACTACTTGCTTCCACC
CCAATGTTGATCTCCACGGCAATATCTGTTTGGACATTCTTCAGGATAAATGGTCATCTG
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ATAAATCTCGCTTGCCGTTGATCATATATCACATTATATGTTTTTCCCGAAGAAAGAATA
TGTCTTATTCATTTGCTTTCTTTGTTTATGATCTCATCATCAACACTTTTATCTGTAACC
TTTGCCTTTGAT*ATCACATAACATGATTTTCCAT

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1C404JQ 728 0 0
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GGCTGCAATCTGAACTCATGGGCTTGATGATGGGAGGTGACCCGGGAATATCTGCTTTCC
CGGAGGAAGACAACATCTTCTGTTGGAAAGGGACGATAACAGGAAGCAAAGACACTGTGT
TTGAAGGAACTGAGTATAGACTCTCCCTCTCTTTCTCCAATGACTATCCTTTCAAACCTC
CCAAGATCAAGTTCCAGACTACTTGCTTCCACCCCAATGTTGATCTCCACGGCAATATCT
GTTTGGACATTCTTCAGGATAAATGGTCATCTGCATATGATGTGAGGACAATACTACTAT
CGATTCAGAGCCTTCTGGGAGAACCGAACATCAGCTCACCATTGAACACTCAAGCAGCTC
AGCTCTGGAGCAACCAAGAAGAGTATAGGAAGATGGTTGAGAAGCTCTACAAGCCTCCCA
GTGCATGATTTCTTCTTCAACCTGCTCTGTTTAATAAATCTCGCTTGCCGTTGATCATAT
ATCACATTATATGTTTTTCCCGAAGAAAGAATATGTCTTATTCATTTGCTTTCTTTGTTT
ATGATCTCATCATCAACACTTTTATCTGTAACCTTTGCCTTTGATTATCACATAACATGA
TTTTCCAT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL7800Contig1 571 2 2 U
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CTGATGAGAAACCTATCTGTAAATCTGACAAGTCCAGAGTTTTCTGAACAAAGGAAGTTG
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TAAGAGAGCAAGAAATTCTCATTCATTGGATGAGCAAATGAATGCCACTTAAGTTCTGGT
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GAGTGATAGAGAGGGTTTTGCAGAGGTATAATATATATGTATATATGTATAGATATGTGT
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GAAATGAGAATAATAAGAAGAAAAACTTTGAGTCACTTATTTGTTACCTTGGACACGCGT
AGCCATCATTATTTGAGCAACGGGTTTCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B567JQ C 1
AF RR1B567TF U 11
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DS 

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QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

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TCCCAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1BU94JQ C 1
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TCCCAGG

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DS 

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TCCCAG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

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AATA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 

AF RR1E143JQ C 1
AF RR1E143TF U 1
BS 1 604 RR1E143TF

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AATA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1E143TF 604 0 0
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GTGTTTACAAATTTCAATAAAGAACATCGTATGCAGGATGTGTATCAATATTTGAAAAAT
AATA

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL7803Contig1 734 2 2 U
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TAAGTCCCTTAACC


BQ
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AF RR1B660TF C 1
AF RR1B660JQ U 13
BS 1 12 RR1B660TF
BS 13 734 RR1B660JQ

RD RR1B660TF 734 0 0
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GTTCCCCACTCAAGATTGGCCTTTTCATCGGCTCGCGGAGTCTATACTTTGTGTACAGTG
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TAAGTCCCTTAACC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1B660JQ 722 0 0
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AAATAAAAATTAATGATTACTGGAATTGAGTTTCCAAACGTCAGTAGTGTGTGGATTTTC
ACGTTACAAATTATACATTCTTATACCAACAACAACAACAAAGAGTGACGCATTTTTTTA
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ACTTTTAGAGTTTCTTGGGGAAAGTCATACCGCCGCCTCGGATAGAAAGAGAAGGTCCTT
TGGCAGAGCTCACTACATTGGTATCAAGGAAGATGACCACCACAGTGATGTCATCGTGGA
AATGCCTCCTCACGCCTCTCTCTATCTTCTTCAGATCAGTATATCTCATTTCTCTCTTCT
TCGCTGCAGCTTGCAGTGCCATCTTCACCAGTCTACGCGCTATCCCGTTTCATGGGTGGT
TCTGAACGATGTCAACAGCTTCTTGGTTGCTCATCTGTTCCCATAGACCGTCTGAAGCAA
ATATCAGAAACTGATCATGCGGTTGGAGGTCGTGCTCTGTTATCGACGGTTCCCCACTCA
AGATTGGCCTTTTCATCGGCTCGCGGAGTCTATACTTTGTGTACAGTGGTTCCCTGTTGA
ACTCCGGTTTCTTAAGATACACGTCGCCTATGGATCTAGATATCTGAATAAGTCCCTTAA
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL7804Contig1 872 2 10 U
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GACAATTGATTTCACAACTTCAGTCATGTGTATAGGGTATGTAACCAGACATAATAGCTT
AACAGATAGGTCCTGTTACCTATGGTTTCGTACATAACACGTACGTTTATATTTAAAACA
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TGCTTCCGCTGCATATAACGCCCGTCCTTGGTCATCGAACCACCTGCTTCTCCTTAGCCA
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AGAACCATGAAATTGCCTTAGTCCACATTTTGTAGACCCATACACTGCCGTGAGAGGAGT
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ACTCATCACCTCCATCGCCCCCCGTGTGCATAGAATCGATCCAATCAAATTTGTGGAGAC
ATCTGTTTGATATCTTCTTCCGTGAAATCGAG


BQ
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AF RR1GZ51JQ U 1
AF RR1FW26JQ U 51
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RD RR1GZ51JQ 797 0 0
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CGAAGTGACAATGGCAAGCAATATCCTTGGAGGAGTTAGATAATTGACTGCTTTTCCTGA
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ACTCATCACCTCCATCG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1FW26JQ 822 0 0
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TTGTGGAGACATCTGTTTGATATCTTCTTCCGTGAAATCGAG

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

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TTGCTAACCCAAAAAAAAACATCTAGTAGTAATCTATTTTATTTGTATACACATCAAACT
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TTTTAACG


BQ
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AF RR1DR87JQ C 1
AF RR1DR87TF U 1
BS 1 428 RR1DR87TF

RD RR1DR87JQ 428 0 0
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TTTTAACG

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR1DR87TF 428 0 0
AGGACCCATCCAACTCTCTTGGAATTTCAACTACGGGCCAGCGGGAACCGCCATTGGTTT
CGACGGTCTCAATGCACCAGAAACAGTAGCCACGGATCCAGCCATATCCTTCAAGACCGC
CTTGTGGTACTGGACCAACAGAGTTCAGCCCGTTATCTCACAAGGCTTTGGTGCAACAAT
CCGAGCCATCAACGGTGCTTTGGAGTGCGACGGAGCCAACTCAGCCACCGTTCAAGCCAG
AGTTCGTTACTACACCGATTATTGCCGTCAGTTGGGTGTTGACCCCGGAAACAACCTCAC
TTGCTAACCCAAAAAAAAACATCTAGTAGTAATCTATTTTATTTGTATACACATCAAACT
TGTAACAAACTATATATAGCCTAAACGCTATATCAGTTACATTTATTTTAATGCATCAAA
TTTTAACG

QA 1 428 1 428
DS 



AS 1 2

CO CL7806Contig1 512 2 1 U
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BQ
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AF RR1D342JQ C 1
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QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1D342TF 512 0 0
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TTAATGTTTGGATGTTTTCTGTTAAAGATATC

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 2

CO CL7807Contig1 668 2 2 U
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TCTGTTTAGCAATTCTTGTCTTTGCATACTCTTGTGGTTTAGCTTCTTTCAAGTAAATCA
GTTTAATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F680TF U 1
AF RR1F680JQ C 1
BS 1 563 RR1F680TF
BS 564 668 RR1F680JQ

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QA 1 563 1 563
DS 

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TCGATTCTGGAGTACTTGACTGCAGAAGTTCTTGAGTTAGCCGGAAACGCAAGCAAAGAT
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TCTGTTTAGCAATTCTTGTCTTTGCATACTCTTGTGGTTTAGCTTCTTTCAAGTAAATCA
GTTTAATT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL7808Contig1 593 2 5 U
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TTACCTTCATACCTGTTGAGCATGGGGAAGGTCTTCAAGTTCTGCACTATGAA


BQ
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BJ30TF U 1
AF RR1AG23TF U 257
BS 1 483 RR1BJ30TF
BS 484 484 RR1AG23TF
BS 485 541 RR1BJ30TF
BS 542 542 RR1AG23TF
BS 543 593 RR1BJ30TF

RD RR1BJ30TF 593 0 0
GGGCTGCTAGCTCCTCTCAGCTTCTTTCTTTCGGATCTGGGCAATCGGTCCTTGAAGAAT
TTGAAATCCTTTCCAAATATGATGGCGCGACAGAGGAATCATAATCACCGTCGGAAAACG
TCTTATTCAACTCTCATCTTCACGGTATTGATTATGTTCACTTTTCTGATTTTGTTCCTT
CTCGCGCTTGGAATCGTCTCGCTGCCCACCAACAATGGCGGGTCCTCCAAAGCCAATGAT
CTCACTTCCATTGTTCGCAAAAACCTTCAGAGAAGTGGCAAAGATGTTACGGAGGAGAAC
GAGCGTTGGGTCGAAATTATCTCTTGGGAACCCAGAGCTTCTATTTACCACAATTTCTTG
ACCAAGGAGGAATGCAAGTATTTAATAGAGCTAGCTAAACCTCATATGGAGAAGTCAACT
GTTGTCGATCAAAAGACTGGAAAGAGCACAGATAGCAGGGTCAGAACGAGCTCTGGGACA
TTT*CTTCCAAGAGGACGCGACAAAATCATCCGTCAAATCGAGAAAAGGATATCAGATTT
T*ACCTTCATACCTGTTGAGCATGGGGAAGGTCTTCAAGTTCTGCACTATGAA

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1AG23TF 311 0 0
GCAAAAACCTTCAGAGAAGTGGCAAAGATGTTACGGAGGAGAACGAGCGTTGGGTTGAAA
TTATCTCTTGGGAACCCAGAGCTTCTATTTACCACAATTTCTTGACCAAGGAGGAATGCA
AGTATTTAATAGAGCTAGCTAAACCTCATATGGAGAAGTCAACTGTTGTCGATCAAAAGA
CTGGAAAGAGCACAGATAGCAGGGTGAGAACGAGCTCTGGGACATTTTCTTCCAAGAGGA
CGCGACAAAATCATCCGTCAAATCGAGAAAGGGATATCAGATTTTTACCTTCATACCTGT
TGAGCATGGGG

QA 1 311 1 311
DS 



AS 1 2

CO CL7809Contig1 883 2 6 U
GGAAGCTCACATGACCGGTGCACCGATCGCTAGACCGCTCTTCTTCTCGTTCCCTGAGTA
CACCGAGTGTTACGGCTCGAGCAGACAGTTCTTGCTAGGAAGCAGCTTGATGATATCTCC
GGTTCTCGAACAAGGCAAAACCGAAGTGGAAGCTCTGTTCCCGCCAGGTTCTTGGTACCA
CATGTTCGACATGACGCAAGCCGTCGTGTCCAAGACCGGGAAGCGCGTGACTCTCTCAGC
TCCGTTGAACTTCGTGAACGTTCATCTTTACCAGAACACCATATTACCTATGCAGCAAGG
AGGGTTGATCGCGAAAGAAGTTAGAACGACGCCGTTTAACCTCGTTATCACGTTCCCTGC
TGGAGCTTCTGAGGGATACGCGACGGGTAAGCTCTACCTAGACGAGGACGAGCTTCCGGA
GATGAAGCTAGGTAACAGACAGTCCACGTACGTTGACTTCTACGCTTCGGTCGGAAACGG
AACTGTGAAGATGTGGTCGAAAGTGAAGGAAGGGAAGTTTGCGTTAAGCAAAGGATGGGT
GATTGAGAAAGTTAGTGTGTTGGGACTTAGTGGAGCAGGACAAGCTTCTGAGGTTGAGAT
CAATGGGAGTCCGGCTGCGAAGATTGAGGTGAGCTCGAAGGAGCATACGTATGTTGTTGG
GTTGGAAGAGGAAGGAGAGAACAAGAGTGTTATGGTTGAAGTTAAGGGACTTGAGATACT
AGTGGGTAAGGACTTTAACATGTCCTGGAAAATGGGTATTAGCGGTGCAAATTAATTTGA
ATCAATGAGATTGAGAATAGAGGTTTGTGTCTTGTCTTTTTACTGTTAGAAGATGTTTTA
GTTTGAATAAAAATTGCAAGTGAAATGAAAGTATTGTTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FJ68TF U 1
AF RR1FJ68JQ C 28
BS 1 578 RR1FJ68TF
BS 579 579 RR1FJ68JQ
BS 580 592 RR1FJ68TF
BS 593 593 RR1FJ68JQ
BS 594 608 RR1FJ68TF
BS 609 883 RR1FJ68JQ

RD RR1FJ68TF 608 0 0
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CACCGAGTGTTACGGCTCGAGCAGACAGTTCTTGCTAGGAAGCAGCTTGATGATATCTCC
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CATGTTCGACATGACGCAAGCCGTCGTGTCCAAGACCGGGAAGCGCGTGACTCTCTCAGC
TCCGTTGAACTTCGTGAACGTTCATCTTTACCAGAACACCATATTACCTATGCAGCAAGG
AGGGTTGATCGCGAAAGAAGTTAGAACGACGCCGTTTAACCTCGTTATCACGTTCCCTGC
TGGAGCTTCTGAGGGATACGCGACGGGTAAGCTCTACCTAGACGAGGACGAGCTTCCGGA
GATGAAGCTAGGTAACAGACAGTCCACGTACGTTGACTTCTACGCTTCGGTCGGAAACGG
AACTGTGAAGATGTGGTCGAAAGTGAAGGAAGGGAAGTTTGCGTTAAGCAAAGGATGGGT
GATTGAGAAAGTTAGTGTGTTGGGACTTAGTGGAGCAG*ACAAGCTTCTGAG*TTGAGAT
CAATGGGA

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1FJ68JQ 856 0 0
CGCTAGACCGCTCTTCTTCTCGTTCC*TGAGTACACCGAGTGTTACGGCTCGAGCAGACA
GTTCTTGCTAGGAAGCAGCTTGATGATATCTCCGGTTCTCGAACAAGGCAAAACCGAAGT
GGAAGCTCTGTTCCCGCCAGGTTCTTGGTACCACATGTTCGACATGACGCAAGCCGTCGT
GTCCAAGACCGGGAAGCGCGTGACTCTCTCAGCTCCGTTGAACTTCGTGAACGTTCATCT
TTACCAGAACACCATATTACCTATGCAGCAAGGAGGGTTGATCGCGAAAGAAGTTAGAAC
GACGCCGTTTAACCTCGTTATCACGTTCCCTGCTGGAGCTTCTGAGGGATACGCGACGGG
TAAGCTCTACCTAGACGAGGACGAGCTTCCGGAGATGAAGCTAGGTAACAGACAGTCCAC
GTACGTTGACTTTTACGCTTCGGTCGGAAACGGAACTGTGAAGATGTGGTCGAAAGTGAA
GGAAGGGAAGTTTGCGTTAAGCAAAGGATGGGTGATTGAGAAAGTTAGTGTGTTGGGACT
TAGTGGAGCAGGACAAGCTTCTGAGGTTGAGATCAATGGGAGTCCGGCTGCGAAGATTGA
GGTGAGCTCGAAGGAGCATACGTATGTTGTTGGGTTGGAAGAGGAAGGAGAGAACAAGAG
TGTTATGGTTGAAGTTAAGGGACTTGAGATACTAGTGGGTAAGGACTTTAACATGTCCTG
GAAAATGGGTATTAGCGGTGCAAATTAATTTGAATCAATGAGATTGAGAATAGAGGTTTG
TGTCTTGTCTTTTTACTGTTAGAAGATGTTTTAGTTTGAATAAAAATTGCAAGTGAAATG
AAAGTATTGTTTCTCC

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 2

CO CL7810Contig1 886 2 2 U
GATCTCCCCAAAGACGCCAACAAGGCTCCCATTCTCCCTACCGAGAATCTCCCTCAGGAT
TTTGATTGGAGAGATCACGGAGCCGTCACCCCCGTCAAAAACCAGGGATCATGCGGGTCT
TGCTGGAGTTTCAGCGCCACCGGAGCTCTTGAAGGTGCTAACTTCCTCTCTACCGGCAAA
CTCCTCAGCCTTAGCGAACAACAGCTCGTTGACTGTGATCATGAGTGTGACCCAGATGAG
GCCGGTTCATGCGACTCTGGTTGCAATGGTGGCCTCATGAACAGCGCTTTTGAATACACC
CTCAAATCCGGAGGCCTCATGAGAGAAGATGACTATCCTTACACCGGCGAGGACGGCTCC
ATCTGCAAGTTAGACAAGTCCAAGATCGTTGCCTCTGTCTCCAACTTCAGTGTCATCTCC
ATCGACGAAGACCAGATTGCTGCCAACCTTGTTCAAAACGGACCTCTTGCTGTTGCCATC
AACGCTGCCTATATGCAGACTTACATTGGCGGAGTCTCCTGCCCTTACATTTGCACCAGG
AGGCTCAACCACGGTGTCTTGTTGGTCGGTTATGGCTCCGCTGGTTATGCTCCGGCTAGG
TTCAAGGAGAAGCCTTACTGGATCATCAAGAACTCGTGGGGTGAGACTTGGGGTGAGAAG
GGTTTCTACAAGATCTTCAGAGGCCGTAACATTTGTGGCGTTGACAGTCTTGTCTCACCG
TTACTGCCGCCGTCTCTACCACCGCACATTAACTAAGCCAAAAAAGAGGCTTTCATTTAA
TAAAATTTAATTCACTCTGGTGATTTGTGTGAGCGAGCACTCTTTGACTTAGACTCTCTA
TTTCTTTCTGCTTTTTTTTTAAAGAAAGATGAAGTTTGTAAATAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A342TF U 1
AF RR1A342JQ C 183
BS 1 759 RR1A342TF
BS 760 886 RR1A342JQ

RD RR1A342TF 759 0 0
GATCTCCCCAAAGACGCCAACAAGGCTCCCATTCTCCCTACCGAGAATCTCCCTCAGGAT
TTTGATTGGAGAGATCACGGAGCCGTCACCCCCGTCAAAAACCAGGGATCATGCGGGTCT
TGCTGGAGTTTCAGCGCCACCGGAGCTCTTGAAGGTGCTAACTTCCTCTCTACCGGCAAA
CTCCTCAGCCTTAGCGAACAACAGCTCGTTGACTGTGATCATGAGTGTGACCCAGATGAG
GCCGGTTCATGCGACTCTGGTTGCAATGGTGGCCTCATGAACAGCGCTTTTGAATACACC
CTCAAATCCGGAGGCCTCATGAGAGAAGATGACTATCCTTACACCGGCGAGGACGGCTCC
ATCTGCAAGTTAGACAAGTCCAAGATCGTTGCCTCTGTCTCCAACTTCAGTGTCATCTCC
ATCGACGAAGACCAGATTGCTGCCAACCTTGTTCAAAACGGACCTCTTGCTGTTGCCATC
AACGCTGCCTATATGCAGACTTACATTGGCGGAGTCTCCTGCCCTTACATTTGCACCAGG
AGGCTCAACCACGGTGTCTTGTTGGTCGGTTATGGCTCCGCTGGTTATGCTCCGGCTAGG
TTCAAGGAGAAGCCTTACTGGATCATCAAGAACTCGTGGGGTGAGACTTGGGGTGAGAAG
GGTTTCTACAAGATCTTCAGAGGCCGTAACATTTGTGGCGTTGACAGTCTTGTCTCACCG
TTACTGCCGCCGTCTCTACCACCGCACATTAACTAAGCC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1A342JQ 704 0 0
CT
TCAGCCTTAGCGAACAACAGCTCGTTGACTGTGATCATGAGTGTGACCCAGATGAGGCCG
GTTCATGCGACTCTGGTTGCAATGGTGGCCTCATGAACAGCGCTTTTGAATACACCCTCA
AATCCGGAGGCCTCATGAGAGAAGATGACTATCCTTACACCGGCGAGGACGGCTCCATCT
GCAAGTTAGACAAGTCCAAGATCGTTGCCTCTGTCTCCAACTTCAGTGTCATCTCCATCG
ACGAAGACCAGATTGCTGCCAACCTTGTTCAAAACGGACCTCTTGCTGTTGCCATCAACG
CTGCCTATATGCAGACTTACATTGGCGGAGTTTCCTGCCCTTACATTTGCACCAGGAGGC
TCAACCACGGTGTCTTGTTGGTCGGTTATGGCTCCGCTGGTTATGCTCCGGCTAGGTTCA
AGGAGAAGCCTTACTGGATCATCAAGAACTCGTGGGGTGAGACTTGGGGTGAGAAGGGTT
TTTACAAGATCTTCAGAGGCCGTAACATTTGTGGCGTTGACAGTCTTGTCTCACCGTTAC
TGCCGCCGTCTCTACCACCGCACATTAATTAAGCCAAAAAAGAGGCTTTCATTTAATAAA
ATTTAATTCACTCTGGTGATTTGTGTGAGCGAGCACTCTTTGACTTAGACTCTCTATTTC
TTTCTGCTTTTTTTTTAAAGAAAGATGAAGTTTGTAAATAAT

QA 3 704 3 704
DS 



AS 1 2

CO CL7811Contig1 881 2 4 U
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ACAAAGAGAATCTGTTTCAAAGTGATTAGAGTATAGGCTTTGACAATTATTAATGGAAGG
TAAAGGACGAGTCGGATCATCAACTTCTTCTTCTTTCACCACCGAACTCTTCGGCTTCAA
AGATCCTTCGCCGTCATCTTCTTCCTCTGGAATCTTCTTTTCTATTTTCCCTCATCCCTC
CAAGGTTATATGACCTTCCTTTTTAAAAAAAAAATTGTTTCTTGAGTGATCAGAATGATT
CTTGAGGCTTAATCTTTGGTTTCTTGATTAGAGTTCTCAGGGCTTTACAAGAGATGGTTC
AAGCTCCAAACATGGCTCACAAGGTCAGTGAGAAAAAACTTTCTTCTTCTTGTTCTTTGT
TCACTTATACTCTGCTTTTCTTGAATCAAGAATAGCGCTGTTTTTCTAATGAATATGTTA
CCTTACACAGCTCAACGTAGAGAATCTTCAACTACCCAAGAAGACAGAGTTGAGCCATGT
CATCTAAGCTCTTCTCTTTACTATGGTGGTCAAGATGTATACTCTCGATCCACCACCAAC
CAAAGTTACCCTACAGTGAGTCTATTTAATTTATGTATATTTTGCTAATCACTTTCAAAA
AAAAATCGTACGACTTGACTGATCATAGTAACCATTTTTCAGGAAAAAAACGACCGTCTT
AGAAGCGTAGAAAACGATGCTAATGGACAGAACTCGCAAGACGTTTCAAGAGGAGACTGG
TGGCAAGGTTCTCTTTATTACTGAAGAACCGGTTCCTTTATTTGCTTTGTAAATCTCTCC
ACAAACCAATGAAGCTCAAGCCAAGTACTAATTATCTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CD25TF U 1
AF RR1CD25JQ C 129
BS 1 664 RR1CD25TF
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BS 666 696 RR1CD25TF
BS 697 881 RR1CD25JQ

RD RR1CD25TF 696 0 0
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ACAAAGAGAATCTGTTTCAAAGTGATTAGAGTATAGGCTTTGACAATTATTAATGGAAGG
TAAAGGACGAGTCGGATCATCAACTTCTTCTTCTTTCACCACCGAACTCTTCGGCTTCAA
AGATCCTTCGCCGTCATCTTCTTCCTCTGGAATCTTCTTTTCTATTTTCCCTCATCCCTC
CAAGGTTATATGACCTTCCTTTTTAAAAAAAAAATTGTTTCTTGAGTGATCAGAATGATT
CTTGAGGCTTAATCTTTGGTTTCTTGATTAGAGTTCTCAGGGCTTTACAAGAGATGGTTC
AAGCTCCAAACATGGCTCACAAGGTCAGTGAGAAAAAACTTTCTTCTTCTTGTTCTTTGT
TCACTTATACTCTGCTTTTCTTGAATCAAGAATAGCGCTGTTTTTCTAATGAATATGTTA
CCTTACACAGCTCAACGTAGAGAATCTTCAACTACCCAAGAAGACAGAGTTGAGCCATGT
CATCTAAGCTCTTCTCTTTACTATGGTGGTCAAGATGTATACTCTCGATCCACCACCAAC
CAAAGTTACCCTACAGTGAGTCTATTTAATTTATGTATATTTTGCTAATCACTTTCAAAA
AAAA*TCGTACGACTTGACTGATCATAGTAACCATT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1CD25JQ 753 0 0
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CGCCGTCATCTTCTTCCTCTGGAATCTTCTTTTCTATTTTCCCTCATCCCTCCAAGGTTA
TATGACCTTCCTTTTTAAAAAAAAAATTGTTTCTTGAGTGATCAGAATGATTCTTGAGGC
TTAATCTTTGGTTTCTTGATTAGAGTTCTCAGGGCTTTACAAGAGATGGTTCAAGCTCCA
AACATGGCTCACAAGGTCAGTGAGAAAAAACTTTCTTCTTCTTGTTCTTTGTTCACTTAT
ACTCTGCTTTTCTTGAATCAAGAATAGCGCTGTTTTTCTAATGAATATGTTACCTTACAC
AGCTCAACGTAGAGAATCTTCAACTACCCAAGAAGACAGAGTTGAGCCATGTCATCTAAG
CTCTTCTCTTTACTATGGTGGTCAAGATGTATACTCTCGATCCACCACCAACCAAAGTTA
CCCTACAGTGAGTCTATTTAATTTATGTATATTTTGCTAATCACTTTCAAAAAAAAATCG
TACGACTTGACTGATCATAGTAACCATTTTTCAGGAAAAAAACGACCGTCTTAGAAGCGT
AGAAAACGATGCTAATGGACAGAACTCGCAAGACGTTTCAAGAGGAGACTGGTGGCAAGG
TTCTCTTTATTACTGAAGAACCGGTTCCTTTATTTGCTTTGTAAATCTCTCCACAAACCA
ATGAAGCTCAAGCCAAGTACTAATTATCTACCC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL7812Contig1 1208 2 2 U
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CTGGATCCAAAGCTGTTGAGGATTGAGTTGAGACATTCTTTTGAGAAGGTTGTGGGGATG
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TGTCGTATGATACTGGGCTACGAGGTGCAAGTGCTTTCCTGTGAAACCCAACAGCTTTCC
TACAGAAAGTAAAAATAAAGAAATAAAATAAGGTAAGGTCTTTGCAACACGATCTAACAA
GTTAATCAAAATGATTAAAAGCACAACATATTTAGTGTTTAATTTGTTGAACAAAAAAAA
AAAATTTAGTGTTACAAAATTGATCCTAGGTAGATTGACAAAATTATTCATTTACATAAT
CAATATACAAACCTATAACGGATATTTGCTTCAGTTTTCTTTTTGATTCGCGTTTGTTCA
CAACATTTAGTAGGATCAATAATACTAATTAATAATAGTTGTGTGTGTGTGAAGTTACTC
AAGTTATGGAATGACTAGAGAAACTGTATAGATCTACCTACCAACCACCAAATACAAGTT
CAAGTTGTTGTTATACCAAAACAAGATAAATGGACTTACAGAATCGCAGAATCTTCATCA
GACCAAAGATCTTTCTCTAATCTATCTTTATCTAAACCTGAAAACACAAAGCGCAACGGA
GGAGGATGAAAAACATATTCTCAGGGAACTTGTTGAGACAAAACATGCAAGAAAGCTTGA
CGTACCTTCTTCCTTAAGAGAATAACATGAACTGAAGCTGAGAAGGAGTATAATAGCCGC
AAGAGAACGCATCTTTGGTATCGAACTAACGGTGGATCTTCGTTTCTCATTCATGGACAG
AGTAAGAACGTGAGAGTTGAGCAGGATGACGCAAGAAGATGATGGAATATCTATCTAGAG
TTGTTGGATCTGAATATTTAGATAATAGGAGGAGAGTATCAGAAAAACAGGAGGAAGTTT
GACGAGAAGACAGATTTATGACAAGAGAAGAGATAAGACTTTTACATGTGTCTGATGGAA
AACGCGTTGCGCCGTGCTAAGGCCAGTAAGGAAACTAATCTATACGTAGGGAAAAAATCG
AGTACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN08TF U 1
AF RR1AN08JQ C 450
BS 1 777 RR1AN08TF
BS 778 1208 RR1AN08JQ

RD RR1AN08TF 777 0 0
GCACTGAAGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGCAGAGGTTCTTGGAGTGGGAGAGC
TTGCTTCGGGAACAGACGGAGGAGGAGGAGGAGGTGAAGGAGAAACATCTTGTGTAGTTC
CTGGATCCAAAGCTGTTGAGGATTGAGTTGAGACATTCTTTTGAGAAGGTTGTGGGGATG
ATGATGGTGGAGTGATAGTTGCAGCCCCAGCCTCACTGCTGTTTCTTCTGGAAGGCAACT
TGTCGTATGATACTGGGCTACGAGGTGCAAGTGCTTTCCTGTGAAACCCAACAGCTTTCC
TACAGAAAGTAAAAATAAAGAAATAAAATAAGGTAAGGTCTTTGCAACACGATCTAACAA
GTTAATCAAAATGATTAAAAGCACAACATATTTAGTGTTTAATTTGTTGAACAAAAAAAA
AAAATTTAGTGTTACAAAATTGATCCTAGGTAGATTGACAAAATTATTCATTTACATAAT
CAATATACAAACCTATAACGGATATTTGCTTCAGTTTTCTTTTTGATTCGCGTTTGTTCA
CAACATTTAGTAGGATCAATAATACTAATTAATAATAGTTGTGTGTGTGTGAAGTTACTC
AAGTTATGGAATGACTAGAGAAACTGTATAGATCTACCTACCAACCACCAAATACAAGTT
CAAGTTGTTGTTATACCAAAACAAGATAAATGGACTTACAGAATCGCAGAATCTTCATCA
GACCAAAGATCTTTCTCTAATCTATCTTTATCTAAACCTGAAAACACAAAGCGCAAC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1AN08JQ 759 0 0
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TTCAGTTTTCTTTTTGATTCGCGTTTGTTCACAACATTTAGTAGGATCAATAATACTAAT
TAATAATAGTTGTGTGTGTGTGAAGTTACTCAAGTTATGGAATGACTAGAGAAACTGTAT
AGATCTACCTACCAACCACCAAATACAAGTTCAAGTTGTTGTTATACCAAAACAAGATAA
ATGGACTTACAGAATCGCAGAATCTTCATCAGACCAAAGATCTTTCTCTAATCTATCTTT
ATCTAAACCTGAAAACACAAAGCGCAACGGAGGAGGATGAAAAACATATTCTCAGGGAAC
TTGTTGAGACAAAACATGCAAGAAAGCTTGACGTACCTTCTTCCTTAAGAGAATAACATG
AACTGAAGCTGAGAAGGAGTATAATAGCCGCAAGAGAACGCATCTTTGGTATCGAACTAA
CGGTGGATCTTCGTTTCTCATTCATGGACAGAGTAAGAACGTGAGAGTTGAGCAGGATGA
CGCAAGAAGATGATGGAATATCTATCTAGAGTTGTTGGATCTGAATATTTAGATAATAGG
AGGAGAGTATCAGAAAAACAGGAGGAAGTTTGACGAGAAGACAGATTTATGACAAGAGAA
GAGATAAGACTTTTACATGTGTCTGATGGAAAACGCGTTGCGCCGTGCTAAGGCCAGTAA
GGAAACTAATCTATACGTAGGGAAAAAATCGAGTACTTC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL7813Contig1 756 2 7 U
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ATTAATCCCCTGAATCGTAAGGATCAAAATCTATCGGAGCCGTCCATTTTCATCGGTAAG
AGCATCAATCTGTTAGATCTAGGGTTCATCTTCGCCGCGGGGAGATTGATTTCATGGAGT
GGTAATTGCGAATTGGGATATAGATCTGGCGTTCCCAGGGTTCTTCGCCCTCGGGTGTGA
TTACATTGCGCTGAAATTGGAGGAGGTGTGTACATGGAGAGAGGTGGGAGGAGATCCGGT
GGTGTGTTAATCAAAAAACGAAGCTCCTCTGGTTGCTTGATTCTCAAGAAGAAGAGCGAT
GCGATTGGTAACCTTAGGCCTACGAGTGATTCCGAGTCTAGCGAGAAGCCAGCACACTAT
GGCAATGTAGAAGAGCCTCGTTTTGGGTTGAAAAGGGATTATTATTATCCTGAGGATTGT
TTTGTTGGGAATAGCAGAGAGTGGAAGGAGAGGCATAGATCAGAAGATGAGGAAGAGAGC
GAAGATGAGTTATTGAGGAGATCCTATGATGGTATGGGTAACAAATCATATAATAGGGAA
TGTGGAACTGCCTCTAGTAGTAAATATTTAGATATTGAGAGGAAGAGAAGAAGAAGACCA
TGTTTAGATAAGCAGCTTCTTGTTGGTGGTGGAAACGAGAGTATACAGAACAACAAGCCT
TACATGGATTTAGATCGACCAATCAGGGTTCAGGCA


BQ
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AF RR1D852TF U 1
AF RR1AY41TF U 1
BS 1 129 RR1AY41TF
BS 130 130 RR1D852TF
BS 131 133 RR1AY41TF
BS 134 134 RR1D852TF
BS 135 520 RR1AY41TF
BS 521 521 RR1D852TF
BS 522 756 RR1AY41TF

RD RR1D852TF 549 0 0
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ATTAATCCCCTGAATCGTAAGGATCAAAATCTATCGGAGCCGTCCATTTTCATCGGTAAG
AGCATCAATCTGTTAGATCTAGGGTTCATCTTCGCCGCGGGGAGATTGATTTCATGGAGT
GGTAATTGCGAATTGGGATATAGATCTGGCGTTCCTAGGGTTCTTCGCCCTCGGGTGTGA
TTACATTGCGCTGAAATTGGAGGAGGTGTGTACATGGAGAGAGGTGGGAGGAGATCCGGT
GGTGTGTTAATCAAAAAACGAAGCTCCTCTGGTTGCTTGATTCTCAAGAAGAAGAGCGAT
GCGATTGGTAACCTTAGGCCTACGAGTGATTCCGAGTCTAGCGAGAAGCCAGCACACTAT
GGCAATGTAGAAGAGCCTCGTTTTGGGTTGAAAAGGGATTATTATTATCCTGAGGATTGT
TTTGTTGGGAATAGCAGAGAGTGGAAGGAGAGGCATAGATCAGAAGATGAGGAAGAGAGC
GAAGATGAG

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1AY41TF 756 0 0
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ATTAATCCCCTGAATCGTAAGGATCAAAATCTATCGGAGCCGTCCATTTTCATCGGTAAG
AGCATCAATTTGT*AGATCTAGGGTTCATCTTCGCCGCGGGGAGATTGATTTCATGGAGT
GGTAATTGCGAATTGGGATATAGATCTGGCGTTCCCAGGGTTCTTCGCCCTCGGGTGTGA
TTACATTGCGCTGAAATTGGAGGAGGTGTGTACATGGAGAGAGGTGGGAGGAGATCCGGT
GGTGTGTTAATCAAAAAACGAAGCTCCTCTGGTTGCTTGATTCTCAAGAAGAAGAGCGAT
GCGATTGGTAACCTTAGGCCTACGAGTGATTCCGAGTCTAGCGAGAAGCCAGCACACTAT
GGCAATGTAGAAGAGCCTCGTTTTGGGTTGAAAAGGGATTATTATTATCCTGAGGATTGT
TTTGTTGGGAATAGCAGAGAGTGGAAGGAGAGGCATAGATTAGAAGATGAGGAAGAGAGC
GAAGATGAGTTATTGAGGAGATCCTATGATGGTATGGGTAACAAATCATATAATAGGGAA
TGTGGAACTGCCTCTAGTAGTAAATATTTAGATATTGAGAGGAAGAGAAGAAGAAGACCA
TGTTTAGATAAGCAGCTTCTTGTTGGTGGTGGAAACGAGAGTATACAGAACAACAAGCCT
TACATGGATTTAGATCGACCAATCAGGGTTCAGGCA

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL7814Contig1 964 2 4 U
GAGAGTTTTATTTCTGGTCCAAAGAAAACGAACGAACCCTAACTCGGACATGGAAGGAGA
GCTTCAAGAAGACTGGGAAGTGGTGATCGAGAGGTCTGGAACTACTACTCAGGAGGGGGA
GAATCCGAAGAGCTTAGAGGAGATTGAAGATGGCACGCAAGGTATGGTTACCTTCGATTA
CTTCTCTATCGAGAACTCAAACTTTGTGGGTCGCGTTGATGCGATCGATGAAGATGGATC
TGTTCAATCGGGTAGTCCAGGCTGGGTCGAACCTAGCTCCGACGCTCCCTATGGCCCTAA
GCTTTTTAGCGAGTTATGGTCTGATTCCAGCAGCGATCGGCTCGACGATCAGAAATTAGA
TGTGAACAACGAGTTGGGTTTGGAGAAATCAGAGGAAGAGGAAGGATTTGATACGGAGAG
AGAAGAGGAATCGCCAGTTTCAGTAGTAAAAGGAAAGTCTGTTTCTATTGATTCATCTGG
TGGTGGAGGAGAAGAAAGGGTATTTATGTGGTGGAAGATTCCGATTGATGTTTTGAAGTA
TTGTGTTTTCAGAGTTAATCCTATCTGGTCTTTCTTCATGGCAGCAGCAGTGGTGGGGTT
TGTTATGTTAGGGCGCAGATTGTATAATATGAAGAAGAGCAAGAGCTCTACCTTGCAGCT
TAAGGTCTTCCTTAATGATAAGAAGGTTGCGAATCATGCTGCTCGGTTGAATGAAGCAGC
AATCTCATTAGTGAAACGTGTGCCCATAATCAGGCCAGCACTCCCATCATCGGTGGTGGG
TATGAACCAGTGGCCTATGATGAGTTTAAGGTGAAATATAATGCATATATATGCAAGATA
AATGATTGATGTGGTTGGCATGTATCATATGATTGTGTTATATGACAAGTCTCAGAATGG
TACAAAATATGCTTGTAAGTTTTTACCGTGTGTGTATATAAATACTTTTACTTGTTTGAT
GTAC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1BV60TF U 1
AF RR1BV60JQ C 326
BS 1 685 RR1BV60TF
BS 686 686 RR1BV60JQ
BS 687 705 RR1BV60TF
BS 706 964 RR1BV60JQ

RD RR1BV60TF 705 0 0
GAGAGTTTTATTTCTGGTCCAAAGAAAACGAACGAACCCTAACTCGGACATGGAAGGAGA
GCTTCAAGAAGACTGGGAAGTGGTGATCGAGAGGTCTGGAACTACTACTCAGGAGGGGGA
GAATCCGAAGAGCTTAGAGGAGATTGAAGATGGCACGCAAGGTATGGTTACCTTCGATTA
CTTCTCTATCGAGAACTCAAACTTTGTGGGTCGCGTTGATGCGATCGATGAAGATGGATC
TGTTCAATCGGGTAGTCCAGGCTGGGTCGAACCTAGCTCCGACGCTCCCTATGGCCCTAA
GCTTTTTAGCGAGTTATGGTCTGATTCCAGCAGCGATCGGCTCGACGATCAGAAATTAGA
TGTGAACAACGAGTTGGGTTTGGAGAAATCAGAGGAAGAGGAAGGATTTGATACGGAGAG
AGAAGAGGAATCGCCAGTTTCAGTAGTAAAAGGAAAGTCTGTTTCTATTGATTCATCTGG
TGGTGGAGGAGAAGAAAGGGTATTTATGTGGTGGAAGATTCCGATTGATGTTTTGAAGTA
TTGTGTTTTCAGAGTTAATCCTATCTGGTCTTTCTTCATGGCAGCAGCAGTGGTGGGGTT
TGTTATGTTAGGGCGCAGATTGTATAATATGAAGAAGAGCAAGAGCTCTACCTTGCAGCT
TAAGGTCTTCCTTAATGATAAGAAG*TTGCGAATCATGCTGCTCG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1BV60JQ 639 0 0
TCCAGCAGCGATCGGCTCGACGATCAGAAATTAGATGTGAACAACGAGTTGGGTTTGGAG
AAATCAGAGGAAGAGGAAGGATTTGATACGGAGAGAGAAGAGGAATCGCCAGTTTCAGTA
GTAAAAGGAAAGTCTGTTTCTATTGATTCATCTGGTGGTGGAGGAGAAGAAAGGGTATTT
ATGTGGTGGAAGATTCCGATTGATGTTTTGAAGTATTGTGTTTTCAGAGTTAATCCTATC
TGGTCTTTCTTCATGGCAGCAGCAGTGGTGGGGTTTGTTATGTTAGGGCGCAGATTGTAT
AATATGAAGAAGAGCAAGAGCTCTACCTTGCAGCTTAAGGTCTTCCTTAATGATAAGAAG
GTTGCGAATCATGCTGCTCGGTTGAATGAAGCAGCAATCTCATTAGTGAAACGTGTGCCC
ATAATCAGGCCAGCACTCCCATCATCGGTGGTGGGTATGAACCAGTGGCCTATGATGAGT
TTAAGGTGAAATATAATGCATATATATGCAAGATAAATGATTGATGTGGTTGGCATGTAT
CATATGATTGTGTTATATGACAAGTCTCAGAATGGTACAAAATATGCTTGTAAGTTTTTA
CCGTGTGTGTATATAAATACTTTTACTTGTTTGATGTAC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL7815Contig1 755 2 2 U
GTCAGGGATGTTGACAATCTGCTTCTTGGAGCAGCACAAGGACTCGTGTTTTCTGACCCT
TTCAGATCCTGTGGATCTGCAAAGCTACGACATGTATTTGTTCCCAACATATCAGTTGTA
CCGTCATTGCCCCTCCTTGTGGCAAATGTTGTTGGTGGTGATGGTGCAATTATTCTGTAT
GAAGGTGAAATTCGGGAGGTGTTTATAAACTTTGCAAATGCTGGCACAGTTCCAATAGAA
CAAGCACATGTCTCGCTCTCTGGAAAGAATCAGGATGCTGTTATCTCTATCGCGGATGAA
GCTTTACAGTCTGCTCTTCCCTTGAAACAAGACACTGTTTCTCATTCTACTTCCTTGTTC
CCGGAGAGTACACGATGGTAGCGGCGGCTGTAATTGAAGATGCTAACAATGTACTAAGAG
CAAGGGCCCGAACCGCATCTCCAAACGAACCCATCTTTTGCCGCGGACCGCCTTTCCATG
TCCGTGTCTCTGGAGGCGAAATGTGATCTAATTTCTTTGAAACCATATCAGGTTTGGGCA
TTATGCGCTGTTTGTTTGTTAATTTCACGAGAGAATCAATCCATTGTTTTAAAGTACTGG
TTCTAGATATATATGTGCTTGTGTGTCTGTGTTTTTTACCTTAAATATTTTTGAGACCAT
CGTGCATGTGCTGTATTCTTTTTGAATCTTACGGCCTCAGTTCTGAGACCGCTCTTCTCG
AAGTAATTTATGAAACGATCGGTCCCCTCCCCCAA


BQ
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AF RR1GR11TF U 1
AF RR1GR11JQ C 276
BS 1 544 RR1GR11TF
BS 545 755 RR1GR11JQ

RD RR1GR11TF 544 0 0
GTCAGGGATGTTGACAATCTGCTTCTTGGAGCAGCACAAGGACTCGTGTTTTCTGACCCT
TTCAGATCCTGTGGATCTGCAAAGCTACGACATGTATTTGTTCCCAACATATCAGTTGTA
CCGTCATTGCCCCTCCTTGTGGCAAATGTTGTTGGTGGTGATGGTGCAATTATTCTGTAT
GAAGGTGAAATTCGGGAGGTGTTTATAAACTTTGCAAATGCTGGCACAGTTCCAATAGAA
CAAGCACATGTCTCGCTCTCTGGAAAGAATCAGGATGCTGTTATCTCTATCGCGGATGAA
GCTTTACAGTCTGCTCTTCCCTTGAAACAAGACACTGTTTCTCATTCTACTTCCTTGTTC
CCGGAGAGTACACGATGGTAGCGGCGGCTGTAATTGAAGATGCTAACAATGTACTAAGAG
CAAGGGCCCGAACCGCATCTCCAAACGAACCCATCTTTTGCCGCGGACCGCCTTTCCATG
TCCGTGTCTCTGGAGGCGAAATGTGATCTAATTTCTTTGAAACCATATCAGGTTTGGGCA
TTAT

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1GR11JQ 480 0 0
TGCTGTTATCTCTATCGCGGATGAAGCTTTACAGTCTGCTCTTCCCTTGAAACAAGACAC
TGTTTCTCATTCTACTTCCTTGTTCCCGGAGAGTACACGATGGTAGCGGCGGCTGTAATT
GAAGATGCTAACAATGTACTAAGAGCAAGGGCCCGAACCGCATCTCCAAACGAACCCATC
TTTTGCCGCGGACCGCCTTTCCATGTCCGTGTCTCTGGAGGCGAAATGTGATCTAATTTC
TTTGAAACCATATCAGGTTTGGGCATTATGCGCTGTTTGTTTGTTAATTTCACGAGAGAA
TCAATCCATTGTTTTAAAGTACTGGTTCTAGATATATATGTGCTTGTGTGTCTGTGTTTT
TTACCTTAAATATTTTTGAGACCATCGTGCATGTGCTGTATTCTTTTTGAATCTTACGGC
CTCAGTTCTGAGACCGCTCTTCTCGAAGTAATTTATGAAACGATCGGTCCCCTCCCCCAA

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL7816Contig1 926 2 4 U
GGAAATGCCAGAGATCTTCTGTTTGAAGATTTTCCTGTCTGCAACAAAATCTCTCTGTCC
AAGGACCTCTTCTCACTTAGGTTGATTCATCTAAATGATGTTCTTTCCGCTAGCCCAAAT
GACATCTGTGTGGGAGAAGGAGATTTTCAGTGGATTTTTAAGAGTGTGGCAAATAATCTC
ACAGTTCGCACAAACTCTACCTTTGCTTTCAAATCCATTGTTAACCAAGTCGCGTTTGGT
CTTCTACCTGGTCTATCATTCGTTTCTGAGTTTGATACCGCAAACGCAAATTCCGGCAAG
TTAGAGGTTCAACTCAACCAAGATTATGTTAGCTGTAAAGCTAGCATTGGTGGTTTATTT
CATGACACCAATGTCGGTTTCTCATCTGTAATTGGTACAAAGAATTTTTCATTGGGAGTG
GATCTGTTGTTCCAGACAAACAACCTAAACGTGACAAGGTTTGATGCTGCTTTTGCTTAT
ACTACAGAAGAAAGGAGGACCACGTCTATTGCTTTAAATGGAGTGGGTCAGGTGTTGGTC
GGATCGTATCATCAAGTGGTCGATACCGACACATCAATTGCGGCACAAATGAGCTACCCT
TTCCTCAACCGGCATCCTGTCCTTACAATCGGTGCTGAACATAGACTTGATTCACACCTC
TGGTTAAAGGCTCGAGCTGACAGCACTGGGAAACTTAACACCATTATCCAGTGGCATTCT
TTGAAGGTGTTAGGAGAGGTCAGACCTGCCCATATGCCTAGAATTGGATTGGGGATTGCT
CTAAGCTTCTGAAAGGAACAACAAAGCAGCAAAAACAATTATGTCTAGTCTTTGTTTAGC
ATCTTGGTTTGACAATTTGTTTTATATTGAGACTGATTCCTCACTTTGTCTAATAATCTT
TTAAGGTGGAAATTTTATTTTATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GL34TF U 1
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BS 1 669 RR1GL34TF
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CTTCTACCTGGTCTATCATTCGTTTCTGAGTTTGATACCGCAAACGCAAATTCCGGCAAG
TTAGAGGTTCAACTCAACCAAGATTATGTTAGCTGTAAAGCTAGCATTGGTGGTTTATTT
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GATCTGTTGTTCCAGACAAACAACCTAAACGTGACAAGGTTTGATGCTGCTTTTGCTTAT
ACTACAGAAGAAAGGAGGACCACGTCTATTGCTTTAAATGGAGTGGGTCAGGTGTTGGTC
GGATCGTATCATCAAGTGGTCGATACCGACACATCAATTGCGGCACAAATGAGCTACCCT
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TTGAAG
TGTAGGAG

QA 1 726 1 726
DS 

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TTTGATGCTGCTTTTGCTTATACTACAGAAGAAAGGAGGACCACGTCTATTGCTTTAAAT
GGAGTGGGTCAGGTGTTGGTCGGATCGTATCATCAAGTGGTCGATACCGACACATCAATT
GCGGCACAAATGAGCTACCCTTTCCTCAACCGGCATCCTGTCCTTACAATCGGTGCTGAA
CATAGACTTGATTCACACCTCTGGTTAAAGGCTCGAGCTGACAGCACTGGGAAACTTAAC
ACCATTATCCAGTGGCATTCTTTGAAGGTGTTAGGAGAGGTCAGACCTGCCCATATGCCT
AGAATTGGATTGGGGATTGCTCTAAGCTTCTGAAAGGAACAACAAAGCAGCAAAAACAAT
TATGTCTAGTCTTTGTTTAGCATCTTGGTTTGACAATTTGTTTTATATTGAGACTGATTC
CTCACTTTGTCTAATAATCTTTTAAGGTGGAAATTTTATTTTATTTG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DE82TF U 1
AF RR1DE82JQ C 141
BS 1 704 RR1DE82TF

RD RR1DE82TF 704 0 0
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TCTCTGGAATCAAGGAGACAGCTCAATCGATCAACGGCGCGGCTCGTCCTTGGGGCGACT
TCCTCGATCTCTCCGCCTTCAGCTTCCCTTCCTCCTTCTCCGACGCCACAACTCGCCTCA
CTCAGAACCTCACTCATTTCCGCATCAACTACACTCTCATTCTCTCCGTCCTCCTCGCTC
TAACCCTAATCACACGCCCGATCGCCATCCTCGCCTTCGTCGCCGTCGGTCTAGCTTGGT
TCTTCCTCTATTTCGCTCGCGAGGAGGCCCTCACCGTCTTCGGATTCACTGTCGACGACG
GCGTCGTGGCGGTGCTTCTCATCTGTCTCACGATCGCAGCGCTAGTCACCACCGGGGTTT
GGCTCAGTGCTCTCACCACCGTTGGATTCGGCGCTCTGGTATTGATCTTACACGCGGGGC
TGAGAGGAACGGAGGATCTTGTGACGGATGATCTGGAATCGCCTTATGGACCGATGCTCT
CTACGGCCGATAACGGTGATTACAGCGGGATTTGAGCTGCATTTTGCTGCTATGTGATTT
GACGAATTTGGGGATTTAGGGTTTTGTTGTTTGTAACTAAACTCTGATTGTGTTCATTAG
TAAACATTGTGCAAGACTTTAATGAATCCAATCAAAGTTTATAC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1DE82JQ 564 0 0
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GAGGAGGCCCTCACCGTCTTCGGATTCACTGTCGACGACGGCGTCGTGGCGGTGCTTCTC
ATCTGTCTCACGATCGCAGCGCTAGTCACCACCGGGGTTTGGCTCAGTGCTCTCACCACC
GTTGGATTCGGCGCTCTGGTATTGATCTTACACGCGGGGCTGAGAGGAACGGAGGATCTT
GTGACGGATGATCTGGAATCGCCTTATGGACCGATGCTCTCTACGGCCGATAACGGTGAT
TACAGCGGGATTTGAGCTGCATTTTGCTGCTATGTGATTTGACGAATTTGGGGATTTAGG
GTTTTGTTGTTTGTAACTAAACTCTGATTGTGTTCATTAGTAAACATTGTGCAAGACTTT
AATGAATCCAATCAAAGTTTATAC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL7818Contig1 611 2 1 U
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TTAGCAGCTCCTATTATCCCAGTAAGATCATTTGATTCGAATATCCACAATCCACGATGC
TGTTAACACTAAAGCCCTTTGTGCCTATCACACTAAAGCCTCGTTTTTCACACAGCAGCA
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CGCAAAATGGCGGTGGTGGCAACGACCCTGCGAAGGAGTCTTCTGATGGAGGAAACAGAC
CGGTTAGTAAGGATGATGATCCTAAAAAGATGGATTCCCTGGATTCAGTTTCCGGTTGGG
GGATCTATTGAAGCCGGATCAAGATAACTTTGCGGCGGTTGGATTAGCTGGAGTGTTGAC
ATGGGCTAGCCTTCAAGTCTTATCGCAGCTCTTCTTCATTTCATTTGCTATCCTTGTCGC
CGCTCTCAAGTATTCTTTCATCGCTGCGCTTCTCATTTTCATTCTCGTCACTCTCCTGTA
ATGGCACCCGATTGTAGAATCTACTATAGCTCTTTCTTGAGTGAATGATGTACATGAGCT
TTGGTTCTGTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AL96JQ C 1
AF RR1AL96TF U 1
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TTGGTTCTGTT

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DS 

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CGCTCTCAAGTATTCTTTCATCGCTGCGCTTCTCATTTTCATTCTCGTCACTCTCCTGTA
ATGGCACCCGATTGTAGAATCTACTATAGCTCTTTCTTGAGTGAATGATGTACATGAGCT
TTGGTTCTGTT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

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ATGATCCGTTTGATCTCAAGTTTT


BQ
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AF RR1AH54JQ C 1
AF RR1AH54TF U 1
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QA 1 564 1 564
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1C942TF U 1
AF RR1FJ82TF U 1
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QA 1 572 1 572
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RD RR1FJ82TF 563 0 0
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QA 1 563 1 563
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BS89TF U 1
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BS 707 827 RR1BS89JQ

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CTCCATGTTTGGATTCTTTGTTCAAGCAATTGTTACTGGTAAAGGTCCCATCGAGAACTT
GTTTGATCACTTGGCAGATCCTGTGGCTAACAACGCCTGGTCTTTC

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DS 

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GTGTGGTTCAAGGCAGGATCCCAGATCTTCTCAGAAGGAGGTCTTGACTACCTCGGAAAC
CCTAACTTGATCCACGCGCAAAGCATTTTAGCCATATGGGCTTGTCAAGTTGTGCTCATG
GGTTTGATAGAAGGGTACAGAATCGGAGGTGGTCCTCTCGGAGAAGGTCTTGACCCGCTT
TACCCCGGAGGTGCGTTCGACCCGTTGAATTTGGCAGAGGACCCGGAGGCCTTCGCTTAG
CTGAAGGTTAAGGAGCTCAAGAACGGACGTCTTGCCATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTT
GTTCAAGCAATTGTTACTGGTAAAGGTCCCATCGAGAACTTGTTTGATCACTTGGCAGAT
CCTGTGGCTAACAACGCCTGGTCTTTCGCTACCAACTTTGTCCCCGGAAAGTGATTTATC
TATCTTATGGATTTGCTTCACCGTCTTATCTTACTTTGTAAAAGCATCAATGTATTGGTC
GTGTTTTATGTGAATTTGGTACTTGGTG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

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CTTGGTAGAGCTTCTTTATGATTTCGTGCTGAACCTGGTAAAGGAACAAATAGGTGGTCT
TTCCGGAAATGTGAAACAAATGTTTTTCCCTTGCATCTTGGTCACTTTTCTTTTTTTGTT
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TGGGCTTCATTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EB46TF U 1
AF RR1EB46JQ C 54
BS 1 616 RR1EB46TF

RD RR1EB46TF 616 0 0
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GCAGTCCCCACTTGACCAATTTGAGATTGTCCCATTGATTCCTATGAATATCGGAAACTT
CTATTTCTCATTCACAAATTCATCTTTGTTCATGCTGCTAACTCTGAGTTTTTTCCTACT
TCTGATTCATTTTATTACTAAAAAGGGAGGAGGAAACTTAGTCCCAAATGCTTGGCAATC
CTTGGTAGAGCTTCTTTATGATTTCGTGCTGAACCTGGTAAAGGAACAAATAGGTGGTCT
TTCCGGAAATGTGAAACAAATGTTTTTCCCTTGCATCTTGGTCACTTTTCTTTTTTTGTT
ATTTTGTAATCTTCAGGGTATGATACCTTATAGCTTCACAGTGACAAGTCATTTTCTCAT
TACTTTGGCTCTCTCATTTTCTATTTTTATTGGCATTACTATAGTGGGATTTCAAAGACA
TGGGCTTCATTTTTTC

QA 1 616 1 616
DS 

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ATTTGAGCGAAAACGGAGTACAAAGTTCAGCCTTTAAGGAGGCTATGAATCAAATAGGGC
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GAAACTTCTATTTCTCATTCACAAATTCATCTTTGTTCATGCTGCTAACTCTGAGTTTTT
TCCTACTTCTGATTCATTTTATTACTAAAAAGGGAGGAGGAAACTTAGTCCCAAATGCTT
GGCAATCCTTGGTAGAGCTTCTTTATGATTTCGTGCTGAACCTGGTAAAGGAACAAATAG
GTGGTCTTTCCGGAAATGTGAAACAAATGTTTTTCCCTTGCATCTTGGTCACTTTTCTTT
TTTTGTTATTTTGTAATCTTCAGGGTATGATACCTTATAGCTTCACAGTGACAAGTCATT
TTCTCATTACTTTGGCTCTCTCATTTTCTATTTTTATTGGCATTACTATAGTGGGATTTC
AAAGACATGGGCTTCATTTTTTC

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL7825Contig1 723 2 3 U
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AAGAAAAGAATCTCTTTTGGTTAACTTCAAAATACAAGGAAGGGTTTCTTATAGCACATT
GTTCAACATAAAAGAAAAGTTTTCAAGGAATCGGATTTCAAAGGAAGTGATTCCTTCAAT
GCCTATAAAAACAGGCAAAAGAAGAGCAAAACACCACAAACCCATCACTCGGTCTCTAGT
TTTGCAAATCGTTCTCAGAGTGTTTTCCTCATCTTTTGTGCTCAAAGATTTAATCAATCC
CTTAAACTGGTTAAGATGTTCTTTCATCTTTACCAAAGGAAAAATGCCAATCTTAAACGG
TATATGTATCTTACTTCAGTTGGGAAGTTGCGTTCCCCTTAGCTTCAAGGTTCGAGCCTT
CTTTAAGTGCTATCTGTGATTCGTTCTCCATTCCAAGGAAGGAAAGGGAGGCAGACTGGA
GATAAGAAGCCACATGCCACACGGGGAGAGATCACCTGTGCTTGAATTGCATCATCTAAT
GCTTCTTTTGGCATGTCACTCATTAGGTAACACAGGCTACGCCGTGCGCACACTGTTGGA
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TGCCTGAAAGCAACATCTCCCTTCTTCTTAGAGTTCAAAGACTCTTGCATCTGGTCTGTC
CAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1GJ68JQ U 9
AF RR1GJ68TF C 1
BS 1 8 RR1GJ68TF
BS 9 579 RR1GJ68JQ
BS 580 723 RR1GJ68TF

RD RR1GJ68JQ 571 0 0
AGTGACAACCATCCATATTATATATGGGGTGATGATGTGATAAATGATTCAAAAGAAAAG
AATCTCTTTTGGTTAACTTCAAAATACAAGGAAGGGTTTCTTATAGCACATTGTTCAACA
TAAAAGAAAAGTTTTCAAGGAATCGGATTTCAAAGGAAGTGATTCCTTCAATGCCTATAA
AAACAGGCAAAAGAAGAGCAAAACACCACAAACCCATCACTCGGTCTCTAGTTTTGCAAA
TCGTTCTCAGAGTGTTTTCCTCATCTTTTGTGCTCAAAGATTTAATCAATCCCTTAAACT
GGTTAAGATGTTCTTTCATCTTTACCAAAGGAAAAATGCCAATCTTAAACGGTATATGTA
TCTTACTTCAGTTGGGAAGTTGCGTTCCCCTTAGCTTCAAGGTTCGAGCCTTCTTTAAGT
GCTATCTGTGATTCGTTCTCCATTCCAAGGAAGGAAAGGGAGGCAGACTGGAGATAAGAA
GCCACATGCCACACGGGGAGAGATCACCTGTGCTTGAATTGCATCATCTAATGCTTCTTT
TGGCATGTCACTCATTAGGTAACACAGGCTA

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1GJ68TF 723 0 0
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AAGAAAAGAATCTCTTTTGGTTAACTTCAAAATACAAGGAAGGGTTTCTTATAGCACATT
GTTCAACATAAAAGAAAAGTTTTCAAGGAATCGGATTTCAAAGGAAGTGATTCCTTCAAT
GCCTATAAAAACAGGCAAAAGAAGAGCAAAACACCACAAACCCATCACTCGGTCTCTAGT
TTTGCAAATCGTTCTCAGAGTGTTTTCCTCATCTTTTGTGCTCAAAGATTTAATCAATCC
CTTAGACTGGTTAAGATGTTCTTTCATCTTTACCAAAGGAAAAATGCCAATCTTAAACGG
TATATGTATCTTACTTCAGTTGGGAAGTTGCGTTCCCCTTAGCTTCAAGGTTCGAGCCTT
CTTTAAGTGCTATCTGTGATTCGTTCTCCATTCCAAGGAAGGAAAGGGAGGCAGACTGGA
GATAAGAAGCCACATGCCACACGGG*AGAGATCACCTGTGCTTGAATTGCATCATCTAAT
GCTTCTTTTGGCATGTCACTCATTAGGTAACACAGGCTACGCCGTGCGCACACTGTTGGA
GAGATCATTCCTACATCAATGAACTGCGTGTAACACTCAATGGCCTCTCTAAAGTCCTTT
TGCCTGAAAGCAACATCTCCCTTCTTCTTAGAGTTCAAAGACTCTTGCATCTGGTCTGTC
CAC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL7826Contig1 560 2 1 U
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ATAAGCATATGAAGAAGAACAAGAACAGGCATGTGATCAACAATATTATTAACTTAAATC
CTGAGGAAAAGAAGATACACGAAAAGAGGTCAAGCGGGAGAACGGATAAATCCGGGGAGG
AGAGTTTAGGAGTGTTTGAGTTTCCGTGGATGAAAGAGAGCATGATCCCCACCTCCCTTG
ATTGGAGTCTACCGGGATCTCCTTTCCCGTTCATTGACGATGGAAATGACATGTTTGAAG
GGATTAGTGAACCGCGGTTGCCAGTGAAAAGGTTTAGTAATGATATATTGGAGTTTGAGG
CATTTGAATTCATTTGGACTTCTATTTCTGATTAGATTGATTAAAAATCCGTTAACGTTG
TACTAATAACTGCGTTGAGACTGTCTAGAACCAAACAAGATTTCCGAGGAATTCTTATTT
CTTTTCTATTTTGTTTCTATCGTGTTTGTTGATTTGTAAAACAGAGTAGGTAGGATTTAG
TGATTAATAAACAAGTGCAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BJ60JQ C 1
AF RR1BJ60TF U 1
BS 1 560 RR1BJ60TF

RD RR1BJ60JQ 560 0 0
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CTTTTCTATTTTGTTTCTATCGTGTTTGTTGATTTGTAAAACAGAGTAGGTAGGATTTAG
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QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1BJ60TF 560 0 0
GGATCTCAAGTTTCAGATCGATGGAGGGAACATCTAAAAACAATAAGCGAAAAAAAATAG
ATAAGCATATGAAGAAGAACAAGAACAGGCATGTGATCAACAATATTATTAACTTAAATC
CTGAGGAAAAGAAGATACACGAAAAGAGGTCAAGCGGGAGAACGGATAAATCCGGGGAGG
AGAGTTTAGGAGTGTTTGAGTTTCCGTGGATGAAAGAGAGCATGATCCCCACCTCCCTTG
ATTGGAGTCTACCGGGATCTCCTTTCCCGTTCATTGACGATGGAAATGACATGTTTGAAG
GGATTAGTGAACCGCGGTTGCCAGTGAAAAGGTTTAGTAATGATATATTGGAGTTTGAGG
CATTTGAATTCATTTGGACTTCTATTTCTGATTAGATTGATTAAAAATCCGTTAACGTTG
TACTAATAACTGCGTTGAGACTGTCTAGAACCAAACAAGATTTCCGAGGAATTCTTATTT
CTTTTCTATTTTGTTTCTATCGTGTTTGTTGATTTGTAAAACAGAGTAGGTAGGATTTAG
TGATTAATAAACAAGTGCAT

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

CO CL7827Contig1 717 2 2 U
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TTACCTATGGTGTTCAGATCAATTTCATCATCCTCCAACACGAAGAAAAGAGATTAGAAG
AAGATCGTTGAAGACAAAGGAAGCCGTATTAAGATTCGACAAAACGATTGGAGGTTTTTC
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ACGGTGAAAGCGATACTTTTACCTTTGAAGCTGAAGAACATAGTTTTTTTTTAAAAGCGG
TATTAAGGCTGGACAAAACCATTCGAGGTTTGCAATCGATGCCTATTAGATCTATAGTTT
CATGTTTCACCATGGTTATTTTTTTATTATGTTAATATTTCAGATTTTTCTGGGTTAATT
AGAAGAAATACATAAACGGAAAGAAAGATATCTAAAGATGAAAGTCAGTGACGGTGAAAG
CGAAACCATGAGCTTTGAAGAATTGACATGGTAGGTAGCGAAAAACATAACTATATTTCT
TAATACATCGTTATTCAGGCTTCAGTGTTCCGAATGTTTTTATTCTCAGTTTTTCGAAAA
GATTGTTTCTGTATCGTTTCCTACTACCATGTAAAGGTATTAGATACAAGTATTGTGAAA
GCACAAACTTGTATTCAATAATTGTTTAAGGAAATGGTAAAACCCAACTTTGCAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GS69TF U 1
AF RR1GS69JQ C 105
BS 1 664 RR1GS69TF
BS 665 717 RR1GS69JQ

RD RR1GS69TF 664 0 0
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TTACCTATGGTGTTCAGATCAATTTCATCATCCTCCAACACGAAGAAAAGAGATTAGAAG
AAGATCGTTGAAGACAAAGGAAGCCGTATTAAGATTCGACAAAACGATTGGAGGTTTTTC
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ACGGTGAAAGCGATACTTTTACCTTTGAAGCTGAAGAACATAGTTTTTTTTTAAAAGCGG
TATTAAGGCTGGACAAAACCATTCGAGGTTTGCAATCGATGCCTATTAGATCTATAGTTT
CATGTTTCACCATGGTTATTTTTTTATTATGTTAATATTTCAGATTTTTCTGGGTTAATT
AGAAGAAATACATAAACGGAAAGAAAGATATCTAAAGATGAAAGTCAGTGACGGTGAAAG
CGAAACCATGAGCTTTGAAGAATTGACATGGTAGGTAGCGAAAAACATAACTATATTTCT
TAATACATCGTTATTCAGGCTTCAGTGTTCCGAATGTTTTTATTCTCAGTTTTTCGAAAA
GATTGTTTCTGTATCGTTTCCTACTACCATGTAAAGGTATTAGATACAAGTATTGTGAAA
GCAC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1GS69JQ 613 0 0
GAAAAGAGATTAGAAGAAGATCGTTGAAGACAAAGGAAGCCGTATTAAGATTCGACAAAA
CGATTGGAGGTTTTTCTTGGTTAATTAGAAGAAAAACATGCACGGAAACAAATAACCAAA
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TTTTTTTTAAAAGCGGTATTAAGGCTGGACAAAACCATTCGAGGTTTGCAATCGATGCCT
ATTAGATCTATAGTTTCATGTTTCACCATGGTTATTTTTTTATTATGTTAATATTTCAGA
TTTTTCTGGGTTAATTAGAAGAAATACATAAACGGAAAGAAAGATATCTAAAGATGAAAG
TCAGTGACGGTGAAAGCGAAACCATGAGCTTTGAAGAATTGACATGGTAGGTAGCGAAAA
ACATAACTATATTTCTTAATACATCGTTATTCAGGCTTCAGTGTTCCGAATGTTTTTATT
CTCAGTTTTTCGAAAAGATTGTTTCTGTATCGTTTCCTACTACCATGTAAAGGTATTAGA
TACAAGTATTGTGAAAGCACAAACTTGTATTCAATAATTGTTTAAGGAAATGGTAAAACC
CAACTTTGCAAGG

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL7828Contig1 581 2 2 U
GGAGTTCATAGACTTTATTATTGTCTTAAGAACTAGAGAGGCTATCCGGACGTTTGGGAG
TAACACCCATTTTGTTGTTGGAGCTGGTCTAAGCGCTGCGGTTGGTGTGACTGGACGAGC
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CAGCAAAGGTGCATTTGTTGGATGCTCGCTTGAAGGAAGCATATTCACAACACGTACAAG
TGAGAACTCAAGGTTCTACGGGAGCCAGTCCCTAGCTGCGTCTGACATCCTCCTCGGCTC
TTTGCCTAAACCACCCGCTGCTGCTCCACTCTACCGTGCGCTTGGTGATCTCTTTCAGAA
GATGGGGAGTGAAACTATTCGGTCATCAACAACTTCATCGTTTTCTGAAGACTGAACTTG
TTGAACTGGCTTTTATCTATTTGCAAGTATAACAATGTCTTTTGTATAGATTCATGCAAA
TTCTTGAATGTAAATAGATTATGGAGATTTGGTTGGATAGTTTGTGGGTTGTAAATAAAC
AAACATACTTTATTGTATATATGAAATTAATTTGCTATTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CD51JQ C 1
AF RR1CD51TF U 21
BS 1 20 RR1CD51JQ
BS 21 581 RR1CD51TF

RD RR1CD51JQ 581 0 0
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TGTTGAAGCAGATATCCGAGCAGGTAGTGGTGGTTATGCCGCTTGCTATACCTACAGCTG
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TGAGAACTCAAGGTTCTACGGGAGCCAGTCCCTAGCTGCGTCTGACATCCTCCTCGGCTC
TTTGCCTAAACCACCCGCTGCTGCTCCACTCTACCGTGCGCTTGGTGATCTCTTTCAGAA
GATGGGGAGTGAAACTATTCGGTCATCAACAACTTCATCGTTTTCTGAAGACTGAACTTG
TTGAACTGGCTTTTATCTATTTGCAAGTATAACAATGTCTTTTGTATAGATTCATGCAAA
TTCTTGAATGTAAATAGATTATGGAGATTTGGTTGGATAGTTTGTGGGTTGTAAATAAAC
AAACATACTTTATTGTATATATGAAATTAATTTGCTATTAT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1CD51TF 561 0 0
TTGTCTTAAGAACTAGAGAGGCTATCCGGACGTTTGGGAGTAACACCCATTTTGTTGTTG
GAGCTGGTCTAAGCGCTGCGGTTGGTGTGACTGGACGAGCTGTTGAAGCAGATATCCGAG
CAGGTAGTGGTGGTTATGCCGCTTGCTATACCTACAGCTGCAGCAAAGGTGCATTTGTTG
GATGCTCGCTTGAAGGAAGCATATTCACAACACGTACAAGTGAGAACTCAAGGTTCTACG
GGAGCCAGTCCCTAGCTGCGTCTGACATCCTCCTCGGCTCTTTGCCTAAACCACCCGCTG
CTGCTCCACTCTACCGTGCGCTTGGTGATCTCTTTCAGAAGATGGGGAGTGAAACTATTC
GGTCATCAACAACTTCATCGTTTTCTGAAGACTGAACTTGTTGAACTGGCTTTTATCTAT
TTGCAAGTATAACAATGTCTTTTGTATAGATTCATGCAAATTCTTGAATGTAAATAGATT
ATGGAGATTTGGTTGGATAGTTTGTGGGTTGTAAATAAACAAACATACTTTATTGTATAT
ATGAAATTAATTTGCTATTAT

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL7829Contig1 1087 2 2 U
GGAAAATCATAATGATGCAAAGCAGAGCCGACACCATGGCTCTGTTTCAGGATAAGCTGT
CACTTTCCTCTTCTACTTCGTCCTTCAACTCTCTCCCCAGGAGAATCGCCCCTGAGCCGC
CTCGTCGTAGAATCGCCGTGAAAAGGTCCCGTTCTATTTGCAGAGCTTCGTGGCAAGAGC
TCGCCGGTGTGTTGGTTTTCTCCGCGATTCCTTTCACGGCGGTTAAAGCAATCGCCAACA
GCTCCTTGGGAGAATCTCTGCGGCGGAGATTAGAAGAGAAAAAGAGAGAAGCCGTTGAGA
ACACTTCAAGATTCAACGCCAAAGCTCAGAAGGCTAGAGCCGACAGTGAGCAGCAAGTGG
TATGGACAAGAACGTCCCCGTTGGTTTGGTCCCATCCCATATGATTACCCGTCTTACCTT
ACTGGAGAGCTTCCTGGTGATTACGGATTCGACATTGCAGGACTTGGCAAGGATCGTTTG
AACTTTGATAAGTATTTCAACTTTGAGATACTTCATGCTCGTTGGGCCATGCTTGCAGCG
TTGGGTGCTCTAATCCCAGAAGTGTTTGATCTCACTGGAGCTTTTCATTTTGCTGAACCT
GTATGGTGGCGAGTCGGTTATTCTAAGCTTCAGGGAGAGACGTTGGACTACCTTGGGATC
CCAGGGCTTCACGTAGCTGGAAGCCAAGGTGTCATTGTTATAGCCATTTGCCAAGCACTC
TTGATGGTAGGACCTGAATACGCAAGATACTGTGGGATTGAGGCCTTGGAGCCACTGGGA
ATATACTTACCAGGAGACATAAACTATCCAGGAGGAACGCTTTTTGATCCATTAAACCTC
TCTCAAGACCCGGTAGCTTTTGAAGATCTCAAGGTCAAAGAGATCAAAAACGGGAGACTA
GCGATGGTGGCGTGGCTTGGATTCTATGCACAAGCTGCTTTCACAGGCAAAGGACCTGTA
CAAAATCTCATTGACCATGTCTCTGATCCATTACATAACAATCTGCTTGCCACGCTTCAT
ATATGAAAAAACAGAGACTGTGTACATATATACATGTGAAAAGGTTATGAGTGACAAAGA
TTGTATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW14TF U 1
AF RR1DW14JQ C 451
BS 1 522 RR1DW14TF
BS 523 1087 RR1DW14JQ

RD RR1DW14TF 522 0 0
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CACTTTCCTCTTCTACTTCGTCCTTCAACTCTCTCCCCAGGAGAATCGCCCCTGAGCCGC
CTCGTCGTAGAATCGCCGTGAAAAGGTCCCGTTCTATTTGCAGAGCTTCGTGGCAAGAGC
TCGCCGGTGTGTTGGTTTTCTCCGCGATTCCTTTCACGGCGGTTAAAGCAATCGCCAACA
GCTCCTTGGGAGAATCTCTGCGGCGGAGATTAGAAGAGAAAAAGAGAGAAGCCGTTGAGA
ACACTTCAAGATTCAACGCCAAAGCTCAGAAGGCTAGAGCCGACAGTGAGCAGCAAGTGG
TATGGACAAGAACGTCCCCGTTGGTTTGGTCCCATCCCATATGATTACCCGTCTTACCTT
ACTGGAGAGCTTCCTGGTGATTACGGATTCGACATTGCAGGACTTGGCAAGGATCGTTTG
AACTTTGATAAGTATTTCAACTTTGAGATACTTCATGCTCGT

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR1DW14JQ 637 0 0
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CTTCATGCTCGTTGGGCCATGCTTGCAGCGTTGGGTGCTCTAATCCCAGAAGTGTTTGAT
CTCACTGGAGCTTTTCATTTTGCTGAACCTGTATGGTGGCGAGTCGGTTATTCTAAGCTT
CAGGGAGAGACGTTGGACTACCTTGGGATCCCAGGGCTTCACGTAGCTGGAAGCCAAGGT
GTCATTGTTATAGCCATTTGCCAAGCACTCTTGATGGTAGGACCTGAATACGCAAGATAC
TGTGGGATTGAGGCCTTGGAGCCACTGGGAATATACTTACCAGGAGACATAAACTATCCA
GGAGGAACGCTTTTTGATCCATTAAACCTCTCTCAAGACCCGGTAGCTTTTGAAGATCTC
AAGGTCAAAGAGATCAAAAACGGGAGACTAGCGATGGTGGCGTGGCTTGGATTCTATGCA
CAAGCTGCTTTCACAGGCAAAGGACCTGTACAAAATCTCATTGACCATGTCTCTGATCCA
TTACATAACAATCTGCTTGCCACGCTTCATATATGAAAAAACAGAGACTGTGTACATATA
TACATGTGAAAAGGTTATGAGTGACAAAGATTGTATT

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL7830Contig1 782 2 1 U
GGATCATCATCGTGCAGAAAGCTTGGTGCTTGACTCCTAGCTCTTAGCTCTCCGGAGGAA
AAGATGGTGAGGAAACAGTTTCAACAGGCTAAAACGGGAGTAGAGGCCTTGAAGTCAATG
GATGCAAACAAGTACCTGAAGAAGGTCGGATTAGGGCGTGACGACATGTTCTTTTGGAAA
CAAGTGGGGAAAGCATTGCTGTGCACCTACACGATCTTCGGCATGGCGTGGTTATACAAC
GAGACTTCTCCTTTAGGGTGGTGGACGCTTAAGCCGAGACCAAAGGAGGAGAGAGAATTG
GCGCATTTGTATGAGCGGCGTGAGTTTCCTTATCCAGGTGATACGGAGGCCATGGAGGAT
TTTGTTGCAAAGGGAGGAATGATCGGGACGGCCATTGGGCCTAAAGGGGTTGTTGAGTCG
GAAGGTGAAGGTGATAATTACCAGAAAGAGATGGAGAAGAAGAAGTTTGACAAAGAGGCT
CAGAAACTGTGGTTGAGGATGGGGAATGAGGTTATGACTGAGCTTCAAGAGAAAGGGTAT
GATCTTGAATAAAGGTACTATAAAAGAGTTGTGATACAAATAAACTTGTGTAATTTAGGC
TGTGTGTCTGTTAGATGGAAAGTTACTTAAACCATTGGTACAAACAAGTGTTTCTACCGA
CATATCCTTTTTAAATTGTAGAGGAAAGTACAAAACTTTATATTATCACTTTGTGTTCTA
CGGTGTCATTAACGTTAATGCTCTTGGGAAGTAGCTTTTGTCCTTTGTTGTTGGCTTGAT
CC


BQ
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20 20 

AF RR1B932TF U 1
AF RR1B932JQ C 218
BS 1 782 RR1B932TF

RD RR1B932TF 782 0 0
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AAGATGGTGAGGAAACAGTTTCAACAGGCTAAAACGGGAGTAGAGGCCTTGAAGTCAATG
GATGCAAACAAGTACCTGAAGAAGGTCGGATTAGGGCGTGACGACATGTTCTTTTGGAAA
CAAGTGGGGAAAGCATTGCTGTGCACCTACACGATCTTCGGCATGGCGTGGTTATACAAC
GAGACTTCTCCTTTAGGGTGGTGGACGCTTAAGCCGAGACCAAAGGAGGAGAGAGAATTG
GCGCATTTGTATGAGCGGCGTGAGTTTCCTTATCCAGGTGATACGGAGGCCATGGAGGAT
TTTGTTGCAAAGGGAGGAATGATCGGGACGGCCATTGGGCCTAAAGGGGTTGTTGAGTCG
GAAGGTGAAGGTGATAATTACCAGAAAGAGATGGAGAAGAAGAAGTTTGACAAAGAGGCT
CAGAAACTGTGGTTGAGGATGGGGAATGAGGTTATGACTGAGCTTCAAGAGAAAGGGTAT
GATCTTGAATAAAGGTACTATAAAAGAGTTGTGATACAAATAAACTTGTGTAATTTAGGC
TGTGTGTCTGTTAGATGGAAAGTTACTTAAACCATTGGTACAAACAAGTGTTTCTACCGA
CATATCCTTTTTAAATTGTAGAGGAAAGTACAAAACTTTATATTATCACTTTGTGTTCTA
CGGTGTCATTAACGTTAATGCTCTTGGGAAGTAGCTTTTGTCCTTTGTTGTTGGCTTGAT
CC

QA 1 782 1 782
DS 

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GACCAAAGGAGGAGAGAGAATTGGCGCATTTGTATGAGCGGCGTGAGTTTCCTTATCCAG
GTGATACGGAGGCCATGGAGGATTTTGTTGCAAAGGGAGGAATGATCGGGACGGCCATTG
GGCCTAAAGGGGTTGTTGAGTCGGAAGGTGAAGGTGATAATTACCAGAAAGAGATGGAGA
AGAAGAAGTTTGACAAAGAGGCTCAGAAACTGTGGTTGAGGATGGGGAATGAGGTTATGA
CTGAGCTTCAAGAGAAAGGGTATGATCTTGAATAAAGGTACTATAAAAGAGTTGTGATAC
AAATAAACTTGTGTAATTTAGGCTGTGTGTCTGTTAGATGGAAAGTTACTTAAACCATTG
GTACAAACAAGTGTTTCTACCGACATATCCTTTTTAAATTGTAGAGGAAAGTACAAAACT
TTATATTATCACTTTGTGTTTTACGGTGTCATTAACGTTAATGCTCTTGGGAAGTAGCTT
TTGTCCTTTGTTGTTGGCTTGATCC

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

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GGGATCGCTAGGTCTTCAGAGTATCCAGAGATAGAGAAGATCACGCAGAAGAAGCTTGAA
CTCATGGATGAGTTTATAAAAGACAAGTCCTCTTTAGAACAGACCAAGCAATCAAACTCT
GTTGAAGCCGATGAAGCGGATGATGATGACACGAGAACAGAGGAGGAGCAAGAAGATATG
AATGCGATCAAGTCCTTACCTGCACCTCCACAAAAGGAAGAGGAAGAAGAGAAGCGTGAG
GAAGAAGCAAAGGAAGAAGTGGTAACAGAGAAAAAGAAAGAAGAGGAAGTTGGTGATCTG
CTGGATCTTGTGGATATACACGGCGATGTAGTGGCTGCAGAAGCTGGAGATAGCTTAGCA
TTGGCTTTATTCGACGGCCCTTACGCGAGCGGTTCAGGTTCAGCTTCGGGTCCTGGATGG
GAAGCGTTTGACGATGATTCAGCGGATTGGGAGACAGCTTTGGTGCAATCAGCTACAAAC
TTATCCGCACAAAAGACTGACTCGGAGGAGGCTTTGATATGTTGCTGCTTAACGGAATGT
ATCAGCACGGTACAGTGAACGCCGCTGTGCAAACCTCAACGGCTTATGGAGCCAGTGGGA
GCGCAAGTAGTATGGCATTTGGTTCTGCTGGAAGACCAGCAGCAACGATGCTGGCACTTC
CGGCACCAGCAACGGCTAATGGAAGCAGCAATGGACCTATACCTATGGATCCATTTGCAG
CCTCGTTGGTGGTTGCGCCACCACATTATGTGCAGATGAATGATATGGAGAAGAAACAGA
GAATGCTGATGGAAGAACAGATGATGTGGGACCAATACTCAAGAGGAAGTAGGCAAGGGC
ACACGAATTTAAGGCCAAACCAAAACCAACCTTCTAGTTACCCTTACACACCTCAATACT
GATTCTGCACTTCTTATTTGAGTTGTGTCAGCTTCTAGAGTTACTACTAACGGGCTTCAT
TCTTTTTTTGCAAATTCATAACATTTAATTCTGTCAAACTCATGTGGGGGGTCATATGTG
AGGTTTGTTTCTGTAATTGTAATATCTGATTTAACATTACAAATCTAATGTAACATGTGA
GGTTTGTTTCTGC


BQ
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AF RR1B172TF U 1
AF RR1B172JQ C 204
BS 1 763 RR1B172TF
BS 764 1093 RR1B172JQ

RD RR1B172TF 763 0 0
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CTCATGGATGAGTTTATAAAAGACAAGTCCTCTTTAGAACAGACCAAGCAATCAAACTCT
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GAAGCGTTTGACGATGATTCAGCGGATTGGGAGACAGCTTTGGTGCAATCAGCTACAAAC
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CGGCACCAGCAACGGCTAATGGAAGCAGCAATGGACCTATACCTATGGATCCATTTGCAG
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DS 

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CGATGTAGTGGCTGCAGAAGCTGGAGATAGCTTAGCATTGGCTTTATTCGACGGCCCTTA
CGCGAGCGGTTCAGGTTCAGCTTCGGGTCCTGGATGGGAAGCGTTTGACGATGATTCAGC
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GGAGGAGGCTTTGATATGTTGCTGCTTAACGGAATGTATCAGCACGGTACAGTGAACGCC
GCTGTGCAAACCTCAACGGCTTATGGAGCCAGTGGGAGCGCAAGTAGTATGGCATTTGGT
TCTGCTGGAAGACCAGCAGCAACGATGCTGGCACTTCCGGCACCAGCAACGGCTAATGGA
AGCAGCAATGGACCTATACCTATGGATCCATTTGCAGCCTCGTTGGTGGTTGCGCCACCA
CATTATGTGCAGATGAATGATATGGAGAAGAAACAGAGAATGCTGATGGAAGAACAGATG
ATGTGGGACCAATACTCAAGAGGAAGTAGGCAAGGGCACACGAATTTAAGGCCAAACCAA
AACCAACCTTCTAGTTACCCTTACACACCTCAATACTGATTCTGCACTTCTTATTTGAGT
TGTGTCAGCTTCTAGAGTTACTACTAACGGGCTTCATTCTTTTTTTGCAAATTCATAACA
TTTAATTCTGTCAAACTCATGTGGGGGGTCATATGTGAGGTTTGTTTCTGTAATTGTAAT
ATCTGATTTAACATTACAAATCTAATGTAACATGTGAGGTTTGTTTCTGC

QA 1 890 1 890
DS 



AS 1 2

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CAATGCGCCTTTAAGCTGCCCACTGAGCTTTACGAAATGGTTCAACAAGAACCAGCCTAA
CGCTAACGAGCTGACCGGAGCCATCGTGGGAGGACCCGACCGTCAAGATAAATTCCAAGA
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TCTTCTTGCAAAGCTTGCCGCCACGGCTTAGAGCCATAACATTTGATGAGACCACTTCCA
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TTTTGGAAAGCCGTTTTCTCCAAAAATATAAAATTGCATGGGCATAATAATAAGCCCTGA
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TTCACGTAGATTTTATAACTTTATTTTTGTTCTATATGAAATAATGTTTTGTTGTTAATT
TCTATGTAATTTAAATGAAACTTTCAAATATATGATTAAATCATTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CM40JQ C 1
AF RR1CM40TF U 29
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BS 29 588 RR1CM40TF

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TCTTCTTGCAAAGCTTGCCGCCACGGCTTAGAGCCATAACATTTGATGAGACCACTTCCA
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TTTTGGAAAGCCGTTTTCTCCAAAAATATAAAATTGCATGGGCATAATAATAAGCCCTGA
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TTCACGTAGATTTTATAACTTTATTTTTGTTCTATATGAAATAATGTTTTGTTGTTAATT
TCTATGTAATTTAAATGAAACTTTCAAATATATGATTAAATCATTATC

QA 1 588 1 588
DS 

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TTTACGAAATGGTTCAACAAGAACCAGCCTAACGCTAACGAGCTGACCGGAGCCATCGTG
GGAGGACCCGACCGTCAAGATAAATTCCAAGATTTTCGTTGGACATCCGTTTACACGGAG
CCTTGCACTTACATCAACTCTATCGCCGTGGGTCTTCTTGCAAAGCTTGCCGCCACGGCT
TAGAGCCATAACATTTGATGAGACCACTTCCATGGAAAGTATTATTTTAGGGTGTCCTTA
ACCTAATATATATTTGCCTTTATAGGTTGCTTTTTTGGAAAGCCGTTTTCTCCAAAAATA
TAAAATTGCATGGGCATAATAATAAGCCCTGATGATTTGAAACTATAATTAAGTGGAAAG
AATGAATAGCCGGAATGGTAAATTCGTACCATTTCACGTAGATTTTATAACTTTATTTTT
GTTCTATATGAAATAATGTTTTGTTGTTAATTTCTATGTAATTTAAATGAAACTTTCAAA
TATATGATTAAATCATTATC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

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CGTTGGTATCTAGGAATATGGTATAAGAAAAAATCCTGGAAAACTTACGCATGGGTCGCC
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GTCCTTCTAGGTCAGTCTAATAACACTGTTTGGTCGACAAATATTACTAGAGGTAATGCG
AGATCTCCAGTGATAGCAGAGCTTCTTCCCAATGGTAATTTTGTAATGAGATACTCCAAC
AACAGAGACTCAAGTGGATTCTTATGGCAGAGTTTCGATTTTTCCGACAGATACTTTACT
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AAT


BQ
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10 10 10 

AF RR1F333TF U 2
AF RR1FD91TF U 1
BS 1 122 RR1FD91TF
BS 123 123 RR1F333TF
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BS 523 523 RR1F333TF
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GACAGCCCTCTCTCCAGTTCCATTGGAACCCTCAAAATCTCTGGCAACAATCTTGTCCTT
CTAGGTCAGTCTAATAACACTGTTTGGTCGACAAATATTACTAGAGGTAATGCGAGATCT
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GATGAAACTAGGTTACGATCTCAAAACAGGGCGCA

QA 6 580 6 580
DS 

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AGATCTCCAGTGATAGCAGAGCTTCTTCCCAATGGTAATTTTGTAATGAGATACTCCAAC
AACAGAGACTCAAGTGGATTCTTATGGCAGAGTTTCGATTTT*CCGACAGATACTTTACT
TCCGGAGATGAAACTAGGTTACGATCTCAAAACAGGGCGCAACAGGTTCCTTACATCATG
GAGATACTATGATGATCCGTCAAGCGGGAATACCACGTACAAACTCGACATTCGAAGGGG
ATTGCCTGAGTTTATTCTTAATCAAGACCTTATGAAATGCAAAGGAGTGGCCGTGGATGG
AAT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL7834Contig1 861 2 2 U
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GGATCTTACTAATTATGCGCCAATACCAATAAGCTCAAAGATCACATGTTCCATTAAAAC
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BQ
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AF RR1E102TF U 1
AF RR1E102JQ C 207
BS 1 770 RR1E102TF
BS 771 861 RR1E102JQ

RD RR1E102TF 770 0 0
GTCAATAGAAAGATAAAACCACATGTACAAAACTGTTATATGTATGCACTCAAAATTATT
GGACGGATAAATATTTTCATGTTCAGCTAAAAATAATAGTATTAGTTGTCTGAATTGTGT
CCGGATTATTGGATGTAAAAAGTTCACGTACTCGGCTAAATATACTATTAGCTTCCTAAT
AATCTGCAATAACATATAATTTAATGAATTGTTAGCCAGATAAGAATGTTTAAGTAGTAC
TAATTATTTTATTAGTTATCGTTTTAAAATGGTACAAATTTAAAAATACATTGTTATATG
TTACTAAAGATGTTAATATGCTAACAATGTTACAAAACATGCTAACAATGTGCCACAATA
TTATTCAAAGATACATGAATAGATAAAAATCTAAATGTTATTAAAATTGTTAGTAGCCTA
ACAGTAAATAGGCTATAAAATATGTTAATAGTCTAGTAGTTAATCATAGATATGTTGATA
GAATTTTTTCGTAAAGAATCACTAGAACAAGCACTATTTTCGCGTCGGACACAGCTCTTA
TCCACTGTCCAAAGAAGTTCACATACGCTGTTCCTCTGATTCCAATAAAAATGTAATTTG
CGGTAGTGCTTTTGTGAAAGTTGGTGACGGAGCAGTTCATTAATGGTTCCAAAAATTGAT
ATCCAGCAACCATCATGTACTCATCGAACAAAACAATAGCATCAACTAATGACCTGATCT
AGTCGTCAAACAAATAAATAGCACCAATTAAAACTTAGCTTGTTGATCAA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1E102JQ 655 0 0
AATTGTTAGCCAGATAAGAATGTTTAAGTAGTACTAATTATTTTATTAGTTATCGTTTTA
AAATGGTACAAATTTAAAAATACATTGTTATATGTTACTAAAGATGTTAATATGCTAACA
ATGTTACAAAACATGCTAACAATGTGCCACAATATTATTCAAAGATACATGAATAGATAA
AAATCTAAATGTTATTAAAATTGTTAGTAGCCTAACAGTAAATAGGCTATAAAATATGTT
AATAGTCTAGTAGTTAATCATAGATATGTTGATAGAATTTTTTCGTAAAGAATCACTAGA
ACAAGCACTATTTTCGCGTCGGACACAGCTCTTATCCACTGTCCAAAGAAGTTCACATAC
GCTGTTCCTCTGATTCCAATAAAAATGTAATTTGCGGTAGTGCTTTTGTGAAAGTTGGTG
ACGGAGCAGTTCATTAATGGTTCCAAAAATTGATATCCAGCAACCATCATGTACTCATCG
AACAAAACAATAGCATCAACTAATGACCTGATTTAGTCGTCAAACAAATAAATAGCACCA
ATTAAAACTTAGCTTGTTGATCAAAGATCATGAAGGATCTTACTAATTATGCGCCAATAC
CAATAAGCTCAAAGATCACATGTTCCATTAAAACGGAGTTACAAGAATGTATTGG

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL7835Contig1 280 2 1 U
GGGTATCAGAGTTCGGCGAATTCACCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGA
GGTTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCTAAGTAGAGTCTGTGTCATCGTA
TTACCTTATCTATAAATCTCTGTGTTTCCCTTTCTTGTTTCTTGAACCAGTTATGTTTTT
TAATCACATTTTAAGTTTCGAACTATCTTCTGTAGAACATGTCTTGCTCACTCGTTTTAA
TATCTACTACAAGCAGAGATTTATCTTTAATAATTTTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GV82JQ C 1
AF RR1GV82TF U 1
BS 1 280 RR1GV82TF

RD RR1GV82JQ 280 0 0
GGGTATCAGAGTTCGGCGAATTCACCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGA
GGTTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCTAAGTAGAGTCTGTGTCATCGTA
TTACCTTATCTATAAATCTCTGTGTTTCCCTTTCTTGTTTCTTGAACCAGTTATGTTTTT
TAATCACATTTTAAGTTTCGAACTATCTTCTGTAGAACATGTCTTGCTCACTCGTTTTAA
TATCTACTACAAGCAGAGATTTATCTTTAATAATTTTCTC

QA 1 280 1 280
DS 

RD RR1GV82TF 280 0 0
GGGTATCAGAGTTCGGCGAATTCACCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGA
GGTTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCTAAGTAGAGTCTGTGTCATCGTA
TTACCTTATCTATAAATCTCTGTGTTTCCCTTTCTTGTTTCTTGAACCAGTTATGTTTTT
TAATCACATTTTAAGTTTCGAACTATCTTCTGTAGAACATGTCTTGCTCACTCGTTTTAA
TATCTACTACAAGCAGAGATTTATCTTTAATAATTTTCTC

QA 1 280 1 280
DS 



AS 1 2

CO CL7836Contig1 562 2 1 U
GGAAAACAAAAAAAAATCAGTAATAAAATTATTTTGTAATTATTTTTGGAAGACAACATA
ATGAATAGCGGATGGAGAGGAATTATAGCGAGTTGTCTCTTAGCACTTTTGGTTTTAACC
ACTGTTTTCCTTCTAAAAGTCGACTCGGCAGTCCTTCGACTCGAACCACCCAAACACATC
CCAGCCCACGGGGGAAGTAAGTCTTCTTCTGCTATTACACCTCCTAAGGGTGGATTTCTT
AACTACTGTTGGAATCCTGGCAAAAAAGATTGTCAAATGAAGCCCAACCCGGTGACCATT
GGAGATAATAAAAACTGCTGGTGCACGAAGTAGAATATGGTGAATAAATATTTTGACTAT
GACATACATTTATCATGTAGCTTGTAGTAATAAATTCCACAAGGAAACTTTTATTATTAT
ATATATCACAATTTATTTGTTAAAACTAATGTTTTAGTTTTTTAATATATTTCATACAAT
AAAATGTTCTTAATCTATATTTTATGCAATTCCAAGTTATATATTTTGAAGTATAAATAA
AAGTGTCTTTTGGTTATGATAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EY57JQ C 1
AF RR1EY57TF U 1
BS 1 562 RR1EY57TF

RD RR1EY57JQ 562 0 0
GGAAAACAAAAAAAAATCAGTAATAAAATTATTTTGTAATTATTTTTGGAAGACAACATA
ATGAATAGCGGATGGAGAGGAATTATAGCGAGTTGTCTCTTAGCACTTTTGGTTTTAACC
ACTGTTTTCCTTCTAAAAGTCGACTCGGCAGTCCTTCGACTCGAACCACCCAAACACATC
CCAGCCCACGGGGGAAGTAAGTCTTCTTCTGCTATTACACCTCCTAAGGGTGGATTTCTT
AACTACTGTTGGAATCCTGGCAAAAAAGATTGTCAAATGAAGCCCAACCCGGTGACCATT
GGAGATAATAAAAACTGCTGGTGCACGAAGTAGAATATGGTGAATAAATATTTTGACTAT
GACATACATTTATCATGTAGCTTGTAGTAATAAATTCCACAAGGAAACTTTTATTATTAT
ATATATCACAATTTATTTGTTAAAACTAATGTTTTAGTTTTTTAATATATTTCATACAAT
AAAATGTTCTTAATCTATATTTTATGCAATTCCAAGTTATATATTTTGAAGTATAAATAA
AAGTGTCTTTTGGTTATGATAG

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1EY57TF 562 0 0
GGAAAACAAAAAAAAATCAGTAATAAAATTATTTTGTAATTATTTTTGGAAGACAACATA
ATGAATAGCGGATGGAGAGGAATTATAGCGAGTTGTCTCTTAGCACTTTTGGTTTTAACC
ACTGTTTTCCTTCTAAAAGTCGACTCGGCAGTCCTTCGACTCGAACCACCCAAACACATC
CCAGCCCACGGGGGAAGTAAGTCTTCTTCTGCTATTACACCTCCTAAGGGTGGATTTCTT
AACTACTGTTGGAATCCTGGCAAAAAAGATTGTCAAATGAAGCCCAACCCGGTGACCATT
GGAGATAATAAAAACTGCTGGTGCACGAAGTAGAATATGGTGAATAAATATTTTGACTAT
GACATACATTTATCATGTAGCTTGTAGTAATAAATTCCACAAGGAAACTTTTATTATTAT
ATATATCACAATTTATTTGTTAAAACTAATGTTTTAGTTTTTTAATATATTTCATACAAT
AAAATGTTCTTAATCTATATTTTATGCAATTCCAAGTTATATATTTTGAAGTATAAATAA
AAGTGTCTTTTGGTTATGATAG

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL7837Contig1 570 2 1 U
GCGTCTCTCTTAACATCTTGAACTCTTAATTTTGTCTTGAGTCAAAGAGAGAGATTGATT
GCTCCCATGTCTCATCTGTTGAGAAGAAAAACTGTCATCGCTCCCGAGAAATCCTCTCAG
CCGCCGGACATGGAGACAAAGTTGGATCTAGAGCCAGAGAGTCAAAGGTAGGAGGTTATC
TTGATCCAGCAAAATTAATCAAAAAGTTCGTGGAACTTTTTTTTTTATTAAAAAGATCGT
GGAACTTTGCATACAAACTTTGAAAGCAAGATCTCGGTCTCAGCCAGTACAACAATCAAG
TAGGAATTTTACCACAAAAAAAAAAACAATGAAGTAGGAAACCAGCATTCCTCCTGCGAG
CTCCCATCCTCCAAAGGCTAATGATCAAACTGTTGACTCTGGCCAAAACAACAAGTTCCC
CGTTATAAGCGAAAAACTTATCAACAACGTCATCGATTACAGGATGCTTTTATTGTGATT
TTTATTGTTTTGTCCTTTAGTTTAGGGTTAAATTATCTGCTATGTTTCTAGAAACAATAT
TTTAAATCCCATTCTGGATATCGTTTCGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E613JQ C 1
AF RR1E613TF U 1
BS 1 570 RR1E613TF

RD RR1E613JQ 570 0 0
GCGTCTCTCTTAACATCTTGAACTCTTAATTTTGTCTTGAGTCAAAGAGAGAGATTGATT
GCTCCCATGTCTCATCTGTTGAGAAGAAAAACTGTCATCGCTCCCGAGAAATCCTTTCAG
CCGCCGGACATGGAGACAAAGTTGGATCTAGAGCCAGAGAGTCAAAGGTAGGAGGTTATC
TTGATCCAGCAAAATTAATCAAAAAGTTCGTGGAACTTTTTTTTTTATTAAAAAGATCGT
GGAACTTTGCATACAAACTTTGAAAGCAAGATCTCGGTTTCAGCCAGTACAACAATCAAG
TAGGAATTTTACCACAAAAAAAAAAACAATGAAGTAGGAAACCAGCATTCCTCCTGCGAG
CTCCCATCCTCCAAAGGCTAATGATCAAACTGTTGACTCTGGCCAAAACAACAAGTTCCC
CGTTATAAGCGAAAAACTTATCAACAACGTCATCGATTACAGGATGCTTTTATTGTGATT
TTTATTGTTTTGTCCTTTAGTTTAGGGTTAAATTATCTGCTATGTTTCTAGAAACAATAT
TTTAAATCCCATTCTGGATATCGTTTCGGC

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1E613TF 570 0 0
GCGTCTCTCTTAACATCTTGAACTCTTAATTTTGTCTTGAGTCAAAGAGAGAGATTGATT
GCTCCCATGTCTCATCTGTTGAGAAGAAAAACTGTCATCGCTCCCGAGAAATCCTCTCAG
CCGCCGGACATGGAGACAAAGTTGGATCTAGAGCCAGAGAGTCAAAGGTAGGAGGTTATC
TTGATCCAGCAAAATTAATCAAAAAGTTCGTGGAACTTTTTTTTTTATTAAAAAGATCGT
GGAACTTTGCATACAAACTTTGAAAGCAAGATCTCGGTCTCAGCCAGTACAACAATCAAG
TAGGAATTTTACCACAAAAAAAAAAACAATGAAGTAGGAAACCAGCATTCCTCCTGCGAG
CTCCCATCCTCCAAAGGCTAATGATCAAACTGTTGACTCTGGCCAAAACAACAAGTTCCC
CGTTATAAGCGAAAAACTTATCAACAACGTCATCGATTACAGGATGCTTTTATTGTGATT
TTTATTGTTTTGTCCTTTAGTTTAGGGTTAAATTATCTGCTATGTTTCTAGAAACAATAT
TTTAAATCCCATTCTGGATATCGTTTCGGC

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

CO CL7838Contig1 637 2 4 U
GGACTCCACTAAACATTCCTTCTCTCGCTCACTATCCTCCATTTTGTATAAGTATATAAC
ATAATAATTGGAGTAGAAAAGGAGAAAAAAAAACATGAAAGAGATGGGAGTTATAGTGTT
TCTTCTATTTCATTCGATCTTCTACACTGCCTTTTGCTTCAAAGATGAGAATATTCTGAA
GAACGGAGGATTCGAAGAAGGCCCATGGGTTCTACCCAACACGTCATCAGGAGTCCTGAT
CCCACCAAACGCCGTCGACGACCACTCTCCGTTACCGGGATGGATGGTAGAATCTCTCAA
AGCCGTTAAATACATCGACTCCGACCATTTCTCCGTCCCACAAGGCCGTCGCGCCGTCGA
ACTCGTCGCCGGAAAAGAGATGAGGAACGACGATTTCTCGAGCCTGTGTGGGCCGGTGAT
CGACGACGTTAAACTTCTCAGTGCTCGGAGGATGTGAGCTGGCGAGTTATTCACGTGACA
GTGACGACCCAGTGGGCTTTCGTGATAAATTGGGCTTTATCGGCCTCTTACTGTTCTTTT
GTTAAATTAAAAGCTATGTCGGAACCCTCTAGTTGAGCGGGAGGGCAGGCGGACAGCGGC
GTTCGTTTGCTGTTGTTTGGTCGGAATATATAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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AF RR1GN26TF U 1
AF RR1GN26JQ C 240
BS 1 588 RR1GN26TF
BS 589 589 RR1GN26JQ
BS 590 617 RR1GN26TF
BS 618 637 RR1GN26JQ

RD RR1GN26TF 617 0 0
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ATAATAATTGGAGTAGAAAAGGAGAAAAAAAAACATGAAAGAGATGGGAGTTATAGTGTT
TCTTCTATTTCATTCGATCTTCTACACTGCCTTTTGCTTCAAAGATGAGAATATTCTGAA
GAACGGAGGATTCGAAGAAGGCCCATGGGTTCTACCCAACACGTCATCAGGAGTCCTGAT
CCCACCAAACGCCGTCGACGACCACTCTCCGTTACCGGGATGGATGGTAGAATCTCTCAA
AGCCGTTAAATACATCGACTCCGACCATTTCTCCGTCCCACAAGGCCGTCGCGCCGTCGA
ACTCGTCGCCGGAAAAGAGATGAGGAACGACGATTTCTCGAGCCTGTGTGGGCCGGTGAT
CGACGACGTTAAACTTCTCAGTGCTCGGAGGATGTGAGCTGGCGAGTTATTCACGTGACA
GTGACGACCCAGTGGGCTTTCGTGATAAATTGGGCTTTATCGGCCTCTTACTGTTCTTTT
GTTAAATTAAAAGCTATGTCGGAACCCTCTAGTTGAGCGGGAGGGCAG*CGGACAGCGGC
GTTCGTTTGCTGTTGTT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1GN26JQ 398 0 0
TCCCACCAAACGCCGTCGACGACCACTCTCCGTTACCGGGATGGATGGTAGAATCTCTCA
AAGCCGTTAAATACATCGACTCCGACCATTTCTCCGTCCCACAAGGCCGTCGCGCCGTCG
AACTCGTCGCCGGAAAAGAGATGAGGAACGACGATTTCTCGAGCCTGTGTGGGCCGGTGA
TCGACGACGTTAAACTTCTCAGTGCTCGGAGGATGTGAGCTGGCGAGTTATTCACGTGAC
AGTGACGACCCAGTGGGCTTTCGTGATAAATTGGGCTTTATCGGCCTCTTACTGTTCTTT
TGTTAAATTAAAAGCTATGTCGGAACCCTCTAGTTGAGCGGGAGGGCAGGCGGACAGCGG
CGTTCGTTTGCTGTTGTTTGGTCGGAATATATAAAAAA

QA 1 398 1 398
DS 



AS 1 2

CO CL7839Contig1 642 2 2 U
GACTTTCAGGTTGGGAACTCGTTGAGGCTCGGAATGTCGATTCCTGCAGCTTATAGAGTA
GCGTTAGAGACATGGGCATCATGGATAGAGACTAAGATTGATCCAAACAAAACTCGTGTG
TTGTTTCGGACCTTTGAGCCATCTCACTGGAGTGATCGTAGATCATGTAATGTGACAAAG
TATCCAACCCCGGATACGGAAGGAAGAGACAAAAGCATATTCTCTGAAATGATCAAAGAA
GTAGTCAAGAGCATGACGGTTCCGGTGTCGGTTTTGGATGTAACTTCGATGTCAGCGTTT
AGAAGCGATGGTCATGTGGGTTTATGGAGTGATAATCCCCTGGTACCTGATTGTAGTCAC
TGGTGTCTACCTGGAGTTCCTGATATCTGGAATGAAATCTTGCTCTTCTTCCTTTTTAGA
CAGCAAGTTCAGTGATATGGACTAACTGCATGTTTTTGCAACATAACACGATAGAAAAAA
AGAAAAAGATTAACGACCCTTGAAGATTTTATCTCGGATCTAATTGCTTCTGTGTTCTTC
TGGGACCTAAAGACTTGGGGGTCACAAAGTGATTCTTAAATTCATTCTTTTATTGTTTCT
TCCACGTTCTTCTTCTTTTGTATTATCGATTCAAAGAGAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FQ24TF U 1
AF RR1FQ24JQ C 23
BS 1 584 RR1FQ24TF
BS 585 642 RR1FQ24JQ

RD RR1FQ24TF 584 0 0
GACTTTCAGGTTGGGAACTCGTTGAGGCTCGGAATGTCGATTCCTGCAGCTTATAGAGTA
GCGTTAGAGACATGGGCATCATGGATAGAGACTAAGATTGATCCAAACAAAACTCGTGTG
TTGTTTCGGACCTTTGAGCCATCTCACTGGAGTGATCGTAGATCATGTAATGTGACAAAG
TATCCAACCCCGGATACGGAAGGAAGAGACAAAAGCATATTCTCTGAAATGATCAAAGAA
GTAGTCAAGAGCATGACGGTTCCGGTGTCGGTTTTGGATGTAACTTCGATGTCAGCGTTT
AGAAGCGATGGTCATGTGGGTTTATGGAGTGATAATCCCCTGGTACCTGATTGTAGTCAC
TGGTGTCTACCTGGAGTTCCTGATATCTGGAATGAAATCTTGCTCTTCTTCCTTTTTAGA
CAGCAAGTTCAGTGATATGGACTAACTGCATGTTTTTGCAACATAACACGATAGAAAAAA
AGAAAAAGATTAACGACCCTTGAAGATTTTATCTCGGATCTAATTGCTTCTGTGTTCTTC
TGGGACCTAAAGACTTGGGGGTCACAAAGTGATTCTTAAATTCA

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1FQ24JQ 620 0 0
TGAGGCTCGGAATGTCGATTCCTGCAGCTTATAGAGTAGCGTTAGAGACATGGGCATCAT
GGATAGAGACTAAGATTGATCCAAACAAAACTCGTGTGTTGTTTCGGACCTTTGAGCCAT
CTCACTGGAGTGATCGTAGATCATGTAATGTGACAAAGTATCCAACCCCGGATACGGAAG
GAAGAGACAAAAGCATATTCTCTGAAATGATCAAAGAAGTAGTCAAGAGCATGACGGTTC
CGGTGTCGGTTTTGGATGTAACTTCGATGTCAGCGTTTAGAAGCGATGGTCATGTGGGTT
TATGGAGTGATAATCCCCTGGTACCTGATTGTAGTCACTGGTGTCTACCTGGAGTTCCTG
ATATCTGGAATGAAATCTTGCTCTTCTTCCTTTTTAGACAGCAAGTTCAGTGATATGGAC
TAACTGCATGTTTTTGCAACATAACACGATAGAAAAAAAGAAAAAGATTAACGACCCTTG
AAGATTTTATCTCGGATCTAATTGCTTCTGTGTTCTTCTGGGACCTAAAGACTTGGGGGT
CACAAAGTGATTCTTAAATTCATTCTTTTATTGTTTCTTCCACGTTCTTCTTCTTTTGTA
TTATCGATTCAAAGAGAGTG

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL7840Contig1 562 2 1 U
GGCTCCTATGGCTATGCCATCTCCTGACTTCAGCCTTTGCCTCTTCTTGATTCCTGAGAG
AGTGCAAATGGAGGAGCAGTTCAAGTCACTCATTGTTCTCTCACACTACCTTGAGACTGG
GAGGTTCCAGCAGTTTTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACATTCTCGAGACTGTTCC
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GCTTCCAAGATCTGTGCTTGCTGAGGCTGTTAACATGGATGGTGCATCCCTAGACAAGTT
CATTGAGCACCAAGTGGCGAACAGTGGATGGATTGTTGAGAAAGAAAATGGAAGTATCGT
CTTACCACAGAACGAGTTTAATCATCCTGAGCTTAAGAAAAACACAAGCGAGAATGTTCC
CTTGGAGCACATTGCCCGCATCTTCCCCATCCTTGGTTAAACCATTTTTTTATGAGAACT
CTGCAAATTTTCATTCGAGTCTGTCTTTCTTGTAATGCGACATTTTAAAACGCTGGAATG
TGATTTTCTTCGTCCTCTTTGC


BQ
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AF RR1FJ19JQ C 1
AF RR1FJ19TF U 1
BS 1 562 RR1FJ19TF

RD RR1FJ19JQ 562 0 0
GGCTCCTATGGCTATGCCATCTCCTGACTTCAGCCTTTGCCTCTTCTTGATTCCTGAGAG
AGTGCAAATGGAGGAGCAGTTCAAGTCACTCATTGTTCTCTCACACTACCTTGAGACTGG
GAGGTTCCAGCAGTTTTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACATTCTCGAGACTGTTCC
AGGTTTTGAACAAGCTATCCAAGCGTATGCAACTCACCTTCTTAGTTTAAGCTACCAAAA
GCTTCCAAGATCTGTGCTTGCTGAGGCTGTTAACATGGATGGTGCATCCCTAGACAAGTT
CATTGAGCACCAAGTGGCGAACAGTGGATGGATTGTTGAGAAAGAAAATGGAAGTATCGT
CTTACCACAGAACGAGTTTAATCATCCTGAGCTTAAGAAAAACACAAGCGAGAATGTTCC
CTTGGAGCACATTGCCCGCATCTTCCCCATCCTTGGTTAAACCATTTTTTTATGAGAACT
CTGCAAATTTTCATTCGAGTCTGTCTTTCTTGTAATGCGACATTTTAAAACGCTGGAATG
TGATTTTCTTCGTCCTCTTTGC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1FJ19TF 562 0 0
GGCTCCTATGGCTATGCCATCTCCTGACTTCAGCCTTTGCCTCTTCTTGATTCCTGAGAG
AGTGCAAATGGAGGAGCAGTTCAAGTCACTCATTGTTCTCTCACACTACCTTGAGACTGG
GAGGTTCCAGCAGTTTTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACATTCTCGAGACTGTTCC
AGGTTTTGAACAAGCTATCCAAGCGTATGCAACTCACCTTCTTAGTTTAAGCTACCAAAA
GCTTCCAAGATCTGTGCTTGCTGAGGCTGTTAACATGGATGGTGCATCCCTAGACAAGTT
CATTGAGCACCAAGTGGCGAACAGTGGATGGATTGTTGAGAAAGAAAATGGAAGTATCGT
CTTACCACAGAACGAGTTTAATCATCCTGAGCTTAAGAAAAACACAAGCGAGAATGTTCC
CTTGGAGCACATTGCCCGCATCTTCCCCATCCTTGGTTAAACCATTTTTTTATGAGAACT
CTGCAAATTTTCATTCGAGTCTGTCTTTCTTGTAATGCGACATTTTAAAACGCTGGAATG
TGATTTTCTTCGTCCTCTTTGC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL7841Contig1 1028 2 2 U
GGACACGCGCATCTTCTGTTGTTTCTCTCCCTATATTCACCGTTTCCTACGAAACTCTTT
ACGACTCTCTCTCTCTCTCTCAAAAGAACCTCTTCTACAGAGTGTGCAATGCTCAAGGAA
AGACGGGTTTTGCCGGTTTCGAGCAACAACAGAGGCAGGGTATCGCCTTACCCGCTTCGC
TCTTGTCGGAGCAAGAAACAGAAAGAAGCCGCCGAGTCATCATCACCTCTGGAGTCAGAG
AGTGTGAGCGAATGGGAGGACGTCAGGTGTGTGATCTGCATGGAGCCGCCACACAATGCC
ATCCTCTTGCAATGCTCTTCCTTCTCCAAAGGATGCCGTGCTTACATGTGCGACACGAGC
GCCCGTCACTCCAACTGCTTCAAGCAGTACCGCAGAATCAACAACACAAGCCGCTGCTGC
AGTCTCAAGGCCCTTAACTGTCCCTACTGCAGAGGAGAGGTTTACGGGACGGTGAAGTCT
ACGTCCGCGCGGAGATTCATGAACGCGAGACCCAGGTGCTGTTCTATGGACAAGTGTGGT
TTCTCTGGGACCTATTCTCAGCTGAAGAGTCACTTGAAAGAGGAGCATCCGGGTTTTACA
CCTCCGAAAGTGGACCCTTTGGAGAAACGCAAGTGGGATGAGTTGGAAAGAGCGGAGTTT
ATCGAGATGATCAACGCTCGTCATAGATGGGAATCGGAACAGAGATCTCTCTATCAGCTT
CCACACCACCATCCCTTGATCGATCTCAACTTTGATGCTTTCATGCACAATCTTTTTGCT
GGTGTAAGGGGCCAAGCAAGTGGTGACAATACTCGCATGCCCCGATTAGAGTTCCATGGT
ACCAGATGGACTCCGTGATAATAATTCCAAGTGCCAAGTGTATGATTATGAATCGATCCA
ATTTTTGATTTTTATCCATACTGTACTCTCAGTGTTTTAGGTTTTTATAGTGACATCAGC
TCTTGTTATAGGCATATCTTACATTGTTTGTATTTATGTTTCAGTTAGTCAAGTGTTCCA
TAGCTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AP11TF U 1
AF RR1AP11JQ C 231
BS 1 749 RR1AP11TF
BS 750 1028 RR1AP11JQ

RD RR1AP11TF 749 0 0
GGACACGCGCATCTTCTGTTGTTTCTCTCCCTATATTCACCGTTTCCTACGAAACTCTTT
ACGACTCTCTCTCTCTCTCTCAAAAGAACCTCTTCTACAGAGTGTGCAATGCTCAAGGAA
AGACGGGTTTTGCCGGTTTCGAGCAACAACAGAGGCAGGGTATCGCCTTACCCGCTTCGC
TCTTGTCGGAGCAAGAAACAGAAAGAAGCCGCCGAGTCATCATCACCTCTGGAGTCAGAG
AGTGTGAGCGAATGGGAGGACGTCAGGTGTGTGATCTGCATGGAGCCGCCACACAATGCC
ATCCTCTTGCAATGCTCTTCCTTCTCCAAAGGATGCCGTGCTTACATGTGCGACACGAGC
GCCCGTCACTCCAACTGCTTCAAGCAGTACCGCAGAATCAACAACACAAGCCGCTGCTGC
AGTCTCAAGGCCCTTAACTGTCCCTACTGCAGAGGAGAGGTTTACGGGACGGTGAAGTCT
ACGTCCGCGCGGAGATTCATGAACGCGAGACCCAGGTGCTGTTCTATGGACAAGTGTGGT
TTCTCTGGGACCTATTCTCAGCTGAAGAGTCACTTGAAAGAGGAGCATCCGGGTTTTACA
CCTCCGAAAGTGGACCCTTTGGAGAAACGCAAGTGGGATGAGTTGGAAAGAGCGGAGTTT
ATCGAGATGATCAACGCTCGTCATAGATGGGAATCGGAACAGAGATCTCTCTATCAGCTT
CCACACCACCATCCCTTGATCGATCTCAA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1AP11JQ 798 0 0
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ACACAATGCCATCCTCTTGCAATGCTCTTCCTTCTCCAAAGGATGCCGTGCTTACATGTG
CGACACGAGCGCCCGTCACTCCAACTGCTTCAAGCAGTACCGCAGAATCAACAACACAAG
CCGCTGCTGCAGTCTCAAGGCCCTTAACTGTCCCTACTGCAGAGGAGAGGTTTACGGGAC
GGTGAAGTCTACGTCCGCGCGGAGATTCATGAACGCGAGACCCAGGTGCTGTTCTATGGA
CAAGTGTGGTTTCTCTGGGACCTATTTTCAGCTGAAGAGTCACTTGAAAGAGGAGCATCC
GGGTTTTACACCTCCGAAAGTGGACCCTTTGGAGAAACGCAAGTGGGATGAGTTGGAAAG
AGCGGAGTTTATCGAGATGATCAACGCTCGTCATAGATGGGAATCGGAACAGAGATCTCT
CTATCAGCTTCCACACCACCATCCCTTGATCGATCTCAACTTTGATGCTTTCATGCACAA
TCTTTTTGCTGGTGTAAGGGGCCAAGCAAGTGGTGACAATACTCGCATGCCCCGATTAGA
GTTCCATGGTACCAGATGGACTCCGTGATAATAATTCCAAGTGCCAAGTGTATGATTATG
AATCGATCCAATTTTTGATTTTTATCCATACTGTACTCTCAGTGTTTTAGGTTTTTATAG
TGACATCAGCTCTTGTTATAGGCATATCTTACATTGTTTGTATTTATGTTTCAGTTAGTC
AAGTGTTCCATAGCTGCG

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL7842Contig1 970 2 6 U
GTGAAGCTGGAATTCTTTCCAAGCTACATCATCCAAATGTTATGGCATTTTACGTCATAG
TGAAAGATGGGCCAGGAGGAACTTTAGCTACAGTGACAGAGTACATGGTCAATGGATCGC
TTAGACATGTTCTTCTCAGCAACAGGCAGATTGATCGACGTAAGCGACTTATCATTGCAA
TGGATGCAGCTTTTGGTATGGAATATTTGCACTCAAAGAACATAGTTCATTTCGATTTGA
AGTGTGACAACTTGCTTGTCAACTTAAAGGATCCCGCCAGACCGATATGTAAGGTTGGTG
ATTTTGGACTGTCAAAGATAAAAAGAAACACTTTGGTAACTGGCGGTGTAAGGGGAACCC
TCCCTTGGATGGCTCCCGAGCTACTTAGTGGCAGCAGCAGCAAAGTTTCTGAAAAGGTCG
ATGTATTCTCTTTCGGAATCGTCTTGTGGGAAATTCTTACCGGTGAGGAACCATACGCCA
ATATGCATTACAGTGCAATAATCGGAGGCATAGTGAACAATACACTGAGACCAGCCGTGC
CAAGCTACTGTGACCCAGAATGGAGGATGCTGATGGAGCAGTGCTGGGCTCCTGACCCAT
TTGTTCGACCTTCCTTCCCAGAGATAGCCAGACGTCTCCGCACCATGTCCTCCTCTGCAG
TCCAGACAAAAGCTCAAGCCGCCAATCATCACCACAAGTAATATGTCAGTTTATCATTGC
GGGTACGTAAAAAAAAAGGTATGGTCTGTGTATATAAAACATATCCTTTCTGCTTCTTTC
TGATTTCAGAGTTGACAGTTTTAAAAGGTGTGTTTATTTCTCCAAGAAACCCTAAAACAG
ATATTCATATTTTGTATAGCCATTATTATTATTATTATTTAGTGTAAGTAAATTTGGTTT
TGGTATTATGACTTGGACTACTACTTCTGTAGTCGGGGAGTCTTTTTCCTTTTCAATAAA
AGTTTCACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ19TF U 1
AF RR1EZ19JQ C 211
BS 1 736 RR1EZ19TF
BS 737 738 RR1EZ19JQ
BS 739 768 RR1EZ19TF
BS 769 769 RR1EZ19JQ
BS 770 785 RR1EZ19TF
BS 786 970 RR1EZ19JQ

RD RR1EZ19TF 785 0 0
GTGAAGCTGGAATTCTTTCCAAGCTACATCATCCAAATGTTATGGCATTTTACGTCATAG
TGAAAGATGGGCCAGGAGGAACTTTAGCTACAGTGACAGAGTACATGGTCAATGGATCGC
TTAGACATGTTCTTCTCAGCAACAGGCAGATTGATCGACGTAAGCGACTTATCATTGCAA
TGGATGCAGCTTTTGGTATGGAATATTTGCACTCAAAGAACATAGTTCATTTCGATTTGA
AGTGTGACAACTTGCTTGTCAACTTAAAGGATCCCGCCAGACCGATATGTAAGGTTGGTG
ATTTTGGACTGTCAAAGATAAAAAGAAACACTTTGGTAACTGGCGGTGTAAGGGGAACCC
TCCCTTGGATGGCTCCCGAGCTACTTAGTGGCAGCAGCAGCAAAGTTTCTGAAAAGGTCG
ATGTATTCTCTTTCGGAATCGTCTTGTGGGAAATTCTTACCGGTGAGGAACCATACGCCA
ATATGCATTACAGTGCAATAATCGGAGGCATAGTGAACAATACACTGAGACCAGCCGTGC
CAAGCTACTGTGACCCAGAATGGAGGATGCTGATGGAGCAGTGCTGGGCTCCTGACCCAT
TTGTTCGACCTTCCTTCCCAGAGATAGCCAGACGTCTCCGCACCATGTCCTCCTCTGCAG
TCCAGACAAAAGCTCAAGCCGCCAATCATCACCACAAGTAATATGTCAGTTTATCATTGC
GGGTACGTAAAAAAAA**GTATGGTCTGTGTATATAAAACATATCCTT*CTGCTTCTTTC
TGATT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1EZ19JQ 760 0 0
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CTTTGGTAACTGGCGGTGTAAGGGGAACCCTCCCTTGGATGGCTCCCGAGCTACTTAGTG
GCAGCAGCAGCAAAGTTTCTGAAAAGGTCGATGTATTCTCTTTCGGAATCGTCTTGTGGG
AAATTCTTACCGGTGAGGAACCATACGCCAATATGCATTACAGTGCAATAATCGGAGGCA
TAGTGAACAATACACTGAGACCAGCCGTGCCAAGCTACTGTGACCCAGAATGGAGGATGC
TGATGGAGCAGTGCTGGGCTCCTGACCCATTTGTTCGACCTTCCTTCCCAGAGATAGCCA
GACGTCTCCGCACCATGTCCTCCTCTGCAGTCCAGACAAAAGCTCAAGCCGCCAATCATC
ACCACAAGTAATATGTCAGTTTATCATTGCGGGTACGTAAAAAAAAAGGTATGGTCTGTG
TATATAAAACATATCCTTTCTGCTTCTTTCTGATTTCAGAGTTGACAGTTTTAAAAGGTG
TGTTTATTTCTCCAAGAAACCCTAAAACAGATATTCATATTTTGTATAGCCATTATTATT
ATTATTATTTAGTGTAAGTAAATTTGGTTTTGGTATTATGACTTGGACTACTACTTCTGT
AGTCGGGGAGTCTTTTTCCTTTTCAATAAAAGTTTCACAT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL7843Contig1 1120 2 10 U
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GCTAAGATCCCCTCGGTGGGACTCGGAACCTGGCAAGCCTCTCCAGGCCTTGTCGGCGAG
GCTGTGGCTGCCGCTGTTAAGATCGGATATCGTCATATTGATTGCGCTCAGATCTATGGC
AACGAGAAATAGATAGGGGCAGTTTTGAAAAAGTTGTTTGAAGACAATGTGTGAAACGCG
AGGAGTTGTTCATCACTTCCAAACTCTGGTGTACTGATCATGACCCCCAAGATGTGCCAG
AGGCACTAAATAAAAACTCTACAGGATCTACAGTTTGACTATGTTGATCTCTATCTGATG
CATTGGCCTGTAAGGATGAAGAAAGGTTCTGTTGGAGTTAAGCCAGAGAACCTTTTACCC
GTCGATATTCCTAGCACATGGAAAGCAATGGAAGCACTCCCCGATTCGGGCAAGGCACGA
GCCATAGGTGTAAGCAACTTCTCCACCAAGAAGCTAGCTGATCTTTTGGAGTTAGCCCGT
GTTCCTCCTGCCGTTGTTCAAGTCGAATGTCATCCTTCTTGGCGACAGACTAAGCTACGA
GAGTTCTGCAAATCCAAAGGAGTTCACCTCACCGCATACTCGCCCTTGGGCTCTCCAGGA
ATAACGTGGCTCAAGAGCGATGTGCTGAAGAACCTCATACTAAACACTGTTGCTGAGAAA
CTTGGAAAGTCTCCTGCGCAAGTTGCGCTTCGCTGGGGACTCCAAATGGGTAACAGCGTA
CTTCCCAAGAGTACTAATGAAGGAAGAATTAGAGAGAACTTTGAAGTTTTCGACTGGTCA
ATACCCGATGACTTGTTCGCCAAGTTTTCTGATATTGAACAGGCTAGGTTATTGACTGCT
CCGTTCTTTGCTCATGAGACACTGAGCCCTTATAAGTCTTTTGAAGAGTTATGGGATGGC
GAGATATGATATTTCAACTAATCTATTTGTTTTGTCAATAATGGGAGGTTACTCTATCTA
TTGAACTTGCCAGTTTATGTATAAAATGATGCCACTTAAATAATTTATAATCATGTTTGC
TGTTATTTTGAATTATATTATTCGAAAAAGTTATTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AU68TF U 1
AF RR1AU68JQ C 274
BS 1 286 RR1AU68TF
BS 287 287 RR1AU68JQ
BS 288 312 RR1AU68TF
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BS 314 315 RR1AU68TF
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BS 806 851 RR1AU68TF
BS 852 1120 RR1AU68JQ

RD RR1AU68TF 851 0 0
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GCTAAGATCCCCTCGGTGGGACTCGGAACCTGGCAAGCCTCTCCAGGCCTTGTCGGCGAG
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AGGAGTTGTTCATCACTTCCAAACTCTGGTGTACTGATCATGACCCTCAAGATGTGCCAG
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CTTCCCAAGAGTACTAATGAAGGA*GAATTAGAGAGAACTTTGAAGTTTTCGACTGGTCA
ATACCCGATGA

QA 1 851 1 851
DS 

RD RR1AU68JQ 847 0 0
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GCACTCCCCGATTCGGGCAAGGCACGAGCCATAGGTGTAAGCAACTTCTCCACCAAGAAG
CTAGCTGATCTTTTGGAGTTAGCCCGTGTTCCTCCTGCCGTTGTTCAAGTCGAATGTCAT
CCTTCTTGGCGACAGACTAAGCTACGAGAGTTCTGCAAATCCAAAGGAGTTCACCTCACC
GCATACTCGCCCTTGGGCTCTCCAGGAATAACGTGGCTCAAGAGCGATGTGCTGAAGAAC
CTCATACTAAACACTGTTGCTGAGAAACTTGGAAAGTCTCCTGCGCAAGTTGCGCTTCGC
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GAGAACTTTGAAGTTTTCGACTGGTCAATACCCGATGACTTGTTCGCCAAGTTTTCTGAT
ATTGAACAGGCTAGGTTATTGACTGCTCCGTTCTTTGCTCATGAGACACTGAGCCCTTAT
AAGTCTTTTGAAGAGTTATGGGATGGCGAGATATGATATTTCAACTAATCTATTTGTTTT
GTCAATAATGGGAGGTTACTCTATCTATTGAACTTGCCAGTTTATGTATAAAATGATGCC
ACTTAAATAATTTATAATCATGTTTGCTGTTATTTTGAATTATATTATTCGAAAAAGTTA
TTGATCC

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 2

CO CL7844Contig1 966 2 8 U
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GCTAAGCTTAAAGGTGCAATGGGAGACAGTCAGTACTCGTTTTCTCTCACTACGTTCAGC
CCATCTGGGAAGCTGGTTCAGATAGAGCATGCCCTTACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACA
TCTTTGGGAATCAAAGCTTCAAACGTAGTTGTCATTGCAACAGAGAAGAAACTTCCTTCC
ATTCTGGTTGATGAAGCGTCTATTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTT
GCTTACAGTGGTATGGGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTGCGAAAGAGTAGGAAGCAGGCT
GAGCAATATAACCGTCTCTACAAAGAACCCATCCCTGTTACTCAACTTGTAAGGGAAACC
GCAACGGTGATGCAAGAGTTCACTCAATCAGGTGGTGTTAGGCCATTTGGAGTTTCTCTA
CTAGTGGCTGGGTACGATGACAAAGGTCCTCAGCTCTATCAGGTGGATCCGTCTGGCTCT
TATTTCTCATGGAAAGCTTCTGCCATGGGAAAGAATGTTTCAAATGCTAAGACATTTCTT
GAGAAGAGGTACACAGAATATATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCGATATTAACT
TTGAAGGAAGGTTTTGAGGGAGAAATCTCGAGCAAAAACATTGAGATTGGCAAGATTGGT
GCTGACAAAGTTTTCAGGGTACTAACACCTGCAGAGATCGACGATTACTTGGCTGAAGTA
GAGTAAACTTTCACCTTGCCCGAGCCTGATTTGAATACTAATGCCATCTTTTGTTTTCTC
TGGCTGGTTGAACAAACTTGATGGTTATTGCTTCTGTAAAACTTTTGGAACTTGTTAAGA
ATCTAGAATTATGTTCAAAATGTCGTGCACTCAAATTACTTTGTGCCAAAACTTTAATTT
TTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1C431TF U 1
AF RR1C431JQ C 157
BS 1 697 RR1C431TF
BS 698 698 RR1C431JQ
BS 699 707 RR1C431TF
BS 708 708 RR1C431JQ
BS 709 716 RR1C431TF
BS 717 717 RR1C431JQ
BS 718 732 RR1C431TF
BS 733 966 RR1C431JQ

RD RR1C431TF 732 0 0
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CCATCTGGGAAGCTGGTTCAGATAGAGCATGCCCTTACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACA
TCTTTGGGAATCAAAGCTTCAAACGTAGTTGTCATTGCAACAGAGAAGAAACTTCCTTCC
ATTCTGGTTGATGAAGCGTCTATTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTT
GCTTACAGTGGTATGGGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTGCGAAAGAGTAGGAAGCAGGCT
GAGCAATATAACCGTCTCTACAAAGAACCCATCCCTGTTACTCAACTTGTAAGGGAAACC
GCAACGGTGATGCAAGAGTTCACTCAATCAGGTGGTGTTAGGCCATTTGGAGTTTCTCTA
CTAGTGGCTGGGTACGATGACAAAGGTCCTCAGCTCTATCAGGTGGATCCGTCTGGCTCT
TATTTCTCATGGAAAGCTTCTGCCATGGGAAAGAATGTTTCAAATGCTAAGACATTTCTT
GAGAAGAGGTACACAGAATATATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCGATATTAACT
TTGAAGGAAGGTTTTGAGGGAGAAATCTCGAGCAAAA*CATTGAGAT*GGCAAGAT*GGT
GCTGACAAAGTT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1C431JQ 810 0 0
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GCAACAGAGAAGAAACTTCCTTCCATTCTGGTTGATGAAGCGTCTATTCAAAAGATTCAG
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GTGCGAAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAGCAATATAACCGTCTCTACAAAGAACCCATCCCT
GTTACTCAACTTGTAAGGGAAACCGCAACGGTGATGCAAGAGTTCACTCAATCAGGTGGT
GTTAGGCCATTTGGAGTTTCTCTACTAGTGGCTGGGTACGATGACAAAGGTCCTCAGCTC
TATCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATGGAAAGCTTCTGCCATGGGAAAGAAT
GTTTCAAATGCTAAGACATTTCTTGAGAAGAGGTACACAGAATATATGGAACTTGATGAT
GCCATTCACACTGCGATATTAACTTTGAAGGAAGGTTTTGAGGGAGAAATCTCGAGCAAA
AACATTGAGATTGGCAAGATTGGTGCTGACAAAGTTTTCAGGGTACTAACACCTGCAGAG
ATCGACGATTACTTGGCTGAAGTAGAGTAAACTTTCACCTTGCCCGAGCCTGATTTGAAT
ACTAATGCCATCTTTTGTTTTCTCTGGCTGGTTGAACAAACTTGATGGTTATTGCTTCTG
TAAAACTTTTGGAACTTGTTAAGAATCTAGAATTATGTTCAAAATGTCGTGCACTCAAAT
TACTTTGTGCCAAAACTTTAATTTTTTTCT

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL7845Contig1 562 2 1 U
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GGGGAGTGCTCTGCCGTCTGTGGCGGTCTCTTGGGTGGTGCCACTGATGATGAGCTTCAG
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TACAGTTTCGTTGACTACGCTGCTCACCGAGACTTCCTTCTTCATCTCTGAATATTTATG
GGCCTCTTTTCTTTTCCTTTTGGGCTTTTCTGTTATCTACGTACATCATATCTATCATAT
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AAACTTAGAGTTTTGATTAAATATTTTTATCTTGCATTCACGGATCTCTCATTATCAAGG
TCCAATATATTTTCTTTCAACG


BQ
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AF RR1AX30JQ C 1
AF RR1AX30TF U 1
BS 1 562 RR1AX30TF

RD RR1AX30JQ 562 0 0
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GGGGAGTGCTCTGCCGTCTGTGGCGGTCTCTTGGGTGGTGCCACTGATGATGAGCTTCAG
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AACTTTTCGGGAGTCTTTGGAACAGAGACGGCTTTGGAAATGGCAGATGAGCTTAGTGTA
AAGGCGAAGAAGGAGCTGCGAGTTTTTGACAAGTATGGAGAATCATCAGTTGCTCCTCTC
TACAGTTTCGTTGACTACGCTGCTCACCGAGACTTCCTTCTTCATCTCTGAATATTTATG
GGCCTCTTTTCTTTTCCTTTTGGGCTTTTCTGTTATCTACGTACATCATATCTATCATAT
TAAAAGTGAAGTACAAATGAGAAATTACCCTTATTAAATTAACAGAATGCCATTGATATT
AAACTTAGAGTTTTGATTAAATATTTTTATCTTGCATTCACGGATCTCTCATTATCAAGG
TCCAATATATTTTCTTTCAACG

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR1AX30TF 562 0 0
GACCTCGAAGGAGGCCCCTTTCCTCTTTCCTTTGCTCACGAGAAGAAATTCGGTGCCATG
GGGGAGTGCTCTGCCGTCTGTGGCGGTCTCTTGGGTGGTGCCACTGATGATGAGCTTCAG
TCTCTCAGATTGTACGGCAGAGCTGTTGGGATGCTCTATCAGGTGGTGGATGACAATAAC
AACTTTTCGGGAGTCTTTGGAACAGAGACGGCTTTGGAAATGGCAGATGAGCTTAGTGTA
AAGGCGAAGAAGGAGCTGCGAGTTTTTGACAAGTATGGAGAATCATCAGTTGCTCCTCTC
TACAGTTTCGTTGACTACGCTGCTCACCGAGACTTCCTTCTTCATCTCTGAATATTTATG
GGCCTCTTTTCTTTTCCTTTTGGGCTTTTCTGTTATCTACGTACATCATATCTATCATAT
TAAAAGTGAAGTACAAATGAGAAATTACCCTTATTAAATTAACAGAATGCCATTGATATT
AAACTTAGAGTTTTGATTAAATATTTTTATCTTGCATTCACGGATCTCTCATTATCAAGG
TCCAATATATTTTCTTTCAACG

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL7846Contig1 1146 2 2 U
GACATAACTCCATTCGTAAGTGTACAAAATAGGAACGAATAATTTGGAAAAGTATTAAGA
AAAACGGCATTACCATAATCAATTCCTCTGGAACTTCTTCAGTAGCTGCAAGAACAAAGA
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ACTCAAAGTGAACAAAATGCCTTCCCTACTCCAAAACCCCCAAGAAAATAGATAGATGGA
GCTGAGTTTCCTAACCTTTTCCATATAGGTTCCATAGAAGTGACCAGGAGGCAACCTCAC
CAAGCAAAAGCTGAGCCTTCTGTCTCATAAGTTTATCCTCTACAACCCGATGTCTTACAT
CTGATCCATACCTGTAGATAACAGAAAATGCAATGAACAAGAAAGAAAAGGTTGAAGTTG
AAGAAAGCTTGACGGTCCACCTCTCGGAGCCAGAAGACGTACCTAATTGATTGTGAAACA
TCCCTGCATGACTCCTCAAGTCTTAATATTAGATCGGGAATGGACATGAGTCCTGCAGAA
CCGAGACGTCATAATTACAATAAGAGATAACCAGACACAAATGAGACTCTATCAAGTAAG
TAAAGAGAATCCTACAAGCCCAACATTAAAATGCAAAAACAATATAACCTTTAAACAGGC
ATGCACAAACACAACACTCAAATATCTGCATATTCATGTATATACACAATATTTCAAAAT
GAAGATAAATATAAATCATACAAACCTTGAAGAGCAGAATCAAAAAGGGAAGCAAAGAGA
GCAAAGGTTGTATCTCCACTTTCCGCCAACTCATCATTCTCAATTTTGCAAGCCTTCAGC
GATTGACTTTCTACTCGGCGAAACAAAGCCTCATCATCATCCAGAATTCCAGCACTTTTT
ACCCTTTTAGAAGCAGAGACCGGATTTGCGGATGTTCCTTGGTAAAAATCGGTGTGAAAG
TTGTCAACCTCTTCTTTAATGTTTTCAAGAAGCAAGGCAGTGTTGGTTGGACTGTGGATG
GAATGCCCATCATACAGTAGTCTGTTCTCACTGACATTCGGACTCGAGAATTCCTCATGT
GGCGATGTAGAGTGTCTCTTCCTGCAATGTGATTTTCCATACATGAGAATCAAAGTGCTA
TACCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN91TF U 1
AF RR1AN91JQ C 380
BS 1 762 RR1AN91TF
BS 763 1146 RR1AN91JQ

RD RR1AN91TF 762 0 0
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AAAACGGCATTACCATAATCAATTCCTCTGGAACTTCTTCAGTAGCTGCAAGAACAAAGA
CGTATCATCAATAATACAGTCTCAAGGTAAACATGAAAATATCACATGACACACACAAGT
ACTCAAAGTGAACAAAATGCCTTCCCTACTCCAAAACCCCCAAGAAAATAGATAGATGGA
GCTGAGTTTCCTAACCTTTTCCATATAGGTTCCATAGAAGTGACCAGGAGGCAACCTCAC
CAAGCAAAAGCTGAGCCTTCTGTCTCATAAGTTTATCCTCTACAACCCGATGTCTTACAT
CTGATCCATACCTGTAGATAACAGAAAATGCAATGAACAAGAAAGAAAAGGTTGAAGTTG
AAGAAAGCTTGACGGTCCACCTCTCGGAGCCAGAAGACGTACCTAATTGATTGTGAAACA
TCCCTGCATGACTCCTCAAGTCTTAATATTAGATCGGGAATGGACATGAGTCCTGCAGAA
CCGAGACGTCATAATTACAATAAGAGATAACCAGACACAAATGAGACTCTATCAAGTAAG
TAAAGAGAATCCTACAAGCCCAACATTAAAATGCAAAAACAATATAACCTTTAAACAGGC
ATGCACAAACACAACACTCAAATATCTGCATATTCATGTATATACACAATATTTCAAAAT
GAAGATAAATATAAATCATACAAACCTTGAAGAGCAGAATCA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1AN91JQ 767 0 0
AACAGAAAATGCAATGAACAAGAAAGAAAAGGTTGAAGTTGAAGAAAGCTTGACGGTCCA
CCTCTCGGAGCCAGAAGACGTACCTAATTGATTGTGAAACATCCCTGCATGACTCCTCAA
GTCTTAATATTAGATCGGGAATGGACATGAGTCCTGCAGAACCGAGACGTCATAATTACA
ATAAGAGATAACCAGACACAAATGAGACTCTATCAAGTAAGTAAAGAGAATCCTACAAGC
CCAACATTAAAATGCAAAAACAATATAACCTTTAAACAGGCATGCACAAACACAACACTC
AAATATCTGCATATTCATGTATATACACAATATTTCAAAATGAAGATAAATATAAATCAT
ACAAACCTTGAAGAGCAGAATCAAAAAGGGAAGCAAAGAGAGCAAAGGTTGTATCTCCAC
TTTCCGCCAACTCATCATTCTCAATTTTGCAAGCCTTCAGCGATTGACTTTCTACTCGGC
GAAACAAAGCCTCATCATCATCCAGAATTCCAGCACTTTTTACCCTTTTAGAAGCAGAGA
CCGGATTTGCGGATGTTCCTTGGTAAAAATCGGTGTGAAAGTTGTCAACCTCTTCTTTAA
TGTTTTCAAGAAGCAAGGCAGTGTTGGTTGGACTGTGGATGGAATGCCCATCATACAGTA
GTCTGTTCTCACTGACATTCGGACTCGAGAATTCCTCATGTGGCGATGTAGAGTGTCTCT
TCCTGCAATGTGATTTTCCATACATGAGAATCAAAGTGCTATACCTC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

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TCTACCTTCTATCTAAAAGTTTTCCAAAAAATCAAATCGTGATAAGGGGCCGGTGGTTCC
ACCACCGCCGGTCACCTCTTTTTCTTTTGTTTTTTGTTTTATGTAAATATCTGTTTAGTT
TTTCGGTTTAGTCCGAGTTCTTATTCCGTCTGCGGATGTTTTCTTCGGTTTAGCCGATCT
AGATCTTCGCTAGGCGATGTTTTTTGTGGTGTTTTCAAATAATCTTCCTATACTCTCTGG
GCTTATATAAGATTCCGGCTGTTTCTTTGGGTTTTCATCTTTTCTGATGGTCATCCTCAA
TCTCTATTACTGGATGATATCAATCTTTGTTGCTATAAAACTAGCAAAGTTTTCAGAAAG
TATAGAGTTTTGAGCTTTGCAGATTAACCTTCCCGGTTTCTGTTTCAACTTAAGAAAAGC
CGAAGTTTGTTTCCAACAAATGTTTTGGTAATAGTTGGAGCTAAATCGATTGAAGGAATT
TGGAATTCTCCACATCCAAAGAAGAGATTGGAGATTGAAGGAACAGAGGCGCGAAGGAGA
GTATTGATCTCAGATTCATTGAAAAGATGCTTGCTGATTATGAAAGAAGAAACAGAAGAG
ACTGAGAGAACATAGCCTTTCCGTTGGCTTCAGGTTGACGACGTCGATGGCTCTAGGTTC
ATGACGTCAGCGACTATTGTTCAGAACATGAAAGACACGTGTTACTACGTGTAGTAAGTA
CAAGAAGCTGCTAGGGTTATCTAGATTTTAGACTTTTCTCTCTATTGGGCTCTAAACTTT
ATGTTTTCTTCCAATAGACTCATTTCAATGTAATCTGGATCTTTGTAAAAGCCCTGTGGG
CTCTTTCTTATGAATGGAAGTTTGTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DV18TF U 1
AF RR1DV18JQ C 151
BS 1 633 RR1DV18TF
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BS 726 869 RR1DV18JQ

RD RR1DV18TF 729 0 0
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ACCACCGCCGGTCACCTCTTTTTCTTTTGTTTTTTGTTTTATGTAAATATCTGTTTAGTT
TTTCGGTTTAGTCCGAGTTCTTATTCCGTCTGCGGATGTTTTCTTCGGTTTAGCCGATCT
AGATCTTCGCTAGGCGATGTTTTTTGTGGTGTTTTCAAATAATCTTCCTATACTCTCTGG
GCTTATATAAGATTCCGGCTGTTTCTTTGGGTTTTCATCTTTTCTGATGGTCATCCTCAA
TCTCTATTACTGGATGATATCAATCTTTGTTGCTATAAAACTAGCAAAGTTTTCAGAAAG
TATAGAGTTTTGAGCTTTGCAGATTAACCTTCCCGGTTTCTGTTTCAACTTAAGAAAAGC
CGAAGTTTGTTTCCAACAAATGTTTTGGTAATAGTTGGAGCTAAATCGATTGAAGGAATT
TGGAATTCTCCACATCCAAAGAAGAGATTGGAGATTGAAGGAACAGAGGCGCGAAGGAGA
GTATTGATCTCAGATTCATTGAAAAGATGCTTGCTGATTATGAAAGAAGAAACAGAAGAG
ACTGAGAGAACATAGCCTTTCCGTTGGCTTCAG*TTGACGACGTCGATGGCTCTAG*TTC
ATGACGTCAGCGACTATTGTTCAGAACATGAAAGACACGTGTTACTACGTGTAGTAAGTA
CAAGA
GCTG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1DV18JQ 719 0 0
TGCGGATGTTTTCTTCGGTTTAGCCGATCTAGATCTTCGCTAGGCGATGTTTTTTGTGGT
GTTTTCAAATAATCTTCCTATACTCTCTGGGCTTATATAAGATTCCGGCTGTTTCTTTGG
GTTTTCATCTTTTCTGATGGTCATCCTCAATCTCTATTACTGGATGATATCAATCTTTGT
TGCTATAAAACTAGCAAAGTTTTCAGAAAGTATAGAGTTTTGAGCTTTGCAGATTAACCT
TCCCGGTTTCTGTTTCAACTTAAGAAAAGCCGAAGTTTGTTTCCAACAAATGTTTTGGTA
ATAGTTGGAGCTAAATCGATTGAAGGAATTTGGAATTCTCCACATCCAAAGAAGAGATTG
GAGATTGAAGGAACAGAGGCGCGAAGGAGAGTATTGATCTCAGATTCATTGAAAAGATGC
TTGCTGATTATGAAAGAAGAAACAGAAGAGACTGAGAGAACATAGCCTTTCCGTTGGCTT
CAGGTTGACGACGTCGATGGCTCTAGGTTCATGACGTCAGCGACTATTGTTCAGAACATG
AAAGACACGTGTTACTACGTGTAGTAAGTACAAGAAGCTGCTAGGGTTATCTAGATTTTA
GACTTTTCTCTCTATTGGGCTCTAAACTTTATGTTTTCTTCCAATAGACTCATTTCAATG
TAATCTGGATCTTTGTAAAAGCCCTGTGGGCTCTTTCTTATGAATGGAAGTTTGTTGAC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL7848Contig1 664 2 1 U
GAACACATACTTGTGGTGGAGGCAAGGTCCTGTCAAGATCCAATGGAGCAGCGAAGAAAA
AGGATCATGCGAAGAGGTGAGTGGCGCGGAGGGAATGGAAATGGCAATGAATGCGTGGGC
TCATTGGATTTCCAACAATGTTGATCCAAAAACTAAGCGGGTCTTCTTCGTTACAATGTC
TCCTACACATCAATGGAGCCGAGAGTGGAACCCAGGAAGCGAGGGAAACTGCTACGCGGA
GAAGAAGCCAATAGCGGGAGAGAGTTATTGGGGTAGTGGGTCCGATATTCCCACAATGAG
GATGGTGGAAAGAGTGTTGAGGAGATTGGGACCAAAGGTCTCAGTCATCAACATCACACA
GTTGTCTGAGTATCGTAAAGATGGTCATCCCTCTGTCTACCGGAAATTCTGGGAACCTCT
GAACGATGACAGGTTGAAAAATCCTGCGTCTTATTCGGATTGCATTCATTGGTGTGTACC
TGGTGTTCCTGATGTCTGGAATCAATTGCTTTTCCATTTTTTGTGGTCATTACGAATTCC
TCCCCTTCCGAGCTATTCTTTTTTTCTTAGTGATGTGTTTTCGTTTTCTAAAACACACAA
TCTTTCGATTCCAGATTATGTAATTTGTAGCAGTCAAGCTTCAGAGTATACATTGTGTTT
TGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 

AF RR1FE04TF U 1
AF RR1FE04JQ C 185
BS 1 664 RR1FE04TF

RD RR1FE04TF 664 0 0
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AGGATCATGCGAAGAGGTGAGTGGCGCGGAGGGAATGGAAATGGCAATGAATGCGTGGGC
TCATTGGATTTCCAACAATGTTGATCCAAAAACTAAGCGGGTCTTCTTCGTTACAATGTC
TCCTACACATCAATGGAGCCGAGAGTGGAACCCAGGAAGCGAGGGAAACTGCTACGCGGA
GAAGAAGCCAATAGCGGGAGAGAGTTATTGGGGTAGTGGGTCCGATATTCCCACAATGAG
GATGGTGGAAAGAGTGTTGAGGAGATTGGGACCAAAGGTCTCAGTCATCAACATCACACA
GTTGTCTGAGTATCGTAAAGATGGTCATCCCTCTGTCTACCGGAAATTCTGGGAACCTCT
GAACGATGACAGGTTGAAAAATCCTGCGTCTTATTCGGATTGCATTCATTGGTGTGTACC
TGGTGTTCCTGATGTCTGGAATCAATTGCTTTTCCATTTTTTGTGGTCATTACGAATTCC
TCCCCTTCCGAGCTATTCTTTTTTTCTTAGTGATGTGTTTTCGTTTTCTAAAACACACAA
TCTTTCGATTCCAGATTATGTAATTTGTAGCAGTCAAGCTTCAGAGTATACATTGTGTTT
TGAC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1FE04JQ 480 0 0
ACACATCAATGGAGCCGAGAGTGGAACCCAGGAAGCGAGGGAAACTGCTACGCGGAGAAG
AAGCCAATAGCGGGAGAGAGTTATTGGGGTAGTGGGTCCGATATTCCCACAATGAGGATG
GTGGAAAGAGTGTTGAGGAGATTGGGACCAAAGGTTTCAGTCATCAACATCACACAGTTG
TCTGAGTATCGTAAAGATGGTCATCCCTCTGTCTACCGGAAATTCTGGGAACCTCTGAAC
GATGACAGGTTGAAAAATCCTGCGTTTTATTCGGATTGCATTCATTGGTGTGTACCTGGT
GTTCCTGATGTCTGGAATCAATTGCTTTTCCATTTTTTGTGGTCATTACGAATTCCTCCC
CTTCCGAGCTATTCTTTTTTTTTTAGTGATGTGTTTTCGTTTTTTAAAACACACAATCTT
TCGATTCCAGATTATGTAATTTGTAGCAGTCAAGCTTCAGAGTATACATTGTGTTTTGAC

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL7849Contig1 566 2 1 U
GTTCACGTGGTTGATCTGAGCTGTGGAGGAGAAAGTGATAACGGGCAAAGAATATGCAGA
ATCTGTCACTTTGGTTCTGATCAAACGCCAGATAGAGTCTCTGGCAAGTCTGTAAGTGTA
GAGTTGATTCAGATTGGTTGCAAATGCAAAAACGAGCTTGGCCTTGCCCATTTTCATTGT
GCTGAAGCTTGGTTCAAGCTAAGAGGAAACAGTGTATGTGAAATCTGTGGTTCTTCAGCA
TTGAATGTTCCAGTAAGGTTAACGGAGGAGGAGTGGAGCGAAATAAGGGATACTACAATG
GATGAAGGAAGAAGACGTGGAACTGGACAGTCTTGCTGCATCTTCATGGTTTTCCTGCTC
ACTATCATTCTGCTTCATTGGTTTTTCAAGAAGATGAGTACTTACTACCAAAACCCATCT
ATTTAATTTGTTAGTTTATAAGCATATATGTTGGTAACTTTTCTTTTTTTTTGAGACGTA
TATGTTGGTAACTTGTAAATTCTATTCTGACTCTAAGACTATATGGAAACAAAAGAAGAT
AGAATATAGTACAAGTTCTTTAGATC


BQ
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AF RR1E665JQ C 1
AF RR1E665TF U 1
BS 1 566 RR1E665TF

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GAGTTGATTCAGATTGGTTGCAAATGCAAAAACGAGCTTGGCCTTGCCCATTTTCATTGT
GCTGAAGCTTGGTTCAAGCTAAGAGGAAACAGTGTATGTGAAATCTGTGGTTCTTCAGCA
TTGAATGTTCCAGTAAGGTTAACGGAGGAGGAGTGGAGCGAAATAAGGGATACTACAATG
GATGAAGGAAGAAGACGTGGAACTGGACAGTCTTGCTGCATCTTCATGGTTTTCCTGCTC
ACTATCATTCTGCTTCATTGGTTTTTCAAGAAGATGAGTACTTACTACCAAAACCCATCT
ATTTAATTTGTTAGTTTATAAGCATATATGTTGGTAACTTTTCTTTTTTTTTGAGACGTA
TATGTTGGTAACTTGTAAATTCTATTCTGACTCTAAGACTATATGGAAACAAAAGAAGAT
AGAATATAGTACAAGTTCTTTAGATC

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1E665TF 566 0 0
GTTCACGTGGTTGATCTGAGCTGTGGAGGAGAAAGTGATAACGGGCAAAGAATATGCAGA
ATCTGTCACTTTGGTTCTGATCAAACGCCAGATAGAGTCTCTGGCAAGTCTGTAAGTGTA
GAGTTGATTCAGATTGGTTGCAAATGCAAAAACGAGCTTGGCCTTGCCCATTTTCATTGT
GCTGAAGCTTGGTTCAAGCTAAGAGGAAACAGTGTATGTGAAATCTGTGGTTCTTCAGCA
TTGAATGTTCCAGTAAGGTTAACGGAGGAGGAGTGGAGCGAAATAAGGGATACTACAATG
GATGAAGGAAGAAGACGTGGAACTGGACAGTCTTGCTGCATCTTCATGGTTTTCCTGCTC
ACTATCATTCTGCTTCATTGGTTTTTCAAGAAGATGAGTACTTACTACCAAAACCCATCT
ATTTAATTTGTTAGTTTATAAGCATATATGTTGGTAACTTTTCTTTTTTTTTGAGACGTA
TATGTTGGTAACTTGTAAATTCTATTCTGACTCTAAGACTATATGGAAACAAAAGAAGAT
AGAATATAGTACAAGTTCTTTAGATC

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

CO CL7850Contig1 1193 2 6 U
GATACAAAACGCTAGTCGTCGTCGGCTCTGTAACTCCCGTCGTCGACCCAATACGCCGTT
GAAGCTAATTTAAGTGATGGAACCTAACGGGTCAGCTTCATCGACTGAAAACGGCGTCGT
AAATGACGTGGAGAAGTTTCTCTGCGAGAGATTGGTGGACCAGTCGCAGCCCATCTCGGA
GCGGTTCAGAGCTCTCTTCTCTCTTCGCAACTTGAAAGGCCCTGGACCTCGCAACGCTCT
AATCCTCGCGTCCAGAGACACATCAAACTTGTTGGCGCATGAAGCTGCGTTTGCATTGGG
ACAGATGCAAGATGCTGAAGCGGTTCCTGCTCTAGAGTCTGTTCTTAATGATATGTCTTT
GCATCCAATAGTACGCCATGAGGCAGCAGAAGCTCTTGGAGCTATTGGTTTAGCGGGAAA
TGCTGAGGTTTTGAAGAAGAGCTTGGTTTTGGATCCAGCTCAGGAGGTTAGGGAAACGTG
TGAGCTAGCTCTCAAAAGGATTGAAGAGTTGAGTAATGCTGATGCGGAGAAGGAGTTAGA
CACGACAGAGAAAGAGAGATCACCTTTCATGTCTGTTGACCCTGCGGCTCCAGCTGCTGC
TTTCTCTTCTGTACAGCAATTGAGGCAAATCCTTCTGGATGAAACAAAAGGCATGTATGA
GAGATATGCTGCTCTCTTTGCGCTAAAGAATCATGGTGGAGAGGATGCTGTTTCTGCCAT
AGTTGATTCTTTGGGTGCTAATAGTGCCCTTCTACGTCACGAGGTAGCTTATGTCTTGGG
GCAACTGCAAAACAAAGCTGCATTAGCTACTCTAAGCAAAATACTTAGAGATGTGAACGA
GCATCCCATGGTCAGACATGAGGCTGCAGAAGCGCTTGGTTCTATTGCAGATGAGCAGAG
CATCGCATTGCTACAAGAGTTCTCAAGGGACCCTGAACCGATTGTTTCTCAAAGCTGTGA
AGTTGCATTGAGCATGTTGGAATTTGAAAATTCTGGCAAATCATTCGAGTTCTTTTTCAC
TCAAGACCCACTTGTTCACTAAGAATGGTCAAGGATCATAACCATTCTTCTATCATTTAC
CAACCAAGGAACACAAACTTTTTTTTTTTAAAGCTGAATGTTCACTAAGAATGCTCAAGG
ATCATAACCATTCTTCTATCACTTACCAACGAAGGAATACAAACTTTTTTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B818TF U 1
AF RR1B818JQ C 275
BS 1 820 RR1B818TF
BS 821 821 RR1B818JQ
BS 822 836 RR1B818TF
BS 837 837 RR1B818JQ
BS 838 853 RR1B818TF
BS 854 1193 RR1B818JQ

RD RR1B818TF 853 0 0
GATACAAAACGCTAGTCGTCGTCGGCTCTGTAACTCCCGTCGTCGACCCAATACGCCGTT
GAAGCTAATTTAAGTGATGGAACCTAACGGGTCAGCTTCATCGACTGAAAACGGCGTCGT
AAATGACGTGGAGAAGTTTCTCTGCGAGAGATTGGTGGACCAGTCGCAGCCCATCTCGGA
GCGGTTCAGAGCTCTCTTCTCTCTTCGCAACTTGAAAGGCCCTGGACCTCGCAACGCTCT
AATCCTCGCGTCCAGAGACACATCAAACTTGTTGGCGCATGAAGCTGCGTTTGCATTGGG
ACAGATGCAAGATGCTGAAGCGGTTCCTGCTCTAGAGTCTGTTCTTAATGATATGTCTTT
GCATCCAATAGTACGCCATGAGGCAGCAGAAGCTCTTGGAGCTATTGGTTTAGCGGGAAA
TGCTGAGGTTTTGAAGAAGAGCTTGGTTTTGGATCCAGCTCAGGAGGTTAGGGAAACGTG
TGAGCTAGCTCTCAAAAGGATTGAAGAGTTGAGTAATGCTGATGCGGAGAAGGAGTTAGA
CACGACAGAGAAAGAGAGATCACCTTTCATGTCTGTTGACCCTGCGGCTCCAGCTGCTGC
TTTCTCTTCTGTACAGCAATTGAGGCAAATCCTTCTGGATGAAACAAAAGGCATGTATGA
GAGATATGCTGCTCTCTTTGCGCTAAAGAATCATGGTGGAGAGGATGCTGTTTCTGCCAT
AGTTGATTCTTTGGGTGCTAATAGTGCCCTTCTACGTCACGAGGTAGCTTATGTCTTGGG
GCAACTGCAAAACAAAGCTGCATTAGCTACTCTAAGCAAA*TACTTAGAGATGTGA*CGA
GCATCCCATGGTC

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR1B818JQ 919 0 0
GCGCATGAAGCTGCGTTTGCATTGGGACAGATGCAAGATGCTGAAGCGGTTCCTGCTCTA
GAGTCTGTTCTTAATGATATGTCTTTGCATCCAATAGTACGCCATGAGGCAGCAGAAGCT
CTTGGAGCTATTGGTTTAGCGGGAAATGCTGAGGTTTTGAAGAAGAGCTTGGTTTTGGAT
CCAGCTCAGGAGGTTAGGGAAACGTGTGAGCTAGCTCTCAAAAGGATTGAAGAGTTGAGT
AATGCTGATGCGGAGAAGGAGTTAGACACGACAGAGAAAGAGAGATCACCTTTCATGTCT
GTTGACCCTGCGGCTCCAGCTGCTGCTTTCTCTTCTGTACAGCAATTGAGGCAAATCCTT
CTGGATGAAACAAAAGGCATGTATGAGAGATATGCTGCTCTCTTTGCGCTAAGGAATCAT
GGTGGAGAGGATGCTGTTTCTGCCATAGTTGATTCTTTGGGTGCTAATAGTGCCCTTCTA
CGTCACGAGGTAGCTTATGTCTTGGGGCAACTGCAAAACAAAGCTGCATTAGCTACTCTA
AGCAAAATACTTAGAGATGTGAACGAGCATCCCATGGTCAGACATGAGGCTGCAGAAGCG
CTTGGTTCTATTGCAGATGAGCAGAGCATCGCATTGCTACAAGAGTTCTCAAGGGACCCT
GAACCGATTGTTTCTCAAAGCTGTGAAGTTGCATTGAGCATGTTGGAATTTGAAAATTCT
GGCAAATCATTCGAGTTCTTTTTCACTCAAGACCCACTTGTTCACTAAGAATGGTCAAGG
ATCATAACCATTCTTCTATCATTTACCAACCAAGGAACACAAACTTTTTTTTTTTAAAGC
TGAATGTTCACTAAGAATGCTCAAGGATCATAACCATTCTTCTATCACTTACCAACGAAG
GAATACAAACTTTTTTTTT

QA 1 919 1 919
DS 



AS 1 2

CO CL7851Contig1 739 2 3 U
GCGAAGCAGGCGAGCTCGTTTTATCATCTTAGCAAAGTTCACGACTCCCACAACATTGCT
TTCACCTGCAAGGCTTGGGGTATTAGAGCTACTGATCTTAACCAAGGAGTTGTTTATGGT
GTGAAGACTAATGAGACTGAGATGCACGAGGAGCTGCGTAACCGGTTGGATTATGATGCT
GTGTTTGGTACTGCTCTTAACCGGTTCTGTGCCCAAGCTGCTGTTGGTCACCCACTTACG
GTTTACGGCAAAGGTGGTCAGACAAGAGGCTACCTTGATATTAGAGACACGGTCCAATGT
GTTGAGCTAGCTATAGCGAACCCTGCAAAGGCTGGTGAGTTCAGGGTATTCAACCAGTTC
ACAGAACAGTTCTCAGTCAACGAACTGGCATCGCTGGTGACTAAAGCGGGTTTGAAGCTG
GGGCTAGACGTGACTAAGATGACGGTGCCTAACCCGAGAGTGGAGGCGGAAGAGCATTAC
TACAATGCAAAGCACACTAAGCTGATGGAACTTGGACTTGAGCCTCACTATCTCTCTGAG
TCACTTCTTGATTCGTTGCTCAACCTTGCTGTTCAGTTTAAGGATCGTGTGGACACGAAG
CAGATCATGCCTAGTGTTTCTTGGAAGAAGATTGGCGTCAAGACTAAGTCCATGAACCCC
TAAACAGTCCAGATTATTATTAGTACTTGTAAGGGAGATTATTAAATTATATGCGAGAGT
CGTGTTTGTTTATTATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1GO54TF U 89
AF RR1GX05TF U 1
BS 1 435 RR1GX05TF
BS 436 437 RR1GO54TF
BS 438 739 RR1GX05TF

RD RR1GO54TF 588 0 0
G
TACTGATCTTAACCAAGGAGTTGTTTATGGTGTGAAGACTGATGAGACTGAGATGCACGA
GGAGCTGCGTAACCGGTTGGATTATGATGCTGTGTTTGGTACTGCTCTTAACCGGTTCTG
TGTCCAAGCTGCTGTTGGTCACCCACTTACGGTTTACGGCAAAGGTGGTCAGACAAGAGG
CTACCTTGATATTAGAGACACGGTCCAATGTGTTGAGCTAGCTATAGCGAACCCTGCAAA
GGCTGGTGAGTTCAGGGTATTCAACCAGTTCACAGAACAGTTCTCAGTCAACGAACTGGC
ATCGCTGGTGACTAAAGCGGGTTTGAAGCTGGGGCTAGACGTGACTAAGATGACGGTGCC
TAACCCGAGAGTGGAGGCGGAAGAGCATTACTACAATGCAAAGCACACTAAGCTGATGGA
ACTTGGACTTGAGCCTCACTATCTCTCTGAGTCACTTCTTGATTCGTTGCTCAACTTTGC
TGTTCAGTTTAAGGATCGTGTGGACACGAAGCAGATCATGCCTAGTGTTTCTTGGAAGAA
GATTGGCGTCAAGACTAAGTCCATGAACCCCTAAACAGTCCAGATTA

QA 2 588 2 588
DS 

RD RR1GX05TF 739 0 0
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TTCACCTGCAAGGCTTGGGGTATTAGAGCTACTGATCTTAACCAAGGAGTTGTTTATGGT
GTGAAGACTAATGAGACTGAGATGCACGAGGAGCTGCGTAACCGGTTGGATTATGATGCT
GTGTTTGGTACTGCTCTTAACCGGTTCTGTGCCCAAGCTGCTGTTGGTCACCCACTTACG
GTTTACGGCAAAGGTGGTCAGACAAGAGGCTACCTTGATATTAGAGACACGGTCCAATGT
GTTGAGCTAGCTATAGCGAACCCTGCAAAGGCTGGTGAGTTCAGGGTATTCAACCAGTTC
ACAGAACAGTTCTCAGTCAACGAACTGGCATCGCTGGTGACTAAAGCGGGTTTGAAGCTG
GGGCTAGACGTGACT**GATGACGGTGCCTAACCCGAGAGTGGAGGCGGAAGAGCATTAC
TACAATGCAAAGCACACTAAGCTGATGGAACTTGGACTTGAGCCTCACTATCTCTCTGAG
TCACTTCTTGATTCGTTGCTCAACCTTGCTGTTCAGTTTAAGGATCGTGTGGACACGAAG
CAGATCATGCCTAGTGTTTCTTGGAAGAAGATTGGCGTCAAGACTAAGTCCATGAACCCC
TAAACAGTCCAGATTATTATTAGTACTTGTAAGGGAGATTATTAAATTATATGCGAGAGT
CGTGTTTGTTTATTATCCT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL7852Contig1 1053 2 4 U
GGGCTACGGCCATTCCCCAGAACAAACAGAAACAGCCAGCAAGTAATTGCTTTCCTGGCG
AAAGAAGCTCGCGAGTTCGGTCTTGTTGTGTGGTGTTGAGAAGGAGCTAATGAGCCTCCA
AACTGCAACAAAGTCAAGAAACAACGCCCTTGAGGGTATACATGGAGTTCACGTCGTGTC
TCCCTTCTCATACGACCGGACAACCCAAGCTGGTGACTTTCAGACCAACTGCAAATCCTC
AGAAATTGGAACAAATCAAAGACTATTCATCGAACGTGTTTGGCAACAAAGACCTCCATG
TCTAAGGCCAATCCATTGTTGCATTCGCGGTGACCAGAGTGCCTTAGAAACAGCAGCTAA
CGTGGCTACTTCCCTTCCTTTCATCTTCCTTGGCTGCAAGCACCAAGGAAGAACCTGAAC
ACAAAGGTGTACGCAAACTCCCTAATTGGAGTTGGAATCGCGTCGAGTCTGTATCATGCC
TCTAGAGGAAAGTTGAGGAAGTATTTGAGATGGTTAGATTACACTATGATCGCCACAACA
ACAGTATGTCTTTCAAGGGCTCTAAGGAATGAGAATCCAAAGTTCTTAATGGCTGCATCA
GCTTTAGTTCTACCGTTTCAGCCTCTAATGGTTTCTGCTGTTCACACCGGAATGATGGAG
GTGGCGTTTGCTAAACGAAGCTTAAAGGATCCAGATCTCAAAACAGCTCATAACGTACAC
AAGATGTCTTCGTCTCTAGGAGGTGCGCTGTTCATAGCTGATGATTTCTTCCCCGAGACA
CAGTTCCTTCACGCTGGTTGGCACCTTGCTGCAGCCATTGGAGTTGGAACATGTAATAAG
CTTCTTGAATAGTAGATATGGGAAGTTATCTACTCTTGGAACAGAGAAACCAAAATAGTT
TCTCTGATTACTCATAATCAGCCGACATAACTAAGAAACATTGTACCCGGTAATATCTAC
GTAAGTTCTATTAGATGGTGTACACATGATCATGTAAGAACATTATTGAATTTCTAAAAG
GCCATGCAATATAAAACAGAACTCTCTCTCGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BD07TF U 1
AF RR1BD07JQ C 200
BS 1 742 RR1BD07TF
BS 743 743 RR1BD07JQ
BS 744 770 RR1BD07TF
BS 771 1053 RR1BD07JQ

RD RR1BD07TF 770 0 0
GGGCTACGGCCATTCCCCAGAACAAACAGAAACAGCCAGCAAGTAATTGCTTTCCTGGCG
AAAGAAGCTCGCGAGTTCGGTCTTGTTGTGTGGTGTTGAGAAGGAGCTAATGAGCCTCCA
AACTGCAACAAAGTCAAGAAACAACGCCCTTGAGGGTATACATGGAGTTCACGTCGTGTC
TCCCTTCTCATACGACCGGACAACCCAAGCTGGTGACTTTCAGACCAACTGCAAATCCTC
AGAAATTGGAACAAATCAAAGACTATTCATCGAACGTGTTTGGCAACAAAGACCTCCATG
TCTAAGGCCAATCCATTGTTGCATTCGCGGTGACCAGAGTGCCTTAGAAACAGCAGCTAA
CGTGGCTACTTCCCTTCCTTTCATCTTCCTTGGCTGCAAGCACCAAGGAAGAACCTGAAC
ACAAAGGTGTACGCAAACTCCCTAATTGGAGTTGGAATCGCGTCGAGTCTGTATCATGCC
TCTAGAGGAAAGTTGAGGAAGTATTTGAGATGGTTAGATTACACTATGATCGCCACAACA
ACAGTATGTCTTTCAAGGGCTCTAAGGAATGAGAATCCAAAGTTCTTAATGGCTGCATCA
GCTTTAGTTCTACCGTTTCAGCCTCTAATGGTTTCTGCTGTTCACACCGGAATGATGGAG
GTGGCGTTTGCTAAACGAAGCTTAAAGGATCCAGATCTCAAAACAGCTCATAACGTACAC
AAGATGTCTTCGTCTCTAGGAG*TGCGCTGTTCATAGCTGATGATTTCTT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1BD07JQ 854 0 0
ACAACCCAAGCTGGTGACTTTCAGACCAACTGCAAATCCTCAGAAATTGGAACAAATCAA
AGACTATTCATCGAACGTGTTTGGCAACAAAGACCTCCATGTCTAAGGCCAATCCATTGT
TGCATTCGCGGTGACCAGAGTGCCTTAGAAACAGCAGCTAACGTGGCTACTTCCCTTCCT
TTCATCTTCCTTGGCTGCAAGCACCAAGGAAGAACCTGAACACAAAGGTGTACGCAAACT
CCCTAATTGGAGTTGGAATCGCGTCGAGTCTGTATCATGCCTCTAGAGGAAAGTTGAGGA
AGTATTTGAGATGGTTAGATTACACTATGATCGCCACAACAACAGTATGTCTTTCAAGGG
CTCTAAGGAATGAGAATCCAAAGTTCTTAATGGCTGCATCAGCTTTAGTTCTACCGTTTC
AGCCTCTAATGGTTTCTGCTGTTCACACCGGAATGATGGAGGTGGCGTTTGCTAAACGAA
GCTTAAAGGATCCAGATCTCAAAACAGCTCATAACGTACACAAGATGTCTTCGTCTCTAG
GAGGTGCGCTGTTCATAGCTGATGATTTCTTCCCCGAGACACAGTTCCTTCACGCTGGTT
GGCACCTTGCTGCAGCCATTGGAGTTGGAACATGTAATAAGCTTCTTGAATAGTAGATAT
GGGAAGTTATCTACTCTTGGAACAGAGAAACCAAAATAGTTTCTCTGATTACTCATAATC
AGCCGACATAACTAAGAAACATTGTACCCGGTAATATCTACGTAAGTTCTATTAGATGGT
GTACACATGATCATGTAAGAACATTATTGAATTTCTAAAAGGCCATGCAATATAAAACAG
AACTCTCTCTCGCG

QA 1 854 1 854
DS 



AS 1 2

CO CL7853Contig1 413 2 1 U
TCTCTACCATCAAAGCAAAACATGAGAGCAACTTTCACTAACTTGCTTGTGCTTCTCTTC
ATTGCACTTGTTTGTGTAAATGTCGGTGCTAGGAAACTTATCTCCGGAGATCCCCAATTC
AAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCGGTGGAGCCGGTGGTGGCGGTGGTGGCTTTCCTTGA
ACGTATAGTCAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTCTGAGCTCATTCACAGCTTATTTCCATTGT
CATAATAAATTTAGAGTGGTTTTAATCACATTTACATATTTTATTTCAACTTCAATGTTT
TAATCGAGAAAGGCCTTAGCTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTATGGTCGGACTCGTAG
TATGTGTAACGTCAAATATTATTATTGATTAGTGAAAAATTTCCGATTTCAAG


BQ
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AF RR1A069JQ C 1
AF RR1A069TF U 1
BS 1 413 RR1A069TF

RD RR1A069JQ 413 0 0
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ATTGCACTTGTTTGTGTAAATGTCGGTGCTAGGAAACTTATCTCCGGAGATCCCCAATTC
AAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCGGTGGAGCCGGTGGTGGCGGTGGTGGCTTTCCTTGA
ACGTATAGTCAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTTTGAGCTCATTCACAGCTTATTTCCATTGT
CATAATAAATTTAGAGTGGTTTTAATCACATTTACATATTTTATTTCAACTTCAATGTTT
TAATCGAGAAAGGCCTTAGCTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTATGGTCGGACTCGTAG
TATGTGTAACGTCAAATATTATTATTGATTAGTGAAAAATTTCCGATTTCAAG

QA 1 413 1 413
DS 

RD RR1A069TF 413 0 0
TCTCTACCATCAAAGCAAAACATGAGAGCAACTTTCACTAACTTGCTTGTGCTTCTCTTC
ATTGCACTTGTTTGTGTAAATGTCGGTGCTAGGAAACTTATCTCCGGAGATCCCCAATTC
AAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCGGTGGAGCCGGTGGTGGCGGTGGTGGCTTTCCTTGA
ACGTATAGTCAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTCTGAGCTCATTCACAGCTTATTTCCATTGT
CATAATAAATTTAGAGTGGTTTTAATCACATTTACATATTTTATTTCAACTTCAATGTTT
TAATCGAGAAAGGCCTTAGCTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTATGGTCGGACTCGTAG
TATGTGTAACGTCAAATATTATTATTGATTAGTGAAAAATTTCCGATTTCAAG

QA 1 413 1 413
DS 



AS 1 2

CO CL7854Contig1 1383 2 2 U
GATCTCTCCCCAGATCGCTCCACTACCTCTTCCGTGAACAGAGACTCCTCTTCATCCTCG
TCGGGATCCTGATCGGATCAACCTTCTTCATCCTCCAGCCTTCTCTCTCCCGTCTATCCC
CCGCCGAGTCCACCTCCCTCATCACCAGATCCGTCGTCGACAGTAACAACAACTACTCGC
CTTCCAAGATGAGTTTTAATTACGGCGGAGGTAGTAAGACCGGTCGCGTTCCCGTCGGTA
TCGGAGGGCGGAGGCTGAGGATCGTGGTGACAGGTGGAGCTGGATTCGTCGGGAGCCATC
TCGTGGATAAGCTTATAGGGAGGGGAGATGAAGTGATCGTGATTGATAACTTCTTCACGG
GGAGGAAGGAGAATCTGGTTCATCTGTTCTCGAATCCTAGGTTTGAGCTCATTCGTCACG
ATGTGGTTGAGCCTATCCTCCTTGAGGTTGATCAGATTTACCATTTAGCTTGCCCTGCCT
CACCTGTTCATTACAAGTTCAATCCAGTCAAGACTATCAAGACAAATGTAATGGGAACTC
TCAATATGCTGGGTCTTGCAAAGAGAGTTGGAGCGAGGTTTCTGCTCACAAGCACAAGTG
AAGTCTATGGAGATCCTCTTGAGCATCCTCAGAAGGAGACGTATTGGGGAAATGTGAACC
CAATCGGTGAGAGGAGTTGCTATGATGAAGGAAAGCGTACTGCAGAAACACTGGCCATGG
ATTATCACCGAGGTGCAGGTGTGGAGGTTAGGATCGCTCGTATTTTCAACACGTACGGAC
CGCGAATGTGCCTCGATGATGGGCGTGTTGTTAGTAACTTCGTTGCCCAGGCCATCCGCA
AAAACCCAATGACTGTTTATGGTGATGGAAAACAAACTCAAAGCTTTCAATATGTTTCTG
ACTTAGTGGATGGACTCGTAGCGTTAATGGAACACGATCACGTAGGACCTTTCAATCTTG
GTAACCCAGGAGAATTCACAATGCTTGAGCTTGCAGAGGTGGTTAAGGAGGTGATTGACC
CAAGTGCGACCATAGAGTTCAAACCGAACACAGCAGATGATCCTCACAAGAGGAAACCAG
ACATAAGCAAGGCAAAGGAGCTTCTGAACTGGGAACCAAAGATCTCTCTGCGTGATGGTC
TCCCTCGTATGGTCAGTGACTTCCGTAACCGAATCTTGAACGAAGATGAAGGCAAAGGTC
TCTAAGTTAGTCACGCAACGATACTGTATTCCTTCTTCTTTGGCAAATGATTGAAATATG
TATAGTCTCTTTTTCAAGAGCTCTGCTATAGTCTTTTTTTATTCTTTTTCTTATCTTCTG
TTCTTTTTGTTTTTCACCACGACAAAAATTACTACTTATATTAGCTAATATATTTTGTTG
CCC


BQ
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10 10 10 

AF RR1A825TF U 1
AF RR1A825JQ C 560
BS 1 830 RR1A825TF
BS 831 1383 RR1A825JQ

RD RR1A825TF 830 0 0
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TCGTGGATAAGCTTATAGGGAGGGGAGATGAAGTGATCGTGATTGATAACTTCTTCACGG
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ATGTGGTTGAGCCTATCCTCCTTGAGGTTGATCAGATTTACCATTTAGCTTGCCCTGCCT
CACCTGTTCATTACAAGTTCAATCCAGTCAAGACTATCAAGACAAATGTAATGGGAACTC
TCAATATGCTGGGTCTTGCAAAGAGAGTTGGAGCGAGGTTTCTGCTCACAAGCACAAGTG
AAGTCTATGGAGATCCTCTTGAGCATCCTCAGAAGGAGACGTATTGGGGAAATGTGAACC
CAATCGGTGAGAGGAGTTGCTATGATGAAGGAAAGCGTACTGCAGAAACACTGGCCATGG
ATTATCACCGAGGTGCAGGTGTGGAGGTTAGGATCGCTCGTATTTTCAACACGTACGGAC
CGCGAATGTGCCTCGATGATGGGCGTGTTGTTAGTAACTTCGTTGCCCAG

QA 1 830 1 830
DS 

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AGCGTTAATGGAACACGATCACGTAGGACCTTTCAATCTTGGTAACCCAGGAGAATTCAC
AATGCTTGAGCTTGCAGAGGTGGTTAAGGAGGTGATTGACCCAAGTGCGACCATAGAGTT
CAAACCGAACACAGCAGATGATCCTCACAAGAGGAAACCAGACATAAGCAAGGCAAAGGA
GCTTCTGAACTGGGAACCAAAGATCTCTCTGCGTGATGGTCTCCCTCGTATGGTCAGTGA
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GCTCTGCTATAGTCTTTTTTTATTCTTTTTCTTATCTTCTGTTCTTTTTGTTTTTCACCA
CGACAAAAATTACTACTTATATTAGCTAATATATTTTGTTGCCC

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL7855Contig1 644 2 9 U
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TACCACAACTGATTGCTCTTATTAAATGGGCTTTTGCATTCCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1F070JQ U 1
AF RR1DZ77JQ U 51
BS 1 88 RR1F070JQ
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BS 90 98 RR1F070JQ
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RD RR1F070JQ 644 0 0
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QA 1 644 1 644
DS 

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QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

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CAATTAGATAACAATAATCTCTTTGTGACG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CJ16JQ C 1
AF RR1CJ16TF U 1
BS 1 570 RR1CJ16TF

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CAATTAGATAACAATAATCTCTTTGTGACG

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1CJ16TF 570 0 0
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ACTGAACGACGCGTTGAGGACGATCGTGAATGCGGAGAAGCGAGGGAAAGCTTCGGTGGA
GTTGAAGCCTGTCTCTACCGTTATGTCTTCCTTCCTCAGAATCATGAAGGAGAAAGGTTA
CATCAAGAACTATCAAGTCCATGATCCGCACAGAGTTGGAAGAATAACTGTTGACTTACA
AGGAAGGGTTAATGATTGCAAAGCTCTCACTTATAGGCAAGACGTCAGGGCTAAAGAGAT
TGAGCAATACACTGAACGCACTCTTCCTACCCGCCAGTGGGGCTATGTTGTAGTTACAAC
TCCTGATGGCATTTTGGACCATGAAGAAGCTATCAAGCGGAATGTGGGTGGTCAGGTCCT
AGGTTTCTTCTATTAATAAGTTGCCCGCAAGAGGTTCAAAATCTGAGACACCATGTCATC
TTGTCTTATTTTTTCATCATTACTTGTTTGTTTCTTGCACTTGTACTTCCAGCAAAATGG
CAATTAGATAACAATAATCTCTTTGTGACG

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

CO CL7857Contig1 711 2 2 U
GGGGTAGCCTTGGGATCTGAAGGAGAATTGACACTGACCTCTCGTATCAGAAACACCAGC
TCTGATGGGAAGCCGTTTACATTCACATTTGCTTATCACACCTATTTCTCTGTCTCGGAC
ATCAGTGAAGTAAGGGTCGAAGGATTGGAGACGCTTGATTATCTAGACAACTTAAAGAAC
AGAGAACGTTTTACGGAACAAGGCGATGCTATAACTTTTGAATCCGAAACTGACAAGATT
TACCTGAGCACTCCTACGAAGATTGCTATTTTGGACCACGAGAAGAAGAGGACTTTCGTT
GTTCGCAAAGACGGGCTTGCTGATGCTGTGGTGTGGAATCCTTGGGATAAGAGGTCAAAG
ACGATATCAGACTTGGGAGATGAAGACTATAAGCATATGCTTTGTGTTGAAGCTGCAGCT
ATCGAGAGGCCAATCACATTGAAACCAGGTGAAGAATGGAAAGGAAGACTCGAGCTCTCT
GCGGTTCCTTCTAGTTACTCCAGTGGACAGCTTGACCCCAAGAAAGTCCTTGAGTGATAC
TCCTCCCTTTCTCTTATAGTACTATGAAGAAATGAGTGAAGGGAGATGTGAAGATGTTCA
TCGGATTATTATACTATAGAAAGAAACTGAGTTCGAATAAAAAAAAAATCTCGATTTGTG
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BQ
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CCAATCACATTGAAACCAGGTGAAGAATGGAAAGGAAGACTCGAGCTCTTTGCGGTTCCT
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TATACTATAGAAAGAAACTGAGTTCGAATAAAAAAAAAATCTCGATTTGTGGATCAAAGA
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DS 



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BS 568 706 RR1FA62JQ

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1C344TF U 1
AF RR1C344JQ C 3
BS 1 739 RR1C344TF
BS 740 757 RR1C344JQ

RD RR1C344TF 739 0 0
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CCAATCGACCCCGTGGTCCGTCGGTATCTTCCGATCGTACCACGAGAACGTCATCGACCA
CTACGATAACCCCCGCAACGTCGGGTCTTTCGACAAGAACGATCCCAGCATCGGCACGGG
TCTCGTCGGAGCTCCCGCTTGCGGTGATGTGATGAAGCTTCAGATCAAGGTCGATGAGAA
GACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGTTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTATCGCCTC
TTCGTCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAAGTTCTGACCATCAA
GAACACCGAAATCGCCAAGCATCTTTCTCTCCCACCAGTGAAGCTCCATTGCAGTATGCT
AGCCGAGGACGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGAGTGAAAACAAA
CGGTGCTGCAGCAGTAGCAGCAGCTGGAGAAACCGCGCAGGCTTGATTTTCCTCTGCTGA
TGTTTTTATACCATGACGTGTATATGATGGTACAAACAGGAGATGTGTAAGAGAAGACTA
CGTGCAACCTATGGTATAATCTCTGAAGGGTTAAGTCTAGGAAGTATTATGAATAAACTC
TGTTTGACAAATACATCTGAGATGTAAGCTGTTTGATGTTTTGTTATGGTTTTCCTTCCT
TTGTGAGATTTATTATCTA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1C344JQ 755 0 0
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AATCGACCCCGTGGTC*GTCGGTATCTTCCGATCGTACCACGAGAACGTCATCGACCACT
ACGATAACCCCCGCAACGTCGGGTCTTTCGACAAGAACGATCCCAGCATCGGCACGGGTC
TCGTCGGAGCTCCCGCTTGCGGTGATGTGATGAAGCTTCAGATCAAGGTCGATGAGAAGA
CCGGTCAGATCGTCGATGCTCGTTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTATCGCCTCTT
CGTCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAAGTTCTGACCATCAAGA
ACACCGAAATCGCCAAGCATCTTTCTCTCCCACCAGTGAAGCTCCATTGCAGTATGCTAG
CCGAGGACGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGAGTGAAAACAAACG
GTGCTGCAGCAGTAGCAGCAGCTGGAGAAACCGCGCAGGCTTGATTTTCCTCTGCTGATG
TTTTTATACCATGACGTGTATATGATGGTACAAACAGGAGATGTGTAAGAGAAGACTACG
TGCAACCTATGGTATAATCTCTGAAGGGTTAAGTCTAGGAAGTATTATGAATAAACTCTG
TTTGACAAATACATCTGAGATGTAAGCTGTTTGATGTTTTGTTATGGTTTTCCTTCCTTT
GTGAGATTTATTATCTATTAAAGACAAGTCAGCAA

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL7860Contig1 750 2 2 U
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CGGTAATACAGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATGATTGGGCGTAAAGCGTCTGTAGGTG
GCTTTTTAAGTCCGCCGTCAAATCCCAGGGCTCAACCCTGGACAGGCGGTGGAAACTACC
AAGCTTGAGTACGGTAGGGGCAGAGGGAATTTCCGGTGGTGCCAAATACATGGTTATTCA
AGGTGAACCAGGAGCTGTCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGTGTTACTATCAAGAA
GACGAATCAAGCTTGGGTCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTGGAGGTCAATGCAA
TTTGGTTGTCGAAAGGCTCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCTAAAAATTTTATGT
TTCGATGCGTCTTCTTTTTAACTAAAAAAGAATGGTCATTGCCCCCTTTTTTTCGTTGTG
ATTGATTGTAGTAACGCAATCGATCTGATACTTTGGAACCGAATATCTTTGTTTTTGGCC
TTCTTGTTCCCGGGTTTGGGTTTCTTTGTCTTGTAATGGCATTTGATGATATTTTTTTTT
TCTTTCATTATGTGTTTTCTTGGATTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D001TF U 1
AF RR1D001JQ C 105
BS 1 676 RR1D001TF
BS 677 750 RR1D001JQ

RD RR1D001TF 676 0 0
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CCTGACGGAGCAATGCCGCGTGGAGGTAGAAGGCCTACGGGTCCTGAACTTCTTTTCCCA
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CGGTAATACAGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATGATTGGGCGTAAAGCGTCTGTAGGTG
GCTTTTTAAGTCCGCCGTCAAATCCCAGGGCTCAACCCTGGACAGGCGGTGGAAACTACC
AAGCTTGAGTACGGTAGGGGCAGAGGGAATTTCCGGTGGTGCCAAATACATGGTTATTCA
AGGTGAACCAGGAGCTGTCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGTGTTACTATCAAGAA
GACGAATCAAGCTTGGGTCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTGGAGGTCAATGCAA
TTTGGTTGTCGAAAGGCTCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCTAAAAATTTTATGT
TTCGATGCGTCTTCTTTTTAACTAAAAAAGAATGGTCATTGCCCCCTTTTTTTCGTTGTG
ATTGATTGTAGTAACGCAATCGATCTGATACTTTGGAACCGAATATCTTTGTTTTTGGCC
TTCTTGTTCCCGGGTT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1D001JQ 646 0 0
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AATACATGGTTATTCAAGGTGAACCAGGAGCTGTCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAG
GTGTTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCTTGGGTCATTGGTATTTACGAGGAGCCTATGA
CTGGAGGTCAATGCAATTTGGTTGTCGAAAGGCTCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATC
TCTAAAAATTTTATGTTTCGATGCGTCTTCTTTTTAACTAAAAAAGAATGGTCATTGCCC
CCTTTTTTTCGTTGTGATTGATTGTAGTAACGCAATCGATCTGATACTTTGGAACCGAAT
ATCTTTGTTTTTGGCCTTCTTGTTCCCGGGTTTGGGTTTCTTTGTCTTGTAATGGCATTT
GATGATATTTTTTTTTTCTTTCATTATGTGTTTTCTTGGATTTTGC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL7861Contig1 695 2 2 U
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CGTTAGATCCATTAGTCTACCAAGAAATGACCACAACAACAACAGGATGTATGATCCAAG
ATCCAGAATATTCAAGAAACTATGATGATGAAGAGGAAGAAGGTGGTAACTGCAACCACT
TGCTTCTCTTTGATCTAATCAACGAGAATCCATCCAATGCCGTTGGGGTATAGTGTTTTG
AAAGATGTTTGGGTTAGGATAAACTGTTACTTGCGTTACAAGCCACATGATGAGCAGTCA
TTTGATGAGATTATGAGTAGGGATTTGAGGAGAGGTGATGGGTGGATGGATTTGCAGTTT
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CTGCTTGTATCCTGTTAAGAACTTTGAATCACTCTTTTTATTCTGTTTGAGTTGTTGTTA
TTCTTTTGCTTGGAGTTTAAGGTACATAAAAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H048TF U 1
AF RR1H048JQ C 213
BS 1 615 RR1H048TF
BS 616 695 RR1H048JQ

RD RR1H048TF 615 0 0
TTTTTGATGAAAATGCTTCTGAGTCTTACATCCCACGAGAATTGGAGGTACAAAACGATC
TGGATACAGAGACTTGTGCAACAAGCAAACAGTTCGAAAGCATAACCGCAGAAGCCATAG
ACGAATACCTTCAGATAGATGCACAAGATAGAGTTAAATTCAACTATGTAAGAGACATTC
TCGAGATCTCTGGTTTCAACGCACCTCAATCTCTCTCAATGTGGCAATTAGATTACCAGC
CGTTAGATCCATTAGTCTACCAAGAAATGACCACAACAACAACAGGATGTATGATCCAAG
ATCCAGAATATTCAAGAAACTATGATGATGAAGAGGAAGAAGGTGGTAACTGCAACCACT
TGCTTCTCTTTGATCTAATCAACGAGAATCCATCCAATGCCGTTGGGGTATAGTGTTTTG
AAAGATGTTTGGGTTAGGATAAACTGTTACTTGCGTTACAAGCCACATGATGAGCAGTCA
TTTGATGAGATTATGAGTAGGGATTTGAGGAGAGGTGATGGGTGGATGGATTTGCAGTTT
GAGAGTGAGTGTGTTGGGATTGAACTTGAGGATTTGATCTTTGAGGACCTTCTTGAAGAA
CTGCTTGTATCCTGT

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1H048JQ 483 0 0
CTCTCAATGTGGCAATTAGATTACCAGCCGTTAGATCCATTAGTCTACCAAGAAATGACC
ACAACAACAACAGGATGTATGATCCAAGATCCAGAATATTCAAGAAACTATGATGATGAA
GAGGAAGAAGGTGGTAACTGCAACCACTTGCTTCTCTTTGATCTAATCAACGAGAATCCA
TCCAATGCCGTTGGGGTATAGTGTTTTGAAAGATGTTTGGGTTAGGATAAACTGTTACTT
GCGTTACAAGCCACATGATGAGCAGTCATTTGATGAGATTATGAGTAGGGATTTGAGGAG
AGGTGATGGGTGGATGGATTTGCAGTTTGAGAGTGAGTGTGTTGGGATTGAACTTGAGGA
TTTGATCTTTGAGGACCTTCTTGAAGAACTGCTTGTATCCTGTTAAGAACTTTGAATCAC
TCTTTTTATTCTGTTTGAGTTGTTGTTATTCTTTTGCTTGGAGTTTAAGGTACATAAAAG
AGC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL7862Contig1 842 2 2 U
GGACTCCACTAAACATTCCTTCTCTCGCTCACTATCCTCCATTTTGTATAAGTATATAAC
ATAATAATTGGAGTAGAAAAGGAGAAAAAAAAACATGAAAGAGATGGGAGTTATAGTGTT
TCTTCTACTTCATTCGATCTTCTACACTGCCTTTTGCTTCAAAGATGGTAAGTCCCTCGT
TATGCAAATCTCTCATTTTCTTATTTAAACTAAAGCAAGCATAAGAAAAACATCGTTAGG
TATGAAAAATAATTTTACAGTTTTCATTCACATCATGTTTACACCTTGTATGTCAAAATA
GTTTCATTTGTATTGCACCACAAGTCATGAATACTACTATTTGATAACTAGTAGATTCGT
GACATCAATACGTCTAGCTCTCCCTCAAGATGTTAATTTTCTTTCTTTGTGTATCATTAG
ATGCTTCTTAACCAATAGACAAGAACAGAATAGCTTTGTGAATTTAAATACCAAACATAA
TTACTTGAAGAGAATATTGGATGGAAGTATTTAACTGTTACAGTGAGACAGATCTGTATA
CATGCACATGGTATTTGTCAATGGTTTACAATAAATGCATCAGTAAATACTCATACCTTC
CAATCTGCAACATTTTATTATTCTTTTAGTAATTTGAAAATTTTGCACTTCAACTTTTCT
TCAATTATTATATCATATCATAGATCTAAAACAGCAAAACCATTATTGAGTAAACATTCC
CATGTTAAACAAAAGTGAAAATGTACTTTACTAGAATCATTGTCACCAACTATATACGTA
CACTAGTTCCATGTGGCTTGAGAAATTTTGTTTTTACATTTTGCTATTAACTATAACCTT
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1A284TF U 1
AF RR1A284JQ C 144
BS 1 718 RR1A284TF
BS 719 842 RR1A284JQ

RD RR1A284TF 718 0 0
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ATAATAATTGGAGTAGAAAAGGAGAAAAAAAAACATGAAAGAGATGGGAGTTATAGTGTT
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TATGCAAATCTCTCATTTTCTTATTTAAACTAAAGCAAGCATAAGAAAAACATCGTTAGG
TATGAAAAATAATTTTACAGTTTTCATTCACATCATGTTTACACCTTGTATGTCAAAATA
GTTTCATTTGTATTGCACCACAAGTCATGAATACTACTATTTGATAACTAGTAGATTCGT
GACATCAATACGTCTAGCTCTCCCTCAAGATGTTAATTTTCTTTCTTTGTGTATCATTAG
ATGCTTCTTAACCAATAGACAAGAACAGAATAGCTTTGTGAATTTAAATACCAAACATAA
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CAATCTGCAACATTTTATTATTCTTTTAGTAATTTGAAAATTTTGCACTTCAACTTTTCT
TCAATTATTATATCATATCATAGATCTAAAACAGCAAAACCATTATTGAGTAAACATT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1A284JQ 699 0 0
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TTTAAACTAAAGCAAGCATAAGAAAAACATCGTTAGGTATGAAAAATAATTTTACAGTTT
TCATTCACATCATGTTTACACCTTGTATGTCAAAATAGTTTCATTTGTATTGCACCACAA
GTCATGAATACTACTATTTGATAACTAGTAGATTCGTGACATCAATACGTCTAGCTCTCC
CTCAAGATGTTAATTTTCTTTCTTTGTGTATCATTAGATGCTTTTTAACCAATAGACAAG
AACAGAATAGCTTTGTGAATTTAAATACCAAACATAATTACTTGAAGAGAATATTGGATG
GAAGTATTTAACTGTTACAGTGAGACAGATCTGTATACATGCACATGGTATTTGTCAATG
GTTTACAATAAATGCATCAGTAAATACTCATACCTTCCAATTTGCAACATTTTATTATTC
TTTTAGTAATTTGAAAATTTTGCACTTCAACTTTTCTTCAATTATTATATCATATCATAG
ATCTAAAACAGCAAAACCATTATTGAGTAAACATTCCCATGTTAAACAAAAGTGAAAATG
TACTTTACTAGAATCATTGTCACCAACTATATACGTACACTAGTTCCATGTGGCTTGAGA
AATTTTGTTTTTACATTTTGCTATTAACTATAACCTTTG

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL7863Contig1 858 2 16 U
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GATGAACGGTGGTATGATAGATAGATGCACTCATTTAGCAATGATCTAGAATCAAAGTTG
TGCTGCTATTACATAATTCATCAAAAACCATATAGTAAAAACTAATCTTGGAAAGAAGTA
CGAGTGAAACACGATGTTCTGTTTTTAACTAAGACAGTAGAGAAACACAAAGAAAAACAT
CAGAAGTGAAATCTACAGCTCGTCCTTGGTTGGTGTCTCTTCCTCAACAGGTTCGGCTTC
AATGTTTAGACCACCAGGCAAGTCATCTGATTTTGTCTCAGTAGCTTACTCACTGGTCTC
TGTCTCCTCTGCCTCGACTTCCTCTTCGGCTACGGCATCAGGGCTGATCTTCAGGCTGCT
CTTGACAGAGTTGTAAATACGGCCTGCAAAGTCCTTGGGGTCGTTGAGTATGAATCCACT
CTCGATCAAAGCTGTCTGGTACATGAGCTGTGCTGTTTCTTTCACACTCTCATCCTCTGG
GTCGCTAGCAACTCTTTCCTTGAGTTCTTCGATGATTGGGTGTCGTGGGTTGATCTCAAG
GACTCGCTTTCCTCGCATGTAAGCTTGCTTGTTTGCGTCGGAGAGAGTTTGGGACTGCAT
GATCCTCTCCATGTTTGCACTCCATCCAAACTTCGACGTTACAACTACACAGGGAGTGTC
GGCCAATCGGTTACTGATTTTAACATCGTCCACGTTCTCACTAGCGAGACTCTCTTTCCA
CCACATGGTTAGCTCCTTGAATGCTTCTTTCAGCTCCTTCACTTTAGAATCTTTCCCAAC
CTTCAGTCCTTCTTTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EQ34JQ U 1
AF RR1D258TF C 178
BS 1 198 RR1EQ34JQ
BS 199 199 RR1D258TF
BS 200 347 RR1EQ34JQ
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RD RR1EQ34JQ 800 0 0
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GATGAACGGTGGTATGATAGATAGATGCACTCATTTAGCAATGATCTAGAATCAAAGTTG
TGCTGCTATTACATAATTCATCAAAAACCATATAGTAAAAACTAATCTTGGAAAGAAGTA
CGAGTGAAACACGATGTTTTGTTTTTAACTAAGACAGTAGAGAAACACAAAGAAAAACAT
CAGAAGTGAAATCTACAGCTCGTCCTTGGTTGGTGTCTCTTCCTCAACAGGTTCGGCTTC
AATGTTTAGACCACCAGGCAAGTCATCTGATTTTGTCTCAGTAGCTTCCTCACTGGTCTC
TGTCTCCTCTGCCTCGACTTCCTCTTCGGCTACGGCATCGGGGCTGATCTTCAGGCTGCT
CTTGACGGAGTTGTAAATACGGCCTGCAAAGTCCTTGGGGTCGTTTAGTATGAATCCACT
CTCGATCAAAGCTGTCTGGTACATGAGCTGTGCTGTTTCTTTCACACTCTCATCCTCTGG
GTCGCTAGCAACTCTTTCCTTGAGTTCTTTGATGATTGGGTGTCGTGGGTTGATCTCAAG
GACTCGCTTTCCTCGCATGTAAGCTTGCTTGTTTGCGTCGGAGAGAGTTTGGGACTGCAT
GATCCTCTCCATGTTTGCACTCCATCCAAACTTCGACGTTACAACTACACAGGGAGTGTC
GGCCAATCGGTTACTGATTTTAACATCGTCCACGTTCTCACTAGCGAGACTCTCTTTCCA
CCACTTGGTTAGCTCCTTGA

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR1D258TF 681 0 0
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CATCAGAAGTGAAATCTACAGTTCGTCTTTGGTTGGTGTCTCTTCCTCAACAGGTTCGGC
TTCAATGTTTAGACCACCAGGCAAGTCATCTGATTTTGTCTCAGTAGCTTACTCACTGGT
CTCTGTCTCCTCTGCCTCGACTTCCTCTTCGGCTACGGCATCAGGGCTGATCTTCAGGCT
GCTCTTGACAGAGTTGTAGATACGGCCTGCAAAGTCCTTTGGGTCGTTGAGTATGAATCC
ACTCTCGATCAAAGCTGTCTGGTACATGAGCTGTGCTGTTTCTTTCACACTCTCATCCTC
TGGGTCGCTAGCAACTCTTTCCTTGAGTTCTTCGATGATTGGGTGTCGTGGGTTGATCTC
AAGGACTCGCTTTCCTCGCATGTA*GCTTGCTTGTTTGCGTCGGAGAGAGTTTGGGACTG
CATGATCCTCTCCATGTTTGCACTCCATCCAAACTTGGACGTTACAACTACACAGGGAGT
GTCGGCCAATCGGTTACTGATTTTAACATCGTCCACGTTCTCACTAGCGAGACTCTCTTT
CCACCACATGGTTAGCTCCTTGAATGCTTCTTTCAGCTCCTTCACTTTAGAATCTTTCCC
AACCTTCAGTCCTTCTTTTGA

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL7864Contig1 696 2 2 U
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TGGTCAGTATCTCTAAAGTATATCATGTCATGCGGTTCCATGACACTCATAATCTCACCA
GAGTATGAAGATTTCTTCAGCAGAGGCCTTCTTCCCAAGGAAAACTACTGGCCTGTCTCT
CCCACTGATCTATGTCGGTCCATCAAATTCGCTGTGGACTGGGGCAATGCCAACCCCTCT
GATGCTGAAAGAATAGGAAAAAGAGGACAGGGTTACATGGAGAGCATTAGCATGAACCGG
GTGTATGACTACATGTTTCATCTCATCACAGAGTATTCAAAGCTTCAGAAGTTCAAACCG
GTGAAGCCGCCTTCAGCTAAAGAGGTCTGTGAAGGATCATTGCTTTGCTTTGCAGAGCAT
AAGGAGCGGGATCTACTTGAAAAATCAAGAGCTGTACCTTCTATGGATCGACCATGTAAA
CTTCCAGATGCAGATAGGAATAGGCTTGAGAGGTTGATCCAACGGAAGAAGCAAGCAATC
GAAGATATTAGAAACATGGAGATGACGAGAACAGACAGGGGTTCTAGATAATTTGAGTTT
TCAGAAACATAAGTTTTGTTTAATCCTTTTTTCCCTCTGTATACGTGTGTTCATCATCAT
CAGCTGTAGCACGAGATGATACTTGATTACGACTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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BS 640 696 RR1DJ72JQ

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CCCACTGATCTATGTCGGTCCATCAAATTCGCTGTGGACTGGGGCAATGCCAACCCCTCT
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DS 

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GTTTCATCTCATCACAGAGTATTCAAAGCTTCAGAAGTTCAAACCGGTGAAGCCGCCTTC
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GATGATACTTGATTACGACTTG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

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TCTTCTCATCGATCTACACATCCTTGGATCTTCAATCTCTGTACATTTCAAGGTACGTAG
ACGACCAAACACAAAAAAGCTAACCATGGCGAAAACTCGACCAGGTGTCCCCTCGAAAAT
CAAGACTGGAGGAAAGAGCTCGACTCTTACACCATCAAAGGCACCAACAAACTCGTCAGA
GCTGGAGATTGTGTGTTGATGCGTCCCTCAGATGCTGGCAAGCCACCGTACGTGGCACGT
GTCGAGAAGATCGAAGCCGACGCTAGGAACAACGTGAAGGTGCACTGTCGGTGGTATTAC
CGCCCCGAGGAGTCACTTGGCGGTAGGAGACAGTTCCATGGAGCCAAAGAGCTTTTCTTG
TCTGACCATTTCGACGTTCAGAGCGCACACACCATTGAAGGAAAATGCATTGTTCACACC
TTCAAAAACTACACCAGGCTTGAGAACGTTGGCGCTGAGGATTATTATTGTAGGTTCGAG
TACAAGGCTGCTACTGGTGCTTTTACCCCTGACCGTGTTGCTGTGTACTGCAAATGTGAA
ATGCCGTATAATCCAGACGATCTCATGGTGCAATGTGAAGGCTGCAAAGACTGGTATCAT
CCTGCGTGTGTAGGCATGACGATTGAAGAAGCAAAGAAGCTTGACCACTTTGTGTGTGCT
GAATGCAGCTCTGATGATGATGTCAAGAAATCGCAGAACGGGTTCTCCGCATCTCCAGCT
GATGATGTTGTCAAGGTGGAAACGAAGCGCAGAAAAAGATAATGTCGAGGTTCTCATGGG
TAACAAAGCCACAGAGGGGGACTGGCAAGTTAGTCATAACTTGGGAGCTCTTTGGTGCAG
ATTTTTAGTAAGTTAGGTTTTTTTTTTGATTGTCTATGTCGTCATGGTTGTGATTAGTGT
CTGTATGGTGCTGTTCCAAAACTAAGAGAAGATCGGAGAGATGATGAAGACAAGTTGTTA
TGGTGGCAGAGTCAGTTGTATAGACTTCTCCGCGGTGTCTTAGTTAACTTTAGATATGTT
TTATTTTGCGTATGTTGTTTTTGTCTGATGAGAACAGATGTGAACATGAAGAGGAGCGCT
TATATATATATATATATAAAGAAATTCATCAAAGTACGC


BQ
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AF RR1EO80TF U 1
AF RR1EO80JQ C 407
BS 1 593 RR1EO80TF
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TCTTCTCATCGATCTACACATCCTTGGATCTTCAATCTCTGTACATTTCAAGGTACGTAG
ACGACCAAACACAAAAAAGCTAACCATGGCGAAAACTCGACCAGGTGTCCCCTCGAAAAT
CAAGACTGGAGGAAAGAGCTCGACTCTTACACCATCAAAGGCACCAACAAACTCGTCAGA
GCTGGAGATTGTGTGTTGATGCGTCCCTCAGATGCTGGCAAGCCACCGTACGTGGCACGT
GTCGAGAAGATCGAAGCCGACGCTAGGAACAACGTGAAGGTGCACTGTCGGTGGTATTAC
CGCCCCGAGGAGTCACTTGGCGGTAGGAGACAGTTCCATGGAGCCAAAGAGCTTTTCTTG
TCTGACCATTTCGACGTTCAGAGCGCACACACCATTGAAGGAAAATGCATTGTTCACACC
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TACAAGGCTGCTACTGGTGCTTTTACCCCTGACCGTGTTGCTGTGTACTGCAA*TGTGAA
ATGCCGTATAATCCAGACGATCTCATGGTGCAATGTGAAG*CTGCAAAGACTGGTA

QA 1 656 1 656
DS 

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GCATTGTTCACACCTTCAAAAACTACACCAGGCTTGAGAACGTTGGCGCTGAGGATTATT
ATTGTAGGTTCGAGTACAAGGCTGCTACTGGTGCTTTTACCCCTGACCGTGTTGCTGTGT
ACTGCAAATGTGAAATGCCGTATAATCCAGACGATCTCATGGTGCAATGTGAAGGCTGCA
AAGACTGGTATCATCCTGCGTGTGTAGGCATGACGATTGAAGAAGCAAAGAAGCTTGACC
ACTTTGTGTGTGCTGAATGCAGCTCTGATGATGATGTCAAGAAATCGCAGAACGGGTTCT
CCGCATCTCCAGCTGATGATGTTGTCAAGGTGGAAACGAAGCGCAGAAAAAGATAATGTC
GAGGTTCTCATGGGTAACAAAGCCACAGAGGGGGACTGGCAAGTTAGTCATAACTTGGGA
GCTCTTTGGTGCAGATTTTTAGTAAGTTAGGTTTTTTTTTTGATTGTCTATGTCGTCATG
GTTGTGATTAGTGTCTGTATGGTGCTGTTCCAAAACTAAGAGAAGATCGGAGAGATGATG
AAGACAAGTTGTTATGGTGGCAGAGTCAGTTGTATAGACTTCTCCGCGGTGTCTTAGTTA
ACTTTAGATATGTTTTATTTTGCGTATGTTGTTTTTGTCTGATGAGAACAGATGTGAACA
TGAAGAGGAGCGCTTATATATATATATATATAAAGAAATTCATCAAAGTACGC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL7866Contig1 1038 2 2 U
AAGATGTATGCTGTTCATTCGGGGCATGAGCCTGGGGCGATGGATGGGAATGCGAGGATC
ATGCATCGGCTTGTTGGTCACAAGGGGTTTTTGATGGAGCATGATGTGGTTTATGGTGTG
AGGGAAGAAGAGCTGGAGACTGAGGAGATTGGGAAGGACGATGGTGGTGGAGGAGATATG
CGTTTGAGTGTCTTGCATCAGGTGCATGAGCTGAGGACTGAGCTTGGTACTCTAGAAGGG
AAGATTGGGAAGATTCCGGAAGAGATGTTGGGTTCAGTGTCCAGAGAGTTGTTTGAGATG
CTCAACAAGATCAGGAACATCGATGACGAGGGTGTTGTTAAGGGAACTACGGGATTGCTT
TCTGACAAGGCACGGTCAGATGAAATCCTTGTTGGAGATAACGATTTAGCTCATTGGAGT
GACCATCACCATCAGCATGAGCATTTGTATGGAGATGGGAAGGATACAGAACTTATTGAA
GATGATGAAGACAGTTTTGGGAGGAGCCTTGATGATGTTGTTCCTTGGGAACAGATAAGG
CCACCATCTGGGTGTACAAGTCCAAAGGATATCTTGTCTGAAACATCATGTAAGCCTGAG
AAATGGTTAAAGTGCAATGACTTTGATGAGAAGAGCATTCTCAACTGTGAAGATTCTAAA
CTAACAAAACCGATGAGACACGATGAAGGTATAGTATCAGACGTAGGTTTAGTTGGTATA
CAAGTGGATAGCTTCTATCAAGATAACTCCAAATGGTATGATTCTCCTTGTGAAGAAGAC
AATGGATTCAGACATGGAGAGATTTTGTAGAAACACGGTAAGGTTCTGTCTTTATAACCA
GTTTCTAACTCAGCTATCACACACATCTTTATGTATATCATAACTGGGGGATCAGATTGT
ATATTTATGCATTCTATAAGTCGAGAGTATTTTGTTTTGTATGTTGTAGCCTGTAGAGGT
TTCTTTGTTTGTGTGCTTATGTAAAATGAAACCCATATTGTGTCTCTGCATATATATATA
TAACATTGTTGTTAGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AX38TF U 1
AF RR1AX38JQ C 218
BS 1 788 RR1AX38TF
BS 789 1038 RR1AX38JQ

RD RR1AX38TF 788 0 0
AAGATGTATGCTGTTCATTCGGGGCATGAGCCTGGGGCGATGGATGGGAATGCGAGGATC
ATGCATCGGCTTGTTGGTCACAAGGGGTTTTTGATGGAGCATGATGTGGTTTATGGTGTG
AGGGAAGAAGAGCTGGAGACTGAGGAGATTGGGAAGGACGATGGTGGTGGAGGAGATATG
CGTTTGAGTGTCTTGCATCAGGTGCATGAGCTGAGGACTGAGCTTGGTACTCTAGAAGGG
AAGATTGGGAAGATTCCGGAAGAGATGTTGGGTTCAGTGTCCAGAGAGTTGTTTGAGATG
CTCAACAAGATCAGGAACATCGATGACGAGGGTGTTGTTAAGGGAACTACGGGATTGCTT
TCTGACAAGGCACGGTCAGATGAAATCCTTGTTGGAGATAACGATTTAGCTCATTGGAGT
GACCATCACCATCAGCATGAGCATTTGTATGGAGATGGGAAGGATACAGAACTTATTGAA
GATGATGAAGACAGTTTTGGGAGGAGCCTTGATGATGTTGTTCCTTGGGAACAGATAAGG
CCACCATCTGGGTGTACAAGTCCAAAGGATATCTTGTCTGAAACATCATGTAAGCCTGAG
AAATGGTTAAAGTGCAATGACTTTGATGAGAAGAGCATTCTCAACTGTGAAGATTCTAAA
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CAAGTGGATAGCTTCTATCAAGATAACTCCAAATGGTATGATTCTCCTTGTGAAGAAGAC
AATGGATT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1AX38JQ 821 0 0
CTGAGCTTGGTACTCTAGAAGGGAAGATTGGGAAGATTCCGGAAGAGATGTTGGGTTCAG
TGTCCAGAGAGTTGTTTGAGATGCTCAACAAGATCAGGAACATCGATGACGAGGGTGTTG
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ATAACGATTTAGCTCATTGGAGTGACCATCACCATCAGCATGAGCATTTGTATGGAGATG
GGAAGGATACAGAACTTATTGAAGATGATGAAGACAGTTTTGGGAGGAGCCTTGATGATG
TTGTTCCTTGGGAACAGATAAGGCCACCATCTGGGTGTACAAGTCCAAAGGATATCTTGT
CTGAAACATCATGTAAGCCTGAGAAATGGTTAAAGTGCAATGACTTTGATGAGAAGAGCA
TTTTCAACTGTGAAGATTCTAAACTAACAAAACCGATGAGACACGATGAAGGTATAGTAT
CAGACGTAGGTTTAGTTGGTATACAAGTGGATAGCTTCTATCAAGATAACTCCAAATGGT
ATGATTCTCCTTGTGAAGAAGACAATGGATTCAGACATGGAGAGATTTTGTAGAAACACG
GTAAGGTTCTGTCTTTATAACCAGTTTCTAACTCAGCTATCACACACATCTTTATGTATA
TCATAACTGGGGGATCAGATTGTATATTTATGCATTCTATAAGTCGAGAGTATTTTGTTT
TGTATGTTGTAGCCTGTAGAGGTTTCTTTGTTTGTGTGCTTATGTAAAATGAAACCCATA
TTGTGTCTCTGCATATATATATATAACATTGTTGTTAGTCT

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

CO CL7867Contig1 907 2 2 U
GGAAGCTAAATTTGTTCTTCGTATAGGCAGCTCCGGTGGCTTCTTGAGCACTGGAGCTGT
ATCTCCTTTTGTTTTTTGTTTTCTTTTACTTCTTCTCGGAGTTGTGTTGATTCGACTTAG
GGTTTGTTTTGGGGTCAATTGACGGGATCTCGTTTTTAGAGTTTGTTCTCTTCAATGAGT
TCCTGGTTGATGCTTGTAAACTCAATCGTCGGATTTTGATTCGAGTCTAGTGGGTATGGG
ATGTGGTCTCGTCGGTCTCCTTTCTCCTCTCCCTAGAAGTTCCCAGATCCAGTTTTTATG
TCTTCACCTTCAGTAGGTGTGTTGTGGATTCGTCAATCTAGTGGCGTTCAAGAGGTTCTT
CACCTCAATCGGAGGTTCTTCTCAGTTCTTCTTATGCAGATCCTAAACCAGTGTCTTCAG
ATCTGTTGTAACCGGTACGGGTTTGGAGTTTGTGGGTTCCGTTTGTGACTTCTTGACCAT
TGAGCTGCAAGATTTTTCTTCCTTGGCTTATCTGGAATCTTACCGCCGTTTTCCGTTCGT
AGTTGGCCTAATAATGTCTATGGCTTCTCTGGTTAAACGGGTGTTGATTGTACCGGAGGG
AACTCACGGCTTCGACAGCGCATTGACATGCTGGTGTGAGGGTGAAGTGAGAAGTTCGGT
TTCAGTCTTTATAATCTATCTTTTGTGGTTCCTGTTAAGTTTATGGCTTGTCTGATCTTG
TAAGTTTAGCCTTCTTGCTTAGAATCTTTAGTTGTTGCTTTGGTTGTTTTTAGATCAGTT
TGTTTCCCATCTGTGGGCATCATTTTCAGGGACATCTGTGTTGTCCGCTCGCTTCAGTTT
TCAGTTTGGTGGAATTGTATAAACCCCCGGTTGTGTAATGTTTGATAATGTTCTAATAAT
ATCTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH64TF U 1
AF RR1CH64JQ C 153
BS 1 718 RR1CH64TF
BS 719 907 RR1CH64JQ

RD RR1CH64TF 722 0 0
GGAAGCTAAATTTGTTCTTCGTATAGGCAGCTCCGGTGGCTTCTTGAGCACTGGAGCTGT
ATCTCCTTTTGTTTTTTGTTTTCTTTTACTTCTTCTCGGAGTTGTGTTGATTCGACTTAG
GGTTTGTTTTGGGGTCAATTGACGGGATCTCGTTTTTAGAGTTTGTTCTCTTCAATGAGT
TCCTGGTTGATGCTTGTAAACTCAATCGTCGGATTTTGATTCGAGTCTAGTGGGTATGGG
ATGTGGTCTCGTCGGTCTCCTTTCTCCTCTCCCTAGAAGTTCCCAGATCCAGTTTTTATG
TCTTCACCTTCAGTAGGTGTGTTGTGGATTCGTCAATCTAGTGGCGTTCAAGAGGTTCTT
CACCTCAATCGGAGGTTCTTCTCAGTTCTTCTTATGCAGATCCTAAACCAGTGTCTTCAG
ATCTGTTGTAACCGGTACGGGTTTGGAGTTTGTGGGTTCCGTTTGTGACTTCTTGACCAT
TGAGCTGCAAGATTTTTCTTCCTTGGCTTATCTGGAATCTTACCGCCGTTTTCCGTTCGT
AGTTGGCCTAATAATGTCTATGGCTTCTCTGGTTAAACGGGTGTTGATTGTACCGGAGGG
AACTCACGGCTTCGACAGCGCATTGACATGCTGGTGTGAGGGTGAAGTGAGAAGTTCGGT
TTCAGTCTTTATAATCTATCTTTTGTGGTTCCTGTTAAGTTTATGGCTTGTCTGATCT
GTAA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1CH64JQ 755 0 0
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CTAGAAGTTCCCAGATCCAGTTTTTATGTCTTCACCTTCAGTAGGTGTGTTGTGGATTCG
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TATGCAGATCCTAAACCAGTGTCTTCAGATCTGTTGTAACCGGTACGGGTTTGGAGTTTG
TGGGTTCCGTTTGTGACTTCTTGACCATTGAGCTGCAAGATTTTTCTTCCTTGGCTTATC
TGGAATCTTACCGCCGTTTTCCGTTCGTAGTTGGCCTAATAATGTCTATGGCTTCTCTGG
TTAAACGGGTGTTGATTGTACCGGAGGGAACTCACGGCTTCGACAGCGCATTGACATGCT
GGTGTGAGGGTGAAGTGAGAAGTTCGGTTTCAGTCTTTATAATCTATCTTTTGTGGTTCC
TGTTAAGTTTATGGCTTGTCTGATCTTGTAAGTTTAGCCTTCTTGCTTAGAATCTTTAGT
TGTTGCTTTGGTTGTTTTTAGATCAGTTTGTTTCCCATCTGTGGGCATCATTTTCAGGGA
CATCTGTGTTGTCCGCTCGCTTCAGTTTTCAGTTTGGTGGAATTGTATAAACCCCCGGTT
GTGTAATGTTTGATAATGTTCTAATAATATCTATT

QA 1 755 1 755
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7869Contig1 565 2 1 U
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GAATGTTACCAATCTTCGGGCTAAATCTATAATATCGATCGCGAGTAGAGAAATGGAAGA
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GCTTCCGAATCCAAAGGCTTCAATGAAAAGATCTCTCCAAAGTTTTCTTCAGAAACGGCG
GATGCGAATTCAAGCCACTTCACCTTACCATCAGCATTCACGCCGATAGTGTTTTTATTT
TGTTTTTCACTTTTTATTTGACATCGCTTAGCAGTTTTGTGTTTAGTATGTGTGATCCAA
AAGTAAATTCAACTATGTTATATTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BV69JQ C 1
AF RR1BV69TF U 1
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QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1BV69TF 565 0 0
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GCTTCCGAATCCAAAGGCTTCAATGAAAAGATCTCTCCAAAGTTTTCTTCAGAAACGGCG
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QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL7870Contig1 986 2 6 U
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CCACAGAGGACTTCTCTGTTTCTGATCTATTTAGGCATCCATGAAAGACACGAAGAGTTT
GAGATGGTTGACGAACTTCACACTTTCAGCTCTGTTTGACATAGTCCAAAGAAGATTTGA
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CCATCACGAAAAGGGAGATCAGGGTGGAACCAAAAGTAGTACAGGTCGAGCAGTTAAAGG
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TTTCAAACGAAAAAGGTAGTCTGCAGCGGGCCTTAATATGTATGTTGGGCTATAACGGGC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AN02TF U 1
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BS 1 570 RR1AN02TF
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TATAATAATC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1AN02JQ 834 0 0
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GAAAACATGATTTGATGGGGTTTTCATGGTATAGAACCTTGATAATGAAGATGAATTTGA
TGGGCTGAACAATCATTGCTGATTGGATTTTCAAACGAAAAAGGTAGTTTGCAGCGGGCC
TTAATATGTATGTTGGGCTATAACGGGCTATAATAATCAAAGGTTTCTGATTGGTTTGGT
TATTTACGATTTTCATTAAAAAAAAAAAAAAATAACAGTGGCATTTGGTTGTAATTAACT
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ATCTGAGCACCTAGAAAATCAAGAACGATCAACTACACAATCTAAGCTTTTTTC

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 2

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TCTCTCGCGATCCTCCCCATCTCCTTGACGACGATGAAACCAGAAACGAGATATCTTACT
TGAAAATCGAGAAACCAGAAACGAGATATAGCCTCTCAGCTCTCACCATCTCTCCTCTCT
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ACGACGAACCCAATCACCCCTGTTCTATACTTTGTTTTGTTCTGGGAAGCTATCACTGTG
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CCTCCTCAGAAGTCCCAACTTCAGCAAGAAATTTCTGAGGGTGGACTGGTGGAGCTACGG
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ATCTCTGATAAAAAAAACTTGCCCCAATTGAAAGAGATGTTTAGTCTCGTACTCTCATAT
ATAGTAGTTTATGTCTTCTTTCAATCTCC


BQ
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AF RR1G905JQ C 1
AF RR1G905TF U 1
BS 1 569 RR1G905TF

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DS 

RD RR1G905TF 569 0 0
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QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

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TAGTGTTTCCCC


BQ
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AF RR1A894TF U 1
AF RR1A894JQ C 359
BS 1 589 RR1A894TF
BS 590 590 RR1A894JQ
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BS 838 1092 RR1A894JQ

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QA 1 837 1 837
DS 

RD RR1A894JQ 734 0 0
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ATTAGTGTTTCCCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL7873Contig1 420 2 1 U
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BQ
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AF RR1AR22JQ C 1
AF RR1AR22TF U 1
BS 1 420 RR1AR22TF

RD RR1AR22JQ 420 0 0
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QA 1 420 1 420
DS 

RD RR1AR22TF 420 0 0
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GTTCATGGGGCCGCTAACAAATGGTACATACCCTCAAATCATGATAGACACTGTGGGTGA
GCGGCTTCCATCGTTCACTCCAGAGGAATCCAAACTGGTAAAGGGTTCATATGACTTTCT
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TCTCATTGGTCCAGTGTTCGCTGACAGGGACGACGAGACCAGAAACATCTATTACTACCC

QA 1 420 1 420
DS 



AS 1 2

CO CL7874Contig1 564 2 1 U
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GATGTTGGTGGTGACCAGAGCATGGGAATGGAAGATGATGACAACGAGGTGGAGGATGAT
GATGATGATATGGAGATGGAAGAAGGACAAGGGGGAGGAGGAGAGTTTAAGGAGAAAGTA
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AAGAAATGAGAAAATTAAGTTATT


BQ
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AF RR1GL89JQ C 1
AF RR1GL89TF U 1
BS 1 564 RR1GL89TF

RD RR1GL89JQ 564 0 0
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GATGATGATATGGAGATGGAAGAAGGACAAGGGGGAGGAGGAGAGTTTAAGGAGAAAGTA
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QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1GL89TF 564 0 0
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GATGTTGGTGGTGACCAGAGCATGGGAATGGAAGATGATGACAACGAGGTGGAGGATGAT
GATGATGATATGGAGATGGAAGAAGGACAAGGGGGAGGAGGAGAGTTTAAGGAGAAAGTA
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GAGTTTTTGTATCTTCTTTCCTTATTCAACAAGTCTGGTATTCACTTCTCTTAAAAGTGT
TTTGTCCCCTTTCTGTTTCTTATTGTTCCTTCATCAAAGGAGAATGTGTACCACCCTGTC
TTTGTCCTTGATGGTTTTTTGAGTTATTGACTACTATGGAGTCTTGCTTTTGAGTTTAAA
AAGAAATGAGAAAATTAAGTTATT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL7875Contig1 881 2 2 U
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TCAGATATCATTTCTGGGAACCCCATCACTGCGTTTTTTCAAAGGTTTACACAGATGTAG
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GATAACAAGGTATTGGTGGAATGTTGTTGTGTCATGGAGGAATCATTGAATGGTGCTTAT
AGGCGTTTCAGGAGGAAAAATGAATCGATAGGAGCTCTAGAGATAAGAGTGGTGGCAAAA
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AAGACACCAATGTGCATAAAATCTGTTGAGGCTTTAAAGGTTCTTGAAGACAAGGTTCTT
GCTCGTTTCTTTAGCGACAAATCCCCTCTTATCTGATCCAGATATGATGATGACCGCCAA
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TCTTTTGTCGTCGTGTTTACTGTTGTGACTATGGGTGTTTCAGTTAAGTATGATTGATGC
AACAACTACATTGTTTATCCTTTCATTTTTTCAAACATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G913TF U 1
AF RR1G913JQ C 87
BS 1 650 RR1G913TF
BS 651 881 RR1G913JQ

RD RR1G913TF 650 0 0
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GAGTACCTCCAACGGTTTCTCCAGGGGAGCTCCGAGAATGAGCTGTTCAAGAAGAACGTA
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TCAGATATCATTTCTGGGAACCCCATCACTGCGTTTTTTCAAAGGTTTACACAGATGTAG
AGTGGGAGATGTATTACAGGTTTCACATGCTATGCTGATATCTCCACTGTACCGGGTCAC
TACGTTATTTACTTGGAGCTCAGAGCAAAAGTCAACAAGAACACTAATGTTCTACCTCTT
GATAACAAGGTATTGGTGGAATGTTGTTGTGTCATGGAGGAATCATTGAATGGTGCTTAT
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GGAACGTTTGATTCTCTCATGGAGTTCTTTGTCTCCCGAGGTGCTTCCGTATCTCAGTAC
AAGACACCAATGTGCATAAAATCTGTTGAGGCTTTAAAGGTTCTTGAAGA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1G913JQ 795 0 0
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GAGCTCCGAGAATGAGCTGTTCAAGAAGAACGTACCGGTGGTGAGCTATGAAGATCTTAA
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CACTGCGTTTTTTCAAAGGTTTACACAGATGTAGAGTGGGAGATGTATTACAGGTTTCAC
ATGCTATGCTGATATCTCCACTGTACCGGGTCACTACGTTATTTACTTGGAGCTCAGAGC
AAAAGTCAACAAGAACACTAATGTTCTACCTCTTGATAACAAGGTATTGGTGGAATGTTG
TTGTGTCATGGAGGAATCATTGAATGGTGCTTATAGGCGTTTCAGGAGGAAAAATGAATC
GATAGGAGCTCTAGAGATAAGAGTGGTGGCAAAAGGAACGTTTGATTCTCTCATGGAGTT
CTTTGTCTCCCGAGGTGCTTCCGTATCTCAGTACAAGACACCAATGTGCATAAAATCTGT
TGAGGCTTTAAAGGTTCTTGAAGACAAGGTTCTTGCTCGTTTCTTTAGCGACAAATCCCC
TCTTATCTGATCCAGATATGATGATGACCGCCAACAAAAACGAACTAGATCACCTACTTA
AAAAGAATAATGTTACCATCCATGTGTGCTTTTCTCTTTTGTCGTCGTGTTTACTGTTGT
GACTATGGGTGTTTCAGTTAAGTATGATTGATGCAACAACTACATTGTTTATCCTTTCAT
TTTTTCAAACATTTG

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL7876Contig1 910 2 4 U
GGAGAGAAAAATGAAGAAAGGATTAAAGAAAAGAAGAAGTTAGAGGAAGAAGAGAGCGGC
TTAAAACTGTGTCAACCACCAAAAATCGCCATCTCCCGCGGGCGGTTCTCCGGCCAGAAA
AAATCTGTAAAATCGAATAATAATGATAAAGCTTTGGAGATGGTACCAGCGATGCCTGAC
GGTTCATCCAGTGAAAACGCAGGTCATCAGCTCCGGCTTCCTTTGGGGATTTGGCGATGT
CACCGCTCAATACATCACTCATTCCACTGCCAAACCTCCTCCTCCTCTTCTTCTCCGTCT
CTCCGACAAGGATAAAGAGGCAGACAAAGATGCAGAATTCAAGGTCAACTGGAAGCGAGT
AGCTATCACGAGCATGTTCGGGCTTGGTTTTGTCGGACCTGTTGGCCACTTCTGGTACGA
ATGCTTGGATAAATTCATAAAACTGAAGCTACGATATGTGCCAAAGTCAACACGTTTCGT
AGCAGCCAAAGTTGCGATGGATGGTCTTATCTTCGGCCCCATAGATCTACTGGTTTTCTT
CACATACATGGGATACGCCACCGGCAAGAACACATCTGAAGTGAAAGAAGGACTCAAGAG
GGATTTTCTTCCGGCTCTAGCTCTCGAAGGAGGAGCATGGCCGCTTCTTCAGATCGCAAA
CTTCAGATACGTTCCCGTGCAGTACCAGCTTCTTTACGTCAACATCTTTTGCCTTATAGA
CAGCGCTTTTCTCTCGTGGGTCGACCAACAGAAGGATGCAGCTTGGAAGCAATGGTTCAC
TGCTTCGTTTCTAACGCTTAAAGAACGAGGTGGCACCGGTGGCGTTTGATTCGTTTTTCC
TATGTCGTGAACTTTGAATGAAACCAAAACAGAGTGTAATTTGACGATTCTCAACAACGA
AAGTTGCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU89TF U 1
AF RR1CU89JQ C 115
BS 1 659 RR1CU89TF
BS 660 660 RR1CU89JQ
BS 661 683 RR1CU89TF
BS 684 910 RR1CU89JQ

RD RR1CU89TF 683 0 0
GGAGAGAAAAATGAAGAAAGGATTAAAGAAAAGAAGAAGTTAGAGGAAGAAGAGAGCGGC
TTAAAACTGTGTCAACCACCAAAAATCGCCATCTCCCGCGGGCGGTTCTCCGGCCAGAAA
AAATCTGTAAAATCGAATAATAATGATAAAGCTTTGGAGATGGTACCAGCGATGCCTGAC
GGTTCATCCAGTGAAAACGCAGGTCATCAGCTCCGGCTTCCTTTGGGGATTTGGCGATGT
CACCGCTCAATACATCACTCATTCCACTGCCAAACCTCCTCCTCCTCTTCTTCTCCGTCT
CTCCGACAAGGATAAAGAGGCAGACAAAGATGCAGAATTCAAGGTCAACTGGAAGCGAGT
AGCTATCACGAGCATGTTCGGGCTTGGTTTTGTCGGACCTGTTGGCCACTTCTGGTACGA
ATGCTTGGATAAATTCATAAAACTGAAGCTACGATATGTGCCAAAGTCAACACGTTTCGT
AGCAGCCAAAGTTGCGATGGATGGTCTTATCTTCGGCCCCATAGATCTACTGGTTTTCTT
CACATACATGGGATACGCCACCGGCAAGAACACATCTGAAGTGAAAGAAGGACTCAAGAG
GGATTTTCTTCCGGCTCTAGCTCTCGAAGGAGGAGCATGGCCGCTTCTTCAGATCGCAA*
CTTCAGATACGTTCCCGTGCAGT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1CU89JQ 796 0 0
CAGAAAAAATCTGTAAAATCGAATAATAATGATAAAGCTTTGGAGATGGTACCAGCGATG
CCTGACGGTTCATCCAGTGAAAACGCAGGTCATCAGCTCCGGCTTCCTTTGGGGATTTGG
CGATGTCACCGCTCAATACATCACTCATTCCACTGCCAAACCTCCTCCTCCTCTTCTTCT
CCGTCTCTCCGACAAGGATAAAGAGGCAGACAAAGATGCAGAATTCAAGGTCAACTGGAA
GCGAGTAGCTATCACGAGCATGTTCGGGCTTGGTTTTGTCGGACCTGTTGGCCACTTCTG
GTACGAATGCTTGGATAAATTCATAAAACTGAAGCTACGATATGTGCCAAAGTCAACACG
TTTCGTAGCAGCCAAAGTTGCGATGGATGGTCTTATCTTCGGCCCCATAGATCTACTGGT
TTTCTTCACATACATGGGATACGCCACCGGCAAGAACACATCTGAAGTGAAAGAAGGACT
CAAGAGGGATTTTCTTCCGGCTCTAGCTCTCGAAGGAGGAGCATGGCCGCTTCTTCAGAT
CGCAAACTTCAGATACGTTCCCGTGCAGTACCAGCTTCTTTACGTCAACATCTTTTGCCT
TATAGACAGCGCTTTTCTCTCGTGGGTCGACCAACAGAAGGATGCAGCTTGGAAGCAATG
GTTCACTGCTTCGTTTCTAACGCTTAAAGAACGAGGTGGCACCGGTGGCGTTTGATTCGT
TTTTCCTATGTCGTGAACTTTGAATGAAACCAAAACAGAGTGTAATTTGACGATTCTCAA
CAACGAAAGTTGCCCT

QA 1 796 1 796
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7878Contig1 839 2 2 U
GGATTATAGTAGCTTTTAACTCTCAGCTTCTCTCCTCACTTGAGTAGAAGAAAATGTCGA
TCATTCCAATCAACGATGATCGCCGGAGAATCTCTCCCGGCGATAGAATCTGGGAGCCAT
TTGAACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCCATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACT
TTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATCCACCGTCGAGACCCAGC
TCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAAAGCGTATCTTCCGGGAACGACTC
AGTACGAAGCGATCGTGTTCGTGGATGACGAAGGATACCTCCAGATCTGCACGGGAGACA
ACAAACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCCATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACT
TTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATCCACCGTCGAGACCCAGC
TCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAAAGCGTATCTTCCGGGAACGACTC
AGGTGACGGCGTGGATGGAGGATTGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAAAGATGGTGCTG
CTTCTTCGCAGTCAACGCCGGGGATCGAGGAGAATCGCAATGTGAGAGTGGTGGAGATTA
CCGGCGATGATGATTAAATCAAGTCTTGGGACTTTTAAAGTCTGTGTAATAAAATAAACA
GAGTAATCGCGTATTTAGATTTGTGATTGGAAGTCCTTTGTGATCTTGTGTGAAGTTCCT
TTTGTTATAAAGGAATCTGTGTCGTTTTGCTGAATTGGAAAAAAGTATGTATAATAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX86TF U 1
AF RR1BX86JQ C 216
BS 1 778 RR1BX86TF
BS 779 839 RR1BX86JQ

RD RR1BX86TF 783 0 0
GGATTATAGTAGCTTTTAACTCTCAGCTTCTCTCCTCACTTGAGTAGAAGAAAATGTCGA
TCATTCCAATCAACGATGATCGCCGGAGAATCTCTCCCGGCGATAGAATCTGGGAGCCAT
TTGAACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCCATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACT
TTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATCCACCGTCGAGACCCAGC
TCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAAAGCGTATCTTCCGGGAACGACTC
AGTACGAAGCGATCGTGTTCGTGGATGACGAAGGATACCTCCAGATCTGCACGGGAGACA
ACAAACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCCATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACT
TTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATCCACCGTCGAGACCCAGC
TCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTCAAAGCGTATCTTCCGGGAACGACTC
AGGTGACGGCGTGGATGGAGGATTGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAAAGATGGTGCTG
CTTCTTCGCAGTCAACGCCGGGGATCGAGGAGAATCGCAATGTGAGAGTGGTGGAGATTA
CCGGCGATGATGATTAAATCAAGTCTTGGGACTTTTAAAGTCTGTGTAATAAAATAAACA
GAGTAATCGCGTATTTAGATTTGTGATTGGAAGTCCTTTGTGATCTTGTGTGAAGTTC
TTTTG

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1BX86JQ 624 0 0
TCTCCATCCACCGTCGAGACCCAGCTCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTC
AAAGCGTATCTTCCGGGAACGACTCAGTACGAAGCGATCGTGTTTGTGGATGACGAAGGA
TACCTCCAGATCTGCACGGGAGACAACAAACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCG
CCATCCCTCCTGCTCTCTCGCCACTTTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCT
TCTCCATCCACCGTCGAGACCCAGCTCAACTGGACGGAGACTCCGACGGCTCACGTTTTC
AAAGCGTATCTTCCGGGAACGACTCAGGTGACGGCGTGGATGGAGGATTGTTTCCTCGTC
GTGTTCGTCGCGAAAGATGGTGCTGCTTCTTCGCAGTCAACGCCGGGGATCGAGGAGAAT
CGCAATGTGAGAGTGGTGGAGATTACCGGCGATGATGATTAAATCAAGTCTTGGGACTTT
TAAAGTCTGTGTAATAAAATAAACAGAGTAATCGCGTATTTAGATTTGTGATTGGAAGTC
CTTTGTGATCTTGTGTGAAGTTCCTTTTGTTATAAAGGAATCTGTGTCGTTTTGCTGAAT
TGGAAAAAAGTATGTATAATAGAG

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL7879Contig1 780 2 4 U
GGATGCATTGCAGAAACGAAGAGAACAACAAAAAAAATGGGACCAAAGGGCTGGTTTATC
CTCAAGCTTTTGATGTTTCAGGGTCTTTTCATTTCATATTCCCAAGAACAAGAAGACTTT
GATTTCTTCTACTTAGTTCTTCAGTGGCCAGGAGCCTATTGTGATACAAAACGTAGTTGT
TGCTATCCAACATCAGGTAAACCTGCGGCGGATTTTGGCATCCACGGTCTTTGGCCTAAT
TACAATGATGGTTCATATCCATCAAACTGTGATCCCGACAGTAAATTTGATAAATCTCAG
ATAACGGATCTGGTAAGTAGTTTGAAAAAGACGTGGCCAACATTAGCGTGTCCGAGCAAC
GAAGGGTTCAAGTTTTGGACGCACGAGTGGGAAAAACATGGTACATGTTCTCAATCAGCA
ATGGACCAGCATGACTACTTCGAAAATGCTCTTAAACTCAGAGACAGGGCCAATCTCCTT
GAAGCCCTCACAAACTCCGGAATCAAACCAGATGATAAATTCTATGATCTTGAAAAGATC
AAAAACGCGATAACAGATGCGATTGGGTTTGCTCCAGGGATTGAATGTAACAAAGATCCC
GAGCGCAACGACCAGCTTCACCAAATCTACATCTGCGTCGATACATCAGGAACTGAGTTT
ATTGAATGTCCAATTTTCCCTAGAGGAAGATGTCCGTCTAAACTCCAGTTTGCGAAGTTT
TAATTGTATCTTTCTTTGAATGTGGCTTTCAAACAACGTTATCTCTTGTTTTGGAATCAC


BQ
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AF RR1DF70TF U 1
AF RR1DF70JQ C 110
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TACAATGATGGTTCATATCCATCAAACTGTGATCCCGACAGTAAATTTGATAAATCTCAG
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GAAGGGTTCAAGTTTTGGACGCACGAGTGGGAAAAACATGGTACATGTTCTCAATCAGCA
ATGGACCAGCATGACTACTTCGAAAATGCTCTTAAACTCAGAGACAGGGCCAATCTCCTT
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AAAAACGCGATAACAGATGCGATTGGGTTTGCTCCAGGGATTGAATGTAACAAAGATCCC
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ATTGAATGTCC

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DS 

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ATAAATCTCAGATAACGGATCTGGTAAGTAGTTTGAAAAAGACGTGGCCAACATTAGCGT
GTCCGAGCAACGAAGGGTTCAAGTTTTGGACGCACGAGTGGGAAAAACATGGTACATGTT
CTCAATCAGCAATGGACCAGCATGACTACTTCGAAAATGTTCTTAAACTCAGAGACAGGG
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TTGAAAAGATCAAAAACGCGATAACAGATGCGATTGGGTTTGCTCCAGGGATTGAATGTA
ACAAAGATCCCGAGCGCAACGACCAGCTTCACCAAATCTACATCTGCGTCGATACATCAG
GAACTGAGTTTATTGAATGTCCAATTTTCCCTAGAGGAAGATGTCCGTCTAAACTCCAGT
TTGCGAAGTTTTAATTGTATCTTTCTTTGAATGTGGCTTTCAAACAACGTTATCTCTTGT
TTTGGAATCAC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AV31TF U 1
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BS 570 740 RR1AV31JQ

RD RR1AV31TF 569 0 0
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QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1AV31JQ 740 0 0
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CGGAGAAAGCGGCGGTTCGGTTAGGGAGCAGGACCGGTACCTACCGATAGCTAACTTAAG
CAGGATCATGAAGAGAGCTTTGCCTCCCAACGGAAAGATCGGTAAAGATGCTAAAGACAC
TGTCCAAGAATGCGTCTCTGAGTTCATCAGCTTCGTCACCAGCGAGGCCAGTGATAGGTG
TCAGAAAGAGAAAAGGAAAACTGTGAATGGTGAGGATTTGTTGTGGGCAATGACAACGTT
AGGATTTGAGGATTACTTGGAACCCTTAAAGCTATACCTTGCGAGGTACAGGGAGTTGGA
GGGGGATAATAAGGGCTCAGGAAAGAGCGTGGAGAGTAACAATAGAGATGCAGCTGGGGG
TGCTTCCGGTGAAGATTTGCCGGTAGTATAGAGAGTCCAATGCTACAACTTTTCTAGCTG
GTGAGGCGAGAAGTTTCAAGTGAACTCTTTAGAAATAAAGAACAACACCAACATGATCAA
GGGATAGCAGAGATCAGTGTTGTTGTCTTTACATTTGAGCTCATGGTCGAATTTCGGTTA
TGTGATAATTTGAGAATTTTGGTTATCTGTTTCCGGTTTAGTTGGTTGTAGTTGAAGATA
TGAGAAGTATTTGAAAGTAG

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL7881Contig1 870 2 2 U
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BQ
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AF RR1H649TF U 1
AF RR1H649JQ C 123
BS 1 687 RR1H649TF
BS 688 870 RR1H649JQ

RD RR1H649TF 690 0 0
GGAGTTGTTTCTTTGGTGTGTAGATGGAAACAGAGAAGAAGAGCAAGGAGCTAGGGCTTA
ACCACCTAGGGTTCGTGAGAGTTGCAGCGATCCAAGTTCTTGTTAGCCTCTCAAATCTCT
ACGACTACGCCAAACAAAACTCCGGTCCTCTTAAACCGGCGGTGGGAAAGGTGGAAGGTG
CCGTCACCACCTTCGTCATCCCTGTCTACAACAAATTCAAAGATGTTCCAGATACTCTCC
TCCTCTTTCTTGATCACAAGGTAGGTGAAGTTTCGAACAAGTTTGATAAGCATGCTCCTC
CAATGGCTAAGAAAGTAGTAAGTCAAGCAAGTGTATTGATCCAGGCGACTGCAGAGAAGG
CTCAAAGCTTTGTGAAAGAGGCTCGTACCGGTGGTCCTAAAGCTGCCTTTAACTATGCTG
CAACTGAGTACAAGTACTTCGTTGTGACCAGCTCGGTTAAAGTCTGGGCTAAACTCAACC
AGTACAAACCGATTCATGTAGTGGGAAACAAAGCTTTGCCCCTGGCTGCAAATTTGTGTG
GTATGTACAACGATTTGGTGACCGACATGACAAAGAGGGGTTACCCTGTGGTTGGTTATC
TTCCTTTGGTTCCTGTTGATGACATTGTCAAGGCTTATGAAAAGGAACAAGATGCAGCGC
AAAAGAAAGGAGATACTACCACTGCTT
CTA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1H649JQ 748 0 0
GACTACGCCAAACAAAACTCCGGTCCTCTTAAACCGGCGGTGGGAAAGGTGGAAGGTGCC
GTCACCACCTTCGTCATCCCTGTCTACAACAAATTCAAAGATGTTCCAGATACTCTCCTC
CTCTTTCTTGATCACAAGGTAGGTGAAGTTTCGAACAAGTTTGATAAGCATGCTCCTCCA
ATGGCTAAGAAAGTAGTAAGTCAAGCAAGTGTATTGATCCAGGCGACTGCAGAGAAGGCT
CAAAGCTTTGTGAAAGAGGCTCGTACCGGTGGTCCTAAAGCTGCCTTTAACTATGCTGCA
ACTGAGTACAAGTACTTCGTTGTGACCAGCTCGGTTAAAGTCTGGGCTAAACTCAACCAG
TACAAACCGATTCATGTAGTGGGAAACAAAGCTTTGCCCCTGGCTGCAAATTTGTGTGGT
ATGTACAACGATTTGGTGACCGACATGACAAAGAGGGGTTACCCTGTGGTTGGTTATCTT
CCTTTGGTTCCTGTTGATGACATTGTCAAGGCTTATGAAAAGGAACAAGATGCAGCGCAA
AAGAAAGGAGATACTACCACTGCTTTTAATGGAAACAAATCGTTGTCGTCGTTTGAGTCG
TCGTCTGATTCGGACACCGATTGAAACATTTGTGAATTTTGTAGTCTTTGGAGTCTGGCT
TGTTGGGTTGGGAAACTTGTGTAAATGATCACAGAACTTGGTTTGTAGCTTTTAGCAAGT
GTTTCATTTCTTGTTGGTGTAAAATTTG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL7882Contig1 966 2 4 U
GCAAAACCGCCGGCCTGTAAAAATCTCACCGTAGACGGCGGCGATCCTTATCCCGAACTC
CTCAGACCTACGTCTGACGAATGTAGAGACGTAAGGGATGCTTTGCTGTCTCTCCATGGA
TTCCCTCCCGAGTTCGCCAGTTACCGCCGTCAGAGACTCCGAACACTTTCCTCCGTAGAT
GGTCACGACACAGAGTGTTCGGAGAAGGAGGAGGAGAGTGTGCTTGATGGGCTTGTCAAA
ATTCTTCTTTCGCAGAATACGAGTGAGGCCAATTCTCAAAGGGCCTTTGCTTCTCTCAAA
GCTCAATTTCCTAAATGGGAAGATGTTTTGGTTGCTGAGCCAAAATTAATTGAGAATGCT
ATCAGGTGTGGAGGATTGGCCCCTAAAAAGACTGTCTGTATCAAAAACATTATGAGCCGC
CTGCAGAACGAGAGAGGCAGATTGTGCTTGGAGTATCTGCGCGGTCTATCGGTAGAAGAA
GTAAAAACTGAGCTCTCCCATTTTAAAGGAGTAGGTCCCAAAACGGTTTCTCGTGTTCTG
ATGTTCAACCTCCAACACAATGATTTCCCAGTAGACACCCATGTATATGAGATCTCCAAG
GCGTTAGGTTGGGTCCCGAAAACCGCAGACAGGAACGGAACCTATGTTCATCTCAACCGT
AGGATCCCGGATGAGCTCAAGTTTGATCTGAACTGTCTGTTATATACACATGGTAAGCTC
TGCAGCAACTGCAAGAAGAATGTTGCGAAACCAAAAGCTAAAGTAGTGTCATCTGATGAT
TGCCCTCTCCTGGGGTTTTCTGGTTTAGTCTAGATAACCAGGATAATAAATTAATAACTT
TTTTTTGTTTTAGTTTGGTTTGGATGGTATTTTTCTGTGGTCGTAGTATCCTTTCTTGAC
TCTTTGCTTGTAGCGAAAAAAAAACAATTGTAGGCCATGACTATGAATTTAGAACATTAT
TCCGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1BF45TF U 1
AF RR1BF45JQ C 178
BS 1 661 RR1BF45TF
BS 662 662 RR1BF45JQ
BS 663 746 RR1BF45TF
BS 747 966 RR1BF45JQ

RD RR1BF45TF 746 0 0
GCAAAACCGCCGGCCTGTAAAAATCTCACCGTAGACGGCGGCGATCCTTATCCCGAACTC
CTCAGACCTACGTCTGACGAATGTAGAGACGTAAGGGATGCTTTGCTGTCTCTCCATGGA
TTCCCTCCCGAGTTCGCCAGTTACCGCCGTCAGAGACTCCGAACACTTTCCTCCGTAGAT
GGTCACGACACAGAGTGTTCGGAGAAGGAGGAGGAGAGTGTGCTTGATGGGCTTGTCAAA
ATTCTTCTTTCGCAGAATACGAGTGAGGCCAATTCTCAAAGGGCCTTTGCTTCTCTCAAA
GCTCAATTTCCTAAATGGGAAGATGTTTTGGTTGCTGAGCCAAAATTAATTGAGAATGCT
ATCAGGTGTGGAGGATTGGCCCCTAAAAAGACTGTCTGTATCAAAAACATTATGAGCCGC
CTGCAGAACGAGAGAGGCAGATTGTGCTTGGAGTATCTGCGCGGTCTATCGGTAGAAGAA
GTAAAAACTGAGCTCTCCCATTTTAAAGGAGTAGGTCCCAAAACGGTTTCTCGTGTTCTG
ATGTTCAACCTCCAACACAATGATTTCCCAGTAGACACCCATGTATATGAGATCTCCAAG
GCGTTAGGTTGGGTCCCGAAAACCGCAGACAGGAACGGAACCTATGTTCATCTCAACCGT
ATGATCCCGGATGAGCTCAAGTTTGATCTGAACTGTCTGTTATATACACATGGTAAGCTC
TGCAGCAACTGCAAGAAGAATGTTGC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1BF45JQ 789 0 0
GATGGTCACGACACAGAGTGTTCGGAGAAGGAGGAGGAGAGTGTGCTTGATGGGCTTGTC
AAAATTCTTCTTTCGCAGAATACGAGTGAGGCCAATTCTCAAAGGGCCTTTGCTTCTCTC
AAAGCTCAATTTCCTAAATGGGAAGATGTTTTGGTTGCTGAGCCAAAATTAATTGAGAAT
GCTATCAGGTGTGGAGGATTGGCCCCTAAAAAGACTGTCTGTATCAAAAACATTATGAGC
CGCCTGCAGAACGAGAGAGGCAGATTGTGCTTGGAGTATCTGCGCGGTCTATCGGTAGAA
GAAGTAAAAACTGAGCTCTCCCATTTTAAAGGAGTAGGTCCCAAAACGGTTTCTCGTGTT
CTGATGTTCAACCTCCAACACAATGATTTCCCAGTAGACACCCATGTATATGAGATCTCC
AAGGCGTTAGGTTGGGTCCCGAAAACCGCAGACAGGAACGGAACCTATGTTCATCTCAAC
CGTAGGATCCCGGATGAGCTCAAGTTTGATCTGAACTGTCTGTTATATACACATGGTAAG
CTCTGCAGCAACTGCAAGAAGAATGTTGCGAAACCAAAAGCTAAAGTAGTGTCATCTGAT
GATTGCCCTCTCCTGGGGTTTTCTGGTTTAGTCTAGATAACCAGGATAATAAATTAATAA
CTTTTTTTTGTTTTAGTTTGGTTTGGATGGTATTTTTCTGTGGTCGTAGTATCCTTTCTT
GACTCTTTGCTTGTAGCGAAAAAAAAACAATTGTAGGCCATGACTATGAATTTAGAACAT
TATTCCGAT

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL7883Contig1 815 2 10 U
TCGATCGTCTATCCCCTCGACTCTCCAGCCTTGTGAAAACGTAGGAACCCTAATCTTGTG
AGAGTTTTTCTTTAAGCGGAGACGATATGTCAGGGAGGGAAGTTAAAGAATACACGAATC
TCTCCGACCCTAAAGATAAGAAACAAGGGAAGGGTAAGATAGATGATGAAGACGTCACCT
TTCAACGTATGGTTGCAAAGATGCAAGATGTTGCTGGTGAGCGTGGAGGCTATCTTCATG
GACGTGGCGCTTTGGACAGCGACGATTTGCTTTATCTTAAAGAGCAGATGGAAGCAGAGC
AGGATGCAGAGCGCCTTCTCAGACGAACTGAGAAACGGGCTTTTGCTGCCTTTAAAAAAG
CTGCAACCCAAGCTGATTCATCTCCAGCATCTATTCCTTTGCCGCTTCGTTTGAGCCCAA
GCCTAAGAGTGGTATCAGGCAGCAAGATTTGCTGAGAAAGGTTGTCGAGGTTAAACCGAA
GCGACCAAAGGTCTCTACAAGCTTGTCACCTCCTAAAAGGAGCGATATTGTTCCAACAGA
AGCAAAGGTTCAAAGAGATAAACTGGACAGACCTGAGGAGCAACCCGGAGGCAAAGCAGC
AGAAAGCAATGGGCAAGGTCAAAATGCTTTGAAAGGCTTGTTGGGATTAGCGTATGAGTC
TTCGGATGAAGATGACTGAGTTGAGTGTATGAATCTTTCTCCTTGTAGTCTTCGTCGCGT
TTTGTTTTGTCTGTCTTCTCCAATATTTTATGTCGAAAGCTTACAAGAGGTTTTAGCTTT
AGGATTCAATGCAGCTTTGTTGTAATTGTTGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CZ43TF U 1
AF RR1CZ43JQ C 119
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RD RR1CZ43TF 705 0 0
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QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1CZ43JQ 697 0 0
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AAGCGACCAAAGGTCTCTACAAGCTTGTCACCTCCTAAAAGGAGCGATATTGTTCCAACA
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QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

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TCTGCGAAATCGAGTAGCTCAGTCCTAATCTCAGCTAGGTTAGCTGAATCCATGGTAGAT
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TTATATATTAAAATTTTGATATATT


BQ
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AF RR1EJ16JQ C 1
AF RR1EJ16TF U 1
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TTATATATTAAAATTTTGATATATT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1EJ16TF 565 0 0
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GCTCTGTTCACGGCGTCCTGCATCATGGGAGTCCTCCCTGTGTAACATCGGCTCCTCGCG
CAGAGATTATCCCAGATCTGGGAACAATGGTTCCCTTATCACCACCGTAAGAGAAAGGAA
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GCCTCGTATCCGCTTCTTTCATCGCTAACAACAACGGATTCGACGCAAACAAGCTCTTCT
TCTGCGAAATCGAGTAGCTCAGTCCTAATCTCAGCTAGGTTAGCTGAATCCATGGTAGAT
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TGTCATTACTTATTAGGTTTAGTTAGCAAATAGATTTAGGTTTAAGCTTGGTTTAATTTT
GGTTTGTTTGGTTTATTTCTTTTCCATGTAAACCAGTTGTAATTTAAAACTCAATATAAT
TTATATATTAAAATTTTGATATATT

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL7885Contig1 673 2 4 U
GAATGAAAACCTTACAACTTTTCAACACACCAAATCTTTTTTTGTTACATATTTGCTCAC
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AGAAGATGGATAATAACAATAACCAGCAAACGTTTTGGCAGTTCAGCGATCAATTGAGAG
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GCACCGACGACCGCAGAAACTTCGACATCGCAGCTGCCTCCACCAACAAAAACCCTATCG
AATATCACAACAGCAACAAGGCTTCTTCCGACAACAACAACAACAACAACACTGCGAGCT
GGAACACCTGGAAGTCTAGCTCCAACGGTTTCGGACCCATCGGCTCAAAATCAACAACAT
CCACAAACGTCAATTTCAACCGCACCGACGACAACCCCTGGAAATTCAACAACTCGGACG
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GAGTAGGGAAAAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GR60TF U 1
AF RR1DN40TF U 37
BS 1 282 RR1GR60TF
BS 283 283 RR1DN40TF
BS 284 613 RR1GR60TF
BS 614 673 RR1DN40TF

RD RR1GR60TF 613 0 0
GAATGAAAACCTTACAACTTTTCAACACACCAAATCTTTTTTTGTTACATATTTGCTCAC
CAAAACTTGTCTACTTAACAAGCCTCCCAAATCTCAACAATTTCATTCACAAATCGATCT
GTAATATCGAGAGATCATCGTAGAAAAACCATAAAGTCACTTATTTAAAAGAAAGAAAAA
AGAAGATGGATAATAACAATAACCAGCAAACGTTTTGGCAGTTCAGCGATCAATTGAGAG
TCCTCCAGACGCCGCACAATCTTTCCTTAAACGACTCCATCTTGAGCACCACCAACAAAC
GCACCGACGACCGCAGAAACTTCGACATCGCAGCTGCCTCCACCAACAAAAACCCTATCG
AATATCACAACAGCAACAAGGCTTCTTCCGACAACAACAACAACAACAACACTGCGAGCT
GGAACACCTGGAAGTCTAGCTCCAACGGTTTCGGACCCATCGGCTCAAAATCAACAACAT
CCACAAACGTCAATTTCAACCGCACCGACGACAACCCCTGGAAATTCAACAACTCGGACG
TCAACAACGGGGATTTCAACAAGGGCATCTACTCCTCGCAGCCCAAGAGCTATGGCTTCA
ATTTCAAGAACAA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1DN40TF 637 0 0
TTTTTTTGTTACATATTTGCTCACCAAAACTTGTCTACTTAACAAGCCTCCCAAATCTCA
ACAATTTCATTCACAAATCGATCTGTAATATCGAGAGATCATCGTAGAAAAACCATAAAG
TCACTTATTTAAAAGAAAGAAAAAAGAAGATGGATAATAACAATAACCAGCAAACGTTTT
GGTAGTTCAGCGATCAATTGAGAGTCCTCCAGACGCCGCACAATCTTTCCTTAAACGACT
CCATCTGGAGCACCACCAACAAACGCACCGACGACCGCAGAAACTTCGACATCGCAGCTG
CCTCCACCAACAAAAACCCTATCGAATATCACAACAGCAACAAGGCTTCTTCCGACAACA
ACAACAACAACAACACTGCGAGCTGGAACACCTGGAAGTCTAGCTCCAACGGTTTCGGAC
CCATCGGCTCAAAATCAACAACATCCACAAACGTCAATTTCAACCGCACCGACGACAACC
CCTGGAAATTCAACAACTCGGACGTCAACAACGGGGATTTCAACAAGGGCGTCTACTCCT
CGCAGCCCAAGAGCTATGGCTTCAATTTCAAGAACAACAAGGGGATGCTCATCGATCAAG
ATCATCATCAGATCTCCCAGAAAGGAGTAGGGAAAAG

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL7886Contig1 605 2 1 U
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TCGACGACCAGGAGTTTCAATTTGAATCTGATTACTCTGTTTGGGATCAGGATCAGAGGA
TCAGACATGGCTTTTCTTGTAACATCCGTAATATTCGCTGTGGTCGGCATCATTGCTTCG
ATTTTCACAAGAATCTGCTTCAACCAAGGCCCTTCCACCAATCTGCTACATTTTACATTG
GTCATTACAGCCACTGTCTGCTGTTGGATGATGTGGGCAATCGTATACATTGCGCAGATG
AAGCCTCTCATTGTTCCTATCCTAAGCGAGGTAGAGTAGACACCCACCCATCTCTACTCA
AACTCAACCAATGCACAAACTTGAGTGACTACTCTTTCTATCTATCTTCTTCGTAAATTC
ATCCGAATTTATTTTCGCTTTTGTAATTCTTGTTTGTTGCGGTGTGGAAGAACAATACCT
TTCCCCTACTCTTTACTGTTGAGTCTTTTGTCTCTCACTCATTTCTGAAACATCCTATAT
TATATTCAAAAAGGTTATTGCCAAAGAGTGAGTGTGTATCATTTGTTGATGAAATAAAAA
TCTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 

AF RR1CE70JQ C 1
AF RR1CE70TF U 1
BS 1 605 RR1CE70TF

RD RR1CE70JQ 605 0 0
GGCTCGCAAAATTTGCGCCTTGCACAGATCAGTGGGCACGAACGAATATACGATCCGCCA
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AAGCCTCTCATTGTTCCTATCCTAAGCGAGGTAGAGTAGACACCCACCCATCTTTACTCA
AACTCAACCAATGCACAAACTTGAGTGACTACTCTTTCTATCTATTTTTTTCGTAAATTC
ATCCGAATTTATTTTCGCTTTTGTAATTTTTGTTTGTTGCGGTGTGGAAGAACAATACCT
TTCCCCTACTCTTTACTGTTGAGTCTTTTGTCTCTCACTCATTTTTGAAACATCCTATAT
TATATTCAAAAAGGTTATTGCCAAAGAGTGAGTGTGTATCATTTGTTGATGAAATAAAAA
TCTTT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1CE70TF 605 0 0
GGCTCGCAAAATCTGCGCCTTGCACAGATCAGTGGGCACGAACGAATATACGATCCGCCA
TCGACGACCAGGAGTTTCAATTTGAATCTGATTACTCTGTTTGGGATCAGGATCAGAGGA
TCAGACATGGCTTTTCTTGTAACATCCGTAATATTCGCTGTGGTCGGCATCATTGCTTCG
ATTTTCACAAGAATCTGCTTCAACCAAGGCCCTTCCACCAATCTGCTACATTTTACATTG
GTCATTACAGCCACTGTCTGCTGTTGGATGATGTGGGCAATCGTATACATTGCGCAGATG
AAGCCTCTCATTGTTCCTATCCTAAGCGAGGTAGAGTAGACACCCACCCATCTCTACTCA
AACTCAACCAATGCACAAACTTGAGTGACTACTCTTTCTATCTATCTTCTTCGTAAATTC
ATCCGAATTTATTTTCGCTTTTGTAATTCTTGTTTGTTGCGGTGTGGAAGAACAATACCT
TTCCCCTACTCTTTACTGTTGAGTCTTTTGTCTCTCACTCATTTCTGAAACATCCTATAT
TATATTCAAAAAGGTTATTGCCAAAGAGTGAGTGTGTATCATTTGTTGATGAAATAAAAA
TCTTT

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL7887Contig1 733 2 2 U
GGGGCTCATCTGTTCGGGTTGATTGCATAAACCCCACAAGAATCATCACCATGCCTTCGG
AGTTAACTCAGGAAGAACTATCAGCCCTCGCGCAATCCATCGCCGAGTTCCACACTTACC
AACTCGGTCCAGGAAGCTGCTCCTCACTCCACGCGCAGCGAATCCACGCGCCTCCGGAGA
TCGCCTGGTCAGTCGTCCGTCAGTTCGACAAACCGCAGACGTACAAACACTTCATCAAAT
CCTGCTCCGTCGATGAAGGATTCGAGATGCGTGTTGGATGCACGCGCGACGTGATCGTGA
TCAGTGGATTGCCGGCGAACACGTCGACGGAGAGGCTCGATGTACTAGACGACGAGAGGC
GAGTGACGGGGTTTAGCATCATCGGAGGAGAGCACAGGCTGGTGAATTACAAGTCGGTGA
CGACGGTGCACAGGCTCGAGAAGGAGAGACGGGTGTGGACTGTGGTGTTCGAGTCGTACG
TCGTGGATATGCCGGAAGGGAACTCGGAAGAGGACACACGAATGTTGGCTGATACAGTGG
TTAAACTGAATCTACAGAAATTGGCGACTGTCACCGAAACCATGGCTCGTAACGCCGCCG
GAGAGGGAGGCGGCTCTCAGGTGACTTAGAAATCAAAATTATATATGTGGAAAGAATGAA
AAATGTTTTTTTTTTCTTAATTACTTATTTGGGAAATGTTATTTACGATGCTTTTTTATA
TAAGATTCGACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EQ24TF U 1
AF RR1EQ24JQ C 99
BS 1 663 RR1EQ24TF
BS 664 733 RR1EQ24JQ

RD RR1EQ24TF 663 0 0
GGGGCTCATCTGTTCGGGTTGATTGCATAAACCCCACAAGAATCATCACCATGCCTTCGG
AGTTAACTCAGGAAGAACTATCAGCCCTCGCGCAATCCATCGCCGAGTTCCACACTTACC
AACTCGGTCCAGGAAGCTGCTCCTCACTCCACGCGCAGCGAATCCACGCGCCTCCGGAGA
TCGCCTGGTCAGTCGTCCGTCAGTTCGACAAACCGCAGACGTACAAACACTTCATCAAAT
CCTGCTCCGTCGATGAAGGATTCGAGATGCGTGTTGGATGCACGCGCGACGTGATCGTGA
TCAGTGGATTGCCGGCGAACACGTCGACGGAGAGGCTCGATGTACTAGACGACGAGAGGC
GAGTGACGGGGTTTAGCATCATCGGAGGAGAGCACAGGCTGGTGAATTACAAGTCGGTGA
CGACGGTGCACAGGCTCGAGAAGGAGAGACGGGTGTGGACTGTGGTGTTCGAGTCGTACG
TCGTGGATATGCCGGAAGGGAACTCGGAAGAGGACACACGAATGTTGGCTGATACAGTGG
TTAAACTGAATCTACAGAAATTGGCGACTGTCACCGAAACCATGGCTCGTAACGCCGCCG
GAGAGGGAGGCGGCTCTCAGGTGACTTAGAAATCAAAATTATATATGTGGAAAGAATGAA
AAA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1EQ24JQ 635 0 0
ATCGCCGAGTTCCACACTTACCAACTCGGTCCAGGAAGCTGCTCCTCACTCCACGCGCAG
CGAATCCACGCGCCTCCGGAGATCGCCTGGTCAGTCGTCCGTCAGTTCGACAAACCGCAG
ACGTACAAACACTTCATCAAATCCTGCTCCGTCGATGAAGGATTCGAGATGCGTGTTGGA
TGCACGCGCGACGTGATCGTGATCAGTGGATTGCCGGCGAACACGTCGACGGAGAGGCTC
GATGTACTAGACGACGAGAGGCGAGTGACGGGGTTTAGCATCATCGGAGGAGAGCACAGG
CTGGTGAATTACAAGTCGGTGACGACGGTGCACAGGCTCGAGAAGGAGAGACGGGTGTGG
ACTGTGGTGTTCGAGTCGTACGTCGTGGATATGCCGGAAGGGAACTCGGAAGAGGACACA
CGAATGTTGGCTGATACAGTGGTTAAACTGAATCTACAGAAATTGGCGACTGTCACCGAA
ACCATGGCTCGTAACGCCGCCGGAGAGGGAGGCGGCTCTCAGGTGACTTAGAAATCAAAA
TTATATATGTGGAAAGAATGAAAAATGTTTTTTTTTTCTTAATTACTTATTTGGGAAATG
TTATTTACGATGCTTTTTTATATAAGATTCGACGC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL7888Contig1 560 2 1 U
GGACAGAGAGTCGCATCGAGGTTCTGATCTTAAGGAAGCAGCAGAAATGGCGGTACCGTT
GCTAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCG
TAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATCGATTCAAGGGTTAGGAG
AAAGTTCAAGGGTGTGACGTTGATGCCCAATGTGGGTTACGGATCAGACAAGAAGACACG
TCACTACCTCCCGAACGGGTTCAAGAAGTTTGTTGTGCACAACACGAGTGACCTCGAGCT
GCTGATGATGCACAACAGGACGTACTGCGCAGAGATTGCACACAACGTTTCGACAAAGAA
GAGGAAGGCAATTGTGGAGAGAGCTTCGCAGTTGGATATTGTTGTGACCAACAGGCTTGC
TAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGTAACTAAACTAGCAAAGGCATTTGAAATAT
TGAAGTTTGTTTCTGGTTTGTTTGCATTTATTTCCGTTTTTGTAAGACAGATTTTGTTTA
ACTGTTTGTGTTTTGCAATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BP21JQ C 1
AF RR1BP21TF U 1
BS 1 560 RR1BP21TF

RD RR1BP21JQ 560 0 0
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ACTGTTTGTGTTTTGCAATC

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1BP21TF 560 0 0
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GCTAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCG
TAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATCGATTCAAGGGTTAGGAG
AAAGTTCAAGGGTGTGACGTTGATGCCCAATGTGGGTTACGGATCAGACAAGAAGACACG
TCACTACCTCCCGAACGGGTTCAAGAAGTTTGTTGTGCACAACACGAGTGACCTCGAGCT
GCTGATGATGCACAACAGGACGTACTGCGCAGAGATTGCACACAACGTTTCGACAAAGAA
GAGGAAGGCAATTGTGGAGAGAGCTTCGCAGTTGGATATTGTTGTGACCAACAGGCTTGC
TAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGTAACTAAACTAGCAAAGGCATTTGAAATAT
TGAAGTTTGTTTCTGGTTTGTTTGCATTTATTTCCGTTTTTGTAAGACAGATTTTGTTTA
ACTGTTTGTGTTTTGCAATC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

CO CL7889Contig1 841 2 2 U
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TTACGATCAATTTGCTGATTCCCTCATTCGACGTTATCGCTCTTTTCTGAAGTTGTTGTA
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GATGATTGCCTCCCATGGTGGGGGTATGGGCTGTGCCGCTGAAGTGAACAAAGCAGTTGA
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TGAGAGGGCCAACATGTTTTTGGCAAAGGCTGCTTTTGTCGGAATCGTTGCTTCTCCTTA
CAGCATTGCCTTGCTTGGTAGAGTATAGGGATAATATATACTCGAAACCATTCATTTTCT
TTTGTTGATATATCAATCAATACTAGTAAAACTGGACCATGACCAATTAATAAAAGGTTA
TGTCCAGTTATTATTTTCAGCTAAAATAATTTTAACAAATTATATTACAGAATTGTGTAG
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G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1FL10TF U 1
AF RR1FL10JQ C 87
BS 1 641 RR1FL10TF
BS 642 841 RR1FL10JQ

RD RR1FL10TF 641 0 0
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GATGATTGCCTCCCATGGTGGGGGTATGGGCTGTGCCGCTGAAGTGAACAAAGCAGTTGA
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TAAGTTCACTTTTGTAGATATGTACTCCGGGCAAACTCCTTTTGCGTATGCTTCCTTAGG
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TGAGAGGGCCAACATGTTTTTGGCAAAGGCTGCTTTTGTCGGAATCGTTGCTTCTCCTTA
CAGCATTGCCTTGCTTGGTAGAGTATAGGGATAATATATACTCGAAACCATTCATTTTCT
TTTGTTGATATATCAATCAATACTAGTAAAACTGGACCATG

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1FL10JQ 755 0 0
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AGGGATAATATATACTCGAAACCATTCATTTTCTTTTGTTGATATATCAATCAATACTAG
TAAAACTGGACCATGACCAATTAATAAAAGGTTATGTCCAGTTATTATTTTCAGCTAAAA
TAATTTTAACAAATTATATTACAGAATTGTGTAGTTACACAATTCTTTCCAAATTTTACG
GTACCAACTTCTTTTTTTGGTCCTTTGCATACAGTTATATATATAATGACAATTATTCTT
TTTTGGGTTTATGGAATACAATTGTTAAGTTATAG

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL7890Contig1 1038 2 2 U
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ATAGTTCGAAAAGATGGAGAAGTAGTTGACTTTTCGTATTGGAAATGCATAAAAGGTCTA
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AGGCAGAACAGGTGAAGAAAACAAAGCTTATTCTAGATTCTTAAACTCAACAACGCTCTT
GGATACATCCTACAAGGTTTTGAAGTTAGAACTCACACACATTTCTCTTTTGAGTTGGAA
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TTCCATTTTTCAAATGAT


BQ
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AF RR1D451TF U 1
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BS 1 638 RR1D451TF
BS 639 1038 RR1D451JQ

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CTCTTTCTCTACTCCACAATTCTTCCGGAAATGAGCTTAGCTTCCGTTTCCTCGACGCCG
CCAGTGGCTTCCCCTTGTTTCCGTTGCCGAGCTTTCATCTTCTCCTTCTCTCCTTCCCCT
CTCTCTTTATACTTCCCGCGTGACTCAGCACGGCCTCGAGTTCGAGCTCGCTCCTTGCGA
ATGGAATCGGACGGCGCTAGGGTCGGTGACACGGAGTCGTACGGATCGGAATTGCTTCGC
CGGCCGCGTGTTACGTCTTCTGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGGCTCCGGAGAAGGAGAT
GCGTTTGTGGCTTGGGAAGATAAAATTCTGGAGGTTACGGTTCCTCTCGTTGGCTTCGTC
AGGATGATTCTTCACTCCGGAAAATACGCAAACCAGGATAGGCTAAGACCTGAGCACGAA
AAAACAATTGTTGAGATGCTCCTTCCTTATCACCCTGAAGTTGAGAAGAAGATCGGATGT
GGAATAGATTATATCATGGTTGGGCATCACCCAGAATTCGAGAGGTCTCGATGTTTGTTT
ATAGTTCGAAAAGATGGAGAAGTAGTTGACTTTTCGTA

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DS 

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GTATTGGAAATGCATAAAAGGTCTAATAAAGAAGAAGTATCCTCTCTATGCAGACAGTTT
CATCCTCAGACATTTTCGCAAACGTAGGCAGAACAGGTGAAGAAAACAAAGCTTATTCTA
GATTCTTAAACTCAACAACGCTCTTGGATACATCCTACAAGGTTTTGAAGTTAGAACTCA
CACACATTTCTCTTTTGAGTTGGAATTATGGATGGAACTTTCTAGAAGACATCATGGTCT
TCGCAGGAGATCAGCAGTTACAGCATCAGAATATTACTATTTTCACTGTTTACAGTCCCT
AGCATTTGTATGATATGAAAACTTATGTGAATAGGTAGTGAAACGATACACACTTTGTGT
GCAGGGTTCGAATATTCAGACGGAGTTCCATTTTTCAAATGAT

QA 1 463 1 463
DS 



AS 1 2

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AAGAAAGGAAGCGAATTTTTTATGGCGGCGAGTGCGAATCCGCCGGGGAACAATCAGGAA
GGTACGTCGGCGGCTCAGAAGGTGACGTCTTCATCTCCGGCGGCGGCGGTGGCTACGAAT
GGTGCTGTGGATAACGGTGGTAATAAGGCGGCGGCGGATAATTCAGAGACGATAAGCGCG
TTGAGGCATAATCCAGGGATCTCTGTGGATTGGACTCATGAGGAGCAATCTCTATTGGAA
GATTTGCTCGCAAAGTATCCTCCTTTCTATCGCTTCTTCGCTTTTGATGTGAAAGTATCT
GACTTTAGCTGTGTCTGAATTGTTAGCAGTGGTCTTTTGGATGTGTTTAAAGTTTTTTCT
TTTTTTTTAATGTAGTTTCAGGTTTAAATGATATGTATTGTGATTTGATTGGAGTATGAG
TGGTATATATATATATATATGGCTAGGAGTTTTTTTTTTGTATGAGTCTTGTTAATGATT
GGTGTTTATATATATATATATACAGGTACGCGTCAGAGCCTACAATTGTTCGTTATGCCA
AGATTTCGATGAAAATGAAGGATAAAACTGTTAGAGATGTTGCTTTACGTTGTAGATGGA
TGACTGTAAGTTTTATCAGTTTTTTTGCTATTTTTCTTAGTTACTCTTCTTCACTGTTGG
CTTTATTCATTAGTTGATTGATGGATTTACAGAAAAAGGAAAATGGAAAGCGTAGAAAGG
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GCGGTTTTTTTTATACTAGCGTGAAGCATGGCCGGTCCTGAGTGTATAGGCTAGTGAAGC
ATTGGTCTATTACCCACAAAAATTTGGGGAAAAATTATATATATAAACGTCCCCAAAATT
TAATAAAATTAAAGTTAATAATATTCATATTGAAGGAAAAAAAAAACGTCCCCAAATTTG
T


BQ
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10 

AF RR1C473TF U 1
AF RR1C473JQ C 177
BS 1 554 RR1C473TF
BS 555 555 RR1C473JQ
BS 556 698 RR1C473TF
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BS 700 736 RR1C473TF
BS 737 961 RR1C473JQ

RD RR1C473TF 744 0 0
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GGTACGTCGGCGGCTCAGAAGGTGACGTCTTCATCTCCGGCGGCGGCGGTGGCTACGAAT
GGTGCTGTGGATAACGGTGGTAATAAGGCGGCGGCGGATAATTCAGAGACGATAAGCGCG
TTGAGGCATAATCCAGGGATCTCTGTGGATTGGACTCATGAGGAGCAATCTCTATTGGAA
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GACTTTAGCTGTGTCTGAATTGTTAGCAGTGGTCTTTTGGATGTGTTTAAAGTTTTTTCT
TTTTTTTTAATGTAGTTTCAGGTTTAAATGATATGTATTGTGATTTGATTGGAGTATGAG
TGGTATATATATATATATATGGCTAGGAGTTTTTTTTTTGTATGAGTCTTGTTAATGATT
GGTGTTTATATATATATATATACAGGTACGCGTCAGAGCCTACAATTGTTCGTTATGCCA
AGATTTCGATGAAA*TGAAGGATAAAACTGTTAGAGATGTTGCTTTACGTTGTAGATGGA
TGACTGTAAGTTTTATCAGTTTTTTTGCTATTTTTCTTAGTTACTCTTCTTCACTGTTGG
CTTTATTCATTAGTTGATTGATGGATTTACAGAAAAAG*AAAATGGAAAGCGTAGAAAGG
ATGATCATTCTTCAAG
AAGAGCAA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR1C473JQ 785 0 0
CGCGTTGAGGCATAATCCAGGGATCTCTGTGGATTGGACTCATGAGGAGCAATCTCTATT
GGAAGATTTGCTCGCAAAGTATCCTCCTTTCTATCGCTTCTTCGCTTTTGATGTGAAAGT
ATCTGACTTTAGCTGTGTCTGAATTGTTAGCAGTGGTCTTTTGGATGTGTTTAAAGTTTT
TTCTTTTTTTTTAATGTAGTTTCAGGTTTAAATGATATGTATTGTGATTTGATTGGAGTA
TGAGTGGTATATATATATATATATGGCTAGGAGTTTTTTTTTTGTATGAGTCTTGTTAAT
GATTGGTGTTTATATATATATATATACAGGTACGCGTCAGAGCCTACAATTGTTCGTTAT
GCCAAGATTTCGATGAAAATGAAGGATAAAACTGTTAGAGATGTTGCTTTACGTTGTAGA
TGGATGACTGTAAGTTTTATCAGTTTTTTTGCTATTTTTCTTAGTTACTCTTCTTCACTG
TTGGCTTTATTCATTAGTTGATTGATGGATTTACAGAAAAAGGAAAATGGAAAGCGTAGA
AAGGATGATCATTCTTCAAGGAAGAGCAAAGATAAGAAAGTATGTTGAATTTTGATTCAT
GTGCGCGGTTTTTTTTATACTAGCGTGAAGCATGGCCGGTCCTGAGTGTATAGGCTAGTG
AAGCATTGGTCTATTACCCACAAAAATTTGGGGAAAAATTATATATATAAACGTCCCCAA
AATTTAATAAAATTAAAGTTAATAATATTCATATTGAAGGAAAAAAAAAACGTCCCCAAA
TTTGT

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL7892Contig1 1292 2 6 U
TTTTTCTCTCTTTCTCTCTCCTCTCTGCCTCTCCTTTTTCTCTCTTCGCCGTGAATGGCG
GCAACACAAGGGATGGCTCAGCCTTCGACAAAGAAACGAAGCTTCCTCCTCCGTGATTTC
TTTAAACTTTTCCGAGCAATCTCCAGAGTTTTGCCTCGTGAAAAGCCTAACCATACCCAT
AAGGCCAGCAAACACGAACGAAAGCCCCGCACCAAATCCAAACGGCATGAAGAACAGATT
TTCAACGTCCCTGATGATCCAAACGCCTTCCATTTCCAGGAAGCGAAGTCGTCGGTGGCT
AACAAGGTGGAAGGTGCAAATTTTTGCAAGGTTCGTAGCTATAGATTCGACAACAGCGTG
GGAACAAAGAAGGCGTCATCAGCTTTTTCAAGAAGTTGTAGCCAGAACACGGCCACGACG
AACCCGAATCTCACAATGCGGAGTTTGTCTTTTATAGGGAGGAGCAAAAGCGGCAGCAGC
AAGACGGATTCAAATGGATTTATGCCGACGCTTATGAGATCGACGACCACGGTTCCAAGG
AGCTTAGCAAACCCAATCTTGTACTCGAGCTCGTCCGCCAAAGTGGCTAAACCTCAAGCA
ACGGAGAAGAAACTAAGCTGCACGCTCGAGGAGCTATGCAACGGTTGCACTAAGAAGATT
AAGATCAAGAGAGATGTGATTACAACCTCAGGGCAACTGAGCGAGGAGGAAGAGATGGTG
GAAATAAAAGTGAAGCCAGGATGGAAAGGAGGAACCAAAGTAACATTCGGAGGAAAAGGA
AACGAAGCGATGGGGAGTGTACCGGCTGATTTGACATTCGTCATAGTCGAGAAAGAGCAT
GAGGTGTTCAAAAGAGAAGGAGATGACCTTGAAATGGAGGTGGAAGTCTCTCTGCTCGAA
GCTTTAACGGGATTCGAGTTCTGCGTTGCCTTGCCTGATGGTGACAAGATGAGTTTGAAG
ATAAAAGATGTTATTCACCCTGGATATGTCACAGCGATTGAAGGCAAAGGTATGCCAAAC
ACCAAGGAGAAAGGGAAGAAGAGAGGAGATTTGAGAGTTCGGTTTCGGACTAAGTTCCCA
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TGATCGTGTTTGCTTTTTCTTTCCCTTTTTCATTAGGGGAGGGCTTTAACAACATGGTTA
GATAACAGCTCTTTACTTTTGTCATCTAAGTTTGTAAACAACCAAGTTGAAACGAAGAAA
CCACTTTTATTTATAGACTTTCAATATTCACC


BQ
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AF RR1CL23TF U 1
AF RR1CL23JQ C 510
BS 1 550 RR1CL23TF
BS 551 551 RR1CL23JQ
BS 552 692 RR1CL23TF
BS 693 693 RR1CL23JQ
BS 694 713 RR1CL23TF
BS 714 1292 RR1CL23JQ

RD RR1CL23TF 713 0 0
TTTTTCTCTCTTTCTCTCTCCTCTCTGCCTCTCCTTTTTCTCTCTTCGCCGTGAATGGCG
GCAACACAAGGGATGGCTCAGCCTTCGACAAAGAAACGAAGCTTCCTCCTCCGTGATTTC
TTTAAACTTTTCCGAGCAATCTCCAGAGTTTTGCCTCGTGAAAAGCCTAACCATACCCAT
AAGGCCAGCAAACACGAACGAAAGCCCCGCACCAAATCCAAACGGCATGAAGAACAGATT
TTCAACGTCCCTGATGATCCAAACGCCTTCCATTTCCAGGAAGCGAAGTCGTCGGTGGCT
AACAAGGTGGAAGGTGCAAATTTTTGCAAGGTTCGTAGCTATAGATTCGACAACAGCGTG
GGAACAAAGAAGGCGTCATCAGCTTTTTCAAGAAGTTGTAGCCAGAACACGGCCACGACG
AACCCGAATCTCACAATGCGGAGTTTGTCTTTTATAGGGAGGAGCAAAAGCGGCAGCAGC
AAGACGGATTCAAATGGATTTATGCCGACGCTTATGAGATCGACGACCACGGTTCCAAGG
AGCTTAGCAA*CCCAATCTTGTACTCGAGCTCGTCCGCCAAAGTGGCTAAACCTCAAGCA
ACGGAGAAGAAACTAAGCTGCACGCTCGAGGAGCTATGCAACGGTTGCACTAAGAAGATT
AAGATCAAGAGAGATGTGATTACAACCTCAGG*CAACTGAGCGAGGAGGAAGA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1CL23JQ 783 0 0
GCTTATGAGATCGACGACCACGGTTCCAAGGAGCTTAGCAAACCCAATCTTGTACTCGAG
CTCGTCCGCCAAAGTGGCTAAACCTCAAGCAACGGAGAAGAAACTAAGCTGCACGCTCGA
GGAGCTATGCAACGGTTGCACTAAGAAGATTAAGATCAAGAGAGATGTGATTACAACCTC
AGGGCAACTGAGCGAGGAGGAAGAGATGGTGGAAATAAAAGTGAAGCCAGGATGGAAAGG
AGGAACCAAAGTAACATTCGGAGGAAAAGGAAACGAAGCGATGGGGAGTGTACCGGCTGA
TTTGACATTCGTCATAGTCGAGAAAGAGCATGAGGTGTTCAAAAGAGAAGGAGATGACCT
TGAAATGGAGGTGGAAGTCTCTCTGCTCGAAGCTTTAACGGGATTCGAGTTCTGCGTTGC
CTTGCCTGATGGTGACAAGATGAGTTTGAAGATAAAAGATGTTATTCACCCTGGATATGT
CACAGCGATTGAAGGCAAAGGTATGCCAAACACCAAGGAGAAAGGGAAGAAGAGAGGAGA
TTTGAGAGTTCGGTTTCGGACTAAGTTCCCACAGCAACTTACAGAGGGTCAAAGGGCAGA
GATTCAGAGCATTCTTCAACAAGACTCTTCTTGATCGTGTTTGCTTTTTCTTTCCCTTTT
TCATTAGGGGAGGGCTTTAACAACATGGTTAGATAACAGCTCTTTACTTTTGTCATCTAA
GTTTGTAAACAACCAAGTTGAAACGAAGAAACCACTTTTATTTATAGACTTTCAATATTC
ACC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL7893Contig1 837 2 4 U
CCAGCTCCCAGCGCCTCCTCTCCTCCTCTCCTCCTCGTTCTCCTGGCTTCCATCTCACGC
AACCCCACCGGAGCTATGAGGATAACCGCCTTGTTTGTTTTGAAGTGCGCTCCCGAAGCT
TCGAATCCAGTCATTCTCGCCAAAGCTTCCAACGTCTCCCCACATCGGCTATTTCTATCA
AACTAACGCCGAGGAGTTCCTCGTTTTCGTAGGTCGCACTGTCGCCAGCCGTACTCCTCC
TTCCCAACGCCAGTCCGTCCAGCACCAAGAGTACAAGGTTCACGCTTACAATAGAAACGG
ACTTTGCGTGGTGGGATTCATGGACGATCATTACCCTCTTCGTAGTGCCTTTACTCTTCT
CAATCAGGTTATAGATGAGTACCAGAAGAGTTTTGGTGAGACATGGAAGTCTGCTAAAGA
AGACTCCACTGCTAAGTCCTCCTGGTCTTACTTGGATGTTGCTCTTACCAAATTCCAGGA
CCCAGCAGAGGCTGATAAGCTGTTGAAAATCCAGAGGGAGCTGGATGAGACCAAGATTAT
CCTTCATAAAACCATTGATAGCGTTCTAGCCCGTGGCGAGAAGCTAGACAGCCTAGTGGA
GAAGAGCTCTGATCTGAGCTCGGCATCGCAGATGTTCTACAAGAGTTCGAAGAACATGAA
TTCATGCTGTACTATTCTGTGAGCCTGCAGTTCTTGGTGTTCTGTGTATGTATATTCATC
CAAACTTTTGATGAGATTGTTTTCGTTCACACATCTCTAACTCTAGTCGTTGTGGTGTGT
TATGATGTCCAACTTCTTCAGTTCGTCTTTGTTATATTATATTAGTTGCTTTTGTTC


BQ
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AF RR1CC82TF U 1
AF RR1CC82JQ C 120
BS 1 160 RR1CC82TF
BS 161 161 RR1CC82JQ
BS 162 679 RR1CC82TF
BS 680 837 RR1CC82JQ

RD RR1CC82TF 679 0 0
CCAGCTCCCAGCGCCTCCTCTCCTCCTCTCCTCCTCGTTCTCCTGGCTTCCATCTCACGC
AACCCCACCGGAGCTATGAGGATAACCGCCTTGTTTGTTTTGAAGTGCGCTCCCGAAGCT
TCGAATCCAGTCATTCTCGCCAAAGCTTCCAACGTCTCCC*ACATCGGCTATTTCTATCA
AACTAACGCCGAGGAGTTCCTCGTTTTCGTAGGTCGCACTGTCGCCAGCCGTACTCCTCC
TTCCCAACGCCAGTCCGTCCAGCACCAAGAGTACAAGGTTCACGCTTACAATAGAAACGG
ACTTTGCGTGGTGGGATTCATGGACGATCATTACCCTCTTCGTAGTGCCTTTACTCTTCT
CAATCAGGTTATAGATGAGTACCAGAAGAGTTTTGGTGAGACATGGAAGTCTGCTAAAGA
AGACTCCACTGCTAAGTCCTCCTGGTCTTACTTGGATGTTGCTCTTACCAAATTCCAGGA
CCCAGCAGAGGCTGATAAGCTGTTGAAAATCCAGAGGGAGCTGGATGAGACCAAGATTAT
CCTTCATAAAACCATTGATAGCGTTCTAGCCCGTGGCGAGAAGCTAGACAGCCTAGTGGA
GAAGAGCTCTGATCTGAGCTCGGCATCGCAGATGTTCTACAAGAGTTCGAAGAACATGAA
TTCATGCTGTACTATTCTG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1CC82JQ 718 0 0
TTCGAATCCAGTCATTCTCGCCAAAGCTTCCAACGTCTCCCCACATCGGCTATTTCTATC
AAACTAACGCCGAGGAGTTCCTCGTTTTCGTAGGTCGCACTGTCGCCAGCCGTACTCCTC
CTTCCCAACGCCAGTCCGTCCAGCACCAAGAGTACAAGGTTCACGCTTACAATAGAAACG
GACTTTGCGTGGTGGGATTCATGGACGATCATTACCCTCTTCGTAGTGCCTTTACTCTTC
TCAATCAGGTTATAGATGAGTACCAGAAGAGTTTTGGTGAGACATGGAAGTCTGCTAAAG
AAGACTCCACTGCTAAGTCCTCCTGGTCTTACTTGGATGTTGCTCTTACCAAATTCCAGG
ACCCAGCAGAGGCTGATAAGCTGTTGAAAATCCAGAGGGAGCTGGATGAGACCAAGATTA
TCCTTCATAAAACCATTGATAGCGTTCTAGCCCGTGGCGAGAAGCTAGACAGCCTAGTGG
AGAAGAGCTCTGATCTGAGCTCGGCATCGCAGATGTTCTACAAGAGTTCGAAGAACATGA
ATTCATGCTGTACTATTCTGTGAGCCTGCAGTTCTTGGTGTTCTGTGTATGTATATTCAT
CCAAACTTTTGATGAGATTGTTTTCGTTCACACATCTCTAACTCTAGTCGTTGTGGTGTG
TTATGATGTCCAACTTCTTCAGTTCGTCTTTGTTATATTATATTAGTTGCTTTTGTTC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL7894Contig1 1174 2 4 U
GGCCCTCGACGCAGAACGAAAAAGAGAGAAAACACCGTGCGACGACGACGAAGAAGATTC
TCTAATCTCTTCGTGTTAGGTTTAGCTCTTTTGACAAAAAAGGGGAATTAGCGAAGAGTG
ATGCGATTTTCTTCACCAGGCGGTGTTTGATTCGCTTATCGATTTGTTTAGTGTAAAACC
ATATTATATAAATAGACTCTAGAAATGATGATGATGATGGGTTTCGAGATCTCCGATGAG
TTTCTTGGAACGTTCGTGCCGATTTTGGTGTATTGGGTGTATTCAGGGATGTACATTTGC
TTAGGATCTTTGGAGAGGTATCGATTGCATTCCAAGGTGGACGAGGACGAGAAGAATCTC
GTCACTAAATCCGCCGTCGTCAAGGGCGTCCTCCTTCAGCAGGCTCTCCAGGCCATCATC
TCCGTTATCCTCTTCAAGATAACAGGAAGTGATGATGCAGATGCGTCTACGACGCAGCAA
TTCTCCCTTCTACTCCTCGCTAGGCAGTTTATCATCGCCATGCTCGTTATCGACACTTGG
CAATACTTCATCCATCGCTACATGCACATCAACAAGTTCTTATACAAGCACATCCACTCT
CAGCACCACCGCCTCATCGTTCCCTACTCATACGGAGCTTTATACAACCATCCACTAGAA
AGCCTTCTCTTGGACACCGTCGGTGGTGCTCTGTCTTTCCTCTTCTCCGGTATGTCCCCG
AGAACCGCCATCTTTTTCTTCTCCTTCGCCACCATCAAGACGGTTGACGATCACTGTGGA
CTCTGGCTCCCCGGAAACCCCTTTCACATCTTCTTCACTAATAACTCTGCTTACCACGAT
GTTCATCATCAGCTCTATGGAACCAAATACAATTTCTCCCAGCCCTTCTTTGTCATGTGG
GATAGGATTCTCGGTACTTACTTGCCTTACTCGCTTGAGAAGAGAGCCTCTGGAGGGTTT
GAGACACGGCCAATCAAAGTATCCAAAGATAAGTAACTTTTCTTCTTTTTTTTGTTCGGA
GTTTCTTTGTCACTGCTTCTACGTTACTTCATCATTTGCTCGCTAGAGAACCGCTGTAAC
CTCTCTGTGTACTTGTAACTGTGTACATACAATTCCAGTCTCTCCTTTTCGATTTGCCGG
GCTTATGTGTAAGCTAGCAGTAAATTCATTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BT93TF U 1
AF RR1BT93JQ C 376
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BS 683 683 RR1BT93JQ
BS 684 696 RR1BT93TF
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TTTCTTGGAACGTTCGTGCCGATTTTGGTGTATTGGGTGTATTCAGGGATGTACATTTGC
TTAGGATCTTTGGAGAGGTATCGATTGCATTCCAAGGTGGACGAGGACGAGAAGAATCTC
GTCACTAAATCCGCCGTCGTCAAGGGCGTCCTCCTTCAGCAGGCTCTCCAGGCCATCATC
TCCGTTATCCTCTTCAAGATAACAGGAAGTGATGATGCAGATGCGTCTACGACGCAGCAA
TTCTCCCTTCTACTCCTCGCTAGGCAGTTTATCATCGCCATGCTCGTTATCGACACTTGG
CAATACTTCATCCATCGCTACATGCACATCAACAAGTTCTTATACAAGCACATCCACTCT
CAGCACCACCGCCTCATCGTTCCCTACTCATACGGAGCTTTATACAACCATCCACTAGAA
AGCCTTCTCTTGGACACCGTCG*TGGTGCTCTGTCT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1BT93JQ 799 0 0
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ATCGTTCCCTACTCATACGGAGCTTTATACAACCATCCACTAGAAGGCCTTCTCTTGGAC
ACCGTCGGTGGTGCTCTGTCTTTCCTCTTCTCCGGTATGTCCCCGAGAACCGCCATCTTT
TTCTTCTCCTTCGCCACCATCAAGACGGTTGACGATCACTGTGGACTCTGGCTCCCCGGA
AACCCCTTTCACATCTTCTTCACTAATAACTCTGCTTACCACGATGTTCATCATCAGCTC
TATGGAACCAAATACAATTTCTCCCAGCCCTTCTTTGTCATGTGGGATAGGATTCTCGGT
ACTTACTTGCCTTACTCGCTTGAGAAGAGAGCCTCTGGAGGGTTTGAGACACGGCCAATC
AAAGTATCCAAAGATAAGTAACTTTTCTTCTTTTTTTTGTTCGGAGTTTCTTTGTCACTG
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TAACTGTGTACATACAATTCCAGTCTCTCCTTTTCGATTTGCCGGGCTTATGTGTAAGCT
AGCAGTAAATTCATTTTGT

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL7895Contig1 794 2 4 U
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CGATGCTAGGCGGTTTAAGCTTTGGCACGTCTTTCCTCCAATGGGCCGCCTCAATCTCAG
CCATCTATCTGTTGATATTGGATCGGACCAACTGGAGAACCAAAATGTTGACTACCCTTT
TGGTGCCATACATCTTTCTCACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGAGGAGATT
TTGGGAAATGGATTGCTCTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTC
CAGATTGGTTGGAGATTCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTTGTTGCACCTAGTCTCA
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ACCTTTTCCATGAACATATCAAAGCTTCTGATGGATTCAGAAACGCTTTAACTCAGAAGC
ATGGACTCTCCAATACTATTGGGATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCGGTTTGGACCATCT
TTTTTAACATCTTCTAACTCTATTCTACTACCCATTGGCCTGGAAACACCTTCAACATTC
TGTGTCTTGCTTTCATTTGATAAAGTGCGAATTGTTTATGTGTTTTAGCAGCATTTGTGT
TTGGGAAATCTTCA


BQ
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AF RR1GR06TF U 1
AF RR1D681TF U 5
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BS 379 574 RR1GR06TF
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TCAATATGGGAAGAGTTGATTATTTGGCCATGAAGACTGAGGAGGAAACCGCAGCGAGTC
TGATCAATTCTGATCTGAATGAGTTTGTTGACGCCGCAAAGAAGCTCATGAAAGATGCAA
CGATGCTAGGCGGTTTAAGCTTTGGCACGTCTTTCCTCCAATGGGCCGCCTCAATCTCAG
CCATCTATCTGTTGATATTGGATCGGACCAACTGGAGAACCAAAATGTTGACTACCCTTT
TGGTGCCATACATCTTTCTCACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGAGGAGATT
TTGGGAAATGGATTGCTTTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTC
CAGATTGGTTGGAGATTCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTTGTTGCACCTAGTCTCA
TAGCTGGGACAGTAAGAGAAAGTTGGGGTGGGGCAGTAATATGTCTTATCATAGCATGTT
ACCTTTTCCATGAACATATCAAAGCTTCTGATGG

QA 1 574 1 574
DS 

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GGA
AAAACTGATATTCTGTGAGAGATTTTACATTTAAGAGTTCAAAAGAAAAGAGTTCAATAT
GGGAAGAGTTGATTATTTGGCCATGAAGACTGAGGAGGAAACCGCAGCGAGTCTGATCAA
TTCTGATCTGAATGAGTTTGTTGACGCCGCAAAGAAGCTCATGAAAGATGCAACGATGCT
AGGCGGTTTAAGCTTTGGCACGTCTTTCCTCCAATGGGCCGCCTCAATCTCAGCCATCTA
TCTGTTGATATTGGATCGGACCAACTGGAGAACCAAAATGTTGACTACCCTTTTGGTGCC
ATACATCTTTCTCACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGAGGAGATTTTGGGAA
ATGGATTGCTCTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAGATTG
GTTGGAGATTCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTTGTTGCACCTAGTCTCATAGCTGG
GACAGTAAGAGAAAGTTGGGTTGGGGCAGTAATATGTCTTATCATAGCATGTTACCTTTT
CCATGAACATATCGAAGCTTCTGATGGATTCAGAAACGCTTTAACTCAGAAGCATGGACT
CTCCAATACTATTGGGATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCGGTTTGGACCATCTTTTTTAA
CATCTTCTAACTCTATTCTACTACCCATTGGCCTGGAAACACCTTCAACATTCTGTGTCT
TGCTTTCATTTGATAAAGTGCGAATTGTTTATGTGTTTTAGCAGCATTTGTGTTTGGGAA
ATCTTCA

QA 4 790 4 790
DS 



AS 1 2

CO CL7896Contig1 914 2 2 U
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ACTGAGATCACTGATAAGCTGCGTCAAGAAATTAACAAGGTTGTTAACCGTTATATAGAT
GAAGGTGTTGCAGAGCTCGTTCCCGGAGTTCTATTTATCGATGAGGTTCATATGCTTGAT
ATGGAGTGCTTTTCTTACTTAAACCGTGCGCTGGAGAGCTCTTTATCTCCAATAGTGATA
TTTGCAACAAATAGAGGAGTCTGCAACGTTAGAGGGACTGATATGCCTAGTCCACATGGA
GTCCCTATTGACTTGTTGGATCGGTTGGTCATTATCAGGACTCAAATCTATAATCCCTCT
GAAATGATACAGATTATAGCCATTCGTGCGCAAGTAGAAGAGCTAACGGTGGATGAAGAA
TGCTTGGTCCTACTTGGGGACATTGGGCAAAGAACATCTCTAAGACACGCTGTTCAGCTG
TTGTCTCCTGCCAGCATCGTGGCGAAAATGAATGGACGTGACAACATCTGCAAGGCTGAT
ATAGAGGAAGTAACATCACTCTACCTTGACGCCAAATCTTCAGCAAAGCTTTTACACGAG
CAACAAGAAAAATACATCTCATGAGAAACCGTAATCGAATGTCTTATCAAAAGATTTGCA
TGTGTGCTCTGGTTGCTTCTCTTTCTAGCTATTTTGTAATGCATGTGACGATGGAGAAAT
CTTAAATTTGATGGGAGAGAATTGGCTTCTCTGAGACCAGAGTGGTGGTGATTCGGATGT
ATCTTCAGTGTAAGCCTTGGTTATTTACCTACATTAGTTGATCTTTGAGTTTCCTGGTTC
CATAATAGATCTAGACCAATTCTTCAAGAACAAACAACTTGTAAAAAAGTCTATTATCAA
AAGATATTACTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF36TF U 1
AF RR1EF36JQ C 151
BS 1 709 RR1EF36TF
BS 710 914 RR1EF36JQ

RD RR1EF36TF 709 0 0
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GAAGGTGTTGCAGAGCTCGTTCCCGGAGTTCTATTTATCGATGAGGTTCATATGCTTGAT
ATGGAGTGCTTTTCTTACTTAAACCGTGCGCTGGAGAGCTCTTTATCTCCAATAGTGATA
TTTGCAACAAATAGAGGAGTCTGCAACGTTAGAGGGACTGATATGCCTAGTCCACATGGA
GTCCCTATTGACTTGTTGGATCGGTTGGTCATTATCAGGACTCAAATCTATAATCCCTCT
GAAATGATACAGATTATAGCCATTCGTGCGCAAGTAGAAGAGCTAACGGTGGATGAAGAA
TGCTTGGTCCTACTTGGGGACATTGGGCAAAGAACATCTCTAAGACACGCTGTTCAGCTG
TTGTCTCCTGCCAGCATCGTGGCGAAAATGAATGGACGTGACAACATCTGCAAGGCTGAT
ATAGAGGAAGTAACATCACTCTACCTTGACGCCAAATCTTCAGCAAAGCTTTTACACGAG
CAACAAGAAAAATACATCTCATGAGAAACCGTAATCGAATGTCTTATCAAAAGATTTGCA
TGTGTGCTCTGGTTGCTTCTCTTTCTAGCTATTTTGTAATGCATGTGAC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1EF36JQ 764 0 0
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CTGGAGAGCTCTTTATCTCCAATAGTGATATTTGCAACAAATAGAGGAGTCTGCAACGTT
AGAGGGACTGATATGCCTAGTCCACATGGAGTCCCTATTGACTTGTTGGATCGGTTGGTC
ATTATCAGGACTCAAATCTATAATCCCTCTGAAATGATACAGATTATAGCCATTCGTGCG
CAAGTAGAAGAGCTAACGGTGGATGAAGAATGCTTGGTCCTACTTGGGGACATTGGGCAA
AGAACATCTTTAAGACACGCTGTTCAGCTGTTGTCTCCTGCCAGCATCGTGGCGAAAATG
AATGGACGTGACAACATCTGCAAGGCTGATATAGAGGAAGTAACATCACTCTACCTTGAC
GCCAAATCTTCAGCAAAGCTTTTACACGAGCAACAAGAAAAATACATCTCATGAGAAACC
GTAATCGAATGTCTTATCAAAAGATTTGCATGTGTGCTCTGGTTGCTTCTCTTTCTAGCT
ATTTTGTAATGCATGTGACGATGGAGAAATCTTAAATTTGATGGGAGAGAATTGGCTTCT
CTGAGACCAGAGTGGTGGTGATTCGGATGTATCTTCAGTGTAAGCCTTGGTTATTTACCT
ACATTAGTTGATCTTTGAGTTTCCTGGTTCCATAATAGATCTAGACCAATTCTTCAAGAA
CAAACAACTTGTAAAAAAGTCTATTATCAAAAGATATTACTGGG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL7897Contig1 1055 2 2 U
ATAAAAAAGGAAAGAAGATGAGTTTTCTGGGAGGGAGACTCGCGGGAAAAGAAGCAGCCT
ACTTTTTCCAGGAATCCAAACACGCCGTTAACCGCATCGCCGAGAAATCTCCACCCACCA
TCGGCAAAAAGCTTCCACCTTCTCCGGCGGATATTCAACCGGACGTTCTTCCGGAGATTC
TGCGCCATTCTCTTCCTCCTAGACTCTACGGTCCTCCTCCCCACCCTTCCTCCCTCTCCC
AATTCTCCAAATGGAATCTTCCCTCCGATCCAAACGCAGTCGTTTCCGTTTCCCCCGACG
TCTTGAATCCTCTCAGAGGCTACGTTTCTCTCCCTCAGGTCACCTTTGGCCGCAGAAGAT
GGGATATACCGGAATCTGAGAGTTCGGTTTTGGCGTCAACAGCTAATGAATTGAGGAGAG
ACAGATATGGAACTCCTGTCAATCCTGACAAGTTGAGAGCTGCTGGTGAAGGCCTCCAAC
ACATTGGAAAAGCATTTGCAGCCGCCACTGTTATCGTCTTTGGCTCAGCCACATTGGTTT
TTGGAACGGCAGCCTCGAAGCTTGACATGCGTAATGTAAAATTGCAGATGATTTTTTCTT
TCTTCATAGATAAATATTTGAGATTCTCATTTTGTAAGCTCGCTTGACTGCCCTTGAATC
TCATCATTTTTGCTTTCTGGTAGGCTGATGACATAAGAACTAAAGGCAAAGATCTGTTTC
AGCCTAACATGGAGTCAATGAAGGAAAAAGTAGAGCCCTTAAGAACTTGGGCCGAAAACA
TGTCGAGGAAGTGGCATATTGAGAGCAACGATAGTACTATCAAGGAGAAACCAATCTTCA
AGGAGCTTTCGAGGATTCTTGGTCCCAAAACGTGAGAAGGATGAGACTTTGGATATGGTC
TATATTATATTGATAGAGAATATCTATGTAAGATGAAATAAAATCTTGTAAAATATCAGA
TTGTGATGTAATATTGTAACAAGTTTCAATGTTTGCTAAAAAGTTGTAAGTAGTTATGTA
TACAAAAAAAAAATTAATTAGTTTGCAGTGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AH04TF U 1
AF RR1AH04JQ C 272
BS 1 826 RR1AH04TF
BS 827 1055 RR1AH04JQ

RD RR1AH04TF 826 0 0
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ACTTTTTCCAGGAATCCAAACACGCCGTTAACCGCATCGCCGAGAAATCTCCACCCACCA
TCGGCAAAAAGCTTCCACCTTCTCCGGCGGATATTCAACCGGACGTTCTTCCGGAGATTC
TGCGCCATTCTCTTCCTCCTAGACTCTACGGTCCTCCTCCCCACCCTTCCTCCCTCTCCC
AATTCTCCAAATGGAATCTTCCCTCCGATCCAAACGCAGTCGTTTCCGTTTCCCCCGACG
TCTTGAATCCTCTCAGAGGCTACGTTTCTCTCCCTCAGGTCACCTTTGGCCGCAGAAGAT
GGGATATACCGGAATCTGAGAGTTCGGTTTTGGCGTCAACAGCTAATGAATTGAGGAGAG
ACAGATATGGAACTCCTGTCAATCCTGACAAGTTGAGAGCTGCTGGTGAAGGCCTCCAAC
ACATTGGAAAAGCATTTGCAGCCGCCACTGTTATCGTCTTTGGCTCAGCCACATTGGTTT
TTGGAACGGCAGCCTCGAAGCTTGACATGCGTAATGTAAAATTGCAGATGATTTTTTCTT
TCTTCATAGATAAATATTTGAGATTCTCATTTTGTAAGCTCGCTTGACTGCCCTTGAATC
TCATCATTTTTGCTTTCTGGTAGGCTGATGACATAAGAACTAAAGGCAAAGATCTGTTTC
AGCCTAACATGGAGTCAATGAAGGAAAAAGTAGAGCCCTTAAGAACTTGGGCCGAAAACA
TGTCGAGGAAGTGGCATATTGAGAGCAACGATAGTACTATCAAGGA

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR1AH04JQ 784 0 0
AAACGCAGTCGTTTCCGTTTCCCCCGACGTCTTGAATCCTCTCAGAGGCTACGTTTCTCT
CCCTCAGGTCACCTTTGGCCGCAGAAGATGGGATATACCGGAATCTGAGAGTTCGGTTTT
GGCGTCAACAGCTAATGAATTGAGGAGAGACAGATATGGAACTCCTGTCAATCCTGACAA
GTTGAGAGCTGCTGGTGAAGGCCTCCAACACATTGGAAAAGCATTTGCAGCCGCCACTGT
TATCGTCTTTGGCTCAGCCACATTGGTTTTTGGAACGGCAGCCTCGAAGCTTGACATGCG
TAATGTAAAATTGCAGATGATTTTTTCTTTCTTCATAGATAAATATTTGAGATTCTCATT
TTGTAAGCTCGCTTGACTGCCCTTGAATCTCATCATTTTTGCTTTCTGGTAGGCTGATGA
CATAAGAACTAAAGGCAAAGATCTGTTTCAGCCTAACATGGAGTCAATGAAGGAAAAAGT
AGAGCCCTTAAGAACTTGGGCCGAAAACATGTCGAGGAAGTGGCATATTGAGAGCAACGA
TAGTACTATCAAGGAGAAACCAATCTTCAAGGAGCTTTCGAGGATTCTTGGTCCCAAAAC
GTGAGAAGGATGAGACTTTGGATATGGTCTATATTATATTGATAGAGAATATCTATGTAA
GATGAAATAAAATCTTGTAAAATATCAGATTGTGATGTAATATTGTAACAAGTTTCAATG
TTTGCTAAAAAGTTGTAAGTAGTTATGTATACAAAAAAAAAATTAATTAGTTTGCAGTGT
TTCC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL7898Contig1 835 2 2 U
GGGCATTGAAAAAACAAGAGTACACAAAAATGGTAGAAAAGGTTTGGTCTTTGCTTAAGC
TTTTAATGTTCCAAGGTCTTTTCACTTCACCTCCTCAAGATCCAGGCTTTGATTTCTTCT
ACCTTGCTCTTCAGTGGCCAGGTGCCTATTGTGATACAAAGCGTGCTTGTTGCTATCCAA
CAACAGGTAAACCTGAGGCAGATTTTGGCATCCACGGTTTGTGGCCTAATTACAACAACG
GTTCGTATCCATCAAACTGCGATCCCAGCAATGAATTTGATCCATCTGAGATATCGGATC
TGGTAAGCACTTTGCAAACGAAGTGGCCAACGCTATCTTGTCCGAGCAACGAAGGTTACA
AGTTTTGGGAACACGAGTGGGAAAAACATGGTACGTGTTCCGAATCCGTAATGGACCAAC
ATGGCTACTTTGAGAAAACTCTTGCACTCAGAGAAAGAATCAATCTTCTTCAAATCCTCA
CAGACGCAGGAATCGAACCAAATGACGAATTCTATAAACTTGAAGACATTAAAAACGCGA
TAGAAAAAGGGTTTGGGTTTACCCCACTAATCAATTGTAACAAAGATCCGGAGAAAAACC
GTCAACTTCACGAGATCTTGTTTTGCGTCGATAAATCAGGAACTGAGTTTATGGACTGTC
CAATGCCTACAGATAGATGTCCTTATTCTAATATCCAGTTTGCTAAGTTTTAATTATATC
TTTCTTTTGAGTGAACTTTTATAATTAAGCTTTAAATTTCATGTGGAATCTAAAATGTAA
TATTTTACACGTTACTTTTAATTTATTAAAATATAATAGGACAAGCTTTGGTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DO01TF U 1
AF RR1DO01JQ C 81
BS 1 635 RR1DO01TF
BS 636 835 RR1DO01JQ

RD RR1DO01TF 635 0 0
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TTTTAATGTTCCAAGGTCTTTTCACTTCACCTCCTCAAGATCCAGGCTTTGATTTCTTCT
ACCTTGCTCTTCAGTGGCCAGGTGCCTATTGTGATACAAAGCGTGCTTGTTGCTATCCAA
CAACAGGTAAACCTGAGGCAGATTTTGGCATCCACGGTTTGTGGCCTAATTACAACAACG
GTTCGTATCCATCAAACTGCGATCCCAGCAATGAATTTGATCCATCTGAGATATCGGATC
TGGTAAGCACTTTGCAAACGAAGTGGCCAACGCTATCTTGTCCGAGCAACGAAGGTTACA
AGTTTTGGGAACACGAGTGGGAAAAACATGGTACGTGTTCCGAATCCGTAATGGACCAAC
ATGGCTACTTTGAGAAAACTCTTGCACTCAGAGAAAGAATCAATCTTCTTCAAATCCTCA
CAGACGCAGGAATCGAACCAAATGACGAATTCTATAAACTTGAAGACATTAAAAACGCGA
TAGAAAAAGGGTTTGGGTTTACCCCACTAATCAATTGTAACAAAGATCCGGAGAAAAACC
GTCAACTTCACGAGATCTTGTTTTGCGTCGATAAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1DO01JQ 755 0 0
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GGTGCCTATTGTGATACAAAGCGTGCTTGTTGCTATCCAACAACAGGTAAACCTGAGGCA
GATTTTGGCATCCACGGTTTGTGGCCTAATTACAACAACGGTTCGTATCCATCAAACTGC
GATCCCAGCAATGAATTTGATCCATCTGAGATATCGGATCTGGTAAGCACTTTGCAAACG
AAGTGGCCAACGCTATCTTGTCCGAGCAACGAAGGTTACAAGTTTTGGGAACACGAGTGG
GAAAAACATGGTACGTGTTCCGAATCCGTAATGGACCAACATGGCTACTTTGAGAAAACT
CTTGCACTCAGAGAAAGAATCAATCTTCTTCAAATCCTCACAGACGCAGGAATCGAACCA
AATGACGAATTCTATAAACTTGAAGACATTAAAAACGCGATAGAAAAAGGGTTTGGGTTT
ACCCCACTAATCAATTGTAACAAAGATCCGGAGAAAAACCGTCAACTTCACGAGATCTTG
TTTTGCGTCGATAAATCAGGAACTGAGTTTATGGACTGTCCAATGCCTACAGATAGATGT
CCTTATTCTAATATCCAGTTTGCTAAGTTTTAATTATATCTTTCTTTTGAGTGAACTTTT
ATAATTAAGCTTTAAATTTCATGTGGAATCTAAAATGTAATATTTTACACGTTACTTTTA
ATTTATTAAAATATAATAGGACAAGCTTTGGTGCG

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL7899Contig1 662 2 1 U
GGACTTTTCTTCCTTGAGCTCAGCTCTTGGTTGAGATCCAAATCGCGTCACTGGCGATCT
CACAACGCTCTCAATCCCCTACTCGCAGCATAGGCATAGCATCCGATCCCTCCCATCATC
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ATGGGATAGCAGGGTCCGTGAAAGAAAAGGATGGTGGGGATGAGCTACTGCAAATGATTG
CTGAGCTGAGATTAGAAAATGAGTTTCTCAGATCCCAATTTAAGGAAGTGGACTCATCTC
AAGTGAAACAACTTGAAGAAAGGATCCAATCACTGAGTAGAGAAATTGAAGTAGAAAAAC
AAACAAGAGTTGCAGCTGAGCAAGCTCTTGAGCATCTCAGGGAATCATACTCTGAGGGTG
ACGATGCAAAAGCCCAACAATATTCCCAAGGTTTGCCATACTTGAATTCAAACAGGATCA
TCTGTCATAGCTTTGCATTTTTCTTTTCTTTATTTTCCCCTCTCTTGTTTCTTTCTTTTT
TTGCTGCGTAGTTCAGCAGAAACTGGAGCAGGAAATCAAAGAGCGAGAAGAGAAATACGC
CGACCTTGACGCCAAATTCACCAGGCTTCACAAAAGGGCTAAACAGCGCATTCAAGAAGT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR1EN51TF U 1
AF RR1EN51JQ C 107
BS 1 662 RR1EN51TF

RD RR1EN51TF 662 0 0
GGACTTTTCTTCCTTGAGCTCAGCTCTTGGTTGAGATCCAAATCGCGTCACTGGCGATCT
CACAACGCTCTCAATCCCCTACTCGCAGCATAGGCATAGCATCCGATCCCTCCCATCATC
TCAAGCTGAGTTGATTCAGACATAATCTGCCAAGCATGTCGGAAGACAATGGAGAAATTG
ATGGGATAGCAGGGTCCGTGAAAGAAAAGGATGGTGGGGATGAGCTACTGCAAATGATTG
CTGAGCTGAGATTAGAAAATGAGTTTCTCAGATCCCAATTTAAGGAAGTGGACTCATCTC
AAGTGAAACAACTTGAAGAAAGGATCCAATCACTGAGTAGAGAAATTGAAGTAGAAAAAC
AAACAAGAGTTGCAGCTGAGCAAGCTCTTGAGCATCTCAGGGAATCATACTCTGAGGGTG
ACGATGCAAAAGCCCAACAATATTCCCAAGGTTTGCCATACTTGAATTCAAACAGGATCA
TCTGTCATAGCTTTGCATTTTTCTTTTCTTTATTTTCCCCTCTCTTGTTTCTTTCTTTTT
TTGCTGCGTAGTTCAGCAGAAACTGGAGCAGGAAATCAAAGAGCGAGAAGAGAAATACGC
CGACCTTGACGCCAAATTCACCAGGCTTCACAAAAGGGCTAAACAGCGCATTCAAGAAGT
CC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1EN51JQ 556 0 0
TCCCTCCCATCATCTCAAGCTGAGTTGATTCAGACATAATCTGCCAAGCATGTCGGAAGA
CAATGGAGAAATTGATGGGATAGCAGGGTCCGTGAAAGAAAAGGATGGTGGGGATGAGCT
ACTGCAAATGATTGCTGAGCTGAGATTAGAAAATGAGTTTCTCAGATCCCAATTTAAGGA
AGTGGACTCATCTCAAGTGAAACAACTTGAAGAAAGGATCCAATCACTGAGTAGAGAAAT
TGAAGTAGAAAAACAAACAAGAGTTGCAGCTGAGCAAGCTCTTGAGCATCTCAGGGAATC
ATACTCTGAGGGTGACGATGCAAAAGCCCAACAATATTCCCAAGGTTTGCCATACTTGAA
TTCAAACAGGATCATCTGTCATAGCTTTGCATTTTTCTTTTCTTTATTTTCCCCTCTCTT
GTTTCTTTCTTTTTTTGCTGCGTAGTTCAGCAGAAACTGGAGCAGGAAATCAAAGAGCGA
GAAGAGAAATACGCCGACCTTGACGCCAAATTCACCAGGCTTCACAAAAGGGCTAAACAG
CGCATTCAAGAAGTCC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL7900Contig1 1140 2 2 U
GGATCTCTCTCTCACACACACTGTGCGTGTTGATCTTCTATTGTGTTCTCTCGACTTCCC
AGAGAAAGAAAAAAGATGTGGTTTTTCGGATCGAAAGGAGCATCTGGATTCTCTGCTCGT
TCCACAGCAGAAGAAGTCACACATGGTGTCGACGGAACTGGCCTCACTGCCATTGTCACA
GGAGCATCGAGTGGTATAGGAGTGGAGACAGCGCGTGTTCTTGCATTGCGTGGTGTGCAC
GTGGTTATGGCGGTGAGGAACACTGGCTCTGGTGCTAAAGTCAAAGAAGATATCGTCAAC
CGTGTCCCTGGAGCTAAACTAGATGTCATGGAGTTAGATCTCAGCTCTATGGACTCTGTC
AGGAAGTTTGCTTCTGATTACAAATCATCTGGTCGTCCACTCAACCTCTTGATCAACAAC
GCTGGGATAATGGCATGTCCCTTTATGCTCTCTAAGGACAACATCGAGCTGCAATTCGCG
ACCAACCATTTAGGTCATTTTCTGTTGACAAAGCTTCTGCTTGATACAATGAAGAACACA
TCACGTGAGAGCAAGAGGGAAGGCAGGATTGTGAATCTATCATCAGAAGCTCATCGGTTC
TCGTATCCACAAGGAGTCCGCTTTGACAAGATCAACGACCAGTCAAGTTACAGTAGTATG
CGAGCTTATGGACAATCTAAACTCTGCAATGTTTTGCACGCCAACGAGCTCGCAAAGCAA
CTGAAAGGAAGATGGAGTCAATATAACAGCAAACTCACTTCATCCAGGAGCCATTATGAC
AAATCTTGGGCGCTACTTCAACAGCTATTTGGCTGGAGCTGTTGGTGCAGTGGCTAAATA
TGTGCTCAAGACTGTTCCGCAGGGGGCGGCGACGACTTGCTACGTGGCATTGAATCCTCA
GGTTACAGGAGTTACAGGGGAATACTTCTTGGATAGCAACATTGCTAAACCATTATCACT
TGCCAAAGATTCAGAGTTGGCCAAGAATGTTTGGGAGTTCAGCACTAAGCTTACCGAGTC
CCAGTCAGGAGATAGTAGTTCTTGAAACTAGAATGTTCAGTGAATCTTTTACGTTGTGAT
TCCTATTTGAGTCTTTACCAAAGTAAATAAAATGTAATAACAAATCTGAATCATTTCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AW42TF U 1
AF RR1AW42JQ C 305
BS 1 848 RR1AW42TF
BS 849 1140 RR1AW42JQ

RD RR1AW42TF 856 0 0
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GGAGCATCGAGTGGTATAGGAGTGGAGACAGCGCGTGTTCTTGCATTGCGTGGTGTGCAC
GTGGTTATGGCGGTGAGGAACACTGGCTCTGGTGCTAAAGTCAAAGAAGATATCGTCAAC
CGTGTCCCTGGAGCTAAACTAGATGTCATGGAGTTAGATCTCAGCTCTATGGACTCTGTC
AGGAAGTTTGCTTCTGATTACAAATCATCTGGTCGTCCACTCAACCTCTTGATCAACAAC
GCTGGGATAATGGCATGTCCCTTTATGCTCTCTAAGGACAACATCGAGCTGCAATTCGCG
ACCAACCATTTAGGTCATTTTCTGTTGACAAAGCTTCTGCTTGATACAATGAAGAACACA
TCACGTGAGAGCAAGAGGGAAGGCAGGATTGTGAATCTATCATCAGAAGCTCATCGGTTC
TCGTATCCACAAGGAGTCCGCTTTGACAAGATCAACGACCAGTCAAGTTACAGTAGTATG
CGAGCTTATGGACAATCTAAACTCTGCAATGTTTTGCACGCCAACGAGCTCGCAAAGCAA
CTGAAAGGAAGATGGAGTCAATATAACAGCAAACTCACTTCATCCAGGAGCCATTATGAC
AAATCTTGGGCGCTACTTCAACAGCTATTTGGCTGGAGCTGTTGGTGCAGTGGCTAAATA
TGTGCTCA
GACTGTTC

QA 1 848 1 848
DS 

RD RR1AW42JQ 836 0 0
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AGTTTGCTTCTGATTACAAATCATCTGGTCGTCCACTCAACCTCTTGATCAACAACGCTG
GGATAATGGCATGTCCCTTTATGCTCTCTAAGGACAACATCGAGCTGCAATTCGCGACCA
ACCATTTAGGTCATTTTCTGTTGACAAAGCTTCTGCTTGATACAATGAAGAACACATCAC
GTGAGAGCAAGAGGGAAGGCAGGATTGTGAATCTATCATCAGAAGCTCATCGGTTCTCGT
ATCCACAAGGAGTCCGCTTTGACAAGATCAACGACCAGTCAAGTTACAGTAGTATGCGAG
CTTATGGACAATCTAAACTCTGCAATGTTTTGCACGCCAACGAGCTCGCAAAGCAACTGA
A*GGAAGATGGAGTCAATATAACAGCAAACTCACTTCATCCAGGAGCCATTATGACAAAT
CTTGGGCGCTACTTCAACAGCTATTTGGCTGGAGCTGTTGGTGCAGTGGCTAAATATGTG
CTCAAGACTGTTCCGCAGGGGGCGGCGACGACTTGCTACGTGGCATTGAATCCTCAGGTT
ACAGGAGTTACAGGGGAATACTTCTTGGATAGCAACATTGCTAAACCATTATCACTTGCC
AAAGATTCAGAGTTGGCCAAGAATGTTTGGGAGTTCAGCACTAAGCTTACCGAGTCCCAG
TCAGGAGATAGTAGTTCTTGAAACTAGAATGTTCAGTGAATCTTTTACGTTGTGATTCCT
ATTTGAGTCTTTACCAAAGTAAATAAAATGTAATAACAAATCTGAATCATTTCAAC

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 2

CO CL7901Contig1 556 2 1 U
GGAAACATCATAAGAAACATACAAACAGAATTCTTCTTGGTTCACTGCCGATTTGTGATG
GAGAAGAAGAATAAGACCAATCATGGAGATGATGGGCGTGATTGTGTTCTTCCTATCCAT
AGCCAAGTTGTGAAGATCAAGAAAGAGTTTGAGAAGATACATCAGCCTGAGATGCCTAGA
GTACTTCGAGAGATCACGAGTCCACGGCGTTCCCGTTCTCCCCTCGGCTTAGGAGAGAGA
GGCAGGCCAATCTTCGTAGGGAATTGATAACAAAGAGAGAGAGAGATAAAGATAGGTGAT
CCTTTGTGTATTAGAGTTTCTCTTTATCTTTCAATGTAAATATCTTTGGTTAATGTAACG
AGCTCCTGTTCTAATCTCTCTTCTCTCGTTTGTTGTAATCTTTGAGAGGAAAACCGACTA
GTTCGTAGGTCGCTATATGTATTTTAAATGAAACAATCTTAAACAGATGAAACACGTAAA
GCCTAGAAAACTTACAGGATGATGCTCATTGTTTATAAAGCACTTGGTGTCTCCTGAAAT
GATAGTGGCTTGACCC


BQ
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AF RR1F376JQ C 1
AF RR1F376TF U 1
BS 1 556 RR1F376TF

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GAGAAGAAGAATAAGACCAATCATGGAGATGATGGGCGTGATTGTGTTCTTCCTATCCAT
AGCCAAGTTGTGAAGATCAAGAAAGAGTTTGAGAAGATACATCAGCCTGAGATGCCTAGA
GTACTTCGAGAGATCACGAGTCCACGGCGTTCCCGTTCTCCCCTCGGCTTAGGAGAGAGA
GGCAGGCCAATCTTCGTAGGGAATTGATAACAAAGAGAGAGAGAGATAAAGATAGGTGAT
CCTTTGTGTATTAGAGTTTCTCTTTATCTTTCAATGTAAATATCTTTGGTTAATGTAACG
AGCTCCTGTTCTAATCTCTCTTCTCTCGTTTGTTGTAATCTTTGAGAGGAAAACCGACTA
GTTCGTAGGTCGCTATATGTATTTTAAATGAAACAATCTTAAACAGATGAAACACGTAAA
GCCTAGAAAACTTACAGGATGATGCTCATTGTTTATAAAGCACTTGGTGTCTCCTGAAAT
GATAGTGGCTTGACCC

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1F376TF 556 0 0
GGAAACATCATAAGAAACATACAAACAGAATTCTTCTTGGTTCACTGCCGATTTGTGATG
GAGAAGAAGAATAAGACCAATCATGGAGATGATGGGCGTGATTGTGTTCTTCCTATCCAT
AGCCAAGTTGTGAAGATCAAGAAAGAGTTTGAGAAGATACATCAGCCTGAGATGCCTAGA
GTACTTCGAGAGATCACGAGTCCACGGCGTTCCCGTTCTCCCCTCGGCTTAGGAGAGAGA
GGCAGGCCAATCTTCGTAGGGAATTGATAACAAAGAGAGAGAGAGATAAAGATAGGTGAT
CCTTTGTGTATTAGAGTTTCTCTTTATCTTTCAATGTAAATATCTTTGGTTAATGTAACG
AGCTCCTGTTCTAATCTCTCTTCTCTCGTTTGTTGTAATCTTTGAGAGGAAAACCGACTA
GTTCGTAGGTCGCTATATGTATTTTAAATGAAACAATCTTAAACAGATGAAACACGTAAA
GCCTAGAAAACTTACAGGATGATGCTCATTGTTTATAAAGCACTTGGTGTCTCCTGAAAT
GATAGTGGCTTGACCC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL7902Contig1 877 2 4 U
GGGCCAAAGGCCAGGTGGCAGCACTGGAAGCACTGGTGTGGCTCCTGATGCAGCTGAGAT
TCAGCTCAAGAGCCCCAATTGGCTGTTTGGTTCAAGAAAGCCCGAAGAGAGTGACTCTGC
CACAAAACCTGGTGTAGACGATAGTGAGAAAGGAGTGACCTCGAGTGAGAGAGTCCATGA
TTTCTGCAACTTAGACTGGCTTTCTGAGCCTAACGATCATCAAGAAGATGTCTTCCAGAA
GTACCAGTCGATCACATCAACCAGTGAAGCCAATGGTTGGTATGGTGGTACTCTCCTCGG
TGACCAAGATGAAAACAGCGAAATTTACCGACATTATGCCCAGTTCTGTCAGTCTCCAGC
TATGGAACCGTTTGACAACAACGATCACGAGTTAGAACAAAACTATGCGGAAGTTCTTCG
CATGAACACAGTCGATGTAATGGACAACATTGGAGAAGAAGGAACGGAGATGGAGAAAGC
TTTAAATGAATACGCTCAGATCGGTAGCAATCTCGGGATCATTCCAACACAATGCAAATA
CTTCGCTGGAGATCCTTGTTGGTTATCCAGATGGCTCGTCGGAGATGATAAGATCCCAAA
GGTCATTTAATCAACCATTATTCCTCCAAGAACATAACGTTTCAATGTCACACCAGAGAG
ACTCCTCTTTTGCTTTACATAAATCTCTTTTGAGCATTTGTGAGAAATAATTGGCTTATA
TCACTACTAAATATAGCATAGTACTGGGGTAATAGAGTATACATACTCAACCACAGAGGC
AAAACTAGTTTCCGTGCCTTCCCTCCACAAGTTTCTACACCTGTGTTCTTTTGTTACACA
CACTAGTACAAACATAATGATGTTTTAATGTGCTCAG


BQ
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AF RR1DT51TF U 1
AF RR1DT51JQ C 214
BS 1 730 RR1DT51TF
BS 731 731 RR1DT51JQ
BS 732 771 RR1DT51TF
BS 772 877 RR1DT51JQ

RD RR1DT51TF 778 0 0
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TCAGCTCAAGAGCCCCAATTGGCTGTTTGGTTCAAGAAAGCCCGAAGAGAGTGACTCTGC
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TTTCTGCAACTTAGACTGGCTTTCTGAGCCTAACGATCATCAAGAAGATGTCTTCCAGAA
GTACCAGTCGATCACATCAACCAGTGAAGCCAATGGTTGGTATGGTGGTACTCTCCTCGG
TGACCAAGATGAAAACAGCGAAATTTACCGACATTATGCCCAGTTCTGTCAGTCTCCAGC
TATGGAACCGTTTGACAACAACGATCACGAGTTAGAACAAAACTATGCGGAAGTTCTTCG
CATGAACACAGTCGATGTAATGGACAACATTGGAGAAGAAGGAACGGAGATGGAGAAAGC
TTTAAATGAATACGCTCAGATCGGTAGCAATCTCGGGATCATTCCAACACAATGCAAATA
CTTCGCTGGAGATCCTTGTTGGTTATCCAGATGGCTCGTCGGAGATGATAAGATCCCAAA
GGTCATTTAATCAACCATTATTCCTCCAAGAACATAACGTTTCAATGTCACACCAGAGAG
ACTCCTCTTTTGCTTTACATAAATCTCTTTTGAGCATTTGTGAGAAATAATTGGCTTATA
TCACTACTAA*TATAGCATAGTACTGGGGTAATAGAGTATACATACTCAAC
ACAGAGC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1DT51JQ 664 0 0
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TGGTTGGTATGGTGGTACTCTCCTCGGTGACCAAGATGAAAACAGCGAAATTTACCGACA
TTATGCCCAGTTCTGTCAGTCTCCAGCTATGGAACCGTTTGACAACAACGATCACGAGTT
AGAACAAAACTATGCGGAAGTTCTTCGCATGAACACAGTCGATGTAATGGACAACATTGG
AGAAGAAGGAACGGAGATGGAGAAAGCTTTAAATGAATACGCTCAGATCGGTAGCAATCT
CGGGATCATTCCAACACAATGCAAATACTTCGCTGGAGATCCTTGTTGGTTATCCAGATG
GCTCGTCGGAGATGATAAGATCCCAAAGGTCATTTAATCAACCATTATTCCTCCAAGAAC
ATAACGTTTCAATGTCACACCAGAGAGACTCCTCTTTTGCTTTACATAAATCTCTTTTGA
GCATTTGTGAGAAATAATTGGCTTATATCACTACTAAATATAGCATAGTACTGGGGTAAT
AGAGTATACATACTCAACCACAGAGGCAAAACTAGTTTCCGTGCCTTCCCTCCACAAGTT
TCTACACCTGTGTTCTTTTGTTACACACACTAGTACAAACATAATGATGTTTTAATGTGC
TCAG

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL7903Contig1 1202 2 4 U
GGGAAGCTGAAGAGTTTATTCTTTGATCTCTGATACATCCATGGCGTTTCGATGTGTTCA
ATCCACGCTAATCATGGCTCTGCGGTGTCTCTAATCCTATAAAAGGAGGCCAGAAACGTT
CGATGTGGTGGAGAGCTGATGGGCGTGGATATGCTCTTACTAGATTCGAAGGTTCTATCT
GTTGTTGGCATTTTACAAGATGAGGTGGATCCGATGCTGTATGTGATGATAGTTGAGAAG
GCTCCTATGGATTCTAATGCTGACATTGGAGGTTTAGAAGCTCAGAGTCAGGAGAGCTAC
CTTCCACTCATCTTGAGTTGTGTGCAGATATTGGTATTAAGCCACCCAAAGGTGTGATTT
TGTATGGTGAGCCAGGAACTGGGAAGACACTGCTTGCCAAGGTTTGTCTTCCTACCTATT
GCTTATTAAGCGACAATGTCCCAACCAGTTGAATAAGTGAAGAATCACATCAGGTGACTG
AGCAGGTCACTCTTTTCGGAAATGATTACACCAAAAATGTGTAGGCTGGTCAGACAAACT
TCTATGTATCATTGTTTCGATGGAAGGTTACTGTGAACTTCTCAATATCATATATATGTA
GTTTCTCAACTTGAAGATTATCAACCACCATGGCTTCTTCAAATGGAGTTACAAAACAGA
GACATATTCTTAGGAGATGCAACTGCGTTTAGAGCTTTGCCTTGCTCAGCAAATATCGGT
CCCGGTGATGTGCAACAAGGCATCACGTTCCATTACAGGCCTCGAGGTTATGCACCAATC
AGAAGAGCCCACTTCACATCTTGTAACACTTCATAAGGATATGTTCCTATACCAACTTTT
CCTACAAAGGGAACAAGCACTCCTCGACTCTCATTGCAACACCTTGAGAGCTTGGATAGA
TTTTTGATCCAAGAAGTTTCAAAACATTGGTTTGGTCTGGTCCAAATACTGCATTAGAAG
CAAGCTACACCCGGGAAACCAAGTTCACAAGAGTAAATTATTAGTAAGTAATCATATTCT
ATGTAACAGTATTGGAAAATGAGTAAATCACTTTGACCATTCCTGCAGCACCTGATACAA
CACTATTGGTATAATTTTGTTTACTCCTCCTGCAAACACACACACAGATGGTAACTCAAA
CTGAAAGAAAATTGTTGTAAATATACTTCTCTACAAATATGAAGGATAGGATTATCTCAC
TC


BQ
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10 10 

AF RR1A990TF U 1
AF RR1A990JQ C 309
BS 1 673 RR1A990TF
BS 674 674 RR1A990JQ
BS 675 754 RR1A990TF
BS 755 1202 RR1A990JQ

RD RR1A990TF 754 0 0
GGGAAGCTGAAGAGTTTATTCTTTGATCTCTGATACATCCATGGCGTTTCGATGTGTTCA
ATCCACGCTAATCATGGCTCTGCGGTGTCTCTAATCCTATAAAAGGAGGCCAGAAACGTT
CGATGTGGTGGAGAGCTGATGGGCGTGGATATGCTCTTACTAGATTCGAAGGTTCTATCT
GTTGTTGGCATTTTACAAGATGAGGTGGATCCGATGCTGTATGTGATGATAGTTGAGAAG
GCTCCTATGGATTCTAATGCTGACATTGGAGGTTTAGAAGCTCAGAGTCAGGAGAGCTAC
CTTCCACTCATCTTGAGTTGTGTGCAGATATTGGTATTAAGCCACCCAAAGGTGTGATTT
TGTATGGTGAGCCAGGAACTGGGAAGACACTGCTTGCCAAGGTTTGTCTTCCTACCTATT
GCTTATTAAGCGACAATGTCCCAACCAGTTGAATAAGTGAAGAATCACATCAGGTGACTG
AGCAGGTCACTCTTTTCGGAAATGATTACACCAAAAATGTGTAGGCTGGTCAGACAAACT
TCTATGTATCATTGTTTCGATGGAAGGTTACTGTGAACTTCTCAATATCATATATATGTA
GTTTCTCAACTTGAAGATTATCAACCACCATGGCTTCTTCAAATGGAGTTACAAAACAGA
GACATATTCTTAG*AGATGCAACTGCGTTTAGAGCTTTGCCTTGCTCAGCAAATATCGGT
CCCGGTGATGTGCAACAAGGCATCACGTTCCATT

QA 1 754 1 754
DS 

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TCATC
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AGGAACTGGGAAGACACTGCTTGCCAAGGTTTGTCTTCCTACCTATTGCTTATTAAGCGA
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TTTCGGAAATGATTACACCAAAAATGTGTAGGCTGGTCAGACAAACTTCTATGTATCATT
GTTTCGATGGAAGGTTACTGTGAACTTCTCAATATCATATATATGTAGTTTCTCAACTTG
AAGATTATCAACCACCATGGCTTCTTCAAATGGAGTTACAAAACAGAGACATATTCTTAG
GAGATGCAACTGCGTTTAGAGCTTTGCCTTGCTCAGCAAATATCGGTCC*GGTGATGTGC
AACAAGGCATCACGTTCCATTACAGGCCTCGAGGTTATGCACCAATCAGAAGAGCCCACT
TCACATCTTGTAACACTTCATAAGGATATGTTCCTATACCAACTTTTCCTACAAAGGGAA
CAAGCACTCCTCGACTCTCATTGCAACACCTTGAGAGCTTGGATAGATTTTTGATCCAAG
AAGTTTCAAAACATTGGTTTGGTCTGGTCCAAATACTGCATTAGAAGCAAGCTACACCCG
GGAAACCAAGTTCACAAGAGTAAATTATTAGTAAGTAATCATATTCTATGTAACAGTATT
GGAAAATGAGTAAATCACTTTGACCATTCCTGCAGCACCTGATACAACACTATTGGTATA
ATTTTGTTTACTCCTCCTGCAAACACACACACAGATGGTAACTCAAACTGAAAGAAAATT
GTTGTAAATATACTTCTCTACAAATATGAAGGATAGGATTATCTCACTC

QA 6 894 6 894
DS 



AS 1 2

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GAATGGCTGGATGTAATACTTGTCCCCGCGGGTCTCGCCGTGATGGTCGCATACCACGTC
TGGCTCGGCTACGCTATAATCCACCGTCCCAAGCTCACTGTTATCTCCCTCAACGCTGAA
TCTCGACGACAATGGGTCTTCTCTATGATGACCGAGCCTCTGAAGAATGGTACTTTAGCA
GTACAGACAATAAGGAACAACATAATGGCATCAACTCTTTTAGCCACGACAGCAATCGCT
CTCTGTTCCATCATCGGCGTTTTCGTAAACAACAACACCTCTGCTTCCAAATCCACAGCC
TCCTCGTCTATCATATACGGAAACAAAAGCCCTCTCCTTTCGACCATCAAGAACTTCGCG
ATCCTCGTCTGTTTCCTCATGGCCTTTCTCTGCAACGTCCAGTCCATCAGGTACTACGCT
CATGTGAGTTTCCTCATCACGGTTCCTGTCTCGAGAGGGAAGAGAGAGCACTGCGAGTAC
GTGTTTAGAAACCTGAACCGAGCTAGCTACTTCTGGTCTCTCGGACTGCGAGCTTTCTAC
TTCTCCTTCCCGCTCTTCTTGTGGAACTTCGGTCCCATCCCTATGTTCGTGTGTTGCTGT
TTGATGTCGTCGATTCTTTATTTCTTGGATACCACCACTAGCTTCACTAGGCATCTCCAT
AGCGAGTCGTTCAGAGAGATTGCTGAGTCTATGGACGGTGAAATCGAATCAGCCGTTCAT
TCTCTGTAGAATCTTCTCTGTTTTTCTTTTCTTGTGTGTTCGTTGAGTTTCAAGAGTTGT
AGTATTAGCGGAGTTTGTTTGTAATGTGACGAAACAACCTCGGCTGCGTCTGTGAGCGCA
AACGCTTATGTAAAACGCAAATAAACTGTCCAAACATATAGAATGGGGACTATGTAATCT
CTTGCACATTGTTGTCATTATTGGTTAACTCATTGCTTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AU73TF U 1
AF RR1AU73JQ C 195
BS 1 749 RR1AU73TF
BS 750 1003 RR1AU73JQ

RD RR1AU73TF 749 0 0
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GAATGGCTGGATGTAATACTTGTCCCCGCGGGTCTCGCCGTGATGGTCGCATACCACGTC
TGGCTCGGCTACGCTATAATCCACCGTCCCAAGCTCACTGTTATCTCCCTCAACGCTGAA
TCTCGACGACAATGGGTCTTCTCTATGATGACCGAGCCTCTGAAGAATGGTACTTTAGCA
GTACAGACAATAAGGAACAACATAATGGCATCAACTCTTTTAGCCACGACAGCAATCGCT
CTCTGTTCCATCATCGGCGTTTTCGTAAACAACAACACCTCTGCTTCCAAATCCACAGCC
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ATCCTCGTCTGTTTCCTCATGGCCTTTCTCTGCAACGTCCAGTCCATCAGGTACTACGCT
CATGTGAGTTTCCTCATCACGGTTCCTGTCTCGAGAGGGAAGAGAGAGCACTGCGAGTAC
GTGTTTAGAAACCTGAACCGAGCTAGCTACTTCTGGTCTCTCGGACTGCGAGCTTTCTAC
TTCTCCTTCCCGCTCTTCTTGTGGAACTTCGGTCCCATCCCTATGTTCGTGTGTTGCTGT
TTGATGTCGTCGATTCTTTATTTCTTGGATACCACCACTAGCTTCACTAGGCATCTCCAT
AGCGAGTCGTTCAGAGAGATTGCTGAGTC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1AU73JQ 809 0 0
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GAACAACATAATGGCATCAACTCTTTTAGCCACGACAGCAATCGCTCTCTGTTCCATCAT
CGGCGTTTTCGTAAACAACAACACCTCTGCTTCCAAATCCACAGCCTCCTCGTCTATCAT
ATACGGAAACAAAAGCCCTCTCCTTTCGACCATCAAGAACTTCGCGATCCTCGTCTGTTT
CCTCATGGCCTTTCTCTGCAACGTCCAGTCCATCAGGTACTACGCTCATGTGAGTTTCCT
CATCACGGTTCCTGTCTCGAGAGGGAAGAGAGAGCACTGCGAGTACGTGTTTAGAAACCT
GAACCGAGCTAGCTACTTCTGGTCTCTCGGACTGCGAGCTTTCTACTTCTCCTTCCCGCT
CTTCTTGTGGAACTTCGGTCCCATCCCTATGTTCGTGTGTTGCTGTTTGATGTCGTCGAT
TCTTTATTTCTTGGATACCACCACTAGCTTCACTAGGCATCTCCATAGCGAGTCGTTCAG
AGAGATTGCTGAGTCTATGGACGGTGAAATCGAATCAGCCGTTCATTCTCTGTAGAATCT
TCTCTGTTTTTCTTTTCTTGTGTGTTCGTTGAGTTTCAAGAGTTGTAGTATTAGCGGAGT
TTGTTTGTAATGTGACGAAACAACCTCGGCTGCGTCTGTGAGCGCAAACGCTTATGTAAA
ACGCAAATAAACTGTCCAAACATATAGAATGGGGACTATGTAATCTCTTGCACATTGTTG
TCATTATTGGTTAACTCATTGCTTTTGAT

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

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CAGGTGTTGGTAAGTCCAATTTGCTTTCTCGATTCACCAGGAACGAGTTTAGCCTCGAGT
CCAAGTCCACCATCGGCGTCGAGTTTGCTACTCGTAGCTTGAACGTTAACGACAAAGTCA
TCAAAGCCCAGATTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAAGGTACCGAGCAATCACTAGTGCAT
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AAAACGTTGAGAGATGGCTAAGGGAGCTCCGAGACCATACCGACCCAAACATAGTTGTGA
TGCTAGTGGGAAACAAATCTGATCTTCGTCATCTTATAGCGGTTCAGACAGAAGATGCTA
AGTCTTTTGCGGAGAAGGAATCACTCTACTTCATGGAGACTTCGGCTCTCGAGTCTACTA
ACGTTGAGAACGCGTTTTCTGAAGTGCTCACTCAGATACACCAAGTTGTGAGCAAGAAAG
CGATGGAGGCTGGTGGTGGTGATGATTCGAATTCGGGTAATGTCCCTTCTAAAGGAGAGA
AGATTGATATTGATGTATCGGCTGTGAAGAAAACTGGTTGCTGCTCGAGCTAAAAGACTC
TCGTTTGTCTCTTGCAGATTGTTATGGATTTTGTCTGTTTCCTTGATCGTTCTTTTATAC
ATTCAAAATTCTTTTGAATATGTCCGTCTTTTTTTTTATAATTAGGAAACAAGCAATGTT
ATGCTTTGCTTGAAAACTGCTTTGCTGTGGTTCTGGTTCTGTACTGGTTAAGCAATTTTG
TAATTTAACTTGTTTTGGTCTAATGGTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP27TF U 1
AF RR1EP27JQ C 118
BS 1 604 RR1EP27TF
BS 605 605 RR1EP27JQ
BS 606 677 RR1EP27TF
BS 678 872 RR1EP27JQ

RD RR1EP27TF 677 0 0
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CCAAGTCCACCATCGGCGTCGAGTTTGCTACTCGTAGCTTGAACGTTAACGACAAAGTCA
TCAAAGCCCAGATTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAAGGTACCGAGCAATCACTAGTGCAT
ACTACAGAGGAGCTGTTGGTGCTCTTCTTGTCTACGACGTAACCCGACACTCCACGTTCG
AAAACGTTGAGAGATGGCTAAGGGAGCTCCGAGACCATACCGACCCAAACATAGTTGTGA
TGCTAGTGGGAAACAAATCTGATCTTCGTCATCTTATAGCGGTTCAGACAGAAGATGCTA
AGTCTTTTGCGGAGAAGGAATCACTCTACTTCATGGAGACTTCGGCTCTCGAGTCTACTA
ACGTTGAGAACGCGTTTTCTGAAGTGCTCACTCAGATACACCAAGTTGTGAGCAAGAAAG
CGATGGAGGCTGGTGGTGGTGATGATTCGAATTCGGGTAATGTCCCTTCTAAAGGAGAGA
AGAT*GATATTGATGTATCGGCTGTGAAGAAAACTGGTTGCTGCTCGAGCTAAAAGACTC
TCGTTTGTCTCTTGCAG

QA 1 677 1 677
DS 

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CATACTACAGAGGAGCTGTTGGTGCTCTTCTTGTCTACGACGTAACCCGACACTCCACGT
TCGAAAACGTTGAGAGATGGCTAAGGGAGCTCCGAGACCATACCGACCCAAACATAGTTG
TGATGCTAGTGGGAAACAAATCTGATCTTCGTCATCTTATAGCGGTTCAGACAGAAGATG
CTAAGTCTTTTGCGGAGAAGGAATCACTCTACTTCATGGAGACTTCGGCTCTCGAGTCTA
CTAACGTTGAGAACGCGTTTTCTGAAGTGCTCACTCAGATACACCAAGTTGTGAGCAAGA
AAGCGATGGAGGCTGGTGGTGGTGATGATTCGAATTCGGGTAATGTCCCTTCTAAAGGAG
AGAAGATTGATATTGATGTATCGGCTGTGAAGAAAACTGGTTGCTGCTCGAGCTAAAAGA
CTCTCGTTTGTCTCTTGCAGATTGTTATGGATTTTGTCTGTTTCCTTGATCGTTCTTTTA
TACATTCAAAATTCTTTTGAATATGTCCGTCTTTTTTTTTATAATTAGGAAACAAGCAAT
GTTATGCTTTGCTTGAAAACTGCTTTGCTGTGGTTCTGGTTCTGTACTGGTTAAGCAATT
TTGTAATTTAACTTGTTTTGGTCTAATGGTTTATT

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL7906Contig1 564 2 1 U
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GAGACGACCACAGCTGAGACTTTCGTCTTTGGCGTTGTACCGGCGATGAAGAACCAGTAT
GAGGCTTCTGGAGAGGGCAGCGCTGAGAACGATGCATGCAAGTGTGGATCCGGCTGCAAG
TGTGACCCATGCACTTGTAAATGAATAAAGGAACCTTTTTAAGAAGGCAGAGATTATCAG
AGATTATATTAAAGTAACCCAAATGATGTTCTAGGTTTGGTTTATAGTGTAATAATGGCT
GCAGCCTTTTGTCTTTTAGCCTGTAATGGTTTTCGTTTATGTTGACGTGATATCTGGATG
TCTCTGCCATGTGTGACGGATGAGTCAGTTTGTACTTCTATGGAATGGAGTTGAATAATT
CTCTGAATATAATACTAATATTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FZ74JQ C 1
AF RR1FZ74TF U 1
BS 1 564 RR1FZ74TF

RD RR1FZ74JQ 564 0 0
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TCTCTGCCATGTGTGACGGATGAGTCAGTTTGTACTTCTATGGAATGGAGTTGAATAATT
CTCTGAATATAATACTAATATTCC

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1FZ74TF 564 0 0
GGATTCTGTGATAAACCTTCTATAAACGATCAATCTAATTTAAACGTTCTCTGCTATTTC
TTCGGTCTTTCTCGAGAGAAAATGTCTTGCTGTGGAGGAAACTGTGGTTGTGGATCTGGC
TGCAAGTGCGGCAACGGTTGCGGAGGTTGCAAAATGTACCCAGATTTGGGCTTCTCCGGT
GAGACGACCACAGCTGAGACTTTCGTCTTTGGCGTTGTACCGGCGATGAAGAACCAGTAT
GAGGCTTCTGGAGAGGGCAGCGCTGAGAACGATGCATGCAAGTGTGGATCCGGCTGCAAG
TGTGACCCATGCACTTGTAAATGAATAAAGGAACCTTTTTAAGAAGGCAGAGATTATCAG
AGATTATATTAAAGTAACCCAAATGATGTTCTAGGTTTGGTTTATAGTGTAATAATGGCT
GCAGCCTTTTGTCTTTTAGCCTGTAATGGTTTTCGTTTATGTTGACGTGATATCTGGATG
TCTCTGCCATGTGTGACGGATGAGTCAGTTTGTACTTCTATGGAATGGAGTTGAATAATT
CTCTGAATATAATACTAATATTCC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL7907Contig1 560 2 1 U
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CAATATATAATACGTTTCTCTCATACGGCCATCTCTCTGTCTTGAACAATGTTTACTACT
TAATAAATGGCCTTATTCAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AO34JQ C 1
AF RR1AO34TF U 1
BS 1 560 RR1AO34TF

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TAATAAATGGCCTTATTCAC

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1AO34TF 560 0 0
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AAAAGATTAATGAACTAAAACAACATTAAGGAAAGAGAAAAAGAATATTATTTTTGGGGT
CTGAGATTTGATGGGAAGCAGAGAGAGACCAAACCAAAGCTTCTGTCATTTACCACTTGT
CAATATATAATACGTTTCTCTCATACGGCCATCTCTCTGTCTTGAACAATGTTTACTACT
TAATAAATGGCCTTATTCAC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

CO CL7908Contig1 455 2 1 U
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AAAAAATGTCTTGCTGCGGAGGGAACTGTGGTTATGGATCTGCCTGCACGTGCGTCAACG
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TTTAGTTAAGTAATAATACTACTGCAATGATCGTTTTATTAGGTTTTGCTTTTTATGTTT
AATAATGGGCTGCAACGTTGTCTTTCTTTCGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 

AF RR1B150TF U 1
AF RR1B150JQ C 30
BS 1 455 RR1B150TF

RD RR1B150TF 455 0 0
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AAAAAATGTCTTGCTGCGGAGGGAACTGTGGTTATGGATCTGCCTGCACGTGCGTCAACG
GTTGTTGTGGAGGTTGCAAAAAGTACCCTGACTTAGGCTTTTCCGGCGAGACAACCACGA
GTGAGACTTTTGTCTCTGGTTTTGCACCGGCTATGAAGAACCAGTACGAGGCTTCCGGCG
AGAGTAACGTCGAGAACGATGGATGCACATGCAAGTGTGGATCTGACTGCAAGTGTGATC
CTTGCACCTGTAAATGAGTAAAACCCTTTTTAAGAAAGGCAGAGATAATCAGTTTGTCTT
TTTAGTTAAGTAATAATACTACTGCAATGATCGTTTTATTAGGTTTTGCTTTTTATGTTT
AATAATGGGCTGCAACGTTGTCTTTCTTTCGTTTG

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1B150JQ 426 0 0
CGAGTTAGGTTTTTTTTTGAACTTTTTCGAGAAAAAATGTTTTGCTGCGGAGGGAACTGT
GGTTATGGATTTGCCTGCACGTGGGTCAACGGTTGTTGTGGAGGTTGCAAAAAGTACCCT
GACTTAGGCTTTTCCGGGGAGACAACCACGAGTGAGACTTTTGTTTTTGGTTTTGCCCCG
GCTATGAAGAACCAGTACGAGGCTTCCGGCGAGAGTAACGTCGAGAACGATGGATGCACA
TGCAAGTGTGGATTTGACTGCAAGTGTGATCCTTGCACCTGTAAATGAGTAAAACCCTTT
TTAAGAAAGGCAGAGATAATCAGTTTGTTTTTTTAGTTAAGTAATAATACTACTGCAATG
ATCGTTTTATTAGGTTTTGCTTTTTATGTTTAATAATGGGGTGCAACGTTGTTTTTTTTT
TGTTTG

QA 1 426 1 426
DS 



AS 1 2

CO CL7909Contig1 801 2 5 U
GGACACATTCCCCTTCATCTCCATTTCTCGCACTTAAAAAGGCTTAAGAAAGAACAATGG
CGAAAAAGTTGGATGCTCAAGGTGGCCGCGGAAGAGAGCTATGGGACGACGGTGGTGTTT
ATGAGAACGTCAAGAAAGTGTATGTCGGTCAAGGTGACTCTGGTGTGGTTTACGTGAAGT
TTGATTACGAGAAAGACGGCAAGATCGTATCACTCGAGCATGGGAAGAAGACACTTCTTG
ATCCAGAGGAGTTTGAGCTTGATCCAGAAGATTACATCACATCCGTGAAAGTGTACTACG
AGAAGCTCTTTGGAACCCCAGTGGAGATCATCACGGCTCTTATCTTCAAAACATTCAAAG
GCAAAGTTTCTCAGCCTTTTGGATTAGCTTCTGGAACAGAAGCCGAGCTTGGAGGTGGCA
AGATCGTCGGATTCCATGGAAGTTCCAGTGATGCTATTCATTCCCTGGGGGCTTATATAA
CACCGCCAACTACTCCGGTGACTCCACCGGCGTCAGGTGGTCCGACCAAGCTGGAAGCTC
AAGGTGGTCGTGGAGGAGAGTTATGGGACGATGGTGGTGCTTATGAGAATGTCAAGAAAG
TGTATGTTGGACAAGGTGACTCTGGTGTGGTTTATGTCAAGTTTGATTATGAGAAAGATG
GGAAGATTGTATCACTCGAACATGGTAAAAGACGTTACTTGACCCAGAGGAGTTTGAGCT
TGATTCAGATGATTACATAACATCTGTAAAGTTTACTACGAGAACTCTTTGGACACCAAC
AGAGATCATCACCGCTCTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D621TF U 39
AF RR1E339TF U 1
BS 1 66 RR1E339TF
BS 67 67 RR1D621TF
BS 68 109 RR1E339TF
BS 110 110 RR1D621TF
BS 111 801 RR1E339TF

RD RR1D621TF 572 0 0
T
AGGCTTAAGAAAGAACAATGGCGAAAAAGTTGGATGCTCAAGGTGGCCGCGGAGGAGAGC
TATGGGACGACGGTGGTGTTTATGAGAACGTCAAGAAAGTGTATGTCGGTCAAGGTGACT
CTGGTGTGGTTTACGTGAAGTTTGATTACGAGAAAGACGGCAAGATCGTATCACTCGAGC
ATGGGAAGAAGACACTTCTTGATCCAGAGGAGTTTGAGCTTGATCCAGAAGATTACATCA
CATCCGTGAAAGTGTACTACGAGAAGCTCTTTGGAACCCCAGTGGAGATCATCACGGCTC
TTATCTTCAAAACATTCAAAGGCAAAGTTTCTCAGCCTTTTGGATTAGCTTCTGGAACAG
AAGCCGAGCTTGGAGGTGGCAAGATCGTCGGATTTCATGGAAGTTCCAGTGATGCTATTC
ATTCCCTGGGGGCTTATATAACACCGCCAACTACTCCGGTGACTCCACCGGCGTCAGGTG
GTCCGACCAAGCTGGAAGCTCAAGGTGGTCGTGGAGGAGAGTTATGGGACGATGGTGGTG
CTTATGAGAATGTCAAGAAAGTGTATGTTGG

QA 2 572 2 572
DS 

RD RR1E339TF 801 0 0
GGACACATTCCCCTTCATCTCCATTTCTCGCACTTAAAAAGGCTTAAGAAAGAACAATGG
CGAAAAGGTTGGATGCTCAAGGTGGCCGCGGAAGAGAGCTATGGGACGATGGTGGTGTTT
ATGAGAACGTCAAGAAAGTGTATGTCGGTCAAGGTGACTCTGGTGTGGTTTACGTGAAGT
TTGATTACGAGAAAGACGGCAAGATCGTATCACTCGAGCATGGGAAGAAGACACTTCTTG
ATCCAGAGGAGTTTGAGCTTGATCCAGAAGATTACATCACATCCGTGAAAGTGTACTACG
AGAAGCTCTTTGGAACCCCAGTGGAGATCATCACGGCTCTTATCTTCAAAACATTCAAAG
GCAAAGTTTCTCAGCCTTTTGGATTAGCTTCTGGAACAGAAGCCGAGCTTGGAGGTGGCA
AGATCGTCGGATTCCATGGAAGTTCCAGTGATGCTATTCATTCCCTGGGGGCTTATATAA
CACCGCCAACTACTCCGGTGACTCCACCGGCGTCAGGTGGTCCGACCAAGCTGGAAGCTC
AAGGTGGTCGTGGAGGAGAGTTATGGGACGATGGTGGTGCTTATGAGAATGTCAAGAAAG
TGTATGTTGGACAAGGTGACTCTGGTGTGGTTTATGTCAAGTTTGATTATGAGAAAGATG
GGAAGATTGTATCACTCGAACATGGTAAAAGACGTTACTTGACCCAGAGGAGTTTGAGCT
TGATTCAGATGATTACATAACATCTGTAAAGTTTACTACGAGAACTCTTTGGACACCAAC
AGAGATCATCACCGCTCTTAT

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

CO CL7910Contig1 799 2 4 U
GGAGCTGTATAATCTCTCAAGTCACCTCATCTCATGTGACCACCTGCTGCTACTCTCTTA
TTCTTATTACTCGCTGCCTGCCTCTCATCTCTAGCATTGCCATGGCAGCTCCGTCTCTTA
ACCTCCTCCTTACCATTGTCTCTCTTCTCTTCATTTCACTCCCGAGATTTGAATCTCTCC
CCGAAAACCCTTCCGTGGTTCTCCTAGGCGACGGACTCGAATGGGCGACCTCTCACGGCG
ACGCATTCGACTTTGAAAGCTTTGAAGATGCAGAAGAGGAAGATGACGACGTCGGTGTTG
CTGTTGCAGATCGACGGTCATTGTACTGGAAGAGGAGGAGATACTACATCTCGTACGGTG
CATTGTCAGCGAACAGAGTCCCGTGTCCTCCAAGATCTGGAAGATCTTACTACACTCACA
ACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCCAGTTCATCCCTACACTCGAGGCTGCTCCTCCATCACTC
GTTGCCGGAGGTAGAAACAAAACATCTGCTCTGCTTTTGTCCGTCCCCTGGTATTTTCGT
AATATTGTTGTAAACCGTGATTTAATTACGTTCCTACAACTTAATTAAGACATAGGATTA
TTATTATTATTACAGTGCTATTTCAATGTATCAAACATTATGGTGATTACTGAGGTCACG
TGGTTTTTGGGTTTGTAATTTCGCCTACTGAACTTGTGTTTTTTGTCGGTTGGTTTTAAA
TTATTATTTTTGTAATACTGTTTATGAACTTAAAGTCACATGTATTTGGATTTTTCTATG
TATGATAATGTTCCCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GG72TF U 1
AF RR1GG72JQ C 205
BS 1 719 RR1GG72TF
BS 720 720 RR1GG72JQ
BS 721 762 RR1GG72TF
BS 763 799 RR1GG72JQ

RD RR1GG72TF 762 0 0
GGAGCTGTATAATCTCTCAAGTCACCTCATCTCATGTGACCACCTGCTGCTACTCTCTTA
TTCTTATTACTCGCTGCCTGCCTCTCATCTCTAGCATTGCCATGGCAGCTCCGTCTCTTA
ACCTCCTCCTTACCATTGTCTCTCTTCTCTTCATTTCACTCCCGAGATTTGAATCTCTCC
CCGAAAACCCTTCCGTGGTTCTCCTAGGCGACGGACTCGAATGGGCGACCTCTCACGGCG
ACGCATTCGACTTTGAAAGCTTTGAAGATGCAGAAGAGGAAGATGACGACGTCGGTGTTG
CTGTTGCAGATCGACGGTCATTGTACTGGAAGAGGAGGAGATACTACATCTCGTACGGTG
CATTGTCAGCGAACAGAGTCCCGTGTCCTCCAAGATCTGGAAGATCTTACTACACTCACA
ACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCCAGTTCATCCCTACACTCGAGGCTGCTCCTCCATCACTC
GTTGCCGGAGGTAGAAACAAAACATCTGCTCTGCTTTTGTCCGTCCCCTGGTATTTTCGT
AATATTGTTGTAAACCGTGATTTAATTACGTTCCTACAACTTAATTAAGACATAGGATTA
TTATTATTATTACAGTGCTATTTCAATGTATCAAACATTATGGTGATTACTGAGGTCACG
TGGTTTTTGGGTTTGTAATTTCGCCTACTGAACTTGTGTTTTTTGTCGGTTGGTTTTAA*
TTATTATTTTTGTAATACTGTTTATGAACTTAAAGTCACATG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1GG72JQ 595 0 0
TAGGCGACGGACTCGAATGGGCGACCTCTCACGGCGACGCATTCGACTTTGAAAGCTTTG
AAGATGCAGAAGAGGAAGATGACGACGTCGGTGTTGCTGTTGCAGATCGACGGTCATTGT
ACTGGAAGAGGAGGAGATACTACATCTCGTACGGTGCATTGTCAGCGAACAGAGTCCCGT
GTCCTCCAAGATCTGGAAGATCTTACTACACTCACAACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCCAG
TTCATCCCTACACTCGAGGCTGCTCCTCCATCACTCGTTGCCGGAGGTAGAAACAAAACA
TCTGCTCTGCTTTTGTCCGTCCCCTGGTATTTTCGTAATATTGTTGTAAACCGTGATTTA
ATTACGTTCCTACAACTTAATTAAGACATAGGATTATTATTATTATTACAGTGCTATTTC
AATGTATCAAACATTATGGTGATTACTGAGGTCACGTGGTTTTTGGGTTTGTAATTTCGC
CTACTGAACTTGTGTTTTTTGTCGGTTGGTTTTAAATTATTATTTTTGTAATACTGTTTA
TGAACTTAAAGTCACATGTATTTGGATTTTTCTATGTATGATAATGTTCCCAACC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL7911Contig1 786 2 2 U
TGGGATGCGAACTAAGAACTGTTTTGCAAGGACATGTTGGCGATGTGGAGCTTCGTTTGC
TTGTTGAAATCGCCGTGAAACATTACTTTGATCTTTTCCGGATAAAATCAGCAGCTGCAA
AAGAAGATGTTTTCTTCATCATGTCAGGGATGTGGAGAACTTCTGCAGAACGCTTTTTCC
TGTGGATTGGTGGGTTTCAACCCTCGGATCTTATCAAGGTTCTTTTGCCACATTTTGATG
TAATGACGGATCAACAGATCCTAGATGTATGCAACCTAAGACAATCATGTCAGCAAGCTG
AAGACGCTTTATCTCAAGGAATGGAGAAGCTACAACACACCCTTGCGGATTGTGTTGCAG
GTGGACGACTAGGTGAAGGAAATTACGTTCCTCAGGTGAATTCTGCAATTGAGAGAGCAG
AAGCTTCTGTCAGCTTTGTTAATCAGGCTGATCATTTGAGACATGAGACGTTGCAACAAA
TGCATAGGATCTTGACTACACGACAAGCGGCTCGAGGGTTGTTGGCTCTTGGTGAGTATT
TTCAACGGCTTTGAGCGTTGAGCTCGAGTTGGGCAACTAGACATCGTAAACCAGCTTAGC
TTTGAGTTCTTGGATACAAAACCACAAGAATAAAGATGAGTGCATTTTGTAATACAAAGG
ATTATCCATAATAATAAAATGGGGGTTGCTGCTGATACTTATTTTTTTTAATTCTGCGGG
AATCATAAAACTCGAAAACCATGTATTGAAAAAGTTGTAAATATAAAAATCTCATGTGCC
AAGAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1GF39TF U 1
AF RR1GF39JQ C 78
BS 1 630 RR1GF39TF
BS 631 786 RR1GF39JQ

RD RR1GF39TF 630 0 0
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TAATGACGGATCAACAGATCCTAGATGTATGCAACCTAAGACAATCATGTCAGCAAGCTG
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AAGCTTCTGTCAGCTTTGTTAATCAGGCTGATCATTTGAGACATGAGACGTTGCAACAAA
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TTCAACGGCTTTGAGCGTTGAGCTCGAGTTGGGCAACTAGACATCGTAAACCAGCTTAGC
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DS 

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ATCCTAGATGTATGCAACCTAAGACAATCATGTCAGCAAGCTGAAGACGCTTTATCTCAA
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GGAAATTACGTTCCTCAGGTGAATTCTGCAATTGAGAGAGCAGAAGCTTCTGTCAGCTTT
GTTAATCAGGCTGATCATTTGAGACATGAGACGTTGCAACAAATGCATAGGATCTTGACT
ACACGACAAGCGGCTCGAGGGTTGTTGGCTCTTGGTGAGTATTTTCAACGGCTTTGAGCG
TTGAGCTCGAGTTGGGCAACTAGACATCGTAAACCAGCTTAGCTTTGAGTTCTTGGATAC
AAAACCACAAGAATAAAGATGAGTGCATTTTGTAATACAAAGGATTATCCATAATAATAA
AATGGGGGTTGCTGCTGATACTTATTTTTTTTAATTCTGCGGGAATCATAAAACTCGAAA
ACCATGTATTGAAAAAGTTGTAAATATAAAAATCTCATGTGCCAAGAGT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

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AAACGGAATAAGCGTAAAAATGGTGATGACGATGAACTCTCTACCACGGATCGAGTTAAG
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GTTTGGTACCC


BQ
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AF RR1A466TF U 1
AF RR1A466JQ C 171
BS 1 731 RR1A466TF

RD RR1A466TF 731 0 0
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TATGGACATGATAAGCCTGATGTGACATCCATTTCCATGGACCCAAATTTTTCAGCTTAC
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AAACGGAATAAGCGTAAAAATGGTGATGACGATGAACTCTCTACCACGGATCGAGTTAAG
ATCAATAATGGTTTGGAGTGTAAGATAACATGCAGTTCTTCAAAGGTCTCGTATGTATTT
GACACAGAGGATGTATTGCATCGTGTGAAGAGGAGGAAGGTTTTGAACCAAAGCAGTGGT
TCTTTAATTAGGGAAAAGAGGATACAAAGATACCAAAAACTTCTCACCAACCAATGACAG
TTTCTCACTTGCACTCTCAGGCAAAAAAAAAAAAGAAGAAGCTCGTGAGTAGAGCAACTT
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ATTCTGTCAGAAGAGAAGAATGGCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTCTGCTTGCTGTTACCT
CTGCTCCTCGTTGAAAATAAAAAGGGGAAGGAGGGGGAGATGAGAAGGATTAAGCTTTCC
ACAAATTGGTGTATATAAAGCTTTTGTATGTTGTAACATTAACATAAAGTCCCTCTTTTT
GTTTGGTACCC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1A466JQ 561 0 0
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AAGCAGTGGTTCTTTAATTAGGGAAAAGAGGATACAAAGATACCAAAAACTTCTCACCAA
CCAATGACAGTTTCTCACTTGCACTTTCAGGCAAAAAAAAAAAAGAAGAAGCTCGTGAGT
AGAGCAACTTGGTACGCTTTTAAAGACACAAGGTTGCCATTCCTTTTGCTTGTTATACGT
CAGGACTGAGATTCTGTCAGAAGAGAAGAATGGCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTCTGCTT
GCTGTTACCTCTGCTCCTCGTTGAAAATAAAAAGGGGAAGGAGGGGGAGATGAGAAGGAT
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CCCTCTTTTTGTTTGGTACCC

QA 1 561 1 561
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATGGTTTCCGACAACCAATCAGAACGAGCCGGTAACGGTCAAGGAGTTCAGGATGACTTG
AGCTACCTGTTGAAGCTAGGAGCTGGTTCTGTATTAGGCGCAGCTATCATCAAATACGGC
AGCGTATTGCTTCCAGAGATAACAACACCTAATCTCACTCAAGCCCTCTTCATTATTTTT
GCTCCTGTTGTAATCTCTGTTATACTTTTGATCAGATCATCTTCTTCCAAGAATCAGTAC
TAGAGTTCAGCTCATTGTGAAAAGATTGTGTTCTTAAAGAGTGTAAAAGTTTCACTATAT
TCCATAAATAAAATAAAGGTATTCAAAT


BQ
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AF RR1B255TF U 1
AF RR1B268TF U 1
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TCCATAAATAAAATAAAGGTATTCAAAT

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TCCATAAATAAAAT

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

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GGTGTAATAGTGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1F532JQ C 1
AF RR1F532TF U 1
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QA 1 553 1 553
DS 

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QA 1 553 1 553
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TGTC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1CY74TF U 1
AF RR1CY74JQ C 190
BS 1 746 RR1CY74TF
BS 747 904 RR1CY74JQ

RD RR1CY74TF 746 0 0
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CGCTCCGTCTTCGTGGACGAGGTTTCCACGGTGGTCGTATCACAGCGATGGCTTCTCCTG
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TCGAAGACGGCATCTATTCCTGCGCAGGATGTGGAACTCCTCTTTACAAATCCGCCACCA
AGTTCGATTCCGGTTGTGGCTGGCCAGCCTTCTTTGACGGCATTCCCGGTGCTATAAACC
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TTGTGTAATGCATCTATCTATTTCTTGTGTCGTCCTGCTCTTTGTAACCGGTGTTTAGTC
CCATTAATGTCATAATCATATATAAG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1CY74JQ 715 0 0
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CCGGTTGTGGCTGGCCAGCCTTCTTTGACGGCATTCCCGGTGCTATAAACCGGACTCCTG
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TTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCTACACCTACCGATGAGCGTCACTGTGTGAACAGTGTCT
CTCTCAAGTTCGCACCAGGGAATTCAACCTTGTAATAATAATGCACTTGTGTTGTGTAAT
GCATCTATCTATTTCTTGTGTCGTCCTGCTCTTTGTAACCGGTGTTTAGTCCCATTAATG
TCATAATCATATATAAGATTTTACACAAGCTGGTGAATAAAGTGACTTCATTTCTTTTGT
AAACCACTTGAAACATTCTTGTTTTCGATCAGAGTTGTGGCATATATGTATTTTACTTAT
ATGAATTAAGAGGCTGTGACAATAGACAGAAGAAATGATGCAGAAGCAGTTTGTC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7919Contig1 1064 2 2 U
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TCCATCTTCTTCCTCGCACCCATCGCCCTAAAACTCTTAACTCTCTCAAACCAACCTCCA
AATCACAACCTTGCAAGACCCCAGAATTACCCAACCCCCTCCAGATCCTTAAATCATCTC
CCCTCCCTCTCGCACTCACCGCATTGCCCTTTCTCATCGATCCACAGGATGCAGCAGCAG
CTGGAGGACAGTTTGATATTTTGGAAGGACGATCGTTCGCGTTGATACACCCGATAGTGA
TGGGAGGTTTGTTCGTATACACTCTATACGCTGGTTACTTGGGTTGGCAATGGAGACGTG
TGCGTACCATCCAAAGCGAGATCAACGAGCTCAAGAAGCAGGTTAAGCCGACTCCTGTTT
CTCCCGACGGATCCACGGTCGTTGACCCTCCTTCTGCGACTGAGCTTGAGATCCGACGGT
TGACGGAAGAGAGGAAAGAGTTGATCAAAGGGTCTTACAGAGACAAACACTTTGACGCGG
GCTCTGTTTTGTTAGGGTTTGGTGTTTTGGAAGCTGTGTTTGGTGGTCTTAATACTTATC
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ATCTACACATTGCGTTGAACGGTCTCAATGTTCTTCTTTTCATTTGGCAAATCCCAACAG
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TTTTTGTTTTTGTAAATGCTGAATTGTAAAAATTCGTGAGTGGATGCCGATACGATATAT
GGTTCAACAACATTCTTCGCCATGTGTTTTTCAGAGTATTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A251TF U 1
AF RR1A251JQ C 224
BS 1 776 RR1A251TF
BS 777 1064 RR1A251JQ

RD RR1A251TF 776 0 0
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QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1A251JQ 841 0 0
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TGGTCTTAATACTTATCTTCGTACCGGTAAACTCTTCCCTGGTCCTCATCTTTACGCTGG
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GAATGAGACGGCGAGGAATCTACACATTGCGTTGAACGGTCTCAATGTTCTTCTTTTCAT
TTGGCAAATCCCAACAGGTTTTGATATCGCACTTAAGGTCTTTGAGTTCACGAAATGGCC
TTAAACCCTTCACTCCTTGTTTGTGGTCTCTTTCGCTTTTGTTTTTTTTTTCTTTGTCTT
TACAGTTCTATGTAGTTGTTGGACTTGTAATATGAGTCTTGACTCTATATATAAGCAAAG
TCTTCTGCAACTTTTTGTTTTTGTTTTTGTAAATGCTGAATTGTAAAAATTCGTGAGTGG
ATGCCGATACGATATATGGTTCAACAACATTCTTCGCCATGTGTTTTTCAGAGTATTAAT
T

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

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ATTTCTCATAGTAGGAAGTAGCTAACTTTCTTTTGATGCATGGATGGATGATAGCTACAA
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GTGCAATCCGACCCTTTGGAGCTGAGGATAACTGAGATGCAACACCAACACCAATCTCAT
CGAGCACCTGGTTAGTGAGATCTTCAGTTTCTTCTTCAGCTTCATCTTTGTCAAGTGTTT
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ACCTAACAAGTTGTCGAGCTAAGATCTTTGTGGCAGCCTCATTTCCAGTCTTAGCTGTTT
TCTTGATTTCTGCTACAAGCCTCTTCTCCTCCATTTGAAGAGATGTAATCTCGCGCTCAA
TACCTCGTGTAGCCACAGCCATTTCTCTCTTGCTGGTGCGGAGAGCATCTTTGGGAGTTG
TCTTCTTCTTGAAAATGTTCATTGGCTATTGGAATAATCCTTAATCCTTGGCGACAAAAC
CCTC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1A768JQ U 3
AF RR1A768TF C 1
BS 1 2 RR1A768TF
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RD RR1A768JQ 581 0 0
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TTCTCATAGTAGGAAGTAGCTAACTTTCTTTTGATGCATGGATGGATGATAGCTACAAAA
TAGAAAGTTTCATGTCTCTCAGATACGTCGAAGTGAAGCCAATCTCCTCTCTAGATCATC
CACTTCAGTAGATCCTTCGTCATTCTTGTTGCTGACTGTAGTGGGAGCGGCGGCTTTTGT
GCAATCCGACCCTTTGGAGCTGAGGATAACTGAGATGCAACACCAACACCAATCTCATCG
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TCAATTGCCTCTGACATCATCTCTATCGTCATGTCAAGTTGTGCAGACTGCTTCTGGAAC
TCCTTGATCACTTTAGCTTGTTTCGTTGGTGCCATTTGCTTGTTCATCGCAACCATAGCT
GTGGTTGCGCCTTTCATTCCTGATGAAATTGAGGTGCTTGCATACAACGCCTGTGTATGG
GTGGTTACACCACGAATTTGAGCACGGCTTCCCTGCAGATT

QA 1 581 1 581
DS 

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ATTTCTCATAGTAGGAAGTAGCTAACTTTCTTTTGATGCATGGATGGATGATAGCTACAA
AATAGAAAGTTTCATGTCTCTCAGATACGTCGAAGTGAAGCCAATCTCCTCTCTAGATCA
TCCACTTCAGTAGATCTTTCGTCATTCTTGTTGCTGACTGTAGTGGGAGCGGCGGCTTTT
GTGCAATCCGACCCTTTGGAGCTGAGGATAACTGAGATGCAACACCAACACCAATCTCAT
CGAGCACCTGGTTAGTGAGATCTTCAGTTTCTTCTTCAGCTTCATCTTTGTCAAGTGTTT
CATCAATTGCCTCTGACATCATCTCTATCGTCATGTCAAGTTGTGCAGACTGCTTCTGGA
ACTCCTTGATCACTTTAGCTTGTTTCGTTGGTGCCATTTGCTTGTTCATCGCAACCATAG
CTGTGGTTGCGCCTTTCATTCCTGATGAGATTGAGGTGCTTGCATACAACGCCTGTGTAT
GGGTGGTTACACCACGAATTTGAGCACGGCTTCCCTGCAGATTAGTGATCTGTTGCCTCA
ACCTAACAAGTTGTCGAGCTAAGATCTTTGTGGCAGCCTCATTTCCAGTCTTAGCTGTTT
TCTTGATTTCTGCTACAAGCCTCTTCTCCTCCATTTGAAGAGATGTAATCTCGCGCTCAA
TACCTCGTGTAGCCACAGCCATTTCTCTCTTGCTGGTGCGGAGAGCATCTTTGGGAGTTG
TCTTCTTCTTGAAAATGTTCATTGGCTATTGGAATAATCCTTAATCCTTGGCGACAAAAC
CCTC

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 2

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TTGTTTTGTACTAGTAGATAAAACAGAGGCAAACATGCATTGTTATATACATGTATGTAC
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ATAAAATTACTATCCACGTG


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AF RR1F765TF U 1
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BS 191 320 RR1F765JQ

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ATGAACAAGGAAAAACTGGACAAAGCTTTACTCTGCACATTGTTCTATTCTTATGTGTGT
TTGTTTTGTA

QA 1 190 1 190
DS 

RD RR1F765JQ 320 0 0
GGACCGGCCACCATTCAACATCTTTACCTCTTTTCCACCGTTTTATAGATCTCTTCATAA
TCAGAGATCGGGCAAAAAAAAGTAATAATCTTCAGTGACAATATCGTTACGGCGGCGGTG
ATGAACAAGGAAAAACTGGACAAAGCTTTACTCTGCACATTGTTCTATTCTTATGTGTGT
TTGTTTTGTACTAGTAGATAAAACAGAGGCAAACATGCATTGTTATATACATGTATGTAC
CTTAAACTTTGGCATGTTGTCATGTTCACCACCATTATAAATGTATTCACAAGATGTGCA
ATAAAATTACTATCCACGTG

QA 1 320 1 320
DS 



AS 1 2

CO CL7922Contig1 1412 2 4 U
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CCATCCAAATCCAGCACCGTCCAGTTTCGCCGCCGTGTTTTCCGGAGTTCAGCTCCCGGA
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CCGACGGCAGTTCAGCTCTTGAGCAACCCGCTTGCTATCCTTGCTCTTGTTCCCAAAGAC
GCCGCCATCTTTGCCGCCGGTGCTATTGCCGGAGCCGCCGCTAAAACGGTTACGGCTCCA
CTTGACCGTATCAAGCTTCTTATGCAGACACATGGTATACGAATTGGACATCAGAGTGCA
AAGAAGGCAATAGGTTTTGTCGAGGCAATTACTCTGATAGGCAAAGAAGAAGGGATGAAA
GGTTACTGGAAGGGAAACTTGCCTCAGGTGATAAGAGTATTGCCTTACAGTGCGGTCCAG
CTTTTGGCTTACGAGACCTACAAGAAATTATTCAAAGGTACAGATGATAAGCTCTCAGTG
ATTGGAAGACTTGCAGCTGGTGCTTGTGCTGGCATGACATCTACCTTGTTGGCATACCCA
CTAGATGTTTTGAGACTGAGATTGGCAGTCGAACCTGGGTACAGAACAATGTCTCAGGTT
GCTTTGAGTATGCTCAGGGAAGAAGGGCTTGCATCTTTCTATTACGGCCTTGGACCTTCT
CTTGTAGGAATAGCTCCATATATTGCTGTTAACTTTTGTATCTTCGATCTAGTGAAGAAG
TCTTTACCGGAGGAATATAGACAAAAGGCACAATCGTCTCTATTCACAGCTGTTCTTTCG
GCTGGTATTGCAACACTAACATGTTACCCTCTCGACACTGTGAGACACCAAATGCAAATG
AGAGGAACTCCATACAAATCTATCCCTGAAGCATTTGCTGGAATCATAGACCGTGATGGG
CTTATAGGCTTGTACCGCGGTTTTTTACCCAATGCATTGAAAACTCTACCAAACAGCAGC
ATTAGGCTTACAACATTTGATATGGTGAAACGCCTTATCGCCACAAGTGAGAAGCAGCTT
CAGAAGATCACCGATGATAATCGGAATCGAGACCAAACTTGACCAACCATTTTCTTGACT
TTTGTTGGAACATGAAAGTTTTGGAGCCGCTAAAATATTTTTCGCTGAGAGCGACTAGTT
TTACATTGTATTTTGGCTTGTTTTTTTTTTTCACTTTTTTAGTTCATGTTTGGACCTACA
GTTATACTTCTGCTTCTGGACGTGTTTCGTTGGAACAAAACTCAGAACTGTTTCGCTTTC
TTAGAAGGAAAAAAAACACCATTTCCTGATCC


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AF RR1BO21TF U 1
AF RR1BO21JQ C 652
BS 1 717 RR1BO21TF
BS 718 718 RR1BO21JQ
BS 719 764 RR1BO21TF
BS 765 1412 RR1BO21JQ

RD RR1BO21TF 764 0 0
GGACCTTTAGCCTTATCTCTTTCCCTCTTAACAAGTTTCTACACCATGGGGGACGAAGAC
AGAGCTATTCTCACATTTCACCGTATACCTTCCCTAAACTCCTCCATACTCACCTCTTCT
CCATCCAAATCCAGCACCGTCCAGTTTCGCCGCCGTGTTTTCCGGAGTTCAGCTCCCGGA
GATGTCGGTTTCGGGAGTAAATTCGCCTGCATTACCATGGCCGAGCAGAGGGAGTTCACT
CCGACGGCAGTTCAGCTCTTGAGCAACCCGCTTGCTATCCTTGCTCTTGTTCCCAAAGAC
GCCGCCATCTTTGCCGCCGGTGCTATTGCCGGAGCCGCCGCTAAAACGGTTACGGCTCCA
CTTGACCGTATCAAGCTTCTTATGCAGACACATGGTATACGAATTGGACATCAGAGTGCA
AAGAAGGCAATAGGTTTTGTCGAGGCAATTACTCTGATAGGCAAAGAAGAAGGGATGAAA
GGTTACTGGAAGGGAAACTTGCCTCAGGTGATAAGAGTATTGCCTTACAGTGCGGTCCAG
CTTTTGGCTTACGAGACCTACAAGAAATTATTCAAAGGTACAGATGATAAGCTCTCAGTG
ATTGGAAGACTTGCAGCTGGTGCTTGTGCTGGCATGACATCTACCTTGTTGGCATACCCA
CTAGATGTTTTGAGACTGAGATTGGCAGTCGAACCTGGGTACAGAACAATGTCTCAG*TT
GCTTTGAGTATGCTCAGGGAAGAAGGGCTTGCATCTTTCTATTA

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1BO21JQ 761 0 0
GCATACCCACTAGATGTTTTGAGACTGAGATTGGCAGTCGAACCTGGGTACAGAACAATG
TCTCAGGTTGCTTTGAGTATGCTCAGGGAAGAAGGGCTTGCATCTTTCTATTACGGCCTT
GGACCTTCTCTTGTAGGAATAGCTCCATATATTGCTGTTAACTTTTGTATCTTCGATCTA
GTGAAGAAGTCTTTACCGGAGGAATATAGACAAAAGGCACAATCGTCTCTATTCACAGCT
GTTCTTTCGGCTGGTATTGCAACACTAACATGTTACCCTCTCGACACTGTGAGACACCAA
ATGCAAATGAGAGGAACTCCATACAAATCTATCCCTGAAGCATTTGCTGGAATCATAGAC
CGTGATGGGCTTATAGGCTTGTACCGCGGTTTTTTACCCAATGCATTGAAAACTCTACCA
AACAGCAGCATTAGGCTTACAACATTTGATATGGTGAAACGCCTTATCGCCACAAGTGAG
AAGCAGCTTCAGAAGATCACCGATGATAATCGGAATCGAGACCAAACTTGACCAACCATT
TTCTTGACTTTTGTTGGAACATGAAAGTTTTGGAGCCGCTAAAATATTTTTCGCTGAGAG
CGACTAGTTTTACATTGTATTTTGGCTTGTTTTTTTTTTTCACTTTTTTAGTTCATGTTT
GGACCTACAGTTATACTTCTGCTTCTGGACGTGTTTCGTTGGAACAAAACTCAGAACTGT
TTCGCTTTCTTAGAAGGAAAAAAAACACCATTTCCTGATCC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL7923Contig1 980 2 2 U
GGAACAGCCCCGAGAAGGCGCAGGCTCTTGAACAGCAGTTTCAGCAGGAGGTCTCTATGC
TCTCGTTTCTGAAACACCCCAACATCGTCAGGTTCATCGGCGCGTGCGTTAAGCCGATGG
TGTGGTGCATCGTGACTGAGTATGCGAAAGGAGGTTCGGTGAGACAGTTTTTGACTAAGA
GGCAGAACCGAGCTGTGCCTTTGAAGCTGGCTGTTAAGCAGGCGCTTGATGTTGCCAGAG
GCGTGGCTTACGTCCATGAGCGCAACTTTATACACAGGGACTTGAAGTCGGATAACCTCC
TCATATCAGCTGATCGGTCCATCAAGATTGCTGATTTTGGTGTTGCGAGAATCGAAGTTC
AGACCGAAGGGATGACACCTGAAACTGGGACTTACAGATGGATGGCCCCAGAGATGATCC
AGCATAGACCCTACACTCAAAAGGTGGACGTCTATAGTTTTGGGATCGTGCTGTGGGAGC
TGATAACTGGTCTGTTACCGTTCCAGAACATGACAGCGGTTCAAGCTGCATTTGCGGTGG
TGAACAGAGGAGTTCGTCCAACGGTCCCTGCTGATTGTCTCCCTGTGCTTGGCGAGATCA
TGACGCGTTGCTGGGATGCGAACCCTGAGGTCCGTCCTTGTTTTGCAGAGGTTGTCAACC
TTCTTGAGGCGGCTGAAACCGAGATAATGACGACTGCTAGAAAAGCGCGGTTCAGATGTT
GCATGACGCAACCAATGACAATCGACTAGTCTTTTGTGATGAAGAAAAAGAGAAATAATA
ACAAAGAAGAGAACAGAGAAAGAGAGAAGAAAAGCTTTAGATATATGTAAAGTTTGTGTG
TATGGGATAATATAATATCCGTTTGTATCTCTTTTCCCAAGATAGGAGAAGTAACCCAAC
CATTTTAGACTACTGATTTTCTAGTTTTTGTATGCAAAAACATGTACTGTGACTTGTCTC
AAGTGTTTGGTTTAGTTTCC


BQ
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AF RR1CV35TF U 1
AF RR1CV35JQ C 215
BS 1 769 RR1CV35TF
BS 770 980 RR1CV35JQ

RD RR1CV35TF 769 0 0
GGAACAGCCCCGAGAAGGCGCAGGCTCTTGAACAGCAGTTTCAGCAGGAGGTCTCTATGC
TCTCGTTTCTGAAACACCCCAACATCGTCAGGTTCATCGGCGCGTGCGTTAAGCCGATGG
TGTGGTGCATCGTGACTGAGTATGCGAAAGGAGGTTCGGTGAGACAGTTTTTGACTAAGA
GGCAGAACCGAGCTGTGCCTTTGAAGCTGGCTGTTAAGCAGGCGCTTGATGTTGCCAGAG
GCGTGGCTTACGTCCATGAGCGCAACTTTATACACAGGGACTTGAAGTCGGATAACCTCC
TCATATCAGCTGATCGGTCCATCAAGATTGCTGATTTTGGTGTTGCGAGAATCGAAGTTC
AGACCGAAGGGATGACACCTGAAACTGGGACTTACAGATGGATGGCCCCAGAGATGATCC
AGCATAGACCCTACACTCAAAAGGTGGACGTCTATAGTTTTGGGATCGTGCTGTGGGAGC
TGATAACTGGTCTGTTACCGTTCCAGAACATGACAGCGGTTCAAGCTGCATTTGCGGTGG
TGAACAGAGGAGTTCGTCCAACGGTCCCTGCTGATTGTCTCCCTGTGCTTGGCGAGATCA
TGACGCGTTGCTGGGATGCGAACCCTGAGGTCCGTCCTTGTTTTGCAGAGGTTGTCAACC
TTCTTGAGGCGGCTGAAACCGAGATAATGACGACTGCTAGAAAAGCGCGGTTCAGATGTT
GCATGACGCAACCAATGACAATCGACTAGTCTTTTGTGATGAAGAAAAA

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1CV35JQ 766 0 0
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CAGGGACTTGAAGTCGGATAACCTCCTCATATCAGCTGATCGGTCCATCAAGATTGCTGA
TTTTGGTGTTGCGAGAATCGAAGTTCAGACCGAAGGGATGACACCTGAAACTGGGACTTA
CAGATGGATGGCCCCAGAGATGATCCAGCATAGACCCTACACTCAAAAGGTGGACGTCTA
TAGTTTTGGGATCGTGCTGTGGGAGCTGATAACTGGTCTGTTACCGTTCCAGAACATGAC
AGCGGTTCAAGCTGCATTTGCGGTGGTGAACAGAGGAGTTCGTCCAACGGTCCCTGCTGA
TTGTCTCCCTGTGCTTGGCGAGATCATGACGCGTTGCTGGGATGCGAACCCTGAGGTCCG
TCCTTGTTTTGCAGAGGTTGTCAACCTTCTTGAGGCGGCTGAAACCGAGATAATGACGAC
TGCTAGAAAAGCGCGGTTCAGATGTTGCATGACGCAACCAATGACAATCGACTAGTCTTT
TGTGATGAAGAAAAAGAGAAATAATAACAAAGAAGAGAACAGAGAAAGAGAGAAGAAAAG
CTTTAGATATATGTAAAGTTTGTGTGTATGGGATAATATAATATCCGTTTGTATCTCTTT
TCCCAAGATAGGAGAAGTAACCCAACCATTTTAGACTACTGATTTTCTAGTTTTTGTATG
CAAAAACATGTACTGTGACTTGTCTCAAGTGTTTGGTTTAGTTTCC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7925Contig1 878 2 2 U
GGAGACCATCAACAGTCTTTATACCTTCCTTGTCCTCTCTCTCTCTTTTTTTGTTGTCTT
CTTCTTTTTAACTTCCTTTTTATCTTGTTTTGGGTTCATAACCCAGCATTTGCCTTCACT
CTTCAGGTCAGAGGCCAAAAAAGAAAAAGGTGCAAGTCAAAGCTTGTTCTGCCAGAGAAA
AACTCACATATGAATAACCAAGGAAGTCAGAACGTTGCAACTTGCAAGCCCGTCACAACG
TTCGTCCATACTGACACCAACACTTTCAGAGAAATCGTGCAGCGCTTGATAGGTCCAACA
GAGAACAACAACGTAGCAGCAGTAACAGTACCAGTACCAGAAGCAACAACAACGATAAAA
ACCGCCACACAGAAGAAGCCGACTTCTAAGCTCCATGAGAGAAGGCAATGCATGATGAGG
CCAAAGCTCGAAATTGTCAAACCTCCTCTGAGCTTTAAGCCCACTGGTACAACACCATCA
TCTAAATCTGGTAATACCAACCTTTTAACAAGTCCAGTGGGTACCCCTTCTACATTGCTC
TCTAACCTGTCCTTGATAGAAGGAGGAGATAAAGCGGACCAAGATAGTTGTACAACAAAC
ACCGGAGAAGAAGAAGAGAAAGCCATTAAAGAAAGACGTTTCTACTTGCATCCGTCGCCA
AGGGCTAAACCAGGGTATACAGAACCAGAGTTGCTTACTTTGTTCCCTTTAACATCTCCC
AGTTCCAGTGGCAGATCATAAAAAATCCACAAGAGTAATCCTAAGCTTGTTCTCTACCTT
ACTATCCCAAAGGCCATGTACATGTAACATTATCTCAATCAATATTTGTCTCTGTAACGT
TTCTGCAATGTGCTTTTCAGTAGAGATCATTATCATCT


BQ
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AF RR1CW93TF U 1
AF RR1CW93JQ C 484
BS 1 702 RR1CW93TF
BS 703 878 RR1CW93JQ

RD RR1CW93TF 702 0 0
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CTTCTTTTTAACTTCCTTTTTATCTTGTTTTGGGTTCATAACCCAGCATTTGCCTTCACT
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AACTCACATATGAATAACCAAGGAAGTCAGAACGTTGCAACTTGCAAGCCCGTCACAACG
TTCGTCCATACTGACACCAACACTTTCAGAGAAATCGTGCAGCGCTTGATAGGTCCAACA
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ACCGCCACACAGAAGAAGCCGACTTCTAAGCTCCATGAGAGAAGGCAATGCATGATGAGG
CCAAAGCTCGAAATTGTCAAACCTCCTCTGAGCTTTAAGCCCACTGGTACAACACCATCA
TCTAAATCTGGTAATACCAACCTTTTAACAAGTCCAGTGGGTACCCCTTCTACATTGCTC
TCTAACCTGTCCTTGATAGAAGGAGGAGATAAAGCGGACCAAGATAGTTGTACAACAAAC
ACCGGAGAAGAAGAAGAGAAAGCCATTAAAGAAAGACGTTTCTACTTGCATCCGTCGCCA
AGGGCTAAACCAGGGTATACAGAACCAGAGTTGCTTACTTTG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1CW93JQ 395 0 0
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AACCTGTCCTTGATAGAAGGAGGAGATAAAGCGGACCAAGATAGTTGTACAACAAACACC
GGAGAAGAAGAAGAGAAAGCCATTAAAGAAAGACGTTTCTACTTGCATCCGTCGCCAAGG
GCTAAACCAGGGTATACAGAACCAGAGTTGCTTACTTTGTTCCCTTTAACATCTCCCAGT
TCCAGTGGCAGATCATAAAAAATCCACAAGAGTAATCCTAAGCTTGTTCTCTACCTTACT
ATCCCAAAGGCCATGTACATGTAACATTATCTCAATCAATATTTGTCTCTGTAACGTTTC
TGCAATGTGCTTTTCAGTAGAGATCATTATCATCT

QA 1 395 1 395
DS 



AS 1 2

CO CL7926Contig1 734 2 2 U
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GAACAAGCTCACGAAGCTGAGTGGTATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTCTGGCTCAACAT
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TTTCGAGATCGAGGAGTTTCTGGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGGTTTGAGTGCGAGAA
ATTGAGTTCCGACAAGTTTGACAGAAGTTTCCCTTTTGTCTCTTCGTCGTGAAATAGACA
AAAAGGAATCTTTGATGAGTGTTTCATCTTCTAAAAAGATTGAATCTTTAGTTGTCGGAA
TAATGATATGATTATTGTATCTGTGTTATTGTCATTGGTTGAGAGATCCATCAAGTTTTA
TGTATTGTTTCAATCAATCTGGTTATGTTAGGATTCATAAAGTTTATGTTAATGTTTCAA
TCAATCTGGTTATG


BQ
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AF RR1DD77TF U 1
AF RR1AZ42TF U 140
BS 1 674 RR1DD77TF
BS 675 734 RR1AZ42TF

RD RR1DD77TF 674 0 0
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CGCCGCCTTCCTCTTCCTCTCCATCGCCACCGCCACAGCCGAATCAGACTCTCCGACGGC
GTACTCCCTCCTCCAGAGCTACAACTTCCCCGTCGGAATCCTCCCAAAAGGAGTCGTCGC
CTACGATCTCGACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTT
CTCCCTCGTGGGGTCTTACCAGTTGAACTACAAATCGACGATCAGCGGCTACATCTCCGA
GAACAAGCTCACGAAGCTGAGTGGTATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTCTGGCTCAACAT
CGTCGAGGTCGTTAGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTTTCCGTCGGGATCACGTCGGCGAA
TTTCGAGATCGAGGAGTTTCTGGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGGTTTGAGTGCGAGAA
ATTGAGTTCCGACAAGTTTGACAGAAGTTTCCCTTTTGTCTCTTCGTCGTGAAATAGACA
AAAAGGAATCTTTGATGAGTGTTTCATCTTCTAAAAAGATTGAATCTTTAGTTGTCGGAA
TAATGATATGATTATTGTATCTGTGTTATTGTCATTGGTTGAGAGATCCATCAAGTTTTA
TGTATTGTTTCAAT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1AZ42TF 595 0 0
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ACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTTCTCCCTCGTGGGGTCTTAC
CAGTTGAACTACAAATCGACGATCAGCGGCTACATCTCCGAGAACAAGCTCGCGAAGCTG
AGTGGTATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTCTGGCTCAACATCGTCGAGGTCGTTAGGAAA
GGAGACGAGATGGCGTTTTCCGTCGGGATCACGTCGGCGAATTTCGAGATCGAGGAGTTT
CTGGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGGTTTGAGTGCGAGAAATTGAGTTCCGACAAGTTT
GACAGAAGTTTCCCTTTTGTCTCTTCGTCGTGAAATAGACAAAAAGGAATCTTTGATGAG
TGTTTCATCTTCTGAAAAGATTGAATCTTTAGTTGTCGGAATAATGATATGATTATTGTA
TCTGTGTTATTGTCATTGGTTGAGAGATCCATCAAGTTTTATGTATTGTTTCAATCAATC
TGGTTATGTTAGGATTCATAAAGTTTATGTTAATGTTTCAATCAATCTGGTTATG

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL7927Contig1 883 2 15 U
TACATGACACTTAAGTTATGGGACATCAACATGGATTCAGGTCCGGTATCAACTTTCCAG
GTTCATGAATATCTGAAACCAAAGCTTTGTGATTTATATGAAAATGATTCCATCTTTGAC
AAGTTCGAGTGTTGCATAAGTGGCAATGGATTGCGAGCAGCTACAGGTTCTTACAGCAAT
CTGTTCCGTGTGTTTGGTGTTTCTCCGGGAAGTAGTGAGACTGCAACGTTGGAAGCAAGC
AGAAATCCGATGAGGAGACATGTCCCAGTTCCCTCAAGGCCATCCAAACTAGGCAGTATA
CTAGGTAGAGGAGGATCAGAGAGTACTGCTGGAGTCGATGGGAATAGCAGCAATGCTCTT
GATTACACAACGAAGTTGCTGCATCTTGCTTGGCATCCAAATGAGAACTTGATTGCTTGC
GCTGCTGGAAATAGCTTGTACATGTACTGTGCTTAACCATCCCCCCATACTCAAAAGAAG
AAGCTAAAAAGGGGCATTTTCTCTGCTTCTGGACTCTGTTTTTCATGGTTCCTTGGTGGG
GATTGCTATCATCATCATCATCATCATCATCATCATTAAGCTCTGTAATCGTCATGTTGG
GAGTTCTGGAAAAGCAAGCAGTGAAAACTCAATTACTTTTATCTATTTTGAAGTGTAGAA
TTCACCTGGAAACAACTTTTTACAGGCCAAGAAAAAGATAATCCGATTGGAAAAAATCGT
GATTTTAGTAAAATGCTAATCTCATATGACTTTTGGATTGGATATAGATTTATATCCTTT
TACAATCTTTTCTTGGTCTTGTGTAATCATTTGTTTTATTGATTCTTTTGTTGAACTTGT
TTTAGTTTGTTGACTTACCTAAAATAATACCATTTTATTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B455TF U 204
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BS 779 799 RR1B455TF
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TCTTGCTTGGCATCCAAATGAGAACTTGATTGCTTGCGCTGCTGGAAATAGCTTGTACAT
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TCATCATCATCATTAAGCTCTGTAATCGTCATGTTGGGAGTTCTGGAAAAGCAAGCAGTG
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ATATGACTTT*GGAT*GGATATAGATTTATATC**TTTACAATCTTTTCTTGGTCT
GTGTAA

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GATTACACAACGAAGTTGCTGCATCTTGCTTGGCATCCAAATGAGAACTTGATTGCTTGC
GCTGCTGGAAATAGCTTGTACATGTACTGTGCTTAACCATCCCCC*ATACTCAAAAGAAG
AAGCTAAAAAGGGGCATTTTTTCTGCTTCTGGACTCTGTTTTTCATGGTTCCTTG*TGGG
GATTGCTATCATCATCATCATCATCATCATCATCATTAAGCTCTGTAATCGTCATGTTGG
GAGTTCTGGAAAAGCAAGCAGTGAAAACTCAATTACTTTTATCTATTTTGAAGTGTAGAA
TTCACCTGGAAACAACTTTTTACAGGCCAAGAAAAAGATAATCCGATTGGAAAAAATCGT
GATTTTAGTAAAATGCTAATCTCATATGACTTTTGGATTGGATATAGATTTATATTCTTT
TACAATCTTTTCTTGGTCTTGTGTAATCATTTGTTTTATTGATTCTTTTGTTGAACTTGT
TTTAGTTTGTTGACTTACCTAAAATAATACCATTTTATTTACC

QA 1 883 1 883
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV37TF U 1
AF RR1DV37JQ C 46
BS 1 589 RR1DV37TF
BS 590 613 RR1DV37JQ

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GGTGGATATGTTGATCTCATCGGTTGCAAAGGCCGAGGCAGACAACATGTCTGTGGATGA
ATCATCTTCTTTTGTTCGTGGTCCTACTATTCGTTTTGTTCGTGGTCGTGGTCCTACTAG
TCTTAACGTTGGTGGTCGTTTTTCCGGTGGTCGTAGTGGCGGCCTTGGTCATTGTAGAGG
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TTTTTCCTCACAAGTTTGTCAGGTTTAATCGAATTTATTCAAATAGCTT

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GTTGAAAGGATTGGTTGATCGTCTTGAGAAGATGGAAGAGAAGGTGGATTGTCGTTTTCG
GGAAATGGAAGAAAAGGTGGATATGTTGATCTCATCGGTTGCAAAGGCCGAGGCAGACAA
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TCGTGGTCCTACTAGTCTTAACGTTGGTGGTCGTTTTTCCGGTGGTCGTAGTGGCGGCCT
TGGTCATTGTAGAGGCTGTTGAGGCTTTTGGTGGCGGAGGAAGATGAGACTTGGAAAGCT
CTTTGGTGTTGTTAGCTTTGTGATACAATGCAATATTTCTTTTATTTTAATAGTAATCAA
CAGGCATGAGCTTTGTTTTTCCTCACAAGTTTGTCAGGTTTAATCGAATTTATTCAAATA
GCTTCAGAATTAAATCGAATTTCTTTAG

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL7929Contig1 675 2 2 U
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AGAAGCACGAACAGCAAGGGTTTGTTTTGCTCAATTCTCCAACATTACCTCCTTTTCTTT
GTTTTTGTAATTCCCATACTAAGTTTGTAAGAAGGTGATTATTATTTACAATGGATTCAA
GGGTAATCTAACTCC


BQ
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AF RR1GA95TF U 1
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BS 556 675 RR1GA95JQ

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ACACTCTGAGATTAGCGTTTCTTCTGCTGGGTCTCTGTCTCACTTTCATGCTCTCCATAG
CTTCCACCAGTGGCCAATCCATGTTACTTGTTCACGTTGGCTTCCTCATTCTAATCGCAT
CTTCTCTCTTTGTCCTCCTCAATTGGTTTCTTGCTCAGACAGGGTTAGTACCAGTTGAGA
CACAGATGCAGGAGTTGAACTTGGCACCTACCACTGATAAAAGCAATTGATCAAGGACGG
CGCTATGTTTTTTAGTTGCTCAGGCGTAGTAGACACAAAGTAACAGTTCAATACCAAGGA
TTTGATTTTTGGTGCAACCAGAAAAATCCAGTTTCTGTTGGAAGTATACAATCAGCTTTT
GCTTTCCTCAAACTCTTTTCTTGTTTTATTTTCTTTCTTTGTCTTAATGGAGGATGCAGA
AGAAGCACGAACAGC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1GA95JQ 527 0 0
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TGTTCACGTTGGCTTCCTCATTCTAATCGCATCTTCTCTCTTTGTCCTCCTCAATTGGTT
TCTTGCTCAGACAGGGTTAGTACCAGTTGAGACACAGATGCAGGAGTTGAACTTGGCACC
TACCACTGATAAAAGCAATTGATCAAGGACGGCGCTATGTTTTTTAGTTGCTCAGGCGTA
GTAGACACAAAGTAACAGTTCAATACCAAGGATTTGATTTTTGGTGCAACCAGAAAAATC
CAGTTTCTGTTGGAAGTATACAATCAGCTTTTGCTTTCCTCAAACTCTTTTCTTGTTTTA
TTTTCTTTCTTTGTCTTAATGGAGGATGCAGAAGAAGCACGAACAGCAAGGGTTTGTTTT
GCTCAATTCTCCAACATTACCTCCTTTTCTTTGTTTTTGTAATTCCCATACTAAGTTTGT
AAGAAGGTGATTATTATTTACAATGGATTCAAGGGTAATCTAACTCC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

CO CL7930Contig1 1080 2 2 U
GGACCATCACCCACACACACAACTCAAATCAGCTTAGGAAAATGAGGTTTTTTCCTTCGT
TCTCTTGCAGTGTCATGGGAGCCCTAGTATTGGGTTGCCTTCTGCTTCAAGCATCAAACT
CTGACGCTCAACCATTAACGCCTGATTTCTATTCCAGAACATGCCCGGGTGTCTTCGATA
TCATTTGGAGGACCATCGTCGCTGAATTACGCTCCGATCCTCGTATTGCCGCTAATTCGG
CTAGAGGGTTTGACGTCATAGATAGAATGAAAACCGAGATTGAGATTGCGTGCCCAAGAA
CAGTTTCTTGTGCAGATGTTCTTACCATCGCTTCTCAAATATCAGTGATTTTGTCAGGAG
GTCCAGGGTGGCCGGTTCCATTGGGAAGGAGAGACAGCTTACGAGCTTTCTTCGATCTGG
CTAATACAGCTCTTCCTTCTCCATTTTTCACACTTGCTCAACTTAATGCAAGTTTTGCTG
CGGTTGGTCTAAACCGCCCCTCCGATCTAGTCGCTCTTTCTGGTGGTCACACATTTGGAA
AAGCACAATGTCAATTTGTGACACCTCGTCTCTACAACTTCAATGGTACCAATAGACCTG
ACCCTAGTCTCAACCCAACTTACCTCACCCAACTCCGTGGATTGTGCCCTCAAAACGGAA
TCGGCACTGTTTTGGTCAACTTCGACCCTGTGACTCCAGGTGGTTTCGATAACCAGTACT
ACACCAATCTTCGTAACGGGAGAGGACTGATTCAGAGCGATCAGGATCTGTTTTCAACCC
CACGAGCATTTACGATTCCACTAGTGGAGCAATACAGCAACAACAGGCTCGTGTTCTTTC
AAGCATTCGCCGAAGCAATGATTCGGATGGGAAATCTCAAACCTTTGACTGGAACTCAAG
GCGAGATAAGACGGAATTGTAGGGTTGTAAACTCAAGGATCAGGAGTGTGGAGAATGAGG
ATGATGGTGTTGTGAGTTCGATTTGATCATGCTGGGGATATGAATATGTAAGAAAATATA
AAAATGAGTGGGGAACAATATATGTATTTCGACTAAATAAATGTTCACACTAGTTATGAG


BQ
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AF RR1AX41TF U 1
AF RR1AX41JQ C 254
BS 1 760 RR1AX41TF
BS 761 1080 RR1AX41JQ

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CTAGAGGGTTTGACGTCATAGATAGAATGAAAACCGAGATTGAGATTGCGTGCCCAAGAA
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GTCCAGGGTGGCCGGTTCCATTGGGAAGGAGAGACAGCTTACGAGCTTTCTTCGATCTGG
CTAATACAGCTCTTCCTTCTCCATTTTTCACACTTGCTCAACTTAATGCAAGTTTTGCTG
CGGTTGGTCTAAACCGCCCCTCCGATCTAGTCGCTCTTTCTGGTGGTCACACATTTGGAA
AAGCACAATGTCAATTTGTGACACCTCGTCTCTACAACTTCAATGGTACCAATAGACCTG
ACCCTAGTCTCAACCCAACTTACCTCACCCAACTCCGTGGATTGTGCCCTCAAAACGGAA
TCGGCACTGTTTTGGTCAACTTCGACCCTGTGACTCCAGGTGGTTTCGATAACCAGTACT
ACACCAATCTTCGTAACGGGAGAGGACTGATTCAGAGCGA

QA 1 760 1 760
DS 

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TCCTTCTCCATTTTTCACACTTGCTCAACTTAATGCAAGTTTTGCTGCGGTTGGTCTAAA
CCGCCCCTCCGATCTAGTCGCTCTTTCTGGTGGTCACACATTTGGAAAAGCACAATGTCA
ATTTGTGACACCTCGTCTCTACAACTTCAATGGTACCAATAGACCTGACCCTAGTCTCAA
CCCAACTTACCTCACCCAACTCCGTGGATTGTGCCCTCAAAACGGAATCGGCACTGTTTT
GGTCAACTTCGACCCTGTGACTCCAGGTGGTTTCGATAACCAGTACTACACCAATCTTCG
TAACGGGAGAGGACTGATTCAGAGCGATCAGGATCTGTTTTCAACCCCACGAGCATTTAC
GATTCCACTAGTGGAGCAATACAGCAACAACAGGCTCGTGTTCTTTCAAGCATTCGCCGA
AGCAATGATTCGGATGGGAAATCTCAAACCTTTGACTGGAACTCAAGGCGAGATAAGACG
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GAGTTCGATTTGATCATGCTGGGGATATGAATATGTAAGAAAATATAAAAATGAGTGGGG
AACAATATATGTATTTCGACTAAATAAATGTTCACACTAGTTATGAG

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

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AGTTTCTCTCCCTCCAGAGATTCTAGTTGTTTGCTAGTTACAAAATCTAACAATCGTTTT
ATATTCTCTTTGTTTCATGGGTCGTTATTTGATTCTGTGAAATAGATTTTTGACGGGTCA
AAGATGCAGAAACTGGGTGATTTCAAGCTTCCTCAATTCTTCAATTATCCTCCATACTTC
ACTTTGCAGCCAGTGAGGGACACTCGTGAGAAGCAAATACAGCTGTGGAAAGAGCTTATC
TTGGACTACTGCAAATCCCAAAAGGTTTTCTTGATCGGCGTCGAAGATGACTTCCCTCTC
TTCTCCAACTCTGCTATTGACAGAACTCTAAGCCATGAAGCAAGGGAAACCTTCCTCTCA
GCCATTGTCGGTGAAGATAAAGGACATAGGAAATGTCTGATCCTGTGGCACCGGATTCAA
GATTGGGCAGACATCATTCTTAAGTTTGTGAGAGAGAATGGATTAGAGGACAGTGTTATG
ACTGTTGAAGAAATACGTTCAGGGACTGAATCCCTTGGAACAGAACTTGAAGGGATTGAT
CGGACGATTCTAATGAGGGCCTTGAAGCTGTTAGAGAACAAGGGCAAGCTTGCATTGTTC
AAAGGAACTTCAGCCGATGATGAAGGCGTCAAGTTCTCTGTCTGATGTCTTTTTCCTTTC
CTTTTTTTTGTCAACAAGGGGGAAACAGGAAAAATGGATAAACAACTAAAACAAACTTTC
ATTCTGTTATCACAACTTTTGAGTTCTGTAGAATAAATCGCA


BQ
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AF RR1D361TF U 1
AF RR1D361JQ C 94
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BS 661 822 RR1D361JQ

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AGTTTCTCTCCCTCCAGAGATTCTAGTTGTTTGCTAGTTACAAAATCTAACAATCGTTTT
ATATTCTCTTTGTTTCATGGGTCGTTATTTGATTCTGTGAAATAGATTTTTGACGGGTCA
AAGATGCAGAAACTGGGTGATTTCAAGCTTCCTCAATTCTTCAATTATCCTCCATACTTC
ACTTTGCAGCCAGTGAGGGACACTCGTGAGAAGCAAATACAGCTGTGGAAAGAGCTTATC
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TTCTCCAACTCTGCTATTGACAGAACTCTAAGCCATGAAGCAAGGGAAACCTTCCTCTCA
GCCATTGTCGGTGAAGATAAAGGACATAGGAAATGTCTGATCCTGTGGCACCGGATTCAA
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CGGACGATTCTAATGAGGGCCTTGAAGCTGTTAGAGAACAAGGGCAAGCTTGCATTGTTC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1D361JQ 729 0 0
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ATGGATAAACAACTAAAACAAACTTTCATTCTGTTATCACAACTTTTGAGTTCTGTAGAA
TAAATCGCA

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL7932Contig1 559 2 1 U
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TTTTCTTAGGAACATGTGC


BQ
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AF RR1CE11JQ C 1
AF RR1CE11TF U 1
BS 1 559 RR1CE11TF

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TTTTCTTAGGAACATGTGC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1CE11TF 559 0 0
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CACATGGTTTCATAAAACCGTACGATTCTCCCGATCTAAATCAAGCCGGTTTTACATGAA
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AACTTAAAAAAATAGAGAAATCAGAACCAAGTCAAGATGATACGGATTAATCCTTTATTC
TTGCGCCAAAGATCTTCCTATTTCCAAAGGAACTGGAGTTACATCTCTTTTCCATTTCCA
TTCAAGAGTTCTTATGTGTTTCCACGCCCCTTTAAGACCCCGAAAAATTAACAAATTCCC
TTTTCTTAGGAACATGTGC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL7933Contig1 744 2 3 U
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AGACACAACAGCCAACTCCTCGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1H226JQ U 26
AF RR1H226TF C 1
BS 1 26 RR1H226TF
BS 27 581 RR1H226JQ
BS 582 744 RR1H226TF

RD RR1H226JQ 556 0 0
T
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AAATGAGACGTCCCTCTACGCTTCGAGTCTAGTGACCACGACTCATCTTAACTTTTGGCA
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CGTCAGTTTTGTTCCGTGCCTGGGAGCTGAGCTTGTAGCGGCCAATTAAGTCAATGTAAT
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ACTTGAAAAGCAGCA

QA 2 556 2 556
DS 

RD RR1H226TF 744 0 0
TTTTTTGCTTCAACTGTAACTCTCTCTTTTTTATTAGTGCAGTGACTAACTGAGAATAAA
GGATGTTACTTCCAGTGAACAAGAAACGAGGCCTCGGCGCAAGTGGAGGTTCATGAAAGC
AAAGAGAAAAGATCTAATCGAAAAGGCTAAAACGGGAGTGTAGAGGAATAGCTATTCCAA
TGGCAAACATGGGATTGTGCGACCTTAAATGAGACGTCCCTCTACGCTTCGAGTCTAGTG
ACCACGACTCATCTTAACTTTTGGCATTGACTTCTTCATCTGGCGTGCACGTTCCTTTGC
CTCTTTCTTCCTCAGAGCCTCACCGCTAAGCTTTGCCTCCGCCTCCTCCAGTAACCTCTT
CCTCTCGACTTTCTTTCTCTGCAATGCCTCTTGCCTCACACTCTCAAGTTCCTTGTACGC
TTCCTGCGCCACCTTTTGCCTAGCTCCGTCAGTTTTGTTCCGTGCCTGGGAGCTGAGCTT
GTAGCGGCCAATTAAGTCAATGTAATACGGAATTAGCGCTATCAAGCGGACCATATCATC
CATGTGCTTAGCATCAGGTAAGGCGAACTTGAAAAGCAGCATCTTCCTGTGTTTGCCAGG
ATGTTGGTCCGAAAAATGCATTGAAATGAAATACTTGCCAAACTTCTCGAGCGATTTGTC
ACCAAAAACCTGATCAAGAACAACATCAGTGATCATATCCCCAGCGACCTCCTTAGACTC
AGACACAACAGCCAACTCCTCGGC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL7934Contig1 686 2 2 U
GGACATCAACGCTAATCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCTGATTTGAAGAA
GTTTCTTGATTATCGATATCCCCTTAATCGTCCAAGATCATGGCAACATTTGCACCAGTT
CATGCAACTTCGTTCAAATCCATGGAATCTCGCAAGAGGAGGATTCCTTTACCGTATTTG
ATCCGACCATGTAAGAGGCAGCCTGTTTACGACACCTACGCACTCTACAACGATTTCATT
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AAGGCTGTTAGAACCTCTCTGGAGAAAGTCGATTTATCCGAAACAGCATCTGCGGGTTCG
CTGACTGATGAAGAATACGTGGTTGTCGACGATGTTGAAACTCCTAAAATTGAGAGAGCA
GGCGCGATTCAAATGATGGAACTCGCAAAAGGTGTTGAAGAGTTGGACCTCGAAGATGCA
GGATCCGGCAATGAAGATGCTGGATCCGACAGTGATGCTTGGGTGGTTGTGTAACTAACA
AGTTTATGTTTGGTTGGGGTTTTAGGATAATGGAATCAGTTTATTTCTCTGCCTCTTCTT
TTCTGGACCAGTTTGACATTTTTGTGAAGCTTTCTTTTTTATGATCAGTACATATGACAA
GATGGTTCCCGATTGAATAATTGATC


BQ
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TTCTGGACCAGTTTGACATTTTTGTGAAGCTTTCTTTTTTATGATCAGTACATATGACAA
GATGGTTCCCGATTGAATAATTGATC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

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TATTTATTTGTGTGGTTGTTTCTGCAGTTCACCAAGTCAATTGAATCTGAGGCAACAACA
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QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

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C


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10 

AF RR1ER13TF U 1
AF RR1ER13JQ C 287
BS 1 675 RR1ER13TF
BS 676 961 RR1ER13JQ

RD RR1ER13TF 675 0 0
TTTTTTCCTTGGTATCTTAGCATCTCACCCAAAAAAAATATCTTTCCTTGAATACAAGTG
CCATTTTCAGGTCACTTGATATCCTTTTGTTAGTGTTGTTTGGCTGTTAATACTGAGCAG
GTCGTTAGAGGCTTTCTAGTCAGTTGCGGTGTTGAGTTCAAACCCTACTTTTGACGGCAG
TGGCTGGATTGTTGTTGAGTCAGGCTTCTAGGCGCTCTCTGTAGTTAGAAGATTAGAAGA
CGTTAGAACTAATGAATGATGTCGATGAAAAGTTTAAGGGTACCTTCTGATTCGTATGTC
CTTTATACGTCAATGGACAAGCACCAGGGGATAAACCAGTCTTGTTAAGATTCCAAAGCT
TGAGAGAGCTATCAGTGGAAGCAGGACAATGGTTTCTGAGTCCATAAACTTAACATAACT
AACAGGTTTCTCATGGGCAGCCAATGTGCACCAAGGAGTTCCGACGTACCGAAGATCATA
GCAATAGACCTTGTAATCAGCTGACCCAAATGCCAATAAGTGGTTGGAATATGCAGAGAA
TTGCACGCAACAAACATTAGCTGGACTGCAGATTGTGCCTAATGAACGTTTCTGCATAGC
CACAAGTCAGATATGAAAATAAATTTCACTACATTTAGATAGTCCTACGTTTGAACAGAG
AATCTAAATTCCACT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1ER13JQ 675 0 0
CTGATTCGTATGTCCTTTATACGTCAATGGACAAGCACCAGGGGATAAACCAGTCTTGTT
AAGATTCCAAAGCTTGAGAGAGCTATCAGTGGAAGCAGGACAATGGTTTCTGAGTCCATA
AACTTAACATAACTAACAGGTTTCTCATGGGCAGCCAATGTGCACCAAGGAGTTCCGACG
TACCGAAGATCATAGCAATAGACCTTGTAATCAGCTGACCCAAATGCCAATAAGTGGTTG
GAATATGCAGAGAATTGCACGCAACAAACATTAGCTGGACTGCAGATTGTGCCTAATGAA
CGTTTCTGCATAGCCACAAGTCAGATATGAAAATAAATTTCACTACATTTAGATAGTCCT
ACGTTTGAACAGAGAATCTAAATTCCACTACATGTGGAGTGAAAAAAAAAGGTCCAGCAG
CTTGGCATTAAAAATTTCTGTAGCTATAATATGAGACAAGGGGGAAGAGCCGGGCCTCAT
TGACGCTCCAAAGCTTTACCGAACAGTCATCACTTCCACTGACAAACTTTTTCGGGTCAG
ATAGAGAGAAATCAACTGACCAAGCTCTCTTGATGTTCTGTATACTGCTAGAATCGTTGT
CCAGTCCCGGCATCTCATATCTGTAGTAACCACATAATACGAAATGTCGAGTGAAAACCA
CGACCATTTTCAGTC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

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TACCAGATCGTAACGCTCTACTCTTCCTGACCACGAACCAATAAATGATAAAAGTGGTAA
ACATAGCTGCATTCGTTTCTTCAAACGTGATACATACATAACCAACCTTTCACATAGAAT
CATCAGAATCTTCTGATTCACTTCTCTCCTGCTCAACTTCTGCTGGGGTATTATGATTGT
TATTATTAGTCCCTGCCTCAGGAGCTTATTCAGGCTTTTCAACAGGTGTAGCAGCAGGTG
AAGAAGTAGAAGAGACTTTCTTATTTGTATTCTCCTCCGCAACTGTCTCTTGCTGCTCAT
TTCCGTTTTCGACAGTTCTGCCACTCAAGATGTTCAGCAAGTCCCTCTCAACGCGCTGTA
CAAGCTCCGGATTAAGATCAGGCTCTCGACGAAATCTTCTCTTACGAGCATCCTTCATAG
GAGGAGTTAGACCATGTCTGTATTCAACTGTATTAGGCGCAGGATCTCCCTGCTCTCTAA
CCATGATCATCTGGCCAATGTCAGCAGTTTTGACAAGTGCAGAGTCATCATAAGTTTTGA
AAGACTCAACAACAGCAGGAAGGTCCAGCAGAGAAGCCGGGAACTCTTAGTTTCCAATTA
CAAACGTCCCGCTTCTCCCATCCTCTGAAAAGCATAAATCTAAAGGGATCTCGTCGGAAG
TAGAAGAAGCCTCGTCGCTCAAAAGGCGATCGATTCGCTCTGAAACAGACTGTGGAACCC
TAAGTATGAACTGTTCCTCCATCTTTACCAACGGGGCGTGGCTTTGAAGAGACAAGACAA
GAGAAAGAATCTATTGAACCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CZ52JQ U 1
AF RR1AF28TF C 110
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RD RR1CZ52JQ 679 0 0
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TATTATTAGTCCCTGCCTCAGGAGCTTCTTCAGGCTTTTCAACAGGTGTAGCAGCAGGTG
AAGAAGTAGAAGAGACTTTCTTATTTGTATTCTCCTCCGCAACTGTCTCTTGCTGCTCAT
TTCCGTTTTCGACAGTTCTGCCACTCAAGATGTTCGGCAAGTCCCTCTCAACGCGCTGTA
CAAGCTCCGGATTAAGATCAGGCTCTCGACGAAATCTTCTCTTACGAGCATCCTTCATAG
GAGGAGTTAGACCATGTCTGTATTCAACTGTATTAGGCGCAGGATCTCCCTGCTCTCTAA
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TAGAAGAAGCCTCGTCGCT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1AF28TF 694 0 0
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ATTATGATTGTTATTATTAGTCCCTGCCTCAGGAGCTTATTCAGGCTTTTCAACAGGTGT
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TTGCTGCTCATTTCCGTTTTCGACAGTTCTGCCACTCAAGATGTTCAGCAAGTCCCTCTC
AACGCGCTGTACAAGCTCCGGATTAAGATCAGGCTCTCGACGAAATCTTCTCTTACGAGC
ATCCTTCATAGGAGGAGTTAGACCATGTCTGTATTCAACTGTATTAGGCGCAGGATCTCC
CTGCTCTCTAACCATGATCATCTGGCCAATGTCAGCAGTTTTGACAAGTGCAGAGTCATC
ATAAGTTTTGAAAGACTCAACAACAGCAGGAAGGTCCAGCAGAGAAGCCGGGAACTCTTA
GTTTCCAATTACAAACGTCCCGCTTCTCCCATCCTCTGAAAAGCATAAATCTAAAGGGAT
CTCGTCGGAAGTAGAAGAAGCCTCGTCGCTCAAAAGGCGATCGATTCGCTCTGAAACAGA
CTGTGGAACCCTAAGTATGAACTGTTCCTCCATCTTTACCAACGGGGCGTGGCTTTGAAG
AGACAAGACAAGAGAAAGAATCTATTGAACCCCC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL7938Contig1 852 2 2 U
GGACAGTTCCAACCACCAAATCTTCTGCTTGTTTCAGAAGAATCCAAAAATCTGCAACTT
TTTCATCTCGGTCAATGTTGTTATCTTCTTCCTCATCACCACCTGCATCTGCAAAACTCC
TAAACTCTGCCAATGGTTCTTCATCAAGTTCTTCGTCTCCTAAACCCTTTAGGCCCGTTA
TGCGCAGCAGAGAAGCTGATAAACTCGAAGAAGAAAGACTTCTCCACGTACAATGGCAAG
ACGTCACGGTAAAGATGGCAGTGGATGCACCAGCTTCCGTGGCTTACAAGTTATATGCGG
ACCGTGAATTGTTCCCTAGGTGGATGCCCTTTTTGTCATCTGTTGAGGCAGTGGGGGGCA
GTCCAGATTTATCGAGGTATTTGGTGAAATTGGAATCTTTTGGAAATAAATTTGAATATT
ATTTTCTAGCAAAAAATTTAGAGCCAATCCAGGATCGAAAGCTGCATTGGAGATCTATTG
AAGGCTTTGCGAATAGAGACAGTGTTCGATTTTTCCCTAGAGGCCCTTCTTCGTGCTTGG
TAGAGATCAACTTTTCATTTGAAGTTCCACATGCTTTTGCCCCAGTTGCATTCTTAATGA
AACCGTTTATGGAGAGGCTTATTCGTGGGGGATTGGAACGTTTTGCTGCCTTCGTGAAGA
CCACTTAAGGCATAAACAAACATTACGTTCTGTGCATTAATCCAAATAAACTGTTCTTTT
TATGTAGTGTGTTTTGTTTTTGCCTTTTGTTGGGAGGTAACATGTCCAAACATGATGTAA
TGTTGTTCTTGGTAAATTTACTATTTATCAAAACAATTATTTGTTGAATATAATTCGAAT
GTATACGTTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C861TF U 1
AF RR1C861JQ C 107
BS 1 665 RR1C861TF
BS 666 852 RR1C861JQ

RD RR1C861TF 665 0 0
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TTTCATCTCGGTCAATGTTGTTATCTTCTTCCTCATCACCACCTGCATCTGCAAAACTCC
TAAACTCTGCCAATGGTTCTTCATCAAGTTCTTCGTCTCCTAAACCCTTTAGGCCCGTTA
TGCGCAGCAGAGAAGCTGATAAACTCGAAGAAGAAAGACTTCTCCACGTACAATGGCAAG
ACGTCACGGTAAAGATGGCAGTGGATGCACCAGCTTCCGTGGCTTACAAGTTATATGCGG
ACCGTGAATTGTTCCCTAGGTGGATGCCCTTTTTGTCATCTGTTGAGGCAGTGGGGGGCA
GTCCAGATTTATCGAGGTATTTGGTGAAATTGGAATCTTTTGGAAATAAATTTGAATATT
ATTTTCTAGCAAAAAATTTAGAGCCAATCCAGGATCGAAAGCTGCATTGGAGATCTATTG
AAGGCTTTGCGAATAGAGACAGTGTTCGATTTTTCCCTAGAGGCCCTTCTTCGTGCTTGG
TAGAGATCAACTTTTCATTTGAAGTTCCACATGCTTTTGCCCCAGTTGCATTCTTAATGA
AACCGTTTATGGAGAGGCTTATTCGTGGGGGATTGGAACGTTTTGCTGCCTTCGTGAAGA
CCACT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1C861JQ 746 0 0
ATCTGCAAAACTCCTAAACTCTGCCAATGGTTCTTCATCAAGTTCTTCGTCTCCTAAACC
CTTTAGGCCCGTTATGCGCAGCAGAGAAGCTGATAAACTCGAAGAAGAAAGACTTCTCCA
CGTACAATGGCAAGACGTCACGGTAAAGATGGCAGTGGATGCACCAGCTTCCGTGGCTTA
CAAGTTATATGCGGACCGTGAATTGTTCCCTAGGTGGATGCCCTTTTTGTCATCTGTTGA
GGCAGTGGGGGGCAGTCCAGATTTATCGAGGTATTTGGTGAAATTGGAATCTTTTGGAAA
TAAATTTGAATATTATTTTCTAGCAAAAAATTTAGAGCCAATCCAGGATCGAAAGCTGCA
TTGGAGATCTATTGAAGGCTTTGCGAATAGAGACAGTGTTCGATTTTTCCCTAGAGGCCC
TTCTTCGTGCTTGGTAGAGATCAACTTTTCATTTGAAGTTCCACATGCTTTTGCCCCAGT
TGCATTCTTAATGAAACCGTTTATGGAGAGGCTTATTCGTGGGGGATTGGAACGTTTTGC
TGCCTTCGTGAAGACCACTTAAGGCATAAACAAACATTACGTTCTGTGCATTAATCCAAA
TAAACTGTTCTTTTTATGTAGTGTGTTTTGTTTTTGCCTTTTGTTGGGAGGTAACATGTC
CAAACATGATGTAATGTTGTTCTTGGTAAATTTACTATTTATCAAAACAATTATTTGTTG
AATATAATTCGAATGTATACGTTTCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL7939Contig1 895 2 8 U
GGAGAAGAAGCATAAGAAGAAGAACAACAAGAAGCGATCCGAACCTGATCCAGACTTACC
TTCAACGCGTGATTCCGGTGTTATTGATGAAGATAGAGACGGAGTGTTAGTTGACGACGA
GCCAACGATGGGTGATAAGTTCTCGAGTCTTAACTTACTAGGCGGAGAGAAAGTTGTCAC
TGATGATAATAAGCCTCCTACTGCAGCCTCTGTTAATGTTCTTCTGAGACAAGCATTGCA
TGCTGATGATCGCTCGCTTCTACTTGATTGCTTGTACAACCGAGATGAACAGGTGATTGC
TAACTCGGTTGCTAAGTTGAATTCAGCAGAAGTACTCAAGCTTTTGAATTCTCTTTTACC
AATATTACAGTCAAGGGGTGCAGTGTTAGCTTGTGCGATTCCTTGGATAAAGTGTCTGTT
ACTTACTCATTCCAGTGGGATTATGTCCCAGGAGTCATCGTTGCTTGCGTTGAACTCCAT
GTACCAGCTCATTGAATCACGGATATCAACTCTTCACACTGCTGTACAAGTTTCAAGCGA
ATTGGACTTGATTGTGGACGACTTGGATGAAGAAGAAGAAGATGAAGGTCCTGTGATCTA
TGAGGACAAGGACAGTGATGAAGAAGAAGAAGGAGAAGGAGCAGAGGAAGCAATGGAGAC
AGATGAAGAGGCAGACGAATCAGAGGATGAAGAAGCTGCTGATGGTGTCAATAGTTTTGA
AGATTTTGACGACATGAGCGATTGAGAAGACTTCCTTAAAACGGAAATAGTTTTGATTTG
TGTTGAGGTACAAGTCTCGGCACGAATTTTGTAATACGCAATGGTTTGTATCAGCTATAG
ACTATGTACTAAGAAAGAGTTTTATTTTTCTTAAAAGAAGGTTGAGGTCAATATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CV79TF U 1
AF RR1CV79JQ C 127
BS 1 587 RR1CV79TF
BS 588 588 RR1CV79JQ
BS 589 670 RR1CV79TF
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BS 687 699 RR1CV79TF
BS 700 895 RR1CV79JQ

RD RR1CV79TF 699 0 0
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GCCAACGATGGGTGATAAGTTCTCGAGTCTTAACTTACTAGGCGGAGAGAAAGTTGTCAC
TGATGATAATAAGCCTCCTACTGCAGCCTCTGTTAATGTTCTTCTGAGACAAGCATTGCA
TGCTGATGATCGCTCGCTTCTACTTGATTGCTTGTACAACCGAGATGAACAGGTGATTGC
TAACTCGGTTGCTAAGTTGAATTCAGCAGAAGTACTCAAGCTTTTGAATTCTCTTTTACC
AATATTACAGTCAAGGGGTGCAGTGTTAGCTTGTGCGATTCCTTGGATAAAGTGTCTGTT
ACTTACTCATTCCAGTGGGATTATGTCCCAGGAGTCATCGTTGCTTGCGTTGAACTCCAT
GTACCAGCTCATTGAATCACGGATATCAACTCTTCACACTGCTGTACAAGTTTCAAGCGA
ATTGGACTTGATTGTGGACGACTTGGATGAAGAAGAAGAAGATGAAG*TCCTGTGATCTA
TGAGGACAAGGACAGTGATGAAGAAGAAGAAGGAGAAGGAGCAGAGGAAGCAATGGAGAC
AGATGAAGAG*CAGACGAATCAGAG*ATGAAGAAGCTGC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1CV79JQ 769 0 0
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TAATAAGCCTCCTACTGCAGCCTCTGTTAATGTTCTTCTGAGACAAGCATTGCATGCTGA
TGATCGCTCGCTTCTACTTGATTGCTTGTACAACCGAGATGAACAGGTGATTGCTAACTC
GGTTGCTAAGTTGAATTCAGCAGAAGTACTCAAGCTTTTGAATTCTCTTTTACCAATATT
ACAGTCAAGGGGTGCAGTGTTAGCTTGTGCGATTCCTTGGATAAAGTGTCTGTTACTTAC
TCATTCCAGTGGGATTATGTCCCAGGAGTCATCGTTGCTTGCGTTGAACTCCATGTACCA
GCTCATTGAATCACGGATATCAACTCTTCACACTGCTGTACAAGTTTCAAGCGAATTGGA
CTTGATTGTGGACGACTTGGATGAAGAAGAAGAAGATGAAGGTCCTGTGATCTATGAGGA
CAAGGACAGTGATGAAGAAGAAGAAGGAGAAGGAGCAGAGGAAGCAATGGAGACAGATGA
AGAGGCAGACGAATCAGAGGATGAAGAAGCTGCTGATGGTGTCAATAGTTTTGAAGATTT
TGACGACATGAGCGATTGAGAAGACTTCCTTAAAACGGAAATAGTTTTGATTTGTGTTGA
GGTACAAGTCTCGGCACGAATTTTGTAATACGCAATGGTTTGTATCAGCTATAGACTATG
TACTAAGAAAGAGTTTTATTTTTCTTAAAAGAAGGTTGAGGTCAATATG

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

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GCACGTCAACATCGGCACAATCGGCCACGTAGACCATGGGAAAACCACTTTAACCGCCGC
TCTTACCATGGCCTTAGCTTCCATGGGAAACAGCGTCGCCAAGAAGTACGACGAGATCGA
CGCAGCCCCCGAGGAGAGAGCCCGTGGAATCACTATCAACACCGCCACCGTCGAGTACGA
AACCGAGAACCGTCACTACGCTCACGTAGACTGTCCTGGCCATGCTGATTACGTGAAGAA
CATGATCACCGGAGCTGCTCAGATGGACGGAGCTATCCTCGTTGTCTCCGGAGCAGATGG
TCCTATGCCCCAGACTAAAGAGCACATTCTCTTGGCCAAGCAAGTCGGTGTTCCCGACAT
GGTCGTCTTCTTGAACAAAGAGGATCAGGTCGATGACGCGGAGCTTCTGGAGCTCGTTGA
GCTTGAGGTTCGTGAGCTTCTCTCGTCTTATGAGTTTAACGGTGATGATATTCCGATTAT
CTCCGGCTCTGCTTTGTTAGCTGTTGAGACTCTCACTGAGAACCCTAACGTGAAGAGAGG
TGAGAACAAATGGGTGGATAAGATTTACGAGTTGATGGATTCCGTTGATAGTTACATCCC
CATTCCGACACGACAGACGGACTTGCCGTTCTTGTTAGCTGTCGAAGATGTGTTTTCCAT
CACCGGTCGTGGTACTGTCGCTACGGGTCGTGTCGAAAGAGGTATGGTTAAAGTTGGAGA
GACTGTGGAGCTTATCGTGCCTGTTGCTTGTGAACAAGGGATGAGGTTTGCTATTAGAGA
AGGAGGGAAGACTGTTGGTGCTGGAGTGATTCAGACTATTCTCGAATAAAGGAATTAGCC
ATAGCAAGCTTGTTCTTGCCTCTTTTGGTGTTTTTACCCTTTTTGTGGGATTCAGAAACT
CTTGAAATTTGGATTACCAAATT


BQ
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AF RR1BV49TF U 1
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BS 737 923 RR1BV49JQ

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TGAGAACAAATGGGTGGATAAGATTTACGAGTTGATGGATTCCGTTGATAGTTACATCCC
CATTCCGACACGACAGACGGACTTGCCGTTCTTGTTAGCTGTCGAAGATGTGTTTTCCAT
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GACTGTGGAGCTTATC

QA 1 736 1 736
DS 

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GCAGATGGTCCTATGCCCCAGACTAAAGAGCACATTCTCTTGGCCAAGCAAGTCGGTGTT
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AAGAGAGGTGAGAACAAATGGGTGGATAAGATTTACGAGTTGATGGATTCCGTTGATAGT
TACATCCCCATTCCGACACGACAGACGGACTTGCCGTTCTTGTTAGCTGTCGAAGATGTG
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GTTGGAGAGACTGTGGAGCTTATCGTGCCTGTTGCTTGTGAACAAGGGATGAGGTTTGCT
ATTAGAGAAGGAGGGAAGACTGTTGGTGCTGGAGTGATTCAGACTATTCTCGAATAAAGG
AATTAGCCATAGCAAGCTTGTTCTTGCCTCTTTTGGTGTTTTTACCCTTTTTGTGGGATT
CAGAAACTCTTGAAATTTGGATTACCAAATT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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ATAATAATATCATATAAAC


BQ
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AF RR1B657JQ C 1
AF RR1B657TF U 1
BS 1 559 RR1B657TF

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ATAATAATATCATATAAAC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1B657TF 559 0 0
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GAGGAAGAAACTCCAAGGAGAGACAAGATGGTGGACGTCGGTTTTCTGGACCTGGTGGTC
GAAGATTAGGGAAGAACCAAGTTCTATCGCTTCAACCAAAAGTGGTGAGGACAATCTCGG
CGAAGGATGTGGTTGCTGTCCTGGAAAGAGAGCCTCAGATGTCTAAATCCACTCTAATGT
ATCGATTAATTCAATAGAAAAGCTTCACTGCCACAGAATCATTATATTTGCTAGTTACAT
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CGACCAACTTTCTAGTGCTGGTTATTATTGTTGAATAATATAAAGGTGAAAGGTGAGAAA
ATAATAATATCATATAAAC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL7942Contig1 1001 2 4 U
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ACTCCGTCTCATACTCCAACTCCATCACACACTAGTCCTCCTTGTAAATGTGGAACTCCA
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ACTCCTCCTTCTAGTGGATATTACTCATCTCCTCCACCAAGTACTCCAGTCGTCCAGACT
CCACCAAGTACTCCAGTGGTTGAGACTCCACCAACACCCATCGTTGAGACTCCACCAACA
CCCATCGTTGACCCAGGCACACCCATCATTGGAGGAACCCCACCAACTCCTTCTTCTGGT
GGATACTACTCATCTCCTCCACCAAGTACTCCAGTCATTGAGACTCCACCAACACCCATC
ATTGGAGGAACCCCACCAACTCCTTTTATTGACCCTGGCACTCCTGGAACCCCCTTCCTT
CCTGCTCCTTTTCCGCCAATCACTGGAACATGCGATTACTGGAGAAACCACCCTACGTTG
ATATGGGGTCTTCTTGGATGGTGGGGTACTGTTGGAGGAGCTTTTGGTACACTCAGTACT
CCCAGTATCATCCCAGGGTTTGATCCTCACATGAACCTTCTTCAAGCACTTTCCAACACC
CGCACGGATGCCATTGGATCTCTCTACCGTGAAGGCACAGCTTCTTGGTTAAACTCAATG
GTCAACAGCCAGTTCCCTTTCACGACCCCTCAAGTCAGAGACCACTTTCTCGCAGGGCTT
TCCTCAACCAAGGCAGCCACAAAACAGGCCCAGACCTTCAAACTTGCCAATGAAGGTCGT
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TAAAACAATCTTAGTTAATATATCCTATGCAGTGTGTGTGCTCAGTAGAGTGTTCTATAG
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BQ
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AF RR1FH31TF U 1
AF RR1FH31JQ C 196
BS 1 694 RR1FH31TF
BS 695 695 RR1FH31JQ
BS 696 762 RR1FH31TF
BS 763 1001 RR1FH31JQ

RD RR1FH31TF 762 0 0
GATACTCCTTCTACTCCATCTCACACTCCTTCAACTCCATCTCACACTCCAACCCCTTCA
ACTCCGTCTCATACTCCAACTCCATCACACACTAGTCCTCCTTGTAAATGTGGAACTCCA
CCTTCACACCCTTCAAGGCCTTCACGCCCGTCAACGCCTTCACACCCTTCCACGCCTTCA
ACTCCTCCTTCTAGTGGATATTACTCATCTCCTCCACCAAGTACTCCAGTCGTCCAGACT
CCACCAAGTACTCCAGTGGTTGAGACTCCACCAACACCCATCGTTGAGACTCCACCAACA
CCCATCGTTGACCCAGGCACACCCATCATTGGAGGAACCCCACCAACTCCTTCTTCTGGT
GGATACTACTCATCTCCTCCACCAAGTACTCCAGTCATTGAGACTCCACCAACACCCATC
ATTGGAGGAACCCCACCAACTCCTTTTATTGACCCTGGCACTCCTGGAACCCCCTTCCTT
CCTGCTCCTTTTCCGCCAATCACTGGAACATGCGATTACTGGAGAAACCACCCTACGTTG
ATATGGGGTCTTCTTGGATGGTGGGGTACTGTTGGAGGAGCTTTTGGTACACTCAGTACT
CCCAGTATCATCCCAGGGTTTGATCCTCACATGAACCTTCTTCAAGCACTTTCCAACACC
CGCACGGATGCCATTGGATCTCTCTACCGTGAAG*CACAGCTTCTTGGTTAAACTCAATG
GTCAACAGCCAGTTCCCTTTCACGACCCCTCAAGTCAGAGAC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1FH31JQ 806 0 0
TGGATA
TACTCATCTCCTCCACCAAGTACTCCAGTCGTCCAGACTCCACCAAGTACTCCAGTGGTT
GAGACTCCACCAACACCCATCGTTGAGACTCCACCAACACCCATCGTTGACCCAGGCACA
CCCATCATTGGAGGAACCCCACCAACTCCTTCTTCTGGTGGATACTACTCATCTCCTCCA
CCAAGTACTCCAGTCATTGAGACTCCACCAACACCCATCATTGGAGGAACCCCACCAACT
CCTTTTATTGACCCTGGCACTCCTGGAACCCCCTTCCTTCCTGCTCCTTTTCCGCCAATC
ACTGGAACATGCGATTACTGGAGAAACCACCCTACGTTGATATGGGGTCTTCTTGGATGG
TGGGGTACTGTTGGAGGAGCTTTTGGTACACTCAGTACTCCCAGTATCATCCCAGGGTTT
GATCCTCACATGAACCTTCTTCAAGCACTTTCCAACACCCGCACGGATGCCATTGGATCT
CTCTACCGTGAAGGCACAGCTTCTTGGTTAAACTCAATGGTCAACAGCCAGTTCCCTTTC
ACGACCCCTCAAGTCAGAGACCACTTTCTCGCAGGGCTTTCCTCAACCAAGGCAGCCACA
AAACAGGCCCAGACCTTCAAACTTGCCAATGAAGGTCGTCTAAAGCCCAGAGTCTGAAAA
GAAGAGAGTTTCATTTCTCAGTTGTCTGTTGGTTTGCATTAAAACAATCTTAGTTAATAT
ATCCTATGCAGTGTGTGTGCTCAGTAGAGTGTTCTATAGTTTCTAGTAATATTTATGATG
TACACCCCTTTATATTTGAT

QA 7 806 7 806
DS 



AS 1 2

CO CL7943Contig1 1223 2 2 U
GGAATCTTATTTTGGCAAAAAAAAAAAATCTCTTTCAATCTTTTGCGTAAGAGAAAGAAA
GAAAGGGAGACAGAGAGAGATATGGGTACGATAAACCAAGGAATAAGCTTGTACGATGAA
CCACAACGCATCATAAACCCTAGTAGGAACCATCTCGGTTTTTTTCTCTCTTTCCCTAAT
CAAACGTTATCTTCTTCTCCTACATCCTCTCCTTCTCTCGTGTCTCCATTTATAGGCCAC
CACTCCTTAAACTCCTTCCTTCAACATAACCCCCTTCATGTCTAGCTCATCCTCAAGATC
CCATCAATTCCATGGCGAATCTCCCAGAAACTCTAATCTCGATCTCCTCGTTATCCGCAT
CAAAGCAAAAGGATGCTCATGATACTATTGTTAATCTTGATCATCATCGTCTCAATTGTG
GTACATCATCAAGGTCCTCTTTAAATCAATGGGCAGGGAGTTTTCAAGCAGAATATGGAT
ACAGTAAGAAAAACAACCATGGAAGCGAGATTCATGTATATGATATTGATGATGATGTTG
GTAATGGTGGTCGTATTAATGTTGACGAGGATCATCAACATAATGATACTCTTCGTCGTC
ATAAACATAATACGACGCCTGTAGGAGTAGGGTGTACTCTAAAGATGAAGAAGCTTAAGA
CAAGAAGAAAAGTAAGGGAGCCTCGGTTTTGCTTTAAGACGCTAAGTGATGTTTATGTCT
TAGATGATGGATATAGATGGAGAAAATATGGTCAGAAAGTTGTCAAAAACACTCAACATC
CCAGGAGCTATTACAGATGTACACAGGACAAGTGCAGGGTGAAGAAGAGAGTGGAGAGAT
TAGCAGATGATCCAAAAATGGTAATCACTACTTACGAAGGAAGACATCTTCACGCTCCTT
CTAATCATCTCGATGACGACTCTCTCTCCTACTCTCACCACTCTCATCTCTCCAACTTCT
TCTGGTGATATTCTAATTTGTCTTGGTTGTTTTTATCTAAAGTTAATCAATCCTGCCTCG
AACTAATTATTGCTATGTTAATCAATAACTATATCTATATTCTCGTTAGGAAATAGTTAC
GTGGTTTTATATGTGTAATGTGTGTTGTGCGGTGGTTTAGGTTTGTTTTCTCGTGAGGTT
AACAATGTACCTTTTTACAATCTGAGGGTTTTGTATGTGGACGTGTCGGGAGACGATTCC
TTATTTTATGTGGTGTGATTAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EN83TF U 1
AF RR1EN83JQ C 591
BS 1 658 RR1EN83TF
BS 659 1223 RR1EN83JQ

RD RR1EN83TF 658 0 0
GGAATCTTATTTTGGCAAAAAAAAAAAATCTCTTTCAATCTTTTGCGTAAGAGAAAGAAA
GAAAGGGAGACAGAGAGAGATATGGGTACGATAAACCAAGGAATAAGCTTGTACGATGAA
CCACAACGCATCATAAACCCTAGTAGGAACCATCTCGGTTTTTTTCTCTCTTTCCCTAAT
CAAACGTTATCTTCTTCTCCTACATCCTCTCCTTCTCTCGTGTCTCCATTTATAGGCCAC
CACTCCTTAAACTCCTTCCTTCAACATAACCCCCTTCATGTCTAGCTCATCCTCAAGATC
CCATCAATTCCATGGCGAATCTCCCAGAAACTCTAATCTCGATCTCCTCGTTATCCGCAT
CAAAGCAAAAGGATGCTCATGATACTATTGTTAATCTTGATCATCATCGTCTCAATTGTG
GTACATCATCAAGGTCCTCTTTAAATCAATGGGCAGGGAGTTTTCAAGCAGAATATGGAT
ACAGTAAGAAAAACAACCATGGAAGCGAGATTCATGTATATGATATTGATGATGATGTTG
GTAATGGTGGTCGTATTAATGTTGACGAGGATCATCAACATAATGATACTCTTCGTCGTC
ATAAACATAATACGACGCCTGTAGGAGTAGGGTGTACTCTAAAGATGAAGAAGCTTAA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR1EN83JQ 633 0 0
CTTCGTCGTCATAAACATAATACGACGCCTGTAGGAGTAGGGTGTACTCTAAAGATGAAG
AAGCTTAAGACAAGAAGAAAAGTAAGGGAGCCTCGGTTTTGCTTTAAGACGCTAAGTGAT
GTTTATGTCTTAGATGATGGATATAGATGGAGAAAATATGGTCAGAAAGTTGTCAAAAAC
ACTCAACATCCCAGGAGCTATTACAGATGTACACAGGACAAGTGCAGGGTGAAGAAGAGA
GTGGAGAGATTAGCAGATGATCCAAAAATGGTAATCACTACTTACGAAGGAAGACATCTT
CACGCTCCTTCTAATCATCTCGATGACGACTCTCTCTCCTACTCTCACCACTCTCATCTC
TCCAACTTCTTCTGGTGATATTCTAATTTGTCTTGGTTGTTTTTATCTAAAGTTAATCAA
TCCTGCCTCGAACTAATTATTGCTATGTTAATCAATAACTATATCTATATTCTCGTTAGG
AAATAGTTACGTGGTTTTATATGTGTAATGTGTGTTGTGCGGTGGTTTAGGTTTGTTTTC
TCGTGAGGTTAACAATGTACCTTTTTACAATCTGAGGGTTTTGTATGTGGACGTGTCGGG
AGACGATTCCTTATTTTATGTGGTGTGATTAGC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL7944Contig1 704 2 3 U
TTTTTTTGTGCAATATGATATTAAGTTTATTTGTCAAATCCAGGTGCAAGCATGCGGATT
TGAACATTACCGAATCGAATCTGTTAAGTTTGGTTTTTGAGTTAGGTTCAATTTCAAAAA
TTGGTTATTGGTTTTGTCGGTTGGCAATCGGTTAGTGTGGTTTCTCAAACGAAAGAAAAA
CAAACCATATCGATTTTAACCATATTCCAAATCGAACCAACCAAAATAACTGAAATTATT
CGAATTAAACCGAAAATCTAACCAAAAGAGAAATTTGGCTTAAATTCAGAACAATTTTCA
CAAACCTAATACCAAGCTGAATTTATTTTCAATTTAATTCGGCACAACCTTCAGCAAATT
AAACTAACCAAAAACCGAACTAACCAAACCGAACTAAACCAGCAGGTCAATCTAAAGCAT
CCAAAATAACTAGGCTCACGATGAACACTGAAGTATACAATCTTAGGTGAAAATGATTTA
ACTAACCTGTAGAGATCAACCGATCTAAAGTCCTCTCATCCGGATTCTCGCCGGTGACAG
TAAAGTACCTCCTCTGCACAGTATCCCTATACTCAGACGAGATCAGCTCCCTCAAGCGGT
TGAAACTATCCATGGAGTCCTTCAGCTTCTTCCTCAGACCGTTGAGGACGGAGGTCCGAG
TACGATCCGAGGAGGATCCAGGTCCACAGCCAGGGAGGCTCCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CL27JQ U 21
AF RR1CL27TF C 1
BS 1 20 RR1CL27TF
BS 21 580 RR1CL27JQ
BS 581 704 RR1CL27TF

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ACCAAAAGAGAAATTTGGCTTAAATTCAGAACAATTTTCACAAACCTAATACCAAGCTGA
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DS 

RD RR1CL27TF 704 0 0
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TTGGTTATTGGTTTTGTCGGTTGGCAATCGGTTAGTGTGGTTTCTCAAACGAAAGAAAAA
CAAACCATATCGATTTTAACCATATTCCAAATCGAACCAACCAAAATAACTGAAATTATT
CGAATTAAACCGAAAATCTAACCAAAAGAGAAATTTGGCTTAAATTCAGAACAATTTTCA
CAAACCTAATACCAAGCTGAATTTATTTTCAATTTAATTCGGCACAACCTTCAGCAAATT
AAACTAACCAAAAACCGAACTAACCAAACCGAACTAAACCAGCAGGTCAATCTAAAGCAT
CCAAAATAACTAGGCTCACGATGAACACTGAAGTATACAATCTTAGGTGAAAATGATTTA
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TAAAGTACCTCCTCTGCACAGTATCCCTATACTCAGACGAGATCAGCTCCCTCAAGCGGT
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TACGATCCGAGGAGGATCCAGGTCCACAGCCAGGGAGGCTCCGC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

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GATGTTCTCATTTGGGATGTTGACACCCAACCAAACCGTCATGCTGTCCTTGGTGCTGCA
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GCGGCGGACCCGTGGACTATTGTCAGTGTTTCTGATGACTGTGAGACTACTGGTGGAGGT
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CGGTTTAGTTGTGGGTTTAGCGAGTAAACTTGTTTTTTGTGAAAACGCTGGTTTGTCTTT
TGAGATATTAGTAGATTTTAGGACCTCTCC


BQ
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AF RR1AH25TF U 1
AF RR1AH25JQ C 724
BS 1 816 RR1AH25TF
BS 817 1530 RR1AH25JQ

RD RR1AH25TF 816 0 0
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GTCTGGCCTTCCCTCTCCTGCAGATGGGGTCCACAACTTGATCAAGCAACCTACAAGAAT
CGCCAGCGTCTTTACCTGTCAGAGCAAACTGATGGCACTGTACCCAACACTCTCGTCATA
GCCAACTGCGAAGTTGTTAAGCCACGGGTTGCTGCGGCTGAGCACATTTCTCAGTTCAAT
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GATGTTCTCATTTGGGATGTTGACACCCAACCAAACCGTCATGCTGTCCTTGGTGCTGCA
AATTCCCGTCCTGATTTGATACTAACTGGACACCAAGACAATGCTGAATTTGCTCTTGCA
ATGTGCCCAACCGAACCCTTCGTCCTCTCTGGAGGCAAGGACAAGTTAGTGGTTTTGTGG
AGCATCCAGGACCACATCACAACGGTTGGTACTGATTCCAAATCATCTGGATCAATCCTC
AAACAGACCGGTGATAAGAGTGAGAGTCCTTCTGTTGGCCCACGTGGCGTGTATCAAGGC
CATGACGATACGGTTGAAGATGTCGCATTCAGCCCCACTAGTGCACAAGAATTCTGCAGT
GTCGGTGACGACTCTTGCCTTATACTGTGGGATGCA

QA 1 816 1 816
DS 

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GGTGACGACTCTTGCCTTATACTGTGGGATGCAAGAACTGGGACTAGCCCTGTCACGAAG
GTTGAAAAGGCGCATGATGCTGATGTTCATTGTGTTGATTGGAATCCTCATGACGACAAT
CTCATCCTGACAGGGTCAGCAGACAACACTGTCCGGCTGTATGATCGTAGGAACCTTACC
TCAAATGGAGTTGGTACGCCTATTTACAAATTTGAGGGCCACAAAGCTGCTGTTCTTTGC
GTTCAGTGGTCTCCTGATAAGGCATCCTGTTTTGGGAGTTCCGCAGAAGATGGTTTCTTG
AACATCTGGGATTATGACAGGGTCAGTAAGAAGTCTGATCGTGCAGCTAAAAACCCTGCG
GGTTTCTTCTTCCAGCATGCTGGTCACAGGGACAAAGTTGTTGATTTCCCCTGGAATGCG
GCGGACCCGTGGACTATTGTCAGTGTTTCTGATGACTGTGAGACTACTGGTGGAGGTGGA
ACATTGCAGATATGGCGGATGAGTGACTTGATTTACAGACCGGAAGAGGAAGTTGTGACA
GAATTGGAGAAGTTCAAGTCGCATGTCATGACATGTGCCTCCAAGCCTTGACTGGGTTCA
AATAAATAAGAGAAAACCCCTTTCTATCTATCTATCGCCTGTATGGTAAAACTAATGCGG
TTTAGTTGTGGGTTTAGCGAGTAAACTTGTTTTTTGTGAAAACGCTGGTTTGTCTTTTGA
GATATTAGTAGATTTTAGGACCTCTCC

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

CO CL7946Contig1 598 2 1 U
GGAAATTGAAGGCTTGAGTCACTTGAGAGAGACACCAAAACCCTAGAGAGAGCCGTCTGG
AAGCTAGCACGCCACCAAACCAATCAATGGAGGACGAAGCGAGAGAAGAGGTGGTGGTGA
TCGATAAAGATCTGAAGAAGAAGATAAAGGACACGGTGAACAAGATCTTGAAACGGTCGA
GTTTGTATCAGATAACGGAGCTCAAGGCGCGAGAGGAAGCTTCCTCCGAGCTGGATCTCG
ACCTTTCCAAAGATCCGTACAAGCTCATCGTGAGAGAGGCCGTGGAGAGGTTTGTCGAGA
AGGCGGTGATGGCAATCGAGAGCGAGGTGGTGAAGCAACATGCTCAGATTGTGCAAAACG
TCGAAGGAGGAGGAAGCGAGAAATCGGCTAAGAAAAAGAAAAAGAACAAGAACAAGACTA
AGATGGAAGACTCTGCTACTGCTTAGATTCCGATGTTCTCATCTATGCTTTTTGGTTTTA
GTGTTTTTAATTTGTGTCTTTTTTTTTGTTTGATTTCGACGATGAAGGCTCTTCATTGCA
AACTCAAAAAAAAAGCTTATTAATTGTTACGTTTTTATGACAGTACATGCTTCAAATG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EV73TF U 1
AF RR1AM70TF U 3
BS 1 598 RR1EV73TF

RD RR1EV73TF 598 0 0
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TCGATAAAGATCTGAAGAAGAAGATAAAGGACACGGTGAACAAGATCTTGAAACGGTCGA
GTTTGTATCAGATAACGGAGCTCAAGGCGCGAGAGGAAGCTTCCTCCGAGCTGGATCTCG
ACCTTTCCAAAGATCCGTACAAGCTCATCGTGAGAGAGGCCGTGGAGAGGTTTGTCGAGA
AGGCGGTGATGGCAATCGAGAGCGAGGTGGTGAAGCAACATGCTCAGATTGTGCAAAACG
TCGAAGGAGGAGGAAGCGAGAAATCGGCTAAGAAAAAGAAAAAGAACAAGAACAAGACTA
AGATGGAAGACTCTGCTACTGCTTAGATTCCGATGTTCTCATCTATGCTTTTTGGTTTTA
GTGTTTTTAATTTGTGTCTTTTTTTTTGTTTGATTTCGACGATGAAGGCTCTTCATTGCA
AACTCAAAAAAAAAGCTTATTAATTGTTACGTTTTTATGACAGTACATGCTTCAAATG

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1AM70TF 543 0 0
GG
ATTGAAGGCTTGAGTCACTTGAGAGAGACACCAAAACCCTAGAGAGAGCCGTCTGGAAGC
TAGCACGCCACCAAACCAATCAATGGAGGACGAAGCGAGAGAAGAGGTGGTGGTGATCGA
TAAAGATCTGAAGAAGAAGATAAAGGACACGGTGAACAAGATCTTGAAACGGTCGAGTTT
GTATCAGATAACGGAGCTCAAGGCGCGAGAGGAAGCTTCCTCCGAGCTGGATCTCGACCT
TTCCAAAGATCCGTACAAGCTCATCGTGAGAGAGGCCGTGGAGAGGTTTGTCGAGAAGGC
GGTGATGGCAATCGAGAGCGAGGTGGTGAAGCAACATGCTCAGATTGTGCAAAACGTCGA
AGGAGGAGGAAGCGAGAAATCGGCTAAGAAAAAGAAAAAGAACAAGAACAAGACTAAGAT
GGAAGACTCTGCTACTGCTTAGATTCCGATGTTCTCATCTATGCTTTTTGGTTTTAGTGT
TTTTAATTTGTGTCTTTTTTTTTGTTTGATTTCGACGATGAAGGCTCTTCATTGCAAACT
C

QA 3 543 3 543
DS 



AS 1 2

CO CL7947Contig1 697 2 2 U
GGGAGGGAAGGAAAAATGCAAAGCTTGGGAGGGATTAGGAGTTGGCCGGCGACTTGGAGA
ACCACGACGGCGTCTATGACGACGACGACAACGACGACGGAGAGCGTCAGAAAAGTCGCG
CAGGTACTAACCGTAGCGGGATCAGATTCCGGCGCCGGAGCAGGAATCCAAGCCGACATA
AAAGTATGCGCGGCTCGTGGCGTCTATTGCGCTTCCGTCATAACCGCCGTCACAGCTCAG
AACACTCGTGGCGTTCAATCCGTTCATCTTCTCCCTCCGCACTTCGCCTCTGAGCAGCTA
AAATCAGTCCTTTCTGACTTCGAAATCGACGTCGTAAGCTCTTCCTTCTTCTTCTGAGTG
ATTTGACTTGCTCTGTTTCTCTCTTGCTCTGTTTCTCACTTGCTCTGTTCTCTTATGATG
ATGATGATGATAACTGTCACAGGTGAAGACTGGGATGCTTCCTTCCCCTGAAATCGTCCA
AGTTCTTCTTCAGAGTCTGTCAGATTATCCTGTCCGTGGTAGAGAAACCGAAACACATAT
TCGCTTCTTGTTCTGTTTTTTTTTTAAGATACGAAAGGTTGTGTCTTTCAATAGGTTAAT
GTAGTTTTTTTCATTAATGCAGCTTTGGTTGATCCTGTGATGGTATCTACAAGTGGCCAT
GTTCTGGCTGGTTCTTCTATCCTCTCCATCTTTCGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ02TF U 1
AF RR1DJ02JQ C 81
BS 1 590 RR1DJ02TF
BS 591 697 RR1DJ02JQ

RD RR1DJ02TF 590 0 0
GGGAGGGAAGGAAAAATGCAAAGCTTGGGAGGGATTAGGAGTTGGCCGGCGACTTGGAGA
ACCACGACGGCGTCTATGACGACGACGACAACGACGACGGAGAGCGTCAGAAAAGTCGCG
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AAAGTATGCGCGGCTCGTGGCGTCTATTGCGCTTCCGTCATAACCGCCGTCACAGCTCAG
AACACTCGTGGCGTTCAATCCGTTCATCTTCTCCCTCCGCACTTCGCCTCTGAGCAGCTA
AAATCAGTCCTTTCTGACTTCGAAATCGACGTCGTAAGCTCTTCCTTCTTCTTCTGAGTG
ATTTGACTTGCTCTGTTTCTCTCTTGCTCTGTTTCTCACTTGCTCTGTTCTCTTATGATG
ATGATGATGATAACTGTCACAGGTGAAGACTGGGATGCTTCCTTCCCCTGAAATCGTCCA
AGTTCTTCTTCAGAGTCTGTCAGATTATCCTGTCCGTGGTAGAGAAACCGAAACACATAT
TCGCTTCTTGTTCTGTTTTTTTTTTAAGATACGAAAGGTTGTGTCTTTCA

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1DJ02JQ 617 0 0
GACGACGACAACGACGACGGAGAGCGTCAGAAAAGTCGCGCAGGTACTAACCGTAGCGGG
ATCAGATTCCGGCGCCGGAGCAGGAATCCAAGCCGACATAAAAGTATGCGCGGCTCGTGG
CGTCTATTGCGCTTCCGTCATAACCGCCGTCACAGCTCAGAACACTCGTGGCGTTCAATC
CGTTCATCTTCTCCCTCCGCACTTCGCCTCTGAGCAGCTAAAATCAGTCCTTTCTGACTT
CGAAATCGACGTCGTAAGCTCTTCCTTCTTCTTCTGAGTGATTTGACTTGCTCTGTTTCT
CTCTTGCTCTGTTTCTCACTTGCTCTGTTCTCTTATGATGATGATGATGATAACTGTCAC
AGGTGAAGACTGGGATGCTTCCTTCCCCTGAAATCGTCCAAGTTCTTCTTCAGAGTCTGT
CAGATTATCCTGTCCGTGGTAGAGAAACCGAAACACATATTCGCTTCTTGTTCTGTTTTT
TTTTTAAGATACGAAAGGTTGTGTCTTTCAATAGGTTAATGTAGTTTTTTTCATTAATGC
AGCTTTGGTTGATCCTGTGATGGTATCTACAAGTGGCCATGTTCTGGCTGGTTCTTCTAT
CCTCTCCATCTTTCGGC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL7948Contig1 774 2 2 U
GGATCTCTCTGCTTTCTCCATTCCATTGCTGCTTCTTCCATGGCGTCAGACCAGAGCACG
AAGAACCCACCAACCATGGAGTCAAAGACGAGACACCCTCTTCACCAAATCGCCGACACA
CCAACGCACAAGCTCCTCCTGAAACAGTGGCTGAAAGAAGAAGAGCTCATCCTCAGCCGC
GTCTCCCACAAAGAGTCTCAGATCGATTCCGTGAGACGAGAGATCACTCAGCTCTACATC
TTCTTCTTCCTCTTCCACTCCATCTCTCTCCTCCTCCTCTTCCACGCCTCTTCTTCCTCC
TCTTCTCCTTCATCCGCGTGCAGAGATCATGGATCCCATCTCTCTGCGTTCTCTTGTCTT
CTCTCGGACTCATCTGGGCCGTGAGGTACAAGTCCGAAGTGGAGTCGCATCTCGAGAAGT
TGCTGGAGAGGGAGAAAGAAGATGCGAAGCTGTTGCGTAAGTGCGTTGAAGAGTTGAAGA
AGAAAGGGATCGAGTTTGATTTGCTAAAGGAAGTGGACGCGCTTCGCAGGGCGAAGAGCT
TGAGGGTTGAGTCTAAGGTCGTGAGGAAATGGTCTGCGAGGGACTTCGTGACGCTCTTCT
TCTTCTCTGTTTCGTGTTTGGTTCTTGCCATGATTAGACTCATTCTCTGTGACTAGATTG
TGTTATGAGGACTTCGTGACGCTCTTCTTCTTCTCTGTTTCGTGTTTGGTTCTTGCCATG
ATTAGACTCATTCTCTGTGACTAGATTGTGTTATGAATCTTTGCTCTCTTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GI72TF U 1
AF RR1GI72JQ C 201
BS 1 759 RR1GI72TF
BS 760 774 RR1GI72JQ

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AAGAACCCACCAACCATGGAGTCAAAGACGAGACACCCTCTTCACCAAATCGCCGACACA
CCAACGCACAAGCTCCTCCTGAAACAGTGGCTGAAAGAAGAAGAGCTCATCCTCAGCCGC
GTCTCCCACAAAGAGTCTCAGATCGATTCCGTGAGACGAGAGATCACTCAGCTCTACATC
TTCTTCTTCCTCTTCCACTCCATCTCTCTCCTCCTCCTCTTCCACGCCTCTTCTTCCTCC
TCTTCTCCTTCATCCGCGTGCAGAGATCATGGATCCCATCTCTCTGCGTTCTCTTGTCTT
CTCTCGGACTCATCTGGGCCGTGAGGTACAAGTCCGAAGTGGAGTCGCATCTCGAGAAGT
TGCTGGAGAGGGAGAAAGAAGATGCGAAGCTGTTGCGTAAGTGCGTTGAAGAGTTGAAGA
AGAAAGGGATCGAGTTTGATTTGCTAAAGGAAGTGGACGCGCTTCGCAGGGCGAAGAGCT
TGAGGGTTGAGTCTAAGGTCGTGAGGAAATGGTCTGCGAGGGACTTCGTGACGCTCTTCT
TCTTCTCTGTTTCGTGTTTGGTTCTTGCCATGATTAGACTCATTCTCTGTGACTAGATTG
TGTTATGAGGACTTCGTGACGCTCTTCTTCTTCTCTGTTTCGTGTTTGGTTCTTGCCATG
ATTAGACTCATTCTCTGTGACTAGATTGTGTTATGAATC

QA 1 759 1 759
DS 

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CATCTCTCTCCTCCTCCTCTTCCACGCCTCTTCTTCCTCCTCTTCTCCTTCATCCGCGTG
CAGAGATCATGGATCCCATCTCTCTGCGTTCTCTTGTCTTCTCTCGGACTCATCTGGGCC
GTGAGGTACAAGTCCGAAGTGGAGTCGCATCTCGAGAAGTTGCTGGAGAGGGAGAAAGAA
GATGCGAAGCTGTTGCGTAAGTGCGTTGAAGAGTTGAAGAAGAAAGGGATCGAGTTTGAT
TTGCTAAAGGAAGTGGACGCGCTTCGCAGGGCGAAGAGCTTGAGGGTTGAGTCTAAGGTC
GTGAGGAAATGGTCTGCGAGGGACTTCGTGACGCTCTTCTTCTTCTCTGTTTCGTGTTTG
GTTCTTGCCATGATTAGACTCATTCTCTGTGACTAGATTGTGTTATGAGGACTTCGTGAC
GCTCTTCTTCTTCTCTGTTTCGTGTTTGGTTCTTGCCATGATTAGACTCATTCTCTGTGA
CTAGATTGTGTTATGAATCTTTGCTCTCTTGCTT

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

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CATCCCCAGGGGGCCATAGAAGAAGATGAATAGGCCAGGAGACTGGAACTGCCGATTGTG
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ACTCTCGGCTGCTGCTGCAGCCCCCGGGTTTATAGACATGAGTGATGGTCCGAGACGCGG
TTTTTTTGGTTTCGGTAGCAGCAGTGGTGGTGGAGGCGGCATGGGCCGTTCTTCTTGGAA
ATCTGGAGATTGGATTTGCTCGAGGCCAGGCTGCAATGAACACAACTTCGCAAGCAGGTC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EK82TF U 1
AF RR1EK82JQ C 209
BS 1 692 RR1EK82TF
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BS 777 828 RR1EK82JQ

RD RR1EK82TF 776 0 0
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QA 1 776 1 776
DS 

RD RR1EK82JQ 620 0 0
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TGTGTTACCAGACTTTCTTTGGGTAAGTTAGAGAAGAGATAAAACTAGTGAAGAACCGAA
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GTTTCGTGTCTCGTATGACTTATGTCTGGTTAACTTTGAATGTAAGAAAATCAAGTAAAA
TTAGGAAGTGTTTTGCTCCT

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

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GGGTTTCGCTTAATCAACTGCCCTTACTGGATCAGACCTGCCATTACCATCTCTAACCAC
AATGATATACTTTTCTCAACAAAGAAACATGAGAAGACGAAAGATTTAGTGCCTGAAGAT
TTTTGGATTAAAGCACCGAAGAAAGGAGTTGTTGTCTTTGCAATACCTGGTGAAGCTGGT
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TGTTGGCTAAATACTACACTGACTGATACCAGAACAATGCTGAAAGGTATCGACTTTGAT
GGCTTTGAAAAGAGGAGACTACCAGCGCCGGGGTTCCATGTCGAGATAGTAATGGCAGAA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AZ48TF U 1
AF RR1AZ48JQ C 120
BS 1 682 RR1AZ48TF
BS 683 895 RR1AZ48JQ

RD RR1AZ48TF 682 0 0
GAACGTGTTCTAAATCAGTTTGGTGGGAAAGTTCCACCTGAACGAAGATGTATGCTCAGA
GGGTTTCGCTTAATCAACTGCCCTTACTGGATCAGACCTGCCATTACCATCTCTAACCAC
AATGATATACTTTTCTCAACAAAGAAACATGAGAAGACGAAAGATTTAGTGCCTGAAGAT
TTTTGGATTAAAGCACCGAAGAAAGGAGTTGTTGTCTTTGCAATACCTGGTGAAGCTGGT
CTAACGGAACTAGCCGGCGACTTCAAAATCCACTTTCAAGACAGTGATGGAGATTTCTAC
TGTTGGCTAAATACTACACTGACTGATACCAGAACAATGCTGAAAGGTATCGACTTTGAT
GGCTTTGAAAAGAGGAGACTACCAGCGCCGGGGTTCCATGTCGAGATAGTAATGGCAGAA
TCCACCCAACAACAACCTCAAAGCAGCTCCGGTGCTGATTCAGGCAAAATCAAGTCTAAA
CAGAACAGAGACGATGATGTATTCTCCGACAGTGATGGGGAAGAAGAGGAAGGAAACTCC
AAAACCGTTGAGTCTAGTTCAACTAATGACAAAACTGCAGGCTCGGTACACCAAACTAGT
AGAGATCACCAGATCAATGAGCCACCAAGGACTGATGACCATTCTGCAAACCGGAGCGTC
ACAAGTTCATCGTCCTCGGGTC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1AZ48JQ 776 0 0
CAATGATATACTTTTCTCAACAAAGAAACATGAGAAGACGAAAGATTTAGTGCCTGAAGA
TTTTTGGATTAAAGCACCGAAGAAAGGAGTTGTTGTCTTTGCAATACCTGGTGAAGCTGG
TCTAACGGAACTAGCCGGCGACTTCAAAATCCACTTTCAAGACAGTGATGGAGATTTCTA
CTGTTGGCTAAATACTACACTGACTGATACCAGAACAATGCTGAAAGGTATCGACTTTGA
TGGCTTTGAAAAGAGGAGACTACCAGCGCCGGGGTTCCATGTCGAGATAGTAATGGCAGA
ATCCACCCAACAACAACCTCAAAGCAGCTCCGGTGCTGATTCAGGCAAAATCAAGTCTAA
ACAGAACAGAGACGATGATGTATTTTCCGACAGTGATGGGGAAGAAGAGGAAGGAAACTC
CAAAACCGTTGAGTCTAGTTCAACTAATGACAAAACTGCAGGCTCGGTACACCAAACTAG
TAGAGATCACCAGATCAATGAGCCACCAAGGACTGATGACCATTCTGCAAACCGGAGCGT
CACAAGTTCATCGTCCTCGGGTCTTTATAATAATCCAGTGCAAGACGACTCATTGGCAGT
TAGTAATATCAAAGCTATTGCTGTAGATGCATCGGTCTTCTCCTTTGGAGATGAGGAAGA
AGACTATGAAAGCGACTGAGCTTGAAAATTCAAGTTTTTACCCCATATACACAGTTACAA
GTACAACATTTTTTTTGTAACGACTCTCTCTATTTAGATATAGCTTTCTAAGTACC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL7951Contig1 612 2 4 U
GGGAACAAGACGAAGAACAAACCAAAGAGATTATTTCCTTCATTCTCTTTGAACAATCGG
AGAGTTATGGCTTTAGCTGTCACTTCTTCTTCAACTGCCATCTCTGGTTCCAGTTTCTCA
CGCTCCGGACCTTCTTTGGATCCTAAAGCTCTTCAAATCTGTTCGTTTAGGTTATCTGAT
CTATCCCATGTCTCTCAAAGACGTTACTTTATCAAATCCCTAAAGGCTGAGTCACATACA
CGCAACGACTCTATGGTTACTCGTGCTTCGACCCTTATCACTCCTGAAGTGGAAGAGAAA
GAAGAAGAGGTTGAGGATTTCGAGCAACTCGCCAAGAAGCTCGAAGAGGCTTCACCACTT
GAAATCATGGACAAAGCTCTCCAGAAATTCGGAAGCAACATCGCTATTGCTTTCAGTGGG
GCTGAAGATGTTGCACTGATCGAATACGCTCGTTTAACCGGAAGGCCCTTCAGGGTTTTC
AGCTTAGACACGGGGAGATTAAACCCCGAAACCTACAGACTCTTCGACGCAGTGGAGAAG
CAGTACGGGATTCGGATCGAGTACACGTTCCCTGATGCGGTCGAGGTTCAAGCTTTGGTG
AGGAACAAGGGT


BQ
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AF RR1D740TF U 1
AF RR1EX60TF U 5
BS 1 204 RR1D740TF
BS 205 205 RR1EX60TF
BS 206 569 RR1D740TF
BS 570 612 RR1EX60TF

RD RR1D740TF 569 0 0
GGGAACAAGACGAAGAACAAACCAAAGAGATTATTTCCTTCATTCTCTTTGAACAATCGG
AGAGTTATGGCTTTAGCTGTCACTTCTTCTTCAACTGCCATCTCTGGTTCCAGTTTCTCA
CGCTCCGGACCTTCTTTGGATCCTAAAGCTCTTCAAATCTGTTCGTTTAGGTTATCTGAT
CTATCCCATGTCTCTCAAAGACGT*ACTTTATCAAATCCCTAAAGGCTGAGTCACATACA
CGCAACGACTCTATGGTTACTCGTGCTTCGACCCTTATCACTCCTGAAGTGGAAGAGAAA
GAAGAAGAGGTTGAGGATTTCGAGCAACTCGCCAAGAAGCTCGAAGAGGCTTCACCACTT
GAAATCATGGACAAAGCTCTCCAGAAATTCGGAAGCAACATCGCTATTGCTTTCAGTGGG
GCTGAAGATGTTGCACTGATCGAATACGCTCGTTTAACCGGAAGGCCCTTCAGGGTTTTC
AGCTTAGACACGGGGAGATTAAACCCCGAAACCTACAGACTCTTCGACGCAGTGGAGAAG
CAGTACGGGATTCGGATCGAGTACACGTT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1EX60TF 608 0 0
GG
AAGACGAAGAACAAACCAAAGAGATTATTTCCTTCATTCTCTTTGAACAATCGGAGAGTT
ATGGCTTTAGCTGTCACTTCTTCTTCAACTGCCATCTCTGGTTCCAGTTTCTCACGCTCC
GGACCTTCTTTGGATCCTAAAGCTCTTCAAATCTGTTCGTTTAGGTTATCTGATCTATCC
CATGTCTCTCAAAGACGTTACTTTATCAAATCCCTAAAGGCTGAGTCACATACACGCAAC
GACTCTATGGTTACTCGTGCTTCGACCCTTATCACTCCTGAAGTGGAAGAGAAAGAAGAA
GAGGTTGAGGATTTCGAGCAACTCGCCAAGAAGCTCGAAGAGGCTTCACCACTTGAAATC
ATGGACAAAGCTCTCCAGAAATTCGGAAGCAACATCGCTATTGCTTTCAGTGGGGCTGAA
GATGTTGCACTGATCGAATACGCTCGTTTAACCGGAAGGCCCTTCAGGGTTTTCAGCTTA
GACACGGGGAGATTAAACCCCGAAACCTACAGACTCTTCGACGCAGTGGAGAAGCAGTAC
GGGATTCGGATCGAGTACACGTTCCCTGATGCGGTCGAGGTTCAAGCTTTGGTGAGGAAC
AAGGGT

QA 3 608 3 608
DS 



AS 1 2

CO CL7952Contig1 1420 2 2 U
TGCTCTTTTGTGGAGTTGGAGTCTCACAGGACTCTTTCTCTTGAGCATTCTTGCAAATGG
GGTAATGGGTTCTGATGAAATGGACTTATTTAACAATTTCAGTGGCACAAATATGTTTCA
GAAACAAGATGATGGTGCAGATGTTCTGATGGTAGGACTCACTCTGGTTCAAACAGCTTC
AGCTGAAGGAGCTGTGTGTCTGGACGGGTCAGTGCCTGGATATCATTTGTATCGTGGGTA
CGGTTCAGGAGCAAACAACTGGATCATTCAGTTGCAGGGGGGTGCGTGGTGTGACAGCAT
AGAAGATTGTCAGAACCTTAAAAGGAGTCGTGTTGGTTCGTCTACTCTAATGGAAACACC
GATAGAGTTTAAAGGAATACTAAGCAATAAAGCCGCTGAAAATCCAGACTTTTACAATTG
GAATAAAGCAGTAGTTCGGTATTGTGATGGCGCATCCTTTAGCGGTGATAGCGAAAACAA
GACGGCACAACTTCAGTTTAGAGGAAAGCGTATATTTTTAGCCGTCATGGAAGATTTGAT
GGCAAAGGGAATGTGTCATGCCAAGCAGGCTTTGCTCAGCGGATGTTCTTCTGGGGGGTC
TTGCAGCGATTTTACGCTGCGATGATTTCAGTAGCCTGTTTCCTCCTACCACCAAAGTTA
AATGCATGAGCGATGCTGGTTTCTTCCTCGATGAGGTTGATATATCTGGAGCTCGTTCTA
TAAGGCGTATGTATTCTGGTGTCGTAAACACCCAGGGTTTACAAAATACGCTTCCTCGCA
CATGTACAAGCCATCTTGATCCAACTTCGTGCTTTTTCCCTCAAAACATAATCAACCAAG
TCAAGACACCGTTGTTTGTTCTCAACTCGGCATTTGATTCGTGGCAGATTGAAAATAGCA
TAGCTCCACCATCTGCTGATCCGAGTGACAGTTGGCATAATTGCAGGTCGAACTTCACGT
GCAACGCCTCTCAGATGGAATTCTTGGAAGGTTTCAGAATGAGCATGTTAGATACCTTAA
AGACCTTTTCGATGTCAAACAAGAACGGATTGTTTATTATCTCGCGCTGGGCTCATTGTC
TAGCGCAGAGAAAAGATACTTGGTTTCCTGGAAACTCTCAACCGGGTGAAGATAAGGGGA
TTGCTGTAGTTGTTGGAGATTGGTATTTCGAAAGAGCAAAAGAGTAAAGTTAACAGACTG
ATTATCACTGATTCACTGTGATAACAAGATACATTGTTAAGGAGATGTCTGTCTCACTTT
ATTCCCATAGATAATTGTTGAGTTTTTCATTGGAAGGCTGTGAAGGGATTCCATAAATGT
ATTTGTATTCATTTACTCAGCCAACAAATAATAAAAATATGTTCTTTGATCTTTTTTTTT
AAGTTCTTTGATCTTTAATTCTAAAAGAAATTCCCTCAGC


BQ
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AF RR1AX17TF U 1
AF RR1AX17JQ C 640
BS 1 691 RR1AX17TF
BS 692 1420 RR1AX17JQ

RD RR1AX17TF 691 0 0
TGCTCTTTTGTGGAGTTGGAGTCTCACAGGACTCTTTCTCTTGAGCATTCTTGCAAATGG
GGTAATGGGTTCTGATGAAATGGACTTATTTAACAATTTCAGTGGCACAAATATGTTTCA
GAAACAAGATGATGGTGCAGATGTTCTGATGGTAGGACTCACTCTGGTTCAAACAGCTTC
AGCTGAAGGAGCTGTGTGTCTGGACGGGTCAGTGCCTGGATATCATTTGTATCGTGGGTA
CGGTTCAGGAGCAAACAACTGGATCATTCAGTTGCAGGGGGGTGCGTGGTGTGACAGCAT
AGAAGATTGTCAGAACCTTAAAAGGAGTCGTGTTGGTTCGTCTACTCTAATGGAAACACC
GATAGAGTTTAAAGGAATACTAAGCAATAAAGCCGCTGAAAATCCAGACTTTTACAATTG
GAATAAAGCAGTAGTTCGGTATTGTGATGGCGCATCCTTTAGCGGTGATAGCGAAAACAA
GACGGCACAACTTCAGTTTAGAGGAAAGCGTATATTTTTAGCCGTCATGGAAGATTTGAT
GGCAAAGGGAATGTGTCATGCCAAGCAGGCTTTGCTCAGCGGATGTTCTTCTGGGGGGTC
TTGCAGCGATTTTACGCTGCGATGATTTCAGTAGCCTGTTTCCTCCTACCACCAAAGTTA
AATGCATGAGCGATGCTGGTTTCTTCCTCGA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1AX17JQ 781 0 0
TTCCTCCTACCACCAAAGTTAAATGCATGAGCGATGCTGGTTTCTTCCTCGATGAGGTTG
ATATATCTGGAGCTCGTTCTATAAGGCGTATGTATTCTGGTGTCGTAAACACCCAGGGTT
TACAAAATACGCTTCCTCGCACATGTACAAGCCATCTTGATCCAACTTCGTGCTTTTTCC
CTCAAAACATAATCAACCAAGTCAAGACACCGTTGTTTGTTCTCAACTCGGCATTTGATT
CGTGGCAGATTGAAAATAGCATAGCTCCACCATCTGCTGATCCGAGTGACAGTTGGCATA
ATTGCAGGTCGAACTTCACGTGCAACGCCTCTCAGATGGAATTCTTGGAAGGTTTCAGAA
TGAGCATGTTAGATACCTTAAAGACCTTTTCGATGTCAAACAAGAACGGATTGTTTATTA
TCTCGCGCTGGGCTCATTGTCTAGCGCAGAGAAAAGATACTTGGTTTCCTGGAAACTCTC
AACCGGGTGAAGATAAGGGGATTGCTGTAGTTGTTGGAGATTGGTATTTCGAAAGAGCAA
AAGAGTAAAGTTAACAGACTGATTATCACTGATTCACTGTGATAACAAGATACATTGTTA
AGGAGATGTCTGTCTCACTTTATTCCCATAGATAATTGTTGAGTTTTTCATTGGAAGGCT
GTGAAGGGATTCCATAAATGTATTTGTATTCATTTACTCAGCCAACAAATAATAAAAATA
TGTTCTTTGATCTTTTTTTTTAAGTTCTTTGATCTTTAATTCTAAAAGAAATTCCCTCAG
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL7953Contig1 1544 2 4 U
GGGATTTATAAACAAGAAAAAACGAATATAGCCATCATTTTGTGAGAGAGAATAGAGAGA
GAAGGCCATGGAAAGATAGATAATAACTCTCTGCTTATATTGAAATATACAGAGGAAAGA
GAGTGAGAGATGGGAGATTCAAGCGGTTCTGTCTCCATTGATATGGAGGCATTGTCTCTT
GGAGTACAGGAACACCTTGTGGAGACTACCTATGGCCCCGTATGTGTTGCCGTTTGTGGA
GATCCAGATAAACCTGCTCTTATCACATATCCTGATCTAGCTCTTAACTATATGTTCTGT
TTTCAAGGATTATTGTTTTGTCCAGAAGCTAGTTCCTTGCTACTCCACAACTTCTGCATA
TATCACATTAGCCCTCTAGGCCATGAGTTGGGAGCTCCAGTGATCAGTGTTGATGCTCCT
TTGCTCTCCGCTGGTGACTTAGCAGACCAGATTGTTGAGGTTCTTAACTATTTTGGACTT
GGTGCAGTCATGTGTATGGGTGTCACAGCAGGAGCTTACATTCTGACATTATTTGCTATG
AAGTACAGGCAGAGAGTTCTGGGATTAATACTCGTCTCTCCACTGTGCCAAGCGCCTTCT
TGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAGGTTATGTCTAATTTACTTTATTACTATGGCATGTGT
GGAGTGGTTAAGGAATTGTTACTAAAACGGTACTTCAGCAAGGAAGTTCGTGGTAATGCT
CAAGTTCCAGAATCAGATATTGTTCAAGAATGCAGAAGATTACTTTGCGAGCGGCAGAGT
ACAAATGTATGGAGATTCCTTGAGGCAATCAACGGGAGAGTGGATCTTAGCGAAGGGTTG
AGGAAATTGCAATGCAGAACTTTGATATTCATCGGTGAAAGTTCTGCTTACCACTCAGAG
GCCGTTCACGTGACCACCAAACTAGACAGACGATACGGTGCGTTAGTCGAGGTACAAGGA
ACTGGGTCGTTGGTGACTGAAGAGCAGCCACAGGCGATGGTAATACCAATGGAATACTTT
TTGATGGGATATGGCTTGTATCGTCCTGCGTATAGTGTAAGCCCAAGAAGTCCTTTGAGC
CCAACTAGAATCTCCCCCGAGCTGCTCTCCCCTGAAAACATGGGGTTGAAGCTCAAACCG
ATTAAGACAAGACTCTCCTTATGACGCTTCCTTCTTGTGCTACGGAAAATATTACAGCAT
TATACCTGATGATACACTACGTCTACGTGAATCGCCATTATTGTTTTTGGAGTTTGAGCT
ACTCTTGTGTTATGATTAAAGCTGTAGATATAGATAGAGACATTGATCATTTATATATAT
ATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAAGAAGAAGAGTTAAA
AGAGGAATAAGGGAAGGGATTGACATATAGTAGAGAGAATACAGATGTTTTATGTTTTTG
AGTTCTTATAGTAGTTTGTCTTCAGTGAGTGAGCAGCTGTTCTTGTTCTGTCTGTATATT
TGGTTGAATTATTATTTAAGGAAAATTTCTCATAATATGTTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AI63TF U 1
AF RR1AI63JQ C 743
BS 1 804 RR1AI63TF
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BS 828 1544 RR1AI63JQ

RD RR1AI63TF 827 0 0
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GAAGGCCATGGAAAGATAGATAATAACTCTCTGCTTATATTGAAATATACAGAGGAAAGA
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GGAGTACAGGAACACCTTGTGGAGACTACCTATGGCCCCGTATGTGTTGCCGTTTGTGGA
GATCCAGATAAACCTGCTCTTATCACATATCCTGATCTAGCTCTTAACTATATGTTCTGT
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TATCACATTAGCCCTCTAGGCCATGAGTTGGGAGCTCCAGTGATCAGTGTTGATGCTCCT
TTGCTCTCCGCTGGTGACTTAGCAGACCAGATTGTTGAGGTTCTTAACTATTTTGGACTT
GGTGCAGTCATGTGTATGGGTGTCACAGCAGGAGCTTACATTCTGACATTATTTGCTATG
AAGTACAGGCAGAGAGTTCTGGGATTAATACTCGTCTCTCCACTGTGCCAAGCGCCTTCT
TGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAGGTTATGTCTAATTTACTTTATTACTATGGCATGTGT
GGAGTGGTTAAGGAATTGTTACTAAAACGGTACTTCAGCAAGGAAGTTCGTGGTAATGCT
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ACAAATGTATGGAGATTCCTTGAG*CAATCAACGGGAGAGTGGATCT

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1AI63JQ 802 0 0
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AGCAGCCACAGGCGATGGTAATACCAATGGAATACTTTTTGATGGGATATGGCTTGTATC
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TGCTCTCCCCTGAAAACATGGGGTTGAAGCTCAAACCGATTAAGACAAGACTCTCCTTAT
GACGCTTCCTTCTTGTGCTACGGAAAATATTACAGCATTATACCTGATGATACACTACGT
CTACGTGAATCGCCATTATTGTTTTTGGAGTTTGAGCTACTCTTGTGTTATGATTAAAGC
TGTAGATATAGATAGAGACATTGATCATTTATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAAGAAGAAGAGTTAAAAGAGGAATAAGGGAAGGGATTG
ACATATAGTAGAGAGAATACAGATGTTTTATGTTTTTGAGTTCTTATAGTAGTTTGTCTT
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AAATTTCTCATAATATGTTTTT

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL7954Contig1 584 2 1 U
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TTATCTCTTTATTGACTTCAGTGCTTACTATGGAGCAGAAGCTGAAGGTTTTGGTTTGAT
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TATATTTACCTTGTCTTCAATCCAATAAAAGAACTCTTTGTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1G925JQ C 1
AF RR1G925TF U 1
BS 1 584 RR1G925TF

RD RR1G925JQ 584 0 0
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CTTGGTTAAAAACTTTAGTGAAATGGAAGGTGTTAAGATCTCTGAACCTCAGGGAGCCTT
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QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1G925TF 584 0 0
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CTTGGTTAAAAACTTTAGTGAAATGGAAGGTGTTAAGATCTCTGAACCTCAGGGAGCCTT
TTATCTCTTTATTGACTTCAGTGCTTACTATGGAGCAGAAGCTGAAGGTTTTGGTTTGAT
CAATGACTCATCGTCTCTTGCATTATACTTTCTTGACAAGTTTCAGGTTGCAACGGTTCC
TGGCGATGCTTTTGGGGACGATACTTGTATTCGGATTTCATACGCCACGTCTCTCGACGT
TCTACGAGCTGCAGTTGAGAAGATCAGGAAAGCTCTTGAGCCACTCCGTGCCACTGTCTC
TGTGTAACGGTTCGGACAAAAACAAAGTGTTTTTGATCGTTTATATGATGTTGTAAACTA
TATATTTACCTTGTCTTCAATCCAATAAAAGAACTCTTTGTCTC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL7955Contig1 830 2 1 U
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BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B370TF U 1
AF RR1B370JQ C 4
BS 1 830 RR1B370TF

RD RR1B370TF 830 0 0
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AAGCTTCGGGCTTCAGAGATAGCGATACAAAACACTGGCTACATAGCACCAGAACATGGG
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AAATGGGCATCAACCAGACTTCATGACAGAAGAAGCTTGGAACAGATGATTGATCAAGGC
ATAGTCGGCACATTCTCCTCAAGTGTCGCCTCACACTACGCAGACATTATCTCCCTATGC
ACTCAGGCAGAAAAGGAGTTTAGACCAGCGGTTTCAGAAATAGTGGAAGCACTCACTGCA
CTGATAGAGAAACAGAACAAGGAATCAAGCAGCGTAGCAGACAAGACGGAGGTTGACCCT
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QA 1 830 1 830
DS 

RD RR1B370JQ 827 0 0
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CTTCCTATTGCCCATAGCGATCTGAAAGCAACAAACATTTTGCTAGACGAAGAACTTACT
CCTCGTATTGCTGACTGTGGGCTTGCTAGTCTAAGGCCACTTACAAGCAACAGTGTCAAG
CTTCGGGCTTCAGAGATAGCGATACAAAACACTGGCTACATAGCACCAGAACATGGGCAA
CCAGGAAGCAGTGGCACAAAGAGCGACACTTTTGCACTGGGTATGCTACTCTTGGAGCTG
TTAACAGGAAGGAAAGCATTTGACAGCTCGCGACCCCAAGGAGAACAGCTGCTGGTGAAA
TGGGCATCAACCAGACTTCATGACAGAAGAAGCTTGGAACAGATGATTGATCAAGGCATA
GTCGGCACATTCTCCTCAAGTGTCGCCTCACACTACGCAGACATTATCTCCCTATGCACT
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ATAGAGAAACAGAACAAGGAATCAAGCAGCGTAGCAGACAAGACGGAGGTTGACCCTTTT
AGCAAGTCTTTCTGTTCAACACGCACGCGTTTCCTCTCCTCACCTACCTTCAGCCACGTT
TCCAATTGATCTTTTTTTGTGTATCTCCTCTTCATACACATACTCGTTACTGTCAAAAGA
ATTTGTTCTGGGAATATTATATGATAACAATAAACTAGTCATTGTCG

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

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AGATTGGCAGAACTACCTGACTCCGGAGATGGCAGCTCGAATCGATGGATTGATGGTGGA
GAGATTGAAGGGTTCTGGTTTGCTTGAACGATAAGTAACTGGTTACAACACAAGTTGGCT
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TCGCTATGTGTGAATCTGAATTTGCTTCATAAATTTGTCCTGAACTTTCAGCTTTGATTA
AAGTCTTATTAGATTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AZ34JQ C 1
AF RR1AZ34TF U 1
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AAGTCTTATTAGATTCT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1AZ34TF 557 0 0
GCCGTATCTTTATCATGTCTTGTCGTACTGGAAAGCTCACCAAGAGAATCCAGATCAGAT
CTTGTTTCTCAAGTATGAGAAGATGAGAGCTGATCCTTTGTCCTATGTGAGGAGACTTGC
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TGTGGATCTTTGCAGTTTCGAGACGTTGAAGAATCTTGAATCCAACAAAGGGGAGAAGAA
AATGGAGATCCGTCCTTCTAGTTTTGCGAATAGTGCGTTTTTCAGGAAGGGTGAGATCGG
AGATTGGCAGAACTACCTGACTCCGGAGATGGCAGCTCGAATCGATGGATTGATGGTGGA
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CCTTCTCTCATTTTAATTCCACGTGTTAAATCAAGAATAAATCCTGTTTCGCGTTTTGAT
TCGCTATGTGTGAATCTGAATTTGCTTCATAAATTTGTCCTGAACTTTCAGCTTTGATTA
AAGTCTTATTAGATTCT

QA 1 557 1 557
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7958Contig1 774 2 2 U
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CTGTTCTTCTTCAGGTTTTAAATTTTTAATGGAGAGAACAAACATAGCAAGCAAAGACGT
AAAGAGAAGGGAATGTTACCTGAAGGCATAGACTTGACCTCGTCTCCGGCTACAACAACA
CGTCTCGCAGGATAATGTTGCCGGTAAAATACCTGGAAGATCCCATTCATACATCCAAAT
TGTTTATTCAGATTTGGATTCTCGTCTGACAAGTTATACAAAAGCTTTGCCGACATCTTC
TTCCTTGTCTTCCTTAGCTCTGGTTCGTAGAAGGCTTAGTCTTCTTTATTCTATCATATA
AGTTCTTGAAAATATTCAGTTTCAAGTTTCTCCTCTGTTTTGTGCCTCATGGAAAGTAAA
AGAAGAAGAAGAGACGGGAGGACAAAGAACCTAGCATTAAGGCAACGGATCAGCTACTTG
TGAAGTTATGACCAGACAAGATATTAGGTTTCTTTGTGTTTGTTCTCTTGGAGGGTTCCT
TGAAGAAGAAAGAAGAGAATGGAAAAAGAGTTTTTTTTTGTTTGTGTTGTTTGATAGAAA
TGAATCTGCAAAAGGCAAAAGAGCTCTCTCTTTCTATACAATTATATGGAGAAGCTCGTG
AAGCATATATAACATCGGTTGTGTGATGTATATACACATGCGTGTACACATGTATACGTG
TGTATCCGTAGATTTATACAGTGTAAGAGAATGTAATTGAATTGTTTAATATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D119TF U 1
AF RR1D119JQ C 12
BS 1 567 RR1D119TF
BS 568 774 RR1D119JQ

RD RR1D119TF 567 0 0
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CTGTTCTTCTTCAGGTTTTAAATTTTTAATGGAGAGAACAAACATAGCAAGCAAAGACGT
AAAGAGAAGGGAATGTTACCTGAAGGCATAGACTTGACCTCGTCTCCGGCTACAACAACA
CGTCTCGCAGGATAATGTTGCCGGTAAAATACCTGGAAGATCCCATTCATACATCCAAAT
TGTTTATTCAGATTTGGATTCTCGTCTGACAAGTTATACAAAAGCTTTGCCGACATCTTC
TTCCTTGTCTTCCTTAGCTCTGGTTCGTAGAAGGCTTAGTCTTCTTTATTCTATCATATA
AGTTCTTGAAAATATTCAGTTTCAAGTTTCTCCTCTGTTTTGTGCCTCATGGAAAGTAAA
AGAAGAAGAAGAGACGGGAGGACAAAGAACCTAGCATTAAGGCAACGGATCAGCTACTTG
TGAAGTTATGACCAGACAAGATATTAGGTTTCTTTGTGTTTGTTCTCTTGGAGGGTTCCT
TGAAGAAGAAAGAAGAGAATGGAAAAA

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1D119JQ 763 0 0
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CAGGTTTTAAATTTTTAATGGAGAGAACAAACATAGCAAGCAAAGACGTAAAGAGAAGGG
AATGTTACCTGAAGGCATAGACTTGACCTCGTCTCCGGCTACAACAACACGTCTCGCAGG
ATAATGTTGCCGGTAAAATACCTGGAAGATCCCATTCATACATCCAAATTGTTTATTCAG
ATTTGGATTCTCGTCTGACAAGTTATACAAAAGCTTTGCCGACATCTTCTTCCTTGTCTT
CCTTAGCTCTGGTTCGTAGAAGGCTTAGTCTTCTTTATTCTATCATATAAGTTCTTGAAA
ATATTCAGTTTCAAGTTTCTCCTCTGTTTTGTGCCTCATGGAAAGTAAAAGAAGAAGAAG
AGACGGGAGGACAAAGAACCTAGCATTAAGGCAACGGATCAGCTACTTGTGAAGTTATGA
CCAGACAAGATATTAGGTTTCTTTGTGTTTGTTCTCTTGGAGGGTTCCTTGAAGAAGAAA
GAAGAGAATGGAAAAAGAGTTTTTTTTTGTTTGTGTTGTTTGATAGAAATGAATCTGCAA
AAGGCAAAAGAGCTCTCTCTTTCTATACAATTATATGGAGAAGCTCGTGAAGCATATATA
ACATCGGTTGTGTGATGTATATACACATGCGTGTACACATGTATACGTGTGTATCCGTAG
ATTTATACAGTGTAAGAGAATGTAATTGAATTGTTTAATATTT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL7959Contig1 557 2 1 U
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ATCGTCCACAAGTTGCGTGGAACAGAGTATGAGAGAGCCAATAGCCACTAGTATGAGCTA
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TTAGTAGTCGCAAGAAGAGGCCTATAACCAAGGCCGGCCACTTTGACTCACAGTTTACTC
AGGTAAAGTCTCCTTTGGTCTGCAAAACAAAAAAAAGACATGCAAGTCAAAGTCAAAGTG
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TCTTCACCTACGCAAGTTGCATGTTGTTGAATAAAATGGTTTTAAAACTTGAACAATGTT
CCATCATCAACGAAGAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AN07JQ C 1
AF RR1AN07TF U 1
BS 1 557 RR1AN07TF

RD RR1AN07JQ 557 0 0
GGGACATTCTTAAACCTTTGAAACAGAGTAAGTTGCGTGGAACAGAGTATGAGAGAGCCA
ATCGTCCACAAGTTGCGTGGAACAGAGTATGAGAGAGCCAATAGCCACTAGTATGAGCTA
TCCTTGTGCGTGGTGGGTGTTTGATCCTAACGACCAGGATAATTGGGTGTGGCTTACATT
GTTCAAGTTGATGCTGCTCCGTTATAGCAATTAATTATCTCCAACACTATGAAGTTGATA
TTAGTAGTCGCAAGAAGAGGCCTATAACCAAGGCCGGCCACTTTGACTCACAGTTTACTC
AGGTAAAGTCTCCTTTGGTCTGCAAAACAAAAAAAAGACATGCAAGTCAAAGTCAAAGTG
AACAAGCGAATAATCCTCCATTGACAAAGAAGTTGGTCAAGACCTCTGAGAAAAGAATGT
TCTTTTCGTTGATTTGCATAACCCCAGCTTTGAGTTTGCACTCCCACTTGTTCTTTCGCT
TCTTCACCTACGCAAGTTGCATGTTGTTGAATAAAATGGTTTTAAAACTTGAACAATGTT
CCATCATCAACGAAGAA

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1AN07TF 557 0 0
GGGACATTCTTAAACCTTTGAAACAGAGTAAGTTGCGTGGAACAGAGTATGAGAGAGCCA
ATCGTCCACAAGTTGCGTGGAACAGAGTATGAGAGAGCCAATAGCCACTAGTATGAGCTA
TCCTTGTGCGTGGTGGGTGTTTGATCCTAACGACCAGGATAATTGGGTGTGGCTTACATT
GTTCAAGTTGATGCTGCTCCGTTATAGCAATTAATTATCTCCAACACTATGAAGTTGATA
TTAGTAGTCGCAAGAAGAGGCCTATAACCAAGGCCGGCCACTTTGACTCACAGTTTACTC
AGGTAAAGTCTCCTTTGGTCTGCAAAACAAAAAAAAGACATGCAAGTCAAAGTCAAAGTG
AACAAGCGAATAATCCTCCATTGACAAAGAAGTTGGTCAAGACCTCTGAGAAAAGAATGT
TCTTTTCGTTGATTTGCATAACCCCAGCTTTGAGTTTGCACTCCCACTTGTTCTTTCGCT
TCTTCACCTACGCAAGTTGCATGTTGTTGAATAAAATGGTTTTAAAACTTGAACAATGTT
CCATCATCAACGAAGAA

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

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TCTCTTGCAATCATTATTTTTCTTACTCTTTGATTTTCCAAGAAAATCATCCTTCATGTT
CTCTCTTTTTTCCCAGATAGTGTTTGCCTTTTAGAGACAGTAAGTTATATGCACCAAGCT
TTTTCTCTACTAAACTTTGTCATCTTCGTGTTTGGGTGGAGCGTCGGTGACGGTTTGTGC
GGTGGTCTCTAAGACTCTAACTCACCCATTTAATTTGGAATCTGAACACATGACAGAACA
GGCGTGGGGATTATGGTGTGGCGGTTCTCTATGAGAGCTCCGGCGCTCTAGTGATTCATT
GATTAGAATACGGTGTTGGTTGTCACTGTAAGAGGACGACGTTCACGCCGTCGGACTCTG
TTGATTAGCCATCGCGGTGTTAGGGTTGTCCCGATTGATGTGAGATCTTAGTTCATCGAT
GGCGGATATTTTCTTGGCGATGGTGGTGGTTCTCCGAGACCTGCATCCTGATCGGTCGAT
TGATGGGAGGCACATAGATCCTCGGACTTGCCAGAAGGTGAGCTCTAATTACGACTGCAG
CGGTTAGGGTTTGTTGGGATCCAAATCTCCTTTTTTGAGAATTGGTGTTGGCGGCCGCAG
GACACCTTCGACGCTGGCGTTACATTGAAAATACACTGACGACGGCAGCTGGTCTTCCTT
TGCTTCTATTGTTTTGCCCGAATATTGGCCGCGTTCTGTTTTTCTGAAAGGGAAAGAATT
AATGAGATATTATTAATAAAAAGTAAAATTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EX07TF U 1
AF RR1EX07JQ C 200
BS 1 660 RR1EX07TF
BS 661 661 RR1EX07JQ
BS 662 704 RR1EX07TF
BS 705 705 RR1EX07JQ
BS 706 715 RR1EX07TF
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BS 730 815 RR1EX07JQ

RD RR1EX07TF 734 0 0
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TCTCTTGCAATCATTATTTTTCTTACTCTTTGATTTTCCAAGAAAATCATCCTTCATGTT
CTCTCTTTTTTCCCAGATAGTGTTTGCCTTTTAGAGACAGTAAGTTATATGCACCAAGCT
TTTTCTCTACTAAACTTTGTCATCTTCGTGTTTGGGTGGAGCGTCGGTGACGGTTTGTGC
GGTGGTCTCTAAGACTCTAACTCACCCATTTAATTTGGAATCTGAACACATGACAGAACA
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GATTAGAATACGGTGTTGGTTGTCACTGTAAGAGGACGACGTTCACGCCGTCGGACTCTG
TTGATTAGCCATCGCGGTGTTAGGGTTGTCCCGATTGATGTGAGATCTTAGTTCATCGAT
GGCGGATATTTTCTTGGCGATGGTGGTGGTTCTCCGAGACCTGCATCCTGATCGGTCGAT
TGATGGGAGGCACATAGATCCTCGGACTTGCCAGAAGGTGAGCTCTAATTACGACTGCAG
CGGTTAGGGTTTGTTGGGATCCAAATCTCCTTTTTTGAGAATTGGTGTTGGCGGCCGCAG
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TGCTTCTAT
GTTTG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1EX07JQ 616 0 0
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GGCGGTTCTCTATGAGAGCTCCGGCGCTCTAGTGATTCATTGATTAGAATACGGTGTTGG
TTGTCACTGTAAGAGGACGACGTTCACGCCGTCGGACTCTGTTGATTAGCCATCGCGGTG
TTAGGGTTGTCCCGATTGATGTGAGATCTTAGTTCATCGATGGCGGATATTTTCTTGGCG
ATGGTGGTGGTTCTCCGAGACCTGCATCCTGATCGGTCGATTGATGGGAGGCACATAGAT
CCTCGGACTTGCCAGAAGGTGAGCTCTAATTACGACTGCAGCGGTTAGGGTTTGTTGGGA
TCCAAATCTCCTTTTTTGAGAATTGGTGTTGGCGGCCGCAGGACACCTTCGACGCTGGCG
TTACATTGAAAATACACTGACGACGGCAGCTGGTCTTCCTTTGCTTCTATTGTTTTGCCC
GAATATTGGCCGCGTTCTGTTTTTCTGAAAGGGAAAGAATTAATGAGATATTATTAATAA
AAAGTAAAATTTCACC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL7961Contig1 907 2 8 U
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CGATCAGATCTGCTGGGAGACGACTTCTCTGTAACCGCCTCAAGCTCTATTGACTGGCTA
TCGAAATTCAACACCGTTACGGATCTCGACTGCATTCAATCGTCGTCATTAACGCTCATT
AACATCATCTCGCGATTCCTCACATGATTTTTCATTCAATACACCCCCTCAATTCATTTG
TTCTGTGAATCTAAAGCTATAAATATGTGAGTTTCTTTATGTGAAATCACAAGTTTTATC
CTCTCAATCATTCCCAAACTTTTAGAGATTAGAATGTCAAACTTCTTCTCATGCTCTCTA
GCTTGAAAGCCGTCGTTGTAGCGCGACCTTCGAGGTTCGCCTGCTGAGATTTTAGGAGTC
GAGATTTCTGTCTCTCTCTCTCTGTAGTATGCGTTTTTTTTTGGGTTTCTTCTTTCTCTC
GCTTGAAAGTTTTGAATTTTTGTTGTTGAATTCAACATTGAACTTGCTGAGACAAGAGTC
ATGTGCTTTGAAAGAATATATTACTTTTTTTTTTGACAGATATCAAAGATTATGTCACAG
GATTTGAGGATCTTGAACAGATGAACCTGCACAAGTCAAATCTGTCATTAGGATCTATAT
TTGTGTTCTCTCTGGTGAGCCACGTCTTGCAAAGACAACCTCTCAATGGAATTACTACAG
CTGCTGGTTTTGATGTCTTCCAACTAATATTTTTCACAGCGAGTTATTATTCTTTACTTG
CTTACCTGTAGGTACATATATAATATCGAAGGTTTCATTTGTGTTGGAACTAAGTTGTTT
TGAGTGTTTCAAAAGTTCATGTTTTAGTGACTTGATCACTTTCATATAATTAAGCACAAC
AAAGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH54TF U 1
AF RR1CH54JQ C 172
BS 1 651 RR1CH54TF
BS 652 652 RR1CH54JQ
BS 653 697 RR1CH54TF
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BS 714 746 RR1CH54TF
BS 747 907 RR1CH54JQ

RD RR1CH54TF 749 0 0
GGGTTGTCGGCCGCCCAACCGTCAATGAACGTTCTATTGTGTTCCGAACATCGATTTTTT
CGATCAGATCTGCTGGGAGACGACTTCTCTGTAACCGCCTCAAGCTCTATTGACTGGCTA
TCGAAATTCAACACCGTTACGGATCTCGACTGCATTCAATCGTCGTCATTAACGCTCATT
AACATCATCTCGCGATTCCTCACATGATTTTTCATTCAATACACCCCCTCAATTCATTTG
TTCTGTGAATCTAAAGCTATAAATATGTGAGTTTCTTTATGTGAAATCACAAGTTTTATC
CTCTCAATCATTCCCAAACTTTTAGAGATTAGAATGTCAAACTTCTTCTCATGCTCTCTA
GCTTGAAAGCCGTCGTTGTAGCGCGACCTTCGAGGTTCGCCTGCTGAGATTTTAGGAGTC
GAGATTTCTGTCTCTCTCTCTCTGTAGTATGCGTTTTTTTTTGGGTTTCTTCTTTCTCTC
GCTTGAAAGTTTTGAATTTTTGTTGTTGAATTCAACATTGAACTTGCTGAGACAAGAGTC
ATGTGCTTTGAAAGAATATATTACTTTTTTTTTTGACAGATATCAAAGATTATGTCACAG
GATTTGAGGATCTTGAACAGATGAACCTGCACAAGTCAAATCTGTCATTAG*ATCTATAT
TTGTGTTCTCTCTGGTGAGCCACGTCTTGCAAAGACA*CCTCTCAATGGAAT*ACTACAG
CTGCTGGTTTTGATGTCTTCCAACTA
TAT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1CH54JQ 736 0 0
ACGCTCATTAACATCATCTCGCGATTCCTCACATGATTTTTCATTCAATACACCCCCTCA
ATTCATTTGTTCTGTGAATCTAAAGCTATAAATATGTGAGTTTCTTTATGTGAAATCACA
AGTTTTATCCTCTCAATCATTCCCAAACTTTTAGAGATTAGAATGTCAAACTTCTTTTCA
TGCTCTCTAGCTTGAAAGCCGTCGTTGTAGCGCGACCTTCGAGGTTCGCCTGCTGAGATT
TTAGGAGTCGAGATTTCTGTCTCTCTCTCTCTGTAGTATGCGTTTTTTTTTGGGTTTCTT
CTTTCTCTCGCTTGAAAGTTTTGAATTTTTGTTGTTGAATTCAACATTGAACTTGCTGAG
ACAAGAGTCATGTGCTTTGAAAGAATATATTACTTTTTTTTTTGACAGATATCAAAGATT
ATGTCACAGGATTTGAGGATCTTGAACAGATGAACCTGCACAAGTCAAATCTGTCATTAG
GATCTATATTTGTGTTCTCTCTGGTGAGCCACGTCTTGCAAAGACAACCTCTCAATGGAA
TTACTACAGCTGCTGGTTTTGATGTCTTCCAACTAATATTTTTCACAGCGAGTTATTATT
CTTTACTTGCTTACCTGTAGGTACATATATAATATCGAAGGTTTCATTTGTGTTGGAACT
AAGTTGTTTTGAGTGTTTCAAAAGTTCATGTTTTAGTGACTTGATCACTTTCATATAATT
AAGCACAACAAAGGAC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL7962Contig1 557 2 1 U
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AATGGTGACTGCCAAGAAGACGAAGAAGTCTCACGAGGGAATCAACAGTAGGTTGGCTCT
TGTGATGAAGAGTGGTAAATACACTCTTGGTTACAAGTCCGTCCTCAAGTCTCTCCGTGG
CTCCAAAGGGAAGCTTATTCTCATCTCTTCTAACTGCCCACCGTTGAGGAGATAGGAGAT
TGAGTATTACGCAATGCTCGCCAAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAACGTTTA
TTTGGGTACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATCGTTGATCCTGG
TGATTCTGACATTATCAAGAGCATTCCTGGTGATCAGTGATAAACCATTATCGATTTTGT
TTTTCCCCTACTTCTATGGATATTCTCAAAATTTTATTAGCAAACAATCTTGTGTTTGGT
GTTTTGTTATTTTACATGGAAAATATAAATGTTTTTCTCATCAAATTCTCATTTCCTAAT
CAAGAAAATTAATGTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FT62JQ C 1
AF RR1FT62TF U 1
BS 1 557 RR1FT62TF

RD RR1FT62JQ 557 0 0
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CTCCAAAGGGAAGCTTATTCTCATCTCTTCTAACTGCCCACCGTTGAGGAGATAGGAGAT
TGAGTATTACGCAATGCTCGCCAAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAACGTTTA
TTTGGGTACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATCGTTGATCCTGG
TGATTCTGACATTATCAAGAGCATTCCTGGTGATCAGTGATAAACCATTATCGATTTTGT
TTTTCCCCTACTTCTATGGATATTCTCAAAATTTTATTAGCAAACAATCTTGTGTTTGGT
GTTTTGTTATTTTACATGGAAAATATAAATGTTTTTCTCATCAAATTCTCATTTCCTAAT
CAAGAAAATTAATGTCG

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR1FT62TF 557 0 0
GGGATCTCTCCTCTGCCGCACAGATCCAGGACAGGACAGTTGTTTCTCAATCTCTTCCAA
AATGGTGACTGCCAAGAAGACGAAGAAGTCTCACGAGGGAATCAACAGTAGGTTGGCTCT
TGTGATGAAGAGTGGTAAATACACTCTTGGTTACAAGTCCGTCCTCAAGTCTCTCCGTGG
CTCCAAAGGGAAGCTTATTCTCATCTCTTCTAACTGCCCACCGTTGAGGAGATAGGAGAT
TGAGTATTACGCAATGCTCGCCAAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAACGTTTA
TTTGGGTACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATCGTTGATCCTGG
TGATTCTGACATTATCAAGAGCATTCCTGGTGATCAGTGATAAACCATTATCGATTTTGT
TTTTCCCCTACTTCTATGGATATTCTCAAAATTTTATTAGCAAACAATCTTGTGTTTGGT
GTTTTGTTATTTTACATGGAAAATATAAATGTTTTTCTCATCAAATTCTCATTTCCTAAT
CAAGAAAATTAATGTCG

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

CO CL7963Contig1 784 2 2 U
GGACTCATTGTTCTTAATGATGATATCAATAATAGAATCCCACTATTTTCTCATCCTTTG
AGCTTCCCATCCTTAACTTTCTATTTCTTTCACTATATATTTGCCTCCTTCCGAAACCCT
CGATCCATCAGATTTTTTTAATAATTTTTAACTATCAAATCCGGTGCACTATTGGAGAAT
TCGCAACTTCCGGTGTCGGATTGAAGGCTGGTAGTTGTAGGGAGACCGTTGTGACAAGGC
TTCTGCGGATTTGGAAAGCACTCGAAGGGTGGTGATCTCATTGGTGTGGTGGATGCGAAG
TCAACTTTCATCAAGTGATCTATAAGCGTACATCGGTTAAACACCTTTCAACACCTCCTC
GAAAAGGGTTCACTTTATGAGATCAGTCTCTTCGATTGTAACAAGCACTAATCAGAACTT
TAAAGTCTCGACGCCCCCGTTTCTGTTAGATTGATGGAGAAGACCCTTTTGTTGAGATTG
CACCATATCTATTCAAAGTTGTTCAGATATTATTCGGGAAATAAGGGGAATCAAGACCAC
TTATAACGATGAAAGCCAACAGGTCCAGTTAATCATGTTCACCCTAAGAATAGAGAGGGG
CACAAATGTCTACTTCAGTGTTTTCTACAACCCTCGCAAACAAGCTTGATGAGAAATTGG
TACTCACGGGTGATGAGCATAAGGTCATTGTAGCAACAAACATAAACCCGATGTTAGTTG
GAGGTACAACTTCCAGTAACTTTTATCATTTCATGCTTTCAATTTGTAAAAAAACAGTAA
CTGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR1BP46TF U 1
AF RR1BP46JQ C 2
BS 1 558 RR1BP46TF
BS 559 784 RR1BP46JQ

RD RR1BP46TF 558 0 0
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AGCTTCCCATCCTTAACTTTCTATTTCTTTCACTATATATTTGCCTCCTTCCGAAACCCT
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TCGCAACTTCCGGTGTCGGATTGAAGGCTGGTAGTTGTAGGGAGACCGTTGTGACAAGGC
TTCTGCGGATTTGGAAAGCACTCGAAGGGTGGTGATCTCATTGGTGTGGTGGATGCGAAG
TCAACTTTCATCAAGTGATCTATAAGCGTACATCGGTTAAACACCTTTCAACACCTCCTC
GAAAAGGGTTCACTTTATGAGATCAGTCTCTTCGATTGTAACAAGCACTAATCAGAACTT
TAAAGTCTCGACGCCCCCGTTTCTGTTAGATTGATGGAGAAGACCCTTTTGTTGAGATTG
CACCATATCTATTCAAAGTTGTTCAGATATTATTCGGGAAATAAGGGGAATCAAGACCAC
TTATAACGATGAAAGCCA

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR1BP46JQ 783 0 0
GACTCATTGTTCTTAATGATGATATCAATAATAGAATCCCACTATTTTCTCATCCTTTGA
GCTTCCCATCCTTAACTTTCTATTTCTTTCACTATATATTTGCCTCCTTCCGAAACCCTC
GATCCATCAGATTTTTTTAATAATTTTTAACTATCAAATCCGGTGCACTATTGGAGAATT
CGCAACTTCCGGTGTCGGATTGAAGGCTGGTAGTTGTAGGGAGACCGTTGTGACAAGGCT
TCTGCGGATTTGGAAAGCACTCGAAGGGTGGTGATCTCATTGGTGTGGTGGATGCGAAGT
CAACTTTCATCAAGTGATCTATAAGCGTACATCGGTTAAACACCTTTCAACACCTCCTCG
AAAAGGGTTCACTTTATGAGATCAGTCTCTTCGATTGTAACAAGCACTAATCAGAACTTT
AAAGTCTCGACGCCCCCGTTTCTGTTAGATTGATGGAGAAGACCCTTTTGTTGAGATTGC
ACCATATCTATTCAAAGTTGTTCAGATATTATTCGGGAAATAAGGGGAATCAAGACCACT
TATAACGATGAAAGCCAACAGGTCCAGTTAATCATGTTCACCCTAAGAATAGAGAGGGGC
ACAAATGTCTACTTCAGTGTTTTCTACAACCCTCGCAAACAAGCTTGATGAGAAATTGGT
ACTCACGGGTGATGAGCATAAGGTCATTGTAGCAACAAACATAAACCCGATGTTAGTTGG
AGGTACAACTTCCAGTAACTTTTATCATTTCATGCTTTCAATTTGTAAAAAAACAGTAAC
TGC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL7964Contig1 1149 2 2 U
GGACTGCCTCTTTTGTCTAGTTCTCTTCTATTCTCTCTCTTGTTAGTTCACTCTACATAA
TAAACAACAAACATCTCATTTTTCATCACAATTTCGAAATTTCTTGGATTTGTTTTTGTC
GATTGATTTCTTGAATTGGGTTGTTCTTGTTTTTACTATCTTTGAGTGTAAAAATAATCA
TGATGGGTCAAGATCACGAGGTTGGTAGTGATCAGACGCAAATCATTAAGGGGAAGCGTA
CGAAGCGGCAGAGATCATCCTCTTCGACGTTTTTGGTGGCGGCGGCTGCGACCACAATCA
CCTCCACAAGTTCATCTGCCGGGGGAGAAAGAACAGCTTCCGATGGATACAACTCGGTAG
TTTCGTCTCCGGTTACTACAACTGATTGTACAGAAGAAGAGGAAGACATGGCGATTTGTC
TCATCATGCTTGCTCGTGGAGCTGCTCCATCTCCGCTGCCGGATCTCAAGAATTCTACAA
AAACTGACAAAAATCTTCATCTGAAGACTTCGTCGTCCACGGAGAATTCTAGTTTCTATG
TCTACGAGTGTAAAACATGTAACCGGACGTTTCCGTCGTTCCAAGCTCTTGGTGGACACA
GGGCGAGCCACAAGAAGCCGAGAGCGTCGATAGACGAAAAGGCTAAAGTACCCTTTATGC
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CGATCTGTGGTTCTGAGTTCACTTCAGGGCAAGCACTCGGAGGCCACATGAGGCGGCACA
GGACAGTTACCAACGTGGTTAGCAGCCCGGTCACTACAGCGGAAGTGAGCCGGAACAGTA
CAGAAGAAGAGACTGAGAATTTGAGCCGTTCGATGGAACATAGAAAATATCTACCGTTGG
ATCTTAATCTGCCGGCACCAGAAGATGATTTAAGAGAATCAAAGTTTCAAGGGATAGTGT
TCTCAGCAGCCACACCAGCGTTAATAGATTGTCATTACTAGTTCTTTAAAGTTGAATGTT
TAATTACATAATATGAAATTTGTGAATTTTTCTTCTCTTTACTATATTATTGAATTGGAA
TTATCTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI43TF U 1
AF RR1DI43JQ C 527
BS 1 635 RR1DI43TF
BS 636 1149 RR1DI43JQ

RD RR1DI43TF 635 0 0
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TAAACAACAAACATCTCATTTTTCATCACAATTTCGAAATTTCTTGGATTTGTTTTTGTC
GATTGATTTCTTGAATTGGGTTGTTCTTGTTTTTACTATCTTTGAGTGTAAAAATAATCA
TGATGGGTCAAGATCACGAGGTTGGTAGTGATCAGACGCAAATCATTAAGGGGAAGCGTA
CGAAGCGGCAGAGATCATCCTCTTCGACGTTTTTGGTGGCGGCGGCTGCGACCACAATCA
CCTCCACAAGTTCATCTGCCGGGGGAGAAAGAACAGCTTCCGATGGATACAACTCGGTAG
TTTCGTCTCCGGTTACTACAACTGATTGTACAGAAGAAGAGGAAGACATGGCGATTTGTC
TCATCATGCTTGCTCGTGGAGCTGCTCCATCTCCGCTGCCGGATCTCAAGAATTCTACAA
AAACTGACAAAAATCTTCATCTGAAGACTTCGTCGTCCACGGAGAATTCTAGTTTCTATG
TCTACGAGTGTAAAACATGTAACCGGACGTTTCCGTCGTTCCAAGCTCTTGGTGGACACA
GGGCGAGCCACAAGAAGCCGAGAGCGTCGATAGAC

QA 1 635 1 635
DS 

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TCTTGGTGGACACAGGGCGAGCCACAAGAAGCCGAGAGCGTCGATAGACGAAAAGGCTAA
AGTACCCTTTATGCAGCTCAAGTCTAGTGCATCAGAGGAAGGGCGAAAAAGTCATTTTAA
AGTTTCCGGCCCAGTCCTAGCTTCAAAGGCAAGTAACATCATCACCAGCAAAGCAAACAA
AGTACACGAGTGTTCGATCTGTGGTTCTGAGTTCACTTCAGGGCAAGCACTCGGAGGCCA
CATGAGGCGGCACAGGACAGTTACCAACGTGGTTAGCAGCCCGGTCACTACAGCGGAAGT
GAGCCGGAACAGTACAGAAGAAGAGACTGAGAATTTGAGCCGTTCGATGGAACATAGAAA
ATATCTACCGTTGGATCTTAATCTGCCGGCACCAGAAGATGATTTAAGAGAATCAAAGTT
TCAAGGGATAGTGTTCTCAGCAGCCACACCAGCGTTAATAGATTGTCATTACTAGTTCTT
TAAAGTTGAATGTTTAATTACATAATATGAAATTTGTGAATTTTTCTTCTCTTTACTATA
TTATTGAATTGGAATTATCTTCC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

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CGTCCTCCTTCTCCGTAGCCATGCCTTCACGGAAGTTTCAAGTGAATGCGTCTAACCTGA
AGATGGAGAAGGCTGTGAGCGGCTTAGCAGCGGCAGCTCTCACCGTTTCCATGGTGATCC
CTGAGGTGGCTGAAGCGGCAGGTTCAGGTATCTCTCCTTCTCTCAAGAACTTTTTGCTTA
GCATTGCCGCAGGAGGCGTGGTGCTCACGGTCATCATCGGTGTTGTTGTTGGTGTCTCCA
ACTTTGATCCTGTCAAGAGAGGCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTATTACTCTTTGTTGTCTGTTATCGATTTGTG
AATGCATGTAATGAACTTTTGGCATTCTTAC


BQ
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AF RR1DV90TF U 1
AF RR1DV90JQ C 55
BS 1 571 RR1DV90TF

RD RR1DV90TF 571 0 0
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GAGACTCAGAAATGGCTTCTACCTCCGCTGTAGCATCGGTCATGCCACTCACCCAAAACC
GATCATCTTCGGCGAAAACCATTGCTTTTCTCAAGCCACTGCCTTTGAAACCATCTAAGG
CGTCCTCCTTCTCCGTAGCCATGCCTTCACGGAAGTTTCAAGTGAATGCGTCTAACCTGA
AGATGGAGAAGGCTGTGAGCGGCTTAGCAGCGGCAGCTCTCACCGTTTCCATGGTGATCC
CTGAGGTGGCTGAAGCGGCAGGTTCAGGTATCTCTCCTTCTCTCAAGAACTTTTTGCTTA
GCATTGCCGCAGGAGGCGTGGTGCTCACGGTCATCATCGGTGTTGTTGTTGGTGTCTCCA
ACTTTGATCCTGTCAAGAGAGGCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTATTACTCTTTGTTGTCTGTTATCGATTTGTG
AATGCATGTAATGAACTTTTGGCATTCTTAC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1DV90JQ 517 0 0
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AAAACCGATCATCTTCGGCGAAAACCATTGCTTTTCTCAAGCCACTGCCTTTGAAACCAT
CTAAGGCGTCCTCCTTCTCCGTAGCCATGCCTTCACGGAAGTTTCAAGTGAATGCGTCTA
ACCTGAAGATGGAGAAGGCTGTGAGCGGCTTAGCAGCGGCAGCTCTCACCGTTTCCATGG
TGATCCCTGAGGTGGCTGAAGCGGCAGGTTCAGGTATCTCTCCTTCTCTCAAGAACTTTT
TGCTTAGCATTGCCGCAGGAGGCGTGGTGCTCACGGTCATCATCGGTGTTGTTGTTGGTG
TCTCCAACTTTGATCCTGTCAAGAGAGGCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTATTACTCTTTGTTGTCTGTTATCGA
TTTGTGAATGCATGTAATGAACTTTTGGCATTCTTAC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 2

CO CL7966Contig1 874 2 2 U
GGAGAATCTCGAAACCGAAACCGAATCCGAACTGAACTAATCTAGCGACCGCGAACTTGT
TGTCCGAACTTGCTCTCTGTTCCCTCATCGATCTTTTTAGTGGAAGGAAAGAGCAGAAAC
AAGAGACAGCGACAATAGATCCGAGGAGATTGTCGGAGCAAGAAGGAGGAAGATGGGAGA
CATCTGGACATGGCTTATATCCTTCTTCTTCCTCATCGCTCTTGTCGTAATCATCGTCTA
TCAGCTTGTAAGCTTAGCGGATCTGGAGTTTGATTACATCAACCCTTACGACTCAGCATC
GAGGATAAACTCAGTGGTTTTACCGGAGTTCATCGTTCAAGGAGTTCTATGTGTATTCTT
CCTCTTAACAGGACACTGGTTCATGTCACTCTTATGTCTCCCTTATCTCTACTACAACTT
CCATCTTTACTCGAAGCGGCAACACTTGGTAGATATCACGGAGATATTCAATTTGCTTAA
CTGGGAAAAGAAGAAACGGCTGTTCAAGCTTGCTTACATTATCCTTAACCTTTTTCTCAC
TATCTTCTGGATGATTTACTCGGCGCTGGATGATTACGAGGACTGACTGATGAAGAAAAG
GCGATCTAGCTTCTTTGTTTGTTTTCATCGGCGCTTAAAGATACAGGGCTGGGATGGTGG
TGGACATGAGACAAATGAAAGAACAAAGTGTTTTGCTTGTGGTACCCAGTTTTGATGTTG
TTTGTATGATTATTAGTGTCTGAAAGATTTGTATATTTTTGTTTCTTTCTTAGTAACATT
TTTTTTTGAGATTCTGGTATTTAACAGAATCATTACAACTTAACAAGTTCAATGTTAGAA
AAAAAAGTTAGGTAATTCATGCGAATATTGGATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GV89TF U 1
AF RR1GV89JQ C 357
BS 1 561 RR1GV89TF
BS 562 874 RR1GV89JQ

RD RR1GV89TF 561 0 0
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TGTCCGAACTTGCTCTCTGTTCCCTCATCGATCTTTTTAGTGGAAGGAAAGAGCAGAAAC
AAGAGACAGCGACAATAGATCCGAGGAGATTGTCGGAGCAAGAAGGAGGAAGATGGGAGA
CATCTGGACATGGCTTATATCCTTCTTCTTCCTCATCGCTCTTGTCGTAATCATCGTCTA
TCAGCTTGTAAGCTTAGCGGATCTGGAGTTTGATTACATCAACCCTTACGACTCAGCATC
GAGGATAAACTCAGTGGTTTTACCGGAGTTCATCGTTCAAGGAGTTCTATGTGTATTCTT
CCTCTTAACAGGACACTGGTTCATGTCACTCTTATGTCTCCCTTATCTCTACTACAACTT
CCATCTTTACTCGAAGCGGCAACACTTGGTAGATATCACGGAGATATTCAATTTGCTTAA
CTGGGAAAAGAAGAAACGGCTGTTCAAGCTTGCTTACATTATCCTTAACCTTTTTCTCAC
TATCTTCTGGATGATTTACTC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1GV89JQ 518 0 0
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TCACTATCTTCTGGATGATTTACTCGGCGCTGGATGATTACGAGGACTGACTGATGAAGA
AAAGGCGATCTAGCTTCTTTGTTTGTTTTCATCGGCGCTTAAAGATACAGGGCTGGGATG
GTGGTGGACATGAGACAAATGAAAGAACAAAGTGTTTTGCTTGTGGTACCCAGTTTTGAT
GTTGTTTGTATGATTATTAGTGTCTGAAAGATTTGTATATTTTTGTTTCTTTCTTAGTAA
CATTTTTTTTTGAGATTCTGGTATTTAACAGAATCATTACAACTTAACAAGTTCAATGTT
AGAAAAAAAAGTTAGGTAATTCATGCGAATATTGGATC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL7967Contig1 952 2 8 U
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GAAGAAGAAGAAGACAGAATCCGCTACAATGGGAGGTGAAGGAGAAGATCTAGAGCCGCT
CTTCGATTATCACCGTGTTCAGCCGTCGAATTTCGTTTGCATTGACGACGATGATGATGA
TGATGATTCTTATGTCTCCGAGGTGGTTCCGGTCAAGAAGAGAGCAAAAGTTTCCCACAC
AGTAGTAAAGAAGGATGAAGAAGTGAAAGTGATTGAAGTGGCGGGTGATGAAGATTGGTT
GCTTCCACCGCCAAAGGTTGTCTTCGATAAAAGCAAAAAGTCTGGTGAAGATTCCACCAT
TAAAGCTTTGAGATCGAAGAAGATGGAGCTCATGTCATTCACAAAAAATGTGGTGGATGT
GATGCAGGAAGCAGAGGAGTCTGCTAAAAAGGAAGCTCAAGTATCACTCAAACTATCTTC
GGAAGCTGCTTCTGCTCAGGAACCACCAGGTCCGCCTATTAATGACAGGGCCAAGATTGT
TATTACAATACAGGACAAATCTGGACAGAAGCAGTTCCGGGTGTTTGCGGACGAGAAGTT
TGAACGGGTTTTCAAAATGTATACTGACAAAGTAAAGCTCGACCCGCAAAATCTTGTATT
TACTTTTGACGGTGACAAGATTGATCCATCCACCACTCCTTCTAACCTCGAGATGGAGGA
CGGTGATATGATTGAAGTACACACCAAAAAGAGATGACAAAACAGGTTTTTAGCAAAAGT
GAACGCTTGTCTGTCTGCCGCCAAATCTGGAATGTCAATCCGTTCATCTTTACCAGAGTT
TGTACATCAACATGGGACGTGGAAGGGATCTCTGCTAAAGACATTGGTCTTGTATCTGTG
ACCTTTTCTCATTTGTTTTCTGAATTCTTCTTTTTCATCGGTTAGATTCGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CN26TF U 1
AF RR1CN26JQ C 167
BS 1 671 RR1CN26TF
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RD RR1CN26TF 737 0 0
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TGATGATTCTTATGTCTCCGAGGTGGTTCCGGTCAAGAAGAGAGCAAAAGTTTCCCACAC
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TATTACAATACAGGACAAATCTGGACAGAAGCAGTTCCGGGTGTTTGCGGACGAGAAGTT
TGAACGGGTTTTCAAAATGTATACTGACAAAGTAAAGCTCGACCCGCAAAATCTTGTATT
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CGGTGATATGATTGAAG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR1CN26JQ 786 0 0
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CTCAAACTATCTTCGGAAGCTGCTTCTGCTCAGGAACCACCAGGTCCGCCTATTAATGAC
AGGGCCAAGATTGTTATTACAATACAGGACAAATCTGGACAGAAGCAGTTCCGGGTGTTT
GCGGACGAGAAGTTTGAACGGGTTTTCAAAATGTATACTGACAAAGTAAAGCTCGACCCG
CAAAATCTTGTATTTACTTTTGACGGTGACAAGATTGATCCATCCACCACTCCTTCTAAC
CTCGAGATGGAGGACGGTGATATGATTGAAGTACACACCAAAAAGAGATGACAAAACAGG
TTTTTAGCAAAAGTGAACGCTTGTCTGTCTGCCGCCAAATCTGGAATGTCAATCCGTTCA
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GTCTTGTATCTGTGACCTTTTCTCATTTGTTTTCTGAATTCTTCTTTTTCATCGGTTAGA
TTCGAC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7969Contig1 346 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FH84JQ C 1
AF RR1FH84TF U 1
BS 1 346 RR1FH84TF

RD RR1FH84JQ 346 0 0
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QA 1 346 1 346
DS 

RD RR1FH84TF 346 0 0
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GTGGAAAGAGGCTGTTGATGGAGAGTGGCAACAAGTCACTGCTCTGGAGCCGTAGGTTCT
GAATTACTTTAATATGATTTCTTGCAAAGGAACTGAATAAAAGACTCTTTTTATCCTTTT
CTCAGGCCGATTTGGTGGATGTGGTTTACTTAATTTTGGTTCGAGACATTTGGTCATTTT
TTAAATCTTTCCTTACCGATTTTCATGAAATAAAATAGCCTTTATG

QA 1 346 1 346
DS 



AS 1 2

CO CL7970Contig1 687 2 4 U
GGATACCACCGGCCGGGAATACCAAAAAAAAACTGATCGATGATGAAGATCGGACTTAGC
ATAACCATCATAATGTTGTCGCTGGCTACTGGTTGGGGAAGCACGCCTAGCCCCCCAGGA
GATCACCCGAGGCATGCAATCGCCAGCATCAACAACCTCCACCCGACGTGGTATAACTGG
GATTTAAATGCCGAGGGTGTCTATTGCGCCAAGTGGGATGCTGACAAACCATACGAGTGG
AGGAGGAAATATGCCTGGGCCGCCGTCTGCGGACTGGTTGGTCCTCAAGGTCAAGCTGCT
TGCGGCAAGTGTTTGAAGGTGAAGAATGCATACACGCGTGCAGTAGTAACAGTGAGAATT
CTGGACCAATGCAGCAGTGAAGAAATTGAATTGGAGCTTGAAACGTTCAATGTTTTGGAC
ACCGGTGATAGTGGCCATGAACAAGGCGGCCGACTCCATGTTGACTACCAATTTGTTGAC
TGTGGCGATAAAATCATGATTGATCAGTCAGCTGAATCCAAAAACATCCTTGTTTCAGGC
CATTGATTTGATGTTATGTAATCCTTTTTGAGGTCAAGGTCGGTCCAGAATGGATATAAT
AAAAGGCCTCTATGTCGAGTGATACGTTTTGTGCTGTGTTATTCTTGCCTTCTTGGTTTT
CAAAATATTAATGAAGAGACGTTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FL11TF U 1
AF RR1FL11JQ C 91
BS 1 322 RR1FL11TF
BS 323 323 RR1FL11JQ
BS 324 683 RR1FL11TF
BS 684 687 RR1FL11JQ

RD RR1FL11TF 685 0 0
GGATACCACCGGCCGGGAATACCAAAAAAAAACTGATCGATGATGAAGATCGGACTTAGC
ATAACCATCATAATGTTGTCGCTGGCTACTGGTTGGGGAAGCACGCCTAGCCCCCCAGGA
GATCACCCGAGGCATGCAATCGCCAGCATCAACAACCTCCACCCGACGTGGTATAACTGG
GATTTAAATGCCGAGGGTGTCTATTGCGCCAAGTGGGATGCTGACAAACCATACGAGTGG
AGGAGGAAATATGCCTGGGCCGCCGTCTGCGGACTGGTTGGTCCTCAAGGTCAAGCTGCT
TGCGGCAAGTGTTTGAAGGTGACGAATGCATACACGCGTGCAGTAGTAACAGTGAGAATT
CTGGACCAATGCAGCAGTGAAGAAATTGAATTGGAGCTTGAAACGTTCAATGTTTTGGAC
ACCGGTGATAGTGGCCATGAACAAGGCGGCCGACTCCATGTTGACTACCAATTTGTTGAC
TGTGGCGATAAAATCATGATTGATCAGTCAGCTGAATCCAAAAACATCCTTGTTTCAGGC
CATTGATTTGATGTTATGTAATCCTTTTTGAGGTCAAGGTCGGTCCAGAATGGATATAAT
AAAAGGCCTCTATGTCGAGTGATACGTTTTGTGCTGTGTTATTCTTGCCTTCTTGGTTTT
CAAAATATTAATGAAGAGACGTT
CT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR1FL11JQ 597 0 0
GGTTGGGGAAGCACGCCTAGCCCCCCAGGAGATCACCCGAGGCATGCAATCGCCAGCATC
AACAACCTCCACCCGACGTGGTATAACTGGGATTTAAATGCCGAGGGTGTTTATTGCGCC
AAGTGGGATGCTGACAAACCATACGAGTGGAGGAGGAAATATGCCTGGGCCGCCGTTTGC
GGACTGGTTGGTCCTCAAGGTCAAGCTGCTTGCGGCAAGTGTTTGAAGGTGAAGAATGCA
TACACGCGTGCAGTAGTAACAGTGAGAATTTTGGACCAATGCAGCAGTGAAGAAATTGAA
TTGGAGCTTGAAACGTTCAATGTTTTGGACACCGGTGATAGTGGCCATGAACAAGGCGGC
CGACTCCATGTTGACTACCAATTTGTTGACTGTGGGGATAAAATCATGATTGATCAGTCA
GGTGAATCCAAAAACATCCTTGTTTCAGGCCATTGATTTGATGTTATGTAATCCTTTTTG
AGGTCAAGGTCGGTCCAGAATGGATATAATAAAAGGCCTTTATGTCGAGTGATACGTTTT
GTGCTGTGTTATTTTTGCCTTTTTGGTTTTCAAAATATTAATGAAGAGACGTTTTTG

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

CO CL7971Contig1 919 2 4 U
GGGTTTCACTCGGATGGATGTATCTCGCAATGGGAGTCCTCATCGGCTCTGCCGTTATTC
CCATCGCTTTCATGCTTTTGTGGAGTAAAGCTAATGCAATTGGTGCGATTCTTGGGTCGA
TCTCTGGCTGTCTTCTTGGGATCATTACTTGGTTATCAACCGCAAAGATACAATACGGAC
GCGTTGATCTGGTTACTACAGGGAAAAATGCTCCGATGTTAGCTGGTAACCTCGTTGCGA
TTCTAACAGGAGGATTGATCCATGCGGTGTGCAGTGTAGTCCAGCCACAGAATTATGATT
GGTCGACGACAAGAGAGATCAAATTGGTGGAAGATGGGGCTTCAGGGGACGTAAATGATG
TTCCTTTGGAGGAGTTAAGGGACGAGAAGCTGAAAAGAGCTAAAGCTTGGATTGTTAGAT
GGGGTCTTGTCTTCACTCTCCTCATTGTTATCATCTGGCCAGTTCTCTCCCTCCCAGCCC
GTGTATTTAGCAGGGGATATTTCTGGTTCTGGTCAATTGTGGCTATAGCTTGGGGAACTA
TAGGATCAGTTGTGATAGTTGGTTTGCCTTTGATCGAAAGCTGGGGAACGATCAAGAGCG
TTTGTATGGGACTGTTCACTAACGATAGGTTAATGGACAGGCTTGATGACTTGAACCATA
GGTTACGAGCTTTAACCATGGCTGTACCGGAAGCTGAAAGGATTTATTTGCTCAAACTCG
AGAAGATTAAGAAAACTGACGAAGAAAGATCAGTATGAGTAAGAAAAAATGATTTTTTTT
TTTCGTTCTCCTTTTGTTTGTATGGTTTTGCTTGGTCATCTTTCTTGTGTGTGTAAAATC
ATATCGGAGCTATTTTCTATTGTGTGTTGATCTTCTCTGACAAGTGTAGGCATATTAATC
AATCTAATTTTCTTCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E546TF U 1
AF RR1E546JQ C 165
BS 1 661 RR1E546TF
BS 662 662 RR1E546JQ
BS 663 723 RR1E546TF
BS 724 919 RR1E546JQ

RD RR1E546TF 736 0 0
GGGTTTCACTCGGATGGATGTATCTCGCAATGGGAGTCCTCATCGGCTCTGCCGTTATTC
CCATCGCTTTCATGCTTTTGTGGAGTAAAGCTAATGCAATTGGTGCGATTCTTGGGTCGA
TCTCTGGCTGTCTTCTTGGGATCATTACTTGGTTATCAACCGCAAAGATACAATACGGAC
GCGTTGATCTGGTTACTACAGGGAAAAATGCTCCGATGTTAGCTGGTAACCTCGTTGCGA
TTCTAACAGGAGGATTGATCCATGCGGTGTGCAGTGTAGTCCAGCCACAGAATTATGATT
GGTCGACGACAAGAGAGATCAAATTGGTGGAAGATGGGGCTTCAGGGGACGTAAATGATG
TTCCTTTGGAGGAGTTAAGGGACGAGAAGCTGAAAAGAGCTAAAGCTTGGATTGTTAGAT
GGGGTCTTGTCTTCACTCTCCTCATTGTTATCATCTGGCCAGTTCTCTCCCTCCCAGCCC
GTGTATTTAGCAGGGGATATTTCTGGTTCTGGTCAATTGTGGCTATAGCTTGGGGAACTA
TAGGATCAGTTGTGATAGTTGGTTTGCCTTTGATCGAAAGCTGGGGAACGATCAAGAGCG
TTTGTATGGGACTGTTCACTAACGATAGGTTAATGGACAGGCTTGATGACTTGAACCATA
G*TTACGAGCTTTAACCATGGCTGTACCGGAAGCTGAAAGGATTTATTTGCTCAAACTCG
AGA
GATTAGAAACTGA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1E546JQ 755 0 0
AAGATACAATACGGACGCGTTGATCTGGTTACTACAGGGAAAAATGCTCCGATGTTAGCT
GGTAACCTCGTTGCGATTCTAACAGGAGGATTGATCCATGCGGTGTGCAGTGTAGTCCAG
CCACAGAATTATGATTGGTCGACGACAAGAGAGATCAAATTGGTGGAAGATGGGGCTTCA
GGGGACGTAAATGATGTTCCTTTGGAGGAGTTAAGGGACGAGAAGCTGAAAAGAGCTAAA
GCTTGGATTGTTAGATGGGGTCTTGTCTTCACTCTCCTCATTGTTATCATCTGGCCAGTT
CTCTCCCTCCCAGCCCGTGTATTTAGCAGGGGATATTTCTGGTTCTGGTCAATTGTGGCT
ATAGCTTGGGGAACTATAGGATCAGTTGTGATAGTTGGTTTGCCTTTGATCGAAAGCTGG
GGAACGATCAAGAGCGTTTGTATGGGACTGTTCACTAACGATAGGTTAATGGACAGGCTT
GATGACTTGAACCATAGGTTACGAGCTTTAACCATGGCTGTACCGGAAGCTGAAAGGATT
TATTTGCTCAAACTCGAGAAGATTAAGAAAACTGACGAAGAAAGATCAGTATGAGTAAGA
AAAAATGATTTTTTTTTTTCGTTCTCCTTTTGTTTGTATGGTTTTGCTTGGTCATCTTTC
TTGTGTGTGTAAAATCATATCGGAGCTATTTTCTATTGTGTGTTGATCTTCTCTGACAAG
TGTAGGCATATTAATCAATCTAATTTTCTTCATCC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL7972Contig1 921 2 2 U
GGGTCGATTCCGAGATAATCCATCGCTTTCTCCATCGTTGGGGCTCAAACGAGAGGAGGA
CATATGTTGACTTGGTTTTGGTTTGTTATTATAGCCAAAAAAAATAAACCAATTCGATTT
CGGTTTGGTTATTATTTAATTTTTAATTTGGTACGGTTCGAACCGGTTACGGAGCTTGTT
GAAATCAGAAATTAAACCTAATTTACACGAAATCACTCGAGCTGTTGTTCTTCCTCCTCC
TCCTCTCCGGCACCGGGTAAGTAGACTATGGCGAAGAGAGAGATTAGTAGCACTCTGAGA
AACCTAAAGTTTATGCAAAGGTCTGCTCTGAAAGAGGAGGAGAAAAAGAAGAAGACTGAT
GAAGAGCCTAACGGGAGTTTACCTTCCCTTGGTACTGTTGTTGCGAAGAAGAAGTGTGTG
GTCATAACAGACTGGGAACCTCAGCCAGGAGGAGCATTGTTAGGACGCATGTCGTTTCAA
TCTTTCAACCCCTCTATTGAGAAACTAAATGAAGAGGCGATAAGCAGAGGTGGAGAAACA
GATGCTCCTCCCACAAGCTCTAGCGGCGGAAGAATGTCTTTTAGTGGACCGAACAAAGTT
GAGAGAAGCCGGGAAACAACAAATGGTGGTGGTGACTTCAAAAGGAAACAGCCTGAGGAA
CAACAACACCATCCAAGCAAGTCCATGAGGAGCAGTGACAAACCATCACCCAGCAACAGA
CAAACCGATGGTTTCAAGAAACCCAAGAGCTGGAGCGGTTTGAAACCACCAAAAACTCAA
ACCAAAAATTAGCTTAAGCGCAGCGAACCTAGTTCACATGTTTTAGTAGATCATGTTTGT
ATCATCAATTCATTCACATGGTGTTGATGCTTGTTTTATGCTTGTGTTTAGCTCCAGATA
TATGATGAAACAGTTTTTTTT


BQ
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AF RR1GA61TF U 1
AF RR1FE17JQ C 327
BS 1 620 RR1GA61TF
BS 621 921 RR1FE17JQ

RD RR1GA61TF 620 0 0
GGGTCGATTCCGAGATAATCCATCGCTTTCTCCATCGTTGGGGCTCAAACGAGAGGAGGA
CATATGTTGACTTGGTTTTGGTTTGTTATTATAGCCAAAAAAAATAAACCAATTCGATTT
CGGTTTGGTTATTATTTAATTTTTAATTTGGTACGGTTCGAACCGGTTACGGAGCTTGTT
GAAATCAGAAATTAAACCTAATTTACACGAAATCACTCGAGCTGTTGTTCTTCCTCCTCC
TCCTCTCCGGCACCGGGTAAGTAGACTATGGCGAAGAGAGAGATTAGTAGCACTCTGAGA
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GAAGAGCCTAACGGGAGTTTACCTTCCCTTGGTACTGTTGTTGCGAAGAAGAAGTGTGTG
GTCATAACAGACTGGGAACCTCAGCCAGGAGGAGCATTGTTAGGACGCATGTCGTTTCAA
TCTTTCAACCCCTCTATTGAGAAACTAAATGAAGAGGCGATAAGCAGAGGTGGAGAAACA
GATGCTCCTCCCACAAGCTCTAGCGGCGGAAGAATGTCTTTTAGTGGACCGAACAAAGTT
GAGAGAAGCCGGGAAACAAC

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1FE17JQ 595 0 0
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CCTTGGTACTGTTGTTGCGAAGAAGAAGTGTGTGGTCATAACAGACTGGGAACCTCAGCC
AGGAGGAGCATTGTTAGGACGCATGTCGTTTCAATCTTTCAACCCCTCTATTGAGAAACT
AAATGAAGAGGCGATAAGCAGAGGTGGAGAAACAGATGCTCCTCCCACAAGCTCTAGCGG
CGGAAGAATGTCTTTTAGTGGACCGAACAAGGTTGAGAGAAGCCGGGAAACAACAAATGG
TGGTGGTGACTTCAAAAGGAAACAGCCTGAGGAACAACAACACCATCCAAGCAAGTCCAT
GAGGAGCAGTGACAAACCATCACCCAGCAACAGACAAACCGATGGTTTCAAGAAACCCAA
GAGCTGGAGCGGTTTGAAACCACCAAAAACTCAAACCAAAAATTAGCTTAAGCGCAGCGA
ACCTAGTTCACATGTTTTAGTAGATCATGTTTGTATCATCAATTCATTCACATGGTGTTG
ATGCTTGTTTTATGCTTGTGTTTAGCTCCAGATATATGATGAAACAGTTTTTTTT

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL7973Contig1 930 2 8 U
GGCTGTAGAATCGTACTTGCAGATTATCAGTGAGCCAAAGCTCCCATCCCTGTTCCTTCA
GGTCATTTCTTGGGTGTTGGGAGAATATGGCACAGCTGACGGGAAGTATTCTGCCTCCTA
TATCACTGGAAAGCTGTGCGATGTGGCTGATGCATACTCAAGTGATGAAACTGTTAAGGG
ATATGCTGTTTCTGCACTGATGAAGATTTATGCATTTGAAATTGCATCTGGGAGAAAGGT
GGATGTTTTGCCAGAGTGCCAACCTTTGATCGAGGAGCTACTTGCTTCACATTCAACAGA
TCTGCAGCAACGTGCATATGAACTTCAGGCTCTTCTTGCTCTAGATGCCCGTGCTGTGGA
GAGTATTCTACCTTTAGATGCTAGTTGCGAAGATATCGAGGTTGATAAGGATCTTTCATT
TCTCAATGGCTACATCCAACAAGCTATCGAGAGTGGAGCGCAACCTTATATTTCTGAGAG
AGAGCGCTCTGGTATGCTGGAGACAACTGATTACCATTCCCAAGATCATCATGAGGTTCC
ATCTCATGCTCTTAGATTTGAAGCCTATGAACGTCCAAAGCCAGCATCAGTGCCAACACA
AGCTTCGACCGAGCTTGTTCCAGTACCCGAGCCTTCTTATTACAGAGAGGCACACCAGCC
GATTTCAGCTTCTTCCGTGTCTGAAAGAGAGTCATCAGAAATCAAGCTGAGACTCGATGG
AGTTAAACAAAAATGGGGTAGACCCAGCTATCAGTCGTCCACATCCGCTTCTTCTACTCC
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AAAACCTCGAAGCAGTTATGAATCAAGAACCCGAAATTGATCCTGAGAAACAGAGACTCG
CTGCATCCTTGTTTGGTGGATCATCATCGT


BQ
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AF RR1GL01TF U 1
AF RR1GA39TF U 174
BS 1 262 RR1GL01TF
BS 263 263 RR1GA39TF
BS 264 559 RR1GL01TF
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RD RR1GL01TF 767 0 0
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GGTCATTTCTTGGGTGTTGGGAGAATATGGCACAGCTGACGGGAAGTATTCTGCCTCCTA
TATCACTGGAAAGCTGTGCGATGTGGCTGATGCATACTCAAGTGATGAAACTGTTAAGGG
ATATGCTGTTTCTGCACTGATGAAGATTTATGCATTTGAAATTGCATCTGGGAGAAAGGT
GGATGTTTTGCCAGAGTGCCAATCTTTGATCGAGGAGCTACTTGCTTCACATTCAACAGA
TCTGCAGCAACGTGCATATGAACTTCAGGCTCTTCTTGCTCTAGATGCCCGTGCTGTGGA
GAGTATTCTACCTTTAGATGCTAGTTGCGAAGATATCGAGGTTGATAAGGATCTTTCATT
TCTCAATGGCTACATCCAACAAGCTATCGAGAGTGGAGCGCAACCTTATATTTCTGAGAG
AGAGCGCTCTGGTATGCTGGAGACAACTGATTACCATTCCCAAGATCATCATGAGGTTCC
ATCTCATGCTCTTAGATTT*AAGCCTATGAACGTCCAAAGCCAGCATCAGTGCCAACACA
AGCTTCGACCGAGCTTGTTCCAGTACCCGAGCCTTCTTATTACAGAGAGGCACACCAGCC
GATTTCAGCTTCTTCCGTGTCTGAAAGAGAGTCATCAGAAATCAAGCTGAGACTCGATGG
AGTTAA*CAAAAATGGGGTAGACCCAGCTATCAGTCGTCCACATCCG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR1GA39TF 757 0 0
G
TAAGGGATATGCTGTTTCTGCACTGATGAAGATTTATGCATTTGAAATTGCGTCTGGGAG
AAAGGTGGATGTTTTGCCAGAGTGCCAACCTTTGATCGAGGAGCTACTTGCTTCACATTC
AACAGATCTGCAGCAACGTGCATATGAACTTCAGGCTCTTCTTGCTCTAGATGCCCGTGC
TGTGGAGAGTATTCTACCTTTAGATGCTAGTTGCGAAGATATCGAGGTTGATAAGGATCT
TTCATTTCTCAATGGCTACATCCAACAAGCTATCGAGAGTGGAGCGCAACCTTATATTTC
TGAGAGAGAGCGCTCTGGTATGCTGGAGACAACTGATTACCATTCCCAAGATCATCATGA
GGTTCCATCTCATGCTCTTAGATTTGAAGCCTATGAACGTCCAAAGCCAGCATCAGTGCC
AACACAAGCTTCGACCGAGCTTGTTCCAGTACCCGAGCCTTCTTATTACAGAGAGGCACA
CCAGCCGATTTCAGCTTCTTCCGTGTCTGAAAGAGAGTCATCAGAAATCAAGCTGAGACT
CGATGGAGTTAAACAAAAATGGGGTAGACCCAGCTATCAGTCGTCCACATCCGCTTCTTC
TACTCCTCCGCAAGCAGCAAATGGTACCAGTAGTCACCCGGACGTTGGAGTTGGCTCATC
TAGCTTAAAACCTCGAAGCAGTTATGAATCAAGAACCCGAAATTGATCCTGAGAAACAGA
GACTCGCTGCATCCTTGTTTGGTGGATCATCATCGT

QA 2 757 2 757
DS 



AS 1 2

CO CL7974Contig1 814 2 1 U
AAATAATAGTCGAACTGTCGAGATTCTTTCATATGGCTGATGATAATCAGTGTTTTTTAT
TTTTACTTTTAAAAGCACAACATCAAATCTTTGTTATCGATGACGAAAGAATGGTGTCTT
GAGACGTAAACTTTGACAATTCCGACAAAGTTACAAAGCGAAGAAGAATGTCTTAGTGAA
ACTGGTCAAAGTAATTGCCAATCATCTTCATGCTCCTCACCAGATATCTCTGCAGAGGAT
GCCACAGTGCTGGTTTCTGCAATTCCACGCTCACCAGCTCTGTGAGATTGAGTCACCGTG
AACAAAGGAGCGCCGTTGGAGTCTCCTGCTAGCTTCGTTGCTCGGGTACAGAAATCATCA
AAATCATCTTTGCCCCGGCAATAGAATCCAAGAGCTAGCGACGGGCCAAGTGACTCCAAA
GGAACATAACGAAGAGTATTGCAATGGTAAGACGATGTGTCAACATCTTTAGTTTCGTTG
TTCACTGTCACTACCTGTTGAACATCGTGTGGGTCAAGGTAGAAACCTTTGTCTTCTTGA
ACTCCAATTATGTAAGTCGATGCACCTGGTTTGCCACCCAAAATCCCCAGGCTTTGTGGG
AAACTGAAAGTAGCTATCAGAGATGGAATGTACCTTGGGTTCACTTTGTCAAGTCCAAGA
ACCAGAGGGACCAAGAGAAGAACTGAAGTCCACTCAGTTTCTCCTTCTGAATATTCCAAA
CAAGTTTTGGCGACATCTTCTATACAGAGAATTGGAGCTCCACCTCTCTCCCCATCTTCA
CTACCAGAAACGATATGAACAGCCATGGAACACG


BQ
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TCAATGGTGTCTCACTGGAAACTAAATGGGACTGGACAAAGATTGGTCGCTTGCATTGTT
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BQ
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ATGCTAGTGTTTAC

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AACAAACTCGCTTGGAGGCTATATGGAGAGTTACCTAACGCGAGTGTGAAACAAATATCA
GACTGTGGACATCTTCCTCACGTCGAAAAGCCAGCTGCTGCAACTAAACTGATCACAGAA
TTTGTTAGAGAGACTTGCCGGTGTAAAGAGGTTGGAAGTATATCATAGAGAGCCCTGAAC
ACTTGATAAAGGTGTGTGTTTTTACAAAAAAAATATTCTTTTTAAGCAGTAGTTGGTACT
TCACTTCACACTCATTGTTGGTTTGTCTATAATTGATCATGAAAAGTTATTTTTGTTTAC
AATTAAAAA

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

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CAAGAATCTTGCCAGCATAGATTGCTATATCTGTCAATATCCTCATATTCCAATTCGCAT
ATACCATAGGCGTAGGGTGAAAGAAACTCGTCCTACACATCGATATATTCACAAGCGCAA
GAGCTTGATACGCTCTCATGAACCGATAATCTTTAAGATACAAATACTTCAACGCGTTGT
CGAGATGAGCATCCACCAATCTATACGCTTTCCTGCAAGCCGCAAACTCTGCTTTGCTTC
GAGGATCTTTGGCTTTGAGAAGAAGAGAGCCTTCGATGTTGTCAAGCGTTTCTATGGCGT
TGATCCATGCTTTTGCCGCAGTCAGCTTCGCTATTGTCTTGATGGAGGTACGTCGTCTGA
TTAGCTGAGATGTGATGCTTTTATTACAGAACTTGAAGTCGATTGTTTGTTTGCAGATTC
TGTTGATTAGGTCTTGTGTTGATGGGTCAGGGACGACGGAGAGGGAAGACGTGAAGGTAA
TGCAGATGAGAAGAGAGACGAGTAGGTGAACGAATGTCATTGTTACAAAGTTGTTTAATG
GTATGCTCAAGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H496JQ U 38
AF RR1H496TF C 1
BS 1 37 RR1H496TF
BS 38 360 RR1H496JQ
BS 361 676 RR1H496TF

RD RR1H496JQ 323 0 0
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QA 1 323 1 323
DS 

RD RR1H496TF 676 0 0
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ATACCATAGGCGTAGGGTGAAAGAAACTCGTCCTACACATCGATATATTCACAAGCGCAA
GAGCTTGATACGCTCTCATGAACCGATAATCTTTAAGATACAAATACTTCAACGCGTTGT
CGAGATGAGCATCCACCAATCTATACGCTTTCCTGCAAGCCGCAAACTCTGCTTTGCTTC
GAGGATCTTTGGCTTTGAGAAGAAGAGAGCCTTCGATGTTGTCAAGCGTTTCTATGGCGT
TGATCCATGCTTTTGCCGCAGTCAGCTTCGCTATTGTCTTGATGGAGGTACGTCGTCTGA
TTAGCTGAGATGTGATGCTTTTATTACAGAACTTGAAGTCGATTGTTTGTTTGCAGATTC
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GTATGCTCAAGAATCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL7978Contig1 808 2 2 U
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TGTCCAAATGGCGGAGACAGATAAAACGGCGGCCGTTAAAACTAACGACGGCCAAAAGAA
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AGATCCGGTGAAGAAGGCCCGAGTCTGGCTCGGCACTTTCGACACTTTCAACGAAGCGGC
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CATTAGCGATCTCAATCTTGAAACCAGGTTCCCATTCCCCAAGATTCAGGTCAAGTCCGG
GATGCTCCTCATCGACTTGTCGTCAAGGAGGAGCGAATCGGAAGCGTCCTCTGCGGTGAT
GGATCGTAGTCCGGAGAGACCATCACGCTTGCCCTTGGATTTCGATCTCAATTTCCCTCC
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AGTATTTGTGTTCTCATCCGCTGTTGTTTATCGCTAATTGCAAATCTTTTGTATTTTCTG
ATAAACATAAATAAAACTTTGTTTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B122TF U 1
AF RR1B122JQ C 63
BS 1 638 RR1B122TF
BS 639 808 RR1B122JQ

RD RR1B122TF 638 0 0
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QA 1 638 1 638
DS 

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GTGCCTACGACAAAGCCGCTATTAGGTTTCGCGGCGCAAAAGCCAAAACCAATTTCCCTT
ATCCTAACTTGGTCGACGATGAGAGTCCGAGCCAAACCGTCGTCCCATCATCGTCGACCA
TTAGCGATCTCAATCTTGAAACCAGGTTCCCATTCCCCAAGATTCAGGTCAAGTCCGGGA
TGCTCCTCATCGACTTGTCGTCAAGGAGGAGCGAATCGGAAGCGTCCTCTGCGGTGATGG
ATCGTAGTCCGGAGAGACCATCACGCTTGCCCTTGGATTTCGATCTCAATTTCCCTCCAA
AGCCTGAGACCTAATTCTTATTAATGGGATATGATTATGATTTTGTGAACATGGGATTTT
ATAACTTTTAGATGAATTAAATGTTCTGAAATCTAAATCTAAAGATTGAAGCTTGTCGTA
TATCTTATTCATGAGTTAGTGCCAAAAATCTTCTTTTTTGTCAGCAGATAGTTAAGAAAG
TATTTGTGTTCTCATCCGCTGTTGTTTATCGCTAATTGCAAATCTTTTGTATTTTCTGAT
AAACATAAATAAAACTTTGTTTTGGC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL7979Contig1 576 2 1 U
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TCGCATCCTCTTCCTCGTGAACGAACTCTCTCGTCTCTCTTCCTCCGATTTGGCCTCGCC
CTAGATTGATAGACACGTACGTACGTATGTATGTGTAAGGATAGGTTCTTAGACTGATAT
GCATTTATCTTAATTTACAATATTGGCTCATATCAATGCCAATCTGTAGAGTTTTTCGTT
TTTTTCTTATTGTTTATAGATCTCAAATTTCTGCTTGGAAAATTTTAGTGTAAACAAAAA
TCCATGTTGTTATAAAAAAAGGTAAAGAAGTCTTTG


BQ
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QA 1 576 1 576
DS 

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QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EB76TF U 1
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QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CB84JQ C 1
AF RR1CB84TF U 1
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DS 

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TTATCCATCTCAATCGATTCTCATAACTCAGAATCTTCAATCCGCCGTCTCGTCTCTTCT
CATCGTGTTTGTTTCTTTTTTCTTCTTTTCGAAAATTTTCTCGTGTTTGTTTCTTTCTGT
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AAAGAAAATCAAGAAGCGTCTACAGAGTTACCTAAT

QA 1 576 1 576
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7983Contig1 778 2 1 U
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TCCTCCAGATCCCTCTCTTCAGGGTACCATGTAGATCTGGAATGTGTATGTCACCGATCC
ATGTGACATCCTCTCAGTTGATTTCTAGTGACGTCTTTCCTGTTCCGGTTATCAAGGCTC
TCTTATACCCTGGTGCTATTGTCCATGGTCTTGCCACCGACATGACGTTTCCAAAGTGGG
AAAACGTCTTAGATATTTACAATCTCACCAATGTCAAAGAAGCATCTGCAGTTCCCGATC
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CGACCATGGTGATTGCGGTGATCTGCGCTTTCTCTATGATAAATTATAACTTGAAGAAAG
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AAGGAATGAAAATGGCATTGTCTTTGTTTTGTATTCTCTCACTTACCTTTTGTGTTTTCG
TTATGTTCTGGAACTCTGCTCAGCTGTCAGTGTCTTTCAATATCAAACACATAAACAC


BQ
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AF RR1AN46TF U 1
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BS 1 778 RR1AN46TF

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TCTTATACCCTGGTGCTATTGTCCATGGTCTTGCCACCGACATGACGTTTCCAAAGTGGG
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CGACCATGGTGATTGCGGTGATCTGCGCTTTCTCTATGATAAATTATAACTTGAAGAAAG
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AAGGAATGAAAATGGCATTGTCTTTGTTTTGTATTCTCTCACTTACCTTTTGTGTTTTCG
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DS 

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ATGGTGATTGCGGTGATTTGCGCTTTCTTTATGATAAATTATAACTTGAAGAAAGCCACG
AGGGCTGCTGCTCCTGCTCGTCCCATTGCTAAACCTCTCATGAGCTTTTCGAAATTTAAG
CTCAAGTGAGTTTTTTTGAGACTTTTAGTGCTTGTGTCTTTTTTTTTGCCAGTGCAAGGA
ATGAAAATGGCATTGTCTTTGTTTTGTATTCTCTCACTTACCTTTTGTGTTTTCGTTATG
TTCTGGAACTCTGCTCAGCTGTCAGTGTCTTTCAATATCAAACACATAAACAC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

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AAGAAGAGTGGGAGTGATGATGATGATGATGATGGGAGGTTGGGGTCTGTTAGTGATTAC
TGTGTTCATCACTGTGTTTGTCCTGTTGTTGTTGTTAGATTCCCTGATGATGATCGTGTT
GGGCCTGGGCCTGTTGCTCATCATCATGAACACATCAAAGATGAGTAAACCGCTTCTTGG
GATCTTGGTCAAGTTCGCACTGCACTCTTTACAGCATCCAGGTACACAAAAAATCAAGTA
GGAGTTTTAGCGCAATGGTCAGAGGAGTATGTGTGGTCTATGTTTATTTATCATGATGTT
GAGGAATTTCTGAGGGTTATTTGGAGTTTATTGTCTTTCTTCATTTGATGTTTTCTTCAG
TAAAACAAGAAGAAGTTTGTATGATTACCTTAACCCTTTTGGTATTTTTCTTTTATGGAA
AAAAAATTTGTGACC


BQ
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AF RR1H955JQ C 1
AF RR1H955TF U 1
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AAAAAATTTGTGACC

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DS 

RD RR1H955TF 555 0 0
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GAGATCGAGAGGCTTGGTTTGAGCGCCGTGATCATGGGGAGTAGAGGTTTCGGTGCTGAG
AAGAAGAGTGGGAGTGATGATGATGATGATGATGGGAGGTTGGGGTCTGTTAGTGATTAC
TGTGTTCATCACTGTGTTTGTCCTGTTGTTGTTGTTAGATTCCCTGATGATGATCGTGTT
GGGCCTGGGCCTGTTGCTCATCATCATGAACACATCAAAGATGAGTAAACCGCTTCTTGG
GATCTTGGTCAAGTTCGCACTGCACTCTTTACAGCATCCAGGTACACAAAAAATCAAGTA
GGAGTTTTAGCGCAATGGTCAGAGGAGTATGTGTGGTCTATGTTTATTTATCATGATGTT
GAGGAATTTCTGAGGGTTATTTGGAGTTTATTGTCTTTCTTCATTTGATGTTTTCTTCAG
TAAAACAAGAAGAAGTTTGTATGATTACCTTAACCCTTTTGGTATTTTTCTTTTATGGAA
AAAAAATTTGTGACC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

CO CL7985Contig1 854 2 6 U
GGACGCAGACAACAACTTCGATAATAGAAGCCAAACGCACGCAAATGGCGTCTTCTCTAC
CTACATTCTCCAGAGTCTTACCTTCCCCATCCAGCAAAACTTCTCCCTCCTTCGTTCCCT
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TCTCTTCACGTCGCGCATCCTTCATCATCATCGTCTTGAAAGACAACATAGACACCGACC
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GAGAGATCAAATCTAAATACTCGATCATAGTCGCCGGTGAGAACTTTGGTTGCGGGTCGT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EJ59TF U 1
AF RR1EJ59JQ C 123
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RD RR1EJ59TF 709 0 0
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TCTCTTCACGTCGCGCATCCTTCATCATCATCGTCTTGAAAGACAACATAGACACCGACC
AGATCATCCCAGCAGACAAAGCATGCATATTCCCTTCCAACCAGCAAGAGCGCGACGAGA
TCGGCTCTAACGCCCTCTCCGGTCTACCAGACTCCCACAAACCCCGCTTCGTTGAGCCAG
GAGAGATCAAATCTAAATACTCGATCATAGTCGCCGGTGAGAACTTTGGTTGCGGGTCGT
CACGTGAACACGCTCCTGTCTGTCTAGGAGCAGCCGGAGCTAAAGCCGTTGTTGCTCAGA
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ATAGTGGTGGTTTACTGACTAATCACACGACTGGTAAGCAGTATAAGCTGAAG*CGATTG
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QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1EJ59JQ 732 0 0
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TCTTCACGTCGCGCATCCTTCATCATCATCGTCTTGAAAGACAACATAGACACCGACCAG
ATCATCCCAGCAGACAAAGCATGCATATTCCCTTCCAACCAGCAAGAGCGCGACGAGATC
GGCTCTAACGCCCTCTCCGGTCTACCAGACTCCCACAAACCCCGCTTCGTTGAGCCAGGA
GAGATCAAATCTAAATACTCGATCATAGTCGCCGGTGAGAACTTTGGTTGCGGGTCGTCA
CGTGAACACGCTCCTGTCTGTCTAGGAGCAGCCGGAGCTAAAGCCGTTGTTGCTCAGACT
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AGTGGTGGTTTACTGACTAATCACACGACTGGTAAGCAGTATAAGCTGAAGGCGATTGGT
GATGCAGGACCGGTTATTGATGCTGGTGGTATCTTTGCTTATGCGAGGAAGGTGGGAATG
ATTCCTTCTCCATCAGTAGCTTAACTATCTTCATAATTTAATATTGATGTGTGTTCTTCC
ACGTTGTTATTGTTGTTGTTGTTTTATGTAATGAATAAGAAATCTAAAGGCAAGAAGAAA
ACATGTTCCAGG

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1D046JQ C 1
AF RR1D046TF U 1
BS 1 578 RR1D046TF
BS 579 600 RR1D046JQ

RD RR1D046JQ 600 0 0
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AATCGCGTAGGGACGGGAAACAAATCGAGGTTTTAGGGTTTTATGATCCACTCCAAGGAA
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CCATTACAGGTGAGATCTTGAACTAAGAGTGTGTGTGTAATCAGCAAAGAGTTAAAGCTT
TGTGTGTCTATCTCAAAGGAGTTTGATGTTATGTTTGGTTTTTTTTGTTGTATCTGGACA
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CTTAAGTTGGATATAAGCCCATTATGTTATTTTGATTTTGAAAAAAATGTTAGTATTGCC

QA 1 600 1 600
DS 

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TGTGTGTCTATCTCAAAGGAGTTTGATGTTATGTTTGGTTTTTTTTGTTGTATCTGGACA
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CTTAAGTTGGATATAAGCCCATTATGTTATTTTGATTT

QA 1 578 1 578
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1D956JQ C 1
AF RR1D956TF U 1
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QA 1 578 1 578
DS 

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GTTATACTATATTTCAGATTATTATCGCCCCTCTTCAG

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL7989Contig1 425 2 6 U
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AGAGTTATGAATGTTAAGACTTCAACTATATCTTTTAATGTAAACGGAATTTGAATGTGG
CCACT


BQ
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15 15 10 10 10 

AF RR1D182TF U 1
AF RR1E111TF U 8
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CC

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DS 

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G
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TCATCACCGCTATCTTCTTCATCTATGAAGCTACATCATCCAGGAAAAACCGTAGCCTCG
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TCTAGTTTCAGTGAACAAAAGAACATCTTTTTTTCTTTCTGTCCAACATATCAGAGTTAT
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QA 2 418 2 418
DS 



AS 1 2

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TTCTTCAAAAGTTGTCCAGAGAACTAATGAGTTTGTACAAGTCAGGTGGGGCAAGGAAGT
TTGCCGTACAGAACTTGGGACCGCTTGGTTGCTTACCGATAGTGAGACAAGAGTTTAAGA
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GTCCTGTGCTCTTTGCGATGACGGTACGATACCGTAGCTTACGCTACAGCGTCTTTGATT
TCAACGGTGAGATTCTCCGAAGGATCAACGAACCATCACGCTACGGGTATACTGATACAA
CGACCTCTTGCTGTGGTATTGGATCGAGAAATGCGTTTGGGTGTGGCTATAGCAACGTGC
ATTCGAAACTATGCAGTTACCAGAAAGGATTCTTGTTCTTTGACGGGCGTCACAACACTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CM91TF U 1
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CTGACACTATGAGTTTTGGACAGCAGATAACGAAGTTTATAGAGTTGAACAAGAAATGGA
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TTCTTCAAAAGTTGTCCAGAGAACTAATGAGTTTGTACAAGTCAG*TGGGGCAAGGAAGT
TTGCCGTACAGAACTTGGGACCGCTTGGT*GCTTACCGATAGTGAGACA*GAGTTTA*GA
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QA 1 701 1 701
DS 

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AATTTCGCTAAGGCTCATCCAAATGCTAATCCTGTGGAGCAAGTTGCTTTTGTTGCCAAT
GTTCTTCAAAAGTTGTCCAGAGAACTAATGAGTTTGTACAAGTCAGGTGGGGCAAGGAAG
TTTGCCGTACAGAACTTGGGACCGCTTGGTTGCTTACCGATAGTGAGACAAGAGTTTAAG
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GGTCCTGTGCTCTTTGCGATGACGGTACGATACCGTAGCTTACGCTACAGCGTCTTTGAT
TTCAACGGTGAGATTCTCCGAAGGATCAACGAACCATCACGCTACGGGTATACTGATACA
ACGACCTCTTGCTGTGGTATTGGATCGAGAAATGCGTTTGGGTGTGGCTATAGCAACGTG
CATTCGAAACTATGCAGTTACCAGAAAGGATTCTTGTTCTTTGACGGGCGTCACAACACT
GAGAAAACTGATGAGGACATCGCCAATCTGTTCTATTCTGGAGACAAACATGTTGTCTCT
CCGGTGAACATAAAGGGTCTTGTAGGTAAATCTGTGACTTATCTTCCAGCGCAAGAAATC
TAGAAGCCCTAGTTTCGTTCTGTTTTCTTTTGTAAAATAAGTAAACGGCTGTTTGTTTGT
AAGCTATAAGACTCATATTCCATTGAGAATAATAAATAATTAACCGTTTATTAATCACG

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 2

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AATGGGACTATGCATCCTTGCTTACATTGCAGTACCTTCTTTGTATTGGCATCTAAACGA
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GCCTCTCCTCTCCATCCCTGACGGATTGAGCAATCACAGCTTCTTGGATTGTATGAGACG
TGAGGAAGGGAGTGAAGAGAGCGAGAGTAGTTTCACAGAAATGGTGGCTGAAGAGCTGAA
GCTAAGAGAAGCACAAGCTCAAGAAGATGAATGGCGTGCAGACAGGTTGCTGCTAGATGC
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TTGTGAGCAAGCAAGAGAAGAATCAGAGGGAGCTCTAGACGAACAGAGAAGACTGTCTTA
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CTCTGATGATCTCTAAAAGAATCAATCAAATCTTTGTTTGTTCCG


BQ
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AF RR1F303JQ C 1
AF RR1F303TF U 1
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DS 

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QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DU43TF U 1
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CATTC

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QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1C023JQ C 1
AF RR1C023TF U 1
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GAATAAGTTTGGGAGTTTACTCCCTTTTTCCCACC

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1C023TF 575 0 0
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TTTGCTGGGAAAGTTTTCTTGAAGATGGAAGGATTTTGGTCAATGTGTTAGTTAGATATT
TCAAGCAATCAGCAAAAGCTTTAGAGCAAAAAATCAATCGCGAACCAAGGGTTTTATGGT
GCACAATTACCATCTAATATTTTGTAGAAACTAATCAAAACTACTATTAGAAAAAATTAA
AATGGGTATAGTCTAAAAAAGTACGGTCGTTAATAACAAAGCGAATTGATTCATAAGTTT
ACAAATATATCATCTTAATTTATATAGCCAAAAAATAAGCTTTGTTTGTCTTTTCTTTTT
GAATAAGTTTGGGAGTTTACTCCCTTTTTCCCACC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL7994Contig1 677 2 1 U
GGCTCCAACGTTTTACGTCTCATCTCTCATTCTCTCTTTTTTTTTATTTCAGATCCAAAA
TTAATCTCTTCTAATTCTTCTTTAATCTTTTGAATCTCTATCTTTCTCAATCATCACAAC
AAACACACGACCTCCGCCGTCCAAGCATCACAACCACCACCGCACGGCCTCCTCCGTTCG
TTTGCCGTCCTAACATCACCACCACCCCACGTTTGTCGTCCCATCATCACCACCACCACA
CCTCCATGGTTTGAAATCTATCTCTCTCTATATGTATATATCTCTGCTTCTAATTCTCTC
TCTGTTTTTGAACTGCTATGATTTGGCTTTGGGATGGACGAGGCACGGCGAAGCAGGCAT
GATGGTGGAAGTGGAACCAGAGAAGAAGAGATGCAGAGAAGGATAGAAGACAGACGCGAG
GATGGAGCCGAGCAAGCAGAAGAAGAAGAGAGACGAATCAGAGACTTCGCGGGCGAGGAT
CGGAAGAAGAAGGCGCCGTCTTGGTGGTCGAGCGTGGTGGCTACACCACTCAGTCATCCT
GAAGAAGCTTGTTATTAGGTTTAGATGCTTTAGGTTTAGTTTCCATTTTTTTTGGTTTAG
TTTGGTTTAGTTTTTTTTTTTTGATTAGCTTGGTTTAGTTTGTATCCCGGTTAACTAATT
TTGATATATAAAGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AW11TF U 67
AF RR1B903TF U 1
BS 1 677 RR1B903TF

RD RR1AW11TF 575 0 0
TCTTCTAATTCTTCTTTAATCTTTTGAATCTCTATCTTTCTCAATCATCACAACAAACAC
ACGACCTCCGCCGTCCAAGCATCACAACCACCACCGCACGGCCTCCTCCGTTCGTTTGCC
GTCCTAACATCACCACCACCCCACGTTTGTCGTCCCATCATCACCACCACCACACCTCCA
TGGTTTGAAATCTATCTCTCTCTATATGTATATATCTCTGCTTCTAATTCTCTCTCTGTT
TTTGAACTGCTATGATTTGGCTTTGGGATGGACGAGGCACGGCGAAGCAGGCATGATGGT
GGAAGTGGAACCAGAGAAGAAGAGATGCAGAGAAGGATAGAAGACAGACGCGAGGATGGA
GCCGAGCAAGCAGAAGAAGAAGAGAGACGAATCAGAGACTTCGCGGGCGAGGATCGGAAG
AAGAAGGCGCCGTCTTGGTGGTCGAGCGTGGTGGCTACACCACTCAGTCATCCTGAAGAA
GCTTGTTATTAGGTTTAGATGCTTTAGGTTTAGTTTCCATTTTTTTTGGTTTAGTTTGGT
TTAGTTTTTTTTTTTTGATTAGCTTGGTTTAGTTT

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1B903TF 677 0 0
GGCTCCAACGTTTTACGTCTCATCTCTCATTCTCTCTTTTTTTTTATTTCAGATCCAAAA
TTAATCTCTTCTAATTCTTCTTTAATCTTTTGAATCTCTATCTTTCTCAATCATCACAAC
AAACACACGACCTCCGCCGTCCAAGCATCACAACCACCACCGCACGGCCTCCTCCGTTCG
TTTGCCGTCCTAACATCACCACCACCCCACGTTTGTCGTCCCATCATCACCACCACCACA
CCTCCATGGTTTGAAATCTATCTCTCTCTATATGTATATATCTCTGCTTCTAATTCTCTC
TCTGTTTTTGAACTGCTATGATTTGGCTTTGGGATGGACGAGGCACGGCGAAGCAGGCAT
GATGGTGGAAGTGGAACCAGAGAAGAAGAGATGCAGAGAAGGATAGAAGACAGACGCGAG
GATGGAGCCGAGCAAGCAGAAGAAGAAGAGAGACGAATCAGAGACTTCGCGGGCGAGGAT
CGGAAGAAGAAGGCGCCGTCTTGGTGGTCGAGCGTGGTGGCTACACCACTCAGTCATCCT
GAAGAAGCTTGTTATTAGGTTTAGATGCTTTAGGTTTAGTTTCCATTTTTTTTGGTTTAG
TTTGGTTTAGTTTTTTTTTTTTGATTAGCTTGGTTTAGTTTGTATCCCGGTTAACTAATT
TTGATATATAAAGTTTT

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL7995Contig1 873 2 2 U
AAATTTGAGGCCCTCTTTTTACTGGCAACACAAATGTTCTTTTGATTAGCCCTTTTTTTT
GTTGACTCATTGTTAATGCCTCCACAAGAAGAAAGCTGAGGAAACGGAGGCGAAAAAATC
TCAGATAGGATTTTTAACATTTACAATCGAAATGGAGAAGGAAAGCCACGAGGAGAACAA
CCCCACTGTCTCTGGTGACGTCATCACCAAACGGAAGCCTGGTCGCCCTAGAAAGCACCT
CAAGCTAGACTCCACCGAGCAGTCTTCTCGCCACATCGAAGACAACGACGAAGCTATGGT
TGGACAGCATGTTACCGGCGTCATCGAGGCGACCTTTGAAGCAGGTTTCTTGCTTTCGGT
TAAGCTCGGCAACTCAGACACCGTGCTTAGAGGTGTGTTGTTCAAGCCTGGTCGCTGCGA
GCCTGTATCGGTCGATAACGATATTGCTCCTCAAGTGAGTGGAGGTAGTAACAGCAAGCC
ATTTGAGACGCTGCTTACACGAGTGATGAAGGAAGGTCAAGTCCATAACACCGCGTCACA
GCTCACTGAACCTGACTCAGAGGAACAGGCTTTGTCTATTGAGCCGTTGCAGGCAATACA
CCCGGTCCATCCAGTACATATCCCCAAACCTATGCCGAGTTATGGACGTGGCAAGATGAC
AGAACTTCTTCAGGCCGTGCAGGAGAATGTGAGGGAGACCCATTTCTCTCAAGGAGAGTG
ACTATCTGGAGTATTCTTGCTGCAAACCGTTGAGAGTTTTAAAGTCTGATTCAGTCATTG
TAATCAGAAATAGGAAAGCAGAGTTTTAACTACTGTCTAGCTTAAAGATGTCAGAAAAAG
TTTATGATGATTCGTTACATAGATGCTGATAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BB71TF U 1
AF RR1BB71JQ C 96
BS 1 670 RR1BB71TF
BS 671 873 RR1BB71JQ

RD RR1BB71TF 670 0 0
AAATTTGAGGCCCTCTTTTTACTGGCAACACAAATGTTCTTTTGATTAGCCCTTTTTTTT
GTTGACTCATTGTTAATGCCTCCACAAGAAGAAAGCTGAGGAAACGGAGGCGAAAAAATC
TCAGATAGGATTTTTAACATTTACAATCGAAATGGAGAAGGAAAGCCACGAGGAGAACAA
CCCCACTGTCTCTGGTGACGTCATCACCAAACGGAAGCCTGGTCGCCCTAGAAAGCACCT
CAAGCTAGACTCCACCGAGCAGTCTTCTCGCCACATCGAAGACAACGACGAAGCTATGGT
TGGACAGCATGTTACCGGCGTCATCGAGGCGACCTTTGAAGCAGGTTTCTTGCTTTCGGT
TAAGCTCGGCAACTCAGACACCGTGCTTAGAGGTGTGTTGTTCAAGCCTGGTCGCTGCGA
GCCTGTATCGGTCGATAACGATATTGCTCCTCAAGTGAGTGGAGGTAGTAACAGCAAGCC
ATTTGAGACGCTGCTTACACGAGTGATGAAGGAAGGTCAAGTCCATAACACCGCGTCACA
GCTCACTGAACCTGACTCAGAGGAACAGGCTTTGTCTATTGAGCCGTTGCAGGCAATACA
CCCGGTCCATCCAGTACATATCCCCAAACCTATGCCGAGTTATGGACGTGGCAAGATGAC
AGAACTTCTT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1BB71JQ 778 0 0
CTGAGGAAACGGAGGCGAAAAAATCTCAGATAGGATTTTTAACATTTACAATCGAAATGG
AGAAGGAAAGCCACGAGGAGAACAACCCCACTGTCTCTGGTGACGTCATCACCAAACGGA
AGCCTGGTCGCCCTAGAAAGCACCTCAAGCTAGACTCCACCGAGCAGTCTTCTCGCCACA
TCGAAGACAACGACGAAGCTATGGTTGGACAGCATGTTACCGGCGTCATCGAGGCGACCT
TTGAAGCAGGTTTCTTGCTTTCGGTTAAGCTCGGCAACTCAGACACCGTGCTTAGAGGTG
TGTTGTTCAAGCCTGGTCGCTGCGAGCCTGTATCGGTCGATAACGATATTGCTCCTCAAG
TGAGTGGAGGTAGTAACAGCAAGCCATTTGAGACGCTGCTTACACGAGTGATGAAGGAAG
GTCAAGTCCATAACACCGCGTCACAGCTCACTGAACCTGACTCAGAGGAACAGGCTTTGT
CTATTGAGCCGTTGCAGGCAATACACCCGGTCCATCCAGTACATATCCCCAAACCTATGC
CGAGTTATGGACGTGGCAAGATGACAGAACTTCTTCAGGCCGTGCAGGAGAATGTGAGGG
AGACCCATTTCTCTCAAGGAGAGTGACTATCTGGAGTATTCTTGCTGCAAACCGTTGAGA
GTTTTAAAGTCTGATTCAGTCATTGTAATCAGAAATAGGAAAGCAGAGTTTTAACTACTG
TCTAGCTTAAAGATGTCAGAAAAAGTTTATGATGATTCGTTACATAGATGCTGATAAC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL7996Contig1 740 2 1 U
GGAATCCGAATTTCCTTCCCCAAGCAAACCAGCTCGGGAGAAGCCCCAGTCACAACCACA
GCCACAAGAGGCAGCTTCTCCTATGGCCACTTCATTTTACTCAGAAATGCTCAGCAGACA
AACCAAGTCGCTTTTGGAGGAATATTTCAATGTACGTCTGATGGATGAGGCATTGCAATG
CGTAGAGGAACTTAAATCCCCATCTCACCATCCGGAGCTCGTCAAGGAAGCTATCTCCCT
CGGCTTGGAGAAAAATCCACCGTGCGTTGAACCAGTGGTGAGACTCTTGGAATATTTGGT
CTCTAAGAAGGTTCTAACTCCTAAAGACATAGAGAGTGGTTGTCTGCTTTACGGGTCTAT
CCTCGATGACATTGGAATCGATCTGCCAAAGGCACCAAACAACTTTGGGGAGATCCTTGG
GAGTTTGGTTATGGCCAATGCATCAGATTTTGGGATGGTGGAAGAGATTCTAATGAAAAT
GGAGGATGGTCGGTTCAAGAAAGCAGTCTTGGATGCTGTGATGAAGAGTGTAAGCGAATC
TCTGTTGGTCGCGCAAGCTGCCAAAGTCGAGGCTTGCCGTAGTTTGGTGTAAGCTGTTGT
GTGGTTTCATCTCTGTTACAGCAGGATACTTCTGGTTCGACCTGAAAAGCTTTAATATCT
CTATGTTTGAATAAGTTTGGTTATGTATCCTCTTTGTTATATGGACCATTTGTTAGTGAG
TAAATTCACATTTTGAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1D317TF U 1
AF RR1D317JQ C 154
BS 1 740 RR1D317TF

RD RR1D317TF 740 0 0
GGAATCCGAATTTCCTTCCCCAAGCAAACCAGCTCGGGAGAAGCCCCAGTCACAACCACA
GCCACAAGAGGCAGCTTCTCCTATGGCCACTTCATTTTACTCAGAAATGCTCAGCAGACA
AACCAAGTCGCTTTTGGAGGAATATTTCAATGTACGTCTGATGGATGAGGCATTGCAATG
CGTAGAGGAACTTAAATCCCCATCTCACCATCCGGAGCTCGTCAAGGAAGCTATCTCCCT
CGGCTTGGAGAAAAATCCACCGTGCGTTGAACCAGTGGTGAGACTCTTGGAATATTTGGT
CTCTAAGAAGGTTCTAACTCCTAAAGACATAGAGAGTGGTTGTCTGCTTTACGGGTCTAT
CCTCGATGACATTGGAATCGATCTGCCAAAGGCACCAAACAACTTTGGGGAGATCCTTGG
GAGTTTGGTTATGGCCAATGCATCAGATTTTGGGATGGTGGAAGAGATTCTAATGAAAAT
GGAGGATGGTCGGTTCAAGAAAGCAGTCTTGGATGCTGTGATGAAGAGTGTAAGCGAATC
TCTGTTGGTCGCGCAAGCTGCCAAAGTCGAGGCTTGCCGTAGTTTGGTGTAAGCTGTTGT
GTGGTTTCATCTCTGTTACAGCAGGATACTTCTGGTTCGACCTGAAAAGCTTTAATATCT
CTATGTTTGAATAAGTTTGGTTATGTATCCTCTTTGTTATATGGACCATTTGTTAGTGAG
TAAATTCACATTTTGAGTTC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1D317JQ 587 0 0
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GGAGCTCGTCAAGGAAGCTATCTCCCTCGGCTTGGAGAAAAATCCACCGTGCGTTGAACC
AGTGGTGAGACTCTTGGAATATTTGGTCTTTAAGAAGGTTCTAACTCCTAAAGACATAGA
GAGTGGTTGTCTGCTTTACGGGTCTATCCTCGATGACATTGGAATCGATCTGCCAAAGGC
ACCAAACAACTTTGGGGAGATCCTTGGGAGTTTGGTTATGGCCAATGCATCAGATTTTGG
GATGGTGGAAGAGATTTTAATGAAAATGGAGGATGGTCGGTTCAAGAAAGCAGTCTTGGA
TGCTGTGATGAAGAGTGTAAGCGAATCTCTGTTGGTCGCGCAAGCTGCCAAAGTCGAGGC
TTGCCGTAGTTTGGTGTAAGCTGTTGTGTGGTTTCATCTCTGTTACAGCAGGATACTTTT
GGTTCGACCTGAAAAGCTTTAATATCTCTATGTTTGAATAAGTTTGGTTATGTATCCTCT
TTGTTATATGGACCATTTGTTAGTGAGTAAATTCACATTTTGAGTTC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL7997Contig1 1039 2 2 U
GAATTATTGAGACGGATGATGAGTCGGGTGTTCCAGCTAAATGAGCTGCCATTTCTACAC
TGGAAGTTTTGGCTAGCAGGCTTCCCTCTGGCCATCCGATCTTTAGCAAGTGTCTTGCAT
CTGTTGCAGAAGGCATCAGCTCAAAGAATCTGGGAGTGTCTTCAAGCTGCCTTCGTACAA
CTGGTGCATTGATCAATGTTCTTGGACCAAAGGCGCTCGCTGAACTTCCACGAATAATGA
AAAATTTGGTACAACAATCTCGCGAAGTGTCATCTGCATCAACAACTGGAAACGCAACAG
CCGAGGAACAGTTGGTGATGCTGTCTGTTCTAGTCACTTTGGAAGCTGTGATCGATAAAC
TTGGAGGTTTCCTGAATCCTCATCTTGGGGATATCATTAGACTCATGGTTCTGCATCCTG
AATACGTTTCTGACTTTGACAAGAACCTTAAGTCCAAAGCCAATGCAATTAGGAGACTCC
TTACTGAAAAAATACCAGTCCGTCTTACTTTGCAACCTCTTCTACGAATATATGATGAGG
CTGTTACTTGTGGCGATGCAAGTTTGGTGATTGCTTTTGATATGCTGGAAAATCTGGTTG
CAAAAATGGATAGAGCATCTGTTGTTTGCAACCATGCAAAGATTTTCGACCAATGCTTAG
TTGCCCTAGATATTAGACGCCAAAATCCAGCAACAATTCAGAACGTTGATGATGCGGAGA
GAAGTGTAATCAATGCGACGGTTACACTCACGAAGAAGCTAACTGAGTCTGAGTTTAAAC
CCCTCTTTATAAGAAGTATTGAATGGGCAGAGTCAGATATTGTAGATGGATCTGGGAATG
AGAATAAGAGCGTCGACAGATCTATCTCTTTCTATGGTCTAGTGAATGGACTCTGTGAGA
GTCACATGTCGATCTTTGTACCATATTTCAAGTTCATGCTCGACGGTATTGTATCGCATC
TCACCAGTGCTGGAGCATCAGTATCAACAAGGAAGAAAAAGAAAGCCAAACTTCAAGAAT
CAGATGACACTATACCACC


BQ
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AF RR1AC08TF U 1
AF RR1AC08JQ C 220
BS 1 794 RR1AC08TF
BS 795 1039 RR1AC08JQ

RD RR1AC08TF 794 0 0
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TGGAAGTTTTGGCTAGCAGGCTTCCCTCTGGCCATCCGATCTTTAGCAAGTGTCTTGCAT
CTGTTGCAGAAGGCATCAGCTCAAAGAATCTGGGAGTGTCTTCAAGCTGCCTTCGTACAA
CTGGTGCATTGATCAATGTTCTTGGACCAAAGGCGCTCGCTGAACTTCCACGAATAATGA
AAAATTTGGTACAACAATCTCGCGAAGTGTCATCTGCATCAACAACTGGAAACGCAACAG
CCGAGGAACAGTTGGTGATGCTGTCTGTTCTAGTCACTTTGGAAGCTGTGATCGATAAAC
TTGGAGGTTTCCTGAATCCTCATCTTGGGGATATCATTAGACTCATGGTTCTGCATCCTG
AATACGTTTCTGACTTTGACAAGAACCTTAAGTCCAAAGCCAATGCAATTAGGAGACTCC
TTACTGAAAAAATACCAGTCCGTCTTACTTTGCAACCTCTTCTACGAATATATGATGAGG
CTGTTACTTGTGGCGATGCAAGTTTGGTGATTGCTTTTGATATGCTGGAAAATCTGGTTG
CAAAAATGGATAGAGCATCTGTTGTTTGCAACCATGCAAAGATTTTCGACCAATGCTTAG
TTGCCCTAGATATTAGACGCCAAAATCCAGCAACAATTCAGAACGTTGATGATGCGGAGA
GAAGTGTAATCAATGCGACGGTTACACTCACGAAGAAGCTAACTGAGTCTGAGTTTAAAC
CCCTCTTTATAAGA

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1AC08JQ 820 0 0
CTGAACTTCCACGAATAATGAAAAATTTGGTACAACAATCTCGCGAAGTGTCATCTGCAT
CAACAACTGGAAACGCAACAGCCGAGGAACAGTTGGTGATGCTGTCTGTTCTAGTCACTT
TGGAAGCTGTGATCGATAAACTTGGAGGTTTCCTGAATCCTCATCTTGGGGATATCATTA
GACTCATGGTTCTGCATCCTGAATACGTTTCTGACTTTGACAAGAACCTTAAGTCCAAAG
CCAATGCAATTAGGAGACTCCTTACTGAAAAAATACCAGTCCGTCTTACTTTGCAACCTC
TTCTACGAATATATGATGAGGCTGTTACTTGTGGCGATGCAAGTTTGGTGATTGCTTTTG
ATATGCTGGAAAATCTGGTTGCAAAAATGGATAGAGCATCTGTTGTTTGCAACCATGCAA
AGATTTTCGACCAATGCTTAGTTGCCCTAGATATTAGACGCCAAAATCCAGCAACAATTC
AGAACGTTGATGATGCGGAGAGAAGTGTAATCAATGCGACGGTTACACTCACGAAGAAGC
TAACTGAGTCTGAGTTTAAACCCCTCTTTATAAGAAGTATTGAATGGGCAGAGTCAGATA
TTGTAGATGGATCTGGGAATGAGAATAAGAGCGTCGACAGATCTATCTCTTTCTATGGTC
TAGTGAATGGACTCTGTGAGAGTCACATGTCGATCTTTGTACCATATTTCAAGTTCATGC
TCGACGGTATTGTATCGCATCTCACCAGTGCTGGAGCATCAGTATCAACAAGGAAGAAAA
AGAAAGCCAAACTTCAAGAATCAGATGACACTATACCACC

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL7998Contig1 574 2 1 U
GGTATTTGGCGAATCAAATATCATGGTATAAGAAAGAATCATTCTGATTAGTTGATAATT
TTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAAGGTTAATTAAATCTATTCCTAATTTATGTCGAGTAGA
CCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAATTCATGACTTGTAGGGAGGGACTTAT
GTCACCACAAACAGAACAAGAAGCTGTACGCTGCTGAAAGCATGCTGAATACAAAGAAGC
AGAAAGCAGAGAAGAATATGAGGAAGAAGGCTAAGAAAGCAGCAGGTGGTGAGGATTCCA
TGGACGGTGATTATGATTTCAAAGTAGATTATGCCAAGAACAAAGCTACAGACATGGATG
AAGGAGAAGGTTTCCAAATCGAGGCTAAAGTACCAATGGCTGAACTAGGTGATTTGCCTG
AAGAATGAGTCGATTTAAACAAACAGACAATCTTGTTCTTTCTTATTTGGTGTAGTAAAC
TTTTGATATACACTTGTGTTTTGCTTCATGAAGCGATTTTGATTTTTACTGTTGGACCCA
TTCTTTTGCCCCGCCAGTATATTAACTTAAGAGG


BQ
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AF RR1ED21JQ C 1
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1D025JQ C 212
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TTT

QA 1 790 1 790
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ATTCTTATACGGCTAATTATATGTTTATCTTTATAAATCTAATTACAAATTACATTTAAC
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QA 1 746 1 746
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BQ
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CAAAGCTCTTGAATTTTGAAGATCATATGCAAAC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

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AACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1B559TF U 1
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BS 873 1084 RR1B559JQ

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DS 

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TTTTTTAAACC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1BV44JQ C 1
AF RR1BV44TF U 1
BS 1 575 RR1BV44TF

RD RR1BV44JQ 575 0 0
GCATTCTCATTGGAATCTCAGAAAGACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGTATCATTTCTGCT
TCACCCTCTTCACTTTGCCTTCCCCGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCTCCC
TCCTTTGTATTCATGGCTTCCATGGCTGCTGCCTCTACTTCCCTGCAGGCTCGTCCTCGC
CAAATGGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGTCAGGGAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTACG
CTTCGCCCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATGGGCCTGGAGGAA
GCCTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAATATTGCGACAGTCGAGGAAGCA
GCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGGAAAAGCTTAAGTCCAATATCATTTATTACAG
AACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCTTGTCATTGTTTGGTTAGGTAG
AGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGGGCAAAATTATTACAAGGCTTGTA
TTTGACTTTTTTTCATCTTAAAACTTTTTACCTCC

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR1BV44TF 575 0 0
GCATTCTCATTGGAATCTCAGAAAGACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGTATCATTTCTGCT
TCACCCTCTTCACTTTGCCTTCCCCGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCTCCC
TCCTTTGTATTCATGGCTTCCATGGCTGCTGCCTCTACTTCCCTGCAGGCTCGTCCTCGC
CAAATGGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGTCAGGGAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTACG
CTTCGCCCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATGGGCCTGGAGGAA
GCCTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAATATTGCGACAGTCGAGGAAGCA
GCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGGAAAAGCTTAAGTCCAATATCATTTATTACAG
AACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCTTGTCATTGTTTGGTTAGGTAG
AGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGGGCAAAATTATTACAAGGCTTGTA
TTTGACTTTTTTTCATCTTAAAACTTTTTACCTCC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL8003Contig1 884 2 2 U
GTCACTACTTCAAATCTAAAACTAGACACACTTTTTCTTCCTGTGGGAGCATCGAGCTCT
AATGCTTTGAACAGACAATGCCAAAAAATGATACTAGTGAACAAAGAGGGAGAATCATGG
ACCGTGAGTTTGAGATTTAGAGAGTCAGGAGGAACGTATTACATCAGACAAGGCTGGAGA
AGGTTCTGTCTTGATAACAGACGAAAAGTAGGAGAGCTATTTGTGTTCAATCTGGTCGGA
GATGGGAAAACTACTCCAATGCTCTGTGTTTGTCCTGAAGAAGAATGTTCTGAACTAGTG
ATCAAACACTTGAGCAGAGGGAGAAGGAGTAAAAAGACAAATAAGCGTTCTAGATGGGTA
GCTTCATCATCCTCAAGAAGAAACCGATTCCTCACAATCACTCTCACACGCTACAACTTC
ACAAGCTCCAAACTTATTCTTCCTATAGCCTTCACGAATACTAATGGGCTTAGCAAGTAC
AAGGAGATAATCTTGATGGACATGCATGGTGTCAAGCGGTTAACGAAGCTGGTGCAGGAG
GCACCACACAATGGAAGAAGAGGACTAGGAATAGGATGGAAGCTTTTCTGTGAAGCTAAT
GATGTATTCGGGCTTGGCGTCTCTTTTGTGTTGGAGTTGATATGGGAAGACACAGTTCCT
GTTCTCAAGTTTTGTTCCAAGGTCAAGGTTGAAACAGCTGATGTCTGAAGAACATAAGCG
TATTTTAATTTAATGTCTTAAGTTTCATTAACTCTCTGATTAAGAGTTTGTGTAACTCTC
TGGTTTTAAAACAATGTTTAGAGTGTTATTACATTACATCGTAACTTGTTCTGCCTCGAG
GTTCGAGACAACAGTCTTTGAAAAAGTTTAAAACGTTTTCAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C713TF U 1
AF RR1C713JQ C 132
BS 1 676 RR1C713TF
BS 677 884 RR1C713JQ

RD RR1C713TF 676 0 0
GTCACTACTTCAAATCTAAAACTAGACACACTTTTTCTTCCTGTGGGAGCATCGAGCTCT
AATGCTTTGAACAGACAATGCCAAAAAATGATACTAGTGAACAAAGAGGGAGAATCATGG
ACCGTGAGTTTGAGATTTAGAGAGTCAGGAGGAACGTATTACATCAGACAAGGCTGGAGA
AGGTTCTGTCTTGATAACAGACGAAAAGTAGGAGAGCTATTTGTGTTCAATCTGGTCGGA
GATGGGAAAACTACTCCAATGCTCTGTGTTTGTCCTGAAGAAGAATGTTCTGAACTAGTG
ATCAAACACTTGAGCAGAGGGAGAAGGAGTAAAAAGACAAATAAGCGTTCTAGATGGGTA
GCTTCATCATCCTCAAGAAGAAACCGATTCCTCACAATCACTCTCACACGCTACAACTTC
ACAAGCTCCAAACTTATTCTTCCTATAGCCTTCACGAATACTAATGGGCTTAGCAAGTAC
AAGGAGATAATCTTGATGGACATGCATGGTGTCAAGCGGTTAACGAAGCTGGTGCAGGAG
GCACCACACAATGGAAGAAGAGGACTAGGAATAGGATGGAAGCTTTTCTGTGAAGCTAAT
GATGTATTCGGGCTTGGCGTCTCTTTTGTGTTGGAGTTGATATGGGAAGACACAGTTCCT
GTTCTCAAGTTTTGTT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1C713JQ 753 0 0
GAGATTTAGAGAGTCAGGAGGAACGTATTACATCAGACAAGGCTGGAGAAGGTTCTGTCT
TGATAACAGACGAAAAGTAGGAGAGCTATTTGTGTTCAATCTGGTCGGAGATGGGAAAAC
TACTCCAATGCTCTGTGTTTGTCCTGAAGAAGAATGTTCTGAACTAGTGATCAAACACTT
GAGCAGAGGGAGAAGGAGTAAAAAGACAAATAAGCGTTCTAGATGGGTAGCTTCATCATC
CTCAAGAAGAAACCGATTCCTCACAATCACTCTCACACGCTACAACTTCACAAGCTCCAA
ACTTATTCTTCCTATAGCCTTCACGAATACTAATGGGCTTAGCAAGTACAAGGAGATAAT
CTTGATGGACATGCATGGTGTCAAGCGGTTAACGAAGCTGGTGCAGGAGGCACCACACAA
TGGAAGAAGAGGACTAGGAATAGGATGGAAGCTTTTCTGTGAAGCTAATGATGTATTCGG
GCTTGGCGTCTCTTTTGTGTTGGAGTTGATATGGGAAGACACAGTTCCTGTTCTCAAGTT
TTGTTCCAAGGTCAAGGTTGAAACAGCTGATGTCTGAAGAACATAAGCGTATTTTAATTT
AATGTCTTAAGTTTCATTAACTCTCTGATTAAGAGTTTGTGTAACTCTCTGGTTTTAAAA
CAATGTTTAGAGTGTTATTACATTACATCGTAACTTGTTCTGCCTCGAGGTTCGAGACAA
CAGTCTTTGAAAAAGTTTAAAACGTTTTCAGGC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL8004Contig1 881 2 4 U
ATACTCAACAGAATCCATCTGATATCTGTGGAGCATTTTCTTCCATTGGGTTCCCATCCA
CGTGTCCCAGCTCCTCTAGTGATCATTTTCAAACGTCCCTGGAGATGATGCCTAAGAAGA
ACAAAAAGAGGGCTAAACCTGGAGAAAGTTCTCGGCCTCGCCCAAGAGACAGGCAGCTCA
TTCAGGATCGTATCAAGGAACTTCGAGAACTTGTGCCTAATGGATCAAAGTGCAGTATTG
ATTCTTTGCTGGAACGCACGATCAAGCACATGCTCTTTTTGCAGAATGTTACTAAGCATG
CTGACAAGCTCAGTAAAAGTGCTAATTCAAAGATGCAACAAAAGGAAACTGGAGCGCAAG
GTTCAACGTGCGCAGTGGAGGTTGGAGGCCATCTTCAAGTGTGCTCTATAATCGTGGAGA
ATCTGAACAAGCATGGGATGGTGCTTATCGAGATGTTATGTGAAGAATGTAGCCATTTTC
TTGAGATATCAAATGTGATCGAGAGCTTGGACCTTACCATCCTGAGAGGCGTCACCGAGG
CTCAGGGCGATAAAACATGGATATGCTTTGTAGTTGAGAGCCAAAGCAACAAAGCGATGC
AGAGGATGGACATTTTGTGGTCTTTGGTGCAAATATTTCAGCCAAAGGCCAATGGGAAGC
GGTAGCAGCAAGCAGCGCTGGGTACTTGGTTGCAAGACTTTGCGTTTAGATGAGAGGGAA
AAAAAAAACAGAAAATCATGTGTGCTTGTATAGTGTTGTTGCGACTCTGGAATACTTGTT
TGGATTTTTAGGTATAAAAATTAGCTGCTCTCAGTGTGCATTTTGGAGTTTTTAGTGTGT
TTATTATGAAATTTCATGTTGTTTGCTTTGGAGTTTGGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D347TF U 1
AF RR1D347JQ C 127
BS 1 647 RR1D347TF
BS 648 648 RR1D347JQ
BS 649 707 RR1D347TF
BS 708 881 RR1D347JQ

RD RR1D347TF 707 0 0
ATACTCAACAGAATCCATCTGATATCTGTGGAGCATTTTCTTCCATTGGGTTCCCATCCA
CGTGTCCCAGCTCCTCTAGTGATCATTTTCAAACGTCCCTGGAGATGATGCCTAAGAAGA
ACAAAAAGAGGGCTAAACCTGGAGAAAGTTCTCGGCCTCGCCCAAGAGACAGGCAGCTCA
TTCAGGATCGTATCAAGGAACTTCGAGAACTTGTGCCTAATGGATCAAAGTGCAGTATTG
ATTCTTTGCTGGAACGCACGATCAAGCACATGCTCTTTTTGCAGAATGTTACTAAGCATG
CTGACAAGCTCAGTAAAAGTGCTAATTCAAAGATGCAACAAAAGGAAACTGGAGCGCAAG
GTTCAACGTGCGCAGTGGAGGTTGGAGGCCATCTTCAAGTGTGCTCTATAATCGTGGAGA
ATCTGAACAAGCATGGGATGGTGCTTATCGAGATGTTATGTGAAGAATGTAGCCATTTTC
TTGAGATATCAAATGTGATCGAGAGCTTGGACCTTACCATCCTGAGAGGCGTCACCGAGG
CTCAGGGCGATAAAACATGGATATGCTTTGTAGTTGAGAGCCAAAGCAACAAAGCGATGC
AGAGGATGGACATTTTGTGGTCTTTGGTGCAAATATTTCAGCCAAAG*CCAATGGGAAGC
GGTAGCAGCAAGCAGCGCTGGGTACTTGGTTGCAAGACTTTGCGTTT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1D347JQ 755 0 0
AGAGGGCTAAACCTGGAGAAAGTTCTCGGCCTCGCCCAAGAGACAGGCAGCTCATTCAGG
ATCGTATCAAGGAACTTCGAGAACTTGTGCCTAATGGATCAAAGTGCAGTATTGATTCTT
TGCTGGAACGCACGATCAAGCACATGCTCTTTTTGCAGAATGTTACTAAGCATGCTGACA
AGCTCAGTAAAAGTGCTAATTCAAAGATGCAACAAAAGGAAACTGGAGCGCAAGGTTCAA
CGTGCGCAGTGGAGGTTGGAGGCCATCTTCAAGTGTGCTCTATAATCGTGGAGAATCTGA
ACAAGCATGGGATGGTGCTTATCGAGATGTTATGTGAAGAATGTAGCCATTTTCTTGAGA
TATCAAATGTGATCGAGAGCTTGGACCTTACCATCCTGAGAGGCGTCACCGAGGCTCAGG
GCGATAAAACATGGATATGCTTTGTAGTTGAGAGCCAAAGCAACAAAGCGATGCAGAGGA
TGGACATTTTGTGGTCTTTGGTGCAAATATTTCAGCCAAAGGCCAATGGGAAGCGGTAGC
AGCAAGCAGCGCTGGGTACTTGGTTGCAAGACTTTGCGTTTAGATGAGAGGGAAAAAAAA
AACAGAAAATCATGTGTGCTTGTATAGTGTTGTTGCGACTCTGGAATACTTGTTTGGATT
TTTAGGTATAAAAATTAGCTGCTCTCAGTGTGCATTTTGGAGTTTTTAGTGTGTTTATTA
TGAAATTTCATGTTGTTTGCTTTGGAGTTTGGATA

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL8005Contig1 925 2 6 U
TTTTTTTTTGTCCTCTCTTTTTCTCTGTGTTTAATCGGATCCACCTGAGAGGAAAAACAA
AAAAAGTCTGTGGAATCGATTCTGGAAAAAGAGATGAGGAATAAGGCGAACTCGCTTCTG
AAACGAGGACTCAAAGTTGTCGGCGACGGCATGTTGCTTAACATAATCCAATCTGAAATC
CGCCACGAAATCTCTACCCCTCGTTTCCTGGGAGTTGAGACCGGAAAGCTAGGAGCTTTC
AAGTTGGATTGTGATTCTCCGGGAAACAGAGACATTGTCCTGAGGAGGCAGTTTAATTCA
GGAGAAGAGGTTGTTGTCTCAGCTTTACTACAACAGGAGCCCATTGATGATGATGCTGAT
GATGATATAGCGTTTCCAAGGGGAGCTGTGGCCAAAGTGTGTATCAGTAAGCCTAGACTC
AGCTCTGTCCTGCAGTTTGATTGCCGTGTTTCTGAGACGGCTCGTGGAAGTTCTGATTTC
GACATCGAGAGAGCTTATTATATCCGCTCTTTATGTAGCTCTTCTTCGCCTTATGGAGGA
GACTTTTTCAGGGAATTAGATCCGAGACTGCAGGATGCACTGAAGCAGTACCTAACATCC
AAGGGAATCAGTGAAGGGCTAACTAATTTCATCTTGTGTCATCTGAACAAGAAAGAGCAG
GAGCAGTACGTTAGCTGGCTGCGCAAGCTTGAATCTACAGTGTCACACTCTATGAAGCCG
TGAGGTGTTCACTCCATTTGCTCATTTGTTATTTTGTTTTTTTTTGTTTTTATTCTTCTT
GGTGTTTTCTTGCAATGGTCATTAATGACCTTGAGATTAGCATAATCAGCTTTGCCTTGG
TTTTTGTTTTAGGGAGAGTTTTATTGACAAAAATATATGTTAACTGGTATATTTCCAATT
AGTGGGACAAAAAGATCTTTATGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK37TF U 1
AF RR1CK37JQ C 161
BS 1 660 RR1CK37TF
BS 661 661 RR1CK37JQ
BS 662 728 RR1CK37TF
BS 729 729 RR1CK37JQ
BS 730 749 RR1CK37TF
BS 750 925 RR1CK37JQ

RD RR1CK37TF 755 0 0
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AAAAAGTCTGTGGAATCGATTCTGGAAAAAGAGATGAGGAATAAGGCGAACTCGCTTCTG
AAACGAGGACTCAAAGTTGTCGGCGACGGCATGTTGCTTAACATAATCCAATCTGAAATC
CGCCACGAAATCTCTACCCCTCGTTTCCTGGGAGTTGAGACCGGAAAGCTAGGAGCTTTC
AAGTTGGATTGTGATTCTCCGGGAAACAGAGACATTGTCCTGAGGAGGCAGTTTAATTCA
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GATGATATAGCGTTTCCAAGGGGAGCTGTGGCCAAAGTGTGTATCAGTAAGCCTAGACTC
AGCTCTGTCCTGCAGTTTGATTGCCGTGTTTCTGAGACGGCTCGTGGAAGTTCTGATTTC
GACATCGAGAGAGCTTATTATATCCGCTCTTTATGTAGCTCTTCTTCGCCTTATGGAGGA
GACTTTTTCAGGGAATTAGATCCGAGACTGCAGGATGCACTGAAGCAGTACCTAACATCC
AAGGGAATCAGTGAAGGGCTAACTAATTTCATCTTGTGTCATCTGAACAAGAAAGAGCAG
*AGCAGTACGTTAGCTGGCTGCGCAAGCTTGAATCTACAGTGTCACACTCTATGAAGCCG
TGAGGTGT*CACTCCATTTGCTCATTTGT
ATTTGT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR1CK37JQ 765 0 0
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TGAGGAGGCAGTTTAATTCAGGAGAAGAGGTTGTTGTCTCAGCTTTACTACAACAGGAGC
CCATTGATGATGATGCTGATGATGATATAGCGTTTCCAAGGGGAGCTGTGGCCAAAGTGT
GTATCAGTAAGCCTAGACTCAGCTCTGTCCTGCAGTTTGATTGCCGTGTTTCTGAGACGG
CTCGTGGAAGTTCTGATTTCGACATCGAGAGAGCTTATTATATCCGCTCTTTATGTAGCT
CTTCTTCGCCTTATGGAGGAGACTTTTTCAGGGAATTAGATCCGAGACTGCAGGATGCAC
TGAAGCAGTACCTAACATCCAAGGGAATCAGTGAAGGGCTAACTAATTTCATCTTGTGTC
ATCTGAACAAGAAGGAGCAGGAGCAGTACGTTAGCTGGCTGCGCAAGCTTGAATCTACAG
TGTCACACTCTATGAAGCCGTGAGGTGTTCACTCCATTTGCTCATTTGTTATTTTGTTTT
TTTTTGTTTTTATTCTTCTTGGTGTTTTCTTGCAATGGTCATTAATGACCTTGAGATTAG
CATAATCAGCTTTGCCTTGGTTTTTGTTTTAGGGAGAGTTTTATTGACAAAAATATATGT
TAACTGGTATATTTCCAATTAGTGGGACAAAAAGATCTTTATGCT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8007Contig1 1197 2 4 U
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ATGCAATACGCGTCGGAGATGATGACGTCGTCTTCTTCGGCGGTGGAAGCGTTGGATCTC
AAGGACGCTTCGAGTTGGTGGTCGGATGTCAACGAGACTCCGATTTGGCAGGATCGTATC
TTCCACGCTCTCGCTCTTCTCTACGGAATCGTCTCCATCGTCGCTCTGATTCAACTGGTG
AGAATCCAATTGAGAGTTCCAGAATACGGATGGACGACGCAGAAGGTCTTCCACTTCCTC
AATTTCGTCGTCAACGGAGTGAGGGCTGTGGTGTTTGTTTTCAGGAGAGATGTGCAGTTT
ATGCATCCAGAGATTCTGCAACATATATTGCTTGATATACCAAGTCTTGCTTTCTTTACC
ACTTATGCTCTTCTAGTCCTCTTCTGGGCTGAGATTTACTATCAGGCGCGTGCTGTGTCC
ACTGATGGACTAAGGCCAGGTTTCTTCACAATCAATGCTGTTGTGTATGTAGTTCAGATT
GCTCTTTGGTTGGTTTTGTGGTGGAAGCCTGTTCGTGTTATGGTCATCCTTTCAAAGATG
TTCTTTGCAGGTGCTTCCTTGTTTGCTGCCCTTGGATTTCTACTTTACGGTGGACGGCTT
TTCCTAATGTTGCAAAATTTTCCAGCAGAATCTAACGGACGCCGCAAAAAGCTGCAAGAG
GTGAAACATCAATTGTAACGTTGGTTACGTGACAACCATATGCTCTACGTGTTTCCTCAT
CAGATGTATCATGATGTGCTTCGCTGCTTTCGACGAGGGTGCAAACCTTGATGTGTTGGA
TCACCCCATTCTTAACTTCATATATTACCTGTTGGTAGAGATATTACCTTCCTCTTTGGT
CCTCTTCATCTTGAGGAAGCTACCACCAAAACGAGGCATCACACAATACCATCAGATCCG
TTGAAGGGTAAAGACACAAGACAACAAATGATCAGAAGAAGACACGGCCATGTTTCTTTT
ATCGGATATGCTTTTATTTTATTCAATTAGAGAGAGAGAAAAGCATTAGGAGCAGTTTTT
CTTTTCTTAAAAAAAAAGGGTTCTATAGCTGAACAGTATTTTTGGTTGATGATGGGGATG
AATTTGACTAAGGGTCTTGTTCCCTTTACATAGGTAATGTGATAAAGCAAAGTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AT76TF U 1
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AGAATCCAATTGAGAGTTCCAGAATACGGATGGACGACGCAGAAGGTCTTCCACTTCCTC
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ATGCATCCAGAGATTCTGCAACATATATTGCTTGATATACCAAGTCTTGCTTTCTTTACC
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TTCTTTGCAGGTGCTTCCTTGTTTGCTGCCCTTGGATTTCTACTTTACGGTGGACGGCTT
TTCCTAATGTTGCAAAATTTTCCAGCAGAATCTAACGGACGCCGCAAAAAGCTGCAAGAG
GTGAAACATCAATTGTAACGTTGGTTACGTGACAACCATATGCTCTACGTGTTTCCTCAT
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T

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TTG
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TATGGTCATCCTTTCAAAGATGTTCTTTGCAGGTGCTTCCTTGTTTGCTGCCCTTGGATT
TCTACTTTACGGTGGACGGCTTTTCCTAATGTTGCAAAATTTTCCAGCAGAATCTAACGG
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QA 4 862 4 862
DS 



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TGGAGATTCGTTGCCAGGAAGAAGACGTCGAGATGAACGAGGAGGCCAAGCAGCTTTTGA
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BQ
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AF RR1DO22JQ C 1
AF RR1DO22TF U 1
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DS 

RD RR1DO22TF 575 0 0
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TGGAGATTCGTTGCCAGGAAGAAGACGTCGAGATGAACGAGGAGGCCAAGCAGCTTTTGA
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GAAGATTCCATCTTTGTTTGCCCGTTTATTATGTGTGCTATGTGGTGTTATCGATCTATT
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GTTTGTAGTAAGAATTAGATTTTTGTTTCGTATCC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL8009Contig1 953 2 2 U
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GATTATCCCTGTGATCTCTTCATTCAATTCATCAAACCACTCTTTCTTGGGTGTCATGTG
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BQ
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AF RR1AC17TF U 1
AF RR1AC17JQ C 186
BS 1 760 RR1AC17TF
BS 761 953 RR1AC17JQ

RD RR1AC17TF 760 0 0
CACCAGCAGTTTTAGCCCTTTTTGACTCATGTGGCCTAACCTGCTGTGCCACAGTGAAGT
TTCATCCTTCTTGTCCTCAGTTATGAGAGCTTCTGTCTCAACAACTTTGCCTTGTAGGAA
GTATAGACTGTCGTACTGTTTTCCTCTTAGAACAACTCTGCAACCCTTTAGCACTTTCAA
GATTCAATTTTCACCTCTATATGCACAATCCTGTGAATCCAGTGTTCCTAGTGAGATAAG
GTTTCTCTTTAAATCTGGTACATACCTCACTTGTGTCAGAATCACCACTGTTCCATCCTC
ATTTAGGATCTTTATACTTCCTATTCCTTTCACTGATGATGTTGTGTCATTTCCCATCTT
GATTATCCCTGTGATCTCTTCATTCAATTCATCAAACCACTCTTTCTTGGGTGTCATGTG
GTAAGAACAACCTGTGTCCATGATCCACTCTTGTTCAACCAGATCAGTAATATTCAAGGC
TTCAGCTGCATATAGGACATCCACACGCTTGACCTCTGTTCCTTTTACCATAGCAGACTC
TCCTCTTACTGTGTTCTGGTCTTTTGTCTTATCATGATAAGCCTTTCTACTGGGACAATT
CTTCTTAAAATGTCCTTCTTCCCCGCATGAACAGCATCCCTTCTTTCCCTTTGACTTTGA
TCTATTTCTGTTCTTGTTTTTGTTTGAACCTTGATCTCGGCATATGAGATTGATTTCATC
GAAGTTGAGTAAGAGTCACTCCGTACCTTGGCGAGCTACA

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR1AC17JQ 768 0 0
AATTTTCACCTCTATATGCACAATCCTGTGAATCCAGTGTTCCTAGTGAGATAAGGTTTC
TCTTTAAATCTGGTACATACCTCACTTGTGTCAGAATCACCACTGTTCCATCCTCATTTA
GGATCTTTATACTTCCTATTCCTTTCACTGATGATGTTGTGTCATTTCCCATCTTGATTA
TCCCTGTGATCTCTTCATTCAATTCATCAAACCACTCTTTCTTGGGTGTCATGTGGTAAG
AACAACCTGTGTCCATGATCCACTCTTGTTCAACCAGATCAGTAATATTCAAGGCTTCAG
CTGCATATAGGACATCCACACGCTTGACCTCTGTTCCTTTTACCATAGCAGACTCTCCTC
TTACTGTGTTCTGGTCTTTTGTCTTATCATGATAAGCCTTTCTACTGGGACAATTCTTCT
TAAAATGTCCTTCTTCCCCGCATGAACAGCATCCCTTCTTTCCCTTTGACTTTGATCTAT
TTCTGTTCTTGTTTTTGTTTGAACCTTGATCTCGGCATATGAGATTGATTTCATCGAAGT
TGAGTAAGAGTCACTCCGTACCTTGGCGAGCTACACACAAATCTTTCTTTTCATTTTATA
TAGATGCAAAAGTTAGCAATCCAATTTTCCTTCGTAAGAGCACATCAGAAATCCAAAACT
TTCTCTTTATATAGCGAGGATTTGATGAAACCCTATTTTAGCTCTACGGAGCACATCAGG
AATCCAAAACTTTCTCTTTATATAGATGGAAAAGTAAGAAAAATGGAG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL8010Contig1 582 2 2 U
GGAATGTTAACAAAAAAGGATAACTGTTCACACAAGAAGTTTGAAGTACCCACCAAAAAG
CTTTAATGGCCTCCAAACGCATAGACAATTGTGTAAGCATCGAAAGCGACGTCCTCTCCG
TCCAGAAGGTGACGAGTTACACCAACCTCCACAAGTGGCCGATGGCAGAGTTGGAGTTTG
TCAAGTCAATCAGCCACGGCAATAGCCAGCATCGTACCATGGTGATGAACAACATATCTT
GCAGGCAAATGTACCTAAGAAGCTACACTTTCACTAAAAGAAAATAAGGACGAAGGTGGC
TGTAAGACCGGTGACCAGTGGAACAGAGGAGAGAAAAAGAGGTCTGCAGAGGCAACGAAG
AAAGGTATGAGGAAAAATAGCAAAGCAACGCCGTGTACGCCATTTGTTTTGAGGCTCTTA
TGGAAGTGTTTTTCTTGTACTTCCTCTACTAAAGTCAATATTGATCCGTGAAGCAAAATC
CTCATTTGAGATCTATGAGAAATAATAAAACAAAATAAATTTTGCTGGTTTGTAATTGAT
GGGGCTTGTTTAGCAGTGTTAAGTTTGAAACAGTGGTTCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AT34JQ C 1
AF RR1AT34TF U 8
BS 1 7 RR1AT34JQ
BS 8 582 RR1AT34TF

RD RR1AT34JQ 582 0 0
GGAATGTTAACAAAAAAGGATAACTGTTCACACAAGAAGTTTGAAGTACCCACCAAAAAG
CTTTAATGGCCTCCAAACGCATAGACAATTGTGTAAGCATCGAAAGCGACGTCCTCTCCG
TCCAGAAGGTGACGAGTTACACCAACCTCCACAAGTGGCCGATGGCAGAGTTGGAGTTTG
TCAAGTCAATCAGCCACGGCAATAGCCAGCATCGTACCATGGTGATGAACAACATATCTT
GCAGGCAAATGTACCTAAGAAGCTACACTTTCACTAAAAGAAAATAAGGACGAAGGTGGC
TGTAAGACCGGTGACCAGTGGAACAGAGGAGAGAAAAAGAGGTCTGCAGAGGCAACGAAG
AAAGGTATGAGGAAAAATAGCAAAGCAACGCCGTGTACGCCATTTGTTTTGAGGCTCTTA
TGGAAGTGTTTTTCTTGTACTTCCTCTACTAAAGTCAATATTGATCCGTGAAGCAAAATC
CTCATTTGAGATCTATGAGAAATAATAAAACAAAATAAATTTTGCTGGTTTGTAATTGAT
GGGGCTTGTTTAGCAGTGTTAAGTTTGAAACAGTGGTTCAAG

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1AT34TF 575 0 0
TAACAAAAAAGGATAACTGTTCACACAAGAAGTTTGAAGTACCCACCAAAAAGCTTTAAT
GGCCTCCAAACGCATAGACAATTGTGTAAGCATCGAAAGCGACGTCCTCTCCGTCCAGAA
GGTGACGAGTTACACCAACCTCCACAAGTGGCCGATGGCAGAGTTGGAGTTTGTCAAGTC
AATCAGCCACGGCAATAGCCAGCATCGTACCATGGTGATGAACAACATATCTTGCAGGCA
AATGTACCTAAGAAGCTACACTTTCACTAAAAGAAAATAAGGACGAAGGTGGCTGTAAGA
CCGGTGACCAGTGGAACAGAGGAGAGAAAAAGAGGTCTGCAGAGGCAACGAAGAAAGGTA
TGAGGAAAAATAGCAAAGCAACGCCGTGTACGCCATTTGTTTTGAGGCTCTTATGGAAGT
GTTTTTCTTGTACTTCCTCTACTAAAGTCAATATTGATCCGTGAAGCAAAATCCTCATTT
GAGATCTATGAGAAATAATAAAACAAAATAAATTTTGCTGGTTTGTAATTGATGGGGCTT
GTTTAGCAGTGTTAAGTTTGAAACAGTGGTTCAAG

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL8011Contig1 878 2 2 U
GGAACACATCGCTTTCGTACACCTCGGAAGCAGATGACTCAGTCACAGGACAGCCTGCTA
TTCAGAAGCTATTCAAGAAATGGTTAACACTGCTGCGCACGCAATCACCTGTTCAGGTGG
TTGACGAGGCTTTGGGAGGAGAAGAGGCTCCACAGACGACAAAGCCAGAAACTGAAACTG
AGATCAAGAAAACAGAAAGCCTCCAGAGTGCGAAAAGTACATTTTGGACCTTGTTTTGGA
GTCTAGACGCATCTATCAAGATTCCTTTACTCCTATTTGTTCCAGCTTTCTTAGCTGTTA
ACGCAATCTATGGAGCTGAAGTTACAAAGGAGCTATCTCCTTTATGGATAGCTGGTCCCT
TGATCGTCGCCCTTTATGTCAAAATGTTCCAAGGACTATGCACCTTTACGCCTTCTGCTT
CAAGCAAACCGCTAAGGTGATAAGAAACCTGCCATCTTATTACCTTATAGCATACCATTA
CATCGCCCACGGCAAGCTCAGAGACGACGTGAGAGGTTTAGTGACTCGACCAGTTGTGGC
CATCAAGAACGCTGACTACAAAGAGCTCACACGCACCAAACTGAAACAGCTCCAAGTGTG
GATCTTTGAGAGGTACTTGGATTTGGTTGAATCTATATGGCCTTATTACTGCAGAACTAT
CAGATTCCTGAAGAGGGCTAACCTGATTTGAAGCTCTTCAATATGAAAAGCCCCCCTCCT
ACAGGGATGCTCTGTGATTTGTACTTTTTCATGTTGACTTTGGTTTTACCTTTTTTGATT
CTTAAAAATCTTAGAAAGGCCTTTCATGTCTTTGATGTTGTCGTCATGTATACTGATACC
TTTTTTGAGGTTTTACAATGAGTTCTTTTTACTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FU22TF U 1
AF RR1FU22JQ C 136
BS 1 710 RR1FU22TF
BS 711 878 RR1FU22JQ

RD RR1FU22TF 710 0 0
GGAACACATCGCTTTCGTACACCTCGGAAGCAGATGACTCAGTCACAGGACAGCCTGCTA
TTCAGAAGCTATTCAAGAAATGGTTAACACTGCTGCGCACGCAATCACCTGTTCAGGTGG
TTGACGAGGCTTTGGGAGGAGAAGAGGCTCCACAGACGACAAAGCCAGAAACTGAAACTG
AGATCAAGAAAACAGAAAGCCTCCAGAGTGCGAAAAGTACATTTTGGACCTTGTTTTGGA
GTCTAGACGCATCTATCAAGATTCCTTTACTCCTATTTGTTCCAGCTTTCTTAGCTGTTA
ACGCAATCTATGGAGCTGAAGTTACAAAGGAGCTATCTCCTTTATGGATAGCTGGTCCCT
TGATCGTCGCCCTTTATGTCAAAATGTTCCAAGGACTATGCACCTTTACGCCTTCTGCTT
CAAGCAAACCGCTAAGGTGATAAGAAACCTGCCATCTTATTACCTTATAGCATACCATTA
CATCGCCCACGGCAAGCTCAGAGACGACGTGAGAGGTTTAGTGACTCGACCAGTTGTGGC
CATCAAGAACGCTGACTACAAAGAGCTCACACGCACCAAACTGAAACAGCTCCAAGTGTG
GATCTTTGAGAGGTACTTGGATTTGGTTGAATCTATATGGCCTTATTACTGCAGAACTAT
CAGATTCCTGAAGAGGGCTAACCTGATTTGAAGCTCTTCAATATGAAAAG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1FU22JQ 743 0 0
GAGGAGAAGAGGCTCCACAGACGACAAAGCCAGAAACTGAAACTGAGATCAAGAAAACAG
AAAGCCTCCAGAGTGCGAAAAGTACATTTTGGACCTTGTTTTGGAGTCTAGACGCATCTA
TCAAGATTCCTTTACTCCTATTTGTTCCAGCTTTCTTAGCTGTTAACGCAATCTATGGAG
CTGAAGTTACAAAGGAGCTATCTCCTTTATGGATAGCTGGTCCCTTGATCGTCGCCCTTT
ATGTCAAAATGTTCCAAGGACTATGCACCTTTACGCCTTCTGCTTCAAGCAAACCGCTAA
GGTGATAAGAAACCTGCCATCTTATTACCTTATAGCATACCATTACATCGCCCACGGCAA
GCTCAGAGACGACGTGAGAGGTTTAGTGACTCGACCAGTTGTGGCCATCAAGAACGCTGA
CTACAAAGAGCTCACACGCACCAAACTGAAACAGCTCCAAGTGTGGATCTTTGAGAGGTA
CTTGGATTTGGTTGAATCTATATGGCCTTATTACTGCAGAACTATCAGATTCCTGAAGAG
GGCTAACCTGATTTGAAGCTCTTCAATATGAAAAGCCCCCCTCCTACAGGGATGCTCTGT
GATTTGTACTTTTTCATGTTGACTTTGGTTTTACCTTTTTTGATTCTTAAAAATCTTAGA
AAGGCCTTTCATGTCTTTGATGTTGTCGTCATGTATACTGATACCTTTTTTGAGGTTTTA
CAATGAGTTCTTTTTACTGTTCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL8012Contig1 867 2 2 U
GGAAGAAATGATGAAGTGGCTAGACGAGCAACCGGACTCGTCAGTTCTGTTCCTGTGTTT
TGGGAGCATGGGAGTGTTCAGTGCACTTCAGATCAAAGAGATTGCTCAGGCGCTGGAGCT
AGTAGGATGCAGGTTCATCTGGGCTATACGTACAAACATGGAAGGAGACGGTGATCCTCA
CGAGCCGCTTCCAGAAGGATTCGTGGAACGAACAATGGGCCGTGGAATCGTGTGTAGTTG
GGCTCCACAAATAGATATCTTGGCCCATAAGGCAACCGGTGGGTTCGTATCTCACTGCGG
GTGGAACTCTATACAGGAGAGTCTTTGTTATGGCGTACCAATCGCCACATGGCCAATGTA
CGCGGAGCAACAGCTGAACGCATTCGAGATGGTGAAAGAGCTGGGCTTGGCCGTGGAGAT
CAGACTTGATTACGTGGCTGACGGTGATAGGGTGACCCTAGAGCTCGTGTCAGCCGATGA
AATCGCAACAGCCATCACATGTTTGATGAACGGTGAAACCCCTATCAGGAAGAAGGTTAG
AAATATTTCAACAGCTGCGAGGAAAGCTGTTAGCAACGGTGGATCTTCTATGGTGGCCAC
CGGAGATTTTATCAGAGATATTCTTGGTGATCACGTTTGACACATCCTCCACTGGAACCA
AACTAGTCACGCAAGTAAACAATGTTATCAATGTATAAGTAAACACGTTGTTGTGTAAAC
TTAAATAAGCAAACACTATTTGATTGTTATTGTGCTAAGCACGTCTCGTTTTGTTTAGAG
ATATCACTGAAGGACCTTTTGTCTGCTTAATTTCAGTCTGAACTCATTGTTTGAAAACTA
ATTATTAAGGAAAAACGCATTGGACCC


BQ
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AF RR1ES82TF U 1
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BS 716 867 RR1ES82JQ

RD RR1ES82TF 715 0 0
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TGGGAGCATGGGAGTGTTCAGTGCACTTCAGATCAAAGAGATTGCTCAGGCGCTGGAGCT
AGTAGGATGCAGGTTCATCTGGGCTATACGTACAAACATGGAAGGAGACGGTGATCCTCA
CGAGCCGCTTCCAGAAGGATTCGTGGAACGAACAATGGGCCGTGGAATCGTGTGTAGTTG
GGCTCCACAAATAGATATCTTGGCCCATAAGGCAACCGGTGGGTTCGTATCTCACTGCGG
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CGCGGAGCAACAGCTGAACGCATTCGAGATGGTGAAAGAGCTGGGCTTGGCCGTGGAGAT
CAGACTTGATTACGTGGCTGACGGTGATAGGGTGACCCTAGAGCTCGTGTCAGCCGATGA
AATCGCAACAGCCATCACATGTTTGATGAACGGTGAAACCCCTATCAGGAAGAAGGTTAG
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CGGAGATTTTATCAGAGATATTCTTGGTGATCACGTTTGACACATCCTCCACTGGAACCA
AACTAGTCACGCAAGTAAACAATGTTATCAATGTATAAGTAAACACGTTGTTGTG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1ES82JQ 727 0 0
GGGCTATACGTACAAACATGGAAGGAGACGGTGATCCTCACGAGCCGCTTCCAGAAGGAT
TCGTGGAACGAACAATGGGCCGTGGAATCGTGTGTAGTTGGGCTCCACAAATAGATATCT
TGGCCCATAAGGCAACCGGTGGGTTCGTATCTCACTGCGGGTGGAACTCTATACAGGAGA
GTCTTTGTTATGGCGTACCAATCGCCACATGGCCAATGTACGCGGAGCAACAGCTGAACG
CATTCGAGATGGTGAAAGAGCTGGGCTTGGCCGTGGAGATCAGACTTGATTACGTGGCTG
ACGGTGATAGGGTGACCCTAGAGCTCGTGTCAGCCGATGAAATCGCAACAGCCATCACAT
GTTTGATGAACGGTGAAACCCCTATCAGGAAGAAGGTTAGAAATATTTCAACAGCTGCGA
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TTCTTGGTGATCACGTTTGACACATCCTCCACTGGAACCAAACTAGTCACGCAAGTAAAC
AATGTTATCAATGTATAAGTAAACACGTTGTTGTGTAAACTTAAATAAGCAAACACTATT
TGATTGTTATTGTGCTAAGCACGTCTCGTTTTGTTTAGAGATATCACTGAAGGACCTTTT
GTCTGCTTAATTTCAGTCTGAACTCATTGTTTGAAAACTAATTATTAAGGAAAAACGCAT
TGGACCC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL8013Contig1 868 2 2 U
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TGTACACTCCAAACATAGGTATACTCCATCAGCTAAACTCTCCAGACGTGTCTGTAAACT
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CAGAGCAACAACCACTAGACTGTTCAATCACAAAAGACAAATTTACGCTTGAAGATCAGA
ACGAAAAACCAAGAGCGGCGATTTGTCTGATCAGAACGCGACTGCTGGAGCATCATCGAC
AAGCAGAGCTTCCTCAGGTGCATCAAGGAGGCAGAGGTTTGACCCTAGCTCGTATAGACA
GCGTGCCGAGGCGCTTGAGGGACTGCTTGAGTTCAGCGCGAGGTTGCTTCTAGACGAGAG
GTATGATGAGCTGAATGTGTTGCTGAAACCGTTTGGTCCGGGGAAAGTATCGCCTAGAGA
AACTGCGATATGGTTGTCTAAGAGCTACAAGGAAGCTAGTACTAGTAAGCAGGAAGGTTA
AGAATCAGAGTGTAGCAAGCAGGAAGGTTAAGTTCTTTTTTTGAAAACTTGTTGAGGGCA
TGATGCTTCTTCTTCCACGATTTGGTAGAAATGGTTTGACACTTAGGCTGTGTTCTTTGT
AGCTAACCCCTGTATCCTGATGATATGTCCAAGAAAGACTGGTACTAAAACATACAGCTT
TCTGTTATCTCTGTAATCGTTTATTCCAATTAGAACTTATGAACAACATAGTTTAATGTA
AGAAGTATAAATTGCAGTTTAAGTACCT


BQ
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AF RR1FH11TF U 1
AF RR1FH11JQ C 41
BS 1 618 RR1FH11TF
BS 619 868 RR1FH11JQ

RD RR1FH11TF 618 0 0
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TGTACACTCCAAACATAGGTATACTCCATCAGCTAAACTCTCCAGACGTGTCTGTAAACT
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GCGTGCCGAGGCGCTTGAGGGACTGCTTGAGTTCAGCGCGAGGTTGCTTCTAGACGAGAG
GTATGATGAGCTGAATGTGTTGCTGAAACCGTTTGGTCCGGGGAAAGTATCGCCTAGAGA
AACTGCGATATGGTTGTCTAAGAGCTACAAGGAAGCTAGTACTAGTAAGCAGGAAGGTTA
AGAATCAGAGTGTAGCAA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1FH11JQ 828 0 0
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CGAAGAGATGCCTTTCACTCCCGTCGTGCGTAAGAAGAAGAACAAAGGCTCCTCGAGAGG
ATCATACAGCCCGCCTCCTTCAGAGCAACAACCACTAGACTGTTCAATCACAAAAGACAA
ATTTACGCTTGAAGATCAGAACGAAAAACCAAGAGCGGCGATTTGTCTGATCAGAACGCG
ACTGCTGGAGCATCATCGACAAGCAGAGCTTCCTCAGGTGCATCAAGGAGGCAGAGGTTT
GACCCTAGCTCGTATAGACAGCGTGCCGAGGCGCTTGAGGGACTGCTTGAGTTCAGCGCG
AGGTTGCTTCTAGACGAGAGGTATGATGAGCTGAATGTGTTGCTGAAACCGTTTGGTCCG
GGGAAAGTATCGCCTAGAGAAACTGCGATATGGTTGTCTAAGAGCTACAAGGAAGCTAGT
ACTAGTAAGCAGGAAGGTTAAGAATCAGAGTGTAGCAAGCAGGAAGGTTAAGTTCTTTTT
TTGAAAACTTGTTGAGGGCATGATGCTTCTTCTTCCACGATTTGGTAGAAATGGTTTGAC
ACTTAGGCTGTGTTCTTTGTAGCTAACCCCTGTATCCTGATGATATGTCCAAGAAAGACT
GGTACTAAAACATACAGCTTTCTGTTATCTCTGTAATCGTTTATTCCAATTAGAACTTAT
GAACAACATAGTTTAATGTAAGAAGTATAAATTGCAGTTTAAGTACCT

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

CO CL8014Contig1 573 2 2 U
GGTGGCCCGCAAACTCCAATGAACATGGGGGAAGATGGGTTTGGGTTCCACTCTTTTGGT
CAGTCTTCAATGGCTGGTTATGAAGGATAAGACCGGTCGCAGTCAGGTAAGCCTGTTGTT
GGTTGGCTAAAGATCAAAGCAGCTATGAGATGGGGCTTCTTCATCAGAAGGAAAGCTGCT
CAGAGACGTGCGCAGATTGTTGAACTCGATGACTGACGAATAATGTTCCAGGAAAGAAAC
ATAACCGGCTGAGAGTTAGTTTCTGATATGGTTGATAACAGTTTCCCAGAAGAAGGAAAA
GTCTTTTGTGTTGGTTTCTTCTTCTTGTGGAGCTTCTTCATTTGTACAGTAAGATATTCT
TCTTGGCTTGTGCTTTATATGTAATTCTCTACGTGACCAGTGTTTTCAAGAAACTAAAAA
AACATGTTGTAGTTCTGTTGTTTCTTCTCTCTGTTGTGTGTTATTGTGATACTTGCTTGT
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GCATGAGGCCATGTTTTAAGATTTTTGATAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AU64JQ C 1
AF RR1AU64TF U 49
BS 1 48 RR1AU64JQ
BS 49 573 RR1AU64TF

RD RR1AU64JQ 573 0 0
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CAGTCTTCAATGGCTGGTTATGAAGGATAAGACCGGTCGCAGTCAGGTAAGCCTGTTGTT
GGTTGGCTAAAGATCAAAGCAGCTATGAGATGGGGCTTTTTCATCAGAAGGAAAGCTGCT
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ATAACCGGCTGAGAGTTAGTTTTTGATATGGTTGATAACAGTTTCCCAGAAGAAGGAAAA
GTCTTTTGTGTTGGTTTTTTCTTCTTGTGGAGCTTCTTCATTTGTACAGTAAGATATTTT
TCTTGGCTTGTGCTTTATATGTAATTCTTTACGTGACCAGTGTTTTCAAGAAACTAAAAA
AACATGTTGTAGTTCTGTTGTTTCTTCTCTCTGTTGTGTGTTATTGTGATACTTGCTTGT
CATGTTGTTTTGAGTTTAACTCAAGGAACCCATAAACAGTGTCGGTGATGAAACAAAGCT
GCATGAGGCCATGTTTTAAGATTTTTGATAATC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1AU64TF 525 0 0
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AAGCCTGTTGTTGGTTGGCTAAAGATCAAAGCAGCTATGAGATGGGGCTTCTTCATCAGA
AGGAAAGCTGCTCAGAGACGTGCGCAGATTGTTGAACTCGATGACTGACGAATAATGTTC
CAGGAAAGAAACATAACCGGCTGAGAGTTAGTTTCTGATATGGTTGATAACAGTTTCCCA
GAAGAAGGAAAAGTCTTTTGTGTTGGTTTCTTCTTCTTGTGGAGCTTCTTCATTTGTACA
GTAAGATATTCTTCTTGGCTTGTGCTTTATATGTAATTCTCTACGTGACCAGTGTTTTCA
AGAAACTAAAAAAACATGTTGTAGTTCTGTTGTTTCTTCTCTCTGTTGTGTGTTATTGTG
ATACTTGCTTGTCATGTTGTTTTGAGTTTAACTCAAGGAACCCATAAACAGTGTCGGTGA
TGAAACAAAGCTGCATGAGGCCATGTTTTAAGATTTTTGATAATC

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL8015Contig1 1266 2 2 U
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GAAGAAGGGTCAGCCACTTTTCAAGCTACAAAGCTTCTGCTTTTCTGCAAACACAGTCTT
ATGGTACTGCTTCCTCGTATGGCTCTTTGAACTCAAACCCGGGTCATGTGGATTCATTGT
CTGGACCAGAGTTTTTGTGGGGAAGTCCTAGTTCTTCAGTAGTTCGGCATATGAGTCCGT
TCTCTTCAAACGGAATAGCTCACATGTTTCCATATTCAGCTCAAAAGGGGCATCATCATG
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CAGCAGCTTTCCGAGGAGCAAGTGGTAATAATGTAGCTCCAAGAAACATGCGTGAAACTG
GATCCCCAAGTTTCAAAAAGGTGTCTGCTCCAAGACATAGTCAACTGTTTATGGGCAATG
GCTCTTCTTCTTACCAATGGCCTGTTGCAACAACAGCTTCCATTGACGGACCATTGGAGG
ATGGTAGGAGTCAACAGTTTGGGAGTAGTGACATTAACCAAGGGGACAGCAAGAGACAGT
TTCAGCTTGACTTGAGTAAGATTATGAGCGGTGAAGATTTAAGGACAACCTTGATGATAA
AGAACATCCCTAATAAGTACACCAGGAAGATGCTGTTAGCTGCCATTGACGAGACAAACA
GAGGAACTTATGATTTTCTGTATCTGCCTATTGATTTCAAGAATAAATGCAATGTGGGTT
ATGCATTTATCAATATGGTGTCTCCTACTTTCATCGTTGCATTGTACGAGGCCTTTGATG
GGAAAAAATGGGATAAGTTCAACAGCGAGAAAGTTGCTTCCTTGGCTTATGCCCGGATCC
AAGGCAAAACTGCACTCATGGCTCACTTCCAGAACTCAAGCTTGATGAATGAAGACAGGC
GTTGCCACCCTATTGTCTTTGATGGAACAGAGTCTAGCTATCCGTTCATCATGGACCTGG
AGCATTCACAGGACCAAAGCACACACCGAAGCTGACACACACACCCTTTATTGCCTCTAG
TTCAAACGTAAATATTCAGTTTCTAGGATGAGATGATGATGATGATAATGATAATCAGTC
AACTTACTGTAAATTGATGGTTATGGTTTGGATTTTTTCCTGGTTTGCTTAATCATGTAC
ATAAGAATGACTAAGAATGATACATCTTATTGATAGTAAAATAGTGGAAACTTTGTTTTG
AATGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO81TF U 1
AF RR1AO81JQ C 527
BS 1 825 RR1AO81TF
BS 826 1266 RR1AO81JQ

RD RR1AO81TF 825 0 0
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GAAGAAGGGTCAGCCACTTTTCAAGCTACAAAGCTTCTGCTTTTCTGCAAACACAGTCTT
ATGGTACTGCTTCCTCGTATGGCTCTTTGAACTCAAACCCGGGTCATGTGGATTCATTGT
CTGGACCAGAGTTTTTGTGGGGAAGTCCTAGTTCTTCAGTAGTTCGGCATATGAGTCCGT
TCTCTTCAAACGGAATAGCTCACATGTTTCCATATTCAGCTCAAAAGGGGCATCATCATG
TCGGATCTGCGCCGTCTGGATTCTTACCGAGGTCTTCTGAGACTTCATCATCTATGAGTT
CAGCAGCTTTCCGAGGAGCAAGTGGTAATAATGTAGCTCCAAGAAACATGCGTGAAACTG
GATCCCCAAGTTTCAAAAAGGTGTCTGCTCCAAGACATAGTCAACTGTTTATGGGCAATG
GCTCTTCTTCTTACCAATGGCCTGTTGCAACAACAGCTTCCATTGACGGACCATTGGAGG
ATGGTAGGAGTCAACAGTTTGGGAGTAGTGACATTAACCAAGGGGACAGCAAGAGACAGT
TTCAGCTTGACTTGAGTAAGATTATGAGCGGTGAAGATTTAAGGACAACCTTGATGATAA
AGAACATCCCTAATAAGTACACCAGGAAGATGCTGTTAGCTGCCATTGACGAGACAAACA
GAGGAACTTATGATTTTCTGTATCTGCCTATTGATTTCAAGAATAAATGCAATGTGGGTT
ATGCATTTATCAATATGGTGTCTCCTACTTTCATCGTTGCATTGT

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR1AO81JQ 740 0 0
CGGACCATTGGAGGATGGTAGGAGTCAACAGTTTGGGAGTAGTGACATTAACCAAGGGGA
CAGCAAGAGACAGTTTCAGCTTGACTTGAGTAAGATTATGAGCGGTGAAGATTTAAGGAC
AACCTTGATGATAAAGAACATCCCTAATAAGTACACCAGGAAGATGCTGTTAGCTGCCAT
TGACGAGACAAACAGAGGAACTTATGATTTTCTGTATCTGCCTATTGATTTCAAGAATAA
ATGCAATGTGGGTTATGCATTTATCAATATGGTGTCTCCTACTTTCATCGTTGCATTGTA
CGAGGCCTTTGATGGGAAAAAATGGGATAAGTTCAACAGCGAGAAAGTTGCTTCCTTGGC
TTATGCCCGGATCCAAGGCAAAACTGCACTCATGGCTCACTTCCAGAACTCAAGCTTGAT
GAATGAAGACAGGCGTTGCCACCCTATTGTCTTTGATGGAACAGAGTCTAGCTATCCGTT
CATCATGGACCTGGAGCATTCACAGGACCAAAGCACACACCGAAGCTGACACACACACCC
TTTATTGCCTCTAGTTCAAACGTAAATATTCAGTTTCTAGGATGAGATGATGATGATGAT
AATGATAATCAGTCAACTTACTGTAAATTGATGGTTATGGTTTGGATTTTTTCCTGGTTT
GCTTAATCATGTACATAAGAATGACTAAGAATGATACATCTTATTGATAGTAAAATAGTG
GAAACTTTGTTTTGAATGAT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL8016Contig1 505 2 1 U
GGAACAACAGGAATCCAAACAATCTAAACGAAGAACTAAACATGAAGATGGTAGCATTGT
TGCTTATTACATTTCTCATAGTCTCGGCATCATTCCCTCATCTCGCTAGTTCCAAGAGCA
ATGGGAAATCATGTCTTACAAGTGCGGTTAAGGTTTGCTTTGATGGCATTTCTCGTGGAG
CGCCGGTGAAGGCTGCATGTTGTAAGAGTCTGAAAGAGAATCATACATGTCTGTGTGATT
TAATTAAATCCCGTGTGGTCGATACCAGTGTCCTTGGCTCTAGTCTCAAGTCTTGTGGCA
TGCCTAACCCCAAATGTTGAACATATTAAAAGAATATCGAGCAACCATACCAAAGAATCC
GTGCTTTATTTTTTTCAGTTTTTTTACAATTTTTTAGTGACTAGAATAAATTACTATAAT
TTGTAAACCATTTTGGTAACCAATTCGAAATTTTAAATAGTATTTCTATAACTTTTTAAA
CCCATTATGGAAAAGTAATTGAGCC


BQ
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AF RR1DQ78JQ C 1
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ATGGGAAATCATGTCTTACAAGTGCGGTTAAGGTTTGCTTTGATGGCATTTCTCGTGGAG
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TAATTAAATCCCGTGTGGTCGATACCAGTGTCCTTGGCTCTAGTCTCAAGTCTTGTGGCA
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CCCATTATGGAAAAGTAATTGAGCC

QA 1 505 1 505
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1G237TF U 1
AF RR1DE96TF U 6
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G

QA 1 541 1 541
DS 

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GG
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QA 3 583 3 583
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1H413TF U 1
AF RR1H413JQ C 175
BS 1 645 RR1H413TF
BS 646 646 RR1H413JQ
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BS 677 677 RR1H413JQ
BS 678 692 RR1H413TF
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GCTGCTACTCCAAGCACTGCTTCAAACGTGTGGAATTCGAACTCCGGTCTGGTGTCTTTC
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GTGTCGGATCTTTTGGCGGAAGTTGAAGCTATGGAGTCCCAAAAACGTCTATCTTCTCCA
ACTTCAACATTCCGTGGTCCTGGAGAAATGCTCCAACAACACTCCATCAACGATAGCAGC
TTCAGTCCTGCTGCAGAAGGGCACAGCCCAGCATTTGATGTAAGTAAAGGTGACTCCATG
AGCTCCACAAACGACCTGCATATGCGTTTACGAACTAACAACGTCCTGGACTTTTTGCCG
TGGGGGGTTTAGATATAGAGAATCATATCAGGGCTCATAGGTTGTACCCAAGATCGATGG
TGAACTATGCTCTCTCTACTCTTTTTGCAGGATTGTCATTACGGAACATAAATAAGTGGC
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AAGAAGATCTGTTCAA*TGTTTCTTGGTGATA

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DS 

RD RR1H413JQ 716 0 0
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TCTCCAACTTCAACATTCCGTGGTCCTGGAGAAATGCTCCAACAACACTCCATCAACGAT
AGCAGCTTCAGTCCTGCTGCAGAAGGGCACAGCCCAGCATTTGATGTAAGTAAAGGTGAC
TCCATGAGCTCCACAAACGACCTGCATATGCGTTTACGAACTAACAACGTCCTGGACTTT
TTGCCGTGGGGGGTTTAGATATAGAGAATCATATCAGGGCTCATAGGTTGTACCCAAGAT
CGATGGTGAACTATGCTCTCTTTACTCTTTTTGCAGGATTGTCATTACGGAACATAAATA
AGTGGCCAATCATCATCATCAGCAACAGCAGCAGCAGAAAAAGAAAAAAAAAGAGTGGTG
CATAAGAAGAAGATCTGTTCAAATGTTTCTTGGTGATATTTTTGTGTGCTGCACCGACCA
TTGTTTTTGGTATCTAGGTTCTGTACGTTATCCTGTTTTAAGATTTGCACAGACCCAGCT
TGTGTATTTTCTACATTGTTTGTGTACTTAGGGTAAATTATAAAAGTGTCAATGGGTGTA
ATCAAAACACTGTAGGGATCATTACGTATTCTATATATATATATATGATAATTTGG

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

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GCAAAGACGGTGAACGCGGCAGAGGGTGCCTGGAACCAGAAGTTTGAGTTTGAGGAGTTA
GCAGGAGAGGAATATCTGAAGGTGAAATGCTACAAAGAAGAGATGCTTGGCACCGACAAC
ATCGGTACAGCTACGTTGAGTCTTCATGGAATCAGTAACAGTGAGATGCATATATGGGTT
CCTCTTGAAGAAGTTAGTTCTGGAGAGATAGAGCTTTTGATTGAAGCTGTTAGTCCTGAG
TATAGTGAAGCGGATTCTAGTAAAGGCTTGATTGAACTTGTTCTTGTCGAAGCACGGGAT
CTCGTGGCCGCGGATCTTAGAGGAACCAGTGATCCTTATGTCAGGGTTCAGTATGGAGAG
AAGAAACAGAGGACAAAGGTTATTTACAAGACATTGCATCCGAAATGGAACCAGACCATG
GAGTTCCCAGATGATGGGAGCTCCTTGGAGCTATACGTCAAAGACCACAACACTCTGCTT
CCAACTTCAAGCATCGGCAACTGCGTTGTGGAATACCAACGGCTAAAGCCAAACGAGACG
GCAGACAAGTGGATACCTCTCCAAGGAGTGACACGTGGTGAGATCCGTGTCAGAGTCACT
AGGAAAGTCACGGAGGCTCCAAGAAGAGTCAGCGCGGATTGCGGCTCTCCGTTCAACAAA
GCGCTCTTGTTGTCTAACCAGATGAAGCAGGTGATGATAAAGTTTCAGAATTTGATTGAC
GATGGAGATCTCGAAGGTCTTGGTGAAGCGTTGGGAGAGCTGGAGAGTTTGGAGGATGAA
CAAGAAGAGTATTTGGTCCAGCTTCAGACAGAGCAAACGCTGCTTATCAACAAGATTAAA
GACCTTGGTAAGGAGATACTTAACTCGTCCCCTATTCAAGCCACGTCTCATTCGCCGTCC
AGGTCTGGGTCAGGTTCGGGAGGTGGATCGTATAGCCGGAGATTACCAGCGCCAATGTAG
TGTCGTTGGTTGTGATCAGCCTACCAAAAACAATCTATGATGTATATAGATAGATATGTA
GGGCATTGGATATAATGTTCAAAGAGATTATGAGCCCCTTTGTTACAGAAGATAGAAACC
ATCATCCTTAAGTTTTCTTATATTTCCATTGTTATTATTCAGTAACAACTAAAGCAGTTG
TAGTTGTTTTGTAAAAACTGTTGTTCTGTTTCAAATCTGAGAAATAATTTAACAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F322TF U 1
AF RR1F322JQ C 495
BS 1 690 RR1F322TF
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BS 738 816 RR1F322TF
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BS 818 827 RR1F322TF
BS 828 1196 RR1F322JQ

RD RR1F322TF 827 0 0
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GCAGGAGAGGAATATCTGAAGGTGAAATGCTACAAAGAAGAGATGCTTGGCACCGACAAC
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GCGCTCTTGTTGTCTAACCAGATGAAGCAG*TGATGATAAAGTTTCAGA*TTTGATTGAC
GATGGAGATCTCGAAG*TCTTGGTGAAGCGTTGGGAGAGCTGGAGAGTTTGGAGGATGAA
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QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1F322JQ 702 0 0
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GGCTCCAAGAAGAGTCAGCGCGGATTGCGGCTCTCCGTTCAACAAAGCGCTCTTGTTGTC
TAACCAGATGAAGCAGGTGATGATAAAGTTTCAGAATTTGATTGACGATGGAGATCTCGA
AGGTCTTGGTGAAGCGTTGGGAGAGCTGGAGAGTTTGGAGGATGAACAAGAAGAGTATTT
GGTCCAGCTTCAGACAGAGCAAACGCTGCTTATCAACAAGATTAAAGACCTTGGTAAGGA
GATACTTAACTCGTCCCCTATTCAAGCCACGTCTCATTCGCCGTCCAGGTCTGGGTCAGG
TTCGGGAGGTGGATCGTATAGCCGGAGATTACCAGCGCCAATGTAGTGTCGTTGGTTGTG
ATCAGCCTACCAAAAACAATCTATGATGTATATAGATAGATATGTAGGGCATTGGATATA
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AAACTGTTGTTCTGTTTCAAATCTGAGAAATAATTTAACAGG

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL8021Contig1 1133 2 2 U
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AAATCTTCATAACAAGAAACCAAGAACGAGACACCACTCGAAAAACTCCACCTCAACCTC
AACATCAAACCGTGAGAGCTGAAGAGATTCTATTACAAATTCCAAGATGTAGAGTCCATC
TCATCGACGAATCCGAGGCTGTGGAGCTCGCCTCAGGTGACTTCAAGCTCGTCAAAGTCT
CAGACAACGGCGTGACTCTTGCTATGATCGTCAGAATCGGACATGACCTTCAGTGGCCAG
TGATTAAAGACGAGCCGGTGGTGAAACTCGACGCACGTGATTACCTCTTCACGCTTCCGG
TTAAAGACGGTGATCCACTTAGCTACGGGGTCACTTTCTCCGGCGACGACAGGGATGTAG
CCGTAGTGAACAGCTTGAAGTTGCTCGACGAGTTCTTGACAGAGAACTCTTGTTTCTCGT
TCTCGGCTTCGAGTAAAGTGGACAATGGAATCGACTGGAAAGAGTTTGCTCCGAGGATTG
AAGATTATAACAACGTTGTTGCTAAGGCGATTGCTGGAGGAACAGGACATATCATTAGAG
GACTCTTCAGTTGCAGCAATGCTTACACCAACCAGGTGTTAATCACACTCATATATACTC
CTTCCCCTTTTTTATGTGATGTTTTATAAGTTTATATGCCAAACTTGACTTTATTTCAGA
TTCTGTGACCTTTTGCGTTATGAAACATTGTTGTGATTGGATTCAAATGTCAACTAGCTA
TTCAAATAGTGTGACTAAATGGTTTATGTAGTAAGGGAAAAGATGTATAACTTTTCTTTT
TGATTTTGAACATCCTGAAACAAATAAACGGACGGAGTATTAGAAGATTGTGTGTGTGAT
ATGGACCCAATGGCCTTATCTTATAATTAGAAAGCATGCATAAATTTAATTAGAGATTCT
TATCTTCATTAATTAGTGTGTATATACGATTGATATGGTCATGACTTGCGAGTTTCATTT
AACAGGTTCACAAGTGAGGTGAAGTAATGATTACAAAGGCTGATCAGGAGAAGAGTGGTG
CCTCTGAGAGAAATGGAGGTTACAACAGTGGAAACTCCAGCAGTACTGAGAAG


BQ
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AF RR1AL86TF U 1
AF RR1AL86JQ C 323
BS 1 827 RR1AL86TF
BS 828 1133 RR1AL86JQ

RD RR1AL86TF 827 0 0
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AAGATTATAACAACGTTGTTGCTAAGGCGATTGCTGGAGGAACAGGACATATCATTAGAG
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CTTCCCCTTTTTTATGTGATGTTTTATAAGTTTATATGCCAAACTTGACTTTATTTCAGA
TTCTGTGACCTTTTGCGTTATGAAACATTGTTGTGATTGGATTCAAATGTCAACTAGCTA
TTCAAATAGTGTGACTAAATGGTTTATGTAGTAAGGGAAAAGATGTA

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR1AL86JQ 811 0 0
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CTACGGGGTCACTTTCTCCGGCGACGACAGGGATGTAGCCGTAGTGAACAGCTTGAAGTT
GCTCGACGAGTTCTTGACAGAGAACTCTTGTTTCTCGTTCTCGGCTTCGAGTAAAGTGGA
CAATGGAATCGACTGGAAAGAGTTTGCTCCGAGGATTGAAGATTATAACAACGTTGTTGC
TAAGGCGATTGCTGGAGGAACAGGACATATCATTAGAGGACTCTTCAGTTGCAGCAATGC
TTACACCAACCAGGTGTTAATCACACTCATATATACTCCTTCCCCTTTTTTATGTGATGT
TTTATAAGTTTATATGCCAAACTTGACTTTATTTCAGATTCTGTGACCTTTTGCGTTATG
AAACATTGTTGTGATTGGATTCAAATGTCAACTAGCTATTCAAATAGTGTGACTAAATGG
TTTATGTAGTAAGGGAAAAGATGTATAACTTTTCTTTTTGATTTTGAACATCCTGAAACA
AATAAACGGACGGAGTATTAGAAGATTGTGTGTGTGATATGGACCCAATGGCCTTATCTT
ATAATTAGAAAGCATGCATAAATTTAATTAGAGATTCTTATCTTCATTAATTAGTGTGTA
TATACGATTGATATGGTCATGACTTGCGAGTTTCATTTAACAGGTTCACAAGTGAGGTGA
AGTAATGATTACAAAGGCTGATCAGGAGAAGAGTGGTGCCTCTGAGAGAAATGGAGGTTA
CAACAGTGGAAACTCCAGCAGTACTGAGAAG

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DC57JQ C 1
AF RR1DC57TF U 1
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TCGCACCACCGTCTGAGAACAATGACCGCCTGACCATTGTTGTAGGCTGTGTTTCCAAGG
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QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1DC57TF 505 0 0
GGATCTAAGAAGCTTTGATCCCGATCAGACGCGTAACGAGGCTCGACGAAGGTTCTAGAA
TCAGTCTCTGCACGGCGAGGCTGATCTCTTCGCTTAGGTCGCTTATCGTTTTGAGATACG
CGACGGTTCAAGTGAACGCAACTGCGGTTCTTGTGAATCCCTCTTTAGTGAAATCCAACA
AGGTGAAGATCCTACGGTCAGGAATCGTCCTGCTGTTGATCGACGTTCTCAAATTCGTTC
GTCGGAGGCGCAGGGCAGAAAGAGACAATTTGCTTGAGGGGAATTTTGCAAACTTCTTAA
TCAACATCTCAGTGACTTTCGAGATCTTTGTTTTGTGAGTGAAAAGTAATTATTGAAAAC
AATCAGATATGATCAAAATCAAAGAACTGATCGGTCGTTACCTGAAACACAGGAGACGGG
TCGCACCACCGTCTGAGAACAATGACCGCCTGACCATTGTTGTAGGCTGTGTTTCCAAGG
AATTTGATCAGAAAAAGGAGAGACG

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

CO CL8023Contig1 791 2 2 U
AGGAGAGTACCAGTTATGATTAAAAAGTTTACATGAACAATGCAATGGAAAGTTCTAGAA
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GCATGTTTCCCTCTCTCAAAACATCAATCATGTTGTAGATTCTCTGCTTTGCTTTCAGTC
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TAGGATCTCGAATCAATTGTATCTGATCCATGTCGTAAGACACACCCAGTTCCTGGAAGC
AAGAGATAACAGCTTTAGCTGTTCCTGATGCATCCAATTTGCTAGCTTGATGAGACTCCA
TCACCTCCAAGGAGTAACCAGAAAAGGCTCCTGGAAACTGCTCAGCCATGATCTCCATGG
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CTTCTTCAACAGTTTCATACAGTTTGTTCCTGTCCCCACCAGTTGTTCCCATCACGAAAG
GAACACCTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FY71JQ U 1
AF RR1DW23TF C 184
BS 1 696 RR1FY71JQ
BS 697 791 RR1DW23TF

RD RR1FY71JQ 696 0 0
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TAAACAAAAAAAAAAAGCTACAAAACACCAGTTGGTGTAGCTGCAAAAAAGCCTGTCCAA
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TATCTCAGCTCTTCTAGAACCAACACCATTTGGACAAAAACTCAGGAAGCTCTGCTCAAC
GCATGTTTCCCTCTCTCAAAACATCAATCATGTTGTAGATTCTCTGCTTTGCTTTCAGTC
GAATCTTTTTGGCAAGGAAAAGCACAGCATCGACAGTACCCTCAGCGTATATTGATCTGC
CACAGACATTGTGTTGGAACTCAAAGGAGACAGTTTTATCAGGTGATGTCAAGTGATAAA
GATGGAAAGCGTGGCCAGAGACATGCTCTTCAGGAACCCCAACCATCTCAACTTGCTGTT
TAGGATCTCGAATCAATTGTATCTGATCCATGTCGTAAGACACACCCAGTTCCTGGAAGC
AAGAGATAACAGCTTTAGCTGTTCCTGATGCATCCAATTTGCTAGCTTGATGAGACTCCA
TCACCTCCAAGGAGTAACCAGAAAAGGCTCCTGGAAACTGCTCAGCCATGATCTCCATGG
CCGCAAGAAATGCAACAACTTGTTTACCCATCTGTG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1DW23TF 608 0 0
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TGTTTCCCTCTCTCAAAACATCAGTCATGTTGTAGATTCTCTGCTTTGCTTTCAGTCGAA
TCTTTTTGGCAAGGAAAAGCACAGCATCGACAGTACCCTCAGCGTATATTGATCTGCCAC
AGACATTGTGTTGGAACTCAAAGGAGACAGTTTTATCAGGTGATGTCAAGTGATAAAGAT
GGAGAGCGTGGCCAGAGACATGCTCTTCAGGAACCCCAACCATCTCAACTTGCTGTTTAG
GATCTCGAATCAATTGTATCTGATCCATGTCGTAAGACACACCCAGTTCCTGGAAGCAAG
AGATAACAGCTTTAGCTGTTCCTGATGCATCCAATTTGCTAGCTTGATGAGACTCCATCA
CCTCCAAGGAGTAACCAGAAAAGGCTCCTGGAAACTGCTCAGCCATGATCTCCATGGCCG
CAAGAAATGCAACAACTTGTTTACCCATCTGTGGAGAAATCACAGCATAAATCTTTGCTT
CTTCAACAGTTTCATACAGTTTGTTCCTGTCCCCACCAGTTGTTCCCATCACGAAAGGAA
CACCTACC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL8024Contig1 989 2 2 U
ATCCGAGCTTTGTCTTCCTCAGATCATTAATCCCACCTCACCCATGAAACCCGAGAAGAT
TCACCCCTTCTGATTCAATATTATCGGAGACTCAGATCGAGCCTAGACCTGCAATTAAAG
CTGTTGTTCAATTTCACGGAAGAAGAAGACTCAGAATGGATACTTTCAGCGCGGAGGATC
TGTCGACAATAGGGGGAATCGCGACAGTATCTCTCCTTCATTCCTTCATTCCCACGCATT
GGTTACCTTTCTCCATCGTTGGACGCGCTCAGAAATGGACTCTTTCCCGAACCCTCTTCG
TCACTGCGTTTGGAGCAGTCCTGCATGTCATATCCACTGCCCTTCTTGGTATAACGGCCA
TCACAATGGCCAACACCATCGCCGGTGAAGAGACTGTTCACAAGCTGGCTTCCCTTTTGC
TTGTGTTCCTTGGCGGGAGCTATATCCTGCTGTTTTTGGCTGGTAAAGGAGGCCACGCTC
ATTCTCATAACCAACCCATGGAGAAAATGGCTGTTGCTGGGCTTGTCCTTGTTCCCGCGT
TATCTCCTTGTGCAACCACTCTCCCTGTTTTCCTCGCTGTTGGAAACTCAAAGCCCATGA
TGGTTCTCGCCATCATAGTTCTGCTGATCAGCACCATTTTGGTGATGACGTCGCTGGTAG
CTCTATCCTTCTATGGTGCAAGCCAGCTGAAGTTTCACTGGGTGGAAAGATACGACAAAC
TATTGGTTGGCTCTGTCCTGTGTCTGGGGTGTCTTAACCCTTCTCTTCCATGATCATGAC
CACCATGGTGGTCATGAAACACATCAGCTCCACAGGAAAATCATTACTCTCTAGAGGCCA
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TGTGAATGTGATTTCGTAAGCAGTATACC


BQ
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AF RR1BA34TF U 1
AF RR1BA34JQ C 288
BS 1 806 RR1BA34TF
BS 807 989 RR1BA34JQ

RD RR1BA34TF 806 0 0
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CTGTTGTTCAATTTCACGGAAGAAGAAGACTCAGAATGGATACTTTCAGCGCGGAGGATC
TGTCGACAATAGGGGGAATCGCGACAGTATCTCTCCTTCATTCCTTCATTCCCACGCATT
GGTTACCTTTCTCCATCGTTGGACGCGCTCAGAAATGGACTCTTTCCCGAACCCTCTTCG
TCACTGCGTTTGGAGCAGTCCTGCATGTCATATCCACTGCCCTTCTTGGTATAACGGCCA
TCACAATGGCCAACACCATCGCCGGTGAAGAGACTGTTCACAAGCTGGCTTCCCTTTTGC
TTGTGTTCCTTGGCGGGAGCTATATCCTGCTGTTTTTGGCTGGTAAAGGAGGCCACGCTC
ATTCTCATAACCAACCCATGGAGAAAATGGCTGTTGCTGGGCTTGTCCTTGTTCCCGCGT
TATCTCCTTGTGCAACCACTCTCCCTGTTTTCCTCGCTGTTGGAAACTCAAAGCCCATGA
TGGTTCTCGCCATCATAGTTCTGCTGATCAGCACCATTTTGGTGATGACGTCGCTGGTAG
CTCTATCCTTCTATGGTGCAAGCCAGCTGAAGTTTCACTGGGTGGAAAGATACGACAAAC
TATTGGTTGGCTCTGTCCTGTGTCTGGGGTGTCTTAACCCTTCTCTTCCATGATCATGAC
CACCATGGTGGTCATGAAACACATCA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1BA34JQ 702 0 0
CGAACCCTCTTCGTCACTGCGTTTGGAGCAGTCCTGCATGTCATATCCACTGCCCTTCTT
GGTATAACGGCCATCACAATGGCCAACACCATCGCCGGTGAAGAGACTGTTCACAAGCTG
GCTTCCCTTTTGCTTGTGTTCCTTGGCGGGAGCTATATCCTGCTGTTTTTGGCTGGTAAA
GGAGGCCACGCTCATTTTCATAACCAACCCATGGAGAAAATGGCTGTTGCTGGGCTTGTC
CTTGTTCCCGCGTTATCTCCTTGTGCAACCACTCTCCCTGTTTTCCTCGCTGTTGGAAAC
TCAAAGCCCATGATGGTTCTCGCCATCATAGTTCTGCTGATCAGCACCATTTTGGTGATG
ACGTCGCTGGTAGCTCTATCCTTTTATGGTGCAAGCCAGCTGAAGTTTCACTGGGTGGAA
AGATACGACAAACTATTGGTTGGCTCTGTCCTGTGTCTGGGGTGTCTTAACCCTTTTCTT
CCATGATCATGACCACCATGGTGGTCATGAAACACATCAGCTCCACAGGAAAATCATTAC
TCTCTAGAGGCCACTTCTGTTTTGCTGTGTTTTGCCTGTTTGTTGTAGAGCGGCTTAATG
TCTTCTCACCTTGAATGTCTATAACTAGTTGTAACGCACTCTGTTGCACGTTAAGAATTC
ATATAGCATTAGTTGTGAATGTGATTTCGTAAGCAGTATACC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL8025Contig1 701 2 4 U
GACAGACTAAAAGTAAACAACACGAAATTATTTGGGGGAAACATAAATTGAGTTCAATAA
GAAGAATACACAACAGGCCCAATCTATTGGGCCCAATAAAACTAGGGCCTAAAAGAGGAG
CCACTGTGGCTTCTCTTACCACCCTCCTCTGGGAGGCCCTCCTGAGGACTGAACACTCAA
TCTGTCGAGGAGTGCGTTGAAGTCTATAGGCTGGCCACTCTCCTCCATCCTCTGAATCAC
GCTCATCACGTGTTCTCCTCTGAAGCCCATGCTCACTAGCTTCTCTATCAGTTCACCGTA
TTTTGATCTTAAAACAGGCGGTGGTGGTGTCCCTGTGTTGCCACCACCTCCCTGATGCTG
CTGAGGTGCGTACCCACCACCTTGTGGACCTTGCATGTAATGTCCTTGCTGCTGTTGCTG
CGGAGGAGGCTGAATTGGTGGGAATTGCATCCGCCCACCTTCATACATGGCACTGGCATA
CCCGGGAGGAGGAGGAGGTCCTGAGGGTAGATACCCATCGCCTGTCTGTGGGCTATAAGA
CATCTTTGTCTGCTGAGGAGGAGACTGTGGTGGTGGTGGTGCACCGTATCCGTAACCTTG
CATCGATTGTTGAGGAGGTCCAGCGTATGGTGATTGCATCTGCATGCTGCTTGGCAACGG
TTCTACTGGGGATTGGTTGCTTGGTGGTGAAGGCGAGTATG


BQ
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AF RR1EX08JQ U 1
AF RR1CU67JQ U 350
BS 1 442 RR1EX08JQ
BS 443 443 RR1CU67JQ
BS 444 691 RR1EX08JQ
BS 692 701 RR1CU67JQ

RD RR1EX08JQ 691 0 0
GACAGACTAAAAGTAAACAACACGAAATTATTTGGGGGAAACATAAATTGAGTTCAATAA
GAAGAATACACAACAGGCCCAATCTATTGGGCCCAATAAAACTAGGGCCTAAAAGAGGAG
CCACTGTGGCTTCTCTTACCACCCTCCTCTGGGAGGCCCTCCTGAGGACTGAACACTCAA
TCTGTCGAGGAGTGCGTTGAAGTCTATAGGCTGGCCACTCTCCTCCATCCTCTGAATCAC
GCTCATCACGTGTTCTCCTCTGAAGCCCATGCTCACTAGCTTCTCTATCAGTTCACCGTA
TTTTGATCTTAAAACAGGCGGTGGTGGTGTCCCTGTGTTGCCACCACCTCCCTGATGCTG
CTGAGGTGCGTACCCACCACCTTGTGGACCTTGCATGTAATGTCCTTGCTGCTGTTGCTG
CGGAGGAGGCTGAATTGGTGGGTATTGCATCCGCCCACCTTCATACATGGCACTGGCATA
CCCGGGAGGAGGAGGAGGTCCTGAGGGTAGATACCCATCGCCTGTCTGTGGGCTATAAGA
CATCTTTGTCTGCTGAGGAGGAGACTGTGGTGGTGGTGGTGCACCGTATCCGTAACCTTG
CATCGATTGTTGAGGAGGTCCAGCGTATGGTGATTGCATCTGCATGCTGCTTGGCAACGG
TTCTACTGGGGATTGGTTGCTTGGTGGTGAA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1CU67JQ 352 0 0
CCCTGATGCTGCTGAGGTGCGTACCCACCACCTTGTGGACCTTGCATGTAATGTCCTTGC
TGCTGTTGCTGCGGAGGAGGCTGAGTTGGTGGGAATTGCATCCGCCCACCTTCATACATG
GCACTGGCATACCCGGGAGGAGGAGGAGGTCCTGAGGGTAGATACCCATCGCCTGTCTGT
GGGCTATAGGACATCTTTGTCTGCTGAGGAGGAGCCTGTGGTGGTGGTGGTGCACCGTAT
CCGTAACCTTGCATCGATTGTTGAGGAGGTCCAGCGTATGGTGATTGCATCTGCATGCTG
CTTGGCAACGGTTCTACTGGGGATTGGTTGCTTGGTGGTGAAGGCGAGTATG

QA 1 352 1 352
DS 



AS 1 2

CO CL8026Contig1 889 2 4 U
GGAGAGTCTAAGCTCTCTCTCCATAGCAGTCTCAATCTACTGAATCTCGGCTGCTTCGGC
TTTCACATTGTGCGAGTTTTTGCTCTCTTATTTTTGGTAATCTTTGTAGCTTGTTATAAT
ACATCTCAAATCTGGTAACGCACATAACCTGTTCGATCAAATGTCTAGCTGAGACTCGCA
ACTTCCGTTTTTTGTTTCTTAACATAATGATTTTGAGTCTGCATTTTTGTTGTAATTTAG
CTAACAAGCGTTCTTGTTTTTCTAGCTGCAAAATATCTGAGCATGTTGCGGAACGTGATG
CCGTGGAACAGAAGCAATCAAAATGTAGCTGAATTGTTAATGAGGCATTTCGCAACGAAA
CCTAAACCTAAGATGAAACCCATCGAGCTGAACACACCACCAGAGCAAACCCAGACGATC
ACCCGAGTCATCTTTGATGTTTTGAAGGAACATGGACCTCTCACCATTGCTGAGACTTGG
GATCGCGTCAAGGAAGTGGGACTAAGAGGGTTAACGAGCAAGCGTCACATGAAGATAATA
CTAAGGTGGACGAGAGAGAGACAGAAGCTGAAGTTAATATGTAACCATGTTGGTCCTCAC
AAGCAGTTTTTGTACACTACTTGGTTCACTAAACACAACCCTTGTAAACTCAACAACAAG
CTGCCGGATAATCTCACCGGAAAACCTTCCGGCCACCCTAAACTTCCATGAGCCAAGGCC
CCTTCCCATGCAAGAGCAGAGTCATCCAGAAGAATAAAGGCTGCAATAAATGTCAGAAGA
CATGGCAGAAACTAATCTATAACGCTTTAGTTCAAAGACTATTTTTATTCACTTTACTGT
AACTGTATGATGACATGATAAAGGGTTTTATGACAAGTGGTATTAGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CL91TF U 1
AF RR1CL91JQ C 153
BS 1 610 RR1CL91TF
BS 611 611 RR1CL91JQ
BS 612 664 RR1CL91TF
BS 665 889 RR1CL91JQ

RD RR1CL91TF 664 0 0
GGAGAGTCTAAGCTCTCTCTCCATAGCAGTCTCAATCTACTGAATCTCGGCTGCTTCGGC
TTTCACATTGTGCGAGTTTTTGCTCTCTTATTTTTGGTAATCTTTGTAGCTTGTTATAAT
ACATCTCAAATCTGGTAACGCACATAACCTGTTCGATCAAATGTCTAGCTGAGACTCGCA
ACTTCCGTTTTTTGTTTCTTAACATAATGATTTTGAGTCTGCATTTTTGTTGTAATTTAG
CTAACAAGCGTTCTTGTTTTTCTAGCTGCAAAATATCTGAGCATGTTGCGGAACGTGATG
CCGTGGAACAGAAGCAATCAAAATGTAGCTGAATTGTTAATGAGGCATTTCGCAACGAAA
CCTAAACCTAAGATGAAACCCATCGAGCTGAACACACCACCAGAGCAAACCCAGACGATC
ACCCGAGTCATCTTTGATGTTTTGAAGGAACATGGACCTCTCACCATTGCTGAGACTTGG
GATCGCGTCAAGGAAGTGGGACTAAGAGGGTTAACGAGCAAGCGTCACATGAAGATAATA
CTAAGGTGGACGAGAGAGAGACAGAAGCTGAAGTTAATATGTAACCATGTTGGTCCTCAC
AAGCAGTTTT*GTACACTACTTGGTTCACTAAACACAACCCTTGTAAACTCAACAACAAG
CTGC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR1CL91JQ 737 0 0
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TTGAGTCTGCATTTTTGTTGTAATTTAGCTAACAAGCGTTCTTGTTTTTCTAGCTGCAAA
ATATCTGAGCATGTTGCGGAACGTGATGCCGTGGAACAGAAGCAATCAAAATGTAGCTGA
ATTGTTAATGAGGCATTTCGCAACGAAACCTAAACCTAAGATGAAACCCATCGAGCTGAA
CACACCACCAGAGCAAACCCAGACGATCACCCGAGTCATCTTTGATGTTTTGAAGGAACA
TGGACCTCTCACCATTGCTGAGACTTGGGATCGCGTCAAGGAAGTGGGACTAAGAGGGTT
AACGAGCAAGCGTCACATGAAGATAATACTAAGGTGGACGAGAGAGAGACAGAAGCTGAA
GTTAATATGTAACCATGTTGGTCCTCACAAGCAGTTTTTGTACACTACTTGGTTCACTAA
ACACAACCCTTGTAAACTCAACAACAAGCTGCCGGATAATCTCACCGGAAAACCTTCCGG
CCACCCTAAACTTCCATGAGCCAAGGCCCCTTCCCATGCAAGAGCAGAGTCATCCAGAAG
AATAAAGGCTGCAATAAATGTCAGAAGACATGGCAGAAACTAATCTATAACGCTTTAGTT
CAAAGACTATTTTTATTCACTTTACTGTAACTGTATGATGACATGATAAAGGGTTTTATG
ACAAGTGGTATTAGCCT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL8027Contig1 833 2 2 U
GGATCATCATTCATCAACCAAACTCACCAACAAGAACAATAACAATAGCAAGAACAAGAG
AAGGATTCTGCCTTGGATATTACACAAAAGCATATAGAGAAAGAAATCTTGATTTTGAAA
AACAATGGCGTACGAGAAAGTCAATGAGATTAACCTTAAGGACACAGAGCTTCGTCTTGG
ATTACCTGGAACAGAGCAAGTTAAGGAAGAACAAGATGTTTCTTGTGTTAGAAGCATCAA
GCGTCAATATCAAAGCGATAACGAGGAAGAATCTACACCTCCTACGAAAACTCAAATCGT
TGGTTGGCCTCCGGTGAGATCTTACCGTAAGAACAACAACAGTGTGAGCTATGTGAAAGT
GAGTATGGACGGAGCTCCATACCTACGTAAAATCGATCTCAAAACATATAAAAACTATCC
AGAGCTTCTCAGGGAGTTAGGGAACATGTTCGAGATCACAATAGGTGAATACAACGAAAG
AGAAGGGTACAGAGGATCTGAAGTTGTACCAACGTACGAGGATAAAGATGGAGACTGGAT
GTTGGTTGGTGATGTTCCATGGGATATGATCTCTTCCTCTTGTAAGAGACTCAGAATCAT
GAAAGGACCTGATGCTCTCGCTTTAGACTCTGGCTTATGATGAATACCACACCAAACACA
AAACTATTCAGGGTTTTATTCAATGAGTTAGATCCATTTCCACGTGATTTTATCTTTTCA
TTTTTATTTGTTTTTTGTTTTTAGATTTAGAATTTGATGTAAAGATACATGAAATTTATG
TATAATACGGATACATACACAACATAGATGCATATGTAGCAATGTTCTTGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DV05TF U 1
AF RR1DV05JQ C 162
BS 1 668 RR1DV05TF
BS 669 833 RR1DV05JQ

RD RR1DV05TF 668 0 0
GGATCATCATTCATCAACCAAACTCACCAACAAGAACAATAACAATAGCAAGAACAAGAG
AAGGATTCTGCCTTGGATATTACACAAAAGCATATAGAGAAAGAAATCTTGATTTTGAAA
AACAATGGCGTACGAGAAAGTCAATGAGATTAACCTTAAGGACACAGAGCTTCGTCTTGG
ATTACCTGGAACAGAGCAAGTTAAGGAAGAACAAGATGTTTCTTGTGTTAGAAGCATCAA
GCGTCAATATCAAAGCGATAACGAGGAAGAATCTACACCTCCTACGAAAACTCAAATCGT
TGGTTGGCCTCCGGTGAGATCTTACCGTAAGAACAACAACAGTGTGAGCTATGTGAAAGT
GAGTATGGACGGAGCTCCATACCTACGTAAAATCGATCTCAAAACATATAAAAACTATCC
AGAGCTTCTCAGGGAGTTAGGGAACATGTTCGAGATCACAATAGGTGAATACAACGAAAG
AGAAGGGTACAGAGGATCTGAAGTTGTACCAACGTACGAGGATAAAGATGGAGACTGGAT
GTTGGTTGGTGATGTTCCATGGGATATGATCTCTTCCTCTTGTAAGAGACTCAGAATCAT
GAAAGGACCTGATGCTCTCGCTTTAGACTCTGGCTTATGATGAATACCACACCAAACACA
AAACTATT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1DV05JQ 672 0 0
ACACAGAGCTTCGTCTTGGATTACCTGGAACAGAGCAAGTTAAGGAAGAACAAGATGTTT
CTTGTGTTAGAAGCATCAAGCGTCAATATCAAAGCGATAACGAGGAAGAATCTACACCTC
CTACGAAAACTCAAATCGTTGGTTGGCCTCCGGTGAGATCTTACCGTAAGAACAACAACA
GTGTGAGCTATGTGAAAGTGAGTATGGACGGAGCTCCATACCTACGTAAAATCGATCTCA
AAACATATAAAAACTATCCAGAGCTTCTCAGGGAGTTAGGGAACATGTTCGAGATCACAA
TAGGTGAATACAACGAAAGAGAAGGGTACAGAGGATCTGAAGTTGTACCAACGTACGAGG
ATAAAGATGGAGACTGGATGTTGGTTGGTGATGTTCCATGGGATATGATCTCTTCCTCTT
GTAAGAGACTCAGAATCATGAAAGGACCTGATGCTCTCGCTTTAGACTCTGGCTTATGAT
GAATACCACACCAAACACAAAACTATTCAGGGTTTTATTCAATGAGTTAGATCCATTTCC
ACGTGATTTTATCTTTTCATTTTTATTTGTTTTTTGTTTTTAGATTTAGAATTTGATGTA
AAGATACATGAAATTTATGTATAATACGGATACATACACAACATAGATGCATATGTAGCA
ATGTTCTTGACG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL8028Contig1 774 2 11 U
GAAGATATGCCCATATACAAAATCAAAAACACAGTTTAAATCTCATGAATATAATCACAT
ATTCAGTTTATCTGTTCCTTTTTTATTAAAGTAAGAAAAAGGAAAAAAGTTAATTTCTTC
TGATCAGTCATAAGATCTCAAAAAGCAAAACAAAACAAAAGAAAGAACATTTTTATCTCT
ACTTTCCTTCAAAACTCATTTGCTGTCCAAACCGGCGAGCACATTCCTGGAACCTCATGA
CCAGACCGCTACAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTCTCCTTATAACATTGCTTCCAGGCTT
CGTGATCCGAAAAGCAAGGCATTGGTTTCGGTTCCGGGATCTTAAACTCTTTCTCCCTTA
AATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCTTTTCTTGTCTCTCCACCGTCT
CAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGATTTAATCGATTCCAGCTCCGTGCTTGCTG
CTGTTTGTTGTGGAACTGGGAAGAAGAATGGTGGCTGCTGAGACGGTAACTCTGCCATTG
GCTTCGGTTTCTCTGCATCACGGTGTGTTCTCGCTTGATCTGCATTGTTCTGTGGTGGTG
AGGCTTTGGGTTTGGTTCTCTTTACCTTTCTCTTGGGTTTTTCGTTGCCTTGAGCTAACT
GATTGATCAGCTTCGGAGTGATCTGAATTGTGTAATCGCCCATATTACCGGAGTTTCAAC
AACCTGGTAGGAAAAGAGATCGGCGAACGGCGATTCTCTCGTCAGAGATTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BT65JQ U 44
AF RR1EA93TF C 1
BS 1 43 RR1EA93TF
BS 44 77 RR1BT65JQ
BS 78 78 RR1EA93TF
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BS 497 595 RR1BT65JQ
BS 596 774 RR1EA93TF

RD RR1BT65JQ 552 0 0
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AAAAAGTTAATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAAAAAGCAAAACAAAACAAAAGAA
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TTCCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTGCAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTCTCCTTATA
ACATTGCTTCCAGGCTTCGTGATCCGAAAAGCAAGGCATTGGTTTCGGTTCCGGGATCTT
AAACTCTTTCTCCCTTAAATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCTTTTC
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ATTGTTCTGTGG

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1EA93TF 774 0 0
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ATTCAGTTTATCTGT**CTTTTTTATTAGAGTAAGAAAAAGGAAAAAAGTTAATTTCTTC
TGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACAAAACAAAAGAAAGAACATTTTTATCTCT
ACTTTCCTTCAGAACTCATTTGCTGTCCAAACCGGCGAGCACATTCCTGGAACCTCATGA
CCAGACCGCTACAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTCTCCTTATAACATTGCTTCCAGGCTT
CGTGATCCGAAGAGCAAGGCATTGGTTTCGGTTCCGGGATCTTAAACTCTTTCTCCCTTA
GATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCTTTTCTTGTCTCTCCACCGTCT
CAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGATTTAATCGATTCCAGCTCCGTGCTTGCTG
CTGTTTGTTGTGGAACTGGGAAGAAGAATGGTGGCTGCTGAGTCGGTAACTCTGCCATTG
GCTTCGGTTTCTCTGCATCACGGTGTGTTCTCGCTTGATCTGCATTGTTCTGTGGTGGTG
AGGCTTTGGGTTTGGTTCTCTTTACCTTTCTCTTGGGTTTTTCGTTGCCTTGAGCTAACT
GATTGATCAGCTTCGGAGTGATCTGAATTGTGTAATCGCCCATATTACCGGAGTTTCAAC
AACCTGGTAGGAAAAGAGATCGGCGAACGGCGATTCTCTCGTCAGAGATTGTCC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL8029Contig1 784 2 2 U
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TGGATGTATGACACAGTATGCGTTGAAGGCTGGTGGGGATGGTGATGAGGCTTTGGTGAT
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GTCCATGATCCAAAACCGATCTAGAAGAGAGATGCAAGCTCAACAAAGTGACATATATGG
AGCGACTTCGGATAACCTTGGGTTGCAGAGTGCTGAGGTACCTTGGAAAGTAAGTAGGAA
AGGAAAGGCCCCCCTTGTGCAGGATAATCATCAGCTGTACGTGTCTGAAACAAAGTTGCG
AGTGTATCAGCCACCTCAGCTAGCGTCATGGGAATGCGAAAATTATAGGTTTCAGAAGCT
GGTATTGGATGGGGATGAGGAGATTAATGGTGGAGGAGGAGGGGAGATGGAGATTGAAAG
AATCCAGGCTCAGACGATTGAAGCAAGAACAACAGTTTTGCGTCCAGTCTGGGGTTGAAG
AGGAGTTGCAGTTAGAAGAAAGAAGGTGATATGCTTGTCTTTGGTTTTATTGTTTCTTCA
TCACAAACTCAGCTTCAAGTTCAGCAATAGAAGTATAGAACAACAACAAAAGCTGTGGGA
AGTTGTATAGAATAGGAAAGGAAAATTTGACAGATTTTAAATGTAAATAGCTAGCAGTAT
AGTATTCTTTTTTACAGATTGACCCCATTACATTGATTCATGAACTGAAATTTTCTTTGG
ATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1E985TF U 1
AF RR1E985JQ C 112
BS 1 617 RR1E985TF
BS 618 784 RR1E985JQ

RD RR1E985TF 617 0 0
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GACGGGGATTGATGAGTCTGGTTCAGAGACTGAAGGACCGGTTGTGAGAGTACGAAGGTG
GTCCATGATCCAAAACCGATCTAGAAGAGAGATGCAAGCTCAACAAAGTGACATATATGG
AGCGACTTCGGATAACCTTGGGTTGCAGAGTGCTGAGGTACCTTGGAAAGTAAGTAGGAA
AGGAAAGGCCCCCCTTGTGCAGGATAATCATCAGCTGTACGTGTCTGAAACAAAGTTGCG
AGTGTATCAGCCACCTCAGCTAGCGTCATGGGAATGCGAAAATTATAGGTTTCAGAAGCT
GGTATTGGATGGGGATGAGGAGATTAATGGTGGAGGAGGAGGGGAGATGGAGATTGAAAG
AATCCAGGCTCAGACGATTGAAGCAAGAACAACAGTTTTGCGTCCAGTCTGGGGTTGAAG
AGGAGTTGCAGTTAGAAGAAAGAAGGTGATATGCTTGTCTTTGGTTTTATTGTTTCTTCA
TCACAAACTCAGCTTCA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1E985JQ 673 0 0
TTTGGTGATGACGGGGATTGATGAGTCTGGTTCAGAGACTGAAGGACCGGTTGTGAGAGT
ACGAAGGTGGTCCATGATCCAAAACCGATCTAGAAGAGAGATGCAAGCTCAACAAAGTGA
CATATATGGAGCGACTTCGGATAACCTTGGGTTGCAGAGTGCTGAGGTACCTTGGAAAGT
AAGTAGGAAAGGAAAGGCCCCCCTTGTGCAGGATAATCATCAGCTGTACGTGTCTGAAAC
AAAGTTGCGAGTGTATCAGCCACCTCAGCTAGCGTCATGGGAATGCGAAAATTATAGGTT
TCAGAAGCTGGTATTGGATGGGGATGAGGAGATTAATGGTGGAGGAGGAGGGGAGATGGA
GATTGAAAGAATCCAGGCTCAGACGATTGAAGCAAGAACAACAGTTTTGCGTCCAGTCTG
GGGTTGAAGAGGAGTTGCAGTTAGAAGAAAGAAGGTGATATGCTTGTCTTTGGTTTTATT
GTTTCTTCATCACAAACTCAGCTTCAAGTTCAGCAATAGAAGTATAGAACAACAACAAAA
GCTGTGGGAAGTTGTATAGAATAGGAAAGGAAAATTTGACAGATTTTAAATGTAAATAGC
TAGCAGTATAGTATTCTTTTTTACAGATTGACCCCATTACATTGATTCATGAACTGAAAT
TTTCTTTGGATGT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL8030Contig1 666 2 3 U
TTTTTTCCAGGAAGAAAAAACTTTTTGAAAATCTTAAAAGTCGATTTTTGTTCCACAAGT
CGAACCATTTGCCAGTCTTTGGCTTTAAAACACTACAAACTCCTATACTCCTATCACAAA
GAGTTAACATTAGACAAAAGACAAAACCTTTTTACTCATGTTTCAATCATCTTCTGCTTC
TTCAGTCAAAGTCATTATACTGACTGTTCTGAGAACATATCATAATATCTGAACCAATCA
AAGTAACAGCATCACGACCAAAACTGTTACCCACACAACCAAAAGGCCCTTCATCATCAC
TGTCTACATTTCTGGGAGTCACACGGTTCTGATACCTTCTACGGTTAATCAAGAACACGT
TGAAGTAGTAACTCACAAGCTGCTCTCTCTTCTTCCCTCTGAAACACTTTGCAGCGTTCT
CCCAAAAGCTCTGAGGATCCGAAACCATCAGTTTCTTGAACATCTTCTCTTCTCTCTCTG
TCCACCTTAGAGACACTTCTTCCCCCATCTGATTGAACCTCCAATGGAAAAAGACATCGC
CTAGTTCACGTTTCAGCTCCATTCTCTTCTCTGCAATGTGGAATCTAATGCATTCAACAG
AACCAGAGGTGTGAATCTCACAGCTGCAACAATCTAGCCTTCCTTTTCCAAGTGAACGAT
CAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ30JQ U 22
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AACTGTTACCCACACAACCAAAAGGCCCTTCATCATCACTGTCTACATTTCTGGGAGTCA
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AAACCATCAGTTTCTTGAACATCTTCTCTTCTCTCTCTGTCCACCTTAGAGACACTTCTT
CCCCCATCTGATTGAACCTCCAATGGAAAAA

QA 1 511 1 511
DS 

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CGAACCATTTGCCAGTCTTTGGCTTTAAAACACTACAAACTCCTATACTCCTATCACAAA
GAGTTAACATTAGACAAAAGACAAAACCTTTTTACTCATGTTTCAATCATCTTCTGCTTC
TTCAGTCAAAGTCATTATACTGACTGTTCTGAGAACATATCATAATATCTGAACCAATCA
AAGTAACAGCATCACGACCAAAACTGTTACCCACACAACCAAAAGGCCCTTCATCATCAC
TGTCTACATTTCTGGGAGTCACACGGTTCTGATACCTTCTACGGTTAATCAAGAACACGT
TGAAGTAGTAACTCACAAGCTGCTCTCTCTTCTTCCCTCTGAAACACTTTGCAGCGTTCT
CCCAAAAGCTCTGAGGATCCGAAACCATCAGTTTCTTGAACATCTTCTCTTCTCTCTCTG
TCCACCTTAGAGACACTTCTTCCCCCATCTGATTGAACCTCCAATGGAAAAAGACATCGC
CTAGTTCACGTTTCAGCTCCATTCTCTTCTCTGCAATGTGGAATCTAATGCATTCAACAG
AACCAGAGGTGTGAATCTCACAGCTGCAACAATCTAGCCTTCCTTTTCCAAGTGAACGAT
CAAAAA

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

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CAATTATTACTGGTGC


BQ
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AF RR1D080TF U 1
AF RR1D080JQ C 144
BS 1 657 RR1D080TF
BS 658 796 RR1D080JQ

RD RR1D080TF 657 0 0
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TCCATCGCTAGCAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAG
AAGAAGTTTGAGACCCTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAAGAA
GTCGACTACCTTCTCCGAAACAAGTGGATTCCCTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCACGGG
TTTGTGTACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGACGTTATTGGACAATG
TGGAAGCTTCCATTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTCCAAGAG
TGCAAAAAGGAGTACCCTAGCGCCTTCATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAA
GTCCAATGCATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATCACGT
TACAAGACATTCATAAATAATATCTACTCATTTCATTTCCATGTGTCTGTTTCTTTT

QA 1 657 1 657
DS 

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GACATGTTATATCGGATTGTCAAGTGTCTGATTTATGAACATGTAATCTCTATATTTCAT
TTTCTTTTTTATTACTTATTGATGGCTATTAGGTTATCAATTATTACTGGTGC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

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GTAGGACTCACTCTCATTCAGTCTGCTGCTGCTAAAGGAGCAGTGTGTCTAGATGGAAGT
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TTGGAGGGAGGTGGATGGTGTGATACCATTAGAAATTGTGTATACCGCAAAACAAGTCGT
CGTGGATCGTCTAAGTATATTGAGAAAAATATGCCTTTTACAGGAATCCTAAGTGACAAA
GCCGCAGAGAATCCGGATTTTTATAACTGGAATAGAGTGAAATGTTTGAGTGATGCTGGC
TTTTTCCTTGACTCCATCGATGTCTCTGGAGGTCGATCTCTTAGGCGTTTATATGCTGGT
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CCAACTTCGTGTTTTTTCCCACAAAACCTAATCAACCAAATCAAGACTCCATTGTTTATT
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CCAAGTGGAAGTTGGCATGATTGTGGACTTGACTACACCAAGTGCAATGCAACTCAGATC
CAGTTCTTGCAAGGTTTCAGGACTCGTATGGTAAATTTAATCAAAGGTTTCGCGAAGCCG
AGTAAGAACGGAGTGTTCCTTAATTCGTGCTTTGCTCATTGCCAAACAGAGAGGCATGAC
ACATGGTATTCCAAAAACTCTCCTGCGGTTAACAACAAGGGGATTGCAGTAGCTGTGGGA
GATTGGTATTTTGAAAGAGGAGGAGCAAAACTCATAGACTGTGCTTATCCTTGTGACAAA
ACTTGCCACAATTTAGTCTTTAGAGGATAATTTAGTCCTTTTGTTTTGCATCCAAATCCT
TATTCCTTCTTTAAAGACCATCACTTATCCATGCAAACAATGAAAGAAAA


BQ
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AF RR1B749TF U 1
AF RR1B749JQ C 312
BS 1 793 RR1B749TF
BS 794 794 RR1B749JQ
BS 795 800 RR1B749TF
BS 801 801 RR1B749JQ
BS 802 826 RR1B749TF
BS 827 1130 RR1B749JQ

RD RR1B749TF 830 0 0
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TTAATCCTTCCCGTAAATGGGATTATGGAGTTTGATGAAATGGAGTGGTTTACAATTTTC
AATGGAACAAAGGTGTTTCAAACTGAAAGTGATCTTTATTCTGAAGCAAAGTTTCCAATG
GTAGGACTCACTCTCATTCAGTCTGCTGCTGCTAAAGGAGCAGTGTGTCTAGATGGAAGT
CTTCCTGGATACCACTTGCATCGCGGGTTTGGTTCAGGAGCAAACAATTGGCTAGTTCAA
TTGGAGGGAGGTGGATGGTGTGATACCATTAGAAATTGTGTATACCGCAAAACAAGTCGT
CGTGGATCGTCTAAGTATATTGAGAAAAATATGCCTTTTACAGGAATCCTAAGTGACAAA
GCCGCAGAGAATCCGGATTTTTATAACTGGAATAGAGTGAAATGTTTGAGTGATGCTGGC
TTTTTCCTTGACTCCATCGATGTCTCTGGAGGTCGATCTCTTAGGCGTTTATATGCTGGT
GTGGTGAAGTTACAGAATTTGGAAACAAAGCTCTCTAAGGAGTGTCTAAACCGTCTTAAT
CCAACTTCGTGTTTTTTCCCACAAAACCTAATCAACCAAATCAAGACTCCATTGTTTATT
CTAAATACTGCATACGATTCGTGGCAGATCCAAGAGAGTTTAGCTCCCAAATCTGCAGAT
CCAAGTGGAAGTTGGCATGATTGTGGACTTGACTACACCAAGTGCAATGCAACTCAGATC
CAGTTCTTGCAAG*TTTCAG*ACTCGTATGGTAAATTTAATCAAAG
TTTC

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR1B749JQ 819 0 0
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TCCGGATTTTTATAACTGGAATAGAGTGAAATGTTTGAGTGATGCTGGCTTTTTCCTTGA
CTCCATCGATGTCTCTGGAGGTCGATCTCTTAGGCGTTTATATGCTGGTGTGGTGAAGTT
ACAGAATTTGGAAACAAAGCTCTCTAAGGAGTGTCTAAACCGTCTTAATCCAACTTCGTG
TTTTTTCCCACAAAACCTAATCAACCAAATCAAGACTCCATTGTTTATTCTAAATACTGC
ATACGATTCGTGGCAGATCCAAGAGAGTTTAGCTCCCAAATCTGCAGATCCAAGTGGAAG
TTGGCATGATTGTGGACTTGACTACACCAAGTGCAATGCAACTCAGATCCAGTTCTTGCA
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AGTGTTCCTTAATTCGTGCTTTGCTCATTGCCAAACAGAGAGGCATGACACATGGTATTC
CAAAAACTCTCCTGCGGTTAACAACAAGGGGATTGCAGTAGCTGTGGGAGATTGGTATTT
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TTTAGTCTTTAGAGGATAATTTAGTCCTTTTGTTTTGCATCCAAATCCTTATTCCTTCTT
TAAAGACCATCACTTATCCATGCAAACAATGAAAGAAAA

QA 1 819 1 819
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1BA46TF U 1
AF RR1BA46JQ C 369
BS 1 741 RR1BA46TF
BS 742 885 RR1BA46JQ

RD RR1BA46TF 741 0 0
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TATCCGTTCTCTACACCCAGAGCATTCTAGTACTAAGACAGAGACTGTTGCTGGAGATGA
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TTGCCGCTTCCTGTCGGGTCAGTTCTAGTGCTAAAGGGGAATGGTGCCGATGTAGCTAAG
CATTGTGTACCTGCGGTTCCCAAGAAGAGGATATCGATCGCGTTTAGGAAAATGGACGAG
TCGAAAAGACCAGTCGGGTACACCCCGGAACCTTATCTGGAAGGGATCAAGCCGTTGCCA
TATGAACCGACCACCAAGCTGAGTACTCCTCCTGCTGTTGCAGCCATTAGCTCTTCAAGA
TGGGGCAACGACCAAAATGGTACTAACTACAACAGTGGAGGAGGCGGACACAGAGAAAGA
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TCATCAAACCGAAGAAGAGGA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1BA46JQ 517 0 0
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CGACCAAAATGGTACTAACTACAACAGTGGAGGAGGCGGACACAGAGAAGGACGCAAGCA
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ATGTTTGTAATACGAACTTAATTATTGATTTTACCAC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 2

CO CL8034Contig1 560 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR1A403JQ C 1
AF RR1A403TF U 56
BS 1 55 RR1A403JQ
BS 56 560 RR1A403TF

RD RR1A403JQ 560 0 0
GAAACCAGTGTATGTTGTGGGTGCTGAAAGGTGTAGATGGAAATTCTCAGACTTCCAGAA
GACCCTCCGTGAAAGAGGAGCTGTTCGGCCTTTAACCGGCAAAGAAGATGTAATTCTATT
CCAGATTTTTTGGGTTTTTTTTTACTACATAATTCTATTCCTTGTCGGTTTTGTTTTTGT
GAATACTGACGTTAACTTGTACGTGGTTCATATATATATCAAGATGGTTGAGAAGTGGAG
TTATACTCCTCTTAACGACAACGCAGAAGCTGCAAAGCGTGTGATTTTAGATCTGGCTGA
GCGTGGATGGAAAATTGAGGCGTGAGACAAGCTTACCATAGTATATTTGTTTTTCCTCTT
AGCAAGAATATAGACTAAAGTAATTACTTTCAGGTTGGAAATTAGCATATGATCTTTTTG
AAGATTGAATCATACGCTCAAGGTCCTAGACTTAGCGTTAAACTAGTAGTGATAGGATTT
TGTTAGTTCTTTGTTTTTTTGTTTCCCATTTGGATCTACTGGTTTGTTGGAATTTTGGAA
TAAAGTTTTTGAATTTTATT

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1A403TF 505 0 0
CAGAAGACCCTCCGTGAAAGAGGAGCTGTTCGGCCTTTAACCGGCAAAGAAGATGTAATT
CTATTCCAGATTTTTTGGGTTTTTTTTTACTACATAATTCTATTCCTTGTCGGTTTTGTT
TTTGTGAATACTGACGTTAACTTGTACGTGGTTCATATATATATCAAGATGGTTGAGAAG
TGGAGTTATACTCCTCTTAACGACAACGCAGAAGCTGCAAAGCGTGTGATTTTAGATCTG
GCTGAGCGTGGATGGAAAATTGAGGCGTGAGACAAGCTTACCATAGTATATTTGTTTTTC
CTCTTAGCAAGAATATAGACTAAAGTAATTACTTTCAGGTTGGAAATTAGCATATGATCT
TTTTGAAGATTGAATCATACGCTCAAGGTCCTAGACTTAGCGTTAAACTAGTAGTGATAG
GATTTTGTTAGTTCTTTGTTTTTTTGTTTCCCATTTGGATCTACTGGTTTGTTGGAATTT
TGGAATAAAGTTTTTGAATTTTATT

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

CO CL8035Contig1 901 2 2 U
GTCGGGAAGGAAGGAGGAAAAACTGATTCTAGGATCGGGTTTGAGCAGTTACTAGTTTCA
ATGGGGCACCAATCTTGTGGTGCGTTGACATTATGGAATTACCCTAACTGGATGAGGAAC
CTTGTGGCTCAAGATATCGATGGAGAAGATAGACCTAACCCTATAGATATGGCTGCCTTG
GAGATTTATAGGGATCGGGAGAGAGGAGTTCCTCGATACAATGAATTCAGAAAGAATCTG
CTGATGAGTCCTATCAAGAAATGGGAAGATCTAACAGATGATGAAGAAGCTATCCATGCT
TTAAAGGAAGTGTATGAAGATGATATAGACAAGGTTGATGTAAACGTGGGGTTGCACGCA
GAGAAGAAGATCAAAGGCTTCGCCATTAGTGAAACTGCTTTCTTCATCTTCCTCCTCATT
GCTTCCAGGAGGTTAGAAGCAGATCGTTTTTTCACGACCAATTTCAACGAGAAGACGTAT
ACTAAAGAAGGACTAGAGTGGGTTAATACAACAGAGACTTTGAAGGATGTAATAGACCGA
CACTTCCCGAACTTAACGAACCAGTGGATGCGATGCACAAGCGCCTTCTCTGTCTGGAGC
TCAGATCCTGACCCTACGAATTGGGTTCCTTTGTGCCTCCGATCCGCGCCATAAGCCGTT
AGATGTGGTGCAGGTGTATTTTTCACGTGGTTTGGTCCTTGGTATATATATGTCTTTTTG
GGTATGGTTTGCTTTTATAAATAATGATTTCTTATAAACCCAAATCCTGAGTGAGAGTGA
GAACCACACCTTTGCTTGTACAACTCTGTAACAGAACAGAGAGAAGCCCAAGTATTATGT
AGAGAGTGAGAACCAGATTCATGCATCACATAAATAAGATAAGGTGACTATGCCATTACT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1EQ43TF U 1
AF RR1EQ43JQ C 245
BS 1 748 RR1EQ43TF
BS 749 901 RR1EQ43JQ

RD RR1EQ43TF 748 0 0
GTCGGGAAGGAAGGAGGAAAAACTGATTCTAGGATCGGGTTTGAGCAGTTACTAGTTTCA
ATGGGGCACCAATCTTGTGGTGCGTTGACATTATGGAATTACCCTAACTGGATGAGGAAC
CTTGTGGCTCAAGATATCGATGGAGAAGATAGACCTAACCCTATAGATATGGCTGCCTTG
GAGATTTATAGGGATCGGGAGAGAGGAGTTCCTCGATACAATGAATTCAGAAAGAATCTG
CTGATGAGTCCTATCAAGAAATGGGAAGATCTAACAGATGATGAAGAAGCTATCCATGCT
TTAAAGGAAGTGTATGAAGATGATATAGACAAGGTTGATGTAAACGTGGGGTTGCACGCA
GAGAAGAAGATCAAAGGCTTCGCCATTAGTGAAACTGCTTTCTTCATCTTCCTCCTCATT
GCTTCCAGGAGGTTAGAAGCAGATCGTTTTTTCACGACCAATTTCAACGAGAAGACGTAT
ACTAAAGAAGGACTAGAGTGGGTTAATACAACAGAGACTTTGAAGGATGTAATAGACCGA
CACTTCCCGAACTTAACGAACCAGTGGATGCGATGCACAAGCGCCTTCTCTGTCTGGAGC
TCAGATCCTGACCCTACGAATTGGGTTCCTTTGTGCCTCCGATCCGCGCCATAAGCCGTT
AGATGTGGTGCAGGTGTATTTTTCACGTGGTTTGGTCCTTGGTATATATATGTCTTTTTG
GGTATGGTTTGCTTTTATAAATAATGAT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1EQ43JQ 657 0 0
TGAGTCCTATCAAGAAATGGGAAGATCTAACAGATGATGAAGAAGCTATCCATGCTTTAA
AGGAAGTGTATGAAGATGATATAGACAAGGTTGATGTAAACGTGGGGTTGCACGCAGAGA
AGAAGATCAAAGGCTTCGCCATTAGTGAAACTGCTTTCTTCATCTTCCTCCTCATTGCTT
CCAGGAGGTTAGAAGCAGATCGTTTTTTCACGACCAATTTCAACGAGAAGACGTATACTA
AAGAAGGACTAGAGTGGGTTAATACAACAGAGACTTTGAAGGATGTAATAGACCGACACT
TCCCGAACTTAACGAACCAGTGGATGCGATGCACAAGCGCCTTCTCTGTCTGGAGCTCAG
ATCCTGACCCTACGAATTGGGTTCCTTTGTGCCTCCGATCCGCGCCATAAGCCGTTAGAT
GTGGTGCAGGTGTATTTTTCACGTGGTTTGGTCCTTGGTATATATATGTCTTTTTGGGTA
TGGTTTGCTTTTATAAATAATGATTTCTTATAAACCCAAATCCTGAGTGAGAGTGAGAAC
CACACCTTTGCTTGTACAACTCTGTAACAGAACAGAGAGAAGCCCAAGTATTATGTAGAG
AGTGAGAACCAGATTCATGCATCACATAAATAAGATAAGGTGACTATGCCATTACTC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL8036Contig1 987 2 4 U
GACGGACCATACAGGTCATTTAACTACCCATGGCAGAACTATGTCAAGCTCAGTGGTGCT
CTCAAGCATTGTGCGTTCACTGTGATGTCATTGCACGGCTGCATTCTCTCAGAAATCCAG
GCACCTGAAGAAAGGAGACAAGTTTTCCGACAAGAACTTCAAAGAGTTGGCGTAGAAGGA
GCCAGGTTGTTAAGAGAGCTCGGCGAAAAGGTGAAGAAGATGGAGAAGCTAGGACCAGAC
GACATGCTCTTCGAAGTCCACTTAGCTGCCGAAGAACTACAACACAAGATCGACAAGAAA
TCTTACCTTCTCGTCAACTCCGAACGCTGGGAGATCGGAAACAGATCACGGTCAGAGCCG
CAAGACCTACTCTCCCTCGAAGATTCAGATCCACCAGAGAACCACAAGTCTCCCATCTAC
GCCTTCAAGTCTCAAAGCGAGGCGGTTCTTGAGATACCCAAGAGCTGGGGAGAGAAGAAT
CACCGCGAGCCGTTGAATCACAGGCCTACTTTCTCGAAACAGGTGTCGTGGCCTGCACGG
CTTGTGCTTCCCACGCATGGAGACGACGAACGGGAACTATCAGCTTATGGAGACGACGGA
GACGTACGAGAGCGCGAGTGCCTTGTCTCTGGCGACGCTCGCATCGCTTCTCATAGAGTT
TGTTGCGAGGTTGCAGACAGTGGTCAACGCGTTCGAGGAGTTGAGCTTGATAGCTAATTT
CAAGGAGCCGGAGTTGGTGACGTCGGAGACGGATGTAGAGTTTGACGGAGAAAGAGATGG
ACTTGGTCGGAAGATACGCCGGTGTTTCGGGGTGTAAGTTTTTTTTTTGTTTGAAAAAGT
TGCATCGGCGTTTCAGTTACACGCGCGAGAGATAAATAGAGTTTAAACTGTTAATTGTAA
GCTAAGTAACCCAACATGTACGACTAAACTAGCTAATAATGGTAACACAAAACAGAGGCG
TTTATAACTATTGGATCATTCATATAC


BQ
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AF RR1EE85TF U 1
AF RR1EE85JQ C 293
BS 1 791 RR1EE85TF
BS 792 792 RR1EE85JQ
BS 793 805 RR1EE85TF
BS 806 987 RR1EE85JQ

RD RR1EE85TF 805 0 0
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GACATGCTCTTCGAAGTCCACTTAGCTGCCGAAGAACTACAACACAAGATCGACAAGAAA
TCTTACCTTCTCGTCAACTCCGAACGCTGGGAGATCGGAAACAGATCACGGTCAGAGCCG
CAAGACCTACTCTCCCTCGAAGATTCAGATCCACCAGAGAACCACAAGTCTCCCATCTAC
GCCTTCAAGTCTCAAAGCGAGGCGGTTCTTGAGATACCCAAGAGCTGGGGAGAGAAGAAT
CACCGCGAGCCGTTGAATCACAGGCCTACTTTCTCGAAACAGGTGTCGTGGCCTGCACGG
CTTGTGCTTCCCACGCATGGAGACGACGAACGGGAACTATCAGCTTATGGAGACGACGGA
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CAAGGAGCCGGAGTTGGTGACGTCGGAGACGGATGTAGAGTTTGACGGAGAAAGAGATGG
ACTTGGTCGGA*GATACGCCGGTGT

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR1EE85JQ 695 0 0
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CCATCTACGCCTTCAAGTCTCAAAGCGAGGCGGTTCTTGAGATACCCAAGAGCTGGGGAG
AGAAGAATCACCGCGAGCCGTTGAATCACAGGCCTACTTTCTCGAAACAGGTGTCGTGGC
CTGCACGGCTTGTGCTTCCCACGCATGGAGACGACGAACGGGAACTATCAGCTTATGGAG
ACGACGGAGACGTACGAGAGCGCGAGTGCCTTGTTTCTGGCGACGCTCGCATCGCTTCTC
ATAGAGTTTGTTGCGAGGTTGCAGACAGTGGTCAACGCGTTCGAGGAGTTGAGCTTGATA
GCTAATTTCAAGGAGCCGGAGTTGGTGACGTCGGAGACGGATGTAGAGTTTGACGGAGAA
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GAAAAAGTTGCATCGGCGTTTCAGTTACACGCGCGAGAGATAAATAGAGTTTAAACTGTT
AATTGTAAGCTAAGTAACCCAACATGTACGACTAAACTAGCTAATAATGGTAACACAAAA
CAGAGGCGTTTATAACTATTGGATCATTCATATAC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL8037Contig1 490 2 1 U
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CTTTTAAAAAACCTTGTTCCATTAAGCAAACTTCTGTCTTTTTTTAATCTATGGATGTTG
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ACTGTTAGGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AF57JQ C 1
AF RR1AF57TF U 1
BS 1 490 RR1AF57TF

RD RR1AF57JQ 490 0 0
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TAAAGTCTCATTCAAACTTGGAACGGAGAGCTACACGGTTGATGCAGTCCAAGGTGATAC
TGTCGTAGACCAATTGGTTTCGATGAAAGAGGAAAGTATGAAGATACTCAAGGAGTTTAT
TACAAAGCATAATGTTCCTGATCATGTCCCCGACGAAAGTGTGTCTGATGAAGGAGATGA
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CTTTTAAAAAACCTTGTTCCATTAAGCAAACTTCTGTCTTTTTTTAATCTATGGATGTTG
TTGTTGCATATGTTAGCTGTTTGTGGAACAGTTCTGTTTATCTGAGAGAAGAATATGAAA
ACTGTTAGGG

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR1AF57TF 490 0 0
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AGGCTTGATAATGGAGATTGAGACTCACGACTCAGTAGTAGTACCTGGGAAGAATCTAGT
TAAAGTCTCATTCAAACTTGGAACGGAGAGCTACACGGTTGATGCAGTCCAAGGTGATAC
TGTCGTAGACCAATTGGTTTCGATGAAAGAGGAAAGTATGAAGATACTCAAGGAGTTTAT
TACAAAGCATAATGTTCCTGATCATGTCCCCGACGAAAGTGTGTCTGATGAAGGAGATGA
GGATGATGCTGTCAAATGTCCTGTGAAGCCCAAGAAGACAAAGATTTGATATGTGTCCTC
CTTTTAAAAAACCTTGTTCCATTAAGCAAACTTCTGTCTTTTTTTAATCTATGGATGTTG
TTGTTGCATATGTTAGCTGTTTGTGGAACAGTTCTGTTTATCTGAGAGAAGAATATGAAA
ACTGTTAGGG

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 2

CO CL8038Contig1 635 2 2 U
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CGGTTGTCTGAATTCAGAACAACAAGAGCTCTTCTCACCAGATGCAGAGTTCTCTGGCAG
GTGCAACCAAATCTCCAAAGCTGCTCGGGAAATGGCAAACTCGGGTGTAGGCGAGACAAC
TATATCACTAGACGATGACATGTGGCTCAACAGCGACTCACAGAAGGAGAAGAAACGGTT
CATTGCTTATTCTCCCATCACAGAGACAGATGATTCAGACAGGGAACATGAAGAAGAACT
CACAAAGTTTGTCTCCAAAGTGCGTCGCAAAGACAGTGATGTTGATGTTTGTGGAGGAGG
ATCAGGAGGCCTTGAGGTGTTGGATGATATGTCTCCGGTGGAGATTTGCTTCGAAGACCG
TGATGCGAGTTTGGATATGAAAGCTTTGTTTATGTGCAAGGCGCTCGTCTCTCAATGGCA
AGATAGTTCTACTCCTTATCAAGACTTTCTTTCTCAGTACCATCTCCATAAATGAGTTAA
TAAGTCTTGTATACACACACACACAACGGCTTTGTTTTGTCTTCGTCGACCAATTTTGTT
ATCACTGATAAATTTAATATATGCTTTCTTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G445TF U 1
AF RR1G445JQ C 90
BS 1 601 RR1G445TF
BS 602 635 RR1G445JQ

RD RR1G445TF 601 0 0
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CGGTTGTCTGAATTCAGAACAACAAGAGCTCTTCTCACCAGATGCAGAGTTCTCTGGCAG
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TATATCACTAGACGATGACATGTGGCTCAACAGCGACTCACAGAAGGAGAAGAAACGGTT
CATTGCTTATTCTCCCATCACAGAGACAGATGATTCAGACAGGGAACATGAAGAAGAACT
CACAAAGTTTGTCTCCAAAGTGCGTCGCAAAGACAGTGATGTTGATGTTTGTGGAGGAGG
ATCAGGAGGCCTTGAGGTGTTGGATGATATGTCTCCGGTGGAGATTTGCTTCGAAGACCG
TGATGCGAGTTTGGATATGAAAGCTTTGTTTATGTGCAAGGCGCTCGTCTCTCAATGGCA
AGATAGTTCTACTCCTTATCAAGACTTTCTTTCTCAGTACCATCTCCATAAATGAGTTAA
TAAGTCTTGTATACACACACACACAACGGCTTTGTTTTGTCTTCGTCGACCAATTTTGTT
A

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1G445JQ 546 0 0
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ATGATTCAGACAGGGAACATGAAGAAGAACTCACAAAGTTTGTCTCCAAAGTGCGTCGCA
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TTATGTGCAAGGCGCTCGTCTCTCAATGGCAAGATAGTTTTACTCCTTATCAAGACTTTC
TTTCTCAGTACCATCTCCATAAATGAGTTAATAAGTCTTGTATACACACACACACAACGG
CTTTGTTTTGTCTTCGTCGACCAATTTTGTTATCACTGATAAATTTAATATATGCTTTCT
TCTCCC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8039Contig1 710 2 5 U
GGGTATAACACATGAAACTTTATTTACTTTATACACAAACACAAGTGAAAGACATGATTG
TTTTTTGGTCATCTCACCCACGCAAATATAAGCCCCGTCTCATATCTAATTTAACACATC
CTCTCTTGTAAAAATACTAAAGAAAATAAACCCGAAAAGTGTATAAACCAGTATCATTTT
CTTGAGACAATTACTAATAATATACGTAGGATGATGATATGTAAATATCTCTTTATGGAT
ATGGTAAAAGTGAACTTTTAGTCTGTGTCTTCGTATTGTTGTTTTTTGTTGTCTTTAATC
CCAAGGAAACGAATTCAAGGGTTTTGCTCATCAAAAATGTCCAAAAGAAAAAGAACCTCA
GGGACGGTGAGCTCGAGGCGGAACTTAGGGCCGTCGTAGTGGTGGAGAATAGGACGGAAA
GAATCTTCTTCCAAAGGCAAACAAACTTTCCTGGTGATGGCCCTGACCTGAGCAGGGAAC
CGAGACTCGCCAGGACATTTCTTGTCTTCAAAAGAGTTGAGCTCAATGTTAGTCCCACCG
AAGCTAGCGGCCTGGTAAACACCGTGGAGCTGGTGAGTGGAGTAGTTGTAGAGGAAGAGA
GGAAGACCGGGAGTGATGGCTCTGACCGAGTCCCTGTATCTCGGAGGCAAACCGAAAAGC
TGGCGCTTCAGATTCTCCTCCATGGTGTCGTTGTTGCAGACAAAGATGTA


BQ
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AF RR1GR60JQ U 148
AF RR1DN40JQ U 1
BS 1 371 RR1DN40JQ
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BS 373 514 RR1DN40JQ
BS 515 515 RR1GR60JQ
BS 516 710 RR1DN40JQ

RD RR1GR60JQ 448 0 0
AAACCCGAAAAGTGTATAAACCAGTATCATTTTCTTGAGACAATTACTAATAATATACGT
AGGATGATGATATGTAAATATCTCTTTATGGATATGGTAAAAGTGAACTTTTAGTCTGTG
TCTTCGTATTGTTGTTTTTTGTTGTCTTTAATCCCAAGGAAACGAATTCAAGGGTTTTGC
TCATCAAAAATGTCCAAAAGAGAAAGAACCTCAGGGACGGTGAGCTCGAGGCGGAACTTA
GGGCCGTCGTAGTGGTGGAGAATAGGACGGAAAGAATCTTCTTCCAAAGGCAAACAAACT
TTCCTGGTGATGGCCCTGACCTGAGCAGGGAACCGAGACTCGCCAG*ACATTTCTTGTCT
TCAAAAGAGTTGAGCTCAATGTTAGTCCCACCGAAGCTAGCGGCCTGGTAAACACCGTGG
AGCTGGTGAGTGGAGTAGTTGTAGAGGA

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR1DN40JQ 710 0 0
GGGTATAACACATGAAACTTTATTTACTTTATACACAAACACAAGTGAAAGACATGATTG
TTTTTTGGTCATCTCACCCACGCAAATATAAGCCCCGTCTCATATCTAATTTAACACATC
CTCTCTTGTAAAAATACTAAAGAAAATAAACCCGAAAAGTGTATAAACCAGTATCATTTT
CTTGAGACAATTACTAATAATATACGTAGGATGATGATATGTAAATATCTCTTTATGGAT
ATGGTAAAAGTGAACTTTTAGTCTGTGTCTTCGTATTGTTGTTTTTTGTTGTCTTTAATC
CCAAGGAAACGAATTCAAGGGTTTTGCTCATCAAAAATGTCCAAAAGAAAAAGAACCTCA
GGGACGGTGAGTTCGAGGCGGAACTTAGGGCCGTCGTAGTGGTGGAGAATAGGACGGAAA
GAATCTTCTTCCAAAGGCAAACAAACTTTCCTGGTGATGGCCCTGACCTGAGCAGGGAAC
CGAGACTCGCCAGGACATTTCTTGTCTTCAAAAGCGTTGAGCTCAATGTTAGTCCCACCG
AAGCTAGCGGCCTGGTAAACACCGTGGAGCTGGTGAGTGGAGTAGTTGTAGAGGAAGAGA
GGAAGACCGGGAGTGATGGCTCTGACCGAGTCCCTGTATCTCGGAGGCAAACCGAAAAGC
TGGCGCTTCAGATTCTCCTCCATGGTGTCGTTGTTGCAGACAAAGATGTA

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL8040Contig1 1106 2 2 U
GGAAATCACGTTGATCCAAGAAAAAAATAAAAATAAAAGCTCTCTCCGAAGTCATAAACA
CAATGAGAGTAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGAAGGATCAATGAGTAGGAGAAGCAGTCTCT
CGAGTTTCCTCAGAGTCTTATCTTCTTACAACTCCAATGTCCTCTTGGCTGCTCTCGTCT
TCCTTCTATTAGTCGTCCTCTTCGTCTTGCTTCTCCATTTCTACGCCCGCTATTTCTGGT
CACACTCCGACCAAGAATTCTCCTCAGCTCGACGCCGCCTTAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
CCGTTACAAGACTCATACCTTCAGTTCCACTAGGAGGTTTAGACGGTGGAGTTTCTCCTT
CTGCTGCTGCTGCTGCTGCAACAAGCGATGACAAAGGTTTGGATTCTTCAGTGATTTCTT
CGATTCCTCTGTTCGTGTACGAAGACGACGAGAAAGAAGACGAAGAAGAAGAGGAGTGTG
TGATATGTCTTGGTTTGTGGGAAGCGGGAGATGTCGGAAGAAAGCTGAGAAATTGCGGAC
ATGCGTTTCACGTTGAGTGTATAGACATGTGGCTGTCTTGTCACTCTACTTGTCCTCTCT
GTAGATCCCCTGTTCTCCCAGCTTCAGTTCAAGACAACCTCAAGCCGCCGGCCATTAATG
GCGTAGAAGAAGAAGAAGAAGCAGAGGTTAGACTACAACTGTTTCCACCCGGAGGAGAAG
AAAACGACGCCGCTGCCGATGATGATGATCGGAGATTTTCACTGTCGCTTACTGTGATGG
AAGATAATCTCAAAACAGGGGTTGACGTGGAAGGAGAGGTTAGAATTGAAGTGTTGGATG
AGGAGATAGGATCAAGAGGTGATCGGAAATCAACGTTTTCGGTGGCGTCATCAGCATCGA
GTTCGTTGATGAGGATGTTGAGTAGTAGAAGTAGACCGGAGTATAGCAAGTTGTTCCCGA
CGCAAGATTCCTCTCCGTAACAATAAATATATAAACAATTGTCTTGCAAACAGTTTTGGA
AATGTAAAATGAATAAACAAAGCCTTGTAGTTAATCTAGTTGATTAAGCTTCGGTTGAAG
AAGCTAATGATTATGATTACGACATG


BQ
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AF RR1BC20TF U 1
AF RR1BC20JQ C 388
BS 1 674 RR1BC20TF
BS 675 1106 RR1BC20JQ

RD RR1BC20TF 674 0 0
GGAAATCACGTTGATCCAAGAAAAAAATAAAAATAAAAGCTCTCTCCGAAGTCATAAACA
CAATGAGAGTAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGAAGGATCAATGAGTAGGAGAAGCAGTCTCT
CGAGTTTCCTCAGAGTCTTATCTTCTTACAACTCCAATGTCCTCTTGGCTGCTCTCGTCT
TCCTTCTATTAGTCGTCCTCTTCGTCTTGCTTCTCCATTTCTACGCCCGCTATTTCTGGT
CACACTCCGACCAAGAATTCTCCTCAGCTCGACGCCGCCTTAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
CCGTTACAAGACTCATACCTTCAGTTCCACTAGGAGGTTTAGACGGTGGAGTTTCTCCTT
CTGCTGCTGCTGCTGCTGCAACAAGCGATGACAAAGGTTTGGATTCTTCAGTGATTTCTT
CGATTCCTCTGTTCGTGTACGAAGACGACGAGAAAGAAGACGAAGAAGAAGAGGAGTGTG
TGATATGTCTTGGTTTGTGGGAAGCGGGAGATGTCGGAAGAAAGCTGAGAAATTGCGGAC
ATGCGTTTCACGTTGAGTGTATAGACATGTGGCTGTCTTGTCACTCTACTTGTCCTCTCT
GTAGATCCCCTGTTCTCCCAGCTTCAGTTCAAGACAACCTCAAGCCGCCGGCCATTAATG
GCGTAGAAGAAGAA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR1BC20JQ 719 0 0
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ACGAGAAAGAAGACGAAGAAGAAGAGGAGTGTGTGATATGTCTTGGTTTGTGGGAAGCGG
GAGATGTCGGAAGAAAGCTGAGAAATTGCGGACATGCGTTTCACGTTGAGTGTATAGACA
TGTGGCTGTCTTGTCACTCTACTTGTCCTCTCTGTAGATCCCCTGTTCTCCCAGCTTCAG
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TTAGACTACAACTGTTTCCACCCGGAGGAGAAGAAAACGACGCCGCTGCCGATGATGATG
ATCGGAGATTTTCACTGTCGCTTACTGTGATGGAAGATAATCTCAAAACAGGGGTTGACG
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AATCAACGTTTTCGGTGGCGTCATCAGCATCGAGTTCGTTGATGAGGATGTTGAGTAGTA
GAAGTAGACCGGAGTATAGCAAGTTGTTCCCGACGCAAGATTCCTCTCCGTAACAATAAA
TATATAAACAATTGTCTTGCAAACAGTTTTGGAAATGTAAAATGAATAAACAAAGCCTTG
TAGTTAATCTAGTTGATTAAGCTTCGGTTGAAGAAGCTAATGATTATGATTACGACATG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL8041Contig1 540 2 3 U
GATAGTTTGCAAGAACGACTAGATCCGAATTTTGTATTGTAAAGAAAATCAACTTAGCAA
ATTTTTTTTTTCGAAACCTAGCAAAAAAGAAAATTACTTAAAGTTCGTATCAAACATAAA
ATTGGTAGTTTGGCCCGGCTTTTAACCCGCCGATATACATTTCTTTTTAAAAAAAAAAAT
ACATGCCTAACCACTTGATTCAGACTGTTTCAACTAATTTAAACTCACAACTCTCTTTTT
TTTTTTGGAACTCAAACTCACAACTCTCTTGGGATTACATTTTAAAAACTTTTATATATT
ATCCTTTACTAATATCTAATGTGGTTTTTGGCTATCTCCTTTACAACCAGTTCTGTTTAA
TAATAAATAGCAACAAGAGTATAGGGCACGTGAAATTTACAATGTACTATAATTCCTAAT
TGATTACTCACTCAAAACTTGTATTCGAATTAGTAGGATGATGAGTGACGAGTTTGATGA
CGATGACCTTAAAAGTGTAATTGGGTGATAATACACAAGAAAATGTTAAATATTTTGACC


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AF RR1A927JQ C 1
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QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

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AF RR1F434JQ C 1
AF RR1F434TF U 1
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QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

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AF RR1A742TF U 1
AF RR1A742JQ C 205
BS 1 708 RR1A742TF
BS 709 1060 RR1A742JQ

RD RR1A742TF 708 0 0
GGATAGAAAGACCCTCGACCTTCTTCTCTCCAAAGGCGACTTTTTTAGAGCTTCAAATCC
GCCGGCGCGTGACCTGCGCGTCCGTTGCCGGCCACCCCCCTTTTTCCCTATCTCCTTTTT
ATTTGCTCACCTCCTTCTTTTCCTGTTGGTGTTGATATGTTGGAAGCACTGGTTAAGGTC
TCGCCGACGGCTCCTTAGTTTTGCTTAGGGGAGAGCTTGCTCTGATGTCTTGAGATTCTT
CACTGGTGTAACTACGAGGCGTCGCAGGTTCTAAAGCAGGTTGAGTCGGCTTTGTTGGGT
TTGACTTTCGGCAGATCTGATTTTCTCTTTCTAGATCTGTTTGGAATCATAGCGGTAACG
GCGTGTGACGTGTTATTGCCTCCCTCTTTTAGTTTTCAAATGGATTTTGTTGCGGAGTGT
GTTGTTGTGGAGTTTCCTGGTTGTTGAAACTTACTGTCTTGTTTTGGGTCTTAGAAATAC
AGATTTTTAAACTGATTTAGCAGACTTTCCTCTTTGGTGTTGAGTTCAGTGATTGCTTGC
TGTGTGTTCTTTCTTTTCCTAGAATGTGTCAGGAGAGATTGAGCTAGAATGTGTCGGGTT
ATGAAGTCTCAGGTTTCGTGGACGTTATCGATTGGCGTGCGTAGGCAGCAGCGATAAGTC
GTGTGGTGTGGGTGTTAGAAGTGGAAGTTATCGTGTGTGGCGTGCTAT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR1A742JQ 856 0 0
TTAGGGGAGAGCTTGCTCTGATGTCTTGAGATTCTTCACTGGTGTAACTACGAGGCGTCG
CAGGTTCTAAAGCAGGTTGAGTCGGCTTTGTTGGGTTTGACTTTCGGCAGATCTGATTTT
CTCTTTCTAGATCTGTTTGGAATCATAGCGGTAACGGCGTGTGACGTGTTATTGCCTCCC
TCTTTTAGTTTTCAAATGGATTTTGTTGCGGAGTGTGTTGTTGTGGAGTTTCCTGGTTGT
TGAAACTTACTGTCTTGTTTTGGGTCTTAGAAATACAGATTTTTAAACTGATTTAGCAGA
CTTTCCTCTTTGGTGTTGAGTTCAGTGATTGCTTGCTGTGTGTTCTTTCTTTTCCTAGAA
TGTGTCAGGAGAGATTGAGCTAGAATGTGTCGGGTTATGAAGTCTCAGGTTTCGTGGACG
TTATCGATTGGCGTGCGTAGGCAGCAGCGATAAGTCGTGTGGTGTGGGTGTTAGAAGTGG
AAGTTATCGTGTGTGGCGTGCTATAGGCAGCAACGATATTTCCCCGATCATTGGTCTTTA
CTCGGGTTGAAAGTCTGTGGAATTGTTGTTTAAAACTCCTCTGTAGTAGTTTATATGAGT
TCTGGATTATTTTTAAGCTTTGTTCCAGTTAGCTGCCCCGGTGTGGGTTTAAGTCATCCC
GTTGTGGATTCAAGCTGCCGCTTCTTATGGGCTTTCGGTACTGGGTGAGCCGGTTGTTTT
GGTCTCTGTTTTATAATGCTCTGTTTTCTCTTTCTTTACTATGTTTTTGGTGGGTTGGTT
AGTAGTAGAACTACCACATGTTGTAATGAGGGTATAGGCGTTAGTGCCTTTGAATTATAA
TAAAACAACCTTGACG

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 2

CO CL8044Contig1 845 2 2 U
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ATCGGGAGTTGACCAACAACTATTCCAAACCGCTCAGCTTCCTGACAAACAAGTGTAGTA
CCAATCCCTGAGGCGTACATGGACGATTTTGCTGCATTAATGTGAAGACCCGACATTTTT
GCAAAGTCTTCCATTGTCTGCATTACTCCTCTGAGCGACTGAGCTGTGCCGTCTGTAAAA
ACCAGTAGATCATCTGCAAAGCTCAAATGCGTAAGCTTGACTGCTTGACATTGCGGGTGA
TAGCCAAAAGAGCCCTCCATTGCAGCTTTATTCAACATCTTGGACAGCACATTATTTAAA
ATAACATAGAGGTATGGAGACAGGGAGCACCCTTGCCTGATGCCTCTTGCACTAGTGAAG
AACCCCTCCAAATTTCCATTCACCGAAACTGAGAACGCAGCCGTTGATATGCAAATGCGG
ATCCAGTTGATAAATAGCATAGGGAGACCCATTGCTCTCAGCACTGATGTAATGAAAGAC
CATCTCACCGTGTCAAAGGCTTTGGAGATGTCAAACTTGACTGTGCATCTGTCCGAGTTT
GTCTTCTTATGATATCCATTAACGAGCTCTGATGCCAAAAAAACATTCTCCAATAATAGT
CTACCTTTGATAAAGGCACATTGATTGGATTCTATAGCGCTCGGAAGGATGGCCTTGAGC
CGTGTGGCCAAGATCTTGGAAATCACCTTGTATAAAAAGTTGCAGCAAGCAATTGGGCGG
TAGTCCTTCATTGTTTCTGCAGATTCTATCTTGGGGATTAGGGAGAGGATAGTAGCGTCG
ACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1CL85TF U 1
AF RR1CL85JQ C 201
BS 1 624 RR1CL85TF
BS 625 845 RR1CL85JQ

RD RR1CL85TF 624 0 0
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ATCGGGAGTTGACCAACAACTATTCCAAACCGCTCAGCTTCCTGACAAACAAGTGTAGTA
CCAATCCCTGAGGCGTACATGGACGATTTTGCTGCATTAATGTGAAGACCCGACATTTTT
GCAAAGTCTTCCATTGTCTGCATTACTCCTCTGAGCGACTGAGCTGTGCCGTCTGTAAAA
ACCAGTAGATCATCTGCAAAGCTCAAATGCGTAAGCTTGACTGCTTGACATTGCGGGTGA
TAGCCAAAAGAGCCCTCCATTGCAGCTTTATTCAACATCTTGGACAGCACATTATTTAAA
ATAACATAGAGGTATGGAGACAGGGAGCACCCTTGCCTGATGCCTCTTGCACTAGTGAAG
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ATCCAGTTGATAAATAGCATAGGGAGACCCATTGCTCTCAGCACTGATGTAATGAAAGAC
CATCTCACCGTGTCAAAGGCTTTGGAGATGTCAAACTTGACTGTGCATCTGTCCGAGTTT
GTCTTCTTATGATATCCATTAACG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1CL85JQ 645 0 0
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GCTCAAATGCGTAAGCTTGACTGCTTGACATTGCGGGTGATAGCCAAAAGAGCCCTCCAT
TGCAGCTTTATTCAACATCTTGGACAGCACATTATTTAAAATAACATAGAGGTATGGAGA
CAGGGAGCACCCTTGCCTGATGCCTCTTGCACTAGTGAAGAACCCCTCCAAATTTCCATT
CACCGAAACTGAGAACGCAGCCGTTGATATGCAAATGCGGATCCAGTTGATAAATAGCAT
AGGGAGACCCATTGCTCTCAGCACTGATGTAATGAAAGACCATCTCACCGTGTCAAAGGC
TTTGGAGATGTCAAACTTGACTGTGCATCTGTCCGAGTTTGTCTTCTTATGATATCCATT
AACGAGCTCTGATGCCAAAAAAACATTCTCCAATAATAGTCTACCTTTGATAAAGGCACA
TTGATTGGATTCTATAGCGCTCGGAAGGATGGCCTTGAGCCGTGTGGCCAAGATCTTGGA
AATCACCTTGTATAAAAAGTTGCAGCAAGCAATTGGGCGGTAGTCCTTCATTGTTTCTGC
AGATTCTATCTTGGGGATTAGGGAGAGGATAGTAGCGTCGACACC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL8045Contig1 504 2 1 U
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CTCATGACCGTCCACAAATCGGCCTCGTGGTAAAGATATTACAAGGAGACGAAGATGCAA
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TAGAATCACACATAAACCTTGCGTTGCTTGATTTGGAAGATGATGCAGCTTCCGATAGTA
GCCCTGAAGCTAGTAGTATCTCCGTTGAGGACTACTTGAAAGGGAGATGGAGCCGTACTG
ATAGCTTCAGTTTCAACTAATAATAGTTTAACTAGATTTTAGCTGTTTTGACGATGCAAG
CTATAAGTTGTGTGTAAATCTGTAATGGATTTTCTAAGGTTTTCAAGAATGTGTCAGTTT
AGAAAGAGTGAAGAGCTCTTGTAGGGAGGCCAAAATATTGACTGTTTTCTTTGTGTTTGT
GAAGGTATAAAATGTTTTTGAGCG


BQ
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AF RR1F214JQ C 1
AF RR1F214TF U 1
BS 1 504 RR1F214TF

RD RR1F214JQ 504 0 0
GCAGTAAAGATCTAATCGAGAAGCTATTGTTAGCTGCCACACTATGCATTAAACGCGCAC
CTCATGACCGTCCACAAATCGGCCTCGTGGTAAAGATATTACAAGGAGACGAAGATGCAA
CGGAATGGGGAAAGCAGCAAGTAAGAGCCTCAGAAGATGCAACAGCGTACTTGACAAACA
TAGAATCACACATAAACCTTGCGTTGCTTGATTTGGAAGATGATGCAGCTTCCGATAGTA
GCCCTGAAGCTAGTAGTATCTCCGTTGAGGACTACTTGAAAGGGAGATGGAGCCGTACTG
ATAGCTTCAGTTTCAACTAATAATAGTTTAACTAGATTTTAGCTGTTTTGACGATGCAAG
CTATAAGTTGTGTGTAAATCTGTAATGGATTTTCTAAGGTTTTCAAGAATGTGTCAGTTT
AGAAAGAGTGAAGAGCTCTTGTAGGGAGGCCAAAATATTGACTGTTTTCTTTGTGTTTGT
GAAGGTATAAAATGTTTTTGAGCG

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR1F214TF 504 0 0
GCAGTAAAGATCTAATCGAGAAGCTATTGTTAGCTGCCACACTATGCATTAAACGCGCAC
CTCATGACCGTCCACAAATCGGCCTCGTGGTAAAGATATTACAAGGAGACGAAGATGCAA
CGGAATGGGGAAAGCAGCAAGTAAGAGCCTCAGAAGATGCAACAGCGTACTTGACAAACA
TAGAATCACACATAAACCTTGCGTTGCTTGATTTGGAAGATGATGCAGCTTCCGATAGTA
GCCCTGAAGCTAGTAGTATCTCCGTTGAGGACTACTTGAAAGGGAGATGGAGCCGTACTG
ATAGCTTCAGTTTCAACTAATAATAGTTTAACTAGATTTTAGCTGTTTTGACGATGCAAG
CTATAAGTTGTGTGTAAATCTGTAATGGATTTTCTAAGGTTTTCAAGAATGTGTCAGTTT
AGAAAGAGTGAAGAGCTCTTGTAGGGAGGCCAAAATATTGACTGTTTTCTTTGTGTTTGT
GAAGGTATAAAATGTTTTTGAGCG

QA 1 504 1 504
DS 



AS 1 2

CO CL8046Contig1 1075 2 6 U
TTAAGGTAGGTAATCCTTCACTGCGGCGGCTAATAAGCGGAGCTGTGGCTGGAGCAGTTT
CGAGAACCGTGGTTGCTCCCTTGGAGACCATCAGGACGCATCTGATGGTGGGGAGTGGTG
GCAACTCGTCCACGGAAGTGTTTGGTGATATCATGAAGCATGAAGGTTGGACTGGTCTCT
TCAGGGGTAATTTGGTCAATGTCATTCGTGTCGCACCTGCTCGTGCCGTCGAGCTTTTTG
TATTCGAGACAGTGAACAAGAAACTGTCACCAGAACATGGAGAGCAATCCAAAATCCCAA
TCCCAGCTTCATTACTCGCTGGTGCTTGTGCTGGAGTTAGCCAAACTCTCTTGACTTACC
CTCTCGAACTAGTCAAGACTCGTCTTACCATTCAGAGAGGTGTTTACAAGGGGATATTCG
ATGCATTTGTGAAAATCATACGCGAGGAAGGACCCACAGAACTCTACAGGGGTCTTGCTC
CTAGTCTTATTGGAGTTGTTCCATATGCAGCCACCAACTACTTTGCATACGACTCCCTAA
GGAAAGCATACAGGAGTTTTTCAAAGCAAGAGAAGATTGGGAACATTGAGACTCTTCTGA
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AGCATATGCAGGTGGGAGCTGTTAGCGGGAGAGTTGTGTACAAGAACATGTTGGATGCTC
TGGTGAGCATACTTGAGCACGAAGGTATTCTCGGTTGGTACAAAGGTCTTGGACCTAGTT
GCTTGAAGCTGGTTCCTGCTGCTGGAATCTCATTCATGTGCTATGAAGCTTGCAAGAAGA
TACTGGTCGAGAACAACAACCAAGAAGCCTGAGTTTTGGAATTGCATGGACGCTCTCATG
GCGATTTTTTTTGGGTTTTATCAGAGCAACACAGTGCGTATATTAGGATTCATAGTTCTA
AATTTACACAATTGATGTTGAGGGGGATTACGGAAGATTTTCATTTTTACATTGTGTTGT
TGGATTCTGGACTGATCTGTTTTTGATTCAAATAAGTTTTATATGAGTTTACACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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AF RR1C719TF U 1
AF RR1C719JQ C 204
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TGGTGAGCATACTTGAGCAC

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DS 

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CA
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TACCATTCAGAGAGGTGTTTACAAGGGGATATTCGATGCATTTGTGAAAATCATACGCGA
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TGCAGCCACCAACTACTTTGCATACGACTCCCTAAGGAAAGCATACAGGAGTTTTTCAAA
GCAAGAGAAGATTGGGAACATTGAGACTCTTTTGATAGGTTCTTTAGCGGGTGCGCTATC
GAGCACCGCGACTTTCCCTCTGGAGGTTGCTCGGAAGCATATGCAGGTGGGAGCTGTTAG
CGGGAGAGTTGTGTACAAGAACATGTTGGATGCTCTGGTGAGCATACTTGAGCACGAAGG
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AATCTCATTCATGTGCTATGAAGCTTGCAAGAAGATACTGGTCGAGAACAACAACCAAGA
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GATTACGGAAGATTTTCATTTTTACATTGTGTTGTTGGATTCTGGACTGATCTGTTTTTG
ATTCAAATAAGTTTTATATGAGTTTACACT

QA 3 872 3 872
DS 



AS 1 2

CO CL8047Contig1 993 2 4 U
GATCGCCGAGAACGGTTGGAAGATGCTCGACAAATGGCTCGCGATTCAGGTCATCCCCAC
CACCAAGATCGGCATTCTCCAGCCGCTCGAAGAGATCTTCCTCCACTCCTGGGCTTACCC
TTTCTTCCTAGTCGCCGGAGATTACAAGAAGCTCTACGACTTCATCAGCGAGAACGCGGG
AGACGTCATCCGGTTGGGTGACGAGGAGTACGGGTTGACCCGGGACGAGACTGTCCATAA
CCTCCTCTTCAACTTGGGTTTCAACGCGTACGGGGGATTTTCCATCTTTTTACCGTCTCT
GATCGGAAAAATCGCCGGAGATACCACCGGTCTCCAGGAGAGGCTGAGGACCGAGGTGAG
GAAGGTCTGCGGGTCCGGTTCGGTTCTGAATTTCAGGACGGTTAACGAGATGGAGCTGGT
TAAGTCCGTGGTTTACGAAACGCTGCGTTTAAACCCGCCGGTTCCGTTGCAGTACGCGCG
CGCGAGGGATGATTTCAAGATAAGCTCGCACGACGCGGTTTACGAGGTCAAGAAAGGAGA
GCTTCTCTGCGGTTACCAGCCGCTGGTGATGAGAGACGCTAGCATCTTTGACGACCCGGA
GGAGTTTAAACCGGATCGGTTTGTAGGTGAGACCGGGTCCAAGTTGCTTAATTATCTGTT
CTGGTCTAATGGTCCACAAACCGGTACGCCGATCGCGTCGAACAAACAGTGTGCAGCCAA
AGAGATGGTTACTATCACGGCTGCCTTGATCATCGCCAATTTATTTCTCCGGTACGATAA
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CACTTCCTCCACGGTCTCATATCATATGTTTATGTTTGGAGTGTCGAATAAGATTTAAAC
TAAAATAATGCGAACTGTAACAGAAATTGCCAGAGGTATTTTCTGTTAAGTTTATCTGGT
AAGCGATATATAATATTTTTCATTTGGTTTTAG


BQ
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AF RR1FS21TF U 1
AF RR1FS21JQ C 298
BS 1 781 RR1FS21TF
BS 782 782 RR1FS21JQ
BS 783 798 RR1FS21TF
BS 799 993 RR1FS21JQ

RD RR1FS21TF 806 0 0
GATCGCCGAGAACGGTTGGAAGATGCTCGACAAATGGCTCGCGATTCAGGTCATCCCCAC
CACCAAGATCGGCATTCTCCAGCCGCTCGAAGAGATCTTCCTCCACTCCTGGGCTTACCC
TTTCTTCCTAGTCGCCGGAGATTACAAGAAGCTCTACGACTTCATCAGCGAGAACGCGGG
AGACGTCATCCGGTTGGGTGACGAGGAGTACGGGTTGACCCGGGACGAGACTGTCCATAA
CCTCCTCTTCAACTTGGGTTTCAACGCGTACGGGGGATTTTCCATCTTTTTACCGTCTCT
GATCGGAAAAATCGCCGGAGATACCACCGGTCTCCAGGAGAGGCTGAGGACCGAGGTGAG
GAAGGTCTGCGGGTCCGGTTCGGTTCTGAATTTCAGGACGGTTAACGAGATGGAGCTGGT
TAAGTCCGTGGTTTACGAAACGCTGCGTTTAAACCCGCCGGTTCCGTTGCAGTACGCGCG
CGCGAGGGATGATTTCAAGATAAGCTCGCACGACGCGGTTTACGAGGTCAAGAAAGGAGA
GCTTCTCTGCGGTTACCAGCCGCTGGTGATGAGAGACGCTAGCATCTTTGACGACCCGGA
GGAGTTTAAACCGGATCGGTTTGTAGGTGAGACCGGGTCCAAGTTGCTTAATTATCTGTT
CTGGTCTAATGGTCCACAAACCGGTACGCCGATCGCGTCGAACAAACAGTGTGCAGCCAA
AGAGATGGTTACTATCACGGCTGCCTTGATCATCGCCAATTTATTTCTCCGGTACGATAA
A*TAACCGGCGACGCCGG
AGTATCAG

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR1FS21JQ 696 0 0
TCTGATCGGAAAAATCGCCGGAGATACCACCGGTCTCCAGGAGAGGCTGAGGACCGAGGT
GAGGAAGGTCTGCGGGTCCGGTTCGGTTCTGAATTTCAGGACGGTTAACGAGATGGAGCT
GGTTAAGTCCGTGGTTTACGAAACGCTGCGTTTAAACCCGCCGGTTCCGTTGCAGTACGC
GCGCGCGAGGGATGATTTCAAGATAAGCTCGCACGACGCGGTTTACGAGGTCAAGAAAGG
AGAGCTTCTCTGCGGTTACCAGCCGCTGGTGATGAGAGACGCTAGCATCTTTGACGACCC
GGAGGAGTTTAAACCGGATCGGTTTGTAGGTGAGACCGGGTCCAAGTTGCTTAATTATCT
GTTCTGGTCTAATGGTCCACAAACCGGTACGCCGATCGCGTCGAACAAACAGTGTGCAGC
CAAAGAGATGGTTACTATCACGGCTGCCTTGATCATCGCCAATTTATTTCTCCGGTACGA
TAAAATAACCGGCGACGCCGGGAGTATCAAGACCGTTGTTAAAGCTACATGAGGAAGACT
CATCACTTCCTCCACGGTCTCATATCATATGTTTATGTTTGGAGTGTCGAATAAGATTTA
AACTAAAATAATGCGAACTGTAACAGAAATTGCCAGAGGTATTTTCTGTTAAGTTTATCT
GGTAAGCGATATATAATATTTTTCATTTGGTTTTAG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL8048Contig1 766 2 3 U
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GAAGCATGTTCAGAGAACCAAATACCAAATCCACACACAAGTCATTACAATAACAGAACT
AATCTGGCAAAATCAAACGCAAACAAGAATCAGACAGAACTCAAGCCTCACTCTTTTCCG
TCTCAGAAGTCGCGTCGTCTTTCGTAGCGTCCTCCACCGCTTCCTTGTTGGCAGCAGATC
GATCTTTCACCGTCTCAAGCATCCTTTTGCTAATCTCTTTGGAATAAACCTCGAGGAACT
TGATCCCGTCGTCATCATCGGACACGGCGTTCGACGCGACGCCGTACGCTTCCTCCTCGA
TGGATTTCGCGACGGCGGAGGCTTCGTCGGAGCAGAGGGTTCCGTATCTCTTGGAGAGGA
TGGACTCGGTGGATAGCGTCTCGATCAGGCGGTTCAGGACGGCGTCGCGAGTTTTCTGCG
TCGGCGGCCAAATGCGGAGAGAGATGGATCCTGGCTTTGCGACTGATTCTTCTTCCTTCT
TCAGATCTGCGGCTTTGGAGGATTCGTCTGATATCTGATCTGCCGTGGCGGACATTGCGG
TGGAGTCTTCTGATTCGTGCTGCGGAGGTGAGACGGTGGTGTTGATTGATTCGGCGGTTT
CTCCCATTTTTTTCAAAAGTGAATTCAGAGGAAAATTTTCGGAGATTTCTTTTGTTGGTT
TGGTGATGAGAGAGAGAGCGCGAGAGGAAAGGATCAGTTGTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG39JQ U 19
AF RR1CG39TF C 1
BS 1 26 RR1CG39TF
BS 27 542 RR1CG39JQ
BS 543 766 RR1CG39TF

RD RR1CG39JQ 524 0 0
TAATACTA
ATTGCATAAATGCTTAATAAGCCAAACCAAGCAGGAAGCATGTTCAGAGAACCAAATACC
AAATCCACACACAAGTCATTACAATAACAGAACTAATCTGGCAAAATCAAACGCAAACAA
GAATCAGACAGAACTCAAGCCTCACTCTTTTCCGTCTCAGAAGTCGCGTCGTCTTTCGTA
GCGTCCTCCACCGCTTCCTTGTTGGCAGCAGATCGATCTTTCACCGTCTCAAGCATCCTT
TTGCTAATCTCTTTGGAATAAACCTCGAGGAACTTGATCCCGTCGTCATCATCGGACACG
GCGTTCGACGCGACGCCGTACGCTTCCTCCTCGATGGATTTCGCGACGGCGGAGGCTTCG
TCGGAGCAGAGGGTTCCGTATCTCTTGGAGAGGATGGACTCGGTGGATAGCGTCTCGATC
AGGCGGTTCAGGACGGCGTCGCGAGTTTTCTGCGTCGGCGGCCAAATGCGGAGAGAGATG
GATCCTGGCTTTGCGACTGATTCTTCTTCCTTCTTC

QA 9 524 9 524
DS 

RD RR1CG39TF 766 0 0
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GAAGCATGTTCAGAGAACCAAATACCAAATCCACACACAAGTCATTACAATAACAGATCT
AATCTGGCAAAATCAAACGCAAACAAGAATCAGACAGATCTCAAGCCTCACTCTTTTCCG
TCTCAGAAGTCGCGTCGTCTTTCGTAGCGTCCTCCACCGCTTCCTTGTTGGCAGCAGATC
GATCTTTCACCGTCTCAAGCATCCTTTTGCTAATCTCTTTGGAATAAACCTCGAGGATCT
TGATCCCGTCGTCATCATCGGACACGGCGTTCGACGCGACGCCGTACGCTTCCTCCTCGA
TGGATTTCGCGACGGCGGAGGCTTCGTCGGAGCAGAGGGTTCCGTATCTCTTGGAGAGGA
TGGACTCGGTGGATAGCGTCTCGATCAGGCGGTTCAGGACGGCGTCGCGAGTTTTCTGCG
TCGGCGGCCAAATGCGGAGAGAGATGGATCCTGGCTTTGCGACTGATTCTTCTTCCTTCT
TCAGATCTGCGGCTTTGGAGGATTCGTCTGATATCTGATCTGCCGTGGCGGACATTGCGG
TGGAGTCTTCTGATTCGTGCTGCGGAGGTGAGACGGTGGTGTTGATTGATTCGGCGGTTT
CTCCCATTTTTTTCAAAAGTGAATTCAGAGGAAAATTTTCGGAGATTTCTTTTGTTGGTT
TGGTGATGAGAGAGAGAGCGCGAGAGGAAAGGATCAGTTGTGATCC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL8049Contig1 505 2 1 U
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AAGAAAACCGTAGTTTGAATCTCCTTGTGGAAATGCCGACTCTACAAGGCTCTCTGCCTC
CTGAGCTCGCTAACAATGTGGTTAGGTTGTACCGTGAATGTCTTCGTAGAGCTACATTCA
TTGGCAAGCAGCAACACAACACTGAGCTGGTGGTTGGGATGGTGAGGCAACAATTTAAGA
AACACATGAATGAGACAGACCCCGAGAAGATTCAGAAGTTAAAGGATGATGCTGCTCGTG
GACTCATCAATCACATGTTGTTCGAGTCAGAGAAGTTAACAGGACGCAAGGTTAGCCAGA
GATCCTGATGCAGAGACTTGTTGCTGACTTTCATCGTTATACGCTCTCTCGTTCATTGTA
TGCTAAACAATGCAGCTTTGGCGATCTTGGTTTTCAATTCAATGTACTTCAAATTGAATC
ATACTCTTCTTTGACTCTTGTTTAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DJ32JQ C 1
AF RR1DJ32TF U 1
BS 1 505 RR1DJ32TF

RD RR1DJ32JQ 505 0 0
GGATTCCGTCTATCTCAAGCTCCGTGTCATCTCGCCGGCAAAGAACTCGATCTATCTGAA
AAGAAAACCGTAGTTTGAATCTCCTTGTGGAAATGCCGACTCTACAAGGCTCTCTGCCTC
CTGAGCTCGCTAACAATGTGGTTAGGTTGTACCGTGAATGTCTTCGTAGAGCTACATTCA
TTGGCAAGCAGCAACACAACACTGAGCTGGTGGTTGGGATGGTGAGGCAACAATTTAAGA
AACACATGAATGAGACAGACCCCGAGAAGATTCAGAAGTTAAAGGATGATGCTGCTCGTG
GACTCATCAATCACATGTTGTTCGAGTCAGAGAAGTTAACAGGACGCAAGGTTAGCCAGA
GATCCTGATGCAGAGACTTGTTGCTGACTTTCATCGTTATACGCTCTCTCGTTCATTGTA
TGCTAAACAATGCAGCTTTGGCGATCTTGGTTTTCAATTCAATGTACTTCAAATTGAATC
ATACTCTTCTTTGACTCTTGTTTAG

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR1DJ32TF 505 0 0
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AAGAAAACCGTAGTTTGAATCTCCTTGTGGAAATGCCGACTCTACAAGGCTCTCTGCCTC
CTGAGCTCGCTAACAATGTGGTTAGGTTGTACCGTGAATGTCTTCGTAGAGCTACATTCA
TTGGCAAGCAGCAACACAACACTGAGCTGGTGGTTGGGATGGTGAGGCAACAATTTAAGA
AACACATGAATGAGACAGACCCCGAGAAGATTCAGAAGTTAAAGGATGATGCTGCTCGTG
GACTCATCAATCACATGTTGTTCGAGTCAGAGAAGTTAACAGGACGCAAGGTTAGCCAGA
GATCCTGATGCAGAGACTTGTTGCTGACTTTCATCGTTATACGCTCTCTCGTTCATTGTA
TGCTAAACAATGCAGCTTTGGCGATCTTGGTTTTCAATTCAATGTACTTCAAATTGAATC
ATACTCTTCTTTGACTCTTGTTTAG

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

CO CL8050Contig1 993 2 18 U
GTCAAACAAGTTACAAAGACAGAGCTCGAATCCTTCATTAAATTTGCGCCAGTTACTTCA
AATACCTGACTGATTCTATATGTACTAAAAGCCCGACAAGCCTTGCAAAGATCTTGGGAA
TCTATCAGGTCTCATCTAAACACTTCAAAGGAGGGAAAGAGTTCAAAATGGATGTCTTGG
TGATGGAGAATCTTCTGTTCAAGCGTAACTTCGCTAGGCTTTATGACCTAAAAGGCTCCA
CTCGTGCCCGTTACAATCCTGATACTAGTGGTAGCAACACAGTTTTGCTGGACCAGAACC
TGGTGGAAGCAATGCCCACATCTCCAATATTTGTTGGGAGCAAGGCTAAACGGCTTCTTG
AAAGAGCCGTCTGGAATGATACATCGTTTCTAGCTTCAATTCATGTAATGGATTACTCCT
TACTAGTCGGGGTAGATGAGGAACGAAGCGAACTTGTTCTAGGAACTATCGACTTCATGA
GGCAGTACACTTGGGACAAACATCTGGAGACTTGGGTCAAAACTTCAGGGCTGCTTGGAG
GACCAAAGAACTCAACTCCCACGGTGATATCACCGCAGCAATACAAGAAACGTTTCACGA
AAGCCATGACAGCTTATTTTCTCATGGTTCCTGACCAATGGTCACCTGCCACGGTTGTGC
CAAGCAACAGTTCTTCAGCAGCAGATGTGAAGGATGAAGAAGAGAGAGACGATCGTCAAG
GTGTTAGGTAAAAACTCCTGAATCATCTTCTCCAGTTAGCAAATATAGCAAGACATACAC
AATATTGGTTTAGTAATGTCTTCTCGGCTCAAGTTTTATTTGTTTTTTCTTTTGGAATGG
TCTTTGGGTAATACCTGTTTATGTTTTTACCCTTAGCCCTTAAGTGGCCTATATGTAGTA
GCTCTTTCATCGCCTTTGCATCAGAAGTAATAAAAGCAAGGTGCAATTGTATATACAATG
CTTCTTTCTTTTAGTTTCTTTGTTACTTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FA17TF U 1
AF RR1FA17JQ C 263
BS 1 692 RR1FA17TF
BS 693 693 RR1FA17JQ
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BS 754 762 RR1FA17TF
BS 763 763 RR1FA17JQ
BS 764 770 RR1FA17TF
BS 771 771 RR1FA17JQ
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BS 796 796 RR1FA17JQ
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BS 807 993 RR1FA17JQ

RD RR1FA17TF 809 0 0
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AATACCTGACTGATTCTATATGTACTAAAAGCCCGACAAGCCTTGCAAAGATCTTGGGAA
TCTATCAGGTCTCATCTAAACACTTCAAAGGAGGGAAAGAGTTCAAAATGGATGTCTTGG
TGATGGAGAATCTTCTGTTCAAGCGTAACTTCGCTAGGCTTTATGACCTAAAAGGCTCCA
CTCGTGCCCGTTACAATCCTGATACTAGTGGTAGCAACACAGTTTTGCTGGACCAGAACC
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AAAGAGCCGTCTGGAATGATACATCGTTTCTAGCTTCAATTCATGTAATGGATTACTCCT
TACTAGTCGGGGTAGATGAGGAACGAAGCGAACTTGTTCTAGGAACTATCGACTTCATGA
GGCAGTACACTTGGGACAAACATCTGGAGACTTGGGTCAAAACTTCAGGGCTGCTTGGAG
GACCAAAGAACTCAACTCCCACGGTGATATCACCGCAGCAATACAAGAAACGTTTCACGA
AAGCCATGACAGCTTATTTTCTCATGGTTCCTGACCAATGGTCACCTGCCACGGTTGTGC
CAAGCAACAGTTCTTCAGCAGCAGATGTGAAG*ATGAAGA*GAGAGAGACGATCGTCAAG
GTGTTAGGTAAAA*CTCCTGAATCATCTTCTC*AGTTAGCAA*TATAGCA*GACATACAC
A*TATTGGTTTAGTA*TGTCTTCTCG
CTC

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1FA17JQ 731 0 0
TACTAGTGGTAGCAACACAGTTTTGCTGGACCAGAACCTGGTGGAAGCAATGCCCACATC
TCCAATATTTGTTGGGAGCAAGGCTAAACGGCTTCTTGAAAGAGCCGTCTGGAATGATAC
ATCGTTTCTAGCTTCAATTCATGTAATGGATTACTCCTTACTAGTCGGGGTAGATGAGGA
ACGAAGCGAACTTGTTCTAGGAACTATCGACTTCATGAGGCAGTACACTTGGGACAAACA
TCTGGAGACTTGGGTCAAAACTTCAGGGCTGCTTGGAGGACCAAAGAACTCAACTCCCAC
GGTGATATCACCGCAGCAATACAAGAAACGTTTCAGGAAAGCCATGACAGCTTATTTTCT
CATGGTTCCTGACCAATGGTCACCTGCCACGGTTGTGCCAAGCAACAGTTCTTCAGCAGC
AGATGTGAAGGATGAAGAAGAGAGAGACGATCGTCAAGGTGTTAGGTAAAAACTCCTGAA
TCATCTTCTCCAGTTAGCAAATATAGCAAGACATACACAATATTGGTTTAGTAATGTCTT
CTCGGCTCAAGTTTTATTTGTTTTTTCTTTTGGAATGGTCTTTGGGTAATACCTGTTTAT
GTTTTTACCCTTAGCCCTTAAGTGGCCTATATGTAGTAGCTCTTTCATCGCCTTTGCATC
AGAAGTAATAAAAGCAAGGTGCAATTGTATATACAATGCTTCTTTCTTTTAGTTTCTTTG
TTACTTTTGTT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL8051Contig1 973 2 2 U
GAACGACGACGTACACCAAAACCACAATAACCAACACAACAATGTGGGTCCCACTCGTTC
TTCTTCCAACACCTCCACGCCGTCCAGCGACGATTACAACAACAACAAAGAACCACCACC
GTCCGATCATAATCACATGGACACCACACCTGATCCCAGCAACGTCGCTGCTAACAATTA
CAACGAAACAGACGAGGTTCAAAGCCAGTGCAAGACGGAACCACAGGATGATCCGTCGTT
AAATCAAGACTCCGGTGGAAGCTCCGGTAATCGGATTCACGATCCCAAAAGGGTAAAAAG
AATTTTAGCAAACAGGCAATCAGCACAGAGATCAAGGGTGAGGAAACTGCAATACATAAC
AGAGCTTGAACGGAGCGTTACTTCTTTGCAGACGGAAGTTTCAGTGTTAACGCCACGAGT
TGCGTTTTTGGATCACCAGCGACTGCTTCTCAACGTCGACAATAGCGCTATCAAGCAACG
CATCGCCGCTTTAGCACAAGACAAAATTTTCAAAGACGCTCACCAAGAAGCATTGAAGAG
AGAAATAGAGAGACTTCGACAAGTATATCATCAACAGAGCCTCAAGAAGCCGGATAATAA
TGTCTCCGACCAATCTACGGCCGATATCAAACCGTCCATTGAGAAAGAGCAGCTCCTCAA
TGCCTAAAGCTGCTTCATTCATTAAGATCTTATATCTTCATGGTGAAATAATTCTCGACT
ATCCTCTTTGTGTGAAGAAGCTATTTTATCAAAGAAGATGACATTTTTTATTTAATCCAA
TCACATTTTTAAAGTTGTGATGAATTTGCTTTGATCTATCTGATTTTTTTTCTTGTGGAA
TGGGAGGGGGAATTGGTAATGATATGTAAAAAGAACTTAGTTGATTTGTTGTTTGTTCAC
TATTTTGTTGGAGCATCTAATTAAGCATTGTGTACTAATTGATATTGTTCAATATCTTTT
CGGTTTCTTGTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH68TF U 1
AF RR1CH68JQ C 220
BS 1 735 RR1CH68TF
BS 736 973 RR1CH68JQ

RD RR1CH68TF 735 0 0
GAACGACGACGTACACCAAAACCACAATAACCAACACAACAATGTGGGTCCCACTCGTTC
TTCTTCCAACACCTCCACGCCGTCCAGCGACGATTACAACAACAACAAAGAACCACCACC
GTCCGATCATAATCACATGGACACCACACCTGATCCCAGCAACGTCGCTGCTAACAATTA
CAACGAAACAGACGAGGTTCAAAGCCAGTGCAAGACGGAACCACAGGATGATCCGTCGTT
AAATCAAGACTCCGGTGGAAGCTCCGGTAATCGGATTCACGATCCCAAAAGGGTAAAAAG
AATTTTAGCAAACAGGCAATCAGCACAGAGATCAAGGGTGAGGAAACTGCAATACATAAC
AGAGCTTGAACGGAGCGTTACTTCTTTGCAGACGGAAGTTTCAGTGTTAACGCCACGAGT
TGCGTTTTTGGATCACCAGCGACTGCTTCTCAACGTCGACAATAGCGCTATCAAGCAACG
CATCGCCGCTTTAGCACAAGACAAAATTTTCAAAGACGCTCACCAAGAAGCATTGAAGAG
AGAAATAGAGAGACTTCGACAAGTATATCATCAACAGAGCCTCAAGAAGCCGGATAATAA
TGTCTCCGACCAATCTACGGCCGATATCAAACCGTCCATTGAGAAAGAGCAGCTCCTCAA
TGCCTAAAGCTGCTTCATTCATTAAGATCTTATATCTTCATGGTGAAATAATTCTCGACT
ATCCTCTTTGTGTGA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1CH68JQ 754 0 0
ACCACAGGATGATCCGTCGTTAAATCAAGACTCCGGTGGAAGCTCCGGTAATCGGATTCA
CGATCCCAAAAGGGTAAAAAGAATTTTAGCAAACAGGCAATCAGCACAGAGATCAAGGGT
GAGGAAACTGCAATACATAACAGAGCTTGAACGGAGCGTTACTTCTTTGCAGACGGAAGT
TTCAGTGTTAACGCCACGAGTTGCGTTTTTGGATCACCAGCGACTGCTTTTCAACGTCGA
CAATAGCGCTATCAAGCAACGCATCGCCGCTTTAGCACAAGACAAAATTTTCAAAGACGC
TCACCAAGAAGCATTGAAGAGAGAAATAGAGAGACTTCGACAAGTATATCATCAACAGAG
CCTCAAGAAGCCGGATAATAATGTTTCCGACCAATTTACGGCCGATATCAAACCGTCCAT
TGAGAAAGAGCAGCTCCTCAATGCCTAAAGCTGCTTCATTCATTAAGATCTTATATCTTC
ATGGTGAAATAATTCTCGACTATCCTCTTTGTGTGAAGAAGCTATTTTATCAAAGAAGAT
GACATTTTTTATTTAATCCAATCACATTTTTAAAGTTGTGATGAATTTGCTTTGATCTAT
CTGATTTTTTTTCTTGTGGAATGGGAGGGGGAATTGGTAATGATATGTAAAAAGAACTTA
GTTGATTTGTTGTTTGTTCACTATTTTGTTGGAGCATCTAATTAAGCATTGTGTACTAAT
TGATATTGTTCAATATCTTTTCGGTTTCTTGTCG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL8052Contig1 968 2 8 U
GGCTCCTGCGGATCACTACCTTCTCCTTTACGTCTTTAATGAACATTTAACAGAGCAGAC
GCGAGAGAGGAATCTCCGTACTCCGGCGAAAATCGAGCTCCGTGTGATCGACAGGTTTAT
GTGCGTAAGCTTCAATCAGCCTCTTTGAGTTTGAGGATGAAACTCTAAAAGAAACCTTTT
CTTTGCTTGAAAATAAGAAAGATGAAGCGTTTTGTTTACATTAACGATGATGAAGCTTCA
AAGGAGCTTTGTTGTGATAACTGTATATCTAACACAAAGTATAATTTGTGGAATTTCTTT
CCAAAGAACTTGTTGGAGCAATTCAGCCGGTTCATGAACCAGTACTTCTTGTTGATTGCG
TGCCTTCAGCTATGGTCACTTATAACCCCTGTCAATCCTGCAAGTACATGGGGTCCGCTG
ATATTCATATTTGCCGTCTCCGCTTCCAAAGAAGCTTGGGATGATTACCACAGGTATCTC
TCTGATAAGAAAGCAAATGAGAGAGAGGTTTGGATCGTCAAACATGGGATCAAGATGCAT
ATCCAAGCACAGGACATACAAGTTGGCAATATTGTCTGGTTGCGTGAGAATGATGAAGTT
CCTTGTGATCTAGTTTTGCTTGGTACCTCTTATCCACAAGGTGTTTGCTATGTAGAGACT
GCTGCTTTAGACGGTGAAACCGATCTCAAAACAAGAGTCATACCTTCTGCATGCGTGGGA
ATTGATTTAGAATTGTTACACAAAATGAAAGGTGTGATTGAGTGTCCTATTCCAGATAAG
GATATCCGAAGATTTGATGCAAACATGCGCTTGTTTCCCCCATTTATCGACAATGACGTC
TGTTCTTTAACTATAAAAAACACTCTTCTTCATTCCTGTTACTTGAGAAATACGGAGTGG
GCTTGTGGAGTATCTGTTTATACAGGCAACCAAACCAAGCTTGGTATGTGTAGGGGTGTA
GCTGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E634TF U 1
AF RR1E634JQ C 200
BS 1 640 RR1E634TF
BS 641 641 RR1E634JQ
BS 642 673 RR1E634TF
BS 674 674 RR1E634JQ
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BS 694 694 RR1E634JQ
BS 695 717 RR1E634TF
BS 718 968 RR1E634JQ

RD RR1E634TF 717 0 0
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GCGAGAGAGGAATCTCCGTACTCCGGCGAAAATCGAGCTCCGTGTGATCGACAGGTTTAT
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CTTTGCTTGAAAATAAGAAAGATGAAGCGTTTTGTTTACATTAACGATGATGAAGCTTCA
AAGGAGCTTTGTTGTGATAACTGTATATCTAACACAAAGTATAATTTGTGGAATTTCTTT
CCAAAGAACTTGTTGGAGCAATTCAGCCGGTTCATGAACCAGTACTTCTTGTTGATTGCG
TGCCTTCAGCTATGGTCACTTATAACCCCTGTCAATCCTGCAAGTACATGGGGTCCGCTG
ATATTCATATTTGCCGTCTCCGCTTCCAAAGAAGCTTGGGATGATTACCACAGGTATCTC
TCTGATAAGAAAGCAAATGAGAGAGAGGTTTGGATCGTCAAACATGGGATCAAGATGCAT
ATCCAAGCACAGGACATACAAGTTGGCAATATTGTCTGGTTGCGTGAGAATGATGAAGTT
CCTTGTGATCTAGTTTTGCTTGGTACCTCTTATCCACAAG*TGTTTGCTATGTAGAGACT
GCTGCTTTAGACG*TGAAACCGATCTCAAAACA*GAGTCATACCTTCTGCATGCGTG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR1E634JQ 769 0 0
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ACTGTATATCTAACACAAAGTATAATTTGTGGAATTTCTTTCCAAAGAACTTGTTGGAGC
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TTATAACCCCTGTCAATCCTGCAAGTACATGGGGTCCGCTGATATTCATATTTGCCGTCT
CCGCTTCCAAAGAAGCTTGGGATGATTACCACAGGTATCTCTCTGATAAGAAAGCAAATG
AGAGAGAGGTTTGGATCGTCAAACATGGGATCAAGATGCATATCCAAGCACAGGACATAC
AAGTTGGCAATATTGTCTGGTTGCGTGAGAATGATGAAGTTCCTTGTGATCTAGTTTTGC
TTGGTACCTCTTATCCACAAGGTGTTTGCTATGTAGAGACTGCTGCTTTAGACGGTGAAA
CCGATCTCAAAACAAGAGTCATACCTTCTGCATGCGTGGGAATTGATTTAGAATTGTTAC
ACAAAATGAAAGGTGTGATTGAGTGTCCTATTCCAGATAAGGATATCCGAAGATTTGATG
CAAACATGCGCTTGTTTCCCCCATTTATCGACAATGACGTCTGTTCTTTAACTATAAAAA
ACACTCTTCTTCATTCCTGTTACTTGAGAAATACGGAGTGGGCTTGTGGAGTATCTGTTT
ATACAGGCAACCAAACCAAGCTTGGTATGTGTAGGGGTGTAGCTGAACC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL8053Contig1 504 2 1 U
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AAGACAAATTCACCGGCCAAGGCTGGTTTTGCAGGAAAACTGGAGCAACCGAGAAGATGA
TGGGCGCTATGAGCCTCCGAAGAAGCTTATCTGCTTTGCATGCTGAATGTGAAGCTTTGA
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GTTCTCAATTGGTGAAGATGGTGTCATCACCTAGAAAATGGCCAGCTTTCACTACACACT
TGGAGGAATTTCAACGCAGTAAGACTTTCTTCCCTACTTTCACAATCCGACATATTCCAA
GGGCGCATAATCAAGTGGCGGACAAGCTGGCACGCGGTGCTAGACGTTCCCCTTCAGCTA
TGTTTTATGTCGATTCTATGCCTCCGGCTTGGCTCTCCGAGTCGGATGCGCATATATCTT
AGTAGTTAGTTTTTCTTTGTCGTC


BQ
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AF RR1BS75JQ C 1
AF RR1BS75TF U 1
BS 1 504 RR1BS75TF

RD RR1BS75JQ 504 0 0
GCGACTGGCTAACATCAGAGACCTCTAGAGTTTGCTTAATTGATGGGGCATGGAAGCTAG
AAGACAAATTCACCGGCCAAGGCTGGTTTTGCAGGAAAACTGGAGCAACCGAGAAGATGA
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TATGGGCTATGGAGTGCATGAAGGTCCTCAACTTTTCAGACGTAGTCTTTGCAACAGACT
GTTCTCAATTGGTGAAGATGGTGTCATCACCTAGAAAATGGCCAGCTTTCACTACACACT
TGGAGGAATTTCAACGCAGTAAGACTTTCTTCCCTACTTTCACAATCCGACATATTCCAA
GGGCGCATAATCAAGTGGCGGACAAGCTGGCACGCGGTGCTAGACGTTCCCCTTCAGCTA
TGTTTTATGTCGATTCTATGCCTCCGGCTTGGCTCTCCGAGTCGGATGCGCATATATCTT
AGTAGTTAGTTTTTCTTTGTCGTC

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR1BS75TF 504 0 0
GCGACTGGCTAACATCAGAGACCTCTAGAGTTTGCTTAATTGATGGGGCATGGAAGCTAG
AAGACAAATTCACCGGCCAAGGCTGGTTTTGCAGGAAAACTGGAGCAACCGAGAAGATGA
TGGGCGCTATGAGCCTCCGAAGAAGCTTATCTGCTTTGCATGCTGAATGTGAAGCTTTGA
TATGGGCTATGGAGTGCATGAAGGTCCTCAACTTTTCAGACGTAGTCTTTGCAACAGACT
GTTCTCAATTGGTGAAGATGGTGTCATCACCTAGAAAATGGCCAGCTTTCACTACACACT
TGGAGGAATTTCAACGCAGTAAGACTTTCTTCCCTACTTTCACAATCCGACATATTCCAA
GGGCGCATAATCAAGTGGCGGACAAGCTGGCACGCGGTGCTAGACGTTCCCCTTCAGCTA
TGTTTTATGTCGATTCTATGCCTCCGGCTTGGCTCTCCGAGTCGGATGCGCATATATCTT
AGTAGTTAGTTTTTCTTTGTCGTC

QA 1 504 1 504
DS 



AS 1 2

CO CL8054Contig1 1321 2 4 U
GGACTTTTCTCCTCTGTTTCGAGCACTCTTCTTCGCCTTGTCGCCGAGAGAGAGTGAGAA
GGAGAGGCCATGGAAAGGCTTCTGCAACCATCATCTTCTTCCACAATCTCTCCTTCCAAA
TTCCCCTCGAGGAATCTCCCTCTCCTTCCTCGTCTCAGCTTCGTCTCTTCGAGCAGACCC
GAGTCACGCCGAGTCACCTCCATTTCCTGCAGCAGTCTCCAGAACCCGTACGTGGGATCT
AATAAGACTAACAATTCCCTGAATGTGTCTCTTTCCTCCTCTCTCCAAGCAGGAGAATCG
AAACCTAATCATGGGTTTCTCCAACGGATCGTCACCACAGCTGATGAGCAGCGAAAGACG
TTATCTACTGGAAGAATGGTCGTGTTGATCTCTGCAGTAGCCGTTCTTTTGCTTAACCCT
CTTCTTGCACCACCTGCTCTCGCTACCTTTCAAACCGTAGCTAAATCCGGTTGGTTAACA
AGTGCATGGACCGGTTTCCTCGCTGGTTGCTTACACACTCTCTCAGGACCAGACCACCTC
GCTGCCCTAGCTCCGCTTTCGATCGGACGCACAAGAATGGAGAGTGCTGCTGTCGGAGCT
CTCTGGGGATGCGGGCACGACGCTGGTCAAGTCATCTTCGGTTTACTTTTCCTTCTACTC
AAAGACCGGCTCCACATCGAGGTGTTGCAAACTTGGGGTACAAGAATCGTGGGGTTGACG
CTTGTCATCATAGGAGCAATGGGAATCAAAGAAGCTTCCGAAGTAGTACCTTGTGTCGCC
TTAGAAACGGGCATGGTAGCAGCAGAGAAAGAGGCCTTGATGATGCCTCCTCTCAAGAAG
AAGAAAATAGGGTTTGGTACGTTTGCAACTGGAGTGGTTCACGGTTTACAACCGGATGCT
CTGATGATTGTGTTGCCTGCGTTGGCTCTGCCGTCTCGGTTAGCCGGGTTTGCGTTTTTG
ATAATGTTTTTGGTTGGTACGGTGGTGGCGATGGGGAGTTACACGGCGTTTACTGGGTCT
TGTAGTGAGGCACTGAAAGAGAAAGTGCCAAGAATCACAGAGAAGTTAACTTGGGTTTCG
TCTGTTGTGGCAATAGGTCTTGGTTTGAGTATTGTCATTATCCCTTTCTTTGGTTTTAGC
CTCTACTGAGAAAGTAAAAAGCCTCTTCAGAGACCAATTGTAACATTTGTTGTAGCTTTA
GAAAACCAGAGAGCTTTTTTTGGTCCATTCATTTTACAAGTGTACTTGCATGCCTATTAA
TAATTTAACATAAACATTAATATAAGTTACTCATATAAATGTAACATAGATTTTGTCGCA
T


BQ
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10 

AF RR1C601TF U 1
AF RR1C601JQ C 682
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BS 736 1321 RR1C601JQ

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TTCCCCTCGAGGAATCTCCCTCTCCTTCCTCGTCTCAGCTTCGTCTCTTCGAGCAGACCC
GAGTCACGCCGAGTCACCTCCATTTCCTGCAGCAGTCTCCAGAACCCGTACGTGGGATCT
AATAAGACTAACAATTCCCTGAATGTGTCTCTTTCCTCCTCTCTCCAAGCAGGAGAATCG
AAACCTAATCATGGGTTTCTCCAACGGATCGTCACCACAGCTGATGAGCAGCGAAAGACG
TTATCTACTGGAAGAATGGTCGTGTTGATCTCTGCAGTAGCCGTTCTTTTGCTTAACCCT
CTTCTTGCACCACCTGCTCTCGCTACCTTTCAAACCGTAGCTAAATCCGGTTGGTTAACA
AGTGCATGGACCGGTTTCCTCGCTGGTTGCTTACACACTCTCTCAGGACCAGACCACCTC
GCTGCCCTAGCTCCGCTTTCGATCGGACGCACAAGAATGGAGAGTGCTGCTGTCGGAGCT
CTCTGGGGATGCGGGCACGACGCTGGTCAAGTCATCTTCGGTTTACTTTTCCTTCTACTC
AAAGACCGGCTCCACATCGAGGTGTTGCAAACTTGGGGTACA*GAATCGTGGGGTTGACG
CTTGTCATCATAGGA

QA 1 735 1 735
DS 

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GCAGAGAAAGAGGCCTTGATGATGCCTCCTCTCAAGAAGAAGAAAATAGGGTTTGGTACG
TTTGCAACTGGAGTGGTTCACGGTTTACAACCGGATGCTCTGATGATTGTGTTGCCTGCG
TTGGCTCTGCCGTCTCGGTTAGCCGGGTTTGCGTTTTTGATAATGTTTTTGGTTGGTACG
GTGGTGGCGATGGGGAGTTACACGGCGTTTACTGGGTCTTGTAGTGAGGCACTGAAAGAG
AAAGTGCCAAGAATCACAGAGAAGTTAACTTGGGTTTCGTCTGTTGTGGCAATAGGTCTT
GGTTTGAGTATTGTCATTATCCCTTTCTTTGGTTTTAGCCTCTACTGAGAAAGTAAAAAG
CCTCTTCAGAGACCAATTGTAACATTTGTTGTAGCTTTAGAAAACCAGAGAGCTTTTTTT
GGTCCATTCATTTTACAAGTGTACTTGCATGCCTATTAATAATTTAACATAAACATTAAT
ATAAGTTACTCATATAAATGTAACATAGATTTTGTCGCAT

QA 1 640 1 640
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCTCTCTCTCCAGCGTCTCTCTCTCAGACCACTCTGTTCGGCGGTCGTCGTTGCTCCTTC
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AAACACCTCAAGGAAGATCCTGCAAATCGTCAAACGTTTTTGTCTTATGGAGATGATGAG
AACAAGGTTCTTTATCTGGAGTATGCAACAGGTGAAAGCAGAGATGCATGAAGAGATGTT
TATGTTCATGTTTTAGTTTATCTGGAGTATGCAAACTTATGAAAGACTCGTTATTTTTAT
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GAAATTGAATTAAGTTAAAGTTTATCTTC


BQ
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AF RR1FS22JQ C 1
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TATGTTCATGTTTTAGTTTATCTGGAGTATGCAAACTTATGAAAGACTCGTTATTTTTAT
TACTTTGATTCTACGTTTACGACTTATTTTAATACTTATATGCTTGTGAGAATGACGTGG
GAAATTGAATTAAGTTAAAGTTTATCTTC

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1FS22TF 569 0 0
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TCTCTCTCTCCAGCGTCTCTCTCTCAGACCACTCTGTTCGGCGGTCGTCGTTGCTCCTTC
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AAACACCTCAAGGAAGATCCTGCAAATCGTCAAACGTTTTTGTCTTATGGAGATGATGAG
AACAAGGTTCTTTATCTGGAGTATGCAACAGGTGAAAGCAGAGATGCATGAAGAGATGTT
TATGTTCATGTTTTAGTTTATCTGGAGTATGCAAACTTATGAAAGACTCGTTATTTTTAT
TACTTTGATTCTACGTTTACGACTTATTTTAATACTTATATGCTTGTGAGAATGACGTGG
GAAATTGAATTAAGTTAAAGTTTATCTTC

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL8057Contig1 569 2 1 U
GGCTCTTCGCTCGCTCTTTCAAGTAAGAAAAATGGGGGCTTCGCTTCCTACTAAAGAGGC
TAACCTCTTCAAGCTCATCGTCGTATGTTCCTAATTCTCTCTGTGTAGTTTCTAGCTAGC
TGCTAGCCTAAAATTTGGAAAAGGATGAGTGACTTGTTGTTATTCCCCCTGCTTTGTTAA
ATATGATTAATGTGTGCTTCCCCCTCATGTTTCAAAGCTTCAATTGCATTGACTGTAGCC
TATTTCTAGACTCTAGTGCCCTTGATTGCTTCATCTATCTATATAGCTTATTCATCACAC
TTTTCATATGATTAGTTTTAGTATAACTCAGTCTTATCATATTCCTCTGAGTGATGTTAT
AATGCAGAAATCTTATGAGACTAAGCAATACAAGAAAGGACTCAAGGCTGCTGATGCCAT
TTTAAAAAAGTTTCCTTCTCATGGCGGTCAGTTTATCATTACCTCCAAAACCCCTCCTAT
CTGTTTTCTGATTTTTTTTTTTATGTCAAATTTCTTTTTGCCCTCTCACTTTGCAACTCT
ACGTAATTTTCTCTGTTCCTAATGATGCC


BQ
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AF RR1DE90JQ C 1
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QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1DE90TF 569 0 0
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TAACCTCTTCAAGCTCATCGTCGTATGTTCCTAATTCTCTCTGTGTAGTTTCTAGCTAGC
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ACGTAATTTTCTCTGTTCCTAATGATGCC

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F989TF U 1
AF RR1F989JQ C 197
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QA 1 778 1 778
DS 

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QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1CO51TF C 1
AF RR1CO51JQ U 11
BS 1 10 RR1CO51TF
BS 11 584 RR1CO51JQ

RD RR1CO51TF 584 0 0
AAAAGAAGTTTTTTTTTACTTTCTTATTTATTCAAACAAGGAGAAGAAAGCACCTGGTCC
ATAAAGACCAACAGAAAATAAATAAAACACACTTGCTTAAAACCACCAAATCTTAGTTCA
TAATCTAGTTGGGAGGAGGGAAGAAAATGGCATCAGAAGTCCTCTTAGATCGGAAAGCCT
TCTCCACCTCTGGAGCGACCTTAAACGCCGCCTGCAGAACCTCCGGCGACAATGCCCTCC
AAACAGATGTCTTACCCGCCAAATGAGTGAAAATGGGATCAGGAGTGGTCACAATGGAGA
ACCAAGACAAGCCATCAGAATCAGCAATTTTGGAGACAACAAAGAACCTAGGAACAATGA
ACAGAGCACCAGCTTTCACATGAGTCTCAAGAACTCTCTTCCCATCAGCTCCAACCACCT
GAACACGACCGCCACCACCAACAATGTAAGTAACTTGAAGAGCAGAGTCACAAGAGAAAC
CAGGAGAACACATGGAGTGTCCATCGATCCTCACAAGATCAGCACCAAATCCAACTTCAC
CGACCAATGGAAGATTCTTTGTGTTCAACACAACAACTCTTCCT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1CO51JQ 574 0 0
TTTTTTTACTTTCTTATTTATTCAAACAAGGAGAAAAAAGCACCTGGTCCATAAAGACCA
ACAGAAAATAAATAAAACACACTTGCTTAAAACCACCAAATCTTAGTTCATAATCTAGTT
GGGAGGAGGGAAGAAAATGGCATCAGAAGTCCTCTTAGATCGGAAAGCCTTCTCCACCTC
TGGAGCGACCTTAAACGCCGCCTGCAGAACCTCCGGCGACAATGCCCTCCAAACAGATGT
CTTACCCGCCAAATGAGTGAAAATGGGATCAGGAGTGGTCACAATGGAGAACCAAGACAA
GCCATCAGAATCAGCAATTTTGGAGACAACAAAGAACCTAGGAACAATGAACAGAGCACC
AGCTTTCACATGAGTCTCAAGAACTCTCTTCCCATCAGCTCCAACCACCTGAACACGACC
GCCACCACCAACAATGTAAGTAACTTGAAGAGCAGAGTCACAAGAGAAACCAGGAGAACA
CATGGAGTGTCCATCGATCCTCACAAGATCAGCACCAAATCCAACTTCACCGACCAATGG
AAGATTCTTTGTGTTCAACACAACAACTCTTCCT

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL8060Contig1 931 2 2 U
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CTTCAAGGCAAAAATGATGTCTTGTTGGAGTTTCATGTTGATGATACTGCTGGTGCCAAT
TAGTGATGATCTTTTGAATACAAAGTTCAAGGACAAGTTGGAGCCATCATATAAGGGTCT
CATTCATGAAGTGTTCACCACAGTGTTGAGAGGGCTGTCTGGTGCAAAGATTACTAAACC
AGGGAAGTTCCGCAGTTCCCAAGATGGGTTTGCAGTGAAATCATCTCTTAAGGCAGAAGA
TGGTGTCCTTTATCCACTTGAGAAGGGGTTTTTCTTTTTACCTAAACCTCCAACGCTTAT
ACTTCATGATGAGATTGACAATGTGGAGTTCCAAAGGCATGTTGCTGGTGGTTCACCAAC
TGATGATTCTGGCGAGGACGACTCTGATGCTAGTGACGACGGTGGTGAAGGAGAGATAGA
GAAATCTAGCAAGAAAGCAGTAGCAGCAACAGAAGAAGGGAGTAGCAAAAAGAGGAAGGT
GAAAAAGAAGAAGGATCCTAATGCACCAAAGAAAGCAATGTCTGGTTTCATGTACTTCTC
CCAAATGGAAAGAGATAACATAAAGAAGACTAACCCAGGGATAGGATTTGGAGAGGTGGC
GAAGGCGCTTGGAGATAAGTGGCGTCAAATGTCTGCCGAGGAAAAAGAGCCGTATGAAGC
TAAGGCACAAGTCGACAAGAAGCGATACGAGGATCAGATCAGTGATTACAAGAACCCTCA
GCCAATGCTTGTAGACTCGGAAAACGACTCCGACAGTAACTAAACTTTGATATATCCCAA
AGACTCGAACATTTGAGACTTTTTTAGTTCGTGTGTTTTTCTCAATGTAGTGAATCCTAC
AAGCTCTTTAGTATCGTACTTTAGCTGGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK53TF U 1
AF RR1CK53JQ C 168
BS 1 640 RR1CK53TF
BS 641 931 RR1CK53JQ

RD RR1CK53TF 640 0 0
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TAGTGATGATCTTTTGAATACAAAGTTCAAGGACAAGTTGGAGCCATCATATAAGGGTCT
CATTCATGAAGTGTTCACCACAGTGTTGAGAGGGCTGTCTGGTGCAAAGATTACTAAACC
AGGGAAGTTCCGCAGTTCCCAAGATGGGTTTGCAGTGAAATCATCTCTTAAGGCAGAAGA
TGGTGTCCTTTATCCACTTGAGAAGGGGTTTTTCTTTTTACCTAAACCTCCAACGCTTAT
ACTTCATGATGAGATTGACAATGTGGAGTTCCAAAGGCATGTTGCTGGTGGTTCACCAAC
TGATGATTCTGGCGAGGACGACTCTGATGCTAGTGACGACGGTGGTGAAGGAGAGATAGA
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GAAAAAGAAGAAGGATCCTAATGCACCAAAGAAAGCAATGTCTGGTTTCATGTACTTCTC
CCAAATGGAAAGAGATAACATAAAGAAGACTAACCCAGGG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1CK53JQ 764 0 0
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AGATTACTAAACCAGGGAAGTTCCGCAGTTCCCAAGATGGGTTTGCAGTGAAATCATCTC
TTAAGGCAGAAGATGGTGTCCTTTATCCACTTGAGAAGGGGTTTTTCTTTTTACCTAAAC
CTCCAACGCTTATACTTCATGATGAGATTGACAATGTGGAGTTCCAAAGGCATGTTGCTG
GTGGTTCACCAACTGATGATTCTGGCGAGGACGACTTTGATGCTAGTGACGACGGTGGTG
AAGGAGAGATAGAGAAATCTAGCAAGAAAGCAGTAGCAGCAACAGAAGAAGGGAGTAGCA
AAAAGAGGAAGGTGAAAAAGAAGAAGGATCCTAATGCACCAAAGAAAGCAATGTCTGGTT
TCATGTACTTCTCCCAAATGGAAAGAGATAACATAAAGAAGACTAACCCAGGGATAGGAT
TTGGAGAGGTGGCGAAGGCGCTTGGAGATAAGTGGCGTCAAATGTCTGCCGAGGAAAAAG
AGCCGTATGAAGCTAAGGCACAAGTCGACAAGAAGCGATACGAGGATCAGATCAGTGATT
ACAAGAACCCTCAGCCAATGCTTGTAGACTCGGAAAACGACTCCGACAGTAACTAAACTT
TGATATATCCCAAAGACTCGAACATTTGAGACTTTTTTAGTTCGTGTGTTTTTCTCAATG
TAGTGAATCCTACAAGCTCTTTAGTATCGTACTTTAGCTGGCTG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL8061Contig1 923 2 2 U
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CCATCAGAGACTCTGTCTTTTCTTATTCACATACATCCTTCACCATCTCATTTCATCGAT
CCCTCTCTCTCTCTCTCTCTGAAGCAGCGTCTTGAATGGTAGAAACAACTCCGACAACCA
GAGAATTTATGCTCTCCCATTGCACCACCGCAAGGGCGAGCTTTCTCCTCCCTCTCTCCT
CCTCCTCCTCCTTCACTTTTGGCTCTTGCAAGGAATCCTGGTACTTCCGTTGCATCGGTG
TCGACCCTTGAAGCAACCCAAACTCCCATCAAAAGTCTTATTTTCTTTTTTTGGCGTTTA
TTGTTAAAGATGTTGCTGTACAACAACAACAAGCAGAAGAAAACACACAAGTCCAAGATT
AACAGGTTCCTCGTTAGCATCAGTTTCTTAGGAAGTGCTGGACCCATTCGTTTTGTTGTC
AAAGAAGATGAAACTGTTTCAAATGTCATTGACTATGCTCTCAAATGCTATGCTCGTGAA
GGCAGGCTTCCACTACTCGGTTCTGATTCTAGCTTTTTCCTCCTCTACTCTCCTTACTAT
GCAGTTGAAGCATTCAATCCATGGGGAAAGATTGGTTCAACCGGGTCCAGGAACTTTGTT
CTGTCTAAGAAGTTAGAAGCACAAAATCTTGGAGGTTCTGTGGACACATCAACAACAACA
ATCAGGAAGACCTCTGGGAAATGGAAGGCATGGCTCAACAAGTCTCTAGGACTTATGGTT
CCTTCTCATTAGATCATGTTTTTTGGGGTTTCTACGTACACTTCTCTTTTTGGTTTTCTT
GTCAAGAGGAATAAGCTTTACAAACACTTGTGCTTCAGCTTTTTGTTGTATTTTGTCACA
CTAATAAATGGATTTTAGGTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F028TF U 1
AF RR1F028JQ C 117
BS 1 685 RR1F028TF
BS 686 923 RR1F028JQ

RD RR1F028TF 688 0 0
GGTCGGCCTCCATCTCAAAACTCTCTCTTTCTTTCTTTTAGATTCTGAAACCTATCTTCA
CCATCAGAGACTCTGTCTTTTCTTATTCACATACATCCTTCACCATCTCATTTCATCGAT
CCCTCTCTCTCTCTCTCTCTGAAGCAGCGTCTTGAATGGTAGAAACAACTCCGACAACCA
GAGAATTTATGCTCTCCCATTGCACCACCGCAAGGGCGAGCTTTCTCCTCCCTCTCTCCT
CCTCCTCCTCCTTCACTTTTGGCTCTTGCAAGGAATCCTGGTACTTCCGTTGCATCGGTG
TCGACCCTTGAAGCAACCCAAACTCCCATCAAAAGTCTTATTTTCTTTTTTTGGCGTTTA
TTGTTAAAGATGTTGCTGTACAACAACAACAAGCAGAAGAAAACACACAAGTCCAAGATT
AACAGGTTCCTCGTTAGCATCAGTTTCTTAGGAAGTGCTGGACCCATTCGTTTTGTTGTC
AAAGAAGATGAAACTGTTTCAAATGTCATTGACTATGCTCTCAAATGCTATGCTCGTGAA
GGCAGGCTTCCACTACTCGGTTCTGATTCTAGCTTTTTCCTCCTCTACTCTCCTTACTAT
GCAGTTGAAGCATTCAATCCATGGGGAAAGATTGGTTCAACCGGGTCCAGGAACTTTGTT
CTGTCTAAGAAGTTAGAAGCACAAA
TCT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1F028JQ 807 0 0
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ACCAGAGAATTTATGCTCTCCCATTGCACCACCGCAAGGGCGAGCTTTCTCCTCCCTCTC
TCCTCCTCCTCCTCCTTCACTTTTGGCTCTTGCAAGGAATCCTGGTACTTCCGTTGCATC
GGTGTCGACCCTTGAAGCAACCCAAACTCCCATCAAAAGTCTTATTTTCTTTTTTTGGCG
TTTATTGTTAAAGATGTTGCTGTACAACAACAACAAGCAGAAGAAAACACACAAGTCCAA
GATTAACAGGTTCCTCGTTAGCATCAGTTTCTTAGGAAGTGCTGGACCCATTCGTTTTGT
TGTCAAAGAAGATGAAACTGTTTCAAATGTCATTGACTATGCTCTCAAATGCTATGCTCG
TGAAGGCAGGCTTCCACTACTCGGTTCTGATTCTAGCTTTTTCCTCCTCTACTCTCCTTA
CTATGCAGTTGAAGCATTCAATCCATGGGGAAAGATTGGTTCAACCGGGTCCAGGAACTT
TGTTCTGTCTAAGAAGTTAGAAGCACAAAATCTTGGAGGTTCTGTGGACACATCAACAAC
AACAATCAGGAAGACCTCTGGGAAATGGAAGGCATGGCTCAACAAGTCTCTAGGACTTAT
GGTTCCTTCTCATTAGATCATGTTTTTTGGGGTTTCTACGTACACTTCTCTTTTTGGTTT
TCTTGTCAAGAGGAATAAGCTTTACAAACACTTGTGCTTCAGCTTTTTGTTGTATTTTGT
CACACTAATAAATGGATTTTAGGTTCG

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

CO CL8062Contig1 569 2 1 U
GGGGAGTCCAAAAAAAAAAAGAGTAGCCGCGGCGCTGCAGTTGAACACGAGTGAAGCTTA
CGATGGCGAGGATTAAGGTTCACGAACTGAGGGACAAGTCGAAGAGCGATCTCCAGAATC
AGCTTCAGGATCTTAAGGCTGAGCTCGCTCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTG
CTCCCAACAAGCTCTCCAAAATCAAGGTTGTCCGCAAATCCATTGCTCAGGTCTTGACAG
TGACATCTCAGAAGCAGAAGTCCGCTCTCAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCATCC
CTCTTGATCTACGTCCCAAGAAGACCCGTGCTATCCGCAGGCGCCTCACCAAACATCAGC
TCTCGTTGAAGACTGAACGTGAGAAGAAGAAGGAAATGTATTTCCCAATCAGGAAGTACG
CCATCAAAGTTTAAGTTACCTGTCCCTTTAAAAAAAATCTTTCTACTAGAAACTCTGTTT
CAGCTTTGTTGTTTGATGGAAACTTGTTTTTGTTCTTCACTTGTGTCAGCAACATTGATC
TTGCTTCCTATTGATGTTTTGAAAATCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AW05JQ C 1
AF RR1AW05TF U 1
BS 1 569 RR1AW05TF

RD RR1AW05JQ 569 0 0
GGGGAGTCCAAAAAAAAAAAGAGTAGCCGCGGCGCTGCAGTTGAACACGAGTGAAGCTTA
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TGACATCTCAGAAGCAGAAGTCCGCTCTCAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCATCC
CTCTTGATCTACGTCCCAAGAAGACCCGTGCTATCCGCAGGCGCCTCACCAAACATCAGC
TCTCGTTGAAGACTGAACGTGAGAAGAAGAAGGAAATGTATTTCCCAATCAGGAAGTACG
CCATCAAAGTTTAAGTTACCTGTCCCTTTAAAAAAAATCTTTCTACTAGAAACTCTGTTT
CAGCTTTGTTGTTTGATGGAAACTTGTTTTTGTTCTTCACTTGTGTCAGCAACATTGATC
TTGCTTCCTATTGATGTTTTGAAAATCCT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR1AW05TF 569 0 0
GGGGAGTCCAAAAAAAAAAAGAGTAGCCGCGGCGCTGCAGTTGAACACGAGTGAAGCTTA
CGATGGCGAGGATTAAGGTTCACGAACTGAGGGACAAGTCGAAGAGCGATCTCCAGAATC
AGCTTCAGGATCTTAAGGCTGAGCTCGCTCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTG
CTCCCAACAAGCTCTCCAAAATCAAGGTTGTCCGCAAATCCATTGCTCAGGTCTTGACAG
TGACATCTCAGAAGCAGAAGTCCGCTCTCAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCATCC
CTCTTGATCTACGTCCCAAGAAGACCCGTGCTATCCGCAGGCGCCTCACCAAACATCAGC
TCTCGTTGAAGACTGAACGTGAGAAGAAGAAGGAAATGTATTTCCCAATCAGGAAGTACG
CCATCAAAGTTTAAGTTACCTGTCCCTTTAAAAAAAATCTTTCTACTAGAAACTCTGTTT
CAGCTTTGTTGTTTGATGGAAACTTGTTTTTGTTCTTCACTTGTGTCAGCAACATTGATC
TTGCTTCCTATTGATGTTTTGAAAATCCT

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL8063Contig1 874 2 2 U
GTTGGTGTTGTATTAATGGGTGACGGTTTGATGATCCAAGAAGGAAGTTCAGTCAAAGCT
ACGGGAAAAATTGCTCAGATACCCGTGAGTGAGGCTTATTTGGGGCGTGTTATAAACGCC
TTGGCTGACCCTATTGATGGTCGAGGTAAGATTTCAGCTTCTGAATCTCGGTTAATTGAA
TCTCCTGCCCCAGGTATTATTTCGCGACGTTCTGTATATGAGCCTCTTCAAACAGGACTT
ATTGCTATTGATTCCATGATCCCTATAGGACGTGGTCAGCGGGAATTAATTATTGGTGAC
AGACAGACCGGTAAAACAGCAGTAGCCACAGATACAATTCTCAATCAACAAGGTCAAAAT
GTAATATGTGTTTATGTGGCTATTGGTCAAAAAGCTTCTTCCGTGGCTCAGGTAGTGACT
AGTTTACAGGAACGAGGGGCAATGGACTACACTATTGTGGTAGCTGAAACGGCCGATTCA
AAACCCTCTTCTTTCTTTTTTTACCATTCTTGTTTTCGTTTTGCGTAGGTGGTTAAAAGT
TAAAACATGTTTTTGTTGATGGGAGCTCATTTAAAGAACCAACCAAATGATGACTCTCTT
TCTCTTTATATCTTTTTGTGCTGTCTAGAATTTAGAAAACCACCAAGTATTTGAGACTTG
TTCTTAGCCGTTACTTCTCCCTGCTTTGTTTTTCTTATGTTTGTTTTGGTCTTGAACTAT
GTTTGTTTCTTATCTTTTTGTGCTGTCTAGAATTTAGAAAACCCCCAAGTATTTGAGACT
TGTTCTTAGCCGTTACTTCTCCCTGCTTTGTTTTTCTTATGTTTGTTTTGGTCTTCTTCG
AGGCGAATGGGACTGTCGGCTTTAATTGAGTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BS84TF U 1
AF RR1BS84JQ C 87
BS 1 655 RR1BS84TF
BS 656 874 RR1BS84JQ

RD RR1BS84TF 655 0 0
GTTGGTGTTGTATTAATGGGTGACGGTTTGATGATCCAAGAAGGAAGTTCAGTCAAAGCT
ACGGGAAAAATTGCTCAGATACCCGTGAGTGAGGCTTATTTGGGGCGTGTTATAAACGCC
TTGGCTGACCCTATTGATGGTCGAGGTAAGATTTCAGCTTCTGAATCTCGGTTAATTGAA
TCTCCTGCCCCAGGTATTATTTCGCGACGTTCTGTATATGAGCCTCTTCAAACAGGACTT
ATTGCTATTGATTCCATGATCCCTATAGGACGTGGTCAGCGGGAATTAATTATTGGTGAC
AGACAGACCGGTAAAACAGCAGTAGCCACAGATACAATTCTCAATCAACAAGGTCAAAAT
GTAATATGTGTTTATGTGGCTATTGGTCAAAAAGCTTCTTCCGTGGCTCAGGTAGTGACT
AGTTTACAGGAACGAGGGGCAATGGACTACACTATTGTGGTAGCTGAAACGGCCGATTCA
AAACCCTCTTCTTTCTTTTTTTACCATTCTTGTTTTCGTTTTGCGTAGGTGGTTAAAAGT
TAAAACATGTTTTTGTTGATGGGAGCTCATTTAAAGAACCAACCAAATGATGACTCTCTT
TCTCTTTATATCTTTTTGTGCTGTCTAGAATTTAGAAAACCACCAAGTATTTGAG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1BS84JQ 788 0 0
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TAAGATTTCAGCTTCTGAATCTCGGTTAATTGAATCTCCTGCCCCAGGTATTATTTCGCG
ACGTTCTGTATATGAGCCTCTTCAAACAGGACTTATTGCTATTGATTCCATGATCCCTAT
AGGACGTGGTCAGCGGGAATTAATTATTGGTGACAGACAGACCGGTAAAACAGCAGTAGC
CACAGATACAATTCTCAATCAACAAGGTCAAAATGTAATATGTGTTTATGTGGCTATTGG
TCAAAAAGCTTCTTCCGTGGCTCAGGTAGTGACTAGTTTACAGGAACGAGGGGCAATGGA
CTACACTATTGTGGTAGCTGAAACGGCCGATTCAAAACCCTCTTCTTTCTTTTTTTACCA
TTCTTGTTTTCGTTTTGCGTAGGTGGTTAAAAGTTAAAACATGTTTTTGTTGATGGGAGC
TCATTTAAAGAACCAACCAAATGATGACTCTCTTTCTCTTTATATCTTTTTGTGCTGTCT
AGAATTTAGAAAACCACCAAGTATTTGAGACTTGTTCTTAGCCGTTACTTCTCCCTGCTT
TGTTTTTCTTATGTTTGTTTTGGTCTTGAACTATGTTTGTTTCTTATCTTTTTGTGCTGT
CTAGAATTTAGAAAACCCCCAAGTATTTGAGACTTGTTCTTAGCCGTTACTTCTCCCTGC
TTTGTTTTTCTTATGTTTGTTTTGGTCTTCTTCGAGGCGAATGGGACTGTCGGCTTTAAT
TGAGTGAG

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL8064Contig1 765 2 6 U
GGATACTTGGCCGCGGCGTCTCCGTTATCTCTTCCCGATTCCACTTTTCCCGTCCGTCGG
AGATTTCAAGCAACCCGAATCCCAAAAATGGCGTCGGAGAAGAAGCTATCGAACCCAATG
AGAGATATCAAAGTGCAGAAGCTGGTGCTCAACATTTCCGTCGGTGAGAGTGGAGATCGT
CTCACCAGAGCCTCCAAGGTGCTGGAGCAGTTGAGTGGCCAGACTCCTGTTTTCTCCAAG
GCAAGATACACTGTTCGTTCTTTCGGTATCAGACGTAACGAGAAGATTGCTTGCTACGTG
ACCGTCAGGGGAGACAAAGCTATGCAACTCCTTGAAAGTGGACTGAAAGTTAAAGAGTAT
GAGCTCTTGAGAAGGAACTTCAGCGACACTGGTTGCTTCGGTTTCGGTATTCAGGAGCAC
ATTGATTTGGGTATCAAGTATGACCCGTCGACTGGAATCTACGGTATGGACTTCTATGTT
GTTCTTGAGCGCCCTGGTTACCGTGTGGCGCGTCGCAGAAGGTGCAAGGCTCGTGTTGGT
ATCCAGCACAGAGTCACCAAAGATGATGCCATGAAATGGTTCCAAGTGAAGTATGAAGGA
GTCATCCTCAACAAGTCTCAGAACATTACTGGCTAAAACCATCCCTCTGAAACGGAAGGA
TCTATCTAAACTATTAAAAGTGAAGTACATTTGTACTTAACCCTAACTTTTCCACAATAA
TTACTAACTTGTGCCACTCAATATTAATTAATAAATAAAACCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DQ59TF U 1
AF RR1DQ59JQ C 174
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RD RR1DQ59TF 762 0 0
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AGAGATATCAAAGTGCAGAAGCTGGTGCTCAACATTTCCGTCGGTGAGAGTGGAGATCGT
CTCACCAGAGCCTCCAAGGTGCTGGAGCAGTTGAGTGGCCAGACTCCTGTTTTCTCCAAG
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GTTCTTGAGCGCCCTGGTTACCGTGTGGCGCGTCGCAGAAGGTGCAAGGCTCGTGTTGGT
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TTACTAACTTGTGCCACTCAATATTAATTAATAAATAAA
CCT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1DQ59JQ 592 0 0
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CTCCAAGGCAAGATACACTGTTCGTTCTTTCGGTATCAGACGTAACGAGAAGATTGCTTG
CTACGTGACCGTCAGGGGAGACAAAGCTATGCAACTCCTTGAAAGTGGACTGAAAGTTAA
AGAGTATGAGCTCTTGAGAAGGAACTTCAGCGACACTGGTTGCTTCGGTTTCGGTATTCA
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TTATGTTGTTCTTGAGCGCCCTGGTTACCGTGTGGCGCGTCGCAGAAGGTGCAAGGCTCG
TGTTGGTATCCAGCACAGAGTCACCAAAGATGATGCCATGAAATGGTTCCAAGTGAAGTA
TGAAGGAGTCATCCTCAACAAGTCTCAGAACATTACTGGCTAAAACCATCCCTCTGAAAC
GGAAGGATCTATCTAAACTATTAAAAGTGAAGTACATTTGTACTTAACCCTAACTTTTCC
ACAATAATTACTAACTTGTGCCACTCAATATTAATTAATAAATAAAACCTCC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

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CGGATCAAAAAAAAAAAAGGAAACTTAAAATTGATAAAGTAAGAACATATACGCATCTAA
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TAAAAAAACCAGCGATCTCGTCGGCGATAGACAAACAAGTGAAGACCCAACCGCTCAAAG
AAAACCAAACCATTCTCATCAAATACGTCGCCATGCCAAGCGGCATCGCCATCTCCCAAG
TTTCTTCTTCTTCTTCGCTTCAAATCC


BQ
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AF RR1FP78TF C 1
AF RR1FP78JQ U 3
BS 1 2 RR1FP78TF
BS 3 507 RR1FP78JQ

RD RR1FP78TF 507 0 0
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AGAACACAAAAAAGCATCATCAAGTCCCGTATAGGAAGCAAACTACTGGTCACACCTAGA
CACAGATAGCGGCTGAGACATATAACACATCCACAAACCTGATCTAAATCTTAACCATCT
ATTAACATTAACTATTATCAAATTATCAGTCTCAAAAGAGACTCTGATCGAAAACAACAA
CGGATCAAAAAAAAAAAAGGAAACTTAAAATTGATAAAGTAAGAACATATACGCATCTAA
CAGAAGGAGAGTTAAAGATATGGATTCATCCGACATGGAAAGGACCAATATCTCCGTTTC
TAAGAGAACCAGCGATCTCGTCGGCGATAGACAAACAAGTGAAGACCCAACCGCTCAGAG
AAAACCAAACCATTCTCATCAGATACGTCGCCATGCCAAGCGGCATCGCCATCTCCCAAG
TTTCTTCTTCTTCTTCGCTTCAAATCC

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1FP78JQ 505 0 0
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CAGATAGCGGCTGAGACATATAACACATCCACAAACCTGATCTAAATCTTAACCATCTAT
TAACATTAACTATTATCAAATTATCAGTCTCAAAAGAGACTCTGATCGAAAACAACAACG
GATCAAAAAAAAAAAAGGAAACTTAAAATTGATAAAGTAAGAACATATACGCATCTAACA
GAAGGAGAGTTAAAGATATGGATTCATCCGACATGGAAAGGACCAATATCTCCGTTTCTA
AAAAAACCAGCGATCTCGTCGGCGATAGACAAACAAGTGAAGACCCAACCGCTCAAAGAA
AACCAAACCATTCTCATCAAATACGTCGCCATGCCAAGCGGCATCGCCATCTCCCAAGTT
TCTTCTTCTTCTTCGCTTCAAATCC

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

CO CL8066Contig1 640 2 2 U
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GTTCTCCGGTGGGATCGCGCCGGAGATCAGCCGCTGTAAGCTGCTAACGTACGTTGACCT
GAGTCGTAACGAGCTCTCAGGTGAGATCCCTAACGAAATCACGAGCATGAGGATCTTGAA
TTACTTGAATGTTTCGAGAAACCATCTCGTCGGTTCCATCCCTGCGACGATATCGTCGAT
GCAGAGTTTGACATCCGTTGATTTCTCTTACAACAACCTCTCCGGTTTGGTTCCCAGCAC
TGGACAGTTCGGTTACTTTAATCACACGTCCTTCGTGGGTAACTCTGATCTTTGTGGTCC
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CAAATCCAGGTCCCTGAGAAACGCTGCCGAGTCCAAGGCTTGGAGACTGACAGCTTTCCA
GAGACTAGACTTCACTTGTGATGATGTCTTGGTCTGTCTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GC37TF U 1
AF RR1GJ16TF U 1
BS 1 570 RR1GC37TF
BS 571 640 RR1GJ16TF

RD RR1GC37TF 570 0 0
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CAAATCCAGGTCCCTGAGAAACGCTGCCGA

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR1GJ16TF 640 0 0
GATCGGGAACTTCTCCGGCGTCCAGAAATTGCTTCTAGATGGTAACAAGTTCGTCGGTCC
GATTCCCTCGGAGATAGGGAGGCTTCAGCAGCTCTCGAAGCTTGATTTCAGCCACAATCT
GTTCTCCGGTGGGATCGCGCCGGAGATCAGCCGCTGTAAGCTGCTAACGTACGTTGACCT
GAGTCGTAACGAGCTCTCAGGTGAGATCCCTAACGAAATCACGAGCATGAGGATCTTGAA
TTACTTGAATGTTTCGAGAAACCATCTCGTCGGTTCCATCCCTGCGACGATATCGTCGAT
GCAGAGTTTGACATCCGTTGATTTCTCTTACAACAACCTCTCCGGTTTGGTTCCCAGCAC
TGGACAGTTCGGTTACTTTAATCACACGTCCTTCGTGGGTAACTCTGATCTTTGTGGTCC
GTATTTGGGTCCTTGCAACCAGCCTCATCATGTCAGACCACCTCTATCGGCTACTACAAA
GCTCTTACTCGTCCTCGGGTTACTGTTCTGTTCGATGGTGTTTGCCATAGCTGCCATAGT
CAAATCCAGGTCCCTGAGAAACGCTGCCGAGTCCAAGGCTTGGAGACTGACAGCTTTCCA
GAGACTAGACTTCACTTGTGATGATGTCTTGGTCTGTCTC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL8067Contig1 943 2 4 U
GGAACTTCTCACAACTCATAAAAAGTGAGACAAATTAAGATAGAGGTAAAGAGGGAGATC
TAAGAACATGAACCACACTGTGGATGATCAAAACATGGCTTTTATCTCTCAATTGTATCC
TGATGTCTACACTCGGATGGTACCACAACAAGGTGAAGTGAAGCCACCGAGACGAAGGAG
GAAGAAGAGCAAAGCAGCGGTTGCTGCTGGAGATGGAAGCAACTGCTTGTTTAGGAAGAG
AAAGCTTACCGACGAACAAGTGAACATGTTGGAGATGAGTTTTGGTGATGAACACAAGCT
CGAGTCGGAGAGGTAAGATAAACTTGCGGCGGAGCTAGGGCTTGACCCTCGTCAAGTTGC
AGTTTGGTTTCAAAACCGCCGTGCACGGTGGAAGAACAAAAGGCTCGAGGAAGAGTACAT
CAAACTCAAAAACTCACATGACAACGTCGTTGTCGACAAACGCCGACTTGAGTCAGAGCT
TCTTCAGCTCAAGGAACAGCTCTATGATGCAGAGAGGGAGATTCAAAGGTTGGCAGAAAG
AGTAGAACGAGGCTCGAGCAACATTCCAGTTTCTTCTTCAGTTTCGGTGGAAGCCAGCGA
GACGCCGTTTTTTGGAGACTATAAAGTTGGAGATGACGGTGATGACTACAATAACCTGTT
TTATCCGGTGCCTGAAAACATCTACACTGATGGAGCTGAATGGATGAATCTTTACATATA
AGATCACTACCTTAAGGCTTAATGTAATATTTTATTGTATCAACTAGTGTCGTACTGAAT
TAGGGAAGACTATTTTAGGTAAATTGGTACATTATATAACTAGTGCTATATTTCTAATGT
ACAAATAGATATAATGACGATGGATGTCTCGCTAGTGTAATTTGTCAATCTTGATGTAAG
CAACAGTTGCTTACGTAGCTATTAAGAGAAATCTGTATTAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU62TF U 1
AF RR1CU62JQ C 124
BS 1 677 RR1CU62TF
BS 678 678 RR1CU62JQ
BS 679 698 RR1CU62TF
BS 699 943 RR1CU62JQ

RD RR1CU62TF 698 0 0
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GAAGAAGAGCAAAGCAGCGGTTGCTGCTGGAGATGGAAGCAACTGCTTGTTTAGGAAGAG
AAAGCTTACCGACGAACAAGTGAACATGTTGGAGATGAGTTTTGGTGATGAACACAAGCT
CGAGTCGGAGAGGTAAGATAAACTTGCGGCGGAGCTAGGGCTTGACCCTCGTCAAGTTGC
AGTTTGGTTTCAAAACCGCCGTGCACGGTGGAAGAACAAAAGGCTCGAGGAAGAGTACAT
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TCTTCAGCTCAAGGAACAGCTCTATGATGCAGAGAGGGAGATTCAAAGGTTGGCAGAAAG
AGTAGAACGAGGCTCGAGCAACATTCCAGTTTCTTCTTCAGTTTCGGTGGAAGCCAGCGA
GACGCCGTTTTTTGGAGACTATAAAGTTGGAGATGACGGTGATGACTACAATAACCTGTT
TTATCCGGTGCCTGAAA*CATCTACACTGATGGAGCTG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CU62JQ 820 0 0
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GAAGAGCAAAGCAGCGGTTGCTGCTGGAGATGGAAGCAACTGCTTGTTTAGGAAGAGAAA
GCTTACCGACGAACAAGTGAACATGTTGGAGATGAGTTTTGGTGATGAACACAAGCTCGA
GTCGGAGAGGTAAGATAAACTTGCGGCGGAGCTAGGGCTTGACCCTCGTCAAGTTGCAGT
TTGGTTTCAAAACCGCCGTGCACGGTGGAAGAACAAAAGGCTCGAGGAAGAGTACATCAA
ACTCAAAAACTCACATGACAACGTCGTTGTCGACAAACGCCGACTTGAGTCAGAGCTTCT
TCAGCTCAAGGAACAGCTCTATGATGCAGAGAGGGAGATTCAAAGGTTGGCAGAAAGAGT
AGAACGAGGCTCGAGCAACATTCCAGTTTCTTCTTCAGTTTCGGTGGAAGCCAGCGAGAC
GCCGTTTTTTGGAGACTATAAAGTTGGAGATGACGGTGATGACTACAATAACCTGTTTTA
TCCGGTGCCTGAAAACATCTACACTGATGGAGCTGAATGGATGAATCTTTACATATAAGA
TCACTACCTTAAGGCTTAATGTAATATTTTATTGTATCAACTAGTGTCGTACTGAATTAG
GGAAGACTATTTTAGGTAAATTGGTACATTATATAACTAGTGCTATATTTCTAATGTACA
AATAGATATAATGACGATGGATGTCTCGCTAGTGTAATTTGTCAATCTTGATGTAAGCAA
CAGTTGCTTACGTAGCTATTAAGAGAAATCTGTATTAGTC

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL8068Contig1 595 2 2 U
AGTTTCAAAATGTTATTTAGAAAAGATAAAATATAAAACCTGAATCATGCCACTATGACA
TACAATGAAGACTAAAATTATTTGTTACATGTAAAATCAAATAACAATGTTAAGCCAGTC
ATAACACCACCTGGAGAGTCTGGTCTAGCCTAAGAAGGCAGGTTGTTCCAGTGACATAGC
TCCACAAAAGATATATAAAAAAAACCAAGATTACAAGAAAGTGAGAAAGGAATCATCATC
TTCTCCTGGGTGCAGAACCGCGCTGAATGGCTGCTGGTGCTTGCCCTTGAGGCCCCGCAG
TTTGTTCTTCAGCCATGTTACTCGCTTGTGTCACAGCATTCATCACAATGAGTCCAAGTG
GTATCAAGTACATCCAATATTTTGCCCAAAATGATCTCTCTACTGGCGCTTCTGCTTCAC
CTTCCATATTCTCGCTACTGCCAAGAATCTCCTCCGTGAATATCGGAGTTCTTGGTGCCT
GCTCACTACTCTTCAAGATAGTGTGGGGTTAAATGTCCATTTTCCTGGAAGTTTCAACTG
TCGAGGATACGGGCATGCTCCAGGAGAGCCGTAACTGACTGCCAAAACGTTCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BY61TF C 1
AF RR1BY61JQ U 26
BS 1 25 RR1BY61TF
BS 26 595 RR1BY61JQ

RD RR1BY61TF 595 0 0
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TACAATGAAGACTAAAATTATTTGTTACATGTAAAATCAAATAACAATGTTAAGCCAGTC
ATAACACCACCTGGAGAGTCTGGTCTAGCCTAAGAAGGCAGGTTGTTCCAGTGACATAGC
TCCACAAAAGATATATAAAAAAAACCAAGATTACAAGAAAGTGAGAAAGGAATCATCATC
TTCTCCTGGGTGCAGAACCGCGCTGAATGGCTGCTGGTGCTTGCCCTTGAGGCCCCGCAG
TTTGTTCTTCAGCCATGTTACTCGCTTGTGTCACAGCATTCATCACAATGAGTCCAAGTG
GTATCAAGTACATCCAATATTTTGCCCAAAATGATCTCTCTACTGGCGCTTCTGCTTCAC
CTTCCATATTCTCGCTACTGCCAAGAATCTCCTCCGTGAATATCGGAGTTCTTGGTGCCT
GCTCACTACTCTTCAAGATAGTGTGGGGTTAAATGTCCATTTTCCTGGAAGTTTCAACTG
TCGAGGATACGGGCATGCTCCAGGAGAGCCGTAACTGACTGCCAAAACGTTCCCT

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1BY61JQ 570 0 0
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TACATGTAAAATCAAATAACAATGTTAAGCCAGTCATAACACCACCTGGAGAGTCTGGTC
TAGCCTAAGAAGGCAGGTTGTTCCAGTGACATAGCTCCACAAAAGATATATAAAAAAAAC
CAAGATTACAAGAAAGTGAGAAAGGAATCATCATCTTCTCCTGGGTGCAGAACCGCGCTG
AATGGCTGCTGGTGCTTGCCCTTGAGGCCCCGCAGTTTGTTCTTCAGCCATGTTACTCGC
TTGTGTCACAGCATTCATCACAATGAGTCCAAGTGGTATCAAGTACATCCAATATTTTGC
CCAAAATGATCTCTCTACTGGCGCTTCTGCTTCACCTTCCATATTCTCGCTACTGCCAAG
AATCTCCTCCGTGAATATCGGAGTTCTTGGTGCCTGCTCACTACTCTTCAAGATAGTGTG
GGGTTAAATGTCCATTTTCCTGGAAGTTTCAACTGTCGAGGATACGGGCATGCTCCAGGA
GAGCCGTAACTGACTGCCAAAACGTTCCCT

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

CO CL8069Contig1 821 2 6 U
CTAGAGTTTCTTCCGAGTTTCTCACTAACTTTCTGCCAATTTATATAAATAATCAAGATT
AGGAATAAAAGATGAGTTATTTAGGAGTTGGAGTCAGTCCCGGGAACGTCGCCGGAGCCA
CAATGAAGCTGAACGATCGCAAAAGTGAGACTCACCGAGCTGATTCTGAGATGTTCTGTT
TGTGCCCTCGCTCTCGTAGCTGCGGTTCTCATTGCTACAGACACTCAAGTCAAAGAGATT
TTCACCATCCAGAAGAAGGCCAAGTACACCGACATGAAGGCGCTTGTGTTATTGGTGGTC
GTCAATGGGATAGCCGCGGCTTATTCTTTGGTGCATGGTGTTCGTTGCGTTGTGGGTATG
ATGAAAGGAAGCGTTTTGTTCAGTAAGCCTCTGGCTTGGGCCATTTTCTCCGGTGATCAG
GCAATAGCGTATTTGACTGTGGCGGCTGTTGCAGCAGCAGCGCAGTCTGCAGCCTTTGCA
AAGCTGGGTGAGCCAGAGCTTCAATGGATGAAGATATGCACAATGTATGGGAAGTTCTGT
AACCATGTAGGAGAAGGGATTGCGACAGCCTTGCTTGCTAGCATTGGTATGGTTTTGGTC
TCTTGCATTTCAGCTTTGGGTCTCTTTCGTTTGTATGGGGGTAACAAAGCCAGGCAAAGC
TCACGGTGGTGAAGGCCATGGCTCATACCGGTCTTGGACTAATCTTATTTGTGTTAAATA
AATTGTGGTGTGTGCTCTCACTCTGTCTTTCAATGTGTATACCGTCTGTTACTACTTTCA
CGGTCTCGTTTGGTCAATAATAATCGAAATTGTAGTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CX02TF U 1
AF RR1CX02JQ C 132
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DS 

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CGTTTTGTTCAGTAAGCCTCTGGCTTGGGCCATTTTTTCCGGTGATCAGGCAATAGCGTA
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GCCAGAGCTTCAATGGATGAAGATATGCACAATGTATGGGAAGTTCTGTAACCATGTAGG
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AGCTTTGGGTCTCTTTCGTTTGTATGGGGGTAACAAAGCCAGGCAAAGCTCACGGTGGTG
AAGGCCATGGCTCATACCGGTCTTGGACTAATCTTATTTGTGTTAAATAAATTGTGGTGT
GTGCTCTCACTCTGTCTTTCAATGTGTATACCGTCTGTTACTACTTTCACGGTCTCGTTT
GGTCAATAATAATCGAAATTGTAGTTTGAT

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

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GGGGAAACACAATGTGGGGCATGTGGTGAGAGCTATGCCGCCGATGAGTTCTGGATCTGC
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AAAAAAAACTCATTGTTTATTGCCCCCCGCCTTTGTCTATTTGCTTTTGCATATTATGAA
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TTTATCTTTAGGCGCTAGTTAGCCCTCTTTGTTCTGTTTTATGTTTGTTTATTAGAGAGG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1G362TF U 1
AF RR1G362JQ C 28
BS 1 591 RR1G362TF

RD RR1G362TF 591 0 0
GCTGCAAAGAAACAATCAAAGGAGAAGTCCTCTGTTTCCAACAACAGCAGCAACAGATCC
AAGTCAAACTCCAAGAGAGGATCAGAACCTAAGCCCAAGTACTCAAAGCCAGAGCCCAAA
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GGGGAAACACAATGTGGGGCATGTGGTGAGAGCTATGCCGCCGATGAGTTCTGGATCTGC
TGTGACCTCTGTGAGAACTGGTTCCATGGCAAGTGTGTGAAGATTACACCAGCCAGGGCT
GAGCACATCAAGCAGTACAAGTGCCCATCTTGCAGCAACAAGAGAGCTCGATCCTAAAAA
AAAAAAAACTCATTGTTTATTGCCCCCCGCCTTTGTCTATTTGCTTTTGCATATTATGAA
CAATCCCCTAACTGTTTGGTTAGATCAGATTTGTTGGTTTTAAGACTTCTTGTGATTTGG
TTTATCTTTAGGCGCTAGTTAGCCCTCTTTGTTCTGTTTTATGTTTGTTTATTAGAGAGG
AAAAACATTTTTAAAACCCAATCAAATGCGTCTGGTTTAGATTTGCCCATT

QA 1 591 1 591
DS 

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GAGGATGAGGATGATGAAGATGATGATGAGCAAGGGGAAACACAATGTGGGGCATGTGGT
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GGCAAGTGTGTGAAGATTACACCAGCCAGGGCTGAGCACATCAAGCAGTACAAGTGCCCA
TCTTGCAGCAACAAGAGAGCTCGATCCTAAAAAAAAAAAAACTCATTGTTTATTGCCCCC
CGCCTTTGTCTATTTGCTTTTGCATATTATGAACAATCCCCTAACTGTTTGGTTAGATCA
GATTTGTTGGTTTTAAGACTTCTTGTGATTTGGTTTATCTTTAGGCGCTAGTTAGCCCTC
TTTGTTCTGTTTTATGTTTGTTTATTAGAGAGGAAAAACATTTTTAAAACCCAATCAAAT
GCGTCTGGTTTAGATTTGCCCATT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL8071Contig1 816 2 6 U
GGATTGGAGGAACAGAAGGGCTCTGATATTCTGGTCGAAGCTATCTCTGAGTTCATTGGT
CTCAATGTTCGGATGGTTATCCTTGGAACCGGTAAGAAGAAGATGGAGGCTCAGATTCTT
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GGGCTTGTGGACACTGTTAAAGATGGCTACACAGGTTTCCACATTGGAAGATTCAACGTC
AAGTGTGAAGTTGTGGATCCAGATGATGTGATTGCAACAGCAAAGGCTGTAGCTAGAGCT
GTTGCAGTGTACGGGACACCTGCTATGAAAGAGATGGTCAAGAACTGCATGGACCAAGAC
TTCTCCTGGAAGGGACCAGCGAGACTGTGGGAAAAGGTACTATTGTCACTAGATGTTGCC
GGAAGTGAAGCTGGAGTCGAAGGTGAAGAGATAGCTCCTCTGGCGAAGGAGAACGTAGCG
ACACCTTGAGAATGTGAGTTTTTGAGTTTGGTGGAAGAAACTAGGACTAGGGAAGCCGGC
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AGTCTAATGTAATAATAAGTACATGCTCGTTTAATCATTCGGATGGTAGCATTTTATGTT
CCTATGATTTGAAAACGTGGAAGTTGTTAAAGTGTC


BQ
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AF RR1FQ87TF U 1
AF RR1FQ87JQ C 111
BS 1 644 RR1FQ87TF
BS 645 645 RR1FQ87JQ
BS 646 658 RR1FQ87TF
BS 659 659 RR1FQ87JQ
BS 660 689 RR1FQ87TF
BS 690 816 RR1FQ87JQ

RD RR1FQ87TF 689 0 0
GGATTGGAGGAACAGAAGGGCTCTGATATTCTGGTCGAAGCTATCTCTGAGTTCATTGGT
CTCAATGTTCGGATGGTTATCCTTGGAACCGGTAAGAAGAAGATGGAGGCTCAGATTCTT
GAACTTGAGGAGAAGTTCCCAGGGAAGGCGGTTGGAGTGGCGAAGTTCAACGTGCCGTTG
GCTCATATGATCACAGCAGGAGCTGACTTCATCATTGTTCCGAGCAGGTTTGAGCCGTGC
GGTCTCATTCAGCTGCACGCCATGAGGTATGGAACCGTCCCCATTGTGGCATCTACTGGT
GGGCTTGTGGACACTGTTAAAGATGGCTACACAGGTTTCCACATTGGAAGATTCAACGTC
AAGTGTGAAGTTGTGGATCCAGATGATGTGATTGCAACAGCAAAGGCTGTAGCTAGAGCT
GTTGCAGTGTACGGGACACCTGCTATGAAAGAGATGGTCAAGAACTGCATGGACCAAGAC
TTCTCCTGGAAGGGACCAGCGAGACTGTGGGAAAAGGTACTATTGTCACTAGATGTTGCC
GGAAGTGAAGCTGGAGTCGAAGGTGAAGAGATAGCTCCTCTGGCGAAGGAGAACGTAGCG
ACACCTTGAGAATGTGAGTTTTTGAGTTTGGTGGAAGAAACTAG*ACTAGGGAAGCCG*C
ACTAAAAAGTAATGTGTTACTATGTTACG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1FQ87JQ 706 0 0
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CGTGCCGTTGGCTCATATGATCACAGCAGGAGCTGACTTCATCATTGTTCCGAGCAGGTT
TGAGCCGTGCGGTCTCATTCAGCTGCACGCCATGAGGTATGGAACCGTCCCCATTGTGGC
ATCTACTGGTGGGCTTGTGGACACTGTTAAAGATGGCTACACAGGTTTCCACATTGGAAG
ATTCAACGTCAAGTGTGAAGTTGTGGATCCAGATGATGTGATTGCAACAGCAAAGGCTGT
AGCTAGAGCTGTTGCAGTGTACGGGACACCTGCTATGAAAGAGATGGTCAAGAACTGCAT
GGACCAAGACTTCTCCTGGAAGGGACCAGCGAGACTGTGGGAAAAGGTACTATTGTCACT
AGATGTTGCCGGAAGTGAAGCTGGAGTCGAAGGTGAAGAGATAGCTCCTCTGGCGAAGGA
GAACGTAGCGACACCTTGAGAATGTGAGTTTTTGAGTTTGGTGGAAGAAACTAGGACTAG
GGAAGCCGGCACTAAAAAGTAATGTGTTACTATGTTACGTGTGGTTATGTATATATACGG
GAGATGTTTCAGTCTAATGTAATAATAAGTACATGCTCGTTTAATCATTCGGATGGTAGC
ATTTTATGTTCCTATGATTTGAAAACGTGGAAGTTGTTAAAGTGTC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL8072Contig1 864 2 2 U
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ACTACGATGTATTGCTTCTGGTAGGTCTAGGGATCGGAGCTACCCCATTAATCAGTATAC
TAAGGGACGTTCTTAACAACATCAAGAATCACAAATCCATTGAAGAAGGCACGAGCCAAA
ATGTCCATAGAAGCAACACAAAACGAGCTTATTTCTATTGGGTTACAAGAGAGCAAGGAT
CACTGGAATGGTTCAGTGAGGTCATGAACGAGGTGGCTGAGTATGATAGTGAGGGTATCA
TTGAGCTACATAATTACTGCACGAGCGTGTATGAGGAAGGAGACGCGAGATCAGCACTAA
TCACGATGTTGCAGTCATTGCACCACGCCAAGAACGGCATTGACATTGTGTCAGGTACCA
GGGTCCGAACCCATTTCGCGAGACCTGATTGGCGCAGCGTTTTCAAGCATGTTGCGGTGA
ACCACGTCAATCAACGAGTTGGGGTTTTCTACTGTGGTAAATCATGCATCATAGGAGAGT
TGAAGGGACTGGCTCAAGATTTCTCTAGGAAAACTTCGACCAAGTTTGAGTTCCACAAGG
AAAATTTTTAATTTCGATTTCATCATTAGTATTTCAAGAACACAATATGTTTCATATATA
AAACTTAATTATCTATACTGGTTTGTATAACTATAACTACTTTCTGACTATAAATACGTA
TTAATTATTGTTACCAGATGTAATAAACGTATTTATATATCAAAGTACCATAAGTCCGAT
GTCGTCCAGCGGTTAGGATATCTGGCTTTCACCCAGGAGACCCGGGTTCGTTTCCCGGCA
TCGGAGCTTTTTTGCTTTTACTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F372TF U 1
AF RR1F372JQ C 196
BS 1 765 RR1F372TF
BS 766 864 RR1F372JQ

RD RR1F372TF 765 0 0
GAAGGTTTCCGAGGCTCTTGATCGATGGTCCATATGGCGCCCCGGCACAAGATTACGGAA
ACTACGATGTATTGCTTCTGGTAGGTCTAGGGATCGGAGCTACCCCATTAATCAGTATAC
TAAGGGACGTTCTTAACAACATCAAGAATCACAAATCCATTGAAGAAGGCACGAGCCAAA
ATGTCCATAGAAGCAACACAAAACGAGCTTATTTCTATTGGGTTACAAGAGAGCAAGGAT
CACTGGAATGGTTCAGTGAGGTCATGAACGAGGTGGCTGAGTATGATAGTGAGGGTATCA
TTGAGCTACATAATTACTGCACGAGCGTGTATGAGGAAGGAGACGCGAGATCAGCACTAA
TCACGATGTTGCAGTCATTGCACCACGCCAAGAACGGCATTGACATTGTGTCAGGTACCA
GGGTCCGAACCCATTTCGCGAGACCTGATTGGCGCAGCGTTTTCAAGCATGTTGCGGTGA
ACCACGTCAATCAACGAGTTGGGGTTTTCTACTGTGGTAAATCATGCATCATAGGAGAGT
TGAAGGGACTGGCTCAAGATTTCTCTAGGAAAACTTCGACCAAGTTTGAGTTCCACAAGG
AAAATTTTTAATTTCGATTTCATCATTAGTATTTCAAGAACACAATATGTTTCATATATA
AAACTTAATTATCTATACTGGTTTGTATAACTATAACTACTTTCTGACTATAAATACGTA
TTAATTATTGTTACCAGATGTAATAAACGTATTTATATATCAAAG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1F372JQ 669 0 0
ACACAAAACGAGCTTATTTCTATTGGGTTACAAGAGAGCAAGGATCACTGGAATGGTTCA
GTGAGGTCATGAACGAGGTGGCTGAGTATGATAGTGAGGGTATCATTGAGCTACATAATT
ACTGCACGAGCGTGTATGAGGAAGGAGACGCGAGATCAGCACTAATCACGATGTTGCAGT
CATTGCACCACGCCAAGAACGGCATTGACATTGTGTCAGGTACCAGGGTCCGAACCCATT
TCGCGAGACCTGATTGGCGCAGCGTTTTCAAGCATGTTGCGGTGAACCACGTCAATCAAC
GAGTTGGGGTTTTCTACTGTGGTAAATCATGCATCATAGGAGAGTTGAAGGGACTGGCTC
AAGATTTCTCTAGGAAAACTTCGACCAAGTTTGAGTTCCACAAGGAAAATTTTTAATTTC
GATTTCATCATTAGTATTTCAAGAACACAATATGTTTCATATATAAAACTTAATTATCTA
TACTGGTTTGTATAACTATAACTACTTTCTGACTATAAATACGTATTAATTATTGTTACC
AGATGTAATAAACGTATTTATATATCAAAGTACCATAAGTCCGATGTCGTCCAGCGGTTA
GGATATCTGGCTTTCACCCAGGAGACCCGGGTTCGTTTCCCGGCATCGGAGCTTTTTTGC
TTTTACTGT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL8073Contig1 559 2 1 U
GGGAGGCTAGAATCGCCGATTTCGGGTTGGCCAAGGCGATGCCTGACGCAGTCACGCACA
TTACAACCTTTAAACTTTCAGGTACAGTGGGATACATAGCACCAGAGTATCACCAAACTC
TCAAGTTCACAGATAAATGTGACATCTATAGCTTTGGGGTGATTCTTGGGGTGCTGGTGA
TTGGGAAGCTTCCTTCTGATGAGTTTTCCAGCATACTGATGAGATAAGTCTTATAAAGTG
GATGAGGAAGGTACTAACATCGGAGAATCCAAGCCTTGCGATTGATCCGAAGTTGATGGA
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TGATCCTAAACAGAGACCAAACAGCAGAGATGTCAAGACTATGCTGTCCCAGATCAAGCA
CTAGCTAGTGCCTCGCTATGATATATTGTTTGTGTATGTTTACATTCCCTGTTTTATGGA
ATAATTACACGTGAACGCTATAGTGTTCACTTGGCAGAAGCTTTGTGATGAAGATGTATA
ATTAAAATGGATTTTAATC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H454JQ C 1
AF RR1H454TF U 1
BS 1 559 RR1H454TF

RD RR1H454JQ 559 0 0
GGGAGGCTAGAATCGCCGATTTCGGGTTGGCCAAGGCGATGCCTGACGCAGTCACGCACA
TTACAACCTTTAAACTTTCAGGTACAGTGGGATACATAGCACCAGAGTATCACCAAACTC
TCAAGTTCACAGATAAATGTGACATCTATAGCTTTGGGGTGATTCTTGGGGTGCTGGTGA
TTGGGAAGCTTCCTTCTGATGAGTTTTCCAGCATACTGATGAGATAAGTCTTATAAAGTG
GATGAGGAAGGTACTAACATCGGAGAATCCAAGCCTTGCGATTGATCCGAAGTTGATGGA
ACAAGGATTCGATGAGCAGATGCTTCTTGTTCTGAAGATTGCTTGCTATTGTACTTTGGA
TGATCCTAAACAGAGACCAAACAGCAGAGATGTCAAGACTATGCTGTCCCAGATCAAGCA
CTAGCTAGTGCCTCGCTATGATATATTGTTTGTGTATGTTTACATTCCCTGTTTTATGGA
ATAATTACACGTGAACGCTATAGTGTTCACTTGGCAGAAGCTTTGTGATGAAGATGTATA
ATTAAAATGGATTTTAATC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1H454TF 559 0 0
GGGAGGCTAGAATCGCCGATTTCGGGTTGGCCAAGGCGATGCCTGACGCAGTCACGCACA
TTACAACCTTTAAACTTTCAGGTACAGTGGGATACATAGCACCAGAGTATCACCAAACTC
TCAAGTTCACAGATAAATGTGACATCTATAGCTTTGGGGTGATTCTTGGGGTGCTGGTGA
TTGGGAAGCTTCCTTCTGATGAGTTTTCCAGCATACTGATGAGATAAGTCTTATAAAGTG
GATGAGGAAGGTACTAACATCGGAGAATCCAAGCCTTGCGATTGATCCGAAGTTGATGGA
ACAAGGATTCGATGAGCAGATGCTTCTTGTTCTGAAGATTGCTTGCTATTGTACTTTGGA
TGATCCTAAACAGAGACCAAACAGCAGAGATGTCAAGACTATGCTGTCCCAGATCAAGCA
CTAGCTAGTGCCTCGCTATGATATATTGTTTGTGTATGTTTACATTCCCTGTTTTATGGA
ATAATTACACGTGAACGCTATAGTGTTCACTTGGCAGAAGCTTTGTGATGAAGATGTATA
ATTAAAATGGATTTTAATC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL8074Contig1 856 2 4 U
GGACGCCCGCTGAAGGGAAGTCTTAAAACTTTTGTTTGCGATCGAGAAAAAAAAGTTTGT
GGAAGTTGAAGAAGAAGAAGATGGCTGATTCAAAAAAGGGGCGTGTACAATGGGATGAAG
CTAATATAGTGGAAATTGAATCTAACAAGCCTGTTAGGCAGAAGATCACTGAACCTAAGA
CTCCTTACCACCCTATGATCGATGATGATGATGATGGTTCTCTGTCTCCTAGAGGAAGAT
CGTTTGACCAATGCGTCGATGATATGCAACGTGCGGAAGAACTGAGGAACGTTCTGAACG
AGGCAGCAGCTTCGTCAAGCAGAAATACTAGCCAGGGGTCTGGTTCTGGTGGCTGGAGCT
CGTCTGAGGAGGATGAAGCAGATCCAATGGATCAAGATGATGAAGACACAGATGTGGATG
ATGAGAAAAACGCACGTTTCAACGAACTTAGAAGAGTACATTACGATGAGTTTCGGAAGG
TGAAGGAACTAAGGTCCTCAGGGTCGTTCTATGAAGAAGAAGAGGAAGAAGATGATGGCG
CAAAAGGCAGTATAACAGAGGCAACAACTTCACGTCACACTACTAAAGACGTTAACAAAG
AGGTAGATGCAGCCACTACTGTTTCATCCTCGAGTTGATATCAACCTCTGCTCAATCAAT
TGTGTACTCTCTCCTCCATGTTTTACAGAGTTACCTCTCGATTAGTCTGGGGTTTACACT
AATGTTCAGCCTTTTAAAAAGAGAACAACAAAGAAAATGAGCAAAAAACATTCAGACTTC
TTTACATAGCATTTTAGTGTAATTGCTTAAAACACTTTGGTTCGGCAATGTCATTTTAAT
ACATTTTGTTTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FV84TF U 1
AF RR1FV84JQ C 179
BS 1 739 RR1FV84TF
BS 740 740 RR1FV84JQ
BS 741 753 RR1FV84TF
BS 754 856 RR1FV84JQ

RD RR1FV84TF 753 0 0
GGACGCCCGCTGAAGGGAAGTCTTAAAACTTTTGTTTGCGATCGAGAAAAAAAAGTTTGT
GGAAGTTGAAGAAGAAGAAGATGGCTGATTCAAAAAAGGGGCGTGTACAATGGGATGAAG
CTAATATAGTGGAAATTGAATCTAACAAGCCTGTTAGGCAGAAGATCACTGAACCTAAGA
CTCCTTACCACCCTATGATCGATGATGATGATGATGGTTCTCTGTCTCCTAGAGGAAGAT
CGTTTGACCAATGCGTCGATGATATGCAACGTGCGGAAGAACTGAGGAACGTTCTGAACG
AGGCAGCAGCTTCGTCAAGCAGAAATACTAGCCAGGGGTCTGGTTCTGGTGGCTGGAGCT
CGTCTGAGGAGGATGAAGCAGATCCAATGGATCAAGATGATGAAGACACAGATGTGGATG
ATGAGAAAAACGCACGTTTCAACGAACTTAGAAGAGTACATTACGATGAGTTTCGGAAGG
TGAAGGAACTAAGGTCCTCAGGGTCGTTCTATGAAGAAGAAGAGGAAGAAGATGATGGCG
CAAAAGGCAGTATAACAGAGGCAACAACTTCACGTCACACTACTAAAGACGTTAACAAAG
AGGTAGATGCAGCCACTACTGTTTCATCCTCGAGTTGATATCAACCTCTGCTCAATCAAT
TGTGTACTCTCTCCTCCATGTTTTACAGAGTTACCTCTCGATTAGTCTGGGGTTTACACT
AATGTTCAGCCTTTTAAAA*GAGAACAACAAAG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR1FV84JQ 678 0 0
GACTCCTTACCACCCTATGATCGATGATGATGATGATGGTTCTCTGTCTCCTAGAGGAAG
ATCGTTTGACCAATGCGTCGATGATATGCAACGTGCGGAAGAACTGAGGAACGTTCTGAA
CGAGGCAGCAGCTTCGTCAAGCAGAAATACTAGCCAGGGGTCTGGTTCTGGTGGCTGGAG
CTCGTCTGAGGAGGATGAAGCAGATCCAATGGATCAAGATGATGAAGACACAGATGTGGA
TGATGAGAAAAACGCACGTTTCAACGAACTTAGAAGAGTACATTACGATGAGTTTCGGAA
GGTGAAGGAACTAAGGTCCTCAGGGTCGTTCTATGAAGAAGAAGAGGAAGAAGATGATGG
CGCAAAAGGCAGTATAACAGAGGCAACAACTTCACGTCACACTACTAAAGACGTTAACAA
AGAGGTAGATGCAGCCACTACTGTTTCATCCTCGAGTTGATATCAACCTCTGCTCAATCA
ATTGTGTACTCTCTCCTCCATGTTTTACAGAGTTACCTCTCGATTAGTCTGGGGTTTACA
CTAATGTTCAGCCTTTTAAAAAGAGAACAACAAAGAAAATGAGCAAAAAACATTCAGACT
TCTTTACATAGCATTTTAGTGTAATTGCTTAAAACACTTTGGTTCGGCAATGTCATTTTA
ATACATTTTGTTTTTATC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL8075Contig1 862 2 8 U
GGAGGTGTAATGGGCGCTCCTCAAGCCGGGATGAGTGGCGTGTCAGGTGCCAGGCAGATG
CACCCCAGCTCTGCTGCTCTTTCCATGATGGATCAGAATACATTAAACCGAGCTAACCTG
CAGCGAGCTATGGGTAACATGGGCCCACCTAAGCTGATGCCTGGAATGAATCCTTACATG
AATCAACAGCAACTCCAGCAGCAACAGCAGCAGCAACCCCAACAGCAACAGTTGCAGCAT
CAACAACAATTACAGCAGCCAACTCAGTCTCAGCAGCAGCAGCAGCTACAACCACATGAG
CTGCCTCAACAACCACAGCAGCAGCAACAGTCAACAGCCTCCCCTCTTCAGTCAGTGCTA
TCACCACCCCAAGTAAGTTCGCCATCAGGTGGAATTACACAGCAGCAGCTACAACAGTCC
AGTCCCCAGCAAATGAGCCAGAGAACTCCGATGAGTCCCCAGCAAATGAACCAAAGAACT
CCAATGAGTCCCCAGCAAATGAACCAAAGAACCCCTATGAGTCCTCAGATAAGCTCGGGT
ACGATGCAGCACCCCATGAGCACAAGCAACCTCGAGGCTTGTCCAGCGAGCCCGCAGCTA
AGTTCTCAAACACATGGATCTGTGGGTGGCATCGCCAATTCCCCAATGGAGCTTCAAGGT
CCCAAGAACAACAACTCTGCTTAGTACTAATAATCCCTAATCAAGAAACCTAATGATTAG
TTTAAGAAATTCCATTTTATCTTCAAAACATGTGTTGTAAGCATTTGAAGTTTCTTTTTG
TGTCAGAGTTTTAAGTTTTGCGTGTACATAAAATAATTAAGCTTTTTTGTGTAGAGAAAG
TAAACAATCCTTTGTGATTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D651TF U 1
AF RR1D651JQ C 190
BS 1 747 RR1D651TF
BS 748 748 RR1D651JQ
BS 749 755 RR1D651TF
BS 756 756 RR1D651JQ
BS 757 768 RR1D651TF
BS 769 769 RR1D651JQ
BS 770 778 RR1D651TF
BS 779 862 RR1D651JQ

RD RR1D651TF 784 0 0
GGAGGTGTAATGGGCGCTCCTCAAGCCGGGATGAGTGGCGTGTCAGGTGCCAGGCAGATG
CACCCCAGCTCTGCTGCTCTTTCCATGATGGATCAGAATACATTAAACCGAGCTAACCTG
CAGCGAGCTATGGGTAACATGGGCCCACCTAAGCTGATGCCTGGAATGAATCCTTACATG
AATCAACAGCAACTCCAGCAGCAACAGCAGCAGCAACCCCAACAGCAACAGTTGCAGCAT
CAACAACAATTACAGCAGCCAACTCAGTCTCAGCAGCAGCAGCAGCTACAACCACATGAG
CTGCCTCAACAACCACAGCAGCAGCAACAGTCAACAGCCTCCCCTCTTCAGTCAGTGCTA
TCACCACCCCAAGTAAGTTCGCCATCAGGTGGAATTACACAGCAGCAGCTACAACAGTCC
AGTCCCCAGCAAATGAGCCAGAGAACTCCGATGAGTCCCCAGCAAATGAACCAAAGAACT
CCAATGAGTCCCCAGCAAATGAACCAAAGAACCCCTATGAGTCCTCAGATAAGCTCGGGT
ACGATGCAGCACCCCATGAGCACAAGCAACCTCGAGGCTTGTCCAGCGAGCCCGCAGCTA
AGTTCTCAAACACATGGATCTGTGGGTGGCATCGCCAATTCCCCAATGGAGCTTCAAGGT
CCCAAGAACAACAACTCTGCTTAGTACTAATAATCCCTAATCAAGAAACCTAATGATTAG
TTTAAGAAATTCCATTTTATCTTCAAA*CATGTGT*GTAAGCATTTGA*GTTTCTTTT
GTGTCA

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1D651JQ 673 0 0
CAACTCCAGCAGCAACAGCAGCAGCAACCCCAACAGCAACAGTTGCAGCATCAACAACAA
TTACAGCAGCCAACTCAGTCTCAGCAGCAGCAGCAGCTACAACCACATGAGCTGCCTCAA
CAACCACAGCAGCAGCAACAGTCAACAGCCTCCCCTCTTCAGTCAGTGCTATCACCACCC
CAAGTAAGTTCGCCATCAGGTGGAATTACACAGCAGCAGCTACAACAGTCCAGTCCCCAG
CAAATGAGCCAGAGAATTCCGATGAGTCCCCAGCAAATGAACCAAAGAACTCCAATGAGT
CCCCAGCAAATGAACCAAAGAACCCCTATGAGTCCTCAGATAAGCTCGGGTACGATGCAG
CACCCCATGAGCACAAGCAACCTCGAGGCTTGTCCAGCGAGCCCGCAGCTAAGTTTTCAA
ACACATGGATCTGTGGGTGGCATCGCCAATTCCCCAATGGAGCTTCAAGGTCCCAAGAAC
AACAACTCTGCTTAGTACTAATAATCCCTAATCAAGAAACCTAATGATTAGTTTAAGAAA
TTCCATTTTATCTTCAAAACATGTGTTGTAAGCATTTGAAGTTTCTTTTTGTGTCAGAGT
TTTAAGTTTTGCGTGTACATAAAATAATTAAGCTTTTTTGTGTAGAGAAAGTAAACAATC
CTTTGTGATTTGC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL8076Contig1 852 2 4 U
GGAACTGGGCAGTTCTCTCTCTCCTCTCTTAGTGAGAGAAAATTCTCTCCTCTTAACACA
ATTTCATCTTTCGGAGGAGTAAAATTTTCCTGAGAGGAGAAAGACTACCTTTTGATTGTA
TAATATTAGATCATATATGATCAACTTTGTTTTCCTTTAGAGGAATTTTAGTTTCGCTTT
GGCGATTTATATTTTCGTTTTAGACGATTTTGGTGTGTTTATTTCAATCAAATCAGAATC
GTGTTTCATTCTTATCTTTTTCTGATTTGGATTGAATATCAATAAAGTTATATTATAGTT
CTTCTCCTTCTGATAGGCTTGTTTAAACCGTTTGATGGAGAGGTTGGATTTCTTTTTTTG
CTGGAAACGCTTACATCTTGATTTGGATGCGGTGTCAAGCTTCGCTTTGTGTCAAGGTGG
TGAAGTATCCCCGATAATCAAGACTGGAGATGTGGATTTCTCTTTGGAAATTCAAGTTAG
AATCAAGCATAGTTGGAGTTGCCATAAAAGTCAGCGTTCCGACAAGGTTCTAATTTTGTT
TCTTCTGAAGTTTTTCCCCAGACTCAACTCTAGCAATTGGAGATGACAACCTCAAGATCA
ACGGCGATTGAAGGTATGAGGAACATGCAAGCAGTCTCAAGCAAAACCGTGAAGGAGATG
GATGGTTTTCCCGTGAGTTTTCCGGCACCGTCTTTTTCTTTTACGGACTGAAGAGATGAA
ACCACGAAGTCAACCACGTGTCCATCATGCATTCCATCGTTCTTTATACTATGGGCTTCA
TTTGGGTCAAAGTGTAATTTGAGTCTGTTTGTATCAACAGCCTTTGGGCTTTCGTTTAAT
GAAAACGAATCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CG20TF U 1
AF RR1CG20JQ C 107
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QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1CG20JQ 746 0 0
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GGCTTTCGTTTAATGAAAACGAATCA

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

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ACACTACATATGTTTCATTGAAGAAAGATTAGCCGTTGCG


BQ
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AF RR1G048JQ C 1
AF RR1G048TF U 1
BS 1 580 RR1G048TF

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ACACTACATATGTTTCATTGAAGAAAGATTAGCCGTTGCG

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1G048TF 580 0 0
GGACTTCAGTTGCACAAACATCAAGGGTTTGTGAAGATGGCATCAAAGTTGATACAAGTT
CAGTCAAAGGCATGTGAGGCTTCCAAGTTTGTGGCCAAGCATGGAACTTCTTACTACAGG
CAGTTGCTTGAGAAGAACAAGCACTATGTCCAGGAACCTGCTACGGTGGACAAGTGCCAA
GAGTTGTCTAAGCAACTTCTCTACACCCGTCTTGCTAGCATTCCTGGACGCTGTGAAACC
TTCCGGAAGGAAGTAGACTACGCAAAGAACTTGTGGAAGAACAGAACCGATCTGAAGGTA
GAGGATGCCGGAATCGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGCTTTGCCTGGTACTGCGCTGGT
GAAATCATCGGCAGAGGCTTCACCTTCACCGGCTACTACCCTTGAATCCTTTCTCTGAAA
CGGAAACAGAGCCTTTGGAGCTGTGAAAGACATCCATTTTGCTAAACTCTTTTTGATAAA
AATTGCGATCAATAAGAACAAAACTTTCCACAGGAAGTTTGATATCACTGTTTTTTTGTA
ACACTACATATGTTTCATTGAAGAAAGATTAGCCGTTGCG

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL8078Contig1 596 2 1 U
CATGCAGCCATTACACATGTCCTATCTGTGGAAAATCATTAGGAGATATGGCTGTTTATC
TCGGTATGCTTGATGCACTGTTAGCTGCCGAAGAACTTCCAGAAGAATACAAAGATCGCT
GCCAGGACATTTTATGTAATGACTGTGAACGCAAAGGAACGACACGGTTCCATTGGTTGT
ACCATAAATGCGGCACCTGCGGTTCTTACAACACCCGTGTGATCAGATCAGAAACAACAA
CCCTCCCAGACTGCTCAACCTCATCCTGAAAACAACATGAGAGGGTGTTCACTTTTATTT
ATTTTGTTGGTTTCACTCTCTGTTTCGCACAACGATGTGGTGAAGAAGGTTTCTTATGAC
AAAAAGGCCCGTTGATAGTACTTTTATTTGTATAGTTTTTTTAGATGTTAAAGATTTTTT
TGAAGAGTCTTATATTAGGTTACCGCTATACATTTTGGCTTTTGGGCTAAAGCTCTCTTG
TTTGTGGACCATCCCGTATCATGCCCTCCTGTCTTCACATCTGTTATTTGTTATTTGTTT
TCCTTGCATAAGCTGAGACTTCTTTGAAGGATGTAAATATTTGCAATTTTATTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E064TF U 1
AF RR1E064JQ C 25
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ACCATAAATGCGGCACCTGCGGTTCTTACAACACCCGTGTGATCAGATCAGAAACAACAA
CCCTCCCAGACTGCTCAACCTCATCCTGAAAACAACATGAGAGGGTGTTCACTTTTATTT
ATTTTGTTGGTTTCACTCTCTGTTTCGCACAACGATGTGGTGAAGAAGGTTTCTTATGAC
AAAAAGGCCCGTTGATAGTACTTTTATTTGTATAGTTTTTTTAGATGTTAAAGATTTTTT
TGAAGAGTCTTATATTAGGTTACCGCTATACATTTTGGCTTTTGGGCTAAAGCTCTCTTG
TTTGTGGACCATCCCGTATCATGCCCTCCTGTCTTCACATCTGTTATTTGTTATTTGTTT
TCCTTGCATAAGCTGAGACTTCTTTGAAGGATGTAAATATTTGCAATTTTATTGTA

QA 1 596 1 596
DS 

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GTGAACGCAAAGGAACGACACGGTTCCATTGGTTGTACCATAAATGCGGCACCTGCGGTT
CTTACAACACCCGTGTGATCAGATCAGAAACAACAACCCTCCCAGACTGCTCAACCTCAT
CCTGAAAACAACATGAGAGGGTGTTCACTTTTATTTATTTTGTTGGTTTCACTTTCTGTT
TCGCACAACGATGTGGTGAAGAAGGTTTCTTATGACAAAAAGGCCCGTTGATAGTACTTT
TATTTGTATAGTTTTTTTAGATGTTAAAGATTTTTTTGAAGAGTCTTATATTAGGTTACC
GCTATACATTTTGGCTTTTGGGCTAAAGCTCTCTTGTTTGTGGACCATCCCGTATCATGC
CCTCCTGTCTTCACATCTGTTATTTGTTATTTGTTTTCCTTGCATAAGCTGAGACTTCTT
TGAAGGATGTAAATATTTGCAATTTTATTGTA

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL8079Contig1 568 2 1 U
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ATAATAAACCGGCCAAAGAATTCTTTACTTGGACCAAATAGTTTTTCTTATATTTCTTTT
AAGACTAATATTTATGAAGCTGAATATTTTTTGTACATTTTTCTTTAGGTAATTTACTTT
TCAATTTTGGCGTTATAATATAATAAGAATTGTCAGTATTATATCAATCTTCTAAATAAT
CTATACTAATAAAGTATGAGTTTATTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EY28JQ C 1
AF RR1EY28TF U 1
BS 1 568 RR1EY28TF

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QA 1 568 1 568
DS 

RD RR1EY28TF 568 0 0
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AATACAGCTTTCCGGTTGAGGAGAAAGGACAAGGGAGAATAGTATGGAGATGTGAATTAA
ATGATCCAAAGAGTAGGACAAGAATTATGATATGGAGAGCATATCGAGGAGCCGCCAATG
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ATAATAAACCGGCCAAAGAATTCTTTACTTGGACCAAATAGTTTTTCTTATATTTCTTTT
AAGACTAATATTTATGAAGCTGAATATTTTTTGTACATTTTTCTTTAGGTAATTTACTTT
TCAATTTTGGCGTTATAATATAATAAGAATTGTCAGTATTATATCAATCTTCTAAATAAT
CTATACTAATAAAGTATGAGTTTATTTG

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL8080Contig1 785 2 5 U
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GGCGAAAGTGGGAGTAAACAAACCAGAACTGCTCCCAAAAGAGTTCACTTCTGTCATAGA
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TGAAAAAGATACAGGCTTTAAGCTGAGAGTCTTGGCTCAAAACTATCCTGTTACACCTGG
ACTAGCTGTCAAGGATTACTGGCAAGTTGATGATAACACTATTGTGTTTGTCGCTGATCC
CACTTTTGGGAACATATTGAACTTCAATGTTGGGGCTACTGTTGATTTGGACATACCTCG
TAGTTTCTGGAGTCGTTTAGCTGGGAAGTACGGCAACATGTTTTACTGGAAAGAAAAGGG
TGAAGATGCATCCATCGAAGCTGCAGTGATGGCTATATCAAGTTGCTTAAGGGAACCCGT
TGGTGCAAATAACTGTGCAGAGATTTACTGAAGTATTATGACCCGATAAAATGTCTGTTA
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AGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DF72TF U 6
AF RR1A595TF U 1
BS 1 303 RR1A595TF
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RD RR1DF72TF 581 0 0
GG
AGGAAGAGATACTCTAATTCATGGCTATTCTCTTCACACCTCCACAGTGCAGAGCCTTCT
CTCCTCCCGTATTCAACAACCACGCTACCGGAGAAACCACTCCCTCTCCTAACTCCGTAA
AGCTAAAAACCTCTCGGTTTATCTCTATCCGGCGGCGTTGGAGTTGCAGAAGCGGCGAAA
GTGGGAGTAAACAAACCAGAACTGCTCCCAAAAGAGTTCACTTCTGTCATAGATGTTGCT
GGTTTCCTCTCTGATGGCCAGGAGAAGAGGATTGCTGAAGAAATCGATGATATTGAAAAA
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GTCAAGGATTACTGGCAAGTTGATGATAACACTATTGTGTTTGTCGCTGATCCCACTTTT
GGGAACATATTGAACTTCAATGTTGGGGCTACTGTTGATTTGGACATACCTCGTAGTTTC
TGGAGTCGTTTAGCTGGGAAGTACGGCAACATGTTTTACTGGAAAGAAAAGGGTGAAGAT
GCATCCATCGAAGCTGCCGTGATGGCTATATCAAGTTGC

QA 3 581 3 581
DS 

RD RR1A595TF 785 0 0
GGAAAGAAGGAAGAGATACTCTAATTCATGGCTATTCTCTTCACACCTCCACAGTGCAGA
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GGCGAAAGTGGGAGTAAACAAACCAGAACTGCTCCCAAAAGAGTTCACTTCTGTCATAGA
TGTTGCTGGTTTCCTCTCTGATGGCCAGGAGAAGAGGATTGCTGAAGAAATCGATGATAT
TGAGAAAGATACAGGCTTTAAGTTGAGAGTCTTGGCTCAAAACTATCCTGTTACACCTGG
ACTAGCTGTCAAGGATTACTGGCAAGTTGATGATAACACTATTGTGTTTGTCGCTGATCC
CACTTTTGGGAACATATTGAACTTCAATGTTGGGGCTACTGTTGATTTGGACATACCTCG
TAGTTTCTGGAGTCGTTTAGCTGGGAAGTACGGCAACATGTTTTACTGGAAAGAAAAGGG
TGAAGATGCATCCATCGAAGCTGCAGTGATGGCTATATCAAGTTGCTTAAGGGAACCCGT
TGGTGCAAATAACTGTGCAGAGATTTACTGAAGTATTATGACCCGATAAAATGTCTGTTA
TAAGAGTACTGTATAAACATCCATGCAACATGTGATAGTAAGAGTATAGATGTTGAATCT
GACATCAACCTTATATAGTTTTTGTACTTGTGTTATCGCACTGCATTGGTACGTTTGTCG
AGATC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL8081Contig1 908 2 6 U
GGAGACAACGCCTGACTGCTGCTCCTTCCGGTAAACTCTTCGCCGTCAAGGCGACGCATT
TAATCGACGAGAATTATTTTCTCCGATAAAGGATACTACTGAGCTTCTCGTTGCCATCAG
ACTGGAAGAAGAAGAAGATTCATATGGGTTTCCTTGTAGTCGCCGCCATTAATGTTCCTC
CTCCTCCTACATTGATCCATCAACAAGTGAAATCGAAGAAGCATGGATGTAGTAGTAAAG
AGGAAAAGATTCAAGAGAGATCTATGTTTGCTCGTCGTGGTTTCTTGCACTGCGTTAGTG
GTGCTTCGTTGATGGCCACACTTGAGTTATCTGGATTACAAGCTGCTCGAGCAGAGGATG
GAGAGAGAGAAGGAGTTGTTGGTGCTTTCAAGTCTTTGTTTGATCCTAACGAGAGAACAA
AATCCGGCAAAGAGCTACCCAAAGCTTACTTGAAATCTGCAAGGGAGGTTGTGAAAACGA
TGAGGGAGTCTCTTAAAGAAAACCCAAAAGACAATGCCAAGTTCAGAAGAAGCGCTGATT
CCGCCAAGGAATCGATTCGTGATTACTTGAGCAACTGGAGAGGGCAGAAGAGTGTAGCTG
GAGAAGAATCTTACGCTGAGCTTGAGAAAGTCATCCGAGCTCTGGCGACGTTTTACTCAA
AGGCGGGACCTTCTGCACCTCTTCCTGACGAGGTCAAGACTGAGATTTTGGATGATCTTA
ATAGAGCTGAAGAGTTTTTGTGACAGCTTTCTCTCTATATCAGATACAAGTTTTGATGTA
ACATGTTTGTATTGATGCTTATACATACAAGTCCTTGAGAACTTGTGAAAAGCAACTGAA
AATCTGTGGTATAAAAGAATGCAAAACTAAAAACACTGCTCCAAAAATTACTAAGGGAAT
GTTTATAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GW90TF U 1
AF RR1GW90JQ C 197
BS 1 696 RR1GW90TF
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BS 740 773 RR1GW90TF
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TAATCGACGAGAATTATTTTCTCCGATAAAGGATACTACTGAGCTTCTCGTTGCCATCAG
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CTCCTCCTACATTGATCCATCAACAAGTGAAATCGAAGAAGCATGGATGTAGTAGTAAAG
AGGAAAAGATTCAAGAGAGATCTATGTTTGCTCGTCGTGGTTTCTTGCACTGCGTTAGTG
GTGCTTCGTTGATGGCCACACTTGAGTTATCTGGATTACAAGCTGCTCGAGCAGAGGATG
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AATCCGGCAAAGAGCTACCCAAAGCTTACTTGAAATCTGCAAGGGAGGTTGTGAAAACGA
TGAGGGAGTCTCTTAAAGAAAACCCAAAAGACAATGCCAAGTTCAGAAGAAGCGCTGATT
CCGCCAAGGAATCGATTCGTGATTACTTGAGCAACTGGAGAGGGCAGAAGAGTGTAGCTG
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AGGCGGGACCTTCTGCACCTCTTCCTGACGAGGTCA*GACTGAGATTTTGGATGATCTTA
ATAGAGCTGAAGAGTTTT*GTGACAGCTTTCTCTCTATATCAGATACAAGTTT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1GW90JQ 712 0 0
CCATCAACAAGTGAAATCGAAGAAGCATGGATGTAGTAGTAAAGAGGAAAAGATTCAAGA
GAGATCTATGTTTGCTCGTCGTGGTTTCTTGCACTGCGTTAGTGGTGCTTCGTTGATGGC
CACACTTGAGTTATCTGGATTACAAGCTGCTCGAGCAGAGGATGGAGAGAGAGAAGGAGT
TGTTGGTGCTTTCAAGTCTTTGTTTGATCCTAACGAGAGAACAAAATCCGGCAAAGAGCT
ACCCAAAGCTTACTTGAAATCTGCAAGGGAGGTTGTGAAAACGATGAGGGAGTCTCTTAA
AGAAAACCCAAAAGACAATGCCAAGTTCAGAAGAAGCGCTGATTCCGCCAAGGAATCGAT
TCGTGATTACTTGAGCAACTGGAGAGGGCAGAAGAGTGTAGCTGGAGAAGAATCTTACGC
TGAGCTTGAGAAAGTCATCCGAGCTCTGGCGACGTTTTACTCAAAGGCGGGACCTTCTGC
ACCTCTTCCTGACGAGGTCAAGACTGAGATTTTGGATGATCTTAATAGAGCTGAAGAGTT
TTTGTGACAGCTTTCTCTCTATATCAGATACAAGTTTTGATGTAACATGTTTGTATTGAT
GCTTATACATACAAGTCCTTGAGAACTTGTGAAAAGCAACTGAAAATCTGTGGTATAAAA
GAATGCAAAACTAAAAACACTGCTCCAAAAATTACTAAGGGAATGTTTATAC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL8082Contig1 1060 2 2 U
GGATCTCCCCCCCTTCGAATCACACACGCTCTCTCGCTGTACTAGAGAGAGAGACACACT
CTGATCGGAGAAATGGATAAGAAACCGGAAGAAGATCCATACGTCCGCGACCCCAATAAG
CCATGGTCCCTCGCAGATTTCGAGATCGGGAGACCGTTAGGCAAAGGCAAATTCGGCAGA
GTCTACCTCGCTCGCGAAGCCAAGAGTCACTTCGTGGTGGCGTTGAAAGTGATATTCAAG
GAGCAGATCGAGAAGTACAAACTCCATCACCAGCTACGGAGAGAGATGGAGATCCAGACG
AGCCTAAGGCACCCCAACATCCTCCGTCTCTACGGTTGGTTCGACGACGACGAGAGGATC
TTCCTGATCCTCGAGTACGCTCACGGTGGTGAGCTCTACGGTCTCCTCAAAGAGAACGGT
CATCTCACCGAGCAACAAGCCGCCACTTACATTTCGAGTCTTAGTCAAGCGCTGGCTTAT
TGTCATGGGAAGTGTGTGATTCACAGAGATATTAAACCTGAAAACCTATTGCTCGATCAT
GAGGGAAGGTTGAAAATTGCTGATTTTGGGTGGTCAGTGCAGTCGAGTAACAAGAGGAAG
ACAATGTGTGGGACTTTGGATTACTTAGCTCCTGAGATGGTTGAGAACAAAGATCACGAT
CATGCTGTTGATAACTGGACTTTAGGGATACTGTGTTACGAGTTTCTCTATGGTAACCCT
CCTTTTGAGGCTGAGAGTCAGAAAGATACATTCAAGAGAATTGTTAAGATCGATTTGAGT
TTTCCTGTTACGCCAAATGTTTCAGCAGAAGCTAAGAATTTAATCAGTGAGCTTCTTGTT
AAGGATCCTTCCAAAAGACTCTTTCTTACGAAAATCATGCAACACCCTTGGATCGTCAAG
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ATCTAACGTTGTGGGAAGAAAGTCTTAGAAGTTCAGAGAACGCATGTATGTTGTCTCATT
TCAGCACAATATATTATAATCTAAATGAAATTTGTGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GM13TF U 1
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BS 1 723 RR1GM13TF
BS 724 1060 RR1GM13JQ

RD RR1GM13TF 723 0 0
GGATCTCCCCCCCTTCGAATCACACACGCTCTCTCGCTGTACTAGAGAGAGAGACACACT
CTGATCGGAGAAATGGATAAGAAACCGGAAGAAGATCCATACGTCCGCGACCCCAATAAG
CCATGGTCCCTCGCAGATTTCGAGATCGGGAGACCGTTAGGCAAAGGCAAATTCGGCAGA
GTCTACCTCGCTCGCGAAGCCAAGAGTCACTTCGTGGTGGCGTTGAAAGTGATATTCAAG
GAGCAGATCGAGAAGTACAAACTCCATCACCAGCTACGGAGAGAGATGGAGATCCAGACG
AGCCTAAGGCACCCCAACATCCTCCGTCTCTACGGTTGGTTCGACGACGACGAGAGGATC
TTCCTGATCCTCGAGTACGCTCACGGTGGTGAGCTCTACGGTCTCCTCAAAGAGAACGGT
CATCTCACCGAGCAACAAGCCGCCACTTACATTTCGAGTCTTAGTCAAGCGCTGGCTTAT
TGTCATGGGAAGTGTGTGATTCACAGAGATATTAAACCTGAAAACCTATTGCTCGATCAT
GAGGGAAGGTTGAAAATTGCTGATTTTGGGTGGTCAGTGCAGTCGAGTAACAAGAGGAAG
ACAATGTGTGGGACTTTGGATTACTTAGCTCCTGAGATGGTTGAGAACAAAGATCACGAT
CATGCTGTTGATAACTGGACTTTAGGGATACTGTGTTACGAGTTTCTCTATGGTAACCCT
CCT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1GM13JQ 602 0 0
TCTTAGTCAAGCGCTGGCTTATTGTCATGGGAAGTGTGTGATTCACAGAGATATTAAACC
TGAAAACCTATTGCTCGATCATGAGGGAAGGTTGAAAATTGCTGATTTTGGGTGGTCAGT
GCAGTCGAGTAACAAGAGGAAGACAATGTGTGGGACTTTGGATTACTTAGCTCCTGAGAT
GGTTGAGAACAAAGATCACGATCATGCTGTTGATAACTGGACTTTAGGGATACTGTGTTA
CGAGTTTCTTTATGGTAACCCTCCTTTTGAGGCTGAGAGTCAGAAAGATACATTCAAGAG
AATTGTTAAGATCGATTTGAGTTTTCCTGTTACGCCAAATGTTTCAGCAGAAGCTAAGAA
TTTAATCAGTGAGCTTCTTGTTAAGGATCCTTCCAAAAGACTCTTTCTTACGAAAATCAT
GCAACACCCTTGGATCGTCAAGAACGCAGATCCTAAAGGTGTGTGCCTCATTTGATGCTT
AGAAGTGGCTTATTTACATGTAATCTAACGTTGTGGGAAGAAAGTCTTAGAAGTTCAGAG
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TC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

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TTACATAGAGTAGTGATTTTTTTCCCCCTACATACCTATCTTAAAGACTAACCAACGATT
ATCCAATCCTAAATATAAGTAAGTGAACAAAAATAAAATTAGGAGTTCCGAGAGCATGTA
TTATATATTGTCAATTGTGCTAAAAGGTAAACAAACGCTAAGTCAACTATTTGAATATAA
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CAAATTAATTCATATATTTATCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BZ13JQ C 1
AF RR1BZ13TF U 1
BS 1 383 RR1BZ13TF

RD RR1BZ13JQ 383 0 0
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TTATATATTGTCAATTGTGCTAAAAGGTAAACAAACGCTAAGTCAACTATTTGAATATAA
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QA 1 383 1 383
DS 

RD RR1BZ13TF 383 0 0
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TTACATAGAGTAGTGATTTTTTTCCCCCTACATACCTATCTTAAAGACTAACCAACGATT
ATCCAATCCTAAATATAAGTAAGTGAACAAAAATAAAATTAGGAGTTCCGAGAGCATGTA
TTATATATTGTCAATTGTGCTAAAAGGTAAACAAACGCTAAGTCAACTATTTGAATATAA
GTTAACCAAACTAAATTTAAAAACGTTTAAGGAAATTGCAAATTATTTAACTTTTTGTCA
CAAATTAATTCATATATTTATCG

QA 1 383 1 383
DS 



AS 1 2

CO CL8084Contig1 796 2 4 U
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CAAATGGGAGATCGTACGAGTCACTGTTGGAGAAGGTTCTTTCGATGAACATTGTTTCTT
CTGACTATTTCAAAGAGCTTTATGGTCTCAAGACTTATCATGAGGTCATTGATGAAATCT
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TCTTGAAGCACACTGATTCTCCTTACATCAGAGCGGTCGGATTCCTATATTTAAGATATG
TTGCAGATGCAAAGACGTTGTGGACATGGTATGAACCATACATTAAAGATGATGAGGAGT
TTGCACCAGGATCAAATGGACGGGTGACGACCATGGGTGTTTACGTACGTGATTTGCTGC
TTGGACTGTATTACTTTGATACATTGTTTCCACGTATCCCGGTACCTGTGATGCGCCAGA
TTGTATCAAACCTTGAGAAGATGAATTTACCAACAAAACCATCTGGTTCAACCGGAGACA
TGTCTCGTGGGTCTGAAGACACTGCGCGTCGTCCACCATCAGTAAAAGCATCCCTCTCTG
TTTCATTTGGGCAGCGTGCACCTCACCGTGCCTCACCAGAGCTCCTCTCCGTTCGCCGTC
CTCACCTTCTGGTTAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM41TF U 1
AF RR1GF15TF U 45
BS 1 397 RR1EM41TF
BS 398 398 RR1GF15TF
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BS 597 796 RR1GF15TF

RD RR1EM41TF 596 0 0
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CTGACTATTTCAAAGAGCTTTATGGTCTCAAGACTTATCATGAGGTCATTGATGAAATCT
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TCTTGAAGCACACTGATTCTCCTTACATCAGAGCGGTTGGATTCCTATATTTAAGATATG
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QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1GF15TF 752 0 0
GG
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GCAGATGCATGGCCTCTTGAAGCACACTGATTCTCCTTACATCAGAGCGGTCGGATTCCT
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TGTGATGCGCCAGATTGTATCAAACCTTGAGAAGATGAATTTACCAACAAAACCATCTGG
TTCAACCGGAGACATGTCTCGTGGGTCTGAAGACACTGCGCGTCGTCCACCATCAGTAAA
AGCATCCCTCTCTGTTTCATTTGGGCAGCGTGCACCTCACCGTGCCTCACCAGAGCTCCT
CTCCGTTCGCCGTCCTCACCTTCTGGTTAT

QA 3 752 3 752
DS 



AS 1 2

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AGCTTGACAGGCACATGGAGCTTCACGATAAGAAGAAGCTTGAGTTAAGTGTCACAAACA
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CTGCTGATGAGAACCAGTGCGCGTGTATATTATGTGGAGAGATGTTTGAAGACTGTTTCA
GTCAAGGAACGGCTCAATGGCTGTTCAAGGGAGCTTCATACCTTACCATTCCTCCATCCA
AAAATGAGACCAATGGACAGATTGTCGTCCATGCGGTTTGTTTGACAAAAAGTTCTTTGT
CGAGCTTTGGAGTTGAGAATGCAATAAAACAGGTATTACAACTTAGTACTGTTTTGTTGC
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GTGTTTCTTTTTTCCATTATGCTAGGAAAATTATTGAGTAGAATATCCTTATGAAGGCCA
AGAAACCTATGCTGGGGGGAAGCGGTGGCGGCATCACAGGGGAAACAGGTTTGATCCTCG
TGATGCCTCTCGTTTTGTAGAAAAGTGTCAGTCAAAGTTTTGAGTTGAGCAAAGAGGATG
TGCAGTATTTTCAAAAATTATTAACATGTAATCCTTGTCTCCCTTTTTTTCATTCTATAC
AAAATACAAAAAAGAGCAAAGAGGCTTTCCCAACATTGCATATTACATATACTAATGCTT
TTCTTTCATATGTCACAAAAGAATATATGAGGGGCACTGGGTTTTCTTTCTTATGAACAC
AGATTTTGTCAGGTTACGTTTACGTGTCA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EG94TF U 1
AF RR1EG94JQ C 191
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BS 763 764 RR1EG94JQ
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CTGCTGATGAGAACCAGTGCGCGTGTATATTATGTGGAGAGATGTTTGAAGACTGTTTCA
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CGAGCTTTGGAGTTGAGAATGCAATAAAACAGGTATTACAACTTAGTACTGTTTTGTTGC
ATCTCTTAGGCTCTCTGATATCAAACTCCGTTCTTTAATCCTGCGTGAATCAACCTTTAT
GTGTTTCTTTTTTCCATTATGCTAGGAAAATTATTGAGTAGAATATCCTTATGAAGGCCA
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TGATGCCTCTCGTTTTGTAGAAAAGTGTCAGTCAAAGTTTTGAGTTGAGCAAAGAGGATG
TGCAGTATTTTCAAAA*TTATTAACATGTAATCCTTGTCTCC**TTTTTTCATTCTATAC
A

QA 1 781 1 781
DS 

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CAATGGACAGATTGTCGTCCATGCGGTTTGTTTGACAAAAAGTTCTTTGTCGAGCTTTGG
AGTTGAGAATGCAATAAAACAGGTATTACAACTTAGTACTGTTTTGTTGCATCTCTTAGG
CTCTCTGATATCAAACTCCGTTCTTTAATCCTGCGTGAATCAACCTTTATGTGTTTCTTT
TTTCCATTATGCTAGGAAAATTATTGAGTAGAATATCCTTATGAAGGCCAAGAAACCTAT
GCTGGGGGGAAGCGGTGGCGGCATCACAGGGGAAACAGGTTTGATCCTCGTGATGCCTCT
CGTTTTGTAGAAAAGTGTCAGTCAAAGTTTTGAGTTGAGCAAAGAGGATGTGCAGTATTT
TCAAAAATTATTAACATGTAATCCTTGTCTCCCTTTTTTTCATTCTATACAAAATACAAA
AAAGAGCAAAGAGGCTTTCCCAACATTGCATATTACATATACTAATGCTTTTCTTTCATA
TGTCACAAAAGAATATATGAGGGGCACTGGGTTTTCTTTCTTATGAACACAGATTTTGTC
AGGTTACGTTTACGTGTCA

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL8086Contig1 574 2 2 U
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TGCGTATGTATATACAGGTTCGGATCTTTTAAGC


BQ
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AF RR1G023JQ C 1
AF RR1G023TF U 1
BS 1 568 RR1G023TF
BS 569 574 RR1G023JQ

RD RR1G023JQ 574 0 0
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TGCGTATGTATATACAGGTTCGGATCTTTTAAGC

QA 1 574 1 574
DS 

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AGAAGAGACGAGAGAGAGAAGGGGAGAGATTTGTTGGTTTTTATCTGATTTTGGTTCTTT
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TGCGTATGTATATACAGGTTCGGATCTT

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL8087Contig1 599 2 3 U
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AATTATTGAATATTTCGAACAAATCTTGAAATTCGAAACTGCCAGTTATCAATAAAGACC
TAAAATTCCCTAATAATAAACCAAAATCCCCCTACACGATTGGTTACAAAAGCTTTTTTG
ACAGGCATTCGCTGCAATAGGTTGTGTGAACCAAAAACCTATTAATAAATACGAACACA


BQ
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AF RR1BV52JQ C 1
AF RR1BV52TF U 1
BS 1 148 RR1BV52TF
BS 149 149 RR1BV52JQ
BS 150 599 RR1BV52TF

RD RR1BV52JQ 599 0 0
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ACAGGCATTCGCTGCAATAGGTTGTGTGAACCAAAAACCTATTAATAAATACGAACACA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1BV52TF 599 0 0
GGCTTTCGAGTAAGCATGAGTAATCAAATGAAATAAAGCGGATCTATAAGACCCCATACC
TAGAGCTAACATCATATAACCCAGTTGAGACATTGTAGAATAGGCTAAACCTCTCTTAAT
ATCTTTTTGAGCAAGAGCTAAAGTGGCTTCTAAGAGTACTGTTATTATACCTATCAAAGA
TATTATATACATTATAGAAGGGATAACTATAAAAAGAGGAAGAAGACGAGCTACAAGAAA
AATTCCCGCCGCTACCATAGTAGCAGCATGTATAAGAGCCGAAATAGGAGTAGGGCCCTC
CATGGCATCTGGCAGCCATACATGAAGAGGAAATTGTGCAGATTTAGCAATAGGACCCAC
AAATAATAGAAATGCACACAAAGTAAGGAATAAGAAGATTTATTCTATTATTTAAAATTA
AATTATTGAATATTTCGAACAAATCTTGAAATTCGAAACTGCCAGTTATCAATAAAGACC
TAAAATTCCCTAATAATAAACCAAAATCCCCCTACACGATTGGTTACAAAAGCTTTTTTG
ACAGGCATTCGCTGCAATAGGTTGTGTGAACCAAAAACCTATTAATAAATACGAACACA

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 2

CO CL8088Contig1 712 2 6 U
GATCGTAAACAGGGTCAATTGCTAACTTTGGTTGAATATATGATGCTTCTGTATCGCTCT
TTGCTGCCTACCCCTGTATGGTACCGTTTCTTCTTGAACAAGGACTACGGAAGCCTATTC
TCCTCTCTCATGACAGGACTGTATCTCACTTTCAAGCTCACTTCTGTAGTTGAGAAGGTT
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TCATTTGGTGATGGATCCACCAGCCTTTTCTTCCAGATATTCTGATTAAACATGCATACA
AAAAAGACTACAAAAGTACAAATAGGTGATCACAACTCCCAAGCCCCTTGATAGACAGTA
TTGCTCGTTTAAGTTGTGCACGAAAGACACCACTGATGATGATGCCTTGAAGATGTGTAT
ACAATGTCGTTTGTTAATATGAAATTGCCTTTTATATTTCTTAGTCCAGAAAAAAAAAAG
AATTCAGTAACCAGAAATCGTATTTATTCAATATGAAAAAAGTTCTTACTAC


BQ
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AF RR1C753TF U 1
AF RR1C753JQ C 106
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CAATCCTTCTTTACGGCGTTGAAATCTTTGTCTCGCAAAGAAGTGCATTATGGATCATAT
GCAACTACGGAGCAGGTGAATGCTGCGGGCGACCTGTGTGCCATCTGCCAGGAGAAGATG
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TTTGAGAGAGAGAGGACATGTCCTCTGTGCAGGGCCTTGGTGAAACCAGCGGATCTGAAA
TCATTTGGTGATGGATCCACCAGCCTTTTCTTCCAGATATTCTGATTAAACATGCATACA
AAAAAGACTACAAAAGTACAAATAGGTGATCACAACTCCCAAGCCCCTTGATAGACAGTA
TTGCTCGTTTAAGTTGTGCACGAAAGACACCACTGATGATGATGCCTTGAAGATGTGTAT
ACAATGTCGTTTGTTAATATGAAATTGCCTTTTATATTTCTTAGTCCAGAAAAAAAAA*G
AATTCAGTAACCAGAAATCGTATTTATTCA*TATGAAAAA
GTCTTACTAC

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DS 

RD RR1C753JQ 607 0 0
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CATTATGGATCATATGCAACTACGGAGCAGGTGAATGCTGCGGGCGACCTGTGTGCCATC
TGCCAGGAGAAGATGCACACCCCAGTTTTTTTACGCTGCAAGCACATGTTTTGCGAAGAT
TGCGTTTCAGAATGGTTTGAGAGAGAGAGGACATGTCCTCTGTGCAGGGCCTTGGTGAAA
CCAGCGGATCTGAAATCATTTGGTGATGGATCCACCAGCCTTTTTTTCCAGATATTTTGA
TTAAACATGCATACAAAAAAGACTACAAAAGTACAAATAGGTGATCACAACTCCCAAGCC
CCTTGATAGACAGTATTGCTCGTTTAAGTTGTGCACGAAAGACACCACTGATGATGATGC
CTTGAAGATGTGTATACAATGTCGTTTGTTAATATGAAATTGCCTTTTATATTTCTTAGT
CCAGAAAAAAAAAAGAATTCAGTAACCAGAAATCGTATTTATTCAATATGAAAAAAGTTC
TTACTAC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

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GAAAACATTCCAAAGACTGTAAATGATGTGAAGCTCATCAATGCCGGGAAGATACTAGAC
AACAATAGGACACTTGCTGAATCCAGGCTTCCCGTTGGCGAACTTCCAGGAATGGTCATC
ACTATGCATGTTGTTCTTCGCCCTCCTACTTTAGACAAAAAGAGCGAAAAACTGCAGAAT
GATCCTCCCATGAAGAATCGATGCGCATGCACCATTTTGTAGCTGCAAGTAAATTGGATC
ATATAGAGAGATTTTAATCCTTCATGATAAAATAGCACTGGGTTGTGATGCTCCATGGAA
CAGCTGAGAAAGTTCCCTTACTGGCATAGACGTGAAAAAAAAAGAAACAAAGGATCTTCA
CTACAGAACTTGTTTACATTTGTGTGGTTGATAATTTATTTTTCATCTTTTCTTCATTGT
TTATCCAAAGTGGCTCAAGAAAATGTACTACAATTCTTGAAGGATGTTTGTTTTTAAATA
TATATACAATACGTGCAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BP84TF U 1
AF RR1BP84JQ C 47
BS 1 619 RR1BP84TF
BS 620 620 RR1BP84JQ

RD RR1BP84TF 619 0 0
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GAAAACATTCCAAAGACTGTAAATGATGTGAAGCTCATCAATGCCGGGAAGATACTAGAC
AACAATAGGACACTTGCTGAATCCAGGCTTCCCGTTGGCGAACTTCCAGGAATGGTCATC
ACTATGCATGTTGTTCTTCGCCCTCCTACTTTAGACAAAAAGAGCGAAAAACTGCAGAAT
GATCCTCCCATGAAGAATCGATGCGCATGCACCATTTTGTAGCTGCAAGTAAATTGGATC
ATATAGAGAGATTTTAATCCTTCATGATAAAATAGCACTGGGTTGTGATGCTCCATGGAA
CAGCTGAGAAAGTTCCCTTACTGGCATAGACGTGAAAAAAAAAGAAACAAAGGATCTTCA
CTACAGAACTTGTTTACATTTGTGTGGTTGATAATTTATTTTTCATCTTTTCTTCATTGT
TTATCCAAAGTGGCTCAAGAAAATGTACTACAATTCTTGAAGGATGTTTGTTTTTAAATA
TATATACAATACGTGCAGA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1BP84JQ 574 0 0
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AGATAAAAGAGTCAGAAAACATTCCAAAGACTGTAAATGATGTGAAGCTCATCAATGCCG
GGAAGATACTAGACAACAATAGGACACTTGCTGAATCCAGGCTTCCCGTTGGCGAACTTC
CAGGAATGGTCATCACTATGCATGTTGTTTTTCGCCCTCCTACTTTAGACAAAAAGAGCG
AAAAACTGCAGAATGATCCTCCCATGAAGAATCGATGCGCATGCACCATTTTGTAGCTGC
AAGTAAATTGGATCATATAGAGAGATTTTAATCCTTCATGATAAAATAGCACTGGGTTGT
GATGCTCCATGGAACAGCTGAGAAAGTTCCCTTACTGGCATAGACGTGAAAAAAAAAGAA
ACAAAGGATCTTCACTACAGAACTTGTTTACATTTGTGTGGTTGATAATTTATTTTTCAT
CTTTTCTTCATTGTTTATCCAAAGTGGCTCAAGAAAATGTACTACAATTCTTGAAGGATG
TTTGTTTTTAAATATATATACAATACGTGCAGAC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL8090Contig1 633 2 2 U
GGGGCGTCCTAAAACCCTTTAAATCCTTTGAAGAAGCAGACGACGGCGATCGAATCTCGT
GTCCCCGGCTTTCTCTATCTCTCACAATGGCTACTGCTTGCAACAGATTCATGAGCAGAT
CCTCCGTCTCGTCTCTCAGATCCGCCATCAGATCATCCCTTCACAAATCTCCAGTTGGCA
CCGGAACTCCGCCAAGTGCTTCTTCATCCGTCGGATTTCGGATTCCGTCTAAACCCGCTG
CTTCTCCAGATTCTCCTTCTCCAGGTGTCCATCTGAGCTTGGATGTGTTCAGTCTCTGTT
ACCGCTTCACAGCACGGTGGCGGCTGCTAGGCTGACGTCGTGCCTTAGCCTAACATCCAG
AAGCAGCCGATCTCTCTCTCAGGGCACATAATTTCACCGTTACCATGTGGGATCCTTGCA
TCTTTATCAAAGATGGGCCTTTCAGTCCCAAGGTGACCCACCTGATACATTCATGAAGAG
TATTACTATCAGGGGAGGCAAGTTTCTTCCAAAGACGAGAAGTGTTTTTTTTGTTTGCGA
CTCCAAACTCTTGTTCGTGAAGAAAACTGTGTAATACTATTTCTGCTCTTTATACAATTC
ATATCTCAGATTCTATCCATGTTAAAATTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR1C615TF U 1
AF RR1C615JQ C 62
BS 1 630 RR1C615TF
BS 631 633 RR1C615JQ

RD RR1C615TF 630 0 0
GGGGCGTCCTAAAACCCTTTAAATCCTTTGAAGAAGCAGACGACGGCGATCGAATCTCGT
GTCCCCGGCTTTCTCTATCTCTCACAATGGCTACTGCTTGCAACAGATTCATGAGCAGAT
CCTCCGTCTCGTCTCTCAGATCCGCCATCAGATCATCCCTTCACAAATCTCCAGTTGGCA
CCGGAACTCCGCCAAGTGCTTCTTCATCCGTCGGATTTCGGATTCCGTCTAAACCCGCTG
CTTCTCCAGATTCTCCTTCTCCAGGTGTCCATCTGAGCTTGGATGTGTTCAGTCTCTGTT
ACCGCTTCACAGCACGGTGGCGGCTGCTAGGCTGACGTCGTGCCTTAGCCTAACATCCAG
AAGCAGCCGATCTCTCTCTCAGGGCACATAATTTCACCGTTACCATGTGGGATCCTTGCA
TCTTTATCAAAGATGGGCCTTTCAGTCCCAAGGTGACCCACCTGATACATTCATGAAGAG
TATTACTATCAGGGGAGGCAAGTTTCTTCCAAAGACGAGAAGTGTTTTTTTTGTTTGCGA
CTCCAAACTCTTGTTCGTGAAGAAAACTGTGTAATACTATTTCTGCTCTTTATACAATTC
ATATCTCAGATTCTATCCATGTTAAAATTG

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1C615JQ 572 0 0
TCCCCGGCTTTCTCTATCTCTCACAATGGCTACTGCTTGCAACAGATTCATGAGCAGATC
CTCCGTCTCGTCTCTCAGATCCGCCATCAGATCATCCCTTCACAAATCTCCAGTTGGCAC
CGGAACTCCGCCAAGTGCTTCTTCATCCGTCGGATTTCGGATTCCGTCTAAACCCGCTGC
TTCTCCAGATTCTCCTTCTCCAGGTGTCCATCTGAGCTTGGATGTGTTCAGTCTCTGTTA
CCGCTTCACAGCACGGTGGCGGCTGCTAGGCTGACGTCGTGCCTTAGCCTAACATCCAGA
AGCAGCCGATCTCTCTCTCAGGGCACATAATTTCACCGTTACCATGTGGGATCCTTGCAT
CTTTATCAAAGATGGGCCTTTCAGTCCCAAGGTGACCCACCTGATACATTCATGAAGAGT
ATTACTATCAGGGGAGGCAAGTTTCTTCCAAAGACGAGAAGTGTTTTTTTTGTTTGCGAC
TCCAAACTCTTGTTCGTGAAGAAAACTGTGTAATACTATTTCTGCTCTTTATACAATTCA
TATCTCAGATTCTATCCATGTTAAAATTGTGT

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL8091Contig1 601 2 4 U
GGACGGACACATCGGAGGAGATCAATGGAGTCTTACGACGAAGACAACAGGCCTAGATTC
GTCTTCCGATCTCGTCCTTCCTCTGCTCTCACGGCGGAGGAAAACGTCCCTAAACCACCT
AACAAGATCTTCATCTCAGTCTCCGTCGTTATCTCCCTCATCGTCATATCACTCTCCTTC
TTCTACTTCGAATCCGAGCCTACCAAATCGCTCCTCTTATGGCTCTCAATCTCCGTCCTC
GTCGGTCCTTTCGCGCCTTCTTCTCTCACTGGTGGTAGCATCCGCGTCGGTTACGGTCAG
ATCTTGGAGCAAGATCAGATCAACGAAGATCTCTCGAGGAGGAACAAACGATCTAACAAA
ATGGCGCCAATGAGCTAGGCATTGAGGGATATCTGATCTGATTGGGGCAAATATGGTGAT
GAGGGAGAAGAGCTTTGTTGTTGCTGCTTTAGTTTTCTACTATACGCGGGGAAAGTGTCA
TTATAGACATACAATAAAACAGATCAATATGCCACAGGAAATAACATAGATTTATTTTTT
GGGTAACTATAAACATAATATTATTTTTTTGCAACTACTATTATTCTTTATTTATTTTAT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 

AF RR1D422TF U 1
AF RR1AP29TF U 17
BS 1 473 RR1D422TF
BS 474 474 RR1AP29TF
BS 475 589 RR1D422TF
BS 590 601 RR1AP29TF

RD RR1D422TF 589 0 0
GGACGGACACATCGGAGGAGATCAATGGAGTCTTACGACGAAGACAACAGGCCTAGATTC
GTCTTCCGATCTCGTCCTTCCTCTGCTCTCACGGCGGAGGAAAACGTCCCTAAACCACCT
AACAAGATCTTCATCTCAGTCTCCGTCGTTATCTCCCTCATCGTCATATCACTCTCCTTC
TTCTACTTCGAATCCGAGCCTACCAAATCGCTCCTCTTATGGCTCTCAATCTCCGTCCTC
GTCGGTCCTTTCGCGCCTTCTTCTCTCACTGGTGGTAGCATCCGCGTCGGTTACGGTCAG
ATCTTGGAGCAAGATCAGATCAACGAAGATCTCTCGAGGAGGAACAAACGATCTAACAAA
ATGGCGCCAATGAGCTAGGCATTGAGGGATATCTGATCTGATTGGGGCAAATATGGTGAT
GAGGGAGAAGAGCTTTGTTGTTGCTGCTTTAGTTTTCTACTATACGCGGGGAAGGTGTCA
TTATAGACATACAATAAAACAGATCAATATGCCACAGGAAATAACATAGATTTATTTTTT
GGGTAACTATAAACATAATATTATTTTTTTGCAACTACTATTATTCTTT

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1AP29TF 585 0 0
GGAGATCAATGGAGTCTTACGACGAAGACAACAGGCCTAGATTCGTCTTCCGATCTCGTC
CTTCCTCTGCTCTCACGGCGGAGGAAAACGTCCCTAAACCACCTAACAAGATCTTCATCT
CAGTCTCCGTCGTTATCTCCCTCATCGTCATATCACTCTCCTTCTTCTACTTCGAATCCG
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CTTCTTCTCTCACTGGTGGTAGCATCCGCGTCGGTTACGGTCAGATCTTGGAGCAAGATC
AGATCAACGAAGATCTCTCGAGGAGGAACAAACGATCTAACAAAATGGCGCCAATGAGCT
AGGCATTGAGGGATATCTGATCTGATTGGGGCAAATATGGTGATGAGGGAGAAGAGCTTT
GTTGTTGCTGCTTTAGTTTTCTACTATACGCGGGGAAAGTGTCATTATAGACATACAATA
AAACAGATCAATATGCCACAGGAAATAACATAGATTTATTTTTTGGGTAACTATAAACAT
AATATTATTTTTTTGCAACTACTATTATTCTTTATTTATTTTATT

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

CO CL8092Contig1 595 2 2 U
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TGCTGTGGACGCTACGGGGAACCCGATCCCTACATCTGCGGTGTTGACTGCCTCAGCGAA
GCATATAGGTTTAAGATGTATGCCTGAGAACGTTGCGTTTCTCAAATGCAAGAAGAACGA
TCCAAACCCTGAGAAATGTCTCGACAAGGGTCGTGACGTCACTCGCTGCGTCCTTGGCTT
GCTAAAGGATCTTCACCAAAAGTGCCAAAAGGAGATGGATGACTACGTTGGGTGTATGTA
TTACTACACAAACGAATTTGATCTGTGTAGGAAAGAGCAAGAAGCCTTCGAGAAAGTTTG
TCCCCTGAAATGAAGTTACTGTCTCATGTTTTAATTTGTAGTCTCCTAATAAAGCAACAT
CTTCATTTTTCAATGAGCTTTACTCTCTCTTCTTCTCCTTGTCATCAACATTTTTTCCTT
CCAATGTTGTCGAAGTGACTTCTCAAAGACAGCCACCTGACTCGGTTTTCATTGCTCGAT
GGTTATTTAATCAGAACATAGTGGATTTCACAAGGAATAATAATCTGGTTGATCC


BQ
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AF RR1DB30JQ C 1
AF RR1DB30TF U 1
BS 1 568 RR1DB30TF
BS 569 595 RR1DB30JQ

RD RR1DB30JQ 595 0 0
GGGAAGTCGATCCGTTGAAAAGTGTCAGGGATAATCTAATTTGTGAGCTATGTCGAGTGC
TGCTGTGGACGCTACGGGGAACCCGATCCCTACATCTGCGGTGTTGACTGCCTCAGCGAA
GCATATAGGTTTAAGATGTATGCCTGAGAACGTTGCGTTTCTCAAATGCAAGAAGAACGA
TCCAAACCCTGAGAAATGTCTCGACAAGGGTCGTGACGTCACTCGCTGCGTCCTTGGCTT
GCTAAAGGATCTTCACCAAAAGTGCCAAAAGGAGATGGATGACTACGTTGGGTGTATGTA
TTACTACACAAACGAATTTGATCTGTGTAGGAAAGAGCAAGAAGCCTTCGAGAAAGTTTG
TCCCCTGAAATGAAGTTACTGTCTCATGTTTTAATTTGTAGTCTCCTAATAAAGCAACAT
CTTCATTTTTCAATGAGCTTTACTCTCTCTTCTTCTCCTTGTCATCAACATTTTTTCCTT
CCAATGTTGTCGAAGTGACTTCTCAAAGACAGCCACCTGACTCGGTTTTCATTGCTCGAT
GGTTATTTAATCAGAACATAGTGGATTTCACAAGGAATAATAATCTGGTTGATCC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1DB30TF 568 0 0
GGGAAGTCGATCCGTTGAAAAGTGTCAGGGATAATCTAATTTGTGAGCTATGTCGAGTGC
TGCTGTGGACGCTACGGGGAACCCGATCCCTACATCTGCGGTGTTGACTGCCTCAGCGAA
GCATATAGGTTTAAGATGTATGCCTGAGAACGTTGCGTTTCTCAAATGCAAGAAGAACGA
TCCAAACCCTGAGAAATGTCTCGACAAGGGTCGTGACGTCACTCGCTGCGTCCTTGGCTT
GCTAAAGGATCTTCACCAAAAGTGCCAAAAGGAGATGGATGACTACGTTGGGTGTATGTA
TTACTACACAAACGAATTTGATCTGTGTAGGAAAGAGCAAGAAGCCTTCGAGAAAGTTTG
TCCCCTGAAATGAAGTTACTGTCTCATGTTTTAATTTGTAGTCTCCTAATAAAGCAACAT
CTTCATTTTTCAATGAGCTTTACTCTCTCTTCTTCTCCTTGTCATCAACATTTTTTCCTT
CCAATGTTGTCGAAGTGACTTCTCAAAGACAGCCACCTGACTCGGTTTTCATTGCTCGAT
GGTTATTTAATCAGAACATAGTGGATTT

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL8093Contig1 576 2 1 U
GAATGATAACCGGGATGTTGTTGTGGTCGATGTTGATGACATCAGTCTGATAGAACAAGA
GAGTTACATTGAAGAAGCAAAGCAGCTGAAAAGCAAACTAACACTTGAACTATACTCTAA
GCTAAGATCACAAGGCTATTCAATGGTTCTGTTGTCAAGAAGACCCCAAGAGGAGAGAAA
TTCCACAGCTGAGCAGTTAAAATCTAGAGGATACAGCCACTGGTCCGGTTTGATCATGAG
GGAAGATACAAGGCAGAAAGAAGAGTTGGAAAGAGATTACCGAATAGTTGGAGTCATTGG
TAATCACATGGATGTGTTAACAGGCCAATGGAACTGGCAAAGCAAGCGTCTGTTCAAGCT
TCCAAGTCTTACCTATAATGATGTCTTTGGATTACATTGAAAGATGATGAGATCATGGGA
GGTTTTTTCAAACTTCAAATGTGCATATAGGTTTTCAAGAGTTTCTGTAATATAGTTTCT
ATACAATTCAGTGATAAGGTACCTATTGTAAGATTGATCAACAATCATGGTACAATTTGT
GATATATATAGTTGTATACCAGTCAAAAATAAGGTA


BQ
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AF RR1AN15JQ C 1
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BS 1 576 RR1AN15TF

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DS 

RD RR1AN15TF 576 0 0
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GGAAGATACAAGGCAGAAAGAAGAGTTGGAAAGAGATTACCGAATAGTTGGAGTCATTGG
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TCCAAGTCTTACCTATAATGATGTCTTTGGATTACATTGAAAGATGATGAGATCATGGGA
GGTTTTTTCAAACTTCAAATGTGCATATAGGTTTTCAAGAGTTTCTGTAATATAGTTTCT
ATACAATTCAGTGATAAGGTACCTATTGTAAGATTGATCAACAATCATGGTACAATTTGT
GATATATATAGTTGTATACCAGTCAAAAATAAGGTA

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

CO CL8094Contig1 1158 2 4 U
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TCTCAATTGCTTCCCAAGTTCTGAACGAGTATAAGCAAGATTTGGAACTCTTTGCTTTCA
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GTCCTAGCATGGTTGAGCTCGAGGAGTTTAGTAGAGAATATAAGAAGAGATTAGATGTTG
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AACTTATGGACATATTTTATCAAAGCTCACAACCTTTTAGGTTGAGTTTTATCATTATGG
CTTGTATGAGTTGAGATGGTGAGTAAGATATAAACAGGGAAAGCTGACTCTCCGAGAGTA
AAAGAATCAGATCTTATT


BQ
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AF RR1G143TF U 1
AF RR1G143JQ C 547
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BS 678 719 RR1G143TF
BS 720 1158 RR1G143JQ

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CTTCTGCTTTTTCTAAATTTTATTTTTCTTCCTCCTCCTTGTCTCCTCCTTCTGCTCGAC
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TCTCAATTGCTTCCCAAGTTCTGAACGAGTATAAGCAAGATTTGGAACTCTTTGCTTTCA
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DS 

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CAGTTCACAGGGTGATAACTCTCTACTTAGATTAGTCAAGTAGAGGGCAGAAGCAGAAGT
AGAGTTGCTAGAAAAGGAAGTTTATTGCTAGTTTGAAAGTTACTGCTTTCCCATAACTTA
TGGACATATTTTATCAAAGCTCACAACCTTTTAGGTTGAGTTTTATCATTATGGCTTGTA
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TCAGATCTTATT

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

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TTCCCGTGGGTTTACAGGGAGCCAGGCATAATGCTCATCAGTACTACGGGTTATCATCTT
CTGATCTCCACCATTACTACTTAAACAGACCTCCTCCTCCACCACCACCATCATCAACAA
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TCTGTTTCTTGACCATGGGGACAACACCGTGTAACGATACAGAATCTAAAAAGTCTCAAC
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TTATTTATTTTTATTTATTTTGGATTCTGTAATTTTCAAAATACAGTCACAATCTATTTG
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BQ
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AF RR1A285TF U 1
AF RR1A285JQ C 282
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BS 666 678 RR1A285TF
BS 679 989 RR1A285JQ

RD RR1A285TF 678 0 0
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CTTCTTTCCCAAGCAACCCTCTCATCAGATCAAACCCGTTAAGCTCTGTTCTGGACAATG
TTCCCGTGGGTTTACAGGGAGCCAGGCATAATGCTCATCAGTACTACGGGTTATCATCTT
CTGATCTCCACCATTACTACTTAAACAGACCTCCTCCTCCACCACCACCATCATCAACAA
CTCTCCCTCTATCTCAGCCTCTAGGGTTGCGAAACATCGATAGCAGAAACGAGAAAGGGT
TCTGTTTCTTGACCATGGGGACAACACCGTGTAACGATACAGAATCTAAAAAGTCTCAAC
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GTAG*AAACTGTCTGACA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1A285JQ 708 0 0
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CCTTTCAGTGAGTTCTTGAAGACAGCTCGGAGATTGACGATTCTGACTGAGCAAGGAAGA
GAGAGCGTTGTAGCATAAAGTGGGTTGAGTCTTTTTGTTGGAGCTTGGAAGTCAAAGCTT
TGAAGCTTGAAACGTTTTTTTATTTATTTTTATTTATTTTGGATTCTGTAATTTTCAAAA
TACAGTCACAATCTATTTGCAAATAAAATAGATTCATCTTTTCTTGCT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

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TCCGGATCATATATTACATGGATTTGTGTGACG


BQ
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AF RR1C701JQ C 1
AF RR1C701TF U 1
BS 1 573 RR1C701TF

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QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1C701TF 573 0 0
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AAGGAGCTTCCAGAAAATCCTATATTGGCATCCTCTATCGGTATAGTGTGGTCGGCAGCG
TTGACAGGAATGATGGGATCGCGTTACTTAAGGACGAGGAAAGTAGTCCCGGCAGGAGTT
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TTTCATATTCTGAAAGTTGTTGAACAGTGTGCTTTGTGGTGATGTTTATCTACCTTCTTC
CGTACCCATATATAGACTCTCGGAAGGAATATGACTAATGGAATAACTGTAATTGAAGAG
TCCGGATCATATATTACATGGATTTGTGTGACG

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL8097Contig1 503 2 4 U
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GAGTTTTTCCTTCTTTGCATTTA


BQ
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AF RR1CL78JQ U 1
AF RR1AB84JQ U 12
BS 1 235 RR1CL78JQ
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BS 394 503 RR1AB84JQ

RD RR1CL78JQ 393 0 0
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CTAGGTTTCGTCGTTTTATGGAAAAATATCTTCCGTATCAACCGTCAAGTGCTCACAAAG
TGTTTATGACAGTGAAACTAGGTGCTTCTTTACCTAAAACCTCAAGGAAGGGGGAATCTC
TCAACTGCGTGAAGCTCTCTTCCTTCCACGGCCTCTGCTGCTTGTTGTTGCTGCCTTCTT
TGATGCTTCACTCTGCTCGTTATCACTTCTTCC

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR1AB84JQ 492 0 0
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CGTTTTATGGAGAAATATCTTCCGTATCAACCGTCAAGTGCTCAAAAAGTGTTTATGACA
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TCTGCTCGTTATCACTTCTTCCACTCTCAAAGCTTTCACCTTTGTCCGTGGACTCTTCCT
CTTCCTCTGCAACTTCTTTCCCTGAATCTTCTTTGTCTCTTAGTGCTCTGAGTTTTTCCT
TCTTTGCATTTA

QA 1 492 1 492
DS 



AS 1 2

CO CL8098Contig1 573 2 1 U
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TCATCCTGGCATCCCATGTGTGTTCTATGATCACTTCTACGATTGGGGAAGCTCGATTCA
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GATCCGTGTTTTGGAAGCAAAGTCTAATCTATACGCAGCCATTGTTGGTGAGAAACTGTG
CATGAAGCTTGGAGATGCCTCTTGGTGTCCTTCTGGTGGAGAGTGGACTCTAGCAACAAG
TGGCCATCGCTATGCCGTCTGGCACAAGTAATCTTTTGGTGTATCTACAAAGTTCAAACC
TCGGAGGTTGTGGCTTTCAGAGTCCATATAAATAATTCACTTTTTTATCCTGGATTTAAC
TATAAATAATGTTCCACCACTTACGTCTTCTTGTCACAAGGTTCAATTTTATAAAGTAAG
CACTATTTGTGGGTTGACTTTTATCGTGTTTCAAAAGGGTCCAAGATAATACCCAAAATA
ATTGATTTGATCCTTTTAAGTTGGAGTTTGTTT


BQ
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QA 1 573 1 573
DS 



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QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

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TAC


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10 10 10 

AF RR1CH53TF U 1
AF RR1CH53JQ C 130
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BS 702 843 RR1CH53JQ

RD RR1CH53TF 706 0 0
GACCCACACCAGTGAGAGTTCAGAGAAAGAGAAGATGATTCTGATGCTCTCTTACTCTCC
GGCGATAATCTCAGCCGTTAAATATCTGGGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTTC
TCAGCCTAGTATCTCGATCTCTAGGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGAA
AGATAAAAGAAGAAGAAGAGGAGAAGAAGATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGG
AGGGATGTTTCCGGTGGACCCCTGGGCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCGCA
GCTCTTCGCGGTGTCTCTGTTTCCATACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAATCCAA
AACTGCTCCGAAGCTCACACTTTTCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTTGGAGCTAC
AAGTAAGTAGAGTCTGTTTTAGCGTTTTTGCGCCTTGCTCTGCTAATAGCGTTTAGCGTT
TCTTAATCATCTCTCTCTGTTACTTCTCTTTTGTCTTTGATGATTTGATCATTTGAATTT
GGGGATGTAAACGGTTCAGTACCTGCTGGGATATATGCTAAGGTGCATTATGGAGCATCA
TTGTCAAACGTTGATTGGTTACATGGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAATTTG
TTCATCGTGTTGGGTCTCAGACAAGCTTTGCGCAAGTCTGA
GATAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1CH53JQ 714 0 0
TATCTCGATCTCTAGGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGAAAGATAAAAG
AAGAAGAAGAGGAGAAGAAGATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGATGTT
TCCGGTGGACCCCTGGGCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCGCAGCTCTTCGC
GGTGTCTCTGTTTCCATACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAATCCAAAACTGCTCC
GAAGCTCACACTTTTCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTTGGAGCTACAAGTAAGTA
GAGTCTGTTTTAGCGTTTTTGCGCCTTGCTCTGCTAATAGCGTTTAGCGTTTCTTAATCA
TCTCTCTCTGTTACTTCTCTTTTGTCTTTGATGATTTGATCATTTGAATTTGGGGATGTA
AACGGTTCAGTACCTGCTGGGATATATGCTAAGGTGCATTATGGAGCATCATTGTCAAAC
GTTGATTGGTTACATGGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTG
TTGGGTCTCAGACAAGCTTTGCGCAAGTCTGAAGATAATGATGAAGATACTCTAACCACA
ACGAGTCAACAAGAACAAGAAAAATCTTCAGTCTAGTAAAATATGGAATGATATGTATTC
TTCTTCCTTTTTTGTCGCCATCAGATTTTATTAATAACGAGGTGAGATTGATAC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL8101Contig1 758 2 2 U
GGGCAGTAGTAGTAAGCACGCAGCTGCATCAGAGGCAAAACCTATTTATAGACACCTTAG
AGAGATTCGAACAGAGCTGCAGCTATGGCTAGAGAACAGCGCGGTTCTTAAAGACGAGCT
CCAGGGAAGGTACACATCGCTAGCTAATATCCAAGAAGAAGTTGCAAGAGTCACGTCTCA
CTCTGGAGGTAGTAAAGTAAGTGACTCAGAGATAAGTGGTTACCAAGCTGCAAAGTTCCA
TGGAGAGATACTCAACATGAAGCAAGAGAACAAAAGGGTGTCGAGTCAACTGCAATCTGG
TCTTGATCGTGTGAGAACGTTGAAGACTGATGTGGAGAGGATTCTGAGTAAACTTGAAGA
GGATATTGGGATCTCAAGTGCAACAGAAGCAAGAACAACTCCGAGCAAGAGCTCGTCGAG
TGGAAGAACGAGGATTCCATTACGGTCATTCTTGTTCGGTGTCAAGTTAAAGAAGCATAC
AAAACAGAAGCAAGCTTCAGCATCACTCTTCTCTTGTGTCAGTCCATCACCAGCTCTGGA
AAGACAGTCTAGTTACGTTAGGCAACCTGGAAACCTCCCTGAATAATCAAATCTATCTGG
CTTGTTATTTTACCTTTTCGGTTCATTGTTTTCTAGCCTTTCTATCTTTTGTTACCAAAC
TATGGCTAGTGAGATGCTAATCCAGAATTTGAAAATCTCTTTTGGAGTAAGTTTAAATTT
ATGATATTAATTAGTAGTGGTAAGTACTACTTTACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H613TF U 1
AF RR1H613JQ C 46
BS 1 618 RR1H613TF
BS 619 758 RR1H613JQ

RD RR1H613TF 618 0 0
GGGCAGTAGTAGTAAGCACGCAGCTGCATCAGAGGCAAAACCTATTTATAGACACCTTAG
AGAGATTCGAACAGAGCTGCAGCTATGGCTAGAGAACAGCGCGGTTCTTAAAGACGAGCT
CCAGGGAAGGTACACATCGCTAGCTAATATCCAAGAAGAAGTTGCAAGAGTCACGTCTCA
CTCTGGAGGTAGTAAAGTAAGTGACTCAGAGATAAGTGGTTACCAAGCTGCAAAGTTCCA
TGGAGAGATACTCAACATGAAGCAAGAGAACAAAAGGGTGTCGAGTCAACTGCAATCTGG
TCTTGATCGTGTGAGAACGTTGAAGACTGATGTGGAGAGGATTCTGAGTAAACTTGAAGA
GGATATTGGGATCTCAAGTGCAACAGAAGCAAGAACAACTCCGAGCAAGAGCTCGTCGAG
TGGAAGAACGAGGATTCCATTACGGTCATTCTTGTTCGGTGTCAAGTTAAAGAAGCATAC
AAAACAGAAGCAAGCTTCAGCATCACTCTTCTCTTGTGTCAGTCCATCACCAGCTCTGGA
AAGACAGTCTAGTTACGTTAGGCAACCTGGAAACCTCCCTGAATAATCAAATCTATCTGG
CTTGTTATTTTACCTTTT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1H613JQ 713 0 0
TTATAGACACCTTAGAGAGATTCGAACAGAGCTGCAGCTATGGCTAGAGAACAGCGCGGT
TCTTAAAGACGAGCTCCAGGGAAGGTACACATCGCTAGCTAATATCCAAGAAGAAGTTGC
AAGAGTCACGTCTCACTCTGGAGGTAGTAAAGTAAGTGACTCAGAGATAAGTGGTTACCA
AGCTGCAAAGTTCCATGGAGAGATACTCAACATGAAGCAAGAGAACAAAAGGGTGTCGAG
TCAACTGCAATCTGGTCTTGATCGTGTGAGAACGTTGAAGACTGATGTGGAGAGGATTCT
GAGTAAACTTGAAGAGGATATTGGGATCTCAAGTGCAACAGAAGCAAGAACAACTCCGAG
CAAGAGCTCGTCGAGTGGAAGAACGAGGATTCCATTACGGTCATTCTTGTTCGGTGTCAA
GTTAAAGAAGCATACAAAACAGAAGCAAGCTTCAGCATCACTCTTCTCTTGTGTCAGTCC
ATCACCAGCTCTGGAAAGACAGTCTAGTTACGTTAGGCAACCTGGAAACCTCCCTGAATA
ATCAAATCTATCTGGCTTGTTATTTTACCTTTTCGGTTCATTGTTTTCTAGCCTTTCTAT
CTTTTGTTACCAAACTATGGCTAGTGAGATGCTAATCCAGAATTTGAAAATCTCTTTTGG
AGTAAGTTTAAATTTATGATATTAATTAGTAGTGGTAAGTACTACTTTACACC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL8102Contig1 1238 2 2 U
ATCTCAACATCTTTAATTAATCCGAAGAAGGAAGAGGCTAGAGCATCAATCTCTTTAAAT
ATATTAATCGGGGTTTCAATTTGCATTTCTTTGTTTTCTTTGATATTTTCTATTTAACTT
TACCAACAAGAAAAAAAAAACGCTAAAAAGATCCTGGCGGCAAGAATGTCCGTTGGAGAG
AGATCGCCGAGGACCAAAGTGAAGTTCATGACCAGCTTTGGTGGCAAAATCCTCCCTAGA
CCTTCCGACGGCCTTCTCAAATACGTCGGCGGTGAGACTCGCGTCATTGCCGTCTCTCCA
GACATCACATTCGCAGAACTCACCAAGAAACTCACAGAAATAACAGAGAACGACGTCGTA
CTCAAATACCAAATCCTCCCCGAAGATCTCGACGCGTTGGTCTCCGTAAAGTCCGACGAA
GATCTCAAACACATGATGGATGAGTACAACCGTCACGAGAAGCTAAGAACCTTCTTGTTC
CCAGCGAACCCATTGGTTCTCGAGAATCAGTTAGGTCCTATCGAGTCGTCACCACAAACG
ATAGAGCAACGCTACATCGAAGCAGTCAACGGCATTCTTCGCAAGAGTCCTTCTCTTCGT
GCTGCACCAGTCAAAACGAGACCTACTTTCACCCTCTCTGCTTGTTCTTCTCCGAGATCA
GAATCATCACCAGATGGGTACGGTCTTGAGATGCCTGAAACTGGTAGCTACCAGTTGAGC
AGGCTTTACCCAATGCATAAAGTACAGAGCAGTCCAATCATCACGCTACCACATAGCTAT
CACCACCACAGTTCTTACCTTCAGCCACCTAACTACTTGACTTGTAGGCTGCGACCACCA
CCATCGCCACCGTTAGTTTCACAGAGAGGCTGGGATCCACCCCATAACTCCGGTGGTGGT
AATGGAAAGTGCGGGTGTAATGAAGAACGTAGGTTCTTGGGTAGAACAGGTAGTGTTCCT
CAAAGTGCTATGAACCATGTGCTTCGTCTCTGATGTTGGGCTGCATGACATTTGCGGCCA
CCATCTGTTTATATTTTGTCTTTATGTTTTTTTGTACAGTTTTCGACATAATTTGTTGGT
ATCTGAGAATGTATGTGTCTGCGTGCGTGAGAATGTTTACTGCTTTGTGAAAGGGCTGCA
AGATGTTATCTTTGGTTTATTGGTACATGTTTTGTAAATCTGATGAGAATTTGTGGTTGA
GAAGATGGATTATGTGTTCGAAGAGAAGTTTTTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C748TF U 1
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AG
CTT

QA 1 722 1 722
DS 

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QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AZ15JQ C 1
AF RR1AZ15TF U 1
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QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AQ05JQ C 1
AF RR1AQ05TF U 1
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QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1AQ05TF 577 0 0
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QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DN17TF U 1
AF RR1DN17JQ C 181
BS 1 723 RR1DN17TF
BS 724 724 RR1DN17JQ
BS 725 740 RR1DN17TF
BS 741 741 RR1DN17JQ
BS 742 762 RR1DN17TF
BS 763 886 RR1DN17JQ

RD RR1DN17TF 762 0 0
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CGACTCTTCTTCTTCACCGGCATCGAAAGCTAAGAAGTCTCAGTCTTACAAAACTTACAG
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TTT*CGATTTATGTGAGAAA*AGAGATATTACTACGAGTGTA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1DN17JQ 706 0 0
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TCCTTGCGTCTCCTGCAATTCCTCCGAAAAGAGAAAAGAGAAGTATCGTTGCAGCGAAAC
TGGTTATCGGATTCCTTTCAAATGTAGAGAGGTGAGAGGAGGAGGAGAGGAAGCTTCTTC
ACACAAGAAAGACGCAGAAGAGAAGACGCAACAAAATGAGCAATCTAATGCCAGTAATAA
TGATGACGAAGAAGTTGTTGTTGATGCATCGTCGGTGAAACAGAGGAACCTGCGTGATGA
CGACTCTTCTTCTTCACCGGCATCGAAAGCTAAGAAGTCTCAGTCTTACAAAACTTACAG
AAGCTGTGTCCCTTCTGCGGATGAGGAGAGAGTGTCAGTTCTTGGTTTCGAGGCGGTTAT
GCTAGGACTGTTACTCGTGAGTGGATCCGCTGTATATTACAGAAAGAAACAGACAGTACC
GATGGCCGGAGTATCCGGTGGAAGATCACAGAGCAATTCCCGGTTTTAAGAGATTTCCTT
TTTTCGATTTATGTGAGAAACAGAGATATTACTACGAGTGTATAGAATATAAGCTTTTAG
GGGCTTTGATATAACTGGATTACTTACTTGTTTATGAGATCAATTCCCATCTGAAAAAAA
GATGTTATCACTTTACCTTTAGAAGTCTGTCATTAAGTATATGATT

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

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TCTTCCCCTTGTGTTCTAAGTAAGCCAGCTCGTACCACACGCTGCTGCTCGACGTGTTCC
CAAAACGTTCCAGCGTCTGCCTCGACGCCTCCATGTTCTCTTCACTCAGTTTGAGATCCT
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CCGTGCTCACCACCAAAGCGTA


BQ
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AF RR1CG89JQ U 6
AF RR1F183JQ U 1
BS 1 682 RR1F183JQ

RD RR1CG89JQ 581 0 0
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QA 1 581 1 581
DS 

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TCTTCCCCTTGTGTTCTAAGTAAGCCAGCTCGTACCACACGCTGCTGCTCGACGTGTTCC
CAAAACGTTCCAGCGTCTGCCTCGACGCCTCCATGTTCTCTTCACTCAGTTTGAGATCCT
TCTTAATCTCGTCGAGAGCCGTCTTGCTCGTCGCCAGCACGCATATATGCTGGAAACATG
GCTCGAGACGGCGTAGCGTCGAGATGTTTGCTCTGAGTGCATGTCTAGCGACTTCCATCA
CATCTTTTGATACGTACAGTCCTTGTTTCCCTTCCCTGTCTTCTCTCAACTCCATGCTCA
TGTAGCTTGCGTCGTCCATGCCTTTATGTGTTCTCACCAGCTGCGTAAGCTGATATTTGG
ATCGCCATTTATCGATACGCCGGCTAGAGAGCATGACCGCAGCTGCTCCCATCCGGAAGG
AACCATTCGGTGGGAGAAGCGTGAGGTCATTGCCTGAGTACCAAGTGAAGCTCACTATCT
CCGTGCTCACCACCAAAGCGTA

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL8107Contig1 843 2 2 U
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CTCACACTCTTGATCGGCGCCGCCGCCGTTGGTTCCAAAGTATCACCCGCTGATGCCGCC
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AGTGGAGATGGATTCATTGTGCAGGTGCCAGCTAAATGGAACCCAAGCAGAGAGGTAGAG
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ATGGTCACTCCTACTGACAAGAAGTCCATCACTGACTACGGTTCCCCTGAAGAGTTCCTC
TCTCAGGTCAACTATCTCCTTGGTAAACAAGCTTACTTTGGAGAGACTGCCTCTGAGGGA
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GGTGGGAAGCCATACTATTACTTGTCAGTGTTGACAAGAACAGCAGATGGAGACGAAGGT
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TGT


BQ
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10 10 10 

AF RR1EH12TF U 1
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BS 721 843 RR1EH12JQ

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TACGGTGAAGCTGCTAATGTGTTTGGGAAGCCAAAGACGAACACAGACTTCACTGCATAC
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TATCCAGGACAAGTCCTTAGGTATGAAGACAACTTTGACGCCACTAGCAGTCTCAATGTC
ATGGTCACTCCTACTGACAAGAAGTCCATCACTGACTACGGTTCCCCTGAAGAGTTCCTC
TCTCAGGTCAACTATCTCCTTGGTAAACAAGCTTACTTTGGAGAGACTGCCTCTGAGGGA
GGTTTTGACAACAATGCAGTGGCGACAGCAAACATTCTGGACACAAACATTCAGGACGTT
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GGTAAGCATCAGCTGATCACAGCCACCGTGAATGTAGGGAAGCTATATATCTGCAAAGCG
CAAGCTGGAGACAAGAGGTGGTTCAAGGGAGCCAATAAGTTTGTTGAGAAAGCAGCCACT
TCTTTCAGTGTTGCTTAAATTGAAAAGCAACACAACAGAAGAAGTCCTCTGCTTTTCTTT

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DS 

RD RR1EH12JQ 696 0 0
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GACAACTTTGACGCCACTAGCAGTCTCAATGTCATGGTCACTCCTACTGACAAGAAGTCC
ATCACTGACTACGGTTCCCCTGAAGAGTTCCTCTCTCAGGTCAACTATCTCCTTGGTAAA
CAAGCTTACTTTGGAGAGACTGCCTCTGAGGGAGGTTTTGACAACAATGCAGTGGCGACA
GCAAACATTCTGGACACAAACATTCAGGACGTTGGTGGGAAGCCATACTATTACTTGTCA
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GTGAATGTAGGGAAGCTATATATCTGCAAAGCGCAAGCTGGAGACAAGAGGTGGTTCAAG
GGAGCCAATAAGTTTGTTGAGAAAGCAGCCACTTCTTTCAGTGTTGCTTAAATTGAAAAG
CAACACAACAGAAGAAGTCCTCTGCTTTTCTTTTGAAACTAAGCTTTTGAGAACTATCTA
GATAATGATGCTACCTAGGAAGCTTCACCTGTGTCCTGTGATAACAGAACTCATATGCAA
TAATGATATTATTAATTAATAGTCAAAAGTCTTTGT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FM29TF U 1
AF RR1AU92TF U 1
BS 1 679 RR1AU92TF

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TTTACTAATCCCAAATATTTAATTTTCATTCGCGGCTGAAACTCCATCATTAGGGGAAGA
TGATTCATTGGGGTGGAGTAACCTGCTGCCTCAGCGCCGCCGCTCTTTATCTTCTCGGCC
GAAGTAGCGGCAGGGACGCCGAAGTACTCAAAACCGTCACTAGGGTTAACCAACTCAAGG
AGCTAGCTCAATTGTTAGAATTAGATAGCAGCAAGCTCCTGCCTTTCATTGTGGCTGTTT
CAGGAAGAGTTGGCTCTGACACTCCTATCAAGTGCGAGCATAGTGGCATACGCGGCGTTA
TCGTCGAGGAAACGGCGGAACAACATTTTCTGAAACACAATGAGACTGGTTCTTGGGTAC
AAGATAGTGCACTTATGCTATCCATGAGCAAGGAGGTTCCTTGGTTCCTGGATGATGGGA
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GCCTTAAGATGCTTGGAGTTAAGCGCATTGAGCGTGTTCTTCCTACTGGAATGCCTCTCA
CAATTGTTGGCGAGGCTGT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8110Contig1 784 2 5 U
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CTACATGTACCAGATCTTCAGGGGACTTGCTTACATTCACAATGTCGCTGGAGTTTGTCA
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AAGATTCTACCGTGCACCAGAGCTCATATTTGGTGCCGCTGAGTACACAACCTCCATTGA
TATC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1GD03TF U 161
AF RR1FE38TF U 1
BS 1 267 RR1FE38TF
BS 268 268 RR1GD03TF
BS 269 679 RR1FE38TF
BS 680 680 RR1GD03TF
BS 681 784 RR1FE38TF

RD RR1GD03TF 576 0 0
G
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CAATAAGCTACATGGCGGAGCGAGTCGTCGGAACAGGCTCATTCGGAATAGTTTTCCAGG
CAAAGTGTTTGGAGACCGGAGAAACCGTGGCGATCAAGAAGGTTCTGCAAGACAGGAGGT
ACAAGAACCGAGAGCTTCAGCTGATGCGTGTGATGGACCATCCCAACGTCGTCTGCTTGA
AGCACTGCTTCTTCTCTACAACAAGCAAAGACGAGCTGTTCCTCAACTTGGTCATGGAGT
ATGTCCCCGAGAGCTTGTACCGTGTTCTGAAACACTACAGCGGTGCGAACCAGAGAATGC
CTCTTGTCTACGTTAAACTCTACATGTACCAGATCTTCAGGGGACTTGCTTACATTCACA
ATGTCGCTGGAGTTTGTCACAGAGATCTTAAGCCTCAGAATCTTCTGGTTGATCCTCTTA
CTCATCAAGTCAAGATCTGTGACTTTGGCAGCGCCAAACAGCTTGTTAAAGGAGAAGCCA
ACATTTCTTACATATGTTCAAGATTCTACCGTGCA

QA 2 576 2 576
DS 

RD RR1FE38TF 784 0 0
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CGATAAGGAGGTCCCGGGTGCTGTAGTTAACGGACAAGATCAAGTCACTGGCCACATAAT
CTCCACAACAATAGGAGGCAAAAACGGAGAACCAAAACAGACAATAAGCTACATGGCGGA
GCGAGTCGTCGGAACAGGCTCATTCGGGATAGTTTTCCAGGCAAAGTGTTTGGAGACCGG
AGAAACCGTGGCGATCAAGAAGGTTCTGCAAGACAGGAGGTACAAGAACCGAGAGCTTCA
GCTGATGCGTGTGATGGACCATCCCAACGTCGTCTGCTTGAAGCACTGCTTCTTCTCTAC
AACAAGCAAAGACGAGCTGTTCCTCAACTTGGTCATGGAGTATGTCCCCGAGAGCTTGTA
CCGTGTTCTGAAACACTACAGCGGTGCGAACCAGAGAATGCCTCTTGTCTACGTTAAACT
CTACATGTACCAGATCTTCAGGGGACTTGCTTACATTCACAATGTCGCTGGAGTTTGTCA
CAGAGATCTTAAGCCTCAGAATCTTCTGGTTGATCCTCTTACTCATCAAGTCAAGATCTG
TGACTTTGGCAGCGCCAAATAGCTTGTTAAAGGAGAAGCCAACATTTCTTACATATGTTC
AAGATTCTACCGTGCACCAGAGCTCATATTTGGTGCCGCTGAGTACACAACCTCCATTGA
TATC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

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GGAGGACTCTTTCATTTCGGACTTATCCGTAGGTCTTGCAACAGGTGTGATCAAAGCTGG
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GCTTGGGGAGCAAGCTGTGTATGCTGGAGAAGACTGGAGGCAAACTCTCTAAACAAGTGA
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GTTTTCTTACTCCGACAGGTTTCTGTGGCTTGAAAATAACATTTTGTTCTTTTTTTTGTC
TTCTGTTTGCAAGTTTGAAGAACAAAACAAGAAGAAAGTTGTAAACCTTTTTTATCTCAA
ATTGCAAAACCAGTCGAACTTGTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CR60JQ C 1
AF RR1CR60TF U 1
BS 1 567 RR1CR60TF

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GTTTTCTTACTCCGACAGGTTTCTGTGGCTTGAAAATAACATTTTGTTCTTTTTTTTGTC
TTCTGTTTGCAAGTTTGAAGAACAAAACAAGAAGAAAGTTGTAAACCTTTTTTATCTCAA
ATTGCAAAACCAGTCGAACTTGTTTTT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR1CR60TF 567 0 0
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GGAGGACTCTTTCATTTCGGACTTATCCGTAGGTCTTGCAACAGGTGTGATCAAAGCTGG
TGCTCCTTGCAGGGGAGAACGTACCATGAAGTATAACCAGTTGCTTCGGATTGAGGAAGA
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GTTTTCTTACTCCGACAGGTTTCTGTGGCTTGAAAATAACATTTTGTTCTTTTTTTTGTC
TTCTGTTTGCAAGTTTGAAGAACAAAACAAGAAGAAAGTTGTAAACCTTTTTTATCTCAA
ATTGCAAAACCAGTCGAACTTGTTTTT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL8112Contig1 582 2 1 U
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TTAATTTGATGTCTTTAGATGAAAGACAGAAAGAGAAGAAGACTTTGCTTGTTTTGATCA
CTTGCCCATTTTGGTAATTTAATTCTTATGTTCTAAGTTCGG


BQ
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AF RR1E531JQ C 1
AF RR1E531TF U 1
BS 1 582 RR1E531TF

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CAAACAGATTTGGAGCAAAGGTATCCGAGGTCCTCCTAGGAGAATCAGAGTCCGTGTTGC
CCGTAAGAGAAACGATGATGAAGATGCCAAAGAGGAGTTTTACTCTCTTGTCACTGTCGC
TGAGATCCCGGCTGAAGGTTTGTTTGGTTTGGGCACCAAGGTCATTAAAGAAGACGAGTG
AAGAGAAAACAGTCTCACACAATCCCTTATCCTTAATATTGTTTCAGCTTTTTTTTTTTT
TTAATTTGATGTCTTTAGATGAAAGACAGAAAGAGAAGAAGACTTTGCTTGTTTTGATCA
CTTGCCCATTTTGGTAATTTAATTCTTATGTTCTAAGTTCGG

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1E531TF 582 0 0
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AATGGAGAAAGGGAAGGGAAGAAAGGAGGAGATCGTTACCAGGGAGTACACTATCAACCT
CCACAGGCGCCTTCATAGCTGCACATTCAAGGAGAAGGCACCCAATGCAATCAAAGAGAT
CAGGAAGTTTGCATTGAAAGCGATGGGAACCAAGGATGTTAGAGTCGATGTTAAGCTCAA
CAAACAGATTTGGAGCAAAGGTATCCGAGGTCCTCCTAGGAGAATCAGAGTCCGTGTTGC
CCGTAAGAGAAACGATGATGAAGATGCCAAAGAGGAGTTCTACTCTCTTGTCACTGTCGC
TGAGATCCCGGCTGAAGGTTTGTCTGGTTTGGGCACCAAGGTCATTAAAGAAGACGAGTG
AAGAGAAAACAGTCTCACACAATCCCTTATCCTTAATATTGTTTCAGCTTTTTTTTTTTT
TTAATTTGATGTCTTTAGATGAAAGACAGAAAGAGAAGAAGACTTTGCTTGTTTTGATCA
CTTGCCCATTTTGGTAATTTAATTCTTATGTTCTAAGTTCGG

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL8113Contig1 1090 2 2 U
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AAAAACACAGCCGCTTTAAAGGCGCAGAACGAGAAGCTACAGAAAGAGAGAGATGAGTTT
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GAGGCGAAAAATCAAGAACTCGTGGCAGAGAACACTGACTTGAGGGCCCTACTGCGATCC
ACGCAGGGAGACATGCGTTCCTTTTTGAATGCTAATGGAAGACAGAGCTTTGACCCGTCT
CAGTCTCCTTTGGGCGGGAAGACGGATGTTTTCGACCTACCTTTTCGTATGGCTCGAGGT
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GTAGACGCATAAAAAGAAGTAACGATTACTTCAGAAGCGTCAGAGAGGGAGCTTGAACTT
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CTTCGTGGCTGACTTAGATTGTGAATCTTTCAGGTGCAAAAATATCAAATCTTTTAACAA
GGAAATGTCTCATGTCTTTTTCTAATCAATTTACTGGAGAGTTTATATGAATTATGCATG
AATGTGGATTCGTATTTGTAACATTGTACAGAAGAACATCTCGGGTCTTTATTTTTGGAA
ATAGTTACAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC03TF U 1
AF RR1BC03JQ C 241
BS 1 818 RR1BC03TF
BS 819 1090 RR1BC03JQ

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GGAACATGGAGCGGGAAGAAAACTGATTCTGATTTCTACAAAAAGATTGTAGATGCATAT
GAGGCGAAAAATCAAGAACTCGTGGCAGAGAACACTGACTTGAGGGCCCTACTGCGATCC
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CAGTCTCCTTTGGGCGGGAAGACGGATGTTTTCGACCTACCTTTTCGTATGGCTCGAGGT
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ATAGTTACAT

QA 1 850 1 850
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1BC24JQ C 1
AF RR1BC24TF U 1
BS 1 578 RR1BC24TF

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DS 

RD RR1BC24TF 578 0 0
AAGCTGATTTGGTCGTCCCAGGTGCGTCTCGGTCCACTTGCTCAGACTCAACGAGGTTGT
CCACGAGTTTTTTCCTCCCCATGGCCCATGGGCATCCTTTGACGAGACACACTGAACCAT
GATATCAGGCTGTGAACTATTCTCCACAGCATGCATCAGCGTCACTATCATCGGTCTCCC
AAGGTCTTTCCCCTCATCTTCAACCATCACGTACGAGTACATATGCATGCTCACTATCAC
CAGCGGGAAACCAAGAGGTATTTGAAGCTACCAAGGGGATCTCTAGCTTTGGCCACTCCG
TCAGAGCTCTAGGCCTCTACGCCATCTAAAGGTACACTTTGCGTAGCTAGTATATGTAAT
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CGAAGATGGTGATGAGAGAGAGAGAGTGAGAGCAAAAAATTGTCAATTTGTAACATTATG
TATTGAATCTCGTCAGTGTCGTGCGAAGAGTTATATGGGCCTAAGGTAAGTTTTTAAAAT
AAACTTATTTACAGCTATAATGAAAACAATTTTCAAAT

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL8116Contig1 683 2 2 U
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AAAAATGAACTACTTATTCTCTCAGCACAGTGGCAATAGTTATGATTATAGAAGAGGAAG
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TAAACCTAATAGCTTTCTTCCCC


BQ
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AF RR1AA09TF U 1
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BS 681 683 RR1AA09JQ

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AACTCTTAAGAGAGAAAAGAAGTGAGGGTACACATCCAATTTGGATCTTGAAGAAGAATT
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GTTTGCTTGGTCAGTTTAGGTACAGGTTTACCAAACAACAAAGGACTCATTAGAAGGCCT
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GTATATAGTACATGTCCTCATTTCATCTCCACATAAGATAATTGGTCTGTTTTGACTGGG
AAAAATGAACTACTTATTCTCTCAGCACAGTGGCAATAGTTATGATTATAGAAGAGGAAG
AAAAGTAATACGTCATCGATGTTTTTGTAATGGTTCTAGCTTTGTGTTATTAATTCTTTA
TAAACCTAATAGCTTTCTTC
ACC

QA 1 680 1 680
DS 

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TACTCGACACAATGTACAATGGTCGTCTTCTTCCCAATTCTTGAGCCGGTATATAGTACA
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CTTATTCTCTCAGCACAGTGGCAATAGTTATGATTATAGAAGAGGAAGAAAAGTAATACG
TCATCGATGTTTTTGTAATGGTTCTAGCTTTGTGTTATTAATTCTTTATAAACCTAATAG
CTTTCTTCCCC

QA 1 431 1 431
DS 



AS 1 2

CO CL8117Contig1 574 2 1 U
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CACTCTCTTTTTTCTTTGTAGTTGCTCTGTTTTTCTTTGGTTTATAAGTAATATTTTGTG
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TTCCAACTTGCTCTTTTCCCTTCTTTCGAGTTTTCTTTGTCTTGAAGATTTTAATTATTC
TTTGGATTGAGTTTAATATTAAGTATCTCTTTTT


BQ
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AF RR1C530JQ C 1
AF RR1C530TF U 1
BS 1 574 RR1C530TF

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TTTGGATTGAGTTTAATATTAAGTATCTCTTTTT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR1C530TF 574 0 0
GGTTCTGGACAGCAAAGTCCTTTGGGTGAACCCTGACTGTGGCCTAAAGACTCGGAAGTA
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CACTCTCTTTTTTCTTTGTAGTTGCTCTGTTTTTCTTTGGTTTATAAGTAATATTTTGTG
TTGTGAGAGAGCAGAGAATGATATCAAATGAATTTATAGGCAAAGAAGATTATTAGACAG
CAAAGAGTTTTGTTTGATTTAGTTTTGGTTTGAAGAAACGAAGGCTTAATTCTTTGGGTT
TTCCAACTTGCTCTTTTCCCTTCTTTCGAGTTTTCTTTGTCTTGAAGATTTTAATTATTC
TTTGGATTGAGTTTAATATTAAGTATCTCTTTTT

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL8118Contig1 1087 2 6 U
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TGGAGAAATGGGGATGGTTTTCAAGAATCCTGTTGATTTATGGCAGAATGAAGATGAAAC
ATATGAAAACTTTGATCCTCAGTCTATGCACGACAAGATAGTAGAAGTCGTGAGTATATC
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TTGGTTTCAACAACCGTGTACCTTAACCATATCGCACCATGGCCAGGCGTTCATGCTAAA
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TGCAGAAACCAATGAAGTGATCAACGCTTCACAGAAACGAGCTCTGCTTCAAGAAATGGC
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TGGCTGTTCTCATAGTGTTGTGTCATAAGTCATGTGTGGAACTGATCTCATAGCGTTGTG
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TATATTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AG80TF U 1
AF RR1AG80JQ C 257
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BS 822 822 RR1AG80JQ
BS 823 846 RR1AG80TF
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RD RR1AG80TF 846 0 0
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CAACTTCAGGAAATTTTCAACACGTGTCTCGAGTTGCAACGCAGATAAAATGGAGGAAGA
TGGAGAAATGGGGATGGTTTTCAAGAATCCTGTTGATTTATGGCAGAATGAAGATGAAAC
ATATGAAAACTTTGATCCTCAGTCTATGCACGACAAGATAGTAGAAGTCGTGAGTATATC
TGGAACATGGCACCTTGGCAAACTTCAGGTTGGGTTATCTCGTGCCAGAAGGTTAGCTCA
AGGGCAATCAGTCAAGATACAACTCTGTGCGCCGTTGCCTGTGCAAATAGATGGAGAACC
TTGGTTTCAACAACCGTGTACCTTAACCATATCGCACCATGGCCAGGCGTTCATGCTAAA
GAGAGCCGCAGAGGAGCCACTGGGTCACGCAGCTGCTATAATCACAGATGTTCTAGAAAA
TGCAGAAACCAATGAAGTGATCAACGCTTCACAGAAACGAGCTCTGCTTCAAGAAATGGC
TCTACGGCTAACGTAGAATAAATAAAAGATAGACCAATCAACCACATCACTGGTTTGGTT
AGCCC*ACTGTCGATTAGAAAGTTTCGAATATGTGTATTTT*ACATATCTCGTATCTTTG
TCTAGC

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR1AG80JQ 831 0 0
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GTTTTCAAGAATCCTGTTGATTTATGGCAGAATGAAGATGAAACATATGAAAACTTTGAT
CCTCAGTCTATGCACGACAAGATAGTAGAAGTCGTGAGTATATCTGGAACATGGCACCTT
GGCAAACTTCAGGTTGGGTTATCTCGTGCCAGAAGGTTAGCTCAAGGGCAATCAGTCAAG
ATACAACTCTGTGCGCCGTTGCCTGTGCAAATAGATGGAGAACCTTGGTTTCAACAACCG
TGTACCTTAACCATATCGCACCATGGCCAGGCGTTCATGCTAAAGAGAGCCGCAGAGGAG
CCACTGGGTCACGCAGCTGCTATAATCACAGATGTTCTAGAAAATGCAGAAACCAATGAA
GTGATCAACGCTTCACAGAAACGAGCTTTGCTTCAAGAAATGGCTTTACGGCTAACGTAG
AATAAATAAAAGATAGACCAATCAACCACATCACTGGTTTGGTTAGCCCCACTGTCGATT
AGAAAGTTTCGAATATGTGTATTTTTACATATCTCGTATCTTTGTCTAGCGAAGGGATGT
TAGATGATAAGTCTTGGATATCAAGTCCGCTGAGTGAAAAAGCGGGTAGGAAAAAAAGGA
AAGAAAATGGAAACCAAAAACTGGAATCTGGGTTCCAAGAGTTTTGGCTGTTCTCATAGT
GTTGTGTCATAAGTCATGTGTGGAACTGATCTCATAGCGTTGTGTCGTAAGTCATGTGTG
GAACTGATACAAAAGCTTGTTAAATTATATTATCATCTTTTCTTTATATTG

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

CO CL8119Contig1 940 2 6 U
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AGGGTTTTAAAACTTTTGAAAAAAAAAACAAGCATTCTGATCTGTCTTTTCTTTTTTTGC
TTAATCGAAATCCAATGGCTGGTTACAGAGCAGATGATGAATACGATTACCTTTTCAAGG
TTGTTCTCATCGGTGATTCCGGTGTGGGAAAGTCCAATCTCCTTTCACGATTCACTAAGA
ACGAGTTTAGCCTCGAGTCTAAATCCACGATCGGAGTCGAGTTCGCGACTAGGAGTTTGA
ATGTTGATGATAAAGTCATCAAAGCCCAGATTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAAGGTACC
GAGCCATCACTAGCGCGTATTACCGAGGCGCCGTTGGAGCGCTTCTTGTCTACGACGTAA
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GAGACAAGATCGAGATCGGTAAAGATGTTTCTGCTGTCAAGAAAGCTGGATGTTGTTCAA
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AAAGTTATCAATGTTCTTGCTTGAAAATGGATTTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G635TF U 1
AF RR1G635JQ C 146
BS 1 677 RR1G635TF
BS 678 678 RR1G635JQ
BS 679 711 RR1G635TF
BS 712 712 RR1G635JQ
BS 713 726 RR1G635TF
BS 727 940 RR1G635JQ

RD RR1G635TF 733 0 0
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AGGGTTTTAAAACTTTTGAAAAAAAAAACAAGCATTCTGATCTGTCTTTTCTTTTTTTGC
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TTGTTCTCATCGGTGATTCCGGTGTGGGAAAGTCCAATCTCCTTTCACGATTCACTAAGA
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CCCGGCACTCCACCTTCGAAAACGTGGAGACGTGGCTGAAAGAACTCAGAAACCACACTG
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GAGACA
GATCGAG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1G635JQ 795 0 0
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GGGAAAGTCCAATCTCCTTTCACGATTCACTAAGAACGAGTTTAGCCTCGAGTCTAAATC
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CCAGATTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAAGGTACCGAGCCATCACTAGCGCGTATTACCG
AGGCGCCGTTGGAGCGCTTCTTGTCTACGACGTAACCCGGCACTCCACCTTCGAAAACGT
GGAGACGTGGCTGAAAGAACTCAGAAACCACACTGATCCGAACATCGTAGTCATGCTCGT
GGGCAACAAATCTGATTTCCGCCACCTCGTGGCTGTTCAAACAGAGGACGCCAAGTCATT
CGCTGAGAAAGAATCTCTTTGCTTCATGGAAACCTCTGCTCTTGAGTCCACGAATGTCGA
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TTGGTTAACGGTTTATTTATTCAAAGTCATTCGAATGTTGAAAGATTTCTTTAGGTTGAT
TCAATGTCCTTGTCATGTATTTCTGTTGATTACATAAAGTTATCAATGTTCTTGCTTGAA
AATGGATTTTTTTTT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL8120Contig1 571 2 1 U
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CTGCAAGAAAGATATTAAGCTCATTGTTCAATTCACATGCACAAAAGTTTAGGCTTTTTA
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ATTTGTTGATTATTAAAGGATATTTTCAGAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EY10JQ C 1
AF RR1EY10TF U 1
BS 1 571 RR1EY10TF

RD RR1EY10JQ 571 0 0
GGATGACCTCTGATTACGAGGATAGAAGAAAATGGATTCTTCACATTGCCATTATCGAAG
CTACATCCTTCTTCTAATTCTATTTTATTCATCTATGTTTGTTTTAGCTTCAAATATGGA
CATTTCTAGTGATACAAGAGGCAGCAAAAGTGATAGTAACCCGAAAGAATATACAGACTG
TGGACGATACGAAGTTGAAAGGAGACAAATGACTGTATCTTGTTCTCAATACCCTGGATA
TATTATTACAAAGATCAATTTCGCTGATTATGGTAATCCTACCGGTTGTGAAGAAAATCA
TAAAGTTTTTAGACATGGCAACTGTGGCGCAAAAGATACCTTGAGGATCGTCAAAAAGAA
TTGTCTTGGAAAATACAAGTGTTAGCTTTTCGTTTCGGACGAGATGTTTGGTCCGAGTCA
CTGCAAGAAAGATATTAAGCTCATTGTTCAATTCACATGCACAAAAGTTTAGGCTTTTTA
TTTGCTCCTTAATTAAGGCCATAAAAATAATTCTGGTTTGTTTCCTTGTTTTAAGTTTTA
ATTTGTTGATTATTAAAGGATATTTTCAGAT

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR1EY10TF 571 0 0
GGATGACCTCTGATTACGAGGATAGAAGAAAATGGATTCTTCACATTGCCATTATCGAAG
CTACATCCTTCTTCTAATTCTATTTTATTCATCTATGTTTGTTTTAGCTTCAAATATGGA
CATTTCTAGTGATACAAGAGGCAGCAAAAGTGATAGTAACCCGAAAGAATATACAGACTG
TGGACGATACGAAGTTGAAAGGAGACAAATGACTGTATCTTGTTCTCAATACCCTGGATA
TATTATTACAAAGATCAATTTCGCTGATTATGGTAATCCTACCGGTTGTGAAGAAAATCA
TAAAGTTTTTAGACATGGCAACTGTGGCGCAAAAGATACCTTGAGGATCGTCAAAAAGAA
TTGTCTTGGAAAATACAAGTGTTAGCTTTTCGTTTCGGACGAGATGTTTGGTCCGAGTCA
CTGCAAGAAAGATATTAAGCTCATTGTTCAATTCACATGCACAAAAGTTTAGGCTTTTTA
TTTGCTCCTTAATTAAGGCCATAAAAATAATTCTGGTTTGTTTCCTTGTTTTAAGTTTTA
ATTTGTTGATTATTAAAGGATATTTTCAGAT

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

CO CL8121Contig1 791 2 2 U
TTTTTGCTTTGGTGATTTTATTTTTCACTTAGGTGATTTTGTTGTGTTTCAATCAAAATC
AGAGCAGTTCTTCAAGGTTCTTTTATTTATCTCTGTTTTTGATTGATTTTAATAAAATAT
CCGATTAACTTCAAAGTTATGTTGTTGCCCTCTTTCTCTAAGTTAATTCCCCATCCCGTT
TGAATCTGAGGATTCCTTCCTATTGTTGGTTATCCTTAATTCTCTATTCAGATTGGTGTC
AATCTTTGTTTTCATTCTGAGTTCAGACAAAGTATCCTTGATGAATGGTTGAATTAAGTT
TTTCGAAACAGCTTGGTTGATTACGTGCAGGTTCAGTAGAGATGGAACTTTCTTTGTGAA
AGTGTTCCAACAAAGGATCTGCTTTTAATCTTCACAAGATTTCGTTGTGTTCCATATCCG
GCGATTTGGTATGGAGTTTCTGCAAGATTCAATGGTTGTAAGAGAAAGAAGACTGCAAGT
AAAATCAAGGAAGAATTTTGTTGCAACGATCCGCCGCGGCGGAGAGACAAAGAACGGAGG
AGTAATTGCAGAAACCATGGTGGTGAAACTCTGGCACTGGTTGGAGATCTGATTTCAGCA
TGAAAGACGCGTGGAGATACGTGTGGTGCTTGGAGTTTCCATTAACCTACACGTGGAAAT
ATGAAACTAATCTCCTCTGTTGGGCTTAAATATTATTATATTCTGTCTTATTTGGGCTTC
ATCTGTAAAATGATTTCACTTGTATGTCTATTGGGCTACTGTTATGGATTAATAAAAATC
CAGAAGTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E148TF U 1
AF RR1E148JQ C 141
BS 1 715 RR1E148TF
BS 716 791 RR1E148JQ

RD RR1E148TF 715 0 0
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AGAGCAGTTCTTCAAGGTTCTTTTATTTATCTCTGTTTTTGATTGATTTTAATAAAATAT
CCGATTAACTTCAAAGTTATGTTGTTGCCCTCTTTCTCTAAGTTAATTCCCCATCCCGTT
TGAATCTGAGGATTCCTTCCTATTGTTGGTTATCCTTAATTCTCTATTCAGATTGGTGTC
AATCTTTGTTTTCATTCTGAGTTCAGACAAAGTATCCTTGATGAATGGTTGAATTAAGTT
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AGTGTTCCAACAAAGGATCTGCTTTTAATCTTCACAAGATTTCGTTGTGTTCCATATCCG
GCGATTTGGTATGGAGTTTCTGCAAGATTCAATGGTTGTAAGAGAAAGAAGACTGCAAGT
AAAATCAAGGAAGAATTTTGTTGCAACGATCCGCCGCGGCGGAGAGACAAAGAACGGAGG
AGTAATTGCAGAAACCATGGTGGTGAAACTCTGGCACTGGTTGGAGATCTGATTTCAGCA
TGAAAGACGCGTGGAGATACGTGTGGTGCTTGGAGTTTCCATTAACCTACACGTGGAAAT
ATGAAACTAATCTCCTCTGTTGGGCTTAAATATTATTATATTCTGTCTTATTTGG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1E148JQ 651 0 0
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TTACGTGCAGGTTCAGTAGAGATGGAACTTTCTTTGTGAAAGTGTTCCAACAAAGGATCT
GCTTTTAATCTTCACAAGATTTCGTTGTGTTCCATATCCGGCGATTTGGTATGGAGTTTC
TGCAAGATTCAATGGTTGTAAGAGAAAGAAGACTGCAAGTAAAATCAAGGAAGAATTTTG
TTGCAACGATCCGCCGCGGCGGAGAGACAAAGAACGGAGGAGTAATTGCAGAAACCATGG
TGGTGAAACTCTGGCACTGGTTGGAGATCTGATTTCAGCATGAAGGACGCGTGGAGATAC
GTGTGGTGCTTGGAGTTTCCATTAACCTACACGTGGAAATATGAAACTAATCTCCTCTGT
TGGGCTTAAATATTATTATATTCTGTCTTATTTGGGCTTCATCTGTAAAATGATTTCACT
TGTATGTCTATTGGGCTACTGTTATGGATTAATAAAAATCCAGAAGTTGAC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL8122Contig1 814 2 3 U
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TTCCGATCCACTCTTTTTATTATAACACTCAAAAACAGTTTTTGTAACTTCGATCTCCAT
ACCGGCAAAAATACTTCGTGGGTTCTTCTCTCTTGTCCATATTCATCTTCCGTTTTATCC
GTCCAAACAAAACCGTGATCATTCTTGTTTTATACAATCCAAAAGTTTAGGTTCAGATTC
TTCAAGCCCTTTGTTTTAAAAAAATAAAATGGTGTGCGTGGTTTCTCGTACTGGTCGTCA
GTTCCAAAGATACAACAAGGGACGCCGTCAAGTCGTAGGGTGTATACCTTATAGACTCAA
GATTTCGAGCGATGGCACAATTAGCGACGAATTTGAAGTTTTGGTTATCTCATCACAGAA
GGGTCATGCTCTAATGTTCCCAAAGGGAGGTTGGGAGCTTGATGAATCTATAGAAGAAGC
TGCTTCAAGAGAGTCTTTGGAAGAAGCTGGAGTTATTGGAGACGTTGAGAGACAACTTGG
AAAATGGGATTTCTTGAGCAAAAGCAGAGGAACAGTCTATGAAGGACTAATGTTCCCGAT
GCTTGTGAAAGAAGAGCTTGAGCTCTGGCCTGAACAACATCTTCGTCAAGGAATATGGAT
GAAAGTAGATGAAGCAAGAGAAGCTTGTAGAGATGGTGGATGAAGAAGCTTTGGATGTTT
GGTCCACAGCTTTCTTCGTCACATCATGAGCCATGGAGAGACACGAGATCCACTGATCTC
ACTGCTGAACGAGACTATCTCTCATGTGCTCGTG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GI89TF U 4
AF RR1CK71TF U 1
BS 1 263 RR1CK71TF
BS 264 264 RR1GI89TF
BS 265 814 RR1CK71TF

RD RR1GI89TF 589 0 0
GACAACGCCTTTTGTCTCATCTACATCGTTTCTCACTCACCTATCATAACTTCATAATTC
CTATCCACTCTTTTTATTATAACACTCAAAAACAGTTTTTGTAACTTCGATCTCCATACC
GGCAAAAATACTTCGTGGGTTCTTCTCTCTTGTCCATATTCATCTTCCGTTTTATCCGTC
CAAACAAAACCGTGATCATTCTTGTTTTATACAATTCAAAAGTTTAGGTTCAGATTCTTC
AAGCCCTTTGTTTTAAAAAAATAAAATGGTGTGCGTGGTTTCTCGTACTGGTCGTCAGTT
CCAAAGATACAACAAGGGACGCCGTCAAGTCGTAGGGTGTATACCTTATAGACTCAAGAT
TTCGAGCGATGGCACAATTAGCGACGAATTTGAAGTTTTGGTTATCTCATCACAGAAGGG
TCATGCTCTAATGTTCCCAAAGGGAGGTTGGGAGCTTGATGAATCTATAGAAGAAGCTGC
TTCAAGAGAGTCTTTGGAAGAAGCTGGAGTTATTGGAGACGTTGAGAGACAACTTGGAAA
ATGGGATTTCTTGAGCAAAAGCAGAGGAACATTCTATGAAGGACTAATG

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1CK71TF 814 0 0
GGAGACAACGCCTTTTGTCTCATCTACATCGTTTCTCACTCACCTATCATAACTTCATAA
TTCCGATCCACTCTTTTTATTATAACACTCAAAAACAGTTTTTGTAACTTCGATCTCCAT
ACCGGCAAAAATACTTCGTGGGTTCTTCTCTCTTGTCCATATTCATCTTCCGTTTTATCC
GTCCAAACAAAACCGTGATCATTCTTGTTTTATACAATCCAAAAGTTTAGGTTCAGATTC
TTCAAGCCCTTTGTTTTAAAAAA*TAAAATGGTGTGCGTGGTTTCTCGTACTGGTCGTCA
GTTCCAAAGATACAACAAGGGACGCCGTCAAGTCGTAGGGTGTATACCTTATAGACTCAA
GATTTCGAGCGATGGCACAATTAGCGACGAATTTGAAGTTTTGGTTATCTCATCACAGAA
GGGTCATGCTCTAATGTTCCCAAAGGGAGGTTGGGAGCTTGATGAATCTATAGAAGAAGC
TGCTTCAAGAGAGTCTTTGGAAGAAGCTGGAGTTATTGGAGACGTTGAGAGACAACTTGG
AAAATGGGATTTCTTGAGCAAAAGCAGAGGAACAGTCTATGAAGGACTAATGTTCCCGAT
GCTTGTGAAAGAAGAGCTTGAGCTCTGGCCTGAACAACATCTTCGTCAAGGAATATGGAT
GAAAGTAGATGAAGCAAGAGAAGCTTGTAGAGATGGTGGATGAAGAAGCTTTGGATGTTT
GGTCCACAGCTTTCTTCGTCACATCATGAGCCATGGAGAGACACGAGATCCACTGATCTC
ACTGCTGAACGAGACTATCTCTCATGTGCTCGTG

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

CO CL8123Contig1 731 2 2 U
GGAGTGACCACCATTGTGAGAAAGAGAATTTGCTTGGAGCGGAGATGGAAGGCGTAGCTT
CGAGACTGAGCCGGGCGTCATCGAGATACAGCGGCTCTTCCGCGACGGCGGTTTTCAACG
GCCGCGTAAGGAAGTGGAAGAAGAAGTGGGTACGCGTCTCAACTTCACCGGTCGGCATTT
TCCGAGCATCTAAACCCACCGCTCGGAGCGATTCTAGTCAACACCATCTCCTTCTCCATA
AGTGGACCCCACTTTCTTCTACGACCGTTACAGCCTCCGGCGAGACGGAGGAGGAGCCGC
CTAAGCGAAGATTCAGATACGCTTCAATTGCGATGCTTGAGCGTAGAGAGGAAGTGGCCA
GTAAGGAGGATTCTGAAACTGAAGGTTTAGCGGAAGAGAGTGATGAATTCGACGATGAAT
CTCCGTTTCACAGAGGCGTTGAGCTGGACATGAACAGGACAGACACTGACCAAACTAAGG
AAGCAAAAACAACTCGTCACTGGAGACTGGGACTGTGTCTGAATTCTCAAGGGATTGAAG
ACTGAAGAAAAAATCATATTAAATTCGGATGAAGCGACAGTAAGGGAGTCTCAGGATTTG
GTATTGTTGTTGCTATAATGTTTCAGATGTGACTTATTCTAGGCCTTTTATTGCCCTTTG
ATCCTTCTGGATCCTTAGGTATTGTGTCTCTAGTTAGAGGAAGCTCTTATATTATGAGTA
TGACCAAATAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BL11TF U 1
AF RR1BL11JQ C 80
BS 1 243 RR1BL11TF
BS 244 731 RR1BL11JQ

RD RR1BL11TF 243 0 0
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CGAGACTGAGCCGGGCGTCATCGAGATACAGCGGCTCTTCCGCGACGGCGGTTTTCAACG
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TCCGAGCATCTAAACCCACCGCTCGGAGCGATTCTAGTCAACACCATCTCCTTCTCCATA
AGT

QA 1 243 1 243
DS 

RD RR1BL11JQ 652 0 0
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TACGACCGTTACAGCCTCCGGCGAGACGGAGGAGGAGCCGCCTAAGCGAAGATTCAGATA
CGCTTCAATTGCGATGCTTGAGCGTAGAGAGGAAGTGGCCAGTAAGGAGGATTCTGAAAC
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TGAGCTGGACATGAACAGGACAGACACTGACCAAACTAAGGAAGCAAAAACAACTCGTCA
CTGGAGACTGGGACTGTGTCTGAATTCTCAAGGGATTGAAGACTGAAGAAAAAATCATAT
TAAATTCGGATGAAGCGACAGTAAGGGAGTCTCAGGATTTGGTATTGTTGTTGCTATAAT
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TATTGTGTCTCTAGTTAGAGGAAGCTCTTATATTATGAGTATGACCAAATAG

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL8124Contig1 737 2 11 U
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TCTATCAAAACCAAATTAAATCTAACAAAATTCTCTTTTTTTCGACTACAAGTTTAGCAT
TGATTGATGTCTTATGAATCACAGAAGGCTTAAACCACTATGATCCATGATCACACTCTT
GAGTCTCTTATTCTCTTCAAGTAGTCTCGGCAGGATAGTCGTTGGAGTCGTGGTGGTTGT
TAGCGTAGCCTCCATTGTTGTACCCTTGTCCTCGTGAATATCCTCCATTGTCTCCTCTCC
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TCGACCTCTCCTCCTCC


BQ
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AF RR1CF37JQ U 3
AF RR1B128TF C 1
BS 1 2 RR1B128TF
BS 3 57 RR1CF37JQ
BS 58 58 RR1B128TF
BS 59 173 RR1CF37JQ
BS 174 176 RR1B128TF
BS 177 211 RR1CF37JQ
BS 212 212 RR1B128TF
BS 213 219 RR1CF37JQ
BS 220 220 RR1B128TF
BS 221 619 RR1CF37JQ
BS 620 737 RR1B128TF

RD RR1CF37JQ 617 0 0
GAGCATAACCATTAAGTTAGTCTTCAGACAAAGACAAGAGTAACCAACATGTTTC*AGTC
TATCAAAACCAAATTAAATCTAACAAAATTCTCTTTTTTTCGACTACAAGTTTAGCATTG
ATTGATGTCTTATGAATCACAGAAGGCTTAAACCACTATGATCCATGATCAT**TCTTGA
GTCTCTTATTCTCTTCAAGTAGTCTCGGCGGGATAGTTGTTGGAGTCGTGGTGGTTGTTA
GCGTAGCCTCCATTGTTGTACCCTTGTCCTCGTGAATATCCTCCATTGTCTCCTCTCCAC
TGCTTGTTCGGAGTTCTTCCCCAAGAGAGCCTGACAGTGTTCTTGCCGATGACTGTTCCG
TTCAAGCTCTGGATGGCATCATCAGCACTCTTCCTGTTAGAAAGTTGGACAAATCCACAT
CCTTTCCCTACTGGGATCTTCACTGAAACGACTTCGCCAAATTGTGTAAATGGTTGTCTG
AGGTCTTCTTCAGTTACATCAGGGCCAACTCCCCCAACGAATATTGTTGAGTTGTTTGAG
TCACCATCAGACTGAGAACCATAACCAGTGAAACCATTTGCTCCATGCCCACCAGCCACT
ATCACAGCTTGTGAAGA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1B128TF 737 0 0
ACGAGCATAACCATTATGTTAGTCTTCAGACAAAGACAATAGTAACCAACATGTTTTTAG
TCTATCAAAACCAAATTAAATCTAACAAAATTCTCTTTTTT*CGACTACAAGTTTAGCAT
TGATTGATGTCTTATGAATCACAGAAGGCTTAAACCACTATGATCCATGATCACACTCTT
GAGTCTCTTATTCTCTTCAAGTAGTCTCGGCAGGATAGTCGTTGGAGTCGTGGTGGTTGT
TAGCGTAGCCTCCGTTGTTGTACCCTTGTCCTCGTGAATATCCTCCATTGTCTCCTCTCC
ACTGCTTGTTCGGAGTTCTTCCCCAAGAGAGCCTGACAGTGTTCTTGCCGATGACTGTTC
CGTTCAAGCTCTGGATGGCATCATCAGCACTCTTCCTGTTAGAAAGTTGGACAAATCCAC
ATCCTTTCCCTACTGGGATCTTCACTGAAACGACTTCGCCAAATTGTGTAAATGGTTGTC
TGAGGTCTTCTTCAGTTACATCAGGGCCAACTCCCCCAACGAATATTGTTGAGTTGTTTG
AGTCACCATCAGACTGAGAACCATAACCAGTGAAACCATTTGCTCCATGCCCACCAGCCA
CTATCACAGCTTGTGAAGAATGTTGCTGCTGATTATTAGCAACCGCTCTTTTAGGAGTGG
CAACACCGACACGCATCTGCCTGTTGCAACACAAAGCTCCATTCATCTCAGTCAAAGCCC
TCGACCTCTCCTCCTCC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL8125Contig1 627 2 4 U
GCATGTAAAGAACATCGCTCGAGATGCAGGTGGAGGTTTAATTATGGTAGGAGAAGGAAT
TAATGATGCTCCAGCTCTAGCAGCTGCAACAGTCGGCATTGTACTTGCTCAACGTGCGAG
TGCCACTGCGATTGCTGTTGCTGACATCTTACTGCTTCGAGACAACATCACCGGTGTTCC
CTTCTGTGTCGCTAAATCTCGCCAGACAACATCATTGGTCAAGCAAAACGTGGCTCTTGC
TTTGACGTCAATATTCTTGGCTGCTCTTCCCTCAGTTTTAGGGTTTCTTCCACTATGGTT
GACGGTACTTCTACATGAAGGCGGGACTCTTCTGGTGTGCCTCAACTCAGTACGTGGTCT
GAACGATCCATCGTGGTCGGGGAAACAAGACATAGCTCATCTAATCAACAAGTTAAGCTC
ACGGGAATCCACCAGTAGCAACAACAACTCTTTAAGCTCTGTAGAGACTGCACATTAGGT
AACTTTGCTTGTCCGTGTGCTCTGTATGTCTAATTATGAAACTGTATGCATGATCGCTTA
AGAAACCCATCAATCGTATATAAAGATGTTGTTCTGTTTCCATGTCACGTGATCCATATT
TGCTTCCTCAAAATATCAAACACAGGG


BQ
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AF RR1CC24TF U 1
AF RR1CC24JQ C 376
BS 1 379 RR1CC24TF
BS 380 380 RR1CC24JQ
BS 381 626 RR1CC24TF
BS 627 627 RR1CC24JQ

RD RR1CC24TF 626 0 0
GCATGTAAAGAACATCGCTCGAGATGCAGGTGGAGGTTTAATTATGGTAGGAGAAGGAAT
TAATGATGCTCCAGCTCTAGCAGCTGCAACAGTCGGCATTGTACTTGCTCAACGTGCGAG
TGCCACTGCGATTGCTGTTGCTGACATCTTACTGCTTCGAGACAACATCACCGGTGTTCC
CTTCTGTGTCGCTAAATCTCGCCAGACAACATCATTGGTCAAGCAAAACGTGGCTCTTGC
TTTGACGTCAATATTCTTGGCTGCTCTTCCCTCAGTTTTAGGGTTTCTTCCACTATGGTT
GACGGTACTTCTACATGAAGGCGGGACTCTTCTGGTGTGCCTCAACTCAGTACGTGGTCT
GAACGATCCATCGTGGTCGTGGAAACAAGACATAGCTCATCTAATCAACAAGTTAAGCTC
ACGGGAATCCACCAGTAGCAACAACAACTCTTTAAGCTCTGTAGAGACTGCACATTAGGT
AACTTTGCTTGTCCGTGTGCTCTGTATGTCTAATTATGAAACTGTATGCATGATCGCTTA
AGAAACCCATCAATCGTATATAAAGATGTTGTTCTGTTTCCATGTCACGTGATCCATATT
TGCTTCCTCAAAATATCAAACACAGG

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1CC24JQ 252 0 0
GTCGGGGAAACAAGACATAGCTCATTTAATCAACAAGTTAAGCTCACGGGAATCCACCAG
TAGCAACAACAACTCTTTAAGCTCTGTAGAGACTGCACATTAGGTAACTTTGCTTGTCCG
TGTGCTCTGTATGTCTAATTATGAAACTGTATGCATGATCGCTTAAGAAACCCATCAATT
GTATATAAAGATGTTGTTTTGTTTCCATGTCACGTGATCCATATTTGCTTCCTCAAAATA
TCAAACACAGGG

QA 1 252 1 252
DS 



AS 1 2

CO CL8126Contig1 993 2 10 U
TTTTTGTTCGTTTTGGTGCCAACCTCCACCGCAACAATCGCTAGCTTCAACCTCCGGAGT
CGCCGTAAGGAATCGTCCGTGGCATATTTTTTTGAGGTCTACAAAGTGTTTTTTGCCTTT
CTTAACGAACTAGGAAATGGTTAAAAGTTATGGAGAGTTTTGATTTGCTAGAGATATCAT
GACGCAGTGCGTAGACGGATTCAAGCATGTATGCAACTCTCTGTTTCGGTGTTTTGATAT
CGAGATATATAAACAGTCTGGAGGCCTTGGAGATCCTGAACTACTTGCCAGAGAAACAGT
TTTTAGCGTGAGTGAAATAGAGGCTCTCTATGAGCTGTTTAAGAAAATCAGCAGTGCTGT
CATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTAGCCTTGTTCAAGACCAATAA
AAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTTGATTTGTTCGACACAAAGCATAATGGAAT
ACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCCCGTGCTCTCTCCGTCTTTCATCCAAATGCTCCTATAGA
CGACAAGATTGATTTTTCGTTTCAGCTATATGATCTTAAGCAGCAAGGTTTCATCGAGAG
GCAGGAGGTGAAGCAAATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGGCATGAACCTGTCAGA
CGAAGTCATAGAGAGTATAATCGACAAGACATTTGAAGAAGCTGACACAAAGCATGACGG
GAGGATCGATAAGGAAGAGTGGAGGATCCTTGTTTTTAGGCATCCTTCGCTTTTGAAGAA
CATGACACTTCAGTATCTCAAGGATATCACGACTACGTTTCCGAGCTTTGTGTTTCATTC
TCAGGTGGAAGATACCTGAGAAGAGCATAGCAGATCAAACAGTTCGGCAAGTGTGTTTGT
TTTCAGTCATGTATCATGTTTATTTGTTTTTTTTTTTTAAAATCTCTCTGAACTCAAGTT
TCCAAGATTTTGTTGTTTCTTCTGTGAAAATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E691TF U 1
AF RR1E691JQ C 166
BS 1 604 RR1E691TF
BS 605 605 RR1E691JQ
BS 606 644 RR1E691TF
BS 645 645 RR1E691JQ
BS 646 686 RR1E691TF
BS 687 687 RR1E691JQ
BS 688 733 RR1E691TF
BS 734 734 RR1E691JQ
BS 735 754 RR1E691TF
BS 755 993 RR1E691JQ

RD RR1E691TF 755 0 0
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CGCCGTAAGGAATCGTCCGTGGCATATTTTTTTGAGGTCTACAAAGTGTTTTTTGCCTTT
CTTAACGAACTAGGAAATGGTTAAAAGTTATGGAGAGTTTTGATTTGCTAGAGATATCAT
GACGCAGTGCGTAGACGGATTCAAGCATGTATGCAACTCTCTGTTTCGGTGTTTTGATAT
CGAGATATATAAACAGTCTGGAGGCCTTGGAGATCCTGAACTACTTGCCAGAGAAACAGT
TTTTAGCGTGAGTGAAATAGAGGCTCTCTATGAGCTGTTTAAGAAAATCAGCAGTGCTGT
CATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTAGCCTTGTTCAAGACCAATAA
AAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTTGATTTGTTCGACACAAAGCATAATGGAAT
ACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCCCGTGCTCTCTCCGTCTTTCATCCAAATGCTCCTATAGA
CGACAAGATTGATTTTTCGTTTCAGCTATATGATCTTAAGCAGCAAGGTTTCATCGAGAG
GCAG*AGGTGAAGCAAATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAG*CATGAACCTGTCAGA
CGAAGTCATAGAGAGTATAATCGACA*GACATTTGAAGAAGCTGACACAAAGCATGACGG
GAGGATCGATAAG*AAGAGTGGAGGATCCTTGTT
C

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR1E691JQ 828 0 0
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TGCCAGAGAAACAGTTTTTAGCGTGAGTGAAATAGAGGCTCTCTATGAGCTGTTTAAGAA
AATCAGCAGTGCTGTCATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTAGCCTT
GTTCAAGACCAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTTGATTTGTTCGACAC
AAAGCATAATGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCCCGTGCTCTCTCCGTCTTTCATCC
AAATGCTCCTATAGACGACAAGATTGATTTTTCGTTTCAGCTATATGATCTTAAGCAGCA
AGGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAAATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGG
CATGAACCTGTCAGACGAAGTCATAGAGAGTATAATCGACAAGACATTTGAAGAAGCTGA
CACAAAGCATGACGGGAGGATCGATAAGGAAGAGTGGAGGATCCTTGTTTTTAGGCATCC
TTCGCTTTTGAAGAACATGACACTTCAGTATCTCAAGGATATCACGACTACGTTTCCGAG
CTTTGTGTTTCATTCTCAGGTGGAAGATACCTGAGAAGAGCATAGCAGATCAAACAGTTC
GGCAAGTGTGTTTGTTTTCAGTCATGTATCATGTTTATTTGTTTTTTTTTTTTAAAATCT
CTCTGAACTCAAGTTTCCAAGATTTTGTTGTTTCTTCTGTGAAAATGG

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

CO CL8127Contig1 852 2 2 U
GGATCCTGACAATTCGTTATTTTCATCTGGTTTGTTTATGGGGTTTTGTGACCTTTTGTT
TCTAGGGTTCATGTGTCTACTGCAAGCTCTGATTAGGTCAACTAACAATGGAGGCTCTGA
AATGAGCTATCGTCGTAAGCTCTTCTATCTCGCTCACCACCTCTTTTCCTGAGAAAAAAA
TTAAGTTTGACAGATCCTTCCATGATTGCTATCGGGTCTGTCAAATCTCCTTTTGTTTCT
CTCTGAATCATCTTGTTAATTCAGATTTAATAATAAAACTTCCACTTTGTTTGGATTTGT
GTTTATCAGACTATTAATTTCGTTTGTGTTTGTCTCTCTGTCCTCGCCGATCTTCTAATA
AATACTACAAATCGCTTCCATCGTTTTTGTCTTATCTACCATTGGATAAACACAAACCAT
GTAGAGCTAGAATTTTTTTGCCGCCGCCGTTCTGTGTGAAGCGGACTTCGTCGGAAGTGT
ATTGTGAAGATTCCTGTGAGGAAATGGAGTTGAGATGAGGATGAGAGCTCCTACTTCTCT
TTTAAGAAATTGATCGATGATTCAAGACTATTACTCTGCTAGTGCCGGTGCTCATGTGGA
AGGAGCTTTCGTGATGTTTGATATGCTCGCTGGTGGCGTTAAGGAAGTCCTATTTTTCGA
CACCGTCTGAGACTTTGTGTTATCCCGAGTTTGTAACATGTGTTTTAAGACGTCGCTTCG
TTTTACTAAGCCTAATCAATTTCTGATGGGTTTCTTTTGGGTGTATGTTACCAAACTTAT
TTGGGTTCGAACATCACTATTTGTAATCCTTGAGTTTTTCTATTAGTGGAAAAGGCGACA
AAAATGTATATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EP71TF U 1
AF RR1EP71JQ C 173
BS 1 743 RR1EP71TF
BS 744 852 RR1EP71JQ

RD RR1EP71TF 743 0 0
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TCTAGGGTTCATGTGTCTACTGCAAGCTCTGATTAGGTCAACTAACAATGGAGGCTCTGA
AATGAGCTATCGTCGTAAGCTCTTCTATCTCGCTCACCACCTCTTTTCCTGAGAAAAAAA
TTAAGTTTGACAGATCCTTCCATGATTGCTATCGGGTCTGTCAAATCTCCTTTTGTTTCT
CTCTGAATCATCTTGTTAATTCAGATTTAATAATAAAACTTCCACTTTGTTTGGATTTGT
GTTTATCAGACTATTAATTTCGTTTGTGTTTGTCTCTCTGTCCTCGCCGATCTTCTAATA
AATACTACAAATCGCTTCCATCGTTTTTGTCTTATCTACCATTGGATAAACACAAACCAT
GTAGAGCTAGAATTTTTTTGCCGCCGCCGTTCTGTGTGAAGCGGACTTCGTCGGAAGTGT
ATTGTGAAGATTCCTGTGAGGAAATGGAGTTGAGATGAGGATGAGAGCTCCTACTTCTCT
TTTAAGAAATTGATCGATGATTCAAGACTATTACTCTGCTAGTGCCGGTGCTCATGTGGA
AGGAGCTTTCGTGATGTTTGATATGCTCGCTGGTGGCGTTAAGGAAGTCCTATTTTTCGA
CACCGTCTGAGACTTTGTGTTATCCCGAGTTTGTAACATGTGTTTTAAGACGTCGCTTCG
TTTTACTAAGCCTAATCAATTTC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1EP71JQ 680 0 0
GAAAAAAATTAAGTTTGACAGATCCTTCCATGATTGCTATCGGGTCTGTCAAATCTCCTT
TTGTTTCTCTCTGAATCATCTTGTTAATTCAGATTTAATAATAAAACTTCCACTTTGTTT
GGATTTGTGTTTATCAGACTATTAATTTCGTTTGTGTTTGTCTCTCTGTCCTCGCCGATC
TTCTAATAAATACTACAAATCGCTTCCATCGTTTTTGTCTTATCTACCATTGGATAAACA
CAAACCATGTAGAGCTAGAATTTTTTTGCCGCCGCCGTTCTGTGTGAAGCGGACTTCGTC
GGAAGTGTATTGTGAAGATTCCTGTGAGGAAATGGAGTTGAGATGAGGATGAGAGCTCCT
ACTTCTCTTTTAAGAAATTGATCGATGATTCAAGACTATTACTCTGCTAGTGCCGGTGCT
CATGTGGAAGGAGCTTTCGTGATGTTTGATATGCTCGCTGGTGGCGTTAAGGAAGTCCTA
TTTTTCGACACCGTCTGAGACTTTGTGTTATCCCGAGTTTGTAACATGTGTTTTAAGACG
TCGCTTCGTTTTACTAAGCCTAATCAATTTCTGATGGGTTTCTTTTGGGTGTATGTTACC
AAACTTATTTGGGTTCGAACATCACTATTTGTAATCCTTGAGTTTTTCTATTAGTGGAAA
AGGCGACAAAAATGTATATC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL8128Contig1 813 2 5 U
GGATTTTATTTGTTAGCAATCTCTTTTCTTTCTCTCTACTCCAAGAACTCATCCCACAGA
TCTCTCTCCGACAATGGCTGCAGCGATGGTTCTCGACCCCAAATCATCATCTCCCCCACT
GATGGATCTCTCCACGTCCCCCGACGAGGAAGATCCCTACTCCCGTCTCAAATCGCTCGA
GCGCCAGCTGGAGTTCACCGACATCCAAGAGGAATACGTGAAAGACGAGCAGAAGAATCT
CAAACGCGAGCTCTTGCGCGCTCAAGAAGAGGTCAAGCGAATCCAATCCGTGCCCTTAGT
GATAGGCCAGTTCATGGAGATGGTCGATCAGAACAACGGCATCGTTGGATCCACCACGGG
CTCCAATTACTATGTTCGGATTCTCAGCACCATCAACAGAGAAGACTTAAAGCCTTCTGC
TTCCGTGGCCCTTCACCGTCACTCTAATGCCCTTGTTGATGTCTTGCCGCCTGAGGCTGA
TTCGAGCATCTCCCTTCTCAGCCAGTCTGAGAAGCCTGACGTCTCCTACAATGATATTGG
AGGATGTGATATTCAGAAACAGGAGATTCGAGAGGCTGTTGAGTTGCCACTTACCCACCA
CGAGCTTTACAAGCAGATTGGTATTGACCCTCCACGAGGTGTCTTGCTCTATGGACCTCC
TGGTACCGGGAAGACTATGTTGGCTAAGCTGTTGCTAACCACACAACCGCTGCTTTCATT
AGGGTGTTGGGTCTGAGTCGTGCAGAAGTACTCGGCGAGGGACTCGTATGGTTCGTGATG
TCTTCGTCTTGCCAGGAGATGCTCAGCTATCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1FV23TF U 36
AF RR1C030TF U 1
BS 1 68 RR1C030TF
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GG
ACTCCAAGAACTCATCCCACAGATCTCTCTCCGACAATGGCTGCAGCGATGGTTCTCGAC
CCCAAATCATCATCTCCCCCACTGATGGATCTCTCCACGTCCCCCGACGAGGAAGATCCC
TACTCCCGTCTCAAATCGCTCGAGCGCCAGCTGGAGTTCACCGACATCCAAGAGGAATAC
GTGAAAGACGAGCAGAAGAATCTCAAACGCGAGCTCTTGCGCGCTCAAGAAGAGGTCAAG
CGAATCCAATCCGTGCCCTTAGTGATAGGCCAGTTCATGGAGATGGTCGATCAGAACAAC
GGCATCGTTGGATCCACCACGGGCTCCAATTACTATGTTCGGATTCTCAGCACCATCAAC
AGAGAAGACTTAAAGCCTTCTGCTTCCGTGGCCCTTCACCGTCACTCTAATGCCCTTGTT
GATGTCTTGCCGCCTGAGGCTGATTCGAGCATCTCCCTTCTCAGCCAGTCTGAGAAGCCT
GACGTCTCCTACAATGATATTGGAGGATGTGATATTCAGAAACAGGAGATTCGAGAGGCT
GTTGAGTTGCCACTTACC

QA 3 560 3 560
DS 

RD RR1C030TF 813 0 0
GGATTTTATTTGTTAGCAATCTCTTTTCTTTCTCTCTACTCCAAGAACTCATCCCACAGA
TCTCTCTCTGACAATGGCTGCAGCGATGGTTCTCGACCCCAAATCATCATCTCCCCCACT
GATGGATCTCTCCACGTCCCCCGACGAGGAAGATCCCTACTCCCGTCTCAAATCGCTCGA
GCGCCAGCTGGAGTTCACCGACATCCAAGAGGAATACGTGAAAGACGAGCAGAAGAATCT
CAAACGCGAGCTCTTGCGCGCTCAAGAAGAGGTCAAGCGAATCCAATCCGTGCCCTTAGT
GATAGGCCAGTTCATGGAGATGGTCGATCAGAACAACGGCATCGTTGGATCCACCACGGG
CTCCAATTACTATGTTCGGATTCTCAGCACCATCAACAGAGAAGACTTAAAGCCTTCTGC
TTCCGTGGCCCTTCACCGTCACTCTAATGCCCTTGTTGATGTCTTGCCGCCTGAGGCTGA
TTCGAGCATCTCCCTTCTCAGCCAGTCTGAGAAGCCTGACGTCTCCTACAATGATATTGG
AGGATGTGATATTCAGAAACAGGAGATTCGAGAGGCTGTTGGGTTGCCACTTACCCACCA
CGAGCTTTACAAGCAGATTGGTATTGACCCTCCACGAGGTGTCTTGCTCTATGGACCTCC
TGGTACCGGGAAGACTATGTTGGCTAAGCTGTTGCTAACCACACAACCGCTGCTTTCATT
AGGGTGTTGGGTCTGAGTCGTGCAGAAGTACTCGGCGAGGGACTCGTATGGTTCGTGATG
TCTTCGTCTTGCCAGGAGATGCTCAGCTATCAT

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL8129Contig1 748 2 3 U
TTTAAGATGGTTAATCCTTTGATAACAACTTCAAGATAGTTTTCAAGGCGACAACACAAT
GACTGATGCTTGTCATGTTAATGTCATTTAATGAAAGCTCATCCCAAAGAACTTGTCTAA
AGCAGGTACTACACTAGAGGGGAGTTTAAACGAAAAACAGTGTGCATATTTGCCTCATAA
ACCGGGTAAAAGCAAAGTCAATTTGCACTTGCGTAAGACAAAACAAAAGAACAACTTCAC
GATGTAATCATCGGCTCTGGTTCTGACGGGTCGCTGGGAGTTTTGTCGGACTGGCGTGCT
GAGTTGAACAATATGTCTTTGATAACCTGTGACATTAATCCATGGACCTGCTCAACAGTT
ATCTTTGCACTATCCCTAGTTATCTTAGCCAGTGGAGGCTCATCCTCTTTCTTCCTGTGA
AGACTGGCCGGTATTCCTCCAAACCTGGAATGCGCCAGCTGACTCTCGGCTTGCTCAAGC
TTCTCAGCCAAGTCAGATATCTGTCCGGCCACATAGTCTCCATTGCCCAGCAGTGGGGAA
GAAGAAAGAGTGTTCACCCAGTACTTGTTCCAAAGGAGATCCAGAAGGTGGCTATCAAGA
GATGACTTGAAATAAGTGATGTCCAACGAATAGTACTGTTTGCAATGAACACCAAAGTCC
TCAATCTTGTTCAAAGGGATAGTCTGATACTCAGAAACATGATCATCAGAGATCTTATGC
CCCTCAGGATAAGTCCTGAACGCCCCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E274JQ U 4
AF RR1E274TF C 1
BS 1 3 RR1E274TF
BS 4 580 RR1E274JQ
BS 581 748 RR1E274TF

RD RR1E274JQ 577 0 0
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TGATGCTTGTCATGTTAATGTCATTTAATGAAAGCTCATCCCAAAGAACTTGTCTAAAGC
AGGTACTACACTAGAGGGGAGTTTAAACGAAAAACAGTGTGCATATTTGCCTCATAAACC
GGGTAAAAGCAAAGTCAATTTGCACTTGCGTAAGACAAAACAAAAGAACAACTTCACGAT
GTAATCATCGGCTCTGGTTCTGACGGGTCGCTGGGAGTTTTGTCGGACTGGCGTGCTGAG
TTGAACAATATGTCTTTGATAACCTGTGACATTAATCCATGGACCTGCTCAACAGTTATC
TTTGCACTATCCCTAGTTATCTTAGCCAGTGGAGGCTCATCCTCTTTCTTCCTGTGAAGA
CTGGCCGGTATTCCTCCAAACCTGGAATGCGCCAGCTGACTCTCGGCTTGCTCAAGCTTC
TCAGCCAAGTCAGATATCTGTCCGGCCACATAGTCTCCATTGCCCAGCAGTGGGGAAGAA
GAAAGAGTGTTCACCCAGTACTTGTTCCAAAGGAGAT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1E274TF 748 0 0
TTTAAGATGGTTAATCCTTTGATAACAACTTCAAGATAGTTT*CAAGGCGACAACACAAT
GACTGATGCTTGTCATGTTAATGTCATTTAATGAAAGCTCATCCCAAAGAACTTGTCTAA
AGCAGGTACTACACTAGAGGGGAGTTTAAACGAAAAACAGTGTGCATATTTGCCTCATAA
ACCGGGTAAAAGCAAAGTCAATTTGCACTTGCGTAAGACAAAACAAAAGAACAACTTCAC
GATGTAATCATCGGCTCTGGTTCTGACGGGTCGCTGGGAGTTTTGTCGGACTGGCGTGCT
GAGTTGAACAATATGTCTTTGATAACCTGTGACATTAATCCATGGACCTGCTCAACAGTT
ATCTTTGCACTATCCCTAGTTATCTTAGCCAGTGGAGGCTCATCCTCTTTCTTCCTGTGA
AGACTGGCCGGTATTCCTCCAAACCTGGAATGCGCCAGCTGACTCTCGGCTTGCTCAAGC
TTCTCAGCCAAGTCAGATATCTGTCCGGCCACATAGTCTCCATTGCCCAGCAGTGGGGAA
GAAGAAAGAGTGTTCACCCAGTACTTGTTCCAAAGGAGATCCAGAAGGTGGCTATCAAGA
GATGACTTGAAATAAGTGATGTCCAACGAATAGTACTGTTTGCAATGAACACCAAAGTCC
TCAATCTTGTTCAAAGGGATAGTCTGATACTCAGAAACATGATCATCAGAGATCTTATGC
CCCTCAGGATAAGTCCTGAACGCCCCCC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL8130Contig1 559 2 1 U
ACAACAGAGGCTTTACTTTGGAAGGAAGCACAGAAAGGGGTGGATCAGAGCAAGAATGTA
GGTATACATACAGCGGATAAGGTTACTCCGACTCGTTCGGAACGTTGGTGTTTCACGGAT
GGATCATGGAAAACGGATGATACCTTTTCAAGACAAGGATGGTATAGTACTTTGGAAGGA
TTCGAAGGACTTTTGGGAGCAAGAAACACAAGGGCTAGTCAGTCACCTTTACACACAGAA
GTGGAGGCTCTCATTTGGGCAATGGAATGCATGCGAAATTTGCGGCAATATAATGTTACA
TTTGCAACGGATTGTTCTCAACTGGTAAAGATGGTTTCGGAACCTGAAGAATGGTCGGCT
TTTGCAAGTTATTTAGAAGACATCAGGAGTCTTAAAAGGAGTTTCCACAGCTCGGAGATT
ATTCATATATCAAGGACGCAAAACATTATGGCGGATCGCTTAGCACGTGGTGTGAGGCAA
CAATCGTCGTTTACGGTCCATGTGGATACAGAGCAACCAGTTTGGTTTACAGAGTTTACT
TGAGTCTGTAATGCTGTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FA42JQ C 1
AF RR1FA42TF U 1
BS 1 559 RR1FA42TF

RD RR1FA42JQ 559 0 0
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GGTATACATACAGCGGATAAGGTTACTCCGACTCGTTCGGAACGTTGGTGTTTCACGGAT
GGATCATGGAAAACGGATGATACCTTTTCAAGACAAGGATGGTATAGTACTTTGGAAGGA
TTCGAAGGACTTTTGGGAGCAAGAAACACAAGGGCTAGTCAGTCACCTTTACACACAGAA
GTGGAGGCTCTCATTTGGGCAATGGAATGCATGCGAAATTTGCGGCAATATAATGTTACA
TTTGCAACGGATTGTTCTCAACTGGTAAAGATGGTTTCGGAACCTGAAGAATGGTCGGCT
TTTGCAAGTTATTTAGAAGACATCAGGAGTCTTAAAAGGAGTTTCCACAGCTCGGAGATT
ATTCATATATCAAGGACGCAAAACATTATGGCGGATCGCTTAGCACGTGGTGTGAGGCAA
CAATCGTCGTTTACGGTCCATGTGGATACAGAGCAACCAGTTTGGTTTACAGAGTTTACT
TGAGTCTGTAATGCTGTCG

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR1FA42TF 559 0 0
ACAACAGAGGCTTTACTTTGGAAGGAAGCACAGAAAGGGGTGGATCAGAGCAAGAATGTA
GGTATACATACAGCGGATAAGGTTACTCCGACTCGTTCGGAACGTTGGTGTTTCACGGAT
GGATCATGGAAAACGGATGATACCTTTTCAAGACAAGGATGGTATAGTACTTTGGAAGGA
TTCGAAGGACTTTTGGGAGCAAGAAACACAAGGGCTAGTCAGTCACCTTTACACACAGAA
GTGGAGGCTCTCATTTGGGCAATGGAATGCATGCGAAATTTGCGGCAATATAATGTTACA
TTTGCAACGGATTGTTCTCAACTGGTAAAGATGGTTTCGGAACCTGAAGAATGGTCGGCT
TTTGCAAGTTATTTAGAAGACATCAGGAGTCTTAAAAGGAGTTTCCACAGCTCGGAGATT
ATTCATATATCAAGGACGCAAAACATTATGGCGGATCGCTTAGCACGTGGTGTGAGGCAA
CAATCGTCGTTTACGGTCCATGTGGATACAGAGCAACCAGTTTGGTTTACAGAGTTTACT
TGAGTCTGTAATGCTGTCG

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL8131Contig1 885 2 8 U
GGAGAGGAGTTTTGGATAAGCTAAAAAGCTAAAAGTAATAGACAAAGAGAGATCAAATGG
CGAAGAAAGAAGAGAGTGTGAAGCTTCTAGGGTTTTGGATAAGCCCTTTCAGTCGTAGAG
TCGAGATGGCTCTCAAACTCAAAAGCGTCCCTTACGAATACTTGGAGGAAGAACTGCCCA
AAAAGACCCCTTTGCTTCTTGAGCTAAACCCGGTTCACAAGAAGGTTCCGGTTCTTGTCC
ACAATGATAAAATATTATCCGAGTCACATGTGATCCTTGAATACATCGACCAGACATGGA
GTAACAATCCAATTCTACCTCAAGATCCCTAAGAGAAAGCCATGGCTCGATTCTGGGCCA
AGTTCGTTGATGAACAGATCCTACCAGCAGGATTCATGCCCTTGGTTAAGCCACAAAAGG
GAATAGAAGCTGCTATAGAAGAGACTCGAGAACTGATTATGTTTCTTGAGAAGGAAGTTA
CTGGAAAAGACTTCTTTGGAGGTAAGACGCTTGGATTTTTGGACATGGTCGCAGGAAGTA
TGATCCCATTTTGTCTGGCTCGGGCTTGGGAATGTATGGGAATTGATATGGTTTCAGAGG
AGAAGTTTCCAGGACTGAACAGATGGATCGAAAAGTTGAATGAGGTTGAAATCGTGAGGG
AATGTATACCTCCAAAAGAGAAACATATTGAGCGCATGAACAAAATTATAGAGAGAACTA
TGTCTTCATAAACAAAGCCTACAATGACTGTTACTCCTTTCTTTATCATGGACTTATGTT
GTATCGCTATGCTTGTATCGTTTGGTAACTGAAATAAAAATAAAGGAATATAGCTGCATC
GGTTTTTATATTCTAAAAACTAAATACTGGTGCAGTTTAGTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CO58TF U 1
AF RR1CO58JQ C 156
BS 1 644 RR1CO58TF
BS 645 645 RR1CO58JQ
BS 646 676 RR1CO58TF
BS 677 677 RR1CO58JQ
BS 678 704 RR1CO58TF
BS 705 705 RR1CO58JQ
BS 706 738 RR1CO58TF
BS 739 885 RR1CO58JQ

RD RR1CO58TF 752 0 0
GGAGAGGAGTTTTGGATAAGCTAAAAAGCTAAAAGTAATAGACAAAGAGAGATCAAATGG
CGAAGAAAGAAGAGAGTGTGAAGCTTCTAGGGTTTTGGATAAGCCCTTTCAGTCGTAGAG
TCGAGATGGCTCTCAAACTCAAAAGCGTCCCTTACGAATACTTGGAGGAAGAACTGCCCA
AAAAGACCCCTTTGCTTCTTGAGCTAAACCCGGTTCACAAGAAGGTTCCGGTTCTTGTCC
ACAATGATAAAATATTATCCGAGTCACATGTGATCCTTGAATACATCGACCAGACATGGA
GTAACAATCCAATTCTACCTCAAGATCCCTAAGAGAAAGCCATGGCTCGATTCTGGGCCA
AGTTCGTTGATGAACAGATCCTACCAGCAGGATTCATGCCCTTGGTTAAGCCACAAAAGG
GAATAGAAGCTGCTATAGAAGAGACTCGAGAACTGATTATGTTTCTTGAGAAGGAAGTTA
CTGGAAAAGACTTCTTTGGAGGTAAGACGCTTGGATTTTTGGACATGGTCGCAGGAAGTA
TGATCCCATTTTGTCTGGCTCGGGCTTGGGAATGTATGGGAATTGATATGGTTTCAGAGG
AGAAGTTTCCAGGACTGAACAGATGGATCGAAAAGTTGAATGAG*TTGAAATCGTGAGGG
AATGTATACCTCCAAA*GAGAAACATATTGAGCGCATGAACAAA*TTATAGAGAGAACTA
TGTCTTCATAAACAAAGC
TACATGACTGTTAC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1CO58JQ 730 0 0
GAATACTTGGAGGAAGAACTGCCCAAAAAGACCCCTTTGCTTCTTGAGCTAAACCCGGTT
CACAAGAAGGTTCCGGTTCTTGTCCACAATGATAAAATATTATCCGAGTCACATGTGATC
CTTGAATACATCGACCAGACATGGAGTAACAATCCAATTCTACCTCAAGATCCCTAAGAG
AAAGCCATGGCTCGATTTTGGGCCAAGTTCGTTGATGAACAGATCCTACCAGCAGGATTC
ATGCCCTTGGTTAAGCCACAAAAGGGAATAGAAGCTGCTATAGAAGAGACTCGAGAACTG
ATTATGTTTCTTGAGAAGGAAGTTACTGGAAAAGACTTCTTTGGAGGTAAGACGCTTGGA
TTTTTGGACATGGTCGCAGGAAGTATGATCCCATTTTGTCTGGCTCGGGCTTGGGAATGT
ATGGGAATTGATATGGTTTCAGAGGAGAAGTTTCCAGGACTGAACAGATGGATCGAAAAG
TTGAATGAGGTTGAAATCGTGAGGGAATGTATACCTCCAAAAGAGAAACATATTGAGCGC
ATGAACAAAATTATAGAGAGAACTATGTCTTCATAAACAAAGCCTACAATGACTGTTACT
CCTTTCTTTATCATGGACTTATGTTGTATCGCTATGCTTGTATCGTTTGGTAACTGAAAT
AAAAATAAAGGAATATAGCTGCATCGGTTTTTATATTCTAAAAACTAAATACTGGTGCAG
TTTAGTTGTT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL8132Contig1 572 2 1 U
GATAGTGGAGATTCTTCGGTATCCACGAGTAAGGAGAGTAGTCAGGTAAGAAGCAATATT
CGAGGACAGGACCTGTGGAGGAGAGTTTAAGAGGTGTTAGTGTTAGAGGATGATCTTTTT
TAGTTTGGAAGCTTTTTTTGCATGGTGAATATATACAAATAAGTTAGTAAATGCAAAATA
TGAAGGAAAATGAATATATGCAAACGATTTGTTACAAGTTATATGTTGTCTCATCTAACT
TTTGTGTCCATGAACAATTAGCTAGCATGGTAATAATCGCTACACTTTCAAATGATGTTG
TAGTGACTACAACCGAAAGAGTTAGATACTATCACTGAATAATATCAAAGCACAAAGCTT
GGCTTTTAAAAAACATAGAATAAACGGTAAAGTTTATATGAATATCTTGTACATATATTT
TCATGGTTGAACATGTAATACTGTTACATATGTATTTGTTTTCTTACCCAAAAGTTACAC
GAAAAGATTACTCAAGCATGCCATGGACTTTTAAACTTACACAGCATTTACAATTTTTCT
CTTCTCATATACTCCCAAAACATTCAAGTTCG


BQ
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AF RR1DR10JQ C 1
AF RR1DR10TF U 1
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RD RR1DR10TF 572 0 0
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CGAGGACAGGACCTGTGGAGGAGAGTTTAAGAGGTGTTAGTGTTAGAGGATGATCTTTTT
TAGTTTGGAAGCTTTTTTTGCATGGTGAATATATACAAATAAGTTAGTAAATGCAAAATA
TGAAGGAAAATGAATATATGCAAACGATTTGTTACAAGTTATATGTTGTCTCATCTAACT
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GGCTTTTAAAAAACATAGAATAAACGGTAAAGTTTATATGAATATCTTGTACATATATTT
TCATGGTTGAACATGTAATACTGTTACATATGTATTTGTTTTCTTACCCAAAAGTTACAC
GAAAAGATTACTCAAGCATGCCATGGACTTTTAAACTTACACAGCATTTACAATTTTTCT
CTTCTCATATACTCCCAAAACATTCAAGTTCG

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL8133Contig1 987 2 2 U
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CGAGCGTATCAGACACCTCAAAGGGATCAACAGGACAGTTATCTTCTGGGACACTGTGGA
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BQ
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AF RR1CX13TF U 1
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BS 1 741 RR1CX13TF
BS 742 987 RR1CX13JQ

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QA 1 741 1 741
DS 

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TATTATGATCACAGGAAATGGTCTCCGGATATGTGTCTGGGTGACAAGACTTGGGCTTCA
AGAATCTACTTTCTTCCCGGAGGGGATGGAGCCTCGAGACGTATCAGAATGTTAAGTGAC
ATGTATCTACTTTCAAGGGACTCTCCTTTGCGCTGTTGTCGAGGAAGTTTGATCCTAGCC
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TTATTTTAAACTGCAAACTCTGCTGTGATAAACTCTTTTACTTGGTT

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

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TAGCCGTGGCCGTCTCTATGAGTACTCAAACAACAGTGTCAAAGGCACAATTGAGAGGTA
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TACTTACTTAAATCTCTTATGTTAATGAG


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AF RR1AY22TF U 1
AF RR1AY22JQ C 277
BS 1 864 RR1AY22TF
BS 865 1049 RR1AY22JQ

RD RR1AY22TF 864 0 0
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TTTCCTCGTTGTTCACCTCCCCATCTCCCCAACAGCAGCAAACATGTCCTACCAAATGGA
GCTAGGAGGAGATTCCTCTCCACAGAGGAAAACTGCAGGGAGAGGAAAGATCGAAATCAA
ACGGATCGAAAACACAACAAACCGTCAAGTCACTTTCTGCAAACGTAGAAATGGTTTGCT
CAAGAAAGCTTACGAACTTTCTGTTCTTTGTGATGCTGAAGTCGCACTCATCGTCTTCTC
TAGCCGTGGCCGTCTCTATGAGTACTCAAACAACAGTGTCAAAGGCACAATTGAGAGGTA
CAAGAAGGCTATATCGGATAATTCTAACACTGGATCGGTGGCATAAATTAATGCACAGTA
TTATCAACAAGAATCGGCCAAGTTGCGTCAACAGATTATCAGCATACAAAACTCGAACAG
GCAATTAATGGGTGAGACGATAGGGTCAATGTCTCCTAAGGAGCTTAAAAATTTGGAAGG
CAGATTAGACAAAAGTGTCAACCGAATACGATCCAAAAAGAATGAACTCTTATTCGCCGA
AATTGACTACATGAAGAAGAAAGAAGTTGATTTGCATAACGATAACCAGCTTCTTCGTGC
AAAGATAGCTGAAAATGAGAGGAACAATCCAAGTATCCTACCAAGTATGAATCTGATGCC
AGGAGTATCTAACTACGAGCAGATTATGCGACCACCTCAAACGCACTCTCAGCCGTTTGA
TTCACGGAACTATTTCCAAGTCGCGGCATTGCAACCTAACAATAAACATTACTCATCCGC
TGGTCGCCAAGACCAAACAGCTCT

QA 1 864 1 864
DS 

RD RR1AY22JQ 773 0 0
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TGTCAAAGGCACAATTGAGAGGTACAAGAAGGCTATATCGGATAATTCTAACACTGGATC
GGTGGCATAAATTAATGCACAGTATTATCAACAAGAATCGGCCAAGTTGCGTCAACAGAT
TATCAGCATACAAAACTCGAACAGGCAATTAATGGGTGAGACGATAGGGTCAATGTCTCC
TAAGGAGCTTAAAAATTTGGAAGGCAGATTAGACAAAAGTGTCAACCGAATACGATCCAA
AAAGAATGAACTTTTATTCGCCGAAATTGACTACATGAAGAAGAAAGAAGTTGATTTGCA
TAACGATAACCAGCTTTTTCGTGCAAAGATAGCTGAAAATGAGAGGAACAATCCAAGTAT
CCTACCAAGTATGAATTTGATGCCAGGAGTATCTAACTACGAGCAGATTATGCGACCACC
TCAAACGCACTTTCAGCCGTTTGATTCACGGAACTATTTCCAAGTCGCGGCATTGCAACC
TAACAATAAACATTACTCATCCGCTGGTCGCCAAGACCAAACAGCTCTTCAGTTAGTGTA
ATATTGGCTGAAGCATGAAGGGATGATGAGTGAATAAGAACCAGGTGTGGTCAAGGAATA
AGGAAGATGAAGCTAATTTAATGTTATATAAAAAGTGTACCAAATTTATATTTTTTTCCA
CAATATTTGTGTCAATGATTTCTATACTTACTTAAATCTCTTATGTTAATGAG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

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GAGACGTTCCCCGTAGGTTTGTCTGAATCATTAGGTTGTATTAGTCCTCCTGTCCGAATC
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AACGATGCCGAGATATTTCACATCACCACCGCCCGTATATGCGAGGAACTGGGCCAACGG
TCAGAACTTGGTCGAATCGACTAAGATCGAAAGACCGATTATCGCGTCTAAGAAGGTGCT
CCGTAAAGAGAAGAAGGAGAGAAAGAGAGAAAAGAATGAGAAAACCATTGAACATCTATA
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AGAACATGACAAGTATCTGTCTGATGGTAGCCAAGACAGTAAGAAGAGAAGAAGGGAAGC
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TATTCTTTCTGAACC


BQ
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AF RR1CS48TF U 1
AF RR1CS48JQ C 149
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RD RR1CS48TF 733 0 0
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AATAGAGGAAAAGAAATTAGGGTTTGCTTCGATTTCGATTTGATTTCGCGCCACAGAGAA
GAGACGTTCCCCGTAGGTTTGTCTGAATCATTAGGTTGTATTAGTCCTCCTGTCCGAATC
CTTATACCGTGTCCGTTTTTGCTGTTTAAACCGATTCGATCTGGGAAAAGAAAAGAAAAA
AACGATGCCGAGATATTTCACATCACCACCGCCCGTATATGCGAGGAACTGGGCCAACGG
TCAGAACTTGGTCGAATCGACTAAGATCGAAAGACCGATTATCGCGTCTAAGAAGGTGCT
CCGTAAAGAGAAGAAGGAGAGAAAGAGAGAAAAGAATGAGAAAACCATTGAACATCTATA
TCTACGTACCAAGCAAGTGTGCGATGAATCCGAACAACTTGAGAGGTCTTGTTTGACAGA
AGAACATGACAAGTATCTGTCTGATGGTAGCCAAGACAGTAAGAAGAGAAGAAGGGAAGC
TTCTCCTGCCGTTGAGAGTAATATTAAAGCTACGCCTGTTACTGGTAATCCTCTACGGAT
ACGTTTTGTCTTCAAGAAACCTAAAGAATCTGAGGTTGTTGTTGTCCCTCAAGTGCCCCA
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TGTCTTAGGTCAT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1CS48JQ 647 0 0
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GAAAAGAATGAGAAAACCATTGAACATCTATATCTACGTACCAAGCAAGTGTGCGATGAA
TCCGAACAACTTGAGAGGTCTTGTTTGACAGAAGAACATGACAAGTATCTGTCTGATGGT
AGCCAAGACAGTAAGAAGAGAAGAAGGGAAGCTTCTCCTGCCGTTGAGAGTAATATTAAA
GCTACGCCTGTTACTGGTAATCCTCTACGGATACGTTTTGTCTTCAAGAAACCTAAAGAA
TCTGAGGTTGTTGTTGTCCCTCAAGTGCCCCAAGAGGAGGATCTTGTTTGCTCCACCTCA
GGGACTGATCAACCCAGCAAAATATCAAGTTCTGTCTTAGGTCATCAAGAGAATCTGCTC
TCGACTTCTATTGAGAGTGACAAGACTGCTGCTATTCTTTCTGAACC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

CO CL8136Contig1 643 2 1 U
GGAACAGAATAATTCTTTTCTTCGATTCCTCTAACAGGTACCGTGAGATCCACGCGCAGG
GCGAGGATCGTCGGCGTGGCGCTGGAGCTTTACTACAGCGAGATCTCGAGGATGACTCGC
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AGTTTGTATCTACGAGCGCTGCATGATATTAACCCTAAGGCGATTCTGGCTGCTGGGAGT
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TCAAACGACAACCTTTTGTCTGTTTGAACCTCATCGTTTTTGCTTTTATTTTTTCGGACA
ACGCTTTCTTTTCTATCTTAAAGATAATTAACCACTTTGATTTGTCAACTTAAACCATGT
ATGTTCGATTGCACCCACTCCAATATGCAACCTGTTGTTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DK69TF U 1
AF RR1DK69JQ C 72
BS 1 643 RR1DK69TF

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ATGTTCGATTGCACCCACTCCAATATGCAACCTGTTGTTGTTC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1DK69JQ 572 0 0
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CGATTTCTGCAACGCGTGCGAGAAATGGGCGGGGGGAAACGGGGCTGTGATGATCCCTCA
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CACCCACTCCAATATGCAACCTGTTGTTGTTC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EW55TF U 1
AF RR1EW55JQ C 62
BS 1 637 RR1EW55TF

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GGGATGGGTACACATGATCTTAATCGCTCTCTCTCCTATACTTTCTTCTGTGTATTGAAA
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CATTGATAAAAAAAAAAGAAGATGGAATCTTTTCGGTTCGGCATCGGTTAAACCATATGT
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QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1CT74TF U 1
AF RR1EN37TF U 1
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QA 1 588 1 588
DS 

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QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL8139Contig1 561 2 2 U
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TAGATGTTCTTGGCTGAAGAGGAAATCGAAAGTCACTGAGGTTGATGTACGCATAATAGA
TGATGAAGTGACCATCAAGGTCGTTCAGAAGAAGAAGATTAACTGTTTGTTGTTTACAAG
TAAAGTTCTTGATCAGCTTAAGCTGGATCTTCACCATGTTGCGGGAAGACAGATTGGTGA
GCATTACAGCTTCTTGTTCAACGCTAAGATTTGTGAAGAATCTTGTGTATATGCAAGTGG
AATTGCAGACACAGCGATGGAGGCTGTGGAGAAGCAGTATATGGAAGCGGTTCCTACCAA
TGGCTACTGAAAGACAGACAGTGGTGTCTAATTGCTTTTAAACCCCCTAATGACTGATTA
GTTATTAATTGCTTGGTAATATTCAAGTTATAATAATTTCACCTAAAAAATTATTCAAGT
TATATTAGTTTTTTTTGCATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GP82TF U 1
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BS 531 561 RR1GP82JQ

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QA 1 530 1 530
DS 

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CAATGTGAGTTACAGACAACAGAGCGAACTAGACCAATCTTGTTTCAACAAGAAGTCACT
TAGATGTTCTTGGCTGAAGAGGAAATCGAAAGTCACTGAGGTTGATGTACGCATAATAGA
TGATGAAGTGACCATCAAGGTCGTTCAGAAGAAGAAGATTAACTGTTTGTTGTTTACAAG
TAAAGTTCTTGATCAGCTTAAGCTGGATCTTCACCATGTTGCGGGAAGACAGATTGGTGA
GCATTACAGCTTCTTGTTCAACGCTAAGATTTGTGAAGAATCTTGTGTATATGCAAGTGG
AATTGCAGACACAGCGATGGAGGCTGTGGAGAAGCAGTATATGGAAGCGGTTCCTACCAA
TGGCTACTGAAAGACAGACAGTGGTGTCTAATTGCTTTTAAACCCCCTAATGACTGATTA
GTTATTAATTGCTTGGTAATATTCAAGTTATAATAATTTCACCTAAAAAATTATTCAAGT
TATATTAGTTTTTTTTGCATC

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL8140Contig1 1091 2 2 U
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AGACAAAAATAATGAGAAAGAAGAGAGAAATGATGATAAGGAAGATGAAAAAGCTGAGAG
CGGTGAAGAGAGAGAAGATGATAAGGAAGATGAACAAGCTGAGAGCGGTGATGATAAGGA
AGAGAGCAAGAGTACTAAAAAGCGTGGGAAAGGAAACAGCTCTGCCAGAAAGATTCGCGA
GAAGACAAAGAATGAGGAAGACAAAAAGGTTGCAGAACCGAAGACTCCTTTCTCCGACCG
CCCTGTGCGTGAGCGGAAATCTGTTGAGAGGCTTGTCGCAGTGATTGATAGAGACTCTTC
AAAAGAATTCCATATCGAAAAGGGGCCAGGTGCATATCTCAAAGATATTCCCACCGTTGC
TTACAGGGTAACTAGGAAGAAGTCTGAAGATACTTTGAAGTTGCTGCACACAATTTTATT
TGGTGGGAGGAGAGGCAAGGCTGCTCAGGTCAAGACAAACATATTGGGCTTTTCAGGTTT
TGTTTGGCATGGAAATGAGGAAAAGGCAAAAGAAAGGATAAAAGAAAAGTTTGAAAAGTG
TATCAAAGAAAAACTGGTGGAGTTTTGCGAAATGTTTGACATACATGTTACCAAGGCTAC
AACAAAGGAAGATATCGTCACAAAACTGTTTGAGTTTTTGAAGAAACCTCATGGGAAAGG
CGACGTTCCAGCTAATGAGAAAGAAAAGTCAAGTAAGGGAGCAAAACGCAAGAGAACTCC
CAAGAAAAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C927TF U 1
AF RR1C927JQ C 456
BS 1 627 RR1C927TF
BS 628 1091 RR1C927JQ

RD RR1C927TF 627 0 0
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GAATGGCAATGAACAAGTGGAGAGCAACCATGCAAAGGAAGATGAGAAAGAAGAGAGAAA
TGATGATAAGGAAGATGAAAAAGCTGAGAGCGGTGAAGATAAGGAAGAAGAGAAAGAAGA
TGAACAAGCTGAGAGCGGTGATGATGAGGAAGAAGAGAAAGAAGAGAGCAAGAGTACTAA
AAAGCGTGGGAAAGGAAACAGTTCTGCCAGAAAGATTCGCAAGAAGACAAAGAATGAGGA
AGACAAAAATAATGAGAAAGAAGAGAGAAATGATGATAAGGAAGATGAAAAAGCTGAGAG
CGGTGAAGAGAGAGAAGATGATAAGGAAGATGAACAAGCTGAGAGCGGTGATGATAAGGA
AGAGAGCAAGAGTACTAAAAAGCGTGGGAAAGGAAACAGCTCTGCCAGAAAGATTCGCGA
GAAGACAAAGAATGAGGAAGACAAAAAGGTTGCAGAACCGAAGACTCCTTTCTCCGACCG
CCCTGTGCGTGAGCGGAAATCTGTTGA

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DS 

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ACAGCTCTGCCAGAAAGATTCGCGAGAAGACAAAGAATGAGGAAGACAAAAAGGTTGCAG
AACCGAAGACTCCTTTCTCCGACCGCCCTGTGCGTGAGCGGAAATCTGTTGAGAGGCTTG
TCGCAGTGATTGATAGAGACTCTTCAAAAGAATTCCATATCGAAAAGGGGCCAGGTGCAT
ATCTCAAAGATATTCCCACCGTTGCTTACAGGGTAACTAGGAAGAAGTCTGAAGATACTT
TGAAGTTGCTGCACACAATTTTATTTGGTGGGAGGAGAGGCAAGGCTGCTCAGGTCAAGA
CAAACATATTGGGCTTTTCAGGTTTTGTTTGGCATGGAAATGAGGAAAAGGCAAAAGAAA
GGATAAAAGAAAAGTTTGAAAAGTGTATCAAAGAAAAACTGGTGGAGTTTTGCGAAATGT
TTGACATACATGTTACCAAGGCTACAACAAAGGAAGATATCGTCACAAAACTGTTTGAGT
TTTTGAAGAAACCTCATGGGAAAGGCGACGTTCCAGCTAATGAGAAAGAAAAGTCAAGTA
AGGGAGCAAAACGCAAGAGAACTCCCAAGAAAAGCT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

CO CL8141Contig1 915 2 2 U
GGATGAGCAAACCGTATTCTTCTCTATCAATTCCATGCCAATCCAAGACACTGATGTTAC
CTTGTTCAGAATCAAAACTTACGAACCCTAATTCCATGCCAATCGAAGACAGTGATGGAA
CCGAACCCTAAATACGCCTTCCTCCGTCGCTCTTCACCACCATGACCTTTGCCTTCTCTC
GCGTCTTCTTCTTCTTCTCATCATCTGCTAAACTCTATAAGTCGCTGATGTCTGAGTCTT
ACACTTTGGTGCTCTCTTCCTGTGAAGGTTTCTCCACTGATGGTCTCGCTGCTAGCGCTT
CCTCTTGATTCTTACTTCATTTTCACAGAAATAATAAGCATGCAATCTGCTTGTGCATGA
TGAGACACCAACGTCGAGTAAGAGATAAGGTCATTCTGATAACATGGAGACTAAGAATGA
AGTATCAGGCCAGCGAAGCTTTTAAAGAGGAGAGTTTCATGGAGTTCGGCATATCAAGAC
TCTATCACTTTGCTCCAACATCTCTGGTCAGATTCTGGCCAGTCTCGTCATGAACCCACC
CAAGATTGTTCTGTTGCTGAATGCTTCTTGTAGAGTCTCAACGCTGCTTCGTTACTAGGG
ATGCATGGTCTCGTGCTCTAGTCTTACTGTCTCGTTACTCTGTTCCATTACTAGAGAATA
CAAACTTTACAGTATCATGGACTGGGGTCCAGATATTTTTAACGATTTGACCACAAATAC
ACAAACCCGGACCAGATGTGGAGAGAAAGCCAAGGAGCAAGAAGCTTTTCACTTTGAGGA
ATTCAGGAAATAGAGTTAGTATAAGACTTGACTAGGAGTTATGGTGATAGTATAAGACAT
GTTTGATGTTAGGGCAAGACTTGGAAATTCTATGTAAAATGTATGTTTGCTGAATTTAAT
GCGATATATAATATG


BQ
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AF RR1FD80TF U 1
AF RR1FD80JQ C 182
BS 1 730 RR1FD80TF
BS 731 915 RR1FD80JQ

RD RR1FD80TF 730 0 0
GGATGAGCAAACCGTATTCTTCTCTATCAATTCCATGCCAATCCAAGACACTGATGTTAC
CTTGTTCAGAATCAAAACTTACGAACCCTAATTCCATGCCAATCGAAGACAGTGATGGAA
CCGAACCCTAAATACGCCTTCCTCCGTCGCTCTTCACCACCATGACCTTTGCCTTCTCTC
GCGTCTTCTTCTTCTTCTCATCATCTGCTAAACTCTATAAGTCGCTGATGTCTGAGTCTT
ACACTTTGGTGCTCTCTTCCTGTGAAGGTTTCTCCACTGATGGTCTCGCTGCTAGCGCTT
CCTCTTGATTCTTACTTCATTTTCACAGAAATAATAAGCATGCAATCTGCTTGTGCATGA
TGAGACACCAACGTCGAGTAAGAGATAAGGTCATTCTGATAACATGGAGACTAAGAATGA
AGTATCAGGCCAGCGAAGCTTTTAAAGAGGAGAGTTTCATGGAGTTCGGCATATCAAGAC
TCTATCACTTTGCTCCAACATCTCTGGTCAGATTCTGGCCAGTCTCGTCATGAACCCACC
CAAGATTGTTCTGTTGCTGAATGCTTCTTGTAGAGTCTCAACGCTGCTTCGTTACTAGGG
ATGCATGGTCTCGTGCTCTAGTCTTACTGTCTCGTTACTCTGTTCCATTACTAGAGAATA
CAAACTTTACAGTATCATGGACTGGGGTCCAGATATTTTTAACGATTTGACCACAAATAC
ACAAACCCGG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR1FD80JQ 734 0 0
CTCGCGTCTCTCTC
TCTCATCATCTGCTAAACTCTATAAGTCGCTGATGTCTGAGTCT*ACACTTTGGTGCTCT
CTTCCTGTGAAGGTTTCTCCACTGATGGTCTCGCTGCTAGCGCTTCCTCTTGATTCTTAC
TTCATTTTCACAGAAATAATAAGCATGCAATCTGCTTGTGCATGATGAGACACCAACGTC
GAGTAAGAGATAAGGTCATTCTGATAACATGGAGACTAAGAATGAAGTATCAGGCCAGCG
AAGCTTTTAAAGAGGAGAGTTTCATGGAGTTCGGCATATCAAGACTCTATCACTTTGCTC
CAACATCTCTGGTCAGATTCTGGCCAGTCTCGTCATGAACCCACCCAAGATTGTTCTGTT
GCTGAATGCTTCTTGTAGAGTCTCAACGCTGCTTCGTTACTAGGGATGCATGGTCTCGTG
CTCTAGTCTTACTGTCTCGTTACTCTGTTCCATTACTAGAGAATACAAACTTTACAGTAT
CATGGACTGGGGTCCAGATATTTTTAACGATTTGACCACAAATACACAAACCCGGACCAG
ATGTGGAGAGAAAGCCAAGGAGCAAGAAGCTTTTCACTTTGAGGAATTCAGGAAATAGAG
TTAGTATAAGACTTGACTAGGAGTTATGGTGATAGTATAAGACATGTTTGATGTTAGGGC
AAGACTTGGAAATTCTATGTAAAATGTATGTTTGCTGAATTTAATGCGATATATAATATG

QA 15 734 15 734
DS 



AS 1 2

CO CL8142Contig1 792 2 2 U
CTACTTACTGGGAAAAGTTTAAAGGTCACACGAATAGATATTCGATCCAGTCTAGTATAG
AACTATCAATTTATCATCTTCTTCAGTCCCAATGATGTATCTCCCTTCTGAAGACTCCTC
ATCACCAGTTCCCAATGCTTCCTCTATGCAGGCACCAAAGCCGAGGATGATGATACAGAA
ATGCGAAAATGGATTTAAGATGAGGAAGCTGAATGATGATGTGGAAGAAAACAATGACTG
CTTACAGATGGAGTCAAACATCACACATGCAGAGGAGGCGAATAAGCTTCCTGTAGTGTC
TGAACCAGAAGCAGAACCTTTGCTGCCTCATGAAACCAAGCCGGAAACTACTGAAGATAC
TCAGAAAGTATGTGCCAGAGAACAGTTGTATAAGCTATGTGGTGTGAGGCATTGGAAAGC
ACCATTATATAAGTTCTTCAACCAAGATGGCCCTGACAATAAGAAACTATTTAAAGTCGA
AGTCAATGTTGAAGTAAAGGATGTTTCAGGGATAACGGTTCTGGAGTGTTTTGGAGATCC
ACACAACAAGAAGAAAATAGCAGCTGAGCAGGCAGCGGAAGTAGCGCTTTGGTTTCTCAA
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CGCTTTAGAATCTGTTAATAACATATGACTTAAGTAGGTCTAGTTTTGTTCATGTTAATT
GGCTTTTAGCTGGTTAGCATTTGACAGAATCTCTCTACCTAGAGAGTTCAAAAGTGTGTA
AGCCTCTACCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EI42TF U 1
AF RR1EI42JQ C 105
BS 1 654 RR1EI42TF
BS 655 792 RR1EI42JQ

RD RR1EI42TF 654 0 0
CTACTTACTGGGAAAAGTTTAAAGGTCACACGAATAGATATTCGATCCAGTCTAGTATAG
AACTATCAATTTATCATCTTCTTCAGTCCCAATGATGTATCTCCCTTCTGAAGACTCCTC
ATCACCAGTTCCCAATGCTTCCTCTATGCAGGCACCAAAGCCGAGGATGATGATACAGAA
ATGCGAAAATGGATTTAAGATGAGGAAGCTGAATGATGATGTGGAAGAAAACAATGACTG
CTTACAGATGGAGTCAAACATCACACATGCAGAGGAGGCGAATAAGCTTCCTGTAGTGTC
TGAACCAGAAGCAGAACCTTTGCTGCCTCATGAAACCAAGCCGGAAACTACTGAAGATAC
TCAGAAAGTATGTGCCAGAGAACAGTTGTATAAGCTATGTGGTGTGAGGCATTGGAAAGC
ACCATTATATAAGTTCTTCAACCAAGATGGCCCTGACAATAAGAAACTATTTAAAGTCGA
AGTCAATGTTGAAGTAAAGGATGTTTCAGGGATAACGGTTCTGGAGTGTTTTGGAGATCC
ACACAACAAGAAGAAAATAGCAGCTGAGCAGGCAGCGGAAGTAGCGCTTTGGTTTCTCAA
GAATGTGGGTCATACCGTCCAGACTGACAATGCTTCTGGTCGTAAGGGAGGACA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1EI42JQ 688 0 0
CTCCTCTGAGACT
CTCATCACCAGTTCCCAATGCT*CCTCTATGCAG*CACCAAAGCCGAGGATGATGATACA
GAAATGCGAAAATGGATTTAAGATGAGGAAGCTGAATGATGATGTGGAAGAAAACAATGA
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GTCTGAACCAGAAGCAGAACCTTTGCTGCCTCATGAAACCAAGCCGGAAACTACTGAAGA
TACTCAGAAAGTATGTGCCAGAGAACAGTTGTATAAGCTATGTGGTGTGAGGCATTGGAA
AGCACCATTATATAAGTTCTTCAACCAAGATGGCCCTGACAATAAGAAACTATTTAAAGT
CGAAGTCAATGTTGAAGTAAAGGATGTTTCAGGGATAACGGTTCTGGAGTGTTTTGGAGA
TCCACACAACAAGAAGAAAATAGCAGCTGAGCAGGCAGCGGAAGTAGCGCTTTGGTTTCT
CAAGAATGTGGGTCATACCGTCCAGACTGACAATGCTTCTGGTCGTAAGGGAGGACAAAA
AAACGCTTTAGAATCTGTTAATAACATATGACTTAAGTAGGTCTAGTTTTGTTCATGTTA
ATTGGCTTTTAGCTGGTTAGCATTTGACAGAATCTCTCTACCTAGAGAGTTCAAAAGTGT
GTAAGCCTCTACCCT

QA 14 688 14 688
DS 



AS 1 2

CO CL8143Contig1 826 2 4 U
GGAAAGCATCGTTGTTCCAAAAATATATGCGCCTTTGTCTCTCTTTCATATCTCCAAGAA
GCTTCGTCGTCTTCGGATCTCGCATTTCCATTTACTTTCCATTTTTGTAGTTCAGTTTCT
GATAAAATCTGACTCAAGACATATCCAAAGAGAAGGTGCTTTGTTAGGCTACGACGCGCG
TCGGACATCTTACAAAACATTTAATGACAATGTCAGAAAGATCCTCGAAGGTGGTCGTAA
AAGATAACTCGCAGGTCAACACATCGTCGAGAATCTATTACTACGGCGGAGCTTCCGTGC
CGTTCTTGTGGGAGACACGGCCAGGCACACCAAAACACCCTCTCTTCTCTGAATCATTTC
GTCTTCCACCGTTAACGCCGCCTCCGTCGTACTACTCATCCTCCTCCCCTTCCTCCTGGA
ACAAACTAAGCAAAGTTAGAACAAAACAAACTCGGCTCGTGAAGACCTTGTTCAACGGAA
AGCATCACGTATCGCGTCCTTCGTTTTCTTGGTCATCTACAACATCTTCATCTTCTTCTT
CCTCTTCCTTCTCTTCCTCGTCTTCTCCTAGGTCTAAAACAGTGCATCGTGCCAACAAGT
GTTACCTTTCTTGCTCCAGATCGTACGTTAAAGAAGAAGACGAGGAAGAGATTGGTTCGT
ACTCGCCGACGTCAACGTTGTGTTATAAAAGAGGATTTAGTGTGAAAAGAGTTTTGTGTT
CTATTCTAAGCCATAAATCTAGTCGTAATGATCTTAGCTTGGTGTAATGGCATGTTGTCT
TGTTATGGTTGTTGTTATAAACATAGGATCTTGATTTTAAAGATCC


BQ
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AF RR1DW93TF U 1
AF RR1DW93JQ C 102
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BS 572 572 RR1DW93JQ
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RD RR1DW93TF 640 0 0
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AAGATAACTCGCAGGTCAACACATCGTCGAGAATCTATTACTACGGCGGAGCTTCCGTGC
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ACAAACTAAGCAAAGTTAGAACAAAACAAACTCGGCTCGTGAAGACCTTGTTCAACGGAA
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CCTCTTCCTTCTCTTCCTCGTCTTCTCCTAG*TCTAAAACAGTGCATCGTGCCAACAAGT
GTTACCTTTCTTGCTCCAGATCGTACGTTAAAGAAGAAGA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1DW93JQ 725 0 0
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TGTTAGGCTACGACGCGCGTCGGACATCTTACAAAACATTTAATGACAATGTCAGAAAGA
TCCTCGAAGGTGGTCGTAAAAGATAACTCGCAGGTCAACACATCGTCGAGAATCTATTAC
TACGGCGGAGCTTCCGTGCCGTTCTTGTGGGAGACACGGCCAGGCACACCAAAACACCCT
CTCTTCTCTGAATCATTTCGTCTTCCACCGTTAACGCCGCCTCCGTCGTACTACTCATCC
TCCTCCCCTTCCTCCTGGAACAAACTAAGCAAAGTTAGAACAAAACAAACTCGGCTCGTG
AAGACCTTGTTCAACGGAAAGCATCACGTATCGCGTCCTTCGTTTTCTTGGTCATCTACA
ACATCTTCATCTTCTTCTTCCTCTTCCTTCTCTTCCTCGTCTTCTCCTAGGTCTAAAACA
GTGCATCGTGCCAACAAGTGTTACCTTTCTTGCTCCAGATCGTACGTTAAGGAAGAAGAC
GAGGAAGAGATTGGTTCGTACTCGCCGACGTCAACGTTGTGTTATAAAAGAGGATTTAGT
GTGAAAAGAGTTTTGTGTTCTATTCTAAGCCATAAATCTAGTCGTAATGATCTTAGCTTG
GTGTAATGGCATGTTGTCTTGTTATGGTTGTTGTTATAAACATAGGATCTTGATTTTAAA
GATCC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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AATCCCTTGAGAAGCTCGAGCAAGAGAAGGAATCGCTCGTCTCACAAATGGCTGAGCTTA
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ATACATTGCTTCCAACCAGCTTTGTGTTTCTTTCTCCATTACTCTCTGTGTAACCGAGTG
TAAAACATTGCTTTTTAGAACGATATACATTTTCGTTTGCATC


BQ
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AF RR1B459JQ C 1
AF RR1B459TF U 178
BS 1 177 RR1B459JQ
BS 178 523 RR1B459TF

RD RR1B459JQ 523 0 0
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ATGAACTCGAAGACGAAATCAAATTCGCCAAGGAGAAGTGTGATAATCTGGAGGACGCAG
GGAACGAGCTGATCCTTGCTGATGAGGAGATGGTGCGGTTTCTGATCGGAGAAGTCTTTG
CCCATGTGCCCAAGGATGAGGTGGAAACAAGGATTGAAGAGATGAAAGAGGCCACCTGCA
AATCCCTTGAGAAGCTCGAGCAAGAGAAGGAATCGCTCGTCTCACAAATGGCTGAGCTTA
AGAAGGTGTTGTATGCTAAGTTCAAGGATTCTATCAACCTTGAAGAAGATTGATCGAATC
ATACATTGCTTCCAACCAGCTTTGTGTTTCTTTCTCCATTACTCTCTGTGTAACCGAGTG
TAAAACATTGCTTTTTAGAACGATATACATTTTCGTTTGCATC

QA 1 523 1 523
DS 

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GCAAATCCCTTGAGAAGCTCGAGCAAGAGAAGGAATCGCTCGTCTCACAAATGGCTGAGC
TTAAGAAGGTGTTGTATGCTAAGTTCAAGGATTCTATCAACCTTGAAGAAGATTGATCGA
ATCATACATTGCTTCCAACCAGCTTTGTGTTTCTTTCTCCATTACTCTCTGTGTAACCGA
GTGTAAAACATTGCTTTTTAGAACGATATACATTTTCGTTTGCATC

QA 1 346 1 346
DS 



AS 1 2

CO CL8145Contig1 962 2 2 U
GGATCCATTTCGTGATCCTTATTTCCCGGATCTCTACAACTCCGACCCGACCCAATCCGG
GTCAACCAGAAAAATGGATAAGCCTAGCTTCGTAATCTCACCGGAAGAAGCTGAATCCGC
CGCGAATCAACTCGGCGTCTCCGTCCTCCAGCTCCTCCCTTCGCTGGTCAACCCAGCGAA
ATCCTTCGCTCGACCACCGATCTCAAAATTCCACGTCGGAGCCGTCGGACTCGGATCGTC
GGGTCGGATCTTCCTAGGAGTCAATGTCGAGTTCCCAGGCCTCCCTCTCCACCACTCCAT
CCACGCCGAGCAGTTCCTCGTCACCAACCTCACCCTCAACGACGAGCGTCACCTCCGTCA
CTTCGCCGTCTCCGCCGCGCCGTGCGGACATTGCCGCCAGTTCCTCCAAGAGATCCGCGA
CGCGTCGGAGATCAGGCTCGTGATCACCGATCCGAACGCCGCCGCTGATCCCGACGCCGA
TTCAGACGGATTCCTCCGCCTCGGGAGCATCTTGCCGCACAGATTCGGTCCCGAGGATCT
TCTCGATAGAGACTTCCCTCTCATCCTCGAGCGCCACGATAACAACCTCGCGATCTCGGA
TCTCGATCCGATCTCCAACGGAAACGCCGCGGAATTGAAAAGTACGGCTCTGGCGGCGGC
GAATAGATCGTACGCGCCGTATAGTTTGTGTCCGTCGGGAGTTGCGCTGGTTGATTGCGA
CGGGAAAGTGTATAGAGGTTGGTACATGGAGTCGGCGGCGTATAATCCTAGCTTGTGGCC
AGTACAGGCGGCGTTGGTGGATTATATTGCTAACGGAGGCGGAGGAGGTTACGAGAGAAT
CGTCGGAGCTGTGCTTGTGGAGAAAGAAGACGCGGTGGTGCGGCAAGAGCACACGGCGAG
GTTGCTTCTACAGATGATATCGCCGAAATGCGATTTCATTGTCTATAATTGCCATTGACC
TT


BQ
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10 10 

AF RR1F991TF U 1
AF RR1F991JQ C 254
BS 1 783 RR1F991TF
BS 784 962 RR1F991JQ

RD RR1F991TF 783 0 0
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GTCAACCAGAAAAATGGATAAGCCTAGCTTCGTAATCTCACCGGAAGAAGCTGAATCCGC
CGCGAATCAACTCGGCGTCTCCGTCCTCCAGCTCCTCCCTTCGCTGGTCAACCCAGCGAA
ATCCTTCGCTCGACCACCGATCTCAAAATTCCACGTCGGAGCCGTCGGACTCGGATCGTC
GGGTCGGATCTTCCTAGGAGTCAATGTCGAGTTCCCAGGCCTCCCTCTCCACCACTCCAT
CCACGCCGAGCAGTTCCTCGTCACCAACCTCACCCTCAACGACGAGCGTCACCTCCGTCA
CTTCGCCGTCTCCGCCGCGCCGTGCGGACATTGCCGCCAGTTCCTCCAAGAGATCCGCGA
CGCGTCGGAGATCAGGCTCGTGATCACCGATCCGAACGCCGCCGCTGATCCCGACGCCGA
TTCAGACGGATTCCTCCGCCTCGGGAGCATCTTGCCGCACAGATTCGGTCCCGAGGATCT
TCTCGATAGAGACTTCCCTCTCATCCTCGAGCGCCACGATAACAACCTCGCGATCTCGGA
TCTCGATCCGATCTCCAACGGAAACGCCGCGGAATTGAAAAGTACGGCTCTGGCGGCGGC
GAATAGATCGTACGCGCCGTATAGTTTGTGTCCGTCGGGAGTTGCGCTGGTTGATTGCGA
CGGGAAAGTGTATAGAGGTTGGTACATGGAGTCGGCGGCGTATAATCCTAGCTTGTGGCC
AGT

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DS 

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CTAGGAGTCAATGTCGAGTTCCCAGGCCTCCCTCTCCACCACTCCATCCACGCCGAGCAG
TTCCTCGTCACCAACCTCACCCTCAACGACGAGCGTCACCTCCGTCACTTCGCCGTCTCC
GCCGCGCCGTGCGGACATTGCCGCCAGTTCCTCCAAGAGATCCGCGACGCGTCGGAGATC
AGGCTCGTGATCACCGATCCGAACGCCGCCGCTGATCCCGACGCCGATTCAGACGGATTC
CTCCGCCTCGGGAGCATCTTGCCGCACAGATTCGGTCCCGAGGATCTTCTCGATAGAGAC
TTCCCTCTCATCCTCGAGCGCCACGATAACAACCTCGCGATCTCGGATCTCGATCCGATC
TCCAACGGAAACGCCGCGGAATTGAAAAGTACGGCTCTGGCGGCGGCGAATAGATCGTAC
GCGCCGTATAGTTTGTGTCCGTCGGGAGTTGCGCTGGTTGATTGCGACGGGAAAGTGTAT
AGAGGTTGGTACATGGAGTCGGCGGCGTATAATCCTAGCTTGTGGCCAGTACAGGCGGCG
TTGGTGGATTATATTGCTAACGGAGGCGGAGGAGGTTACGAGAGAATCGTCGGAGCTGTG
CTTGTGGAGAAAGAAGACGCGGTGGTGCGGCAAGAGCACACGGCGAGGTTGCTTCTACAG
ATGATATCGCCGAAATGCGATTTCATTGTCTATAATTGCCATTGACCTT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GCTTGGTGTTGCAATCCGGGTTGTGTATCTTGACCGTAGCTCATGTGGTGATACTGGAGG
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AGAGGCTTCTGCTGCTCCCTTTATAACCTTGCTGTATCGCCCAGGCCATTACGATATCCT
CTACCCCAAGGTTTTGGTCGACGTGGAAAAATGATCATTTGACATATCATGAAACCCATT
AGGAGATGTTTACAAGCTGTGGTAATATGGATTCATTTGGATGAAACCATGGTACATCAT
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TTTTTGTTTTGTTTTACTATAATACTCATTGATAATCTCCTGTACCAAATTGAACCAAAG
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BQ
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AF RR1CG60TF U 1
AF RR1CG60JQ C 186
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BS 717 839 RR1CG60JQ

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CGACTACGTTGTAATGTTCTTCAGGTTTGTTACTGCTGGTGAAATACGAACGCGTGCAGA
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GCTTGGTGTTGCAATCCGGGTTGTGTATCTTGACCGTAGCTCATGTGGTGATACTGGAGG
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AGAGGCTTCTGCTGCTCCCTTTATAACCTTGCTGTATCGCCCAGGCCATTACGATATCCT
CTACCCCAAGGTTTTGGTCGACGTGGAAAAATGATCATTTGACATATCATGAAACCCATT
AGGAGATGTTTACAAGCTGTGGTAATATGGATTCATTTGGATGAAACCATGGTACATCAT
GTCTTTGCTTCTCGATTATGATCAAAACAAACCCTTTTGCAACCTCTGAAAATGGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1CG60JQ 654 0 0
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TTGAACCGATGGGGGAAGAGAGTGACCATATCCACATAACTGCTTTGTCGGGCGCGCTTG
GTGTTGCAATCCGGGTTGTGTATCTTGACCGTAGCTCATGTGGTGATACTGGAGGTGTCA
CTGTGAACCATCACGACTTTGTTCCCGTTGGCACTAATGATGAGAAAAAAGAAGAAGAGG
CTTTTGCTGCTCCCTTTATAACCTTGCTGTATCGCCCAGGCCATTACGATATCCTCTACC
CCAAGGTTTTGGTCGACGTGGAAAAATGATCATTTGACATATCATGAAACCCATTAGGAG
ATGTTTACAAGCTGTGGTAATATGGATTCATTTGGATGAAACCATGGTACATCATGTCTT
TGCTTCTCGATTATGATCAAAACAAACCCTTTTGCAACCTTTGAAAATGGATTTTTTTTT
GTTTTGTTTTACTATAATACTCATTGATAATCTCCTGTACCAAATTGAACCAAAGGGTTT
GCCATATAAACAAATGAGTCAAGGACAGAGGTCTATGTTTGTTTTAATGGCTTG

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

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ATGGGCATTGACCAAGAAGCAAGAAGCTGAAGCTGCTAAGAAGAAGAGCGTTGAGACCCG
CAAGCTTATCTTCAAGAGAGCTGAGCAATACTCCAAAGAATACGCTGAGAAGGACAATGA
GTTGATCAGGTTGAAGCGTGAGGCTAAGTTGAAAGGAGGGTTCTACGTTGATCCAGAGGC
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GAACTGATGATCAAAAGCTTCTCCTTATTTTGTCTTTGTTCTTATATCAGTGACCGTGTT
ATGAATGATTATGTTACTTGTTTACGATCATCTTATTTGACTTTTGCTTACTTTTTT


BQ
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AF RR1D356TF U 1
AF RR1D356JQ C 147
BS 1 676 RR1D356TF
BS 677 897 RR1D356JQ

RD RR1D356TF 676 0 0
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GGCAGAATCTAAGATGGTGGTTCCAGAGTCTGTCTTGAAAAAGATCAAGAGAGAAGAGGA
ATGGGCATTGACCAAGAAGCAAGAAGCTGAAGCTGCTAAGAAGAAGAGCGTTGAGACCCG
CAAGCTTATCTTCAAGAGAGCTGAGCAATACTCCAAAGAATACGCTGAGAAGGACAATGA
GTTGATCAGGTTGAAGCGTGAGGCTAAGTTGAAAGGAGGGTTCTACGTTGATCCAGAGGC
TAAACTTCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGATCCAAAAACCAAGAA
GATTCTGCAGCTTCTGCGTTTAAGACAAATCTTCAATGGTGTGTTTCTTAAGGTGAACAA
GGCAACAATCAACATGCTGCGTCGCGTTGAGCCTTACGTGACTTACGGGTACCCAAACTT
GAAGAGCGTTAAGGAGCTGATCTACAAGAGAGGATTTGGAAAGCTTAACCACCAGAGGAT
AGCGCTCACAGACAACTCGATAGTGAGCCAAGGTCTAGGAAAGCACAACATCATCTGCGT
GGAGGATCTGATCCACGAGATCACGACCGTTGGACCTCACTTCAAAGAAGCCAACAACTT
CCTTTGGCCCTTCCAG

QA 1 676 1 676
DS 

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AGTTGAAAGGAGGGTTCTACGTTGATCCAGAGGCTAAACTTCTCTTTATCATTCGTATCC
GTGGAATCAACGCTATTGATCCAAAAACCAAGAAGATTCTGCAGCTTCTGCGTTTAAGAC
AAATCTTCAATGGTGTGTTTCTTAAGGTGAACAAGGCAACAATCAACATGCTGCGTCGCG
TTGAGCCTTACGTGACTTACGGGTACCCAAACTTGAAGAGCGTTAAGGAGCTGATCTACA
AGAGAGGATTTGGAAAGCTTAACCACCAGAGGATAGCGCTCACAGACAACTCGATAGTGA
GCCAAGGTCTAGGAAAGCACAACATCATCTGCGTGGAGGATCTGATCCACGAGATCACGA
CCGTTGGACCTCACTTCAAAGAAGCCAACAACTTCCTTTGGCCCTTCCAGCTGAAGGCGC
CGCTCGGTGGTCTTAAGAAGAAGAGGAACCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGGAACA
GGGAGAACTTCATCAACGAGCTTGTCAGGAGAATGAACTGATGATCAAAAGCTTCTCCTT
ATTTTGTCTTTGTTCTTATATCAGTGACCGTGTTATGAATGATTATGTTACTTGTTTACG
ATCATCTTATTTGACTTTTGCTTACTTTTTT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL8149Contig1 1344 2 2 U
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GTCGTCTCCAAGTGTGCTCCTTCATCGCTCAGGGAACAACCCTCCTCTCGCATTTGCTTC
TAGAAAGAATCAGTCTTTAGGTAAAAGCCGTGTTAGTTTTGTGGGTAGTCTGAAACGTCG
TCTCCCTGTGGTTTTATTATCGATGACGGCGGCGAAGGAGGAGGGAGCCGTGAAGTCTGT
TTTGCCTGGAAATGGCATATCCATCATGGTGAATGGATGTACTGGCAAAATGGGGAAGGC
TGTGATCAAAGCAGCAGACTCTGCTGGAGTGAACATCGTTCCCACTTCCTTTGGGTCTGC
TGCTGAGGCTGGGCAGACTGTTGAGGTGTGTGGAATAGAGATCACCGTGCACGGTCCTAC
AGAGAGAGAGAAGGTTCTTGCTTCGGTGTTTGAGAAGCACCCTGAGCTTATTGTTGTCGA
CTACACCATCCCCACTGCAGTTAACGATAATTCGGAGCTGTATAGCAAAGTAGGTGTTCC
TTTTGTAATGGGAACAACTGGTGGAGACAGGAACAAACTGTATGAAACTGTTGAGAAAGC
GAGGATCTATGCTGTGATTTCTCCACAGATGGGTAAACAGGTTGTAGCATTTCTTGCGGC
GATGGAGATAATGGCTGAGCAGTTTCCAGGAGCCTTTTCTGGTTATTCCTTGGAGGTGAT
GGAGTCTCATCAAGCTAGCAAATTGGATGCGTCAGGAACAGCAAAAGCTGTCATCTCTTG
CTTCCAGGAACTGGGAGTGTCTTACGACATGGATGAGATACAATTGATTAGGGATCCTAA
ACAGCAAGTTGAGATGGTGGGGGTTCCTGAAGAGCATGTCTCTGGCCACGCTTTCCATCT
CTATCACTTGACATCACCTGATGAAACTGTCTCCTTCGAGTTCCAGCACAATGTGTGTGG
CAGATCAATATACGCTGAGGGTACTGTTGATGCCGTGCTTTTCCTTGCCAAAAAGATCCG
GTTGAAAGCAGACCAGAGAATCTACAACATGATCGATGTTCTGAGAGAGGGAAACATGCG
TTGAGCTTCCAAGTTTTTTTGTCCAAATAGTGGTTCTAGAAGAGCTGTGAGATAGTTTAC
CAAAATCATCGGCTTGAGATGTTCGGTTCCCACTTCTTCTTCTTCTGCCTTTCAGACCAG
CTTTTTGAAACTACTATAGGGTTGTTTACAATTTACATAACTGTTGCTCTGTAGTTCGTT
TTGGTTTATTTAAGAACTTTCCGTTTGTTGTATTGTCCATGTTAACCTCTTCACCATCAA
GTTTACTCTCCTTGTGAACCAAAA


BQ
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AF RR1BG01TF U 1
AF RR1BG01JQ C 545
BS 1 711 RR1BG01TF
BS 712 1344 RR1BG01JQ

RD RR1BG01TF 711 0 0
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GTCGTCTCCAAGTGTGCTCCTTCATCGCTCAGGGAACAACCCTCCTCTCGCATTTGCTTC
TAGAAAGAATCAGTCTTTAGGTAAAAGCCGTGTTAGTTTTGTGGGTAGTCTGAAACGTCG
TCTCCCTGTGGTTTTATTATCGATGACGGCGGCGAAGGAGGAGGGAGCCGTGAAGTCTGT
TTTGCCTGGAAATGGCATATCCATCATGGTGAATGGATGTACTGGCAAAATGGGGAAGGC
TGTGATCAAAGCAGCAGACTCTGCTGGAGTGAACATCGTTCCCACTTCCTTTGGGTCTGC
TGCTGAGGCTGGGCAGACTGTTGAGGTGTGTGGAATAGAGATCACCGTGCACGGTCCTAC
AGAGAGAGAGAAGGTTCTTGCTTCGGTGTTTGAGAAGCACCCTGAGCTTATTGTTGTCGA
CTACACCATCCCCACTGCAGTTAACGATAATTCGGAGCTGTATAGCAAAGTAGGTGTTCC
TTTTGTAATGGGAACAACTGGTGGAGACAGGAACAAACTGTATGAAACTGTTGAGAAAGC
GAGGATCTATGCTGTGATTTCTCCACAGATGGGTAAACAGGTTGTAGCATTTCTTGCGGC
GATGGAGATAATGGCTGAGCAGTTTCCAGGAGCCTTTTCTGGTTATTCCTT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1BG01JQ 800 0 0
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GAGATAATGGCTGAGCAGTTTCCAGGAGCCTTTTCTGGTTATTCCTTGGAGGTGATGGAG
TCTCATCAAGCTAGCAAATTGGATGCGTCAGGAACAGCAAAAGCTGTCATCTCTTGCTTC
CAGGAACTGGGAGTGTCTTACGACATGGATGAGATACAATTGATTAGGGATCCTAAACAG
CAAGTTGAGATGGTGGGGGTTCCTGAAGAGCATGTCTCTGGCCACGCTTTCCATCTCTAT
CACTTGACATCACCTGATGAAACTGTCTCCTTCGAGTTCCAGCACAATGTGTGTGGCAGA
TCAATATACGCTGAGGGTACTGTTGATGCCGTGCTTTTCCTTGCCAAAAAGATCCGGTTG
AAAGCAGACCAGAGAATCTACAACATGATCGATGTTCTGAGAGAGGGAAACATGCGTTGA
GCTTCCAAGTTTTTTTGTCCAAATAGTGGTTCTAGAAGAGCTGTGAGATAGTTTACCAAA
ATCATCGGCTTGAGATGTTCGGTTCCCACTTCTTCTTCTTCTGCCTTTCAGACCAGCTTT
TTGAAACTACTATAGGGTTGTTTACAATTTACATAACTGTTGCTCTGTAGTTCGTTTTGG
TTTATTTAAGAACTTTCCGTTTGTTGTATTGTCCATGTTAACCTCTTCACCATCAAGTTT
ACTCTCCTTGTGAACCAAAA

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL8150Contig1 531 2 1 U
GCGGTCCAGATGCCTTTACCAAATTACACTTCCAGGGCTAGTTTTGAGTTAGAACCCGGT
GCAACTGGACAGAAGACAGATTTCAAGGAAACCAGCAAAATGCTTGAATGGAGTTTGAAA
AAGATTGTTGGTGGAGCTGAGCATACACTGCGTGCAAAGCTGACATTTTCACAGGAGTTT
CATGGTAATCTCACAAAGGAAGCAGGGCCGGTTAGCATGACCTTCACCATACCGATGTAC
AATGTTTCTAAACTCCAGATAGCAAAGAAATCAAGTAGTTACAATCCATATCGTTGGGTG
AGATATGTGACACAGGCCAATTCGTACGTGGCTCGGATGACCTACTTTCGGATAATGTTT
GTTCATTTTCAGATCATACTTGTTCTTAAATTCTAAGGATCCTTCACAGTACGTGCTGAA
TGTTTGTTGTCTCTGCTATTTGGATTTTCTTGGTTTGTTCTCTACGCTGGAAACATGAGT
CTGAATGAAACATATTCCAATTTATGGAAATTGCAACGAAATAAAAGCATG


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AF RR1AR71TF U 600
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BS 772 957 RR1AR71TF

RD RR1F423TF 771 0 0
GGGAGAAAGGTCTTACAGAACAGCTTTTACTTGCACAAGAAGAAACAGAACATGATGATG
AAGATGACTGCGATGGAAGTGAAGAATCTGCTGAAGATTCACGTAAACCTGCTAACTCCT
TTGTAGCTGCCTACAAACTACTCACTCCTTCAGTAAAGGTTCAATTGTTGATATACTTCA
TGCTTAAGTACGCAATGGAGATTCTTCTATCAGAATCAAGTGTGGTTACAACATACTACT
TTGGTTGGTCCATGAGTTCTGTCTCCATCTTCTTGTTCTGTCTCGGTCTAACCGTTTTAC
CGGTTAACCTCGTTGTTGGAAGCTACATCAGCAACATGTTTGAAGACCGGCAAATTCTGT
TGGGGTCAGAGATTATGGTTTGTGTTGGAATACTTCTCAGCTTCCATGTAGTAATCCCTT
ACACTGTGCCTCAATACGTTATCTCAGGATTCATCATGTTTGTTTCTGCTGAAGTTCTTG
AAGGTGTGAACTTATCGTTACTATCGAGAGTGATGTCATCGAGGCTGTCGCGTGGGACAT
ATAATGGAGGGTTATTGTCGACGGAGGCTGGCACGATTGCACGTGTGATCGCTGATGCGA
CAATAACCGTTGCTGGATTCTTGGGTCAAAGTATGCTTTTGAATGTTACACTGCTTCCTT
CTCTTACTATATGTGTTACTTCTATTGTAGCTACTTGTTATACTTTCAACTCCCTGTATT
AGTGTTTCTTTCTTTCACACTTTTTCTGCATAGAACTCCAGATTTCTGAGC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1AR71TF 358 0 0
G
CAATAACCGTTGCTGGATTCTTGGGTCAAAGTATGCTTTTGAATGTTACACTGCTTCCTT
CTCTTACTATATGTGTTGCTTCTATTGTAGCTACTTGTTATACTTTCAACTCCCTGTATT
AGTGTTTCTTTCTTTCACACTTTTTCTGCATAGAACTCCAGATTTCTGAGCTTTGTAGCT
GCATTGCAAGGACGGTTTGTAGTATTGTGAGTACGGCCATGGCTATCTTTTATGTACTAG
TGTTTGGTCAAGTAGATTGTACTTCAAATCGTTGATATTTACTTATCTAGTAAGATTTCT
TTGTCTATTATATGTTTGTGACTTCAATACTATACTGCCTCATTTGATTATTCTGCT

QA 2 358 2 358
DS 



AS 1 2

CO CL8153Contig1 829 2 6 U
GCATAAAGTGGCAAGGGTTTAGCGGTAACAAGGACACGAGAGGGACTACGATTCTTGGCG
CTGTGAGATCAGCTGTCGATAAAAGCACTGAAGTTGTCTTCAACGAGAATCCAGATGCTG
AGTTCATCAAATCCAACAACTTCTCTTACGCGATCATCGCTGTTGGCGAACCTCCATATG
CAGAGACGGTTGGAGACAACGAGGATCTAACCGTGATGGACCCTGGTCCAGCCATCGTTA
GCTCCACTTGTCAGGCTGTCAAGTGTGTTGTTGTGGTCGTTTCAGGGAGACCGCTTGTGA
TGGAGCCTTACGTTGACTCTATCGAGGCATTGGTTGCGGCTTGGCTACCGGGGACAGAAG
GCCAAGGTGTCGCTGATGCTCTCTTTGGGGACCATGGCTTCAGTGGAAAACTTCCTGTTA
CGTGGTTTAGAAACACGGAGCAGTTGCCTATGAACTATGGTGATTCGCATTATGACCCGC
TGTTCGCTTATGGGACTGGTCTTGAAACTGAGTCTGTTGCAAGCACCGTCGCTAGGTCAA
CCTCAGCTTCTGCTGCTGTTACAAAGCCATGCTTAATCACAGTCCTTGTTTCTGCTGCTA
CATTGTGTCTGTTTCTCTTCCCAAGCTTAAGCGGGATTTTGAGAAGATGAGAAGCTGCAA
ACGCTTTGGAGTAGTCTCTGATCATGAGAGGAGAGCTACTTTGTTTTTTTTTGGTACCCA
GTGTAGTTCTCGTAGCCTTAGCCAAAGAGATTCTGAATCTGTGTCATGTTACGCTTTAGA
GTGTTATTGCAAACCTGGAACATTCTTAAATGATTAAACTCAAGTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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AF RR1F481TF U 1
AF RR1F481JQ C 59
BS 1 427 RR1F481TF
BS 428 428 RR1F481JQ
BS 429 444 RR1F481TF
BS 445 445 RR1F481JQ
BS 446 458 RR1F481TF
BS 459 829 RR1F481JQ

RD RR1F481TF 458 0 0
GCATAAAGTGGCAAGGGTTTAGCGGTAACAAGGACACGAGAGGGACTACGATTCTTGGCG
CTGTGAGATCAGCTGTCGATAAAAGCACTGAAGTTGTCTTCAACGAGAATCCAGATGCTG
AGTTCATCAAATCCAACAACTTCTCTTACGCGATCATCGCTGTTGGCGAACCTCCATATG
CAGAGACGGTTGGAGACAACGAGGATCTAACCGTGATGGACCCTGGTCCAGCCATCGTTA
GCTCCACTTGTCAGGCTGTCAAGTGTGTTGTTGTGGTCGTTTCAGGGAGACCGCTTGTGA
TGGAGCCTTACGTTGACTCTATCGAGGCATTGGTTGCGGCTTGGCTACCGGGGACAGAAG
GCCAAGGTGTCGCTGATGCTCTCTTTGGGGACCATGGCTTCAGTGGAAAACTTCCTGTTA
CGTGGTT*AGAAACACGGAGCAGT*GCCTATGAACTAT

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR1F481JQ 771 0 0
CGCTGTGAGATCAGCTGTCGATAAAAGCACTGAAGTTGTCTTCAACGAGAATCCAGATGC
TGAGTTCATCAAATCCAACAACTTCTCTTACGCGATCATCGCTGTTGGCGAACCTCCATA
TGCAGAGACGGTTGGAGACAACGAGGATCTAACCGTGATGGACCCTGGTCCAGCCATCGT
TAGCTCCACTTGTCAGGCTGTCAAGTGTGTTGTTGTGGTCGTTTCAGGGAGACCGCTTGT
GATGGAGCCTTACGTTGACTCTATCGAGGCATTGGTTGCGGCTTGGCTACCGGGGACAGA
AGGCCAAGGTGTCGCTGATGCTCTCTTTGGGGACCATGGCTTCAGTGGAAAACTTCCTGT
TACGTGGTTTAGAAACACGGAGCAGTTGCCTATGAACTATGGTGATTCGCATTATGACCC
GCTGTTCGCTTATGGGACTGGTCTTGAAACTGAGTCTGTTGCAAGCACCGTCGCTAGGTC
AACCTCAGCTTCTGCTGCTGTTACAAAGCCATGCTTAATCACAGTCCTTGTTTCTGCTGC
TACATTGTGTCTGTTTCTCTTCCCAAGCTTAAGCGGGATTTTGAGAAGATGAGAAGCTGC
AAACGCTTTGGAGTAGTCTCTGATCATGAGAGGAGAGCTACTTTGTTTTTTTTTGGTACC
CAGTGTAGTTCTCGTAGCCTTAGCCAAAGAGATTCTGAATCTGTGTCATGTTACGCTTTA
GAGTGTTATTGCAAACCTGGAACATTCTTAAATGATTAAACTCAAGTTCTT

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL8154Contig1 1217 2 6 U
GGAACCCATAAAAACAAAAGAGAGCAAAAGCGAGGGAATTTGAGATTGTTGTTAAAGATA
CCAAAACAAAGAAGAAGAAGAGAGATTTTTCACCATGGGCAATCATTCCGACCTCCAGGC
TCGCCTTCTCCCTAACCAAGAATCACCTTCTGCCGACGTGGTAACGAAGAAAGAAGATAT
CACCGAAGAAACATCTCGCGAGGGCGCAACGTCACCGGAGATTCCACCCACCGCCGTCCC
TACCGTCTATAAACCCATCATCACAGCAGCGGTGATACTCCTCTGCGTTTACTTAGCCTT
CGCGGTTACAACCTACACGTTACTTCCAGAAGAGTTCACGGGAACCAAGACCAATCTATT
CGTCGACGCGCTCTACTTCGCCGTCGTCACTTTGTCCACCGTCGGTTACGGCGACATTGT
CCCGTCAAGTACAAGAACGAAGATCTTGAACATCGTTTTGGTAAGCATCGGAGTCTTCTC
TCTCGATTATCTGATGAATCGAGTTGTTATACACTTGCTTGATCTTCAAGAAAAGGCAAT
TCTTGCACGTATCAAACCGCCTTCTTCGGTAGTAGTAGACGAGGTCAAGGGGAGGATAAG
AACAGAGTTCAAGTTGTGTTTAGCGATTCTCGCCGTCGTCTTGTGCGTCGGAGTGGGGAC
TCTTTTTCTTCACTATCACGAGAACTTAGATTTGATAGATTCGGTTTACTTGTCGGTTAT
CTCTATTGGGACGGTTGGTTACGGAGATGAGGCATTTCAGACGGTTTATGGTAGGGTTTT
TGCCCTGGTATGGATTCTTATGTCTGGTCTTGCAGTCACAACCTTCTTCTACTACTTTGC
TGAGACGAGGATTGGGGGTTCCATAATGCAACTTCCGGAGAGCATGAGTGAATCAAAAAC
TAGGATTGACAAAGCTGAGTTCATTCTGTCGAAGCTTAAAGAAGATAAGACGATTACTGG
GGAAGACATAAGGCGGGTCCTAGAGGGGTGCGAGAGATCTGGGTAGTAACAGATCGTCTA
GGTTAACATCTTAGCTCTTGGGTATTGAGTAAGTGAGATACACATGTAAATGATTTGAGA
CTTTTCCTCTCTCTTTTTTTCTTTTTGATTTTGGGTACAGAATGTATAGAAACCATGTTG
TAAATGGTGATGACACTCTTTCTGAACTCCAGGGGAAAAAATGTTCTTGTGAATGAAAAA
GTTACTTGAGTCAGAGG


BQ
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AF RR1BL74TF U 1
AF RR1BL74JQ C 432
BS 1 703 RR1BL74TF
BS 704 704 RR1BL74JQ
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BS 719 735 RR1BL74TF
BS 736 1217 RR1BL74JQ

RD RR1BL74TF 735 0 0
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CCAAAACAAAGAAGAAGAAGAGAGATTTTTCACCATGGGCAATCATTCCGACCTCCAGGC
TCGCCTTCTCCCTAACCAAGAATCACCTTCTGCCGACGTGGTAACGAAGAAAGAAGATAT
CACCGAAGAAACATCTCGCGAGGGCGCAACGTCACCGGAGATTCCACCCACCGCCGTCCC
TACCGTCTATAAACCCATCATCACAGCAGCGGTGATACTCCTCTGCGTTTACTTAGCCTT
CGCGGTTACAACCTACACGTTACTTCCAGAAGAGTTCACGGGAACCAAGACCAATCTATT
CGTCGACGCGCTCTACTTCGCCGTCGTCACTTTGTCCACCGTCGGTTACGGCGACATTGT
CCCGTCAAGTACAAGAACGAAGATCTTGAACATCGTTTTGGTAAGCATCGGAGTCTTCTC
TCTCGATTATCTGATGAATCGAGTTGTTATACACTTGCTTGATCTTCAAGAAAAGGCAAT
TCTTGCACGTATCAAACCGCCTTCTTCGGTAGTAGTAGACGAGGTCAAGGGGAGGATAAG
AACAGAGTTCAAGTTGTGTTTAGCGATTCTCGCCGTCGTCTTGTGCGTCGGAGTGGGGAC
TCTTTTTCTTCACTATCACGAGAACTTAGATTTGATAGATTCG*TTTACTTGTCGGT*AT
CTCTATTGGGACGGT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1BL74JQ 786 0 0
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TGATGAATCGAGTTGTTATACACTTGCTTGATCTTCAAGAAAAGGCAATTCTTGCACGTA
TCAAACCGCCTTCTTCGGTAGTAGTAGACGAGGTCAAGGGGAGGATAAGAACAGAGTTCA
AGTTGTGTTTAGCGATTCTCGCCGTCGTCTTGTGCGTCGGAGTGGGGACTCTTTTTCTTC
ACTATCACGAGAACTTAGATTTGATAGATTCGGTTTACTTGTCGGTTATCTCTATTGGGA
CGGTTGGTTACGGAGATGAGGCATTTCAGACGGTTTATGGTAGGGTTTTTGCCCTGGTAT
GGATTCTTATGTCTGGTCTTGCAGTCACAACCTTCTTCTACTACTTTGCTGAGACGAGGA
TTGGGGGTTCCATAATGCAACTTCCGGAGAGCATGAGTGAATCAAAAACTAGGATTGACA
AAGCTGAGTTCATTCTGTCGAAGCTTAAAGAAGATAAGACGATTACTGGGGAAGACATAA
GGCGGGTCCTAGAGGGGTGCGAGAGATCTGGGTAGTAACAGATCGTCTAGGTTAACATCT
TAGCTCTTGGGTATTGAGTAAGTGAGATACACATGTAAATGATTTGAGACTTTTCCTCTC
TCTTTTTTTCTTTTTGATTTTGGGTACAGAATGTATAGAAACCATGTTGTAAATGGTGAT
GACACTCTTTCTGAACTCCAGGGGAAAAAATGTTCTTGTGAATGAAAAAGTTACTTGAGT
CAGAGG

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL8155Contig1 1139 2 2 U
GGGACGGCCGAGGAAATACGCTCCAGATGGTAGTCTGAACCCTAGGGCTTCGAGACCAAC
TCTGTCTCCGACACCAATCTCATCTTCCGTTCCATTCTATGGAGATTATCATCATCTTCA
TCATTCTCATTGGAAACGAGGAAAAGCTCAGCAGCAACCTCTTGAATTCATGAAGAGATC
TAGCATGTTTGAGTATGAAAGCAGCCCAGCTCCAACTCCTCCTGGACTCTCATGCTATGT
GGGTGCTAATTTTACAACACATCAGTTTACTGTCAATGCTGGTGAGGATGTAACAATGAA
AGTAATGCCGTATTCACAAGGATCTCGAGCTATATGCATTCTTTCTGCTACTGGTACCAT
CTCTAATGTCACACTTCGTCAACCTACCACTTCAAGAGGCACTCTTACATATGAGGGTCG
ATTTGATATACTTTCTCTATCGGGTTCCTTTATACCTACTGAAAACGGAGGAACTAAGGG
TCGGTCCGGTGGTATGAGCATTTCTTTAGCTGGACCAAATGGCAAAATCGTCGGTGGCGG
CCTTGCTGGTATGCTCATAGCAGCCAGTCCTGTCCAGGTGATAATGGGAAGTTTCATTGT
GATGCATCAAGCAGAACAAACACATAAGAAGAAACGTCGAATCATGGAGCCTTCTCCTCC
TCCGCCACAACAACAACCTCCTGCTTTCACCATCACCACTGTGAATTCTACTCCATCTGC
GGTTGCCACCGTAGAGGAGCCAAAACAACAAACCTACGGTGTTGGTGGTGATACAATGAG
ACTGTTGTCTCAAATGCCGCCTTCTTTCCAGAACGACAATTCAGTTATGAACAATATCAC
AACGACCTATCATGGATACGGGAATATGAACACTGGTACTACTAGTAAAGAAGAAGATGA
CTATGAAAATGGTGGGAATGATGATTCCGGCGATACTAGGAGCCTATCTAATAGTGGTTG
AGCAATTCTAAGACTTTCTTGTCTAGAAAGTAACTTAACAGACCTTTAAGGTCAAAAATG
TTTCAGCTATTCTTTTCTTTTCTTTGCTTTCTTTAGAGGGTTGTTTTAACTGTGATGCAT
TTGTTTCTTCTCTGTTTTATGGTTGTGGTTATTGAGATTTAAATTTTACTATTTTGCCC


BQ
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AF RR1EL67TF U 1
AF RR1EL67JQ C 462
BS 1 744 RR1EL67TF
BS 745 1139 RR1EL67JQ

RD RR1EL67TF 749 0 0
GGGACGGCCGAGGAAATACGCTCCAGATGGTAGTCTGAACCCTAGGGCTTCGAGACCAAC
TCTGTCTCCGACACCAATCTCATCTTCCGTTCCATTCTATGGAGATTATCATCATCTTCA
TCATTCTCATTGGAAACGAGGAAAAGCTCAGCAGCAACCTCTTGAATTCATGAAGAGATC
TAGCATGTTTGAGTATGAAAGCAGCCCAGCTCCAACTCCTCCTGGACTCTCATGCTATGT
GGGTGCTAATTTTACAACACATCAGTTTACTGTCAATGCTGGTGAGGATGTAACAATGAA
AGTAATGCCGTATTCACAAGGATCTCGAGCTATATGCATTCTTTCTGCTACTGGTACCAT
CTCTAATGTCACACTTCGTCAACCTACCACTTCAAGAGGCACTCTTACATATGAGGGTCG
ATTTGATATACTTTCTCTATCGGGTTCCTTTATACCTACTGAAAACGGAGGAACTAAGGG
TCGGTCCGGTGGTATGAGCATTTCTTTAGCTGGACCAAATGGCAAAATCGTCGGTGGCGG
CCTTGCTGGTATGCTCATAGCAGCCAGTCCTGTCCAGGTGATAATGGGAAGTTTCATTGT
GATGCATCAAGCAGAACAAACACATAAGAAGAAACGTCGAATCATGGAGCCTTCTCCTCC
TCCGCCACAACAACAACCTCCTGCTTTCACCATCACCACTGTGAATTCTACTCCATCTGC
GGTTGCCACCGTAGAGGAGCCAAA
CACAA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1EL67JQ 678 0 0
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GCAAAATCGTCGGTGGCGGCCTTGCTGGTATGCTCATAGCAGCCAGTCCTGTCCAGGTGA
TAATGGGAAGTTTCATTGTGATGCATCAAGCAGAACAAACACATAAGAAGAAACGTCGAA
TCATGGAGCCTTCTCCTCCTCCGCCACAACAACAACCTCCTGCTTTCACCATCACCACTG
TGAATTCTACTCCATCTGCGGTTGCCACCGTAGAGGAGCCAAAACAACAAACCTACGGTG
TTGGTGGTGATACAATGAGACTGTTGTCTCAAATGCCGCCTTCTTTCCAGAACGACAATT
CAGTTATGAACAATATCACAACGACCTATCATGGATACGGGAATATGAACACTGGTACTA
CTAGTAAAGAAGAAGATGACTATGAAAATGGTGGGAATGATGATTCCGGCGATACTAGGA
GCCTATCTAATAGTGGTTGAGCAATTCTAAGACTTTCTTGTCTAGAAAGTAACTTAACAG
ACCTTTAAGGTCAAAAATGTTTCAGCTATTCTTTTCTTTTCTTTGCTTTCTTTAGAGGGT
TGTTTTAACTGTGATGCATTTGTTTCTTCTCTGTTTTATGGTTGTGGTTATTGAGATTTA
AATTTTACTATTTTGCCC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL8156Contig1 763 2 5 U
GATCTTAACTGTCTCATAGATTTTATTACTACCGTGACTCCAACATGTAGTCCTCTTGAA
TTACTACAAAAATAATACCAAACGCCAAGATACTGGAATCTTACAATAGGTTTGGATCTT
CAAACTGGAGCGGACTCTGCTTCCATATACCTACAAATCCTCTCCATAACCTCTCGCCCT
TTCACGCTGTTTTGCATGAACTTCTCGGCGCACTTCTGCTCAACTTTCTCAGCCATTGAG
GCCAGAGCCGACAAGGGTTTGATTCGAATGCTTGTCTCCTGGCTACAAACCGTCCAGGTC
GACGGATTTTCTGGATGAGGATCGTATCTTATCCTCTCCTCCACTTCGATGAACTTTTTG
AGAGTAATGTTCTTTGTTGTAAGCTGCATAAAACGTGATTTGGCATCAACAACAGTAAAT
TCAACACAGTGACAGATGTCCTGGCCTATGATCCGGTGAAGGAACCATGGACCGGGAGCA
TGAATGGTGAGTGCACGGGTGGTGTGGAGTTTCCCGGTGACAGTGTCGAGTTTGCGGTTC
AAGGTGTCGACTTCGAGGATGTGGGAAAGGATGCGTTTGTTTTCAGGGTCAGCAAACTTC
CTCCAGGAGGCAGCACTCACCCGCTCCCACGGATGCTTGTAGACATGCTCTTGTTTATAT
GCTTTTACCATAAAGAAAATCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGTAGGCAAGGCAATTGAC
GATCCTGTCTTTGATGGTGAGCGTAGAAGAAAATAACCCCCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B926JQ U 5
AF RR1B926TF C 1
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BS 552 763 RR1B926TF

RD RR1B926JQ 547 0 0
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TACAAAAATAATACCAAACGCCAAGATACTGGAATCTTACAATAGGTTTGGATTTTCAAA
CTGGAGCGGACTCTGCTTCCATATACCTACAAATCCTCTCCATAACCTCTCGCCCTTTCA
CGCTGTTTTGCATGAACTTCTCGGCGCACTTCTGCTCAACTTTCTCAGCCATTGAGGCCA
GAGCCGACAAGGGTTTGATTCGAATGCTTGTCTCCTGGCTACAAACCGTCCAGGTCGACG
GATTTTCTGGATGAGGATCGTATCTTATCCTCTCCTCCACTTCGATGAACTTTTTGAGAG
TAATGTTCTTTGTTGTAAGCTGCATAAAACGTGATTTGGCATCAACAACAGTAAATTCAA
CACAGTGACAGATGTCCTGGCCTATGATCCGGTGAAGGAACCATGGACCGGGAGCATGAA
TGGTGAGTGCACGGGTGGTGTGGAGTTTCCCGGTGACAGTGTCGAGTTTGCGGTTCAAGG
TGTCGAC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1B926TF 763 0 0
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TTACTACAAAAATAATACCAAACGCCAAGATACTGGAATCTTACAATAGGTTTGGATCTT
CAGACTGGAGCGGACTCTGCTTCCATATACCTACAAATCCTCTCCATAACCTCTCGCCCT
TTCACGCTGTTTTGCATGAACTTCTCGGCGCACTTCTGCTCAACTTTCTCAGCCATTGAG
GCCAGAGCCGACAAGGGTTTGATTCGAATGCTTGTCTCCTGGCTACAAACCGTCCAGGTC
GACGGATTTTCTGGATGAGGATCGTATCTTATCCTCTCCTCCACTTCGATGAACTTTTTG
AGAGTAATGTTCTTTGTTGTAAGCTGCATAGAACGTGATTTGGCATCAACAACAGTAGAT
TCAACACAGTGACAGATGTCCTGGCCTATGATCCGGTGAAGGAACCATGGACCGGGAGCA
TGAATGGTGAGTGCACGGGTGGTGTGGAGTTTCCCGGTGACAGTGTCGAGTTTGCGGTTC
AAGGTGTCGACTTCGAGGATGTGGGAAAGGATGCGTTTGTTTTCAGGGTCAGCAAACTTC
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GCTTTTACCATAAAGAAAATCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGTAGGCAAGGCAATTGAC
GATCCTGTCTTTGATGGTGAGCGTAGAAGAAAATAACCCCCCC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL8157Contig1 830 2 2 U
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TTAACATGGGAATCAGCAAACTCGTCTTCCCTGTTTATCGTAACATCATTGCCTTGCTTC
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TTCTCATTCAGTTCTTCTTTCTGGCACTCATCGGAATAACAGCGAACCAAGGCTTTTACT
TGTTGGGACTGGACTACACTTCACCAACATTTGCTTCTTCCATGCAAAACTCTGTTCCCG
CCATTACCTTTCTCATGGCTGCTCTTCTCAGGATTGAGAAAGTTAGTGGTTGGTTACATC
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GACCCGTTGGGACTTGCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATACCTTGAAGCTGGCTGAGATC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FA30TF U 1
AF RR1FA30JQ C 114
BS 1 644 RR1FA30TF
BS 645 830 RR1FA30JQ

RD RR1FA30TF 644 0 0
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TTAACATGGGAATCAGCAAACTCGTCTTCCCTGTTTATCGTAACATCATTGCCTTGCTTC
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TTCTCATTCAGTTCTTCTTTCTGGCACTCATCGGAATAACAGCGAACCAAGGCTTTTACT
TGTTGGGACTGGACTACACTTCACCAACATTTGCTTCTTCCATGCAAAACTCTGTTCCCG
CCATTACCTTTCTCATGGCTGCTCTTCTCAGGATTGAGAAAGTTAGTGGTTGGTTACATC
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GACCCGTTGGGACTTGCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATACCTTGAAGCTGGCTGAGATC
AAGCACTCTCGTCTCGCCATGATCGCATTCCTCATCTTTTCACT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1FA30JQ 717 0 0
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GCTGCTCTTAACATGGGAATCAGCAAACTCGTCTTCCCTGTTTATCGTAACATCATTGCC
TTGCTTCTTCTCCTTCCCTTCGCTTACTTCCTTGAAAAGAAGGAGAGACCAGCGATTACA
CTCAATTTTCTCATTCAGTTCTTCTTTCTGGCACTCATCGGAATAACAGCGAACCAAGGC
TTTTACTTGTTGGGACTGGACTACACTTCACCAACATTTGCTTCTTCCATGCAAAACTCT
GTTCCCGCCATTACCTTTCTCATGGCTGCTCTTCTCAGGATTGAGAAAGTTAGTGGTTGG
TTACATCGAGTTCCAGCGTAACGCTGAGCTGGATCCGGAGAAACGTATTTACCCGGGTGG
GTATTTTGACCCGTTGGGACTTGCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATACCTTGAAGCTGGC
TGAGATCAAGCACTCTCGTCTCGCCATGATCGCATTCCTCATCTTTTCACTTCAGGCGGC
CTTTACTGGCAAAGGCCCCATCAGCTTCCTCGCTACTTTTAGCAGCTAAAATGAGCCTTT
CTATCTTTGTGTTTCTATGTATGTTTTCTACAATCATCTAAAACTAAAAATGTATGTTTA
TCTTAAAGAGGCTGTGATGTACTCTATCGACCGTGTTAATTCCGAACGAGTTTGTTC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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GACAGCTGGTTACATAATGTCTCTACAATATCAGATCAAAAGCATTAAAGTCCTCACTTC
ATTTCTCCAACGCTTAGATAAACAAGACATGAAGTTCGGAGGTTGAAGATGATGCTTGCA
CCAAGATTGCTCTTCTTTATATTTAATTTAATTTTAGTTCTTCTTTTTTCCTTTTTAATA
TGGCTTTTAGCTTTGATATATGGGAAAAGAGATCTCAGCATTTTTTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EP80JQ C 1
AF RR1EP80TF U 1
BS 1 529 RR1EP80TF

RD RR1EP80JQ 529 0 0
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AACTCTAGCAACTCCTGACAATACTAGATCTCTTTCAGTGTTGTGCTCAGCCGCCGTGAA
AACACGTTCCGGTGGTTTCGAGCGCAGAGCCAAACGGAGATTGTCGCAGACTAAGGCAAG
CGTGCGTGTGTCCGGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGTAAAGGAGAAGATTGA
GGCGTTGAAGAGGATAATTCCAGGAGGAACGGCGCTTGGTGTGGACGAGCTATTCGAAGA
GACAGCTGGTTACATAATGTCTCTACAATATCAGATCAAAAGCATTAAAGTCCTCACTTC
ATTTCTCCAACGCTTAGATAAACAAGACATGAAGTTCGGAGGTTGAAGATGATGCTTGCA
CCAAGATTGCTCTTCTTTATATTTAATTTAATTTTAGTTCTTCTTTTTTCCTTTTTAATA
TGGCTTTTAGCTTTGATATATGGGAAAAGAGATCTCAGCATTTTTTCTC

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1EP80TF 529 0 0
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AACACGTTCCGGTGGTTTCGAGCGCAGAGCCAAACGGAGATTGTCGCAGACTAAGGCAAG
CGTGCGTGTGTCCGGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGTAAAGGAGAAGATTGA
GGCGTTGAAGAGGATAATTCCAGGAGGAACGGCGCTTGGTGTGGACGAGCTATTCGAAGA
GACAGCTGGTTACATAATGTCTCTACAATATCAGATCAAAAGCATTAAAGTCCTCACTTC
ATTTCTCCAACGCTTAGATAAACAAGACATGAAGTTCGGAGGTTGAAGATGATGCTTGCA
CCAAGATTGCTCTTCTTTATATTTAATTTAATTTTAGTTCTTCTTTTTTCCTTTTTAATA
TGGCTTTTAGCTTTGATATATGGGAAAAGAGATCTCAGCATTTTTTCTC

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

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AAGCGGATAAGAAGTAACCTCCTGAGATTGCCACCGGAAAAATGATGGTCCTAGATTTCT
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ATTTGAGATGGTATGTCTTTGTGTTCATTTGGACATACATTATAAACTGTTGAG


BQ
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AF RR1D196JQ C 1
AF RR1D196TF U 1
BS 1 534 RR1D196TF

RD RR1D196JQ 534 0 0
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ATTTGAGATGGTATGTCTTTGTGTTCATTTGGACATACATTATAAACTGTTGAG

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1D196TF 534 0 0
GGTCTTTCAGAGATCCAAAATCCCAAGGGATTTACACAGTTGAGCCACCAGTAGATAGGA
GCGGGAACAAAAAGGCTAATCAGCCTGTCCGAGTACTATCAGTGGAAGGTCTCCGAAAGG
CTTTAAGTGGTGCAGATAAAGTGACGCCTAACGTACACTCACAAGGAATACGTTTCCTGA
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AAGCGGATAAGAAGTAACCTCCTGAGATTGCCACCGGAAAAATGATGGTCCTAGATTTCT
GCAGCTCCGACGAAGAATGAGTCCTCAAACAGTAGTTACTAAGCAGCACATCATTGGATG
CCGAGATAAAGGATTGTTGTTTTCCATTCATACAAGAAATGTTCCTTTTTGTTATATTGG
ATTTGAGATGGTATGTCTTTGTGTTCATTTGGACATACATTATAAACTGTTGAG

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL8162Contig1 803 2 2 U
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ACCCCAAGTTAAGAAGAACAAAACCCTTAAAGTAACAAACATGTTGCGTTTAGTCATACT
CTCTCTAACTCTCATTGCTCTCATTAACTCATCAAACATCCCATGTACAATAGCTACCCC
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CCCTACAATGTGCTACAGCTCATTGTCCTCCTACTCTTCAACCATCAAATCCGACCCAAT
CAAACTCTGCATAACATCGCTCAACATCAACCTCAAATCCGCTAAAAAAGCCTCGTCCGT
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GAAGAACCTCAACGGAGGATGAATCTCAAAGGAGGAGCATCTAAGGAACGTGAAAACGTG
GGTGAGCTCGGCGTTGACAGACGAGAGCACGTGTACGGACGAGTTAGAGGAAGGAGAAGT
GAATGCGGACACGAAGAAGAAGGTGAAGAAGGCTGTTTCTGAGCTTTCATGGACTACAAG
CAATACTTTGGCCCTGATGACTAATTACCTAGGTTACTAAAATTAACCATTGTATTCATC
TCTTATCTTCGCATGTGCATGTTTACGTTTTCTTTTCTTTTTTGATTGTGTGTTAAAGAT
GGACGTTTTGTTTTCTTTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1ER11TF U 1
AF RR1ER11JQ C 90
BS 1 618 RR1ER11TF
BS 619 803 RR1ER11JQ

RD RR1ER11TF 618 0 0
GGACACAAACTGCATAGTTTCACAATTCGCCAAAAAGTTTGCATCTCTGTTCTCTCTCAA
ACCCCAAGTTAAGAAGAACAAAACCCTTAAAGTAACAAACATGTTGCGTTTAGTCATACT
CTCTCTAACTCTCATTGCTCTCATTAACTCATCAAACATCCCATGTACAATAGCTACCCC
ACCAGCCAAATACCAAAACTACAAAACATACGTAAAAACAGCATGCAACTCAACAACATA
CCCTACAATGTGCTACAGCTCATTGTCCTCCTACTCTTCAACCATCAAATCCGACCCAAT
CAAACTCTGCATAACATCGCTCAACATCAACCTCAAATCCGCTAAAAAAGCCTCGTCCGT
CGTCTCTAGCCTTCTCAAAAAGGCCAAATCCACCTCCAGCCCTGAGGTTCCGATCCTCAA
GGACTGCTTGGACGAGATGAAGGACACTGTCGACGAGCTCAAGCAAGCGACAGCCGAGAT
GAAGAACCTCAACGGAGGATGAATCTCAAAGGAGGAGCATCTAAGGAACGTGAAAACGTG
GGTGAGCTCGGCGTTGACAGACGAGAGCACGTGTACGGACGAGTTAGAGGAAGGAGAAGT
GAATGCGGACACGAAGAA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR1ER11JQ 714 0 0
AAGTAACAAACATGTTGCGTTTAGTCATACTCTCTCTAACTCTCATTGCTCTCATTAACT
CATCAAACATCCCATGTACAATAGCTACCCCACCAGCCAAATACCAAAACTACAAAACAT
ACGTAAAAACAGCATGCAACTCAACAACATACCCTACAATGTGCTACAGCTCATTGTCCT
CCTACTCTTCAACCATCAAATCCGACCCAATCAAACTCTGCATAACATCGCTCAACATCA
ACCTCAAATCCGCTAAAAAAGCCTCGTCCGTCGTCTCTAGCCTTCTCAAAAAGGCCAAAT
CCACCTCCAGCCCTGAGGTTCCGATCCTCAAGGACTGCTTGGACGAGATGAAGGACACTG
TCGACGAGCTCAAGCAAGCGACAGCCGAGATGAAGAACCTCAACGGAGGATGAATCTCAA
AGGAGGAGCATCTAAGGAACGTGAAAACGTGGGTGAGCTCGGCGTTGACAGACGAGAGCA
CGTGTACGGACGAGTTAGAGGAAGGAGAAGTGAATGCGGACACGAAGAAGAAGGTGAAGA
AGGCTGTTTCTGAGCTTTCATGGACTACAAGCAATACTTTGGCCCTGATGACTAATTACC
TAGGTTACTAAAATTAACCATTGTATTCATCTCTTATCTTCGCATGTGCATGTTTACGTT
TTCTTTTCTTTTTTGATTGTGTGTTAAAGATGGACGTTTTGTTTTCTTTTCTTT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL8163Contig1 953 2 4 U
TCTTTCATCCTCTTCTCTGCTCCTATCTTCCTCGCCGTTGCAGACGCCGTCCTTCCCTCC
GCCATCCTCTCCTCATCCTCCACTCTCCTACGTCTTTCTCCGGCGACTGTTTCTTCTCAT
CTAAGCAACTATGACTTCAGATCCTCCCTCATCGATATTCCTCTCATCTCCATCATTAGA
TCTGCCATCATACTATGTGTTTATGGGCTATGTGACGGACCAAAGTTATCAAGGGGTCCA
TATCTGACAATAACCATGTTCTGCTCGATATCTTCATTGATCTACGTGTCTTGTAAGGCA
GCGTTTGTGTTCGGCGAGCCAGTGATCGGAGGAGGAAGTTTCAGAACAGAGGAAGTGGCT
CTGTTTGTGTGTTCGTCGGTCTTAGCCATCGGTCATATCGTTGTGGCGTATAGAACAAGT
TGTAGAGAGAGAAGAAAGCTACTAGTCTTCAAGATCGACATCGAATCCGTTTCAGCTTGT
AAAAATGTGTTTCCTCGATACCAGAAGATCCTCCTACAAGAGAGACTCAAATAGCTAATA
GTAGAAGACAAACGACACTTGTACATATTTATACTTACAATACAGCTTTATGTATATACA
TACACGTACAAAATGCAACATCTTCTGGATTCTGGTCTCTCCTTTCAAGTTTCAGAAAGG
TCGAAAGGATAATCTGTAAAGGAGGGAAGAACAGAACGAATGGTGCTTTAATATAACTCT
CTGCTTTTCCATGTGAGAATACAAAAGACAACTCCAATGAATTGGCAGTGTTACTATATT
ATAGATTTTAAATTAGGTAGACACTACACACACACAAAACGAATCATTATAGTTTTGATT
TACTCTTTACTTTAATGAACGATCCACCGTTACACTTTTGTCTTTTTGTTTTGTTTGTTG
TATAAACAATGTTTTCATCAAATGAGATAAGAAGCCGAAGGCATCTTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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TATCTGACAATAACCATGTTCTGCTCGATATCTTCATTGATCTACGTGTCTTGTAAGGCA
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G

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DS 

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QA 7 801 7 801
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GY35TF U 1
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GATGTTTGCCTATTATAGGCATATTCTACTGAATTTTTCCTTTTCTTTTTATGTTTCTTT
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GCAGATTGTTTGCAAATTACGGGATGCTAATCTGTGAGAGATACACCTTCCAGAAAATAA
TGCATATTTATTTTCCGTCTCCT

QA 1 563 1 563
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATCTATCGATTTGCGGTGTGGTTTAGCTACAAAGCTTTTGAGTTTCTATCTAAATCCGGA
TCTGTTCTGTCTGGTTGATTTTGCGTCTCTCCTTCTCCTCTAGGCTTGTCTTGTTATTGC
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CTCGTGGAGATTTGTGGTTGTTTCAATGGTCGTTAGAGACCTAGCCATTTCCGGGAGTGA
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BQ
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AF RR1FJ60TF U 1
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BS 632 815 RR1FJ60JQ

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TCTGTTCTGTCTGGTTGATTTTGCGTCTCTCCTTCTCCTCTAGGCTTGTCTTGTTATTGC
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TCATGGCCAGCTTTATTCTTCTGGATTAAATGGGCCTCGCTCCAAGTGGTTCTTTCAGAT
CTCGTGGAGATTTGTGGTTGTTTCAATGGTCGTTAGAGACCTAGCCATTTCCGGGAGTGA
TTGACTGAATCCGAGATTGATTCTTATTCGCCGGTGTATGAAGCCTTGGTCACGTGGTTC
TTGAGGTGTCTTGCCGAGGGCATTCCCGTTAAGCAGCTGTCATAGATTCTCTAAAAAGAT
TGTCATCCCTGTATTTGTCTTACTTGTTCTA

QA 1 631 1 631
DS 

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GCTTGTCTTGTTATTGCAGGTGATTACTGTCCGCGTGGAGTCTGCTTTGGCTTCCATTTA
ATCCATTCTTATGCCTTTCATGGCCAGCTTTATTCTTCTGGATTAAATGGGCCTCGCTCC
AAGTGGTTCTTTCAGATCTCGTGGAGATTTGTGGTTGTTTCAATGGTCGTTAGAGACCTA
GCCATTTCCGGGAGTGATTGACTGAATCCGAGATTGATTCTTATTCGCCGGTGTATGAAG
CCTTGGTCACGTGGTTCTTGAGGTGTCTTGCCGAGGGCATTCCCGTTAAGCAGCTGTCAT
AGATTCTCTAAAAAGATTGTCATCCCTGTATTTGTCTTACTTGTTCTAGAGGTTTGTAAG
TTTAGTTACTTGTTTTAAGTTAGAAGTTTGTTGTGTTCTTGTATGCTGCCCCGTAGTGGG
CTCTAGTGCCCGGAGATTTATCTGTTTTCTGCCGGTTTAGGTAACCACGGAGAGATACTT
TGTCTGTTGGTGTTGGTGTTGGTGTTGTATGATCCTATCTTGTTCTTAATAA

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL8167Contig1 1148 2 4 U
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CCTCGGCAGATTCTGCAACAACCCTCCTCAAGAGATCCGCTTCCCTCCTTATCCGGGGGG
TCAGTTCGGATCCGATCAGCTAACAGGACAAGACAGCAACAAGAGCTCCTTGCTGGATCC
AGATTCGGATCATCGAGTTCAGACAGCGAAACCAAACTCCAGGAAGAGAAAGTCTATCCC
TGTTTCTGTTTCTGGAGGTAATGGCAAGGACTCTCCTGCTTCCTCCTCTCTTACAGCTTC
CAATTCTAAGGTTTCAGGAGAGATTGTTGGATCCAAGAGAAGCAAGCAGGACGAAGCTGG
AAGCAGCAAGAACGTAATAGACAATAAGGATGATGCTAAGCCTCCTGAGCCCCCCCAAAG
ATTACATTCATGTTAGGGCTAGAAGGGGTCAGGCAACTGATAGCCACAGCCTCGCTGAAA
GAGCAAGAAGAGAGAAGATCAGCGAGAGGATGACTTTGCTTCAGGATCTGGTTCCTGGCT
GCAACCGGATTACTGGGAAAGCAGTTATGCTTGATGAAATCATCAACTATGTGCAGTCCT
TGCAGAGACAAGTCGAGTTCTTGTCAATGAAGCTGGCTACTATAAATCCAAGGATGGAGT
TTAACCCTAATGCTGCTTTATCCACAGAGATGATTCAACCGGGAGAGTCATTAACGCAGT
CTCTTTACGCAATGGCTTGCTCAGAGCAAAGAATTCCATCTGGATACTATTCTCTTGCCA
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AGACACAAGGATTCTGGGAAAATGATCTGCAAAGCGTTGTTCAGATGGGGTTTGGAGATG
TCCAGCAACAGAGCAATAACAACAACAGTTGTTTTGAGCCAACACTACAGATGAAACTTG
AGCCATGATTAAGAGAAGGTGTTTGTTATTGTATCTCTCCGTACATACAGAAACCAAGTA
GTTGATGTCCGGAGTGAAACATGTGGGAAACTAATGTTTACTATCGTTTCTTCTTTGCTT
GCTTGTGCATCTGTTCATTTCTTCTAAACCCAAAGAAACCAAAAAAAATCTTTATATTAT
TATAATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BC02TF U 1
AF RR1BC02JQ C 315
BS 1 415 RR1BC02TF
BS 416 416 RR1BC02JQ
BS 417 847 RR1BC02TF
BS 848 1148 RR1BC02JQ

RD RR1BC02TF 852 0 0
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AGATTCGGATCATCGAGTTCAGACAGCGAAACCAAACTCCAGGAAGAGAAAGTCTATCCC
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GAGCAAGAAGAGAGAAGATCAGCGAGAGGATGACTTTGCTTCAGGATCTGGTTCCTGGCT
GCAACCGGATTACTGGGAAAGCAGTTATGCTTGATGAAATCATCAACTATGTGCAGTCCT
TGCAGAGACAAGTCGAGTTCTTGTCAATGAAGCTGGCTACTATAAATCCAAGGATGGAGT
TTAACCCTAATGCTGCTTTATCCACAGAGATGATTCAACCGGGAGAGTCATTAACGCAGT
CTCTTTACGCAATGGCTTGCTCAGAGCAAAGAATTCCATCTGGATACTATTCTCTTGCCA
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AGACACA
TGATC

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR1BC02JQ 834 0 0
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AGGGCTAGAAGGGGTCAGGCAACTGATAGCCACAGCCTCGCTGAAAGAGCAAGAAGAGAG
AAGATCAGCGAGAGGATGACTTTGCTTCAGGATCTGGTTCCTGGCTGCAACCGGATTACT
GGGAAAGCAGTTATGCTTGATGAAATCATCAACTATGTGCAGTCCTTGCAGAGACAAGTC
GAGTTCTTGTCAATGAAGCTGGCTACTATAAATCCAAGGATGGAGTTTAACCCTAATGCT
GCTTTATCCACAGAGATGATTCAACCGGGAGAGTCATTAACGCAGTCTCTTTACGCAATG
GCTTGCTCAGAGCAAAGAATTCCATCTGGATACTATTCTCTTGCCAAGAACATGCCTAGA
TTTTCAGACACACATTTCCCTTCCAGCGATGGATTTGTTCAAGCTGAGACACAAGGATTC
TGGGAAAATGATCTGCAAAGCGTTGTTCAGATGGGGTTTGGAGATGTCCAGCAACAGAGC
AATAACAACAACAGTTGTTTTGAGCCAACACTACAGATGAAACTTGAGCCATGATTAAGA
GAAGGTGTTTGTTATTGTATCTCTCCGTACATACAGAAACCAAGTAGTTGATGTCCGGAG
TGAAACATGTGGGAAACTAATGTTTACTATCGTTTCTTCTTTGCTTGCTTGTGCATCTGT
TCATTTCTTCTAAACCCAAAGAAACCAAAAAAAATCTTTATATTATTATAATGT

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 2

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GCCAAGTGGTACCGATGGATCTGATTTCTCGTACCGGATGGTCGTTGACTCTCGTGAGTT
TTTTACATAAACCCCTGTCTTCTTTTTTTTTCTATCTCTTCTTAATCTATGCGCCTGCCT
CTTAGGTTACGCGAAGGTCACTAAAGGGAGATCTCGTCTCCGTCTCTTGATCCTTGTTCA
GGCTACGATATATGTAATTGGACTGTCGTGCGCATTCATGACAAGTAGTACTAAAAATGA
GGAGAGGAACACACTTGGAATTGCATCTGCTGCTGTTGGCTTACTCTTTTCATTCATTGC
AGATTTTGGTTAATACTTACTTCTCTTCCGCCTCAATTTTTTACCATTTTCTTTTGTTTC
TTTATTTTTGTTGTTGTTTCTGTTGGAAAAAGGTTGCAAACGCAGCAGAGTAAACCTTTT
GAGGCTCTACACGGCTGCCTCCACCCTTGTCATGGTTCTTTCTGTGTTTTCTGCTGTTAG
GAGCAGATTAACAATGGATGTAATAAAATTGCTCAACAACTCCCAACATACTTTACTTTT
AGAAGCAGCAGATTAACAATGGTCTTAAGCAGACAAAAGATTTTCTTTTCCTAGTCGGAA
ACAACTTGTGATGATGATTGTAATAAATAACAGTATGACAGCAAATAATAAAACTGAGCT
TGGTCTTGTTGCTATCACCTTAGACTCTCAATACATGTTGTAGGAACGGAATAGCTCTGG
GACAACCGCCAAGCTTGAGCTTTTAGGGTTCATTTCTGCTCAATTAGGAGCGGTGCTGCA
GATATTAGCTATCATCGTTACCGGTCAACTGGTCAATAATATGTCTCCACCTACTAAGAC
AGAATAGACAAGACAAGAGAGTTTGGGTATTGTCATCTGTGATTTTCCTACATGAGGAAG
ACATTTAGAATTTTGAAGTTTTTGTTTGGTTATTCGAAAGAGACGTTTTTGATAGATCAA
TGCACCATAGGAATGTTACGACAGGAGGCGGACCTGAAACTTAAAAAAAGAAAAGTAAAA
TGGCAACTTTTTGTG


BQ
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AF RR1B809TF U 1
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BS 1 770 RR1B809TF
BS 771 1095 RR1B809JQ

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GAGCAGATTAACAATGGATGTAATAAAATTGCTCAACAACTCCCAACATACTTTACTTTT
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QA 1 854 1 854
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1D382JQ C 1
AF RR1D382TF U 1
BS 1 529 RR1D382TF

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DS 

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AGGCGTGAAAGGAGACGATGTCATGAAGAAGGAAGATGCAGCAGAGGTGGTACGGGGATG
ACAGAGGAAGAAGACGATGTGGTGGAGATGGGGTAGTGACGAACCATACAGGAGGCAGAG
GTAGATGCGGTTCAGAAAAAGGTGATTTGAGGCTGAGGCATGAAGCACAAGGGGGCGCGG
AGACGCGGAAGCAAGATGTAGCAGATGAGATGAGGTGGTGGTCGGCGGCTTAGGTTTAGG
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ATTTTATTGTAAACTGATTTTAATTAATAAATAAATTTTAATTTTAATC

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

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ATAAAAATTAAAAAGAAAAAAAGAAAGTGAACAATCTAAAAAAACTTTCAGAAAAATCTG
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AAGACACAGAAGCATCTATTGGTCGGATTGCGCTGTAAGGGACTAACTCCTGG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB37JQ U 1
AF RR1C487JQ U 68
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BS 360 614 RR1GB37JQ
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CTTTACCACTTCCC

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GTGCTCAAACCTCCTACGTTTCTCCATTCTCGCTATTCCTTCCTGAAGCATTGCAGCGTT
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AGAAGCATCTATTGGTCGGATTGCGCTGTAAGGGACTAACTCCTGG

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

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TATTCATATATCATTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E382TF U 1
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DS 

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CTCCGGCAAGCTTCTTTCTTTCGTCGGATCAAAAGAAACAGAGAGAGAGAGATGGCGTCA
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GCCAGCGCTCAATCTCTAGCTCCCGCTCCTGCTCCTGCTCCGACCAGTGATGGGACATCG
ATAGATCAAGGGATTGCATATCTGCTAATGGTGGTGGCGTTGGTGCTGACTTACCTCATT
CATCCTCTAGATGCGTCTTCTTCCTACAGCTTCTTCTGATTTGTCTCTTCATTTTCAGTT
TCTGTTTTTTTGTGTGGATAAAATTCCCGAGTATGGTTATTAATTTGCTCATGATTTATG
TTTTTTTGTCTTGATTATGATCATGGATTCGTGATGATGATGACTCCTGGAGATTGAATC
TCTCTTGTTTTCCATCAGATTATGATGATGATGATGATTCCTTTTCTTCCATATTCAATT
TATTCATATATCATTCC

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

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ATTTTACCCAGACCCGACCGATACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C564JQ C 1
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BS 17 566 RR1C564TF

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AATAAATAAAACTGCTTTTGTTGTTTTTTTAAATTAATTTTGTTACGAGATTACATTTTG
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QA 1 566 1 566
DS 

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TGGATTTGGTTTACGAATCCATTTGTCATTTTGTTTCCTAAGGAGAAGTGTATTTCACAC
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ACCGATACCG

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

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CTTTCTTTTTTTTTTTAATCAACGGTGGAGCTAAAAAAATGCCAATTATTGAGCCATGTG
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AGCTCAGTTTGCAATTTTGTTACATATGGTGAGCTAAGTTGTTGTTTCCTAAAAAAAAAA
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BQ
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QA 1 530 1 530
DS 



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BQ
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QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AS42TF U 1
AF RR1AS42JQ C 369
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RD RR1AS42TF 786 0 0
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TGAACGAGAAGGTGATAAGGTTTGTTCTTGCTGTACTCTGTATGAGATTGATGAATATGG
GGTGAAGAGTAAATGGGAGACAGAACAAAGCTATATGCGTGAATTGTATTGCGCCTTCAT
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TCTTAA

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ACGTGTATGTTCCAATTTTGATCCCTCTTCCACGGGTAAGAGATTAGGGCTTTGTTTCTT
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DS 



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AAGTTTCCATTGATTACAAAATTGAGTGAAAGCAATACTGCTTGGGTTTACTCTAGTCCT
GTTAAGCTTCAGGTTATGATCTTTGCCAAGGCTGATGACTTTCAGAATATGGCTAAGCCT
CTTGAAGATTTTGCAAGAAGATTTAAATCGAAGCTTATGCTTATATATATTGATATAACA
AATGAGAACCTTGCGATGCCATTCTTGACCTTATTCGGAATAGAGGATGCCAACAAAACC
GTTGTTGCTGCTTTCGATAACAAACTCAACTCCAAGTATTTGCTCGAGTCAGATCCTTCA
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AGGTCAGAGCCAGTTCCAGATAATGAAAATGCAAGCATAGTGACTGTGGTGGGGAAGACT
TTTGATGAGTTGGTATTGAACAGTCAAGAAAATGTTACTCTTGAGGTACATACACCATGG
TGTGTGAACTGCGAGGCAATGAGCAAACAGGTCGTGAAGTTAGCTAAGCATTTCAAAGGC
TTTGAGAATCTTGTTTTTGCAAGAATTGATGCGTCTACAAATGAGCATGCTAAACTACAG
GTTGATGATTATCCGACGATCTTGCTCTACAAATCTGGTGAAAAAGAGAAGCCGTTAAAG
CTATCAACTAAATTGAGCGCTAAAGACATGGCTGTTTCGATCAATGAAGAGTTGAAACCA
AGAGGTGGTTCTGTTAAGGATGAGTTGTAGTCAAGTTTTTTAAGGATATGTAGACAAAAG
AAGAGACAGAGAGAAAGATCACAATGTGATGACATTACATGTTTTTAATATATTGTCTGG
AATTGGAAAACAATTCATTTCAACGAACTGACATTATAATTGATATTGTGTGATACAAAA
TAAAAATTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GM32TF U 1
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DS 

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CTTGCAGATGGAACCGTTCCACGCTACTACAGGTCAGAGCCAGTTCCAGATAATGAAAAT
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AATGTTACTCTTGAGGTACATACACCATGGTGTGTGAACTGCGAGGCAATGAGCAAACAG
GTCGTGAAGTTAGCTAAGCATTTCAAAGGCTTTGAGAATCTTGTTTTTGCAAGAATTGAT
GCGTCTACAAATGAGCATGCTAAACTACAGGTTGATGATTATCCGACGATCTTGCTCTAC
AAATCTGGTGAAAAAGAGAAGCCGTTAAAGCTATCAACTAAATTGAGCGCTAAAGACATG
GCTGTTTCGATCAATGAAGAGTTGAAACCAAGAGGTGGTTCTGTTAAGGATGAGTTGTAG
TCAAGTTTTTTAAGGATATGTAGACAAAAGAAGAGACAGAGAGAAAGATCACAATGTGAT
GACATTACATGTTTTTAATATATTGTCTGGAATTGGAAAACAATTCATTTCAACGAACTG
ACATTATAATTGATATTGTGTGATACAAAATAAAAATTTG

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DS 



AS 1 2

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TTAGATACAACACTGGAAAATAACATCACTGAGACTCTTCCTCAGGTGGTTCTTCCTCTT
CTTGGAGAAGGTTCTCACGGTTGTCATGAGCCCAGAAGCCACGAACATCTATCAGCATGC
TCGCGACGGTTCCCCCTTGTTTACATCCCAACAGATCATCCAGAGTGATCTTCAATGGAT
CAGACGGTTTCACCATGTCCCAGATCTCGTCCCTAACGTCCTCTATGCACAGCTCGTAGT
TCCCTCCTTCTATCCATTTCTGGTGCACATCTCTGAAAAAAGAGTGAATATCAGCAGTGG
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TCTCAGTTAGGGTTCCATCCGCGTATTCTTTAAGTTCTTGTTTGCTCAGCGATCCGCTAC
AATCTTTATCAAGTGCAAGAAACATATCACATATACGTTGAGCTGAAGTCAAAGAGAACC
AATTCTCAGCCTGCTCTGTGTCTGTGACTTCCTCATCGCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EN12JQ U 2
AF RR1G942JQ U 1
BS 1 235 RR1G942JQ
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BS 237 459 RR1G942JQ
BS 460 460 RR1EN12JQ
BS 461 821 RR1G942JQ

RD RR1EN12JQ 537 0 0
GACAAAAGGTTAATATAGTCAATGTGTGCATTAATGTGACAAATAGAGTTTTTTTTAAAG
AAATGTGAAATCGAACATGGAAAGTGGTTAAATACATGATTAATAGGGAATGACTAAAAA
TCAGCAGACTCCCTAACTTGGTTTAATAGATCCGCCCCTGAACCCACGTGGCTTAATGTT
TAGATACAACACTGGAAAATAACATCACTGAGACTCTTCCTCAGGTGGTTCTTCCTCTTC
TTGGAGAAGGTTCTCACGGTTGTCATGAGCCCAGAAGCCACGAACATCTATCAGCATGCT
CGCGACGGTTCCCCCTTGTTTACATCCCAACAGATCATCCAGAGTGATCTTCAATGGATC
AGACGGTTTCACCATGTCCCAGATCTCGTCCCTAACGTCCTCTATGCACAGCTCGTAGTT
CCCTCCTTCTATCCATTTCTGGTGCACATCTCTGAAAAAAGAGTGAATATCAGCAGTGGT
GAGAAAGCCTCTCCCTTGGAGATCAAGACAGCGGAATAAGTATGTCAGTCCCTCTGG

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1G942JQ 821 0 0
AGACAAAAGGTTAATATAGTCAATGTGTGCATTAATGTGACAAATAGAGTTTTTTTTAAA
GAAATGTGAAATCGAACATGGAAAGTGGTTAAATACATGATTAATAGGGAATGACTAAAA
ATCAGCAGACTCCCTAACTTGGTTTAATAGATCCGCCCCTGAACCCACGTGGCTTAATGT
TTAGATACAACACTGGAAAATAACATCACTGAGACTCTTCCTCAGGTGGTTCTTCTTCTT
CTTGGAGAAGGTTCTCACGGTTGTCATGAGCCCAGAAGCCACGAACATCTATCAGCATGC
TCGCGACGGTTCCCCCTTGTTTACATCCCAACAGATCATCCAGAGTGATCTTCAATGGAT
CAGACGGTTTCACCATGTCCCAGATCTCGTCCCTAACGTCCTCTATGCACAGCTCGTAGT
TCCCTCCTTCTATCCATTTCTGGTGCACATCTCTGAAAAGAGAGTGAATATCAGCAGTGG
TGAGAAAGCCTCTCCCTTGGAGATCAAGACAGCGGAATAAGTATGTCAGTCCCTCTGGAG
TGTCTTTGTTCTCCAACGCAAGAACGAAATCTAGGAAGCTGTCAAAGTCCATTTCCCTGG
AATTGCGTGAGCCGCTTTTGCCTCGGCGGACATGCTCATCAAACACTCTTTCGATGAAAA
TCTCAGTTAGGGTTCCATCCGCGTATTCTTTAAGTTCTTGTTTGCTCAGCGATCCGCTAC
AATCTTTATCAAGTGCAAGAAACATATCACATATACGTTGAGCTGAAGTCAAAGAGAACC
AATTCTCAGCCTGCTCTGTGTCTGTGACTTCCTCATCGCTT

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

CO CL8178Contig1 925 2 6 U
GGGAATCGGTCGGAGAGAGAAAAAGAGAGATGGGAGGGAAAGGTAAGAAGAGGAGAGAGA
AAAACTATTTGGCAGCTCACGGCGGACCGGCGAGACTCCCGCCGCCGCCTGATCGTTCCA
AGCAAGATGCACTTCCTTCCAAGCTCCGTTTTCTCATGAACTACACCTCTCCGCCTCCTC
CTCAAGATTCTACTAAACAACAAGTTGTTGTAGAGAAGAAAGAAAAAAATTCTAAAGCTG
GAGTAGTAGTTGGTGCTGCCAAGAATGTCAAGCCTGGGAGTGAAGCAAAGTCGGAAGCAA
AGGTGGTTGGAGAAGGAAAATCTGAGGGATACACAACCTCTTCTGATCATGAGAATGATG
GAGACGATATAAAGTTGAACAACAAGGGGGGAGATGAAAAGAAGAAGAAAAAGAGAAAGA
GGAGTGAGATCAATGACCTTCGTTTCGAACAGGAACTTGCAGAGTTGGATGGTCGGTCCA
AAAGGAAAGAACGCAAGAAGAAGTATTGGGAGGCAAAGAAGCAAAAGAAGAATAAAGGAA
AAACAGAAGATACACTCCGAGAAAACTTCCCCAAGCATGAGCAGATCAGATTTGGTGATG
TGGTTCAAGCTCCACCGAAGCTGGCCGTTGTTCCAAAGGCACGAAAGACTCCTATGAGTG
CTTCCAAGGAGAGACTGCGGTTAGAGGCCATTGAAGCTTACAGATCTCGCAATGGATGGA
CCTCAAGACCAGGCGTTCAGATTCCTACCGTCACCATGCAATGAGATTTTGGTTGGGTCA
TATGAACTCAGTTTTGTGTTACTAGCTAGCTGGCTGTTAAACTAGCTTGGATTCTAACGT
TGTGATAGTTTGAATTACCCAAACATCTCTTCCAATATGTAAAAGTGGATTATTTAAATT
TCAGTACCAAGGAAATCTTTTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CC87TF U 1
AF RR1CC87JQ C 151
BS 1 638 RR1CC87TF
BS 639 639 RR1CC87JQ
BS 640 668 RR1CC87TF
BS 669 669 RR1CC87JQ
BS 670 688 RR1CC87TF
BS 689 925 RR1CC87JQ

RD RR1CC87TF 692 0 0
GGGAATCGGTCGGAGAGAGAAAAAGAGAGATGGGAGGGAAAGGTAAGAAGAGGAGAGAGA
AAAACTATTTGGCAGCTCACGGCGGACCGGCGAGACTCCCGCCGCCGCCTGATCGTTCCA
AGCAAGATGCACTTCCTTCCAAGCTCCGTTTTCTCATGAACTACACCTCTCCGCCTCCTC
CTCAAGATTCTACTAAACAACAAGTTGTTGTAGAGAAGAAAGAAAAAAATTCTAAAGCTG
GAGTAGTAGTTGGTGCTGCCAAGAATGTCAAGCCTGGGAGTGAAGCAAAGTCGGAAGCAA
AGGTGGTTGGAGAAGGAAAATCTGAGGGATACACAACCTCTTCTGATCATGAGAATGATG
GAGACGATATAAAGTTGAACAACAAGGGGGGAGATGAAAAGAAGAAGAAAAAGAGAAAGA
GGAGTGAGATCAATGACCTTCGTTTCGAACAGGAACTTGCAGAGTTGGATGGTCGGTCCA
AAAGGAAAGAACGCAAGAAGAAGTATTGGGAGGCAAAGAAGCAAAAGAAGAATAAAGGAA
AAACAGAAGATACACTCCGAGAAAACTTCCCCAAGCATGAGCAGATCAGATTTGGTGATG
TGGTTCAAGCTCCACCGAAGCTGGCCGTTGTTCCAAAG*CACGAAAGACTCCTATGAGTG
CTTCCAAG*AGAGACTGCGGTTAGAGGC
ATTG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1CC87JQ 775 0 0
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TAGAGAAGAAAGAAAAAAATTCTAAAGCTGGAGTAGTAGTTGGTGCTGCCAAGAATGTCA
AGCCTGGGAGTGAAGCAAAGTCGGAAGCAAAGGTGGTTGGAGAAGGAAAATCTGAGGGAT
ACACAACCTCTTCTGATCATGAGAATGATGGAGACGATATAAAGTTGAACAACAAGGGGG
GAGATGAAAAGAAGAAGAAAAAGAGAAAGAGGAGTGAGATCAATGACCTTCGTTTCGAAC
AGGAACTTGCAGAGTTGGATGGTCGGTCCAAAAGGAAAGAACGCAAGAAGAAGTATTGGG
AGGCAAAGAAGCAAAAGAAGAATAAAGGAAAAACAGAAGATACACTCCGAGAAAACTTCC
CCAAGCATGAGCAGATCAGATTTGGTGATGTGGTTCAAGCTCCACCGAAGCTGGCCGTTG
TTCCAAAGGCACGAAAGACTCCTATGAGTGCTTCCAAGGAGAGACTGCGGTTAGAGGCCA
TTGAAGCTTACAGATCTCGCAATGGATGGACCTCAAGACCAGGCGTTCAGATTCCTACCG
TCACCATGCAATGAGATTTTGGTTGGGTCATATGAACTCAGTTTTGTGTTACTAGCTAGC
TGGCTGTTAAACTAGCTTGGATTCTAACGTTGTGATAGTTTGAATTACCCAAACATCTCT
TCCAATATGTAAAAGTGGATTATTTAAATTTCAGTACCAAGGAAATCTTTTTGGC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL8179Contig1 682 2 3 U
GGGATCGCAAAAGTTTAAGATCAAAGCAAAACCAGATTTTTTTTCTCTGCATTATTTCTC
ACCGTTCCTGGAAGATGACAATCTCTATTGAGAAGCCGATGTTTGGTAAGAAGCTATTCT
CCTAGATTCTTAAATTTTCCATTTTCCATAGCTTTACAATTAAATATATGTCCAAAAACC
GGCTTATATTTCCTTCATATATCAATGAGAGCTTATGTCAAAACCAAGAATTATTTCCTG
CGTAAAACAACGATTTTATAAGAGTATTTTACATGGAAATTTAAGATAAAAACAACGATA
TTATTTGCAATTAGTTTATTATTTATATATCCTTTTGTTCCAAGTAGAGGAAGTTTCTGC
ATTCCAGAAGAAGAGCGAGAACAACTTAAGAACTGCCAGCGAACACGATGACGCGTTCTT
GGCACCTGAGATGAATGCATTCGGCCGTCAATTCAGGGACTATGATGTTGAGAGTGAGAG
GCAGAAGGGCGTCGAAGAGTTTTACAGATTACAACACATTAACCAGACCGTCGATTTTGT
AAGAGTCTCCGAACTAATTAGGCTTTATGAGAGACCTCTACAAGACCAACCCTTATCAGA
TTAATGCAGTTATAAACATTTTGGATCAAAAAAAAAAACATTTTGGATCATTTTTAATAG
AAAAATTGTTTCAACAAATTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GM54TF U 1
AF RR1GM54JQ C 117
BS 1 635 RR1GM54TF
BS 636 637 RR1GM54JQ
BS 638 682 RR1GM54TF

RD RR1GM54TF 682 0 0
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ACCGTTCCTGGAAGATGACAATCTCTATTGAGAAGCCGATGTTTGGTAAGAAGCTATTCT
CCTAGATTCTTAAATTTTCCATTTTCCATAGCTTTACAATTAAATATATGTCCAAAAACC
GGCTTATATTTCCTTCATATATCAATGAGAGCTTATGTCAAAACCAAGAATTATTTCCTG
CGTAAAACAACGATTTTATAAGAGTATTTTACATGGAAATTTAAGATAAAAACAACGATA
TTATTTGCAATTAGTTTATTATTTATATATCCTTTTGTTCCAAGTAGAGGAAGTTTCTGC
ATTCCAGAAGAAGAGCGAGAACAACTTAAGAACTGCCAGCGAACACGATGACGCGTTCTT
GGCACCTGAGATGAATGCATTCGGCCGTCAATTCAGGGACTATGATGTTGAGAGTGAGAG
GCAGAAGGGCGTCGAAGAGTTTTACAGATTACAACACATTAACCAGACCGTCGATTTTGT
AAGAGTCTCCGAACTAATTAGGCTTTATGAGAGACCTCTACAAGACCAACCCTTATCAGA
TTAATGCAGTTATAAACATTTTGGATCAAAAAAAA**ACATTTTGGATCATTTTTAATAG
AAAAATTGTTTCAACAAATTAG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1GM54JQ 566 0 0
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AACCGGCTTATATTTCCTTCATATATCAATGAGAGCTTATGTCAAAACCAAGAATTATTT
CCTGGGTAAAACAACGATTTTATAAGAGTATTTTACATGGAAATTTAAGATAAAAACAAC
GATATTATTTGCAATTAGTTTATTATTTATATATCCTTTTGTTCCAAGTAGAGGAAGTTT
TTGCATTCCAGAAGAAGAGCGAGAACAACTTAAGAACTGCCAGGGAACACGATGACGCGT
TCTTGGCCCCTGAGATGAATGCATTCGGCCGTCAATTCAGGGACTATGATGTTGAGAGTG
AGAGGCAGAAGGGCGTCGAAGAGTTTTACAGATTACAACACATTAACCAGACCGTGGATT
TTGTAAGAGTTTCCGAACTAATTAGGCTTTATGAGAGACCTTTACAAGACCAACCCTTAT
CAGATTAATGCAGTTATAAACATTTTGGATCAAAAAAAAAAACATTTTGGATCATTTTTA
ATAGAAAAATTGTTTCAACAAATTAG

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

CO CL8180Contig1 711 2 6 U
AGGGGAGGTGGATCATCATCGTTCATCAGTGTACTACTGTGAAAGTTAGTTAGTTCAACA
TTACCAAAACAAACCAACAATGGGTAAAACCAGATGGTCTTGCTTCGCTATCGCCCTTTT
GGCTATTACCTATTTCGTCAACTGTGAAGAAGAAGCTGTCTTGTCTGAGAAAGAGCAGGA
CAAGGTCTCGAGATTGCCTGGTCAGGATTTCGATATAGACTTTGCTCATTACTCCGGGTT
CGTTACTACTAATGAGGAACTGGGAAGAGCACTCTTCTACTGGTTCTTTGAAGCCGCTGA
GGATGCTGCCTCTAAGCCTCTTGTTCTCTGGCTCAATGGAGGACCAGGATGTTCATCAGT
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TTACCTTAATCAATATTCTTGGAACCAAGTTGCGAATATATTGTTCCTTGATGCACCTGT
TGGAGTTGGTTATTCATACTCAAACACTTCATCTGATTTGCTTAACAATGGTGATATGAG
AACCGCGCAAGACTCACTGAAGTTTCTTCTGAAATGGGTTGAGCGTTATCCTGAATACAA
AGGAAGAGAGTTTTATATAGTTGGAGAGAGCTATGCAGGGCATTACATTCCTCAGCTGAG
TCAAGCCATTGTTGAACATAACCAAGCTTATGGCGATACACCATTAATCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H183TF U 1
AF RR1E427TF U 29
BS 1 296 RR1H183TF
BS 297 297 RR1E427TF
BS 298 495 RR1H183TF
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BS 497 573 RR1H183TF
BS 574 711 RR1E427TF

RD RR1H183TF 573 0 0
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TTACCAAAACAAACCAACAATGGGTAAAACCAGATGGTCTTGCTTCGCTATCGCCCTTTT
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CAAGGTCTCGAGATTGCCTGGTCAGGATTTCGATATAGACTTTGCTCATTACTCCGGGTT
CGTTACTACTAATGAGGAACTGGGAAGAGCACTCTTCTACTGGTTCTTTGAAGCCGTTGA
GGATGCTGCCTCTAAGCCTCTTGTTCTCTGGCTCAATGGAGGACCAGGATGTTCATCAGT
TGGATTTGGTGAAGCAGAAGAGATAGGACCGTTTCACATTAACCCAGATGGGAAGACTCT
TTACCTTAATCAATATTCTTGGAACCAAGTTGCGAATATATTGTTCCTTGATGCACCTGT
TGGAGTTGGTTATTCCTACTCAAACACTTCATCTGATTTGCTTAACAATGGTGATATGAG
AACCGCGCAAGACTCACTGAAGTTTCTTCTGAA

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1E427TF 683 0 0
GG
GTACTACTGTGAAAGTTAGTTAGTTCAACATTACCAAAACAAACCAACAATGGGTAAAAC
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TGCGAATATATTGTTCCTTGATGCACCTGTTGGAGTTGGTTATTCATACTCAAACACTTC
ATCTGATTTGCTTACCAATGGTGATATGAGAACCGCGCAAGACTCACTGAAGTTTCTTCT
GAAATGGGTTGAGCGTTATCCTGAATACAAAGGAAGAGAGTTTTATATAGTTGGAGAGAG
CTATGCAGGGCATTACATTCCTCAGCTGAGTCAAGCCATTGTTGAACATAACCAAGCTTA
TGGCGATACACCATTAATCTG

QA 3 683 3 683
DS 



AS 1 2

CO CL8181Contig1 534 2 1 U
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GGATTCTGGCGGAGAAGAGATGCCATATGCGGCGGAGGAATTGAGATCCAGGCGAGTCAT
CAATGGACTTGGCGCTGTTGCCTGAAGGTTGAAGAATCAAAGAACGGGAAGCAGAAGGTG
GAACAGGAAGAAGAAGAAAAGACGGCGTGACATAGTGTGATGGTGTACGAGCGCGACGCC
GCGCTTGGTAAAACGGAGCAACGCGACGGCTCTTCAGCTCCAGCCATACACTTCCTCGTG
GCGGCGCAAGAGGCTATCCAAGACATAGGTTTAGGTTATTTTGTAAACCAGTTTGTAAAC
CAGATATCATTTGTAAACCAATTTAAATTTGTAAACCATAAATACTATTGTTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GC14JQ C 1
AF RR1GC14TF U 1
BS 1 534 RR1GC14TF

RD RR1GC14JQ 534 0 0
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ATTGATTAATTTATACAAACAATTGTATTTAACTCCAGCAATCCAACGTATTCTGAAGCT
GTTCAACAATCTAAGTACAGATTGGTTGGAGAATCCAGTCAAACATACGTCTCAAGAACT
GGATTCTGGCGGAGAAGAGATGCCATATGCGGCGGAGGAATTGAGATCCAGGCGAGTCAT
CAATGGACTTGGCGCTGTTGCCTGAAGGTTGAAGAATCAAAGAACGGGAAGCAGAAGGTG
GAACAGGAAGAAGAAGAAAAGACGGCGTGACATAGTGTGATGGTGTACGAGCGCGACGCC
GCGCTTGGTAAAACGGAGCAACGCGACGGCTCTTCAGCTCCAGCCATACACTTCCTCGTG
GCGGCGCAAGAGGCTATCCAAGACATAGGTTTAGGTTATTTTGTAAACCAGTTTGTAAAC
CAGATATCATTTGTAAACCAATTTAAATTTGTAAACCATAAATACTATTGTTAT

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1GC14TF 534 0 0
GGATCTCTCATTCAATTGTTTCTTTCTCTTCCTTTCTCAAACACAAATGCACGAGTGAAG
ATTGATTAATTTATACAAACAATTGTATTTAACTCCAGCAATCCAACGTATTCTGAAGCT
GTTCAACAATCTAAGTACAGATTGGTTGGAGAATCCAGTCAAACATACGTCTCAAGAACT
GGATTCTGGCGGAGAAGAGATGCCATATGCGGCGGAGGAATTGAGATCCAGGCGAGTCAT
CAATGGACTTGGCGCTGTTGCCTGAAGGTTGAAGAATCAAAGAACGGGAAGCAGAAGGTG
GAACAGGAAGAAGAAGAAAAGACGGCGTGACATAGTGTGATGGTGTACGAGCGCGACGCC
GCGCTTGGTAAAACGGAGCAACGCGACGGCTCTTCAGCTCCAGCCATACACTTCCTCGTG
GCGGCGCAAGAGGCTATCCAAGACATAGGTTTAGGTTATTTTGTAAACCAGTTTGTAAAC
CAGATATCATTTGTAAACCAATTTAAATTTGTAAACCATAAATACTATTGTTAT

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL8182Contig1 1123 2 2 U
GGATTATACAAAAACCAGAGGAAACTAAAGATCATAAAAATTAGAGCGAAAAGATGAATG
ACTTATTCTCAAATTCATTCAAGCGGAACCAGGCTCAAATGAGCGATGTCGAGGCAGGTC
AAGAAACGATGAACCTCGACAAATTCTTCGAGGACGTGGAAAATGTCAAAGATGACATGA
AAGGAGTCGAGACTCTTTATAAGAAGCTTCAAGGCTCGAACGAAGAATGCCAGACAGTGC
ACAACGCCAATAAGGTGAAGGAGCTACGCGCTAAGATGGATGCTGACGTAGGTCAGGTCC
TTAAGAGGGTCAAAATCATTAAGCAGAAGCTCGAAGCCCTAGAGAAAGCCAACGCTAATA
GCCGTAACGTCCCGGGTTGTGGGCCCGGTTCGTCTACGGATAGGACTCGGTCTTCTGTGG
TCAGCGGTCTCGGGAAGAAGCTCAAGGACTTGATGGATAGTTTCCAGAGTCTACGTGTGC
GAATGAACGATGAGTATAAGGAAACCGTAGAGCGTAGGTATTTCACGATAACAGGAGAAA
AAGCGGACGAGCAAACGATTGATAACTTGATTGCGAGCGGCGAGAGTGAAAATTTCATGC
AAAAAGCGATTCAAGAGCAAGGAAGAGGGCAGATCATGGACACGATATCTGAGATCCAAG
AAAGACATGATGCAGTGAAAGAGATCGAGAAGAATCTACTGGAGTTGCACCAAGTTTTCT
TGGACATGGCGGCTCTGGTGGAAGCGCAGGGGCAACAACTGAACAACATAGAGAGCCTTG
TTGCAAAGGCGAGCTCGTTTGTGAGAAGAGGGACTGATCAGCTCCAAGACGCGAGAGAGT
ACCAAAAGAGCTCGAGGAAATGGACTTGTTACGCCATCATTCTCTTCATCGTTGTCTTTA
TCCTTCTTCTCATTCCCGCTATGCCACATATTATGCTCATGCTGAAATGAAATTTCTAGA
GAATTTGATTTTTATCATCACATTCATCTCTTTGCCTATTCCTTTTTCTTGTTTTTTGCT
TATGGGAGGGAATAGTTAGACTATGATGAACCATGGGAAAGAGATTTGTACAATATTTTT
GAAACAGGATCATTATTACATTATTACATGTAAAACTTTTACG


BQ
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AF RR1B874TF U 1
AF RR1B874JQ C 181
BS 1 727 RR1B874TF
BS 728 1123 RR1B874JQ

RD RR1B874TF 727 0 0
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TGGACAT

QA 1 727 1 727
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TATGGGAGGGAATAGTTAGACTATGATGAACCATGGGAAAGAGATTTGTACAATATTTTT
GAAACAGGATCATTATTACATTATTACATGTAAAACTTTTACG

QA 1 943 1 943
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1CT67TF U 1
AF RR1CT67JQ C 97
BS 1 614 RR1CT67TF
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RD RR1CT67TF 635 0 0
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TTTGTTAAGAAAAA*GAAAAAAGAGAGGAAAAAAA

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DS 

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GGAATAAGAACAAAAAAACGAGTGGGGTTAGTGGTTTATGATTATTCTCTAATCTTTTTA
TGACCTTCTCACTCACATGGAGTCTTGATCCGTTTATTGCAACGGAATTTTTATATAATT
TGTAACGTCCTTTTGTCAAACAATAATCATGAAATCGTTTCACC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL8184Contig1 524 2 1 U
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CCTTGTATTAGAGAAGACTGTAAAAGTGATGAAGTAACTAGATACATCCATATTGGGCTA
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CCAAGATCAAACCCATCAACCCAGGGATTAATGACTGGTCAAACAAGCAGCAAGTGTATT
ACTTGTTCAGTAGATGAAGCAACAATCACTGATGTTAATCCTCGTTGAATACTTAACATT
TCCTGTTTGGTTCATGTTGTTAATTTCCACAAATTGTTGTCTTGTCACTAATTTTGTGTA
TACATACATGAAAAGTATTAAGAGTCATTTTCAGATTGAAGGAATATCTAGTACAGAAAC
TTCATGCTTTCTGAAAGGCTTGCAATAAATACATAAATTTGGTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E630JQ C 1
AF RR1E630TF U 1
BS 1 524 RR1E630TF

RD RR1E630JQ 524 0 0
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CCTTGTATTAGAGAAGACTGTAAAAGTGATGAAGTAACTAGATACATCCATATTGGGCTA
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QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1E630TF 524 0 0
GCACAATTTATGCAGGTGTGGAGACTATGGGAGAGAAAATCATTGCTTGAGGTCATAGAT
CCTTGTATTAGAGAAGACTGTAAAAGTGATGAAGTAACTAGATACATCCATATTGGGCTA
TTATGTGTTCAAGAAAATCCAGCAAAACGTCCAACAATGTCAATGATTCATCAAATGCTC
ACAACCAGCTCGATTGCATTACCTGCCCCTCTGCCACCTGGTTTTTTCTTCAGGAATGAA
CCAAGATCAAACCCATCAACCCAGGGATTAATGACTGGTCAAACAAGCAGCAAGTGTATT
ACTTGTTCAGTAGATGAAGCAACAATCACTGATGTTAATCCTCGTTGAATACTTAACATT
TCCTGTTTGGTTCATGTTGTTAATTTCCACAAATTGTTGTCTTGTCACTAATTTTGTGTA
TACATACATGAAAAGTATTAAGAGTCATTTTCAGATTGAAGGAATATCTAGTACAGAAAC
TTCATGCTTTCTGAAAGGCTTGCAATAAATACATAAATTTGGTG

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 2

CO CL8185Contig1 725 2 5 U
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TCAGTACTCAATCTGACCCCTTTCTGTTGACCCCCGAGACCGCAGAGAACCCCGCCCGTC
TCTAAACCCTCCGACGAGCTCTCCGGCAGCCATGTACGGCGGTGATGAAGTGTCAGCTAT
AGTGGTTGACTTGGGCTCCCACACCTGCAAGGCTGGTTACGCCGGCGAAGATGCTCCCAA
GGCCGTCTTCCCTTCCGTTGTTGGGGCGGTAGATGGAACTGAGGCGATGGATGTGGATGT
TGATTCTGCAAAGAACAACAATTCGAATTCTGAGGATTCGAAGACTAATGAGTCTGAAAA
AGAAAAGGGGAAACGTAAGCTGTATGTGGGATCTCAGGCCTTGAATTACCGCCGGGATCA
TATGGAGATATTGTCACCCATCAAAGATGGCATAGCTTCTGATTGGGATTTGGTGGACAA
CATTTGGGACCATGCTTTCAGGGGTTGTCTGATGATTGATCCTAAGGAGCACCCCATGCT
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ACTGGGCGTGCTACTTCATTGGTTGTGGACTGCGGTGGAGATCCACAACTATATCACCGG
TGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 

AF RR1GI87TF U 5
AF RR1CJ74TF U 1
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BS 16 16 RR1GI87TF
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BS 457 725 RR1CJ74TF

RD RR1GI87TF 575 0 0
GG
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CTTCCCTTCCGTTGTTGGGGCGGTAGATGGAACTGAGGCGATGGATGTGGATGTTGATTC
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QA 3 575 3 575
DS 

RD RR1CJ74TF 725 0 0
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GGCCGTCTTCCCTTCCGTTGTTGGGGCGGTAGATGGAACTGAGGCGATGGATGTGGATGT
TGATTCTGCAAAGAACAACAATTCGAATTCTGAGGATTCGAAGACTAATGAGTCTGAAAA
AGAAAAGGGGAAACGTAAGCTGTATGTGGGATCTCAGGCCTTGAATTACCGCCGGGATCA
TATGGAGATATTGTCACCCATCAAAGATGGCATAGTTTCTGATTGGGATTTGGTGGACAA
CATTTGGGACCATGCTTTCAGGGGTTGTCTGATGATTGATCCTAAGGAGCACCCCATGCT
GCTAGCTGAGCCTCCTCTAAACACCCAACAACAGAGAGAGAAGGCGGCAGAGCTGATGTT
TGAAAATACAAAGTTCCAGCATTGTTTATGGCTAAGAATCCTGTTCTCACGTCTTTTGCT
ACTGGGCGTGCTACTTCATTGGTTGTGGACTGCGGTGGAGATCCACAACTATATCACCGG
TGCAT

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL8186Contig1 795 2 2 U
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CAGCGTTGCCGGCAACGACTACTCCACTTTCATCGCCCAAAACCGCCCTAACTCTGAGTT
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CTTGGGAGTGAAGAAAATAGCAGTACCGTCGTTGCAGCCTCTCGGTTGCATCCCTGGAAT
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CAACAGTTTACTGCAACAAGTCGTGACAAAGCTCAATAACGAAACCAAGCAGTCGACTTT
CATCATCCTTGATCTCTACAACGCTTTCTTGACCGTGTTCAAGAACAAAGGAGCTTACCC
AGGAAGTACAACGTTTCAGAGTCCATTGAAGCCGTGTTGCGTAGGCGTGAGCAGTGAGTA
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AGCTGCTTTCTTTTGGGATGGAAGTCACCCTACAGAAGAAGGGTGGAGATCGGTTTACTC
TGTTTTACGTGAAAGTCTTACCGCGTCTTTTATTAAAGCGTGAGGAGCAAGAAACACATG
TTTGTAGGCTTCTTTTTTAAAAAATCTCAATGTTCGCTCTTTTTGTGTTTTTAGTCTCTC
TTCATTCATTTGTGTTTCAGTGTTGAATGTTAAAAGGTCGTGTGACTAATAAAACCCACT
AAACTGTTCATTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FO24TF U 1
AF RR1FO24JQ C 117
BS 1 650 RR1FO24TF
BS 651 795 RR1FO24JQ

RD RR1FO24TF 650 0 0
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CAGCGTTGCCGGCAACGACTACTCCACTTTCATCGCCCAAAACCGCCCTAACTCTGAGTT
TCCGGCATTCATAAAGCAAGTAGTGGATCAAACGGAAGTGAATTTGAGGCGGATCCATGC
CTTGGGAGTGAAGAAAATAGCAGTACCGTCGTTGCAGCCTCTCGGTTGCATCCCTGGAAT
CACCGTTGCCTCCTCGTTCCAGCGCTGCAACGAGTCACAAAACGCTTTAGTGAAACTTCA
CAACAGTTTACTGCAACAAGTCGTGACAAAGCTCAATAACGAAACCAAGCAGTCGACTTT
CATCATCCTTGATCTCTACAACGCTTTCTTGACCGTGTTCAAGAACAAAGGAGCTTACCC
AGGAAGTACAACGTTTCAGAGTCCATTGAAGCCGTGTTGCGTAGGCGTGAGCAGTGAGTA
TTTCTGTGGAAGTGTGGATGAGAAGGGAGAGAAGAAGTATGTGATATGTGATAACCCTAA
AGCTGCTTTCTTTTGGGATGGAAGTCACCCTACAGAAGAAGGGTGGAGATCGGTTTACTC
TGTTTTACGTGAAAGTCTTACCGCGTCTTTTATTAAAGCGTGAGGAGCAA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1FO24JQ 679 0 0
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ATGCCTTGGGAGTGAAGAAAATAGCAGTACCGTCGTTGCAGCCTCTCGGTTGCATCCCTG
GAATCACCGTTGCCTCCTCGTTCCAGCGCTGCAACGAGTCACAAAACGCTTTAGTGAAAC
TTCACAACAGTTTACTGCAACAAGTCGTGACAAAGCTCAATAACGAAACCAAGCAGTCGA
CTTTCATCATCCTTGATCTCTACAACGCTTTCTTGACCGTGTTCAAGAACAAAGGAGCTT
ACCCAGGAAGTACAACGTTTCAGAGTCCATTGAAGCCGTGTTGCGTAGGCGTGAGCAGTG
AGTATTTCTGTGGAAGTGTGGATGAGAAGGGAGAGAAGAAGTATGTGATATGTGATAACC
CTAAAGCTGCTTTCTTTTGGGATGGAAGTCACCCTACAGAAGAAGGGTGGAGATCGGTTT
ACTCTGTTTTACGTGAAAGTCTTACCGCGTCTTTTATTAAAGCGTGAGGAGCAAGAAACA
CATGTTTGTAGGCTTCTTTTTTAAAAAATCTCAATGTTCGCTCTTTTTGTGTTTTTAGTC
TCTCTTCATTCATTTGTGTTTCAGTGTTGAATGTTAAAAGGTCGTGTGACTAATAAAACC
CACTAAACTGTTCATTTTT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL8187Contig1 830 2 2 U
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CTTCCGACTGCCAATTCGTCTCCAGCTATAGCAGAGCTTGTCTTGGAGGAGCCTGCGTGC
TTGCTTGATTTATTCTCCTTGTCTCAATTCTAGATCTTGAGAGGTCAGGTAGTAGCAGCT
ACTGATTCCTGGAACCAACCAACCATGATGTCCTTCGAAATGAATGACCGCAAAAAAATT
GGGTTAGGGCTGACAGCATTTGGAGTCTTTTTCTCCTTTTTGGGAGTTGTCTTTGTCTTT
GATAAGGGTTTACTTGCCATGGGAAATATTCTTTTCATCTCTGGGGTTAGTCTTACCATT
GGCCTCAAGTCTACCATGCAGTTCTTCACCAAGCGTCAAAACTATAAGGGAACAATCTCT
TTTGGTGCTGGCTTCTTCTTTGTTGTCATTGGATGGCCTATCCTCGGAATGATGTTGGAG
ACCTATGGCTTTTTTGTACTCTTCAGCGGCTTCTGGCCAACCTTGGCAGTTTTCGCACAA
AAGATACCCTTTCTCGGTTGGATCATTCAGCAACCTTATATAAGATCGTTCTTTGACAAG
TACCGGGGCAAGCGTGTGCCCGTCTAGTCACCGCCCAAGTTGAGCGAAAATTCACTGAGC
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CAACTTTGGTATAAACGTAAATCCGTAGGAGAAAGAAAATAGCGTGGAGCAACTTGAAGA
TTTGTACTTTTAAAAGACTAACTCAGTGACTTAATGATGGATTGTAATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AG95TF U 1
AF RR1AG95JQ C 218
BS 1 748 RR1AG95TF
BS 749 830 RR1AG95JQ

RD RR1AG95TF 755 0 0
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GGGTTAGGGCTGACAGCATTTGGAGTCTTTTTCTCCTTTTTGGGAGTTGTCTTTGTCTTT
GATAAGGGTTTACTTGCCATGGGAAATATTCTTTTCATCTCTGGGGTTAGTCTTACCATT
GGCCTCAAGTCTACCATGCAGTTCTTCACCAAGCGTCAAAACTATAAGGGAACAATCTCT
TTTGGTGCTGGCTTCTTCTTTGTTGTCATTGGATGGCCTATCCTCGGAATGATGTTGGAG
ACCTATGGCTTTTTTGTACTCTTCAGCGGCTTCTGGCCAACCTTGGCAGTTTTCGCACAA
AAGATACCCTTTCTCGGTTGGATCATTCAGCAACCTTATATAAGATCGTTCTTTGACAAG
TACCGGGGCAAGCGTGTGCCCGTCTAGTCACCGCCCAAGTTGAGCGAAAATTCACTGAGC
TAGATGCAGCAGAGCAAACGATTAAAATATTTTGGGAGGAGAGGTTGGTATACTTGTCCA
CAACTTTGGTATAAACGTAAATCCGTAG
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QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1AG95JQ 613 0 0
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TTTTGGGAGTTGTCTTTGTCTTTGATAAGGGTTTACTTGCCATGGGAAATATTCTTTTCA
TCTCTGGGGTTAGTCTTACCATTGGCCTCAAGTCTACCATGCAGTTCTTCACCAAGCGTC
AAAACTATAAGGGAACAATCTCTTTTGGTGCTGGCTTCTTCTTTGTTGTCATTGGATGGC
CTATCCTCGGAATGATGTTGGAGACCTATGGCTTTTTTGTACTCTTCAGCGGCTTCTGGC
CAACCTTGGCAGTTTTCGCACAAAAGATACCCTTTCTCGGTTGGATCATTCAGCAACCTT
ATATAAGATCGTTCTTTGACAAGTACCGGGGCAAGCGTGTGCCCGTCTAGTCACCGCCCA
AGTTGAGCGAAAATTCACTGAGCTAGATGCAGCAGAGCAAACGATTAAAATATTTTGGGA
GGAGAGGTTGGTATACTTGTCCACAACTTTGGTATAAACGTAAATCCGTAGGAGAAAGAA
AATAGCGTGGAGCAACTTGAAGATTTGTACTTTTAAAAGACTAACTCAGTGACTTAATGA
TGGATTGTAATCG

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL8188Contig1 922 2 4 U
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TGGTAAATGGAACGAGTCCATGAGTTATCAGCAGTGTGATGGTGAAGGTGAACCTCTCCC
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ATACACACACTTTGCTCACAAGATCAATAGCTTTGACACTGCCCCCAAAAAGTTCTTGCC
CTCTGATTCACGGTTACGCCCTGATAGATACGCACTAGAGATGGGCGACATGTCAAAATC
AGGCAATGAGAAGAGCAGCTTGGAAGAGAGACAGAGAGCAGAGAAGAGAACACGTCAAGA
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GTGGGGGGATCTTGAAGTTTACCAGTTCAATGGAAAGTACTTAGAACACCGGGAAGCAGC
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AGACATGTCTACTTGAAATGAGTTTGCTCCAGAATACAAAAAAAGTGTTCAAATCTTTTG
GTAACATTTGTTGTAATTTTTATTCTCTCGTAGTTTCAACAAACTATGCTAGCTTTCTCG
AGTTATAGTTTACAACTTTTGTTTTTTTTTTCTATTTTTTCAAATCACTCTTTCATCCAT
AATTATATTCTTATTCGGACATTTGTTACTTCAAACTCTTGGGGCTTCTTCTGGAGTATA
TAAATATTTTTTTATTAGGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GR52TF U 1
AF RR1GR52JQ C 157
BS 1 693 RR1GR52TF
BS 694 694 RR1GR52JQ
BS 695 703 RR1GR52TF
BS 704 922 RR1GR52JQ

RD RR1GR52TF 703 0 0
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CCTGACCACTGGTGACAAAGTGGTGCTTTATTTTCAACCATGCGGTTGGTTTGGATCTGG
TCGTTATGAAGTGGACGGATATGTCTATAACGCCTCTGAAGAGCCCAAGATACTCATGAC
TGGTAAATGGAACGAGTCCATGAGTTATCAGCAGTGTGATGGTGAAGGTGAACCTCTCCC
TGGCACCGAACTAAAGGAGGTCTGGAAACTCGCTGATGTTCCAAAGGATGACAAATACCA
ATACACACACTTTGCTCACAAGATCAATAGCTTTGACACTGCCCCCAAAAAGTTCTTGCC
CTCTGATTCACGGTTACGCCCTGATAGATACGCACTAGAGATGGGCGACATGTCAAAATC
AGGCAATGAGAAGAGCAGCTTGGAAGAGAGACAGAGAGCAGAGAAGAGAACACGTCAAGA
GAAGGAGCAAAGCTTCACTCCCAAGTGGTTTGATATAACAGAGGAAGTCACTCCTACACC
GTGGGGGGATCTTGAAGTTTACCAGTTCAATGGAAAGTACTTAGAACACCGGGAAGCAGC
TGATAAGTCTGAAGATAACACCGACCCTAAGTCAATCCCATTCAACCCATGGCAGTTCCA
AGACATGTCTACTTGAAATGAGTTTGCTCCAGA*TACAAAAAA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1GR52JQ 766 0 0
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TGATGGTGAAGGTGAACCTCTCCCTGGCACCGAACTAAAGGAGGTCTGGAAACTCGCTGA
TGTTCCAAAGGATGACAAATACCAATACACACACTTTGCTCACAAGATCAATAGCTTTGA
CACTGCCCCCAAAAAGTTCTTGCCCTTTGATTCACGGTTACGCCCTGATAGATACGCACT
AGAGATGGGCGACATGTCAAAATCAGGCAATGAGAAGAGCAGCTTGGAAGAGAGACAGAG
AGCAGAGAAGAGAACACGTCAAGAGAAGGAGCAAAGCTTCACTCCCAAGTGGTTTGATAT
AACAGAGGAAGTCACTCCTACACCGTGGGGGGATCTTGAAGTTTACCAGTTCAATGGAAA
GTACTTAGAACACCGGGAAGCAGCTGATAAGTTTGAAGATAACACCGACCCTAAGTCAAT
CCCATTCAACCCATGGCAGTTCCAAGACATGTCTACTTGAAATGAGTTTGCTCCAGAATA
CAAAAAAAGTGTTCAAATCTTTTGGTAACATTTGTTGTAATTTTTATTCTCTCGTAGTTT
CAACAAACTATGCTAGCTTTCTCGAGTTATAGTTTACAACTTTTGTTTTTTTTTTCTATT
TTTTCAAATCACTCTTTCATCCATAATTATATTCTTATTCGGACATTTGTTACTTCAAAC
TCTTGGGGCTTCTTCTGGAGTATATAAATATTTTTTTATTAGGTAG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL8189Contig1 534 2 1 U
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GAAAGCAGCCGGTGAAATTGAAGGCGGTGGTGTATGCGTTGTCGCCGTTTCAGCAGAAGA
TCATGACTGGTCTATGGAAGGATCTGCCGGAGAAGGTCCACCACAAGGTCTCTGAGAATT
GGATCAGCACCATTCTCCTCCTCGCTCCTGTCATCGGAACCTACTCTTTGCGTGATCATT
GATCTTGTTCCCGATGCTCAGATGTTAATGTGTCAAATGAATCGGAGGTATGCTCAACAC
TACCAAGAACAAGGAAGCTGGAGCACAGGTTCTAAGGATGGAAGTGTTACTGATTTTTCA
AATTAATCCATTTTTTTACAAAATGCTTCTAAAAGACTGTTTAAGCAACACTTTGAAGAA
GAAGAAGAAAAGCGGGAAAGTTGCTTCCTTGCGTTTCTGTTTGATAAATTTGTTTATTTA
TAACAATGATGGTAATAATATACTAGATTTTGATCCGCCCTTTTTAAGGCGGGT


BQ
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AF RR1FC32JQ C 1
AF RR1FC32TF U 1
BS 1 534 RR1FC32TF

RD RR1FC32JQ 534 0 0
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GAAAGCAGCCGGTGAAATTGAAGGCGGTGGTGTATGCGTTGTCGCCGTTTCAGCAGAAGA
TCATGACTGGTCTATGGAAGGATCTGCCGGAGAAGGTCCACCACAAGGTCTCTGAGAATT
GGATCAGCACCATTCTCCTCCTCGCTCCTGTCATCGGAACCTACTCTTTGCGTGATCATT
GATCTTGTTCCCGATGCTCAGATGTTAATGTGTCAAATGAATCGGAGGTATGCTCAACAC
TACCAAGAACAAGGAAGCTGGAGCACAGGTTCTAAGGATGGAAGTGTTACTGATTTTTCA
AATTAATCCATTTTTTTACAAAATGCTTCTAAAAGACTGTTTAAGCAACACTTTGAAGAA
GAAGAAGAAAAGCGGGAAAGTTGCTTCCTTGCGTTTCTGTTTGATAAATTTGTTTATTTA
TAACAATGATGGTAATAATATACTAGATTTTGATCCGCCCTTTTTAAGGCGGGT

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1FC32TF 534 0 0
GGGGCGCGGGTTGATTGAAAGGTTCTTCTCATCGGTGCTAGAGAGAAGATTGAAGAATGG
GAAAGCAGCCGGTGAAATTGAAGGCGGTGGTGTATGCGTTGTCGCCGTTTCAGCAGAAGA
TCATGACTGGTCTATGGAAGGATCTGCCGGAGAAGGTCCACCACAAGGTCTCTGAGAATT
GGATCAGCACCATTCTCCTCCTCGCTCCTGTCATCGGAACCTACTCTTTGCGTGATCATT
GATCTTGTTCCCGATGCTCAGATGTTAATGTGTCAAATGAATCGGAGGTATGCTCAACAC
TACCAAGAACAAGGAAGCTGGAGCACAGGTTCTAAGGATGGAAGTGTTACTGATTTTTCA
AATTAATCCATTTTTTTACAAAATGCTTCTAAAAGACTGTTTAAGCAACACTTTGAAGAA
GAAGAAGAAAAGCGGGAAAGTTGCTTCCTTGCGTTTCTGTTTGATAAATTTGTTTATTTA
TAACAATGATGGTAATAATATACTAGATTTTGATCCGCCCTTTTTAAGGCGGGT

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL8190Contig1 638 2 2 U
GGAATCCACCCTCATTCGTCATCTACAATCTCTCTCTCTTTCATTCTCTCTAAAGATTAA
AAGATGGCTAAGGGAAGAGGCAGTGCATCATGGTCGGCTCGAGCCGTAGTGGCTTTGGTA
TTGGTCTCCGTGTTGGTGCTTCAAGCTGACTACGTTCGAGCTGCGACTTACACAGTCGGC
GAATCCAACGTCTGGGCCTTTAACGCTGTGGGTTGGCCGAAAGGCAAACATTTTAAAGCC
AATGATGTTCTAGTGTTTAACTATAATCCGAGATTCCACAACGTGGTGGCGGTAGATAAT
GCAGGGTACAACAATTGCAAAACGCCGGCACGTGCAAGAACATACACTTCAGGCAAAGAT
CGTATAACTTTGTCTAAAGGACAAAATTTCTTCATCTGCAACTTTCCCGGCCATTGTGAA
TCCGCTATGAAAATAGCAGTCACGGCCGTTTGATCTTGATCGATCATGCAATCAAAATAG
TACTATGATCGTCACTTCGTTATGTTCTAAAAAAAATATCAAGTATTCTAATAAAGTTTA
CATTGTTGTTCCCCTTTTTCTTTTTTTTGGTGTTGTGTTTCGTTTTTCATGTTGTTTTTT
TCCCGTTACTAGATTTTCTTTATAAATTAAGTCAACAC


BQ
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AF RR1DQ82TF U 1
AF RR1F046TF U 5
BS 1 549 RR1DQ82TF
BS 550 638 RR1F046TF

RD RR1DQ82TF 549 0 0
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AAGATGGCTAAGGGAAGAGGCAGTGCATCATGGTCGGCTCGAGCCGTAGTGGCTTTGGTA
TTGGTCTCCGTGTTGGTGCTTCAAGCTGACTACGTTCGAGCTGCGACTTACACAGTCGGC
GAATCCAACGTCTGGGCCTTTAACGCTGTGGGTTGGCCGAAAGGCAAACATTTTAAAGCC
AATGATGTTCTAGTGTTTAACTATAATCCGAGATTCCACAACGTGGTGGCGGTAGATAAT
GCAGGGTACAACAATTGCAAAACGCCGGCACGTGCAAGAACATACACTTCAGGCAAAGAT
CGTATAACTTTGTCTAAAGGACAAAATTTCTTCATCTGCAACTTTCCCGGCCATTGTGAA
TCCGCTATGAAAATAGCAGTCACGGCCGTTTGATCTTGATCGATCATGCAATCAAAATAG
TACTATGATCGTCACTTCGTTATGTTCTAAAAAAAATATCAAGTATTCTAATAAAGTTTA
CATTGTTGT

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1F046TF 634 0 0
GG
CACCCTCATTCGTCATCTACAATCTCTCTCT**TTCATTCTCTCTAAAGATTAAAAGATG
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TCCGTGTTGGTGCTTCAAGCTGACTACGTTCGAGCTGCGACTTACACAGTCGGCGAATCC
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GTTCTAGTGTTTAACTATAATCCGAGATTCCACAACGTGGTGGCGGTAGATAATGCAGGG
TACAACAATTGCAAAACGCCGGCACGTGCAAGAACATACACTTCAGGCAAAGATCGTATA
ACTTTGTCTAAAGGACAAAATTTCTTCATCTGCAACTTTCCCGGCCATTGTGAATCCGCT
ATGAAAATAGCAGTCACGGCCGTTTGATCTTGATCGATCATGCAATCAAAATAGTACTAT
GATCGTCACTTCGTTATGTTCTAAAAAAAATATCAAGTATTCTAATAAAGTTTACATTGT
TGTTCCCCTTTTTCTTTTTTTTGGTGTTGTGTTTCGTTTTTCATGTTGTTTTTTTCCCGT
TACTAGATTTTCTTTATAAATTAAGTCAACAC

QA 3 634 3 634
DS 



AS 1 2

CO CL8191Contig1 869 2 2 U
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CGCTAATCCACCAGACCCTGTGTTTCCCTTCACCCCAGCAAACACTACAACTTCATCTCC
CTCTCCGCCTCCCCCCATAAAACCTGATATAAACCCTCCGTTCCCCGCGGCGCGGACAAG
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AACGTTTGTTTTGATCGGAGTTTGTGTCTTCGTCTGTTTCTACAAAAGGAAAAAGAGGAA
GCTGAAGAGAAGAAAAGATGCTAGCGTCCGTCACTCGGCCAAACGCCGCCCAAAAATGAG
CCAGATAGTTCGAGCATTTGAAGGAAACCTATCTCTAGATGACTTAACGGAAGGAGTCAC
TCCAGGTCACAGCACTATCTACAGTTTAGATGGGAGCTCGGATTACAGCTCAACACAATA
TAAAGAGGACTTGAAGAAGTTCAAGAAAATGGCACTTGAAAGCCAGACGTTTGGTAGCAG
CGAATGTAGCGGTTTGACCACCAGTGACAACGGTCAGAACCCATCAGGCTCCTCTAGCAT
CACTGAAGGTCATGTACAACGCAAGAGATCGAACCGGAGAAGAAAACGGATGAGACTATA
AGTTAAAAACCAGAGGATTCTTGGTTAGCTAAAAGTCCAGCCTTTTGGGGGTAGGCTAGG
TGTAAACACATTTTTCATTACTTCGTATTAACGTGTGGCCTGATTTGGACGTGAGTATTT
GTTGGAGACTAGCCAACAATTATTTTTATTTACTTTTTTTAAGTTTGGTGTGAATTTAAG
AGATGCTTTATGATTCTTTTTTTTTTGTC


BQ
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AF RR1AI28TF U 1
AF RR1AI28JQ C 284
BS 1 790 RR1AI28TF
BS 791 869 RR1AI28JQ

RD RR1AI28TF 790 0 0
GGAACAAAACCAATCATCATACTCTGATCTAATGTCGTCGAACAACACTATCCCCTCCGT
CGCTAATCCACCAGACCCTGTGTTTCCCTTCACCCCAGCAAACACTACAACTTCATCTCC
CTCTCCGCCTCCCCCCATAAAACCTGATATAAACCCTCCGTTCCCCGCGGCGCGGACAAG
CGACAGAGGCTTGCCGCCAGGAGTGTTAGCTGGCTTGATCACCGGAGCAGTTCTCGGAGC
AACGTTTGTTTTGATCGGAGTTTGTGTCTTCGTCTGTTTCTACAAAAGGAAAAAGAGGAA
GCTGAAGAGAAGAAAAGATGCTAGCGTCCGTCACTCGGCCAAACGCCGCCCAAAAATGAG
CCAGATAGTTCGAGCATTTGAAGGAAACCTATCTCTAGATGACTTAACGGAAGGAGTCAC
TCCAGGTCACAGCACTATCTACAGTTTAGATGGGAGCTCGGATTACAGCTCAACACAATA
TAAAGAGGACTTGAAGAAGTTCAAGAAAATGGCACTTGAAAGCCAGACGTTTGGTAGCAG
CGAATGTAGCGGTTTGACCACCAGTGACAACGGTCAGAACCCATCAGGCTCCTCTAGCAT
CACTGAAGGTCATGTACAACGCAAGAGATCGAACCGGAGAAGAAAACGGATGAGACTATA
AGTTAAAAACCAGAGGATTCTTGGTTAGCTAAAAGTCCAGCCTTTTGGGGGTAGGCTAGG
TGTAAACACATTTTTCATTACTTCGTATTAACGTGTGGCCTGATTTGGACGTGAGTATTT
GTTGGAGACT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1AI28JQ 586 0 0
AAAAGGAAAAAGAGGAAGCTGAAGAGAAGAAAAGATGCTAGCGTCCGTCATTCGGCCAAA
CGCCGCCCAAAAATGAGCCAGATAGTTCGAGCATTTGAAGGAAACCTATCTCTAGATGAC
TTAACGGAAGGAGTCACTCCAGGTCACAGCACTATCTACAGTTTAGATGGGAGCTCGGAT
TACAGCTCAACACAATATAAAGAGGACTTGAAGAAGTTCAAGAAAATGGCACTTGAAAGC
CAGACGTTTGGTAGCAGCGAATGTAGCGGTTTGACCACCAGTGACAACGGTCAGAACCCA
TCAGGCTCCTCTAGCATCACTGAAGGTCATGTACAACGCAAGAGATCGAACCGGAGAAGA
AAACGGATGAGACTATAAGTTAAAAACCAGAGGATTCTTGGTTAGCTAAAAGTCCAGCCT
TTTGGGGGTAGGCTAGGTGTAAACACATTTTTCATTACTTCGTATTAACGTGTGGCCTGA
TTTGGACGTGAGTATTTGTTGGAGACTAGCCAACAATTATTTTTATTTACTTTTTTTAAG
TTTGGTGTGAATTTAAGAGATGCTTTATGATTCTTTTTTTTTTGTC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL8192Contig1 843 2 2 U
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CGGACGTTGAGAATAAGCCAGAATCGCCGTTTCCGGTTAAGAGGAAACCGGATCTCTGTT
GCCAAGAGCAGGATAATATGGCAAACAAGGCTCAGAAGCTTAATCCTTGGTCGAGTTCGG
CCGATTCTGAATCCGGAGGCGAGGGAGTTAGTGGAAACTGCGTCGAGAATCTGAATTCTT
CTTCTACTACCGATGGAAAAATCGGGACAGAAGAGGAAGCTGCTGGTTCTGTATCGGAGA
AGGATGGGAATGTCGTCTCCCCCGGCGATATCGTAGTTGAAGAGAAGCAAGAAGTCGGAG
TTCGAGAGGAAGAGGAAGATGATAGGAAAGGTAAAGGCTTCTCGAGAGAGGACAAGGGAA
AAGGAAAATTGATCGAATTTGATGAGAGTGACGATAGTGATGATGATGACGAAGACGGTG
ATGAGTACGACGAAAGCGAGTTGTCCGACGATGCATTGGCGGAGGTGGATTTGGATAACA
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GTGGCGGCGTTGATTGCAGCGATGATAGTGACGCTTAAACCTTATAGCTATATGATATAA
TGAAGGGTAGTAGTGTTAAGAAATCTTGTCTTAGTTCCTTTAGTTCTAGAGGGAGTTCCG
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ATCTATAATGTTATTATTGCAATGTAAAAGATCTAGTAACCAGAACAAACAATCTTTTAG
GCC


BQ
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10 10 10 

AF RR1DJ11TF U 1
AF RR1DJ11JQ C 342
BS 1 455 RR1DJ11TF
BS 456 843 RR1DJ11JQ

RD RR1DJ11TF 455 0 0
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CGGACGTTGAGAATAAGCCAGAATCGCCGTTTCCGGTTAAGAGGAAACCGGATCTCTGTT
GCCAAGAGCAGGATAATATGGCAAACAAGGCTCAGAAGCTTAATCCTTGGTCGAGTTCGG
CCGATTCTGAATCCGGAGGCGAGGGAGTTAGTGGAAACTGCGTCGAGAATCTGAATTCTT
CTTCTACTACCGATGGAAAAATCGGGACAGAAGAGGAAGCTGCTGGTTCTGTATCGGAGA
AGGATGGGAATGTCGTCTCCCCCGGCGATATCGTAGTTGAAGAGAAGCAAGAAGTCGGAG
TTCGAGAGGAAGAGGAAGATGATAGGAAAGGTAAAGGCTTCTCGAGAGAGGACAAGGGAA
AAGGAAAATTGATCGAATTTGATGAGAGTGACGAT

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR1DJ11JQ 502 0 0
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TCGAGAGAGGACAAGGGAAAAGGAAAATTGATCGAATTTGATGAGAGTGACGATAGTGAT
GATGATGACGAAGACGGTGATGAGTACGACGAAAGCGAGTTGTCCGACGATGCATTGGCG
GAGGTGGATTTGGATAACATCCTCCAGTCCAGGACTAGGAGGAGATCGATCCAGCCTGGT
GTCTACTTCTCCAATGACCGTGGCGGCGTTGATTGCAGCGATGATAGTGACGCTTAAACC
TTATAGCTATATGATATAATGAAGGGTAGTAGTGTTAAGAAATCTTGTCTTAGTTCCTTT
AGTTCTAGAGGGAGTTCCGTCTCTGTTCAGTGAATTATTTGGTCGTAATCTAATGTTTCC
AACGCTTGGACCAAAGTGAATCTATAATGTTATTATTGCAATGTAAAAGATCTAGTAACC
AGAACAAACAATCTTTTAGGCC

QA 1 502 1 502
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8194Contig1 710 2 2 U
GATGTGCATTCGCGCAAGTGTGATAATCGGGGTTTGGATGCTACATCAAGATGAGCTTAT
TTCCTTTTACATGGTTCAACTAGGTGTTTGTGGATCTCAATGACTAGAGTGACCTTTAGT
TGTAAAAGCATTAGGCTCGCTTGCCACAATCAAATTTCATGCATAAATATTGCTAAAAAA
AACTTTTGAAGACTATTTCAATGTGATTCAGTGGACTACCATATTTAATCAAAACTCAAC
AACTCAAAAATAAAACAAAGACAAAGACGAACGGCGGACCGTATGAGTGCAACAACTACA
ATTATGGAGTGGGAAGCTTCTTTGCTTGATTAATCTTTCTATATGGTCAACGAATATATA
CTCATCTTGATGACCAAGTCCAATCGTAAAAGTAGGGGTCTTATATCTGACTCATTCTTC
AGCTGAACACAGTATTTGAACACAATATACAATCATACCATTACTGATTAATGTGATGAT
TCAAACTTATGATTATTCAATTCCTAACAATTAGCTTTAACGATGTTGCCAGCACAAGAC
TATAGTAGTAGTTGGAATTCGTGAACGACGATAAAATATCAAAACATGTTTGTGAATAGA
AATATATACACATATATATTATTTTATTTTATTTTGACTAAGAAATATAAAATTTTGTTT
GCTTCTAGTTACTGAAATCATGTATTATATAGAATTCAGATCAGTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DC86TF U 1
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AACTCAAAAATAAAACAAAGACAAAGACGAACGGCGGACCGTATGAGTGCAACAACTACA
ATTATGGAGTGGGAAGCTTCTTTGCTTGATTAATCTTTCTATATGGTCAACGAATATATA
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TCAAACTTATGATTATTCAATTCCTAACAATTAGCTTTAACGATGTTGCCAGCACAAGAC
TATAGTAGTAGTTGGAATTCGTGAACGACGATAAAATATCAAAACATGTTTGTGAATAGA
AATAT

QA 1 605 1 605
DS 

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AGACTATTTCAATGTGATTCAGTGGACTACCATATTTAATCAAAACTCAACAACTCAAAA
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TGGGAAGCTTCTTTGCTTGATTAATCTTTCTATATGGTCAACGAATATATACTCATCTTG
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TGATTATTCAATTCCTAACAATTAGCTTTAACGATGTTGCCAGCACAAGACTATAGTAGT
AGTTGGAATTCGTGAACGACGATAAAATATCAAAACATGTTTGTGAATAGAAATATATAC
ACATATATATTATTTTATTTTATTTTGACTAAGAAATATAAAATTTTGTTTGCTTCTAGT
TACTGAAATCATGTATTATATAGAATTCAGATCAGTGTTTC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

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TTCGACAAAGAACAAACACCTGAGTAGCATAACTGCAAAGAAGGCCGTGATGCCGAACCT
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BQ
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AF RR1FN40JQ U 7
AF RR1FN40TF C 1
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RD RR1FN40JQ 545 0 0
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GTCCATCGTGCAAGAGAGATGATAGATTGAGATTCCTCCGGCAAGCAATGAAAAAGTCGA
GATGAGAACATCCATGGTAGGATAGTTAAAAGGAACATAAAACATGAATGACAATATGAT
CAAGGATGTCACAAATCTGATACATTTTAGAACCGGGGAATTGGGGCTGGGACGTTCGAC
AAAGAACAAACACCTGAGTAGCATAACTGCAAAGAAGGCCGTGATGCCGAACCTGATGGG
ATAAAACAAGACTTGTTTCC*ATATATCAACAAGCCAAAGCAGGAGAAGATTGTCAAGGC
CTACC

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1FN40TF 717 0 0
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AGCAAAGTCGACGGCTAAATAACCATTAGCAAAGCCAAGAAAAAGGAGTAGAAGAGCATG
TCCAATGTCCATCGTGCAAGAGAGATGATAGATTGAGATTCCTCCGGCAAGCAATGAAAA
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TATGATCAAGGATGTCACAAATCTGATACATTTTAGAACCGGGGAATTGGGGCTGGGACG
TTCGACAAAGAACAAACACCTGAGTAGCATAACTGCAAAGAAGGCCGTGATGCCGAACCT
GATGGGATAAAACAAGACTTGTTTCCCATATATCAACAAGCCAAAGCAGGAGAAGATTGT
CAAGGCCTACCAAATCCCACGTGTGAATACACGAAAACCCATCAATCTCTCCTTCTCCAA
AGTCTCCCACATAGCCGTCGTAACACAAAGGGGTTCGGTGCTTTCATCTTCTTGTGTTTT
TGTGGTCAAAGGCATTTTTGTTGGTAAAGACATTTTTGTTTTGTTTTGTTGAGATCC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL8196Contig1 747 2 14 U
GGAAAGACAAAAAACTCTCTTTCGGCTTCCTTCTTGTCTGAATCATCTTGAGAGCAGTAG
AAAACGATATGGAAGGATTAATCAAAGGTTTAGCCGATGTTGCTTTCGGAGGAGACGAAC
GTCGCGGAGGAGATGATCAAAGGGACGAGAGACCCAGATCCACTTGGGCTAATGTGGTTT
CCGGTGAGGACGATGATCATAACCGCGCGGGAGGATCGGTGCCATCGCCGCATGATCGAC
GCCAAAATCCAGAGGAGAATCAATGGGAGAAGAAGGGAGAAAGAATGTCCACAAGACATT
CACATAAGGAAGAGAATGAGTATGCGGCTCAAGTAACCGAGCAACAAGACTCCTCGGAGA
ACCAGAAAGAAGACAACGACGGTTGGGAAACCGTGGGGAAAAAGAAACCTTCAAGACAAC
CACATAAGGTCAAGAAGGAGCAGTGGCAAGGCTACAAATGCCCAGCGAGCGAACAACACT
ACTCAGACGACTCTGAAACACACGGAGACCTAGAGCCCTCACAGCTAGAGCTCTCAGGTC
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GGCTACTCTTCTCTTGGGTGAGCGACGAGGTCTTCAGAAAACCGACGTTCGCTAGGTTCT
GCTCGTTGCTCGACAACTACACCCGCA


BQ
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AF RR1DN36TF U 1
AF RR1D158TF U 34
BS 1 64 RR1DN36TF
BS 65 65 RR1D158TF
BS 66 155 RR1DN36TF
BS 156 156 RR1D158TF
BS 157 181 RR1DN36TF
BS 182 182 RR1D158TF
BS 183 283 RR1DN36TF
BS 284 284 RR1D158TF
BS 285 325 RR1DN36TF
BS 326 326 RR1D158TF
BS 327 360 RR1DN36TF
BS 361 361 RR1D158TF
BS 362 493 RR1DN36TF
BS 494 747 RR1D158TF

RD RR1DN36TF 493 0 0
GGAAAGACAAAAAACTCTCTTTCGGCTTCCTTCTTGTCTGAATCATCTTGAGAGCAGTAG
AAAA*GATATGGAAGGATTAATCAAAGGTTTAGCCGATGTTGCTTTCGGAGGAGACGAAC
GTCGCGGAGGAGATGATCAAAGGGACGAGAGACCCCGATCCACTTGGGCTAATGTGGTTT
CTGGTGAGGACGATGATCATAACCGCGCGGGAGGATCGGTGCCATCGCCGCATGATCGAC
GCCAAAATCCAGAGGAGAATCAATGGGAGAAGAAGGGAGAAAGGATGTCCACAAGACATT
CACATAAGGAAGAGAATGAGTATGCTGCTCAAGTAACCGAGCAACAAGACTCCTCGGAGA
GCCAGAAAGAAGACAACGACGGTTGGGAAACCGTGGGGAAAAAGAAACCTTCAAGACAAC
CACATAAGGTCAAGAAGGAGCAGTGGCAAGGCTACAAATGCCCAGCGAGCGAACAACACT
ACTCAGACGACTC

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR1D158TF 714 0 0
GG
GTCTGAATCATTTTGAGAGCAGTAGAAAACGATATGGAAGGATTAATCAAAGGTTTAGCC
GATGTTGCTTTCGGAGGAGACGAACGTCGCGGAGGAGATGATCAAAGGGACGAGAGACCC
AGATCGACTTGGGCTAATGTGGTTTCCGGTGAGGACGATGATCATAACCGCGCGGGAGGA
TCGGTGCCGTCGCCGCATGATCGACGCCAAAATCCAGAGGATAATCAATGGGAGAGGAAG
GGAGAAAGAATGTCCACAAGACATTCACATCAGGAAGAGAATGAGTATGCGGCTCAAGTA
ACCGAGCAACAAGACTCCTCGGAGAACCAGAAAGAAGACAATGACGGTTGGGAAACCGTG
GGGAAAAAGAAACCTTCAAGACAATCACATAAGGTCAAGAAGGAGCAGTGGCAAGGCTAC
AAATGCCCAGCGAGTGAACAACACTACTCAGACGACTCTGAAACACACGGAGACCTAGAG
CCCTCACAGCTAGAGCTCTCAGGTCTCTCAGAAGCTTGCAACAAACTCTGGGAGCTCGAC
TCAAACCGCCTCGTCCCCGGAAACGATTACCAGATCGACTGCGGAGATGGGAAAAGAGTC
CACGAGAGATCAGACATGGCTGAAGGGCTACTCTTCTCTTGGGTGAGCGACGAGGTCTTC
AGAAAACCGACGTTCGCTAGGTTCTGCTCGTTGCTCGACAACTACACCCGCA

QA 3 714 3 714
DS 



AS 1 2

CO CL8197Contig1 555 2 2 U
GAATATCAAGTAAAGACAGCATACAAATCAAACTAGATTCTAAAAAAAAAACAAATAGGG
AACACTTTAAAATGACATTGTATTCTCTCATGAAGAAAGACAGCTAAGAAGACAAGTAGG
GGAAAGATAATACTAAAGATCACCACCACAAATGAAAGAGACTTGAATTCTCTAACTCCA
CCAGCAAACTCTAGGCAACAATTCATGACCTGCGTAGCTCTGCTTCGCCGTGTGCAAAGT
GACATCTATCACCAAATGTACAGTTTCCTTTCGAAAATCTCTCACACATCTTCGTCTTGA
AGTTGCTCCCTGGATGCGGTTTCCCTTCCGAACCAAGGCCCCCGCCGCCGCCGCCAACAC
CAGGTGGTCTCCTAGATGCCGAATTAAGCCTCCCAATCAGCTCTCTAACCATTGCGCTCG
CTTCGTTAATCTGCTCAAAGGTTCCTTCAAGCTCAATGTTTTTCAGGTTCGGATCTCTCT
CGTGATCTTGTATCGATAACTTTGCTCCTGTCTGACGACATATCTGTTTCGAACTGACTC
CACCTTTTCCAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FS56TF C 1
AF RR1FS56JQ U 21
BS 1 20 RR1FS56TF
BS 21 555 RR1FS56JQ

RD RR1FS56TF 555 0 0
GAATATCAAGTAAAGACAGCATACAAATCAAACTAGATTCTAAAAAAAAAACAAATAGGG
AACACTTTAAAATGACATTGTATTCTCTCATGAAGAAAGACAGCTAAGAAGACAAGTAGG
GGAAAGATAATACTAAAGATCACCACCACAAATGAAAGAGACTTGAATTCTCTAACTCCA
CCAGCAAACTCTAGGCAACAATTCATGACCTGCGTAGCTCTGCTTCGCCGTGTGCAAAGT
GACATCTATCACCAAATGTACAGTTTCCTTTCGAAAATCTCTCACACATCTTCGTCTTGA
AGTTGCTCCCTGGATGCGGTTTCCCTTCCGAACCAAGGCCCCCGCCGCCGCCGCCAACAC
CAGGTGGTCTCCTAGATGCCGAATTAAGCCTCCCAATCAGCTCTCTAACCATTGCGCTCG
CTTCGTTAATCTGCTCAAAGGTTCCTTCAAGCTCAATGTTTTTCAGGTTCGGATCTCTCT
CGTGATCTTGTATCGATAACTTTGCTCCTGTCTGACGACATATCTGTTTCGAACTGACTC
CACCTTTTCCAATGC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1FS56JQ 535 0 0
ATACAAATCAAACTAGATTCTAAAAAAAAAACAAATAGGGAACACTTTAAAATGACATTG
TATTCTCTCATGAAGAAAGACAGCTAAGAAGACAAGTAGGGGAAAGATAATACTAAAGAT
CACCACCACAAATGAAAGAGACTTGAATTCTCTAACTCCACCAGCAAACTCTAGGCAACA
ATTCATGACCTGCGTAGCTCTGCTTCGCCGTGTGCAAAGTGACATCTATCACCAAATGTA
CAGTTTCCTTTCGAAAATCTCTCACACATCTTCGTCTTGAAGTTGCTCCCTGGATGCGGT
TTCCCTTCCGAACCAAGGCCCCCGCCGCCGCCGCCAACACCAGGTGGTCTCCTAGATGCC
GAATTAAGCCTCCCAATCAGCTCTCTAACCATTGCGCTCGCTTCGTTAATCTGCTCAAAG
GTTCCTTCAAGCTCAATGTTTTTCAGGTTCGGATCTCTCTCGTGATCTTGTATCGATAAC
TTTGCTCCTGTCTGACGACATATCTGTTTCGAACTGACTCCACCTTTTCCAATGC

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 2

CO CL8198Contig1 813 2 5 U
GGGAAGAAGACGATGGCGTCAATGTCTCTCTCGTTTTCTTCTTCGCTATGCTCATCTCGA
ATCCCCGGAGAAAAACGCAGATTCCACCAGAGGGAAACAAACCTCGTGCGATGCGTTCTC
GCCGCTTCTAAATCACCTCCGGGAGGCGCCGCGACGAAGAAGAGGCTCTGGAAGGAAGGA
GAGTCCCCCGGAATCACGGAGCCTGCTAACACTAGAAGAACCCCGATGAAGAACGTGAAG
AAGAAGCTCGACAGGAGGAGCAAAGCCAACGGGTGGGTTAACACCGTAACCGAGACCTTA
TCCGATCTCATCGCCAAAAAGCAGTGGCTAAAAGCTCTCGAGGTGTTTGAGATGTTGAAG
GAGCAGCCGTTTTATCAACCAAAGGAAGGGACTTACATGAAGCTTCTCGTTCTTTTGGGG
AAATGTGGACAACCGAACCGTGCACAGAAGGTGTTCGACGAAATGCTTGAAGAAGGACTC
GAACCAACCGCTGAGCTCTACACTGCTCTACTCGGTGCTTATTGTAGGAGTAACCTTATA
GACGAGGCTTTCTCAGTTCTTGAACGGATGAAAGCCTTTCCTCAGTGTCAACCTGATGTT
TACACATACAGCACTCTGCTGAAGGTGTGTGTGGACGCGTCTCTGTTCGACTTGGTTGAG
TCTTTGTATAGAGAGATGGACGAGCGTTTGATCACTCCGAACACTGTGACTCAGAACATA
GTTTTGAGCGGGTACGGAGGGTTGGAAGTTTGATCAGATGGAGAAAGTCTGTCTGATATG
CTGGTGAGTACGAGTGTAGCCGATGTGTGGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H323TF U 18
AF RR1H216TF U 1
BS 1 135 RR1H216TF
BS 136 136 RR1H323TF
BS 137 146 RR1H216TF
BS 147 147 RR1H323TF
BS 148 813 RR1H216TF

RD RR1H323TF 556 0 0
GTCAATGTCTCTCTCGTTTTCTTCTTCGCTATGCTCATCTCGAATCCCCGGAGAAAAACG
CAGATTCCACCAGAGGGAAACAAACCTCGTGCGATGCGTTCTCGCCGCTTCTAAATCACC
TCCGGGAGGCGCCGCGACGAAGAAGAGGCTCTGGAAGGAAGGAGAGTTCCCCGGAATCAC
GGAGCCTGCTAACACTAGAAGAACCCCGATGAAGAACGTGAAGAAGAAGCTCGACAGGAG
GAGCAAAGCCCACGGGTGGGTTAACACCGTAACCGAGACCTTATCCGATCTCATCGCCAA
AAAGCAGTGGCTAAAAGCTCTCGAGGTGTTTGAGATGTTGAAGGAGCAGCCGTTTTATCA
ACCAAAGGAAGGGACTTACATGAAGCTTCTCGTTCTTTTGGGGAAATGTGGACAACCTAA
CCGTGCACAGAAGGTGTTCGACGAAATGCTTGAAGAAGGACTCGAACCAACCGCTGAGCT
CTACACTGCTCTACTCGGTGCTTATTGTAGGAGTAACCTTATAGACGAGGCTTTCTCAGT
TCTTGAACGGATGAAA

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1H216TF 813 0 0
GGGAAGAAGACGATGGCGTCAATGTCTCTCTCGTTTTCTTCTTCGCTATGCTCATCTCGA
ATCCCCGGAGAAAAACGCAGATTCCACCAGAGGGAAACAAACCTCGTGCGATGCGTTCTC
GCCGCTTCTAAATCATCTCCGGGAGGTGCCGCGACGAAGAAGAGGCTCTGGAAGGAAGGA
GAGTCCCCCGGAATCACGGAGCCTGCTAACACTAGAAGAACCCCGATGAAGAACGTGAAG
AAGAAGCTCGACAGGAGGAGCAAAGCCAACGGGTGGGTTAACACCGTAACCGAGACCTTA
TCCGATCTCATCGCCAAAAAGCAGTGGCTAAAAGCTCTCGAGGTGTTTGAGATGTTGAAG
GAGCAGCCGTTTTATCAACCAAAGGAAGGGACTTACATGAAGCTTCTCGTTCTTTTGGGG
AAATGTGGACAACCGAACCGTGCACAGAAGGTGTTCGACGAAATGCTTGAAGAAGGACTC
GAACCAACCGCTGAGCTCTACACTGCTCTACTCGGTGCTTATTGTAGGAGTAACCTTATA
GACGAGGCTTTCTCAGTTCTTGAACGGATGAAAGCCTTTCCTCAGTGTCAACCTGATGTT
TACACATACAGCACTCTGCTGAAGGTGTGTGTGGACGCGTCTCTGTTCGACTTGGTTGAG
TCTTTGTATAGAGAGATGGACGAGCGTTTGATCACTCCGAACACTGTGACTCAGAACATA
GTTTTGAGCGGGTACGGAGGGTTGGAAGTTTGATCAGATGGAGAAAGTCTGTCTGATATG
CTGGTGAGTACGAGTGTAGCCGATGTGTGGACG

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL8199Contig1 966 2 2 U
GCTACGAGTTCTTTAAGAAGTACTACTCTGATCTCGCTGGACCTGAGTTCGCCGCCAAAT
ACAAGACCCTCATCTACCTTGCTGGTTCCGCCTCTGCTGAGGTTATCGCCGATATCGCAC
TCTGCCCGTTTGAAGCTGTTAAGGTCCGTGTTCAGACACAGCCTGGATTTGCCAGGGGAA
TGTCTGATGGGTTTCCTAAGTTTGTCAAGTCCGAAGGATACGGAGGCTTGTACAAGGGTC
TTGCTCCACTCTGGGGACGTCAGATTCCTTACACGATGATGAAGTTTGCTTCGTTTGAGA
CCATCGTGGAGATGATCTACAAGTACGCAACCCCCAACCCAAAACACGAGTGCAGCAAAG
GTCTGCAGCTTGGTGTGAGTTTTGCAGGAGGTTATGTTGCTGGAGTGTTCTGTGCAATTG
TCTCCCATCCTGCAGATAATCTAGTGTCGTTCCCCAACAACGCTAAGGGAGCAACCGTTG
GAGATGCGGTGAAGAAGATAGGAATGGTGGGACTGTTCACAAGAGGACTTCCTCTAAGAA
TTGTGATGATAGGAACATTGACTGGAGCACAATGGGGTTTATACGATGCCTCAAAGTGTT
TGTTGGCCTGCCAACTACCGGTGGTGTTGCTCCAGTCCCTGCCATCGCAGCAGCTGAAGC
CAAAGCCTAAGACTAAATGATGATGATAAAAAAAAAAAACTTAGGATTTTTTGTTTGAAA
GAATAAAGAGAAACGTATGGCAGTGAGGAAGAGTAAGCTCATCCTCCGGATTCCAACTTG
ATTTTTTTTGGAAATTTGTGTTCTTGAATTAACTATAGTGCTCTCTCTTTTCACAATATT
ACTCTCTATTTCGGTTTGTGTGATGTAATCTTAAAAGATGAGAGGGACACAGGAAGATCG
AGAGTGTGGGCACACCCACTTACTACTTCTGTTATTTTTCGTTTAAAAAAATCTGTTTTG
GTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK14TF U 1
AF RR1FK14JQ C 151
BS 1 686 RR1FK14TF
BS 687 966 RR1FK14JQ

RD RR1FK14TF 686 0 0
GCTACGAGTTCTTTAAGAAGTACTACTCTGATCTCGCTGGACCTGAGTTCGCCGCCAAAT
ACAAGACCCTCATCTACCTTGCTGGTTCCGCCTCTGCTGAGGTTATCGCCGATATCGCAC
TCTGCCCGTTTGAAGCTGTTAAGGTCCGTGTTCAGACACAGCCTGGATTTGCCAGGGGAA
TGTCTGATGGGTTTCCTAAGTTTGTCAAGTCCGAAGGATACGGAGGCTTGTACAAGGGTC
TTGCTCCACTCTGGGGACGTCAGATTCCTTACACGATGATGAAGTTTGCTTCGTTTGAGA
CCATCGTGGAGATGATCTACAAGTACGCAACCCCCAACCCAAAACACGAGTGCAGCAAAG
GTCTGCAGCTTGGTGTGAGTTTTGCAGGAGGTTATGTTGCTGGAGTGTTCTGTGCAATTG
TCTCCCATCCTGCAGATAATCTAGTGTCGTTCCCCAACAACGCTAAGGGAGCAACCGTTG
GAGATGCGGTGAAGAAGATAGGAATGGTGGGACTGTTCACAAGAGGACTTCCTCTAAGAA
TTGTGATGATAGGAACATTGACTGGAGCACAATGGGGTTTATACGATGCCTCAAAGTGTT
TGTTGGCCTGCCAACTACCGGTGGTGTTGCTCCAGTCCCTGCCATCGCAGCAGCTGAAGC
CAAAGCCTAAGACTAAATGATGATGA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1FK14JQ 816 0 0
TTCAGACACAGCCTGGATTTGCCAGGGGAATGTCTGATGGGTTTCCTAAGTTTGTCAAGT
CCGAAGGATACGGAGGCTTGTACAAGGGTCTTGCTCCACTCTGGGGACGTCAGATTCCTT
ACACGATGATGAAGTTTGCTTCGTTTGAGACCATCGTGGAGATGATCTACAAGTACGCAA
CCCCCAACCCAAAACACGAGTGCAGCAAAGGTCTGCAGCTTGGTGTGAGTTTTGCAGGAG
GTTATGTTGCTGGAGTGTTCTGTGCAATTGTCTCCCATCCTGCAGATAATCTAGTGTCGT
TCCCCAACAACGCTAAGGGAGCAACCGTTGGAGATGCGGTGAAGAAGATAGGAATGGTGG
GACTGTTCACAAGAGGACTTCCTCTAAGAATTGTGATGATAGGAACATTGACTGGAGCAC
AATGGGGTTTATACGATGCCTCAAAGTGTTTGTTGGCCTGCCAACTACCGGTGGTGTTGC
TCCAGTCCCTGCCATCGCAGCAGCTGAAGCCAAAGCCTAAGACTAAATGATGATGATAAA
AAAAAAAAACTTAGGATTTTTTGTTTGAAAGAATAAAGAGAAACGTATGGCAGTGAGGAA
GAGTAAGCTCATCCTCCGGATTCCAACTTGATTTTTTTTGGAAATTTGTGTTCTTGAATT
AACTATAGTGCTCTCTCTTTTCACAATATTACTCTCTATTTCGGTTTGTGTGATGTAATC
TTAAAAGATGAGAGGGACACAGGAAGATCGAGAGTGTGGGCACACCCACTTACTACTTCT
GTTATTTTTCGTTTAAAAAAATCTGTTTTGGTTGAC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL8200Contig1 900 2 2 U
GGATTGTTTGATTCTCTTCTCTCTCTCTCTCCGTGGAGATTTCTTTGGTAATGTTTTCTT
CCTCAATGTTCTTCGATCAATCGCTTAAGCATTGATGGATGTTCTTCGTCTTGCACCTAC
TCGATTAACAAAAGATCGTACTTTCCGATCCTGTGCATATTTTAATCGAAAGTTCTTAAC
TTTTCGATACGCTTTTTTTCTCACTTTTCAAAGATTTCAATTTATTTATTTACGATCGTG
TGATTCTGTGTTTGTTTCATTTTCTCTTTCTTCTTCGATGAACTCGAGGAACTCTGTTAT
ATATATGAAACGATGATCTCTCTAAAACGACGCCGTATCTTGACTCTGCGTTGATACCAC
TGCTTGTGGCTGACAAGGACCTCCGATGGGCTCAGAGGCGGATTTTGCTTCTCCGCCGGG
GCTCTACCTGTTCGTTTGGTATTACGTTGGGAGATTACGCTAATCACGGTGGTGGTTGTT
ACGATGACGGCGGGGACGGCGACCATGACGGCGAATACGACGATTCGTATGATCTCGACG
AGGAGATGGTGCCGCGTAGCGTGTGTAAGAAGCTGGGGAGGCAGAGGATGAGGAAGCTCG
GGAAACGAGCGATCGCCAAGGTCTTGACCTCGAAGACGAAGACGACGTCGTCTCCGTATT
CGCACTTGAAGCCTGGTTGCATCCGCGGGAAGAATGGTCTCGGCCTCAAGTTCAAGCGCT
GATTCATTGATTCCCAAGTTTCGTGTGCTCGATGCTTTCTACAATAATCAAAGAACCATA
GTCTTAGTCTTGGATGATGGTTTAGTACGTCTCCGCTTTAGATTTCATCAAGTTTATTGA
TGTGTAAATGGTAGTTCAATTGCTTTGATCCTTTAATTCGAAGTAAGTCCGATTCCTCGG


BQ
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AF RR1GO45TF U 1
AF RR1GO45JQ C 198
BS 1 585 RR1GO45TF
BS 586 900 RR1GO45JQ

RD RR1GO45TF 587 0 0
GGATTGTTTGATTCTCTTCTCTCTCTCTCTCCGTGGAGATTTCTTTGGTAATGTTTTCTT
CCTCAATGTTCTTCGATCAATCGCTTAAGCATTGATGGATGTTCTTCGTCTTGCACCTAC
TCGATTAACAAAAGATCGTACTTTCCGATCCTGTGCATATTTTAATCGAAAGTTCTTAAC
TTTTCGATACGCTTTTTTTCTCACTTTTCAAAGATTTCAATTTATTTATTTACGATCGTG
TGATTCTGTGTTTGTTTCATTTTCTCTTTCTTCTTCGATGAACTCGAGGAACTCTGTTAT
ATATATGAAACGATGATCTCTCTAAAACGACGCCGTATCTTGACTCTGCGTTGATACCAC
TGCTTGTGGCTGACAAGGACCTCCGATGGGCTCAGAGGCGGATTTTGCTTCTCCGCCGGG
GCTCTACCTGTTCGTTTGGTATTACGTTGGGAGATTACGCTAATCACGGTGGTGGTTGTT
ACGATGACGGCGGGGACGGCGACCATGACGGCGAATACGACGATTCGTATGATCTCGACG
AGGAGATGGTGCCGCGTAGCGTGTGTAAGAAGCTGGGGAGGCAGA
AG

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1GO45JQ 703 0 0
TTCTCACTTTTCAAAGATTTCAATTTATTTATTTACGATCGTGTGATTCTGTGTTTGTTT
CATTTTCTCTTTCTTCTTCGATGAACTCGAGGAACTCTGTTATATATATGAAACGATGAT
CTCTCTAAAACGACGCCGTATCTTGACTCTGCGTTGATACCACTGCTTGTGGCTGACAAG
GACCTCCGATGGGCTCAGAGGCGGATTTTGCTTCTCCGCCGGGGCTCTACCTGTTCGTTT
GGTATTACGTTGGGAGATTACGCTAATCACGGTGGTGGTTGTTACGATGACGGCGGGGAC
GGCGACCATGACGGCGAATACGACGATTCGTATGATCTCGACGAGGAGATGGTGCCGCGT
AGCGTGTGTAAGAAGCTGGGGAGGCAGAGGATGAGGAAGCTCGGGAAACGAGCGATCGCC
AAGGTCTTGACCTCGAAGACGAAGACGACGTCGTCTCCGTATTCGCACTTGAAGCCTGGT
TGCATCCGCGGGAAGAATGGTCTCGGCCTCAAGTTCAAGCGCTGATTCATTGATTCCCAA
GTTTCGTGTGCTCGATGCTTTCTACAATAATCAAAGAACCATAGTCTTAGTCTTGGATGA
TGGTTTAGTACGTCTCCGCTTTAGATTTCATCAAGTTTATTGATGTGTAAATGGTAGTTC
AATTGCTTTGATCCTTTAATTCGAAGTAAGTCCGATTCCTCGG

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL8201Contig1 1015 2 4 U
GTGGACAGGGGAGGAACGGCTTTTGACGGTGATGAGGATGAGAAGGAGTCCAGTGGTGGA
AGCGGATGGGTTAATAGGCTTTTGAGTATGTGTTCGGAGGATGCTAAGGCTGCTTTCACG
GCGGTTACCGTGTCTCTGCTTTTCCGATCTGCTCTCGCCGAGCCCAAGTCGATTCCTTCC
GCGTCTATGTACCCTACCCTTGACGTGGGTGATCGTGTTATGGCCGAGAAGGTCTCGTAC
ATTTTCAGGAAGCCGGAGGTTTCGGAGATTGTGATCTTCAAGACTCCTCCAATCTTGGTG
GAACATGGTTACAGTTCCAATGATGTTTACATTAAGAGGATAGTGGCAAGTGAAGGTGAC
TGGGTTGAAGTTCGTGATGGGAAGCTCCTTGTGAATGAGAATGTGCAAGAAGAAGATTTT
GTCTTGGAGCCAATGTCCTATAAAATGGAACCAATGTTTGTCCCCAAAGGTAATGTCTTC
GTCCTCGGAGACAACCGCAACAAAAGCTTTGATTCTCATAACTGGGGTCCACTCCCGATA
GAGAACGTTCTTGGAAGATCTGTGTTCCGGTACTGGCCACCGAGCAAAGTATCAGACACC
ATATACCACGACCAAGCTGTGGCAAAGGGATCTGTTACTGTTTCATGACAAAATAAAAAG
CTGGATGCTTTCTTAAGATTAAGCACATGATTGTGCAAAACCAGTCTGGTCAGGAATTGA
AAACTCAAAAACATTATGTAGCCGCAGCTACATGATGTTGGTTATGGATCGTATCATCTG
GTTGCCGCTGAAAGGTGGGAAGCCGGATAAATTATGTGTAGAAAAAAGGAATGGAAGGTG
CAAACTGTAGAAGGTTTTTTTGCTAATAATTGTTGTGTGTGTTTAAAGCTTTAATGTTAA
GGCAATTATTGTCACAAGGTTTTTGTTGTTGTTGTATTATTTCTGTGTTTATGTGTAACA
ATCCTGTAAACCTTTGTTGTTGTTAAGTAATAAAACCCAATATGGGATAATTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ET21TF U 1
AF RR1ET21JQ C 251
BS 1 715 RR1ET21TF
BS 716 716 RR1ET21JQ
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BS 726 1015 RR1ET21JQ

RD RR1ET21TF 725 0 0
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GCGGTTACCGTGTCTCTGCTTTTCCGATCTGCTCTCGCCGAGCCCAAGTCGATTCCTTCC
GCGTCTATGTACCCTACCCTTGACGTGGGTGATCGTGTTATGGCCGAGAAGGTCTCGTAC
ATTTTCAGGAAGCCGGAGGTTTCGGAGATTGTGATCTTCAAGACTCCTCCAATCTTGGTG
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GTCTTGGAGCCAATGTCCTATAAAATGGAACCAATGTTTGTCCCCAAAGGTAATGTCTTC
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GAGAACGTTCTTGGAAGATCTGTGTTCCGGTACTGGCCACCGAGCAAAGTATCAGACACC
ATATACCACGACCAAGCTGTGGCAAAGGGATCTGTTACTGTTTCATGACAAAATAAAAAG
CTGGATGCTTTCTTAAGATTAAGCACATGATTGTGCAAAACCAGTCTGGTCAGGA*TTGA
AAACT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1ET21JQ 765 0 0
AAG
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TGTCCTATAAAATGGAACCAATGTTTGTCCCCAAAGGTAATGTCTTCGTCCTCGGAGACA
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GAAGATCTGTGTTCCGGTACTGGCCACCGAGCAAAGTATCAGACACCATATACCACGACC
AAGCTGTGGCAAAGGGATCTGTTACTGTTTCATGACAAAATAAAAAGCTGGATGCTTTCT
TAAGATTAAGCACATGATTGTGCAAAACCAGTCTGGTCAGGAATTGAAAACTCAAAAACA
TTATGTAGCCGCAGCTACATGATGTTGGTTATGGATCGTATCATCTGGTTGCCGCTGAAA
GGTGGGAAGCCGGATAAATTATGTGTAGAAAAAAGGAATGGAAGGTGCAAACTGTAGAAG
GTTTTTTTGCTAATAATTGTTGTGTGTGTTTAAAGCTTTAATGTTAAGGCAATTATTGTC
ACAAGGTTTTTGTTGTTGTTGTATTATTTCTGTGTTTATGTGTAACAATCCTGTAAACCT
TTGTTGTTGTTAAGTAATAAAACCCAATATGGGATAATTGTT

QA 4 765 4 765
DS 



AS 1 2

CO CL8202Contig1 726 2 6 U
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TGGGAGAAGAAGCGATAGCAAAAGTGTTAGTCTTCTCATTTCCGATCCAAGGCCACATTA
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TTCCGCTCTCTTTCGTCCCCCTCGACGACGGTTTCGAGGAAGGCCACCCGTCAACAGACT
CATCTCCCGAGTACTTTGCAAAGTTGGAAGAAAACGTCTCTCGAAGCCTCTCTCAACTTA
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TCGATGTCTGCCGGAAACATCCGGGGGTCGCTGCGGCGTCGTTTTTCACTCAGTGCTCCA
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GAACCA


BQ
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AF RR1D796TF U 1
AF RR1FT96TF U 3
BS 1 164 RR1D796TF
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RD RR1D796TF 566 0 0
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TGGGAGAAGAAGCGATAGCAAAAGTGTTAGTCTTCTCATTTCCGATCCAAGGCCACATTA
ACCCTCTCCTCCAGTTCTCAAAACGTTTAATCTCCAAAAACGTTTCCGTCACATTCCGCA
CCACTTCATCCACACACAACAACATCATCCGTCGTGCCACCGCCGGAGGAGCCACCGCTC
TTCCGCTCTCTTTCGTCCCCCTCGACGACGGTTTCGAGGAAGGCCACCCGTCAACAGACT
CATCTCCCGAGTACTTTGCAAAGTTGGAAGAAAACGTCTCTCGAAGCCTCTCTCAACTTA
TCTCCTCCATGGAACCTAAACCAAACGCTGTAGTTTACGACTCTTGTACGCCATGGATCC
TCGATGTCTGCCGGAAACATCCGGGGGTCGCTGCGGCGTCGTTTTTCACTCAGTGCTCCA
CCGTGAACGCGATTTACATCCATTTCTTGCGTGGAGAGTTTAAGGAGTTTCAAGACGACG
TCGTCTTGCCTGCGATGCCTCCGTTG

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1FT96TF 724 0 0
GG
ATCTAGAAGAGATAGTGTAAAAAAA**CATTATCAAAAACTTAGGGAAGAACAAGATGGG
AGAAGAAGCGATAGCAAAAGTGTTAGTCTTCTCATTTCCGATCCAAGGCCACATTAACCC
TCTCCTCCAGTTCTCAAAACGTTTAATCTCCAAAAACGTTGCCGTCACATTCCTCACTAC
TTCATCCACACACAACAACATCATCCGCCGTGCCACCGCCGGAGGAGCCACCGCTCTTCC
GCTCTCTTTCGTCCCCCTCGACGACGGTTTCGAGGAAGGCCACCCGTCAACAGACTCATC
TCCCGAGTACTTTGCAAAGTTGGAAGAAAACGTCTCTCGAAGCCTCTCTCAACTTATCTC
CTCCATGGAACCTAAACCAAACGCTGTAGTTTACGACTCTTGTACGCCGTGGATCCTCGA
TGTCTGCCGGAAACATCCGGGGGTCGCTGCGGCGTCGTTTTTCACTCAGTGCTCCACCGT
GAACGCGATTTACATCCATTTCTTGCGTGGAGAGTTTAAGGAGTTTCAAGACGACGTCGT
CTTGCCTGCGATGCCTCCGTTGAAAGGTAGCGACCTGCCGGTGTTTCTGTACGACAATAA
TATATGCCGACCGTTGTTTGAGCTCATTAGTAGCCAGTTTGTGAATGTTGACGACATTGA
CTTCTTCTTGGTTAACTCTTTCGACGAACTCGAAGTTGAGTGCTTGAATGGATGAAGAAC
CA

QA 3 724 3 724
DS 



AS 1 2

CO CL8203Contig1 532 2 1 U
GGCCCCATTTCGTCTCTTTCGCTTACAATCAGAAACTGAAGCGATGATGCCGCCGTCGAC
GCAGTCATTGACCGTCGCAGCAGCGAAGACGCTACTACGCAACCGGATCTTCTCCAGGTC
CGGATCCACATCCGCCGGGCCGAGCCGCTGGGCCACGCCTGGTCACGAGGAACGGCCCAA
GGGCTACTTCATGAACCGCACTCCTCCGCCCCCGGGACAGTCGCGCAAATGGGAGGATTG
GGAGCTTCCTTGCTGCATCACCAGCTTCCTCACGATCGTCATCCTCGGCGTGGGGCCCAA
CGCCAAACCCGATCTCTCGATCGAGACTTGGGCTCATCAGAAAGCCCTGGAACGCCTCGA
GATGGAGAGGCTCGCATCCGGTGATTCGTCGGATTGAGCATCGGGTGCCGGCCCTGATGA
TGCTTGGTCTTCGTTGTTGGCGATCGCGAAGAGTTAGGGCTTTCGTGAAGAGCTTTTGGT
TTCAGTAATCGTTGTTTAGTCAATAATGATGAAATAAAGTGTTCTTTTAACT


BQ
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AF RR1G293JQ C 1
AF RR1G293TF U 1
BS 1 532 RR1G293TF

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GGGCTACTTCATGAACCGCACTCCTCCGCCCCCGGGACAGTCGCGCAAATGGGAGGATTG
GGAGCTTCCTTGCTGCATCACCAGCTTCCTCACGATCGTCATCCTCGGCGTGGGGCCCAA
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TTCAGTAATCGTTGTTTAGTCAATAATGATGAAATAAAGTGTTCTTTTAACT

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1G293TF 532 0 0
GGCCCCATTTCGTCTCTTTCGCTTACAATCAGAAACTGAAGCGATGATGCCGCCGTCGAC
GCAGTCATTGACCGTCGCAGCAGCGAAGACGCTACTACGCAACCGGATCTTCTCCAGGTC
CGGATCCACATCCGCCGGGCCGAGCCGCTGGGCCACGCCTGGTCACGAGGAACGGCCCAA
GGGCTACTTCATGAACCGCACTCCTCCGCCCCCGGGACAGTCGCGCAAATGGGAGGATTG
GGAGCTTCCTTGCTGCATCACCAGCTTCCTCACGATCGTCATCCTCGGCGTGGGGCCCAA
CGCCAAACCCGATCTCTCGATCGAGACTTGGGCTCATCAGAAAGCCCTGGAACGCCTCGA
GATGGAGAGGCTCGCATCCGGTGATTCGTCGGATTGAGCATCGGGTGCCGGCCCTGATGA
TGCTTGGTCTTCGTTGTTGGCGATCGCGAAGAGTTAGGGCTTTCGTGAAGAGCTTTTGGT
TTCAGTAATCGTTGTTTAGTCAATAATGATGAAATAAAGTGTTCTTTTAACT

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 2

CO CL8204Contig1 736 2 6 U
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TGGGGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCACCGGACTTGAGAAAGCCGTCATTCC
TCCCGGCAAAGGCGTCCGATCTGCCCTCGGTCTTAAAGAACAAGGTCTTTCTTCTCAAGA
TTCCCTTTGTTTCAAATGACATTGGTCTGAACAACTAGTGTGTAAAATATAGCTGAATCG
GTCTATCTAGTTGTAGTAGAGAGCATTAGTGCTATGCTCAAAATTAGATTAGTACTAAGT
CTAATTTACTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CF28TF U 1
AF RR1CF28JQ C 111
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GAAACGTCTCTCGTGTCATGTTGAGATTTTTTTAATAACATTTTAGGTTGAGAAGGTGAA
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TGGGGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCACCGGACTTGAGAAAGCCGTCATTCC
TCCCGGCAAAGGCGTCCGATCTGCCCTCGGTCTTAAAGAACAAGGTCTTTCTTCTCAAGA
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DS 

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TGGGTGAGGCGTTGACAGGGAAAGGTATATTAGCACAGTTGAATCTGGAGACAGGGATAC
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CCGTCATTCCTCCCGGCAAAGGCGTCCGATCTGCCCTCGGTCTTAAAGAACAAGGTCTTT
CTTCTCAAGATTCCCTTTGTTTCAAATGACATTGGTCTGAACAACTAGTGTGTAAAATAT
AGCTGAATCGGTCTATCTAGTTGTAGTAGAGAGCATTAGTGCTATGCTCAAAATTAGATT
AGTACTAAGTCTAATTTACTTTTACC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL8205Contig1 1289 2 4 U
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ATGCCAAGCCAAGTGTAACTCTAGCGTTGTGGTTTGGAATCCATGTACTGGTGAAACGAA
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TGTTGAGTGGGAGATGTATGATCTTTGCTCTGATTCTTGGAGGTTTCTTGATTCCTGCAC
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TTTGTTGGACGAGGAGAAGAAAGTGGCGGTGTGCTGTGAGTTTTGTGAGGAAGAAGATGA
CTGTAGTAGTAGTAGACCTATTGCTAAAAGCAGGACCAACATCTACATTGTTGGAGAGGA
TATGTACAAAAGTGTTTACAACGCTCCTGCAAAGGGATACTGTCCACTTGTCCTCACCTA
TGTTCCAAACTTGGTTCACAGTCACTAAGAGACACAGATGTTTCTTCTCGGTTTGGTCCG
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ATTGGATCGTTTGTTCAGTTACATTGTTCTGCTTGCAGCCACTTCTAGTATTTGATCACG
TAAGCAGAATCTTATCTATGGATTGAATT


BQ
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AF RR1CG17TF U 1
AF RR1CG17JQ C 522
BS 1 695 RR1CG17TF
BS 696 696 RR1CG17JQ
BS 697 756 RR1CG17TF
BS 757 1289 RR1CG17JQ

RD RR1CG17TF 759 0 0
AAGCGATCTCCCGAGCGATTTGGAAACGGAGATACTCGCTAGGGTTCCCGCCAAGTATTT
ATGGGAACTGAGAGCCACTTGCAAACGATGGTACGCTCTAATCAAAGACCCGAAGTTCGT
GGAGAAGAACAAGAATATGAGTAGTGAATCTGCAAGAGAGTCGATGCTACTGTGCAATCG
CCAGGTTTACTCAATCGCCGGAGATCTCCACAACAGCGGCGGCATCGAATCATCTCTGGA
GTTCACCGGTAAACTTCCAAAGGACTTGTCTATGATCTCTCACTGCGACGGTTTGATCCT
ATGCCAAGCCAAGTGTAACTCTAGCGTTGTGGTTTGGAATCCATGTACTGGTGAAACGAA
GATGATCGAACCTACAACTTGTTACCGTAATACCGATAGATTCGCTTTGGGATACAGCAG
CAGGGGAAGCTACAAGATCCTGAGGTGTGGCGATTATCTAAACGAGGAGAAATTATTGGC
TGTTGAGTGGGAGATGTATGATCTTTGCTCTGATTCTTGGAGGTTTCTTGATTCCTGCAC
TCTTGACTATGAGATTTACTGCAGTGCCGTGTCTTTGAGAGGAGACACTTACTTTGTTGC
TTCAGGATATGAAGACTATGGTTTCTTCCTGATCAAGTTTGATTTCACGGCGGAGAGATT
CGTGCGTCTCTCTCTGCCGTTTCAGAGAGCAGATT*CGACGCCGCAGCGCTGTCTGTTGT
GAGGGATGAGAAGCTCTCTGTGTGTCATCAAGACAT
CAG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1CG17JQ 768 0 0
GGTTTCTTGAT*CCTGCACTCTTGACTATGAGATTTACTGCAGTGCCGTGTCTTTGAGAG
GAGACACTTACTTTGTTGCTTCAGGATATGAAGACTATGGTTTCTTCCTGATCAAGTTTG
ATTTCACGGCGGAGAGATTCGTGCGTCTCTCTCTGCCGTTTCAGAGAGCAGATTTCGACG
CCGCAGCGCTGTCTGTTGTGAGGGATGAGAAGCTCTCTGTGTGTCATCAAGACATTCAGT
CTGGGTCGAATATGGTGAGGATATGGGTAACCAATAAGGTTGATGAAGATGGCAAAGAGA
TATCGTGGAGGAAGGAGTTTGTCTTGGAAGTTAATTTGGATAAGTTCGAGCTTTTGCATA
CGGCAAATGTGTTGAGCTTTTTGTTGGACGAGGAGAAGAAAGTGGCGGTGTGCTGTGAGT
TTTGTGAGGAAGAAGATGACTGTAGTAGTAGTAGACCTATTGCTAAAAGCAGGACCAACA
TCTACATTGTTGGAGAGGATATGTACAAAAGTGTTTACAACGCTCCTGCAAAGGGATACT
GTCCACTTGTCCTCACCTATGTTCCAAACTTGGTTCACAGTCACTAAGAGACACAGATGT
TTCTTCTCGGTTTGGTCCGGTTTAGGCGATAACTTGGTTATGGTTTTTTTTTGGTGTCTC
TTCTTTATGCTTTTTGTGTATTGGATCGTTTGTTCAGTTACATTGTTCTGCTTGCAGCCA
CTTCTAGTATTTGATCACGTAAGCAGAATCTTATCTATGGATTGAATT

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL8206Contig1 944 2 8 U
GTTGCGTAAGAAGCAAGGCTCACCACAACAAAGTCATTACTCCAATAACAGAGACGTCAT
TTTTATGGCTTCCCTGACATGTCATGTATTATGTGAATCTCCATATAATGATCTCCCACA
TTCATATCTGATCGGGATTCTTCTCTCGAAAGTCCATCTCAAACTGTGTACTTCTTCTTT
TTCTCTACCTTTGTTTCTTTCTTGTCTTTACTCCGAGCTATTTATGTCTTCACACGTTGA
GTGATTTCTCTTTTTTTCTTCATTTCTCACTCTAGACTCAGCTCTGTCTCCATCTTCACA
CGTCGTTTCTCATTTCTTTTCTTTTCTTTTTCCTCCTTTGGTTATATAACTTCACACGTC
GAATGACGTTCCGAGAATTGTTTAGATTTTTAAGGAATGTAACGTTAGAAAACCTTGGTT
GTTACGTCGAAGTTGCTTCGATCATTTCTTAAAATGCATGTGTTTGTAATAGAATTCGGA
AGTTACAGCCATGGTCATCACTACATGAAACTCAAGTTGCTTCTCGTTGACAATTATATT
GAAGGTCAAGCTGATAACTCGCAACAGACTATCCGAGTTGTATTTTCTACTCGAAAGTGA
TCGAGGAAGAAAGAAGCTCAAGTTTGGTTCGAAACAGACTGTTCCGCTGATATTCTTGAT
GGTTCGAAACAGAAAGAATAAAGCTCAAGTAGAAAATGATGTCCCGAAAATTGTTTAGAT
GTTTAAAGAAAATAACGTTTGCATTAAATGCATAATTTTGTGATAAATATTCTCTGCGTG
ACACGTAGGCGATTTCTTAAATAAAACCTTCTCATGAATCCACGTCACACATTGTCAATT
CACCGTTAAAAGAACTCTTAAAAATGATTCTCTTTTAATATATAGGGGATCTCTGTGATT
TTCACACACAAAATTTTGCATCTAAACGGTAACGTAGTGTTGAC


BQ
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AF RR1ED16TF U 1
AF RR1ED16JQ C 180
BS 1 677 RR1ED16TF
BS 678 678 RR1ED16JQ
BS 679 695 RR1ED16TF
BS 696 696 RR1ED16JQ
BS 697 709 RR1ED16TF
BS 710 710 RR1ED16JQ
BS 711 723 RR1ED16TF
BS 724 944 RR1ED16JQ

RD RR1ED16TF 741 0 0
GTTGCGTAAGAAGCAAGGCTCACCACAACAAAGTCATTACTCCAATAACAGAGACGTCAT
TTTTATGGCTTCCCTGACATGTCATGTATTATGTGAATCTCCATATAATGATCTCCCACA
TTCATATCTGATCGGGATTCTTCTCTCGAAAGTCCATCTCAAACTGTGTACTTCTTCTTT
TTCTCTACCTTTGTTTCTTTCTTGTCTTTACTCCGAGCTATTTATGTCTTCACACGTTGA
GTGATTTCTCTTTTTTTCTTCATTTCTCACTCTAGACTCAGCTCTGTCTCCATCTTCACA
CGTCGTTTCTCATTTCTTTTCTTTTCTTTTTCCTCCTTTGGTTATATAACTTCACACGTC
GAATGACGTTCCGAGAATTGTTTAGATTTTTAAGGAATGTAACGTTAGAAAACCTTGGTT
GTTACGTCGAAGTTGCTTCGATCATTTCTTAAAATGCATGTGTTTGTAATAGAATTCGGA
AGTTACAGCCATGGTCATCACTACATGAAACTCAAGTTGCTTCTCGTTGACAATTATATT
GAAGGTCAAGCTGATAACTCGCAACAGACTATCCGAGTTGTATTTTCTACTCGAAAGTGA
TCGAGGAAGAAAGAAGCTCAAGTTTGGTTCGAAACAGACTGTTCCGCTGATATTCTTGAT
GGTTCGAAACAGAAAGA*TAAAGCTCAAGTAGAAA*TGATGTCCCGAAA*TTGTTTAGAT
GTT
AAAGAAATAACGTTGCAT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1ED16JQ 765 0 0
TTTCTCTACCTTTGTTTCTTTCTTGTCTTTACTCCGAGCTATTTATGTCTTCACACGTTG
AGTGATTTCTCTTTTTT*CTTCATTTCTCACTCTAGACTCAGCTCTGTCTCCATCTTCAC
ACGTCGTTTCTCATTTCTTTTCTTTTCTTTTTCCTCCTTTGGTTATATAACTTCACACGT
CGAATGACGTTCCGAGAATTGTTTAGATTTTTAAGGAATGTAACGTTAGAAAACCTTGGT
TGTTACGTCGAAGTTGCTTCGATCATTTCTTAAAATGCATGTGTTTGTAATAGAATTCGG
AAGTTACAGCCATGGTCATCACTACATGAAACTCAAGTTGCTTCTCGTTGACAATTATAT
TGAAGGTCAAGCTGATAACTCGCAACAGACTATCCGAGTTGTATTTTCTACTCGAAAGTG
ATCGAGGAAGAAAGAAGCTCAAGTTTGGTTCGAAACAGACTGTTCCGCTGATATTCTTGA
TGGTTCGAAACAGAAAGAATAAAGCTCAAGTAGAAAATGATGTCCCGAAAATTGTTTAGA
TGTTTAAAGAAAATAACGTTTGCATTAAATGCATAATTTTGTGATAAATATTCTCTGCGT
GACACGTAGGCGATTTCTTAAATAAAACCTTCTCATGAATCCACGTCACACATTGTCAAT
TCACCGTTAAAAGAACTCTTAAAAATGATTCTCTTTTAATATATAGGGGATCTCTGTGAT
TTTCACACACAAAATTTTGCATCTAAACGGTAACGTAGTGTTGAC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL8207Contig1 536 2 1 U
GGATTCACGAACATACCAGTCGACGCTGTCACATGCTCCGACATCCTCAAGGACGCTACT
AAGGCCGTCGCTAAGATCATCGGCAAACCTGAATCCTATGTGATGATACTGCTAAACAGC
GGAGTGCCCATTGCATTTGCTGGTACCGAGGAACCTGCTGCTTATGGGGAACTGATATCT
ATTGGAGGATTAGGTGCGGGCGTGAACGGGAAGCTTAGCGAGACTATAGCTGAGATTCTC
CAAATTAAGCTCTCTATTGATAGCTCCCGCTTTTACATCAAGTTCTACGATTCCCCACGA
TCCTTCTTTGGATTCAACGGATCAACTTTCTGAACACACGGGTTCAAACGTTGGCCAAGA
GGCGGAGTATTCAACTTCCTAATGAAATTATTGTTTGCCTCTTTTGAGTTCAGAAGCTAT
AGATTCTTGAGCTTGGTTTATAGTATGGTACTTCCCTTAAAAGCTAATCTAATCTCTTCA
TGTTCATATTGTTTTCTGTGACTAGTTACTATTTCTGATGTGATCTTATTACTAGC


BQ
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BQ
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QA 1 532 1 532
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BQ
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QA 1 532 1 532
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QA 1 564 1 564
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 

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TACTTTGCT

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DS 

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GTTAAATATGTGAAAAAATGTTAAATGTAACGCTTCTTCAATGAATATTGGATCACTTTA
TACTCTGCT

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

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TGGGTCGAATCAATATATATAATTATCT


BQ
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AF RR1GH48TF U 1
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QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

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CTTCTGTCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F855JQ C 1
AF RR1F855TF U 1
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DS 

RD RR1F855TF 549 0 0
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TATGTTCCCTCGAAGCCTCTGGTCCTCTCACTTGGTCTCAAAGATCATTCTTCGGAGACG
TTGAAGGAAATAGTAGCGGCCGTGATCGAGAATCGACTTTGGTAATGCATTTTTAATCCC
GTTGTAAGGATAACGAGAAGATGTTTTTTATGTTTTGCTCTTGGTTGTTTATAACCAGCG
AGTTGTAGTGGTAATGGTAATTCAACGATATATAAAAGACCTTGTTTTTAATATAGAAAA
CTTCTGTCG

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

CO CL8213Contig1 945 2 2 U
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AATCTGATCTCTTGAAAGAAGTGGAGGAAGGTTGGTGCGACAGGAAAGGAACGGTGGATG
ATATTAAGACAAAGCTGCAGCAGAGACAAGAAGGTGCTTTTAAGAGAGGACGCGCTTTGG
CTTATGCTCTTGCTCAAAAGCAATGGAGGTCAACTACTGCTAGCTCAAACCTTAAGACAA
ACAGTTCAATCTCGTATCTGAAAAGTCAAGAGTTTGATAAGAATAGTTGGGGGTGGAGTT
GGTTGGAGCGTTGGATGGCTGCTAGGCCATGGGAGACTCGACTTATGGACAACAACACCA
CCACCACCACGCCTCCTCCTCCTCCTAAACATTTGAAGTCATCACCTGAGGTTGTTGAAG
TTCGAAGAAACAATGTGACAACTCGTGTATCTGCAAAGCCTCCTCCTGGTTATGACTTTA
ATGTTAGTCCCGGTTCCTCATCTCTCTGCACTTCAACCACACCTGCTTCTGGAACCACCA
CTGGCCTTGTTTCAGACAACTCTAGCAAGAACAAGCCGAGTTACATGAGTATGACTGAAT
CAACAAAGGCTAAGCGGAGGAGTAACCATGTTATAAGGCAGTCCATGGATGAGTTTCAGT
TTATGAACAGCTCTGGATTGTTTGCCCGCGGGGACTTGAAGAGCAGCAGCAGCCCTGTCT
CGGATCCTTCCTATGTTACTAGTTTCTCCAAACCTTTTGGTGTCTTTACACGAAGAGGGT
GAGGTCAATTGTTTGAGTAATGTTTCAACAGCTTGTTGTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F096TF U 1
AF RR1F096JQ C 493
BS 1 668 RR1F096TF
BS 669 945 RR1F096JQ

RD RR1F096TF 668 0 0
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CTGTGACACTAAGGTGCATGCAGGCTCTGGTCAGAGTTCAGGCTCGCGTGAGAGCTCGTC
GCGTGAGGATGACCGTACAGGGACAAGCTGTTCAAAAGCTTTTAGATGAACACCGAACCA
AATCTGATCTCTTGAAAGAAGTGGAGGAAGGTTGGTGCGACAGGAAAGGAACGGTGGATG
ATATTAAGACAAAGCTGCAGCAGAGACAAGAAGGTGCTTTTAAGAGAGGACGCGCTTTGG
CTTATGCTCTTGCTCAAAAGCAATGGAGGTCAACTACTGCTAGCTCAAACCTTAAGACAA
ACAGTTCAATCTCGTATCTGAAAAGTCAAGAGTTTGATAAGAATAGTTGGGGGTGGAGTT
GGTTGGAGCGTTGGATGGCTGCTAGGCCATGGGAGACTCGACTTATGGACAACAACACCA
CCACCACCACGCCTCCTCCTCCTCCTAAACATTTGAAGTCATCACCTGAGGTTGTTGAAG
TTCGAAGAAACAATGTGACAACTCGTGTATCTGCAAAGCCTCCTCCTGGTTATGACTTTA
ATGTTAGTCCCGGTTCCTCATCTCTCTGCACTTCAACCACACCTGCTTCTGGAACCACCA
CTGGCCTT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1F096JQ 453 0 0
CTCCTCCTCCTCCTAAACATTTGAAGTCATCACCTGAGGTTGTTGAAGTTCGAAGAAACA
ATGTGACAACTCGTGTATCTGCAAAGCCTCCTCCTGGTTATGACTTTAATGTTAGTCCCG
GTTCCTCATCTCTTTGCACTTCAACCACACCTGCTTCTGGAACCACCACTGGCCTTGTTT
CAGACAACTCTAGCAAGAACAAGCCGAGTTACATGAGTATGACTGAATCAACAAAGGCTA
AGCGGAGGAGTAACCATGTTATAAGGCAGTCCATGGATGAGTTTCAGTTTATGAACAGCT
CTGGATTGTTTGCCCGCGGGGACTTGAAGAGCAGCAGCAGCCCTGTCTCGGATCCTTCCT
ATGTTACTAGTTTCTCCAAACCTTTTGGTGTCTTTACACGAAGAGGGTGAGGTCAATTGT
TTGAGTAATGTTTCAACAGCTTGTTGTTGTTTT

QA 1 453 1 453
DS 



AS 1 2

CO CL8214Contig1 690 2 2 U
GGGCGAGACATCTTTCGTATTGTTTAGGATATTTGCAGAGAGTATGGTGTTTTCTCTCAC
AAAGGCTCCAGGTTTAATCCGATTGGTTCATCATCCGTCACACCGGAGGATTCAGAGGTT
CGGATCCAAGTCTCCTCGGGATTTGAGTCTGAATGGGAGAGGAGTTAGGTATAATAAGCC
TAGTGTGGGTGGGTATCCCATGGTGTCGTCCGTAGGTTTCGCACGCCAAAGTCCTCCGAG
CTTCCATGATGAGCTAGAAGAGCCCCCACTATGGTTGAGCCTTGTTAGGGACATTGTCGG
GAGCACGAGATCTGTCTTCTCCTTTATGGCTGAGCAGCCGAGCCAGCTGAAATTCATAGA
GTGGCCTAGTTTTACAACCACGCTCAAGACTGCCACACTTAGTCTCTTTCTTGTAGCTGT
CTTCATTGTTGCGCTATCCTCCGTGGACTCTGCTCTTTGTTACGTTTTGGCTCTCATCTT
GAGGAAACCCCTATGAATGAGACTATAGAGAGAGTGAAGACGGCAAATTACATTTTCATT
TGTAGCCTGCAGCAAAAGGTTAATGCTGTTTGTCGTTGTTTAGAATAATGAGATTTGTCA
ACCAATCTTCATCTTTGATTGTGCCCTTTTGTACCAGAAGAAAACAGAAAGAGCATTGGT
CAAAAGGAATAAATAATTCTGTTTTCTTCC


BQ
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AF RR1FS27TF U 1
AF RR1FS27JQ C 1
BS 1 170 RR1FS27TF
BS 171 690 RR1FS27JQ

RD RR1FS27TF 170 0 0
GGGCGAGACATCTTTCGTATTGTTTAGGATATTTGCAGAGAGTATGGTGTTTTCTCTCAC
AAAGGCTCCAGGTTTAATCCGATTGGTTCATCATCCGTCACACCGGAGGATTCAGAGGTT
CGGATCCAAGTCTCCTCGGGATTTGAGTCTGAATGGGAGAGGAGTTAGGT

QA 1 170 1 170
DS 

RD RR1FS27JQ 690 0 0
GGGCGAGACATCTTTCGTATTGTTTAGGATATTTGCAGAGAGTATGGTGTTTTCTCTCAC
AAAGGCTCCAGGTTTAATCCGATTGGTTCATCATCCGTCACACCGGAGGATTCAGAGGTT
CGGATCCAAGTCTCCTCGGGATTTGAGTCTGAATGGGAGAGGAGTTAGGTATAATAAGCC
TAGTGTGGGTGGGTATCCCATGGTGTCGTCCGTAGGTTTCGCACGCCAAAGTCCTCCGAG
CTTCCATGATGAGCTAGAAGAGCCCCCACTATGGTTGAGCCTTGTTAGGGACATTGTCGG
GAGCACGAGATCTGTCTTCTCCTTTATGGCTGAGCAGCCGAGCCAGCTGAAATTCATAGA
GTGGCCTAGTTTTACAACCACGCTCAAGACTGCCACACTTAGTCTCTTTCTTGTAGCTGT
CTTCATTGTTGCGCTATCCTCCGTGGACTCTGCTCTTTGTTACGTTTTGGCTCTCATCTT
GAGGAAACCCCTATGAATGAGACTATAGAGAGAGTGAAGACGGCAAATTACATTTTCATT
TGTAGCCTGCAGCAAAAGGTTAATGCTGTTTGTCGTTGTTTAGAATAATGAGATTTGTCA
ACCAATCTTCATCTTTGATTGTGCCCTTTTGTACCAGAAGAAAACAGAAAGAGCATTGGT
CAAAAGGAATAAATAATTCTGTTTTCTTCC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL8215Contig1 534 2 1 U
GGGGGGGAAATACAATTTCGACCATGGAGAAGAGTAGTCACGCATCTTCATCCGCGACAT
CTGGAGGTGCTTGTTCAAGGCGAAACAGAGGATTTCATGGTGTTCCAACACACTGCTGGT
GTGGAGAAGAGATTGATACATTCGTTTCCAGGACACGTAGGAATCCGTTTCGTAGATTTT
ATCGCTGTAAAATCGCGATTCATAGAAAGGGGGAAGCTCATCTCTTTAAGTGGGTTGATG
AGGCTTTAGCTGAAGAAATTTCTCTGGTTGAAGCAAGACAAATAACAGTTGAAGAAAATT
TAGAGGAGATGAAGAAGACTGAGACAAGTGAAGAAGACGTTGGGGCTTTGCAGAACAATG
GTTGTCTAGGCGTCATTACATGGTTTTGCTGTAAACTTTGGTAATTTTCTGTTGGTAGTT
GTCTGTTGTGTTGTGTTTTTGTAAGCTTTGGTAATGGAAGAGCTAAAGGAGATAAGTGTG
CGATTTGTGTGTTTTGTATGGAAGACCTTTGGTAATGAAAGACCTTTAGCAAGC


BQ
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AF RR1AG49JQ C 1
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QA 1 534 1 534
DS 

RD RR1AG49TF 534 0 0
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CTGGAGGTGCTTGTTCAAGGCGAAACAGAGGATTTCATGGTGTTCCAACACACTGCTGGT
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ATCGCTGTAAAATCGCGATTCATAGAAAGGGGGAAGCTCATCTCTTTAAGTGGGTTGATG
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GTCTGTTGTGTTGTGTTTTTGTAAGCTTTGGTAATGGAAGAGCTAAAGGAGATAAGTGTG
CGATTTGTGTGTTTTGTATGGAAGACCTTTGGTAATGAAAGACCTTTAGCAAGC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

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AAGATAAATATGTTACTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BF71JQ C 1
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QA 1 199 1 199
DS 



AS 1 2

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TCTCCTAATGTTCCCATCTTACTTGTTGGAACAAAGCTCGATGCTCGAGATGATAAGCAG
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AGGTTGGTTGGAGCTTCTGCTTATATAGAATGCAGTTCAAAGACACAATTGAACGTTAAA
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CAACAGTTAACTAATCATTGTTTCCGAGTGCCCATTTTCTCTCATTTCCGTTAAACAAGA
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TTGGGGTTGTATCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EM61TF U 1
AF RR1EM61JQ C 191
BS 1 714 RR1EM61TF
BS 715 715 RR1EM61JQ
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BS 733 796 RR1EM61JQ

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AATAGACTAAGACCATTAAGCTATCCATGTACTGATGTCTTCTTGCTCGCATTCTCTCTT
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TCTCCTAATGTTCCCATCTTACTTGTTGGAACAAAGCTCGATGCTCGAGATGATAAGCAG
TACTTTCTTGAGCACCCTGGAGCTGTGCCTATATCTACTGCTCAGGGTGAAGAACTAAAG
AGGTTGGTTGGAGCTTCTGCTTATATAGAATGCAGTTCAAAGACACAATTGAACGTTAAA
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ATTAGTACAGCTCAGAAAGGCTGTTCCATACTGTGATTCGAGAAAAGAATAAACATGAAT
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ATTTGTCATTGT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1EM61JQ 606 0 0
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CTAGCTATGAAAATGTTGCTAAGAAGTGGGTTCCTGAACCCAGGCATCATTCTCCTAATG
TTCCCATCTTACTTGTTGGAACAAAGCTCGATGCTCGAGATGATAAGCAGTACTTTCTTG
AGCACCCTGGAGCTGTGCCTATATTTACTGCTCAGGGTGAAGAACTAAAGAGGTTGGTTG
GAGCTTCTGCTTATATAGAATGCAGTTCAAAGACACAATTGAACGTTAAAGCTGTCTTTG
ATGAGGCCATCAAAGTAGTTCTCAAGCCACCCAATAACTACAACAACAACATTAGTACAG
CTCAGAAAGGCTGTTCCATACTGTGATTCGAGAAAAGAATAAACATGAATCAACAGTTAA
CTAATCATTGTTTCCGAGTGCCCATTTTCTCTCATTTCCGTTAAACAAGAATTTGTCATT
GTAGTCCTAAAAGCAGACATATCAGAACTCATTGGACAAGTATTTAAACTTTGGGGTTGT
ATCTTT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

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TCTTTCTGCAAGTTAAGACCAACTCTTTGGAACGTAAGAGGAAGAAAGGAGGATGGATCC
AACAGAGGAGGAGGTGGAGAAGAAGGTGAGAGAGAGAATCAGACACAAAGTTAACCAAGT
CAGTTCTGTCTCGCAGTCTCTTCTCTCTCCATTACAAGACTACATCAACTTCACTCTTCA
GAAAGCTTACTTCAAGTGTGCGTACGAGTGCTTTGATAGGACAAGAACACACGCTGAGAT
TAGCCAATGCGCAGAGACTTGCAGTGTTCCCATCACAAACGCTCAGAATCATTTTGATAA
TGAGATGTCTGTCTTCCAAGAGAGGTTGAATAGATCTCTTGTGGCTTGTCAAGATAAGTT
TGAGGCTGCCAAGCTCCACAAGACGAGGAATGAAGCTGTAACTGGTTTGGAGCAGTGCGT
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GGCTTTGTCCATCCCTGACTGAGGAGCTCTGCAACAGACCTAATCCAAGAGAGATAGATT
TTCTAACTCTTTTTGTTTTCATTATATGTTTTATCTTTTTGAAACTCAGTTACAGCATTA
TTAGTAACAGAGGTTTTTTGGTTAAGGCTGCGTGACTATGGGGAAGATTAGGCTAATCCA
GAATGAGTAGTACGACATGTAAGAGAGCAGCATCGGTTAAGAGTACTAATCACTTGAATA
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CCCATTGTGCTGCCGTGAAGCTCAAGTCTTGAGTAGATATTATGGTGTCAGTGTTGATCA
GCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1FB14TF U 1
AF RR1FB14JQ C 254
BS 1 685 RR1FB14TF
BS 686 686 RR1FB14JQ
BS 687 711 RR1FB14TF
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BS 800 963 RR1FB14JQ

RD RR1FB14TF 803 0 0
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TCTTTCTGCAAGTTAAGACCAACTCTTTGGAACGTAAGAGGAAGAAAGGAGGATGGATCC
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TGAGGCTGCCAAGCTCCACAAGACGAGGAATGAAGCTGTAACTGGTTTGGAGCAGTGCGT
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GGCTTTGTCCATCCCTGACTGAGGAGCTCTGCAACAGACCTAATCCAAGAGAGATAGATT
TTCTAACTCTTTTTGTTTTCATTATATGTTTTATCTTTTTGAAACTCAGTTACAGCATTA
TTAGTAACAGAGGTTTTTTGGTTAATGCTGCGTGACTATGGGGAAGATTAG*CTAATCCA
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ACTACAGTGCACGGTCTAC
AGAG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR1FB14JQ 710 0 0
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TTCCAAGAGAGGTTGAATAGATCTCTTGTGGCTTGTCAAGATAAGTTTGAGGCTGCCAAG
CTCCACAAGACGAGGAATGAAGCTGTAACTGGTTTGGAGCAGTGCGTGAACCAAACTGTT
GACGATGCGGTGAGAACGCTGCCTAGTCTAGTGTCCAAGATGAAGAAGGCTTTGTCCATC
CCTGACTGAGGAGCTCTGCAACAGACCTAATCCAAGAGAGATAGATTTTCTAACTCTTTT
TGTTTTCATTATATGTTTTATCTTTTTGAAACTCAGTTACAGCATTATTAGTAACAGAGG
TTTTTTGGTTAAGGCTGCGTGACTATGGGGAAGATTAGGCTAATCCAGAATGAGTAGTAC
GACATGTAAGAGAGCAGCATCGGTTAAGAGTACTAATCACTTGAATAACTACAGTGCACG
GTCTACCAGAGCTCTTTTATAATGCTTTTAACATGATCAGAGCTTTTCACCTGCATATAC
AAGTTCTTGTGAAATGTGAGCTACGGAAAAGATAAAAGAAAAGGGTTCCCATTGTGCTGC
CGTGAAGCTCAAGTCTTGAGTAGATATTATGGTGTCAGTGTTGATCAGCC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL8219Contig1 564 2 9 U
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TGCTTTTGAAGAGCAAACGATGGTGGAAGGGCAGAAGACATGCAAGAGGAAGCCTGGGTC
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AATACGTGGTACTTGCGATTATAAATTCCCTCTACGCCAGTGTTACTGCCACTTTCCATG
TTAATCAACAGAGCCGTGCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATAAGTATTATATAA
CAATATTTTATCAAATTGTTTTTGATAAATAATATTAAATAATTTTGAAAAAAACTTGTA
TAGAATTAAAATAAATGTTGACTATTTATGTTTTAAGCATAAATATATAGCTATAGATAC
AAAATAGTTTTTTTTCATATAAACTATTTTATATATAGCTGTAAAGTATGCTTTAATGAA
TAAATAAAGAGAAAGAGATAGTTA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1C241TF U 1
AF RR1AQ73TF U 3
BS 1 44 RR1C241TF
BS 45 45 RR1AQ73TF
BS 46 118 RR1C241TF
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BS 120 371 RR1C241TF
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AATACGTGGTACTTGCGATTATAAATTCCCTCTACGCCAGTGTTACTGCCACTTTCCATG
TTAATCAACAGAGCCGTGCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATAAGTATTATATAA
CAATATTTTATTAAATTGTTTTTGATAAATAATATTAAATAATTTTGAAAAAA*CTTGTA
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AAAATAGTTTTTTTTCATATAAACTATTTTATATATAGCTGTAAAGTATGCTTTAATGAA
TAAATAAAGAGAAAGAGATAGTTA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1AQ73TF 561 0 0
GG
ATACAATACACATAACATACCTTCAAATTAAAAAAAAAAAAGTAAAAAGTAAAACATAGC
ATGGCTAAGTTTGCTTCCATCATCACCTTCCTCTTCGTTGTTCTAATTAGCTTTCCTGCT
TTTGAAGAGCAAACGATGGTGGAAGGGCAGAAGACATGCAAGAGGAAGCCTGGGTCAGGG
ACAAAAACTTGTATGAAGGATGATCATTGCCGGTTTTGCATCACAAACGAGAAAGCAATA
CGTGGTACTTGCGATTATAAATTCCCTCTACGCCAGTGTTACTGCCACTTTCCATGTTAA
TCAACAGAGCCGTGCCAAGACATTTTTATGCCCTATGCCAAATGAGTATTATATAACAAT
ATTTTATCAAATTGTTTTTGATAAATAATATTAAATAATTTTGAAAAAAACTTGTATAGA
ATTAAAATAAATGTTGACTATTTATGTTTTAAGCATAAATATATAGCTATAGATACAAAA
TAGTTTTTTT*CATATAAACTATTTTATATATAGCTGTAAAGTATGCTTTAATGAATAAA
TAAAGAGAAAGAGATAGTT

QA 3 561 3 561
DS 



AS 1 2

CO CL8220Contig1 638 2 2 U
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AAGGATCCAACATGTAATTCGGTTGTAATTCTGTTGTTAAGAACCTTCGTATCCTATATC
ATGTTTCTAGAGATATTTTCAAATTTCGGGATCTCTAC


BQ
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AF RR1DR50TF U 1
AF RR1DR50JQ C 105
BS 1 637 RR1DR50TF
BS 638 638 RR1DR50JQ

RD RR1DR50TF 637 0 0
GGACACCTAACCTAACCCAAGAAACTCAACCTTTTCTCACGATACTACCATGTTTAGAGC
CATGAGCACCAGAAAAATCCACGGCGGCTACGAAAAACTCGTGGAAGAAGAACCGATATT
GAATAGTGTAGATGGTAATTCAAGAGACCCGGTTCAAGAGATGAAGAAGACGCCGACGGA
GAAACGAAAGGGTGGTTCTGTTCATCCTTTGCTAAGTTTATTCAATGTTCGTTTTCAGAG
GAAGAAGAAGAAGAGTTTGGCGACGGAGAAACCAACCGGTGGTTCTGTTCATCCTTTGCT
AAGTTTATTCAACGTACGTTTTCAGAGGAAAAAGAAGAAGACGACGAAGAAGAAGAGTTT
GGGTACGGCGAAACCGGAGTTTGCAAGGTATATGGAGTATGTGAAGGAAGGAGGTGTGTG
GGATCCAAATTCTAACGCACCTGTGATTCATTACAGATAGAATCGATGAAGGAAGGATGA
ATAATAAAGACGTTCTATATTGGTTTATAAATATGTATGAGGGAAAAAAAAGTCATTGTG
AAGGATCCAACATGTAATTCGGTTGTAATTCTGTTGTTAAGAACCTTCGTATCCTATATC
ATGTTTCTAGAGATATTTTCAAATTTCGGGATCTCTA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1DR50JQ 534 0 0
AAGAAGAACCGATATTGAATAGTGTAGATGGTAATTCAAGAGACCCGGTTCAAGAGATGA
AGAAGACGCCGACGGAGAAACGAAAGGGTGGTTCTGTTCATCCTTTGCTAAGTTTATTCA
ATGTTCGTTTTCAGAGGAAGAAGAAGAAGAGTTTGGCGACGGAGAAACCAACCGGTGGTT
CTGTTCATCCTTTGCTAAGTTTATTCAACGTACGTTTTCAGAGGAAAAAGAAGAAGACGA
CGAAGAAGAAGAGTTTGGGTACGGCGAAACCGGAGTTTGCAAGGTATATGGAGTATGTGA
AGGAAGGAGGTGTGTGGGATCCAAATTCTAACGCACCTGTGATTCATTACAGATAGAATC
GATGAAGGAAGGATGAATAATAAAGACGTTCTATATTGGTTTATAAATATGTATGAGGGA
AAAAAAAGTCATTGTGAAGGATCCAACATGTAATTCGGTTGTAATTCTGTTGTTAAGAAC
CTTCGTATCCTATATCATGTTTCTAGAGATATTTTCAAATTTCGGGATCTCTAC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL8221Contig1 826 2 2 U
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TCCAATTCACTAAAACTAATGAAAATGCAAGCAGTTCTCATCATCCTGGTTTTCTCCGGT
TTACTGGCAGTTAAGACAACGTTAGCAGCACAACATGTGATAGGCGGGAGCCAAGGCTGG
AACAATCCGTTGACTTTGATTCTTGGACGTCCGATAAATCTTTCAAAGTCGGGGACCAAC
TTGTTTTTAAGTATTCCGGACTACACAGCGTTGTAGAGCTGGGAAGCGAAGCGGCATACA
AGAGTTGTGACCTGGGAACACCTGTAAATTCCTTAAGCTCTGGGAACGACGTCGTTAAGC
TTTCTAAAACCGGTGCTCGTTATTTCGCATGTGGGACCCCAGGGCATTGCGAATCAGGCA
TGAAGGTTAAAGTCAACGTTGTCTCTGCTGACTCCACCGCCGTTTCCTCTCCGGGTTCGG
ATTCAAGCTCCGGGTCGAGTTCGAGTTCGGGTCATGGGTTACGTGTTTCCATTGGGTATA
TATTGGCCGTTGGATCGTTGGTTATTGGTCTTATTTGGGCTTTCTGAGGACTAAGGCTTT
TGTATTGTTGCATCGAGGAATATATTTTGGGAGGGGAGAATATAAATAAACTTTCGAATT
ATTAATCCGTATTTGTTGTATTTTGCGAATTTGCGTCGTTATGTATTTCGAATATTGCAT
TTCCGATTTTGTTATTGTATCCGTATTTCTCAGTTACTATGGTTTTCTCACCCTCTTGTC
CACTTGATTGGTCCGGTTGGAATATTTTTTTTTTGTAAAAAGAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H576TF U 1
AF RR1H576JQ C 52
BS 1 584 RR1H576TF
BS 585 826 RR1H576JQ

RD RR1H576TF 584 0 0
GGTCGTATATATACACAAGTACTAGCTAGCAGCAGGTGACATAGTATTTCTAAACTGGGG
TCCAATTCACTAAAACTAATGAAAATGCAAGCAGTTCTCATCATCCTGGTTTTCTCCGGT
TTACTGGCAGTTAAGACAACGTTAGCAGCACAACATGTGATAGGCGGGAGCCAAGGCTGG
AACAATCCGTTGACTTTGATTCTTGGACGTCCGATAAATCTTTCAAAGTCGGGGACCAAC
TTGTTTTTAAGTATTCCGGACTACACAGCGTTGTAGAGCTGGGAAGCGAAGCGGCATACA
AGAGTTGTGACCTGGGAACACCTGTAAATTCCTTAAGCTCTGGGAACGACGTCGTTAAGC
TTTCTAAAACCGGTGCTCGTTATTTCGCATGTGGGACCCCAGGGCATTGCGAATCAGGCA
TGAAGGTTAAAGTCAACGTTGTCTCTGCTGACTCCACCGCCGTTTCCTCTCCGGGTTCGG
ATTCAAGCTCCGGGTCGAGTTCGAGTTCGGGTCATGGGTTACGTGTTTCCATTGGGTATA
TATTGGCCGTTGGATCGTTGGTTATTGGTCTTATTTGGGCTTTC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1H576JQ 775 0 0
AAACTGGGGTCCAATTCACTAAAACTAATGAAAATGCAAGCAGTTCTCATCATCCTGGTT
TTCTCCGGTTTACTGGCAGTTAAGACAACGTTAGCAGCACAACATGTGATAGGCGGGAGC
CAAGGCTGGAACAATCCGTTGACTTTGATTCTTGGACGTCCGATAAATCTTTCAAAGTCG
GGGACCAACTTGTTTTTAAGTATTCCGGACTACACAGCGTTGTAGAGCTGGGAAGCGAAG
CGGCATACAAGAGTTGTGACCTGGGAACACCTGTAAATTCCTTAAGCTCTGGGAACGACG
TCGTTAAGCTTTCTAAAACCGGTGCTCGTTATTTCGCATGTGGGACCCCAGGGCATTGCG
AATCAGGCATGAAGGTTAAAGTCAACGTTGTCTCTGCTGACTCCACCGCCGTTTCCTCTC
CGGGTTCGGATTCAAGCTCCGGGTCGAGTTCGAGTTCGGGTCATGGGTTACGTGTTTCCA
TTGGGTATATATTGGCCGTTGGATCGTTGGTTATTGGTCTTATTTGGGCTTTCTGAGGAC
TAAGGCTTTTGTATTGTTGCATCGAGGAATATATTTTGGGAGGGGAGAATATAAATAAAC
TTTCGAATTATTAATCCGTATTTGTTGTATTTTGCGAATTTGCGTCGTTATGTATTTCGA
ATATTGCATTTCCGATTTTGTTATTGTATCCGTATTTCTCAGTTACTATGGTTTTCTCAC
CCTCTTGTCCACTTGATTGGTCCGGTTGGAATATTTTTTTTTTGTAAAAAGAATA

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL8222Contig1 532 2 1 U
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CGTGCTCTTAAGGTGGCCAAGCGAAAGTTGGGTACCCACAAGAGAGCCAAGAGGAAGAGA
GAGGAGATGTCTCGTGTTCTCCACAAGATGAGGTCTGGTGGTGGTGGTGTAACCGAGAAG
AAGAAATGAGCTTGGCGAGAGGACCACTCGAATTGTTTGTGTTTATTGTTTTGGATCTAA
AGAGTTTTGTTTTGTCCATGACCGTGGATTATTATTATTTTGCTTTACTTTTAGCTCTTA
AACGGCACAGCACAAGCATTATGATCTTATTATCCAATTAATATTTATCCCG


BQ
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AF RR1CP39JQ C 1
AF RR1CP39TF U 1
BS 1 532 RR1CP39TF

RD RR1CP39JQ 532 0 0
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TTCGTCGGTTTGAACAAAGGCCATGTTGTCACCAGACGCGAGTTGGCTCCTCGTCCCCGT
GCTCGCAAAGGAAAAACAAGCAGGAGAACAATCTTCATCAGATCATTGATCAGGGAAGTT
GCTGGTTTTGCTCCCTACGAGAAGAGAATCACTGAGCTTCTAAAGGTTGGTAAAGACAAG
CGTGCTCTTAAGGTGGCCAAGCGAAAGTTGGGTACCCACAAGAGAGCCAAGAGGAAGAGA
GAGGAGATGTCTCGTGTTCTCCACAAGATGAGGTCTGGTGGTGGTGGTGTAACCGAGAAG
AAGAAATGAGCTTGGCGAGAGGACCCCTCGAATTGTTTGTGTTTATTGTTTTGGATCTAA
AGAGTTTTGTTTTGTCCATGACCGTGGATTATTATTATTTTGCTTTACTTTTAGCTCTTA
AACGGCACAGCACAAGCATTATGATCTTATTATCCAATTAATATTTATCCCG

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1CP39TF 532 0 0
GGGAGCACGATCCAGAGAGACAAGAAGAAGATGACAACTCCGCAAGTGAAGACCGGTTTG
TTCGTCGGTTTGAACAAAGGCCATGTTGTCACCAGACGCGAGTTGGCTCCTCGTCCCCGT
GCTCGCAAAGGAAAAACAAGCAGGAGAACAATCTTCATCAGATCATTGATCAGGGAAGTT
GCTGGTTTTGCTCCCTACGAGAAGAGAATCACTGAGCTTCTAAAGGTTGGTAAAGACAAG
CGTGCTCTTAAGGTGGCCAAGCGAAAGTTGGGTACCCACAAGAGAGCCAAGAGGAAGAGA
GAGGAGATGTCTCGTGTTCTCCACAAGATGAGGTCTGGTGGTGGTGGTGTAACCGAGAAG
AAGAAATGAGCTTGGCGAGAGGACCACTCGAATTGTTTGTGTTTATTGTTTTGGATCTAA
AGAGTTTTGTTTTGTCCATGACCGTGGATTATTATTATTTTGCTTTACTTTTAGCTCTTA
AACGGCACAGCACAAGCATTATGATCTTATTATCCAATTAATATTTATCCCG

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 2

CO CL8223Contig1 739 2 9 U
GAAGACATTTCAAGTTCTCAAGGAGATGAAGAGCATCGGAGTTAAGCCCGATAGACAATT
CTACAACGTGGTGATCTATACCTTTGGAAAGTTTAATTGTCTTGATCATGCCATGACGAC
TTTTGATAGAATGTTAAGCGAGGGAATCGAACCTGATAGGGTCACTTGGAATACGCTTAT
CGATTGCCACTGCAAGCACGGCCGGCACATAGTAGCACAAGAGATGTTTGAGGCAATGGA
GAAGCGAGGGTGCTTGCCTTGCGCCACAACCTATAACATCATGATCAACAGTTATGGAGA
TCAAGAAAGATGGGATGATATGAAAAGATTGTTGGGGAAGATGAAGAGCCAAGGAGTACT
GCCTAACGTCGTGACACACACAACACTCGTCGACGTTTATGGCAAATCCGGTAGGTTTAA
CGATGCAATAGATTGCTTGGAGGAGATGAAGTCAGTTGGGCTGAAACCATCATCAACAAT
GTACAATGCCCTTATCAATGCCTATGCACAGAGGGGTTTATCGGAGCAAGCTGTTAATGC
GTTTAGAGTGATGACATCAGATGGACTGAAGCCAAGTTTACTGGCTCTCAATTCCCTCAT
CAATGCCTTTGGAGAGGACAGAAGAGACGCCGAAGCCTTTGCCGTTTTGCAGTACATGAA
AGAAAACGGCGTAAATCCAGACGTGGTGACATACACAACACTCATGAAAGCTCTCATTCG
TGTTGACAAGTTCCAAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR1CY30TF U 1
AF RR1GI33TF U 177
BS 1 420 RR1CY30TF
BS 421 421 RR1GI33TF
BS 422 426 RR1CY30TF
BS 427 427 RR1GI33TF
BS 428 618 RR1CY30TF
BS 619 619 RR1GI33TF
BS 620 690 RR1CY30TF
BS 691 691 RR1GI33TF
BS 692 739 RR1CY30TF

RD RR1CY30TF 739 0 0
GAAGACATTTCAAGTTCTCAAGGAGATGAAGAGCATCGGAGTTAAGCCCGATAGACAATT
CTACAACGTGGTGATCTATACCTTTGGAAAGTTTAATTGTCTTGATCATGCCATGACGAC
TTTTGATAGAATGTTAAGCGAGGGAATCGAACCTGATAGGGTCACTTGGAATACGCTTAT
CGATTGCCACTGCAAGCACGGCCGGCACATAGTAGCACAAGAGATGTTTGAGGCAATGGA
GAAGCGAGGGTGCTTGCCTTGCGCCACAACCTATAACATCATGATCAACAGTTATGGAGA
TCAAGAAAGATGGGATGATATGAAAAGATTGTTGGGGAAGATGAAGAGCCAAGGAGTACT
GCCTAACGTCGTGACACACACAACACTCGTCGACGTTTATGGCAAATCCGGTAGGTTTAA
TGATGCGATAGATTGCTTGGAGGAGATGAAGTCAGTTGGGCTGAAACCATCATCAACAAT
GTACAATGCCCTTATCAATGCCTATGCACAGAGGGGTTTATCGGAGCAAGCTGTTAATGC
GTTTAGAGTGATGACATCAGATGGACTGAAGCCAAGTTTACTGGCTCTCAATTCCCTCAT
CAATGCCTTTGGAGAGGATAGAAGAGACGCCGAAGCCTTTGCCGTTTTGCAGTACATGAA
AGAAAACGGCGTAAATCCAGACGTGGTGACGTACACAACACTCATGAAAGCTCTCATTCG
TGTTGACAAGTTCCAAAGG

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1GI33TF 559 0 0
G
TATCGATTGCCATTGCAAGCACGGCCGGCACATAGTAGCACAAGAGATGTTTGAGGCAAT
GGAGAAGCGAGGGTGCTTGCCTTGCGCCACAACCTATAACATCATGATCAACAGTTATGG
AGATCAAGAAAGATGGGATGATATGAAAAGATTGTTGGGGAAGATGAAGAGCCAAGGAGT
ACTGCCTAACGTCGTGACACACACAACACTCGTCGACGTTTATGGCAAATCCGGTAGGTT
TAACGATGCAATAGATTGCTTGGAGGAGATGAAGTCAGTTGGGCTGAAACCATCATCAAC
AATGTACAATGCCCTTATCAATGCCTATGCACAGAGGGGTTTATCGGAGCAAGCTGTTAA
TGCGTTTAGAGTGATGACATCAGATGGACTGAAGCCAAGTTTACTGGCTCTCAATTCCCT
CATTAATGCCTTTGGAGAGGACAGGAGAGACGCCGAAGCCTTTGCCGTTT*GCAGTACAT
GAAAGAAAACGGCGTAAATCCAGACGTGGTGACATACACAACACTCATGAAAGCTCTCAT
TCGTGTTGATAAGTTCCA

QA 2 559 2 559
DS 



AS 1 2

CO CL8224Contig1 859 2 4 U
GGACAACTCAACTCTCTCCTCGATCTTGTCTTTCAATCCTTCTCTTTACGGAGTAAATCA
AGGAAACCTCTATTCGAAACCCTAAAAAATCTCCCCCCAAACACCAAACTAATGTCCTTA
AGCAAGTTCCACGGTGGCTCCTCCTCCTCTGCCACGGCTTGCGCTGCTTGTAAATACCAG
AGGAAAAAGTGCACCGAAAACTGTATCCTCGCTCGTTATTTCGCACAAGAAAAACAAAAT
CAGTTTCTAAACGCCCATAAATTGTTCGGAGTAAGCAATATAACAAAGTTCATCAAAGGA
GTTGAAGAATGTCAACGCGACGTAGCCATGAATAACCTGATTTTTCATGCTAATGCTCGT
GCTCGAGATCCGGTTTTGGGAGTTTTCAAAATCATGCTTGATCTCAAGAACCAGATTGCT
TGTGCTCAGGCTGAACTTAACTTTCTTCATCAGAAACTTGCCATGTGTCAAACTATGGTT
CTCCAACAGCAACTTGGCTGCTATTCGTACGGAGATCTATTAGAACAAGGAGACCAATAC
CTTAATATTGATGGTCATGTTCATCAAGAGATAATGCAGAAGCAGAGTCCGCTGAACTAC
GAGATGTTTATGGAGATGCCTATCAAGCTTGAGAAGGAAAAAATCTCTATTCCAGGACAC
AAGAATGCGGTGAACCAGATAGCTATGCCGTCGCAAGTGATTTAGTAGTTTTAAGTCCGG
TTTCTAGTTTTTTCTTTTGCGTGTTTTATACACACTATCCAAAGTTTAGGTTAGTTTGTT
TTCTTGATTACCACTGCTTTTTTCTTTGTTTTAGTTTTACAGATTGTCCAAATCTATCCT
CGTAATAGCTACTAGTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E753TF U 1
AF RR1E753JQ C 98
BS 1 608 RR1E753TF
BS 609 609 RR1E753JQ
BS 610 625 RR1E753TF
BS 626 859 RR1E753JQ

RD RR1E753TF 636 0 0
GGACAACTCAACTCTCTCCTCGATCTTGTCTTTCAATCCTTCTCTTTACGGAGTAAATCA
AGGAAACCTCTATTCGAAACCCTAAAAAATCTCCCCCCAAACACCAAACTAATGTCCTTA
AGCAAGTTCCACGGTGGCTCCTCCTCCTCTGCCACGGCTTGCGCTGCTTGTAAATACCAG
AGGAAAAAGTGCACCGAAAACTGTATCCTCGCTCGTTATTTCGCACAAGAAAAACAAAAT
CAGTTTCTAAACGCCCATAAATTGTTCGGAGTAAGCAATATAACAAAGTTCATCAAAGGA
GTTGAAGAATGTCAACGCGACGTAGCCATGAATAACCTGATTTTTCATGCTAATGCTCGT
GCTCGAGATCCGGTTTTGGGAGTTTTCAAAATCATGCTTGATCTCAAGAACCAGATTGCT
TGTGCTCAGGCTGAACTTAACTTTCTTCATCAGAAACTTGCCATGTGTCAAACTATGGTT
CTCCAACAGCAACTTGGCTGCTATTCGTACGGAGATCTATTAGAACAAGGAGACCAATAC
CTTAATATTGATGGTCATGTTCATCAAGAGATAATGCAGAAGCAGAGTCCGCTGAACTAC
GAGATGTT*ATGGAGATGCCTATCA
GCTTGAAAGAA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1E753JQ 762 0 0
CAAACACCAAACTAATGTC*TTAAGCAAGTTCCACGGTGGCTCCTCCTCCTCTGCCACGG
CTTGCGCTGCTTGTAAATACCAGAGGAAAAAGTGCACCGAAAACTGTATCCTCGCTCGTT
ATTTCGCACAAGAAAAACAAAATCAGTTTCTAAACGCCCATAAATTGTTCGGAGTAAGCA
ATATAACAAAGTTCATCAAAGGAGTTGAAGAATGTCAACGCGACGTAGCCATGAATAACC
TGATTTTTCATGCTAATGCTCGTGCTCGAGATCCGGTTTTGGGAGTTTTCAAAATCATGC
TTGATCTCAAGAACCAGATTGCTTGTGCTCAGGCTGAACTTAACTTTCTTCATCAGAAAC
TTGCCATGTGTCAAACTATGGTTCTCCAACAGCAACTTGGCTGCTATTCGTACGGAGATC
TATTAGAACAAGGAGACCAATACCTTAATATTGATGGTCATGTTCATCAAGAGATAATGC
AGAAGCAGAGTCCGCTGAACTACGAGATGTTTATGGAGATGCCTATCAAGCTTGAGAAGG
AAAAAATCTCTATTCCAGGACACAAGAATGCGGTGAACCAGATAGCTATGCCGTCGCAAG
TGATTTAGTAGTTTTAAGTCCGGTTTCTAGTTTTTTCTTTTGCGTGTTTTATACACACTA
TCCAAAGTTTAGGTTAGTTTGTTTTCTTGATTACCACTGCTTTTTTCTTTGTTTTAGTTT
TACAGATTGTCCAAATCTATCCTCGTAATAGCTACTAGTACC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL8225Contig1 920 2 8 U
GGGAAATTGAAAACTCCCCCACTCTCTTCGTCTCTCGTCGTCCTTTGTGCAAAATCGAAT
CTGTGAAAAAATTGAGAAGGATGAAGGCTTCAGGGTCTAGTGGTTGGAAAGGTCCCGTCA
AGTTCAGGATGCCTACTGCAGAGAACTTGGTTCCTATCCGTTTGGACATTCAATTCGAGG
GTCAGCGTTACAAAGACGCTTTCACTTGGAACCCTTCAGACCCGGATAATGAGATCCTTG
TCTTCGCCAGAAGGACTGTTAAAGACTTGAAACTTCCACAGGCGTTCAACACTCAGATTT
CTCAATCTATTCAGTCTCAGCTCGCAGATTTTAGAGCATATGAAGGACAAGATATGTACA
CTGGTGAAAAGATCATACCAATCAAGCTTGATCTCCGAGTTAATCATACCCTCATCAAGG
ATCAGTTCTTGTGGGACCTAAACAATTTTGAGAGTGATCCTGAGGAATTTGCAAGAACCT
TGTGTAAGGATTTAGGTGTTGAAGATTCTGAAGTTGGCCCTGCTGTTGCCTTTGCCATCA
GAGAACAACTTTACGAGATTGCAGTTCAAAGTGTAACTTCAGCTAGGGAGAGTAGGTTAA
GCAAGAAAAGCCGCAGAGGATCTGATTATGGTTCAGCGAGCAAAGCTGGCTTGTCAATGG
ACTTAGTGAAATTATTCAGCTTTAAGTCCAGTGTAGTTCGGAAAAGGAAAGACTTGGATT
TTTATGAACCAATGGTGGATATGCTAACAAATGAGGAAGTTGATGCTCTTGAAGGCAGAG
AAGAGAGGCATGCAAGGTGAAGAGTTTCGTGGAACATGTATATGTCTTAGGACAGAACTC
AAAATGAAGATTAGCACGAACTCAAATGATGTTGTACTAAGGTTAACTGGAAGCTTATGA
TCTTAGGGGAACTTTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H671TF U 1
AF RR1H671JQ C 241
BS 1 706 RR1H671TF
BS 707 707 RR1H671JQ
BS 708 746 RR1H671TF
BS 747 747 RR1H671JQ
BS 748 755 RR1H671TF
BS 756 756 RR1H671JQ
BS 757 774 RR1H671TF
BS 775 920 RR1H671JQ

RD RR1H671TF 789 0 0
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CTGTGAAAAAATTGAGAAGGATGAAGGCTTCAGGGTCTAGTGGTTGGAAAGGTCCCGTCA
AGTTCAGGATGCCTACTGCAGAGAACTTGGTTCCTATCCGTTTGGACATTCAATTCGAGG
GTCAGCGTTACAAAGACGCTTTCACTTGGAACCCTTCAGACCCGGATAATGAGATCCTTG
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CTGGTGAAAAGATCATACCAATCAAGCTTGATCTCCGAGTTAATCATACCCTCATCAAGG
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TGTGTAAGGATTTAGGTGTTGAAGATTCTGAAGTTGGCCCTGCTGTTGCCTTTGCCATCA
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CAGAGAGAGAGCATG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1H671JQ 680 0 0
TCTTCGCCAGAAGGACTGTTAAAGACTTGAAACTTCCACAGGCGTTCAACACTCAGATTT
CTCAATCTATTCAGTCTCAGCTCGCAGATTTTAGAGCATATGAAGGACAAGATATGTACA
CTGGTGAAAAGATCATACCAATCAAGCTTGATCTCCGAGTTAATCATACCCTCATCAAGG
ATCAGTTCTTGTGGGACCTAAACAATTTTGAGAGTGATCCTGAGGAATTTGCAAGAACCT
TGTGTAAGGATTTAGGTGTTGAAGATTCTGAAGTTGGCCCTGCTGTTGCCTTTGCCATCA
GAGAACAACTTTACGAGATTGCAGTTCAAAGTGTAACTTCAGCTAGGGAGAGTAGGTTAA
GCAAGAAAAGCCGCAGAGGATCTGATTATGGTTCAGCGAGCAAGGCTGGCTTGTCAATGG
ACTTAGTGAAATTATTCAGCTTTAAGTCCAGTGTAGTTCGGAAAAGGAAAGACTTGGATT
TTTATGAACCAATGGTGGATATGCTAACAAATGAGGAAGTTGATGCTCTTGAAGGCAGAG
AAGAGAGGCATGCAAGGTGAAGAGTTTCGTGGAACATGTATATGTCTTAGGACAGAACTC
AAAATGAAGATTAGCACGAACTCAAATGATGTTGTACTAAGGTTAACTGGAAGCTTATGA
TCTTAGGGGAACTTTTCTTC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL8226Contig1 1095 2 2 U
GGACATCTATTCTTTCTTAACTCGTCTCTCTTTCACTCTAAAAAAATGCCAAAAATCATG
TGGAGGAGTCTCCATCTTTGCTTCCCCTCAAATCTCACCAAATGCTACTCTTCGCCGTGC
CTTCCTCCCTCGACCGCCGCCGCCGCTGAGGATGACGATCCTAGCCGTCCCTCTATCGTT
CTCATCAACAACTTCAACCTACTCTACCACAATAATGACTACAAAAACCACAACCACCAC
CCCGCCGTTGACTTACCTTCCTCATCCACCGCCACCACCACCTTCTCCTCTTCCGCCACG
TCATCATACGAATCCGAGAGTCACGACATTTCTCCTGAATTGTCCGCCGCTTTCGCTTCC
CGTCGCTTCTTCTTCTCTTCTCCTGGCCGATCAAATGCAATAACCGACTCACCGGAAACA
CGGTCAAGAGAACTCTCTGATAATAGCGACACTGCCGCTATCAACACAACAAAGAAAAAG
AGCTACGACACTACCGTGAATACCACGAGGCTTCTAACCGGAGGTTCCGCCGTGAAACAA
CACGTATACTCACCGGATCCGTTAACTGACTTCCGACAATCAATGCAGGAGATGATTGAT
GCCGCCATTGTCGCCGGCGATCTTAGCCATCCCGACGACGGTTATGATTACTTGAACGAG
CTGCTTCTCAGTTATTTAGCGTTGAATCCAACCGACATGCACAAGTTCATCATAAGGGCT
TTTTCCGACACCATGGTCTCACTCTTGTCGGAAGAACGTCGGATGTGATGACGCAGCGGC
CGCCTAGATTAAAAAAAATGATCGTGTAATAAACGACCCACGTGATTTTATTAATTAAGT
CGATGGACCTAACATTTTTTTTACATTATCGTCTTCAAAGAAGAGAAACCATCTCAGAAA
ACTACTGACAGATTTATCTTTATTTCCTTTTTTTGTATTTTGTATGTTTTTGTTAAATAA
ACCTCAGTTTCGTAACAGAGGCAAATTAATGTTTTTGCATGCATTTACGACCGAATGCCA
AATGTAATTATTATGTAACGATATTTGATTTTCAAGAATTATTGAGGTGGCGGGTGCATA
TTGCCTTTTTGATTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BY35TF U 1
AF RR1BY35JQ C 393
BS 1 712 RR1BY35TF
BS 713 1095 RR1BY35JQ

RD RR1BY35TF 712 0 0
GGACATCTATTCTTTCTTAACTCGTCTCTCTTTCACTCTAAAAAAATGCCAAAAATCATG
TGGAGGAGTCTCCATCTTTGCTTCCCCTCAAATCTCACCAAATGCTACTCTTCGCCGTGC
CTTCCTCCCTCGACCGCCGCCGCCGCTGAGGATGACGATCCTAGCCGTCCCTCTATCGTT
CTCATCAACAACTTCAACCTACTCTACCACAATAATGACTACAAAAACCACAACCACCAC
CCCGCCGTTGACTTACCTTCCTCATCCACCGCCACCACCACCTTCTCCTCTTCCGCCACG
TCATCATACGAATCCGAGAGTCACGACATTTCTCCTGAATTGTCCGCCGCTTTCGCTTCC
CGTCGCTTCTTCTTCTCTTCTCCTGGCCGATCAAATGCAATAACCGACTCACCGGAAACA
CGGTCAAGAGAACTCTCTGATAATAGCGACACTGCCGCTATCAACACAACAAAGAAAAAG
AGCTACGACACTACCGTGAATACCACGAGGCTTCTAACCGGAGGTTCCGCCGTGAAACAA
CACGTATACTCACCGGATCCGTTAACTGACTTCCGACAATCAATGCAGGAGATGATTGAT
GCCGCCATTGTCGCCGGCGATCTTAGCCATCCCGACGACGGTTATGATTACTTGAACGAG
CTGCTTCTCAGTTATTTAGCGTTGAATCCAACCGACATGCACAAGTTCATCA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1BY35JQ 703 0 0
AAATGCAATAACCGACTCACCGGAAACACGGTCAAGAGAACTCTCTGATAATAGCGACAC
TGCCGCTATCAACACAACAAAGAAAAAGAGCTACGACACTACCGTGAATACCACGAGGCT
TCTAACCGGAGGTTCCGCCGTGAAACAACACGTATACTCACCGGATCCGTTAACTGACTT
CCGACAATCAATGCAGGAGATGATTGATGCCGCCATTGTCGCCGGCGATTTTAGCCATCC
CGACGACGGTTATGATTACTTGAACGAGCTGCTTTTCAGTTATTTAGCGTTGAATCCAAC
CGACATGCACAAGTTCATCATAAGGGCTTTTTCCGACACCATGGTCTCACTCTTGTCGGA
AGAACGTCGGATGTGATGACGCAGCGGCCGCCTAGATTAAAAAAAATGATCGTGTAATAA
ACGACCCACGTGATTTTATTAATTAAGTCGATGGACCTAACATTTTTTTTACATTATCGT
CTTCAAAGAAGAGAAACCATCTCAGAAAACTACTGACAGATTTATCTTTATTTCCTTTTT
TTGTATTTTGTATGTTTTTGTTAAATAAACCTCAGTTTCGTAACAGAGGCAAATTAATGT
TTTTGCATGCATTTACGACCGAATGCCAAATGTAATTATTATGTAACGATATTTGATTTT
CAAGAATTATTGAGGTGGCGGGTGCATATTGCCTTTTTGATTT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL8227Contig1 915 2 8 U
GGGAGAAAATCTAAAGGACAATAATAAGTCAAAGACTACCACAACAAACCAAAGTAAAAC
ACACACAGAAAACATAGAAACAAAACAGTTAAAACAGATTAAAAAGGTTTCAGAGCTTTT
TTCAAGAGTGTAAGATGATCAGGATGACTCTTTGGATTTGCTTTCTTCTCTATTGCCTCG
AAAGAAATTCACCGTTTCCACCCAGCTTTCGTCGATTTATCACCACCAATGTCCTTGGAA
GACGAAAAAGATCTGTCACTGTTCATTGATCCTTTAGCTGAAGCTATGAGAAGTCTGTGA
GCTCTTGGAGACATTGTACTCAGCTTACCATTGGCTCCAGTAGGAAGAGAGTGGCGCCTC
GTTATCCCATTTTTCTCTGGCTTCTCTTGACCAATAATCCTCGGAGACCCTTGTCCTCCT
CCTCTTACTCTTGCCTTCGCAGATGCAGTTGGAGCCATGTAGCTTGGAATCTTTCTCCCG
CTGTGTGTAAGCCCTTCTTCTTGATGATGAGTTTCAATCTTTGCAGGTAGCGAAGCTCTT
CTATCGCTTGGCTTTGTGTTTTCATTAGCAGCATTTCCACTCTCAGAGCTCATCTGCACG
TCTGGCTCTTGGATCTCTTCTTCCGCTTTGTCATTTCCCTCTGCGGTTTTGACTTCATCT
TGCTCATCTTTATCGAGATCTGCCTCTTTCGAAACCGCTTCAGTGCTATATTGCACCTTT
TCTTCTGCATCAGGAGTATCAACAACAGGAGCTGAGACCTTGTCACCAGGCAACTCTTTC
TGCGTATCTGCAATCTCTTTCTTCTTCTCAGCAGATTTGCGAGTAGGTTTCTCTAGCCCA
TTAGAAAGTGTAGCCTTTTTGAGACTAACTCTAGGCTTCTCGTCCTTAACCTCCAATGAT
GAAGACCCTTCCTTC


BQ
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AF RR1DV03JQ U 1
AF RR1C901TF C 197
BS 1 440 RR1DV03JQ
BS 441 441 RR1C901TF
BS 442 695 RR1DV03JQ
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AAAGAAATTCACCGTTTCCACCCAGCTTTCGTCGATTTATCACCACCAATGTCCTTGGAA
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DS 

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CTTCTTCCGCTTTGTCATTTCCCTCTGCGGTTTTGACTTCATCTTGCTCATCTTTATCGA
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CTTTCTTCTTCTCAGCAGATTTGCGAGTAGGTTTCTCTAGCCCATTAGAAAGTGTAGCCT
TTTTGAGACTAACTCTAGGCTTCTCGTCCTTAACCTCCAATGATGAAGACCCTTCCTTC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

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AGCTGCTGAAAGTTCTACCTGAAAAGTTTAGCGCGGTTGCACATTTGGCTGCAGGTGCTT
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AAACTGGACAATTTGCTTCGGCACCTGATGCTGTTCGACTTATTATAGCCAAAGAAGGAT
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CTCCAAGTCCAATATTATCAATATTAATCTATCAAATGACG


BQ
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AF RR1BJ04TF U 1
AF RR1BJ04JQ C 393
BS 1 808 RR1BJ04TF
BS 809 1241 RR1BJ04JQ

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TTTCCAGTAGCGGAGATGGAGGATCTCAGACAGCTTTGCCTGATAAATTGGCATTCAAGA
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CTGGTCTTGTTGTAGAAGCTGCTCTATACCCAATTGATACAATCAAAACTCGAGTCCAGG
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TTGCTGGTGTCTTACCTGCTTCTGCCTTATTTTTCGGTGTATATGAACCAACCAAACAGA
AGCTGCTGAAAGTTCTACCTGAAAAGTTTAGCGCGGTTGCACATTTGGCTGCAGGTGCTT
TAGGAGGTGCTGTTTCATCTATTGTTCGTGTACCAACCGAAGTTGTTAAACAGCGGATGC
AAACTGGACAATTTGCTTCGGCACCTGATGCTGTTCGACTTATTATAGCCAAAGAAGGAT
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CCACTCCTCTGGACGTAATCAAAACCAG

QA 1 808 1 808
DS 

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CCAACCGAAGTTGTTAAACAGCGGATGCAAACTGGACAATTTGCTTCGGCACCTGATGCT
GTTCGACTTATTATAGCCAAAGAAGGATTCGGAGGCATGTATGCGGGATTCGGATCTTTC
TTGTTGCGAGATTTGCCTTTTGACGCGCTTCAGTTTTGTGTATATGAGCAGTTACGGATC
GGATACAAGTTGGCTGCGAGAAGAGATCTAAATGATCCAGAGAACGCAATGCTTGGTGCA
GTTGCTGGTGCTGTCACTGGAGTTTTGACCACTCCTCTGGACGTAATCAAAACCAGGCTA
ATGGTTCAGGGCGCAGGAAATCAGTATAAAGGGTTCTCGGATTGCGTTAAGACGATATTA
AGAGAAGAAGGGTCATCAGCTTTGTGGAAGGGGATGGGTCCAAGGGTATTATGGATAGGT
ATTGGAGGTTCAATTTTCTTTGGAGTACTGGAAAAGACAAAGCAGATTCTTTCAGAACAG
AGCAGCCAAAAGGTTCATAAGGCTTAAACAGTTAGATTCTACTTCTGAGTGAGAGATTCT
ACATCATTGATGTTCCTGTGGAGATGTTGATTCATTACGTATCTTGCTTGATTTTAAGGC
CATGTCTTCTATTTTTCGATCTCGTTCTGCTCCATAAGGACTTCGTTTCTTCCGGAAGGA
TTGTGATCTTGGTGTCTTATTTGTATAACTCCAAGTCCAATATTATCAATATTAATCTAT
CAAATGACG

QA 1 849 1 849
DS 



AS 1 2

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GGTTGCACATGCCATGGAGTTATTGACAGCTGGAAGCTAAGAAGGAGAATTTCTTGTACA
TGAGGAGCAGCAAAACTTGGGTGGAATCAACATGGAAGAGCTCCATAGACTTGTTTATGC
TCAAGTTCTTTCTTCTCATGCTTTTACTTGGCAGATAGCTCCTGTTTATCTATCATCCTG
CGTGAAACAGGGATTAGGCTTATTAGAATTGTTGTTCTATAGGCAGCCAGTTCAAGACAA
TCAGTTGCTTATTAAGAGCCTAGAGATTTGCCGTCTATATGAACTTAGTTATGTCAGCGC
TAAACTTATGAAGATCTCTGGAGTGCATCACTGGAAACATGGGAGGAAAGGATCTGGGAT
TTTTTGGCTTCAGCAAGCCCGGGATGAGCACTGTCTCAAAGTGATTTCTCAACAGCTGTT
TGATTCTGTTGGAAAGTCATTGTCTGATGAAAGTCTCAAGCAATGGGAAGGCCTGGTCGA
ACTTCTGGGTTCCGACTCGCAGATCTCTGGTGGTCTTGATTTTCTTCACAAGTATAGAGA
TTTCAAGAGGTCATTGAAGCTAGTCCATGATGGAAAAGCTGTAGATGCGGCTCACGAGGC
TGTGGAGAGACTTGTATCGCTAATGAAGAGCCCCTCTACTCCGCAACGCTTCTGGCTTCC
TCTTCTGCATGATTCATTGAAGCGGTTGAATTGGCCAGAGCGTTCTCTGTTGAATGTAGC
ACAAACAAACCTGATGCTGAACAAACTACAGGAAGCATCAATGGCAAGGATAAGACCAGG
CTTCATGAATTTGACTTGTCTTCTCAAGCTGTTGGATCTGTGAGACTTGCTCTAGCAACC
AATTTGGGACGTGCTTTTTTGGAGGAATGTTAGAGCATCATTATCCTAAAACTCCATTTA
GGGGTTCTTATTTTTTTCAATACTTTTAATTAGTAAAAATGAATTAAGAGACAAAAATAA
AAAACCCATACATTTATGTGATCCAATGCAAGTATCTTTAATTAAAGGTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A493TF U 1
AF RR1A493JQ C 277
BS 1 784 RR1A493TF
BS 785 785 RR1A493JQ
BS 786 811 RR1A493TF
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BS 813 822 RR1A493TF
BS 823 1073 RR1A493JQ

RD RR1A493TF 822 0 0
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TCAAGTTCTTTCTTCTCATGCTTTTACTTGGCAGATAGCTCCTGTTTATCTATCATCCTG
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TCAGTTGCTTATTAAGAGCCTAGAGATTTGCCGTCTATATGAACTTAGTTATGTCAGCGC
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TGATTCTGTTGGAAAGTCATTGTCTGATGAAAGTCTCAAGCAATGGGAAGGCCTGGTCGA
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TCTTCTGCATGATTCATTGAAGCGGTTGAATTGGCCAGAGCGTTCTCTGTTGAATGTAGC
ACAA*CAAACCTGATGCTGAACAAACTACAG*AAGCATCAAT

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1A493JQ 797 0 0
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CAAGCAATGGGAAGGCCTGGTCGAACTTCTGGGTTCCGACTCGCAGATCTCTGGTGGTCT
TGATTTTCTTCACAAGTATAGAGATTTCAAGAGGTCATTGAAGCTAGTCCATGATGGAAA
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TACTCCGCAACGCTTCTGGCTTCCTTTTTTGCATGATTCATTGAAGCGGTTGAATTGGCC
AGAGCGTTTTCTGTTGAATGTAGCACAAACAAACCTGATGCTGAACAAACTACAGGAAGC
ATCAATGGCAAGGATAAGACCAGGCTTCATGAATTTGACTTGTCTTCTCAAGCTGTTGGA
TCTGTGAGACTTGCTCTAGCAACCAATTTGGGACGTGCTTTTTTGGAGGAATGTTAGAGC
ATCATTATCCTAAAACTCCATTTAGGGGTTCTTATTTTTTTCAATACTTTTAATTAGTAA
AAATGAATTAAGAGACAAAAATAAAAAACCCATACATTTATGTGATCCAATGCAAGTATC
TTTAATTAAAGGTTCTT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL8230Contig1 531 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DF34JQ C 1
AF RR1DF34TF U 1
BS 1 531 RR1DF34TF

RD RR1DF34JQ 531 0 0
GGGATACTTGCGGCGGAGAAGAAGATGCAGATATTCGTGAAAACGCTTACGGGCAAGACC
ATCACCCTCGAGGTGGAGAGTAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGAC
AAAGAAGGAATCCCACCGGATCAGCAGAGGTTGATTTTCGCCGGAAAACAGCTTGAGGAT
GGTCGCACCTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTTTGCATCTTGTTTTGAGG
CTAAGAGGAGGTATCATCGAGCCTTCTTTGATGGCTTTGGCGCGCAAGTACAATCAAGAC
AAAATGATTTGCCGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTCAACTGCAGGAAG
AAGAAGTGTGGACACAGCAACCAGTTGAGGCCGAAGAAGAAGATCAAGTAATCTGTTTTC
TTGACAACAAACTTATTTATCTATGTTTTTTTTTTTCCTTGAAGACATCTCTAGTGTTTT
GACACAAACTTTGTTTCAGTGAATTTTAATCATAAAAGATTGTTGTTTAGT

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1DF34TF 531 0 0
GGGATACTTGCGGCGGAGAAGAAGATGCAGATATTCGTGAAAACGCTTACGGGCAAGACC
ATCACCCTCGAGGTGGAGAGTAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAGGAC
AAAGAAGGAATCCCACCGGATCAGCAGAGGTTGATCTTCGCCGGAAAACAGCTTGAGGAT
GGTCGCACCTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTTCTGAGG
CTAAGAGGAGGTATCATCGAGCCTTCTTTGATGGCTTTGGCGCGCAAGTACAATCAAGAC
AAAATGATTTGCCGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTCAACTGCAGGAAG
AAGAAGTGTGGACACAGCAACCAGTTGAGGCCGAAGAAGAAGATCAAGTAATCTGTTTTC
TTGACAACAAACTTATTTATCTATGTTTTTTTTTTTCCTTGAAGACATCTCTAGTGTTTT
GACACAAACTTTGTTTCAGTGAATTTTAATCATAAAAGATTGTTGTTTAGT

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 2

CO CL8231Contig1 693 2 5 U
GAAAAATGTTGCTTTTGATTTTGATTTTGATCCAAGGTCAAACACATGTGCTCAGGGAGA
TTTACAATGGGGTCAAAAATGGTCACAGGTTACATTTCCCTAAACCAAATCATGTGCATA
CAGCCTCAAATCCCTACTCCCACATTCCTAAACAATTTTTTCTTACATTTTGCTTATCAC
AATTTTGAAACAAGACTTGACTAAATCAATCTCCCATCTTCTTTTGTCAAATGAGCACAA
ATTTTTATTTCTACATCCAGAGTCCTTGGGTTGATGACAGACCAACCAAACACCATTAAT
ATTACAGACAGCTTTTCCATCATCCCTGTGGCATTGGATGGTCATGCGAATCTGGTGGAT
CTCCATCGATTTCACCATCAAAAGTATCCACAAGCCTTGCAATGGCAGCAATAAGCGCCT
GCTCATGTTCCTTGAACATTTTCTTGGCCTTATCAAGCTCAAAAGGATCAGGATGCGCAA
AATCGAAAACTCTCTCCACCTCCTTCACAAGCGAATCAGTGTTGAACAATTCAATATCAT
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TTCTCGGTTGATGAATTCTTGGTCCTCTCCCTCTACCAATATGGCCTTGGTGGTACCTTC
GGTTGCCACGGATTGATCCACTTACAGGTCCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA48JQ U 70
AF RR1EY05JQ U 1
BS 1 389 RR1EY05JQ
BS 390 390 RR1EA48JQ
BS 391 435 RR1EY05JQ
BS 436 436 RR1EA48JQ
BS 437 693 RR1EY05JQ

RD RR1EA48JQ 491 0 0
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AGCTTTTCCATCATCCCTGTGGCATTGGATGGTCATGCGAATCTGGTGGATCTCCATCGA
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QA 1 491 1 491
DS 

RD RR1EY05JQ 693 0 0
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CAGCCTCAAATCCCTACTCCCACATTCCTAAACAATTTTTTCTTACATTTTGCTTATCAC
AATTTTGAAACAAGACTTGACTAAATCAATCTCCCATCTTCTTTTGTCAAATGAGCACAA
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GCTCATGTTCCTTGAGCATTTTCTTGGCCTTATCAAGCTCAAAAGGATCAGGATGCGCAA
AATCGAAAACTCTCTCCACCTCCTTCACAAGCGAATCAGTGTTGAACAATTCAATATCAT
CAGATGAAGTTATCCGGTCAACACCACCATCACCATTCTGTTGTGTTGGTAAAAATTCTC
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GGTTGCCACGGATTGATCCACTTACAGGTCCAA

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

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GCAGCCGTGGGTTCAGCGCTAGATCCTCTCAGGTCAACGATGCTGGGTCTGTTGATCAAA
CCCTTATGCAATCAATGGAGCTAAAGATCAAAGAACAGTTGAATGCAGAGTCGGTTTCTG
TCAAGGATATGTCTGGAGATGGACGCCATGTTTGCATAAATGTGGTATCAGCGGCTTTCG
AGGGACAATCTGCAGTGAACAGACAGAGGATGGTCTACAAAGCCATTTGGGAGGAGCTTC
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TTTTTCTTTATGAACATTACAAGAATGAATATCTATTATTTATTTGAAGGACAAAGCTAT
TTATCAAATAAAATTTGAAGCTTTTTTTATCAAAAACGAATTAGAAATAAAGTTTCAGGA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A574TF U 1
AF RR1A574JQ C 95
BS 1 631 RR1A574TF
BS 632 760 RR1A574JQ

RD RR1A574TF 631 0 0
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GCAGCCGTGGGTTCAGCGCTAGATCCTCTCAGGTCAACGATGCTGGGTCTGTTGATCAAA
CCCTTATGCAATCAATGGAGCTAAAGATCAAAGAACAGTTGAATGCAGAGTCGGTTTCTG
TCAAGGATATGTCTGGAGATGGACGCCATGTTTGCATAAATGTGGTATCAGCGGCTTTCG
AGGGACAATCTGCAGTGAACAGACAGAGGATGGTCTACAAAGCCATTTGGGAGGAGCTTC
AGAACGTTGTGCATGCGGTTGATCAAATGACAACAAAGACCCCTTCTGAAGTTTGAAGCT
TTTTTCTTTATGAACATTACAAGAATGAATATCTATTATTTATTTGAAGGACAAAGCTAT
TTATCAAATAAAATTTGAAGCTTTTTTTATC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1A574JQ 666 0 0
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TTCTGGGTTTGGTGCCGTGGACATTCGCAGCCGTGGGTTCAGCGCTAGATCCTCTCAGGT
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ACAGTTGAATGCAGAGTCGGTTTCTGTCAAGGATATGTCTGGAGATGGACGCCATGTTTG
CATAAATGTGGTATCAGCGGCTTTCGAGGGACAATTTGCAGTGAACAGACAGAGGATGGT
TTACAAAGCCATTTGGGAGGAGCTTCAGAACGTTGTGCATGCGGTTGATCAAATGACAAC
AAAGACCCCTTTTGAAGTTTGAAGCTTTTTTCTTTATGAACATTACAAGAATGAATATTT
ATTATTTATTTGAAGGACAAAGCTATTTATCAAATAAAATTTGAAGCTTTTTTTATCAAA
AACGAATTAGAAATAAAGTTTCAGGATGTTTGTTGTTGTTCATTTGAATGATTCTCTCGC
AACAGTTTGTTTGCTGCGGTTGACAGTAGAGGGATGTTAGCTTTTTAATTGACAAAACTC
TATCAG

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL8233Contig1 1291 2 2 U
GGAAGTTGTGTTCTTTGAATAGAAAATTCACCAATTTGGTCAAAACACAAAGGAGATGCT
GATTTTCCTCTAGTCTCCGTTTCAGATCTGCTCCCCCATCCCGACATCCACGGGATATTT
CTTCACAAAATTCTTTGTCTGAATTCTCTTTCCGAAACCGGTTCTGCTCTGTTCCTCCTC
CGTCTGAATCCTCGGCGGAGAGAAATGACTCTTCCGGCGGTAGAAAATGACGGTGGCTCT
GATTTTCCGGCGGTCTCTATCATCGGAAGCAAGAGGAATAAGTATCAGAGAATGGATTCC
GACGCGGAGGGAACTCGTGAGGATCATCATCATCGCAGCAGATCCAGGAAATACGTTATG
GCCTGCGCCTTCTTTGCATCCTTGAACAATGTTCTCCTCGGCTACGATGTTGGTGTAATG
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CGCCACCGTCTACTATAGCCCGGAGATTCTAAAAGAGGCGGGGATACAAGACGAGACCAA
GCTGCTAGCTGCAACCGTTGCTGTCGGGATCACGAAAACGTTGTTCATACTCTTCGCCAC
TTTCTTGATCGATAGCGTTGGAAGGAAACCTCTGCTTTACGTGAGCACAATTGGGAATGA
CTCTGTGTCTCTTTAGTCTAAGCTTCACTCTCACGTTTCTAGGCCAAGGAACGCTTGGCA
TAGCCTCGGCGCTTCTCTTTGTTTGTGGGAACGTTGCTTTCTTCTCTATTGGGATGGGAC
CTGTCTGCTGGGTCTTGACGTCAGAGATCTTCCCGTTACGGCTAAGAGCGCAGGCGTCAG
CGCTTGGAGCTGTCGGGAACAGGGTCTGCAGCGGTATAGTGGCCATGTCTTTTCTAACGG
TGTCACGTGCCATCACTGTCGGAGGAACCTTCTTTGTCTTCTCCCTTGTGTCTGCGCTCT
CGGTTGTCTTCGTGTACATGTTAGTCCCGGAGACTAGCGGGAAGTCGCTGGAGCAGATAG
AGTTGATGTTTCAGGGTGGGATAGAAAGGAAAGGCGGTGAAGTTGAGCTTGGAGATGCTG
AGCGTCTTGTACGAAAGGATCAAGAGTTTTGACTGTGGAGGGTGTTCTGTTCATGTTTTA
GATCCAATGAAAGTAAGACAGATTTTGCAAGTGCGTTTGGTGGTGGTGTATACATATTCC
AGAAAGACAAGTGCTCTGTTTTTTCCCCTTGTTTCATGAAGAAACCATGTAATACTCAGA
GACAATACAGAACGGTCGAACATTTGTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G914TF U 1
AF RR1G914JQ C 497
BS 1 698 RR1G914TF
BS 699 1291 RR1G914JQ

RD RR1G914TF 698 0 0
GGAAGTTGTGTTCTTTGAATAGAAAATTCACCAATTTGGTCAAAACACAAAGGAGATGCT
GATTTTCCTCTAGTCTCCGTTTCAGATCTGCTCCCCCATCCCGACATCCACGGGATATTT
CTTCACAAAATTCTTTGTCTGAATTCTCTTTCCGAAACCGGTTCTGCTCTGTTCCTCCTC
CGTCTGAATCCTCGGCGGAGAGAAATGACTCTTCCGGCGGTAGAAAATGACGGTGGCTCT
GATTTTCCGGCGGTCTCTATCATCGGAAGCAAGAGGAATAAGTATCAGAGAATGGATTCC
GACGCGGAGGGAACTCGTGAGGATCATCATCATCGCAGCAGATCCAGGAAATACGTTATG
GCCTGCGCCTTCTTTGCATCCTTGAACAATGTTCTCCTCGGCTACGATGTTGGTGTAATG
AGCGGTGCGGTGTTGTTCATACAGCAGGATCCAATGTTTTCAGCAGATCACTGGAATCGA
CGCCACCGTCTACTATAGCCCGGAGATTCTAAAAGAGGCGGGGATACAAGACGAGACCAA
GCTGCTAGCTGCAACCGTTGCTGTCGGGATCACGAAAACGTTGTTCATACTCTTCGCCAC
TTTCTTGATCGATAGCGTTGGAAGGAAACCTCTGCTTTACGTGAGCACAATTGGGAATGA
CTCTGTGTCTCTTTAGTCTAAGCTTCACTCTCACGTTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1G914JQ 795 0 0
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GTTGCTGTCGGGATCACGAAAACGTTGTTCATACTCTTCGCCACTTTCTTGATCGATAGC
GTTGGAAGGAAACCTCTGCTTTACGTGAGCACAATTGG*AATGACTCTGTGTCTCTTTAG
TCTAAGCTTCACTCTCACGTTTCTAGGCCAAGGAACGCTTGGCATAGCCTCGGCGCTTCT
CTTTGTTTGTGGGAACGTTGCTTTCTTCTCTATTGGGATGGGACCTGTCTGCTGGGTCTT
GACGTCAGAGATCTTCCCGTTACGGCTAAGAGCGCAGGCGTCAGCGCTTGGAGCTGTCGG
GAACAGGGTCTGCAGCGGTATAGTGGCCATGTCTTTTCTAACGGTGTCACGTGCCATCAC
TGTCGGAGGAACCTTCTTTGTCTTCTCCCTTGTGTCTGCGCTCTCGGTTGTCTTCGTGTA
CATGTTAGTCCCGGAGACTAGCGGGAAGTCGCTGGAGCAGATAGAGTTGATGTTTCAGGG
TGGGATAGAAAGGAAAGGCGGTGAAGTTGAGCTTGGAGATGCTGAGCGTCTTGTACGAAA
GGATCAAGAGTTTTGACTGTGGAGGGTGTTCTGTTCATGTTTTAGATCCAATGAAAGTAA
GACAGATTTTGCAAGTGCGTTTGGTGGTGGTGTATACATATTCCAGAAAGACAAGTGCTC
TGTTTTTTCCCCTTGTTTCATGAAGAAACCATGTAATACTCAGAGACAATACAGAACGGT
CGAACATTTGTGGTC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL8234Contig1 781 2 4 U
GATCTATGCTGCTGCCTCCGATTTGATTTCCAATGGTGGTGGCTCTCAGTTACTAGGATC
CCACGGAGCTAATCAGCTGACGATCTCGTTCCGTGGTCAAGTTTACGTTTTCGATGCTGT
TGGTCCTCAAAAGGTGGATGCTGCGTTGTCGCTATTGGGTGGTTCTTCTAAGCCACAGGG
GATGGAGATAACTCAACAGAATCATATGCCTGTTGTGGAATATCAGAACCGGTGTAGCAA
TCCGCAACGGGCGCAATCCTTGGATAGGTTTCGGAAGAAGAGGAATGCTAGATGTTTTGA
CAACAAAGTCAGATATGGTGTTCGCCAGGAAGTGGCTTTAAGATCAAGACTCTGCACAGG
ATGATGGCCGTCCAGAGATATCGTGTACTCATTGCGGCGTTAGTTCCACATGTACACCAA
TGATGAGACGTGGTCCTTCACGCCCCAGAACTCTCTGCAATGCCTGTGGACTCTTCTGGG
CTGCCAGGGGTACATTGAGGGATCTCTCTAAGAAAACAGAAGAGAATCAGATGGCAATAA
TAAAATCTGGAGAGCTTGGGAGTGATGCCGATGCTAACAACTCGAACTATCAATTTGCAA
CTGTCGAAGAACACACTGCCTTTGTTTCTCTTGCTAATTGGGATAATAACTCTAATATGT
TAGGTAATCACTAGATACTGTGATAAGGATCAGAAGATAGAAACCTTGTAGTGTGATAGT
ATCAAGTTGCTCTTCTCTATGAATGTATCTTCTCACCATCATCACATGTATTATAGAAAC
C


BQ
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10 

AF RR1DW20TF U 1
AF RR1DW20JQ C 125
BS 1 636 RR1DW20TF
BS 637 637 RR1DW20JQ
BS 638 659 RR1DW20TF
BS 660 781 RR1DW20JQ

RD RR1DW20TF 659 0 0
GATCTATGCTGCTGCCTCCGATTTGATTTCCAATGGTGGTGGCTCTCAGTTACTAGGATC
CCACGGAGCTAATCAGCTGACGATCTCGTTCCGTGGTCAAGTTTACGTTTTCGATGCTGT
TGGTCCTCAAAAGGTGGATGCTGCGTTGTCGCTATTGGGTGGTTCTTCTAAGCCACAGGG
GATGGAGATAACTCAACAGAATCATATGCCTGTTGTGGAATATCAGAACCGGTGTAGCAA
TCCGCAACGGGCGCAATCCTTGGATAGGTTTCGGAAGAAGAGGAATGCTAGATGTTTTGA
CAACAAAGTCAGATATGGTGTTCGCCAGGAAGTGGCTTTAAGATCAAGACTCTGCACAGG
ATGATGGCCGTCCAGAGATATCGTGTACTCATTGCGGCGTTAGTTCCACATGTACACCAA
TGATGAGACGTGGTCCTTCACGCCCCAGAACTCTCTGCAATGCCTGTGGACTCTTCTGGG
CTGCCAGGGGTACATTGAGGGATCTCTCTAAGAAAACAGAAGAGAATCAGATGGCAATAA
TAAAATCTGGAGAGCTTGGGAGTGATGCCGATGCTAACAACTCGAACTATCAATTTGCAA
CTGTCGAAGAACACACTGCCTTTGTTTCTCTTGCTA*TTGGGATAATAACTCTAATATG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1DW20JQ 657 0 0
CCTCAAAAGGTGGATGCTGCGTTGTCGCTATTGGGTGGTTCTTCTAAGCCACAGGGGATG
GAGATAACTCAACAGAATCATATGCCTGTTGTGGAATATCAGAACCGGTGTAGCAATCCG
CAACGGGCGCAATCCTTGGATAGGTTTCGGAAGAAGAGGAATGCTAGATGTTTTGACAAC
AAAGTCAGATATGGTGTTCGCCAGGAAGTGGCTTTAAGATCAAGACTCTGCACAGGATGA
TGGCCGTCCAGAGATATCGTGTACTCATTGCGGCGTTAGTTCCACATGTACACCAATGAT
GAGACGTGGTCCTTCAGGCCCCAGAACTTTCTGCAATGCCTGTGGACTCTTCTGGGCTGC
CAGGGGTACATTGAGGGATCTCTCTAAGAAAACAGAAGAGAATCAGATGGCAATAATAAA
ATCTGGAGAGCTTGGGAGTGATGCCGATGCTAACAACTCGAACTATCAATTTGCAACTGT
CGAAGAACACACTGCCTTTGTTTCTCTTGCTAATTGGGATAATAACTCTAATATGTTAGG
TAATCACTAGATACTGTGATAAGGATCAGAAGATAGAAACCTTGTAGTGTGATAGTATCA
AGTTGCTCTTCTCTATGAATGTATCTTCTCACCATCATCACATGTATTATAGAAACC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8236Contig1 959 2 2 U
GGGTTGCAGGAGGAAAAGAAAAAAAAGTCAGAATAAAGAAGAAAAAAAAAGAAGAAGACG
CTCTGCTCTTGAATCTTGAATCAAGCAAAGCTGCTAGGGAGGTGGCTGAACAAAACCCTT
ATCCTAATTTCCCCCGAATATGCCATTTCTGAGGATAGTGAGACTTCTCTTACCAGGGAT
CAGAGTGTTGATTAGAAGGTCGTTACTTTGGTTGCTGTAGATGCATATCCCTTCTTGGAT
CTACCAGTTACTTGGTTGCATGGGAGGTTGTTTTGGATGCTGCAATAAACCACCGCTTAT
AGTTGCAGCGGATGAGCCGTCTAAAGGGTTGAGGATTCAAGGTCGTCTAGTGAAGAAACC
GAACCTGTCAGACGATTTCTGGAGCACAAGCACCTGCGAGATGGATAACAACAGCACGAT
GCAGTCACAGAGAAGCGTTTCTTCTATCAGCTTCACTAACATCACTGCTGCTTCTGCAAG
TAGTAGCAACCCCAATGAATTTGTTAACAATGGATTGAGCCTCTGGTTGCAAACTAGACA
ACAGTGGCTTGCAAATGGATCTTCTTCACAAACAAAGGCTAAAGTTCGAGAACCTACAAT
AAGCTGGAATGCAACATATGAGAGCTTGTTGGGTATGAACAAGCGGTTCTCTCGTCCAAT
ACCTCTCCCTGAAATGGTGGATTTTCTGGTGGATGTGTGGGAGCAAGAGGGCTTGTATGA
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TTATT

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B819TF U 1
AF RR1B819JQ C 645
BS 1 768 RR1B819TF
BS 769 769 RR1B819JQ
BS 770 829 RR1B819TF
BS 830 1575 RR1B819JQ

RD RR1B819TF 829 0 0
GGGAAACCCTTCAGAAATATTTGGGAATTAAGGTTTGGGTACGTCTTCTTCAGCCCCTTC
TCCGTCGTTATTTTTTTTGGTTCCTCCCCGTCGATTCGCTCTCTGTAACGTAAGAACCTT
TACTACTATCTTCACATAACTACGAAATTCCCATCCTTAATCCCAAACACATCATTCAAG
TAATCGCTTTGGTTTCCACAGTTAACGCCTCGGCCTCCATCTATAAATAGCGGTTCCTGT
ATGCGAGGATGAGCACAGCTCAAACGACTTCCATAATCTTTCAATTTCCAAACTTTTTGT
CAATAGCAAACGGGTTGAATGGCGCCTTCCTACATGCTCCTTACCGATCTCAGAGCCGAT
GCTCCCACACTGCGGAGGTTTGGCTGTTGAGGTCTTGAGAGGCCAGAAATATCAACAAAA
AAAATTGCTGCTGAGTGTTGACATTCATCGATGAGAATGTAATCACTGTTGTTTTAAGGT
CTTTTTTTCATTTACGCATCTCTGAACACAAGTTCAGGGAACGTCCCACCGAGGGATCCG
TCTACATTTCAAGCGGATTCGATGTGGTGTGAAGCAACCCCAAATTCCGGTTATCTGATA
CGCCCTTCTCCGTACGTTTCAATGAAGGGACCGAGCTGGAGAAGCTGACAGCATATGTTA
AGAACATACCAACTGAGTTTTCCCGTTTCGACCATACAACCAATTGCTTGAGCTAGCAAA
TACTGTAAAGCAACTCCCTGACGTGATGGGGGAGCTTTGCATAATCAG*AGCACCATCAC
TGACCGTTTGCTTGGAGCACAGCGTGTAATCCTTACCTTGCGGTGGGAA

QA 1 829 1 829
DS 

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CTGACAGCATATGTTAAGAACATACCAACTGAGTTT*CCCGTTTCGACCATACAACCAAT
TGCTTGAGCTAGCAAATACTGTAAAGCAACTCCCTGACGTGATGGGGGAGCTTTGCATAA
TCAGGAGCACCATCACTGACCGTTTGCTTGGAGCACAGCGTGTAATCCTTACCTTGCGGT
TGGAAAGGAATCCAAAACAAAAAGCCGATCCCTTGGACTGAAGACTGAGAGTTTCTGCAA
ATTCTTCATTCAACCTAAAGTTCCTGAGGAAGACAATGATCCTGACGACAGGTATGTCCA
TCCTCAGACTCTTCACTCCTGCTGTTAACTCTTTGAGTGTTTTGTATACGTTCTTGCAGA
AGATAACTGAAAGATGGACAACACTGTGAGCATTAAGCAAGAAGCACCACCGCCTCTTCC
TCCAGGGATCTATGAGGTACCGGGAGAGCCTGCGGTTGTTATCAACGGAGTCCCTGATAA
GCCTCAAAAAGATTCCATGATTGCCAAAGACGAACCAAAACCATCGAGTGTCACCACTGT
AGGATGCTGCGAATGGCTTGAAGGTAGAGAAGTTCGCAAGTTTTTCTTGGGTTAGTACTA
TTCAGGTACGGTGACGAAGTTCGACAAAAGTACTGGGTGGTACATGCTCGAGTATGAAGA
TGGAGAATCTGAAGAACTGGACTGGTCTGAGTTAGAAGAAGTGCTTCTACCTATGGATGT
TACTGTACCACTGAGATCAATCTCCTTATGGGTCATCAAGAATCGTCAGACGCAGGCTCA
AGCTTATGGATGCATGGTGAAGCGCTAGACCAAGAACTCCAACACTAATGGGTCTTACTC
CACCACTTTTAACAGTCTTTTGAACATTTCCTCAGTTGAACATTTTTATATTCAAAACTG
AATATATTGGCAATTAAATAATCATTCCAAG

QA 1 931 1 931
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8239Contig1 894 2 10 U
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AAAACTTGGCCTCTGCACAAATATCTCAGACAAAGGGATGTTTCACATCGGTTCCAAATG
TTCCAAGCTTCTAGAACTTGATCTATACCGCTGTGGTGGTTTTGGAGATGACGGTTTAGC
AGCTATATCCCGAGGCTGCAAGAGTTTGAACCGGCTCATTATATCATACTGTGGTGAGCT
AACAGACGCTGGGGTTGAACAAATCCGCCAGCTTGAACATCTAAGTCACCTAGAAATCAG
AGGGCTAAAGAATATTACCGGTGCTGGTCTAGCTGCAGTTGCGTGCGGCTGCAAGAAATT
GGATTACTTGGACCTCAAGAAGTGCGAGAACATCGATGACTCAGGCTTCTGGGCGCTTGC
TTACTTCGCAAGAAACCTAAGACAGATAAACTTGTGCTATTGTTCGGTCTCTGATACGGC
TCTATGCATGTTAATGAGCAATCTGAGTCGTGTTCAAGACGTTGACTTAGTCAACCTGAA
CCGTGTGACTGTTGAAGGGTCTGAGTTTGCTCTAAGAGCCTGTTGCAATAGGCTTAAGAA
GCTTAAACTTTTTGCACCCCTCAGATTTTTACTCTCGTCTGAATTGCTTGAGATGCTTCA
TGATCGTGGTTGCCGCATTAGATGGGACTGAAGACAAAACTTACCTCGGCTTAAGAATCA
ATGGAACTTTTTTTTTTTTGAACTTTCTTAGTAGCACTTTAATGTGAGTTCATATACTTG
ATGCATGTATCAGTTGTCTAATATTCTAAAATGTTTTTATATTCAGTTTCTGAATTATGC
TACTGCTTTGGTTTTATCTTGCAACATAAACAATATAGATTTTGTGGTAATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E177TF U 1
AF RR1E177JQ C 222
BS 1 698 RR1E177TF
BS 699 699 RR1E177JQ
BS 700 716 RR1E177TF
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BS 742 761 RR1E177TF
BS 762 894 RR1E177JQ

RD RR1E177TF 777 0 0
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AAAACTTGGCCTCTGCACAAATATCTCAGACAAAGGGATGTTTCACATCGGTTCCAAATG
TTCCAAGCTTCTAGAACTTGATCTATACCGCTGTGGTGGTTTTGGAGATGACGGTTTAGC
AGCTATATCCCGAGGCTGCAAGAGTTTGAACCGGCTCATTATATCATACTGTGGTGAGCT
AACAGACGCTGGGGTTGAACAAATCCGCCAGCTTGAACATCTAAGTCACCTAGAAATCAG
AGGGCTAAAGAATATTACCGGTGCTGGTCTAGCTGCAGTTGCGTGCGGCTGCAAGAAATT
GGATTACTTGGACCTCAAGAAGTGCGAGAACATCGATGACTCAGGCTTCTGGGCGCTTGC
TTACTTCGCAAGAAACCTAAGACAGATAAACTTGTGCTATTGTTCGGTCTCTGATACGGC
TCTATGCATGTTAATGAGCAATCTGAGTCGTGTTCAAGACGTTGACTTAGTCAACCTGAA
CCGTGTGACTGTTGAAGGGTCTGAGTTTGCTCTAAGAGCCTGTTGCAATAGGCTTAAGAA
GCTTAAACTTTTTGCACCCCTCAGATTTTTACTCTCGTCTGAATTGCTTGAGATGCTTCA
TGATCGTGGTTGCCGCATTAGATGGGACTGAAGACAAA*CTTACCTCGGCTTAAGA*TCA
*TGGAACTTTTTTTTTTT**GACTTTCTTAGTAGCACTTTA
TGTGAGTCATATACTT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1E177JQ 673 0 0
TATCATACTGTGGTGAGCTAACAGACGCTGGGGTTGAACAAATCCGCCAGCTTGAACATC
TAAGTCACCTAGAAATCAGAGGGCTAAAGAATATTACCGGTGCTGGTCTAGCTGCAGTTG
CGTGCGGCTGCAAGAAATTGGATTACTTGGACCTCAAGAAGTGCGAGAACATCGATGACT
CAGGCTTCTGGGCGCTTGCTTACTTCGCAAGAAACCTAAGACAGATAAACTTGTGCTATT
GTTCGGTCTCTGATACGGCTCTATGCATGTTAATGAGCAATCTGAGTCGTGTTCAAGACG
TTGACTTAGTCAACCTGAACCGTGTGACTGTTGAAGGGTCTGAGTTTGCTCTAAGAGCCT
GTTGCAATAGGCTTAAGAAGCTTAAACTTTTTGCCCCCCTCAGATTTTTACTCTCGTCTG
AATTGCTTGAGATGCTTCATGATCGTGGTTGCCGCATTAGATGGGACTGAAGACAAAACT
TACCTCGGCTTAAGAATCAATGGAACTTTTTTTTTTTTGAACTTTCTTAGTAGCACTTTA
ATGTGAGTTCATATACTTGATGCATGTATCAGTTGTCTAATATTCTAAAATGTTTTTATA
TTCAGTTTCTGAATTATGCTACTGCTTTGGTTTTATCTTGCAACATAAACAATATAGATT
TTGTGGTAATTTC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGGTTCTTGTCCTTTGCTGTTTGGCTCACCAAATCTTGCAGCTTATGGTACAACAGCAAT
TCCAGCAGTCCAAGCCTATGCTATTATGTTTGGGACTCCAAATTTTACTTCTCAAGGTAC
AACGGCAACTCCAGCTTTTCAAGCCTATCCTATTATGTTTGGGACTCCAAATCTTGCTGC
TCAAGGTACTACAAGAGCTCCAGCTGTTCAAGCTTATCCTATGATGTTCGGCACGCCAAA
TATTGGAGCTCAAGGTACAACTCAAGCAGCTCAAGCGTATCCTATTATGTTTGGCACGCC
AAGTCTTGGCACGCCAAGTCTTGCTGCTCAAGGTGCAACAACAATTCCAGCAGCTCAGCC
CTATCCTATGATGTTTGGAACACCAAATCTAGCTGGTCAAAGTACAACAACAACTCCAGC
AGGTCAGCCATATCCTACGACGTTTGCTGTTACTCAAGCTGCAACAGCTCCAGCAGTTCA
GCCGTATGCTATGATGTTTGGTACACCAAGTCTCGGAGCTCAAGGTATCACTCCAGGAGG
TCAAGCCTATCCCGCTCATGGTTTAACTCTCCCATTCGCCGCCATGAGTCTGCAGTAATT
GCTCCTCGCTCTGCATCAAACTCGTGTCTTTTATCTTGTAGTTCTAAGGTCTTTGTTTTC
CCTTAAAGAGAGTCATAAACCAAGCGTCGTCCAACTTTGTGATTTTCAGCTATCATGAAT
GTAAACAAGTCTCGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E293TF U 1
AF RR1E293JQ C 164
BS 1 685 RR1E293TF
BS 686 736 RR1E293JQ

RD RR1E293TF 685 0 0
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TCCAGCAGTCCAAGCCTATGCTATTATGTTTGGGACTCCAAATTTTACTTCTCAAGGTAC
AACGGCAACTCCAGCTTTTCAAGCCTATCCTATTATGTTTGGGACTCCAAATCTTGCTGC
TCAAGGTACTACAAGAGCTCCAGCTGTTCAAGCTTATCCTATGATGTTCGGCACGCCAAA
TATTGGAGCTCAAGGTACAACTCAAGCAGCTCAAGCGTATCCTATTATGTTTGGCACGCC
AAGTCTTGGCACGCCAAGTCTTGCTGCTCAAGGTGCAACAACAATTCCAGCAGCTCAGCC
CTATCCTATGATGTTTGGAACACCAAATCTAGCTGGTCAAAGTACAACAACAACTCCAGC
AGGTCAGCCATATCCTACGACGTTTGCTGTTACTCAAGCTGCAACAGCTCCAGCAGTTCA
GCCGTATGCTATGATGTTTGGTACACCAAGTCTCGGAGCTCAAGGTATCACTCCAGGAGG
TCAAGCCTATCCCGCTCATGGTTTAACTCTCCCATTCGCCGCCATGAGTCTGCAGTAATT
GCTCCTCGCTCTGCATCAAACTCGTGTCTTTTATCTTGTAGTTCTAAGGTCTTTGTTTTC
CCTTAAAGAGAGTCATAAACCAAGC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1E293JQ 573 0 0
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ATGTTCGGCACGCCAAATATTGGAGCTCAAGGTACAACTCAAGCAGCTCAAGCGTATCCT
ATTATGTTTGGCACGCCAAGTCTTGGCACGCCAAGTCTTGCTGCTCAAGGTGCAACAACA
ATTCCAGCAGCTCAGCCCTATCCTATGATGTTTGGAACACCAAATCTAGCTGGTCAAAGT
ACAACAACAACTCCAGCAGGTCAGCCATATCCTACGACGTTTGCTGTTACTCAAGCTGCA
ACAGCTCCAGCAGTTCAGCCGTATGCTATGATGTTTGGTACACCAAGTCTCGGAGCTCAA
GGTATCACTCCAGGAGGTCAAGCCTATCCCGCTCATGGTTTAACTCTCCCATTCGCCGCC
ATGAGTCTGCAGTAATTGCTCCTCGCTCTGCATCAAACTCGTGTCTTTTATCTTGTAGTT
CTAAGGTCTTTGTTTTCCCTTAAAGAGAGTCATAAACCAAGCGTCGTCCAACTTTGTGAT
TTTCAGCTATCATGAATGTAAACAAGTCTCGGG

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL8242Contig1 904 2 6 U
GTGAAAAGATAAATTTATCCATAAATAACCGGTAAAATACCAATGTTTAGGATCAATGAA
ACTGAATGAAACTTAGGAAGAGGTTTTATATGTACAGAAAACCCCAAGCAGCAGAATCAG
CAATTTTAAGATAATCAGAACAACAACAATAAGAAAGCTTTTTGATGAATTCTCCTGACT
CATGTCTCTCCTCTCTTAAGAAGGAATAAAATTCATCAGCGATGTTTCCTTGCATTTCTT
TTAAGCCATGTTCTTCCTGCTATGTGCCCAGAAAGGTTTCGCGGGTGTACGCTTCAAAGC
CTTAACACTGAATGGACTGTTCTTACTCATCAAACAGGTATCGCCATTGCAAACCGGGTA
CTCATGAGGACAGCAGCTAGTGTTGTCATCGCAGCAAGTAGCAGCTTCGAGAGGGCAACA
TCCCCAACCAAAGCAGTACTTGCCGTACTGGAAGAGACAACAACAAGTGTTGCTCTCGGG
GCAAGAGTAGTACTTGTCACACTGGGTCGGTGGCTTAATGGGAGATGGTGGTGACGGTCC
AGGGTTTGGTGGGTTCTGACCTTTCTTGATAGGGTATGAAGCCTCCATAGCGATTCCACA
CTTTCCTGTTGCCTCCGCAATGTTACGTGCCATCTTTATGTATCCGCTCTCACCCCAGCT
TCCTCCCCATGAGTTTCTCACAATCCAGTAGTCCTTTCCATTCTCAGTTCCATAACCCAC
AGCTACAACTCCATGGTCTAGCTCTGTTCCACATATTCCATCAAATACACCCGAAGAATA
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TTTTTTAAGCGCAGCCTCGTTGTTCTCAGGCACATCCTCATAGGCATCAATCGTGACAAC
CTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1BH62JQ U 1
AF RR1AB74TF C 261
BS 1 651 RR1BH62JQ
BS 652 652 RR1AB74TF
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BS 821 904 RR1AB74TF

RD RR1BH62JQ 820 0 0
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CATGTCTCTCCTCTCTTAAGAAGGAATAAAATTCATCAGCGATGTTTCCTTGCATTTCTT
TTAAGCCATGTTCTTCCTGCTATGTGCCCAGAAAGGTTTCGCGGGTGTACGCTTCAAAGC
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TCCCCAACCAAAGCAGTACTTGCCGTACTGGAAGAGACAACAACAAGTGTTGCTCTCGGG
GCAAGAGTAGTACTTGTCACACTGGGTCGGTGGCTTAATGGGAGATGGTGGTGACGGTCC
AGGGTTTGGTGGGTTCTGACCTTTCTTGATAGGGTATGAAGCCTCCATAGCGATTCCACA
CTTTCCTGTTGCCTCCGCAATGTTACGTGCCATCTTTATGTATCCGCTCTCTCCCCAGCT
TCCTCCCCATGAGTTTCTCACAATCCAGTAGTCCTTTCCGTTCTCAGTTCCATAACCCAC
AGCTACAACTCCATGGTCTAGCTCTGTTCCACATATTCCATCAAATACACCCGAAGAATA
GAGCTGGAAAGCGCGACCACCAGCTTCAATGGCCACACTA

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1AB74TF 644 0 0
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TGCCGTACTGGAAGAGACAACAA***GTGTTGCTCTCGGGGCAAGAGTAGTACTTGTCAC
ACTGGGTCGGTGGCTTAATGGGAGATGGTGGTGACGGTCCAGGGTTTGGTGGGTTCTGAC
CTTTCTTGATAGGGTATGAAGCCTCCATAGCGATTCCACACTTTCCTGTTGCCTCCGCAA
TGTTACGTGCCATCTTTATGTATCCGCTCTCACCCCAGCTTCCTCCCCATGAGTTTCTCA
CAATCCAGTAGTCCTTTCCATTCTCAGTTCCGTAACCCACAGCTACAACTCCATGGTCTA
GCTCTGTTCCACATATTCCATCAAATACACCCGAAGAATAGAGCTGGAAAGCGCGGCCAC
CAGCTTCAATGGCCACACTAATAGGCTGATTAGCCAAAGCTTTTTTAAGCGCAGCCTCGT
TGTTCTCAGGCACATCCTCATAGGCATCAATCGTGACAACCTCC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

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TCTTGGCGAGGTTTATTACAACATTTGGAAGACAAGCAAATCTCATGGTTTTCCCGCCGG
AGTCTGTCCCACCGTCGGTGCTGGAGGTCACAGTAGCGGCGGAGGCTACGGAAACATGAT
CAGAAAATACGGACTTTCGGTTGATTACGTCACGGACGCCAAGATCGTGGACGTTAATGG
ACGTGTTCTTGATCGTAAAGGAATGGGAGAAGATCTCTTTTGGGCTATTAACGGCGGAGG
CGGGGCCAGCTTCGGTGTGATCTTAGCCTTCAAGATAAAGCTTGTTCCTGTTCCCCCGAC
AGTGACTGTTTTCAGAGTGGAGAAAATGCTAGAAGAAAATGCACTAGACATGGTCCATAA
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CAAGACGCTGAACACAACTCAGACGGTTCGAGCGTCGGTGGTGACTTTGTACTTGGGGAG
ACAGAGCGATCTCTTGACTCTGCTGGGCAAAGAATTCCCGGAGCTTGGTCTGAGGCCGGA
GAACTGCACGGAGATGACGTGGATACAGTCGGTGATGTGGTGGGCCAACAGCGATAACGC
CTTGCTGATTAAACCCGAGATTCTGCTGGAGAGAGAGCCGGATAAAGCGTCTTTCTTGAA
AAGGAAATCGGATTACGTGGAGAAAGAGATCAGCAAAGAAGGTCTAAGTTTCCTGTTTAA
TAAGTTGATGGAGACTGGGAAGCTAGGGCTCGTCTTCAATCCCTATGGAGGGATAATGTG
CAGTGTGCCTACGACCAAGACCCCCTTCCCTCACAGGAAAAGGCTATTCAAGGTGCAGCA
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AAGCTTCTACAGCTACATGGCTCCTTTCGTCACCAAGAATCCAAGGCACACGTATCTAAA
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GGTGGATCCAGAAAACTTCTTCAGGGATGAGCAGAGTGTACCTACCAAGCCATCATCCAT
GAGATAGTTCGAGAGCAGAAGAAGTGGAGGGATCGAATCTTCTTCATTTTTCGGCTTTAC
ATCCCCTACCTAGGAAGAAAAAAAATTGTTTCCTAGCTAAGAATATAAATACATGTTTAC
GACTAACCAAGTCAGGCATTTATAAGAAATACAAGAAT


BQ
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ACAGAGCGATCTCTTGACTCTGCTGGGCAAAGAATTCCCGGAGCTTGGTCTGAGGCCGGA
GAACTGCACGGAGATGACGTGGATACAGTCGGTGATGTGGTGGGCCAACAGCGATAACGC
CTTGCTGATTAAACCCGAGATTCTGCTGGAGAGAGAGCCGGATAAAGCGTCTTTCTTGAA
A

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AGGTTTACGGGAGAAAGTACTTCGGAGAGAATTTTGATCGGTTGGTCAACGTAAAAACAG
CGGTGGATCCAGAAAACTTCTTCAGGGATGAGCAGAGTGTACCTACCAAGCCATCATCCA
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CGACTAACCAAGTCAGGCATTTATAAGAAATACAAGAAT

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

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GAAAAGAGTAGTCACGAAGACTGGTTTCTCAAGAATAATTGTTCGTTCAGACAAGATCTA
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AAAGGTTCACGTGGCTCCCAAGATAACTGCGGAGGAGGATTACGAGGTTAAAGAATGCAC
TGAGGAGGATTCTCTCTCCCAGAATCATCGATCTCCTCCTAATGTAATCACTGAGAATGA
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TCTGTTTTAATGTTACGTAACGCTTAAACCTGAC


BQ
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AF RR1DB88JQ C 280
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GAAAAGAGTAGTCACGAAGACTGGTTTCTCAAGAATAATTGTTCGTTCAGACAAGATCTA
CAAGTAGTTTGAAATGGGAAGAGAAGTTGTTGAGTCGGTGAACAAAGATGCAGCCAACGG
AAAGGTTCACGTGGCTCCCAAGATAACTGCGGAGGAGGATTACGAGGTTAAAGAATGCAC
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GCTTGAAGAAAAACACCAAGCACTGGAAGCTGAGAGGAACGAGCTCGAACAAAGGCAAAA
GGAAGAACAAGAAGCAGCCATTAAACAGCTAAGAAAAAACCTCAAGTTTAAGGCTAATCC
CGTCCCTAACTTCTATTACCAAGGACCTCCCGTGAAACCAGAGCTTAAGAAGTTTCCTTT
GACGCGTCCAAAGTCGCCGAAACTCAATCTCTCTAGGAGAA*GAGTTGCGGAGATGCCAT
TAACTCTTCTGGAGA*GATAATCCGAAGTCAGTCTCTACACAGAACCGACACAGCGTCG*
*CAAACAGAGTTGAAGCCTGTGGTTGTGAGTGAAGA

QA 1 816 1 816
DS 

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ACGCAAGGAGTACTACCAAAAGCTTGAAGAAAAACACCAAGCACTGGAAGCTGAGAGGAA
CGAGCTCGAACAAAGGCAAAAGGAAGAACAAGAAGCAGCCATTAAACAGCTAAGAAAAAA
CCTCAAGTTTAAGGCTAATCCCGTCCCTAACTTCTATTACCAAGGACCTCCCGTGAAACC
AGAGCTTAAGAAGTTTCCTTTGACGCGTCCAAAGTCGCCGAAACTCAATCTCTCTAGGAG
AAAGAGTTGCGGAGATGCCATTAACTCTTCTGGAGAAGATAATCCGAAGTCAGTCTCTAC
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ACCAAACTCTGATTGTTCAGTTTCACAATCGTGTGATTGTTTTTTTTTTCCTGTTTCACG
TCTGTCTCTCTCTACTTGATTTCTGTTTTAATGTTACGTAACGCTTAAACCTGAC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

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AAGATGTGGAAGTAGGGGAGCCAAAGGAAGGTGAGATACGCGTGAAGAACAAGGCGATTG
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TCACACCAGGTATGGAGGCTGTTGGAGAAGTGGTAGCTGTGGGTTCAGGATTGACTGGTA
GAAATATAGGTGATCTCGTTGCTTATGCTGGCAATCCAATGGGTGCATATGCTGAAGAAC
AGATCATTCCTGCTGATAAAGTGGTTCCTGTTCCTTCATCTATCGATCCTATCGTTGCAG
CATCAATCATGCTCAAGGGTATGACTGCACAGTTTCTCCTTCGCCGTTGCTTCAAGGTGG
AACGTGGGCACACAATCCTTGTCCACGCTGCAGCAGGTGGAGTTGGATCTCGGCTGTGTC
AATGGGCTAATGCGCTCGGAGCCACTGTTATTGGAACCGTCTCCACCAACGAGAAAGCAG
CTCAAGCCAAAGAAGACGGATGCCACCACGTTATTATGTACAAGAACGAGGACTTCGTCT
CACGGGTCAAGGACATTACATCTGGCTCCGTTGTCCTCTTGCCGTGAAAACGTGTAATGT
TGTTTCTTTTTTAGTCGTCCAATAAGAGCAATAAGATTCCTTTGTAGTGTGGAAAGATAC
CAAATCTGTGTACTATTTATCTTCCAGTAAGAGCAGTACGGTTTTTATTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AS72TF U 1
AF RR1AS72JQ C 248
BS 1 774 RR1AS72TF
BS 775 952 RR1AS72JQ

RD RR1AS72TF 774 0 0
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AAGATGTGGAAGTAGGGGAGCCAAAGGAAGGTGAGATACGCGTGAAGAACAAGGCGATTG
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GAAATATAGGTGATCTCGTTGCTTATGCTGGCAATCCAATGGGTGCATATGCTGAAGAAC
AGATCATTCCTGCTGATAAAGTGGTTCCTGTTCCTTCATCTATCGATCCTATCGTTGCAG
CATCAATCATGCTCAAGGGTATGACTGCACAGTTTCTCCTTCGCCGTTGCTTCAAGGTGG
AACGTGGGCACACAATCCTTGTCCACGCTGCAGCAGGTGGAGTTGGATCTCGGCTGTGTC
AATGGGCTAATGCGCTCGGAGCCACTGTTATTGGAACCGTCTCCACCAACGAGAAAGCAG
CTCAAGCCAAAGAAGACGGATGCCACCACGTTATTATGTACAAGAACGAGGACT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR1AS72JQ 705 0 0
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AGGTGATCTCGTTGCTTATGCTGGCAATCCAATGGGTGCATATGCTGAAGAACAGATCAT
TCCTGCTGATAAAGTGGTTCCTGTTCCTTCATCTATCGATCCTATCGTTGCAGCATCAAT
CATGCTCAAGGGTATGACTGCACAGTTTTTCCTTCGCCGTTGCTTCAAGGTGGAACGTGG
GCACACAATCCTTGTCCACGCTGCAGCAGGTGGAGTTGGATTTCGGCTGTGTCAATGGGC
TAATGCGCTCGGAGCCACTGTTATTGGAACCGTCTCCACCAACGAGAAAGCAGCTCAAGC
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CAAGGACATTACATCTGGCTCCGTTGTCCTCTTGCCGTGAAAACGTGTAATGTTGTTTCT
TTTTTAGTCGTCCAATAAGAGCAATAAGATTCCTTTGTAGTGTGGAAAGATACCAAATCT
GTGTACTATTTATCTTCCAGTAAGAGCAGTACGGTTTTTATTATG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CA49JQ C 1
AF RR1CA49TF U 1
BS 1 519 RR1CA49TF

RD RR1CA49JQ 519 0 0
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DS 

RD RR1CA49TF 519 0 0
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GTTCTTTTTCTTCGCTGGTGGATTAGGGCAACAGGTGAGGCAGGTGCTCAAATCCGACGC
CGGAAAATGCATAAGATGCGGCTCTGAAGCCGATTTGGTGGATTACGACAAAGTCTTGAA
GCTGTTCTTCGTTCCTGTCTGGAGATGGCCCGGGAAAGACCCTGTGCTCCATTGTAGAGA
CTGCGATCTGTTTTTCCCTCAGTCTCTCTCACCGCCGATTTCTCTATCTAGGTGCCGTTT
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GCACAATTTTTAAGACTTCCCGTGTGTGTTGCTTACTCG

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL8247Contig1 519 2 1 U
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TCTTCATTCATTGGCTTTAAGAGATGCCTTAACTCCACCGACAAGAATCAAGGACGACGT
CTCATACAATGATATCATTCAACTCCAAGGCGGTTTCTTTACCTATAAAAAGGGCTGGTC
GCTGCTCTTCCACCGTCCAATCGCGGTTGCTCTGATTATGGGAGGCGAGAAGGTGGATAT
CTAAAACATCTGTGGGTTTCAGGTACTTTAACATCATCGCCACAGTGCTTGGTAGTGTCT
TCAGTATTTCTGTTTCCGTTTGCGGCTCTTCAATTTCTGTTTTGGTTGTGCTCTTTAGTT
CCTTTTGTTTTATTTGGGTTCAAAACACTAAGACAAAAT


BQ
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AF RR1CZ36JQ C 1
AF RR1CZ36TF U 1
BS 1 519 RR1CZ36TF

RD RR1CZ36JQ 519 0 0
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TCTTCATTCATTGGCTTTAAGAGATGCCTTAACTCCACCGACAAGAATCAAGGACGACGT
CTCATACAATGATATCATTCAACTCCAAGGCGGTTTCTTTACCTATAAAAAGGGCTGGTC
GCTGCTCTTCCACCGTCCAATCGCGGTTGCTCTGATTATGGGAGGCGAGAAGGTGGATAT
CTAAAACATCTGTGGGTTTCAGGTACTTTAACATCATCGCCACAGTGCTTGGTAGTGTCT
TCAGTATTTCTGTTTCCGTTTGCGGCTCTTCAATTTCTGTTTTGGTTGTGCTCTTTAGTT
CCTTTTGTTTTATTTGGGTTCAAAACACTAAGACAAAAT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1CZ36TF 519 0 0
GGGAACTTTCTTCTCCGCGATGGTGAGAATAAGGGTTAGCCGTTTTCTACTGTCTCTGCG
ATGAACGAGCTCGAGCAACAATGGAGATCAAATCGAGCATCTGAATCGTCCTCGATAACC
TTGGTATCAAGCATCCGTCGTTTCGTATTTGGTACTTAAACTCCAGACGTTATGAGTTTG
TCTTCATTCATTGGCTTTAAGAGATGCCTTAACTCCACCGACAAGAATCAAGGACGACGT
CTCATACAATGATATCATTCAACTCCAAGGCGGTTTCTTTACCTATAAAAAGGGCTGGTC
GCTGCTCTTCCACCGTCCAATCGCGGTTGCTCTGATTATGGGAGGCGAGAAGGTGGATAT
CTAAAACATCTGTGGGTTTCAGGTACTTTAACATCATCGCCACAGTGCTTGGTAGTGTCT
TCAGTATTTCTGTTTCCGTTTGCGGCTCTTCAATTTCTGTTTTGGTTGTGCTCTTTAGTT
CCTTTTGTTTTATTTGGGTTCAAAACACTAAGACAAAAT

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL8248Contig1 867 2 2 U
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AGCAACTAGTAATTTAGAGCTAAGAATTCAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGGATGGATAAGA
TGAATCAGGCTTTCGAGAAGATGAAGATGTTGGTGGGTATGGAGGTTGAAGACGAGGAAC
GAGCTGTCGAAGAAGAAAACTCTCTCTCATTCATGGAAGATCTTAATCGCAGTTGCGCTT
TGACTACCAAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTTGTCAGCTGGCTTGGCATGTA
CTCTTTTGTCAATGCTTGTTCTCTTCAATCCGATCAAGTTTGGTTTCACATTCACTCTTG
GAAATTTGATGGCACTTGGGAGCACAGCATTCCTTATAGGCCCACAGAGGCAGGTCTCGA
TGATGCTTGACCCAGCTCGCATCTACGCTACTGCTTTGTATCTTGCCAGCATTATCATTG
CCTTGTTTTGCGCTCTCTATGTTCGTAACAAGCTGCTGACGCTACTTGCTATCATTCTTG
AGTTCTCTGGTCTAATATGGTATGCTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTCTC
AAAGGTGTTCATGACTTGTTTCGACACCGAGTTTTGAGCACAGCTCCTATACCCATCAAG
GATTTGTCGTCCCAAAACCAGTGTGCTCTGTTCTAATGATCGGTCTGTGTTCAATGCTGG
ACTTGTTTGATGCACGAAGAATGCTGAAAGCTCTGATAGTCTTTGGTTTCTATTTTGCTT
CTTAACATGAACTTCATGTCTTCACAACTCGTAGCACGGTTTATTGTATATTTTGCTGTG
GAATATAACGTAAATTTTGTGCGGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CS06TF U 1
AF RR1CS06JQ C 129
BS 1 655 RR1CS06TF
BS 656 867 RR1CS06JQ

RD RR1CS06TF 655 0 0
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AGCAACTAGTAATTTAGAGCTAAGAATTCAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGGATGGATAAGA
TGAATCAGGCTTTCGAGAAGATGAAGATGTTGGTGGGTATGGAGGTTGAAGACGAGGAAC
GAGCTGTCGAAGAAGAAAACTCTCTCTCATTCATGGAAGATCTTAATCGCAGTTGCGCTT
TGACTACCAAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTTGTCAGCTGGCTTGGCATGTA
CTCTTTTGTCAATGCTTGTTCTCTTCAATCCGATCAAGTTTGGTTTCACATTCACTCTTG
GAAATTTGATGGCACTTGGGAGCACAGCATTCCTTATAGGCCCACAGAGGCAGGTCTCGA
TGATGCTTGACCCAGCTCGCATCTACGCTACTGCTTTGTATCTTGCCAGCATTATCATTG
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AGTTCTCTGGTCTAATATGGTATGCTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTCTC
AAAGGTGTTCATGACTTGTTTCGACACCGAGTTTTGAGCACAGCTCCTATACCCA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1CS06JQ 739 0 0
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AAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTTGTCAGCTGGCTTGGCATGTACTCTTTTG
TCAATGCTTGTTCTCTTCAATCCGATCAAGTTTGGTTTCACATTCACTCTTGGAAATTTG
ATGGCACTTGGGAGCACAGCATTCCTTATAGGCCCACAGAGGCAGGTCTCGATGATGCTT
GACCCAGCTCGCATTTACGCTACTGCTTTGTTTCTTGCCAGCATTATCATTGCCTTGTTT
TGCGCTCTCTATGTTCGTAACAAGCTGCTGACGCTACTTGCTATCATTCTTGAGTTCTCT
GGTCTAATATGGTATGCTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTCTCAAAGGTGT
TCATGACTTGTTTCGACACCGAGTTTTGAGCACAGCTCCTATACCCATCAAGGATTTGTC
GTCCCAAAACCAGTGTGCTCTGTTCTAATGATCGGTCTGTGTTCAATGCTGGACTTGTTT
GATGCACGAAGAATGCTGAAAGCTCTGATAGTCTTTGGTTTCTATTTTGCTTCTTAACAT
GAACTTCATGTCTTCACAACTCGTAGCACGGTTTATTGTATATTTTGCTGTGGAATATAA
CGTAAATTTTGTGCGGGTC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL8249Contig1 518 2 1 U
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AACCCTTCGCTCTCTACTCTACGCATCTCTGAAATGGCGATCTCTAAGGCTACCGTTGTT
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GTTGCAGCAGTCGCGGCTCTGGTTTTCGGCTCTGCTCTTCGGATCTAAGTTCTATGCGAT
GTGAGATTCGTACAGAGATTAGGTTTTGAAATTTTCCAATCGGATATATAGGCAGCATTT
CATGATATTCGTCGTGTGTATTCCGGAGCTAATAGATCTCACCTCTTCTTTTTACTATTA
TCTACTTTCGTGTCATTGTGAAGGATATATTTGTTGCTTTGTGATTTCTAGACGGTTTTT
GATTATGGTTCGGATATATATTTATTTATTTTATGGGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CH14JQ C 1
AF RR1CH14TF U 1
BS 1 518 RR1CH14TF

RD RR1CH14JQ 518 0 0
GGAACACTCTCAATTTCAGAATACGCTTAAGCATCTCGAATCAAAACTAAAACCCTAAGC
AACCCTTCGCTCTCTACTCTACGCATCTCTGAAATGGCGATCTCTAAGGCTACCGTTGTT
GCTCTCGTCGCGGTGATTGTCTCCGTCGTTGCTACCGTCGCTTCGGCTCAGGTTGAGGCT
CCCGCGCCAGCCCCTACCTCTGGATCTGGTTCGTTCTCGCCGTCGATCGTCTCAGCTGGT
GTTGCAGCAGTCGCGGCTCTGGTTTTCGGCTCTGCTCTTCGGATCTAAGTTCTATGCGAT
GTGAGATTCGTACAGAGATTAGGTTTTGAAATTTTCCAATCGGATATATAGGCAGCATTT
CATGATATTCGTCGTGTGTATTCCGGAGCTAATAGATCTCACCTCTTCTTTTTACTATTA
TCTACTTTCGTGTCATTGTGAAGGATATATTTGTTGCTTTGTGATTTCTAGACGGTTTTT
GATTATGGTTCGGATATATATTTATTTATTTTATGGGT

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR1CH14TF 518 0 0
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AACCCTTCGCTCTCTACTCTACGCATCTCTGAAATGGCGATCTCTAAGGCTACCGTTGTT
GCTCTCGTCGCGGTGATTGTCTCCGTCGTTGCTACCGTCGCTTCGGCTCAGGTTGAGGCT
CCCGCGCCAGCCCCTACCTCTGGATCTGGTTCGTTCTCGCCGTCGATCGTCTCAGCTGGT
GTTGCAGCAGTCGCGGCTCTGGTTTTCGGCTCTGCTCTTCGGATCTAAGTTCTATGCGAT
GTGAGATTCGTACAGAGATTAGGTTTTGAAATTTTCCAATCGGATATATAGGCAGCATTT
CATGATATTCGTCGTGTGTATTCCGGAGCTAATAGATCTCACCTCTTCTTTTTACTATTA
TCTACTTTCGTGTCATTGTGAAGGATATATTTGTTGCTTTGTGATTTCTAGACGGTTTTT
GATTATGGTTCGGATATATATTTATTTATTTTATGGGT

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL8250Contig1 761 2 2 U
TTTTTCTTAATTAAAAAAAAAAACTGAGAGTCGGAGCTTCTCCTCGGGGCGTTGGAGAGA
GCATATCGGATAATGTGGGAGTCGATTTGCCTGACGCTTGCGGCCACCGCCGGTAACAAT
ATCGGCAAGGTTCTTCAGAAGAAAGGCACTATCATCCTCCCTCCTCTCTCCCTCAAGCTC
AAGGTCTCCTCTCTCTCTCTCTCCGATTCTCAATTCCCGTTTGATTTGGTGGATCTCTTA
ATCGTGGATTTATATCTCGTTATTCGCATTCGATTAGAAAATGATTGTATTTCGGAATTG
GATCGGAGTCTAACTTTGGTTTCTTCAAATATTGCTTTGTTCTATAGCATTCTGATCCAT
ATTGTGATTCAAACACATTGGAGATTATATGGGAAGCTCACGTTTCGTTTGAATCATATC
ATTTTTGCCAGGTGATAAGAGCATATGCTGTTAACAAACCATGGGCTTTAGGTTTTCTCA
TGGACATTTGGGGCTTTGTTGATGCTCAGGGCACTCTCTCTTGCCCCTGTAACTATACTA
TACACTTTCTATCTGGAACCCTGATGAGACATTCCTTCTGACTTTACCTCTAATGATATA
TTTGCCTCTGCTCTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGGTATCTGTTGTTCAACCAGTCTCTG
GATGTGGACTTGCCATTCTTTCCGTCTTTTCCCATTTTTATCTCAAGGAAGTCATGAATG
TTTTTGACTGGATTGGGATTACCATGGCTGGCATTGGCACC


BQ
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AF RR1GT46TF U 1
AF RR1GT46JQ C 135
BS 1 656 RR1GT46TF
BS 657 761 RR1GT46JQ

RD RR1GT46TF 656 0 0
TTTTTCTTAATTAAAAAAAAAAACTGAGAGTCGGAGCTTCTCCTCGGGGCGTTGGAGAGA
GCATATCGGATAATGTGGGAGTCGATTTGCCTGACGCTTGCGGCCACCGCCGGTAACAAT
ATCGGCAAGGTTCTTCAGAAGAAAGGCACTATCATCCTCCCTCCTCTCTCCCTCAAGCTC
AAGGTCTCCTCTCTCTCTCTCTCCGATTCTCAATTCCCGTTTGATTTGGTGGATCTCTTA
ATCGTGGATTTATATCTCGTTATTCGCATTCGATTAGAAAATGATTGTATTTCGGAATTG
GATCGGAGTCTAACTTTGGTTTCTTCAAATATTGCTTTGTTCTATAGCATTCTGATCCAT
ATTGTGATTCAAACACATTGGAGATTATATGGGAAGCTCACGTTTCGTTTGAATCATATC
ATTTTTGCCAGGTGATAAGAGCATATGCTGTTAACAAACCATGGGCTTTAGGTTTTCTCA
TGGACATTTGGGGCTTTGTTGATGCTCAGGGCACTCTCTCTTGCCCCTGTAACTATACTA
TACACTTTCTATCTGGAACCCTGATGAGACATTCCTTCTGACTTTACCTCTAATGATATA
TTTGCCTCTGCTCTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGGTATCTGTTGTTCAACCAGTC

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1GT46JQ 627 0 0
TCAGAAGAAAGGCACTATCATCCTCCCTCCTCTCTCCCTCAAGCTCAAGGTCTCCTCTCT
CTCTCTCTCCGATTCTCAATTCCCGTTTGATTTGGTGGATCTCTTAATCGTGGATTTATA
TCTCGTTATTCGCATTCGATTAGAAAATGATTGTATTTCGGAATTGGATCGGAGTCTAAC
TTTGGTTTCTTCAAATATTGCTTTGTTCTATAGCATTCTGATCCATATTGTGATTCAAAC
ACATTGGAGATTATATGGGAAGCTCACGTTTCGTTTGAATCATATCATTTTTGCCAGGTG
ATAAGAGCATATGCTGTTAACAAACCATGGGCTTTAGGTTTTTTCATGGACATTTGGGGC
TTTGTTGATGCTCAGGGCACTCTCTCTTGCCCCTGTAACTATACTATACACTTTCTATCT
GGAACCCTGATGAGACATTCCTTCTGACTTTACCTCTAATGATATATTTGCCTCTGCTCT
GCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGGTATCTGTTGTTCAACCAGTCTCTGGATGTGGACTTGCC
ATTCTTTCCGTCTTTTCCCATTTTTATCTCAAGGAAGTCATGAATGTTTTTGACTGGATT
GGGATTACCATGGCTGGCATTGGCACC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL8251Contig1 1367 2 2 U
GGCTACCTTAAAAACACAAGGGAGAGATACAGAGTCATAGAGAGGAGACTTATCTATCTA
TCTTGCGCATCTCTCTGCTTATCCTGCGCACCACCATGGGGAAAGGTCACGCACTGAGCG
ACGGAGTGATAAAGAAGATCCTCCTCTCTTACACGTACGTGGCAATCTGGATCTTCCTCA
GCTTCACGGTCATCGTCTACAACAAGTACATCCTCGACAAGAAGCTCTACAACTGGCCTT
ACCCAATCACACTCACCATGATCCACATGGCCTTCTGCTCCTCCTTAGCCATCATCCTCA
TCAAAGTCTTCAAGATCGTCGAGCCCGTCTCCATGTCCCGCGACACTTACCTCAGATCCG
TCGTCCCCATCGGCGCCTTGTACTCCCTCTCCCTCTGGCTCTCCAACTCCGCCTACATCT
ACCTCTCCGTCTCCTTCATCCAGATGCTCAAGGCCCTCATGCCCGTCGCCGTCTACTCCA
TCGGCGTCTTGCTCAAGAAAGAGTCCTTCAAGTCTCGTACCATGACCAACATGCTCTCCA
TCTCCTTCGGAGTCGCCATCGCTGCTTACGGCGAAGCCAAGTTCGATGTCTGGGCGTCGT
TCTCCAGCTCGGAGCGGTTGCGTTCGAGGCGACCAGGTTGGTTCTGATCCAGATCTTGCT
TACTTCCAAAGGAATCAATCTTAACCCCATCACTTCTCTTTACTACGTTGCTCCTTGCTG
TCTTGTTTTCCTCTCTGTTCCTTGGATCTTCGCGGAGTTCCCGGTTCTTAAAGAGACCTC
GAGCTTCCATTTCGATTTCGTCATCTTCGGAACTAACCCTGTCTGTGCGTTTGCGTTGAA
TCTTGCTGTGTTTCTCCTCGTTGGGAAGACCTCTGCTCTGACTATGAATGTGGCTGGTGT
GGTTAAGGACTGGCTCTTGATCGCCTTCTCGTGGTCGGTGATCAAGGACACGGTCACGCC
TTTGAATCTTTTCGGGTACGGGCTTGCGTTTTTGGGCGTTGGGTATTACAATCATTGCAA
GCTGCAGGCGTTGAAGGCCAAAGATGCTTCGCAGAAGAAGGTTCAGGCTAGTGGTGATGA
AGAAGCTGGGAAGCTTTTGGAAGAGAGGGAGAGTGAAGTTGCTGCTGGGAAACGTAACGA
GAGTCAAGATTGAGATTTCGAGAATGCAGTTTTATGGGAATAAGATTATGATCACTGTCT
TCTTCTACGTTTAAGTGTTATGGCTAATTATATTTTTACATAGTGATTTTGAAACTTCAT
TGCATCTTCTTTTTTGAGTTTGTCTTTGTTTTCTTTTTACTTCCTCTCTCTCATTCGAAA
TCCTTATCTTTCTGTATGAGTAAACTATTGTTGTTGTAGTAAGAACT


BQ
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TCGTCCCCATCGGCGCCTTGTACTCCCTCTCCCTCTGGCTCTCCAACTCCGCCTACATCT
ACCTCTCCGTCTCCTTCATCCAGATGCTCAAGGCCCTCATGCCCGTCGCCGTCTACTCCA
TCGGCGTCTTGCTCAAGAAAGAGTCCTTCAAGTCTCGTACCATGACCAACATGCTCTCCA
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TCTTGTTTTCCTCTCTGTTCCTTGGATCTTCGCGGAGTTCCCGGTTCTTAAAGAGACCTC
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QA 1 808 1 808
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TTTCGATTTCGTCATCTTCGGAACTAACCCTGTCTGTGCGTTTGCGTTGAATCTTGCTGT
GTTTCTCCTCGTTGGGAAGACCTCTGCTCTGACTATGAATGTGGCTGGTGTGGTTAAGGA
CTGGCTCTTGATCGCCTTCTCGTGGTCGGTGATCAAGGACACGGTCACGCCTTTGAATCT
TTTCGGGTACGGGCTTGCGTTTTTGGGCGTTGGGTATTACAATCATTGCAAGCTGCAGGC
GTTGAAGGCCAAAGATGCTTCGCAGAAGAAGGTTCAGGCTAGTGGTGATGAAGAAGCTGG
GAAGCTTTTGGAAGAGAGGGAGAGTGAAGTTGCTGCTGGGAAACGTAACGAGAGTCAAGA
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TTTAAGTGTTATGGCTAATTATATTTTTACATAGTGATTTTGAAACTTCATTGCATCTTC
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TTCTGTATGAGTAAACTATTGTTGTTGTAGTAAGAACT

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1A107JQ C 1
AF RR1A107TF U 1
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QA 1 531 1 531
DS 

RD RR1A107TF 531 0 0
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CTAGCAAGGAAACTTTGAAGAAGATCGGTGACATTTCTGCCATTGAAGAGTTTGTTTTTC
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ATCTTATTGGATTATTGGATGATTCATTCTGTACTAATCATACAATCGAGTGTATATGAA
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QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 2

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TGGATCTAGGGCGGGAGCGTACAGGATCGTGCTGACTCATTTTAGCCAGAGGTATCCGAA
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TATTAACATGGCGGATTTGCATGTGCTTCCCAAGATTGTTCCTTACTTCAAAAACCTGTT
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TAGTGATGGTTGATTATGATGAGTGGCAACAAAGTGTCTAGATTTTTCCGCAATTAGTTT
ACTTTAGAATGGTGTGTGTTTATTTTAGTTTTTGGTGTTGCTCTGTTTTTTTTTGTTGCT
TCTACATCTGTTATTTTTCATTTTTGATATTTTATTGAATTTTCTTGTAGCAGAAATAAA
TAGAAATTAATTTATACT


BQ
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AF RR1BW45TF U 1
AF RR1BW45JQ C 163
BS 1 685 RR1BW45TF
BS 686 978 RR1BW45JQ

RD RR1BW45TF 685 0 0
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GGATATGGAGTTTCTTGATTGCAGGAACACAACGTCGACTTCTTGGTCTTCTCTAGAAAC
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TGTTGTGCACTGCCCTCAAGCCTTTGGGGTTGTTTTAAAAGTGGCGGAGAGAGAAAACAT
GGCGGGAGATAAGATTCCGGGGTGGAAAACGGTTTACTCAGGCGACACGAGGCCTTGTCC
TCAGATGGTTGAAGCTTCGAAAGGAGCGACTGTTCTTATACACGAGGCTACGTTTGAGAA
TGCGTTGGTAGAGGAAGCGGTTGCGAAGAACCATAGCACGACGAAAGAAGCGATCGACGT
TGGATCTAGGGCGGGAGCGTACAGGATCGTGCTGACTCATTTTAGCCAGAGGTATCCGAA
GATTCCCGTTATCGACGAGTCTCACATGCACAACACGTGCGTTGGTTTCGATACGATGAG
TATTAACATGGCGGATTTGCATGTG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR1BW45JQ 816 0 0
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GGAGTTGATAAGTTTTCCTGTTGTGCACTGCCCTCAAGCCTTTGGGGTTGTTTTAAAAGT
GGCGGAGAGAGAAAACATGGCGGGAGATAAGATTCCGGGGTGGAAAACGGTTTACTCAGG
CGACACGAGGCCTTGTCCTCAGATGGTTGAAGCTTCGAAAGGAGCGACTGTTCTTATACA
CGAGGCTACGTTTGAGAATGCGTTGGTAGAGGAAGCGGTTGCGAAGAACCATAGCACGAC
GAAAGAAGCGATCGACGTTGGATCTAGGGCGGGAGCGTACAGGATCGTGCTGACTCATTT
TAGCCAGAGGTATCCGAAGATTCCGGTTATCGACGAGTCTCACATGCACAACACGTGCGT
TGGTTTCGATACGATGAGTATTAACATGGCGGATTTGCATGTGCTTCCCAAGATTGTTCC
TTACTTCAAAAACCTGTTCAGAAACGTGGTGGTTGATGATGATGATGATGGTGAAGGTGA
AGAAGAAGAGAGTGATGGTAGTGATGGTTGATTATGATGAGTGGCAACAAAGTGTCTAGA
TTTTTCCGCAATTAGTTTACTTTAGAATGGTGTGTGTTTATTTTAGTTTTTGGTGTTGCT
CTGTTTTTTTTTGTTGCTTCTACATCTGTTATTTTTCATTTTTGATATTTTATTGAATTT
TCTTGTAGCAGAAATAAATAGAAATTAATTTATACT

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL8254Contig1 532 2 1 U
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TGTGATGAAGAGTGGTAAATACACTCTTGGTTACAAGTCCGTCCTCAAGTCTCTCCGTGG
CTCCAAAGGGAAGCTTATTCTCATCTCTTCGAACTGCCCACCTTTGAGGAGATCGGAGAT
TGAGTACTACGCTATGCTCGCTAAAGTTGGTGTTCACCACTACAGTGGAAACAACGTTGA
TTTGGGTACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATCGTTGATCCTGG
TGATTCTGACATTATCAAGAGCATTCCTGGTGATCAGTGATATACCATTATCGATTTTGT
TTTTCCCCTACTTCTATGGATATTCTCAAAATTTTATTAGCAAACAATCTTGTGTTTGGT
GTTTTGTTATTTTACATTATGAACCGGATAGGAAAATATAAATGTTTTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F952JQ C 1
AF RR1F952TF U 1
BS 1 532 RR1F952TF

RD RR1F952JQ 532 0 0
GGGATCTCTCTTCTGCCGCACAGATCCAGGACAGGACAGTTGTTTCTCTCTTTCTGCCAA
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CTCCAAAGGGAAGCTTATTTTCATCTCTTCGAACTGCCCACCTTTGAGGAGATCGGAGAT
TGAGTACTACGCTATGCTCGCTAAAGTTGGTGTTCACCACTACAGTGGAAACAACGTTGA
TTTGGGTACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATCGTTGATCCTGG
TGATTCTGACATTATCAAGAGCATTCCTGGTGATCAGTGATATACCATTATCGATTTTGT
TTTTCCCCTACTTCTATGGATATTCTCAAAATTTTATTAGCAAACAATCTTGTGTTTGGT
GTTTTGTTATTTTACATTATGAACCGGATAGGAAAATATAAATGTTTTTTTT

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1F952TF 532 0 0
GGGATCTCTCCTCTGCCGCACAGATCCAGGACAGGACAGTTGTTTCTCTCTCTCTGCCAA
AATGGTGACTGCCAAGAAAACGAAGAAGTCTCACGAGGAAATCAACAGTAGGTTGGCTCT
TGTGATGAAGAGTGGTAAATACACTCTTGGTTACAAGTCCGTCCTCAAGTCTCTCCGTGG
CTCCAAAGGGAAGCTTATTCTCATCTCTTCGAACTGCCCACCTTTGAGGAGATCGGAGAT
TGAGTACTACGCTATGCTCGCTAAAGTTGGTGTTCACCACTACAGTGGAAACAACGTTGA
TTTGGGTACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATCGTTGATCCTGG
TGATTCTGACATTATCAAGAGCATTCCTGGTGATCAGTGATATACCATTATCGATTTTGT
TTTTCCCCTACTTCTATGGATATTCTCAAAATTTTATTAGCAAACAATCTTGTGTTTGGT
GTTTTGTTATTTTACATTATGAACCGGATAGGAAAATATAAATGTTTTTTTT

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 2

CO CL8255Contig1 671 2 2 U
TTTTTCTTTTCTCTCCCAGATTCTCTCTCTCCTCCTGCGGATCATATTTTTTCTTTTTCT
TTCACTTTCCTTTGGTTTTCTCGGCGGCTTCATTCGAATCGTTTTTTCCTTTTTTTTTTC
TCTCTCTAGGGGGGTAAAGCTTCCTCCTTTCTGTAGACAGACGCCATGTCGGACAAAGGA
CGTCCCTTACCCAAGTTTGGAGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCAGCAGAAGGTTTC
ACAGTCATATTCAACAAAGCTAGGGATGAGAAGAAGACCGGTGGCAAGCCAGGATCGCCT
GGTAAATCCACTGACGGTAATGCTAAATCCGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCCCAGCCT
AAAAAATGGCTCTGCTGCATGCAGTCTCCAGCAGTGGACTCTTGACGGACACCAAGATTG
GATTTGCTTGCTGCCAAGTAAAAAAAGAAGAAGAAGGTTACATTGCTTAGACATGTAAAG
CAATGTTCTTCTTTTTTATGTTTTATTGTCTTTCTTGAAAGTATCCACACAACAACAAAA
AAGTTCCTAAGATGATTTGGAGCCCCCTTTTTAGTATTCACGATTATGACTTTCTTTTTT
CTTCTTTTGGAGTCGTTTGTTATTCTAAAAATGCTGTAAAATCGTGTTGCCACTTTTATT
GGAAAACCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E804TF U 1
AF RR1E804JQ C 120
BS 1 589 RR1E804TF
BS 590 671 RR1E804JQ

RD RR1E804TF 589 0 0
TTTTTCTTTTCTCTCCCAGATTCTCTCTCTCCTCCTGCGGATCATATTTTTTCTTTTTCT
TTCACTTTCCTTTGGTTTTCTCGGCGGCTTCATTCGAATCGTTTTTTCCTTTTTTTTTTC
TCTCTCTAGGGGGGTAAAGCTTCCTCCTTTCTGTAGACAGACGCCATGTCGGACAAAGGA
CGTCCCTTACCCAAGTTTGGAGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCAGCAGAAGGTTTC
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GGTAAATCCACTGACGGTAATGCTAAATCCGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCCCAGCCT
AAAAAATGGCTCTGCTGCATGCAGTCTCCAGCAGTGGACTCTTGACGGACACCAAGATTG
GATTTGCTTGCTGCCAAGTAAAAAAAGAAGAAGAAGGTTACATTGCTTAGACATGTAAAG
CAATGTTCTTCTTTTTTATGTTTTATTGTCTTTCTTGAAAGTATCCACACAACAACAAAA
AAGTTCCTAAGATGATTTGGAGCCCCCTTTTTAGTATTCACGATTATGA

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1E804JQ 552 0 0
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ACGTCCCTTACCCAAGTTTGGAGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCAGCAGAAGGTTT
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TGGTAAATCCACTGACGGTAATGCTAAATCCGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCCCAGCC
TAAAAAATGGCTTTGCTGCATGCAGTCTCCAGCAGTGGACTCTTGACGGACACCAAGATT
GGATTTGCTTGCTGCCAAGTAAAAAAAGAAGAAGAAGGTTACATTGCTTAGACATGTAAA
GCAATGTTCTTCTTTTTTATGTTTTATTGTCTTTCTTGAAAGTATCCACACAACAACAAA
AAAGTTCCTAAGATGATTTGGAGCCCCCTTTTTAGTATTCACGATTATGACTTTCTTTTT
TCTTCTTTTGGAGTCGTTTGTTATTCTAAAAATGCTGTAAAATCGTGTTGCCACTTTTAT
TGGAAAACCAGG

QA 1 552 1 552
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8257Contig1 736 2 3 U
GTAGAACAATGACTTTAGTAGTGGATCAAACATAGAAAATAAATCCACAACACAGAACAA
ACATGTTCTGCAATAAAATCTTTAGTAGTGTAATCAAACATAGTTAAATAAAATTCATTA
CATAGAGAAAAAACATCTTATGCAAATACAGTCTTTAATTCTCCTCTGGATGATTAAAAA
TGTCCTTCAAAACGAAAAAAAAAGAGAGGGATTCCAAGAATTGAACTCGGGACCCCTCGC
ACCCTAAGCGAGAATCATACAACTAGACCAAATGCCCTTCTTGAACCATTTAATCAAAAA
AGGGATTGAAACCGCTTTTAACCATTTTCTCAAGAGGCCAAAACAAAGGCGTCGGGAGAT
CGAACCAATCGTACCAACCCCAACCTTCGCACTTCTCAGGCTCAATATTCTCCGGGTCCT
GATTCGGATCCACGAGCGTCGCACGCAAAAACACAGTGACGTAGTGCGAAGGCTTCGGTG
CTTCCTTGAAAACGTTGTTGGTGACAGTCAAAAGCTTCATCTTCTCTATCTCAAGCCCCG
TTTCCTCCTTCACTTCTCTCGCTCCGCATCCTTCGAAGCTCTCTCCGAATTCGAGGTGGC
CGCCGGGGAGAGCGAAGGTTGAGTTTCCGATTGATGAGCGGCGCTTCCCTAACAACACCG
AGTTTCCTTTGACGACGAAAACCACCACGGCGACTCTCGGCGTCGCTTCTCCTACTGTCT
CCATTTTTTTTCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TCCACGAGCGTCGCACGCAAAAACACAGTGACGTAGTGCGAAGGCTTCGGTGCTTCCTTG
AAAACGTTGTTGGTGACAGTCAAAAGCTTCATCTTCTCTATCTCAAGCCCCGTTTCCTCC
TTCACTTCTCTCGCTCCGCATCCTTCGAAGCTCTCTCCGAATTCGAGGTGGCCGCCGGGG
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TTGACGAC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1EF16TF 736 0 0
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ACATGTTCTGCAATAAAATCTTTAGTAGTGTAATCAAACATAGTTAAATAAAATTCATTA
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TGTCCTTCAAAACGAAAAAAAAAGAGAGGGATTCCAAGAATTGAACTCGGGACCCCTCGC
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AGGGATTGAAACCGCTTTTAACCATTTTCTCAAGAGGCCAGAACAAAGGCGTCGGGAGAT
CGAACCAATCGTACCAACCCCAACCTTCGCACTTCTCAGGCTCAATATTCTCCGGGTCCT
GATTCGGATCCACGAGCGTCGCACGCAAGAACACAGTGACGTAGTGCGAAGGCTTCGGTG
CTTCCTTGAAGACGTTGTTGGTGACAGTCAAGAGCTTCATCTTCTCTATCTCAAGCCCCG
TTTCCTCCTTCACTTCTCTCGCTCCGCATCCTTCGAAGCTCTCTCCGAATTCGAGGTGGC
CGCCGGGGAGAGCGAAGGTTGAGTTTCCGATTGATGAGCGGCGCTTCCCTAACAACACCG
AGTTTCCTTTGACGACGAAAACCACCACGGCGACTCTCGGCGTCGCTTCTCCTACTGTCT
CCATTTTTTTTCTGCC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

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TACGTGCTCAGCAGGGAATCCCGAGTTCAGAGTTCGGGATTTTAGTTGACATGATTAGGG
TCCCTGACTGGGCATTTGAAGCGGCGGGCCAAGAGATGAGAGGCATAAGTCAAGATGCTG
CTGCATACCATCCTGGACTTTACTTGACTCCTGCTCAGACTGAAGCTGTCGAGGCACTCA
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TCTGCTTAGAGGAGTTCCATATCGGACATGAGGTTAGAGGTTTACCTTGCGCCCATAATT
TCCATGTGGAGTGCATAGACCAGTGGCTGCGTTTAAACGTGAAATGTCCTCGGTGCCGGT
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TTCACTTTTGACAGTCTTGCAATGTAAATAACTTGGGGTTGAAAGAACAGG


BQ
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AF RR1BY04TF U 1
AF RR1BY04JQ C 210
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BS 734 951 RR1BY04JQ

RD RR1BY04TF 733 0 0
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CTGCTCTGGAGAC

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DS 

RD RR1BY04JQ 742 0 0
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CAGTCTCTAATTCACCCAGTTCACACAGACACTGCTCTGGAGACCGCAGAGAACGGTGGG
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GAGTCTATGGTTATTTTACTACTCATTACTAACTCTCGACTGATTGAAGGAAAAAAAAAA
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AACTTGGGGTTGAAAGAACAGG

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

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GACAGTGGCGGACGCCGGCGGAAACAGGGCATTGTACGGATCTCCTCCGTCGCAGAACCA
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CAACAAAGACTCCAAAATTCTTTTGAAAATCATAGACCCTTGAGAGAAACTTCATCAGCG
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ATAGATCATAGTTTTAAGAGAATTGTCTAAGTGAACTGACTTGTCATTGTTATGCTATTT
TTCTCTTCATAATTATTCTTACCTTGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FX07TF U 1
AF RR1FX07JQ C 149
BS 1 549 RR1FX07TF
BS 550 748 RR1FX07JQ

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GACAGTGGCGGACGCCGGCGGAAACAGGGCATTGTACGGATCTCCTCCGTCGCAGAACCA
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CAAAGTCTTCACTAATTGGTACAAAGAAAAGAGATGGGACTCTAAAAAGATGATTAGTTC
TGGTGGAATGCCTTCCTCTCACTCTGCTACTGTCACTGCCTTAGCTCTTGCCATTGGCCT
TGAGGAAGGTGCTGGATCACCCGCTTTTGCTATCGCTCTTGTCTTAGCATGCGTTGTTGC
AGGTAATGTATGATGCCTCTGGGGTCAGGCTTCATGCTGGTCGCCAAGCTGAGAGCATCC
GTTATCCACAGTTAAACCCTTGCGTGAACTGCTCGGCCACACTCCTATCCAGGTTGCAGC
AGGTGCTGTTTTAGGATGCGTGGTAGCGTTTTTGATGAGGAGTACAAGGTAGTTTCTACA
CAACAAAGA

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1FX07JQ 600 0 0
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AAGAGATGGGACTCTAAAAAGATGATTAGTTCTGGTGGAATGCCTTCCTCTCACTCTGCT
ACTGTCACTGCCTTAGCTCTTGCCATTGGCCTTGAGGAAGGTGCTGGATCACCCGCTTTT
GCTATCGCTCTTGTCTTAGCATGCGTTGTTGCAGGTAATGTATGATGCCTCTGGGGTCAG
GCTTCATGCTGGTCGCCAAGCTGAGAGCATCCGTTATCCACAGTTAAACCCTTGCGTGAA
CTGTTCGGCCACACTCCTATCCAGGTTGCAGCAGGTGCTGTTTTAGGATGCGTGGTAGCG
TTTTTGATGAGGAGTACAAGGTAGTTTCTACACAACAAAGACTCCAAAATTCTTTTGAAA
ATCATAGACCCTTGAGAGAAACTTCATCAGCGATCAAGCTGAGGGTAGATTATTGGAAGT
AAATGGAAAATTATTTCACATCTGTGCAATATATAGATCATAGTTTTAAGAGAATTGTCT
AAGTGAACTGACTTGTCATTGTTATGCTATTTTTCTCTTCATAATTATTCTTACCTTGTT

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

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CGCTGTTTCTTCGTCTAACGCTGAACCTACACCGACAACAGGTGGAGGTGGAGGAAAAGG
AGATGCTCACTCAATGCCGTGTATACAGAAACTGATGCCATGTCAGCCTTATCTCCACTC
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CGCGACGTGTCTTTGCTCCGTATTCAACAATGTCGACATGCTCAGATCGCTTAACCTCAC
TAAAGAAAACGCTCTCGTTCTTCCTAAAGCCTGTGGCGCCAAGGCTGACATCTCGCTATG
CAAAGCCGGCAATGGCACCACTACACCTTCGACATCGCCAGCAACTACCACAACTCCTCC
GGCATCTTCCACTGGAAGCACCGGAGCTTCTTCAACGGCCAAACCAACAAACTCGGCTCC
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CTTCTGATCTACTACTATATTGCATTATGTCTTTTTATTCATTGTTCTGTAGGTTTGCAA
TTGAAAATTGTTTGGTTATTTATTATTAATATGCACTTGAAATTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS41TF U 1
AF RR1GS41JQ C 147
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RD RR1GS41TF 670 0 0
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TTGAAAATTG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR1GS41JQ 561 0 0
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GTTGCCTGCCGTTGAATGAGATCGTGGCGAAAGACGCGACGTGTCTTTGCTCCGTATTCA
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TAATATGCACTTGAAATTTCT

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL8261Contig1 748 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DW83TF U 1
AF RR1DW83JQ C 121
BS 1 647 RR1DW83TF
BS 648 748 RR1DW83JQ

RD RR1DW83TF 647 0 0
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TTTAGTTTGAACAGAAGACTTTGTTGGCTTAGAGTAGTTTTCAGTTAGGTAAGAGAGAAG
TCTGTAGAGAGTTGTGATGGGTCTCGGGCAATTCCGGGTCTTGTCAAAAAAACGTTCTGC
CCACTGGTCATCACCGACCATTTTAACCGGTTGTGGAGACCGGATTTGTTGGGGCTGAAT
GAAGTTGGTTTAATGTTTGGTTCTGAGTTTGTCTTTGTAATCAACAA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1DW83JQ 628 0 0
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GAGGAAGTGTGTAGGGAAAGCGAGATGTGCAGTGACGATATCCAACAGTAACTTCGGGAA
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ATCTGTAACCAGTTGGAAGCCTTAAAAGATGATCTTTGAGCTCTTTTGACTACAAAAAAA
TGTATAACCAAACAATACAGAGAGTGAGAGAGAGATGTAAGCTGTGTGTGCATGTGTGTG
TTTAGTTTGAACAGAAGACTTTGTTGGCTTAGAGTAGTTTTCAGTTAGGTAAGAGAGAAG
TCTGTAGAGAGTTGTGATGGGTCTCGGGCAATTCCGGGTCTTGTCAAAAAAACGTTTTGC
CCACTGGTCATCACCGACCATTTTAACCGGTTGTGGAGACCGGATTTGTTGGGGCTGAAT
GAAGTTGGTTTAATGTTTGGTTTTGAGTTTGTCTTTGTAATCAACAAGTGAAGGTTCATG
TTGGGAGAAAGATCTTATTGTGTGACTCATTTGTTTCAAACGCTGTCGTTTCACTTTTTT
AATCTAGTTTTTTTTTGTCGGGTTTATT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL8262Contig1 744 2 2 U
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AAGAAAAACAAAAGAATAACAAGAAAATGGAGGACTCGACTAGAAAGCCTTATTTCATAG
AAGAAGAAGACGATGGATTGGTTTCTCTAGCAGAGATGGAAGCTGGAGTTTCTTCTCCTT
CTTCTTGTTACAAAAACATGAACCAGTACCATCTTCAGAGTTATTATTATAATTATAATT
ACCATCAGTACTCTGTTTCATCACCCAGATCTGTTGTTGTCTCTGGAAAATTCCATGATT
TTAGATTCGACAATAGCTGTTTCGGACAACAATCATCAGTTCCTCATTTCTTGGACTCCT
GTTTCCTCTGTAAGAAGCGTCTTGGTCATAACGAAGACATCTTCATGTACAGAGGAGACA
CACCGTTCTGTAGCGAGGTGTGTAGAGAAGAACAGATAAAGAGAGACGAGTCGAGAGAGA
AGAAAAAGAATCTGTCTTCATCTGTGAAAGCTATGAGAAGAAATGAAAAGAGAAGCTCTT
CTTCTTCTCCAACTAGATCTCGTGACTATGCTTTCCATTCTGGAACTGTTGCTGCTGCTT
AGTTTCCAATATCTCTTTTAGTTAAATATTCCATGGCAACAAAACCAAGAGAATCCATTC
AAGCCAATTGCTGTAAAAGTTGGTTAATGGTTTGAATTTTAAAACTCCTTTTCAAGGGTT
TGTCCTTTTTCGTTTTTATTAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GQ11TF U 1
AF RR1GQ11JQ C 71
BS 1 589 RR1GQ11TF
BS 590 744 RR1GQ11JQ

RD RR1GQ11TF 589 0 0
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AAGAAAAACAAAAGAATAACAAGAAAATGGAGGACTCGACTAGAAAGCCTTATTTCATAG
AAGAAGAAGACGATGGATTGGTTTCTCTAGCAGAGATGGAAGCTGGAGTTTCTTCTCCTT
CTTCTTGTTACAAAAACATGAACCAGTACCATCTTCAGAGTTATTATTATAATTATAATT
ACCATCAGTACTCTGTTTCATCACCCAGATCTGTTGTTGTCTCTGGAAAATTCCATGATT
TTAGATTCGACAATAGCTGTTTCGGACAACAATCATCAGTTCCTCATTTCTTGGACTCCT
GTTTCCTCTGTAAGAAGCGTCTTGGTCATAACGAAGACATCTTCATGTACAGAGGAGACA
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AGAAAAAGAATCTGTCTTCATCTGTGAAAGCTATGAGAAGAAATGAAAAGAGAAGCTCTT
CTTCTTCTCCAACTAGATCTCGTGACTATGCTTTCCATTCTGGAACTGT

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1GQ11JQ 674 0 0
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CGATGGATTGGTTTCTCTAGCAGAGATGGAAGCTGGAGTTTCTTCTCCTTCTTCTTGTTA
CAAAAACATGAACCAGTACCATCTTCAGAGTTATTATTATAATTATAATTACCATCAGTA
CTCTGTTTCATCACCCAGATCTGTTGTTGTCTCTGGAAAATTCCATGATTTTAGATTCGA
CAATAGCTGTTTCGGACAACAATCATCAGTTCCTCATTTCTTGGACTCCTGTTTCCTCTG
TAAGAAGCGTCTTGGTCATAACGAAGACATCTTCATGTACAGAGGAGACACACCGTTCTG
TAGCGAGGTGTGTAGAGAAGAACAGATAAAGAGAGACGAGTCGAGAGAGAAGAAAAAGAA
TCTGTCTTCATCTGTGAAAGCTATGAGAAGAAATGAAAAGAGAAGCTCTTCTTCTTCTCC
AACTAGATCTCGTGACTATGCTTTCCATTCTGGAACTGTTGCTGCTGCTTAGTTTCCAAT
ATCTCTTTTAGTTAAATATTCCATGGCAACAAAACCAAGAGAATCCATTCAAGCCAATTG
CTGTAAAAGTTGGTTAATGGTTTGAATTTTAAAACTCCTTTTCAAGGGTTTGTCCTTTTT
CGTTTTTATTAGAT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL8263Contig1 519 2 1 U
GGGATTTCTTCTTGGCAAATACAATATCTCCGGTCCGGTGGAAGTTGGAAGAAAATGGCT
AATGAAGATTTCATATACAGAATCAGTACGGAGCAAGAGTGGCAAGAGTTCCAGAAAAAC
GGATCTTCTTTTGGTGGTGAGCTCGATAAGTCAACTGGTTGCTTTCATCTCAGCAAACTC
CATCAGGTGCAAATGACATTGCAGAACTTCTTCTTGAACGCTAAGGAGGATCTTTACCTT
CTTCAAATCGATCCTAAGAAGCTTGGAGATGGATTGATCTATGAAGCAGTGGATGATGTG
AATAGCTTCCCTCACTTCTACGGTCCAGACAGAAGCTTTGCTCCACTTCCTCTAGATTCT
GTCGTCAAAGCTGAGAAGCTAACATTCACCAACGGCAACTTCACCTGCAGCTTCTTCACT
TGATGTATCTATCCCTTCCTATATAATAATCACTTCACTGTGGTTTTTATGTATTGCATT
TTTCACTTGATGATTAAACAGAGAGAATTGTTATTATAT


BQ
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AF RR1BK07JQ C 1
AF RR1BK07TF U 1
BS 1 519 RR1BK07TF

RD RR1BK07JQ 519 0 0
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AATGAAGATTTCATATACAGAATCAGTACGGAGCAAGAGTGGCAAGAGTTCCAGAAAAAC
GGATCTTCTTTTGGTGGTGAGCTCGATAAGTCAACTGGTTGCTTTCATCTCAGCAAACTC
CATCAGGTGCAAATGACATTGCAGAACTTCTTCTTGAACGCTAAGGAGGATCTTTACCTT
CTTCAAATCGATCCTAAGAAGCTTGGAGATGGATTGATCTATGAAGCAGTGGATGATGTG
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GTCGTCAAAGCTGAGAAGCTAACATTCACCAACGGCAACTTCACCTGCAGCTTCTTCACT
TGATGTATCTATCCCTTCCTATATAATAATCACTTCACTGTGGTTTTTATGTATTGCATT
TTTCACTTGATGATTAAACAGAGAGAATTGTTATTATAT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1BK07TF 519 0 0
GGGATTTCTTCTTGGCAAATACAATATCTCCGGTCCGGTGGAAGTTGGAAGAAAATGGCT
AATGAAGATTTCATATACAGAATCAGTACGGAGCAAGAGTGGCAAGAGTTCCAGAAAAAC
GGATCTTCTTTTGGTGGTGAGCTCGATAAGTCAACTGGTTGCTTTCATCTCAGCAAACTC
CATCAGGTGCAAATGACATTGCAGAACTTCTTCTTGAACGCTAAGGAGGATCTTTACCTT
CTTCAAATCGATCCTAAGAAGCTTGGAGATGGATTGATCTATGAAGCAGTGGATGATGTG
AATAGCTTCCCTCACTTCTACGGTCCAGACAGAAGCTTTGCTCCACTTCCTCTAGATTCT
GTCGTCAAAGCTGAGAAGCTAACATTCACCAACGGCAACTTCACCTGCAGCTTCTTCACT
TGATGTATCTATCCCTTCCTATATAATAATCACTTCACTGTGGTTTTTATGTATTGCATT
TTTCACTTGATGATTAAACAGAGAGAATTGTTATTATAT

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL8264Contig1 1002 2 6 U
GGATCATCAGCACGAAACCAACGAAATCAAAACTGATCGGCATCTACTGAATCAGTGCTC
AGGCGACAACAATGCAAGGAGGATCGTCGGGAATTGGATACGGCTTGAAGTATCAGGCGA
GATGTATATCGGATGTGAAAGCAGATACGGATTACACCAGCTTCCTCACTGGAACCCTAA
GTTTGAAAGAAGAAAACGAGGTTCATCTGCTACGTCTGTCATCTGGTGGATCAGAGCTGA
TATGCGAGGGTTTGTTCTCTCATCCTAATGAGATTTGGGACCTTGCTTCTTGCCCTTTCG
ATCAACGCATTTTCTCCACTGTCTTTTCCACCGGTGAATCATTTGGAGCAGCGATTTGGC
AGATTCCTGAGTTGTATGGTCAACTGAATTCTCCACAGCTTGAGCGTGTTGCGTCTCTTG
ATGCACATGTTGGTAAGATTAATTGTGTTCTTTGGTGGCCTTCTGGAAGATGTGACAAGT
TAATCAGCATGGATGAACAAAACATTTTCTTGTGGAGCTTGGACTCTTCCAACAAGTCTG
CTGAGGTCTTATCTAAGGACTCGGCCGGGATGTTGCATTCTTTATCTGGTGGTGCGTGGG
ATCCACATGATGTAAATGCTGTTGCAGCAACTGGTGAATCATCAGCATCATCCACTAATG
ACAAAGCTCCAGAAAGCCCTGTGGAATCAACACGTCAGCGTGTGAACCTGTTGCTTAACT
CATACACTGATTATGAAGACAGCGTCTATGGCCTTGCTTGGAGCTCACGTGAGCCTTGGG
TTTTTGCATCATTATCATATGACGGAAGGGTCGTCATCGAATCAGTGAAGCCTTTCCTTC
CAAGACTGTAATAAAAAAGCTCAGCATCTCTTTTGCTCTGACCCACACACGACCCATCGA
AATCTTTGTCGGAAGAAAAGTTGGCACTTGCAACAATGTACTTTTGACACGATTTGTTTT
GAATCTTTATGTATCTATCTATCATTCACACAGATTCCTTTC


BQ
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AF RR1C689TF U 1
AF RR1C689JQ C 290
BS 1 689 RR1C689TF
BS 690 690 RR1C689JQ
BS 691 731 RR1C689TF
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BS 733 771 RR1C689TF
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RD RR1C689TF 771 0 0
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AGGCGACAACAATGCAAGGAGGATCGTCGGGAATTGGATACGGCTTGAAGTATCAGGCGA
GATGTATATCGGATGTGAAAGCAGATACGGATTACACCAGCTTCCTCACTGGAACCCTAA
GTTTGAAAGAAGAAAACGAGGTTCATCTGCTACGTCTGTCATCTGGTGGATCAGAGCTGA
TATGCGAGGGTTTGTTCTCTCATCCTAATGAGATTTGGGACCTTGCTTCTTGCCCTTTCG
ATCAACGCATTTTCTCCACTGTCTTTTCCACCGGTGAATCATTTGGAGCAGCGATTTGGC
AGATTCCTGAGTTGTATGGTCAACTGAATTCTCCACAGCTTGAGCGTGTTGCGTCTCTTG
ATGCACATGTTGGTAAGATTAATTGTGTTCTTTGGTGGCCTTCTGGAAGATGTGACAAGT
TAATCAGCATGGATGAACAAAACATTTTCTTGTGGAGCTTGGACTCTTCCAACAAGTCTG
CTGAGGTCTTATCTAAGGACTCGGCCGGGATGTTGCATTCTTTATCTGGTGGTGCGTGGG
ATCCACATGATGTAAATGCTGTTGCAGCAACTGGTGAATCATCAGCATCATCCACTAATG
ACAAAGCTCCAGAAAGCCCTGTGGAATCA*CACGTCAGCGTGTGAACCTGTTGCTTAACT
CATACACTGAT*ATGAAGACAGCGTCTATGGCCTTGCTTGGAGCTCACGTG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1C689JQ 713 0 0
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AGCGATTTGGCAGATTCCTGAGTTGTATGGTCAACTGAATTCTCCACAGCTTGAGCGTGT
TGCGTCTCTTGATGCACATGTTGGTAAGATTAATTGTGTTCTTTGGTGGCCTTCTGGAAG
ATGTGACAAGTTAATCAGCATGGATGAACAAAACATTTTCTTGTGGAGCTTGGACTCTTC
CAACAAGTCTGCTGAGGTCTTATCTAAGGACTCGGCCGGGATGTTGCATTCTTTATCTGG
TGGTGCGTGGGATCCACATGATGTAAATGCTGTTGCAGCAACTGGTGAATCATCAGCATC
ATCCACTAATGACAAAGCTCCAGAAAGCCCTGTGGAATCAACACGTCAGCGTGTGAACCT
GTTGCTTAACTCATACACTGATTATGAAGACAGCGTCTATGGCCTTGCTTGGAGCTCACG
TGAGCCTTGGGTTTTTGCATCATTATCATATGACGGAAGGGTCGTCATCGAATCAGTGAA
GCCTTTCCTTCCAAGACTGTAATAAAAAAGCTCAGCATCTCTTTTGCTCTGACCCACACA
CGACCCATCGAAATCTTTGTCGGAAGAAAAGTTGGCACTTGCAACAATGTACTTTTGACA
CGATTTGTTTTGAATCTTTATGTATCTATCTATCATTCACACAGATTCCTTTC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL8265Contig1 942 2 4 U
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TATTGCGTGCTTAAAGGTGGATCCTGACAAGGTAAGACGCCTTAGCTTGAGCGAGGAACA
GCTAGAGAAGGCAGCAGAAAAATATGCTACACAGATTGTGAGGTTTACTCAGCAAAACCT
GCTGAGGATTTACCCAAAAGGAACTAGAGTGACTTCATCAAATTACAACCCTTTGGTTGG
GTGGAGCTACGGTGCTCAAATGGTGGCTTTCAATATGCAGGGGTATGGAAGGTCATTGTG
GCTGATGCAAGGAATGTTTAGAGCCAATGGCGGATGTGGATACATCAAGAAACCAGATAT
TCTGTTAAAAGGTGGCTCAGATAGTGACATCTTTGACCCAAAAGCTACTCTACCTGTGAA
AACAACACTAAGGGTAACCATATACATGGGAGAAGGCTGGTACTTTGACTTCCGCCACAC
ACACTTCGATCAGTACTCACCTCCTGACTTCTACACGAGGGTGGGGATAGCTGGAGTTCC
AGCGGATACAGTGATGAAGAAGACAAAGACGCTGGAGGATGACGGGTGCCATCTTGGGAT
GAGGTGTTTGAGTTCCCACTAACGGTTCCGGAGCTGGCTCTGCTGAGGTTAGAAGTGCAT
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GCAGGAAGGGATAAGATCGTTTCCTTTGCATAGCCGTAAAGGTGAGAAGTACAAATCTGT
TAAGCTTCTGGTGAGGTGTGAGTTTGTGTGATAAACTGAGATGCGCTTAGTATTTAAGTA
GCACAAGTTTGTGAACTTGGTTGCAAGGATTTGGTGTGTGAATGTGTGTGTGTTGTGTTT
GTAACACTGTCAGAGAGAATGTTACTTTATTTGTTGAGTGTT


BQ
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AF RR1CK67TF U 1
AF RR1CK67JQ C 204
BS 1 653 RR1CK67TF
BS 654 654 RR1CK67JQ
BS 655 720 RR1CK67TF
BS 721 942 RR1CK67JQ

RD RR1CK67TF 720 0 0
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TATTGCGTGCTTAAAGGTGGATCCTGACAAGGTAAGACGCCTTAGCTTGAGCGAGGAACA
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GCTGAGGATTTACCCAAAAGGAACTAGAGTGACTTCATCAAATTACAACCCTTTGGTTGG
GTGGAGCTACGGTGCTCAAATGGTGGCTTTCAATATGCAGGGGTATGGAAGGTCATTGTG
GCTGATGCAAGGAATGTTTAGAGCCAATGGCGGATGTGGATACATCAAGAAACCAGATAT
TCTGTTAAAAGGTGGCTCAGATAGTGACATCTTTGACCCAAAAGCTACTCTACCTGTGAA
AACAACACTAAGGGTAACCATATACATGGGAGAAGGCTGGTACTTTGACTTCCGCCACAC
ACACTTCGATCAGTACTCACCTCCTGACTTCTACACGAGGGTGGGGATAGCTGGAGTTCC
AGCGGATACAGTGATGAAGAAGACAAAGACGCTGGAGGATGACGGGTGCCATCTTGGGAT
GAGGTGTTTGAGTTCCCACTAACGGTTCCGGAGCTGGCTCTGCTGAGGTTAGA*GTGCAT
GAGTATGACATGTCGGAGAAGGATGATTTTGGGACAGACATGCTTGCCTGTTTGGGAGCT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1CK67JQ 739 0 0
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TGGCTTTCAATATGCAGGGGTATGGAAGGTCATTGTGGCTGATGCAAGGAATGTTTAGAG
CCAATGGCGGATGTGGATACATCAAGAAACCAGATATTCTGTTAAAAGGTGGCTCAGATA
GTGACATCTTTGACCCAAAAGCTACTCTACCTGTGAAAACAACACTAAGGGTAACCATAT
ACATGGGAGAAGGCTGGTACTTTGACTTCCGCCACACACACTTCGATCAGTACTCACCTC
CTGACTTCTACACGAGGGTGGGGATAGCTGGAGTTCCAGCGGATACAGTGATGAAGAAGA
CAAAGACGCTGGAGGATGACGGGTGCCATCTTGGGATGAGGTGTTTGAGTTCCCACTAAC
GGTTCCGGAGCTGGCTCTGCTGAGGTTAGAAGTGCATGAGTATGACATGTCGGAGAAGGA
TGATTTTGGGACAGACATGCTTGCCTGTTTGGGAGCTGCAGGAAGGGATAAGATCGTTTC
CTTTGCATAGCCGTAAAGGTGAGAAGTACAAATCTGTTAAGCTTCTGGTGAGGTGTGAGT
TTGTGTGATAAACTGAGATGCGCTTAGTATTTAAGTAGCACAAGTTTGTGAACTTGGTTG
CAAGGATTTGGTGTGTGAATGTGTGTGTGTTGTGTTTGTAACACTGTCAGAGAGAATGTT
ACTTTATTTGTTGAGTGTT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL8266Contig1 530 2 1 U
GCCACAAGATATAAAATATTCGGATCTTCATTTGCTCTTGCTCTGATCAAATAAGTGTAT
CATTTGCGGACCAAAATTACCGATAAATGGGTATATTTCCGGGGTTTGGTGCCTGGATCA
ACCTGAACAGCCAACAACCTCCGAAGGCCGAGTCCAAGAAATCTAAGAATGTAAAATCAA
AGCCAGGGTCAGAGATAAATACCAATGCGGAGAGCGAAGAAACGAAGAGGCAATTAAAGA
TGTGGAGAGCTGAAGAGAAGAAATGGCCATGGCTGCGAGATTATGCTCCTACCGTGAAGG
TGTCCAAATCGAGTGCAGGTGAAACCCATTTGAAGATGGACTTTTCAATAGGATTGCCTC
CTGAGACAGTCTTCGATATTATAACTAGTCACGACAACCAAACATATTCTTACTTCAAAC
AAATGAAAAGGCGCAAAATCCTGGTTTTTTTCTTGTTTTCTTTTCTTCTAACTGTACCAT
TCCTGTTAAGTTCTGATTATAGCAATACTTGAGAAAATGATATTTTTCTT


BQ
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AF RR1BS93JQ C 1
AF RR1BS93TF U 1
BS 1 530 RR1BS93TF

RD RR1BS93JQ 530 0 0
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CATTTGCGGACCAAAATTACCGATAAATGGGTATATTTCCGGGGTTTGGTGCCTGGATCA
ACCTGAACAGCCAACAACCTCCGAAGGCCGAGTCCAAGAAATCTAAGAATGTAAAATCAA
AGCCAGGGTCAGAGATAAATACCAATGCGGAGAGCGAAGAAACGAAGAGGCAATTAAAGA
TGTGGAGAGCTGAAGAGAAGAAATGGCCATGGCTGCGAGATTATGCTCCTACCGTGAAGG
TGTCCAAATCGAGTGCAGGTGAAACCCATTTGAAGATGGACTTTTCAATAGGATTGCCTC
CTGAGACAGTTTTCGATATTATAACTAGTCACGACAACCAAACATATTCTTACTTCAAAC
AAATGAAAAGGCGCAAAATCCTGGTTTTTTTCTTGTTTTCTTTTCTTCTAACTGTACCAT
TCCTGTTAAGTTCTGATTATAGCAATACTTGAGAAAATGATATTTTTCTT

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR1BS93TF 530 0 0
GCCACAAGATATAAAATATTCGGATCTTCATTTGCTCTTGCTCTGATCAAATAAGTGTAT
CATTTGCGGACCAAAATTACCGATAAATGGGTATATTTCCGGGGTTTGGTGCCTGGATCA
ACCTGAACAGCCAACAACCTCCGAAGGCCGAGTCCAAGAAATCTAAGAATGTAAAATCAA
AGCCAGGGTCAGAGATAAATACCAATGCGGAGAGCGAAGAAACGAAGAGGCAATTAAAGA
TGTGGAGAGCTGAAGAGAAGAAATGGCCATGGCTGCGAGATTATGCTCCTACCGTGAAGG
TGTCCAAATCGAGTGCAGGTGAAACCCATTTGAAGATGGACTTTTCAATAGGATTGCCTC
CTGAGACAGTCTTCGATATTATAACTAGTCACGACAACCAAACATATTCTTACTTCAAAC
AAATGAAAAGGCGCAAAATCCTGGTTTTTTTCTTGTTTTCTTTTCTTCTAACTGTACCAT
TCCTGTTAAGTTCTGATTATAGCAATACTTGAGAAAATGATATTTTTCTT

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 2

CO CL8267Contig1 475 2 1 U
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TACAGCCTTAAAACGACGGTCCATGGAGCTGGAGAATGCGGGAGAAACCCTCCAGACAGA
GAAGCCATAAAGCTGGCTCCTTGCGCAATGGCTGCACAAGACAAGTCTTCTCAAGTGTCT
GCGACTTGCTGTGATCGAATCAAACAAATGGGGGGGAACCCCAAATGTCTTTGCGCTGTC
ATGCTCTCCTCTACGGCTAGGAACTCTGGAGCAAAGCCAGAGATCTCAATGACCATTCCT
AAACGCTGCAACATCGCTGATTGTCCCATCGGTTACAAATGTGGAGCTTATACTCTGCCT
TGAAGTAGCAGACAGAGAGAGCAGTAAACGTTCTTCTATACCAGACTAATATGTCACGCA
TGTGTATTACTTGGTTTCAGTAATAAAATTTGATCAAACACAATTATTGATCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BK01TF U 1
AF RR1BK01JQ C 343
BS 1 475 RR1BK01TF

RD RR1BK01TF 475 0 0
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TACAGCCTTAAAACGACGGTCCATGGAGCTGGAGAATGCGGGAGAAACCCTCCAGACAGA
GAAGCCATAAAGCTGGCTCCTTGCGCAATGGCTGCACAAGACAAGTCTTCTCAAGTGTCT
GCGACTTGCTGTGATCGAATCAAACAAATGGGGGGGAACCCCAAATGTCTTTGCGCTGTC
ATGCTCTCCTCTACGGCTAGGAACTCTGGAGCAAAGCCAGAGATCTCAATGACCATTCCT
AAACGCTGCAACATCGCTGATTGTCCCATCGGTTACAAATGTGGAGCTTATACTCTGCCT
TGAAGTAGCAGACAGAGAGAGCAGTAAACGTTCTTCTATACCAGACTAATATGTCACGCA
TGTGTATTACTTGGTTTCAGTAATAAAATTTGATCAAACACAATTATTGATCATG

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR1BK01JQ 133 0 0
GGAGCTTATACTTTGCCTTGAAGTAGCAGACAGAGAGAGCAGTAAACGTTTTTTTATACC
AGACTAATATGTCACGCATGTGTATTACTTGGTTTCAGTAATAAAATTTGATCAAACACA
ATTATTGATCATG

QA 1 133 1 133
DS 



AS 1 2

CO CL8268Contig1 1079 2 2 U
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TGGGCTTGGTACGTCTGCAGATTCAGGGAAAGGCAAGAGCAAGATGTCAAAGCAGATCAC
ACATGGTTTCCACTTGTTGAAAGGGAAAGCTCTCCACGAGATGGAGGATTACGTGGTAGC
CAAGTTTAAAGAAGTCGATGACAATGAGCTTGGCCTCTTTGCTATATTCGATGGGCATCT
CAGCCACGAGATTCCTGACTACTTGTGCTCCCATTTGTTTGACAACATCTTGAAAGAGCC
AAATTTCTGGCAAGAACCTGAGAAAGCGATCAAGAAAGCTTACTACATAACAGACACTAA
GATTCTGGACAAAGCTTCTGACTTGGGGAAGGGTGGTTCCACTGCTGTGACTGCTATATT
AATCAACTGTCAGAAGTTAGTTGTTGCTAACGTTGGTGACTCTCGAGCTGTTTTTTGCAA
AGGTGGTGTTGCCAAGCCACTCTCTGTTGATCATGAGCCAAACATGGAGAAAGATGAAGT
AGAGAACAGAGGCGGATTCGTTTCAAACTTTCCTGGGGACGTTCCTAGAGTTGATGGTCA
ACTGGCTGTCACAAGAGCCTTTGGTGATAAGAGTTTGAAGATGCATTTGAGTTCAGAACC
ATATGTTACAGTGGAGATCATTGGTGATGATGTTGAGTTTCTTATCCTCGCAAGTGATGG
ACTTTGGAAGGTCATGTCTAACCAAGAAGCGGTTGACTCGGTTAAGGGAATAAAAGATGC
AAAGTCTGCAGCAAAGCCCCTTGCAGAAGAGGCTGTTGCAAGAAAAAGTTCAGATGATAT
CTCAGTGGTGGTCGTGAAGTTTCAGTGAGGTCGCTTCACGGAGGGAAGAAGAGAGACCTC
TGCTGATTCCATCGTTTCATGTCTTACTGGCACTGAAACAAGTAAAGAATCTTTGGGTTT
GGACCGGCTAGAGAATCACAACTTGAAACGCAGCATTGGCGTTTCCTCCTTAAGATGAAA
TAATCACCACTTCTTTTTTTTTGGGTAAAATGTTAAGATTAATCACCACTTCTTTTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BO29TF U 1
AF RR1BO29JQ C 433
BS 1 726 RR1BO29TF
BS 727 1079 RR1BO29JQ

RD RR1BO29TF 726 0 0
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TGGGCTTGGTACGTCTGCAGATTCAGGGAAAGGCAAGAGCAAGATGTCAAAGCAGATCAC
ACATGGTTTCCACTTGTTGAAAGGGAAAGCTCTCCACGAGATGGAGGATTACGTGGTAGC
CAAGTTTAAAGAAGTCGATGACAATGAGCTTGGCCTCTTTGCTATATTCGATGGGCATCT
CAGCCACGAGATTCCTGACTACTTGTGCTCCCATTTGTTTGACAACATCTTGAAAGAGCC
AAATTTCTGGCAAGAACCTGAGAAAGCGATCAAGAAAGCTTACTACATAACAGACACTAA
GATTCTGGACAAAGCTTCTGACTTGGGGAAGGGTGGTTCCACTGCTGTGACTGCTATATT
AATCAACTGTCAGAAGTTAGTTGTTGCTAACGTTGGTGACTCTCGAGCTGTTTTTTGCAA
AGGTGGTGTTGCCAAGCCACTCTCTGTTGATCATGAGCCAAACATGGAGAAAGATGAAGT
AGAGAACAGAGGCGGATTCGTTTCAAACTTTCCTGGGGACGTTCCTAGAGTTGATGGTCA
ACTGGCTGTCACAAGAGCCTTTGGTGATAAGAGTTTGAAGATGCATTTGAGTTCAGAACC
ATATGTTACAGTGGAGATCATTGGTGATGATGTTGAGTTTCTTATCCTCGCAAGTGATGG
ACTTTG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR1BO29JQ 647 0 0
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CAAGCCACTCTCTGTTGATCATGAGCCAAACATGGAGAAAGATGAAGTAGAGAACAGAGG
CGGATTCGTTTCAAACTTTCCTGGGGACGTTCCTAGAGTTGATGGTCAACTGGCTGTCAC
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GGAGATCATTGGTGATGATGTTGAGTTTCTTATCCTCGCAAGTGATGGACTTTGGAAGGT
CATGTCTAACCAAGAAGCGGTTGACTCGGTTAAGGGAATAAAAGATGCAAAGTCTGCAGC
AAAGCCCCTTGCAGAAGAGGCTGTTGCAAGAAAAAGTTCAGATGATATCTCAGTGGTGGT
CGTGAAGTTTCAGTGAGGTCGCTTCACGGAGGGAAGAAGAGAGACCTCTGCTGATTCCAT
CGTTTCATGTCTTACTGGCACTGAAACAAGTAAAGAATCTTTGGGTTTGGACCGGCTAGA
GAATCACAACTTGAAACGCAGCATTGGCGTTTCCTCCTTAAGATGAAATAATCACCACTT
CTTTTTTTTTGGGTAAAATGTTAAGATTAATCACCACTTCTTTTTTA

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

CO CL8269Contig1 747 2 2 U
GTGGGTGCCATTTGTTAATGAGATTCAAACTTCCAGAGCAGTCCTTTACATGATGATAGC
GTTCGCTGTTATACCAACAGTGGCATTCAATGTGTCAAATGTCTACAAAGTTGTACAATC
AAGAAAAGGGAGCATGGTGTTAGCATTAGCTATGCTGTATCCTTTCGCGGTTCTTCTTGG
AGGTGTTTTGATATGGGATTACTTGTCTCCAATCAATCTCATAGAAACATACCCTCACTT
GGTTGTTCTTGGAACTGGACTTGCATTTGGCTCTCTAGTGGGAAGAATGACTCTTGCTCA
CTTGTGTGATGAGCCGAAAGGACTGAAAACAAACATGTGCTTGTCTCTAGTCTATCTTCC
CTTTGCACTTGCAAACGCTTTAACCGCAAGATTGAATGCTGGGGTTCCTCTAGTTGATGA
GTTATGGGTTCTTCTTGGCTACTGTGTATTCACAGTGTCGTTATACTTGCACTTTGCGAC
ATCTGTCATCCATGAGATCACTGCTGCTCTTGGAATCTACTGCTTCAGGATCACGCGTAA
AGAAGCTTGAAGAAGAAACCTTAAGGGTGCTGTTTTTCTGTGTGGACCGTAGGATCAATA
CGGCCAATGATCAAATACGGTTTTAGATCAGTGATGCATTTTCTTCTTATTCATTTTGTA
TTTTGTTTGATCGGAATAGGTGAAACTTATGTAGAACTTTGTATAATGTTTTATACATGT
CGATCAATGTGATTTCTTTGCAGTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR30TF U 1
AF RR1DT21JQ C 138
BS 1 675 RR1FR30TF
BS 676 747 RR1DT21JQ

RD RR1FR30TF 675 0 0
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GGTTGTTCTTGGAACTGGACTTGCATTTGGCTCTCTAGTGGGAAGAATGACTCTTGCTCA
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CTTTGCACTTGCAAACGCTTTAACCGCAAGATTGAATGCTGGGGTTCCTCTAGTTGATGA
GTTATGGGTTCTTCTTGGCTACTGTGTATTCACAGTGTCGTTATACTTGCACTTTGCGAC
ATCTGTCATCCATGAGATCACTGCTGCTCTTGGAATCTACTGCTTCAGGATCACGCGTAA
AGAAGCTTGAAGAAGAAACCTTAAGGGTGCTGTTTTTCTGTGTGGACCGTAGGATCAATA
CGGCCAATGATCAAATACGGTTTTAGATCAGTGATGCATTTTCTTCTTATTCATTTTGTA
TTTTGTTTGATCGGA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1DT21JQ 610 0 0
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AAGGACTGAAAACAAACATGTGCTTGTCTCTAGTCTATCTTCCCTTTGCACTTGCAAACG
CTTTAACCGCAAGATTGAATGCTGGGGTTCCTCTAGTTGATGAGTTATGGGTTCTTCTTG
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TCACTGCTGCTCTTGGAATCTACTGCTTCAGGATCACGCGTAAAGAAGCTTGAAGAAGAA
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CGGTTTTAGATCAGTGATGCATTTTCTTCTTATTCATTTTGTATTTTGTTTGATCGGAAT
AGGTGAAACTTATGTAGAACTTTGTATAATGTTTTATACATGTCGATCAATGTGATTTCT
TTGCAGTTAA

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

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AACTTCGAACGTTCTTGGTTTTAGTTGTTCTGTCTCTTGTGATCGTATTTAAGCCTCTCC
TAGTTACTCCAAGTCTGTAATATTTCTCTCGCACTCTCTCTAACCTCCTCAAGTTTCTTC
CTCTTTGTTATGTTTCGTTCTTGCTTTAACTTCTTTCTTATTGCAGGAACTGAGAAACTG
ATGGACTATGAAATCAAGGGACAAGAATTAAATGAGATTAGCCACCTGGTAAGAATCTAC
TCCACACACACGCAGACAATGTGAGCAAAAGATCAAGTCTCTTCTGTATCTTGATTCTTG
TTCTTGATTTTTTGTTTCCATAGAGACGAGTTGAAATAGATCCTAAGAGAAGAACAAGGG
CACGGAGGTTGATGAATGTTGAGGAGATTAACGATTATCCAGGATCAGGTGCTAACAACC
GCCACACTCCTCGATCATATTGTCCTGATTGCTAATTCCAATTTCTTGTAATTTTGGAGC
ACCTATAAAAAATATAATAATACTATTTTATATGATATGCATCAAGATTTAACATTATGG
AATCTTAATCTAAAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR12TF U 1
AF RR1FR12JQ C 88
BS 1 612 RR1FR12TF
BS 613 677 RR1FR12JQ

RD RR1FR12TF 612 0 0
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AGGGCAGAAACAGAACACGTCTTCTTCTTTTTTTTTAAATGGCGAGAATACAACTTTTTA
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TAGTTACTCCAAGTCTGTAATATTTCTCTCGCACTCTCTCTAACCTCCTCAAGTTTCTTC
CTCTTTGTTATGTTTCGTTCTTGCTTTAACTTCTTTCTTATTGCAGGAACTGAGAAACTG
ATGGACTATGAAATCAAGGGACAAGAATTAAATGAGATTAGCCACCTGGTAAGAATCTAC
TCCACACACACGCAGACAATGTGAGCAAAAGATCAAGTCTCTTCTGTATCTTGATTCTTG
TTCTTGATTTTTTGTTTCCATAGAGACGAGTTGAAATAGATCCTAAGAGAAGAACAAGGG
CACGGAGGTTGATGAATGTTGAGGAGATTAACGATTATCCAGGATCAGGTGCTAACAACC
GCCACACTCCTCGATCATATTGTCCTGATTGCTAATTCCAATTTCTTGTAATTTTGGAGC
ACCTATAAAAAA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1FR12JQ 590 0 0
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TTCTGTCTCTTGTGATCGTATTTAAGCCTCTCCTAGTTACTCCAAGTCTGTAATATTTCT
CTCGCACTCTCTCTAACCTCCTCAAGTTTCTTCCTCTTTGTTATGTTTCGTTCTTGCTTT
AACTTCTTTCTTATTGCAGGAACTGAGAAACTGATGGACTATGAAATCAAGGGACAAGAA
TTAAATGAGATTAGCCACCTGGTAAGAATCTACTCCACACACACGCAGACAATGTGAGCA
AAAGATCAAGTCTCTTCTGTATCTTGATTCTTGTTCTTGATTTTTTGTTTCCATAGAGAC
GAGTTGAAATAGATCCTAAGAGAAGAACAAGGGCACGGAGGTTGATGAATGTTGAGGAGA
TTAACGATTATCCAGGATCAGGTGCTAACAACCGCCACACTCCTCGATCATATTGTCCTG
ATTGCTAATTCCAATTTCTTGTAATTTTGGAGCACCTATAAAAAATATAATAATACTATT
TTATATGATATGCATCAAGATTTAACATTATGGAATCTTAATCTAAAAGG

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

CO CL8271Contig1 1090 2 8 U
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ATCTCTGTTCCCAAATTCGAACCCAAGAGGACCCAGCGAGATTCGATTCTCCAACAGATG
GGGCAAAGCTAACGCCGATCTCCTCTCTCTCTCTCTCTTGAATCAACGTTGCAGAAGGGA
TCAAATTCGTTGTTGCGAGAAGGCAGGAGGAGTAGGTGATGTGTCAAAAAAAACGGGAGT
GTGGTGGGACTTGAACACGTGTCCTCTTCCGGCTGGTTTTGACCCTCGTTGGGTCCGTCC
GTGTATAGAATCTGCCGTGGAAGAGGAGATTGGTTTTCGTACTGAAGTCACCATATTTGC
AATGGGCAACCTAGAATACATCTCTATTGACCTCTTGGAAAAGATCTCTTCCTCTGGGAT
CATTCTTACTCACTCCCCCTGCGATTGTAAAACAAACAACCCCAAAGGCTTAATGTTATT
TATGGACGACTGGTTTGGTGATGACTTTAGCAACCCACATCCTCCGGGTTACGTAATGAT
CATCTCGGGTGATCAGAAAATTCTTGATCCTTGGCGTTTTCGGAGTTTTGGGCACACTAC
TTTTGTTGCATTTCCAAAAGGTGTTCGCCTACTTGCACCTCATGCCGAACTACAATTTAT
TGGCGAACTGTTTGAGTACGTGTTTGCCAAACAGTTTGTCTGGGAAACTTTATTGACTGA
TAATTTGGCTCAAGAAACTTTATTATACACATGTGATTACGAACCTCGCTGCATTTGCTA
CATATGCGATGATGTATACGAAGTATGTGACGAATTCATCACACATCTCAAGAGTGAAGA
GCACAGAAAAGAGTTGTTTTTACTTCAAGAAGAGGCAAGACGCCATCTTTTGGACCTTTT
GGAAGAAGAAGAAATCTCTTTGATCGAGGCGGAAAAGAAGAGGCAAGAAGCTGCATCCCC
ATGGGGTCTTTGTGTTAAAGAGTTTACTGAATGGAAATAAATGGGAACCCTTGTCTTTTT
TTTCCTATTTCATGTAGCATATCAATATGTTTCCATGTATGATTGCTTTATGAGCCTAAT
AATATTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AO89TF U 1
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CATTCTTACTCACTCCCCCTGCGATTGTAAAACAAACAACCCCAAAGGCTTAATGTTATT
TATGGACGACTGGTTTGGTGATGACTTTAGCAACCCACATCCTCCGGGTTACGTAATGAT
CATCTCGGGTGATCAGAAAATTCTTGATCCTTGGCGTTTTCGGAGTTTTGGGCACACTAC
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GCACAG

QA 1 846 1 846
DS 

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TCATTCTTACTCACTCCCCCTGCGATTGTAAAACAAACAACCCCAAAGGCTTAATGTTAT
TTATGGACGACTGGTTTGGTGATGACTTTAGCAACCCACATCCTCCGGGTTACGTAATGA
TCATCTCGGGTGATCAGAAAATTCTTGATCCTTGGCGTTTTCGGAGTTTTGGGCACACTA
CTTTTGTTGCATTTCCAAAAGGTGTTCGCCTACTTGCACCTCATGCCGAACTACAATTTA
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TAATATTTTTT

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1G413JQ U 10
AF RR1G413TF C 1
BS 1 9 RR1G413TF
BS 10 534 RR1G413JQ
BS 535 600 RR1G413TF

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ATCACCAGCGTTTTTATTAGAACCAGCGGACTCTGCCTCAGATCTTGCATATTTTCTTCT
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CATTTGCCGTGACAGTGACACTTCAGCTCCAAGTGCAAGCCTGGATGGTCGAACTTCTTG
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AAGTTTCAGTGCCATCGTATGTGTCTTTAGAATCTGTGGAGTCCTCTTCTTTTTTCCTGA
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TGTGTTATGTCTTTTCTTTCCGAACGCTTGGCTTTTGCTTTCTGATTCGTAATCATCCTC
ATCACTATCATCACCAGCGTTTTTATTAGAACCAGCGGACTCTGCCTCAGATCTTGCATA
TTTTCTTCTCCCTGCACCAAACTTGGCTTGTAGCTTTTGATCAAGAGGGTCGTCTGAAGG
TCTACGCTTCATTTGCCGTGACAGTGACACTTCAGCTCCAAGTGCAAGCCTGGATGGTCG
AACTTCTTGTTCAGCCTCAATAGGATCATCCTCTGCGGGAGTTGTCATATTGGCAACCCA
CTTCTCAGCAAGTTTCAGTGCCATCGTATGTGTCTTTAGAATCTGTGGAGTCCTCTTCTT
TTTTCCTGATTCCGTTGTCATTTGCAACTGACTTATAGAGTAACACCACCACACCACCAA
ACTTCCGGTAAATAAAATATTGAGTTACCGCGCCGTTACACAAGCTAGAGCCTCCGTCCC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BN64TF U 1
AF RR1BN64JQ C 26
BS 1 554 RR1BN64TF

RD RR1BN64TF 554 0 0
GGAGGCAACAATTTAGAGTCTCTGATTCACTTCTTGATAGTGGATAAAGCGCTGTACGTT
GCCGATATTGACTTGGTTCAAAGATTTCTCTGTTGGCTTCAAATGTGTTTTGGCCAAAAC
GATCAATGTCCCTACATGTAATCAATTTTATTATTGTATTACTAAATGTTTCTATTCTGT
TTGTGTTTCGGGGATTATATATATCATTGGTTGGTTCAGTGAACATTCTCAATGGTTGAG
AGACTATAAAAATAATATGATGGTTTCATCTCAAGTTTCTGTTCCGAGTTATATAGGCCA
TAGGGTGTAGTAACCATCCGAGGACATGTCTTCCATCATTAGGTGATACCTTAAAGTCGA
ACCTTTATCGATTGGTACACTTTATGATTCCACCGGAGATGAAAAGCATCTTCTCCGACA
GCCTGGCTAAGCCAAGGTTTGTCATCTGTTCACAGAGCTACTGTTTCACACTCTAGTGTC
TTATTATATTCAAGATAATACTCTTTGATACTCCTTTTAGAGTTCTTCTTAATGATGTAA
AGACTTTGACAACC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR1BN64JQ 529 0 0
TTCACTTCTTGATAGTGGATAAAGCGCTGTACGTTGCCGATATTGACTTGGTTCAAAGAT
TTCTCTGTTGGCTTCAAATGTGTTTTGGCCAAAACGATCAATGTCCCTACATGTAATCAA
TTTTATTATTGTATTACTAAATGTTTCTATTCTGTTTGTGTTTCGGGGATTATATATATC
ATTGGTTGGTTCAGTGAACATTCTCAATGGTTGAGAGACTATAAAAATAATATGATGGTT
TCATCTCAAGTTTCTGTTCCGAGTTATATAGGCCATAGGGTGTAGTAACCATCCGAGGAC
ATGTCTTCCATCATTAGGTGATACCTTAAAGTCGAACCTTTATCGATTGGTACACTTTAT
GATTCCACCGGAGATGAAAAGCATCTTTTCCGACAGCCTGGCTAAGCCAAGGTTTGTCAT
CTGTTCACAGAGCTACTGTTTCACACTCTAGTGTCTTATTATATTCAAGATAATACTCTT
TGATACTCCTTTTAGAGTTCTTCTTAATGATGTAAAGACTTTGACAACC

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

CO CL8274Contig1 671 2 1 U
GGAACCACAACACACACAAACAAAATTGGAGCAACAAAGGAAAAAAAGAAGTCAACAATG
TCGAGAGAAATAGAACCACTAATAGTGGGACGAGTGATAGGAGATGTCATAGAAATGTTC
AATCCAAGTGTGACTATGAGAGTCACTTACAATTCCAATACAATCGTCTCCAATGGCCAT
GAGCTCGCTCCTTCTCTTCTGCTCTCTAAGCCTCGTGTCGAAGTTGGCGGCCATGATCTC
CGTTCATTCTTCACCTTAATCATGATGGACCCTGATGCCCCCAGTCCTAGTAATCCTTAC
ATGCGTGAATATCTGCATTGGATGGTGACAGACATCCCCGGGACAACCGATGCTTCTTTT
GGGAGAGAGATGGTGAGATATGAAACGCCTAAACCGGTGATTGGGATACACAGATACGCG
TTCGTGCTGTTCAGACAGAGAGGGAGACAAACGGTGAAGGCGGCACCTGCAACAAGGGAA
TGTTTTAACACGAGAGACTTCTCTGCTTTCTTTGGTCTTTCTCTACCTGTTGCCGCTGTT
TACTTCAACGCCCAACGTGAAACTGCTCCTCGAAGACGTCCTTCTTACTAATCAACTATA
AAGAACACTGTACTCTATATGTAGAAATAAAGTTCACACTATGACCCTTAATGTGCAAAA
ATAAAGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FG84TF U 1
AF RR1FG84JQ C 197
BS 1 671 RR1FG84TF

RD RR1FG84TF 671 0 0
GGAACCACAACACACACAAACAAAATTGGAGCAACAAAGGAAAAAAAGAAGTCAACAATG
TCGAGAGAAATAGAACCACTAATAGTGGGACGAGTGATAGGAGATGTCATAGAAATGTTC
AATCCAAGTGTGACTATGAGAGTCACTTACAATTCCAATACAATCGTCTCCAATGGCCAT
GAGCTCGCTCCTTCTCTTCTGCTCTCTAAGCCTCGTGTCGAAGTTGGCGGCCATGATCTC
CGTTCATTCTTCACCTTAATCATGATGGACCCTGATGCCCCCAGTCCTAGTAATCCTTAC
ATGCGTGAATATCTGCATTGGATGGTGACAGACATCCCCGGGACAACCGATGCTTCTTTT
GGGAGAGAGATGGTGAGATATGAAACGCCTAAACCGGTGATTGGGATACACAGATACGCG
TTCGTGCTGTTCAGACAGAGAGGGAGACAAACGGTGAAGGCGGCACCTGCAACAAGGGAA
TGTTTTAACACGAGAGACTTCTCTGCTTTCTTTGGTCTTTCTCTACCTGTTGCCGCTGTT
TACTTCAACGCCCAACGTGAAACTGCTCCTCGAAGACGTCCTTCTTACTAATCAACTATA
AAGAACACTGTACTCTATATGTAGAAATAAAGTTCACACTATGACCCTTAATGTGCAAAA
ATAAAGTTCCC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1FG84JQ 475 0 0
TTCTGCTCTTTAAGCCTCGTGTCGAAGTTGGCGGCCATGATCTCCGTTCATTCTTCACCT
TAATCATGATGGACCCTGATGCCCCCAGTCCTAGTAATCCTTACATGCGTGAATATCTGC
ATTGGATGGTGACAGACATCCCCGGGACAACCGATGCTTCTTTTGGGAGAGAGATGGTGA
GATATGAAACGCCTAAACCGGTGATTGGGATACACAGATACGCGTTCGTGCTGTTCAGAC
AGAGAGGGAGACAAACGGTGAAGGCGGCACCTGCAACAAGGGAATGTTTTAACACGAGAG
ACTTTTCTGCTTTCTTTGGTCTTTCTCTACCTGTTGCCGCTGTTTACTTCAACGCCCAAC
GTGAAACTGCTCCTCGAAGACGTCCTTCTTACTAATCAACTATAAAGAACACTGTACTCT
ATATGTAGAAATAAAGTTCACACTATGACCCTTAATGTGCAAAAATAAAGTTCCC

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 2

CO CL8275Contig1 910 2 2 U
GACTGACCATGTAGAAACTGAAAGTGAAGATGAGAAAGATGAAGCAGAAGATGAGAAAGA
CGAAGCAGAAGATGAGAAGCCAACTGATAAGAAAATCTCATCGAAGAAGACTAAAGAGGA
GAGCTCAGGAGGCACCAAAGGCAAAGATAAACAGGCGTCTGCGAACGGTTCTAACAAATC
TATTGAAAAGTCTTCCAAAAGAGTTGCTAAGTCAACTTCATCTCCAGCCAAGAAACAAAA
AGTTGTTCATGACGAGTCTTCTAAAGGGAAAAGCAAGAAACAGTCAGCTAAGCCACAGGC
TAAGGGATCCAAAGAGAAAGGGAAAGTCACTAAGAAAGGCAAAGCAGAGCCAACCAGAGA
AGAGATGCTTGAATTTGTGTCCAAAATTCTCAAGGAAGTTGACTTCAATACGGCGACACT
ATCAACTATTCTGAAAAAGCTTAGTGACCATTTCGGTGTTGATCTCTCGCATAGAAAACC
AGAGGTGAAGGAGTTTATCCAAGATGCTATCAATGAAATGACTGATGATGAAGATGACGA
AATATCTGAGGCTAGAAGTGATAAAGAAAAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAGCTGAGGCGAA
AAGTAACAAAGAGAAGGAAGGAGAAGACGAAAAAGTTGAGGATGAAAGTAACACAGAGAT
GGAAGAAGAGGAGGAAAAAGCTGAGGCTGAAAGTAACAAAGAGAAGGAAGAGGAAGAAGA
GTAAAAGCTAAAACTGATTAACATTGTGCACGTGATAGTTAGAGTCTAGAGAGTGCTGGA
TCTGTACTATGTAATCTCTATAGCTTCATCTTATGTACTATTATGTAGTTTCAGTGACTT
CTTCTTGTTAGGTTTTCTAATCCTTGTTCTATTTGCTACCACTGATTTGAAATTTTATAT
TTCTGGGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F947TF U 1
AF RR1F947JQ C 22
BS 1 572 RR1F947TF
BS 573 910 RR1F947JQ

RD RR1F947TF 572 0 0
GACTGACCATGTAGAAACTGAAAGTGAAGATGAGAAAGATGAAGCAGAAGATGAGAAAGA
CGAAGCAGAAGATGAGAAGCCAACTGATAAGAAAATCTCATCGAAGAAGACTAAAGAGGA
GAGCTCAGGAGGCACCAAAGGCAAAGATAAACAGGCGTCTGCGAACGGTTCTAACAAATC
TATTGAAAAGTCTTCCAAAAGAGTTGCTAAGTCAACTTCATCTCCAGCCAAGAAACAAAA
AGTTGTTCATGACGAGTCTTCTAAAGGGAAAAGCAAGAAACAGTCAGCTAAGCCACAGGC
TAAGGGATCCAAAGAGAAAGGGAAAGTCACTAAGAAAGGCAAAGCAGAGCCAACCAGAGA
AGAGATGCTTGAATTTGTGTCCAAAATTCTCAAGGAAGTTGACTTCAATACGGCGACACT
ATCAACTATTCTGAAAAAGCTTAGTGACCATTTCGGTGTTGATCTCTCGCATAGAAAACC
AGAGGTGAAGGAGTTTATCCAAGATGCTATCAATGAAATGACTGATGATGAAGATGACGA
AATATCTGAGGCTAGAAGTGATAAAGAAAAGG

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR1F947JQ 889 0 0
AAGTGAAGATGAGAAAGATGAAGCAGA*GATGAGAA*GACGA*GCAGA*GATGAGAAGCC
AACTGATAAGAAA*TCTCATCGAAGAAGACTAAAGAGGAGAGCTCAGGAGGCACCAAAGG
CAAAGATAAACAGGCGTCTGCGAACGGTTCTAACAAATCTATTGAAAAGTCTTCCAAAAG
AGTTGCTAAGTCAACTTCATCTCCAGCCAAGAAACAAAAAGTTGTTCATGACGAGTCTTC
TAAAGGGAAAAGCAAGAAACAGTCAGCTAAGCCACAGGCTAAGGGATCCAAAGAGAAAGG
GAAAGTCACTAAGAAAGGCAAAGCAGAGCCAACCAGAGAAGAGATGCTTGAATTTGTGTC
CAAAATTCTCAAGGAAGTTGACTTCAATACGGCGACACTATCAACTATTCTGAAAAAGCT
TAGTGACCATTTCGGTGTTGATCTCTCGCATAGAAAACCAGAGGTGAAGGAGTTTATCCA
AGATGCTATCAATGAAATGACTGATGATGAAGATGACGAAATATCTGAGGCTAGAAGTGA
TAAAGAAAAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAGCTGAGGCGAAAAGTAACAAAGAGAAGGAAGG
AGAAGACGAAAAAGTTGAGGATGAAAGTAACACAGAGATGGAAGAAGAGGAGGAAAAAGC
TGAGGCTGAAAGTAACAAAGAGAAGGAAGAGGAAGAAGAGTAAAAGCTAAAACTGATTAA
CATTGTGCACGTGATAGTTAGAGTCTAGAGAGTGCTGGATCTGTACTATGTAATCTCTAT
AGCTTCATCTTATGTACTATTATGTAGTTTCAGTGACTTCTTCTTGTTAGGTTTTCTAAT
CCTTGTTCTATTTGCTACCACTGATTTGAAATTTTATATTTCTGGGTTT

QA 1 889 1 889
DS 



AS 1 2

CO CL8276Contig1 532 2 1 U
GGAAAGTAAAAACCATAAGAAAACAAATATATTATCTAAACAAAATGGAATTTCTCAAAT
CCTTTGCAACTATTCTCTTTGTAATGTTTCTGGCAATGAGCGCTCTAGAGACCGGACCTA
TGGTGCTCAACAATGCCTAGACAATCTGAGCAATATGCAAGTGTGTGCGCCGCTGGTTCT
GCCTGGTGCGGTCAATCCAGCCCCGAATTCAAATTGCTGCATCGCTCTCCAAGCAACTAA
CAAAGATTGTATATGTAACGCTCTTCGAGCAGCCACCACGTTTACCACTACTTGTAACCT
CCCCTCTTTAGATTGTGGTATAACCATATAAGTGCTGTGCCTAGTTCCAGCAACGGCCAG
TTCCGAGGATTTGGGGAGTTTGGTCTGCAAAAGACAATGAGAATAAAATAAAAGCATTTT
AAATAATGAGAAAGTGTTTTCTTTTTTAAACTTGGTCTGTTGTTTGGTTGGGTTTAATAC
TTATGACACATCTATTAATATCGTTTTCATATTTATTATGGGGAATATTTTT


BQ
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GCCTGGTGCGGTCAATCCAGCCCCGAATTCAAATTGCTGCATCGCTCTCCAAGCAACTAA
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AAATAATGAGAAAGTGTTTTCTTTTTTAAACTTGGTCTGTTGTTTGGTTGGGTTTAATAC
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QA 1 532 1 532
DS 



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10 

AF RR1FB78TF U 1
AF RR1FB78JQ C 132
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RD RR1FB78TF 659 0 0
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TACAAGCCTGATCGAGCCTCCTCTTTCATCGACCGGTGTGAGTTCACCGATCTGAACGAC
GTCGATTCGGTTAGAGATCGAGCCAAGATGTCTTCGCTGTTGCTTTACCGTTTGATTCAG
AAAAGATATTCCGCCGTGAAAGCGAACATAGCCGAGGAGGCGGAGGCGGCTGAGAAACGG
AAAAGGAACGCTGCGGCGGCGCAGGCGCCAATGCACAATTTTGAAGAACGCAAGCCTGTT
GAAAAATCCGGTTTGGTTAAGAGAACCGGGTTCGCTGAATTAAAATCAGTGGAAAAAACT
AAGATAACCGATAGTACTCAACCGAAACCGGTAAATTCCAATGCGTACCAAGGAGTTTTT
TGTAGAGATCTCGCGGCTGTCGGGAATCTACTAACCCGGGCTGGGTTCAATCATCCAATT
CCGGTTAAATTCGAAGCTCTCACCTGCTAAAATGTTCAGTGATCATTTTTTACCAAGTCA
GCGAATATAAATAATAACCGAATATATACTATAGTGTTTGAATACAAATGAAAACGATG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1FB78JQ 590 0 0
TCGAGCCTCCTCTTTCATCGACCGGTGTGAGTTCACCGATCTGAACGACGTCGATTCGGT
TAGAGATCGAGCCAAGATGTCTTCGCTGTTGCTTTACCGTTTGATTCAGAAAAGATATTC
CGCCGTGAAAGCGAACATAGCCGAGGAGGCGGAGGCGGCTGAGAAACGGAAAAGGAACGC
TGCGGCGGCGCAGGCGCCAATGCACAATTTTGAAGAACGCAAGCCTGTTGAAAAATCCGG
TTTGGTTAAGAGAACCGGGTTCGCTGAATTAAAATCAGTGGAAAAAACTAAGATAACCGA
TAGTACTCAACCGAAACCGGTAAATTCCAATGCGTACCAAGGAGTTTTTTGTAGAGATCT
CGCGGCTGTCGGGAATCTACTAACCCGGGCTGGGTTCAATCATCCAATTCCGGTTAAATT
CGAAGCTCTCACCTGCTAAAATGTTCAGTGATCATTTTTTACCAAGTCAGCGAATATAAA
TAATAACCGAATATATACTATAGTGTTTGAATACAAATGAAAACGATGTTAGGTATTAAA
TTGAAGATTAGCTGCCAAAAAAACAAAGACACTGAAGATTATTCGACTGC

QA 1 590 1 590
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8280Contig1 800 2 2 U
GGAAGAAAGGTATTCGAGATGATACAACATGTATTGTCGTTGATATATTACCATCAGAAA
AACCAGCTGCTTCCTTACCGCCTCCCAAAAAGCAAGGAAAAGGAATAATAATGTCCATGT
TCAAAAGAAAATCTTCGGGCTCATGTTCTAATATTGAGAAAGAGTATCTAGAACCTGATG
AAGTTGAAGAACTGTTTGAAGAAGGCTCTGCTATGCTTTCGGAGAGATTAGACACAAAGT
ACCCGCTCTGCAATATGTTTAAGTTGTTCATGTGTGCTGTGTGTCAAGTAGAAGTGAAAC
CTGGAGAAGGTGTTTCGATCCATGCTGGAACGGCTAATTGCCCAAAGCTTCGTCCTTGGG
ATGGTCCATTCCTTTGCGCAAGTTGCCAAGAAAAGAAAGACGCTATGGAAGGGAAACGAT
CATCAGGAGATAGACATAGTAGTGAGAGCGACTAGCCAATGCAATTTATTTGGTCAAGCA
ACTAACAAAAACAGTATTGTGAGTATATAAAGTGGTTCAGGATCATCTGGTTGGAATATT
CACCCAGAGATATGAGTTCCTTGATCAACCAACCACCATTTTTCGGCAAACTCCAAAGCA
GTTTATTTATTTATTTTATTTGATATGGCTCTCTCACTTAACTCTTTTTTTTTCTTTCAT
GCGTGGTGCTTTTATGTTTAAAAGTGGGTACTAACAGCTGAGAGAAGGTAGGTAAAGAAG
ATATGCAAGTCTGTGTGCAAACTATTTCATGTATAAAACCATTGACCAAGTTTTTCATGT
AACTAATTATACCGGTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F464TF U 1
AF RR1F464JQ C 12
BS 1 538 RR1F464TF
BS 539 800 RR1F464JQ

RD RR1F464TF 538 0 0
GGAAGAAAGGTATTCGAGATGATACAACATGTATTGTCGTTGATATATTACCATCAGAAA
AACCAGCTGCTTCCTTACCGCCTCCCAAAAAGCAAGGAAAAGGAATAATAATGTCCATGT
TCAAAAGAAAATCTTCGGGCTCATGTTCTAATATTGAGAAAGAGTATCTAGAACCTGATG
AAGTTGAAGAACTGTTTGAAGAAGGCTCTGCTATGCTTTCGGAGAGATTAGACACAAAGT
ACCCGCTCTGCAATATGTTTAAGTTGTTCATGTGTGCTGTGTGTCAAGTAGAAGTGAAAC
CTGGAGAAGGTGTTTCGATCCATGCTGGAACGGCTAATTGCCCAAAGCTTCGTCCTTGGG
ATGGTCCATTCCTTTGCGCAAGTTGCCAAGAAAAGAAAGACGCTATGGAAGGGAAACGAT
CATCAGGAGATAGACATAGTAGTGAGAGCGACTAGCCAATGCAATTTATTTGGTCAAGCA
ACTAACAAAAACAGTATTGTGAGTATATAAAGTGGTTCAGGATCATCTGGTTGGAATA

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1F464JQ 789 0 0
ATTCGAGATGATACAACATGTATTGTCGTTGATATATTACCATCAGAAAAACCAGCTGCT
TCCTTACCGCCTCCCAAAAAGCAAGGAAAAGGAATAATAATGTCCATGTTCAAAAGAAAA
TCTTCGGGCTCATGTTCTAATATTGAGAAAGAGTATCTAGAACCTGATGAAGTTGAAGAA
CTGTTTGAAGAAGGCTCTGCTATGCTTTCGGAGAGATTAGACACAAAGTACCCGCTCTGC
AATATGTTTAAGTTGTTCATGTGTGCTGTGTGTCAAGTAGAAGTGAAACCTGGAGAAGGT
GTTTCGATCCATGCTGGAACGGCTAATTGCCCAAAGCTTCGTCCTTGGGATGGTCCATTC
CTTTGCGCAAGTTGCCAAGAAAAGAAAGACGCTATGGAAGGGAAACGATCATCAGGAGAT
AGACATAGTAGTGAGAGCGACTAGCCAATGCAATTTATTTGGTCAAGCAACTAACAAAAA
CAGTATTGTGAGTATATAAAGTGGTTCAGGATCATCTGGTTGGAATATTCACCCAGAGAT
ATGAGTTCCTTGATCAACCAACCACCATTTTTCGGCAAACTCCAAAGCAGTTTATTTATT
TATTTTATTTGATATGGCTCTCTCACTTAACTCTTTTTTTTTCTTTCATGCGTGGTGCTT
TTATGTTTAAAAGTGGGTACTAACAGCTGAGAGAAGGTAGGTAAAGAAGATATGCAAGTC
TGTGTGCAAACTATTTCATGTATAAAACCATTGACCAAGTTTTTCATGTAACTAATTATA
CCGGTTTTT

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL8281Contig1 720 2 3 U
GGCGTCTTTGGATTGTTGTTGCAGATCAGCTCTGTTGCAGCTGCTACTGCTGTTTTCTTG
ATCTACCCAATTGGTGATGGAAGTTTTTCTGATGGTATGCCTCAAGGAAAGTAGGGTTTT
CTTTGCTTTCCTCCATTCATAAAAATCGACTATGGCTTAAAGCCTCCTTGCTCACCAGAA
ATCTCACCCATTGGAATGGAAGAGGAATCTCCATCACCAGTTTCGCCACTGCGTCCCCAG
CAAAATACATGGGACGAGATACATTTGTAAGGCCGAACATCGGGGGATGAACGAGCCCAA
GTAAAGAAAAATAAGCTGAAATAATGAGAGACTTACCTACGGTACGCCAAAACGTAGGGT
AGCGGATGGGTTCTTGAATCCTCATAAATACGTATCGGTTATCCCAATCATCTCCAAATG
ATAATCGCCTCCAGCACCCCTCGAAGGCTCTAAGACTAAAGGAGCGCCATCACGAGATCT
AAGATAGTAAAACCCAGGCTTGCTCTCCAATGGGGCAAAACAATAAGAGTATAAAACCTC
GTGCACCCCGATGCAGAAGCCGTGCAACTCCCCGAGCACTTGAATGGCCATCAAAGTCCT
CCAAGCTAGCGGAGTAAGCTGAGAAGGGCAGAGACCGAAGTACGAAGATATTTCAGCAAC
AAGGGAAGGAACGCCACTCCTTACGCCAGCTTTCAGATAAGCCTCGTATATAGCCACCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EI28JQ U 97
AF RR1EI28TF C 1
BS 1 96 RR1EI28TF
BS 97 622 RR1EI28JQ
BS 623 720 RR1EI28TF

RD RR1EI28JQ 526 0 0
ATGCCTCAAGGAAAGTAGGGTTTTCTTTGCTTTCCTCCATTCATAAAAATCGACTATGGC
TTAAAGCCTCCTTGCTCACCAGAAATCTCACCCATTGGAATGGAAGAGGAATCTCCATCA
CCAGTTTCGCCACTGCGTCCCCAGCAAAATACATGGGACGAGATACATTTGTAAGGCCGA
ACATCGGGGGATGAACGAGCCCAAGTAAAGAAAAATAAGCTGAAATAATGAGAGACTTAC
CTACGGTACGCCAAAACGTAGGGTAGCGGATGGGTTCTTGAATCCTCATAAATACGTATC
GGTTATCCCAATCATCTCCAAATGATAATCGCCTCCAGCACCCCTCGAAGGCTCTAAGAC
TAAAGGAGCGCCATCACGAGATCTAAGATAGTAAAACCCAGGCTTGCTCTCCAATGGGGC
AAAACAATAAGAGTATAAAACCTCGTGCACCCCGATGCAGAAGCCGTGCAACTCCCCGAG
CACTTGAATGGCCATCAAAGTCCTCCAAGCTAGCGGAGTAAGCTGA

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR1EI28TF 720 0 0
GGCGTCTTTGGATTGTTGTTGCAGATCAGCTCTGTTGCAGCTGCTACTGCTGTTTTCTTG
ATCTACCCAATTGGTGATGGAAGTTTTTCTGATGGTATGCCTCAAGGAAAGTAGGGTTTT
CTTTGCTTTCCTCCATTCATAAAAATCGACTATGGCTTAAAGCCTCCTTGCTCACCAGAA
ATCTCACCCATTGGAATGGAAGAGGAATCTCCATCACCAGTTTCGCCACTGCGTCCCCAG
CAAAATACATGGGACGAGATACATTTGTAAGGCCGAACATCGGGGGATGAACGAGCCCAA
GTAAAGAAAAATAAGCTGAAATAATGAGAGACTTACCTACGGTACGCCAAAACGTAGGGT
AGCGGATGGGTTCTTGAATCCTCATAAATACGTATCGGTTATCCCAATCATCTCCAAATG
ATAATCGCCTCCAGCACCCCTCGAAGGCTCTAAGACTAAAGGAGCGCCATCACGAGATCT
AAGATAGTAAAACCCAGGCTTGCTCTCCAATGGGGCAAAACAATAAGAGTATAAAACCTC
GTGCACCCCGATGCAGAAGCCGTGCAACTCCCCGAGCACTTGAATGGCCATCAAAGTCCT
CCAAGCTAGCGGAGTAAGCTGAGAAGGGCAGAGACCGAAGTACGAAGATATTTCAGCAAC
AAGGGAAGGAACGCCACTCCTTACGCCAGCTTTCAGATAAGCCTCGTATATAGCCACCTC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL8282Contig1 644 2 1 U
GGGTTCTGATTAAATCCATTTAGACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTCTCG
AGCTTTTAATGCAGCGTCTCGCTCGTCTCTCAGTCGTCCTCTTCTCTCCAAGAGACCAGC
TTCTTCTGGTCGGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAG
TCTTTTCCCAACAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGCAGA
TGAGATTGTACCGGACATTCGACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAA
AAACCCACGAGCTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTACCCGCAGATCC
CAGTCTCCAACAGAAACGAAGATAAGAGCAGCAAAAGCCTTGGCAGCTGCACCCGCTATG
GTCGCCTAGTTTAAGACATAATATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAG
CTTTTGAGAAAATAAAAAAAAAAACTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTTACT
TCTATTTTTGCAAATGCTTTACTTCCTCTGTTTTTGAATAAGTGTCATTTTGATATTTTT
CACACAGATTAAGAAAGTGATGGAAATATACGTAAGTTGTTACT


BQ
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AF RR1G187TF U 1
AF RR1G187JQ C 124
BS 1 644 RR1G187TF

RD RR1G187TF 644 0 0
GGGTTCTGATTAAATCCATTTAGACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTCTCG
AGCTTTTAATGCAGCGTCTCGCTCGTCTCTCAGTCGTCCTCTTCTCTCCAAGAGACCAGC
TTCTTCTGGTCGGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAG
TCTTTTCCCAACAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGCAGA
TGAGATTGTACCGGACATTCGACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAA
AAACCCACGAGCTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTACCCGCAGATCC
CAGTCTCCAACAGAAACGAAGATAAGAGCAGCAAAAGCCTTGGCAGCTGCACCCGCTATG
GTCGCCTAGTTTAAGACATAATATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAG
CTTTTGAGAAAATAAAAAAAAAAACTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTTACT
TCTATTTTTGCAAATGCTTTACTTCCTCTGTTTTTGAATAAGTGTCATTTTGATATTTTT
CACACAGATTAAGAAAGTGATGGAAATATACGTAAGTTGTTACT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1G187JQ 521 0 0
TTT
TGGTCGGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAGTCTTTT
CCCAACAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGCAGATGAGAT
TGTACCGGACATTCGACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAAAAACCC
ACGAGCTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTACCCGCAGATCCCAGTCT
CCAACAGAAACGAAGATAAGAGCAGCAAAAGCCTTGGCAGCTGCACCCGCTATGGTCGCC
TAGTTTAAGACATAATATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAGCTTTTG
AGAAAATAAAAAAAAAAACTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTTACTTCTATT
TTTGCAAATGCTTTACTTCCTCTGTTTTTGAATAAGTGTCATTTTGATATTTTTCACACA
GATTAAGAAAGTGATGGAAATATACGTAAGTTGTTACT

QA 4 521 4 521
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8284Contig1 915 2 2 U
GGCTGTCTCCGATCTATCACAAAGGAGAGAATAGGGGAAGTGCCAAAATGAGGAAGCTCC
AGAGTGAAGCAGTGAGAGAGGCGATATCGTCAATCATCACTCACTGCAAGGAGACAAAGC
CTCGCAAGTTCACCGAGACAATCGAGCTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGACCCTCAAA
AGGACAAGAGGTTTAGCGGTTCCGTTAAGCTGCCTCACATTCCTAGGCCTAAGATGAAGA
TTTGCATGCTCGGTGACGCCCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAAATTGGGTTAGAGTCTA
TGGATGTGGAAGCTCTTAAGAAGCTGAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCTA
AGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCGGTCATCAAGCAGATTCCCCGTCTTCTTG
GTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGCATGTGTTTAAATCTTCCCCATTACTTTTTAATCATCA
TAGTCTCCATATGATTATATTATCCCTTGACATTTTTTGAGAAAAAAACAAACAAACAGG
AAAGTTCCCAACTCTTGTCAGCCACCAAGAGTCTTTGGAATCCAAAGTGAATGAGACAAA
GGCAACAGTGAAGTTCCAGCTCAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCTGCTGGAAATCT
CGGCATGGAGGAGAAGCAGATCTTCCAGAATGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTTGTTTC
CCTCTTGAAGAAAAACTGGCAAAATGTGAGGTGCTTGTACTTGAAGAGCACAATGAGTCC
ACCCACCCGTGTTTTCTAAGATTTTTGTTTTATCTTTTAAGGTATCATAAGAAATTTGAT
TTTCTTTTGTCATGAGCCTTCTTCTTCTTCTTGGATTACTTCCAGAACTCTGTAGGATGA
TCAAGATTTTGTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ED54TF U 1
AF RR1ED54JQ C 53
BS 1 597 RR1ED54TF
BS 598 915 RR1ED54JQ

RD RR1ED54TF 597 0 0
GGCTGTCTCCGATCTATCACAAAGGAGAGAATAGGGGAAGTGCCAAAATGAGGAAGCTCC
AGAGTGAAGCAGTGAGAGAGGCGATATCGTCAATCATCACTCACTGCAAGGAGACAAAGC
CTCGCAAGTTCACCGAGACAATCGAGCTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGACCCTCAAA
AGGACAAGAGGTTTAGCGGTTCCGTTAAGCTGCCTCACATTCCTAGGCCTAAGATGAAGA
TTTGCATGCTCGGTGACGCCCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAAATTGGGTTAGAGTCTA
TGGATGTGGAAGCTCTTAAGAAGCTGAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCTA
AGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCGGTCATCAAGCAGATTCCCCGTCTTCTTG
GTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGCATGTGTTTAAATCTTCCCCATTACTTTTTAATCATCA
TAGTCTCCATATGATTATATTATCCCTTGACATTTTTTGAGAAAAAAACAAACAAACAGG
AAAGTTCCCAACTCTTGTCAGCCACCAAGAGTCTTTGGAATCCAAAGTGAATGAGAC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1ED54JQ 863 0 0
GAAGCTCCAGAGTGA*GCAGTGAGAGAG*CGATATCGTCAATCATCACTCACTGCAAGG*
GACAAAGCCTCGCAAGT*CACCGAGACAATCGAGCTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGA
CCCTCAAAAGGACAAGAGGTTTAGCGGTTCCGTTAAGCTGCCTCACATTCCTAGGCCTAA
GATGAAGATTTGCATGCTCGGTGACGCCCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAAATTGGGTT
AGAGTCTATGGATGTGGAAGCTCTTAAGAAGCTGAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAA
GCTAGCTAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCGGTCATCAAGCAGATTCCCCG
TCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGCATGTGTTTAAATCTTCCCCATTACTTTTT
AATCATCATAGTCTCCATATGATTATATTATCCCTTGACATTTTTTGAGAAAAAAACAAA
CAAACAGGAAAGTTCCCAACTCTTGTCAGCCACCAAGAGTCTTTGGAATCCAAAGTGAAT
GAGACAAAGGCAACAGTGAAGTTCCAGCTCAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCTGCT
GGAAATCTCGGCATGGAGGAGAAGCAGATCTTCCAGAATGTTCAGATGAGCGTCAACTTC
CTTGTTTCCCTCTTGAAGAAAAACTGGCAAAATGTGAGGTGCTTGTACTTGAAGAGCACA
ATGAGTCCACCCACCCGTGTTTTCTAAGATTTTTGTTTTATCTTTTAAGGTATCATAAGA
AATTTGATTTTCTTTTGTCATGAGCCTTCTTCTTCTTCTTGGATTACTTCCAGAACTCTG
TAGGATGATCAAGATTTTGTTTA

QA 1 863 1 863
DS 



AS 1 2

CO CL8285Contig1 913 2 8 U
GGAATCTCTCTAATATGGTTTTCTTCCTCTTTGTCTCACTCCTCCGAGGGTTTCTGTGAC
ATTCTGAGTTCCCGTGTGGTTGTTCAGAATTGTAACTGTTTTGTATCTGACCGCAGAATT
CAAAGCTAGATACAACGTGTTAGGCTGTTCCAGGATGCAAATAGGTCTTGAATTGATTCA
TCTCGGCGGCGGCAGTTTCGGCAACTAACAATGCTAACTCTCGAGAACGCCGGTGGTTTC
ACGTCGTTGCTTGAGCCTCCACTTGCCGTCATTGTATTTTCAAGTACTGGCCCTTACGGA
ATTTTTTTTGATATCTCCACCGCCGCTTCACCATTACGGAACATTGACTAGCCCAAAACA
ATCGGTCTCGCAAGAGAATAGAACTCAACAAAAAGGCTAAAATCTTAACGAAGACGAAGA
ACAAATCCCGGAAGAGAACGAGAAGCTTTCATATGTTCATGTTAGAGTTCGCTGTGGTGA
AGCAACAGATAGCCATAGCAGAACGAATTATAGGCAAGAAGGGAGAAAATTAATACACGG
ATGAAGCTGCTATAGGAACTGGTTCCAGGCTGTGATAAGTTGCCTTCAAAAGTGATGAAG
CAGACAATACAGAAGAAGAAAACAATGATATCTTCTATGATTCCGAAAGTGACCATGTTT
TTTGTTTTTCTTATTTTTTACTTTTGAGCCTCTGTTTCTATATCTGATAGAAAATTCCTT
TATGAGATTCTGTGAGTTTAGAGACATTGATGATTCTGAGTGACACTTCTGGATTGTTTG
GAAGGTCTCAACTTCTCGGATGGGGCTAATTTGTAATTCTCTTTTTTTGTTTTGGTTTTA
TGCTACAACTAACGTGTAATTCTCAATCTCTCAAACCTTCGTATGCTTTTATCAAGGAAA
CACAAGAAACTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B873TF U 1
AF RR1B873JQ C 31
BS 1 817 RR1B873TF
BS 818 818 RR1B873JQ
BS 819 832 RR1B873TF
BS 833 834 RR1B873JQ
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BS 866 866 RR1B873JQ
BS 867 894 RR1B873TF
BS 895 913 RR1B873JQ

RD RR1B873TF 894 0 0
GGAATCTCTCTAATATGGTTTTCTTCCTCTTTGTCTCACTCCTCCGAGGGTTTCTGTGAC
ATTCTGAGTTCCCGTGTGGTTGTTCAGAATTGTAACTGTTTTGTATCTGACCGCAGAATT
CAAAGCTAGATACAACGTGTTAGGCTGTTCCAGGATGCAAATAGGTCTTGAATTGATTCA
TCTCGGCGGCGGCAGTTTCGGCAACTAACAATGCTAACTCTCGAGAACGCCGGTGGTTTC
ACGTCGTTGCTTGAGCCTCCACTTGCCGTCATTGTATTTTCAAGTACTGGCCCTTACGGA
ATTTTTTTTGATATCTCCACCGCCGCTTCACCATTACGGAACATTGACTAGCCCAAAACA
ATCGGTCTCGCAAGAGAATAGAACTCAACAAAAAGGCTAAAATCTTAACGAAGACGAAGA
ACAAATCCCGGAAGAGAACGAGAAGCTTTCATATGTTCATGTTAGAGTTCGCTGTGGTGA
AGCAACAGATAGCCATAGCAGAACGAATTATAGGCAAGAAGGGAGAAAATTAATACACGG
ATGAAGCTGCTATAGGAACTGGTTCCAGGCTGTGATAAGTTGCCTTCAAAAGTGATGAAG
CAGACAATACAGAAGAAGAAAACAATGATATCTTCTATGATTCCGAAAGTGACCATGTTT
TTTGTTTTTCTTATTTTTTACTTTTGAGCCTCTGTTTCTATATCTGATAGAAAATTCCTT
TATGAGATTCTGTGAGTTTAGAGACATTGATGATTCTGAGTGACACTTCTGGATTGTTTG
GAAGGTCTCAACTTCTCGGATGGGGCTAATTTGTAAT*CTCTTTTTTTGTTT**GTTTTA
TGCTACAACTAACGTGTAATTCTCA*TCTCTCAAACCTTCGTATGCTTTTATCA

QA 1 894 1 894
DS 

RD RR1B873JQ 883 0 0
TTGTCTCACTCCTCCGAGGGTTTCTGTGACATTCTGAGTTCCCGTGTGGTTGTTCAGAAT
TGTAACTGTTTTGTATCTGACCGCAGAATTCAAAGCTAGATACAACGTGTTAGGCTGTTC
CAGGATGCAAATAGGTCTTGAATTGATTCATCTCGGCGGCGGCAGTTTCGGCAACTAACA
ATGCTAACTCTCGAGAACGCCGGTGGTTTCACGTCGTTGCTTGAGCCTCCACTTGCCGTC
ATTGTATTTTCAAGTACTGGCCCTTACGGAATTTTTTTTGATATCTCCACCGCCGCTTCA
CCATTACGGAACATTGACTAGCCCAAAACAATCGGTCTCGCAAGAGAATAGAACTCAACA
AAAAGGCTAAAATCTTAACGAAGACGAAGAACAAATCCCGGAAGAGAACGAGAAGCTTTC
ATATGTTCATGTTAGAGTTCGCTGTGGTGAAGCAACAGATAGCCATAGCAGAACGAATTA
TAGGCAAGAAGGGAGAAAATTAATACACGGATGAAGCTGCTATAGGAACTGGTTCCAGGC
TGTGATAAGTTGCCTTCAAAAGTGATGAAGCAGACAATACAGAAGAAGAAAACAATGATA
TCTTCTATGATTCCGAAAGTGACCATGTTTTTTGTTTTTCTTATTTTTTACTTTTGAGCC
TCTGTTTCTATATCTGATAGAAAATTCCTTTATGAGATTCTGTGAGTTTAGAGACATTGA
TGATTCTGAGTGACACTTCTGGATTGTTTGGAAGGTCTCAACTTCTCGGATGGGGCTAAT
TTGTAATTCTCTTTTTTTGTTTTGTTTTTATGCTACAACTAACGTGTAATTCTCAATCTC
TCAAACCTTCGTATGCTTTTATCAAGGAAACACAAGAAACTAG

QA 1 883 1 883
DS 



AS 1 2

CO CL8286Contig1 859 2 2 U
GGATCCACTAACAATCAAATCTAATCAACTACACAAACTCAAAAAGGATGAATCCTATGT
TCTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCACCGCAAACGCCGCCGGGCCAG
TTCTTGACGTAAATGGTGATCTCATATTCGGCGGCAGTAGCTACTACGTTCTCCCTGCCA
TCTGGGGCCCTGGAGGTGGCGGCCTGACTCTCTCCTCCCTTGGTGACAAGCAATGTCCAC
TTTATATCCAGAAGGAAGATTCAGAGGTCGAAAGGGGCCTTCCCGTAAAGTTCTCAAACT
GGAGGCTTAAAGTTCCGTTCGTTCCCGAATCGGAGAACCTCAACATCGAGATGGATGTTG
CAGCTACGATCTGCGTCCAGTCAACCTACTGGTGGGTTGCTCCGTCTAACTTGCCCATTA
TGACATTTTGGATAGCGGCTGGCCCTAAGCCAGACCATGGAGAAGATTCTTCAAGGAGTT
TCTTCCAGATCAAGAGAACTGGAGAGTTTCATAACGGCTACAAAATTACGTTTTGTTCTG
GAGATGGGGCTTGCGACGATGTTGGGATCGCTAGGGACGGAAATGGCGTTGGGCGTTTGG
CTGTAGGCTCTGAGCCATGTGCGTTTGTGTTCGTGAAAGCTAGTGAGGCAGAGACTTCGC
CCAAGACTATGTCTATTATCTGAGAGATATTAAAGACGACGATATCAAGAAGATAAGAGT
TTATTAGTCTATGTAAATATATCATTGTATAGTTAGTTATCGCTTACGGTTAGATCCGGT
TTACTAGTAGATTATTGAAGTGTATATAAACAACTCGTGTACATCATTTTACAATTAATG
AGAATGTTAAACTTTACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BQ59TF U 1
AF RR1BQ59JQ C 73
BS 1 604 RR1BQ59TF
BS 605 859 RR1BQ59JQ

RD RR1BQ59TF 604 0 0
GGATCCACTAACAATCAAATCTAATCAACTACACAAACTCAAAAAGGATGAATCCTATGT
TCTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCACCGCAAACGCCGCCGGGCCAG
TTCTTGACGTAAATGGTGATCTCATATTCGGCGGCAGTAGCTACTACGTTCTCCCTGCCA
TCTGGGGCCCTGGAGGTGGCGGCCTGACTCTCTCCTCCCTTGGTGACAAGCAATGTCCAC
TTTATATCCAGAAGGAAGATTCAGAGGTCGAAAGGGGCCTTCCCGTAAAGTTCTCAAACT
GGAGGCTTAAAGTTCCGTTCGTTCCCGAATCGGAGAACCTCAACATCGAGATGGATGTTG
CAGCTACGATCTGCGTCCAGTCAACCTACTGGTGGGTTGCTCCGTCTAACTTGCCCATTA
TGACATTTTGGATAGCGGCTGGCCCTAAGCCAGACCATGGAGAAGATTCTTCAAGGAGTT
TCTTCCAGATCAAGAGAACTGGAGAGTTTCATAACGGCTACAAAATTACGTTTTGTTCTG
GAGATGGGGCTTGCGACGATGTTGGGATCGCTAGGGACGGAAATGGCGTTGGGCGTTTGG
CTGT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1BQ59JQ 787 0 0
CTTG
CCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCAC*GCAAACGCCGCCGGGCCAGTTCTTGACGTAAATGG
TGATCTCATATTCGGCGGCAGTAGCTACTACGTTCTCCCTGCCATCTGGGGCCCTGGAGG
TGGCGGCCTGACTCTCTCCTCCCTTGGTGACAAGCAATGTCCACTTTATATCCAGAAGGA
AGATTCAGAGGTCGAAAGGGGCCTTCCCGTAAAGTTCTCAAACTGGAGGCTTAAAGTTCC
GTTCGTTCCCGAATCGGAGAACCTCAACATCGAGATGGATGTTGCAGCTACGATCTGCGT
CCAGTCAACCTACTGGTGGGTTGCTCCGTCTAACTTGCCCATTATGACATTTTGGATAGC
GGCTGGCCCTAAGCCAGACCATGGAGAAGATTCTTCAAGGAGTTTCTTCCAGATCAAGAG
AACTGGAGAGTTTCATAACGGCTACAAAATTACGTTTTGTTCTGGAGATGGGGCTTGCGA
CGATGTTGGGATCGCTAGGGACGGAAATGGCGTTGGGCGTTTGGCTGTAGGCTCTGAGCC
ATGTGCGTTTGTGTTCGTGAAAGCTAGTGAGGCAGAGACTTCGCCCAAGACTATGTCTAT
TATCTGAGAGATATTAAAGACGACGATATCAAGAAGATAAGAGTTTATTAGTCTATGTAA
ATATATCATTGTATAGTTAGTTATCGCTTACGGTTAGATCCGGTTTACTAGTAGATTATT
GAAGTGTATATAAACAACTCGTGTACATCATTTTACAATTAATGAGAATGTTAAACTTTA
CTC

QA 5 787 5 787
DS 



AS 1 2

CO CL8287Contig1 1129 2 2 U
GGCCTCGGACCAAGAAAAACAAAAAAACAAGAACTATCTGAGAGACACTTTGCGGCCATG
GCAGCCTCTCTCCAATCCTCCGCCACATTCCTCCAGTCTGCCAAACTCTCCACCGCTCCT
TCTCGCGGCAGTGCTCTCCTCCGGTCGACTCAGACGGTCGGCAAATCATTTGGGCTAGAG
ACTTCTTCTGCACGCCTCACTTGTTCCTACCAATCTGACATCAAGGACTTCGCCGGAAAA
TTCTCCGACGCTGTTAAAATCGCCGGATTCGCTCTTGCAACCTCTGCTCTCGTTGTCTCG
GGAGCAAGTGCAGAGGGAGCTCCGAAGAGACTCACTTATGACGAGATACAGAGCAAGACA
TACATGGAAGTTAAGGGAACTGGAACTGCCAACCAGTGCCCAACTATTGACGGTGGCTCT
GAGACTTTCTCCTTCAAGCCCGGAAAGTACGCTGGCAAGAAGTTCTGCTTCGAGCCTACA
TCCTTCACCGTCAAGGCTGAGAGTGTTAGCAAGAACGCACCTCCTGACTTCCAGAACACC
AAGCTCATGACCCGTCTCACCTACACCCTTGACGAAATCGAAGGCCCCTTCGAGGTTTCT
TCAGACGGAAGTGTGAACTTCAAGGAAGAAGTCGGAATCGACTACGCTGCAGTCACAGTT
CAGCTTCCAGGAGGCGAGCGTGTGCCATTCCTTTTCACAGTCAAGCAGCTTGACGCCTCG
GGCAAGGCAGACAACTTCACTGGAAAATTCTTGGTCCCTTCATACCGTGGCTCGTCCTTC
TTGGACCCAAAGGGTCGTGGTGGATCCACAGGATATGACAACGCCGTTGCGTTGCCAGCT
GGAGGCAGAGGAGATGAAGAGGAGCTTTCAAAGGAGAACGTGAAAAACACGGCAGCTTCG
GTGGGAGAGATCACTCTGAAAGTGACTAAGAGCAAACCTGAGACAGGAGAAGTGATCGGA
GTGCTCGAGAGTCTTCAGCCTTCGGACACTGACTTGGGTGCCAAGGTGCCAAAGGATGTG
AAGATCCAAGGTGTGTGGTATGGTCAACTTGAGTGATCTTATGTTATTTTCAAAAACTAT
TCTTCTGTTAATTGTATTTGGTGATAATGAGAATATCTTTTCATGCGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CV61TF U 1
AF RR1CV61JQ C 469
BS 1 722 RR1CV61TF
BS 723 1129 RR1CV61JQ

RD RR1CV61TF 722 0 0
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GCAGCCTCTCTCCAATCCTCCGCCACATTCCTCCAGTCTGCCAAACTCTCCACCGCTCCT
TCTCGCGGCAGTGCTCTCCTCCGGTCGACTCAGACGGTCGGCAAATCATTTGGGCTAGAG
ACTTCTTCTGCACGCCTCACTTGTTCCTACCAATCTGACATCAAGGACTTCGCCGGAAAA
TTCTCCGACGCTGTTAAAATCGCCGGATTCGCTCTTGCAACCTCTGCTCTCGTTGTCTCG
GGAGCAAGTGCAGAGGGAGCTCCGAAGAGACTCACTTATGACGAGATACAGAGCAAGACA
TACATGGAAGTTAAGGGAACTGGAACTGCCAACCAGTGCCCAACTATTGACGGTGGCTCT
GAGACTTTCTCCTTCAAGCCCGGAAAGTACGCTGGCAAGAAGTTCTGCTTCGAGCCTACA
TCCTTCACCGTCAAGGCTGAGAGTGTTAGCAAGAACGCACCTCCTGACTTCCAGAACACC
AAGCTCATGACCCGTCTCACCTACACCCTTGACGAAATCGAAGGCCCCTTCGAGGTTTCT
TCAGACGGAAGTGTGAACTTCAAGGAAGAAGTCGGAATCGACTACGCTGCAGTCACAGTT
CAGCTTCCAGGAGGCGAGCGTGTGCCATTCCTTTTCACAGTCAAGCAGCTTGACGCCTCG
GG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1CV61JQ 661 0 0
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TTCCAGAACACCAAGCTCATGACCCGTCTCACCTACACCCTTGACGAAATCGAAGGCCCC
TTCGAGGTTTCTTCAGACGGAAGTGTGAACTTCAAGGAAGAAGTCGGAATCGACTACGCT
GCAGTCACAGTTCAGCTTCCAGGAGGCGAGCGTGTGCCATTCCTTTTCACAGTCAAGCAG
CTTGACGCCTCGGGCAAGGCAGACAACTTCACTGGAAAATTCTTGGTCCCTTCATACCGT
GGCTCGTCCTTCTTGGACCCAAAGGGTCGTGGTGGATCCACAGGATATGACAACGCCGTT
GCGTTGCCAGCTGGAGGCAGAGGAGATGAAGAGGAGCTTTCAAAGGAGAACGTGAAAAAC
ACGGCAGCTTCGGTGGGAGAGATCACTCTGAAAGTGACTAAGAGCAAACCTGAGACAGGA
GAAGTGATCGGAGTGCTCGAGAGTCTTCAGCCTTCGGACACTGACTTGGGTGCCAAGGTG
CCAAAGGATGTGAAGATCCAAGGTGTGTGGTATGGTCAACTTGAGTGATCTTATGTTATT
TTCAAAAACTATTCTTCTGTTAATTGTATTTGGTGATAATGAGAATATCTTTTCATGCGT
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL8288Contig1 524 2 1 U
GCGGACTGGGGCTAATAATGTCAGGGACCATCCGTGTTCATGATGACATGCTTCTGGCCG
CTTCAGAAGCTTTGGCTGAGCAACTGATGGAGGAGCACTATGAGAAGGGGATGATATTCC
CTCCCTTTAGGAATATCAGAAAAATCTCAGCTCGTATTGCAGCTAGAGTGGCTGCCAAGG
CCTATGAACTGGGATTGGCGACGAGGTTGCCTCAGCCCAAGGAGCTGGAGAAGTGTGCTG
AGAGCAGCATGTACAGCCCTTCCTATCATAGCTATCGCTAAGGGGATGATAAGCTTTACA
CTCTCCCTCCCATTCTTTCACCATCTTTAATATATGTGTTTGCTATCATCACTATTCCGC
AATAATCTACTAAAACTGCTTCTCTAGAGTCTAGTAGTCATGTTATGTTATGTTGTTTAG
CATCTTCGTATCAACATATATGTGCAACTGATTTCGTATGATTTTCCTTTTTAGGAAATT
TTCATGATAATCCTTTTTTTTCTATTGATTGTTCTTTTTTGTCG


BQ
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AF RR1AD06JQ C 1
AF RR1AD06TF U 1
BS 1 524 RR1AD06TF

RD RR1AD06JQ 524 0 0
GCGGACTGGGGCTAATAATGTCAGGGACCATCCGTGTTCATGATGACATGCTTCTGGCCG
CTTCAGAAGCTTTGGCTGAGCAACTGATGGAGGAGCACTATGAGAAGGGGATGATATTCC
CTCCCTTTAGGAATATCAGAAAAATCTCAGCTCGTATTGCAGCTAGAGTGGCTGCCAAGG
CCTATGAACTGGGATTGGCGACGAGGTTGCCTCAGCCCAAGGAGCTGGAGAAGTGTGCTG
AGAGCAGCATGTACAGCCCTTCCTATCATAGCTATCGCTAAGGGGATGATAAGCTTTACA
CTCTCCCTCCCATTCTTTCACCATCTTTAATATATGTGTTTGCTATCATCACTATTCCGC
AATAATCTACTAAAACTGCTTCTCTAGAGTCTAGTAGTCATGTTATGTTATGTTGTTTAG
CATCTTCGTATCAACATATATGTGCAACTGATTTCGTATGATTTTCCTTTTTAGGAAATT
TTCATGATAATCCTTTTTTTTCTATTGATTGTTCTTTTTTGTCG

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1AD06TF 524 0 0
GCGGACTGGGGCTAATAATGTCAGGGACCATCCGTGTTCATGATGACATGCTTCTGGCCG
CTTCAGAAGCTTTGGCTGAGCAACTGATGGAGGAGCACTATGAGAAGGGGATGATATTCC
CTCCCTTTAGGAATATCAGAAAAATCTCAGCTCGTATTGCAGCTAGAGTGGCTGCCAAGG
CCTATGAACTGGGATTGGCGACGAGGTTGCCTCAGCCCAAGGAGCTGGAGAAGTGTGCTG
AGAGCAGCATGTACAGCCCTTCCTATCATAGCTATCGCTAAGGGGATGATAAGCTTTACA
CTCTCCCTCCCATTCTTTCACCATCTTTAATATATGTGTTTGCTATCATCACTATTCCGC
AATAATCTACTAAAACTGCTTCTCTAGAGTCTAGTAGTCATGTTATGTTATGTTGTTTAG
CATCTTCGTATCAACATATATGTGCAACTGATTTCGTATGATTTTCCTTTTTAGGAAATT
TTCATGATAATCCTTTTTTTTCTATTGATTGTTCTTTTTTGTCG

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 2

CO CL8289Contig1 524 2 1 U
GAGTCAAAACCAAAGCCACTTGCAATCTATGCGTTCACCAAAGACGAGAACCTTAAAATT
AGAATCTTGTCAGAAACATCCTCTGGAAGTGTTACCTTCAACGACCTCATGATCCAGTAT
ATGTGTGATGCATTGCCCTTTGGAGGAGTAGGACAGAGTGGAATGGGAAGGTATCACGGG
AAATACTCATTCGAATGTTTCAGTCATGAGAAGGCAATAATGGAAGGAAGCTTAGCAATG
GATCTTGAAGCTCGATACCCTCCATGGAACAACTTCAAGCTCAACTTTATTAGACTGGCA
TTTCGTGATGCTTACTTCAAGCTTGTCCTCTTAATGCTTGGTCTGACAAAAGGAGTGAGA
AAGTGAAACACATGATTACACACTAAATAAATATGAATGATTCATATGAATCATATCACT
CTTTCGTCTGATATTCATATCTTCACCCAATAAGTTTGATTCCAAATATCATTTAAGCTT
TAGATTTTCTATATAAGTACTTATGTGTTCCACTTAATATAAAT


BQ
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AF RR1CT93JQ C 1
AF RR1CT93TF U 1
BS 1 524 RR1CT93TF

RD RR1CT93JQ 524 0 0
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QA 1 524 1 524
DS 

RD RR1CT93TF 524 0 0
GAGTCAAAACCAAAGCCACTTGCAATCTATGCGTTCACCAAAGACGAGAACCTTAAAATT
AGAATCTTGTCAGAAACATCCTCTGGAAGTGTTACCTTCAACGACCTCATGATCCAGTAT
ATGTGTGATGCATTGCCCTTTGGAGGAGTAGGACAGAGTGGAATGGGAAGGTATCACGGG
AAATACTCATTCGAATGTTTCAGTCATGAGAAGGCAATAATGGAAGGAAGCTTAGCAATG
GATCTTGAAGCTCGATACCCTCCATGGAACAACTTCAAGCTCAACTTTATTAGACTGGCA
TTTCGTGATGCTTACTTCAAGCTTGTCCTCTTAATGCTTGGTCTGACAAAAGGAGTGAGA
AAGTGAAACACATGATTACACACTAAATAAATATGAATGATTCATATGAATCATATCACT
CTTTCGTCTGATATTCATATCTTCACCCAATAAGTTTGATTCCAAATATCATTTAAGCTT
TAGATTTTCTATATAAGTACTTATGTGTTCCACTTAATATAAAT

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 2

CO CL8290Contig1 715 2 4 U
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CTTTTTTGCCAAAAAAAAACTGATAGATTACTGAGAATTTTCCGAGAATTACAAAATTTT
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TTGTCATAAATTTCTCGGGAAGTTTATATACCGGCAAAATAAAATTGTTCTCGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB24TF U 1
AF RR1DB24JQ C 95
BS 1 453 RR1DB24TF
BS 454 454 RR1DB24JQ
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BS 639 715 RR1DB24JQ

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CGACTCGACGGAGATAGTGGTCGGAGACTCGGTGGAGGACGTGGTGGATAGACTCTCCGG
CGTGGACTTCTTGGTGGTGGACTCAAAACGCGGTGAGTACGTCAAGGCTTTGGGGCTAGC
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CTTTTTTGCCAAAAAAAAACTGATAGATTACTGAGAATTTTCCGAGAATTACAAAATTTT
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QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1DB24JQ 621 0 0
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GAGTACGTCAAGGCTTTGGGGCTAGGGAACATGAGCAAAATCACTACAAGAAATATACGT
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CAAAATAAAATTGTTCTCGGT

QA 1 621 1 621
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H569TF U 1
AF RR1AS56TF U 194
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BS 558 720 RR1H569TF
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RD RR1H569TF 720 0 0
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CATACTCAACTTCATCGTCTTCCTCCTCTCGATCCCCATCTTAGCTGGAGGTATATGGCT
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AATTTTCCTCATGGTTGTAGCGATCGTCGGTCTGATCGGTTCGTGCTGCAGAGTCACATG
GCTTCTCTGGACATATCTCCTTGTCATGCTCCTCTTGATTATCCTCGTCTTCTGCTTTAC
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GAACTGGAGGAAGATTAGGAGTTGCCTTGTTGAGAGCAAAGTCTGTTCTAAACTTGAAGC
TAAGCTTATTAATGAACCTGTCAATAAGTTCTACGATGAACACCTGACTGCCCTTCAGTC
TGGTTGCTGCAAACCCTCAGAGAGATGCCAATTCACTTACGTAAGCGCCACAAACTGGAC
CAAGCCGGCCGGGACACACACTGATCCAGACTGCCAAACCTGGGACAACGCACCTAGCAA
GCTCTGCTTCGATTGCCAATCTTGCAAAGCGGGTCTCCTCGACAATATCAAGAGTGCGTG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1AS56TF 628 0 0
GTTGTAGCGATCGTCGGTCTGATCGGTTCGTGCTGCAGAGTCACATGGCTTCTCTGGACA
TATCTCCTTGTCATGCTCCTCTTGATTATCCTCGTCTTCTGCTTTACGATTTTCGCCTTT
GTTGTCACTAACAAAGGCGCGGGGGAGAAAGTTTCTGGAAGAGGGTATAAAGAGTATAGA
CTTGGAGATTACTCTAACTGGTTGCAGAAACGTGTGAACAGTGACAAGAACTGGAGGAAG
ATTAGGAGTTGCCTTGTTGAGAGCAAAGTCTGTTCTAAACTTGAAGCTAAGCTTATTAAT
GAACCTGTCAATAAGTTCTACGATGAACACCTGACTGCCCTTCAGTCTGGTTGCTGCAAA
CCCGCAGAGAGATGCCAATTCACTTACGTAAGCGCCACAAACTGGACCAAGCCGGCCGGG
ACACACACTGATCCAGACTGCCAAACCTGGGACAACGCACCTAGCAAGCTCTGCTTCGAT
TGCCAATCTTGCAAAGCGGGTCTCCTCGACAATATCAAGAGTGCGTGGAAGAAAGTTGCG
GTTGTTAACATCATCTTTCTCGTCTTCCTCATCATTGTCTACTCTGTTGGTTGCTGTGCT
TTGAGACATAAGAGAGATGACAGCTACG

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL8293Contig1 719 2 2 U
GGACTTGAAGGAAGTGCGTGAACCTAGTGGCAGACGTCTTTGATAGAGAGAACAAAAAAA
AAATATGGCTTCTTCTTCTTGTTCTACATTTTTCACTTTCTCTAGTCAGACCACACTGCA
CTCTCTTCCTCAGAGAAACACCATTCTCACCAAAACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAATC
ATCAGAATCTAACTTCTTTGGTCTCAGACTCTCTCCCTCCACCTCTCTCGCCCCTCTACT
CTCCCGGTTCTTTCAAAAGCTCAATCTTTGCTAAGGTAAACAAGGGGCAGAGTGCACCAG
ACTTCACACTAAAGGATCAAAACGGAAAGCCGGTGAGCCTCAAGAAGTATAAAGGGAAGC
CTGTTGTTCTATATTTTTACCCTGCAGATGAAACCCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTTTG
CAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAG
ACTGGGGAGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGTTCTTG
ACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGAGAAACACATTG
ATGAGACCTTAAAGTTCCTCAAAGCTGCTTGATCTTCTCTTCTCCCTCTTCTGCATCTTT
ACAAAACAACAATTCATGACCTTCCTTTATTGTTCTCATTGCTGTTTTCCCAATGACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GH89TF U 1
AF RR1GH89JQ C 102
BS 1 624 RR1GH89TF
BS 625 719 RR1GH89JQ

RD RR1GH89TF 624 0 0
GGACTTGAAGGAAGTGCGTGAACCTAGTGGCAGACGTCTTTGATAGAGAGAACAAAAAAA
AAATATGGCTTCTTCTTCTTGTTCTACATTTTTCACTTTCTCTAGTCAGACCACACTGCA
CTCTCTTCCTCAGAGAAACACCATTCTCACCAAAACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAATC
ATCAGAATCTAACTTCTTTGGTCTCAGACTCTCTCCCTCCACCTCTCTCGCCCCTCTACT
CTCCCGGTTCTTTCAAAAGCTCAATCTTTGCTAAGGTAAACAAGGGGCAGAGTGCACCAG
ACTTCACACTAAAGGATCAAAACGGAAAGCCGGTGAGCCTCAAGAAGTATAAAGGGAAGC
CTGTTGTTCTATATTTTTACCCTGCAGATGAAACCCCTGGCTGCACCAAGCAGGCTTTTG
CAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAG
ACTGGGGAGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGTTCTTG
ACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTCCAGCCTGAGAAACACATTG
ATGAGACCTTAAAGTTCCTCAAAG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1GH89JQ 618 0 0
CTAGTCAGACCACACTGCACTCTCTTCCTCAGAGAAACACCATTCTCACCAAAACCCAAT
TTCCAGCTCCCACAAAATCATCAGAATCTAACTTCTTTGGTCTCAGACTCTCTCCCTCCA
CCTCTCTCGCCCCTCTACTCTCCCGGTTCTTTCAAAAGCTCAATCTTTGCTAAGGTAAAC
AAGGGGCAGAGTGCACCAGACTTCACACTAAAGGATCAAAACGGAAAGCCGGTGAGCCTC
AAGAAGTATAAAGGGAAGCCTGTTGTTCTATATTTTTACCCTGCAGATGAAACCCCTGGC
TGCACCAAGCAGGCTTTTGCAAGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAA
GGGAATAAGGTGAGGAAAGACTGGGGAGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGG
AGGCAGACTTATGTTCTTGACAAAAACGGTGTCGTTCAGCTCATCTACAACAACCAGTTC
CAGCCTGAGAAACACATTGATGAGACCTTAAAGTTCCTCAAAGCTGCTTGATCTTCTCTT
CTCCCTCTTCTGCATCTTTACAAAACAACAATTCATGACCTTCCTTTATTGTTCTCATTG
CTGTTTTCCCAATGACTC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL8294Contig1 825 2 2 U
GCACTGGTCTTCTCTCCACAACTGGGTGATGCCAACTCCGTCTTTCCTCGAGTTTGTCAT
GTTCTCACGGATGTTCTCAGAGTCTCTAGATGCATTGCACAACAATCCTAACGACTCCAA
AAGCTGCTCATCAGCTTCATCGCAGCTCGAGAGAAAACACTGTTACTGCCGGGTCTTGGA
ACTGTTGGTTAATGTGTGGGCATACCACAGCGGGAGAAAGATGGTTTACATAAACCCGAG
AGACGGTTCACTCGAGGAGCAACATCCGTTACCGCAACGAAGAGGTTTGATGTGGGCTAA
GTACTTTAACTTCACGTTACTGAAAAGCATGGACGAGGACTTAGCAGAAGCAGCAGATGA
TAACGACCATCCAAGAGAGAGATGGTTATGGCCACTAACCGGAGAGGTGCATTGGAAAGG
CGTTTACGAGAGGGATCGTGAAGAAAGATACCGATTCAAAATGGACAAGAAACGTAAAAC
TAAGGAGAAACTTTACGATAGGATCAAGAACGGTTACAAGCAAAAATCACTCGGAAGATG
AAAACAGAGAACTACTTTTTGCGGTGCATTCAAAGAAGATCAACGTGCTCTCTCTCAGTC
TCAGACAACACATGAGATTTACACAGAAAGATATCATCGAAAGCAAAGAGATCACTCTTT
TGCCATTTTCTGGAGATTATAGGAGAAGAGAGTTTAGATTTAGAACCTATTCTCCACCCC
CAGTAAAAGTAAAGGTTTCCTTTGTTATTATTTTCTTTGCTGCCATAAAGCAATTTTGAT
ATTGATGCTGCATAGTTTTCATTCATCCTATCATTACAAATTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F615TF U 1
AF RR1F615JQ C 43
BS 1 565 RR1F615TF
BS 566 825 RR1F615JQ

RD RR1F615TF 565 0 0
GCACTGGTCTTCTCTCCACAACTGGGTGATGCCAACTCCGTCTTTCCTCGAGTTTGTCAT
GTTCTCACGGATGTTCTCAGAGTCTCTAGATGCATTGCACAACAATCCTAACGACTCCAA
AAGCTGCTCATCAGCTTCATCGCAGCTCGAGAGAAAACACTGTTACTGCCGGGTCTTGGA
ACTGTTGGTTAATGTGTGGGCATACCACAGCGGGAGAAAGATGGTTTACATAAACCCGAG
AGACGGTTCACTCGAGGAGCAACATCCGTTACCGCAACGAAGAGGTTTGATGTGGGCTAA
GTACTTTAACTTCACGTTACTGAAAAGCATGGACGAGGACTTAGCAGAAGCAGCAGATGA
TAACGACCATCCAAGAGAGAGATGGTTATGGCCACTAACCGGAGAGGTGCATTGGAAAGG
CGTTTACGAGAGGGATCGTGAAGAAAGATACCGATTCAAAATGGACAAGAAACGTAAAAC
TAAGGAGAAACTTTACGATAGGATCAAGAACGGTTACAAGCAAAAATCACTCGGAAGATG
AAAACAGAGAACTACTTTTTGCGGT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR1F615JQ 783 0 0
TTTCCTCGAGTTTGTCATGTTCTCACGGATGTTCTCAGAGTCTCTAGATGCATTGCACAA
CAATCCTAACGACTCCAAAAGCTGCTCATCAGCTTCATCGCAGCTCGAGAGAAAACACTG
TTACTGCCGGGTCTTGGAACTGTTGGTTAATGTGTGGGCATACCACAGCGGGAGAAAGAT
GGTTTACATAAACCCGAGAGACGGTTCACTCGAGGAGCAACATCCGTTACCGCAACGAAG
AGGTTTGATGTGGGCTAAGTACTTTAACTTCACGTTACTGAAAAGCATGGACGAGGACTT
AGCAGAAGCAGCAGATGATAACGACCATCCAAGAGAGAGATGGTTATGGCCACTAACCGG
AGAGGTGCATTGGAAAGGCGTTTACGAGAGGGATCGTGAAGAAAGATACCGATTCAAAAT
GGACAAGAAACGTAAAACTAAGGAGAAACTTTACGATAGGATCAAGAACGGTTACAAGCA
AAAATCACTCGGAAGATGAAAACAGAGAACTACTTTTTGCGGTGCATTCAAAGAAGATCA
ACGTGCTCTCTCTCAGTCTCAGACAACACATGAGATTTACACAGAAAGATATCATCGAAA
GCAAAGAGATCACTCTTTTGCCATTTTCTGGAGATTATAGGAGAAGAGAGTTTAGATTTA
GAACCTATTCTCCACCCCCAGTAAAAGTAAAGGTTTCCTTTGTTATTATTTTCTTTGCTG
CCATAAAGCAATTTTGATATTGATGCTGCATAGTTTTCATTCATCCTATCATTACAAATT
TAC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL8295Contig1 523 2 1 U
GGACATGGCTCTTGTCTTAAACCGCGTTAGATCGGCTTTGGTCTTCATGTTGAATGTAAC
ATTCCTCTTCATCTTCGCCGAAGGCCTGCGACCTTCCGATCATGGCCTACAGTATCAATC
AAGCTCACCACCGACTGAATCTCAATCACCTCCCGGTAAAATGATGTCCTTCTTCGGAGA
TTCCCGTTCTTCTCCTCCTCCTTCTCAGCTCCTTCCCAAAGCTACGGATACAGACGGCGG
AGACAACGACACCTGGTGGCGTGACGGAGCTGCCAACAGACGCGAGCAAGTGATGAGGCA
CGTGTTTCTTGCGGCGAGCATCATATGCGGCGTCTCCGGCGTTGCGCTTCTTGTGGTTTT
CACTTTGGTTTACTTCTTTAGGTATCGGAATCAGAATCAAAATCCATCCAACTTACCCTG
TTACTGATTTAAAGTAGATACTATTCGATTTCTGTATACATGGATTGTTTCTATTATTTT
ATATATATGTAGAGCATCTTGCTTTATTTCAACGACTTTTACG


BQ
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AF RR1AV10JQ C 1
AF RR1AV10TF U 1
BS 1 523 RR1AV10TF

RD RR1AV10JQ 523 0 0
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TTCCCGTTCTTCTCCTCCTCCTTCTCAGCTCCTTCCCAAAGCTACGGATACAGACGGCGG
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CGTGTTTCTTGCGGCGAGCATCATATGCGGCGTCTCCGGCGTTGCGCTTCTTGTGGTTTT
CACTTTGGTTTACTTCTTTAGGTATCGGAATCAGAATCAAAATCCATCCAACTTACCCTG
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ATATATATGTAGAGCATCTTGCTTTATTTCAACGACTTTTACG

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR1AV10TF 523 0 0
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AAGCTCACCACCGACTGAATCTCAATCACCTCCCGGTAAAATGATGTCCTTCTTCGGAGA
TTCCCGTTCTTCTCCTCCTCCTTCTCAGCTCCTTCCCAAAGCTACGGATACAGACGGCGG
AGACAACGACACCTGGTGGCGTGACGGAGCTGCCAACAGACGCGAGCAAGTGATGAGGCA
CGTGTTTCTTGCGGCGAGCATCATATGCGGCGTCTCCGGCGTTGCGCTTCTTGTGGTTTT
CACTTTGGTTTACTTCTTTAGGTATCGGAATCAGAATCAAAATCCATCCAACTTACCCTG
TTACTGATTTAAAGTAGATACTATTCGATTTCTGTATACATGGATTGTTTCTATTATTTT
ATATATATGTAGAGCATCTTGCTTTATTTCAACGACTTTTACG

QA 1 523 1 523
DS 



AS 1 2

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CTGGAAGAAAGATTGAGTATGGGGACTTAATTTTCTTCTATCTGCAGAGATTGACCGTAA
GAAGAAGGACCACAAGTTTGGGATTCGGTTTAACAGTCGGCTAATAACATAAGCAGCAGC
ACGCAATAAAAGCACTGGCTCTATACACGCAGCGCAGATTGCAGCAGTCAGCCGAGGGAT
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AACAAAACCTTAAGTAAAAATACCTTAAGGAAAAATGATTGGGCTGTTGATTTTCGGTTT
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ATTCGAATG


BQ
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AF RR1AR30TF U 1
AF RR1AR30JQ C 241
BS 1 787 RR1AR30TF
BS 788 1029 RR1AR30JQ

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DS 

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TTTTCAGACAGGCTCGTATGAGGGGGAAGATTGATTCCAATGG*AGTTATATCAGCTCTC
CTGGAAGAAAGATTGAGTATGGG*ACTTAATTTTTTTCTATTTGCAGAGATTGACCGTAA
GAAGAAGGACCACAAGTTTGG*ATTCGGTTTAACAGTCGGCTAATAACATAAGCAGCAGC
ACGCAATAAAAGCACTGGCTCTATACACGCAGCGCAGATTGCAGCAGTCAGCCGAGGGAT
TCGGTTAAAATTTGTTATTATTTGTATTTCCCTCTCAAGATTTCAGTTTAGGCTTTTATG
AACAAAACCTTAAGTAAAAATACCTTAAGGAAAAATGATTGGGCTGTTGATTTTCGGTTT
AGGATTTCTCTTCAAGACATGCATTAAGAAAAAAATATTTTTTTTTTTGCCTTTTTGCTT
TTAATGTCAGCATCTTTAACTCATTACTATTTTTGATTTGCTGAAAGCAAAAAAAAATCT
ATTCGAATG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

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AAATAAGAAGCAGAAGAACTCAAATGAAGAAGCTGCAGTGGAGAAACCAAGGCCAGCTTC
AGTAGAGCGTAATCAAGTGAAACCTAAGGCTCCTCAAGAACAAACATACCCAAGCGGGCT
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ATATTTTTATGTTAACTAGTTATTCCTG


BQ
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AF RR1FL84TF U 1
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BS 623 928 RR1FL84JQ

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DS 

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AAAATAAGAAGCAGAAGAACTCAAATGAAGAAGCTGCAGTGGAGAAACCAAGGCCAGCTT
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AATTAGTTGAGAATTACAAACACTCTTGTGTATGGAACGTGATACTTTGTTCGCTTTTTG
TAACGTGCAGGTCGTGGAGAAGTCATTAAGGGATGGGATGCTGGAGTCAATGGAATGCGT
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CAGTGTCGTTGGTTGCAAGGAATGTTAGGTGTGATTTGTACCTGTGTCAATGATCGACCC
TTAACCTCTTGTACCTTTTGAGAATGCTTTTGTTTTTTAAGTTGTCATGTATGAGTTACT
CATATTTTTATGTTAACTAGTTATTCCTG

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

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ATCAGTTTGACTATGTATTTGACTGGACTGCATTGAAACACCCTCAGAGTAATTCTAGTT
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GAGAAAGGAAGGAACACTTCCAGATACGGAAGTGCTTCGAGGAGAGCGGTTGCCTCAGGG
AGTAGGCCAAGCTCATCAGGTGAACAAGGGGACAGCCGCAGCTCAAGCCGTGTGGCCTCA
AGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTCCGACCATCTGTCTTTCAGAGAGCCCAAGCGGCAGCT
GGTGTGAGTGGATACGAGTCTAAGACAGCTTCTTCCTTTAACCGAAACAGAGTGGCTGCT
TCTAGGACGGCACGTGATGATGCTCTCAGAAGCTTTGAGCTTCTTTCTATCCGCAAATGA
GAAAGAAGTAATAGAACAAAACGGAACTGTACACTATCAATCTGCTCCTTTTCTTCTGTA
AATTGGATTCTTCCTTTACACATGTGTTGTTTTGTTCCTCACGTTCCCACGAAACTCCCA
ATTTTTCATGTATTATTATGTCTGTAACGTTTCTCTGGATTTTTTGTATTAATTTGTTTT
ACGCTCTTCTTGTAATGTAATCACGACAAGCTGTTTCTGC


BQ
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AF RR1FJ66TF U 1
AF RR1FJ66JQ C 443
BS 1 634 RR1FJ66TF
BS 635 635 RR1FJ66JQ
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BS 735 744 RR1FJ66TF
BS 745 1240 RR1FJ66JQ

RD RR1FJ66TF 744 0 0
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GAGAAAGGAAGGA*CACTTCCAGA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1FJ66JQ 798 0 0
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CTCAGTTGGG*AGGGAGATCCGCGACAGATTCTCTGGTGCAGTTGAAGCATTCGCGAGAA
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TTCCTTCACCAATGAAACCTTCTGTGAATATGGTATCTGAGAAAGGAAGGAACACTTCCA
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AACAAGGGGACAGCCGCAGCTCAAGCCGTGTGGCCTCAAGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTG
TCCGACCATCTGTCTTTCAGAGAGCCCAAGCGGCAGCTGGTGTGAGTGGATACGAGTCTA
AGACAGCTTCTTCCTTTAACCGAAACAGAGTGGCTGCTTCTAGGACGGCACGTGATGATG
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GGAACTGTACACTATCAATCTGCTCCTTTTCTTCTGTAAATTGGATTCTTCCTTTACACA
TGTGTTGTTTTGTTCCTCACGTTCCCACGAAACTCCCAATTTTTCATGTATTATTATGTC
TGTAACGTTTCTCTGGATTTTTTGTATTAATTTGTTTTACGCTCTTCTTGTAATGTAATC
ACGACAAGCTGTTTCTGC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL8299Contig1 525 2 1 U
GGCTCTGGCACAGGGCAGCACCGATGGAACAACTTGTGTGGAGAGTTTTAACTCGGCCAA
CCGAATCTTCAACAACAGGCTTAAGTCTATGGTCCAAGAGCTCAACAACCAGCACTCGGA
TGCTAAGTTCACCTACATTAATGCTTATGGCGTTTTCCAGGACATAATCGCCAACCCCTC
TGCTTACGGGTTTAGGGTTACTAACGCTGCGTGTTGCGGAGTTGGAAGGAACGGAGGTCA
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BQ
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AF RR1E038JQ C 1
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TGCTTACGGGTTTAGGGTTACTAACGCTGCGTGTTGCGGAGTTGGAAGGAACGGAGGTCA
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QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AA71TF U 1
AF RR1AA71JQ C 224
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BS 762 871 RR1AA71JQ

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DS 

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QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

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AF RR1EN80TF U 1
AF RR1EN80JQ C 11
BS 1 539 RR1EN80TF
BS 540 698 RR1EN80JQ

RD RR1EN80TF 539 0 0
CTGACAAATATTTTTTCACTTGTTTACGACGCCTAAGTTTCAAAATGCCTCGACGCAGCT
CTGGTGGAAGTTCTGGTTACCGCGCTCGCCCTGCACCATCTCGCCCTGCACCAGCACGTA
CCCCGCCTCCTCAAACTGTGAAGCATGCTCCTCCTCCAGCGACAGCTCAGCCTCAACGCA
GTGGTTCTGTTTTTGGTGGTATTGGCTCTACCATAGCTGATGGTATGGCTTGGGGTACTG
GGAATGCAGTTGCACACAGGGTTATGGATTCTGTGATGGGACCAAGAACCGTTAAGCATG
AAACCGTTGTTTCTGAGGCTCCCCCTGCTTCTGCTTCTCCTGTTGCTAACAGCATGTCCT
CTGCTTCTTGTGACACTCAGTCCAAGGCTTTCCAGGAGTGTGTGAACAGCTATGGGAGCG
ACATCAGCAAGTGCCAGTTCTACATGGACATGCTCTCGGAATGCAAGAAGAACTCTGGTT
CCATGATGGCTGCCTAAGTGCTGCCTAAGTGCTGCATCTACTATCGTTATCTGCAATAA

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR1EN80JQ 688 0 0
TTTTTTCACTTGTTTACGACGC*TAAGTTTCAAAATGCCTCGACGCAGCTCTGGTGGAAG
TTCTGGTTACCGCGCTCGCCCTGCACCATCTCGCCCTGCACCAGCACGTACCCCGCCTCC
TCAAACTGTGAAGCATGCTCCTCCTCCAGCGACAGCTCAGCCTCAACGCAGTGGTTCTGT
TTTTGGTGGTATTGGCTCTACCATAGCTGATGGTATGGCTTGGGGTACTGGGAATGCAGT
TGCACACAGGGTTATGGATTCTGTGATGGGACCAAGAACCGTTAAGCATGAAACCGTTGT
TTCTGAGGCTCCCCCTGCTTCTGCTTCTCCTGTTGCTAACAGCATGTCCTCTGCTTCTTG
TGACACTCAGTCCAAGGCTTTCCAGGAGTGTGTGAACAGCTATGGGAGCGACATCAGCAA
GTGCCAGTTCTACATGGACATGCTCTCGGAATGCAAGAAGAACTCTGGTTCCATGATGGC
TGCCTAAGTGCTGCCTAAGTGCTGCATCTACTATCGTTATCTGCAATAATAAATAAATTT
GTGAAGAAGAGTTTGTTCTCTCTAGTGTGGCTTTGATGAATCAGAAGTTTGAAAGTCTAG
TAGTTTTTCTTATTTTGTAAGATTCGGGGATCTCCTATGTCGACGAAACCTTTCTCTATG
GAATAGTAATCAAAAGCTAATTGAGATC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL8302Contig1 1048 2 2 U
GGAAAGCAAAAAAATTCGATCGCTTTGTCTCTCTCTCCGTCTCCGCCGTCGCGTAATCCC
TAAGTAGTTTCTGATTCTGTGTTCGTCGGCGGGAGGTTTTGGGAAAAGATGGGATTTCTC
TCCAACAAGATCTCCAGAGATGAAGTGAAGCCAGGCGATCACATCTATTCGTGGCGTCAG
GCCTATGTCTACGCTCATCACGGAATCTATGTGGGAGAAGGACAAGTCAACCATTTCACT
CGTGGGGATGGTCAAGAGACTGGAACCGGGACTTTCTTGGACAAGCTCATTGTTAGCTCA
GCCCCTAATCATGGAGACACCCCATGTCCTAACTGCGGTGATAAAACCAAGGTTGGTGGT
GTAATCTCTTCCTGTCTCGACTGCTTCCTCGCCGGAGGCGATCTCTACGTCTTCGAGTAC
AGCGTCTCCCCTGCTATCTTTCTCGCCAAGCCTCGAGGCGGCACATGCACGATAGGAGCT
TCGGATCCTCCGGAAGAAGTCATCCACCGTGCGAACTTCCTCCTGCGAAACGGTTTCGGT
GTCTACAATGTTTTCAAGAACAACTGTGAGGATTTCGCCATCTACTGCAAAACGGGGTTG
CTGGTGGCGAACACTGACGTGGGAAGGAGCGGTCAAGCCGCTTCGATGGTTGCAGCTGCC
AGCGTTGTGCTCTCTTCGCCACTCAGGTTTGTAGCGGGTTTTGGTAGTTTGGCTGTGGCT
GGATATGGCATGTACTGCGCTAGTCGTTTGGTTTCAGACGTTGGCATGCGGTGGGATGTG
AGCAAGGTGCCTGTGGAGAGACTTGTTGCTGATATGGATGATATGGCTGGGATGGAAACT
AAACCGGAGGACGATAAGACAAGTTAACGGGGAAAATTACGCAGACAAGACAACTGGTGC
TTCATGTTTTATCGACTTGTGCAACGTCATTCATTTCTACTGTTAATATAAAACGTTGAC
TTAAGGTTTAACACTGGCCTATGATTATTCACTTTATTATAGATACAAATGTAACGGCTG
AGAGTGTTTATCAATCGTTGCCTTCTGG


BQ
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AF RR1GM47TF U 1
AF RR1GM47JQ C 436
BS 1 659 RR1GM47TF
BS 660 1048 RR1GM47JQ

RD RR1GM47TF 659 0 0
GGAAAGCAAAAAAATTCGATCGCTTTGTCTCTCTCTCCGTCTCCGCCGTCGCGTAATCCC
TAAGTAGTTTCTGATTCTGTGTTCGTCGGCGGGAGGTTTTGGGAAAAGATGGGATTTCTC
TCCAACAAGATCTCCAGAGATGAAGTGAAGCCAGGCGATCACATCTATTCGTGGCGTCAG
GCCTATGTCTACGCTCATCACGGAATCTATGTGGGAGAAGGACAAGTCAACCATTTCACT
CGTGGGGATGGTCAAGAGACTGGAACCGGGACTTTCTTGGACAAGCTCATTGTTAGCTCA
GCCCCTAATCATGGAGACACCCCATGTCCTAACTGCGGTGATAAAACCAAGGTTGGTGGT
GTAATCTCTTCCTGTCTCGACTGCTTCCTCGCCGGAGGCGATCTCTACGTCTTCGAGTAC
AGCGTCTCCCCTGCTATCTTTCTCGCCAAGCCTCGAGGCGGCACATGCACGATAGGAGCT
TCGGATCCTCCGGAAGAAGTCATCCACCGTGCGAACTTCCTCCTGCGAAACGGTTTCGGT
GTCTACAATGTTTTCAAGAACAACTGTGAGGATTTCGCCATCTACTGCAAAACGGGGTTG
CTGGTGGCGAACACTGACGTGGGAAGGAGCGGTCAAGCCGCTTCGATGGTTGCAGCTGC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1GM47JQ 613 0 0
ATCTTTCTCGCCAAGCCTCGAGGCGGCACATGCACGATAGGAGCTTCGGATCCTCCGGAA
GAAGTCATCCACCGTGCGAACTTCCTCCTGCGAAACGGTTTCGGTGTCTACAATGTTTTC
AAGAACAACTGTGAGGATTTCGCCATCTACTGCAAAACGGGGTTGCTGGTGGCGAACACT
GACGTGGGAAGGAGCGGTCAAGCCGCTTCGATGGTTGCAGCTGCCAGCGTTGTGCTCTCT
TCGCCACTCAGGTTTGTAGCGGGTTTTGGTAGTTTGGCTGTGGCTGGATATGGCATGTAC
TGCGCTAGTCGTTTGGTTTCAGACGTTGGCATGCGGTGGGATGTGAGCAAGGTGCCTGTG
GAGAGACTTGTTGCTGATATGGATGATATGGCTGGGATGGAAACTAAACCGGAGGACGAT
AAGACAAGTTAACGGGGAAAATTACGCAGACAAGACAACTGGTGCTTCATGTTTTATCGA
CTTGTGCAACGTCATTCATTTCTACTGTTAATATAAAACGTTGACTTAAGGTTTAACACT
GGCCTATGATTATTCACTTTATTATAGATACAAATGTAACGGCTGAGAGTGTTTATCAAT
CGTTGCCTTCTGG

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL8303Contig1 864 2 2 U
GAAGGCAAGAAGCGATATCTCTGTTCTCTTGTTTGGAGGCATTTTTAGCAGAAGAACCTC
TAGGACCAGATGATATGTGGTTTTGTCCGGGATGCAAAGAGCACAGACAAGCTAACAAAA
AGCTTGACCTGTGGAAGCTGCCTGATGTTCTCGTGTTCCATTTAAAGCGGTTCACGTATA
GCAGATATCTTAAGAACAAGATTGATACGTTTGTGAACTTCCCAATTAACGATCTTGACT
TGAGCAAGTACGTGAAAAACAAGAATGGCCAGTCATACTTATATGAGCTGTATGCAGTCA
GCAACCATTACGGTGGACTTGGTGGTTCCCACTACACTGCCTACGCTAAGTTGATTGATG
ACAACAAATGGTATCATTTCGATGACAGTCATGTTTCATCCGTAAATGAATCTGAAATAA
AAAGCTCAGCAGCATATGTTTTGTTCTACCGAAGAGTTGGAAGTGGAACAGAGACCCAAT
CAGGTGAAATGCCGACCGATTTGGATTAGTCAACTCATAATGAGCACATCAAGAAGTTGC
TGCATTGGTACAAAGATGCATTGGTCTAACTCACTCTATTCTTTTGTCTATTCAAGCTGG
TTGTTTGGTTGAGGTGTTCTATCTTCAGATTTTGTGCTCTGTGGAACGGTGGGATTTAGG
TTCGGAAAGATTGTTTTTGATTATTAGGCAAGTTTCTAAGTGAGGGGGTAATATTTTTTG
GATAGTGAATCAAGCGGCGAACAAATTTAGAGGTGTAGAGATATAGTTTGTGAAGAAACC
TCTGTCAATATTTTAGTATGTCCGACTCTGCTAAGATCTCTTCTTCGGCGGAACTTGGTT
ATAAAGATGCTTTTTAACGATTAC


BQ
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GCAGATATCTTAAGAACAAGATTGATACGTTTGTGAACTTCCCAATTAACGATCTTGACT
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TGCATTGGTACAAAGATGCATTGGTCTAACTCACTCTATTCTTTTGTCTATTCAAGCTGG
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TTCCCACTACACTGCCTACGCTAAGTTGATTGATGACAACAAATGGTATCATTTCGATGA
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CTACCGAAGAGTTGGAAGTGGAACAGAGACCCAATCAGGTGAAATGCCGACCGATTTGGA
TTAGTCAACTCATAATGAGCACATCAAGAAGTTGCTGCATTGGTACAAAGATGCATTGGT
CTAACTCACTCTATTCTTTTGTCTATTCAAGCTGGTTGTTTGGTTGAGGTGTTCTATCTT
CAGATTTTGTGCTCTGTGGAACGGTGGGATTTAGGTTCGGAAAGATTGTTTTTGATTATT
AGGCAAGTTTCTAAGTGAGGGGGTAATATTTTTTGGATAGTGAATCAAGCGGCGAACAAA
TTTAGAGGTGTAGAGATATAGTTTGTGAAGAAACCTCTGTCAATATTTTAGTATGTCCGA
CTCTGCTAAGATCTCTTCTTCGGCGGAACTTGGTTATAAAGATGCTTTTTAACGATTAC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

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AATCTGGTAAAGACAACAACATGCGAAAAAAGCCCACTTCTCCCTTGCCGATCAGATCTA
AACGCTTTCTTGGGTTAGTAGCTGCGACATACCCTTTTCGGCGACTTCACTGACCGTCTC
CTTTTCCACTGGCCTCATGTGCCAACAAGTTGCAACCTTCGTCTCACCAGTTCAAGCACT
TTCTTGACTCGGTTGTTGGCAGCATCAGTTCCTCCAAAGACACAATCGGAAAGATAAGGG
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BQ
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AF RR1FV95JQ U 1
AF RR1EU18JQ U 55
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AACGCTTTCTTGGGTTAGTAGCTGCGGCATACCCTTTTCGGCGACTTCACTGACCGTCTC
CTTTTCCACTGGCCTCATGTGCCAACAAGTTGCAACCTTCGTCTCACCAGTTCAAGCACT
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CTACGAACACCCACTTCTTTCATCACCAAAATGTCTGAATTTTCCCACTGCACAGGAAGC
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GTTATGAAACTCGCA

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DS 

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CGTCTCCTTTTCCACTGGCCTCATGTGCCAACAAGTTGCAACCTTCGTCTCACCAGTTCA
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TCGAGATTAACACAACAGCTGTCAGTAAGAAACGGATCTTCGGTTTTGCCCAAATACGAA
AGCGCCGTTATGAAACTCGCATTCACCATCCGAGTGTTCTTCGAATGCCCAGCTCTGGGT
TTC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

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TCGTCCTACGGGTCCAATATCAGCGAGGACCAACTTTCAACTTCTTCAGCAGCAAATAAT
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GGACACTCTCTTGAGAATGGTTCTGCTAGACATTCTAGTCGCCGTGCTGGATCTCGCAAT
AGAAAAGAAGACAGCTTTGCGATGACTGGTGAGGGTAAACCATCTCGTAGAGGAGGTGGT
GGTGGTCCCACTTCATATGAGGCAGGCCAAATTAAAGTCTTTCCACTACACCTTATAATA
TTAAATCTTATAATCATTTTTGAAACTCATTTTGCTGTGCTGCAGAAGCGAAAGTGGATC
CAAAAATCATCATCGGGTACTTGATATATTCACTTTAACCTATGGCTATAAACATCAGCC
AATTCCAATGGATTCTGTCTTTGAACGGAAAACTATAGATCTGAATGGAAATGGAGAGTA
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TAAAAGAGACCCTTCTCAAAGTAGATATCATCTCAGGATTTATGGGTTTGAGACGAGAAA
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GACTTTTGTTGTGTTACAGACGAGTGGGTGAGAAGTAGGAGTGAGAAGTGAGAACTTACT
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TTTCATTTTGGGGAGGTCTCAGAATATGATTTTCCGGATTTCACTATAATAGTTTGATAT
TACTGTGAAGTAAAATTTTCACTGCGTAATATTTATCTTGTCGAAGTGGGTTTATTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FD28TF U 1
AF RR1FD28JQ C 182
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BS 633 958 RR1FD28JQ

RD RR1FD28TF 632 0 0
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GGACACTCTCTTGAGAATGGTTCTGCTAGACATTCTAGTCGCCGTGCTGGATCTCGCAAT
AGAAAAGAAGACAGCTTTGCGATGACTGGTGAGGGTAAACCATCTCGTAGAGGAGGTGGT
GGTGGTCCCACTTCATATGAGGCAGGCCAAATTAAAGTCTTTCCACTACACCTTATAATA
TTAAATCTTATAATCATTTTTGAAACTCATTTTGCTGTGCTGCAGAAGCGAAAGTGGATC
CAAAAATCATCATCGGGTACTTGATATATTCACTTTAACCTATGGCTATAAACATCAGCC
AATTCCAATGGATTCTGTCTTTGAACGGAAAACTATAGATCTGAATGGAAATGGAGAGTA
ACAACACAATCAGCATCACTCTGGACTTTTGGTCCATCGTCGTAAGTGTAGTATTGCACA
TAAAAGAGACCCTTCTCAAAGTAGATATCATC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1FD28JQ 777 0 0
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GAAAAGAAGACAGCTTTGCGATGACTGGTGAGGGTAAACCATCTCGTAGAGGAGGTGGTG
GTGGTCCCACTTCATATGAGGCAGGCCAAATTAAAGTCTTTCCACTACACCTTATAATAT
TAAATCTTATAATCATTTTTGAAACTCATTTTGCTGTGCTGCAGAAGCGAAAGTGGATCC
AAAAATCATCATCGGGTACTTGATATATTCACTTTAACCTATGGCTATAAACATCAGCCA
ATTCCAATGGATTCTGTCTTTGAACGGAAAACTATAGATCTGAATGGAAATGGAGAGTAA
CAACACAATCAGCATCACTCTGGACTTTTGGTCCATCGTCGTAAGTGTAGTATTGCACAT
AAAAGAGACCCTTCTCAAAGTAGATATCATCTCAGGATTTATGGGTTTGAGACGAGAAAG
ACTCAGCAGCTACTACCTTTGAAGGCTTTTAGCGGTTCACTGTACCTGCATCCTATTTTG
ACTTTTGTTGTGTTACAGACGAGTGGGTGAGAAGTAGGAGTGAGAAGTGAGAACTTACTC
CCGAGTCTTAAGTAATGAAATAGTCAGAAGTGTATAGGGAGCAGAAACACTGTATCGGTT
TTCATTTTGGGGAGGTCTCAGAATATGATTTTCCGGATTTCACTATAATAGTTTGATATT
ACTGTGAAGTAAAATTTTCACTGCGTAATATTTATCTTGTCGAAGTGGGTTTATTCC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL8306Contig1 880 2 2 U
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TCAGATCATCGAAGCCGCCGTTAGAGTTGTCCGTGAGTCTCACTGCGACGACACCGCTGA
GTTCGAGTTCGAAACATCGCCGTTATGCGAAGAGAACTTCTTCCATTTCCCAACGATGAC
GGAGATGAAATCTTTCAAGCGTGAGGAGGAAGAAGACGATGACGTCACTTCGAAGAATCT
TTTCTACGGTGGATGGATTCTTGACCAATCTGTATCCTCGCCGTCTCAGTCGCCTTCTTC
GTCTTCCGAGTCTGAAGACTCGGAGGATCTTTCTCCGAGAAGATACAACTGTTTCTGGAG
CCCGACACGAACTCCGGCGAGAGTCGATAGCTCCAAGAGCAAAAAAACTTCGAACGCACC
GAGACGGTGTCGTATCAAGGATCTTCTGAGGAGGAGCCACAGCGACGGAGCTGTTTCGAG
CACGAGCGAGCCTAAACGATGTCGTTTCAGGGATCTTCTGAGGAGGAGCCACAGTGACGG
TGGTGGAAGTGGTGGGTCTTCGGCTTTGCCGAGAGGTAACAGCTCGCCCTTAACGAGAGG
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AAGAAAGACTTATTTACCTTACAGGCAAGATTTGATCGGTGTTTTCGCCGGAATGAGTAG
ACTCCGTCGATAAAAGAATTTTACTGCTGTAACTTGTAAATTTACACATTGCTCCTTGTT
CATTAATATATTTGTCTTTCCTGCCATGTGTGATTTTCAC


BQ
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AF RR1AX69TF U 1
AF RR1AX69JQ C 189
BS 1 740 RR1AX69TF
BS 741 880 RR1AX69JQ

RD RR1AX69TF 740 0 0
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CACGAGCGAGCCTAAACGATGTCGTTTCAGGGATCTTCTGAGGAGGAGCCACAGTGACGG
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AAGAAAGACTTATTTACCTT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1AX69JQ 692 0 0
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GTCGTATCAAGGATCTTCTGAGGAGGAGCCACAGCGACGGAGCTGTTTCGAGCACGAGCG
AGCCTAAACGATGTCGTTTCAGGGATCTTCTGAGGAGGAGCCACAGTGACGGTGGTGGAA
GTGGTGGGTCTTCGGCTTTGCCGAGAGGTAACAGCTCGCCCTTAACGAGAGGGAAAAGTA
AAACGACGTCGAATAAGTCTACTACTGCTAACACTGGGGAGGTGATTATGAGAAGAAAGA
CTTATTTCCCTTACAGGCAAGATTTGATCGGTGTTTTCGCCGGAATGAGTAGACTCCGTC
GATAAAAGAATTTTACTGCTGTAACTTGTAAATTTACACATTGCTCCTTGTTCATTAATA
TATTTGTCTTTCCTGCCATGTGTGATTTTCAC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL8307Contig1 548 2 1 U
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CACAACGGTCGGTGTCTCTTTCCTGATTTAGCTATAGCATATTTGATTCGGTCTTTTAAT
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GTTTTGCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BP96JQ C 1
AF RR1BP96TF U 1
BS 1 548 RR1BP96TF

RD RR1BP96JQ 548 0 0
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GTCTCATGAGGATCGTCACCAGGTTTCAGATGATGGTGTTCTTGGTGCTTCAACAATCAG
CAAAGAAGCTCTGATTTCTCGGTTTACAAGCTGGTTAGGTCTTATATCCGCGCCTCGCCA
TTCAGAAGATCAGCACTTTAAGGCTCTCTCCAAAGCTATACCTGATGAGGAGCTTGTGTT
TCTTAAGGCGCAGTTCATGCTCCTAGACCCTAAAGATGGAGGCCTATCTCTTAACAGCTT
CACAACGGTCGGTGTCTCTTTCCTGATTTAGCTATAGCATATTTGATTCGGTCTTTTAAT
AATGTGTGAATCAAAATCCAAGCTGTAATTGTCTCTCTTTTGCTTTAATTTATAAAGCTC
GTTTTGCC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1BP96TF 548 0 0
GGAAACAGAGAAGACGATACAGTCTATTGGAGTACATACCAATATTCAGGCACAATATCC
ATCAAGCGTCTTTTCATGTTTGATGATTGTGGAGATGGTGTCACTGGTCAGATTGGCCAT
TTTCTTGGTTGGTTCCAACAAGAAAGTGGAAAGTGTTGGAATATTGATCAGAGCTGGAGA
GTCTCATGAGGATCGTCACCAGGTTTCAGATGATGGTGTTCTTGGTGCTTCAACAATCAG
CAAAGAAGCTCTGATTTCTCGGTTTACAAGCTGGTTAGGTCTTATATCCGCGCCTCGCCA
TTCAGAAGATCAGCACTTTAAGGCTCTCTCCAAAGCTATACCTGATGAGGAGCTTGTGTT
TCTTAAGGCGCAGTTCATGCTCCTAGACCCTAAAGATGGAGGCCTATCTCTTAACAGCTT
CACAACGGTCGGTGTCTCTTTCCTGATTTAGCTATAGCATATTTGATTCGGTCTTTTAAT
AATGTGTGAATCAAAATCCAAGCTGTAATTGTCTCTCTTTTGCTTTAATTTATAAAGCTC
GTTTTGCC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL8308Contig1 736 2 3 U
AGCTACTATGGCTGCTTCCACTAACAGTCATGATAGATTTGTCATTGACATCAACATCAA
GTCCAAAAGAGTTTATATCGACTTTCTTTCCTTTCTTCTCAGCTGCTGTCTTCACGACTG
TCGCAATCGATTTAGTCCACTGCACCATTGATGTGACTAGAGTTTTCTTTTCAGTAGACG
TTATCGTCTTTGTGCTCTGTTTCTGCTCAACCAAAGTCTTTGCCATAGAGGCCATGGTAG
ATTTGAAACTCCCTGCTTCCGCAGATTGTTGGCCTGCACCACCACTTATTGCAGACACAG
CTTTCGAAAGCCCGTCCATGTTTTGTGATGAGGAGGACGAGGACGGTGACGATGACGATG
ACGATGACGATGACGTTTGGATGGAGCTCATGTAAGACCTGCATTCTGTGAAGAAACCTT
TGAACTCTGGAGTCGGTGGACAAACACGTTCAAGGTCGGTCAAGAACTCTGTCAAACCCT
CCTCAGCGTATGGCGCAAATTCGTTGCTCTTGCTTGGAAACTGAGTCGTCAAGTAATTCT
TCAACAAGAAATGTCCTTGCGCTTCATAAATCACACTTGATGTTACTACTAACATCAGAC
ACGACCCTAGTGAAATCCTTGCCATGTTTTTCAATAAAAGAAAACACAATGAAATAACAA
AACAAAGTAAAAGTGTTTTTTTTTTTCGTTTTCTTTTTTAATTAATTATTTTCTTTTTTT
CTTCTTTTCGAATTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH75JQ U 3
AF RR1CH75TF C 1
BS 1 2 RR1CH75TF
BS 3 355 RR1CH75JQ
BS 356 736 RR1CH75TF

RD RR1CH75JQ 353 0 0
CTACTATGGCTGCTTCCACTAACAGTCATGATAGATTTGTCATTGACATCAACATCAAGT
CCAAAAGAGTTTATATCGACTTTCTTTCCTTTCTTCTCAGCTGCTGTCTTCACGACTGTC
GCAATCGATTTAGTCCACTGCACCATTGATGTGACTAGAGTTTTCTTTTCAGTAGACGTT
ATCGTCTTTGTGCTCTGTTTCTGCTCAACCAAAGTCTTTGCCATAGAGGCCATGGTAGAT
TTGAAACTCCCTGCTTCCGCAGATTGTTGGCCTGCACCACCACTTATTGCAGACACAGCT
TTCGAAAGCCCGTCCATGTTTTGTGATGAGGAGGACGAGGACGGTGACGATGA

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR1CH75TF 736 0 0
AGCTACTATGGCTGCTTCCACTAACAGTCATGATAGATT*GTCATTGACATCAACATCAA
GTCCAAAAGAGTTTATATCGACTTTCTTTCCTTTCTTCTCAGCTGCTGTCTTCACGACTG
TCGCAATCGATTTAGTCCACTGCACCATTGATGTGACTAGAGTTTTCTTTTCAGTAGACG
TTATCGTCTTTGTGCTCTGTTTCTGCTCAACCAAAGTCTTTGCCATAGAGGCCATGGTAG
ATTTGAAACTCCCTGCTTCCGCAGATTGTTGGCCTGCACCACCACTTATTGCAGACACAG
CTTTCGAAAGCCCGTCCATGTTTTGTGATGAGGAGGACGAGGACGGTGACGATGACGATG
ACGATGACGATGACGTTTGGATGGAGCTCATGTAAGACCTGCATTCTGTGAAGAAACCTT
TGAACTCTGGAGTCGGTGGACAAACACGTTCAAGGTCGGTCAAGAACTCTGTCAAACCCT
CCTCAGCGTATGGCGCAAATTCGTTGCTCTTGCTTGGAAACTGAGTCGTCAAGTAATTCT
TCAACAAGAAATGTCCTTGCGCTTCATAAATCACACTTGATGTTACTACTAACATCAGAC
ACGACCCTAGTGAAATCCTTGCCATGTTTTTCAATAAAAGAAAACACAATGAAATAACAA
AACAAAGTAAAAGTGTTTTTTTTTTTCGTTTTCTTTTTTAATTAATTATTTTCTTTTTTT
CTTCTTTTCGAATTCC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL8309Contig1 990 2 2 U
GAACCTCTAATAACAAATCACCCTTGGTCTCCTCTCCGACCCTCAGCTTTGAGAAGATGC
CACGTAGCAAAAGCAATGAAAGGAGATGTAGAGCTTCTCCTCAAAGGAGTTGTTGGAGCC
CAATCTGTTGCCAAGGAAGTCAAACACATCCTTGAAATGGCAAGACGTGCAACATCAAGA
AGAGAAGTTCTTCACACAGACTTTCTCACACCACCTGTTGTTAAGGAATCAGTTTCAGTC
TTGGGAAAACTTGCTGATGTTGCAGTCGTTGCTCAGGGAGGTTACCCTGAAGCTGAGCGG
TGTAGGATCTCGGTTGGACATCCTGATGCCTTAACCAATGATCCAGATATAGTTGCAGCT
TTGAGTATCACAGGGAATTTTGGGTTTCAAGCTTGTTCTCATGGCGACTTCCTTGGAGCC
ATTCTTGGCACTGGAATCACCAGGGACAAGCTGGGGGATATATTAATTCAGGAAGAAAAA
GGAGCTCAGGTCCTGATAGTTCCTGAACTAGTTGACTTTATTGTTTCAGCTCTCGACAAG
GTTGGGAATGTTTCTGTAACTTGTAGTAAGATACCTCTGCTTGCTCTTGAATACGAACCT
CCTAGGACTAATACCTTCAAAACCATTGAAGCCTCGTTGAGAATTGATGCAGTAGCTAGT
GCTGGTTTCAAGATTTCGCGGTCTAAGCTAGTTGATCTGATTAGTAGTGGGGACGTTCGG
GTTAACTGGGCAACTGTTACCAAGAACGGAACCACGGTAAAGACTGGTGATGTTGTCTCT
GTTAGCGGGAAAGGGAGACTCAAGATTGGAGAGATCAACGAAACGAAGAAAGGGAAATTT
GCAGTTGAAATCATCAGATATCTGTAAGAATGAAGCTGTGACAAGTTATCAACGGGGATC
TTTATTCTTTATCATAAACTCATACTTTTAATCTCTTTTCTTTTATTTGTTGACATTTTG
TAGAGCAAAGTTCATACGAATAAAGTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BV80TF U 1
AF RR1BV80JQ C 160
BS 1 732 RR1BV80TF
BS 733 990 RR1BV80JQ

RD RR1BV80TF 732 0 0
GAACCTCTAATAACAAATCACCCTTGGTCTCCTCTCCGACCCTCAGCTTTGAGAAGATGC
CACGTAGCAAAAGCAATGAAAGGAGATGTAGAGCTTCTCCTCAAAGGAGTTGTTGGAGCC
CAATCTGTTGCCAAGGAAGTCAAACACATCCTTGAAATGGCAAGACGTGCAACATCAAGA
AGAGAAGTTCTTCACACAGACTTTCTCACACCACCTGTTGTTAAGGAATCAGTTTCAGTC
TTGGGAAAACTTGCTGATGTTGCAGTCGTTGCTCAGGGAGGTTACCCTGAAGCTGAGCGG
TGTAGGATCTCGGTTGGACATCCTGATGCCTTAACCAATGATCCAGATATAGTTGCAGCT
TTGAGTATCACAGGGAATTTTGGGTTTCAAGCTTGTTCTCATGGCGACTTCCTTGGAGCC
ATTCTTGGCACTGGAATCACCAGGGACAAGCTGGGGGATATATTAATTCAGGAAGAAAAA
GGAGCTCAGGTCCTGATAGTTCCTGAACTAGTTGACTTTATTGTTTCAGCTCTCGACAAG
GTTGGGAATGTTTCTGTAACTTGTAGTAAGATACCTCTGCTTGCTCTTGAATACGAACCT
CCTAGGACTAATACCTTCAAAACCATTGAAGCCTCGTTGAGAATTGATGCAGTAGCTAGT
GCTGGTTTCAAGATTTCGCGGTCTAAGCTAGTTGATCTGATTAGTAGTGGGGACGTTCGG
GTTAACTGGGCA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1BV80JQ 831 0 0
TGC
AGACGTGCAACATCAAGAAGAGAG**TCTTCACACAGACTTTCTCACACCAC*TGTTGTT
AAGGA*TCAGTTTCAGTCTTGGGAAAACTTGCTGATGTTGCAGTCGTTGCTCAGGGAGGT
TACCCTGAAGCTGAGCGGTGTAGGATCTCGGTTGGACATCCTGATGCCTTAACCAATGAT
CCAGATATAGTTGCAGCTTTGAGTATCACAGGGAATTTTGGGTTTCAAGCTTGTTCTCAT
GGCGACTTCCTTGGAGCCATTCTTGGCACTGGAATCACCAGGGACAAGCTGGGGGATATA
TTAATTCAGGAAGAAAAAGGAGCTCAGGTCCTGATAGTTCCTGAACTAGTTGACTTTATT
GTTTCAGCTCTCGACAAGGTTGGGAATGTTTCTGTAACTTGTAGTAAGATACCTCTGCTT
GCTCTTGAATACGAACCTCCTAGGACTAATTCCTTCAAAACCATTGAAGCCTCGTTGAGA
ATTGATGCAGTAGCTAGTGCTGGTTTCAAGATTTCGCGGTCTAAGCTAGTTGATCTGATT
AGTAGTGGGGACGTTCGGGTTAACTGGGCAACTGTTACCAAGAACGGAACCACGGTAAAG
ACTGGTGATGTTGTCTCTGTTAGCGGGAAAGGGAGACTCAAGATTGGAGAGATCAACGAA
ACGAAGAAAGGGAAATTTGCAGTTGAAATCATCAGATATCTGTAAGAATGAAGCTGTGAC
AAGTTATCAACGGGGATCTTTATTCTTTATCATAAACTCATACTTTTAATCTCTTTTCTT
TTATTTGTTGACATTTTGTAGAGCAAAGTTCATACGAATAAAGTTCAT

QA 4 831 4 831
DS 



AS 1 2

CO CL8310Contig1 735 2 6 U
GGAACACACACACTGAATGTTCCTCCATTTCCTTTGGATTCACTCTCGCGCAAAACAGAC
AACAACGACAACAAATATAATATCTTTCTCAGTAGTTGCTGACTTGTAGTAACATCTCAC
CTAATCTAATCTCTCAAAGATCTAAAACTTTTATCAAAGATCGAAACTTTCTCTCCAATG
TTCATCTGATCTCCCCCAAAACAGAGAGAATGGTGGAACCACTTCCGATCACCAGGAGGC
GATTCCTCTCATCCCACAGATCCCTCGTCACCGTTTTCTGGATCGCAGCCTTCGCTTCCT
TGTTCATCTGGCAATCCCGCGGCAGAGGAGGTTCCTCTCTCTATCGCGGCCCTAACGGTG
GACTCTCCTCTGTTTTCTGGTGGACGACGACGACGCTAACAACAACAAGAGCAACAAACT
CCGGCGAGTTCCCTCGGCTTAGACCATTTGCCTTCAATCTAACGGACTTCGGCGCCGTGG
GGGATGGCGTCACCGTCAACACCGAGGCCTTCGAGAGAGCTGTCTACGCAATCTCGAAGG
TTTCGAAGAAAGGAGGTGGGCAGCTTAATGTGCCTCCTGGTAGGTGGCTCACCGCTCCCT
TTAATCCCACTAGCTACATGACTCTGTTCCTCGCTGAAGACGCTGAGATCCTTGCTGTCC
AGGATGAGACGTTATGGCCTCTGCTTCCTCCTTTACCTTCGTACGGTTATGGAAGAGAGC
ATTATGGACCTCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ83TF U 1
AF RR1E410TF U 107
BS 1 578 RR1DJ83TF
BS 579 579 RR1E410TF
BS 580 583 RR1DJ83TF
BS 584 584 RR1E410TF
BS 585 668 RR1DJ83TF
BS 669 735 RR1E410TF

RD RR1DJ83TF 668 0 0
GGAACACACACACTGAATGTTCCTCCATTTCCTTTGGATTCACTCTCGCGCAAAACAGAC
AACAACGACAACAAATATAATATCTTTCTCAGTAGTTGCTGACTTGTAGTAACATCTCAC
CTAATCTAATCTCTCAAAGATCTAAAACTTTTATCAAAGATCGAAACTTTCTCTCCAATG
TTCATCTGATCTCCCCCAAAACAGAGAGAATGGTGGAACCACTTCCGATCACCAGGAGGC
GATTCCTCTCATCCCACAGATCCCTCGTCACCGTTTTCTGGATCGCAGCCTTCGCTTCCT
TGTTCATCTGGCAATCCCGCGGCAGAGGAGGTTCCTCTCTCTATCGCGGCCCTAACGGTG
GACTCTCCTCTGTTTTCTGGTGGACGACGACGACGCTAACAACAACAAGAGCAACAAACT
CCGGCGAGTTCCCTCGGCTTAGACCATTTGCCTTCAATCTAACGGACTTCGGCGCCGTGG
GGGATGGCGTCACCGTCAACACCGAGGCCTTCGAGAGAGCTGTCTACGCAATCTCGAAGG
TTTCGAAGAAAGGAGGTGGGCAGCTTAATGTGCCTCCTTGTAG*TGGCTCACCGCTCCCT
TTAATCCCACTAGCTACATGACTCTGTTCCTCGCTGAAGACGCTGAGATCCTTGCTGTCC
AGGATGAG

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR1E410TF 629 0 0
G
AGTAACATCTCACCTAATCTAATCTCTCAAAGATCTAAAACTTTTATCAAAGATCGAAAC
TTTCTCTCCAATGTTCATCTGATCTCCCCCAAAACAGAGAGAATGGTGGAACCACTTCCG
ATCACCAGGAGGCGATTCCTCTCATCCCACAGATCCCTCGTCACCGTTTTCTGGATCGCA
GCCTTCGCTTCCTTGTTCATCTGGCAATCCCGCGGCAGAGGAGGTTCCTCTCTCTATCGC
GGCCCTAACGGTGGACTCTCCTCTGTTTTCTGGTGGACGACGACGACGCTAACAACAACA
AGAGCAACAAACTCCGGCGAGTTCCCTCGGCTTAGACCATTTGCCTTCAATCTAACGGAC
TTCGGCGCCGTGGGGGATGGCGTCACCGTCAACACCGAGGCCTTCGAGAGAGCTGTCTAC
GCAATCTCGAAGGTTTCGAAGAAAGGAGGTGGGCAGCTTAATGTGCCTCCTGGTAGGTGG
CTCACCGCTCCCTTTAATCTCACTAGCTACATGACTCTGTTCCTCGCTGAAGACGCTGAG
ATCCTTGCTGTCCAGGATGAGACGTTATGGCCTCTGCTTCCTCCTTTACCTTCGTACGGT
TATGGAAGAGAGCATTATGGACCTCGTT

QA 2 629 2 629
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8312Contig1 884 2 2 U
GGAAGTACATTATGATTTATGTCTTTGCTTCGATTGCAGGCACTTTTAGAGTATGAAAAG
AGTTTAAGGAAAAATGGCGACCTTAACATTCCTGATTCAACATTCAACCTGTCTTCAAGC
CTCCAGAAAGAGGTCATTAGCCATCAAGGTTCAGGATCAGGCAGGGCACGAAGAGATTCT
GCAGCTCGTGCTATGCAAGGTTGGCATACACAGCGCCTTAATGGATCTGGAGAGTTTACT
GAGACTACTGCTAAGGATAAGGGCTCTAACTCAACCCCAAAGCATAAGAAACTCAAAAGC
ATTGGGCTGCCGAAACCTAGAGCACAAACTTGCAATGACCTTGTTGTTTCACAAGAAGCA
GAAAAACAGTCGGTTGCTGATGTTGTTGATGATGGACCCCTTGCTGACTGGGTTAAGATA
ACTGTCAAAGAAACTAAGAACTCCTTTGAGGTATTTGCTTTGGTACCTGGACTTCTTCGC
CATGAGGTTCGAATTCAATCAGATCCTGCTGGAAGGTTGATTATAACAGGAGAGCCTGAT
CAGCTTGACAACCCTTGGGGCATTACACCATTCAAAAAGATTGTTAGCTTACCAGCAAGA
ATCGATCCGCTGCGCACATCTGCGGTCATAAGCTTGCATGGTCGGGTGTTCATACGAGCT
CCATTTGAACAGTGACTGATCTTCAAGAGTGAGCTCCTTGTTTTGTTCTTTAGAAATTCA
TTTATATCAGAACAAAATTGTTAGGCGGCTGAAGCAGTTTTAACTTGTAATTTAGTCTGA
TGACTGAAGTTAAAAGCAGATAACCAAACATATTGTATCTTGCTGTATGATTTTTCTTTT
GTAGAAACTGCTCCAAATCTTATTTCAAAGCCTTTTTAGGATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FE62TF U 1
AF RR1FE62JQ C 125
BS 1 671 RR1FE62TF
BS 672 884 RR1FE62JQ

RD RR1FE62TF 671 0 0
GGAAGTACATTATGATTTATGTCTTTGCTTCGATTGCAGGCACTTTTAGAGTATGAAAAG
AGTTTAAGGAAAAATGGCGACCTTAACATTCCTGATTCAACATTCAACCTGTCTTCAAGC
CTCCAGAAAGAGGTCATTAGCCATCAAGGTTCAGGATCAGGCAGGGCACGAAGAGATTCT
GCAGCTCGTGCTATGCAAGGTTGGCATACACAGCGCCTTAATGGATCTGGAGAGTTTACT
GAGACTACTGCTAAGGATAAGGGCTCTAACTCAACCCCAAAGCATAAGAAACTCAAAAGC
ATTGGGCTGCCGAAACCTAGAGCACAAACTTGCAATGACCTTGTTGTTTCACAAGAAGCA
GAAAAACAGTCGGTTGCTGATGTTGTTGATGATGGACCCCTTGCTGACTGGGTTAAGATA
ACTGTCAAAGAAACTAAGAACTCCTTTGAGGTATTTGCTTTGGTACCTGGACTTCTTCGC
CATGAGGTTCGAATTCAATCAGATCCTGCTGGAAGGTTGATTATAACAGGAGAGCCTGAT
CAGCTTGACAACCCTTGGGGCATTACACCATTCAAAAAGATTGTTAGCTTACCAGCAAGA
ATCGATCCGCTGCGCACATCTGCGGTCATAAGCTTGCATGGTCGGGTGTTCATACGAGCT
CCATTTGAACA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1FE62JQ 760 0 0
AGAAAGAGGTCATTAGCCATCAAGGTTCAGGATCAGGCAGGGCACGAAGAGATTCTGCAG
CTCGTGCTATGCAAGGTTGGCATACACAGCGCCTTAATGGATCTGGAGAGTTTACTGAGA
CTACTGCTAAGGATAAGGGCTCTAACTCAACCCCAAAGCATAAGAAACTCAAAAGCATTG
GGCTGCCGAAACCTAGAGCACAAACTTGCAATGACCTTGTTGTTTCACAAGAAGCAGAAA
AACAGTCGGTTGCTGATGTTGTTGATGATGGACCCCTTGCTGACTGGGTTAAGATAACTG
TCAAAGAAACTAAGAACTCCTTTGAGGTATTTGCTTTGGTACCTGGACTTCTTCGCCATG
AGGTTCGAATTCAATCAGATCCTGCTGGAAGGTTGATTATAACAGGAGAGCCTGATCAGC
TTGACAACCCTTGGGGCATTACACCATTCAAAAAGATTGTTAGCTTACCAGCAAGAATCG
ATCCGCTGCGCACATCTGCGGTCATAAGCTTGCATGGTCGGGTGTTCATACGAGCTCCAT
TTGAACAGTGACTGATCTTCAAGAGTGAGCTCCTTGTTTTGTTCTTTAGAAATTCATTTA
TATCAGAACAAAATTGTTAGGCGGCTGAAGCAGTTTTAACTTGTAATTTAGTCTGATGAC
TGAAGTTAAAAGCAGATAACCAAACATATTGTATCTTGCTGTATGATTTTTCTTTTGTAG
AAACTGCTCCAAATCTTATTTCAAAGCCTTTTTAGGATGC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL8313Contig1 1002 2 2 U
GTCCCCATCTAGTAGGAAAAAAAACATTGCAAGGTTAAAAGATTGTCGCAACAGGAGAAA
ATGGAAACTCCGGTTAGGGAGGAGAGGAGATCCTCCTCCTCATCCTCTCCCGGAAAACCA
CTACAAACCATCACCGTCGCAGCTGATGACGCCATCGAGAGTGGTCCATCCTCTCCGCTT
CTCCTCAGAGTCTCTGTCTTCGAAACAGAGCTTGAGACGACCAAGCTTCACCACGCCCCT
TCTACTTTGCTCGGAAAAACCGACAATGACGACAACGACGACTTTCCTCCTATTAAAAGC
TATAGTGACGCTAAGTTCGTCTGCATGGTTGAATCATCGAAGCTTTGGGAAATCGCTGCA
CCTATAGCCTTCAATATTCTATGTAATTACGGAGTTAACTCGTTCACAAGCATTTTCGTC
GGCCATATCGGCGATCTCGAGCTCTCCGCTGTCGCAATCTCTCTCTCCGTTGTCTCCAAC
TTCTCCTTTGGTTTCTTGCTAGGAATGGCGAGTGCATTGGAAACGCTATGCGGACAAGCG
TTTGGAGCGGGACAAATAGAAATGTTAGGCGTTTACATGCAACGTTCTTGGCTTATCCTA
ATCGGAACATGCTTCTGCTTGCTTCCACTATATATAGATGTGATCTATGGCATACGATTC
CGAAAAGTCCGGCACATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTG
CCGGGGGCTCGAATAGTAGATGTGGTCAATACCGTGAATGGGTTGCCAGACCTGATGGGA
TTTACTTCAGAAGAAATGCTAATAGCCCATATGAACGTAGAAACGACTATCAATGGTTTA
CACTAAGATTTTAAATAAGTTTTTTCTCTTATAACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTT
GATTCTTTGTATTTGTAAATAACTAATCCCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATAT
GTAGCAAAAAAATGTAATAAAATGTGAGATTATTAAATGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DE54TF U 1
AF RR1DE54JQ C 350
BS 1 725 RR1DE54TF
BS 726 1002 RR1DE54JQ

RD RR1DE54TF 725 0 0
GTCCCCATCTAGTAGGAAAAAAAACATTGCAAGGTTAAAAGATTGTCGCAACAGGAGAAA
ATGGAAACTCCGGTTAGGGAGGAGAGGAGATCCTCCTCCTCATCCTCTCCCGGAAAACCA
CTACAAACCATCACCGTCGCAGCTGATGACGCCATCGAGAGTGGTCCATCCTCTCCGCTT
CTCCTCAGAGTCTCTGTCTTCGAAACAGAGCTTGAGACGACCAAGCTTCACCACGCCCCT
TCTACTTTGCTCGGAAAAACCGACAATGACGACAACGACGACTTTCCTCCTATTAAAAGC
TATAGTGACGCTAAGTTCGTCTGCATGGTTGAATCATCGAAGCTTTGGGAAATCGCTGCA
CCTATAGCCTTCAATATTCTATGTAATTACGGAGTTAACTCGTTCACAAGCATTTTCGTC
GGCCATATCGGCGATCTCGAGCTCTCCGCTGTCGCAATCTCTCTCTCCGTTGTCTCCAAC
TTCTCCTTTGGTTTCTTGCTAGGAATGGCGAGTGCATTGGAAACGCTATGCGGACAAGCG
TTTGGAGCGGGACAAATAGAAATGTTAGGCGTTTACATGCAACGTTCTTGGCTTATCCTA
ATCGGAACATGCTTCTGCTTGCTTCCACTATATATAGATGTGATCTATGGCATACGATTC
CGAAAAGTCCGGCACATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTG
CCGGG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1DE54JQ 653 0 0
AAATCGCTGCACCTATAGCCTTCAATATTCTATGTAATTACGGAGTTAACTCGTTCACAA
GCATTTTCGTCGGCCATATCGGCGATCTCGAGCTCTCCGCTGTCGCAATCTCTCTCTCCG
TTGTCTCCAACTTCTCCTTTGGTTTCTTGCTAGGAATGGCGAGTGCATTGGAAACGCTAT
GCGGACAAGCGTTTGGAGCGGGACAAATAGAAATGTTAGGCGTTTACATGCAACGTTCTT
GGCTTATCCTAATCGGAACATGCTTCTGCTTGCTTCCACTATATATAGATGTGATCTATG
GCATACGATTCCGAAAAGTCCGGCACATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCT
TGAAGCATTTGCCGGGGGCTCGAATAGTAGATGTGGTCAATACCGTGAATGGGTTGCCAG
ACCTGATGGGATTTACTTCAGAAGAAATGCTAATAGCCCATATGAACGTAGAAACGACTA
TCAATGGTTTACACTAAGATTTTAAATAAGTTTTTTCTCTTATAACTTAAAAAGGAATAT
TTATGTAAGTTGATTCTTTGTATTTGTAAATAACTAATCCCTAAGTTGTATTAATAATGT
GCTACAAATATGTAGCAAAAAAATGTAATAAAATGTGAGATTATTAAATGACC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL8314Contig1 930 2 4 U
GTGACGATGAGGATATAACGCTCCCTCTTCTGAGTTCAGCTGAAGTAACTTGCTGGCAGA
ATCGAACCTAATATCACTCTGCGTTGATACCACTGCTTACGGCCGGGGCTGATCACTCCG
ATCTAGAAGCTTCAGTCGTCAAAGAAGTACCGGAGAAACGTCCCAAGAAACGAGGAAGAA
AACCAGCCAACGGTAGAGAAGAGCCGCTAAACCACGTGGAAGCAGAGCGGCAGAGACGCG
AGAAACTAAACCAGCGGTTCTACGCGTTACGAGCGGTTGTACCAAACGTCTCAAAGATGG
ATAAAGCCTCTCTCCTCGGAGACGCGATCGCTTACATCAACGAGCTCAAGTCCAAGGTGA
CCAAGACGGAATCTGAGAAAGCTCAGATTAACAACCAGCTCGAGGAGGTGAAGTCGGAGC
TCGCCGGAAGAATAGCGAGTGCTGGAGGAGATTTATCAACGTCTTCTTCCGTAACAGCGG
TCAAACCGGTGGGTATGGAGATCGAAGTGAAGATTATCGGTTGGGACGGGATTATTAGAG
TGGAATCAAGCAAGAGGAATCATCCTGCCGCAAGATTGATGTCCGCACTGATGGATCTCG
AGCTTGAGGTGAATCACGCGAGCATGTCGGTGGTTAACGATCTGATGATTCAGCAAGCGA
CGGTAAAGATGGGGTTCAGAATCTACACGCAGGAACAGCTCCGTGCGAGTTTGATTTCAA
AGATCGGTTAAATTAAGATTGTGTTTCACGTGTCAAATCATAATTAGTTCGTTTTAGTAG
GGGTTCCAGTAATTTTGTAGCTGCAGTTATAAGTCCAAAAACAGGGCGACATGTTTCTTT
TGCTCTATTGCTCGAGTCTGTGTCGTTGTTGTATCTCTATGTGTGTGTAACGTGTATATA
TATGAGTAATACTATTTGTTAGTTACTACC


BQ
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AF RR1DY88TF U 1
AF RR1DY88JQ C 237
BS 1 608 RR1DY88TF
BS 609 609 RR1DY88JQ
BS 610 690 RR1DY88TF
BS 691 930 RR1DY88JQ

RD RR1DY88TF 690 0 0
GTGACGATGAGGATATAACGCTCCCTCTTCTGAGTTCAGCTGAAGTAACTTGCTGGCAGA
ATCGAACCTAATATCACTCTGCGTTGATACCACTGCTTACGGCCGGGGCTGATCACTCCG
ATCTAGAAGCTTCAGTCGTCAAAGAAGTACCGGAGAAACGTCCCAAGAAACGAGGAAGAA
AACCAGCCAACGGTAGAGAAGAGCCGCTAAACCACGTGGAAGCAGAGCGGCAGAGACGCG
AGAAACTAAACCAGCGGTTCTACGCGTTACGAGCGGTTGTACCAAACGTCTCAAAGATGG
ATAAAGCCTCTCTCCTCGGAGACGCGATCGCTTACATCAACGAGCTCAAGTCCAAGGTGA
CCAAGACGGAATCTGAGAAAGCTCAGATTAACAACCAGCTCGAGGAGGTGAAGTCGGAGC
TCGCCGGAAGAATAGCGAGTGCTGGAGGAGATTTATCAACGTCTTCTTCCGTAACAGCGG
TCAAACCGGTGGGTATGGAGATCGAAGTGAAGATTATCGGTTGGGACGGGATTATTAGAG
TGGAATCAAGCAAGAGGAATCATCCTGCCGCAAGATTGATGTCCGCACTGATGGATCTCG
AGCTTGAG*TGAATCACGCGAGCATGTCGGTGGTTAACGATCTGATGATTCAGCAAGCGA
CGGTAAAGATGGGGTTCAGAATCTACACGC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1DY88JQ 694 0 0
CGCGAGAAACTAAACCAGCGGTTCTACGCGTTACGAGCGGTTGTACCAAACGTCTCAAAG
ATGGATAAAGCCTCTCTCCTCGGAGACGCGATCGCTTACATCAACGAGCTCAAGTCCAAG
GTGACCAAGACGGAATCTGAGAAAGCTCAGATTAACAACCAGCTCGAGGAGGTGAAGTCG
GAGCTCGCCGGAAGAATAGCGAGTGCTGGAGGAGATTTATCAACGTCTTCTTCCGTAACA
GCGGTCAAACCGGTGGGTATGGAGATCGAAGTGAAGATTATCGGTTGGGACGGGATTATT
AGAGTGGAATCAAGCAAGAGGAATCATCCTGCCGCAAGATTGATGTCCGCACTGATGGAT
CTCGAGCTTGAGGTGAATCACGCGAGCATGTCGGTGGTTAACGATCTGATGATTCAGCAA
GCGACGGTAAAGATGGGGTTCAGAATCTACACGCAGGAACAGCTCCGTGCGAGTTTGATT
TCAAAGATCGGTTAAATTAAGATTGTGTTTCACGTGTCAAATCATAATTAGTTCGTTTTA
GTAGGGGTTCCAGTAATTTTGTAGCTGCAGTTATAAGTCCAAAAACAGGGCGACATGTTT
CTTTTGCTCTATTGCTCGAGTCTGTGTCGTTGTTGTATCTCTATGTGTGTGTAACGTGTA
TATATATGAGTAATACTATTTGTTAGTTACTACC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL8315Contig1 548 2 1 U
GGGCAAAGGCACTGCGACGGTTTGGTATGAAAAGAGCTTTGGTTGTTCATTCATATGGTC
TAGATGAAATGAGTCCGTTATGAGGAGGGCTAGTGTATGATGTAACCCCTGAAAAGATAG
AAGAATTCTCATTTGACCCATTGGACTTTGGTATTCCTCGTTGTACTCTTGAGGATTTGC
GTGGTGGAGGTCCAGAGTACAATGCGGATGTGTTAAGACGTGTGCTTTCAGGAGAAAAGG
GATCAATAGCAGATTCATTGATCCTAAACGCAGCAGCGGCTCTTTTGGTTAGCAACCGAG
TTAAAACGCTAGGTGAAGGAGTAGATTTGGCACGTGAAGTACAGTCGTCAGGGAAAGCTA
TCGAGACGCTTGATTCGTGGATTCACTCATCTAAGCTAGCTCAAAAATCTCTGTGATTTG
TCTACATATGTTTGGATATTGTATGCAAGTAAGAACAGAGAAGAGACCAGAGAAAGATAG
TGATACTCATTCTCCATGTAAACATTACAAAAAATGTGTTTTATATTATGATGGAAATGA
ATTTTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 

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ATTTTTCC

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DS 

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ATTTTTCC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1CQ60TF U 1
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CTCATCCAAGATTATAATCATCACTACAACAGCGACAACGGAAAATGTTCTTTCTATTAT
CCCATCATCGACGACATCACCGCCACATCCACTACCACGTCTTTCGTTTACGACACGACG
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AATTATTACTCCAAGGTTGGATCATTCGAGGGTTTTGGCTCAGTCGAGAATATCTCTCTC
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GTTTTATATTACAGTTTATATGAAGATCATAGCTAGATGGGAGTCGTGGAAGTGTTTTGT
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CAAAACATAGTTTTTCTTTTTGGT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

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TACTTACAGAGTTACAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E822TF U 1
AF RR1E822JQ C 397
BS 1 619 RR1E822TF
BS 620 620 RR1E822JQ
BS 621 631 RR1E822TF
BS 632 1217 RR1E822JQ

RD RR1E822TF 631 0 0
GGAATCTATCCTCCCTTTCCCAAAGATTGGATCTTCGTGTTGATGATTGTTGTTTCTTAG
AAGAGCAATGAGCAATTATTCAGCCGGACTCGGTAAGCCTGGCTCAGGTAAGAGGAGAAT
AAGAGACCTTTTGAACCAACCTGATAACCGAGTCTGTGCTGATTGTAGCGCTCCTGATCC
TAAATGGGCATCGGCAAACATCGGAGTATTCATTTGCTTAAAGTGTTGCGGTGTGCATAG
AAGCCTCGGTACTCATATCTCAAAGGTCCTGTCTGTGACGCTTGATGATTGGTCAGATGA
GGAAGTCGACTCCATGATTGAGATTGGAGGAAATGCTTCTGCTAATTCAATCTACGAAGC
TTTTGTACCTGAAGGAAGCTCTAAGCCTGGTCCTGATGTTAGTCATGACCAGCGTTTGAG
ATTCATCAGGTCAAAGTATGAACTCCAAGAGTTTCTGAAACCAAGCTTGAGGATCACATC
AGGGAAAGCTGGCTCAACAAAGAAACCATCTTTTCTTAAATCAAATCTTTCTACAAAATT
CATGGATAGTTTTCGAACAAATTCATCATCAAAGAAGATTTTTGAGGAAGGGATGGTAGA
GTTTATTGGATTGTTGAAG*TGACTGTCAAG

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1E822JQ 821 0 0
TGTTAGTCATGACCAGCGTT*GAGATTCATCAGGTCAAAGTATGAACTCCAAGAGTTTCT
GAAACCAAGCTTGAGGATCACATCAGGGAAAGCTGGCTCAACAAAGAAACCATCTTTTCT
TAAATCAAATCTTTCTACAAAATTCATGGATAGTTTTCGAACAAATTCATCATCAAAGAA
GATTTTTGAGGAAGGGATGGTAGAGTTTATTGGATTGTTGAAGGTGACTGTCAAGAAAGG
TACTAACTTAGCAATCAGAGACATGATGTCGAGTGATCCTTATGTTGTATTGAATCTTGG
GAGGCAAAAACTTCAAACAACAGTTGTGAATAGTAACTTGAACCCGGTATGGAATCAAGA
ACTCATGCTGTCTGTTCCTGAGAGCTATGGTCCAGTTAAATTGGAAGTGTATGATTATGA
CACGTTCTCTGCTGATGACATAATGGGAGAAGCTGAACTTGATATCCAGCCTCTGATAAC
ATCTGCAATGGCATTTGGGGATCCAGAGATGTTTGGGGATATGCAGATTGGGAAATGGCT
GAAGTCACATGATAATCCGCTAATAGATGACAGCATCATTAACATTGTTGATGGGAAAGT
GAAGCAGGAGGTTCAGATCAAGCTTCAGAATGTAGAGTCTGGAGAATTAGAGCTGGAAAT
GGAATGGTTGGCACTTGACCAATAATAATAATGCAGTAGATTCCATTTTATATTTAAACA
CTTGAACAATTTGCAATACATACATTTCATTTGTGCCTCTGTTGGGACAATTTTGGATCT
CTGATTACTTTCATGTGTTTGTAATACTTACAGAGTTACAG

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

CO CL8318Contig1 924 2 2 U
GGGACCGTTGAGCTCTTTATGTCTACCTACGAAGCTGCTTCTAAAGCGGTTCACGATTTC
TCCAAGCCGTTGATCAACATGATGAAAGCTGCGGGATGGGATCTAGACTCCGCGGCTAAC
TCCATCGAACCTGAGGTTGATTACGCCAAGAGACCTCACAAGAAGTATGCGTTCGAGTCG
TACATATGCCAGAGGATGTTCGGTGGGTTTCAGCGCAAAGATTTCTCATTAGACTCAGCA
GAGAGTGCAATGGCCTATGATGATGACGACACTGAGACGTTCTTCCGTCAGTTTCTTTCA
CTGAAAGACATGGATCCACTAGATGCTCTGTGTGCAAACCCGGACTCCAACTTTGGCAAG
TTCTGCAGGAGCAAGTATCTCATCTTGATCCACCCCAAGATGGAAGCTTCTTTCTTCGGA
AACCTGGACCAGCGTGACTACGTGGCGGGAGGTGGGCACCCGAGGACAGGGTTTTACCAG
GCTTTCTTGAAGCTGGCGAAGTCGGTGTGGGTATTGCATAGGCTGGCTTACTCTTTTGAT
CCGGCTGCGAAGATCTTCCAAGTGAAGAAGGGGAGTGAGTACTCTGACTCGTACATGGAA
AGTGTGTTGAAGAACATAGTTGTAGATGACAAGGGAGAGAGCCCAAGAGTTGGTCTTATG
GTGATGCCTGGGTTTTGGATTGGTGGAAGTGTGGTTCAGAGCAGAGTTTATGTCTCAGGT
GTAAAGGTTGTTGAATGAAAAGAGGTTGTCTGGTCTTTACCTGAACCTCAAGAGGAATCT
CAACAACTGTTTTATTGTCTACTTGTTATAAATTATGTAATTCTTCGGAACTCATAAGCA
AAACAAGTACTACCGCTATTTCAACAAAATGTATGTATTAAAAAAATGTATTAAATTTTA
ATTATAAAATAATATATTTCATGG


BQ
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AF RR1BH30TF U 1
AF RR1BH30JQ C 164
BS 1 718 RR1BH30TF
BS 719 924 RR1BH30JQ

RD RR1BH30TF 724 0 0
GGGACCGTTGAGCTCTTTATGTCTACCTACGAAGCTGCTTCTAAAGCGGTTCACGATTTC
TCCAAGCCGTTGATCAACATGATGAAAGCTGCGGGATGGGATCTAGACTCCGCGGCTAAC
TCCATCGAACCTGAGGTTGATTACGCCAAGAGACCTCACAAGAAGTATGCGTTCGAGTCG
TACATATGCCAGAGGATGTTCGGTGGGTTTCAGCGCAAAGATTTCTCATTAGACTCAGCA
GAGAGTGCAATGGCCTATGATGATGACGACACTGAGACGTTCTTCCGTCAGTTTCTTTCA
CTGAAAGACATGGATCCACTAGATGCTCTGTGTGCAAACCCGGACTCCAACTTTGGCAAG
TTCTGCAGGAGCAAGTATCTCATCTTGATCCACCCCAAGATGGAAGCTTCTTTCTTCGGA
AACCTGGACCAGCGTGACTACGTGGCGGGAGGTGGGCACCCGAGGACAGGGTTTTACCAG
GCTTTCTTGAAGCTGGCGAAGTCGGTGTGGGTATTGCATAGGCTGGCTTACTCTTTTGAT
CCGGCTGCGAAGATCTTCCAAGTGAAGAAGGGGAGTGAGTACTCTGACTCGTACATGGAA
AGTGTGTTGAAGAACATAGTTGTAGATGACAAGGGAGAGAGCCCAAGAGTTGGTCTTATG
GTGATGCCTGGGTTTTGGATTGGTGGAAGTGTGGTTCAGAGCAGAGTTTATGTCTCAG
TGTAAA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1BH30JQ 761 0 0
AGTATGCGTTCGAGTCGTACATATGCCAGAGGATGTTCGGTGGGTTTCAGCGCAAAGATT
TCTCATTAGACTCAGCAGAGAGTGCAATGGCCTATGATGATGACGACACTGAGACGTTCT
TCCGTCAGTTTCTTTCACTGAAAGACATGGATCCACTAGATGCTCTGTGTGCAAACCCGG
ACTCCAACTTTGGCAAGTTCTGCAGGAGCAAGTATCTCATCTTGATCCACCCCAAGATGG
AAGCTTCTTTTTTCGGAAACCTGGACCAGCGTGACTACGTGGCGGGAGGTGGGCACCCGA
GGACAGGGTTTTACCAGGCTTTCTTGAAGCTGGCGAAGTCGGTGTGGGTATTGCATAGGC
TGGCTTACTCTTTTGATCCGGCTGCGAAGATCTTCCAAGTGAAGAAGGGGAGTGAGTACT
TTGACTCGTACATGGAAAGTGTGTTGAAGAACATAGTTGTAGATGACAAGGGAGAGAGCC
CAAGAGTTGGTCTTATGGTGATGCCTGGGTTTTGGATTGGTGGAAGTGTGGTTCAGAGCA
GAGTTTATGTCTCAGGTGTAAAGGTTGTTGAATGAAAAGAGGTTGTCTGGTCTTTACCTG
AACCTCAAGAGGAATCTCAACAACTGTTTTATTGTCTACTTGTTATAAATTATGTAATTC
TTCGGAACTCATAAGCAAAACAAGTACTACCGCTATTTCAACAAAATGTATGTATTAAAA
AAATGTATTAAATTTTAATTATAAAATAATATATTTCATGG

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL8319Contig1 862 2 4 U
GGATTGAGGCCAAAGACCGTTCAACATATGTTATCTGCTGACGCTTCTTTGATGGAGTAC
GTAGGACGACTCCTAGCCGCCAGAGTTATCTCGTCCCCTCTAAATACACCTGGTATCAGC
AGTCGATTTTTTGGTCAACCATGAACGTAAATCAAGTTTCAGAGTATGTCGAAACCGATC
CCACCGGACGCTACGGACGTGTAAGTAGACAGACAGAGTCTACGTTTACGAACCAAACCA
CTTTGTAACACTTTTGTTTTGTTATGTTGGAACAGTTTGCAGAAGTTCTTGGAAGGGGAG
CGATGAAGACAGTGTACAAAGCGATCGACGAGATGCTGGGAGTAGAAGTAGCGTGGAGCC
AGGTTCAGCTAAAAGAGGTTCTCCGTTCCTCTGTTGATATACAGAGGCTATACTCCGAGG
TTCATCTTCTCAGCACTCTAAACCACAAATCCATCATTCGTTTCTACACTTCCTGGATCG
ATGTCCGTTCCCACACTCTCAACTTCATCACCGAGTTGTTCACTTCTGGGACCCTCCGAC
AGTAATTAATTCTCTTACACAAGTTTCTTCTAAAAAGAATATTTACTTAAATGTTTGCTT
CTTTGTGACCCTATTCTGTCCTTGTGTAGATACAAAAACAAGTACTTGCGGATAGATATC
AGAGCAATTAAGTCATGGGCTCGGCAGATCTTGGAAGGGCTTGTTTATCTCCACGGGCAC
GACCCTCCTGTCATCCACAGAGACCTCAAGTGTGACAATATCTTTGTTAATGGACATCTT
GGACAAGTCAAAATTGGCGATCTTGGTCTTGCAAGAATGCTGCAAGACTGCCGCTCTGCC
CATAGTATCCTCGGTATGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E741TF U 1
AF RR1E741JQ C 172
BS 1 698 RR1E741TF
BS 699 699 RR1E741JQ
BS 700 757 RR1E741TF
BS 758 862 RR1E741JQ

RD RR1E741TF 760 0 0
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GTAGGACGACTCCTAGCCGCCAGAGTTATCTCGTCCCCTCTAAATACACCTGGTATCAGC
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CCACCGGACGCTACGGACGTGTAAGTAGACAGACAGAGTCTACGTTTACGAACCAAACCA
CTTTGTAACACTTTTGTTTTGTTATGTTGGAACAGTTTGCAGAAGTTCTTGGAAGGGGAG
CGATGAAGACAGTGTACAAAGCGATCGACGAGATGCTGGGAGTAGAAGTAGCGTGGAGCC
AGGTTCAGCTAAAAGAGGTTCTCCGTTCCTCTGTTGATATACAGAGGCTATACTCCGAGG
TTCATCTTCTCAGCACTCTAAACCACAAATCCATCATTCGTTTCTACACTTCCTGGATCG
ATGTCCGTTCCCACACTCTCAACTTCATCACCGAGTTGTTCACTTCTGGGACCCTCCGAC
AGTAATTAATTCTCTTACACAAGTTTCTTCTAAAAAGAATATTTACTTAAATGTTTGCTT
CTTTGTGACCCTATTCTGTCCTTGTGTAGATACAAAAACAAGTACTTGCGGATAGATATC
AGAGCAATTAAGTCATGGGCTCGGCAGATCTTGGAAGG*CTTGTTTATCTCCACGGGCAC
GACCCTCCTGTCATCCACAGAGACCTCAAGTGTGACA
TAT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1E741JQ 691 0 0
AAACCGATCCCACCGGACGCTACGGACGTGTAAGTAGACAGACAGAGTCTACGTTTACGA
ACCAAACCACTTTGTAACACTTTTGTTTTGTTATGTTGGAACAGTTTGCAGAAGTTCTTG
GAAGGGGAGCGATGAAGACAGTGTACAAAGCGATCGACGAGATGCTGGGAGTAGAAGTAG
CGTGGAGCCAGGTTCAGCTAAAAGAGGTTTTCCGTTCCTCTGTTGATATACAGAGGCTAT
ACTCCGAGGTTCATTTTTTCAGCACTTTAAACCACAAATCCATCATTCGTTTTTACACTT
CCTGGATCGATGTCCGTTCCCACACTTTCAACTTCATCACCGAGTTGTTCACTTCTGGGA
CCCTCCGACAGTAATTAATTTTCTTACACAAGTTTTTTCTAAAAAGAATATTTACTTAAA
TGTTTGCTTCTTTGTGACCCTATTCTGTCCTTGTGTAGATACAAAAACAAGTACTTGCGG
ATAGATATCAGAGCAATTAAGTCATGGGCTCGGCAGATCTTGGAAGGGCTTGTTTATCTC
CACGGGCACGACCCTCCTGTCATCCACAGAGACCTCAAGTGTGACAATATCTTTGTTAAT
GGACATCTTGGACAAGTCAAAATTGGCGATCTTGGTCTTGCAAGAATGCTGCAAGACTGC
CGCTCTGCCCATAGTATCCTCGGTATGTTGC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL8320Contig1 799 2 6 U
GCTCAATGATAGTTTCAACAACGATGAACAAAATGGCACAAAGTGTCAATCCAACCCGAG
AGTCTTCTCCTGTAACTACTGCCGACGCAAGTTCTATAGCTCTCAAGCTCTTGGAGGTCA
CCAAAACGCTCATAAGAGAGAACGAACGATGGCTAAACGAGCAATGCACATGGGAAGAAT
GTTTGGTCATCATCACAGGCCTTACACGTACACCTCTTCTTCTCTAGGGATGCAAGCTCA
CTCTAGTCTACTTCACCACACCTTATCCCAGCCTCAGCCTCCTCCTCATCTTGCAAGGTC
TCATCATCAAGGGTACTTTGGTAATACTGTGCCAGTGTTTTTTGACTATGACGATGGCAG
TGATTTATTCTGGCCCGGGAGTTTTCGTCAGGTCGTGGAGGAAGCTGAAGCTCCAGTGGT
GGTGGCTGTTAAAGAGTCTGGTCTTGATCTGAACACGGCTGCAGTAAATGGAACTGTTGT
AGGAAATAACAATAGCTCAAAGCCTGATCTTACCTTGAGACTCTAAAGCTCATCCATCTC
TTGTGTGTCATTTTCTGTTGTTAGAAACATAGCAGACAATAAGTGGGAGGGCGCTTTGAA
GCAGTTTTGTGTGAGAGGATGGTGGCAGTTTCGGACCTTACTTATGTGTTGTTGTGCCTT
GGATGCACGGATGGTCTTATGTTTGAGAAATCTTATATATTAAAATAGTAATCATGATTT
ATTTCATGTGTCGACATTTTATTTTGGATCATCTATTAAAAAATCTATCACTTCTAATTA
TTGTATCATTTAATTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC56TF U 1
AF RR1DC56JQ C 205
BS 1 704 RR1DC56TF
BS 705 705 RR1DC56JQ
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RD RR1DC56TF 762 0 0
GCTCAATGATAGTTTCAACAACGATGAACAAAATGGCACAAAGTGTCAATCCAACCCGAG
AGTCTTCTCCTGTAACTACTGCCGACGCAAGTTCTATAGCTCTCAAGCTCTTGGAGGTCA
CCAAAACGCTCATAAGAGAGAACGAACGATGGCTAAACGAGCAATGCACATGGGAAGAAT
GTTTGGTCATCATCACAGGCCTTACACGTACACCTCTTCTTCTCTAGGGATGCAAGCTCA
CTCTAGTCTACTTCACCACACCTTATCCCAGCCTCAGCCTCCTCCTCATCTTGCAAGGTC
TCATCATCAAGGGTACTTTGGTAATACTGTGCCAGTGTTTTTTGACTATGACGATGGCAG
TGATTTATTCTGGCCCGGGAGTTTTCGTCAGGTCGTGGAGGAAGCTGAAGCTCCAGTGGT
GGTGGCTGTTAAAGAGTCTGGTCTTGATCTGAACACGGCTGCAGTAAATGGAACTGTTGT
AGGAAATAACAATAGCTCAAAGCCTGATCTTACCTTGAGACTCTAAAGCTCATCCATCTC
TTGTGTGTCATTTTCTGTTGTTAGAAACATAGCAGACAATAAGTGGGAGGGCGCTTTGAA
GCAGTTTTGTGTGAGAGGATGGTGGCAGTTTCGGACCTTACTTATGTGTTGTTGTGCCTT
GGATGCACGGATGGTCTTATGTTTGAGAAATCTTATATATTAAA*TAGTAATCATGATTT
ATTTCATGTGTCGACATTTTATTT*GGATCATCTATTAAAAA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1DC56JQ 595 0 0
CACGTACACCTCTTCTTCTCTAGGGATGCAAGCTCACTCTAGTCTACTTCACCACACCTT
ATCCCAGCCTCAGCCTCCTCCTCATCTTGCAAGGTCTCATCATCAAGGGTACTTTGGTAA
TACTGTGCCAGTGTTTTTTGACTATGACGATGGCAGTGATTTATTCTGGCCCGGGAGTTT
TCGTCAGGTCGTGGAGGAAGCTGAAGCTCCAGTGGTGGTGGCTGTTAAAGAGTCTGGTCT
TGATCTGAACACGGCTGCAGTAAATGGAACTGTTGTAGGAAATAACAATAGCTCAAAGCC
TGATCTTACCTTGAGACTCTAAAGCTCATCCATCTCTTGTGTGTCATTTTCTGTTGTTAG
AAACATAGCAGACAATAAGTGGGAGGGCGCTTTGAAGCAGTTTTGTGTGAGAGGATGGTG
GCAGTTTCGGACCTTACTTATGTGTTGTTGTGCCTTGGATGCACGGATGGTCTTATGTTT
GAGAAATCTTATATATTAAAATAGTAATCATGATTTATTTCATGTGTCGACATTTTATTT
TGGATCATCTATTAAAAAATCTATCACTTCTAATTATTGTATCATTTAATTTTAC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL8321Contig1 775 2 2 U
GCGGGATTCGGAACGATTTCAGGGGACTGCTTCTGGATCATTGTAAGGAGTCGGGAGGAG
CTTGCCGGGCGGTGGATTGCACCGCGGGGAAATGCGCGAACGGCTCGTCGGCGATCTTGG
AGACGTTTCTCGGCTCCGATTTCTGCCTTCAGCCGCGAGGGGATAGCTTCACGCGCCGGT
CGATTTTCGATTGCATGCTAGCCGGTTCGATTCCGGTTTTCTTTTGGCGTAGGACCGCTT
ACATGCAGTATCAGTGGTTTTTACCCAAGGAACCGGGTAGTTACTCGGTTTACATTGACC
GGAACGAGGTGAAAAACGGGACGTCTATAAAGGACGTGTTGGAACGGTTCAGCAAAGAGG
ACGTGAGGAGAATGCGGGAGAGAGTGATCGATTTGATACCCAACTTGGTGTACGCAAAGT
CTCCGAATGGATTAGAGACTTACAAAGACGCATTTGATGTGGCCTTAGATGGAGTTTTTA
GGAGATTCAAGGAGCAAGAGAATTGGTACAAATGGAGATGATGAGGAGGAGGGAGATGGT
TCGATAAATGATTATTTATTTATTAATAAGGGTTTTTGGAAAATTTAGCTCCAGTAAAGT
TTTATGATTACACTGTAAATTTATGATTTTTATTTTTTGAGAGATGAATAAGTTGGTTAG
TTGAGTTTTGTTATTTACACTTGATGGGGATAGTCAAGGAAGTTGTGCTATGTGTGGAGT
TCTCATTTTATATTATTCTCTTTTGGAGATAACGAGTATAATGGCTTTACGTGAT


BQ
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AF RR1G802TF U 1
AF RR1G802JQ C 147
BS 1 694 RR1G802TF
BS 695 775 RR1G802JQ

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DS 

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GACGCATTTGATGTGGCCTTAGATGGAGTTTTTAGGAGATTCAAGGAGCAAGAGAATTGG
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TAAGGGTTTTTGGAAAATTTAGCTCCAGTAAAGTTTTATGATTACACTGTAAATTTATGA
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AGATAACGAGTATAATGGCTTTACGTGAT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

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CG


BQ
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10 10 

AF RR1GH63TF U 1
AF RR1GH63JQ C 208
BS 1 644 RR1GH63TF
BS 645 722 RR1GH63JQ

RD RR1GH63TF 644 0 0
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GATCAGGCGCTCTCCCGTGGAGAAACCGGTGTTCATCAGCGAAGAAGGAGCGGCCAAGGC
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QA 1 644 1 644
DS 

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GTTCACTCCTTCTGTTGGATTATTTGTGGCTGGAACTACTGCATATGGAGTTCTTAAGTA
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GTTGCCTGTGATTGTGAGAGGTTGATGTTCAATGGTTGGATACTCTAGTAAAAGAAGAGT
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AAAAAAAAATATGTGGGAAGATATATTCAGGTGCG

QA 1 515 1 515
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CCGTTTCTTAGGAAACATCTCGACGTCCTCCATCCGAAACCTCCTCCCCAGATCCATCTA
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TTTCAAACTCTCCTTCCAAGGTAACACTTATTGTTTCAGTCATCTGATTTTAAATGAAAC
CTACAACAGTTTGAATACCTTTCGATTTTACATAGTATTAATATGAGTAGAGATGATTTT
GGGGTTTTT


BQ
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GGGGTTTTT

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CTACAACAGTTTGAATACCTTTCGATTTTACATAGTATTAATATGAGTAGAGATGATTTT
GGGGTTTTT

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

CO CL8325Contig1 945 2 2 U
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BQ
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GA

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BQ
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AF RR1B488TF U 1
AF RR1B488JQ C 259
BS 1 749 RR1B488TF
BS 750 750 RR1B488JQ
BS 751 775 RR1B488TF
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BS 777 789 RR1B488TF
BS 790 1125 RR1B488JQ

RD RR1B488TF 801 0 0
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TTGAGACATGGCTCAAATTAACAACAAGAACAACATTGTCGTTGTGTTCGATTTCGACAA
GACCATCATCGACGTTGATAGCGATAATTGGGTTATCGATGAACTTGTCTTCACTGATTT
GTTTAATCAACTTCTCCCAACCATGCCTTGGAACACAGTCATGGATTGTTGATGAAAGAA
CTTCATGATCAAGGAAAAACCATTGAAGAGATCAAACAAGCTCTAAGAACGATCCCTATC
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GTGAGCGATGCGAACATGTTCTTCATCGAGACCATGGTTGAGCATCTCGGGATTAGTGAA
CTCTTCTCTGAGATCAACTCGAACCCAGGGTTTGTCGATGAGCATGACACGTTGAGAATT
TCTCCTTACCATGATTTCACTAACTCCTCTCATGGTTGCACTCATGGCACTTGCCCTCCT
AATATGTGCAAGGGCTTGGTCATTGAGAGGATTCAAGAATCTCTAGCTAAAGAAGGGAAG
AAAAAGATGGTCTATTTAGGAGATGGAGCTGGTGATTACTGTCCAAGTTTAAAACTAAAA
GCTGAAGATTTCGTGATGCCACGTAAGAATTTCCCGGTTTGGGATCTGATTAGTCAAAAT
CCTATGTTGGTTAAAGCATCAATTAGAGA*TGGACCGATGGTGAAAGCTTGGAGA*GATA
TTAATGGGA
CCATAGAGAGAT

QA 1 789 1 789
DS 

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TTCTTCATCGAGACCATGGTTGAGCATCTCGGGATTAGTGAACTCTTCTCTGAGATCAAC
TCGAACCCAGGGTTTGTCGATGAGCATGACACGTTGAGAATTTCTCCTTACCATGATTTC
ACTAACTCCTCTCATGGTTGCACTCATGGCACTTGCCCTCCTAATATGTGCAAGGGCTTG
GTCATTGAGAGGATTCAAGAATCTCTAGCTAAAGAAGGGAAGAAAAAGATGGTCTATTTA
GGAGATGGAGCTGGTGATTACTGTCCAAGTTTAAAACTAAAAGCTGAAGATTTCGTGATG
CCACGTAAGAATTTCCCGGTTTGGGATCTGATTAGTCAAAATCCTATGTTGGTTAAAGCA
TCAATTAGAGAATGGACCGATGGTGAAAGCTTGGAGAAGATATTAATGGGAACCATAGAG
GAGATTATCTTGGAGGAAGAGAAGGAGAAGAAGATGCTGAGTACTAGTGCGGAGAATACT
TGCAAGATTCAGACAATCTCTGTCGGGATTAATGTTCATCATGAGCCAATAATGCCTCGT
GCTCTTCGAGTTTCTCAGTCTGGTTAGATCGATGTTTTTGATATAATGTAGGAAGAAGAA
GATATTATCTGTGGTGACTCTTCTTCTTATTCCAAGATATTGGACTTTATCCTAAGTACG
CATGAAGTTGTATGAATCTATGATTGTAATTTTGTTTCAACAAGTACCTATTTGGTTCTT
TATCCAAAAGGATACCTATTTGGTTGA

QA 1 867 1 867
DS 



AS 1 2

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AATTTCCACCTGTTATGTGTTCAAATCGTGTAAGGTCGCCTCTCTAACCTAAGCAAGGCC
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TCAGCCTCTCAGTTCATATACACTTCAATTTCATACTATTTTGCGGATTTGAGATTTGGA
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CGATAGCAGCTCCTTGTATGATTGTGTGATGCTTGTTATGAAATCTTGGCTCTTGATGAA
TTCTACGAATTACGAATGTCACAGGATTCACAGTTAAAGCTTTGATCTTTGGTTTGGTTT
TACTTTTTTCTGTGATATCATGCTAACGT


BQ
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AF RR1FF65TF U 1
AF RR1EZ65TF U 1
BS 1 629 RR1EZ65TF

RD RR1FF65TF 546 0 0
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CCTTCCACCAGATCTGCTCCTTACTCGCTGTGCTCCGCCCCTCTGAACTTGAACCTCCTC
GGATGTTCCCTTCATCAATCGGCTGGGATGACAACCCTCTTGACCTAATTGATACTCCCA
AAGACTCCATCGCTCCACCCCCTTCAGCTTCTCTGAGACAATCAAAACAGACCAATGTTC
AATTTCCACCTGTTATGTGTTCAAATCGTGTAAGGTCGCCTCTCTAACCTAAGCAAGGCC
GCCTCTTCAATATTGTGGTTATAGGCGTTTTCTCTACCCTCGACAATCTCTTCATCATCT
TCAGCCTCTCAGTTCATATACACTTCAATTTCATACTATTTTGCGGATTTGAGATTTGGA
GTTTGAATTAGGGTTTACAAAATTTCTCTACTTTGAATTTAGTTGGTTGTTGTTGTCATT
CGATAGCAGCTCCTTGTATGATTGTGTGATGCTTGTTATGAAATCTTGGCTCTTGATGAA
TTCTAC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1EZ65TF 629 0 0
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CCTTCCACCAGATCTGCTCCTTACTCGCTGTGCTCCGCCCCTCTGAACTTGAACCTCCTC
GGATGTTCCCTTCATCAATCGGCTGGGATGACAACCCTCTTGACCTAATTGATACTCCCA
AAGACTCCATCGCTCCACCCCCTTCAGCTTCTCTGAGACAATCAAAACAGACCAATGTTC
AATTTCCACCTGTTATGTGTTCAAATCGTGTAAGGTCGCCTCTCTAACCTAAGCAAGGCC
GCCTCTTCAATATTGTGGTTATAGGCGTTTTCTCTACCCTCGACAATCTCTTCATCATCT
TCAGCCTCTCAGTTCATATACACTTCAATTTCATACTATTTTGCGGATTTGAGATTTGGA
GTTTGAATTAGGGTTTACAAAATTTCTCTACTTTGAATTTAGTTGGTTGTTGTTGTCATT
CGATAGCAGCTCCTTGTATGATTGTGTGATGCTTGTTATGAAATCTTGGCTCTTGATGAA
TTCTACGAATTACGAATGTCACAGGATTCACAGTTAAAGCTTTGATCTTTGGTTTGGTTT
TACTTTTTTCTGTGATATCATGCTAACGT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

CO CL8328Contig1 1155 2 14 U
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ATGTTACAAAGAGTAGTGCTGAGGAGTTTCTAGGAGGCTCGACTGGTAAACGTGTGCTGA
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CACTCTTTGAAGAATGGCAGATGAAGAGAAAATACGCTAGTTTGTCTCGTTCGTCCGGAA
GGCAATCTCAGGACGGGAAAGCTGGTGACGGCCCTCCTCCTTTTGAGGAGTTGCAGATCC
GAACTGGTTCCCATCACCGTGATTCCCACAAGGCGACTTCTAGGACTATTGTACCTACTG
CTGTAGAAAGAGCCGCAAAACATAGTGGTGGAGAAAAAGGTGAAACTAGTGAAGTTGCTG
GGAACAAAATAGGTGCTGATAAGAATTTACAGAAGAGTTCTGCAGATTCTGATCCGAAAA
TATCCGTCAAAGTTGAAAATCAAGATAAGCCAAGCAGTTCTGATACAAGACCAAAACAAG
CTGTGGGAAGCTGTTCCTTTACAGAACCAAGCGGCTGCTCAGGTACTTCTTGAGAAGATG
AAACATTCGAGTACAAATGAACGGCAATACCGAGGACGAGGACGAAGAGGTAAAAGGTAG
AGGGGAGGGGAAGAGAAGAAGACGACTCTGCAGTATTAACACTTGAGGAGTGGGAAAAGA
GGAATACTAGGGGTGGAGCTGTTGCAACAGCTGACCATCCGAGCGACACTACACGCGATG
AAGATCTCGCGTGGCAGCTTCAGAATCAGTTTGATCTTGAAGACTCTTCTTATGGACAGG
AGGTGCACGGAACTGGGGCAGCGGATATCAGAATGAATATGTTTGACTACGGAAGAACAG
ATGATAGCTTCCCCATGGAAGGGGAAGAGGTGGAAGAGGAAGGGGAAGAGGGAGAGGACA
CAGGCGAGGAAGAGGACGTTTTTAAGTGCAATGAGTATGTCTAGAGACACTTTTGGATAG
AAGTTTACATTACAC


BQ
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AF RR1AO91TF U 1
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BS 829 837 RR1AO91TF
BS 838 1155 RR1AO91JQ

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DS 

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AAAGAGCCGCAAAACATAGTGGTGGAGAAAAAGGTGAAACTAGTGAAGTTGCTGGGAACA
AAATAGGTGCTGATAAGAATTTACAGAAGAGTTCTGCAGATTCTGATCCGAAAATATCCG
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*AAGCTGTTCCTTTACAGAACCAAGCGGCTGCTCAGGTACTTCTTGAGAAGATGAAACAT
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GCTTCCCCATGGAAGGGGAAGAGGTGGAAGAGGAAGGGGAAGAGGGAGAGGACACAGGCG
AGGAAGAGGACGTTTTTAAGTGCAATGAGTATGTCTAGAGACACTTTTGGATAGAAGTTT
ACATTACAC

QA 1 909 1 909
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1E241JQ C 1
AF RR1E241TF U 1
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QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1E241TF 533 0 0
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GCTTCCTGTCAAAGCAGTTTATCTGCGACAAGTTTGAGAGTCTTCTTCTTTAGTGTTGTC
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TGTCCTTTAACGACTTACCTGGTTTTTATCTAAAGAGAAACTATTATTAGATC

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

CO CL8330Contig1 1039 2 4 U
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AGGTTTGCTTGGAAAATTTTGGAACGTTTAGACCAGGTGGTACTTTTGACAGGAACCGTC
AACTTATCCTCTCATCTCTTGCATCTGAGGTGGCAGCTAAAGATAGCTTCTTCAACGTTT
CGGTTGGGACGTATCCTGACCAGGTCTACGCGCTGGGGATGTGCATCCCAGGCGCTAAAC
AAGAGTTTTGTTCGGATTGTATCAAGGCTGCGTCTGACCAGTTAATACAAAGCTGTCCCC
AACCAGGCAGCAGCTTTTTATTGGTCAGGTGGAGGTGAAACTCTATGTATGGCACGCTAC
TCTAACAGCCCGTCTTTTAGACCGGTGGATACAGATTCACCTTCTTATGGTGCCAACGTT
GAAAATCTCAGCACAAACTTAACAGATTTTGACAGGTTCTTGGAGCGATTAGCAGTTCGT
ATGGTGACCGCAGCTTTGTCATCATCAGGCAAGAATGTACCAGTCTCTAACAGTAGACTC
TACGCAGCTGATGTAGCAGCCTTGACAAGCTCTATGAATGTATATGCGTTAATGCAATGC
ACCCCTGACGTCTCTCCCTCTAATTGTAAGACCTGTTTACGACAAAGTGTTGATTACTAT
ATAGATTGCTGTCGTGGGAAGCGAGGCGGCTATGTGTATTGGCCTAATTGTTTTTTCCGG
TTGGATATGTACCCCTACAATGGTGCCTTTAGTCCTCTTAAGTTAGCGCCTCAGCCTACA
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TCTCCACCTCCCCTGACCAACGAAGATGGGAAAACGATTGATAAGGGAGCTGTCATAGGA
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BQ
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AF RR1AI59TF U 1
AF RR1AI59JQ C 260
BS 1 359 RR1AI59TF
BS 360 360 RR1AI59JQ
BS 361 810 RR1AI59TF
BS 811 1039 RR1AI59JQ

RD RR1AI59TF 810 0 0
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ATCTCCTCTCATTGGCCCTCTGGCTTCTTCCCGTGAGCTTAACTGTTGTTGTCTCTGCGC
AGGTTTGCTTGGAAAATTTTGGAACGTTTAGACCAGGTGGTACTTTTGACAGGAACCGTC
AACTTATCCTCTCATCTCTTGCATCTGAGGTGGCAGCTAAAGATAGCTTCTTCAACGTTT
CGGTTGGGACGTATCCTGACCAGGTCTACGCGCTGGGGATGTGCATCCCAGGCGCTAAAC
AAGAGTTTTGTTCGGATTGTATCAAGGCTGCGTCTGACCAGTTAATACAAAGCTGTCCC*
AACCAGGCAGCAGCTTTTTATTGGTCAGGTGGAGGTGAAACTCTATGTATGGCACGCTAC
TCTAACAGCCCGTCTTTTAGACCGGTGGATACAGATTCACCTTCTTATGGTGCCAACGTT
GAAAATCTCAGCACAAACTTAACAGATTTTGACAGGTTCTTGGAGCGATTAGCAGTTCGT
ATGGTGACCGCAGCTTTGTCATCATCAGGCAAGAATGTACCAGTCTCTAACAGTAGACTC
TACGCAGCTGATGTAGCAGCCTTGACAAGCTCTATGAATGTATATGCGTTAATGCAATGC
ACCCCTGACGTCTCTCCCTCTAATTGTAAGACCTGTTTACGACAAAGTGTTGATTACTAT
ATAGATTGCTGTCGTGGGAAGCGAGGCGGCTATGTGTATTGGCCTAATTGTTTTTTCCGG
TTGGATATGTACCCCTACAATGGTGCCTTT

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR1AI59JQ 780 0 0
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TATCAAGGCTGCGTCTGACCAGTTAATACAAAGCTGTCCCCAACCAGGCAGCAGCTTTTT
ATTGGTCAGGTGGAGGTGAAACTCTATGTATGGCACGCTACTCTAACAGCCCGTCTTTTA
GACCGGTGGATACAGATTCACCTTCTTATGGTGCCAACGTTGAAAATCTCAGCACAAACT
TAACAGATTTTGACAGGTTCTTGGAGCGATTAGCAGTTCGTATGGTGACCGCAGCTTTGT
CATCATCAGGCAAGAATGTACCAGTCTCTAACAGTAGACTCTACGCAGCTGATGTAGCAG
CCTTGACAAGCTCTATGAATGTATATGCGTTAATGCAATGCACCCCTGACGTCTCTCCCT
CTAATTGTAAGACCTGTTTACGACAAAGTGTTGATTACTATATAGATTGCTGTCGTGGGA
AGCGAGGCGGCTATGTGTATTGGCCTAATTGTTTTTTCCGGTTGGATATGTACCCCTACA
ATGGTGCCTTTAGTCCTCTTAAGTTAGCGCCTCAGCCTACATCTCAGCCTGCTTCTCAAC
CCGCGTCTCAACCTGCTTCTCAACCCGTGTCTCAGCTGCAGTCTCCACCTCCCCTGACCA
ACGAAGATGGGAAAACGATTGATAAGGGAGCTGTCATAGGAGTTGTGGCTGCAATGCTCA
TAATCAACATGTAAATGTAAATTGAAGTAATTTGTTTTAAATGATAAATTTCCATTTATC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

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GCAAAGCATGGGGCTAAATCTCAGGATGAGGAAGGAAGGCTTTGGTTCTATTTCCAATCA
TTTGTGTCATTTGATGCGACTAGCAGGACAATCATGGCTTTGTGGAAAACGAGGACGTTA
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TAAGTATGAAGTGAAAAA


BQ
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AF RR1GY94TF U 1
AF RR1GM64TF U 1
BS 1 738 RR1GM64TF

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GCAAAGCATGGGGCTAAATCTCAGGATGAGGAAGGAAGGCTTTGGTTCTATTTCCAATCA
TTTGTGTCATTTGATGCGACTAGCAGGACAATCATGGCTTTGTGGAAAACGAGGACGTTA
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GCATGTGATCTACCTGGCGATGTAGAATTGGTTATGAAGATTTTTGGTGGAGGAGAAATG
GAGCGTAAGATCATGGAGAAATCTGGATGTCTCAATTACGCGAGCACAACATGGAAGTCT
AAAAAA

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1GM64TF 738 0 0
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AAGACAAAGTTTTACTTTCTCTGGGAAGATATTGATGACATCCAAGTGCTCCCCCCAACG
TTTGCTTCCTTAGGAAGCCCTTTGCTGGTCATTATTCTGAAAAAGAACCGAGGCCTTGAT
GCAAAGCATGGGGCTAAATCTCAGGATGAGGAAGGAAGGCTTTGGTTCTATTTCCAATCA
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AGTGTAGATCAAAGAGCACATATAGCAGAAGAAGAATCAGATGTGTCAGATCCTTTCCTC
TTGCCAGGAGAAGTTGCAGTTGTTTCCGATGCTGAACCGTTAAAGATGTCAAAGGTGTAC
GCATGTGATCTACCTGGCGATGTAGAATTGGTTATGAAGATTTTTGGTGGAGGAGAAATG
GAGCGTAAGATCATGGAGAAATCTGGATGTCTCAATTACGCGAGCACAACATGGAAGTCT
AAAAAACCTGGGATCTATGAAAGACGGGTTTCTTACAAATACAATCACACTGTCTCTGTG
TTTGGAGGCGGAGTTACCTGCTCGCAACAGAAATCTCCAGCTCCAAATGATGAAAGCTGG
ATCTTAAATGACATCGTAGCTCTTCATGATGTTCCATTTGGAGACATTTTCGCGTTCATC
TAAGTATGAAGTGAAAAA

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL8332Contig1 819 2 2 U
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ATGGTTTCCACCACTAAGATCAAGTCCGTTGATTTCTACAGAAAAATCCCAAGAGATTTG
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TTGTTTGGAATGGAGCTGAGTACTTATTTGGCAGTTACCACTCAAACATCTGTAATAGTT
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TCATGTGAATTTGCATCTGTTGATGTAAGCGACGTGTTGTCAACTAACAGGTTGAACCTA
ACGAAAGAAATAAAGAAAGTTCCAATCGATCCGCATTTAAGAGAAACTGGGGAGGAGTAC
CACCCCACCCCTAACTTAGATCTCATCCGCCATGGAGACGAACATCAGGTCGACGGCAAT
GCTTATGCTGCTATATCTTTAACTGGTGCTATTTTTGACAAGATTTCACATAAATTCCCA
ATTTTGGTTGTTAACTTCTACGCGCCATGGTGCTACTGGAGTAGTCGCTTGAGACCATCT
TGGGAGAAAGCAGCTGAGATTACAAGACAGAAATATGGTCCTGATAGTGATGGGCGTGTC
CTGCTTGGAAGTGTTGATTGCACTGAAGAACCTGCTCTATGTACAAAGTATCATATACAG
GCTATCCATCTATTCGTATCTTCCACAACGGTAGTGATC


BQ
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AF RR1CJ23TF U 1
AF RR1BC90TF U 3
BS 1 444 RR1CJ23TF
BS 445 819 RR1BC90TF

RD RR1CJ23TF 444 0 0
GGGATCAGAAAAAAAAAAGAAAAAGAAACAGAGATCACTGTTGTGTTCAAAAAAAAAAAA
AACAGAGATCACTGTCGAGATCTGCTTTTGTTTTAATTTTGTTTCTTCTTTGTCGCAGCC
ATGGTTTCCACCACTAAGATCAAGTCCGTTGATTTCTACAGAAAAATCCCAAGAGATTTG
ACAGAGGCATCTCTCTCCGGTGCTGGTTTGTCCATTGTAGCTGCCCTCGCTATGATGTTT
TTGTTTGGAATGGAGCTGAGTACTTATTTGGCAGTTACCACTCAAACATCTGTAATAGTT
GACAATAGCTCTGATGATGAATTCTTACAAATTGATTTCAATGTCAGCTTTCCTGCTCTC
TCATGTGAATTTGCATCTGTTGATGTAAGCGACGTGTTGTCAACTAACAGGTTGAACCTA
ACGAAAGAAATAAAGAAAGTTCCA

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR1BC90TF 817 0 0
GATCAGAAAAAAAAAAGAAAAAGAAACAGAGATCACTGTTGTGTTCAAAAAAAAA*****
CAGAGATCACTGTCGAGATCTGCTTTTGTTTTAATTTTGTTTCTTCTTTGTCGCAGCCAT
GGTTTCCACCACTAAGATCAAGTCCGTTGATTTCTACAGAAAAATCCCAAGAGATTTGAC
AGAGGCATCTCTCTCCGGTGCTGGTTTGTCCATTGTAGCTGCCCTCGCTATGATGTTTTT
GTTTGGAATGGAGCTGAGTACTTATTTGGCAGTTACCACTCAAACATCTGTAATAGTTGA
CAATAGCTCTGATGATGAATTCTTACAAATTGATTTCAATGTCAGCTTTCCTGCTCTCTC
ATGTGAATTTGCATCTGTTGATGTAAGCGACGTGTTGTCAACTAACAGGTTGAACCTAAC
GAAAGAAATAAAGAAAGTTCCAATCGATCCGCATTTAAGAGAAACTGGGGAGGAGTACCA
CCCCACCCCTAACTTAGATCTCATCCGCCATGGAGACGAACATCAGGTCGACGGCAATGC
TTATGCTGCTATATCTTTAACTGGTGCTATTTTTGACAAGATTTCACATAAATTCCCAAT
TTTGGTTGTTAACTTCTACGCGCCATGGTGCTACTGGAGTAGTCGCTTGAGACCATCTTG
GGAGAAAGCAGCTGAGATTACAAGACAGAAATATGGTCCTGATAGTGATGGGCGTGTCCT
GCTTGGAAGTGTTGATTGCACTGAAGAACCTGCTCTATGTACAAAGTATCATATACAGGC
TATCCATCTATTCGTATCTTCCACAACGGTAGTGATC

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL8333Contig1 1043 2 2 U
GGTAAGGCAGGGAATATTTCAACACGATGACTCAAGAGTATGGTGTAATACCAAACTCAC
AGCACTACGCTTGTATGGTAGATCTTCTTGGTCGAGCCGGGCTTTTAGAAGAAGCTCACA
GTCTAATGAAAGAAATGCCCTTTGAGCCAGACGGCGCAATATGGGGAACTTTACTTGGTG
CAAGCAGAGTCCATGGAAACACTGAGCTAGCTGAGATAGCTGCAGACAAGATTTTTGCAA
TGGAGCCTGAAAACTCCGGAATGTACGTCCTTCTCTCCAATCTCTACGCTTCTTTAGGTC
GATGGGGAGATGTAAGTAAGTTGCGAGTGAGAATGCGTGACAAAGGAGTCAAGAAAGCTA
CAGGGTACAGTTGGATTGAGATACAGAACAAGACACATACATTCTCCGTTGGGGATGAGT
TCCACGCCGAGAGAGACGAGATCTATGCGTTTATGGAGGATCTTGATTTGAGGATGAAGA
AAGCAGGGTATGTTTCGAAGACGAGCGTGGTTCTTCATGATGTAGAGGAAGAAGAGAAGG
AGCGTATGGTTAGGTACCATAGTGAGAGACTAGCTGTGGCGTATGGGATAATGCGTGTGC
CTCAAGGGAAACCGATCCGTGTGATAAAGAACCTGCGTGTGTGTGAGGATTGTCATAGTG
CCATCAAGTGTATGGCGAAAATCACAGGGAGAGTGATTATTCTGAGGGATAATAATAGGT
TTCACCATTTTAGGGATGGTTCATGCTCTTGTGGAGATTACTGGTGAAGTTGATGATGAT
TTTACTAACCGAGATCAGATATTTAAAGTGGAATGGCTTTTGTCTTGGTTTTGCAGAAGG
AAGTGTTGTGCATGGTATGTGTGTGTCCTTCTTCTCTCTTACCAAAGATGAGTACGAGAA
TGAAGAAAGCGTTCGTGTTTATTATAGTGGTGCAACGAGTAGCTACTTACCATTGATTCA
GAAACCTTTGGTATTAAGCTGGCTCTCGTTGCTGATATATGTTGTCAATTGATTTCGAAT
GGATTTTGAAATTTATGGCCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BF92TF U 1
AF RR1BF92JQ C 239
BS 1 788 RR1BF92TF
BS 789 1043 RR1BF92JQ

RD RR1BF92TF 788 0 0
GGTAAGGCAGGGAATATTTCAACACGATGACTCAAGAGTATGGTGTAATACCAAACTCAC
AGCACTACGCTTGTATGGTAGATCTTCTTGGTCGAGCCGGGCTTTTAGAAGAAGCTCACA
GTCTAATGAAAGAAATGCCCTTTGAGCCAGACGGCGCAATATGGGGAACTTTACTTGGTG
CAAGCAGAGTCCATGGAAACACTGAGCTAGCTGAGATAGCTGCAGACAAGATTTTTGCAA
TGGAGCCTGAAAACTCCGGAATGTACGTCCTTCTCTCCAATCTCTACGCTTCTTTAGGTC
GATGGGGAGATGTAAGTAAGTTGCGAGTGAGAATGCGTGACAAAGGAGTCAAGAAAGCTA
CAGGGTACAGTTGGATTGAGATACAGAACAAGACACATACATTCTCCGTTGGGGATGAGT
TCCACGCCGAGAGAGACGAGATCTATGCGTTTATGGAGGATCTTGATTTGAGGATGAAGA
AAGCAGGGTATGTTTCGAAGACGAGCGTGGTTCTTCATGATGTAGAGGAAGAAGAGAAGG
AGCGTATGGTTAGGTACCATAGTGAGAGACTAGCTGTGGCGTATGGGATAATGCGTGTGC
CTCAAGGGAAACCGATCCGTGTGATAAAGAACCTGCGTGTGTGTGAGGATTGTCATAGTG
CCATCAAGTGTATGGCGAAAATCACAGGGAGAGTGATTATTCTGAGGGATAATAATAGGT
TTCACCATTTTAGGGATGGTTCATGCTCTTGTGGAGATTACTGGTGAAGTTGATGATGAT
TTTACTAA

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1BF92JQ 805 0 0
AATGGAGCCTGAAAACTCCGGAATGTACGTCCTTCTCTCCAATCTCTACGCTTCTTTAGG
TCGATGGGGAGATGTAAGTAAGTTGCGAGTGAGAATGCGTGACAAAGGAGTCAAGAAAGC
TACAGGGTACAGTTGGATTGAGATACAGAACAAGACACATACATTCTCCGTTGGGGATGA
GTTCCACGCCGAGAGAGACGAGATCTATGCGTTTATGGAGGATCTTGATTTGAGGATGAA
GAAAGCAGGGTATGTTTCGAAGACGAGCGTGGTTCTTCATGATGTAGAGGAAGAAGAGAA
GGAGCGTATGGTTAGGTACCATAGTGAGAGACTAGCTGTGGCGTATGGGATAATGCGTGT
GCCTCAAGGGAAACCGATCCGTGTGATAAAGAACCTGCGTGTGTGTGAGGATTGTCATAG
TGCCATCAAGTGTATGGCGAAAATCACAGGGAGAGTGATTATTTTGAGGGATAATAATAG
GTTTCACCATTTTAGGGATGGTTCATGCTCTTGTGGAGATTACTGGTGAAGTTGATGATG
ATTTTACTAACCGAGATCAGATATTTAAAGTGGAATGGCTTTTGTCTTGGTTTTGCAGAA
GGAAGTGTTGTGCATGGTATGTGTGTGTCCTTCTTCTCTCTTACCAAAGATGAGTACGAG
AATGAAGAAAGCGTTCGTGTTTATTATAGTGGTGCAACGAGTAGCTACTTACCATTGATT
CAGAAACCTTTGGTATTAAGCTGGCTCTCGTTGCTGATATATGTTGTCAATTGATTTCGA
ATGGATTTTGAAATTTATGGCCAAG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL8334Contig1 786 2 2 U
TTTTTTGAATCCACAGAGAGTTGGTTTGTTGGATTCATCAATTTCGAATCAATCTTCAAT
CTCGACTATCAATCGAGGGAGAAGAGAAGAGAAGGGATCTTTCGGTGGGAGAAGCTAAGC
GAGCGAAGCGATGATAACAAGATCGAATCTGGCGGAGCAGCTGAGGGAATACCAGATTCG
ATCGAAGCACGATTGGGCGTCTGTCTCCTTCTTCTCGTCAACCTCGAGCTTTTCTTCGTC
TAGGGTGGATGTTGTAGTGTTTGTCATCTGGGAGCTAGTCATCTTAGCCTTCTTAGTCTT
CTCTGCCGTTTCCTTGTACTTCAAACGATTGCAGCTCGCCTTCATCTTGGTATGCGTCAC
TTTGCTACTTCTTGTTTGCATGAAGGTCACCAAGCAGGTGAGATCAGCCAGGAAGAAGAA
GCGAAGGATGCTTCTTCCACTTTCTATGTAAAGAAACACCAAACAAACCCCCATCGATCA
TGAGAGAAGTTGCAACTCTCTTTTTTTTTCTTCTTCACAAAAACTCACCTCCTGGTTCAC
AATTATAACGGATGAAGATGACAGTTATGCTTACGGCAGGAGGATTGAGTCATGTCAGGG
TGACTCAGCCCGGCAATCTTAGGCTTTAGGGTTTTTAGAGTCTGACTTATCATTTTTTTT
CTGATTAGCATTTTGGCTTTGTTCAGGGGAAATAATGTGTTGAAAATTAAAGAGTTATTA
TGTTTCATGTGTAATTGTGGTTGTGAAATTCAGACAAATGAGAAAAATAATATCGAAGCT
TTCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1DC80TF U 1
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BS 1 594 RR1DC80TF
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AATTATAACGGATGAAGATGACAGTTATGCTTACGGCAGGAGGATTGAGTCATG

QA 1 594 1 594
DS 

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ATCATTTTTTTTCTGATTAGCATTTTGGCTTTGTTCAGGGGAAATAATGTGTTGAAAATT
AAAGAGTTATTATGTTTCATGTGTAATTGTGGTTGTGAAATTCAGACAAATGAGAAAAAT
AATATCGAAGCTTTCATC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

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TGAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1DL40JQ C 1
AF RR1DL40TF U 1
BS 1 546 RR1DL40TF

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TGAAGC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1DL40TF 546 0 0
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GCCACTCGGGAGCGTGGTAACTCAGGGATGCCACGCGTCAGTTGCGGCGATCTGGTCGTT
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TGAAGC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8336Contig1 742 2 3 U
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TATTCTTTTTTGCAAACTCAAACAATTTTGATGTTCTTGGGTCAATATCATAGGGCATAT
GTGAGGTTTGCTTCTATAAGTAATTGTAATCTCCGATTTATCTTTACAAGATAAACTTAA
ATACTATACTTTTTTTGATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A811JQ C 1
AF RR1EE49TF U 177
BS 1 177 RR1A811JQ
BS 178 736 RR1EE49TF
BS 737 742 RR1A811JQ

RD RR1A811JQ 742 0 0
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TATTCTTTTTTGCAAACTCAAACAATTTTGATGTTCTTGGGTCAATATCATAGGGCATAT
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ATACTATACTTTTTTTGATACC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR1EE49TF 560 0 0
G
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TCTTATTCTTTTTTGCAAACTCAAACAATTTTGATGTTCTTGGGTCAATATCATAGGGCA
TATGTGAGGTTTGCTTCTATAAGTAATTGTAATCTCCGATTTATCTTTACAAGATAAACT
TAAATACTATACTTTTTTT

QA 2 560 2 560
DS 



AS 1 2

CO CL8337Contig1 1188 2 2 U
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GGAGAACAGAGAGGCGTTGTTCGAAACTATTGGATACGAGAGATGTCTCGAGTTAGGTCT
CGGTGAAATGGGGGAGGAAGTTGCTGGTAAGCTAACCGAAGACGAGGAGGATCTATTCCA
CGAGGTTGTTTACTCCAACCCGGTTTCGCTAGACCGGGATTTCTGGAAAGAACTAAAGTC
TGCGTTTCCTTCACGGACCATGAAGGAGATTGTGAGCTATTACTTCAACGTCTTCATCCT
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GTGGCAAGTAGAGTATGACAACACGTTTCAGCGTCCCGAAACTCCGGGAAAGAGCCTCTC
AAGAGTTGAAGAAGACGAGGAAGAAGAGGTGAATACTGAAGAAGATTCATGCATGTCCTA
TGACTTCAAGTCCAATACATTCTTCACTCGGTGTCCAGTTAGAAAGAGAGAAGAGTCCAA
CGTTGGGAACTACTGGCGCCACTGCAATGATCTTGTGGAGGATCATCATCCGTATTCATT
TGATCCTTGTGATTCGATACTAGCAGATCAGTTTTGGAGTAAGAACATTGATCTTCTTCC
AACTTCGAACATCATCGACGAGATCTTTGGTCAAGACCCATGGGATGATGATTTCTTTAG
GGGAAAGTAAGATGAAGAAGAAGGTCTGCAATCTTCTTCATTTGTTACTCTCTACCTCTA
GTTCTGAATCTTGTGTATGTAAATGCTTTTATTTAAAAGACAATCCCAAGTTTGGAAGTT
TTCAGGGAGTTCTCTGTATAGTGTAACCCCTGCAGTCTTTTTTGTATTTTTAACCTTTTT
GTAAATTAGAATTAGATTTTTCTTGTAAGAAGAAGCAAAAATCTTCAG


BQ
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AF RR1B519TF U 1
AF RR1B519JQ C 315
BS 1 861 RR1B519TF
BS 862 1188 RR1B519JQ

RD RR1B519TF 861 0 0
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TGCGTTTCCTTCACGGACCATGAAGGAGATTGTGAGCTATTACTTCAACGTCTTCATCCT
GCGAAGACGAGCTGTACAGAATCGGTCTAGAAGCCTGGACATCGATAGTGATGATGACGA
GTGGCAAGTAGAGTATGACAACACGTTTCAGCGTCCCGAAACTCCGGGAAAGAGCCTCTC
AAGAGTTGAAGAAGACGAGGAAGAAGAGGTGAATACTGAAGAAGATTCATGCATGTCCTA
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TGATCCTTGTGATTCGATACT

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DS 

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AGGAAGTTGCTGGTAAGCTAACCGAAGACGAGGAGGATCTATTCCACGAGGTTGTTTACT
CCAACCCGGTTTCGCTAGACCGGGATTTCTGGAAAGAACTAAAGTCTGCGTTTCCTTCAC
GGACCATGAAGGAGATTGTGAGCTATTACTTCAACGTCTTCATCCTGCGAAGACGAGCTG
TACAGAATCGGTCTAGAAGCCTGGACATCGATAGTGATGATGACGAGTGGCAAGTAGAGT
ATGACAACACGTTTCAGCGTCCCGAAACTCCGGGAAAGAGCCTCTCAAGAGTTGAAGAAG
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ATACATTCTTCACTCGGTGTCCAGTTAGAAAGAGAGAAGAGTCCAACGTTGGGAACTACT
GGCGCCACTGCAATGATCTTGTGGAGGATCATCATCCGTATTCATTTGATCCTTGTGATT
CGATACTAGCAGATCAGTTTTGGAGTAAGAACATTGATCTTCTTCCAACTTCGAACATCA
TCGACGAGATCTTTGGTCAAGACCCATGGGATGATGATTTCTTTAGGGGAAAGTAAGATG
AAGAAGAAGGTCTGCAATCTTCTTCATTTGTTACTCTCTACCTCTAGTTCTGAATCTTGT
GTATGTAAATGCTTTTATTTAAAAGACAATCCCAAGTTTGGAAGTTTTCAGGGAGTTCTC
TGTATAGTGTAACCCCTGCAGTCTTTTTTGTATTTTTAACCTTTTTGTAAATTAGAATTA
GATTTTTCTTGTAAGAAGAAGCAAAAATCTTCAG

QA 1 874 1 874
DS 



AS 1 2

CO CL8338Contig1 547 2 1 U
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TTGCGCTTAAATACATCATCATGTTAACCTTTTTCTTAATCCTCAACTCCAAAGAAATAT
TTTCATCACGACTGAGATCATCCAAGGCTAAAATAGCTCAGATTAGTGCTGATGACTATC
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AGGAACCAATGGTGACGCCTCAGCCTGATTTGCCTCTCCTTCCGCCACCGCCAACATTTC
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CCGATAATTGGCTGCCTTCTGTCCCAAGTATCCCTCAAGGGTTTCCATAAACATTACTTG
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CAAGTTA


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AF RR1CD18JQ C 1
AF RR1CD18TF U 1
BS 1 547 RR1CD18TF

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TTGCGCTTAAATACATCATCATGTTAACCTTTTTCTTAATCCTCAACTCCAAAGAAATAT
TTTCATCACGACTGAGATCATCCAAGGCTAAAATAGCTCAGATTAGTGCTGATGACTATC
CATCTTCTGGTCGTAACTCACCGGTACACGACCTTGGCTTCCCTGACTTTCCGTCTTTCC
AGGAACCAATGGTGACGCCTCAGCCTGATTTGCCTCTCCTTCCGCCACCGCCAACATTTC
CCGATCTTGAAAAGGGTAGGTTTCCTGTACCGGTTTGGCACTCTCTCCCTGATTTCCCGC
CCTTACCGTTCTTAGATCAGCCCCCTCCTTCCGAACCATTTGGTCCAAGATTCGATGAAT
CCGATAATTGGCTGCCTTCTGTCCCAAGTATCCCTCAAGGGTTTCCATAAACATTACTTG
AGCTTTTTGTATCAGCTAATAAGTCGAAAAGTTATGTATGGTTCAAGGAAGTAATAAAAC
CAAGTTA

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1CD18TF 547 0 0
GGACAAACAGGACAAAACATCATCTTAGTCCACACTGTTACAAAATGGCTTCACTTTCAC
TTGCGCTTAAATACATCATCATGTTAACCTTTTTCTTAATCCTCAACTCCAAAGAAATAT
TTTCATCACGACTGAGATCATCCAAGGCTAAAATAGCTCAGATTAGTGCTGATGACTATC
CATCTTCTGGTCGTAACTCACCGGTACACGACCTTGGCTTCCCTGACTTTCCGTCTTTCC
AGGAACCAATGGTGACGCCTCAGCCTGATTTGCCTCTCCTTCCGCCACCGCCAACATTTC
CCGATCTTGAAAAGGGTAGGTTTCCTGTACCGGTTTGGCACTCTCTCCCTGATTTCCCGC
CCTTACCGTTCTTAGATCAGCCCCCTCCTTCCGAACCATTTGGTCCAAGATTCGATGAAT
CCGATAATTGGCTGCCTTCTGTCCCAAGTATCCCTCAAGGGTTTCCATAAACATTACTTG
AGCTTTTTGTATCAGCTAATAAGTCGAAAAGTTATGTATGGTTCAAGGAAGTAATAAAAC
CAAGTTA

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 2

CO CL8339Contig1 547 2 1 U
GGGAGGCGAAAGCGGATAGAAAGCGAGCTATCCACGGAGATCCACTCACCAATAAACTGA
AGAGCAGAGCTCCGGTTCTCTCCGTCTCCGGAAAACGTCAGAGAAAACTCCTCCGAAAAT
GGCGCCGAGAGCAGAAAGAGATGGTGGAGAAGGGTCTTGTAACCATGGAGGATGTGGAGA
TGGCTTCTGCTGATGCTGCATCAGAAGAATCAAAGAGATCCCCTAGAAAGTTTAGCGTGA
AGAAGACCTTGAAGCTTAAACTAAAGAATAAAAGGCAAGAAGAAGAGAAGCCAGGGAGCC
GCTGCTGGCCGAGTATCTGCTGCTGATCAGATGCTGGAATGAGTGTAAATCTTTGAATCA
GCATTGGATCTCATTTTTATAAGTTTTCCGAATCTTATAGTTTCTTCTAAAAAGATCTCA
TTTTGTATTCTGGCCGGGAATCGGGTTCTCGTTATATGTCAAATTTACAATACTACTACT
TCTGTCTCCGGACCTGTTCTATGACTTCTATTATTACATTACATTAGACATTAGATCTGT
CGTATCG


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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FY94JQ C 1
AF RR1FY94TF U 1
BS 1 547 RR1FY94TF

RD RR1FY94JQ 547 0 0
GGGAGGCGAAAGCGGATAGAAAGCGAGCTATCCACGGAGATCCACTCACCAATAAACTGA
AGAGCAGAGCTCCGGTTCTCTCCGTCTCCGGAAAACGTCAGAGAAAACTCCTCCGAAAAT
GGCGCCGAGAGCAGAAAGAGATGGTGGAGAAGGGTCTTGTAACCATGGAGGATGTGGAGA
TGGCTTCTGCTGATGCTGCATCAGAAGAATCAAAGAGATCCCCTAGAAAGTTTAGCGTGA
AGAAGACCTTGAAGCTTAAACTAAAGAATAAAAGGCAAGAAGAAGAGAAGCCAGGGAGCC
GCTGCTGGCCGAGTATCTGCTGCTGATCAGATGCTGGAATGAGTGTAAATCTTTGAATCA
GCATTGGATCTCATTTTTATAAGTTTTCCGAATCTTATAGTTTCTTCTAAAAAGATCTCA
TTTTGTATTCTGGCCGGGAATCGGGTTCTCGTTATATGTCAAATTTACAATACTACTACT
TCTGTCTCCGGACCTGTTCTATGACTTCTATTATTACATTACATTAGACATTAGATCTGT
CGTATCG

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR1FY94TF 547 0 0
GGGAGGCGAAAGCGGATAGAAAGCGAGCTATCCACGGAGATCCACTCACCAATAAACTGA
AGAGCAGAGCTCCGGTTCTCTCCGTCTCCGGAAAACGTCAGAGAAAACTCCTCCGAAAAT
GGCGCCGAGAGCAGAAAGAGATGGTGGAGAAGGGTCTTGTAACCATGGAGGATGTGGAGA
TGGCTTCTGCTGATGCTGCATCAGAAGAATCAAAGAGATCCCCTAGAAAGTTTAGCGTGA
AGAAGACCTTGAAGCTTAAACTAAAGAATAAAAGGCAAGAAGAAGAGAAGCCAGGGAGCC
GCTGCTGGCCGAGTATCTGCTGCTGATCAGATGCTGGAATGAGTGTAAATCTTTGAATCA
GCATTGGATCTCATTTTTATAAGTTTTCCGAATCTTATAGTTTCTTCTAAAAAGATCTCA
TTTTGTATTCTGGCCGGGAATCGGGTTCTCGTTATATGTCAAATTTACAATACTACTACT
TCTGTCTCCGGACCTGTTCTATGACTTCTATTATTACATTACATTAGACATTAGATCTGT
CGTATCG

QA 1 547 1 547
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8341Contig1 387 2 1 U
GGACAAATCTTCAACTCTCTCTCGTCTCTCTGTCTGCGACTCACATTCATCCAACTCTCT
CTAGCTATGTCAACATCCGAGAACAAAGTTGTAATCATCGACAGAGGACACCACAAGGAA
GAGGAAGAAAAAGAAGAAGGCTATGAAGCTTCCTATTGTCAAGGAAGGTGGTGAGACTCG
TTTGAAGAAGGAAGATGATGACGATGACGATGACGAATGAGGAGTAAAGGAAAAGAGCTC
AAGAGATTGAGTGTGTGTTGAGTACTGAATCTCTCATCTTTAAGAATAATGTTTTTAAGT
TAAACTGAGGACTTGTTTGGTGTGTGCTTTTGATGACTGATGGATCAGACTTGACTTTTC
ACTAGTGCTGTTTGTTTGGATCTCCCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AX51JQ C 1
AF RR1AX51TF U 1
BS 1 387 RR1AX51TF

RD RR1AX51JQ 387 0 0
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CTAGCTATGTCAACATCCGAGAACAAAGTTGTAATCATCGACAGAGGACACCACAAGGAA
GAGGAAGAAAAAGAAGAAGGCTATGAAGCTTCCTATTGTCAAGGAAGGTGGTGAGACTCG
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TAAACTGAGGACTTGTTTGGTGTGTGCTTTTGATGACTGATGGATCAGACTTGACTTTTC
ACTAGTGCTGTTTGTTTGGATCTCCCG

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR1AX51TF 387 0 0
GGACAAATCTTCAACTCTCTCTCGTCTCTCTGTCTGCGACTCACATTCATCCAACTCTCT
CTAGCTATGTCAACATCCGAGAACAAAGTTGTAATCATCGACAGAGGACACCACAAGGAA
GAGGAAGAAAAAGAAGAAGGCTATGAAGCTTCCTATTGTCAAGGAAGGTGGTGAGACTCG
TTTGAAGAAGGAAGATGATGACGATGACGATGACGAATGAGGAGTAAAGGAAAAGAGCTC
AAGAGATTGAGTGTGTGTTGAGTACTGAATCTCTCATCTTTAAGAATAATGTTTTTAAGT
TAAACTGAGGACTTGTTTGGTGTGTGCTTTTGATGACTGATGGATCAGACTTGACTTTTC
ACTAGTGCTGTTTGTTTGGATCTCCCG

QA 1 387 1 387
DS 



AS 1 2

CO CL8342Contig1 550 2 1 U
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ACATCAAGGCCTAGACGATGAAGCTAAATGCACCGAGTGTGAGAAGGAAGCTGTGAATGT
GTCGCTTGGAAACTTGCTTTCATACCCATTTGTGAGAGCTGAAGTAGTGAAGAACACATT
GGCGATAAGAGGAGCTCACTACAATTTCGTCAAAGGAACCTTCGATCTCTGGGAGCTCGG
TTTCAAGACCACTCCTGCTTATGCCTTCTCTTGAACATAACTCTTGTGAGATTTGCGCTT
TTCTCTCACAAAAGCTTTGACTGCATCCTTTCTTTCTTCTCATGTTGATTCTGATCTCAA
CTTTTTTTTTATCATTTCCTTATTTCAGACTTTCAACTTTGCTGCTTCTGTTTCAAAAAG
CTGTAAACAATAATACTCTGAACAACCTCTTAAGCTTTGTTTATTTCGTCTAAGTAACGT
GTTGTTCAAG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR1E738TF U 1
AF RR1A056TF U 2
BS 1 550 RR1E738TF

RD RR1E738TF 550 0 0
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CGACTTTATAGAAAATTGGGTGAAGATCGGTGCATCAGCAAGGAGCAAGATCAAGGAGGA
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GTCGCTTGGAAACTTGCTTTCATACCCATTTGTGAGAGCTGAAGTAGTGAAGAACACATT
GGCGATAAGAGGAGCTCACTACAATTTCGTCAAAGGAACCTTCGATCTCTGGGAGCTCGG
TTTCAAGACCACTCCTGCTTATGCCTTCTCTTGAACATAACTCTTGTGAGATTTGCGCTT
TTCTCTCACAAAAGCTTTGACTGCATCCTTTCTTTCTTCTCATGTTGATTCTGATCTCAA
CTTTTTTTTTATCATTTCCTTATTTCAGACTTTCAACTTTGCTGCTTCTGTTTCAAAAAG
CTGTAAACAATAATACTCTGAACAACCTCTTAAGCTTTGTTTATTTCGTCTAAGTAACGT
GTTGTTCAAG

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR1A056TF 547 0 0
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GACTTTATAGAAAATTGGGTGAAGATCGGTGCATCAGCAAGGAGCAAGATCAAGGAGGAA
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TCGCTTGGAAACTTGCTTTCATACCCATTTGTGAGAGCTGAAGTAGTGAAGAACACATTG
GCGATAAGAGGAGCTCACTACAATTTCGTCAAAGGAACCTTCGATCTCTGGGAGCTCGGT
TTCAAGACCACTCCTGCTTATGCCTTCTCTTGAACATAACTCTTGTGAGATTTGCGCTTT
TCTCTCACAAAAGCTTTGACTGCATCCTTTCTTTCTTCTCATGTTGATTCTGATCTCAAC
TTTTTTTTTATCATTTCCTTATTTCAGACTTTCAACTTTGCTGCTTCTGTTTCAAAAAGC
TGTAAACAATAATACTCTGAACAACCTCTTAAGCTTTGTTTATTTCGTCTAAGTAACGTG
TTGTTCA

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 2

CO CL8343Contig1 1115 2 6 U
CCTTGCACAAGAAACGAGCAAGAGACAAGTTCTGATTCTGGTCTCCAATGGCATCCTCTT
CTCTTGTTCGAATCGCCATCGTGGGAGACATCCATGGCTTCTGGGATCAAGATGAAGATC
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GGGTGAATGCGCCACTTGTGCGGAGCGTTGCTGCTCTTCCTTTCCCTAAAGCTGTTATAT
TGGGCAATCGTGATGCTTGGAGCACCCCCCAGGACTCGAAAGATAAAGATAACGATGTTC
TTATGCAACTTGATATCCTTGGTGATGAGCACGTAGGATATCAACGCATGGACTTCCCCT
CACTTAAGCTCAGTGTTGTTGGTGCTCGCCCCTTTTCACATGGGGGTAATAAACTGTTTC
AGAAAAAACTGCTTGCCCAGAGGTATGGAGTTCGTAACTTGAATGCCAGTGCTGGGAGTA
TTTGTCGAGCTGCACATGGAACACCGAAAGATCATGGGGTTATAGTTCTTGCGCATAACG
GGCCAACAGGTCTTGGTTCTCAGGCAGAGGATATATGTGGAAGAGACTGGTCTGTCGAAG
GCGGTGACCATGGTGATCCAGATCTAGAGCAGGCGTTATGCCAGTTGAAGGAGACGACGG
AGTTGTCTGTTCCTTTAGTTGTGTTTGGACACATGCATAAAGAGCTTGACGGTGGGAAAG
GAAACCGAAAAATGCTTGTGCAAGATAGCGACAACAAGACTGTTTATCTGAACGGTGCAA
TAGTCCCGAGGGTTAAAGAGACAAATGAAACACCGGCGGAGTCTGCGAGTGGCGGCACAG
TAAGAGCTTTTACATTGGTGGAGATTTTAGATGGAAAGATCAAGAAAGTAGTAGAAAGTT
GGGTACAAGTAACAGGAAATGTGGCCAAGGTTGTTGAGGAAATTACATTGTTCGAGGATT
CAACTTGATTTATCAGGGAAACTGTGTTGTTCTCTTGTGTTGTTCAATTGTCAGCTCAAC
AATTATGCATCCTTTAATTCATTAATGATCAGTTTAATTTAACTATGTAAATACTCGTGC
TATTTGAGGTTTCCTGTATGTGGAATCAGTTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AU70TF U 1
AF RR1AU70JQ C 232
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QA 10 884 10 884
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AR34JQ C 1
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TTATTAC

QA 1 547 1 547
DS 



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BQ
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AF RR1D064TF U 1
AF RR1D064JQ C 220
BS 1 308 RR1D064TF
BS 309 890 RR1D064JQ

RD RR1D064TF 308 0 0
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GGAAGAGCAGAATAAAGAGCACTCCTGGATCTGGTGAGGCTTCTTGAGAGGGCAAGTCAA
AAATCTGTTGCAGAAGGTTGAAGAAGGAGAAGGACATGTTATTAAAAAGATATCAGTTGA
ATCTCGTCCCTTCATCCATCTCGTTACCTCTCCCATGGGACTCCTCGCCCCGACTCCGGC
CAACACCCCACAAGTTCTCGATGGAGTGCAGATTGTGATCGCATCTCCCGTTGTTTCGGA
ACAGCTGA

QA 1 308 1 308
DS 

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CGCATCTCCCGTTGTTTCGGAACAGCTGAGAGCAGCAGCAGCACCATCTTCTCAGGTGGA
GAAAGATGAGAGGTTGGACAATAGTCCGAGCATAACGAGGTCATTGCTGCTGGATTTTAG
TGATAAGTCAGAGCTATGGGAGAGCTCATCTGTGGTGACTCAGCAGAACCCAGAGGATGA
TAACTCCTCGGTGTGGTCGATGCAAGTCAACGCGAGTACCAAAGACGAAGAGGATGATGA
AGAGGAAGTGGTGTATTCTTATTCTTACAGGGAGGAAGAGGAATACTACGAGGAGGAGGA
GGGAGGAGATGTGGAAGGGTTATGCGAGGGAATGAGGAAGATGAGGTTCACAGGGAAGCA
CACTCGGTTTGTGTACGACAGTGATCTTGAAGAGATGGTGGAGGCTGAAGAGCAAACTCC
TCCTGGACTGTTGCGTTTCAAAGTTTTCCCCACACCTACAGGAAAACATCATGTCAGATT
TGACCAAGACGACGACGATGAGTGATAATAACAACAACTCCCATTTTTTGAGTTGTGGAC
AAAAAGCCTCTCAAATGTCTCAACTTTTCAATATAATTGTTTTTGTTTTGGGGCTGTTGT
TACTACATAGT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL8346Contig1 560 2 2 U
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GCAGAGCCAATTACTTGGGAGATCTTCTGCCAATCAAAGCTGACGGCACTTAGCGCACAA
GCGGTGCTTCGTGTCACCAATGTTGTGGCAGTGACTGCTCGGGAGGGTTTGGTCACTGCA
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CTACGATCGATCATACAGTTGCATGGTATTCTCCGGCCATGATCTACCGAATTGGAAAAT
TATGGACCGGTATAGAGAGTGAAAACCGGTTATTAAAAATCTTTGGTTATTTTTCTTCCT
TTTGTGAGTGAGATTCGTCTCTCAATCAGAGTCTTCATCAGTGACTTTCTTTTTTTCCCT
TATGTGTATATATCTATACCAAGATTTGGTAAGATGGTTTGAATCGTTTGGTTTAATCCA
AGTTGGTCGGATTCTTTGAC


BQ
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AF RR1BZ04JQ C 1
AF RR1BZ04TF U 14
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BS 14 560 RR1BZ04TF

RD RR1BZ04JQ 560 0 0
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GCAGAGCCAATTACTTGGGAGATCTTCTGCCAATCAAAGCTGACGGCACTTAGCGCACAA
GCGGTGCTTCGTGTCACCAATGTTGTGGCAGTGACTGCTCGGGAGGGTTTGGTCACTGCA
GGTTCATCGTCTTCATCCCAGTTATAAGCCTTCTCTCTACTATTCTTTTTAAACCGTTTG
CTACGATCGATCATACAGTTGCATGGTATTCTCCGGCCATGATCTACCGAATTGGAAAAT
TATGGACCGGTATAGAGAGTGAAAACCGGTTATTAAAAATCTTTGGTTATTTTTCTTCCT
TTTGTGAGTGAGATTCGTCTCTCAATCAGAGTCTTCATCAGTGACTTTCTTTTTTTCCCT
TATGTGTATATATCTATACCAAGATTTGGTAAGATGGTTTGAATCGTTTGGTTTAATCCA
AGTTGGTCGGATTCTTTGAC

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR1BZ04TF 547 0 0
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AACATGAGGCATCATCATCATCGCCAGAGGAAGAGCAAGCCCCAGAGGCAGAGCCAATTA
CTTGGGAGATCTTCTGCCAATCAAAGCTGACGGCACTTAGCGCACAAGCGGTGCTTCGTG
TCACCAATGTTGTGGCAGTGACTGCTCGGGAGGGTTTGGTCACTGCAGGTTCATCGTCTT
CATCCCAGTTATAAGCCTTCTCTCTACTATTCTTTTTAAACCGTTTGCTACGATCGATCA
TACAGTTGCATGGTATTCTCCGGCCATGATCTACCGAATTGGAAAATTATGGACCGGTAT
AGAGAGTGAAAACCGGTTATTAAAAATCTTTGGTTATTTTTCTTCCTTTTGTGAGTGAGA
TTCGTCTCTCAATCAGAGTCTTCATCAGTGACTTTCTTTTTTTCCCTTATGTGTATATAT
CTATACCAAGATTTGGTAAGATGGTTTGAATCGTTTGGTTTAATCCAAGTTGGTCGGATT
CTTTGAC

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 2

CO CL8347Contig1 923 2 4 U
GGAAAACCAAAAAAAATCTCAGGAGCCATGGCGATCGCTTCAACCTCCACTCTTATCTTC
TCCTGCGCCAAACCCGATCTCCGCCCAATTCCCTCCCATTTTCGTTCTTCTTCTCCGTCT
CCATCTCCCGTCGTAAGTCAGCTCCGTGGCTGTAGCTTAACCCATGACCCCATCTCTCTG
TCGGGTCTCATCGGAACCGGTTTGGTGGCTGCAACGTTCATGGCGGGAGGAGGACCAGAT
AGTACTGCTATGGCTGCGGTTGATGCTCTTCACCTAAGCGAACCGGCTAATGCGTTGTCT
TTACCCACTTGGGCTGTTCATGTTTCCAGCGTCGTCGAATGGATTACGGCGATGGCGTTG
GTATGGAAATACGGAGAAAGAAAGGGTTACGAGTCGTGGAAAGGTCTCTCGTGGGGAATG
GTGCCTTTGCTTGGTGGAGCTCTTTGCGCATGCACATGGCATTTCTTTTACAATTCTGAA
TCTCTTGAGGTGCTGGTCGCGCTTCAGGGAGCACTAACTGTGATTGGTAATATTACTTTG
TGCATCGCTGCCTTTAGGATCAACAAGTCTGCATCCAAAATGGAAACCTCTGAAAAGCCG
TGAGGGTGCTAAGCACACATGCATCTTTGTGTTTAAAATAAGGTCAAAGGGATGATATGT
TTTCAATAGTTTCTGAAGGCAGGAATCCGAGTGTAACGTTCTTGGAGAGTCGTGAGTTAG
AGAAGCAATTAGCTCTTTGGATGTGGTATTACCGGAAAGATGATTGTTTTATATCTCTTG
ATTGCTCTAAACATGTTTCTTGAGCGTGTGTGTATATCGCGTGTGTGTGTATCTATATTA
TTAGAAGTATCAAAATAAATTACTCCTTCATTTTTCAACTCGATTCACATTCCATTGAAG
TAATAAATTTAATACTTACTTTT


BQ
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AF RR1FE54TF U 1
AF RR1FE54JQ C 122
BS 1 595 RR1FE54TF
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BS 676 923 RR1FE54JQ

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TCCTGCGCCAAACCCGATCTCCGCCCAATTCCCTCCCATTTTCGTTCTTCTTCTCCGTCT
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TCGGGTCTCATCGGAACCGGTTTGGTGGCTGCAACGTTCATGGCGGGAGGAGGACCAGAT
AGTACTGCTATGGCTGCGGTTGATGCTCTTCACCTAAGCGAACCGGCTAATGCGTTGTCT
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GTATGGAAATACGGAGAAAGAAAGGGTTACGAGTCGTGGAAAGGTCTCTCGTGGGGAATG
GTGCCTTTGCTTGGTGGAGCTCTTTGCGCATGCACATGGCATTTCTTTTACAATTCTGAA
TCTCTTGAGGTGCTGGTCGCGCTTCAGGGAGCACTAACTGTGATTGGTAATATTACTTTG
TGCATCGCTGCCTTTAGGATCAACAAGTCTGCATCCAAAATGGAAACCTCTGAAA*GCCG
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TTTCAATAGTTTCTG

QA 1 675 1 675
DS 

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CGGGTCTCATCGGAACCGGTTTGGTGGCTGCAACGTTCATGGCGGGAGGAGGACCAGATA
GTACTGCTATGGCTGCGGTTGATGCTCTTCACCTAAGCGAACCGGCTAATGCGTTGTCTT
TACCCACTTGGGCTGTTCATGTTTCCAGCGTCGTCGAATGGATTACGGCGATGGCGTTGG
TATGGAAATACGGAGAAAGAAAGGGTTACGAGTCGTGGAAAGGTCTCTCGTGGGGAATGG
TGCCTTTGCTTGGTGGAGCTCTTTGCGCATGCACATGGCATTTCTTTTACAATTCTGAAT
CTCTTGAGGTGCTGGTCGCGCTTCAGGGAGCACTAACTGTGATTGGTAATATTACTTTGT
GCATCGCTGCCTTTAGGATCAACAAGTCTGCATCCAAAATGGAAACCTCTGAAAAGCCGT
GAGGGTGCTAAGCACACATGCATCTTTGTGTTTAAAATAAGGTCAAAGGGATGATATGTT
TTCAATAGTTTCTGAAGGCAGGAATCCGAGTGTAACGTTCTTGGAGAGTCGTGAGTTAGA
GAAGCAATTAGCTCTTTGGATGTGGTATTACCGGAAAGATGATTGTTTTATATCTCTTGA
TTGCTCTAAACATGTTTCTTGAGCGTGTGTGTATATCGCGTGTGTGTGTATCTATATTAT
TAGAAGTATCAAAATAAATTACTCCTTCATTTTTCAACTCGATTCACATTCCATTGAAGT
AATAAATTTAATACTTACTTTT

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL8348Contig1 552 2 1 U
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TCTGAAACAAAGCTTGCGACGGTATGTGAAAAGATTGTTGATAGATGTTTGGCTCCAGAC
ACTGCGAGTGGTGAAGGTTGTGATAATATGACCATCATCTTGGTCCAGTTCAAGAAGCCT
AATCCATCCGAGACCACCGAAGCAGAAGCAAAAGAAGAAATTAAAACAGAACCAAGCCAG
GAAGAGGCCCAGGACGAGCCTAGCTCATCAAGCTAAATGTCCTGAAGTGTAGCCAAGGGG
GAGATTTGAATGTCTTTATATATCATTTGTGGTTCAACATTGAAAAATGCTTTTGAGTGG
GTTAGAGAAGCAGAAGCTGGCATTTATTGGGATTTCAGTTTTTTGTTTTTTCCTCAGTTT
TCACAGCTTCTCTTTACACTCAGACTCTGGTTCTATCGGTTCCTGTAATCAGAAAAAAAC
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CTGATTTGTGGG


BQ
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AF RR1CW37JQ C 1
AF RR1CW37TF U 1
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TCACAGCTTCTCTTTACACTCAGACTCTGGTTCTATCGGTTCCTGTAATCAGAAAAAAAC
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CTGATTTGTGGG

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1CW37TF 552 0 0
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AATCCATCCGAGACCACCGAAGCAGAAGCAAAAGAAGAAATTAAAACAGAACCAAGCCAG
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GAGATTTGAATGTCTTTATATATCATTTGTGGTTCAACATTGAAAAATGCTTTTGAGTGG
GTTAGAGAAGCAGAAGCTGGCATTTATTGGGATTTCAGTTTTTTGTTTTTTCCTCAGTTT
TCACAGCTTCTCTTTACACTCAGACTCTGGTTCTATCGGTTCCTGTAATCAGAAAAAAAC
GACTTTGTATAGCTGTCTTGTGATTTGTGGGAAAAATGTTGTTTAGGATATTTTTATATT
CTGATTTGTGGG

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

CO CL8349Contig1 1171 2 8 U
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AAAGTGGTTATTCTTGGACAAGCAGGGGACTTGGTCCTACTCAAATGAAGAGGGAAGTAA
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TTCTTCTTGCATTGCAACAAAGCCACTCAGCTCTGAAAACAAAACTTCATCTGATGAAAG
CCTAAGACGTACCTCGTCACTCAGTGTGAACCAGCATAGCACACAGGAGACTATCTCTGA
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AGACGCTTCTTGGTTTCATAACCAAGCAGAGAGCTTCTGTGGTCAGACAAGATATATGGA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BJ70TF U 1
AF RR1BJ70JQ C 324
BS 1 749 RR1BJ70TF
BS 750 750 RR1BJ70JQ
BS 751 803 RR1BJ70TF
BS 804 804 RR1BJ70JQ
BS 805 854 RR1BJ70TF
BS 855 855 RR1BJ70JQ
BS 856 893 RR1BJ70TF
BS 894 1171 RR1BJ70JQ

RD RR1BJ70TF 893 0 0
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AAAGTGGTTATTCTTGGACAAGCAGGGGACTTGGTCCTACTCAAATGAAGAGGGAAGTAA
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TTCTTCTTGCATTGCAACAAAGCCACTCAGCTCTGAAAACAAAACTTCATCTGATGAAAG
CCTAAGACGTACCTCGTCACTCAGTGTGAACCAGCATAGCACACAGGAGACTATCTCTGA
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AGACGCTTCTTGGTTTCATAACCAAGCAGAGAGCTTCTGTGGTCAGACAAGATATATGGA
ACCACCTGGTTTCATAAAGTCATACACAAACCCGCCACTTGTTGGGATGTCTTCTTCTGA
GTGGTTACGCACGTACAGAGAGAGTAGGA*TGTTGGACCAGCCTATTCCTATCATCAAGC
TCAGGGGACAGACAATCTGAGGA*CTTCTTGGCTCATGGGTCTTCTTCCAAGTTCAGTCT
CTTAGCAAAGTACG*TACACCAAATGATCAATCGATGATCACTTGTGAAAACT

QA 1 893 1 893
DS 

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TTGAGAACACCGAACCGCAGCTAGAAGAAGGCACAGTCTCAGGAAGATCTCCATCACTAA
GCGCGTGGGTGGTTGACAAGAACAAAGAGAATGGAGGAGTAAGTAATCCAAAAGGGTTAA
GCACTATTGATGAAACAAGTCCTGTCACATCCTTTGATAGTCTCTCAACTTCTTTGTATT
ATTCACCTCCTACTCCATCTGCTCCATTACTTCCTGAAGACGCTTCTTGGTTTCATAACC
AAGCAGAGAGCTTCTGTGGTCAGACAAGATATATGGAACCACCTGGTTTCATAAAGTCAT
ACACAAACCCGCCACTTGTTGGGATGTCTTCTTCTGAGTGGTTACGCAGGTACAGAGAGA
GTAGGAATGTTGGACCAGCCTATTCCTATCATCAAGCTCAGGGGACAGACAATCTGAGGA
ACTTCTTGGCTCATGGGTCTTCTTCCAAGTTCAGTCTCTTAGCAAAGTACGGTACACCAA
ATGATCAATCGATGATCACTTGTGAAAACTCATTGTTTCATCCTCAGCTTTACAATGAAA
CTAGAGGAGAGAAGGTCTGCAACGGTCAAGAAAGTACAAGAAACGCTTATGGATTCAGTG
ATGATCCTGGACCGTTTCTTCGGTACTTGAGAGAGAAAGAGTGGCTGAATGAGAATGGTG
AGAGGTTAAGAGAAGGTTGTAAGTGAGTGACTTACAAAAAACTGTCTCAAAGTTGGCAAA
GTTGTAAACAAACCTATAGTTATTGTCTTGTCTCCTTGTGTTGCAAATCTTTTCAAGAGA
ATGAAAGC

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 2

CO CL8350Contig1 1020 2 10 U
GGGCTGTTTCGAAATTATTCCCAACTGAAGCGACGGGCGTTCCCATTAGGGTTTCTGGAG
AGTGAGAATCTAAAAAAATCATGTACGGAGGCGAGTTTGACGGTAACGCCGCTTTCGCCG
GCGGCGGTTTCATGCCTTCTCAGTCAAACACGCAAGCGCCTGAGTCCTCATCTGCTTTCA
GGAACCGGGATGCGCGTACGTTGCTTCCTCTGACGTTGAAGCAATTGAATAGTGTTTCAA
CCAGTGGTGAATCGAATTTCTCCATAGACGGCGTTGATATCAACACTGTTGCAATTGTCG
GACGAGTTTCTAGAATTGAGAACCGAATCACACAGGTTGATTTTGTTGTAGATGATGGTA
CTGGCTGCGTTGAATGCATCAGATGGTGTCATGAACGCCAAGAAACTGAAGAAATGGAAG
CTGTCAGGTTGGGAATGTATGTTCGCCTACATGGACACCTGAAAAGCTTTCAGGGGAAGC
GATCTATGAATGTTTTCTCAGTCAGGCCTGTCACTGACTTCAACGAGATTGTTCACCACT
TTACCGAGTGTATCTATGTCCACATGTACAACACTAAGCCACGGGGTGGTTCTGTTACTC
AGGCTACGGAAACTCCTAGGCCCCAAATGCCATACTCAACGACGCCAACCCCTGCAAGGC
CATTCCAAACCGGTCCCTCGAACCAGTTCAATGATCCAATGCATGGCGTAAGGCAGACAG
TCTTAAATTACCTGAATCGTCCTATGCACCTGAGATCTGAAGCTGGAGTTCACTGCGATG
TGATTGCACGCGACCTCGGGATTCCGCTGCCTCAAGTCAAGGACGCCTTGGAACAGCTCT
CAAACGATGGCTGCGTTTACTCTACTAGCGATGAGACTTGCTTCAAATCAACCGCAAACG
CATGATCTAAATGGATTTATCTACAAACCGATCTTTTTAAGTACGGAAAAAGCCTTTGTA
TAGGCCCCTATGGTACGACAGCTTATGGCTTTAAGACTACATCTATCTATTAGCTTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BK08TF U 1
AF RR1BK08JQ C 228
BS 1 712 RR1BK08TF
BS 713 713 RR1BK08JQ
BS 714 726 RR1BK08TF
BS 727 727 RR1BK08JQ
BS 728 741 RR1BK08TF
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BS 771 797 RR1BK08TF
BS 798 1020 RR1BK08JQ

RD RR1BK08TF 797 0 0
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AGTGAGAATCTAAAAAAATCATGTACGGAGGCGAGTTTGACGGTAACGCCGCTTTCGCCG
GCGGCGGTTTCATGCCTTCTCAGTCAAACACGCAAGCGCCTGAGTCCTCATCTGCTTTCA
GGAACCGGGATGCGCGTACGTTGCTTCCTCTGACGTTGAAGCAATTGAATAGTGTTTCAA
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GACGAGTTTCTAGAATTGAGAACCGAATCACACAGGTTGATTTTGTTGTAGATGATGGTA
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CTGTCAGGTTGGGAATGTATGTTCGCCTACATGGACACCTGAAAAGCTTTCAGGGGAAGC
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TTACCGAGTGTATCTATGTCCACATGTACAACACTAAGCCACGGGGTGGTTCTGTTACTC
AGGCTACGGAAACTCCTAGGCCCCAAATGCCATACTCAACGACGCCAACCCCTGCAAGGC
CATTCCAAACCGGTCCCTCGAACCAGTTCAATGATCCAATGCATGGCGTAAG*CAGACAG
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TGATTGCACGCGACCTC

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR1BK08JQ 793 0 0
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GTTGCAATTGTCGGACGAGTTTCTAGAATTGAGAACCGAATCACACAGGTTGATTTTGTT
GTAGATGATGGTACTGGCTGCGTTGAATGCATCAGATGGTGTCATGAACGCCAAGAAACT
GAAGAAATGGAAGCTGTCAGGTTGGGAATGTATGTTCGCCTACATGGACACCTGAAAAGC
TTTCAGGGGAAGCGATCTATGAATGTTTTCTCAGTCAGGCCTGTCACTGACTTCAACGAG
ATTGTTCACCACTTTACCGAGTGTATCTATGTCCACATGTACAACACTAAGCCACGGGGT
GGTTCTGTTACTCAGGCTACGGAAACTCCTAGGCCCCAAATGCCATACTCAACGACGCCA
ACCCCTGCAAGGCCATTCCAAACCGGTCCCTCGAACCAGTTCAATGATCCAATGCATGGC
GTAAGGCAGACAGTCTTAAATTACCTGAATCGTCCTATGCACCTGAGATCTGAAGCTGGA
GTTCACTGCGATGTGATTGCACGCGACCTCGGGATTCCGCTGCCTCAAGTCAAGGACGCC
TTGGAACAGCTCTCAAACGATGGCTGCGTTTACTCTACTAGCGATGAGACTTGCTTCAAA
TCAACCGCAAACGCATGATCTAAATGGATTTATCTACAAACCGATCTTTTTAAGTACGGA
AAAAGCCTTTGTATAGGCCCCTATGGTACGACAGCTTATGGCTTTAAGACTACATCTATC
TATTAGCTTTTGG

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL8351Contig1 896 2 2 U
GGATATTCATCAAACAAATCTTTGATCAGTTAAAAATCTTCTTCCAGCAACACAAAGAAA
AACAGAGAAACATCATTCTCCTCTCCATGATGATGACTAAGCAATCACCATTCTTGCTTT
TGACAGCAATCTTCTTGTTCACACTTGCTGTTTTCGCAGCAGCACTTGAACCTCCACCTG
AAGACCCCATTTTCGAGCTCTACATGCACGATATACTTGGAGGAAGCAGCCCCACGGCGA
GGCCCATCACAGGTTTGCTCGGCAACATTTACAACGGTCAAGTTCCTTTTGCTAAGCAGA
TTGGTTTCACTCCTCCCGAAAACGGTATTGCCATACCCAATGCAAACGGCGCCCTCCCGA
CCGTTAACGGTATCAACGGTGTGCCTCTCGGTACAGGCTTGTCCGGGACAGCTTACTCTG
GTCAGAACCTGAACGGGATTCAGACTCAGCTGGGTCCTGATGGTCTGAGTCTCGGGTTCG
GCACTATCACCGTCATCGACGACATACTCACATCTGGTCCTGACTTGGGTTCTCAGCCGC
TTGGTAAGGCTCAAGGAGTTTACGTTGCAAGTTCTGGAGATGGAAGCACACAGATGATGG
CTTTCACAGCTATGCTTGAAGGTGGAGAGTACAACGACAACCTCAACTTCTATGGTATTT
ACAGGATTGGAAGCGCCATGTCTCATCTGTCAGTGACTGGAGGAACAGGCGGGTTCAAGA
ACGCTTGTGGCTTTGCAGAGGTCAGGCCTTTGATTCCATCTGGTCAGCATCAAGTGGATG
GTGCAGAGTCTTTGCTGAGGATCATTGTCCATCTAAAGTACTAATAGATGTGTTTATGTT
TGAAAGTTATTTTTGTTTGTTTGTTATGTGTAACACTTATTGATTGAAAGCAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AI18TF U 1
AF RR1AI18JQ C 182
BS 1 741 RR1AI18TF
BS 742 896 RR1AI18JQ

RD RR1AI18TF 741 0 0
GGATATTCATCAAACAAATCTTTGATCAGTTAAAAATCTTCTTCCAGCAACACAAAGAAA
AACAGAGAAACATCATTCTCCTCTCCATGATGATGACTAAGCAATCACCATTCTTGCTTT
TGACAGCAATCTTCTTGTTCACACTTGCTGTTTTCGCAGCAGCACTTGAACCTCCACCTG
AAGACCCCATTTTCGAGCTCTACATGCACGATATACTTGGAGGAAGCAGCCCCACGGCGA
GGCCCATCACAGGTTTGCTCGGCAACATTTACAACGGTCAAGTTCCTTTTGCTAAGCAGA
TTGGTTTCACTCCTCCCGAAAACGGTATTGCCATACCCAATGCAAACGGCGCCCTCCCGA
CCGTTAACGGTATCAACGGTGTGCCTCTCGGTACAGGCTTGTCCGGGACAGCTTACTCTG
GTCAGAACCTGAACGGGATTCAGACTCAGCTGGGTCCTGATGGTCTGAGTCTCGGGTTCG
GCACTATCACCGTCATCGACGACATACTCACATCTGGTCCTGACTTGGGTTCTCAGCCGC
TTGGTAAGGCTCAAGGAGTTTACGTTGCAAGTTCTGGAGATGGAAGCACACAGATGATGG
CTTTCACAGCTATGCTTGAAGGTGGAGAGTACAACGACAACCTCAACTTCTATGGTATTT
ACAGGATTGGAAGCGCCATGTCTCATCTGTCAGTGACTGGAGGAACAGGCGGGTTCAAGA
ACGCTTGTGGCTTTGCAGAGG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1AI18JQ 715 0 0
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GCCCATCACAGGTTTGCTCGGCAACATTTACAACGGTCAAGTTCCTTTTGCTAAGCAGAT
TGGTTTCACTCCTCCCGAAAACGGTATTGCCATACCCAATGCAAACGGCGCCCTCCCGAC
CGTTAACGGTATCAACGGTGTGCCTCTCGGTACAGGCTTGTCCGGGACAGCTTACTCTGG
TCAGAACCTGAACGGGATTCAGACTCAGCTGGGTCCTGATGGTCTGAGTCTCGGGTTCGG
CACTATCACCGTCATGGACGACATACTCACATCTGGTCCTGACTTGGGTTTTCAGCCGCT
TGGTAAGGCTCAAGGAGTTTACGTTGCAAGTTCTGGAGATGGAAGCACACAGATGATGGC
TTTCACAGCTATGCTTGAAGGTGGAGAGTACAACGACAACCTCAACTTCTATGGTATTTA
CAGGATTGGAAGCGCCATGTCTCATCTGTCAGTGACTGGAGGAACAGGCGGGTTCAAGAA
CGCTTGTGGCTTTGCAGAGGTCAGGCCTTTGATTCCATCTGGTCAGCATCAAGTGGATGG
TGCAGAGTCTTTGCTGAGGATCATTGTCCATCTAAAGTACTAATAGATGTGTTTATGTTT
GAAAGTTATTTTTGTTTGTTTGTTATGTGTAACACTTATTGATTGAAAGCAAACC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL8352Contig1 899 2 4 U
TAGGACTGATGCAGGAGTTCACGCTTGGGGTCAGGTAGCTCATTTTGTCACTCCTTTTAA
TTACACTAGCTTAGACAGCATTCACGCCGCTTTAAACGGTCTTCTTCCTCAAGATATCCG
TGTCAGAGAGATCGGTGCAGCGGTTCATGAGTTCCACGCTCGGTTCTCTTGCCGTAGCAA
GGTTTACCGCTACCAGATATACAGCGACACTTTCATGGACCCCTTCCAGCGTCATCTCGC
TTACCACACTGCTTATAAACTGAATGCTTCTAAAATGAGGGAAGCTGCTCAACATTTTGT
TGGCAAGCATGATTTCTCTGCGTTTGCTAACGCTACAAGGGAAGATGGAGCGCCTGATCC
TCTCAAAACTATATCTCGTTTTGACGTCATTGAAATGGGATCTCTTCTACAGCTTGAAGT
TGAAGGCTCAGGGTTTATGTACAGACAAGTCAGAAACATGGTAGCTTTGCTGGTTCAGGT
TGGAAAAGAAGCATTGGATTCAGACATTGTCCCAATGATTCTAGAAACCAAAGACAGGAG
AGAGCTTGCAAAGTATACATTGCCTGCACCACCTCATGGTCTTTGTCTCGTCTCTGTTAA
GTATAAGGAAGATCATCTACAGCTTCCACCAGATTCTCCTTTGACTAGTTTTGGTAGACA
TCATACTATAACAAAGTGTAAACTTCCCTTCTACTGAAAACTCTTCTGTTTAACATAGAA
ATTGAAAGAGTTTAAGTTTTTTTTTTCTTTTTTTGAACATTAGTTAGTTATGTTATTGAA
AACTAGATAACTCAACGCTTCAACAAACAGATCACATGATATAGAATTCGTTAGCTCCAA
CAAACAGATTGTTATAAGTTTTCACAACGCTGTAAATGTAAAGACAAGTGTTTAGTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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AF RR1EP66TF U 1
AF RR1EP66JQ C 57
BS 1 607 RR1EP66TF
BS 608 608 RR1EP66JQ
BS 609 622 RR1EP66TF
BS 623 899 RR1EP66JQ

RD RR1EP66TF 622 0 0
TAGGACTGATGCAGGAGTTCACGCTTGGGGTCAGGTAGCTCATTTTGTCACTCCTTTTAA
TTACACTAGCTTAGACAGCATTCACGCCGCTTTAAACGGTCTTCTTCCTCAAGATATCCG
TGTCAGAGAGATCGGTGCAGCGGTTCATGAGTTCCACGCTCGGTTCTCTTGCCGTAGCAA
GGTTTACCGCTACCAGATATACAGCGACACTTTCATGGACCCCTTCCAGCGTCATCTCGC
TTACCACACTGCTTATAAACTGAATGCTTCTAAAATGAGGGAAGCTGCTCAACATTTTGT
TGGCAAGCATGATTTCTCTGCGTTTGCTAACGCTACAAGGGAAGATGGAGCGCCTGATCC
TCTCAAAACTATATCTCGTTTTGACGTCATTGAAATGGGATCTCTTCTACAGCTTGAAGT
TGAAGGCTCAGGGTTTATGTACAGACAAGTCAGAAACATGGTAGCTTTGCTGGTTCAGGT
TGGAAAAGAAGCATTGGATTCAGACATTGTCCCAATGATTCTAGAAACCAAAGACAGGAG
AGAGCTTGCAAAGTATACATTGCCTGCACCACCTCATGGTCTTTGTCTCGTCTCTGTTAA
GTATAAG*AAGATCATCTACAG

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1EP66JQ 843 0 0
TTAATTACACTAGCTTAGACAGCAT*CACGCCGCTTTAAACGGTCT*CTTCCTCAAGATA
TCCGTGTCAGAGAGATCGGTGCAGCGGTTCATGAGTTCCACGCTCGGTTCTCTTGCCGTA
GCAAGGTTTACCGCTACCAGATATACAGCGACACTTTCATGGACCCCTTCCAGCGTCATC
TCGCTTACCACACTGCTTATAAACTGAATGCTTCTAAAATGAGGGAAGCTGCTCAACATT
TTGTTGGCAAGCATGATTTCTCTGCGTTTGCTAACGCTACAAGGGAAGATGGAGCGCCTG
ATCCTCTCAAAACTATATCTCGTTTTGACGTCATTGAAATGGGATCTCTTCTACAGCTTG
AAGTTGAAGGCTCAGGGTTTATGTACAGACAAGTCAGAAACATGGTAGCTTTGCTGGTTC
AGGTTGGAAAAGAAGCATTGGATTCAGACATTGTCCCAATGATTCTAGAAACCAAAGACA
GGAGAGAGCTTGCAAAGTATACATTGCCTGCACCACCTCATGGTCTTTGTCTCGTCTCTG
TTAAGTATAAGGAAGATCATCTACAGCTTCCACCAGATTCTCCTTTGACTAGTTTTGGTA
GACATCATACTATAACAAAGTGTAAACTTCCCTTCTACTGAAAACTCTTCTGTTTAACAT
AGAAATTGAAAGAGTTTAAGTTTTTTTTTTCTTTTTTTGAACATTAGTTAGTTATGTTAT
TGAAAACTAGATAACTCAACGCTTCAACAAACAGATCACATGATATAGAATTCGTTAGCT
CCAACAAACAGATTGTTATAAGTTTTCACAACGCTGTAAATGTAAAGACAAGTGTTTAGT
CCT

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 2

CO CL8353Contig1 1008 2 10 U
GGACTTTTAACGAATCCAACAAAGATCACACGGGAGAAGAGTCTTTAGCACGACTTATGT
TTAGTCCAAACCACCATGAGTTGGATCAAACATCTAAAGCCAAAGTCCCCTTCTCATGGG
AGCTAAAGCCGGGAGTCTCAAGAAAGAAGAACAGAAGTGGCCGTGATCAGCTACAATGGA
CGCTTACGCCACCTCCATGTCCTCATGCTGAATATAGTTACGAAGTGTTGCAGAGTCCGC
TTGCTGTCTGTCCTTTCACGCCTTCTAACATGGTCAAGACATCGAGGTCCGCTTTGTCAA
GTATTAGGAAGAAAGACGTTGACCCTTTTCTTGAAGCTTACAGAAAATGCTTAGAGAAAA
GCCCGATTCGCATCTCTTCTTCTTCCATGGGAAGAAACATACAAGCTGGTGATCAAGATT
ATTACACCACAGACAACAAGAAGAAGTCTTTGCTTTTATGGCTATGGGGTAAGTACTCTT
GCAAGTTTCGTACTGATGGCTGGGGTACGGTCTCTCGATTCCGTAAATCCAAGAAGAGAA
TTGATTCAACAAACATATTTTGAATCTTTGATAATAGTAACAGAAATTTTATAAATACGA
TCTCATAGATGTTCATCTGTCGAATCAGGATCTCAAAGATGTTCATCTTGAGGTACACTC
TCACTAGTTTCTAGTTCTTCTACTTATGTTCTCTGAGTCTGTTTCCGCAAAAAGAAATGG
TAAAGATATGAATGAATCTGCTTTGTGTTCCTTGTAGGATTTGTCCCGTCTTCATCATTG
TTAGGATTAGATGTTTAATACTGAACTATAGTTACACGAGATATATATGGGGTGGAAGAG
TCTCTCGAGTTTCACTTTTTTTTCTCGGTTGTTCCCGAGAAAGGTAGCATATCATCAAGA
CAATGAGAAAGACGATTTCCATTGATATTTGTTTATGTGATTGGGCTGGATTTGCTCTCT
TGTAATCGGGAGATCGTCTTTTTGTCGTCAATAAAAATTATCTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FR59TF U 1
AF RR1FR59JQ C 180
BS 1 628 RR1FR59TF
BS 629 629 RR1FR59JQ
BS 630 652 RR1FR59TF
BS 653 653 RR1FR59JQ
BS 654 712 RR1FR59TF
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BS 737 748 RR1FR59TF
BS 749 1008 RR1FR59JQ

RD RR1FR59TF 752 0 0
GGACTTTTAACGAATCCAACAAAGATCACACGGGAGAAGAGTCTTTAGCACGACTTATGT
TTAGTCCAAACCACCATGAGTTGGATCAAACATCTAAAGCCAAAGTCCCCTTCTCATGGG
AGCTAAAGCCGGGAGTCTCAAGAAAGAAGAACAGAAGTGGCCGTGATCAGCTACAATGGA
CGCTTACGCCACCTCCATGTCCTCATGCTGAATATAGTTACGAAGTGTTGCAGAGTCCGC
TTGCTGTCTGTCCTTTCACGCCTTCTAACATGGTCAAGACATCGAGGTCCGCTTTGTCAA
GTATTAGGAAGAAAGACGTTGACCCTTTTCTTGAAGCTTACAGAAAATGCTTAGAGAAAA
GCCCGATTCGCATCTCTTCTTCTTCCATGGGAAGAAACATACAAGCTGGTGATCAAGATT
ATTACACCACAGACAACAAGAAGAAGTCTTTGCTTTTATGGCTATGGGGTAAGTACTCTT
GCAAGTTTCGTACTGATGGCTGGGGTACGGTCTCTCGATTCCGTAAATCCAAGAAGAGAA
TTGATTCAACAAACATATTTTGAATCTTTGATAATAGTAACAGAAATTTTATAAATACGA
TCTCATAGATGTTCATCTGTCGAATCAG*ATCTCAAAGATGTTCATCTTGAG*TACACTC
TCACTAGTTTCTAGTTCTTCTACTTATGTTCTCTGAGTCTGTTTCCGCAAAA*GAAATGG
TAAAGATATGAATGA*TCTGCTTTGTGT
CCTT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR1FR59JQ 829 0 0
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CTTGCTGTCTGTCCTTTCACGCCTTCTAACATGGTCAAGACATCGAGGTCCGCTTTGTCA
AGTATTAGGAAGAAAGACGTTGACCCTTTTCTTGAAGCTTACAGAAAATGCTTAGAGAAA
AGCCCGATTCGCATCTCTTCTTCTTCCATGGGAAGAAACATACAAGCTGGTGATCAAGAT
TATTACACCACAGACAACAAGAAGAAGTCTTTGCTTTTATGGCTATGGGGTAAGTACTCT
TGCAAGTTTCGTACTGATGGCTGGGGTACGGTCTCTCGATTCCGTAAATCCAAGAAGAGA
ATTGATTCAACAAACATATTTTGAATCTTTGATAATAGTAACAGAAATTTTATAAATACG
ATCTCATAGATGTTCATCTGTCGAATCAGGATCTCAAAGATGTTCATCTTGAGGTACACT
CTCACTAGTTTCTAGTTCTTCTACTTATGTTCTCTGAGTCTGTTTCCGCAAAAAGAAATG
GTAAAGATATGAATGAATCTGCTTTGTGTTCCTTGTAGGATTTGTCCCGTCTTCATCATT
GTTAGGATTAGATGTTTAATACTGAACTATAGTTACACGAGATATATATGGGGTGGAAGA
GTCTCTCGAGTTTCACTTTTTTTTCTCGGTTGTTCCCGAGAAAGGTAGCATATCATCAAG
ACAATGAGAAAGACGATTTCCATTGATATTTGTTTATGTGATTGGGCTGGATTTGCTCTC
TTGTAATCGGGAGATCGTCTTTTTGTCGTCAATAAAAATTATCTTCACC

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 2

CO CL8354Contig1 768 2 8 U
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CTCAGCATCGTCTGTAATAAAACGCCTCATTTTGATCCACGTATTTGCCATACAACTACT
TCTGACAAACAGCGACTTGTCCTTAAACACGACCAATGCCTATCTCAACCACAAATGCTT
GGTTAATCAAGGAAAATACAAGCCGGGAAGTGAGTACGAGGACCGTTTAAAAAGAACCAT
GAAAATGATCTATTCAGGCAGTAACAGAGGTTATGACGGGATCGGCGATCCCACTTTTTC
CGCTATCCTCCAGTGCCGCGGCGACTCCTACGGGCCCAAGTGCCATGACTGCTTTGCCAC
TGCACTCTCTGCGCTTGGTAGGCGATGTCCTTGGTACAAGGGGAGGATAATATGGTATGA
TCAGTGTCTTCTCGCGATTTCAACCTTCAATACTATTGGGAAGATCGATTACGACAATAA
CTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGGTGGGAGGAGATATAGGCTCGTTTATAATTGCTTG
GAATAATCTTATTCAAGATCCGACGACTTTTGCCACCAGTGGAGATAATTACACACTGTA
CTCTGTGGGAGAGACTCGGTACAAGGGTGATATGCTGTATGGAATGGTGCAGTGTACGAA
AGGCTTATCGCCAAAAGCTTGTGAGGAGTGTGTGTCGTTTAATAGCTTGCATTTTCAAGA
TTGCCTGAATACTAGACGAGGAGGGAGAGTTGTAGTTTGAGCTGTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GE09TF U 1
AF RR1CU86TF U 87
BS 1 320 RR1GE09TF
BS 321 321 RR1CU86TF
BS 322 560 RR1GE09TF
BS 561 561 RR1CU86TF
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BS 608 609 RR1CU86TF
BS 610 655 RR1GE09TF
BS 656 768 RR1CU86TF

RD RR1GE09TF 655 0 0
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TCTGACAAACAGCGACTTGTCCTTAAACACGACCAATGCCTATCTCAACCACAAATGCTT
GGTTAATCAAGGAAAATACAAGCCGGGAAGTGAGTACGAGGACCGTTTAAAAAGAACCAT
GAAAATGATCTATTCAGGCAGTAACAGAGGTTATGACGGGATCGGCGATCCCACTTTTTC
CGCTATCCTCCAGTGCCGCGTCGACTCCTACGGGCCCAAGTGCCATGACTGCTTTGCCAC
TGCACTCTCTGCGCTTGGTAGGCGATGTCCTTGGTACAAGGGGAGGATAATATGGTATGA
TCAGTGTCTTCTCGCGATTTCAACCTTCAATACTATTGGGAAGATCGATTACGACAATAA
CTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGGTGGGAGGAGATATAGGCTCGTTTATAATTGCTTG
GAATAATCTTATTCAAGATCTGACGACTTTTGCCACCAGTGGAGATAATTACACACTGTA
CTCTGTGT*AGAGACTCGGTACAAGGGTGATATGCTGTATGGAATGGTGCAGTGT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1CU86TF 682 0 0
G
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CACGACCAATGCCTATCTCAACCACAAATGCTTGGTTAATCAAGGAAAATACAAGCCGGG
AAGTGAGTACGAGGACCGTTTAAAAAGAACCATGAAAATGATCTATTCAGGCAGTAACAG
AGGTTATGACGGGATCGGCGATCCCACTTTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGCGGCGACTC
CTACGGGCCCAAGTGCCATGACTGCTTTGCCACTGCACTCTCTGCGCTTGGTAGGCGATG
TCCTTGGTACAAGGGGAGGATAATATGGTATGATCAGTGTCTTCTCGCGATTTCAACCTT
CAATACTATTGGGAAGATCGATTACGACAATAACTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGGT
GGGAGGAGATATAGGCTCGTTTATAATTGCTTGGAATAATCTTATTCAAGATCCGACGAC
TTTTGCCACCAGTGGAGATAATTACACACTGTACTCTGTGGGAGAGACTCGGTACAAGGG
TGATATGCTGTATGGAATGGTGCAGTGTACGAAAGGCTTATCGCCAAAAGCTTGTGAGGA
GTGTGTGTCGTTTAATAGCTTGCATTTTCAAGATTGCCTGAATACTAGACGAGGAGGGAG
AGTTGTAGTTTGAGCTGTAAT

QA 2 682 2 682
DS 



AS 1 2

CO CL8355Contig1 826 2 2 U
GGACAACATAGTTGCTTGCTCCCTTTTCAGTCTCTTTCGATTTAATCAGAAGAAGAATCG
TGTTCTTCCTTTGCTTGCTTGGGAGACGAAAATGCAGAGGCTTAGCACAAAGCTGCGTTC
CATTTCATTCCATTCTAATCGAAGTCTCTCTTTCGGCGTTCCTCACCGTCTCATCCACCA
TTCTCCCACTCCTCAGCTAACCCTAGGTTTCTCCACTCCCACCAAATGGAGCTTCTTTCC
CTCCTCCTCCTCCCTCCGCGGAGTTTCTCCCTCCATGGGCTCTGCCTTCCTTCCTCATCA
TCTTGTTCAAGTTCGGAATATCACTTCCAAAGACAAAATGGCAAAATGGAAGAAGAAGTG
GAGGCCTAGGACTCCAATCACCTCCAAAGTCAAGAAAGTCAAGATCAAGTTCTATTCGTC
ATACAAAGACAGGTTTAAGCCACTGAATGATGGTACCATCCGTCGCTGGAAAGAAGGCAA
GCGCCACAACGCACACTTGAAGTCAAAGAAATCAAAGCGTAGATTGAGACAGCCTGGACT
AGTCCCACCAGCATATGCCAAAGTCATGAAGAAACTCAATTTCTGCAATTGAGAGATAAG
TATAAGAAACATTTCAACCATATCTCCAAGTAATAAATTGGCACTTTGTTCTTTTCCCCT
TAGGGTTCAGTATCAGTTGAAACTTTTATTTATTATTTACTTTTAAATTTTGATTGAATG
TACCAATTTACGAAGATTTTAATTGATGTCACTAAGTTGAAAAAGAAGGGTTTCAAACAT
GCTTCTACTTCTGATTTCTGAATATGGTGAAACCTTAGGGAGGTGT


BQ
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AF RR1EC01TF U 1
AF RR1EC01JQ C 157
BS 1 693 RR1EC01TF
BS 694 826 RR1EC01JQ

RD RR1EC01TF 693 0 0
GGACAACATAGTTGCTTGCTCCCTTTTCAGTCTCTTTCGATTTAATCAGAAGAAGAATCG
TGTTCTTCCTTTGCTTGCTTGGGAGACGAAAATGCAGAGGCTTAGCACAAAGCTGCGTTC
CATTTCATTCCATTCTAATCGAAGTCTCTCTTTCGGCGTTCCTCACCGTCTCATCCACCA
TTCTCCCACTCCTCAGCTAACCCTAGGTTTCTCCACTCCCACCAAATGGAGCTTCTTTCC
CTCCTCCTCCTCCCTCCGCGGAGTTTCTCCCTCCATGGGCTCTGCCTTCCTTCCTCATCA
TCTTGTTCAAGTTCGGAATATCACTTCCAAAGACAAAATGGCAAAATGGAAGAAGAAGTG
GAGGCCTAGGACTCCAATCACCTCCAAAGTCAAGAAAGTCAAGATCAAGTTCTATTCGTC
ATACAAAGACAGGTTTAAGCCACTGAATGATGGTACCATCCGTCGCTGGAAAGAAGGCAA
GCGCCACAACGCACACTTGAAGTCAAAGAAATCAAAGCGTAGATTGAGACAGCCTGGACT
AGTCCCACCAGCATATGCCAAAGTCATGAAGAAACTCAATTTCTGCAATTGAGAGATAAG
TATAAGAAACATTTCAACCATATCTCCAAGTAATAAATTGGCACTTTGTTCTTTTCCCCT
TAGGGTTCAGTATCAGTTGAAACTTTTATTTAT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1EC01JQ 670 0 0
CGTTCCTCACCGTCTCATCCACCATTCTCCCACTCCTCAGCTAACCCTAGGTTTCTCCAC
TCCCACCAAATGGAGCTTCTTTCCCTCCTCCTCCTCCCTCCGCGGAGTTTCTCCCTCCAT
GGGCTCTGCCTTCCTTCCTCATCATCTTGTTCAAGTTCGGAATATCACTTCCAAAGACAA
AATGGCAAAATGGAAGAAGAAGTGGAGGCCTAGGACTCCAATCACCTCCAAAGTCAAGAA
AGTCAAGATCAAGTTCTATTCGTCATACAAAGACAGGTTTAAGCCACTGAATGATGGTAC
CATCCGTCGCTGGAAAGAAGGCAAGCGCCACAACGCACACTTGAAGTCAAAGAAATCAAA
GCGTAGATTGAGACAGCCTGGACTAGTCCCACCAGCATATGCCAAAGTCATGAAGAAACT
CAATTTCTGCAATTGAGAGATAAGTATAAGAAACATTTCAACCATATCTCCAAGTAATAA
ATTGGCACTTTGTTCTTTTCCCCTTAGGGTTCAGTATCAGTTGAAACTTTTATTTATTAT
TTACTTTTAAATTTTGATTGAATGTACCAATTTACGAAGATTTTAATTGATGTCACTAAG
TTGAAAAAGAAGGGTTTCAAACATGCTTCTACTTCTGATTTCTGAATATGGTGAAACCTT
AGGGAGGTGT

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL8356Contig1 923 2 2 U
GGACGTGACGAGAACGCATCCATCATCACCTCTCATTTTTACGTCTCCTCTTCACTCTTT
TTAGTCTATAACTATCACTCAGCGTAATCTCCACAAACTCTTCCTTTTTATTTCTCTTTG
ATCTAATCCCAAAAAACTCGTTGATCATAACATGCCGGGAAGTTATCACCGCCGGGGATC
CGACGTGTCAGTCATCATTTTGATGATCGCGTTACTGACGTGTCCAGTAATCATCAACAC
TTCATCATCATCATCATCGGTAGCCAACACGAGGAAGCTCGACGAGGTAGATCCCATAAA
GTGCTCTCCAAGCTGCATCCAAAACCCTCCTCCGCCGTCTCCTCCACCACCATCTCCACC
GCCTCCGGCATGTCCTCCTCCGCCGGCTCTCCCTCCACCGCCTAAGAAAGTTTCACCCAA
CTGTCCACCGCCTCCCCCGGCTAATTTCTTGTACATAACGGGTCCGCCGGGAAATCTCTA
CCCCGTTGATGAGCAATTCGGAGCGGCCGCCGGAAAAAGCTTTACGGTGTTGAAGCTGTC
CGGTCTAATCGGGTTTGGACTTATGGGGTTGTTGTTTCTTTGAAGCATGAACGGATCAAA
AGAAAAAGTTGAAGATTTGGTGGTATGTTGGAATACTTTTTAATTAGTTTTTTTTTAAGA
GATCGAAAAACGTTATTGATCGTTGGTTGATAAATAATCTATCTATCTAGGATTATATAT
GTTTCAACATATTTTCCTATATCCAAAATTTCTAATGGGGTTTTTAAACCAAATAAATAC
GGTGCGAATATGTAAATTCTAGAATGTTATCTCTCTAAGTGATATGTTCTTCTCTTTGTC
AACTTGGCGTTCCAATTGATTCTTGGAATTGGAAAATTGTACTTTATGGAGAATATTTTT
ATGAGAAAGCAAATTCTACTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FL36TF U 1
AF RR1FL36JQ C 139
BS 1 659 RR1FL36TF
BS 660 923 RR1FL36JQ

RD RR1FL36TF 659 0 0
GGACGTGACGAGAACGCATCCATCATCACCTCTCATTTTTACGTCTCCTCTTCACTCTTT
TTAGTCTATAACTATCACTCAGCGTAATCTCCACAAACTCTTCCTTTTTATTTCTCTTTG
ATCTAATCCCAAAAAACTCGTTGATCATAACATGCCGGGAAGTTATCACCGCCGGGGATC
CGACGTGTCAGTCATCATTTTGATGATCGCGTTACTGACGTGTCCAGTAATCATCAACAC
TTCATCATCATCATCATCGGTAGCCAACACGAGGAAGCTCGACGAGGTAGATCCCATAAA
GTGCTCTCCAAGCTGCATCCAAAACCCTCCTCCGCCGTCTCCTCCACCACCATCTCCACC
GCCTCCGGCATGTCCTCCTCCGCCGGCTCTCCCTCCACCGCCTAAGAAAGTTTCACCCAA
CTGTCCACCGCCTCCCCCGGCTAATTTCTTGTACATAACGGGTCCGCCGGGAAATCTCTA
CCCCGTTGATGAGCAATTCGGAGCGGCCGCCGGAAAAAGCTTTACGGTGTTGAAGCTGTC
CGGTCTAATCGGGTTTGGACTTATGGGGTTGTTGTTTCTTTGAAGCATGAACGGATCAAA
AGAAAAAGTTGAAGATTTGGTGGTATGTTGGAATACTTTTTAATTAGTTTTTTTTTAAG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1FL36JQ 785 0 0
CGTTGATCATAACATGCCGGGAAGTTATCACCGCCGGGGATCCGACGTGTCAGTCATCAT
TTTGATGATCGCGTTACTGACGTGTCCAGTAATCATCAACACTTCATCATCATCATCATC
GGTAGCCAACACGAGGAAGCTCGACGAGGTAGATCCCATAAAGTGCTCTCCAAGCTGCAT
CCAAAACCCTCCTCCGCCGTCTCCTCCACCACCATTTCCACCGCCTCCGGCATGTCCTCC
TCCGCCGGCTCTCCCTCCACCGCCTAAGAAAGTTTCACCCAACTGTCCACCGCCTCCCCC
GGCTAATTTCTTGTACATAACGGGTCCGCCGGGAAATCTCTACCCCGTTGATGAGCAATT
CGGAGCGGCCGCCGGAAAAAGCTTTACGGTGTTGAAGCTGTCCGGTCTAATCGGGTTTGG
ACTTATGGGGTTGTTGTTTCTTTGAAGCATGAACGGATCAAAAGAAAAAGTTGAAGATTT
GGTGGTATGTTGGAATACTTTTTAATTAGTTTTTTTTTAAGAGATCGAAAAACGTTATTG
ATCGTTGGTTGATAAATAATCTATCTATCTAGGATTATATATGTTTCAACATATTTTCCT
ATATCCAAAATTTCTAATGGGGTTTTTAAACCAAATAAATACGGTGCGAATATGTAAATT
CTAGAATGTTATCTCTCTAAGTGATATGTTCTTCTCTTTGTCAACTTGGCGTTCCAATTG
ATTCTTGGAATTGGAAAATTGTACTTTATGGAGAATATTTTTATGAGAAAGCAAATTCTA
CTTAT

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL8357Contig1 929 2 2 U
GGACACAACACAAAAATGACGAAACTGAATGTGGTAATGGTGGTAATAATTGTGATGGTT
GCTGCACTGGGAGGAGGAGAAGCAAAGCAAATACGCCAACGGACTTGGTTAGGTTGCTTC
CGGTATTGTTCTCGCAACTGCAGCGATACCGACGGAAATTGCTATGAAGGTTGTAAGATC
AGATGTGGTGGTCCAACTCCTACACAAATTAATTCAAGGAATTCATATGGGAATAATCCT
TCGTACACCGAAGATAAGGAGGATTAACATCCTTCTTTGTTTTCGGATTGTTGCTTCGTC
TTTCCTACCCTATCGGTTCATCATCAGTGAGTGGTGTGTTTTATGGGAACGCGGCTCCTG
AACAAGTTGAAGAAGTCCCTTTGTCTCTCACCAACCATACCGTGAAGGGCCTTTACACGG
GTAGTGACGTTAGTGTTTCGGAGCAGAATCTGACTACTTCTGAGTCTAGCTCTGTCTCAG
CTGATGCTGTTGTTAGCGAAAACATACCACCACCACCGCCGGGTTTTGGTAGTGATGAGA
GACCTTTGGTGGATGGGAAAGAGGAGGATACAGCTGAGAAGAAGACTGATGCTGTTGGAT
CAGGTGAAGTTGAAACCAAGGATGGAGACACTCCAAGTGTAGTAGTATCATCTTCTTCTT
CTCCACATGATGACTCTAAAACTGCTTCAGCAGAACCAGAGTGTGATTTGTATCAAGGTA
GCTGGTTTTATGATCCGGAGGGACCTGTGTACACGAACAACTCTTGCCCCGTCCTGACGC
AGATGCAGAAACCATAATCACTACTATTCGTATTTTTTTTCTTTCTTTCTACCAGGTTCC
TTAGTTTGTACTTGTGTGGCTTGTGTCTGCTTACCATGGTGCATGAAGACCCGATATAAT
AAGTTTTGAATAAATGAAAGTTTTTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B948TF U 1
AF RR1B948JQ C 124
BS 1 675 RR1B948TF
BS 676 929 RR1B948JQ

RD RR1B948TF 675 0 0
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CGGTATTGTTCTCGCAACTGCAGCGATACCGACGGAAATTGCTATGAAGGTTGTAAGATC
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AACAAGTTGAAGAAGTCCCTTTGTCTCTCACCAACCATACCGTGAAGGGCCTTTACACGG
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CTCCACATGATGACT

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DS 

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TACACCGAAGATAAGGAGGATTAACATCCTTCTTTGTTTTCGGATTGTTGCTTCGTCTTT
CCTACCCTATCGGTTCATCATCAGTGAGTGGTGTGTTTTATGGGAACGCGGCTCCTGAAC
AAGTTGAAGAAGTCCCTTTGTCTCTCACCAACCATACCGTGAAGGGCCTTTACACGGGTA
GTGACGTTAGTGTTTCGGAGCAGAATCTGACTACTTCTGAGTCTAGCTCTGTCTCAGCTG
ATGCTGTTGTTAGCGAAAACATACCACCACCACCGCCGGGTTTTGGTAGTGATGAGAGAC
CTTTGGTGGATGGGAAAGAGGAGGATACAGCTGAGAAGAAGACTGATGCTGTTGGATCAG
GTGAAGTTGAAACCAAGGATGGAGACACTCCAAGTGTAGTAGTATCATCTTCTTCTTCTC
CACATGATGACTCTAAAACTGCTTCAGCAGAACCAGAGTGTGATTTGTATCAAGGTAGCT
GGTTTTATGATCCGGAGGGACCTGTGTACACGAACAACTCTTGCCCCGTCCTGACGCAGA
TGCAGAAACCATAATCACTACTATTCGTATTTTTTTTCTTTCTTTCTACCAGGTTCCTTA
GTTTGTACTTGTGTGGCTTGTGTCTGCTTACCATGGTGCATGAAGACCCGATATAATAAG
TTTTGAATAAATGAAAGTTTTTCAGC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

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TTGGTAATTTGAAGTCGTCTCAATCGTCGTTGGGAGTTTTGTCCCTTGAGATCGTCTTCG
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TTGTTTACTTGAAACTTTATTTTTTTAACCCTGTTAACATCCGGAGAATGTATAGACGAG
TTTCAAACTTTTAAAGGGATCTACAACTTTTAC


BQ
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AF RR1BB20TF U 1
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TTCATTTCGTGTCTGTCTCTGTTGTGTGTGTTCAGAAGAATATTAAGATGGATAGAGTTG
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AGCCGGAGAATCCTTACAGCCGGAGGAGGAGGAATCTCCTCTGCCATCAGATTTGGGAGA
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GCGCGTTGACGCTCGCCGTGGCGGTTGCAGCCGGAGAAGGATCTTCATCCGGTGAAGACT
CGTCGTCGGGGTCAAGTCCGACGAACTCTGGATCTCCTCCTCCGAGGCAGAGACATCATC
ATCAGATTATGACGATGCTTCCTCCGTTGTATCCTAGTAGTAG*AGTCATCAAGGGTCTT
TTGGTAATTTGAAGTCGTCTCAATCGTCGTTGGGAGTTTTGTGCCTTGAGATCGTCTTCG
*TTGCTGATATTTCGAGGTGTCTTGG*TCCAATTGA*TCGTAGTGGACGATAGATAGCAT
TTGTTTACTTGAA*CTTTATTTTTTTA
CCCTGT

QA 1 867 1 867
DS 

RD RR1BB20JQ 647 0 0
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GCAGAGACATCATCATCAGATTATGACGATGCTTCCTCCGTTGTATCCTAGTAGTAGGAG
TCATCAAGGGTCTTTTGGTAATTTGAAGTCGTCTCAATCGTCGTTGG*AGTTTTGTCCCT
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ACGATAGATAGCATTTGTTTACTTGAAACTTTATTTTTTTAACCCTGTTAACATCCGGAG
AATGTATAGACGAGTTTCAAACTTTTAAAGGGATCTACAACTTTTAC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

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GAGCTGGGACAGGAACTGGTTTGGGACTGGGGTCGGCCACTCACTCGACCACTGGACAAG
TCGGACACGGAACTGGGACCCACCAGATGTCGGCTTTACCTGGTCACGGCACGGGACAAC
CAACGGGGCACGTCGTGGATGGTACAGCCGCGACAGAACCGATAGGAACGAACACTGGAA
CTGGTAGGACCACCGCTCATAACACCCGCGTGGGCGGTGGCACCACTGGGTACGGAACCG
GTGGAGGATATACTGGATAAGACGTTTTGTCATTTGTTTATATGTTCTTGTCAACTTGTC
CTTTGTGTGTGTTCATGTTTTCTTTTTTTTTTTTGGTCCTACCTTTGTTTTTCTCATAAC
TGTAGGACTTTGCTTTTGTGTGGTGTGTCTTTGATCTGATGACAGACTTGACAGTTGTGG
TTTTCTGAATAAAAGTGTATGTCAAAACTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E082TF U 1
AF RR1E082JQ C 123
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BS 634 634 RR1E082JQ
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DS 

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ACGGGGCACGTCGTGGATGGTACAGCCGCGACAGAACCGATAGGAACGAACACTGGAACT
GGTAGGACCACCGCTCATAACACCCGCGTGGGCGGTGGCACCACTGGGTACGGAACCGGT
GGAGGATATACTGGATAAGACGTTTTGTCATTTGTTTATATGTTCTTGTCAACTTGTCCT
TTGTGTGTGTTCATGTTTTCTTTTTTTTTTTTGGTCCTCCCTTTGTTTTTCTCATAACTG
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TTCTGAATAAAAGTGTATGTCAAAACTTGCC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

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ACCCCCGGAGTTTGACGTCGCGGTGGTTGGGTTC


BQ
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AF RR1CE47TF C 1
AF RR1CE47JQ U 3
BS 1 2 RR1CE47TF
BS 3 634 RR1CE47JQ

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TGGGAAGGACATTTGGGTCGTTATTAGGTACCCGACGGGCAGGTTCCTGACGGAATCGTG
TGGGCTCATCCTCCCATGCAGCTGGTGGGCTAAATCGCTCACCAGCTCTTGGGTTATCGG
AATCTATCCGTTGATACTCGTCCCCATTCGGGGTTGAGCCTCTGGTTTGATAAACCGGAC
CTAAAATCAGGTGGCGGAGGAGGTAGGCGAGAGCTCCGATCAGCGACCTGACTGGGTGTG
GAACTGGTTGTTGCCACGTTGCTTCCCATAGCACTGGTGATAGGCGGGTTAAACACGGGA
GCTATCCCGGTATGAGGTGTCTGGAAAGCGGATCCCCGTCATTCGGGAGCAGTGCTATCA
GGAGAAAAGTCTAGA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1CE47JQ 632 0 0
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TTTTGGAGAGCTGCATGAGTTCGTTCCATATATCTACGGATAGCTTCAGGTTCTTCTATG
GGAAGGACATTTGGGTCGTTATTAGGTACCCGACGGGCAGGTTCCTGACGGAATCGTGTG
GGCTCATCCTCCCATGCAGCTGGTGGGCTAAATCGCTCACCAGCTCTTGGGTTATCGGAA
TCTATCCGTTGATACTCGTCCCCATTCGGGGTTGAGCCTCTGGTTTGATAAACCGGACCT
AAAATCAGGTGGCGGAGGAGGTAGGCGAGAGCTCCGATCAGCGACCTGACTGGGTGTGGA
ACTGGTTGTTGCCACGTTGCTTCCCATAGCACTGGTGATAGGCGGGTTAAACACGGGAGC
TATCCCGGTATGAGGTGTCTGGAAAGCGGATCCCCGTCATTCGGGAGCAGTGCTATCAGG
AGAAAAGTCTAGACGTCCCCGGGGGAATGAGGGATCGGTCAATCGATCTCGGAAGGTGAC
CCCCGGAGTTTGACGTCGCGGTGGTTGGGTTC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL8361Contig1 643 2 2 U
TTTTTCTAGGATATTCTGTTTGTTAAATTGTGTTGAGCTCTAGGAAAGTGTGTCTGATCC
GCAGGAAGGCTTCGTGTCTGTCTCTTACAACAGGGAGTGGAAAGAATGGCAAAGAGCACG
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AATCCAGATAGGATTCCGGTGATTGTCGAGAAAGGTGAGAAGAGTGACATACCAACCATC
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CCTCCAACAGGTGCACTAATGTCGGCTGTGTACGAAGAGAAAAAGGATGATGATGGCTTC
CTCTATGTCACTTACAGCGGAGAAAACACGTTTGGATCTCCATAGACAGATCTCTTGCTG
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TATCTAAGCAAGCCCCTATGTGTACTACTTTTCCAAGAACTCTAAGATCGCCGTTAATGT
GTACAGAGAACATAAAAATAATGTATATAAAATCTCAAAACCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GO61TF U 1
AF RR1GO61JQ C 83
BS 1 594 RR1GO61TF
BS 595 643 RR1GO61JQ

RD RR1GO61TF 594 0 0
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GCAGGAAGGCTTCGTGTCTGTCTCTTACAACAGGGAGTGGAAAGAATGGCAAAGAGCACG
TTCAAGGAAGAGCATGACCTAGAGAAGAGAAGTGCAGAGGCTGCTCGGATTAGAGAGAAA
AATCCAGATAGGATTCCGGTGATTGTCGAGAAAGGTGAGAAGAGTGACATACCAACCATC
GACAAGAAAAAATACCTAGTCCCAGCTGATTTGACAGTGGGGCAGTTCGTGTATGTCATT
CGCAAAAGAATCAAACTGAGTGCAGAGAAGGCCATCTTTATCTTTGTGGACAATGTTCTT
CCTCCAACAGGTGCACTAATGTCGGCTGTGTACGAAGAGAAAAAGGATGATGATGGCTTC
CTCTATGTCACTTACAGCGGAGAAAACACGTTTGGATCTCCATAGACAGATCTCTTGCTG
GATATTTCGTTTCTCTTTTTAATTATATCGCCGAGTATTTCATATCTTCTTATTAGTAGT
TATCTAAGCAAGCCCCTATGTGTACTACTTTTCCAAGAACTCTAAGATCGCCGT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1GO61JQ 561 0 0
TCTTACAACAGGGAGTGGAAAGAATGGCAAAGAGCACGTTCAAGGAAGAGCATGACCTAG
AGAAGAGAAGTGCAGAGGCTGCTCGGATTAGAGAGAAAAATCCAGATAGGATTCCGGTGA
TTGTCGAGAAAGGTGAGAAGAGTGACATACCAACCATCGACAAGAAAAAATACCTAGTCC
CAGCTGATTTGACAGTGGGGCAGTTCGTGTATGTCATTCGCAAAAGAATCAAACTGAGTG
CAGAGAAGGCCATCTTTATCTTTGTGGACAATGTTCTTCCTCCAACAGGTGCACTAATGT
CGGCTGTGTACGAAGAGAAAAAGGATGATGATGGCTTCCTCTATGTCACTTACAGCGGAG
AAAACACGTTTGGATCTCCATAGACAGATCTCTTGCTGGATATTTCGTTTCTCTTTTTAA
TTATATCGCCGAGTATTTCATATCTTCTTATTAGTAGTTATCTAAGCAAGCCCCTATGTG
TACTACTTTTCCAAGAACTCTAAGATCGCCGTTAATGTGTACAGAGAACATAAAAATAAT
GTATATAAAATCTCAAAACCT

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL8362Contig1 657 2 3 U
GGGGAGAAACGAAAACCCTCGGGGCTCCTCTGATTCATTCTGGTCTTCTCTCTCTCTCTC
TCTGCCCTTCCTTCACTCACTCACTCACTCACGTTTAAGCTCTTTACCTCGACGACGCTG
CATCTGTGAGGCTCGCTCTTTCTGCTGTAACTGCAATCATGTCGACTATTATGCAGAAGA
TCAAAGAAATCGAAGATGAGATGGCAAGGACTCAGAAGAACAAAGCCACCGCTCACCATC
TCGGTTTGTTAAAGGCCAAACTTGCCAAGCTACGAAGGGACCTTCTTGCACCACCTACTA
AAGGTGGTGGTGCTGCTGCTGGCGAAGGCTTTGATGTCACCAAAAGTGGTGATTCTAGAG
TTGGACTTGTTGGCTTTCCTTCCGTTGGCAAATCCACCCTCTTGAACAAGCTCACTGGAA
CCTTTTCCGAGGTTGCTTCTTATGAGTTCACAACACTGACATGCATTCCCGGTGTTATTA
CATACCGTGGAGCTAAAATTCAGTTATTGGATCTTCCTGGTATTATTGAGGGTGCCAAAG
ACGGAAAAGGTAGAGGACGACAGGTTATAAGTACTGCTAGGACTTGCAACTGCATCATAA
TAGTTCTTGATGCCATAAAGCCAATAACTCACAAGCGTCTCATTGAAAAGAGCTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C889TF U 1
AF RR1EM56TF U 73
BS 1 328 RR1C889TF
BS 329 329 RR1EM56TF
BS 330 657 RR1C889TF

RD RR1C889TF 657 0 0
GGGGAGAAACGAAAACCCTCGGGGCTCCTCTGATTCATTCTGGTCTTCTCTCTCTCTCTC
TCTGCCCTTCCTTCACTCACTCACTCACTCACGTTTAAGCTCTTTACCTCGACGACGCTG
CATCTGTGAGGCTCGCTCTTTCTGCTGTAACTGCAATCATGTCGACTATTATGCAGAAGA
TCAAAGAAATCGAAGATGAGATGGCAAGGACTCAGAAGAACAAAGCCACCGCTCACCATC
TCGGTTTGTTAAAGGCCAAACTTGCCAAGCTACGAAGGGACCTTCTTGCACCACCTACTA
AAGGTGGTGGTGCTGCTGCTGGCGAAGGTTTTGATGTCACCAAAAGTGGTGATTCTAGAG
TTGGACTTGTTGGCTTTCCTTCCGTTGGCAAATCCACCCTCTTGAACAAGCTCACTGGAA
CCTTTTCCGAGGTTGCTTCTTATGAGTTCACAACACTGACATGCATTCCCGGTGTTATTA
CATACCGTGGAGCTAAAATTCAGTTATTGGATCTTCCTGGTATTATTGAGGGTGCCAAAG
ACGGAAAAGGTAGAGGACGACAGGTTATAAGTACTGCTAGGACTTGCAACTGCATCATAA
TAGTTCTTGATGCCATAAAGCCAATAACTCACAAGCGTCTCATTGAAAAGAGCTTGA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1EM56TF 584 0 0
GG
ACTCACTCACTCACTCACGTTTAAGCTCTTTACCTCGACGACGCTGCATCTGTGAGGCTC
GCTCTTTCTGCTGTAACTGCAATCATGTCGACTATTATGCAGAAGATCAAAGAAATCGAA
GATGAGATGGCAAGGACTCAGAAGAACAAAGCCACCGCTCACCATCTCGGTTTGTTAAAG
GCCAAACTTGCCAAGCTACGAAGGGACCTTCTTGCACCACCTACTAAAGGTGGTGGTGCT
GCTGCTGGCGAAGGCTTTGATGTCACCAAAAGTGGTGATTCTAGAGTTGGACTTGTTGGC
TTTCCTTCCGTTGGCAAATCCACCCTCTTGAACAAGCTCACTGGAACCTTTTCCGAGGTT
GCTTCTTATGAGTTCACAACACTGACATGCATTCCCGGTGTTATTACATACCGTGGAGCT
AAAATTCAGTTATTGGATCTTCCTGGTATTATTGAGGGTGCCAAAGACGGAAAAGGTAGA
GGACGACAGGTTATAAGTACTGCTAGGACTTGCAACTGCATCGTAATAGTTCTTGATGCC
ATAAAGCCAATAACTCACAAGCGTCTCATTGAAAAG
GAGCTT

QA 3 578 3 578
DS 



AS 1 2

CO CL8363Contig1 766 2 4 U
GGAAGACTGTTTAACCGTTGCTCAGCCGCCGGGAAGATTAAGGATGATGGATTTGATGTG
GTTATGTGCCTTACTTCTTGGAGCTGCACTTGGATATTACATCAACACTCTACGACGCCG
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ACTTTGGGTTTATACAAGAAACTCCTTCGACGAGCGCCAAAAGCCTTGAACAGATGGGAG
AATTCTGCACAGGCAAAAGTTGTTGTCAAAATCGAGAGCGAGGAAGAGATGCTAGCTTTG
CGAGAGAGAGCAAAGTCTCTTAAACTGCCAACCCATATCACCGTTGATGCCGGAAAAACA
CAGATCGCTCCGAATTCAAGGACAGTAATGGCTATTCTTGGACCGGTTGATGTTGTTGAT
GATGTAACAGGTGGATTAAAGCTTATGTAACAACTCTTAGATTCAGTATTCAGACAATCT
AGCACAAAGGAGAGAATGTTAGTGACAAATTTGTTTTCCTTCTTAACCATTTTTGGCAGC
GAAAAAGAGTATGCATTTTCTAGTTAATTACTCGATTTTACACGAATTTGTACAATTACC
TTACTTAGAACATGGTCATATGATAATATTTGTTGTTTATTCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER50TF U 1
AF RR1ER50JQ C 158
BS 1 665 RR1ER50TF
BS 666 666 RR1ER50JQ
BS 667 714 RR1ER50TF
BS 715 766 RR1ER50JQ

RD RR1ER50TF 714 0 0
GGAAGACTGTTTAACCGTTGCTCAGCCGCCGGGAAGATTAAGGATGATGGATTTGATGTG
GTTATGTGCCTTACTTCTTGGAGCTGCACTTGGATATTACATCAACACTCTACGACGCCG
TATCTTTGTCCCCTCCTCCAAATCTGTGGCCGAGTCTAGTGGGAATAAGAAGGCTAAGTC
CAAGGAACCCCTAGAGATTGAGAAACTCACTGATTCCCGCAAAAGATTCAAATGGTTTTG
GTGGCGAGGAATGATCTTAAAATGGGTAAAGGGAAGATTGCAGCTCAATGCAGTCATGCA
ACTTTGGGTTTATACAAGAAACTCCTTCGACGAGCGCCAAAAGCCTTGAACAGATGGGAG
AATTCTGCACAGGCAAAAGTTGTTGTCAAAATCGAGAGCGAGGAAGAGATGCTAGCTTTG
CGAGAGAGAGCAAAGTCTCTTAAACTGCCAACCCATATCACCGTTGATGCCGGAAAAACA
CAGATCGCTCCGAATTCAAGGACAGTAATGGCTATTCTTGGACCGGTTGATGTTGTTGAT
GATGTAACAGGTGGATTAAAGCTTATGTAACAACTCTTAGATTCAGTATTCAGACAATCT
AGCACAAAGGAGAGAATGTTAGTGACAAATTTGTTTTCCTTCTTAACCATTTTTGGCAGC
GAAAA*GAGTATGCATTTTCTAGTTAATTACTCGATTTTACACGAATTTGTACA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1ER50JQ 609 0 0
AGTGGGAATAAGAAGGCTAAGTCCAAGGAACCCCTAGAGATTGAGAAACTCACTGATTCC
CGCAAAAGATTCAAATGGTTTTGGTGGCGAGGAATGATCTTAAAATGGGTAAAGGGAAGA
TTGCAGCTCAATGCAGTCATGCAACTTTGGGTTTATACAAGAAACTCCTTCGACGAGCGC
CAAAAGCCTTGAACAGATGGGAGAATTCTGCACAGGCAAAAGTTGTTGTCAAAATCGAGA
GCGAGGAAGAGATGCTAGCTTTGCGAGAGAGAGCAAAGTCTCTTAAACTGCCAACCCATA
TCACCGTTGATGCCGGAAAAACACAGATCGCTCCGAATTCAAGGACAGTAATGGCTATTC
TTGGACCGGTTGATGTTGTTGATGATGTAACAGGTGGATTAAAGCTTATGTAACAACTCT
TAGATTCAGTATTCAGACAATCTAGCACAAAGGAGAGAATGTTAGTGACAAATTTGTTTT
CCTTCTTAACCATTTTTGGCAGCGAAAAAGAGTATGCATTTTCTAGTTAATTACTCGATT
TTACACGAATTTGTACAATTACCTTACTTAGAACATGGTCATATGATAATATTTGTTGTT
TATTCCACC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL8364Contig1 552 2 1 U
GGGGACGTTTAACGGGATTCTAAAAGAGTTCTCGGTGAACTATCCGGAAGACAATATTGT
GGCTGTTGGTGGAAGCTACAATCATATTTTCAAATATGATACAACGCTTATCACATCATT
GTACTTCACAACCTCTAAGGGATTTACCTCTCCATTATTTGGTGAGAAAAAGGGCAAAGA
CTTCGAACTCAAAGGTGAAAATGGAGGAAAGCTTCTTGGACTTTATGGACGTGATGGTAC
TGCCATCTATGCCATTGGGGCTCACTTCGAGACTGGTTCTGGTTAAAAGATCGCCGAGCT
CCACTAAAGAGCTGGTGTTTAGTTTCATCAGATCCGAGTCCATTATCGCCAATTACAGGC
TTGCCATTTAAATCCTTTTTCTTTGATTACATAAAAATATAAAATAAGCCCATCTTTTTT
TTGGTTGTTCAAAAAAAATAATAATAAATAAGGCCACCCAAAGTCTGCTTTTACCATGTA
TGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAATAAAAATGTGAAATTTGATTCTTGGTAATGT
ACGGTTGATACT


BQ
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TTGGTTGTTCAAAAAAAATAATAATAAATAAGGCCACCCAAAGTCTGCTTTTACCATGTA
TGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAATAAAAATGTGAAATTTGATTCTTGGTAATGT
ACGGTTGATACT

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

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BQ
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DS 

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GG
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DS 



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BQ
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AF RR1AK68TF U 1
AF RR1AK68JQ C 120
BS 1 671 RR1AK68TF
BS 672 885 RR1AK68JQ

RD RR1AK68TF 671 0 0
GGGTTGATCCAGATTTTATCACAAAAACGGCTTCTTAAAGATAGTGATAACTCTCATCTA
ATCAGAGCCCTCAACGCGACGTCTTCAATGCGGTTCGTCGAGCTTAAGTCCCCTGTTACA
GTATATATAGCCCGGCCGGTGCAGCTCCGTCGTGCATCAATGATTTAGCCTTTAATGTGA
GTTTCTTTAATTTCTGCGAAGTGGTGTTTCTACGGATATAAAAAGAATGTTATATCTCCG
ATTTTAAGTCCGGTAGATGTTCTTCCTCCGTTGACGTTAAGTTGATACGGTTCTGGGAGA
TCAGGAACGTCAGGTACGGTGGAGATTTCTTCTCGCTGACAAAAGTAAACAGAAACTGTT
GCGGTTACGTTCAATCAATTCGTCTGGATTCTTTTGTTTAAGAAAAATTGTTATGGCCGT
CGATATGCTTCTCCTTAGCTCCAAGATGATGATTTAAAGCCAAAGTCTTTACAAGCAGAG
TTTGAATCTGTAAATGGTATTAGTGATAAGTAGGAGGAGCTTTGGTCGCAGTTTCAGGAA
TAACAACTACGGATGCAGTGGCTGAAATTGTGGTACGCCGTGATCAGACGGTGGTTCATG
GCGAGGTGAAGAGAAAAGAGGGATGACAAGGGAGACTGAGCATGTGGTGGATGAGAAGAC
AACGCAGAGGA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR1AK68JQ 766 0 0
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AGTTTCTTTAATTTCTGCGAAGTGGTGTTTCTACGGATATAAAAAGAATGTTATATCTCC
GATTTTAAGTCCGGTAGATGTTCTTCCTCCGTTGACGTTAAGTTGATACGGTTCTGGGAG
ATCAGGAACGTCAGGTACGGTGGAGATTTCTTCTCGCTGACAAAAGTAAACAGAAACTGT
TGCGGTTACGTTCAATCAATTCGTCTGGATTCTTTTGTTTAAGAAAAATTGTTATGGCCG
TCGATATGCTTCTCCTTAGCTCCAAGATGATGATTTAAAGCCAAAGTCTTTACAAGCAGA
GTTTGAATCTGTAAATGGTATTAGTGATAAGTAGGAGGAGCTTTGGTCGCAGTTTCAGGA
ATAACAACTACGGATGCAGTGGCTGAAATTGTGGTACGCCGTGATCAGACGGTGGTTCAT
GGCGAGGTGAAGAGAAAAGAGGGATGACAAGGGAGACTGAGCATGTGGTGGATGAGAAGA
CAACGCAGAGGAAAATAGGAGGAGTCGCCGGAGACATGTTTAATGTCTCCTTCACCAGAT
CACGAAGTAGATTACCGCCATTAGCAGTATCATAAGTGCTCTGACAATGTAAACCAGTGA
GTTCCTTTGCCAAGTTGAGTATGTGTTTCGTCTTGAGAGATGGTTGAAGAATAAAACTCC
TCCATAAAATTGTAATTTCAGCTAATTCTATGACTATTAATCAATG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL8367Contig1 552 2 1 U
GGATTGCAAAACCCTAATCTGCGTGTTCAAGCGGCGCCACTTCTCATCGCAGTCTGAGAG
ACAATGTCGACAGTCGGAGAACTCGCTTGCAGCTACGCTGTTATGATCCTCGAAGACGAG
GGCATTGCCATCACTTCCGACAAGATTGCGACTATCGTGAAAGCCGCTGGTGTGGAGATT
GAGTCATACTGGCCAATGCTATTCTCCAAGATGGCTGAGAAGCGCAACGTCACTGACCTC
ATCATGAACGTTGGTGCTGGTGGCGGTGGTGGTTGTGCACCGGTTGCTGCCTCTGCACCC
GCTGCTGCTGGAGGAGCCGCAGCTGCTGCCCCTGCCAAATAGGAGAAGAAGGATGAACCA
GCGGAAGAGAGCGATGGAGATCTTGGATTCGGCTTGTTCGATTAGTTTGGTCTCCCTGTT
ATACACTTGCTATGTTCTATTGCTCTAGTTTATTTGAGATTTTCAGTTTTGCCATTTTCG
ACATTAATACAGTTTGGTCCGTTTTGTTATATCACGTTACTGCCTCGTATCGAATCTACA
AACTGATTTGGT


BQ
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AF RR1AA24JQ C 1
AF RR1AA24TF U 1
BS 1 552 RR1AA24TF

RD RR1AA24JQ 552 0 0
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GAGTCATACTGGCCAATGCTATTCTCCAAGATGGCTGAGAAGCGCAACGTCACTGACCTC
ATCATGAACGTTGGTGCTGGTGGCGGTGGTGGTTGTGCACCGGTTGCTGCCTCTGCACCC
GCTGCTGCTGGAGGAGCCGCAGCTGCTGCCCCTGCCAAATAGGAGAAGAAGGATGAACCA
GCGGAAGAGAGCGATGGAGATCTTGGATTCGGCTTGTTCGATTAGTTTGGTCTCCCTGTT
ATACACTTGCTATGTTCTATTGCTCTAGTTTATTTGAGATTTTCAGTTTTGCCATTTTCG
ACATTAATACAGTTTGGTCCGTTTTGTTATATCACGTTACTGCCTCGTATCGAATCTACA
AACTGATTTGGT

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1AA24TF 552 0 0
GGATTGCAAAACCCTAATCTGCGTGTTCAAGCGGCGCCACTTCTCATCGCAGTCTGAGAG
ACAATGTCGACAGTCGGAGAACTCGCTTGCAGCTACGCTGTTATGATCCTCGAAGACGAG
GGCATTGCCATCACTTCCGACAAGATTGCGACTATCGTGAAAGCCGCTGGTGTGGAGATT
GAGTCATACTGGCCAATGCTATTCTCCAAGATGGCTGAGAAGCGCAACGTCACTGACCTC
ATCATGAACGTTGGTGCTGGTGGCGGTGGTGGTTGTGCACCGGTTGCTGCCTCTGCACCC
GCTGCTGCTGGAGGAGCCGCAGCTGCTGCCCCTGCCAAATAGGAGAAGAAGGATGAACCA
GCGGAAGAGAGCGATGGAGATCTTGGATTCGGCTTGTTCGATTAGTTTGGTCTCCCTGTT
ATACACTTGCTATGTTCTATTGCTCTAGTTTATTTGAGATTTTCAGTTTTGCCATTTTCG
ACATTAATACAGTTTGGTCCGTTTTGTTATATCACGTTACTGCCTCGTATCGAATCTACA
AACTGATTTGGT

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

CO CL8368Contig1 1358 2 2 U
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GGGTGGGCTGAACGAACCACGTGGGAGGAAGGGCTGAAGAAGACGATGGAGTGGTACACC
GCGAACCCTGAGTGGTGGGGAGATGTTTCTGGTGCTCTGCTTCCTCATCCACGGATGCTG
ATGATGCCTGGTGATAGACTCTGTGATAGCGGTGACGAGCGTAAGGATGCGGATGGGAAT
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TTGAAGTTCCTCATCTATGGCAAGACTGGGTGGCTCGGTGGTCTCCTAGGGAAACTATGT
GAGAAGCAAGGGATTGTGTACGAGTATGGGAAAGGGAGACTAGAGGATAGGGCTTCTCTT
GTGGCGGATATTCGCAGAGTCAAACCTACTCATGTCTTCAATGCAGCCGGTTTAACGGGC
AGACCGAATGTAGACTGGTGTGAGTCACACAAACCAGAGACCATCCGAGTCAACGTGGCT
GGTACTTTGACTCTGGCAGATGTTTGCAGAGAGAACGGTCTGTTGATGATGAACTTTGCT
ACCGGTTGTATATTTGAGTATGACGCTGTACATCCAGAAGGTTCAGGGATCGGTTTTAAG
GAAGAAGACAAACCGAACTTCTTCGGTTCCTTCTACTCAAAAACAAAGGCAATGGTGGAA
GGGCTTCTAAGAGAATTCGACAACGTATGCACCTTGAGAGTGAGGATGCCGATCTCATCC
GACTTGAACAACCCACGAAACTTCATCACCAAGATCTCTCGCTACAACAAAGTGGTGAAC
ATCCCAAACAGCATGACCGTACTAGACGAACTCTTACCAATCTCAATCGAGATGGCGAAG
AGGAACCTGAGGGGGATATGGAACTTCACCAATCCTGGAGTGGTGAGCCACAACGAGATA
CTGGAGATGTACAAGAGCTACATCGAGCCGGGTTTCAAATGGTCCAACTTCACTTTGGAA
GAACAGGCTAAGGTCATTGTCGCGGCACGAAGCAACAACGAGATGGATGGTGCTAAGCTC
AGCAAGGAGTTTCCGGAGTTGCTTTCCATCAAAGACTCGTTGATCAAATACGTCTTCGAA
CCCAACAAGAGAACGTAAAAGCCTGGTTAGTTAACACACACACGCACACTTCCTCTTTCT
CTGTTCATTGTTATACTATTATCCTGCAGGTAGTTTCACTGTAATGATTCTACTATAATT
TGATTTGATTTATCATGTAATTCTTCACTCTCTTTTTGGCACTCTACGACCGAACACATC
TTTGTTTACATTAATATTATTACAGATTTATTTGAGTT


BQ
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AF RR1CF12TF U 1
AF RR1CF12JQ C 555
BS 1 702 RR1CF12TF
BS 703 1358 RR1CF12JQ

RD RR1CF12TF 715 0 0
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GGGTGGGCTGAACGAACCACGTGGGAGGAAGGGCTGAAGAAGACGATGGAGTGGTACACC
GCGAACCCTGAGTGGTGGGGAGATGTTTCTGGTGCTCTGCTTCCTCATCCACGGATGCTG
ATGATGCCTGGTGATAGACTCTGTGATAGCGGTGACGAGCGTAAGGATGCGGATGGGAAT
CAGACGTTCACGGTGGTTACTTCCACCAAGAGTGGTGGTTCTGGAGACAACAAAACGTCG
TTGAAGTTCCTCATCTATGGCAAGACTGGGTGGCTCGGTGGTCTCCTAGGGAAACTATGT
GAGAAGCAAGGGATTGTGTACGAGTATGGGAAAGGGAGACTAGAGGATAGGGCTTCTCTT
GTGGCGGATATTCGCAGAGTCAAACCTACTCATGTCTTCAATGCAGCCGGTTTAACGGGC
AGACCGAATGTAGACTGGTGTGAGTCACACAAACCAGAGACCATCCGAGTCAACGTGGCT
GGTACTTTGACTCTGGCAGATGTTTGCAGAGAGAACGGTCTGTTGATGATGAACTTTGCT
ACCGGTTGTATATTTGAGTATGACGCTGTACATCCAGAAGGTTCAGGGATCGGTTTTAAG
GAAGAAGACAAACCGAACTTCTTCGGTTCCTTCTACTCAAAA
CAAAGCAATGGTG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1CF12JQ 804 0 0
GGCAGATGTTTGCAGAGAGAACGGTCTGTTGATGATGAACTTTGCTACCGGTTGTATATT
TGAGTATGACGCTGTACATCCAGAAGGTTCAGGGATCGGTTTTAAGGAAGAAGACAAACC
GAACTTCTTCGGTTCCTTCTACTCAAAAACAAAGGCAATGGTGGAAGGGCTTCTAAGAGA
ATTCGACAACGTATGCACCTTGAGAGTGAGGATGCCGATCTCATCCGACTTGAACAACCC
ACGAAACTTCATCACCAAGATCTCTCGCTACAACAAAGTGGTGAACATCCCAAACAGCAT
GACCGTACTAGACGAACTCTTACCAATCTCAATCGAGATGGCGAAGAGGAACCTGAGGGG
GATATGGAACTTCACCAATCCTGGAGTGGTGAGCCACAACGAGATACTGGAGATGTACAA
GAGCTACATCGAGCCGGGTTTCAAATGGTCCAACTTCACTTTGGAAGAACAGGCTAAGGT
CATTGTCGCGGCACGAAGCAACAACGAGATGGATGGTGCTAAGCTCAGCAAGGAGTTTCC
GGAGTTGCTTTCCATCAAAGACTCGTTGATCAAATACGTCTTCGAACCCAACAAGAGAAC
GTAAAAGCCTGGTTAGTTAACACACACACGCACACTTCCTCTTTCTCTGTTCATTGTTAT
ACTATTATCCTGCAGGTAGTTTCACTGTAATGATTCTACTATAATTTGATTTGATTTATC
ATGTAATTCTTCACTCTCTTTTTGGCACTCTACGACCGAACACATCTTTGTTTACATTAA
TATTATTACAGATTTATTTGAGTT

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL8369Contig1 1317 2 2 U
AGGGCAACAAAAAAACTTGCCAAGAGGTCTCAACCGCTTTGGGAGACATGCTTGCTCTTT
CGGAGACCAAAGTACCAACCAGATTTAGTGAAGAGAGCAACAAGGGGAAAGCAGAATCGA
GAAGATCAGTTTCATGCATAGGCAGTGGTCTAGATCAAGAAGAAAGCGCAAGCGATTTTC
CTTTGAATACCCTTGAAAGGTCTCAATCAGTCCCTGAGATTAGACTCAATGGTGAAACTT
CAAAAGCACAATCTCACCGAGAGCTTACCGAGTCAAGAAGCTTAAAATCATCATGGAAAG
TTCCAAGCTTGTTCTTCTTCAGGAATAAGAAATCAAACAAGGAGAAGATTGATGCACTGA
CTCAACTGGCTAAGCCCACTGATGCATTACAAAGAAGAAGTATTTTTACAAGCGAGGGAG
AAGTAACACTACTGAATGAAAACCAGGACCAGCCGAGTCCAGTTTCGGTTTTACAGCATC
CTTTGGAAGAGGAGCATGTGGGAAATCCAGGATGTTCTGGGTCAACAAAGCCATGGACTA
GTCATGGAGAAGAAATGTCTCTGAAATCTAGCCTGATTGACAAATCACCTCCAATAGGAA
CAATCGCTCGGGTTTTCTCATGGGAAGATGAGCCATACACAGACATAACTAAACCTGGAA
CTGGAATCAAGGAAGATGAAGACTGGTATTACTTCATCAAATCTCTCTTACAAGCATCCG
GTTTCAGCTGCAGTGACCCGCTTATGACCCTGTGGCACTCACCGGATAGTCCTTTGGACC
CATCATTAAGAGACAAGTTTGCCAACAAGGAACCTATCAAACGAAGGAACCAGCGATCAA
ACCGCAAGCTTGTGTTTGACTGCGTCAATGCCATCATAACAGAGAGAATATCAACAGCTG
CACGCACTGGCTTGACTTCAGGATTCGACATGGTGGAACATGTTTGGACAGAGTTTAAGG
AGTGGATGGTTCAGGACTCTAACAACTTGGAAGGAGAAAGTTTGGTGAGGGAAGAGGTGG
TCGGAAAAATTTGGAGTAATAATCTGCAAGTGGAAGTGAACAACTTGGGGATTGAAATTG
AAGTGATGTTATTACATGAGCTTGTTGAAGAGGCAGTCTTTGATCTCACTCAATGAAACA
TTGTATATATGCATTCATATAATTTACTATTTATGCAAGTGTTTTGCATTCATGAAACAT
ATTGATGATATAATTTATGAAATAGTTTAACCAGTTATTAATTTACATTTTGGTTATTAT
TCTTGTTATTGTAAATGGATTCGAAATCAACAAAAGATTAGTAAAATCTTTATAGTG


BQ
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AF RR1GB80TF U 1
AF RR1GB80JQ C 577
BS 1 673 RR1GB80TF
BS 674 1317 RR1GB80JQ

RD RR1GB80TF 678 0 0
AGGGCAACAAAAAAACTTGCCAAGAGGTCTCAACCGCTTTGGGAGACATGCTTGCTCTTT
CGGAGACCAAAGTACCAACCAGATTTAGTGAAGAGAGCAACAAGGGGAAAGCAGAATCGA
GAAGATCAGTTTCATGCATAGGCAGTGGTCTAGATCAAGAAGAAAGCGCAAGCGATTTTC
CTTTGAATACCCTTGAAAGGTCTCAATCAGTCCCTGAGATTAGACTCAATGGTGAAACTT
CAAAAGCACAATCTCACCGAGAGCTTACCGAGTCAAGAAGCTTAAAATCATCATGGAAAG
TTCCAAGCTTGTTCTTCTTCAGGAATAAGAAATCAAACAAGGAGAAGATTGATGCACTGA
CTCAACTGGCTAAGCCCACTGATGCATTACAAAGAAGAAGTATTTTTACAAGCGAGGGAG
AAGTAACACTACTGAATGAAAACCAGGACCAGCCGAGTCCAGTTTCGGTTTTACAGCATC
CTTTGGAAGAGGAGCATGTGGGAAATCCAGGATGTTCTGGGTCAACAAAGCCATGGACTA
GTCATGGAGAAGAAATGTCTCTGAAATCTAGCCTGATTGACAAATCACCTCCAATAGGAA
CAATCGCTCGGGTTTTCTCATGGGAAGATGAGCCATACACAGACATAACTAAACCTGGAA
CTGGAATCAAGGA
GATGA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1GB80JQ 741 0 0
TTGACAAATCACCTCCAATAGGAACAATCGCTCGGGTTTTCTCATGGGAAGATGAGCCAT
ACACAGACATAACTAAACCTGGAACTGGAATCAAGGAAGATGAAGACTGGTATTACTTCA
TCAAATCTCTCTTACAAGCATCCGGTTTCAGCTGCAGTGACCCGCTTATGACCCTGTGGC
ACTCACCGGATAGTCCTTTGGACCCATCATTAAGAGACAAGTTTGCCAACAAGGAACCTA
TCAAACGAAGGAACCAGCGATCAAACCGCAAGCTTGTGTTTGACTGCGTCAATGCCATCA
TAACAGAGAGAATATCAACAGCTGCACGCACTGGCTTGACTTCAGGATTCGACATGGTGG
AACATGTTTGGACAGAGTTTAAGGAGTGGATGGTTCAGGACTCTAACAACTTGGAAGGAG
AAAGTTTGGTGAGGGAAGAGGTGGTCGGAAAAATTTGGAGTAATAATCTGCAAGTGGAAG
TGAACAACTTGGGGATTGAAATTGAAGTGATGTTATTACATGAGCTTGTTGAAGAGGCAG
TCTTTGATCTCACTCAATGAAACATTGTATATATGCATTCATATAATTTACTATTTATGC
AAGTGTTTTGCATTCATGAAACATATTGATGATATAATTTATGAAATAGTTTAACCAGTT
ATTAATTTACATTTTGGTTATTATTCTTGTTATTGTAAATGGATTCGAAATCAACAAAAG
ATTAGTAAAATCTTTATAGTG

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL8370Contig1 1123 2 8 U
AGGGGAGACCAAAACACAGAGCCTGTTTTCTCTCTGTTCTGTCTCTCCCTGAAACCAAAC
CGTAGGTAGCTTTAGAGATCGACGATGTCCTCGAAGAAAACACTTGTTCGAAATCTCTTC
AACATTTCCAAAACATATTCCCGGATCTCGGGTGTTACCCGAATGCGTCCTCCGACCAAA
CCCGGGACTACTCCTGACGCCGGAGATTCTGGAATCCGCCGGAGATTTCTCCACAAGGGG
CCTTTTCCTTGCCGGAGATTGTTCCAAGAGGGGGTAATCTGATGGAGAAACTCAGGGAGC
TGAGTTTATCGAACAATCGGCTTCGCCTTGATGAGATGTTACCGGCGCCGACGCCGGAGA
AGACATCTCCGGGAAGTTTTCCGGCGGTTACGGTGGATGACGTGAAGAAGCTTATGAGAG
CAGCGGAAATGGAGAAGGTGAAATCGAAGCTGAGAGAGACTGGGAAAAACTGGGTTCCGT
TGCCGGAGTTTGTCCGATTATGCGGAGAAAACAGTTCGGATCCTGAACAAGGTAACCGGG
TCGCGAATATGCTCGACGAAGCTGGAAACGTCATCGTTTTGGGAAATTTCGTCTGCCTTA
AACCCGAAGAGCTAACAATCGCCGTGGCTGGTCTTATTCCGACAAATGAACCTACTGGCG
ACCCCGCGACAAGACAAGAGTTCGAACAACTTGAGATTATAAAATCAGATATCGACAAAA
GAGCGGACGATATGGTACGGCGAGAATTAAGGGCTGGACTAGGCTTTGTTGTGGCCCAAA
CGATAGGATTTTTCAGGTTGACGTTTTGGGAACTGTCATGGGACGTGATGGAGCCCATAT
GCTACTACGTAAGTTCGACGTATTTCATGGCTGGTTATGCCTTCTTCATCCGAACCGCAA
TGGAACCTACCTTCCAAGGGTTTTACAAAAGCCGGTTCCAGACCAAGCAGAAACGGTTGA
TTAAAATGCTTGATTTCGATATCGACCGCTTTACCAAGCTACAGAAGATGCATCGTCCAG
ACTTTACTAAATCTGGTCGTTTTTGATCGTAATATTTTTTGTTGGTTAATTATCTTCTTA
TTCGGATATTAATTACAAGTATAAACGTCTAAAAGTTTTATAG


BQ
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AF RR1AA39TF U 1
AF RR1AA39JQ C 275
BS 1 779 RR1AA39TF
BS 780 780 RR1AA39JQ
BS 781 796 RR1AA39TF
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BS 812 837 RR1AA39TF
BS 838 1123 RR1AA39JQ

RD RR1AA39TF 837 0 0
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TGCCGGAGTTTGTCCGATTATGCGGAGAAAACAGTTCGGATCCTGAACAAGGTAACCGGG
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AACCCGAAGAGCTAACAATCGCCGTGGCTGGTCTTATTCCGACAAATGAACCTACTGGCG
ACCCCGCGACAAGACAAGAGTTCGAACAACTTGAGATTATAAAATCAGATATCGACAAAA
GAGCGGACGATATGGTACGGCGAGAATTAAGGGCTGGACTAGGCTTTGTTGTGGCCCAA*
CGATAGGATTTTTCAG*TTGACGTTTTGGGGACTGTCATGGGACGTGATGGAGCCCA

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR1AA39JQ 849 0 0
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GGATGACGTGAAGAAGCTTATGAGAGCAGCGGAAATGGAGAAGGTGAAATCGAAGCTGAG
AGAGACTGGGAAAAACTGGGTTCCGTTGCCGGAGTTTGTCCGATTATGCGGAGAAAACAG
TTCGGATCCTGAACAAGGTAACCGGGTCGCGAATATGCTCGACGAAGCTGGAAACGTCAT
CGTTTTGGGAAATTTCGTCTGCCTTAAACCCGAAGAGCTAACAATCGCCGTGGCTGGTCT
TATTCCGACAAATGAACCTACTGGCGACCCCGCGACAAGACAAGAGTTCGAACAACTTGA
GATTATAAAATCAGATATCGACAAAAGAGCGGACGATATGGTACGGCGAGAATTAAGGGC
TGGACTAGGCTTTGTTGTGGCCCAAACGATAGGATTTTTCAGGTTGACGTTTTGGGAACT
GTCATGGGACGTGATGGAGCCCATATGCTACTACGTAAGTTCGACGTATTTCATGGCTGG
TTATGCCTTCTTCATCCGAACCGCAATGGAACCTACCTTCCAAGGGTTTTACAAAAGCCG
GTTCCAGACCAAGCAGAAACGGTTGATTAAAATGCTTGATTTCGATATCGACCGCTTTAC
CAAGCTACAGAAGATGCATCGTCCAGACTTTACTAAATCTGGTCGTTTTTGATCGTAATA
TTTTTTGTTGGTTAATTATCTTCTTATTCGGATATTAATTACAAGTATAAACGTCTAAAA
GTTTTATAG

QA 1 849 1 849
DS 



AS 1 2

CO CL8371Contig1 881 2 4 U
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GTTGAGGCTGGCTATGCCGAAAACCTCGAATGTGGCGTATCTGAACATGATACAAGTGCT
GGTGAACTTGAAAGATGTACCTGGTGCAGAGACACTGTTCAAGGAATGGCAAGCGAGCTG
TTCCACTTATGACATCCGGGTTGTAAATGTGATGATTGGAGCTTATGCCAGAGAAGGTCT
CATCGAAAAGGCAAATGAGCTCAAGGACATCTCCAAGAAGAGGAGGGAAGCTGAATGCTA
AAACGTGGGAGCTCTTCATGGATTACTATGTAAAGAGCGGTGATACGGCTCAAGCACTTG
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AGGAGACAGTCAGAAGTTTGATGAGCCAGTTCGAGGAAAAGAAAGATGTTAACGGAGCTG
AGAGTTTGGTGGAGATTTTAAAGAAGGGAACGGATGATGTAGCCGCAGAGACGTTTGAAT
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TTTAATTTCCCTTCAAGCAAAACATTGTTAGTCGTGTAAGAGCGAGCACTTGGATTCTTT
CTGCTCTGTTTCTTATTGGTAATAAAAGAAAAAAATAGGCC


BQ
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AF RR1BE34TF U 1
AF RR1BE34JQ C 102
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AGATGGAGAATGTGAAGGTTGATAAAGCAACAGAGAAGCTGCTCGATGAATTATG

QA 1 655 1 655
DS 

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AGGAATGGCAAGCGAGCTGTTCCACTTATGACATCCGGGTTGTAAATGTGATGATTGGAG
CTTATGCCAGAGAAGGTCTCATCGAAAAGGCAAATGAGCTCAAGGACATCTCCAAGAAGA
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GGTAAGTGGCTACCGTCACAGGAGACAGTCAGAAGTTTGATGAGCCAGTTCGAGGAAAAG
AAAGATGTTAACGGAGCTGAGAGTTTGGTGGAGATTTTAAAGAAGGGAACGGATGATGTA
GCCGCAGAGACGTTTGAATCATTGATAAGAACATATGCAGCAGCTGGAAAGAGCCATCCT
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CTCGATGAATTATGTCAGGAAGAGTGAGGTCTGTTCCATCTCTCATCTCCTTCATTTTTT
TTTAATTTCCCTTCAAGCAAGATGAATTATGTCAGGAAGAGTGAGGTCTGTTCCATCTCT
CATCTCCTTCATTTTTTTTTTTAATTTCCCTTCAAGCAAAACATTGTTAGTCGTGTAAGA
GCGAGCACTTGGATTCTTTCTGCTCTGTTTCTTATTGGTAATAAAAGAAAAAAATAGGCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL8372Contig1 899 2 2 U
TTTTTCAACTCTGATTGGCGCTTGGGCCCATCCTTGAGCTATAATGATGCTTAGTAGTAG
GTTGTCAAGGCGTGGCTACTGCACTTGTGTTCATCAGCCATGGCTGTTTCTCGGACTGGG
AAATCCTGGCGACAAATACAATGGCACTAGACACAATATTGGGTTCGAGATGATTGATGT
CTTTGCTGAGTCAGTTGGGATTCAGATGAACTTGCTTAATTTCAAGGCTATAATGGGACA
AGGTCTCGTTGGCGATGTCCCTGTTATCCTGGCAAAGCCTCAAACCTACATGAACTTGAG
CGGTGAATCAAGTGGACCTCTCGCGGCTTATTACAAGTTACCTCTCAATCGTGTGCTTGT
GGTACATGATGACACACAATTGCCATGTGGTGTTCTTCGCCTTCAAGAAAAAGGAGGTCA
TGGATGTCACAACGGGTTAAAGTCAGTAATGCACCATTTCCGAGGCAACAAGGAATTTGC
AAGGCTACGAATCGGGATTGGGAAGCCTCCGGGACAAATGGATCCAAAGGCGTTCTTGTT
GCAGAAGTTCAGCATGCTAGCTCGTGAACGGATTGATGGAGCTTTAGTAGAAGGGGTGGA
AGCTCTGAAGCTGGTCTTGGCTAAAGACTTTGGAGAAAGCTGGAGATTGTTCAACGTGGA
ACAGAAGCACAAACACTTAAGGCAACACACAATAATTGCACCTTAGAGACCAAATTGCTC
TCCTCCCAATCCGATGTAGCTTACTGATAAGAAAAGAATATAGATGAGATATGATTTTAG
AATCAAAACAAACAATGATCATTTGAAAATGACTTGAGAGGAGGAAAGTAGTCTGTTGTA
ATCCTCTCTCTTCCCATGTTTTCAAGTTCTCAAGATCAGTAGCAATTACAACTTCAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C061TF U 1
AF RR1C061JQ C 89
BS 1 640 RR1C061TF
BS 641 899 RR1C061JQ

RD RR1C061TF 640 0 0
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GTTGTCAAGGCGTGGCTACTGCACTTGTGTTCATCAGCCATGGCTGTTTCTCGGACTGGG
AAATCCTGGCGACAAATACAATGGCACTAGACACAATATTGGGTTCGAGATGATTGATGT
CTTTGCTGAGTCAGTTGGGATTCAGATGAACTTGCTTAATTTCAAGGCTATAATGGGACA
AGGTCTCGTTGGCGATGTCCCTGTTATCCTGGCAAAGCCTCAAACCTACATGAACTTGAG
CGGTGAATCAAGTGGACCTCTCGCGGCTTATTACAAGTTACCTCTCAATCGTGTGCTTGT
GGTACATGATGACACACAATTGCCATGTGGTGTTCTTCGCCTTCAAGAAAAAGGAGGTCA
TGGATGTCACAACGGGTTAAAGTCAGTAATGCACCATTTCCGAGGCAACAAGGAATTTGC
AAGGCTACGAATCGGGATTGGGAAGCCTCCGGGACAAATGGATCCAAAGGCGTTCTTGTT
GCAGAAGTTCAGCATGCTAGCTCGTGAACGGATTGATGGAGCTTTAGTAGAAGGGGTGGA
AGCTCTGAAGCTGGTCTTGGCTAAAGACTTTGGAGAAAGC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1C061JQ 811 0 0
TG
TCATCAGCCATGGCTGTTTCTCGGACTGGGAAATCCTGGCGACAAATACAATGGCACTAG
ACACAATATTGGGTTCGAGATGATTGATGTCTTTGCTGAGTCAGTTGGGATTCAGATGAA
CTTGCTTAATTTCAAGGCTATAATGGGACAAGGTCTCGTTGGCGATGTCCCTGTTATCCT
GGCAAAGCCTCAAACCTACATGAACTTGAGCGGTGAATCAAGTGGACCTCTCGCGGCTTA
TTACAAGTTACCTCTCAATCGTGTGCTTGTGGTACATGATGACACACAATTGCCATGTGG
TGTTCTTCGCCTTCAAGAAAAAGGAGGTCATGGATGTCACAACGGGTTAAAGTCAGTAAT
GCACCATTTCCGAGGCAACAAGGAATTTGCAAGGCTACGAATCGGGATTGGGAAGCCTCC
GGGACAAATGGATCCAAAGGCGTTCTTGTTGCAGAAGTTCAGCATGCTAGCTCGTGAACG
GATTGATGGAGCTTTAGTAGAAGGGGTGGAAGCTCTGAAGCTGGTCTTGGCTAAAGACTT
TGGAGAAAGCTGGAGATTGTTCAACGTGGAACAGAAGCACAAACACTTAAGGCAACACAC
AATAATTGCACCTTAGAGACCAAATTGCTCTCCTCCCAATCCGATGTAGCTTACTGATAA
GAAAAGAATATAGATGAGATATGATTTTAGAATCAAAACAAACAATGATCATTTGAAAAT
GACTTGAGAGGAGGAAAGTAGTCTGTTGTAATCCTCTCTCTTCCCATGTTTTCAAGTTCT
CAAGATCAGTAGCAATTACAACTTCAAGT

QA 3 811 3 811
DS 



AS 1 2

CO CL8373Contig1 1068 2 2 U
GGGAGACTTTGGTTCTCTGTCTCATTCTCACTCTCTCATTGGCCTTCTCTATATAAAGCT
CACAGGTCGAGAGAGACAAGGAGACACACTACATAGACGATCATACAGTTTGATTACAAA
AGGAGATCTGTCGGAAAAATGGAGAATATCGACCAAGAATTCAACAATTACTGGGAGCAC
AACTCCTTCCTCCCAAACGAAGACTTCGAATACGACAGCTGGCCTTTGGAGGAAGCCATT
TCTGGGTCGTATGATTCGAGCTCGCCTGATGGGGCGGCTTCGTCACCGGCTTCTAAGAAT
ATTGTATCGGAGAGAAACCGAAGACAGAAACTTAACCAGAGACTCTTCGCTCTTCGATCA
GTTGTTCCTAATATCACTAAGATGGATAAAGCATCAATAATCAAAGATGCTATTAGTTAC
ATACAAGGGTTACAATATGAAGAAGCCAAGCTCGAAGCCGAGATCAGAGAACTTGAATCT
ACACCCAAGAGTCGTTTGAGTTTCAGTAAAGATTTTGATCGTGATTTACTGGTTCCTGTC
ACGTCCAAGAAGATGAAACAGCTTGATTCTGGTTCTTCCCGTTCTCTCATCGGAGTTATC
GAACTGAAGGTAACATCCATGGGAGATAGGGTAATGGTGGTGAATGTAACATGTAATAAG
AGGACAGACACAATGGTGAAACTGTGTGAAGTCTTTGAGTCATTGAATCTCAAAATCCTC
ACTTCCAATCTCAACTCTTTCTCTGGCATGATCTTCTACACTCTCTTTATTGAGGCGGAT
GAAGAAGAACAAGAGGTGGTGAGGCTAAAAATAGAAGCAGGAATAGGAGCATATAATGAA
ACTCAAAGCCCCACTTGGAGCATCGACTCTCTGTACTAATCACTTTTTTTTTGATTTGTT
ATGTTATTTTTTACAAATTAATAATGTGTCTCAGTTTTCGTTTTCTTTGTCCGATCACAA
AGACTTGTTTTTCGGTTTATATGATTTCTCTAATAACCCTACTCATTGATTTGGAAGATG
ATTACAGTATAGGACACATTTTGAGTTTCTATTGCATATTAAAACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EU29TF U 1
AF RR1EU29JQ C 210
BS 1 777 RR1EU29TF
BS 778 1068 RR1EU29JQ

RD RR1EU29TF 777 0 0
GGGAGACTTTGGTTCTCTGTCTCATTCTCACTCTCTCATTGGCCTTCTCTATATAAAGCT
CACAGGTCGAGAGAGACAAGGAGACACACTACATAGACGATCATACAGTTTGATTACAAA
AGGAGATCTGTCGGAAAAATGGAGAATATCGACCAAGAATTCAACAATTACTGGGAGCAC
AACTCCTTCCTCCCAAACGAAGACTTCGAATACGACAGCTGGCCTTTGGAGGAAGCCATT
TCTGGGTCGTATGATTCGAGCTCGCCTGATGGGGCGGCTTCGTCACCGGCTTCTAAGAAT
ATTGTATCGGAGAGAAACCGAAGACAGAAACTTAACCAGAGACTCTTCGCTCTTCGATCA
GTTGTTCCTAATATCACTAAGATGGATAAAGCATCAATAATCAAAGATGCTATTAGTTAC
ATACAAGGGTTACAATATGAAGAAGCCAAGCTCGAAGCCGAGATCAGAGAACTTGAATCT
ACACCCAAGAGTCGTTTGAGTTTCAGTAAAGATTTTGATCGTGATTTACTGGTTCCTGTC
ACGTCCAAGAAGATGAAACAGCTTGATTCTGGTTCTTCCCGTTCTCTCATCGGAGTTATC
GAACTGAAGGTAACATCCATGGGAGATAGGGTAATGGTGGTGAATGTAACATGTAATAAG
AGGACAGACACAATGGTGAAACTGTGTGAAGTCTTTGAGTCATTGAATCTCAAAATCCTC
ACTTCCAATCTCAACTCTTTCTCTGGCATGATCTTCTACACTCTCTTTATTGAGGCG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1EU29JQ 859 0 0
ATACGACAGCTGGC*TTTGGAGGAAGCCATTTCTGGGTCGTATGATTCGAGCTCGC*TGA
TGGG*CGGCTTCGTCACCGGCTTCTAAGAATATTGTATCGGAGAGAAAC*GAAGACAGAA
ACTTAACCAGAGACTCTTCGCTCTTCGATCAGTTGTTCCTAATATCACTAAGATGGATAA
AGCATCAATAATCAAAGATGCTATTAGTTACATACAAGGGTTACAATATGAAGAAGCCAA
GCTCGAAGCCGAGATCAGAGAACTTGAATCTACACCCAAGAGTCGTTTGAGTTTCAGTAA
AGATTTTGATCGTGATTTACTGGTTCCTGTCACGTCCAAGAAGATGAAACAGCTTGATTC
TGGTTCTTCCCGTTCTCTCATCGGAGTTATCGAACTGAAGGTAACATCCATGGGAGATAG
GGTAATGGTGGTGAATGTAACATGTAATAAGAGGACAGACACAATGGTGAAACTGTGTGA
AGTCTTTGAGTCATTGAATCTCAAAATCCTCACTTCCAATCTCAACTCTTTCTCTGGCAT
GATCTTCTACACTCTCTTTATTGAGGCGGATGAAGAAGAACAAGAGGTGGTGAGGCTAAA
AATAGAAGCAGGAATAGGAGCATATAATGAAACTCAAAGCCCCACTTGGAGCATCGACTC
TCTGTACTAATCACTTTTTTTTTGATTTGTTATGTTATTTTTTACAAATTAATAATGTGT
CTCAGTTTTCGTTTTCTTTGTCCGATCACAAAGACTTGTTTTTCGGTTTATATGATTTCT
CTAATAACCCTACTCATTGATTTGGAAGATGATTACAGTATAGGACACATTTTGAGTTTC
TATTGCATATTAAAACACC

QA 1 859 1 859
DS 



AS 1 2

CO CL8374Contig1 796 2 12 U
GGATCGGTTTTCGTTCCTATCACGAAGCCAAAGAAGCTTTCCATCAACGATCATCGCCAT
GACTGTGCTCTCATCTGCAGATCGAGATAATGGTGAGAAGAAGGTGAAGAGTTCGTATTA
TGATTTGCCGTCTATGGAAATATCAGTAGCGTTTCCTCAAGCAACCCCAGCCTCTAAGTT
CCCACCCTGCACTTCAGACTATTATCATTTCGATGATCTATTGACTCCGGAGGAACAGGC
TGTTCGGAAGAGGGTGAGAGAGTTCATGGAGAAAGAAGTTGCTCCCATTATGACTCAGTA
CTGGGAGAAGGCAGACTTTCCTTTCCATATCATTCCAAAGTTTGGAGCTTTGGGTGTTGC
TGGTGGCTCCATCAAGGGTTATGGCTGTCCTGGCCTCTCCATCACAGCGAACGCTATTGC
AACTGCAGAAATATCTAGAGTTGATGCAAGCTGTGGGACTTTTAATTTGGTGCACACCTC
TTTGGGCATGCTCACTATTGCACTTTGTGGATCAGAAGCACAAAAGCAGAAATATTTGCC
TGATTTGGCTCAGATAAAAACTGTGACTTGTTGGGCCTTGACAGAACCTGACAATGGAAG
CGATGCAAGTGCTCTAAAAACAACTGCCACAAAGGTTGAAGGAGGTTGGGTACTTGAGGG
ACAAAAGCGTTGGATTGGAAACAGCACCTTTGCAGATCTTTTGGTCATCCTTGCTAGGAA
TACGACAACAAACCAAGTCAACGGATTCTTAGTCCAGAAAGATGCGCCTGGCCTAACGGT
TACTAAGATCCCGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H731TF U 1
AF RR1AJ27TF U 17
BS 1 30 RR1H731TF
BS 31 31 RR1AJ27TF
BS 32 86 RR1H731TF
BS 87 87 RR1AJ27TF
BS 88 315 RR1H731TF
BS 316 316 RR1AJ27TF
BS 317 555 RR1H731TF
BS 556 556 RR1AJ27TF
BS 557 606 RR1H731TF
BS 607 607 RR1AJ27TF
BS 608 620 RR1H731TF
BS 621 796 RR1AJ27TF

RD RR1H731TF 620 0 0
GGATCGGTTTTCGTTCCTATCACGAAGCCAGAGAAGCTTTCCATCAACGATCATCGCCAT
GACTGTGCTCTCATCTGCAGATCGAGGTAATGGTGAGAAGAAGGTGAAGAGTTCGTATTA
TGATTTGCCGTCTATGGAAATATCAGTAGCGTTTCCTCAAGCAACCCCAGCCTCTAAGTT
CCCACCCTGCACTTCAGACTATTATCATTTCGATGATCTATTGACTCCGGAGGAACAGGC
TGTTCGGAAGAGGGTGAGAGAGTTCATGGAGAAAGAAGTTGCTCCCATTATGACTCAGTA
CTGGGAGAAGGCAGAGTTTCCTTTCCATATCATTCCAAAGTTTGGAGCTTTGGGTGTTGC
TGGTGGCTCCATCAAGGGTTATGGCTGTCCTGGCCTCTCCATCACAGCGAACGCTATTGC
AACTGCAGAAATATCTAGAGTTGATGCAAGCTGTGGGACTTTTAATTTGGTGCACACCTC
TTTGGGCATGCTCACTATTGCACTTTGTGGATCAGAAGCACAAAAGCAGAAATATTTGCC
TGATTTGGCTCAGATGAAAACTGTGACTTGTTGGGCCTTGACAGAACCTGACAATGGAAG
CGATGCGAGTGCTCTAAAAA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1AJ27TF 780 0 0
GG
ATCACGAAGCCAAAGAAGCTTTCCATCA*CGATCATCGCCATGACTGTGCTCTCATCTGC
AGATCGAGATAATGGTGAGAAGAAGGTGAAGAGTTCGTATTTTGATTTGCCGTCTATGGA
AATATCAGTAGCGTTTCCTCAAGCAACCCCAGCCTCTAAGTTCCCACCCTGCACTTCAGA
CTATTATCATTTCGATGATCTATTGACTCCGGAGGAACAGGCTGTTCGGATGAGGGTGAG
AGAGTTCATGGAGAAAGAAGTTGCTCCCATTATGACTGAGTACTGGGAGAAGGTAGACTT
TCCTTTCCATATCATTCCAAAGTTTGGGGCTTTGGGTGTTGCTGGTGGCTCTATCAAGGG
TTATGGCTGTCCTGGCCTCTCCATCACAGCGAACGCTATTGCAACTGCAGAAATATCTAG
AGTTGATGCAAGCTGTGGGACTTTTAATTTGGTGCATACCTCTTTGGGCATGCTCACTAT
TGCACTTTGTGGATCAGAAGCACAAAAGCAGAAATATTTGCCTGATTTGGCTCAGATAAA
AACTGTGACTTGTTGGGCCTTGACAGAACCTGACAATGGAAGCGATGCAAGTGCTCTAAA
AACAACTGCCACAAAGGTTGAAGGAGGTTGGGTACTTGAGGGACAAAAGCGTTGGATTGG
AAACAGCACCTTTGCAGATCTTTTGGTCATCCTTGCTAGGAATACGACAACAAACCAAGT
CAACGGATTCTTAGTCCAGAAAGATGCGCCTGGCCTAACGGTTACTAAGATCCCGAAT

QA 3 780 3 780
DS 



AS 1 2

CO CL8375Contig1 549 2 1 U
GATCTCGATCACTTGTAAAAGATGTGATGGAATATAGAAATTGCCTGAGATCAGCTTTAG
ACTGGAACTCTTCGATCGCTTTGTTATCTCTCATCAGTATACAACTATACATTGAGCTTG
TTCTGCAAACCGGTGTTCATCAAGGTGGATCAGCTTGAACCAGACACGAGCGGCCACACT
TTGACCGTTAGGGTCATCAATCAGATTTCTATTCGTCTTACGCCGCTTACTCTCACCTCC
GTCCTGCTCGGATCTCTGAGTGTCTCGTTGGATATGAGACAGCGTCCATCCTCTTTACCG
CTCACATCAATCAAGGATTACGATAACCTTCACCAGGAACCATGCATAGCTCATTATTCA
TTGGATCACAAATGATCTTGCACGGGTTGTCACAAACTGCTGGAGTTGCTTTTTTTGATG
CTTTCATGCATTGATTTATGACACAATCTTTTATACACACAGCTCTTGGGACTGAATCGG
AGACTTTTATCGAACAAATCATTGTAAATAAAGTTACAATCATGAATGCCCTATAAATTT
TATTTAACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AN95JQ C 1
AF RR1AN95TF U 1
BS 1 549 RR1AN95TF

RD RR1AN95JQ 549 0 0
GATCTCGATCACTTGTAAAAGATGTGATGGAATATAGAAATTGCCTGAGATCAGCTTTAG
ACTGGAACTCTTCGATCGCTTTGTTATCTCTCATCAGTATACAACTATACATTGAGCTTG
TTCTGCAAACCGGTGTTCATCAAGGTGGATCAGCTTGAACCAGACACGAGCGGCCACACT
TTGACCGTTAGGGTCATCAATCAGATTTCTATTCGTCTTACGCCGCTTACTCTCACCTCC
GTCCTGCTCGGATCTCTGAGTGTCTCGTTGGATATGAGACAGCGTCCATCCTCTTTACCG
CTCACATCAATCAAGGATTACGATAACCTTCACCAGGAACCATGCATAGCTCATTATTCA
TTGGATCACAAATGATCTTGCACGGGTTGTCACAAACTGCTGGAGTTGCTTTTTTTGATG
CTTTCATGCATTGATTTATGACACAATCTTTTATACACACAGCTCTTGGGACTGAATCGG
AGACTTTTATCGAACAAATCATTGTAAATAAAGTTACAATCATGAATGCCCTATAAATTT
TATTTAACC

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1AN95TF 549 0 0
GATCTCGATCACTTGTAAAAGATGTGATGGAATATAGAAATTGCCTGAGATCAGCTTTAG
ACTGGAACTCTTCGATCGCTTTGTTATCTCTCATCAGTATACAACTATACATTGAGCTTG
TTCTGCAAACCGGTGTTCATCAAGGTGGATCAGCTTGAACCAGACACGAGCGGCCACACT
TTGACCGTTAGGGTCATCAATCAGATTTCTATTCGTCTTACGCCGCTTACTCTCACCTCC
GTCCTGCTCGGATCTCTGAGTGTCTCGTTGGATATGAGACAGCGTCCATCCTCTTTACCG
CTCACATCAATCAAGGATTACGATAACCTTCACCAGGAACCATGCATAGCTCATTATTCA
TTGGATCACAAATGATCTTGCACGGGTTGTCACAAACTGCTGGAGTTGCTTTTTTTGATG
CTTTCATGCATTGATTTATGACACAATCTTTTATACACACAGCTCTTGGGACTGAATCGG
AGACTTTTATCGAACAAATCATTGTAAATAAAGTTACAATCATGAATGCCCTATAAATTT
TATTTAACC

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

CO CL8376Contig1 573 2 1 U
GGGTAGGATTACAAGCCTTTGAAATAATGGGGATAGCAGCAGTAGGGAACAACCTCATAA
CATATGTCATAAACGAAATGCATTTCCCCCTGTCTAAAGCGGCCAATATTGTCACCAATT
TTGTTGGCACCATCTTTGTATTTTCCCTCCTCGGTGGTTACCTCTCCGACGCTTTCCTCG
GCAGCTTCTGGACCATCCTCATCTTTGGCTTCGTCGAACTTTCTGGTTTTATACTACTAT
CAGTCCAAACATGATAGCTCATGGTGCAGACCAGTTCTCTCAGTCACATCCTAAACAATC
TAAAAGACTCTCATCTTACTTCAACGCCGCATATTTCGCCTTCTCCATAGGCGAGCTTAT
CGCACTTAATCTCCTGGTTTAGGTTCAAACTCATTCTGGCATGGACGTTGGATTTGGAGT
CTCTGCTGCAGCCATGACTATGGGCCTCATCAGCTTAGTCTCCGGTACAATGTATTTTCG
TAACAAACGTCCACGTCGAAGCATCTTCACTCCTATTGCCCAAGTTGTTGTGGCTGCCAT
ATTAAAAAGAAAGCTTGCGTCTCCCTCTGACCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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QA 1 573 1 573
DS 



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BQ
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AF RR1GS22TF U 1
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BQ
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AF RR1E964TF U 1
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TTATACTTCTTTTTTATCATTATTTGTCTGTGTGTGGGTGTGATCGAGTCTCTTAATTTA
TTATTGTGATTGTTTAGCAAAAGAAAATTAATAAAAATAATATAGATATGCTATTATAGA
TGAGTTCTTTAGATTGAAAGTGCTATGAGTGAGTGATTATTAAGTTTTTAACATATTCTA
AATTACTAGTTAATTAGGATATGAATGTTCTTTTTGACTAAAAGGATATGAATGTTTTAT
ATAGTTTTTGGTTATTACTCATCTGTTTCATTTTTAACATCAA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1E964JQ 715 0 0
TACCCGAAGATAACCCGAATCAGAAGAAAGGAAAATCTTCATCTTCTTCATGGGGATTCG
TGGATCCAGATATAAAGAGGAAGAAGAGAGTTGTGAGTTACAGAGCTTATACAGTTGAAG
GTAAGCTTAAAGGCTCTTTCAGAAAAAGCTTCAAGTGGGTTAAAGATAAATGCAGCAAGT
TGCTCAACTAAGCAAATCTGCTTAAGATAATCAAACTTTTTTGTGGGTTTAATGCGTTTA
AGTAAGCTCGACGGTTTCGATTTAGTTTATACTTCTTTTTTATCATTATTTGTCTGTGTG
TGGGTGTGATCGAGTCTCTTAATTTATTATTGTGATTGTTTAGCAAAAGAAAATTAATAA
AAATAATATAGATATGCTATTATAGATGAGTTCTTTAGATTGAAAGTGCTATGAGTGAGT
GATTATTAAGTTTTTAACATATTCTAAATTACTAGTTAATTAGGATATGAATGTTCTTTT
TGACTAAAAGGATATGAATGTTTTATATAGTTTTTGGTTATTACTCATCTGTTTCATTTT
TAACATCAATTAGGTTTTAATAAAGTAATTATCATGTTTGTAGAAGTAGTTTCGTTTTCT
TATTTGTCTAATGTTATATGATTATGATCATCTTGTTAAAACAATGTTTTTTTCAAACAA
TTTATTTATTCTGTACGTTTTGATGAAAAATCTGCAACACCTCTTATTCCGGTCG

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL8379Contig1 871 2 4 U
GGAAGGAGGAGGAGGAAGAAGATCGATTGGCGAGTAACCACCATGAGCTCCTTCAATGGA
AGCAGCAACATGGATAACTTTCTACTCCAAACCCTACTCGGACGCCTCCATATTCGTCCC
CCTAATTCTTCTCCTCTCCTCTCTCAATCCCTAGACGACCTCCTCCTCTCTCAATCCCTA
GACAACAGCGACGGCGATGACGACGACGACGGAGATTCTCGGAACAGCCTCGATCGGGAA
GAAGCCAGGCTGGAGAAGGAGCTGATCCGCGTCATCGTCTCGGGTCGAATCGATTCTCTG
AAGGCGAATTCAGGGCAGGCCGTGACGGTTAACGAGCACCACATCTGCGTTGGGTTCCAT
GAGGACGAGGAGTCGGATTATCGTGTGTGGGAGTGGCACGGACAAATCATGCTTTTCGAT
GAAGAGAATGGGTACACACCTGAGTATATCTACGGTAATTACTTCGAGAGGTTGCTGCCC
AAGAAGAAGGAAGCGAAACAGGAGGCTGAGGAGGAGGAGGTTGAGAATTTGGGTCTGAGA
GAGCTGATTGATGGTGGTGGAGGTGATGATGCTCGTGGCAGGGTTATTCACAGGAACATC
AACATCGGTTCCTCGAGGGCCTAAGTGTTACTTTGAGCGACTTGGCAGTAGATGTTACAT
TGCTCATGAAGATTTCAAGATGTGTGGAGTGATGAGGACAACAAAACATAACGCGTTGGT
GGGGTTTACGGCTTCTGTTCTGTTCTATTTAAACCAGTAAACCCATGGGTGAATCAGTTT
CCTTTAAAACAACCACCTGAAGTTGTTTCTGATCCAAATTTACAATACGTGTTTGATGAA
CAGAGCCAGCAAAAATTACACGATTATGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BO20TF U 1
AF RR1BO20JQ C 199
BS 1 705 RR1BO20TF
BS 706 706 RR1BO20JQ
BS 707 752 RR1BO20TF
BS 753 871 RR1BO20JQ

RD RR1BO20TF 765 0 0
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AGCAGCAACATGGATAACTTTCTACTCCAAACCCTACTCGGACGCCTCCATATTCGTCCC
CCTAATTCTTCTCCTCTCCTCTCTCAATCCCTAGACGACCTCCTCCTCTCTCAATCCCTA
GACAACAGCGACGGCGATGACGACGACGACGGAGATTCTCGGAACAGCCTCGATCGGGAA
GAAGCCAGGCTGGAGAAGGAGCTGATCCGCGTCATCGTCTCGGGTCGAATCGATTCTCTG
AAGGCGAATTCAGGGCAGGCCGTGACGGTTAACGAGCACCACATCTGCGTTGGGTTCCAT
GAGGACGAGGAGTCGGATTATCGTGTGTGGGAGTGGCACGGACAAATCATGCTTTTCGAT
GAAGAGAATGGGTACACACCTGAGTATATCTACGGTAATTACTTCGAGAGGTTGCTGCCC
AAGAAGAAGGAAGCGAAACAGGAGGCTGAGGAGGAGGAGGTTGAGAATTTGGGTCTGAGA
GAGCTGATTGATGGTGGTGGAGGTGATGATGCTCGTGGCAGGGTTATTCACAGGAACATC
AACATCGGTTCCTCGAGGGCCTAAGTGTTACTTTGAGCGACTTGGCAGTAGATGTTACAT
TGCTCATGAAGATTTCAAGATGTGTGGAGTGATGAGGACAACAAA*CATAACGCGTTGGT
GGGGTTTACGGCTTCTGTTCTGTTCTATTTAA
CCAGTAACCCATG

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1BO20JQ 673 0 0
GACGACGACGACGGAGATTCTCGGAACAGCCTCGATCGGGAAGAAGCCAGGCTGGAGAAG
GAGCTGATCCGCGTCATCGTCTCGGGTCGAATCGATTCTCTGAAGGCGAATTCAGGGCAG
GCCGTGACGGTTAACGAGCACCACATCTGCGTTGGGTTCCATGAGGACGAGGAGTCGGAT
TATCGTGTGTGGGAGTGGCACGGACAAATCATGCTTTTCGATGAAGAGAATGGGTACACA
CCTGAGTATATTTACGGTAATTACTTCGAGAGGTTGCTGCCCAAGAAGAAGGAAGCGAAA
CAGGAGGCTGAGGAGGAGGAGGTTGAGAATTTGGGTCTGAGAGAGCTGATTGATGGTGGT
GGAGGTGATGATGCTCGTGGCAGGGTTATTCACAGGAACATCAACATCGGTTCCTCGAGG
GCCTAAGTGTTACTTTGAGCGACTTGGCAGTAGATGTTACATTGCTCATGAAGATTTCAA
GATGTGTGGAGTGATGAGGACAACAAAACATAACGCGTTGGTGGGGTTTACGGCTTCTGT
TCTGTTCTATTTAAACCAGTAAACCCATGGGTGAATCAGTTTCCTTTAAAACAACCACCT
GAAGTTGTTTCTGATCCAAATTTACAATACGTGTTTGATGAACAGAGCCAGCAAAAATTA
CACGATTATGGGC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL8380Contig1 1115 2 2 U
GGAAGCAACCCAAGAGGGTGGCTGGGTTGATGATGCTCTTAGAAGCCAGGAACATAGCTT
TTTTCGCAAGGCAATCATCGTCTTCATTACAGACCAGAGGGATCAATCTAAACGAGATAG
AGAAAAAGGAATCACTCAACACGCCGATTTTAACGCCATTGCTTCTGCAATTAGACACTT
AGAATCTGAGACAAGAGAGCAATCACAGTTTATCCCTCGGGTTTGTAATCGCAATTTTTC
TTCCTGTTAGGAAGTCAATTAGACACTTAGAATCTGAGAATTCACGTCTGTTAGACCAAA
AGAGACAGCTTCAGAGAAAGCTGATTTTAACGCCATTGCTTCTGCAACTAGTGCTGCAGC
TACAATACGGCAAGCACTGGTTCCATCGAAGAGAACAGAACCATCCGAGTTTGTACCTAT
CTAGCCCGTTCCACCGGCCAGCGATACACTGTTCCAAACTGCATCCGAGTACAAAGCTGA
AACGTTGGCTGGTACATGTGGTAGTGTGTTCATCCGTGGACAGTCTTTAGATGAAACAGT
TTGTTTTTTGTTTTGGAGGTATTATCGCAGATTGCCATTCAATAGCAGCCTTTATTGCCT
TGAGTATCATTTCTGCTTCTGAGAAAGATTTGTCTTCGAACAACAACTGGTTCTCACATT
GTGATTTTGCCCACAAAAAAGGTCATGCGTTGTTAGGCCATTGACAGAGACTTCTCCCGT
ACGTGTAAGGGATGCTGCCTACCGTTGTCCCAACTATTTTCATGCCATTGCTTTAATTGG
AGAAATGGTAATTGGTTACTTATGAAAACAAAATGGTGCGCACTCCTATCACTACCATGT
TAATAAAAAAAATCATATTTTTGAATTTATGATTTCATTGGCATTTCAGATGATTAATTC
ATGACATATTAAGTGATTAATTATTCATGAAGTGAACAATTACATAATGATCTAGTAGTT
TCCACTAATTCATCACTAACTACTTTATTGTCTTCTGGATTCAATGCGATTGTAAGACTT
ATATATGCATAACTTGTATGGTTGTCTTTCACAGCTAGAAGTAAAGCTAGGTATCATTAC
TTTACTTGATACTTGCCTTAATTCGTGATTTGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F420TF U 1
AF RR1F420JQ C 347
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BS 674 1115 RR1F420JQ

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TTTTCGCAAGGCAATCATCGTCTTCATTACAGACCAGAGGGATCAATCTAAACGAGATAG
AGAAAAAGGAATCACTCAACACGCCGATTTTAACGCCATTGCTTCTGCAATTAGACACTT
AGAATCTGAGACAAGAGAGCAATCACAGTTTATCCCTCGGGTTTGTAATCGCAATTTTTC
TTCCTGTTAGGAAGTCAATTAGACACTTAGAATCTGAGAATTCACGTCTGTTAGACCAAA
AGAGACAGCTTCAGAGAAAGCTGATTTTAACGCCATTGCTTCTGCAACTAGTGCTGCAGC
TACAATACGGCAAGCACTGGTTCCATCGAAGAGAACAGAACCATCCGAGTTTGTACCTAT
CTAGCCCGTTCCACCGGCCAGCGATACACTGTTCCAAACTGCATCCGAGTACAAAGCTGA
AACGTTGGCTGGTACATGTGGTAGTGTGTTCATCCGTGGACAGTCTTTAGATGAAACAGT
TTGTTTTTTGTTTTGGAGGTATTATCGCAGATTGCCATTCAATAGCAGCCTTTATTGCCT
TGAGTATCATTTCTGCTTCTGAGAAAGATTTGTCTTCGAACAACAACTGGTTCTCACATT
GTGATTTTGCCCA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR1F420JQ 769 0 0
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GAGTTTGTACCTATCTAGCCCGTTCCACCGGCCAGCGATACACTGTTCCAAACTGCATCC
GAGTACAAAGCTGAAACGTTGGCTGGTACATGTGGTAGTGTGTTCATCCGTGGACAGTCT
TTAGATGAAACAGTTTGTTTTTTGTTTTGGAGGTATTATCGCAGATTGCCATTCAATAGC
AGCCTTTATTGCCTTGAGTATCATTTCTGCTTCTGAGAAAGATTTGTCTTCGAACAACAA
CTGGTTCTCACATTGTGATTTTGCCCACAAAAAAGGTCATGCGTTGTTAGGCCATTGACA
GAGACTTCTCCCGTACGTGTAAGGGATGCTGCCTACCGTTGTCCCAACTATTTTCATGCC
ATTGCTTTAATTGGAGAAATGGTAATTGGTTACTTATGAAAACAAAATGGTGCGCACTCC
TATCACTACCATGTTAATAAAAAAAATCATATTTTTGAATTTATGATTTCATTGGCATTT
CAGATGATTAATTCATGACATATTAAGTGATTAATTATTCATGAAGTGAACAATTACATA
ATGATCTAGTAGTTTCCACTAATTCATCACTAACTACTTTATTGTCTTCTGGATTCAATG
CGATTGTAAGACTTATATATGCATAACTTGTATGGTTGTCTTTCACAGCTAGAAGTAAAG
CTAGGTATCATTACTTTACTTGATACTTGCCTTAATTCGTGATTTGACG

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL8381Contig1 883 2 6 U
GGGTTGCCAAGCGAACCCAGAATCTTCCGAACCCCAGGTTTCAGGAATTGGGCCAAGGAG
TAAAAAAGACAATTGAGCCCATAAACAAGGAGAGTCGCAGCTGCTGCTTCTGTAATCGCC
CGCTTTGTCCTTGTTTCTATCCACAAGGGCTTGATTCTCCTTGAAGGATTTAACCGCCTC
AGTAGTTGAGTTCTTCTATGCAGATTGGTGTGAGGTTTGTCGCTATTTGGATCGGTGAAA
GAAACTGAAAATATCTAATCTGGAGGAGTCTCATCATTTGTAAGCAGCTCCAGTTGTTTT
TGAAGAAGATTCTACTCGAGTTAGGTCATCATCAGTGGATGGATGGTAAAGCTGAAACGC
AACCTGAGATGCAGAGTGACTTATAAGTGCAGCCCCGCCTCCTGAGTCTGATCCAACACC
TGAACGTTACACTTATACTTCGTCTAACCAACAAGACACACCTCAAGATAACCGCTGAAG
ATGTGAGATTGAGAGCTGTACCAAAACCTGATGACAACACTGTTGCTGGCCATTGAGCAT
GAATTAGAAAAGCCAGGTTCTCTCCTTCAGGAGTACAATCTACAAGGCAATGGTACTGAA
ACCACTGGATGACCATTAACAGGGTTTCTACTAACTAACTACAGATACTGAGGCACTTTC
TAACTCAACACTGAGGGGCTGAAAGATGGAAAGTTGGCACTTGATTTTCTGGATGCCATT
CATGCTGCTAAGGAGAGACAGTCACATTTAGAATCCCAAGTTTTTACTGCAAAAACTACG
AGCCCTGAAGCGAAAATGAGTTGAGAGATTTTAGGGCCCGTGAGCTAATGCGTATAGAGA
GGAGGCCGCGATATTGGATAAGGAGCTAAAATGAGAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CY51TF U 1
AF RR1CY51JQ C 166
BS 1 694 RR1CY51TF
BS 695 695 RR1CY51JQ
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RD RR1CY51TF 745 0 0
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TAAAAAAGACAATTGAGCCCATAAACAAGGAGAGTCGCAGCTGCTGCTTCTGTAATCGCC
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GAAACTGAAAATATCTAATCTGGAGGAGTCTCATCATTTGTAAGCAGCTCCAGTTGTTTT
TGAAGAAGATTCTACTCGAGTTAGGTCATCATCAGTGGATGGATGGTAAAGCTGAAACGC
AACCTGAGATGCAGAGTGACTTATAAGTGCAGCCCCGCCTCCTGAGTCTGATCCAACACC
TGAACGTTACACTTATACTTCGTCTAACCAACAAGACACACCTCAAGATAACCGCTGAAG
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GAATTAGAAAAGCCAGGTTCTCTCCTTCAGGAGTACAATCTACAAGGCAATGGTACTGAA
ACCACTGGATGACCATTAACAGGGTTTCTACTAACTAACTACAGATACTGAGGCACTTTC
TAACTCAACACTGAGGGGCTGAAAGATGGAAAGT*GGCACTTGATTTTCTGGATGCCATT
CATGCTGCTAAG*AGAGACAGTCAC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1CY51JQ 718 0 0
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TTTGGATCGGTGAAAGAAACTGAAAATATCTAATCTGGAGGAGTCTCATCATTTGTAAGC
AGCTCCAGTTGTTTTTGAAGAAGATTCTACTCGAGTTAGGTCATCATCAGTGGATGGATG
GTAAAGCTGAAACGCAACCTGAGATGCAGAGTGACTTATAAGTGCAGCCCCGCCTCCTGA
GTTTGATCCAACACCTGAACGTTACACTTATACTTCGTCTAACCAACAAGACACACCTCA
AGATAACCGCTGAAGATGTGAGATTGAGAGCTGTACCAAAACCTGATGACAACACTGTTG
CTGGCCATTGAGCATGAATTAGAAAAGCCAGGTTCTTTCCTTCAGGAGTACAATTTACAA
GGCAATGGTACTGAAACCACTGGATGACCATTAACAGGGTTTTTACTAACTAACTACAGA
TACTGAGGCACTTTCTAACTCAACACTGAGGGGCTGAAAGATGGAAAGTTGGCACTTGAT
TTTTTGGATGCCATTCATGCTGCTAAGGAGAGACAGTCACATTTAGAATCCCAAGTTTTT
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TAATGCGTATAGAGAGGAGGCCGCGATATTGGATAAGGAGCTAAAATGAGAAAAAAAA

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL8382Contig1 660 2 2 U
GGGAAAGCAACAAAAAAAAAAACAGAAAGTTATCTCTCTCTCTCTTTGAAGTTTCCGCCA
TGGTTCTCCGATCAGAAAACACCTGGACGTTCCTGTTAACCCTAGCGATCCTCTCCGGCC
TATCTCAATCTCTCCACTTCGAACTGCGATCAGGTCGAACAAAATGTATATCGGAAGACA
TCAAAAGCAATTCAATGACCGTCGGGAAATACACCGTCGTCAAACCCGACGAAGCTCACC
CTTCTCCTCCCTCTCACAAGATCTCCATTAGGGTGACATCGAGTTACGGGAACACGTTTC
ACCACGCGGAAGATGTGGACTCGGGACAGTTCGCGTTCACGGCGGTTGAAGCTGGAGACT
ACATGGCTTGTTTCACTGCCAACGGTCATAAGCCTGAGGTGACGTTGAGTATCGATTTTG
ATTGGAGGACGGGTATTCATTCCAAGAGCTGGAGTAGTGTCGCCAAGAAGAGTCAAGTCG
AAGTGAGTCTTTCTTTTCTTTTTTTCGTATTGTTTGGTGATGATAATAACTCAATCAGAT
TCTTCTTCTTGTTGTGTTTGTGTTTTGTAATCCAAAGGTCATGGAGTTTGAGGTAAAGCA
GCTGATTGAAACCGTCAATACGATTCATGATGAGATGTTTTATCTCAGAGACAGGAAAGC


BQ
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AF RR1FQ41TF U 1
AF RR1FQ41JQ C 1
BS 1 551 RR1FQ41TF
BS 552 660 RR1FQ41JQ

RD RR1FQ41TF 551 0 0
GGGAAAGCAACAAAAAAAAAAACAGAAAGTTATCTCTCTCTCTCTTTGAAGTTTCCGCCA
TGGTTCTCCGATCAGAAAACACCTGGACGTTCCTGTTAACCCTAGCGATCCTCTCCGGCC
TATCTCAATCTCTCCACTTCGAACTGCGATCAGGTCGAACAAAATGTATATCGGAAGACA
TCAAAAGCAATTCAATGACCGTCGGGAAATACACCGTCGTCAAACCCGACGAAGCTCACC
CTTCTCCTCCCTCTCACAAGATCTCCATTAGGGTGACATCGAGTTACGGGAACACGTTTC
ACCACGCGGAAGATGTGGACTCGGGACAGTTCGCGTTCACGGCGGTTGAAGCTGGAGACT
ACATGGCTTGTTTCACTGCCAACGGTCATAAGCCTGAGGTGACGTTGAGTATCGATTTTG
ATTGGAGGACGGGTATTCATTCCAAGAGCTGGAGTAGTGTCGCCAAGAAGAGTCAAGTCG
AAGTGAGTCTTTCTTTTCTTTTTTTCGTATTGTTTGGTGATGATAATAACTCAATCAGAT
TCTTCTTCTTG

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR1FQ41JQ 660 0 0
GGGAAAGCAACAAAAAAAAAAACAGAAAGTTATCTCTCTCTCTCTTTGAAGTTTCCGCCA
TGGTTCTCCGATCAGAAAACACCTGGACGTTCCTGTTAACCCTAGCGATCCTCTCCGGCC
TATCTCAATCTCTCCACTTCGAACTGCGATCAGGTCGAACAAAATGTATATCGGAAGACA
TCAAAAGCAATTCAATGACCGTCGGGAAATACACCGTCGTCAAACCCGACGAAGCTCACC
CTTCTCCTCCCTCTCACAAGATCTCCATTAGGGTGACATCGAGTTACGGGAACACGTTTC
ACCACGCGGAAGATGTGGACTCGGGACAGTTCGCGTTCACGGCGGTTGAAGCTGGAGACT
ACATGGCTTGTTTCACTGCCAACGGTCATAAGCCTGAGGTGACGTTGAGTATCGATTTTG
ATTGGAGGACGGGTATTCATTCCAAGAGCTGGAGTAGTGTCGCCAAGAAGAGTCAAGTCG
AAGTGAGTCTTTCTTTTCTTTTTTTCGTATTGTTTGGTGATGATAATAACTCAATCAGAT
TCTTCTTCTTGTTGTGTTTGTGTTTTGTAATCCAAAGGTCATGGAGTTTGAGGTAAAGCA
GCTGATTGAAACCGTCAATACGATTCATGATGAGATGTTTTATCTCAGAGACAGGAAAGC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL8383Contig1 664 2 12 U
GGGCACGTCCCCTCCCTTCTCTTCTTCTCTCTACTGCAGAAGAATCTGATTCCGATCGAA
AACTTGCAGAGAACAAGATGTCTCGCCGCCAATCTCTTTCCCTGCTAAAGAATCTCGGCA
GATTCACAACCCAGACCCGATCCGTGACATACATGCCCAGACCCGGCGACGGGAAGCCAC
GACCGGTGACGTTGATCCCCGGAGACGGAGTAGGACCTCTGGTGACAAACGCGGTGGAGC
AAGTGATGGAGGCGATGCACGCTCCCGTCTACTTCGAGCCCTTCGACGTCCACGGAGACA
TGAAGAGTTTGCCTGAAGGGTTGCTGGAGTCGATCAAGAAGAACAAGGTTTGTTTGAAAG
GAGGGCTCAAGACTCCCGTCGGTGGTGGTGTGAGCTCTCTGAATGTGAACCTGAGGAAGG
AGCTTGATCTGTTCGCGTCGTTGGTCAACTGTTCTAACTTGCCTGGTTTGGCGTCTCGTC
ATGAGAACGTTGATATAGTGGTGATTAGAGAGAACACGGAAGGTGAGTATGCAGGGCTTG
AGCATGAAGTTGTTCCTGGTGTTGTTGAGAGCCTCAAGGTGATCACAAAGTTTTGTTCGG
AGCGTATTGCAAAGTATGCGTTCGAGTATGCCTACTTGAACAACAGGAAGAAAGTTACGC
AGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1GI88TF U 1
AF RR1DD27TF U 25
BS 1 148 RR1GI88TF
BS 149 149 RR1DD27TF
BS 150 291 RR1GI88TF
BS 292 292 RR1DD27TF
BS 293 369 RR1GI88TF
BS 370 370 RR1DD27TF
BS 371 453 RR1GI88TF
BS 454 454 RR1DD27TF
BS 455 578 RR1GI88TF
BS 579 590 RR1DD27TF
BS 591 655 RR1GI88TF
BS 656 664 RR1DD27TF

RD RR1GI88TF 655 0 0
GGGCACGTCCCCTCCCTTCTCTTCTTCTCTCTACTGCAGAAGAATCTGATTCCGATCGAA
AACTTGCAGAGAACAAGATGTCTCGCCGCCAATCTCTTTCCCTGCTAAAGAATCTCGGCA
GATTCACAACCCAGACCCGATCCGTGACTTACATGCCCAGACCCGGCGACGGGAAGCCAC
GACCGGTGACGTTGATCCCCGGAGACGGAGTAGGACCTCTGGTGACAAACGCGGTGGAGC
AAGTGATGGAGGCGATGCACGCTCCCGTCTACTTCGAGCCCTTCGACGTCCGCGGAGACA
TGAAGAGTTTGCCTGAAGGGTTGCTGGAGTCGATCAAGAAGAACAAGGTTTGTTTGAAAG
GAGGGCTCATGACTCCCGTCGGTGGTGGTGTGAGCTCTCTGAATGTGAACCTGAGGAAGG
AGCTTGATCTGTTCGCGTCGTTGGTCAACTGTTTTAACTTGCCTGGTTTGGCGTCTCGTC
ATGAGAACGTTGATATAGTGGTGATTAGAGAGAACACGGAAGGTGAGTATGCAGGGCTTG
AGCATGAAGTTGTTCCTGGTGTTGTTGAGAGCCTCAAG************TTTTGTTCGG
AGCGTATTGCAAAGTATGCGTTCGAGTATGCCTACTTGAACAACAGGAAGAAAGT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1DD27TF 640 0 0
GG
CTCTCTACTGCAGAAGAATCTGATTCCGATCGAAAACTTGCAGAGAACAAGATGTCTCGC
CGCCAATCTCTTTCCCTGCTAAAGAATCTCGGCAGATTCACAACCCAGACCCGATCCGTG
ACATACATGCCCAGACCCGGCGACGGGAAGCCACGACCGGTGACGTTGATCCCCGGAGAC
GGAGTAGGACCTCTGGTGACAAACGCGGTGGGGCAAGTGATGGAGGCGATGCACGCTCCC
GTCTACTTCGAGCCCTTCGACGTCCACGGGGACATGAAGAGTTTGCCTGAAGGGTTGCTG
GAGTCGATCAAGAAGAACAAGGTTTGTTTGAAAGGAGGGCTCAAGACTCCCGTCGGTGGT
GGTGTGAGCTCTCTGAATGTGAACCTGAGGAAGGAGCTTGATCTGTTCGCGTCGTTGGTC
AACTGTTCTAACTTGCCTGGTTTGGCGTCTCGTCATGAGAACGTTGATATAGTGGTGATT
AGAGAGAACACGGAAGGTGAGTATGCAGGGCTTGAGCATGAAGTTGTTCCTGGTGTTGTT
GAGAGCCTCAAGGTGATCACAAAGTTTTGTTCGGAGCGTATTGCAAAGTATGCGTTCGAG
TATGCCTACTTGAACAACAGGAAGAAAGTTACGCAGTG

QA 3 640 3 640
DS 



AS 1 2

CO CL8384Contig1 941 2 4 U
GGATCGCCGGTTAGATACTTGTTACTCTCGTCTCTATTTTTCTATCGTCCCAGTTTCTTT
GATCTTTGTTTTATATTGCGAAAGGAAATTGATTAGTTTGTTTTTTCCTTCTTGGAATGT
GAAGGGAGTAGAATATTCAAGTGATGAGATTTGATCTAAAATTCTCACGACGGTCGTCTG
AGACTTTGTGTCGATTGATGTACCGATCGCTTTTCTCTGATGATTAAGCTTTCTTCACTA
TCGAATCTACTTTTTAGTTTTATCAGCCATAAATTTGTTTGATTCGTATTTTCAAAACTA
TCTTCTATACAAAAGATTTTCATCTCGCTTCGTTTTTGTTTAATCTTTATTAACCATTAA
TGTTCTCATATAATTGGAGGAACTTTTTTATCTTTCTGAAGCAGTAAAGAGCAACAATTG
ATAAATATCCAGTAGCTACGCTAACGTATAAACATTGGTCTTAAGTTATTGATATTAGGG
GATTGTGTTGTAAAGTTGTATTGTTGTATTGCTTATCGATGAAGTTGAAATCGACTATGG
AAAATTGTATAGGATGAATATCGTTATAATCTCACTGAATTGATAAATCTTTAAAGCGTT
GGGCATCTACATTAGAATCATAGTCTTCAGGTGTGGTGGAGAAGACTGTAAGAGTTTTAC
GGTGTAATGATTTTAATATCCTCATTTTTTTTCTGATGGATCAAGCGGTGAAGAAGCTTT
ACGGAAGCTGAGCAACTGTTTTGGATTGGGATAAAAGATTCAACTATGTGATGAAGCCCT
TTGGTTTTGTTTGAATTCAGCACAGAATGGACTTTATTGCCATCGATTGCTGTTTTGTGT
TTTAGTGTTTTCACCTCTCATTCGTTTGTATAGTCCTTGTTGGTTAAAGTCCATTGTGCC
AGCTTGACAAAACAGTATTGTATTCTCAAGTATTATCCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH83TF U 1
AF RR1CH83JQ C 177
BS 1 691 RR1CH83TF
BS 692 692 RR1CH83JQ
BS 693 719 RR1CH83TF
BS 720 941 RR1CH83JQ

RD RR1CH83TF 719 0 0
GGATCGCCGGTTAGATACTTGTTACTCTCGTCTCTATTTTTCTATCGTCCCAGTTTCTTT
GATCTTTGTTTTATATTGCGAAAGGAAATTGATTAGTTTGTTTTTTCCTTCTTGGAATGT
GAAGGGAGTAGAATATTCAAGTGATGAGATTTGATCTAAAATTCTCACGACGGTCGTCTG
AGACTTTGTGTCGATTGATGTACCGATCGCTTTTCTCTGATGATTAAGCTTTCTTCACTA
TCGAATCTACTTTTTAGTTTTATCAGCCATAAATTTGTTTGATTCGTATTTTCAAAACTA
TCTTCTATACAAAAGATTTTCATCTCGCTTCGTTTTTGTTTAATCTTTATTAACCATTAA
TGTTCTCATATAATTGGAGGAACTTTTTTATCTTTCTGAAGCAGTAAAGAGCAACAATTG
ATAAATATCCAGTAGCTACGCTAACGTATAAACATTGGTCTTAAGTTATTGATATTAGGG
GATTGTGTTGTAAAGTTGTATTGTTGTATTGCTTATCGATGAAGTTGAAATCGACTATGG
AAAATTGTATAGGATGAATATCGTTATAATCTCACTGAATTGATAAATCTTTAAAGCGTT
GGGCATCTACATTAGAATCATAGTCTTCAGGTGTGGTGGAGAAGACTGTAAGAGTTTTAC
GGTGTAATGATTTTAATATCCTCATTTTTTT*CTGATGGATCAAGCGGTGAAGAAGCTT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1CH83JQ 765 0 0
TCTGAGACTTTGTGTCGATTGATGTACCGATCGCTTTTCTCTGATGATTAAGCTTTCTTC
ACTATCGAATCTACTTTTTAGTTTTATCAGCCATAAATTTGTTTGATTCGTATTTTCAAA
ACTATCTTCTATACAAAAGATTTTCATCTCGCTTCGTTTTTGTTTAATCTTTATTAACCA
TTAATGTTCTCATATAATTGGAGGAACTTTTTTATCTTTCTGAAGCAGTAAAGAGCAACA
ATTGATAAATATCCAGTAGCTACGCTAACGTATAAACATTGGTCTTAAGTTATTGATATT
AGGGGATTGTGTTGTAAAGTTGTATTGTTGTATTGCTTATCGATGAAGTTGAAATCGACT
ATGGAAAATTGTATAGGATGAATATCGTTATAATCTCACTGAATTGATAAATCTTTAAAG
CGTTGGGCATCTACATTAGAATCATAGTCTTCAGGTGTGGTGGAGAAGACTGTAAGAGTT
TTACGGTGTAATGATTTTAATATCCTCATTTTTTTTCTGATGGATCAAGCGGTGAAGAAG
CTTTACGGAAGCTGAGCAACTGTTTTGGATTGGGATAAAAGATTCAACTATGTGATGAAG
CCCTTTGGTTTTGTTTGAATTCAGCACAGAATGGACTTTATTGCCATCGATTGCTGTTTT
GTGTTTTAGTGTTTTCACCTCTCATTCGTTTGTATAGTCCTTGTTGGTTAAAGTCCATTG
TGCCAGCTTGACAAAACAGTATTGTATTCTCAAGTATTATCCAGT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL8385Contig1 557 2 2 U
TTTTTTTCCCACACAATAAAACTGTTATCAGATTGGCTCATAACTGGTTCTCAAATCTCA
ATAGAAATATTCAGAGCAAAGAAAAGGAAAAATTAATCGTAGAAAACTTCTTCAAGATCC
TCGATTCATGCTCTGATAGATAGTCTACTAATTAAAGTTCCAATACAGAGAGCAAACTCA
AAGTCGAAATACAGACACCAGTGGTGAAAGGTAGGCTAAGATCTTCCAACTGGTTCAAGA
GCTTCAACTGTGACGATGCTGTTTCCTCTTATCACCACCATGCCAATGTCAGTTTTGTCA
TCACCATTGACCTCAACAGTGTTATCGACAACAAGGTTCATGAACTGGTCAAACCCACGG
AGAGTTCCAACTACCATTCTGTTCGCATTAAGCTTAATTTGGAGCTTCTTGTCCATGTAC
TTCTTGAGATCCGGAGGCTGGCCTGATCGACTCATACTTGCAGAATCGGAGAAGACGGAG
ACGGAGAGAGACTAGGGTTTTCTCTCTTAGAGGTCGGAAGTATCTCGCTCAATTCGATTC
CGGAGAGAAAATAGATC


BQ
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AF RR1E126TF C 1
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AAGTCGAAATACAGACACCAGTGGTGAAAGGTAGGCTAAGATCTTCCAACTGGTTCAAGA
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TCACCATTGACCTCAACAGTGTTATCGACAACAAGGTTCATGAACTGGTCAAACCCACGG
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ACGGAGAGAGACTAGGGTTTTCTCTCTTAGAGGTCGGAAGTATCTCGCTCAATTCGATTC
CGGAGAGAAAATAGATC

QA 1 557 1 557
DS 

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AATACAGACACCAGTGGTGAAAGGTAGGCTAAGATCTTCCAACTGGTTCAAGAGCTTCAA
CTGTGACGATGCTGTTTCCTCTTATCACCACCATGCCAATGTCAGTTTTGTCATCACCAT
TGACCTCAACAGTGTTATCGACAACAAGGTTCATGAACTGGTCAAACCCACGGAGAGTTC
CAACTACCATTCTGTTCGCATTAAGCTTAATTTGGAGCTTCTTGTCCATGTACTTCTTGA
GATCCGGAGGCTGGCCTGATCGACTCATACTTGCAGAATCGGAGAAGACGGAGACGGAGA
GAGACTAGGGTTTTCTCTCTTAGAGGTCGGAAGTATCTCGCTCAATTCGATTCCGGAGAG
AAAATAGATC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

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GCTTCTAGGAAACAGGTGGTCTCTAATTGCTGGTAGATTACCCGGTCGGACCGCTAATGA
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CAAACCTCGACCTCGATCCTTCACGGTTAACAACGGCTGCAGCCATTTCAATGGCCAGCC
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BQ
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AF RR1G302TF U 1
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BS 1 635 RR1G302TF
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GATCAGAAAGAGAAACATTCCTTGCTCTTCAACCACACCCGCCCAAAAAAATGAAGTTTT
CAAACCTCGACCTCGATCCTTCACGGTTAACAACGGCTGCAGCCATTTCAATGGCCAGCC
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AGAGAACATGTGGTGGAAGAGTTTGCTAGAGGAGAGCCAAGAACCAGATGCGCTTGTTCC
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TCTGTTGGATGGAGAGACTGTTGAACTTGATTAGC

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GTTTCTCAATTATCCAGTTAGCTTATGTTTGTGATAGTGTTTATATTTTGC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCCGACTCTTGCTTAAGGGAAAGATTTAAGTGCAAATATATAACAGAGATAAAAAACAAT
AAAAAAAAGAGGTTTAGGATTGATAATGATGTGGTTTTTTGGATGAAAATGTGCAAATAT
GTTGGAAATTTGGGGTAATTTTTAAAAAAGGACTGTAATATAAATTTAGGATTTTGGATC
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BQ
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AF RR1B647JQ C 1
AF RR1B647TF U 260
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BS 826 842 RR1B647TF
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RD RR1B647JQ 870 0 0
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ACGGGAGATGTTGGATTTCATCCTCGCAAAGAGTGGTGGTGGTAGTTGTGAGCAAGATCC
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TT*CGTGACGAGTTTTTCGTGGTGGCGGTTGCGTTAGGGCGGTGGCTAACTTTAGGAACA
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AAAAAAAAGAGGTTTAGGATTGATAATGATGTGGTTTTTTGGATGAAAATGTGCAAATAT
GTTGGAAATTTGGG*TAATTTTTAAAAAAGGACTGTAATATAAATTTAGGATTTTGGATC
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TTTCAAAGGAGTTGAATATTTTTGAGTCCC

QA 1 870 1 870
DS 

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TGGGGTTCAATTAGCGTTGACAGGGAGAGACGCAGCAGCGTTCCGACTCTTGCTTAAGGG
AAAGATTTAAGTGCAAATATATAACAGAGATAAAAAACAATAAAAAAAAGAGGTTTAGGA
TTGATAATGATGTGGTTTTTTGGATGAAAATGTGCAAATATGTTGGAAATTTGGGGTAAT
TTTTAAAAAAGGACTGTAATATAAATTTAGGATTTTGGATCCAATTTGGGAATTTTTGTA
AGTAAAAAAAGGCAAGAAAGAAAGGGGGTTTTATGAGTTGTTTGGTGTCATTAGTGAAAA
TAAAAGCATTAGTGTTTATTCCTTATTGTAACAAAAGGAAATACTTTTGAAATGTGAAGA
TATCATTTCTATATGTTGTCTCTTT*GTACATATATGTAAATT

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

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AAACGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1CG86JQ C 1
AF RR1CG86TF U 1
BS 1 546 RR1CG86TF

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AAACGC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1CG86TF 546 0 0
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GATGTTGAGTACCGGTGCTTCGTTGGAGGTCTAGCATGGGCCACTGATGACAGAGCTCTC
GAGACTGCCTTCTCTCAGTACGGCGACGTTCTCGATTCCAAGATCATTAACGATCGTGAG
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CCATCGAAGCGATGAACGGGCAGGATCTCGACGGTCGTAGCATCACTGTGAACGAGGCTC
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GTGATGTTTGGTTCTGCTGTTTTGGGTGTAACAGTTCGTGATTAGGTATCTGATATCTGG
AAACGC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8390Contig1 900 2 2 U
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GCATGTCTTTCAAGCGACATGGGATAGTTAGGTAGGACACCTTTTTATTATTCCCTTTTT
TGGGAAAGCAAGCAGACGAGGGATGCAACACACAGTTACTAGAAATAGTCTCTTATCGAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EM81TF U 1
AF RR1EM81JQ C 196
BS 1 734 RR1EM81TF
BS 735 900 RR1EM81JQ

RD RR1EM81TF 734 0 0
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GCATGTCTTTCAAGCGACATGGGATAGTTAGGTAGGACACCTTTTTATTATTCCCTTTTT
TGGGAAAGCAAGCAGACGAGGGATGCAACACACAGTTACTAGAAATAGTCTCTTATCGAT
TATGACCAAAGCAA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1EM81JQ 705 0 0
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TCCAGATGTTACATTGGTGAAAGCGACCAGAGGGTGCTTGTCTTTACCCGACGTTGCTTC
CTTCTACGCGAAGGCCCAGAAACCATCGAAGCATCGTGTTTATGGACCAAAGACGGTGAA
AACCATGGTTTCACAGATGTTAAAGCAACCTCAAAAACCGTGGGCCAAGGATAAAATATG
GATGTTCAAAAGCAACCCGGGAGTATTTGGAAGCCCGATGTTCGATGCTGTCCTCAACGA
CTCGTCACTAGATAGAGAACTGTTGCAGTGGCTAAGAAGCAGACGGCATGTCTTTCAAGC
GACATGGGATAGTTAGGTAGGACACCTTTTTATTATTCCCTTTTTTGGGAAAGCAAGCAG
ACGAGGGATGCAACACACAGTTACTAGAAATAGTCTCTTATCGATTATGACCAAAGCAAA
AGCAGTGCCATTTGCAGCAAAGAGCCTCACTCGAGCAGCGCTTTCCCCCTCAAATTCTTA
TTGTATAGCTTTTGCTACATTTCAAATATGATTTTGGAAATTGATAAATAACTTTTGTGT
TAGGAACCATTGTTAGATTTCAGGCTCACATAATTTTCAGAGGAG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL8391Contig1 870 2 2 U
GGGAGGAGAAGAAGAGTAAAAGGAGACCACTACAATCTCATCTTCTCCATCTCTTAAAAT
CCTCTGCAGAAAACTCCTTTTCTCAATCCATCTATCCTCATCATCATCGTCTCTCAGTCC
CCATCTAACCTTACTCCCAAACCACCGCTACAATCCCTCTCGCCGCTTCTCTCTCCGTAC
CCAGAACGACAACGTAGCAGACTCTCATCCATATCCTCAGAAAGCTCGCCGGAGATGAAT
AAAGGGGGAAGTCTCAGCCTTTCTTTGCCATGGACCTCTCCATAGAAGCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTGATTTTGTTTTGATTTTGGTACACGAAGTGGGTTGTGAGCAGAGTTGGTTTG
ATTGTTTTGTCTCTGAAGTTTAATCATTTACTAGAGTGATTAGGATGTGGAAAAATATTT
CAACTTTGATTAAGAAAAGCTATGTGAGTTTCTTGCTTTGCTCCTAGCTTTCATTGCAAT
CTGATGCGTATGGTCTTCTTTTGTTTTGATATTTTCTGCAGTTAATCTGAACAGGCTGCC
AAGTCCCAAGCCGAGGAAGCTCAAGCCATGGAAGAAAGCTAGTCGGAGATGGCAGAGATT
GCAGAGAAGGCTGGCGGCGGTGGTGGTGTAGGTGAAGCCGAACAAGAAGAAGAAGAAGAG
AAGAAAACTGAATGTACGAACTTCACATCTTCTAACACTTCACAAAACCATAAGCTCAAT
GACGCGAGTTTCCTTCATTTGAATCAACATAAAATAGAATCTTCGGTTACACTTCCCCGA
CGGATATTCGAATCTAACTTTGATAAAATTAAATAAATAACATAAAATCGTCAAAAAATC
ATACAATACCACCAAAAATATTAGTCTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E986TF U 1
AF RR1E986JQ C 257
BS 1 415 RR1E986TF
BS 416 870 RR1E986JQ

RD RR1E986TF 415 0 0
GGGAGGAGAAGAAGAGTAAAAGGAGACCACTACAATCTCATCTTCTCCATCTCTTAAAAT
CCTCTGCAGAAAACTCCTTTTCTCAATCCATCTATCCTCATCATCATCGTCTCTCAGTCC
CCATCTAACCTTACTCCCAAACCACCGCTACAATCCCTCTCGCCGCTTCTCTCTCCGTAC
CCAGAACGACAACGTAGCAGACTCTCATCCATATCCTCAGAAAGCTCGCCGGAGATGAAT
AAAGGGGGAAGTCTCAGCCTTTCTTTGCCATGGACCTCTCCATAGAAGCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTGATTTTGTTTTGATTTTGGTACACGAAGTGGGTTGTGAGCAGAGTTGGTTTG
ATTGTTTTGTCTCTGAAGTTTAATCATTTACTAGAGTGATTAGGATGTGGAAAAA

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR1E986JQ 614 0 0
GCCTTTCTTTGCCATGGACCTCTCCATAGAAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGATTTTGT
TTTGATTTTGGTACACGAAGTGGGTTGTGAGCAGAGTTGGTTTGATTGTTTTGTCTCTGA
AGTTTAATCATTTACTAGAGTGATTAGGATGTGGAAAAATATTTCAACTTTGATTAAGAA
AAGCTATGTGAGTTTCTTGCTTTGCTCCTAGCTTTCATTGCAATCTGATGCGTATGGTCT
TCTTTTGTTTTGATATTTTCTGCAGTTAATCTGAACAGGCTGCCAAGTCCCAAGCCGAGG
AAGCTCAAGCCATGGAAGAAAGCTAGTCGGAGATGGCAGAGATTGCAGAGAAGGCTGGCG
GCGGTGGTGGTGTAGGTGAAGCCGAACAAGAAGAAGAAGAAGAGAAGAAAACTGAATGTA
CGAACTTCACATCTTCTAACACTTCACAAAACCATAAGCTCAATGACGCGAGTTTCCTTC
ATTTGAATCAACATAAAATAGAATCTTCGGTTACACTTCCCCGACGGATATTCGAATCTA
ACTTTGATAAAATTAAATAAATAACATAAAATCGTCAAAAAATCATACAATACCACCAAA
AATATTAGTCTTAG

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL8392Contig1 937 2 2 U
GAAAACAAAAAAAAACAGATCGGAACTTCACAATTTGATCGGAATTACTACTAGTAGCAA
AGTCGAAGATGGATGTGATAAAGACGCAGCAGATATCAGCAAGGACGATCGAGAAAGTGG
TCGTTCACCCACTCGTCTTGCTCAGTATCGTCGACCACTACAACCGCGTCGCTAAAGACT
CGCGCAAGCGCGTCGTCGGCGTCCTTCTCGGGAGCAGCTCCCGTGGCGTCGTTGACGTCA
CCAACAGCTACGCAGTGCCATTCGAGGAGGATGACAAGGATCCAAGTATCTGGTTTCTTG
ATCATAACTACCATGAGTCAATGTTCCACATGTTCAAGAGAATTAATGCCAAGGAGCATG
TTGTAGGTTGGTACAGCACAGGTCCTAAACTTCGGGAGATCCGGAGTTACCTTGACCTTG
TAATTGATGGGAAACTCCCTCTTAATCATGAGATTTTGTACCATCTGCAGGACGTTTTCA
ACTTGCTTCCGAACCTGAATGTGAACGAGCTGGTCAAAGCCTTCTCAGTGAAAACAAATG
ACATGATGCTCGTTATCTATTTATCGTCCCTCATCAGAAGTGTAATTGCGCTCCACAACT
TGATCAACAACAAGTTGCTGAACAAGGAACATGAAAAAGCAGAGGACTCAAAGCCCGTGG
CCATACCTGCCACAAGCTAAATCGCGCTGATGAGATGTGATTTAGCTAGTCATCATTGTC
TCTTGCATGACGATATCAGGTTTCTTTCCGAGTGTTGTTGACTTTCATCTGTTTGTTCTG
CTTCTGGATGTGTCAAAGAGGCTTTTTCATTTTTATCTTTCAAGTTGGTTAGGGCTTAGA
TTCCTTTTTTTTCAGTGGGGTTCAAGATGATACAAAGTTTCACCATCAATGTGTCGAAAT
CTCCACAAACATATTTGCAATTCAAGCTGGTTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK27TF U 1
AF RR1CK27JQ C 71
BS 1 625 RR1CK27TF
BS 626 937 RR1CK27JQ

RD RR1CK27TF 625 0 0
GAAAACAAAAAAAAACAGATCGGAACTTCACAATTTGATCGGAATTACTACTAGTAGCAA
AGTCGAAGATGGATGTGATAAAGACGCAGCAGATATCAGCAAGGACGATCGAGAAAGTGG
TCGTTCACCCACTCGTCTTGCTCAGTATCGTCGACCACTACAACCGCGTCGCTAAAGACT
CGCGCAAGCGCGTCGTCGGCGTCCTTCTCGGGAGCAGCTCCCGTGGCGTCGTTGACGTCA
CCAACAGCTACGCAGTGCCATTCGAGGAGGATGACAAGGATCCAAGTATCTGGTTTCTTG
ATCATAACTACCATGAGTCAATGTTCCACATGTTCAAGAGAATTAATGCCAAGGAGCATG
TTGTAGGTTGGTACAGCACAGGTCCTAAACTTCGGGAGATCCGGAGTTACCTTGACCTTG
TAATTGATGGGAAACTCCCTCTTAATCATGAGATTTTGTACCATCTGCAGGACGTTTTCA
ACTTGCTTCCGAACCTGAATGTGAACGAGCTGGTCAAAGCCTTCTCAGTGAAAACAAATG
ACATGATGCTCGTTATCTATTTATCGTCCCTCATCAGAAGTGTAATTGCGCTCCACAACT
TGATCAACAACAAGTTGCTGAACAA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1CK27JQ 867 0 0
ATGATGTGAT
AAGACGCAGCAGATATCAGCAAGGACGATCGAGAAAGTGGTCGT*CACCCACTCGTCT*G
CTCAGTATCGTCGACCACTACAACCGCGTCGCTAAAGACTCGCGCAAGCGCGTCGTCGGC
GTCCTTCTCGGGAGCAGCTCCCGTGGCGTCGTTGACGTCACCAACAGCTACGCAGTGCCA
TTCGAGGAGGATGACAAGGATCCAAGTATCTGGTTTCTTGATCATAACTACCATGAGTCA
ATGTTCCACATGTTCAAGAGAATTAATGCCAAGGAGCATGTTGTAGGTTGGTACAGCACA
GGTCCTAAACTTCGGGAGATCCGGAGTTACCTTGACCTTGTAATTGATGGGAAACTCCCT
CTTAATCATGAGATTTTGTACCATCTGCAGGACGTTTTCAACTTGCTTCCGAACCTGAAT
GTGAACGAGCTGGTCAAAGCCTTCTCAGTGAAAACAAATGACATGATGCTCGTTATCTAT
TTATCGTCCCTCATCAGAAGTGTAATTGCGCTCCACAACTTGATCAACAACAAGTTGCTG
AACAAGGAACATGAAAAAGCAGAGGACTCAAAGCCCGTGGCCATACCTGCCACAAGCTAA
ATCGCGCTGATGAGATGTGATTTAGCTAGTCATCATTGTCTCTTGCATGACGATATCAGG
TTTCTTTCCGAGTGTTGTTGACTTTCATCTGTTTGTTCTGCTTCTGGATGTGTCAAAGAG
GCTTTTTCATTTTTATCTTTCAAGTTGGTTAGGGCTTAGATTCCTTTTTTTTCAGTGGGG
TTCAAGATGATACAAAGTTTCACCATCAATGTGTCGAAATCTCCACAAACATATTTGCAA
TTCAAGCTGGTTTTGTT

QA 11 867 11 867
DS 



AS 1 2

CO CL8393Contig1 977 2 4 U
GGGACTTCTCTAGAATCAAACTTGAGTGCTAATCCCTTAAAACGATGTCAAATAACTATG
AAGATGGAGGAGTTTACTTTGATCCTGACGAAAACATGTTCAATAACGATGAAGATGGAG
GAATTTACTTTAATCCTGAAGACCAAGAACTCATCAAACTGCATCTACTACCCAAGTTAG
AAACGTACCGAAAACCCAAGTCAAAAGATAAAGAGTTTGAAGACTTCATCGAGATGAAGA
ACGTTTACGATAAGGAGCCATGGTTGCTGGACCATACCAATCATCCTTTGTTCAGGAAGA
ACGAGTGGTTTTATTTCGTGACAAGGAGTCAAGTGTCAGTGAAGAACATCGGTCGTGGTA
GGAACTCGAAGAGGAGGGTCAATGGAGACAACGATGGTGGGAGTTGGAAGCCTAACGCTA
AAAAATATATTGAGGACGAAGAAACAGGGGAGACCATAGGGAAAAAGCAAACCCTAAAGT
TCACTAAAAGCGACAAGAAGAAGCAGAAGAGAGGAGACTGCACTTCTTTTGTTGTTCCCG
GGAGCAATAGTAGCTGGATTATGCACGAGTATTCGCTACCTGACGAAAATACGTTTCAAG
AACTGGTCCTGTGCAAGATTCGCAAGATAAGCAATTCTAAGGATGAAGACGATCATCATA
ACGTAGTAGAAGACGGTTCGATTGGAGATCTCTCTGACAAATTGGCAAGCACTGGATTAG
ATGATCGACAACAAACACTAATCTACGCTGCTCCTCCAGCTACGCCTGGCGATAGATCTC
TACCAATAGATGTGGATAAATCTGATGATGATGATGAAGTGATGAACCAAGAGCTTGATA
CACATCTTTTCTAGTCCACCAAAAGCTTTTAGTTTTCATGAACAAACACAAGAAGTGCGA
ACACTTATTGAAAATCTTCTTCATGTTGCTCAAAATTATTCTTTACTGTTTTTAAAATAG
TTTCAATTATGTGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E252TF U 1
AF RR1E252JQ C 292
BS 1 827 RR1E252TF
BS 828 828 RR1E252JQ
BS 829 840 RR1E252TF
BS 841 977 RR1E252JQ

RD RR1E252TF 840 0 0
GGGACTTCTCTAGAATCAAACTTGAGTGCTAATCCCTTAAAACGATGTCAAATAACTATG
AAGATGGAGGAGTTTACTTTGATCCTGACGAAAACATGTTCAATAACGATGAAGATGGAG
GAATTTACTTTAATCCTGAAGACCAAGAACTCATCAAACTGCATCTACTACCCAAGTTAG
AAACGTACCGAAAACCCAAGTCAAAAGATAAAGAGTTTGAAGACTTCATCGAGATGAAGA
ACGTTTACGATAAGGAGCCATGGTTGCTGGACCATACCAATCATCCTTTGTTCAGGAAGA
ACGAGTGGTTTTATTTCGTGACAAGGAGTCAAGTGTCAGTGAAGAACATCGGTCGTGGTA
GGAACTCGAAGAGGAGGGTCAATGGAGACAACGATGGTGGGAGTTGGAAGCCTAACGCTA
AAAAATATATTGAGGACGAAGAAACAGGGGAGACCATAGGGAAAAAGCAAACCCTAAAGT
TCACTAAAAGCGACAAGAAGAAGCAGAAGAGAGGAGACTGCACTTCTTTTGTTGTTCCCG
GGAGCAATAGTAGCTGGATTATGCACGAGTATTCGCTACCTGACGAAAATACGTTTCAAG
AACTGGTCCTGTGCAAGATTCGCAAGATAAGCAATTCTAAGGATGAAGACGATCATCATA
ACGTAGTAGAAGACGGTTCGATTGGAGATCTCTCTGACAAATTGGCAAGCACTGGATTAG
ATGATCGACAACAAACACTAATCTACGCTGCTCCTCCAGCTACGCCTGGCGATAGATCTC
TACCAATAGATGTGGATAAATCTGATGATGATGATGAAGTGATGAAC*AAGAGCTTGATA

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR1E252JQ 686 0 0
TCAGGAAGAACGAGTGGTTTTATTTCGTGACAAGGAGTCAAGTGTCAGTGAAGAACATCG
GTCGTGGTAGGAACTCGAAGAGGAGGGTCAATGGAGACAACGATGGTGGGAGTTGGAAGC
CTAACGCTAAAAAATATATTGAGGACGAAGAAACAGGGGAGACCATAGGGAAAAAGCAAA
CCCTAAAGTTCACTAAAAGCGACAAGAAGAAGCAGAAGAGAGGAGACTGCACTTCTTTTG
TTGTTCCCGGGAGCAATAGTAGCTGGATTATGCACGAGTATTCGCTACCTGACGAAAATA
CGTTTCAAGAACTGGTCCTGTGCAAGATTCGCAAGATAAGCAATTCTAAGGATGAAGACG
ATCATCATAACGTAGTAGAAGACGGTTCGATTGGAGATCTCTCTGACAAATTGGCAAGCA
CTGGATTAGATGATCGACAACAAACACTAATTTACGCTGCTCCTCCAGCTACGCCTGGCG
ATAGATCTCTACCAATAGATGTGGATAAATCTGATGATGATGATGAAGTGATGAACCAAG
AGCTTGATACACATCTTTTCTAGTCCACCAAAAGCTTTTAGTTTTCATGAACAAACACAA
GAAGTGCGAACACTTATTGAAAATCTTCTTCATGTTGCTCAAAATTATTCTTTACTGTTT
TTAAAATAGTTTCAATTATGTGATTT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL8394Contig1 795 2 4 U
GGGGGGGAATTTTGCTGGAGCCGTTAAACCCTAGAAAGCAAAGCAGCACCGGTGAAGAAG
AAGAAGAAGAAGATATGAAAGACCACAGTTCCGATTCCGACTCCGATGGTCCACCTGAGG
AATTCACCCAGGAGCAGGCGAAGGTGGAAGATGCAGCGTTGAGGAAGATACAGAGAGAGA
ACAAAGCTAGAGTTGCCCGCGAAAAGAAAGAGAGTCGCAGGCATTTGGCAGAGAAAATAA
CGCCAAAGAAATCACGAGAAATTGAATCTTTCGAAGAAGAAGAGGCCGAGGAAGAAGAAG
AAGAAGAAGAAGACCCTGAGGCTCTTGCAAACAAGGGGTTCCTTTCCAAAGACGTCATTG
ACTTCCTTGCAGAACGGGAGAAGCCGAAAAACAGTTCTGATTTTGAAGAAGAAGAGGAGA
CCAACAAAGAACACCCGAGAAAGAAAAAGCATAAGAGCTCAGGTATTGAAACGGTTATTT
ACAAGGAGATTCCACCACCGGAATGCTTGAAAACTGGGTTAGATTTCTTGAAGAAGCGGA
AAGCACAAGTCCCTAGATCTTCTTCAGTCCTCAAGAACTCAACCCAAGCTCTCCGACTTA
TCACCGGTGCTGCTTCATCCAAGAAACCGCGACAGAAAAAATGAAAACTCTTCAATGATT
CATAATCCTTGTAGGCTTCTTCTATGCCATTACACTTTTTGTTTTTGTTTTAACATTAAA
TCAGCTTCAATACTTCACTTTTACTACATGATGTGTTAGAGAGGTTTACTAAAATATATA
ATCAAGTTTCCAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D092TF U 1
AF RR1D092JQ C 126
BS 1 674 RR1D092TF
BS 675 675 RR1D092JQ
BS 676 694 RR1D092TF
BS 695 795 RR1D092JQ

RD RR1D092TF 694 0 0
GGGGGGGAATTTTGCTGGAGCCGTTAAACCCTAGAAAGCAAAGCAGCACCGGTGAAGAAG
AAGAAGAAGAAGATATGAAAGACCACAGTTCCGATTCCGACTCCGATGGTCCACCTGAGG
AATTCACCCAGGAGCAGGCGAAGGTGGAAGATGCAGCGTTGAGGAAGATACAGAGAGAGA
ACAAAGCTAGAGTTGCCCGCGAAAAGAAAGAGAGTCGCAGGCATTTGGCAGAGAAAATAA
CGCCAAAGAAATCACGAGAAATTGAATCTTTCGAAGAAGAAGAGGCCGAGGAAGAAGAAG
AAGAAGAAGAAGACCCTGAGGCTCTTGCAAACAAGGGGTTCCTTTCCAAAGACGTCATTG
ACTTCCTTGCAGAACGGGAGAAGCCGAAAAACAGTTCTGATTTTGAAGAAGAAGAGGAGA
CCAACAAAGAACACCCGAGAAAGAAAAAGCATAAGAGCTCAGGTATTGAAACGGTTATTT
ACAAGGAGATTCCACCACCGGAATGCTTGAAAACTGGGTTAGATTTCTTGAAGAAGCGGA
AAGCACAAGTCCCTAGATCTTCTTCAGTCCTCAAGAACTCAACCCAAGCTCTCCGACTTA
TCACCGGTGCTGCTTCATCCAAGAAACCGCGACAGAAAAAATGAAAACTCTTCAATGATT
CATAATCCTTGTAG*CTTCTTCTATGCCATTACA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1D092JQ 670 0 0
ACCCAGGAGCAGGCGAAGGTGGAAGATGCAGCGTTGAGGAAGATACAGAGAGAGAACAAA
GCTAGAGTTGCCCGCGAAAAGAAAGAGAGTCGCAGGCATTTGGCAGAGAAAATAACGCCA
AAGAAATCACGAGAAATTGAATCTTTCGAAGAAGAAGAGGCCGAGGAAGAAGAAGAAGAA
GAAGAAGACCCTGAGGCTCTTGCAAACAAGGGGTTCCTTTCCAAAGACGTCATTGACTTC
CTTGCAGAACGGGAGAAGCCGAAAAACAGTTTTGATTTTGAAGAAGAAGAGGAGACCAAC
AAAGAACACCCGAGAAAGAAAAAGCATAAGAGCTCAGGTATTGAAACGGTTATTTACAAG
GAGATTCCACCACCGGAATGCTTGAAAACTGGGTTAGATTTCTTGAAGAAGCGGAAAGCA
CAAGTCCCTAGATTTTTTTCAGTCCTCAAGAACTCAACCCAAGCTTTCCGACTTATCACC
GGTGCTGCTTCATCCAAGAAACCGCGACAGAAAAAATGAAAACTCTTCAATGATTCATAA
TCCTTGTAGGCTTTTTTTATGCCATTACACTTTTTGTTTTTGTTTTAACATTAAATCAGC
TTCAATACTTCACTTTTACTACATGATGTGTTAGAGAGGTTTACTAAAATATATAATCAA
GTTTCCAAGC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL8395Contig1 1330 2 10 U
CTACGCCATTGCTCCTCCGGTTGTTAATACTCTTTATCATGCGCACCATGGCCACATCCT
CCTCTTCCTCCTTGCTCTTCCCGTCAGTATCTCTCAACAATAATCTCTCCAGCTCCAGAA
ATGCTGCTTCCTCCCTCGGATTCTCCGTCACGCGATCTAGGGTTGTTTCAATGAGCCTCT
CCACTGAGTCTCAGTGCAATCAACGACTCTTTGTTCGCCCATTACAAACCCTCCTCCGCT
TTTTCTCTTCCCTGGTCAGGGAGCTCAAGCAATAGGGATGGGGCAGGAGACTCAGAGTGT
TGCTGCAGCTGCAGAGTTGTGCAAGAAAGCTAACCATATCTTGGGGTATGATCTTCTTGA
CATTTGTGTTAATGGACCTAAAGACAAGCTTGATTCCACTGTCATTAGCCAGCCTGCTAT
TTATGTCACAAGTCTAGCAGCAGTTGAGTTGCTTCGTGTTCGTGAAGGCGGTGAGCAAAT
AATTAACTCGGTTGATGTGACTTGTGGTCTCAGCTTAGGAGAGTACACTGCTCTCGCATT
TGCTGGAGCCTTCAGCTTTGAGGATGGGCTAAAGCTTGTAAAACTTAGAGGGGAAGCCAT
GCAGGCTGCTGCGGATGCTGCTAAGAGCGCAATGGTTAGTATCATAGGGTTGGACTCAGG
AAAAGTCCAGGAGTTGTGTGATGCAGCAAATCAAGAAGTAGATGATGCTGACAGAGTCCA
GATCGCAAATTACTTATGTCCGGGTAATTACGCTGTATCTGGAGGTCTCAAGGGAATCGA
AGTTGTTGAAGCCAAAGCCAGGTCATTCAAGGCCCGAATGACGGTTCGTTTAGCTGTTGC
AGGTGCTTTCCACACAAGCTTCATGGAACCAGCAGTGTCTAGATTAGAAGCTGCATTGGC
GGAAACGGAAATCAGAAGTCCTAGGATCCCAGTGATCTCCAATGTCTATGCACAGCCTCA
CGCAGATCCAGACACGATCAAGAAGATACTTGCACGCCAGGTGACATCTCCGGTGCAATT
GGAGATAACAGTGAAGACACTCTTAGCCAAAGGACTTAAAACTAGCTATGAATTGGGACC
TGGAAAGGTGATTGCAGGGATATTCAAGAGAGTAGATAAAAGTGCCAATATCGAAAACAT
CAGTGCTTGAGAGACTCTGGTTACCTTTTTTTATTCATGTGTGTTTGAGTTGAGGATCAG
TAATAATATAAGTAAATTAAATTTTATGTATGTGGAATCTCTCTTGTGTTTTAGTAGTTT
TGGAATTCAATGTTCTGTATCGAATACTTATGCAACACTAAGCAATATATATTTGAGATG
TCTTTACCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A632TF U 1
AF RR1A632JQ C 472
BS 1 518 RR1A632TF
BS 519 519 RR1A632JQ
BS 520 604 RR1A632TF
BS 605 605 RR1A632JQ
BS 606 663 RR1A632TF
BS 664 664 RR1A632JQ
BS 665 689 RR1A632TF
BS 690 690 RR1A632JQ
BS 691 743 RR1A632TF
BS 744 1330 RR1A632JQ

RD RR1A632TF 743 0 0
CTACGCCATTGCTCCTCCGGTTGTTAATACTCTTTATCATGCGCACCATGGCCACATCCT
CCTCTTCCTCCTTGCTCTTCCCGTCAGTATCTCTCAACAATAATCTCTCCAGCTCCAGAA
ATGCTGCTTCCTCCCTCGGATTCTCCGTCACGCGATCTAGGGTTGTTTCAATGAGCCTCT
CCACTGAGTCTCAGTGCAATCAACGACTCTTTGTTCGCCCATTACAAACCCTCCTCCGCT
TTTTCTCTTCCCTGGTCAGGGAGCTCAAGCAATAGGGATGGGGCAGGAGACTCAGAGTGT
TGCTGCAGCTGCAGAGTTGTGCAAGAAAGCTAACCATATCTTGGGGTATGATCTTCTTGA
CATTTGTGTTAATGGACCTAAAGACAAGCTTGATTCCACTGTCATTAGCCAGCCTGCTAT
TTATGTCACAAGTCTAGCAGCAGTTGAGTTGCTTCGTGTTCGTGAAGGCGGTGAGCAAAT
AATTAACTCGGTTGATGTGACTTGTGGTCTCAGCTTAG*AGAGTACACTGCTCTCGCATT
TGCTGGAGCCTTCAGCTTTGAGGATGGGCTAAAGCTTGTAAAACTTAGAGGGGAAGCCAT
GCAG*CTGCTGCGGATGCTGCTAAGAGCGCAATGGTTAGTATCATAGGGTTGGACTCAGG
AAA*GTCCAGGAGTTGTGTGATGCAGCAA*TCAAGAAGTAGATGATGCTGACAGAGTCCA
GATCGCAAATTACTTATGTCCGG

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1A632JQ 859 0 0
TGAGCAAATAATTAACTCGGTTGATGTGACTTGTGGTCTCAGCTTAGGAGAGTACACTGC
TCTCGCATTTGCTGGAGCCTTCAGCTTTGAGGATGGGCTAAAGCTTGTAAAACTTAGAGG
GGAAGCCATGCAGGCTGCTGCGGATGCTGCTAAGAGCGCAATGGTTAGTATCATAGGGTT
GGACTCAGGAAAAGTCCAGGAGTTGTGTGATGCAGCAAATCAAGAAGTAGATGATGCTGA
CAGAGTCCAGATCGCAAATTACTTATGTCCGGGTAATTACGCTGTATCTGGAGGTCTCAA
GGGAATCGAAGTTGTTGAAGCCAAAGCCAGGTCATTCAAGGCCCGAATGACGGTTCGTTT
AGCTGTTGCAGGTGCTTTCCACACAAGCTTCATGGAACCAGCAGTGTCTAGATTAGAAGC
TGCATTGGCGGAAACGGAAATCAGAAGTCCTAGGATCCCAGTGATCTCCAATGTCTATGC
ACAGCCTCACGCAGATCCAGACACGATCAAGAAGATACTTGCACGCCAGGTGACATCTCC
GGTGCAATTGGAGATAACAGTGAAGACACTCTTAGCCAAAGGACTTAAAACTAGCTATGA
ATTGGGACCTGGAAAGGTGATTGCAGGGATATTCAAGAGAGTAGATAAAAGTGCCAATAT
CGAAAACATCAGTGCTTGAGAGACTCTGGTTACCTTTTTTTATTCATGTGTGTTTGAGTT
GAGGATCAGTAATAATATAAGTAAATTAAATTTTATGTATGTGGAATCTCTCTTGTGTTT
TAGTAGTTTTGGAATTCAATGTTCTGTATCGAATACTTATGCAACACTAAGCAATATATA
TTTGAGATGTCTTTACCCT

QA 1 859 1 859
DS 



AS 1 2

CO CL8396Contig1 1119 2 4 U
GGGCCTCTCGTCTGGATTTATACACTGCAAAAGCTAATCTCGGCGATTAGGTCTCTAAGA
AGAAGAGCGAAGAGAAAATGGCGACTAATGGATCTGGACAGCTGTCACAGAAGGAAGCTG
ACATCAAGATGATGTGTGCCGCTGAGGTTCACCTCGGAACCAAGAACTGTAACTACCAAA
TGGAGCGTTACGTCTTCAAGAGACGCAACGACGGTATTTACATCTTTAACCTGGGCAAAA
CATGGGACAAGCTGCAGATGGCTGCTAGGGTTATTGTTGGTATTGAGAACCCACAGGACA
TCATTGTTCAGTCAGCTAGGCCCTATGGTCAGAGAGCTGTCCTCAAGTTCGCTCAGTACA
CTGGAGCCAACGCCATTGCTGGAAGGCACACCCCTGGTACCTTTACCAATCAGATGCAGA
CCTCCTTCAGCGAGCCTAGGCTGTTGATTCTCACCGATCCACGTACCGACCATCAGCCAA
TCAAGGAAGGCGCTTTGGGAAACATCCCAATCATTGCTTTCTGTGACACTGACTCTCCAA
TGAGGTTTGTTGACATTGGTATCCCCGCCAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTC
TCTTTTGGCTTCTTGCCCGCATGGTCCTTCAGATGCGTGGAACCATTCGCCCTGCTCAGA
AGTGGGATGTCATGGTTGACCTGTTCTTCTACAGGGAGCCAGAGGAGGCTAAGCCAGAAG
ATGAGGATGAAGTTGCTCCTCAGGCAGAGTATGGACTACCTGCCCCTGAGTATGGAGGTG
GTGGTGACCAGTGGACAACTGCTGCCATCCCTGATGCCGCATGGCCTGGAGAAGGTCAGG
CGCCAATCGCCGCTGCTCCTGCCGGTGCTTCATGGAACGATTCCAGCGCTGCTCCAGCAG
CAGAAGGTGGATGGGATACTGCTGTGCCACCCACAGCTGCAGTTGGCGGTTGGGAGTGAA
GTTGATAAGCCTTTACAATGGTTATAGACATGGTTTTTAGTTACTGCTGGGGTTGAAGAG
TTCTCAAACCGCAATTGTGTTTCTCTTTTTTTTGCACTCTTTCTTTCAAGACAAAACATT
AGATTTTTTGCACTTTTTGTTTTGAATGAAGTTTCTACT


BQ
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AF RR1AU82TF U 1
AF RR1AU82JQ C 218
BS 1 743 RR1AU82TF
BS 744 744 RR1AU82JQ
BS 745 761 RR1AU82TF
BS 762 1119 RR1AU82JQ

RD RR1AU82TF 761 0 0
GGGCCTCTCGTCTGGATTTATACACTGCAAAAGCTAATCTCGGCGATTAGGTCTCTAAGA
AGAAGAGCGAAGAGAAAATGGCGACTAATGGATCTGGACAGCTGTCACAGAAGGAAGCTG
ACATCAAGATGATGTGTGCCGCTGAGGTTCACCTCGGAACCAAGAACTGTAACTACCAAA
TGGAGCGTTACGTCTTCAAGAGACGCAACGACGGTATTTACATCTTTAACCTGGGCAAAA
CATGGGACAAGCTGCAGATGGCTGCTAGGGTTATTGTTGGTATTGAGAACCCACAGGACA
TCATTGTTCAGTCAGCTAGGCCCTATGGTCAGAGAGCTGTCCTCAAGTTCGCTCAGTACA
CTGGAGCCAACGCCATTGCTGGAAGGCACACCCCTGGTACCTTTACCAATCAGATGCAGA
CCTCCTTCAGCGAGCCTAGGCTGTTGATTCTCACCGATCCACGTACCGACCATCAGCCAA
TCAAGGAAGGCGCTTTGGGAAACATCCCAATCATTGCTTTCTGTGACACTGACTCTCCAA
TGAGGTTTGTTGACATTGGTATCCCCGCCAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTC
TCTTTTGGCTTCTTGCCCGCATGGTCCTTCAGATGCGTGGAACCATTCGCCCTGCTCAGA
AGTGGGATGTCATGGTTGACCTGTTCTTCTACAGGGAGCCAGAGGAGGCTAAGCCAGAAG
ATGAGGATGAAGTTGCTCCTCAG*CAGAGTATGGACTACCT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1AU82JQ 902 0 0
TTACATCTTTAACCTGGGCAAAACATGGGACAAGCTGCAGATGGCTGCTAGGGTTATTGT
TGGTATTGAGAACCCACAGGACATCATTGTTCAGTCAGCTAGGCCCTATGGTCAGAGAGC
TGTCCTCAAGTTCGCTCAGTACACTGGAGCCAACGCCATTGCTGGAAGGCACACCCCTGG
TACCTTTACCAATCAGATGCAGACCTCCTTCAGCGAGCCTAGGCTGTTGATTCTCACCGA
TCCACGTACCGACCATCAGCCAATCAAGGAAGGCGCTTTGGGAAACATCCCAATCATTGC
TTTCTGTGACACTGACTCTCCAATGAGGTTTGTTGACATTGGTATCCCCGCCAACAACAA
GGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTCTTTTGGCTTCTTGCCCGCATGGTCCTTCAGATGCG
TGGAACCATTCGCCCTGCTCAGAAGTGGGATGTCATGGTTGACCTGTTCTTCTACAGGGA
GCCAGAGGAGGCTAAGCCAGAAGATGAGGATGAAGTTGCTCCTCAGGCAGAGTATGGACT
ACCTGCCCCTGAGTATGGAGGTGGTGGTGACCAGTGGACAACTGCTGCCATCCCTGATGC
CGCATGGCCTGGAGAAGGTCAGGCGCCAATCGCCGCTGCTCCTGCCGGTGCTTCATGGAA
CGATTCCAGCGCTGCTCCAGCAGCAGAAGGTGGATGGGATACTGCTGTGCCACCCACAGC
TGCAGTTGGCGGTTGGGAGTGAAGTTGATAAGCCTTTACAATGGTTATAGACATGGTTTT
TAGTTACTGCTGGGGTTGAAGAGTTCTCAAACCGCAATTGTGTTTCTCTTTTTTTTGCAC
TCTTTCTTTCAAGACAAAACATTAGATTTTTTGCACTTTTTGTTTTGAATGAAGTTTCTA
CT

QA 1 902 1 902
DS 



AS 1 2

CO CL8397Contig1 921 2 8 U
GCGAGGAGGGGGTGAAGTTCTACAGGGATCTTATAAATGCACTTATAGATGATGGCATTC
AGCCAGCGATTACTCTATTTCACTAGGGAATCTCCACTTGCTCTAGAAATGAAATATGGA
GGTTTTCTAAGCGAACAAATTGTTGAGGATTTCCGGAATTTTGCAAAGTTCTGCTTCGAT
AAATTTGGAGATAAGGTTAAGAACTGGGCAACATTTAACGAGCCATCGGTATATAGTGTT
GCTGGTTATTCAAAAGGTAAGAAAGCCCCAGGACGGTGCTCTCCATTGGAAGTCATCAAA
TGCCCCTCAGGAGATTCATCCGAAGAGCCTTACAGAGTTGGTCGTAACCAAATCCTTTCT
CATGTTGCTGCTGTTGAAGAATTCCGAAAATGCAAAAAGTGCCAAGAGGGAGGTGGGAAA
ATTGGAATAGTGTTGGTGTCTCACTGGTTCGAGCCTAAAGATCCAAACTCAAATAAAGAT
GTCCAGGCAGCAAGACGTTCCCTCGAGTACCAACTCGGCTGGTTTCTTCGCCCTCTCGTG
TATGGACAGTATCCAAAGGAGATGCTAGAAGGTACCACAAGCCGAGTAGAAGCATTTACA
CCAGAAGAATCTAAGAGAATAAGAGGCTCTTTGGACTACGTTGGAATAAATTACTATGGA
GCATTCTTCTCTACTCCACTCACTAATGTTAATTCATCGCAGATTACTTATCATTCCGAC
ATGCGTGTAAACTGGACAGTTGACCAAAACCATTCACCACATCTCAAGTCAACAGCAATG
GGGTATAGTGATATACCCAGCCGGTTTAATGAATTTGATGAGACATATCAAAGATGAATA
CATGGATCCAGAGATTACATCATGGAGAATGGGATGGACGAGCTCGATGATGGGACAAGA
CCGTAGAAGAGCCCTGAACGA


BQ
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AF RR1GA30TF U 1
AF RR1DP47TF U 154
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BS 395 395 RR1DP47TF
BS 396 396 RR1GA30TF
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BS 635 718 RR1GA30TF
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AGCCAGCGATTACTCTATTTCACTAGGGAATCTCCACTTGCTCTAGAAATGAAATATGGA
GGTTTTCTAAGCGAACAAATTGTTGAGGATTTCCGGAATTTTGCAAAGTTCTGCTTCGAT
AAATTTGGAGATAAGGTTAAGAACTGGGCAACATTTAACGAGCCATCGGTATATAGTGTT
GCTGGTTATTCAAAAGGTAAGAAAGCCCCAGGACGGTGCTCTCCATTGGAAGTCATCAAA
TGCCCCTCAGGAGATTCATCCGAAGAGCCTTACAGAGTTGGTCGTAACCAAATCCTTTCT
CATGTTGCTGCTGTTGAAGAATTCCGAAAATGCATA**GTGCCAAGAGGGAGGTGGGAAA
ATTGGAATAGTGTTGGTGTCTCACTGGTTCGAGCCTAAAGATCCAAACTCAAATAAAGAT
GTCCAGGCAGCAAGACGTTCCCTCGAGTACCAACTCGGCTGGTTTCTTCGCCCTCTCGTG
TATGGACAGTATCCAAAGGAGATGCTAGAAGGTACCACAAGCCGAGTAGAAGCATTTACA
CCAGAAGAATCTAAGAGAATAAGAGGCTCTTTGTACTACGTTGGAATAAATTACTATGGA
GCATTCTTCTCTACTCCACTCACTAATGTTAATTCATCGCAGATTACTTATCATTCCG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1DP47TF 768 0 0
G
GGAATTTTGCAAAGTTCTGCTTCGATAAATTTGGAGATAAGGTTAAGAACTGGGCAACAT
TTAACGAGCCATCGGTATATAGTGTTGCTGGTTATTCAAAAGGTAAGAAAGCCCCAGGAC
GGTGCTCTCCATTTGAAGTCATCAAATGCCCCTCAGGAGATTCATCCGAAGAGCCTTACA
GAGTTGGTCGTAACCAAATCCTTTCTCATGTTGCTGCTGTTGAAGAATTCCGAAAATGCA
AAAAGTGCCAAGAGGTAGGTGGGAAAATTGGAATAGTGTTGGTGTCTCACTGGTTCGAGC
CTAAAGATCCAAACTCAAATAAAGATGTCCAGGCAGCAAGACGTTCCCTCGAGTACCAAC
TCGGCTGGTTTCTTCGCCCTCTCGTGTATGGACAGTATCCAAAGGAGATGCTAGAAGGTA
CCACAAGCCGAGTAGAAGCATTTACACCAGAAGAATCTAAGAGAATAAGAGGCTCTTTGG
ACTACGTTGGAATAAATTACTATGGAGCATTCTTCTCTACTCCACTCACTAATGTTAATT
CATCGCAGATTACTTATCATTCCGACATGCGTGTAAACTGGACAGTTGACCAAAACCATT
CACCACATCTCAAGTCAACAGCAATGGGGTATAGTGATATACCCAGCCGGTTTAATGAAT
TTGATGAGACATATCAAAGATGAATACATGGATCCAGAGATTACATCATGGAGAATGGGA
TGGACGAGCTCGATGATGGGACAAGACCGTAGAAGAGCCCTGAACGA

QA 2 768 2 768
DS 



AS 1 2

CO CL8398Contig1 586 2 3 U
GGAATCGAAGCTGGGCTACTTGCGGAGCGAATTAGCGACTGCGATCGCCGTTCGGAGAAG
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGCCATGGGAATCTCCGGAGCTC
GCTCAAGCACTGTTTGCATTCTTCTGTTGCTCTCGCTGAGCTTATTATTTTCCTGTGCTT
TCTCTAAATCTCCTCGTCCTATATCCGATGCGGAGATCAGGGAGAAGAAGAACCAATGCT
ATGCTGATATTGAGAGTGGGCTATGGGGTTGGCAATGCAAAGCTTCTTCCACAGCAAAAG
AGAATTGTGCGCTGCGTTGCCTTTCTCCCGTTTGCTATGAGCTCATTTATGAGAGTGATC
CCCTTGAAGAAGGTGAAAAAGATTTGATTCGGAGCCAAGAATACAAATATTGTATGTACA
AGTCTTCGCTCGGGGAGAGCCTGGATGGTGTTCGAGGCAGCTTTCTATAGAACCAAAGCC
AACAAGACTCTCTTTAGTTGTGTAGCATTCTGTTCTTCCATGTTTGTAAGACTTCGATTT
TGTTTCAAACGCTCATCATGTGAAAATAAAATTGCTGTTCTGCGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A506JQ C 1
AF RR1A506TF U 47
BS 1 46 RR1A506JQ
BS 47 585 RR1A506TF
BS 586 586 RR1A506JQ

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AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGCCATGGGAATCTCCGGAGCTC
GCTCAAGCACTGTTTGCATTCTTCTGTTGCTCTCGCTGAGCTTATTATTTTCCTGTGCTT
TCTCTAAATCTCCTCGTCCTATATCCGATGCGGAGATCAGGGAGAAGAAGAACCAATGCT
ATGCTGATATTGAGAGTGGGCTATGGGGTTGGCAATGCAAAGCTTCTTCCACAGCAAAAG
AGAATTGTGCGCTGCGTTGCCTTTCTCCCGTTTGCTATGAGCTCATTTATGAGAGTGATC
CCCTTGAAGAAGGTGAAAAAGATTTGATTCGGAGCCAAGAATACAAATATTGTATGTACA
AGTCTTCGCTCGGGGAGAGCCTGGATGGTGTTCGAGGCAGCTTTCTATAGAACCAAAGCC
AACAAGACTCTCTTTAGTTGTGTAGCATTCTGTTCTTCCATGTTTGTAAGACTTCGATTT
TGTTTCAAACGCTCATCATGTGAAAATAAAATTGCTGTTCTGCGCA

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1A506TF 539 0 0
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AATCTCCGGAGCTCGCTCAAGCACTGTTTGCATTCTTCTGTTGCTCTCGCTGAGCTTATT
ATTTTCCTGTGCTTTCTCTAAATCTCCTCGTCCTATATCCGATGCGGAGATCAGGGAGAA
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TTCCACAGCAAAAGAGAATTGTGCGCTGCGTTGCCTTTCTCCCGTTTGCTATGAGCTCAT
TTATGAGAGTGATCCCCTTGAAGAAGGTGAAAAAGATTTGATTCGGAGCCAAGAATACAA
ATATTGTATGTACAAGTCTTCGCTCGGGGAGAGCCTGGATGGTGTTCGAGGCAGCTTTCT
ATAGAACCAAAGCCAACAAGACTCTCTTTAGTTGTGTAGCATTCTGTTCTTCCATGTTTG
TAAGACTTCGATTTTGTTTCAAACGCTCATCATGTGAAAATAAAATTGCTGTTCTGCGC

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 2

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TTAGTGCCTTATTTCAACTTTTTTTCGGAACAAACCTTGCCAAACATGGTTTGATTGAAC
TTCAGTTTATAACCGGTTTGATTTAAAATGCAATGCAATTTCAGTTCAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GD11TF U 1
AF RR1GD11JQ C 258
BS 1 619 RR1GD11TF
BS 620 712 RR1GD11JQ

RD RR1GD11TF 628 0 0
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ATGGGTGGTGAAGATGAATCGATAGAGCAGAAGTCAGCTGTTCGCAAAGAGGCGCTTAGA
GCTTTAAGGGCAGCTCGGGAACTTACTGAGAGCAAAGAAGAGGGAGAAGGTGATGCTGCT
GCTGCTGCTGCTGTTGAAGAAGATGGTCCAGCCATGAAGTTTAGAAATTATGTTCCCCAA
GCTGAGGAGCTTCAGGGCAGTAAAGTTGCACCACCAGAGCTGCCCAAATTCGAAGATCCA
ATCGCTGCACTTCCACCTGCTGTGGAGAAGAAAGAGGACCCATTTGTCAACATTGCTCCA
AAGAAACCGAACTGGGACCTCCGAAGAGATGTCCAGAAGAATCTTGACAAGCTCGAAAGG
CGGACCCAAAAGGCAATGTATAAACTCATGGAGGAGCGTGAGAAAGAACGTGAGACGGCC
GAAGCTGATGAAAACGCAATAGAAAGTTAAAAGACCACGATGATACGACTTGAAAGAAGC
CAGAGAACACTCTACTCAGTTTTTTTTTTGTATTACTGCTCTATCCGAAGAGAGTAGCTC
TTAGTGCCTTATTTCAACT
CTTCTTCGG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1GD11JQ 455 0 0
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GTATAAACTCATGGAGGAGCGTGAGAAAGAACGTGAGACGGCCGAAGCTGATGAAAACGC
AATAGAAAGTTAAAAGACCACGATGATACGACTTGAAAGAAGCCAGAGAACACTTTACTC
AGTTTTTTTTTTGTATTACTGCTTTATCCGAAGAGAGTAGCTTTTAGTGCCTTATTTCAA
CTTTTTTTCGGAACAAACCTTGCCAAACATGGTTTGATTGAACTTCAGTTTATAACCGGT
TTGATTTAAAATGCAATGCAATTTCAGTTCAGATC

QA 1 455 1 455
DS 



AS 1 2

CO CL8400Contig1 600 2 2 U
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GAACCCTAAATCAGAAATCGATGGCGTCCTTGGCTCGCCGAGCAATGAGCCTAGCTCAGA
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ACAAACTCTTCACCGGCGGTAAAGGAGAGGAGAAGCAGCAGCCTGCACAGTGAATTTAGC
CCCGGGAAAAATGACAAGAGACCTCTCCTCCTCTTTCAGCACCCATTTTGACTGGTCTTT
TGTATCAAAGCCATCAATTACTTTGTTTGCTTTCTTTTTAAATAATAATAATATGCATCA
GAAACACTTTTGAGATCCTAAACGCTTGTGCGTTTCATAATTTCCCTATGCTTTGAAACA
TGTCAAGATTTTAGCAGTGTGATATGCTTGGGATCATTTTACTTGAATGGTCTGGATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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AF RR1DM94TF U 1
AF RR1DM94JQ C 57
BS 1 597 RR1DM94TF
BS 598 600 RR1DM94JQ

RD RR1DM94TF 597 0 0
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GAACCCTAAATCAGAAATCGATGGCGTCCTTGGCTCGCCGAGCAATGAGCCTAGCTCAGA
TTCCATCTGCACGCGTGCCCGCCTCTGTTTGTCAGCGTCGCGGTCTCGCAGGCGCCGCTG
ATTAGCATGGATCTACCAAGGTTGACTTCTGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAACTGGA
AAGAGGAGCATTTTGTGCTTATTTCGCTCTCTGGCTGGGGCTTGCTTTTCTACAGTGGAT
ACAAACTCTTCACCGGCGGTAAAGGAGAGGAGAAGCAGCAGCCTGCACAGTGAATTTAGC
CCCGGGAAAAATGACAAGAGACCTCTCCTCCTCTTTCAGCACCCATTTTGACTGGTCTTT
TGTATCAAAGCCATCAATTACTTTGTTTGCTTTCTTTTTAAATAATAATAATATGCATCA
GAAACACTTTTGAGATCCTAAACGCTTGTGCGTTTCATAATTTCCCTATGCTTTGAAACA
TGTCAAGATTTTAGCAGTGTGATATGCTTGGGATCATTTTACTTGAATGGTCTGGAT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1DM94JQ 544 0 0
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CAGATTCCATCTGCACGCGTGCCCGCCTCTGTTTGTCAGCGTCGCGGTCTCGCAGGCGCC
GCTGATTAGCATGGATCTACCAAGGTTGACTTCTGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAAC
TGGAAAGAGGAGCATTTTGTGCTTATTTCGCTCTCTGGCTGGGGCTTGCTTTTCTACAGT
GGATACAAACTCTTCACCGGCGGTAAAGGAGAGGAGAAGCAGCAGCCTGCACAGTGAATT
TAGCCCCGGGAAAAATGACAAGAGACCTCTCCTCCTCTTTCAGCACCCATTTTGACTGGT
CTTTTGTATCAAAGCCATCAATTACTTTGTTTGCTTTCTTTTTAAATAATAATAATATGC
ATCAGAAACACTTTTGAGATCCTAAACGCTTGTGCGTTTCATAATTTCCCTATGCTTTGA
AACATGTCAAGATTTTAGCAGTGTGATATGCTTGGGATCATTTTACTTGAATGGTCTGGA
TACC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL8401Contig1 604 2 2 U
GGAAAACTAGAAAGCGCTGCTTCTCCTCCATCTCCGATCAAATCCCGCGGTGGAAGTCAG
AGAGAAAGGAGACAAATGGCAATGACTAGAGCAACATCTGGCCCAGCCTACCCGGAGAGA
TTCTACGCCGCCGCATCTTACGTCGGCATCGACGGATCCGATTCGTCGGCGAAACGCGTC
AGCTCGAAATTCTCCAATGACACTGCACTAATTTTCTACGCGCTGCACCAGCAGGTCACG
CACACTTCCCATCTCCAACCTCTCTGATTGTCGAGTTTCACGAGATCTGGTTGTTGAATT
TGTTTAGTTTCATCCATCGGATCCGTATATGTAACTGCTTAGTTAAACTGTTTCCGGAGA
TTTGATTATCGATTTGATGGAAAACGTGATTGTAATACTTTTTTTTTATAGCTTGAGTGT
TGATGATCTCTTGGGATTTAACAATGTACTAGATTTTGACCCGCCCTTAAAAGGGCGGGT
ATATTTTTTTGTTTTAAATTTAATTTTTGATATTTGTTTTTTTTCTCTGATTATATTTGT
GTGTTTTTAATCCTATTTGTGTATAAATTTAATCAAAATATATTTTATTAAATAATAGCA
ATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR1H981TF U 1
AF RR1H981JQ C 21
BS 1 561 RR1H981TF
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AGCTCGAAATTCTCCAATGACACTGCACTAATTTTCTACGCGCTGCACCAGCAGGTCACG
CACACTTCCCATCTCCAACCTCTCTGATTGTCGAGTTTCACGAGATCTGGTTGTTGAATT
TGTTTAGTTTCATCCATCGGATCCGTATATGTAACTGCTTAGTTAAACTGTTTCCGGAGA
TTTGATTATCGATTTGATGGAAAACGTGATTGTAATACTTTTTTTTTATAGCTTGAGTGT
TGATGATCTCTTGGGATTTAACAATGTACTAGATTTTGACCCGCCCTTAAAAGGGCGGGT
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GTGTTTTTAATCCTATTTGTG

QA 1 561 1 561
DS 

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AATGACTAGAGCAACATCTGGCCCAGCCTACCCGGAGAGATTCTACGCCGCCGCATCTTA
CGTCGGCATCGACGGATCCGATTCGTCGGCGAAACGCGTCAGCTCGAAATTCTCCAATGA
CACTGCACTAATTTTTTACGCGCTGCACCAGCAGGTCACGCACACTTCCCATCTCCAACC
TCTCTGATTGTCGAGTTTCACGAGATCTGGTTGTTGAATTTGTTTAGTTTCATCCATCGG
ATCCGTATATGTAACTGCTTAGTTAAACTGTTTCCGGAGATTTGATTATCGATTTGATGG
AAAACGTGATTGTAATACTTTTTTTTTATAGCTTGAGTGTTGATGATCTCTTGGGATTTA
ACAATGTACTAGATTTTGACCCGCCCTTAAAAGGGCGGGTATATTTTTTTGTTTTAAATT
TAATTTTTGATATTTGTTTTTTTTCTCTGATTATATTTGTGTGTTTTTAATCCTATTTGT
GTATAAATTTAATCAAAATATATTTTATTAAATAATAGCAATTT

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

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TCCTTCTGGGCCTTCTTCCCCATTGGTAATCTCACAGGAGCAAAGGGCTTTTCAATCTCC
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CGAAGAGACACTCTTCATTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FM50TF U 1
AF RR1FM50JQ C 69
BS 1 609 RR1FM50TF
BS 610 863 RR1FM50JQ

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GTTGCTACTGAGAAGAAAGATAAAGAAAAAGAAGACTCAACAGTGGAAGTTCCAGCAAAG
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TCCTTCTGGGCCTTCTTCCCCATTGGTAATCTCACAGGAGCAAAGGGCTTTTCAATCTCC
TCATACGGA

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DS 

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TAAGAAGGATAGTCAGCTGCGTTGTGCCGTGCAAGAGTCTTCCACTTCTGCTGTTGCTAC
TGAGAAGAAAGATAAAGAAAAAGAAGACTCAACAGTGGAAGTTCCAGCAAAGAAACCAAA
ACCGGCAGCTGCCAAGGCAGCCGTGGCAAAACCGCTGGGAGAAATGATGGAAGAAGACGT
GATTCCTCCACTAAAAGCCATTCTTGAAGCTCAAGATGATATATCTGAGATTGATTTATC
TTTCCAAGACGATAAGCTTGAGGGTTTTTTCTTCAAGAAAGGTATTCAATATTCCTTCTG
GGCCTTCTTCCCCATTGGTAATCTCACAGGAGCAAAGGGCTTTTCAATCTCCTCATACGG
ATCAGGTCCAAGTACCGTAGAGCCGTTTCTAGTCGACGAGAGGAAACCAACTGCAAACCA
CGTTGTGTTTTGGGTCGAGAAACGCCTTGCTGCACAAGGGATTATTCCCGTCTGGAACCA
ATAATGTAAAGGAGGTTGTGTTTTTTATTCACTTGTTTATAATAAAACAATTACATTTCG
TATACCAAAACTGAAGAAAATCAAAGTCGTTGTATCTCTCAATATGGATTAACGAAGAGA
CACTCTTCATTAAGC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL8403Contig1 541 2 1 U
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CACGGAGTTCCTCGCGGTCCCTGGGACACTCGTGGTCGCTTTGATGGCACTTCTGAGTAT
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ACACCCAACCCGACGTATTTTGAGTTTAGAGATTCATCATCATAGTCTTTTGTGTGTTTA
TATAGAGTGTAATGAAGCTATGGGACTATATTTTGGTGTGTAGTATAAGATGAAGAAAGT
G


BQ
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20 

AF RR1GK81JQ C 1
AF RR1GK81TF U 1
BS 1 541 RR1GK81TF

RD RR1GK81JQ 541 0 0
GGCCGTTCAGTGTCTCAGAGAGGATCTTCCTTCCTTGTTCTACAAAGACCCCAACTTTAC
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CTACAAATCCATTTCTGGTGGTTACGTTTCCTTGGAAAGATCTTCTTCAGAGCACTCTGC
TTAGACATTGTTAGTATTTGGCAACCCAACGAGAAGACTCTCATGATTCGATGGACTGCT
CACGGAGTTCCTCGCGGTCCCTGGGACACTCGTGGTCGCTTTGATGGCACTTCTGAGTAT
AAATTCGATAGGAATGGGAAGATTTATGAACACAAAGTCGATAACATCGCTATTAACTCG
CCTCCCAAGTTTCAGTTGCTTACTGTTCAAGAGCTTGTTGAAGCCATTAGCTGCCCTTCC
ACACCCAACCCGACGTATTTTGAGTTTAGAGATTCATCATCATAGTCTTTTGTGTGTTTA
TATAGAGTGTAATGAAGCTATGGGACTATATTTTGGTGTGTAGTATAAGATGAAGAAAGT
G

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1GK81TF 541 0 0
GGCCGTTCAGTGTCTCAGAGAGGATCTTCCTTCCTTGTTCTACAAAGACCCCAACTTTAC
CATTTACAGGGATGATATTGTGTTCAGAGACCCTATCAACACCTTCATGGGAATTGATAG
CTACAAATCCATTTCTGGTGGTTACGTTTCCTTGGAAAGATCTTCTTCAGAGCACTCTGC
TTAGACATTGTTAGTATTTGGCAACCCAACGAGAAGACTCTCATGATTCGATGGACTGCT
CACGGAGTTCCTCGCGGTCCCTGGGACACTCGTGGTCGCTTTGATGGCACTTCTGAGTAT
AAATTCGATAGGAATGGGAAGATTTATGAACACAAAGTCGATAACATCGCTATTAACTCG
CCTCCCAAGTTTCAGTTGCTTACTGTTCAAGAGCTTGTTGAAGCCATTAGCTGCCCTTCC
ACACCCAACCCGACGTATTTTGAGTTTAGAGATTCATCATCATAGTCTTTTGTGTGTTTA
TATAGAGTGTAATGAAGCTATGGGACTATATTTTGGTGTGTAGTATAAGATGAAGAAAGT
G

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 2

CO CL8404Contig1 701 2 2 U
GGAATGATCCCGGTCGTTTACTTTCGGTTCATATAATGCATACTGCTCTGGTTGCTGGTT
GGGCCGGTTCCATGGCTCTATATGAATTAGCTGTTTTTGATCCCTCCGACCCTGTTCTTG
ATCCAATGTGGAGACAAGGTATGTTCGTTATACCTTTCATGACTCGTTTAGGAATAACCA
ATTCAAGGGGCGGTTGGAATATTACAGGAGGGACTATAACGAATCCGGGTCTTTGGAGTT
ACGAAGGGGTAGCCGGAGCACATATCGTGTTTTCTGGCTTGTGCTTCTTGGCAGCTATTT
GGCATTGGGTATATTGGGATCTAGAAATTTTTTGTGATGAACGTACAGGAAACTGCACAC
AACGCTTGCGACAAGACTGCTAACGCAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGG
CAACAACAAGCCTCTGGTTTCATCCAACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAG
GGTGCGGTTGATGGTGTCAAGAACACTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATC
AATACATTTCTCATGTTATATTTTTCAATTTATTTGGAGCTCTCTCTAAAGTTCGAACAA
TTCTTGCTTTTCTAATTAATTTTGTAGTAAAATTTTGAATTTTTTTTTCCAAAGATCTTG
TAATAAGACATGCATAAGTAATAAAATGGTGCGAGTTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DT64TF U 1
AF RR1DT64JQ C 9
BS 1 549 RR1DT64TF
BS 550 701 RR1DT64JQ

RD RR1DT64TF 549 0 0
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GGGCCGGTTCCATGGCTCTATATGAATTAGCTGTTTTTGATCCCTCCGACCCTGTTCTTG
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ATTCAAGGGGCGGTTGGAATATTACAGGAGGGACTATAACGAATCCGGGTCTTTGGAGTT
ACGAAGGGGTAGCCGGAGCACATATCGTGTTTTCTGGCTTGTGCTTCTTGGCAGCTATTT
GGCATTGGGTATATTGGGATCTAGAAATTTTTTGTGATGAACGTACAGGAAACTGCACAC
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CAACAACAAGCCTCTGGTTTCATCCAACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAG
GGTGCGGTTGATGGTGTCAAGAACACTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATC
AATACATTT

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1DT64JQ 693 0 0
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TCCATGGCTCTATATGAATTAGCTGTTTTTGATCCCTCCGACCCTGTTCTTGATCCAATG
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GTAGCCGGAGCACATATCGTGTTTTCTGGCTTGTGCTTCTTGGCAGCTATTTGGCATTGG
GTATATTGGGATCTAGAAATTTTTTGTGATGAACGTACAGGAAACTGCACACAACGCTTG
CGACAAGACTGCTAACGCAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACA
AGCCTCTGGTTTCATCCAACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGT
TGATGGTGTCAAGAACACTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACATT
TCTCATGTTATATTTTTCAATTTATTTGGAGCTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCT
TTTCTAATTAATTTTGTAGTAAAATTTTGAATTTTTTTTTCCAAAGATCTTGTAATAAGA
CATGCATAAGTAATAAAATGGTGCGAGTTACCC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL8405Contig1 931 2 2 U
GAACCCGGTTCAGTAATTCATACATGACCGGTTTAGCTTTAATCCGATATCCTAACTCCC
CCATTGACCCGGTCGGACCAGTTCCTGCTGCACCTGAATCGTGGGATTACTCCGCCTCTG
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AATGATGGTTTATACAAAGAACTAACAAAATATAAAATCGAAGTGTATTTTAAAGAAAGA
GTTTAAATTTGAAGGAATGGATTTGATCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FM27TF U 1
AF RR1FM27JQ C 155
BS 1 694 RR1FM27TF
BS 695 931 RR1FM27JQ

RD RR1FM27TF 694 0 0
GAACCCGGTTCAGTAATTCATACATGACCGGTTTAGCTTTAATCCGATATCCTAACTCCC
CCATTGACCCGGTCGGACCAGTTCCTGCTGCACCTGAATCGTGGGATTACTCCGCCTCTG
TTCGACAAACCCTATCTATTAGAGAGGACCTAGCTGTTGGAGCGGCAAGACCAAACCCAC
AAGGCTCGTACCACTACGGACGCGTAAACGTGAGCAGAACGATAATCTTACAAAACGGCG
TCATGTCATCGTCCAACAGACTACGTTACACAGTTAACGGCGTTTCGTTTGTCTTTCCCG
AAACACCATTAAAGCTCGCTGATCACTTCCAGCTAAAGGACACGATCGTCCCCGACATGT
TCCCGACTTATCCTTCCAACAAAACGCCGCGTTTCGGAACATCAGTGGTCGATATTCGTT
ACAGAGATTTCGTCCACATAGTTTTCGAGAATCCTCTTGATGAATCGCAGAGCTGGCACA
TCGACGGTTACAACTTGGGTCGTCGGACTGGGGTTTGGAGGTTGGTCCGAAAGCAAAAGA
GCTGGATATAACTTAGTGGACGCTGTTTCACGGTCGACAATTCAGGTTTTTCCGTATTCG
TGGGTGGCGATATTGATAGCGATGGATAATCAAGGGATGTGGAACGTGAGATCACAGAAA
GCAGAGCAATGGTATCTTGGTGAAGAGCTTTACT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1FM27JQ 777 0 0
TGTTGGAGCGGCAAGACCAAACCCACAAGGCTCGTACCACTACGGACGCGTAAACGTGAG
CAGAACGATAATCTTACAAAACGGCGTCATGTCATCGTCCAACAGACTACGTTACACAGT
TAACGGCGTTTCGTTTGTCTTTCCCGAAACACCATTAAAGCTCGCTGATCACTTCCAGCT
AAAGGACACGATCGTCCCCGACATGTTCCCGACTTATCCTTCCAACAAAACGCCGCGTTT
CGGAACATCAGTGGTCGATATTCGTTACAGAGATTTCGTCCACATAGTTTTCGAGAATCC
TCTTGATGAATCGCAGAGCTGGCACATCGACGGTTACAACTTGGGTCGTCGGACTGGGGT
TTGGAGGTTGGTCCGAAAGCAAAAGAGCTGGATATAACTTAGTGGACGCTGTTTCACGGT
CGACAATTCAGGTTTTTCCGTATTCGTGGGTGGCGATATTGATAGCGATGGATAATCAAG
GGATGTGGAACGTGAGATCACAGAAAGCAGAGCAATGGTATCTTGGTGAAGAGCTTTACT
TTAGGGTTAAAGGTGAAGGACAAGAAGATCCTAGGAATATTCCCACGAGAGATGAATCTC
CGATACCCGATAATTTCCTCCGTTGCGGCAGAGTTCTCTGATAAATAATTAATTCAGAAG
TATGTGTTTATGTAATTTCATAGTATAATGATGGTTTATACAAAGAACTAACAAAATATA
AAATCGAAGTGTATTTTAAAGAAAGAGTTTAAATTTGAAGGAATGGATTTGATCACC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8407Contig1 627 2 4 U
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TTCAAAAATGTAACCAATATGAAAGAGATAATAATAGTAATATGTTATTACATAACAAGC
TTAAATGAACTGAATGGTGCACTTTGATGAAAGTTTGGGAAGAGTCATTACATTAGCTCG
CACGAACTCAGCGTTACCTTTGTTGTCCGGGTGAAGGCTAACTTTAACAGTTTCAAGACA
TTCCAAATTTCCCAAGAAATGTCTCATCTGTTCCAGCTCTTGAAAACAACCTCCATAGTC
TGAAATCTCTAGCACCTTCACTCGACATTTCTGAAGACAATTTACTTTTACTATTTTATT
TTTTTTCATCTTCTTATTCTTTCTTTTATTTGGATTCTGAGGGTTGCAAGCGCATGAATC
TCCACATCTATTTGTTACTCTGTGAACAAGACCCTTGAAGACTAAAGTTTGTAGATTTGG
ACAAGATTTGAGTAGAAGTGGCATTACTTGCCAACCTTTTTGCTTGTTACTCTCAATAGA
TAAATTAACAAGGTTGTTGAACATAGGCATGGGTTCACAACAGAAATGAAACACCTGATG
CATTACCAAAACATAAGATAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EN30JQ U 1
AF RR1GN95JQ U 70
BS 1 123 RR1EN30JQ
BS 124 124 RR1GN95JQ
BS 125 596 RR1EN30JQ
BS 597 627 RR1GN95JQ

RD RR1EN30JQ 604 0 0
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TTCAAAAATGTAACCAATATGAAAGAGATAATAATAGTAATATGTTATTACATAACAAGC
TTAGATGAACTGAATGGTGCACTTTGATGAAAGTTTGGGAAGAGTCATTACATTAGCTCG
CACGAACTCAGCGTTACCTTTGTTGTCCGGGTGAAGGCTAACTTTAACAGTTTCAAGACA
TTCCAAATTTCCCAAGAAATGTCTCATCTGTTCCAGCTCTTGAAAACAACCTCCATAGTC
TGAAATCTCTAGCACCTTCACTCGACATTTCTGAAGACAATTTACTTTTACTATTTTATT
TTTTTTCATCTTCTTATTCTTTCTTTTATTTGGATTCTGAGGGTTGCAAGCGCATGAATC
TCCACATCTATTTGTTACTCTGTGAACAAGACCCTTGAAGACTAAAGTTTGTAGATTTGG
ACAAGATTTGAGTAGAAGTGGCATTACTTGCCAACCTTTTTGCTTGTTACTCTCAATAGA
TAAATTAACAAGGTTGTTGAACATAGGCATGGGTTCACAACAGAAATGAAACACCT
CAAGGGAA

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1GN95JQ 558 0 0
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CTGAATGGTGCACTTTGATGAAAGTTTGGGAAGAGTCATTACATTAGCTCGCACGAACTC
AGCGTTACCTTTGTTGTCCGGGTGAAGGCTAACTTTAACAGTTTCAAGACATTCCAAATT
TCCCAAGAAATGTCTCATCTGTTCCAGCTCTTGAAAACAACCTCCATAGTCTGAAATCTC
TAGCACCTTCACTCGACATTTCTGAAGACAATTTACTTTTACTATTTTATTTTTT**CAT
CTTCTTATTCTTTCTTTTATTTGGATTCTGAGGGTTGCAAGCGCATGAATCTCCACATCT
ATTTGTTACTCTGTGAACAAGACCCTTGAAGACTAAAGTTTGTAGATTTGGACAAGATTT
GAGTAGAAGTGGCATTACTTGCCAACCTTTTTGCTTGTTACTCTCAATAGATAAATTAAC
AAGGTTGTTGAACATAGGCATGGGTTCACAACAGAAATGAAACACCTGATGCATTACCAA
AACATAAGATAAAAAAAA

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 2

CO CL8408Contig1 541 2 1 U
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ACGTGCGATTCTGCAATTAATAACATAGAGAACTCTTTTGGTTCCTCTACACTTTGTATC
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T


BQ
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20 

AF RR1A503JQ C 1
AF RR1A503TF U 1
BS 1 541 RR1A503TF

RD RR1A503JQ 541 0 0
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AATGCAATCTTCCGACGCGGTTATGCGGCTACGGCGGCGCAAGCGGCCGGTGTGAAAGGT
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GCAGCGATGAATTAACCGAAAAGAAGCTCTTTTTCTGTTAATCATTTGTTGTTAGTTTTG
ATGTCTTGGGGGAATAGGGTAATGATCCTTTGCGGTGAACCCTATGTTTGTCTGTCTGCT
ACGTGCGATTCTGCAATTAATAACATAGAGAACTCTTTTGGTTCCTCTACACTTTGTATC
ATAATGATCAATGGATGTATGACTGAAAGTATTTATATAATAAACAGTTTAGTTGAAAAG
T

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR1A503TF 541 0 0
GGACGTCTGAGCATTCAAAAAATAAAAAGTCATGGGGTTTGCGGCGATTTGGAACCCTCC
AATGCAATCTTCCGACGCGGTTATGCGGCTACGGCGGCGCAAGCGGCCGGTGTGAAAGGT
GGAGCCGTTGTTTCGGCGGTGATGAAGAAGATGAGAGTGGAAGAATCGACCCAAAAGATT
GCTTGGATTCCAGACCCCAAAACCGGTTATTACAGACCGGAAACCTGTTCCAAAGAGATT
GACCCAGCAGAGCTACGAGCAGCTCTCTTGAACAACAAGCAGTAATGCAAAAAAAAAAAA
GCAGCGATGAATTAACCGAAAAGAAGCTCTTTTTCTGTTAATCATTTGTTGTTAGTTTTG
ATGTCTTGGGGGAATAGGGTAATGATCCTTTGCGGTGAACCCTATGTTTGTCTGTCTGCT
ACGTGCGATTCTGCAATTAATAACATAGAGAACTCTTTTGGTTCCTCTACACTTTGTATC
ATAATGATCAATGGATGTATGACTGAAAGTATTTATATAATAAACAGTTTAGTTGAAAAG
T

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 2

CO CL8409Contig1 1112 2 6 U
GGAACGCCACAGTAGTCGCCGGGAAACCAATCGCAGATCCGCTCGTCGCGGCCATGAGGT
TCCGGTACGCCATGGTCTGCTCCTCGAATCAGAACCGGAGCATGGAGGCTCACTTCCTCC
TCAAGAGGCAAGGCCTCGACGTAGCTTCGTACGGGACAGGATCTCACGTCAAACTACCCG
GACCATCGGCGAGAGAGCCTAACGTCTACGACTTCGGAACTCCGTACAAGCAGATGTTCG
ATGAACTCAGGCGCAAGGATCCCGAGCTTTACAAGAGGAATGGGATCTTGCAGATGCTTA
AGAGGAACCTAAACGTGAAGCTAGCTCCTCAGAGATGGCAGGATAATGGTGGTGATGGTG
TGTTTGATGTTGTCATGACCTTTGAAGAAAAGGTTTTCGATTCTGTTCTTGAAGATCTTA
ATAACAGAGAACAGCCACTTATGAGAACCATACTTGTGATGAACTTGGAGGTTAAAGACA
ACCACGAAGAAGCAGCTATAGGTGGCCGTCTTGCCTTGGAACTCTGTCAAGAGATTGAAG
GGAATGAAACATGGGAAGATACAATAGATGACATTGTCGCTGGCTTCGAAAACAGCATAG
GCGGAAACTTGTCTATAGCATCTCTTTCTACTGAAGATACTGCAGTAATCTTTCAATATA
CTTGTCCTTAGCCCCAGCATTAGTTCATTTTGTATTCAGACTCAACTTCCACATTAAGGA
ACGTTTCTTTCAGTCCCCAGCTCTTTTGTCTATCGTCTCCTTTCTCCCATTCCCTCTCTC
TCCACTGCTTCAGCCGCAGCCAACACAGCTAGAAATAAAATCGTTTTAGTAAAAGAAGCG
GTGGCTCCTGATGATGATGAATGGCAGAAGAGTTGTTCTGTGGTGGAACCGGAGAACGTG
ATACATTACATGACGGAGAGAACTCATGTTGCGGGCAACGAAGATCAAGAAACGCCGTTG
AAGACAAGAGATTTATGTTATGTTTATGTTATTGACGAGAGGGAAGCTTCCTTTGGCTAA
ACTGTGGAGAGATTTCTCCAAGGTTATCTATAAATTACAAAACTTTGTTCTTTTGTTTTT
AACACTAATTTATTATAATATATTTACAGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B688TF U 1
AF RR1B688JQ C 274
BS 1 782 RR1B688TF
BS 783 783 RR1B688JQ
BS 784 802 RR1B688TF
BS 803 803 RR1B688JQ
BS 804 822 RR1B688TF
BS 823 1112 RR1B688JQ

RD RR1B688TF 822 0 0
GGAACGCCACAGTAGTCGCCGGGAAACCAATCGCAGATCCGCTCGTCGCGGCCATGAGGT
TCCGGTACGCCATGGTCTGCTCCTCGAATCAGAACCGGAGCATGGAGGCTCACTTCCTCC
TCAAGAGGCAAGGCCTCGACGTAGCTTCGTACGGGACAGGATCTCACGTCAAACTACCCG
GACCATCGGCGAGAGAGCCTAACGTCTACGACTTCGGAACTCCGTACAAGCAGATGTTCG
ATGAACTCAGGCGCAAGGATCCCGAGCTTTACAAGAGGAATGGGATCTTGCAGATGCTTA
AGAGGAACCTAAACGTGAAGCTAGCTCCTCAGAGATGGCAGGATAATGGTGGTGATGGTG
TGTTTGATGTTGTCATGACCTTTGAAGAAAAGGTTTTCGATTCTGTTCTTGAAGATCTTA
ATAACAGAGAACAGCCACTTATGAGAACCATACTTGTGATGAACTTGGAGGTTAAAGACA
ACCACGAAGAAGCAGCTATAGGTGGCCGTCTTGCCTTGGAACTCTGTCAAGAGATTGAAG
GGAATGAAACATGGGAAGATACAATAGATGACATTGTCGCTGGCTTCGAAAACAGCATAG
GCGGAAACTTGTCTATAGCATCTCTTTCTACTGAAGATACTGCAGTAATCTTTCAATATA
CTTGTCCTTAGCCCCAGCATTAGTTCATTTTGTATTCAGACTCAACTTCCACATTAAGGA
ACGTTTCTTTCAGTCCCCAGCTCTTTTGTCTATCGTCTCCTTTCTCCCATTCCCTCTCTC
TC*ACTGCTTCAGCCGCAGCCA*CACAGCTAGAAATAAAATC

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1B688JQ 839 0 0
AGAGGAATGGGATCTTGCAGATGCTTAAGAGGAACCTAAACGTGAAGCTAGCTCCTCAGA
GATGGCAGGATAATGGTGGTGATGGTGTGTTTGATGTTGTCATGACCTTTGAAGAAAAGG
TTTTCGATTCTGTTCTTGAAGATCTTAATAACAGAGAACAGCCACTTATGAGAACCATAC
TTGTGATGAACTTGGAGGTTAAAGACAACCACGAAGAAGCAGCTATAGGTGGCCGTCTTG
CCTTGGAACTCTGTCAAGAGATTGAAGGGAATGAAACATGGGAAGATACAATAGATGACA
TTGTCGCTGGCTTCGAAAACAGCATAGGCGGAAACTTGTCTATAGCATCTCTTTCTACTG
AAGATACTGCAGTAATCTTTCAATATACTTGTCCTTAGCCCCAGCATTAGTTCATTTTGT
ATTCAGACTCAACTTCCACATTAAGGAACGTTTCTTTCAGTCCCCAGCTCTTTTGTCTAT
CGTCTCCTTTCTCCCATTCCCTCTCTCTCCACTGCTTCAGCCGCAGCCAACACAGCTAGA
AATAAAATCGTTTTAGTAAAAGAAGCGGTGGCTCCTGATGATGATGAATGGCAGAAGAGT
TGTTCTGTGGTGGAACCGGAGAACGTGATACATTACATGACGGAGAGAACTCATGTTGCG
GGCAACGAAGATCAAGAAACGCCGTTGAAGACAAGAGATTTATGTTATGTTTATGTTATT
GACGAGAGGGAAGCTTCCTTTGGCTAAACTGTGGAGAGATTTCTCCAAGGTTATCTATAA
ATTACAAAACTTTGTTCTTTTGTTTTTAACACTAATTTATTATAATATATTTACAGACT

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 2

CO CL8410Contig1 846 2 8 U
GGAATCTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGCTTGCCGATGGCGAATAATAATCAAGCAA
GTCTTCTTCTCCAGAAGCAGCTCAAAGATCTGTGCAAGAACCCGGTCGATGGTTTCTCAG
CTGGTCTCCTTGACGAGAGTAACGTTTTTCAATGGAGCGTCTCCATCATGGGTCCTCCTG
ATACCTTGTATGAAGGGGGATTCTTTAATGCAATTATGACGTTTCCAGATAATTATCCTA
ATCAGCCGCCAACTGTGCAGTTCACTTCCGAGATGTGGCATCCTAATGTTTATTCTGATG
GTAAAGTTTGCATATCGATTCTTCATCCTCCTGGTGACGATCCTAATGGATACGAGCTTG
CCTCTGAACGTTGGACCGCTGTCCAAACGGTAGAAAGCATTGTGTTGAGTATCATATCCA
TGCTCTCGGGTCCCAACGATGAGTCACCGGCCAACGTGGACGCTGCAAAAGAGTGGAGAG
ACAACAGGGCTGATTTTAGGAAGAAAGTGAGTCGCTGTGTTAGAAAATCGCAAGAGATGC
TATGAGCATCTCTTGCTCCCCTGCGTTTTTATGTGTTGTAGAAATTTCTCTCCTAAGCTA
AAAGAGAGAGAGAGAGCGAGCGTAAGAAGCATCATCAATCATCAAGAAGCAGCAGCCAGA
TGAATCTGTGTGCTCAAAAGCTTGTTTTCTTTTTCTTGTGGTTTTGGAGTTGGCTTTAAG
GTTTGGAATATTGTGGTGGAATCAAATCCAATCCACCTTTTAGGATTATAATCTTACTCT
CGTTAATGGATTCGTTTTCACATTCCTTTTTTTTTTTTATTTTATTTGATATCATAGCTT
TCGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1FG78TF U 1
AF RR1FG78JQ C 151
BS 1 637 RR1FG78TF
BS 638 638 RR1FG78JQ
BS 639 644 RR1FG78TF
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BS 707 846 RR1FG78JQ

RD RR1FG78TF 706 0 0
GGAATCTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGCTTGCCGATGGCGAATAATAATCAAGCAA
GTCTTCTTCTCCAGAAGCAGCTCAAAGATCTGTGCAAGAACCCGGTCGATGGTTTCTCAG
CTGGTCTCCTTGACGAGAGTAACGTTTTTCAATGGAGCGTCTCCATCATGGGTCCTCCTG
ATACCTTGTATGAAGGGGGATTCTTTAATGCAATTATGACGTTTCCAGATAATTATCCTA
ATCAGCCGCCAACTGTGCAGTTCACTTCCGAGATGTGGCATCCTAATGTTTATTCTGATG
GTAAAGTTTGCATATCGATTCTTCATCCTCCTGGTGACGATCCTAATGGATACGAGCTTG
CCTCTGAACGTTGGACCGCTGTCCAAACGGTAGAAAGCATTGTGTTGAGTATCATATCCA
TGCTCTCGGGTCCCAACGATGAGTCACCGGCCAACGTGGACGCTGCAAAAGAGTGGAGAG
ACAACAGGGCTGATTTTAGGAAGAAAGTGAGTCGCTGTGTTAGAAAATCGCAAGAGATGC
TATGAGCATCTCTTGCTCCCCTGCGTTTTTATGTGTTGTAGAAATTTCTCTCCTAAGCTA
AAAGAGAGAGAGAGAGCGAGCGTAAGAAGCATCATCA*TCATCA*GAAGCAGCAGCCAGA
TGAATCTGTGTGCTCAAA*GCTTGTTTTCTTTTTCTTGTGGTTTTG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1FG78JQ 696 0 0
AATGGAGCGTCTCCATCATGGGTCCTCCTGATACCTTGTATGAAGGGGGATTCTTTAATG
CAATTATGACGTTTCCAGATAATTATCCTAATCAGCCGCCAACTGTGCAGTTCACTTCCG
AGATGTGGCATCCTAATGTTTATTCTGATGGTAAAGTTTGCATATCGATTCTTCATCCTC
CTGGTGACGATCCTAATGGATACGAGCTTGCCTTTGAACGTTGGACCGCTGTCCAAACGG
TAGAAAGCATTGTGTTGAGTATCATATCCATGCTCTCGGGTCCCAACGATGAGTCACCGG
CCAACGTGGACGCTGCAAAAGAGTGGAGAGACAACAGGGCTGATTTTAGGAAGAAAGTGA
GTCGCTGTGTTAGAAAATCGCAAGAGATGCTATGAGCATCTCTTGCTCCCCTGCGTTTTT
ATGTGTTGTAGAAATTTCTCTCCTAAGCTAAAAGAGAGAGAGAGAGCGAGCGTAAGAAGC
ATCATCAATCATCAAGAAGCAGCAGCCAGATGAATCTGTGTGCTCAAAAGCTTGTTTTCT
TTTTCTTGTGGTTTTGGAGTTGGCTTTAAGGTTTGGAATATTGTGGTGGAATCAAATCCA
ATCCACCTTTTAGGATTATAATCTTACTCTCGTTAATGGATTCGTTTTCACATTCCTTTT
TTTTTTTTATTTTATTTGATATCATAGCTTTCGACG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL8411Contig1 540 2 1 U
GCACACACTGGGCCTTGTTCAAGCATTTGGACAAAGACCACGCATCACGAGAGGTTGAGT
TCCTTGAAAAGATATTACGCAGTTGACGAGGAAGCAAAAGTTGCTGACTTTTGAATGAAC
ATATTTTTCTTGGAGCTGGCCGGTTTTGTCCCTGAGTGCATAATTTTACAATTACTATGC
ACAAAGATCTTACTGATGGCTCAGCTTGATTGCTACTTCTTCAGGGGAGAACACAGCTCT
ATGCTATGGCCGGAATCGATCCAGTGTTGTTGAAGCTCTCGTTTACATTTAGCATATAAC
TCACTCTTACCTGCAAGTATGGCGCTATTATTTTACACAGCAGAGGCAAGAAGAACAGGA
ATAAAAAGATAGACACATAAATGGTGGTGTTGTTTGCAGGAAGATTCATGTGTATTTGTT
TAATTCTTTTGAAAACATTTTTGTTTTTGGGGGGGGGAAAGAGAGAAAGTGTGAAACACA
TAACTTCATTGTAGGACATTTATGGGAAGAAAGCGAAAGTAACAAGGCTCTTCTTCTCTC


BQ
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QA 1 540 1 540
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ATGCTATGGCCGGAATCGATCCAGTGTTGTTGAAGCTCTCGTTTACATTTAGCATATAAC
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QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

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BQ
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QA 1 756 1 756
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BQ
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AF RR1EQ11TF U 46
AF RR1G807TF U 1
BS 1 162 RR1G807TF
BS 163 163 RR1EQ11TF
BS 164 685 RR1G807TF

RD RR1EQ11TF 546 0 0
G
GAAGAGAAAAGGAGTATGTGGATGGAGCATGTGCCGGGATCGTTCGGCACCAGCGCCAGC
TTCGCTCTTCGTTTCGGCCAAATCATATTCTCCTCCGCTTCTCTCATCTTCATGTGCTTG
GATTACGACTTCTATGACTTCACTACTTTCTGCTATTTGACGACGGTGATGGCTTTCGTA
ACTCCATGGAGCATCTCACTTGCACTGGCCGATACATACTCTGTTTTACTCAAACAACTT
CCTCACGAACCAAGACTCCTGTCCATGGTTCTCGCCGGTGATATCGTAATGTCGTTTCTT
TCACTGGGTGGTGCTTGTGGTGTAGCCAGTGCAACTGAGCTGCTTTCGTCTATGGGTGCA
CCCATCTGCGGTGATAACCTCTGTAGCCAATACCAAGTCTCGGCTACATTGGCTTTCTTG
TGTTGGTTTCTGTTACTTGCTTCTGCTCTTTTCAATCTTTGGAGTTTACCTTCATTATTA
TACTGACATGGCTTACATTACATATATAGATAGGAGTCATAATAACAACAATAGAACATG
AATGT

QA 2 546 2 546
DS 

RD RR1G807TF 685 0 0
CTAGGAAATGAATTGAATTGATAACCTTTTTTCATGTTGGGATAATGAAGAGAAAAGGAG
TAGGTGGATGGAGCATGTGCCGGGATCGTTCGGCACCAGCGCCAGCTTCGCTCTTCGTTT
CGGCCAAATCATATTCTCCTCCGCTTCTCTCATCTTCATGTGTTTGGATTACGACTTCTA
TGACTTCACTACTTTCTGCTATTTGACGACGGTGATGGCTTTCGTAACTCCATGGAGCAT
CTCACTTGCACTGGCCGATACATACTCTGTTTTACTCAAACAACTTCCTCACGAACCAAG
ACTCCTGTCCATGGTTCTCGCCGGTGATATCGTAATGTCGTTTCTTTCACTGGGTGGTGC
TTGTGGTGTAGCCAGTGCAACTGAGCTGCTTTCGTCTATGGGTGCACCCATCTGCGGTGA
TAACCTCTGTAGCCAATACCAAGTCTCGGCTACATTGGCTTTCTTGTGTTGGTTTCTGTT
ACTTGCTTCTGCTCTTTTCAATCTTTGGAGTTTACCTTCATTATTATACTGACATGGCTT
ACATTACATATATAGATAGGAGTCATAATAACAACAATAGAACATGAATGTACATTTCAT
TTACTCAAGAACATATTCCGTTAATGTGAAGTAAATTATACCAGCTTTATATACACGCGT
TATAAATAAAAGTAAACCATGTAAC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL8414Contig1 537 2 1 U
GGACTACAATTTGTAGTACTCACTAACTTTTCATTTCTCTTCTTCTTCGATCTTGTTTTT
TTTTCATCTCTCTTCTTCCTCAAGCTTCTAAAAAATCTTTAGTTCATCTTTCTAACTTTC
TCAGGAAAAAAACAGCACGGGAATCTCCACATCTAGCCACAACGATTTTCTCCGGTGTGA
GGATGGACAAAACCGCTGTAGACCTCTGGCCTCTACGATTCACAGCTCCTACGGCAAACT
CCTCTACCATTAAGTTACGTTGAACTCTTGTGGCGCGCTCCGCCGTCGTCGGAGAATCAC
CTCCGCATCACTCCACCTTCGTCGGAGAATCACCTCCGCATCACTCTGCCATGCTCAGAT
CTACCGCCGTTGCCGTACGGAGTGGTTGTGGCTCGTCTTTTCCGTCGAAGAAAGCTCGAA
AACAACAATGGTCAATTTGCACCTTTTCGCATGTTTAGTCCTTCACATTTTTGGCTATCT
TCATTTTTGACTTTAGATTTTCAGATTTGCAAAAATGAGTTCTTTTTATTTTGCCCC


BQ
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AF RR1CW22JQ C 1
AF RR1CW22TF U 1
BS 1 537 RR1CW22TF

RD RR1CW22JQ 537 0 0
GGACTACAATTTGTAGTACTCACTAACTTTTCATTTCTCTTCTTCTTCGATCTTGTTTTT
TTTTCATCTCTCTTCTTCCTCAAGCTTCTAAAAAATCTTTAGTTCATCTTTCTAACTTTC
TCAGGAAAAAAACAGCACGGGAATCTCCACATCTAGCCACAACGATTTTCTCCGGTGTGA
GGATGGACAAAACCGCTGTAGACCTCTGGCCTCTACGATTCACAGCTCCTACGGCAAACT
CCTCTACCATTAAGTTACGTTGAACTCTTGTGGCGCGCTCCGCCGTCGTCGGAGAATCAC
CTCCGCATCACTCCACCTTCGTCGGAGAATCACCTCCGCATCACTCTGCCATGCTCAGAT
CTACCGCCGTTGCCGTACGGAGTGGTTGTGGCTCGTCTTTTCCGTCGAAGAAAGCTCGAA
AACAACAATGGTCAATTTGCACCTTTTCGCATGTTTAGTCCTTCACATTTTTGGCTATCT
TCATTTTTGACTTTAGATTTTCAGATTTGCAAAAATGAGTTCTTTTTATTTTGCCCC

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR1CW22TF 537 0 0
GGACTACAATTTGTAGTACTCACTAACTTTTCATTTCTCTTCTTCTTCGATCTTGTTTTT
TTTTCATCTCTCTTCTTCCTCAAGCTTCTAAAAAATCTTTAGTTCATCTTTCTAACTTTC
TCAGGAAAAAAACAGCACGGGAATCTCCACATCTAGCCACAACGATTTTCTCCGGTGTGA
GGATGGACAAAACCGCTGTAGACCTCTGGCCTCTACGATTCACAGCTCCTACGGCAAACT
CCTCTACCATTAAGTTACGTTGAACTCTTGTGGCGCGCTCCGCCGTCGTCGGAGAATCAC
CTCCGCATCACTCCACCTTCGTCGGAGAATCACCTCCGCATCACTCTGCCATGCTCAGAT
CTACCGCCGTTGCCGTACGGAGTGGTTGTGGCTCGTCTTTTCCGTCGAAGAAAGCTCGAA
AACAACAATGGTCAATTTGCACCTTTTCGCATGTTTAGTCCTTCACATTTTTGGCTATCT
TCATTTTTGACTTTAGATTTTCAGATTTGCAAAAATGAGTTCTTTTTATTTTGCCCC

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

CO CL8415Contig1 827 2 2 U
GAAAGCGAGTAGGTCAAGGGTGAAGATGATGCCTATTGGTACACCTAGAGTTCCCTACCG
AAACCGAGAGGAAGGCACTTGGCAATGGGTTGATATTTGGAACGCCCTTTATCGAGAGCG
TGTGATCTTCATTGGACAAAACATTGACGAAGAGTTTAGCAACCAGATGTTAGCAACTAT
GCTGTATCTCGATACTCTTGATGACTCCAGGAGGATTTATATGTACCTTAATGGACCTGG
CGGTGATCTAACTCCGAGTCTAGCTATCTATGATACGATGAAGAGCTTGAAAAGTCCGGT
TGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCCTATAACCTTGCTGGTTTTCTTCTTGCTGCCGGTGA
AAAGGGTCAACGGTTTGTGATGCCATTGTCAAGAATCGCCCTCCAGTCACCAGCTGGTGC
TGCTCGTGGTCAGGCTGATGATATCCAAAATGAAGCGAAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGA
TTACCTTTTCAACGAACTAGCCAAGAATACAGGACAGCCTGCGGAAACGATTTTCAAAGA
CTTGAGCAGAATGAAGAGGTTCAACGCAGAAGAAGCTATTGAGTACGGACTTATCGATAA
GATTGTTAGACCACCGCGCATCAAAGCCGACGCTCCTCGCCAAGATGAAACCTTTGGTTT
CGGTTAATTTGTTTTTTTTTTCACATTTGGTAATGTTGTCATAGTTTAACAAGCTTAAAG
TTGATTGTTCCTGGTGTGAGATTGTTACCCGAATTAAAATCACTTTGCTTGTTATTACTC
CCCACTGGGTTCTACAAACATTTTTAAAGCTGAGATGAGCATTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FU69TF U 1
AF RR1FU69JQ C 262
BS 1 378 RR1FU69TF
BS 379 827 RR1FU69JQ

RD RR1FU69TF 378 0 0
GAAAGCGAGTAGGTCAAGGGTGAAGATGATGCCTATTGGTACACCTAGAGTTCCCTACCG
AAACCGAGAGGAAGGCACTTGGCAATGGGTTGATATTTGGAACGCCCTTTATCGAGAGCG
TGTGATCTTCATTGGACAAAACATTGACGAAGAGTTTAGCAACCAGATGTTAGCAACTAT
GCTGTATCTCGATACTCTTGATGACTCCAGGAGGATTTATATGTACCTTAATGGACCTGG
CGGTGATCTAACTCCGAGTCTAGCTATCTATGATACGATGAAGAGCTTGAAAAGTCCGGT
TGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCCTATAACCTTGCTGGTTTTCTTCTTGCTGCCGGTGA
AAAGGGTCAACGGTTTGT

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR1FU69JQ 566 0 0
AGCTATCTATGATACGATGAAGAGCTTGAAAAGTCCGGTTGGGACACATTGTGTTGGGCT
TGCCTATAACCTTGCTGGTTTTCTTCTTGCTGCCGGTGAAAAGGGTCAACGGTTTGTGAT
GCCATTGTCAAGAATCGCCCTCCAGTCACCAGCTGGTGCTGCTCGTGGTCAGGCTGATGA
TATCCAAAATGAAGCGAAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGATTACCTTTTCAACGAACTAGC
CAAGAATACAGGACAGCCTGCGGAAACGATTTTCAAAGACTTGAGCAGAATGAAGAGGTT
CAACGCAGAAGAAGCTATTGAGTACGGACTTATCGATAAGATTGTTAGACCACCGCGCAT
CAAAGCCGACGCTCCTCGCCAAGATGAAACCTTTGGTTTCGGTTAATTTGTTTTTTTTTT
CACATTTGGTAATGTTGTCATAGTTTAACAAGCTTAAAGTTGATTGTTCCTGGTGTGAGA
TTGTTACCCGAATTAAAATCACTTTGCTTGTTATTACTCCCCACTGGGTTCTACAAACAT
TTTTAAAGCTGAGATGAGCATTTTTT

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

CO CL8416Contig1 542 2 2 U
CAAACAGAATTTTCATTTAAGAATCCAATCAGAGATTGCTGAATTTTAGCTAGCTACATG
GAACATCAAATTGGCTTAACAAGACAGCACACAAACTCCTTCGTTCTACTTTTTACTACT
AAACAAGTGGATGATAACAGAAACAACACACTAATTCCGTCTCCTACTAAAATCTCAACC
GTTCGATTAACCGCCGAATCCGTACAGAGTGCGTCCTTGCCTCTTCAAAGCATAGACAAC
ATCCATAGCAGTAACAGTCTTCCTCCTAGCGTGCTCAGTGTAGGTGACAGCGTCACGGAT
GACATTCTCGAGAAAAATCTTGAGGACTCCTCTGGTCTCTTCGTAAATGAGACCGCTTAT
ACGCTTGACACCACCTCTGCGAGCAAGACGACGAATGGCAGGCTTGGTGATACCTTGGAT
GTTATCCCTAAGCACCTTCCTGTGCCTCTTCGCTCCTCCCTTCCCCAATCCTTTTCCTCC
CTTTCCTCTTCCCGACATCTCTCCTAAGTAGATTCCGAAGCTCTGAATGAGTTTGACGAT
CC


BQ
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20 20 

AF RR1B856TF C 1
AF RR1B856JQ U 2
BS 1 2 RR1B856TF
BS 3 542 RR1B856JQ

RD RR1B856TF 542 0 0
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GAACATCAAATTGGCTTAACAAGACAGCACACAAACTCCTTCGTTCTACTTTTTACTACT
AAACAAGTGGATGATAACAGAAACAACACACTAATTCCGTCTCCTACTAAAATCTCAACC
GTTCGATTAACCGCCGAATCCGTACAGAGTGCGTCCTTGCCTCTTCAAAGCATAGACAAC
ATCCATAGCAGTAACAGTCTTCCTCCTAGCGTGCTCAGTGTAGGTGACAGCGTCACGGAT
GACATTCTCGAGAAAAATCTTGAGGACTCCTCTGGTCTCTTCGTAGATGAGACCGCTTAT
ACGCTTGACACCACCTCTGCGAGCAAGACGACGAATGGCAGGCTTGGTGATACCTTGGAT
GTTATCCCTAAGCACCTTCCTGTGCCTCTTCGCTCCTCCCTTCCCCAATCCTTTTCCTCC
CTTTCCTCTTCCCGACATCTCTCCTAAGTAGATTCCGAAGCTCTGAATGAGTTTGACGAT
CC

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1B856JQ 541 0 0
C
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ACATCAAATTGGCTTAACAAGACAGCACACAAACTCCTTCGTTCTACTTTTTACTACTAA
ACAAGTGGATGATAACAGAAACAACACACTAATTCCGTCTCCTACTAAAATCTCAACCGT
TCGATTAACCGCCGAATCCGTACAGAGTGCGTCCTTGCCTCTTCAAAGCATAGACAACAT
CCATAGCAGTAACAGTCTTCCTCCTAGCGTGCTCAGTGTAGGTGACAGCGTCACGGATGA
CATTCTCGAGAAAAATCTTGAGGACTCCTCTGGTCTCTTCGTAAATGAGACCGCTTATAC
GCTTGACACCACCTCTGCGAGCAAGACGACGAATGGCAGGCTTGGTGATACCTTGGATGT
TATCCCTAAGCACCTTCCTGTGCCTCTTCGCTCCTCCCTTCCCCAATCCTTTTCCTCCCT
TTCCTCTTCCCGACATCTCTCCTAAGTAGATTCCGAAGCTCTGAATGAGTTTGACGATCC

QA 2 541 2 541
DS 



AS 1 2

CO CL8417Contig1 756 2 2 U
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ACCAATCCTCTCTACTCCTACCACAATTTTTCCTTGAATGCATCGCCCCTTAATTATTTT
TCTGAATCCTCCACTATAAAAAGTTTGGGACCTGATAAGCAATCGTAATGATAAGCCAGA
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CTGCAGTGATTACTCTTTGTGAGCAGTACAAAACAGATTTGGTTTAGAATCATAGGGACC
CGACCCGTGTGAAGAGAAGCAGTGGTCTGAGAATCGTGTGGCGTTACATGAGAGGCGGAT
CTGAGCGACTAGAGGAGGTGAAGGAGTCTCCAGATGGGGTGCGGTGTGTTGTGACGGTTG
TGGGAGGATTTGGATGCGGTGGTTATGAGTAGGAGTACAATGAAGGATACATCAATGATG
ATGAGGATGAACTCACAAGGAGAAATATTTTTCCGTTGAGGTTTCACGAAGGTTTGTAAC
AACACCATTTTTTATCTGCGTAACATACGGAGCAGAGAAGTGAAGGAATAACAAGAAAGA
AGGAGGAGGAGAGAAAATACGGGAAGCAGAGGAAGATGATGATGACGGTGGCGGCGTTAA
TCCCGAAGGAAAAGGAAAATATAAACAATTAGGTTTGTAAGCACACATGTAAACATGTCA
CACTCTTACAAAAACAAAGAAACGCTTTGTTTCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BA22TF U 1
AF RR1BA22JQ C 130
BS 1 665 RR1BA22TF
BS 666 756 RR1BA22JQ

RD RR1BA22TF 665 0 0
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CGACCCGTGTGAAGAGAAGCAGTGGTCTGAGAATCGTGTGGCGTTACATGAGAGGCGGAT
CTGAGCGACTAGAGGAGGTGAAGGAGTCTCCAGATGGGGTGCGGTGTGTTGTGACGGTTG
TGGGAGGATTTGGATGCGGTGGTTATGAGTAGGAGTACAATGAAGGATACATCAATGATG
ATGAGGATGAACTCACAAGGAGAAATATTTTTCCGTTGAGGTTTCACGAAGGTTTGTAAC
AACACCATTTTTTATCTGCGTAACATACGGAGCAGAGAAGTGAAGGAATAACAAGAAAGA
AGGAGGAGGAGAGAAAATACGGGAAGCAGAGGAAGATGATGATGACGGTGGCGGCGTTAA
TCCCG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1BA22JQ 627 0 0
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ATGATCTCTCCGCTCATCACAGCGACGTCCGTCTGTTAATTTGGCGCGGTGCTGCAGTGA
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TAGAGGAGGTGAAGGAGTCTCCAGATGGGGTGCGGTGTGTTGTGACGGTTGTGGGAGGAT
TTGGATGCGGTGGTTATGAGTAGGAGTACAATGAAGGATACATCAATGATGATGAGGATG
AACTCACAAGGAGAAATATTTTTCCGTTGAGGTTTCACGAAGGTTTGTAACAACACCATT
TTTTATCTGCGTAACATACGGAGCAGAGAAGTGAAGGAATAACAAGAAAGAAGGAGGAGG
AGAGAAAATACGGGAAGCAGAGGAAGATGATGATGACGGTGGCGGCGTTAATCCCGAAGG
AAAAGGAAAATATAAACAATTAGGTTTGTAAGCACACATGTAAACATGTCACACTCTTAC
AAAAACAAAGAAACGCTTTGTTTCAAA

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL8418Contig1 810 2 4 U
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AGGAGGCAGCAGGTCCAAGAAAGTTGTTGCGATAGAAGGCGCTGAGGATATGCTGAGAGC
TGGTCTCAGTAGCAGCATTGACAGCGGAATAAGCGACGTTGATGCTGAAGTAGAGCCCAT
GGAAGAAGGAAACTCCACCGTTATGATTTCTGAAGTTCTTGATCTGTTGAGTCAAAGGTG
GGAGAGGATCAATGGTGCACAAGCCCTCAAGCTTTTGCCTAGAGAAACTAAACTGCAGAA
CCTGCTTCCGTTTCTTGCACCCCTTCTTAGAAACTCAAGTGAAGCACACAGGAACTATTC
AGTCATCAAGAGTTTTAGGCAGAGCGAAAACTTACAGGTGAAGGAGGAACTGTATAAACA
TAGGAAAGGAGTGGTGCAAGTAACAAGCGATAGCATGTGTTCGTTGTGCAACAAGAAGAT
CGGGGCAAGCGTCTTTGCTGTTTATCCCAACGGAAAACGTTAGTTCACTTCGTCTGCTTC
AAAGATTCTCAAGGCATGAAAGCTGTTTCTAAGACATCTCATGGAAGAAGACGATGAGAT
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TTGTGTTTGGTTGAAAATGGTGACAGTGGTCTTGAGGATACCAGTTTGGTCTTTGTTGTA
AAACCCGTTTCGGTTGGAAAATAATTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP45TF U 1
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AAAGATTCTCAAGGCATGAAAGCTGTTTCTAAGACATCTCATGGAAGAAGACGATGAGAT
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TTGTGTTTGGT

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TGCTTCCGTTTCTTGCACCCCTTTTTAGAAACTCAAGTGAAGCACACAGGAACTATTCAG
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GGAAAGGAGTGGTGCAAGTAACAAGCGATAGCATGTGTTCGTTGTGCAACAAGAAGATCG
GGGCAAGCGTCTTTGCTGTTTATCCCAACGGAAAACGTTAGTTCACTTCGTCTGCTTCAA
AGATTCTCAAGGCATGAAAGCTGTTTTTAAGACATCTCATGGAAGAAGACGATGAGATGA
TCATTACTGTAACTAAACACAGGTTCAAGACACTAAACCATCTTTCTTCCTTGTTTGTAA
GTTTGTAAAGCTTTTTGAGCTTATTGATTATTGATGTCTGTTCTTTGGTTTTGTACTTTT
GTGTTTGGTTGAAAATGGTGACAGTGGTCTTGAGGATACCAGTTTGGTCTTTGTTGTAAA
ACCCGTTTCGGTTGGAAAATAATTTTAT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

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GAAGAATGGGTACCACCTCCTGAGAAGTATATATATAAGTTCCATTCGAAAGAAGACTTG
AAGAGATGGCATCTCTATTCTGATTCTCAATATGGAGGATTATCTTCGGCTTCCTTGGAG
ATCCCAGATGGAGGAAAAGGATCAGATGGAACTGGAATTTTCTCAGGGAACCTTTCCGTA
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GGAGATGGAAGGTGTTATATCTCTACCATCTATACCGAGAATTGGGTGAACTCACCGGGA
CAAACAGAAGATAACTCGTGGCAAGCTTTTGTCTTTGCTCCAAAGGACAGGTGGTATACT
GCTAAGATCCCTCTAGCTCGATACTTGCCAACGTGGAGAGGAAATGTTATAGATGTGGAA
ATGGAGATGAATCCAGGTCGAGTTCTGGGTATGTCACTGTCGGTAAACGCAGAAGGTGGT
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ACACAAATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E258TF U 1
AF RR1E258JQ C 238
BS 1 653 RR1E258TF
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RD RR1E258TF 792 0 0
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ATGGAGATGAATCCAGGTCGAGTTCTGGGTATGTCACTGTCGGTAAACGCAGA*GGTGGT
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TAGCTCTGTGAA

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DS 

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GGACAAACAGAAGATAACTCGTGGCAAGCTTTTGTCTTTGCTCCAAAGGACAGGTGGTAT
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GAAATGGAGATGAATCCAGGTCGAGTTCTGGGTATGTCACTGTCGGTAAACGCAGAAGGT
GGTGCGGTTGGAGCTAGATCAGGAGCAGGTGATTTCAGAGTTGAGATTGACTGGATCAAA
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TTTTAGCTCTGTGAAAACCAGGCCTGAGTTGTGATACTTGGTGGCCAAATAGATTTGTTG
AATTGTAATTGGTCAACACTTTGAGCAATGTTTTAACTATGTTCATCAAATAAAAAGAAC
ATGACACAAATC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL8420Contig1 752 2 2 U
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AAACCACTCCTTTGACGGCGCTTTATCCATGGCTCGAACTGCTCTCACTCTCTAAATTCA
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TCAGTTGAAGTCGTTAGCAAACATTCCGTCGAACACTTGTAGGGCAATTCACGATCGTTG
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BQ
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AF RR1EB23TF U 1
AF RR1EB23JQ C 1
BS 1 532 RR1EB23TF
BS 533 752 RR1EB23JQ

RD RR1EB23TF 532 0 0
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ATTGTCTTCAAGGATTGGAAGATTAAACCTGGATTGGATTGATCCTGATCAGTCACAGGA
GAAGGAGAACGAGGCTTTCCAGCTTGCAATGGCTCTTGCTGGAGAAGAGTTCCTCCAAAG
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AGAAAGATTCAAGACAGACCCAAGTGGGGAGATCATGGTATTGAAAAAATTCTGCCCTTG
GAAGCTTCACTTGTTTGAGCTTGAACAAGAGATGAAGATCGAACCCCTCATCAAATACGT
CATTTACGAGGACGAGCGAGGAAAGCAATGGAGAGTGCAAGCAGTGGCGGTAGCACCGGA
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CTCTGAAGCTGCTGAGATCCCAGGTTGCGTATTCGTTCACATGAGCGGCTTT

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR1EB23JQ 752 0 0
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ATTGTCTTCAAGGATTGGAAGATTAAACCTGGATTGGATTGATCCTGATCAGTCACAGGA
GAAGGAGAACGAGGCTTTCCAGCTTGCAATGGCTCTTGCTGGAGAAGAGTTCCTCCAAAG
TGTTAGATTTCATGTAAGGTCGTGGTTACCGGCTCGATCAATAGTGATGCAGTGTCTTGA
AGAAAGATTCAAGACAGACCCAAGTGGGGAGATCATGGTATTGAAAAAATTCTGCCCTTG
GAAGCTTCACTTGTTTGAGCTTGAACAAGAGATGAAGATCGAACCCCTCATCAAATACGT
CATTTACGAGGACGAGCGAGGAAAGCAATGGAGAGTGCAAGCAGTGGCGGTAGCACCGGA
CAGGTTTGAGAACCGAAAGGGTCTTCCTGAGCAATGGAGAGGACTGAGAGATGAGCAACT
CTCTGAAGCTGCTGAGATCCCAGGTTGCGTATTCGTTCACATGAGCGGCTTTATAGGCGG
AAACCACTCCTTTGACGGCGCTTTATCCATGGCTCGAACTGCTCTCACTCTCTAAATTCA
AACCAAAAAAGCATAAAGAGTCTAAAAGTACTTCTTTATACTGTACAATTTCTATTTTTT
TCAGTTGAAGTCGTTAGCAAACATTCCGTCGAACACTTGTAGGGCAATTCACGATCGTTG
CCAAATATTTTATGTTCTTTTCCTTTTTTGCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

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TCAAGATGGTAAATATTGTCACACTTGTGCCTATAGCAAAGGAGTGTGTGCCATGTGCGG
GAAGCAAGTGTTGGACACCAAGATGTATAAGCAGAGCAATGTTTAACCAAATCTACTAGT
TTTTTCACCCTGCTAGCACTACCAGGGGGGAGACTTATATCTGGTGATATCCTGAGCTCT
TGAACAATCTCTGTCATGTGTTATAATTCTCTGTACCTCTCTCTCATTTGTTTCTAGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BQ81JQ C 1
AF RR1BQ81TF U 1
BS 1 538 RR1BQ81TF

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TAATGTTACCGAAGGTGGTGGCCGCAAGATCAACGAGAACAAACTTCTCTCCAAGAAGAA
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TCAAGATGGTAAATATTGTCACACTTGTGCCTATAGCAAAGGAGTGTGTGCCATGTGCGG
GAAGCAAGTGTTGGACACCAAGATGTATAAGCAGAGCAATGTTTAACCAAATCTACTAGT
TTTTTCACCCTGCTAGCACTACCAGGGGGGAGACTTATATCTGGTGATATCCTGAGCTCT
TGAACAATCTCTGTCATGTGTTATAATTCTCTGTACCTCTCTCTCATTTGTTTCTAGT

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR1BQ81TF 538 0 0
GAAATACGGAGTTAGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTGTCGAATCGAA
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TAATGTTACCGAAGGTGGTGGCCGCAAGATCAACGAGAACAAACTTCTCTCCAAGAAGAA
CAGATGGACACCTTACGGTACTGCTACCACCAAGTGCACGATCTGCAAGCAGCAAGTGCA
TCAAGATGGTAAATATTGTCACACTTGTGCCTATAGCAAAGGAGTGTGTGCCATGTGCGG
GAAGCAAGTGTTGGACACCAAGATGTATAAGCAGAGCAATGTTTAACCAAATCTACTAGT
TTTTTCACCCTGCTAGCACTACCAGGGGGGAGACTTATATCTGGTGATATCCTGAGCTCT
TGAACAATCTCTGTCATGTGTTATAATTCTCTGTACCTCTCTCTCATTTGTTTCTAGT

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 2

CO CL8422Contig1 795 2 4 U
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CTGCGCATCAGATTATCAGCGTATGCTTTGTTGGATGTACAGATTCATGGTTTCAGGTGG
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TCTATGCTAATATTCTTGTAGCCAAGCTTCATGAGTTTGGTGGCAAAAGGCACATTCGCT
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AATATGTCAATCTTTTCATGATTAATTGTGGATTTATCATCCTAGCTGGTTCTGCTTTAA
AGGCTGTTTATGTTCTCTTTAAGGATGATCATACCATGAAGCTACCTTACTTTATAGCTA
TTGCTGGTCTGGTATGTGCTTTTTTCGCCATTGGTGTTCCTCACTTATCGGCTCTAGGCA
TCTGGCTTGGAGTTTCGACCATCCTCAGTCTCATCTTCATCATTGTGGCAATCGTTCTAT
CTGTTAAAGATGGAGTGAAAACACCACATTCAAGAGATTACGAGATAAAAGGCTCATCAT
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GGATGCTTCCAGAAATTCAGGTTGAGATTGTTTTGAAACTGTTATAATATTGTAATAAAA
TGTGATTTTATTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D084TF U 1
AF RR1D084JQ C 127
BS 1 651 RR1D084TF
BS 652 652 RR1D084JQ
BS 653 669 RR1D084TF
BS 670 795 RR1D084JQ

RD RR1D084TF 669 0 0
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CTGCGCATCAGATTATCAGCGTATGCTTTGTTGGATGTACAGATTCATGGTTTCAGGTGG
CGTTCGTTCTGACAACCAGTATAAACAACGCGTATGTGTTGGGGTTTTCAGGAACCGTAA
TGGTTCCTTTGGGTTGGGTTGGTGGTGTGATTGGTCTCATTCTTGCTTCTGCTATCTCTC
TCTATGCTAATATTCTTGTAGCCAAGCTTCATGAGTTTGGTGGCAAAAGGCACATTCGCT
ATAGAGACCTAGCCGGATTTATTTACGGTAGAAAGGCTTATTGTGTTACATGGGGATTGC
AATATGTCAATCTTTTCATGATTAATTGTGGATTTATCATCCTAGCTGGTTCTGCTTTAA
AGGCTGTTTATGTTCTCTTTAAGGATGATCATACCATGAAGCTACCTTACTTTATAGCTA
TTGCTGGTCTGGTATGTGCTTTTTTCGCCATTGGTGTTCCTCACTTATCGGCTCTAGGCA
TCTGGCTTGGAGTTTCGACCATCCTCAGTCTCATCTTCATCATTGTGGCAATCGTTCTAT
CTGTTAAAGATGGAGTGAAAACACCACATTCAAGAGATTACGAGATAAAAG*CTCATCAT
TAAGCAAAC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1D084JQ 669 0 0
TTCTGACAACCAGTATAAACAACGCGTATGTGTTGGGGTTTTCAGGAACCGTAATGGTTC
CTTTGGGTTGGGTTGGTGGTGTGATTGGTCTCATTCTTGCTTCTGCTATCTCTCTCTATG
CTAATATTCTTGTAGCCAAGCTTCATGAGTTTGGTGGCAAAAGGCACATTCGCTATAGAG
ACCTAGCCGGATTTATTTACGGTAGAAAGGCTTATTGTGTTACATGGGGATTGCAATATG
TCAATCTTTTCATGATTAATTGTGGATTTATCATCCTAGCTGGTTCTGCTTTAAAGGCTG
TTTATGTTCTCTTTAAGGATGATCATACCATGAAGCTACCTTACTTTATAGCTATTGCTG
GTCTGGTATGTGCTTTTTTCGCCATTGGTGTTCCTCACTTATCGGCTCTAGGCATCTGGC
TTGGAGTTTCGACCATCCTCAGTCTCATCTTCATCATTGTGGCAATCGTTCTATCTGTTA
AAGATGGAGTGAAAACACCACATTCAAGAGATTACGAGATAAAAGGCTCATCATTAAGCA
AACTATTTACAATCACAGCTGCTGCCGCAAATCTTGTTTTTGTATTCAACACAGGGATGC
TTCCAGAAATTCAGGTTGAGATTGTTTTGAAACTGTTATAATATTGTAATAAAATGTGAT
TTTATTGTT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TGTTGCCCCCAACTCTGGCCACCCGGTGCTGGCCTCCGGTGGATTTTACCTGCCATGCGG
AAATACCAGACGCATTGATGTTCCTTGGGGTTGGAATGGTCGTATTTGGGCTAGAACAGG
CTGTGATTTCACTTCAAATTGGAATCAAGCTTGTGAAACGGGTGATTGTGATGGACGTTT
GGAGTGTAACGGGTTGATCGGAAAACCACCGGCAACACTTATCGAAATTGCGGTACAAGC
AGACAAATCGAAACTCAATTTCTATGATGTTAGTCTTGTGGACGGTTATAACCTCCCGGT
CACAGTGACCTCGAAGCCCATGTCATCCAAATGCACCATCTTTGGTTGCCATAGAGATCT
CAAAACCACATGTCCCGAAGAATTACAGGTTGTGAACAAAGAAGGACGAGTGGTGGCATG
CAAGAGTGCTTGCTTAGCGTTTGATAACGACAGGTTTTGCTGTCGGAATGCGTACGGAAC
GCCGGAAAAGTGCAAAAGGACTACATACTCTATGTTGTTTAAAGAGGCTTGTCCCAGTTA
TTACAGTTATGCCTACGACACACCTCCTCCCTTGGTCAGTTGCTCCGCAAAAGAATACAT
CATCACGTTTTGTCCGTCAAATTGGGGTCACAATTCAGCGTAAAAGGCTCCAAACGAAAA
GCATCTTTATGTACTCATGAACGTGTGATTTATATATCTCGCTTAGGTTTGGTTACGTTT
CCTTTATCGGGGGCGTAATAACGACCGATTGCGAGATGTGAGATGGACTGTCAATCATAT
TATTTGGGAAATAAAATTCAGCTTTACTAAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FY04TF U 1
AF RR1FY04JQ C 219
BS 1 740 RR1FY04TF
BS 741 741 RR1FY04JQ
BS 742 761 RR1FY04TF
BS 762 933 RR1FY04JQ

RD RR1FY04TF 761 0 0
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AACATGTCATGAAGTAACATTCTATGTGCAAAATAAATGCCCATTTCCCATTTGGCCGGC
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CAAAACCACATGTCCCGAAGAATTACAGGTTGTGAACAAAGAAGGACGAGTGGTGGCATG
CAAGAGTGCTTGCTTAGCGTTTGATAACGACAGGTTTTGCTGTCGGAATGCGTACGGAAC
GCCGGAAAAGTGCAAAAGGACTACATACTCTATGTTGTTTAAAGAGGCTTGTCCCAGTTA
TTACAGTTATGCCTACGACACACCTCCTCCCTTGGTCAGTTGCTCCGCAAAAGAATACAT
CATCACGTTTTGTCCGTCAA*TTGGGGTCACAATTCAGCGT

QA 1 761 1 761
DS 

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CGGGTGATTGTGATGGACGTTTGGAGTGTAACGGGTTGATCGGAAAACCACCGGCAACAC
TTATCGAAATTGCGGTACAAGCAGACAAATCGAAACTCAATTTCTATGATGTTAGTCTTG
TGGACGGTTATAACCTCCCGGTCACAGTGACCTCGAAGCCCATGTCATCCAAATGCACCA
TCTTTGGTTGCCATAGAGATCTCAAAACCACATGTCCCGAAGAATTACAGGTTGTGAACA
AAGAAGGACGAGTGGTGGCATGCAAGAGTGCTTGCTTAGCGTTTGATAACGACAGGTTTT
GCTGTCGGAATGCGTACGGAACGCCGGAAAAGTGCAAAAGGACTACATACTCTATGTTGT
TTAAAGAGGCTTGTCCCAGTTATTACAGTTATGCCTACGACACACCTCCTCCCTTGGTCA
GTTGCTCCGCAAAAGAATACATCATCACGTTTTGTCCGTCAAATTGGGGTCACAATTCAG
CGTAAAAGGCTCCAAACGAAAAGCATCTTTATGTACTCATGAACGTGTGATTTATATATC
TCGCTTAGGTTTGGTTACGTTTCCTTTATCGGGGGCGTAATAACGACCGATTGCGAGATG
TGAGATGGACTGTCAATCATATTATTTGGGAAATAAAATTCAGCTTTACTAAGTT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

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AAGAAGCAGAAAGTTTCTTCGAAGTTCCTTGTGCTTGCTCTGGAACCGTTAAGTTCGCAC
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TCCTGGTGTACAGACATGGGTATACAGCAATTCCAAAACCATCCAAGATGATCGAAGAAG
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TACAATCAGTTGCAA


BQ
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AF RR1EG58TF U 1
AF RR1EG58JQ C 212
BS 1 746 RR1EG58TF
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TCAAAAAAAACAGAGAAGGATCCAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAGAAGTGGTTATAA
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AAGAAGCAGAAAGTTTCTTCGAAGTTCCTTGTGCTTGCTCTGGAACCGTTAAGTTCGCAC
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AAGAAGTCATGATCAGAGAAGGTGGAGGAAGGAGAAGAAGAAGAAGATTAGTGTCTATAA
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ATCCATTCACTGTATTCACGGTACTAACATTAAAAGCCATTGGAATTCTCTTGCCAATGT
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ACGATTCTGAGGAAGATACGTTGAGCTCATCCGACGACGAAGATGAGTTGGAAGATGATG
AAGAGCAACAACAACATTCGGCATAA*CACGCATATTA
TGG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1EG58JQ 644 0 0
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GAGAAGAAGAAGAAGATTAGTGTCTATAACTGAATCAGACTTTACTCAATGTAACTCTGT
TGCTACTTTCTTCAGATCATTAACCCTCACTCTAGCAGTGTTGTTGTTGATGAAACATAC
ATTCGATGTAATTTATGGAACGGAAGAGTATCCATTCACTGTATTCACGGTACTAACATT
AAAAGCCATTGGAATTCTCTTGCCAATGTTCACTATCATTCAAACAATTTCAGCTATTCA
GAAAACTATCCGTCGTCGTCAGCAATATCACGATTCTGAGGAAGATACGTTGAGCTCATC
CGACGACGAAGATGAGTTGGAAGATGATGAAGAGCAACAACAACATTCGGCATAAACACG
CATATTAGGGAGATTAACTATTCTTTTTTATTTTGTTCTAATTCATTTTCTTTCTTTCTT
AACGAAAAGCATCTGTTCGATGCTCATTGTACAATCAGTTGCAA

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

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TTGTTTCATCCCAATCCTCGACGATTCAATCTCTTTCGTTCCTTAAAACCATGGCTACGG
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TGATCAGATGCAACAACGTTTTGTATGTCCGAGGTGTGCCAGAAGATGAAGAACTCGCGG
ACGCTGAACAAGACTAGCCTGGTACTAATGACGTGGAGATCGCTAGTCTGTTTGAAGTCC
TGTCGTGTATTCTATGAGCGTTTTAAACCCATTTTACTCTTCTTAAATATTCTATGATAC
CTTAAAACCAGAACGTCACAAGCGGTCAAGCTCTTTATGAGAGAAATCGAACTTCTTTCC
GGCCG


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR1H050JQ C 1
AF RR1H050TF U 1
BS 1 545 RR1H050TF

RD RR1H050JQ 545 0 0
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GGCCG

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR1H050TF 545 0 0
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TACCAGTAAACCCGAAGCCATTCTTGAACAATTTGACCGGAAAGACGGTTATTGTTAAGC
TTAAATGGGGAATGGAATACAAAGGTTTCCTTGCCTCTGTTGACTCCTACATGAACTTGC
AGCTGGGAAACACCGAGGAATATATCGATGGACAACTGACAGGAAACCTTGGGGAGATCT
TGATCAGATGCAACAACGTTTTGTATGTCCGAGGTGTGCCAGAAGATGAAGAACTCGCGG
ACGCTGAACAAGACTAGCCTGGTACTAATGACGTGGAGATCGCTAGTCTGTTTGAAGTCC
TGTCGTGTATTCTATGAGCGTTTTAAACCCATTTTACTCTTCTTAAATATTCTATGATAC
CTTAAAACCAGAACGTCACAAGCGGTCAAGCTCTTTATGAGAGAAATCGAACTTCTTTCC
GGCCG

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1B262JQ C 1
AF RR1B262TF U 1
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QA 1 510 1 510
DS 

RD RR1B262TF 510 0 0
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GGAAATGGCTTTTCATATTTTATTTTTCTC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL8428Contig1 953 2 6 U
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BQ
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AF RR1FJ41TF U 1
AF RR1FJ41JQ C 145
BS 1 633 RR1FJ41TF
BS 634 634 RR1FJ41JQ
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BS 663 694 RR1FJ41TF
BS 695 953 RR1FJ41JQ

RD RR1FJ41TF 694 0 0
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CTAATTTCTGTGTGGCTCATGGCGGTGGAAAGAGATGTGCGGTTCCTGAATGCACTAAGA
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AGCGTTGTGCGTGGGGTCATCCCGAGACTGAGTACGCGGGTCAATCTTCTTCTGGTCCTT
GTAGTTCGTTTGCTAGAGGTAAGACTGGTCTCTGTGCGCTTCATAACAGTCTGGTTGAGG
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GCAGCGAGACAGAGAACGAGGAAGAGTTTAGTGGCTCTCAAGACGTGATGAACATGGATA
GGATGAAAGGGAGAAGCGCTGTTGGGTCTCCAGAGACTGATATTGATCTCAATGAGAATG
AAAGAGGATTGGGGTTGGCTCCAGAAGGAAGAGTCCATGGTGGAAGTTTGATAATGGCCA
TGTTGGCTGGTAGAGAGGGTGGCTCTGGCTCAG*TTCTGGTTCAAGAAACCTGCCTAAGG
G*TGGATGTAAGTTAATATTGTCTTCAGTTTGCT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1FJ41JQ 809 0 0
GTGTCAGACACGGTGGAGGGAAGAGGTGCATGTCTGAAGGATGCGGGAAAAGCGCGCAAG
GCAGTACTGACTTTTGCAAGGCGCATGGAGGAGGGAAGCGTTGTGCGTGGGGTCATCCCG
AGACTGAGTACGCGGGTCAATCTTCTTCTGGTCCTTGTAGTTCGTTTGCTAGAGGTAAGA
CTGGTCTCTGTGCGCTTCATAACAGTCTGGTTGAGGATAACCGGGTTCACGGAGGAATGA
CTGTAACTTCGGAGAGCCAAGAACCGAGACGAAGCAGCAGCGAGACAGAGAACGAGGAAG
AGTTTAGTGGCTCTCAAGACGTGATGAACATGGATAGGATGAAAGGGAGAAGCGCTGTTG
GGTCTCCAGAGACTGATATTGATCTCAATGAGAATGAAAGAGGATTGGGGTTGGCTCCAG
AAGGAAGAGTCCATGGTGGAAGTTTGATAATGGCCATGTTGGCTGGTAGAGAGGGTGGCT
CTGGCTCAGGTTCTGGTTCAAGAAACCTGCCTAAGGGGTGGATGTAAGTTAATATTGTCT
TCAGTTTGCTTCCGGTCTTAATTCTGCACGTGTGGAGTAGTATGTTGGCACGTGATAGTG
AAGGTGTTACGAGTCTTGTGTTTGTTCTTGTTTAGGTTTGTGCTTAGAGACTACAAAAGG
GATCAAAGTCTCTATTCTCTGTCTTATTTGCCTGTAGATATTGAATTTATGGGTTCACGC
AAGGTTATTGTGAATTGTCAAAACAGTCTGTCTTATGATGACGATGATGATGATGATGAT
GATGAGAATAAAGTCATGTCTTTGTTTGC

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

CO CL8429Contig1 665 2 1 U
GGACAAATCTCCAATCTCCTTTTCCACACTATAACCACCAGCAATCTTGTGCAAATGGAA
ACCACCGGAAAAGTGAAGAAGGCTTTCGGAGGAAGAAAAGCCAGTGGCTCGAAGACCAAA
TCTGTCTCGAAATCGATCAAAGCCGGTCTCCAATTCCCGTCGGGAGAATCACTCGTTTCC
TTAAGAAGGGACGGTACGCTCAGAGACTCGGTGGTGGAGCTCCGGTTTACATGGCCGCCG
TTCTCGAGTACCTCGCCGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAACGCTGCGAGGGATAACA
AGAAGTCGAGGATCATTCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATCAGGAACGACGAAGAGTTGG
GGAAGCTTCTGAGTGGAGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTTGCCGAACATCAACTCTG
TTCTTTTGCCTAAGAAGTCTGCTAAATCGACTGAGGAAGTTGCGTCCAAGTCGCCAGCTA
AATCTCCGAAGAAAGCTTAATTGTTCTCGACTTTGGTTTCGTTTCACCAGTTTGGTTATG
CGTGGGTGGATGTATGTGTAGAAAAATCTAGTTAAAAGAAAAAAAATTATGTAATTTGGA
TTTGAATTCTCTTCAGATCCAACTTTTCTCTAAGTAACGACTTATAAAAATATTTGCAAT
TTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR1FY11TF U 1
AF RR1FY11JQ C 124
BS 1 665 RR1FY11TF

RD RR1FY11TF 665 0 0
GGACAAATCTCCAATCTCCTTTTCCACACTATAACCACCAGCAATCTTGTGCAAATGGAA
ACCACCGGAAAAGTGAAGAAGGCTTTCGGAGGAAGAAAAGCCAGTGGCTCGAAGACCAAA
TCTGTCTCGAAATCGATCAAAGCCGGTCTCCAATTCCCGTCGGGAGAATCACTCGTTTCC
TTAAGAAGGGACGGTACGCTCAGAGACTCGGTGGTGGAGCTCCGGTTTACATGGCCGCCG
TTCTCGAGTACCTCGCCGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAACGCTGCGAGGGATAACA
AGAAGTCGAGGATCATTCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATCAGGAACGACGAAGAGTTGG
GGAAGCTTCTGAGTGGAGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTTGCCGAACATCAACTCTG
TTCTTTTGCCTAAGAAGTCTGCTAAATCGACTGAGGAAGTTGCGTCCAAGTCGCCAGCTA
AATCTCCGAAGAAAGCTTAATTGTTCTCGACTTTGGTTTCGTTTCACCAGTTTGGTTATG
CGTGGGTGGATGTATGTGTAGAAAAATCTAGTTAAAAGAAAAAAAATTATGTAATTTGGA
TTTGAATTCTCTTCAGATCCAACTTTTCTCTAAGTAACGACTTATAAAAATATTTGCAAT
TTGCG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1FY11JQ 542 0 0
GTCTCGAAATCGATCAAAGCCGGTCTCCAATTCCCGTCGGGAGAATCACTCGTTTCCTTA
AGAAGGGACGGTACGCTCAGAGACTCGGTGGTGGAGCTCCGGTTTACATGGCCGCCGTTC
TCGAGTACCTCGCCGCCGAAGTTTTGGAGCTTGCTGGTAACGCTGCGAGGGATAACAAGA
AGTCGAGGATCATTCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATCAGGAACGACGAAGAGTTGGGGA
AGCTTCTGAGTGGAGTCACGATCGCTCACGGTGGTGTGTTGCCGAACATCAACTCTGTTC
TTTTGCCTAAGAAGTCTGCTAAATCGACTGAGGAAGTTGCGTCCAAGTCGCCAGCTAAAT
CTCCGAAGAAAGCTTAATTGTTCTCGACTTTGGTTTCGTTTCACCAGTTTGGTTATGCGT
GGGTGGATGTATGTGTAGAAAAATCTAGTTAAAAGAAAAAAAATTATGTAATTTGGATTT
GAATTCTCTTCAGATCCAACTTT*CTCTAAGTAACGACTTATAAAAATATTTGCAATTTG
CG

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 2

CO CL8430Contig1 924 2 2 U
GGAAACCCTAACACTTACTCTAGCCTCATTGGTCTCATTTGGGCGCTTGTTGCTTTCCGG
TGGCACGTGGCAATGCCCAAAATCATTCAACAATCTATCTCCATTCTATCTGATGCTGGT
CTTGGAATGGCTATGTTCAGTTTGGGGTTGTTCATGGCGTTGCAACCAAAATTAATCGCG
TGTGGGAACTCAGTGGCAACATTTGCGATGGCGGTTAGGTTCCTCACGGGTCCGGCCGTC
ATGGCGGTTGCCTCTATAGCCATTGGATTGCATGGTGATTTGCTGCGTGTCGCCATAGTT
CAGGCCGCACTGCCTCAAGGGATTGTACCCTTTGTGTTTGCCAAGGAGTACAATGTTCAT
CCTGCTATTTTAAGTACAGGGGTCATATTCGGAATGCTTATTGCGCTTCCGATCACGCTA
GTTTACTGCATTCTACTCGGGTTATAAGGCGTCGATTATGTGAACCCTTTAATGGATCAA
ATGTAGAGATAGAAGGAAGACAAGAGAGTGATTCAACTTGTGTGTGGAACAAACTAAAGC
TTAGATTATATAAGTAAAACTAGGGAGAGTAGCATGATTTAAGGATGATGATGCCTACAT
TACAAGCCAAGAAACCCTTTCTTCTCCGTATTTTACATATAGAATATTGGAGATACAAAG
AGTGAGACGATTTGACGCAGATAACGAGGAGCAAAACATGGGGCAACGAGACAAAAACAA
AGATTAAATAAAAGATTGGAGGAAGAAGACAACTTGTTATTATTGTAACTTTTATTTGTT
TTACACAAATCCCTTTCTGTTATATGTGTTCTTTTTTTGTTTTGACGACTCTGTTATATG
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GAGAAAAGTTTGTTTTTGAATCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F837TF U 1
AF RR1F837JQ C 179
BS 1 716 RR1F837TF
BS 717 924 RR1F837JQ

RD RR1F837TF 723 0 0
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TGGCACGTGGCAATGCCCAAAATCATTCAACAATCTATCTCCATTCTATCTGATGCTGGT
CTTGGAATGGCTATGTTCAGTTTGGGGTTGTTCATGGCGTTGCAACCAAAATTAATCGCG
TGTGGGAACTCAGTGGCAACATTTGCGATGGCGGTTAGGTTCCTCACGGGTCCGGCCGTC
ATGGCGGTTGCCTCTATAGCCATTGGATTGCATGGTGATTTGCTGCGTGTCGCCATAGTT
CAGGCCGCACTGCCTCAAGGGATTGTACCCTTTGTGTTTGCCAAGGAGTACAATGTTCAT
CCTGCTATTTTAAGTACAGGGGTCATATTCGGAATGCTTATTGCGCTTCCGATCACGCTA
GTTTACTGCATTCTACTCGGGTTATAAGGCGTCGATTATGTGAACCCTTTAATGGATCAA
ATGTAGAGATAGAAGGAAGACAAGAGAGTGATTCAACTTGTGTGTGGAACAAACTAAAGC
TTAGATTATATAAGTAAAACTAGGGAGAGTAGCATGATTTAAGGATGATGATGCCTACAT
TACAAGCCAAGAAACCCTTTCTTCTCCGTATTTTACATATAGAATATTGGAGATACAAAG
AGTGAGACGATTTGACGCAGATAACGAGGAGCAAAACATGGGGCAACGAGACAAAA
CAAAGAT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1F837JQ 746 0 0
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TCATGGCGGTTGCCTCTATAGCCATTGGATTGCATGGTGATTTGCTGCGTGTCGCCATAG
TTCAGGCCGCACTGCCTCAAGGGATTGTACCCTTTGTGTTTGCCAAGGAGTACAATGTTC
ATCCTGCTATTTTAAGTACAGGGGTCATATTCGGAATGCTTATTGCGCTTCCGATCACGC
TAGTTTACTGCATTCTACTCGGGTTATAAGGCGTCGATTATGTGAACCCTTTAATGGATC
AAATGTAGAGATAGAAGGAAGACAAGAGAGTGATTCAACTTGTGTGTGGAACAAACTAAA
GCTTAGATTATATAAGTAAAACTAGGGAGAGTAGCATGATTTAAGGATGATGATGCCTAC
ATTACAAGCCAAGAAACCCTTTTTTCTCCGTATTTTACATATAGAATATTGGAGATACAA
AGAGTGAGACGATTTGACGCAGATAACGAGGAGCAAAACATGGGGCAACGAGACAAAAAC
AAAGATTAAATAAAAGATTGGAGGAAGAAGACAACTTGTTATTATTGTAACTTTTATTTG
TTTTACACAAATCCCTTTCTGTTATATGTGTTCTTTTTTTGTTTTGACGACTCTGTTATA
TGTGTTCTTTGTTTAGATTTCGGGTAACGATTATTTGATGGCGGTGTAGTTTTTTTTTAA
GTGAGAAAAGTTTGTTTTTGAATCTT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8432Contig1 673 2 8 U
AGGGTGATCCTCTCTCTCTCTACAAACCTAAAATCTCGGGACTTTCGATCTCAGGGGAAG
AGGATCGTGAAAGAGAGGACTCGCGATGACGATTGGTGCGACGCTTCTCGAATCGAATAA
GGCTAAATGCTATGCTCCGAGCTTCATCACCGTCAATCTCTGTCTTGCTCTTATCGATGG
CGCTCTCGCTTTCATCGCATTCCTTCAGTTAACTCGGTTTCACCGGCGGGATAAACGAGT
TGGGTGGACACGACAAAAAGTGCTTCATCTTATGATTGGCTCCTCAAACACTGGTTCTCT
CATCTATTTCGTGGCTGCCATTATAGCAACGTGCACAAGGTGGCATCATTGGTCCACCGC
ATTAAGTTTTCTGCTTATGGCGTTTCCCAAAATTCTGTTTCTTGCAACTTTTCTCCTGCT
CCTCTCTTTCTGGGTAGATGTTTGCCATCAGGGAAATGGAGAAGAGGAAGATGAGGATGA
TGAAGAAAGCAACAGCATCCAGCAAGGGTTGCTTGAAAAAACCAAGATCAAACCAGGCTC
TTCGAGTGCAAGCGACCGCAGAAAGTGTTGCTCTTTCCATGGGATTCATCTCGGCACTAG
GCAGAAGTTTGTTGTTGCGGCGGTTGTTCTTGTGTTCATCTTGATGATATCATTTGCTAT
CCTTATCTGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CD63TF U 1
AF RR1FS83TF U 46
BS 1 360 RR1CD63TF
BS 361 361 RR1FS83TF
BS 362 535 RR1CD63TF
BS 536 536 RR1FS83TF
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BS 553 553 RR1FS83TF
BS 554 599 RR1CD63TF
BS 600 673 RR1FS83TF

RD RR1CD63TF 599 0 0
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AGGATCGTGAAAGAGAGGACTCGCGATGACGATTGGTGCGACGCTTCTCGAATCGAATAA
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CGCTCTCGCTTTCATCGCATTCCTTCAGTTAACTCGGTTTCACCGGCGGGATAAACGAGT
TGGGTGGACACGACAAAAAGTGCTTCATCTTATGATTGGCTCCTCAAACACTGGTTCTCT
CATCTATTTCGTGGCTGCCATTATAGCAACGTGCACAAGGTGGCATCATTGGTCCACCGC
TTTAAGTTTTCTGCTTATGGCGTTTCCCAAAATTCTGTTTCTTGCAACTTTTCTCCTGCT
CCTCTCTTTCTGGGTAGATGTTTGCCATCAGGGAAATGGAGAAGAGGAAGATGAGGATGA
TGAAGAAAGCAACAGCATCCAGCAAGGGTTGCTTGAAAAAACCAAGATCAAACCATGCTC
TTCGAGTGCAAGTGACCGCAGAAAGTGTTGCTCTTTCCATGGGATTCATCTCGGCACTA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1FS83TF 628 0 0
G
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CTCGAATCGAATAAGGCTAAATGCTATGCTCCGAGCTTCATCACCGTCAATCTCTGTCTT
GCTCTTATCGATGGCGCTCTCGCTTTCATCGCATTCCTTCAGTTAACTCGGTTTCACCGG
CGGGATAAACGAGTTGGGTGGACACGACAAAAAGTGCTTCATCTTATGATTGGCTCCTCA
AACACTGGTTCTCTCATCTATTTCGTGGCTGCCATTATAGCAACGTTCACAAGGTGGCAT
CATTGGTCCACCGCATTAGGTTTTCTGCTTATGGCGTTTCCCAAAATTCTGTTTCTTGCA
ACTTTTCTCCTGCTCCTCTCTTTCTGGGTAGATGTTTGCCATCAGGGAAATGGAGAAGAG
GAAGATGAGGATGATGAATAAAGCAACAGCATCCAGCAAGGGTTGCTTGAAAAAACCAAG
ATCAAACCAGGCTCTTCGAGTGCAAGCGACCGCAGAAAGTGTTGCTCTTTCCATGGGATT
CATCTCGGCACTAGGCAGAAGTTTGTTGTTGCGGCGGTTGTTCTTGTGTTCATCTTGATG
ATATCATTTGCTATCCTTATCTGGATT

QA 2 628 2 628
DS 



AS 1 2

CO CL8433Contig1 1067 2 2 U
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CTCCATTACTTTGTCGAGCAAATCGCCATTAAATTTCTGAGAAAGTATTTAGAATTACAC
AGTGGGATTTTTTGGTAATTATGAGAAGACAAAGACATGAAGAGTCTAGGGCTTTCCACG
ACCTATCGGCTCTCGTCCTGAGTCTCCTCCGTTCTCCGCCTATGTCGATTTCTCTCCCCG
ATCAATTCCCCGATTCCGTTCATCCAATCCGGCCTCGTTATTCGTCGGCGGCGACGCAAA
TATCGCCGACGGGATTCGCGTCGATGCTTCTAGGGATATCTGTGGCTCTTATGCTGTGTG
GATCCGTGACGTTCTTCATCGGTTTCCTCTTGTTGCCTTGGGTTCTGGCTCTCATCACCG
TTTTCTACGTCGCCGGGATCGTTTCGGCCATCTCCTTGGCTGGGAGGTCTGTACTCTGTT
ACGTCTTCACGCCACCTTCCTCCTCCAGGAAGGAGATTTCTGGTAAATTTCTTCCGTTCT
AATTTTGTCAAATTTAAACTGTCGAGATGATTGAATCCACTTGGTTTAGTTCTTTCTCTG
TACAAATCTTGTTAGAAAAATGGAGGTTCGAATTAAAATAGGGCTTCCTTCTAGCTTTTA
GGATCAAACGTAAGCTAACGCCATAATCATATTAATCTCTGTGTTACCACGGTTCATGTT
CACATTATTTATTCTCAATGACTTCTCCTCCCGGAATTTAGGAATATAGTTTTATTTATG
GAGAAATTCAGATCAAGTTTTGTTTTTGAAGCCAGCAACATGTTTATAATGGTGGTCACA
ATGTGTGTGTGGCTTTTGGCAGATTGGAAGCTTTTATGATGTGACGAGCGAGACTTGCAA
AACGCCCTTTTATCATCTGGCCTTCCGGTGAAGCAGGACAACAGAAGATGGATTGATTAT
AAAACACAGCAGTCCAATTAGAGTTTTTATTTCTTATTCTCGGAAGGTCGGATAACAACA
TGTGGATATTTGGAAGTTTTTATAATCTTTTAGAGGAAACCTTTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1HA94TF U 1
AF RR1HA94JQ C 430
BS 1 619 RR1HA94TF
BS 620 1067 RR1HA94JQ

RD RR1HA94TF 619 0 0
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CTCCATTACTTTGTCGAGCAAATCGCCATTAAATTTCTGAGAAAGTATTTAGAATTACAC
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ACCTATCGGCTCTCGTCCTGAGTCTCCTCCGTTCTCCGCCTATGTCGATTTCTCTCCCCG
ATCAATTCCCCGATTCCGTTCATCCAATCCGGCCTCGTTATTCGTCGGCGGCGACGCAAA
TATCGCCGACGGGATTCGCGTCGATGCTTCTAGGGATATCTGTGGCTCTTATGCTGTGTG
GATCCGTGACGTTCTTCATCGGTTTCCTCTTGTTGCCTTGGGTTCTGGCTCTCATCACCG
TTTTCTACGTCGCCGGGATCGTTTCGGCCATCTCCTTGGCTGGGAGGTCTGTACTCTGTT
ACGTCTTCACGCCACCTTCCTCCTCCAGGAAGGAGATTTCTGGTAAATTTCTTCCGTTCT
AATTTTGTCAAATTTAAACTGTCGAGATGATTGAATCCACTTGGTTTAGTTCTTTCTCTG
TACAAATCTTGTTAGAAAA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1HA94JQ 638 0 0
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CGCCACCTTCCTCCTCCAGGAAGGAGATTTCTGGTAAATTTCTTCCGTTCTAATTTTGTC
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TGTTAGAAAAATGGAGGTTCGAATTAAAATAGGGCTTCCTTCTAGCTTTTAGGATCAAAC
GTAAGCTAACGCCATAATCATATTAATCTCTGTGTTACCACGGTTCATGTTCACATTATT
TATTCTCAATGACTTCTCCTCCCGGAATTTAGGAATATAGTTTTATTTATGGAGAAATTC
AGATCAAGTTTTGTTTTTGAAGCCAGCAACATGTTTATAATGGTGGTCACAATGTGTGTG
TGGCTTTTGGCAGATTGGAAGCTTTTATGATGTGACGAGCGAGACTTGCAAAACGCCCTT
TTATCATCTGGCCTTCCGGTGAAGCAGGACAACAGAAGATGGATTGATTATAAAACACAG
CAGTCCAATTAGAGTTTTTATTTCTTATTCTCGGAAGGTCGGATAACAACATGTGGATAT
TTGGAAGTTTTTATAATCTTTTAGAGGAAACCTTTCCG

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

CO CL8434Contig1 550 2 2 U
TTTTTTGTACTATAGTTGTTCATATTAATAATAGATATCAAGTCCCCATAATCATACAAC
CATTGTTATCACAATACAATCTTTTTAATTTTTCTTTTAACTTCTTAAAACACTATGGTT
TTGGATTATTCAATACTAGGTACCTCCTGATGATAGTTAAGGTTTGTTGTGGCTTTGAGT
GTAGATGTAGTCCAAGTGAGATTCAGTGATCATCCTTCTCTTCATACACTTTTCATCGCT
CTCCTCGCATTTCTCTTCTCCCATCAGATGCGACAACTCTTGGCCCATGTCAGATATCTT
ATCTGCTTGTGTAGCCCAGGCCCAATTATTGTTATTGATTCCTTTTTCTTCTGCTTCGTT
ATCCACTTGAGAAGGTCGTTGAGCTGTACGAAGCTCAGATAACTGAAGAAGAATAAGAAC
AAAAAGGAAGAGCATTATGCTAAGTTTTTTATCCATTTTTCTGTTTCAGAGCTCTTGAGA
ATAGAAGCTCAAAACATGAAGAAGATGAAAAGAAGAACAAAGTCGAAACTTTAAAACATG
AAGGAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CM87TF C 1
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ATCTGCTTGTGTAGCCCAGGCCCAATTATTGTTATTGATTCCTTTTTCTTCTGCTTCGTT
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DS 

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TATTCAATACTAGGTACCTCCTGATGATAGTTAAGGTTTGTTGTGGCTTTGAGTGTAGAT
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AGCC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

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GGCACTTTTGCTCCTCCAAAGAGGCTAATTTGGGTTGATGCTAAAACATTTAAATTCGAA
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GACTTCGCAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B658TF U 46
AF RR1B658JQ C 1
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BS 46 594 RR1B658TF
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GACTTCGCAATG

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1D414TF C 1
AF RR1D414JQ U 8
BS 1 7 RR1D414TF
BS 8 551 RR1D414JQ
BS 552 596 RR1D414TF

RD RR1D414TF 596 0 0
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GTCCGAAATCAACAACATTGGAATTTGATTTTTTTTTGGATTGTAATACTCAGAGTAACT
TGACGCCAGCTTCCCTGACGGAATCGATCACGGCCTTGACTTTACCATGATACCTCTGCT
CTTTCTTCATGTGGATCGCAACAGCTGGGATATCTTTCGACAAGAGCCTTTCCCCAAGGA
TCTTACCAATCTTCGAAGCAGCAGCCACGTCGCGTGTGACGCCCATCGTTTCCCTCAATG
CTTTCTCCTGTGAGCAAGCTGAGCAAGCCACTGTGGCTGTCGGTGAGTGGATGACTTGGG
CGTGGACAAACTTGTTCGTGAAGTGCATTTTCAGGACGTAAGGTTTGAGGTAGTCGAAGA
GGCGTGGTGGTCTAACTGCCGGTGGAATCACCATCTCCCTCTATCTCTATAAAAGTTTTA
GCTGGAGAAATAGAAAGCGGCGGAGCCTGACGGCGAAGGAGAGATTGAAATAAAAA

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1D414JQ 544 0 0
CAGAAATAAAATTTGATATTATATAGTCCTATTATTTCAATAGCCAAAGCTTAACATTCA
TTCTCTTTTGGAACAGGTTTCTCCAAAACCCTGAAGATGAAGAAGCAAACAATGTCCGAA
ATCAACAACATTGGAATTTGATTTTTTTTTGGATTGTAATACTCAGAGTAACTTGACGCC
AGCTTCCCTGACGGAATCGATCACGGCCTTGACTTTACCATGATACCTCTGCTCTTTCTT
CATGTGGATCGCAACAGCTGGGATATCTTTCGACAAGAGCCTTTCCCCAAGGATCTTACC
AATCTTCGAAGCAGCAGCCACGTCGCGTGTGACGCCCATCGTTTCCCTCAATGCTTTCTC
CTGTGAGCAAGCTGAGCAAGCCACTGTGGCTGTCGGTGAGTGGATGACTTGGGCGTGGAC
AAACTTGTTCGTGAAGTGCATTTTCAGGACGTAAGGTTTGAGGTAGTCGAAGAGGCGTGG
TGGTCTAACTGCCGGTGGAATCACCATCTCCCTCTATCTCTATAAAAGTTTTAGCTGGAG
AAAT

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL8437Contig1 845 2 4 U
GGGGAGACTTTGAAGAAGAGAGACATAGAACATTTGCAGTAGAGTTGTGTTTTTGGACAT
TAAAGCTGTTCATGAGTCATGGCTTCTTCAATCCATGAGCTCTCTGATAACATAGAAATT
CATGACAAACAAGAACATAAAGATTCTCAATTCCAAACCCAACCACCAATTCCTCCAGGA
AGAAGCTCTGCAGTCTACTCGGGACAGCTTCCTCACTCCATGGCACCTGGGCACTACCCA
TATCCAGATCATTACTACAGAAGTATCTGTGCACCAAACCCACAAGCGTTTCCGCCACGA
CCTTATGAGACCGGGGTACATGCACATTTAATGGGAGTCCAGCAACAATGTGTGCCTTTA
CCATCTGATGCAGTCGAGGAACCTGTTTTTGTTAACGCAAAGCAATACCACGGGATACTG
AGACGCAGGCAATCCAGAGCAAAGCTTGAGTCCCAGAATAAAGTTGTCAAGTCACGTAAG
CCGTATCTGCATGAGTCTCGGCATTTGCATGCGATAAGACGACCTAGAGGATGTGGCGGT
CGGTTTCTCAATGCTAAGAAGGAAGAGGAGCATCACGAAGGCAGTCATGTTGAAGAAAAG
TCCATGGCTGCTTCTGGTGGTACGTCTTGAGAGAGAAGGACATACACGTACAGTGCGGTG
TGGCTCTGTTTGGTCTCGTCAGTTCATCGGTGTCTCTAGTGTGTTTCGAAATACAAATAT
TTGTAGAAATGAATAGGAGGATCTTGGGAAGGATTAGATAAAGTGGGTTTTGAGTTGTGA
TTAAAAATAAAGCCCACGAGTAACGAAAATAAAATAAACAATGTCATCTTGAAGTTTTTG
GTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1DC70TF U 1
AF RR1DC70JQ C 169
BS 1 638 RR1DC70TF
BS 639 639 RR1DC70JQ
BS 640 728 RR1DC70TF
BS 729 845 RR1DC70JQ

RD RR1DC70TF 728 0 0
GGGGAGACTTTGAAGAAGAGAGACATAGAACATTTGCAGTAGAGTTGTGTTTTTGGACAT
TAAAGCTGTTCATGAGTCATGGCTTCTTCAATCCATGAGCTCTCTGATAACATAGAAATT
CATGACAAACAAGAACATAAAGATTCTCAATTCCAAACCCAACCACCAATTCCTCCAGGA
AGAAGCTCTGCAGTCTACTCGGGACAGCTTCCTCACTCCATGGCACCTGGGCACTACCCA
TATCCAGATCATTACTACAGAAGTATCTGTGCACCAAACCCACAAGCGTTTCCGCCACGA
CCTTATGAGACCGGGGTACATGCACATTTAATGGGAGTCCAGCAACAATGTGTGCCTTTA
CCATCTGATGCAGTCGAGGAACCTGTTTTTGTTAACGCAAAGCAATACCACGGGATACTG
AGACGCAGGCAATCCAGAGCAAAGCTTGAGTCCCAGAATAAAGTTGTCAAGTCACGTAAG
CCGTATCTGCATGAGTCTCGGCATTTGCATGCGATAAGACGACCTAGAGGATGTGGCGGT
CGGTTTCTCAATGCTAAGAAGGAAGAGGAGCATCACGAAGGCAGTCATGTTGAAGAAAAG
TCCATGGCTGCTTCTGGTGGTACGTCTTGAGAGAGAAG*ACATACACGTACAGTGCGGTG
TGGCTCTGTTTGGTCTCGTCAGTTCATCGGTGTCTCTAGTGTGTTTCGAAATACAAATAT
TTGTAGAA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR1DC70JQ 677 0 0
ATTCCTCCAGGAAGAAGCTCTGCAGTCTACTCGGGACAGCTTCCTCACTCCATGGCACCT
GGGCACTACCCATATCCAGATCATTACTACAGAAGTATCTGTGCACCAAACCCACAAGCG
TTTCCGCCACGACCTTATGAGACCGGGGTACATGCACATTTAATGGGAGTCCAGCAACAA
TGTGTGCCTTTACCATTTGATGCAGTCGAGGAACCTGTTTTTGTTAACGCAAAGCAATAC
CACGGGATACTGAGACGCAGGCAATCCAGAGCAAAGCTTGAGTCCCAGAATAAAGTTGTC
AAGTCACGTAAGCCGTATTTGCATGAGTCTCGGCATTTGCATGCGATAAGACGACCTAGA
GGATGTGGCGGTCGGTTTCTCAATGCTAAGAAGGAAGAGGAGCATCACGAAGGCAGTCAT
GTTGAAGAAAAGTCCATGGCTGCTTCTGGTGGTACGTCTTGAGAGAGAAGGACATACACG
TACAGTGCGGTGTGGCTCTGTTTGGTCTCGTCAGTTCATCGGTGTCTTTAGTGTGTTTCG
AAATACAAATATTTGTAGAAATGAATAGGAGGATCTTGGGAAGGATTAGATAAAGTGGGT
TTTGAGTTGTGATTAAAAATAAAGCCCACGAGTAACGAAAATAAAATAAACAATGTCATC
TTGAAGTTTTTGGTTAA

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL8438Contig1 1024 2 6 U
GGTGAGAGCAAAGGCTATGCTTTTGTAGGTTTCAAAACCAAAGACGTTGCACAAAAGGCC
ATTGAGGAGTTGCACAGCAAAGAGTTTAAGGGGAAAACCATAAGATGCTCCCTTTCTGAA
ACTGAGAACAGATTGTTTATTGGTAACATCCCAAAGAACTGGACTGAGGATGAGTTTAGA
AAAGTCGTTGAGGAGGTTGGTCCTGGGGTAGAGAACATCGAGCTCATAAAAGACCCAACA
AACTCCACCCGTAACCGTGGTTTTGCATTTGTTCTATACTATAACAATGCATGTGCTGAC
TATTCAAGGCAGAAAATGATTGATTCTAACTTTAAGCTTGAGGGTAACGCTCCAACAGTG
ACTAAAATCGTCACACCTCCTGGGAAGGGTGGAAAACGTGATTTTGGATTCGTCCACTAT
GCTGAAAGGTCTAGTGCACTGAGGGCTGTTAAAGATTCTGAGAGATATGAAATCAACGGT
CAACCGCTAGAAGTTGTGCTTGCTAAGCCCCAAGCTGAAAGGAAACATGACTCTTCTTAT
ACTTACGGTGCCGCACCTACACCTGCTCCTTTTGCGCTTCCCACATTTGGTGGTTTTGCT
GCGCCTGCTTATGGTGCTATGGGATCTGGTTTGGGTATTGCCGGTAGCTTTAGTCAGCCA
ATGATCTATGGTAGAGGATCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCT
GATGGCCGTGTTGGCTATGTTCTGCAGCAGCCTGGTATGCAGATGGCACCACCACTACCA
CCACAAAGACCCAGAAGAGCTGACCGGAATAATGGCTCAAGCAGAGGGTCAGGGCGAGAG
AACAGTGATGATCATGATGGTAGCCGAGGAGGAGGCCGAAGGTACAGGCCCTACTAAGCA
TCCCAGCTAATAGAAAGAAAAAAAGAAGCAAGTAGAAAAAAGAGAAAGCTGTATTGGATG
TCTGTTTGTAGTTTGTTTCTTTCTTTGTGTTATATAAATGTGAAATCGAAAACTTGCGGC
TTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1AY75TF U 1
AF RR1AY75JQ C 274
BS 1 795 RR1AY75TF
BS 796 796 RR1AY75JQ
BS 797 808 RR1AY75TF
BS 809 809 RR1AY75JQ
BS 810 825 RR1AY75TF
BS 826 1024 RR1AY75JQ

RD RR1AY75TF 825 0 0
GGTGAGAGCAAAGGCTATGCTTTTGTAGGTTTCAAAACCAAAGACGTTGCACAAAAGGCC
ATTGAGGAGTTGCACAGCAAAGAGTTTAAGGGGAAAACCATAAGATGCTCCCTTTCTGAA
ACTGAGAACAGATTGTTTATTGGTAACATCCCAAAGAACTGGACTGAGGATGAGTTTAGA
AAAGTCGTTGAGGAGGTTGGTCCTGGGGTAGAGAACATCGAGCTCATAAAAGACCCAACA
AACTCCACCCGTAACCGTGGTTTTGCATTTGTTCTATACTATAACAATGCATGTGCTGAC
TATTCAAGGCAGAAAATGATTGATTCTAACTTTAAGCTTGAGGGTAACGCTCCAACAGTG
ACTAAAATCGTCACACCTCCTGGGAAGGGTGGAAAACGTGATTTTGGATTCGTCCACTAT
GCTGAAAGGTCTAGTGCACTGAGGGCTGTTAAAGATTCTGAGAGATATGAAATCAACGGT
CAACCGCTAGAAGTTGTGCTTGCTAAGCCCCAAGCTGAAAGGAAACATGACTCTTCTTAT
ACTTACGGTGCCGCACCTACACCTGCTCCTTTTGCGCTTCCCACATTTGGTGGTTTTGCT
GCGCCTGCTTATGGTGCTATGGGATCTGGTTTGGGTATTGCCGGTAGCTTTAGTCAGCCA
ATGATCTATGGTAGAGGATCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCT
GATGGCCGTGTTGGCTATGTTCTGCAGCAGCCTGGTATGCAGATGGCACCACCACTACCA
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QA 1 825 1 825
DS 

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AAACGTGATTTTGGATTCGTCCACTATGCTGAAAGGTCTAGTGCACTGAGGGCTGTTAAA
GATTCTGAGAGATATGAAATCAACGGTCAACCGCTAGAAGTTGTGCTTGCTAAGCCCCAA
GCTGAAAGGAAACATGACTCTTCTTATACTTACGGTGCCGCACCTACACCTGCTCCTTTT
GCGCTTCCCACATTTGGTGGTTTTGCTGCGCCTGCTTATGGTGCTATGGGATCTGGTTTG
GGTATTGCCGGTAGCTTTAGTCAGCCAATGATCTATGGTAGAGGATCAATGCCAACAGGG
ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCTGATGGCCGTGTTGGCTATGTTCTGCAGCAGCCT
GGTATGCAGATGGCACCACCACTACCACCACAAAGACCCAGAAGAGCTGACCGGAATAAT
GGCTCAAGCAGAGGGTCAGGGCGAGAGAACAGTGATGATCATGATGGTAGCCGAGGAGGA
GGCCGAAGGTACAGGCCCTACTAAGCATCCCAGCTAATAGAAAGAAAAAAAGAAGCAAGT
AGAAAAAAGAGAAAGCTGTATTGGATGTCTGTTTGTAGTTTGTTTCTTTCTTTGTGTTAT
ATAAATGTGAAATCGAAAACTTGCGGCTTCT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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CTGAACGTCTAGAAAGAGTATTTTAATTGATTGTTTCTAGATTATCGAATTAGTTTTCCT
CTCTCTAGTTAATTCTCTCTATCTTCTCTCTAGTTCTTCATCATCAAAATTAGCGTGTTC
CGGCCGACGGGTTGGCTCCCTTAGCCACCGTCGGTCCGGTTTGTGATTTTCCTTCCTTTA
CCTATGTGCATGTCCTTTCGGCGAGGTTCTGTGTAGATCTGATTGAAATCAAAACCTAGA
TCTGTGGATTTCAATTCTGGAATTGAGTTATTGACGGTGGTGGCTCTCTTGGAAACGTTC
TTTCGTTTCTGGTGTGGATTCTCTCTTCCGCCTCTGGCTCTCTCTCTGGTCTTTTATGTC
TGCATGTGTGTATTGTCTGCTTCTTATTGTGGATCTAGCGAAGTCTGGTGGTTGTGCTTA
TCCTTGTCTCCGTTTGCGACGGGTCTCTTTGTGGTCGGATTGAAGAAACATCCGGCTCGA
TTTCAAGGATTTGGGAGCTTCGGCTCTTTCTGCACCTGGCGTGGAGGTTTGTAAGTTAAA
TGATGGGGCTTCTTCCTCTTGGGTTGGTTTCTCTGTGTGTTCTCGTGGCTTGTTAGGATT
GTGTCCAGAGCAATAATAATGAGATGCAGGTTCTTCCCTTAATAATTTCGTCTGAAGGTG
TGCGCTTACTTCTTCCTCCATTCTTCGCTGGATCTACTTGTTTGGGGCGTTTTTATTTAT
ATGGTTCTAGATTTCTATCGGTCTTACTTGTAACCTCTGTTTTTATGGTTTGTTTATGTT
TCCAGAGAATGTTCTTTATTCTGCTGGCTATTGTCTCCAGAGGAAGTATGTATATCCTGC
TGGCTTTGTTTCTAGGGGTTTGTAACTCGCTAGCTTAGAATCATATCATGTGTAATTTCT
GTTTGAATCAATGAAATCTTTCAGTGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ER84TF U 1
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BS 652 988 RR1ER84JQ

RD RR1ER84TF 651 0 0
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QA 1 651 1 651
DS 

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CTTCCTCTTGGGTTGGTTTCTCTGTGTGTTCTCGTGGCTTGTTAGGATTGTGTCCAGAGC
AATAATAATGAGATGCAGGTTCTTCCCTTAATAATTTCGTCTGAAGGTGTGCGCTTACTT
CTTCCTCCATTCTTCGCTGGATCTACTTGTTTGGGGCGTTTTTATTTATATGGTTCTAGA
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CTAGGGGTTTGTAACTCGCTAGCTTAGAATCATATCATGTGTAATTTCTGTTTGAATCAA
TGAAATCTTTCAGTGTG

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F461TF U 1
AF RR1F461JQ C 94
BS 1 636 RR1F461TF
BS 637 833 RR1F461JQ

RD RR1F461TF 636 0 0
GGAATCTACAAAACATCTTCAAATCTTTAAGACAAAAAGATCCGAAACTCAAAATGGATC
AAGATCGAGACCATGGTGGAAGAAACTGTTGTAGTTGCTGCTTTAGCTTCATCTTCACGG
CAGGTCTCACCTCTCTTTTCCTATGGCTAAGCCTTCGTCCCGACAAACCCAAATGCTCCA
TCGAATACTTTTACCTTCCTGCCCTCAACAAATCCTCAGACTCACATTCACGTTCCAACA
CCACTCTCAACTTCATGGTTCGTCTCGATAATCCAAACAAAGACCAAGGAATCTACTACG
ACGACGTCCACCTCTCTTTCTCCACCAACAGTTCCTCTCTCGTTAACTACACAGTTCCAA
GATTCTACCAAGGACACAAGAAGAAGGCCAAGAAGTGGGGTCAGACTCCGCCTTTGAACA
ACCAGACGGTTTTACGAGCGGTTTTGCCTAATGGGTCGGCGGTTTTTAGGATGGATCTGA
AGACGCAGGTGAGGTTCAAGGTTGTTTTCTGGAAGACTAAGAGGTATGGAGTTGAGGTTG
GTGCTGATGTTGAAGTCAATGCAGATGGAGGTAAGGCCCATAAGAAAGGGATTAAGATGA
AGAAATCTGATTCTTCTACTAGGTTAAGAAGCTGTT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1F461JQ 740 0 0
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TTCGTCCCGACAAACCCAAATGCTCCATCGAATACTTTTACCTTCCTGCCCTCAACAAAT
CCTCAGACTCACATTCACGTTCCAACACCACTCTCAACTTCATGGTTCGTCTCGATAATC
CAAACAAAGACCAAGGAATCTACTACGACGACGTCCACCTCTCTTTCTCCACCAACAGTT
CCTCTCTCGTTAACTACACAGTTCCAAGATTCTACCAAGGACACAAGAAGAAGGCCAAGA
AGTGGGGTCAGACTCCGCCTTTGAACAACCAGACGGTTTTACGAGCGGTTTTGCCTAATG
GGTCGGCGGTTTTTAGGATGGATCTGAAGACGCAGGTGAGGTTCAAGGTTGTTTTCTGGA
AGACTAAGAGGTATGGAGTTGAGGTTGGTGCTGATGTTGAAGTCAATGCAGATGGAGGTA
AGGCCCATAAGAAAGGGATTAAGATGAAGAAATCTGATTCTTCTACTAGGTTAAGAAGCT
GTTTTCCTATTTGTGTTTTGATGAATCTGCTTGTATTCTTTCTGATTCGTTAACTGATTA
ATGGTTTTGATTTTTATTTGCTTTTCATGAGTTTTGTTGACTCTTTTCATGAGTTTTTTG
TGTGTTTTAGTTCCATTTTTCTTCTTTCTTCTTATTCGTAGTTTCTAAATTCGACCAAGT
AATCATTGGATAATTTGTCC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL8441Contig1 933 2 8 U
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TTCCGCCGGCATCTTCACTCCTGGAGAAACTGAAGAAAGCTATATCTCTTTGACATCAGC
TTCTTTCTGCGCCTTCTTCGCTTTGTCTGTGTGAAGTGGGAAAGATGAATTTGGTGAACA
TTAAGGACGTATTGACTTCTTTCAGTCCTGCTCTAGATTATCTCGCTCTTAGCACAGGAG
ATGGCCGTATCAAGATTTGGGATACTGTCAAGGGTCAGGTCCAGATAGAGTTTGCTGATA
TTGCATCTTCAGAAGAGACTAACATATATACCAACGGTGGGAAAGGTCACCTCTCGGTTG
ATTATACCTACATGAAATGGCTTTCTCTGGAGAGAAAGAAGAAGAGAAAACTTGGAACTT
CCATTATAGTATTAGGAACTGGTGGAGGAGATGTTTTAGCGCTTGATGTAGCTTCTGGTC
AGCTTAAATGGAGAATAAGTGACTGTCATCCCGGTGGTGTAAATGCTGTCTCTTCGTCTA
CAAAGGCCTCTTGCATATACAGCGGTGGGGCTGATGGGATGGTTTGTGAAATTGATCCCC
ATAGTGGAAATCTCATCAGGAAGTTCAAAGCTTCAACAAAAGCAGTTTCTTCCTTATCCG
TTTCACCAGATGGAAAAATATTAGCCACTGCATCTGCTCAGTTGAAGACTTTTAAGTGCT
CTGATCTCAAGAAAATACAGAAGTTTACTGGTCATCCTGGAGGTGTGCGTTGTGTTGCGT
TTACCGAGGATGGCAAATACATCCTCTCATCTGCAGTTGGCGAAAGATATATCGCAGTGT
GGAAAACAGATGGTGCCAAGAAGCAGTCAGCTAGCTGTGTCCTCGCCCTAGAGCACCCTC
CCGTCTTCGTTGATAGCTGGGGTGAAACCGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU63TF U 1
AF RR1BU63JQ C 199
BS 1 619 RR1BU63TF
BS 620 620 RR1BU63JQ
BS 621 677 RR1BU63TF
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BS 707 755 RR1BU63TF
BS 756 933 RR1BU63JQ

RD RR1BU63TF 755 0 0
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TTCCGCCGGCATCTTCACTCCTGGAGAAACTGAAGAAAGCTATATCTCTTTGACATCAGC
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TTAAGGACGTATTGACTTCTTTCAGTCCTGCTCTAGATTATCTCGCTCTTAGCACAGGAG
ATGGCCGTATCAAGATTTGGGATACTGTCAAGGGTCAGGTCCAGATAGAGTTTGCTGATA
TTGCATCTTCAGAAGAGACTAACATATATACCAACGGTGGGAAAGGTCACCTCTCGGTTG
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CCATTATAGTATTAGGAACTGGTGGAGGAGATGTTTTAGCGCTTGATGTAGCTTCTGGTC
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CAAAGGCCTCTTGCATATACAGCGGTGGGGCTGATGGGATGGTTTGTGAAATTGATCCCC
ATAGTGGAAATCTCATCAG*AAGTTCAAAGCTTCAACAAAAGCAGTTTCTTCCTTATCCG
TTTCACCAGATGGAAAA*TATTAGCCACTGCATCTGCTCAGTTGA*GACTTTTAAGTGCT
CTGATCTCAAGAAAATACAGAAGTTTACTGGTCAT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR1BU63JQ 735 0 0
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GTGACTGTCATCCCGGTGGTGTAAATGCTGTCTCTTCGTCTACAAAGGCCTCTTGCATAT
ACAGCGGTGGGGCTGATGGGATGGTTTGTGAAATTGATCCCCATAGTGGAAATCTCATCA
GGAAGTTCAAAGCTTCAACAAAAGCAGTTTCTTCCTTATCCGTTTCACCAGATGGAAAAA
TATTAGCCACTGCATCTGCTCAGTTGAAGACTTTTAAGTGCTCTGATCTCAAGAAAATAC
AGAAGTTTACTGGTCATCCTGGAGGTGTGCGTTGTGTTGCGTTTACCGAGGATGGCAAAT
ACATCCTCTCATCTGCAGTTGGCGAAAGATATATCGCAGTGTGGAAAACAGATGGTGCCA
AGAAGCAGTCAGCTAGCTGTGTCCTCGCCCTAGAGCACCCTCCCGTCTTCGTTGATAGCT
GGGGTGAAACCGATG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL8442Contig1 540 2 1 U
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AAGCTCAATAAACTAAAGAACAAAGGCAACAAGAAGAAAAGTCAGAAAGCCGGTGGCCAA
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TACTGCTCAAGTGTTTTTTTCTTTCTAATATGTTGTATTCTAGCGGGAATGCTGATTCGG
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BC94JQ C 1
AF RR1BC94TF U 1
BS 1 540 RR1BC94TF

RD RR1BC94JQ 540 0 0
GGGACTGTGAAGAAGATGGCGAAATACAACGAGATAGCGAAGAAGAAGAGAGAGGCGAAA
GCGGATAGGAAGCGAGCTATCCACGGCGATCCACTCACCAATAAATTGAAGACCAGAGCT
CCGGTGGTCTCCGTCTCCGGTAAACGTCAGAAGAAACTCCTTCGCAAACGGCGCAGAGAG
CAGAAAGATATGGTGGAGAAAGGTCTTGTTACCATGGAGGATGTTGAGATGGCTTCTGCT
GAAGCTGCATCAGAAGACTCCAAGAAACCCTCTAGAAAATTTAGCGTGAAGAAGACGTTG
AAGCTCAATAAACTAAAGAACAAAGGCAACAAGAAGAAAAGTCAGAAAGCCGGTGGCCAA
GTATCCGCTGATCAGATGCTAGAATGATCAGAATGATTTTACAGGACTTCATATTTTTTT
TACTGCTCAAGTGTTTTTTTCTTTCTAATATGTTGTATTCTAGCGGGAATGCTGATTCGG
TTCTTTTATACAAGAAGTTTGTTGCATTTAACATTTGTAATATCACCAATTTCAGTATCC

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR1BC94TF 540 0 0
GGGACTGTGAAGAAGATGGCGAAATACAACGAGATAGCGAAGAAGAAGAGAGAGGCGAAA
GCGGATAGGAAGCGAGCTATCCACGGCGATCCACTCACCAATAAATTGAAGACCAGAGCT
CCGGTGGTCTCCGTCTCCGGTAAACGTCAGAAGAAACTCCTTCGCAAACGGCGCAGAGAG
CAGAAAGATATGGTGGAGAAAGGTCTTGTTACCATGGAGGATGTTGAGATGGCTTCTGCT
GAAGCTGCATCAGAAGACTCCAAGAAACCCTCTAGAAAATTTAGCGTGAAGAAGACGTTG
AAGCTCAATAAACTAAAGAACAAAGGCAACAAGAAGAAAAGTCAGAAAGCCGGTGGCCAA
GTATCCGCTGATCAGATGCTAGAATGATCAGAATGATTTTACAGGACTTCATATTTTTTC
TACTGCTCAAGTGTTTTTTTCTTTCTAATATGTTGTATTCTAGCGGGAATGCTGATTCGG
TTCTTTTATACAAGAAGTTTGTTGCATTTAACATTTGTAATATCACCAATTTCAGTATCC

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

CO CL8443Contig1 1095 2 4 U
GGGAAGGAAAGAGTTTGTGGAAAGTGGGAGGCCACCCGTCACCTCTCATGCTAAAACTTA
TGAGGGATATAGTTTTTGGGCTTGCCCATTTGCACGAACTGGGAATAGTTCATCGGGACT
TGAAACCACAAAATGTATTGATAAGTAAAGGGATGACTGTGAGTGCAAAGCTTTCTGATA
TGGGTATTAGCAAGCGTCTAACTGGGGACATGTCGTCATTGGGTCATTTTGCCACAGGTT
GTGGTAGTTCTGGTTGGCAAGCACCGGAACAGCTACTTCAAAGTCGCCAAACCCGTGCTG
TAGACATGTTTAGTTTAGGATGTATCCTGTTTTACTCCATAACTGGTTGTAAGCATCCCT
TTGGAGAAGACCTTGAACGCGATGTCAACATCGTGAACAACAAAGTCGACTTATTTCTAG
TCGAGCATGTTCCCGAAGCTTCAGACCTGATCTCTCGTTTACTCAATCCAAACCCTGACT
TACGTCCTAGTGCAACCGAAGTGCTACTCCATCCCATGTTCTGGAACTCAGAGATGAGAC
TGTCTTTTCTTCGGGATGCTAGTGACCGAGTAGAGCTTGAAAACAGAGAGGCTGATTCGG
AGATCTTGAAAGCAATGGAGAGTACAGCTCCAGTGGCTATAGGAGGGAAGTGGGATGAAA
AGCTAGAACCTATCTTCATTACAAACATCGGACGGTACAGGCGTTACAAGTATGATAGTA
TTCGTGATCTGTTACGTGTCATCAGAAACAAACTGAATCATCACCGAGAACTTCCTTCAG
AGATCCAGGAACTTGTTGGAACGGTTCCAGAAGGATTCGATGAGTACTTTTCTGTTCGGT
TTCCAAAATTGCTGATTGAAGTCTACAGAGTCATCTCTGTGCACTGTAAGGAAGAAGAAG
TATTCAGAAAGTACTTCAAATGCAACCACATGTAAATAACGGGTTTGCTTAGTTGTAATC
CATGTTTGTTATTGCTATATATGTTTACATAAATTAACTGATTTCTAAACTAGTTGCAAC
ATGCATCACTAATCTATGTATATATGTATTATCTCATGTAAACTTCCGTTTCAAATAATA
TTTGTACTATTTCAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AI92TF U 1
AF RR1AI92JQ C 277
BS 1 813 RR1AI92TF
BS 814 814 RR1AI92JQ
BS 815 830 RR1AI92TF
BS 831 1095 RR1AI92JQ

RD RR1AI92TF 830 0 0
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TGAGGGATATAGTTTTTGGGCTTGCCCATTTGCACGAACTGGGAATAGTTCATCGGGACT
TGAAACCACAAAATGTATTGATAAGTAAAGGGATGACTGTGAGTGCAAAGCTTTCTGATA
TGGGTATTAGCAAGCGTCTAACTGGGGACATGTCGTCATTGGGTCATTTTGCCACAGGTT
GTGGTAGTTCTGGTTGGCAAGCACCGGAACAGCTACTTCAAAGTCGCCAAACCCGTGCTG
TAGACATGTTTAGTTTAGGATGTATCCTGTTTTACTCCATAACTGGTTGTAAGCATCCCT
TTGGAGAAGACCTTGAACGCGATGTCAACATCGTGAACAACAAAGTCGACTTATTTCTAG
TCGAGCATGTTCCCGAAGCTTCAGACCTGATCTCTCGTTTACTCAATCCAAACCCTGACT
TACGTCCTAGTGCAACCGAAGTGCTACTCCATCCCATGTTCTGGAACTCAGAGATGAGAC
TGTCTTTTCTTCGGGATGCTAGTGACCGAGTAGAGCTTGAAAACAGAGAGGCTGATTCGG
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TTCGTGATCTGTTACGTGTCATCAGAAACAAACTGAATCATCACCGAGAACTTCCTTCAG
AGATCCAGGAACTTGTTGGAACGGTTCCAGAAG*ATTCGATGAGTACTTT

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR1AI92JQ 819 0 0
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CCATAACTGGTTGTAAGCATCCCTTTGGAGAAGACCTTGAACGCGATGTCAACATCGTGA
ACAACAAAGTCGACTTATTTCTAGTCGAGCATGTTCCCGAAGCTTCAGACCTGATCTCTC
GTTTACTCAATCCAAACCCTGACTTACGTCTTAGTGCAACCGAAGTGCTACTCCATCCCA
TGTTCTGGAACTCAGAGATGAGACTGTCTTTTCTTCGGGATGCTAGTGACCGAGTAGAGC
TTGAAAACAGAGAGGCTGATTCGGAGATCTTGAAAGCAATGGAGAGTACAGCTCCAGTGG
CTATAGGAGGGAAGTGGGATGAAAAGCTAGAACCTATCTTCATTACAAACATCGGACGGT
ACAGGCGTTACAAGTATGATAGTATTCGTGATCTGTTACGTGTCATCAGAAACAAACTGA
ATCATCACCGAGAACTTCCTTCAGAGATCCAGGAACTTGTTGGAACGGTTCCAGAAGGAT
TCGATGAGTACTTTTCTGTTCGGTTTCCAAAATTGCTGATTGAAGTCTACAGAGTCATCT
CTGTGCACTGTAAGGAAGAAGAAGTATTCAGAAAGTACTTCAAATGCAACCACATGTAAA
TAACGGGTTTGCTTAGTTGTAATCCATGTTTGTTATTGCTATATATGTTTACATAAATTA
ACTGATTTCTAAACTAGTTGCAACATGCATCACTAATCTATGTATATATGTATTATCTCA
TGTAAACTTCCGTTTCAAATAATATTTGTACTATTTCAC

QA 1 819 1 819
DS 



AS 1 2

CO CL8444Contig1 716 2 9 U
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GCGGCTCCTTTGAGTTCCCCAAAAGCTTGTTTATTCACTCGAATCTCGACACGGTTATAC
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TCCACCTTTTGTCGGTTAGATTCTCGAGCGACGAGTCTGTGGAGACGCTTTTGAGTAGAT
GTCCTGTTCTTGAAGATTTGGTGGTGGGGAGAAGCTCTTTTACTAATGTGATGGTGTTTA
CTATCGATGTGCCTACGTTGAGGAGTTTGTGTGTTGATAACTCTGTTGGAGAGTCTCGCC
CTGAAAGTGTTCATGGGTTTGTGATTAGAACACCTTCTTTGAGATGGTTCAGTATT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DC95TF U 1
AF RR1B849TF U 1
BS 1 16 RR1B849TF
BS 17 17 RR1DC95TF
BS 18 520 RR1B849TF
BS 521 521 RR1DC95TF
BS 522 538 RR1B849TF
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BS 540 562 RR1B849TF
BS 563 563 RR1DC95TF
BS 564 716 RR1B849TF

RD RR1DC95TF 577 0 0
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GTGAGTTTCCAGATGAATTGCTGTTGAAGATGCTAAATCTTCTTCCTACGAAAGACGCCG
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GGTACGACGGCAGCACAGTAGGTAGAGTGTACTGGGGATTCGCACTGTTCATCACCAAGC
TCTTAAACCTAGATAGCTTGGATCTCAAGATCAACCCCTACTCTACGAACAAATACATCA
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GCGGCTCCTTTGAGTTCCCCAAAAGCTTGTTTATTCACTCGAATCTCGGGACGGTTATAC
TCGAGAAGGTGAGCTTGGAGGATCCTCCGCTCGATGCTCGCTTTGTTTGCCTCAAAAGTC
TCCACCTTTTGTCGGTTAGATTCTCGAGCGACGAGTCTGTGGAGACGCTTTTGAGTAGAT
GTCCTGTTCTTGAAGATTTGGTGGTGGGGAGAAGCTC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1B849TF 716 0 0
GGAGGGCTCAACTGAAGAGCCAAATGGAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGATTCGATCAATGA
GTGAGTTTCCAGATGAATTGCTGTTGAAGATGCTAAATCTTCTTCCTACGAAAGACGCCG
TAGCCACGAGCGTCTCATCAAAACGATGGATATCACTCTGGAAAGAGATGAACGCATTCA
GGTACGACGGCAGCACAGTAGGTAGAGTGTACTGGGGATTCGCACTGTTCATCACCAAGC
TCTTAAACCTAGATAGCTTGGATCTCAAGATCAACCCCTACTCTACGAACAAATACATCA
ACTATCTGGTCAACATCGCGGTCGCTCGATCTCTCCGAAAGCTCAGAGTCGAAATGGTTT
GCGGCTCCTTTGAGTTCCCCAAAAGCTTGTTTATTCACTCGAATCTCGACACGGTTATAC
TCGAGAAGGTGAGCTTGGAGGATCCTCCGCTCGATGCTCGCTTTGTTTCCCTCAAAAGTC
TCCACCTTTTGTCGGTTAGATTCTCGAGCGACGAGTCTGTTGAGACGCTTTTGAGTAGGT
GTCCTGTTCTTGAAGATTTGGTTGTGGGGAGAAGCTCTTTTACTAATGTGATGGTGTTTA
CTATCGATGTGCCTACGTTGAGGAGTTTGTGTGTTGATAACTCTGTTGGAGAGTCTCGCC
CTGAAAGTGTTCATGGGTTTGTGATTAGAACACCTTCTTTGAGATGGTTCAGTATT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL8445Contig1 696 2 2 U
GTAAGAGTATGGCTTCCACATGAAAACCTGCCCGGTCTAGCCATGTCTAGGTCTTTGGGT
GATTTCGTTCTTAAGAGCTATGGTGTCATTGCGACTCCTCAAGTATCTACGCATGAAATC
ACTCCTCTCGACCAGTTTCTGCTCCTTGCTTCCGATGGGGTCTGGGATGTTCTTAGTAAC
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ACAGAGGCGGCGGCTAATGCATGGAGACAGAAATATCCGACGGTCAAGGTTGATGGTATT
TCTGTCGTGTGCCTCTTTCTCAACAGGAGGCTTCATCCTCAGCCACGTATATAATCAAAC
AAACAAACTTGCGAAGAAAACATATAACGACTAATCAAAGATGGATGCCACGTATGATTG
TTTACTCAGACTTCTGTGTGTTTGCCTTTGAGTGTGAATGTATGTGTGTGTATATATTAC
ATTTGTATGTTAAGTCGTGTGATTATTAATAGAAAATAAATAGTAGAAGATGTTGGGAGT
GGTGTGTGTCGTGGGATCAAAGTAACGAGGACTTTGACATTTTGAACAGACGTCATAAGA
ATCTACGTATTGGAGTGCTTTCCACACTCTTATGTCGTTGTTGTATAAATTGATGATAAC
ATCTAAGGAAGATAATTTTGTAGCAGAAACAGCTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EM64TF U 1
AF RR1EM64JQ C 31
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BS 130 696 RR1EM64JQ

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ACTCCTCTC

QA 1 129 1 129
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AGAAAATAAATAGTAGAAGATGTTGGGAGTGGTGTGTGTCGTGGGATCAAAGTAACGAGG
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AGCTGA

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

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TGTTGT


BQ
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AF RR1CR81JQ C 1
AF RR1CR81TF U 1
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DS 

RD RR1CR81TF 546 0 0
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ATCAATATCTTCATAACAACACGAATGTTATCGTGAGATTATTATTTTAATGAATAGAAA
TGTTGT

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8447Contig1 544 2 1 U
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TTTG


BQ
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20 20 20 20 

AF RR1DP52JQ C 1
AF RR1DP52TF U 1
BS 1 544 RR1DP52TF

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TTTG

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR1DP52TF 544 0 0
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GCAGATCAAGAACCAACCAACTCAGGAGAACAATCCTTATACTCGGTCTTCTTCTTGTTA
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TTTG

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL8448Contig1 647 2 8 U
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CAACTTCACAGTTGAGCACTTTCTGAACCAGGCGCTTATACTCGTTCACATTTGGAGTCA
AGACAGCAAGCGGATAGCTCTTGACAAGATCAATTGAATTCGTTACA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1DX18JQ U 1
AF RR1D606JQ U 8
BS 1 118 RR1DX18JQ
BS 119 119 RR1D606JQ
BS 120 311 RR1DX18JQ
BS 312 312 RR1D606JQ
BS 313 406 RR1DX18JQ
BS 407 407 RR1D606JQ
BS 408 564 RR1DX18JQ
BS 565 647 RR1D606JQ

RD RR1DX18JQ 564 0 0
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AGTACAGAGGAAAAAAACACAACAGAAACAGGAACAGCTTTTGAAGCTTTTTTCACAGTC
AACAAGATGTAGTAGAAGGCAAGACCAGCTTTGCAGATTAAGATGCAGGGCAGATGTCCT
CCAAACTCTCCCCTAAACATTCAATAATGTCACTTGTGAGAGTTGATCTCTTATGTTTAG
TAAAAGCCAGAGCTGCAGCCTTTCTCAGCAAGCCAGATGCAGCTATGCATCCCAAGATGG
CTGGACTCTCAGAGGGACTTTCAGGATCTGACTTAAGCTGTTGCGCCCATGACAGAAACA
CTGCGACACTCCCAGAGAGAATATCACCTTGTCCACCACATCGCCTTGGCGAACCATATA
TGCTCACTGATTTTACTATCTCCCCATTGCTTATAAGATCAGTTTTTCCTTTCCTCAGAA
TCGTTACACCACCAATCTGTTTAGCCAAAGAACGTAGCTGATCTCCAGCATTCTCTTCGT
CAACTTCACAGTTGAGCACTTTCT

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR1D606JQ 640 0 0
C
GTAAATCTTTATTTAGTAATCACAATATTCAGGTTTTTATTATTGAGAAGAAAGTACAGA
GGAAAAAAACACAACAGAAACAGGAACAGCTTTTGAAGCTTTTTTCACAGACAACAAGAT
GTAGTAGAAGGCAAGACCAGCTTTGCAGATTAAGATGCAGGGCAGATGTCCTCCAAACTC
TCCCCTAAACATTCAATAATGTCACTTGTGAGAGTTGATCTCTTATGTTTAGTAAAAGCC
AGAGCTGCAGCCTTTCTCAGCAAGCCAGATGCAGCTATGCATCCCAAGATGGCTGGACTC
TCAAAGGGACTTTCAGGATCTGACTTAAGCTGTTGCGCCCATGACAGAAACACTGCGACA
CTCCCAGAGAGAATATCACCTTGTCCACCACATCGCCTCGGCGAACCATATATGCTCACT
GATTTTACTATCTCCCCATTGCTTATAAGATCAGTTTTTCCTTTCCTCAGAATCGTTACA
CCACCAATCTGTTTAGCCAAAGAACGTAGCTGATCTCCAGCATTCTCTTCGTCAACTTCA
CAGTTGAGCACTTTCTGAACCAGGCGCTTATACTCGTTCACATTTGGAGTCAAGACAGCA
AGCGGATAGCTCTTGACAAGATCAATTGAATTCGTTACA

QA 2 640 2 640
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8450Contig1 1117 2 2 U
GGACTCCTTAGTGAACTCACCTACTTTGAAGAGCCTATTCGATCACCGCTTACCCCTAGT
GTCCTCATAAAAGGGATTGTGCCCGGAGAATCAACGCTCTTTAAAAGTCAACTGAATCCT
CTGCTTCTAGCTTTCCGAACAGAAGACGAAGGAACTTGCAAAGTTATATTTAAGAAGGGA
GATGATCTCCGGCAAGACCAACTGGTTGTTCATTGGTTTGGCTCATGGATAGACTGCTTA
AGCTAGAAAATCTTGATCTTTGCCTAACTCCTTATAAGGTGTTAGCAACTGGACATGACG
AAGGCATGTTAGAATTCATACCATCCCGTTCTTTAGCTCAGATTCTCTCAGAGCACCGAA
GCATAACAAGTTATCTGCAGAAGTTCCATCCTGATGAGCATGCTCCTTTCGGGATAACAG
CCTCTTGTCTCGAGACATTTATTAAAAGCTGTGCAGGCTATTCCGTGATCACATATATAC
TTGGCATTGGAGACAGGCACCTTGACAACCTTCTCCTTACAGATGATGGCCGCCTTTTCC
ACGTTGATTTTTGCGTTTATACTAGGTAGAGATCCTAAACCGTTCCCTCCACCGATGAAA
CTCTGCAAAGAAATGGTGGAAGCCATGGGCGGAGCAGAAAGCCAATACTACACAAGGTTC
AAATCGTACTGTTGTGAAGCCTACAACATTCTCCGGAAATCAAGCAACCTTATTCTGAAT
CTGTTCTATCTCATGGCGGGTTCAACCATTCCAGATATAGCTTCAGATCCTGAAAAGGGC
ATTCTCAAACTCCAAGAAAAGTTTAGGCTTGATATGGACGACGAAGCATGCATCCATTTT
TTTCAAGATCTGATTAATGAAAGCGTAAGCGCTCTGTTCCCGCAAATGGTTGAAACCATA
CACAGGTGGGCTCAATACTGGCGTTGAACCAGTGCGTTGAAAATGTATATGCTATTTACT
TTGTTACGTCAATAACACACACACACACACTCAAAGGTTTGATTTATGTTCTTGGCTTTT
ACTTACATCCACTGTGACAAAACTATTACTCTGTAAATAACCTTGCTAACCTTCAAAGCT
AGATTATAGTCACTTAAAAACGAAGCGTTTTGTCGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A003TF U 1
AF RR1A003JQ C 479
BS 1 740 RR1A003TF
BS 741 1117 RR1A003JQ

RD RR1A003TF 741 0 0
GGACTCCTTAGTGAACTCACCTACTTTGAAGAGCCTATTCGATCACCGCTTACCCCTAGT
GTCCTCATAAAAGGGATTGTGCCCGGAGAATCAACGCTCTTTAAAAGTCAACTGAATCCT
CTGCTTCTAGCTTTCCGAACAGAAGACGAAGGAACTTGCAAAGTTATATTTAAGAAGGGA
GATGATCTCCGGCAAGACCAACTGGTTGTTCATTGGTTTGGCTCATGGATAGACTGCTTA
AGCTAGAAAATCTTGATCTTTGCCTAACTCCTTATAAGGTGTTAGCAACTGGACATGACG
AAGGCATGTTAGAATTCATACCATCCCGTTCTTTAGCTCAGATTCTCTCAGAGCACCGAA
GCATAACAAGTTATCTGCAGAAGTTCCATCCTGATGAGCATGCTCCTTTCGGGATAACAG
CCTCTTGTCTCGAGACATTTATTAAAAGCTGTGCAGGCTATTCCGTGATCACATATATAC
TTGGCATTGGAGACAGGCACCTTGACAACCTTCTCCTTACAGATGATGGCCGCCTTTTCC
ACGTTGATTTTTGCGTTTATACTAGGTAGAGATCCTAAACCGTTCCCTCCACCGATGAAA
CTCTGCAAAGAAATGGTGGAAGCCATGGGCGGAGCAGAAAGCCAATACTACACAAGGTTC
AAATCGTACTGTTGTGAAGCCTACAACATTCTCCGGAAATCAAGCAACCTTATTCTGAAT
CTGTTCTATCTCATGGCGGG
G

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1A003JQ 639 0 0
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CCACGTTGATTTT*GCGTTTATACTAGGTAGAGATCCTAAACCGTTCCCTCCACCGATGA
AACTCTGCAAAGAAATGGTGGAAGCCATGGGCGGAGCAGAAAGCCAATACTACACAAGGT
TCAAATCGTACTGTTGTGAAGCCTACAACATTCTCCGGAAATCAAGCAACCTTATTTTGA
ATCTGTTCTATCTCATGGCGGGTTCAACCATTCCAGATATAGCTTCAGATCCTGAAAAGG
GCATTCTCAAACTCCAAGAAAAGTTTAGGCTTGATATGGACGACGAAGCATGCATCCATT
TTTTTCAAGATCTGATTAATGAAAGCGTAAGCGCTCTGTTCCCGCAAATGGTTGAAACCA
TACACAGGTGGGCTCAATACTGGCGTTGAACCAGTGCGTTGAAAATGTATATGCTATTTA
CTTTGTTACGTCAATAACACACACACACACACTCAAAGGTTTGATTTATGTTCTTGGCTT
TTACTTACATCCACTGTGACAAAACTATTACTCTGTAAATAACCTTGCTAACCTTCAAAG
CTAGATTATAGTCACTTAAAAACGAAGCGTTTTGTCGAG

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL8451Contig1 785 2 2 U
CCGCCGATCCCACCTGCTTCGCTCACCGTCTCGCCGGCGTTTCACAGAGAGAAGGAGGAA
GAAGAATGGATTCGAGACCCAGTGGACCAGCGATGTTGACGGCGGAGGAGCAAGCCGTTT
TAAACGAAGGAATCGGTTTGATACTTTCACGGTGGACTGCCATGCGAGCCGCCGTAGATA
ACGGCTGGGGCGGCCGAGATTCTCATCTGAAAGCCGAACGCACCGTTTCCAATGTTCTTA
ATTACTTCATCCATTTGAAAGATCCAACGATGGGTTTTGATGGGTTAGCTGATATTCTAG
AGAATGGTCTTAATGAGCTTAACACTGTGGCTGATGATGGAAGCCTTGAGGAGGTGGCAG
AGACGTTGCTAGATTTGTATTATGAATGTCTTGAAGGTAACTACCAAAGGGTTGAGACAC
TGAGGGTAACTAGTTCTCAGACCAGTGCAAGAGTTGTCAAGGTTTCAAACGGTAACGATG
AGGATGATGAGGAAAGCGATGATGAAGATGAGGAGGATACAGACATGATGGTGGATGCAT
CTGAGCAATCCTCAAACCGGTTACCAGAAGCCATGCCGGTTGATGAACCAAAAGCTGATG
ATGGCTGGACGGTAGTTCCAAGTAGAAAAAACAAGGGCAAGAGGAACTAAACGGTTTTAG
GTTCCAATGGTGTTGTGTAATATCTCAACAGTTTTGGTTTGTTTTGTTTTATTACTTAAA
TAAATACTATTTTGATTGTTACTCTTTTAACTTTTTAAACAACATCAGAAGGTTGTGTTA
CTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR1AY59TF U 1
AF RR1AY59JQ C 209
BS 1 761 RR1AY59TF
BS 762 785 RR1AY59JQ

RD RR1AY59TF 765 0 0
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GAAGAATGGATTCGAGACCCAGTGGACCAGCGATGTTGACGGCGGAGGAGCAAGCCGTTT
TAAACGAAGGAATCGGTTTGATACTTTCACGGTGGACTGCCATGCGAGCCGCCGTAGATA
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CTGAGCAATCCTCAAACCGGTTACCAGAAGCCATGCCGGTTGATGAACCAAAAGCTGATG
ATGGCTGGACGGTAGTTCCAAGTAGAAAAAACAAGGGCAAGAGGAACTAAACGGTTTTAG
GTTCCAATGGTGTTGTGTAATATCTCAACAGTTTTGGTTTGTTTTGTTTTATTACTTAAA
TAAATACTATTTTGATTGTTACTCTTTTAACTTTTTAAACA
CATC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR1AY59JQ 577 0 0
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GGCTGATGATGGAAGCCTTGAGGAGGTGGCAGAGACGTTGCTAGATTTGTATTATGAATG
TCTTGAAGGTAACTACCAAAGGGTTGAGACACTGAGGGTAACTAGTTTTCAGACCAGTGC
AAGAGTTGTCAAGGTTTCAAACGGTAACGATGAGGATGATGAGGAAAGCGATGATGAAGA
TGAGGAGGATACAGACATGATGGTGGATGCATTTGAGCAATCCTCAAACCGGTTACCAGA
AGCCATGCCGGTTGATGAACCAAAAGCTGATGATGGCTGGACGGTAGTTCCAAGTAGAAA
AAACAAGGGCAAGAGGAACTAAACGGTTTTAGGTTCCAATGGTGTTGTGTAATATCTCAA
CAGTTTTGGTTTGTTTTGTTTTATTACTTAAATAAATACTATTTTGATTGTTACTCTTTT
AACTTTTTAAACAACATCAGAAGGTTGTGTTACTGTT

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

CO CL8452Contig1 950 2 6 U
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CTTTCGGTGATTCTGGTGATGGGTTTAGTCTACTACGTCACGCTCTTCGTTTTTCTCGAG
GATTGGGTTGGTCTACGAAGCTCACCTGGGAAACTAAACGCATTGCTCTTCAGCCTCTTG
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GCAAGGAAATGTGATAAGTGCTTTGCTTATAAGCCTCTTCGGACTCATCATTGTCGAGTT
TGTAGAAGATGCGTCTTGAAGATGGACCACCATTGCGTATGGATAAATAACTTTGTTGGC
TATTCAAACTATAAGGCTTTCTTCCTTCTCGTGTTTTATGCAACTCTGGCTTGCTTCTAC
TCAACAGTATTGCTGGTTTGCTGTGTTTTCAAGAACGGGGACTCATACGCAGGAAATGTT
TCACTAAAAACCTTCATGGTAGCCTGTGGGGTCTTCGTGATCGGACTAAGCATAACACTG
GGGACTCTCCTTGGTTGGCATATCTACCTGATCGCACACAATATGACCACCATTGAGCAT
TATGATTCAAAGCGGGCCTTGTGGTTAGCTAAAAAATCTGGACAAAGCTTTAGGCATCAA
TTCGATCTTGGCGTTTACAAAAACATCACCTCGGTGTTAGGGTCAAACATAATAAAATGG
CTATGCCCCACATTCACTAGGAATACTGAAGATGGTGTGAACTTTTCTGCTTCCAGAGAC
AGCTAGCTATTCACCAATCAATTTGTATACACACTTGTACAAAATTTTGAAACAAAAGTT
TATTGTCTTAAAAGATTATCTGTTCTGTAATATTTGGGGTTTATTGTCTC


BQ
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AF RR1BK71TF U 1
AF RR1BK71JQ C 187
BS 1 695 RR1BK71TF
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RD RR1BK71TF 745 0 0
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CTTTCGGTGATTCTGGTGATGGGTTTAGTCTACTACGTCACGCTCTTCGTTTTTCTCGAG
GATTGGGTTGGTCTACGAAGCTCACCTGGGAAACTAAACGCATTGCTCTTCAGCCTCTTG
GCCTCTCTCTGTCTCGTTTCCCTCTCCATTTGCGTTCTCGTAGATCCAGGTCGTGTCCCG
TCGTCTTATGCTCCTGATGTTGAGGCTTCTAGCTGGTCCAATAGTAATAAAGGTAAAGAA
GCAAGGAAATGTGATAAGTGCTTTGCTTATAAGCCTCTTCGGACTCATCATTGTCGAGTT
TGTAGAAGATGCGTCTTGAAGATGGACCACCATTGCGTATGGATAAATAACTTTGTTGGC
TATTCAAACTATAAGGCTTTCTTCCTTCTCGTGTTTTATGCAACTCTGGCTTGCTTCTAC
TCAACAGTATTGCTGGTTTGCTGTGTTTTCAAGAACGGGGACTCATACGCAGGAAATGTT
TCACTAAAAACCTTCATGGTAGCCTGTGGGGTCTTCGTGATCGGACTAAGCATAACACTG
GGGACTCTCCTTGGTTGGCATATCTACCTGATCGCACACAATATGACCACCATTGAGCAT
TATGATTCAAAGCGGGCCTTGTGGTTAGCTAAAAA*TCTGGACAAAGCTTTAG*CATCAA
TTCGATCTTGGCGTT
ACAAAACATC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR1BK71JQ 764 0 0
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TATGCTCCTGATGTTGAGGCTTCTAGCTGGTCCAATAGTAATAAAGGTAAAGAAGCAAGG
AAATGTGATAAGTGCTTTGCTTATAAGCCTCTTCGGACTCATCATTGTCGAGTTTGTAGA
AGATGCGTCTTGAAGATGGACCACCATTGCGTATGGATAAATAACTTTGTTGGCTATTCA
AACTATAAGGCTTTCTTCCTTCTCGTGTTTTATGCAACTCTGGCTTGCTTCTACTCAACA
GTATTGCTGGTTTGCTGTGTTTTCAAGAACGGGGACTCATACGCAGGAAATGTTTCACTA
AAAACCTTCATGGTAGCCTGTGGGGTCTTCGTGATCGGACTAAGCATAACACTGGGGACT
CTCCTTGGTTGGCATATCTACCTGATCGCACACAATATGACCACCATTGAGCATTATGAT
TCAAAGCGGGCCTTGTGGTTAGCTAAAAAATCTGGACAAAGCTTTAGGCATCAATTCGAT
CTTGGCGTTTACAAAAACATCACCTCGGTGTTAGGGTCAAACATAATAAAATGGCTATGC
CCCACATTCACTAGGAATACTGAAGATGGTGTGAACTTTTCTGCTTCCAGAGACAGCTAG
CTATTCACCAATCAATTTGTATACACACTTGTACAAAATTTTGAAACAAAAGTTTATTGT
CTTAAAAGATTATCTGTTCTGTAATATTTGGGGTTTATTGTCTC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL8453Contig1 937 2 6 U
GCTGTATTCTCGTTTTCTACATTAGTTGTAAATCAATATTTCTATAGCTAGAGTTCTGCT
GTCATATTAAAAAACATGGACAAAACGACAAATTTGATTGTGTAATGCCTATAGAGTCTC
CGTTGGTTTGGGTTCGTGGAGTTTCGTGCGTCGTTTTCTTAATTCTTTTTATTGAACCCT
CGTGTTTCAGGTAGACTTTTGCCAACACGTACTGGTGTGTAGAGATAAAACCTCTCTCTA
TAAACCTCTCTAACTTCTCTCTAGAGACAACCACCGTGTAAAATTCTTCCGGCCGACGGT
GTGGGCTCCGTTAGCCACGTTAGCCACCGTCGGTCCGGCATCTCTTTGTCTTTTTGTTTT
TTCTTCTGGGTTTTACTTAGTTTGTATCGTTTGGTTTCGGCGTCGTACGTTTGATTTTGC
CTCCGGGAAGTTGTGGTTTTGCTTCGCCGGCTTTGTTTCCGGGAGACGGTGACTCTTTCC
GTACCGTTTATCGCCGGCTTATATCGGGTTTCTCATGCTATGTCGATCTATGAATATAGG
ATTATCTGTTACTTGCCTCTCGATCTGAAATCTATTGGAGATGGAGGTTCGATTGTAGAC
GATTACTCTTGGAAAAAATTCATAGATCCGCTTTGTTTCAACAGCTCGTTGTTGAGTTGT
TTGTTTGGGTGAATGATTTGTCCCGGATCGGACTTCGCCGTCGACGGGGAGCCGTGGTGT
CGTGGTTCTGGTGCCGGAGAAGAAAGTGACTATCGTTAGGACGCGTGTACTCTGGTATTC
GTGTGATCAAACGCGTGGAAGGGTGACTCAACCCTTTTGTATTGGGCTTTTGTCCCACTT
TATATTTAGTGTACTTTGGCCCTGTTTTGGGGCTTATGTAGTTACGGTTTGGACTGGTCT
TGTTGGACCATGTGCCATTAATAAAATCCTAGATGGC


BQ
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AF RR1C894TF U 1
AF RR1C894JQ C 175
BS 1 617 RR1C894TF
BS 618 618 RR1C894JQ
BS 619 708 RR1C894TF
BS 709 709 RR1C894JQ
BS 710 725 RR1C894TF
BS 726 937 RR1C894JQ

RD RR1C894TF 725 0 0
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GTCATATTAAAAAACATGGACAAAACGACAAATTTGATTGTGTAATGCCTATAGAGTCTC
CGTTGGTTTGGGTTCGTGGAGTTTCGTGCGTCGTTTTCTTAATTCTTTTTATTGAACCCT
CGTGTTTCAGGTAGACTTTTGCCAACACGTACTGGTGTGTAGAGATAAAACCTCTCTCTA
TAAACCTCTCTAACTTCTCTCTAGAGACAACCACCGTGTAAAATTCTTCCGGCCGACGGT
GTGGGCTCCGTTAGCCACGTTAGCCACCGTCGGTCCGGCATCTCTTTGTCTTTTTGTTTT
TTCTTCTGGGTTTTACTTAGTTTGTATCGTTTGGTTTCGGCGTCGTACGTTTGATTTTGC
CTCCGGGAAGTTGTGGTTTTGCTTCGCCGGCTTTGTTTCCGGGAGACGGTGACTCTTTCC
GTACCGTTTATCGCCGGCTTATATCGGGTTTCTCATGCTATGTCGATCTATGAATATAGG
ATTATCTGTTACTTGCCTCTCGATCTGAAATCTATTGGAGATGGAGGTTCGATTGTAGAC
GATTACTCTTGGAAAAA*TTCATAGATCCGCTTTGTTTCAACAGCTCGTTGTTGAGTTGT
TTGTTTGGGTGAATGATTTGTCCCGGATCGGACTTCGCCGTCGACGGG*AGCCGTGGTGT
CGTGG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1C894JQ 763 0 0
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TCTCTATAAACCTCTCTAACTTCTCTCTAGAGACAACCACCGTGTAAAATTCTTCCGGCC
GACGGTGTGGGCTCCGTTAGCCACGTTAGCCACCGTCGGTCCGGCATCTCTTTGTCTTTT
TGTTTTTTCTTCTGGGTTTTACTTAGTTTGTATCGTTTGGTTTCGGCGTCGTACGTTTGA
TTTTGCCTCCGGGAAGTTGTGGTTTTGCTTCGCCGGCTTTGTTTCCGGGAGACGGTGACT
CTTTCCGTACCGTTTATCGCCGGCTTATATCGGGTTTCTCATGCTATGTCGATCTATGAA
TATAGGATTATCTGTTACTTGCCTCTCGATCTGAAATCTATTGGAGATGGAGGTTCGATT
GTAGACGATTACTCTTGGAAAAAATTCATAGATCCGCTTTGTTTCAACAGCTCGTTGTTG
AGTTGTTTGTTTGGGTGAATGATTTGTCCCGGATCGGACTTCGCCGTCGACGGGGAGCCG
TGGTGTCGTGGTTCTGGTGCCGGAGAAGAAAGTGACTATCGTTAGGACGCGTGTACTCTG
GTATTCGTGTGATCAAACGCGTGGAAGGGTGACTCAACCCTTTTGTATTGGGCTTTTGTC
CCACTTTATATTTAGTGTACTTTGGCCCTGTTTTGGGGCTTATGTAGTTACGGTTTGGAC
TGGTCTTGTTGGACCATGTGCCATTAATAAAATCCTAGATGGC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL8454Contig1 788 2 5 U
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TACTACACAAGGTGGAAATATTACAAGACTGAAGGAGACATACTATGCATGCCAGGGTTA
TGGGCAGTTCCTGTTCTTACCAGGACCACCATAGTAAAAAAAATGTCCCCAGTCATCATT
GCTTCCCGTTTGAACATCATAACAATTAGATTTCTCAGTGAACGTTCCCATCCTCTTTGG
TGCTTTGAGGTTGTTAGATCCATCAACTACTTGTATGTTCCTAAAGTAACTCGCTTTGCT
GAAACCTTCTTCTGGAAAGTGCCCACTTCCCATCTGTGTCCAAGTATGGTGGCCACCTGA
CTGCGAGTTCACAACCTCTCCTCCCCATTCGATCATTGACGCACTCTCTGTAAGGTAAAA
AAAAAGGAACGATGGCCAGTACCCTAAAACATACCCGTTCCCAAACTGCATCCACCAGTG
TCCCTCCTTTGGATCCTTCCAGATTAAGATACTGATATCATACTGAGAGTTGCAGTACCC
AAAGACTGGTGAAATGCTTGCTCCCATTGCTATGTCACTGTTGATTTGAATGAAACCTGA
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GTGCTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C376JQ U 27
AF RR1AD61TF C 1
BS 1 27 RR1AD61TF
BS 28 533 RR1C376JQ
BS 534 534 RR1AD61TF
BS 535 605 RR1C376JQ
BS 606 788 RR1AD61TF

RD RR1C376JQ 579 0 0
C
CATCACTAACTGAGTTTTTTTTACTACAGCCATTACTACACAAGGTGGAAATATTACAAG
ACTGAAGGAGACATACTATGCATGCCAGGGTTATGGGCAGTTCCTGTTCTTACCAGGACC
ACCATAGTAAAAAAAATGTCCCCAGTCATCATTGCTTCCCGTTTGAACATCATAACAATT
AGATTTCTCAGTGAACGTTCCCATCCTCTTTGGTGCTTTGAGGTTGTTAGATCCATCAAC
TACTTGTATGTTCCTAAAGTAACTCGCTTTGCTGAAACCTTCTTCTGGAAAGTGCCCACT
TCCCATCTGTGTCCAAGTATGGTGGCCACCTGACTGCGAGTTCACAACCTCTCCTCCCCA
TTCGATCATTGACGCACTCTCTGTAAGGTAAAAAAAAAGGAACGATGGCCAGTACCCTAA
AACATACCCGTTCCCAAACTGCATCCACCAGTGTCCCTCCTTTGGATCCTTCCAGATTAA
GATACTGATATCATACTGAGAGTTGCGGTACCCAAAGACTGGTGAAATGCTTGCTCCCAT
TGCTATGTCACTGTTGATTTGAATGAAACCTGAGCAAA

QA 2 579 2 579
DS 

RD RR1AD61TF 788 0 0
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TACTACACAAGGTGGAAATATTACAAGACTGAAGGAGACATACTATGCATGCCAGGGTTA
TGGGCAGTTCCTGTTCTTACCAGGACCACCATAGTAAAAGAAATGTCCCCAGTCATCATT
GCTTCCCGTTTGAACATCATAACAATTAGATTTCTCAGTGAACGTTCCCATCCTCTTTGG
TGCTTTGAGGTTGTTAGATCCATCAACTACTTGTATGTTCCTAAAGTAACTCGCTTTGCT
GAAACCTTCTTCTGGAAAGTGCCCACTTCCCATCTGTGTCCAAGTATGGTGGCCACCTGA
CTGCGAGTTCACAACCTCTCCTCCCCATTCGATCATTGACGCACTCTCTGTAAGGTAAGA
GAAGAGGAACGATGGCCAGTACCCTAAAACATACCCGTTCCCAAACTGCATCCACCAGTG
TCCCTCCTTTGGATCCTTCCAGATTAGGATACTGATATCATACTGAGAGTTGCAGTATCC
AGAGACTGGTGAGATGCTTGCTCCCATTGCTATGTCACTGTTGATTTGAATGAAACCTGA
GCAAAGAAGATTGTAGCAACCAGTAGCTTGATATGCATCACTAGTCCAGTAAGTGAAGAG
TCTTGTATTATTATCTCCATATAGATCAGGGCTCACCTGCCAACCAGCTTCAATGCTGTT
AAGATCTTGTCCAAAGGAACCACCCAAAAGCCATATCTGTGACAAGCTGAACTCGTTTGC
GTGCTGTC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL8455Contig1 881 2 4 U
GGAGACAAAACTGAAAAAAGAATAGAAAACACTGTCGGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGCAACAATGGCGTTGCACGTCATATCATCATCATCATCATCTTCAGCCACTTGTGT
GACCTTGGCTTCCACCATCAGAGCCTTCGTTAGACCTTCTATCTCCCTCAGAACCACTCC
ATTTACTCGCTCTCCGTCGAAGCTTAACCTCCTTCCTCCCTCCGTCCCTCCTTCATCATT
TCCTCCGCTTCGTCTTTGTAGACGAGGCTTCCAAGGTGGTCGTATCAAAGCGATGGCTTC
TCCTGCTCCCGGATCGGTCAACAAGCCAGAGGAAGAGTGGCGTGCGATCCTGTCTCCTGA
GCAATTCAGGATTCTAAGGGAGAAAGGCACTGAATATCCAGAACAGGAGAATACAACAAA
CTATTCGAAGACGGCATCTATTCCTGTGCAGGATGTGGAACTCCTCTTTACAAATCCGCC
ACCAAGTTCGATTCCGGTTGTGGCTGGCCAGCCTTCTTCGACGGCATTCCCGGTGCTATA
AACCGGACTCCTGATCCAGATGGGAGAAGAATAGAGATCACTTGTGCGGCTTGTGGAGGA
CATCTCGGTCATGTTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCTACACCTACCGATGAGCGACACTGT
GTGAACAGTGTCTCTCTCAAGTTCGCACCAGGGAATTTAACCTTGTAATAATAATGCACT
TGTGTTGTGTAATCCTATTGTCTATTTCTCCTGCACGGTGTTTTTGTCTTGCTTGGTGAA
ACTACTGTTAGTTTCAACTCCAAGTAATGAGGTCGCTGAATTAAGTCCTTGTGACTCTTC
GTACTGTCATAAACATGTATAAGATCTCACCCAAGCTTGTG


BQ
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AF RR1BW49TF U 1
AF RR1BW49JQ C 209
BS 1 707 RR1BW49TF
BS 708 708 RR1BW49JQ
BS 709 750 RR1BW49TF
BS 751 881 RR1BW49JQ

RD RR1BW49TF 769 0 0
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GACCTTGGCTTCCACCATCAGAGCCTTCGTTAGACCTTCTATCTCCCTCAGAACCACTCC
ATTTACTCGCTCTCCGTCGAAGCTTAACCTCCTTCCTCCCTCCGTCCCTCCTTCATCATT
TCCTCCGCTTCGTCTTTGTAGACGAGGCTTCCAAGGTGGTCGTATCAAAGCGATGGCTTC
TCCTGCTCCCGGATCGGTCAACAAGCCAGAGGAAGAGTGGCGTGCGATCCTGTCTCCTGA
GCAATTCAGGATTCTAAGGGAGAAAGGCACTGAATATCCAGAACAGGAGAATACAACAAA
CTATTCGAAGACGGCATCTATTCCTGTGCAGGATGTGGAACTCCTCTTTACAAATCCGCC
ACCAAGTTCGATTCCGGTTGTGGCTGGCCAGCCTTCTTCGACGGCATTCCCGGTGCTATA
AACCGGACTCCTGATCCAGATGGGAGAAGAATAGAGATCACTTGTGCGGCTTGTGGAGGA
CATCTCGGTCATGTTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCTACACCTACCGATGAGCGACACTGT
GTGAACAGTGTCTCTCTCAAGTTCGCACCAGGGAATTTAACCTTGTA*TAATAATGCACT
TGTGTTGTGTAATCCTATTGTCTATTTCTC
TGCACGTGTTTTGTCTTGC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1BW49JQ 673 0 0
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TTCCAAGGTGGTCGTATCAAAGCGATGGCTTCTCCTGCTCCCGGATCGGTCAACAAGCCA
GAGGAAGAGTGGCGTGCGATCCTGTCTCCTGAGCAATTCAGGATTCTAAGGGAGAAAGGC
ACTGAATATCCAGAACAGGAGAATACAACAAACTATTCGAAGACGGCATCTATTCCTGTG
CAGGATGTGGAACTCCTCTTTACAAATCCGCCACCAAGTTCGATTCCGGTTGTGGCTGGC
CAGCCTTCTTCGACGGCATTCCCGGTGCTATAAACCGGACTCCTGATCCAGATGGGAGAA
GAATAGAGATCACTTGTGCGGCTTGTGGAGGACATTTCGGTCATGTTTTCAAAGGAGAAG
GTTTCCCTACACCTACCGATGAGCGACACTGTGTGAACAGTGTCTCTCTCAAGTTCGCAC
CAGGGAATTTAACCTTGTAATAATAATGCACTTGTGTTGTGTAATCCTATTGTCTATTTC
TCCTGCACGGTGTTTTTGTCTTGCTTGGTGAAACTACTGTTAGTTTCAACTCCAAGTAAT
GAGGTCGCTGAATTAAGTCCTTGTGACTCTTCGTACTGTCATAAACATGTATAAGATCTC
ACCCAAGCTTGTG

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

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GGAAAGAAGAGGAAGGGAGGATGATGCGAGGAGTGGTAATGGAAGAAGGTTTTCGTTTTC
CTGGCCGTTTAGTGGATTGTTCTCTTCTTCTTCTTCATCCTCTGGATCTCAATCTGGTTC
TCGCTGATCGAAAGAAGAACAAAACATCTTGATTTTGTTGTTCTTGTTCTTGTTCTTGTT
CTCCTCTGCTTTTATGTACATACAAATGATGTTCTTTCACTTGTTCCAAAAAAATATCCA
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BQ
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AF RR1GT72TF U 1
AF RR1DQ11JQ C 41
BS 1 630 RR1GT72TF
BS 631 759 RR1DQ11JQ

RD RR1GT72TF 630 0 0
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AGAAGTGGTAGATGCTTTGCCGACGGTTAAGATTACGGAACCGTTGCTGCAGTGTTCGGT
TTGTTTGGATGAGTTTGAGAGAGGAGGAGTGGAGGAAGCTAAAGAGATGCCGTGTAAGCA
TAAGTTTCATGTTAAGTGTATTGTTCCGTGGCTTGAGCTTCATAGCTCTTGTCCCGTGTG
TCGGTTCGAGCTTCCTTCTGCGAATGGTGATGAGAGTAAGGTTGAATCGGCGAGGACAAG
AACTACTAGGACTCTTCCGGAGAGTAGTAACGGAAACGTTGTTGAGAATGTGGGGAATGA
GGAAAGAAGAGGAAGGGAGGATGATGCGAGGAGTGGTAATGGAAGAAGGTTTTCGTTTTC
CTGGCCGTTTAGTGGATTGTTCTCTTCTTCTTCTTCATCCTCTGGATCTCAATCTGGTTC
TCGCTGATCGAAAGAAGAACAAAACATCTTGATTTTGTTGTTCTTGTTCTTGTTCTTGTT
CTCCTCTGCTTTTATGTACATACAAATGAT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1DQ11JQ 719 0 0
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CCGTTGCTGCAGTGTTCGGTTTGTTTGGATGAGTTTGAGAGAGGAGGAGTGGAGGAAGCT
AAAGAGATGCCGTGTAAGCATAAGTTTCATGTTAAGTGTATTGTTCCGTGGCTTGAGCTT
CATAGCTCTTGTCCCGTGTGTCGGTTCGAGCTTCCTTCTGCGAATGGTGATGAGAGTAAG
GTTGAATCGGCGAGGACAAGAACTACTAGGACTCTTCCGGAGAGTAGTAACGGAAACGTT
GTTGAGAATGTGGGGAATGAGGAAAGAAGAGGAAGGGAGGATGATGCGAGGAGTGGTAAT
GGAAGAAGGTTTTCGTTTTCCTGGCCGTTTAGTGGATTGTTCTCTTCTTCTTCTTCATCC
TCTGGATCTCAATCTGGTTCTCGCTGATCGAAAGAAGAACAAAACATCTTGATTTTGTTG
TTCTTGTTCTTGTTCTTGTTCTCCTCTGCTTTTATGTACATACAAATGATGTTCTTTCAC
TTGTTCCAAAAAAATATCCATGTAGGGTGTTATCTGTTCTTATTTGTTTCAATCTTCTTA
TAAATTGTTGTTGTACAGAGATGATCAAGTTTTACTTTGAGTGTGTTTGTTTTGATTTT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL8457Contig1 843 2 2 U
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AAGAGTGAGGGAGGCTATGTGTGGGCATGCAAGAACTACGATGGTGATGTCCAAAGTGAT
TTCCTGGCATAAGGGTTTGGGTCACTTGGATTGATGACATCTGTTCTGGTCTGCCCGGAT
GGAAAGACGATTGAAGCGGAAGCAGCACATGGAACGGTAACCCGTCACTACAGGGTTCAC
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CTTGCACACAGGGCTAAGTTGGATGACAACTCAAAACTATTGGAATTTACCGAGAAGCTA
GAAGCTGCTTGTGTGGGTACAGTGGAGTCTGGAAAAATGACAAAAGATCTTGCACTCATC
ATTCACGGCTCAAAGCTCTCAAGGGACACTTACTTGAACACAGAGGAGTTCATCGATGCG
GTTGCAGATGAGCTCAAGCGGCGGTTATTTTATGGGGTGTCGAAAATTTAACTACAAAAA
ACATGGTGTCAGGCTGGGTTTGAACCCTGATTAATGGAGGTGTTAAGAGATGGATTGTAC
CTTAGATGACAAAAACTTCTTGTTACTTTTACCCAGCATAATTTATTCAAATTTAAGGGG
TCATGTGACACCCCATTACACAAACTTAGGAAGTGTGGTCAGATCCTCGGTCATAAGTGT
CTTATCTAGTGGGGTTGTGAAAGTAGTTTGGGTTGGAAGAAAGAAATAAAAGAGAACGTT
TTCTTAATGGGTACATTGAAAAGGATTATTTTCCAAACAATGAGACATGCTTCCTTTTTG
TTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1FO09TF U 1
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ATTCACGGCTCAAAGCTCTCAAGGGACACTTACTTGAACACAGAGGAGTTCATCGATGCG
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CTTAGATGACAAAAACTTCTTGTTACTTTTACCCAGCATAATTTATTCAAATT

QA 1 653 1 653
DS 

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GCACTCATCATTCACGGCTCAAAGCTCTCAAGGGACACTTACTTGAACACAGAGGAGTTC
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CTACAAAAAACATGGTGTCAGGCTGGGTTTGAACCCTGATTAATGGAGGTGTTAAGAGAT
GGATTGTACCTTAGATGACAAAAACTTCTTGTTACTTTTACCCAGCATAATTTATTCAAA
TTTAAGGGGTCATGTGACACCCCATTACACAAACTTAGGAAGTGTGGTCAGATCCTCGGT
CATAAGTGTCTTATCTAGTGGGGTTGTGAAAGTAGTTTGGGTTGGAAGAAAGAAATAAAA
GAGAACGTTTTCTTAATGGGTACATTGAAAAGGATTATTTTCCAAACAATGAGACATGCT
TCCTTTTTGTTT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL8458Contig1 586 2 1 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C012TF U 1
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QA 1 586 1 586
DS 

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AT

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 2

CO CL8459Contig1 600 2 2 U
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BQ
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AF RR1EH81TF C 1
AF RR1EH81JQ U 60
BS 1 59 RR1EH81TF
BS 60 600 RR1EH81JQ

RD RR1EH81TF 600 0 0
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CGCTGATCTATAAATAGATGGAGATAATATAAATATATAGTTATTATTTCTTGTTTAAAA
AAAACAAAAGATCTTATTGGAACAAACAAATATAGATGTATATATGTTTATTTTCCGTTC
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TGAACATTGCTCCTAACAACACACTCACCTCTATAAAATCCGGTTTTTTTGGATGACGCC
TTACAAAGACGCTCACATTCAGCACGAGCATTTAGTTTAGTACACATATCCGGAGGTGGA
TTTTTGAGTGGACTTCCACGACAGTCGCGCTCGAAATCTTTTGGTTTATAAGCATTTATT
CTTTCTGTCAAAATTACCAAAGGTATCAGAAGAATAATAGAGGAGGAAACTACTTTTTCT
CTTTTATACATGCTTTTTTCTTCTTTGTTTACGATTTTTTTATTTAATTGAATGTTATCC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1EH81JQ 541 0 0
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TCTTTTATACATGCTTTTTTCTTCTTTGTTTACGATTTTTTTATTTAATTGAATGTTATC
C

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 2

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ACGAGCTTCACAACGCTCCGAGCTCGTTCCTCCGCGATAATCCCGTCTCCAACACGTAAC
CTGAGATCTAAAGTGAGATGCTCTTCGTCTTCTTCTTCTCTCAGAGCTTCGGCCCTCTCG
AACGGCTTACTCTCCCCGTATACCGGAGGAAGCATCTCTAGTGACTTCTGCGGCTCCAAG
CTTCGTTCCCAATCGCTTAATCCGTTGAATATGTCTAGCTCCAAGCCTAAGCGCGGTGTT
GTCACCATGGTTATACCTTTTTCGAAAGGAAGTGCACACGAACAACCTCCTCCTGATCTG
GCATCTTATCTGTTCAAAAATCGGATTGTATATTTGGGAATGTCTCTTGTGCCTTCAGTC
ACAGAGTTGATACTCGCGGAGTTTCTTTACCTTCAGTATGAAGACGAGGAAAAGCCTATT
TACCTCTACATAAACTCTACAGGGACGACCAAGAATGGGGAGAAGTTGGGCTATGATACG
GAGGCTTTTGCAATTTATGATGTCATGGGGTATGTCAAACCACCAATCTTTACTCTTTGT
GTTGGGAATGCTTGGGGTGAAGCTGCTTTGCTTCTTACTGCTGGTGCTAAAGGAAATCGT
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GCAACCGATGTTGAAATTGCAAGGAAAGAAATCAGGCACATAAAGACAGAAATGGTCAAG
CTGTATTCAAAGCATATTGGTAAATCGCCGGAGCAGATTGAAGCTGACATGAAACGCCCT
AAATATTTTAGTCCCAGTGAGGCTGTTGAGTATGGAATCATTGATAAGGTGGTTTACAAC
GAAAGGAGCAGCCAAGACAGAGGAGTTGTGTCCGACCTTAAAAAGGCACAACTCATCTAA
ATGTCAGAATCGTCTTCTTAAATCTCCCGTGATTAACAGGTTGGTGATTTGACCGTCGAT
CAAGGGGACATCGACACAGAACCGAAGTAAAAAAAAAGTGTTGAAAACATTACTTGTAGT
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AGAAACAGAATCGGTGTATTTTCACTATGTTTCAAACATTTCAAATGAATCAATTTCATT
ACTAGTAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS74TF U 1
AF RR1CS74JQ C 481
BS 1 603 RR1CS74TF
BS 604 1212 RR1CS74JQ

RD RR1CS74TF 603 0 0
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GTT

QA 1 603 1 603
DS 

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AGAAACAGAATCGGTGTATTTTCACTATGTTTCAAACATTTCAAATGAATCAATTTCATT
ACTAGTAAAAAA

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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TTTTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR1CF02JQ C 1
AF RR1CF02TF U 1
BS 1 546 RR1CF02TF

RD RR1CF02JQ 546 0 0
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AAAACAGATATTGAAGCTAAACAGAAACCGAACATCATCATCATTGGATCAAGTCCCTAA
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TCCAATTTCGTTTCTGAATGATCCTTCTTTCAGAGAGTTCCTTAGTCGAGCAGAGGAAGA
GTTTGGATTCGATCATCCAATGGGAGGCTTGACCCTTCCATGTAGAGAAGAAGTGTTTCT
TGATCTCATCGCTTCTCGGTATCAATAAGAGAAGTTTGTATCATTTTAGTAGAATTGTAA
TCATAGAGGTTTTGAGAATTCGTTCTTGAGATCGAGGTACTTTTCATTATCTGTTCCCAT
GTATTTTTTTTATAACATGGAGAACCAGAAGAATTTATATGTCTAAGATTTATATCCACA
TTTTAT

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1CF02TF 546 0 0
GGATCCCAAGTGGACTGGAAACCTTAAGAAAAAAACTTTCATAGAAAAATCGTTTAACAC
CTCTGGTCCTAAAGCAAAAACAAAGATGGGTCTGAGCCGTTGTGCGATCACAAATGCAAC
AAAACAGATATTGAAGCTAAACAGAAACCGAACATCATCATCATTGGATCAAGTCCCTAA
AGGGCATATGGCAGTGTACGTTGGAGAACAGATTGAGAAGGAGAAAAAGAGATTTGTGGT
TCCAATTTCGTTTCTGAATGATCCTTCTTTCAGAGAGTTCCTTAGTCGAGCAGAGGAAGA
GTTTGGATTCGATCATCCAATGGGAGGCTTGACCCTTCCATGTAGAGAAGAAGTGTTTCT
TGATCTCATCGCTTCTCGGTATCAATAAGAGAAGTTTGTATCATTTTAGTAGAATTGTAA
TCATAGAGGTTTTGAGAATTCGTTCTTGAGATCGAGGTACTTTTCATTATCTGTTCCCAT
GTATTTTTTTTATAACATGGAGAACCAGAAGAATTTATATGTCTAAGATTTATATCCACA
TTTTAT

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8462Contig1 656 2 2 U
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AGAAATCAGAAACTTGAGCCTTCTCATACGCAGCAGCAGCTTCCGGGATCAAAACCATCA
AACGGTGATACTTCTCTTCAGCATTCTCAATTTTCTTAGACAATAGATCCTTCAGAAGTT
TGGTGTTCGCCTGAAGCTCCTGAGCATAGATCAGGGCATCGGTCTCATACTTCTTCTTGA
CAAACTTCTCCTTCACGGAGGTCAGGATCTTGTTGTAAGCCTCAGCTACCTCCTTCTTAC
CTTTCCTGACAGCTAGCTTAACTTCAGCTTCTTTGTTCCTTTGGCTGACCTGAGATGAGA
CGATCATCTCTTGAACCTGATGCTCAGCTACCCTGCGAGCAGCCTCTAACTCATTGATCT
TCCTGTTCTTCACCTGAATATCGATAGCCTGACTTTCGATCTTCCCCTGCTGAGTATCAG
CCTTCAAACCGAGCCTCCCGACCTCAGCTTCAAGCTCCGAAACTCGAGCATGAGCTAGGT
CGAGCTCCATCTTGGTAGTCTTGAATAACTCAGTAGCCTGAGCTAAATCTCCAGCACTAG
GAGCACCATGCACGGTCTCCTCGACCCTCAGCTGAGCTCTGTTGATGGCTCCAGCT


BQ
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AF RR1H635TF U 1
AF RR1H635JQ C 1
BS 1 521 RR1H635TF
BS 522 656 RR1H635JQ

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CTTTCCTGACAGCTAGCTTAACTTCAGCTTCTTTGTTCCTTTGGCTGACCTGAGATGAGA
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CCTTCAAACCGAGCCTCCCGACCTCAGCTTCAAGCTCCGAA

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DS 

RD RR1H635JQ 656 0 0
GATTGATCTCAAAAGTATCTGAGCTCTCGGAGAATTGAGGAATGGGGAGCTTGCTGACTG
AGAAATCAGAAACTTGAGCCTTCTCATACGCAGCAGCAGCTTCCGGGATCAAAACCATCA
AACGGTGATACTTCTCTTCAGCATTCTCAATTTTCTTAGACAATAGATCCTTCAGAAGTT
TGGTGTTCGCCTGAAGCTCCTGAGCATAGATCAGGGCATCGGTCTCATACTTCTTCTTGA
CAAACTTCTCCTTCACGGAGGTCAGGATCTTGTTGTAAGCCTCAGCTACCTCCTTCTTAC
CTTTCCTGACAGCTAGCTTAACTTCAGCTTCTTTGTTCCTTTGGCTGACCTGAGATGAGA
CGATCATCTCTTGAACCTGATGTTCAGCTACCCTGCGAGCAGCCTCTAACTCATTGATCT
TCCTGTTCTTCACCTGAATATCGATAGCCTGACTTTCGATCTTCCCCTGCTGAGTATCAG
CCTTCAAACCGAGCCTCCCGACCTCAGCTTCAAGCTCCGAAACTCGAGCATGAGCTAGGT
CGAGCTCCATCTTGGTAGTCTTGAATAACTCAGTAGCCTGAGCTAAATCTCCAGCACTAG
GAGCACCATGCACGGTCTCCTCGACCCTCAGCTGAGCTCTGTTGATGGCTCCAGCT

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL8463Contig1 1173 2 14 U
GGAAGCATCTCACGGGTTTGTTCTTTGACAAAAAGGAAGAGGAGCTGAGATGGAGCTGTG
TGATTGATTGTGTCTCCTACTTCGTTAACTTGATCAAAGAGAAAGGCTCATCATCCGAGA
AAGTGAATGTTCGCCAAGCATCTGCAGAGGCTATTATAGCATCCGGTATATTAGAACAAG
CGAAGCTCATTGGTCCTCTTGTCTCAAACCATGACCAAACACCCTCACCAAGCAAGTTTC
AAAACGCTTGCGATGTTTACGCGTATCAAATCCTGGAGATGTGGTTCACTTGCATCAAAC
TGCTGGAGGACGAAGATGATCTCATCAGGTCAAAACTCGCAACAGATGTCCAGAAGTGTT
TCTCCCACTGCCATTGAAGTTCCTACACAAGTTGAGAAAGTCTTGGAACTGAGCTTCAAC
CATTTATCTTCCGTCTTTGGGCACTGGAACGAGTATTTATTATATCTCTCGAGATGGGTC
CTCAACACGGTAGATTACACTTCTCCACTAAAGGGAGGTAGTGATCTAGTGAGGCGGGTA
TTCGACAAGGAAATCGATAACCACCACGAAGAAAAGCTTCTCATCTTGCAGTTTTGCTGT
GACCATCTACAGAAGCTAGCAAATAGAGACTTGCCCCAAGGGCAGCTACTGGAATGGAGG
TGTAAGTTCCTGAGTAAGCTGCTTTCTTTCGCTAAAGACCATGTGGGGAAACAAAGAGAG
AGCTGGGTGGGCGGTGTAGGGAACCACAAGGATGTGTTTTTGCCACTCTATGGTAATCTC
CTAGGTCTCTACGTCTTCTCCAACTGTGTCTTCAGATTCTCAACTGATGGCAATGACAAG
AAAGCTATGCTTGCTGACATGGTTGAGCTCGGGGAAGCCTTGAAACCGTTTTTGAGGAAC
CCTCTGGTGTCTAACATGTTCAGAGTAGTTGTCGGATTACATGAGAAGTCGGTGGATTAT
TGTTTGGTGGATATGTCTAGTGTTCTTGCTGGAGAAATTTGGGAAGGTTTTGATCCGTAT
TTTCTTCTCAGATAGATGATAGTGAATTGTTTTTGTCTCTCTCTCTCTCTCACGCTCTCT
GGTTTGTTGTTTTAACAAATAGTTTTGTGGTGGTATGTCAACACTTTTGGAATCTTTGAA
CATTTTTTTGAAACACAAATGGTTGATCTCCCG


BQ
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AF RR1AQ69TF U 1
AF RR1AQ69JQ C 278
BS 1 365 RR1AQ69TF
BS 366 366 RR1AQ69JQ
BS 367 796 RR1AQ69TF
BS 797 797 RR1AQ69JQ
BS 798 811 RR1AQ69TF
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BS 813 822 RR1AQ69TF
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BS 824 832 RR1AQ69TF
BS 833 833 RR1AQ69JQ
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BS 840 851 RR1AQ69TF
BS 852 1173 RR1AQ69JQ

RD RR1AQ69TF 853 0 0
GGAAGCATCTCACGGGTTTGTTCTTTGACAAAAAGGAAGAGGAGCTGAGATGGAGCTGTG
TGATTGATTGTGTCTCCTACTTCGTTAACTTGATCAAAGAGAAAGGCTCATCATCCGAGA
AAGTGAATGTTCGCCAAGCATCTGCAGAGGCTATTATAGCATCCGGTATATTAGAACAAG
CGAAGCTCATTGGTCCTCTTGTCTCAAACCATGACCAAACACCCTCACCAAGCAAGTTTC
AAAACGCTTGCGATGTTTACGCGTATCAAATCCTGGAGATGTGGTTCACTTGCATCAAAC
TGCTGGAGGACGAAGATGATCTCATCAGGTCAAAACTCGCAACAGATGTCCAGAAGTGTT
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TTCGACAAGGAAATCGATAACCACCACGAAGAAAAGCTTCTCATCTTGCAGTTTTGCTGT
GACCATCTACAGAAGCTAGCAAATAGAGACTTGCCCCAAGGGCAGCTACTGGAATGGAGG
TGTAAGTTCCTGAGTAAGCTGCTTTCTTTCGCTAAAGACCATGTGGGGAAACAAAGAGAG
AGCTGGGTGGGCGGTGTAGGGAACCACAAGGATGTGTTTTTGCCACTCTATGGTAATCTC
CTAGGTCTCTACGTCT*CTCCAACTGTGTCT*CAGATTCTCA*CTGATGGCA*TGACA*G
AAAGCTATGCT
GC

QA 1 851 1 851
DS 

RD RR1AQ69JQ 896 0 0
GATGTGGTTCACTTGCATCAAACTGCTGGAGGACGAAGATGATCTCATCAGGTCAAAACT
CGCAACAGATGTCCAGAAGTGTTTCTCCCACTGCCATTGAAGTTCCTACACAAGTTGAGA
AAGTCTTGGAACTGAGCTTCAACCATTTATCTTCCGTCTTTGGGCACTGGAACGAGTATT
TATTATATCTCTCGAGATGGGTCCTCAACACGGTAGATTACACTTCTCCACTAAAGGGAG
GTAGTGATCTAGTGAGGCGGGTATTCGACAAGGAAATCGATAACCACCACGAAGAAAAGC
TTCTCATCTTGCAGTTTTGCTGTGACCATCTACAGAAGCTAGCAAATAGAGACTTGCCCC
AAGGGCAGCTACTGGAATGGAGGTGTAAGTTCCTGAGTAAGCTGCTTTCTTTCGCTAAAG
ACCATGTGGGGAAACAAAGAGAGAGCTGGGTGGGCGGTGTAGGGAACCACAAGGATGTGT
TTTTGCCACTCTATGGTAATCTCCTAGGTCTCTACGTCTTCTCCAACTGTGTTTTCAGAT
TCTCAACTGATGGCAATGACAAGAAAGCTATGCTTGCTGACATGGTTGAGCTCGGGGAAG
CCTTGAAACCGTTTTTGAGGAACCCTCTGGTGTCTAACATGTTCAGAGTAGTTGTCGGAT
TACATGAGAAGTCGGTGGATTATTGTTTGGTGGATATGTCTAGTGTTCTTGCTGGAGAAA
TTTGGGAAGGTTTTGATCCGTATTTTCTTCTCAGATAGATGATAGTGAATTGTTTTTGTC
TCTCTCTCTCTCTCACGCTCTCTGGTTTGTTGTTTTAACAAATAGTTTTGTGGTGGTATG
TCAACACTTTTGGAATCTTTGAACATTTTTTTGAAACACAAATGGTTGATCTCCCG

QA 1 896 1 896
DS 



AS 1 2

CO CL8464Contig1 774 2 2 U
GCTCCACTATAAAAATAGTGGCCGCTCATCTTCATCCGTTCAAGTTCGACTGCTCCGATT
TTGGGAGGCCAGGAACGTCCGGCGTGGTGGAGAGCGTATGGGAGTCCACATGCTCCTTCT
CGATTCTCAGATTATCTGTTTTACTGCTATTTTTTTTATAGTTTTAATTAAATCTCTGAT
TGGATTCTATACACAACGCCACCGTTTTGATTCCAGACTATTTTAATACATTGTGTTTTG
GAGTTCCTGATGTAGATTTACGGTAGAGCCGTTCCCATGTTTTGATGTTTGATATTTTTT
TTTTACAATGTTAATATTTTTACGGCTGAGAAAATTTACCGTTTCTGACTATCCAAGAAG
CGCCAGTCTCGCAGAGTTATTATGATGTTATGGAGGATTTTTTATCAGAAGGCTATAGCT
TTTAACCGGAAGCTGAGTCCGAACATGTGTCAGAGGTGATACATAGCAGGAGACGCTAAC
CAGAGGTGATACATAACATTAACACCTTTTGTTCATGCTGCTACAAAAGTGTTACAAATG
GTGTCGAGTTTTCTTACACCTGCATCTGTAACTCTTAGAGGCTACAACATATTAGGTATT
TGAACATATGTGAAGACATCAATCTTGCTATTCTTTGCTTGATTGATAACCATCTCAATC
CTTTGCATAGGGTGTCATAGTTCAGGTAGTTGTAAACTACACTCTACAAAGTCTGTAGAA
ATATCTTATGTATAATTGACTAAGTCAGTGTTACATTTTTGGCTAATTGACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DF31TF U 1
AF RR1DF31JQ C 85
BS 1 591 RR1DF31TF
BS 592 774 RR1DF31JQ

RD RR1DF31TF 591 0 0
GCTCCACTATAAAAATAGTGGCCGCTCATCTTCATCCGTTCAAGTTCGACTGCTCCGATT
TTGGGAGGCCAGGAACGTCCGGCGTGGTGGAGAGCGTATGGGAGTCCACATGCTCCTTCT
CGATTCTCAGATTATCTGTTTTACTGCTATTTTTTTTATAGTTTTAATTAAATCTCTGAT
TGGATTCTATACACAACGCCACCGTTTTGATTCCAGACTATTTTAATACATTGTGTTTTG
GAGTTCCTGATGTAGATTTACGGTAGAGCCGTTCCCATGTTTTGATGTTTGATATTTTTT
TTTTACAATGTTAATATTTTTACGGCTGAGAAAATTTACCGTTTCTGACTATCCAAGAAG
CGCCAGTCTCGCAGAGTTATTATGATGTTATGGAGGATTTTTTATCAGAAGGCTATAGCT
TTTAACCGGAAGCTGAGTCCGAACATGTGTCAGAGGTGATACATAGCAGGAGACGCTAAC
CAGAGGTGATACATAACATTAACACCTTTTGTTCATGCTGCTACAAAAGTGTTACAAATG
GTGTCGAGTTTTCTTACACCTGCATCTGTAACTCTTAGAGGCTACAACATA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR1DF31JQ 690 0 0
TGGTGGAGAGCGTATGGGAGTCCACATGCTCCTTCTCGATTCTCAGATTATCTGTTTTAC
TGCTATTTTTTTTATAGTTTTAATTAAATCTCTGATTGGATTCTATACACAACGCCACCG
TTTTGATTCCAGACTATTTTAATACATTGTGTTTTGGAGTTCCTGATGTAGATTTACGGT
AGAGCCGTTCCCATGTTTTGATGTTTGATATTTTTTTTTTACAATGTTAATATTTTTACG
GCTGAGAAAATTTACCGTTTCTGACTATCCAAGAAGCGCCAGTCTCGCAGAGTTATTATG
ATGTTATGGAGGATTTTTTATCAGAAGGCTATAGCTTTTAACCGGAAGCTGAGTCCGAAC
ATGTGTCAGAGGTGATACATAGCAGGAGACGCTAACCAGAGGTGATACATAACATTAACA
CCTTTTGTTCATGCTGCTACAAAAGTGTTACAAATGGTGTCGAGTTTTCTTACACCTGCA
TCTGTAACTCTTAGAGGCTACAACATATTAGGTATTTGAACATATGTGAAGACATCAATC
TTGCTATTCTTTGCTTGATTGATAACCATCTCAATCCTTTGCATAGGGTGTCATAGTTCA
GGTAGTTGTAAACTACACTCTACAAAGTCTGTAGAAATATCTTATGTATAATTGACTAAG
TCAGTGTTACATTTTTGGCTAATTGACTTT

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL8465Contig1 1021 2 10 U
GGACCACCAAAGCAGTCCTCTCACTTTTATTACTTCTTCTTCAATTTTTCAAGAGAGAGA
GAGAGAGAGTGAGAGTTAATGGCGCTAGCGAATAACTTAACGGCGATACTGAACTTACTG
GCGTTGCTATGTTCTATACCTATAACGGCGTCAGGAATATGGCTTGCCTCAAAGCCTGAC
AGCGAGTGTGTCAATCTCCTCCGCTGGCCCGTCGTCGTCCTCGGCGTTCTCATCCTCCTC
GTCTCTGCTTGCGGCTTCATCGGCGCCTACCAGGACAAGGAGACTCTGCTGGCTGTGTAC
TTGTGCTGTATGGCGATACTGATCGGGCTTCTGCTGGTGGTTCTGATATTTGCTTTCTTC
GTGACCCGGCCCGACGGGTCGTATCAAGTTCCGGGTCGAGGTTACAAAGAGTACAGGCTC
GAAGGGTTCTCGGATTGGCTGAGAGAGAACGTTGTGGATTCCAGGGATTGGGGGAAGATC
AGGGCCTGTTTGGCTGATTCGAATGTTTGTCCTAAACTCAGCCAACAATTCATAACTGCT
GATCAGTTCTTCTCTTCCTCTTCCATCACTCCTCTCCAGTCCGGTTGTTGCAAACCACCA
ACCGTGTGTGGCTACAACTTCGTCAATCCGACACTTTGGCTAAACCCAACCAACATGGCT
GCAGATGCAGATTGTTACCTATGGAACAACGATCAAAGCCAGCTTTGTTACAATTGCAAC
TCATGCAAAGCTGGTCTTTTGGGAAACCTTAGAAAAGATTGGCGTAAAGCAAATCTCATA
CTTATCATCACCGTCGTTGTTCTCATTTGGGTCTATGTTATTGCATGTAGTGCGTTTAGG
AATGCTCAGACTGAGGGCCGCTTCCGTAAATAAAACAGGGTTGCGTCTTAAGTGTGCATG
TGTATAGATTTGTTTGTCGTTTTTGGGATTGGAGTATTCGAAAATAGATTGTGATATTAT
CACTGTGTTTTAAAAAAAGCAACTTTGCATGGATTTTTATGTTTATGTTAGATTGCTTGT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1CH31TF U 1
AF RR1CH31JQ C 177
BS 1 648 RR1CH31TF
BS 649 649 RR1CH31JQ
BS 650 696 RR1CH31TF
BS 697 697 RR1CH31JQ
BS 698 712 RR1CH31TF
BS 713 713 RR1CH31JQ
BS 714 718 RR1CH31TF
BS 719 719 RR1CH31JQ
BS 720 746 RR1CH31TF
BS 747 1021 RR1CH31JQ

RD RR1CH31TF 746 0 0
GGACCACCAAAGCAGTCCTCTCACTTTTATTACTTCTTCTTCAATTTTTCAAGAGAGAGA
GAGAGAGAGTGAGAGTTAATGGCGCTAGCGAATAACTTAACGGCGATACTGAACTTACTG
GCGTTGCTATGTTCTATACCTATAACGGCGTCAGGAATATGGCTTGCCTCAAAGCCTGAC
AGCGAGTGTGTCAATCTCCTCCGCTGGCCCGTCGTCGTCCTCGGCGTTCTCATCCTCCTC
GTCTCTGCTTGCGGCTTCATCGGCGCCTACCAGGACAAGGAGACTCTGCTGGCTGTGTAC
TTGTGCTGTATGGCGATACTGATCGGGCTTCTGCTGGTGGTTCTGATATTTGCTTTCTTC
GTGACCCGGCCCGACGGGTCGTATCAAGTTCCGGGTCGAGGTTACAAAGAGTACAGGCTC
GAAGGGTTCTCGGATTGGCTGAGAGAGAACGTTGTGGATTCCAGGGATTGGGGGAAGATC
AGGGCCTGTTTGGCTGATTCGAATGTTTGTCCTAAACTCAGCCAACAATTCATAACTGCT
GATCAGTTCTTCTCTTCCTCTTCCATCACTCCTCTCCAGTCCGGTTGTTGCAAACCACCA
ACCGTGTGTGGCTACAACTTCGTCAATCCGACACTTTGGCTAAACCCA*CCAACATGGCT
GCAGATGCAGATTGTTACCTATGGAACAACGATCAA*GCCAGCTTTGTTACA*TTGCA*C
TCATGCAAAGCTGGTCTTTTGGGAAA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1CH31JQ 845 0 0
TGACAGCGAGTGTGTCA*TCTCCTCCGCTG*CCCGTCGTCGTCCTCGGCGTTCTCATCCT
CCTCGTCTCTGCTTGCGGCTTCATCGGCGCCTACCAGGACAAGGAGACTCTGCTGGCTGT
GTACTTGTGCTGTATGGCGATACTGATCGGGCTTCTGCTGGTGGTTCTGATATTTGCTTT
CTTCGTGACCCGGCCCGACGGGTCGTATCAAGTTCCGGGTCGAGGTTACAAAGAGTACAG
GCTCGAAGGGTTCTCGGATTGGCTGAGAGAGAACGTTGTGGATTCCAGGGATTGGGGGAA
GATCAGGGCCTGTTTGGCTGATTCGAATGTTTGTCCTAAACTCAGCCAACAATTCATAAC
TGCTGATCAGTTCTTCTCTTCCTCTTCCATCACTCCTCTCCAGTCCGGTTGTTGCAAACC
ACCAACCGTGTGTGGCTACAACTTCGTCAATCCGACACTTTGGCTAAACCCAACCAACAT
GGCTGCAGATGCAGATTGTTACCTATGGAACAACGATCAAAGCCAGCTTTGTTACAATTG
CAACTCATGCAAAGCTGGTCTTTTGGGAAACCTTAGAAAAGATTGGCGTAAAGCAAATCT
CATACTTATCATCACCGTCGTTGTTCTCATTTGGGTCTATGTTATTGCATGTAGTGCGTT
TAGGAATGCTCAGACTGAGGGCCGCTTCCGTAAATAAAACAGGGTTGCGTCTTAAGTGTG
CATGTGTATAGATTTGTTTGTCGTTTTTGGGATTGGAGTATTCGAAAATAGATTGTGATA
TTATCACTGTGTTTTAAAAAAAGCAACTTTGCATGGATTTTTATGTTTATGTTAGATTGC
TTGTC

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 2

CO CL8466Contig1 496 2 1 U
GCAGCTTGGCTAAACGATCCAGCAACCAGGAAAGCTATTCATGCTAAAGAGGAGAGCGAG
ATAGGAAGATGGGCACTCTGCACAGGTAAGCTATCGTTCCATCACGATGCAGGGAGTATG
ATCAGTTTCCATAGAAACCTCACTCTAAGTGGATATAGAGCACTCATTTACAGCGGTGAT
CTCGATCTGTGTGTTCCATTTACTGGCTCTGAAGCTTGGACACGCTCTCTTGGATACAAG
GTGATTGATGAATGGAGGGCATGGATATCAAATGACCAAGTCGCGGGTTATACCCAGAGA
TATGCAAACGATCTCACATTTTTAACCATCAAGGGTGCAGGACATACAGTTCCTGATTAC
AAACCGCGAGAGGCTTTGGATTTCTATAGCCGATTTCTAGCAGGAAGAAAGATTTAAGAG
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AAAAAAAAGCATTTGC


BQ
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AF RR1FQ75JQ C 1
AF RR1FQ75TF U 1
BS 1 496 RR1FQ75TF

RD RR1FQ75JQ 496 0 0
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CTCGATCTGTGTGTTCCATTTACTGGCTCTGAAGCTTGGACACGCTCTCTTGGATACAAG
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AAAAAAAAGCATTTGC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1FQ75TF 496 0 0
GCAGCTTGGCTAAACGATCCAGCAACCAGGAAAGCTATTCATGCTAAAGAGGAGAGCGAG
ATAGGAAGATGGGCACTCTGCACAGGTAAGCTATCGTTCCATCACGATGCAGGGAGTATG
ATCAGTTTCCATAGAAACCTCACTCTAAGTGGATATAGAGCACTCATTTACAGCGGTGAT
CTCGATCTGTGTGTTCCATTTACTGGCTCTGAAGCTTGGACACGCTCTCTTGGATACAAG
GTGATTGATGAATGGAGGGCATGGATATCAAATGACCAAGTCGCGGGTTATACCCAGAGA
TATGCAAACGATCTCACATTTTTAACCATCAAGGGTGCAGGACATACAGTTCCTGATTAC
AAACCGCGAGAGGCTTTGGATTTCTATAGCCGATTTCTAGCAGGAAGAAAGATTTAAGAG
AGCTGTCTATTCAAAAAAAAAAAGTAAAGGGCATCATATCATGTATTGACTCGTTTGAAT
AAAAAAAAGCATTTGC

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL8467Contig1 892 2 2 U
GGGACAAAGAACAATGGAGAAATCAGACATAGAGAGTGGTGTAGTGATCAGTGGTAAGGA
GCTTTATCCTAAGATGACGGAGAGCCCCGGGCTCCGCTGGGCTTTCATAAGGAAGGTTTA
CGCCGTCTTGACTCTTCAGCTGATCGTGACCGTAGGAGTCTCCTCCGTCGTTTTCTTCGT
AGGCGACATCTCTGTCTTCATCACGACAACCACACCCGGCCTTGTCGTCTTCTTCGCCTC
GCTCGTTATTCCTCTCCTCATGCTGTGGCCACTAATTGTGTTTGCCAAGAAGCATCCCGT
CAACCTCATAATCTTAATGCTCTTCACTCTCACCATCTCTTTCGCCGTGGGACTTTGCTG
CTCTTTTTCAAAAGGGAAGATTGTTCTGGAGGCAGCGATTCTCACAGCTACAATGGTCCT
GGGGTTAACGATATACACTTTCTGGGCAGTAAGGAGAGGCCATGACTTCTCTTTCCTTGA
ACCATTCCTCTTCGGAGCCCTCCTTATCATCCTTGTCTTCTCTATCATACAGGTACTCCA
TCCTCTGGGGAAGCTATCGTCGATGATATTCAGCTGTTTCGCTTCAGTCGTGTTCTGCGG
TTACATTGTCTACGACACGAATCAGCTGATCAAGAAACTCAACTACGACGAGTATATCCA
TGCTGCTATTTGTCTTTATCTCGACGTCATCAATCTCTTCCTCCATATCCTTGGTTTTGC
CATCCACACCTAGTGACTTGGTGCATCATGCACACATCCTATCTGATAATGTCCTCGTCA
TGGGTTACTTAGAACTAGTTCAAGACACAAACTTTAAAAGGCTGGGTTATGCTATTTGCT
CTAAATAATTGTTAAATATTTATTTTGTAAAGATTATGATAACTCTTAAATC


BQ
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AF RR1FX91TF U 1
AF RR1FX91JQ C 194
BS 1 529 RR1FX91TF
BS 530 892 RR1FX91JQ

RD RR1FX91TF 529 0 0
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GCTTTATCCTAAGATGACGGAGAGCCCCGGGCTCCGCTGGGCTTTCATAAGGAAGGTTTA
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GCTCGTTATTCCTCTCCTCATGCTGTGGCCACTAATTGTGTTTGCCAAGAAGCATCCCGT
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QA 1 529 1 529
DS 

RD RR1FX91JQ 699 0 0
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CTCCTCATGCTGTGGCCACTAATTGTGTTTGCCAAGAAGCATCCCGTCAACCTCATAATC
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CTATCGTCGATGATATTCAGCTGTTTCGCTTCAGTCGTGTTCTGCGGTTACATTGTCTAC
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CTTTATCTCGACGTCATCAATCTCTTCCTCCATATCCTTGGTTTTGCCATCCACACCTAG
TGACTTGGTGCATCATGCACACATCCTATCTGATAATGTCCTCGTCATGGGTTACTTAGA
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AAATATTTATTTTGTAAAGATTATGATAACTCTTAAATC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL8468Contig1 673 2 3 U
GGCTTCTAAGTAATCATCATTTCACTGAAGTAAGTTTGAAGCACTTACACACACATAAAT
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CATAGGATATATATTTCAAATGATCAGAATCACTCATGACATAAAGAGTTTCGATCAAAT
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CACCAGACCACGACCTTTCCTTGCACCACGGAAGACGGTTTCAATGATATCGATGAACTC
CTGCTTGTCCTTCATAGCCCAGTTGATCTTGTTGTTGTTACCAGTCCCAAGATCGATCAT
AATGTGCTTGTTCCTAAAGAAGAACATGACAGTCGAAGGATCGTAGAGCTCGTACATGGT
GTTGAAGTCCGGAACCTCAGTGATGTCCACCAGGTATATCACCGCAAAGTCTTTATCGTC
TCTGCAACTGATGCCAGCACCTCATCCATCTGCATACAAGTCTCATCCCAATCATGGCCG
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CTCTGATCTGTCC


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H722JQ U 11
AF RR1H722TF C 1
BS 1 10 RR1H722TF
BS 11 552 RR1H722JQ
BS 553 673 RR1H722TF

RD RR1H722JQ 542 0 0
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CGACCTTTCCTTGCACCACGGAAGACGGTTTCAATGATATCGATGAACTCCTGCTTGTCC
TTCATAGCCCAGTTGATCTTGTTGTTGTTACCAGTCCCAAGATCGATCATAATGTGCTTG
TTCCTAAAGAAGAACATGACAGTCGAAGGATCGTAGAGCTCGTACATGGTGTTGAAGTCC
GGAACCTCAGTGATGTCCACCAGGTATATCACCGCAAAGTCTTTATCGTCTCTGCAACTG
ATGCCAGCACCTCATCCATCTGCATACAAGTCTCATCCCAATCATGGCCGAAACGTATGA
CG

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR1H722TF 673 0 0
GGCTTCTAAGTAATCATCATTTCACTGAAGTAAGTTTGAAGCACTTACACACACATAAAT
GGCAAACAGCAGCCGATAGAGAGAGCAAGCAAATCCGGAATAACAAATCAGCAACAAGTT
CATAGGATATATATTTCAAATGATCAGAATCACTCATGACATAAAGAGTTTCGATCAAAT
GTTGTGGCAAGACCCGGTTGGTTAGTAGCGGTATTTGGTGGAGTAATCTTTAGGAGCAAT
CACCAGACCACGACCTTTCCTTGCACCACGGAAGACGGTTTCAATGATATCGATGAACTC
CTGCTTGTCCTTCATAGCCCAGTTGATCTTGTTGTTGTTACCAGTCCCAAGATCGATCAT
AATGTGCTTGTTCCTAAAGAAGAACATGACAGTCGAAGGATCGTAGAGCTCGTACATGGT
GTTGAAGTCCGGAACCTCAGTGATGTCCACCAGGTATATCACCGCAAAGTCTTTATCGTC
TCTGCAACTGATGCCAGCACCTCATCCATCTGCATACAAGTCTCATCCCAATCATGGCCG
AAACGTATGACGACGAGACGCTCTTCCTCCGCCAGAATCGCCTGATCTACAGCCCAACCG
GAGTGCAGATGCGGTAGAAGATACGACATCGTCTCCCTCCCTCTCGCGCTTTCTCGAAAA
CTCTGATCTGTCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL8469Contig1 842 2 24 U
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GGCCCTGGCAGAACTATTTGCCGCTATTCGTTCTCGTCTTATTGAAGCCATAGCAGCCAT
TGCGGTTCCGACATGGGATCCTCTGATATTGAAGGCTGTACCCAATGCTCCACAAGTTGC
AGCATATAGGTTTGGGACATCAGTCCGTCTAATGAAAAATATATGCATGTGGAAGGACAT
CCTGGCGCTTCCAGTGCTGGAGAACTTAGCTCTGAGTGAGCTTCTGTTTGGAAAAGTCCT
ACCTCATGTCAGAAGCATTGCATCAAATATCCATGATGCTGTGACAAGAACCGAAAAGAT
CGTTGCTTCTTTGTCTGGAGTATGGACAGGACAAAGCGTCACAAGAACTCTTAGTCGGCC
GTTGCAGCCTCTTGTAGATTGTATTCTGACACTTAGGAAAATTCTGGAGGAAAGGCTTGC
CTCAGGACTCGACGATGCTGAAACCACTGGTCTTGCCAGGCGGTTAAAGAAAATACTAGT
GGAGGTCCACGAACACGATCACGCCAGGGAAATTGTCAGAACATTCAATCTCAAGGAGGC
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CAATGTTATCAATCAGATATTTCTCCCGAGGATGTTCCATTTGAGGATTTTATCGGAGTC
CTTGTACATTGGCTTTTATCTATGTAACCTCTGAGCGTATACAAACTGATATTAAGGATA
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR1BK52TF U 1
AF RR1BK52JQ C 206
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BS 798 817 RR1BK52TF
BS 818 842 RR1BK52JQ

RD RR1BK52TF 817 0 0
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CCTGGCGCTTCCAGTGCTGGAGAACTTAGCTCTGAGTGAGCTTCTGTTTGGAAAAGTCCT
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QA 1 817 1 817
DS 

RD RR1BK52JQ 637 0 0
GATA
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GGATGTTCCATTTGAGGATTTTATCGGAGTTCTTGTACATTGGCTTTTATCTATGTAACC
TCTGAGCGTATACAAACTGATATTAAGGATATT

QA 5 637 5 637
DS 



AS 1 2

CO CL8470Contig1 939 2 2 U
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AAGGGCGACGGGGAAGAAACAGTCGACGTTTTTCGGGATTGCGCTTAACCAGATGGGTTT
AGCTTGCATTCAGCTCGACGCGATAGAAGAGGCTGTTGAGTTGTTTGAAGAAGCCAAGTG
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AAGGTTGGTTCAACTCTTGAAAGAAGCTGGTAAGGTTACAGGAAGGAAAGCTAAATCCCT
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GCTGTTACCTTTTCTTCTTTCTATATATAGAAAAAATGTGCATACGTTTAATTTTTGTCA
TTTGTGATTATTATTGTTTGTGGAAGTTCATTTGTGTTGCTTGATCCGGTGTACTTTGGA
TAGCAGTCTCACATATCTATCTTATTAAAGCTGAAGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AU05TF U 1
AF RR1AU05JQ C 126
BS 1 667 RR1AU05TF
BS 668 939 RR1AU05JQ

RD RR1AU05TF 667 0 0
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GAAAGTTCGTGAAGCAAAGTCTTACTGTGAGAATGCTCTTCGGATATACGAGTCGCATAG
CCTAGAGATCTCTCCCGAGGAGATCGCTAGCGGTCTTACGGATATCTCCGTGATCTGCGA
GTCTATGAACGAGGTGGAGCAAGCTGTGACGTTGCTGCAGAAGGCGTTGAAGATATACAC
TGATTCTCCTGGTCAGAAAATGATGATCGCGGGTATCGAAGCTCAGATGGGAGTGTTGTA
CTACATGATGGGGAAGTACTTGGAGTCGTACAACACGTTCAAGAGAGCCATCTCGAAACT
AAGGGCGACGGGGAAGAAACAGTCGACGTTTTTCGGGATTGCGCTTAACCAGATGGGTTT
AGCTTGCATTCAGCTCGACGCGATAGAAGAGGCTGTTGAGTTGTTTGAAGAAGCCAAGTG
TATTTTGGAACAAGAGTGTGGTTCGTACCATCCTGAAACACTTGGATTGTACAACAACCT
TGCAGGAGCTTATGATGCTGTTGGCAGGTTGGATGATGCAATCGAGCTGCTAGGGCATGT
GGTTGGGGCTCGAGAGGAGAAGCTAGGGACAGCGAATCCTGGAACAGAAGAGGAGAAGAG
AAGGTTG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1AU05JQ 814 0 0
AGATCTCTCCCGAGGAGATCGCTAGCGGTCTTACGGATATCTCCGTGATCTGCGAGTCTA
TGAACGAGGTGGAGCAAGCTGTGACGTTGCTGCAGAAGGCGTTGAAGATATACACTGATT
CTCCTGGTCAGAAAATGATGATCGCGGGTATCGAAGCTCAGATGGGAGTGTTGTACTACA
TGATGGGGAAGTACTTGGAGTCGTACAACACGTTCAAGAGAGCCATCTCGAAACTAAGGG
CGACGGGGAAGAAACAGTCGACGTTTTTCGGGATTGCGCTTAACCAGATGGGTTTAGCTT
GCATTCAGCTCGACGCGATAGAAGAGGCTGTTGAGTTGTTTGAAGAAGCCAAGTGTATTT
TGGAACAAGAGTGTGGTTCGTACCATCCTGAAACACTTGGATTGTACAACAACCTTGCAG
GAGCTTATGATGCTGTTGGCAGGTTGGATGATGCAATCGAGCTGCTAGGGCATGTGGTTG
GGGCTCGAGAGGAGAAGCTAGGGACAGCGAATCCTGGAACAGAAGAGGAGAAGAGAAGGT
TGGTTCAACTCTTGAAAGAAGCTGGTAAGGTTACAGGAAGGAAAGCTAAATCCCTCCAGA
CTCTGATTGATTCCGATCTCATGACTTCCTCAGCTCATCGTTAACACATGATTGTGCTGT
TACCTTTTCTTCTTTCTATATATAGAAAAAATGTGCATACGTTTAATTTTTGTCATTTGT
GATTATTATTGTTTGTGGAAGTTCATTTGTGTTGCTTGATCCGGTGTACTTTGGATAGCA
GTCTCACATATCTATCTTATTAAAGCTGAAGTAC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

CO CL8471Contig1 1012 2 2 U
AGGGGAAATAACAAAGCAAAACTAAATAATTTTCTTCAAATCTTTTCATCCCTTTTGAGT
TTTTTTTGTGTGGTATCAGAACCATGGATGATTCTTCTGGTTTTCTCTCTTCTTAGATAC
CTATGGTTCATCTTAAATATGTTAGATGTCTAAAGACTACCAACTGAAAACAAAATCTTC
AATTTACAACAAAAAATCTTAATATTTAGGGGATTTTAAGATTTGATTTGTGCAAACAAA
TTTGGGCAAAAATATCTTCAAATAGCAGTGCATTAATCTGAAGGATTTTACCAGTTTGGA
TAACAAAGTCTATATGAGTCTGTTTTTTGTTGCTGTCAAAAAAAAAAAAATCTGAAGGAT
TTTACTAGCAACAACAACTGAAAAGGTATAAAGTTTTCCAAAGAGAGGTATCATGGCTGA
GGACATGATCAGTCAGTTGCCTGAATATTTGATTCTGCAAATCCTTTCTTTAGTTCCAAT
AAAAAATGTCGTGTCAACGAGTGTCTTGTCTAAAGAATGGCAGTTTCGTTGGAAGTCAGT
GCCAAAACTCAAATTTAATTCTGAGGATTACCAGAGTGAACACCAAACATTTTCAGAGAC
TGTTCACAAGTCACTCGTTTCATATGAACCTAAGGTTCTAGATAGTTTTCAACTCAGCTT
CGGATCAGATAAAGCTGATGCAGTAGATGTTGTACATTGGGTTAAAACTGAGTTTGCTCT
AAATTTGCGTACACTGGTACTCGAATTCCTCATCGAGCCATTCGAGGTCTACGAATTCGT
ATTTCCGAGTTGCTTGTGTACTTGTGATACACTAGAGACTTTGGAACTCGGGAGTCTGAT
TCGTGTAGATCTCCCTGCACCGGGTTCGATGAAGTCTCTAAAAACGCTATGTCTTATTCA
AACGTTCTACACAAACGATGAATCTATTTGTAACCTTTTATCTAGCTGTCCTAGACTTGA
AGAACTCATTGTGGAACGATCTTACGATTATAGTGTGAACTTATTCACAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FC64TF U 1
AF RR1FC64JQ C 208
BS 1 756 RR1FC64TF
BS 757 1012 RR1FC64JQ

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AGGGGAAATAACAAAGCAAAACTAAATAATTTTCTTCAAATCTTTTCATCCCTTTTGAGT
TTTTTTTGTGTGGTATCAGAACCATGGATGATTCTTCTGGTTTTCTCTCTTCTTAGATAC
CTATGGTTCATCTTAAATATGTTAGATGTCTAAAGACTACCAACTGAAAACAAAATCTTC
AATTTACAACAAAAAATCTTAATATTTAGGGGATTTTAAGATTTGATTTGTGCAAACAAA
TTTGGGCAAAAATATCTTCAAATAGCAGTGCATTAATCTGAAGGATTTTACCAGTTTGGA
TAACAAAGTCTATATGAGTCTGTTTTTTGTTGCTGTCAAAAAAAAAAAAATCTGAAGGAT
TTTACTAGCAACAACAACTGAAAAGGTATAAAGTTTTCCAAAGAGAGGTATCATGGCTGA
GGACATGATCAGTCAGTTGCCTGAATATTTGATTCTGCAAATCCTTTCTTTAGTTCCAAT
AAAAAATGTCGTGTCAACGAGTGTCTTGTCTAAAGAATGGCAGTTTCGTTGGAAGTCAGT
GCCAAAACTCAAATTTAATTCTGAGGATTACCAGAGTGAACACCAAACATTTTCAGAGAC
TGTTCACAAGTCACTCGTTTCATATGAACCTAAGGTTCTAGATAGTTTTCAACTCAGCTT
CGGATCAGATAAAGCTGATGCAGTAGATGTTGTACATTGGGTTAAAACTGAGTTTGCTCT
AAATTTGCGTACACTGGTACTCGAATTCCTCATCGA

QA 1 756 1 756
DS 

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GGATTTTACCAGTTTGGATAACAAAGTCTATATGAGTCTGTTTTTTGTTGCTGTCAAAAA
AAAAAAAATCTGAAGGATTTTACTAGCAACAACAACTGAAAAGGTATAAAGTTTTCCAAA
GAGAGGTATCATGGCTGAGGACATGATCAGTCAGTTGCCTGAATATTTGATTCTGCAAAT
CCTTTCTTTAGTTCCAATAAAAAATGTCGTGTCAACGAGTGTCTTGTCTAAAGAATGGCA
GTTTCGTTGGAAGTCAGTGCCAAAACTCAAATTTAATTCTGAGGATTACCAGAGTGAACA
CCAAACATTTTCAGAGACTGTTCACAAGTCACTCGTTTCATATGAACCTAAGGTTCTAGA
TAGTTTTCAACTCAGCTTCGGATCAGATAAAGCTGATGCAGTAGATGTTGTACATTGGGT
TAAAACTGAGTTTGCTCTAAATTTGCGTACACTGGTACTCGAATTCCTCATCGAGCCATT
CGAGGTCTACGAATTCGTATTTCCGAGTTGCTTGTGTACTTGTGATACACTAGAGACTTT
GGAACTCGGGAGTCTGATTCGTGTAGATCTCCCTGCACCGGGTTCGATGAAGTCTCTAAA
AACGCTATGTCTTATTCAAACGTTCTACACAAACGATGAATCTATTTGTAACCTTTTATC
TAGCTGTCCTAGACTTGAAGAACTCATTGTGGAACGATCTTACGATTATAGTGTGAACTT
ATTCACAATC

QA 16 805 16 805
DS 



AS 1 2

CO CL8472Contig1 838 2 6 U
TTAATTTTTCAGCTGTTTCAACTACTATAGTTTTGTTCTTAAATATTATCGAGCGAGTCT
ATGCCACTATAAAATTGATAATATAGAGAGTCCATGATTTTCTTCTATTGTGATAAAAAA
TAATAAAAAATCGAGTTTCTGCATCCATCATCTTCGCAATCTCTAAACCCTAGACTTTCG
AGCTCAAGCAGACAGAACCAAGCACACCTTTATTTACTCTCTTGTCTTTCTGTTTTTGTC
GGGGAGAAATAAATTTTAGTCTTTTTTTTCAGTTTGGGTTTTGTTCGATTTTGTAAAAAC
AGCACAAAAAAATGTCGGGTTCGGGAGGAGTATCGATCGCAAGGTCAGCGATCCGCGGCG
AGAATCGGTTTTACAATCCGCCGCCGATGCGGAGGATGCAGCAGCAGCAGTTGAGGGAGA
AGCAGCAACGACAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGATAAGGAGCTTTCGTCTGCTTCGA
TGCCGCCGCCTCGTCTGAGGAAAAGAGCTCAGGCCAGGAGCAAGAATCGGTCGGAAGTAT
CCGTGGGGTCATCTGAATCTTCCGGGTCGGGTCGGGGTAGGAGCGAGGGGTCAAACTTGG
ATCGGTTCTTGGAGCACACCACTCCCCTTGTTCATCCCCTGAGGAGGAGGAGGTGTGAAT
CTGAGTGCCGTACATACTTTGTTCTGGAGGATCTGTGGGAGTCGTTTGCGGAGTGGAGTG
CGTACGGTGCTGGTGTTCCTCTACATATGCATGGGACCGACTCCACCGTCCAGTACTATG
TCCCTTACTTATCTGGCATTCAGTTGTATGTAGTAGTCGACCCATCTAAGAAAGCAGA


BQ
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AF RR1DL46TF U 1
AF RR1H970TF U 110
BS 1 185 RR1DL46TF
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BS 393 646 RR1DL46TF
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RD RR1DL46TF 646 0 0
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ATGCCACTATAAAATTGATAATATAGAGAGTCCATGATTTTCTTCTATTGTGATAAAAAA
TAATAAAAAATCGAGTTTCTGCATCCATCATCTTCGCAATCTCTAAACCCTAGACTTTCG
AGCTCGAGCAGACAGAACCAAGCACACCTTTATTTACTCTCTTGTCTTTCTGTTTTTGTC
GGGGAGAAATAAATTTTAGTCTTTTTTTTCAGTTTGGGTTTTGTTCGATTTTGTAAAAAC
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AGAATCGGTTTTACAATCCGCCGCCGATGCG*AGGATGCAGCAGCAGCAGTTGAGGGAGA
AGCAGCAACGACAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGATAAGGAGCTTTCGTCTGCTTCGA
TGCCGCCGCCTCGTCTGAGGAAAAGAGCTCAGGCCAGGAGCAAGAATCGGTCGGAAGTAT
CCGTGGGGTCATCTGAATCTTCCGGGTCGGGTCGGGGTAGGAGCGAGGGGTCAAACTTGG
ATCGGTTCTTGGAGCACACCACTCCCCTTGTTCATCCCCTGAGGAG

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1H970TF 729 0 0
GG
GATAAAAAATAATAAAAAATCGAGTTTCTGCATCCATCATCTTCGCAATCTCTAAACCCT
AGACTTTCGAGCTCAAGCAGACAGAACCAAGCACACCTTTATTTACTCTCTTGTCTTTCT
GTTTTTGTCGGGGAGAAATAAATTTTAGTCTTTTTTTTCAGTTTGGGTTTTGTTCGATTT
TGTAAAAACAGCACAAAAAAATGTCGGGTTCGGGAGGAGTATCGATCGCAAGGTCAGCGA
TCCGCGGCGAGAATCGGTTTTACAATCCGCCGCCGATGCGGAGGATGCAGCAGCAGCAGT
TGAGGGAGAAGCAGCAACGACAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGATAAGGAGCTTTCGT
CTGCTTCGATGCCGCCGCCTCGTCTGAGGAAAAGAGCTCAGGCCAGGAGCAAGAATCGGT
CGGAAGTATCCGTGGGGTCATCTGAATCTTCCGGGTCGGGTCGGGGTAGGAGCGAGGGGT
CAAACTTGGATCGGTTCTTGGAGCACACCACTCCCCTTGTTCATCCCCTGAGGAGGAGGA
GGTGTGAATCTGAGTGCCGTACATACTTTGTTCTGGAGGATCTGTGGGAGTCGTTTGCGG
AGTGGAGTGCGTACGGTGCTGGTGTTCCTCTACATATGCATGGGACCGACTCCACCGTCC
AGTACTATGTCCCTTACTTATCTGGCATTCAGTTGTATGTAGTAGTCGACCCATCTAAGA
AAGCAGA

QA 3 729 3 729
DS 



AS 1 2

CO CL8473Contig1 876 2 3 U
TATCTTTCGTAGATACATATTAAATTATCTTCATCACACGTAATCAATCATTTAGAGCTA
ATAACCTATACAAATTCCGTTTATTACAGTAAAAGCATGGACGCGAATGAAGTATACCAA
ATTGTATGAACAAAAACAAATAACGGACAACAGATTCAAAAGAATCTAATCATTTTCTAC
ACATTCAGAGCTTGCATTTCCAGGTGTTATGATACTCCACAGCTTAGAGGGAAGCTTTAC
TTTACTTTTCTTTCCTTTTTTTTGGTGGTTGTTGTTTTCTTCTGTACCTGAAGAGTTGAG
GATGGTCTGTATGATACATGTCTTGCCCCCCTTTACAAAATGGTGCATGTGCATATAACC
GACTTTGGTGCTTTATCGACCTTCTTCTCTGATTTAGTTTTAGCTGGAGAAGGCTGTACA
ACAACATGCATCACAGTGACTCCACCACCTGCAGTCTCTCCACAAGGAGTCTTACACTGG
CCAACAGTCTTGTTGTTCTCCAAGATCTTACCCGAGCTGATCAGCTTTACTTCGTTTATC
CCCTTTGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCAATCAGAGACGACCCTTTGCTTCAAAAAA
TCAACAGTAGAGGCAGCTGAATAACGAAAGGGTCCGATGTCGGAGCCATCGTAGAGCCTG
AATTTGATATCTATCGACTCCTCCTCCGGCATCTCCTTTGAACTTCTCTCAGACGACCTC
CAAAAAACGCAATCCCGTTCTCCAAAAAAAAAACCAGACTTCAACACAACTGTCTTCAGA
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TTGAAGGAAGGAAGGAGAAAAGCTTTTGACAATTCC


BQ
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AF RR1B144JQ U 652
AF RR1B144TF C 1
BS 1 651 RR1B144TF
BS 652 838 RR1B144JQ
BS 839 876 RR1B144TF

RD RR1B144JQ 190 0 0
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GACGACCTCCAAAAAACGCAATCCCGTTCTCCAAAAAAAAAACCAGACTTCAACACAACT
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TTGAAAA
GTT

QA 1 187 1 187
DS 

RD RR1B144TF 876 0 0
TATCTTTCGTAGATACATATTAAATTATCTTCATCACACGTAATCAATCATTTAGAGCTA
ATAACCTATACAAATTCCGTTTATTACAGTAAAAGCATGGACGCGAATGAAGTATACCAA
ATTGTATGAACAAAAACAAATAACGGACAACAGATTCAAAAGAATCTAATCATTTTCTAC
ACATTCAGAGCTTGCATTTCCAGGTGTTATGATACTCCACAGCTTAGAGGGAAGCTTTAC
TTTACTTTTCTTTCCTTTTTTTTGGTGGTTGTTGTTTTCTTCTGTACCTGAAGAGTTGAG
GATGGTCTGTATGATACATGTCTTGCCCCCCTTTACAAAATGGTGCATGTGCATATAACC
GACTTTGGTGCTTTATCGACCTTCTTCTCTGATTTAGTTTTAGCTGGAGAAGGCTGTACA
ACAACATGCATCACAGTGACTCCACCACCTGCAGTCTCTCCACAAGGAGTCTTACACTGG
CCAACAGTCTTGTTGTTCTCCAAGATCTTACCCGAGCTGATCAGCTTTACTTCGTTTATC
CCCTTTGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCAATCAGAGACGACCCTTTGCTTCAAAAAA
TCAACAGTAGAGGCAGCTGAATAACGAAAGGGTCCGATGTCGGAGCCATCGTAGAGCCTG
AATTTGATATCTATCGACTCCTCCTCCGGCATCTCCTTTGAACTTCTCTCAGACGACCTC
CAAAAAACGCAATCCCGTTCTCCAAAAAAAAAACCAGACTTCAACACAACTGTCTTCAGA
TAGTAGCTCTCTCTCTCTGTCTCTTT*CTTTCGATTTCGACTTTGGGATCGTTGAAAAAG
TTGAAGGAAGGAAGGAGAAAAGCTTTTGACAATTCC

QA 1 876 1 876
DS 



AS 1 2

CO CL8474Contig1 620 2 2 U
GCAGTGGACAACTTAGCCGGTCAAAGGAAGAACAGCCATGGCGCTGAAGAGTTTACTACA
ATGCGCAACATGAGTTACAACACCGTACCTTTCACTGTTCATCCACAGAAAGCTGTCACT
GGTTTACCTTACTCGGCAAAAGAGTCTGGACAAAATGCAGGAGCTGCAAGTTTAACACAG
CTTACTGCTAATGCTGGGAATAATCTCCCAGTTATGTTCGGATACTCACCGGTTCAGCTC
CCTATGCTGGATAAGGATGGCTCAGGCGGCATTGCTGGCCTTTCTCAATCTCCATTCGCT
GCAAGAGGCCCATCAAACTCAGCTACGGCGAAAGGCGAGGGAAAACAGCCCGTTGCAGAA
GAAGGCTCATCAGAGGATGCATCGCCGGAGAAGTGTCTTATATCGTTGTAAACAAATGGA
ACAAGTGGTTTGTAATGAGTTTCTTATGGGAAGGTGTACTCTTTAAGGCCAAAGTTTTAT
TGGAGCTTCCCACTATGTTACTGTAATCTCTCTGTTTCTTTTGTTCTTCTTTTCAGCTTT
TATCACTTCACTTTTGTGTATCACCATTTAGTTTTGTATGATTCTCTCTATTTTGTTTTT
GGGTTCAAATAAATATTCCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1GZ32JQ C 1
AF RR1GZ32TFB U 1
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DS 

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ATGCGCAACATGAGTTACAACACCGTACCTTTCACTGTTCATCCACAGAAAGCTGTCACT
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CTTACTGCTAATGCTGGGAATAATCTCCCAGTTATGTTCGGATACTCACCGGTTCAGCTC
CCTATGCTGGATAAGGATGGCTCAGGCGGCATTGCTGGCCTTTCTCAATCTCCATTCGCT
GCAAGAGGCCCATCAAACTCAGCTACGGCGAAAGGCGAGGGAAAACAGCCCGTTGCAGAA
GAAGGCTCATCAGAGGATGCATCGCCGGAGAAGTGTCTTATATCGTTGTAAACAAATGGA
ACAAGTGGTTTGTAATGAGTTTCTTATGGGAAGGTGTACTCTTTAAGGCCAAAGTTTTAT
TGGAGCTTCCCACTATGTTACTGTAATCTCTCTGTTTCTTTTGTTCTTCTTTTCAGCTTT
TATCACTTCACTTTTGTGTATCACCATTTAGTTTTGTATGATTCTCTCTATTTTGTTTTT
GGGTTCAAATAAATATTCC

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

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TCATGCCCAATCCCAGCAGGCACCAACTTCACTTACCACTTCCAGCCAAAGGACCAGATC
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ACCGTCCTCATCAACGACTGGTACACCAAGAGCCACACCGCTCTCAAGACCTTCCTCGAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FC89TF U 1
AF RR1BD64TF U 32
BS 1 132 RR1FC89TF
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BS 562 684 RR1FC89TF
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RD RR1FC89TF 684 0 0
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QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1BD64TF 800 0 0
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QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CB15TF U 1
AF RR1CB15JQ C 4
BS 1 609 RR1CB15TF
BS 610 610 RR1CB15JQ
BS 611 632 RR1CB15TF
BS 633 757 RR1CB15JQ

RD RR1CB15TF 632 0 0
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AAAAAAAAGTGTTGATGATCGTCATACCACTCCAGGCCGTAGCCAACTTCGCGCAGGTCG
TTATCGACGAGACGGGGCCCTACGGGCAAGACTGGGTCACTTGGAAACAGATATTTTTGC
TTGTTGATGTTGTCTGCTGCTGCGCTGTTTTGTTCCCCATTGTCTGGTCTATCAAGAACT
TGCGTGAGGCGGCGAAGACTGATGGGAAGGCGGCTGTGGACTTGGTGAAGTTGACTCTGT
TTAGGCAGTACTATATTGTGGTGATCTGTTATATATACTTTACTCGCGTAGTCGTGTATG
CGCTGGAGACTATTACTTCTTACAAGTATATGTGGACTAGTGTTGTTGCCAGCGAGGTGG
CTACCTTGGCGTTTTATCTTTTCACTGGGTTCAAGTTCAGGCCTGAGGTGCATAACCCTT
ACTTTGTTGTTGATGATGATGAAGAAGAGGCTGCTGCTGAGGCGTTGAAGCTCGAAGACG
AGTTTGAATTATAAGAAAGCATACTTTTGTTTGACAGGGGTGATTATATGGCTTATCTTT
ATTTTTTTT*GTCTTTTTAAATTTATCTTCTT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1CB15JQ 754 0 0
TCATCGTCTTGATCGGGACCGGGTGGTCTTTCTTAAAGCCTTACTTGCAGGACAAGGAAA
AAAAAGTGTTGATGATCGTCATACCACTCCAGGCCGTAGCCAACTTCGCGCAGGTCGTTA
TCGACGAGACGGGGCCCTACGGGCAAGACTGGGTCACTTGGAAACAGATATTTTTGCTTG
TTGATGTTGTCTGCTGCTGCGCTGTTTTGTTCCCCATTGTTTGGTCTATCAAGAACTTGC
GTGAGGCGGCGAAGACTGATGGGAAGGCGGCTGTGGACTTGGTGAAGTTGACTCTGTTTA
GGCAGTACTATATTGTGGTGATCTGTTATATATACTTTACTCGCGTAGTCGTGTATGCGC
TGGAGACTATTACTTCTTACAAGTATATGTGGACTAGTGTTGTTGCCAGCGAGGTGGCTA
CCTTGGCGTTTTATCTTTTCACTGGGTTCAAGTTCAGGCCTGAGGTGCATAACCCTTACT
TTGTTGTTGATGATGATGAAGAAGAGGCTGCTGCTGAGGCGTTGAAGCTCGAAGACGAGT
TTGAATTATAAGAAAGCATACTTTTGTTTGACAGGGGTGATTATATGGCTTATCTTTATT
TTTTTTTGTCTTTTTAAATTTATCTTCTTAGAATGCAATTACCTATTTTGTTTTAGCTTG
TGCTGTTAAGACACTTATGTAGACTCCTATGAATGTCTTAACCATTGCATATTATAATTT
TGTATTAATGGTAACATACAACGCTTGGTGCATT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL8477Contig1 687 2 4 U
GGAAACTAAAACCCTAGCTTCTTCTCCTCTCATACTTTCTCTCTCAGAACTCGGAGGCGC
CAAGATGACGGTTGAAGCAGTGAACCCTAAGGCGTACCCTTTAGCCGATTCTCAGCTAGC
GATTACCATCCTCGATCTTGTCCAGCAAGCCACGAACTACAAACAGCTCAAGAAAGGAGC
TAATGAAGCTACCAAGACTTTGAACCGTGGTATCTCCGAGTTCGTGGTCATGGCTGCCGA
TGCTGAGCCTCTCGAGATTCTTCTCCATCTCCCTCTTCTCGCCGAAGACAAGAATGTGCC
GTATGTGTTTGTGCCATCGAAACAAGCTCTTGGAAGAGCGTGTGGTGTTACAAGGCCCGT
GATTGCTTGTTCGGTTACATCAAACGACGCTAGCCAGTTGAAAGCTCAGATTCAGCAGCT
TAAGGATGCTATCGAGAAGCTTCTCATCTAAGGTTTTGGGGTGGGGATATGAATGAATGA
TGAGTCTCCTCCATTTAATGGAGAAGGCTTTGAAGTTTAGCTAATGAAGAAACGATGATT
CTACTATGAGTTTTTGAAGTTTGTAATGTTTTTTTTTAAATTTCAGATTGTGTTACTGCC
TAATGCTTCTTTGAACAAGAACAATAATTTATAATTCCAGTTTCGTTTTATTTTTGATTA
AAATAATTCCAGTTTCTTAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DE33TF U 1
AF RR1FC82TF U 3
BS 1 127 RR1DE33TF
BS 128 128 RR1FC82TF
BS 129 631 RR1DE33TF
BS 632 687 RR1FC82TF

RD RR1DE33TF 631 0 0
GGAAACTAAAACCCTAGCTTCTTCTCCTCTCATACTTTCTCTCTCAGAACTCGGAGGCGC
CAAGATGACGGTTGAAGCAGTGAACCCTAAGGCGTACCCTTTAGCCGATTCTCAGCTAGC
GATTACCGTCCTCGATCTTGTCCAGCAAGCCACGAACTACAAACAGCTCAAGAAAGGAGC
TAATGAAGCTACCAAGACTTTGAACCGTGGTATCTCCGAGTTCGTGGTCATGGCTGCCGA
TGCTGAGCCTCTCGAGATTCTTCTCCATCTCCCTCTTCTCGCCGAAGACAAGAATGTGCC
GTATGTGTTTGTGCCATCGAAACAAGCTCTTGGAAGAGCGTGTGGTGTTACAAGGCCCGT
GATTGCTTGTTCGGTTACATCAAACGACGCTAGCCAGTTGAAAGCTCAGATTCAGCAGCT
TAAGGATGCTATCGAGAAGCTTCTCATCTAAGGTTTTGGGGTGGGGATATGAATGAATGA
TGAGTCTCCTCCATTTAATGGAGAAGGCTTTGAAGTTTAGCTAATGAAGAAACGATGATT
CTACTATGAGTTTTTGAAGTTTGTAATGTTTTTTTTTAAATTTCAGATTGTGTTACTGCC
TAATGCTTCTTTGAACAAGAACAATAATTTA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1FC82TF 685 0 0
G
AACTAAAACCCTAGCTTCTTCTCCTCTCATACTTTCTCTCTCAGAACTCGGAGGCGCCAA
GATGACGGTTGAAGCAGTGAACCCTAAGGCGTACCCTTTAGCCGATTCTCAGCTAGCGAT
TACCATCCTCGATCTTGTCCAGCAAGCCACGAACTACAAACCGCTCAAGAAAGGAGCTAA
TGAAGCTACCAAGACTTTGAACCGTGGTATCTCCGAGTTCGTGGTCATGGCTGCCGATGC
TGAGCCTCTCGAGATTCTTCTCCATCTCCCTCTTCTCGCCGAAGACAAGAATGTGCCGTA
TGTGTTTGTGCCATCGAAACAAGCTCTTGGAAGAGCGTGTGGTGTTACAAGGCCCGTGAT
TGCTTGTTCGGTTACATCAAACGACGCTAGCCAGTTGAAAGCTCAGATTCAGCAGCTTAA
GGATGCTATCGAGAAGCTTCTCATCTAAGGTTTTGGGGTGGGGATATGAATGAATGATGA
GTCTCCTCCATTTAATGGAGAAGGCTTTGAAGTTTAGCTAATGAAGAAACGATGATTCTA
CTATGAGTTTTTGAAGTTTGTAATGTTTTTTTTTAAATTTCAGATTGTGTTACTGCCTAA
TGCTTCTTTGAACAAGAACAATAATTTATAATTCCAGTTTCGTTTTATTTTTGATTAAAA
TAATTCCAGTTTCTTAAAAAAAAA

QA 2 685 2 685
DS 



AS 1 2

CO CL8478Contig1 844 2 2 U
GCAGAGAAATGATTTCAAGCCTGAACAGTGAAATTGGAACACTGCGAGCACAGGTAATGA
AGTTGGAAGAGTCTAGGAGTAATCTTCAGGAGCAGAACAATAGTCTTGTGGGAACCTTAT
CCAATCTTCAAGTCCAGCGTGAAAACCATGACAATAACGTGAAGGGTGCTTCAGAGGAAG
AACTAAACTCACAGATTGAAGCAGCTTGTACTCTAGTTGAAAAGCTTATCACTGAAAATG
CTGAACTTGTTGAGAAGGTGAACGAGTTGTGCATTCAGCTAAACCAATCGCAGCATGCTT
TTGCTTCACCACCTGAGAGCCTAGCAATTGAAGTACAGAAGTCTGATACCTTAGAAGAAA
TACCCATTCACGACGAGTTGATTAGAATTGATGACGATGGAGACATGGAAACTGCACTGT
TAGAGAGAAACTTACCGGAGGAAACAGTGCCTGTTTCTGTGAACCCGAATGGGGAAATAG
ATGTGGAGTCACAGGTTGTAGTAGGTGGAGAAGAAGAAGAAGCCAGTGGTGGTGTGCCTC
TGGTTGACCCTCCACTGATCGGTGCACCGTTCAGGCTTGTCTCGTTTGTAGCAAGATACG
TGAGTGGTGCAGATTTGGCGGAAAAGAAACAGTTTTTGTAAAACTCAAACAACACATTTG
GAGGCGGAGAAGATTGCATCAAGTTCTGTATCTCTCTTCTCTCTTTCTCTTACTACACAC
ATACACTCAGTGAGGATCGTTGATTAGCTTTGTTTTTTGCACAACACTTAACAGGACACA
AATGTTTATTGTAATTTTTTTGGTAGGATAATGATGTTTGTGATTTCTATTAAATGTGTT
GTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1FP93TF U 1
AF RR1FP93JQ C 91
BS 1 713 RR1FP93TF
BS 714 844 RR1FP93JQ

RD RR1FP93TF 713 0 0
GCAGAGAAATGATTTCAAGCCTGAACAGTGAAATTGGAACACTGCGAGCACAGGTAATGA
AGTTGGAAGAGTCTAGGAGTAATCTTCAGGAGCAGAACAATAGTCTTGTGGGAACCTTAT
CCAATCTTCAAGTCCAGCGTGAAAACCATGACAATAACGTGAAGGGTGCTTCAGAGGAAG
AACTAAACTCACAGATTGAAGCAGCTTGTACTCTAGTTGAAAAGCTTATCACTGAAAATG
CTGAACTTGTTGAGAAGGTGAACGAGTTGTGCATTCAGCTAAACCAATCGCAGCATGCTT
TTGCTTCACCACCTGAGAGCCTAGCAATTGAAGTACAGAAGTCTGATACCTTAGAAGAAA
TACCCATTCACGACGAGTTGATTAGAATTGATGACGATGGAGACATGGAAACTGCACTGT
TAGAGAGAAACTTACCGGAGGAAACAGTGCCTGTTTCTGTGAACCCGAATGGGGAAATAG
ATGTGGAGTCACAGGTTGTAGTAGGTGGAGAAGAAGAAGAAGCCAGTGGTGGTGTGCCTC
TGGTTGACCCTCCACTGATCGGTGCACCGTTCAGGCTTGTCTCGTTTGTAGCAAGATACG
TGAGTGGTGCAGATTTGGCGGAAAAGAAACAGTTTTTGTAAAACTCAAACAACACATTTG
GAGGCGGAGAAGATTGCATCAAGTTCTGTATCTCTCTTCTCTCTTTCTCTTAC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1FP93JQ 754 0 0
AGCAGAACAATAGTCTTGTGGGAACCTTATCCAATCTTCAAGTCCAGCGTGAAAACCATG
ACAATAACGTGAAGGGTGCTTCAGAGGAAGAACTAAACTCACAGATTGAAGCAGCTTGTA
CTCTAGTTGAAAAGCTTATCACTGAAAATGCTGAACTTGTTGAGAAGGTGAACGAGTTGT
GCATTCAGCTAAACCAATCGCAGCATGCTTTTGCTTCACCACCTGAGAGCCTAGCAATTG
AAGTACAGAAGTTTGATACCTTAGAAGAAATACCCATTCACGACGAGTTGATTAGAATTG
ATGACGATGGAGACATGGAAACTGCACTGTTAGAGAGAAACTTACCGGAGGAAACAGTGC
CTGTTTCTGTGAACCCGAATGGGGAAATAGATGTGGAGTCACAGGTTGTAGTAGGTGGAG
AAGAAGAAGAAGCCAGTGGTGGTGTGCCTCTGGTTGACCCTCCACTGATCGGTGCACCGT
TCAGGCTTGTCTCGTTTGTAGCAAGATACGTGAGTGGTGCAGATTTGGCGGAAAAGAAAC
AGTTTTTGTAAAACTCAAACAACACATTTGGAGGCGGAGAAGATTGCATCAAGTTCTGTA
TCTCTCTTCTCTCTTTCTCTTACTACACACATACACTCAGTGAGGATCGTTGATTAGCTT
TGTTTTTTGCACAACACTTAACAGGACACAAATGTTTATTGTAATTTTTTTGGTAGGATA
ATGATGTTTGTGATTTCTATTAAATGTGTTGTGT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL8479Contig1 680 2 2 U
GACCTCACTCTCATTCTATAAGTAAACTAAAGAAGTATTTGATCATTTGAAAAAATGGCA
CAGGCAATGTTGAAGCCCTCTTTACAAGGAGAGGTTGAGGCAGATATTGAGATCAAAGCT
CCGGCCACGAAATTCTATCACATGTTTGCAGTGAGACCACAAGATGTGTCTAAAGCCTCT
CCTGAAAATGTCCAGAGATGTAGTGTGCAAGAGGGAGAGATGGGAAGAGTTGGCACTCTT
GTCACCTGGAACTATTTTCTTGATGGGAAGCCAAAGTTTGCTAGGGAGACGATCGAGGCA
CTGGACCCGAAGAAGAATCTGATAAAGTTCAAAGTGATAGAGGGAGATCTGATGGAAGAG
TTCAAGAGTTTCCTATTCACGATCCAGGTGACCCCTAAGAAAGGAGGACCTGGAGGTGTG
GTGAGATGGAACATGTCATACGTGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCACCCAGAGTCTATG
CTCAAACTGTGTGTCAAAACGGTGAAAGACATCGACGAAATGCTTTTGTCTAAGGAATAG
ATATTTGTCAATTATCTGTTTATGTATCTATATTTACGTCTTTGTGTATTTTCTATCTTT
ATGTATTTGGGTGTTTTAAATTAATAATGTGCTCTCTCTAGATCTAAAGAGATGTGAGTG
ATATAAAAGTGTGTTATCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DU34TF U 1
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ATGTATTTGGGTGTTTTAAATTAATA

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DS 

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GGAACATGTCATACGTGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCACCCAGAGTCTATGCTCAAAC
TGTGTGTCAAAACGGTGAAAGACATCGACGAAATGCTTTTGTCTAAGGAATAGATATTTG
TCAATTATCTGTTTATGTATCTATATTTACGTCTTTGTGTATTTTCTATCTTTATGTATT
TGGGTGTTTTAAATTAATAATGTGCTCTCTCTAGATCTAAAGAGATGTGAGTGATATAAA
AGTGTGTTATCAG

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

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ATCTATGTGGAGCGTAAGGGCCACTGAGTCAGGTGTCATGTATAACTCGCAAGAGACTAT
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GTGTCAAGTTTAT


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AF RR1C936TF U 1
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GGACACGGTGGCGGTGCTGGTAGCGGAGAAGGTGGTGGTGGCT

QA 1 283 1 283
DS 

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TCTGGTGTTGGTGGTGGCGCTGGAGAAGGAGGTGGTGGAGGTTATGCAGCTGCTGGATCT
GGACACGGTGGCGGTGCTGGTAGCGGAGAAGGTGGTGGTGGCTATTTACCGTAAAATTAT
ATCTATGTGGAGCGTAAGGGCCACTGAGTCAGGTGTCATGTATAACTCGCAAGAGACTAT
GTATTTTCAACATATATGCATGTGGTAATAAGTACGCAAATCCTCTGTACAATAAGGCCT
AAAACGGCTATTGTTGAAGTTTTTAATTGTACCAAAGTTGTATGCTGCTTCGTGTCGCGT
GTGTCAAGTTTAT

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 2

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CACAAGCTCCTGCTGGTGGTGGTTACTCTTTTGATGGGTCTGCTGGAGCTGCTCCTGGTG
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CCCCGAAGAGTTGATAACTTTTATGGAAAAGTTTCAGCTGTTATTAAAATACAGGCTTCC
ATGCTCTTTATTTGTTTTCCACATGATATCTTTTAATGTTTGTGTTTTGACGTTTAGTTG
TTTAACATTTTCACTTTTATTTGAGAAAATACTTAATAAATATTTTGTTTGGTTCG


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AF RR1D879TF U 1
AF RR1D879JQ C 439
BS 1 613 RR1D879TF
BS 614 614 RR1D879JQ
BS 615 641 RR1D879TF
BS 642 1136 RR1D879JQ

RD RR1D879TF 641 0 0
GTATGAGAAACTCATCAATGGGTGGAGGCTATCCTCAACAAGGATACCAATCCCGCCCGC
CATCAAGCTGGGCACCATCTGGTGCTCCACCACCACAACATCCTGGTTACGGTTACATGC
AACCGGGAGCATATCCGGGCCCACCTCAGTACGGTCAATCACCTTACGCAAGTTACCCTC
AACAAACTTCAGCTGGCTACTCCTCTACCTGGGATCAATCCTCTGTGCCACCATCCCAGC
AGGGCGCACAAGGTGAGTACGATTATTACGGTCAGCAACAGCCACAGGCCCCAAACAGTG
GTGGAAGCTCAGCCCCACCGACAGACACCACAGGGTACAGTTACTACCAGCATGGGTCTG
GTTATGGCCAAGCTGGTCAGGGATATCAGCAAGGTGGGTACGGAGCCTATAATACCTCGC
AACAATCTGGATATGGCCAAGCTGGGTATGACCAGCAACAGGGTGGTTATGGCAGCACAA
CTAACCCGGGTCAAGGGGAAGATACATCTCAAGGCGCTCCACAATCGTCGGCTCAGTCTG
GACAAGCTGGTGAACAGCCTACTCCTCAAGGTAGTACTGGTCAAACGGGGTATGGAGCTA
CTCCAACTGCTCATGCTGGTTACAGCAGCCAGCCTCCAACG

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1D879JQ 698 0 0
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AAGATACATCTCAAGGCGCTCCACAATCGTCGGCTCAGTCTGGACAAGCTGGTGAACAGC
CTACTCCTCAAGGTAGTACTGGTCAAACGGGGTATGGAGCTACTCCAACTGCTCAGGCTG
GTTACAGCAGCCAGCCTCCAACGGCTTACAGTTCTGGATATGGAGTACCACCACCTGCTG
GAAAACCACCGGCTTATGCTCAGAGCCAGCAGTCTCCTGGCGCTCCTGGGAGCTATGGTG
GTCAGTCTGGGTATGCGCAACCAGCTGGGTCAGGTTATGGACAGCCTCCAGCATATGGGT
ATGGTCAAGCACCTCAGGGGTATGGGTCATATGGAGGATATACACAAGCTCCTGCTGGTG
GTGGTTACTCTTTTGATGGGTCTGCTGGAGCTGCTCCTGGTGGTGGTGGTAGTGGTACAC
CGGCCTCCCAGAGTGCTCCACCAGCTGGACCGCCTAAGGCATCCCCGAAGAGTTGATAAC
TTTTATGGAAAAGTTTCAGCTGTTATTAAAATACAGGCTTCCATGCTCTTTATTTGTTTT
CCACATGATATCTTTTAATGTTTGTGTTTTGACGTTTAGTTGTTTAACATTTTCACTTTT
ATTTGAGAAAATACTTAATAAATATTTTGTTTGGTTCG

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL8482Contig1 764 2 2 U
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AAAGATGAAACTAAGAAACGTTATGGACATGAAAGCAGGCTTTGGCGGATTTGCAGCTGC
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ACACTACCTGTCATTTATGACCGTGGGCTACTAGGAGTGATGCACGATTGGTGTGAACCA
TTTGATACATACCCAAGGACATATGACTTCTTACATGCCTCAGGACTCTTCTCAATCGAA
AGAAAAAGATGCGAGATGTCGACCATATTGTTAGAGATGGACCGGATACTGAGACCAGGA
GGACGAGCATACATTAGGGATTCAGTTGATGTTATGGATGAGATTCAAGAGATCACAAAG
GCAATGGGATGGTATACATCTTTGCGCGACACATCCGAGGGTCCTCACGCAAGTTACAGG
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AAAAAAATCTTTAATGTGTAATTTATTTACAAAGATGCCTTTAG


BQ
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AF RR1FU51TF U 1
AF RR1FU51JQ C 1
BS 1 623 RR1FU51TF
BS 624 764 RR1FU51JQ

RD RR1FU51TF 623 0 0
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AAAGATGAAACTAAGAAACGTTATGGACATGAAAGCAGGCTTTGGCGGATTTGCAGCTGC
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ACACTACCTGTCATTTATGACCGTGGGCTACTAGGAGTGATGCACGATTGGTGTGAACCA
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AGAAAAAGATGCGAGATGTCGACCATATTGTTAGAGATGGACCGGATACTGAGACCAGGA
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ATTCTAACGTGTGAGAAGCGTCT

QA 1 623 1 623
DS 

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GGCAGAGTCAACATTCTGGAATGAAATAATTGGGGGTTATATTCGTGCCATGAAATGGAA
AAAGATGAAACTAAGAAACGTTATGGACATGAAAGCAGGCTTTGGCGGATTTGCAGCTGC
ACTAAATGATCATAAACTCTTTGCTGGGTTCTCAATGTCGTTCCTATCAGCGGGCCTAAT
ACACTACCTGTCATTTATGACCGTGGGCTACTAGGAGTGATGCACGATTGGTGTGAACCA
TTTGATACATACCCAAGGACATATGACTTCTTACATGCCTCAGGACTCTTTTCAATCGAA
AGAAAAAGATGCGAGATGTCGACCATATTGTTAGAGATGGACCGGATACTGAGACCAGGA
GGACGAGCATACATTAGGGATTCAGTTGATGTTATGGATGAGATTCAAGAGATCACAAAG
GCAATGGGATGGTATACATCTTTGCGCGACACATCCGAGGGTCCTCACGCAAGTTACAGG
ATTCTAACGTGTGAGAAGCGTCTCCTTAAGGCTTAATACAAGACAAACTACTGCACTTAG
ACGACACAAAATTGTATTGTTTGGTAATCCCATTCTTATTAATCCAGAAACAATTTGAAA
AAAAAAATCTTTAATGTGTAATTTATTTACAAAGATGCCTTTAG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL8483Contig1 746 2 5 U
GGAACTCCCAAGCAAAGAATCTCTCTCTATCCATCTTCTTCTTCCTCCGTTGATCATCCT
CTTCGTCTTGTTCGGATAATCTCATCCGATCCGTTCGATTCTCTCGCTCCGTGACTGTTC
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CTTCTTCTCAGAAGCCAATTCTTCGGTCACCGGACCAACAAGTCTCAGGTCACTCTCTGG
GGGTGCAGAAACAAGAGGATTAGCATCATCAAGTGTGTTTTCAGCTCTCACTCCGACGGT
AACGGAAGCACCGCCGAGAATTTCAACGAGAACGACGAGGAATACGTCAACTCTACCATA
CTGGAAGCTGTTGAGGTGAAGAGTGGAGCTGATGGTTTCATGGTGAAGATGAGAGACGGT
AGGCAGTTACGGTGTGTTCACAACAATCCTCAAGGAGGCCATTTACCTGATTATGCTCCA
CACCCTGCTATTGTCTTGAAGATGGAAGATGGGACCGGTCTCCTCCTTCCCATTATTGTC
TTGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAGATTGCAAGCCCA
CCATGTATCAAGTGGTGAAGGAGATGGTGGACAAGATGGGTTACGAAGTTAGACTTGTTA
GAGTGACCAAAGAGTTCACGAGGCGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D539TF U 9
AF RR1DR35TF U 1
BS 1 226 RR1DR35TF
BS 227 227 RR1D539TF
BS 228 488 RR1DR35TF
BS 489 489 RR1D539TF
BS 490 746 RR1DR35TF

RD RR1D539TF 637 0 0
G
AAGCAAAGAATCTCTCTCTATCCATCTTCTTCTTCCTCCGTTGATCATCCTCTTCGTCTT
GTTCGGATAATCTCATCCGATCCGTTCGATTCTCTCGCTCCGTGACTGTTCCCGCCATCT
GCGATCATCTGATCCACCGATCTCCCGCTCGAAAAATTGAAGATGAGGTCGCTTCAATCA
CCAGTAGTTTGCCCCGCGATTCGTCGTCCATGCGCTCCGACCAAACCCACGCTTCTTCTC
AGAAGCCAATTCTTCGGTCACCGGACCAACAAGTCTCAGGTCACTCTCTGGGGGTGCAGA
AACAAGAGGATTAGCATCATCAAGTGTGTTTTCAGCTCTCACTCCGACGGTAACGGAAGC
ACCGCCGAGAATTTCAACGAGAACGACGAGGAATACGTTAACTCTACCATACTGGAAGCT
GTTGAGGTGAAGAGTGGAGCTGATGGTTTCATGGTGAAGATGAGAGACGGTAGGCAGTTA
CGGTGTGTTCACAACAATCCTCAAGGAGGCCATTTACCTGATTATGCTCCACACCCTGCT
ATTGTCTTGAAGATGGAAGATGGGACCGGTCTCCTCCTTCCCATTATTGTCTTGGAGATG
CCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTC

QA 2 637 2 637
DS 

RD RR1DR35TF 746 0 0
GGAACTCCCAAGCAAAGAATCTCTCTCTATCCATCTTCTTCTTCCTCCGTTGATCATCCT
CTTCGTCTTGTTCGGATAATCTCATCCGATCCGTTCGATTCTCTCGCTCCGTGACTGTTC
CCGCCATCTGCGATCATCTGATCCACCGATCTCCCGCTCGAAAAATTGAAGATGAGGTCG
CTTCAAGCACCAGTAGTTTGCCCCGCGATTCGTCGTCCATGCGCTCTGACCAAACCCACG
CTTCTTCTCAGAAGCCAATTCTTCGGTCACCGGACCAACAAGTCTCAGGTCACTCTCTGG
GGGTGCAGAAACAAGAGGATTAGCATCATCAAGTGTGTTTTCAGCTCTCACTCCGACGGT
AACGGAAGCACCGCCGAGAATTTCAACGAGAACGACGAGGAATACGTCAACTCTACCATA
CTGGAAGCTGTTGAGGTGAAGAGTGGAGCTGATGGTTTCATGGTGAAGATGAGAGACGGT
AGGCAGTTGCGGTGTGTTCACAACAATCCTCAAGGAGGCCATTTACCTGATTATGCTCCA
CACCCTGCTATTGTCTTGAAGATGGAAGATGGGACCGGTCTCCTCCTTCCCATTATTGTC
TTGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAGATTGCAAGCCCA
CCATGTATCAAGTGGTGAAGGAGATGGTGGACAAGATGGGTTACGAAGTTAGACTTGTTA
GAGTGACCAAAGAGTTCACGAGGCGT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL8484Contig1 628 2 2 U
TTTTTTTTGGCAGCGGCAGGAGTATTGAGTGCTGCATTAACAATCTCAGGTGTCAGGTCT
CTCTTGCTCTGTGCAACTGTAACAAGCCTCAGAGAATTATAAAAGTCTTGCCGACCAAGG
AAACCACTGCGTGACCGATCAGAAAGCGACCATATCTACAAACGCAGGACACAACTGATC
AGTAGATAATTTTATATAACCAAACGTCACTTAATAGAGCCCTCTAGGGAAAACATATTG
TGCAGGAAAGGTTATATAATAACACAAATCCTTCCTGTTAACTTTTTATTCAGTTCATAG
GGCTATTCTGAATCTCAGAACAGAGCACGCAATTCAAAATAAAAAAAGAATCAACATTTA
TGGAATTTATGTAAAACCCGAATCAGATCTTTCTTCTGGAAACAATCAGAAAGCTAAAGA
GATCGAAAAAGGAGTTTTTTTTTTGATTAAAAACCTGGGCGAGAACTTGCTTGGGCAAGC
CAGATCCTTGGAAAAAACCAACAGCTTTGGCTCCACTGATCCGACCATCTCCGTCCAGAT
CTGCTCTCTTGAAGTACGCCTCGAATTGATCCATGTTTGGATTCTGCCCCGCCATTTCTG
GGATCACCCAAACCTTAGAGCGCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F687TF C 1
AF RR1F687JQ U 9
BS 1 8 RR1F687TF
BS 9 628 RR1F687JQ

RD RR1F687TF 628 0 0
TTTTTTTTGGCAGCGGCAGGAGTATTGAGTGCTGCATTAACAATCTCAGGTGTCAGGTCT
CTCTTGCTCTGTGCAACTGTAACAAGCCTCAGAGAATTATAAAAGTCTTGCCGACCAAGG
AAACCACTGCGTGACCGATCAGAAAGCGACCATATCTACAAACGCAGGACACAACTGATC
AGTAGATAATTTTATATAACCAAACGTCACTTAATAGAGCCCTCTAGGGAAAACATATTG
TGCAGGAAAGGTTATATAATAACACAAATCCTTCCTGTTAACTTTTTATTCAGTTCATAG
GGCTATTCTGAATCTCAGAACAGAGCACGCAATTCAAAATAAAAAAAGAATCAACATTTA
TGGAATTTATGTAAAACCCGAATCAGATCTTTCTTCTGGAAACAATCAGAAAGCTAAAGA
GATCGAAAAAGGAGTTTTTTTTTTGATTAAAAACCTGGGCGAGAACTTGCTTGGGCAAGC
CAGATCCTTGGAAAAAACCAACAGCTTTGGCTCCACTGATCCGACCATCTCCGTCCAGAT
CTGCTCTCTTGAAGTACGCCTCGAATTGATCCATGTTTGGATTCTGCCCCGCCATTTCTG
GGATCACCCAAACCTTAGAGCGCTTCCC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1F687JQ 620 0 0
GGCAGCGGCAGGAGTATTGAGTGCTGCATTAACAATCTCAGGTGTCAGGTCTCTCTTGCT
CTGTGCAACTGTAACAAGCCTCAGAGAATTATAAAAGTCTTGCCGACCAAGGAAACCACT
GCGTGACCGATCAGAAAGCGACCATATCTACAAACGCAGGACACAACTGATCAGTAGATA
ATTTTATATAACCAAACGTCACTTAATAGAGCCCTCTAGGGAAAACATATTGTGCAGGAA
AGGTTATATAATAACACAAATCCTTCCTGTTAACTTTTTATTCAGTTCATAGGGCTATTC
TGAATCTCAGAACAGAGCACGCAATTCAAAATAAAAAAAGAATCAACATTTATGGAATTT
ATGTAAAACCCGAATCAGATCTTTCTTCTGGAAACAATCAGAAAGCTAAAGAGATCGAAA
AAGGAGTTTTTTTTTTGATTAAAAACCTGGGCGAGAACTTGCTTGGGCAAGCCAGATCCT
TGGAAAAAACCAACAGCTTTGGCTCCACTGATCCGACCATCTCCGTCCAGATCTGCTCTC
TTGAAGTACGCCTCGAATTGATCCATGTTTGGATTCTGCCCCGCCATTTCTGGGATCACC
CAAACCTTAGAGCGCTTCCC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL8485Contig1 871 2 4 U
GGGGATCTTCAATTTCTGTCTGCGTATGTAGGCTCCGGTGGCTTTCTCAGCGGCGGGGCC
GGATCTAGTCCTCTCTAGTGTTTCTGTTTTAGTTATCTAGATCGATCTTCGTTTTTCATG
CTTTCCTTCTCATCGTTATTCTAGATTTTGATCTAGTTTTATTTATTCTCCGGAGGTTTT
GTAAGTTGATGTCGATTTTTCTTGGTTTTATTCGGCGCATACAACTACTAGTCAGCTCTG
ATTTTATTGCCTAACCTAGCAGATCTGCTTTTGATTGAATCGGGTTACTGTTCGGTGGAT
TTGTATGTTGATTCCAAGTTCTCTTTGATCATATCTGGTCTCGTTCTTCATCCTTCTCGA
TTCTCTGATTGAGGTTGAATCCATGGATGATTAGATGCGCTCCTTGTCACTACTTTAATA
TCCGAACGAACGAGTTCTATTCAGTTGTACCGCTTCATCTTGGCGTTGTCACTAACCATT
TTCCGACATCGTCTTCCAATTTAAGTCTCAAGCTCTTAAAGAAGTTCTTCTTGCTGGTTT
AAGAAGCTTTGGTTTCTTAATTCATCTGGACTATTTACTATAGGAGGTATCGCAATCGGA
GTTCTAGCCTTGCAGAGGCTTCTTCGATTTGGTTCTATCAAAGTAGCTTGTCGATGTCCA
TGCAAATTATTCTATGTAATTCTGGTTCTGTTTTGATCTGTTTTTGGCTGTACTAGTTAT
GTGTTGTTGCTTTAGGTTGTATGTTTGTTCCATTCCAACTTGACTCTCATTTTTGGGCTA
CTGGGGACTTTCCATTGTCCTCCGGCTTTGTTTGCTACGCGATTCCTATGTGAATTGCCT
TGTTGTGTTATGTTAGCAATAGCATCAATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AB60TF U 1
AF RR1AB60JQ C 126
BS 1 735 RR1AB60TF
BS 736 736 RR1AB60JQ
BS 737 750 RR1AB60TF
BS 751 871 RR1AB60JQ

RD RR1AB60TF 750 0 0
GGGGATCTTCAATTTCTGTCTGCGTATGTAGGCTCCGGTGGCTTTCTCAGCGGCGGGGCC
GGATCTAGTCCTCTCTAGTGTTTCTGTTTTAGTTATCTAGATCGATCTTCGTTTTTCATG
CTTTCCTTCTCATCGTTATTCTAGATTTTGATCTAGTTTTATTTATTCTCCGGAGGTTTT
GTAAGTTGATGTCGATTTTTCTTGGTTTTATTCGGCGCATACAACTACTAGTCAGCTCTG
ATTTTATTGCCTAACCTAGCAGATCTGCTTTTGATTGAATCGGGTTACTGTTCGGTGGAT
TTGTATGTTGATTCCAAGTTCTCTTTGATCATATCTGGTCTCGTTCTTCATCCTTCTCGA
TTCTCTGATTGAGGTTGAATCCATGGATGATTAGATGCGCTCCTTGTCACTACTTTAATA
TCCGAACGAACGAGTTCTATTCAGTTGTACCGCTTCATCTTGGCGTTGTCACTAACCATT
TTCCGACATCGTCTTCCAATTTAAGTCTCAAGCTCTTAAAGAAGTTCTTCTTGCTGGTTT
AAGAAGCTTTGGTTTCTTAATTCATCTGGACTATTTACTATAGGAGGTATCGCAATCGGA
GTTCTAGCCTTGCAGAGGCTTCTTCGATTTGGTTCTATCAAAGTAGCTTGTCGATGTCCA
TGCAAATTATTCTATGTAATTCTGGTTCTGTTTTGATCTGTTTTTGGCTGTACTAGTTAT
GTGTTGTTGCTTTAG*TTGTATGTTTGTTC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1AB60JQ 746 0 0
CTTCTCATCGTTATTCTAGATTTTGATCTAGTTTTATTTATTCTCCGGAGGTTTTGTAAG
TTGATGTCGATTTTTCTTGGTTTTATTCGGCGCATACAACTACTAGTCAGCTCTGATTTT
ATTGCCTAACCTAGCAGATCTGCTTTTGATTGAATCGGGTTACTGTTCGGTGGATTTGTA
TGTTGATTCCAAGTTCTCTTTGATCATATCTGGTCTCGTTCTTCATCCTTCTCGATTCTC
TGATTGAGGTTGAATCCATGGATGATTAGATGCGCTCCTTGTCACTACTTTAATATCCGA
ACGAACGAGTTCTATTCAGTTGTACCGCTTCATCTTGGCGTTGTCACTAACCATTTTCCG
ACATCGTCTTCCAATTTAAGTCTCAAGCTCTTAAAGAAGTTCTTCTTGCTGGTTTAAGAA
GCTTTGGTTTCTTAATTCATCTGGACTATTTACTATAGGAGGTATCGCAATCGGAGTTCT
AGCCTTGCAGAGGCTTCTTCGATTTGGTTCTATCAAAGTAGCTTGTCGATGTCCATGCAA
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BQ
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C

QA 1 781 1 781
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AF RR1BI72TF U 1
AF RR1BI72JQ C 13
BS 1 622 RR1BI72TF
BS 623 689 RR1BI72JQ

RD RR1BI72TF 622 0 0
GACGTTTCCTTCATCATCTTCTCTCTTCCCCTTTATTAAAAGAAAACCCTCCAATTCTCT
ACAAAGATTAGTGAAATCTCTAATCGTCTAATAACCAAAACAAAAACCTTCCAGTTATAA
TTCTCTCTGTTATTAATGGTTGAGGAATTCGATGAATCTGAGGTTGTATTTTCCCAAGAT
TTCAGCTTCAAGAGAGACGACGAGAATGAAAACGACATGTTGTTTGGTGTCAACAAGGAG
ATGAAGAAGAAGAAGACAAACAGGATCATTAAGAGGACGGAGGAGTTATCAAGATCGCTT
CCGGTGGATGTTCCGGATAACATGTTTCGGAGGAGGTACGTCGGAAAAGAAGAGGAGGAT
GAATACTCCGGCGGTGGAGAAGGGATCGTGCCGCCGCATGTTATCGTCGGACGGAGGGTC
CAAGGAGGAGAAATGGCGTTTTCGGTTTGTACGGGTAGCGGAAGGACTCTTAAGGGGAGA
GATCTGAGCCGGGTTCGTAATTCGGTTCTCAAGTTAACCGGTTTTTTGGAGGCTTGATGA
ATTGAACATGTTACTTACTTACTACCGATTTTTGCCATTTGATTTATCTTTCAATTATTA
TTACAATTTGCGGATTTTCCAG

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1BI72JQ 677 0 0
ATCATCTTCTCTCTTCCCCTTTATTAAAAGAAAACCCTCCAATTCTCTACAAAGATTAGT
GAAATCTCTAATCGTCTAATAACCAAAACAAAAACCTTCCAGTTATAATTCTCTCTGTTA
TTAATGGTTGAGGAATTCGATGAATCTGAGGTTGTATTTTCCCAAGATTTCAGCTTCAAG
AGAGACGACGAGAATGAAAACGACATGTTGTTTGGTGTCAACAAGGAGATGAAGAAGAAG
AAGACAAACAGGATCATTAAGAGGACGGAGGAGTTATCAAGATCGCTTCCGGTGGATGTT
CCGGATAACATGTTTCGGAGGAGGTACGTCGGAAAAGAAGAGGAGGATGAATACTCCGGC
GGTGGAGAAGGGATCGTGCCGCCGCATGTTATCGTCGGACGGAGGGTCCAAGGAGGAGAA
ATGGCGTTTTCGGTTTGTACGGGTAGCGGAAGGACTCTTAAGGGGAGAGATTTGAGCCGG
GTTCGTAATTCGGTTCTCAAGTTAACCGGTTTTTTGGAGGCTTGATGAATTGAACATGTT
ACTTACTTACTACCGATTTTTGCCATTTGATTTATCTTTCAATTATTATTACAATTTGCG
GATTTTCCAGTGTTGTTTTTATCTAAAGTAAACCTGGGAAAAATGTAAAACAATTTTAAA
AAATAGTTATCCATTAC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL8488Contig1 742 2 14 U
TTGCGGGTGGCCGCACAATCAGGAACTTATACAATGGTGTAGTACAATTTCAGAGTGTGA
AGAACAACCTGCCACGTATGTGCACAAACCATCTCGATCCAACCTCGTGGTTCTTCCCAC
AGAATCTCATCAGTCAGATTAAGACACCACTTTTTATTGTCAATGCAGCATATGATTCAT
GGCAGATTCAAAGCAGCATAGCTCCAAGATCAGCTGACCCTAGTGGCTTTTGGCATGAAT
GTACACTAAACCATGCAAAATGCACACCTTCACAAATAAGGTTCTTGCAAGGATTCAGGG
ATCAGATGCTGAGAGTAGTGAGGGGCTTCTCAATGTCTAGGCATAACGGTTTGTTCATAA
ACTCCTGCTTTGCTCACTGCCAAACCGAGAGGCAAGATACTTGGTTCGCTGATGATTCTC
CTGTCATCAGGAAAAAGGCGGTGGCAATAGCCGTGGGAGATTGGTATTCTGATAGAGCAG
AAGTGAAGTTAGTTGATTGCCCTTATCCATGTGACAAGAGCTGCCACAACTTGGTGTTCA
GATGATTTATATCTTCTTGATTCTTCTTTGTATACATAACCTTAGAAAAAAGCCTCCCCC
TCAAATGGAGAAGCTTACTATTTTACCAATGCCTCATTGGAAGAAGTGTATGATTTGATT
TGAAAAGAAACATAATAAACACCAAAAACATAAGTTGGCTCTCATAAGAGTTCAAATGTA
ATCACAAAGTAATGATTCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN09JQ C 1
AF RR1A347TF U 34
BS 1 35 RR1EN09JQ
BS 36 109 RR1A347TF
BS 110 110 RR1EN09JQ
BS 111 244 RR1A347TF
BS 245 245 RR1EN09JQ
BS 246 345 RR1A347TF
BS 346 348 RR1EN09JQ
BS 349 468 RR1A347TF
BS 469 469 RR1EN09JQ
BS 470 612 RR1A347TF
BS 613 613 RR1EN09JQ
BS 614 662 RR1A347TF
BS 663 663 RR1EN09JQ
BS 664 742 RR1A347TF

RD RR1EN09JQ 688 0 0
TTGCGGGTGGCCGCACAATCAGGAACTTATACAATGGTGTAGTACAATTTCAGAGTGTGA
AGAACAACCTGCCACGTATGTGCACAAACCATCTCGATCCAACCTCGTGGTTCTTCCCAC
AGAATCTCATCAGTCAGATTAAGACACCACTTTTTATTGTCAATGCAGCATATGATTCAT
GGCAGATTCAAAGCAGCATAGCTCCAAGATCAGCTGACCCTAGTGGCTTTTGGCATGAAT
GTACACTAAACCATGCAAAATGCACACCTTCACAAATAAGGTTCTTGCAAGGATTCAGGG
ATCAGATGCTGAGAGTAGTGAGGGGCTTCTCAATGTCTAGGCATAACGGTTTGTTCATAA
ACTCCTGCTTTGCTCACTGCCAAACCGAGAGGCAAGATACTTGGTTCGCTGATGATTCTC
CTGTCATCAGGAAAAAGGCGGTGGCAATAGCCGTGGGAGATTGGTATTCTGATAGAGCAG
AAGTGAAGTTAGTTGATTGCCCTTATCCATGTGACAAGAGCTGCCACAACTTGGTGTTCA
GATGATTTATATCTTCTTGATTCTTCTTTGTATACATAACCTTAGAAAAAAGCCTCCCCC
TCAAATGGAGAAGCTTACTATTTTACCAATGCCTCATTGGAAGAAGTGTATGATTTGATT
TGAAAAGAAACATAATAAACACCAAAAA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1A347TF 709 0 0
GG
GGTGTAGTACAATTTCAGAGTGTGAAGAACAACCTGCCACGTATGTGCACAAACCATCTC
GATCCAACCTCGTGTTTCTTCCCACAGAATCTCATCAGTCAGATTAAGACACCACTTTTT
ATTGTCAATGCAGCATATGATTCATGGCAGATTCAAAGCAGCATAGCTCCAAGATCAGCT
GACCCTAGTGGCTTTTGGCATGAATGTACGCTAAACCATGCAAAATGCACACCTTCACAA
ATAAGGTTCTTGCAAGGATTCAGGGATCAGATGCTGAGAGTAGTGAGGGGCTTCTCAATG
TCTAGGCATAT**GTTTGTTCATAAACTCCTGCTTTGCTCACTGCCAAACCGAGAGGCAA
GATACTTGGTTCGCTGATGATTCTCCTGTCATCAGGAAAAAGGCGGTGGCAATAGCCGTG
GGAGATTGGTATTTTGATAGAGCAGAAGTGAAGTTAGTTGATTGCCCTTATCCATGTGAC
AAGAGCTGCCACAACTTGGTGTTCAGATGATTTATATCTTCTTGATTCTTCTTTGTATAC
ATAACCTTAGAAAAAAGCCTCCCCCTCAAATGGAGAATCTTACTATTTTACCAATGCCTC
ATTGGAAGAAGTGTATGATTTGATTTGGAAAGAAACATAATAAACACCAAAAACATAAGT
TGGCTCTCATAAGAGTTCAAATGTAATCACAAAGTAATGATTCTTCT

QA 3 709 3 709
DS 



AS 1 2

CO CL8489Contig1 620 2 1 U
GGATCGTCGTCTCTCCACCACCTCCTCGTGTGGCTTCATTCTCTAAGAGCAGAGGAGTAA
TACAATGGGTAGATGTCCGACGAGGAAAGTGAAGAAGAGGCGTTTGCCTCACAAAACAGC
TCGTCGTGACAAATTCGAAGTCAAAGGCGACGATTTGGTGTATACGGAGTTACGTAAACC
AGAGGCGGAGGTCAAGCCTTTGAAGCTTGATGAGGATTTGCCCGGAATGGGTCAATTCTA
CTGTTTACACTGCGATCGGTACTTCTCCAAAGCGTCTGTGCGAGATGATCATTTCAAGAC
GAAGAAGCATAAGAAGCGTGTGAAGATAATGAATGGACCAGCGCCACACTCACAACTCGA
TGCAGATTTAGCCGCTGGAATGGGAATGCCGGACAATGGTCCGAAGCTCATGATGGCTGC
TTGAGTTTACTTCAGTTTACTTCATTATCTTTCACACTGCAACAGTTTATGGAACCTAGA
TTGTTGTTGGTAGATGGTCCTTAGTAGTTAAACTATATAATTCCTAAATTAATGATATGT
TTTTTTTGTTCTTGATTACCCGTTTATCAAAAATGTCACTGGAACTTTCTTCTTCACACT
TCGACATAATTTGCTAATGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DJ88JQ C 1
AF RR1DJ88TF U 1
BS 1 620 RR1DJ88TF

RD RR1DJ88JQ 620 0 0
GGATCGTCGTCTCTCCACCACCTCCTCGTGTGGCTTCATTCTCTAAGAGCAGAGGAGTAA
TACAATGGGTAGATGTCCGACGAGGAAAGTGAAGAAGAGGCGTTTGCCTCACAAAACAGC
TCGTCGTGACAAATTCGAAGTCAAAGGCGACGATTTGGTGTATACGGAGTTACGTAAACC
AGAGGCGGAGGTCAAGCCTTTGAAGCTTGATGAGGATTTGCCCGGAATGGGTCAATTCTA
CTGTTTACACTGCGATCGGTACTTCTCCAAAGCGTCTGTGCGAGATGATCATTTCAAGAC
GAAGAAGCATAAGAAGCGTGTGAAGATAATGAATGGACCAGCGCCACACTCACAACTCGA
TGCAGATTTAGCCGCTGGAATGGGAATGCCGGACAATGGTCCGAAGCTCATGATGGCTGC
TTGAGTTTACTTCAGTTTACTTCATTATCTTTCACACTGCAACAGTTTATGGAACCTAGA
TTGTTGTTGGTAGATGGTCCTTAGTAGTTAAACTATATAATTCCTAAATTAATGATATGT
TTTTTTTGTTCTTGATTACCCGTTTATCAAAAATGTCACTGGAACTTTCTTCTTCACACT
TCGACATAATTTGCTAATGG

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1DJ88TF 620 0 0
GGATCGTCGTCTCTCCACCACCTCCTCGTGTGGCTTCATTCTCTAAGAGCAGAGGAGTAA
TACAATGGGTAGATGTCCGACGAGGAAAGTGAAGAAGAGGCGTTTGCCTCACAAAACAGC
TCGTCGTGACAAATTCGAAGTCAAAGGCGACGATTTGGTGTATACGGAGTTACGTAAACC
AGAGGCGGAGGTCAAGCCTTTGAAGCTTGATGAGGATTTGCCCGGAATGGGTCAATTCTA
CTGTTTACACTGCGATCGGTACTTCTCCAAAGCGTCTGTGCGAGATGATCATTTCAAGAC
GAAGAAGCATAAGAAGCGTGTGAAGATAATGAATGGACCAGCGCCACACTCACAACTCGA
TGCAGATTTAGCCGCTGGAATGGGAATGCCGGACAATGGTCCGAAGCTCATGATGGCTGC
TTGAGTTTACTTCAGTTTACTTCATTATCTTTCACACTGCAACAGTTTATGGAACCTAGA
TTGTTGTTGGTAGATGGTCCTTAGTAGTTAAACTATATAATTCCTAAATTAATGATATGT
TTTTTTTGTTCTTGATTACCCGTTTATCAAAAATGTCACTGGAACTTTCTTCTTCACACT
TCGACATAATTTGCTAATGG

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL8490Contig1 969 2 2 U
GATAATTCTGTTCACCAAAACCCTCCATTGCCGGTAAGAAGTGAGCTTGATTGGAAAATG
CCAAGCATCAAACCAACGGCACTGCGATTCTATGGGAGCATTGGCGTGGAAGTGTCTGGT
ATAACGATCCAAAACAGTCCTCAATGTCACCTCAAATTCGATAACTGCATCGACGTTGAG
GTACATGACATGTCCGTTTCTTCACCCGGAGACAGTCCAAACACCGATGGGATTCACCTT
CAGAACTCCAGAGATGTACTCATTCACAACACAACACTCGCTTGCGGAGATGATTGTATC
TCCATCCAAACAGGCTGCTCGAATGTATTCGTACACAACGTGAACTGTGGACCAGGTCAC
GGAATCAGCATCGGTAGTCTCGGTAAAGACAGCACAAAAGCCTATGTCTCGAACATAACA
GTGAGAGATGTGGCGATGCACAACACGATGACAGGGGTCCGGATCAAGACATGGCAAGGA
GGAGTAGGATCAGTGAAAGGGATACTCTTCTCAAACATTCAACTCAATGAGGTCCAGTAT
CCAATAGTCATAGACCAGTTCTACTGTGACCACAGCAAATGTAAGAACCAGACATCAGCA
GTTGCGGTGGAAGGAGTGGCTTACGAGAGGATCAAAGGCACTTATACCGTGAAACCGGTT
CATTTCGCTTGCAGCGATAACTTCCCTTGCGTAGATGTGCAGCTATCTGCGATCGAGCTT
AAGCCGGTTCAAGAAAAGTATCATATGTCTGATCCTTTTTGCTGGCAGACGTTTGGTGAG
CTCAGCACTCCTACTCTTCCTCCTATTGATTGTTTACAGATTGGGAAGCCTCCGAGAAAC
AAAGTACAGTCTGATCATGATGTATGATGATGGATCTTGGAAGTTGTGTGAAAACATGTA
GATGAATGAATGTATATCTTGTCTAAAAGCCTCTAGTACCACTGCTTCATACCAATTACA
GTTTAGTTT


BQ
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AF RR1AE73JQ C 211
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BS 831 969 RR1AE73JQ

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CAGAACTCCAGAGATGTACTCATTCACAACACAACACTCGCTTGCGGAGATGATTGTATC
TCCATCCAAACAGGCTGCTCGAATGTATTCGTACACAACGTGAACTGTGGACCAGGTCAC
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CCAATAGTCATAGACCAGTTCTACTGTGACCACAGCAAATGTAAGAACCAGACATCAGCA
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CTCTAGTACCACTGCTTCATACCAATTACAGTTTAGTTT

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DS 



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GCGCTGTTCCACAGATTCATTCTCCACCAACAGCTTCAGGTCTAAACTGGCCTAAGCATT
TTGACCACAACTCAGTGTTTGTTCCGGACATATCTTCTTCAACTCCTTGTACCGGTTCAT
CCCCTAACCAAAGGGTTGGGAAGCGGCGACGGAGACGGTTCTAACAACTGCAACAACCAT
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ATACTCCCTCTTTTTTAAAAGATTCATGTTTTAGG


BQ
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AF RR1D013TF U 1
AF RR1D013JQ C 518
BS 1 795 RR1D013TF
BS 796 1235 RR1D013JQ

RD RR1D013TF 795 0 0
GGATCAGAGAATTCTCATTCATACAAATCAGAAAAACGTAAGAGTTGCTTAAACCATAAA
CCTCAACCTCAAAGTCTCGAGGAGACAAATCAAGTTTCCGACAGCAATCCAAGAAACGAA
AGGATAAGTTTCGTTTTTTCGAGAATCTTTTCAAAGATTTTGTTTGTTTTCTTTGGATGA
AGATTCAGTGCAACGTCTGTGAGGCGGCTGAAGCGGCGGTGCTATGTTGCGCCGACGAAG
CTGCGTTGTGTTGGGGTTGCGATGAGAAAATTCACGCCGCTAATAAACTCGCTGAGAAAC
ACCAGAGAGTCCCTCTCTCTGTCTCTTCTTCTTCCGTACCCAAATGCGACATTTGTCAGG
AAGCTTCTGGATTCTTCTTTTGTCTGCAAGACAGAGCTATACTATGCCGGAAATGCGATG
TAGCAATCCACACTGTGAACCCTCATGTTTCAGCTCACCAGAGGTTTCTTCTGACCGGGA
TCAGAGTAGGTCTTGAAGCTATAGACACGGGTCCTTCTGTAAAATCATCATCACCACCAG
CAGCCAATGATGACAAAGCCATGGAGACCAAACAGTTTACACTACCTACATCTGAGCCTC
AGAAGATGGACTTTGATCATGATCATCATCAGAAGAAGATGGTTTTACCGGAAACTAAAG
TCAGTGATCACATTTCAACAAAGCTTCCTTTTGCAAGCAGTGGATCAGCTACTGGTCAGT
GGCAATTAGAGGAGATTTTTGGGTTAACAGACTTTGATCAGAGCTATGAATACATGGAGA
GCAACGGTTCATCTA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR1D013JQ 718 0 0
TGTAAAATCATCATCACCACCAGCAGCCAATGATGACAAAGCCATGGAGACCAAACAGTT
TACACTACCTACATCTGAGCCTCAGAAGATGGACTTTGATCATGATCATCATCAGAAGAA
GATGGTTTTACCGGAAACTAAAGTCAGTGATCACATTTCAACAAAGCTTCCTTTTGCAAG
CAGTGGATCAGCTACTGGTCAGTGGCAATTAGAGGAGATTTTTGGGTTAACAGACTTTGA
TCAGAGCTATGAATACATGGAGAGCAACGGTTCATCTAAGGCGGATACTAGTGGACGAGG
AGATTCAGACAGTTCTTCTATGATGAGATCTGGTGAAGAAGATGGAGAAGATAACAACAA
CTGCTTGGGAGGTGAGACATCATGCGCTGTTCCACAGATTCATTCTCCACCAACAGCTTC
AGGTCTAAACTGGCCTAAGCATTTTGACCACAACTCAGTGTTTGTTCCGGACATATCTTC
TTCAACTCCTTGTACCGGTTCATCCCCTAACCAAAGGGTTGGGAAGCGGCGACGGAGACG
GTTCTAACAACTGCAACAACCATCGGCTGGGTCTGATAATAGATGTGAACTATCATTAAA
ATGATACTGTAGTTGTTGGGTCTGTGACTGAGAAAGTTTAATGTTTCCTTGTTAGCTGCA
AGATATTACATTTGGAGATTACAATACTCCCTCTTTTTTAAAAGATTCATGTTTTAGG

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL8492Contig1 819 2 2 U
TTTTTGAAACTGCGAAAATGTTGAGAAGATTACTGACGCAAACATCCTCTCCCCGCCGTC
TTCTCTCTTCCAAGACACCCTTCTTCTCAAAACCCTCTCTTTCCCCGTTTTCCTCATTAC
CCTCTTCCCCGGATCCACCTTCCTCCGGGAGCACCACCACCGTCAAACACGTCGAAGAGT
CAGGTACCCCCGCCGGAACAACCATCTCCGTCGACCGTTCCGCTCTCTTCAATCCTCCCG
ACCACTCTCATGAACCCACACCGGACTCGGAGCTCGTCAAGCACCTCAAGAGCGTCATCA
AGTTTCGTGGTGGGCCAATCTCAGTGGCGGAGTACATGGAGGAGGTGTTGACTAATCCTA
GATCAGGTTATTACATGAACCGTGATGTCTTTGGAACTCACGGTGATTTCATTACTTCTC
CTGAGGTTAGCCAGATGTTTGGCGAGATGATTGGTGTTTGGACTGTTTGTCTTTGGGAGC
AAATGGGAAGCCAGAGAGGGTTAATCTCATTGAGCTTGGTCCAGGTCGAGGAACACTCAT
GGTCGATCTTCTTCGTGGTACATCGAAGTTTAGAAATTTCACGGAGTCATTGCATATACA
CTTGGTGGAATGCAGTCCCGCGTTGCAGAAGCTTCAGCACCAGAACCTGAAATGCGCAGA
TGAAGAAAGTAGTTCGGAGAAGAAAGCTATTAGCTCAATAGCTGGGACACCTGTGCATTG
GCACGCTACTCTCGAAGAGGTACCATCAGAGTACCAACAATAATCATAGCTCATGAGTTC
TATGATGCTCTTCCAGTTCATCAGTTCCAGAAATCTCCA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GZ24TFB U 1
AF RR1B626TF U 6
BS 1 358 RR1GZ24TFB
BS 359 819 RR1B626TF

RD RR1GZ24TFB 358 0 0
TTTTTGAAACTGCGAAAATGTTGAGAAGATTACTGACGCAAACATCCTCTCCCCGCCGTC
TTCTCTCTTCCAAGACACCCTTCTTCTCAAAACCCTCTCTTTCCCCGTTTTCCTCATTAC
CCTCTTCCCCGGATCCACCTTCCTCCGGGAGCACCACCACCGTCAAACACGTCGAAGAGT
CAGGTACCCCCGCCGGAACAACCATCTCCGTCGACCGTTCCGCTCTCTTCAATCCTCCCG
ACCACTCTCATGAACCCACACCGGACTCGGAGCTCGTCAAGCACCTCAAGAGCGTCATCA
AGTTTCGTGGTGGGCCAATCTCAGTGGCGGAGTACATGGAGGAGGTGTTGACTAATCC

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR1B626TF 814 0 0
GAAACTGCGAAAATGTTGAGAAGATTACTGACGCAAACATCCTCTCCCCGCCGTCTTCTC
TCTTCCAAGACACCCTTCTTCTCAAAACCCTCTCTTTCCCCGTTTTCCTCATTACCCTCT
TCCCCGGATCCACCTTCCTCCGGGAGCACCACTACCGTCAAACACGTCGAAGAGTCAGGT
ACCCCCGCCGGAACAACCATCTCCGTCGACCGTTCCGCTCTCTTCAATCCTCCCGACCAC
TCTCATGAACCCACACCGGACTCGGAGCTCGTCAAGCACCTCAAGAGCGTCATCAAGTTT
CGTGGTGGGCCAATCTCAGTGGCGGAGTACATGGAGGAGGTGTTGACTAATCCTAGATCA
GGTTATTACATGAACCGTGATGTCTTTGGAACTCACGGTGATTTCATTACTTCTCCTGAG
GTTAGCCAGATGTTTGGCGAGATGATTGGTGTTTGGACTGTTTGTCTTTGGGAGCAAATG
GGAAGCCAGAGAGGGTTAATCTCATTGAGCTTGGTCCAGGTCGAGGAACACTCATGGTCG
ATCTTCTTCGTGGTACATCGAAGTTTAGAAATTTCACGGAGTCATTGCATATACACTTGG
TGGAATGCAGTCCCGCGTTGCAGAAGCTTCAGCACCAGAACCTGAAATGCGCAGATGAAG
AAAGTAGTTCGGAGAAGAAAGCTATTAGCTCAATAGCTGGGACACCTGTGCATTGGCACG
CTACTCTCGAAGAGGTACCATCAGAGTACCAACAATAATCATAGCTCATGAGTTCTATGA
TGCTCTTCCAGTTCATCAGTTCCAGAAATCTCCA

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

CO CL8493Contig1 734 2 8 U
GTATCCAGGAGGATTTCGATGCCTTCACTTCCTCCAAAGTGGCGGATCTGGCGAGGCCCT
TGAAGGAGAGCGGGTTCCCTTACAAGATCCATATAGTGAAGGATCACGATATGAGGGAGA
GGCTGTGCCTTGAGATCGAGAGGCTTGGCTTGAGCGCTGTGATTATGGGGAGTAGAGGTT
TCGGTGCTGAGAAGAAGAGTGGGAGTGATGATGATGTGATGATGGGAGGTTGGGGTCTGT
TAGTGATTACTGTGTTCATCACTGTGTTTGTCCTGTTGTTGTTGTTAGATTCCCTGATGA
TGATCGTGTTGGGCCTGGGCCTCTTGTTACTACCGTCAAGACTGGTGGCGATGGTGATGA
TGATCATCATGAACACATTAAAGAAGAGTAACGCCTGTTGGGATCTTGGTCAAGTTCGCA
CTCTTTACAGCATCCAGGTACACAACAATTCAAGTAGGAGTTTTAGCGCAGTGGTCAGAG
GAATTTGTGTTCTATGTTTATCTATCATGAGGAATTTCGGATGGTTTCTGAAGTAAACAT
GAAGAAGTTTGTATGAATACCTAAACCCTTTTTGTCTTTTTCTTTTACGAAAAAAAAAAG
ATTGTGACCATCTTCGGTAGAGTATGGTTGTGTAGGTTTGTCCTGTTGTGTGAGAGTGAA
TGCTAAATTTTAGATTAAATTTGTCTTCAGTTATTGTTATAATCAAATAAAGACTTGTAG
ACTATGGTTTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DO54TF U 1
AF RR1DO54JQ C 34
BS 1 598 RR1DO54TF
BS 599 599 RR1DO54JQ
BS 600 616 RR1DO54TF
BS 617 617 RR1DO54JQ
BS 618 635 RR1DO54TF
BS 636 636 RR1DO54JQ
BS 637 666 RR1DO54TF
BS 667 734 RR1DO54JQ

RD RR1DO54TF 668 0 0
GTATCCAGGAGGATTTCGATGCCTTCACTTCCTCCAAAGTGGCGGATCTGGCGAGGCCCT
TGAAGGAGAGCGGGTTCCCTTACAAGATCCATATAGTGAAGGATCACGATATGAGGGAGA
GGCTGTGCCTTGAGATCGAGAGGCTTGGCTTGAGCGCTGTGATTATGGGGAGTAGAGGTT
TCGGTGCTGAGAAGAAGAGTGGGAGTGATGATGATGTGATGATGGGAGGTTGGGGTCTGT
TAGTGATTACTGTGTTCATCACTGTGTTTGTCCTGTTGTTGTTGTTAGATTCCCTGATGA
TGATCGTGTTGGGCCTGGGCCTCTTGTTACTACCGTCAAGACTGGTGGCGATGGTGATGA
TGATCATCATGAACACATTAAAGAAGAGTAACGCCTGTTGGGATCTTGGTCAAGTTCGCA
CTCTTTACAGCATCCAGGTACACAACAATTCAAGTAGGAGTTTTAGCGCAGTGGTCAGAG
GAATTTGTGTTCTATGTTTATCTATCATGAGGAATTTCGGATGGTTTCTGAAGTAAACAT
GAAGAAGTTTGTATGAATACCTAAACCCTTTTTGTCTTTTTCTTTTACGAAAAAAAAA*G
ATTGTGACCATCTTCG*TAGAGTATGGTTGTGTAG*TTTGTCCTGTTGTGTGAGAGTGAA
TGCTAA
TT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1DO54JQ 701 0 0
CCAAAGTGGCGGATCTGGCGAGGCCCTTGAAGGAGAGCGGGTTCCCTTACAAGATCCATA
TAGTGAAGGATCACGATATGAGGGAGAGGCTGTGCCTTGAGATCGAGAGGCTTGGCTTGA
GCGCTGTGATTATGGGGAGTAGAGGTTTCGGTGCTGAGAAGAAGAGTGGGAGTGATGATG
ATGTGATGATGGGAGGTTGGGGTCTGTTAGTGATTACTGTGTTCATCACTGTGTTTGTCC
TGTTGTTGTTGTTAGATTCCCTGATGATGATCGTGTTGGGCCTGGGCCTCTTGTTACTAC
CGTCAAGACTGGTGGCGATGGTGATGATGATCATCATGAACACATTAAAGAAGAGTAACG
CCTGTTGGGATCTTGGTCAAGTTCGCACTCTTTACAGCATCCAGGTACACAACAATTCAA
GTAGGAGTTTTAGCGCAGTGGTCAGAGGAATTTGTGTTCTATGTTTATCTATCATGAGGA
ATTTCGGATGGTTTCTGAAGTAAACATGAAGAAGTTTGTATGAATACCTAAACCCTTTTT
GTCTTTTTCTTTTACGAAAAAAAAAAGATTGTGACCATCTTCGGTAGAGTATGGTTGTGT
AGGTTTGTCCTGTTGTGTGAGAGTGAATGCTAAATTTTAGATTAAATTTGTCTTCAGTTA
TTGTTATAATCAAATAAAGACTTGTAGACTATGGTTTTGGT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL8494Contig1 747 2 6 U
TTTTTTTTGATTCCTTGGCTTGAATTTTTTAATAATTTGGTCGATGATGATAAACGTTAA
GGCTTGTTTCTCAAAACATTCGCAGTGGCCGCCTAAGGCTTTCGCCTTTCGCCGGGCTTG
AGAGCTTATGATGTTGTTATCCTTCCTTGGATGTCTGAGACCTTTTGATGTAGATAGTCA
ATTGTTTTTTTTATATATTTTGTGATCCGTTGATGATGATAACATTAAGGCTTGTTTCTC
AAAACATTCGCAGTGGCCGCCTAAAGCTTTCGCCTTTCGCCAGGCTTGAGAGCTAATGCT
GCTTTATCCTTCCTTGGATGTCTGAAACCGATCTGGATATTTTAACTGTTGAAATTGTTA
TGCATATTTGTATATGAAAGATCTATGAGGATAAATGTTAAGGCTTGTTTCTCGAAACAT
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TCCTTCCTTGGATGTCTGAGGTCTTTAATACACTATTGTGATCATTTTGAAACTGGTTTG
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ATTGTATCATAATGTAAAAATAAAATTTCTGTTTCTTGTACCACTGTATGTTGTAATATC
CTACCCGTTGTATCTAAAATTTTAATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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AF RR1EK18TF U 1
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TCCTTCCTTGGATGTCTGAGGTCTTTAATACACTATTGTGATCATTTTGAAACTGGTTTG
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CTACCCGTTGTATCTA

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DS 

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TGCAGGTTCCTCCGTATGGTCGCCTCTTTGGCTTGCAATATCTCGTGCAAGGATTAATAG
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DS 



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TTATTCTCCTGACGGCTTAGCAACAAGATTGTTGATGCTTTGATATCACTTTTGGATCTT
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TTTCATCTGGTTATGCTAAACCACCATGGATATTCAAAGGAAGGCAAGTAAACTCTTATT
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BQ
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AF RR1CL84TF U 1
AF RR1D628TF U 61
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TGCTAATTGTAGTTAAGAACTCTAATTTGTTCACTTTCATGGACGTTGAAGAAAGGAATG
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ATTGGGTAGCTTTTAAAGAATGTCTCTGCTTTTTGCTTTTAACTTTGCTTTGCTTTCAGC
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CTTCGACTTGTTGAAGCTTTTGGATACACTCTTGGTGGGTTTTTCCTGGCTAGCTACGAT
GATAGTCCCGCTGGTGTCTTCGATGAGCTTGTCATGATTGCAGGGATTGTATGGAACCCT
CCTACATCATGCGCATGGGCGGCGAGGGTGCTTGTCAACAGCAACGAGGCTTGTCATCAC
GGACGCAAGGAAGTAGGACTCCCAAGCCAAGTTGCAAGATTTTCAAAAAAA

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AZ37TF U 1
AF RR1AZ37JQ C 150
BS 1 670 RR1AZ37TF
BS 671 671 RR1AZ37JQ
BS 672 772 RR1AZ37TF
BS 773 877 RR1AZ37JQ

RD RR1AZ37TF 772 0 0
GGAATCTGCAGAAGTCGTCATATCTTCTTTGCGCCTTGGAGATGACCAGGAGAGCGGTTC
TCTCTTCACAAACTCAGACTGGTTTGCTTTCGATGATGCAATAGCTGCGGATTAACACTC
AGTGACTTCCCCTCCACCCGATGCTGATGAAGATGACGACGATGATGATGTTGTCATAGG
TGAAGCCGATGATGACTTCAAGGACACTGCAGACTCTTCCCCCCCGCCTGTTGATATGGA
AACAGAGGATTCTACACCAAAGAATCCGTCTGAAAACCCGAGTGAACAAGAAGCGGAGAA
GTCAACAACTTGGGTCGAGTGGAGAGAGACATCCGAGTCCACTGGAACTTGTTCAAACCC
AGATGAAGCCACCACACTGCCCAATGGTGAGGTCCAAATCGAGAAAGAGGATTATACGGA
TAAAGAAAGTGCAGAGGATTCACCAACAGGTGCATGTGGCGATGAAACTGCAGAGAAGTC
ACCGGATGCAGCAAGTGGGGATGAAATAGCCGAGAAATTGGAAGATTCTGGTCCTGATTC
GTCAGAACTAGCTGCTGAGTCGCATGAGAATGCACAAAGCTCTGAACCTGCAAGTCCGCA
GGAGACGGAGAAGATCCAGGACGCAGATGTTGCTGCAGAAACCGAAGAGGCTGTGAAGGA
AGCAGAGAAG*TAGCGTGAGCTTTACTCAAAAAAACGGGACTAAGTAAAACAAAATTCTA
TAGTTTTGGTTAAAGGGGGGCATTTATCTGTTACTGGTACGATTTATTATTC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1AZ37JQ 728 0 0
AAGATGACGACGATGATGATGTTGTCATAGGTGAAGCCGATGATGACTTCAAGGACACTG
CAGACTCTTCCCCCCCGCCTGTTGATATGGAAACAGAGGATTCTACACCAAAGAATCCGT
CTGAAAACCCGAGTGAACAAGAAGCGGAGAAGTCAACAACTTGGGTCGAGTGGAGAGAGA
CATCCGAGTCCACTGGAACTTGTTCAAACCCAGATGAAGCCACCACACTGCCCAATGGTG
AGGTCCAAATCGAGAAAGAGGATTATACGGATAAAGAAAGTGCAGAGGATTCACCAACAG
GTGCATGTGGCGATGAAACTGCAGAGAAGTCACCGGATGCAGCAAGTGGGGATGAAATAG
CCGAGAAATTGGAAGATTCTGGTCCTGATTCGTCAGAACTAGCTGCTGAGTCGCATGAGA
ATGCACAAAGCTCTGAACCTGCAAGTCCGCAGGAGACGGAGAAGATCCAGGACGCAGATG
TTGCTGCAGAAACCGAAGAGGCTGTGAAGGAAGCAGAGAAGGTAGCGTGAGCTTTACTCA
AAAAAACGGGACTAAGTAAAACAAAATTCTATAGTTTTGGTTAAAGGGGGGCATTTATCT
GTTACTGGTACGATTTATTATTCTTTGTTTTCTTTCATCTCCAAATCCAGTCCAAATTTA
TTGTCGACAAAATTTGTTACTAGCGTAATCATTTTTTCTATATGTTATAAAGTTGTTGCT
TCTGAGCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8498Contig1 832 2 6 U
GGGGCTCGTTCAGCCAAGGAGAACATGGGAGAAGAAGATTTTGCGAAGATGTCACAAGAT
TTCGGGGAAATGTGGCTAAGGCTTGTTCAAGGACTAAGAAAAGTGTGTTTAGACCAGAGA
GGATGTCCGAAACCACGCCTTACAGTCATTACAAAAGTGTTTGGGCGGAGTAGACGGGAT
CAGTCTAGCTCATAGCATGTGGTCTCAGTGCTTTGACAAAGTAATCTTCACCGTTTTAGA
TGACTTGCTCGAGATCGCTTCAGGGTCACAGAAAGACTACCGTAACATGGAAGGCACGTT
GCTTCTGGCAATCAAACTCCTCTCCAAAGTGTTTCTTCAGCTACTCCAAGAGCTATCCCA
GTTATCAACCTTCTGCAAGCTATGGCTGGGCGTCCTAACCCGGATGGAGAAATACATGAA
AGTGAAAGTAAGGGGCAAGAAAAGCGAGAAGCTACAAGAAACCGTGCCAGAGCTTCTCAA
GAACATATTGCTTGTGATGAAGACGAAAGGAGTGCTTTTGCAGAGAAGTGCTCTTGGCGG
AGATAGCTTATGGGAGTTAACATGGCTTCACGTTAACAACATCGCTCCGTCTATGAGGCT
GGAGCTCTTCCCTGATCAAGAATCTGCAGTGCCTTGCGATGATGAGAGCAATGGCTTAGC
TTCTGCTGAAGCTGGAGCGACATAACTGGTTAGTGGTGACCTCTCTATAAATGACGATCA
TTAGGTGAGTTGCTAAAGTCTTTGTTTCGAACAATTGTGAAAGTGAATTCTATTTTTGTA
TAATGTCGCTTATGTTTTATTTTTGTAATATATACGTGTTTCTAATTCAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EZ09TF U 1
AF RR1EZ09JQ C 68
BS 1 597 RR1EZ09TF
BS 598 598 RR1EZ09JQ
BS 599 669 RR1EZ09TF
BS 670 670 RR1EZ09JQ
BS 671 694 RR1EZ09TF
BS 695 832 RR1EZ09JQ

RD RR1EZ09TF 694 0 0
GGGGCTCGTTCAGCCAAGGAGAACATGGGAGAAGAAGATTTTGCGAAGATGTCACAAGAT
TTCGGGGAAATGTGGCTAAGGCTTGTTCAAGGACTAAGAAAAGTGTGTTTAGACCAGAGA
GGATGTCCGAAACCACGCCTTACAGTCATTACAAAAGTGTTTGGGCGGAGTAGACGGGAT
CAGTCTAGCTCATAGCATGTGGTCTCAGTGCTTTGACAAAGTAATCTTCACCGTTTTAGA
TGACTTGCTCGAGATCGCTTCAGGGTCACAGAAAGACTACCGTAACATGGAAGGCACGTT
GCTTCTGGCAATCAAACTCCTCTCCAAAGTGTTTCTTCAGCTACTCCAAGAGCTATCCCA
GTTATCAACCTTCTGCAAGCTATGGCTGGGCGTCCTAACCCGGATGGAGAAATACATGAA
AGTGAAAGTAAGGGGCAAGAAAAGCGAGAAGCTACAAGAAACCGTGCCAGAGCTTCTCAA
GAACATATTGCTTGTGATGAAGACGAAAGGAGTGCTTTTGCAGAGAAGTGCTCTTGGCGG
AGATAGCTTATGGGAGTTAACATGGCTTCACGTTAACAACATCGCTCCGTCTATGAG*CT
GGAGCTCTTCCCTGATCAAGAATCTGCAGTGCCTTGCGATGATGAGAGCAATGGCTTAGC
TTCTGCTGA*GCTGGAGCGACATAACTGGTTAGT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR1EZ09JQ 765 0 0
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CGAAACCACGCCTTACAGTCATTACAAAAGTGTTTGGGCGGAGTAGACGGGATCAGTCTA
GCTCATAGCATGTGGTCTCAGTGCTTTGACAAAGTAATCTTCACCGTTTTAGATGACTTG
CTCGAGATCGCTTCAGGGTCACAGAAAGACTACCGTAACATGGAAGGCACGTTGCTTCTG
GCAATCAAACTCCTCTCCAAAGTGTTTCTTCAGCTACTCCAAGAGCTATCCCAGTTATCA
ACCTTCTGCAAGCTATGGCTGGGCGTCCTAACCCGGATGGAGAAATACATGAAAGTGAAA
GTAAGGGGCAAGAAAAGCGAGAAGCTACAAGAAACCGTGCCAGAGCTTCTCAAGAACATA
TTGCTTGTGATGAAGACGAAAGGAGTGCTTTTGCAGAGAAGTGCTCTTGGCGGAGATAGC
TTATGGGAGTTAACATGGCTTCACGTTAACAACATCGCTCCGTCTATGAGGCTGGAGCTC
TTCCCTGATCAAGAATCTGCAGTGCCTTGCGATGATGAGAGCAATGGCTTAGCTTCTGCT
GAAGCTGGAGCGACATAACTGGTTAGTGGTGACCTCTCTATAAATGACGATCATTAGGTG
AGTTGCTAAAGTCTTTGTTTCGAACAATTGTGAAAGTGAATTCTATTTTTGTATAATGTC
GCTTATGTTTTATTTTTGTAATATATACGTGTTTCTAATTCAAGG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL8499Contig1 872 2 8 U
GGGGTACTTAGCCAGCAATGGAGATCCAGCATCTCGAGTATATGAAGTGTCGTTAGGAGA
CTTTGTGTCATGTTGTGATTTCGTCGTTTCGCCTTCACTGAATGAATCTTCAGAGACTGT
TTGATTTTTCTGGATTCAATGATGTAACGGATCTTCTTAACTTCATTGACGCCCATCAAA
CACGACACCCTCATTCAATGATACTTAACACTGTCAAAGGCGGTGTTTCTCCACTTATAA
ATAGGCAGGCCACACTTTTCTTCCACCGTCGAATTGAGGCTGCCGAGATTTTGGGACGTC
AAACGAGTTTGTTTTCCGGTGGTTTTGTGGTGGTCCAGAACTTGATCTTATATTCCTTCA
AAGTGTAGCAGTTTACAAGAGTGCTTTCAAAAATATATTTGAAAACTGAGGGATAGTTGT
GTTTGTAGTTTCGATGAGGGACTACAACTGTGGTACGCGTCGAGCTTTGATTCCAGTACC
AGTTCATGTGAACTTAGCGGAGGAGAAGCTGATGCTCTGCAAAGCTGACACATAGCAGGA
GAATTGAGGAGGGGTTTGGTCAGGAGCTGGCTCGGTGATCAAGTCAGTCGCACCAGATAA
GTTTGAGGGTATGTCCAAGAACTGGAAAGGAACAAAAATTCTGCACCAAGTGTTTTCAGT
GAGATCTAAACAATTACATTTACATTTAGTGTTTATTCATCTTCTGTGATTTATCAAATT
GGGTGTTTGACGGTTAGTTCATCCCCTTTCATACAAATGAATTCATGCCCATACTCTCAA
ACAAGTAAGATATATACATATAATCTAAATGATGTGTGTGTGTGTTTTATGTTACTTTAC
TACATATATCTAATATTGTTTTCTTTCCCCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G412TF U 1
AF RR1G412JQ C 144
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QA 1 774 1 774
DS 

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TTTCCCCAA

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AV71JQ C 1
AF RR1AV71TF U 1
BS 1 617 RR1AV71TF

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AATAATATTTGCTAAGG

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DS 

RD RR1AV71TF 617 0 0
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CAACAACAACACTAAGTGGTTTCATATGAGCCCATTCATCAACGCACTTGTGTCCTGGAA
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CCAGTTGGATTGTCGGTCTCTAGTAGACCACAATTTTTTTGGTAGTACCTCTTTGTCTGT
AATAATATTTGCTAAGG

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL8501Contig1 617 2 1 U
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BQ
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AF RR1GZ44JQ C 1
AF RR1GZ44TFB U 1
BS 1 617 RR1GZ44TFB

RD RR1GZ44JQ 617 0 0
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TCTGCCACTTTTATTGGAGCTTTGCACACGATCTCCATTTGAAATTTGTATTTTGTAAAT
TGGGACTTTTATTTGAAATTGTTACTTTCTACCAATATAAAACGTGGCACTCAAGATAAC
TTCAAACGAGTTTTATC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1GZ44TFB 617 0 0
GGTAGCAGCGGCGGTTTCTCGGATCGAGGAAGCTAAAGAAGCGGAGATGAGGAGCTTGGA
GAAGCTGGAAGAAGTGAACATAGACATGAATGCAAGAAAGAAATCGCTGAAAGAAGCAAC
CGAAAAGGCGGAGAAGGCGAAAGAGGGGAAGCTTGGGGTGGAACAGGAGCTGAGGAAGTG
GAGGGCAGAGCATGAACAGAAAAGAAAAATTGGTGGTGACAATGAGAAAATCATGAGAGC
AAGCTCTGCAGGAGCGAATGAGCTGAGTAAGTTGGCGCAATCACCTGAGGTCTACAGCCC
AAGTGAATCGTATGGAACAGAAGATAACTCCGAGACCGGTCAGTTCCCACCGAGCAAGCC
TGGTAAGAAGAAGAAGAAGCTTTCGCTCCCACGGTTTTTTATGTTTTTGTCAAAGAAGAA
GTCGCATAATTGAGTTCGTTTGCCAGTTCGATTATTCACAACAATATTGTTAATAATGTT
TCTGCCACTTTTATTGGAGCTTTGCACACGATCTCCATTTGAAATTTGTATTTTGTAAAT
TGGGACTTTTATTTGAAATTGTTACTTTCTACCAATATAAAACGTGGCACTCAAGATAAC
TTCAAACGAGTTTTATC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL8502Contig1 914 2 6 U
GGAAGCAAGGCCATTCTTTCAAGCTATGGACAACTCCAGAAATGGCTATACTAATGTTCC
AAATCAATCTAACAGATATGACTCAGATACAAGATCATCAGGTTGGCGAAGAAGGCCTTC
TTTCTCTTTACAGAACCCTTGGTCCAGGAATGATTTGATTGTTAATAGGCGATTTCTCGA
TGATCCTCCATCTGCGTACTCAAGAACAAGAACAGAGATCTCATCAACTGTAGATTCAGT
ACCATCATCACCTTTTACTCCGCATCATGTTCCCATCGGAACCGGCAACAACGTGCGGAG
GCAGCACCTAGAGGCACTAAGACAAGCCGTACACAACCGACATGATAATACTAGACACGA
GAGCAACTCAAGATCAGCAGCAGCATCACAAGCCAGAGAAGAAGTCAATGTTCTGAAATA
TCTAACAAAAGAGACATACAACCCTGTCCCAAAAAGCCAGCTTCTCAGAAACCTGAGCTT
ATACTACAAAAACAAGAACTCTGGCCTCAAAAGCTCAAGAAACCCTCAAGGTTACTCCGG
AGGAGAAGGGGAGAAAAGATGCGCAGTATGTTTAGAAGACTTTAAGCCCAAGGAAACAGT
GATGCTCACTCCATGCAAACATATGTTCCATGAGGAATGTATAGTCCCGTGGTTAAAGAG
TAAAGGACAGTGTCCCGGTCTGTAGATTCGTCATTCTCACACCGACAAAACGAGACTCTT
CTCCAAGTATTAGCCCTGATCTCGCAGGAGACATGACAGTGAACGATCTCTTCACATTAC
AGCTTATCTCTATGGTACAAGCAATGGAGGAAACTTTCCTTTTTGGCTATCATCATCGCC
ATTAGAATCATAACTTTGACATATCTATCTTTGTTGTACCTTTAACTAACTCAAATAATA
CCCCTTCTTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A703TF U 1
AF RR1A703JQ C 168
BS 1 709 RR1A703TF
BS 710 710 RR1A703JQ
BS 711 745 RR1A703TF
BS 746 746 RR1A703JQ
BS 747 803 RR1A703TF
BS 804 914 RR1A703JQ

RD RR1A703TF 803 0 0
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AAATCAATCTAACAGATATGACTCAGATACAAGATCATCAGGTTGGCGAAGAAGGCCTTC
TTTCTCTTTACAGAACCCTTGGTCCAGGAATGATTTGATTGTTAATAGGCGATTTCTCGA
TGATCCTCCATCTGCGTACTCAAGAACAAGAACAGAGATCTCATCAACTGTAGATTCAGT
ACCATCATCACCTTTTACTCCGCATCATGTTCCCATCGGAACCGGCAACAACGTGCGGAG
GCAGCACCTAGAGGCACTAAGACAAGCCGTACACAACCGACATGATAATACTAGACACGA
GAGCAACTCAAGATCAGCAGCAGCATCACAAGCCAGAGAAGAAGTCAATGTTCTGAAATA
TCTAACAAAAGAGACATACAACCCTGTCCCAAAAAGCCAGCTTCTCAGAAACCTGAGCTT
ATACTACAAAAACAAGAACTCTGGCCTCAAAAGCTCAAGAAACCCTCAAGGTTACTCCGG
AGGAGAAGGGGAGAAAAGATGCGCAGTATGTTTAGAAGACTTTAAGCCCAAGGAAACAGT
GATGCTCACTCCATGCAAACATATGTTCCATGAGGAATGTATAGTCCCGTGGTTAAAGAG
TAAAGGACAGTGTCCCGGTCTGTAGATTCGTCATTCTCACACCGACAAA*CGAGACTCTT
CTCCAAGTATTAGCCCTGATCTCGC*GGAGACATGACAGTGAACGATCTCTTCACATTAC
AGCTTATCTCTATGGTACAAGCA

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1A703JQ 747 0 0
GGCGATTTCTCGATGATCCTCCATCTGCGTACTCAAGAACAAGAACAGAGATCTCATCAA
CTGTAGATTCAGTACCATCATCACCTTTTACTCCGCATCATGTTCCCATCGGAACCGGCA
ACAACGTGCGGAGGCAGCACCTAGAGGCACTAAGACAAGCCGTACACAACCGACATGATA
ATACTAGACACGAGAGCAACTCAAGATCAGCAGCAGCATCACAAGCCAGAGAAGAAGTCA
ATGTTCTGAAATATCTAACAAAAGAGACATACAACCCTGTCCCAAAAAGCCAGCTTTTCA
GAAACCTGAGCTTATACTACAAAAACAAGAACTCTGGCCTCAAAAGCTCAAGAAACCCTC
AAGGTTACTCCGGAGGAGAAGGGGAGAAAAGATGCGCAGTATGTTTAGAAGACTTTAAGC
CCAAGGAAACAGTGATGCTCACTCCATGCAAACATATGTTCCATGAGGAATGTATAGTCC
CGTGGTTAAAGAGTAAAGGACAGTGTCC*GGTCTGTAGATTCGTCATTCTCACACCGACA
AAACGAGACTTTTCTCCAAGTATTAGCCCTGATCTCGCAGGAGACATGACAGTGAACGAT
CTCTTCACATTACAGCTTATCTTTATGGTACAAGCAATGGAGGAAACTTTCCTTTTTGGC
TATCATCATCGCCATTAGAATCATAACTTTGACATATCTATCTTTGTTGTACCTTTAACT
AACTCAAATAATACCCCTTCTTTTTAT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8504Contig1 635 2 6 U
GGATCTATCTTCTTCGCGTCGATCTCTCTCTCTCTCTCTGCTTGGATATTTTCTCTCCAG
ATCTCTCTCCCCCGTGTCAAATCTTTGAGATCTGAATATCTCCTCCTGAATCCTGAAGGG
GGAAGGATGTACGGATTCGAGGCGCTTACCTTCAACATCCATGGCGGATACCTGGAGGCG
ATCGTGAGGGGCCACCGTGCTGGTCTCCTCACCACCGCGGATTACAACAATCTGTGCCAA
TGTGAAAACCTGGACGACATCAAAATGCACCTCTCCGCCACCAAATACGGCTCTTACCTC
CAGAACGAACCGTCACCTCTGCATACGACGACAATCGTGGAGAAGTGTACGCTCAAGCTT
GTGGATGACTACAAGCATATGCTTTGCCAAGCTACTGAGCCTATGTCCACCTTCTTAGAG
TACATCAGATACGGCCACATGATTGACAATGTGGTGCTGATTGTTACTGGAACTTTGCAC
GAGAGAGATGTTCAAGAGTTGATTGAGAAATGTCACCCTCTAGGCATGTTTGACAGCATT
GCCACACTGGCTGTTGCTCAGAACATGAGGGAGCTCTATAGGTTGGTGCTTGTTGATACT
CCTCTCGCTCCATATTTTTCTGAGTGCTTGACATC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1G789TF U 1
AF RR1D778TF U 5
BS 1 431 RR1G789TF
BS 432 432 RR1D778TF
BS 433 559 RR1G789TF
BS 560 560 RR1D778TF
BS 561 634 RR1G789TF
BS 635 635 RR1D778TF

RD RR1G789TF 634 0 0
GGATCTATCTTCTTCGCGTCGATCTCTCTCTCTCTCTCTGCTTGGATATTTTCTCTCCAG
ATCTCTCTCCCCCGTGTCAAATCTTTGAGATCTGAATATCTCCTCCTGAATCCTGAAGGG
GGAAGGATGTACGGATTCGAGGCGCTTACCTTCAACATCCATGGCGGATACCTGGAGGCG
ATCGTGAGGGGCCACCGTGCTGGTCTCCTCACCACCGCGGATTACAACAATCTGTGCCAA
TGTGAAAACCTGGACGACATCAAAATGCACCTCTCCGCCACCAAATACGGCTCTTACCTC
CAGAACGAACCGTCACCTCTGCATACGACGACAATCGTGGAGAAGTGTACGCTCAAGCTT
GTGGATGACTACAAGCATATGCTTTGCCAAGCTACTGAGCCTATGTCCACCTTCTTAGAG
TACATCAGATA*GGCCACATGATTGACAATGTGGTGCTGATTGTTACTGGAACTTTGCAC
GAGAGAGATGTTCAAGAGTTGATTGAGAAATGTCACCCTCTAGGCATGTTTGACAGCATT
GCCACACTGGCTGTTGCTCGGAACATGAGGGAGCTCTATAGGTTGGTGCTTGTTGATACT
CCTCTCGCTCCATATTTTTCTGAGTGCTTGACAT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1D778TF 631 0 0
GG
ATCTTCTTCGCGTCGATCTCTCTCTCTCTCTCTGCTTGGATATTTTCTCTCCAGATCTCT
CTCCCCCGTGTCAAATCTTTGAGATCTGAATATCTCCTCCTGAATCCTGAAGGGGGAAGG
ATGTACGGATTCGAGGCGCTTACCTTCAACATCCATGGCGGATACCTGGAGGCGATCGTG
AGGGGCCACCGTGCTGGTCTCCTCACCACCGCGGATTACAACAATCTGTGCCAATGTGAA
AACCTGGACGACATCAAAATGCACCTCTCCGCCACCAAATACGGCTCTTACCTCCAGAAC
GAACCGTCACCTCTGCATACGACGACAATCGTGGAGAAGTGTACGCTCAAGCTTGTGGAT
GACTACAAGCATATGCTTTGCCAAGCTACTGAGCCTATGTCCACCTTCTTAGAGTACATC
AGATACGGCCACATGATTGACAATGTGGTGCTGATTGTTACTGGAACTTTGCACGAGAGA
GATGTTCAAGAGTTGATTGAGAAATGTCACCCTCTAGGCATGTTTGACAGCATTGCCACA
CTGGCTGTTGCTCAGAACATGAGGGAGCTCTATAGGTTGGTGCTTGTTGATACTCCTCTC
GCTCCATATTTTTCTGAGTGCTTGACATC

QA 3 631 3 631
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8506Contig1 757 2 1 U
AGAATTTAATATTATATATTTTAGTAATAAACATACAGAACAATAGGATAACATTTAACA
AACAATAAGTCAAATATGGAAGAACACAACACCATGATCATGATCAAATACATATGCAAT
AAGTGAATCATCCTCTATAAACTTAACCAGTAAGATGTTTCAAGAGTCGTTTGACGTTCC
GAGAAGAGTCTCCATGTGTCGATTAATATCGTTTAAATATTTTGTTGAGTTGTATTCTTC
GTTATCCAATAGTTCTTCCGAGTATGTTCTCTGCAGTTTTGAGTTTTCTCCTTCTCTTAA
CTTATCTAAGCTGCACTTGTCTCCCTTCAGAATCTCCACAACCTGACTCATGTGAGGTCG
GTTCATGGAAGTTTGGTGTATACACAAGGACGCTATGGAGACAAGACGGTCCAACTCTTC
TAAGTCGTAGTCATCTCCCAAAATCGGATCAACAAGTTGTTTGATCTTGTTCTCTTTGAT
CAATGGCTTGGCCCACATGACAACGCTGTGTTGTGAGCTGTCGATGGCTTGTTTACCAGT
AATGAGCTCAAGAAGCAGTACACCAAAAGCGTATACATCTGTTTTCTCGTCTACAATCCC
GTGCATGAAGAACTCTGGCGGAAGGTAACCGAATGTTCCTTCGACTTTGGATACAGTATG
GTGAGTCCATTGGTCCGGTAGCCATTTCGCCAGCCCAAAATCAGATATCTGACAACCTTC
ATGGAGATAGTACAGTCCCTCAGCTGTTCCCATCGCC


BQ
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AF RR1FU26JQ U 1
AF RR1CF06JQ U 1
BS 1 757 RR1CF06JQ

RD RR1FU26JQ 619 0 0
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AAGTGAATCATCCTCTATAAACTTAACCAGTAAGATGTTTCAAGAGTCGTTTGACGTTCC
GAGAAGAGTCTCCATGTGTCGATTAATATCGTTTAAATATTTTGTTGAGTTGTATTCTTC
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GTTCATGGAAGTTTGGTGTATACACAAGGACGCTATGGAGACAAGACGGTCCAACTCTTC
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QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1CF06JQ 757 0 0
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AACAATAAGTCAAATATGGAAGAACACAACACCATGATCATGATCAAATACATATGCAAT
AAGTGAATCATCCTCTATAAACTTAACCAGTAAGATGTTTCAAGAGTCGTTTGACGTTCC
GAGAAGAGTCTCCATGTGTCGATTAATATCGTTTAAATATTTTGTTGAGTTGTATTCTTC
GTTATCCAATAGTTCTTCCGAGTATGTTCTCTGCAGTTTTGAGTTTTCTCCTTCTCTTAA
CTTATCTAAGCTGCACTTGTCTCCCTTCAGAATCTCCACAACCTGACTCATGTGAGGTCG
GTTCATGGAAGTTTGGTGTATACACAAGGACGCTATGGAGACAAGACGGTCCAACTCTTC
TAAGTCGTAGTCATCTCCCAAAATCGGATCAACAAGTTGTTTGATCTTGTTCTCTTTGAT
CAATGGCTTGGCCCACATGACAACGCTGTGTTGTGAGCTGTCGATGGCTTGTTTACCAGT
AATGAGCTCAAGAAGCAGTACACCAAAAGCGTATACATCTGTTTTCTCGTCTACAATCCC
GTGCATGAAGAACTCTGGCGGAAGGTAACCGAATGTTCCTTCGACTTTGGATACAGTATG
GTGAGTCCATTGGTCCGGTAGCCATTTCGCCAGCCCAAAATCAGATATCTGACAACCTTC
ATGGAGATAGTACAGTCCCTCAGCTGTTCCCATCGCC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL8507Contig1 1038 2 2 U
GGGTTCACGACGATTACGGTTAGAGAAAGCCCTATGTGCACACACAGCTACAGTCACGTG
TCTACGTGTAAGCCAACCGTACATGATGATTGCGAGTGGGTCTGATGACTACACAGTTAT
AATATGGGATCTCAGTTCCATGAGTTTTGTGAGACAGCTTCCTAACTTCCCAGTTCCCAT
AACAGCAATCTACATAAATGACCTTACCGGGGAGATTGTTACTGCTGCTGGAACTGTCCT
TGCGGTTTGGAGCATCAATGGCGATTGCCTTGCTGTGGCTAATACATCGCAGTTACCATC
TGATTCGGTATTATCTGTAACAGGATCGACATCTTCTGACTGGCTTGAAACAGCCTGGTA
TGTAACTGGTCATCAGAGTGGAGCAGTCAAAATATGGCGGATGATACATTGTACAGATCC
GTTGAGTGCCGAGAGCAAAACAAGTAGTAGCAACAGAACAGGAGGGCTGAATTTGGGTGA
TCAAGTGCCAGAGTACAAGTTGATCCTACACAAGGTGTTGAGATTCCATAAACAACCGGT
CACCGCTCTCCATCTCACGAGCGACCTTAAGCAGTTACTGAGCGGCGATTCAGCTGGACA
GTTGCTTTCATGGACATTACCAGATGAGACGTTAAGAGCTTCAATGAAACAGGCATCATT
GAAACAAGCTTCAATCAAACAGGCTTCATAGGTTTAGGATGTAAAGCAGAAAGCAGTCAT
TCCCCTTTGGGTTTCTTTTGCTAGAACCGGTCAAGGGGACTTGAAGACAGGACCACATAG
TAGGAAGCAGACCAAAGTCTGAACAAAGGTGTTGGCTCTGTTGAATCTCTTACATCACTG
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TTGGGAAGGAGAAAAGGTTTGGTTTAAGAATGTGTGTGTAAATAGATGGGAAGTTTACAG
GGAAGTGTGTGTACTGTGTACAGTATTGTATTTTTGCGGCTTTTCTGTTTTTTCACTGTA
TTATTTTATTTTTCATGG


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AF RR1BO06TF U 1
AF RR1BO06JQ C 253
BS 1 682 RR1BO06TF
BS 683 1038 RR1BO06JQ

RD RR1BO06TF 686 0 0
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TCTACGTGTAAGCCAACCGTACATGATGATTGCGAGTGGGTCTGATGACTACACAGTTAT
AATATGGGATCTCAGTTCCATGAGTTTTGTGAGACAGCTTCCTAACTTCCCAGTTCCCAT
AACAGCAATCTACATAAATGACCTTACCGGGGAGATTGTTACTGCTGCTGGAACTGTCCT
TGCGGTTTGGAGCATCAATGGCGATTGCCTTGCTGTGGCTAATACATCGCAGTTACCATC
TGATTCGGTATTATCTGTAACAGGATCGACATCTTCTGACTGGCTTGAAACAGCCTGGTA
TGTAACTGGTCATCAGAGTGGAGCAGTCAAAATATGGCGGATGATACATTGTACAGATCC
GTTGAGTGCCGAGAGCAAAACAAGTAGTAGCAACAGAACAGGAGGGCTGAATTTGGGTGA
TCAAGTGCCAGAGTACAAGTTGATCCTACACAAGGTGTTGAGATTCCATAAACAACCGGT
CACCGCTCTCCATCTCACGAGCGACCTTAAGCAGTTACTGAGCGGCGATTCAGCTGGACA
GTTGCTTTCATGGACATTACCAGATGAGACGTTAAGAGCTTCAATGAAACAGGCATCATT
GAAACAAGCTTCAATCAAACAG
CTTC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1BO06JQ 786 0 0
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ATCTGTAACAGGATCGACATCTTCTGACTGGCTTGAAACAGCCTGGTATGTAACTGGTCA
TCAGAGTGGAGCAGTCAAAATATGGCGGATGATACATTGTACAGATCCGTTGAGTGCCGA
GAGCAAAACAAGTAGTAGCAACAGAACAGGAGGGCTGAATTTGGGTGATCAAGTGCCAGA
GTACAAGTTGATCCTACACAAGGTGTTGAGATTCCATAAACAACCGGTCACCGCTCTCCA
TCTCACGAGCGACCTTAAGCAGTTACTGAGCGGCGATTCAGCTGGACAGTTGCTTTCATG
GACATTACCAGATGAGACGTTAAGAGCTTCAATGAAACAGGCATCATTGAAACAAGCTTC
AATCAAACAGGCTTCATAGGTTTAGGATGTAAAGCAGAAAGCAGTCATTCCCCTTTGGGT
TTCTTTTGCTAGAACCGGTCAAGGGGACTTGAAGACAGGACCACATAGTAGGAAGCAGAC
CAAAGTCTGAACAAAGGTGTTGGCTCTGTTGAATCTCTTACATCACTGGTTTGCAGGTTA
AGAAGAAGAGAGCGAGAGGAGCCGTTCTCGCTTAAGGGGTTTTCGAGATTGGGAAGGAGA
AAAGGTTTGGTTTAAGAATGTGTGTGTAAATAGATGGGAAGTTTACAGGGAAGTGTGTGT
ACTGTGTACAGTATTGTATTTTTGCGGCTTTTCTGTTTTTTCACTGTATTATTTTATTTT
TCATGG

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL8508Contig1 619 2 1 U
GAAAAAGAAAATTTAGGTTCTCTATTATAGTTTCAAAAAGAAAAATCGAATAAAACCTAC
TACTTCGATCGATGTTAGGTTCTGTCCTTATTTCCACCAACCAACGAAGATAGGAACCAA
AACAAAACCCACAAGGCTAGAAACCATGCGAAATCTCCAGTCCCTTCGTCTCCATTTGTT
TTCTCGTACACTATTTGCGATCGGTTTAGTCACTCTTCTAATGATCGATTCGTTTGCAAT
ACAAAACAACAACAAAGCCAACACAACAAAAGAGATTACTACCACTAGGACGATGACCAA
CTCCATTACACACGGTAAGGAGCATGAAGATGGAAGAAGACATGGTGATCTTAGCTACGC
TGCCAGCAAAAGAAAAGTGCCTCGTGGATCCGATCCTATACATAACAGGAGAGCTGGAAA
ATCAAGAAGGCCACCGGGAAGAGCATAAGTACGGTGAAAGCTTGGGGAAGAGAGAGAAGT
ATTTGTTGGCAAATAGGTCTTGTAAAATGCTGTTAGATTCTCTTTTCCCGTTCATTTGGG
ATCGAATCTCCTAAATATGCTCAAAATATTTGTGACCCTACACTTCTGTTTCTTTGAATG
TTTTGTTTTTGTACCTAGC


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AF RR1CQ91JQ C 1
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1E459TF U 1
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QA 1 775 1 775
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR1DO11TF U 1
AF RR1DO10TF U 5
BS 1 376 RR1DO11TF
BS 377 377 RR1DO10TF
BS 378 642 RR1DO11TF

RD RR1DO11TF 642 0 0
GGAAACACACAAGTCCTCATCTTCATCATCCACTTCATCTCACCTCTCTTTCTTCTCTCC
CTTCAATCTTACTTTAACTTAGATTCAAGTACCAATTTAAACTTGAATCCTAATTTTCTG
AAATGGTGAGCTTTGTCGTGGAGAAGCCACATAGAATTTCAAACGGTGTCGTATCAGAGA
CCACAAGGTTAAGTATCATCCCTAACAACTCTTCTTCTGCTCAGAAAACGCTTCTCAAGA
ACCTCGAGATCATCAATGGTGGACAAAGAGTCAACGCTTGGGTCGACTCAATGCGGGCTT
CTTCTCCTACTCATCTCAAATCACTTCCTTCTTCTGCCTCCTCAGAGAAACATCTCAGCT
CATGGATCATGAAGCATCCTTCAGCATTAGAAATGTTCGAGAAGATAACAGAAGCTTCGG
GAGGGAAACAAATCGTAATGTTTCTTGATTATGACGGTACTCTCTCTCCCATTGTGGATG
ATCCAGACAAAGCTTTCATGTCAAGCAAGATGAGAAGAACTGTGAAAAAACTGGCTAAGT
GTTTCCCCACTGCTATAGTTACTGGTAGATGCATAGACAAGGTTTATAGCTTTGTGAAGC
TGGCTGAGCTGTATTATGCTGGAAGCCATGGCATGGACATTA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR1DO10TF 637 0 0
GG
ACACAAGTCCTCATCTTCATCATCCACTTCATCTCACCTCTCTTTCTTCTCTCCCTTCAA
TCTTACTTTAACTTAGATTCAAGTACCAATTTAAACTTGAATCCTAATTTTCTGAAATGG
TGAGCTTTGTCGTGGAGAAGCCACATAGAATTTCAAACGGTGTCGTATCAGAGACCACAA
GGTTAAGTATCATCCCTAACAACTCTTCTTCTGCTCAGAAAACGCTTCTCAAGAACCTCG
AGATCATCAATGGTGGACAAAGAGTCAACGCTTGGGTCGACTCAATGCGGGCTTCTTCTC
CTACTCATCTCAAATCACTTCCTTCTTCTGCCTCCTCAGAGAAACATCTCAGCTCATGGA
TCATGAAGCACTCTTCAGCATTAGAAATGTTCGAGAAGATAACAGAAGCTTCGGGAGGGA
AACAAATCGTAATGTTTCTTGATTATGACGGTACTCTCTCTCCCATTGTGGATGATCCAG
ACAAAGCTTTCATGTCAAGCAAGATGAGAAGAACTGTGAAAAAACTGGCTAAGTGTTTCC
CCACTGCTATAGTTACTGGTAGATGCATAGACAAGGTT*ATAGCTTTGTGAAGCTGGCTG
AGCTGTATTATGTTGGAAGCCATGGCATGGACATT

QA 3 637 3 637
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8512Contig1 745 2 17 U
GAGAGCAGATAAATGGGTAGTAACAACTTCCCGTAGCTGCATTTATTCATGTAGTATCCA
TCCTCGCCAATTACACAAGCTGCGTTGGTGTACTATGTCTTTTAGACTGTGTTTTTCTTT
TTTGACTCTAAAAGTCAAAGCTGTATTAACATATAGATTTACATATCCTATGTCAAAGCA
TCGTTAACTATATGGATGAATTTTCCCAATTGGGATCATTGGTATAGAAAACTCTCAACC
CAAATTCTCAAAGCAATTACTCAAAGCAGTTTGTGCTTCAGTGTCTTTCTTCTTGATGTT
CTCAAACGAACACGGTTCTGTGCTCTTCTTCCGCTTTATAAAGCCACTGATATTCTTTTC
TTGTGGGGTGTCAGGAAAGGGGTTGAAACCAAGCTTAATGGTGTTGACGATATCATCTGC
AGATGATCCAGCATTGGGATTTTCGAAAACAGGGACAGAATGCGAAGGAGCTTGTCTACA
TGGAAAGAAAACTGATCCTCTCAGCTCATTAGCAGTTTCTTCCTGCGTAATAGCTTGAGT
TTTAAGATTCTCTTCATTCTTATTCCATGGTTCCTGAGTCACTTCACTTATCAATCACCA
CAACATCATGCAACATCTCTTTCAAACCATCTTCTGCTTTTGAGTTCTCAACTTCTTCAA
TGATATCTTCATCTTCAAGTAGACATTGCGTTATTGCTCTGGACTCCAGTTTCGTCATCA
TTTCTGGTTGTAACCGTAGTGGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GQ08JQ U 124
AF RR1FO81JQ U 1
BS 1 198 RR1FO81JQ
BS 199 199 RR1GQ08JQ
BS 200 208 RR1FO81JQ
BS 209 209 RR1GQ08JQ
BS 210 304 RR1FO81JQ
BS 305 305 RR1GQ08JQ
BS 306 319 RR1FO81JQ
BS 320 320 RR1GQ08JQ
BS 321 340 RR1FO81JQ
BS 341 341 RR1GQ08JQ
BS 342 447 RR1FO81JQ
BS 448 448 RR1GQ08JQ
BS 449 457 RR1FO81JQ
BS 458 458 RR1GQ08JQ
BS 459 502 RR1FO81JQ
BS 503 503 RR1GQ08JQ
BS 504 745 RR1FO81JQ

RD RR1GQ08JQ 555 0 0
GACTCTTAAAGTCAAAGCTTTATTAACATATAGATTTACATATTCTATGTCAAAGTGTCG
TTAACTATATGGATGAATTTTCCCAATTGGGATCATTGGTATAGAAAACTCTCAACCCAA
ATTCTCAAAGCAATTACTCAAAGCAGTTTGTGCTTTAGTGTCTTTCTTCTTGATGTTCTC
AAACGAACACGGTTCTGTGCTCTTCTTCCGCTTTTTAAAGCCACTGATATTCTTTTCTTG
TGGGGTGTCAGGACAGGGGTTGGAACCAAGCTTAATGGTGTTGACGATATCATCTGCAGG
TGATCCAGCATTGGGATTTTCGAAAACAGGGACAGAATGTGAAGGAGCTTGTCTACATGG
AAAGAAAACTGATCCTCTCAGCTCATTAGTAGTTTCTTCCTGCGTAGTAGCTTGAGTTTT
AAGATTCTCTTCATTCTTATTCCATGGTTCCTGAGTCACTTCACTTATCAATCACCACAA
CATCCTGCAAGATCTCTTTCAAACCATCTTCTGCTTTTGAGTTCTCAACTTCTTCAATGA
TATCTTCATCTTCAA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1FO81JQ 745 0 0
GAGAGCAGATAAATGGGTAGTAACAACTTCCCGTAGCTGCATTTATTCATGTAGTATCCA
TCCTCGCCAATTACACAAGCTGCGTTGGTGTACTATGTCTTTTAGACTGTGTTTTTCTTT
TTTGACTCTAAAAGTCAAAGCTGTATTAACATATAGATTTACATATCCTATGTCAAAGCA
TCGTTAACTATATGGATGGATTTTCCCA*TTGGGATCATTGGTATAGAAAACTCTCAACC
CAAATTCTCAAAGCAATTACTCAAAGCAGTTTGTGCTTCAGTGTCTTTCTTCTTGATGTT
CTCAGACGAACACGGTTCTTTGCTCTTCTTCCGCTTTATAGAGCCACTGATATTCTTTTC
TTGTGGGGTGTCAGGAAAGGGGTTGAAACCAAGCTTAATGGTGTTGACGATATCATCTGC
AGATGATCCAGCATTGGGATTTTCGAAGACAGGGACATAATGCGAAGGAGCTTGTCTACA
TGGAAAGAAAACTGATCCTCTCGGCTCATTAGCAGTTTCTTCCTGCGTAATAGCTTGAGT
TTTAAGATTCTCTTCATTCTTATTCCATGGTTCCTGAGTCACTTCACTTATCAATCACCA
CAACATCATGCAACATCTCTTTCAAACCATCTTCTGCTTTTGAGTTCTCAACTTCTTCAA
TGATATCTTCATCTTCAAGTAGACATTGCGTTATTGCTCTGGACTCCAGTTTCGTCATCA
TTTCTGGTTGTAACCGTAGTGGAGT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL8513Contig1 877 2 4 U
GAGCTCTTGTTGGCCCATCTGGTGGAGGGAAGACAACGCTCATCAAATTGCTTCTTCGCC
TCTACGAACCTTCCTCTGGCTCTATCTATATTGACAAAAAAGACATCAAGGATATCAAAC
TGGATAGTTTGAGGCAGCATGTTGGTCTGGTTTCACAGGACATTACTCTGTTTACAGGGA
CAGTTGCTGAGAACATTGGGTACCGAGATCTCACGACAGGAATTGACATGAAGAGAGCTA
AGCTTGCTGCAAAAACTGCAAATGCTGATGAGTTTATCAGAAACCTACCAGAGGGATACA
ACACAGGAATCGGCCCCAGAGGTTCAAGCTTAAGCGGAGGCCAGAGACAGAGACTAGCTA
TAGCAAGAGCGCTGTATCAGAACTCATCCATACTGATTTTGGATGAAGCAACATCAGCAT
TGGATAGTATGTCGGAGTTGCTAGTCAGACAAGCTCTTGAACGTGTAATGCAAGACCATA
CGGTAATTGTGATTGCACATAGACTGGAGACAGTGATGATGGCGCAGAGGGTGTTCTTGT
TGGAGAAAGGAAAGCTGAAGGAGTTAACTCGCTCTTCTCTGTTAGGTACTCACAAGGACT
CGCTTTCATCAGCTGGACTTGTGATTTAAAAGACCTATGGAATACTATCAAGAGCAGGTA
GAGATCAGCCGTCCTGTATATAAAGAGAAGATACAACTTTCCTCTTTGTGTAAACTATAC
CATTATTGTTTAAAAAATATGATGAACAGATCCCTCTTTTAGTTGTGAACGTAAGCCTTT
TTTTTCCTTATCGTCTAGCATCGCTAGGGTACATTGTTGTAACTGAACAGATCCCTCTTT
TAGTATCTGACAATAATGATAATCAGGTCCTTTTGTG


BQ
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EN75TF U 1
AF RR1EN75JQ C 160
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RD RR1EN75TF 781 0 0
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CGGTAATTGTGATTGCACATAGACTGGAGACAGTGATGATGGCGCAGAGGGTGTTCTTGT
TGGAGAAAGGAAAGCTGAAGGAGTTAACTCGCTCTTCTCTGTTAGGTACTCACAAGGACT
CGCTTTCATCAGCTGGACTTGTGATTTAAAAGACCTATGGAATACTATCAAGAGCAGGTA
GAGATCAGCCGTCCTGTATATAAAGAGAAGATACAACTTTCCTCTTTGTGTAAACTATAC
CATTATTGTTTAAAAAATATGATGAACAGATCTCTCTTTTAGTTGTGAACGTAAGCCTTT
T

QA 1 781 1 781
DS 

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GCCAGAGACAGAGACTAGCTATAGCAAGAGCGCTGTATCAGAACTCATCCATACTGATTT
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TCCTCTTTGTGTAAACTATACCATTATTGTTTAAAAAATATGATGAACAGATCCCTCTTT
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TAACTGAACAGATCCCTCTTTTAGTATCTGACAATAATGATAATCAGGTCCTTTTGTG

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL8514Contig1 583 2 2 U
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BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GO79TF C 1
AF RR1GO79JQ U 2
BS 1 1 RR1GO79TF
BS 2 583 RR1GO79JQ

RD RR1GO79TF 583 0 0
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QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1GO79JQ 582 0 0
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CTTATACCATCTTTTGCCCACTCACATGCCAGATTTCTTGCCAGCTGATTCATAGCTCCT
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AAGACGATGCTTCCATAGCCTGATGCCTTTAGTAGAGGATGT

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL8515Contig1 893 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EQ27TF U 1
AF RR1EQ27JQ C 132
BS 1 711 RR1EQ27TF
BS 712 893 RR1EQ27JQ

RD RR1EQ27TF 711 0 0
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GAGAAATGCTTCTCAAACAGTCCCAGGAAGAAAGAAGAGAGACGCAGAGGGAAATAACGA
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GACACAAAGATCAAACTTGCAGACAGGCAAGCCGCACTTGAGAAGACTCAATGGGAAGCA
AAGACAACAGGAACGAAAGCAATCAAGCTTCAAGAACGGCTAGATTCCGTTGGAGGAGAA
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GCAAAGGAAAGAGAAGATGAGGAATCTCTAGCCATGGCTGCTAAAGCTCGA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR1EQ27JQ 762 0 0
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GCAAGTGAATGACTTGCAGACAAAACTATCCGAGAAAGAAGAGGTCTTAAAGTCGGTGGA
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CAAACTTGCAGACAGGCAAGCCGCACTTGAGAAGACTCAATGGGAAGCAAAGACAACAGG
AACGAAAGCAATCAAGCTTCAAGAACGGCTAGATTCCGTTGGAGGAGAAATCTCTTCCTT
CACACGTGTATTTGAAACTTTGGCCAAACCAGAATCCAAGAAACTCGACAGGGATTATGA
TCCAACCCCATACCAATTTGAGTATCTTCCATATCTAGACGATGTAGATGATACCGAACT
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AGAAGATGAGGAATCTCTAGCCATGGCTGCTAAAGCTCGAGCCTACTTACAATCTTTAGC
CTTTAAATATTAATCATCTCCATATACTTTCTTTTTTAGGATTCTCTGTCGTTGATTTAC
CAAGGTGTATGTAGGTTTGTACCATGAAAAAATCGGAGAAAAAAACAAACGGAAAGTAAT
GGTTTCTACTAAATCACGAATGCATTTCGAGTTTTTGGTACT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL8516Contig1 580 2 1 U
GGACCCAAGTTTCTGAAAACTGAAAGAAGCAATAACTAAGTGTAAAAAGAAGAAGCAAAA
GCTACAAAATGGCAAAAACCCTCAGTTCCATCTGCTTCACCACTCTCCTGCTCGTTGTCT
TGTTGATTTCAGCTGGTATCCTGAAGAGCGAGGCCACGTGTACGAAGTACTTAGGCGAAG
CCATATTGCCGTACCCATGCAGGGAAAGCTACTGTGAAGCCAAATGCGCTGAGATTTACC
ACGAGTCATGCAGAGGAGAGTGTGAGGATCATGATCATCACCACGGAGTGCATTTAACAA
ATGACCATGACGACCATTGCTACTGCTACGGTCGTTATTAAGCAGCTGATGAAGTTTACT
CATAAACTCGTACCGTATTAAATAAAATAAAAATGTAAGCGTGGTGGTTTCCTTCGATTT
AAGTGTCGTGTGCGAGTGTTGTTTGCTGCTCTTTCTTTTTATAATTAAATAAAATAGTAC
GTAAGACGAAGCTAATGACTTCTCTCCTACGTCTATTATAATATCATGTTGTATGTTATT
TCGATTTGATAATAATAAAAAAAACTTATTTTGTGTGTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FW28JQ C 1
AF RR1FW28TF U 1
BS 1 580 RR1FW28TF

RD RR1FW28JQ 580 0 0
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GCTACAAAATGGCAAAAACCCTCAGTTCCATCTGCTTCACCACTCTCCTGCTCGTTGTCT
TGTTGATTTCAGCTGGTATCCTGAAGAGCGAGGCCACGTGTACGAAGTACTTAGGCGAAG
CCATATTGCCGTACCCATGCAGGGAAAGCTACTGTGAAGCCAAATGCGCTGAGATTTACC
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ATGACCATGACGACCATTGCTACTGCTACGGTCGTTATTAAGCAGCTGATGAAGTTTACT
CATAAACTCGTACCGTATTAAATAAAATAAAAATGTAAGCGTGGTGGTTTCCTTCGATTT
AAGTGTCGTGTGCGAGTGTTGTTTGCTGCTCTTTCTTTTTATAATTAAATAAAATAGTAC
GTAAGACGAAGCTAATGACTTCTCTCCTACGTCTATTATAATATCATGTTGTATGTTATT
TCGATTTGATAATAATAAAAAAAACTTATTTTGTGTGTGG

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR1FW28TF 580 0 0
GGACCCAAGTTTCTGAAAACTGAAAGAAGCAATAACTAAGTGTAAAAAGAAGAAGCAAAA
GCTACAAAATGGCAAAAACCCTCAGTTCCATCTGCTTCACCACTCTCCTGCTCGTTGTCT
TGTTGATTTCAGCTGGTATCCTGAAGAGCGAGGCCACGTGTACGAAGTACTTAGGCGAAG
CCATATTGCCGTACCCATGCAGGGAAAGCTACTGTGAAGCCAAATGCGCTGAGATTTACC
ACGAGTCATGCAGAGGAGAGTGTGAGGATCATGATCATCACCACGGAGTGCATTTAACAA
ATGACCATGACGACCATTGCTACTGCTACGGTCGTTATTAAGCAGCTGATGAAGTTTACT
CATAAACTCGTACCGTATTAAATAAAATAAAAATGTAAGCGTGGTGGTTTCCTTCGATTT
AAGTGTCGTGTGCGAGTGTTGTTTGCTGCTCTTTCTTTTTATAATTAAATAAAATAGTAC
GTAAGACGAAGCTAATGACTTCTCTCCTACGTCTATTATAATATCATGTTGTATGTTATT
TCGATTTGATAATAATAAAAAAAACTTATTTTGTGTGTGG

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL8517Contig1 898 2 6 U
GGGCGTACTCGCTCGGGAGCAGTGCCAGAACCTTTTTCCACACCGCATACTCGCTCCAGA
TCTGCGCCAAAACCCAATTCCGACTCAATTCCCCGCACGACGCCCTTCTCATCCAAGTCC
ATCACACCCATCAGCGGCGGCGGAGCCCTACTAAAGCCCGTCTCTTTGTCCGACTGGTGG
CTAACAAAGAAGGCAAACAACAACAAGGGTCTGGGCGTTTCAGGATTCGAATCAAAAGGC
GGGTCTAAAGTCAGACTCTTTTCATCAGCAACCATCTCAACGAGACACGACAGCACCACT
CTCCAAACATCTGATGGCCTCACCGTCTCCATCAGTGGCTTCATCAACCGATCTCGTTCT
TTACAAAACGGGTTTTCGTCTCAGGTTTGCAACCGTTTTCTCCTAGGGTTTCCTTATCAC
TGGAAAGATTACACTGAAGAAGGGTTCGTTGAGGAGGATAAGAATGGTTACGGCGTCGTT
TCGTTTGATGATATTCCTGTGAATAGGTTGCAGGATGTTCTGTTCACGGCTTCTTCTTGC
TTTCAAGCTAAGATCTTGGATGATGCTGTTGACAGTTTGAGAGATTTACTTCGTTCTAGT
ACTGAGAAACCAGACAAGGAATGTCGGACACCGAGAACGGACGATGGAGGTGAGGAGAGT
TTGGTTCTGAGTGTTAAGGGAGTGGAGACTAGAGGGATGCTTAGAAGGAGAGAAGAGGGT
GAAGCTTCCATTGGGGAAAGACTCCACAGATCGTCCAAGAAGAAGAGAGATCAATAGAGA
GAATTAACTTCAGTGTAGTGTACTACTTTTGGATCTTTGAAAGAAGTCTTTTATGTTTTT
TGGATTGTTTTGTAACAAACAATGTAGGTAAGCAAGGAATGTGAAATGTTCTTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CL06TF U 1
AF RR1CL06JQ C 163
BS 1 707 RR1CL06TF
BS 708 708 RR1CL06JQ
BS 709 718 RR1CL06TF
BS 719 719 RR1CL06JQ
BS 720 733 RR1CL06TF
BS 734 898 RR1CL06JQ

RD RR1CL06TF 733 0 0
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TCTGCGCCAAAACCCAATTCCGACTCAATTCCCCGCACGACGCCCTTCTCATCCAAGTCC
ATCACACCCATCAGCGGCGGCGGAGCCCTACTAAAGCCCGTCTCTTTGTCCGACTGGTGG
CTAACAAAGAAGGCAAACAACAACAAGGGTCTGGGCGTTTCAGGATTCGAATCAAAAGGC
GGGTCTAAAGTCAGACTCTTTTCATCAGCAACCATCTCAACGAGACACGACAGCACCACT
CTCCAAACATCTGATGGCCTCACCGTCTCCATCAGTGGCTTCATCAACCGATCTCGTTCT
TTACAAAACGGGTTTTCGTCTCAGGTTTGCAACCGTTTTCTCCTAGGGTTTCCTTATCAC
TGGAAAGATTACACTGAAGAAGGGTTCGTTGAGGAGGATAAGAATGGTTACGGCGTCGTT
TCGTTTGATGATATTCCTGTGAATAGGTTGCAGGATGTTCTGTTCACGGCTTCTTCTTGC
TTTCAAGCTAAGATCTTGGATGATGCTGTTGACAGTTTGAGAGATTTACTTCGTTCTAGT
ACTGAGAAACCAGACAAGGAATGTCGGACACCGAGAACGGACGATGGAGGTGAGGAGAGT
TTGGTTCTGAGTGTTAAGGGAGTGGAGACTAGAGGGATGCTTAGAAG*AGAGAAGAGG*T
GAAGCTTCCATTG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1CL06JQ 736 0 0
TCTTTGTCCGACTGGTGGCTAACAAAGAAGGCAAACAACAACAAGGGTCTGGGCGTTTCA
GGATTCGAATCAAAAGGCGGGTCTAAAGTCAGACTCTTTTCATCAGCAACCATCTCAACG
AGACACGACAGCACCACTCTCCAAACATCTGATGGCCTCACCGTCTCCATCAGTGGCTTC
ATCAACCGATCTCGTTCTTTACAAAACGGGTTTTCGTCTCAGGTTTGCAACCGTTTTCTC
CTAGGGTTTCCTTATCACTGGAAAGATTACACTGAAGAAGGGTTCGTTGAGGAGGATAAG
AATGGTTACGGCGTCGTTTCGTTTGATGATATTCCTGTGAATAGGTTGCAGGATGTTCTG
TTCACGGCTTCTTCTTGCTTTCAAGCTAAGATCTTGGATGATGCTGTTGACAGTTTGAGA
GATTTACTTCGTTCTAGTACTGAGAAACCAGACAAGGAATGTCGGACACCGAGAACGGAC
GATGGAGGTGAGGAGAGTTTGGTTCTGAGTGTTAAGGGAGTGGAGACTAGAGGGATGCTT
AGAAGGAGAGAAGAGGGTGAAGCTTCCATTGGGGAAAGACTCCACAGATCGTCCAAGAAG
AAGAGAGATCAATAGAGAGAATTAACTTCAGTGTAGTGTACTACTTTTGGATCTTTGAAA
GAAGTCTTTTATGTTTTTTGGATTGTTTTGTAACAAACAATGTAGGTAAGCAAGGAATGT
GAAATGTTCTTTATTT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL8518Contig1 770 2 2 U
GTGTGATGACTGGACACCTGACGGCGAGAAGTGATGTGTACAGCTTTGGAGTTGTTCTTC
TGGAGATGTTGACGGGAAGAAAGTCAGTGGACAAGACAAGACCAAGAAAAGAGCAGAACC
TGGTTGATTGGGCTCGGCCGAAGCTGAATGATAAAAGAAAACTGCTGCAGATAATCGACC
CGAGGCTGGAGAACCAGTACTCAGTCAAGGCAGCTCAGAAGGCATGCAGCTTGGCGTATT
ATTGTCTTAGTCAGAACCCGAAAGCTAGGCCGTTGATGAGTGATGTGGTTGAGACTTTGG
AGCCTTTGCAGTGCACAGGTGATTCCCTAATCCCTGGTGGAGCTGCGTTTGCAATGGGAG
GGGTGCCTGATTATAGAATGCACCGGAGGTTTGCGAAGAATGTTGGGCCAGGTGCCATTT
GCAGGTCATCACCTAGCCAAAGTTGTTCTCCGAGTGGACCTGCAGCATGCAGAGTGCGGT
GATCAGTGTGTGAAGTGTACATAATATCTCGGTTCGCAGTGTCTCCTTTTGCTGCTAAAA
ATAATGGTTTGCTTCATGTTGTTTTTGTTTGTTGCTGCTGCTGTTTGTTGCCACCACTTG
ATCTAATCTAGAATCTTTGTATGATTATGATTGAGCGTGGTTCTTTGTTTGTATCCGCTC
TCTGATGTAGTGCTTGTATTAGTCTCTGACAATTTCTCTAATCACTCCAATGTGAATTTT
TTGTGTGTGTAAGCAGTATTGGTTTTCTTGGTATCACCTAATTTATCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B858TF U 1
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DS 

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DS 



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BQ
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AF RR1CP16JQ C 1
AF RR1CP16TF U 1
BS 1 592 RR1CP16TF

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QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL8520Contig1 852 2 2 U
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ATCGACGGACGTTTGTGCCGACAGATTCCTAATCCAATAGCTCGTCGGATTGTTAGTGGG
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TATTCTTATTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AE55TF U 1
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TGCAGAAATGAAAGGGCTTGATGGACTGGTTAGCGGTTTCCACCATGGAGTCTTAAAACT
AGCGATGGAACCTTCGGTGATAGAACAATTAAGCTTGATCGTAGTCCCGGTATTGATGAG
TTATACATAGAAGGATACCTTCAAGCTATGCTGGATACAATGTATAGACAGGAGTATCTC
AGAGTCAAAGTCATTGATGATCAGGTTTTCTTGAAAAACCTCCCGCCAAGCAACTCTCTC
ATAGATGAGATGATAGACCGAGTCAAAGGTTTTTTGGAAAGCAGGGGTTTGCTCAAAGGA
GATCCTTCGAGCTCTCGTCCTCGTCGCCGTCTCCATGGAGATAAGGAATGGAAGATCGGG
CCAACAATAATGACATTATGTGAACATCTCTTTGTAAGCTTTGCAATTCGCATTCTTAGA
CAAAACGCCACTAAGTTCATATCCAGTCGTAGGCCAAAGAAAGAAGAAGAAGCAGAGGCT
AGTGACACTGGTTCGAGTACTGCAATAGTACCGGTACTTGATGAGAAGAAGAAAAAGAAG
ATGAAGTTTATGTGGAAAGCTGGTATTGGTCAGTTTGTAGCT

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DS 

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AAAACTAGCGATGGAACCTTCGGTGATAGAACAATTAAGCTTGATCGTAGTCCCGGTATT
GATGAGTTATACATAGAAGGATACCTTCAAGCTATGCTGGATACAATGTATAGACAGGAG
TATCTCAGAGTCAAAGTCATTGATGATCAGGTTTTCTTGAAAAACCTCCCGCCAAGCAAC
TCTTTCATAGATGAGATGATAGACCGAGTCAAAGGTTTTTTGGAAAGCAGGGGTTTGCTC
AAAGGAGATCCTTCGAGCTCTCGTCCTCGTCGCCGTCTCCATGGAGATAAGGAATGGAAG
ATCGGGCCAACAATAATGACATTATGTGAACATCTCTTTGTAAGCTTTGCAATTCGCATT
TTTAGACAAAACGCCACTAAGTTCATATCCAGTCGTAGGCCAAAGAAAGAAGAAGAAGCA
GAGGCTAGTGACACTGGTTCGAGTACTGCAATAGTACCGGTACTTGATGAGAAGAAGAAA
AAGAAGATGAAGTTTATGTGGAAAGCTGGTATTGGTCAGTTTGTAGCTTCAGGCATCGTA
GCTTACATCGACGGACGTTTGTGCCGACAGATTCCTAATCCAATAGCTCGTCGGATTGTT
AGTGGGTTTCTGTTAAGCTTTCTTGACAAAAGCAATGACCAATAATAATAATGACTTACC
TCTGTATATTCTTATTGT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

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GTGATAGATGCGATAGAGAACGAAAAAGTTGTTGAAAAGACCGTCAAGATATGCAACATA
GACCGTGCAGCATGTGGACGCGTTGCTGGGGTCATCGCAAAGAAGTATGGAGACACTGGT
TTTGCCGGACAAGTGAACCTAACCTTCCTTGGGAGTGCAGGACAGTCCTTCGGGTGCTTC
TTGATTCCCGGTATGAATATCAAACTCATTGGAGAGTCCAATGATTACGTAGGAAAGGGA
ATGGCTGGTGGTGAGATAGTAGTAACTCCTGTGGATAAAATAGGGTTTGTGCCAGAGGAA
GCAACCATAGTTGGGAACACTTGCTTGTACGGTGCAACGGGTGGTCAGATATTCGCTAGA
GGCAAAGCTGGGGAGAGGTTTGCAGTTAGAAACTCACTTGCTGAAGCAGTAGTTGAAGGC
ACTGGTGATCATTGCTGTGAGTACATGACTGGTGGTTGTGTTGTCGTGCTTGGAAAGGTG
GGGAGAAACGTAGCTGCAGGTATGACAGGAGGGTTAGCTTATCTTCTTGATGAAGACGAC
ACTCTTCTTCCCAAGATTAACCGAGAGATAGTGAAGATCCAGAGAGTAACTGCACCTGCA
GGGGAATTGCAGCTCAAGAGCTTAATCGAAGCCCATGTGGAAAAAACCGGAAGCAGCAGA
GGAGAGACGATCTTGAAGGAATGGGAAAAGTATCTACCTCTCTTCTGGCAACTGGTTCCA
CCGAGCGAGGAAGACACTCCTGAGGCTTCTGCTGCTTATGTAAGAACAGCCACCGGTGAA
GTCACATTTCAATCGGCATAGAGGAGATGTTGCAGTCGAAACAGAAGGATTGATACATCA
ATGGTGGGCTACGGAGGGAAAATAGATCATTCACAGATCAATGTGTGTGACAATATTCTT
ATTGTCCTGTGATCTTAACAGTACCATGATTGCTATAAGATGTACAGTTATTCAGTTAAA
TAACTGCATTCAACTGCCATGAAAATTCCATAAAATTTGCAATATTATCTTTCATTGAAT
AAAGTTTGTAGTATTTTAAAT


BQ
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AF RR1B402TF U 1
AF RR1B402JQ C 272
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TTTGCCGGACAAGTGAACCTAACCTTCCTTGGGAGTGCAGGACAGTCCTTCGGGTGCTTC
TTGATTCCCGGTATGAATATCAAACTCATTGGAGAGTCCAATGATTACGTAGGAAAGGGA
ATGGCTGGTGGTGAGATAGTAGTAACTCCTGTGGATAAAATAGGGTTTGTGCCAGAGGAA
GCAACCATAGTTGGGAACACTTGCTTGTACGGTGCAACGGGTGGTCAGATATTCGCTAGA
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ACTGGTGATCATTGCTGTGAGTACATGACTGGTGGTTGTGTTGTCGTGCTTGGAAAGGTG
GGGAGAAACGTAGCTGCAGGTATGACAGGAGGGTTAGCTTATCTTCTTGATGAAGACGAC
ACTCTTCTTCCCAAGATTAACCGAGAGATAGTGAAGATCCAGAGAGTAACTGCACCTGCA
GGGGAATTGCAGCTCAAGAGCTTAATCGAAGCCCATGTGGAAAAAACCGGAAGCAGCAGA
GGAGAGACGATCTTGAAG*AATGGGAAAAGTATCTACCTCTCTTCTGGCAACTGGTTCCA
CCGAGCGAGGAAGACACTCCTGAG*CTTCTGCTGCTTATGTA
GACA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1B402JQ 770 0 0
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GTGGTTGTGTTGTCGTGCTTGGAAAGGTGGGGAGAAACGTAGCTGCAGGTATGACAGGAG
GGTTAGCTTATCTTCTTGATGAAGACGACACTCTTCTTCCCAAGATTAACCGAGAGATAG
TGAAGATCCAGAGAGTAACTGCACCTGCAGGGGAATTGCAGCTCAAGAGCTTAATCGAAG
CCCATGTGGAAAAAACCGGAAGCAGCAGAGGAGAGACGATCTTGAAGGAATGGGAAAAGT
ATCTACCTCTCTTCTGGCAACTGGTTCCACCGAGCGAGGAAGACACTCCTGAGGCTTCTG
CTGCTTATGTAAGAACAGCCACCGGTGAAGTCACATTTCAATCGGCATAGAGGAGATGTT
GCAGTCGAAACAGAAGGATTGATACATCAATGGTGGGCTACGGAGGGAAAATAGATCATT
CACAGATCAATGTGTGTGACAATATTCTTATTGTCCTGTGATCTTAACAGTACCATGATT
GCTATAAGATGTACAGTTATTCAGTTAAATAACTGCATTCAACTGCCATGAAAATTCCAT
AAAATTTGCAATATTATCTTTCATTGAATAAAGTTTGTAGTATTTTAAAT

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

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CTAGTGATCCTAGTCCCGGTGGCAGAAGCGGTGACGTGCTCGCCAATGCAGCTAAGCCCA
TGTGCGTCGGCAATAACGTCATCTTCTCAACCTTCAGCGTTGTGCTGCAAGAAGCTGAAG
GAGCAGAAGCCATGCTTATGTGGGTACATGAGAAATCCTAGCCTCCGTCGCTTCGTCAGC
TCTCCCAACGCTCGTAAAGTCTCTAACCGCTGCAAGCTCCCCATCCCAAGGTGTTGAAAA
TATGATCATCCTATATATATGTTTGAATCCTACTTTTGGTTTGTGTTTAAGGATGTTAAT
TATGATCAGTAAGCAGTTGTTAAAGTAAGTGTTACCCTTAAGAATGTGTGATGATGCTTG
TATGCATCTTATTTCAACTTTTGTTTGTTGTCTTATTCTGGTTTTTGATCAGTGTAGAGG
TGTTATAAGAATATGATGATGTAATCATTGAGGCAATATGATAT


BQ
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AF RR1AE75JQ C 1
AF RR1AE75TF U 1
BS 1 584 RR1AE75TF

RD RR1AE75JQ 584 0 0
GGAACACAAACACCAGAACACACTCCATAAACTCTCTCTCTAAAACCAAACAGAAGAAGA
AGAAACATGGTGATGATCAAGGCCACATGGGTTTCTATTTTCGCCCTCGCGGCTATTCTC
CTAGTGATCCTAGTCCCGGTGGCAGAAGCGGTGACGTGCTCGCCAATGCAGCTAAGCCCA
TGTGCGTCGGCAATAACGTCATCTTCTCAACCTTCAGCGTTGTGCTGCAAGAAGCTGAAG
GAGCAGAAGCCATGCTTATGTGGGTACATGAGAAATCCTAGCCTCCGTCGCTTCGTCAGC
TCTCCCAACGCTTGTAAAGTCTCTAACCGCTGCAAGCTCCCCATCCCAAGGTGTTGAAAA
TATGATCATCCTATATATATGTTTGAATCCTACTTTTGGTTTGTGTTTAAGGATGTTAAT
TATGATCAGTAAGCAGTTGTTAAAGTAAGTGTTACCCTTAAGAATGTGTGATGATGCTTG
TATGCATCTTATTTCAACTTTTGTTTGTTGTCTTATTCTGGTTTTTGATCAGTGTAGAGG
TGTTATAAGAATATGATGATGTAATCATTGAGGCAATATGATAT

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DS 

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AGAAACATGGTGATGATCAAGGCCACATGGGTTTCTATTTTCGCCCTCGCGGCTATTCTC
CTAGTGATCCTAGTCCCGGTGGCAGAAGCGGTGACGTGCTCGCCAATGCAGCTAAGCCCA
TGTGCGTCGGCAATAACGTCATCTTCTCAACCTTCAGCGTTGTGCTGCAAGAAGCTGAAG
GAGCAGAAGCCATGCTTATGTGGGTACATGAGAAATCCTAGCCTCCGTCGCTTCGTCAGC
TCTCCCAACGCTCGTAAAGTCTCTAACCGCTGCAAGCTCCCCATCCCAAGGTGTTGAAAA
TATGATCATCCTATATATATGTTTGAATCCTACTTTTGGTTTGTGTTTAAGGATGTTAAT
TATGATCAGTAAGCAGTTGTTAAAGTAAGTGTTACCCTTAAGAATGTGTGATGATGCTTG
TATGCATCTTATTTCAACTTTTGTTTGTTGTCTTATTCTGGTTTTTGATCAGTGTAGAGG
TGTTATAAGAATATGATGATGTAATCATTGAGGCAATATGATAT

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL8523Contig1 678 2 10 U
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TGCCATTTTGTTTATAGGTTTCACCGCAAGATTAAAGAGTACTCGGCTTAAATAAAGAGA
GCCCTTATTTTTTGCAAACAAAAAAAAAAGTGAAGCAGAAAAAAGCTCTCAATTCTTCAA
GAAAACGGCACTGCACTGAGCCATGATCTTTGATGCTCTCGTGATGGCGTTTGTCATGTA
AAAGTTCTCGACCACTGGTTTGAACGGCGTTGTGCTCATTGTCTCCTTGCACTCAGGCTT
CAATGAAGGCCCAAAAGCAGCTGGCTCTCGTTCATCTGCGTGGACTAAATTCGGTGCGAC
GCTCTTGATCCTGGACCTAACACCTTCGATGGAGTTGTATGGAAGATTCACACCAGAGAC
CTCGGACAAGGCTCTCACAATCTTCCAGTCATCTCTTGCATCACCAACCGTTGGGACAGC
GGGAACAGTCTGTTGGGTGAATCCTTCTGTGTTCTCATAGGTTCCCTCTTTCTCGGTGAA
GGCCGACGCAGGGAGGATTACGTTTGCACGGTAAACTGCTTTGTCTCCATGGTGACCTTG
GTAAACCACAAAGGCGTCTTTAGGAATCTTGTCAACATCTACATCGTCTGCTCCCATCAA
GTAGACAAATTTCACAGA


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E115JQ U 1
AF RR1EB33JQ U 1
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BS 380 619 RR1E115JQ
BS 620 678 RR1EB33JQ

RD RR1E115JQ 619 0 0
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AAAGTTCTCGACCAC*GGTTTGAACGGCGTTGTGCTCATTGTCTCCTTGCACTCAGGCTT
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GTAAACCACAAAGGCGTCT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1EB33JQ 678 0 0
A
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GCCATTTTGTTTATAGGTTTCACCGCAAGATTAAAGAGTACTCGGCTTAAATAAAGAGAG
CCTTTATTTTTTGCAAACAAAAAAAA**GTGAAGCAGAAAAAAGCTCTCAATTCTTCAAG
GGAACGGCACTGCACTGAGCCATGATCTTTGATGCTCTCGTGATGGCGTTTGTCATGTAA
AAGTTCTCGACCACTGGTTTGAACGGCGTTGTGCTCATTGTCTCCTTGCACTCAGGCTTC
AATGAAGGCCCAAAAGCAGCTGGCTCTCGTTCATCTGCGTGGACTAAATTCGGTGCGACG
CTCTTGATCCTGGACCTAACACCTTCGATGGAGTTGTATGGAAGATTCACACCAGAGACC
TCGGACAAGGCTCTCACAATCTTCCAGTCATCTCTTGCATCACCAACCGTTGGGACAGCG
GGAACAGTCTGTTGGGTGAATCCTTCTGTGTTCTCATAGGTTCCCTCTTTCTCGGTGAAG
GCCGACGCAGGGAGGATTACGTTTGCACGGTAAACTGCTTTGTCTCCATGGTGACCTTGG
TAAACCACAAAGGCGTCTTTAGGAATCTTGTCAACATCTACATCGTCTGCTCCCATCAAG
TAGACAAATTTCACAGA

QA 2 678 2 678
DS 



AS 1 2

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AAGCTTCTGATTGGGACGCTCTCGCATGATAAGTTTCCTCAGCTGTGCACGGAGATTGTG
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GAAGCCAACACCTCGAAGACTGCTTCAAACAAGAAGGCTAAATTCGTAACTCCCCAGAAA
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AGCTCGGGAAGTAATGGAGAGACCTCGAAGCAGCAGCAGACACCCAAGTCTGCAGGTGCA
TTTGGGTGCAGCTCCTGCAACAGAACGTTTAACTCGGAGATGGGCTTGCAGTCTCACACA
AGGGCCAAACACATTGCAGCTGCTTGAAATCTGATGAAGAAGAAAGAGACTATCCATAAT
CCTCTTTAGACTTTTGATGTTTTTGGTTTTCAAAACTTGAGTTTGCGAGTGAACAAGTTT
TAGTTATCTTTTTCCTAATCGTCCGGGTAGACGAAACTTTTCTGAACCCTTTATGTTTAG
TGCTAATATGGTGGATATTATATTATGTTGCTTTTGCCGAGAAAACAAAAATCTAGTGAT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1FE23TF U 1
AF RR1FE23JQ C 374
BS 1 619 RR1FE23TF
BS 620 1141 RR1FE23JQ

RD RR1FE23TF 619 0 0
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CGCAACCGTTACCGTCAGCTCGTTACCGATGGAGTTCTGGGGGTTGAAGTTAAGGGTGGT
GAGCCACTTAGGGTGGATCCTGGGAAGGATATGATTGTGCACATCTCACTGGCTGCTCTA
GGCGAGAAGAAGAACGGTGGAAACGAGCCTGTTAGGCTCTACACGAAAGTTGAAGATCTG
AAGCTTCTGATTGGGACGCTCTCGCATGATAAGTTTCCTCAGCTGTGCACGGAGATTGTG
TTGCCAAGGTCTTTTGAGCTGTCTCATAGCTGGAAGGATGGGAGTGTTTTCTTCACCGGC
TACATATCTGATGACGAGGAGCTTGCTGAGCCAGCTGTTGCGAAATCAGGTGTGAAGCAG
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GATGATAGTGATGATGAGGATGCTGACTCTGAAGATGAGGAGGAAGAAAAGAAGGTTACG
GTTGAAGCTGATGAGGATGATGATGAAGACTCATCTGACGAAGAGGAAGATGAGGAGGAT
GACTCATCAGACGAAGAGA

QA 1 619 1 619
DS 

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TGCCTAATGATGATGCCAAGGCCGAGCAAGATGATGATGAGGATGAAGATGATAGTGATG
ATGAGGATGCTGACTCTGAAGATGAGGAGGAAGAAAAGAAGGTTACGGTTGAAGCTGATG
AGGATGATGATGAAGACTCATCTGACGAAGAGGAAGATGAGGAGGATGACTCATCAGACG
AAGAGACCCCAGAGAAGAAGGTTGAAGAAGCCAAGAAGAGGCCTGCAGAAGCCAACACCT
CGAAGACTGCTTCAAACAAGAAGGCTAAATTCGTAACTCCCCAGAAATCAGAATCGAAGA
AGCCACACGTCCACGTTGCGACTCCGCATCCATCAAAGGGAGTAAAGAGCTCGGGAAGTA
ATGGAGAGACCTCGAAGCAGCAGCAGACACCCAAGTCTGCAGGTGCATTTGGGTGCAGCT
CCTGCAACAGAACGTTTAACTCGGAGATGGGCTTGCAGTCTCACACAAGGGCCAAACACA
TTGCAGCTGCTTGAAATCTGATGAAGAAGAAAGAGACTATCCATAATCCTCTTTAGACTT
TTGATGTTTTTGGTTTTCAAAACTTGAGTTTGCGAGTGAACAAGTTTTAGTTATCTTTTT
CCTAATCGTCCGGGTAGACGAAACTTTTCTGAACCCTTTATGTTTAGTGCTAATATGGTG
GATATTATATTATGTTGCTTTTGCCGAGAAAACAAAAATCTAGTGATC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL8525Contig1 581 2 1 U
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GATGATGTGGCAGATTTTGAAGATAGAAGGATGCTCGACGATTTCGTTGATGTAACCAAG
GATGAGAAGCAGATGATGCACATGTGGAACTCGTTTGTGAGGAAGCAGCGAGTATTAGCA
GATGGTCATATTCCATGGGCGTGTGAAGCGTTTTCAAGATTGCACGGATCCATCATGGTT
CGAATACCGCATTTGATCTGGTGCTGGAGGATGTTTATGGTGAAACTGTGGAACCATGGT
CTTCTTGACGCCCGAACCATGAACAACTGTAATGTCTTTCTCGAACAGCTCCCAAATTGA
AGACCCAGGAACCATATTATTTAAGTAGAAGAAAAGTGTAAACATTAAAATGTGAGAGAA
TAGGAATTGTGTCTGATTTTTAACCACTTTTGGTCCTTTGATCAGGAATCGTTTTGGGTG
TTTACACTATTTCCTGTGTTGTAAATTTACAGTTTCCCGTC


BQ
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AF RR1BM61JQ C 1
AF RR1BM61TF U 1
BS 1 581 RR1BM61TF

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GATGATGTGGCAGATTTTGAAGATAGAAGGATGCTCGACGATTTCGTTGATGTAACCAAG
GATGAGAAGCAGATGATGCACATGTGGAACTCGTTTGTGAGGAAGCAGCGAGTATTAGCA
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CGAATACCGCATTTGATCTGGTGCTGGAGGATGTTTATGGTGAAACTGTGGAACCATGGT
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QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1BM61TF 581 0 0
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TTTACACTATTTCCTGTGTTGTAAATTTACAGTTTCCCGTC

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

CO CL8526Contig1 581 2 1 U
GCATGCCATCTTCTGGGTGGAAGTTATCTAAATCCTTGAGAGATAACGCTCTTCCTCCAA
TTGCTTCTGCGAGTTCTACTGCTCGTTCTTCAAAAATACACAACACCAAGAACAGGAACA
AACAAAAGAAAAAAGCATATCATCGGTGTCTAAGGCCGAGCTTGACTGGTAACAGAATAT
TAAAAGTGTTCATAAAGGAAAAAAATAAAAAAAAATCATATGTATTTTACCTAAGTTCTA
TTAGCAATAACAACTTTGGCTCCCTTCTCTTTTGCACCATAAGCAAGTGCTTTACCTGCT
CCACCAGCACCAATAACCACCACTGTTTTACCAGCCAACGGCGAAGAAGAAGAAGAAGGT
ACACTCCTAGGATCAATTGACCCTTAACAAAATAAAATAAAAAGTCTACATGAGTAAAAC
CACGAGGAGCAACAACATCAGGTTAATGATGTGAAACATATAACTTACTTCTAAGCCCAT
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BQ
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AF RR1A920JQ C 1
AF RR1A920TF U 1
BS 1 581 RR1A920TF

RD RR1A920JQ 581 0 0
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TAAAAGTGTTCATAAAGGAAAAAAATAAAAAAAAATCATATGTATTTTACCTAAGTTCTA
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CCACCAGCACCAATAACCACCACTGTTTTACCAGCCAACGGCGAAGAAGAAGAAGAAGGT
ACACTCCTAGGATCAATTGACCCTTAACAAAATAAAATAAAAAGTCTACATGAGTAAAAC
CACGAGGAGCAACAACATCAGGTTAATGATGTGAAACATATAACTTACTTCTAAGCCCAT
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QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1A920TF 581 0 0
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AACAAAAGAAAAAAGCATATCATCGGTGTCTAAGGCCGAGCTTGACTGGTAACAGAATAT
TAAAAGTGTTCATAAAGGAAAAAAATAAAAAAAAATCATATGTATTTTACCTAAGTTCTA
TTAGCAATAACAACTTTGGCTCCCTTCTCTTTTGCACCATAAGCAAGTGCTTTACCTGCT
CCACCAGCACCAATAACCACCACTGTTTTACCAGCCAACGGCGAAGAAGAAGAAGAAGGT
ACACTCCTAGGATCAATTGACCCTTAACAAAATAAAATAAAAAGTCTACATGAGTAAAAC
CACGAGGAGCAACAACATCAGGTTAATGATGTGAAACATATAACTTACTTCTAAGCCCAT
CCTCAATAGCAGAAATGGAACCAATACAATCCGTGTTGTAACCCAGCAACTTTCCGTCGC
TTTGTCTCTTTAGTATAGTGTTCACAGCTCCTATAGACTGC

QA 1 581 1 581
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8528Contig1 792 2 2 U
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TCAGGATGCTTCTGAACAAGCTAGCACGTGACTTCCACAATTATCCTGCTCTTGGTGGAC
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TGGGGACGCCTCACTACAACATGAACGATATGCCAGCTGTCTCCTTCGGTGTTGCGAAAC
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CCAACATGGAGGTTTACGGCTATCCTGAACCGCTTGATCTAGGAGAGTCTTACGAGTACA
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TGAGGAAACACTACAAGGTGATGAGAGATGCAGGGGTTGATGTATCGTTTAATGAGTTCG
AGTATGCTCACCTTGATTTCACATTCTCTCACCGGGAAGAGCTTTTGACGTATGTCATGT
CGAGGCTGCTGCTTGTGGAAGTGACACCAAGTCAACAGAGGCAGAGCAGCCAGAAAGGTA
TGAAACTGAAGAAGAAGAAAAAGGAGGCATAGTAGTGTAAGTAGCTAGAAACCAAACCAT
GGCCACTGTGGTCAATGCCCAATAGAGTTTGGAGTCTTTGTATTGTGATGTTGTGCGTTT
GAGCTTCATCTGTGCATTCTACGTTGATCTTCCTGTAGGTGTACATAGCGTAAAGTTTGA
TCGCTTGATGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E622TF U 1
AF RR1E622JQ C 85
BS 1 665 RR1E622TF
BS 666 792 RR1E622JQ

RD RR1E622TF 665 0 0
TTTTTGTGAGTCCTGTATTGGCTTGCATCGTTCCCGCCTTCTACATACCGACAAGATTCT
TCAGGATGCTTCTGAACAAGCTAGCACGTGACTTCCACAATTATCCTGCTCTTGGTGGAC
TGGTCCAAACCCTGATGAGTTACGTAGTTGGTGGAGACAGCTCGAACTGGGTCGGAGTCT
TGGGGACGCCTCACTACAACATGAACGATATGCCAGCTGTCTCCTTCGGTGTTGCGAAAC
ATCTAGCTCAGATCAAACACACTGGTAAGTTCAAAATGTTTGATTACGGGAGCAGGACAG
CCAACATGGAGGTTTACGGCTATCCTGAACCGCTTGATCTAGGAGAGTCTTACGAGTACA
TCGATATGCCTGTGGATTTAGTAGCCGGGAAGAAAGACAAGGTGATTCGGCCTTCCATGG
TGAGGAAACACTACAAGGTGATGAGAGATGCAGGGGTTGATGTATCGTTTAATGAGTTCG
AGTATGCTCACCTTGATTTCACATTCTCTCACCGGGAAGAGCTTTTGACGTATGTCATGT
CGAGGCTGCTGCTTGTGGAAGTGACACCAAGTCAACAGAGGCAGAGCAGCCAGAAAGGTA
TGAAACTGAAGAAGAAGAAAAAGGAGGCATAGTAGTGTAAGTAGCTAGAAACCAAACCAT
GGCCA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1E622JQ 708 0 0
CACGTGACTTCCACAATTATCCTGCTCTTGGTGGACTGGTCCAAACCCTGATGAGTTACG
TAGTTGGTGGAGACAGCTCGAACTGGGTCGGAGTCTTGGGGACGCCTCACTACAACATGA
ACGATATGCCAGCTGTCTCCTTCGGTGTTGCGAAACATCTAGCTCAGATCAAACACACTG
GTAAGTTCAAAATGTTTGATTACGGGAGCAGGACAGCCAACATGGAGGTTTACGGCTATC
CTGAACCGCTTGATCTAGGAGAGTCTTACGAGTACATCGATATGCCTGTGGATTTAGTAG
CCGGGAAGAAAGACAAGGTGATTCGGCCTTCCATGGTGAGGAAACACTACAAGGTGATGA
GAGATGCAGGGGTTGATGTATCGTTTAATGAGTTCGAGTATGCTCACCTTGATTTCACAT
TCTCTCACCGGGAAGAGCTTTTGACGTATGTCATGTCGAGGCTGCTGCTTGTGGAAGTGA
CACCAAGTCAACAGAGGCAGAGCAGCCAGAAAGGTATGAAACTGAAGAAGAAGAAAAAGG
AGGCATAGTAGTGTAAGTAGCTAGAAACCAAACCATGGCCACTGTGGTCAATGCCCAATA
GAGTTTGGAGTCTTTGTATTGTGATGTTGTGCGTTTGAGCTTCATCTGTGCATTCTACGT
TGATCTTCCTGTAGGTGTACATAGCGTAAAGTTTGATCGCTTGATGAG

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL8529Contig1 859 2 4 U
GGGGAGAAAGAGCTACGGGAAGGTTCACCAGCGTATATCTCCTTTTTTTTTAGGTACAAG
TTTCACTAGCGAATTGCTCTCTTCTCCTAATCGCTGTTGCAATTCCGACAAAAATCATCG
GGGGTAAGCAGAAAGCTTCCCATCGAGGAGAAAGTTCCTGCTTGGTCGAACATGGAAGAA
GCTCATTCAGTGAATAGTCCAAGACGGGTTCTAAGCTTCTCCAAGAGAAGGAAGCAAAAG
CCCTTCGGTTTCCAGGATTCAGACAGCATAAGCTCATCTACGCTCAGAGCATCGCAAGTG
CACGGACCTAAACCCTCTGAGGTGTATGGTTTTGTAGGGTCCATATCCACGGTTGTTGCC
ACGGTGATCTTCTTGATATGGGCTTATGTGCCAGATAAACTGTTGGAGTCTATAGGGATC
CACTACTACCCAAGCAGGTATTGGGTCTTGGCTATGCCCACGTATCTGATGGTGACTTTG
CTGTTGGGTTTGGCGTTTTACGTTGGTCTCAACTTCATCGCCACTCCACACCCTACCTCT
CTCAGTACCTTGTTTGATGAGTACAGTCGAGAACCTGGGGAAATTGATTCTCAGATGGAG
GAAGGTGACGAGAGGCCTATAGATCCAATCTCTGACATTGATATTACAAGAATCAATGAT
CTTATGTTCAACTCAAAATGATGTCAAGTGATATTTTTTTGTTTTGATTCTTTAGAAGCT
TTAAAAACCAGCTAGCTTTTGATATAGTGACTGGTGTTAACTGGACCTGTTACTATGTTT
TTTTCAAATCCTTATCAGCAGAGCGTTTCTTTGTGACTTGTCATGAATCAAGGAAATAGC
AACGAATCGGTTACTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E289TF U 1
AF RR1E289JQ C 189
BS 1 726 RR1E289TF
BS 727 727 RR1E289JQ
BS 728 778 RR1E289TF
BS 779 859 RR1E289JQ

RD RR1E289TF 778 0 0
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TTTCACTAGCGAATTGCTCTCTTCTCCTAATCGCTGTTGCAATTCCGACAAAAATCATCG
GGGGTAAGCAGAAAGCTTCCCATCGAGGAGAAAGTTCCTGCTTGGTCGAACATGGAAGAA
GCTCATTCAGTGAATAGTCCAAGACGGGTTCTAAGCTTCTCCAAGAGAAGGAAGCAAAAG
CCCTTCGGTTTCCAGGATTCAGACAGCATAAGCTCATCTACGCTCAGAGCATCGCAAGTG
CACGGACCTAAACCCTCTGAGGTGTATGGTTTTGTAGGGTCCATATCCACGGTTGTTGCC
ACGGTGATCTTCTTGATATGGGCTTATGTGCCAGATAAACTGTTGGAGTCTATAGGGATC
CACTACTACCCAAGCAGGTATTGGGTCTTGGCTATGCCCACGTATCTGATGGTGACTTTG
CTGTTGGGTTTGGCGTTTTACGTTGGTCTCAACTTCATCGCCACTCCACACCCTACCTCT
CTCAGTACCTTGTTTGATGAGTACAGTCGAGAACCTGGGGAAATTGATTCTCAGATGGAG
GAAGGTGACGAGAGGCCTATAGATCCAATCTCTGACATTGATATTACAAGAATCAATGAT
CTTATGTTCAACTCAAAATGATGTCAAGTGATATTTTTTTGTTTTGATTCTTTAGAAGCT
TTAAAA*CCAGCTAGCTTTTGATATAGTGACTGGTGTTAACTGGACCTGTTACTATGT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR1E289JQ 671 0 0
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TAAACCCTCTGAGGTGTATGGTTTTGTAGGGTCCATATCCACGGTTGTTGCCACGGTGAT
CTTCTTGATATGGGCTTATGTGCCAGATAAACTGTTGGAGTCTATAGGGATCCACTACTA
CCCAAGCAGGTATTGGGTCTTGGCTATGCCCACGTATCTGATGGTGACTTTGCTGTTGGG
TTTGGCGTTTTACGTTGGTCTCAACTTCATCGCCACTCCACACCCTACCTCTCTCAGTAC
CTTGTTTGATGAGTACAGTCGAGAACCTGGGGAAATTGATTCTCAGATGGAGGAAGGTGA
CGAGAGGCCTATAGATCCAATTTCTGACATTGATATTACAAGAATCAATGATCTTATGTT
CAACTCAAAATGATGTCAAGTGATATTTTTTTGTTTTGATTCTTTAGAAGCTTTAAAAAC
CAGCTAGCTTTTGATATAGTGACTGGTGTTAACTGGACCTGTTACTATGTTTTTTTCAAA
TCCTTATCAGCAGAGCGTTTCTTTGTGACTTGTCATGAATCAAGGAAATAGCAACGAATC
GGTTACTCACC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL8530Contig1 1005 2 4 U
GGACGTAACGAGACGAAAGGAAGCAAAAGTAATCTATTGAGCAAAAGCGGCAACCCACCA
TAAAAATTTAATTGTATTTTTCCTCAGTTTTCCAGAATCAGATCTCTTTCTCTGACCCCA
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AGAGTTATACCATCTGACAACAGTTGTCTCTTCAACGCAATCGGTTATGTCATGGACAAG
GACAAGAAGAAAGCTCCTGAGCTAAGACAGGTGATAGCTGCTGCAGTTGCAAGCGACAAG
GAGAAGTATAACGAAGCATTTCTTGGGAAGCAAAATGAAGAATATTGTGCTTGGATTCTC
AATCCGGAGAAGTGGGGAGGTGCGATTGAGCTTTCGATATTAGCAGACTATTATGGTCGA
GAGATTGCAGCTTACGATATTCAAACTAGTCGATGTGACTTGTATGGACAGACCAAAAAC
TATAGCGAAAGAGTTATGCTGATCTATGACGGTCTTCACTATGATGCTCTCGCTTTGTCT
CCATTTGAAGATGCTGAGGAAGACTTTGATATGACTATATTTCCAGTTGGTAAAGATAGA
TCCATTGGTGCTATAGAAGGGCTTGTTCTAAATCTAGTAAAGGACCAACAAAGGAAAAGG
AGTTACACAGATACTGCAAACTTCACTCTGCGTTGTGGTGTTTGCCAAATTGGTGTTATT
GGACAAAAGGAAGCTGTGGAGCATGCTCAGGCAACTGGTCATGTCAACTTCCAAGAATAC
CATTAAGGGAATGATTTGATTATAATTTTATGTTGTCAACAAATTCAAATTCAAATTCAG
TCTGTTGTACAATTCATATTGTGTTGTTTTCTTTCTTTAGATGTATCCTATCTTCAAGAG
GAGCATCATTGTTGTCTCACCAATAATGTCATGAAAATTTGGACATATTTGTCTTCATTT
TTCTTTTGATTCAAAAGTAATAACATTCCACACGTGTTCAGTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FJ21TF U 1
AF RR1FJ21JQ C 162
BS 1 731 RR1FJ21TF
BS 732 732 RR1FJ21JQ
BS 733 746 RR1FJ21TF
BS 747 1005 RR1FJ21JQ

RD RR1FJ21TF 746 0 0
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TAAAAATTTAATTGTATTTTTCCTCAGTTTTCCAGAATCAGATCTCTTTCTCTGACCCCA
ACGCCAACGGTTTTTTCTTGCTAGTTTGAGATTATTATCATGGAAGGAATCATTGTGAGG
AGAGTTATACCATCTGACAACAGTTGTCTCTTCAACGCAATCGGTTATGTCATGGACAAG
GACAAGAAGAAAGCTCCTGAGCTAAGACAGGTGATAGCTGCTGCAGTTGCAAGCGACAAG
GAGAAGTATAACGAAGCATTTCTTGGGAAGCAAAATGAAGAATATTGTGCTTGGATTCTC
AATCCGGAGAAGTGGGGAGGTGCGATTGAGCTTTCGATATTAGCAGACTATTATGGTCGA
GAGATTGCAGCTTACGATATTCAAACTAGTCGATGTGACTTGTATGGACAGACCAAAAAC
TATAGCGAAAGAGTTATGCTGATCTATGACGGTCTTCACTATGATGCTCTCGCTTTGTCT
CCATTTGAAGATGCTGAGGAAGACTTTGATATGACTATATTTCCAGTTGGTAAAGATAGA
TCCATTGGTGCTATAGAAGGGCTTGTTCTAAATCTAGTAAAGGACCAACAAAGGAAAAGG
AGTTACACAGATACTGCAAACTTCACTCTGCGTTGTGGTGTTTGCCAAATTGGTGTTATT
GGACAAAAGGA*GCTGTGGAGCATGC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1FJ21JQ 844 0 0
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CGGTTATGTCATGGACAAGGACAAGAAGAAAGCTCCTGAGCTAAGACAGGTGATAGCTGC
TGCAGTTGCAAGCGACAAGGAGAAGTATAACGAAGCATTTCTTGGGAAGCAAAATGAAGA
ATATTGTGCTTGGATTCTCAATCCGGAGAAGTGGGGAGGTGCGATTGAGCTTTCGATATT
AGCAGACTATTATGGTCGAGAGATTGCAGCTTACGATATTCAAACTAGTCGATGTGACTT
GTATGGACAGACCAAAAACTATAGCGAAAGAGTTATGCTGATCTATGACGGTCTTCACTA
TGATGCTCTCGCTTTGTCTCCATTTGAAGATGCTGAGGAAGACTTTGATATGACTATATT
TCCAGTTGGTAAAGATAGATCCATTGGTGCTATAGAAGGGCTTGTTCTAAATCTAGTAAA
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TTGCCAAATTGGTGTTATTGGACAAAAGGAAGCTGTGGAGCATGCTCAGGCAACTGGTCA
TGTCAACTTCCAAGAATACCATTAAGGGAATGATTTGATTATAATTTTATGTTGTCAACA
AATTCAAATTCAAATTCAGTCTGTTGTACAATTCATATTGTGTTGTTTTCTTTCTTTAGA
TGTATCCTATCTTCAAGAGGAGCATCATTGTTGTCTCACCAATAATGTCATGAAAATTTG
GACATATTTGTCTTCATTTTTCTTTTGATTCAAAAGTAATAACATTCCACACGTGTTCAG
TCAG

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 2

CO CL8531Contig1 665 2 2 U
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TCAAGATCTGGAAACTCATAGACTCAAAGAAAGACAAAGACTGCTACATCTTAGACTACC
AATGTCATAAACCATCCGACGATCGCATGGTGAGCACTCAATTCAGTGGAGAAATCATTC
ACCGAAACAAGAACCTCGGATTAAACGAATACAAGTTCCTTCTCAAAGCCATAGTAAGCT
CAGGGATCGGAGAACAAACCTACGCTCCAAGACTCGTCTTCGAAGGCCGAGAAGAGCGTC
CTTCGTTACAAGATGGGATCTCGGAGATGGAAGAGTTCTACGTAGACAGCATCGGAAAAC
TCCTGGAGAGACAACAAATCTCACCTAAAGAAGTCGACATCCTCGTGGTCAACGTCTCCA
TGCTCTCCACAATGCCTTCTTTAGCTTCAAGAATCATTAACCATTACAAGATGAGGGAAG
ACGTCAAGGTGTTCAACTTGACCGGGATGGGATGTAGCGCGAGTCTAATATCTGTGGACA
TTGTCAAGAACGTTTTCAAGAGCTATGCAAACAAGTTGGCTCTCATCGCTACCTCCGAGT
CTTTAGGCCCTAATTGGTACAGCGGAAACAACCGTTCGATGATTCTAGCTAACTGCTTGT
TCCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 

AF RR1EZ74TF U 1
AF RR1EX02TF U 73
BS 1 661 RR1EZ74TF
BS 662 665 RR1EX02TF

RD RR1EZ74TF 661 0 0
GGAATAACAATATGGATCTTCTCCTTCTCTTGTTCTCCCTTCTTCTCTCATATCTCTTCT
TCAAGATCTGGAAACTCATAGACTCAAAGAAAGACAAAGACTGCTACATCTTAGACTACC
AATGTCATAAACCATCCGACGATCGCATGGTGAGCACTCAATTCAGTGGAGAAATCATTC
ACCGAAACAAGAACCTCGGATTAAACGAATACAAGTTCCTTCTCAAAGCCATAGTAAGCT
CAGGGATCGGAGAACAAACCTACGCTCCAAGACTCGTCTTCGAAGGCCGAGAAGAGCGTC
CTTCGTTACAAGATGGGATCTCGGAGATGGAAGAGTTCTACGTAGACAGCATCGGAAAAC
TCCTGGAGAGACAACAAATCTCACCTAAAGAAGTCGACATCCTCGTGGTCAACGTCTCCA
TGCTCTCCACAATGCCTTCTTTAGCTTCAAGAATCATTAACCATTACAAGATGAGGGAAG
ACGTCAAGGTGTTCAACTTGACCGGGATGGGATGTAGCGCGAGTCTAATATCTGTGGACA
TTGTCAAGAACGTTTTCAAGAGCTATGCAAACAAGTTGGCTCTCATCGCTACCTCCGAGT
CTTTAGGCCCTAATTGGTACAGCGGAAACAACCGTTCGATGATTCTAGCTAACTGCTTGT
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR1EX02TF 593 0 0
G
ACTCATAGACTCAAAGAAAGACAAAGACTGCTACATCTTAGACTACCAATGTCATAAACC
ATCCGACGATCGCATGGTGAGCACTCAATTCAGTGGAGAAATCATTCACCGAAACAAGAA
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ACAAACCTACGCTCCAAGACTCGTCTTCGAAGGCCGAGAAGAGCGTCCTTCGTTACAAGA
TGGGATCTCGGAGATGGAAGAGTTCTACGTAGACAGCATCGGAAAACTCCTGGAGAGACA
ACAAATCTCACCTAAAGAAGTCGACATCCTCGTGGTCAACGTCTCCATGCTCTCCACAAT
GCCTTCTTTAGCTTCAAGAATCATTAACCATTACAAGATGAGGGAAGACGTCAAGGTGTT
CAACTTGACCGGGATGGGATGTAGCGCGAGTCTAATATCTGTGGACATTGTCAAGAACGT
TTTCAAGAGCTATGCAAACAAGTTGGCTCTCATCGCTACCTCTGAGTCTTTAGGCCCTAA
TTGGTACAGCGGAAACAACCGTTCGATGATTCTAGCTAACTGCTTGTTCCGG

QA 2 593 2 593
DS 



AS 1 2

CO CL8532Contig1 617 2 4 U
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TCCTTTTCAACAACTCGGTAGCGTCTCTTTTGATTCACAACCACATCGAAACTTAATCCG
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CGCTTCATTCTTCATGTCAGAGAGGGAAAATCGAGCAACAATGGTGATTTATCTTTGTTT
TGTGTATTTAGTCCTCCAATTTTTAGTTATTCTCAATTTTGCTTCAGACTTTCAGAATTG
CATATAAATCTTTGTGAATTAAAATCATACTTCTAAATATGCATTCTAGCCCTTATTTAT
ATTACAAGATTGATCCTTCACTCAGGTCTGATCTCACTTTGGTTCAAAACTCAAGAAATT
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TAAAAAGTGCAGTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1A077JQ C 1
AF RR1A077TF U 24
BS 1 23 RR1A077JQ
BS 24 45 RR1A077TF
BS 46 46 RR1A077JQ
BS 47 617 RR1A077TF

RD RR1A077JQ 617 0 0
TGTCACCCCCAATGTCTATGTCTTCATCATTAGCCATGAAAGCATCACCCACAAGCTTCT
TCCTTTTCAACAACTCGGTTGCGTCTCTTTTGATTCACAACCACATCGAAACTTAATCCG
CGAATCATAAAACTTCTTCCTCGACACAAATTCACTGTGGTGGCCGTTCGGAGTCGTCGT
CGCTTCATTCTTCATGTCAGAGAGGGAAAATCGAGCAACAATGGTGATTTATCTTTGTTT
TGTGTATTTAGTCCTCCAATTTTTAGTTATTCTCAATTTTGCTTCAGACTTTCAGAATTG
CATATAAATCTTTGTGAATTAAAATCATACTTCTAAATATGCATTCTAGCCCTTATTTAT
ATTACAAGATTGATCCTTCACTCAGGTCTGATCTCACTTTGGTTCAAAACTCAAGAAATT
GCCCAATATTAATTGGGTTTATGTAAGATATGGTGGAGAGCAAAACAGTATGTTTGTTGT
TATGTAAGTTATGGAGGAGAATATTTTGTGATGAAAATATTAGTGTTTTGACTGATGATG
TAAAGAATTGTGTTTTATGGTTTCTTATTGGTTTTGTGAACTTGACGAGCTGGGGATGTA
TAAAA*GTGCAGTTATT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1A077TF 594 0 0
TCATCATTAGCCATGAAAGCAT*ACCCACAAGCTTCTTCCTTTTCAACAACTCGGTAGCG
TCTCTTTTGATTCACAACCACATCGAAACTTAATCCGCGAATCATAAAACTTCTTCCTCG
ACACAAATTCACTGTGGTGGCCGTTCGGAGTCGTCGTCGCTTCATTCTTCATGTCAGAGA
GGGAAAATCGAGCAACAATGGTGATTTATCTTTGTTTTGTGTATTTAGTCCTCCAATTTT
TAGTTATTCTCAATTTTGCTTCAGACTTTCAGAATTGCATATAAATCTTTGTGAATTAAA
ATCATACTTCTAAATATGCATTCTAGCCCTTATTTATATTACAAGATTGATCCTTCACTC
AGGTCTGATCTCACTTTGGTTCAAAACTCAAGAAATTGCCCAATATTAATTGGGTTTATG
TAAGATATGGTGGAGAGCAAAACAGTATGTTTGTTGTTATGTAAGTTATGGAGGAGAATA
TTTTGTGATGAAAATATTAGTGTTTTGACTGATGATGTAAAGAATTGTGTTTTATGGTTT
CTTATTGGTTTTGTGAACTTGACGAGCTGGGGATGTATAAAAAGTGCAGTTATT

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

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AACAGCAACTCTTTCTTACCGCCGCCTTTACCTCCTCCTCCACCGTCTCCTCGAATCAGC
ATCTCCGTCGACGATTTGCTCAAGCGACCCGCAAGTAAAGAGTTGAGTGAAGAAGTTGAT
GATAGTTATATGGGATATGAGACGTGGTCTCCAAGTCCACCAAAGCTTGAGAAGCCGAGA
TCAGTTTTCAATGCTGCTTCTTTAGCTTTTATAGGTGATTCCATTTATGAGCTATATGCT
CGTAGGCATTTCCTTTTCCCTCCACTTAGTATTGAAGATTATAACGATCGTGTTAGAGCT
GTGGTGCGCTGTGAAGCTCAGTATGCTTTGCTGAAGAAACTTGTTGATGATGATTTCTTA
ACAAAGGAAGAGAGAGATGTACTGAGGTGGGGAAAGAATCTAGGCTCTGCTAGAACACGT
ACAAGAAGGCGTGCAGGTGTTGCAGTTTATAACAAAGCATCATCATTGGAGACACTGATT
GGTTATCTGTATCTGACGAACGGGAAGAGATTAGAGAAAATAATGGAGAAGCTAGGATTC
TCAAGCGACTCTTCGACTCAGATCATGATTGAAATGGCCAAGCCAAAACCATCAGAATCA
AACCTGCCTGCCTTTATACTCAATGAGCAAGTGTCACAGTAGTATAGTAAAAAGGTGGTT
TACGCTCTCAGATCATGCAAAAGCTGAACGATCATCAGGGTTAGGCCGGTTTAGCATTTC
ATTGTTCACTTAACCGGAGAGTATGTGTATTGTGCCGTACACATCGTGATATATATGATG
AATGTGTAAAACTCCTACTGGTTCTCAATTTAAAGTGCTCATTTTTGTCTTCTGTCCGAA
CGATGATGCTTGTACTACTAACAAAGATATTATACAACATACATAGATAAAATCAAAAGA
CATAATATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A813TF U 1
AF RR1A813JQ C 190
BS 1 770 RR1A813TF
BS 771 1029 RR1A813JQ

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GTGGTGCGCTGTGAAGCTCAGTATGCTTTGCTGAAGAAACTTGTTGATGATGATTTCTTA
ACAAAGGAAGAGAGAGATGTACTGAGGTGGGGAAAGAATCTAGGCTCTGCTAGAACACGT
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AACCTGCCTGCCTTTATACTCAATGAGCAAGTGTCACAGTAGTATAGTAA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR1A813JQ 840 0 0
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ATGGGATATGAGACGTGGTCTCCAAGTCCACCAAAGCTTGAGAAGCCGAGATCAGTTTTC
AATGCTGCTTCTTTAGCTTTTATAGGTGATTCCATTTATGAGCTATATGCTCGTAGGCAT
TTCCTTTTCCCTCCACTTAGTATTGAAGATTATAACGATCGTGTTAGAGCTGTGGTGCGC
TGTGAAGCTCAGTATGCTTTGCTGAAGAAACTTGTTGATGATGATTTCTTAACAAAGGAA
GAGAGAGATGTACTGAGGTGGGGAAAGAATCTAGGCTCTGCTAGAACACGTACAAGAAGG
CGTGCAGGTGTTGCAGTTTATAACAAAGCATCATCATTGGAGACACTGATTGGTTATCTG
TATCTGACGAACGGGAAGAGATTAGAGAAAATAATGGAGAAGCTAGGATTCTCAAGCGAC
TCTTCGACTCAGATCATGATTGAAATGGCCAAGCCAAAACCATCAGAATCAAACCTGCCT
GCCTTTATACTCAATGAGCAAGTGTCACAGTAGTATAGTAAAAAGGTGGTTTACGCTCTC
AGATCATGCAAAAGCTGAACGATCATCAGGGTTAGGCCGGTTTAGCATTTCATTGTTCAC
TTAACCGGAGAGTATGTGTATTGTGCCGTACACATCGTGATATATATGATGAATGTGTAA
AACTCCTACTGGTTCTCAATTTAAAGTGCTCATTTTTGTCTTCTGTCCGAACGATGATGC
TTGTACTACTAACAAAGATATTATACAACATACATAGATAAAATCAAAAGACATAATATC

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

CO CL8534Contig1 969 2 8 U
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CTGCTTAATTTGATCAGATCGTAAGAGAAGATGGGAGACGCCGCAAGTCACCTGGAGAAG
ATGGGTAGAGAACTCAAGTGCCCTATTTGTTTGAGTCTATTTAATTCTGCAGTTTCGCTT
ACCTGCAACCATGTCTTCTGCAATGCATGTATAGTGAAATCCATGAAAGTTGATGCTACT
TGTCCTGTCTGTAAAATCCCTTTCCATCGTAGAGAGATTCGAGGTGCTCCTCATATGGAT
AGCTTGGTGAGCATTTACAAGAACATGGAAGTTTCTTCTGGTGTCCACTTGTTTGTTACC
CAGAAGACTAAACTATCATCACCACCAGAAAAAGAAAAGCATGTGGGAGATGCGTCAACA
GAAAAGGAAAATAGAAAGAAACGTCAGGGATCTAGTAAAGGCCCAACATCCAAGAGGAGA
GGTTCTAAAAACCCCAAGGAAACTGATGCAGATTCCTCTGGTCAGAGAGAGAGAGATCAA
TCAACCCTCGCCAATCTCAGATTAGCTGTTTTGTTTTCTCTCTAGATGGATTCTATATCA
AAGCTTTTAGATCCAGAGAAACATCATGCCGTTACCGAAGCCTTGAGCTCGTGCGGTTTA
ACGCCGGACAACAGTCACGTGCTTTACTCGGCACTGTCTACATCTTCGACAGCTCCGTAG
CTAGAAGCTCGTTTCTGAGTTCAAGCTCCATCAGTTTCATCGATTCCACAAGCCGTTTGT
AGAGATGTCTTTAACTCGCGTGCCTTCAATAATCCCCGAAGAGCCACCTCGGACGTTTGT
TTCTTCTCCACCGCAAAGATAAGTTCTTTTATTAAACCTTTTCTTTTGGGCAACTGAAAT
TGATTAAAGGAAAGAGAGTTTAGCAAACTATAGCTGTGGTTTAAATTATTAATCAGAGAT
CGTTGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ64TF U 1
AF RR1DJ64JQ C 226
BS 1 740 RR1DJ64TF
BS 741 741 RR1DJ64JQ
BS 742 764 RR1DJ64TF
BS 765 765 RR1DJ64JQ
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BS 810 820 RR1DJ64TF
BS 821 969 RR1DJ64JQ

RD RR1DJ64TF 820 0 0
GTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCGCATCACA
CTGCTTAATTTGATCAGATCGTAAGAGAAGATGGGAGACGCCGCAAGTCACCTGGAGAAG
ATGGGTAGAGAACTCAAGTGCCCTATTTGTTTGAGTCTATTTAATTCTGCAGTTTCGCTT
ACCTGCAACCATGTCTTCTGCAATGCATGTATAGTGAAATCCATGAAAGTTGATGCTACT
TGTCCTGTCTGTAAAATCCCTTTCCATCGTAGAGAGATTCGAGGTGCTCCTCATATGGAT
AGCTTGGTGAGCATTTACAAGAACATGGAAGTTTCTTCTGGTGTCCACTTGTTTGTTACC
CAGAAGACTAAACTATCATCACCACCAGAAAAAGAAAAGCATGTGGGAGATGCGTCAACA
GAAAAGGAAAATAGAAAGAAACGTCAGGGATCTAGTAAAGGCCCAACATCCAAGAGGAGA
GGTTCTAAAAACCCCAAGGAAACTGATGCAGATTCCTCTGGTCAGAGAGAGAGAGATCAA
TCAACCCTCGCCAATCTCAGATTAGCTGTTTTGTTTTCTCTCTAGATGGATTCTATATCA
AAGCTTTTAGATCCAGAGAAACATCATGCCGTTACCGAAGCCTTGAGCTCGTGCGGTTTA
ACGCCGGACAACAGTCACGTGCTTTACTCGGCACTGTCTACATCTTCGACAGCTCCGTAG
CTAGAAGCTCGTTTCTGAGT*CAAGCTCCATCAGTTTCATCGAT*CCACAAGCCGTTTGT
AGAGATGTCTTTAACTCGCGTGCCTTCA*TAATCCCCGAA

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR1DJ64JQ 744 0 0
AAAGTTGATGCTACTTGTCCTGTCTGTAAAATCCCTTTCCATCGTAGAGAGATTCGAGGT
GCTCCTCATATGGATAGCTTGGTGAGCATTTACAAGAACATGGAAGTTTCTTCTGGTGTC
CACTTGTTTGTTACCCAGAAGACTAAACTATCATCACCACCAGAAAAAGAAAAGCATGTG
GGAGATGCGTCAACAGAAAAGGAAAATAGAAAGAAACGTCAGGGATCTAGTAAAGGCCCA
ACATCCAAGAGGAGAGGTTCTAAAAACCCCAAGGAAACTGATGCAGATTCCTCTGGTCAG
AGAGAGAGAGATCAATCAACCCTCGCCAATCTCAGATTAGCTGTTTTGTTTTCTCTCTAG
ATGGATTCTATATCAAAGCTTTTAGATCCAGAGAAACATCATGCCGTTACCGAAGCCTTG
AGCTCGTGCGGTTTAACGCCGGACAACAGTCACGTGCTTTACTCGGCACTGTCTACATCT
TCGACAGCTCCGTAGCTAGAAGCTCGTTTCTGAGTTCAAGCTCCATCAGTTTCATCGATT
CCACAAGCCGTTTGTAGAGATGTCTTTAACTCGCGTGCCTTCAATAATCCCCGAAGAGCC
ACCTCGGACGTTTGTTTCTTCTCCACCGCAAAGATAAGTTCTTTTATTAAACCTTTTCTT
TTGGGCAACTGAAATTGATTAAAGGAAAGAGAGTTTAGCAAACTATAGCTGTGGTTTAAA
TTATTAATCAGAGATCGTTGAGCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL8535Contig1 732 2 2 U
GGACAGCCGCTTTAAAACATATATCACCTCTCGCTCTGCTGCGCTTGCTGCTAATAGCTC
TTTGCACATAGATCATCACCATCTCCATCTAGAAACATGGGTAAGACAAGGGGTATGGGA
GCTGGGCGAAAGCTCAAAAGGCTTAGGATTAATCAGAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAG
AAGTCACATCAGGGCAATGAATGGAAGAAGCCTTTTGCTGGTTCTTCCCACGCCAAGGGT
ATCGTTCTTGAGAAAATTGGTATTGAGGCTAAGCAACCTAACTCTGCTATCCGTAAGTGT
GCTAGAGTTCAGCTTATCAAGAACGGAAAGAAGATTGCCGCTTTTGTCCCCAACGATGGT
TGCTTGAACTACATTGAGGAAAATGACGAGGTGTTGATTGCTGGATTTGGGCGTAAAGGT
CATGCTGTGGGAGATATTCCCGGAGTTAGGTTCAAGGTCGTCAAGGTTTCTGGTGTTTCA
CTCTTGGCCCTCTTCAAGGAGAAGAAGGAGAAGCCAAGGTCTTAAACAGTGCTTTTGAAA
GTGATTTTGATGTTATAAGAGCCTTTTGGTAGTTGAATTTCAAAGAACTCTAATGTTCTC
TTCTATTCTACTTTAAGATTCCAGAACTATGTGTTTAAACTTTTTTTTCTCAATGAGTCT
TTGAGTTTAGTTTCGACCTTTTTTTATTTGTGTACGAATCAGTTTTCTCCCATGTCTAAT
CACTTGGATCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BG10TF U 1
AF RR1DM65TF U 69
BS 1 649 RR1BG10TF
BS 650 732 RR1DM65TF

RD RR1BG10TF 649 0 0
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TTTGCACATAGATCATCACCATCTCCATCTAGAAACATGGGTAAGACAAGGGGTATGGGA
GCTGGGCGAAAGCTCAAAAGGCTTAGGATTAATCAGAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAG
AAGTCACATCAGGGCAATGAATGGAAGAAGCCTTTTGCTGGTTCTTCCCACGCCAAGGGT
ATCGTTCTTGAGAAAATTGGTATTGAGGCTAAGCAACCTAACTCTGCTATCCGTAAGTGT
GCTAGAGTTCAGCTTATCAAGAACGGAAAGAAGATTGCCGCTTTTGTCCCCAACGATGGT
TGCTTGAACTACATTGAGGAAAATGACGAGGTGTTGATTGCTGGATTTGGGCGTAAAGGT
CATGCTGTGGGAGATATTCCCGGAGTTAGGTTCAAGGTCGTCAAGGTTTCTGGTGTTTCA
CTCTTGGCCCTCTTCAAGGAGAAGAAGGAGAAGCCAAGGTCTTAAACAGTGCTTTTGAAA
GTGATTTTGATGTTATAAGAGCCTTTTGGTAGTTGAATTTCAAAGAACTCTAATGTTCTC
TTCTATTCTACTTTAAGATTCCAGAACTATGTGTTTAAACTTTTTTTTC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR1DM65TF 664 0 0
G
AGATCATCACCATCTCCATCTAGAAACATGGGTAAGACAAGGGGTATGGGAGCTGGGCGA
AAGCTCAAAAGGCTTAGGATTAATCAGAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAGAAGTCACAT
CAGGGCAATGAATGGAAGAAGCCTTTTGCTGGTTCTTCCCACGCCAAGGGTATCGTTCTT
GAGAAAATTGGTATTGAGGCTAAGCAACCTAACTCTGCTATCCGTAAGTGTGCTAGAGTT
CAGCTTATCAAGAACGGAAAGAAGATTGCCGCTTTTGTCCCCAACGATGGTTGCTTGAAC
TACATTGAGGAAAATGACGAGGTGTTGATTGCTGGATTTGGGCGTAAAGGTCATGCTGTG
GGAGATATTCCCGGAGTTAGGTTCAAGGTCGTCAAGGTTTCTGGTGTTTCACTCTTGGCC
CTCTTCAAGGAGAAGAAGGAGAAGCCAAGGTCTTAAACAGTGCTTTTGAAAGTGATTTTG
ATGTTATAAGAGCCTTTTGGTAGTTGAATTTCAAAGAACTCTAATGTTCTCTTCTATTCT
ACTTTAAGATTCCAGAACTATGTGTTTAAACTTTTTTTTCTCAATGAGTCTTTGAGTTTA
GTTTCGACCTTTTTTTATTTGTGTACGAATCAGTTTTCTCCCATGTCTAATCACTTGGAT
CAT

QA 2 664 2 664
DS 



AS 1 2

CO CL8536Contig1 1015 2 2 U
GGTTTCTCCGCTTCCTCTCCACCGTCGTCTCGTCGTCATCAATTCCCCACAGTGATCATC
GTCACCGTCGGCTGAGGCAAGGGAAATGGAGAATTTGGAAGATGTGAAGATTATGGCGGA
GCAGTGGCCGAAGCAAGGCATTGAGTATCTTGAGAAGATACCACCGACTCAGCTCTATGC
CGCCGTTGGTGTTCTCGTGTTTACAACCATTTTGCTCCTCCTATCCATTCGCTTGGTGGG
ACGTACCAAATCCAACACTGTACTCCTTTCTGGGCTGAGTGGAAGTGGAAAGACTGTGCT
CTTCTATCAACTCCGAGATGGATCATTGCATCAGGGCACTGCAACATCAATGGAACCTAA
TGAAGGCACTTTTGTTCTTCACTCTGAAAACGCTAAGGGAAAAGTCAAGCCTGTTCATCT
TGTTGATGTTCCTGGGCACTCTCGGCTTCGACCCAAGCTGGAAGAGTTCTTGCCCCAAGC
AGCTGCTATTGTGTTTGTAGTAGACGCTTTGGAGTTCCTCCCAAACTGTCGTGCAGCTTC
AGAGTACTTATACGACATTCTGACCAACGCCAACGTTGTCAAGAAGAAGATACCAGTCCT
CCTTTGCTGTAACAAGACAGATAAACTCACCGCACACACCAAGGAGTTCATTAGGAAGCA
GATGGAGAAGGAAATTGAGAAACTAAGGGCTTCGAGGAGTGCAGTATCTTCAGCTGACAT
AGCCAATGACTTCACCATTGGGATCGATGGAGAAGTGTTCTCCTTCTCGCATTGCAGTAA
CAAAGTCACTGTCGCTGAAGCATCTGGACTCAATGGAGAAACTGTCCAGATCCAAGACTT
CATTCGAGAACACATCAAGCCCTGAGTGAGAGCCCACATCTACATCCGTAGATTGAATCC
TTATCATTAGGCTTCTTAATGACTTGGTCTGTGACTGTGATTGGAGTTCAGAGATCTTTT
TTTGTATATGAATTGTTGTCAGACATCTTTCGAAAAGTTAAAAGGACTTTAGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E431TF U 1
AF RR1E431JQ C 445
BS 1 650 RR1E431TF
BS 651 1015 RR1E431JQ

RD RR1E431TF 650 0 0
GGTTTCTCCGCTTCCTCTCCACCGTCGTCTCGTCGTCATCAATTCCCCACAGTGATCATC
GTCACCGTCGGCTGAGGCAAGGGAAATGGAGAATTTGGAAGATGTGAAGATTATGGCGGA
GCAGTGGCCGAAGCAAGGCATTGAGTATCTTGAGAAGATACCACCGACTCAGCTCTATGC
CGCCGTTGGTGTTCTCGTGTTTACAACCATTTTGCTCCTCCTATCCATTCGCTTGGTGGG
ACGTACCAAATCCAACACTGTACTCCTTTCTGGGCTGAGTGGAAGTGGAAAGACTGTGCT
CTTCTATCAACTCCGAGATGGATCATTGCATCAGGGCACTGCAACATCAATGGAACCTAA
TGAAGGCACTTTTGTTCTTCACTCTGAAAACGCTAAGGGAAAAGTCAAGCCTGTTCATCT
TGTTGATGTTCCTGGGCACTCTCGGCTTCGACCCAAGCTGGAAGAGTTCTTGCCCCAAGC
AGCTGCTATTGTGTTTGTAGTAGACGCTTTGGAGTTCCTCCCAAACTGTCGTGCAGCTTC
AGAGTACTTATACGACATTCTGACCAACGCCAACGTTGTCAAGAAGAAGATACCAGTCCT
CCTTTGCTGTAACAAGACAGATAAACTCACCGCACACACCAAGGAGTTCA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1E431JQ 571 0 0
GCTTCGACCCAAGCTGGAAGAGTTCTTGCCCCAAGCAGCTGCTATTGTGTTTGTAGTAGA
CGCTTTGGAGTTCCTCCCAAACTGTCGTGCAGCTTCAGAGTACTTATACGACATTCTGAC
CAACGCCAACGTTGTCAAGAAGAAGATACCAGTCCTCCTTTGCTGTAACAAGACAGATAA
ACTCACCGCACACACCAAGGAGTTCATTAGGAAGCAGATGGAGAAGGAAATTGAGAAACT
AAGGGCTTCGAGGAGTGCAGTATCTTCAGCTGACATAGCCAATGACTTCACCATTGGGAT
CGATGGAGAAGTGTTCTCCTTCTCGCATTGCAGTAACAAAGTCACTGTCGCTGAAGCATC
TGGACTCAATGGAGAAACTGTCCAGATCCAAGACTTCATTCGAGAACACATCAAGCCCTG
AGTGAGAGCCCACATCTACATCCGTAGATTGAATCCTTATCATTAGGCTTCTTAATGACT
TGGTCTGTGACTGTGATTGGAGTTCAGAGATCTTTTTTTGTATATGAATTGTTGTCAGAC
ATCTTTCGAAAAGTTAAAAGGACTTTAGGGC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

CO CL8537Contig1 626 2 2 U
TCTCCGTCTTCCATCACGCTCCTCTCGAGTTGCGCCAAATTAGTTTCGATAGGAAAAGCA
TAATGGTATCTGGGTTAATCAACGAGAACCCAACTGTCTACGAGAGAAAAGAGCGTCGTG
TCCGCACCGATTCGAGCAACACGGATGAGTTTTCAGTAGAACCTATCGACCAGCTCGAGA
TTTTTGATCATATAAGAGATATAAGAGATCCAGAGCATCCTTACTCTTTGGAACAACTCA
AAGTTCTTACTGAAGACTCTGTTGAAGTTGATGATGGCAAGAGTTATGTCAGGGTTACAT
TCACACCAACGGTGGAACATTGTAGCATGGCAACCATTATCGGTCTTTCTGTCCGCGTTA
AACTTATGCGAAGCCTTCCTCCTCGCTACAAGATTGATATAAGGGTAGCACCAGGTTCTC
ATGCAACAGAGGCTGCACTCAATAAACAACTAAACGACAAGGAGCGTGTGGCGGCTGCGC
TAGAGAATCCAAACCTCGTGGAGATGGTTGATGAATGTTTGTCTCCATCATTTGAGTGAT
GCTTGATGTTCTCATGGTACACTATCATAATATGTCTCTGCTTTAGTCTGAAAAGATTTT
GATCCACTAGGACTTGCTTTCTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H441TF U 1
AF RR1H441JQ C 29
BS 1 606 RR1H441TF
BS 607 626 RR1H441JQ

RD RR1H441TF 606 0 0
TCTCCGTCTTCCATCACGCTCCTCTCGAGTTGCGCCAAATTAGTTTCGATAGGAAAAGCA
TAATGGTATCTGGGTTAATCAACGAGAACCCAACTGTCTACGAGAGAAAAGAGCGTCGTG
TCCGCACCGATTCGAGCAACACGGATGAGTTTTCAGTAGAACCTATCGACCAGCTCGAGA
TTTTTGATCATATAAGAGATATAAGAGATCCAGAGCATCCTTACTCTTTGGAACAACTCA
AAGTTCTTACTGAAGACTCTGTTGAAGTTGATGATGGCAAGAGTTATGTCAGGGTTACAT
TCACACCAACGGTGGAACATTGTAGCATGGCAACCATTATCGGTCTTTCTGTCCGCGTTA
AACTTATGCGAAGCCTTCCTCCTCGCTACAAGATTGATATAAGGGTAGCACCAGGTTCTC
ATGCAACAGAGGCTGCACTCAATAAACAACTAAACGACAAGGAGCGTGTGGCGGCTGCGC
TAGAGAATCCAAACCTCGTGGAGATGGTTGATGAATGTTTGTCTCCATCATTTGAGTGAT
GCTTGATGTTCTCATGGTACACTATCATAATATGTCTCTGCTTTAGTCTGAAAAGATTTT
GATCCA

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1H441JQ 598 0 0
GTTGCGCCAAATTAGTTTCGATAGGAAAAGCATAATGGTATCTGGGTTAATCAACGAGAA
CCCAACTGTCTACGAGAGAAAAGAGCGTCGTGTCCGCACCGATTCGAGCAACACGGATGA
GTTTTCAGTAGAACCTATCGACCAGCTCGAGATTTTTGATCATATAAGAGATATAAGAGA
TCCAGAGCATCCTTACTCTTTGGAACAACTCAAAGTTCTTACTGAAGACTCTGTTGAAGT
TGATGATGGCAAGAGTTATGTCAGGGTTACATTCACACCAACGGTGGAACATTGTAGCAT
GGCAACCATTATCGGTCTTTCTGTCCGCGTTAAACTTATGCGAAGCCTTCCTCCTCGCTA
CAAGATTGATATAAGGGTAGCACCAGGTTCTCATGCAACAGAGGCTGCACTCAATAAACA
ACTAAACGACAAGGAGCGTGTGGCGGCTGCGCTAGAGAATCCAAACCTCGTGGAGATGGT
TGATGAATGTTTGTCTCCATCATTTGAGTGATGCTTGATGTTCTCATGGTACACTATCAT
AATATGTCTCTGCTTTAGTCTGAAAAGATTTTGATCCACTAGGACTTGCTTTCTGTTC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL8538Contig1 633 2 1 U
GTGGTGAAGGAAAAGCGTTCCAGGTTTTATATCGCCAGGAGATGTATTCTTATGTTGCTT
TGTTGGCACAAATACGCCAACTCTTGATCATGAGGCTCCACAAACTCATCTCCTGTTATG
AAGCTTGTGAAGAAAGGAATAGATCATCACACTCACGAGAAGAGAGATCATGAGAAAGTT
TTTTTTTTTTGTCTCGAGCTTGAAGCTATGGAAACTGAAATCGGGAAGCTCGTTACAAGG
GAAAATCAAGAAGAGGAGAAAGATATTATAGTGAGGAAGTAAGTGAAAGGATTCAGTGTT
CATTGGTTAGATCCAAAGATGTAGAGGCAGCCATGGAAGAGGTTGAAGAGGGACTCGAAG
GATTGTTCAAGGTGATGATACAAGCTAGAGTCTCTCTTCTGAACATCCTATCCACTTAAA
TAAAAATGGGACCAGACACGAGCTTATTGTTCTGGATCAAGATGGATCGTTTTATTTTAA
AGTCTTGATTTGTCTTTATTTTTCATTTGTGTATTGAGAGTTTAAACATGCATCCATGTA
TTAGAGGATGTGTGTTTGTTGTAAGTTTGAAACTCATCAACAAATCTTGTAAAGTTATAT
GTACTTACAAATATCAATAATTTTAACGCCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H320TF U 1
AF RR1H320JQ C 69
BS 1 633 RR1H320TF

RD RR1H320TF 633 0 0
GTGGTGAAGGAAAAGCGTTCCAGGTTTTATATCGCCAGGAGATGTATTCTTATGTTGCTT
TGTTGGCACAAATACGCCAACTCTTGATCATGAGGCTCCACAAACTCATCTCCTGTTATG
AAGCTTGTGAAGAAAGGAATAGATCATCACACTCACGAGAAGAGAGATCATGAGAAAGTT
TTTTTTTTTTGTCTCGAGCTTGAAGCTATGGAAACTGAAATCGGGAAGCTCGTTACAAGG
GAAAATCAAGAAGAGGAGAAAGATATTATAGTGAGGAAGTAAGTGAAAGGATTCAGTGTT
CATTGGTTAGATCCAAAGATGTAGAGGCAGCCATGGAAGAGGTTGAAGAGGGACTCGAAG
GATTGTTCAAGGTGATGATACAAGCTAGAGTCTCTCTTCTGAACATCCTATCCACTTAAA
TAAAAATGGGACCAGACACGAGCTTATTGTTCTGGATCAAGATGGATCGTTTTATTTTAA
AGTCTTGATTTGTCTTTATTTTTCATTTGTGTATTGAGAGTTTAAACATGCATCCATGTA
TTAGAGGATGTGTGTTTGTTGTAAGTTTGAAACTCATCAACAAATCTTGTAAAGTTATAT
GTACTTACAAATATCAATAATTTTAACGCCTAG

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1H320JQ 565 0 0
CAAATACGCCAACTCTTGATCATGAGGCTCCACAAACTCATCTCCTGTTATGAAGCTTGT
GAAGAAAGGAATAGATCATCACACTCACGAGAAGAGAGATCATGAGAAAGTTTTTTTTTT
TTGTCTCGAGCTTGAAGCTATGGAAACTGAAATCGGGAAGCTCGTTACAAGGGAAAATCA
AGAAGAGGAGAAAGATATTATAGTGAGGAAGTAAGTGAAAGGATTCAGTGTTCATTGGTT
AGATCCAAAGATGTAGAGGCAGCCATGGAAGAGGTTGAAGAGGGACTCGAAGGATTGTTC
AAGGTGATGATACAAGCTAGAGTCTCTCTTCTGAACATCCTATCCACTTAAATAAAAATG
GGACCAGACACGAGCTTATTGTTTTGGATCAAGATGGATCGTTTTATTTTAAAGTCTTGA
TTTGTCTTTATTTTTCATTTGTGTATTGAGAGTTTAAACATGCATCCATGTATTAGAGGA
TGTGTGTTTGTTGTAAGTTTGAAACTCATCAACAAATCTTGTAAAGTTATATGTACTTAC
AAATATCAATAATTTTAACGCCTAG

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL8539Contig1 733 2 2 U
GGCTTCTAAAAAGTTTCTGTGGATTTGAAGCTTTTTAGTTTTCTCCTGGACGAACCGAAC
ATGAAGACATCTCTCTTCCTTGTCTCCTTCCTCGTCCTCTTACCTCTCTCCCTACAGGAC
CCAATCCCAGAAGTCAAAGCACCGAGCCGGGCCCACGCGGAGCTCACGAGCCATGGTTTT
CCGATAGGCTGCTCCCTCTATCCGTCAAGGACTACTACATCAACAAAACCTCCGGAGACT
TCTCCCTTCTCCTCCACGGTACGTGCAAAATCACGCTTCCTCCAGACAACTACCTCGCGA
CTTATTCCGACAAGGTGACGGGTCGGATCACCAAGGGTCAGATCGCGGAGCTCCGTGGGA
TTCGTGTCAGGGCGTTTTATCAGTGGTGGTCTATCACCGGGATTCGATCCTCCGGTGATA
ACCTTGTTTTCGAGGTCGGTGTCGTGACCGCCAAGTACCCTTCAAAGAATTTCGACGAGA
GTCTTGACTGCGAAGGACAACGAGCTTCTTCTTGATTCAGTTCACGAGATCTGTGAAGCC
AGGTGAAACAAGTGAAAGCTGATGTGTAATATATCTATCTCCATCTGAATATATTAATTA
AAGCTTTGTAATGTAAGACCGCATATAAGCCACGGCTTTATTCTTGTTTTCTCTCTGCAA
ACTAAAGGTGTTCATGAAGGGAGGCTTGGAAATTGTGAACCAGACGTATTTGTTAATATG
TGATATGGAACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BU05TF U 1
AF RR1BU05JQ C 92
BS 1 663 RR1BU05TF
BS 664 733 RR1BU05JQ

RD RR1BU05TF 663 0 0
GGCTTCTAAAAAGTTTCTGTGGATTTGAAGCTTTTTAGTTTTCTCCTGGACGAACCGAAC
ATGAAGACATCTCTCTTCCTTGTCTCCTTCCTCGTCCTCTTACCTCTCTCCCTACAGGAC
CCAATCCCAGAAGTCAAAGCACCGAGCCGGGCCCACGCGGAGCTCACGAGCCATGGTTTT
CCGATAGGCTGCTCCCTCTATCCGTCAAGGACTACTACATCAACAAAACCTCCGGAGACT
TCTCCCTTCTCCTCCACGGTACGTGCAAAATCACGCTTCCTCCAGACAACTACCTCGCGA
CTTATTCCGACAAGGTGACGGGTCGGATCACCAAGGGTCAGATCGCGGAGCTCCGTGGGA
TTCGTGTCAGGGCGTTTTATCAGTGGTGGTCTATCACCGGGATTCGATCCTCCGGTGATA
ACCTTGTTTTCGAGGTCGGTGTCGTGACCGCCAAGTACCCTTCAAAGAATTTCGACGAGA
GTCTTGACTGCGAAGGACAACGAGCTTCTTCTTGATTCAGTTCACGAGATCTGTGAAGCC
AGGTGAAACAAGTGAAAGCTGATGTGTAATATATCTATCTCCATCTGAATATATTAATTA
AAGCTTTGTAATGTAAGACCGCATATAAGCCACGGCTTTATTCTTGTTTTCTCTCTGCAA
ACT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR1BU05JQ 642 0 0
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CCCACGCGGAGCTCACGAGCCATGGTTTTCCGATAGGCTGCTCCCTCTATCCGTCAAGGA
CTACTACATCAACAAAACCTCCGGAGACTTCTCCCTTCTCCTCCACGGTACGTGCAAAAT
CACGCTTCCTCCAGACAACTACCTCGCGACTTATTCCGACAAGGTGACGGGTCGGATCAC
CAAGGGTCAGATCGCGGAGCTCCGTGGGATTCGTGTCAGGGCGTTTTATCAGTGGTGGTC
TATCACCGGGATTCGATCCTCCGGTGATAACCTTGTTTTCGAGGTCGGTGTCGTGACCGC
CAAGTACCCTTCAAAGAATTTCGACGAGAGTCTTGACTGCGAAGGACAACGAGCTTCTTC
TTGATTCAGTTCACGAGATCTGTGAAGCCAGGTGAAACAAGTGAAAGCTGATGTGTAATA
TATCTATCTCCATCTGAATATATTAATTAAAGCTTTGTAATGTAAGACCGCATATAAGCC
ACGGCTTTATTCTTGTTTTCTCTCTGCAAACTAAAGGTGTTCATGAAGGGAGGCTTGGAA
ATTGTGAACCAGACGTATTTGTTAATATGTGATATGGAACTT

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL8540Contig1 796 2 4 U
TTTTTCACAAAGGAAAGATGATGAGGAATTCCAAGCCGGCGTTCTTCCAGCTAGTTCTTG
GTTCCGACAACGCGTTTTCTCCTCGTCACGATCGTTAGCTTTGGCTCCGGTGACCCACCT
TTTCCTCCGATGGCATCAACGGCTCTTGGCTCGGTGACGGTCGCTTTATCCTTGTTACGT
TGCTGGCTTACTTCCGGATCTGGTTTGATTTTCGCTTCCATGTTCTTTTTGTTTCTGTTG
AACCCGATCTCTACTTCGATTGTTCTTTCCTCCCCTTCTCAAGGGATGTGACATCTTCAA
TCCTTGTTCAAAGATGTTCTGGGTTTATTCAAAGTAAATTGATGTTTCCGATCGTTGGTG
GTTCGATGGAAGATGGAAATTGTTTGAAGTGAAAAAGCTTTAACTTCGGTTCTGTTTCGC
TTGGTGGCTTTGTTCATATTTTGATTGGTGATAGAGACCAGGCATTTTAACCGATGATGT
TGTAGATACTGGCGTCTTCAATTCCTGATGTCGTCGACGGCGAGGTGATTTGGTTGGGCC
CTGGTTCCGGTTGGTTCCATGTGGGTTTCCCGATTAAGATCTTTGCCGGAGATGTCCTTG
TCGTTTAAATATGGTGGTGGCTCGCATGGTTGACGTGTGTCCCTGTATTTTAAAAGAAAC
GCTTGGTTTTGAGTCAATCCTTCTTCTTTAGACTTTTTTAGATTTTATGTTCGATGGGCC
TTTGTTGGGCTTCGTTTATGAACTGTGTTTAATCTTTGTGTCCTTTCTATACTTTTGGGC
TTTGGCCTTTTTCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CS60TF U 1
AF RR1CS60JQ C 123
BS 1 698 RR1CS60TF
BS 699 699 RR1CS60JQ
BS 700 710 RR1CS60TF
BS 711 796 RR1CS60JQ

RD RR1CS60TF 710 0 0
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GTTCCGACAACGCGTTTTCTCCTCGTCACGATCGTTAGCTTTGGCTCCGGTGACCCACCT
TTTCCTCCGATGGCATCAACGGCTCTTGGCTCGGTGACGGTCGCTTTATCCTTGTTACGT
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AACCCGATCTCTACTTCGATTGTTCTTTCCTCCCCTTCTCAAGGGATGTGACATCTTCAA
TCCTTGTTCAAAGATGTTCTGGGTTTATTCAAAGTAAATTGATGTTTCCGATCGTTGGTG
GTTCGATGGAAGATGGAAATTGTTTGAAGTGAAAAAGCTTTAACTTCGGTTCTGTTTCGC
TTGGTGGCTTTGTTCATATTTTGATTGGTGATAGAGACCAGGCATTTTAACCGATGATGT
TGTAGATACTGGCGTCTTCAATTCCTGATGTCGTCGACGGCGAGGTGATTTGGTTGGGCC
CTGGTTCCGGTTGGTTCCATGTGGGTTTCCCGATTAAGATCTTTGCCGGAGATGTCCTTG
TCGTTTAAATATGGTGGTGGCTCGCATGGTTGACGTGTGTCCCTGTATTTTAAAAGAAAC
GCTTGGTTTTGAGTCAATCCTTCTTCTTTAGACTTTTT*AGATTTTATGT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1CS60JQ 674 0 0
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CTGGCTTACTTCCGGATCTGGTTTGATTTTCGCTTCCATGTTCTTTTTGTTTCTGTTGAA
CCCGATCTCTACTTCGATTGTTCTTTCCTCCCCTTCTCAAGGGATGTGACATCTTCAATC
CTTGTTCAAAGATGTTCTGGGTTTATTCAAAGTAAATTGATGTTTCCGATCGTTGGTGGT
TCGATGGAAGATGGAAATTGTTTGAAGTGAAAAAGCTTTAACTTCGGTTCTGTTTCGCTT
GGTGGCTTTGTTCATATTTTGATTGGTGATAGAGACCAGGCATTTTAACCGATGATGTTG
TAGATACTGGCGTCTTCAATTCCTGATGTCGTCGACGGCGAGGTGATTTGGTTGGGCCCT
GGTTCCGGTTGGTTCCATGTGGGTTTCCCGATTAAGATCTTTGCCGGAGATGTCCTTGTC
GTTTAAATATGGTGGTGGCTCGCATGGTTGACGTGTGTCCCTGTATTTTAAAAGAAACGC
TTGGTTTTGAGTCAATCCTTTTTCTTTAGACTTTTTTAGATTTTATGTTCGATGGGCCTT
TGTTGGGCTTCGTTTATGAACTGTGTTTAATCTTTGTGTCCTTTCTATACTTTTGGGCTT
TGGCCTTTTTCTAT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL8541Contig1 1062 2 2 U
GGCAGCCCTCTTTCTAAAGCTTCTCTCTGACAATGGAAACCATAGAGAAGAGTGTTTCTC
AAGTAACCTTAACCTCCTCCGTCATCTTCACCGTATCTTCCTCCGCCGCCCCAGCCTCAT
TATCCTCATCTACAACATCTTCTTCTTCCTCTTCATCAACAACTTATAACTCTAAAAGAA
AAGCATCTCCAAGATCATTAGAAGTTCACGACGATGATGATGATAACATCGTGAAACGGC
GGAAGATAAGCGGCGGAGATAAGCATCCAACCTATAGAGGAGTACGGATGAGGAGTTGGG
GGAAATGGGTGTCCGAGATTAGAGAGCCGAGGAAGAAATCAAGAATCTGGCTCGGAACTT
ATCCAACGGCTGAGATGGCAGCTCGAGCTCACGACGTAGCATCTTTAGCCATTAAAGGTA
CAACGGCTCATCTCAATTTTCCTGAATTATCCGGGGAGCTTCCTCGTCCCGTCACAAATT
CTCCTAAAGACATTCAAGCGGCTGCGACCGCAGCTGCAGTGAATTGGAAAGACTTCGGCG
CAAATAGCCTCCGTGTGAGTAGTTCCGATGTAGCTGAATCAGCTGAAGCCGAGCCGAGTC
GAGTAGTGATGGCTCAGTCGTTGTCAGGTAGTGCGGGGTTTTCTTCGGACATCAACTCTC
AAGATTTGTCGGAAACTTCGTGTGCTTCAACGACGTCGTTTGCGGAAAAAGACAATGAGG
AAGAGAAGTTGTTTGATTTGCCGGATTTGTTTACGGACGAGATGATCATACGAAACGATG
TGTTCTGTTATTACTCGTCCACGTGGCAGCTATGTGGAGCTGATCCTGGGTATCGGCTTG
AAGAGCCGTTTTTCTGTCTCAATGACTAAATCCCACTCCAGATCACTAACACTAATTTGC
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TTGATGAATATTTGTGTTATATAAATGTGGTGATAACATTTC


BQ
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AF RR1B109TF U 1
AF RR1B109JQ C 257
BS 1 834 RR1B109TF
BS 835 1062 RR1B109JQ

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GAGTAGTTCCGATGTAGCTGAATCAGCTGAAGCCGAGCCGAGTCGAGTAGTGATGGCTCA
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TTATATAAATGTGGTGATAACATTTC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1CB80TF U 1
AF RR1CB80JQ C 61
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GGTTAGGGTTTTGGTTATTGTTGTTAGGCATGTGTTTTGCACTCTATTA

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

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CATATACCTATTTTGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CI61JQ C 1
AF RR1CI61TF U 1
BS 1 556 RR1CI61TF

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AAAGAGTTTCTTCCAAAAAGATTATGCATCTCTCTACTATCTCTATTAGTTTAACTTGGA
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CATATACCTATTTTGG

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR1CI61TF 556 0 0
GGACTAAAGATTCTCCGACTTTCTCTCGACTTTACAACCTCCGATTTGCTTCGCCGCCAA
AGTTCTCTGAAGAGATCTTCGTTTCTCCGAAAGGGAACTTGTGTCGAAGACTCTGCTCTA
CCATGTCAGGAAGAAAGGAAACGGTGTTGGATTTGGCTAAGTTCGTTGACAAGGGTGTGC
AAGTTAAGCTCACCGGTGGTAGACAAGTCACTGGAACTCTCAAGGGCTACGATCAGTTGC
TTAACCTTGTTTTGGATGGGGCTGTAGAGTTTGTTCGAGATCATGATGATCCTTTGACGA
CCACTGACCAGACGAGACCCCTCGGTTTAATTGTTTGCCGTGGAACTGCAGTGATGCTTG
TCTCACCAACGGATGGCACTGAAGAAATCGCTAACCCGTTTGTTCAACCAGAAGCTCTCT
AAAGAGTTTCTTCCAAAAAGATTATGCATCTCTCTACTATCTCTATTAGTTTAACTTGGA
GCTTAGAGAGTTTTGTATCTGCTGCGTATTTGCCATAACGTTGGAGACTAATGTTTTCAT
CATATACCTATTTTGG

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL8544Contig1 589 2 2 U
GGAGGTTTGCTCAACTTTGTCAGATTAGAGAAGAAATGGCGGCAGAAGAGGGACAAGTGA
TCGGTTGCCACGCGAATGATGTATGGGCCGTGCAGCTCGATACAGCCAAACGAACCAACA
AGCTGATTGTGATAGATTTCACTGCTTCATGGTGTCCACCATGCCGCATGATTGCTCCAG
TTTTCGCCGATTTGGCCAAGAAGTTCATGTCAAGTGCCATCTTCTTCAAGGTGGACGTCG
ACGAACTGCAGAGTGTAGCGCAAGAGTTTGGTGTGGAGGCAATACCGACCTTTGTGTTCA
TCAAAGACGGAAATGTTGTGGAGAAGCTCGTTGGTGCAAGGAAGGAAGATCTTCATGCCA
CAATAGCCAAGCATACTGGTGTTGCCACTGCTTAATTTCGGTTATGAGACAATAAGTTCC
AGTTAGTTTTATTTTAAGCTTCGCATGGAGATTGTAGATGCAGATGAATAATGTCGAAGT
TAAGTGATCTCTGACTCTTTCGAGTCTGCAACAATATTATACATAACTAAGACCATGCTT
TTTGTTATTTGGTTACTGGCGTTTACTTACCGGATGTGCTTTTCATTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GJ66JQ C 1
AF RR1GJ66TF U 1
BS 1 586 RR1GJ66TF
BS 587 589 RR1GJ66JQ

RD RR1GJ66JQ 589 0 0
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AGCTGATTGTGATAGATTTCACTGCTTCATGGTGTCCACCATGCCGCATGATTGCTCCAG
TTTTCGCCGATTTGGCCAAGAAGTTCATGTCAAGTGCCATCTTCTTCAAGGTGGACGTCG
ACGAACTGCAGAGTGTAGCGCAAGAGTTTGGTGTGGAGGCAATACCGACCTTTGTGTTCA
TCAAAGACGGAAATGTTGTGGAGAAGCTCGTTGGTGCAAGGAAGGAAGATCTTCATGCCA
CAATAGCCAAGCATACTGGTGTTGCCACTGCTTAATTTCGGTTATGAGACAATAAGTTCC
AGTTAGTTTTATTTTAAGCTTCGCATGGAGATTGTAGATGCAGATGAATAATGTCGAAGT
TAAGTGATTTTTGACTCTTTCGAGTCTGCAACAATATTATACATAACTAAGACCATGCTT
TTTGTTATTTGGTTACTGGCGTTTACTTACCGGATGTGCTTTTCATTTT

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1GJ66TF 589 0 0
GGAGGTTTGCTCAACTTTGTCAGATTAGAGAAGAAATGGCGGCAGAAGAGGGACAAGTGA
TCGGTTGCCACGCGAATGATGTATGGGCCGTGCAGCTCGATACAGCCAAACGAACCAACA
AGCTGATTGTGATAGATTTCACTGCTTCATGGTGTCCACCATGCCGCATGATTGCTCCAG
TTTTCGCCGATTTGGCCAAGAAGTTCATGTCAAGTGCCATCTTCTTCAAGGTGGACGTCG
ACGAACTGCAGAGTGTAGCGCAAGAGTTTGGTGTGGAGGCAATACCGACCTTTGTGTTCA
TCAAAGACGGAAATGTTGTGGAGAAGCTCGTTGGTGCAAGGAAGGAAGATCTTCATGCCA
CAATAGCCAAGCATACTGGTGTTGCCACTGCTTAATTTCGGTTATGAGACAATAAGTTCC
AGTTAGTTTTATTTTAAGCTTCGCATGGAGATTGTAGATGCAGATGAATAATGTCGAAGT
TAAGTGATCTCTGACTCTTTCGAGTCTGCAACAATATTATACATAACTAAGACCATGCTT
TTTGTTATTTGGTTACTGGCGTTTACTTACCGGATGTGCTTTTCAT
CTT

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL8545Contig1 707 2 9 U
GTCCTTCCACGCTTTATGCGATTGCATGTGTTCTTGAAGGCATCCCCTTCATCAATGGAA
GCCCTCAGAACACCTTTGTCCCAGGTCTTATTGATTTGGCTATCAAGAACAATGTTTTGA
TCGGTGGTGATGACTTCAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCCGTCTTTGGTTGATTTC
CCTTTGTTGGTGCTGGAATCAAGCCTACTTCAATAGTGAGCTACAATCACCTAGGGAACA
ACGATGGAATGAACCTCTCAGCTCCACAGACATTCAGATCTAAGGAGATCTCCAAAAGTA
ATGTGGTGGATGATATGGTTGCTAGCAACGGTATCCTCTTCGAGCCCGGCGAACACCCTG
ACCATGTTGTTGTCATCAAGTATGTACCGTATGTTCCAGATAGCAAGCGAGCCATGGATG
AGTATACATCAGAGATATTTATGGGAGGAAAGAACACAATTGTGATGCACAACACCTGCG
AGGACTCTCTCCTAGCTGCTCCAATTATCTTGGATCTTGTTCTCCTCGCTGAACTCAGCA
CCAGGATTCAGTTCAAATCCGAGAAAGAGGGGGAAGTTTCATTCTTTCCATCCTGTGGCC
ACTATACTCAGCTACCTCACCAAGGCACCGCTCGTGCCGCCTGGAACACCGGTGGTTAAT
GCGTTGTCTAAGCAGCGGGCGATGCTGGAGAACATTCTTAGGGCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A636TF U 118
AF RR1CA45TF U 1
BS 1 169 RR1CA45TF
BS 170 170 RR1A636TF
BS 171 181 RR1CA45TF
BS 182 183 RR1A636TF
BS 184 395 RR1CA45TF
BS 396 396 RR1A636TF
BS 397 461 RR1CA45TF
BS 462 462 RR1A636TF
BS 463 707 RR1CA45TF

RD RR1A636TF 478 0 0
TGATCGGTGGTGATGACTTCAAGAGTGGTCAAGCCAAGATGAAATCCGTCTTTGGTTGAT
TTTCCTTTGTTGGTGCTGGAATCAAGCCTACTTCAATAGTGAGCTACAATCACCTAGGGA
ACAACGATGGAATGAACCTCTCAGCTCCACAGACATTCAGATCTAAGGAGATCTCCAAAA
GTAATGTGGTGGATGATATGGTTGCTAGCAACGGTATCCTCTTCGAGCCCGGCGAACACC
CTGACCATGTTGTTGTCATCAAGTATGTACCGTATGTTCCAGATAGCAAGCGAGCCATGG
ATGAGTATACATCAGAGATATTTATGGGAGGAAAGAACACAATTGTGATGCACAACACCT
GCGAGGACTCTCTCCTAGCTGCTCCAATTATCTTGGATCTTGTTCTCCTCGCTGAACTCA
GCACCAGGATTCAGTTCAAATCCGAGAAAGAGGGG*AAGTTTCATTCTTTCCATCCTG

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR1CA45TF 707 0 0
GTCCTTCCACGCTTTATGCGATTGCATGTGTTCTTGAAGGCATCCCCTTCATCAATGGAA
GCCCTCAGAACACCTTTGTCCCAGGTCTTATTGATTTGGCTATCAAGAACAATGTTTTGA
TCGGTGGTGATGACTTCAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCCGTCTT*GGTTGATTTC
C**TTGTTGGTGCTGGAATCAAGCCTACTTCAATAGTGAGCTACAATCACCTAGGGAACA
ACGATGGAATGAACCTCTCAGCTCCACAGACATTCAGATCTAAGGAGATCTCCAAAAGTA
ATGTGGTGGATGATATGGTTGCTAGCAACGGTATCCTCTTCGAGCCCGGCGAACACCCTG
ACCATGTTGTTGTCATCAAGTATGTACCGTATGTTGCAGATAGCAAGCGAGCCATGGATG
AGTATACATCAGAGATATTTATGGGAGGAAAGAACACAATTTTGATGCACAACACCTGCG
AGGACTCTCTCCTAGCTGCTCCAATTATCTTGGATCTTGTTCTCCTCGCTGAACTCAGCA
CCAGGATTCAGTTCAAATCCGAGAAAGAGGGGGAAGTTTCATTCTTTCCATCCTGTGGCC
ACTATACTCAGCTACCTCACCAAGGCACCGCTCGTGCCGCCTGGAACACCGGTGGTTAAT
GCGTTGTCTAAGCAGCGGGCGATGCTGGAGAACATTCTTAGGGCTGC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL8546Contig1 914 2 2 U
GGTTGTGGTCTGAGCTGGAGATGCTAAGGCCAAGCACCAATGACCCTGACACACTTGGAG
CTAGGCGTGAGCAAGATAAGACATTTGGACTACTTCTCACACTCAGTCCAAGCTTCAGTG
ATGTGGTGAAACATATATTGAGAGACAAAGAACTTTCATGCTATGATGAAGTGTGTGCTC
GACTTCAAAAGGAGGTAGGCTCAGATGGTCTCTTTGGAGGTGGAAAAGGAGGACTGACTA
TGGCACACAAGGCTGAGAAGATGGAAAGTGCATTAGCTAACAAAGCTTACTTCAAGACAA
GGGGAGGAGGAGACAAAACAGTGACTTGCGAGCATTGCAAGAAGCAAGGACACTCCAAAA
CCAACTGCTGGATCCTCCACCCTCATCTCAGGCCAGCCTCAGCCAACAGGTACAATCAAG
GCCGAGCTCATGAAGCTAGAGCTCAAGAAGGTTCTCAGCCAAACTATCATACTATGTGCA
TGGGAGAAGATGGGAGAGCCATGGCAGCAACTACTCGTGTGGTTGGATCAGGGTCTCGAG
CCACTTCTCAGTCATCCAATGAGGATACTTTCATTCGCAAGTCTGACCTTGAAGCTCTGA
TAAAGGCCCTTAATGCCAACTCTGGATATTGAAACCAGTAAGATGCTGGGAAAAGGTGTA
AGCAATGGAGAGCTCTATGTGCTTAAAGACACCAAGCTTAGATCGGATTTACCTTATGCT
TTGAAATCTACTTCTGTTTTAGCAAGTGATGAGTTATGGTATGCTAGATTAGGCCACCCT
CATCCTAGAGCACTAGGATTGATGTTACCTAATCTATCTTTTAAGAATGGAAGTTGCGAG
GCTTGTATTCTTGGTAAACATTGCAAATCTGTTTTTCCTAAATCTAGTACTATCTATGAG
AATTGCTTTGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1ES47TF U 1
AF RR1ES47JQ C 111
BS 1 693 RR1ES47TF
BS 694 914 RR1ES47JQ

RD RR1ES47TF 693 0 0
GGTTGTGGTCTGAGCTGGAGATGCTAAGGCCAAGCACCAATGACCCTGACACACTTGGAG
CTAGGCGTGAGCAAGATAAGACATTTGGACTACTTCTCACACTCAGTCCAAGCTTCAGTG
ATGTGGTGAAACATATATTGAGAGACAAAGAACTTTCATGCTATGATGAAGTGTGTGCTC
GACTTCAAAAGGAGGTAGGCTCAGATGGTCTCTTTGGAGGTGGAAAAGGAGGACTGACTA
TGGCACACAAGGCTGAGAAGATGGAAAGTGCATTAGCTAACAAAGCTTACTTCAAGACAA
GGGGAGGAGGAGACAAAACAGTGACTTGCGAGCATTGCAAGAAGCAAGGACACTCCAAAA
CCAACTGCTGGATCCTCCACCCTCATCTCAGGCCAGCCTCAGCCAACAGGTACAATCAAG
GCCGAGCTCATGAAGCTAGAGCTCAAGAAGGTTCTCAGCCAAACTATCATACTATGTGCA
TGGGAGAAGATGGGAGAGCCATGGCAGCAACTACTCGTGTGGTTGGATCAGGGTCTCGAG
CCACTTCTCAGTCATCCAATGAGGATACTTTCATTCGCAAGTCTGACCTTGAAGCTCTGA
TAAAGGCCCTTAATGCCAACTCTGGATATTGAAACCAGTAAGATGCTGGGAAAAGGTGTA
AGCAATGGAGAGCTCTATGTGCTTAAAGACACC

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DS 

RD RR1ES47JQ 804 0 0
AGCTTCAGTGATGTGGTGAAACATATATTGAGAGACAAAGAACTTTCATGCTATGATGAA
GTGTGTGCTCGACTTCAAAAGGAGGTAGGCTCAGATGGTCTCTTTGGAGGTGGAAAAGGA
GGACTGACTATGGCACACAAGGCTGAGAAGATGGAAAGTGCATTAGCTAACAAAGCTTAC
TTCAAGACAAGGGGAGGAGGAGACAAAACAGTGACTTGCGAGCATTGCAAGAAGCAAGGA
CACTCCAAAACCAACTGCTGGATCCTCCACCCTCATCTCAGGCCAGCCTCAGCCAACAGG
TACAATCAAGGCCGAGCTCATGAAGCTAGAGCTCAAGAAGGTTTTCAGCCAAACTATCAT
ACTATGTGCATGGGAGAAGATGGGAGAGCCATGGCAGCAACTACTCGTGTGGTTGGATCA
GGGTCTCGAGCCACTTCTCAGTCATCCAATGAGGATACTTTCATTCGCAAGTCTGACCTT
GAAGCTCTGATAAAGGCCCTTAATGCCAACTCTGGATATTGAAACCAGTAAGATGCTGGG
AAAAGGTGTAAGCAATGGAGAGCTCTATGTGCTTAAAGACACCAAGCTTAGATCGGATTT
ACCTTATGCTTTGAAATCTACTTCTGTTTTAGCAAGTGATGAGTTATGGTATGCTAGATT
AGGCCACCCTCATCCTAGAGCACTAGGATTGATGTTACCTAATCTATCTTTTAAGAATGG
AAGTTGCGAGGCTTGTATTCTTGGTAAACATTGCAAATCTGTTTTTCCTAAATCTAGTAC
TATCTATGAGAATTGCTTTGATTC

QA 1 804 1 804
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8548Contig1 1110 2 2 U
GGAAGGACAACCAAGCAATACATATTAGTAAGTTAGCACAAAAAATGTTTTTAAGGACTT
AATTTTCTTTTTTCTATTTTTTCTCGAAAAACATAACGGAGTTTTTTTCCGGTAACCGGA
TGGCGCGTCTGAGCGCATACCAGCACCGAAAGCACCCCTCTCCTCCCTTTAGCTCTTCTG
TTTCTGACGCCAGGGGTTCGCTAGTTTAGGCCTCTTTTGCGAGGAGGTCTGACGCCGTGT
CGTGCTCTACTTTCTTTGGAGTCTAAGCGCGGAGGTGGAGATGATATGGTTGTTAGGAGT
CAGCCTTTCTGGGTATTCAAGGTGATGTTTTCCTTTGTGTATTTTTGAAGGTTAGGTAGC
GCACGGAGACAGAGTGTCAGCCCATGTAACAGCTGGGAACGGTCAGCTTTGCAGATCTGT
CTCATTGTTGTAGCGGTGTGGTGACGGTGGTTTGGTTCAGTGTTTTGCCTCGGGTATTGG
TGGAAAATTTCCTCTATGTCCTTACTAGAGATCTATATGGAGGTTCCTTTAACTCGTAGG
CTTGCTTAGCCAATGACACCAACTTGTGTCGGTTCTTCCAGTGGTGGCTGGTGGAAAATC
TGCGGTGTTGTGCTGCGTCGTCGTCGCCTATGGCCACAGCGTTGCAAGGCGTGTGATCTC
ATGCTCCTCTGTTATCTCCTCTTACCGCATTTGGTTCTCCGTCTTCCTGTTGTCAGAGGT
GACTATTGGTGGTGGTTGTGATGGATCTCGAGACAGTGGTCCCTTCCTTCATTGATAGAA
AAAATTGGGAAGCAAGCACATCCCAATGACGGGTGACATTATTTGATGTATGTGGTAGTG
TTGTTTTTCTCTTTCCATTTTGCAGGTCATCGAGCTCCTTTTGGTTTCAATTGCAATTGG
TTTCTCGGGTCTGCTTTTCTGCTGGCTGTTATTGTTGGATGTGTTTTATGTTCCTTCGGT
TAATACGGATGTTGACGTTTGAGGTGAGACTGTACTGCGGGTCTTGCCGCTATCCTTGGG
TTTTTGTCCTCTTCCTTTTCTCATCTCTTTTTTTTTCTAGAGTTGAAACAATGGTGACGA
TTATAAGTTTTAAAGATTTCATTGGAAGCT


BQ
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AF RR1AP45TF U 1
AF RR1AP45JQ C 185
BS 1 763 RR1AP45TF
BS 764 1110 RR1AP45JQ

RD RR1AP45TF 763 0 0
GGAAGGACAACCAAGCAATACATATTAGTAAGTTAGCACAAAAAATGTTTTTAAGGACTT
AATTTTCTTTTTTCTATTTTTTCTCGAAAAACATAACGGAGTTTTTTTCCGGTAACCGGA
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TTTCTGACGCCAGGGGTTCGCTAGTTTAGGCCTCTTTTGCGAGGAGGTCTGACGCCGTGT
CGTGCTCTACTTTCTTTGGAGTCTAAGCGCGGAGGTGGAGATGATATGGTTGTTAGGAGT
CAGCCTTTCTGGGTATTCAAGGTGATGTTTTCCTTTGTGTATTTTTGAAGGTTAGGTAGC
GCACGGAGACAGAGTGTCAGCCCATGTAACAGCTGGGAACGGTCAGCTTTGCAGATCTGT
CTCATTGTTGTAGCGGTGTGGTGACGGTGGTTTGGTTCAGTGTTTTGCCTCGGGTATTGG
TGGAAAATTTCCTCTATGTCCTTACTAGAGATCTATATGGAGGTTCCTTTAACTCGTAGG
CTTGCTTAGCCAATGACACCAACTTGTGTCGGTTCTTCCAGTGGTGGCTGGTGGAAAATC
TGCGGTGTTGTGCTGCGTCGTCGTCGCCTATGGCCACAGCGTTGCAAGGCGTGTGATCTC
ATGCTCCTCTGTTATCTCCTCTTACCGCATTTGGTTCTCCGTCTTCCTGTTGTCAGAGGT
GACTATTGGTGGTGGTTGTGATGGATCTCGAGACAGTGGTCCC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1AP45JQ 926 0 0
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CTCTACTTTCTTTGGAGTCTAAGCGCGGAGGTGGAGATGATATGGTTGTTAGGAGTCAGC
CTTTCTGGGTATTCAAGGTGATGTTTTCCTTTGTGTATTTTTGAAGGTTAGGTAGCGCAC
GGAGACAGAGTGTCAGCCCATGTAACAGCTGGGAACGGTCAGCTTTGCAGATCTGTCTCA
TTGTTGTAGCGGTGTGGTGACGGTGGTTTGGTTCAGTGTTTTGCCTCGGGTATTGGTGGA
AAATTTCCTCTATGTCCTTACTAGAGATCTATATGGAGGTTCCTTTAACTCGTAGGCTTG
CTTAGCCAATGACACCAACTTGTGTCGGTTCTTCCAGTGGTGGCTGGTGGAAAATCTGCG
GTGTTGTGCTGCGTCGTCGTCGCCTATGGCCACAGCGTTGCAAGGCGTGTGATCTCATGC
TCCTCTGTTATCTCCTCTTACCGCATTTGGTTCTCCGTCTTCCTGTTGTCAGAGGTGACT
ATTGGTGGTGGTTGTGATGGATCTCGAGACAGTGGTCCCTTCCTTCATTGATAGAAAAAA
TTGGGAAGCAAGCACATCCCAATGACGGGTGACATTATTTGATGTATGTGGTAGTGTTGT
TTTTCTCTTTCCATTTTGCAGGTCATCGAGCTCCTTTTGGTTTCAATTGCAATTGGTTTC
TCGGGTCTGCTTTTCTGCTGGCTGTTATTGTTGGATGTGTTTTATGTTCCTTCGGTTAAT
ACGGATGTTGACGTTTGAGGTGAGACTGTACTGCGGGTCTTGCCGCTATCCTTGGGTTTT
TGTCCTCTTCCTTTTCTCATCTCTTTTTTTTTCTAGAGTTGAAACAATGGTGACGATTAT
AAGTTTTAAAGATTTCATTGGAAGCT

QA 1 926 1 926
DS 



AS 1 2

CO CL8549Contig1 924 2 2 U
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GGTAAAGGAAGAGGCGCAGTTTCTTTGCGTGGCAATGGGAAACGAGAACAAGACCCTTGA
CGATTTCTTAAAAGCTCACGACGATTGCGTGAAGGATGTCATGTACTTCCCCACTCGAAA
TGCATACGGGCCCTCAAGTGTTGCTGTGAAGGCAGAGAAAGTTGCGGCTTTGCAAGTGGA
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TAAATATAAAACATATACTAAGGGTCATGAGAAACGGGCAGAAACCGTGTGGAGCCAAAT
AGAGGCGAGTCTGAAGCAGATTGAGATTGGTGGAACAGAAGTAGAGTGCTTTAAAGCATT
GAAGAGGCAAGAAGAGATGGCTGCATCTTTCAGAAAGAAGAATCTGGAGGAAGAAATGGT
AAAGCAAAAGGAGACAGAGCGGAAACTGCAAGCGCGCTATGGGGAACTGTTGTCAACGCT
TGAAAAAGCAGAAGAGATAATGGTCGGGCTCAGAGCACAAGCATTGAAACAAGCGGACGT
TGAAAATTCTTCTCACAATCTGAAAGAAGCCAAGCTAGCCACTGGAGAGTAAGAGGACGT
ATCCACGGAAGCTTCTGTCTAAACATCTGTCAGAACTTGAGTTTTGTATTTTTTCCAAGT
TGGAGACGCAGCTCGACTTTGTATTGGTCAGTTTTATATGAGTCATGACTTTGTAAAGGT
TGTGATACTACTCTGTCGTGTGCTTTGGCTTTGCAATGGTCAAGAAATTTGATTGAATAC
TATAGATTGTAAAGGTTGTGATACTACTCTGTTGTATGCTCTCTCTAGAGATCATAAGGA
AAAAGCTTGAATATCATTTAAACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G931TF U 1
AF RR1G931JQ C 134
BS 1 712 RR1G931TF
BS 713 924 RR1G931JQ

RD RR1G931TF 712 0 0
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TGAAAATTCTTCTCACAATCTGAAAGAAGCCAAGCTAGCCACTGGAGAGTAAGAGGACGT
ATCCACGGAAGCTTCTGTCTAAACATCTGTCAGAACTTGAGTTTTGTATTTT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1G931JQ 791 0 0
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AAAAAAAAGATGGAGGAAGATGAGAAGAAGGCAGAACACATGAAGGCTAAATATAAAACA
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AAGCAGATTGAGATTGGTGGAACAGAAGTAGAGTGCTTTAAAGCATTGAAGAGGCAAGAA
GAGATGGCTGCATCTTTCAGAAAGAAGAATCTGGAGGAAGAAATGGTAAAGCAAAAGGAG
ACAGAGCGGAAACTGCAAGCGCGCTATGGGGAACTGTTGTCAACGCTTGAAAAAGCAGAA
GAGATAATGGTCGGGCTCAGAGCACAAGCATTGAAACAAGCGGACGTTGAAAATTCTTCT
CACAATCTGAAAGAAGCCAAGCTAGCCACTGGAGAGTAAGAGGACGTATCCACGGAAGCT
TCTGTCTAAACATCTGTCAGAACTTGAGTTTTGTATTTTTTCCAAGTTGGAGACGCAGCT
CGACTTTGTATTGGTCAGTTTTATATGAGTCATGACTTTGTAAAGGTTGTGATACTACTC
TGTCGTGTGCTTTGGCTTTGCAATGGTCAAGAAATTTGATTGAATACTATAGATTGTAAA
GGTTGTGATACTACTCTGTTGTATGCTCTCTCTAGAGATCATAAGGAAAAAGCTTGAATA
TCATTTAAACC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL8550Contig1 891 2 10 U
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AAGATGCTTTGGTTTCAAGGAGGAACTCAGATGAGCAGCTGGAGAGTGAAGGCAGCAGTG
TTGCGAAGCATCTGGAATCTGCCAACACAATGTTCTCATTTATTTGGTGGATCATTGGGT
TCTACTGGGTATCTGCTGGTGGTCAAGAGTTGGCGCAAGAATCCCCACGGATTTACTGGT
TATCTATCGTCTTTCTTGGTTTCGATGTGTTCTTTGTTGTCTTCTGTTTTGCGTTGGCCT
GCGTTATTGGTATTGCTGTCTGCTGTTGCCTTCCATGCATCATTGCAGTTTTGTACGCTG
TTGCAGATCAGGAAGGGGCGTCAAAAGAAGACATTGAGCAGCTCACCAAATTCAAGTTTC
GAAAAGTTGGTGGTGTCAACAAACACGCCGGCGATGAAGCCCAAGCAAACACCGAAGGGA
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TCTGCAAATACAACATCCTTAAGAGCAGCAACTTGGACCGTGAGGAAGTCTAGAAGAAAC
AGATTTGCATATTCATGACCCCACACAAACATCTGATCAGGAAACTTGGGGGGTCCAGAG
GTCTGTACATGTATATATCTATGCTCTTTCACTTGCAACCACTCTTTTGTATCACCTCTC
TGTATCATGGATCTTTCATCATTTGGAGATTGGTCATTGAAGCTTTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AM21TF U 1
AF RR1AM21JQ C 49
BS 1 817 RR1AM21TF
BS 818 818 RR1AM21JQ
BS 819 827 RR1AM21TF
BS 828 828 RR1AM21JQ
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BS 856 856 RR1AM21JQ
BS 857 867 RR1AM21TF
BS 868 891 RR1AM21JQ

RD RR1AM21TF 867 0 0
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AAGATGCTTTGGTTTCAAGGAGGAACTCAGATGAGCAGCTGGAGAGTGAAGGCAGCAGTG
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TCTACTGGGTATCTGCTGGTGGTCAAGAGTTGGCGCAAGAATCCCCACGGATTTACTGGT
TATCTATCGTCTTTCTTGGTTTCGATGTGTTCTTTGTTGTCTTCTGTTTTGCGTTGGCCT
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TTGCAGATCAGGAAGGGGCGTCAAAAGAAGACATTGAGCAGCTCACCAAATTCAAGTTTC
GAAAAGTTGGTGGTGTCAACAAACACGCCGGCGATGAAGCCCAAGCAAACACCGAAGGGA
TAATGACAGAGTGCGGTACAGATTCACCCCTTGAACATACCATTCTTCAGGAGGATGCAG
GGTGTTGCATCTGTCTCTCTGCATATGAAGACGGAACCGAACTAAGGGAACTTCCTTGTG
GCCATCATTTCCACTGCTCATGCGTAGACAAATGGCTATACATAAACGCAACTTGCCCAC
TCTGCAAATACAACATCCTTAAGAGCAGCAACTTGGACCGTGAGGAAGTCTAGAAGAAAC
AGATTTGCATATTCATGACCCCACACAAACATCTGATCAGGAAACTTGGGGGGTCCAGAG
GTCTGTACATGTATATATCTATGCTCTTTCACTTGCA*CCACTCTTT*GTATCAC*TCTC
TGTATCATGGATCTT*CATCATTTGGA

QA 1 867 1 867
DS 

RD RR1AM21JQ 843 0 0
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GGATCATTGGGTTCTACTGGGTATCTGCTGGTGGTCAAGAGTTGGCGCAAGAATCCCCAC
GGATTTACTGGTTATCTATCGTCTTTCTTGGTTTCGATGTGTTCTTTGTTGTCTTCTGTT
TTGCGTTGGCCTGCGTTATTGGTATTGCTGTCTGCTGTTGCCTTCCATGCATCATTGCAG
TTTTGTACGCTGTTGCAGATCAGGAAGGGGCGTCAAAAGAAGACATTGAGCAGCTCACCA
AATTCAAGTTTCGAAAAGTTGGTGGTGTCAACAAACACGCCGGCGATGAAGCCCAAGCAA
ACACCGAAGGGATAATGACAGAGTGCGGTACAGATTCACCCCTTGAACATACCATTCTTC
AGGAGGATGCAGGGTGTTGCATCTGTCTCTCTGCATATGAAGACGGAACCGAACTAAGGG
AACTTCCTTGTGGCCATCATTTCCACTGCTCATGCGTAGACAAATGGCTATACATAAACG
CAACTTGCCCACTCTGCAAATACAACATCCTTAAGAGCAGCAACTTGGACCGTGAGGAAG
TCTAGAAGAAACAGATTTGCATATTCATGACCCCACACAAACATCTGATCAGGAAACTTG
GGGGGTCCAGAGGTCTGTACATGTATATATCTATGCTCTTTCACTTGCAACCACTCTTTT
GTATCACCTCTCTGTATCATGGATCTTTCATCATTTGGAGATTGGTCATTGAAGCTTTTG
ATC

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 2

CO CL8551Contig1 730 2 2 U
GGAAACCCTTTGCCGTCTTCTCTCTAAAACCCTAATTCTCACTCACTTTTTAAGGGTTCC
TTCTCATCATCATCTAAAGCCCCTCCAGATCTGAAAATGATCAGCACAGTACTCCGCCGA
TCTGTCCTTGCTGCGTCAAGGCGGACTCAGACTCTCTCCGCCTCTCTCACCTCCATCAAC
GCCGCCCTATTCCACCACCTTGCTCCAGCGTCCGATCTAGCCGCAAATGTCGCCCCTCTC
CCCCAGACTTCGAACCCGTTTGGTGGTGTCAAAGCGAGAGACTTTCATTTCCAATCCGTA
CCGTCCGAGTTCAGAGCGTCCGTGGCTTCTTCCGCTGGATTCGCCGCTCAAGATTACGCC
GAGAGCAGCGACGGAGGAGACTCAGAGACTGCTGGTAGCGGCGGTGATGGGTTAGCGATA
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CTCTTCCCTATTCAGAAAGCTGTGCCTGAGCCAGCGATGCAAGGTCGGGACATGATCGGT
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ATCAAATTCAACGCCAAACACGGGCGTGGGAAGAACCCTCTTTGTTTGGTTCTAGCTCCA
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TATCTGTCTC


BQ
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QA 1 639 1 639
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BQ
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TTGGCCAAATATGCCGAAATCATCACTGTTGCTCACCACCAATCTGTCCGAATCGCGTTA
TCAGTTTAATCTTCACTGCAGCGACTTTGCTTCGTGTCAAGAACGAAGCTCCTCCTCCAA
CGAGAAACAATAGCGTCTTTTGCATCAAAACAGAGGAGAGAGAAAAATTCAAAAAGTTGA
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TACAAAGAACTCATGGCCAGGTCCTTTGGGTTCTTCGTTAGTGGATGATGCACTTCTAGC
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AGCTTTTGTGAATTAGTGTACATATGGACAGTCAAATTATGTGTACATGTGGACGGTCAA
AATATGTGTACATGTTGACGTTATTAAAATAGAAAACTACTCTTGTC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

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TCTATTAAATCCCATCCCGATTTTGATTACTCCATCCGCAAGCAAAAGCTCAGAGAAAGT
TGCTTCAGAAGAGTTAGAGAAGAAAGGACACGTCTGCTGTGGAAATTGAGACACTCTGAT
TGTCAATCTTTACATCAGAAGGAGATTATCAATTCTGCTTTCCAGGACATTGTTTCTGAT
GAATTAAAAAAGATTGAGGATTCCCATGATATATTATGGGAATATGAAGGCCCAGGAGAT
GCTTATGAAGGTGATAGTGAAGAGATATTGCTAGGACTGCAACATATGTTTTACAATGAT
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GAAGATGAGTACTTGGCCACCTTAGTTTCTCAGAATATGCGTTTAAACGGTGAACAGGGG
CCAAACCAGATATGGTGTCCGATCTGCAAGCAAGGCGAGGTTATGGAGAATCACCGATTT
ATCTATTGCAGCATGTGTGAAATGCAGCTGATCAAAGGCGAAGAGGTTAATCTGAACATT
CTGCAAGAACGGTTAGCGGAAGTGCACGGTGAACATTTTGAGAGATGATGCAGATTGAAA
CCAAAGTTCAGTGTTCAGAGTCTCTATAATTTGATGGCGTTGTACATCGCATGTGAAGCT
TGTAGTACCTTTGAGGTCGTTGTATAAGCTCTAACGTAAATGACCCGCATAATTTTTGGT
GTATATTAGCTCTTGAGATCATCAGGCTTGGTGAAATCATGCATACGTTGCTAACAGTAT
TCTGATTTCTCAATATAGCTACATTATTCGTAGATGCCATCTTTATAATTCTTGTTCATG
CG


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10 10 

AF RR1EY71TF U 1
AF RR1EY71JQ C 191
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QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FY23TF U 1
AF RR1FY23JQ C 108
BS 1 695 RR1FY23TF
BS 696 745 RR1FY23JQ

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AAGAAATCAGAGTGCTTCCTCTCTGTCGCCATTCATTCCACGTCGCGTGTATTGACAAAT
GGCTTGTCTCTAGGTCTTCGTGTCCTTCTTGTCGCCGGATTCTTACGCCGGTGAGATGTG
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AGTTTTTTTTTCTTCCTGTCATTTTAGATGTAATT

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DS 

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CTAGAGATCTTAAGGTTTTTTTT*CTTCCTGTCATTTTAGATGTAATTCCACTGTGTTTA
AATCAAATAGATGGAATTCAAAGTTGGAGATGTTTAAA

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

CO CL8555Contig1 579 2 1 U
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TGAATCTCTAACCTTCTTTAAGGTTAGGCTTTGTACAGC


BQ
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AF RR1DT45JQ C 1
AF RR1DT45TF U 1
BS 1 579 RR1DT45TF

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TGAATCTCTAACCTTCTTTAAGGTTAGGCTTTGTACAGC

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR1DT45TF 579 0 0
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TTTGCTCTGTTATTTGTGCTCACATGTGTGTCTCTGCGTGTATATATATGTTCTTATGGA
TGAATCTCTAACCTTCTTTAAGGTTAGGCTTTGTACAGC

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 2

CO CL8556Contig1 594 2 1 U
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ATCATCATCTACTCCTCCTCCAAGAAGAAGTCTCTGTCTGATCCTCCTTGTCTTAACGCT
CCTTTCATCGATCGCCATGGCCGAATCCACCGGAGAAGCATCGTCGGAAGCGAAGGTTCA
CATCGTCTACACAGAGAAACCCACCGATGAGGAACCTAAAGAGTATCATCTCCGTACCCT
TTCCTCCGCTCTCGGCAGCGAGGAAGCTGCGAAGGATGCTTTGATTTACAGTTACAAGGA
AGCTGCTTCTGGTTTCTCTGCTAAGCTCACACCTGCGCAAGTCGAAGAGATATCCAAGCA
ACCAGGTGTGATTCAAGTTGTGCCGAGCCAGACTTACCAGTTGCACAAACCTGTTGGTGC
TGGTGGTTTCAAGCTGACCTAAGTTTGACTTTGTGTAGCGTCTTGTTGTTGTAAATGTCG
TGGCTTTGAGAACTGGTATCTAACTAAAATAATTGCCATGAGTTTGCTTTGGATTCGACT
TGTTCTGTGTTGTTGAGAGAATTGGGTTTTATAAATATATTATGATTTTAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H023TF U 1
AF RR1H023JQ C 265
BS 1 594 RR1H023TF

RD RR1H023TF 594 0 0
GGACCTTTGAACTTTCCCAATCGAAATAAAATCTCAAAATTCGATCAAAGAAATGCAAAC
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CCTTTCATCGATCGCCATGGCCGAATCCACCGGAGAAGCATCGTCGGAAGCGAAGGTTCA
CATCGTCTACACAGAGAAACCCACCGATGAGGAACCTAAAGAGTATCATCTCCGTACCCT
TTCCTCCGCTCTCGGCAGCGAGGAAGCTGCGAAGGATGCTTTGATTTACAGTTACAAGGA
AGCTGCTTCTGGTTTCTCTGCTAAGCTCACACCTGCGCAAGTCGAAGAGATATCCAAGCA
ACCAGGTGTGATTCAAGTTGTGCCGAGCCAGACTTACCAGTTGCACAAACCTGTTGGTGC
TGGTGGTTTCAAGCTGACCTAAGTTTGACTTTGTGTAGCGTCTTGTTGTTGTAAATGTCG
TGGCTTTGAGAACTGGTATCTAACTAAAATAATTGCCATGAGTTTGCTTTGGATTCGACT
TGTTCTGTGTTGTTGAGAGAATTGGGTTTTATAAATATATTATGATTTTAAGAT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1H023JQ 330 0 0
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GCTCACACCTGCGCAAGTCGAAGAGATATCCAAGCAACCAGGTGTGATTCAAGTTGTGCC
GAGCCAGACTTACCAGTTGCACAAACCTGTTGGTGCTGGTGGTTTCAAGCTGACCTAAGT
TTGACTTTGTGTAGCGTCTTGTTGTTGTAAATGTCGTGGCTTTGAGAACTGGTATCTAAC
TAAAATAATTGCCATGAGTTTGCTTTGGATTCGACTTGTTCTGTGTTGTTGAGAGAATTG
GGTTTTATAAATATATTATGATTTTAAGAT

QA 1 330 1 330
DS 



AS 1 2

CO CL8557Contig1 727 2 3 U
TCCATAACTATAATTCTATAACCTTAATTTGTAAAGAGAGTTTAAACATTACAAAGGAAA
TAAACATAAAAATGAAAACGTAATAATTAAATAGTCCTTAATTTTATTACAATAGCGAGA
GGCATATAATGCTTTTATTACAAGGAATCTTACATTAAAAAAAAAACAACCCATCCCTTT
TATTACAATAAACATGCAATATATATGAACACATATATGCATATTTTATTGTTCTATTGT
ATCATAAAACTTATTGATTTTACTAAAACCATCTTTGTTTACTAGGACTATCTTAAGGAA
CCACCAATAAAAAAATAACAAATACACTTTCCAAAAGGGTTATATCCAATAAAAATGATG
AAAAAACTCTTTATTTATTCAATCCAAAAAGTCACTACCTTTTAAAAATCTATAACTTCA
CCAACCAATGCATGTGAATGTTGGGTCAGTACGTCCATTCATGTGGCAAAACTGCCGGTT
CTTGGTGGCTCTCGGTCGACGTCTCCGCCATGTGCGGAGGCCCACTCTGTGCCCGAGTTG
ATGAACTACTTTTGTAACTGCTGTTGTTTTTGTTCTTCACGGACACCAATAAAGCATCAT
GAAAGGGAGGGATATCAGAAGATATTGTAGAAGGAACACCCAATTTGTCAAAGTGAACTT
TCAAGGCTTCAACTACTCTTGCTGGTATTATTACTGTTGAACATCCTGATTTCTTGCGTG
ATTCCAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E290JQ U 2
AF RR1E290TF C 1
BS 1 1 RR1E290TF
BS 2 496 RR1E290JQ
BS 497 727 RR1E290TF

RD RR1E290JQ 495 0 0
CCATAACTATAATTCTATAACCTTAATTTGTAAAGAGAGTTTAAACATTACAAAGGAAAT
AAACATAAAAATGAAAACGTAATAATTAAATAGTCCTTAATTTTATTACAATAGCGAGAG
GCATATAATGCTTTTATTACAAGGAATCTTACATTAAAAAAAAAACAACCCATCCCTTTT
ATTACAATAAACATGCAATATATATGAACACATATATGCATATTTTATTGTTCTATTGTA
TCATAAAACTTATTGATTTTACTAAAACCATCTTTGTTTACTAGGACTATCTTAAGGAAC
CACCAATAAAAAAATAACAAATACACTTTCCAAAAGGGTTATATCCAATAAAAATGATGA
AAAAACTCTTTATTTATTCAATCCAAAAAGTCACTACCTTTTAAAAATCTATAACTTCAC
CAACCAATGCATGTGAATGTTGGGTCAGTACGTCCATTCATGTGGCAAAACTGCCGGTTC
TTGGTGGCTCTCGGT

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR1E290TF 727 0 0
TCCATAACTATAATTCTATAACCTTAATTTGTAAAGAGAGTTTAAACATTACAAAGGAGA
TAAACATAAGAATGAAGACGTAATAATTAAATAGTCCTTAATTTTATTACAATAGCGAGA
GGCATATAATGCTTTTATTACAAGGAATCTTACATTAAAAAAAAAACAACCCATCCCTTT
TATTACAATAGACATGCAATATATATGAACACATATATGCATATTTTATTGTTCTATTGT
ATCATAAGACTTATTGATTTTACTAGAACCATCTTTGTTTACTAGGACTATCTTAAGGAA
CCACCAATAAAAAAATAACAAATACACTTTCCAAAAGGGTTATATCCAATAAAAATGATG
AAGAAACTCTTTATTTATTCAATCCAAAAAGTCACTACCTTTTAAAAATCTATAACTTCA
CCAACCAATGCATGTGAATGTTGGGTCAGTACGTCCATTCATGTGGCAAAACTGCCGGTT
CTTGGTGGCTCTCGGTCGACGTCTCCGCCATGTGCGGAGGCCCACTCTGTGCCCGAGTTG
ATGAACTACTTTTGTAACTGCTGTTGTTTTTGTTCTTCACGGACACCAATAAAGCATCAT
GAAAGGGAGGGATATCAGAAGATATTGTAGAAGGAACACCCAATTTGTCAAAGTGAACTT
TCAAGGCTTCAACTACTCTTGCTGGTATTATTACTGTTGAACATCCTGATTTCTTGCGTG
ATTCCAC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL8558Contig1 843 2 2 U
GACCTCTCAAGTCCCCGGCCCGCGGCGTCCACCAATTCCCTCCGCCTCCTCAAACAGCAA
CGACGGCGGCTATCAAGGCAAGACGATGGCCGGAATGGCAGTCGCCGGATTCGCACTCGT
CGCCTTGATCGCCGTCGTGTTCTTCGTCAGAAGAAAGAAAAAGAAAAACGTGGATGTGTA
CAGTGACTCTCAGTACTTGCCTCCTCCTAACTTCTCCATCAAGTCAGATGGGTTTTTATA
CGGACAGAATACGACAAAAGGAGGATACTCTGGTGGTTACAATACACAACAACAACAATC
CAATACCGGAAACAGCTTTGGGAGCCAAACAGGTTACGCACGGTCAGGGAGTACACCTGA
CTCAGCTGTGATGGGAAGCAGTCAGACGCATTTCGCCTACGAAGAGCTGATGGAGATAAC
GCAAGGATTCGCTAAGCAAAACATACTCGGAGAAGGCGGGTTCGGGTGTGTCTACAAAGG
TAAACTACACGACGGGAAGCTAGTTGCTGTGAAGCAGCTTAAGGTTGGTAGTGGACAAGG
TGACCGTGAGTTTAAAGCAGAGGTTGAGATTATTAGCCGTGTTCATCATCGTCATTTGGT
GTCTTTGGTTGGTTACTGTATCTCGGATGACCAGAGGTTGCTTATCTATGAGTATGTTCC
AAACCAAACCTTGGAGCAACATTTGCATGGGAAGGGAAGGCCAGTCCTAGAATGGGCTAG
GAGAGTCCGGATCGCTATAGGTTCTGCCAAAGGCTTGGCGTATTTACATGAAGACTGTCA
CCCAAAAATCATCCACAGAGACATTAAGTCAGCAAACATCCTGCTGGACGATGAGTTTGA
AGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1CW17TF U 1
AF RR1CN31TF U 246
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RD RR1CW17TF 513 0 0
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TAAACTACACGACGGGAAGCTAGTTGCTGTGAA

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR1CN31TF 598 0 0
G
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CCGGATCGCTATAGGTTCTGCCAAAGGCTTGGCGTATTTACATGAAGACTGTCACCCAAA
AATCATCCACAGAGACATTAAGTCAGCAAACATCCTGCTGGACGATGAGTTTGAAGC

QA 2 598 2 598
DS 



AS 1 2

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GGAGATGTAATTATTACTTGATGTCGTGTAATGCCTAAAACGATCGCTAATGGAATCATT
TTTAGGTTCTGCC


BQ
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AF RR1D685JQ C 1
AF RR1D685TF U 1
BS 1 613 RR1D685TF

RD RR1D685JQ 613 0 0
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TGGAAAGCTACGGGAAAAGATGTAACGACGTTGGCTCATAACTATTTCACGTGTAAGAAG
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TTTAGGTTCTGCC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR1D685TF 613 0 0
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TGGAAAGCTACGGGAAAAGATGTAACGACGTTGGCTCATAACTATTTCACGTGTAAGAAG
AAGTTAATGTCGATCATGGGGTATCACTGGACTTGTTTGGATGATATTGATGATAAGAGG
TTGTTAAAGGAAGTGGAGAGTGTGATTGGAGTTGGGAAGAATCTAAGCAGTGATTCGTAT
GATGTGTTTAATGGTTTGAATACTATTTTTAAGACTTTTGGTATTAAGGTGAAGCTGAAC
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GGAGATGTAATTATTACTTGATGTCGTGTAATGCCTAAAACGATCGCTAATGGAATCATT
TTTAGGTTCTGCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL8560Contig1 749 2 4 U
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TCTTCTCCGTCGTTGTTGGGCTTATCTTCGCCATCGTCTCAATTTCCGACCAATCAAGAG
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AGTAGAAGCTTCTATCTTAGAAAGGGAGCTCATGAAACCGGAGTTTCTTTGGCCGGAATA
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ATTGCTATACTAATACATATACTTGCAAGTTGTAACAGTTATGGTTTGTAAGTCGCACTC
TGCACGATCTAGTGGACAATTAAATAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B305TF U 1
AF RR1B305JQ C 1
BS 1 189 RR1B305TF
BS 190 190 RR1B305JQ
BS 191 617 RR1B305TF
BS 618 749 RR1B305JQ

RD RR1B305TF 617 0 0
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CTGCAGTCTCATAGAAT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1B305JQ 749 0 0
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ACTCCGACGAGAACGAGTTTTATTCCCTCGTCTAATATGATCGAATCGTGTATCGCTCAG
TTTATTGGGAAAATCTTGAGGAGAACGAGAAAGTTATGGAACATATTGGTATGTACGCAA
TGAGATTTAACCAAAGTACGTACACTTTTGAGCGTGGCACATAATAATTAGCCTATGTTG
CTGCAGTCTCATAGAATAAGGTCGTTTTATTATTTATCAAGATTGTATTATATTCTATAG
ATTGCTATACTAATACATATACTTGCAAGTTGTAACAGTTATGGTTTGTAAGTCGCACTC
TGCACGATCTAGTGGACAATTAAATAAGC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8561Contig1 625 2 10 U
GGATCACTCTCTCTCTTTCTCATCCAAATCCCTAAATCTCGAGAGCTCGACGGAGATGGC
ACTGAGAACTGCAGTCCTTCGTCATCTTAGGGTTCCCGTGACGGGATTGAACCAGCCTCA
AATTGGGTTCCTTGGTTCGATCCGTGCTTTCTCTTCTCACGATGACCATCTCAGCAAGCA
GGATGTCGTCGACAGAGTTCTGGATGTTGTCAAGTGCTTCCCTAAAGTCGATCCAGCTAA
GGTGACTCCTGAAGTTCATTTCCAAAAGGATTTGGGGTTAGATAGTTTGGACACTGTGGA
GATAGTGATGGCTATTGAAGAGGAGTTCAAGCTTGAGATCCCAGACAAAGAAGCTGACAA
GATCGACTCTTGCCCTCTTGCCATTGAATACGTTTTCAACCATCCCATGTCTAGCTGACC
TCTCGTGGTTTCTCTCCTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTATGAGGTCCTCTCAAGCTTGTTC
TCTCAAGTTATCTCTTGAATATGAGATTTTGCAAATAAATTCGAGCATCTCCTTGCGACT
CTTTCATTTTCCATAAAAGAAACCATTTTGGCTTTCGATTGTTTCGTAATTCGACACTTT
TGGAGCTATTACAATCTGTCTTTTA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ78TF U 1
AF RR1FK52TF U 5
BS 1 464 RR1DJ78TF
BS 465 465 RR1FK52TF
BS 466 473 RR1DJ78TF
BS 474 474 RR1FK52TF
BS 475 523 RR1DJ78TF
BS 524 524 RR1FK52TF
BS 525 592 RR1DJ78TF
BS 593 593 RR1FK52TF
BS 594 604 RR1DJ78TF
BS 605 625 RR1FK52TF

RD RR1DJ78TF 604 0 0
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AATTGGGTTCCTTGGTTCGATCCGTGCTTTCTCTTCTCACGATGACCATCTCAGCAAGCA
GGATGTCGTCGACAGAGTTCTGGATGTTGTCAAGTGCTTCCCTAAAGTCGATCCAGCTAA
GGTGACTCCTGAAGTTCATTTCCAAAAGGATTTGGGGTTAGATAGTTTGGACACTGTGGA
GATAGTGATGGCTATTGAAGAGGAGTTCAAGCTTGAGATCCCAGACAAAGAAGCTGACAA
GATCGACTCTTGCCCTCTTGCCATTGAATACGTTTTCAACCATCCCATGTCTAGCTGACC
TCTCGTGGTTTCTCTCCTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTATGAGGTTCTCTCAAGTTTGTTC
TCTCAAGTTATCTCTTGAATATGAGATTTTGCAAATAAATTCGGGCATCTCCTTGCGACT
CTTTCATTTTCCATAAAAGAAACCATTTTGGCTTTCGATTGTTTCGTAATTCTACACTTT
TGGA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1FK52TF 621 0 0
G
ACTCTCTCTCTTTCTCATCCAAATCCCTAAATCTCGAGAGCTCGACGGAGATGGCACTGA
GAACTGCAGTCCTTCGTCATCTTAGGGTTCCCGTGACGGGATTGAACCAGCCTCAAATTG
GGTTCCTTGGTTCGGTCCGTGCTTTCTCTTCTCACGATGACCATCTCAGCAAGCAGGATG
TCGTCGACAGAGTTCTGGATGTTGTCAAGTGCTTCCCTAAAGTCGATCCAGCTAAGGTGA
CTCCTGAAGTTCATTTCCAAAAGGATTTGGGGTTAGATAGTTTGGACACTGTGGAGATAG
TGATGGCTATTGAAGAGGAGTTCAAGCTTGAGATCCCAGACAAAGAAGCTGACAAGATCG
ACTCTTGCCCTCTTGCCATTGAATACGTTTTCAACCATCCCATGTCTAGCTGATCTCTCG
TGGTTTCTCTCCTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTATGAGGTCCTCTCAAGCTTGTTCTCTCA
AGTTATCTCTTGAATATGAGATTTTGCAAATAAATTCGAGCATCTCCTTGCGACTCTTTC
ATTTTCCATAAAAGAAACCATTTTGGCTTTCGATTGTTTTGTAATTCGACACTTTTGGAG
CTATTACAATCTGTCTTTTA

QA 2 621 2 621
DS 



AS 1 2

CO CL8562Contig1 685 2 2 U
GGAATGGCGATGATTTTGCAAGTCCCTCCTCCGTCTTCCTTGTGTAACACCAGAAACCCT
AAACTCCAATTCTTCTACTCTTCAGTTCGATCTAATTCGAAGAAGTTCAGATGCAGAGCC
GTCCGAGAGAAAACCGAAGAGATGGTGAAGAAGAACACTCCTCCTTCTTCTTCTTCGGCT
GAGGAAGCCACCAAGAAATATGGACTCGAAGTTGGTCTATGGAAGATATTGAGATCCAAG
GATGAAGAGGAAGAAGTTGACGGAGAGAATAAGAAGAAGAAATCAAAAACAGATGAAGCT
AAAGAGTTACTCGCTAAGTACGGTGGTGCTTATCTTGCTACCTCCATTACCCTTTCCCTC
CTTTCCTTCTCACTCTGCTACGCTCTCGTCACTTCCGGTGTTGATGTTCCAGCTCTTCTC
CTAAAGGTTGGGATTTCGACGAATGAGACAGGAGAGAAAGTAGGAGCCTTTGCTTTGGCT
TACGCAGAGCATAAAGCTGCTTCTCCAAGAAGGTTTCCTCCTACGGTGGCTTTGACTCCT
ATTGTAGCTAATTGGATTGGGAATAAAGTGGGCAAGGAGAAGGGTGATGACTAGTCAGTA
TTTTCCTTTAGTTTACTCAATGGACTAAATTGTATAATCACTATACTCACTCTTTCTAGG
TTCTATGTACAAAACATTTAAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ55TF U 1
AF RR1DZ55JQ C 100
BS 1 447 RR1DZ55TF
BS 448 685 RR1DZ55JQ

RD RR1DZ55TF 447 0 0
GGAATGGCGATGATTTTGCAAGTCCCTCCTCCGTCTTCCTTGTGTAACACCAGAAACCCT
AAACTCCAATTCTTCTACTCTTCAGTTCGATCTAATTCGAAGAAGTTCAGATGCAGAGCC
GTCCGAGAGAAAACCGAAGAGATGGTGAAGAAGAACACTCCTCCTTCTTCTTCTTCGGCT
GAGGAAGCCACCAAGAAATATGGACTCGAAGTTGGTCTATGGAAGATATTGAGATCCAAG
GATGAAGAGGAAGAAGTTGACGGAGAGAATAAGAAGAAGAAATCAAAAACAGATGAAGCT
AAAGAGTTACTCGCTAAGTACGGTGGTGCTTATCTTGCTACCTCCATTACCCTTTCCCTC
CTTTCCTTCTCACTCTGCTACGCTCTCGTCACTTCCGGTGTTGATGTTCCAGCTCTTCTC
CTAAAGGTTGGGATTTCGACGAATGAG

QA 1 447 1 447
DS 

RD RR1DZ55JQ 586 0 0
AAGAAGTTCAGATGCAGAGCCGTCCGAGAGAAAACCGAAGAGATGGTGAAGAAGAACACT
CCTCCTTCTTCTTCTTCGGCTGAGGAAGCCACCAAGAAATATGGACTCGAAGTTGGTCTA
TGGAAGATATTGAGATCCAAGGATGAAGAGGAAGAAGTTGACGGAGAGAATAAGAAGAAG
AAATCAAAAACAGATGAAGCTAAAGAGTTACTCGCTAAGTACGGTGGTGCTTATCTTGCT
ACCTCCATTACCCTTTCCCTCCTTTCCTTCTCACTCTGCTACGCTCTCGTCACTTCCGGT
GTTGATGTTCCAGCTCTTCTCCTAAAGGTTGGGATTTCGACGAATGAGACAGGAGAGAAA
GTAGGAGCCTTTGCTTTGGCTTACGCAGAGCATAAAGCTGCTTCTCCAAGAAGGTTTCCT
CCTACGGTGGCTTTGACTCCTATTGTAGCTAATTGGATTGGGAATAAAGTGGGCAAGGAG
AAGGGTGATGACTAGTCAGTATTTTCCTTTAGTTTACTCAATGGACTAAATTGTATAATC
ACTATACTCACTCTTTCTAGGTTCTATGTACAAAACATTTAAGCTT

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL8563Contig1 736 2 2 U
GGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAAGAAGACGTTTATACGCCAAGACGCTACCTACGACT
CTGAGCCAGATTATGGCTATGCAGAGCTCTTGAGTAGGGTCTTTGATATGCTTCATGAGG
AGGTTTCCACAGAGAGGCCAAGAACAGTGATGATGCGTCATCCCCAGCTCCTCGCACAAG
GGACACAGATCACAATTTGTTTAGACTTTGCTCATCTCTGCACAACGATGCATCGAAAGC
CAGGTCATGTCATAAAATTCTTACTTGGCCAAATGGAGACCAAGGGATGGCTCAACAAAC
AGCACCAGCTAGAGATGAAGGGTTTTGTGTCTTCTCAGCATTTCCAAGCTGTGTTTCAGA
GATACATTGATGCGTTCGTAATCTGCAGCTGCTGCAAAAGTCCAGACACAGCTCTCGCCG
AGGACAATGTGTGGTTTGGTAGCATTGATCAACGAACCGAATCCCCTGTGAGTATGGAAC
TCATCAACTTTAAGAGCCACGCGCTGGGGTAGAGTTGCATTGTAAGATTTATTATAGTGA
TTTTGAGAACCAACCAGAATATGTTTTCTTTTACATTACGGCCTCCTTAGAGATGTAGAG
ACCGTGAATACTGAGCAAAATTGTCGGAAACTTTTGTGAGTGTATTCCTTGTACAACTTC
CTTAATTATTAGTTGCTGAGAATAGGCAAACGGATGCAATGAAATTTGCAAGAATAAAAA
GAAAGTAACTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CK65TF U 1
AF RR1CK65JQ C 57
BS 1 680 RR1CK65TF
BS 681 736 RR1CK65JQ

RD RR1CK65TF 680 0 0
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AGGTTTCCACAGAGAGGCCAAGAACAGTGATGATGCGTCATCCCCAGCTCCTCGCACAAG
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CAGGTCATGTCATAAAATTCTTACTTGGCCAAATGGAGACCAAGGGATGGCTCAACAAAC
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GATACATTGATGCGTTCGTAATCTGCAGCTGCTGCAAAAGTCCAGACACAGCTCTCGCCG
AGGACAATGTGTGGTTTGGTAGCATTGATCAACGAACCGAATCCCCTGTGAGTATGGAAC
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TTTTGAGAACCAACCAGAATATGTTTTCTTTTACATTACGGCCTCCTTAGAGATGTAGAG
ACCGTGAATACTGAGCAAAATTGTCGGAAACTTTTGTGAGTGTATTCCTTGTACAACTTC
CTTAATTATTAGTTGCTGAG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR1CK65JQ 680 0 0
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GCCGAGGACAATGTGTGGTTTGGTAGCATTGATCAACGAACCGAATCCCCTGTGAGTATG
GAACTCATCAACTTTAAGAGCCACGCGCTGGGGTAGAGTTGCATTGTAAGATTTATTATA
GTGATTTTGAGAACCAACCAGAATATGTTTTCTTTTACATTACGGCCTCCTTAGAGATGT
AGAGACCGTGAATACTGAGCAAAATTGTCGGAAACTTTTGTGAGTGTATTCCTTGTACAA
CTTCCTTAATTATTAGTTGCTGAGAATAGGCAAACGGATGCAATGAAATTTGCAAGAATA
AAAAGAAAGTAACTTTTTTT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL8564Contig1 711 2 3 U
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TCTCAAGAGACTCGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGGCTGCTCCTCCTGCTA
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AGGCGAAGGCTGTAAAGTCTCCGGCGAAGAGGGTTTCGACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAA
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BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CR76TF U 1
AF RR1CR76JQ C 1
BS 1 3 RR1CR76JQ
BS 4 620 RR1CR76TF
BS 621 711 RR1CR76JQ

RD RR1CR76TF 623 0 0
CCA
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CAAGAGACTCGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGGCTGCTCCTCCTGCTAAGA
AAGCCGCAGCGGCTGTAACTAAAAAGGCAAAGGCCAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGG
CGAAGGCTGTAAAGTCTCCGGCGAAGAGGGTTTCGACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGA
AGATTGGGGTTTAGGGTTAGTGAATTGGGGAGATTGAATGAATGAATGAATGAATACATG
TGTTGTAATGGTGGTTAGAGCTTCTCTTAGGGGGTAGTCTTTGTATAATTTGAATCATAT
CCTTTGAAGAAGTTTTT
GCT

QA 4 620 4 620
DS 

RD RR1CR76JQ 711 0 0
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TAAAGACGCGATCACGACGTTGAAGGAGAGAACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAA
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TCTCAAGAGACTCGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGGCTGCTCCTCCTGCTA
AGAAAGCCGCAGCGGCTGTAACTAAAAAGGCAAAGGCCAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGA
AGGCGAAGGCTGTAAAGTCTCCGGCGAAGAGGGTTTCGACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAA
AGAAGATTGGGGTTTAGGGTTAGTGAATTGGGGAGATTGAATGAATGAATGAATGAATAC
ATGTGTTGTAATGGTGGTTAGAGCTTCTCTTAGGGGGTAGTCTTTGTATAATTTGAATCA
TATCCTTTGAAGAAGTTTTTTGCTTTTTATCTTTGTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCCCC
CTTTTGTTCCTTGTTGTAATTTTTGTGTTTGTTTTGAAATTAAAGCTTCCT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL8565Contig1 612 2 1 U
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CGCCGGGAACATCATCTACCACGCCAAGTACAGTCCTCACTTCTCTCCGTTGAAGTTCGG
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GGAGTATCTCCAAGGCCGTGCTTTGACTAACGCCATTGGAAATCTCGACCTTCAAGGTCC
ATATGCTGACGCGCTACGTAAGCTTGGTTACGAGCTTGAGGAGATAGCTGAACAGGAGAA
AGATGCAGCTCTGGGAAATGGTGGTTTGGGGAGACTCGCCTCCTGCTTCTTGGATTCCAT
GGCCACCCTCAATTTGCCTGCTTGGGGTTATGGGTTGAGGTACAGACATGGTCTGTTTAA
GCAACTTATCAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DI87JQ C 1
AF RR1DI87TF U 1
BS 1 612 RR1DI87TF

RD RR1DI87JQ 612 0 0
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GGAGTATCTCCAAGGCCGTGCTTTGACTAACGCCATTGGAAATCTCGACCTTCAAGGTCC
ATATGCTGACGCGCTACGTAAGCTTGGTTACGAGCTTGAGGAGATAGCTGAACAGGAGAA
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GGCCACCCTCAATTTGCCTGCTTGGGGTTATGGGTTGAGGTACAGACATGGTCTGTTTAA
GCAACTTATCAC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1DI87TF 612 0 0
GGACTCTTCTCCTCTGTAGCAGATTCTCTATAGCATCTTCTTTTTATATAAGCTCTCAAC
TGTCCTTTCATCTCTTTACAGAGAATCGGCGATGGCGAACGCCAATGGGAAGGCTACGAC
TGGTTTTCCAGAGAAAATCTCTGAGAAGGCGAACCCGGAGGCTAACGAAGCTACGAAGAT
CGCCGGGAACATCATCTACCACGCCAAGTACAGTCCTCACTTCTCTCCGTTGAAGTTCGG
CCCCGAGCAAGCTCTCTACGCTACTGCTGAGAGCCTCCGCGATCGTCTCATTCAGCTGTG
GAACGAGACTTATCTTCATTTTCACAAAGTTGATCCAAAGCAGACGTACTACTTGTCCAT
GGAGTATCTCCAAGGCCGTGCTTTGACTAACGCCATTGGAAATCTCGACCTTCAAGGTCC
ATATGCTGACGCGCTACGTAAGCTTGGTTACGAGCTTGAGGAGATAGCTGAACAGGAGAA
AGATGCAGCTCTGGGAAATGGTGGTTTGGGGAGACTCGCCTCCTGCTTCTTGGATTCCAT
GGCCACCCTCAATTTGCCTGCTTGGGGTTATGGGTTGAGGTACAGACATGGTCTGTTTAA
GCAACTTATCAC

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

CO CL8566Contig1 705 2 3 U
TTAAAGACTTAAAAGACTTAAGATTAAGGTGATGTTTTGGGGGATTATGTTACTGTCAAA
CTGATTTTTTTTTTGTATAAAAAACTGTTAAAAAAAACTTTTGAAAGACTAATATTTCTC
TGATATCTAACATCATCTTCTGGCTAGACAAGAGAGGACAGAAGGTGTTCTTGTGGCTTT
CTTGGAGATTGTAGCTTTAGGGCTATAAACTCTTTTTTTTGCTTTGATCTTTTATTCCTC
CAGTGCTCTTCGCCTTTCTTCTTGCTCCATAGTTTCTATTTTTAAAACCTCTCTTCACAA
GATCTTCAAGACTTTTAACGTTTGCTAGTGATGTGAATGATTGAAATTTTCCTTCATAAA
ACTTTGACAATCCTCTCTTGATTGGAAGGTGTGACATGAGGTCAAAAAGATCTTCAAGAG
GTCCATTTGAAGAAGACGAAGAAGCATCATCATCATTATCCTCTGTTAAATCAGATGAAG
AACACATGGAAGATAATGAACAAGATGATGAATCTTCCTCGGAGAATGTTTCAGTTGCTA
ACATCGATCTTGAAACTCCTTCAACAATGTTTTCTTCTACTTCGGTCCTCTTTGAGTCTT
CATAGATCATGTTGCCCATTTGCTTCAGATTCAGATTGAAATGAAGTGTCATCTTTGAAA
TGAAGATCAAACTCAAAATAATAATAAGGATTCTTGAAACAGGAT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A967JQ U 3
AF RR1A967TF C 1
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RD RR1A967JQ 624 0 0
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GATTTTTTTTTTGTATAAAAAACTGTTAAAAAAAACTTTTGAAAGACTAATATTTCTCTG
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TGGAGATTGTAGCTTTAGGGCTATAAACTCTTTTTTTTGCTTTGATCTTTTATTCCTCCA
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ATCGATCTTGAAACTCCTTCAACAATGTTTTCTTCTACTTCGGTCCTCTTTGAGTCTTCA
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QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1A967TF 705 0 0
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CTTGGAGATTGTAGCTTTAGGGCTATAAACTCTTTTTTTTGCTTTGATCTTTTATTCCTC
CAGTGCTCTTCGCCTTTCTTCTTGCTCCATAGTTTCTATTTTTAAAACCTCTCTTCACAA
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CATAGATCATGTTGCCCATTTGCTTCAGATTCAGATTGAAATGAAGTGTCATCTTTGAAA
TGAAGATCAAACTCAAAATAATAATAAGGATTCTTGAAACAGGAT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL8567Contig1 950 2 2 U
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TCAATCATTTTTCCTTTACCTGTTAACTTCCCCAGGCAAATTTATCTCTGTAGGAGTCTA
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TGATAGCTGTAACACTGAAACTCTTACCAATGCTACTAATAACTCTGCCGAAAAACTGAA
GTCGTGGAAATGGCTACATGCAGCCAAACAGGTCTTTGCTTTGCACTTGATGGGTTTCAT
CGTCACACTGCTTCCGTATTTCATCTGTCAAGTACCGGGCGAACAATCTCCAACAAACCG
GTCCATCATATGGGCCACTACATCTTCTTCGCTTCTGCTTATAACCTTTGTCACAATCCC
CGGTTGCTCTCCATTCTCCTCTCGCCTCCACGGAACCAACTGGGCTGTCTTGAAATCGGT
GACCATCTCAGCTGCCTTCATCGGCCTATGCCTCATGTCCATAATCAATTTCGCCACCGC
AGAGATTGGAGCGTTGCTACTAGTGCCAATGTGTCTAATGGTTCGTCCAATAAAACCAGA
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TGGAGTTGAGCCTTGGAGGGGAGTTCTGGACATGGTTAGAGTCGCTGTGGGCATGGAAGA
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CATGTTAATCCAACAATCTTGTGTTTGTAATTTTTTTGGTTTCTTGAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BD49TF U 1
AF RR1BD49JQ C 154
BS 1 771 RR1BD49TF
BS 772 950 RR1BD49JQ

RD RR1BD49TF 771 0 0
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TCAATCATTTTTCCTTTACCTGTTAACTTCCCCAGGCAAATTTATCTCTGTAGGAGTCTA
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TGATAGCTGTAACACTGAAACTCTTACCAATGCTACTAATAACTCTGCCGAAAAACTGAA
GTCGTGGAAATGGCTACATGCAGCCAAACAGGTCTTTGCTTTGCACTTGATGGGTTTCAT
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GTCCATCATATGGGCCACTACATCTTCTTCGCTTCTGCTTATAACCTTTGTCACAATCCC
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GACCATCTCAGCTGCCTTCATCGGCCTATGCCTCATGTCCATAATCAATTTCGCCACCGC
AGAGATTGGAGCGTTGCTACTAGTGCCAATGTGTCTAATGGTTCGTCCAATAAAACCAGA
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CATCGGGTTCCCGGTCATGTTCTTCGCGATCTCTAAAGGGATTGCTCGGAGAAAGGCTAG
TGGAGTTGAGCCTTGGAGGGGAGTTCTGGACATGGTTAGAGTCGCTGTGGG

QA 1 771 1 771
DS 

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CTTTGCTTTGCACTTGATGGGTTTCATCGTCACACTGCTTCCGTATTTCATCTGTCAAGT
ACCGGGCGAACAATCTCCAACAAACCGGTCCATCATATGGGCCACTACATCTTCTTCGCT
TCTGCTTATAACCTTTGTCACAATCCCCGGTTGCTCTCCATTCTCCTCTCGCCTCCACGG
AACCAACTGGGCTGTCTTGAAATCGGTGACCATCTCAGCTGCCTTCATCGGCCTATGCCT
CATGTCCATAATCAATTTCGCCACCGCAGAGATTGGAGCGTTGCTACTAGTGCCAATGTG
TCTAATGGTTCGTCCAATAAAACCAGATTTGAGATCCAGAAGGGTGAAGAGCCTGTTGCG
TGCGTTGTGCAGCATTGCATTGGTTACCATCGGGTTCCCGGTCATGTTCTTCGCGATCTC
TAA*GGGATTGCTCGGAGAAAGGCTAGTGGAGTTGAGCCTTGGAGGGGAGTTCTGGACAT
GGTTAGAGTCGCTGTGGGCATGGAAGAGTGCTACGTATCTATACATAGGTATGGTTCATC
TTCCTTGTTGGCTTCTTTGCCTCTGCATTTTGTTTCATACTTCTTAATCGTTCCCTTACT
TTAGGGAAAGCACACTTTTTGTTTGAACATGTTAATCCAACAATCTTGTGTTTGTAATTT
TTTTGGTTTCTTGAGAA

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL8568Contig1 533 2 1 U
GGAGATCTGAGATTTTCATCTCTTTCTTCATCAATTGTTTCCCCTCTGCGAATCTCATCT
CCTCTTTCTTCTCCGATAGTGCAAGGTGTGGTGTCCATTCATCTCCTCTTCCTTCTTCTC
CTCTCTGGTGGTGCAAGGCAGTGTGGCAGTCCAGTCTCTGGTCATCTCCTTGGTGGTTGT
AGACTCGCAGTCTAATCTCTTTTCTTCTCCTCTGCAGTCATGTATCCTCTCTGCTCCTCT
GAAGTCCAGGCTTCTCTCTGCTCCTCCACAGTCCAATCTCCTCACTGATTCATGGTGGCA
GCTACATCTCAGCATCTCCAACAGAAGTTTTTCTTATGCCTTTAGTTTTCACTTATTAGA
TCTAGCTCTTTGTTTGGATACTAGAATATTCAGAATCGACATTTCTGTTTCATTTGGGAA
TTTCAGATTTTTTTCTTACAGTACTCTAGATGTTGTAAAACAATTTACTCAATCTCATAT
TCTGAAAATCAGTTTGTATAGATTTGTATTCAAAATAAATATCACTCTTAAGG


BQ
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AF RR1GB92JQ C 1
AF RR1GB92TF U 1
BS 1 533 RR1GB92TF

RD RR1GB92JQ 533 0 0
GGAGATCTGAGATTTTCATCTCTTTCTTCATCAATTGTTTCCCCTCTGCGAATCTCATCT
CCTCTTTCTTCTCCGATAGTGCAAGGTGTGGTGTCCATTCATCTCCTCTTCCTTCTTCTC
CTCTCTGGTGGTGCAAGGCAGTGTGGCAGTCCAGTCTCTGGTCATCTCCTTGGTGGTTGT
AGACTCGCAGTCTAATCTCTTTTCTTCTCCTCTGCAGTCATGTATCCTCTCTGCTCCTCT
GAAGTCCAGGCTTCTCTCTGCTCCTCCACAGTCCAATCTCCTCACTGATTCATGGTGGCA
GCTACATCTCAGCATCTCCAACAGAAGTTTTTCTTATGCCTTTAGTTTTCACTTATTAGA
TCTAGCTCTTTGTTTGGATACTAGAATATTCAGAATCGACATTTCTGTTTCATTTGGGAA
TTTCAGATTTTTTTCTTACAGTACTCTAGATGTTGTAAAACAATTTACTCAATCTCATAT
TCTGAAAATCAGTTTGTATAGATTTGTATTCAAAATAAATATCACTCTTAAGG

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR1GB92TF 533 0 0
GGAGATCTGAGATTTTCATCTCTTTCTTCATCAATTGTTTCCCCTCTGCGAATCTCATCT
CCTCTTTCTTCTCCGATAGTGCAAGGTGTGGTGTCCATTCATCTCCTCTTCCTTCTTCTC
CTCTCTGGTGGTGCAAGGCAGTGTGGCAGTCCAGTCTCTGGTCATCTCCTTGGTGGTTGT
AGACTCGCAGTCTAATCTCTTTTCTTCTCCTCTGCAGTCATGTATCCTCTCTGCTCCTCT
GAAGTCCAGGCTTCTCTCTGCTCCTCCACAGTCCAATCTCCTCACTGATTCATGGTGGCA
GCTACATCTCAGCATCTCCAACAGAAGTTTTTCTTATGCCTTTAGTTTTCACTTATTAGA
TCTAGCTCTTTGTTTGGATACTAGAATATTCAGAATCGACATTTCTGTTTCATTTGGGAA
TTTCAGATTTTTTTCTTACAGTACTCTAGATGTTGTAAAACAATTTACTCAATCTCATAT
TCTGAAAATCAGTTTGTATAGATTTGTATTCAAAATAAATATCACTCTTAAGG

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

CO CL8569Contig1 933 2 2 U
GGAAGCTGGTGATGACAAGAGCAACATTGATATCGAAATGGGAATCCAGCAGCATCAAGA
TTCATTACTTGAACTTGGATGTTCCTGCAAAACGAGCTTGCTTTGGTACACTACGCTTGT
GCACTCAAATGGTTCCTCAACCATGGATCCACCGTGTGTGAGATCTGCGGGAAAGCTGCA
GAAAACATAAAAACTGCCGACGTCAGCAAAGCAGTCATTGCCTTGAGAGATTACACGGCG
GCACTAAGAGAAAGAACAGGTCCAAACTCTGTATCACCGGTGAGTACTACTACAGATGAA
GTTGCTGCCATTAGAAGGCAACGACTTAGTGAGATTTCTTCATGGTTTGGCCCTCATTCC
CTGAACAACAACAACAACAGTAGCGGTAGCTCTGTTGCAGCTTCTCAGGCTGTGTCCGAA
CAACCTTTAGGTGTTGTGAGCTTTGACATCTCGCCTATGGAAAATCGTGCAACTAAATGG
GCTGTGGAAGGTACAGGGATTCTACTTGCTACTGGTTTACTCACTGTTACTCTTGTCTGG
CTCATTGCTCCTCGTGTTGATAAGAAAACTGCTAGGAGTGGAGCTCATATCCTTCTTGGT
GGTCTTTGTGCTTTAATAGTAGTCATCTTCTTCAGATTTGTTGTGCTCACAAGAATAAGG
TATGGTCCTGCACGCTACTGGGTAATCTTGTTCATCTTCTGGTTTCTTGTGTTTGGTGTT
TGGGCTTCTCGTTCTAATGCTCACAATGACACTTGAATCCATTTTCATCATCTCTCTTCT
CTGTGGAGAAAAAAAATGTACCATTGCTATATGTATATGTGTATATATCGGTCACTGGTT
GATATATTCTTCTTGAGCACAGCAAGGTGCCTGCTGTACCCTCCTGTAGCGCATATTTTT
TAAATACTACATATAGTTTCCTGATTACTGTGG


BQ
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AF RR1GN23TF U 1
AF RR1GN23JQ C 275
BS 1 561 RR1GN23TF
BS 562 933 RR1GN23JQ

RD RR1GN23TF 561 0 0
GGAAGCTGGTGATGACAAGAGCAACATTGATATCGAAATGGGAATCCAGCAGCATCAAGA
TTCATTACTTGAACTTGGATGTTCCTGCAAAACGAGCTTGCTTTGGTACACTACGCTTGT
GCACTCAAATGGTTCCTCAACCATGGATCCACCGTGTGTGAGATCTGCGGGAAAGCTGCA
GAAAACATAAAAACTGCCGACGTCAGCAAAGCAGTCATTGCCTTGAGAGATTACACGGCG
GCACTAAGAGAAAGAACAGGTCCAAACTCTGTATCACCGGTGAGTACTACTACAGATGAA
GTTGCTGCCATTAGAAGGCAACGACTTAGTGAGATTTCTTCATGGTTTGGCCCTCATTCC
CTGAACAACAACAACAACAGTAGCGGTAGCTCTGTTGCAGCTTCTCAGGCTGTGTCCGAA
CAACCTTTAGGTGTTGTGAGCTTTGACATCTCGCCTATGGAAAATCGTGCAACTAAATGG
GCTGTGGAAGGTACAGGGATTCTACTTGCTACTGGTTTACTCACTGTTACTCTTGTCTGG
CTCATTGCTCCTCGTGTTGAT

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR1GN23JQ 659 0 0
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TTTCTTCATGGTTTGGCCCTCATTCCCTGAACAACAACAACAACAGTAGCGGTAGCTCTG
TTGCAGCTTCTCAGGCTGTGTCCGAACAACCTTTAGGTGTTGTGAGCTTTGACATCTCGC
CTATGGAAAATCGTGCAACTAAATGGGCTGTGGAAGGTACAGGGATTCTACTTGCTACTG
GTTTACTCACTGTTACTCTTGTCTGGCTCATTGCTCCTCGTGTTGATAAGAAAACTGCTA
GGAGTGGAGCTCATATCCTTCTTGGTGGTCTTTGTGCTTTAATAGTAGTCATCTTCTTCA
GATTTGTTGTGCTCACAAGAATAAGGTATGGTCCTGCACGCTACTGGGTAATCTTGTTCA
TCTTCTGGTTTCTTGTGTTTGGTGTTTGGGCTTCTCGTTCTAATGCTCACAATGACACTT
GAATCCATTTTCATCATCTCTCTTCTCTGTGGAGAAAAAAAATGTACCATTGCTATATGT
ATATGTGTATATATCGGTCACTGGTTGATATATTCTTCTTGAGCACAGCAAGGTGCCTGC
TGTACCCTCCTGTAGCGCATATTTTTTAAATACTACATATAGTTTCCTGATTACTGTGG

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL8570Contig1 901 2 2 U
GGCCAGAAAAAAATAGAAGAAAAACAGAGGAAAGGTTTTGAAACGAAGAGCGCCTTTTTT
GTCCGCTAAGTTCAAAGGAAGAGACGAACGATCGGAGAGATGGGAGACGTGATAATATTC
ATAGAAGATACAGATATGAATTCGAGTTTCTCACGCTGCAGAATTTGTCACGAAGAAGAA
GAAGCAGAGAGCTACTTTGAAGCTCCTTGTTCTTGCTCAGGCACCGTCAAGTTCGCTCAC
AGAGATTGCATACAACGATGGTGCGATGAGAAAGGAAACACGATTTGTGAAATATGTCTC
CAGGATTATAAACCTGGATACACCACAACTTCAAAACCATCTCGTTTAGTTGAAGCAGCA
GTCACAATCAGGACGAGGAGACAATATGGAGGAAGAAGAAATAGAAGATTAGTGAATAGA
ACTGAATCAGAATTTCCAGAATGCAACTCTGAAGTTGACAGAGGCGCTTCTTGTTGTAGA
TACTTGGCTCTTATTCTATCGGTGGTTTTGTTGATAAAGCTTGCGTTTGATGTGGTTTAC
GGAACCGACGAATATCCCTTCACGATTTTGACGGTATTAACACTGAAGGCCATTGGTATA
CTATTGCCAATGCTCGTAATCATTCGGACTATCGCAGCTGTTCAGAGCAGTCTCCGACGT
CAGTTTATCGAATCTGAAGAAGATAGGTTGAGCTCTGAAGAAGAAGATGATGACTTGGAG
GAGGAAGAGCAACAGCAACATTTGGCTTGATCTTTATTTTCTTCGTTAAACCTTTGTCTT
TTTTATGAAAGCATAAGACTCTCATATACAAATAGAAATCTGTAACCACTATCAACTGTA
ACGTATGTTAAATCAATAATCATAAGAGTTTTAAGTTATAAAACAAGATTAGAGGATATA
T


BQ
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10 

AF RR1BF75TF U 1
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QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DC68JQ C 1
AF RR1DC68TF U 1
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TTTGGTATAGTTT

QA 1 613 1 613
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TTTGGTATAGTTT

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL8572Contig1 833 2 2 U
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C540TF U 1
AF RR1C540JQ C 79
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GCTTTGAAAAAATCTATTCCACTCACGCGACAAGTTGAAATGAGTTGTTTATTTTTTTAA
TAAACGATCAATTATGCGCATTTGGTTTACCGTTTCTTCAGATACAAGTGGTGCACATGG
TGCTATTACTTGCACAATATTGTTGTTGAATCAATGTAAAAACAATTATTTTGATATCTT
TTGAGATAATGTGACGTCTACATCTATTAAACTTCATTTCTATTTTATTAATTATCATAA
TCATATTAAGTACTATAATGCAGTATTCCATTGATATCAACATATAGACTTCTATAGTTT
GATTTTATAAGTAGTTAGCAGATAGATTTAATTTAAACTATGTACTTCCGGTGCTATTTT
TGAAATTCCATATTTCTTGAATACTTCTATATATAAAAAAAGTTTGTTAATTTGTTCTTT
GTAAATGTGCTATTTAATAAAACGAGCAAGTTGTGTGGTAGGCGTAGGGCACATTCTTTT
AGACAGAGATCACGGCCTAGTTTAAAAACGACTTGGAATAGCGATATCATATGCGTTGAT
ATCAAGCGACGGTTGAAGACTGTAATGA
TTGGAACAAAG

QA 1 688 1 688
DS 

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CCACTCACGCGACAAGTTGAAATGAGTTGTTTATTTTTTTAATAAACGATCAATTATGCG
CATTTGGTTTACCGTTTCTTCAGATACAAGTGGTGCACATGGTGCTATTACTTGCACAAT
ATTGTTGTTGAATCAATGTAAAAACAATTATTTTGATATCTTTTGAGATAATGTGACGTC
TACATCTATTAAACTTCATTTCTATTTTATTAATTATCATAATCATATTAAGTACTATAA
TGCAGTATTCCATTGATATCAACATATAGACTTCTATAGTTTGATTTTATAAGTAGTTAG
CAGATAGATTTAATTTAAACTATGTACTTCCGGTGCTATTTTTGAAATTCCATATTTCTT
GAATACTTCTATATATAAAAAAAGTTTGTTAATTTGTTCTTTGTAAATGTGCTATTTAAT
AAAACGAGCAAGTTGTGTGGTAGGCGTAGGGCACATTCTTTTAGACAGAGATCACGGCCT
AGTTTAAAAACGACTTGGAATAGCGATATCATATGCGTTGATATCAAGCGACGGTTGAAG
ACTGTAATGAATTGGATACAAAAGAATCTTCTTTGTTGTACAACAGAAATAATTCTAAGC
AGGTAGGAAAAGTATAAACTACGATGAAAGTAGCCGAAAGAAAATAAAAAGGAAAAGAAG
AGAAAAATCGGAGTATGTGATTGGTTCATGGTACC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL8573Contig1 921 2 2 U
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CTTCACCGTCGTTATCCTTCTGCTATGGAGGACATTCCTGTTGACTCCGTTTAAACTAAT
AACGGTGTTTCTTCACGAAGCCAGTCATGCTGTTGCTTTCAAGCTTACTTGTGATGATGT
GGAGGGGATGGAGGTGAATGCAAATGAAGGAGGTTCTACAACAACACGTGGTGGCATTTA
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TGCATCTACTAATCTTCTTACAGCAAGAATAGCTGCTGCTGGTCTGGGTCTTGCTTTATT
CATCGTCCTCTTCATTGCCAAAAATTGGACGCTTCGAGGTCTTTGTATAGGTTTCATAGT
CTTCCTCGCTATCATTTGGGTTCTACAAGAGTTAACTACTGTCAAAATACTCCGTTATGT
CATTCTCTTCATTGGTGTGATGAATAGCTTATTCTCAGTTTACGATATCTATGATGATCT
GATATCACGGAGAGTCCACTCAAGCGATGCTGAGAAGTTTGCAGAGATCTGTCCTTGCTG
CACTGGTTGTGGCTGGGGTGTCATTTGGGGAATGATATCATTTATGTTTCTTTGCGCGTC
GCTGTATCTTGGGCTTGTGATCCTATCATAGAGAAAGGTTCAGATTCTTCCCAGTGAAAT
GCAGAGATTCTTATCTATCATCAATGCGCAGTTAACAATAGTTTGATTCTTTAAGATCCC
TTTGTGTGTGTTGGGATTTACATTTGATTGAAAGTTTAGGATTTATTTGAAAAGTTTGTA
TGCTTATTCTTGTTTGACGTGTATTGACTACAACTCATTGATTGGTCTGTTTAATACATC
GTTTAAAAAAGAAAAAATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B139TF U 1
AF RR1B139JQ C 81
BS 1 693 RR1B139TF
BS 694 921 RR1B139JQ

RD RR1B139TF 693 0 0
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GGAGGGGATGGAGGTGAATGCAAATGAAGGAGGTTCTACAACAACACGTGGTGGCATTTA
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TGCATCTACTAATCTTCTTACAGCAAGAATAGCTGCTGCTGGTCTGGGTCTTGCTTTATT
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CTTCCTCGCTATCATTTGGGTTCTACAAGAGTTAACTACTGTCAAAATACTCCGTTATGT
CATTCTCTTCATTGGTGTGATGAATAGCTTATTCTCAGTTTACGATATCTATGATGATCT
GATATCACGGAGAGTCCACTCAAGCGATGCTGAGAAGTTTGCAGAGATCTGTCCTTGCTG
CACTGGTTGTGGCTGGGGTGTCATTTGGGGAATGATATCATTTATGTTTCTTTGCGCGTC
GCTGTATCTTGGGCTTGTGATCCTATCATAGAG

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1B139JQ 841 0 0
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GCTATCTTGGCTCATCATTTTGGGGAATGGCTTTGATTCTTGCATCTACTAATCTTCTTA
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TTCTACAAGAGTTAACTACTGTCAAAATACTCCGTTATGTCATTCTCTTCATTGGTGTGA
TGAATAGCTTATTCTCAGTTTACGATATCTATGATGATCTGATATCACGGAGAGTCCACT
CAAGCGATGCTGAGAAGTTTGCAGAGATCTGTCCTTGCTGCACTGGTTGTGGCTGGGGTG
TCATTTGGGGAATGATATCATTTATGTTTCTTTGCGCGTCGCTGTATCTTGGGCTTGTGA
TCCTATCATAGAGAAAGGTTCAGATTCTTCCCAGTGAAATGCAGAGATTCTTATCTATCA
TCAATGCGCAGTTAACAATAGTTTGATTCTTTAAGATCCCTTTGTGTGTGTTGGGATTTA
CATTTGATTGAAAGTTTAGGATTTATTTGAAAAGTTTGTATGCTTATTCTTGTTTGACGT
GTATTGACTACAACTCATTGATTGGTCTGTTTAATACATCGTTTAAAAAAGAAAAAATTG
C

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

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AACCCAAAGTGGGAGCCAAGGCGACTGGAGGATTTGAAGGATAGCATGGTAGAGCAGTAC
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TTGCCTGCTTCAGCGATCGCAAAGCTGTGAAGTTGACAAGGTGCATGGAGCTCATCTTGC
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TCATGCTTGACGCCACATATTATAAAGAAGAAAATAAATCAGTACCTTATGGACTCATCC
AAATGTCTTTGGTTTGGTATTTTGGTTTGGTTCGATGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BA12JQ C 1
AF RR1BA12TF U 1
BS 1 519 RR1BA12TF

RD RR1BA12JQ 519 0 0
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TTTGTTTTTCAGTTTTTCTCGATTCTAATGTATCTTCCCTCTAGAAATTGTTTTTGTTGT
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TTCAAGAGAATAGAAGAAGAGGATGGATGGGAGGATCTAAAGCTTCCACCAAGGAAACAC
TTGCCTGCTTCAGCGATCGCAAAGCTGTGAAGTTGACAAGGTGCATGGAGCTCATCTTGC
ATCGTCTGTACCCTACTACCCTTCAAAATCCTTAGTTCTTTCATTGTTTCTGGCCATGCT
TCATGCTTGACGCCACATATTATAAAGAAGAAAATAAATCAGTACCTTATGGACTCATCC
AAATGTCTTTGGTTTGGTATTTTGGTTTGGTTCGATGCC

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1BA12TF 519 0 0
GGAGAATAGAATGGTGTCACATGTGATGAAGGGAGATATAAGCAAAGATTTTGTGGAGGT
TTTGTTTTTCAGTTTTTCTCGATTCTAATGTATCTTCCCTCTAGAAATTGTTTTTGTTGT
AGGACATAATTATAATTACTTATGCAGGGGTGTAGAGCCATATTGATAGACAAAGATAGG
AACCCAAAGTGGGAGCCAAGGCGACTGGAGGATTTGAAGGATAGCATGGTAGAGCAGTAC
TTCAAGAGAATAGAAGAAGAGGATGGATGGGAGGATCTAAAGCTTCCACCAAGGAAACAC
TTGCCTGCTTCAGCGATCGCAAAGCTGTGAAGTTGACAAGGTGCATGGAGCTCATCTTGC
ATCGTCTGTACCCTACTACCCTTCAAAATCCTTAGTTCTTTCATTGTTTCTGGCCATGCT
TCATGCTTGACGCCACATATTATAAAGAAGAAAATAAATCAGTACCTTATGGACTCATCC
AAATGTCTTTGGTTTGGTATTTTGGTTTGGTTCGATGCC

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL8575Contig1 652 2 2 U
GGAACTTCTATAAGTTTATGGGTCTAGACTTTGCACTGTGAGTCATCTCCTTTAGTCAAC
GTCGTTTCTTGAGCTACAGGTTTCGCAGGGGATCAGAAACCTAGAAGAGAAACAACAATG
ACTCAGTACAATCAACCTCCCGTTGGGGTTCCTCCTCCTCAAGGTTATCCACCGGAGGGG
TATCCACCGCAGGGTTATCCGCCGCAGGGTTATCCGCCGCAAGGCTACCCACAGCAGGGT
TACCCTCAGCAAGGCTATCCTCCTCCGTATGCTCCACCACAGCAGAATCAGCAGCCGCAA
CAACAGAGCAGTACTACTGGGTGTCTAGAAGGATGTCTTGCTGCTCTCTGCTGTTGCTGG
CTATTCCAATGTTGCGCAGATGTGGTACTTTAATTGCAAGAGAGTGTTTGCAACACAAGA
ACCTTGGTTGGAATTAAAATAAATTGCTGGATATATTCTCTCGTCTATTATATTTCCTTT
CTGTTTTCATGTTCTTCGGTTTAAAAACTGTTGTCTATCGACGTTCTAGCTCGACTTGGA
TTTGAGAAAAGTGAGAATGTAAACTGGTGTAGTGACATTAGACCATGATTATCCCTGATA
CTCAAAATGGGTGTCTTATTTATTTTTTAATAATATTAGTAGTTAATGTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GE48TF U 1
AF RR1GE48JQ C 29
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BS 642 652 RR1GE48JQ

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ACTCAGTACAATCAACCTCCCGTTGGGGTTCCTCCTCCTCAAGGTTATCCACCGGAGGGG
TATCCACCGCAGGGTTATCCGCCGCAGGGTTATCCGCCGCAAGGCTACCCACAGCAGGGT
TACCCTCAGCAAGGCTATCCTCCTCCGTATGCTCCACCACAGCAGAATCAGCAGCCGCAA
CAACAGAGCAGTACTACTGGGTGTCTAGAAGGATGTCTTGCTGCTCTCTGCTGTTGCTGG
CTATTCCAATGTTGCGCAGATGTGGTACTTTAATTGCAAGAGAGTGTTTGCAACACAAGA
ACCTTGGTTGGAATTAAAATAAATTGCTGGATATATTCTCTCGTCTATTATATTTCCTTT
CTGTTTTCATGTTCTTCGGTTTAAAAACTGTTGTCTATCGACGTTCTAGCTCGACTTGGA
TTTGAGAAAAGTGAGAATGTAAACTGGTGTAGTGACATTAGACCATGATTATCCCTGATA
CTCAAAATGGGTGTCTTATTTATTTTTTAATAATATTAGTA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1GE48JQ 624 0 0
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TTCCTCCTCCTCAAGGTTATCCACCGGAGGGGTATCCACCGCAGGGTTATCCGCCGCAGG
GTTATCCGCCGCAAGGCTACCCACAGCAGGGTTACCCTCAGCAAGGCTATCCTCCTCCGT
ATGCTCCACCACAGCAGAATCAGCAGCCGCAACAACAGAGCAGTACTACTGGGTGTCTAG
AAGGATGTCTTGCTGCTCTCTGCTGTTGCTGGCTATTCCAATGTTGCGCAGATGTGGTAC
TTTAATTGCAAGAGAGTGTTTGCAACACAAGAACCTTGGTTGGAATTAAAATAAATTGCT
GGATATATTCTCTCGTCTATTATATTTCCTTTCTGTTTTCATGTTCTTCGGTTTAAAAAC
TGTTGTCTATCGACGTTCTAGCTCGACTTGGATTTGAGAAAAGTGAGAATGTAAACTGGT
GTAGTGACATTAGACCATGATTATCCCTGATACTCAAAATGGGTGTCTTATTTATTTTTT
AATAATATTAGTAGTTAATGTGAG

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL8576Contig1 596 2 1 U
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AATTCGTTTTAGTGGTTAACGACACGAAACAAAATTAATTTTGTGCTTTTTAAGCTTGTG
TCGCTGGGTAATATAATATTTTGGACTATGGATCGAATCATACTCAACTCACTTTTTTCC
AACTTATAAACTTGAAGTAATCAAACTACTCCGCATCTAAGATTGATAAGCATCATAAGT
ATGGTTCTGTACTTCACAAATAAACCTGATTTTCTTTTGCTGGTGAAACAAAAGAAATTA
ATACTAGCAATAAAAACATTAATGATAATAGATCCTTTCAAAAGAAGAAAATACATTCAA
ACCTACATTAGGGTTAGGCCATGCGTTGACATGAGATTGGTATATCCTTTGTTGGGTTAA
GTCGCTATGCTAATAAAATTGTATATCATTTGTAATTTCTCAAAGCAAATTTTGGTATGG
GAGTTAGTTTTGATTTTTTTTTTAAGATTTGATTGCAATATATATCTGGATTAAAAATGT
CGAACATAACAAACAAACACAAAACGATTAATGGATAGTGAAAATTATTTTAGCCC


BQ
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AF RR1AK85JQ C 1
AF RR1AK85TF U 1
BS 1 596 RR1AK85TF

RD RR1AK85JQ 596 0 0
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AATTCGTTTTAGTGGTTAACGACACGAAACAAAATTAATTTTGTGCTTTTTAAGCTTGTG
TCGCTGGGTAATATAATATTTTGGACTATGGATCGAATCATACTCAACTCACTTTTTTCC
AACTTATAAACTTGAAGTAATCAAACTACTCCGCATCTAAGATTGATAAGCATCATAAGT
ATGGTTCTGTACTTCACAAATAAACCTGATTTTCTTTTGCTGGTGAAACAAAAGAAATTA
ATACTAGCAATAAAAACATTAATGATAATAGATCCTTTCAAAAGAAGAAAATACATTCAA
ACCTACATTAGGGTTAGGCCATGCGTTGACATGAGATTGGTATATCCTTTGTTGGGTTAA
GTCGCTATGCTAATAAAATTGTATATCATTTGTAATTTCTCAAAGCAAATTTTGGTATGG
GAGTTAGTTTTGATTTTTTTTTTAAGATTTGATTGCAATATATATCTGGATTAAAAATGT
CGAACATAACAAACAAACACAAAACGATTAATGGATAGTGAAAATTATTTTAGCCC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1AK85TF 596 0 0
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AATTCGTTTTAGTGGTTAACGACACGAAACAAAATTAATTTTGTGCTTTTTAAGCTTGTG
TCGCTGGGTAATATAATATTTTGGACTATGGATCGAATCATACTCAACTCACTTTTTTCC
AACTTATAAACTTGAAGTAATCAAACTACTCCGCATCTAAGATTGATAAGCATCATAAGT
ATGGTTCTGTACTTCACAAATAAACCTGATTTTCTTTTGCTGGTGAAACAAAAGAAATTA
ATACTAGCAATAAAAACATTAATGATAATAGATCCTTTCAAAAGAAGAAAATACATTCAA
ACCTACATTAGGGTTAGGCCATGCGTTGACATGAGATTGGTATATCCTTTGTTGGGTTAA
GTCGCTATGCTAATAAAATTGTATATCATTTGTAATTTCTCAAAGCAAATTTTGGTATGG
GAGTTAGTTTTGATTTTTTTTTTAAGATTTGATTGCAATATATATCTGGATTAAAAATGT
CGAACATAACAAACAAACACAAAACGATTAATGGATAGTGAAAATTATTTTAGCCC

QA 1 596 1 596
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8578Contig1 611 2 1 U
GGACCTGTTGCTCAATTTCCCCCATCTCTCTCTCTCTCTCACCCCGAGTCCTCTCCTCTC
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AGCATATTAACTCACACCAGTTCTGTAAGAGGCTGCGAAGGGAAATTGATTGATGGCTTG
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TGTTAGAGCGAACACTTGTGTTCCTAGATTAGGAGTTGTTGGAGCTGCAAGTGGTGGTGA
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ACGAACATTGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AX12JQ C 1
AF RR1AX12TF U 1
BS 1 611 RR1AX12TF

RD RR1AX12JQ 611 0 0
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AGCATATTAACTCACACCAGTTCTGTAAGAGGCTGCGAAGGGAAATTGATTGATGGCTTG
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ACGAACATTGC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1AX12TF 611 0 0
GGACCTGTTGCTCAATTTCCCCCATCTCTCTCTCTCTCTCACCCCGAGTCCTCTCCTCTC
TCACGTGTATCTTTTAGAGGGGTTTCAAGAGTTATAGAAAGATTCAGACAACCACCGAGT
GGTTTTGTTTTCCGATACAGATCGAGAGCGACAAGTAAAGAGCTTGGTGTTCCATTTCCG
AGCATATTAACTCACACCAGTTCTGTAAGAGGCTGCGAAGGGAAATTGATTGATGGCTTG
GAGGCGTCTCATCACCAAGGTTTCTCATGAACGAGAATTGAGCAGCTTAAGAACCTTACT
TGTTAGAGCGAACACTTGTGTTCCTAGATTAGGAGTTGTTGGAGCTGCAAGTGGTGGTGA
AGCTTGTTTGGCGCAGTGGAGGTATCAATCAAGCTATGCAAGTAGCTTTGCTCGGAGAGT
GAGAGAGAGAGGCGAGTTCAACGAGGTTGCACAACTGAGAGAACATATCCGTAGAAACGA
CCCTGAAGCAGTTATCAGAATATTCGAAAGCAGCCCAACGATGCATTCTAATCCCTCCGC
ACTTACCGAATACATCAAGGCATTGGTCAAAGTTGATAGGCTGGATAACAGTGAGCTCGT
ACGAACATTGC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL8579Contig1 903 2 4 U
GCTCTCCGAGAATAGAACACCGAGTTTTGTTCGTCAAGGTATGTATATATATTTGCATAC
AAAAAAAAGAATAGTTTAACGATCCTTTGTAGTCACTCTTCCCTCTGTTGAGATACTACT
CTTAACTTAGTTGTCTGTTTTTTCCCATCTTTACAGAGTCCAAAGGGAATAGAGAACTCA
AGTTTGTAGAAGCATATGGTAAGGAAAAATTCTCCCTAATCTTTAAGATACAGTGGGTTG
TTTAAGGACATAACATCTATCACATTTGTCAAGTGCAGAACTAAAAGAAGGTGAACAAGA
AGATGTTGCCTTTAAGCAGGTAATTTCTTTTCCTTCTCGTCCATAATACATTTTATCCTT
TAGCTAGAGAGGTTCAAACACCGAGATGTGGATCTTAGCAACAAACTATGAAGTGGTTTT
AGTTACAGTCTTTACGGATTATATATATGCAGGCATGGCTGTTGTACTTCTGGGCTAGAG
CCAAGTTGCTCGGTGTGGAAGAAGACATTGCTGATGAACGTCTCCAATTTTGGATCAGCC
GTAGCAGCGGAGAAACACCTCCAACCTCTCACGATGCTGTCGACGGTAATAATAAGCTTT
CTTCATTTCCCTTTTTGTCCTAAAATCCTAATTCTGTTTCTTATATATCACACACACTAA
AGGCTAACTAAACTGGTGTTTTGTTTTTACAGTGGACCGAGGTATGCTAGAGCTAAGGAA
ACTCGGAATAGAGCAACAACTATGGGAAGCTTGTCGCAAAGAAACCGAACAGCTTCATCC
ATCTTCTTCTCCTACCTCTACTCTCGCAAACCTCGACACTTAGTTTATCATAGATTATCA
TAACTTGTATGGGGAGAAACAAAACATAACATTATTGTATCATCATTTTAAAGTCTTGAA
ACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1FG09TF U 1
AF RR1FG09JQ C 145
BS 1 717 RR1FG09TF
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BS 760 903 RR1FG09JQ

RD RR1FG09TF 760 0 0
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AAAAAAAAGAATAGTTTAACGATCCTTTGTAGTCACTCTTCCCTCTGTTGAGATACTACT
CTTAACTTAGTTGTCTGTTTTTTCCCATCTTTACAGAGTCCAAAGGGAATAGAGAACTCA
AGTTTGTAGAAGCATATGGTAAGGAAAAATTCTCCCTAATCTTTAAGATACAGTGGGTTG
TTTAAGGACATAACATCTATCACATTTGTCAAGTGCAGAACTAAAAGAAGGTGAACAAGA
AGATGTTGCCTTTAAGCAGGTAATTTCTTTTCCTTCTCGTCCATAATACATTTTATCCTT
TAGCTAGAGAGGTTCAAACACCGAGATGTGGATCTTAGCAACAAACTATGAAGTGGTTTT
AGTTACAGTCTTTACGGATTATATATATGCAGGCATGGCTGTTGTACTTCTGGGCTAGAG
CCAAGTTGCTCGGTGTGGAAGAAGACATTGCTGATGAACGTCTCCAATTTTGGATCAGCC
GTAGCAGCGGAGAAACACCTCCAACCTCTCACGATGCTGTCGACGGTAATAATAAGCTTT
CTTCATTTCCCTTTTTGTCCTAAAATCCTAATTCTGTTTCTTATATATCACACACACTAA
AGGCTAACTAAACTGGTGTTTTGTTTTTACAGTGGACCGAGGTATGCTAGAGCTAAG*AA
ACTCGGAATAGAGCAACAACTATGGGAAGCTTGTCGCAA
G

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1FG09JQ 759 0 0
CCATCTTTACAGAGTCCAAAGGGAATAGAGAACTCAAGTTTGTAGAAGCATATGGTAAGG
AAAAATTCTCCCTAATCTTTAAGATACAGTGGGTTGTTTAAGGACATAACATCTATCACA
TTTGTCAAGTGCAGAACTAAAAGAAGGTGAACAAGAAGATGTTGCCTTTAAGCAGGTAAT
TTCTTTTCCTTCTCGTCCATAATACATTTTATCCTTTAGCTAGAGAGGTTCAAACACCGA
GATGTGGATCTTAGCAACAAACTATGAAGTGGTTTTAGTTACAGTCTTTACGGATTATAT
ATATGCAGGCATGGCTGTTGTACTTCTGGGCTAGAGCCAAGTTGCTCGGTGTGGAAGAAG
ACATTGCTGATGAACGTCTCCAATTTTGGATCAGCCGTAGCAGCGGAGAAACACCTCCAA
CCTCTCACGATGCTGTCGACGGTAATAATAAGCTTTCTTCATTTCCCTTTTTGTCCTAAA
ATCCTAATTCTGTTTCTTATATATCACACACACTAAAGGCTAACTAAACTGGTGTTTTGT
TTTTACAGTGGACCGAGGTATGCTAGAGCTAAGGAAACTCGGAATAGAGCAACAACTATG
GGAAGCTTGTCGCAAAGAAACCGAACAGCTTCATCCATCTTCTTCTCCTACCTCTACTCT
CGCAAACCTCGACACTTAGTTTATCATAGATTATCATAACTTGTATGGGGAGAAACAAAA
CATAACATTATTGTATCATCATTTTAAAGTCTTGAAACT

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL8580Contig1 1106 2 2 U
GGAGAGGGTTTGTTAGGTCTCACAGGATGCAGAGGAAGCATTACAGGGGGCTCTCTAACC
CTCAGTGTCTTCACGGGATCGAGTTCGTGGCCTCGCCGAGTCTCTTGTGCGTCAGCGAGG
AAGATAAGAAGAGGTGGTTTGAGCTGACGGGTCGAGATTTGAAGTTCACTATCCCTCCTG
ATGCTAGTGACTTCGGCTCGTGGAGAAACCTTCCCAACACGGACTTCGAGCTGCCTCATG
TTACAAAACAGGGTTTGAATTGCGCTAAGAAGATCCTTAACGGTTCGGGATTGCATTTGA
CAAGCAACGCTTCTTTCAGCAGCAATGGTGACTCATCAGATCAATCTCCAGGAGCAGGAG
GAGGGAGCAATAATAAGAAGAGGAAAGAGTTCTTATCTCCTGGAAGCAGCGAAGAAGAAT
GTTGCTTGACTGTTGTTAACAACCATGCCAAGGACCCGACCGGTTGGGCTAACGACTTCA
CTGGAGTGATGAAGAACGTTCACGGGCCCGCCACTGCTGCCAAAACCATCTACGAAGACG
AAGAAGCTTACCTGGTCGTGGTAATTTTACCGTTTGTGGACTTGAACAGCGTGAAGGTCT
CATGGAGGAACGGTATAACGAACGGAATTGTGAAGGTCACGGGGTCAAGCACGTCGAGGA
CTCCCTTGGTGAAGCGGAGGGAGCGTACTTTCAAGCTGGTTGTTGATCAGACGGCTGAGC
ATTGTCCTCCGGGGGAGTTCATGAGGGAGATACAGTTGCCAAATAGGATACCGGAAGAAG
CCAACATCGAAGCATATTTTGATGGGACATGACCGGTTCTTGAGATCCTGGTGCCGAAAT
TGAAGGGAGGAGTGGAGGAAGAACACGAGGTTAGAGTTTGTCTAAGGCCACACCACCTCG
GAGGGAGTTAGTTGAGGTTAAGTTGACCTGATGAAAGATGTAACAATGTGTTTATTTATG
TTATTTGTAGAAAAGAGCATTTTGTACAATGGGAAAAATAAGCCAAAGCAGAAGTGCAAT
CCTAAGTGTAACCTATTGAGATTTTCTTTTATTTCTTTTTGGTGTCAGTGTAACTTTTTC
ACTTATATTTTTTTTTTATGGTCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AD43TF U 1
AF RR1AD43JQ C 302
BS 1 765 RR1AD43TF
BS 766 1106 RR1AD43JQ

RD RR1AD43TF 768 0 0
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CTCAGTGTCTTCACGGGATCGAGTTCGTGGCCTCGCCGAGTCTCTTGTGCGTCAGCGAGG
AAGATAAGAAGAGGTGGTTTGAGCTGACGGGTCGAGATTTGAAGTTCACTATCCCTCCTG
ATGCTAGTGACTTCGGCTCGTGGAGAAACCTTCCCAACACGGACTTCGAGCTGCCTCATG
TTACAAAACAGGGTTTGAATTGCGCTAAGAAGATCCTTAACGGTTCGGGATTGCATTTGA
CAAGCAACGCTTCTTTCAGCAGCAATGGTGACTCATCAGATCAATCTCCAGGAGCAGGAG
GAGGGAGCAATAATAAGAAGAGGAAAGAGTTCTTATCTCCTGGAAGCAGCGAAGAAGAAT
GTTGCTTGACTGTTGTTAACAACCATGCCAAGGACCCGACCGGTTGGGCTAACGACTTCA
CTGGAGTGATGAAGAACGTTCACGGGCCCGCCACTGCTGCCAAAACCATCTACGAAGACG
AAGAAGCTTACCTGGTCGTGGTAATTTTACCGTTTGTGGACTTGAACAGCGTGAAGGTCT
CATGGAGGAACGGTATAACGAACGGAATTGTGAAGGTCACGGGGTCAAGCACGTCGAGGA
CTCCCTTGGTGAAGCGGAGGGAGCGTACTTTCAAGCTGGTTGTTGATCAGACGGCTGAGC
ATTGTCCTCCGGGGGAGTTCATGAGGGAGATACAGTTGCCAAATA
TGA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1AD43JQ 805 0 0
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AGGGAGCAATAATAAGAAGAGGAAAGAGTTCTTATCTCCTGGAAGCAGCGAAGAAGAATG
TTGCTTGACTGTTGTTAACAACCATGCCAAGGACCCGACCGGTTGGGCTAACGACTTCAC
TGGAGTGATGAAGAACGTTCACGGGCCCGCCACTGCTGCCAAAACCATCTACGAAGACGA
AGAAGCTTACCTGGTCGTGGTAATTTTACCGTTTGTGGACTTGAACAGCGTGAAGGTCTC
ATGGAGGAACGGTATAACGAACGGAATTGTGAAGGTCACGGGGTCAAGCACGTCGAGGAC
TCCCTTGGTGAAGCGGAGGGAGCGTACTTTCAAGCTGGTTGTTGATCAGACGGCTGAGCA
TTGTCCTCCGGGGGAGTTCATGAGGGAGATACAGTTGCCAAATAGGATACCGGAAGAAGC
CAACATCGAAGCATATTTTGATGGGACATGACCGGTTCTTGAGATCCTGGTGCCGAAATT
GAAGGGAGGAGTGGAGGAAGAACACGAGGTTAGAGTTTGTCTAAGGCCACACCACCTCGG
AGGGAGTTAGTTGAGGTTAAGTTGACCTGATGAAAGATGTAACAATGTGTTTATTTATGT
TATTTGTAGAAAAGAGCATTTTGTACAATGGGAAAAATAAGCCAAAGCAGAAGTGCAATC
CTAAGTGTAACCTATTGAGATTTTCTTTTATTTCTTTTTGGTGTCAGTGTAACTTTTTCA
CTTATATTTTTTTTTTATGGTCAGT

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL8581Contig1 260 2 1 U
GGGAATCCGTCATAAGGAAGGTCTATGTGGTATTGCTATGGAGGCTTCTTATCCTCTCAA
GAACTCCAACACAAATCCTTCTGGACCTTCCTCCGCCACGCTAAAGGATGAACTTTAAAG
TTCTTTATATTAATATCTACAAGAAAATAATAAGTTTGATTATCATTTGTTTATGATGTC
TTGTTTCCTTTCATACAGAAAAATGTCTTGTTTGTTTTTCTTTGTTGTGAAACTTGAGAA
TAGAATCTATGTTTCTTATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DF08JQ C 1
AF RR1DF08TF U 1
BS 1 260 RR1DF08TF

RD RR1DF08JQ 260 0 0
GGGAATCCGTCATAAGGAAGGTCTATGTGGTATTGCTATGGAGGCTTCTTATCCTCTCAA
GAACTCCAACACAAATCCTTCTGGACCTTCCTCCGCCACGCTAAAGGATGAACTTTAAAG
TTCTTTATATTAATATCTACAAGAAAATAATAAGTTTGATTATCATTTGTTTATGATGTC
TTGTTTCCTTTCATACAGAAAAATGTCTTGTTTGTTTTTCTTTGTTGTGAAACTTGAGAA
TAGAATCTATGTTTCTTATT

QA 1 260 1 260
DS 

RD RR1DF08TF 260 0 0
GGGAATCCGTCATAAGGAAGGTCTATGTGGTATTGCTATGGAGGCTTCTTATCCTCTCAA
GAACTCCAACACAAATCCTTCTGGACCTTCCTCCGCCACGCTAAAGGATGAACTTTAAAG
TTCTTTATATTAATATCTACAAGAAAATAATAAGTTTGATTATCATTTGTTTATGATGTC
TTGTTTCCTTTCATACAGAAAAATGTCTTGTTTGTTTTTCTTTGTTGTGAAACTTGAGAA
TAGAATCTATGTTTCTTATT

QA 1 260 1 260
DS 



AS 1 2

CO CL8582Contig1 773 2 2 U
GCTTTAAATATCTCTGTCTCAAAAAAACTGATTGCCTACAGAAGAAAACAAGTGAATTCT
TTATCTATTTACCTTTTTCTTTAACACAGTCACTATAAATTATTGCTAAAAATAAATCTC
CCAGAGAAAATAATATTCTCGTTCTCCATCTGCTTTCCTCTCATCGGAGCTCCCTGGTTC
TGAAGATGGAAGGAGATGTGTTCTCAGGCTTTGGAGAGAGACACAACATGGATGGGAAAC
TGCTGCAGAGTTTCCAGAAGAGCTTTGTGGATGTTCAAGACATTTTGGATCAGAACCGGC
TGTTGATCAACGAGATCAATCAGAACCACGAGTCCAAACAGCCTGATAACCTGGGTCGAA
ACGTCGGTCTCATCAAAGAGCTCAACAACAACATCAGAAGAGTGGCTAGCCTCTACGGTG
ACCTCTCTCATTCTTTCGCAAGATCGATGGAGGCTTCATCAGAAGGTGAATCTAGTGGAA
CCTTGAAATCGGATGGGAAAGCTAACCAGAAGAGGTTTCGATCCGGTTAGTTATATATAA
ACCGAGAGCCGCCACCAAAAGCTGATTTACATTCAAAGAGTCAGAGCTAATTGATTTGAA
GAGAGTAAAAGAAAGAAAGAGTGTTTTTTTTACTACTGCAATATCTCACTGTTGGAAAAT
GATAGCTACATACGTTTCACCAAAAGATGATTTTCAGATTAATTGTTTGTTTGTTTTACT
TTGAAAAACTTGTTGTAAAGTTCACACATTTGAGTTTATGATTTGATTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E125TF U 1
AF RR1E125JQ C 110
BS 1 720 RR1E125TF
BS 721 773 RR1E125JQ

RD RR1E125TF 720 0 0
GCTTTAAATATCTCTGTCTCAAAAAAACTGATTGCCTACAGAAGAAAACAAGTGAATTCT
TTATCTATTTACCTTTTTCTTTAACACAGTCACTATAAATTATTGCTAAAAATAAATCTC
CCAGAGAAAATAATATTCTCGTTCTCCATCTGCTTTCCTCTCATCGGAGCTCCCTGGTTC
TGAAGATGGAAGGAGATGTGTTCTCAGGCTTTGGAGAGAGACACAACATGGATGGGAAAC
TGCTGCAGAGTTTCCAGAAGAGCTTTGTGGATGTTCAAGACATTTTGGATCAGAACCGGC
TGTTGATCAACGAGATCAATCAGAACCACGAGTCCAAACAGCCTGATAACCTGGGTCGAA
ACGTCGGTCTCATCAAAGAGCTCAACAACAACATCAGAAGAGTGGCTAGCCTCTACGGTG
ACCTCTCTCATTCTTTCGCAAGATCGATGGAGGCTTCATCAGAAGGTGAATCTAGTGGAA
CCTTGAAATCGGATGGGAAAGCTAACCAGAAGAGGTTTCGATCCGGTTAGTTATATATAA
ACCGAGAGCCGCCACCAAAAGCTGATTTACATTCAAAGAGTCAGAGCTAATTGATTTGAA
GAGAGTAAAAGAAAGAAAGAGTGTTTTTTTTACTACTGCAATATCTCACTGTTGGAAAAT
GATAGCTACATACGTTTCACCAAAAGATGATTTTCAGATTAATTGTTTGTTTGTTTTACT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1E125JQ 664 0 0
AAATAAATCTCCCAGAGAAAATAATATTCTCGTTCTCCATCTGCTTTCCTCTCATCGGAG
CTCCCTGGTTCTGAAGATGGAAGGAGATGTGTTCTCAGGCTTTGGAGAGAGACACAACAT
GGATGGGAAACTGCTGCAGAGTTTCCAGAAGAGCTTTGTGGATGTTCAAGACATTTTGGA
TCAGAACCGGCTGTTGATCAACGAGATCAATCAGAACCACGAGTCCAAACAGCCTGATAA
CCTGGGTCGAAACGTCGGTCTCATCAAAGAGCTCAACAACAACATCAGAAGAGTGGCTAG
CCTCTACGGTGACCTCTCTCATTCTTTCGCAAGATCGATGGAGGCTTCATCAGAAGGTGA
ATCTAGTGGAACCTTGAAATCGGATGGGAAAGCTAACCAGAAGAGGTTTCGATCCGGTTA
GTTATATATAAACCGAGAGCCGCCACCAAAAGCTGATTTACATTCAAAGAGTCAGAGCTA
ATTGATTTGAAGAGAGTAAAAGAAAGAAAGAGTGTTTTTTTTACTACTGCAATATCTCAC
TGTTGGAAAATGATAGCTACATACGTTTCACCAAAAGATGATTTTCAGATTAATTGTTTG
TTTGTTTTACTTTGAAAAACTTGTTGTAAAGTTCACACATTTGAGTTTATGATTTGATTT
CTCC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL8583Contig1 939 2 4 U
GGAGGTTTGGTCGGTTCGGGCTGTTGGATCAGTCAGCCATCAGGGTGTTCTGGAAATCAT
CGACATGCCGCGTTGTCTTCCTGTATAAAGCCGATGCACAGACTGCTTTTAGATATGCAA
CGGGAAACAACTCTCTCTTTAGTAACGTGAACGTAAGGTACTTCCTCCGTGACGTTGACG
CTCCTAAAGCCGAGACTCAAGAACAAGAAAACGCAAAGGAAGATGATGAGCCACAGAGCC
AAGTGCCAGACCCAACATCGCCACGTTACCAACCAAAACTGCCACCACCGCCAAAGAGCA
ACCTCAAATCCTGCCTGAAGAAATTGGGAGATGACACTAGCAGTAACCGCCCAAGAGTCA
AATTCATGTTGGAAGGTGAAGAAAACTCGAGTAAAGCAACCACCACCAACGAGCCATCGA
ATAGAAACGATGGACCTTCTTCATCATCTTTTGGAATGGAATTTGTAAGTAAGAAGTTTC
AAAACGTTGTTCATCATCATCAACATCAACAGCTTCCTCCTCCTTCAACATTGCCACCAA
TTCTTCCTCTCCCTCCACAATACTCAAAGCCCATTAAAACAGTAGACCATGTTGAACCAC
CAATGCCACCACCACCACCTTCTAGAAGCTTTCCTGGTCCGAGCTCAGCGGTTGGTGCCG
GAGACATCTCTCACCAAATGCTCAACCTTTTGTCGAAATGCAACGACGTAGTGGCTAACG
TGACAGGCTTGTTGGGCTATGTTCCTTACCACCCATTGTGAAAAAAAAAAGAAAAAAAAA
AGAACAAAGCCCTTTGAGAGATCAAAAGAACTGTTGCTTTTTTGGTATTCCTCCTGTGTT
GGTTCTGGTTGATATATTGTGTGTTAGATGTTGAGTCGACTTTATTATTTGTTTCAGTCA
TGTATTACAATGGATCTTTATAAACCCTGCCATTACCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CY92TF U 1
AF RR1CY92JQ C 205
BS 1 726 RR1CY92TF
BS 727 727 RR1CY92JQ
BS 728 758 RR1CY92TF
BS 759 939 RR1CY92JQ

RD RR1CY92TF 758 0 0
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CGACATGCCGCGTTGTCTTCCTGTATAAAGCCGATGCACAGACTGCTTTTAGATATGCAA
CGGGAAACAACTCTCTCTTTAGTAACGTGAACGTAAGGTACTTCCTCCGTGACGTTGACG
CTCCTAAAGCCGAGACTCAAGAACAAGAAAACGCAAAGGAAGATGATGAGCCACAGAGCC
AAGTGCCAGACCCAACATCGCCACGTTACCAACCAAAACTGCCACCACCGCCAAAGAGCA
ACCTCAAATCCTGCCTGAAGAAATTGGGAGATGACACTAGCAGTAACCGCCCAAGAGTCA
AATTCATGTTGGAAGGTGAAGAAAACTCGAGTAAAGCAACCACCACCAACGAGCCATCGA
ATAGAAACGATGGACCTTCTTCATCATCTTTTGGAATGGAATTTGTAAGTAAGAAGTTTC
AAAACGTTGTTCATCATCATCAACATCAACAGCTTCCTCCTCCTTCAACATTGCCACCAA
TTCTTCCTCTCCCTCCACAATACTCAAAGCCCATTAAAACAGTAGACCATGTTGAACCAC
CAATGCCACCACCACCACCTTCTAGAAGCTTTCCTGGTCCGAGCTCAGCGGTTGGTGCCG
GAGACATCTCTCACCAAATGCTCAACCTTTTGTCGAAATGCAACGACGTAGTGGCTAACG
TGACAG*CTTGTTGGGCTATGTTCCTTACCACCCATTG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR1CY92JQ 735 0 0
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GTTACCAACCAAAACTGCCACCACCGCCAAAGAGCAACCTCAAATCCTGCCTGAAGAAAT
TGGGAGATGACACTAGCAGTAACCGCCCAAGAGTCAAATTCATGTTGGAAGGTGAAGAAA
ACTCGAGTAAAGCAACCACCACCAACGAGCCATCGAATAGAAACGATGGACCTTTTTCAT
CATCTTTTGGAATGGAATTTGTAAGTAAGAAGTTTCAAAACGTTGTTCATCATCATCAAC
ATCAACAGCTTCCTCCTCCTTCAACATTGCCACCAATTCTTCCTCTCCCTCCACAATACT
CAAAGCCCATTAAAACAGTAGACCATGTTGAACCACCAATGCCACCACCACCACCTTTTA
GAAGCTTTCCTGGTCCGAGCTCAGCGGTTGGTGCCGGAGACATCTCTCACCAAATGCTCA
ACCTTTTGTCGAAATGCAACGACGTAGTGGCTAACGTGACAGGCTTGTTGGGCTATGTTC
CTTACCACCCATTGTGAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAACAAAGCCCTTTGAGAGATCA
AAAGAACTGTTGCTTTTTTGGTATTCCTCCTGTGTTGGTTCTGGTTGATATATTGTGTGT
TAGATGTTGAGTCGACTTTATTATTTGTTTCAGTCATGTATTACAATGGATCTTTATAAA
CCCTGCCATTACCAT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8585Contig1 938 2 14 U
GCTCTCTCTCATCACAGTTTACAGAAAGAGGGTTAAATTAAACAATGGCGGGTTGGCAGA
GGAATCTACAGTTGATTCGTCAGATTGGGAGAAGAGTGAAGAACAGTAACGTCTCAACAG
CTTATTACTCTTCAGCTCGCAATTTGGAGTCTCCTTTCTCCAAAGGTTACTTGCAGAGTC
TCCTGAGACCAACATACTCCTCAACACCACTGCATCATTATCTACAGCAAGTGGGGATTT
CTACCTCAAGAACACTCAAGGCTAGTGAAGAGCCTGTGTCATCACCTTTGTCATCTCCAG
CTACTCTGTTGGGTAGTGGCAAAGAAGAAGAAGAGCAGAAGATTATACCCAAGCGTAAAA
AAAGTGCAGGCTGTACTCAAGGCCATTAAGCAGAGTCCTAAGAAGGTCAACCTAGTTGCA
GCACTAGTACGTGGTATGCGCGTCGAAGATGCTCTGATGCAACTCCAGGTCACTGTTAAA
CGAGCTTCCCACACCGTGTACCGGGTTATCCACGCAGCTCGAGCAAATGCTTCTCATAAC
CATGGACTAGATCCTGACCGTCTCATCATTGCTGAAGCGTTTGTTGGGAAGGGACTGTTC
AAGAAGAGGATATCTATCCATGGAAAAGGAAAATGCGGGTTGATGATAAGACCGGAGTGT
CGCTTAACTGTCGTAGTTAGAGAGACGACTCCAGAGGAAGAAGCTGAGATTGCGAAGCTC
AAAGTTCACAACTTCAAGAAGCCAAGCAAGCGGGAGAGTAGCCTTTTCCCGCACAAGCTT
ATAGAGACGACTCCAATCTGGAACCGTAGAGGCACTAAAGCCAGTCATCGTTCCTCAGAG
TTGGTGGTATCTCGCTAGTGTCTTCTTTGTCCTTGATGGGTTGGTTACAAGAGAGACTTG
TCTTCTCTTTGCACCTTCTTTGTTTTTTTTTTTTTTTG


BQ
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AF RR1C463TF U 1
AF RR1CO09TF U 174
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GGAATCTACAGTTGATTCGTCAGATTGGGAGAAGAGTGAAGAACAGTAACGTCTCAACAG
CTTATTACTCTTCAGCTCGCAATTTGGAGTCTCCTTTCTCCAAAGGTTACTTGCAGAGTC
TCCTGAGACCAACATACTCCTCAACACCACTGCATCATTATCTACAGCAAGTGGGGATTT
CTACCTCAAGAACACTCAAGGCTAGTGAAGAGCCTGTGTCATCACCTTTGTCATCTCCAG
CTACTCTGTTGGGTAGTGGCAAAGAAGAAGAAGAGCAGAAGATTATACCCAAGCGTAAAA
AA*GTGCAGGCTGTACTCAAGGCCATTAAGCAGAGTCCTAAGAAGGTCAACCTAGTTGCA
GCACTAGTACGTGGTATGCGCGTCGAAGATGCTCTGATGCAACTCCAGGTCACTGTTAAA
CGAGCTTCCCACACCGTGTACCGGGTTATCCACGCAGCTCGAGCAAATGCTTCTCATAAC
CATGGACTAGATCCTGACCGTCTCATCATTGCTGAAGCGTTTGTTGGGAAGGTACTGTTC
AAGAAGAGGATATCTATCCATGGAAAAGGAAAATGCGGGTTGATGATAAGACCGGAGTGT
CGCTTAACTGTCGTAGTTAGAGAGACGACTCCAGAGGAAGAAGCTGAGATTGCGAAGCTC
AAAGTTCACAACTTCAAGAAGC*AAGCAAGCGGGAGAGTAGC**TTTCCCGCACA*GCTT
ATAGAGACGACTCCAATCTGGA*CCGTAGAGGCACTAA
GCAGTCATC

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR1CO09TF 765 0 0
GG
GAGTCTCCTGAGACCAACATACTCCTCAACACCACTGCATCATTATCTACAGCAAGTGGG
GATTTCTACCTCAAGAACACTCAAGGCTAGTGAAGAGCCTGTGTCATCACCTTTGTCATC
TCCAGCTACTCTGTTGGGTAGTGGCAAAGAAGAAGAAGAGCAGAAGATTATACCCAAGCG
TAAAAAAAGTGCAGGCTGTACTCAAGGCCATTAAGCAGAGTCCTAAGAAGGTCAACCTAG
TTGCAGCACTAGTACGTGGTATGCGCGTCGAAGATGCTCTGATGCAACTCCAGGTCACTG
TTAAACGAGCTTCCCACACCGTGTACCGGGTTATCCACGCAGCTCGAGCAAATGCTTCTC
ATAGCCATGGACTAGATCCTGACCGTCTCATCATTGCTGAAGCGTTTGTTGGGAAGGGAC
TGTTCAAGAAGAGGATATCTATCCATGGAAAAGGAAAATGCGGGTTGATGATAAGACCGG
AGTGTCGCTTAACTGTCGTAGTTAGAGAGACGACTCCAGAGGAAGAAGCTGAGATTGCGA
AGCTCAAAGTTCACAACTTCAAGAAGCCAAGCAAGCGGGAGAGTAGGCTTTTCCCGCACA
AGCTTATAGAGACGACTCCAATCTGGAACCGTAGAGGCACTAAAGCCAGTCATCGTTCCT
CAGAGTTGGTGGTATCTCGCTAGTGTCTTCTTTGTCCTTGATGGGTTGGTTACAAGAGAG
ACTTGTCTTCTCTTTGCACCTTCTTTGTTTTTTTTTTTTTTTG

QA 3 765 3 765
DS 



AS 1 2

CO CL8586Contig1 1094 2 4 U
GATCCAAGAACACCAGAACTGCTTGAAAAACGGACGCCCTGATTCGAACTACCTTCTCTG
GAGATGGAAGCCTCGCGACTGCGATCTCCCCAGGTTCGATCCACACCAGTTTCTCCACAG
GATGAGGAACAAATGGTGGGCCTTCATCGGCGACTCGATCTCTCGTAACCACGTCCAGTC
CCTCCTCTGCATTCTCTCTCAGGTACAAGAGGTAGAGGAGATCTACCGCGACAAGGAGTA
CAGATCTAACACATGGAGATTCCCTTCTCATAACTTCACTCTCTCCGTCCTCTGGTCTCC
TTTCTTTTTGAAATCCGACAACTCCGAAGGCTCCGACATTCAGCTCCATCTCGACGAGCT
CGACCCCGAATGGACCCATCAGTACACCAACTTCGACTACGTAGTCATCTCCGGCGGCAA
ATGGTTCCTCAAAACATCCATCTTCCACGAGAACCGCACCGTCACCGGATGCCATTACTG
CCAAGGGAGGAACAATCTCACCGAGCTTGGTTACCTCTACTCCTACCGTAAAGCCCTCCG
TCTGGTTCTCGACTTCGTCGCTGCTCCGAACCGTAAAGCTTGGGTTCTGCTCAGAACCAC
AACGCCTGATCATTTCGAGAGCGGGGAGTGGGACAGTGGTGGCTTCTGTAACCGAACGAT
GCCGTTTAAGGAGACCGAAGGAGAGATGAAGAGGGAGGACGAGTTGATGCGTGATATCGA
GCTTGAGGAGTTCCGTAAGACCCAAGAAGAAGTAGAGGAAGATGGTTCCAAGGCTAACAT
TGCGTTACTTGACACTACTTCAATGTCGTTTTTCCGACCCGATGGACATCCCGGACCGTA
CCGGTATCCGAATCCTTTTTTTGGGATGAAGATCAAGGATCCGGTTCGTGTTCAGAATGA
TTGTCTTCACTGGTGCTTGCCCGGTCCGATTGATTCATGGAATGATCTTATGGTGGAGGT
CATGCTTAACCGGGAGATTGAAAACAAGACTTAGGCACTCTCTATTTCCTTCCTCATGTT
TCTTTGTAATTAGTTATTTTTGTTTTATAAAAGCCCATTAATTTGATGTTGGGGCCTAGT
ATGGGTCCAACTAC


BQ
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AF RR1CR06TF U 1
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BS 671 671 RR1CR06JQ
BS 672 680 RR1CR06TF
BS 681 1094 RR1CR06JQ

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GATGAGGAACAAATGGTGGGCCTTCATCGGCGACTCGATCTCTCGTAACCACGTCCAGTC
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CAGATCTAACACATGGAGATTCCCTTCTCATAACTTCACTCTCTCCGTCCTCTGGTCTCC
TTTCTTTTTGAAATCCGACAACTCCGAAGGCTCCGACATTCAGCTCCATCTCGACGAGCT
CGACCCCGAATGGACCCATCAGTACACCAACTTCGACTACGTAGTCATCTCCGGCGGCAA
ATGGTTCCTCAAAACATCCATCTTCCACGAGAACCGCACCGTCACCGGATGCCATTACTG
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TCTGGTTCTCGACTTCGTCGCTGCTCCGAACCGTAAAGCTTGGGTTCTGCTCAGAACCAC
AACGCCTGATCATTTCGAGAGCGGGGAGTGGGACAGTGGTGGCTTCTGTAACCGAACGAT
GCCGTTTAAG*AGACCGAAG
AGAGATGA

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DS 

RD RR1CR06JQ 544 0 0
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CATTTCGAGAGCGGGGAGTGGGACAGTGGTGGCTTCTGTAACCGAACGATGCCGTTTAAG
GAGACCGAAGGAGAGATGAAGAGGGAGGACGAGTTGATGCGTGATATCGAGCTTGAGGAG
TTCCGTAAGACCCAAGAAGAAGTAGAGGAAGATGGTTCCAAGGCTAACATTGCGTTACTT
GACACTACTTCAATGTCGTTTTTCCGACCCGATGGACATCCCGGACCGTACCGGTATCCG
AATCCTTTTTTTGGGATGAAGATCAAGGATCCGGTTCGTGTTCAGAATGATTGTCTTCAC
TGGTGCTTGCCCGGTCCGATTGATTCATGGAATGATCTTATGGTGGAGGTCATGCTTAAC
CGGGAGATTGAAAACAAGACTTAGGCACTCTCTATTTCCTTCCTCATGTTTCTTTGTAAT
TAGTTATTTTTGTTTTATAAAAGCCCATTAATTTGATGTTGGGGCCTAGTATGGGTCCAA
CTAC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

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AGTGATGATTTCCTTTTTATTTACTCTTTTCATGACTTCTCAGATTATTCTCTTCTTCTT
CTTTATTGGTTATTAGGTCTGAGATATCAAATGGATCCAAATCATAATATTCTCTTTGTG
GCCTTTCTTATTCTTTGCTTAACTGTGAATGGAGTTACCGGATATGCCACGGTCACTGGC
ACGGTGTTTTGTGACCAATGCAAGGATGGAGAGAAATCTTTGTTCGATTTTCCCGTCTCC
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GAGACCACTAACTGGCTTGGAGGATATGTGATGAGATTCGACGGGACACCGGATCTAAGC
AACTGTTATGCTCAGGTTTCAGACAATGGAGCTCAACAGGGCTCAAGTAGTAGTTGCAGC
ATCGCTTCAGGTCCTGCGCAGAAACTTAAACTATTGTTTAGTTTCTTTGGGATTGAAACC
TTCGTTGTGGATGCCCTTCTTGCTCAGCCGGTTCAGCCAATGTCTTCTTGTCCTAAACCA
CCACCAGCTTCGGTTATGCCTCCTCCTCAGGTTAAGCTTCCACCTTTGCCTCCAATTACT
CAAGTCCCGGTCTTACCTTCTCCTAAGGCCCCGGCCATGAGTCCTCCTCCAGCTACATCG
CCACCTCAGTTTAAGCTTCCACCTTTGCCTCCAATCCCTCCAGTTCCATTTGTGGAGCCC
TCAGCTTGTTCTCACCAGTTATGGATAAGACCTGAATACAGATGCTACTGGAAGGTGATA
GGTCCAGACACGAAGGTTGCGGTCGCGTTTGGACTAGTAGCCGGGAGGAGATATGGTAAT
GATATGACATTACGGGAAGCGCTTAACGGGAGAGGAGAAGCCTACAAGACTCTCCTAAGG
GAAGCAACAACTGCATTACTCAATTCATACAACTCTCTTGGCTTTCCTTATAACTCCGTT
GCTGTGATCACATATACTAATATGGCTCTCCTTGGGAGCTCGCAGCACGATGTTCTCATG
ACAGCTATCCGTTTCATCAAGGCTAACTCGGGGACTTGCAAATTTACAGTCTGCCAGTGA
TCCAGTGTGTTTCTAGTTATTATTTAAATACTCTACACTTTCTTCTTTTCTCAATGTTCT
TGGGTCCTTATGTAACACCTACTATGAAAATCAATTCTTGGATCCATTAGAGTTTACATA
CTAATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1E833TF U 1
AF RR1E833JQ C 560
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QA 1 681 1 681
DS 

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CTCCTAAGGCCCCGGCCATGAGTCCTCCTCCAGCTACATCGCCACCTCAGTTTAAGCTTC
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TATGGATAAGACCTGAATACAGATGCTACTGGAAGGTGATAGGTCCAGACACGAAGGTTG
CGGTCGCGTTTGGACTAGTAGCCGGGAGGAGATATGGTAATGATATGACATTACGGGAAG
CGCTTAACGGGAGAGGAGAAGCCTACAAGACTCTCCTAAGGGAAGCAACAACTGCATTAC
TCAATTCATACAACTCTCTTGGCTTTCCTTATAACTCCGTTGCTGTGATCACATATACTA
ATATGGCTCTCCTTGGGAGCTCGCAGCACGATGTTCTCATGACAGCTATCCGTTTCATCA
AGGCTAACTCGGGGACTTGCAAATTTACAGTCTGCCAGTGATCCAGTGTGTTTCTAGTTA
TTATTTAAATACTCTACACTTTCTTCTTTTCTCAATGTTCTTGGGTCCTTATGTAACACC
TACTATGAAAATCAATTCTTGGATCCATTAGAGTTTACATACTAATT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL8588Contig1 933 2 6 U
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ATTTTAGCACGTCAACTTGTTAGATTGAGGCAACAGATTACAAATTTACAGGGAAGCCGT
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TCTGGTATGAAAGGTGCAACCAAAGCTATGGTTGCTATGAACAAGCAAATGGCACCAACG
AAACAAGCCAAGGTGATTAAGGACTTCCAGAAACAGTCTGCACAGCTAGACATGACGATA
GAGATGATGTCAGAGGCAATTGATGAAACACTTGACAAAGATGAGGCGGAAGAAGAAACA
GAAGACCTCACTAACCAAGTTCTTGATGAGATTGGTGTTGGAGTTGCATCTCAGTTATCT
TCAGCTCCAAAAGGTCGCATCGCTACAAAGACTGCAGCTCCTCCTGCTACCACTGCCAAC
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GAGACTTATTATGGAGGAAGCTTAATTTGACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G674TF U 1
AF RR1G674JQ C 134
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BS 732 757 RR1G674TF
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QA 1 757 1 757
DS 

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QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AU60TF C 1
AF RR1AU60JQ U 4
BS 1 3 RR1AU60TF
BS 4 614 RR1AU60JQ

RD RR1AU60TF 614 0 0
TTTGGCAAATAAGAAAATAGCTAAAATCATGGAGAATATGACAAATCATCAAAATCACTT
CATAAATAATAGTATAGATAGATAGACTAGTAGTAGATTCTCTTTCCTGAATTCGTTATG
GGACTTCAGGAAACTATGGTTTGACATAGTGAATCTTGTAATGTCTCGAGCTCACCAGAG
ATTCAATAACGGGTTTGAAATCAACTGCGGAGTCTCCCATGATAAGGAACAGGTTTGATG
GACTGGGACTATTAGATGACCAGACACGAATGTCTTCGAGCATCTTGGTGTGCCGATCAG
TGTCAGCTCCTGCTGGAAAGGAAGTGAACTTAGCTTCCTCCTTGAAGTCATGACCATCAT
CAACGCCATAAGCCATGATCTCAACTTTACCAAGATGACCAGCCACAGAAAGCGTCCTTC
TGATGTTCTGCGCAGTGGAATAAGCATTGCTCTGAGCATCAATCTTGAATTGGTCTATAT
CCCAGAAGATGCCAGTCCGAGCAACCGACATGATTAGAGAGTTTTAGATCACGGGAACGA
ATCTATTAAATGAAAGGTAAAGGTTGGTTTCTATAGCATTCCAAGGTGAGACAGATTAGG
GTTTACATCTCCAG

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1AU60JQ 611 0 0
GGCAAATAAGAAAATAGCTAAAATCATGGAGAATATGACAAATCATCAAAATCACTTCAT
AAATAATAGTATAGATAGATAGACTAGTAGTAGATTCTCTTTCCTGAATTCGTTATGGGA
CTTCAGGAAACTATGGTTTGACATAGTGAATCTTGTAATGTCTCGAGCTCACCAGAGATT
CAATAACGGGTTTGAAATCAACTGCGGAGTCTCCCATGATAAGGAACAGGTTTGATGGAC
TGGGACTATTAGATGACCAGACACGAATGTCTTCGAGCATCTTGGTGTGCCGATCAGTGT
CAGCTCCTGCTGGAAAGGAAGTGAACTTAGCTTCCTCCTTGAAGTCATGACCATCATCAA
CGCCATAAGCCATGATCTCAACTTTACCAAGATGACCAGCCACAGAAAGCGTCCTTCTGA
TGTTCTGCGCAGTGGAATAAGCATTGCTCTGAGCATCAATCTTGAATTGGTCTATATCCC
AGAAGATGCCAGTCCGAGCAACCGACATGATTAGAGAGTTTTAGATCACGGGAACGAATC
TATTAAATGAAAGGTAAAGGTTGGTTTCTATAGCATTCCAAGGTGAGACAGATTAGGGTT
TACATCTCCAG

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL8590Contig1 775 2 4 U
GACCATACTATTACCATTCACCACCTCCTCCAGTCAAATCTCCACCACCACCATACTACT
ACCATTCACCACCTCCACCGGTCAAATCTCCTCCACCACCATATTACTACCACTCACCAC
CCCCACCCGTGAAATCTCCTCCTCCACCATACTACTATCACTCACCACCTCCACCAGTAA
AGTCTCCACCACCACCATACTATTACCATTCACCACCTCCTCCAGTCAAATCTCCTCCTC
CACCATACTACTACCATTCGCCACCTCCTCCGATGAAATCTCCTCCACCACCATACCATT
ACAACTCTCCACCACCACCAGTAAAATCTCCCCCACCTCCAGTATACATCTACGCTTCTC
CTCCACCTCCTACCCATTACTAGACTCATCAAATTCAACCAAATTTCAACATTATTCAAG
TTTTCTTTTTAAAAATGAAATAAAGGAATGGTATAAGACAAAGGGAAGAAGTGAACCAAA
TAAGGATCGTCGCGTGGAAACGAGAAACAATAGATCTATAACGGAGGTCCACATCACTTC
ATCTTTGTCAATGTCGCTCATCTTCCACTGGTGCATCATCATTTTCGCGTCTTCATCAAG
TCAAATTGTTTCTAAGACCTTTTAGATCGTATCATATTCTTCTTTGCTCCCTCTTGTTGT
TAAGTGAAAGAAATGGGTTACGTTATTTATTGGTTGTGCATACAGTTTCTATGTGTTTTT
TTTCTTTAATGTAATGAGAGAGTTGTTAGCAAATAAAAAACGTTCAGTTTCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FK56TF U 1
AF RR1FK56JQ C 137
BS 1 722 RR1FK56TF
BS 723 723 RR1FK56JQ
BS 724 752 RR1FK56TF
BS 753 775 RR1FK56JQ

RD RR1FK56TF 753 0 0
GACCATACTATTACCATTCACCACCTCCTCCAGTCAAATCTCCACCACCACCATACTACT
ACCATTCACCACCTCCACCGGTCAAATCTCCTCCACCACCATATTACTACCACTCACCAC
CCCCACCCGTGAAATCTCCTCCTCCACCATACTACTATCACTCACCACCTCCACCAGTAA
AGTCTCCACCACCACCATACTATTACCATTCACCACCTCCTCCAGTCAAATCTCCTCCTC
CACCATACTACTACCATTCGCCACCTCCTCCGATGAAATCTCCTCCACCACCATACCATT
ACAACTCTCCACCACCACCAGTAAAATCTCCCCCACCTCCAGTATACATCTACGCTTCTC
CTCCACCTCCTACCCATTACTAGACTCATCAAATTCAACCAAATTTCAACATTATTCAAG
TTTTCTTTTTAAAAATGAAATAAAGGAATGGTATAAGACAAAGGGAAGAAGTGAACCAAA
TAAGGATCGTCGCGTGGAAACGAGAAACAATAGATCTATAACGGAGGTCCACATCACTTC
ATCTTTGTCAATGTCGCTCATCTTCCACTGGTGCATCATCATTTTCGCGTCTTCATCAAG
TCAAATTGTTTCTAAGACCTTTTAGATCGTATCATATTCTTCTTTGCTCCCTCTTGTTGT
TAAGTGAAAGAAATGGGTTACGTTATTTATTGGTTGTGCATACAGTTTCTATGTGTTTTT
TT*CTTTAATGTAATGAGAGAGTTGTTAGCAA
T

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1FK56JQ 639 0 0
TCCTCCTCCACCATACTACTATCACTCACCACCTCCACCAGTAAAGTCTCCACCACCACC
ATACTATTACCATTCACCACCTCCTCCAGTCAAATCTCCTCCTCCACCATACTACTACCA
TTCGCCACCTCCTCCGATGAAATCTCCTCCACCACCATACCATTACAACTCTCCACCACC
ACCAGTAAAATCTCCCCCACCTCCAGTATACATCTACGCTTCTCCTCCACCTCCTACCCA
TTACTAGACTCATCAAATTCAACCAAATTTCAACATTATTCAAGTTTTCTTTTTAAAAAT
GAAATAAAGGAATGGTATAAGACAAAGGGAAGAAGTGAACCAAATAAGGATCGTCGCGTG
GAAACGAGAAACAATAGATCTATAACGGAGGTCCACATCACTTCATCTTTGTCAATGTCG
CTCATCTTCCACTGGTGCATCATCATTTTCGCGTCTTCATCAAGTCAAATTGTTTCTAAG
ACCTTTTAGATCGTATCATATTCTTCTTTGCTCCCTCTTGTTGTTAAGTGAAAGAAATGG
GTTACGTTATTTATTGGTTGTGCATACAGTTTCTATGTGTTTTTTTTCTTTAATGTAATG
AGAGAGTTGTTAGCAAATAAAAAACGTTCAGTTTCTTCT

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL8591Contig1 815 2 2 U
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTGAAACCAGAATCTAGAAAGAAGAAGAAGAAGGAAGGGA
GAAGAATCATCGGGGGGCATGGCTTCGCCGAGCAAACGCCGAGAGATGGACATGATGAAA
TTGACGATGAGTGATTACAAGGTGGATACTGTCAACGACGATTTGCAGATGTTCTATGTT
ACTTTCCATGGCCCCACTGACAGTCTATATGAGGGAGGTGTATGGAAGATCAAAGTCGAA
CTTCCTGAAGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCTGTTGGTTTCGTTAACAAGATTTATCAC
CCCAATGTTGATGAATCTTCGGGTGCTGTTTGCTTAGATGTAATAAACCAGACACGGAGC
CCAATGTTTGATCTTATCAATGTCTTCGAGTCATTTCTTCCTCAACTGCTTCTATATCCA
AACCCATCTGATCCATTCAATGGAGAAGCTGCCTCTCTCTTGATGCGAGACCGTGCAGCC
TATGAGAAGAAAGTCAAAGAGTACTGCAAAGCATATGCTAAACCAGAGGACATAGGAGCA
CCTGAGGATTTAAGTGATGATGAAGATGACGATGATGATGATAGCATGAGCGAACGTGGT
TCAGACTCGGATGACAACGATGAAATCGCTGGAAAAGCAGATCCTCGATGATGACTTGTG
TGTGTGTTACAAATCAACCTTTCTTTGCACTTCATTTCCATATATATAAACCCATTGATG
TTCATTCCATATAGAGGAGAAAAAAATCACTCCTCTGTAAATTTGTAAACACTATTTTAA
TTCTTTAGGAATATTGAAAATATTCATTTGCTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV37TF U 1
AF RR1BV37JQ C 95
BS 1 710 RR1BV37TF
BS 711 815 RR1BV37JQ

RD RR1BV37TF 710 0 0
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTGAAACCAGAATCTAGAAAGAAGAAGAAGAAGGAAGGGA
GAAGAATCATCGGGGGGCATGGCTTCGCCGAGCAAACGCCGAGAGATGGACATGATGAAA
TTGACGATGAGTGATTACAAGGTGGATACTGTCAACGACGATTTGCAGATGTTCTATGTT
ACTTTCCATGGCCCCACTGACAGTCTATATGAGGGAGGTGTATGGAAGATCAAAGTCGAA
CTTCCTGAAGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCTGTTGGTTTCGTTAACAAGATTTATCAC
CCCAATGTTGATGAATCTTCGGGTGCTGTTTGCTTAGATGTAATAAACCAGACACGGAGC
CCAATGTTTGATCTTATCAATGTCTTCGAGTCATTTCTTCCTCAACTGCTTCTATATCCA
AACCCATCTGATCCATTCAATGGAGAAGCTGCCTCTCTCTTGATGCGAGACCGTGCAGCC
TATGAGAAGAAAGTCAAAGAGTACTGCAAAGCATATGCTAAACCAGAGGACATAGGAGCA
CCTGAGGATTTAAGTGATGATGAAGATGACGATGATGATGATAGCATGAGCGAACGTGGT
TCAGACTCGGATGACAACGATGAAATCGCTGGAAAAGCAGATCCTCGATGATGACTTGTG
TGTGTGTTACAAATCAACCTTTCTTTGCACTTCATTTCCATATATATAAA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1BV37JQ 721 0 0
AACGCCGAGAGATGGACATGATGAAATTGACGATGAGTGATTACAAGGTGGATACTGTCA
ACGACGATTTGCAGATGTTCTATGTTACTTTCCATGGCCCCACTGACAGTCTATATGAGG
GAGGTGTATGGAAGATCAAAGTCGAACTTCCTGAAGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCTG
TTGGTTTCGTTAACAAGATTTATCACCCCAATGTTGATGAATCTTCGGGTGCTGTTTGCT
TAGATGTAATAAACCAGACACGGAGCCCAATGTTTGATCTTATCAATGTCTTCGAGTCAT
TTCTTCCTCAACTGCTTCTATATCCAAACCCATTTGATCCATTCAATGGAGAAGCTGCCT
CTCTCTTGATGCGAGACCGTGCAGCCTATGAGAAGAAAGTCAAAGAGTACTGCAAAGCAT
ATGCTAAACCAGAGGACATAGGAGCACCTGAGGATTTAAGTGATGATGAAGATGACGATG
ATGATGATAGCATGAGCGAACGTGGTTCAGACTCGGATGACAACGATGAAATCGCTGGAA
AAGCAGATCCTCGATGATGACTTGTGTGTGTGTTACAAATCAACCTTTCTTTGCACTTCA
TTTCCATATATATAAACCCATTGATGTTCATTCCATATAGAGGAGAAAAAAATCACTCCT
CTGTAAATTTGTAAACACTATTTTAATTCTTTAGGAATATTGAAAATATTCATTTGCTTC
G

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL8592Contig1 920 2 6 U
GGAGGACGCCCTAAGTCCTCTCTTTGTTCCTCTTTCCTCCATCAATCTTCAATCACTCTT
AAGAAAAAGTATCTTCCTTTCGTCGAATTTTCTATAAACTGAGCTTTCGTGGGCGCCAGA
ATCATGCTCTTCCATAGGCTATCAAGATTAGGCTCTCGCATTGTTAAGCAGCTTCCTAGA
GAGAGGCATTTGTCAGTATGTGGGATGCGGGTTTTACAAAGGTCTTATGCTCAATATCTG
CAATCTTCTTCGGCTGTTGTACTACAGAGGCAACCTCAGCAAGCTTTTTTCTCAAACAAT
AATCATCATCGGTGAACATCGTTCAACACTGTCTCTGAAACAGAAAAGATAAACGTTATC
TTTGTTGATAAAGATGGAGAGGAGATTCATATTAAGGTCCCAGTTGGAATGAACATCCTT
GAAGCTGCTCATGAAAACGATATCGAACTCGAAGGGGCTTGTGAATGTTCTCTAGCCTGT
TCCACGTGCCATGTGATTGTTATGGACACGGAGTACTGCAACAAACTGGAAGAACCAACA
GATGAAGAGAATGATATGCTGGATCTTGCTTTTGGGTTAACAGAAACGTCGCGATTGGGA
TGTCAAGTCATAGCAAAACCAGAGCTAGATGGAATACGCTTAGCCATTCCTTCAGCCACT
AGGAATTTTGCAGTTGATGGATTCGTTCCAAAACCTCACTAAGCCACTTCGAAGTGTTCT
CACAGGGAGGGGAGTATTCTATTAGTTGAGTTACTTGAGTTGAAAGAGTTTTCGAGTTTA
CACACTTGTTTAAAATCAGAAACACCATACTACAATAAAACCTTGGGAAGTTGTAACTCA
GAAGTCAGAAGGTTCTTTCTAGCAGCATTCTTATTGTATGTTTTGATTTTGTTACAAACA
TGAAGAAGTTCTCTTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H309TF U 1
AF RR1H309JQ C 172
BS 1 717 RR1H309TF
BS 718 718 RR1H309JQ
BS 719 731 RR1H309TF
BS 732 732 RR1H309JQ
BS 733 791 RR1H309TF
BS 792 920 RR1H309JQ

RD RR1H309TF 791 0 0
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AAGAAAAAGTATCTTCCTTTCGTCGAATTTTCTATAAACTGAGCTTTCGTGGGCGCCAGA
ATCATGCTCTTCCATAGGCTATCAAGATTAGGCTCTCGCATTGTTAAGCAGCTTCCTAGA
GAGAGGCATTTGTCAGTATGTGGGATGCGGGTTTTACAAAGGTCTTATGCTCAATATCTG
CAATCTTCTTCGGCTGTTGTACTACAGAGGCAACCTCAGCAAGCTTTTTTCTCAAACAAT
AATCATCATCGGTGAACATCGTTCAACACTGTCTCTGAAACAGAAAAGATAAACGTTATC
TTTGTTGATAAAGATGGAGAGGAGATTCATATTAAGGTCCCAGTTGGAATGAACATCCTT
GAAGCTGCTCATGAAAACGATATCGAACTCGAAGGGGCTTGTGAATGTTCTCTAGCCTGT
TCCACGTGCCATGTGATTGTTATGGACACGGAGTACTGCAACAAACTGGAAGAACCAACA
GATGAAGAGAATGATATGCTGGATCTTGCTTTTGGGTTAACAGAAACGTCGCGATTGGGA
TGTCAAGTCATAGCAAAACCAGAGCTAGATGGAATACGCTTAGCCATTCCTTCAGCCACT
AGGAATTTTGCAGTTGATGGATTCGTTCCAAAACCTCACTAAGCCACTTCGAAGTGT*CT
CACAGGGAGGG*AGTATTCTATTAGTTGAGTTACTTGAGTTGAAAGAGTTTTCGAGTTTA
CACACTTGTTT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR1H309JQ 749 0 0
CTTCCTAGAGAGAGGCATTTGTCAGTATGTGGGATGCGGGTTTTACAAAGGTCTTATGCT
CAATATCTGCAATCTTCTTCGGCTGTTGTACTACAGAGGCAACCTCAGCAAGCTTTTTTC
TCAAACAATAATCATCATCGGTGAACATCGTTCAACACTGTCTCTGAAACAGAAAAGATA
AACGTTATCTTTGTTGATAAAGATGGAGAGGAGATTCATATTAAGGTCCCAGTTGGAATG
AACATCCTTGAAGCTGCTCATGAAAACGATATCGAACTCGAAGGGGCTTGTGAATGTTCT
CTAGCCTGTTCCACGTGCCATGTGATTGTTATGGACACGGAGTACTGCAACAAACTGGAA
GAACCAACAGATGAAGAGAATGATATGCTGGATCTTGCTTTTGGGTTAACAGAAACGTCG
CGATTGGGATGTCAAGTCATAGCAAAACCAGAGCTAGATGGAATACGCTTAGCCATTCCT
TCAGCCACTAGGAATTTTGCAGTTGATGGATTCGTTCCAAAACCTCACTAAGCCACTTCG
AAGTGTTCTCACAGGGAGGGGAGTATTCTATTAGTTGAGTTACTTGAGTTGAAAGAGTTT
TCGAGTTTACACACTTGTTTAAAATCAGAAACACCATACTACAATAAAACCTTGGGAAGT
TGTAACTCAGAAGTCAGAAGGTTCTTTCTAGCAGCATTCTTATTGTATGTTTTGATTTTG
TTACAAACATGAAGAAGTTCTCTTTTAGC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8593Contig1 987 2 2 U
GGTTCTCTCCGGTGAAGGTTCTGATGAGATCTTTGGAGGGTATCTTTACTTCCACAAGGC
ACCTAACAAGCAAGAGTTTCACCAAGAAACCTGTCGCAAGATCAAGGCTCTTCACAAGTA
CGATTGTTTAAGAGCCAACAAAGCTACCTCTGCTTTTGGTCTAGAGGCGCGTGTCCCTTT
TCTAGACAAAGAGTTTATCAACACCGCTATGTCTCTCGACCCTGAAGCCAAGATGATCAA
ACCAGAGGAAGGAAGGATCGAGAAGTGGGTTTTAAGGAGAGCCTTTGACGATGAAGAACG
TCCTTATTTGCCAAAACACATTCTCTACAGACAGAAAGAGCAGTTTAGTGATGGTGTTGG
GTACAGCTGGATCGATGGCCTCAAAGCCCATGCTGCTGAAAATGTCAATGACAAGATGAT
GTCCAACGCTGCATATATCTTCCCTCACAACACCCCACTCACCAAAGAAGCTTACTATTA
CAGAATGATCTTTGAGAGGTTCTTCCCACAGAACTCGGCAAGGCTAACTGTTCCAGGAGG
TGCGACCGTGGCCTGCTCGACCGCAAAAGCCGTGGAGTGGGATGCAAGCTGGTCCAACAA
TATGGATCCATCGGGAATAGCTGCGATTGGAGTCCACCTCTCCGCCTACGACGGCAGCAA
AGTGGCATTGCCCTTGCCGCCACATAAGACAATTGACGACATGCCAATGATGAGGGGACA
AGAAGTTGTGATTCAGACATGAGTCGAAGGATATATGGGGGAATTGGAGTTCTTTAAAGT
TGTCCTAATGGGTTTAAGTGTTTTTGTATGATTTCAAAATAAAATTGGTTTCCTGTTCCT
AGGGAAGATATGGATGTATAAATTAATTTTCTTGTACTTTTAGCAAAGATTCGAATGTAC
TGTTTCTTCAAAATCGATGTACACCAATCTTACTTAAATGATATGTATTGTAGTATGAAA
TGAAAAAATTTGATTGTGCTTGTTTTC


BQ
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AF RR1DI80TF U 1
AF RR1DI80JQ C 352
BS 1 656 RR1DI80TF
BS 657 987 RR1DI80JQ

RD RR1DI80TF 656 0 0
GGTTCTCTCCGGTGAAGGTTCTGATGAGATCTTTGGAGGGTATCTTTACTTCCACAAGGC
ACCTAACAAGCAAGAGTTTCACCAAGAAACCTGTCGCAAGATCAAGGCTCTTCACAAGTA
CGATTGTTTAAGAGCCAACAAAGCTACCTCTGCTTTTGGTCTAGAGGCGCGTGTCCCTTT
TCTAGACAAAGAGTTTATCAACACCGCTATGTCTCTCGACCCTGAAGCCAAGATGATCAA
ACCAGAGGAAGGAAGGATCGAGAAGTGGGTTTTAAGGAGAGCCTTTGACGATGAAGAACG
TCCTTATTTGCCAAAACACATTCTCTACAGACAGAAAGAGCAGTTTAGTGATGGTGTTGG
GTACAGCTGGATCGATGGCCTCAAAGCCCATGCTGCTGAAAATGTCAATGACAAGATGAT
GTCCAACGCTGCATATATCTTCCCTCACAACACCCCACTCACCAAAGAAGCTTACTATTA
CAGAATGATCTTTGAGAGGTTCTTCCCACAGAACTCGGCAAGGCTAACTGTTCCAGGAGG
TGCGACCGTGGCCTGCTCGACCGCAAAAGCCGTGGAGTGGGATGCAAGCTGGTCCAACAA
TATGGATCCATCGGGAATAGCTGCGATTGGAGTCCACCTCTCCGCCTACGACGGCA

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1DI80JQ 636 0 0
TGGTGTTGGGTACAGCTGGATCGATGGCCTCAAAGCCCATGCTGCTGAAAATGTCAATGA
CAAGATGATGTCCAACGCTGCATATATCTTCCCTCACAACACCCCACTCACCAAAGAAGC
TTACTATTACAGAATGATCTTTGAGAGGTTCTTCCCACAGAACTCGGCAAGGCTAACTGT
TCCAGGAGGTGCGACCGTGGCCTGCTCGACCGCAAAAGCCGTGGAGTGGGATGCAAGCTG
GTCCAACAATATGGATCCATCGGGAATAGCTGCGATTGGAGTCCACCTCTCCGCCTACGA
CGGCAGCAAAGTGGCATTGCCCTTGCCGCCACATAAGACAATTGACGACATGCCAATGAT
GAGGGGACAAGAAGTTGTGATTCAGACATGAGTCGAAGGATATATGGGGGAATTGGAGTT
CTTTAAAGTTGTCCTAATGGGTTTAAGTGTTTTTGTATGATTTCAAAATAAAATTGGTTT
CCTGTTCCTAGGGAAGATATGGATGTATAAATTAATTTTCTTGTACTTTTAGCAAAGATT
CGAATGTACTGTTTCTTCAAAATCGATGTACACCAATCTTACTTAAATGATATGTATTGT
AGTATGAAATGAAAAAATTTGATTGTGCTTGTTTTC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

CO CL8594Contig1 820 2 2 U
GAATCATTGAAAGCTGAAACTTAAAACAAGGTAAACGTATGTATGTGGTTATTGTACATA
CATACGTAACATACATTCATACACCTTTCTCCTCTTTTCACTTTCGTCACTTGCCTCGTG
ATTCATGCGAAATGGAACCTCCAATCGATGACCTTCAGATTGAATGTCAGGTCCATGAGT
TGCTCGATTTCCCGTGTTCCATTGACCACCATACAAGAGAGGTCATCACTGATAAGGAAA
AACCGTATAATTGTCCCTACTGTGGATCCAAGTGTACAGTCGCAGGAGATATTCAATGTC
TGCTTGAGCATCTAAGGAATGATCATCATGTTGAAATGCATGATGGGCGGTGTTTCAGTC
ATCGATATGTCCATCATAATCCTACTAAACATCATCATCATGCTACTCGGATGTTAACTC
TTCTGGATTGTTACGGTCGACAATTCTGCTTATACTTTGAAGCATTCCACCTAAAGAAGA
CGCCCATGTACATAGCTTTCATGCAGTTTATGGGAGACGAAGAGGAAGCGACGAGCTTCA
GCTACACTTTGGAGGTCAATGGCAATGGCAGGAAGATGGCATGGCAAGGAGTGCCTAGAA
GCATTCGTGACAGTCACAAAACCGTCCGTGACAGCCAAGACGGCTTGATCATCACTCGCA
AGTTGGCTTTGTTCTTCTCTGCCGACAATACAAACAGCAAGCAACTAAAGTTGAAGATTT
CAGGTCGTGTATGGAGAGAACATTGAAGAATACAGTCTATTTTTTGTTGTGAATCCTTGT
AATAATATATTATACTCGCAACAAAATAACCTCTTGGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FH46TF U 1
AF RR1FH46JQ C 89
BS 1 703 RR1FH46TF
BS 704 820 RR1FH46JQ

RD RR1FH46TF 703 0 0
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CATACGTAACATACATTCATACACCTTTCTCCTCTTTTCACTTTCGTCACTTGCCTCGTG
ATTCATGCGAAATGGAACCTCCAATCGATGACCTTCAGATTGAATGTCAGGTCCATGAGT
TGCTCGATTTCCCGTGTTCCATTGACCACCATACAAGAGAGGTCATCACTGATAAGGAAA
AACCGTATAATTGTCCCTACTGTGGATCCAAGTGTACAGTCGCAGGAGATATTCAATGTC
TGCTTGAGCATCTAAGGAATGATCATCATGTTGAAATGCATGATGGGCGGTGTTTCAGTC
ATCGATATGTCCATCATAATCCTACTAAACATCATCATCATGCTACTCGGATGTTAACTC
TTCTGGATTGTTACGGTCGACAATTCTGCTTATACTTTGAAGCATTCCACCTAAAGAAGA
CGCCCATGTACATAGCTTTCATGCAGTTTATGGGAGACGAAGAGGAAGCGACGAGCTTCA
GCTACACTTTGGAGGTCAATGGCAATGGCAGGAAGATGGCATGGCAAGGAGTGCCTAGAA
GCATTCGTGACAGTCACAAAACCGTCCGTGACAGCCAAGACGGCTTGATCATCACTCGCA
AGTTGGCTTTGTTCTTCTCTGCCGACAATACAAACAGCAAGCA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1FH46JQ 732 0 0
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TGACCTTCAGATTGAATGTCAGGTCCATGAGTTGCTCGATTTCCCGTGTTCCATTGACCA
CCATACAAGAGAGGTCATCACTGATAAGGAAAAACCGTATAATTGTCCCTACTGTGGATC
CAAGTGTACAGTCGCAGGAGATATTCAATGTCTGCTTGAGCATCTAAGGAATGATCATCA
TGTTGAAATGCATGATGGGCGGTGTTTCAGTCATCGATATGTCCATCATAATCCTACTAA
ACATCATCATCATGCTACTCGGATGTTAACTCTTCTGGATTGTTACGGTCGACAATTCTG
CTTATACTTTGAAGCATTCCACCTAAAGAAGACGCCCATGTACATAGCTTTCATGCAGTT
TATGGGAGACGAAGAGGAAGCGACGAGCTTCAGCTACACTTTGGAGGTCAATGGCAATGG
CAGGAAGATGGCATGGCAAGGAGTGCCTAGAAGCATTCGTGACAGTCACAAAACCGTCCG
TGACAGCCAAGACGGCTTGATCATCACTCGCAAGTTGGCTTTGTTCTTTTCTGCCGACAA
TACAAACAGCAAGCAACTAAAGTTGAAGATTTCAGGTCGTGTATGGAGAGAACATTGAAG
AATACAGTCTATTTTTTGTTGTGAATCCTTGTAATAATATATTATACTCGCAACAAAATA
ACCTCTTGGTAC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL8595Contig1 928 2 8 U
GAACAAAAGATAAACAGAAACTAAGAAGAAAGAATAATGGCGAGAGGGAAGATCCAGATC
AAGAGGATAGAGAACCAGACCAACCGACAAGTGACGTATTCCAAGAGAAGAAATGGTCTG
TTCAAGAAAGCTCACGAGCTTACGGTTTTGTGTGATGCTAGGGTTTCGATTATCATGTTC
TCTAGCTCTAACAAGCTTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGATCATA
GATCTGTACCAAACGGTTTCTGATGTTGATGTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAATGCAA
GAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTCAGATTAAGCAGAGG
CTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAATG
GAAAACACTTTTAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGATCGAA
ACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGAGCTG
GAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGACTCG
GTTCTTGGATATCAAATCGAAGGATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAACCAT
AATCACCATTACCTTCCACCTTCTTGAATGATAAAGGGTTAAAAGGTTGCTGCTATTTAT
CATTATCTATCTACTTTATAACTACTTGAAAAGCATAAGGCTGGTTCTACTACAAACTTA
AACTATCATGTTGCTTAATTATGTATTTCTTACAATCTTAAGTATGGATTGTGTGATCAG
TAGCTTGCTGCTTTGACATATTGTGGTTGGAATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTATA
TTGTCGATGTCCTACTTAACATTACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E646TF U 1
AF RR1E646JQ C 122
BS 1 622 RR1E646TF
BS 623 623 RR1E646JQ
BS 624 694 RR1E646TF
BS 695 696 RR1E646JQ
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BS 707 750 RR1E646TF
BS 751 928 RR1E646JQ

RD RR1E646TF 750 0 0
GAACAAAAGATAAACAGAAACTAAGAAGAAAGAATAATGGCGAGAGGGAAGATCCAGATC
AAGAGGATAGAGAACCAGACCAACCGACAAGTGACGTATTCCAAGAGAAGAAATGGTCTG
TTCAAGAAAGCTCACGAGCTTACGGTTTTGTGTGATGCTAGGGTTTCGATTATCATGTTC
TCTAGCTCTAACAAGCTTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGATCATA
GATCTGTACCAAACGGTTTCTGATGTTGATGTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAATGCAA
GAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTCAGATTAAGCAGAGG
CTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAATG
GAAAACACTTTTAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGATCGAA
ACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGAGCTG
GAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGACTCG
GTTCTTGGATATCAAATCGAAG*ATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAACCAT
AATCACCATTACCTTCCACCTTCTTGAATGATAA**GGTTAAAAG*TTGCTGCTATTTAT
CATTATCTATCTACTTTATAACTACTTGAA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1E646JQ 807 0 0
TCAAGAAAGCTCACGAGCTTACGGTTTTGTGTGATGCTAGGGTTTCGATTATCATGTTCT
CTAGCTCTAACAAGCTTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGATCATAG
ATCTGTACCAAACGGTTTCTGATGTTGATGTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAATGCAAG
AAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTCAGATTAAGCAGAGGC
TAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAATGG
AAAACACTTTTAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGATCGAAA
CCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGAGCTGG
AGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGACTCGG
TTCTTGGATATCAAATCGAAGGATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAACCATA
ATCACCATTACCTTCCACCTTCTTGAATGATTAAGGGTTAAAAGGTTGCTGCTATTTATC
ATTATCTATCTACTTTATAACTACTTGAAAAGCATAAGGCTGGTTCTACTACAAACTTAA
ACTATCATGTTGCTTAATTATGTATTTCTTACAATCTTAAGTATGGATTGTGTGATCAGT
AGCTTGCTGCTTTGACATATTGTGGTTGGAATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTATAT
TGTCGATGTCCTACTTAACATTACCCC

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

CO CL8596Contig1 806 2 2 U
GGTATATGATCTACAACGTCTGCCTCTACTTCAGCCCCTTCATTCAAAAACAGTACTTTG
ACACTTATGGCGATCAAGAGATGATACCTGTGGCTGCCAATGATGTTGCCTTCTCAATCC
ATGCTGTTGTTCTCACAGCTCTTACCCTCTTCCAGATCTTTATCTATGAACGTGGACCTC
AGAAAGTATCCAGATTTGCTACTGTTCTTGTCATTCTTGTCTGGGGGTTTACAGCTATCT
GTTTCTTCATTGCTTTACCTACCCACTCTTGGCTCTGGCTCATTACCATCTTCAACTCGA
TTCAGGTCGGCATGACATGCGTCAAGTACATTCCACAGGCTAAGATGAACTTTACTAGGA
AGAGCACTGTTGGGTGGAGCATTGGCAACATTCTTCTCGATTTTGGTGGTGGACTCGCTA
ACTATCTTCAAATGGTTATTCAATCTATTGACCAAAATTCATGGGTGAACTTCTATGGGA
ACATTGGAAAGACTCTTCTCTCACTCATCTCAATATTTTTTGATATCCTCTTCATGTTTC
AACACTATGTCTTGTACCCTGAGAAGAAATCCCCAAAATCTCCGGAAACTGGTGAGGAAC
CCAATGAACCTCTCATAGATCCTTCTCATGAACATGTTTAGAATCAAAGTCACACAAAAC
CCTTTTTAGTTCCACAGCCTTCCCTTTGTACAAAAAAAAAAAGTAAAAAAACTCTTCCGA
CTTGTAGTTTATCCACATGTTGTTGTCTTATTATTTGAATAATTTCAGTGTATTATTTAT
CTTAGAAACAACGAATATGTAACACT


BQ
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AACACTATGTCTTGTACCCTGAGAAGAAATCCCCAAAATCTCCGGAAACTGGTGAGGAAC
CCAATGAACCTCTCATAGATCCTTCTCATGAACATGTTTAGAATCAAAGTCACACAAAAC
CCTT
CTT

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GTGGTGGACTCGCTAACTATCTTCAAATGGTTATTCAATCTATTGACCAAAATTCATGGG
TGAACTTCTATGGGAACATTGGAAAGACTCTTCTCTCACTCATCTCAATATTTTTTGATA
TCCTCTTCATGTTTCAACACTATGTCTTGTACCCTGAGAAGAAATCCCCAAAATCTCCGG
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AAAGTCACACAAAACCCTTTTTAGTTCCACAGCCTTCCCTTTGTACAAAAAAAAAAAGTA
AAAAAACTCTTCCGACTTGTAGTTTATCCACATGTTGTTGTCTTATTATTTGAATAATTT
CAGTGTATTATTTATCTTAGAAACAACGAATATGTAACACT

QA 1 761 1 761
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ACTTTTTCCCTCATTAAGAGTACCTGAGCACTTCACTCCATATCACCAGCTCCGGTCCAT
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BQ
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BS 10 636 RR1CD21JQ

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QA 1 627 1 627
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AS 1 2

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BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CO44TF U 1
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*CAGTTTTAAGATTGTTTTGTTTGTCTGTCTGTCTGAAGAGTTATTGGCTGTGGTCGCGC
TCTGTGTCTCTGTT
CTTCTCTCCGAGC

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ACGCTTATCTCGATGGTCAATCTCTTTCTTTCTCCATTACTACTACTGATGGTGCTACAA
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TGTGGTTTTATGGGATCTGTTAATGGAGAAGTTCCGATTCTATTTGAGGAAATGATTATA
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QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

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ATACTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F274TF U 1
AF RR1F274JQ C 1
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RD RR1F274JQ 667 0 0
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ACGCGACACAGACATGCGGATGTGGAAAGTCTTTTGCTGCAGAGATGTGAAACCGTTATA
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ATACTAC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL8600Contig1 632 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CB65TF C 1
AF RR1CB65JQ U 9
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BS 9 632 RR1CB65JQ

RD RR1CB65TF 632 0 0
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ATCGGTACCTTGGATGAACTGGAGCGCCGGCTTGACCATCATCGTGATTGGGACGAGAGT
TCTTGGTCTCAGAGTTGTTGGATATGGTGGATGGAGTCGAGAGAGGGAAATGGGAGAGCC
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AGGAGAATGAGTGACAGAAGTTAAAGACCCTATCGAACGAACACAAGCCATTGTTTCGTG
CTTATCGATGTGCGCGAGGAAACTAGAGACCC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1CB65JQ 624 0 0
GAAATGTAACATACACATTTTGCTCATAGAATAGTCCCCAACCTCATTGCTTCTTAACGA
ACTGTAAACCGTTCTGGTCAGAATACCTCTCCATAAACCTCATGAACCTGTCCCATTCTT
TCGGCGTCCTCATCACATGCTTCGCCACAATGCCTTCCGGTTTCCCGTTCACGAATCTAG
CGTTCACATCCGTCGACTGAATCACACCTTCCTCATCAATCATGTACAAACCCGTTATCT
CACCGACCTCACCGCTCGAGTCGAAAACCGATGGTTGGTCGAAAGAAAATAGTGCCATTC
CGTTAGATCCGTCCCTTGACCGAGTCAGCTTAACGTCAGGAATCGTCAGCTCATCGGTAC
CTTGGATGAACTGGAGCGCCGGCTTGACCATCATCGTGATTGGGACGAGAGTTCTTGGTC
TCAAAGTTGTTGGATATGGTGGATGGAGTCGAGAGAGGGAAATGGGAGAGCCAGTGAAGG
AGGAGGGCGAGCATGAAGACATGACAATGCCTGAGGTGCGTGAAACATGTCGAGGAGAAT
GAGTGACAGAAGTTAAAGACCCTATCGAACGAACACAAGCCATTGTTTCGTGCTTATCGA
TGTGCGCGAGGAAACTAGAGACCC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8602Contig1 711 2 2 U
GTTGGGATCGAGGACTTTAATGAACTACCGTCGGTTTTGATGAAGCATGGCACAGTCTTG
GAGAAACACTGTCGACTAACTGAGACCCTTGAAGTTGAAAGATCAGATGCTGATGAAGGT
GTCACTGTGTACAAACCTAGCAGAGTTAGAGTGCGCCATTTGTATGACAAGGAGTTTCAA
GATGTTTTCATCGTTTCCATGGATATATTACTCATCAGATTGACGAAGGATGCGCCGCTG
TGAGAATACCTGTCTATCCAAGCTATTCCAAACTCAAAGGAAAGGAAATTTATCGTCCAA
GCAAAGCAGAGCTGAAGAAAGGTGAAAAACATGGGCATATTGTCCTTCTCACCGGTTATG
GTTTTGATGAAGAAAAGAAACAAATCTACTATCAGTTCCAAGAGACAGCTGGAACTTCTG
TGGGAGATGAAGGTTACTGCTATGTTTATGCCGAGTTCGTCTCCATGTATGTTGAGATGG
AGCTGTGAGGACGTGTTGCTGCTGATGGATGGACACATTGGTATACAAATGGCAACATCA
ATTACTTGGAAATATAATATAACTTGGGAGACTTGTTAATAGCTGATGGATGGACGTTGG
TATACAAATGGCAACATCAATTACTTGGAAATATAATATAACTTGGGAGACTTGTTAATA
GCTGCTGTCGTATTTGATATAAACCGACATTAATAGAACTTTGATATATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FN59TF U 1
AF RR1FN59JQ C 78
BS 1 704 RR1FN59TF
BS 705 711 RR1FN59JQ

RD RR1FN59TF 704 0 0
GTTGGGATCGAGGACTTTAATGAACTACCGTCGGTTTTGATGAAGCATGGCACAGTCTTG
GAGAAACACTGTCGACTAACTGAGACCCTTGAAGTTGAAAGATCAGATGCTGATGAAGGT
GTCACTGTGTACAAACCTAGCAGAGTTAGAGTGCGCCATTTGTATGACAAGGAGTTTCAA
GATGTTTTCATCGTTTCCATGGATATATTACTCATCAGATTGACGAAGGATGCGCCGCTG
TGAGAATACCTGTCTATCCAAGCTATTCCAAACTCAAAGGAAAGGAAATTTATCGTCCAA
GCAAAGCAGAGCTGAAGAAAGGTGAAAAACATGGGCATATTGTCCTTCTCACCGGTTATG
GTTTTGATGAAGAAAAGAAACAAATCTACTATCAGTTCCAAGAGACAGCTGGAACTTCTG
TGGGAGATGAAGGTTACTGCTATGTTTATGCCGAGTTCGTCTCCATGTATGTTGAGATGG
AGCTGTGAGGACGTGTTGCTGCTGATGGATGGACACATTGGTATACAAATGGCAACATCA
ATTACTTGGAAATATAATATAACTTGGGAGACTTGTTAATAGCTGATGGATGGACGTTGG
TATACAAATGGCAACATCAATTACTTGGAAATATAATATAACTTGGGAGACTTGTTAATA
GCTGCTGTCGTATTTGATATAAACCGACATTAATAGAACTTTGA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR1FN59JQ 634 0 0
AACTGAGACCCTTGAAGTTGAAAGATCAGATGCTGATGAAGGTGTCACTGTGTACAAACC
TAGCAGAGTTAGAGTGCGCCATTTGTATGACAAGGAGTTTCAAGATGTTTTCATCGTTTC
CATGGATATATTACTCATCAGATTGACGAAGGATGCGCCGCTGTGAGAATACCTGTCTAT
CCAAGTTATTCCAAACTCAAAGGAAAGGAAATTTTTCGTCCAAGCAAAGCAGAGCTGAAG
AAAGGTGAAAAACATGGGCATATTGTCCTTTTCACCGGTTATGGTTTTGATGAAGAAAAG
AAACAAATTTACTATCAGTTCCAAGAGACAGCTGGAACTTTTGTGGGAGATGAAGGTTAC
TGCTATGTTTATGCCGAGTTCGTCTCCATGTATGTTGAGATGGAGCTGTGAGGACGTGTT
GCTGCTGATGGATGGACACATTGGTATACAAATGGCAACATCAATTACTTGGAAATATAA
TATAACTTGGGAGACTTGTTAATAGCTGATGGATGGACGTTGGTATACAAATGGCAACAT
CAATTACTTGGAAATATAATATAACTTGGGAGACTTGTTAATAGCTGCTGTCGTATTTGA
TATAAACCGACATTAATAGAACTTTGATATATAG

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL8603Contig1 839 2 6 U
GGATACCGAAGTAGCGCCGTCGGCATTTCACACTCTCGAGAGACGAAAGATGAAGACGAT
CTTATCATCCGAGACCATGGACATCCCCGAAGGCGTCTCCATCAAGGTCCACGCCAAGGT
GATCGAAGTGGAAGGCCCACGCGGGAAGCTCACTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGA
TTTCCAGCTCATCAAAGACGACGTCACGGGCAAGCGACAGCTCAAGATCGACTCGTGGTT
CGGCTCCCGCAAGGCCAGCGCCTCGATCAGGACCGCTCTGAGCCACGTCAGCAATCTCAT
CGCTGGCGTCACTCAGGGTTTCCTTTACAAGATGAGGTTCGTGTATGCTCATTTCCCCAT
CAACGCTTCCATCTCCGGCGACAACAAGTCCATCGAGATCCGTAACTTCCTCGGCGAGAA
GAAGGTCAGGAAGGTTGATATGTTGGATGGTGTTACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTCAA
GGATGAGATTACTCTTGAGGGTAATGATATCGAGCTTGTCTCGCGTTCTTGCGCTCTGAT
TAATCAGAAATGCCATGTGAAGAAAAAGGATATTAGGAAGTTTCTTGATGGTATCTATGT
GAGCGAGAAGGGCAAGATCGCTGTTGAAGAATGAAGCTATTGAAATGCTTTATTAGTTTC
ATATTGTGGAAGAGTGATTTAGTTGTAGCGTTTTTTATTTACCGTCTCTTATGGATTTGT
AGTTTTGTTTCCGTTGGATCGTTATTGATGATGCAAACTCGCTGTCCCTTTATGTTTGGG
TTTTTTTATTTTTCTCTGTTCTTGCAAAAGTTTTTGGCACTATTTTCACTTTTACTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GU52TF U 1
AF RR1GU52JQ C 138
BS 1 695 RR1GU52TF
BS 696 696 RR1GU52JQ
BS 697 745 RR1GU52TF
BS 746 746 RR1GU52JQ
BS 747 762 RR1GU52TF
BS 763 839 RR1GU52JQ

RD RR1GU52TF 762 0 0
GGATACCGAAGTAGCGCCGTCGGCATTTCACACTCTCGAGAGACGAAAGATGAAGACGAT
CTTATCATCCGAGACCATGGACATCCCCGAAGGCGTCTCCATCAAGGTCCACGCCAAGGT
GATCGAAGTGGAAGGCCCACGCGGGAAGCTCACTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGA
TTTCCAGCTCATCAAAGACGACGTCACGGGCAAGCGACAGCTCAAGATCGACTCGTGGTT
CGGCTCCCGCAAGGCCAGCGCCTCGATCAGGACCGCTCTGAGCCACGTCAGCAATCTCAT
CGCTGGCGTCACTCAGGGTTTCCTTTACAAGATGAGGTTCGTGTATGCTCATTTCCCCAT
CAACGCTTCCATCTCCGGCGACAACAAGTCCATCGAGATCCGTAACTTCCTCGGCGAGAA
GAAGGTCAGGAAGGTTGATATGTTGGATGGTGTTACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTCAA
GGATGAGATTACTCTTGAGGGTAATGATATCGAGCTTGTCTCGCGTTCTTGCGCTCTGAT
TAATCAGAAATGCCATGTGAAGAAAAAGGATATTAGGAAGTTTCTTGATGGTATCTATGT
GAGCGAGAAGGGCAAGATCGCTGTTGAAGAATGAAGCTATTGAAATGCTTTATTAGTTTC
ATATTGTGGAAGAGTGATTTAGTTGTAGCGTTTTT*ATTTACCGTCTCTTATGGATTTGT
AGTTTTGTTTCCGTTGGATCGTTAT*GATGATGCAAACTCGC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR1GU52JQ 702 0 0
CACGCGGGAAGCTCACTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTTCCAGCTCATCAAAG
ACGACGTCACGGGCAAGCGACAGCTCAAGATCGACTCGTGGTTCGGCTCCCGCAAGGCCA
GCGCCTCGATCAGGACCGCTCTGAGCCACGTCAGCAATCTCATCGCTGGCGTCACTCAGG
GTTTCCTTTACAAGATGAGGTTCGTGTATGCTCATTTCCCCATCAACGCTTCCATCTCCG
GCGACAACAAGTCCATCGAGATCCGTAACTTCCTCGGCGAGAAGAAGGTCAGGAAGGTTG
ATATGTTGGATGGTGTTACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTCAAGGATGAGATTACTCTTG
AGGGTAATGATATCGAGCTTGTCTCGCGTTCTTGCGCTCTGATTAATCAGAAATGCCATG
TGAAGAAAAAGGATATTAGGAAGTTTCTTGATGGTATCTATGTGAGCGAGAAGGGCAAGA
TCGCTGTTGAAGAATGAAGCTATTGAAATGCTTTATTAGTTTCATATTGTGGAAGAGTGA
TTTAGTTGTAGCGTTTTTTATTTACCGTCTCTTATGGATTTGTAGTTTTGTTTCCGTTGG
ATCGTTATTGATGATGCAAACTCGCTGTCCCTTTATGTTTGGGTTTTTTTATTTTTCTCT
GTTCTTGCAAAAGTTTTTGGCACTATTTTCACTTTTACTTGC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL8604Contig1 625 2 2 U
GGTCGATGAGCTAGACGGTGCGCGAGTGTACAACGTGGATGACCTCAAGGAAGTGGTTGC
TGCTAATAAAGAAGACAGGGCGAAGAAAGCAATGGAAGCTCAGGGTATCATCACAGAGGA
GTCCAGACAGTTTGAAGCGTGGAGGGATTCGCTGGAGACGGTTCCAACGATCAAGAAGCT
AAGGGAGTATTGCGAGAGAACAAGAGCTGGTTTGGTTGAGAGATTCATGTCGAAACATGG
CGATGGCATGGACAAGAAGACGAGGAAAGCGGTTGAGGATTTGACACGAAGTGTAGTGAA
CAAGCTGTTGCACGGTCCAATGCAGCATTTGAGATGCGATGGGAGTGATAGCAGGACGTT
GAAAGAGACGTTAGAGAACATGCAGGCTCTGAATAGAATGTATGGACTCGATGCAGAGTT
GCTCGAGGATAAGATTAGAGCAAAGGTGGAACAAAAATAGAGAGTATTTGCTTACAATTC
ATTTTTCATCTTCTTTATATTCGTAGAGGTCACACATGAGTAGAGAGAGTGATGATAGCT
TCTGTGGGAGAAGATGTGAGAAGTAAACCATAATTGTTTCATTAAGAATGTGTTTGAAAT
TAAATAATATTTACATTTTTGAACC


BQ
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AF RR1CM48JQ C 1
AF RR1CM48TF U 1
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BS 625 625 RR1CM48JQ

RD RR1CM48JQ 625 0 0
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TAAATAATATTTACATTTTTGAACC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1CM48TF 624 0 0
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TGCTAATAAAGAAGACAGGGCGAAGAAAGCAATGGAAGCTCAGGGTATCATCACAGAGGA
GTCCAGACAGTTTGAAGCGTGGAGGGATTCGCTGGAGACGGTTCCAACGATCAAGAAGCT
AAGGGAGTATTGCGAGAGAACAAGAGCTGGTTTGGTTGAGAGATTCATGTCGAAACATGG
CGATGGCATGGACAAGAAGACGAGGAAAGCGGTTGAGGATTTGACACGAAGTGTAGTGAA
CAAGCTGTTGCACGGTCCAATGCAGCATTTGAGATGCGATGGGAGTGATAGCAGGACGTT
GAAAGAGACGTTAGAGAACATGCAGGCTCTGAATAGAATGTATGGACTCGATGCAGAGTT
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ATTTTTCATCTTCTTTATATTCGTAGAGGTCACACATGAGTAGAGAGAGTGATGATAGCT
TCTGTGGGAGAAGATGTGAGAAGTAAACCATAATTGTTTCATTAAGAATGTGTTTGAAAT
TAAATAATATTTACATTTTTGAAC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL8605Contig1 913 2 2 U
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GTTTGTTTCTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI85TF U 1
AF RR1DI85JQ C 360
BS 1 577 RR1DI85TF
BS 578 913 RR1DI85JQ

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AAGAAAAGGGGTCGTCTTCCAAGGACGGTTATGTCGGACGACATAGCAGATGTGGCCGGC
GCGTCCGATTCTAAAGCCACCGTGGTGGCTGGAGACGAAGAGCCGGCAAAGAAGCCCAGG
AAGAAAGGTTCTCCTAAGTTGATTAACCCACCTGAAGGTCCTCCTAAATGTAACGTTTGC
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GGATATTTTGGGTTCTTCCCTCCGCCCACATTTAATG

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR1DI85JQ 554 0 0
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GAAGAAAGGTTCTCCTAAGTTGATTAACCCACCTGAAGGTCCTCCTAAATGTAACGTTTG
CGGGAGAAGTTTTCTTTCTTGGAAAGCTGTCTTTGGCCACTTACGGGCTCATACAGATAG
GGGATATTTTGGGTTCTTCCCTCCGCCCACATTTAATGCGGCCGTGGAAGCATCTGGGGG
TGCTGTTGCTGCTTCTTGCGGTGGAAGAGGGCTTGGTTTAGGCACTGGAGGGTTAAATTT
TGATTTGAATGCTGACCCGATTGATGAGGATAAGGAGGAAACTGGAACTGGATCTGCCCC
AAAGTTTGATCTCAACAGGTCGCCACCACAAGATGAAGATGAGAATAAAGAAGATAAAGC
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TTTTTGCATGTGTGTGCATGCAATCAGTACGTACCTTTCCTTGTCTACATTGTTTTCTTC
GGTTTGTTTCTTTG

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

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TGGATGGAATTGGTTTAGGTAAGCGAAGGAGAGTTTTTTATGAGGTAGAGGATGAAGATG
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BQ
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BQ
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AF RR1AL23TF U 1
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CTCCATCTTCTAAAAT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FV59JQ U 23
AF RR1FV59TF C 1
BS 1 22 RR1FV59TF
BS 23 639 RR1FV59JQ
BS 640 695 RR1FV59TF

RD RR1FV59JQ 617 0 0
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ATGTACTTATAAACTAGTAATATAGACATTACTCTGTCTGTCTCTCTTACCCAACTCTAT
ATATAGTTTCTCTTTCTTCATTTTTCTTATCATCGAACTTTCTCTCCATCTCCTCTCTCT
ATTCTCTCTCCCTCTCGCTCTCAGTCTTCAGACCAGAAACAAGATATACACAGCCAGTGT
CTCAAAATACCATGGTTTCTCTGCTTACAATTTCGACGACTGGTTCTCAAACATGGCCTC
AGGCCCATATTAATATAGGCTTTAGGCCTATCAAACGACAACCGAAGATTAAATGCACGG
TGCATATCGACGTAACGGAACTACCCTTAAAACGGCCTTCACTTACACCCAGAACCACCG
CGACGCCACCGCAGCATAACCCTCTCCGGCTAAACATCTTCCAGAAAGCCGCCGCGATTG
CGATCGATGCGGCTGAGCGCGCGTTGATCTCACGTGAGCAAGACACTCCTCTTCCCAAAA
CCGCAGATCCACATTCAAATCGCCGGCAATTATTTTCCGGTACCGGAGTTTCCCGTCCGA
GAGTGTCTCGACGTTGA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR1FV59TF 695 0 0
TTTTTTTGCATCAAAATTATTTATTGATTTGTTTTCTCTTGGTTTTCATGTAATACAAGG
CTGGTTTACATCGTTTTCTAAAATGTACTTATAAACTAGTAATATAGACATTACTCTGTC
TGTCTCTCTTACCCAACTCTATATATAGTTTCTCTTTCTTCATTTTTCTTATCATCGAAC
TTTCTCTCCATCTCCTCTCTCTATTCTCTCTCCCTCTCGCTCTCAGTCTTCAGACCAGAA
ACAAGATATACACAGCCAGTGTCTCAAAATACCATGGTTTCTCTGCTTACAATTTCGACG
ACTGGTTCTCAAACATGGCCTCAGGCCCATATTAATATAGGCTTTAGGCCTATCAAACGA
CAACCGAAGATTAAATGCACGGTGCATATCGACGTAACGGAACTACCCTTAAAACGGCCT
TCACTTACACCCAGAACCACCGCGACGCCACCGCAGCATAACCCTCTCCGGCTAAACATC
TTCCAGAAAGCCGCCGCGATTGCGATCGATGCGGCTGAGCGCGCGTTGATCTCACGTGAG
CAAGACACTCCTCTTCCCAAAACCGCAGATCCACATTCAAATCGCCGGCAATTATTTTCC
GGTACCGGAGTTTCCCGTCCGAGAGTGTCTCGACGTTGAAGGAACAATCCCTGACTGCAT
TGACGGAGTTTATGTCCGTAACGGCGCAAACCCCC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL8610Contig1 1242 2 2 U
GGGCAGTCTTGCAGACACCATTCGTAAAACACCCTAAGCTCCGGCGGCCGAGCAAGCGCC
ACCGGAAGCGTCATCTCTTCTCTCCTTCTTCATTTTCTCTTTGCTTCCGTCCTCTCCGTT
TTTCCTGGGTCAAGATACTAGTCCCTCTGTGCTGTCGTGGTTACTCCAGAATCTCGCTTC
GCGATGGACATAGCTGGCTTCGGACTTCTTATGGAGGGGCGGTGAGATCTCAGGTGACAC
GGTAGAGGCGAAAGTCAGCTTTAACCAGATCCAGTTCTCCCTTTTGGAGATCTTCCGTTA
AAGCTGTGTGACGTCGGTGCGTTATGAGATGTGACAGTTCCTCCACCATGGATCTACCAT
TCTCCGGCGACGGTGTGATTACGGGAGGAAGGATGTGACTGGCAGCAAAAAAGTGTTTCG
ATCCTCGAGATTGATGCGCGGATTGGATCTAAACGATGGATTCATCCTTCGGAGGAGAGG
TCCTCGCCGGAGACGCGCGGTGGAGAAGTGCTTCATGGCGACGGTTTAGCCGGTGGCTGT
TCCAATTTCTGATTTCTTCAATCTTTCAAGCTGTGATGTGTTCTTCTCATCCCGCTAGTC
GATGTCAAGACCCGCTTTTCATTCTGGACAGTTACGTTCAGCTTCAGGTTTAGGGTCGGG
ATGGTGTGACTGAAGGGATGGATTTGCGGTTGGTATGCGCCTGTTAGGTGAGGTACTGTT
AGTCCATGTACTGAAATAAAAATCTATGGAGGCTAATAGTTTGGGAAGTTTACCGGATCC
GACTGCGGTTCATAATCCGAAAGCTCACTTCCTTCCTTGCGCTTTCAAGATATTATTGCT
ACGACGACCACCCTGTCAGTACCGTCTTTAGGCTTAGGAGCAGAGCTTTTCAACCGGCGG
TGACACATATAGTAAAGGAATGCATCGAAAGGTGAGGAGTATTGGTCCCGTGCCCCATTC
TTATCATATAGAGACCAATGCCATGTTTCAATCTAGGTCCTTGAATAGTGCTTGTCATCT
AAGGGGCACAAAGTTCTTGTCTCATAGGGTTTAATTAGTAAGTGTAAGGACATGCTCCTT
ATGTGTCTTAGTAAGAGTTTATGTCCATTGGGGTGAAATTACAACAAAGAATTGCATTTG
GTAGTGTAGGATCCAAGCAGTGATCTTAGATGTTACTAAATCTTTTTGTTTGTAAAGTGA
GGTTTCAAACACTTAGAGCATCAACATTGCAAGATCTTTACG


BQ
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AF RR1CP24TF U 1
AF RR1CP24JQ C 492
BS 1 644 RR1CP24TF
BS 645 1242 RR1CP24JQ

RD RR1CP24TF 644 0 0
GGGCAGTCTTGCAGACACCATTCGTAAAACACCCTAAGCTCCGGCGGCCGAGCAAGCGCC
ACCGGAAGCGTCATCTCTTCTCTCCTTCTTCATTTTCTCTTTGCTTCCGTCCTCTCCGTT
TTTCCTGGGTCAAGATACTAGTCCCTCTGTGCTGTCGTGGTTACTCCAGAATCTCGCTTC
GCGATGGACATAGCTGGCTTCGGACTTCTTATGGAGGGGCGGTGAGATCTCAGGTGACAC
GGTAGAGGCGAAAGTCAGCTTTAACCAGATCCAGTTCTCCCTTTTGGAGATCTTCCGTTA
AAGCTGTGTGACGTCGGTGCGTTATGAGATGTGACAGTTCCTCCACCATGGATCTACCAT
TCTCCGGCGACGGTGTGATTACGGGAGGAAGGATGTGACTGGCAGCAAAAAAGTGTTTCG
ATCCTCGAGATTGATGCGCGGATTGGATCTAAACGATGGATTCATCCTTCGGAGGAGAGG
TCCTCGCCGGAGACGCGCGGTGGAGAAGTGCTTCATGGCGACGGTTTAGCCGGTGGCTGT
TCCAATTTCTGATTTCTTCAATCTTTCAAGCTGTGATGTGTTCTTCTCATCCCGCTAGTC
GATGTCAAGACCCGCTTTTCATTCTGGACAGTTACGTTCAGCTT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1CP24JQ 751 0 0
GACGCGCGGTGGAGAAGTGCTTCATGGCGACGGTTTAGCCGGTGGCTGTTCCAATTTCTG
ATTTCTTCAATCTTTCAAGCTGTGATGTGTTCTTCTCATCCCGCTAGTCGATGTCAAGAC
CCGCTTTTCATTCTGGACAGTTACGTTCAGCTTCAGGTTTAGGGTCGGGATGGTGTGACT
GAAGGGATGGATTTGCGGTTGGTATGCGCCTGTTAGGTGAGGTACTGTTAGTCCATGTAC
TGAAATAAAAATCTATGGAGGCTAATAGTTTGGGAAGTTTACCGGATCCGACTGCGGTTC
ATAATCCGAAAGCTCACTTCCTTCCTTGCGCTTTCAAGATATTATTGCTACGACGACCAC
CCTGTCAGTACCGTCTTTAGGCTTAGGAGCAGAGCTTTTCAACCGGCGGTGACACATATA
GTAAAGGAATGCATCGAAAGGTGAGGAGTATTGGTCCCGTGCCCCATTCTTATCATATAG
AGACCAATGCCATGTTTCAATCTAGGTCCTTGAATAGTGCTTGTCATCTAAGGGGCACAA
AGTTCTTGTCTCATAGGGTTTAATTAGTAAGTGTAAGGACATGCTCCTTATGTGTCTTAG
TAAGAGTTTATGTCCATTGGGGTGAAATTACAACAAAGAATTGCATTTGGTAGTGTAGGA
TCCAAGCAGTGATCTTAGATGTTACTAAATCTTTTTGTTTGTAAAGTGAGGTTTCAAACA
CTTAGAGCATCAACATTGCAAGATCTTTACG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL8611Contig1 689 2 1 U
GGGACACAATGGACTCTCTCGTTGCTCAGCTACAGATGCAATACCGTAACTATGTCCTTT
CTCTCTACCAACAGGGCTTTCTGGATGATCAGTTTACTGAGTTAAAAAGTCTACAAGATG
ATGGAAGTCCTGATTTTGTGTCTGAGGTTCTCTCTCTCTTCTTTGACGATTGTGTCAAGC
TTGTCGGTAACATGGCTAGAGCTTTGGACCGGACAGGAACTGTAGATTTTAGTCAGGTTG
GTGCTAGTGTGCATCAGTTGAAGGGTAGTAGCTCAAGTGTTGGTGCCAAGAGGGTCAAAG
GCTTGTGTATTAACTTCAAGGAACTTTGTGAGGCTAAGAACTACGAAGGGTGTGTGAGGT
GTCTGCAGCAAGTGGATATCGAGTACAAGACGTTAAAGGCAAAGCTTCAAGATATGTTCA
ATCTTGAAAAACAAATCGTTCAAGCTGGTGGTATCGTTCCTCAAGTGGATATAAAATAAA
AGACTTGTTCCTCACTTGTGATACTCTCTGGTGGATGAAGAGAAGAACAAGATGATGATG
ATGGCTCAAATTTGCATTCTTCAGTTTTTTTTTATTTGTTTATTTAGAAGAAACTCAAAA
AGAATGTTTGGGAGGAAAAGAGAGAAGTGATGATTCTTGTTGATAAAGCTACTTTTCCAT
TTGTCAATCAAAAGATCTTTAATAAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GG56TF U 1
AF RR1GG56JQ C 73
BS 1 689 RR1GG56TF

RD RR1GG56TF 689 0 0
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CTCTCTACCAACAGGGCTTTCTGGATGATCAGTTTACTGAGTTAAAAAGTCTACAAGATG
ATGGAAGTCCTGATTTTGTGTCTGAGGTTCTCTCTCTCTTCTTTGACGATTGTGTCAAGC
TTGTCGGTAACATGGCTAGAGCTTTGGACCGGACAGGAACTGTAGATTTTAGTCAGGTTG
GTGCTAGTGTGCATCAGTTGAAGGGTAGTAGCTCAAGTGTTGGTGCCAAGAGGGTCAAAG
GCTTGTGTATTAACTTCAAGGAACTTTGTGAGGCTAAGAACTACGAAGGGTGTGTGAGGT
GTCTGCAGCAAGTGGATATCGAGTACAAGACGTTAAAGGCAAAGCTTCAAGATATGTTCA
ATCTTGAAAAACAAATCGTTCAAGCTGGTGGTATCGTTCCTCAAGTGGATATAAAATAAA
AGACTTGTTCCTCACTTGTGATACTCTCTGGTGGATGAAGAGAAGAACAAGATGATGATG
ATGGCTCAAATTTGCATTCTTCAGTTTTTTTTTATTTGTTTATTTAGAAGAAACTCAAAA
AGAATGTTTGGGAGGAAAAGAGAGAAGTGATGATTCTTGTTGATAAAGCTACTTTTCCAT
TTGTCAATCAAAAGATCTTTAATAAGTTT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1GG56JQ 617 0 0
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ATTTTGTGTCTGAGGTTCTCTCTCTCTTCTTTGACGATTGTGTCAAGCTTGTCGGTAACA
TGGCTAGAGCTTTGGACCGGACAGGAACTGTAGATTTTAGTCAGGTTGGTGCTAGTGTGC
ATCAGTTGAAGGGTAGTAGCTCAAGTGTTGGTGCCAAGAGGGTCAAAGGCTTGTGTATTA
ACTTCAAGGAACTTTGTGAGGCTAAGAACTACGAAGGGTGTGTGAGGTGTCTGCAGCAAG
TGGATATCGAGTACAAGACGTTAAAGGCAAAGCTTCAAGATATGTTCAATCTTGAAAAAC
AAATCGTTCAAGCTGGTGGTATCGTTCCTCAAGTGGATATAAAATAAAAGACTTGTTCCT
CACTTGTGATACTCTCTGGTGGATGAAGAGAAGAACAAGATGATGATGATGGCTCAAATT
TGCATTCTTCAGTTTTTTTTTATTTGTTTATTTAGAAGAAACTCAAAAAGAATGTTTGGG
AGGAAAAGAGAGAAGTGATGATTCTTGTTGATAAAGCTACTTTTCCATTTGTCAATCAAA
AGATCTTTAATAAGTTT

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL8612Contig1 833 2 2 U
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TTTTGAGAGATTGGAAAGAGGGGGCAAATGAGTGTGAGCAACGCATCGGTTCATCCGGTG
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ATGGAATATATACAAGGGATGCCTGCAACGTTACTGGGCCTCTCGCTTCGTTTCTTTCAG
TTCTTCTTCGCAGCTGCTTCCCTCTCCGTCATGGCCTCTACCAGTGACTTCCCTTCCGTT
TCCGCCTTCTGCTATCTAGTTGCAGCAACTGGCCTGCAGAGCTTGTGGAGTCTTGCACTA
GCCACAGTTGATGTCTATGCCATTATGGTCAAACGTTCCCTACAGAACCCTCGCCTCCTT
ACCTTGTTTGCAGTTGGTGATGGGGTGACATCGACGATGACTTTTGCAGCAGCGTGTGCA
TCGGCAGGGATAACGGTTCTGATCGACAACGATCTGAATAGCTGCTCGGCAAACCATTGT
GTTCGGTTCGAAACATCAACAGCATTAGCCTTCATTAGCTGGTTTGCTGCTCTCCCTTCT
TTTCTCTTCAACTTCTGGTCTCTCGCTTCATCATCATCATCCCGTTGAATATTAGACCGA
AGACGAGATCTGTTTACACCCTGTGTGTACATATAGTGACTACTTTTTTCTTCTTTCTTA
TTTGGGTTTGTATTTAAAGAAACTTAGTATGCAAATGGTTGCAGATTGAACTACCTGTCA
TAGTTGTAACATCTGTAACGACTAGATGAATTATAAACAACATAAGAAGAAGG


BQ
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AF RR1BL29TF U 1
AF RR1BL29JQ C 86
BS 1 702 RR1BL29TF
BS 703 833 RR1BL29JQ

RD RR1BL29TF 702 0 0
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TTTTGAGAGATTGGAAAGAGGGGGCAAATGAGTGTGAGCAACGCATCGGTTCATCCGGTG
GAAGCTCCTCCTTCTCTTCCAGCAGCTCCAGAAGGTACACAACAAGCGCCACGTGTGAGG
ATGGAATATATACAAGGGATGCCTGCAACGTTACTGGGCCTCTCGCTTCGTTTCTTTCAG
TTCTTCTTCGCAGCTGCTTCCCTCTCCGTCATGGCCTCTACCAGTGACTTCCCTTCCGTT
TCCGCCTTCTGCTATCTAGTTGCAGCAACTGGCCTGCAGAGCTTGTGGAGTCTTGCACTA
GCCACAGTTGATGTCTATGCCATTATGGTCAAACGTTCCCTACAGAACCCTCGCCTCCTT
ACCTTGTTTGCAGTTGGTGATGGGGTGACATCGACGATGACTTTTGCAGCAGCGTGTGCA
TCGGCAGGGATAACGGTTCTGATCGACAACGATCTGAATAGCTGCTCGGCAAACCATTGT
GTTCGGTTCGAAACATCAACAGCATTAGCCTTCATTAGCTGGTTTGCTGCTCTCCCTTCT
TTTCTCTTCAACTTCTGGTCTCTCGCTTCATCATCATCATCCCGTTGAATATTAGACCGA
AGACGAGATCTGTTTACACCCTGTGTGTACATATAGTGACTA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR1BL29JQ 748 0 0
AAATGAGTGTGAGCAACGCATCGGTTCATCCGGTGGAAGCTCCTCCTTCTCTTCCAGCAG
CTCCAGAAGGTACACAACAAGCGCCACGTGTGAGGATGGAATATATACAAGGGATGCCTG
CAACGTTACTGGGCCTCTCGCTTCGTTTCTTTCAGTTCTTCTTCGCAGCTGCTTCCCTCT
CCGTCATGGCCTCTACCAGTGACTTCCCTTCCGTTTCCGCCTTCTGCTATCTAGTTGCAG
CAACTGGCCTGCAGAGCTTGTGGAGTCTTGCACTAGCCACAGTTGATGTCTATGCCATTA
TGGTCAAACGTTCCCTACAGAACCCTCGCCTCCTTACCTTGTTTGCAGTTGGTGATGGGG
TGACATCGACGATGACTTTTGCAGCAGCGTGTGCATCGGCAGGGATAACGGTTCTGATCG
ACAACGATCTGAATAGCTGCTCGGCAAACCATTGTGTTCGGTTCGAAACATCAACAGCAT
TAGCCTTCATTAGCTGGTTTGCTGCTCTCCCTTCTTTTCTCTTCAACTTCTGGTCTCTCG
CTTCATCATCATCATCCCGTTGAATATTAGACCGAAGACGAGATCTGTTTACACCCTGTG
TGTACATATAGTGACTACTTTTTTCTTCTTTCTTATTTGGGTTTGTATTTAAAGAAACTT
AGTATGCAAATGGTTGCAGATTGAACTACCTGTCATAGTTGTAACATCTGTAACGACTAG
ATGAATTATAAACAACATAAGAAGAAGG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL8613Contig1 1185 2 2 U
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CAAACCTCTGGTGATCGAAGATGTGCAAGTGGCTCCCCCTCAGGCCGGTGAGGTTCGGAT
CAAGATCCTCTTCACCGCTCTCTGTCACACCGACGCCTACACTTGGAGCGGCAAGGATCC
CGAAGGTCTCTTTCCTTGTATCCTCGGTCACGAGGCTGCTGGGATTGTTGAGAGTGTTGG
TGAAGGTGTAACTGAGGTGCAACCAGGGGATCATGTGATCCCTTGTTACCAAGCCGAGTG
CCGTGAATGCAAGTTCTGCAAATCTGGAAAGACTAACCTCTGCGGCAAGGTTCGATCCGC
TACTGGTGTTGGGGTCATGATGAACGACCGTAAGAGCCGCTTCTCCGTTAATGGAAAACC
CATTTATCACTTCATGGGTACCTCCACCTTTAGTCAGTACACTGTTGTTCATGATGTTAG
TGTCGCCAAGATTGATCCTCACGCTCCTTTGGGCAAAGTCTGCCTTCTTGGGTTGTGGTG
TTCCCACTGGTCTTGGAGCGGTTTGGAACACTGCAAAAGTAGAGCCTGGGTCAAATGTCG
CCATTTTTGGTCTTGGGACCGTGGGCCTTGCTGTTGCTGAGGGTGCGAAAACAGCTGGTG
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GTGTTAATGAGTTTGTGAACCCAAAGGACCACCAAAAGCCTATACAGGAAGTGATTGTTG
ATCTCACTGATGGCGGTGTTGACTACAGCTTTGAGTGTATTGGGAATGTCTCCGTGATGA
GAGCCGCATTGGAGTGCTGTCACAAGGGATGGGGAACTTCGGTTATAGTTGGTGTTGCAG
CATCAGGACAAGAGATAGCAACCCGACCGTTCCAACTCGTGACTGGCCGTGTATGGAAAG
GAACAGCTTTTGGTGGTTTCAAGAGTCGAACCCAAGTTCCTTGGCTTGTGGAGAAGTATA
TGAACAAGGAGATAAAAGTGGATGAGTACATAACGCACAACACGACCTTGGGAGAGTTCA
ACAAGGCTTTTGACCTGTTGCATGAAGGTACTTGCCTTCGTTGTGTCCTCAGTACCAGCG
ACTGATAAACCAATGGTTTTTATCTTTCATGTATTTTGCGTCTTT


BQ
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AF RR1A030TF U 1
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BS 747 1185 RR1A030JQ

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TATTTTGCGTCTTT

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DS 



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BQ
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AF RR1AZ91JQ C 1
AF RR1AZ91TF U 1
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BS 622 637 RR1AZ91JQ

RD RR1AZ91JQ 637 0 0
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QA 1 637 1 637
DS 

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GCTCCCATGTTGTCGTAGAGAACGATGCGGTAATCTTCGAGCAGATGTGGGACCAGGTGT
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QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

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GGATTCACCGGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EA44JQ U 248
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BS 272 272 RR1EA44JQ
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DS 

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ATATGACAATGGAAAAACCAAACACCAGGATTATCCGTTACATATCTTAACGCCGTCCAT
CCAAACGGATACAACGCCACCGTATTCCGTAACGGCGGATTCTTCAAGTTATACTTCTTC
TCGTCAACCCCGGGCCTGAACTTCCCATCGCCGTAACCCAAAACCCAAAAATCATGGCCG
TGGAGATGCCACGGATGAATCTCGCTGATCTTACCTTTCAAAACGTTGGCGTTTTGGAGA
ATCACGTCCACCACGATCCCCATCGGGAACTTGTATATCCCGCTGCTCTTCACGGTGGTG
GGATTCACCGGA

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

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CCTTTTCTATAAGAAGAAAGGATATGTTTTCTTTTGATACGCAGAATCATAACACCTCCT
CTTTTCTTCTTCTCTTCCACCAATCAATCACTCACTCCTCAACCTGAACACCAAACAATA
TTGTTTTTTTCTCTTACTTTGATCTCAAGTTTTTGTCTCCATTTGCTAGTTTTGTGAGAG
TGAAGAGAGAAAGATGAAGATACAGTGTGATGTGTGTGAGAAAGCTCCGGCTACACTCAT
ATGTTGTGCCGATGAGGCTGCTCTATGCGCTAAATGCGACGTGGAGGTTCACGCAGCCAA
TAAGCTCGCTAGCAAACACCAACGCCTTTTTCTTGACTCTCTCTCCACCAATTTCCCTCC
ATGCGACATCTGCCTTGAGAAGGCAGCTTTCATATTCTGTGTTGAGGATAGAGCTCTTCT
CTGCAGAGACTGTGACGAGGGGACACATGCCCCTAACACTCGCTCCGCTAATCACCAGAG
GTTCTTGGCTACTGGAATCCGGGTCGCTCTGAGTTCCGCTAGTTGCAGTAAAGAAGTGGA
GATTACTCATTTCGACCCATCTAACCAGCAGATTCTCTCTAAACCTCCAACTCAACAGCC
TGCTGCTCCATCTCCTCCATGGACTGGCGATGAGTTCTTCACCTACTCTGATTTTTAGTG
CAGTAACAAGAAAGAGCAGCTCGATATTGGTGAGCTGGACTGGCTTGCAGAGATGGGTTT
CTTTGGGGACCAGCCTGATCAAGAAGCTCTACCAGCAGCTGAAGTTCCGGAGCTTTCGGT
TTCGCATCTGGCTCATGTTCATTCCTACAATAGGCCCATGAACCCCAATGTTTCCAACAA
GAAGTCGAGGCTTGAGATCCGTTACGATGATGATGAAGAGCACTTCCGTGTTCCTGACCT
AGGCTTAAACTATGGGAGGAGGAACTAGAGAACTTATATGCAGCACATGATTCAAACCAG
TAGTATATGTATTTTGTATGCAATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B034TF U 1
AF RR1B034JQ C 197
BS 1 801 RR1B034TF
BS 802 802 RR1B034JQ
BS 803 826 RR1B034TF
BS 827 1046 RR1B034JQ

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TTGTTTTTTTCTCTTACTTTGATCTCAAGTTTTTGTCTCCATTTGCTAGTTTTGTGAGAG
TGAAGAGAGAAAGATGAAGATACAGTGTGATGTGTGTGAGAAAGCTCCGGCTACACTCAT
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TAAGCTCGCTAGCAAACACCAACGCCTTTTTCTTGACTCTCTCTCCACCAATTTCCCTCC
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GATTACTCATTTCGACCCATCTAACCAGCAGATTCTCTCTAAACCTCCAACTCAACAGCC
TGCTGCTCCATCTCCTCCATGGACTGGCGATGAGTTCTTCACCTACTCTGATTTTTAGTG
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CTTTGGGGACCAGCCTGATCA*GAAGCTCTACCAGCAGCTGAAGTT

QA 1 826 1 826
DS 

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ATCCGGGTCGCTCTGAGTTCCGCTAGTTGCAGTAAAGAAGTGGAGATTACTCATTTCGAC
CCATCTAACCAGCAGATTCTCTCTAAACCTCCAACTCAACAGCCTGCTGCTCCATCTCCT
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CAGCTCGATATTGGTGAGCTGGACTGGCTTGCAGAGATGGGTTTCTTTGGGGACCAGCCT
GATCAAGAAGCTCTACCAGCAGCTGAAGTTCCGGAGCTTTCGGTTTCGCATCTGGCTCAT
GTTCATTCCTACAATAGGCCCATGAACCCCAATGTTTCCAACAAGAAGTCGAGGCTTGAG
ATCCGTTACGATGATGATGAAGAGCACTTCCGTGTTCCTGACCTAGGCTTAAACTATGGG
AGGAGGAACTAGAGAACTTATATGCAGCACATGATTCAAACCAGTAGTATATGTATTTTG
TATGCAATTC

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 2

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TGGCAACACTTCTCTTCCTTTACGTCTCAATCCTCACCGTAATCGGCTACAAAGCTCAGA
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TAAATCCGGCTGTGACGGTGGGACTGTTCTTAGCTAGAAAAGTGTCATTGGTGCGGACAG
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TCCAAAGTTCTTACTACACCAGATATGGAGGTGGAGCCAACGAGCTTGCTGACGGCTACA
ACAAAGGTACCGGACTCGGTGCCGAGATCATCGGAACATTTGTCCTTGTCTACACCGTTT
TCTCGGCCACCGATCCCAAGCGAAGTGCACGTGACTCTCACATTCCAGTTTTGGCGCCAC
TTCCCATTGGTTTTGCTGTCTTCATGGTTCACTTAGCTACCATTCCCATCACCGGAACCG
GAATCAACCCGGCCCGTAGCTTCGGAGCCGCAGTTATCTACAACCAAGAAAAGGCCTGGG
ACGACCAATGGATATTCTGGGTGGGACCGATGATCGGAGCAGCAGCTGCTGCGTTATACC
ATCAGTTTGTTCTAAGAGCAGCTGGGATTAATCTCTTGGCTCCTTTAGGAGCTCTGCTTA
ATTTAATTTGTTTGAATTAAGCCACAAGTTAATCTTAAATCAAAATGATGATTACAACTA
TTAAGCGGAAGCTACATGTATCTTTTTTTTAAATTATATGATCTGGTTATTAAATTTCAA
GGAATTTCCCATTGGTTGTGAATGTGGTTTTAATTAATGTTGCTTTAAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FO79TF U 1
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AGGTGCAAGAGGGTGGAGCATCGGCGGCGAGAGATTACCAGGATCCACCTCCGGCGCCAT
TGTTTGACATGGAGGAGCTTGGGAAATGGTCGCTCTATAGAGCGGTAATAGCTGAGTTCG
TGGCAACACTTCTCTTCCTTTACGTCTCAATCCTCACCGTAATCGGCTACAAAGCTCAGA
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TAAATCCGGCTGTGACGGTGGGACTGTTCTTAGCTAGAAAAGTGTCATTGGTGCGGACAG
TGTTATACATTGTCGCTCAGTGCCTTGGTGCCATCTGCGGTTGCGGTCTTGTCAAAGCAT
TCCAAAGTTCTTACTACACCAGATATGGAGGTGGAGCCAACGAGCTTGCTGACGGCTACA
ACAAAGGTACCGGACTCGGTGCCGAGATCATCGGAACATTTGTCCTTGTCTACACCGTTT
TCTCGGCCACCGATCCCAAGCGAAGTGCACGTGACTCTCACATTCCAGTTTTGGCGCCAC
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TTGGGTATTGCGTAGGCTTTCGGTGGAATGATCTTTGTTCTCGTTTACTGTACCGCCGGT
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CTTGCTGACGGCTACAACAAAGGTACCGGACTCGGTGCCGAGATCATCGGAACATTTGTC
CTTGTCTACACCGTTTTCTCGGCCACCGATCCCAAGCGAAGTGCACGTGACTCTCACATT
CCAGTTTTGGCGCCACTTCCCATTGGTTTTGCTGTCTTCATGGTTCACTTAGCTACCATT
CCCATCACCGGAACCGGAATCAACCCGGCCCGTAGCTTCGGAGCCGCAGTTATCTACAAC
CAAGAAAAGGCCTGGGACGACCAATGGATATTCTGGGTGGGACCGATGATCGGAGCAGCA
GCTGCTGCGTTATACCATCAGTTTGTTCTAAGAGCAGCTGGGATTAATCTCTTGGCTCCT
TTAGGAGCTCTGCTTAATTTAATTTGTTTGAATTAAGCCACAAGTTAATCTTAAATCAAA
ATGATGATTACAACTATTAAGCGGAAGCTACATGTATCTTTTTTTTAAATTATATGATCT
GGTTATTAAATTTCAAGGAATTTCCCATTGGTTGTGAATGTGGTTTTAATTAATGTTGCT
TTAAGAG

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AT50TF U 1
AF RR1AT50JQ C 5
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CCTGACAAGCTCTTCCTCGGGCATCTACCTTCACCGTTCTGAACCAACTGTTGTTTTATA
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TCTTGTAAGTTTCTTCTGGTTCGAATGGTTCGCGTTTTTACGAGTTATTTCAAAGAGGTT
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TCAAAAAAAATACCTCTGTTACGTTCATAGAGACTGTAATGGTCTTTTCCTCGATCCCTG
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ATGATGAGTCAGAAGATGTATTGCAATATATTTAAAACGAATTAGTTTTTTTTTTTTTAA
ACGAATAATTCATCTGTTTTTCGTTTTATAAAAATGTTTTGGTTCCC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL8619Contig1 616 2 1 U
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CACCGGAACTCCGCCAAGTGCTTCTTCATCCGCCGGATTTCGGATTCCGTCTAAACCCGC
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ATACATTCATGAAGAGTATTACTATCAGGGGAGGCAAGTTTCTTCCAAAGACGAGAAGTG
TTTTTTTTTGTTTGCGACTCCAAACTCTTGTTCGTGAAGAAAACTGTGTAATACTATTTC
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AAAAGCTCAAAACTCC


BQ
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AF RR1BD21JQ C 1
AF RR1BD21TF U 1
BS 1 616 RR1BD21TF

RD RR1BD21JQ 616 0 0
GGCCGGCGTCCTAAAACCCTTTAAATCCTTTGAAGAAGCAGACGACGGCGATCGAATCTC
GTGTCCCCGGCTTTCTCTATCTCTCACAATGGCTACTGCTTGCAACAGATTCATGAGCAG
ATCCTCCGTCTCGTCTCTCAGATCCGCCATCAGATCATCTCTTCACAAATCTCCAGTTGG
CACCGGAACTCCGCCAAGTGCTTCTTCATCCGCCGGATTTCGGATTCCGTCTAAACCCGC
TGCTTCTCCCAGATTCTCCTTCTCCAGGTGTCCATCTGAGCTTGGATGTGTTCAGTCTCT
GTTACCGCTTCACAGCACGGTGGCGTCTGCTAGGCTGACGTCGTGCCTTAGCCTAACATC
CAGAAGCAGCCGAGCCCTCTCTCAGGAGATGGGCCTTTCAGTCCCAAGGTGACCCACCTG
ATACATTCATGAAGAGTATTACTATCAGGGGAGGCAAGTTTCTTCCAAAGACGAGAAGTG
TTTTTTTTTGTTTGCGACTCCAAACTCTTGTTCGTGAAGAAAACTGTGTAATACTATTTC
TGCTCTTTATACAATTCATATCTCAGATTCTATCCATGTTAAAATTGTGTTTACATAACC
AAAAGCTCAAAACTCC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR1BD21TF 616 0 0
GGCCGGCGTCCTAAAACCCTTTAAATCCTTTGAAGAAGCAGACGACGGCGATCGAATCTC
GTGTCCCCGGCTTTCTCTATCTCTCACAATGGCTACTGCTTGCAACAGATTCATGAGCAG
ATCCTCCGTCTCGTCTCTCAGATCCGCCATCAGATCATCTCTTCACAAATCTCCAGTTGG
CACCGGAACTCCGCCAAGTGCTTCTTCATCCGCCGGATTTCGGATTCCGTCTAAACCCGC
TGCTTCTCCCAGATTCTCCTTCTCCAGGTGTCCATCTGAGCTTGGATGTGTTCAGTCTCT
GTTACCGCTTCACAGCACGGTGGCGTCTGCTAGGCTGACGTCGTGCCTTAGCCTAACATC
CAGAAGCAGCCGAGCCCTCTCTCAGGAGATGGGCCTTTCAGTCCCAAGGTGACCCACCTG
ATACATTCATGAAGAGTATTACTATCAGGGGAGGCAAGTTTCTTCCAAAGACGAGAAGTG
TTTTTTTTTGTTTGCGACTCCAAACTCTTGTTCGTGAAGAAAACTGTGTAATACTATTTC
TGCTCTTTATACAATTCATATCTCAGATTCTATCCATGTTAAAATTGTGTTTACATAACC
AAAAGCTCAAAACTCC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL8620Contig1 734 2 4 U
GGACCTCGTCCTTGTAGCCTCTCTCTCTCTGTCTAAGATTTAAAAAAAAAGGAGCTTTTG
CTTTTACTTAGTTTCCAAGGCAATTCAACATGTCTGGTGATGAAGCTGCTGCTGCCGCTC
CTACTGTTGTTCCTCCGGTTGCTGAGGCAGCTGTCATTCCAGAGGACATGGGTCTGTTGA
CTGCATTGGAGTTGACGCTAAGGAAAGCTCGTGCTCACGGTGGTGTGGTTCGTGGTCTCC
ATGAAAGCGCTAAGCTTATCGAGAAGCGTTCTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCCGAAGATT
GCAACCAGCCTGATTACGTCAAGCTGGTGAAGGCTCTTTGCGCTGATCATAGCATCAACT
TGCTTACTGTTCCAAGCGCCAAAACCCTCGGAGAGTGGGCTGGTCTTTGCAAGATTGATT
CAGAGGGCAATGCAAGGAAGGTAGTTGGATGCTCGTGCCTTGTTGTCAAGGATTACGGTG
AGGAGACAACTGCACTCAACATCGTGAAGAAGCATATTGAATCTAACTAAAATCAGCAAA
AGTCGGATCTCTCACCATATGCTTCCATTCCCAAAAGAAAACCCATTTCATTTTTCTTGT
GTCCACTTTCTGTTCCTCTTTTGTCTTCTTCGTTGTTTTTGATATTGAATACAGAACTTG
TTAGTCGACAGGTCTTGAGATTTGTTTGGAAAATGAAGTTTTGGTTTTAACTAGGCTGCT
GGCTCTCTTCATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DO53TF U 1
AF RR1DO53JQ C 79
BS 1 682 RR1DO53TF
BS 683 683 RR1DO53JQ
BS 684 697 RR1DO53TF
BS 698 734 RR1DO53JQ

RD RR1DO53TF 697 0 0
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TGCTTACTGTTCCAAGCGCCAAAACCCTCGGAGAGTGGGCTGGTCTTTGCAAGATTGATT
CAGAGGGCAATGCAAGGAAGGTAGTTGGATGCTCGTGCCTTGTTGTCAAGGATTACGGTG
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AGTCGGATCTCTCACCATATGCTTCCATTCCCAAAAGAAAACCCATTTCATTTTTCTTGT
GTCCACTTTCTGTTCCTCTTTTGTCTTCTTCGTTGTTTTTGATATTGAATACAGAACTTG
TTAGTCGACAGGTCTTGAGATT*GTTTGGAAAATGAA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR1DO53JQ 656 0 0
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TCAAGCTGGTGAAGGCTCTTTGCGCTGATCATAGCATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGCG
CCAAAACCCTCGGAGAGTGGGCTGGTCTTTGCAAGATTGATTCAGAGGGCAATGCAAGGA
AGGTAGTTGGATGCTCGTGCCTTGTTGTCAAGGATTACGGTGAGGAGACAACTGCACTCA
ACATCGTGAAGAAGCATATTGAATCTAACTAAAATCAGCAAAAGTCGGATCTCTCACCAT
ATGCTTCCATTCCCAAAAGAAAACCCATTTCATTTTTCTTGTGTCCACTTTCTGTTCCTC
TTTTGTCTTCTTCGTTGTTTTTGATATTGAATACAGAACTTGTTAGTCGACAGGTCTTGA
GATTTGTTTGGAAAATGAAGTTTTGGTTTTAACTAGGCTGCTGGCTCTCTTCATTC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL8621Contig1 1221 2 10 U
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TAAAAGGGTAGGCCTTCGTCCCTTGAATATCAACCCATCAGTCATCAATAGAAGCACTCT
CTTTCTCCCTCGATGGTTTAATTTTGCTTCTTTTATCGATCTGCTATATTTAATGGATGG
ATTTTGTTTGATATGCATCTCTAATCTCTTTTGATGTATTTTCCCAGAGTTTCTTCCCTG
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AGGTGATGCTTACTATCACCATAAGACACTTGATAATCTGAAAATTTCAGTGTGTTCTCT
TTTCTGTTTGGATCATTGGATTGATGTTTTTGTAAATGCGTGCTGAGTCCTTTTTTGGAT
TCTTAAGGTTACGCTTGATAAGGTGGGACCTGTTTTGCATATTATTAGCAATTCTGAGAA
AGCTATTTATCTCAAAAAGATGTACTTATGACTTTGAAACTGAGCTAGGATCAAGAAGAA
GCCTCTTCTGAAGTCATTCCCACTAATTTAATGGGCTTGCCAACGTTGTTCTCTATGTGA
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ATTTCCTAACAATGGATTTAATAAATTTGAATATGTCGCTCTCTCTGAGTTGAATAGTAC
CAGCACCCACCACTTGCTAATTTTGCACTCCAGGTAATGTTCATACATATTCTACTTTTT
TGTACATATCACTATGAATGGAACAATACTCAGAAAAGCTTTGTTGGTAGAGTGGTAAGT
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GTGAACAACTTTGGTCCAACTAAGACCAACAGGTGTGATGCTGCTACAATAATCGAAGGC
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TATTATATATGTAGTGGTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FF84TF U 1
AF RR1FF84JQ C 523
BS 1 657 RR1FF84TF
BS 658 658 RR1FF84JQ
BS 659 713 RR1FF84TF
BS 714 714 RR1FF84JQ
BS 715 727 RR1FF84TF
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BS 729 756 RR1FF84TF
BS 757 757 RR1FF84JQ
BS 758 773 RR1FF84TF
BS 774 1221 RR1FF84JQ

RD RR1FF84TF 773 0 0
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TAAAAGGGTAGGCCTTCGTCCCTTGAATATCAACCCATCAGTCATCAATAGAAGCACTCT
CTTTCTCCCTCGATGGTTTAATTTTGCTTCTTTTATCGATCTGCTATATTTAATGGATGG
ATTTTGTTTGATATGCATCTCTAATCTCTTTTGATGTATTTTCCCAGAGTTTCTTCCCTG
CATTTACTAGGATTGTCGGGGCTCTCAGTCATAAACAGTGGATCGATTAGATTTCTTTTG
AGGTGATGCTTACTATCACCATAAGACACTTGATAATCTGAAAATTTCAGTGTGTTCTCT
TTTCTGTTTGGATCATTGGATTGATGTTTTTGTAAATGCGTGCTGAGTCCTTTTTTGGAT
TCTTAAGGTTACGCTTGATAAGGTGGGACCTGTTTTGCATATTATTAGCAATTCTGAGAA
AGCTATTTATCTCAAAAAGATGTACTTATGACTTTGAAACTGAGCTAGGATCAAGAAGAA
GCCTCTTCTGAAGTCATTCCCACTAATTTAATGGGCTTGCCAACGTTGTTCTCTATGTGA
GTGAGGTGATATAATATATCTAATTTATGGTTTAGTGTGTTTGCTTTTAGTTTTTTT*CC
ATTTCCTAACAATGGATTTAATAAATTTGAATATGTCGCTCTCTCTGAGTTGA*TAGTAC
CAGCACC*ACCACTTGCTAATTTTGCACTCCAGGTA*TGTTCATACATATTCT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1FF84JQ 699 0 0
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ACGTTGTTCTCTATGTGAGTGAGGTGATATAATATATCTAATTTATGGTTTAGTGTGTTT
GCTTTTAGTTTTTTTTCCATTTCCTAACAATGGATTTAATAAATTTGAATATGTCGCTCT
CTCTGAGTTGAATAGTACCAGCACCCACCACTTGCTAATTTTGCACTCCAGGTAATGTTC
ATACATATTCTACTTTTTTGTACATATCACTATGAATGGAACAATACTCAGAAAAGCTTT
GTTGGTAGAGTGGTAAGTACCATACAGATGATGATATGACAGCAGGGGCTGTTAGTCTCT
ATGGACTCAAACCCAATCGTGAACAACTTTGGTCCAACTAAGACCAACAGGTGTGATGCT
GCTACAATAATCGAAGGCTGTTCACAAGTGCCCCAACCAATTCCTCCGCAAACTGATCCA
CCGGTCAACACAAAGGAAGAAACAACAGATGGTGACAAGGGTCGAAATCTTAAGACAATG
AAGCTGGCGAAAAAATTTCCAATTCCATTTCCGGTTGAAGTTTTTGCGCTTCACTCAGTA
ATTTGTTGTCTTGCAACGTTTTAATTATTCAGTTTTGGTTTTCATTAGTTTAAGGATAAT
TGGTACTCCTGATAATTTTATTATATATGTAGTGGTTCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL8622Contig1 619 2 1 U
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TTCATCGGAACCCTAAGCGTCGGAGCACGTTTCATGTCGGTTTCTCGATTCGTTTCCTCC
GAACAGTTACAAGTCGCATTGATGAATCGTAATTAATCAAGCTTTAACTCTTCCTGCCCA
CAATCAATCTAATCCATCTTGGAAGCGGTGATTCTCGCCTATAAAAAGGTGTGGCTAATC
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TTGAAGGCTGGCCATTGTTCTTCCACGGTGGAGGTGTGACTGCTCCGATTTTTGGGAGCA
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GTTATTTATTTTGTCAGACTCATTATAGTTGTATTTTAAAACAGATTCTGACGTATAAAT
AGAATCTCATATTTTTTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AN73JQ C 1
AF RR1AN73TF U 1
BS 1 619 RR1AN73TF

RD RR1AN73JQ 619 0 0
GGGAGAAGAATCGTCGTGGAGAAACTCTGTGTTATACTTTGTTTGTGTCGTTTCGTATTA
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TTCATCGGAACCCTAAGCGTCGGAGCACGTTTCATGTCGGTTTCTCGATTCGTTTCCTCC
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TTGAAGGCTGGCCATTGTTCTTCCACGGTGGAGGTGTGACTGCTCCGATTTTTGGGAGCA
AGGAACATTAAACGTCGTGGCCAGTAGATGGGTTTTGACATGTTCCTCCTCGATGCTAAG
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AGAATCTCATATTTTTTTG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR1AN73TF 619 0 0
GGGAGAAGAATCGTCGTGGAGAAACTCTGTGTTATACTTTGTTTGTGTCGTTTCGTATTA
TTCATCGCCGTTTATGCATAGACATTTTTCTCCATTCGAGATTCTAGGGTTCGTCGTCTC
TTGAAGACATGGTTTTGTATATCAACAATGGCGATTATGAAACGGGGCGTGACTCGCTGC
TTCATCGGAACCCTAAGCGTCGGAGCACGTTTCATGTCGGTTTCTCGATTCGTTTCCTCC
GAACAGTTACAAGTCGCATTGATGAATCGTAATTAATCAAGCTTTAACTCTTCCTGCCCA
CAATCAATCTAATCCATCTTGGAAGCGGTGATTCTCGCCTATAAAAAGGTGTGGCTAATC
ACTGTTCATCATCTTCACAGTTCGTTCCTAATCTCAATTTCATTTGTGTTCCTCTCTGAG
TTGAAGGCTGGCCATTGTTCTTCCACGGTGGAGGTGTGACTGCTCCGATTTTTGGGAGCA
AGGAACATTAAACGTCGTGGCCAGTAGATGGGTTTTGACATGTTCCTCCTCGATGCTAAG
GTTATTTATTTTGTCAGACTCATTATAGTTGTATTTTAAAACAGATTCTGACGTATAAAT
AGAATCTCATATTTTTTTG

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

CO CL8623Contig1 871 2 6 U
GGAATACACACTCGCCATCAGAATACTCCCCGACCATTTCAGCACCGTCGCCAACGCCGT
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CACGCCTCTAATGTCCAAGTTGTTGATCCTGTCACTGGGAGGCCTTGTAAGGTTGGTGTA
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CCTAAGGACACACCGATGGAGTTTGTTTGGGAGCAGACGTATGATGCTAAAACAGGAAAA
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ACTTTTCAATGTGTCAAATAAAACATTGGGAGGGAGATTCACCAGTATACAAACTTCAGC
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TCCGGTTATGAACCGCTCGTCACATTTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BL46TF U 1
AF RR1BL46JQ C 89
BS 1 625 RR1BL46TF
BS 626 626 RR1BL46JQ
BS 627 664 RR1BL46TF
BS 665 665 RR1BL46JQ
BS 666 691 RR1BL46TF
BS 692 871 RR1BL46JQ

RD RR1BL46TF 691 0 0
GGAATACACACTCGCCATCAGAATACTCCCCGACCATTTCAGCACCGTCGCCAACGCCGT
CGTCTTCCCATAAAGGTTCAACGCCGTTTGCTCTCTCTTCACGCGCTCGATTACTTCCTC
ACAGCAGGATACTTCGCCATGGGTTGGAAAGCTGCTGAGAAACTCATCAGACACAGGAAG
ATACTCCGTGGGGATAATGTAATGATAATCCGTGGGAAAGATAAAGGTGAGACTGGAACC
ATTAAGCGTGTCATCAGATCCCAGAATCGTGTCATTGTTGAAGGAAAGAATCTGATCAAG
AAGCATATAAAGGGAGGCCCTGATCATGGAGGTGGGATTTTCACGGTGGAGGCTCCCCTT
CACGCCTCTAATGTCCAAGTTGTTGATCCTGTCACTGGGAGGCCTTGTAAGGTTGGTGTA
AAGTATCTCGAGGATGGAACAAAAGTAAGAGTTGCCAGAGGCACAGGCACATCTGGTTCC
ATAATTCCTCGTCCAGAGATTCTGAAGATAAGGACTACACCAAGACCCACTACCGCTGGG
CCTAAGGACACACCGATGGAGTTTGTTTGGGAGCAGACGTATGATGCTAAAACAGGAAAA
GGCATGCCTGATCTTTGAGTAAAAA*CCTTCTTTGCTGCTCCCATATCCATTACAGTTTG
TTGA*GAAGCCTTTGATCCTGACGAAATGAA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR1BL46JQ 783 0 0
TGCTCTCTCTTCACGCGCTCGATTACTTCCTCACAGCAGGATACTTCGCCATGGGTTGGA
AAGCTGCTGAGAAACTCATCAGACACAGGAAGATACTCCGTGGGGATAATGTAATGATAA
TCCGTGGGAAAGATAAAGGTGAGACTGGAACCATTAAGCGTGTCATCAGATCCCAGAATC
GTGTCATTGTTGAAGGAAAGAATCTGATCAAGAAGCATATAAAGGGAGGCCCTGATCATG
GAGGTGGGATTTTCACGGTGGAGGCTCCCCTTCACGCCTCTAATGTCCAAGTTGTTGATC
CTGTCACTGGGAGGCCTTGTAAGGTTGGTGTAAAGTATCTCGAGGATGGAACAAAAGTAA
GAGTTGCCAGAGGCACAGGCACATCTGGTTCCATAATTCCTCGTCCAGAGATTCTGAAGA
TAAGGACTACACCAAGACCCACTACCGCTGGGCCTAAGGACACACCGATGGAGTTTGTTT
GGGAGCAGACGTATGATGCTAAAACAGGAAAAGGCATGCCTGATCTTTGAGTAAAAAACC
TTCTTTGCTGCTCCCATATCCATTACAGTTTGTTGAAGAAGCCTTTGATCCTGACGAAAT
GAAGTTTTATTCTTGTTTCTTTACTCTTATGAACTTTTCAATGTGTCAAATAAAACATTG
GGAGGGAGATTCACCAGTATACAAACTTCAGCATTGTCTTATTAGGTCTGTGGTTTTTAA
ACGAATGCTGAACCAAGATTTGTGGTTCATATTCCGGTTATGAACCGCTCGTCACATTTC
AGC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL8624Contig1 622 2 2 U
GTGGTCCAACTCATTTGCTGGGGAGAGTCGATAATTTCATAAAAGACATCGAAGCGCTGC
TGGTAAGTCTATAATAATAAGAAAAAGAAGATATTAAGCTACATTGAAGCCTTTTCCCAT
CTCATTCCACAAATGTTAATTGCAGGAACAACTGGATGAAGAATCATTTGAAGATTACAG
AAGCGGTATGATTGCTAGATTGCTGGAAAAGGATCCTTCTCTCTTATCTGAGACAAATGA
GTTATGGAGTCAGATTGTTGACAAAAGGTAAGGATCTCAAGGGTTTAATGTATGAGATCC
GCAGTTTCATATTAAAGTTCAATGAGTTACTTCAATGTCCCTGACAAAAATGGAGTTAAC
TCTCTCTCTCACACACAGGTACATGTTTGATTTCTCACACAAAGAAGCAGAAGAATTAAG
AAGCATAGAGAAGAGAGATGTGATCAAGTGGTACAAAACCTATTTCGGAAAATCATCCCC
AAAATGCCGTAGGCTTGCGGTTAGGGTGTGGGGATGCAACACCAATATGAAAGAAACTCA
GACAGATTCCAAGTCGGTGCAGGTCATAGCAGACGCTGTGGCTTTCAAGTCGACTTCTAG
ATTTTACCCAAGCCTCTGTTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AF53TF C 1
AF RR1AF53JQ U 4
BS 1 3 RR1AF53TF
BS 4 622 RR1AF53JQ

RD RR1AF53TF 622 0 0
GTGGTCCAACTCATTTGCTGGGGAGAGTCGATAATTTCATAAAAGACATCGAAGCGCTGC
TGGTAAGTCTATAATAATAAGAAAAAGAAGATATTAAGCTACATTGAAGCCTTTTCCCAT
CTCATTCCACAAATGTTAATTGCAGGAACAACTGGATGAAGAATCATTTGAAGATTACAG
AAGCGGTATGATTGCTAGATTGCTGGAAAAGGATCCTTCTCTCTTATCTGAGACAAATGA
GTTATGGAGTCAGATTGTTGACAAAAGGTAAGGATCTCAAGGGTTTAATGTATGAGATCC
GCAGTTTCATATTAAAGTTCAATGAGTTACTTCAATGTCCCTGACAAAAATGGAGTTAAC
TCTCTCTCTCACACACAGGTACATGTTTGATTTCTCACACAAAGAAGCAGAAGAATTAAG
AAGCATAGAGAAGAGAGATGTGATCAAGTGGTACAAAACCTATTTCGGAGAATCATCCCC
AAAATGCCGTAGGCTTGCGGTTAGGGTGTGGGGATGCAACACCAATATGAAAGAAACTCA
GACAGATTCCAAGTCGGTGCAGGTCATAGCAGACGCTGTGGCTTTCAAGTCGACTTCTAG
ATTTTACCCAAGCCTCTGTTCC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR1AF53JQ 619 0 0
GTCCAACTCATTTGCTGGGGAGAGTCGATAATTTCATAAAAGACATCGAAGCGCTGCTGG
TAAGTCTATAATAATAAGAAAAAGAAGATATTAAGCTACATTGAAGCCTTTTCCCATCTC
ATTCCACAAATGTTAATTGCAGGAACAACTGGATGAAGAATCATTTGAAGATTACAGAAG
CGGTATGATTGCTAGATTGCTGGAAAAGGATCCTTCTCTCTTATCTGAGACAAATGAGTT
ATGGAGTCAGATTGTTGACAAAAGGTAAGGATCTCAAGGGTTTAATGTATGAGATCCGCA
GTTTCATATTAAAGTTCAATGAGTTACTTCAATGTCCCTGACAAAAATGGAGTTAACTCT
CTCTCTCACACACAGGTACATGTTTGATTTCTCACACAAAGAAGCAGAAGAATTAAGAAG
CATAGAGAAGAGAGATGTGATCAAGTGGTACAAAACCTATTTCGGAAAATCATCCCCAAA
ATGCCGTAGGCTTGCGGTTAGGGTGTGGGGATGCAACACCAATATGAAAGAAACTCAGAC
AGATTCCAAGTCGGTGCAGGTCATAGCAGACGCTGTGGCTTTCAAGTCGACTTCTAGATT
TTACCCAAGCCTCTGTTCC

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

CO CL8625Contig1 1069 2 2 U
GGAGCGCTCTCTCCAAGGAAAGACAGCAAGAGCTTCCTTCCCTCTTATTGATCCGCTAGA
TTCATTTTACTTGTTGAATCCCGGTGGTGACCTCAGCGAGACACGAGGCGAATTTGAGAA
TTGGTTTAGAGATCAAAACTTTGAGGGGAAAGCTGGATCAGTACCAAGTACTGAAGAGTT
GACAGAAGCATTAAGAAAACATGATCTATTTCTATATTTCGGTCATGGAAGTGGAGCACA
ATATCTGTCTCGTCGCGAAATAGAGAAGCTAGATAACTGTTGTGCAACTTTCCTTATGGG
ATGCAGTAGTGGTTCACTATGGCTAAAAGGCTGCTACATCCCACAAGGCGTACCACTCTC
ATATCTCTTAGCTGGATCCCCAGCCATTGTGGCGAACCTGTGGGACGTAACAGACCGAGA
CATTGATCGGTTTGGGAAAGCATTATTGGAAGCTTGGTTGAGAGAGAGATCAGATTCTTC
TTCCTCTTCTACTACTTCAGAGGGTGGTTGCAGCCAGTGTGAGTCATTGGCTAACGAACT
TGCAGCCATGAATCTAAAAGGGAACAACACCAAGAGGACAAGGAAGCCGCGTAACAAGGC
AGCTCAATCAAATGTTGATGAGTCAGGGAAGACTGAGTGCAACCACAAGCATGGACGCAA
AATTGGGTCGTTCATGGCTGCTGCTAGAGAAGTGTGTACGTTGCCATACTTGATTGGGGC
TGCGCCGGTTTGTTATGGTGTACCAACTGGTATCACAAAGAAAAAAGGAGTTGAAACTCT
TCTTCCTTCATCTTCATCTTCATCTTCTTAGACTTGAGGGTTCTTCAACGGGTATGAAGT
AAATCAGATTATCCAACACAAGGGAAATAAGAAAGACTCTAGATATTCAATCTCTCTTTT
TCTTCTACTTAGAATTTTATGTGTTAGTAATTTATGAGTCAGATACAGCTGAATTCAAGC
TATTTGAAGGTATGTTTATCTTCTTATGAATTTCTTTTCAACGAACATATTAGGAAAAGA
AAGATTTTGACAATGTTAATGGAACTGAATCCCCCTTACCTTTGATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA46TF U 1
AF RR1FA46JQ C 303
BS 1 573 RR1FA46TF
BS 574 1069 RR1FA46JQ

RD RR1FA46TF 573 0 0
GGAGCGCTCTCTCCAAGGAAAGACAGCAAGAGCTTCCTTCCCTCTTATTGATCCGCTAGA
TTCATTTTACTTGTTGAATCCCGGTGGTGACCTCAGCGAGACACGAGGCGAATTTGAGAA
TTGGTTTAGAGATCAAAACTTTGAGGGGAAAGCTGGATCAGTACCAAGTACTGAAGAGTT
GACAGAAGCATTAAGAAAACATGATCTATTTCTATATTTCGGTCATGGAAGTGGAGCACA
ATATCTGTCTCGTCGCGAAATAGAGAAGCTAGATAACTGTTGTGCAACTTTCCTTATGGG
ATGCAGTAGTGGTTCACTATGGCTAAAAGGCTGCTACATCCCACAAGGCGTACCACTCTC
ATATCTCTTAGCTGGATCCCCAGCCATTGTGGCGAACCTGTGGGACGTAACAGACCGAGA
CATTGATCGGTTTGGGAAAGCATTATTGGAAGCTTGGTTGAGAGAGAGATCAGATTCTTC
TTCCTCTTCTACTACTTCAGAGGGTGGTTGCAGCCAGTGTGAGTCATTGGCTAACGAACT
TGCAGCCATGAATCTAAAAGGGAACAACACCAA

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR1FA46JQ 767 0 0
GCAGTAGTGGTTCACTATGGCTAAAAGGCTGCTACATCCCACAAGGCGTACCACTCTCAT
ATCTCTTAGCTGGATCCCCAGCCATTGTGGCGAACCTGTGGGACGTAACAGACCGAGACA
TTGATCGGTTTGGGAAAGCATTATTGGAAGCTTGGTTGAGAGAGAGATCAGATTCTTCTT
CCTCTTCTACTACTTCAGAGGGTGGTTGCAGCCAGTGTGAGTCATTGGCTAACGAACTTG
CAGCCATGAATCTAAAAGGGAACAACACCAAGAGGACAAGGAAGCCGCGTAACAAGGCAG
CTCAATCAAATGTTGATGAGTCAGGGAAGACTGAGTGCAACCACAAGCATGGACGCAAAA
TTGGGTCGTTCATGGCTGCTGCTAGAGAAGTGTGTACGTTGCCATACTTGATTGGGGCTG
CGCCGGTTTGTTATGGTGTACCAACTGGTATCACAAAGAAAAAAGGAGTTGAAACTCTTC
TTCCTTCATCTTCATCTTCATCTTCTTAGACTTGAGGGTTCTTCAACGGGTATGAAGTAA
ATCAGATTATCCAACACAAGGGAAATAAGAAAGACTCTAGATATTCAATCTCTCTTTTTC
TTCTACTTAGAATTTTATGTGTTAGTAATTTATGAGTCAGATACAGCTGAATTCAAGCTA
TTTGAAGGTATGTTTATCTTCTTATGAATTTCTTTTCAACGAACATATTAGGAAAAGAAA
GATTTTGACAATGTTAATGGAACTGAATCCCCCTTACCTTTGATTCG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL8626Contig1 555 2 1 U
GGAAGTTCATTTTCATTGAACTATAGCTAATAAGCAACAAACAAAGAAAAAATGGGGAAG
ATCACCATCAACCTCTCTGCCCTTCTATTCGTATTCTTGTTGGTTTCTACAGGATTAATG
GACAAGGGAGAAGCGCAAGGGTGTAAGTGGGAATGCAAGGGTCTTCCAAACTTCAAGTGT
TGGTTGGGTACTGCCGGACACAAACTTTGCAACGACTTTTGCATTAACGAAGGAGCCGCT
AAAGGCGAGTGCGTCTCACACCCCGCCTCTAACTCCCACGCTTGTGTCTGTCGCAAGCCC
GGCTGCTCCTAATTTTATAAATTTCAACCCCTCAGCACACGCGTCATTACGTATGTCTCA
CTCATATGTCCCTTGCAGCCAAGTTGTTATTATTAGGGGTTGAGTTGAAAAAAAAACTTT
TGTTATGATTGGTTGTCGTGAATTGTGATGGATTTCCTTTTTAAAATAAAATGTTGTGGT
GTTCATGCAACCCTAGTTTATACTATTTATGTATGTGTTTGTACTCTGTATTCATAAACA
CGACGTTGATCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 

AF RR1DS42TF U 1
AF RR1DS42JQ C 94
BS 1 555 RR1DS42TF

RD RR1DS42TF 555 0 0
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ATCACCATCAACCTCTCTGCCCTTCTATTCGTATTCTTGTTGGTTTCTACAGGATTAATG
GACAAGGGAGAAGCGCAAGGGTGTAAGTGGGAATGCAAGGGTCTTCCAAACTTCAAGTGT
TGGTTGGGTACTGCCGGACACAAACTTTGCAACGACTTTTGCATTAACGAAGGAGCCGCT
AAAGGCGAGTGCGTCTCACACCCCGCCTCTAACTCCCACGCTTGTGTCTGTCGCAAGCCC
GGCTGCTCCTAATTTTATAAATTTCAACCCCTCAGCACACGCGTCATTACGTATGTCTCA
CTCATATGTCCCTTGCAGCCAAGTTGTTATTATTAGGGGTTGAGTTGAAAAAAAAACTTT
TGTTATGATTGGTTGTCGTGAATTGTGATGGATTTCCTTTTTAAAATAAAATGTTGTGGT
GTTCATGCAACCCTAGTTTATACTATTTATGTATGTGTTTGTACTCTGTATTCATAAACA
CGACGTTGATCTTTC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR1DS42JQ 462 0 0
TTCTTGTTGGTTTCTACAGGATTAATGGACAAGGGAGAAGCGCAAGGGTGTAAGTGGGAA
TGCAAGGGTTTTCCAAACTTCAAGTGTTGGTTGGGTACTGCCGGACACAAACTTTGCAAC
GACTTTTGCATTAACGAAGGAGCCGCTAAAGGGGAGTGCGTTTCACACCCCGCCTTTAAC
TCCCACGCTTGTGTTTGTCGCAAGCCCGGCTGCTCCTAATTTTATAAATTTCAACCCCTC
AGCACACGGGTCATTACGTATGTTTCACTCATATGTCCCTTGCAGCCAAGTTGTTATTAT
TAGGGGTTGAGTTGAAAAAAAAACTTTTGTTATGATTGGTTGTCGTGAATTGTGATGGAT
TTCCTTTTTAAAATAAAATGTTGTGGTGTTCATGCAACCCTAGTTTATACTATTTATGTA
TGTGTTTGTACTCTGTATTCATAAACACGACGTTGATTTTTC

QA 1 462 1 462
DS 



AS 1 2

CO CL8627Contig1 1074 2 6 U
GGATCTCCGCCATTAGAATGAGACAGAACCAGAGTTCCGAGAGATGTTTCATCTTCTTAC
TATCAAACTATACCAGTTACAAATTCCCCATCTTAAATTCCTTCTTAAATGATCGCCCAC
GATTTACCTTGAATGCGAGTTTCTTCATGCAAGGCGGTTGGATTTTGATTATAAAAAGAC
CGACGATGCTCCTCCCCGTTCAAGTCCGGTTGTTCAGCTTCTGGGAGGCCAGGAACGTAC
ATGGGAGTGGATATGCTTCTACTGAATTCTCTGGAGCGAGATGGAGGGCTACGAGCAAGC
GGCGGATAGCAAGTCAGCACTCGGCAAGGCAGCTCTCGGCGGAGAGAAAAAAAGAAAGCG
GCAGAGAGCGATGGAGCCAGTAGTGGAGAGCAAGAGCGGAGAGCGATGAACAAACAGTGT
TGAGATGGATCAGCTGACGGAAAGAGTGAGATAGTAGCCATGGAACAAGCGACATAGAGT
ATGACGAGAGATAGGCTCTCGGATTACATGGGAGTTTGATAGGCTCTCGGACAGGTAAAT
TAATCACTCTTTTGTGGGAAAACAGATTACAAAGGTCATGTCTAATTGTGCTTCTTTCTT
TCAAAGTAGATACTCATGATAAGAAGATGACGCCTAACAACATATCGAATCTGTAATCTT
TGTATTTGTTCAAATTTGATGATTCTTATAGGACTATTAACTCATATGTTTAATTATGTT
GCCACTTTAACAGGAGTGCTGAGATCACATAGGCTCTAATGATACAGATGGAAGTTCAGA
AACATCTCCCTAAGCACACAGTGTGTATAGCCTGCGACTGAATGGGAGCAAGTGGAAAGA
CTTCGGCCAGTGGAAAACCGAAGAACTATCAAAAGAAAACTTTGTAATAATACGAGCGCT
CATATACATTGCATTTGTAAATAATGATAATTTCAGCTTAAGCACGTATTAGATATACCT
CTGTAACTTTCAGTCTGTTTAAACTTAGAAGTAATCGTCTCTCTTTGTATATCACAGTTA
CCGAATATTGATGGAAGTTTGGTGTTTGTTGATTAAAAAATTATTGACCAGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CV45TF U 1
AF RR1CV45JQ C 353
BS 1 604 RR1CV45TF
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RD RR1CV45TF 709 0 0
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TATCAAACTATACCAGTTACAAATTCCCCATCTTAAATTCCTTCTTAAATGATCGCCCAC
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CGACGATGCTCCTCCCCGTTCAAGTCCGGTTGTTCAGCTTCTGGGAGGCCAGGAACGTAC
ATGGGAGTGGATATGCTTCTACTGAATTCTCTGGAGCGAGATGGAGGGCTACGAGCAAGC
GGCGGATAGCAAGTCAGCACTCGGCAAGGCAGCTCTCGGCGGAGAGAAAAAAAGAAAGCG
GCAGAGAGCGATGGAGCCAGTAGTGGAGAGCAAGAGCGGAGAGCGATGAACAAACAGTGT
TGAGATGGATCAGCTGACGGAAAGAGTGAGATAGTAGCCATGGAACAAGCGACATAGAGT
ATGACGAGAGATAGGCTCTCGGATTACATGGGAGTTTGATAGGCTCTCGGACAGGTAAAT
TAATCACTCTTTTGTGGGAAAACAGATTACAAAGGTCATGTCTAATTGTGCTTCTTTCTT
TCAA*GTAGATACTCATGATAAGAAGATGACGCCTAACAACATATCGAATCTGTAATCTT
TGTATTTGTTCAAATTTGATGATTCTTATAG*ACTATTAACTCATATGT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CV45JQ 722 0 0
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CATAGAGTATGACGAGAGATAGGCTCTCGGATTACATGGGAGTTTGATAGGCTCTCGGAC
AGGTAAATTAATCACTCTTTTGTGGGAAAACAGATTACAAAGGTCATGTCTAATTGTGCT
TCTTTCTTTCAAAGTAGATACTCATGATAAGAAGATGACGCCTAACAACATATCGAATCT
GTAATCTTTGTATTTGTTCAAATTTGATGATTCTTATAGGACTATTAACTCATATGTTTA
ATTATGTTGCCACTTTAACAGGAGTGCTGAGATCACATAGGCTCTAATGATACAGATGGA
AGTTCAGAAACATCTCCCTAAGCACACAGTGTGTATAGCCTGCGACTGAATGGGAGCAAG
TGGAAAGACTTCGGCCAGTGGAAAACCGAAGAACTATCAAAAGAAAACTTTGTAATAATA
CGAGCGCTCATATACATTGCATTTGTAAATAATGATAATTTCAGCTTAAGCACGTATTAG
ATATACCTCTGTAACTTTCAGTCTGTTTAAACTTAGAAGTAATCGTCTCTCTTTGTATAT
CACAGTTACCGAATATTGATGGAAGTTTGGTGTTTGTTGATTAAAAAATTATTGACCAGG
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

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AAGAAAAGACCTGCGCCGGATTGTCACTGAAATCTCAGGAGCTTACGGCGATATTTCTAG
CAGTTAGGCTGTATTGCAGCTTTGTGACGGAGTATGATATACACACCATCCTGGATCTGG
CTACTCTTGGAACAACTCTCTGGGTTATATTTATGATCCGTTTTAAGTTAAGGCCTAGTT
ACATGCAGGACAAAGACAACTTTGCTCTCTATTATGTGCTTGTGCCCTGTGTTGTCTTAG
CCGTGTTGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATATTAAACAGGATTTCTTGGGCATTAT
GTGTGTACCTCGAAGCTGTTTCAGTTCTGCCTCAGCTGCGCGTGATGCAGAACACCAAGA
TTGTTGAACCGTTCACAGCGCATTATGTATTTGCACTAGGAGTAGCAAGGTTCCTTAGCT
GTGCACACTGGGTTTTACAGGTTGTGGACACGAGAGGAAGATTGCTGGTAGCATTGGGAT
ATGGATTGCGGCCATCAATGGTTCTCATCTCAGAGATTGTTCAAACTTTCATTCTTGCTG
ATTTCTGTTACTACTACGTCAAAAGTGTATTCGGAGGGCAGCTTGTTCTCCGTCTTCCGT
CTGGAGTAGTTTAAAGTTACAAAGATAGAAAATACTCCAATGGTGTAGCTTGCCCAAGTC
AGGAAAGGCAGGCAGCTTCTTTACCTCTTCCCTTATACAGTTTTATGTATCAGAAGGTGA
CTCTTGTTACGAATTAATTTTACTGTGTTGTATATTTATGACC


BQ
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AF RR1A819TF U 1
AF RR1A819JQ C 219
BS 1 803 RR1A819TF
BS 804 804 RR1A819JQ
BS 805 841 RR1A819TF
BS 842 1003 RR1A819JQ

RD RR1A819TF 841 0 0
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CAGGCGGTGTGGTCATGGGTGAGGAGGCAACCACCGAAGGTGAAGGCTTTTCTGGCGGTG
GTCTCAGGCATGGCTGCTTGGTTCTGCTGAGATTCATTGTCCACGATCACGACAATCTTT
TCGTGGCCGCCGAAGCTGTTCACTCCATCGGGATCTGTGTTCTCATCTACAAACTTATGA
AAGAAAAGACCTGCGCCGGATTGTCACTGAAATCTCAGGAGCTTACGGCGATATTTCTAG
CAGTTAGGCTGTATTGCAGCTTTGTGACGGAGTATGATATACACACCATCCTGGATCTGG
CTACTCTTGGAACAACTCTCTGGGTTATATTTATGATCCGTTTTAAGTTAAGGCCTAGTT
ACATGCAGGACAAAGACAACTTTGCTCTCTATTATGTGCTTGTGCCCTGTGTTGTCTTAG
CCGTGTTGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATATTAAACAGGATTTCTTGGGCATTAT
GTGTGTACCTCGAAGCTGTTTCAGTTCTGCCTCAGCTGCGCGTGATGCAGAACACCAAGA
TTGTTGAACCGTTCACAGCGCATTATGTATTTGCACTAGGAGTAGCAAGGTTCCTTAGCT
GTGCACACTGGGTTTTACAGGTTGTGGACACGAGAGGAAGATTGCTGGTAGCATTGGGAT
ATGGATTGCGGCCATCAATGGTTCTCATCTCAGAGATTGTTCAAACTTTCATTCTTGCTG
ATTTCTGTTACTACTACGTCAAA*GTGTATTCGGAGGGCAGCTTGTTCTCCGTCTTCCGT
C

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR1A819JQ 785 0 0
GTTCTCATCTACAAACTTATGAAAGAAAAGACCTGCGCCGGATTGTCACTGAAATCTCAG
GAGCTTACGGCGATATTTCTAGCAGTTAGGCTGTATTGCAGCTTTGTGACGGAGTATGAT
ATACACACCATCCTGGATCTGGCTACTCTTGGAACAACTCTCTGGGTTATATTTATGATC
CGTTTTAAGTTAAGGCCTAGTTACATGCAGGACAAAGACAACTTTGCTCTCTATTATGTG
CTTGTGCCCTGTGTTGTTTTAGCCGTGTTGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATATTA
AACAGGATTTCTTGGGCATTATGTGTGTACCTCGAAGCTGTTTCAGTTCTGCCTCAGCTG
CGCGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTGAACCGTTCACAGCGCATTATGTATTTGCACTA
GGAGTAGCAAGGTTCCTTAGCTGTGCACACTGGGTTTTACAGGTTGTGGACACGAGAGGA
AGATTGCTGGTAGCATTGGGATATGGATTGCGGCCATCAATGGTTCTCATCTCAGAGATT
GTTCAAACTTTCATTCTTGCTGATTTCTGTTACTACTACGTCAAAAGTGTATTCGGAGGG
CAGCTTGTTCTCCGTCTTCCGTCTGGAGTAGTTTAAAGTTACAAAGATAGAAAATACTCC
AATGGTGTAGCTTGCCCAAGTCAGGAAAGGCAGGCAGCTTCTTTACCTCTTCCCTTATAC
AGTTTTATGTATCAGAAGGTGACTCTTGTTACGAATTAATTTTACTGTGTTGTATATTTA
TGACC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL8629Contig1 358 2 2 U
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CGAGAGGTGTTTTGAAGATCTTTCTCGAGAATGTTATCAGAGACGCCGTCACTTACACCG
AGCACGCGAGGAGGAAGACGGTCACCGCGATGGATGTAGTCCATGCTTTGAAGAGGCAAG
GACACACTCTCTATGGATTCGGTGGTTAATTATCTCGGTTTGCTGTTTGCTACTGATTAA
GTCTTGCTGTCAAGAAATCTAGAGTGTTTTGTCGGTTCGTTTCTTTGTTAGTGTTTTTGT
AATTGCAGTACTGTTATTGAAGTTTTATCGTTTGGTATAATGAAAGTTCGATTACTTT


BQ
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AF RR1GJ42TF U 1
AF RR1GJ42JQ C 217
BS 1 356 RR1GJ42TF
BS 357 358 RR1GJ42JQ

RD RR1GJ42TF 358 0 0
GCAGGAGACTCGCTCGCAGAGGAGGCGTGAAGCGAATCAGCGGCTTGATCTACGAAGAAA
CGAGAGGTGTTTTGAAGATCTTTCTCGAGAATGTTATCAGAGACGCCGTCACTTACACCG
AGCACGCGAGGAGGAAGACGGTCACCGCGATGGATGTAGTCCATGCTTTGAAGAGGCAAG
GACACACTCTCTATGGATTCGGTGGTTAATTATCTCGGTTTGCTGTTTGCTACTGATTAA
GTCTTGCTGTCAAGAAATCTAGAGTGTTTTGTCGGTTCGTTTCTTTGTTAGTGTTTTTGT
AATTGCAGTACTGTTATTGAAGTTTTATCGTTTGGTATAATGAAAGTTCGATTACT
CT

QA 1 356 1 356
DS 

RD RR1GJ42JQ 142 0 0
GGTTTGCTGTTTGCTACTGATTAAGTCTTGCTGTCAAGAAATTTAGAGTGTTTTGTCGGT
TCGTTTTTTTGTTAGTGTTTTTGTAATTGCAGTACTGTTATTGAAGTTTTATCGTTTGGT
ATAATGAAAGTTGGATTACTTT

QA 1 142 1 142
DS 



AS 1 2

CO CL8630Contig1 1223 2 2 U
GTGCGGGAATGGTTTTCACAGACAGATGAGAGAGGTGTTCATACACGGATCCCTGTTATG
GTTAATATGGCATCGTCCTCCTTGAGCTTGAGTAAGAGCGGAAGCTCTCTGCATCAGTCT
GCATTTTCTATTGATCAAACAAATTCAGCCAACAGAAACTCAGTGCTCCTGGATGAAGAC
TCAGATGATGATGATGAATTTCAAATCGCTGAATCAGAACAAGAGCCTGAAACAAGTAAA
ACAGAGACAGATGTCAAGAAAACAGAAGAAGAACCTGCTCACAAGATTGATCTATCATGC
TTCTCGGGTAACCTAAAGAGAAATGAAAACGAAAATGCTCGCAACTGCTGGAGGACTTCT
GACGGGAACAACCTCAAAGTTCGTAGCAAGAATTTCTGTGACGATAAAAGAAAGATTCCT
GCTGGAAAGCATCTTATGGATCTTGTTGCTGTTGACTGGTTCAAAGACAGTAAAAGGATA
GATCATGTGGCTAGACGTAAGGGCTGTGCAGCACAAGTTGCTGCAGAGAAAGGTCTATTC
TCAATGGTGGCTAATGTTCAAGTTCCGGGGTCAACACACTACAGAATGGTGTTTTATTTT
GTGACGAAAGAACTTGTACCAGGGTCCCTGTTGCAACGTTTTGTTGATGGTGACGATGAA
TTCCGAAATAGCCGGCTAAAGCTTATACCTCAAGTTCCTAAGGGGTCATGGATAGTACGG
CAAAGCGTGGGAAGCACTCCATGTCTCCTCGGTAAAGCAGTCGACTGCAACTACATTCGT
GGCCCAACATACTTAGAAATCGATGTGGATATTGGTTCATCAACGGTTGCAAATGGAGTT
CTAGGTCTTGTCATTGGTGTAATCACATCTTTGGTTGTCGAAATGGCTTTCCTTGTACAG
GCAAATACACCGGAAGAATTGCCGGAAAGGCTCATCGGTGCGGTTAGGGTTTCGCATATA
GAGCTCTCTTCGGCTATAGTTCCGAACCTGGAGTCAGATTAATAATATAGTATAGTGACT
CCTTAAAACCCCCCTTGAGAAAATTACCATCAATACTTTCATATATTTTCTGTCACATAA
AAGTGTTTGGTTACTCTTTGAAATGGTCACTCTGCTTCAATTCTTTATTACGTCCTCTTT
TCTTTTACTTCTGTCTTTGTTTCTGTTTCGATACATCTTTTTATATTCCTTGTAATATCA
ATTCATAGTGAAAATAGTTTGTT


BQ
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AF RR1FA88TF U 1
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BS 778 1223 RR1FA88JQ

RD RR1FA88TF 777 0 0
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GTTAATATGGCATCGTCCTCCTTGAGCTTGAGTAAGAGCGGAAGCTCTCTGCATCAGTCT
GCATTTTCTATTGATCAAACAAATTCAGCCAACAGAAACTCAGTGCTCCTGGATGAAGAC
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GACGGGAACAACCTCAAAGTTCGTAGCAAGAATTTCTGTGACGATAAAAGAAAGATTCCT
GCTGGAAAGCATCTTATGGATCTTGTTGCTGTTGACTGGTTCAAAGACAGTAAAAGGATA
GATCATGTGGCTAGACGTAAGGGCTGTGCAGCACAAGTTGCTGCAGAGAAAGGTCTATTC
TCAATGGTGGCTAATGTTCAAGTTCCGGGGTCAACACACTACAGAATGGTGTTTTATTTT
GTGACGAAAGAACTTGTACCAGGGTCCCTGTTGCAACGTTTTGTTGATGGTGACGATGAA
TTCCGAAATAGCCGGCTAAAGCTTATACCTCAAGTTCCTAAGGGGTCATGGATAGTACGG
CAAAGCGTGGGAAGCACTCCATGTCTCCTCGGTAAAGCAGTCGACTGCAACTACATT

QA 1 777 1 777
DS 

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TAATGTTCAAGTTCCGGGGTCAACACACTACAGAATGGTGTTTTATTTTGTGACGAAAGA
ACTTGTACCAGGGTCCCTGTTGCAACGTTTTGTTGATGGTGACGATGAATTCCGAAATAG
CCGGCTAAAGCTTATACCTCAAGTTCCTAAGGGGTCATGGATAGTACGGCAAAGCGTGGG
AAGCACTCCATGTCTCCTCGGTAAAGCAGTCGACTGCAACTACATTCGTGGCCCAACATA
CTTAGAAATCGATGTGGATATTGGTTCATCAACGGTTGCAAATGGAGTTCTAGGTCTTGT
CATTGGTGTAATCACATCTTTGGTTGTCGAAATGGCTTTCCTTGTACAGGCAAATACACC
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AAATAGTTTGTT

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

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AAGATTCCGATCATCGGAAACCTACACCAGCTTCGAGGGTTGTTTCACAGATCTCTTCAT
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CTTCATGATGTTTATTATCTCAGTTGTTTGTATATGAACACAAGAAATCAATAAAGAACT
CTCTTTATTAGCTT


BQ
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AF RR1A604TF U 42
AF RR1A604JQ C 1
BS 1 41 RR1A604JQ
BS 42 656 RR1A604TF
BS 657 854 RR1A604JQ

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QA 1 615 1 615
DS 

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AAGATTCCGATCATCGGAAACCTACACCAGCTTCGAGGGTTGTTTCACAGATCTCTTCAT
AATCTCTCCAAGAAACATGGACCCATGTTACATCTCCGTCTTGGTTCTCTCCAAATGGTT
GTGATCTCATCAAGTGAAGCAGCTGAAGAAGTTTTAAAAACCCATGACCTCGAGTGTTGT
ACACGACCTGTCACTATCTCCTCAACGGTTTTATCACGTAACGGTAATGACATCGGCTTT
AGCGAGGAATGGAGAGAGCTGCGTAAGCTTGCGGTTCGTGAGTTTTTCAGCGTGACAAAG
GTTCGGTCTTTCAGGTATGTTAGAGAGGAAGAGAGTGACTTGATGGTCAAGCAACTGAGA
GAATCGGCTTTGAAGCAATCTCCAGTGGATTTGAGCAAAACCCTTTTCTGCCTAACTGCG
AGTATCATCTTCAGAACTGCCTTCGGACAGAGTTTCTTGGAGAACAAGCATATCGATAAG
GAAAGGATCGAAGAACTGATGCTTGAAGCTCACAGTAACATGACTTTCAATTTAACTGAT
ATGTTCCCTACTGCTGGTCTTGGATGGTTTATGGACTTTGTGTCGGGGCAACATAAGAGA
CTTCATGATGTTTATTATCTCAGTTGTTTGTATATGAACACAAGAAATCAATAAAGAACT
CTCTTTATTAGCTT

QA 1 854 1 854
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1AR92TF U 1
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BS 1 750 RR1AR92TF

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TGAATATGATAGGAAAAACTCTTTGTGTCAAGAAAGGCCAAGGCGTGTTCGTCGCATTCG
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CTTTTCTGTTATCCTTGTTTTAATCTCTCGCCCAAAACAATAGTTATGTAGTTCCTCTTT
GTTAATTTTTATAAACCGTTTGCTTTCTTT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR1AR92JQ 628 0 0
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AGAAGAGCTGTATTTTCGGGAAGCTGCAGCCTTTTGTCGGTGAGACCTTAGATTTCATCA
CAAGGGAGGAAGAGAAGAAGGGTGTTTTTGTTACCAAAGAAGATCTCGTCAAATGGGCTA
AACAGCTTAAAAAGGATGGCAAATTTGAACATGCCTACGAGATCTTTGAGTGGATGGATA
AAAAGAAGAAGATGGAATTTTTTCCTTGGGAGCTTGCTGTTTACGTTGGTTTCATTTGTC
AGACTAAAGACATAGATGTGGCTCAAGAATACTTCAATAAAGTAGAACCAGTTTTTGACG
GAAGCAACAACCTTGCCAAGAATGCGCCTGCTTATGTTACTATTGTGGTGAGGATCCTTG
AATATGATAGGAAAAACTCTTTGTGTCAAGAAAGGCCAAGGCGTGTTCGTCGCATTCGCA
AGAACGTTTAATTCGAGAGTTGGTGGAATTAGTTTGTTTGTGTGTGTTTTCATCTCTACT
TTTCTGTTATCCTTGTTTTAATCTCTCGCCCAAAACAATAGTTATGTAGTTCCTCTTTGT
TAATTTTTATAAACCGTTTGCTTTCTTT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL8634Contig1 1188 2 2 U
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GACTGGGTCGCTCCGAACCGTCTTATGAGATCCATGTTCGATGGTACGCCATACACCGAA
AACCTCTTGTAACCTATTTTTCCATAATAGATATAATTTGGTATTTTTGGGATTTGAATC
CTTAACCTCCAGATATAAAAGCATCTATCTTATTAAAACAGAAACATTCTGTTGGACCTA
ACATTTATTTTCTAAGTTTTTTAATTAAATGCACATTTATACTTTATAGTTAAACCTACA
TTAAATCACTAATGTTCCTTTCTTTATACTACTATCCATGTTTCCAAACAATATACTTAT
TTCTTTATACTACTATCAATGTTTCCAAACAATATATTTTATATACTACTATCAATGTTT
CCAAACAATACAATAATTAATCTTAGTTATTTTATATCTATCATTTTCTCTTTAAAATTT
TGTAAAAACGTCATAATTTCATAAATTACAAAATAATAAACTTTAAAATTTGGATTATAA
GATTACAAATTATGAAAATATTACAATTTCAATCAAATTAAATTACATATCGGTCATCCA
TCAGTTCAATCGGTTAGTCTCGGGTTTTAGTGACTTTTTAATATGAATATTTTAAAAAAC
TAAATTGAATTGTTAGATCTCCGGATTAACCGGTATAATCACAATCGGGTTGAATTTAAA
AACACTGATTTAAATACAAAAATATTTTAAATACACACTCTTTAAAAGTTAACAAAATAT
TTGTTAAATTATTAATGAAATTTCTCATCGTAAAATATTTTACGCTTCCAGAACGCGGAT
CAAGATCTAGTTAATAAATTATTATTCAAACTATTGGACCAAAGAGACTTCCACATTTTT
TTGGATTTTAAAATCACTATTATATTTATTTTCATTAACTTTTACGATATACAAAATTTT
CTCTAATTCTTTCCAAATCCAACAATTTTAAACTTTTAAAATCAAGAAAATCTCCGTAAA
TCTTACTCCCACTGAAAAGATTGGTTTCGGAAAATACTAAAGATTCATCTTTTTTTTTGA
CATCCAACATATTTTTATCATTTGTGAAGCTTTGATAAATAAAGCATAGATATAAAATTC
ACTTGATTTAAGTCGTAAACTGTTTATATGTCAATAAAATATTTTAGC


BQ
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AF RR1DO36TF U 1
AF RR1DO36JQ C 533
BS 1 715 RR1DO36TF
BS 716 1188 RR1DO36JQ

RD RR1DO36TF 715 0 0
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GACTGGGTCGCTCCGAACCGTCTTATGAGATCCATGTTCGATGGTACGCCATACACCGAA
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CTTAACCTCCAGATATAAAAGCATCTATCTTATTAAAACAGAAACATTCTGTTGGACCTA
ACATTTATTTTCTAAGTTTTTTAATTAAATGCACATTTATACTTTATAGTTAAACCTACA
TTAAATCACTAATGTTCCTTTCTTTATACTACTATCCATGTTTCCAAACAATATACTTAT
TTCTTTATACTACTATCAATGTTTCCAAACAATATATTTTATATACTACTATCAATGTTT
CCAAACAATACAATAATTAATCTTAGTTATTTTATATCTATCATTTTCTCTTTAAAATTT
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GATTACAAATTATGAAAATATTACAATTTCAATCAAATTAAATTACATATCGGTCATCCA
TCAGTTCAATCGGTTAGTCTCGGGTTTTAGTGACTTTTTAATATGAATATTTTAAAAAAC
TAAATTGAATTGTTAGATCTCCGGATTAACCGGTATAATCACAATCGGGTTGAAT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1DO36JQ 656 0 0
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CAAAATATTTGTTAAATTATTAATGAAATTTCTCATCGTAAAATATTTTACGCTTCCAGA
ACGCGGATCAAGATCTAGTTAATAAATTATTATTCAAACTATTGGACCAAAGAGACTTCC
ACATTTTTTTGGATTTTAAAATCACTATTATATTTATTTTCATTAACTTTTACGATATAC
AAAATTTTCTCTAATTCTTTCCAAATCCAACAATTTTAAACTTTTAAAATCAAGAAAATC
TCCGTAAATCTTACTCCCACTGAAAAGATTGGTTTCGGAAAATACTAAAGATTCATCTTT
TTTTTTGACATCCAACATATTTTTATCATTTGTGAAGCTTTGATAAATAAAGCATAGATA
TAAAATTCACTTGATTTAAGTCGTAAACTGTTTATATGTCAATAAAATATTTTAGC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL8635Contig1 678 2 3 U
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TATTTTCCGGAAAGGAAAGTGTACGTACGTAGTGTGTCAGAAATCTCAGAGGGTGAGAAT
CCCAATGAGAATCTTACCCGAACCTCGAGGTTCGGTTCCATGCCTCCTCCTCCTCTTGTC
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TCTGAAAGTTCCTACTCATGACATTGTCTCCAAGGACGGAGCTTTAAAGCAGGAGTGTTA
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CAAGATTGTGTTTCTATACAAAACTGGAGACAAACACGTTTTGGGTCTCAAACAAACTCT
GAAGTTTTCACCTGAACTTTGCGTTTCCAAATTCTTTTGGCCTATGCCTAAGTTCCCTCC
TTTTAAAGGATTTGACCATCCTTTCCCTTTACCTCCACCTTTGGAGCTTCCACCGTTTCC
CAAACCTTGCCCACCACC


BQ
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AF RR1ER61TF U 1
AF RR1BQ27TF U 1
BS 1 283 RR1BQ27TF
BS 284 284 RR1ER61TF
BS 285 678 RR1BQ27TF

RD RR1ER61TF 633 0 0
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QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1BQ27TF 678 0 0
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TATTTTCCGGAAAGGAAAGTGTACGTACGTAGTGTGTCAGAAATCTCAGAGGGTGAGAAT
CCCAATGAGAATCTTACCCGAACCTCGAGGTTCGGTTCCATGCCTCCTCCTCCTCTTGTC
CGTTGTCTTTTCCGCTACTCTATCTCTGGCTCGCGTCGTCGAAGTTGTTGGTAACGCCGA
GAGCAAGATCAAAACCCCCCATGCATTCTCAGGACTCCGAGTGGCGATTGATTGCAAGGT
GAATAAAGGGCATTTTGTTACAAAAGCTTCTGGAAACATTGATGAAGAAGGAAAGTTCGG
TCTGAAAGTTCCTACTCATGACATTGTCTCCAAGGACGGAGCTTTAAAGCAGGAGTGTTA
TGCTCAGCTTCATAGCGCTGCGGGAACACCTTGCCCGGCTCATGACGGCCTTGACTCCAA
CAAGATTGTGTTTCTATACAAAACTGGAGACAAACACGTTTTGGGTCTCAAACAAACTCT
GAAGTTTTCACCTGAACTTTGCGTTTCCAAATTCTTTTGGCCTATGCCTAAGTTCCCTCC
TTTTAAAGGATTTGACCATCCTTTCCCTTTACCTCCACCTTTGGAGCTTCCACCGTTTCC
CAAACCTTGCCCACCACC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

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CATACAAATTGAAAACATTGTCAGCTTCAGGAATTCTCTACCTCTTTACAGATCGTTGAG
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ACTCGTTTGTATTTATCTGATTGTTAAAAACAGAGTTTGACCATACAAAAATAGAGTTAT
ATCATTAAAACAGAGTTATAACC


BQ
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AF RR1A840JQ C 1
AF RR1A840TF U 1
BS 1 803 RR1A840TF

RD RR1A840JQ 803 0 0
GGAAGGCTCAAACCCCAAAGATGAAAACTCTGCCCTGGTGCATTATATCCAGGTTCATCA
AGATGATTTTTCAATGAACGTGAAACTTCAGCTTTTCTGTCTCATTTCAAAGCAAGCCAC
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TCATTCTGGAGTCTATGGTGTACAGTTCATTATCCAGTCTTCAGCTAAGGGTCCTGGACA
TATTGATTCAAGGGTCGAGTCACTACTCAAGGACCTTGAGAGTAAATTTTACAATATGAG
CGATGAAGAATTCAAGAGTAATGTAACAGCTTTGACAGACATGAAGCTTGAGAAACACAA
GAACTTGTCAGAGGAATCTCGGTTTTACTGGGGAGAGATTCAAAAGGGGACACTCAAATT
CAACCGCATAGAAGCAGAGGTTTCTGCACTGAGAGAGCTAAAGAAGGAAGAGTTGATAGA
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TTATGGAAGCCAGCATTTGGAGGAAATGGTGTCTGACAAAGCTAACGTTGTATCACCATT
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ACTCGTTTGTATTTATCTGATTGTTAAAAACAGAGTTTGACCATACAAAAATAGAGTTAT
ATCATTAAAACAGAGTTATAACC

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1A840TF 803 0 0
GGAAGGCTCAAACCCCAAAGATGAAAACTCTGCCCTGGTGCATTATATCCAGGTTCATCA
AGATGATTTTTCAATGAACGTGAAACTTCAGCTTTTCTGTCTCATTTCAAAGCAAGCCAC
ATTTCACCAGCTCAGAACGGTGGAGCAACTTGGTTACATCACTTCACTTTCTAGAAATAA
TCATTCTGGAGTCTATGGTGTACAGTTCATTATCCAGTCTTCAGCTAAGGGTCCTGGACA
TATTGATTCAAGGGTCGAGTCACTACTCAAGGACCTTGAGAGTAAATTTTACAATATGAG
CGATGAAGAATTCAAGAGTAATGTAACAGCTTTGACAGACATGAAGCTTGAGAAACACAA
GAACTTGTCAGAGGAATCTCGGTTTTACTGGGGAGAGATTCAAAAGGGGACACTCAAATT
CAACCGCATAGAAGCAGAGGTTTCTGCACTGAGAGAGCTAAAGAAGGAAGAGTTGATAGA
TTACTTTGACGAGTACATAAAGATTGATGCACCAAAAAAGAAGTCGCTGAGCATATACGT
TTATGGAAGCCAGCATTTGGAGGAAATGGTGTCTGACAAAGCTAACGTTGTATCACCATT
CATACAAATTGAAAACATTGTCAGCTTCAGGAATTCTCTACCTCTTTACAGATCGTTGAG
AGGATGAAGCCATCTGAAACTGTGAGGAAGTACCTAACTATAGGATATACACAAACAAAC
ACTCGTTTGTATTTATCTGATTGTTAAAAACAGAGTTTGACCATACAAAAATAGAGTTAT
ATCATTAAAACAGAGTTATAACC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL8637Contig1 861 2 2 U
GGGAAGGACAGAACATAAGCTCCGACCGAGAAAACAATCCCCATCTCTCTCCGACGACAA
ACCAGACCTGCGACCCTTTGGAGACAAGAAGAAATGGGTTTCTTCTCTTTTCTAGGAAGA
GTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCCTGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGCT
GACGGTGGTCCAGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCCAAGCTTGACCTGGCCAAAGCACACCTC
TCTTCCAGATTAGGAGTAGCATTGCCCCACATAGAGGTGAAGCAAGTCGTATCGGCAATT
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CATTAAGACTAGTCTGCTTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FA37TF U 1
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BS 739 861 RR1FA37JQ

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TCTTCCAGATTAGGAGTAGCATTGCCCCACATAGAGGTGAAGCAAGTCGTATCGGCAATT
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GTTTTTATTTATTTTTGA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR1FA37JQ 738 0 0
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GCTTTGAAAGGGCTCGGAGGCTTACTCTTTGTTGTTGGCAACGTCTTTGGTGCCCATCTT
CTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGTTAGTCCCATCTTATATGATTTCTACAACTATGGACCC
GAGGACCGCCAATTCTCCCTTCTATTGACTGAGTTCTTGCAGAGCGTCGCGCTTCTCGGT
GCATTGCTATTTTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGACCACGACCTCCTCAAAGAGCAGC
AACCTGAAGAAGAGGATACCCAAGCCTAAGGCTGCTTAGAGCTGTTCTATTCTCTTCCAC
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CTTTTTCTACTGTAGGATTCTAGACTTGGCCACAATTCTTTTTTTATTTCTCTTCTAGTT
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TAAGACTAGTCTGCTTAC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

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TTTGATTTTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN50TF U 1
AF RR1DN50JQ C 103
BS 1 689 RR1DN50TF
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ATAACATTCTTAGAGCCAATTACAATAATCTGGCATCACAATTTGACATCATGAAGAAAG
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AAAGACGTGATGAGTGTTGTGGTGAACAAAGAATAGCTCTCAGCAGTACCACATGGTCAG
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ACATTAAGACAGAGTATTTTGGATTTGAGGAGGAGTCTAATCACGAGCCCACGAACATTG
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AT

QA 1 722 1 722
DS 

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GGCTGCAACCAAGACAAGTGGCTATATGGTTTCAGAACAAGAGGGCTCGTTGGAAGACTA
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TTGACATCATGAAGAAAGAAAAGCAAGCTCTGGTCTCCGAGTTGCAGAGACTAAATGAAG
AGATGCAAAAGTCAAAAGAAAGACGTGATGAGTGTTGTGGTGAACAAAGAATAGCTCTCA
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GGGGAGGCTTCAACTCTGATTCTATCTTAGACCAATCTAGCAGCAATTACCCTTGGTGGG
ACTTTTGGTCATAATTCATAAACAAAACAACTAAGTGCAGAGAACGAGTGTGTATATACT
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TGCATACGTTGTGTTATATTTGATTTTAC

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1E203JQ C 1
AF RR1E203TF U 1
BS 1 615 RR1E203TF

RD RR1E203JQ 615 0 0
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TAATTTTCTTGGTCC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1E203TF 615 0 0
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AGGAAGCATCGCATCTCTCGCTGGAGGCGCAGGCACTGGTTTCCCCGTCCTTCTCGCTGG
GTTCATCACCCTTAAGGCTTTCGAGAAGAAGAAGAAGTCTCCTGTTTTCGCTGTCGTTCT
CCAGACAGTTATTTCAGCTGGTCTCACATTTGTGATGGGCCAACGGTACTTGAAAACTCA
GAAGATTATGCCAGCTGGTTTGGTTTCTGGGATCAGTGGTCTCATGACATGTTTCTACCT
GTACAAGATTGCAACTGGCGGCAACCACATACCAATAACAACGAAAGCTGAATGATTGTT
ATGCACTCTGGTTTTCGATATGGTATCCTCCAATTGTTGAGATCAAGTATATGAAATTTT
CTATTTAATACAATATGTATGGTAAATGTTTGTGTATCTTGGTCTTTAGGTGAACATGTT
TTGTTTTCTGTATCTGAGATTATAGTTTCCAATGTAACCATGACTAGCTTTTAATAGATG
TAATTTTCTTGGTCC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL8640Contig1 756 2 3 U
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GAGAGCCGTCGTTACCTTGAGATGTTCTATGCCTTGAAGTATCGCCCACTGGCTAAGGCC
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GTCTTTGTTTTTCCCCTTTGTCTTTCCGGCAATGATTTGTATTCTGATTGTTGAGGGATC
TCCCCTGATCATTGGCAATGAAATTTCTACTTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FQ26JQ C 1
AF RR1BR88TF U 289
BS 1 293 RR1FQ26JQ
BS 294 753 RR1BR88TF
BS 754 756 RR1FQ26JQ

RD RR1FQ26JQ 756 0 0
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QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1BR88TF 465 0 0
GGGGG
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AGGGATCTCCCCTGATCATTGGCAATGAAATTTCTACTTT

QA 6 465 6 465
DS 



AS 1 2

CO CL8641Contig1 999 2 4 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BI27TF U 1
AF RR1BI27JQ C 169
BS 1 793 RR1BI27TF
BS 794 794 RR1BI27JQ
BS 795 803 RR1BI27TF
BS 804 999 RR1BI27JQ

RD RR1BI27TF 803 0 0
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CACACTCAAGATGCTACTCCTTTGACCCTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA
GTTAAGTATGGACTTAATCGAGTCACATGCACTCTACCCCGCCTCTATCAGCTTGCACAA
GGTGGAACTGCTGTTGGGACAGGACTAAACACCAAGAAAGGGTTTGATGTAAAGATAGCT
GCTGCAGTGGCAGAAGAAACAAACCTGCCGTTCGTCACTGCAGAAAACAAGTTCGAAGCT
CTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAACCAGTGGGTCACTTAACACAATCGCCACGTCG
TTGATGAAAATTGCCAATGATATACGTTTTCTTGGAAGTGGTCCAAGATGTGGTCTTGGT
GAACTTGTTCTGCCTGAAAATGAGCCAGGAAGCAGCATCATGCCTGGGAAGGTAAATCCT
ACACAGTGTGAAGCCTTGACCATGGTTTGTGCTCAGGTAATGGGCAACCATGTCGCTGTG
ACAGTTGGTGGGTCAAATGGTCATTTCGAATTGAATGTATTTAAGCCGGTGATCGCAAGC
TCTCTCTTGCATTCCGTAAGATTGATAGCAGATGCTTCAGCTTCGTTTGAGAAAAACTGT
GTGAGGGGCATTGAGGCCAACAGAGAAAGGATCTCAAAGCTATTACACGAGTCTCTTATG
CTTGTGACATCATTGAATCCGAAAATCGGATATGACAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAAA
GCTCACAAAGAAG*ATCGACATT

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR1BI27JQ 831 0 0
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GTAAAGATAGCTGCTGCAGTGGCAGAAGAAACAAACCTGCCGTTCGTCACTGCAGAAAAC
AAGTTCGAAGCTCTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAACCAGTGGGTCACTTAACACA
ATCGCCACGTCGTTGATGAAAATTGCCAATGATATACGTTTTCTTGGAAGTGGTCCAAGA
TGTGGTCTTGGTGAACTTGTTCTGCCTGAAAATGAGCCAGGAAGCAGCATCATGCCTGGG
AAGGTAAATCCTACACAGTGTGAAGCCTTGACCATGGTTTGTGCTCAGGTAATGGGCAAC
CATGTCGCTGTGACAGTTGGTGGGTCAAATGGTCATTTCGAATTGAATGTATTTAAGCCG
GTGATCGCAAGCTCTCTCTTGCATTCCGTAAGATTGATAGCAGATGCTTCAGCTTCGTTT
GAGAAAAACTGTGTGAGGGGCATTGAGGCCAACAGAGAAAGGATCTCAAAGCTATTACAC
GAGTCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCGAAAATCGGATATGACAATGCTGCAGCA
GTTGCCAAGAAAGCTCACAAAGAAGGATCGACATTGAAGGAAGCGGCTCTGAAGTTAGGT
GTTCTTACCTCTGAAGAGTTTGATACGCTTGTCGTCCCAGAGAAGATGATCGGGCCCTCC
GATTGATGTTGAGCTAAAAGCTTCATTTCACATGTCTTATTCTTGTTAAGGTTGTAATGA
CAAATAAGCAAATCCCGAAACTCAAATTCAGATTTTGCATTGGAAAGATTC

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

CO CL8642Contig1 846 2 2 U
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GGAGAATGATACTGGAGAGTTTTGGGATAGATAAATATATTGACGAACATCTTGACTCTA
CCAATTACCTTTTTCGCATGATGAAGTATACACCACCTCCTCCTCATGATGGTGCGGATG
AAGAGACAAAGTTAGGTTTACCTTGTCATACGGATAAGAACATCATGACAATACTTCATC
AGTATCAAATTGAGGGTTTGGAAATTCAGACCAAAGACAAAAAATGGTTCAAAGTGAAGC
CATCTCATCATTTTTCTTTCATAGTAATGGTTGGAGATTCTATGTGTGCTTTTTTGAATG
GCCGATTGTCTTCTACATATCACCGAGTCCTGATGACGGCAAAGAAGACAAGGTATTCGA
CTGCACTGTTCTCGACTCCCAAAACAGGAGTTATCATTGATCCAGCTGAAGAACTTATAG
ATGAAGAACATCCACGTGTGTTCAAACCCTTTGAATTCAATGATTACCGTGACTTCTATA
ACACGGAAGATGGGTATGCAGCTCAGTCTACCCTCCATGCTTTCTGTGCTCTATGAAGCA
TTACTCTATTCGCAGCAAGGAATGTGATAGTGGCTTTATGTTTGATTGTTTAAATCCATC
CAATAATGTTTTGTGTGTTTCGGTTTGATGTATTTTTCTTTTCGTGTGGCGACCAATCTG
CATTTGTTATTTGATATGTTTTTCACATAATACGTTGAGGAGTGTTGTTCGTAAAGATTT
AAAAGACTAAATATCTGTAATTGGTGATCATGTATTAAGAAAATAAAAGATGTTTTTTTT
ATTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1AR36TF U 1
AF RR1AR36JQ C 32
BS 1 662 RR1AR36TF
BS 663 846 RR1AR36JQ

RD RR1AR36TF 662 0 0
GAATAAGCGAGACGATGCATGGGGTTTCGGATAAATTAGCAGAACTGGATGTGATGGTGA
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AAGAGACAAAGTTAGGTTTACCTTGTCATACGGATAAGAACATCATGACAATACTTCATC
AGTATCAAATTGAGGGTTTGGAAATTCAGACCAAAGACAAAAAATGGTTCAAAGTGAAGC
CATCTCATCATTTTTCTTTCATAGTAATGGTTGGAGATTCTATGTGTGCTTTTTTGAATG
GCCGATTGTCTTCTACATATCACCGAGTCCTGATGACGGCAAAGAAGACAAGGTATTCGA
CTGCACTGTTCTCGACTCCCAAAACAGGAGTTATCATTGATCCAGCTGAAGAACTTATAG
ATGAAGAACATCCACGTGTGTTCAAACCCTTTGAATTCAATGATTACCGTGACTTCTATA
ACACGGAAGATGGGTATGCAGCTCAGTCTACCCTCCATGCTTTCTGTGCTCTATGAAGCA
TTACTCTATTCGCAGCAAGGAATGTGATAGTGGCTTTATGTTTGATTGTTTAAATCCATC
CA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1AR36JQ 815 0 0
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TAAATATATTGACGAACATCTTGACTCTACCAATTACCTTTTTCGCATGATGAAGTATAC
ACCACCTCCTCCTCATGATGGTGCGGATGAAGAGACAAAGTTAGGTTTACCTTGTCATAC
GGATAAGAACATCATGACAATACTTCATCAGTATCAAATTGAGGGTTTGGAAATTCAGAC
CAAAGACAAAAAATGGTTCAAAGTGAAGCCATCTCATCATTTTTCTTTCATAGTAATGGT
TGGAGATTCTATGTGTGCTTTTTTGAATGGCCGATTGTCTTCTACATATCACCGAGTCCT
GATGACGGCAAAGAAGACAAGGTATTCGACTGCACTGTTCTCGACTCCCAAAACAGGAGT
TATCATTGATCCAGCTGAAGAACTTATAGATGAAGAACATCCACGTGTGTTCAAACCCTT
TGAATTCAATGATTACCGTGACTTCTATAACACGGAAGATGGGTATGCAGCTCAGTCTAC
CCTCCATGCTTTCTGTGCTCTATGAAGCATTACTCTATTCGCAGCAAGGAATGTGATAGT
GGCTTTATGTTTGATTGTTTAAATCCATCCAATAATGTTTTGTGTGTTTCGGTTTGATGT
ATTTTTCTTTTCGTGTGGCGACCAATCTGCATTTGTTATTTGATATGTTTTTCACATAAT
ACGTTGAGGAGTGTTGTTCGTAAAGATTTAAAAGACTAAATATCTGTAATTGGTGATCAT
GTATTAAGAAAATAAAAGATGTTTTTTTTATTTCT

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL8643Contig1 768 2 2 U
GGAAAGAAAAGCAAATCCACATTCGCCGACGTGAACCCTTGGAACCTCCCCAATCTCATC
TCCTTGTGTAATCGATTCAAATCAGGCAACGTCGAATTATTAGCAAAAACTAATCTCGAA
AAATGTCGTTAGGGCAAAAGGGTTCGGGGGATCCTGGTGCGATGCTCACTTCTCTTTTTA
ACAAGCGAGAGAAGCTTCGACAAGACTTACGGAGCATCGAGAAGCGGGTTTATGAATTGG
AGACGAGCTATCTTCAAGAATCGAGCCATATAGGAAATGCGTTAAAGGGTTTCGAAGGCT
TCCTTTCTTCCTCCAAAAGCACTGCCAGTGCTAAGAGGTCAAGAGAGTTTCAGCCTGAAG
ACAGAGTCTTCTCATTGTCCTCGGTCACCTCACCAGCTGCTGAAGAACTTGGTGTTGGAA
GAGAAGATGGACGAGCTGAGTTGGGGCCAGGGAGATCCAAGGGGTGGATTGTCCACAGGA
CAGGGAAAACCGAAGAAAGGGAGAGGACACGGAGTGGCGAGAGATGCAAAGAGAAACAGA
CCATCTACAGAACCAGATTATGATGATGAAGATGATCCAGATACCAGTATGTATGTGCCC
GGTTCACTCATCTAGTGCTTTTTTTTTTTTTTGGTTGTGCCTTAAAAACAGTAAGAAACA
TATCACCTTCTAGCCTTTTTTTTTTTGCATCCCAAAACATAACCAAAGTAAACCTAGGAA
CTATTTTCACAGATTTATAATATCAATTAATATGTGAAATATTTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A022TF U 1
AF RR1A022JQ C 62
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ACAAGCGAGAGAAGCTTCGACAAGACTTACGGAGCATCGAGAAGCGGGTTTATGAATTGG
AGACGAGCTATCTTCAAGAATCGAGCCATATAGGAAATGCGTTAAAGGGTTTCGAAGGCT
TCCTTTCTTCCTCCAAAAGCACTGCCAGTGCTAAGAGGTCAAGAGAGTTTCAGCCTGAAG
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QA 1 627 1 627
DS 

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GACGAGCTATTTTCAAGAATCGAGCCATATAGGAAATGCGTTAAAGGGTTTCGAAGGCTT
CCTTTTTTCCTCCAAAAGCACTGCCAGTGCTAAGAGGTCAAGAGAGTTTCAGCCTGAAGA
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AGAAGATGGACGAGCTGAGTTGGGGCCAGGGAGATCCAAGGG*TGGATTGTCCACAGGAC
AGGGAAAACCGAAGAAAGGGAGAGGACACGGAGTGGCGAGAGATGCAAAGAGAAACAGAC
CATTTACAGAACCAGATTATGATGATGAAGATGATCCAGATACCAGTATGTATGTGCCCG
GTTCACTCATCTAGTGCTTTTTTTTTTTTTTGGTTGTGCCTTAAAAACAGTAAGAAACAT
ATCACCTTCTAGCCTTTTTTTTTTTGCATCCCAAAACATAACCAAAGTAAACCTAGGAAC
TATTTTCACAGATTTATAATATCAATTAATATGTGAAATATTTTGTG

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

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TTCTTCCTAAACACTCTTCTCTGTTTGTTTACTTAACCACAGATATATATATCACATGTT
TACCTACTACTACACATATATTAATGTAGGATTTATTCAATCTTTAAAATTTTTCATTTA
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CAAAATAAATAAAATTAAAACCTCAATTAAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A188JQ C 1
AF RR1A188TF U 1
BS 1 631 RR1A188TF

RD RR1A188JQ 631 0 0
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TACCTACTACTACACATATATTAATGTAGGATTTATTCAATCTTTAAAATTTTTCATTTA
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CAAAATAAATAAAATTAAAACCTCAATTAAT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1A188TF 631 0 0
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TCTCAAAACAAAAAGAAATATTCTCCAAGTCCCTTAAATTAGAATATGAATCGGGGTCGT
CTTCTTTGCCTCATTGGTTTGCTCTTCTTCCTCGTTGTTTTATCTAAAGCTTCAAGAATT
CACGTTGAAAGACGACGCTTCTCCTCGGAACCTCAACCTAGCAAAGAAAGAGGGTTTATC
CCTTCTCAACACGCCCTGCCGGTCGTTGGCGCCGGTGGATTCTTACCGGATAAACGGAAG
GTTAAGACGGGATCAAATCCTTTGCACAACAAGCGATGAGGAAAACTCAGATAATTAGTC
TTCTTCCTAAACACTCTTCTCTGTTTGTTTACTTAACCACAGATATATATATCACATGTT
TACCTACTACTACACATATATTAATGTAGGATTTATTCAATCTTTAAAATTTTTCATTTA
TATCCTCAATACTTAGATGTTTTATATGATAAGAGCATGAATCAATCAATATTGTTATAT
ACAGCCTTATTTCATCGTATTTATTTTCAGCTGAAGAGCAAATGTAATGGCTCTTATTAG
CAAAATAAATAAAATTAAAACCTCAATTAAT

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL8645Contig1 761 2 3 U
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CGTTTGTTGTCGTGTATAAGTCTGAGTCAGCTTCTGATTCAGGAGGTGCTTCTCAAAATA
CGTTGTCCTCTCTTGAAGTGGGCCAGAATGGTCCTTTACATTCGAATACTTCTGGCTTTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CV29TF U 26
AF RR1E173TF U 1
BS 1 171 RR1E173TF
BS 172 172 RR1CV29TF
BS 173 761 RR1E173TF

RD RR1CV29TF 647 0 0
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TCGATATTGCCAGAACTCAGACACAGGTTGAACAGCCATTGT

QA 6 647 6 647
DS 

RD RR1E173TF 761 0 0
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TCGCCATCGTCGGCGTCGATTCCTACGCCGGCAAGTTCTTCAACGATTCCCCTCCTTCCG
CAATGCAAGGCTCTTCCATCCATGGAGCCAACAGTGTTCTTGGGTCAACACGCATGGACA
ACTCTTTCGTTGTTTTACCTCGACACAAGCCTCAAGCTCAGGGCATTCCTCCACGTCCTC
GTGGTGCTTCGTCTCCTCAGCCTCATGATGCAACCCACTCTGGGAAGGCAATGGAGGAAT
CGTTTGTTGTCGTGTATAAGTCTGAGTCAGCTTCTGATTCAGGAGGTGCTTCTCAAAATA
CGTTGTCCTCTCTTGAAGTGGGCCAGAATGGTCCTTTACATTCGAATACTTCTGGCTTTA
ATGCGACCATCAATGTCTTAACTCGTGCTTTCGATATTGCCAGAACTCAGACACAGGTTG
AACAGCCATTGTGCCTTGAATGCATGAGGGTATTGTCTGATAAACTTGAAAAGGAAGTGG
AGGATGTGACGAGAGACGTGGAAGCATACGAAGCATGCGTC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL8646Contig1 635 2 3 U
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GCTGCTAGTGTCCGTCACTCGGCCAAACGCCGCCCAAAAATGAGCCAGATAGTTCGAGCA
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ATCTACAGTTTAGATGGGAGCTCGGATTACAGCTCAACACAATATAAAGAGGACTTGAAG
AAGTTCAAGAAAATGGCACTTGAAAGCCAGACGTTTGGTAGCAGCGAATGTAGCGGTTTG
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ACAACGCAAGAGATCGAACCGGAGAAGAAAACGGATGAGACTATAAGTTAAAAACCAGAG
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CATTACTTCGTATTAACGTGTGGCCTGATTTGGACGTGAGTATTTGTTGGAGACTAGCCA
ACAATTATTTTTATTTACTTTTTTTAAGTTTGGTGTGAATTTAAGAGATGCTTTATGATT
CTTTTTTTTTTGTCACAGGCTTTATGATTCTTTAC


BQ
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AF RR1FP88JQ C 1
AF RR1FP88TF U 1
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RD RR1FP88JQ 635 0 0
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AAGTTCAAGAAAATGGCACTTGAAAGCCAGACGTTTGGTAGCAGCGAATGTAGCGGTTTG
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CATTACTTCGTATTAACGTGTGGCCTGATTTGGACGTGAGTATTTGTTGGAGACTAGCCA
ACAATTATTTTTATTTACTTTTTTTAAGTTTGGTGTGAATTTAAGAGATGCTTTATGATT
CTTTTTTTTTTGTCACAGGCTTTATGATTCTTTAC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1FP88TF 635 0 0
GACCCGCGGCTAGAAGGTAACTTTGATACCAGTGAGATGACGAGAATGGTTGCTTGCGCT
GCTGCTAGTGTCCGTCACTCGGCCAAACGCCGCCCAAAAATGAGCCAGATAGTTCGAGCA
TTTGAAGGAAACCTATCTCTAGATGACTTAACGGAAGGAGTCACTCCAGGTCACAGCACT
ATCTACAGTTTAGATGGGAGCTCGGATTACAGCTCAACACAATATAAAGAGGACTTGAAG
AAGTTCAAGAAAATGGCACTTGAAAGCCAGACGTTTGGTAGCAGCGAATGTAGCGGTTTG
ACCACCAGTGGCAACGGTCAGAACCCATCAGGCTCCTCTAGCATCACTGAAGGTCAACGT
ACAACGCAAGAGATCGAACCGGAGAAGAAAACGGATGAGACTATAAGTTAAAAACCAGAG
GATTCTTGGTTAGCTAAAAGTCCAGCCTTTTGGGGGTAGGCTAGGTGTAAACACATTTTT
CATTACTTCGTATTAACGTGTGGCCTGATTTGGACGTGAGTATTTGTTGGAGACTAGCCA
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CTTTTTTTTTTGTCACAG*CTTTATGATTCTTTAC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL8647Contig1 635 2 2 U
CGGTAAATAAGTAAGCTACTATTATCATATCATAACCATAATCAGGATACAATACAGAGC
AAAAGACTACAAAATAACATGACGAACTTTCCAACAACGAAATAAAAACAAGACAAAGCA
GGGTATGCTGAGGTCAGCGTACATAGACCCCTTTTTATTTTACTTATGCTAGACCAAGCA
CTCTTAATCCTCAGGATGATGTATGAGTTCTCACTTCACTTGACGGTGTCGCAGTTAGTG
CTCATGGAGATGGAATAGGGAATGCTAACACCGCACTTTCCAGGAAGGCTAGAGGCTAGA
CTTGGGTTGATGCTCTTTGCAGCGGCCTTTAGACATTTGCATGCTTGTTGGCGGTCCGGT
GTGGTTTGAGCCATACCGTTCAGTTTTTTTTGACTCCCGCACAGCATGGAGGCGGCACCA
CCCCACCTTTGGATAGGTAGCCGGCACATGGAACCAAGCTACTTGCCACTGTGCCACATG
AGATTGCTGCATCTACTGATGCAACTACGCACACCGTCAAAATAAGGCAAGTGAAGAACC
TCAAAGCGAAAGCCATTGTCTCTTTTGTAATAAAAAAATAGGGAAATTTAGTTTACTTTT
CTGTGTTTAAGCTTGTGTTTTGCTGTTGGATATCC


BQ
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AF RR1FV07TF C 1
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BS 1 5 RR1FV07TF
BS 6 635 RR1FV07JQ

RD RR1FV07TF 635 0 0
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GGGTATGCTGAGGTCAGCGTACATAGACCCCTTTTTATTTTACTTATGCTAGACCAAGCA
CTCTTAATCCTCAGGATGATGTATGAGTTCTCACTTCACTTGACGGTGTCGCAGTTAGTG
CTCATGGAGATGGAATAGGGAATGCTAACACCGCACTTTCCAGGAAGGCTAGAGGCTAGA
CTTGGGTTGATGCTCTTTGCAGCGGCCTTTAGACATTTGCATGCTTGTTGGCGGTCCGGT
GTGGTTTGAGCCATACCGTTCAGTTTTTTTTGACTCCCGCACAGCATGGAGGCGGCACCA
CCCCACCTTTGGATAGGTAGCCGGCACATGGAACCAAGCTACTTGCCACTGTGCCACATG
AGATTGCTGCATCTACTGATGCAACTACGCACACCGTCAAAATAAGGCAAGTGAAGAACC
TCAAAGCGAAAGCCATTGTCTCTTTTGTAATAAAAAAATAGGGAAATTTAGTTTACTTTT
CTGTGTTTAAGCTTGTGTTTTGCTGTTGGATATCC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1FV07JQ 630 0 0
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AATCCTCAGGATGATGTATGAGTTCTCACTTCACTTGACGGTGTCGCAGTTAGTGCTCAT
GGAGATGGAATAGGGAATGCTAACACCGCACTTTCCAGGAAGGCTAGAGGCTAGACTTGG
GTTGATGCTCTTTGCAGCGGCCTTTAGACATTTGCATGCTTGTTGGCGGTCCGGTGTGGT
TTGAGCCATACCGTTCAGTTTTTTTTGACTCCCGCACAGCATGGAGGCGGCACCACCCCA
CCTTTGGATAGGTAGCCGGCACATGGAACCAAGCTACTTGCCACTGTGCCACATGAGATT
GCTGCATCTACTGATGCAACTACGCACACCGTCAAAATAAGGCAAGTGAAGAACCTCAAA
GCGAAAGCCATTGTCTCTTTTGTAATAAAAAAATAGGGAAATTTAGTTTACTTTTCTGTG
TTTAAGCTTGTGTTTTGCTGTTGGATATCC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL8648Contig1 429 2 1 U
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TGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTCAAAGTGATGGGACGTACTGGATCCAGGG
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GGAGACTTCGTTGATTCGTCTTGTTCCTTTCTCCACTACAGAACTACGTCTGCTTATCTT
GCTCTTTTTTTTTTGTTTTCTGTGACTGGATTAGTGATTATGCATTCGAACTGAATTTTG
TTTTTGCTGTAAGACATTTCATGGATTGATTTTTGTTCTGGTCTTATCATATTGTTGTCT
GAACCCTCC


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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1E001JQ C 1
AF RR1E001TF U 1
BS 1 429 RR1E001TF

RD RR1E001JQ 429 0 0
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TGGATTTTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTCAAAGTGATGGGACGTACTGGATCCAGGG
GTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGAAGTTCACTGACTCTGATCGTTACATTATGAGAAACG
TCAAGGGACCCGTGAGAGAAGGTGACATCCTCACTTTGCTCGAGTCTGAGAGAGAAGCTA
GGAGACTTCGTTGATTCGTCTTGTTCCTTTCTCCACTACAGAACTACGTCTGCTTATCTT
GCTCTTTTTTTTTTGTTTTCTGTGACTGGATTAGTGATTATGCATTCGAACTGAATTTTG
TTTTTGCTGTAAGACATTTCATGGATTGATTTTTGTTCTGGTCTTATCATATTGTTGTCT
GAACCCTCC

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR1E001TF 429 0 0
TTTTTGCATCGCCGCTAAGCTTTCTCACCTCCGTCTCTCACCGAGCCGTCGTCTTCAGAA
TGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTCAAAGTGATGGGACGTACTGGATCCAGGG
GTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGAAGTTCACTGACTCTGATCGTTACATTATGAGAAACG
TCAAGGGACCCGTGAGAGAAGGTGACATCCTCACTTTGCTCGAGTCTGAGAGAGAAGCTA
GGAGACTTCGTTGATTCGTCTTGTTCCTTTCTCCACTACAGAACTACGTCTGCTTATCTT
GCTCTTTTTTTTTTGTTTTCTGTGACTGGATTAGTGATTATGCATTCGAACTGAATTTTG
TTTTTGCTGTAAGACATTTCATGGATTGATTTTTGTTCTGGTCTTATCATATTGTTGTCT
GAACCCTCC

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 2

CO CL8649Contig1 725 2 2 U
GGGTCACACTTTTAAAAGCTGTCTTTACTCTCTGAGAGAATCTCTCGAGAGGAGAAGAAA
ATGGAGAAAGCTTTAGCGAAAGTGACGAGCTTCAAAGTGGGAGGCTCATGGATCTCGAAG
AAAGCCAAAGAAGAGCTCTCTAACATCACCACTGACCTCACTACATTCTCTAGTACCGTT
GAAGAAAAAGCCAAATGGGTTTTCAACAAGCTTAAAGGAAAGCCACTCAAAAGCTTACCA
GAACTACTCAAAGAATACAACTTACCACCAGGACTCTTCCCACAAAACATAATCTGCTAT
GAATACGACGAGACCAAGAACAAACTCACTGTCTTTTTTGCTACACCGCGTGAAGTCACA
TTCAAAGATGGATCAGCCATAAGATACGCGACACGCGTGAAAGGGATTTTGCTTAGAGGG
AAACTGATGGGTGTTGAAGGAATGAAGACCAAAGTGTTGGTTTGGGTTAAAGTCACGACA
ATCTCAGTCGAGAGCTCGAAGTCAGACAAGCTATGGTTCACTGCCGGTGTCAAGAAGTCT
CGATCTAAGAGTGTTTATGATATCCCTCATGACGCTATCAAAGTCGTTGGAGAGTTCTAA
TAAGAAGTGTTATTTGATTCATGAATTTTATATTGGTTATTTGGTTTTTATTTGCATCTT
GGGATGAGGTATATATAACTCTCATTATGGTCAAATGTGTTTCCAATGGCGCTAATTTTT
CTTAC


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10 10 10 10 10 

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CTTAC

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DS 



AS 1 2

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QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

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AF RR1AJ68JQ C 1
AF RR1AJ68TF U 1
BS 1 631 RR1AJ68TF

RD RR1AJ68JQ 631 0 0
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TTTTTCGATCATGTTCAGGCTTTATAACCAATCCGGTTCTGGTAAACCGGATCCGGCTCT
CGAACCGGTTTACAGGAAGAAGCTTAACAAGCTTTGTCCTTTGGGTGGAGACGAGAACGT
GACCGGTGATCTAGACGCGACGCCTCGGGTTTTTGATAATCAGTACTTCAAAGACTTGGT
TTCAGGGAGAGGGTTTCTTAACTCTGATCAGACTCTGTACACGAGTAGAGAGACGAGAGG
GTATGTGAAGTGGTTTAGCGAGGATCAAGGTGAGTTCTTTAGAGCTTTTGAAGAAGGGAT
GGTGAAGTTGGGTGATTTGCAATCTGGGAGACCTGGTGAGGTTAGAGTTAACTGCAGGGT
TGTTAATACAAGGCATGATGATGTATTATTGCGTGACTCTTGAAATTAGAAGAGAGATAT
TATGTATGACTTGTTTTTCTTTTTTGATCAAATTTATGTATGACTTTTAAATACATCTTT
CAGACTCATGATGCTGCATTTGCATCTTTAGATCTGTAAAACTGGAGAAAATGTCTAAAT
CAGTGAAAACATTTAAACAAGCATATTATGC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR1AJ68TF 631 0 0
GCTTTCGGTTAAAGACATGGTGGCTTTGTCTGGATCACACTCGATTGGTAAAGGTCGGTG
TTTTTCGATCATGTTCAGGCTTTATAACCAATCCGGTTCTGGTAAACCGGATCCGGCTCT
CGAACCGGTTTACAGGAAGAAGCTTAACAAGCTTTGTCCTTTGGGTGGAGACGAGAACGT
GACCGGTGATCTAGACGCGACGCCTCGGGTTTTTGATAATCAGTACTTCAAAGACTTGGT
TTCAGGGAGAGGGTTTCTTAACTCTGATCAGACTCTGTACACGAGTAGAGAGACGAGAGG
GTATGTGAAGTGGTTTAGCGAGGATCAAGGTGAGTTCTTTAGAGCTTTTGAAGAAGGGAT
GGTGAAGTTGGGTGATTTGCAATCTGGGAGACCTGGTGAGGTTAGAGTTAACTGCAGGGT
TGTTAATACAAGGCATGATGATGTATTATTGCGTGACTCTTGAAATTAGAAGAGAGATAT
TATGTATGACTTGTTTTTCTTTTTTGATCAAATTTATGTATGACTTTTAAATACATCTTT
CAGACTCATGATGCTGCATTTGCATCTTTAGATCTGTAAAACTGGAGAAAATGTCTAAAT
CAGTGAAAACATTTAAACAAGCATATTATGC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL8652Contig1 943 2 12 U
GGACCCAAAGAAAACATAATCGTCAATATCAGCAAAACAAAACAAAACAAAATACAGAGA
AATGGCGACGACAACAACAGAAGCAACGAAGACATCTCCTACTAATGGAGAAGACAAGCA
ATCTCAGAATCTCCGACACCAAGAAGTCGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCT
TTACCAGTATATTCTGGAGACGAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAACCAATGAAAGAACT
CAGGGAAGTCACGGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGACGAAGGACA
GTTTCTCAACATGCTCATCAAGCTCGTTAACGCCAAGAACACCATGGAGATCGGTGTTTA
CACTGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCTGAAGACGGCAAAATTCTTGC
TATGGACGTTAACAGAGAGAACTACGAGTCGGGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCTGGCGT
TGCTCACAAGATCGACTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCTGTTCTTGATCAACTCGTTGC
TGACGAGAAGAACCATGGAACGTATGATTTCATATTCGTTGATGCTGACAAAGACAACTA
CATCAACTACCATAAACGTTTGATCGATCTTGTGAAAGTTGGAGGAGTGATCGGCTACGA
CAACACTCTGTGGAACGGTTCGGTCGTGGCTCCTCCTGATGCGCCAATGAGGAAGTACGT
TCGTTACTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAGGCTCTTGCTGCTGACCCTAGGAT
CGAGATCTGCATGCTCCCTGTTGGTGACGGAATCACTATCTGCCGTCGGATCAATTGATT
GACACCCACTTTTGAGTGTGGGTTTGATTACTTTGATCACTTCTCTGTACCTTTCATTCA
CCAACCATTTTATGTATTATGTTAAGTATTATCTCTATTATTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GX68TF U 1
AF RR1A823TF U 164
BS 1 449 RR1GX68TF
BS 450 450 RR1A823TF
BS 451 713 RR1GX68TF
BS 714 714 RR1A823TF
BS 715 755 RR1GX68TF
BS 756 756 RR1A823TF
BS 757 777 RR1GX68TF
BS 778 778 RR1A823TF
BS 779 811 RR1GX68TF
BS 812 812 RR1A823TF
BS 813 821 RR1GX68TF
BS 822 943 RR1A823TF

RD RR1GX68TF 821 0 0
GGACCCAAAGAAAACATAATCGTCAATATCAGCAAAACAAAACAAAACAAAATACAGAGA
AATGGCGACGACAACAACAGAAGCAACGAAGACATCTCCTACTAATGGAGAAGACAAGCA
ATCTCAGAATCTCCGACACCAAGAAGTCGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCT
TTACCAGTATATTCTGGAGACGAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAACCAATGAAAGAACT
CAGGGAAGTCACGGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGACGAAGGACA
GTTTCTCAACATGCTCATCAAGCTCGTTAACGCCAAGAACACCATGGAGATCGGTGTTTA
CACTGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCTGAAGACGGCAAAATTCTTGC
TATGGACGTTAACAGAGAGAACTACGAGTTGGGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCTGGCGT
TGCTCACAAGATCGACTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCTGTTCTTGATCAACTCGTTGC
TGACGAGAAGAACCATGGAACGTATGATTTCATATTCGTTGATGCTGACAAAGACAACTA
CATCAACTACCATAAACGTTTGATCGATCTTGTGAAAGTTGGAGGAGTGATCGGCTACGA
CAACACTCTGTGGAACGGTTCGGTCGTGGCTCCTCCTGATGCGCCAATGAGGA*GTACGT
TCGTTACTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACA*GGCTCTTGCTGCTGACCCTAG*AT
CGAGATCTGCATGCTCCCTGTTGGTGACGGA*TCACTATCT

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR1A823TF 780 0 0
G
TACAGAGCGACGATCTTTACCAGTATATTCTGGAGACGAGTGTGTATCCAAGAGAACCAG
AACCAATGAAAGAACTCAGGGAAGTCACGGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACAT
CAGCAGACGAAGGACAGTTTCTCAACATGCTCATCAAGCTCGTTAACGCCAAGAACACCA
TGGAGATCGGTGTTTACACTGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCTGAAG
ACGGCAAAATTCTTGCTATGGACGTTAACAGAGAGAACTACGAGTCGGGTTTGCCGATCA
TCGAGAAAGCTGGCGTTGCTCACAAGATCGACTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCTGTTC
TTGATCAACTCGTTGCTGACGAGAAGAACCATGGAACGTATGATTTCATATTCGTTGATG
CTGACAAAGACAACTACATCAACTACCATAAACGTTTGATCGATCTTGTGAAAGTTGGAG
GAGTGATCGGCTACGACAACACTCTGTGGAACGGTTCGGTCGTGGCTCCTCCTGATGCGC
CAATGAGGAAGTACGTTCGTTACTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAGGCTCTTG
CTGCTGACCCTAGGATCGAGATCTGCATGCTCCCTGTTGGTGATGGAATCACTATCTGCC
GTCGGATCAATTGATTGACACCCACTTTTGAGTGTGGGTTTGATTACTTTGATCACTTCT
CTGTACCTTTCATTCACCAACCATTTTATGTATTATGTTAAGTATTATCTCTATTATTA

QA 2 780 2 780
DS 



AS 1 2

CO CL8653Contig1 771 2 2 U
GGCAGTGCCATAACAAGTGGTTCTGAGCTTTCTGGTGATGAAGAAGAAGCTGATGGTGAA
ACTAGTATGAACCCCACCAATGTTAAGCGTGTCAAAAGGATGCTCTCTAACAGGGAATCA
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AATGACGCAGCTGTAGAGAACAGAGTTCTCAAAGCAAATATTGATACACTACGAGCAAAA
GTGAAAATGGCTGAGGAGACAGTGAAGAGACTCACAGGGTTGAACCCAATGTTCCACACC
ATGCCTCAGGTCTCAACCGTCTCTAATCCTTCAGAGACGACGTCAGATTCTCTAGACACA
AACGTCCAAGTGACCACACCGGAGATCAGCTCAGGCAACAAAAGCAAGGCCTTGATTGGG
TGCAAAATGAACAGAACAGAGTCGATGCGTAGAGTTGCGAGTTTGGAACATCTGCAGAAA
CGTATTCGCAGCGTTGGGGATCAGTAAGCTTGTGCATAAAACAAACTTGTTCTGTAACAT
TGCAACAAGACGACACATAATATGTGTATGTAAAGATGTCTGTTTATAACCCTTGTGAAT
TGCTTTGTTATCTCTACTTCTGTTCTCTTCTGTCTTACTCTCATGTTCAATTTATCTCCA
ACATAAGCCATATCTCTTAAATACGACGAAGTTAACAAAAAAATATGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E621TF U 1
AF RR1E621JQ C 73
BS 1 703 RR1E621TF
BS 704 771 RR1E621JQ

RD RR1E621TF 703 0 0
GGCAGTGCCATAACAAGTGGTTCTGAGCTTTCTGGTGATGAAGAAGAAGCTGATGGTGAA
ACTAGTATGAACCCCACCAATGTTAAGCGTGTCAAAAGGATGCTCTCTAACAGGGAATCA
GCTAGACGATCCAGGAGAAGAAAGCAAGCACACCTGAGCGAGTTTGAGACACAAGTTTCA
CAGCTGCGTGTGGAGAATTCAAACCTCATGAAAGGTCTCACTGACGTAACTCAGACATTC
AATGACGCAGCTGTAGAGAACAGAGTTCTCAAAGCAAATATTGATACACTACGAGCAAAA
GTGAAAATGGCTGAGGAGACAGTGAAGAGACTCACAGGGTTGAACCCAATGTTCCACACC
ATGCCTCAGGTCTCAACCGTCTCTAATCCTTCAGAGACGACGTCAGATTCTCTAGACACA
AACGTCCAAGTGACCACACCGGAGATCAGCTCAGGCAACAAAAGCAAGGCCTTGATTGGG
TGCAAAATGAACAGAACAGAGTCGATGCGTAGAGTTGCGAGTTTGGAACATCTGCAGAAA
CGTATTCGCAGCGTTGGGGATCAGTAAGCTTGTGCATAAAACAAACTTGTTCTGTAACAT
TGCAACAAGACGACACATAATATGTGTATGTAAAGATGTCTGTTTATAACCCTTGTGAAT
TGCTTTGTTATCTCTACTTCTGTTCTCTTCTGTCTTACTCTCA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1E621JQ 699 0 0
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GAGAATTCAAACCTCATGAAAGGTCTCACTGACGTAACTCAGACATTCAATGACGCAGCT
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GAGGAGACAGTGAAGAGACTCACAGGGTTGAACCCAATGTTCCACACCATGCCTCAGGTC
TCAACCGTCTCTAATCCTTCAGAGACGACGTCAGATTCTCTAGACACAAACGTCCAAGTG
ACCACACCGGAGATCAGCTCAGGCAACAAAAGCAAGGCCTTGATTGGGTGCAAAATGAAC
AGAACAGAGTCGATGCGTAGAGTTGCGAGTTTGGAACATCTGCAGAAACGTATTCGCAGC
GTTGGGGATCAGTAAGCTTGTGCATAAAACAAACTTGTTCTGTAACATTGCAACAAGACG
ACACATAATATGTGTATGTAAAGATGTCTGTTTATAACCCTTGTGAATTGCTTTGTTATC
TCTACTTCTGTTCTCTTCTGTCTTACTCTCATGTTCAATTTATCTCCAACATAAGCCATA
TCTCTTAAATACGACGAAGTTAACAAAAAAATATGAAAC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL8654Contig1 1080 2 2 U
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GGAAATTACTTTTCGCTTTGATGAAACCGACAGAGCCGCCGTTACAATTAACGTTCCGTC
TGGTGGTGGATTCACAGTTAACTTTAACCCTGTTGCCCGACTCCTACCACCTTCTGGATC
CCATGTTCATCCACAGGCTCCTGGTGGGTTCACAATTAACGTCAACCCTATTGGCCTACC
CGTACCACCTGCGAATGGTGGATTAAACGTCAACGGAACCGATGTTCATCCTGAAAACCC
TAAACTCTCTGATCCATCTATGAAAATGGCTAACCCTAGAGTTTTCTTTGATATGACCGT
GGGCGGCAAACCAGCTGGTCGGATCGTGATGGAGCTCTTTGCCGACACGACACCACGGAC
GGCAGAGAACTTCCGTGCCCTCTGTACGGGGGAGAAAGGCATTGGCAAGTTTGGTAAGCC
ACTCCACTACAAGGGAACAATCTTCCACAAGGTATTTCCCAATTATACCTTGTGTGGAGG
AAATATCATTGGTGGCCGGGAGGAACCAGGAGGCGAATGTATCTACGGAAGTAGGTTTTT
TTGACGACGAGAACTTCATCAAGACGCACAGCGGTCCAGGTATCCTCACCATGTGGAATT
GTAGAGAAAACACCAACGGATCTGAGTTCATGATCTGCTTGAGGAGGATCGAGGAATTCG
ACGGCGGGTGCGTCGTGTTTGGCCAAGTGGTTGAGGGAATGGATGTGATTCAGAACATTG
AGAAAGAGGCCGGCCGACCTGATCATAGCGGCGTGCCTAAAAAGCTCGTGGTGATCGCCG
ACTGCGGTCAAATTTCCTAGGTCTCGGAGATTTTTATCCTTTTGTTTTCATGTTTTGTGT
GTCTTCGTTCTTGGTGTGTTTCACTCTAGTTTGGATTAGCTACCATCGAATAAGAATAAG
GAATGATACCACCATAAATCGTTAGCTATTATTGCTACTACTAGAACGAACTTCCAAAGG
ATGTTTTGAGCGTTGTTATAATCACAAGTGTTTTTAATGATGGTTCTCGTTAGAGTCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BB80TF U 1
AF RR1BB80JQ C 304
BS 1 719 RR1BB80TF
BS 720 1080 RR1BB80JQ

RD RR1BB80TF 719 0 0
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TAAACTCTCTGATCCATCTATGAAAATGGCTAACCCTAGAGTTTTCTTTGATATGACCGT
GGGCGGCAAACCAGCTGGTCGGATCGTGATGGAGCTCTTTGCCGACACGACACCACGGAC
GGCAGAGAACTTCCGTGCCCTCTGTACGGGGGAGAAAGGCATTGGCAAGTTTGGTAAGCC
ACTCCACTACAAGGGAACAATCTTCCACAAGGTATTTCCCAATTATACCTTGTGTGGAGG
AAATATCATTGGTGGCCGGGAGGAACCAGGAGGCGAATGTATCTACGGAAGTAGGTTTTT
TTGACGACGAGAACTTCATCAAGACGCACAGCGGTCCAGGTATCCTCACCATGTGGAATT
GTAGAGAAAACACCAACGGATCTGAGTTCATGATCTGCTTGAGGAGGATCGAGGAATTC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR1BB80JQ 777 0 0
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CGGCAAACCAGCTGGTCGGATCGTGATGGAGCTCTTTGCCGACACGACACCACGGACGGC
AGAGAACTTCCGTGCCCTCTGTACGGGGGAGAAAGGCATTGGCAAGTTTGGTAAGCCACT
CCACTACAAGGGAACAATCTTCCACAAGGTATTTCCCAATTATACCTTGTGTGGAGGAAA
TATCATTGGTGGCCGGGAGGAACCAGGAGGCGAATGTATTTACGGAAGTAGGTTTTTT*G
ACGACGAGAACTTCATCAAGACGCACAGCGGTCCAGGTATCCTCACCATGTGGAATTGTA
GAGAAAACACCAACGGATCTGAGTTCATGATCTGCTTGAGGAGGATCGAGGAATTCGACG
GCGGGTGCGTCGTGTTTGGCCAAGTGGTTGAGGGAATGGATGTGATTCAGAACATTGAGA
AAGAGGCCGGCCGACCTGATCATAGCGGCGTGCCTAAAAAGCTCGTGGTGATCGCCGACT
GCGGTCAAATTTCCTAGGTCTCGGAGATTTTTATCCTTTTGTTTTCATGTTTTGTGTGTC
TTCGTTCTTGGTGTGTTTCACTCTAGTTTGGATTAGCTACCATCGAATAAGAATAAGGAA
TGATACCACCATAAATCGTTAGCTATTATTGCTACTACTAGAACGAACTTCCAAAGGATG
TTTTGAGCGTTGTTATAATCACAAGTGTTTTTAATGATGGTTCTCGTTAGAGTCAAG

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

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GCCTTCATAACCATACTTGCTCCAACTCAGAAAGCTTCTCTTTACCTCCCAGCAAATAAC
TAGAATCTGAAGTCGGGTTCTGCGTCCATTGCCCATGAAAACTTCTCCAGCAGAAACTTG
GTGAATATCTTTTCGATTGGTACTTCATTACGTTTGCACCACGCCACCGTTATCCTAGGA
TCAAGGTAATTGATCTTAGACGTCCCAAGCGCCACGGTTTTCAACTCCTCTTTTGTATGC
ATGTCTCGTTTCATCTTCTCTATCTTCACTTCCTGTCGACCTATCTTCTTCTCCCATGCG
TTTGGATCTAAGTTTCTAGGCTTCTTTCCATCAAAACCTTCCAATGGCGGTTTCCCCTCT
TTAGCCCGCTTTAGATTAGTTTTGAACTCCTTAAGACCATTCTCGAGTTCTTTTAATTTC
GCATACAGTTTTTCGATTTGTGCACTGTGCGACTTTGAAACAGCACGCTGATGGTTACAG
ATTATGGCAACCTTCTTGTTTGCTTGTTGATAAACTACTACTTTCTGACTAACATCGCCA
GCTCCCATCTTTTCATTCAACTGGTCATCCAATGTAAAGGAAGCATTATATGTACGGAAC
ACTTTAGCTGTGAGACCAGGTACAAGCTCCTTAAGATGAGCATTCAGTTTGCTTGTGTCC
AACTCATCAAAAAGATCATCCTCTTTGGATTTTCCAGACTGGAATTGTCCAATGGCCTTG
TAAACAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C809JQ U 1
AF RR1BT07TF C 66
BS 1 227 RR1C809JQ
BS 228 228 RR1BT07TF
BS 229 336 RR1C809JQ
BS 337 337 RR1BT07TF
BS 338 403 RR1C809JQ
BS 404 404 RR1BT07TF
BS 405 630 RR1C809JQ
BS 631 631 RR1BT07TF
BS 632 724 RR1C809JQ
BS 725 789 RR1BT07TF

RD RR1C809JQ 724 0 0
CAAAGGCCGGTTTTCTCTTTGCTCGCTCGTCTTATTCACTTCCTTCCTTTGCTCTCCGAT
GCCTTCATAACCATACTTGCTCCAACTCAGAAAGCTTCTCTTTACCTCCCAGCAAATAAC
TAGAATCTGAAGTCGGGTTCTGCGTCCATTGCCCATGAAAACTTCTCCAGCAGAAACTTG
GTGAATATCTTTTCGATTGGTACTTCATTACGTTTGCACCACGCCACTGTTATCCTAGGA
TCAAGGTAATTGATCTTAGACGTCCCAAGCGCCACGGTTTTCAACTCCTCTTTTGTATGC
ATGTCTCGTTTCATCTTCTCTATCTTCACTTCCTGTTGACCTATCTTCTTCTCCCATGCG
TTTGGATCTAAGTTTCTAGGCTTCTTTCCATCAAAACCTTCCACTGGCGGTTTCCCCTCT
TTAGCCCGCTTTAGATTAGTTTTGAACTCCTTAAGACCATTCTCGAGTTCTTTTAATTTC
GCATACAGTTTTTCGATTTGTGCACTGTGCGACTTTGAAACAGCACGCTGATGGTTACAG
ATTATGGCAACCTTCTTGTTTGCTTGTTGATAAACTACTACTTTCTGACTAACATCGCCA
GCTCCCATCTTTTCATTCAACTGGTCATCCGATGTAAAGGAAGCATTATATGTACGGAAC
ACTTTAGCTGTGAGACCAGGTACAAGCTCCTTAAGATGAGCATTCAGTTTGCTTGTGTCC
AACT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR1BT07TF 724 0 0
CATAACCATACTTGCTCCAACTCAGAAAGCTTCTCTTTACCTCCCAGCAAATAACTAGAA
TCTGAAGTCGGGTTCTGCGTCCATTGCCCATGAAAACTTCTCCAGCAGAGACTTGGTGAA
TATCTTTTCGATTGGTACTTCATTACGTTTGCACCACGCCACCGTTATCCTAGGATCAAG
GTAATTGATCTTAGACGTCCCAAGCGCCACGGTTTTCAACTCCTCTTTTGTATGCATGTC
TCGTTTCATCTTCTCTATCTTCACTTCCTGTCGACCTATCTTCTTCTCCCATGCGTTTGG
ATCTAAGTTTCTAGGCTTCTTTCCATCAGAACCTTCCAATGGCGGTTTCCCCTCTTTAGC
CCGCTTTAGATTAGTTTTGAACTCCTTAAGACCATTCTCGAGTTCTTTTAATTTCGCATC
CAGTTTTTCGATTTGTGCACTGTGCGACTTTGAAACAGCACGCTGATGGTTACAGATTAT
GGCAACCTTCTTGTTTGCTTGTTGATAAACTACTACTTTCTGACTAACATCGCCAGCTCC
CATCTTTTCATTCAACTGGTCATCCAATGTAAAGGAAGCATTATATGTACGGAACACTTT
AGCTGTGAGACCAGGTACAAGCTCCTTAAGATGAGCATTCAGTTTGCTTGTGTCCAACTC
ATCAAAAAGATCATCCTCTTTGGATTTTCCAGACTGGAATTGTCCAATGGCCTTGTAAAC
AAGC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL8656Contig1 1114 2 2 U
GGAATGATGGATGTCTCCATCCTCTTTCACTGAGTTTGCGACCAAACTCAGATCTCGCCG
GTGACGTCGCTGCCACCGCTTCGTCTGGCAGTGGCACCACCATCTCCCGCTGCCCTCTGT
ACCACCGTGAGAACCTCCAGAGCCACCAATCCCTCCAGACCCACCAGAACAGTCGGATCT
GTCATCTCTTTTATTCTTTCCCTTCTCAGATCTGTCCGTACAACTTGTAGTTTTGGATCT
CAACCTCCGTTTGTCGACTCTGTTCCAACTCAAAGAGTGGCTCCTAACCCTAACTTGTTT
ACTCCGTGTCTCTCAGTTGGCGGCTCCTCAGTGTCCGACGAATTCATGAAGCTGTTCCGT
ATAGCTTCAGCTTCGTTTCTGCTTCACTAGTCTCTCCTAGAGCTTTGCGATTTGTTATCA
AAGCCAAATGTAAAATACTAGCTCTCTTTTTTTATTTGTCTCTTAATACAGATTACTTCT
CTCCTTTGTAATTCAGTGTCTTCCCCTGGTCTTTTGATTGAAGACCCAATATCGGTGGAT
TACTGGTCTTTTAGTTTGGTGTTGATGAGACTAAAATAATGGAGAGGCTGTGGGGTGAGA
ATTTCTTTGACCCTGCCACCAGAAACGTGGCTCCCTGCAAGTACTGCACTTCTTGAGATG
ATGATTTTTCACCTTCCATCTCCCCATACTGCACAAAGGAACCGTGTTGAGAACTTGTAT
GAAGGTCCCCTTGATGATCGTATGCCACTGCCATCAGGAACTGTGATCCAAATGGCCCTC
TCATGCTCTACGTTTCTAAGATGATTCCAGCTTCACTCCTTTAAGCTAACGACTGGTATC
ATCAACAGAGCATTACGTATGCTTCATCGAAGTGTCCGAGTGGAAGTGGGGTGAATCGAG
CCACTACTGGAAGGCCACTGGAAAATGTATCATCTCAAGCGAGAGAGATTATGAAATTGA
ACTTAGTTTTGTATTCTTGTGATACTTTGCAGTCTCTGCAACTTCGTATCCAAACTCATC
GATGAGTGTCAATGTCTTTTGCTTTATGATCATGTTTTCATGTATTGACTTTGTGTGTTT
TAAAATTTAATGAAAAGTTACATGCTATTTTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK29TF U 1
AF RR1EK29JQ C 470
BS 1 669 RR1EK29TF
BS 670 1114 RR1EK29JQ

RD RR1EK29TF 669 0 0
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GTGACGTCGCTGCCACCGCTTCGTCTGGCAGTGGCACCACCATCTCCCGCTGCCCTCTGT
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GTCATCTCTTTTATTCTTTCCCTTCTCAGATCTGTCCGTACAACTTGTAGTTTTGGATCT
CAACCTCCGTTTGTCGACTCTGTTCCAACTCAAAGAGTGGCTCCTAACCCTAACTTGTTT
ACTCCGTGTCTCTCAGTTGGCGGCTCCTCAGTGTCCGACGAATTCATGAAGCTGTTCCGT
ATAGCTTCAGCTTCGTTTCTGCTTCACTAGTCTCTCCTAGAGCTTTGCGATTTGTTATCA
AAGCCAAATGTAAAATACTAGCTCTCTTTTTTTATTTGTCTCTTAATACAGATTACTTCT
CTCCTTTGTAATTCAGTGTCTTCCCCTGGTCTTTTGATTGAAGACCCAATATCGGTGGAT
TACTGGTCTTTTAGTTTGGTGTTGATGAGACTAAAATAATGGAGAGGCTGTGGGGTGAGA
ATTTCTTTGACCCTGCCACCAGAAACGTGGCTCCCTGCAAGTACTGCACTTCTTGAGATG
ATGATTTTT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR1EK29JQ 645 0 0
AGATTACTTCTCTCCTTTGTAATTCAGTGTCTTCCCCTGGTCTTTTGATTGAAGACCCAA
TATCGGTGGATTACTGGTCTTTTAGTTTGGTGTTGATGAGACTAAAATAATGGAGAGGCT
GTGGGGTGAGAATTTCTTTGACCCTGCCACCAGAAACGTGGCTCCCTGCAAGTACTGCAC
TTCTTGAGATGATGATTTTTCACCTTCCATCTCCCCATACTGCACAAAGGAACCGTGTTG
AGAACTTGTATGAAGGTCCCCTTGATGATCGTATGCCACTGCCATCAGGAACTGTGATCC
AAATGGCCCTCTCATGCTCTACGTTTCTAAGATGATTCCAGCTTCACTCCTTTAAGCTAA
CGACTGGTATCATCAACAGAGCATTACGTATGCTTCATCGAAGTGTCCGAGTGGAAGTGG
GGTGAATCGAGCCACTACTGGAAGGCCACTGGAAAATGTATCATCTCAAGCGAGAGAGAT
TATGAAATTGAACTTAGTTTTGTATTCTTGTGATACTTTGCAGTCTCTGCAACTTCGTAT
CCAAACTCATCGATGAGTGTCAATGTCTTTTGCTTTATGATCATGTTTTCATGTATTGAC
TTTGTGTGTTTTAAAATTTAATGAAAAGTTACATGCTATTTTATG

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL8657Contig1 912 2 4 U
GGGATTTCTTCAGGTGATCTTTCTCTCTCTATATCCAAGCGAATCTGAACCGGATCGAGA
TATTCGAATTGAAGTAGGTTTAATTTGACGAGGTGATTGAACAGATGTCTCGTGTGTACG
TTGGTAATTTGGATCCGCGAGTTACTGAGCGTGAGCTCGAAGATGAGTTTCGTGTCTATG
GAGTCATCAAGAGTGTTTGGGTTGCAAGACGTCCACCTGGTTATGCCTTTCTTGATTTTG
AAGACTCAAGAGACGCCCGTGACGCCATTCGTGATTTAGATGGCAAGAATGGATGGAGGG
TAGAGGAGTCCCATAACCGAGGCGGTGGTGGAGGCCGTGGTGGTCGTGGAGGAGGTGATG
GTGGTCGTGGCCGTGGTGGTTCTGATTTGAAGTGCTATGAGTGTGGCGAGCCTGGTCACT
TTGCACGTGAATGCCGCTCTCGTGGCGGTGGTGGGAGGCGTCGCAGTCCTTCTCCTCGTG
GTGGTCGCAGTCCTCCTAGATACAGGAAGAGCCCTACCTATGGAGAAAGGCGCAGGAGTT
ACAGCCCTCGTGCAAGATCTCCTCCTCCTCCGAGGCGTCGCAGTCCTTCTCCTCGTGGAC
GCAACTACAGTAGGTCACCTCCACCTTACAGAGGACGTGAGGAGGTGCCATATACTAATG
GAAATGGTCTGAAAGATGTGCGCAGAAGCCGGAGCTGAGTGTTGAGGGATGGATGAGGAA
AACTACTGTTTGCTTGCGACGTCAAGAAGACAGCTTAAGGAAAACTAATATATGTATTTC
ACTTAAAGAATCATTTTTTAGCTGTTGGGTGGATTGGATATGCTTTGCTACTTTTGTCTG
CCGTGGTTATGTCTACCGTTAGGTAAAAGTATTTTTTTTTTTAATATTCCTATTGAAGTT
CTTAAAAGACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CL05TF U 1
AF RR1CL05JQ C 99
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QA 1 744 1 744
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QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BU10JQ C 1
AF RR1BU10TF U 1
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QA 1 646 1 646
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QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EU06JQ C 1
AF RR1EU06TF U 1
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DS 

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TCTCTTTACAGAGAATCTGCTACCTATGTACATGTATAGTATATATATTCAATCTCTGAT
TCTATACTC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL8660Contig1 690 2 2 U
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ATGTATGTTCTTTGTAATTTGTCTGAATTATTTGAAAAAAACATATACTCGTTTGCTATT
TGATAAAAAACAAAAACTTTGTATTAACAC


BQ
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AF RR1CM84TF U 1
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CTACCAGCACGATCACCACCATTACCAGGATTCGAACTCCGATGGCTCCTCTTTCCTCCG
TGGCTGTCTTGCTGCTCTGTGCTGTTGCTGTTTGTTGGAGGAATGCTTCTGAAAATGCCC
CTTACTTCTCTCCCCGGATCATCTCTTGTTACTATCTTCATTTACAGTCAACATTATATG
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DS 

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CGAGAGAGTTCCACCGGAATCGTATCCTCCTCCAGGATACCAATCTCATTATCCGCCTCC
TGGTTATCCATCAGCGCCGCCGCCTCCGGGATATCCTCCGCCGCATCACGAAGGTTATCC
ACCACCTCAGCCTCACGGATATCCCCCTTACCCACCGCCGCGTCCATACGAAGGCGGTTA
TCAAGGCTACTTCGCCGGTAACTATCCTCCTCCTCCACCGCCGCCGCAGCAGTGCAACCA
CTACCAGCACGATCACCACCATTACCAGGATTCGAACTCCGATGGCTCCTCTTTCCTCCG
TGGCTGTCTTGCTGCTCTGTGCTGTTGCTGTTTGTTGGAGGAATGCTTCTGAAAATGCCC
CTTACTTCTCTCCCCGGATCATCTCTTGTTACTATCTTCATTTACAGTCAACATTATATG
TTAAATCAAATCCAAGCCATGCCATAACTTCTCTATGTCTTTATGTACTGTGAAATGTTT
CATTGTCTGTTAATCCTGTACCTCTTTGTTTGAAACTGCAACATGGGCCAGAAGAATCCT
ATGTATGTTCTTTGTAATTTGTCTGAATTATTTGAAAAAAACATATACTCGTTTGCTATT
TGATAAAAAACAAAAACTTTGTATTAACAC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL8661Contig1 928 2 8 U
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ATATTGGTTGTCGTCGACGTGAAGGAAGGAGATAATGAGTTTGGAGAGGAGTAGGAATCC
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CTCCTTTCATGATCATGAAATTACTTTT


BQ
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AF RR1F966TF U 1
AF RR1F966JQ C 153
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G*CTAGGCTGATGATATGTCGAAACTGTGGTGGAAGGG*ACACATTGCCTATGAATGCCC
TTCTGGGAGATTAGT

QA 1 795 1 795
DS 

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AAGCCTGCAACAACTGCAGGAAGACCGGTCATTTTGCTCGTGACTGCAGAGACGATCCCG
TGTGCAATCACTGTAACCTGTCTGGTCACCTTGCTATCAAATGCCCTAAAGCCCATGTGT
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CCAGAGTTGATTTATGCTTTTGTTATGACTCCTTTCATGATCATGAAATTACTTTT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL8662Contig1 841 2 4 U
CTACACAAAAGAAGTAGCCAACACTCCCTCTCTTGTGTTCTCTCCACTTTCTCTTCTTCT
TGCTCTCTAGAGATCTCTCTATCTCTATCTTCACACTGTGACATTTTCTCTGAACGCATC
TATGGCTGCTCTGCTTCTCTCACTTCTCCTTCTAGTTCTAGCCATGGCTGACCATTCTAG
TGCCTCATGGTGTGTGTGCAAAGGCCTGAGTGATGATGTGTTACAGAAGACCATAGACTA
TGCTTGTGGAAATGGAGCAGACTGTAACCCCATTCACCCAAAAGCACCTTGCTTTAACCC
TGACAATGTTAGGTCTCATTGCAACTATTCAGTCAACAGCTTCTTCCAAAAGAAGCGTCA
AGCTTCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCTACTAACTCCGATCCAAGTTA
TTCAGGATGTACCTTCCCTACTAGTGCCAGTGGCTCTGGAGGCAGCACAACAGTGACACC
TGGGACAACCAATCCAAAAGGCAGCTCAAGCACCACCACACTTCCTGGTGGCAACAGTCC
TTATTCAGGAACCTCAACCAATGGAGTTTTTGGGAACAATAGCACAGGAGCCAACGGGAC
GGGAGTTAACCCGGACTACACGACAGAAAGCAGCGCGTTTGGTCTCAAGAACTCAAGCAA
ACTGCTCACCTTCCTTGTCTTGATCGCCTCGAGTGGATTCTGTTCTTTCTTGATGCTCTA
AGGATGTTCATGTTCCCTGGTTTTGTTGTAGCAACTTATTGTATTAAAGACATTGGTCTA
GCTTAGTTGGTAATCTATATGTCTGTGTTCTGAGTCTCTATCTATGTTATGTTCTTGTTG
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR1FT94TF U 1
AF RR1FT94JQ C 152
BS 1 722 RR1FT94TF
BS 723 723 RR1FT94JQ
BS 724 785 RR1FT94TF
BS 786 841 RR1FT94JQ

RD RR1FT94TF 785 0 0
CTACACAAAAGAAGTAGCCAACACTCCCTCTCTTGTGTTCTCTCCACTTTCTCTTCTTCT
TGCTCTCTAGAGATCTCTCTATCTCTATCTTCACACTGTGACATTTTCTCTGAACGCATC
TATGGCTGCTCTGCTTCTCTCACTTCTCCTTCTAGTTCTAGCCATGGCTGACCATTCTAG
TGCCTCATGGTGTGTGTGCAAAGGCCTGAGTGATGATGTGTTACAGAAGACCATAGACTA
TGCTTGTGGAAATGGAGCAGACTGTAACCCCATTCACCCAAAAGCACCTTGCTTTAACCC
TGACAATGTTAGGTCTCATTGCAACTATTCAGTCAACAGCTTCTTCCAAAAGAAGCGTCA
AGCTTCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCTACTAACTCCGATCCAAGTTA
TTCAGGATGTACCTTCCCTACTAGTGCCAGTGGCTCTGGAGGCAGCACAACAGTGACACC
TGGGACAACCAATCCAAAAGGCAGCTCAAGCACCACCACACTTCCTGGTGGCAACAGTCC
TTATTCAGGAACCTCAACCAATGGAGTTTTTGGGAACAATAGCACAGGAGCCAACGGGAC
GGGAGTTAACCCGGACTACACGACAGAAAGCAGCGCGTTTGGTCTCAAGAACTCAAGCAA
ACTGCTCACCTTCCTTGTCTTGATCGCCTCGAGTGGATTCTGTTCTTTCTTGATGCTCTA
AG*ATGTTCATGTTCCCTGGTTTTGTTGTAGCAACTTATTGTATTAAAGACATTGGTCTA
GCTTA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1FT94JQ 690 0 0
CTAGTTCTAGCCATGGCTGACCATTCTAGTGCCTCATGGTGTGTGTGCAAAGGCCTGAGT
GATGATGTGTTACAGAAGACCATAGACTATGCTTGTGGAAATGGAGCAGACTGTAACCCC
ATTCACCCAAAAGCACCTTGCTTTAACCCTGACAATGTTAGGTCTCATTGCAACTATTCA
GTCAACAGCTTCTTCCAAAAGAAGCGTCAAGCTTCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACT
GCCACTCCTACTAACTCCGATCCAAGTTATTCAGGATGTACCTTCCCTACTAGTGCCAGT
GGCTCTGGAGGCAGCACAACAGTGACACCTGGGACAACCAATCCAAAAGGCAGCTCAAGC
ACCACCACACTTCCTGGTGGCAACAGTCCTTATTCAGGAACCTCAACCAATGGAGTTTTT
GGGAACAATAGCACAGGAGCCAACGGGACGGGAGTTAACCCGGACTACACGACAGAAAGC
AGCGCGTTTGGTCTCAAGAACTCAAGCAAACTGCTCACCTTCCTTGTCTTGATCGCCTCG
AGTGGATTCTGTTCTTTCTTGATGCTCTAAGGATGTTCATGTTCCCTGGTTTTGTTGTAG
CAACTTATTGTATTAAAGACATTGGTCTAGCTTAGTTGGTAATCTATATGTCTGTGTTCT
GAGTCTCTATCTATGTTATGTTCTTGTTGT

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL8663Contig1 642 2 16 U
GGATGTCTCTCACACTCGTCTAATCTTAAAATCTGTTGCCGCGAACGGAGGAGAGATGTA
CAGCTCACTTGAAACGACGGCTCTGGCGACGTTGTCACCGCGAGTTATTGGAAGAGAATC
ATCGGAGAAAGACATGTCAATGACTGGAGGAGACAAACTGATACTAAAAGGGCTAAAGTT
CTACGGTTACCATGGAGCGATTCCAGAAGAGAAGACTTTGGGGCAGATGTTTCTCGTTGA
CATTGATGCGTGGGTGAGTCTTAAAAGGGCTGGTGAATCAGACAACTTAGATGACACTAT
CAGCTACGTTGACATTTTCAGCATAGCTAAAGAAATTGTAGAAGGGTCTCCAAGAAACCT
TCTGGAGACAGTCGCGGAACTCATCGCGTCCAGAACGCTTGAAACGTTTCCTCGTATAAC
CGCTGTTCGGGTGAAGGTATCGAAGCCAAATGTTGCACTTATCAAGACTACTATCGATTA
CTTAGGGGTTGAGATTTTCCGACAGCAAAAGCATTGATTCAATGAACCGAATCCTCTGTC
GTTACAAAGAGAATGGTATCCAAGAAATTATGATATTCGTTTCAAAACAAAACTTCAAAA
CTTTTAGAATTTGAAGAATTAAATAATGATATTCTTTTCGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1F743TF U 1
AF RR1FV19TF U 10
BS 1 245 RR1F743TF
BS 246 246 RR1FV19TF
BS 247 396 RR1F743TF
BS 397 397 RR1FV19TF
BS 398 460 RR1F743TF
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BS 462 474 RR1F743TF
BS 475 475 RR1FV19TF
BS 476 479 RR1F743TF
BS 480 480 RR1FV19TF
BS 481 577 RR1F743TF
BS 578 578 RR1FV19TF
BS 579 622 RR1F743TF
BS 623 623 RR1FV19TF
BS 624 633 RR1F743TF
BS 634 642 RR1FV19TF

RD RR1F743TF 639 0 0
GGATGTCTCTCACACTCGTCTAATCTTAAAATCTGTTGCCGCGAACGGAGGAGAGATGTA
CAGCTCACTTGAAACGACGGCTCTGGCGACGTTGTCACCGCGAGTTATTGGAAGAGAATC
ATCGGAGAAAGACATGTCAATGACTGGAGGAGACAAACTGATACTAAAAGGGCTAAAGTT
CTACGGTTACCATGGAGCGATTCCAGAAGAGAAGACTTTGGGGCAGATGTTTCTCGTTGA
CATTGGTGCGTGGGTGAGTCTTAAAAGGGCTGGTGAATCAGACAACTTAGATGACACTAT
CAGCTACGTTGACATTTTCAGCATAGCTAAAGAAATTGTAGAAGGGTCTCCAAGAAACCT
TCTGGAGACAGTCGCGGAACTCATCGCGTCCAGAACTCTTGAAACGTTTCCTCGTATAAC
CGCTGTTCGGGTGAAGGTATCGAAGCCAAATGTTGCACTTGTCAAGACTACTATTGATTG
CTTAGGGGTTGAGATTTTCCGACAGCAAAAGCATTGATTCAATGAACCGAATCCTCTGTC
GTTACAAAGAGAATGGTATCCAAGAAATTATGATATTTGTTTCAAAACAAAACTTCAAAA
CTTTTAGAATTTGAAGAATTAA*TAATGATATT
TCTTTC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1FV19TF 633 0 0
GG
ACACTCGTCTAATCTTAAAATCTGTTGCCGCGAACGGAGGAGAGATGTACAGCTCACTTG
AAACGACGGCTCTGGCGACGTTGTCACCGCGAGTTATTGGAAGAGAATCATCGGAGAAAG
ACATGTCAATGACTGGAGGGGACAAACTGATACTAAAAGGGCTAAAGTTCTACGGTTACC
ATGGAGCGATTCCAGAAGAGAAGACTTTGGGGCAGATGTTTCTCGTTGACATTGATGCGT
GGGTGAGTCTTAAAAGGGCTGGTGAATCAGACAACTTAGATGACACTATCAGCTACGTTG
ACATTTTCAGCATAGCTAAAGAAATTGTAGAAGGGTCTCCAAGAAACCTTCTGGAGACAG
TCGCGGAACTCATCGCGTCCAGAACGCTTGAAACGTTTCCTCGTATAACCGCTGTTCGGG
TGAAGGTATCGAAGCCAAATGTTGCACTTATCAAGACTACTATCGATTACTTAGGGGTTG
AGATTTTCCGACAGCAAAAGCATTGATTCAATGAACCGAATCCTCTGTCGTTACAAAGAG
AATGGTATCCAAGAAATTATGATATTCGTTTCAAAACAAAACTTCAAAACTTTTAGAATT
TGAAGAATTAAATAATGATATTCTTTTCGTA

QA 3 633 3 633
DS 



AS 1 2

CO CL8664Contig1 630 2 1 U
GGACCTAGGGTTTTCAGCGGCGATAACGAAGAAGACGAATAAGAGGGATCTAGAGAAACA
AGTGAAGCAACAATGGTGAAGTTCCTGAAGCAGAACAAGGCAGTGATCCTCCTCCAAGGC
CGATACGGCGGAAAGAAGGCCGTGATCATCCGCTCCTTCGACGACGGAAACCGCGAGCGC
CCTTACGGACACTGCCTCGTGGCCGGACTCAAGAAGTACCCGAGCAAGGTCATCCGCAAG
GACTCGGCGAAGAAGACGGCCAAGAAATCTAGGGTTAAGTGTTTCATCAAGGTCGTCAAC
TACCAGCACCTGATGCCTACGCGTTACACCCTTGACGTGGACCTCAAGGAAGTCGCGACC
CTCGAGGCTCTTTCTTCCAAGGACAAGAAGGTCGCCGCTCTCAAGGAGGCCAAGGCTAAG
CTCGAGGAGCGTTTCAAGACCGGGAAGAACAGGTGGTTCTTTACCAAACTCAGGTTCTGA
AGGAGTTCTTGTCGGAAGAAAGCGTTTTTGTTGTTGCATTTTCGTATCTGATATTTAAAA
CAGCGTATTATTAGTTTCGTATGGAGAGCAATGTGGATTCCTGTTTTGGGATTGTGAAAG
ACGAGTTTGATTATCTATTTGCATTTTGAT


BQ
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AF RR1EC62JQ C 1
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DS 

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GACTCGGCGAAGAAGACGGCCAAGAAATCTAGGGTTAAGTGTTTCATCAAGGTCGTCAAC
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QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1B728TF U 1
AF RR1B728JQ C 209
BS 1 838 RR1B728TF
BS 839 975 RR1B728JQ

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DS 

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QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DQ02JQ C 1
AF RR1DQ02TF U 1
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TTCGTTTTCAGATTCTTGATTTTTTATATAATACATAAAAAGGAAGAAATTATTCT

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR1DQ02TF 476 0 0
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CTGCCTCTTTCATCTACAACCCTGCTTCTTCCGCCGGTCAAACCGCGTCTTCTTCACTTA
AGAAATACGAAAAAGCTACAAACTTGGCGGCGAAGCAACCGAGGTGTGCTTTGGAGCTCG
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TTGTGTTTTCTTCTTTTTTTTTTCTTTTTTATGTAAATACAATTTTCGAAAAAAATCGAA
CTATTCATCGTTTGTGATTGGTTCATTCTATTTTGCTGTTTTATGATTTTCTCTCTTGTG
TTCGTTTTCAGATTCTTGATTTTTTATATAATACATAAAAAGGAAGAAATTATTCT

QA 1 476 1 476
DS 



AS 1 2

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BQ
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QA 1 676 1 676
DS 



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BQ
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AF RR1AN67JQ C 1
AF RR1AN67TF U 1
BS 1 633 RR1AN67TF

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DS 

RD RR1AN67TF 633 0 0
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ACGACATGGAGATAAAGTGGAACATTCTCAAATTCTATGGCGCGCATATAGAGGTGCCAG
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ATCTTCTTAAAAATTATGTACATATGATGGTAAGACTAGTTTTGCAATATAACTAAATAT
TTTATTTTCATTTGAAAAAATAATGTACAAAGACATGTATGATAAATATAAGTTTATAAT
TTATTCAGTCTAGAATGAGAATGACTGGTAACC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL8669Contig1 803 2 2 U
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BQ
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QA 1 803 1 803
DS 



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BQ
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AF RR1DF29TF U 1
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BS 1 647 RR1DF29TF
BS 648 654 RR1DF29JQ

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1C486TF U 1
AF RR1C486JQ C 142
BS 1 769 RR1C486TF
BS 770 770 RR1C486JQ
BS 771 780 RR1C486TF
BS 781 933 RR1C486JQ

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CTACAGGAGCTATTATTCCTCCGATCTCCCTCCTCGGTGGTCCGTTTCTCTCACCGCCAC
CGGGGATGGACTCGTCTCTTCGTACTCTAGCTGTTGATGTCTCTTTTGGTGGGTTTCATG
GAAGATGTGGACGGATCTGGAGTTCATTCGGATTCAATCTCCACATCGTTTATGGTTTTC
ACGGTTAGGTTTCTCACCTCTTCTCTAGCTTTGGTTCACAAGTCTGTGTGGATTGTGTCC
GAGTTCAGAGTTTGAGGATGTAGCGGATGTGGTTGAAGTAGTTCTACTATAGTCTTTTTA
TGAAAGTTTAAGTAGCAGATTTGTTTCTATGGTGGTGTCTCAATGGTCGTTTGCCGTTCC
TTTATTATTCCGTGAGTTTCCGGAGTAGTTCATCGGTTAAAGCTTCGTGTTGGTTGAGAG
TATGTATGGGCTTCTATCTAGGAGTATGTGGGCGCTGGGCGCATCACTTCCGTATCTGAA
GGTTGTGTGGACCAAGTAGAGTTCCCTCCTGTCAGATTATGAAGCCGTGGGGTTTTAGTT
ATGTGGATGTTATCGTTTGGCGGGCGTGAGCAGCAGCAATAAGTCGTGTGCACTGGGTGT
AGGAGGTGGATATTGTCACTTGGCTGGTTATTGGCAGCAGCGAGATTTCCTGATCATTGA
ACACTACTTGGATTTAAATCTGCTTATTTAGCTTGATAAGTTGTTTAGT*AAGTTGGCAT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1C486JQ 792 0 0
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GTTCATTCGGATTCAATCTCCACATCGTTTATGGTTTTCACGGTTAGGTTTCTCACCTCT
TCTCTAGCTTTGGTTCACAAGTCTGTGTGGATTGTGTCCGAGTTCAGAGTTTGAGGATGT
AGCGGATGTGGTTGAAGTAGTTCTACTATAGTCTTTTTATGAAAGTTTAAGTAGCAGATT
TGTTTCTATGGTGGTGTCTCAATGGTCGTTTGCCGTTCCTTTATTATTCCGTGAGTTTCC
GGAGTAGTTCATCGGTTAAAGCTTCGTGTTGGTTGAGAGTATGTATGGGCTTCTATCTAG
GAGTATGTGGGCGCTGGGCGCATCACTTCCGTATTTGAAGGTTGTGTGGACCAAGTAGAG
TTCCCTCCTGTCAGATTATGAAGCCGTGGGGTTTTAGTTATGTGGATGTTATCGTTTGGC
GGGCGTGAGCAGCAGCAATAAGTCGTGTGCACTGGGTGTAGGAGGTGGATATTGTCACTT
GGCTGGTTATTGGCAGCAGCGAGATTTCCTGATCATTGAACACTACTTGGATTTAAATCT
GCTTATTTAGCTTGATAAGTTGTTTAGTTAAGTTGGCATGTTTGTTTGTTGCCTTAAGTT
ACTTTGGAGTGGGTTCTAGCTGCCGCCTTTATGTGGGCTCTTGTGTTTGGGGATTGCTCT
TTCATCCGCCAATCCGCCATTTTATGTATCAAATTGTGTATGTTCTATGAAATAAAATGT
ACTTTTCCTGTG

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL8672Contig1 720 2 3 U
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AAAACCAAATCTAACCCGAATAGAAATATTTCAATCATGTTCCAATAGTATTCAAATAAA
TTATAAGGTTTTTAGCTCTTCACCAACAATGGAACCAAATATAAACAAGCCCATGATTTG
AAGTACACACCACATCAGAAAATACTAACGAGGCGTACTTGCGTTTGGTCTTTTCTTTCC
AAATGCTTTGCTTTTACTTTCTGATTCGTCATCATCATCCTCGCTGTCATCACCAGCGTT
CTTGCTAGAACCAGCAGCCTCTGCCTCAGCTCTTGCATGTTTTCTTCTCCCTGAATCAAA
CTTGGCCTGTAGTTTTTGGTCAAGAGGGTCGTCTGAGGGTCTACGCTTCATTTGCTTTGA
CACTTTAGCACCAAGTCCAAGCCTGTGTGGTCGAGCTTCTTGCTGAGCCTCAATAGGATC
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BQ
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AF RR1EM50JQ U 10
AF RR1EM50TF C 1
BS 1 9 RR1EM50TF
BS 10 639 RR1EM50JQ
BS 640 720 RR1EM50TF

RD RR1EM50JQ 630 0 0
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TCTAACCCGAATAGAAATATTTCAATCATGTTCCAATAGTATTCAAATAAATTATAAGGT
TTTTAGCTCTTCACCAACAATGGAACCAAATATAAACAAGCCCATGATTTGAAGTACACA
CCACATCAGAAAATACTAACGAGGCGTACTTGCGTTTGGTCTTTTCTTTCCAAATGCTTT
GCTTTTACTTTCTGATTCGTCATCATCATCCTCGCTGTCATCACCAGCGTTCTTGCTAGA
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TAGTTTTTGGTCAAGAGGGTCGTCTGAGGGTCTACGCTTCATTTGCTTTGACACTTTAGC
ACCAAGTCCAAGCCTGTGTGGTCGAGCTTCTTGCTGAGCCTCAATAGGATCATCCTCTGC
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AATCTGTGGAGCTCTCTTCTTCTTTGCCGTTTCCGTTGTCATTGCAACTAGAGTACCACC
ACCACCAGTAACAAACTTCCCAATCAAAAA

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1EM50TF 720 0 0
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AAAACCAAATCTAACCCGAATAGAAATATTTCAATCATGTTCCAATAGTATTCAAATAAA
TTATAAGGTTTTTAGCTCTTCACCAACAATGGAACCAAATATAAACAAGCCCATGATTTG
AAGTACACACCACATCAGAAAATACTAACGAGGCGTACTTGCGTTTGGTCTTTTCTTTCC
AAATGCTTTGCTTTTACTTTCTGATTCGTCATCATCATCCTCGCTGTCATCACCAGCGTT
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CTTGGCCTGTAGTTTTTGGTCAAGAGGGTCGTCTGAGGGTCTACGCTTCATTTGCTTTGA
CACTTTAGCACCAAGTCCAAGCCTGTGTGGTCGAGCTTCTTGCTGAGCCTCAATAGGATC
ATCCTCTGCAGGAGTAGTCATGTTGGCGACCCACTTCTCAGCAAGTTTTAGTGCCGTATC
TTTCTTGAGAATCTGTGGAGCTCTCTTCTTCTTTGCCGTTTCCGTTGTCATTGCAACTAG
AGTACCACCACCACCAGTAACAAACTTCCCAATCAAAAAGGAAGAAACTTGATCCAAGGA
ACTTTCTCTCTCTCACTGATACCGACGGCCACGGGAACGCTCCTGCTTCTCTCTCTGTCC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL8673Contig1 1284 2 4 U
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AGAAGCAATCAACGCCATCTTATAGAAAGGAGCTTGATTTCGAAATCACTGCTGAAGACT
TGGAGACTGTGAAAGTCATCGGAAAATGAAGCGGCGGAGTTGTTCAGTTAGTTCGACATA
AATGGACTGGCAAACTATTTGCTATGAAGGTTATACAGATGAACATACAAGAAGAAATCC
GAAAGCAGATTGTCCAGGAGCTCAAAATAAACCAAGCTTCTTCTCACTGTCCACATGTTG
TTGTCTGCTACCACTCTTTCTATCACAACGGAGCCTTTTCCCTTGTGCTCCAGTACATGG
ACCGGGGTTCTCTTGCGGATGTCATACGACAAGTCAACACTATTCTCGAGCCTTACCTTT
CTTTTGTCTGTAAACAGTTTTGCAAGGACTTGTGTACCTGCACAACGAAAGACATGTCAT
ACACAGAGACATTAAACCATCAAACCTTCTTGTGAACCATAACGGAGAAGTGAAAATCTC
AGATTTTGGTGTCAGTGCAAGTCTTGCTAGCTCCATGGGCAGAGGGAACCTACAACTATA
TGTCGCCTGAGAGGATCAGTGGAAGCGCATATGACTACAGCAGCGACATCTGGAGTTTGG
GCATGTCAGTGTTAGAATGCGCAATAGGAAGATTCCCTTATTTAGAATCCGAAGATCAGC
AGAACCCGCCTAGCTTTTATGAGCTTTTGGCAGCAATCGTAGAGAATCCACCACCAACTG
CTCCTTCTGATCAATTCTCACCTGAGTTCTGCTCCTTTGTATCAGCCTGCATACAGAAAG
ATCCTGCAGCAAGAGCATCATCCTTGGACCTCTTGAGTCATCCATTCATAAAAAGTTTGA
GGACAAGGATATTGATCTCGGCATACTTGTCGGCACTTTGGAACCACCTGTTAACTACCT
TAGATAAGTAAGTCCTCCTCTTTTTTTCTGCATTTTGGTGTATGATATGATATGATAAGA
TGGCATGATGTATAATGTGTTCCTAAAGTTTAGGATTACTTGATGATCAAATTGAATGAG
ATCTTATTATTTATTTGCCTTTCC


BQ
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AF RR1DA18TF U 1
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CCCTAGAGAGAGATAATCCCTAGATGGCGCCGACGAAGCTCAAATCAAACTTGAAGCAGC
TTAAGCTCTCCGTCCCAGCTCAACAAACCCCAATCTCTTCCTTCTTGACTGCAAGTGGAA
CGTTTCACGATGGAGATTTTCTACTGAACCAGAAGGGGCTGAGGCTGGTGGTGTCAGATG
AGAAGCAATCAACGCCATCTTATAGAAAGGAGCTTGATTTCGAAATCACTGCTGAAGACT
TGGAGACTGTGAAAGTCATCGGAAAATGAAGCGGCGGAGTTGTTCAGTTAGTTCGACATA
AATGGACTGGCAAACTATTTGCTATGAAGGTTATACAGATGAACATACAAGAAGAAATCC
GAAAGCAGATTGTCCAGGAGCTCAAAATAAACCAAGCTTCTTCTCACTGTCCACATGTTG
TTGTCTGCTACCACTCTTTCTATCACAACGGAGCCTTTTCCCTTGTGCTCCAGTACATGG
ACCGGGGTTCTCTTGCGGATGTCATACGACAAGTCAACACTATTCTCGAGCCTTACCTTT
CTTTTGTCTGTAAACAGTTTTGCAAGGACTTGTGTACCTGCACA*CGAAAGACATGTCAT
ACACAGAGACATTAAACCATCAAACCTTCTTGTGA
C

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1DA18JQ 676 0 0
GTAAACAG
GTTTTGCAAGGACTTGTGTACCTGCACAACGAAAGACATGTCATACACAGAGACATTAAA
CCATCAAACCTTCTTGTGAACCATAACGGAGAAGTGAAAATCTCAGATTTTGGTGTCAGT
GCAAGTCTTGCTAGCTCCATGGGCAGAGGGAACCTACAACTATATGTCGCCTGAGAGGAT
CAGTGGAAGCGCATATGACTACAGCAGCGACATCTGGAGTTTGGGCATGTCAGTGTTAGA
ATGCGCAATAGGAAGATTCCCTTATTTAGAATCCGAAGATCAGCAGAACCCGCCTAGCTT
TTATGAGCTTTTGGCAGCAATCGTAGAGAATCCACCACCAACTGCTCCTTCTGATCAATT
CTCACCTGAGTTCTGCTCCTTTGTATCAGCCTGCATACAGAAAGATCCTGCAGCAAGAGC
ATCATCCTTGGACCTCTTGAGTCATCCATTCATAAAAAGTTTGAGGACAAGGATATTGAT
CTCGGCATACTTGTCGGCACTTTGGAACCACCTGTTAACTACCTTAGATAAGTAAGTCCT
CCTCTTTTTTTCTGCATTTTGGTGTATGATATGATATGATAAGATGGCATGATGTATAAT
GTGTTCCTAAAGTTTAGGATTACTTGATGATCAAATTGAATGAGATCTTATTATTTATTT
GCCTTTCC

QA 9 676 9 676
DS 



AS 1 2

CO CL8674Contig1 1524 2 4 U
GGGGAAGATTTCGTCAAGGCTGGTGGTTCGGAGATTCTTTACGTTCAAATGCAGCAGAAC
AAAGACATGGATGAACAACAGTCTAAGCTTGTTGATAAGCTACCTCCTATATCAATTGGT
GATGGTGGTGGTACTTTGGACCTAGTAGTTATTGGTTGTGGTCCTGCTGGTTTAGCCTTG
GCTGCTGAATCAGCTAAGTTAGGTCTAAAAGTTGGACTCATTGGTCCGGATCTTCCTTTT
ACAAACAACTACGGTGTTTGGGAAGATGAATTCAACGATCTTGGTCTTCAAAAATGTATT
GAGCATGTTTGGAGAGATACTATTGTCTATCTGGATGATGGCAATCCTATCATCATCGGT
CGTGCTTATGGAAGAGTTAGTCGACGTTTACTTCACGAGGAGCTCTTGAGGAGGTGTGTG
GAGTCAGGTGTCTCGTATCTTAGCTCCAAAGTGGAGAGCATAACCGAAGCTCCCGATGGC
CTTAGGCTTGTTTCCTGTGAACACAACACCGTTGTTCCGTTCAGGCTTGCCACTGTTGCT
TCTGGGGCAGCTTCAGGGAAGCTCTTGCAATACGAAGTTGGGGGCCCTAGAGTCTGTGTC
CAAACCGCTTACGGTGTGGAGGTTGAGGTGGAAAACAGTCCATATGATCCAGAGCAGATG
GTGTTCATGGACTACAGAGATTATACAAACGAGAAAGTCCGGAGCTTAGAAGCTGAGTAT
CCAACGTTTCTCTACGCTATGCCTATGACAAAGGCAAGAGTGTTCTTTGAGGAGACATGT
CTTGCTTCAAAAGATGTCATGCCTTTTGATCTGCTAAAAAATAAGCTCATGTTAAGATTA
GATACACTCGGAATCCGAATACTAAAGACTTACGAAGAGGAATGGTCTTATATCCCAGTA
GGTGGTTCCTTGCCAGACACTGAACAAAAGAATCTCGCCTTTGGTGCTGCAGCTAGCATG
GTACATCCCGCAACAGGCTATTCAGTTGTGAGATCTTTGTCTAAAGCTCCAAAATACGCA
TCAGTCATCGCGGATATACTAAAACAAGAGTCTACTACTTCCTTCACCAGACACATCAAC
ACCAATATTTCAAGACAAGCTTGGGATACTTTATGGCCACCAGAAAGGAAACGGCAAAGA
GCATTCTTTCTCTTTGGTCTTGCGCTCATAGTTCAACTCGATATCGAAGGCATTAGATGC
TTCTTCCACACTTTCTTCCGCCTTCCAAAATGGATGTGGCGAGGGTTTCTAGGATCAACA
TTAACATCAGGAGACCTCGTTATGTTTGCTTTCTACATGTTCATCATTGCACCAAACGCT
TTGAGAAAAGGTCTCATTAATCATCTTATCTCTGATCCAACCGGAGCAACCATGATTAAA
ACTTATCTCAGAGTATGATTCTCCCATATCCACTTTTGGATTTGTATATATGTGATTATA
TGAATAATCATCAATCGACCAAAAAAAAGGAAGTATAAAATCTATATCATGATGGAAATA
AACAAAACGAAACAGGTTCTTGCC


BQ
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AF RR1AH70TF U 1
AF RR1AH70JQ C 643
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BS 816 1524 RR1AH70JQ

RD RR1AH70TF 815 0 0
GGGGAAGATTTCGTCAAGGCTGGTGGTTCGGAGATTCTTTACGTTCAAATGCAGCAGAAC
AAAGACATGGATGAACAACAGTCTAAGCTTGTTGATAAGCTACCTCCTATATCAATTGGT
GATGGTGGTGGTACTTTGGACCTAGTAGTTATTGGTTGTGGTCCTGCTGGTTTAGCCTTG
GCTGCTGAATCAGCTAAGTTAGGTCTAAAAGTTGGACTCATTGGTCCGGATCTTCCTTTT
ACAAACAACTACGGTGTTTGGGAAGATGAATTCAACGATCTTGGTCTTCAAAAATGTATT
GAGCATGTTTGGAGAGATACTATTGTCTATCTGGATGATGGCAATCCTATCATCATCGGT
CGTGCTTATGGAAGAGTTAGTCGACGTTTACTTCACGAGGAGCTCTTGAGGAGGTGTGTG
GAGTCAGGTGTCTCGTATCTTAGCTCCAAAGTGGAGAGCATAACCGAAGCTCCCGATGGC
CTTAGGCTTGTTTCCTGTGAACACAACACCGTTGTTCCGTTCAGGCTTGCCACTGTTGCT
TCTGGGGCAGCTTCAGGGAAGCTCTTGCAATACGAAGTTGGGGGCCCTAGAGTCTGTGTC
CAAACCGCTTACGGTGTGGAGGTTGAGGTGGAAAACAGTCCATATGATCCAGAGCAGATG
GTGTTCATGGACTACAGAGATTATACAAACGAGAAAGTCCGGAGCTTAGAAGCTGAGTAT
CCAACGTTTCTCTACGCTATGCCTATGACAAAGGCAAGAGTGTTCTTTGAGGAGACATGT
CTTGCTTCAAA*GATGTCATGCCTTTTGATCTGCT

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR1AH70JQ 882 0 0
TATGATCCAGAGCAGATGGTGTTCATGGACTACAGAGATTATACAAACGAGAAAGTCCGG
AGCTTAGAAGCTGAGTATCCAACGTTTCTCTACGCTATGCCTATGACAAAGGCAAGAGTG
TTCTTTGAGGAGACATGTCTTGCTTCAAAAGATGTCATGCCTTTTGATCTGCTAAAAAAT
AAGCTCATGTTAAGATTAGATACACTCGGAATCCGAATACTAAAGACTTACGAAGAGGAA
TGGTCTTATATCCCAGTAGGTGGTTCCTTGCCAGACACTGAACAAAAGAATCTCGCCTTT
GGTGCTGCAGCTAGCATGGTACATCCCGCAACAGGCTATTCAGTTGTGAGATCTTTGTCT
AAAGCTCCAAAATACGCATCAGTCATCGCGGATATACTAAAACAAGAGTCTACTACTTCC
TTCACCAGACACATCAACACCAATATTTCAAGACAAGCTTGGGATACTTTATGGCCACCA
GAAAGGAAACGGCAAAGAGCATTCTTTCTCTTTGGTCTTGCGCTCATAGTTCAACTCGAT
ATCGAAGGCATTAGATGCTTCTTCCACACTTTCTTCCGCCTTCCAAAATGGATGTGGCGA
GGGTTTCTAGGATCAACATTAACATCAGGAGACCTCGTTATGTTTGCTTTCTACATGTTC
ATCATTGCACCAAACGCTTTGAGAAAAGGTCTCATTAATCATCTTATCTCTGATCCAACC
GGAGCAACCATGATTAAAACTTATCTCAGAGTATGATTCTCCCATATCCACTTTTGGATT
TGTATATATGTGATTATATGAATAATCATCAATCGACCAAAAAAAAGGAAGTATAAAATC
TATATCATGATGGAAATAAACAAAACGAAACAGGTTCTTGCC

QA 1 882 1 882
DS 



AS 1 2

CO CL8675Contig1 646 2 1 U
GGACCGTCGCTGCTAAAACATGGTGCTCGATGCTTATGCTTCGTCGAACCCTAATATGGT
TCACGAGGACGTTCTTCAGAAATCTAGAGACGCTTGCTACAAAGCAAGAGATGCTTTTTA
CACTTGTCTGGAGAAGGAATCTGGTAAGAAACCCACTGAGATCGCGTCCGTAGGTCTTCT
CTACCCTAAAGAGTGCAGCCTTTCCAGAACCGAGTTCGTCAAGAACTGTCGCTCCTCCTG
GGTGAAGCATTTCGATAGGGAGTACTGTCGGAACAAGAGAGTCCAAAGGCTGTTAGATGA
TGGAGATGAGAGGAAAGGTCCAATGTCACTCCCTCAGCCTTACACTTTCAAGCCTTCTCC
TTCTTCTTAGATCCCTTCCTTTCCTGGAAGAGGAAGTGGAAGATGACTGAGTAATCCCTT
TGGTAGCACTTACCGTTCCTGAAGCATTAGGACTCATTATCTTTGCCGACTTTTTTTTTT
TTTTATATCCCTTCTCTCTTGTCTTTATTTGAGTTGTAAGCCTACAACATTGGAATAAAG
GTGTTGTGCTTTTGAAGGAACCTTGTTCTTTTGCCTATTGTCTATTGCTCACAATCTGCA
AGCATTTAGTATTACAGTATACTGATATATAAATGATTATTTTGGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AC36JQ C 1
AF RR1AC36TF U 1
BS 1 646 RR1AC36TF

RD RR1AC36JQ 646 0 0
GGACCGTCGCTGCTAAAACATGGTGCTCGATGCTTATGCTTCGTCGAACCCTAATATGGT
TCACGAGGACGTTCTTCAGAAATCTAGAGACGCTTGCTACAAAGCAAGAGATGCTTTTTA
CACTTGTCTGGAGAAGGAATCTGGTAAGAAACCCACTGAGATCGCGTCCGTAGGTCTTTT
CTACCCTAAAGAGTGCAGCCTTTCCAGAACCGAGTTTGTCAAGAACTGTCGCTCCTCCTG
GGTGAAGCATTTCGATAGGGAGTACTGTCGGAACAAGAGAGTCCAAAGGCTGTTAGATGA
TGGAGATGAGAGGAAAGGTCCAATGTCACTCCCTCAGCCTTACACTTTCAAGCCTTCTCC
TTCTTTTTAGATCCCTTCCTTTCCTGGAAGAGGAAGTGGAAGATGACTGAGTAATCCCTT
TGGTAGCACTTACCGTTCCTGAAGCATTAGGACTCATTATTTTTGCCGACTTTTTTTTTT
TTTTATATCCCTTCTCTCTTGTCTTTATTTGAGTTGTAAGCCTACAACATTGGAATAAAG
GTGTTGTGCTTTTGAAGGAACCTTGTTCTTTTGCCTATTGTCTATTGCTCACAATCTGCA
AGCATTTAGTATTACAGTATACTGATATATAAATGATTATTTTGGT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR1AC36TF 646 0 0
GGACCGTCGCTGCTAAAACATGGTGCTCGATGCTTATGCTTCGTCGAACCCTAATATGGT
TCACGAGGACGTTCTTCAGAAATCTAGAGACGCTTGCTACAAAGCAAGAGATGCTTTTTA
CACTTGTCTGGAGAAGGAATCTGGTAAGAAACCCACTGAGATCGCGTCCGTAGGTCTTCT
CTACCCTAAAGAGTGCAGCCTTTCCAGAACCGAGTTCGTCAAGAACTGTCGCTCCTCCTG
GGTGAAGCATTTCGATAGGGAGTACTGTCGGAACAAGAGAGTCCAAAGGCTGTTAGATGA
TGGAGATGAGAGGAAAGGTCCAATGTCACTCCCTCAGCCTTACACTTTCAAGCCTTCTCC
TTCTTCTTAGATCCCTTCCTTTCCTGGAAGAGGAAGTGGAAGATGACTGAGTAATCCCTT
TGGTAGCACTTACCGTTCCTGAAGCATTAGGACTCATTATCTTTGCCGACTTTTTTTTTT
TTTTATATCCCTTCTCTCTTGTCTTTATTTGAGTTGTAAGCCTACAACATTGGAATAAAG
GTGTTGTGCTTTTGAAGGAACCTTGTTCTTTTGCCTATTGTCTATTGCTCACAATCTGCA
AGCATTTAGTATTACAGTATACTGATATATAAATGATTATTTTGGT

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL8676Contig1 1021 2 2 U
GGGTAACCACAAGCGTATTACACCGCTGCTTAGATTCTTCAGTTCCAAGAACGAAGAGGA
GTTGACAAGCTTGGATGAGTACATCGAGAACATGGGAGAGAACCAAAAGGCTATCTACTA
CCTTGCCACCGACAGTCTGAAAAGTGCCAAGTCAGCTCCTTTCTTGGAGAAACTGATTCA
AAAGGATGTTGAGGTTCTCTACTTGGTTGAACCAATCGATGAAGTTGCTATCCAGAACTT
ACAAGCTACAAAGAAAAGAAGTTTGTTGATATCAGCAAAGAAGATTTGGAACTTGGTGAT
GAAGATGAAGTCAAGGACAGGGAAGCTAAACAAGAGTTCAATCTTCTCTGTGATTGGATG
AAGCAGCAGCTCGGCGACAAAGTTGCCAAAGTCCAAGTCTCAAATCGTTTGAGCTCTTCT
CCTTGTGTCCTTGTCTCAGGCAAATTCGGATGGTCTGCTAATATGGAAAGGTTAATGAAG
GCACAAGCTCTTGGAGACACTTCAAGCTTGGAGTTCATGAGAGGTAGGAGAATCCTTGAG
ATCAATCCAGATCATCCGATCATTAAAGACTTGAATGCTGCTTGTAAGAACGCACCTGAG
AGCAGTGAAGCGACAAGAGTGGTTGATCTCTTGTTTGACACTGCTATAATCTCAAGTGGA
TTCACTCCTGATAGTCCGGCCGAGCTGGGGAACAAGATTTATGAAATGATGGCTATGGCT
GTTGGAGGAAGATGGGGACGAGTTGAGGAAGAAGTTGCAGAAGAAGGACGCACGAGTGTG
GATGAAGGAGATGACACAAAAGATGGAGAAGCAGAAGTAATTGAACCGTTTGAAGTTAGA
GCAGAGAGTGATCCGTGGCAAGATTGATTCACACAACCTCCTTGTTCTCAACAGTGAATT
TTTGGCACAAAAATGCTTTGCTAAACTAGGATTGTCTTCATTGTGTTGGGTCTTGAAGGG
TACGAGGACCATGGACCTAGTTAAAGCCCGATATTCGATCATTTGAACAATAATTAATCA
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1H959TF U 1
AF RR1H959JQ C 631
BS 1 705 RR1H959TF
BS 706 1021 RR1H959JQ

RD RR1H959TF 707 0 0
GGGTAACCACAAGCGTATTACACCGCTGCTTAGATTCTTCAGTTCCAAGAACGAAGAGGA
GTTGACAAGCTTGGATGAGTACATCGAGAACATGGGAGAGAACCAAAAGGCTATCTACTA
CCTTGCCACCGACAGTCTGAAAAGTGCCAAGTCAGCTCCTTTCTTGGAGAAACTGATTCA
AAAGGATGTTGAGGTTCTCTACTTGGTTGAACCAATCGATGAAGTTGCTATCCAGAACTT
ACAAGCTACAAAGAAAAGAAGTTTGTTGATATCAGCAAAGAAGATTTGGAACTTGGTGAT
GAAGATGAAGTCAAGGACAGGGAAGCTAAACAAGAGTTCAATCTTCTCTGTGATTGGATG
AAGCAGCAGCTCGGCGACAAAGTTGCCAAAGTCCAAGTCTCAAATCGTTTGAGCTCTTCT
CCTTGTGTCCTTGTCTCAGGCAAATTCGGATGGTCTGCTAATATGGAAAGGTTAATGAAG
GCACAAGCTCTTGGAGACACTTCAAGCTTGGAGTTCATGAGAGGTAGGAGAATCCTTGAG
ATCAATCCAGATCATCCGATCATTAAAGACTTGAATGCTGCTTGTAAGAACGCACCTGAG
AGCAGTGAAGCGACAAGAGTGGTTGATCTCTTGTTTGACACTGCTATAATCTCAAGTGGA
TTCACTCCTGATAGTCCGGCCGAGCTGGGGAACAAGATTTATGAA
TG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1H959JQ 391 0 0
TTGTTTGACACTGCTATAATCTCAAGTGGATTCACTCCTGATAGTCCGGCCGAGCTGGGG
AACAAGATTTATGAAATGATGGCTATGGCTGTTGGAGGAAGATGGGGACGAGTTGAGGAA
GAAGTTGCAGAAGAAGGACGCACGAGTGTGGATGAAGGAGATGACACAAAAGATGGAGAA
GCAGAAGTAATTGAACCGTTTGAAGTTAGAGCAGAGAGTGATCCGTGGCAAGATTGATTC
ACACAACCTCCTTGTTCTCAACAGTGAATTTTTGGCACAAAAATGCTTTGCTAAACTAGG
ATTGTCTTCATTGTGTTGGGTCTTGAAGGGTACGAGGACCATGGACCTAGTTAAAGCCCG
ATATTCGATCATTTGAACAATAATTAATCAG

QA 1 391 1 391
DS 



AS 1 2

CO CL8677Contig1 1124 2 6 U
TAGTGCTTCTTCACTCCGGCTACCGCGACCATATTCAGTGTTCTCCTATACTACCACTTG
TCGTCGGTTGAGATCCATCCCTTTCCCTTTCCCTTTCTCTTCTCTCACATGCTCTTGTCT
CAATACCAATCCCACTTCTGAGTTGGAGGAGGAGAAAGAAGAAGAAGAAAAAGTAGGGTT
GTCTGTTTTGGGATCAGAGATTCCATGGGAAGACAATAACGTATGGAGCACATTCGCTCT
TTACATGTTCTGCCTCCATATTCCTCTCAGTTTTGGTGGTTTATCTCTCCTTTCTCGCTT
CCTCCACCTCCCTCTTCTCCTTCCTCAGTCCCAAGTGCTATCACTTGTCCTTCTCCAAAT
GCTCGAACTTTCCCTCACCCTCTTCCTTCTGACGATTACTGCCAAGCCTCAATTCAAATC
TATCCACTTTCTTAACGCTGCTAACTCTACCCAAGAAGAAGGGAGAAACTGGTTGGTTGG
ATCAGCTTTGGGTTTCGCAACCCTTGTGTCTTTTATCTTCCCCACTTCACTTGTAGCTCA
TCAACTCTTTCCTTCTCAGGATGTGCGCAACTCCGAATTGAACAAGATCATTGAAAGCGG
GGAGGTGTCCAGACTCGGCTGTTTTGCTCTCTACTGCCTTGTTGCTCCCTTTCTTGAGGA
GATTGTGTACAGACGATTTCTACTCACCTCCTTAGCTTCCACTATGGAATGGAGCAAGGC
CCTTGTTATCAGCTCACTAGTATTTGCTGCATCTCACTTCTCTGCGGTTGATTTTGTGCA
GCTGTTTGGGATAGGTTGCGTTCTTGGGGGATGTTACAGCTGGTCAGGAAACTTAGCCTC
CTCGGTGGTCGTCCACTCCTTGTACAATGCCCTGACACTCCTCCTTGCGCTACGTTCTTA
ACCTCAAGATGAGAGAGAGGTGGAGCCATTTCCCTTGTCTGTGGAATCTCTTTCTATCTT
TCTTAAAGAAGACAGCGTATAAACCGTGTGTGTGTGTGTGTTTTAAGAGAGAATCTTGAT
CCCTTTTCAGTTTGATAAAAAGTGTATTTTGATTAGTGGCTAGTACAAGAGACAAAAGGT
ACGAGGAGCTTAGCTTAACTGAGAAGAAAAAAAAGGCTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A287TF U 1
AF RR1A287JQ C 224
BS 1 559 RR1A287TF
BS 560 560 RR1A287JQ
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BS 597 635 RR1A287TF
BS 636 1124 RR1A287JQ

RD RR1A287TF 635 0 0
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GTCTGTTTTGGGATCAGAGATTCCATGGGAAGACAATAACGTATGGAGCACATTCGCTCT
TTACATGTTCTGCCTCCATATTCCTCTCAGTTTTGGTGGTTTATCTCTCCTTTCTCGCTT
CCTCCACCTCCCTCTTCTCCTTCCTCAGTCCCAAGTGCTATCACTTGTCCTTCTCCAAAT
GCTCGAACTTTCCCTCACCCTCTTCCTTCTGACGATTACTGCCAAGCCTCAATTCAAATC
TATCCACTTTCTTAACGCTGCTAACTCTACCCAAGAAGAAGGGAGAAACTGGTTGGTTGG
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TCAACTCTTTCCTTCTCAG*ATGTGCGCAACTCCGAATTGAACAAGATCATTGAA*GCGG
GGAGGTGTCCAGACTCGGCTGTTTTGCTCTCTACT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1A287JQ 901 0 0
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TCTCTCCTTTCTCGCTTCCTCCACCTCCCTCTTCTCCTTCCTCAGTCCCAAGTGCTATCA
CTTGTCCTTCTCCAAATGCTCGAACTTTCCCTCACCCTCTTCCTTCTGACGATTACTGCC
AAGCCTCAATTCAAATCTATCCACTTTCTTAACGCTGCTAACTCTACCCAAGAAGAAGGG
AGAAACTGGTTGGTTGGATCAGCTTTGGGTTTCGCAACCCTTGTGTCTTTTATCTTCCCC
ACTTCACTTGTAGCTCATCAACTCTTTCCTTCTCAGGATGTGCGCAACTCCGAATTGAAC
AAGATCATTGAAAGCGGGGAGGTGTCCAGACTCGGCTGTTTTGCTCTCTACTGCCTTGTT
GCTCCCTTTCTTGAGGAGATTGTGTACAGACGATTTCTACTCACCTCCTTAGCTTCCACT
ATGGAATGGAGCAAGGCCCTTGTTATCAGCTCACTAGTATTTGCTGCATCTCACTTCTCT
GCGGTTGATTTTGTGCAGCTGTTTGGGATAGGTTGCGTTCTTGGGGGATGTTACAGCTGG
TCAGGAAACTTAGCCTCCTCGGTGGTCGTCCACTCCTTGTACAATGCCCTGACACTCCTC
CTTGCGCTACGTTCTTAACCTCAAGATGAGAGAGAGGTGGAGCCATTTCCCTTGTCTGTG
GAATCTCTTTCTATCTTTCTTAAAGAAGACAGCGTATAAACCGTGTGTGTGTGTGTGTTT
TAAGAGAGAATCTTGATCCCTTTTCAGTTTGATAAAAAGTGTATTTTGATTAGTGGCTAG
TACAAGAGACAAAAGGTACGAGGAGCTTAGCTTAACTGAGAAGAAAAAAAAGGCTTTTAC
C

QA 1 901 1 901
DS 



AS 1 2

CO CL8678Contig1 734 2 1 U
GGGGGATCTCGCTCGTCTTCGCTTTGGCTACCTTCAAAGAGGCCTCCTTTTCTCCAAACC
TTATCCAAAAATCGACACACTTCTCTCAAAGCTACAAACTTCACTCTCCCTCGCCCTTGA
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CGTCTCTTTCCACATCAACCCCGACGGTTCAGGTGTGGAGTTCGTCCACGCCGCGGCTAG
AAACATCGAGGTCAGTGATATCCTCAGATTATCATCTTCTTCTTCTTTTGTCCCGAGTGC
TTTCACCTCCTTCTTCCCAGCTACTGGGGTCAAGAACTGCGACGGTGTCTCGAGATCTCT
GCTTATGGTTCAAGTGACCGAGATGAAAGATGGCATCTTTATCGGTTTCGGTTACAACTC
TACTGTGGCTGATGGAGAGTCGATCTGGAGGTTCTTGAACGCGTGGTCGGAGATCTGCTC
CAAGGGTGGTGGTGGTTTAGGCTCTGAAGCTCGTCTTCAGCTTAAAGGTTTGATCTTTGA
CGGGATTGATTACCCAATCCGTATCCCAGACCCTGAGGCGAAAGCAGCTAGCTACGCGGG
ATCGACTGGTTTGCAGGAGTTGATGTTTCATGTCACCAAGAGAATGTTTTGAGACTTGAA
GTAAAGCCAAGATGAGAAAGTCTCGTCTTTTCAGCGGTGTAGACATGTTTGGTGTTCGTG
GCTAAGCACGGTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ77TF U 1
AF RR1CG58TF U 1
BS 1 734 RR1CG58TF

RD RR1DJ77TF 612 0 0
GGGGGATCTCGCTCGTCTTCGCTTTGGCTACCTTCAAAGAGGCCTCCTTTTCTCCAAACC
TTATCCAAAAATCGACACACTTCTCTCAAAGCTACAAACTTCACTCTCCCTCGCCCTTGA
TCGTTTCCACCCTCTAGCTGGTCGTCTCGTAAAGGTACACAACAACGACGATACCGACAC
CGTCTCTTTCCACATCAACCCCGACGGTTCAGGTGTGGAGTTCGTCCACGCCGCGGCTAG
AAACATCGAGGTCAGTGATATCCTCAGATTATCATCTTCTTCTTCTTTTGTCCCGAGTGC
TTTCACCTCCTTCTTCCCAGCTACTGGGGTCAAGAACTGCGACGGTGTCTCGAGATCTCT
GCTTATGGTTCAAGTGACCGAGATGAAAGATGGCATCTTTATCGGTTTCGGTTACAACTC
TACTGTGGCTGATGGAGAGTCGATCTGGAGGTTCTTGAACGCGTGGTCGGAGATCTGCTC
CAAGGGTGGTGGTGGTTTAGGCTCTGAAGCTCGTCTTCAGCTTAAAGGTTTGATCTTTGA
CGGGATTGATTACCCAATCCGTATCCCAGACCCTGAGGCGAAAGCAGCTAGCTACGCGGG
ATCGACTGGTTT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR1CG58TF 734 0 0
GGGGGATCTCGCTCGTCTTCGCTTTGGCTACCTTCAAAGAGGCCTCCTTTTCTCCAAACC
TTATCCAAAAATCGACACACTTCTCTCAAAGCTACAAACTTCACTCTCCCTCGCCCTTGA
TCGTTTCCACCCTCTAGCTGGTCGTCTCGTAAAGGTACACAACAACGACGATACCGACAC
CGTCTCTTTCCACATCAACCCCGACGGTTCAGGTGTGGAGTTCGTCCACGCCGCGGCTAG
AAACATCGAGGTCAGTGATATCCTCAGATTATCATCTTCTTCTTCTTTTGTCCCGAGTGC
TTTCACCTCCTTCTTCCCAGCTACTGGGGTCAAGAACTGCGACGGTGTCTCGAGATCTCT
GCTTATGGTTCAAGTGACCGAGATGAAAGATGGCATCTTTATCGGTTTCGGTTACAACTC
TACTGTGGCTGATGGAGAGTCGATCTGGAGGTTCTTGAACGCGTGGTCGGAGATCTGCTC
CAAGGGTGGTGGTGGTTTAGGCTCTGAAGCTCGTCTTCAGCTTAAAGGTTTGATCTTTGA
CGGGATTGATTACCCAATCCGTATCCCAGACCCTGAGGCGAAAGCAGCTAGCTACGCGGG
ATCGACTGGTTTGCAGGAGTTGATGTTTCATGTCACCAAGAGAATGTTTTGAGACTTGAA
GTAAAGCCAAGATGAGAAAGTCTCGTCTTTTCAGCGGTGTAGACATGTTTGGTGTTCGTG
GCTAAGCACGGTGG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL8679Contig1 813 2 2 U
GGGGGTCTTGTAAGAAGAAGCCGCAAAACCTCTCTCGACAGACGCTTCTTCATCCTTGCA
GATTTCGTCAACCGATTCTGTGAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAA
GAATGCCGAGCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCTTTGTTTGATTTAGAGAA
CACTAACCAGGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACAT
GGACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGC
TTTCCGCAAGATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGA
TGTTATCTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCACCAAAGAAGGGTGCTGCTGTTCA
GAGGCCACGCAACAGGACTCTAACCTCTGTTCATGAAGCTATGCTCGAGGACGTGGCTTA
CCCTGCTGAGATCGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTCGATGGATCCAAAGTCATGAA
GGTGTATTTGGAGGCCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAGACTATGGTGGG
GAGTGTACCGCAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCGGTGGAAGCTTGAT
GATGGATGATGCTCTGAAGAATCATCATCAAGATAGAGAAGTGAGGTTTTGAATTTATAT
GTTGTGGTATTCACAATCTTTAATGTTACATTTCACAAAGACTTGTGTCTGTACTTTTCA
ATTTTGAAACCTATTTTATAGTTCCAGTTTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CE06TF U 1
AF RR1CE06JQ C 75
BS 1 709 RR1CE06TF
BS 710 813 RR1CE06JQ

RD RR1CE06TF 709 0 0
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GATTTCGTCAACCGATTCTGTGAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAA
GAATGCCGAGCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCTTTGTTTGATTTAGAGAA
CACTAACCAGGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACAT
GGACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGC
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GAGGCCACGCAACAGGACTCTAACCTCTGTTCATGAAGCTATGCTCGAGGACGTGGCTTA
CCCTGCTGAGATCGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTCGATGGATCCAAAGTCATGAA
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GAGTGTACCGCAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCGGTGGAAGCTTGAT
GATGGATGATGCTCTGAAGAATCATCATCAAGATAGAGAAGTGAGGTTT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CE06JQ 739 0 0
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CAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCTTTGTTTGATTTAGAGAACACTAACCAGGAGT
TGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGGAA
ACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATCC
ACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGATGTTATCTTTGTTG
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GGACTCTAACCTCTGTTCATGAAGCTATGCTCGAGGACGTGGCTTACCCTGCTGAGATCG
TTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTCGATGGATCCAAAGTCATGAAGGTGTATTTGGAGG
CCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAGACTATGGTGGG*AGTGTACCGCAAA
CTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCGGTGGAAGCTTGATGATGGATGATGCTC
TGAAGAATCATCATCAAGATAGAGAAGTGAGGTTTTGAATTTATATGTTGTGGTATTCAC
AATCTTTAATGTTACATTTCACAAAGACTTGTGTCTGTACTTTTCAATTTTGAAACCTAT
TTTATAGTTCCAGTTTCCT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8681Contig1 748 2 7 U
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TTTCTGAGTATTCATGAAACGACAAAGACCATAATCGCTATACTATGGAATGCGGGTGAT
TGCAGCATGTATAGCATCAGCAAGTTGAGGCACTGTCTTTGAACTTAGACCTGCCATGCT
TATCCTCCCATCATAAGTCATGTAAATGTGATATTCTTTGGCCATCCAGCGAACTTGCTT
CTCATTTAATCCTGTAAAAGAAAACATCCCAATCTGTTTAATAATGTGACTCCAATCACC
AGGTGTGCCTCTAGCTTGTATAGCTTCATATAACTGTTGGCGCATGCTAATGATGCAGTC
AGCCATGCCTTTCAGCTCGATGGTCCAGTCCTTGTACATATCACTGTTTTTAAGAATTGT
GGTAACAATGGATGCTCCATGAATTGGTGGGGTAAGATACATAGGCCTAACAACAAGTAA
TAGTTGGCCGTGAACTTTCCTAGCCACGTCCTCGGAGGTGCATACAATGGTAAGAGCACC
AATACGCTCTCCGTAAAGACCCATGTTTTTGGCAAAACTTTGAGCTATCAAACATTCACC
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ACCCTGATATGCATTATCAAAAAAAGGTAGTAAGCCTTTAGATCGCACGATTTGTCGAAT
CTGTTCCCATTGTTCCAGAGTTGGGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E851JQ U 34
AF RR1FB71JQ U 1
BS 1 62 RR1FB71JQ
BS 63 63 RR1E851JQ
BS 64 165 RR1FB71JQ
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BS 309 309 RR1E851JQ
BS 310 748 RR1FB71JQ

RD RR1E851JQ 652 0 0
GCCCAAAGAAAAGAAATCTGTTTTTTTTTTCTGAGTATTCATGAAACGACAAAGACCATA
ATCGCTATACTATGGAATGCGGGTGATTGCAGCATGTATAGCATCAGCAAGTTGAGGCAC
TGTCTTTGAACTTAGACCTGCCATGCTTATCCTCCCATCATAAGTCATGTAAATGTGATA
TTCTTTGGCCATCCAGCGAACTTGCTTCTCATTTAATCCTGTAAAAGAAAACATCCCAAT
CTGTTTAATAATGTGACTCCAATCACCAGGTGTGCCTCTAGCTTGTATAGCTTCATATAA
CTGTTGGCGCATGCTAATGATGCGGTCAGCCATGCCTTTCAGCTCGATGGTCCAGTCCTT
GTACATATCACTGTTTTTAAGAATTGTGGTAACAATGGATGCTCCATGAATTGGTGGGGT
AAGATACATAGGCCTAACAACAAGTAATAGTTGGCCGTGAACTTTCCTAGCCACGTCCTC
GGAGGTGCATACAATGGTAAGAGCACCAATACGCTCTCCGTAAAGACCCATGTTTTTGGC
AAAACTTTGGGCTATCAAACATTCACCTCCATCAGCAACAAACATACGAACCGATTGTGC
ATCTGAGTCAAGGCTACCACTAGCAAAACCCTGATATGCATTATCAAAAAAA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1FB71JQ 748 0 0
CGCTTATGAAATTTTAACCAAGAAATCTGTTTTGCCCAAAGAAAAGAAATCTGTTTTTTT
TT*CTGAGTATTCATGAAACGACAAAGACCATAATCGCTATACTATGGAATGCGGGTGAT
TGCAGCATGTATAGCATCAGCAAGTTGAGGCACTGTCTTTGAACT*AGACCTGCCATGCT
TATCCTCCCATCATAAGTCATGTAAATGTGATATTCTTTGGCCATCCAGCGAACTTGCTT
CTCATTTAATCCTGTAAAAGAAAACATCCCAATCTGTTTAATAATGTGACTCCAATCACC
AGGTGTGCTTCTAGCTTGTATAGCTTCATATAACTGTTGGCGCATGCTAATGATGCAGTC
AGCCATGCCTTTCAGCTCGATGGTCCAGTCCTTGTACATATCACTGTTTTTAAGAATTGT
GGTAACAATGGATGCTCCATGAATTGGTGGGGTAAGATACATAGGCCTAACAACAAGTAA
TAGTTGGCCGTGAACTTTCCTAGCCACGTCCTCGGAGGTGCATACAATGGTAAGAGCACC
AATACGCTCTCCGTAAAGACCCATGTTTTTGGCAAAACTTTGAGCTATCAAACATTCACC
TCCATCAGCAACAAACATACGAACCGATTGTGCATCTGAGTCAAGGCTACCACTAGCAAA
ACCCTGATATGCATTATCAAAAAAAGGTAGTAAGCCTTTAGATCGCACGATTTGTCGAAT
CTGTTCCCATTGTTCCAGAGTTGGGTCG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL8682Contig1 633 2 1 U
GGAACACAAAATAAACCTTAACAAAAGAAAGAAAAAAAAAAGACTTAACAAAATGGCCAA
GGCTTTTACTCTGTTTCCAACCCTTATGATACTCAGTTTCCTCATAATCTCTTCCCCTCT
GATCCAAGCCGGCTTCACCAATGACATGGACGGTCTGGAATGGGCCACGAACGGTGTCCA
TGACCACTCCTCAGGCTGCCACGGTTCAATAGCAGATTGTATCGGGGCAGAGGAAGAGGA
AATGGACACAGAGATCAGCAGAAGAATATTGGCGACAACAAAGTACATAAGCTATCAATC
TTTGAAGCGGAACAGTGTGCCATGTTCGAGAAGAGGAGCGTCATATTATAATTGTCAGAA
CGGAGCTCAGGCTAATCCTTATAGTCGTGGTTGCAGCTCAATTGCTCGTTGCAGGAGTTA
GCGCTCCACAAAGAAGTTCTCCTTCTCTCTTCATTATGCTGTCTTATAATTAATTATACG
GTACTCACATAAGTTGGATTTGGATGTGAATGACCTTTGTTTGTTCCGTGATGATCCATG
ACGTGATTAGTGTTTCTTTAAGCTTTTGAATATTTCATGTGTATATTCTCTGTATCTCTT
GCTCAGTAATACTAAAAAAAAATAAGTTTGACC


BQ
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AF RR1DT11JQ C 1
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DS 

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QA 1 633 1 633
DS 



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BQ
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AF RR1FR26TF U 1
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DS 

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TTCGAACAGCCAAATAAGCTAGTACGTTCTGTT

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1D892JQ C 1
AF RR1F901TF U 52
BS 1 53 RR1D892JQ
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BS 699 711 RR1D892JQ

RD RR1D892JQ 711 0 0
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AAGAACATGGCAGGAGGTTGCAGACGGGTGTTATAAAAGTCCGTGAGCAGGAGAACATCA
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TGAGGGTACGTGCCTCGTCTGTGTTTATCCCGGAAGTATCTAATCTTCGTGCTCAGCCAC
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ACGGGAGACACCATAGCTCTTGCCAACTGTATTGGAGGCATTGGATTATCCGAGCCGATG
ATGAGGTGATAGATAAAGTCAATGGAGAAGCTGTGATAGGAAAGTACCCTCTCTTAAAAG
CCGAGGAAGAAGAGTTTGTGTATGAGAGCTGTTCCAGTTTTCCAACAACTAGTGGATCCA
TTGAAGGATCTTTCACCTTTGTGCCTGGAAGTTTGAGAGATCCAAAAGGGAGTCAATTCG
AAGTCAAAGTGGAAGAGTTTCCTCTGAAGTTACCAGACTACATCTTCTAAACTCACCTGC
CGCCTTCAATGTTTGTTACTCTTTCATACAGTGTGCAATGTTTTTGAGTTGAAGTGTGTG
AACAGACTAGTTTGTGAGAACTGATTGTTCCATAAATAACAGTTGAAGTTG

QA 1 711 1 711
DS 

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GG
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AACATCAAGAGTATCAGCTTGTTCCCGGAGGTTCCTCCTTTGTGTTCTGTCGCTGTAACA
AACGGTGTGAAGGTACGTGCCTCGTCTGTGTTTATCCCGGAAGTATCTAATCTTCGTGCT
CAGCCACCTGCTTACTGGTATGCATACTCCATCCGCATGTCTCTCGTGCCAGAAGGTTGT
TTCTTGAACGGGAGACACCATAGCTCTTGCCAACTGTATTGGAGGCATTGGATTATCCGA
GCCGATGATGAGGTGATAGATAAAGTCAATGGAGAAGCTGTGATAGGAAAGTACCCTCTC
TTAAAAGCCGAGGAAGAAGAGTTTGTGTATGAGAGCTGTTCCAGTTTTCCAACAACTAGT
GGATCCATTGAAGGATCTTTCACCTTTGTGCCTGGAAGTTTGAGAGATCCAAAAGGGAGT
CAATTCGAAGTCAAAGTGGAAGAGTTTCCTCTGAAGTTACCAGACTACATCTTCTAAACT
CACCTGCCGTCTTCAATGTTTGTTACTCTTTCATGCAGTGTGCAATGTTTTTGAGTTGAA
GTGTGTGAACAGACTAGTTTGTGAGAACTGATTGTTCCATAAATA

QA 3 647 3 647
DS 



AS 1 2

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GTATTCATCTTCTCCAATTCCTAAAAGAACCATGCCTGAGAAGAACATCCTAGAGGACGC
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GTAGAGGGAACTTAAAACAGTTCCTCATGGCTGTGCTTGGACTGTGGGTAGCTGCAATAA
TAGGGAGCTGTTGCAACTTCCTAACTGTTCTGTACATTGGGTTTGTGGGAGCTCACACAA
TGCCGGTAGTGTATGAGAGATATGAAGACGAAGTGGATGGTTTGTGGACTCTCTTCTAAT
GAAGTTTCATAGTCACTACAAGAAGATTGATTCTTTTTCTCAGTCGAATCCCAAGTGGAA
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TTTTGTCTATTGAACTAAATCAACTTTCTTGTCTTTTCTTTCATAGTCATGTTAATGTGT
TCTGTTCTTCTTCTATTCTCTCTGTATCGTTGAGACCTTTGAAAAACAAAATTGACTGTC
AAACAAGAAGATGAGATAACTCTTTTATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AN05TF U 1
AF RR1AN05JQ C 138
BS 1 771 RR1AN05TF
BS 772 930 RR1AN05JQ

RD RR1AN05TF 771 0 0
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AGTTCGGGTTGAAGAAGCATGACTAAGATCAAACTATTAGATCTCTCTGTC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR1AN05JQ 793 0 0
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GGTATGATCGGTCAATTCGTTTGGTGCAATGCCTCAGGGTTCCTAAACCGCTCACAGTCT
AGAGTGCCTCGCCTTGTTCTTCCAAAAGATTTCTTTGCTGATGTGGGTGTGACCATTGGC
ACAGAGGTTAACCGCGGTTTGTTGTTTCTTCAGGACTTGTCTTGTAGAGGGAACTTAAAA
CAGTTCCTCATGGCTGTGCTTGGACTGTGGGTAGCTGCAATAATAGGGAGCTGTTGCAAC
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AGATATGAAGACGAAGTGGATGGTTTGTGGACTCTCTTCTAATGAAGTTTCATAGTCACT
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AACTCTTTTATGT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1G627JQ C 1
AF RR1G627TF U 1
BS 1 633 RR1G627TF

RD RR1G627JQ 633 0 0
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AGGGTTGTAAGTGTGGTGATGCCTGAAGAAGAGCTTGCAAAGCTGAAGGTTGAAGTGAAT
AATATGATTATGTAACTTTTTTTTGTAATTATTTTTGTTGTCTTGTAGTTGTTGGTGTGG
TGCAACTTTTCTAGTTTTCATTCTCATATTTGGATTATATTTGTCCTTTCTTCTACTAAT
GATTTGGTTATCAATAAAATGTTTTTTTCTTTT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1G627TF 633 0 0
GGATCTTTCTCGGAGATTAGTATTCTGTATGCATTGATATGGAGGTCCATACTTAACATC
CGTGGCGAAAACGACACAAATGTCATAACAATTTGTGACCGTAAAACGTCTTCAACATGT
TGGAACGATGACTTGGTAATAAGCGTAGTGGAAAGAAAAGACGAGATGACTGAGGTGTCC
GAACTAGCGGGGCTGGTTGCTAGCAAGAGAAGAGAAGAGAACGGTGTGATCAAGGGGATG
ATAGACAAAGATAGAGGCTCTTCGGATTTTATCACGTACGGTGCAAACTTAACGTTTGCG
AATCTTGACAAGTGTGAGGAACTTGAGATCAAAGGAGAGAAGCCTGATTTTGTGAACTAC
ACGATCCATGGTGTTGGGGACAAAGGAGTTGTGTTGGTGTTTCCTAAGGGAGATTTTGCG
AGGGTTGTAAGTGTGGTGATGCCTGAAGAAGAGCTTGCAAAGCTGAAGGTTGAAGTGAAT
AATATGATTATGTAACTTTTTTTTGTAATTATTTTTGTTGTCTTGTAGTTGTTGGTGTGG
TGCAACTTTTCTAGTTTTCATTCTCATATTTGGATTATATTTGTCCTTTCTTCTACTAAT
GATTTGGTTATCAATAAAATGTTTTTTTCTTTT

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL8687Contig1 1115 2 2 U
GGGAAAGTCATCTTCTCTTCAAGCAACTCAAACTCCAGTTAAAGAAACAAAATTGAGACG
ATGATGAAATCAAAGAGCATAGCTGCAGCTTCTGCATCATGTTTTCTTATTATGAGCTTG
TTATGCAACTACATTAGTGGCGACCAAAATGAGATTAATTATGAAGGACTATCTTACAAT
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TTTGCTATTGATCCTACGGCTCCTGCCGCCTTGCTAAGGCTTATGTCTCATGACTGTCAA
GTTCAGGGATGTGACGCATCTATCCTAATCGAGACTAGTGGGGACCAGCAGTTCACGGAG
CTTGACTCAGCCAAGAACTTCGGAATCAGAAAGAGGGAACTCATTGGCTCAATCAAAACC
TCACTAGAGGTCGAATGTCCCCAACAAGTCTCTTGCTCTGACCTCATCATCCTCGCGGCA
AGAGAAGCCGTCGCTCTCACTGGTGGCCCACTCATCGCAGTGCCATTAGGAAGAAAAGAC
TCTCTCTCCACTCCCAGCAAACACGTGGCTGACTCTGAGCTTCCTCCCTCCACTGCTGAT
GTCGACTCTATCTTAAATCTCTTTGCTAGCATAGACATGACAATCGAGGAATCCGTTGCC
ATTATGGGTTCGCATTCAATAGGAGTGACACACTGTAACAACGTATTATCGCGATTTGAT
AACGAAAACGCGACGAACACGAACATGGATCCACGTTTTCAAACGTTTCTGCGCGTTGTT
TGCCCAGAGTTTTCTCCGACATCCAAAACAGCAGAAGCTACATTTGTTCCCAACGACCAG
ACTTCGTTGATCTTTGACACAGCTTATTACGATGATTCCATCGCGGGACGTGGCAATTTG
AGAATTGACTCGGAGATAGGAGTGGACCCACGCACACGCCCGTTTGTCGAAGCGTTTGCG
GCTGATCAGGACCGTTTTTTCAACGCCTTTTTTTCCGCGTTTGTTAAATTGTCTTCTTAC
AAAGTGTTAACCGGGAATAATGGAGTGGTTAGAAACGTGTGTGACAAGGTAGATTGATGT
ATATTTATAACAATCAAATATGTTATACTCTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A854TF U 1
AF RR1A854JQ C 434
BS 1 832 RR1A854TF
BS 833 1115 RR1A854JQ

RD RR1A854TF 832 0 0
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ATGATGAAATCAAAGAGCATAGCTGCAGCTTCTGCATCATGTTTTCTTATTATGAGCTTG
TTATGCAACTACATTAGTGGCGACCAAAATGAGATTAATTATGAAGGACTATCTTACAAT
TACTACGAGAAAACATGTCCAAGACTCGAAGAGATCGTGAGATCTTCTATTTCACCACTG
TTTGCTATTGATCCTACGGCTCCTGCCGCCTTGCTAAGGCTTATGTCTCATGACTGTCAA
GTTCAGGGATGTGACGCATCTATCCTAATCGAGACTAGTGGGGACCAGCAGTTCACGGAG
CTTGACTCAGCCAAGAACTTCGGAATCAGAAAGAGGGAACTCATTGGCTCAATCAAAACC
TCACTAGAGGTCGAATGTCCCCAACAAGTCTCTTGCTCTGACCTCATCATCCTCGCGGCA
AGAGAAGCCGTCGCTCTCACTGGTGGCCCACTCATCGCAGTGCCATTAGGAAGAAAAGAC
TCTCTCTCCACTCCCAGCAAACACGTGGCTGACTCTGAGCTTCCTCCCTCCACTGCTGAT
GTCGACTCTATCTTAAATCTCTTTGCTAGCATAGACATGACAATCGAGGAATCCGTTGCC
ATTATGGGTTCGCATTCAATAGGAGTGACACACTGTAACAACGTATTATCGCGATTTGAT
AACGAAAACGCGACGAACACGAACATGGATCCACGTTTTCAAACGTTTCTGCGCGTTGTT
TGCCCAGAGTTTTCTCCGACATCCAAAACAGCAGAAGCTACATTTGTTCCCA

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR1A854JQ 682 0 0
AATGTCCCCAACAAGTCTCTTGCTCTGACCTCATCATCCTCGCGGCAAGAGAAGCCGTCG
CTCTCACTGGTGGCCCACTCATCGCAGTGCCATTAGGAAGAAAAGACTCTCTCTCCACTC
CCAGCAAACACGTGGCTGACTTTGAGCTTCCTCCCTCCACTGCTGATGTCGACTCTATCT
TAAATCTCTTTGCTAGCATAGACATGACAATCGAGGAATCCGTTGCCATTATGGGTTCGC
ATTCAATAGGAGTGACACACTGTAACAACGTATTATCGCGATTTGATAACGAAAACGCGA
CGAACACGAACATGGATCCACGTTTTCAAACGTTTTTGCGCGTTGTTTGCCCAGAGTTTT
TTCCGACATCCAAAACAGCAGAAGCTACATTTGTTCCCAACGACCAGACTTCGTTGATCT
TTGACACAGCTTATTACGATGATTCCATCGCGGGACGTGGCAATTTGAGAATTGACTCGG
AGATAGGAGTGGACCCACGCACACGCCCGTTTGTCGAAGCGTTTGCGGCTGATCAGGACC
GTTTTTTCAACGCCTTTTTTTCCGCGTTTGTTAAATTGTCTTCTTACAAAGTGTTAACCG
GGAATAATGGAGTGGTTAGAAACGTGTGTGACAAGGTAGATTGATGTATATTTATAACAA
TCAAATATGTTATACTCTGTTT

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL8688Contig1 633 2 1 U
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CTTCCTACGAAGAAGCCAAGCCAAAAGGATAAAAAGAGGGGATGGAATCGAGCAGAGGAG
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AGATTGCCGAATACAAGGCTAAGACAGAGCAAGACTTCCAGATGAAACTTGAGGAGACAA
GTGGAGACTCGGGTGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGCCAAAATCGAAC
AGCTCAAAAGCGAAGCTTCCAGGATTTCCAATCATGTTGTCGAGATGCTCCTCAAACATG
TCACCACTGTCAACAACTGAGTCTCAATCTCCAGGATTTAATTTTTTTTTTTTTCTGCTT
TCTTCTTTTTTTTTTTGTAATTTCTCTCCAGTACTACTCTCTTGTTGTTGTTGTTGTTGT
TAATATTCATATCTTGTTGTTCTTGTTGGTCGATGAGAGGCTTGAGATGTAAGTAAACAC
ACGAAACAATAATGTTGAGTCTTTTGCATTTGT


BQ
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AF RR1H628JQ C 1
AF RR1H628TF U 1
BS 1 633 RR1H628TF

RD RR1H628JQ 633 0 0
GGGATAGACGTCCGAGTGATCAAGATATCCTCTCCGATTGTCGATTGATTGTCTCTCTAT
CTTCCTACGAAGAAGCCAAGCCAAAAGGATAAAAAGAGGGGATGGAATCGAGCAGAGGAG
GAGGTCAAGGTGGGATCCAGCAGTTGCTTGCTGCTGAACAGGAAGCTCAACACATTGTCA
ATGCTGCCAGGACCGCAAAGATGGCAAGGCTGAAGCAAGCCAAAGAAGAGGCTGAGAAGG
AGATTGCCGAATACAAGGCTAAGACAGAGCAAGACTTCCAGATGAAACTTGAGGAGACAA
GTGGAGACTCGGGTGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGCCAAAATCGAAC
AGCTCAAAAGCGAAGCTTCCAGGATTTCCAATCATGTTGTCGAGATGCTCCTCAAACATG
TCACCACTGTCAACAACTGAGTCTCAATCTCCAGGATTTAATTTTTTTTTTTTTCTGCTT
TCTTCTTTTTTTTTTTGTAATTTCTCTCCAGTACTACTCTCTTGTTGTTGTTGTTGTTGT
TAATATTCATATCTTGTTGTTCTTGTTGGTCGATGAGAGGCTTGAGATGTAAGTAAACAC
ACGAAACAATAATGTTGAGTCTTTTGCATTTGT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1H628TF 633 0 0
GGGATAGACGTCCGAGTGATCAAGATATCCTCTCCGATTGTCGATTGATTGTCTCTCTAT
CTTCCTACGAAGAAGCCAAGCCAAAAGGATAAAAAGAGGGGATGGAATCGAGCAGAGGAG
GAGGTCAAGGTGGGATCCAGCAGTTGCTTGCTGCTGAACAGGAAGCTCAACACATTGTCA
ATGCTGCCAGGACCGCAAAGATGGCAAGGCTGAAGCAAGCCAAAGAAGAGGCTGAGAAGG
AGATTGCCGAATACAAGGCTAAGACAGAGCAAGACTTCCAGATGAAACTTGAGGAGACAA
GTGGAGACTCGGGTGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGCCAAAATCGAAC
AGCTCAAAAGCGAAGCTTCCAGGATTTCCAATCATGTTGTCGAGATGCTCCTCAAACATG
TCACCACTGTCAACAACTGAGTCTCAATCTCCAGGATTTAATTTTTTTTTTTTTCTGCTT
TCTTCTTTTTTTTTTTGTAATTTCTCTCCAGTACTACTCTCTTGTTGTTGTTGTTGTTGT
TAATATTCATATCTTGTTGTTCTTGTTGGTCGATGAGAGGCTTGAGATGTAAGTAAACAC
ACGAAACAATAATGTTGAGTCTTTTGCATTTGT

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL8689Contig1 1094 2 6 U
GGAGACACCGAACAAAAAGAACAAAATAACTATGATCGCAGAGCCATTGGATAGAGGACT
TGCAGAGGATATTGAGAACGGTGTCGTAAGCATTGATTGGAATAGAAAACAACTCGGTGA
CTTCTTCAAGACGAAATATGACTGGGATTTACTTGCAGCGCGTTCCATTTGGGCTTTTGG
CCCTGACAAACAGGGGCCAAATATTTTGCTGGATGACACGCTCCCAACTGAGGTTGACAA
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AGGGCCACTGTGTGATGAGCCCATCAGGAATGTCAAGTTCAAGATTGTTGATGCCTGGAT
AGCACCAGAGCCGTTGCATCGAGGATCTGGTCAGATGATTCCAACAGCACGTCGCGTTGC
TTACTCATCCTTTCTCATGGCCACTCCAAGGCTTATGGAACCTGTTTACTACGTCGAGAT
CCAAACACCCATCGACTGTGTAACTGCCATCTACACCGTTCTGTCACGCAGACGTGGGCA
CGTTACATCAGATGTTCCTCAGCCTGGCACCCCAGCCTACATTGTGAAGGCTTTCCTGCC
AGTGATAGAGTCCTTTGGGTTTGAGACAGATCTGAGGTATCACACACAGGGACAAGCTTT
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CCTGTTGCGCCCACTTGAGCCTGCCCCCATCCAGCACCTAGCTCGCGAGTTCATGGTGAA
GACTCGCCGTAGAAAGGGAATGAGTGAGGACGTAAGCGGGAACAAGTTCTTTGATGAAGC
GATGATGGTGGAACTAGCACAGCAGACAGGTGATATGCATCTGCAGATGATGTGATCTGT
CTCTTATAAAAAGTCGAGAAGTAATATGCAGGACTAGTGGTATCTTCAACTCTCTTTTTT
TGTGTATGGAAGGAAAAAGCAAGAAAATAAGGCCACTTCTATGTTCAGAATCAATTTTCG
TTTTGTATGATATCATATGATGTTTTGTCCATTTTACGTTTTGAAGTTAAGAGGTAGTAA
TGAACTTCAAACTG


BQ
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AF RR1B175TF U 1
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QA 6 895 6 895
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BQ
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AF RR1G448TF U 1
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TGAACTTAGGATGGGACCTGTGGTTTGAAGGACCACATGGGGGAGATGGCTGCAGATGCT
TTATACTTTGATTGGGTTTACATAATATAGGCCTGGCCAGTTTTGGTGTTAATTGATCTA
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QA 1 637 1 637
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AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BE01TF U 1
AF RR1BE01JQ C 29
BS 1 665 RR1BE01TF
BS 666 733 RR1BE01JQ

RD RR1BE01TF 665 0 0
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TAAATTACATCTCATCTCATCGTGTTGTTAAAAAAAACTACATCTCATCTTTCCTCTTTT
TCCTCCTTCATCTTCATCATCATTTTCCGACCTAATCGGATCTCCGAGTGCCTCGTTGGA
GACGAGACCGCTTCCATCCTCTTCACCGCTCGTAACGATCAAGTGGACTTGATGAAGCCG
GGAACTACTGTGAATCTCTGGAATGCGAAGATTGATATGTTCAAGGGATCCATGAGGCTT
GCCGTTGACAAATGGCATCGCATTGAGGTTACTGAGCCTGTTGAAAATGACTGTTAAAGA
GGATAGCTATCTGTCTCTTGTGGAGTATGATCTCGTCAATGTCGAGGAATGATCTAATTC
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GAAATGTAGAAAAAGTGGGAGAGATTATATGTTTTTATCTTATGACAGTTGGAAGTTTGG
TAACATTATGTTGATCTTGGGGTTTTGGTGCACACTACACAATATATTATCATCGGTATG
TGCTC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1BE01JQ 705 0 0
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AAATTCATTTTATTTATTGTTCAGACTCAAAATAAATTACATCTCATCTCATCGTGTTGT
TAAAAAAAACTACATCTCATCTTTCCTCTTTTTCCTCCTTCATCTTCATCATCATTTTCC
GACCTAATCGGATCTCCGAGTGCCTCGTTGGAGACGAGACCGCTTCCATCCTCTTCACCG
CTCGTAACGATCAAGTGGACTTGATGAAGCCGGGAACTACTGTGAATCTCTGGAATGCGA
AGATTGATATGTTCAAGGGATCCATGAGGCTTGCCGTTGACAAATGGCATCGCATTGAGG
TTACTGAGCCTGTTGAAAATGACTGTTAAAGAGGATAGCTATCTGTCTCTTGTGGAGTAT
GATCTCGTCAATGTCGAGGAATGATCTAATTCTGATAAAGAGGGTATGTATCAAGCGCCA
CAATGGGTTTTGTTTTGTTTTATGTATCTGGCGAAATGTAGAAAAAGTGGGAGAGATTAT
ATGTTTTTATCTTATGACAGTTGGAAGTTTGGTAACATTATGTTGATCTTGGGGTTTTGG
TGCACACTACACAATATATTATCATCGGTATGTGCTCTTTCAGTTGCGGATGCTTTTGTG
GCCTCTTCTCTGTTTTTGAATTGGGTATATATATTCATCTTTTTC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL8692Contig1 457 2 1 U
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TCACTCCTGTTCTTGTCTCAGTTTCTTCTTTTGTGTTCAGGTCATGTCGATGATGAAGTC
GGTGTACCGAGGAAGCTTGGAGTTTTCATAAGAAAAAGTAGAGGATTCGGATACAGAGGG
CGTCCACACACCACCACCAGATCGGCTTCTGCAACACTTCTGCCAGGCTCCTTCCATGTT
ACTGCTTGCCTCGCCTCCTCTTTCTTACTGTCTCTCCTTCTCTAGCTTGTTTATGTGTTT
GGTCTGTGGTTTTCTATTTAACTTACGAAAATTGATGTAGTAGATAGTATTGTTCCTTTG
TAGTGTCAACAAGTGCTCTACGTGTATAAACGTCATGTAAGTGTGTACATTTTGAATGCT
TAATATTGTGAACTTTATTTACAGTTTGGTCTTTTCC


BQ
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AF RR1BL52JQ C 1
AF RR1BL52TF U 1
BS 1 457 RR1BL52TF

RD RR1BL52JQ 457 0 0
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TCACTCCTGTTCTTGTCTCAGTTTCTTCTTTTGTGTTCAGGTCATGTCGATGATGAAGTC
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CGTCCACACCCCACCACCAGATCGGCTTTTGCAACACTTCTGCCAGGCTCCTTCCATGTT
ACTGCTTGCCTCGCCTCCTCTTTCTTACTGTCTCTCCTTCTCTAGCTTGTTTATGTGTTT
GGTCTGTGGTTTTCTATTTAACTTACGAAAATTGATGTAGTAGATAGTATTGTTCCTTTG
TAGTGTCAACAAGTGCTCTACGTGTATAAACGTCATGTAAGTGTGTACATTTTGAATGCT
TAATATTGTGAACTTTATTTACAGTTTGGTCTTTTCC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR1BL52TF 457 0 0
GGATCCTATCTTAGAGCAGAGATGGGTGACACCAAGCGCTTAGTCATCATATCTATCACT
TCACTCCTGTTCTTGTCTCAGTTTCTTCTTTTGTGTTCAGGTCATGTCGATGATGAAGTC
GGTGTACCGAGGAAGCTTGGAGTTTTCATAAGAAAAAGTAGAGGATTCGGATACAGAGGG
CGTCCACACACCACCACCAGATCGGCTTCTGCAACACTTCTGCCAGGCTCCTTCCATGTT
ACTGCTTGCCTCGCCTCCTCTTTCTTACTGTCTCTCCTTCTCTAGCTTGTTTATGTGTTT
GGTCTGTGGTTTTCTATTTAACTTACGAAAATTGATGTAGTAGATAGTATTGTTCCTTTG
TAGTGTCAACAAGTGCTCTACGTGTATAAACGTCATGTAAGTGTGTACATTTTGAATGCT
TAATATTGTGAACTTTATTTACAGTTTGGTCTTTTCC

QA 1 457 1 457
DS 



AS 1 2

CO CL8693Contig1 632 2 5 U
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GTTCGTTAATGGAGTTGTGACCCTTGGTTCAGTAGCGAAGCATTGCGTCCCTTAACGGAG
TTGTGACCATTTGTATGGGAGCAGTGTACGGGACAGCAAAGAGCAGGGTTGGTGTGGAAT
CGATAGGTGTGATGGGACCAGAGCTGTAATGAAGTTGATTGTTCTGGTGGTTATGGCTGA
TGTCTTATGTATTTACGGTTTGATCATAGCAAGTCTAACTATCTATTCGATGGCTATGCT
AATCTGAGTAATCTCTCTTCCAGTCTCGCTTGTGGTCACGCTGGTCTCTCCGCCGGTATG
GTTATCGGAATTGTCCCAGTGTCAGAGCGAATGCACAACAGCCAAAGCTGTTTGTGGGAA
TGATTCTGATTCTCATCTTTGCTGAAGTGCTTAATTGTCTTTGCTGGAGCGCTTGCACTG
AACGGTTTTATTGTTGGTATCATCTTCTCTTCTCGTGTTGGTCAGTCCTAGAGCCGATTG
AACTCTGAAAGTCTCCTAATGTTTTGATATATTTTACTTTCAATGTTCATGGAATCGTGA
GTTTCATAAATAACAAGCAAAAAAATTATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DC44TF U 17
AF RR1DC44JQ C 1
BS 1 16 RR1DC44JQ
BS 17 91 RR1DC44TF
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RD RR1DC44TF 201 0 0
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GTGACCCTTGGTTCA*TAGCGAAGCATTGCGTCCCTTAACGGAGTTGTGACCATTTGTAT
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TTGA

QA 1 197 1 197
DS 

RD RR1DC44JQ 632 0 0
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GTTCGTTAATGGAGTTGTGACCCTTGGTTCAGTAGCGAAGCATTGCGTCCCTTAACGGAG
TTGTGACCATTTGTATGGGAGCAGTGTACGGGACAGCAAAGAGCAGGGTTGGTGTGGAAT
CGATAGGTGTGATGGGACCAGAGCTGTAATGAAGTTGATTGTTCTGGTGGTTATGGCTGA
TGTCTTATGTATTTACGGTTTGATCATAGCAAGTCTAACTATCTATTCGATGGCTATGCT
AATCTGAGTAATCTCTCTTCCAGTCTCGCTTGTGGTCACGCTGGTCTCTCCGCCGGTATG
GTTATCGGAATTGTCCCAGTGTCAGAGCGAATGCACAACAGCCAAAGCTGTTTGTGGGAA
TGATTCTGATTCTCATCTTTGCTGAAGTGCTTAATTGTCTTTGCTGGAGCGCTTGCACTG
AACGGTTTTATTGTTGGTATCATCTTCTCTTCTCGTGTTGGTCAGTCCTAGAGCCGATTG
AACTCTGAAAGTCTCCTAATGTTTTGATATATTTTACTTTCAATGTTCATGGAATCGTGA
GTTTCATAAATAACAAGCAAAAAAATTATTCG

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL8694Contig1 634 2 1 U
GGTTGGTTGTTGGTATAATTGATGAAGCCATGAACAAGCCAAAATGCCAGAAAGGTTTCA
TCCTTGATGGGTTTCCCAGGACTGTTGCTCAGGCAGAGAAGCTAGATGAGATGCTTAAGA
AGCGTGGAACTGGAATCGACAAAGTTCTCAACTTTGCCATCGATGACTCAGTTCTGGAGG
AAAGAATAACCGGGAGATGGATCCACCCATCGAGTGGCAGGAGTTACCACACCAAGTTTG
CCCCTCCCAAGACCTCTGGAGTTGATGATATCACCGGAGAGCCTCTGATCCAACGCAAAG
ATGATAATGCTGAGGTTCTAAGGTCGAGGCTTGCTGCTTTCCACAGTCAAACTGAACCGG
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CATGGCAAAAATAATTGATACTTTGGATCGAAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A905JQ C 1
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BS 1 634 RR1A905TF

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DS 

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AAAGAATAACCGGGAGATGGATCCACCCATCGAGTGGCAGGAGTTACCACACCAAGTTTG
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QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

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TCTTGATAATGCCATATTATGTTGTTGTTTATTTTAACTTTTCTCGATATTGCAACTATC
AAGTTATTTTCCATAATAAATATAAAAAAATGTAAGTAACGTTTGGGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BQ39TF U 1
AF RR1BQ39JQ C 82
BS 1 715 RR1BQ39TF
BS 716 830 RR1BQ39JQ

RD RR1BQ39TF 715 0 0
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QA 1 715 1 715
DS 

RD RR1BQ39JQ 749 0 0
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AAGCAACATCGAGATCAATACCAAAAATTAGATCATTTCTCCCAAAGCTACTCCACAAGA
AGAATAATTAAGGGAAAATATAAATCGGGTTTCCTACAACAAGCTTTCCCGGTTGAAAAA
TTTGCATCAGATCATCAAGGTTATGGTGCCAGTAACCAGATAAAGAGAAGAGGATAAAAG
ATGGTATTGGATATTAAGTATTCTATCAGAGAACACCCTTCCTTGAGTATGTTGGCTATA
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TTGTTGTTTATTTTAACTTTTCTCGATATTGCAACTATCAAGTTATTTTCCATAATAAAT
ATAAAAAAATGTAAGTAACGTTTGGGACC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGTTTGGAGTTGCGAAGCTCAGGAGTACTCTTCAAGACACTCCAGTTCCTGGGCACTTTC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FM54JQ U 1
AF RR1FK77TF C 351
BS 1 643 RR1FM54JQ
BS 644 644 RR1FK77TF
BS 645 722 RR1FM54JQ
BS 723 723 RR1FK77TF
BS 724 732 RR1FM54JQ
BS 733 1074 RR1FK77TF

RD RR1FM54JQ 732 0 0
AAAAAGTCTTCTGAGTTTACTAATAAAGGTTTACACACTGACGTCTGAACCGTAAAAGAA
ACACACAAAAAGAACGGTTAAGGATCAGTCTCCTCATCAAAGTCCATGAGAAAATCGGTT
AAGTTCTCAGAATCATCCACGGCTTCGTCTACGGACATACGACCTTCCTTCTTCGGTTTT
GGTTTGGAGTTGCGAAGCTCAGGAGTACTCTTCAAGACACTCCAGTTCCTGGGCACTTTC
TCGTCTTTTTCTGCTTCTTCTGCGTCCTCTTCCTCGTCATCGTTTTCACCAATATCAACA
ACTTGTGCCATTGCATCATCAATGTCAGGCACCTCGAGCTGCTCGGTTTTCTCCTTCGCC
AATAGTGTCTCATGCATCTCTCTCGATATGACTTTGCCATTCTCCTTCAGGTAAGAAAGC
ATGTTTGGTGTTGGCTCATGAAAATCAGGTCCTCTGAAATCCATAACCGCATCTGGAGCT
TGAATGTAGTTAATCGTCGGGTAAACTGGATCCCCACCCCAAATTTGCTTAATCTGATCC
TCCCTCATCCGCATTGCCAAAGGATCCCTCTTGATCCTAATATCAGTTCCAATCATTATC
CGGTACTCTCGATCTGTCTGATGAGAGAACATCTCAATCAGCTGCGTGTTTTCATCTTCG
CCCGTCTCTTCAAAATGCTTCTGCACAGCTTCTCTTGACGTGTCTCTCCTCCATGCCTTT
ACTCATTCAGAG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1FK77TF 724 0 0
TCT
CTTCGCCAATAGTGTCTCATGCATCTCTCTCGATATGACTTTGCCATTCTCTTTCAGGTA
AGAGAGCATGTTTGGTGTTGGCTCATGAAAATCAGGTCCTCTGAAATCCATAACCGCATC
TGGAGCTTGAATGTAGTTAATCGTCGGGTAAACTGGATCCCCACCCCAAATTTGCTTAAT
CTGATCCTCCCTCATCCGCATTGCCAAAGGATCCCTCTTGATCCTAATATCAGTTCCCAT
CATTATCCGGTACTCTCGATCTGTCTGATGAGAGAACATCTCAATCAGCTACGTGTTTTC
ATCTTCGCCCGTCTCTTCAAAATGCTTCTGCACAGCTTCTCTTGACGTGTCTCTCCTCCA
TGCCTTTACCCATTCAGAGTAAAAAGCCATTGGACCTTCTTCCGCTAGCCTCCCTCGCTC
GGCTTGCAGCCTCTCTTCCTTGAAAAGATGCCGTCTCGCTCTGTAAAGAGAAGTTTCAGT
AAGCGTTGGTTCTTTCCCGTAGAGCTTCACTTGTCCTGTCTCTGCCATCGCCTTGAGGAA
AACCGTTTCAACATCAGGACGTCTTCTCTGCCACCTAGACCACTGTTCTTTCTCAGGTTT
CCTCCAGTTCCACCAACTCTCATCGCTAGTGAGTGTCTTCTCAATCTGTTTCTTCTTAGT
TGGATCGATAAACGGATGCGGCCTTCCAAGCTTCTTGTCCAACTCAAAACCACTCTCTTC
C

QA 4 724 4 724
DS 



AS 1 2

CO CL8698Contig1 833 2 2 U
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TCCAAAGCATTGCGCCAAGAAAGGAGGGATTAACATCAACAACCGTCGACGCAATAAACT
CTTCTTCACACTCTCAACTTTCTTCAGCGGCCTTCTCCTCATCATCTTCCTTATCTGGCT
TACCCTCCATCCCGCAAAACCCGAGTTCTCCCTCACAGAAGCCGATATCTACACCCTTAA
CCTTTCCTCCTCCGCCACTCATCTCCTCAACTCCTCAATCCAGCTCACTCTCTTCTCCAA
GAACCCTAACAAAAAAAGTTGGAATCTACTACGACAAGCTACTCGTATACGCAGCTTACA
GAGGGCAACAAATAACATCAGAAGCTTCTCTACCACCCTTTTATCAATCCCACGAAGAAA
TCAATCTTTTGACAGCCTTTCTTCAAGGGAATGAGCTACCCGTTGCTCAGTCTTTTGGCT
ACCAAATCGTTCGTGATCGGGAAGTCGGTAAAGTGATCATCGGTATGAAGATGGACGGGA
AGCTAAGGTGGAAGATCGGGACGTTTGTCTCTGGTGCGTACCGGTTTAATGTGAACTGTG
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AGCTATAATTGAACTGTTTGTATAGAACTATATAAAGGGCTTATCTTTGGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1A209TF U 1
AF RR1A209JQ C 146
BS 1 806 RR1A209TF
BS 807 833 RR1A209JQ

RD RR1A209TF 811 0 0
GGAGACTTCCTTCTTCATCCTCCCTCGAGCTCTCCAAATGTCTCAAATCTCCGAAACTTC
TCCAAAGCATTGCGCCAAGAAAGGAGGGATTAACATCAACAACCGTCGACGCAATAAACT
CTTCTTCACACTCTCAACTTTCTTCAGCGGCCTTCTCCTCATCATCTTCCTTATCTGGCT
TACCCTCCATCCCGCAAAACCCGAGTTCTCCCTCACAGAAGCCGATATCTACACCCTTAA
CCTTTCCTCCTCCGCCACTCATCTCCTCAACTCCTCAATCCAGCTCACTCTCTTCTCCAA
GAACCCTAACAAAAAAAGTTGGAATCTACTACGACAAGCTACTCGTATACGCAGCTTACA
GAGGGCAACAAATAACATCAGAAGCTTCTCTACCACCCTTTTATCAATCCCACGAAGAAA
TCAATCTTTTGACAGCCTTTCTTCAAGGGAATGAGCTACCCGTTGCTCAGTCTTTTGGCT
ACCAAATCGTTCGTGATCGGGAAGTCGGTAAAGTGATCATCGGTATGAAGATGGACGGGA
AGCTAAGGTGGAAGATCGGGACGTTTGTCTCTGGTGCGTACCGGTTTAATGTGAACTGTG
TTGCAATCGTTGCTTTTGGACCGAACATGACCACTGATCCATTACCTTCAATACAAGGGA
CTCGTTGCTCTACCGATATATAATAAGATATACTGAATAATCAACAAAAGATATACACTA
TAGTATCTTTTGCTGTATTTTTTATGATGCTTTTGTGCTGGTAATTATTACTACTTGTAA
AGCTATAATTGAACTGTTTGTATAGA
CTATA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1A209JQ 688 0 0
AGCGGCCTTCTCCTCATCATCTTCCTTATCTGGCTTACCCTCCATCCCGCAAAACCCGAG
TTCTCCCTCACAGAAGCCGATATTTACACCCTTAACCTTTCCTCCTCCGCCACTCATCTC
CTCAACTCCTCAATCCAGCTCACTTTTTTCTCCAAGAACCCTAACAAAAAAAGTTGGAAT
TTATTACGACAAGCTACTCGTATACGCAGCTTACAGAGGGCAACAAATAACATCAGAAGC
TTCTCTACCACCCTTTTATCAATCCCACGAAGAAATCAATCTTTTGACAGCCTTTTTTCA
AGGGAATGAGCTACCCGTTGCTCAGTCTTTTGGCTACCAAATCGTTCGTGATCGGGAAGT
CGGTAAAGTGATCATCGGTATGAAGATGGACGGGAAGCTAAGGTGGAAGATCGGGACGTT
TGTCTTTGGTGCGTACCGGTTTAATGTGAACTGTGTTGCAATCGTTGCTTTTGGACCGAA
CATGACCACTGATCCATTACCTTCAATACAAGGGACTCGTTGCTCTACCGATATATAATA
AGATATACTGAATAATCAACAAAAGATATACACTATAGTATCTTTTGCTGTATTTTTTAT
GATGCTTTTGTGCTGGTAATTATTACTACTTGTAAAGCTATAATTGAACTGTTTGTATAG
AACTATATAAAGGGCTTATCTTTGGTTT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL8699Contig1 788 2 9 U
ACCACATGCACGGACTCAAGCCACTATAGTCCACAGCAATCTTATCTCATCATCAGTTCA
CCTCACAGAGGATTACGCAGTCAAAATCGCAGATTTCAACTTCGGCTACCTAAAAGGCCC
ATCAGAGACAGAATCCAGCACCAATGCACTCATAGACACGCACGTCTCAGTCGCAACCCA
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AGAGTCTGTTAGAAAAGGTGACTCTGTAGATACCGGTTTGGCTGATTTCTTGAGAGGAAA
GACTCTGAGGGAGATGGTGGATCCAACGCTGGAATGTTTTGATGAGAAGATTGAGAGTAT
AGGCGAAGTGATCAAAAGCTGTGTAAGGGCAGACACGAAACAGAGACCGACAATGAAGGA
AGTCACAGGGAGGTTACGAGAGGTAACAGGATTGTCACCGGACGATGCTATTCCGAAACT
TTCAGCTCTCTGGTGGGCAGAGCTGGAAGTGCTGTCCACTGCGTGAAGAAAAAAGAGTAC
TACGTTGCTTCATAACGAATCTGTAAGTATTATTATTAATGTGAAGTTTGTGTGTGTGTG
TTCTTGCGTCTCGTTGGAGCTCGTTACTTGTCTTCAGGCCTACTATATATAAAAAATCTA
TGCTAGTTTGTTTATATAACGACTCAAAAATTCTGGTAAAAGAATTCGTGATCATGTTAA
TACTCCTTTTTGGTGATTGCATAATGTTGCGTGTTATTGTGTTTGTAAATTAGTTATTAG
TATTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A280TF U 53
AF RR1CI31JQ C 1
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G
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AAATCTATGCTAGTTTGTTTATATAACGACTCAAA**TTCTGGTAAA*GAATTCGTGATC
ATGT

QA 2 665 2 665
DS 

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TACGTTGCTTCATAACGAATCTGTAAGTATTATTATTAATGTGAAGTTTGTGTGTGTGTG
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TATTAACC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1E092JQ C 1
AF RR1E092TF U 1
BS 1 634 RR1E092TF

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GTGAAAAAAGGCCAGCTTGATCAAGCCAAGTTGATTATGGGGTTAGTTCACAAACGAGTT
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AGAATCTTTTTTTCGGTGACGATTTAGAAGTTCCACAAACAATATTCTTTGTATTATGAA
AATAAATTACATAATAAATTTTTTTCAGTGTTGT

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DS 

RD RR1E092TF 634 0 0
GGTATGAGAAAGAAATGGTACCCAAACTTGGACACAGTTGGTGTGTTGCTGGAAGGGCTT
GTGAAAAAAGGCCAGCTTGATCAAGCCAAGTTGATTATGGGGTTAGTTCACAAACGAGTT
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GAGAGTAGTAGAACAAATTTTGCTACGTTTTACACGACTATTGCGGGGGGCAGAGGATTC
TCTTTCTTTATTGCCTCCTGAGTTTCTCTTTGTATAGTTGTGGTGGAACTGGAAAATGGA
TGTTATTAGGAGGCACACTAACATCTTCTTGGCAGATTCAAATATATGTTCTTCAATGTC
CTCTCTCTGGAAACTCCGATTAATGCTGAGTCCAGAGCGATGCGGCATTCGCAAATCTGT
GAACATATCATTAGCCTGGTGATGCACACACACGTGGCTCAGACAATGAATGAGCCGAAA
GAAAGGTTGGTTCCGTATCAACAATAGCATATACATTTCTGCTACAGTAGAGGCAAGAAG
AGAATCTTTTTTTCGGTGACGATTTAGAAGTTCCACAAACAATATTCTTTGTATTATGAA
AATAAATTACATAATAAATTTTTTTCAGTGTTGT

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL8701Contig1 1248 2 2 U
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CTCATGGAAGGAATGCTCTCAAAATCATCTGCTAATTCATCTTCCACATCGGTCTTAGAC
AACAACAACAACAACAACAACAATAATAACAATGAAGAACACTTTTTCGATGGTATGGCC
GTTTCATCGGACAAACGTTCCTTGTGTGGTCAGTATCGTATAGGTCATGAGGCCACTGGA
TCATCTTCTTTCGGGTCATTCTTATCGAGCAAGAGGTTCCATCATACGAGTGATCTCAAT
AATGATAACTACAATGTCTCATTTGTCTCGATGCTTAGTGAAATTCCTCAGAGTTCGGGG
TTTCATGGAAATGGAGTCATCGATACGACGTCGACTCTAGCTGATCATGGGGCTTTAAGA
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GTATTTATGCACACACATTATAGTTTATACAGTATATATAGATAAATTCATATATACACA
CGTGATCTCACATATGTATACGTATCTGTTTACGTCAAGAAAGGTCATACGTCTCTTTCT
ACTCCATGGTTGCAAGATGTTTACTAATAACAGAAGCAGATTAATTAC


BQ
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AF RR1AJ11TF U 1
AF RR1AJ11JQ C 546
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BS 802 1248 RR1AJ11JQ

RD RR1AJ11TF 804 0 0
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CATTTGAAGATAGCTAGTTGATGGAAAACATGGGGGATTCGACCATAGGGCCGGGTCATC
CGCATCTCCCTCCCGGGTTTCGGTTTCATCCGACCGACGAAGAACTTGTAGTTCATTACC
TCAAGAAGAAAGCTGCTTCTATTCCACTTCCGGTCTCAATCATCGCCGAGATTGATCTTT
ACAAGTTTGATCCTTGGGAGCTTCCAAGCAAGGCAAGTTTTGGAGAACAAGAGTGGTACT
TCTTTAGTCCTAGAGATCGGAAGTATCCCAATGGCGTTAGGCCGAATCGGGCAGCAACTT
CTGGTTACTGGAAAGCCACGGGAACCGATAAACCAATATTTACGTGCAATAGTCACAAGG
TTGGGGTCAAGAAAGCGCTTGTATTCTATGGTGGAAAACCTCCTAAAGGGATTAAAACTG
ATTGGATCATGCATGAATATCGCCTCACTGATGGTAATCTTAACACCGCTGCTAAGCCAC
CTGACTCAACCACGTCAAGGAAAAACTCACTACGGCTAGACGATTGGGTTCTTTGTAGGA
TCTATAAGAAGAATAGTTCACAGAGACCAACAATGGGAGAGAGTATTACTAAGAGAGGAT
CTCATGGAAGGAATGCTCTCAAAATCATCTGCTAATTCATCTTCCACATCGGTCTTAGAC
AACAACAACAACAACAACAACAATAATAACAATGAAGAACACTTTTTCGATGGTATGGCC
GTTTCATCGGACAAACGTTCC
CTT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR1AJ11JQ 703 0 0
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AAGAAGAATAGTTCACAGAGACCAACAATGG*AGAGAGTATTACTAAGAGAGGATCTCAT
GGAAGGAATGCTCTCAAAATCATCTGCTAATTCATCTTCCACATCGGTCTTAGACAACAA
CAACAACAACAACAACAATAATAACAATGAAGAACACTTTTTCGATGGTATGGCCGTTTC
ATCGGACAAACGTTCCTTGTGTGGTCAGTATCGTATAGGTCATGAGGCCACTGGATCATC
TTCTTTCGGGTCATTCTTATCGAGCAAGAGGTTCCATCATACGAGTGATCTCAATAATGA
TAACTACAATGTCTCATTTGTCTCGATGCTTAGTGAAATTCCTCAGAGTTCGGGGTTTCA
TGGAAATGGAGTCATCGATACGACGTCGACTCTAGCTGATCATGGGGCTTTAAGACAGGC
GTTTCAGCTTCCTAACATGAATTGGCACCCATAATCTACATAGCTATGTATGTATGTATT
TATGCACACACATTATAGTTTATACAGTATATATAGATAAATTCATATATACACACGTGA
TCTCACATATGTATACGTATCTGTTTACGTCAAGAAAGGTCATACGTCTCTTTCTACTCC
ATGGTTGCAAGATGTTTACTAATAACAGAAGCAGATTAATTAC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

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ACATGGTGATGACGTCATCTTCATCCGATTCCAAACCTGCAATCAACGAAGCGCCGTCAG
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GCTTCAAGGGATTTTATCAATATTGGATTTTTTATGAAATTACTTTTTTCTTTTGTCAGC
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BQ
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AF RR1CP80TF U 11
AF RR1CP80JQ C 1
BS 1 10 RR1CP80JQ
BS 11 632 RR1CP80TF
BS 633 633 RR1CP80JQ
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GACGTCATCTTCATCCGATTCCAAACCTGCAATCAACGAAGCGCCGTCAGAAAAACTTGG
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GTATAATTGTATGCTTGCTCACTCCGATTATTACCAGCCTATTCTTATAGCCGAGAAAGT
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GGGTTGACTACCTTAGAGTATAGGTTAACTTTTTTTTAATGTTTTTTTTTGCTTCAAGGG
ATTTTATCAATATTGGATTTTT*ATGAAATTACTTTTT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1CP80JQ 714 0 0
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ACTCGTCCCCGGAGCTAGGAGATTCGAACTCTTCAGAGGAACTTGGAGATTCGGAAGAGA
GCGTGTTTTGCTTGTTCATGAAAGAAGGTGATTGCAAAGACTCATTCACGGCTTGGGAAG
TTTGTGTGGAGGAAGCTAAGAAGAAGAACGAAGACTTCGTCCCCAAGTGTAGGGAATTCA
CTGCTACCACGTATAATTGTATGCTTGCTCACTCCGATTATTACCAGCCTATTCTTATAG
CCGAGAAAGTTTATTATGAAGATGAAGAGTTGATGAAGGAGATAGAGGAAGCCGAGAAGA
AATCCGAGAAGAACAAGGTCAAACAAGACATCTCTCAAGAAGAAGATGTGGCTGCGACGA
AGCTAGCTCAGGGTTGACTACCTTAGAGTATAGGTTAACTTTTTTTTAATGTTTTTTTTT
GCTTCAAGGGATTTTATCAATATTGGATTTTTTATGAAATTACTTTTTTCTTTTGTCAGC
TTTGATCTCAAGTTTCTTTGATTTGAATGAGAGGTCCGCATTGTCTCTTGGTTT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL8703Contig1 497 2 5 U
TCAGGAAGGAATAGCGAGGATGGAGAAACGGAAGAGATGGGAGCATAAAGACAAGAAAGC
AGCTCTTGATGCTCTTGAGAAGTACCAAGAAGAAGCTCGCAAATCTAGGACAGGAATCTG
GCGGTACGGAGACATTCAGTCTGATGATGAGGACAGTGTTCCGGTAAGGAAACCTGGTCG
CGGGTAAGTGTTTTTTCCAACCTTTATGATCAGATGGTTGGTTCCCAAAGAGGGGGATCT
TCAATCTTTGTTCAAGATTGTTGCTTTGCAAAGCATCAAACTTTTTGTAATGTTTAGAAT
TTTTTTCTCTTTTTTTTTCTACTTTTTTGGTTTATTAAGGTGACTGATGGTTTTGTTCCT
TATTTTTGTTTGACTAAAGAATCTCATAATAAGGTGATGTAACTTGAGGCTTTATCAAGT
CCGACAACATAAGAGGGGACTTTTAATATGCTCTCTATTGTTTTAATTGTGAGTGTGCGC
TTCATACGCTTTCCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FU80TF U 191
AF RR1DV67JQ C 1
BS 1 190 RR1DV67JQ
BS 191 308 RR1FU80TF
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BS 310 444 RR1FU80TF
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RD RR1FU80TF 254 0 0
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TTCAAGATTGTTGCTTTGCAAAGCATCAAACTTTTTGTAATGTTTAGAATTTTTTTCT*T
TTTTTTTTCTACTTTTTTGGTTTATTAAGGTGACTGATGGTTTTGTTCCTTATTTTTGTT
TGACTAAAGAATCTCATAATAAGGTGATGTAACTTGAGGCTTTATCAAGTCCGACAACAT
AAGAGGGGACTTTT

QA 1 254 1 254
DS 

RD RR1DV67JQ 497 0 0
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AGCTCTTGATGCTCTTGAGAAGTACCAAGAAGAAGCTCGCAAATCTAGGACAGGAATCTG
GCGGTACGGAGACATTCAGTCTGATGATGAGGACAGTGTTCCGGTAAGGAAACCTGGTCG
CGGGTAAGTGTTTTTTCCAACCTTTATGATCAGATGGTTGGTTCCCAAAGAGGGGGATCT
TCAATCTTTGTTCAAGATTGTTGCTTTGCAAAGCATCAAACTTTTTGTAATGTTTAGAAT
TTTTTTTTCTTTTTTTTTCTACTTTTTTGGTTTATTAAGGTGACTGATGGTTTTGTTCCT
TATTTTTGTTTGACTAAAGAATCTCATAATAAGGTGATGTAACTTGAGGCTTTATCAAGT
CCGACAACATAAGAGGGGACTTTTAATATGCTCTCTATTGTTTTAATTGTGAGTGTGCGC
TTCATACGCTTTCCTCC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 2

CO CL8704Contig1 1004 2 2 U
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CATTTTAGCCGAGCTGTTATCGGGTAGACCGATCATGCCGGGGCGTAACGAGGTGGAGCA
GTTGCACAGGATATATAAGCTGTGCGGTTCGCCTTCTGAAGAGTACTGGAGGAAGATTAG
GCTTCCTTCTCATCAGAAGCATGCTCATCACAGGCCTTTGCCTCAGTTCAAAAGAAAAGT
TAGAGAGGTTTTCAAGGAGTTCTCTCCTCAGGTGCTTTCTTTGCTCGATACGCTCTTGGC
TATTGATCCTTCTGAGCGTCAGACAGCTTCGGATGCGCTGATGAGTGATTTCTTCATGAC
GGAGCCATTTCCATGTGAACCTTCTGATCTACCTAAGTACCCTCCAAGTAAAGAGATTGA
TGCTAGGAAACGAGATGAAGAGTTTAGGAGACAAAGGGAAGCACGTAAAGTTCAAGGAGA
GAGCAGAATAAGAATCAGACTACCTCGAGAACGAGCTCATCCAAGAGCAATGGCTGCTCC
TGAAGCCAATGCCGAGAACCAATCCAACATTGATAGGATGCGTTTGATAACGCATGCGAA
TGCTAAGAGCAAGAGCGATAAGTTTCCTCCACCGCATCAAGACGGGTCGCTTGGTTTTCA
GGTGGGATTTTCACGGAGACTGGATCCATCGGAGATACCGTTTAGCTCAAACTCGTTCGC
TGCTTTTTACTCCAAAGAGCCGTTACAGACATGGTCAGGCCCTTTGGCTCCTATTGGAGC
GTTTGACTCAGCTGCACAGAGGAGAAAGGATGTTAACAAGGAGAGGAGAATGGCTGCTAA
GCTTAAAGGGAAAAGAATCGTTACTTAATGAGATTGTTGTTATTATTATTATTCCTATTT
TGATAGAGATACTTTTTTGGTGGGTTATATGTTTTTTTTATTTGTTTGATTTGTACAAGA
GCATTGACAATAACATGCAAATGAGGCTACCTTACATTATATGT


BQ
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AF RR1BE21TF U 1
AF RR1BE21JQ C 391
BS 1 653 RR1BE21TF
BS 654 1004 RR1BE21JQ

RD RR1BE21TF 653 0 0
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CATTTTAGCCGAGCTGTTATCGGGTAGACCGATCATGCCGGGGCGTAACGAGGTGGAGCA
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GCTTCCTTCTCATCAGAAGCATGCTCATCACAGGCCTTTGCCTCAGTTCAAAAGAAAAGT
TAGAGAGGTTTTCAAGGAGTTCTCTCCTCAGGTGCTTTCTTTGCTCGATACGCTCTTGGC
TATTGATCCTTCTGAGCGTCAGACAGCTTCGGATGCGCTGATGAGTGATTTCTTCATGAC
GGAGCCATTTCCATGTGAACCTTCTGATCTACCTAAGTACCCTCCAAGTAAAGAGATTGA
TGCTAGGAAACGAGATGAAGAGTTTAGGAGACAAAGGGAAGCACGTAAAGTTCAAGGAGA
GAGCAGAATAAGAATCAGACTACCTCGAGAACGAGCTCATCCAAGAGCAATGGCTGCTCC
TGAAGCCAATGCCGAGAACCAATCCAACATTGATAGGATGCGTTTGATAACGCATGCGAA
TGCTAAGAGCAAGAGCGATAAGTTTCCTCCACCGCATCAAGACGGGTCGCTTG

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1BE21JQ 614 0 0
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ACAAAGGGAAGCACGTAAAGTTCAAGGAGAGAGCAGAATAAGAATCAGACTACCTCGAGA
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TGATAGGATGCGTTTGATAACGCATGCGAATGCTAAGAGCAAGAGCGATAAGTTTCCTCC
ACCGCATCAAGACGGGTCGCTTGGTTTTCAGGTGGGATTTTCACGGAGACTGGATCCATC
GGAGATACCGTTTAGCTCAAACTCGTTCGCTGCTTTTTACTCCAAAGAGCCGTTACAGAC
ATGGTCAGGCCCTTTGGCTCCTATTGGAGCGTTTGACTCAGCTGCACAGAGGAGAAAGGA
TGTTAACAAGGAGAGGAGAATGGCTGCTAAGCTTAAAGGGAAAAGAATCGTTACTTAATG
AGATTGTTGTTATTATTATTATTCCTATTTTGATAGAGATACTTTTTTGGTGGGTTATAT
GTTTTTTTTATTTGTTTGATTTGTACAAGAGCATTGACAATAACATGCAAATGAGGCTAC
CTTACATTATATGT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL8705Contig1 1628 2 4 U
ATTAAGATTCTTCTCTCCAATGGCGAAACTAACGACGGAGTCCCCTGTCTGCCGCAAAAT
TGTGCTTTCTTTCTTGGATTTTCTTGATTCCGTGGAAGTAGCTCCTGGTGTAGACGAGGA
AGGGCTTGAGGTTGCTAAAGAATGCATAAAGGAAGCATTTAAGATCACTTCAGATTCTGC
CACAGACGACTCTAACTCCAAACCCATTTCGCTTGTCAGTCTCTTCACTTCTTCTCCTAG
GGTTGATGAGTCTAGTTCCTCTTCAGGTCCTCCTCACTTGTCCAACTCAGTGGATGCAAC
AAGCAAACAACCTCCCTTTAACGGGACTTGTAGAGATGAACTATTTGGGCAACTCTTTGG
TGCGCTTGAGAAAGTTCGGTATTTCAATACCACGCCTAACGGAGATGATGATCCTGCTCA
GCTGGAGAAAACTACCAAGATTTTTCACGATGCTATCACTGTTTGGCTTTCGTTTTCCTT
GTTGACTTTATTGATTGTTTTTTCTTTTGCTTCCCTTTGGTAACATGTTTTCTTTATCTA
CTTCAATCAGGAAATGGAGGATTCTGGATGCCAGACATTTGATGCCAAGAGCTTGGCAGA
AACATTCAAGTGCCAAGGTAACAAGGCCATGCAGTCCCAGCAGTATCTGGGAGGCGATCG
AGCTGTATTCTTTTGCAATTTCACTCTCAGATAAAAACGCTGTTTTTTACTGCAACCGGG
CTGCTGCATATACCCAGATCAGAATGTGCTCAGAAGCAATCAAGGACTGTCTTAAATCCA
TTGAGATAGATCCAAACTATAGCAAGGCTTACAGTCGTCTTGGGTTAGCATACTATGCTC
AAGGAAAGTATGCTGATGCTATTGAGAAAGGATTCAAGAAAGGTATGTATGTGTTCTTAC
ACTGAATCCAACCCTACTTTATCAAGTTTACCATATTATTTTCATAAGGGCGATTACTAC
TGTGTAACCTCCTTTTTCATCACACTCATGGCAGCTTTGGAGTTGGATCCGCATAATGAA
TCTGTCAAAGAAAACATCAGGGTCGGTTTTATTTTATTAATATATACTTATCTTCGTTAT
CATTATTGATCCCTCCGTAACTTAAATGAGACTGTGATAGGTGGCTGAACAAAGACTAAG
AGAAGAAGAACAAGGAGGACAGAGACGTAATCAAGATCCGGGAATGGGAGGGCAAGGAGG
GCAAGGAATACCTTCTCAGTTCTCGATGCCTTTAAACCCTGATATGATGAACATGTTCAT
GAACATGGCGGGGAATGGTAGTAACAGAAACGTTGGTACAAATGAGCCTGAGATTCGCCT
AGGCGGAAACATCAACATAGACCTTGGAGGTTCGGATCAAATGCCTGAAGAGTTCTCAGG
TGCGTTGCGATCAATGATGCAGATGTTTGGAGGAGGAGGATCACAGGAAGGCAACCATAA
CAATAACAACAATCCTCAGGGTACTAATGGTGCACATGGAAGACCATCTGGAAATTAAAC
TTTAAAGACTCGTGTTGTGTTTTCTAAGGTTATTATACGGTTTGAGTTTATTGCTCCAAA
ACTTTTCTAGGTTTTTGAATTTTAACAGCAGAACGATGTAATGTTATCACAAAATGATTG
TTCTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BG58TF U 1
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AAG*AAAGTATGCTGATG

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DS 

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GTTTTCTAAGGTTATTATACGGTTTGAGTTTATTGCTCCAAAACTTTTCTAGGTTTTTGA
ATTTTAACAGCAGAACGATGTAATGTTATCACAAAATGATTGTTCTAAGC

QA 1 890 1 890
DS 



AS 1 2

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AAGAGACATGGAGGCTACATCCTCCAATACCACTTCTACTTCCAAGAGAAGTAACCTCAG
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BQ
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AF RR1BH50TF U 1
AF RR1BH50JQ C 146
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BS 778 932 RR1BH50JQ

RD RR1BH50TF 777 0 0
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AAGGAACTGTTATTGGAACTGACAACCTCACAAGAAATCATATCAAAGCAATCTTGATGA
ACGTTCTTTTAGGAGGAATCGACACGTCTGCAATCACAATGACATGGGCAATGGCAGAAC
TTGTCAGAAACCCTAGAGTGATGAAGAAACTTCAAACCGAAATCAGAAGCCAAATCAAGA
ACAAAGAAAGAATCAACTCCGATGACACGGATCAGCTAAAATACCTGAAAATGGTGATCA
AAGAGACATGGAGGCTACATCCTCCAATACCACTTCTACTTCCAAGAGAAGTAACCTCAG
AATTTGAGATCGACGGCTACATGATTCCCGTCAAGACACGTCTTCATGTGAATGTCTGGG
CTATTGGGCGTGATCCGGATACCTGGAAGGATCCAGAGATGTTTTTCCCAGAGAGGTTTA
TGGATAATAACATTGATGCAAAAGGACAAAACTTTGAGCTGTTATCGTTTGGGAGTGGTA
GGAGAATCTGTCCTGGAATGTACATGGGGACAACTTCGGTGGAGTTTGGTCTGGCGAGTC
TGTTGTATCATTTTGACTGGAAGTTACCTGAAGGCATGGTGGTTGAAGATGTCGACA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR1BH50JQ 787 0 0
AGACTTTGTGGACATGCTTTTGAGGTTTGAAAGGGAAGGAACTGTTATTGGAACTGACAA
CCTCACAAGAAATCATATCAAAGCAATCTTGATGAACGTTCTTTTAGGAGGAATCGACAC
GTCTGCAATCACAATGACATGGGCAATGGCAGAACTTGTCAGAAACCCTAGAGTGATGAA
GAAACTTCAAACCGAAATCAGAAGCCAAATCAAGAACAAAGAAAGAATCAACTCCGATGA
CACGGATCAGCTAAAATACCTGAAAATGGTGATCAAAGAGACATGGAGGCTACATCCTCC
AATACCACTTCTACTTCCAAGAGAAGTAACCTCAGAATTTGAGATCGACGGCTACATGAT
TCCCGTCAAGACACGTCTTCATGTGAATGTCTGGGCTATTGGGCGTGATCCGGATACCTG
GAAGGATCCAGAGATGTTTTTCCCAGAGAGGTTTATGGATAATAACATTGATGCAAAAGG
ACAAAACTTTGAGCTGTTATCGTTTGGGAGTGGTAGGAGAATCTGTCCTGGAATGTACAT
GGGGACAACTTCGGTGGAGTTTGGTCTGGCGAGTCTGTTGTATCATTTTGACTGGAAGTT
ACCTGAAGGCATGGTGGTTGAAGATGTCGACATGGAGGAAGCTCCTGGGCTTACTGTGAG
CAAGAAAAGTGAGCTTCTACTTGTTCCTGTGAAGTACTTAGATCAATGATCACTTAAAAA
TAAATTATCCATCGATTGTACTTTTTCCGATTGTTACTCAATATTGAATAAAATCTATCT
TTATCTG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL8707Contig1 858 2 12 U
GATTTACAACACATCAAATAAACAATAAACAAAGAAATCTCTTAACAACTTCTCCACGTT
CTCCCCACCGCCCCCGGAGAAAGAAAACCACCACCACCATGACCTCCAAAGACTGTGGCT
CCCACACTCACTCTCGCCGGAAACTAATCCGGCGAATAATATGGTCAGTAATCTTCGTCC
TCTTCATCATCTTACTCACAATCCTCCTCGTTTGGGCAATCCTCCAACCTTCAAAGCCAC
GTTTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTACGCCTTCAACGTCTCCGGCAATCCACCGAACC
TCCTCACCTCCAACTTCCAAATCACTCTCTCTTCCCGGAACCCTAACGACAAGATCGGCA
TCTACTACGACCGCCTTGACGTCTACGCTACTTACCATAGCCAACAGATCACTTTCCGAA
CATCGATCCCTCCGACGTATCAGGGACACAAAGAAGTCAACATATGGTCGCCTTTTGTCT
ACGGGACCTCTGTTCCCGTCGCTCCGTTCAACGCCGTTAGTCTTGGCGGCGATCAAGATA
ACGGCGCTGTTACGCTGATCATCCGTGGTGACGGTAAAGTGAGGTGGAAAGTTGGGGCGT
TTATTACAGGGAAGTATCATCTTTACGTGAGGTGTCTTGCGTATATTAACTTCGGTAATA
AAGCTGCCGGAGTTATTGTCGGAGATAACGCCGTTAAGTATACGCTTACGAGTAGCTGTA
GTGTTAGTGTCTAAAACGGCGACGGAGTGAAATTAGGTGAGCTAGTTAACGACTCCATTA
TATATTATAGCCTTCTTAATTATCATAAGTGATGTGAATTGTACATTTTGCTTATACGAT
GGCAAATATTACAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BK66TF U 1
AF RR1BK66JQ C 434
BS 1 681 RR1BK66TF
BS 682 682 RR1BK66JQ
BS 683 687 RR1BK66TF
BS 688 688 RR1BK66JQ
BS 689 735 RR1BK66TF
BS 736 736 RR1BK66JQ
BS 737 744 RR1BK66TF
BS 745 745 RR1BK66JQ
BS 746 756 RR1BK66TF
BS 757 757 RR1BK66JQ
BS 758 773 RR1BK66TF
BS 774 858 RR1BK66JQ

RD RR1BK66TF 773 0 0
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CTCCCCACCGCCCCCGGAGAAAGAAAACCACCACCACCATGACCTCCAAAGACTGTGGCT
CCCACACTCACTCTCGCCGGAAACTAATCCGGCGAATAATATGGTCAGTAATCTTCGTCC
TCTTCATCATCTTACTCACAATCCTCCTCGTTTGGGCAATCCTCCAACCTTCAAAGCCAC
GTTTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTACGCCTTCAACGTCTCCGGCAATCCACCGAACC
TCCTCACCTCCAACTTCCAAATCACTCTCTCTTCCCGGAACCCTAACGACAAGATCGGCA
TCTACTACGACCGCCTTGACGTCTACGCTACTTACCATAGCCAACAGATCACTTTCCGAA
CATCGATCCCTCCGACGTATCAGGGACACAAAGAAGTCAACATATGGTCGCCTTTTGTCT
ACGGGACCTCTGTTCCCGTCGCTCCGTTCAACGCCGTTAGTCTTGGCGGCGATCAAGATA
ACGGCGCTGTTACGCTGATCATCCGTGGTGACGGTAAAGTGAGGTGGAAAGTTGGGGCGT
TTATTACAGGGAAGTATCATCTTTACGTGAGGTGTCTTGCGTATATTAACTTCGGTAATA
AAGCTGCCGGAGTTATTGTCG*AGATA*CGCCGTTAAGTATACGCTTACGAGTAGCTGTA
GTGTTAGTGTCTAAA*CGGCGACG*AGTGAAATTAG*TGAGCTAGTTAACGAC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1BK66JQ 425 0 0
GACGTATCAGGGACACAAAGAAGTCAACATATGGTCGCCTTTTGTCTACGGGACCTCTGT
TCCCGTCGCTCCGTTCAACGCCGTTAGTCTTGGCGGCGATCAAGATAACGGCGCTGTTAC
GCTGATCATCCGTGGTGACGGTAAAGTGAGGTGGAAAGTTGGGGCGTTTATTACAGGGAA
GTATCATCTTTACGTGAGGTGTCTTGCGTATATTAACTTCGGTAATAAAGCTGCCGGAGT
TATTGTCGGAGATAACGCCGTTAAGTATACGCTTACGAGTAGCTGTAGTGTTAGTGTCTA
AAACGGCGACGGAGTGAAATTAGGTGAGCTAGTTAACGACTCCATTATATATTATAGCCT
TCTTAATTATCATAAGTGATGTGAATTGTACATTTTGCTTATACGATGGCAAATATTACA
GATCC

QA 1 425 1 425
DS 



AS 1 2

CO CL8708Contig1 651 2 1 U
GGAACGCCAGTCTCCAGAAGCATATTTTCTCTTTCTTTTTCTTTTTTGGCTTTTCTCTTT
CATATAGAGAGAAAATAGTGTAAAGGTTTCGGTTTTCTGGATTCTCCGGCGGAATATTTC
CTAAAAGATTATTTATTTGTTACGGGAGATATATTTTCAGGTTTACTAGAGAGTTTTTTC
GAGCTCTGTTTTGGTCAAATTCATATGCAACAACCGAAACTCATGTTTAGTTTTGCAGAT
ATCGCTTGGAGAAAGCAGAGATGATGAAACTTTTGCATCTGTTCATAACTTCATCGAAAC
CAGTTGTGGAGATTCTGCTGATAACAACCGTTGGATTATATATGGCTCTTGACGGAGTCA
ATCTTCTTGGTCAAGATGCTCGAAAAGTTTTGAACAACATTGTCTTCTATGTGTTTAGTC
CTTCCCTTATTGGAAGCCGTTTAGCTAATAGTGTTACATATGAAAGCTTGATGCAAATGT
GGTTCATGCCGGTTAATGTTCTGCTCACATTCATCATTGGTTCGTTTTTGGGCTGGATTG
TTATTCTCATCACCAAGCCTCCTTCCCATCTTCGTGGTCTCATTGTTGGTTGTTGTGCTG
CTGGGAATCTGGGAACATGCCATTAATCATTGTTCCAGCTCTTTGTAAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DF02TF U 247
AF RR1GF53TF U 1
BS 1 651 RR1GF53TF

RD RR1DF02TF 101 0 0
TGGAGAAAGCAGAGATGATGAAACTTTTGCATCTGTTCATAACTTCATCGAAACCTGTTG
TGGAGATTCTGCTGATAACAACCGTTGGATTCTATATGGCT

QA 1 101 1 101
DS 

RD RR1GF53TF 651 0 0
GGAACGCCAGTCTCCAGAAGCATATTTTCTCTTTCTTTTTCTTTTTTGGCTTTTCTCTTT
CATATAGAGAGAAAATAGTGTAAAGGTTTCGGTTTTCTGGATTCTCCGGCGGAATATTTC
CTAAAAGATTATTTATTTGTTACGGGAGATATATTTTCAGGTTTACTAGAGAGTTTTTTC
GAGCTCTGTTTTGGTCAAATTCATATGCAACAACCGAAACTCATGTTTAGTTTTGCAGAT
ATCGCTTGGAGAAAGCAGAGATGATGAAACTTTTGCATCTGTTCATAACTTCATCGAAAC
CAGTTGTGGAGATTCTGCTGATAACAACCGTTGGATTATATATGGCTCTTGACGGAGTCA
ATCTTCTTGGTCAAGATGCTCGAAAAGTTTTGAACAACATTGTCTTCTATGTGTTTAGTC
CTTCCCTTATTGGAAGCCGTTTAGCTAATAGTGTTACATATGAAAGCTTGATGCAAATGT
GGTTCATGCCGGTTAATGTTCTGCTCACATTCATCATTGGTTCGTTTTTGGGCTGGATTG
TTATTCTCATCACCAAGCCTCCTTCCCATCTTCGTGGTCTCATTGTTGGTTGTTGTGCTG
CTGGGAATCTGGGAACATGCCATTAATCATTGTTCCAGCTCTTTGTAAGAG

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL8709Contig1 631 2 1 U
GGATCTATCTCTAAAAACTAATCTCAAGTTTGATCAAGAAAATCAAGAAAGATGCCTAAA
GACAGGAAGATCGAAATCGCGATGGACTTCTCGGAGAGCAGCAAGAATGCACTGAAATGG
GCGTTTGAGAACTTAGCTGATAAAGGAGACACACTTTACATCATCCACACGTTATCAACC
TCTGACGTTGACTCTCATAACTCTGCCTGGCTCGAATCCGGTTCTCCTCTCATACCGTTG
GTGGAGTTTAGGGAACCGGAGATCATGGAGAAATATGGTGTCAAGATTGATATCCCAGTT
CTTGACATGCTTGACACTTGTTCAAGGCAGAAAGAGGTGCATGTAGTGACGAAATTATAC
TGGGGAGATGCAAGAGAGGCGCTGGTCGATGCTGTTGAAGATCTCAAACTTGATTCTATT
GTCATGGGAAGCAGAGGACTCAGTTCTCTTCGAAGGATAATAATGGGAAGTGTGAGCAGC
TTCGTGATTCAGCATGCTCCTTGCCCTGTCACCGTTGTCAAGGATAACGACTCCCACTAA
ACTATGATGTCTTTATCTCATATGTTTTTACCAAAACTATCATCGCTGCTTATGCTTTTA
ATTAAAGAATAAAAAACCTTTTTCTCGGTTG


BQ
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AF RR1G472JQ C 1
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TGGGGAGATGCAAGAGAGGCGCTGGTCGATGCTGTTGAAGATCTCAAACTTGATTCTATT
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ATTAAAGAATAAAAAACCTTTTTCTCGGTTG

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 1 252 1 252
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BQ
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AF RR1A018JQ C 1
AF RR1A018TF U 1
BS 1 636 RR1A018TF
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QA 1 639 1 639
DS 

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TAAGGTTTGTGATTCAGACCTGTGGTGAAGATGGTTCGTGGCAGGAGCTGGATGGTTCCC
CAAGCATTCTGGTTGAGGCAGAACAGCTCAGTTCAAAGATTTGTTGTTGTGGGTTGATTT
GATCTTTGGTTTCCATTTTGTGAACTTGTAACTCCTGCGATGATAAAGAGGAGTAATGCT
GCATTAAATGTATGGTCTAGTCACTGGTCAGCATATGATTATATGACAATGATTATGACG
AAATAACTGAATGAATGAAAGCAAATGCATTGTATT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

CO CL8712Contig1 1065 2 4 U
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GTTTCTCTCCGATGATGAAGAAACTCGTTTTCTCCCGATGATTTGATTAGTGATATTTGT
TTCTCTAGTAGGCAGTGACTGTTCTGGCAGAATTTCCAGGGACGAGTTTGATCTGCATAT
CAAATTTTCCGAACCAATACTCTTTCTTGGATTGGAATCCAGATCCGTAGGCTCTGTCGA
GAGAAAGAGTGAGAAGCTCTCCATTGTTGAGGATCTTCCCACGATCACCACCCCAAGTGA
TATCAAATTCCCTACACATCATCAAAATCCAAATACACCGTCAATGGACTAGGGATCAAG
GGACCGTTAATGGTGACAGGAGAACTGATAGGACTCATGGGATTTTTCCCTAACGAAGGC
GAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCAGAAGCGTGATAGTTCATTCAATTAAATCTTCTAGGGA
TTTTTCTGGAGTTTTGGTGGCTTCTGTGCACTTACATATCTGAGCTTTGCGCCTCAAGAA
CTAAAACAGGTGCTGATAACCGGAGGAATCCCACCAATTGTCAAAGCATGCACAGCAGAT
GATGTGTATGATGTTGGTTTTGAGCAAGTTGTTCGTCAGAACGACAAGTACTACAAGAGG
TTCCCTGAAGACGTTGAGATTGTTCGTGAGCTTGTGAATTACTTGGCTGAATCTGAAGGC
GGAGGGATACATCTTCCATCAGGAGGTCTCCTCATTCCCCATGGTCTTCAAACTCTTGGT
CTTTCTGGTTTAGGATCAAGTACTGGTTTTGAGCGCCTGCATTACATGTTAGAGAGAGTA
TGGGATCCTATTTTAGTTCCTGGATCACCAAAGCGTATCAGTGACTTCTTCTTAAACGCT
GTAAACCATGTATTAGCTTTTATCTTATTTGCTTTTTGTTCCTTCACATTTGGTTCAGTA
TCTTGAGAAGAGGTGGTCATTGTGTTTTATTTTTGTTGCAGACAAGGTGAGTTACTTTGA
TTATATTGTTACTGATTGTTCTGTAAATTTGGTTGTTTTGGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DP41TF U 1
AF RR1DP41JQ C 343
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GGACCGTTAATGGTGACAGGAGAACTGATAGGACTCATGGGATTTTTCCCTAACGAAGGC
GAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCAGAAGCGTGATAGTTCATTCAATTAAATCTTCTAGGGA
TTTTTCTGGAGTTTTGGTGGCTTCTGTGCACTTACATATCTGAGCTTTGCGCCTCAAGAA
CTAAAACAGGTGCTGATAACCGGAGGAATCCCACCAATTGTCAAAGCATGCACAGCAGAT
GATGTGTATGATGTTGGTTTTGAGCAAGTTGTTCGTCAGAACGACAAGTACTACAAGAG*
TTCCCTGAAGACGTTGAGATTGTTCGTGAGCTTGTGAATTACTTGGCTGA
TC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR1DP41JQ 723 0 0
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AATTAAATCTTCTAGGGATTTTTCTGGAGTTTTGGTGGCTTCTGTGCACTTACATATCTG
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GACAAGTACTACAAGAGGTTCCCTGAAGACGTTGAGATTGTTCGTGAGCTTGTGAATTAC
TTGGCTGAATCTGAAGGCGGAGGGATACATCTTCCATCAGGAGGTCTCCTCATTCCCCAT
GGTCTTCAAACTCTTGGTCTTTCTGGTTTAGGATCAAGTACTGGTTTTGAGCGCCTGCAT
TACATGTTAGAGAGAGTATGGGATCCTATTTTAGTTCCTGGATCACCAAAGCGTATCAGT
GACTTCTTCTTAAACGCTGTAAACCATGTATTAGCTTTTATCTTATTTGCTTTTTGTTCC
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CAAGGTGAGTTACTTTGATTATATTGTTACTGATTGTTCTGTAAATTTGGTTGTTTTGGT
TCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

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AATTCTCTATTAAGTAATGGTTGATTGATTATTAGACTTTGTACTGAAAAAGAGGTTTAT
TTTTTACATTAAAAAAGGTTGACCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AX15JQ C 1
AF RR1AX15TF U 1
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RD RR1AX15JQ 445 0 0
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ATGAAGATGAAGGTCCAGTGATTTACGAGGACAAGGACACTGATGATGAAGAAGGACAAG
GACCAGATGAAGCAATGGAAACAGATGAAGATGGAGACGAATCAGCGGATGAAGCAGCTG
ATGGTGTCAATGCTTTTGAGGATTTTGACGACATGAGCGATTGAGAAGACTCCCCCGACA
ACATAAAAAGTTTTGATTTTGTGAGTGCTGTTTGGTCGTTACATGTTCATGTCGTCTCCG
AATTCTCTATTAAGTAATGGTTGATTGATTATTAGACTTTGTACTGAAAAAGAGGTTTAT
TTTTTACATTAAAAAAGGTTGACCC

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR1AX15TF 445 0 0
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ACACTGCCGTAGAAGTTTCAAGCGGCTTAGACTTGCTTGTGGACGATTTGGATGAAGAAG
ATGAAGATGAAGGTCCAGTGATTTACGAGGACAAGGACACTGATGATGAAGAAGGACAAG
GACCAGATGAAGCAATGGAAACAGATGAAGATGGAGACGAATCAGCGGATGAAGCAGCTG
ATGGTGTCAATGCTTTTGAGGATTTTGACGACATGAGCGATTGAGAAGACTCCCCCGACA
ACATAAAAAGTTTTGATTTTGTGAGTGCTGTTTGGTCGTTACATGTTCATGTCGTCTCCG
AATTCTCTATTAAGTAATGGTTGATTGATTATTAGACTTTGTACTGAAAAAGAGGTTTAT
TTTTTACATTAAAAAAGGTTGAC
AC

QA 1 443 1 443
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8715Contig1 723 2 4 U
AAACAACCCATTTTACAAATCTTTTTCCCTCCCCCAATCCTCTCAGATCTGTATATAAAA
GCCTCACACCATCTCTGCAAAATCTCATCTGCACGAAACCCTAGATTTCGTGTCCGAATC
TCTAAAAGGCAAATGACAGATCAAGGATTGGAAGGGAGTAATCCAGTAGACCTAGTCGAG
CATCCTTCTGGGATTGTTCCCACTCTACAAAACATTGTCTCAACGGTGAACTTGGACTGT
AAGCTAGATCTCAAAGCCATAGCTCTCCAAGCTCGTAATGCTGAATACAATCCCAAGCGT
TTTGCTGCTGTGATCATGCGGATTAGAGAACCAAAGACCACTGCATTAATTTTTGCCTCT
GGTTTGTACTGGAGCCAAGAGTGAATACTTTTCGAAGATGGCTGCAAGAAAGTATGCTCG
GATTGTCCAAAAGCTTGGGTTTCCTGCAAAGTTCAAGGATTTCAAGATTCAGAATATAGT
AGGTTCTTGTGATGTCAAGTTCCCTATCAGACTTGAAGGTCTTGCATACTCTCACGCCGC
TTTCTCAAGTTACGAGCCTGAGTTGTTTCCAGGGCTGATCTACAGGATGAAAGTGCCTAA
AATTGTGCTACTGATTTTTGTATCTGGCAAGATAGTCATCACTGGAGCCAAGATGAGAGA
GGAGACTTACTTTTGTATTACTGTTTAAGATTCTAATAGAACATTGTAAATACTCAAATG
GAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1CZ33TF U 1
AF RR1CZ33JQ C 27
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BS 673 723 RR1CZ33JQ

RD RR1CZ33TF 672 0 0
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GCCTCACACCATCTCTGCAAAATCTCATCTGCACGAAACCCTAGATTTCGTGTCCGAATC
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CATCCTTCTGGGATTGTTCCCACTCTACAAAACATTGTCTCAACGGTGAACTTGGACTGT
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GGAGACTTACTT

QA 1 672 1 672
DS 

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CCTC
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GCTCGTAATGCTGAATACAATCCCAAGCGTTTTGCTGCTGTGATCATGCGGATTAGAGAA
CCAAAGACCACTGCATTAATTTTTGCCTCTGGTTTGTACTGGAGCCAAGAGTGAATACTT
TTCGAAGATGGCTGCAAGAAAGTATGCTCGGATTGTCCAAAAGCTTGGGTTTCCTGCAAA
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QA 5 697 5 697
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1B506TF U 1
AF RR1B506JQ C 13
BS 1 809 RR1B506TF

RD RR1B506TF 809 0 0
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ATCAATACATATATAAATAAAATTAGAGCACTTAGGTATCAACATGAACAACTCACATCC
TGGTGATGATCATGAGAACACAACGGTGGATGGATTTGAAGTACCTGTACTCCGGTTTCA
AGTTACAACAATGTGTATTCCGCAACTGAAGACGAGACAAGAGACCCTCCAGCTGTACCC
CCACATCTTCAACACTCTCTGTTAGGCCATACAGGCAGCACGGAATTGCCTTGTGCACCA
CAGAGTGTCGTCCTCAACCATCTCTATATCGAAAACCGTGACCCACCAAGATCCGTCGTA
GCGCTTGGTTTCTCGCATCGGTTCAGGTCTAAGTATGTCACTGTTGTGATATACAAGCCG
GTCCAAAGAAGAGGAAACGCCAACGTTTAATTATATGATGATGCATCTTCTTAATAGTGT
TGGAATCTTGCTTCTTTGTGGATTCAGTTTGGTATATGCAAAAAACCAGCTGGTCCGGAC
TAAATTGTGTCTCAGTTTAGGGAATTCGATTGAAATCATCTTTGTCTGGACGTATATATA
AAATGTTCCTGCGCTGTTTGTAACAACTCGCTTTAGGTTTGGTTGTTTAACCGAATCCAC
ATACATATCTCTATTGACGATATGCATTT

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR1B506JQ 797 0 0
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GACTAAAGCAATCTCCTTCAACCTCAATTAATCAAAGCATTCCAGCAAATCAATACATAT
ATAAATAAAATTAGAGCACTTAGGTATCAACATGAACAACTCACATCCTGGTGATGATCA
TGAGAACACAACGGTGGATGGATTTGAAGTACCTGTACTCCGGTTTCAAGTTACAACAAT
GTGTATTCCGCAACTGAAGACGAGACAAGAGACCCTCCAGCTGTACCCCCACATCTTCAA
CACTCTCTGTTAGGCCATACAGGCAGCACGGAATTGCCTTGTGCACCACAGAGTGTCGTC
CTCAACCATCTCTATATCGAAAACCGTGACCCACCAAGATCCGTCGTAGCGCTTGGTTTC
TCGCATCGGTTCAGGTCTAAGTATGTCACTGTTGTGATATACAAGCCGGTCCAAAGAAGA
GGAAACGCCAACGTTTAATTATATGATGATGCATCTTCTTAATAGTGTTGGAATCTTGCT
TCTTTGTGGATTCAGTTTGGTATATGCAAAAAACCAGCTGGTCCGGACTAAATTGTGTCT
CAGTTTAGGGAATTCGATTGAAATCATCTTTGTCTGGACGTATATATAAAATGTTCCTGC
GCTGTTTGTAACAACTCGCTTTAGGTTTGGTTGTTTAACCGAATCCACATACATATCTCT
ATTGACGATATGCATTT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL8717Contig1 727 2 2 U
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CCTTGTGCGACACCGACATCATCTCGGGATGTGAGAAAGAGCTTGCAGAGGCTCAGAAAG
GCCAAGACGAAGGGTTTAAGAAGGAATCTATCATGCGTCTCTCATGGGCTCTTGTTCACT
CCAAGGTACCTGCGGATATTCAGCGTGGGATAGCAATGCTTGAAGGTTCGGTGGTTAGTG
ATACAAGTCCAATGACACTAAGGGAGAAGCTATATCTCCTTGCTATTGGATACTATCGAA
GCGGCGACTTTTCAAGAAGTCGGGATTATATAGAACGGTGTTTGGAGGTTGAACCGGAGT
GGAGACAGGCTCAGACGCTAAGAACGGCTATAGAGGACCGTATTGTGAAAGATGGTGTTA
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TTATTAAAGGAAAACAAATAAGTTGTAATTCCAATCTTATTATGAATATAGAGAAACAGT
ATTACTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CO33TF U 1
AF RR1CO33JQ C 1
BS 1 633 RR1CO33TF
BS 634 727 RR1CO33JQ

RD RR1CO33TF 633 0 0
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TTTTCGATTCCGTCTCTACCTTCTTCTCCGGCGTAACCACCGGCTCCTCCGATGAGTTCC
CCTTGTGCGACACCGACATCATCTCGGGATGTGAGAAAGAGCTTGCAGAGGCTCAGAAAG
GCCAAGACGAAGGGTTTAAGAAGGAATCTATCATGCGTCTCTCATGGGCTCTTGTTCACT
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GCGGCGACTTTTCAAGAAGTCGGGATTATATAGAACGGTGTTTGGAGGTTGAACCGGAGT
GGAGACAGGCTCAGACGCTAAGAACGGCTATAGAGGACCGTATTGTGAAAGATGGTGTTA
TTGGCGTTGGAATCGCTGTTACTGCTGTTGGGGTTGTTGCTGGTGTTGCTGCAGCCTTGT
TACGCAGAGGCTGAGAAGGAAAGAACTCGTACATGTGCATGTTTCCCTGATCTTCAGTGA
GTTTCTTTGTGAGCTTGGAAGAATGTATTTACT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR1CO33JQ 727 0 0
GGCAAAAAAATCAAAAAACTCAAAAAACTCTACACGAAATGGACGCGACGATAGGAAAGG
TTTTCGATTCCGTCTCTACCTTCTTCTCCGGCGTAACCACCGGCTCCTCCGATGAGTTCC
CCTTGTGCGACACCGACATCATCTCGGGATGTGAGAAAGAGCTTGCAGAGGCTCAGAAAG
GCCAAGACGAAGGGTTTAAGAAGGAATCTATCATGCGTCTCTCATGGGCTCTTGTTCACT
CCAAGGTACCTGCGGATATTCAGCGTGGGATAGCAATGCTTGAAGGTTCGGTGGTTAGTG
ATACAAGTCCAATGACACTAAGGGAGAAGCTATATCTCCTTGCTATTGGATACTATCGAA
GCGGCGACTTTTCAAGAAGTCGGGATTATATAGAACGGTGTTTGGAGGTTGAACCGGAGT
GGAGACAGGCTCAGACGCTAAGAACGGCTATAGAGGACCGTATTGTGAAAGATGGTGTTA
TTGGCGTTGGAATCGCTGTTACTGCTGTTGGGGTTGTTGCTGGTGTTGCTGCAGCCTTGT
TACGCAGAGGCTGAGAAGGAAAGAACTCGTACATGTGCATGTTTCCCTGATCTTCAGTGA
GTTTCTTTGTGAGCTTGGAAGAATGTATTTACTAAAGGGCTTGGAAGAATGTTTTATTTA
TTATTAAAGGAAAACAAATAAGTTGTAATTCCAATCTTATTATGAATATAGAGAAACAGT
ATTACTG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL8718Contig1 635 2 1 U
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TCGGTGCTGCAAGTGACAAGAGAGGCATACGAGAAATGCAACACCACGAGCCCGAAAGCC
AGCTACACTGATGGCAACACCAAGGTGAAGCTCGAACAACCAGGTCCGGTCTACTTCATC
AGTGGAAAAGAAGGTCACTGTCAAAAGGGTCAGAAGCTACGCCTTGTCGTCGTCGCTCCT
CGTAGCTCTGCTTTCTCTCCGGCTCCTTCACCGTCCGACGGTCCCGCCGTTGCTCCTAGC
AGTGGTGACGCTGCTAAGCTCACCAGTGTCGTTGGCCTTGTTCTTGGATTCTTGACGCTT
ATTTTGTTGTAATGATTTCTTTTCTATTTATTATTTTTTCGAACATGAGGCAGACAAATC
TTTGTTTCTCTCGCTAGTCTTGTTGTTACTATTTTAGTATTAACAAGATTAAAATTTAAT
TATCATTATGTAACAAACACCGTGATGTAGCGTAGCCTCCACGGGTGAAGCTTTCAAAGC
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BQ
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AF RR1G881TF U 1
AF RR1G881JQ C 4
BS 1 635 RR1G881TF

RD RR1G881TF 635 0 0
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AGCTACACTGATGGCAACACCAAGGTGAAGCTCGAACAACCAGGTCCGGTCTACTTCATC
AGTGGAAAAGAAGGTCACTGTCAAAAGGGTCAGAAGCTACGCCTTGTCGTCGTCGCTCCT
CGTAGCTCTGCTTTCTCTCCGGCTCCTTCACCGTCCGACGGTCCCGCCGTTGCTCCTAGC
AGTGGTGACGCTGCTAAGCTCACCAGTGTCGTTGGCCTTGTTCTTGGATTCTTGACGCTT
ATTTTGTTGTAATGATTTCTTTTCTATTTATTATTTTTTCGAACATGAGGCAGACAAATC
TTTGTTTCTCTCGCTAGTCTTGTTGTTACTATTTTAGTATTAACAAGATTAAAATTTAAT
TATCATTATGTAACAAACACCGTGATGTAGCGTAGCCTCCACGGGTGAAGCTTTCAAAGC
TTCTAATGTCAACGGTGATATTAATTAGTCTTTGG

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1G881JQ 632 0 0
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AAGGCTCGCTTCAAAGTCGGCGACACTCTCGTCTTCAGCTACGAAGCCGGTAAAGACTCG
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GGAAAAGAAGGTCACTGTCAAAAGGGTCAGAAGCTACGCCTTGTCGTCGTCGCTCCTCGT
AGCTCTGCTTTCTCTCCGGCTCCTTCACCGTCCGACGGTCCCGCCGTTGCTCCTAGCAGT
GGTGACGCTGCTAAGCTCACCAGTGTCGTTGGCCTTGTTCTTGGATTCTTGACGCTTATT
TTGTTGTAATGATTTCTTTTCTATTTATTATTTTTTCGAACATGAGGCAGACAAATCTTT
GTTTCTCTCGCTAGTCTTGTTGTTACTATTTTAGTATTAACAAGATTAAAATTTAATTAT
CATTATGTAACAAACACCGTGATGTAGCGTAGCCTCCACGGGTGAAGCTTTCAAAGCTTC
TAATGTCAACGGTGATATTAATTAGTCTTTGG

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL8719Contig1 1521 2 6 U
GGCAAAGAGTTTGAAAATTTGCGAGAGAGCTTCACCGAGACGACGAACACGAGGACTGAT
TCACTGATTCCGGCGGGGAATTTTCACAGGAGAAGATGCATCCGCCTCTGGAGACTCACC
AGCCGGAGCGATGCTGTCCGATGATGACCTCGACGGTATCGGAGATCGAGGAGGTTATTA
CACCAGAGGCGTCGTCCGAGAGAACGACTCTTCTCAACGGCTCCAACGGTTTGTATTCAC
CCGAATCGGTGCGTCGTAGAGTGTCCGGTAAGTCGCCGGTGAACGGAGGATCTCGTCGGA
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TCACTGGTCTTAGCTTCAAGCTTCTTCGTTACCTCGGGGTAGGCTATCGATGGATCATGA
AGCTACTTGCCCTTACATGTTATGCTATGCTTCTTATGCCTGGCTTTCTTCAAGTTGCAT
ACATGTATTTTTTCTCATCGCAAGTACGGAGGAGTGTAGTGTACGGAGATCAACCAAGGA
ATAGGCTGGATCTGTACTTACCAAGCAACAATGATGGTATGAAGCCGGTTGTTGTTTTTG
TGACTGGTGGGGCTTGGATTATTGGGTACAAAGCCTGGGGCTCGCTCCTAGGAATGCAGC
TAGCAGAAAAGGGATATCATTGTAGCATGCGTTGACTATAGAAACTTTCCTCAGGGAACA
ATTAGTGATATGGTGACGGATGCTTCTCAAGGAATCTCATTTGTCTGCAATAACATATCT
GCCTTGGGAGGTGACCCCAACAGGATCTACCTGATGGGACAATCAGCTGGTGCACATATA
GCCGCTTGTGCTCTATTGGAACAAGCCACTAAAGAATCAAAAGGAGAGAGCATCTCCTGG
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GTTGATCACTTCCATAACCGTGGCCTATATCGCTCGATTTTCCTGAGCATAATGGAAGGA
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GCTGCGTCTATGTTGCCTCCAATTATGCTTTTCCATGGATCCTCAGATTATTCAATACCA
TGCGATGCAAGCAAAACTTTTGCAGACGCTCTCCAAGCTGCTGGAGCTAAAGTGGAGCTT
ATTTTATACAGCGGCAAAACACATACAGATTTGTTTCTTCAGGATCCCTTAAGAGGCGGC
AAAGATGAACTCTTTGACGATATAGTCTCTGTGATACACGCGGAGGATGATGACGCGCTG
GCCAAAGACTCATTGGCTCCTCCTAGAAAACGTCTTGTCCCAGAGTTGTTGCTGAAACTA
GCTCGTGAGGTTAGCCCCTTTTGATAGAAGCTTGTTAGTTACTTGCTCTGTATTTTCATT
TTTTTCCTATTATTCGATTTGTATCTTAAAATATAAATATTATGTCCTTGAAGCTTAAAG
CTATTTATTACCTCATAACTT


BQ
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AF RR1A065TF U 1
AF RR1A065JQ C 647
BS 1 669 RR1A065TF
BS 670 670 RR1A065JQ
BS 671 769 RR1A065TF
BS 770 770 RR1A065JQ
BS 771 786 RR1A065TF
BS 787 1521 RR1A065JQ

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GCCTTG

QA 1 786 1 786
DS 

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AGAGCATCTCCTGGAGGGTTTCCCAGATAAAAGCCTATTTCGGACTATCTGGAGGGTACA
ATCTTTACAATTTGGTTGATCACTTCCATAACCGTGGCCTATATCGCTCGATTTTCCTGA
GCATAATGGAAGGAGAAGAGTCCTTTGAAAAATTCTCACCAGAAGTAAGATTGAAAGACC
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QA 1 875 1 875
DS 



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BQ
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AF RR1F915JQ C 1
AF RR1F915TF U 1
BS 1 632 RR1F915TF

RD RR1F915JQ 632 0 0
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ACTCACATCCTGGTGATGATCATGAGAACACAACGGTGGATGGATTTGAAGTACCTGTAT
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GATCCGTCGTAGCGCTTGGTTTCTCGCATCGGTTCAGGTCTAAGTATGTCACTGTTGTGA
TATACAAGCCGGTCCAAAGAAGAGGAAACGCCAACGTTTAATTATATGATGATGCATCTT
CTTAATAGTGTTGGAATCTTGCTTCTTTGTGGATTCAGTTTGGTATATGCAAAAAACCAG
CTGGTCCGGACTAAATTGTGTCTCAGTTTAGGGAATTCGATTGAAATCATCTTTGTCTGG
ACGTATATATAAAATGTTCCTGCGCTGTTTGC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1F915TF 632 0 0
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CTTTGTTTCTTGTATTCTCATTTTGATTTCCGTAAAGGCACTTAGGTATCAACATGAACA
ACTCACATCCTGGTGATGATCATGAGAACACAACGGTGGATGGATTTGAAGTACCTGTAT
CTCCGATTTCAAGTTACAACAATGTGTATTCCGCAACTGAAGACGAGACAAGAGACCCTC
CAGCTGTACCCCCACATCTTCAACACTCTCTGTTAGGCCATACAGGCAGCACGGAATTGC
CTTGTGCACCACAGAGTGTCGTCCTCAACCATCTCTATATCGAAAACCGTGACCCACCAA
GATCCGTCGTAGCGCTTGGTTTCTCGCATCGGTTCAGGTCTAAGTATGTCACTGTTGTGA
TATACAAGCCGGTCCAAAGAAGAGGAAACGCCAACGTTTAATTATATGATGATGCATCTT
CTTAATAGTGTTGGAATCTTGCTTCTTTGTGGATTCAGTTTGGTATATGCAAAAAACCAG
CTGGTCCGGACTAAATTGTGTCTCAGTTTAGGGAATTCGATTGAAATCATCTTTGTCTGG
ACGTATATATAAAATGTTCCTGCGCTGTTTGC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL8721Contig1 870 2 10 U
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GAACAAGACCGGTTTCTTCCAATTGCTAATGTCGGAAGGATCATGAAAAAGGTTCTTCCC
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GCAGATCACCAACCTTTTCCAAATCTCCCTTTCTCTCCTAAATCATTGCAAACACAGTTC
CCGCAACAGCATGATAAAACTGATTCCATTGGACAGTGGTCAGTGTAAAACTTTTTTTTT
ATAAATTCCTTTTTTTGTTTTATATATTATTATATTTTATTGTTTCCGGTACATCTTGAT
GCTTATATTGTTGCAATATGCACACATTGACATTTTCAGTACTTATATTTTGTGTAACAG
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AAATACCAATAAAATATATTTTCTTGGACG


BQ
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AF RR1FM51TF U 1
AF RR1FM51JQ C 97
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BS 660 660 RR1FM51JQ
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BS 747 870 RR1FM51JQ

RD RR1FM51TF 746 0 0
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GCAGATCACCAACCTTTTCCAAATCTCCCTTTCTCTCCTAAATCATTGCAAACACAGTTC
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ATAAATTCCTTTTTT*GTTTTATATATTATTATATTTTATTGTTTCCG*TACATCTTGAT
GCTTATATTGTTGCA*TATGCACACA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR1FM51JQ 774 0 0
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GGTTTCGAAGACTATGTGGCTCCATTAAAGATCTATCTCGGGAAATACCGAGAAACTGAA
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CATTTCCAGTTTCAAGAACAAGACCATAACAACTTTTCATGTACTAGTTACATCTCTCAT
CATCAACCTTCTCCATTTTTACCCGCAGATCACCAACCTTTTCCAAATCTCCCTTTCTCT
CCTAAATCATTGCAAACACAGTTCCCGCAACAGCATGATAAAACTGATTCCATTGGACAG
TGGTCAGTGTAAAACTTTTTTTTTATAAATTCCTTTTTTTGTTTTATATATTATTATATT
TTATTGTTTCCGGTACATCTTGATGCTTATATTGTTGCAATATGCACACATTGACATTTT
CAGTACTTATATTTTGTGTAACAGAATACTTCTTGATATTCTAGGCAGATAACACAATGT
TATCTTAAATTGTGCAAGTGCATTAAATACCAATAAAATATATTTTCTTGGACG

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL8722Contig1 1317 2 2 U
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GGAGCAAGAACAAGCGCTTGTGGGTGCAATCGCAAAGCTTGGAGATATATCCGATGGAGA
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GATGTGTTACCCTTTTTGGTTGTATCTGACTGTAATTTTTGCTGACAGTTAGAGATTAGA
TCTCTAACTTAAATGTTGGTTTTGTTGGATATATGTTTCACATGGAACCGTTTCAGC


BQ
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AF RR1AE22TF U 1
AF RR1AE22JQ C 591
BS 1 812 RR1AE22TF
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TTATAACGGACAAGGTCTTAATAGAACCACAG
AC

QA 1 812 1 812
DS 

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AGGGTCGCCATGCTTTAGTTTATGACATTGGAACACCTAGCGAGACATGGGAATGGGTCA
ATCTCTCAGAGATATCTCCTGGGGATATTGAGTGGATAGGAGAGGGTCCTGCGGTTGGTA
ATCAGTATGGTTATAACGGACAAGGTCTTAATAGAACCACAGGACCGAACAGTGTTCCTC
AACGAGGAAGCGGTGTGGTAAAGACCACGGTTAAAAAAGATTTCAGAACATCGCAGAATG
GAACTGGGAAAAGGAAACATGTGGATATACGAATCCGTCAGACCAGTGTCCTAATCAGAG
AGGTGGAGAGAGTTCTTGGCTCACACAATCCAGATCCTCAAGAAGTTGAAAGGGCTAAGA
GAATGTTGGAGGAGCAAGAACAAGCGCTTGTGGGTGCAATCGCAAAGCTTGGAGATATAT
CCGATGGAGAAAACGAAAGTGGCTTTCGTCGATAAACTTGTGTGTTTGATAGAATCAAGC
AGTTTTGCCATGGTTTCCATTAAAGAAGAGAGCATTTGTTGAGATCAAAGGTCAGAGTCT
CAACTTCTTTGATGTGTTACCCTTTTTGGTTGTATCTGACTGTAATTTTTGCTGACAGTT
AGAGATTAGATCTCTAACTTAAATGTTGGTTTTGTTGGATATATGTTTCACATGGAACCG
TTTCAGC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL8723Contig1 632 2 1 U
GGATGCTCCCAAAAATTTCTGATTTTGGCCTTGCAAGGCTGTACGATGAAAAGAAAAGCC
ACATAAGTACCCGAGTGGCAGGAACTATTGGATATGTTGCGCCAGAGTATGCCATGCGTG
GAATCCTAACAGAGAAAACGGATGTATATGCCTTTGGTATTGTGGCTCTTGAGTTGGTGA
GTGGAAGGAAAAACTCTGATGTGAACCGGGGGAATGAGAAAAAATATCTTCTTGAATGGG
CATGGAATCTACACGAGAATAGCCGTGAAGTTGAACTAATTGATCCTGAGCTGATTGAAT
TCAACATGGAACAAGTGAAACGCATGATAGGAATTGCTTTGCTGTGCACATACTCATCTC
ATTCCTTGAGACCACCGATGTCAAAAGTGGTGGCTATGCTTTCAGGAGACATTGAGATAA
CTCGACGAGTTTTGTGATGCCTAGTGACAGCGGCTTTAAGCAAATGCTTGGAGTCAAGAT
CAACGAGGGGAGATGATAATGTCTCTTCTATGATGGGCTATACATGTATAGACCTTAATT
TGTGTATGTGACTATATGATGGTCACTATTTTCTTCTTTGGCTGGAGAAACATTTTCACT
TTGATCAATAATATGTTTAAGCATTTCGTAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B135JQ C 1
AF RR1B135TF U 1
BS 1 632 RR1B135TF

RD RR1B135JQ 632 0 0
GGATGCTCCCAAAAATTTCTGATTTTGGCCTTGCAAGGCTGTACGATGAAAAGAAAAGCC
ACATAAGTACCCGAGTGGCAGGAACTATTGGATATGTTGCGCCAGAGTATGCCATGCGTG
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GTGGAAGGAAAAACTTTGATGTGAACCGGGGGAATGAGAAAAAATATCTTCTTGAATGGG
CATGGAATCTACACGAGAATAGCCGTGAAGTTGAACTAATTGATCCTGAGCTGATTGAAT
TCAACATGGAACAAGTGAAACGCATGATAGGAATTGCTTTGCTGTGCACATACTCATCTC
ATTCCTTGAGACCACCGATGTCAAAAGTGGTGGCTATGCTTTCAGGAGACATTGAGATAA
CTCGACGAGTTTTGTGATGCCTAGTGACAGCGGCTTTAAGCAAATGCTTGGAGTCAAGAT
CAACGAGGGGAGATGATAATGTCTCTTCTATGATGGGCTATACATGTATAGACCTTAATT
TGTGTATGTGACTATATGATGGTCACTATTTTCTTCTTTGGCTGGAGAAACATTTTCACT
TTGATCAATAATATGTTTAAGCATTTCGTAAG

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR1B135TF 632 0 0
GGATGCTCCCAAAAATTTCTGATTTTGGCCTTGCAAGGCTGTACGATGAAAAGAAAAGCC
ACATAAGTACCCGAGTGGCAGGAACTATTGGATATGTTGCGCCAGAGTATGCCATGCGTG
GAATCCTAACAGAGAAAACGGATGTATATGCCTTTGGTATTGTGGCTCTTGAGTTGGTGA
GTGGAAGGAAAAACTCTGATGTGAACCGGGGGAATGAGAAAAAATATCTTCTTGAATGGG
CATGGAATCTACACGAGAATAGCCGTGAAGTTGAACTAATTGATCCTGAGCTGATTGAAT
TCAACATGGAACAAGTGAAACGCATGATAGGAATTGCTTTGCTGTGCACATACTCATCTC
ATTCCTTGAGACCACCGATGTCAAAAGTGGTGGCTATGCTTTCAGGAGACATTGAGATAA
CTCGACGAGTTTTGTGATGCCTAGTGACAGCGGCTTTAAGCAAATGCTTGGAGTCAAGAT
CAACGAGGGGAGATGATAATGTCTCTTCTATGATGGGCTATACATGTATAGACCTTAATT
TGTGTATGTGACTATATGATGGTCACTATTTTCTTCTTTGGCTGGAGAAACATTTTCACT
TTGATCAATAATATGTTTAAGCATTTCGTAAG

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL8724Contig1 910 2 2 U
GCACTCTCAGCCAGGCTCAGAGCCGTCAACAGTTGTCTGGATTGACTAAATTCCGTCGCA
TTGATGTGACACCATCGCTAGATCCTCTAGATGGGCTATATATTGGAGCACATGGGCTGT
ATACATCAGAAGTAATTCATCTAAAACGCAAATTTGGGCAGTGGAAAGGTGGGAAGGAGT
CTAAGAAGTCAAAGGATATTGAATTTTATGAATATGTCGAAGCTGTGAAATTAACTGGAG
ATCCTTATGTGCCTGCTGGGAAGGTAGCATTTCGCGCAAAGATTGGGAGACGTTATGAGC
TTCCACACAGAGGTCTCATCCCTGAAGAATTTGGAGTGATTGCTAGATACAAAGGACAAG
GTAGGCTTGCTGATCCTGGATTTCGTAATCCAAGATGGGTAGACGGCGAGCTTGTTATCC
TGGATGGCAATTATGTCAAAGGAGGACCTGTTGTTGGATTTGTCTATTGGGCACCTGAAT
ATCACTTTGTGATGTTCTTCAACCGTCTGAGGCTTCAAGCTTAGTGCTTTTTTTTGGCCT
TCTCGCTCTACAATCGAGGAAGAGTTTTCTTCTGACTGTTGCCATTGCAAGTGTACTGGT
TGGAACCGTTTTCACTATTTGCAGATTCATTGGATTGGTTATACCAAAAATAAGATTAAC
TTCAAGTTCAGGGGTCACTCTCTTTGTATTTCTGGACCAGTAATGAGCTCGTTGATGGTG
GCTCTATTGTTGTGGAGCTTGGCTTAAGGCACCTATATTGCGGCTAGAATTAAACACGGC
AGAGTTGATGATTATGCAAGTGAGTTAGTCGGATTGTTAGAAAAGAAACTGAATTGTAAA
GTTAGAGAGGAAGTTTAATAGATTTCTGTAAATTAATGTATGTTTCTCAAAGATTGCTAT
TTGATTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AE04TF U 1
AF RR1AE04JQ C 220
BS 1 645 RR1AE04TF
BS 646 910 RR1AE04JQ

RD RR1AE04TF 645 0 0
GCACTCTCAGCCAGGCTCAGAGCCGTCAACAGTTGTCTGGATTGACTAAATTCCGTCGCA
TTGATGTGACACCATCGCTAGATCCTCTAGATGGGCTATATATTGGAGCACATGGGCTGT
ATACATCAGAAGTAATTCATCTAAAACGCAAATTTGGGCAGTGGAAAGGTGGGAAGGAGT
CTAAGAAGTCAAAGGATATTGAATTTTATGAATATGTCGAAGCTGTGAAATTAACTGGAG
ATCCTTATGTGCCTGCTGGGAAGGTAGCATTTCGCGCAAAGATTGGGAGACGTTATGAGC
TTCCACACAGAGGTCTCATCCCTGAAGAATTTGGAGTGATTGCTAGATACAAAGGACAAG
GTAGGCTTGCTGATCCTGGATTTCGTAATCCAAGATGGGTAGACGGCGAGCTTGTTATCC
TGGATGGCAATTATGTCAAAGGAGGACCTGTTGTTGGATTTGTCTATTGGGCACCTGAAT
ATCACTTTGTGATGTTCTTCAACCGTCTGAGGCTTCAAGCTTAGTGCTTTTTTTTGGCCT
TCTCGCTCTACAATCGAGGAAGAGTTTTCTTCTGACTGTTGCCATTGCAAGTGTACTGGT
TGGAACCGTTTTCACTATTTGCAGATTCATTGGATTGGTTATACC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1AE04JQ 691 0 0
AAGCTGTGAAATTAACTGGAGATCCTTATGTGCCTGCTGGGAAGGTAGCATTTCGCGCAA
AGATTGGGAGACGTTATGAGCTTCCACACAGAGGTCTCATCCCTGAAGAATTTGGAGTGA
TTGCTAGATACAAAGGACAAGGTAGGCTTGCTGATCCTGGATTTCGTAATCCAAGATGGG
TAGACGGCGAGCTTGTTATCCTGGATGGCAATTATGTCAAAGGAGGACCTGTTGTTGGAT
TTGTTTATTGGGCACCTGAATATCACTTTGTGATGTTCTTCAACCGTCTGAGGCTTCAAG
CTTAGTGCTTTTTTTTGGCCTTCTCGCTCTACAATCGAGGAAGAGTTTTTTTCTGACTGT
TGCCATTGCAAGTGTACTGGTTGGAACCGTTTTCACTATTTGCAGATTCATTGGATTGGT
TATACCAAAAATAAGATTAACTTCAAGTTCAGGGGTCACTCTCTTTGTATTTCTGGACCA
GTAATGAGCTCGTTGATGGTGGCTCTATTGTTGTGGAGCTTGGCTTAAGGCACCTATATT
GCGGCTAGAATTAAACACGGCAGAGTTGATGATTATGCAAGTGAGTTAGTCGGATTGTTA
GAAAAGAAACTGAATTGTAAAGTTAGAGAGGAAGTTTAATAGATTTCTGTAAATTAATGT
ATGTTTCTCAAAGATTGCTATTTGATTGTGC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL8725Contig1 899 2 4 U
GGGGACAAGAATCGTCATTACAAACTTTGCTATTGTCCTGTTTTGCATCTTCTTGTTCTC
TCTTCAAACCATATCCCAATCTGCACAAATGAGCTCTGGTTGCGACCAGGTACCCGACAA
TTTCACTAAATCTAGCTTTTATCAATCAAACCTTGAAAATGTCCTCTCCACCCTTCGCGA
CCTTTCCTCCCACGGAAGCTATGGTAACGCTACGGCCGGTACTCTTAGCCCAAACACAGT
CTATGGAATGTTCCTCTGCAGAGGAGACATCAGTCGAGCATCCTGTTCAAACTGTGTCCA
CTCCGCAACGTTGAGCATGGCTGAAACTTGCAACTCTCGTAAAGGAACGTTCGTGTTCTA
TAACGAATGTATGGTTCGGTACTCAAACTTTTCTTTCTTCACACTCGTAGAAGATGAACC
TGTCTTCGGTAGATTCTCTGAGTTCAGTTCTTCGAGTTATCCAAAGGTTTCCAATCAAAC
AATTAGTGGTAAAATAAACGAGCTTATCCCCAGAGCCTCCTCATCATCACCGATTCCATA
TTTTGTGGAGGATCAAGAACATGTGACTCAAGTGGAAAGTTCGTATGATTTAAAGGCAAC
AGTCCAGTGTAGTCCTGATCTTGATCCACGAAACTGCACCGTGTGCTTGAGACTTGCAGC
TCAATTTTTATATGACTGCTGCGGCTTAGCTAGTTTGGAATTTGCTCAGATAAACTATCC
TAAATGTCTTGTCAACTACAAGATCTCTGCTTCGCAGTCTCTCCGCGTTATAAATGGAAG
TGAAATATTAGGGAGAATGTTTCTTGCAATCATGACAGCTTCGGTGTTAGCACTAACGGG
TTTGTGATCAAATCTAGTTTGTAACTAAATGAGATTTATCTTCGTGTTCTCTAAACTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CB10TF U 1
AF RR1CB10JQ C 440
BS 1 713 RR1CB10TF
BS 714 714 RR1CB10JQ
BS 715 765 RR1CB10TF
BS 766 899 RR1CB10JQ

RD RR1CB10TF 765 0 0
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TCTTCAAACCATATCCCAATCTGCACAAATGAGCTCTGGTTGCGACCAGGTACCCGACAA
TTTCACTAAATCTAGCTTTTATCAATCAAACCTTGAAAATGTCCTCTCCACCCTTCGCGA
CCTTTCCTCCCACGGAAGCTATGGTAACGCTACGGCCGGTACTCTTAGCCCAAACACAGT
CTATGGAATGTTCCTCTGCAGAGGAGACATCAGTCGAGCATCCTGTTCAAACTGTGTCCA
CTCCGCAACGTTGAGCATGGCTGAAACTTGCAACTCTCGTAAAGGAACGTTCGTGTTCTA
TAACGAATGTATGGTTCGGTACTCAAACTTTTCTTTCTTCACACTCGTAGAAGATGAACC
TGTCTTCGGTAGATTCTCTGAGTTCAGTTCTTCGAGTTATCCAAAGGTTTCCAATCAAAC
AATTAGTGGTAAAATAAACGAGCTTATCCCCAGAGCCTCCTCATCATCACCGATTCCATA
TTTTGTGGAGGATCAAGAACATGTGACTCAAGTGGAAAGTTCGTATGATTTAAAGGCAAC
AGTCCAGTGTAGTCCTGATCTTGATCCACGAAACTGCACCGTGTGCTTGAGACTTGCAGC
TCAATTTTTATATGACTGCTGCGGCTTAGCTAGTTTGGAATTTGCTCAGATAA*CTATCC
TAAATGTCTTGTCAACTACAAGATCTCTGCTTCGCAGTCTCTCCG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1CB10JQ 460 0 0
GAGTTCAGTTCTTCGAGTTATCCAAAGGTTTCCAATCAAACAATTAGTGGTAAAATAAAC
GAGCTTATCCCCAGAGCCTCCTCATCATCACCGATTCCATATTTTGTGGAGGATCAAGAA
CATGTGACTCAAGTGGAAAGTTCGTATGATTTAAAGGCAACAGTCCAGTGTAGTCCTGAT
CTTGATCCACGAAACTGCACCGTGTGCTTGAGACTTGCAGCTCAATTTTTATATGACTGC
TGCGGCTTAGCTAGTTTGGAATTTGCTCAGATAAACTATCCTAAATGTCTTGTCAACTAC
AAGATCTCTGCTTCGCAGTCTCTCCGCGTTATAAATGGAAGTGAAATATTAGGGAGAATG
TTTCTTGCAATCATGACAGCTTCGGTGTTAGCACTAACGGGTTTGTGATCAAATCTAGTT
TGTAACTAAATGAGATTTATCTTCGTGTTCTCTAAACTTG

QA 1 460 1 460
DS 



AS 1 2

CO CL8726Contig1 723 2 3 U
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AGAAGACTATAATAGATTAAGGCCTTTGAGTTACAGAGGAGCAGATGTTTTCGTCCTATC
TTTCTCTTTGATCAGCCGAGCTAGCTACGAGAATGTTTTTAAAAAGTGGATCCCTGAACT
CCAACACTTTGCCCCCAGGAGTTCCATTAGTCCTTTGTTGGTACCAAATTAGATCTTCGT
GAAGATAAGCATTATTTGGCTGACCATCCTGGACTATCCCCTGTAACTACTGCACAGGGA
GAGGAATTGCGTAAGCTAATTGGCGCAACATATTACATTGAATGTAGCTCAAAAACTCAA
CAGAATGTGAAAGCAGTTTTTTGATTCAGCGATCAAGGAAGTGATCAAACCCGGTGATTA
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ATGTTCTGTGTGGGAGGATAGTGACTCGGCATTGATGATGACCTAAACTCTATCTGATGA
TGGCAAAAGTCCAGTCTTGAGTTTGTGTTAAAAATGAGTTACATACATATATGTAGATGG
AATCATGTAAGAGAGATGATTAGCCTCTAATTATTCAATAGTTTACATTGTAATAGAGGG
ATAGAGAGAGCTTTACTATTACTGACTCAATTATGTTTTAAATGTTTTAATCCGGTTCTA
TTC


BQ
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10 10 10 

AF RR1B446TF U 174
AF RR1B446JQ C 1
BS 1 173 RR1B446JQ
BS 174 492 RR1B446TF
BS 493 723 RR1B446JQ

RD RR1B446TF 319 0 0
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TCTTCGTGAAGATAAGCATTATTTGGCTGACCATCCTGGACTATCCCCTGTAACTACTGC
ACAGGGAGAGGAATTGCGTAAGCTAATTGGCGCAACATATTACATTGAATGTAGCTCAAA
AACTCAACAGAATGTGAAAGCAGTTTTTTGATTCAGCGATCAAGGAAGTGATCAAACCCG
GTGATTAAACAAAAGGAAAAGACCAATAAAAAGAAGAAGCAAAAGTCTAGTCATGGGTGT
TTATCAAATGTTCTGTGTG

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR1B446JQ 723 0 0
TGCAAACGTTGTAGTTGAAGGCACCACTGTGAACCTAGGGCTATGGGACACTGCTGGGCA
AGAAGACTATAATAGATTAAGGCCTTTGAGTTACAGAGGAGCAGATGTTTTCGTCCTATC
TTTCTCTTTGATCAGCCGAGCTAGCTACGAGAATGTTTTTAAAAAGTGGATCCCTGAACT
CCAACACTTTGCCCC*AGGAGTTCCATTAGTCCTT*GTTGGTACCAAATTAGATCTTCGT
GAAGATAAGCATTATTTGGCTGACCATCCTGGACTATCCCCTGTAACTACTGCACAGGGA
GAGGAATTGCGTAAGCTAATTGGCGCAACATATTACATTGAATGTAGCTCAAAAACTCAA
CAGAATGTGAAAGCAGTTTTT*GATTCAGCGATCAAGGAAGTGATCAAACC*GGTGATTA
AACAAAAGGAAAAGACCAATAAAAAGAAGAAGCAAAAGTCTAGTCATGGGTGTTTATCAA
ATGTTCTGTGTGGGAGGATAGTGACTCGGCATTGATGATGACCTAAACTCTATCTGATGA
TGGCAAAAGTCCAGTCTTGAGTTTGTGTTAAAAATGAGTTACATACATATATGTAGATGG
AATCATGTAAGAGAGATGATTAGCCTCTAATTATTCAATAGTTTACATTGTAATAGAGGG
ATAGAGAGAGCTTTACTATTACTGACTCAATTATGTTTTAAATGTTTTAATCCGGTTCTA
TTC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL8727Contig1 938 2 4 U
TTCTAACAGGTTCGTTGTATAATAAGAAATATAGTTCGAGACTGGGGAGCAGAGGGTCAG
GGAGAACGAGACCAATGCTACAAGCCTATCCTTGATGAGCTTGATTCCTTGTTTCCTGAT
CGCCAGAAGAAGAGCACCCCTCCTAGCTGTTTAGTCCCAGGAGCTGGACTTGGACGTCTG
GCCCTTGAAATTTCTTGTCTAGGTTTCATTAGCCAAGGAAATGAGTTCTCATACTACATG
ATGATATGCTCAAGTTTTATTCTGAATTATGCACAAGTGCATAATGAGTGGACAATATAC
CCCTGGATACACAGCAACTGCAATTCGCTCTCGGACAATGATCAACTACGTCCTGTTTCT
ATTCCTGATATTCATCCTGCAAGTGCAGGAATAACAGAAGGTTTCTCTATGTGTGGTGGT
GATTTTGTTGAAGTATACAATGAATCATGTCAGGCAGGGATGTGGGATGCTGTGGTGACT
TGCTTTTTCATAGACACCGCTCATAACATCATTGAGTACATTGAAACCATATCCAAGATC
TTAAAAGATGGAGGAGTTTGGATTAACTTAGGACCTCTGCTGTATCACTTTGCGGACACG
TATGGTCTCGGCAATGAAATGTCAATCGAGCTAAGTTTAGAGGATGTGAAGAGAGTTGCT
TCACAGTATGGGTTCGAGATTGAGAAAGAAAGGACAATTGAAACAACGTACACTACGAAT
CCTAGGTCTATGATGCAGAACCGATACTATGCTGCCTTCTGGACAATGAGGAAGAAATGT
GCAAAAACAACTTAACCAAATATCCCTTATACAACGATATTCATTCTGGAGATTTTTTTG
GTTGCATCTTGATTTTCTTTTCTTGAACTATTTGTTTTGTTGGTACAAACTACTCCAGAC
GATGTTCTCAATTGATGAATAAAAGAACTTTCGTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AI32TF U 1
AF RR1AI32JQ C 147
BS 1 725 RR1AI32TF
BS 726 726 RR1AI32JQ
BS 727 775 RR1AI32TF
BS 776 938 RR1AI32JQ

RD RR1AI32TF 775 0 0
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GGAGAACGAGACCAATGCTACAAGCCTATCCTTGATGAGCTTGATTCCTTGTTTCCTGAT
CGCCAGAAGAAGAGCACCCCTCCTAGCTGTTTAGTCCCAGGAGCTGGACTTGGACGTCTG
GCCCTTGAAATTTCTTGTCTAGGTTTCATTAGCCAAGGAAATGAGTTCTCATACTACATG
ATGATATGCTCAAGTTTTATTCTGAATTATGCACAAGTGCATAATGAGTGGACAATATAC
CCCTGGATACACAGCAACTGCAATTCGCTCTCGGACAATGATCAACTACGTCCTGTTTCT
ATTCCTGATATTCATCCTGCAAGTGCAGGAATAACAGAAGGTTTCTCTATGTGTGGTGGT
GATTTTGTTGAAGTATACAATGAATCATGTCAGGCAGGGATGTGGGATGCTGTGGTGACT
TGCTTTTTCATAGACACCGCTCATAACATCATTGAGTACATTGAAACCATATCCAAGATC
TTAAAAGATGGAGGAGTTTGGATTAACTTAGGACCTCTGCTGTATCACTTTGCGGACACG
TATGGTCTCGGCAATGAAATGTCAATCGAGCTAAGTTTAGAGGATGTGAAGAGAGTTGCT
TCACAGTATGGGTTCGAGATTGAGAAAGAAAGGACAATTGAAACAACGTACACTACGAAT
CCTAG*TCTATGATGCAGAACCGATACTATGCTGCCTTCTGGACAATGAGGAAGA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1AI32JQ 792 0 0
CTGTTTAGTCCCAGGAGCTGGACTTGGACGTCTGGCCCTTGAAATTTCTTGTCTAGGTTT
CATTAGCCAAGGAAATGAGTTCTCATACTACATGATGATATGCTCAAGTTTTATTCTGAA
TTATGCACAAGTGCATAATGAGTGGACAATATACCCCTGGATACACAGCAACTGCAATTC
GCTCTCGGACAATGATCAACTACGTCCTGTTTCTATTCCTGATATTCATCCTGCAAGTGC
AGGAATAACAGAAGGTTTCTCTATGTGTGGTGGTGATTTTGTTGAAGTATACAATGAATC
ATGTCAGGCAGGGATGTGGGATGCTGTGGTGACTTGCTTTTTCATAGACACCGCTCATAA
CATCATTGAGTACATTGAAACCATATCCAAGATCTTAAAAGATGGAGGAGTTTGGATTAA
CTTAGGACCTCTGCTGTATCACTTTGCGGACACGTATGGTCTCGGCAATGAAATGTCAAT
CGAGCTAAGTTTAGAGGATGTGAAGAGAGTTGCTTCACAGTATGGGTTCGAGATTGAGAA
AGAAAGGACAATTGAAACAACGTACACTACGAATCCTAGGTCTATGATGCAGAACCGATA
CTATGCTGCCTTCTGGACAATGAGGAAGAAATGTGCAAAAACAACTTAACCAAATATCCC
TTATACAACGATATTCATTCTGGAGATTTTTTTGGTTGCATCTTGATTTTCTTTTCTTGA
ACTATTTGTTTTGTTGGTACAAACTACTCCAGACGATGTTCTCAATTGATGAATAAAAGA
ACTTTCGTACCC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL8728Contig1 937 2 2 U
GGACTCTCTTTTCGAAAGATAGCACCGTGAAAGCTCTCTCCTTTAATCTTCCAACTCTAA
ATCCCCGACAGAAAATCACAAAAAAGCCTTGTGTCTTGTCTTAAACTCGGATCGCGTTTG
ATTCCTTCTGGATTTGCCCCGATGGAGGAGGCAGCGAGTAATAATAGATCCTCCGCCGTT
TCGTCCTCTTCAGCTTCAGCCGTCTTCAGAAGGATCGAGTTTCATCCCGCGAGGAAACCC
TGGAACGGCTTCTCTAACAAAGGTGGTTCCGATTTCAAGTTGGAGACTTTGAATCCCAGC
TTCTCTTCTGCCAACAAGCAAGCCAAATCGCCAAAAGAAAGAGAGAGTCGTCGTCAAAAG
ATGAACAAATCGTGTTGCAGAAAGATGAGCCGACGATTCTCACCCGGGGTTTGCCAGAGA
CAGTTGTTGGTAAATGGGATGAAGGAGTCTCGGCTTCTAAGAAGATGGGAATGAATGAAG
GCACTAAAATCGGTTATGTAGCAGATGAGTGGGATGAGGAGTATGATAGAGGGAAGAAAA
AGAAGATAAGGATCAAAGAGGAGATGTATGCAGGACCGAACCCGTTCCAGGCGGTTGCAT
CAAAGAAACTGACAGACACAAAGAAGAAATGGACGCAACGCATGAACACCGCAAAGACAG
GTTTCCGGAAATGAGAATAAGGAATAGAGCATCCATAATCTATAAAAAAAAAGAAAAGAA
CATGTAATCCACTTCTTGCGGTATTTGGCAGAAACTAATGTTAACAACAGAGGAAGAGAG
AGAGAGGCTATAGACGTTTGGAGATTGTTTTTGTGATCTCTTTTCCTCTCAGTTTTGTTC
TGTTTTAGTCTCTCTAGTAATACAATTGTTTTTAACTCAACACAGGTTCATGCAATTTTT
TTTTACACATTGTAATAAAAGAGAATCATGTTTGCGC


BQ
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AF RR1G231TF U 1
AF RR1G231JQ C 306
BS 1 657 RR1G231TF
BS 658 937 RR1G231JQ

RD RR1G231TF 657 0 0
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ATCCCCGACAGAAAATCACAAAAAAGCCTTGTGTCTTGTCTTAAACTCGGATCGCGTTTG
ATTCCTTCTGGATTTGCCCCGATGGAGGAGGCAGCGAGTAATAATAGATCCTCCGCCGTT
TCGTCCTCTTCAGCTTCAGCCGTCTTCAGAAGGATCGAGTTTCATCCCGCGAGGAAACCC
TGGAACGGCTTCTCTAACAAAGGTGGTTCCGATTTCAAGTTGGAGACTTTGAATCCCAGC
TTCTCTTCTGCCAACAAGCAAGCCAAATCGCCAAAAGAAAGAGAGAGTCGTCGTCAAAAG
ATGAACAAATCGTGTTGCAGAAAGATGAGCCGACGATTCTCACCCGGGGTTTGCCAGAGA
CAGTTGTTGGTAAATGGGATGAAGGAGTCTCGGCTTCTAAGAAGATGGGAATGAATGAAG
GCACTAAAATCGGTTATGTAGCAGATGAGTGGGATGAGGAGTATGATAGAGGGAAGAAAA
AGAAGATAAGGATCAAAGAGGAGATGTATGCAGGACCGAACCCGTTCCAGGCGGTTGCAT
CAAAGAAACTGACAGACACAAAGAAGAAATGGACGCAACGCATGAACACCGCAAAGA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR1G231JQ 632 0 0
TTCTGCCAACAAGCAAGCCAAATCGCCAAAAGAAAGAGAGAGTCGTCGTCAAAAGATGAA
CAAATCGTGTTGCAGAAAGATGAGCCGACGATTCTCACCCGGGGTTTGCCAGAGACAGTT
GTTGGTAAATGGGATGAAGGAGTTTCGGCTTTTAAGAAGATGGGAATGAATGAAGGCACT
AAAATCGGTTATGTAGCAGATGAGTGGGATGAGGAGTATGATAGAGGGAAGAAAAAGAAG
ATAAGGATCAAAGAGGAGATGTATGCAGGACCGAACCCGTTCCAGGCGGTTGCATCAAAG
AAACTGACAGACACAAAGAAGAAATGGACGCAACGCATGAACACCGCAAAGACAGGTTTC
CGGAAATGAGAATAAGGAATAGAGCATCCATAATCTATAAAAAAAAAGAAAAGAACATGT
AATCCACTTCTTGCGGTATTTGGCAGAAACTAATGTTAACAACAGAGGAAGAGAGAGAGA
GGCTATAGACGTTTGGAGATTGTTTTTGTGATCTCTTTTCCTCTCAGTTTTGTTCTGTTT
TAGTCTCTCTAGTAATACAATTGTTTTTAACTCAACACAGGTTCATGCAATTTTTTTTTA
CACATTGTAATAAAAGAGAATCATGTTTGCGC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL8729Contig1 838 2 6 U
GCCGATTCGGGAAAGAGCGGCGGACTCCATTGGAGTGTAGAGAGAGAGAGATAGAGAGAG
TGGAATGAGAGTGATGAGAGAGAGAGATTGTTGGAAGGAGGTATGGTAGTTTTATACAGT
GAAAGAGACGGGGCTCGTCGATGGAACCAAGGGACAAAACACGAAACGTGATTGAATTTT
ATTTGGCAGACGATTGAATTTTATCGTTTATGGCTTTATTGCCAAACGATGTCGTTTGGT
ATTGTTTGAACTTTGAACGCCATTGAATTTTGATCTTCTCATTTCTCAGGCTTAGCGATA
ATGATAATAATACATTCAAAACAAATCTTAGGGTCTTGTTTGTCGTTCTATGCAAGTGGA
CTTGTGCAAAATGAATACAATAACTCAATAACAACATTCATTTTTATTATTATTAAAAAT
CCAACAAGTGGCTGATGGACGGATTAGTTAATCTCTCTCTAATCATGTTTATTTTCTTAT
ATAACTATATTTTAAAACTTCTATCAATATGGTGGTGTCCATGTTGAACTTGGACTCTAT
ACCCTTATAGTCTCTTATAGATTTTTCAATAATTGTGCATCAACTTGATATTAGCTTTTT
GACCATGTCCAATGGTCGGAGAAAGATCCATCTACATGTTCTCTAAAGATAGTTAACATG
ATTACCAAATATCTAAGAAAAAATAAACTAAATTATTGATATAACTCGGACAACTTAATA
CATTAACACAATTACACAATTACACATAAGTGCAAAATACAAAATACAAAATAAAATAAG
GTAGTGTGTTTTTTTTTTCTTGAAAAACATAACATAAGACACTATTATATCTTCTAGC


BQ
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AF RR1H075TF U 1
AF RR1H075JQ C 148
BS 1 682 RR1H075TF
BS 683 683 RR1H075JQ
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RD RR1H075TF 751 0 0
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ATTGTTTGAACTTTGAACGCCATTGAATTTTGATCTTCTCATTTCTCAGGCTTAGCGATA
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CTTGTGCAAAATGAATACAATAACTCAATAACAACATTCATTTTTATTATTATTAAAAAT
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ACCCTTATAGTCTCTTATAGATTTTTCAATAATTGTGCATCAACTTGATATTAGCTTTTT
GACCATGTCCAATGGTCGGAGAAAGATCCATCTACATGTTCTCTAAAGATAGTTAACATG
ATTACCAAATATCTAAGAAAAA*TAAACTAAATTATTGATATAACTCGGACA*CTTAATA
CATTAACACAATTACACAATTACACATAAGT

QA 1 751 1 751
DS 

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TTAGGGTCTTGTTTGTCGTTCTATGCAAGTGGACTTGTGCAAAATGAATACAATAACTCA
ATAACAACATTCATTTTTATTATTATTAAAAATCCAACAAGTGGCTGATGGACGGATTAG
TTAATCTCTCTCTAATCATGTTTATTTTCTTATATAACTATATTTTAAAACTTCTATCAA
TATGGTGGTGTCCATGTTGAACTTGGACTCTATACCCTTATAGTTTCTTATAGATTTTTC
AATAATTGTGCATCAACTTGATATTAGCTTTTTGACCATGTCCAATGGTCGGAGAAGGAT
CCATCTACATGTTCTCTAAAGATAGTTAACATGATTACCAAATATTTAAGAAAAAATAAA
CTAAATTATTGATATAACTCGGACAACTTAATACATTAACACAATTACACAATTACACAT
AAGTGCAAAATACAAAATACAAAATAAAATAAGGTAGTGTGTTTTTTTTTTCTTGAAAAA
CATAACATAAGACACTATTATATCTTCTAGC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1H027TF U 1
AF RR1H027JQ C 1
BS 1 583 RR1H027TF
BS 584 681 RR1H027JQ

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AAAAGTGAAAGAGGTTAATATATCTCCTAACCCTATAGCTCGAGGCGAGCCAGCTACCTC
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ATACTTTGGATGGCACATTCACTCTGAGACTCATGACCTTTGCTCTGAGACAACTTGTCC
TGTTGAAACCGGAGACTTCTTGGTTGCTCACTCTCAAGTTCTTCCTGGTTACACTCCTCC
TGGTTCATACTCGCTGCAAATGAAGATGCTTGATGCGCAAAAGAAGGAGCTAACTTGCAT
TAAGTTCTCCATCGACATTGGATCCGTACCATCTGTGGCCGACATGTAGACCAAAATTTC
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QA 1 583 1 583
DS 

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GGGCCTCCCTAACCTCCTTTGAGGGCTTGAGCTGCAGTTTGATCATCAAATCACACCTCC
GAGATTCCATACAACGATGTCGAGAATCGCGATCCTTCCTCTTCTCCTCGTCGTCTTCTC
AACGATTGTTCGAACCACCACCGAAGTCCAATACTGTGAGGAGAATGCAGAGTATGAAGT
AAAAGTGAAAGAGGTTAATATATCTCCTAACCCTATAGCTCGAGGCGAGCCAGCTACCTC
TACCATCTCTGCCACCACAGGGCGTGGGATATCGGGTGGGAAGTTGGTGATTGAAGTTAC
ATACTTTGGATGGCACATTCACTCTGAGACTCATGACCTTTGCTCTGAGACAACTTGTCC
TGTTGAAACCGGAGACTTCTTGGTTGCTCACTCTCAAGTTCTTCCTGGTTACACTCCTCC
TGGTTCATACTCGCTGCAAATGAAGATGCTTGATGCGCAAAAGAAGGAGCTAACTTGCAT
TAAGTTCTCCATCGACATTGGATCCGTACCATCTGTGGCCGACATGTAGACCAAAATTTC
ACTGGCAAAATCACTTTCTCTACCTGTGTATATAAATAGTTTCTTAGGTTTTGTTTTCTT
TTCTAGCTTCATAAGTTATGTTACTAGACGTTGATTTCATTAATCTTCATCATAGATATA
TAAATACATGCTTTAGGTGAT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL8731Contig1 919 2 10 U
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ATGGGAACTCAACCTCTTGACCAAACACTATCATCCAGCGATCTCAACGATGGCTGGAAC
AATCTCCAACATGAACACTTCTCAAAACCAAACGTTTCTCTCTGCAGTGACTCCGCAGCA
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TGAGCTCAGGAAGAAGCTGAAAGAGAATTTTACCATTCTGCGAGGCATTAAAGAGGACGA
GAGGGTGAGAATGGAGTTTGAGTTTCGGAAGAAGAATCCAACGAAGAAACAGAGTAACGT
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TTTTAATGTTATCGTTTAAATTTTTGTTCAAACTAGTTTTGAGAATGGTTTTGTTGAAGC
GGATTTTCAGTACTTCTCT


BQ
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AF RR1EF80TF U 1
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DS 

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AGAAACCTTCTAGAGAACGATGCTGGAGGCGGCTCTGTTTCCGGTTCAATCGCAAAGTAT
CAGCCATACGCAACAGATCCTAACCTAAGCGGGGCTTTCGCATCAGTGCTATGGGAACTC
AACCTCTTGACCAAACACTATCATCCAGCGATCTCAACGATGGCTGGAACAATCTCCAAC
ATGAACACTTCTCAAAACCAAACGTTTCTCTCTGCAGTGACTCCGCAGCAAGCGTTTGCA
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TACTTCTCT

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GTCCCATTTGGTGATACCAGATAGCCGTTTGGTGACACTGGATATCCGTTC


BQ
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AF RR1E762TF C 1
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BS 8 651 RR1E762JQ

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TTTAAAGGTAAAAATGCTTTCCTCGACTCTCATGCCCAACTATGATTGGTTTACCTCTAC
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ATCCTCTGCGGCTTTCTTCTCTTCTTCGCCTCCACTCTTCTCCTCGGCGCTTTCCGTACC
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GTCCCATTTGGTGATACCAGATAGCCGTTTGGTGACACTGGATATCCGTTC

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DS 

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GTAAAAATGCTTTCCTCGACTCTCATGCCCAACTATGATTGGTTTACCTCTACCTCATCC
ATAAAGCCAAGTTTCTCTCCATTCCTTTAGCCTCGGTGTCATGTCAATACTTCAATGACA
GAAAACTACTTCAATTCCCGTTAGATATCCTCTTCTTCTGTGGGTTTCTCTTCCCCTACT
GCCGACTGTCCATTTTCAGGCGTTTCTTTACTTTCTTGTACAGTGACTTCTTCATCCTCT
GCGGCTTTCTTCTCTTCTTCGCCTCCACTCTTCTCCTCGGCGCTTTCCGTACCAGGTAAC
TCTTCTAAAGCCAGTGGTGCAGGTATATATATCCATTCTGATGCTGTGCGGGTATGTAAC
ACGGATATGCACCTGCTACTGGCGACAACGGGTACCCATTCTGTGTTATTTCCGTCCCAT
TTGGTGATACCAGATAGCCGTTTGGTGACACTGGATATCCGTTC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

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AGTGTTCTATCTGCATTCTTCGTCAAACAGAAAACTCCAAAGCTCAAAGCTGGTTACGTC
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TCAATGTACTAAGTCGTACAAACATGTTCCGTGATTAACAAAACTGTGTAGATCAAGAAT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AL92TF U 1
AF RR1AL92JQ C 307
BS 1 893 RR1AL92TF
BS 894 939 RR1AL92JQ

RD RR1AL92TF 893 0 0
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ACTTATATAGACAAAGAAGGTCTTAGACAGCAGCAGCTTTTAGCAGTTATCCCACTTCAT
CACAAACACTACATTCTACCTAATTCTGTCAACAAGCGGGTGCACTTTAGTCCTCTCAGA
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CCTGCTTCGAAATCACTTTCCTGGCATTTAGGCTCAGAGACTAAGTCGACCCTGAAAGGA
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TCAATGTACTAAGTCGTACAAACATGTTCCGTGATTAACAAAACTGTGTAGAT

QA 1 893 1 893
DS 

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GCCACTGTTGCACCAAGCTCCAAAGATTCAAAAGCTTTTGCAAAGACAACTGGAGTGTTC
CATCTTTTAGGTGATGAAGAAAACGTAAAGCCTTTGGTCGGAGGTTCTCAAGTCTCAGGT
GTTCCTGCAACATCCACTATCACAAGGCAGGCACAGAAGGATACGGAAGTCCCCAAACTT
ACGACGGCTCACAACCCACGAAGAGAGATCATTCAAGCACCCGTAAGGACCAAGAGTGTT
CTATCTGCATTTTTCGTCAAACAGAAAACTCCAAAGCTCAAAGCTGGTTACGTCTAGTGA
AAACAACTCCCTACACTGACACTGAGAATGAAATTTCAATATCATCCCATCACCTTTCTT
TTATTTTTACAACACGTTCTCTTTCCATGTATAAATTTTCTTAGTTCAAACATATCAATG
TACTAAGTCGTACAAACATGTTCCGTGATTAACAAAACTGTGTAGATCAAGAATAATGTT
GTTTTAAGCAAAGCTTTGAAGTGCAAAGACGCC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

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AGGATGATAGATATCAGCCGGGTCCAGAAAGAGCTCCAAGATTGCGAGAAAGACAGAGAC
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CCCGGTCCAATCGGTACTCCTTACGAAGGCGGAACCTTTCAGATCGATATCACCATTCCA
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CTTACTTTGAAGACAGCTCTTGTTTCTGTCCAGGCATTACTCTCTGCACCAGAGCCTAAA
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ACAGCCCGTTACTGGACCCAAACATTCGCCAAGAACTCTTCTCTTGAGGACAAAGTGAAG
AGACTTGTGGAGATGGGTTTTGGAGATGCTCAGGTCACGAGTGCAATTGAATCAAGTGGT
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TGCTATATATCCATAAAAGGAGATTTTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BP09TF U 1
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GGAGATGAGAATCTGGCGCTTGAAAAGCTCTGCTCTGGTTAGAATCTATCAAAGCAGAGG
CC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR1BP09JQ 778 0 0
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ATGAAGAACTATCAAGTGTTCGTATCAACAGCCCGTTACTGGACCCAAACATTCGCCAAG
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TCTGGTTAGAATCTATCAAAGCAGAGGCCTCTTTTGGCGCTAGATATGATATTAATTGGG
TTTATTATAACTTTATGTGTTGCGTTTCTGTTCTTGTCTGATGATAAGAGTGAACTACTT
TAAAAAAAAAAAGAATACTAAATGCAATGCTATATATCCATAAAAGGAGATTTTATCT

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EY06JQ C 1
AF RR1EY06TF U 1
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TCAATCCGGATATCGGTTCGGTTTCGGTTTGGTTTTTTCGGATTTTCGGTATTTCGGTTA
GTAAAATATAACTACCATTCGAAATCTATATTTACTTCGGTTCGGTTCGGTTTATATACT
GTCGGTTTTCGGTTTATTCGGAGTATTTATTGTGATCATATTATATGAATTTTAAAATCA
AGTTGTCAAAACAGTTATTTATTGATAATATTATATGTTT

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR1EY06TF 460 0 0
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AAGTGGAGAAGCGAGAACCATGCCATTCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAAATGTA
ACCATTCACGAAGGGGAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAATACTTGGGACTAGGGGTGT
TCAATCCGGATATCGGTTCGGTTTCGGTTTGGTTTTTTCGGATTTTCGGTATTTCGGTTA
GTAAAATATAACTACCATTCGAAATCTATATTTACTTCGGTTCGGTTCGGTTTATATACT
GTCGGTTTTCGGTTTATTCGGAGTATTTATTGTGATCATATTATATGAATTTTAAAATCA
AGTTGTCAAAACAGTTATTTATTGATAATATTATATGTTT

QA 1 460 1 460
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8737Contig1 1264 2 2 U
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GATGTGTTGTTGAGTGCCTCGAGAAAGAGAAGTGCAATTCCTTCCAGGATTGCATAACTT
GGGCTCGTCTGAGGTTTGAAGATTACTTCGTCAACCGTGTGAAGCAGTTGATTTTCACAT
TCCCCGAGGATGCTAATACCAGTACTGGAGCACCATTCTGGTCTGCCCCAAAGAGATTCC
CTCGTCCGCTTCAGTTCTCCTCAGCTGACCTGAGCCATACCAATTTTGTCATGGCTGCTG
CCATCTTGCGAGCAGAGACATTCGGAATCCCTACTCCTGAGTGGGCTAAAACTCCAACCG
GACTAGCTGAGGCTGTGGAAAGAGTGATAGTCCCCAACTTTGAGCCGAGGGAAGATGCAA
AGATAGTGACTGATGAGAAGGCTACAACTCTGTCTACAGCTTCAGTCGATGATGCAGCAG
TCATCGATGAACTAATCGCAAAACTAGAGCGGTGCAGGCTGAGCTTGCAGCCGGAGTTCA
GGATGAAGCCAATTCAGTTTGAAAAGGATGACGATACCAACTACCACATGGATATGATCG
CTGGGCTAGCCAACATGAGAGCAAGGAACTACAGCGTTCCGGAGGTGGACAAGCTTAAAG
CCAAGTCCATCGCCGGAAGAATCATACCTGCCATCGCAACATCAACGGCTATGGCAACGG
GTTTTGTTTGCCTCGAGCTGTACAAGGTCTTAGACGGCGCACACAAAGTGGAAGACTACA
GAAACACATTCGCTAACTTAGCGCTTCCACTCTTCTCCATAGCTGAGCCGGTTCCACCCA
AAGTAGTGAAGCACCAAGACCAAAGCTGGACGGTTTGGGACCGATGGGTCATCAAAGGAA
ACCCAACCCTAAAAGAGTTGCTAAAATGGGTAAAAGACAAAGGACTAAACGCGTACAGCA
TATCGGTCGGAAGCTCTTTACTGTACAACAGTATGTTCCCAAGGCATAAAGGGAGGATGG
AGAGGAGAGTTGTGGATATTGCAAGAGAAGTAGCTAAAGTTGAGTTGCCTGCTTACAGAC
GTCACTTGGATGTTGTGGTGGCTTGTGAGGATGACGACGACAATGACGTTGATATCCCTC
TCGTATCAGTCTACTACGCCTGATCAGAATTTTAACATCTCCCAAAAGTCTTTATACTAC
TACAGAACAGAGTTTTGGTGTGTCTTGTTTTAATATGCGAACAATATAGCATTAGTCAGT
TTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1BC49TF U 1
AF RR1BC49JQ C 389
BS 1 741 RR1BC49TF
BS 742 1264 RR1BC49JQ

RD RR1BC49TF 741 0 0
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GATGTGTTGTTGAGTGCCTCGAGAAAGAGAAGTGCAATTCCTTCCAGGATTGCATAACTT
GGGCTCGTCTGAGGTTTGAAGATTACTTCGTCAACCGTGTGAAGCAGTTGATTTTCACAT
TCCCCGAGGATGCTAATACCAGTACTGGAGCACCATTCTGGTCTGCCCCAAAGAGATTCC
CTCGTCCGCTTCAGTTCTCCTCAGCTGACCTGAGCCATACCAATTTTGTCATGGCTGCTG
CCATCTTGCGAGCAGAGACATTCGGAATCCCTACTCCTGAGTGGGCTAAAACTCCAACCG
GACTAGCTGAGGCTGTGGAAAGAGTGATAGTCCCCAACTTTGAGCCGAGGGAAGATGCAA
AGATAGTGACTGATGAGAAGGCTACAACTCTGTCTACAGCTTCAGTCGATGATGCAGCAG
TCATCGATGAACTAATCGCAAAACTAGAGCGGTGCAGGCTGAGCTTGCAGCCGGAGTTCA
GGATGAAGCCAATTCAGTTTGAAAAGGATGACGATACCAACTACCACATGGATATGATCG
CTGGGCTAGCCAACATGAGAGCAAGGAACTACAGCGTTCCGGAGGTGGACAAGCTTAAAG
CCAAGTCCATCGCCGGAAGAATCATACCTGCCATCGCAACATCAACGGCTATGGCAACGG
GTTTTGTTTGCCTCGAGCTGT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1BC49JQ 876 0 0
AGTCCCCAACTTTGAGCCGAGGGAAGATGCAAAGATAGTGACTGATGAGAAGGCTACAAC
TCTGTCTACAGCTTCAGTCGATGATGCAGCAGTCATCGATGAACTAATCGCAAAACTAGA
GCGGTGCAGGCTGAGCTTGCAGCCGGAGTTCAGGATGAAGCCAATTCAGTTTGAAAAGGA
TGACGATACCAACTACCACATGGATATGATCGCTGGGCTAGCCAACATGAGAGCAAGGAA
CTACAGCGTTCCGGAGGTGGACAAGCTTAAAGCCAAGTCCATCGCCGGAAGAATCATACC
TGCCATCGCAACATCAACGGCTATGGCAACGGGTTTTGTTTGCCTCGAGCTGTACAAGGT
CTTAGACGGCGCACACAAAGTGGAAGACTACAGAAACACATTCGCTAACTTAGCGCTTCC
ACTCTTCTCCATAGCTGAGCCGGTTCCACCCAAAGTAGTGAAGCACCAAGACCAAAGCTG
GACGGTTTGGGACCGATGGGTCATCAAAGGAAACCCAACCCTAAAAGAGTTGCTAAAATG
GGTAAAAGACAAAGGACTAAACGCGTACAGCATATCGGTCGGAAGCTCTTTACTGTACAA
CAGTATGTTCCCAAGGCATAAAGGGAGGATGGAGAGGAGAGTTGTGGATATTGCAAGAGA
AGTAGCTAAAGTTGAGTTGCCTGCTTACAGACGTCACTTGGATGTTGTGGTGGCTTGTGA
GGATGACGACGACAATGACGTTGATATCCCTCTCGTATCAGTCTACTACGCCTGATCAGA
ATTTTAACATCTCCCAAAAGTCTTTATACTACTACAGAACAGAGTTTTGGTGTGTCTTGT
TTTAATATGCGAACAATATAGCATTAGTCAGTTTGC

QA 1 876 1 876
DS 



AS 1 2

CO CL8738Contig1 1116 2 2 U
GGATAATAGACCATTTGTAACCTTACCCATTGAGCGAAGAGAAGAGAAGATGTTGCGAGT
TGCAGGGAGGAGGCTTTTGTCTCTAAAGCAGCAGAGATCTTCCACTGCCACCTCTTTCGT
CCTTTCCAGAGATCACACCATCTCCAAAGAAGGCGACGACTCCACCAGATCTGTTCCCTC
TGCAGATCTTTCATGTTTCAATTCTTACCACCGGAGCCTTTTAAGAGGTTTCTCTTCTCA
AGTCATTACCCAAGGAAATGAGGTAGGCTTCGCTTCTGAAGTCCCAGCCACCGTTGAGGC
CGTCAAGACGCCTAACTCGAAGATTGTCTATGATGACCACAACCACGAGCGTTACCCACC
TGGTGACCCTAGCAAGCGTGCCTTCGCCTATTTCGTCCTGTCCGGTGGGAGGTTTGTCTA
CGCCTCTGTTCTCCGCCTTCTGGTCCTGAAGCTCATTGTTAGCATGTCCGCAAGTAAAGA
TGTCCTTGCACTTGCGTCCCTCGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAGCCGGGAACTACTGT
CACAGTGAAGTGGCGTGGAAAGCCTGTCTTCATCAGGCGAAGAACTGAAGACGATATCAA
GCTAGCCAATAGCGTGGATCTTGGATCACTGAGGGACCCGCAAGAAGACTCGGTGAGGGT
CAAGAATCCGGAATGGTTGGTGGTGGTAGGAGTCTGCACTCACCTGGGGTGCATCCCTTT
GCCGAATGCTGGTGATTACGGTGGATGGTTTTGCCCGTGTCATGGTTCGCATTACGATAT
CTCTGGAAGGATCAGGAAAGGTCCTGCACCATACAACCTGGAAGTACCGACTTACAGCTT
CTTGGAAGAGAATAAGTTACTCATTGGTTAATGATGGAGTAAAAGCACATCAGACAGTGT
TTTTGTGTCTTAAAGATCCTCATATGTTTTTGTTTTTCTTTGATATATACTTTCCGGCTA
CAAATGTAGCGTGCAAGTTCTCGCTTTCCTTACACCTGGGTCTTCTCAGCAAGGAAAGTA
AAAGATTGTTTTGGTTTTGCTGAATAATACAAACTTGTCACTGTATGACTTATCATCTGT
TTCATCTGGTGAAAAAACAATTTTGGTAATAGTTTC


BQ
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AF RR1BU01TF U 1
AF RR1BU01JQ C 392
BS 1 687 RR1BU01TF
BS 688 1116 RR1BU01JQ

RD RR1BU01TF 687 0 0
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TGCAGGGAGGAGGCTTTTGTCTCTAAAGCAGCAGAGATCTTCCACTGCCACCTCTTTCGT
CCTTTCCAGAGATCACACCATCTCCAAAGAAGGCGACGACTCCACCAGATCTGTTCCCTC
TGCAGATCTTTCATGTTTCAATTCTTACCACCGGAGCCTTTTAAGAGGTTTCTCTTCTCA
AGTCATTACCCAAGGAAATGAGGTAGGCTTCGCTTCTGAAGTCCCAGCCACCGTTGAGGC
CGTCAAGACGCCTAACTCGAAGATTGTCTATGATGACCACAACCACGAGCGTTACCCACC
TGGTGACCCTAGCAAGCGTGCCTTCGCCTATTTCGTCCTGTCCGGTGGGAGGTTTGTCTA
CGCCTCTGTTCTCCGCCTTCTGGTCCTGAAGCTCATTGTTAGCATGTCCGCAAGTAAAGA
TGTCCTTGCACTTGCGTCCCTCGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAGCCGGGAACTACTGT
CACAGTGAAGTGGCGTGGAAAGCCTGTCTTCATCAGGCGAAGAACTGAAGACGATATCAA
GCTAGCCAATAGCGTGGATCTTGGATCACTGAGGGACCCGCAAGAAGACTCGGTGAGGGT
CAAGAATCCGGAATGGTTGGTGGTGGT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1BU01JQ 725 0 0
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CTCATTGTTAGCATGTCCGCAAGTAAAGATGTCCTTGCACTTGCGTCCCTCGAGGTCGAC
CTCGGGAGCATCGAGCCGGGAACTACTGTCACAGTGAAGTGGCGTGGAAAGCCTGTCTTC
ATCAGGCGAAGAACTGAAGACGATATCAAGCTAGCCAATAGCGTGGATCTTGGATCACTG
AGGGACCCGCAAGAAGACTCGGTGAGGGTCAAGAATCCGGAATGGTTGGTGGTGGTAGGA
GTCTGCACTCACCTGGGGTGCATCCCTTTGCCGAATGCTGGTGATTACGGTGGATGGTTT
TGCCCGTGTCATGGTTCGCATTACGATATCTCTGGAAGGATCAGGAAAGGTCCTGCACCA
TACAACCTGGAAGTACCGACTTACAGCTTCTTGGAAGAGAATAAGTTACTCATTGGTTAA
TGATGGAGTAAAAGCACATCAGACAGTGTTTTTGTGTCTTAAAGATCCTCATATGTTTTT
GTTTTTCTTTGATATATACTTTCCGGCTACAAATGTAGCGTGCAAGTTCTCGCTTTCCTT
ACACCTGGGTCTTCTCAGCAAGGAAAGTAAAAGATTGTTTTGGTTTTGCTGAATAATACA
AACTTGTCACTGTATGACTTATCATCTGTTTCATCTGGTGAAAAAACAATTTTGGTAATA
GTTTC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL8739Contig1 655 2 2 U
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GCTTAACATGGAGAGTATGGGTAAAGGAGAAATGTGGGTGAATGGTGAAAGCATTGGTCG
TTATTGGGTTTCCTTTCTCACTCCTTCTGGCCATCCTTCTCAATCTATATATCATATTCC
AAGGGCGTTTCTGAAACCATCTGGAAACCTGTTGGTGGTATTGGAAGAGGAAGGTGGTGA
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TTTAATACATTTGTTTTGTTGGTAATTGGGGGTGGGGGAGGTTTATTCTGTACCA


BQ
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AF RR1GD10JQ C 1
AF RR1GD10TF U 1
BS 1 624 RR1GD10TF
BS 625 655 RR1GD10JQ

RD RR1GD10JQ 655 0 0
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TCTGAGTAGATCTCAGTGGGGTTACTCGGTGGGTTTGCTTGGCGAAAAAGTTAGGTTACA
TCAATGGAGAAATCTAAATAGAGTGAAGTGGAGTACCAACAACGCTGGACTCATAAAGAA
TCACCCTCTCGCTTGGTACAAGACGATGTTTGATGAGCCGAGTGGAGATGGGCCGGTGGG
GCTTAACATGGAGAGTATGGGTAAAGGAGAAATGTGGGTGAATGGTGAAAGCATTGGTCG
TTATTGGGTTTCCTTTCTCACTCCTTCTGGCCATCCTTCTCAATCTATATATCATATTCC
AAGGGCGTTTCTGAAACCATCTGGAAACCTGTTGGTGGTATTGGAAGAGGAAGGTGGTGA
TCCTCTTGGGATATCTTTGAATACAATATCGGTTGTTGGTTAAACTGTCCTGAATATTTT
TTTAATACATTTGTTTTGTTGGTAATTGGGGGTGGGGGAGGTTTATTCTGTACCA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1GD10TF 624 0 0
GGGAAGCAGAGACATAAGAGCGGTTAAGCTCCAGATTCCAGTTAGCTTAATCAATGGACA
AAACAACATTTCAATCCTTAGCGGCATGGTTGGTCTACCGGACTCTGGAGCGTACATGGA
GAGGAAGTCCTATGGACTAACCAAAGCTCAAATTAGCTGTGACGGTACTAAGACCATCGA
TCTGAGTAGATCTCAGTGGGGTTACTCGGTGGGTTTGCTTGGCGAAAAAGTTAGGTTACA
TCAATGGAGAAATCTAAATAGAGTGAAGTGGAGTACCAACAACGCTGGACTCATAAAGAA
TCACCCTCTCGCTTGGTACAAGACGATGTTTGATGAGCCGAGTGGAGATGGGCCGGTGGG
GCTTAACATGGAGAGTATGGGTAAAGGAGAAATGTGGGTGAATGGTGAAAGCATTGGTCG
TTATTGGGTTTCCTTTCTCACTCCTTCTGGCCATCCTTCTCAATCTATATATCATATTCC
AAGGGCGTTTCTGAAACCATCTGGAAACCTGTTGGTGGTATTGGAAGAGGAAGGTGGTGA
TCCTCTTGGGATATCTTTGAATACAATATCGGTTGTTGGTTAAACTGTCCTGAATATTTT
TTTAATACATTTGTTTTGTTGGTA

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL8740Contig1 844 2 6 U
GTACACCATGTCGAAACAAGCAGAAGCTGCAGATCTTTTGTATAAGGCGAACATGAACGG
TGGAAGCGTTCTTGAATACACACTTGCATTCACAAGCGCGTCTCTTGACAAATACTGTAG
TAAATGGAGTGCTCCTCCAAAGACGGGATTCGTCGATATCACAACTTCAAAGGACTTTTA
CCGCATTTACGGTGGTCTTCAGATCGGATATCTGGAGGAGATAACAGTACCACAATCAGC
TCAGCAAGAAGTCCTAGGAGATTCGATAGCTTGGGGTGGTTGCACTATCATTTACCTGCT
AGGGCAGCAACTTCACTTTGAGTTGTTTGATTTCTCGTACCAAGTACTCAATGTCTCTGA
GGTTGAGACCGTGTCTGCTTCACATACTCATAGGAATCCTCAAGTTCTCCAGGGATGGGA
AGGTTTGTTGGAAGGGATGAAGAGAGCTCGGCGTCTGAACAACCATGTCTTCTCCATGCT
CAAAGCTCGTTGTCCACTCGAAGACAAAACGGCTTGTGCCATCAAACAGAGCGGCGCACC
ACTACCACGTGTCAGGTTTGATAATACAGTGTCTGCCTTTGAGTCTCTGCCTCAGAAAGG
AACCGTTGGCTGATGTAATGTGATGGGTTTGCTCTTCTAGTACCGTATGAATACAAACAT
TTCTGAGTAAGACTGCTTTCTGGCAACAGCCATAACGATTGTTGATTTGTTTCTTTATAT
TTTGATGTAAGATGTGTTAAACAATTGAGAAAATACCCTGAAAAGTGAAAACTATAAATA
AATGAAGAAAAAATGTCTTGTAGTAATAACGTTATATTGTTTTCGTAACTATTCAAGTGA
AAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR1E550TF U 1
AF RR1E550JQ C 77
BS 1 599 RR1E550TF
BS 600 600 RR1E550JQ
BS 601 685 RR1E550TF
BS 686 686 RR1E550JQ
BS 687 709 RR1E550TF
BS 710 844 RR1E550JQ

RD RR1E550TF 709 0 0
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TGGAAGCGTTCTTGAATACACACTTGCATTCACAAGCGCGTCTCTTGACAAATACTGTAG
TAAATGGAGTGCTCCTCCAAAGACGGGATTCGTCGATATCACAACTTCAAAGGACTTTTA
CCGCATTTACGGTGGTCTTCAGATCGGATATCTGGAGGAGATAACAGTACCACAATCAGC
TCAGCAAGAAGTCCTAGGAGATTCGATAGCTTGGGGTGGTTGCACTATCATTTACCTGCT
AGGGCAGCAACTTCACTTTGAGTTGTTTGATTTCTCGTACCAAGTACTCAATGTCTCTGA
GGTTGAGACCGTGTCTGCTTCACATACTCATAGGAATCCTCAAGTTCTCCAGGGATGGGA
AGGTTTGTTGGAAGGGATGAAGAGAGCTCGGCGTCTGAACAACCATGTCTTCTCCATGCT
CAAAGCTCGTTGTCCACTCGAAGACAAAACGGCTTGTGCCATCAAACAGAGCGGCGCACC
ACTACCACGTGTCAGGTTTGATAATACAGTGTCTGCCTTTGAGTCTCTGCCTCAGAAAG*
AACCGTTGGCTGATGTAATGTGATGGGTTTGCTCTTCTAGTACCGTATGAATACAAACAT
TTCTGAGTAAGACTGCTTTCTGGCA*CAGCCATAACGATTGTTGATTTG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1E550JQ 768 0 0
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CCAAAGACGGGATTCGTCGATATCACAACTTCAAAGGACTTTTACCGCATTTACGGTGGT
CTTCAGATCGGATATCTGGAGGAGATAACAGTACCACAATCAGCTCAGCAAGAAGTCCTA
GGAGATTCGATAGCTTGGGGTGGTTGCACTATCATTTACCTGCTAGGGCAGCAACTTCAC
TTTGAGTTGTTTGATTTCTCGTACCAAGTACTCAATGTCTCTGAGGTTGAGACCGTGTCT
GCTTCACATACTCATAGGAATCCTCAAGTTCTCCAGGGATGGGAAGGTTTGTTGGAAGGG
ATGAAGAGAGCTCGGCGTCTGAACAACCATGTCTTCTCCATGCTCAAAGCTCGTTGTCCA
CTCGAAGACAAAACGGCTTGTGCCATCAAACAGAGCGGCGCACCACTACCACGTGTCAGG
TTTGATAATACAGTGTCTGCCTTTGAGTCTCTGCCTCAGAAAGGAACCGTTGGCTGATGT
AATGTGATGGGTTTGCTCTTCTAGTACCGTATGAATACAAACATTTCTGAGTAAGACTGC
TTTCTGGCAACAGCCATAACGATTGTTGATTTGTTTCTTTATATTTTGATGTAAGATGTG
TTAAACAATTGAGAAAATACCCTGAAAAGTGAAAACTATAAATAAATGAAGAAAAAATGT
CTTGTAGTAATAACGTTATATTGTTTTCGTAACTATTCAAGTGAAAAC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL8741Contig1 780 2 2 U
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CTTGTCTTGTGAACTCTTGCATCGGATTGATCTTCCTTCAGAAATCGGAATCGGAAACAT
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AAACAGTCACCTGTCTTCTTTCAAACTCGCCAAACTGTTCGATTCAGAAGCTTCCTGGGA
CAAGGACCAACTAGGAGACGTGTTGCATTGGATCAGACAAGTTGTTGGATTGCTCTGCGG
ATTGATTTGGGGTGCTATTCCTTTGGTTGGTGGCATTTGGTTACTCCTGTTTCTGGCGTT
CTCCTCAGGCATAGTGTATGGTTACTATGCGTTGATTCTAAAGATCGATGAAGAAGACTA
TGGGGGTCATGCAGCTCTTCTCCAGGATGGTTTATTTGCTTCGCTAAGTGTATTCCTGCT
TGCGTGGATTCTGGTTTATAGCTTGTTTAGCTTCTGATAGAGACACTACTGTCTTGCGCT
CAAGTTCGCTCGGAAGAAGTTTAGAAGAATGTGCCATTTATGGTTTCTCCGATTACAGTC
TTCTTTACGCTGCTTATGATGGTTTTGTGTTTTCTTAAGATGGGAACTAGCATTGTTAGG
GCATCTCCAACCCTATTCCATTTTTTACTCCAAACATCATTTTGGAGTAAAATCTTCTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CS31TF U 1
AF RR1CS31JQ C 1
BS 1 628 RR1CS31TF
BS 629 780 RR1CS31JQ

RD RR1CS31TF 628 0 0
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AAACAGTCACCTGTCTTCTTTCAAACTCGCCAAACTGTTCGATTCAGAAGCTTCCTGGGA
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ATTGATTTGGGGTGCTATTCCTTTGGTTGGTGGCATTTGGTTACTCCTGTTTCTGGCGTT
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TGCGTGGATTCTGGTTTATAGCTTGTTTAGCTTCTGATAGAGACACTACTGTCTTGCGCT
CAAGTTCGCTCGGAAGAAGTTTAGAAGA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1CS31JQ 780 0 0
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AAACAGTCACCTGTCTTCTTTCAAACTCGCCAAACTGTTCGATTCAGAAGCTTCCTGGGA
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ATTGATTTGGGGTGCTATTCCTTTGGTTGGTGGCATTTGGTTACTCCTGTTTCTGGCGTT
CTCCTCAGGCATAGTGTATGGTTACTATGCGTTGATTCTAAAGATCGATGAAGAAGACTA
TGGGGGTCATGCAGCTCTTCTCCAGGATGGTTTATTTGCTTCGCTAAGTGTATTCCTGCT
TGCGTGGATTCTGGTTTATAGCTTGTTTAGCTTCTGATAGAGACACTACTGTCTTGCGCT
CAAGTTCGCTCGGAAGAAGTTTAGAAGAATGTGCCATTTATGGTTTCTCCGATTACAGTC
TTCTTTACGCTGCTTATGATGGTTTTGTGTTTTCTTAAGATGGGAACTAGCATTGTTAGG
GCATCTCCAACCCTATTCCATTTTTTACTCCAAACATCATTTTGGAGTAAAATCTTCTCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL8742Contig1 635 2 2 U
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CCTTATTATCTCAAGTTTTTTGGTGCCTACGAACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1AE83JQ C 1
AF RR1AE83TF U 1
BS 1 633 RR1AE83TF
BS 634 635 RR1AE83JQ

RD RR1AE83JQ 635 0 0
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AGCCTTCCAAGCTTGCATGGACTACCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAAGGATGCAGCTC
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CTGCTGCCAAGGGAGGTCCCAAGTTGGGTGGTGGTGGTGGCAAACGCTGATTAAGCTCAA
AACCATCTATTGTCCAGTTTGACAACTTTTTAATGTTGATTTCAGAATATTCTGCAGAAT
CCTTATTATCTCAAGTTTTTTGGTGCCTACGAACC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR1AE83TF 633 0 0
GGGCAGCCAGCTAAGGACGAGCAAGAAGAAGAGCAGCAAACATGGTTCTCAAGACGGAGC
TTTGTCGTTTCAGTGGCCACAAAATTTACCCAGGAAGAGGAATCATATTTATCCGATCTG
ACTCTCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAGTGCAAGCATTACTTTCATAATAAGCTGA
AGCCTTCCAAGCTTGCATGGACTACCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAAGGATGCAGCTC
AAGAGGCTGTCAAGAAGAGGAGACGTGCCACTAAGAAGCCATACTCAAGGTCTATTGTTG
GTGCTACTTTGGAAGTGATTCAGAAGAAGAGAGCTGAGAAGCCAGAAGTTCGTGATGCCG
CAAGAGAAGCTGCTCTTCGTGGTATCAAGGAGAGAATCAAGAAGACTAAAGATGAGAAAA
AGGCAAAGAAGGCTGAATTTGCTTCTAAGCAACAGAAGATTCAGGCTAAGATCCCCAAGG
CTGCTGCCAAGGGAGGTCCCAAGTTGGGTGGTGGTGGTGGCAAACGCTGATTAAGCTCAA
AACCATCTATTGTCCAGTTTGACAACTTTTTAATGTTGATTTCAGAATATTCTGCAGAAT
CCTTATTATCTCAAGTTTTTTGGTGCCTACGAA

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL8743Contig1 824 2 8 U
GGACACTCGAAAGGAAGGAACCAAACTTTTCTCTCTCTAAAGAAACCTTCCTCCCTTTCA
CTGTCTGCAACTTACACTAGCTTCTTGTCTGGGAATCTCTCCCCTTCCATTTTTTCTCCC
AAGATGCCGATCAACAAAGACCCATCAACACCTCCGCCTGTCATCGGCAAAATCGGTCCT
TACACCGTCTTCATGACTCCTCCGGCCACTTCAAAACCACCTGAATCTCCTTCCGCCGTC
TCTCAGAAGCCCAACCTTCCACCGCCGGTTCTTCCACCGCCTCAGCAGTTTAAATCGGTG
GCTTCCTCTGCACCGGACGGCTCTGTTTTGGGGTTCTTCAAAAACGCCGCCACAAAGGTT
CAAAATGCACATTCAAGTGTGGATGATCATTTGGTGAGATGGTTTGGGTTAAACCAATCT
AAGTACCAGTGGGCTTTGGACGAGTACTACGAAGGCAAAGGATCTGAGATGAAGAGTGTT
AAAGCAAATGAGATGCCTGAGAAAGTACAAAGCGCATAAGCAACCATATAAATCCACTTC
CTCTCCCTTTGGCCAGTCTCCAAAACTTAATTTTCTGGGAGAGTTAAGAAATGAAAAGCT
TGGTGTTGATGAAAGTTTTCTTCAGGTGATCAGTCATTGAATCCATTTAACCTTAGAGAT
CTGTTTTGCTATGTTGAGAGTCTATGTATCTCTTTGTAGTCTTTATTAAACAAATCTCCA
AAGGAAAATGGAGTTGCATTGATCATTTGATTTGTTGTAAGTTTAATCACATTATTTTAT
TTTAAATCTTATCATATATATAGAGATATATATATCCTCTAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C741TF U 1
AF RR1C741JQ C 117
BS 1 709 RR1C741TF
BS 710 712 RR1C741JQ
BS 713 727 RR1C741TF
BS 728 728 RR1C741JQ
BS 729 739 RR1C741TF
BS 740 740 RR1C741JQ
BS 741 759 RR1C741TF
BS 760 824 RR1C741JQ

RD RR1C741TF 759 0 0
GGACACTCGAAAGGAAGGAACCAAACTTTTCTCTCTCTAAAGAAACCTTCCTCCCTTTCA
CTGTCTGCAACTTACACTAGCTTCTTGTCTGGGAATCTCTCCCCTTCCATTTTTTCTCCC
AAGATGCCGATCAACAAAGACCCATCAACACCTCCGCCTGTCATCGGCAAAATCGGTCCT
TACACCGTCTTCATGACTCCTCCGGCCACTTCAAAACCACCTGAATCTCCTTCCGCCGTC
TCTCAGAAGCCCAACCTTCCACCGCCGGTTCTTCCACCGCCTCAGCAGTTTAAATCGGTG
GCTTCCTCTGCACCGGACGGCTCTGTTTTGGGGTTCTTCAAAAACGCCGCCACAAAGGTT
CAAAATGCACATTCAAGTGTGGATGATCATTTGGTGAGATGGTTTGGGTTAAACCAATCT
AAGTACCAGTGGGCTTTGGACGAGTACTACGAAGGCAAAGGATCTGAGATGAAGAGTGTT
AAAGCAAATGAGATGCCTGAGAAAGTACAAAGCGCATAAGCAACCATATAAATCCACTTC
CTCTCCCTTTGGCCAGTCTCCAAAACTTAATTTTCTGGGAGAGTTAAGAAATGAAAAGCT
TGGTGTTGATGAAAGTTTTCTTCAGGTGATCAGTCATTGAATCCATTTAACCTTAGAGAT
CTGTTTTGCTATGTTGAGAGTCTATGTATCTCTTTGTAGTCTTTATTAAC**AATCTCCA
AAGGAAA*TGGAGTTGCAT*GATCATTTGATTTGTTGTA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1C741JQ 708 0 0
TCCCAAGATGCCGATCAACAAAGACCCATCAACACCTCCGCCTGTCATCGGCAAAATCGG
TCCTTACACCGTCTTCATGACTCCTCCGGCCACTTCAAAACCACCTGAATCTCCTTCCGC
CGTCTCTCAGAAGCCCAACCTTCCACCGCCGGTTCTTCCACCGCCTCAGCAGTTTAAATC
GGTGGCTTCCTCTGCACCGGACGGCTCTGTTTTGGGGTTCTTCAAAAACGCCGCCACAAA
GGTTCAAAATGCACATTCAAGTGTGGATGATCATTTGGTGAGATGGTTTGGGTTAAACCA
ATCTAAGTACCAGTGGGCTTTGGACGAGTACTACGAAGGCAAAGGATCTGAGATGAAGAG
TGTTAAAGCAAATGAGATGCCTGAGAAAGTACAAAGCGCATAAGCAACCATATAAATCCA
CTTCCTCTCCCTTTGGCCAGTCTCCAAAACTTAATTTTCTGGGAGAGTTAAGAAATGAAA
AGCTTGGTGTTGATGAAAGTTTTCTTCAGGTGATCAGTCATTGAATCCATTTAACCTTAG
AGATCTGTTTTGCTATGTTGAGAGTCTATGTATCTCTTTGTAGTCTTTATTAAACAAATC
TCCAAAGGAAAATGGAGTTGCATTGATCATTTGATTTGTTGTAAGTTTAATCACATTATT
TTATTTTAAATCTTATCATATATATAGAGATATATATATCCTCTAGTC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL8744Contig1 837 2 4 U
TTTTTCAATCTAAATCTTTCTAACAAATCTCTGAACACATCATCAATGGGGAAAGACGAT
AATCCGAGTCAAGGTGAAACTGCGGCAACGGATCCGGCAAGGGAATGCGAGGGAAAAGGA
GCTTGTGAATTCAAACAGACTCGACTCTCTGATACAATCATGCCTCATATCCTCAACTTG
TACGGGGCATGTGCAAAAGCAAACGATTTTGACATGTACGCGCCAAATGCTTCGTTTGAG
GACCCTTTAACACATGCTCAAGGGGTGAAGCAAATCAAATCAGCATTTTACTCACTCTCC
AAGGTGTTTGGTGAGTCGAAAATAGTTGAATACCAAGTTCAAGAAAGTGATATCGCACCG
GGGAAGAAAGAGATATTAATTGACAACAAGCAACACTACAAGATCATGGGAAAGGACATA
GATATGATCTCCCTCATTAAACTCTCTGTCGAGAACGGGAAGATTGTCCGACACGAAGAC
TGGTGGGATAAGAAACCTCTGAGGAACAGAGACACAGTTAGCTTCCCATTAGTCGGTCGG
TTTATGGAGATGGGTCGAAGAGGCATGATGCTAGCTACTCATGCCATGATGGGTTTTGGT
AAAGATCCTGACTCACATTGAATAAAGGACAGATTCATCGGAAACAATGAATATATAATG
TCTAAGCTCTTCAAAACATTCCTTGATTTTGAGTAACTTCCTCTGTCGGTTTGGTTTGGT
TTCGATTTTAGTTTTATATTTGTAATATATTAACGTGTGGTTGGGTTATCAAATGTTTGT
GTATACATCTAATTTGGGAAAATCGCATAAAAAACCCTCAAAGTGTCACTTACTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E728TF U 1
AF RR1E728JQ C 100
BS 1 675 RR1E728TF
BS 676 676 RR1E728JQ
BS 677 689 RR1E728TF
BS 690 837 RR1E728JQ

RD RR1E728TF 702 0 0
TTTTTCAATCTAAATCTTTCTAACAAATCTCTGAACACATCATCAATGGGGAAAGACGAT
AATCCGAGTCAAGGTGAAACTGCGGCAACGGATCCGGCAAGGGAATGCGAGGGAAAAGGA
GCTTGTGAATTCAAACAGACTCGACTCTCTGATACAATCATGCCTCATATCCTCAACTTG
TACGGGGCATGTGCAAAAGCAAACGATTTTGACATGTACGCGCCAAATGCTTCGTTTGAG
GACCCTTTAACACATGCTCAAGGGGTGAAGCAAATCAAATCAGCATTTTACTCACTCTCC
AAGGTGTTTGGTGAGTCGAAAATAGTTGAATACCAAGTTCAAGAAAGTGATATCGCACCG
GGGAAGAAAGAGATATTAATTGACAACAAGCAACACTACAAGATCATGGGAAAGGACATA
GATATGATCTCCCTCATTAAACTCTCTGTCGAGAACGGGAAGATTGTCCGACACGAAGAC
TGGTGGGATAAGAAACCTCTGAGGAACAGAGACACAGTTAGCTTCCCATTAGTCGGTCGG
TTTATGGAGATGGGTCGAAGAGGCATGATGCTAGCTACTCATGCCATGATGGGTTTTGGT
AAAGATCCTGACTCACATTGAATAAAGGACAGATTCATCGGAAACAATGAATATATAATG
TCTAAGCTCTTCAAA*CATTCCTTGATTT
GAGTACTTCCTCT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1E728JQ 738 0 0
AGGGAATGCGAGGGAAAAGGAGCTTGTGAATTCAAACAGACTCGACTCTCTGATACAATC
ATGCCTCATATCCTCAACTTGTACGGGGCATGTGCAAAAGCAAACGATTTTGACATGTAC
GCGCCAAATGCTTCGTTTGAGGACCCTTTAACACATGCTCAAGGGGTGAAGCAAATCAAA
TCAGCATTTTACTCACTCTCCAAGGTGTTTGGTGAGTCGAAAATAGTTGAATACCAAGTT
CAAGAAAGTGATATCGCACCGGGGAAGAAAGAGATATTAATTGACAACAAGCAACACTAC
AAGATCATGGGAAAGGACATAGATATGATCTCCCTCATTAAACTTTCTGTCGAGAACGGG
AAGATTGTCCGACACGAAGACTGGTGGGATAAGAAACCTCTGAGGAACAGAGACACAGTT
AGCTTCCCATTAGTCGGTCGGTTTATGGAGATGGGTCGAAGAGGCATGATGCTAGCTACT
CATGCCATGATGGGTTTTGGTAAAGATCCTGACTCACATTGAATAAAGGACAGATTCATC
GGAAACAATGAATATATAATGTTTAAGCTCTTCAAAACATTCCTTGATTTTGAGTAACTT
CCTCTGTCGGTTTGGTTTGGTTTCGATTTTAGTTTTATATTTGTAATATATTAACGTGTG
GTTGGGTTATCAAATGTTTGTGTATACATCTAATTTGGGAAAATCGCATAAAAAACCCTC
AAAGTGTCACTTACTAGC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL8745Contig1 1026 2 2 U
GGGACACTAAACCTTGATTTCACCATCAGTTTTGGAAACACCATTCATATTCCTTAAGTT
CCCTGAAAAGGGATATTATTTTCCAGGAAACAAAAACAACCATATTTCCGTATCATTCAT
TCAATCACAATCTCCTATTACTAGCAATTTCGAGAGAGAAATACCATCAGATATGGATGT
ATCCAATACGATGCTGCTTGTAGCGATTGCTGCAGCTTACTGGCTATGGTTCAAGCGGAT
CTCAAGGTGGCTAAAGGGTCCACGTGTCTGGCCGATATTGGGAAGTCTTCCGGGTCTGAT
CGAGCAGCGTGACCGTATGCACGACTGGATCACTGAGAACCTCCGTGCGTGTGGCGGAAC
GTATCAGACATGTATCTGCGCAGTGCCTTTCCTGGCAAAGAAGCAAGGTCTCGTGACGGT
CACTGCTGACCCCAAAAACATTGAACACATGCTCAAGACCCGCTTCGATAACTACCCTAA
AGGTCCTACGTGGCAAGCCGTTTTTCATGATTTCCTCGGCCGAGGCATCTTCAACTCCGA
CGGTGACACCTGGCTCTTCCAGCGCAAAACCGCCGCTCTTGAATTCACCACCAGGACGCT
GAGGCAAGCCATGGGTAGGTGGGTAAACCGGGGAATCAAGCTCCGGTTCTGTCGATTTTT
GAAACAGCTCAGAACACATGCGAGCCGGTCGACCTCCAGGACTTGGTACTACGGCTCACA
TTCGACAACATTTGCGGTTTAGCGTTCGGGAAGGACACTCGAACCTGCGCACCAGGCCTT
CCAGAGAATGGCTTCGCTTCGGCTTTCGACCGAGCCACCGAAGCTTCTCTCCAGCGGTTT
ATTCTGCCGGAGTTTCTGTGGAGGATCAAGAAATGGCTTGGGCTCGGCTTAGAAGTCAGC
TTGAACCGGAGCCTAGGAGAGATCGAAGGGTATTTGGACGCTGTCATTAACACACGTAAG
CAAGAACTGCTGAGTCAGCAAGAGAGTGGGGTCCAGGGACACGACGATCTCCTCTCCCTT
TTCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1BD29TF U 1
AF RR1BD29JQ C 171
BS 1 752 RR1BD29TF
BS 753 1026 RR1BD29JQ

RD RR1BD29TF 752 0 0
GGGACACTAAACCTTGATTTCACCATCAGTTTTGGAAACACCATTCATATTCCTTAAGTT
CCCTGAAAAGGGATATTATTTTCCAGGAAACAAAAACAACCATATTTCCGTATCATTCAT
TCAATCACAATCTCCTATTACTAGCAATTTCGAGAGAGAAATACCATCAGATATGGATGT
ATCCAATACGATGCTGCTTGTAGCGATTGCTGCAGCTTACTGGCTATGGTTCAAGCGGAT
CTCAAGGTGGCTAAAGGGTCCACGTGTCTGGCCGATATTGGGAAGTCTTCCGGGTCTGAT
CGAGCAGCGTGACCGTATGCACGACTGGATCACTGAGAACCTCCGTGCGTGTGGCGGAAC
GTATCAGACATGTATCTGCGCAGTGCCTTTCCTGGCAAAGAAGCAAGGTCTCGTGACGGT
CACTGCTGACCCCAAAAACATTGAACACATGCTCAAGACCCGCTTCGATAACTACCCTAA
AGGTCCTACGTGGCAAGCCGTTTTTCATGATTTCCTCGGCCGAGGCATCTTCAACTCCGA
CGGTGACACCTGGCTCTTCCAGCGCAAAACCGCCGCTCTTGAATTCACCACCAGGACGCT
GAGGCAAGCCATGGGTAGGTGGGTAAACCGGGGAATCAAGCTCCGGTTCTGTCGATTTTT
GAAACAGCTCAGAACACATGCGAGCCGGTCGACCTCCAGGACTTGGTACTACGGCTCACA
TTCGACAACATTTGCGGTTTAGCGTTCGGGAA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1BD29JQ 856 0 0
ATATGGATGTATCCAATACGATGCTGCTTGTAGCGATTGCTGCAGCTTACTGGCTATGGT
TCAAGCGGATCTCAAGGTGGCTAAAGGGTCCACGTGTCTGGCCGATATTGGGAAGTCTTC
CGGGTCTGATCGAGCAGCGTGACCGTATGCACGACTGGATCACTGAGAACCTCCGTGCGT
GTGGCGGAACGTATCAGACATGTATCTGCGCAGTGCCTTTCCTGGCAAAGAAGCAAGGTC
TCGTGACGGTCACTGCTGACCCCAAAAACATTGAACACATGCTCAAGACCCGCTTCGATA
ACTACCCTAAAGGTCCTACGTGGCAAGCCGTTTTTCATGATTTCCTCGGCCGAGGCATCT
TCAACTCCGACGGTGACACCTGGCTCTTCCAGCGCAAAACCGCCGCTCTTGAATTCACCA
CCAGGACGCTGAGGCAAGCCATGGGTAGGTGGGTAAACCGGGGAATCAAGCTCCGGTTCT
GTCGATTTTTGAAACAGCTCAGAACACATGCGAGCCGGTCGACCTCCAGGACTTGGTACT
ACGGCTCACATTCGACAACATTTGCGGTTTAGCGTTCGGGAAGGACACTCGAACCTGCGC
ACCAGGCCTTCCAGAGAATGGCTTCGCTTCGGCTTTCGACCGAGCCACCGAAGCTTCTCT
CCAGCGGTTTATTCTGCCGGAGTTTCTGTGGAGGATCAAGAAATGGCTTGGGCTCGGCTT
AGAAGTCAGCTTGAACCGGAGCCTAGGAGAGATCGAAGGGTATTTGGACGCTGTCATTAA
CACACGTAAGCAAGAACTGCTGAGTCAGCAAGAGAGTGGGGTCCAGGGACACGACGATCT
CCTCTCCCTTTTCATG

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 2

CO CL8746Contig1 854 2 4 U
GGAGTGCGAAAGATCTTGTCAGGAAGATGCTTACCAAAGACCCCAGGAGACGAATCACTG
CTGCACAGGTTCTTGAACATCCTTGGATCAAAGGCGGAGAAGCACCAGACAAGCCTATTG
ATAGTGCTGTATTATCTCGTATGAAACAGTTCCGAGCCATGAACAAGCTCAAGAAGCTAG
CCCTTAAGGCTATTGCGGAGAGCCTATCAGAAGAGGAAATCAAAGGTCTCAAGACCATGT
TTGCGAACATAGATACCGACAAAAGCGGTACAACTACATACGAAGAACTGAAAACAGGGC
TAACTAGGCTTGGTTCTAAACTCTCTGAAACTGAAGTGAAGCAACTCATGGAAGCTGCTG
ATGTGGATGGTAATGGAACAATCGACTACTTCGAGTTTATCTCTGCGACAATGCATCGAT
ACAAACTGGATCGAGATGACCATCTATACAAAGCGTTCCAACATTTTGATAAAGACAACA
GCGGGCACATAACTAGGGATGAGTTGGAAAGTGCCATGAAGGAGTATGGAATGGGAGATG
AAGCTAGTATCAAAGAAGTTATATCTGAAGTTGATACCGACAATGATGGACGAATAAACT
TTGAGGAGTTCTGTGCAATGATGAGAAGTGGTACTACACAGCCACAAGGGAAACGTCTTC
CGTTTCATTGATCAAAAATTAAATGTTAACCCGGGGAAAAAACCGGAGGCGAGAGTAATT
TAATCAACCGATACTGTCTCAAAAATGTTATTTCTTCTCTTCAAAACTGAGTTTTTATAT
ATACTGTGTCACGTCTTGGCTCTTTGTAACCAAATTAAATCCTTTTTGTTCCATCGTTCG
TATTAATTGTTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EK93TF U 1
AF RR1AL39JQ C 85
BS 1 273 RR1EK93TF
BS 274 274 RR1AL39JQ
BS 275 678 RR1EK93TF
BS 679 854 RR1AL39JQ

RD RR1EK93TF 678 0 0
GGAGTGCGAAAGATCTTGTCAGGAAGATGCTTACCAAAGACCCCAGGAGACGAATCACTG
CTGCACAGGTTCTTGAACATCCTTGGATCAAAGGCGGAGAAGCACCAGACAAGCCTATTG
ATAGTGCTGTATTATCTCGTATGAAACAGTTCCGAGCCATGAACAAGCTCAAGAAGCTAG
CCCTTAAGGCTATTGCGGAGAGCCTATCAGAAGAGGAAATCAAAGGTCTCAAGACCATGT
TTGCGAACATAGATACCGACAAAAGCGGTACAATTACATACGAAGAACTGAAAACAGGGC
TAACTAGGCTTGGTTCTAAACTCTCTGAAACTGAAGTGAAGCAACTCATGGAAGCTGCTG
ATGTGGATGGTAATGGAACAATCGACTACTTCGAGTTTATCTCTGCGACAATGCATCGAT
ACAAACTGGATCGAGATGACCATCTATACAAAGCGTTCCAACATTTTGATAAAGACAACA
GCGGGCACATAACTAGGGATGAGTTGGAAAGTGCCATGAAGGAGTATGGAATGGGAGATG
AAGCTAGTATCAAAGAAGTTATATCTGAAGTTGATACCGACAATGATGGACGAATAAACT
TTGAGGAGTTCTGTGCAATGATGAGAAGTGGTACTACACAGCCACAAGGGAAACGTCTTC
CGTTTCATTGATCAAAAA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1AL39JQ 770 0 0
GGATCAAAGGCGGAGAAGCACCAGACAAGCCTATTGATAGTGCTGTATTATCTCGTATGA
AACAGTTCCGAGCCATGAACAAGCTCAAGAAGTTAGCCCTTAAGGTTATTGCGGAGAGCC
TATCAGAAGAGGAAATCAAAGGTCTCAAGACCATGTTTGCGAACATAGATACCGACAAAA
GCGGTACAACTACATACGAAGAACTGAAAACAGGGCTAACTAGGCTTGGTTCTAAACTCT
CTGAAACTGAAGTGAAGCAACTCATGGAAGCTGCTGATGTGGATGGTAATGGAACAATCG
ACTACTTCGAGTTTATCTCTGCGACAATGCATCGATACAAACTGGATCGAGATGACCATC
TATACAAAGCGTTCCAACATTTTGATAAAGACAACAGCGGGCACATAACTAGGGATGAGT
TGGAAAGTGCCATGAAGGAGTATGGAATGGGAGATGAAGCTAGTATCAAAGAAGTTATAT
CTGAAGTTGATACCGACAATGATGGACGAATAAACTTTGAGGAGTTCTGTGCAATGATGA
GAAGTGGTACTACACAGCCACAAGGGAAACGTCTTCCGTTTCATTGATCAAAAATTAAAT
GTTAACCCGGGGAAAAAACCGGAGGCGAGAGTAATTTAATCAACCGATACTGTCTCAAAA
ATGTTATTTCTTCTCTTCAAAACTGAGTTTTTATATATACTGTGTCACGTCTTGGCTCTT
TGTAACCAAATTAAATCCTTTTTGTTCCATCGTTCGTATTAATTGTTCGC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL8747Contig1 708 2 3 U
GGGTCCATTTCTAAAACACTCTAAAAATGGCAGCGACGAGACGATTGATTCAGCGTGTGT
CTACCAGAATCTCTACCGCCGGAGCACGGCGTAGCTATGGAGGTTTTGCGGAATCGAACT
CAAAAGCTCCGTCGTCATCTTCTTCTTCTCAGCGATTGATGGAACTTGAATCAGAATTCA
GCGCCCACAATTACCATCCAGTTCCGGTTGTGTTTTCTCGCGGGAATGGCTCAACCATAT
GGGACCCTGAAGGCAAAAAATACATCGACTTTCTTGCTGCTTACTCCGCTGTTAATCAGG
GACATTGCCACCCTAAGATCATCAAGGCACTGAAGGAACAAGTGGAGAAGCTCACTTTAA
GTTCACGAGCCTTCTACAACGACAAGTTCCCCGTCTTTGCACAGCGTCTCACTAACATGT
TCGGTTACGAGATGGTGCTTCCTATGAACACCGGCGCTGAAGGTGTCGAAACCGCCTTGA
AAGTTGCAAGAAAGTGGGGTCACGACAAGAAACACATTCCCAAAGATGAGGCTATAATCG
TCTCTTGTTGTGGTTGCTTTCATGGTCGTACGTTAGCAGTTATCTCCATGAGTTGTGACA
ATGATGCTACTCGCGGGTTTGGACCATTGTTGCCTGGCAATCTTAAAGTTGATTTTGGTG
ACGCGGATTCACTTGAGAAGCTCTTTAAAGAGAAGGAGATAAATAGCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1E914TF U 50
AF RR1C955TF U 1
BS 1 255 RR1C955TF
BS 256 256 RR1E914TF
BS 257 708 RR1C955TF

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GG
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CAGAATTCAGCGCCCACAATTACCATCCAGTTCCGGTTGTGTTTTCTCGCGGGAATGGCT
CAACCATATGGGACCCTGAAGGCAAAAAATACATCGACTTTCTTGCTGCTTACTCCGCTG
TTAATCAGGGACATTGCCACCCTAAGATCATCAAGGCACTGAAGGAACAAGTGGAGAAGC
TCACTTTAAGTTCACGAGCCTTCTACAACGACAAGTTCCCCGTCTTTGCACAGCGTCTCA
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CCGCCTTGAAAGTTGCAAGAAAGTGGGGTCACGACAAGAAACACATTCCCAAAGATGAGG
CTATAATCGTCTCTTGTTGTGGTTGCTTTCATGGTCGTACGTTAGCAGTTATCTCCATGA
GTTGTGACAATGATGCTACTCGCGGGTTTGGACCATTGTTGCCTGGCAAT

QA 3 592 3 592
DS 

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CTACCAGAATCTCTACCGCCGGAGCACGGCGTAGCTATGGAGGTTTTGCGGAATCGAACT
CAAAAGCTCCGTCGTCATCTTCTTCTTCTCAGCGATTGATGGAACTTGAATCAGAATTCA
GCGCCCACAATTACCATCCAGTTCCGGTTGTGTTTTCTCGCGGGAATGGCTCAACCATAT
GGGACCCTGAAGGCACAAAATACATCGACTTTCTTGCTGCTTACTCCGCTGTTAATCAGG
GACATTGCCACCCTAAGATCATCAAGGCACTGAAGGAACAAGTGGAGAAGCTCACTTTAA
GTTCACGAGCCTTCTACAACGACAAGTTCCCCGTCTTTGCACAGCGTCTCACTAACATGT
TCGGTTACGAGATGGTGCTTCCTATGAACACCGGCGCTGAAGGTGTCGAAACCGCCTTGA
AAGTTGCAAGAAAGTGGGGTCACGACAAGAAACACATTCCCAAAGATGAGGCTATAATCG
TCTCTTGTTGTGGTTGCTTTCATGGTCGTACGTTAGCAGTTATCTCCATGAGTTGTGACA
ATGATGCTACTCGCGGGTTTGGACCATTGTTGCCTGGCAATCTTAAAGTTGATTTTGGTG
ACGCGGATTCACTTGAGAAGCTCTTTAAAGAGAAGGAGATAAATAGCT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL8748Contig1 1170 2 2 U
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TAAATCCCAAACCCTAGATTTTAATCCTCGTGTAACTTGTTAATTCAAATTCGCGCATTC
GTTTTGGAAGAAAGTTTGGGAATTTTGAGCCAATCAATCATAAGAAGCAAAATGGGGAAG
AATCAAGCGTACAAGGCGATGCAGAGATCTAGGGTTGGCTCCACCTCAGCTCAGCCCGAG
GAGGTTGAAGACGGAATGGTTTTGTACCCTTTCATACTCCTCCTTTCCTTTTATTCCAAC
TGATCATTACGCCTCCTCCAATTTTTTTTTGAATTGATTGCTTTTGCTTGTTTTGATCTT
TTGGGTTAAATGTTTTGAGGAAACTACTTTGTTCGTTGTAATATTTCTTTTAGAGTGTGT
GTGTGTTATTGAAGTAGAGATAGATATCTCTACTGGAACGTTTCTGATGAGGAGTGTCTC
AGGTGGATGGTTCATTTCATACACCAGAGTGGCATGCTGCTCGTTTGGCTAGTCTCAAGA
CTACCCACACTATCACCTGGGAAGAGTACAAGAATAAGTAAAAGGAAGAAGAAATGAAAA
AGGGAGAACTTGAAGCAGATACTGACAAACTGATGCGTGAGTATAGAGCTCAGCTGGATG
CTGAAAGAGCCTTGAAACTCTCCAAGGGAAGGAACTATTCCACTGACAACAAGTCCCGGA
AAGATAAGAAAGACAGAGATTCGTCAAAGAAGAAAAAAAGCAAAAAGAGAAAGCATTATT
CTTCCTCAGAGTCGTCATCTAGTAGCGATGAAGACGAATCAAGAAGATCAAGATCGAGTT
CTAAAAGATCAAAGAAGGATAAGAAGCACAAGTCCAACAGAGACAAACGCTCTAGCAAAA
GTAAAGACGAAACCGATGGCCCTGTTCCACTCTCTAGATTCTTTGGCAATTTGAAGAGTT
AGACATTGATTGACACAAAGAACCATTGCAAGGATTTAGTAAGATCGTCCTCAATCAGAA
ATATTCATATTCTCCAAAATAGAAGATATGACTTGTTTTCTTCCTTGTTGCAATGTTATA
ATTTTTGACAACATTCTCATGTATTATTATTATTTGTTGGATTGAGAGTTGCAATAATTC
CCACATGATCAATCAGTTTTTTTCTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CU73TF U 1
AF RR1CU73JQ C 385
BS 1 682 RR1CU73TF
BS 683 1170 RR1CU73JQ

RD RR1CU73TF 682 0 0
GGAAATTAAATCTCCTCTTTCGGCCTCACACTTCTCTCTCTCTCTCTACAGAGGGATCCC
TAAATCCCAAACCCTAGATTTTAATCCTCGTGTAACTTGTTAATTCAAATTCGCGCATTC
GTTTTGGAAGAAAGTTTGGGAATTTTGAGCCAATCAATCATAAGAAGCAAAATGGGGAAG
AATCAAGCGTACAAGGCGATGCAGAGATCTAGGGTTGGCTCCACCTCAGCTCAGCCCGAG
GAGGTTGAAGACGGAATGGTTTTGTACCCTTTCATACTCCTCCTTTCCTTTTATTCCAAC
TGATCATTACGCCTCCTCCAATTTTTTTTTGAATTGATTGCTTTTGCTTGTTTTGATCTT
TTGGGTTAAATGTTTTGAGGAAACTACTTTGTTCGTTGTAATATTTCTTTTAGAGTGTGT
GTGTGTTATTGAAGTAGAGATAGATATCTCTACTGGAACGTTTCTGATGAGGAGTGTCTC
AGGTGGATGGTTCATTTCATACACCAGAGTGGCATGCTGCTCGTTTGGCTAGTCTCAAGA
CTACCCACACTATCACCTGGGAAGAGTACAAGAATAAGTAAAAGGAAGAAGAAATGAAAA
AGGGAGAACTTGAAGCAGATACTGACAAACTGATGCGTGAGTATAGAGCTCAGCTGGATG
CTGAAAGAGCCTTGAAACTCTC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1CU73JQ 786 0 0
TACTTTGTTCGTTGTAATATTTCTTTTAGAGTGTGTGTGTGTTATTGAAGTAGAGATAGA
TATCTCTACTGGAACGTTTCTGATGAGGAGTGTCTCAGGTGGATGGTTCATTTCATACAC
CAGAGTGGCATGCTGCTCGTTTGGCTAGTCTCAAGACTACCCACACTATCACCTGGGAAG
AGTACAAGAATAAGTAAAAGGAAGAAGAAATGAAAAAGGGAGAACTTGAAGCAGATACTG
ACAAACTGATGCGTGAGTATAGAGCTCAGCTGGATGCTGAAAGAGCCTTGAAACTCTCCA
AGGGAAGGAACTATTCCACTGACAACAAGTCCCGGAAAGATAAGAAAGACAGAGATTCGT
CAAAGAAGAAAAAAAGCAAAAAGAGAAAGCATTATTCTTCCTCAGAGTCGTCATCTAGTA
GCGATGAAGACGAATCAAGAAGATCAAGATCGAGTTCTAAAAGATCAAAGAAGGATAAGA
AGCACAAGTCCAACAGAGACAAACGCTCTAGCAAAAGTAAAGACGAAACCGATGGCCCTG
TTCCACTCTCTAGATTCTTTGGCAATTTGAAGAGTTAGACATTGATTGACACAAAGAACC
ATTGCAAGGATTTAGTAAGATCGTCCTCAATCAGAAATATTCATATTCTCCAAAATAGAA
GATATGACTTGTTTTCTTCCTTGTTGCAATGTTATAATTTTTGACAACATTCTCATGTAT
TATTATTATTTGTTGGATTGAGAGTTGCAATAATTCCCACATGATCAATCAGTTTTTTTC
TGTTTT

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL8749Contig1 955 2 4 U
GAACTCTGGGTTGGTGAATCCGGGAATGAAAATGAAAAGGGAGAAGATGTGATAGCAGTG
TTGCCATGGGAAGAGTGGTGGGAGTTCGAAAAAACCAAGGATGACGCAAATCCACATATT
GCATTGCTACCGTTGCATCCTGAATATCGAGCCAGGTTTAATGTTACAGCTGCATGGGAA
TATGCTCGCAGCATGGATGGTAAACCGTATGGCTATCACAACTTGATTTTTAGCTGGATC
GATACCATCAGCGGGAACTACCCACCTCCTCTGGATGCTCATCTTGTTGCTTCTGTCATG
ACAGTTTGGAGCAAAATCCAGCCTGATTATGCTGCTAATATGTGGAATGAAGCTCTTAAC
AAGCGACTCGGGACAGAGGGTCTTGATCTTCCTGATGTACTCGTGGAGGTCGAAAAGCGT
GGATCCTCTTTTGACGAGCTGCTAGCAGTTCCTGAACGAGATGATTGGATATATAGCGAT
GGGAAATCAACTTCTTGTATTGCTTTCATCCTCGAAATGTATAAAGAAGGTGGCTTGTTT
GATCCAATCTCCAGTTCCATCCAAGTCACTGAATTCACGATCAAAGATGCTTACATGCTC
AAGTTTTTCGAGAACAATGCAAGCCGTTTGCCCAAATGGTGCAACGACAACGACGATGTA
AAGCTACCGTACTGTCAAATACTAGGGAAATACAGAATGGAGCTTCCCGGTTACAACACT
ATGGAGCCATACCCGCATATGAACGAGCACTGCCCGTCTCTGCCTCCTAAGTACCACAGA
CCAAAGAACTGCTAGAACCAACATATAAACTGTTTTGTCTGTTTGTTAGGTATGACTTTC
GTCTAGTGATCCACGAATCACGTGAAGGTCTCTTCAGATACATTAGAAATCACTTGGATT
CAAAGTAAATAAGATTATGTATACATTTGTGTATAAAATAGTTCAGACGTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1D085TF U 1
AF RR1BM83JQ C 147
BS 1 644 RR1D085TF
BS 645 645 RR1BM83JQ
BS 646 752 RR1D085TF
BS 753 955 RR1BM83JQ

RD RR1D085TF 752 0 0
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TTGCCATGGGAAGAGTGGTGGGAGTTCGAAAAAACCAAGGATGACGCAAATCCACATATT
GCATTGCTACCGTTGCATCCTGAATATCGAGCCAGGTTTAATGTTACAGCTGCATGGGAA
TATGCTCGCAGCATGGATGGTAAACCGTATGGCTATCACAACTTGATTTTTAGCTGGATC
GATACCATCAGCGGGAACTACCCACCTCCTCTGGATGCTCATCTTGTTGCTTCTGTCATG
ACAGTTTGGAGCAAAATCCAGCCTGATTATGCTGCTAATATGTGGAATGAAGCTCTTAAC
AAGCGACTCGGGACAGAGGGTCTTGATCTTCCTGATGTACTCGTGGAGGTCGAAAAGCGT
GGATCCTCTTTTGACGAGCTGCTAGCAGTTCCTGAACGAGATGATTGGATATATAGCGAT
GGGAAATCAACTTCTTGTATTGCTTTCATCCTCGAAATGTATAAAGAAGGTGGCTTGTTT
GATCCAATCTCCAGTTCCATCCAAGTCACTGAATTCACGATCAAAGATGCTTACATGCTC
AAGTTTTTCGAGAACAATGCAAGCCGTTTGCCCAAATGGTGCAATGACAACGACGATGTA
AAGCTACCGTACTGTCAAATACTAGGGAAATACAGAATGGAGCTTCCCGGTTACAACACT
ATGGAGCCATACCCGCATATGAACGAGCACTG

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR1BM83JQ 809 0 0
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GTATGGCTATCACAACTTGATTTTTAGCTGGATCGATACCATCAGCGGGAACTACCCACC
TCCTCTGGATGCTCATCTTGTTGCTTCTGTCATGACAGTTTGGAGCAAAATCCAGCCTGA
TTATGCTGCTAATATGTGGAATGAAGCTCTTAACAAGCGACTCGGGACTGAGGGTCTTGA
TCTTCCTGATGTACTCGTGGAGGTCGAAAAGCGTGGATCCTCTTTTGACGAGCTGCTAGC
AGTTCCTGAACGAGATGATTGGATATATAGCGATGGGAAATCAACTTCTTGTATTGCTTT
CATCCTCGAAATGTATAAAGAAGGTGGCTTGTTTGATCCAATCTCTAGTTCCATCCAAGT
CACTGAATTCACGATCAAAGATGCTTACATGCTCAAGTTTTTCGAGAACAATGCAAGCCG
TTTGCCCAGATGGTGCAACGACAACGACGATGTAAAGCTACCGTACTGTCAAGTACTTGG
GAAATACAGAATGGAGCTTCCCGGTTACAACACTATGGAGCCATACCCGCATATGAACGA
GCACTGCCCGTCTCTGCCTCCTAAGTACCACAGACCAAAGAACTGCTAGAACCAACATAT
AAACTGTTTTGTCTGTTTGTTAGGTATGACTTTCGTCTAGTGATCCACGAATCACGTGAA
GGTCTCTTCAGATACATTAGAAATCACTTGGATTCAAAGTAAATAAGATTATGTATACAT
TTGTGTATAAAATAGTTCAGACGTTTATC

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

CO CL8750Contig1 624 2 21 U
AGAAACAATGACAGCTTATACTGGCAAAACTTGCAGTTGTATACGTAGGTTTGGTTCACT
TTTCAACGTTGCTCGGCTTATAGCAGATGATTTCAGACTCGGGTTTGAAAAGGGTCCTTG
GTGGCAACGTATCTTTGATGGCTATAGCATCACCACTTGGTTGGTCGTTCTTAATCTCGG
ATCCACCGGCTTACTCGTCTCTTGGTTAATGAAGTACGCTGACAATATCGTCAAGGTATA
TTCTACTTCAATGGCCATGCTACTTACTATGGTAGCATCCATATACCTCTTCAGCTTCAA
ACCAACAGTCCAGCTTTTCTTGGGTATAATCATATGCATCATGTCACTCCACATGTACTT
TGCTCCTCCACAAACGCTGGTGGACTTGCCCGTCACAAACGAAGCGCATCCGAAGACCTT
AAAGCAAATTGTCGTAGAAGAAAAGACAGATTCTTGATTCAAAGGGACGAAATGGGTTTA
TTATTACAAAAATTCTCATCAGTAAAGATGGTCTTATAACTTTACGTACTAGTAAATGGC
TTCACCTTCCTTGGTATATGACTACTTCTGAAACAATGATCTTATAAGTTCACTTGGAAT
TTATATATTTGAGGTGCCATACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GJ53JQ C 1
AF RR1GM60TF U 79
BS 1 79 RR1GJ53JQ
BS 80 237 RR1GM60TF
BS 238 238 RR1GJ53JQ
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BS 501 501 RR1GJ53JQ
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BS 605 624 RR1GJ53JQ

RD RR1GJ53JQ 624 0 0
AGAAACAATGACAGCTTATACTGGCAAAACTTGCAGTTGTATACGTAGGTTTGGTTCACT
TTTCAACGTTGCTCGGCTTATAGCAGATGATTTCAGACTCGGGTTTGAAAAGGGTCCTTG
GTGGCAACGTATCTTTGATGGCTATAGCATCACCACTTGGTTGGTTGTTCTTAATCTCGG
ATCCACCGGCTTACTCGTCTCTTGGTTAATGAAGTACGCTGACAATATCGTCAAGGTATA
TTCTACTTCAATGGCCATGCTACTTACTATGGTAGCATCCATATACCTCTTCAGCTTCAA
ACCAACAGTCCAGCTTTTCTTGGGTATAATCATATGCATCATGTCACTCCACATGTACTT
TGCTCCTCCACAAACGCTGGTGGACTTGCCCGTCACAAACGAAGCGCATCCGAAGACCTT
AAAGCAAATTGTCGTAGAAGAAAAGACAGATTCTTGATTCAAAGGGACGAAATGG*TTTA
TTATTACAAAAATTCTCATCAGTAAAGATGGTCTTATAACTTTACGTGCTAGTAAATGGC
TTCACCTTCCTTGGTATATGACTACTTCTGAAACAATGATCTTATAAGTTCACTTGGAAT
TTATATATTTGAGGTGCCATACCC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR1GM60TF 526 0 0
G
ATAGCAGATGATTTCAGACTCGGGTTTGAAAAGGGTCCTTGGTGGCAACGTATCTTTGAT
GGCTATAGCATCACCACTTGGTTGGTCGTTCTTAATCTCGGATCCACCGGCTTACTCGTC
TCTTGGTTAATGAAGTACGCTGACAATATCGTCAAGGTTTATTCTACTTCAATGGCGATG
CTACTTACTATGGTTGCTTCCATATACCTCTTCAGCTTCAAACCAACAGTCCAGCTTTTC
TTGGGTATAATCATATGCATCATGTCACTCCACATGTACTTTGCTCCTCCACAAACGCTG
GTGGACTTGCCCGTTACAAACGAAGCGCATCCGTAGACCTTAAAGCAAGTTGTCGTAGAA
GAAAAGACAGATTCTTGATTCAAAGGGACGAAATGGGTTTATTATTACAAAAATTCTCAT
C*GTAAAGATGGTCTTATAACTTTACGTACTAGTAAATGGCT*CACCTTCCTTGGTATAT
GACTACTTCTGAAACAATGATCTTATAAGTTCACTTGGAATTTAT

QA 2 526 2 526
DS 



AS 1 2

CO CL8751Contig1 585 2 1 U
GGGACTCCAGCGCCGTCCGTTTGCAGAAACCACTCATTTGGGAACATGGCCCCGAAGAAA
GGAGTCAAGGTTGCTGCCAAAAAGAAGACGGAGAAAGTAACGAACCCTCTATTTGAGAGG
AGGCCTAAGCAATTTGGTATTGGTGGAGCTCTTCCTCCCAAGAAGGATCTTACCCGCTAC
ATCAAATGGCCTAAGTCTATCCGTCTCCAAAGGCAAAAGAGGATCCTTAAGTAGAGGTTG
AAGGTCCCACCCGCTCTTAATCAGTTCACCAAGACCCTCGACAAGCTTGAGTTCAGCAAA
ATCCTCGAAGCCATCAAGGCAAACTTCAACGACAAGTACGAAGAGTACAGGAAGAAATGG
GGAGGAGGCATAATGGGATCCAAATCTCAGGCCAAGACAAAGGCCAAGGAAAGAGTACTT
GCAAAGGAGGCTGCCCAGAGGAATAACTAATAAGGATCTTTTTGAGTGTTTAGATTGTCT
CTTCACTTTGTTGTTCAAAAAACGATTTGTCTCTTTTTTTTTAGTTGGAAGTTGGAACTA
TCGTGTATGGATATGTTTTGCCCCCTCTTCAGACAGTTTTCAAGC


BQ
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AF RR1E727JQ C 1
AF RR1E727TF U 1
BS 1 585 RR1E727TF

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QA 1 585 1 585
DS 

RD RR1E727TF 585 0 0
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TCGTGTATGGATATGTTTTGCCCCCTCTTCAGACAGTTTTCAAGC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

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TGATTCTGAGATTCTTGTGATTGTTTCCACTTGCTCCTCCTTTTGTTGTCTTTCTTCCTT
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TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 

AF RR1EN69TF U 1
AF RR1EN69JQ C 193
BS 1 658 RR1EN69TF
BS 659 659 RR1EN69JQ
BS 660 782 RR1EN69TF

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TACTACAATGGCGGAAAGAAAGCTGCGAGCTAGATTTGATTCATTATCGATGCGATCCTG
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TGATTCTGAGATTCTTGTGATTGTTTCCACTTGCTCCTCCTTTTGTTGTCTTTCTTCCTT
CTCCGTATATGTTTCTAAGCATCCATTTATACTCCACGAGAGAAGCATAAACTGAGATTA
TT

QA 1 782 1 782
DS 

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AGGGTTTTTAATCTGGGGAACACTTCGCCTGTTCCTGTGACTGATCTCGTCACTATCCTT
GAGAGGCTTTTGAAAGTGAAGGCGAAGAGGAACGTTGTGAAGATGCCTAGGAATGGGGAT
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ACTGATCTTCAGACGGGTCTTAAGAAGTTTGCTATATGGTATTTGGGTTACTACAATGGC
GGAAAGAAAGCTGCGAGCTAGATTTGATTCATTATCGATGCGATCCTGTTCTTGACTTGT
GTTTGTTGTAGCTGTGTAAGCCCCTCTTTTTTTGTTTCTTTTTTTTTCTGATTTTGAGAT
TCTTGTGATTGTTTCCACTTGCTCCTCCTTTTGTTGTCTTTCTTCCTTCTCCGTATATGT
TTCTAAGCATCCATTTATACTCCACGAGAGAAGCATAAACTGAGATTATT

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

CO CL8753Contig1 820 2 4 U
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TCATCAGAGTCAGGAAGTGACTCCTGCAGCTATATTGCCACTTGTTACTGGCATTGCGGC
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BQ
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AF RR1GT45TF U 1
AF RR1GT45JQ C 185
BS 1 235 RR1GT45TF
BS 236 236 RR1GT45JQ
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BS 339 820 RR1GT45JQ

RD RR1GT45TF 342 0 0
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CACGAACCTGCTAGTGGAGATCAAATCAGCCAGTGATGTATCTAAAGTAGAGAGTGTCTT
CCCACTACCACTTTCCAACTTCTTCCAAGTAAAAGGGT
ATCC

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR1GT45JQ 636 0 0
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AACCTGCTAGTGGAGATCAAATCAGCCAGTGATGTATCTAAAGTAGAGAGTGTCTTCCCA
CTACCACTTTCCAACTTCTTCCAAGTAAAAGGGTTATCCAGAGGTAAACACCTTGTGCAG
CTTAAATCCAACCGTCCTTTAGGCTCCCATAAAGTAGTATCAGAGAGCATCGAAGTGGAT
TTAGAGACAAATGCTCAAATACATGTCGGTCCACTTCGATACAGCATCGTGGCAGATCAT
CAGAGTCAGGAAGTGACTCCTGCAGCTATATTGCCACTTGTTACTGGCATTGCGGCAATT
GCTCTGTTCATCAGCATCCCCAGGTTGAAAGACATATACCAATCCACGGTTGGGTTTTCA
TCTCCGGGGTTCAGTGCGTCTTCTACCAAGAGATAACCTCGAAAAGCTGTTGCTAGAAAG
AAGACTTTCTAGATTCATCTTCAGTTATTTCTCTGTTTCTTCTTTGTTCTTGTTATGTAT
ATCGGTAGAGTGAAATTATTCAGAACTTTTCCGAATTCAGAAACTCTCTAGTCCCACACA
TTTCAAATTCTAGAGAAACACTTTTTTCATAATTAG

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

CO CL8754Contig1 581 2 1 U
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CTAGTGCCGCCGATGCTGTGGACGATGATGATGAGAACATCCACCGTCGCGAATGATTTT
AAAGCAGTGATCCGGTTTCGTTTTTTTGTGTTCACAATACAAAATATAATAAATAAATGA
ATACATATACACACACACACACAAAAAGATGTGGTGTGATAAACTAGTAATCAAGTTTCT
GAAATATTTGCAGACTAATGTTGTCAATTTTTGGCATATAT


BQ
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AF RR1GK06JQ C 1
AF RR1GK06TF U 1
BS 1 581 RR1GK06TF

RD RR1GK06JQ 581 0 0
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QA 1 581 1 581
DS 

RD RR1GK06TF 581 0 0
GATAGCCGCGCTATCAATAAAATCACTATCCGGTATAGATTTCCGATCCCTCGCCTCGAC
GACCTCCTGGACCAAATAGGCCGCGCTTCTATATTCACTAAGTTGGATCTAAAAAGTGGA
TATCATCAGATTCGCATTCGTCCTGGTGATGAATGGAAAACGGCGTTTAAAACGCGTGAG
GGTCTCTTTGAGTGGTTGGTAATGCCTTTTGGCCTCTCCAATGCTCCTAGCACGTTTATG
CGAGTGATGAATCAGGCTCTTAGGCCTTTTATTGGCAAGTTTGTGGTCGTCTACTTCGAT
GATATCCTCATCTTCAGTATGGACTTGCAAAGTCATCTGGAACATCTAACCGACGTTCTT
CTAGTGCCGCCGATGCTGTGGACGATGATGATGAGAACATCCACCGTCGCGAATGATTTT
AAAGCAGTGATCCGGTTTCGTTTTTTTGTGTTCACAATACAAAATATAATAAATAAATGA
ATACATATACACACACACACACAAAAAGATGTGGTGTGATAAACTAGTAATCAAGTTTCT
GAAATATTTGCAGACTAATGTTGTCAATTTTTGGCATATAT

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

CO CL8755Contig1 863 2 4 U
GTTTCTACTTATGTACTTCCAATCAAACTCGTTGACTAGTTTGATGATTCCATGAAATAT
GGGAGAAAGAATGATCTAACAAACATATTCCATAAGTTATTTCTATTTACAAATTAAGAA
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ATAGTTTCACAAAAAAAAATTCAAAGATTTCAATCAATAATCATTTTTTTTGAAAAATAA
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TGAAACCAAAAAAATAACTTATAAAACATTGTTTAGTAAAAACAGTGGAAATATAGTTTA
GTTTATAAAAATTCAATTCAGAGAAACTGTAGTCCCAGAAAAAAAAGAAGTTAATATAAT
TATTCTTTTTAAATAAAGTTTAATCTAATTATGAGAGACTGATAATTTATTGTTAATAGA
CCTTTTCTTCACTGCAAGTATTGCTCCAGAGAAATTGGATCTCCAAACCAAAGAGGTTAC
ATTTAAGTTTCAAACTTTTTCATTTAGATTCAAAGGTCAAATTTACAACTTAATTTGTTT
CTTTTGAACCTTAAGTTATTTTGATTTTCTTTTTGAAAAAAGAAATAAACTACTTCTTCT
AAGAAACAAATAGATCTATGATTTAGAGCTTCAAGATCTCCAAAACTAAACATTCAAAGG
AAACCGTATGGATCCATTCATAAAAGAGAAGACCACTCACAACCAATGCAAATGTTTATC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1CS03TF U 1
AF RR1CS03JQ C 144
BS 1 640 RR1CS03TF
BS 641 641 RR1CS03JQ
BS 642 731 RR1CS03TF
BS 732 863 RR1CS03JQ

RD RR1CS03TF 731 0 0
GTTTCTACTTATGTACTTCCAATCAAACTCGTTGACTAGTTTGATGATTCCATGAAATAT
GGGAGAAAGAATGATCTAACAAACATATTCCATAAGTTATTTCTATTTACAAATTAAGAA
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AATTGATGATAAACATAAAATCAATAAGTTTTACATTATAAACTAAAATCATCATCTAAC
TGAAACCAAAAAAATAACTTATAAAACATTGTTTAGTAAAAACAGTGGAAATATAGTTTA
GTTTATAAAAATTCAATTCAGAGAAACTGTAGTCCCAGAAAAAAAAGAAGTTAATATAAT
TATTCTTTTTAAATAAAGTTTAATCTAATTATGAGAGACTGATAATTTATTGTTAATAGA
CCTTTTCTTCACTGCAAGTATTGCTCCAGAGAAATTGGATCTCCAAACCAAAGAGGTTAC
ATTTAAGTTTCAAACTTTTTCATTTAGATTCAAAGGTCAAATTTACAACTTAATTTGTTT
CTTTTGAACCTTAAGTTATTTTGATTTTCTTTTTGAAAAA*GAAATAAACTACTTCTTCT
AAGAAACAAATAGATCTATGATTTAGAGCTTCAAGATCTCCAAAACTAAACATTCAAAGG
AAACCGTATGG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR1CS03JQ 720 0 0
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AAGATTTCAATCAATAATCATTTTTTTTGAAAAATAAAATTGATGATAAACATAAAATCA
ATAAGTTTTACATTATAAACTAAAATCATCATCTAACTGAAACCAAAAAAATAACTTATA
AAACATTGTTTAGTAAAAACAGTGGAAATATAGTTTAGTTTATAAAAATTCAATTCAGAG
AAACTGTAGTCCCAGAAAAAAAAGAAGTTAATATAATTATTCTTTTTAAATAAAGTTTAA
TCTAATTATGAGAGACTGATAATTTATTGTTAATAGACCTTTTCTTCACTGCAAGTATTG
CTCCAGAGAAATTGGATCTCCAAACCAAAGAGGTTACATTTAAGTTTCAAACTTTTTCAT
TTAGATTCAAAGGTCAAATTTACAACTTAATTTGTTTCTTTTGAACCTTAAGTTATTTTG
ATTTTCTTTTTGAAAAAAGAAATAAACTACTTCTTCTAAGAAACAAATAGATCTATGATT
TAGAGCTTCAAGATCTCCAAAACTAAACATTCAAAGGAAACCGTATGGATCCATTCATAA
AAGAGAAGACCACTCACAACCAATGCAAATGTTTATCAAAAAGCTATAAGAACTAGAGAA
TTTTTCAAGAACACAATCTGTACAGACCGAACAACAAACAATGCAGCTAGCTTAGCGTAT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8757Contig1 605 2 2 U
GGATTACGTCCTGTCGCTTTGCCTAGCTTTTCGTTCAATTTCTTTTTTCCTTCATTTTCT
TCTCTTTCTTGTTCTTCCCTCTCTAAATTATCAGCTAAAACTGAGGGAGGGAAGAACGTA
CGAATCTTTTTAAAACTGAATATATAATTGGTTATATATCAAACTAAGCAGTTAAAGAGA
AGAGTGAAAGGGAGAAAATCTCAGCACTGAAAATGTCGGCGTCTAAACTTTTCTTCGGAG
CTCTTACAATCGTATGGATAGTTTTCTCCATTTTCTTCCCAATGGCACAGGCTCAGTCCG
CAGCTCCGGCTCCCGCTCCGTCAAGCGATGGAACAACAATAGATCAAGGCATAGCATATG
TCCTTATGTTGGTGGCTTTGGTCCTCACTTATTACATCCATTAATACTTTTGTCATTTTA
ATTCTGGTCTCTATTTAGTTTAATTATATTTTCTCATTTTGATTATAATTAAATAGAGAC
CAGAAAAGTTTATGTCGTAGAGAAATTAACGAGATTTTCTAATATTTGGAGTGATATAAT
TTTGAAGTTCATTTGTATAACGTCGATATGCGTCAACTGTTGGAAATATATTTCATCACT
TTACA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR1C970TF U 1
AF RR1EB67TF U 4
BS 1 588 RR1C970TF
BS 589 605 RR1EB67TF

RD RR1C970TF 588 0 0
GGATTACGTCCTGTCGCTTTGCCTAGCTTTTCGTTCAATTTCTTTTTTCCTTCATTTTCT
TCTCTTTCTTGTTCTTCCCTCTCTAAATTATCAGCTAAAACTGAGGGAGGGAAGAACGTA
CGAATCTTTTTAAAACTGAATATATAATTGGTTATATATCAAACTAAGCAGTTAAAGAGA
AGAGTGAAAGGGAGAAAATCTCAGCACTGAAAATGTCGGCGTCTAAACTTTTCTTCGGAG
CTCTTACAATCGTATGGATAGTTTTCTCCATTTTCTTCCCAATGGCACAGGCTCAGTCCG
CAGCTCCGGCTCCCGCTCCGTCAAGCGATGGAACAACAATAGATCAAGGCATAGCATATG
TCCTTATGTTGGTGGCTTTGGTCCTCACTTATTACATCCATTAATACTTTTGTCATTTTA
ATTCTGGTCTCTATTTAGTTTAATTATATTTTCTCATTTTGATTATAATTAAATAGAGAC
CAGAAAAGTTTATGTCGTAGAGAAATTAACGAGATTTTCTAATATTTGGAGTGATATAAT
TTTGAAGTTCATTTGTATAACGTCGATATGCGTCAACTGTTGGAAATA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1EB67TF 602 0 0
GG
ACGTCCTGTCGCTTTGCCTAGCTTTTCGTTCAATTTCTTTTTTCCTTCATTTTCTTCTCT
TTCTTGTTCTTCCCTCTCTAAATTATCAGCTAAAACTGAGGGAGGGAAGAACGTACGAAT
CTTTTTAAAACTGAATATATAATTGGTTATATATCAAACTAAGCAGTTAAAGAGAAGAGT
GAAAGGGAGAAAATCTCAGCACTGAAAATGTCGGCGTCTAAACTTTTCTTCGGAGCTCTT
ACAATCGTATGGATAGTTTTCTCCATTTTCTTCCCAATGGCACAGGCTCAGTCCGCAGCT
CCGGCTCCCGCTCCGTCAAGCGATGGAACAACAATAGATCAAGGCATAGCATATGTCCTT
ATGTTGGTGGCTTTGGTCCTCACTTATTACATCCATTAATACTTTTGTCATTTTAATTCT
GGTCTCTATTTAGTTTAATTATATTTTCTCATTTTGATTATAATTAAATAGAGACCAGAA
AAGTTTATGTCGTAGAGAAATTAACGAGATTTTCTAATATTTGGAGTGATATAATTTTGA
AGTTCATTTGTATAACGTCGATATGCGTCAACTGTTGGAAATATATTTCATCACTTTACA

QA 3 602 3 602
DS 



AS 1 2

CO CL8758Contig1 583 2 1 U
GGAGATTCGATTCAGACCAGAGAATCGTAGATTGATCGAAGAAGATGAACACTGACATCA
CTGCCTTGGAGAAGCCCCAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACCATTCACAAAAGTCG
TCGGAAACTTCAGCGTACTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCA
CCGTCGGCTATCTATCAGGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAG
GACTGATCGGACTCATGGGTGGGTTCATGTATGCGTATCAGAACTCGGCGGGGAGGCTCA
TGGGTTTCTTCCCTAACGAAGGAGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGCGGTGGGTTCTCCA
AATGAGAGTCTATTGCTGGATCTGGGTGGGTTCCAATTCGAAAGAGAACTCTCTTTTTAA
AATTTGCTACTCCTTTTGTTTGTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTAA
GATGTTGATGATCAATAAATATTTGAGCTTCCTCAAAAAATTGTTTGTTATGACTTAGAT
TTGAGCTTGCTTAATGGTTTGAAATAGTGAACGGTTTGTGATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CV20JQ C 1
AF RR1CV20TF U 1
BS 1 583 RR1CV20TF

RD RR1CV20JQ 583 0 0
GGAGATTCGATTCAGACCAGAGAATCGTAGATTGATCGAAGAAGATGAACACTGACATCA
CTGCCTTGGAGAAGCCCCAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACCATTCACAAAAGTCG
TCGGAAACTTCAGCGTACTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCA
CCGTCGGCTATCTATCAGGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAG
GACTGATCGGACTCATGGGTGGGTTCATGTATGCGTATCAGAACTCGGCGGGGAGGCTCA
TGGGTTTCTTCCCTAACGAAGGAGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGCGGTGGGTTCTCCA
AATGAGAGTCTATTGCTGGATCTGGGTGGGTTCCAATTCGAAAGAGAACTCTCTTTTTAA
AATTTGCTACTCCTTTTGTTTGTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTAA
GATGTTGATGATCAATAAATATTTGAGCTTCCTCAAAAAATTGTTTGTTATGACTTAGAT
TTGAGCTTGCTTAATGGTTTGAAATAGTGAACGGTTTGTGATG

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR1CV20TF 583 0 0
GGAGATTCGATTCAGACCAGAGAATCGTAGATTGATCGAAGAAGATGAACACTGACATCA
CTGCCTTGGAGAAGCCCCAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACCATTCACAAAAGTCG
TCGGAAACTTCAGCGTACTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCA
CCGTCGGCTATCTATCAGGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAG
GACTGATCGGACTCATGGGTGGGTTCATGTATGCGTATCAGAACTCGGCGGGGAGGCTCA
TGGGTTTCTTCCCTAACGAAGGAGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGCGGTGGGTTCTCCA
AATGAGAGTCTATTGCTGGATCTGGGTGGGTTCCAATTCGAAAGAGAACTCTCTTTTTAA
AATTTGCTACTCCTTTTGTTTGTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTAA
GATGTTGATGATCAATAAATATTTGAGCTTCCTCAAAAAATTGTTTGTTATGACTTAGAT
TTGAGCTTGCTTAATGGTTTGAAATAGTGAACGGTTTGTGATG

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL8759Contig1 634 2 2 U
TTTTTTTTAGCTGTCTCATTTAGTTTCTTCTTTTTTTTTGGTTTGCTTACAGATGTTAGA
AACCATCCAATTCTCATCCACTGTAAGCAAGGAAAGGTAAACCCCCAAACAAACCCTTGA
TCCAGTTTCATAAAGCTTTGGGTTTGAGTTTATTAACAGTGATTTCGTTTGCTAATTGTG
CAGCATAGGACAGGTTGTCTTGTTGGATGCCTGAGGAAAGTGCAGAACTGGTGCTTATCA
TCGGTTCTCGAGGAATACCAGAAGTGTGCGGGTTCGAAATGGAGGCAAAGAGATTTAAGG
TTCATAGAGGAGTTCGATGTGCAAGGTTTAAGGCAATGTCTGTACAGCATAATCTACCAG
TACAATGGTTATGGTCTCAAGAGGAGAAAGTTGCTGTATCAAGAAGAGAATGTTGTCCAA
GAACAACAGCATAAACCTCAAGCCACCAAAGGTTGGTGAACAAACCAGAAGAGCTTGAAA
TCGGAGGATTATATATATCGTTTTTCTAGATCCTTTAGGTTCACAACAGATGATTTTTAT
TTGGTCTCTTTTTCTTTTATTACAGCCTAGAAAAATTTACAGATGGATTAAACTAACAAC
ACATGTCAGCTTTTGTTTTGTCATCAAGTCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CZ59JQ C 1
AF RR1CZ59TF U 48
BS 1 47 RR1CZ59JQ
BS 48 634 RR1CZ59TF

RD RR1CZ59JQ 634 0 0
TTTTTTTTAGCTGTCTCATTTAGTTTCTTCTTTTTTTTTGGTTTGCTTACAGATGTTAGA
AACCATCCAATTCTCATCCACTGTAAGCAAGGAAAGGTAAACCCCCAAACAAACCCTTGA
TCCAGTTTCATAAAGCTTTGGGTTTGAGTTTATTAACAGTGATTTCGTTTGCTAATTGTG
CAGCATAGGACAGGTTGTCTTGTTGGATGCCTGAGGAAAGTGCAGAACTGGTGCTTATCA
TCGGTTCTCGAGGAATACCAGAAGTGTGCGGGTTCGAAATGGAGGCAAAGAGATTTAAGG
TTCATAGAGGAGTTCGATGTGCAAGGTTTAAGGCAATGTCTGTACAGCATAATCTACCAG
TACAATGGTTATGGTCTCAAGAGGAGAAAGTTGCTGTATCAAGAAGAGAATGTTGTCCAA
GAACAACAGCATAAACCTCAAGCCACCAAAGGTTGGTGAACAAACCAGAAGAGCTTGAAA
TCGGAGGATTATATATATCGTTTTTCTAGATCCTTTAGGTTCACAACAGATGATTTTTAT
TTGGTCTCTTTTTCTTTTATTACAGCCTAGAAAAATTTACAGATGGATTAAACTAACAAC
CCATGTCAGCTTTTGTTTTGTCATCAAGTCAACC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1CZ59TF 587 0 0
TACAGATGTTAGAAACCATCCAATTCTCATCCACTGTAAGCAAGGAAAGGTAAACCCCCA
AACAAACCCTTGATCCAGTTTCATAAAGCTTTGGGTTTGAGTTTATTAACAGTGATTTCG
TTTGCTAATTGTGCAGCATAGGACAGGTTGTCTTGTTGGATGCCTGAGGAAAGTGCAGAA
CTGGTGCTTATCATCGGTTCTCGAGGAATACCAGAAGTGTGCGGGTTCGAAATGGAGGCA
AAGAGATTTAAGGTTCATAGAGGAGTTCGATGTGCAAGGTTTAAGGCAATGTCTGTACAG
CATAATCTACCAGTACAATGGTTATGGTCTCAAGAGGAGAAAGTTGCTGTATCAAGAAGA
GAATGTTGTCCAAGAACAACAGCATAAACCTCAAGCCACCAAAGGTTGGTGAACAAACCA
GAAGAGCTTGAAATCGGAGGATTATATATATCGTTTTTCTAGATCCTTTAGGTTCACAAC
AGATGATTTTTATTTGGTCTCTTTTTCTTTTATTACAGCCTAGAAAAATTTACAGATGGA
TTAAACTAACAACACATGTCAGCTTTTGTTTTGTCATCAAGTCAACC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL8760Contig1 693 2 2 U
CATGCAAATTATAACATTCTATTGATGATATAGAAGCCAAAAACCACAAGAAATGTAACA
AAAGGGCACTAATTATCAGCCAAATATAACATATATTGAAGTCCCTATCCAAGCCCCCAC
ATATTCTTCATCATCATCGTCATCTTCACTACTATCCTCATGAACAATGATGTCTCATCC
GCTTCTTTTCTTCCCCCTCAAAAACCTTGCTTAGGTGATTAATATTAAAATAAAATAAAA
AGTAAAGAAAAAAAGCAGACACAAAAGTCATAAAACACAACGGCACACCATTCTTGTTCC
CTTTTAAATGGGTAATGGCGTTTGTAATTATTATTAGCTGGAGAGACCCTGAACAAGTCA
AACGTTGTCCGTTGACTTATGGAGCAGTGGAGCTGTGATGGACGACTTGATGGAGCCGCG
AGAAACGGGTACTCGCTCGATACCATGCTCCGCGATGGACTGGATCTCTGCCTTCTCAAG
AGCTGCAAATTTCCTCTCTTCACTCTTACCGTATAGCACAAAGTAAAGTCCCGCTATGAT
CAGCACAGCACCAATAATCCCGCCCAAGTAAAATTCCTCGCCTAAAGCAATCGAAGCCAT
AATCGCAACGACCAAAGTCTGAACAGGTTGGTAAACAGCAACAAACACTGGACCCCCTCT
GTCAATACACCAAATCTGAACCGCAAACGCGAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GH69JQ U 1
AF RR1GQ22JQ U 1
BS 1 582 RR1GH69JQ
BS 583 693 RR1GQ22JQ

RD RR1GH69JQ 582 0 0
CATGCAAATTATAACATTCTATTGATGATATAGAAGCCAAAAACCACAAGAAATGTAACA
AAAGGGCACTAATTATCAGCCAAATATAACATATATTGAAGTCCCTATCCAAGCCCCCAC
ATATTCTTCATCATCATCGTCATCTTCACTACTATCCTCATGAACAATGATGTCTCATCC
GCTTCTTTTCTTCCCCCTCAAAAACCTTGCTTAGGTGATTAATATTAAAATAAAATAAAA
AGTAAAGAAAAAAAGCAGACACAAAAGTCATAAAACACAACGGCACACCATTCTTGTTCC
CTTTTAAATGGGTAATGGCGTTTGTAATTATTATTAGCTGGAGAGACCCTGAACAAGTCA
AACGTTGTCCGTTGACTTATGGAGCAGTGGAGCTGTGATGGACGACTTGATGGAGCCGCG
AGAAACGGGTACTCGCTCGATACCATGCTCCGCGATGGACTGGATCTCTGCCTTCTCAAG
AGCTGCAAATTTCCTCTCTTCACTCTTACCGTATAGCACAAAGTAAAGTCCCGCTATGAT
CAGCACAGCACCAATAATCCCGCCCAAGTAAAATTCCTCGCC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR1GQ22JQ 693 0 0
CATGCAAATTATAACATTCTATTGATGATATAGAAGCCAAAAACCACAAGAAATGTAACA
AAAGGGCACTAATTATCAGCCAAATATAACATATATTGAAGTCCCTATCCAAGCCCCCAC
ATATTCTTCATCATCATCGTCATCTTCACTACTATCCTCATGAACAATGATGTCTCATCC
GCTTCTTTTCTTCCCCCTCAAAAACCTTGCTTAGGTGATTAATATTAAAATAAAATAAAA
AGTAAAGAAAAAAAGCAGACACAAAAGTCATAAAACACAACGGCACACCATTCTTGTTCC
CTTTTAAATGGGTAATGGCGTTTGTAATTATTATTAGCTGGAGAGACCCTGAACAAGTCA
AACGTTGTCCGTTGACTTATGGAGCAGTGGAGCTGTGATGGACGACTTGATGGAGCCGCG
AGAAACGGGTACTCGCTCGATACCATGCTCCGCGATGGACTGGATCTCTGCCTTCTCAAG
AGCTGCAAATTTCCTCTCTTCACTCTTACCGTATAGCACAAAGTAAAGTCCCGCTATGAT
CAGCACAGCACCAATAATCCCGCCCAAGTAAAATTCCTCGCCTAAAGCAATCGAAGCCAT
AATCGCAACGACCAAAGTCTGAACAGGTTGGTAAACAGCAACAAACACTGGACCCCCTCT
GTCAATACACCAAATCTGAACCGCAAACGCGAT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL8761Contig1 853 2 2 U
GGGTGTTCCTTTGTCTCCAAGAAACGGTGGTTTATGGCAGAACAGAGTTAACAGCCTTAC
ACCACCACCGTTGCAGCTTAACGGTAGCAGATTGAAGTCTATTTTGAGCGCCAGAGATAT
GGATATGGAGATGGAACTAAGGCTTCGTGGTCTGGATGGTCATAGACTCGGTGACTCTAT
GATGTCTCCAAGCAGGTATTCTCAGATGAACCATTACCCTTCTTCCCCTGTGAGGCAAGC
ACCTCCTCAGAGGTTTGAGTCTTCAGCAGCTATGGCAGCTGCGGTGATGAACGCTAGATC
TTCAGCGTTTGCTAAACGTAGCTTGAGTTTCAAACCGGCTCCAGTAGCTGCTTCTAATGT
CTCGGATTGGGGATCACCTAACGGGAAGGTTGAGTGGGGGATGCAAAGAGAGGAGATGAA
CAAGATGAGGAGAAGTGTCTCCTTTGGCATTCATGGGAATCACAACAATAACAATGTGTC
ACGTCCTGTGAGAGACTACAGCGATGAGCCAGATGTGTCTTGGGTGAACTCACTGGTGAA
AGATAGTACACAGGAGAGAGACTTTGGGTTGAATGGTGCAGCGGTTAGGGACGAGTTTAA
GCTGCCGTTGTGGGCAGAGCAAATGTACATAGACCATGAGAAGCAGCAGAGTGTGGCATA
AGAAGCAGAAAGAATCTAACAAATCTTGGTAATAATTCATTGATTTTGTGTTTGTCAACC
ATAATTATCTACTAGTATATGTTTCTTTATATTCTCTTTTTTTTTTCTTTAAAAAATGTC
ATACTCTTGTCTCTGTGACACTATGTAATGATTGAAAGAAAATAATTGATGAATGAGTTC
AATGAAAGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F875TF U 1
AF RR1F875JQ C 108
BS 1 689 RR1F875TF
BS 690 853 RR1F875JQ

RD RR1F875TF 689 0 0
GGGTGTTCCTTTGTCTCCAAGAAACGGTGGTTTATGGCAGAACAGAGTTAACAGCCTTAC
ACCACCACCGTTGCAGCTTAACGGTAGCAGATTGAAGTCTATTTTGAGCGCCAGAGATAT
GGATATGGAGATGGAACTAAGGCTTCGTGGTCTGGATGGTCATAGACTCGGTGACTCTAT
GATGTCTCCAAGCAGGTATTCTCAGATGAACCATTACCCTTCTTCCCCTGTGAGGCAAGC
ACCTCCTCAGAGGTTTGAGTCTTCAGCAGCTATGGCAGCTGCGGTGATGAACGCTAGATC
TTCAGCGTTTGCTAAACGTAGCTTGAGTTTCAAACCGGCTCCAGTAGCTGCTTCTAATGT
CTCGGATTGGGGATCACCTAACGGGAAGGTTGAGTGGGGGATGCAAAGAGAGGAGATGAA
CAAGATGAGGAGAAGTGTCTCCTTTGGCATTCATGGGAATCACAACAATAACAATGTGTC
ACGTCCTGTGAGAGACTACAGCGATGAGCCAGATGTGTCTTGGGTGAACTCACTGGTGAA
AGATAGTACACAGGAGAGAGACTTTGGGTTGAATGGTGCAGCGGTTAGGGACGAGTTTAA
GCTGCCGTTGTGGGCAGAGCAAATGTACATAGACCATGAGAAGCAGCAGAGTGTGGCATA
AGAAGCAGAAAGAATCTAACAAATCTTGG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR1F875JQ 746 0 0
GCGCCAGAGATATGGATATGGAGATGGAACTAAGGCTTCGTGGTCTGGATGGTCATAGAC
TCGGTGACTCTATGATGTCTCCAAGCAGGTATTCTCAGATGAACCATTACCCTTCTTCCC
CTGTGAGGCAAGCACCTCCTCAGAGGTTTGAGTCTTCAGCAGCTATGGCAGCTGCGGTGA
TGAACGCTAGATCTTCAGCGTTTGCTAAACGTAGCTTGAGTTTCAAACCGGCTCCAGTAG
CTGCTTCTAATGTCTCGGATTGGGGATCACCTAACGGGAAGGTTGAGTGGGGGATGCAAA
GAGAGGAGATGAACAAGATGAGGAGAAGTGTCTCCTTTGGCATTCATGGGAATCACAACA
ATAACAATGTGTCACGTCCTGTGAGAGACTACAGCGATGAGCCAGATGTGTCTTGGGTGA
ACTCACTGGTGAAAGATAGTACACAGGAGAGAGACTTTGGGTTGAATGGTGCAGCGGTTA
GGGACGAGTTTAAGCTGCCGTTGTGGGCAGAGCAAATGTACATAGACCATGAGAAGCAGC
AGAGTGTGGCATAAGAAGCAGAAAGAATCTAACAAATCTTGGTAATAATTCATTGATTTT
GTGTTTGTCAACCATAATTATCTACTAGTATATGTTTCTTTATATTCTCTTTTTTTTTTC
TTTAAAAAATGTCATACTCTTGTCTCTGTGACACTATGTAATGATTGAAAGAAAATAATT
GATGAATGAGTTCAATGAAAGGGTCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL8762Contig1 696 2 3 U
GGACAGAGGGGAATATATGGCATCTCAGTTCCTCATACCATCAGCAAACGCCACCAGTGG
AGGCGGAGATGCCGTTTACGTTGCGGCCGTGCCGCTCAGAGCAACTTCTGGTCCACCACA
GCTTATCATGTCAATGGCCTACTCACTTAATATAAGGAATTTACAGCATTTCATGGTTCT
CATCAAACCATCTTCTTCAATTCCTCAAGAGGTAATCGTGTTTGACTTCCAACCTGTTAA
TCCAGAAAGCATAGATGCAGCAGTCTCGATTTTATCAGGAAAATCAGTTCCAGGTATAGT
GATGCAAAGAAAGCTGAAGAATGTTCCTAAACAAAGATGTTGGATGGTTGGATCATCCAA
AGGGAATAATGCCATGGAAATGGCAATTGAGTTTAATAGCTCATGGGAGACTGATCTTAC
AGTTGGATTTCATGATTGCCGACATTATACCAATGAACTTGTTCAACATCTTACCGGAGA
AAAACAAATTGTTGAGCGACTCACAAGAAGCAACAGCATTTAGCATCCACCTCAAGAATG
GATGTAACATATGTTCACCCAATGACTCATCTACCAATATAAATGGCCAGCACTTATAAG
TATACTTCAAGTTTTAACTCGTAGGTTGGGGATTTTTTTTTTTTTGATGAACAGTACCCA
AACCAATATTATTATCCTTAATTAAGATAACCTTCC


BQ
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AF RR1EA64TF U 1
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AACAGTACCCAAACCAATATTATTATCCTTAATTAAGATAACCTTCC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AZ20JQ C 1
AF RR1AZ20TF U 1
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QA 1 583 1 583
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RD RR1AZ20TF 583 0 0
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QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL8764Contig1 1215 2 10 U
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G634TF U 1
AF RR1G634JQ C 441
BS 1 723 RR1G634TF
BS 724 724 RR1G634JQ
BS 725 755 RR1G634TF
BS 756 756 RR1G634JQ
BS 757 774 RR1G634TF
BS 775 775 RR1G634JQ
BS 776 795 RR1G634TF
BS 796 796 RR1G634JQ
BS 797 806 RR1G634TF
BS 807 1215 RR1G634JQ

RD RR1G634TF 806 0 0
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CATCGCATTTACCCTTTTTTCGTCGCATTTCATTTCAAACTTTTAAATAATTCCTTTTAT
TTTTGAACAAAAAACTTTTAAATAAGAGGATCCATCCATAGTTTCCTCTCTCTAAAGTTC
TTTATCTTCTTTCTAGACCTTCAAAAGTTGAGTTCGTTTTCCGGCAGCCTGTAGGCTAAT
CGCTACCGGTTGCCAAACTCTTTTGTTTTTGTTTTTTTTGTTGTTCTATATTATATTCCG
TTAAGTGGATAGTGATTTTCGCTAGGCGACATGTATATCGTTTGACGATTTTGCCGTGTT
TTTCAAACCAATATCGAAATAGTTTTTTTCATGATTATCATTTCCTTTCGATTTGGTTTA
AATTAATAAGGTTTCTATATGACCAGAAAATCCTTTTTGCTTGCTTTAATCAAAACTCCG
AAAGCTATGTTCTTTGTTCTTCTTTTCTCATCTTGGCTTGTTTACTTCAATTGATTATAA
ATCTACATGATTTATGGCTAACATATTGAGCTTTGCATGTAGTATTTCATTGTTTGTAAA
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TAGATGTCCTAACAA*TGGTCTATAT

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1G634JQ 775 0 0
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AGTTTTTTTCATGATTATCATTTCCTTTCGATTTGGTTTAAATTAATAAGGTTTCTATAT
GACCAGAAAATCCTTTTTGCTTGCTTTAATCAAAACTCCGAAAGCTATGTTCTTTGTTCT
TCTTTTCTCATCTTGGCTTGTTTACTTCAATTGATTATAAATCTACATGATTTATGGCTA
ACATATTGAGCTTTGCATGTAGTATTTCATTGTTTGTAAATCAAGATATTGGGAGAGTTT
TGGTGATGATGAGATTAGATAAAGAAGAGTTGGGGTCTCATAGATGTCCTAACAAATGGT
CTATATCTCTTTCTCCTTTAACCTCCCTGGGTTACACGAAGATGGTGACTGAAGGATATG
GTCATAGACCTAGGCGATTTGCAAAGAGGATAATCTAGAGGAAATTTGAAGTATGTTGAT
GGTGGCAACTAGAAGAAGAGAAGACACTGGTTTTCGCGGCGGAGAAGACATCGGTTTTCG
CGGTAGGGAAAACACCGACAATAGGCCTGTGGTGAAGTTTGTGGAAGATGTTAGACCTGT
CTGCAAGTTGATGCCACGTGGTCCTATTTTCATGTGCGGTGGAAGACGTGTCGATCAATA
CACTTTCATTATGTTGTTTTTTTACCGATTACTGTACTTTTAATTACTGAGCCTTTGTAG
ACTTTGAATCCTCTGTACTTAGCCCACTGGACTTTATGAAATGAATTATGTTGAC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL8765Contig1 1049 2 2 U
GGTTTAGACGGTTCTCCATATAAGACCCTACTTTATTAACGTTCAATTTAATCCAACGAA
ATACAACACAGAAACAGCTTTAAAAGGATGAAACCGGAGACCCTAACAATCGAGTAGGAG
CCAGATAACAAGCTAAGGGCTCGGTATCACATCTCATCCCGGTCTGGACAGAGTAAAGAG
TTTATGCAAACTCAAGCTGAAACTCAAACACTTATGTACACATACATAAACCTCAACAAC
ACTCAAAAGCTTAAACTAAATCTGACTCTCTGTGAAATCCTAGTACTTGCACAACAACAC
ATCATTTACATCATTAGAGATTTGATCATTCTTTTTCTTTTTTTTTTATTATGACGGGAG
AGTCCATAGGCTCTTTTATTCTTCAGATGGCCTCGAATGCGATTACAGATATGAATCGAG
GTAGGAGTAGTTGTGGTGGCGGCCATACTCAAGGAGACTACCGTAAGTGCGGTCCCAAAC
ACCGATGAAGAGCGCTTCTGTGTCAGGGCTGAATGATATTCCCGATATCTCCCCAAAGAA
ATCGATCTCCTGCTCTGTTTCATACCCTTTTGAGACGTCGTACACATGGACAAAGTCAGC
CGGCTCAGCCATAGCCATGTATTTCCCATCCGACGTGTACCGGATGGACCTTATTGCTCC
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TGTCTTGTCTTGGTTACCTGTGGAGAAAGTGAGCCCATCTGGGTGCCATGCCGATGTAAA
GGAAAAGTCCAAATGTCCTGCTAGCGTTCCCAGTGTCTTTCCGGTGTTGGGGTCTACCAG
AAGGCCCTCTGGGTTGTCTCCCACGATCGTTAATAACTTACCATCAGGGCTCAGAGATGT
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ATCTCTGACTCCACAATCATTATTTGAGGCGGTGAAGTGGAGTGCGCCACTGGGTTTGTT
ATAGATCTCAATAGCATTAGTGATAGCAT


BQ
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AF RR1DR12JQ U 1
AF RR1E811JQ U 247
BS 1 675 RR1DR12JQ
BS 676 1049 RR1E811JQ

RD RR1DR12JQ 675 0 0
GGTTTAGACGGTTCTCCATATAAGACCCTACTTTATTAACGTTCAATTTAATCCAACGAA
ATACAACACAGAAACAGCTTTAAAAGGATGAAACCGGAGACCCTAACAATCGAGTAGGAG
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TTTATGCAAACTCAAGCTGAAACTCAAACACTTATGTACACATACATAAACCTCAACAAC
ACTCAAAAGCTTAAACTAAATCTGACTCTCTGTGAAATCCTAGTACTTGCACAACAACAC
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GTAGGAGTAGTTGTGGTGGCGGCCATACTCAAGGAGACTACCGTAAGTGCGGTCCCAAAC
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ATCGATCTCCTGCTCTGTTTCATACCCTTTTGAGACGTCGTACACATGGACAAAGTCAGC
CGGCTCAGCCATAGCCATGTATTTCCCATCCGACGTGTACCGGATGGACCTTATTGCTCC
AAGGTTACCCCTCAA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR1E811JQ 803 0 0
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TAGGCTCTTTTATTCTTCAGATGGCCTCGAATGCGATTACAGATATGAATCGAGGTAGGA
GTAGTTGTGGTGGCGGCCATACTCAAGGAGACTACCGTAAGTGCGGTCCCAAACACCGAT
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CTCCTGCTCTGTTTCATACCCTTTTGAGACGTCGTACACATGGACAAAGTCAGCCGGCTC
AGCCATAGCCATGTATTTCCCATCCGACGTGTACCGGATGGACCTTATTGCTCCAAGGTT
ACCCCTCAAGACAGCAACTGATTTAGAGAGGTTACGAATGTCCCAAACCCTGCATGTCTT
GTCTTGGTTACCTGTGGAGAAAGTGAGCCCATCTGGGTGCCATGCCGATGTAAAGGAAAA
GTCCAAATGTCCTGCTAGCGTTCCCAGTGTCTTTCCGGTGTTGGGGTCTACCAGAAGGCC
CTCTGGGTTGTCTCCCACGATCGTTAATAACTTACCATCAGGGCTCAGAGATGTGTGATT
GACTGGCCAAGGAAAGCGAAAGTAGTTAACAAGCTGATATCTCTCCATATCAAAATCTCT
GACTCCACAATCATTATTTGAGGCGGTGAAGTGGAGTGCGCCACTGGGTTTGTTATAGAT
CTCAATAGCATTAGTGATAGCAT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL8766Contig1 895 2 2 U
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TCCTAAGATCCAATGGATCAAAACGAACCAATAAGCAAGAAGCTATGGAACATCGTACGT
TTCCTCTTGTACATGATCCGAAAAGGTGTCTCAAAACACAAACTCATCGCCGACTTCAAC
GCCACACTCAAACGCGGAAAGAATCTCATGTTCCACCACCGTCGCCGTGTCCCAGCTGCC
GCCACTTCCTCATCGGCCACCGCAACCGTACCTCAACGTCAAGAATACGAGTTTAGCTGC
AGCAACACTCCGAACTACTCTTTCCCCTTTCCCAATATTGGGTTCATGAAGAAAAAGAGT
CACAATAATCTCTTCGCGTGTGGTCAAACGCCTCAGACGCTTGACGACGACGCTGCCGCA
GCTAGAGCAGTCCTTGAGCTTCTTAACGGCGTTGGTGAGAAAGGAAACGTTACTCCGGCG
TATTTGTCGGCGGCTTTGTCTCCTTACTTTCCCGGGTTTGGTCGGACTCCTTTGGTGAGG
CCGTTGAGAGTAACGGACTCACCGTTTCCTTTAACACCGGAAAGTGGCGACGTGGCCAAC
GGACACGTGGACCAAGCAGCTGATGATTTCATAAAGAAGTTTTATAAGAACTTAAATCAG
CAGAAAAAAATGATTGAGTTCAGCTAAAATCTAATCTGATTAGTGTACTTCATATTTCTC
TCCTTTTTTTCTTTTTGCTGATATTAATTGCTTAATATGTAATGATATCTTTGGGGGATT
TTTTTTTTGTTAAAGTCTTTGGGGGATTTTTATTTTCACTTTTCTTGAAACAATTGGATA
TTGTCAATAAGAAGAATATCATGGTCTTTGTCAATAAAACTAATGTTTTAGTAAG


BQ
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AF RR1BE79TF U 1
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GCCCATCACAATCACCATCATCACTATATATTCTATTTACTTATTAAACAGGTTTTAAAA
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QA 1 628 1 628
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GGGGTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G025JQ U 225
AF RR1G025TF C 1
BS 1 226 RR1G025TF
BS 227 234 RR1G025JQ
BS 235 235 RR1G025TF
BS 236 369 RR1G025JQ
BS 370 548 RR1G025TF

RD RR1G025JQ 145 0 0
AA
AAGCTTCCCCTGATGGCTTCCATGTGATGTTGCAACTCCCAACAGGCTTCCTTTGGGCAG
TATTTACAGGAGGGTTCCTTGAAAGGCAGCTCCTTTTAGTGAAGTGGACTTTGGGCATCC
CCAGGTGAAAGCAAGATGATGAA

QA 3 145 3 145
DS 

RD RR1G025TF 548 0 0
ATGACAAACACGAAACATAAAATTCAAATCACTAGCAAACTAATTGATTTCTAAAAGAAG
AGATCTGTTCAAAGATTGGGAGCCTCTTAGATCTATAATTACTGGCTGTCATCTCTTCAA
GCCCAAGAACAAAGTCATCGTCCAAGATATTTCCCAAGACATCCTCCATCTCAGCATCTA
GCCGACGTGGCAGCGAAGCCTCTAGCTCACTCAGAAGCTCACTCAGAAGCTTCCACTGAT
GGCTTCCATGTGATGTTGCAACTCCCAACAGGCTTCCTTTGGGCAGTATTTACAGGAGGG
TTCCTTGAAAGGCAGCTCCTTTTAGTGAAGTGGACTTTGGGCATCCCCAGGTGAAAGCAA
GATGATGAAGACACAACATGTCCAACCATTGGTGAAACAAATAGAACTCACGACTTAAAA
CATGTTTGAAGAGATTCTTGAAGGCTAATCTTGTAGCAGAGGAATCTAAGAGAGAGGAGA
AGGATACGCGAATTGAGAAAGAAGCAGAGAGAGAGATGATGATGAAGAAGAAGCGGATTG
GGGGTTCC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL8769Contig1 708 2 2 U
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CACAAGGGGATGGCAGCGACAGTGTGTTAGGGAGCATTGGATACAGCTACGAGGAACTAT
ACTCAGTCAGTATTGGTCATAAGAATTCACCTAAGAAAGTGTTTTGGATCAATACAACTC
AAGAGTGGCTTCAACTTGCAGCTGGTCTAGAGATGGAGCTGTTGCAGTGTGTGAATGCAA
CTTTGTGTCTTCCAGAGAAACCAAAACTGGTTGTTGGATTAAAGGCAGCCACTGCTAATA
CATTCGTGGATAATGCAGCTTGCAGAGATTTCTTATACGATACTTTTGGTGTTTCCTCCT
CAGATACGGAGAGTTCTGCAGTGGCTATGACATGCGTATCAAATGGGTATCCTGTAATTG
TAATAAGGGGACTATCAGATTTAGCTGGAGCACAAACAGGAGACAATGCTGTTCGTAAGT
TTGGATCTTTGGCTGCCACTAATACTGCTAGAGCTGTTCTAGAGTTCATCAAGAAGCTGC
CACCAAACTACAACCTTAGTTCCTAAGTATTTATCATAATGGGTGATTTAATCTGTAATT
TTCTTCTATAAAATAAGTGTTCACTATTCAGCTTTTCTTAAGTCGAACACACTTAATCTC
AGCATTGCAAAAACATTTTTATTTATCAAAGACTGTCACTATTGGTGC


BQ
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AF RR1F170TF U 1
AF RR1F170JQ C 2
BS 1 627 RR1F170TF
BS 628 708 RR1F170JQ

RD RR1F170TF 627 0 0
GAGACAAAGCAGAGGGAGGTGACTATGCAGCATACTTAGATTTTGGGAAGTATACTGTTC
CACAAGGGGATGGCAGCGACAGTGTGTTAGGGAGCATTGGATACAGCTACGAGGAACTAT
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AAGAGTGGCTTCAACTTGCAGCTGGTCTAGAGATGGAGCTGTTGCAGTGTGTGAATGCAA
CTTTGTGTCTTCCAGAGAAACCAAAACTGGTTGTTGGATTAAAGGCAGCCACTGCTAATA
CATTCGTGGATAATGCAGCTTGCAGAGATTTCTTATACGATACTTTTGGTGTTTCCTCCT
CAGATACGGAGAGTTCTGCAGTGGCTATGACATGCGTATCAAATGGGTATCCTGTAATTG
TAATAAGGGGACTATCAGATTTAGCTGGAGCACAAACAGGAGACAATGCTGTTCGTAAGT
TTGGATCTTTGGCTGCCACTAATACTGCTAGAGCTGTTCTAGAGTTCATCAAGAAGCTGC
CACCAAACTACAACCTTAGTTCCTAAGTATTTATCATAATGGGTGATTTAATCTGTAATT
TTCTTCTATAAAATAAGTGTTCACTAT

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1F170JQ 707 0 0
AGACAAAGCAGAGGGAGGTGACTATGCAGCATACTTAGATTTTGGGAAGTATACTGTTCC
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CTCAGTCAGTATTGGTCATAAGAATTCACCTAAGAAAGTGTTTTGGATCAATACAACTCA
AGAGTGGCTTCAACTTGCAGCTGGTCTAGAGATGGAGCTGTTGCAGTGTGTGAATGCAAC
TTTGTGTCTTCCAGAGAAACCAAAACTGGTTGTTGGATTAAAGGCAGCCACTGCTAATAC
ATTCGTGGATAATGCAGCTTGCAGAGATTTCTTATACGATACTTTTGGTGTTTCCTCCTC
AGATACGGAGAGTTCTGCAGTGGCTATGACATGCGTATCAAATGGGTATCCTGTAATTGT
AATAAGGGGACTATCAGATTTAGCTGGAGCACAAACAGGAGACAATGCTGTTCGTAAGTT
TGGATCTTTGGCTGCCACTAATACTGCTAGAGCTGTTCTAGAGTTCATCAAGAAGCTGCC
ACCAAACTACAACCTTAGTTCCTAAGTATTTATCATAATGGGTGATTTAATCTGTAATTT
TCTTCTATAAAATAAGTGTTCACTATTCAGCTTTTCTTAAGTCGAACACACTTAATCTCA
GCATTGCAAAAACATTTTTATTTATCAAAGACTGTCACTATTGGTGC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL8770Contig1 1002 2 2 U
CCACAAGATTCTTGTTCAGCTTTCTCCGACAAATGGCTAACAAGAACAACATCGTCATCG
TATTTGATTTCGACAAGACGATCATCGACGTGGACAGCGATAATTGGGTTGTCGATGAAC
TTGGCTTCACTGATTTGTTCGACCAGCTTATCCCCACTATGCCTTGGAACTCCCTCATGG
ATCGGATGATGAAGGAGCTTCATGATCATGATAAAACCATTGAAGAAATCAAACAAGTCT
TGAAAAGAGTCCCTATCCATCCTCGTGTCATCGCTGCCATCAAATCTGCTCATGCTTTAG
GGTGCGAGCTGAGAATAGTGAGCGACGCGAACACGTTATTTATCGAAACGATCCTTGAAC
ATCTCAAGATTCGTGAGTATTTCTCTGAGATTAACACAAACCCTGGACTTGTAGATGAAC
AAGGAAGGTTAATAATCTCTCCTTACCACGACTTCACTAAATCCTCCCACGGTTGCTCTC
GTTGCCCTCCTAACATGTGCAAGGGGTTGATAATTGAGAGGATTCAAGCTTCTTTTGCCA
AAGAAGGAAATAAGATGAAGATGATCTATCTAGGAGATGGTGCTAATGATTACTGTCCGA
GTCTTAGACTCAAACCTGAAGATTGCATGATGCCAAGGAAGAATTTCCCTGTTTGGGATT
TGATTAGTCAAAACCCGTCCTTGGTTAAAGCCACGGTTAAAGACTGGACCGATGGGGAAG
CTATGGAAAGAATGCTAATGGGAAAGATCAACGAGATTATATCATCAGATGAAGAAGAAA
AGGAGAAGATGTTGAGCTCTGATCATTGCAAGATGTCTGTTGGGATTGTTCACGAGCCTT
TGGTGCCTCTTGCTCTTCAAGTTCCTCTTAATCTCGTTAAGTGATTGATGAAGAGAACGA
GGAATCTAAGATTCTTTTGTTTCGAATATAGTATTATATCTCTCATGTACTGGAGAATAT
TTGCATAAGATACCTAAAGTTGATTGTTTTGGATTGGTATCG


BQ
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AF RR1AG93TF U 1
AF RR1AG93JQ C 152
BS 1 772 RR1AG93TF
BS 773 1002 RR1AG93JQ

RD RR1AG93TF 773 0 0
CCACAAGATTCTTGTTCAGCTTTCTCCGACAAATGGCTAACAAGAACAACATCGTCATCG
TATTTGATTTCGACAAGACGATCATCGACGTGGACAGCGATAATTGGGTTGTCGATGAAC
TTGGCTTCACTGATTTGTTCGACCAGCTTATCCCCACTATGCCTTGGAACTCCCTCATGG
ATCGGATGATGAAGGAGCTTCATGATCATGATAAAACCATTGAAGAAATCAAACAAGTCT
TGAAAAGAGTCCCTATCCATCCTCGTGTCATCGCTGCCATCAAATCTGCTCATGCTTTAG
GGTGCGAGCTGAGAATAGTGAGCGACGCGAACACGTTATTTATCGAAACGATCCTTGAAC
ATCTCAAGATTCGTGAGTATTTCTCTGAGATTAACACAAACCCTGGACTTGTAGATGAAC
AAGGAAGGTTAATAATCTCTCCTTACCACGACTTCACTAAATCCTCCCACGGTTGCTCTC
GTTGCCCTCCTAACATGTGCAAGGGGTTGATAATTGAGAGGATTCAAGCTTCTTTTGCCA
AAGAAGGAAATAAGATGAAGATGATCTATCTAGGAGATGGTGCTAATGATTACTGTCCGA
GTCTTAGACTCAAACCTGAAGATTGCATGATGCCAAGGAAGAATTTCCCTGTTTGGGATT
TGATTAGTCAAAACCCGTCCTTGGTTAAAGCCACGGTTAAAGACTGGACCGATGGGGAAG
CTATGGAAAGAATGCTAATGGGAAAGATCAACGAGATTATATCATCAGATGA
G

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1AG93JQ 851 0 0
CCCCACTATGCCTTGGAACTCCCTCATGGATCGGATGATGAAGGAGCTTCATGATCATGA
TAAAACCATTGAAGAAATCAAACAAGTCTTGAAAAGAGTCCCTATCCATCCTCGTGTCAT
CGCTGCCATCAAATCTGCTCATGCTTTAGGGTGCGAGCTGAGAATAGTGAGCGACGCGAA
CACGTTATTTATCGAAACGATCCTTGAACATCTCAAGATTCGTGAGTATTTCTCTGAGAT
TAACACAAACCCTGGACTTGTAGATGAACAAGGAAGGTTAATAATCTCTCCTTACCACGA
CTTCACTAAATCCTCCCACGGTTGCTCTCGTTGCCCTCCTAACATGTGCAAGGGGTTGAT
AATTGAGAGGATTCAAGCTTCTTTTGCCAAAGAAGGAAATAAGATGAAGATGATCTATCT
AGGAGATGGTGCTAATGATTACTGTCCGAGTCTTAGACTCAAACCTGAAGATTGCATGAT
GCCAAGGAAGAATTTCCCTGTTTGGGATTTGATTAGTCAAAACCCGTCCTTGGTTAAGGC
CACGGTTAAAGACTGGACCGATGGGGAAGCTATGGAAAGAATGCTAATGGGAAAGATCAA
CGAGATTATATCATCAGATGAAGAAGAAAAGGAGAAGATGTTGAGCTCTGATCATTGCAA
GATGTCTGTTGGGATTGTTCACGAGCCTTTGGTGCCTCTTGCTCTTCAAGTTCCTCTTAA
TCTCGTTAAGTGATTGATGAAGAGAACGAGGAATCTAAGATTCTTTTGTTTCGAATATAG
TATTATATCTCTCATGTACTGGAGAATATTTGCATAAGATACCTAAAGTTGATTGTTTTG
GATTGGTATCG

QA 1 851 1 851
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCTATAAAATTCATTCAATCTTCAATCCAGATCTCAAACCGTCCCAATGGCTCTCGAATG
GGTTGTCTTAGGCTACGCGGCGGCCGCGGAAGCGATCATGGTCATCCTCCTAACCATGCC
TGGCCTCGACGCCCTCCGCAAAGGACTGATCGCCGTCACGCGCAACCTCCTGAAACCGTT
TCTCTCCATCATACCTTTCTGCCTCTTCCTCCTCATGGACATCTACTGGAAGTACGAGAC
CCGGCCTTCCTGCGACGGCGACTCCTGCACCCCTTCCGAGCACCTCCGTCACCAGAAGTC
GATCATGAAGTCTCAGCGCAACGCCCTCCTGATCGCGTCGGCGCTGGTTTTCTACTGGAT
TCTCTACTCCGTCACGAATCTCGTCGTGAGGATCGAGCAGCTTAACCAGAGGGTTGAGAG
GCTTAGGAAGAGGGAGTAAAGCTTTTTGGTTCGTTTCTTTCTGCGTTTTCTTCGTTTTTT
AATGTATGCTTTTATCTTGTGGAGAGGTTGTAAGAATCTATGCTCTGTTATCTTTGATTA
GTATGATGAATCTGTTTACAGTTTGAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AW13JQ C 1
AF RR1AW13TF U 1
BS 1 627 RR1AW13TF

RD RR1AW13JQ 627 0 0
GGCTCACTAAGATAAAAAAAAAAATCGCAATCGAAAATCGAAATTCATCGCCGAGTCAGA
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GGTTGTCTTAGGCTACGCGGCGGCCGCGGAAGCGATCATGGTCATCCTCCTAACCATGCC
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TCTCTCCATCATACCTTTCTGCCTCTTCCTCCTCATGGACATCTACTGGAAGTACGAGAC
CCGGCCTTCCTGCGACGGCGACTCCTGCACCCCTTCCGAGCACCTCCGTCACCAGAAGTC
GATCATGAAGTCTCAGCGCAACGCCCTCCTGATCGCGTCGGCGCTGGTTTTCTACTGGAT
TCTCTACTCCGTCACGAATCTCGTCGTGAGGATCGAGCAGCTTAACCAGAGGGTTGAGAG
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AATGTATGCTTTTATCTTGTGGAGAGGTTGTAAGAATCTATGCTCTGTTATCTTTGATTA
GTATGATGAATCTGTTTACAGTTTGAT

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR1AW13TF 627 0 0
GGCTCACTAAGATAAAAAAAAAAATCGCAATCGAAAATCGAAATTCATCGCCGAGTCAGA
TCTATAAAATTCATTCAATCTTCAATCCAGATCTCAAACCGTCCCAATGGCTCTCGAATG
GGTTGTCTTAGGCTACGCGGCGGCCGCGGAAGCGATCATGGTCATCCTCCTAACCATGCC
TGGCCTCGACGCCCTCCGCAAAGGACTGATCGCCGTCACGCGCAACCTCCTGAAACCGTT
TCTCTCCATCATACCTTTCTGCCTCTTCCTCCTCATGGACATCTACTGGAAGTACGAGAC
CCGGCCTTCCTGCGACGGCGACTCCTGCACCCCTTCCGAGCACCTCCGTCACCAGAAGTC
GATCATGAAGTCTCAGCGCAACGCCCTCCTGATCGCGTCGGCGCTGGTTTTCTACTGGAT
TCTCTACTCCGTCACGAATCTCGTCGTGAGGATCGAGCAGCTTAACCAGAGGGTTGAGAG
GCTTAGGAAGAGGGAGTAAAGCTTTTTGGTTCGTTTCTTTCTGCGTTTTCTTCGTTTTTT
AATGTATGCTTTTATCTTGTGGAGAGGTTGTAAGAATCTATGCTCTGTTATCTTTGATTA
GTATGATGAATCTGTTTACAGTTTGAT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8774Contig1 1050 2 4 U
GGAATCAATCTTCCTCCAGAACCCTAAGACCCAACCACAACCCTTCGAGAAAGATGTTGG
AGCTTCGTTTAGTCCAGGGCTCTCTGCTGAAGAAGGTTCTAGAATCAGTCAAGGATCTGG
TGAACGATGCCAACTTCGACTGCTCCAGCACCGGGTTCTCCCTCCAGGCCATGGACTCCA
GCCACGTGGCGCTGGTGTCTCTGCTCCTGAGATCCGAAGGTTTCGAGCACTACAGGTGCG
ACAGGAACCTCTCCATGGGGATGAATCTCGGCAACATGTCCAAGATGCTCAAATGTGCCG
GAAATGATGACATCATCACCATCAAAGCCGACGACGGAAGCGACACCGTCACCTTCATGT
TCGAGAGCCCTACACAAGACAAGATTGCAGATTTTGAGATGAAGCTGATGGATATCGACA
GTGAACATTTAGGAATCCCTGACGCTGAGTACCATTCTATTGTGAGGATGCCTTCTGGTG
AATTTTCCAGGATTTGCAAAGATCTCAGTAGCATTGGTGACACAGTTGTCATCTCTGTGA
CAAAAGAAGGTGTGAAGTTTTCAACAGCTGGTGATATCGGGACAGCTAACATTGTACTCA
CGCAGAACACAACTGTGGACAAGCCTGAAGATGCAATTGTGATAGAGATGAACGAGCCTG
TGTCACTTTCATTTGCGTTGAGGTACATGAACTCCTTCACAAAGGCGACACCCTTGTCTG
AAACCGTGACAATCAGTTTGTCCTCGGAGTTACCAGTCGTGGTGGAGTATAAAGTGGCTG
AGATGGGTTACATTCGGTACTATTTGGCTCCAAAGATTGAAGAAGAAGAAGACACTAATG
CCTAACACGTCTGTGGCTTCTGGACGCAGAACATTTGGAACTCTTCTTGGATGAATGCTT
TTTTTTCTTTACTGGAGTCCTTTGTTAAAATGTCTGTCTGTTTGGATTTAGTTGTTTTCT
GGATTTACTACGTCTCTGCAACGCTAGATTAGATCATGGTAAAACAAGTTCGGCTGGTTT
TGCAATTTGAGAAAAAAAACACGTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DR77TF U 1
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ACAGGAACCTCTCCATGGGGATGAATCTCGGCAACATGTCCAAGATGCTCAAATGTGCCG
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AATTTTCCAGGATTTGCAAAGATCTCAGTAGCATTGGTGACACAGTTGTCATCTCTGTGA
CAAAAGAAGGTGTGAAGTTTTCAACAGCTGGTGATATCGGGACAGCTAACATTGTACTCA
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AAACCGTGACAATCAGTTTGTCCTCG
AGT

QA 1 746 1 746
DS 

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GACGCAGAACATTTGGAACTCTTCTTGGATGAATGCTTTTTTTTCTTTACTGGAGTCCTT
TGTTAAAATGTCTGTCTGTTTGGATTTAGTTGTTTTCTGGATTTACTACGTCTCTGCAAC
GCTAGATTAGATCATGGTAAAACAAGTTCGGCTGGTTTTGCAATTTGAGAAAAAAAACAC
GTTTTACC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL8775Contig1 808 2 4 U
GGGGAGATGTTGCAGCTCGTCTGCTGTTTTCCGCTTCGAGAACTGGGTCGATTCGTGTCA
TGGTTCTGGAACTACATCTGTGTTCCACCGCCTGAGATTTTATATTACGAGAGATCATTA
TCATCATCGTCTTCTTTTTCGATTGTTAATAACCAGAATTACTATCATCTTCATTTGGAG
TGACTATGTTTTATTACCCCTTATTGTATACTATTAGAATCAAAGTAATCAGGAGATCTT
GAGCTTTTGGTGATGTGTTATAGTTTACTCTTTCGTCCATTTAGGAGTCAAATGAGCGTG
TTGTGATGTCTTCTTAGTTCTTAGGTGTGTATAAAATCTCTTAGTAGTAACAAAAAGTAA
TAAATTACTCTTTCATGTTTTCAAAGTGTTGTGATCTCTTACAGTTCCTATAAGGATACA
TGGTACAATCCCTGGACGTGATGTATGGTTTGAGAAGTTTAATGGAATCCAGTTCAGGAT
TAACGTTATAAGGCAGCAGTGTCGTGCCACGAGTTTGGGCCTTCTCCAGTATATAATACG
GCCATTGTTCTAGATGCAGAGGGTACCTTCTCTCAAGATTTGTTCTAAAGAAGAAAAAGG
TTACATATCCCTTTGTTGGTTGAATCGGTTTTGTTATCATCGTGGCTCAACAAGGATCTT
TGACTCTGTGCTTGTAGCAGCATAAGATTAGTCTCGTTTTTACTTTCGCCAAATGTAAGT
TAAACGAATCTCTAACTTGGGCCAGTAGCCACGTCTGGGGATAGTGTCCATATCTTTTTC
TATGTGAAGTTCACTAGGTTGTATTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BV28TF U 1
AF RR1BV28JQ C 135
BS 1 654 RR1BV28TF
BS 655 655 RR1BV28JQ
BS 656 766 RR1BV28TF
BS 767 808 RR1BV28JQ

RD RR1BV28TF 766 0 0
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TGGTTCTGGAACTACATCTGTGTTCCACCGCCTGAGATTTTATATTACGAGAGATCATTA
TCATCATCGTCTTCTTTTTCGATTGTTAATAACCAGAATTACTATCATCTTCATTTGGAG
TGACTATGTTTTATTACCCCTTATTGTATACTATTAGAATCAAAGTAATCAGGAGATCTT
GAGCTTTTGGTGATGTGTTATAGTTTACTCTTTCGTCCATTTAGGAGTCAAATGAGCGTG
TTGTGATGTCTTCTTAGTTCTTAGGTGTGTATAAAATCTCTTAGTAGTAACAAAAAGTAA
TAAATTACTCTTTCATGTTTTCAAAGTGTTGTGATCTCTTACAGTTCCTATAAGGATACA
TGGTACAATCCCTGGACGTGATGTATGGTTTGAGAAGTTTAATGGAATCCAGTTCAGGAT
TAACGTTATAAGGCAGCAGTGTCGTGCCACGAGTTTGGGCCTTCTCCAGTATATAATACG
GCCATTGTTCTAGATGCAGAGGGTACCTTCTCTCAAGATTTGTTCTAAAGAAGAAAAAGG
TTACATATCCCTTTGTTGGTTGAATCGGTTTTGTTATCATCGTGGCTCAACAAG*ATCTT
TGACTCTGTGCTTGTAGCAGCATAAGATTAGTCTCGTTTTTACTTTCGCCAAATGTAAGT
TAAACGAATCTCTAACTTGGGCCAGTAGCCACGTCTGGGGATAGTG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1BV28JQ 674 0 0
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TAGTTCTTAGGTGTGTATAAAATCTCTTAGTAGTAACAAAAAGTAATAAATTACTCTTTC
ATGTTTTCAAAGTGTTGTGATCTCTTACAGTTCCTATAAGGATACATGGTACAATCCCTG
GACGTGATGTATGGTTTGAGAAGTTTAATGGAATCCAGTTCAGGATTAACGTTATAAGGC
AGCAGTGTCGTGCCACGAGTTTGGGCCTTCTCCAGTATATAATACGGCCATTGTTCTAGA
TGCAGAGGGTACCTTCTCTCAAGATTTGTTCTAAAGAAGAAAAAGGTTACATATCCCTTT
GTTGGTTGAATCGGTTTTGTTATCATCGTGGCTCAACAAGGATCTTTGACTCTGTGCTTG
TAGCAGCATAAGATTAGTCTCGTTTTTACTTTCGCCAAATGTAAGTTAAACGAATCTCTA
ACTTGGGCCAGTAGCCACGTCTGGGGATAGTGTCCATATCTTTTTCTATGTGAAGTTCAC
TAGGTTGTATTGTT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL8776Contig1 811 2 2 U
GTCCTTGCCAGCGATGGACTATGGGATGTTTTCTCCAATGAGGAAGCTGTTGCAGTGGTG
AAAGAGGTTGAAGAACCAGAGGAGTCCACTAAGAAACTTGTGGGAGAAGCAATAAAGAGA
GGAAGTGCTGATAATATCACATGTGTTGTCGTTCGCCTTCTAGAGAGCAAGACTGCTCAC
ATCAAAGATTCCGACATATCCTCAACACATTCTAGCTCATGTTACGAAGCGAACCAAGAG
CAAACCGCAGTTAGAGATGACTTAGACCACAATATGTCAACCAAACAAACCAGGCAAGAC
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CAACCTAGTCAAGGGCACATCATAGCACACAACAATTTGGACCGGACCGTTGATAATCAG
AAGCCAGTGGAAGCTGAGGCCATTGAAGCAACTCACACCACCTCCTCAGAACAGAGCGGA
TCGATAGGTGAAAAGAATCGAAACTCAGCTCCAGTTCACAGCGACTCCACAACGGCAAGG
CAAGTAGCCTTCCCTCTTATCACTGACTAAAATGTCAACACTAACTTCAAAATGATCTCT
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GTTTGTTTTTGTTACCCTGTTTTTTTTATGTTCTATTTTTTTTTTAATTGAATGTTAAAT
TTAATTCAAAAGAAAAAGATATTTTTACATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E078TF U 1
AF RR1E078JQ C 94
BS 1 725 RR1E078TF
BS 726 811 RR1E078JQ

RD RR1E078TF 725 0 0
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AAAGAGGTTGAAGAACCAGAGGAGTCCACTAAGAAACTTGTGGGAGAAGCAATAAAGAGA
GGAAGTGCTGATAATATCACATGTGTTGTCGTTCGCCTTCTAGAGAGCAAGACTGCTCAC
ATCAAAGATTCCGACATATCCTCAACACATTCTAGCTCATGTTACGAAGCGAACCAAGAG
CAAACCGCAGTTAGAGATGACTTAGACCACAATATGTCAACCAAACAAACCAGGCAAGAC
CGTACCGCAGTACACTTGGACTGTAATGCTGAGGTTGAAGCTAGAAGCGACGATTCAGGT
CGAATCAGCTCGGACCAAAAGACAATTCAGAGCGCCTCAGAGTCTAAGAGCTCTTTCAAA
CAACCTAGTCAAGGGCACATCATAGCACACAACAATTTGGACCGGACCGTTGATAATCAG
AAGCCAGTGGAAGCTGAGGCCATTGAAGCAACTCACACCACCTCCTCAGAACAGAGCGGA
TCGATAGGTGAAAAGAATCGAAACTCAGCTCCAGTTCACAGCGACTCCACAACGGCAAGG
CAAGTAGCCTTCCCTCTTATCACTGACTAAAATGTCAACACTAACTTCAAAATGATCTCT
TTTCTTTTTTGAGAAATGCGTCTCGAGGTTTTTCTCGACTAAGTTATGTCCTTCATGTAC
GTTTG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR1E078JQ 718 0 0
AAACTTGTGGGAGAAGCAATAAAGAGAGGAAGTGCTGATAATATCACATGTGTTGTCGTT
CGCCTTCTAGAGAGCAAGACTGCTCACATCAAAGATTCCGACATATCCTCAACACATTCT
AGCTCATGTTACGAAGCGAACCAAGAGCAAACCGCAGTTAGAGATGACTTAGACCACAAT
ATGTCAACCAAACAAACCAGGCAAGACCGTACCGCAGTACACTTGGACTGTAATGCTGAG
GTTGAAGCTAGAAGCGACGATTCAGGTCGAATCAGCTCGGACCAAAAGACAATTCAGAGC
GCCTCAGAGTTTAAGAGCTCTTTCAAACAACCTAGTCAAGGGCACATCATAGCACACAAC
AATTTGGACCGGACCGTTGATAATCAGAAGCCAGTGGAAGCTGAGGCCATTGAAGCAACT
CACACCACCTCCTCAGAACAGAGCGGATCGATAGGTGAAAAGAATCGAAACTCAGCTCCA
GTTCACAGCGACTCCACAACGGCAAGGCAAGTAGCCTTCCCTCTTATCACTGACTAAAAT
GTCAACACTAACTTCAAAATGATCTCTTTTCTTTTTTGAGAAATGCGTCTCGAGGTTTTT
CTCGACTAAGTTATGTCCTTCATGTACGTTTGTTTTTGTTACCCTGTTTTTTTTATGTTC
TATTTTTTTTTTAATTGAATGTTAAATTTAATTCAAAAGAAAAAGATATTTTTACATC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL8777Contig1 1271 2 2 U
GGGTGAAACAAAAAAAGAGTCTGGTCCGATGTTCAATTCCGAAGAGCCACCCCGTGCTAA
GAAGAGGAAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAGGGGTCTCTGGAATCGCGCTTGACAGGTGA
TTTGCTTCTCAACTGTGTGGCTAGAGCGTCGAGAAGGGACCTGGCGGCCTTATCTCTGGC
CTCCAAGAGCTATCGCTCTCTAGTAGCGTCCCCCGATCTCTACAAGATCCGATCCCTGAT
CGGTCGCACCGAAACATACGTCTACGTATGCATACGAACCCCAGGTCCAGATTCAGCCAT
TCCCTGGTTCATTCCACCTCCCGACCCAACCCTAGGCTGGTATATCCTCCGCCGTGGCAA
AACCTCGTCTGATCTGATTCCAATCCTCTCGCCCTCTCTGCCTCTGGAAGGATCCTCAGT
GGTGGTGCTGGATTGGGGGATCTACGTAATCGGTGGATTTATTTTAAACGGAGGAGAGGA
GGAGCAGCGCCGCAGTTCCGACGTGTGGCTGTTGGATTGTCGGACTCACACTTGGCGGAC
TACTGTCCCTTCCATGGGAGTGGGTCGAGCTTACGGGGCTGCTGGCGTTGTAGACGGGAA
GATTTACGTGTTGGGAGGATACGATGTAGTTGATGATGGTAATTGGGGACAAGTGTTCGA
CCCGAAGACTCAGACTTGGGATACTTTGCCGCCGCCGCCAAATGGGAAAATCGTCAACAA
TTATAATATCCACGACAGTTTTGTGAGGGATCATAAAGTTTACGCGGTGGATGGAATGGA
CAGAACCTATTACTACTCGCCGAGGCAAGTTAAATGGGGAACTGGGAACTGTGATCAACC
CAAAGGAAGCCGAAGGGATTGGTAAATTCAATGGAAGGTGAAGCCCACTCCGGCAACAAG
GATGGATACCCCTTCACCATCATCCTCTTTTTCTCGTCATACATCGGAGAGTCCAAATGC
TAAGAGGAAAGTTGAAAGCCCCCTTGGTCTCTTCTGCGTCTTGAGAAAGGGAACCCGTGG
GGGAGATGATATGTCGATCACTTTTGATGATTTTTTTTTGCTCTGCAGTGGCAGTGAAAC
AGACCTGTATCGCTGTATGAATGTTTAGAGTTTGATTTTATATCACACAATGTTGTACAA
GACAAGGGTTCGTCAGAATGGAACTAAATCTCTCTGTCTATATGCAACTCTCCTTGACTC
AGTCAGGATGATGAGGGAACTCCTCTTTGTACGTACGTTAATTGTGTTTCAGATTTTTCA
AATCCTTTGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A810TF U 1
AF RR1A810JQ C 469
BS 1 809 RR1A810TF
BS 810 1271 RR1A810JQ

RD RR1A810TF 809 0 0
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GAAGAGGAAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAGGGGTCTCTGGAATCGCGCTTGACAGGTGA
TTTGCTTCTCAACTGTGTGGCTAGAGCGTCGAGAAGGGACCTGGCGGCCTTATCTCTGGC
CTCCAAGAGCTATCGCTCTCTAGTAGCGTCCCCCGATCTCTACAAGATCCGATCCCTGAT
CGGTCGCACCGAAACATACGTCTACGTATGCATACGAACCCCAGGTCCAGATTCAGCCAT
TCCCTGGTTCATTCCACCTCCCGACCCAACCCTAGGCTGGTATATCCTCCGCCGTGGCAA
AACCTCGTCTGATCTGATTCCAATCCTCTCGCCCTCTCTGCCTCTGGAAGGATCCTCAGT
GGTGGTGCTGGATTGGGGGATCTACGTAATCGGTGGATTTATTTTAAACGGAGGAGAGGA
GGAGCAGCGCCGCAGTTCCGACGTGTGGCTGTTGGATTGTCGGACTCACACTTGGCGGAC
TACTGTCCCTTCCATGGGAGTGGGTCGAGCTTACGGGGCTGCTGGCGTTGTAGACGGGAA
GATTTACGTGTTGGGAGGATACGATGTAGTTGATGATGGTAATTGGGGACAAGTGTTCGA
CCCGAAGACTCAGACTTGGGATACTTTGCCGCCGCCGCCAAATGGGAAAATCGTCAACAA
TTATAATATCCACGACAGTTTTGTGAGGGATCATAAAGTTTACGCGGTGGATGGAATGGA
CAGAACCTATTACTACTCGCCGAGGCAAG

QA 1 809 1 809
DS 

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CACTTGGCGGACTACTGTCCCTTCCATGGGAGTGGGTCGAGCTTACGGGGCTGCTGGCGT
TGTAGACGGGAAGATTTACGTGTTGGGAGGATACGATGTAGTTGATGATGGTAATTGGGG
ACAAGTGTTCGACCCGAAGACTCAGACTTGGGATACTTTGCCGCCGCCGCCAAATGGGAA
AATCGTCAACAATTATAATATCCACGACAGTTTTGTGAGGGATCATAAGGTTTACGCGGT
GGATGGAATGGACAGAACCTATTACTACTCGCCGAGGCAAGTTAAATGGGGAACTGGGAA
CTGTGATCAACCCAAAGGAAGCCGAAGGGATTGGTAAATTCAATGGAAGGTGAAGCCCAC
TCCGGCAACAAGGATGGATACCCCTTCACCATCATCCTCTTTTTCTCGTCATACATCGGA
GAGTCCAAATGCTAAGAGGAAAGTTGAAAGCCCCCTTGGTCTCTTCTGCGTCTTGAGAAA
GGGAACCCGTGGGGGAGATGATATGTCGATCACTTTTGATGATTTTTTTTTGCTCTGCAG
TGGCAGTGAAACAGACCTGTATCGCTGTATGAATGTTTAGAGTTTGATTTTATATCACAC
AATGTTGTACAAGACAAGGGTTCGTCAGAATGGAACTAAATCTCTCTGTCTATATGCAAC
TCTCCTTGACTCAGTCAGGATGATGAGGGAACTCCTCTTTGTACGTACGTTAATTGTGTT
TCAGATTTTTCAAATCCTTTGCT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL8778Contig1 780 2 4 U
GGAAGGGACATTGGTGTGGGACATTACGGTTTTGGGATGGGAAGTGAATTACAAGGAAGA
GTTTGTGCCAGCAAATGAAGGGTCTTACACTATAATTGTCCAAAAGGGGAAGAAGATTGG
ATCAAACGAAGGACCGTTGAGGAACAGTTTCAAGAACAGTGAGTCTGGTAAGATTGTGCT
GACCGTTGACAATGTTTCCAGCAAGAAGAAGAAGAGAGTTCTGTACAGGTACAGGAACAA
GACGGAGTCCTCTTGCTGAGATAGAGGCTTTTCAGCAGATCATCTATCTAAGCAGTCTAT
AAAATATTCTTTTGCTAGCAGAGAACTCTCTAGAAAAAGAAGAAGAAGCAGAAAGAAAGG
AACAGATGGAGACAGCACCAAAAGATCAAACACAAAACCCTCCTCAGAAACCAGCCATGG
CTTCATGTAGGAGAAAGGTAAAGGAAGATGCCACTTTCTTTGAGGACGTCAAGGATCACA
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GCAAGATGTTTGGATTATCCAAGGCTGTGGCTGAGAAGCAGGCTGAGGAAGCCAAGGGAG
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TCCCAGTGCGCTTTGAAGATTCCACATGTCCTTTTCCTCTTGTTTATCAACGTCTTTCTT
TTTTTTTGTAAATCAACGTCTTGAGACCTTTCTATCTGACGGTGAATAATCTTTTGAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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AF RR1CH65TF U 1
AF RR1CH65JQ C 60
BS 1 680 RR1CH65TF
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GTTTGTGCCAGCAAATGAAGGGTCTTACACTATAATTGTCCAAAAGGGGAAGAAGATTGG
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GACGGAGTCCTCTTGCTGAGATAGAGGCTTTTCAGCAGATCATCTATCTAAGCAGTCTAT
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TCCCAGTGCGCTTTGAAGAT*CCACATGTCCT

QA 1 692 1 692
DS 

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GATCAAACGAAGGACCGTTGAGGAACAGTTTCAAGAACAGTGAGTCTGGTAAGATTGTGC
TGACCGTTGACAATGTTTCCAGCAAGAAGAAGAAGAGAGTTCTGTACAGGTACAGGAACA
AGACGGAGTCCTCTTGCTGAGATAGAGGCTTTTCAGCAGATCATCTATCTAAGCAGTCTA
TAAAATATTCTTTTGCTAGCAGAGAACTCTCTAGAAAAAGAAGAAGAAGCAGAAAGAAAG
GAACAGATGGAGACAGCACCAAAAGATCAAACACAAAACCCTCCTCAGAAACCAGCCATG
GCTTCATGTAGGAGAAAGGTAAAGGAAGATGCCACTTTCTTTGAGGACGTCAAGGATCAC
ATCGATGAGTTCATTCATGCCTCCATGGATGAACACAAGACCTGTTTCCAGAAGACCATC
AGCAAGATGTTTGGATTATCCAAGGCTGTGGCTGAGAAGCAGGCTGAGGAAGCCAAGGGA
GTCGAGAGTCAGTTGCCTCTTCAAACAACTGTTTCGGATTAAAGAATTTGGTTCCTTCTC
ATCCCAGTGCGCTTTGAAGATTCCACATGTCCTTTTCCTCTTGTTTATCAACGTCTTTCT
TTTTTTTTGTAAATCAACGTCTTGAGACCTTTCTATCTGACGGTGAATAATCTTTTGAGT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL8779Contig1 799 2 1 U
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CTGATGTAACCCATCCTCATCCTGGAGAGGATCCAAGCCCGTCCATTGCTGCTGTTGTCG
CATCCCAGGACTGGCCTGAAGTTACCAAATATGCTGGACTGGTTTGTGCTCAGGCTCATA
GACAGGAGCTTATTCAGGATCTGTTCAAAGAATGGAAGGATCCTCAGAAAGGGGTGGTGA
CCGGTGGCATGATAAAGGAGTTACTTATATCCTTCCGTAGATCAACTGGGCATAAGCCGT
TGAGGATCATTTTCTACAGGGATGGAGTCAGTGAGGGACAATTCTATCAGGTTTTGCTGT
ATGAGCTTGATGCCATCCGCAAGGCATGTGCCTCGCTGGAAGCAGGTTATCAGCCACCGG
TGACGTTTGTGGTGGTGCAGAAGCGCCATCACACGAGGCTGTTTGCGCAAAACCATAATG
ATCGTAATTCAGTGGATAGAAGTGGCAACATTTTACCGGGAACTGTCGTGGATTCAAAGA
TATGTCACCCCACAGAGTTCGACTTTTATCTCTGTAGCCATGCTGGTATTCAGGGCACTT
CTCGACCTGCTCATTACCATGTTCTTTGGGGTGAGAACAACTTCTCTGCTGATGGACTCC
AATCTCTGACTAATAACTTATGTTACACGCATGCTAGATGCACTCGTTCTGTATCATTGT
GCCGCCTGCGTACTATGCTCATCTAGCAGCGTTCAGGCTCGGTTCTACATGGAGCAGAGA
CATCAGACAGTGGTTCGAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS84TF U 1
AF RR1GG54TF U 1
BS 1 799 RR1GG54TF

RD RR1GS84TF 628 0 0
GTGATGCCTTGTCAAGGCGAATTCCTCTGGTCAGTGATCGCCCTACCATAATCTTTGGTG
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QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1GG54TF 799 0 0
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CTGATGTAACCCATCCTCATCCTGGAGAGGATCCAAGCCCGTCCATTGCTGCTGTTGTCG
CATCCCAGGACTGGCCTGAAGTTACCAAATATGCTGGACTGGTTTGTGCTCAGGCTCATA
GACAGGAGCTTATTCAGGATCTGTTCAAAGAATGGAAGGATCCTCAGAAAGGGGTGGTGA
CCGGTGGCATGATAAAGGAGTTACTTATATCCTTCCGTAGATCAACTGGGCATAAGCCGT
TGAGGATCATTTTCTACAGGGATGGAGTCAGTGAGGGACAATTCTATCAGGTTTTGCTGT
ATGAGCTTGATGCCATCCGCAAGGCATGTGCCTCGCTGGAAGCAGGTTATCAGCCACCGG
TGACGTTTGTGGTGGTGCAGAAGCGCCATCACACGAGGCTGTTTGCGCAAAACCATAATG
ATCGTAATTCAGTGGATAGAAGTGGCAACATTTTACCGGGAACTGTCGTGGATTCAAAGA
TATGTCACCCCACAGAGTTCGACTTTTATCTCTGTAGCCATGCTGGTATTCAGGGCACTT
CTCGACCTGCTCATTACCATGTTCTTTGGGGTGAGAACAACTTCTCTGCTGATGGACTCC
AATCTCTGACTAATAACTTATGTTACACGCATGCTAGATGCACTCGTTCTGTATCATTGT
GCCGCCTGCGTACTATGCTCATCTAGCAGCGTTCAGGCTCGGTTCTACATGGAGCAGAGA
CATCAGACAGTGGTTCGAT

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL8780Contig1 729 2 9 U
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GCTTAGTTAGGTTTCGCAGGAGCCTCCCGGGCTAGTCTGATGATAAAACAATGAAGAATT
AAGCCCCAAAGCTCCTGCTAGATTGGTGCCATTCGTGTTGCAGTTCTGTCTCAAAATCTT
ATCTGGCTTAACTGTGTCAAAGCAATGTCTAGATTTCGCATTCTTTATCGTTTTTAATGA
TTTAATTAGGTTTTGATGATCGAAGTTGTTTGGCTATGATTACAAAATTATCCGCGCTTC
TGAGATTTATTCTGTGAAGTAATCGGAAAAACAATGGTTGAATTTCTTAATATGAGCCTT
CTCCTTTGATTCCATCTTTTTAGTGTGTTTTGTTTTGTGGTGGCAGTGATGATTAAAATT
AACAGCTTTACGCCAGTTCTGCTTCAGAAAATTCTTGATTGAAGAAGCTGTATAAACTCT
GAGCCCTTATTAAAAATATTAAGTTTGTTCTGATGCTGATGAGGAAATCCAATTTGTGAG
GTGCAGTGGAGCTGGGACCCTGATTTCAGGGAGAACCCCTTGGCAGAACCTGCAATTTCT
ATGAAGTTTATGGACTACCTGAGGCTTTGTCTTTTTTTTTTTTATTTAATAGGCTAGTGC
AGAATAAATTTTTAGTTTCGCTTGATGAGCCAGTATTGATGTAATTCGTATGGTTTAAAT
TGGATTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1ED02TF U 1
AF RR1ED02JQ C 72
BS 1 623 RR1ED02TF
BS 624 624 RR1ED02JQ
BS 625 642 RR1ED02TF
BS 643 643 RR1ED02JQ
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BS 691 691 RR1ED02JQ
BS 692 729 RR1ED02TF

RD RR1ED02TF 729 0 0
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GCTTAGTTAGGTTTCGCAGGAGCCTCCCGGGCTAGTCTGATGATAAAACAATGAAGAATT
AAGCCCCAAAGCTCCTGCTAGATTGGTGCCATTCGTGTTGCAGTTCTGTCTCAAAATCTT
ATCTGGCTTAACTGTGTCAAAGCAATGTCTAGATTTCGCATTCTTTATCGTTTTTAATGA
TTTAATTAGGTTTTGATGATCGAAGTTGTTTGGCTATGATTACAAAATTATCCGCGCTTC
TGAGATTTATTCTGTGAAGTAATCGGAAAAACAATGGTTGAATTTCTTAATATGAGCCTT
CTCCTTTGATTCCATCTTTTTAGTGTGTTTTGTTTTGTGGTGGCAGTGATGATTAAAATT
AACAGCTTTACGCCAGTTCTGCTTCAGAAAATTCTTGATTGAAGAAGCTGTATAAACTCT
GAGCCCTTATTAAAAATATTAAGTTTGTTCTGATGCTGATGAGGAAATCCAATTTGTGAG
GTGCAGTGGAGCTGGGACCCTGATTTCAGGGAGAACCCCTTGGCAGAACCTGCAATTTCT
ATGAAGTTTATGGACTACCTGAG*CTTTGTCTTTTTTTTTTT*ATTTAATAG*CTAGTGC
AGAATAAATTTTTAGTTTCGCTTGATGAGC*AGTATTGATGTAATTCGTATGGTTTAAAT
TGGATTGGC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR1ED02JQ 658 0 0
TTTCGCAGGAGCCTCCCGGGCTAGTCTGATGATAAAACAATGAAGAATTAAGCCCCAAAG
CTCCTGCTAGATTGGTGCCATTCGTGTTGCAGTTCTGTCTCAAAATCTTATCTGGCTTAA
CTGTGTCAAAGCAATGTCTAGATTTCGCATTCTTTATCGTTTTTAATGATTTAATTAGGT
TTTGATGATCGAAGTTGTTTGGCTATGATTACAAAATTATCCGCGCTTTTGAGATTTATT
CTGTGAAGTAATCGGAAAAACAATGGTTGAATTTCTTAATATGAGCCTTCTCCTTTGATT
CCATCTTTTTAGTGTGTTTTGTTTTGTGGTGGCAGTGATGATTAAAATTAACAGCTTTAC
GCCAGTTCTGCTTCAGAAAATTCTTGATTGAAGAAGCTGTATAAACTTTGAGCCCTTATT
AAAAATATTAAGTTTGTTCTGATGCTGATGAGGAAATCCAATTTGTGAGGTGCAGTGGAG
CTGGGACCCTGATTTCAGGGAGAACCCCTTGGCAGAACCTGCAATTTTTATGAAGTTTAT
GGACTACCTGAGGCTTTGTCTTTTTTTTTTTTATTTAATAGGCTAGTGCAGAATAAATTT
TTAGTTTCGCTTGATGAGCCAGTATTGATGTAATTCGTATGGTTTAAATTGGATTGGC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL8781Contig1 633 2 1 U
GGGGTGCTTTGCTCTCTCTCTCTCCATCCGTTCATTTTATCTTCTCTCCTCCTTATCACT
TGATCTTTTTTCCTAATCTTTCGCTCATTTGTCGACAGCAAAACTTCTGACAATGGAAGC
AATCAGATTCTCTAACGTGTCAGCTCTTCTTATACTGCTGCTGCTACTGTCACTGTCTCT
CCGTGCGACGTCAAAAGACCAAACTGTTTCTTGTACAATGTGTTCCTCTTGCGACAATCC
ATGTAACCCTGTCCCGTCTTCCTCTCCGCCCCCTACTCCTCCGAGCTCCGGCGGCGGCGG
TGGATCTTATTATTATTCTCCTCCTCCTCCTAATCATCCGAGCTCCGGCGGCGACGGCTC
TTATTATTATCCTCCTCCTTCAAGTTCCGGTGGTGGTAAATACCCTCCTCCGTATGGAGA
CGGTGGACAGAGTTACTATTATCCGCCTGCTTCTTACGGTAACTACCCGACGCCGCCTCC
GCCGAATCCCATCGTTCCTTATTTTCCGTTTTACTTTCACGTACCTCCTCCGGGAGATTC
TGGATCGGATCGTTTAATGAGTTCATTTCTCTTTGTTCTGTTCTCGTTCTTGATTTGTTT
TTGGGTGAATGATGAGAAGGATCATGTTTTACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AN70JQ C 1
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DS 

RD RR1AN70TF 633 0 0
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TGATCTTTTTTCCTAATCTTTCGCTCATTTGTCGACAGCAAAACTTCTGACAATGGAAGC
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TTATTATTATCCTCCTCCTTCAAGTTCCGGTGGTGGTAAATACCCTCCTCCGTATGGAGA
CGGTGGACAGAGTTACTATTATCCGCCTGCTTCTTACGGTAACTACCCGACGCCGCCTCC
GCCGAATCCCATCGTTCCTTATTTTCCGTTTTACTTTCACGTACCTCCTCCGGGAGATTC
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TTGGGTGAATGATGAGAAGGATCATGTTTTACT

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

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CAATGCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1D484JQ C 1
AF RR1D484TF U 1
BS 1 547 RR1D484TF
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CAATGCT

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EW03TF U 1
AF RR1FM59TF U 4
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GGCAAGTGCATTTTAGCGAGTGTTCTAGGGGTAGTTTTGGTATTGACGCTGCTACACAAC
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CCGTACGGTAAATCCAGAGATGATCCTAACGGGAAATTCTCCGACGGTTTCATCGCTCCT
GACTTCGTCGCAAAATTCATGGGGATACCAATCCCAATCCCGGCGGCCCTTAAACCGAAC
GTCAATGTCTCACGTGGAGCTAGTTTCGCCGTTGCTGATGCTACGCTTCTCGGAGCTCCG
GTTGAATCTTTGACTCTAAGTCAACAAGTGCGGAAATTTAATCAAATGAAAGCAGCAAAC
TGGAATGATGACTTTATCAAGAAGTCAGTGTTTATGATATACGTTGGTGCTAACGACTAC
TTGAATTTCACCAAGAACAACCCTAACGCCGATGCTTCTGCTCAACAAGCTTTCGTCACT
TCGGTGACCAACAAGTTAAAGAATGATATCAGCTTGTTGTATTCA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR1FM59TF 709 0 0
GG
ACACAAGCAATATTCTCTCTTACTTTCCTCCTCTCTCACTCACTATACAATGGCAGGCAA
GTGCATTTTAGCGAGTGTTCTAGGGGTAGTTTTGGTATTGACGCTGCTACACAACCCGCT
CACCGTCTCCGGTCAAAATATCCCGGCGGTGGCTTTGTTCACGTTCGGTGACTCCGACTT
CGACGCCGGAAACAAACAGACTCTCACCACAGCAAACGTTGCCCAAGGTTTCTGGCCGTA
CGGTAAATCCAGAGATGATCCTAACGGGAAATTCTCCGACGGTTTCATCGCTCCTGACTT
CGTCGCAAAATTCATGGGGATACCAATCCCAATCCCGGCGGCCCTTAAACCGAACGTCAA
TGTCTCACGTGGAGCTAGTTTCGCCGTTGCTGATGCTACGCTTCTCGGAGCTCCGGTTGA
ATCTTTGACTCTAAGTCAACAAGTGCGGAAATTTAATCAAATGAAAGCAGCAAACTGGAA
TGATGACTTTATCAAGAAGTCAGTGTTTATGATATACGTTGGTGCTAACGACTACTTGAA
TTTCACCAAGAACAACCCTAACGCCGATGCTTCTGCTCAACAAGCTTTCGTCACTTCGGT
GACCAACAAGTTAAAGAATGATATCAGCTCGTTGTATTCATCAGAGCTAGTAAATTTGTG
ATCCAAACCCTAGCACCATTAGTTGCTTACCTATAGTCAGACAGATT

QA 3 709 3 709
DS 



AS 1 2

CO CL8784Contig1 959 2 2 U
GGAAACTAAAGGTTCAGTTGTAGCACAACAGAAAGAATCAGGCTCAATAGAAGAGAACAA
AGAGGTTGATTATGTGAAGACAGAGCTAGAAGATGCAGTTAAACATGGAGTTTGCACTGA
AGAGAATAACAATATGTTTGGAAAAATTGGCCAGGAAGCAACAAAAGAGATCTATGAAGA
GGAGTGTAAGCAAACAAATACTGTAACTGCTATCAAGGAAGAGATGAAAGAAGAAAAGAA
GGACACACCAGAAGATTTTTTGAACAGTATGAAGAACACTGATGATGCTACAGATAAATC
AAAACCCGATATTCAAGAGATTGACAAATTGTCTCCTGCCAGTGAAACACCACAAAAGCA
AGGAGATGAAGTTCCAACCCAACAGAAAAGGGAAATAGCTGATGATGTTCCAAAGATAGA
GAATCTAGAGATTGCAGAAAAGGTGCAGCAAAAATATGGAGAAGATGAGACTGAACCAAC
AGTAAAAGAACCAGCTAGGAAGTCGCTATCAGACCTCATCCAAAATGTGAAAGTAACAGA
CAAGCCTGAAGTTGCAACAACAGAACCCCGCATCGATGAAGAGGCCACGGCAGAGGGAGA
AGATGAGGATGGAGATGAACACAAAGATGATAAAACAAGTCCAGATTCCATTGTGATGGT
TGAAGCTAAAGATACAGTTAGCATCATCAAAACTCAAAAGAAATCACATGGCATTCTCTC
TGGTGTTGGCTCAAAGGTGAAACATTCAATTTCAAAGGTGAAAAAAGCACTCACTGGGAA
ATCTTCTCACCCAACAAAGCCCTCATCACCACAGTGAGGAGGCCAAAAACAAAACAAACA
ATATCTATAATGGTTTCTTTTTATTTTTCGTCTGGTGATTGATTTGGTTGGATTTTGTGA
ATATTACAGCTTTGTTTGTGGGTTGTTGTTTTCATAATCTTTTTCCATATAAAGTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CU12TF U 1
AF RR1CU12JQ C 290
BS 1 732 RR1CU12TF
BS 733 959 RR1CU12JQ

RD RR1CU12TF 732 0 0
GGAAACTAAAGGTTCAGTTGTAGCACAACAGAAAGAATCAGGCTCAATAGAAGAGAACAA
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AGAGAATAACAATATGTTTGGAAAAATTGGCCAGGAAGCAACAAAAGAGATCTATGAAGA
GGAGTGTAAGCAAACAAATACTGTAACTGCTATCAAGGAAGAGATGAAAGAAGAAAAGAA
GGACACACCAGAAGATTTTTTGAACAGTATGAAGAACACTGATGATGCTACAGATAAATC
AAAACCCGATATTCAAGAGATTGACAAATTGTCTCCTGCCAGTGAAACACCACAAAAGCA
AGGAGATGAAGTTCCAACCCAACAGAAAAGGGAAATAGCTGATGATGTTCCAAAGATAGA
GAATCTAGAGATTGCAGAAAAGGTGCAGCAAAAATATGGAGAAGATGAGACTGAACCAAC
AGTAAAAGAACCAGCTAGGAAGTCGCTATCAGACCTCATCCAAAATGTGAAAGTAACAGA
CAAGCCTGAAGTTGCAACAACAGAACCCCGCATCGATGAAGAGGCCACGGCAGAGGGAGA
AGATGAGGATGGAGATGAACACAAAGATGATAAAACAAGTCCAGATTCCATTGTGATGGT
TGAAGCTAAAGATACAGTTAGCATCATCAAAACTCAAAAGAAATCACATGGCATTCTCTC
TGGTGTTGGCTC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1CU12JQ 670 0 0
ACAGATAAATCAAAACCCGATATTCAAGAGATTGACAAATTGTCTCCTGCCAGTGAAACA
CCACAAAAGCAAGGAGATGAAGTTCCAACCCAACAGAAAAGGGAAATAGCTGATGATGTT
CCAAAGATAGAGAATCTAGAGATTGCAGAAAAGGTGCAGCAAAAATATGGAGAAGATGAG
ACTGAACCAACAGTAAAAGAACCAGCTAGGAAGTCGCTATCAGACCTCATCCAAAATGTG
AAAGTAACAGACAAGCCTGAAGTTGCAACAACAGAACCCCGCATCGATGAAGAGGCCACG
GCAGAGGGAGAAGATGAGGATGGAGATGAACACAAAGATGATAAAACAAGTCCAGATTCC
ATTGTGATGGTTGAAGCTAAAGATACAGTTAGCATCATCAAAACTCAAAAGAAATCACAT
GGCATTCTCTCTGGTGTTGGCTCAAAGGTGAAACATTCAATTTCAAAGGTGAAAAAAGCA
CTCACTGGGAAATCTTCTCACCCAACAAAGCCCTCATCACCACAGTGAGGAGGCCAAAAA
CAAAACAAACAATATCTATAATGGTTTCTTTTTATTTTTCGTCTGGTGATTGATTTGGTT
GGATTTTGTGAATATTACAGCTTTGTTTGTGGGTTGTTGTTTTCATAATCTTTTTCCATA
TAAAGTTCAG

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL8785Contig1 850 2 4 U
GAAGGGATTTCCGGCTAGTTGTTCGTGGTGCGGCTCGTAACATGGTTAAGATTCTCAGTG
GGTCTGACTCTGAGGTGCTTATAATCAAAAGTGTGACCCACAGAGACTTCAACGAAATGA
TAAAGACTATACCAAACCCTGTTTATCTTTTCCAAGGAATTGTCCTACGTAGAGGTGCCA
AAGGAACAGGGATGAAATCCATTGAACTTGCACTGTCCATGTGCGATATTGTCGACATAT
ATGGTTTCACCGTCGATCCTGGATACACAGAGTGGACGCGTTACTTCTCCACGCCAAGGA
AAGGGCATAACCCACTACAAGGAAGAGCATACTCAACTTCTAGAATGCCTTGGTGTAATC
CGGATCCATTCTCCCATGAGGTCCGAGAGAAAGGAAGACTGGTCGAGCGTGCCAAGTCGT
GAAACGATAACCCGAGCTCACGCCTCCGCCTTACGCCTACAAAGGAGCCAACAGACAACT
AATTTGAAGAGTGATGGGTTAGGACAGTTCGGTAATTGCAAGGTGTGGGGCGATGCAGAC
CCTAGAAAAGGACCCGTGTCGGGATCTCCAGACATGAGTGAGGTTAGGAAGAAGTCAGAT
TACAAGAAGTGGGAAGTGATGCCGTTTAAGAGCTTGAGAAAAGAAGCAAGGGATCACTAT
GTACAAATGCAAGGCGTGTCACAGTACAAGATGGATGGGAATAAACTTGACGATCTTGTT
TGCGTGAGGCATCGTCCGCTAGAATCAGAGACTTAAATGTTGTTTTTTCAATACCATCGT
TGGCTGATAAAAGTAGAGTGTAATGTTTTTTGTTGAAGCAGTCTCTTCGTTAATATTATT
TTATTCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D465TF U 1
AF RR1D465JQ C 88
BS 1 673 RR1D465TF
BS 674 674 RR1D465JQ
BS 675 720 RR1D465TF
BS 721 850 RR1D465JQ

RD RR1D465TF 723 0 0
GAAGGGATTTCCGGCTAGTTGTTCGTGGTGCGGCTCGTAACATGGTTAAGATTCTCAGTG
GGTCTGACTCTGAGGTGCTTATAATCAAAAGTGTGACCCACAGAGACTTCAACGAAATGA
TAAAGACTATACCAAACCCTGTTTATCTTTTCCAAGGAATTGTCCTACGTAGAGGTGCCA
AAGGAACAGGGATGAAATCCATTGAACTTGCACTGTCCATGTGCGATATTGTCGACATAT
ATGGTTTCACCGTCGATCCTGGATACACAGAGTGGACGCGTTACTTCTCCACGCCAAGGA
AAGGGCATAACCCACTACAAGGAAGAGCATACTCAACTTCTAGAATGCCTTGGTGTAATC
CGGATCCATTCTCCCATGAGGTCCGAGAGAAAGGAAGACTGGTCGAGCGTGCCAAGTCGT
GAAACGATAACCCGAGCTCACGCCTCCGCCTTACGCCTACAAAGGAGCCAACAGACAACT
AATTTGAAGAGTGATGGGTTAGGACAGTTCGGTAATTGCAAGGTGTGGGGCGATGCAGAC
CCTAGAAAAGGACCCGTGTCGGGATCTCCAGACATGAGTGAGGTTAGGAAGAAGTCAGAT
TACAAGAAGTGGGAAGTGATGCCGTTTAAGAGCTTGAGAAAAGAAGCAAGGGATCACTAT
GTACAAATGCAAG*CGTGTCACAGTACAAGATGGATGGGAATAAACTTGACGATCTTGTT
GCG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1D465JQ 763 0 0
AAAGTGTGACCCACAGAGACTTCAACGAAATGATAAAGACTATACCAAACCCTGTTTATC
TTTTCCAAGGAATTGTCCTACGTAGAGGTGCCAAAGGAACAGGGATGAAATCCATTGAAC
TTGCACTGTCCATGTGCGATATTGTCGACATATATGGTTTCACCGTCGATCCTGGATACA
CAGAGTGGACGCGTTACTTCTCCACGCCAAGGAAAGGGCATAACCCACTACAAGGAAGAG
CATACTCAACTTCTAGAATGCCTTGGTGTAATCCGGATCCATTCTCCCATGAGGTCCGAG
AGAAAGGAAGACTGGTCGAGCGTGCCAAGTCGTGAAACGATAACCCGAGCTCACGCCTCC
GCCTTACGCCTACAAAGGAGCCAACAGACAACTAATTTGAAGAGTGATGGGTTAGGACAG
TTCGGTAATTGCAAGGTGTGGGGCGATGCAGACCCTAGAAAAGGACCCGTGTCGGGATCT
CCAGACATGAGTGAGGTTAGGAAGAAGTCAGATTACAAGAAGTGGGAAGTGATGCCGTTT
AAGAGCTTGAGAAAAGAAGCAAGGGATCACTATGTACAAATGCAAGGCGTGTCACAGTAC
AAGATGGATGGGAATAAACTTGACGATCTTGTTTGCGTGAGGCATCGTCCGCTAGAATCA
GAGACTTAAATGTTGTTTTTTCAATACCATCGTTGGCTGATAAAAGTAGAGTGTAATGTT
TTTTGTTGAAGCAGTCTCTTCGTTAATATTATTTTATTCCTTC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL8786Contig1 739 2 2 U
GGGGGAGAGATGGAAGGCGTAGGGTCGAGATTGAGCCGAACTTCATCGAGATACAGTGGT
CCGGCAGCGACGGCGGTTTTCAGCGGCCGTGTAAGGAAGTGGAAGAAGAAGTGGGTACGT
GTCTCCACGTCACCCGTCGGCGTTTTCCGAGCATCTAAATCCAACGGTCGTAGCAACAAC
AACAACAGCAGCAATTCCCCTCACCATCTGCTTCTCCATAAGTGGACTCCACTTTCCTCC
GAAGCTAACGGCTCCGGTGAGACGGAGGAGCCGCCTAAAAGAAGATTCAGATACGCTCCT
ATTGCGATGTTTGAACATAGAGAGAAAGTGGGTGCTGAAGTTGAAGCGGAAGAGACTGAC
GAATTCGACAATGATTCTCCATTGCCTAAAGCCGTTGTTGGGCTGGACATGAACTTAACA
GACTCAGACCAAACTAAGGAGGCAAAAAATCGTCACTTGAAACTGGGACTGTGTCTCAAT
TCTGAAGGGACTGAAGAATGAAGAGAAAAGAATCATGCTTTAATTGAGATGAAGCAACTT
GTTGTAGCCTTTGTCATTACAGTTTGATCCTTCTGGATATGTATGTAGTGTACTACTAGT
AATGTATCTCTGGTTAGAAGAAGCTATATGTGTATGTTATATGTATGATCAAAGAGCCTG
GCTCCGTCACAATCAAAACCATATCATTCGATGGATGTTCCATTTTTTATAACTTAATGA
AAATTTGTGAGATAGAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CZ02TF U 1
AF RR1CZ02JQ C 68
BS 1 698 RR1CZ02TF
BS 699 739 RR1CZ02JQ

RD RR1CZ02TF 698 0 0
GGGGGAGAGATGGAAGGCGTAGGGTCGAGATTGAGCCGAACTTCATCGAGATACAGTGGT
CCGGCAGCGACGGCGGTTTTCAGCGGCCGTGTAAGGAAGTGGAAGAAGAAGTGGGTACGT
GTCTCCACGTCACCCGTCGGCGTTTTCCGAGCATCTAAATCCAACGGTCGTAGCAACAAC
AACAACAGCAGCAATTCCCCTCACCATCTGCTTCTCCATAAGTGGACTCCACTTTCCTCC
GAAGCTAACGGCTCCGGTGAGACGGAGGAGCCGCCTAAAAGAAGATTCAGATACGCTCCT
ATTGCGATGTTTGAACATAGAGAGAAAGTGGGTGCTGAAGTTGAAGCGGAAGAGACTGAC
GAATTCGACAATGATTCTCCATTGCCTAAAGCCGTTGTTGGGCTGGACATGAACTTAACA
GACTCAGACCAAACTAAGGAGGCAAAAAATCGTCACTTGAAACTGGGACTGTGTCTCAAT
TCTGAAGGGACTGAAGAATGAAGAGAAAAGAATCATGCTTTAATTGAGATGAAGCAACTT
GTTGTAGCCTTTGTCATTACAGTTTGATCCTTCTGGATATGTATGTAGTGTACTACTAGT
AATGTATCTCTGGTTAGAAGAAGCTATATGTGTATGTTATATGTATGATCAAAGAGCCTG
GCTCCGTCACAATCAAAACCATATCATTCGATGGATGT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR1CZ02JQ 672 0 0
CGACGGCGGTTTTCAGCGGCCGTGTAAGGAAGTGGAAGAAGAAGTGGGTACGTGTCTCCA
CGTCACCCGTCGGCGTTTTCCGAGCATCTAAATCCAACGGTCGTAGCAACAACAACAACA
GCAGCAATTCCCCTCACCATCTGCTTCTCCATAAGTGGACTCCACTTTCCTCCGAAGCTA
ACGGCTCCGGTGAGACGGAGGAGCCGCCTAAAAGAAGATTCAGATACGCTCCTATTGCGA
TGTTTGAACATAGAGAGAAAGTGGGTGCTGAAGTTGAAGCGGAAGAGACTGACGAATTCG
ACAATGATTCTCCATTGCCTAAAGCCGTTGTTGGGCTGGACATGAACTTAACAGACTCAG
ACCAAACTAAGGAGGCAAAAAATCGTCACTTGAAACTGGGACTGTGTCTCAATTTTGAAG
GGACTGAAGAATGAAGAGAAAAGAATCATGCTTTAATTGAGATGAAGCAACTTGTTGTAG
CCTTTGTCATTACAGTTTGATCCTTCTGGATATGTATGTAGTGTACTACTAGTAATGTAT
CTCTGGTTAGAAGAAGCTATATGTGTATGTTATATGTATGATCAAAGAGCCTGGCTCCGT
CACAATCAAAACCATATCATTCGATGGATGTTCCATTTTTTATAACTTAATGAAAATTTG
TGAGATAGAGTT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL8787Contig1 630 2 1 U
GGAGGGTTTTGCAACACAGAATCGCCGAACGAATCAATCCAACGCCATCATGGGACGAAG
ACCTGCGAGATGTTACCGTCAGATCAAGGGGAAGCCCTACCCGAAATCACGATACTGCCG
CGGAGTCCCCGACCCCAAGATCCGAATCTACGACGTCGGGATGAAGAAGAAAGGAGTCGA
CGAGTTCCCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCCTGGGAGAAAGAGAACGTCTCCAGCGAAGC
CCTCGAGGCCGCGCGTATCGCCTGCAACAAGTACATGGTGAAATCCGCAGGGAAAGATGC
TTTCCACTTGAGGATTAGGGTTCATCCTTTCCATGTGTTGCGTATCAACAAGATGCTTTC
GTGCGCCGGAGCTGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGAGGCGCGTTCGGGAAGGCGCTGGG
GACTTGCGCTAGGGTTGCGATTGGGCAGGTGCTTTTGTCCTTTGGCTAACCGTCAACCTG
GAAGTGCGTTCATATCAGCAACCAGCGATTAAGAATGAAGATGATTTGTGGTTGTAGTAC
CGATAATACTCTAGTTTCCGAAGTTATTCGTTTTGTTTTTGTTGTAACAGTTGAAAACAA
GATCCTCGTGTGGTTTCATTTTGTTTGGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AR58JQ C 1
AF RR1AR58TF U 1
BS 1 630 RR1AR58TF

RD RR1AR58JQ 630 0 0
GGAGGGTTTTGCAACACAGAATCGCCGAACGAATCAATCCAACGCCATCATGGGACGAAG
ACCTGCGAGATGTTACCGTCAGATCAAGGGGAAGCCCTACCCGAAATCACGATACTGCCG
CGGAGTCCCCGACCCCAAGATCCGAATTTACGACGTCGGGATGAAGAAGAAAGGAGTCGA
CGAGTTCCCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCCTGGGAGAAAGAGAACGTCTCCAGCGAAGC
CCTCGAGGCCGCGCGTATCGCCTGCAACAAGTACATGGTGAAATCCGCAGGGAAAGATGC
TTTCCACTTGAGGATTAGGGTTCATCCTTTCCATGTGTTGCGTATCAACAAGATGCTTTC
GTGCGCCGGAGCTGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGAGGCGCGTTCGGGAAGGCGCTGGG
GACTTGCGCTAGGGTTGCGATTGGGCAGGTGCTTTTGTCCTTTGGCTAACCGTCAACCTG
GAAGTGCGTTCATATCAGCAACCAGCGATTAAGAATGAAGATGATTTGTGGTTGTAGTAC
CGATAATACTCTAGTTTCCGAAGTTATTCGTTTTGTTTTTGTTGTAACAGTTGAAAACAA
GATCCTCGTGTGGTTTCATTTTGTTTGGAC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1AR58TF 630 0 0
GGAGGGTTTTGCAACACAGAATCGCCGAACGAATCAATCCAACGCCATCATGGGACGAAG
ACCTGCGAGATGTTACCGTCAGATCAAGGGGAAGCCCTACCCGAAATCACGATACTGCCG
CGGAGTCCCCGACCCCAAGATCCGAATCTACGACGTCGGGATGAAGAAGAAAGGAGTCGA
CGAGTTCCCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCCTGGGAGAAAGAGAACGTCTCCAGCGAAGC
CCTCGAGGCCGCGCGTATCGCCTGCAACAAGTACATGGTGAAATCCGCAGGGAAAGATGC
TTTCCACTTGAGGATTAGGGTTCATCCTTTCCATGTGTTGCGTATCAACAAGATGCTTTC
GTGCGCCGGAGCTGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGAGGCGCGTTCGGGAAGGCGCTGGG
GACTTGCGCTAGGGTTGCGATTGGGCAGGTGCTTTTGTCCTTTGGCTAACCGTCAACCTG
GAAGTGCGTTCATATCAGCAACCAGCGATTAAGAATGAAGATGATTTGTGGTTGTAGTAC
CGATAATACTCTAGTTTCCGAAGTTATTCGTTTTGTTTTTGTTGTAACAGTTGAAAACAA
GATCCTCGTGTGGTTTCATTTTGTTTGGAC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL8788Contig1 821 2 6 U
GTGACAGAGAAAGGCTAAGGAGGATGAGGATCTCTAAGGCTAATAGAGGGAACACTCCTT
GGAACAAAGGCAGGAAGCATAGTCCAGAGACCCTACAGAAGATTAGAGAAAGGACAAAGA
TTGCAATGCAAGACCCTAAGATCAAGATGAAGTTATCAAATCTTGGACACGCACAAAACG
AGGAGACACGGTTGAAGATAGGGGAGGGAGTGAGGATGCGGTGGGCAAGGAGGAAGGAGA
GGAGAAAAGTGCAGGAGACATGTCACTTCGAGTGGCAAAACTTGTTAGCAGAAGCTGCTA
GAAATTAGCCATTAGCCAGGAGAAGTGAACGGGACACACACATTACCACCAATCAATGGA
GAGAGTCTTCACTTGAGCTTGAGGTGTAGTGATTTGCCGACATTCAACATACAAGGTACC
ACCACAGTTGGGGTGGTTCAACAGCCAAACGGAACAAGAGCTGATCCTCCTCCACCAGAG
TCTAATGGAGCTATCAAACTTCCAAATGGTTCTCATGCTTGCCATGGAGTGGAAGAATTT
TGGAATCAGGGAATGTAACTAAGAAGTGGGTTCGTGGGAGGCTCGTAGAAGTCACAGAAG
CAGCCTAAACTTGTTTTTTTTTCTTTCAAGTGGACATGAGGTGATTGTTGTAGAGGTTTA
GCAGAGAGAAAAAAAACATATTGTTCAATTAGTGATTCGAAGTTTTGGCTTCTTGTTTGG
TCTCATGCCGTGAGAGAAGCAGTTTCCAGTTTGAGAAGTGGCAGTTGTATCTATAATAAC
TCAATTGTATGTCAGAGTTTCAGCTTAGTAAACAATTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GB85TF U 1
AF RR1GB85JQ C 96
BS 1 640 RR1GB85TF
BS 641 641 RR1GB85JQ
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RD RR1GB85TF 734 0 0
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AGGAGACACGGTTGAAGATAGGGGAGGGAGTGAGGATGCGGTGGGCAAGGAGGAAGGAGA
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GAGAGTCTTCACTTGAGCTTGAGGTGTAGTGATTTGCCGACATTCAACATACAAGGTACC
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TCTAATGGAGCTATCAAACTTCCAAATGGTTCTCATGCTTGCCATGGAGTGGAAGAATTT
TGGAATCAGGGAATGTAACTAAGAAGTGGGTTCGTGGGAGGCTCGTAGAAGTCACAGAAG
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TCTCATGCCGTGAG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1GB85JQ 726 0 0
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TCAAATCTTGGACACGCACAAAACGAGGAGACACGGTTGAAGATAGGGGAGGGAGTGAGG
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CAAAACTTGTTAGCAGAAGCTGCTAGAAATTAGCCATTAGCCAGGAGAAGTGAACGGGAC
ACACACATTACCACCAATCAATGGAGAGAGTCTTCACTTGAGCTTGAGGTGTAGTGATTT
GCCGACATTCAACATACAAGGTACCACCACAGTTGGGGTGGTTCAACAGCCAAACGGAAC
AAGAGCTGATCCTCCTCCACCAGAGTCTAATGGAGCTATCAAACTTCCAAATGGTTCTCA
TGCTTGCCATGGAGTGGAAGAATTTTGGAATCAGGGAATGTAACTAAGAAGTGGGTTCGT
GGGAGGCTCGTAGAAGTCACAGAAGCAGCCTAAACTTGTTTTTTTT*CTTTCAAGTGGAC
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TTCGAAGTTTTGGCTTCTTGTTTGGTCTCATGCCGTGAGAGAAGCAGTTTCCAGTTTGAG
AAGTGGCAGTTGTATCTATAATAACTCAATTGTATGTCAGAGTTTCAGCTTAGTAAACAA
TTATCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTACTCGGCTTCAATTCCATTCATCCATCCGTTGTGCTCTTCCAACCATCTTCAATCTCT
CTTCACCAGCCGCGAGTTCATGCGTAATCAAACCGACCCAGTTTCTTCAACGGCGTTTGA
TATCCAAATCGACGAACTTTTCTCTTTCTTCCTTGCCACGGAGAGGGTTCGTATGCAGAG
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TCAAGGACCATATGACAAAGAAACTATCAAAGAGGGATCTTTTTGAAGACTCTGTTGATG
AGATTGTCGGAGTCTGCACTGGGATCTTTGAGACGTTCTTGCGCAGCGAGTATGGAGGAC
CTGGAACACTCTTGGTCATACCCTTCATCGACATGGCTGATACTCTCAATGAAAGGGAAC
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AATATAGTTCAGTACTCATGTATCAAAGGATAGATTGTCTTTGTAAAACTCTGAATTTTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A087TF U 100
AF RR1A087JQ C 1
BS 1 99 RR1A087JQ
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RD RR1A087TF 608 0 0
TTCCAACCATCTTCAATCTCTCTTCACCAGCCGCGAGTTCATGCGTAATCAAACCGACCC
AGTTTCTTCAACGGCGTTTGATATCCAAATCGACGAACTTTTCTCTTTCTTCCTTGCCAC
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CGGAAGCTGAGACTAAGAAATTCAAGGACCATATGACAAAGAAACTATCAAAGAGGGATC
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TGCGCAGCGAGTATGGAGGACCTGGAACACTCTTGGTCATACCCTTCATCGACATGGCTG
ATACTCTCAATGAAAGGGAACTGCCCTGGAGGTCCACAAGCCCGCGCGTGCAGCTATCAA
ATGGGCTCAGGATCATGTAGACAAGGATTGGGAAGGAATGGACCGGCACTGATTAGTAAC
ATCCATACCTCAAATCATCAAAATATAGTTCAGTACTCATGTATCAAGGGATAGATTGTC
TTTGTAAAACTCTGAATTTTGCAGATTTCGATATTCTGTTAGCTCTGTTCTTATACAATC
GCTTGGCC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1A087JQ 834 0 0
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CTACTCGGCTTCAATTCCATTCATCCATCCGTTGTGCTCTTCCAACCATCTTCAATCTCT
CTTCACCAGCCGCGAGTTCATGCGTAATCAAACCGACCCAGTTTCTTCAACGGCGTTTGA
TATCCAAATCGACGAACTTTTCTCTTTCTTCCTTGCCACGGAGAGGGTTCGTATGCAGAG
CTGCCGAGTACAAGTTCCCGGATCCCATACCCGAATTCGCGGAAGCTGAGACTAAGAAAT
TCAAGGACCATATGACAAAGAAACTATCAAAGAGGGATCTTTTTGAAGACTCTGTTGATG
AGATTGTCGGAGTCTGCACTGGGATCTTTGAGACGTTCTTGCGCAGCGAGTATGGAGGAC
CTGGAACACTCTTGGTCATACCCTTCATCGACATGGCTGATACTCTCAATGAAAGGGAAC
TGCC*TGGAGGTCCACAAGCC*GCGCGTGCAGCTATCAAATGGGCTCAGGATCATGTAGA
CAAGGATTGG*AAGGAATGGACCGGCACTGATTAGTAACATCCATACCTCAAATCATCAA
AATATAGTTCAGTACTCATGTATCAGAGGATAGATTGTCTTTGTAAAACTCTGAATTTTG
CAGATTTCGATATTCTGTTAGCTCTGTTCTTATACAATCGCTTGGCCTCATCAGCTGTTT
TCCTAGTTGATTCATGTATGGTTCGGTAGATTATCTTGAACATGTGGAGTGTAACGATGA
CCGATAACTAACTCGGTACATCTTAAATAAATCGGTTATATCGGTTCACAGACC

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 2

CO CL8791Contig1 663 2 4 U
GGAGTCGGAAAAATAATAAAAAAAACAGAGAAGGTAGCATCAATGGGGATTGGCGATGTT
CTTCCAAAAAGAGTACGGATACGTGGTCATCGTAGTCGTCCTCTACTGTGTACTAAATTT
CTGGATGGCAATCCAAGTAGGCGGAGCTCGCAAGAGGTACAAAGTTCCTTACCCAACACT
ATACGCAACCGAATCTGAAAACAAAGATGCTAAACTCTTCAACTGTGTTCAGAGAGGCCA
TCAGAACTCGCTAGAGATGATGCCAATGTACTTCTTACTCATGATCCTTGGTGGGATGAA
GCATCCTTGCATCTGTACAGCCCTTGGCTTTCTCTACAACGTTAGCAGGTTCTTCTACTT
CAAAGGCTATTCCACTGGTGATCCTATCAACCGCCTCACCATCGGGAAATATGGCTTCTT
GGCAATGCTAGGTCTTGCCGTCTGCACAGTCTCCTTTGCCATTACACTGCTTTGCGCCTG
AGCTTAATGGTCGGTTTTTGTGAGTTTAAATGCTTTTCCTTGTTGCTAGACTCTTTTTGG
TTTCTTACAAGTTTTGTAACATTGTCATTACTTTCCCAGAGTTTAAATGCTCATTTTTTT
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GCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 

AF RR1AT85JQ C 1
AF RR1AT85TF U 46
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RD RR1AT85JQ 663 0 0
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CTTACTTGTAAAATAAAGCCAACTTTCTGCTCTATAAGGTGAACAAAATATTGATTAATG
GCT

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DS 

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TCCTTACCCAACACTATACGCAACCGAATCTGAAAACAAAGATGCTAAACTCTTCAACTG
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CCTTGGTGGGATGAAGCATCCTTGCATCTGTACAGCCCTTGGCTTTCTCTACAACGTTAG
CAGGTTCTTCTACTTCAAAGGCTATTCCACTGGTGATCCTATCAACCGCCTCACCATCGG
GAAATATGGCTTCTTGGCAATGCTAGGTCTTGCCGTCTGCACAGTCTCCTTTGCCATTAC
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CTAGACTCTTTTTGGTTTCTTACAAGTTTTGTAACATTGTCATTACTTTCCCAGAGTTTA
AATGCTCATTTTTTTCTTACTTGTAAAATAAAGCCAACTTTCTGCTCTATAAGGTGAACA
AAATATTGATTAATGGCT

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

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TCTGTCTTTCTAATTTATCCACTAGGTCAATCGGGTTGGTTCTTTGCGCCTAGTTTTGGT
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CAAATCTTTGGGGTTGCTTTTTCCAATAAACGTTGGTTACATTTCTTTATGTTATTTGTA
CCAGTAACTGGTTTATGGATGAGTGCTCTTGGAGTAGTCGGTCTAGCTTTGAACCTACGT
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AACTTTAGCTTTAGCTGGTCGTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FB30TF U 1
AF RR1FB30JQ C 141
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RD RR1FB30TF 788 0 0
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TCTGTCTTTCTAATTTATCCACTAGGTCAATCGGGTTGGTTCTTTGCGCCTAGTTTTGGT
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CCAGTAACTGGTTTATGGATGAGTGCTCTTGGAGTAGTCGGTCTAGCTTTGAACCTACGT
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TATACTAAAAATATTCTTTTAAACGAAG*TATTCGCGCTTGGATGGCGGCTCAAGATCAG
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AACTTTAG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR1FB30JQ 666 0 0
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CGCTGGTGTACTGGGCGCGGCTCTGTTATGCGCTATTCATGGTGCTACTGTAGAAAATAC
TTTATTTGAAGATGGTGATGGTGCAAATACATTCCGTGCTTTTAACCCAACTCAAGCCGA
AGAAACTTATTCAATGGTCACCGCTAACCGCTTTTGGTCACAAATCTTTGGGGTTGCTTT
TTCCAATAAACGTTGGTTACATTTCTTTATGTTATTTGTACCAGTAACTGGTTTATGGAT
GAGTGCTCTTGGAGTAGTCGGTCTAGCTTTGAACCTACGTGCCTATGACTTCGTTTCCCA
GGAAATCCGTGCAGCGGAAGATCCGGAATTTGAGACTTTCTATACTAAAAATATTCTTTT
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CCCTGAGGAGGTTCTACCACGTGGAAACGCTCTTTAATGGAACTTTAGCTTTAGCTGGTC
GTGACC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

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GCTTGGCCCGTAGAAACTTTGCTTTGCCTCCAATAACTTACACGGGCTCTGGTTATCCCC
CTGTACGAGGTCTTCCTTATCCGTTAGCTTATCCTAGAGGGATTATGAGCCCTCGCCCAC
TAAGTAGCTCTCTTGGATCCGTATCACCTGCCATTGCCCACAGCAGCGTGTCAGCAACAC
CTATGAGTTCCATTGTTCAAACCGAAGGTCCTGAAGGTGCGAATCTGTTTATCTATAACA
TACCTCGTGAGTTTGGGGATCAAGAACTCTCCGCTGCATTTCAACCTTTCGGTCTTGTTC
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GTTATGACTCACAAGCAGCAGCTCAAAAGGCTATTAACATCATGAATGGTTGCCATTTAG
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GTCAAAACTAAAACTCTAAGCCATCCTCTCTGCAAATAACAATTTGTAATTTATGTGCAT
TATTGAAATTTATGTAAAACATTTTATGATTTATTAA


BQ
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AF RR1EE81JQ C 1
AF RR1EE81TF U 1
BS 1 637 RR1EE81TF

RD RR1EE81JQ 637 0 0
GGAACCAAGTCAATAACAACGCGTTGCAAAGAAGAGCCTCACCTGACTCTATACCACCTC
GCTTGGCCCGTAGAAACTTTGCTTTGCCTCCAATAACTTACACGGGCTCTGGTTATCCCC
CTGTACGAGGTCTTCCTTATCCGTTAGCTTATCCTAGAGGGATTATGAGCCCTCGCCCAC
TAAGTAGCTCTCTTGGATCCGTATCACCTGCCATTGCCCACAGCAGCGTGTCAGCAACAC
CTATGAGTTCCATTGTTCAAACCGAAGGTCCTGAAGGTGCGAATCTGTTTATCTATAACA
TACCTCGTGAGTTTGGGGATCAAGAACTTTCCGCTGCATTTCAACCTTTCGGTCTTGTTT
TGAGCGCCAAGGTTTTTGTAGACAAAGCTACTGGTGCAAGCAAATGTTTCGGTTTTGTTA
GTTATGACTCACAAGCAGCAGCTCAAAAGGCTATTAACATCATGAATGGTTGCCATTTAG
GTGGTAAGAAACTGAAAGTCCAGCTTAAGAGAGACAACAACAACAATGGCCAACATAATA
GTCAAAACTAAAACTTTAAGCCATCCTCTCTGCAAATAACAATTTGTAATTTATGTGCAT
TATTGAAATTTATGTAAAACATTTTATGATTTATTAA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1EE81TF 637 0 0
GGAACCAAGTCAATAACAACGCGTTGCAAAGAAGAGCCTCACCTGACTCTATACCACCTC
GCTTGGCCCGTAGAAACTTTGCTTTGCCTCCAATAACTTACACGGGCTCTGGTTATCCCC
CTGTACGAGGTCTTCCTTATCCGTTAGCTTATCCTAGAGGGATTATGAGCCCTCGCCCAC
TAAGTAGCTCTCTTGGATCCGTATCACCTGCCATTGCCCACAGCAGCGTGTCAGCAACAC
CTATGAGTTCCATTGTTCAAACCGAAGGTCCTGAAGGTGCGAATCTGTTTATCTATAACA
TACCTCGTGAGTTTGGGGATCAAGAACTCTCCGCTGCATTTCAACCTTTCGGTCTTGTTC
TGAGCGCCAAGGTTTTTGTAGACAAAGCTACTGGTGCAAGCAAATGTTTCGGTTTTGTTA
GTTATGACTCACAAGCAGCAGCTCAAAAGGCTATTAACATCATGAATGGTTGCCATTTAG
GTGGTAAGAAACTGAAAGTCCAGCTTAAGAGAGACAACAACAACAATGGCCAACATAATA
GTCAAAACTAAAACTCTAAGCCATCCTCTCTGCAAATAACAATTTGTAATTTATGTGCAT
TATTGAAATTTATGTAAAACATTTTATGATTTATTAA

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL8794Contig1 625 2 1 U
GGAAGAGCGCCTACCAAAACACTCTAGATAAAAAGCATTACCAAATACAAAACAATAGAT
ACAACTATGTCTGCGAGTAACTCATCATCATTGGTTCTAATCACGTTGATATTGGCCACA
TCGTGCCTAGTCTCCGAGAGCCGGATTGCAAGAAAAGATTTGGGTTTAGACCTTGGTGGG
ATAGGGATAGGGATCGGTACTGGCATCGGCATTGGTCTAGGAGGAGGTGGATCCGGTCAC
GGAGGAGGCTCCGGTGAAGGCGGTGGATATGGAGGAGGATACGTTGAAGGCGGCGACTGA
ATGAAGAATATCTCATGCATGCAATATCTTATCCATGCTATGTGTTTTACATAATTATTA
TTAGTGTGAAATAATAAAATGCTGAAAATTTCATTTTCTAAAGTGGGTGAGTAAAGGAGA
TGGGAAAACTTCTCGCGTGTTTGGTTAATTATGTACTCTTCCATATTCGAAATGGATTCT
TGGTGTTATAGATGTTTTTATTTTTGTACTATAAGTTTTAATTTTTCAATTTGATAGTTG
ACAAAATAACTGCATGCTCGTTTGTTTTTTGTTCTTCTCCGTTTTCGCATGTATCAGTCA
TCATATATATAACAAAACATTTGGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1EY02JQ C 1
AF RR1EY02TF U 1
BS 1 625 RR1EY02TF

RD RR1EY02JQ 625 0 0
GGAAGAGCGCCTACCAAAACACTCTAGATAAAAAGCATTACCAAATACAAAACAATAGAT
ACAACTATGTCTGCGAGTAACTCATCATCATTGGTTCTAATCACGTTGATATTGGCCACA
TCGTGCCTAGTCTCCGAGAGCCGGATTGCAAGAAAAGATTTGGGTTTAGACCTTGGTGGG
ATAGGGATAGGGATCGGTACTGGCATCGGCATTGGTCTAGGAGGAGGTGGATCCGGTCAC
GGAGGAGGCTCCGGTGAAGGCGGTGGATATGGAGGAGGATACGTTGAAGGCGGCGACTGA
ATGAAGAATATCTCATGCATGCAATATCTTATCCATGCTATGTGTTTTACATAATTATTA
TTAGTGTGAAATAATAAAATGCTGAAAATTTCATTTTCTAAAGTGGGTGAGTAAAGGAGA
TGGGAAAACTTCTCGCGTGTTTGGTTAATTATGTACTCTTCCATATTCGAAATGGATTCT
TGGTGTTATAGATGTTTTTATTTTTGTACTATAAGTTTTAATTTTTCAATTTGATAGTTG
ACAAAATAACTGCATGCTCGTTTGTTTTTTGTTCTTCTCCGTTTTCGCATGTATCAGTCA
TCATATATATAACAAAACATTTGGT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR1EY02TF 625 0 0
GGAAGAGCGCCTACCAAAACACTCTAGATAAAAAGCATTACCAAATACAAAACAATAGAT
ACAACTATGTCTGCGAGTAACTCATCATCATTGGTTCTAATCACGTTGATATTGGCCACA
TCGTGCCTAGTCTCCGAGAGCCGGATTGCAAGAAAAGATTTGGGTTTAGACCTTGGTGGG
ATAGGGATAGGGATCGGTACTGGCATCGGCATTGGTCTAGGAGGAGGTGGATCCGGTCAC
GGAGGAGGCTCCGGTGAAGGCGGTGGATATGGAGGAGGATACGTTGAAGGCGGCGACTGA
ATGAAGAATATCTCATGCATGCAATATCTTATCCATGCTATGTGTTTTACATAATTATTA
TTAGTGTGAAATAATAAAATGCTGAAAATTTCATTTTCTAAAGTGGGTGAGTAAAGGAGA
TGGGAAAACTTCTCGCGTGTTTGGTTAATTATGTACTCTTCCATATTCGAAATGGATTCT
TGGTGTTATAGATGTTTTTATTTTTGTACTATAAGTTTTAATTTTTCAATTTGATAGTTG
ACAAAATAACTGCATGCTCGTTTGTTTTTTGTTCTTCTCCGTTTTCGCATGTATCAGTCA
TCATATATATAACAAAACATTTGGT

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL8795Contig1 814 2 2 U
GGGAAGAAACAGCGAAAATGGCCTCCAAGAGTTATCATCCACTGCATCTGATCATCCTCT
TCGTCTACGCTGTTGCTATCTCATCATCGTTTCTCGCCGTCAGATCACACGAACAGAACA
ACGGAGACGAAGAGATGAGAAGCGGCGGGCGTAGGATCCTTCTAGGTTTCAAAGAGACTC
CAAAAGGAAGCAACGTCACCTTCGAGTGCTCTCCTTCAGGTCCTTGCGTCTCCTGCAATT
CCTCCGAAAAGAGAAAAGAGAAGTATCGTTGCAGCGAAACTGGTTATCGGATTCCTTTCA
AATGTAGAGAGGTGATTAGAGGAGAGGAAGCTTCTTCACACAAGAAAGACGTTGAAGAGA
CGCAACAAAATGATCAATCTAATGCCAGTAATAATGATGACGAAGAAGTTGTTGATGCAT
CGTCGGTGAAGCAGAGGAACCTGCGTGATGACACTTCACCGGCATCGAAAGCTAAGAAGT
CTCAGTCTTACAAAACTTACAGAAGCTGTGTTCCTTCTGCGGATGAGGAGAGAGTTTCGG
TTCTTGGTTTCGAGGCGGTTATGCTAGGACTGTTACTCGTAAGTGGATCCGCTGTATATT
ACAGAAAGAAACAGATAATACCGATGGCCGGAGTATCCAGTGGAAGATCGCAGAGCAATT
CCCGGTTTTAAGAGAAAACCTTTTTCCGATTTATGTGAGAAACAGAGATATTACTACGAG
TGTATAGAATATAAGCTTTTAGGGGCTTTGATATAACTGGATTACTTGTTTCTTTAGATG
ATGACTGATTGTTTATGAGATCAATTCCCATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E576TF U 1
AF RR1E576JQ C 25
BS 1 677 RR1E576TF
BS 678 814 RR1E576JQ

RD RR1E576TF 685 0 0
GGGAAGAAACAGCGAAAATGGCCTCCAAGAGTTATCATCCACTGCATCTGATCATCCTCT
TCGTCTACGCTGTTGCTATCTCATCATCGTTTCTCGCCGTCAGATCACACGAACAGAACA
ACGGAGACGAAGAGATGAGAAGCGGCGGGCGTAGGATCCTTCTAGGTTTCAAAGAGACTC
CAAAAGGAAGCAACGTCACCTTCGAGTGCTCTCCTTCAGGTCCTTGCGTCTCCTGCAATT
CCTCCGAAAAGAGAAAAGAGAAGTATCGTTGCAGCGAAACTGGTTATCGGATTCCTTTCA
AATGTAGAGAGGTGATTAGAGGAGAGGAAGCTTCTTCACACAAGAAAGACGTTGAAGAGA
CGCAACAAAATGATCAATCTAATGCCAGTAATAATGATGACGAAGAAGTTGTTGATGCAT
CGTCGGTGAAGCAGAGGAACCTGCGTGATGACACTTCACCGGCATCGAAAGCTAAGAAGT
CTCAGTCTTACAAAACTTACAGAAGCTGTGTTCCTTCTGCGGATGAGGAGAGAGTTTCGG
TTCTTGGTTTCGAGGCGGTTATGCTAGGACTGTTACTCGTAAGTGGATCCGCTGTATATT
ACAGAAAGAAACAGATAATACCGATGGCCGGAGTATCCAGTGGAAGATCGCAGAGCAATT
CCCGGTTTTAAGAGAAA
CTTTTTTC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR1E576JQ 790 0 0
CCAAGAGTTATCATCCACTGCATCTGATCATCCTCTTCGTCTACGCTGTTGCTATCTCAT
CATCGTTTCTCGCCGTCAGATCACACGAACAGAACAACGGAGACGAAGAGATGAGAAGCG
GCGGGCGTAGGATCCTTTTAGGTTTCAAAGAGACTCCAAAAGGAAGCAACGTCACCTTCG
AGTGCTCTCCTTCAGGTCCTTGCGTCTCCTGCAATTCCTCCGAAAAGAGAAAAGAGAAGT
ATCGTTGCAGCGAAACTGGTTATCGGATTCCTTTCAAATGTAGAGAGGTGATTAGAGGAG
AGGAAGCTTTTTCACACAAGAAAGACGTTGAAGAGACGCAACAAAATGATCAATTTAATG
CCAGTAATAATGATGACGAAGAAGTTGTTGATGCATCGTCGGTGAAGCAGAGGAACCTGC
GTGATGACACTTCACCGGCATCGAAAGCTAAGAAGTTTCAGTTTTACAAAACTTACAGAA
GCTGTGTTCCTTTTGCGGATGAGGAGAGAGTTTCGGTTTTTGGTTTCGAGGCGGTTATGC
TAGGACTGTTACTCGTAAGTGGATCCGCTGTATATTACAGAAAGAAACAGATAATACCGA
TGGCCGGAGTATCCAGTGGAAGATCGCAGAGCAATTCCCGGTTTTAAGAGAAAACCTTTT
TCCGATTTATGTGAGAAACAGAGATATTACTACGAGTGTATAGAATATAAGCTTTTAGGG
GCTTTGATATAACTGGATTACTTGTTTCTTTAGATGATGACTGATTGTTTATGAGATCAA
TTCCCATTTG

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL8796Contig1 727 2 2 U
GGGCTGACACTTTAGATTCCACATAAGAAATTCGTATGATATCGCGCTGACACGTGTCCA
GTGCGTACGAAACTAGGCGTTTCTGCGATGGCTATTCATGCCGTTTGGGTTTCCTCACTC
TCCACAAAACGGACGGAGTTGCAATCTCTTCAATGCATCGTTCGTCGCTTGGACTCGATG
TGAGATCGATATAAATAGGGGAGTACTCCTCCAATCAACGCATCGTCTAATTCTCTCTCT
ATCAAATTTCTGATTCGTGTGGTTATGACTATTTCAAGAGTTTTGATTTTTATTTTCTTT
AGATCTGTGTTTAATCATTCCGGCGAGTTTGTTTTGTTTACTGATGAAGATTTATCTCTT
TTCTGTTTTCAGTTGACGGAGTTATGAGCACTTCTCCCATCGGAATCACATCAAAAGAAT
CGGTTCCTGCTAGGTTTCTATAGCATTGAAGATGAGGCTGTGCACATGGTCGCTGGGAAA
GGTCGATTAGATGTGGGCTTGGCTCATCGGGAAAGATTGAGTTTGCATTTGGTAAAAGCG
GAGTATTCCTCGGAGACGTGCGAGACTTGGGTTCATGTAGCTGCCATAAATCAGACGTTG
AACCCTAAATTTTCAACCATTGCTATAAAAAACAATGGCTTTGTTCTCCGCACCTTACAT
CTGTAAGTTGTCTCACACTCTTCATACTCGATAGTTAGATAATGTGTACAACTTTATAGA
TCTGTAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G049TF U 1
AF RR1G857TF U 1
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ATCAAATTTCTGATTCGTGTGGTTATGACTATTTCAAGAGTTTTGATTTTTATTTTCTTT
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TTCTGTTTTCAGTTGACGGAGTTATGAGCACTTCTCCCATCGGAATCACATCAAAAGAAT
CGGTTCCTGCTAGGTTTCTATAGCATTGAAGATGAGGCTGTGCACATGGTCGCTGGGAAA
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GAGTATTCCTCGGAGACGTGCGAGACTTGGGTTCATGTAGCTGCCATAAATCAGACGTTG
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TCTGTAA

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AS 1 2

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BQ
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AF RR1F608TF U 1
AF RR1F608JQ C 42
BS 1 667 RR1F608TF
BS 668 787 RR1F608JQ

RD RR1F608TF 667 0 0
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QA 1 667 1 667
DS 

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TTAGGTTTGAAATCTAGCATGGATGATTCCAAGAAGTCGACATCTACGGGGTTTAGACAG
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TCTTTTTTTTTACTTTTGCAATTTGACAACTTTTGGATATCTTTTTTGGTGTTTATATGA
TTCATGAATCAATGACATCAATCTGG

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CW08JQ C 1
AF RR1CW08TF U 1
BS 1 507 RR1CW08TF

RD RR1CW08JQ 507 0 0
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QA 1 507 1 507
DS 

RD RR1CW08TF 507 0 0
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TGAGAGGAGAAGGGCTTATCATAGGAGTGGAGCTCGATGTGCCAGCGAGTCCACTTGTGG
ATGCTTCCCGTGATTCAGGTCTTCTGATCCTGACGGCAGGGAAATGGAACGTCGTCAGGA
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AAAATTTAACTGCTCTTGGTTGAAGCCTTAAAGGTTGAGGAGCTAGAGAGCACAAGAGCA
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ACATACCATCAGATATTGTGGCTTACG

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 2

CO CL8799Contig1 835 2 7 U
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GTTTGCCTAGGAGTTGATTCTCTGCAAGGCTCTTCTGCCTCTGATCCTTGTTTGTGGGCG
TAATACTCACGATCATTGGCACTTCTATACAAGTGTCTGATCTCTCCATCGATCTACACT
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ATACCATCCTTGCTCTAATCCGCAAAACACAACCCATATCTCCCTCAGATCCATCCAAAA
GGGAAAACAAACCATCAAGGTTTTCATTAAGTGGTATCAGAGCAGATTGAGGGCTCTGAT
TCAGGGTTTGCACTCGGATTTTCTTCTTCTCTTTGGGAACCTTTTTATCATTCTGTTCTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A612TF U 106
AF RR1A612JQ C 1
BS 1 105 RR1A612JQ
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RD RR1A612TF 635 0 0
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QA 1 635 1 635
DS 

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TCGAGATTGCCTAGTTCTAAGTGTTTCTTCTTAGTTTCACACAAGTCTTGTTGCAAGTTT
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CACTTTTCAATAAAATCTTTCCTTTGTTCTTGTGAATCCTTTGTTCAGTTTCTGAACACT
GTTTGCCTAGGAGTTGATTCTCTGCAAGGCTCTTCTGCCTCTGATCCTTGTTTGTGGGCG
TAATACTCACGATCATTGGCACTTCTATACAAGTGTCTGATCTCTCCATCGATCTACACT
GAAGAACACCTCCATATCAACATCTATCCATCATCCATCCAATTACCTTTCAAGGAGACA
ATACCATCCTTGCTCTAATCCGCAAAACACAACCCATATCTCCCTCAGATCCATCCAAAA
GGGAAAACAAACCATCAAGGTTTTCATTAAGTGGTATCAGAGCAGATTGAGGGCTCTGAT
TCAGGGTTTGCACTCGGATTTTCTTCTTCTCTTTGGGAACCTTTTTATCATTCTGTTCTG
TGAATCTATCCATCTCTTCTCTATCTATCTAAAAAGTGCGAGGGGGCCGACCAGT

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CF90TF U 1
AF RR1GB08TF U 8
BS 1 133 RR1CF90TF
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RD RR1CF90TF 660 0 0
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CTATCGGCTCTCGTCCTGAGTCTCCTCCGTTCTCCGCCTATGTCGATTTCTCTCCCCGAT
CAATTCCCCGATTCCGTTCATCCAATCCGGCCTCGTTATTCGTCGGCGGCGACGCAAATA
TCGCCGACGGGATTCGCGTCGATGCTTCTAGGGATATCTGTGGCTCTTATGCTGTGTGGA
TCCGTGACGTTCTTCATCGGTTTCCTCTTGTTGCCTTGGGTTCTGGCTCTCATCACCGTT
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GACGAGCGAGACTTGCAAAACGCCCTTTTATCATCTGGCCTTCCGGTGAAGCAG*ACAAC
AGAAGATGGATTGATTATAAAACACAGCAGTCCAATTAGAGTTTTTATTTCTTATTCTCG

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1GB08TF 675 0 0
G
ACAAAAGTCTTT*CAATATCTTTTCTGTAGGAAAGAAAGATTATCGTCGTCTCCATTACT
TTGTCGAGCAAATCGCCATTAAATTTCTGAGAAAGTATTTAGAATTACACAGTGGGATTT
TTTGGCAATTATGAGAAGACAAAGACGTGAAGAGTCTAGGGCTTTCCACGACCTATCGGC
TCTCTTCCTGAGTCTCCTCCGTTCTCCGCCTATGTCGATTTCTCTCCCCGATCAATTCCC
CGATTCCGTTCATCCAATCCGGCCTCGTTATTCGTCGGCGGCGACGCAAATATCGCCGAC
GGGATTCGCGTCGATGCTTCTAGGGATATCTGTGGCTCTTATGCTGTGTGGATCCGTGAC
GTTCTTCATCGGTTTCCTCTTGTTGCCTTGGGTTCTGGCTCTCATCACCGTTTTCTACGT
CGCCGGGATCGTTTCGGCCATCTCCTTGGCTGGGAGGTCTGTACTCTGTTACGTCTTCAC
GCCACCTTCCTCCTCCAGGAAGGAGATTTCTGATTGGAAGCTTTTATGATGTGACGAGCG
AGACTTGCAAAACGCCCTTTTATCATCTGGCCTTCCGGTGAAGCAGGACAACAGAAGATG
GATTGATTATAAAACACAGCAGTCCAATTAGAGTTTTTATTTCTTATTCTCGGAAGTCGG
ATAACAACATGTGG

QA 2 675 2 675
DS 



AS 1 2

CO CL8801Contig1 626 2 1 U
GATTCTTGGCTTGAGCAAAGACAGCAACCATGCACATGCTGTGGAAGTGAAGAACACTAT
GATGTTCAATGCATTCGTTATGTGTCAAATATTCAACGAGTTCAACGCAAGGAAACCTGA
TGAAATGAATGTTTTCAGTGGTGTAACTAAGAACCCTCTCTTCGTTGCAATTGTTGGAGT
CACTTTTGTACTTCAGATACTCATTGTTACTTTCCTTGGAGAGTTTGCTCATACAGTTGC
ACTGAGTTGGCAACTATGGCTTGCTTCTGTTGTCATCGGTCTTGTCAGTTGGCCACTTGC
AGTTGTTGGGAAGCTGATTCCTGTACCCAGGACTCCGATGAGCGTCTACTTCAAGAAACC
GTTCCGAAGATACAAAGCCTCAAGAAGTGCATAAACACATTACTAGATAAGTCATCTTCT
TCATACTGCAACTACAGAAGCAATAACCTGTGACAATGGCCTAAACCTCTTAACCTTTCT
TTCTTTATTTTACATGGTAATAGTATTTACAAATGTATCCAATTATTTTTGTCCCTTTTT
CATATTTCTTCCTTCTTTTTTGTATGATGTAAAAGTGCAACTGTGAACTGAATTTGATTT
GGGGTTGTACTAATGAGAGTTTGGCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1DT12JQ C 1
AF RR1DT12TF U 1
BS 1 626 RR1DT12TF

RD RR1DT12JQ 626 0 0
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GATGTTCAATGCATTCGTTATGTGTCAAATATTCAACGAGTTCAACGCAAGGAAACCTGA
TGAAATGAATGTTTTCAGTGGTGTAACTAAGAACCCTCTCTTCGTTGCAATTGTTGGAGT
CACTTTTGTACTTCAGATACTCATTGTTACTTTCCTTGGAGAGTTTGCTCATACAGTTGC
ACTGAGTTGGCAACTATGGCTTGCTTCTGTTGTCATCGGTCTTGTCAGTTGGCCACTTGC
AGTTGTTGGGAAGCTGATTCCTGTACCCAGGACTCCGATGAGCGTCTACTTCAAGAAACC
GTTCCGAAGATACAAAGCCTCAAGAAGTGCATAAACACATTACTAGATAAGTCATCTTCT
TCATACTGCAACTACAGAAGCAATAACCTGTGACAATGGCCTAAACCTCTTAACCTTTCT
TTCTTTATTTTACATGGTAATAGTATTTACAAATGTATCCAATTATTTTTGTCCCTTTTT
CATATTTCTTCCTTCTTTTTTGTATGATGTAAAAGTGCAACTGTGAACTGAATTTGATTT
GGGGTTGTACTAATGAGAGTTTGGCG

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1DT12TF 626 0 0
GATTCTTGGCTTGAGCAAAGACAGCAACCATGCACATGCTGTGGAAGTGAAGAACACTAT
GATGTTCAATGCATTCGTTATGTGTCAAATATTCAACGAGTTCAACGCAAGGAAACCTGA
TGAAATGAATGTTTTCAGTGGTGTAACTAAGAACCCTCTCTTCGTTGCAATTGTTGGAGT
CACTTTTGTACTTCAGATACTCATTGTTACTTTCCTTGGAGAGTTTGCTCATACAGTTGC
ACTGAGTTGGCAACTATGGCTTGCTTCTGTTGTCATCGGTCTTGTCAGTTGGCCACTTGC
AGTTGTTGGGAAGCTGATTCCTGTACCCAGGACTCCGATGAGCGTCTACTTCAAGAAACC
GTTCCGAAGATACAAAGCCTCAAGAAGTGCATAAACACATTACTAGATAAGTCATCTTCT
TCATACTGCAACTACAGAAGCAATAACCTGTGACAATGGCCTAAACCTCTTAACCTTTCT
TTCTTTATTTTACATGGTAATAGTATTTACAAATGTATCCAATTATTTTTGTCCCTTTTT
CATATTTCTTCCTTCTTTTTTGTATGATGTAAAAGTGCAACTGTGAACTGAATTTGATTT
GGGGTTGTACTAATGAGAGTTTGGCG

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL8802Contig1 923 2 12 U
GGAACAGTCGTGACAATGAACTTCTGCCGTATTCTGAGGACTTCCGATTCTCATCTGTGG
AAAAGAGCCTGTACAACCTCGTCTGGCCTGGAGAGTTCTCTCATCTGGAACAGGGGCATT
TCCACTGTCAAGCCTGATGATCTATCCAAGACTCAAAAGTCTAAGATGTTCGAGAAACTG
CGGGATCGTATAGAGACGGAAGCTTATAGGACAGTGGAAGAGACGTTAAATACGTTTGCC
AAAGAATATGGAGTTTCCATCACTCAAGTAGATCTCTCTGGCTGGGCTAAGTGTCTCGAC
AATGATGGAAAACATAAACACGCCTTCGAGATCTTTGAGTGGATAAAGAGAAAGAAAATG
ACATTGTCTCCGTCCGAGCTAGCAACCTTTGTTGCTGATGGCGTCAAAACACCGAAGAAG
ATGATGTTCGAGGAACTTAAGGATATTAGTGAGTCGGAAGGGACAGTAGAAGAAAAGTTA
AATGCGTTTACAACGAAGGAGGAGGAATATGGAGTTTCCATTACTAAAGAAGATCTCGTT
CGCTGGTCTATACTTATCGACAGATATGGAAGACCTGAGATCTCGTGCCAGATCTTTGAG
TGGATGGATAAAAAGAAGATGAAATTTTCTCCCTCCCAGCTTGCACACTACGTGGATTTT
ATTGACAGGGTTCATGGCATAAGAGCGGCTCTAGACTACTTTGAATCTGTAGACCCAGAC
TTCGATAACATGGACTATAAAGCCAAGAACTGGCCTGCTTACGATTTCCTTGCGAGAAGC
ATGTCCAAAAACTGGAATAAGCGTCCTTGGTGAGTCTTGTCTTGATCTTATAATGAAGCA
CGGCTTTCAAACTTAATTGCCTATGTATTTGTACTACACCAGTAGATTTTCATGAACCAA
ATAATTAAGATTAATTCATTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CA83TF U 1
AF RR1CA83JQ C 138
BS 1 669 RR1CA83TF
BS 670 670 RR1CA83JQ
BS 671 715 RR1CA83TF
BS 716 716 RR1CA83JQ
BS 717 745 RR1CA83TF
BS 746 748 RR1CA83JQ
BS 749 766 RR1CA83TF
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BS 778 778 RR1CA83JQ
BS 779 790 RR1CA83TF
BS 791 923 RR1CA83JQ

RD RR1CA83TF 793 0 0
GGAACAGTCGTGACAATGAACTTCTGCCGTATTCTGAGGACTTCCGATTCTCATCTGTGG
AAAAGAGCCTGTACAACCTCGTCTGGCCTGGAGAGTTCTCTCATCTGGAACAGGGGCATT
TCCACTGTCAAGCCTGATGATCTATCCAAGACTCAAAAGTCTAAGATGTTCGAGAAACTG
CGGGATCGTATAGAGACGGAAGCTTATAGGACAGTGGAAGAGACGTTAAATACGTTTGCC
AAAGAATATGGAGTTTCCATCACTCAAGTAGATCTCTCTGGCTGGGCTAAGTGTCTCGAC
AATGATGGAAAACATAAACACGCCTTCGAGATCTTTGAGTGGATAAAGAGAAAGAAAATG
ACATTGTCTCCGTCCGAGCTAGCAACCTTTGTTGCTGATGGCGTCAAAACACCGAAGAAG
ATGATGTTCGAGGAACTTAAGGATATTAGTGAGTCGGAAGGGACAGTAGAAGAAAAGTTA
AATGCGTTTACAACGAAGGAGGAGGAATATGGAGTTTCCATTACTAAAGAAGATCTCGTT
CGCTGGTCTATACTTATCGACAGATATGGAAGACCTGAGATCTCGTGCCAGATCTTTGAG
TGGATGGATAAAAAGAAGATGAAATTTTCTCCCTCCCAGCTTGCACACTACGTGGATTTT
ATTGACAGG*TTCATGGCATAAGAGCGGCTCTAGACTACTTTGAATCTGTAGACC*AGAC
TTCGATAACATGGACTATAAAGCCA**GACTGGCCTGCTTACGATT*CCTTGCGAGA*GC
ATGTCCAAAA
CTG

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR1CA83JQ 786 0 0
TGATCTATCCAAGACTCAAAAGTCTAAGATGTTCGAGAAACTGCGGGATCGTATAGAGAC
GGAAGCTTATAGGACAGTGGAAGAGACGTTAAATACGTTTGCCAAAGAATATGGAGTTTC
CATCACTCAAGTAGATCTCTCTGGCTGGGCTAAGTGTCTCGACAATGATGGAAAACATAA
ACACGCCTTCGAGATCTTTGAGTGGATAAAGAGAAAGAAAATGACATTGTCTCCGTCCGA
GCTAGCAACCTTTGTTGCTGATGGCGTCAAAACACCGAAGAAGATGATGTTCGAGGAACT
TAAGGATATTAGTGAGTCGGAAGGGACAGTAGAAGAAAAGTTAAATGCGTTTACAACGAA
GGAGGAGGAATATGGAGTTTCCATTACTAAAGAAGATCTCGTTCGCTGGTCTATACTTAT
CGACAGATATGGAAGACCTGAGATCTCGTGCCAGATCTTTGAGTGGATGGATAAAAAGAA
GATGAAATTTTCTCCCTCCCAGCTTGCACACTACGTGGATTTTATTGACAGGGTTCATGG
CATAAGAGCGGCTCTAGACTACTTTGAATCTGTAGACCCAGACTTCGATAACATGGACTA
TAAAGCCAAGAACTGGCCTGCTTACGATTTCCTTGCGAGAAGCATGTCCAAAAACTGGAA
TAAGCGTCCTTGGTGAGTCTTGTCTTGATCTTATAATGAAGCACGGCTTTCAAACTTAAT
TGCCTATGTATTTGTACTACACCAGTAGATTTTCATGAACCAAATAATTAAGATTAATTC
ATTTCG

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL8803Contig1 347 2 1 U
GGGACAGAAAAAAGTAGATTACAGCATCTTCGGGAGCTGTGGAAGAGGAAGGAAGATGAA
CAGTGTGCTTTGCTTCTTCCATAGTTGGTCTAAGGCGAAATCAAAAAGATCATAGATCGG
GACAATATAAAGGATTCAAAAAGTAATCACCTTTTTAATGCAAGAGGATTTCCATCTGAG
CTGATGGTGGAAAAGAGCTACCAATCGACCAGCTGGAGAAGGACTTTTAAAAAGGGTGTT
TGTAGCTGTTTCATGGAGACGGAGTTCATATCTTCAGCTAGAACTGTTAAATAATTGCCA
GAACAAAGCACAACACTCTCTACAATCTCGGAAGTGATTACCGAATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1GI19JQ C 1
AF RR1GI19TF U 1
BS 1 347 RR1GI19TF

RD RR1GI19JQ 347 0 0
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CTGATGGTGGAAAAGAGCTACCAATCGACCAGCTGGAGAAGGACTTTTAAAAAGGGTGTT
TGTAGCTGTTTCATGGAGACGGAGTTCATATCTTCAGCTAGAACTGTTAAATAATTGCCA
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QA 1 347 1 347
DS 

RD RR1GI19TF 347 0 0
GGGACAGAAAAAAGTAGATTACAGCATCTTCGGGAGCTGTGGAAGAGGAAGGAAGATGAA
CAGTGTGCTTTGCTTCTTCCATAGTTGGTCTAAGGCGAAATCAAAAAGATCATAGATCGG
GACAATATAAAGGATTCAAAAAGTAATCACCTTTTTAATGCAAGAGGATTTCCATCTGAG
CTGATGGTGGAAAAGAGCTACCAATCGACCAGCTGGAGAAGGACTTTTAAAAAGGGTGTT
TGTAGCTGTTTCATGGAGACGGAGTTCATATCTTCAGCTAGAACTGTTAAATAATTGCCA
GAACAAAGCACAACACTCTCTACAATCTCGGAAGTGATTACCGAATG

QA 1 347 1 347
DS 



AS 1 2

CO CL8804Contig1 644 2 1 U
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GTCTTCTTCTTGTTGTTCAATTCTCCAGTTCCAAAGACGAGAGAGTATAATAATAGCTCG
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CTGGTTTGGTCAGCTTCAACATGTTGATGTTAACAGTGTTGAGCCTGCGATTAGAGCAGA
AATGGAAGGAGGAAGTTTGCGAGAGGATGCTCCCGAGACGTTTGAGAACAGGGATAGTAT
AAGAGCTTCTATTCCAAGCTTTGATGAGACATATCTAAAAGTCCCTAAAGTAGTAAACAA
AGAGTGACTTTTGTTCAGCTTCACAGATTCATTCTCAGTTCCGGTCCTTGTTACATCATC
TATGTTTTGTTGTTTTTTTAATTGTTTAGAAGAGAAGAACAAAGTAAAACATTGTATACG
TTACCTAAACTCTATCCATTTCGTATACAGTGATCCTTGTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1H388TF U 1
AF RR1H388JQ C 253
BS 1 644 RR1H388TF

RD RR1H388TF 644 0 0
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TGCCGCTATATCGTCGTCTTGTCCTCGCAGGATCAAAATCCAATCCTCAACCTCCTCCTC
GTCTTCTTCTTGTTGTTCAATTCTCCAGTTCCAAAGACGAGAGAGTATAATAATAGCTCG
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AATCTCTCTCACCCCTGCCGAGATTGAGGAATGTGAACCTAAGATTCGTCAAGTCATCGA
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AATGGAAGGAGGAAGTTTGCGAGAGGATGCTCCCGAGACGTTTGAGAACAGGGATAGTAT
AAGAGCTTCTATTCCAAGCTTTGATGAGACATATCTAAAAGTCCCTAAAGTAGTAAACAA
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TATGTTTTGTTGTTTTTTTAATTGTTTAGAAGAGAAGAACAAAGTAAAACATTGTATACG
TTACCTAAACTCTATCCATTTCGTATACAGTGATCCTTGTTTGT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1H388JQ 392 0 0
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GCTTCAACATGTTGATGTTAACAGTGTTGAGCCTGCGATTAGAGCAGAAATGGAAGGAGG
AAGTTTGCGAGAGGATGCTCCCGAGACGTTTGAGAACAGGGATAGTATAAGAGCTTTTAT
TCCAAGCTTTGATGAGACATATTTAAAAGTCCCTAAAGTAGTAAACAAAGAGTGACTTTT
GTTCAGCTTCACAGATTCATTCTCAGTTCCGGTCCTTGTTACATCATCTATGTTTTGTTG
TTTTTTTAATTGTTTAGAAGAGAAGAACAAAGTAAAACATTGTATACGTTACCTAAACTC
TATCCATTTCGTATACAGTGATCCTTGTTTGT

QA 1 392 1 392
DS 



AS 1 2

CO CL8805Contig1 846 2 8 U
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AGCAATTTATATGAATCATTAATTTTTCTTTCATGGGCTTTTGCAATTATTCATATAGTT
TCCTATTTTAATAAAAAAAAAAAAATCACTTAAACGCAATAACTGCGCCAAGTGCTATTT
TTATTCAGGGTTTTGCTACTTCAGGCCTTTTAAACAACATGCCTCAGTCTGCAATATTAG
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GCGCTCTGTTATGCGGATCATTATTATCAATAGCTCTTCTAGTCATTACATTTCGCAAGG
TCGGATCTACTTTTTGGAAAAATAATATGAAAATAAAATTTTTATTAAATGAATTTTTTT
CTTTTGATGTACTTTACTACATAAACGAAAGAAATTCTATTTTACTACAACAAAACGTTA
ATTTTAGTTTTTCTAGAAATTATTATAGGTATCAATTGATTGAACAATTAGATTATTGGA
GTTTTCGTATTATTAGTCCCGGATTTATCTTTTTAACCGTCGGCATTCTTTCAGGAGCTG
TATGGGCTAATGAAACGTGGGGTTCATATTGGAATTGGGATCCGAAAGAAACCTGGGCAT
TTATTACTTGGACCATCTTCGCAATTTATTTACATATTAAAACAAATAGGAATGCTCGAG
GTATAAATTCTGCAATTGTGGCTTCGCTAGGTTTTCTTTTAATTTGGATATGCTATTTTG
GCGTCAATCTTTTAGGAATAGGTTTACATAGTTATGGTTCATTTACATCGAATTAACTAA
AACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1F192TF U 1
AF RR1F192JQ C 83
BS 1 144 RR1F192TF
BS 145 145 RR1F192JQ
BS 146 594 RR1F192TF
BS 595 595 RR1F192JQ
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BS 711 720 RR1F192TF
BS 721 846 RR1F192JQ

RD RR1F192TF 725 0 0
TTTTTTGGTATAACAGGATTATTATTCACGCGTTGGATTTATTCAGGACATTTTCCATTA
AGCAATTTATATGAATCATTAATTTTTCTTTCATGGGCTTTTGCAATTATTCATATAGTT
TCCTATTTTAATAAAAAAAAAAAA*TCACTTAAACGCAATAACTGCGCCAAGTGCTATTT
TTATTCAGGGTTTTGCTACTTCAGGCCTTTTAAACAACATGCCTCAGTCTGCAATATTAG
TACCAGCTCTCCAGTCCCAGTGGTTAATGATGCACGTAAGTATGATGATCTTAGGCTATG
GCGCTCTGTTATGCGGATCATTATTATCAATAGCTCTTCTAGTCATTACATTTCGCAAGG
TCGGATCTACTTTTTGGAAAAATAATATGAAAATAAAATTTTTATTAAATGAATTTTTTT
CTTTTGATGTACTTTACTACATAAACGAAAGAAATTCTATTTTACTACAACAAAACGTTA
ATTTTAGTTTTTCTAGAAATTATTATAGGTATCAATTGATTGAACAATTAGATTATTGGA
GTTTTCGTATTATTAGTCCCGGATTTATCTTTTTAACCGTCGGCATTCTTTCAG*AGCTG
TATGGGCTAATGAAACGTGGGGTTCATATTGGAATTGGGATCCGAAAGAAACCTGGGCAT
TTATTACTTGGACCATCTTCGCAATTTATTTACATATTAAAACAAATAG*AATGCTCGAG
TATAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1F192JQ 764 0 0
TTTTTCTTTCATGGGCTTTTGCAATTATTCATATAGTTTCCTATTTTAATAAAAAAAAAA
AAATCACTTAAACGCAATAACTGCGCCAAGTGCTATTTTTATTCAGGGTTTTGCTACTTC
AGGCCTTTTAAACAACATGCCTCAGTCTGCAATATTAGTACCAGCTCTCCAGTCCCAGTG
GTTAATGATGCACGTAAGTATGATGATCTTAGGCTATGGCGCTCTGTTATGCGGATCATT
ATTATCAATAGCTCTTCTAGTCATTACATTTCGCAAGGTCGGATCTACTTTTTGGAAAAA
TAATATGAAAATAAAATTTTTATTAAATGAATTTTTTTCTTTTGATGTACTTTACTACAT
AAACGAAAGAAATTCTATTTTACTACAACAAAACGTTAATTTTAGTTTTTCTAGAAATTA
TTATAGGTATCAATTGATTGAACAATTAGATTATTGGAGTTTTCGTATTATTAGTCCCGG
ATTTATCTTTTTAACCGTCGGCATTCTTTCAGGAGCTGTATGGGCTAATGAAACGTGGGG
TTCATATTGGAATTGGGATCCGAAAGAAACCTGGGCATTTATTACTTGGACCATCTTCGC
AATTTATTTACATATTAAAACAAATAGGAATGCTCGAGGTATAAATTCTGCAATTGTGGC
TTCGCTAGGTTTTCTTTTAATTTGGATATGCTATTTTGGCGTCAATCTTTTAGGAATAGG
TTTACATAGTTATGGTTCATTTACATCGAATTAACTAAAACATT

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL8806Contig1 978 2 8 U
TTTTTAGGTCTCTCTCTCTCTCTCGTTCAGACGACGATTACTGATATTCCGTTGATCGCC
AGATTCTCTACGTTGGAAAGATCGATCTAGATACGCCATGAATCCTGAATATGACTATCT
GTTCAAGCTTTTGCTTATCGGTGGTTCTGGTGTTGGAAAATCCTGCTTGCTTCTAAGATT
TGCTGATGATTCTTACCTGGACAGCTACATCAGTACCATTGGTGTTGACTTTAAAATCCG
CACAGTTGAACAGGACGGAAAGACAATCAAACTCCAGATCTGGGACACAGCAGGCCAAGA
GCGTTTCAGGACAATCACAAGCAGCTACTACAGAGGAGCTCATGGCATCATTGTCACCTA
TGATGTCACTGACCAAGAGAGCTTCAACAACGTCAAGCAATGGCTGAACGAAATCGACCG
TTACGCCAGTGAGAATGTGAACAAGCTACTGGTTGGGAACAAAAACGATCTCACTTCACA
GAAAGTTGTCTCCACTGAGACTGCTCAGGCTTTTGCAGATGAACTTGGGATCCCTTTCTT
GGAAACAAGTGCTAAAAATGCAACCAATGTTGAAGAAGCCTTCATGGCCATGACTGCTGC
TATCAAGACCAGAATGGCTAGCCAACCATCTGGAGGTGCCAAGCCACCGACTGTCCAGAT
TCGTGGACAGCCAGTGAACCAGCAATCAGGCTGCTGCTCATCTTGATTCCCATTAGTCGT
CTCAACAAGTCTCTTTGGATCATTACAACAACCATTATAATCATTTGTTTGCATTGCATG
TAAGACTTCTACAATTGACAACTCGTTGAATCCTTTTCTTTTGTTTTTCATAGCTTTGCT
TTGCTATTCTTTTATCTAATGTATTTTCCAAATTTGAAAACCCATAAATTCTTTAGTGAA
AGGCCTTCCATGCAAATAAATCAAATGTCACCTTTTCTATCTACTTTCTCCACTCTTTAG
TAAAATTATTCGACTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DI76TF U 1
AF RR1DI76JQ C 230
BS 1 689 RR1DI76TF
BS 690 690 RR1DI76JQ
BS 691 707 RR1DI76TF
BS 708 708 RR1DI76JQ
BS 709 724 RR1DI76TF
BS 725 725 RR1DI76JQ
BS 726 743 RR1DI76TF
BS 744 978 RR1DI76JQ

RD RR1DI76TF 745 0 0
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AGATTCTCTACGTTGGAAAGATCGATCTAGATACGCCATGAATCCTGAATATGACTATCT
GTTCAAGCTTTTGCTTATCGGTGGTTCTGGTGTTGGAAAATCCTGCTTGCTTCTAAGATT
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TGATGTCACTGACCAAGAGAGCTTCAACAACGTCAAGCAATGGCTGAACGAAATCGACCG
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GGAAACAAGTGCTAAAAATGCAACCAATGTTGAAGAAGCCTTCATGGCCATGACTGCTGC
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CTCA*CAAGTCTCTTTGGATCAT
AC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR1DI76JQ 749 0 0
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GAAATCGACCGTTACGCCAGTGAGAATGTGAACAAGCTACTGGTTGGGAACAAAAACGAT
CTCACTTCACAGAAAGTTGTCTCCACTGAGACTGCTCAGGCTTTTGCAGATGAACTTGGG
ATCCCTTTCTTGGAAACAAGTGCTAAAAATGCAACCAATGTTGAAGAAGCCTTCATGGCC
ATGACTGCTGCTATCAAGACCAGAATGGCTAGCCAACCATCTGGAGGTGCCAAGCCACCG
ACTGTCCAGATTCGTGGACAGCCAGTGAACCAGCAATCAGGCTGCTGCTCATCTTGATTC
CCATTAGTCGTCTCAACAAGTCTCTTTGGATCATTACAACAACCATTATAATCATTTGTT
TGCATTGCATGTAAGACTTCTACAATTGACAACTCGTTGAATCCTTTTCTTTTGTTTTTC
ATAGCTTTGCTTTGCTATTCTTTTATCTAATGTATTTTCCAAATTTGAAAACCCATAAAT
TCTTTAGTGAAAGGCCTTCCATGCAAATAAATCAAATGTCACCTTTTCTATCTACTTTCT
CCACTCTTTAGTAAAATTATTCGACTTAT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8807Contig1 733 2 4 U
GGGGACTTAAATTATTATTGAGCAAAAGATATTTAATTTTTTTTTTCTGTTCGTCTTCTT
CTTTCTTCTCCCCTCTCAGCGCTCGGCGACGATGATGGCGTTCGCTGGAATCACGACTTC
TTCAAATCCAACTTTTCTTCAGCTAAGGATATCTACCACACGGTTAAGTCATGTGGCTCC
ACGTAACTCGATTTCATTTCCTCGTTCTTCATACGTGACTCTCAATCGGAGAAACCGTCT
CTATGTTCGATCCTCCTCTGCTCCAGCGGCATCTGCAGTGGAGGGATTGAAACCGGCGAT
ATCCCTGACGGATAGTGCGCTTAAGCATCTGAATAAGATGAGAAGAGAGCGTGGGGAAGA
TTTGTGCTTGAGGATTGGTGTGAAACAGGGAGGTTGCTCGGGGATGTCTTACACCATGGA
CTTTGAGAACAGAGCCAACGCGAGACCAGACGATTCCACCATTCAGTACCAAGGCTTCGC
TATAGTTTGTGATCCAAAGAGCATGCTCTTCCTTTTCGGGATGCAGCTTGACTACAGCGA
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CGGCAAGTCTTTTGCTACCGAGATGTGAAACAGTTGTATTTGCAGTAAAAACACATGTAG
TTAATAGACTTATAGGTAATAAAACGTTATGTAGTATGGCTTGAGAATTTCTCAACTGAA
TCAGAAACACTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1D822TF U 1
AF RR1D822JQ C 57
BS 1 72 RR1D822TF
BS 73 73 RR1D822JQ
BS 74 651 RR1D822TF
BS 652 733 RR1D822JQ

RD RR1D822TF 651 0 0
GGGGACTTAAATTATTATTGAGCAAAAGATATTTAATTTTTTTTTTCTGTTCGTCTTCTT
CTTTCTTCTCCC*TCTCAGCGCTCGGCGACGATGATGGCGTTCGCTGGAATCACGACTTC
TTCAAATCCAACTTTTCTTCAGCTAAGGATATCTACCACACGGTTAAGTCATGTGGCTCC
ACGTAACTCGATTTCATTTCCTCGTTCTTCATACGTGACTCTCAATCGGAGAAACCGTCT
CTATGTTCGATCCTCCTCTGCTCCAGCGGCATCTGCAGTGGAGGGATTGAAACCGGCGAT
ATCCCTGACGGATAGTGCGCTTAAGCATCTGAATAAGATGAGAAGAGAGCGTGGGGAAGA
TTTGTGCTTGAGGATTGGTGTGAAACAGGGAGGTTGCTCGGGGATGTCTTACACCATGGA
CTTTGAGAACAGAGCCAACGCGAGACCAGACGATTCCACCATTCAGTACCAAGGCTTCGC
TATAGTTTGTGATCCAAAGAGCATGCTCTTCCTTTTCGGGATGCAGCTTGACTACAGCGA
TGCTTTGATCGGTGGAGGCTTCTCTTTCTCCAACCCTAACGCTACCCAAACCTGTGGATG
CGGCAAGTCTTTTGCTACCGAGATGTGAAACAGTTGTATTTGCAGTAAAAA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR1D822JQ 677 0 0
TCTTCTTTCTTCTCCCCTCTCAGCGCTCGGCGACGATGATGGCGTTCGCTGGAATCACGA
CTTCTTCAAATCCAACTTTTCTTCAGCTAAGGATATCTACCACACGGTTAAGTCATGTGG
CTCCACGTAACTCGATTTCATTTCCTCGTTCTTCATACGTGACTCTCAATCGGAGAAACC
GTCTCTATGTTCGATCCTCCTCTGCTCCAGCGGCATCTGCAGTGGAGGGATTGAAACCGG
CGATATCCCTGACGGATAGTGCGCTTAAGCATCTGAATAAGATGAGAAGAGAGCGTGGGG
AAGATTTGTGCTTGAGGATTGGTGTGAAACAGGGAGGTTGCTCGGGGATGTCTTACACCA
TGGACTTTGAGAACAGAGCCAACGCGAGACCAGACGATTCCACCATTCAGTACCAAGGCT
TCGCTATAGTTTGTGATCCAAAGAGCATGCTCTTCCTTTTCGGGATGCAGCTTGACTACA
GCGATGCTTTGATCGGTGGAGGCTTCTCTTTCTCCAACCCTAACGCTACCCAAACCTGTG
GATGCGGCAAGTCTTTTGCTACCGAGATGTGAAACAGTTGTATTTGCAGTAAAAACACAT
GTAGTTAATAGACTTATAGGTAATAAAACGTTATGTAGTATGGCTTGAGAATTTCTCAAC
TGAATCAGAAACACTGC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL8808Contig1 682 2 8 U
GCGATAAAAGCTGATCAATTGATAGATAAAAATTTATTTGGATTCCTTGAAAAAGTTATT
ACCGTTACAAAAAAATTGAAACAAAAGGACTAGAACTTAGTCGGGACTGGTCTTAAGCTG
GGGTAACGTAAGAGACGACGGCGGTGATGTCATCAAGCTTTCCTCCGTAAAACCTGTATC
CAGCCTCCTGAGCCGAGTCTGCGAAAGGACTCTGCCGTTTCTTGTCCAACGCTCTCGCAC
GTGCCAAATCCGCAATCTTCTGAGCCGTGGCTTTCGGGTCAAGTCCAGCTCTGACCGAGC
TAACCACCACTCCTGTGATGTCCTCGTTGTATAGATTGTCATACACACCGTCCGTTCCCG
CCACAATCACATCTCCAGCCTCCACATCTATCATGAAAACCTGACCGGAGCGAGGCATAT
CGCCACCACTGTCTCGAGTCCCTAATTGATAAGTAAAGTTGAACCCGTGCTGCTGAACCG
GTGACTGAAACACCGTGGCCCCGTCTCTAACCACCGTGAATCCACTGTCTCCGAAATTAA
TAGCGTGTAGTCCCTTGTCTGTCAAAGCGATGATACAAGCAGTGGAGGAGCCTTGAGCTT
TGGTTTGAGAACGCGCTTTCTCTAAAACCAACAGCGGGTCAATAAAAGAACCTTTAGCCA
GTTCTCGAATCGCTGATACAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DH36JQ U 1
AF RR1A181JQ U 50
BS 1 121 RR1DH36JQ
BS 122 122 RR1A181JQ
BS 123 534 RR1DH36JQ
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BS 613 655 RR1DH36JQ
BS 656 682 RR1A181JQ

RD RR1DH36JQ 655 0 0
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ACCGTTACAAAAAAATTGAAACAAAAGGACTAGAACTTAGTCGGGACTGGTCTTAAGCTG
GTGTAACGTAAGAGACGACGGCGGTGATGTCATCAAGCTTTCCTCCGTAAAACCTGTATC
CAGCCTCCTGAGCCGAGTCTGCGAAAGGACTCTGCCGTTTCTTGTCCAACGCTCTCGCAC
GTGCCAAATCCGCAATCTTCTGAGCCGTGGCTTTCGGGTCAAGTCCAGCTCTGACCGAGC
TAACCACCACTCCTGTGATGTCCTCGTTGTATAGATTGTCATACACACCGTCCGTTCCCG
CCACAATCACATCTCCAGCCTCCACATCTATCATGAAAACCTGACCGGAGCGAGGCATAT
CGCCACCACTGTCTCGAGTCCCTAATTGATAAGTAAAGTTGAACCCGTGCTGCTGAACCG
GTGACTGAAACACCGTGGCCCCGTCTCTAACCACCGTGAATCCACTGTCTCCGAGATTAA
TAGCGTGTAGTCCCTTGTCTGTCAAAGCGATGATACAAGCAGTGGAGGAGCCTTGAGCTT
TGGTTTGAGAATGCGCTTTCTCTAAAACCAACAGCGGGTCAATAAAAGAACCTTT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1A181JQ 633 0 0
AAAAAGTTATTACCGTTACAAAAAAATTGAAACAAAAGGACTAGAACTTAGTCGGGACTG
GTCTTAAGCTGGGGTAACGTAAGAGACGACGGCGGTGATGTCATCAAGCTTTCCTCCGTA
AAACCTGTATCCAGCCTCCTGAGCCGAGTCTGCGAAAGGACTCTGCCGTTTCTTGTCCAA
CGCTCTCGCACGTGCCAAATCCGCAATCTTCTGAGCCGTGGCTTTCGGGTCAAGTCCAGC
TCTGACCGAGCTAACCACCACTCCTGTGATGTCCTCGTTGTATAGATTGTCATACACACC
GTCCGTTCCCGCCACAATCACATCTCCAGCCTCCACATCTATCATGAAAACCTGACCGGA
GCGAGGCATATCGCCACCACTGTCTCGAGTCCCTAATTGATAAGTAAAGTTGAACCCGTG
CTGCTGAACCGGTGACTGAAACACCGTGGCCCCGTCTCTAACCACCGTGAATCCACTGTC
TCCGAAATTAATAGCGTGTAGTCCCTTGTCTGTCAAAGCGATGATACAAGCAGTGGAGGA
GCCTTGAGCTTTGGTTTGAGAACGCGCTTTTTCTAAAACCAACAGCGGGTCAATAAAAGA
ACCTTTAGCCAGTTCTCGAATCGCTGATACAGA

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL8809Contig1 870 2 6 U
GGAGCTACTGTCTGCTTCTCCCTTCTCCTGGCTCCTCCTCGCACAATTCTCGCTTCCTAA
AATCTCAAATTCTCCGAATAGATTAATTATTGTTTTCATCTCCAAGAAACTAGCCTCGAG
TGTGATTAGAAAAGATGAGTACACGAAGACGCCCTGCTGCGCCGAGATCATCGTCAGGTG
GTATAAACGAAGACGAGAAGAAGATCCTAGGTTTTATCCGTAGCAAGCAAGGCATGGGTG
CAACTATATACGAGATTGCAGTAGCGACAAGCATCCAACAAACCCTCGTAAAAAAAGCCA
CCACTTCTCTCAAGAAGAGCAAGCTCATCAAAGAAAACAAAGGGACCAAACACTTGCTTG
CTGTGGAGTTCGAGCCTTGTAAGGAGCTACAAGGTGGGGACTGGTACGTCGATGGAGCTC
TTGACGTAGCCAAGATCGAAGGTCTCAAGGAGATTTGTGTCGAGATACTTCAGAGGGCTA
AGCAAAAGGTTGTTCCTCTTGATGTTATATGTTTATGTTTGGAAAGGAGTTGAGTAGAGA
GCAGACTAAGGAGATACTCGATAACTTGGTTTTGGATAATGTTATCATGGAGGTGAAGAG
TAATGTGTCGAGTGAGCATTCCGCTATGAGAATCGGTGAAGTTTGCTATAAACTGATCGG
TAAAAAATCTGGTGGAGGTGAAGCTAGAGATGGAGCTTTTGCTTCTATGCCTTGTGGGGG
TTGTCCACATATAGGGCTTTGTACACCTGATGGGGTTATCTCTCCTACAACATGTGTTTA
TTATCAGAAGTGGTTAGACTTTTAGCTTCTTCTTTTTTGTTGGGTTTAAGTCAGACTTAA
GATGTAATAATACTTCAAGGTGTTTTGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ED94TF U 1
AF RR1ED94JQ C 98
BS 1 666 RR1ED94TF
BS 667 667 RR1ED94JQ
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BS 679 699 RR1ED94TF
BS 700 870 RR1ED94JQ

RD RR1ED94TF 712 0 0
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TGTGATTAGAAAAGATGAGTACACGAAGACGCCCTGCTGCGCCGAGATCATCGTCAGGTG
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TTGACGTAGCCAAGATCGAAGGTCTCAAGGAGATTTGTGTCGAGATACTTCAGAGGGCTA
AGCAAAAGGTTGTTCCTCTTGATGTTATATGTTTATGTTTGGAAAGGAGTTGAGTAGAGA
GCAGACTAAGGAGATACTCGATAACTTGGTTTTGGATAATGTTATCATGGAGGTGAAGAG
TAATGTGTCGAGTGAGCATTCCGCTATGAGAATCGGTGAAGTTTGCTATAAACTGATCGG
TAAAAA*TCTGGTGGAG*TGAAGCTAGAGATGGAGCTTT
GCTCTATGCCTTG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1ED94JQ 773 0 0
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TGCGCCGAGATCATCGTCAGGTGGTATAAACGAAGACGAGAAGAAGATCCTAGGTTTTAT
CCGTAGCAAGCAAGGCATGGGTGCAACTATATACGAGATTGCAGTAGCGACAAGCATCCA
ACAAACCCTCGTAAAAAAAGCCACCACTTCTCTCAAGAAGAGCAAGCTCATCAAAGAAAA
CAAAGGGACCAAACACTTGCTTGCTGTGGAGTTCGAGCCTTGTAAGGAGCTACAAGGTGG
GGACTGGTACGTCGATGGAGCTCTTGACGTAGCCAAGATCGAAGGTCTCAAGGAGATTTG
TGTCGAGATACTTCAGAGGGCTAAGCAAAAGGTTGTTCCTCTTGATGTTATATGTTTATG
TTTGGAAAGGAGTTGAGTAGAGAGCAGACTAAGGAGATACTCGATAACTTGGTTTTGGAT
AATGTTATCATGGAGGTGAAGAGTAATGTGTCGAGTGAGCATTCCGCTATGAGAATCGGT
GAAGTTTGCTATAAACTGATCGGTAAAAAATCTGGTGGAGGTGAAGCTAGAGATGGAGCT
TTTGCTTCTATGCCTTGTGGGGGTTGTCCACATATAGGGCTTTGTACACCTGATGGGGTT
ATCTCTCCTACAACATGTGTTTATTATCAGAAGTGGTTAGACTTTTAGCTTCTTCTTTTT
TGTTGGGTTTAAGTCAGACTTAAGATGTAATAATACTTCAAGGTGTTTTGACT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL8810Contig1 598 2 2 U
CGCTATAAAAAGGTCGGGTATCGGATTCAACTTGTTTTCGTAGCACTTTGTGAATTCGTG
CTACCGTCAACTGCTACCAATACCCATATTTCTTGTAGTGGAACCATCCTAGACATAGGT
CGAACCACCGGCCAACAATCAAACAAGAACATGGCCGACGGAGCGACCAACGCCAAGGGT
TGGAGATGAAAGGCCAACCGGCCAGCCAACAATAAAACAAGAACATGACTGACCGTCCAA
CCCAACACCATGGTCCGGAAGCGCTACATGACGGGCTAGGGACGATCCGGTCAGAGTCAC
AAAATTTACTCCACGACTTAAACCAGTTCATCCACTAACTCGTCCCGCTAACTCAAGGCA
TAAGGCTTTGCAACCCGTATCTAGAGTTAACGGTTTCCGTTAGATCGAGGTCTAAGGCTT
TTCAACCCGTACAACGACCTAACGTTGTGTTAGACCGGACTAGTCAAATATCAGAGTACT
CATGAAGCGCATATAAAACAATTACTTTATTGATTCAAAGAAATATTCATACATTGAATA
ATTCGAGACTGGTCCCGGCCTAACGCCAAAATCGAGTCAACTAAACGCAAATCAAAAA


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E250TF C 1
AF RR1E250JQ U 5
BS 1 4 RR1E250TF
BS 5 598 RR1E250JQ

RD RR1E250TF 598 0 0
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CTACCGTCAACTGCTACCAATACCCATATTTCTTGTAGTGGAACCATCCTAGACATAGGT
CGAACCACCGGCCAACAATCAAACAAGAACATGGCCGACGGAGCGACCAACGCCAAGGGT
TGGAGATGAAAGGCCAACCGGCCAGCCAACAATAAAACAAGAACATGACTGACCGTCCAA
CCCAACACCATGGTCCGGAAGCGCTACATGACGGGCTAGGGACGATCCGGTCAGAGTCAC
AAAATTTACTCCACGACTTAGACCAGTTCATCCACTAACTCGTCCCGCTAACTCAAGGCA
TAAGGCTTTGCAACCCGTATCTAGAGTTAACGGTTTCCGTTAGATCGAGGTCTAAGGCTT
TTCAACCCGTACAACGACCTAACGTTGTGTTAGACCGGACTAGTCAAATATCAGAGTACT
CATGAAGCGCATATAAAACAATTACTTTATTGATTCAAAGAAATATTCATACATTGAATA
ATTCGAGACTGGTCCCGGCCTAACGCCAAAATCGAGTCAACTAAACGCAAATCAAAAA

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DS 

RD RR1E250JQ 594 0 0
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CGTCAACTGCTACCAATACCCATATTTCTTGTAGTGGAACCATCCTAGACATAGGTCGAA
CCACCGGCCAACAATCAAACAAGAACATGGCCGACGGAGCGACCAACGCCAAGGGTTGGA
GATGAAAGGCCAACCGGCCAGCCAACAATAAAACAAGAACATGACTGACCGTCCAACCCA
ACACCATGGTCCGGAAGCGCTACATGACGGGCTAGGGACGATCCGGTCAGAGTCACAAAA
TTTACTCCACGACTTAAACCAGTTCATCCACTAACTCGTCCCGCTAACTCAAGGCATAAG
GCTTTGCAACCCGTATCTAGAGTTAACGGTTTCCGTTAGATCGAGGTCTAAGGCTTTTCA
ACCCGTACAACGACCTAACGTTGTGTTAGACCGGACTAGTCAAATATCAGAGTACTCATG
AAGCGCATATAAAACAATTACTTTATTGATTCAAAGAAATATTCATACATTGAATAATTC
GAGACTGGTCCCGGCCTAACGCCAAAATCGAGTCAACTAAACGCAAATCAAAAA

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

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GAAAATGGAACTTGATCCTCCAGGACAACAGTTTCCTCAAGTTTCACTCCAACGTCTCCT
CTCACGGGCCTTGTCTGCTCACGTTCTGGAAGAACTCGCCTCAGCTTCCCCAGTGCTCGG
TGTTCAGCTTGCCGTTGAAGACGTGGTACAAGGTTCCCTTCACGTTTTTGCCCTCGTGGG
CGTTTTGGTTGGTTGGTTCTTCGGGTGGACTCGTTTGCTTTTCGGGGCTCGATGGTTTGA
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TCATATCCACGAGTGATATCTACGGTGATAAGTCGCTTCCTACCGAAGTTTATGATTCCA
AAACTGATAAATGGTCTTTGCATCAGATAATGCCTGCGGTGAACTTATGCTCTTCGAAGA
TGGCTTATTGTGATTCACGTTTATATCTAGAAACTCTTTCCCCTCTTGGTTTGATGATGT
ATAGGCTTGATACAGGGCAATGGGAACACATTCCAGCTAAGTTCCCGAGATCTTTGTTAG
ATGGTTACTTAGTTGCTGGAACTCAGAAGAGACTGTTTCTTGTGGGAAGGATTGGTCTTT
ATAGTACCCTCCAAAGCATGAGGATATGGGAGCTTGATCACACAAAGGTTTCTTGGGTGG
AGATAAGTAGGATGCCGCCAAAGTACTTCCGAGCGCTTCTGAGGCTTTCGGCTGAGAGGT
TTGAGTGTTTTGGGCAAGATAATTTGATCTGCTTTACGTCGTGGAATCAAGGGAAAGGTC
TTCTGTACAATGTGGATAAGAAGATTTGGTCTTGGATCTCCGGGTGTGCGCTACAGTCGT
GTAACAGCCAAGTGTGTTTTTATGAGCCTAGATTTGATGCATCTGTCAATTGAACCATAA
ATAATCTTCTGGTTTCCACAACAACTTGGCTGCTTAGCAAAAGAAGGTCAGAGATTTTAA
GTTGAAGAGCATTTTGTGTACCTACCTACTACCTCCAACAAAGGTGAAGAAGACTTTGTC
AGCGATGATATAATGCTACACGGCTAATGATAAACCATTTCGAGGAGGAGAAACTGTAAG
CTAAAGCTTTTATGTATATTAGCAATTACTGGATAAGAATACTTTCTCTATATCATTGTG
TCATTCCACATGGATTTTCCTTTTCAAATCTTGAATGTAAGCTTCACTTTGC


BQ
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AF RR1D078TF U 1
AF RR1D078JQ C 559
BS 1 678 RR1D078TF
BS 679 1252 RR1D078JQ

RD RR1D078TF 678 0 0
GAAAATGGAACTTGATCCTCCAGGACAACAGTTTCCTCAAGTTTCACTCCAACGTCTCCT
CTCACGGGCCTTGTCTGCTCACGTTCTGGAAGAACTCGCCTCAGCTTCCCCAGTGCTCGG
TGTTCAGCTTGCCGTTGAAGACGTGGTACAAGGTTCCCTTCACGTTTTTGCCCTCGTGGG
CGTTTTGGTTGGTTGGTTCTTCGGGTGGACTCGTTTGCTTTTCGGGGCTCGATGGTTTGA
CTTTCAGGACTTTGGTGTGTAATCCTCTGATGCAGAGCTGGAGGACGCTGCCGAGTATGC
ACTATAACCAGCAGAGGCAGCTGATTATGGTTGTGGACCGTTCTGAAAAATCGTTTAAAG
TCATATCCACGAGTGATATCTACGGTGATAAGTCGCTTCCTACCGAAGTTTATGATTCCA
AAACTGATAAATGGTCTTTGCATCAGATAATGCCTGCGGTGAACTTATGCTCTTCGAAGA
TGGCTTATTGTGATTCACGTTTATATCTAGAAACTCTTTCCCCTCTTGGTTTGATGATGT
ATAGGCTTGATACAGGGCAATGGGAACACATTCCAGCTAAGTTCCCGAGATCTTTGTTAG
ATGGTTACTTAGTTGCTGGAACTCAGAAGAGACTGTTTCTTGTGGGAAGGATTGGTCTTT
ATAGTACCCTCCAAAGCA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR1D078JQ 694 0 0
AATGGGAACACATTCCAGCTAAGTTCCCGAGATCTTTGTTAGATGGTTACTTAGTTGCTG
GAACTCAGAAGAGACTGTTTCTTGTGGGAAGGATTGGTCTTTATAGTACCCTCCAAAGCA
TGAGGATATGGGAGCTTGATCACACAAAGGTTTCTTGGGTGGAGATAAGTAGGATGCCGC
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ATAATTTGATCTGCTTTACGTCGTGGAATCAAGGGAAAGGTCTTCTGTACAATGTGGATA
AGAAGATTTGGTCTTGGATCTCCGGGTGTGCGCTACAGTCGTGTAACAGCCAAGTGTGTT
TTTATGAGCCTAGATTTGATGCATCTGTCAATTGAACCATAAATAATCTTCTGGTTTCCA
CAACAACTTGGCTGCTTAGCAAAAGAAGGTCAGAGATTTTAAGTTGAAGAGCATTTTGTG
TACCTACCTACTACCTCCAACAAAGGTGAAGAAGACTTTGTCAGCGATGATATAATGCTA
CACGGCTAATGATAAACCATTTCGAGGAGGAGAAACTGTAAGCTAAAGCTTTTATGTATA
TTAGCAATTACTGGATAAGAATACTTTCTCTATATCATTGTGTCATTCCACATGGATTTT
CCTTTTCAAATCTTGAATGTAAGCTTCACTTTGC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

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GGCCCTCTTTGTCGCATACATTTAAACTCATGTTATTGTTTGTGTCAGGGCTACCTGGAT
CCTGAGTACTACATGACGAATCAATTGACTGAGAAGAGCGATGTGTATGGGTTTGGCGTG
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GAGGTGAAGGCAAAGATGGATAAATCAAGGAACTTGTATGACCTGCAAGAATTGGTGGAC
ACTACTATCATTGCAAACAGTGGAAATCTAAACGGGTTTGAGAAGTATGTGGATCTTGCT
TTGAGATGTGTGGAGCAGGAAGGAGTGAAGAGACCATCGATGGGTGAGGTTGTCAAAGAG
ATTGAGAACATTATGCAACTTGCGGGTTTAGACCCTACTATTGATTCAGCGGCTAATTCG
AGAACGTACGAGGAAGCAAGCAAAGGATCTGGTGATCCTTATGGCAATGAAATCCAGTGA
TTGAAGCTTTTTTTTTGTGAACTCATAAATGATTTCTTTCTTGATGCTTCGTGATTGTGG
TCTCGTAAGTGACTTTGTTTTGATTAATATTTCTTCTCCTTTATAATTT


BQ
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QA 1 589 1 589
DS 



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BQ
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AF RR1C087JQ C 1
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QA 1 597 1 597
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AS 1 2

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BQ
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AF RR1CT83TF U 1
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QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FP57TF U 1
AF RR1FP57JQ C 160
BS 1 693 RR1FP57TF
BS 694 694 RR1FP57JQ
BS 695 707 RR1FP57TF
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BS 709 757 RR1FP57TF
BS 758 892 RR1FP57JQ

RD RR1FP57TF 757 0 0
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TTTTTTCATAACATCATCAATCTAACGATCTCTGAGAATGGTTAAACTATCAACCCTAGG
AAAGGTCACTACGACCATCATGTTGTTGATGGTGATGGTTGATGTTTTGGTTGGGGCATT
AGACAATAACGTGGTGTACAGTCCATGTTCAGACACTCAAATAAGCAAAGGAGATGGTTT
CACCATCGGTGTTGCAATCTCCAGCAAAGAAGCTTTCTTCCTTGACCAAATCCAGCTTTC
CCCTTGCGATTCTCGTCTTGGTTTAGCTGCGAAAAAGGCGGAGCTGGCGCTTTTTAGACC
TAAGGTGGACGAGATCTCTCTTCTCTCCATCGACACAAGTAAGTTTAACCCGAGTGAAGC
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AGTGTTGCAGAATCTGTTCTGGAACAACTTCGGATGCGACTCGTGCAAAGGAGGATCTTC
TTCCGTGTGTCTGAATGGGACGGATTGTGCGGTCCAACATCAAAATGCAAGGGTAATGGA
GGTGGTGAGGCTAATTGCAACATCGGGATACAG*TTGCGTTTTCGGG*ACAGACATGAAC
CTTGAGTCATTGAACTCATGGTACGAGGTGAAGAATC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR1FP57JQ 733 0 0
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AATAAGCAAAGGAGATGGTTTCACCATCGGTGTTGCAATCTCCAGCAAAGAAGCTTTCTT
CCTTGACCAAATCCAGCTTTCCCCTTGCGATTCTCGTCTTGGTTTAGCTGCGAAAAAGGC
GGAGCTGGCGCTTTTTAGACCTAAGGTGGACGAGATCTCTCTTCTCTCCATCGACACAAG
TAAGTTTAACCCGAGTGAAGCAGGAGGACACATGGTTGGGTTCGCAGGCTCGAAATACGC
AGCAAGGTCTTATCCTGTGAAGGTCGCTGATGGAAGCCACACCATCACATCTTTCACACT
TGTGCTGGAGTTTCAGAAGGGAGTGTTGCAGAATCTGTTCTGGAACAACTTCGGATGCGA
CTCGTGCAAAGGAGGATCTTCTTCCGTGTGTCTGAATGGGACGGATTGTGCGGTCCAACA
TCAAAATGCAAGGGTAATGGAGGTGGTGAGGCTAATTGCAACATCGGGATACAGGTTGCG
TTTTCGGGGACAGACATGAACCTTGAGTCATTGAACTCATGGTACGAGGTGAAGAATCTG
AGGCAGTACTCTCTTACCGACCTCTACGCAAATGCTGTTAATTCTCTAAGTGGAGTGCTT
CTGTAAGAGAGACAAAAGTGTAATGCGGAGAAGCAGGTACTGTGTAATTGAGGTTTCTAA
ATAGGGGTTTTTT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL8816Contig1 611 2 1 U
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AAATTCAAGTAGAAGCAAGAGTCTGCTGCCCATCCCAATCGAGTAGAAATGCCTTTAACA
TATGCCGTCTTCAGATACCCAAGTCAATTTGTCTACCCGTTAGCGGATGCATAGAAGTTT
CCGCAAATGTCTGCCCTTCAGGATATCCCAACGACATCCTCGAGAACTCTGGTAATAATG
TCAACGAATACTGCAAGTTGGGGTGTACATCCTCGGCGTGTGGTGCCATGACCACTGTCC
ATAACTCGGGTGCAAGTGAAGTTGTGAATGAAGCGTTTGAACAGTGTGCCAAAGCATGTG
CTACGTTCTACAACAAGGGCTCTGTTAAGCCTGAAGCTGAAACTGCCTAAAGAAGCATAT
CTACGAAAGTATCACATCTAAGCGTTTGTTGGTATGTATGAAATGTGCTAAAGTGCCTAC
TCTGGACTGCTAGTATTTTAATAAGTTGTTTCTGGTTTGTGTATGCTTTTAGAAGGTTAA
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CCTTTTTTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EZ60TF U 1
AF RR1DT01TF U 1
BS 1 611 RR1DT01TF

RD RR1EZ60TF 589 0 0
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TATGCCGTCTTCAGATACCCAAGTCAATTTGTCTACCCGTTAGCGGATGCATAGAAGTTT
CCGCAAATGTCTGCCCTTCAGGATATCCCAACGACATCCTCGAGAACTCTGGTAATAATG
TCAACGAATACTGCAAGTTGGGGTGTACATCCTCGGCGTGTGGTGCCATGACCACTGTCC
ATAACTCGGGTGCAAGTGAAGTTGTGAATGAAGCGTTTGAACAGTGTGCCAAAGCATGTG
CTACGTTCTACAACAAGGGCTCTGTTAAGCCTGAAGCTGAAACTGCCTAAAGAAGCATAT
CTACGAAAGTATCACATCTAAGCGTTTGTTGGTATGTATGAAATGTGCTAAAGTGCCTAC
TCTGGACTGCTAGTATTTTAATAAGTTGTTTCTGGTTTGTGTATGCTTTTAGAAGGTTAA
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QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1DT01TF 611 0 0
GGATCAAAATACAAGCTCATAGGTGTAAGTGTGTGCTCATAATGAGTCTGGTCATGGTGC
AAATTCAAGTAGAAGCAAGAGTCTGCTGCCCATCCCAATCGAGTAGAAATGCCTTTAACA
TATGCCGTCTTCAGATACCCAAGTCAATTTGTCTACCCGTTAGCGGATGCATAGAAGTTT
CCGCAAATGTCTGCCCTTCAGGATATCCCAACGACATCCTCGAGAACTCTGGTAATAATG
TCAACGAATACTGCAAGTTGGGGTGTACATCCTCGGCGTGTGGTGCCATGACCACTGTCC
ATAACTCGGGTGCAAGTGAAGTTGTGAATGAAGCGTTTGAACAGTGTGCCAAAGCATGTG
CTACGTTCTACAACAAGGGCTCTGTTAAGCCTGAAGCTGAAACTGCCTAAAGAAGCATAT
CTACGAAAGTATCACATCTAAGCGTTTGTTGGTATGTATGAAATGTGCTAAAGTGCCTAC
TCTGGACTGCTAGTATTTTAATAAGTTGTTTCTGGTTTGTGTATGCTTTTAGAAGGTTAA
CGATCCTAGATTGTATACGCCTTCTACTTGCTATCATCTAAATAAATGAATTAAAGGGGG
CCTTTTTTACC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL8817Contig1 652 2 3 U
TTCGGAGCTCCATCTCCACCAAACTGTGGTTGAGGTTGTCCGTTTACAAACGTCACAACT
TGCTTCACCTGATCACCACCGCCTCCGGGAGGTCCGCCAATGCATGTTCCGCCGTCAATC
ATCCCGCCGCCGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTACCGTCGTCTTCGTCGTCTTCGCTGCTA
TCATCATCTTCGTCTTTAGGCTTCTTTGGTTTCTTCTCTCTCTGCTGGTAGTTACTACAC
TCGTTGTTGTTGTTGTCCATCGACTCGGCCATAGTTCGGCGTGTCTACCGGCTTTCATGA
TCTTCTTTATCAAAAGCTCCGGCTCCACGTTTCCAACCACCGTTACCTTTTGTTGCTTCG
TGTCAATATTCGTTGTGTATACACCATCGATCTTGCTCAATAGTTTCTTTATTTTCCTCT
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TTCCGACCTCGTTCCCGATCTGTGTTCCGATCGTTGTTCCAAGGTCCATTGGAAAAGAGA
GAAATTAGAACGAAGCAGAGGGAAAGTGATGTGTATGCAAGTCCATGTGTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CG79TF C 1
AF RR1CG79JQ U 3
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BS 3 606 RR1CG79JQ
BS 607 652 RR1CG79TF

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ATCCCGCCGCCGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTACCGTCGTCTTCGTCGTCTTCGCTGCTA
TCATCATCTTCGTCTTTAGGCTTCTTTGGTTTCTTCTCTCTCTGCTGGTAGTTACTACAC
TCGTTGTTGTTGTTGTCCATCGACTCGGCCATAGTTCGGCGTGTCTACCGGCTTTCATGA
TCTTCTTTATCAGAAGCTCCGGCTCCACGTTTCCAACCACCGTTACCTTTTGTTGCTTCG
TGTCAATATTCGTTGTGTATACACCATCGATCTTGCTCAATAGTTTCTTTATTTTCCTCT
TGCATCCTTCGCAGTGGATAGAAACTCTCAAAACCCATGTGGTGTATCGGAGAGGTTCTT
GGTATTCTTGAAAAACATGTCTCTGCTGATCTTCTTGGCATGTCTCTGGTCTGATCTCTG
TTCCGACCTCGTTCCCGATCTGTGTTCCGATCGTTGTTCCAAGGTCCATTGGAAAAGAGA
GAAATTAGAACGAAGCAGAGGGAAAGTGATGTGTATGCAAGTCCATGTGTCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR1CG79JQ 604 0 0
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CTTCACCTGATCACCACCGCCTCCGGGAGGTCCGCCAATGCATGTTCCGCCGTCAATCAT
CCCGCCGCCGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTACCGTCGTCTTCGTCGTCTTCGCTGCTATC
ATCATCTTCGTCTTTAGGCTTCTTTGGTTTCTTCTCTCTCTGCTGGTAGTTACTACACTC
GTTGTTGTTGTTGTCCATCGACTCGGCCATAGTTCGGCGTGTCTACCGGCTTTCATGATC
TTCTTTATCAAAAGCTCCGGCTCCACGTTTCCAACCACCGTTACCTTTTGTTGCTTCGTG
TCAATATTCGTTGTGTATACACCATCGATCTTGCTCAATAGTTTCTTTATTTTCCTCTTG
CATCCTTCGCAGTGGATAGAAACTCTCAAAACCCATGTGGTGTATCGGAAAGGTTCTTGG
TATTCTTGAAAAACATGTCTCTGCTGATCTTCTTGGCATGTCTCTGGTCTGATCTCTGTT
CCGACCTCGTTCCCGATCTGTGTTCCGATCGTTGTTCCAAGGTCCATTGGAAAAGAGAGA
AATT

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL8818Contig1 689 2 6 U
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TCATGTATAATCGGTTTTAACACAGATAAGTATCAGTTTAATTTCATTGATGGCTTTGAA
GACGTTTCTTTGCAACGGATCGGGTAAAGGTTGGAATCATCGGAGAGAGCTGAGGTAATC
TTTAAGAAGATCAATGATAGGAGTTGCTAAAGAATCTCGGCCAAGTTGCTGAAACATGAT
TCCATCCATTCGAGCTTGTACTCCTTCGCTGATTGTCAGTTCATCGAGGAGTCCTTTCAG
TGTTCTGTCTACTCCAATCACCGAGCTTCCTATACCGCTTAAGATATCTGGTAGCGATGT
AGAAGGTCTTGAAATTTCGATAAGAGTTACCTTCTTGTCAAGAGGAATATTAGCTTTCTG
CTTAGCGATGGCAATAGCTCGGGAGAGTCCGCCTAGAGCATCAACAAGACCACGAGAATG
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CGATCTTGATAACGCTGCTTTGTTCCTGAAAAGCTGATATGCATGCTGTGCCGACTTCCC
AAACAGTTCAGCTTCTTCTGGCTTAAAAGGTCTTTCCTCAGCACCCAGAAGCTCAGCATA
TTTTCCTCTAGATATAGTTTCCTTGTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DS15TF C 1
AF RR1CC28JQ U 7
BS 1 6 RR1DS15TF
BS 7 81 RR1CC28JQ
BS 82 82 RR1DS15TF
BS 83 499 RR1CC28JQ
BS 500 500 RR1DS15TF
BS 501 689 RR1CC28JQ

RD RR1DS15TF 536 0 0
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TCATGTATAATCGGTTTTAACACAGATAAGTATCAGTTTAATTTCATTGATGGCTTTGAA
GACGTTTCTTTGCAACGGATCGGGTAAAGGTTGGAATCATCGGAGAGAGCTGAGGTAATC
TTTAAGAAGATCAATGATAGGAGTTGCTAAAGAATCTCGGCCAAGTTGCTGAAACATGAT
TCCATCCATTCGAGCTTGTACTCCTTCGCTGATTGTCAGTTCATCGAGGAGTCCTTTCAG
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CTTAGCGATGGCAATAGCTCGGGAGAGTCCGCCTAGAGCATCAATAAGACCACGAGAATG
AGCATCCTTACCGGTCCAGACTCTGCCTTGTGCTACTTCTTCCATCTTGTCAACA
C

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR1CC28JQ 683 0 0
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CTTACCGGTCCAGGCTCTGCCTTGTGCTACTTCTTCCATCTTGTCAACAGGCATCGATCT
TGATAACGCTGCTTTGTTCCTGAAAAGCTGATATGCATGCTGTGCCGACTTCCCAAACAG
TTCAGCTTCTTCTGGCTTAAAAGGTCTTTCCTCAGCACCCAGAAGCTCAGCATATTTTCC
TCTAGATATAGTTTCCTTGTTGA

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL8819Contig1 834 2 4 U
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TCTTTTCCCAGATTATTATCATTGTCTTTGTCTCTCTCTAGATTCTGGCTTCTCCTCGTA
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CTCCATGTCTTATAAATTTTACATCTTTATCTCTTACATGGCACTCAGATTCATCTATCT
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ATTTTGTTTGGTGGTATGTAGGGAAACAAAGGAAGACAACTGCCAAAATTTGGGGAATGG
GACGCGGCGACTAATCCAGGCGCCGCCCAAGGATTCACCGTCATCTTCAACAACGCTCGC
GACGACAAGAAGACCAAGAAAACAGCTGTTGCGGGACCTGAGAGTCTTGTTACACCTCCA
ACAAACAACGAGCCTCAACAGAACAACAACCGTCGTCATCATCGTCATCAACAGAACAAC
AACCATCGCAAGAAACGTAATTCGTCGCCACCCCCACGTGAAAAGAAGAAATGGCTTTGC
TTCTATTGAATCTGGTTCGGGTTCTGTTTTCAAAAAACGCAATGGTAAGAAAGGAAGCAG
ATCGGTTGAGCAGAGTAGTTTTCAACAAATGACAACGACAAAAACCTTCTTTTCGTGTTA
GATTGTTGTTAACTTCAATTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCTTCTCGTTGACTTTCTCT
TATCAACTTTGTTTTGGCTACATCAAAATTAAATATACATTATTGTTCTTGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1C550TF U 1
AF RR1C550JQ C 101
BS 1 636 RR1C550TF
BS 637 637 RR1C550JQ
BS 638 697 RR1C550TF
BS 698 834 RR1C550JQ

RD RR1C550TF 697 0 0
GGAACGACGACGTGATCGTCCTCTCTCCTCCTCCTCATCTATTATTACAATTTCATCTCC
TCTTTTCCCAGATTATTATCATTGTCTTTGTCTCTCTCTAGATTCTGGCTTCTCCTCGTA
TCAGAACCAAGATCCTCTGTTCTAATACCGACAATGGCAACGGTAATGAACAATCACAAT
CTCCATGTCTTATAAATTTTACATCTTTATCTCTTACATGGCACTCAGATTCATCTATCT
GACCAACCAAGAGTGGCTATTACCATTACCAAAGATTCAGATATGATGAAGAAACCTGTT
ATTTTGTTTGGTGGTATGTAGGGAAACAAAGGAAGACAACTGCCAAAATTTGGGGAATGG
GACGCGGCGACTAATCCAGGCGCCGCCCAAGGATTCACCGTCATCTTCAACAACGCTCGC
GACGACAAGAAGACCAAGAAAACAGCTGTTGCGGGACCTGAGAGTCTTGTTACACCTCCA
ACAAACAACGAGCCTCAACAGAACAACAACCGTCGTCATCATCGTCATCAACAGAACAAC
AACCATCGCAAGAAACGTAATTCGTCGCCACCCCCACGTGAAAAGAAGAAATGGCTTTGC
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DS 

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TATTGTTCTTGCTG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

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BQ
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DS 

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CCAAACATCTTATGTTTTCATGCACTCTCAAATCCAAATCACAAGAAAGTAG

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL8821Contig1 565 2 1 U
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BQ
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AF RR1BN76JQ C 1
AF RR1BN76TF U 1
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DS 

RD RR1BN76TF 565 0 0
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GCTTTATTAAATCAATTTGTTTCCT

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

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TGTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR1G183TF U 1
AF RR1G183JQ C 93
BS 1 682 RR1G183TF
BS 683 726 RR1G183JQ

RD RR1G183TF 684 0 0
GGTCATTGGATAGAAACAAAGTGCTAATGAATAGACCTGGATCAAAGTTTCCTTCGCACC
ACCAGTCTTCTGAAGGAACCATCAGAGTCGAGTCGCCTAGCTCAATAAAAGGGGAAGAAT
CAGATGACAAGTCAACGGATAATAATGATAGTGTCCCAGGTGTCTTGTACGATTTGCTGC
AGAAAGAGGTGATAACATTAAGAAAAGCTGCTCATGAGAAAGATCAAAGCCTGAGAGACA
AGGATGATGCTATTGAGATGTTGGCGAAGAAGGTTGAAACATTAACAAGGGCGATGGAAG
TTGAGGCAAAGAAGATGCGAAGAGAAGTAGCTGTAATGGGAAAAGAAGTTGCTGCCATGC
GTGTGGATAAAGAACAGCAAGATAGTAAAACCAGACGTATCTCCTCCATCTCTAAAGGAT
CTTCAAACACTGCTCAACTGCTTTCTGGAAGAGTGTCTGGACGAATTGGGATGACAAAGA
GCACATAATAATAACAAGCTCAATCAATTCGATCAATAACCGGTTGATCCCTGTTCTTGT
ACCAAATTGATGAACCATCACTAGGAGGAGGGGTTGGATGTGAAAGCTGTAAGAGAAAAA
ACCGGTTTGGTTCGGTGTAAAAAGAAATTGGCTTTATATATTTGCCTGATAATTTTCTTA
TTTTGTTGTGTTGGTGTAAGAG
TA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR1G183JQ 634 0 0
TCGCCTAGCTCAATAAAAGGGGAAGAATCAGATGACAAGTCAACGGATAATAATGATAGT
GTCCCAGGTGTCTTGTACGATTTGCTGCAGAAAGAGGTGATAACATTAAGAAAAGCTGCT
CATGAGAAAGATCAAAGCCTGAGAGACAAGGATGATGCTATTGAGATGTTGGCGAAGAAG
GTTGAAACATTAACAAGGGCGATGGAAGTTGAGGCAAAGAAGATGCGAAGAGAAGTAGCT
GTAATGGGAAAAGAAGTTGCTGCCATGCGTGTGGATAAAGAACAGCAAGATAGTAAAACC
AGACGTATCTCCTCCATCTCTAAAGGATCTTCAAACACTGCTCAACTGCTTTCTGGAAGA
GTGTCTGGACGAATTGGGATGACAAAGAGCACATAATAATAACAAGCTCAATCAATTCGA
TCAATAACCGGTTGATCCCTGTTCTTGTACCAAATTGATGAACCATCACTAGGAGGAGGG
GTTGGATGTGAAAGCTGTAAGAGAAAAAACCGGTTTGGTTCGGTGTAAAAAGAAATTGGC
TTTATATATTTGCCTGATAATTTTCTTATTTTGTTGTGTTGGTGTAAGAGGTAAGGCTTT
TGTATTATGTAACATTTTAAGCTTTCAGTGTGTG

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL8823Contig1 412 2 1 U
GCTACTGGAGTCCTTTGCCTTTTCCATATTTGAATCTGATCAATGTACAAAACGATTGTC
AGAAGCTGAGAAAGCTTCCTTTGGATTCTCAAAGTTGTATTGCGGGTGAAGAGCTTGTCA
TTGAGTATGGAGATGAAGAATGGAAAGAAAAAGTTGAATGGGGTGACGAAGCCACGAGAC
TCCGTTTCTTACCATCCTGCAAGTTGGTTTTGTATGATGTTTGAGCCAGAGAAAGCTTCC
AAATGTCTTGTATGTCACTCCTCTCATTACGTTGCCTTTTGTTTCACGTTGTTCTTTTCC
ATTCCTCATCATTTGTATTGTTCTGTTCTTCCCTTTCTTCTACCACTTTGTGTCCTTGAG
TGTTCACTGGATTTGTATATGACCATTTTATACTGCCTCCATGTTTTTTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FQ28JQ C 1
AF RR1FQ28TF U 1
BS 1 412 RR1FQ28TF

RD RR1FQ28JQ 412 0 0
GCTACTGGAGTCCTTTGCCTTTTCCATATTTGAATCTGATCAATGTACAAAACGATTGTC
AGAAGCTGAGAAAGCTTCCTTTGGATTCTCAAAGTTGTATTGCGGGTGAAGAGCTTGTCA
TTGAGTATGGAGATGAAGAATGGAAAGAAAAAGTTGAATGGGGTGAGGAAGCCACGAGAC
TCCGTTTCTTACCATCCTGCAAGTTGGTTTTGTATGATGTTTGAGCCAGAGAAAGCTTCC
AAATGTCTTGTATGTCACTCCTCTCATTACGTTGCCTTTTGTTTCACGTTGTTCTTTTCC
ATTCCTCATCATTTGTATTGTTCTGTTCTTCCCTTTCTTCTACCACTTTGTGTCCTTGAG
TGTTCACTGGATTTGTATATGACCATTTTATACTGCCTCCATGTTTTTTCCC

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR1FQ28TF 412 0 0
GCTACTGGAGTCCTTTGCCTTTTCCATATTTGAATCTGATCAATGTACAAAACGATTGTC
AGAAGCTGAGAAAGCTTCCTTTGGATTCTCAAAGTTGTATTGCGGGTGAAGAGCTTGTCA
TTGAGTATGGAGATGAAGAATGGAAAGAAAAAGTTGAATGGGGTGACGAAGCCACGAGAC
TCCGTTTCTTACCATCCTGCAAGTTGGTTTTGTATGATGTTTGAGCCAGAGAAAGCTTCC
AAATGTCTTGTATGTCACTCCTCTCATTACGTTGCCTTTTGTTTCACGTTGTTCTTTTCC
ATTCCTCATCATTTGTATTGTTCTGTTCTTCCCTTTCTTCTACCACTTTGTGTCCTTGAG
TGTTCACTGGATTTGTATATGACCATTTTATACTGCCTCCATGTTTTTTCCC

QA 1 412 1 412
DS 



AS 1 2

CO CL8824Contig1 804 2 4 U
TGGCTGAAATGATAGGATCTGAAATCAACTCTCTCTCTCAAGAAATTGAGGAGCTTGAAA
AACAACTTAAGATGTTACTTCTTCCTACCAACCCTCTTGATGCTAGAAACATATTGCTCG
AAGTCAGAGCAGGAACTGGTGGAGATGAAGCTGCTATTTGGACTGGTGACCTTGTGCGGA
TGTATCAGAGGTACAGCGAGCGCAGCTCTTGGAAGTTTTCTCTGGTTTCATGCTCTGAGG
CTGAACATGGAGGTTACAAGACGTGTGTGATGGAGATAAAAGGAAACCGTGTCTATAGCA
AGCTCAAGTACGAATCTGGTGTTCATAGAGTCCAGCGTGTCCCTCAAACAGAAACGCAGG
GCCGTGTACACACTTCTACAGCAACTGTAGCCATCATGCCAGAGGCTGATGAAGTGGAAG
TTGTGATTGACCCCAAGGACATTGAACTTACAACTGCGAGATCTGGTGGCGCTGGAGGGC
AAAATGTGAACAAAGTGGAGACGGCTATAGACCTAGTCCATAAACCATCAGGGATACGCA
TTTTCTGTACTGAAGAAAGGACTCAGATACGAAACAAGGCCCGTGCTTTCCAGCTTCTGC
GAGCAAAACTGTATGAAATCAAATTAAGGGAACAACAAGAGAAGATAAGGGATCAAAGAA
AATCTCAGGTTGGGACTGGAGCTCGTTCAGAAAAGATAAGAACATATAATTATAAAGATA
GTAGAGTGACTGATCATACGCTAAAGATGAACTTTGCGCTTACATCATTTCTTGAAGTGG
CTTAGAGGATGCAGTGCAGCTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BG60TF U 1
AF RR1BO22TF U 38
BS 1 211 RR1BG60TF
BS 212 212 RR1BO22TF
BS 213 641 RR1BG60TF
BS 642 804 RR1BO22TF

RD RR1BG60TF 641 0 0
TGGCTGAAATGATAGGATCTGAAATCAACTCTCTCTCTCAAGAAATTGAGGAGCTTGAAA
AACAACTTAAGATGTTACTTCTTCCTACCAACCCTCTTGATGCTAGAAACATATTGCTCG
AAGTCAGAGCAGGAACTGGTGGAGATGAAGCTGCTATTTGGACTGGTGACCTTGTGCGGA
TGTATCAGAGGTACAGCGAGCGCAGCTCTTGTAAGTTTTCTCTGGTTTCATGCTCTGAGG
CTGAACATGGAGGTTACAAGACGTGTGTGATGGAGATAAAAGGAAACCGTGTCTATAGCA
AGCTCAAGTACGAATCTGGTGTTCATAGAGTCCAGCGTGTCCCTCAAACAGAAACGCAGG
GCCGTGTACACACTTCTACAGCAACTGTAGCCATCATGCCAGAGGCTGATGAAGTGGAAG
TTGTGATTGACCCCAAGGACATTGAACTTACAACTGCGAGATCTGGTGGCGCTGGAGGGC
AAAATGTGAACAAAGTGGAGACGGCTATAGACCTAGTCCATAAACCATCAGGGATACGCA
TTTTCTGTACTGAAGAAAGGACTCAGATACGAAACAAGGCCCGTGCTTTCCAGCTTCTGC
GAGCAAAACTGTATGAAATCAAATTAAGGGAACAACAAGAG

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1BO22TF 767 0 0
G
CAAGAAATTGAGGAGCTTGAAAAACAACTTAAGATGTTACTTCTTCCTACCAACCCTCTT
GATGCTAGAAACATATTGCTCGAAGTCAGAGCAGGAACTGGTGGAGATGAAGCTGCTATT
TGGACTGGTGACCTTGTGCGGATGTATCAGAGGTACAGCGAGCGCAGCTCTTGGAAGTTT
TCTCTGGTTTCATGCTCTGAGGCTGAACATGGAGGTTACAAGACGTGTGTGATGGAGATA
AAAGGAAACCGTGTCTATAGCAAGCTCAAGTACGAATCTGGTGTTCATAGGGTCCAGCGT
GTCCCTCAAACAGAAACGCAGGGCCGTGTACACACTTCTACAGCAACTGTAGCCATCATG
CTAGAGGCTGATGAAGTGGAAGTTGTGATTGACCCCAAGGACATTGAACTTACAACTGCG
AGATCTGGTGGCGCTGGAGGGCAAAATGTGAACAAAGTGGAGACGGCTATAGACCTAGTC
CATAAACCATCAGGGATACGCATTTTCTGTACTGAAGAAAGGACTCAGATACGAAACAAG
GCCCGTGCTTTCCAGCTTCTGCGAGCAAAACTGTATGAAATCAAATTAAGGGAACAACAA
GAGAAGATAAGGGATCAAAGAAAATCTCAGGTTGGGACTGGAGCTCGTTCAGAAAAGATA
AGAACATATAATTATAAAGATAGTAGAGTGACTGATCATACGCTAAAGATGAACTTTGCG
CTTACATCATTTCTTGAAGTGGCTTAGAGGATGCAGTGCAGCTTGT

QA 2 767 2 767
DS 



AS 1 2

CO CL8825Contig1 614 2 1 U
GTTATGGTCCTGATGAAGAAAAAAAGTTTCTAACACTTGCTGAAGAGCTTGCATGGACTT
GTTATAACTTTTACCAATCAACACCAACAAAACTTGCTGGAGAGAACTATTTCTTCAATG
CAGGACAGGACATGAGTGTTGGAACATCTTGGAACATCCTAAGACCAGAAACTGTTGAAT
CTCTGTTTTACCTCTGGCGGTTAACTGGGAACAAGACATATCAGGAGTGGGGATGGAATA
TATTCCAAGCATTTGAGAAGAATTCACGTATAGAATCTGGATATGTTGGCTTGAAGGATG
TGAATACAGGTGCTAAAGACAACAAGATGCAAAGCTTCTTCTTAGCTGAGACTCTCAAGT
ATCTTTATCTTCTCTTTTCGCCTTCATCGGTTATTTCATTAGACGAGTGGGTTTTCAACA
CAGAAGCTCATCCGCTTAAGATCGTGGCACGGAATGAGCAGCGTAAGCCAACTATAACGT
TACGGCAGAGGCGGTTTGGTGGGATTATTAAGGGTTAATATAACTGGAATTTGATATATC
TTATTATATAATACAGCGACGTTTGAGGCATATTGTTGTATTAGTTTGGATAATAGATAA
AGAACAACATTTGT


BQ
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AF RR1F919TF U 1
AF RR1F919JQ C 24
BS 1 614 RR1F919TF

RD RR1F919TF 614 0 0
GTTATGGTCCTGATGAAGAAAAAAAGTTTCTAACACTTGCTGAAGAGCTTGCATGGACTT
GTTATAACTTTTACCAATCAACACCAACAAAACTTGCTGGAGAGAACTATTTCTTCAATG
CAGGACAGGACATGAGTGTTGGAACATCTTGGAACATCCTAAGACCAGAAACTGTTGAAT
CTCTGTTTTACCTCTGGCGGTTAACTGGGAACAAGACATATCAGGAGTGGGGATGGAATA
TATTCCAAGCATTTGAGAAGAATTCACGTATAGAATCTGGATATGTTGGCTTGAAGGATG
TGAATACAGGTGCTAAAGACAACAAGATGCAAAGCTTCTTCTTAGCTGAGACTCTCAAGT
ATCTTTATCTTCTCTTTTCGCCTTCATCGGTTATTTCATTAGACGAGTGGGTTTTCAACA
CAGAAGCTCATCCGCTTAAGATCGTGGCACGGAATGAGCAGCGTAAGCCAACTATAACGT
TACGGCAGAGGCGGTTTGGTGGGATTATTAAGGGTTAATATAACTGGAATTTGATATATC
TTATTATATAATACAGCGACGTTTGAGGCATATTGTTGTATTAGTTTGGATAATAGATAA
AGAACAACATTTGT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1F919JQ 591 0 0
AAGTTTCTAACACTTGCTGAAGAGCTTGCATGGACTTGTTATAACTTTTACCAATCAACA
CCAACAAAACTTGCTGGAGAGAACTATTTCTTCAATGCAGGACAGGACATGAGTGTTGGA
ACATCTTGGAACATCCTAAGACCAGAAACTGTTGAATCTCTGTTTTACCTCTGGCGGTTA
ACTGGGAACAAGACATATCAGGAGTGGGGATGGAATATATTCCAAGCATTTGAGAAGAAT
TCACGTATAGAATCTGGATATGTTGGCTTGAAGGATGTGAATACAGGTGCTAAAGACAAC
AAGATGCAAAGCTTCTTCTTAGCTGAGACTCTCAAGTATCTTTATCTTCTCTTTTCGCCT
TCATCGGTTATTTCATTAGACGAGTGGGTTTTCAACACAGAAGCTCATCCGCTTAAGATC
GTGGCACGGAATGAGCAGCGTAAGCCAACTATAACGTTACGGCAGAGGCGGTTTGGTGGG
ATTATTAAGGGTTAATATAACTGGAATTTGATATATCTTATTATATAATACAGCGACGTT
TGAGGCATATTGTTGTATTAGTTTGGATAATAGATAAAGAACAACATTTGT

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 2

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GGAAGTTTGTTATTCCTTCCCCCGATTCCCCGCATTTAAACGAGGTGAAAACCATAACCG
ATTCCGATCGAGAAGTTTTTTTTCTCTTGAGATCGAATCGGCATGACGAATCCCGACAAA
CAGAATCCGGTCGAAGCTCCCGACGTCGAGGCAGCGCCGGCGGCGAAGACGGAGACGACG
CAGGGATCCGGAACGTCGTCGTTTTCTGCGATTACTCAGAGATGGAAGAGGGAGGATTTG
GTAAAGAAAGCGTCTCCGATCGCGAGAGGGTTGTGTCTTCTGTTCTCTCTCCTCGCTTTC
ATCATCATGGTCTCTAACAAACATGGATACGGTAGAAACTTCGACGACTACGAAGAGTAC
AAATATGTTTTAGCTATTGCGATCATCTCGACGGTGTACACAGCGTGGCAAACGTTTGTA
CATCTCTCGAAGAGAGAGTTCTTTGATCGCCGGACTTCCATGTTGGTCGATTTTTCCGGT
GATCAGATTGTGGCTTATCTTCTCATATCAGCTGCATCGTCTGCGATACCATTGACCAAC
AGATTCAGAGAAGGTCAAGATAACATATTCACTGATTCTGCTGCTTCAGCAATCAGCATG
ACTGTCTTCGCCTTCGTCTCTCTAGCTCTCTCTGGTCTCTTCTCCGGTTACAAACTCTCC
ACTCATTCTTTTATCTGAATCTGGTTATAAACCTAATCATGTGCTTTTCAATCGTTTATT
TTATACCGTGTTGATGTTTGAGAGATCCGTGTAAAATGTCATTCATTCTTTAACTTCCTG
TTATGTTGGATCTGTGACTGTTTGATGATACATTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GK85TF U 84
AF RR1B483TF U 1
BS 1 146 RR1B483TF
BS 147 147 RR1GK85TF
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BS 390 391 RR1GK85TF
BS 392 401 RR1B483TF
BS 402 402 RR1GK85TF
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BS 698 698 RR1GK85TF
BS 699 817 RR1B483TF

RD RR1GK85TF 629 0 0
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CGTCGAGGCAGCGCCGGCGGCGAAGACGGAGACGACGCAGGGATCCGGAACGTCGTCGTT
TTCTGCGATTACTCAGAGATGGAAGAGGGAGGATTTGGTAAAGAAAGCGTCTCCGATCGC
GAGAGGGTTGTGTCTTCTGTTCTCTCTCCTCGCTTTCATCATCATGGTCTCTAACAAACA
TGGATACGGTAGAAACTTCGACGACTACGAAGAGTACAAATATGTTTTAGCTATTGCGAT
CATCTCGACGGTGTACACAGCGTGGCAAACGTTTGTACATCTCTCGAAGAGAGAGTTCTT
TGATCGCCGGACTTCCATGTTGGTCGATTTTTCCTGTGATCAGATTGTGGCTTATCTTCT
CATATCAGCTGCATCGTCTGCGATACCATTGACCAACAGATTCAGAGAAGGTCAAGATAA
CATATTCACTGATTCTGCTGCTTCAGCAATCAGCATGACTGTCTTCGCCTTCGTCTCTCT
AGCTCTCTCTGGTCTCTTCTCCGGTTACAAACTCTCCACTCATTCTTTTATCTGAATCTG
GTTATAAACCTAATCATGTGCTTTTCAAT

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1B483TF 817 0 0
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ATTCCGATCGAGAAGTTTTTTTTCTCTTGAGATCGAATCGGCATGACGAATCCCGACAAA
CAGAATCCGGTCGAAGCTCCCGACGT*GAGGCAGCGCCGGCGGCGAAGACGGAGACGACG
CAGGGATCCGGAACGTCGTCGTTTTCTGCGATTACTCAGAGATGGAAGAGGGAGGATTTG
GTAAAGAAAGCGTCTCCGATCGCGAGAGGGTTGTGTCTTCTGTTCTCTCTCCTCGCTTTC
ATCATCATGGTCTCTAACAAACATGGATACGGTAGAAACTTCGACGACTACGAAGAGTAC
AAATATGTTTTAGCTATTGCGATCATCTCT*CGGTGTACACTGCGTGGCAAACGTTTGTA
CATCTCTCGAAGAGAGAGTTCTTTGATCGCCGGACTTCCATGTTGGTCGATTTTTCCGGT
GATCAGATTGTGGCTTATCTTCTCATATCAGCTGCATCGTCTGCGA**CCATTGACCAAC
AGATTCAGAGAAGGTCAAGATAACATATTCACTGATTCTGCTGCTTCAGCAATCAGCATG
ACTGTCTTCGCCTTCGTCTCTCTAGCTCTCTCTGGTCTCTTCTCCGGTTACAAACTCTCC
ACTCATTCTTTTATCTGAATCTGGTTATAAACCTAATTATGTGCTTTTCAATCGTTTATT
TTATACCGTGTTGATGTTTGAGAGATCCGTGTAAAATGTCATTCATTCTTTAACTTCCTG
TTATGTTGGATCTGTGACTGTTTGATGATACATTGTA

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

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GGGTCGTTCAATCAAATCGGAAAGTTAAAAGATCTGCGTGAAATCAAATCGGCGAAAGAT
GACGGAGGAGCACAAACACGAAGAAGAACCCTTGACCGCGTCGGAGCCAGCGGTGGAGAT
TTCTGAGAGGGGATCGTTGATGGACAAGATATCGGAGAAGATCCACCACGGCGGCGATTC
GTCGTCGTCTTCTCATCCTCAGACGACGAGGACGATAAGAAGAAGAAGAAACCGTCTTCG
ATGGAATCGAAAGTCTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTTCACAAAGTCCTCGGC
GGTGGAAAACCTGCTGATATATTCATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCTGGTGGTGTTCTC
GGTGGTGCGACAGCTGGGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTATCATCTTCTCACTTTG
ATGTGTCATGTGATGATTGTTGTTCTTGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGCCACCGTG
TTTATTCACAAGTCACCACCGAAGATTCCTGAAGTTCATATCCCTGAGTAGCCTGTTCTC
CAGCTTGCGTCTGGGCTCAGGATAGAGATAAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTGAGATT
GCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCATCTCCGCTGTTGCTGGCTTGTGGGTTCTTTCA
ATCTTGGGAGGATGGTTCAATTTCTTGACACTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGCTCTTC
ACGGTGCCTCTTGTCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTGGATCCATTAGGTGAGAAAGCA
ATGATAGAGATCAAGAAGCAGTACGCGGTGTTGGACGAGAAGGTGTTGAGCAAGATCCCG
TTGGGTCCGTTGAAGAACAAGAAGAGAGATTAGTAGGTTCTCTACGGAATGGTAATACGT
TGTTAGTTAAAAAAGGCTGTTGTTGAAATGGTGTCACAATCTGTGTGTTACTACATCTTT
TTAGTATGTTTATTTGATTCAGGTGAATTGTTGTAAGAAGTTTTAGACTTAAAACAGTAT
CTTACTACCTCCTCTTT


BQ
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AF RR1EJ39TF U 1
AF RR1EJ39JQ C 202
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CAGCTTGCGTCTGGGCTCAGGATAGAGATAAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTGAGATT
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ATCTTGGGAGGATGGTTCAATTTCTTGACACTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGCTCTTC
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TGTGGACGAGAA

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DS 

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GTTCTTGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGCCACCGTGTTTATTCACAAGTCACCACCG
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AAGTTCATCTCCGCTGTTGCTGGCTTGTGGGTTCTTTCAATCTTGGGAGGATGGTTCAAT
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GGTGAATTGTTGTAAGAAGTTTTAGACTTAAAACAGTATCTTACTACCTCCTCTTT

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 2

CO CL8828Contig1 1271 2 2 U
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AGATAATAAGAAGTTAGGAGTCTGTTCAGGCATATAGCTTTGATTTCTTACTTGTTTGAT
CCATCGTTGACGTTAGAGATGCTGAAGGAATCAAGAGACTTATTTGGAAGGTCGAAAAAC
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TTCATTCATCC


BQ
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GGCTAACAAAGACTGTTTCAACCTCATGTCGTCTTCTAACTTCTCGAGCTTCTTTTCGTA
ATGATCAACCACATCAACTCTCTTCCCAAACATCCCTAAGAACCCGTCCCGCTTAGACTT
CTGACGAGATATGTTTCCTGATTTGACTCGAGTGAGTTTCTTGTATAGCTTCTCAGCATC
ATTCTACACGAATTAAGGATTATATGAATCTAGAAATGTCAAAATTCAAGACACTATGGA
AACCCTTGGTTGATAGAAGCTTTACCATGAGAACCTTTAACTTGTCAGTC

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DS 

RD RR1FP36JQ 711 0 0
TATATGAATCTAGAAATGTCAAAATTCAAGACACTATGGAAACCCTTGGTTGATAGAAGC
TTTACCATGAGAACCTTTAACTTGTCAGTCCGATGAACAACAACGTGAGAAAGATAGGTG
GAAGAATGGTACTCCCTGAAAAAGCTTTCCACTGTTTCACTTATACTGTTTCCAGACACA
AGAGGGACGCCACTGACCAGAACCGTAAACTCTTGTGGCTGAGGCTTGGATGAATAAAGA
TGAGCAATCCGCTTTGATGAAATGTACTTGTGTTCCTGTAAAAGTTAGTAGAAACATTTG
TTTTATATGTTCACATGCAGGAGTATACTACGGAATAGAGAAAAGAAGAGACTCCTTACA
CAGTAGAGCAGATAGCAAACAACCGCTGAGAAGATGTAAATTGCGCAAAAGTGAATCCAC
AACCTGAAAAGCAAAAACGCATACAAGCAGCATAAGTCAAAGATAATAAGAAGTTAGGAG
TCTGTTCAGGCATATAGCTTTGATTTCTTACTTGTTTGATCCATCGTTGACGTTAGAGAT
GCTGAAGGAATCAAGAGACTTATTTGGAAGGTCGAAAAACTCTTCAAACTCGGTACCCAT
ATAGTTAACTGGAAGAAGGATGAAGATCCCAACCACAGAAGCAAAGCTAAACACTCGTAT
ACTGCCCATCAAAAAAGCATTGAAAGTCTCACATCATTCATTCATTCATCC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL8829Contig1 901 2 12 U
GATATCATAATCTTCAGGGATGGTGTTAGCGAATCTCAGTTCAACCAGGTTCTGAACATT
GAACTAGATCAGATCATTGAGGCCTGCAAGCTTCTAGATGAGAACTGGAATCCAAAGTTT
CTGTTGTTGGTGGCTCAAAAGAATCACCACACCAAGTTTTTCCAGACAAACTCTCCTGAC
AACGTTCCTCCAGGGACAATCATCGACAGCAAAATCTGTCACCCAAAGAACAACGATTTC
TATCTCTGTGCGCACGCTGGCATGATTGGAACAACACGTCCTACCCATTACCATGTCCTG
TATGATGAGATCCATTTCTCACCTGATGAGCTTCAAGAGCTCGTCCACTCGCTCTCTTAC
GTGTACCAAAGAAGCACGACAGCCATCTCTGTTGTTGCACCGATCTGCTATGCTCACTTG
GCAGCTGCTCAGCTAGGAACGTTCATGAAGTTTGAAGATCAGTCAGAGACGTCCTCAAGC
CATGGTGGCGTGACAGCTCCAGGACCAATCTCTGTTGCGCAGCTCCCTAAACTCAAAGAC
AACGTCGCCAATTCCATGTTCTTCTGTTAGGTGTAGAAGAAGAAGAAGTATCTCTCGCTC
TCTAATGTGCAGAAGTCTGTTTTCCACAACTTGGCTCTTTTAAGTACTCTAGTAATCGGC
TTTTTTATCCTTAGGATCTCTCTCGGCTTTTTATAAGTGGTTTAAGGCAACTAAACGATA
GACTTGGTATGTATTTTGTGACTTTATTCGCCAGTCTTGTTGCCTGTAGGGGGGGCTTGA
AATATACTTTTGCCCATCAACTCTTTAAGTTGCTTTAATTTCTGGGATTACTAGACCCAT
TATTGCAAACTTATGTATGTGCTGACAATCTTCTAGTAAACAAACGCTAAGTGATAACCG
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1BP30TF U 1
AF RR1BP30JQ C 161
BS 1 674 RR1BP30TF
BS 675 675 RR1BP30JQ
BS 676 706 RR1BP30TF
BS 707 707 RR1BP30JQ
BS 708 736 RR1BP30TF
BS 737 737 RR1BP30JQ
BS 738 751 RR1BP30TF
BS 752 752 RR1BP30JQ
BS 753 757 RR1BP30TF
BS 758 758 RR1BP30JQ
BS 759 773 RR1BP30TF
BS 774 901 RR1BP30JQ

RD RR1BP30TF 782 0 0
GATATCATAATCTTCAGGGATGGTGTTAGCGAATCTCAGTTCAACCAGGTTCTGAACATT
GAACTAGATCAGATCATTGAGGCCTGCAAGCTTCTAGATGAGAACTGGAATCCAAAGTTT
CTGTTGTTGGTGGCTCAAAAGAATCACCACACCAAGTTTTTCCAGACAAACTCTCCTGAC
AACGTTCCTCCAGGGACAATCATCGACAGCAAAATCTGTCACCCAAAGAACAACGATTTC
TATCTCTGTGCGCACGCTGGCATGATTGGAACAACACGTCCTACCCATTACCATGTCCTG
TATGATGAGATCCATTTCTCACCTGATGAGCTTCAAGAGCTCGTCCACTCGCTCTCTTAC
GTGTACCAAAGAAGCACGACAGCCATCTCTGTTGTTGCACCGATCTGCTATGCTCACTTG
GCAGCTGCTCAGCTAGGAACGTTCATGAAGTTTGAAGATCAGTCAGAGACGTCCTCAAGC
CATGGTGGCGTGACAGCTCCAGGACCAATCTCTGTTGCGCAGCTCCCTAAACTCAAAGAC
AACGTCGCCAATTCCATGTTCTTCTGTTAGGTGTAGAAGAAGAAGAAGTATCTCTCGCTC
TCTAATGTGCAGAAGTCTGTTTTCCACAACTTGGCTCTTTTAAGTACTCTAGTAATCGGC
TTTTTTATCCTTAG*ATCTCTCTCGGCTTTTTATAAGTGGTTTAAG*CAACTAAACGATA
GACTTGGTATGTATTT*GTGACTTTATTCGC*AGTCT*GTTGCCTGTAGGGGG
CTTGAAATA

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR1BP30JQ 741 0 0
TCCAGACAAACTCTCCTGACAACGTTCCTCCAGGGACAATCATCGACAGCAAAATCTGTC
ACCCAAAGAACAACGATTTCTATCTCTGTGCGCACGCTGGCATGATTGGAACAACACGTC
CTACCCATTACCATGTCCTGTATGATGAGATCCATTTCTCACCTGATGAGCTTCAAGAGC
TCGTCCACTCGCTTTCTTACGTGTACCAAAGAAGCACGACAGCCATCTCTGTTGTTGCAC
CGATCTGCTATGCTCACTTGGCAGCTGCTCAGCTAGGAACGTTCATGAAGTTTGAAGATC
AGTCAGAGACGTCCTCAAGCCATGGTGGCGTGACAGCTCCAGGACCAATCTCTGTTGCGC
AGCTCCCTAAACTCAAAGACAACGTCGCCAATTCCATGTTCTTCTGTTAGGTGTAGAAGA
AGAAGAAGTATCTCTCGCTCTCTAATGTGCAGAAGTCTGTTTTCCACAACTTGGCTCTTT
TAAGTACTCTAGTAATCGGCTTTTTTATCCTTAGGATCTCTCTCGGCTTTTTATAAGTGG
TTTAAGGCAACTAAACGATAGACTTGGTATGTATTTTGTGACTTTATTCGCCAGTCTTGT
TGCCTGTAGGGGGGGCTTGAAATATACTTTTGCCCATCAACTCTTTAAGTTGCTTTAATT
TCTGGGATTACTAGACCCATTATTGCAAACTTATGTATGTGCTGACAATCTTCTAGTAAA
CAAACGCTAAGTGATAACCGT

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL8830Contig1 603 2 18 U
GAAAAGAAAATATTACAAAATAACACTCCATACATAACTTACATAAAATCTTTTAAAGTA
AACACAAATACTATAATAAGATATAATAGAAAAATTCCCGCGCGAAGCGCGGGCTTGCCC
TAGTTTTATCAAAAATAACAAGAGTACATATTTGAAAAACTAGAGGTTTACGCTTTGGTC
AAAGCGTGGTTTTACTAAATACATTTCGGTTCTCTAATCCCAACTTGTGTGTTTACAGTT
TAAGCAAAGACGCAGATAGAGCTTTTCTTAAAACAAAGTAAATAAATTCCCATCCTCGTT
GAGTAGGATGAAGTCCATCCCAAAAAAAAGCAGCCTCAGGATCATCACATAACGCATACT
TAGTCCCACCCTTCTCGTCCACATTCCCGCAACTGCCTTCGCAACATGGTTTCAACGGGG
TTTCAAACCTCTTACTCTCTGGATTCTCTCCTTTGTTCTTGAAAACGGTCAAAAAGGCGT
TATAAAAATCAACGATGGCAAAAGTCGAATGATTGGTCTCGTTGTTGAGCTTGGCTACTA
CTTGCTCCAACAAGCTGTTATGGTAGTTTACCAACGCGTTATAAGTCTCGTTGCAACCCT
GGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 

AF RR1A706JQ U 1
AF RR1E320JQ U 263
BS 1 275 RR1A706JQ
BS 276 276 RR1E320JQ
BS 277 284 RR1A706JQ
BS 285 285 RR1E320JQ
BS 286 322 RR1A706JQ
BS 323 323 RR1E320JQ
BS 324 325 RR1A706JQ
BS 326 326 RR1E320JQ
BS 327 365 RR1A706JQ
BS 366 366 RR1E320JQ
BS 367 463 RR1A706JQ
BS 464 464 RR1E320JQ
BS 465 484 RR1A706JQ
BS 485 485 RR1E320JQ
BS 486 593 RR1A706JQ
BS 594 594 RR1E320JQ
BS 595 601 RR1A706JQ
BS 602 603 RR1E320JQ

RD RR1A706JQ 601 0 0
GAAAAGAAAATATTACAAAATAACACTCCATACATAACTTACATAAAATCTTTTAAAGTA
AACACAAATACTATAATAAGATATAATAGAAAAATTCCCGCGCGAAGCGCGGGCTTGCCC
TAGTTTTATCAAAAATAACAAGAGTACATATTTGAAAAACTAGAGGTTTACGCTTTGGTC
AAAGCGTGGTTTTACTAAATACATTTCGGTTCTCTAATCCCAACTTGTGTGTTTACAGTT
TAAGCAAAGACGCAGATAGAGCTTTTCTTAAAACAGAGTAAATAGATTCCCATCCTCGTT
GAGTAGGATGAAGTCCATCCCAGAAGAAAGCAGCCTCAGGATCATCACATAACGCATACT
TAGTCGCACCCTTCTCGTCCACATTCCCGCAACTGCCTTCGCAACATGGTTTCAACGGGG
TTTCAAACCTCTTACTCTCTGGATTCTCTCCTTTGTTCTTGAAGACGGTCAAAAAGGCGT
TATAGAAATCAACGATGGCAAAAGTCGAATGATTGGTCTCGTTGTTGAGCTTGGCTACTA
CTTGCTCCAACAAGCTGTTATGGTAGTTTACCAACGCGTTATAAGTCTCGTTGTAACCCT
G

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1E320JQ 341 0 0
TTTTCTTAAAACAAAGTAAATAAATTCCCATCCTCGTTGAGTAGGATGAAGTCCATCCCA
AAAAAAAGCAGCCTCAGGATCATCACATAACGCATACTTAGTCCCACCCTTCTCGTCCAC
ATTCCCGCAACTGCCTTCGCAACATGGTTTCAACGGGGTTTCAAACCTCTTACTCTCTGG
ATTCTCTCCTTTGTTCTTGAAAACGGTCAAAAAGGCGTTATAAAAATCAACGATGGCAAA
AGTCGAATGATTGGTCTCGTTGTTGAGCTTGGCTACTACTTGCTCCAACAAGCTGTTATG
GTAGTTTACCAACGCGTTATAAGTCTCGTTGCAACCCTGGG

QA 1 341 1 341
DS 



AS 1 2

CO CL8831Contig1 1054 2 2 U
GGGAATCAACTTTATCCCAAAAAAAAATAAACAAAAAAGTTCGACGTTTATTCTCCGAAG
TTTCTGCTAATTCTAAATCCGCGGATTCTGATTACTCTTTTCTCTCTTGCCTGATAAACC
TTCGGAATTAAGTTTTTTTTTTGGTTGGGTTCTTTTCAGTTATTGTCGGAATCGTGAGAA
GCTGTCTCTCTCTCTTTGTGTCGGAAGCAATGGGGACTCCGGAGTTTCCAGATCTAGGGA
AACACTGCTCCGTCGATATCTGCAAGCAAATCGATTTCTTGCCTTTCACCTGCGACCGCT
GCCTCCAGGTTTTTTGTTTGGATCATCGGAGCTATATGAAACACAGCTGCCCCAAAGGCG
ACAGAGAAGATGTAACGGTCGTCATCTGCCCGCTCTGCGCCAAAGGAGTCAGGTTAAACC
CAAACGAAGACCCGAACATCACATGGGAGAAACATGTCAACACGGACTGCGACCCGTCAA
ACTACGAGAAAGCCACAAAGAAGAAGAAATGCCCTGTTCCTAGATGCAAGGAGCAGCTCA
CGTTCTCCAACACCATCAAGTGCCGCGACTGCAATGTCGATCACTGCTTGAAACACCGTT
TCGGACCTGATCACACTTGTCCTGGACCTAGAAAGCCCGAACCAAGCTTCCTGAGTTTCA
TGAGTGGTGGGAGTAGTAGCAGCAAGAAAGAAGCTAAAACGACGAGACCCAATAACAAAC
CTTCTTCTTCTTCGAGATGGTCTAATCTTTTATCTTCGGCAGAAGCTGGAATCAGCAAGC
TCGGTAACGATATTAGCAATAAGCTTCAGTTTTCGAGCAGCAGCAGCGGTAGCAGCGGCA
ATGGTGGTATGGTGGAGGTGTGTCCGCAGTGTGGTGCTAGATTCTCTTCGGTTGCGGTTC
TTGTGGAGCATGTAGAGAAAACACATGAGAGGAACAAGAAGCAGAGTCATGGCAAAAGTC
ACAAGTACTGAAAACATCTTTTGTATTGTTTTCTTCTCTCTTACTTGGTTTGATTCAACC
AAAGAAAAATCTCACATTCTTTGAACTTAATTTG


BQ
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AF RR1B012TF U 1
AF RR1B012JQ C 170
BS 1 754 RR1B012TF
BS 755 1054 RR1B012JQ

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GCCTCCAGGTTTTTTGTTTGGATCATCGGAGCTATATGAAACACAGCTGCCCCAAAGGCG
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CTTCTTCTTCTTCGAGATGGTCTAATCTTTTATC

QA 1 754 1 754
DS 

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CCTGAGTTTCATGAGTGGTGGGAGTAGTAGCAGCAAGAAAGAAGCTAAAACGACGAGACC
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TGGCAAAAGTCACAAGTACTGAAAACATCTTTTGTATTGTTTTCTTCTCTCTTACTTGGT
TTGATTCAACCAAAGAAAAATCTCACATTCTTTGAACTTAATTTG

QA 1 885 1 885
DS 



AS 1 2

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TACTTGTATTTCTTTTAGCTCTGCATCATTTACATAACTGCTCAAAGATTCATAACTATT
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BQ
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AF RR1E785JQ C 1
AF RR1E785TF U 1
BS 1 588 RR1E785TF

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TACTTGTATTTCTTTTAGCTCTGCATCATTTACATAACTGCTCAAAGATTCATAACTATT
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DS 

RD RR1E785TF 588 0 0
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CCGATCAATTAGACGACAATGTTTCGGTTCCTCTGGCTACTACTTTTGCTGCTTATGTAA
GTTTTGGATATTAGATTACATCAACATCCCTCATAAACCGAACAAAATGCATCTGTATCA
CTTTGTGCATCTGACCTAGGAGTTTAGGCATGTAGCCAACACATATGCTAGTAGTTGTAT
TACTTGTATTTCTTTTAGCTCTGCATCATTTACATAACTGCTCAAAGATTCATAACTATT
CTAGTTTCAGTTAGAGAATTCGATACATAGGAAACAGCAAAATGGACCACAAAAGTACCT
CAGGACACTCCTGTATGATGCTTTACAAGATTGGGCTTGGAAACTATACGGGTGGTATGA
TTTTTATAGAAAATAGTCTTTTAAGAAGTTTTAGAGCTATCGGTGTAATGTATACCGAAT
TAAGGAAAAGTTATCTAACAACCATGACTCTATGAGCGGTTGTCATCG

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 2

CO CL8833Contig1 745 2 12 U
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AF RR1GM14JQ U 1
AF RR1GI39TF C 36
BS 1 242 RR1GM14JQ
BS 243 243 RR1GI39TF
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BS 493 666 RR1GM14JQ
BS 667 745 RR1GI39TF

RD RR1GM14JQ 666 0 0
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CCATAA

QA 1 666 1 666
DS 

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ATATGTAGCCATCAGACCGTATCCTGAAGTTTGCACATCGAAACCTTCATCCTTGAGGTC
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QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

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TCTGATGAAGCATCAACCGATCTGGCGAAAGAATGAGAGGGTTCACCATATAGACTTGCC
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ATGTATTGAACCTGAACAAATCTCTTCTGGAAACTCTGCAGTACTTTGCCATCCATCTGG
TATCTCTCTCCATATCCGGAATACATATCTCCTTCCATTCTTGATTCCATTAAGCTCAAA
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TCTGCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1CH41JQ U 3
AF RR1CH41TF C 1
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BS 3 598 RR1CH41JQ
BS 599 726 RR1CH41TF

RD RR1CH41JQ 596 0 0
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TTGAAGACACTGAAGCAATACACAACTATTAATGTCTTTTTTTTTTGTTGAACAACAACA
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AAACCTCTTTTGGTTGTTGGCCTTCCCGTTAGATTTCAAGGTCCCAGTGGATTCTCCTTC
TGATGAAGCATCAACCGATCTGGCGAAAGAATGAGAGGGTTCACCATATAGACTTGCCAC
AGTTCTGATATTGTTATTGAGCTCTCTTATCAAACCAACATTTCGACCCAAGTGATCTAC
TTGTTTGGACGCATGGTTCTGATTGATCTCGTTGATCAAAAGCCGGTTCTGTTCCAAAAT
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TTGATTGATCTTGTTCCTCTATAAGCAGAAAAGAACAAGCTCTGGAAATTAGCAGA

QA 1 596 1 596
DS 

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CTAAACCTCTTTTGGTTGTTGGCCTTCCCGTTAGATTTCAAGGTCCCAGTGGATTCTCCT
TCTGATGAAGCATCAACCGATCTGGCGAAAGAATGAGAGGGTTCACCATATAGACTTGCC
ACAGTTCTGATATTGTTATTGAGCTCTCTTATCAAACCAACATTTCGACCCAAGTGATCT
ACTTGTTTGGACGCATGGTTCTGATTGATCTCGTTGATCAAAAGCCGGTTCTGTTCCAAA
ATGTATTGAACCTGAACAAATCTCTTCTGGAAACTCTGCAGTACTTTGCCATCCATCTGG
TATCTCTCTCCATATCCGGAATACATATCTCCTTCCATTCTTGATTCCATTAAGCTCAAA
TCTTGATTGATCTTGTTCCTCTATAAGCAGAAAAGAACAAGCTCTGGAAATTAGCAGAGA
TGAAATAAAGATTATATTTTCTTGGGAAACAAAACCAAAGAATCTTATTTCTCGAGAAAA
CTATATGACAATTATTGGATGCTGGAAAAGCGAATCTACTTGGCCTCTCTAGACAAACAG
TCTGCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ACTTCCGTCTTGTCCACTTGGCATCACCCAAACACGTCTTCCGTACCAACAGGGCATTCC
CGTTACCTTCTGATATACAGAAACTATCGACAGAGACTTCATTACCACAAACACCTCTAT
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CTACTAGTCAAGATCAAGATCATGAAAAAAATCTTGAGACTCGTCCATGGCCATGATTAA
ATGGGTTGAGATATAATACCCGCATGTATATATGTGAACTCGTCTTTACTTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1HA66TF U 1
AF RR1HA66JQ C 104
BS 1 664 RR1HA66TF
BS 665 665 RR1HA66JQ
BS 666 696 RR1HA66TF
BS 697 835 RR1HA66JQ

RD RR1HA66TF 696 0 0
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TATGAAGAAGCCTTCGGTGACCTCTTTTCTCATTACTCTCCTCTTGTCTGCAGCTGTCTG
CGCCCACGGCACTACAGAATCCAACGGAAATCCAGTTAAGGTCGGGGAAAAATACTTCAT
GCAGCCGGTTAAGACAGAGCATAACAATGGAGGCGGTCTTGTTCCAGCCGCCACTAACAT
ACTTCCGTCTTGTCCACTTGGCATCACCCAAACACGTCTTCCGTACCAACAGGGCATTCC
CGTTACCTTCTGATATACAGAAACTATCGACAGAGACTTCATTACCACAAACACCTCTAT
AAACATCGAGTTCAGGTCCGACATCTGGCCAGTCTGCAACGAGTTCTCCAAGTTATGGGC
AGTCGATGACTCCTCATCTGCCAAGGAGTCTGCCATTATCATCGGTGGTAAACACAAGAG
CCCAAATAGCGCGTTTAAGATACAGAATGTTACTGTAGAAGAACACACTTATAAGTTGAC
CACCTCGTACGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTAAGTGCACCGCAGCTACT
TGTCACCAATGATGAGTCTAAGACCTTAGTCGTCAAGTTCGTGAAGGCTGATGATGCTAA
TAAG*CTACTACTAGTGCTACTTCTCGTGTTGAAAA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1HA66JQ 732 0 0
C
TGTCTGCAGCTGTCTGCGCCCACGGCACTACAGAATCCAACGGAAATCCAGTTAAGGTCG
GGGAAAAATACTTCATGCAGCCGGTTAAGACAGAGCATAACAATGGAGGCGGTCTTGTTC
CAGCCGCCACTAACATACTTCCGTCTTGTCCACTTGGCATCACCCAAACACGTCTTCCGT
ACCAACAGGGCATTCCCGTTACCTTCTGATATACAGAAACTATCGACAGAGACTTCATTA
CCACAAACACCTCTATAAACATCGAGTTCAGGTCCGACATCTGGCCAGTCTGCAACGAGT
TCTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGACTCCTCATCTGCCAAGGAGTCTGCCATTATCATCG
GTGGTAAACACAAGAGCCCAAATAGCGCGTTTAAGATACAGAATGTTACTGTAGAAGAAC
ACACTTATAAGTTGACCACCTCGTACGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTAA
GTGCACCGCAGCTACTTGTCACCAATGATGAGTCTAAGACCTTAGTCGTCAAGTTCGTGA
AGGCTGATGATGCTAATAAGGCTACTACTAGTGCTACTTCTCGTGTTGAAAAGTTAGGTC
TAAGGATGTTCCCATTCTACTAGTCAAGATCAAGATCATGAAAAAAATCTTGAGACTCGT
CCATGGCCATGATTAAATGGGTTGAGATATAATACCCGCATGTATATATGTGAACTCGTC
TTTACTTTCAT

QA 2 732 2 732
DS 



AS 1 2

CO CL8837Contig1 922 2 6 U
GTAAGCTTAACAGCATGACCTCCAATGTTACTACCTGTTATGTGTTTGTACACTCCAGAT
TTGTAATGTGCAAAGTCCTGTGGTAAACAACACAAGATTCATGAAAAGATGGAGTTCCAT
ATAATAATCTTAAAGCACTGAGTTTACCTCGTAAACGGTAAAGGCAACCTCAACAGGTCC
GTTTTTGTAAACTTCTGCCATAATGTCTTGAGGGTCATGACTGACTCTGTAAGCGCTAAC
TCCATAGTGTTTTGATTCATCCCAAAGCTGGTTTCCACCAACACATTTCTTCACACATTT
TGGTGTAGACCATGCTGGTTCACATCCCGGGTGTAAGCATCCGGTCTTGTCAAAGTATGG
ATCACACTGAAAGAGCCAAGAACATATCAAACGTTAAATAAATTTTTTTAACCACTCTGC
TATAATTACATGTTTCTGTGCATTCAAAATTGGGAATATACCTCTTCAGTGACTACACCG
TGGTGCTTAAAGTACAGCCATGCGGAAATAGGGTGGCCACCGTTACAGCCTTGACCGCAA
AGGAATCCACAACATGCTAATAGATCATTGACTGATAAAGAAATATTCTGCATGTGGAAC
ACAAAGAAACCATATCAATCTTACAAAGACGAGGGAAAAATATGGTAGCAATCATCAATG
TTTGGGTTGTTGAGAATTGGTGTTACCATGTTATATTTGATGCAGAATCTGTCAGACAAT
GATTCCACAGCACCAAATGCCCAGCAAGAACCACAGTGGCCCTAAATAAACAAAGATGTT
TTTAATTGATCTGAGATGACATTGTTCAATGTGAAAACCAAGGAAACGAGGTTTTACCTG
ATCTTTAGTGGTGATAATCCAGGGGATAATTTGATACAAATAGGTAAGGAAGAAGAGTCA
GTATATTATCTTTATTGAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1F814TF U 1
AF RR1F814JQ C 197
BS 1 718 RR1F814TF
BS 719 719 RR1F814JQ
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BS 784 792 RR1F814TF
BS 793 922 RR1F814JQ

RD RR1F814TF 792 0 0
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TTGTAATGTGCAAAGTCCTGTGGTAAACAACACAAGATTCATGAAAAGATGGAGTTCCAT
ATAATAATCTTAAAGCACTGAGTTTACCTCGTAAACGGTAAAGGCAACCTCAACAGGTCC
GTTTTTGTAAACTTCTGCCATAATGTCTTGAGGGTCATGACTGACTCTGTAAGCGCTAAC
TCCATAGTGTTTTGATTCATCCCAAAGCTGGTTTCCACCAACACATTTCTTCACACATTT
TGGTGTAGACCATGCTGGTTCACATCCCGGGTGTAAGCATCCGGTCTTGTCAAAGTATGG
ATCACACTGAAAGAGCCAAGAACATATCAAACGTTAAATAAATTTTTTTAACCACTCTGC
TATAATTACATGTTTCTGTGCATTCAAAATTGGGAATATACCTCTTCAGTGACTACACCG
TGGTGCTTAAAGTACAGCCATGCGGAAATAGGGTGGCCACCGTTACAGCCTTGACCGCAA
AGGAATCCACAACATGCTAATAGATCATTGACTGATAAAGAAATATTCTGCATGTGGAAC
ACAAAGAAACCATATCAATCTTACAAAGACGAGGGAAAAATATGGTAGCAATCATCAATG
TTTGGGTTGTTGAGAATTGGTGTTACCATGTTATATTTGATGCAGAATCTGTCAGACA*T
GATTCCACAGCACCAAATGCCCAGCAAGAACCACAGTGGCCCTAAATAAACAAAGATGTT
TT*AATTGATCT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR1F814JQ 726 0 0
GCCATAATGTCTTGAGGGTCATGACTGACTCTGTAAGCGCTAACTCCATAGTGTTTTGAT
TCATCCCAAAGCTGGTTTCCACCAACACATTTCTTCACACATTTTGGTGTAGACCATGCT
GGTTCACATCCCGGGTGTAAGCATCCGGTCTTGTCAAAGTATGGATCACACTGAAAGAGC
CAAGAACATATCAAACGTTAAATAAATTTTTTTAACCACTCTGCTATAATTACATGTTTC
TGTGCATTCAAAATTGGGAATATACCTCTTCAGTGACTACACCGTGGTGCTTAAAGTACA
GCCATGCGGAAATAGGGTGGCCACCGTTACAGCCTTGACCGCAAAGGAATCCACAACATG
CTAATAGATCATTGACTGATAAAGAAATATTCTGCATGTGGAACACAAAGAAACCATATC
AATCTTACAAAGACGAGGGAAAAATATGGTAGCAATCATCAATGTTTGGGTTGTTGAGAA
TTGGTGTTACCATGTTATATTTGATGCAGAATCTGTCAGACAATGATTCCACAGCACCAA
ATGCCCAGCAAGAACCACAGTGGCCCTAAATAAACAAAGATGTTTTTAATTGATCTGAGA
TGACATTGTTCAATGTGAAAACCAAGGAAACGAGGTTTTACCTGATCTTTAGTGGTGATA
ATCCAGGGGATAATTTGATACAAATAGGTAAGGAAGAAGAGTCAGTATATTATCTTTATT
GAAGAC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL8840Contig1 863 2 2 U
GGCGGGGAAGATCAAGTGTTGTTCATTTCGCTATTCTCAAACACTCCTGGGAACCTGAAG
GTGGAAGCAGAGCAGATCAAGGAAGGGTTCAGGTGTGGGAGAGAGAACAAGGTAGATTTC
GTCAGTTTTGTGACCAAGTACAGCTGTGTGAGCAAGAAGGACGCCGAGGCTGGATGGGAC
AAGAGCGATATTCCAGTTCTGCGTGTGGTAAACGAGGAGGGAAGAATGATAGCGGTTTCG
ATGGAGACAGGAGGGTCATCGCGGTGGATTCTTGGGATTGACATGGAGGTAGTAGAAGAC
TTTACACTGCAAGCAGGCCAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGTTGATGATAGGACGTGGGGAG
AAGAGCAGCGGCGAAGATGGATGGCATCAGATTCAGTTCTCTGGTGGGAAAAAGGCGCCT
ACGAAGTTTGTTCTCAAACTTTACCAGAAGAAGAATGATGAGAAGGAGAGGGTGCAGAGA
CCTGTGTTGAAACTGAGAACTGACTTTGGTCATGTCACTCCGCAAGTGCAAAGGGTTCTG
GAAAGACTACCATCATATTGCTCACAGTTTGGAAAGTCCACGTCTCCTTTTACTCTTGCT
TTTCTTGCTTCTCTCCCTTACACCAAATAACACACTCTTCATCGCTTACCTCTTTCTGCT
TGGTAACATAAGTACGATAAATACATTGGTTTTCTTCTTGTTGGTGACATCAAAAGCATG
AGTTAGGTTCTTGAGAATAATTATAGAAAGGGTAGAAAGAAGAGGAATAGTATGAATGTA
AAAACTAATACGGTAGCATTTATTTAAAAACTAAAATGGTCTGATCCACAAAAAGATAAA
AATAAAATATTTTTGAAAATGTC


BQ
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AF RR1GI93TF U 1
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AG

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DS 

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GAGAACTGACTTTGGTCATGTCACTCCGCAAGTGCAAAGGGTTCTGGAAAGACTACCATC
ATATTGCTCACAGTTTGGAAAGTCCACGTCTCCTTTTACTCTTGCTTTTCTTGCTTCTCT
CCCTTACACCAAATAACACACTCTTCATCGCTTACCTCTTTCTGCTTGGTAACATAAGTA
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AGCATTTATTTAAAAACTAAAATGGTCTGATCCACAAAAAGATAAAAATAAAATATTTTT
GAAAATGTC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

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TTTAGCT


BQ
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AF RR1GH57TF U 1
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QA 1 349 1 349
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1DG19TF U 1
AF RR1DG19JQ C 152
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RD RR1DG19TF 740 0 0
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TTGTTGTAGTTATGTTATTGTTTTGATTTAAAGTTTTAAGCAATGATGTTTAATCATGGT
TGCCATGCGAGCTGTTTATC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR1DG19JQ 623 0 0
AAGTACCCTAATCTTAAAGGCGTCGACTTTGATCTCCCTCATGTCATAGTAGATGCTCCA
TCTCATCCCGGTATTGAGCATGTTGGAGGAGATATGTTTGTAAGTGTCCCCAAGGGTGAT
GCCATTTTCATGAAGTGGATATGCCATGACTGGAGTGACGAACACTGTTTAAAATTATTG
AAGAATTGTTACGAGGCGCTTCCAGAGAATGGAAAAGTGGTCTTGGCAGAGTGTATACTT
CCAGAGACACTAGACTCAAGCCTGTCGACCAGACAAGTAGTCAATGTGGACTGCATTATG
CTGGCTCTCAATCCTGGAGGCAAAGAACGGACCGAGAAAGAGTTTGAGGCATTGGCCAAA
GGATCAGGCTTCAAAGGCATCACAGTTGTTTGCAACGTTTTTGGTGTTTACGTTATTGAG
CTGCTCAAGAAGATCTGAGAACAAATTCCTTAATGGTGCTTTATAAATAAAAATGCATGC
TCTCTTGTACGTCTACTTCACCAACTTAATTGTTGTAGTTATGTTATTGTTTTGATTTAA
AGTTTTAAGCAATGATGTTTAATCATGGTTGCCATGCGAGCTGTTTATCAATAAATTGTA
TTTGTGTTTTTATTTATTTGGAA

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL8843Contig1 1122 2 4 U
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GAACAGTAGCAGGCACTACAGACTCTAACACTTCAATCACTCCGCTTCCTGAACCTCATG
AGGATGAGATTCAGTTTATACTGGATGCAATCAGCGACTATCTTAACATTAAGGTTCGAC
GTACTGATGTTCTTTCGGCTTGGAGTGGTATCCGACCATTGGCCATGGATCCAACAGCAA
AGAGCACAGAGAGTATCTCCAGAGACCACGTTGTCTTCGAGGAGAACCCTGGTCTGGTCA
CAATCACGGGTGGAAAATGGACTACTTATCGAAGCATGGCGGAAGATGCGGTTGATGCAG
CAATCAAATCGGGAAAGCTGAGTCCAACCAATGAATGTGTAACACAGAAGTTACAGATTC
TAGGCTCTTATGGATGGGAACCATCTTCTTTCACAGCTCTTGCGCAGCAGTACGTGCGCA
TGAAGAAAACATATGGTGGTAAAGTGGTTCCTGGAGCAATGGACACAGCTGCTGCTAAGC
ATTTGTCTCATGCCTATGGTTCAATGGCTGACCGAGTCGCCACCATTGCTCAGGAGGAGG
GTTTGGGGAAACGTTTGGCACATGGACATCCGTTTCTGGAAGCAGAGGTTGCTTACTGTG
CAACGCACGAGTACTGCGAATCAGCGGTTGATTTCATAGCAAGGAGATGTAGAATAGCGT
TCTTGGACACAGACGCAGCGGCGAGGGCGTTGCAGCGTGTGGTGGAGATTCTAGCGAGTG
AACACAAGTGGGACAAGTCGAGGGAGAAACAGGAGTTGCAGAAGGCTAAAGAGTTTCTTC
AAACTTTCAAGTCTTCCAAAAACGCACAGTTTAACGACGGCAAACACAACTAAAAAAGCT
CTGCCTCTGAGCAAAATCTTTAAACTACTCTAATTAAATTTATTATTTTCTTCTATTTTT
CAACTGTTGGCTCTCGAGTAGCCACTGGCGACAAGGAATAAAATGCTGCTATACGGATGG
AATAATACTGCGACTACTGAAGTGATTAAACACTTTGTTATGTCTTCAAAATGTGGATTT
ACATTTTTTTTTCTCAAATTCTTATAGAGATTATGTTCCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AK33TF U 1
AF RR1AK33JQ C 282
BS 1 593 RR1AK33TF
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BS 595 759 RR1AK33TF
BS 760 1122 RR1AK33JQ

RD RR1AK33TF 759 0 0
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GTACTGATGTTCTTTCGGCTTGGAGTGGTATCCGACCATTGGCCATGGATCCAACAGCAA
AGAGCACAGAGAGTATCTCCAGAGACCACGTTGTCTTCGAGGAGAACCCTGGTCTGGTCA
CAATCACGGGTGGAAAATGGACTACTTATCGAAGCATGGCGGAAGATGCGGTTGATGCAG
CAATCAAATCGGGAAAGCTGAGTCCAACCAATGAATGTGTAACACAGAAGTTACAGATTC
TAGGCTCTTATGGATGGGAACCATCTTCTTTCACAGCTCTTGCGCAGCAGTACGTGCGCA
TGAAGAAAACATATGGTGGTAAAGTGGTTCCTGGAGCAATGGACACAGCTGCTGCTAAGC
ATTTGTCTCATGCCTATGGTTCAATGGCTGACCGAGTCGCCACCATTGCTCAG*AGGAGG
GTTTGGGGAAACGTTTGGCACATGGACATCCGTTTCTGGAAGCAGAGGTTGCTTACTGTG
CAACGCACGAGTACTGCGAATCAGCGGTTGATTTCATAGCAAGGAGATGTAGAATAGCGT
TCTTGGACACAGACGCAGCGGCGAGGGCGTTGCAGCGTG

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR1AK33JQ 841 0 0
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GAAGATGCGGTTGATGCAGCAATCAAATCGGGAAAGCTGAGTCCAACCAATGAATGTGTA
ACACAGAAGTTACAGATTCTAGGCTCTTATGGATGGGAACCATCTTCTTTCACAGCTCTT
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GACACAGCTGCTGCTAAGCATTTGTCTCATGCCTATGGTTCAATGGCTGACCGAGTCGCC
ACCATTGCTCAGGAGGAGGGTTTGGGGAAACGTTTGGCACATGGACATCCGTTTCTGGAA
GCAGAGGTTGCTTACTGTGCAAGGCACGAGTACTGCGAATCAGCGGTTGATTTCATAGCA
AGGAGATGTAGAATAGCGTTCTTGGACACAGACGCAGCGGCGAGGGCGTTGCAGCGTGTG
GTGGAGATTCTAGCGAGTGAACACAAGTGGGACAAGTCGAGGGAGAAACAGGAGTTGCAG
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AAACACAACTAAAAAAGCTCTGCCTCTGAGCAAAATCTTTAAACTACTCTAATTAAATTT
ATTATTTTCTTCTATTTTTCAACTGTTGGCTCTCGAGTAGCCACTGGCGACAAGGAATAA
AATGCTGCTATACGGATGGAATAATACTGCGACTACTGAAGTGATTAAACACTTTGTTAT
GTCTTCAAAATGTGGATTTACATTTTTTTTTCTCAAATTCTTATAGAGATTATGTTCCTG
C

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

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ACAAAAATAGAATGAAAAATTAACAATGTTTTTATGTTTCAAATTCAAACCAAGTAACTG
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GGGATAGAACACAGTAACGATCCGAAGATTCCAGTGAGAGCATAAGCAATTGCACAGAAG
GGAAGGGCCTCTGGCTCCTTTGCCGACAAAGCTGCTGTTCCAAGTCCATGAGCACTTGAA
GCAGTGGCGATTCCTCGAGCAATAGGATCATTTAAACGCAGTTTATCAAGAACGACTTGC
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ATT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1FE16TF C 1
AF RR1DX65JQ U 3
BS 1 2 RR1FE16TF
BS 3 663 RR1DX65JQ

RD RR1FE16TF 594 0 0
TTGTCTCAATGAAAATATTAAATTTATATATTTTGTTTCCATTACAAATTCACAACATAT
ACAAAAATAGAATGAAAAATTAACAATGTTTTTATGTTTCAAATTCAAACCAAGTAACTG
CCGGCTTCTTACGGCATCACTTGTCAGCCAACGACCGCCAGCAAACTCTGTCGGACGGCA
GGGATAGAACACAGTAACGATCCGAAGATTCCAGTGAGAGCATAAGCAATTGCACAGAAG
GGAAGGGCCTCTGGCTCCTTTGCCGACAAAGCTGCTGTTCCAAGTCCATGAGCACTTGAA
GCAGTGGCGATTCCTCGAGCAATAGGATCATTTAAACGCAGTTTATCAAGAACGACTTGC
ACAAAGTTAGCTCCAATAAGACCAGTCACAACCACTACAGCTGCTGTAAGCGACGAATTG
GTCCCTTCAAAGAGTGATACAATGCTAAGGGCTAACGCGACCGTGATGCAGCGAGGTAGG
ATTGAAACAGTTAAAGATGGTTCCAGACCAACTAAACGTCCAACCAGAGCAGTGGAGTAG
AGCGAGAATACCGTTGAAACAATCACAGACGTAAAGATCTCAGTTGCATGCCGC

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1DX65JQ 661 0 0
GTCTCAATGAAAATATTAAATTTATATATTTTGTTTCCATTACAAATTCACAACATATAC
AAAAATAGAATGAAAAATTAACAATGTTTTTATGTTTCAAATTCAAACCAAGTAACTGCC
GGCTTCTTACGGCATCACTTGTCAGCCAACGACCGCCAGCAAACTCTGTCGGACGGCAGG
GATAGAACACAGTAACGATCCGAAGATTCCAGTGAGAGCATAAGCAATTGCACAGAAGGG
AAGGGCCTCTGGCTCCTTTGCCGACAAAGCTGCTGTTCCAAGTCCATGAGCACTTGAAGC
AGTGGCGATTCCTCGAGCAATAGGATCATTTAAACGCAGTTTATCAAGAACGACTTGCAC
AAAGTTAGCTCCAATAAGACCAGTCACAACCACTACAGCTGCTGTAAGCGACGAATTGGT
CCCTTCAAAGAGTGATACAATGCTAAGGGCTAACGCGACCGCGATGCAGCGAGGTAGGAT
TGAAACAGTTAAAGATGGTTCCAGACCAACTAAACGTCCAACCAGAGCAGTGGAGTAGAG
CGAGAATACCGTTGAAACAATCACAGACGTAAAGATCTCAGTTGCATGCCGCTTCACAAG
CCTTCTCTGTTTGAACATGGAGAAAGCGAAAGAGAGAATGACAGAGCCAAGAAAACCCAT
T

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL8845Contig1 873 2 8 U
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CGACATGCCAAACCGAAGTCTCCAGCTTGTCTGTTCCGCAGACCCTTTTCACTATTAATC
AGTAAACCCAATCAGCAGCGTCGCTTCCCTTGCTTCTTCTTATCCTCGTCGATCTCCTCT
TCTTTACGTCTCCAATGTTGTCCTCATATCTCACTCTCTTCTCTCCTCCTACCTAAATAT
TTATCTTCCGCTTGCGAACCAAAACAAGATGGAGATGAGGTGTCCTTACCCTCTTATACC
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ACTGAGAGCTCGCGAATTAAGTTGTCGGCGAAGGAGAAGAAAAAGATTGCTTCTTACGCG
CACAGCCTTGGAGACAAGCTGAAATGTCAACTCGTAGGCAAGTCAGGCGTCACGGATTCG
GTCGTCTTCTCCGTCCTAGAGATGCTAGAGAAGAACGAGCTATTAAAGGTGAAAATACAC
AGGACATGCCCTGGAACGTTAGAGGACATGATTCTGCATTTGGAGGAAGCTACTGGTTCT
GTAGCAGTCGGGAAAATTGGACGGACTGTAATAATTTATCGTCCTAGTCCCACCAATTTT
GACATCAAAGAGGGGAGCTAGTTGAGTAGTTAGAGATTAGTTGTATTTTTATCATCATTT
TACTATATACAGTGGGAATCTCAGGACTGAATGGTCTCGAAACTGGGCCATCTATGGCAA
GACTTTTCCATTTTTTTTTCTTTCTGTTCTTCAAGAATTACAATCTCAAACTTCGTATCA
TTGATATCAACTTAATGAATAATGCTGCTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C658TF U 1
AF RR1C658JQ C 183
BS 1 709 RR1C658TF
BS 710 710 RR1C658JQ
BS 711 744 RR1C658TF
BS 745 745 RR1C658JQ
BS 746 761 RR1C658TF
BS 762 762 RR1C658JQ
BS 763 779 RR1C658TF
BS 780 873 RR1C658JQ

RD RR1C658TF 783 0 0
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CGACATGCCAAACCGAAGTCTCCAGCTTGTCTGTTCCGCAGACCCTTTTCACTATTAATC
AGTAAACCCAATCAGCAGCGTCGCTTCCCTTGCTTCTTCTTATCCTCGTCGATCTCCTCT
TCTTTACGTCTCCAATGTTGTCCTCATATCTCACTCTCTTCTCTCCTCCTACCTAAATAT
TTATCTTCCGCTTGCGAACCAAAACAAGATGGAGATGAGGTGTCCTTACCCTCTTATACC
GTGAAAATGGATGAAAACGAAGAAGATAGAGAAAGTGGAACAAGTGCTCAAGAGGTGACG
ACTGAGAGCTCGCGAATTAAGTTGTCGGCGAAGGAGAAGAAAAAGATTGCTTCTTACGCG
CACAGCCTTGGAGACAAGCTGAAATGTCAACTCGTAGGCAAGTCAGGCGTCACGGATTCG
GTCGTCTTCTCCGTCCTAGAGATGCTAGAGAAGAACGAGCTATTAAAGGTGAAAATACAC
AGGACATGCCCTGGAACGTTAGAGGACATGATTCTGCATTTGGAGGAAGCTACTGGTTCT
GTAGCAGTCGGGAAAATTGGACGGACTGTAATAATTTATCGTCCTAGTCCCACCAATTTT
GACATCAAAGAGGGGAGCTAGTTGAGTAGTTAGAGATTAGTTGTATTTT*ATCATCATTT
TACTATATACAGTGGGAATCTCAG*ACTGAATGGTCTCGAA*CTGGGCCATCTATGGCA
GACT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1C658JQ 691 0 0
TTTACGTCTCCAATGTTGTCCTCATATCTCACTCTCTTCTCTCCTCCTACCTAAATATTT
ATCTTCCGCTTGCGAACCAAAACAAGATGGAGATGAGGTGTCCTTACCCTCTTATACCGT
GAAAATGGATGAAAACGAAGAAGATAGAGAAAGTGGAACAAGTGCTCAAGAGGTGACGAC
TGAGAGCTCGCGAATTAAGTTGTCGGCGAAGGAGAAGAAAAAGATTGCTTCTTACGCGCA
CAGCCTTGGAGACAAGCTGAAATGTCAACTCGTAGGCAAGTCAGGCGTCACGGATTCGGT
CGTCTTCTCCGTCCTAGAGATGCTAGAGAAGAACGAGCTATTAAAGGTGAAAATACACAG
GACATGCCCTGGAACGTTAGAGGACATGATTCTGCATTTGGAGGAAGCTACTGGTTCTGT
AGCAGTCGGGAAAATTGGACGGACTGTAATAATTTATCGTCCTAGTCCCACCAATTTTGA
CATCAAAGAGGGGAGCTAGTTGAGTAGTTAGAGATTAGTTGTATTTTTATCATCATTTTA
CTATATACAGTGGGAATCTCAGGACTGAATGGTCTCGAAACTGGGCCATCTATGGCAAGA
CTTTTCCATTTTTTTTTCTTTCTGTTCTTCAAGAATTACAATCTCAAACTTCGTATCATT
GATATCAACTTAATGAATAATGCTGCTTTAC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL8846Contig1 411 2 2 U
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AATCAAGCACGCCGTGGTCGTTAAGGTCATGGGGAGAACTGGTTCTCGTGGTCAGGTGAC
TCAGGTTAGAGTCAAGTTCACTGATTCGGACCGTTTTATCATGAGGAATGTGAAAGGACC
GGTGAGAGAAGGAGACATCCTAACTCTTCTCGAGTCCGAGAGAGAAGCCAGAAGACTCCG
TTGATTCCATATGCCCATTTCTCTATGAAAGTGTTACCAATATTTACATTTTGATGATGC
CCTCTTATGTTTATTGACCTTATGGTTGTTTTTTTTTGTCTAAGAAATACTCTGTTTTAA
TTACTCGAGTTTGCTAAGACAATGTTTGGATCTAGAAATGAATCTTTTTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D224TF U 1
AF RR1BA11TF U 7
BS 1 337 RR1D224TF
BS 338 411 RR1BA11TF

RD RR1D224TF 342 0 0
GGCTAGCAGAATCGATTTCGCCTAAGCTCCCGCCGCCTCCTTCTTCAGAATGGATTCTCA
AATCAAGCACGCCGTGGTCGTTAAGGTCATGGGGAGAACTGGTTCTCGTGGTCAGGTGAC
TCAGGTTAGAGTCAAGTTCACTGATTCGGACCGTTTTATCATGAGGAATGTGAAAGGACC
GGTGAGAGAAGGAGACATCCTAACTCTTCTCGAGTCCGAGAGAGAAGCCAGAAGACTCCG
TTGATTCCATATGCCCATTTCTCTATGAAAGTGTTACCAATATTTACATTTTGATGATGC
CCTCTTATGTTTATTGACCTTATGGTTGTTTTTTTTT
TTTTG

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR1BA11TF 405 0 0
GGAGAATCAA
TTCGCCTAAGCTCCCGCCGCCTCCTTCTTCAGAATGGATTCTCAAATCAAGCACGCCGTG
GTCGTTAAGGTCATGGGGAGAACTGGTTCTCGTGGTCAGGTGACTCAGGTTAGAGTCAAG
TTCACTGATTCGGACCGTTTTATCATGAGGAATGTGAAAGGACCGGTGAGAGAAGGAGAC
ATCCTAACTCTTCTCGAGTCCGAGAGAGAAGCCAGAAGACTCCGTTGATTCCATATGCCC
ATTTCTCTATGAAAGTGTTACCAATATTTACATTTTGATGATGCCCTCTTATGTTTATTG
ACCTTATGGTTGTTTTTTTTTGTCTAAGAAATACTCTGTTTTAATTACTCGAGTTTGCTA
AGACAATGTTTGGATCTAGAAATGAATCTTTTTCA

QA 11 405 11 405
DS 



AS 1 2

CO CL8847Contig1 587 2 1 U
TTTTTGCCGCCGCCTTCAGGTAAAGTCAAACAGGTAAACTAAACTTAAAAGATGGGGCGT
GTCCGAACCAAGACCGTGAAGAAATCATCACGTCAAGTGATCGAGAAGTACTACTCTCGC
ATGACGCTCGACTTCCACACCAACAAGAAGATCCTCGAAGAAGTCGCCATCATCCCTTCC
AAGCGTCTCCGCAACAAGATTGCTGGATTCTCCACTCATCTCATGAAACGTATCCAGAAG
GGACCGGTACGTGGCATCTCGCTCAAGCTTCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGAC
TTTGTGCCCGATGAGTCTGCTATCAAGACCGATGAGATCAAGGTCGACAAGGAGACTCTT
GAGATGCTTGCTTCCCTTGGCATGTCTGACGTTGCTGGCGTCTCTGTGGTTGAGCCTCTG
ACTGTGGCTCCTGCTTTTGGTGGCAGGCCACAAAGAAGGTTCTAAAGGAGTTTATTATCA
TTATTATGAGTCAATCAAAGAGAAACCTGCTGTTCTTATAGTGTTTATTGTTTCTTTTGA
TTCGAGATTTTTATGTCCCAAGCTGAAAGTGAGACTACTTTTCTACC


BQ
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AF RR1ES81JQ C 1
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BS 1 587 RR1ES81TF

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QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1ES81TF 587 0 0
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ATGACGCTCGACTTCCACACCAACAAGAAGATCCTCGAAGAAGTCGCCATCATCCCTTCC
AAGCGTCTCCGCAACAAGATTGCTGGATTCTCCACTCATCTCATGAAACGTATCCAGAAG
GGACCGGTACGTGGCATCTCGCTCAAGCTTCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGAC
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GAGATGCTTGCTTCCCTTGGCATGTCTGACGTTGCTGGCGTCTCTGTGGTTGAGCCTCTG
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TTATTATGAGTCAATCAAAGAGAAACCTGCTGTTCTTATAGTGTTTATTGTTTCTTTTGA
TTCGAGATTTTTATGTCCCAAGCTGAAAGTGAGACTACTTTTCTACC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

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TTTTTTTTTTGCTTGCTGGTCTAGTTGAGTCAGTCTGATCAGTTTCTATATGTTTGGGTG
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TATTCTTCAAGACATCAAAGATAAAACAATCATAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1F479JQ C 1
AF RR1F479TF U 1
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BS 605 635 RR1F479JQ

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QA 1 635 1 635
DS 

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GGTCGCTTCAATCGCTGCTTCCATTGTACAGCGCGGTGGCATCAGCTAGGCTGACATCGT
GCCTGGGGATCGATTCGATGAACTCAAGGTCTTTGTCTCAGGGTATGATCTGCAGTGCGA
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TATT

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

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CAAAAAGAAATTTCTAAAATATAGATGAATTTCTCTTCAATGTATTTCTCTATTTTTGCT
TCTATACAAGAATATTTAC


BQ
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AF RR1C248TF U 1
AF RR1C248JQ C 1
BS 1 595 RR1C248TF
BS 596 619 RR1C248JQ

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CACCTTCGCTTGTTCCCAATCTAACTACTTGATCACTTTCTGTCCCAGCAGCTCTTAAAA
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CAAAAAGAAATTTCTAAAATATAGATGAATTTCTCTTCAATGTATTTCTCTATTT

QA 1 595 1 595
DS 

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GGAATATTGCTGCGCGGGAGCTTTCGATAAGCCGGAAACTTGTCCTCCCACGAATTACTC
GAAGACGTTCAAGAAAGCTTGTCCTAGCGCTTACAGCTACGCCTATGACGACGCAACAAG
CACCTTCGCTTGTTCCCAATCTAACTACTTGATCACTTTCTGTCCCAGCAGCTCTTAAAA
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CAAAAAGAAATTTCTAAAATATAGATGAATTTCTCTTCAATGTATTTCTCTATTTTTGCT
TCTATACAAGAATATTTAC

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

CO CL8850Contig1 744 2 11 U
GGAAGAAAAAAAATCTGGAAAAAACAAAAACTCTGCGTCTCGAACAGGAGAGATGAAGAA
GCACGCCGGAGCCGAGAAGAAGAGGGTTAAACGATCACCAGGATCTTCATCCGCCGCCGC
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GGAGGAAGCGAGAGTCGAATACTTCAGAGGGAAAGACTTCGTGAGCTTCTTGAAGAATCA
CCCCGAGTGTAAAGAGATTCTTGAAGAAGATAAAGACCTTGACGCTGAAGATATCGCCAA
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CATGCTGCTCAGGCGCCATGCCCCTGATGAAGCTGCTCGGGCCAGGTACCAAAGGAGGAT
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AGACTTGGCCAGCTCAGATATAAA


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BW26TF U 1
AF RR1BW26JQ C 119
BS 1 662 RR1BW26TF
BS 663 663 RR1BW26JQ
BS 664 682 RR1BW26TF
BS 683 683 RR1BW26JQ
BS 684 702 RR1BW26TF
BS 703 703 RR1BW26JQ
BS 704 714 RR1BW26TF
BS 715 715 RR1BW26JQ
BS 716 720 RR1BW26TF
BS 721 721 RR1BW26JQ
BS 722 744 RR1BW26TF

RD RR1BW26TF 744 0 0
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GCACGCCGGAGCCGAGAAGAAGAGGGTTAAACGATCACCAGGATCTTCATCCGCCGCCGC
TAGAGACTCCGGTTCCGATCCTCCACCTAGGAAGCAACAAGGTGTGAAGAAGGATGTGTT
TCAGTTGTTTGCTGAGAAAGTTAGAGACAACAAGGGGTTGGAATCGAGATGGGCTGTTAT
GGAGGAAGCGAGAGTCGAATACTTCAGAGGGAAAGACTTCGTGAGCTTCTTGAAGAATCA
CCCCGAGTGTAAAGAGATTCTTGAAGAAGATAAAGACCTTGACGCTGAAGATATCGCCAA
CATTCTTGCAGAGGAAGCCACATTGAAGGAACTGTTCCGTTTCTGGCCAAAGAAAGATGA
CGAAGAACCTCCTAAGTGGACGTCTCGACTTTTCTACACGGTTGTGGCTGTTGTTGTTGT
CATGCTGCTCAGGCGCCATGCCCCTGATGAAGCTGCTCGGGCCAGGTACCAAAGGAGGAT
GTCAAACATCATTGATGATGTCCTTGAGTGGTCACCAAGGCTAGCACTCTCTGTTTTGAT
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AG*TCCCGACCACACTGAAGAG*CTGAACTAGACGAAACTCA*GCCGAGGAGGA*GCTGA
*GACTTGGCCAGCTCAGATATAAA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR1BW26JQ 626 0 0
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TTTCAGTTGTTTGCTGAGAAAGTTAGAGACAACAAGGGGTTGGAATCGAGATGGGCTGTT
ATGGAGGAAGCGAGAGTCGAATACTTCAGAGGGAAAGACTTCGTGAGCTTCTTGAAGAAT
CACCCCGAGTGTAAAGAGATTCTTGAAGAAGATAAAGACCTTGACGCTGAAGATATCGCC
AACATTCTTGCAGAGGAAGCCACATTGAAGGAACTGTTCCGTTTCTGGCCAAAGAAAGAT
GACGAAGAACCTCCTAAGTGGACGTCTCGACTTTTCTACACGGTTGTGGCTGTTGTTGTT
GTCATGCTGCTCAGGCGCCATGCCCCTGATGAAGCTGCTCGGGCCAGGTACCAAAGGAGG
ATGTCAAACATCATTGATGATGTCCTTGAGTGGTCACCAAGGCTAGCACTCTCTGTTTTG
ATGGAGAATCAGCCACCTGTGAACATCACAGAGGCGTCTAACAACTCCTCAGAGTCCGCA
GCAGGTCCCGACCACACTGAAGAGGCTGAACTAGACGAAACTCAAGCCGAGGAGGAAGCT
GAAGACTTGGCCAGCTCAGATATAAA

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL8851Contig1 701 2 2 U
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TCGACTTAGAGACGACAATTCCGTTTCGAGCTGGCCAGAAGCACGAGATCCTCGAGTTCG
GTTCCATCCTCGTCTGCCCCAAGAAGCTAGTCGAGCTCCGAAGCTACACACAGCTCGTCC
GACCCGCGAATCTCAACCGCATCACGGAACGCTCCGTGAATTGCAACGGCATCAAGAGGG
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GCTTTTGCAGAGATTGGAAGGGGATCCACCAGAGCCAAAAGGCACCATTGACTCCCTTGG
TGTTGCTTACTCAAAAGTTTGGGAGGAGAGCTGGTGATATGAAGATGGCAACATTGGCTA
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TAGAGAACTCGGTTACGCCAGAAACAAGTTCAAGAAGGCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G879TF U 1
AF RR1DO95TF U 60
BS 1 679 RR1G879TF
BS 680 701 RR1DO95TF

RD RR1G879TF 679 0 0
GGAAATCCAAAAAGACAAAAGTTCGATACTTTACACACCTTCCTCTCATTTCAACCCGAC
CCGCGTTAACAATGGTTGGTCTAACTCCCTCCGAGGACAACCGCTCAGAGATCGCCTTCT
TCGACTTAGAGACGACAATTCCGTTTCGAGCTGGCCAGAAGCACGAGATCCTCGAGTTCG
GTTCCATCCTCGTCTGCCCCAAGAAGCTAGTCGAGCTCCGAAGCTACACACAGCTCGTCC
GACCCGCGAATCTCAACCGCATCACGGAACGCTCCGTGAATTGCAACGGCATCAAGAGGG
AAGACGTCAAGTCGAAACCCTCCTTTGCAGATATCGCTGACGACGTCTACGAGATTCTCC
ATGGAAGAGGTATGGGCAGGTCACAACATATTGAGGTTTGATATTCCAAGGATAAGAGAA
GCTTTTGCAGAGATTGGAAGGGGATCCACCAGAGCCAAAAGGCACCATTGACTCCCTTGG
TGTTGCTTACTCAAAAGTTTGGGAGGAGAGCTGGTGATATGAAGATGGCAACATTGGCTA
CATACTTTGGCATTGGAAACCAAACGCATAGGAGCCTGGACGATGTCAGGATGAATTTTG
AGGTTCTCAAGTATTGTGCCACTGTTTTGTTCTTGGAGTCAAGTCTACCAGATGAACTTA
TAGAGAACTCGGTTACGCC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1DO95TF 642 0 0
GGG
GCGTTAACAATGGTTGGTCTAACTCCCTCCGGGGACAACCGCTCAGAGATCGCCTTCTTC
GACTTAGAGACGACAATTCCGTTTCGAGCTGGCCAGAAGCACGAGATCCTCGAGTTCGGT
TCCATCCTCGTCTGCCCCAAGAAGCTAGTCGAGCTCCGAAGCTACACACAGCTCGTCCGA
CCCGCGAATCTCAACCGCATCACGGAACGCTCCGTGAATTGCAACGGCATCAAGAGGGAA
GACGTCAAGTCGAAACCCTCCTTTGCAGATATCGCTGACGACGTCTACGAGATTCTCCAT
GGAAG*GGTATGGGCAGGTCACAACATATTGAGGTTTGATATTCCAAGGATAAGAGAAGC
TTTTGCAGAGATTGGAAGGG*ATCCACCAGAGCCAAAAGGCACCATTGACTCC*TTGGTG
TTGCTTACTCAAAAGTTTGGGAGGGGAGCTGGTGATATGAAGATGGCAACATTGGCTACA
TACTTTGGCATTGGAAACCAAACGCATAGGAGCCTGGACGATGTCAGGATGAATTTTGAG
GTTCTCAAGTATTGTGCCACTGTTTTGTTCTTGGAGTCAAGTCTACCAGATGAACTTATA
GAGAACTCGGTTACGCCAGAAACAAGTTCAAGAAGGCGT

QA 4 642 4 642
DS 



AS 1 2

CO CL8852Contig1 1088 2 4 U
GCGTATAGAGGAGGCGGCAATATTGGATAAGGAGCTAAAAAGAGAGAAAACAAAAGCAGC
AGCTGCTATCAAGTCAATCCAAGAGAGAATGAAGATAAGCTCAAAACAGAAATTGAACAG
AAGGAAACTGAAGCTCAGTTGGCTTTGACTAAAGCTGAAGAAATGGCGAAAGCTGAGTTG
ACTGCGGCACTTGTTAAAGAAAAGGCAGCACAAATCGAAACAATGGCAGAGGCAGATCTT
AACATAAAAGCATTGCATATGGCATTCTATGCGCGCTCTGAGGAGGCTCGCAAAAGTCAT
TCAGTCCACAAGCTTGCATTGGGTGCACTCGCGTTGGAAGATTCACTCTCCAAAGGACTA
CCAATCCATAAAGAAATGACTATGCTTCAGACTTACCTTGAAGGCATTCAACAGGACTCG
GTCTTAGATTTGGTGATATCATCTCTTCCAGAAGAAGCAAAATCCAAAGGAACCGATACA
ACACTGCAGCTGAACCAGAAGTTTGATACCTTGAAAGGAACCCTTAGACACTTCAGTCTC
ATTCCACCTGGTGGCGGAGGAATCTTAGCACATTCTCTCACATATAGCATCCTGGCTCAA
GTTCAAGGAAGTGGACCAAGCTAATGGAGGTATTGAATCTGTTATTAAGAAAGTTGATCA
GTACTTGGCTGAGGATAAACTAGCAGAGGCAGCAGCTGCACTTGAAGAAGGTGTCAAAGG
AAGTAAAGCAGAGGAAGTAGTCAGTGATTGGGTGAGACTCGCAAGAAACAGAGCAATTAC
AGAACAAGCTGTAACAATTCTCCGATCATATGCAACTTGCGCCAGCCTCACTTGATCATT
CCTCTTCTGATCTTACATTAAAAGGTATTTTTTTTTTAATTCGATACTGAAGAGTCCCCA
GGTTCATTGATTTTGCTGGAAGTAGTGCCAACCCTTTTTGGTTAGAGGAAGAATCAATGG
TTGTTACAATACTCTCTTCTTGTGTTTATGTCTGCAAGATAAATCAGACAATGTTTCTTT
TGGGATTCAGTCACCGGTTTTTGTGTTTAAAATCACATGTGTTCTCGAGAGAGAGAGATC
TTTATCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EO66TF U 1
AF RR1EO66JQ C 309
BS 1 710 RR1EO66TF
BS 711 711 RR1EO66JQ
BS 712 720 RR1EO66TF
BS 721 1088 RR1EO66JQ

RD RR1EO66TF 720 0 0
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AGCTGCTATCAAGTCAATCCAAGAGAGAATGAAGATAAGCTCAAAACAGAAATTGAACAG
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AACATAAAAGCATTGCATATGGCATTCTATGCGCGCTCTGAGGAGGCTCGCAAAAGTCAT
TCAGTCCACAAGCTTGCATTGGGTGCACTCGCGTTGGAAGATTCACTCTCCAAAGGACTA
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GTCTTAGATTTGGTGATATCATCTCTTCCAGAAGAAGCAAAATCCAAAGGAACCGATACA
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ATTCCACCTGGTGGCGGAGGAATCTTAGCACATTCTCTCACATATAGCATCCTGGCTCAA
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GTACTTGGCTGAGGATAAACTAGCAGAGGCAGCAGCTGCACTTGAAGAAG*TGTCAAAGG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR1EO66JQ 780 0 0
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TAAAGAAATGACTATGCTTCAGACTTACCTTGAAGGCATTCAACAGGACTCGGTCTTAGA
TTTGGTGATATCATCTCTTCCAGAAGAAGCAAAATCCAAAGGAACCGATACAACACTGCA
GCTGAACCAGAAGTTTGATACCTTGAAAGGAACCCTTAGACACTTCAGTCTCATTCCACC
TGGTGGCGGAGGAATCTTAGCACATTCTCTCACATATAGCATCCTGGCTCAAGTTCAAGG
AAGTGGACCAAGCTAATGGAGGTATTGAATCTGTTATTAAGAAAGTTGATCAGTACTTGG
CTGAGGATAAACTAGCAGAGGCAGCAGCTGCACTTGAAGAAGGTGTCAAAGGAAGTAAAG
CAGAGGAAGTAGTCAGTGATTGGGTGAGACTCGCAAGAAACAGAGCAATTACAGAACAAG
CTGTAACAATTCTCCGATCATATGCAACTTGCGCCAGCCTCACTTGATCATTCCTCTTCT
GATCTTACATTAAAAGGTATTTTTTTTTTAATTCGATACTGAAGAGTCCCCAGGTTCATT
GATTTTGCTGGAAGTAGTGCCAACCCTTTTTGGTTAGAGGAAGAATCAATGGTTGTTACA
ATACTCTCTTCTTGTGTTTATGTCTGCAAGATAAATCAGACAATGTTTCTTTTGGGATTC
AGTCACCGGTTTTTGTGTTTAAAATCACATGTGTTCTCGAGAGAGAGAGATCTTTATCTG

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL8853Contig1 846 2 4 U
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GTGGCAAAGATGAAAACACGTAGCTCGTGCATCGGCTTTTAGCGTGGGTCTCATCTACGG
GAGCATGAAGCTCAAGTTCTTGAAGGGTGTGAAAAGCTTCTTGTGCTAAAAGGATATTAT
CCGTGATGGCACTTCCTGACATAAAGGCAGATTCAGTTTCCGAGATAATTTCTGGTAGAT
AGCAACGCAGTTCTGGCAAAGCACTTTTGAGATAATATTGTAACAGAAATTACAAAGACT
GATGGGCCGGAAATTGGTAATATCTCTTGGCTGCTCAGATTTTGGTATTAGACATATATT
TGTCTCATTTAGCTGTGGGTCAAAAGAATCCGAATGGAAGAAATCCTGGACCATCTTGAT
CACCTGGGGGCCAATGGTACTCCAATATTTCTGATAAAAAAGTCCGGTCATTCCATCTGG
TCCTGGGGTCTTTTCTGGATGGATGGAGAAGACAGTTTTCTTGATTTCAGCTGGAGACAT
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CACTTCGATATACAGAGGTGTAGATGTTGAGAAGAGATCACTAATTTAGTCCACCGCAAT
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ATGGTTTCTCGCATGTCGATGTTTCATTGTGGCATAATAGAATTTCATGTTGCGTTCGCT
TTTTTT


BQ
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AF RR1D515TF U 1
AF RR1D515JQ C 107
BS 1 633 RR1D515TF
BS 634 634 RR1D515JQ
BS 635 706 RR1D515TF
BS 707 846 RR1D515JQ

RD RR1D515TF 706 0 0
TTTTTCTCTAACTCCATAAATTCAAAGAAGAAGAATCAAAAATTCACGATTGAATTTTCA
ATCACCAATTCCCCGCGTCTCCATCGTTTTGTTCCTCCTCCTTTCGAATCGTAAGACACT
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GAGCATGAAGCTCAAGTTCTTGAAGGGTGTGAAAAGCTTCTTGTGCTAAAAGGATATTAT
CCGTGATGGCACTTCCTGACATAAAGGCAGATTCAGTTTCCGAGATAATTTCTGGTAGAT
AGCAACGCAGTTCTGGCAAAGCACTTTTGAGATAATATTGTAACAGAAATTACAAAGACT
GATGGGCCGGAAATTGGTAATATCTCTTGGCTGCTCAGATTTTGGTATTAGACATATATT
TGTCTCATTTAGCTGTGGGTCAAAAGAATCCGAATGGAAGAAATCCTGGACCATCTTGAT
CACCTGGGGGCCAATGGTACTCCAATATTTCTGATAAAAAAGTCCGGTCATTCCATCTGG
TCCTGGGGTCTTTTCTGGATGGATGGAGAAGACAGTTTTCTTGATTTCAGCTGGAGACAT
ATCTCTACATAGACTCTCATTCATTGCTTGAGG*ATCTTATTCTCCAAGTGGTTTAACGC
CACTTCGATATACAGAGGTGTAGATGTTGAGAAGAGATCACTAATT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR1D515JQ 740 0 0
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GGTCTCATCTACGGGAGCATGAAGCTCAAGTTCTTGAAGGGTGTGAAAAGCTTCTTGTGC
TAAAAGGATATTATCCGTGATGGCACTTCCTGACATAAAGGCAGATTCAGTTTCCGAGAT
AATTTCTGGTAGATAGCAACGCAGTTCTGGCAAAGCACTTTTGAGATAATATTGTAACAG
AAATTACAAAGACTGATGGGCCGGAAATTGGTAATATCTCTTGGCTGCTCAGATTTTGGT
ATTAGACATATATTTGTCTCATTTAGCTGTGGGTCAAAAGAATCCGAATGGAAGAAATCC
TGGACCATCTTGATCACCTGGGGGCCAATGGTACTCCAATATTTCTGATAAAAAAGTCCG
GTCATTCCATCTGGTCCTGGGGTCTTTTCTGGATGGATGGAGAAGACAGTTTTCTTGATT
TCAGCTGGAGACATATCTCTACATAGACTCTCATTCATTGCTTGAGGGATCTTATTCTCC
AAGTGGTTTAACGCCACTTCGATATACAGAGGTGTAGATGTTGAGAAGAGATCACTAATT
TAGTCCACCGCAATTGTTTTGATTTTCCTCTCATTTTCACACCAAACTCCTCTACTATCA
TTTAAGCCATTGATATGGTTTCTCGCATGTCGATGTTTCATTGTGGCATAATAGAATTTC
ATGTTGCGTTCGCTTTTTTT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL8854Contig1 633 2 2 U
GAGAAGAAGGCTGCGTTTCTTAAAGAATTGAGAGAAAAGGTATCTAGTCTTGAGAGTCTT
ATGCTGAGAAATCAGGAGATGGTTGTGAAGACCGAAGGCCCGCAGAAGGTTTTACCTTAC
CACTCATTTTACTTGAGACAAATCCTCATGCAGTAGTCGAAATCGAGATTTCTGAAGATA
TGCAACTTGTACACCTCGACTTCAATAACACACCATTCTCGGTTCATGACGATGCATACA
TATTGAAACTGATGCAAGAACACAAGCTGCAGCAAAACAGAGCTTCTTCCTCTTCCTCTG
CACATCATCAGTCTCAGCATTCTTCCTCCAGTTCCTGCATTGCTTCTGGAACCTCAGGCC
CGGTTTGCTGGAACTCAGGATCCAACTGATACTCGCTGACCGAGAAAACCGGTGATTGTC
TCCCCAGTTCTTCAAGAAATAAGAAGAAGAACAACAAGGGATCTAATTGGTATACTATGA
AAAAGTTATACATCTGGCTTTGTGTCTTATGAGAGAGCTTGTAATCTTATAATTCATAGG
CCAACATCAAATGTTTGTTTATCCAATTTTTCCTTTATAAATGAAACCTCTTGTTACTTT
TTTCTATTAGAATACCGATTCGGTTTACTCTTT


BQ
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AF RR1GM49TF U 1
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QA 1 598 1 598
DS 

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ATGCTGAGAAATCAGGAGATGGTTGTGAAGACCGAAGGCCCGCAGAAGGTTTTACCTTAC
CACTCATTTTACTTGAGACAAATCCTCATGCAGTAGTCGAAATCGAGATTTCTGAAGATA
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CACATCATCAGTTTCAGCATTCTTCCTCCAGTTCCTGCATTGCTTCTGGAACCTCAGGCC
CGGTTTGCTGGAACTCAGGATCCAACTGATACTCGCTGACCGAGAAAACCGGTGATTGTC
TCCCCAGTTCTTCAAGAAATAAGAAGAAGAACAACAAGGGATCTAATTGGTATACTATGA
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TTTCTATTAGAATACCGATTCGGTTTACTCTTT

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

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TTAATACTTTGTCTTTGTCCTTTGGTTTTTCTATTTATTACACAACCTTTTGCC


BQ
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AF RR1E618JQ C 1
AF RR1E618TF U 1
BS 1 594 RR1E618TF

RD RR1E618JQ 594 0 0
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ATTCTTTCACTCTTCAAATTTGTTTTTAATCTTTTCTATATCTGTGATGAGAGCTTTCCT
TTAATACTTTGTCTTTGTCCTTTGGTTTTTCTATTTATTACACAACCTTTTGCC

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR1E618TF 594 0 0
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CCACATCGTCCATTGCTCCCTCGATGTCATCGATGAGCGAGTGAACAATCCGAGAAGCAA
GTCAGAAACAAGATTGAAGGAGGCTTTTCTTGGTCTGCTTTACCCACCACTCAACTACAA
AGTGTATGGTTACTTGACTAATACAAAAGTGAAGTTCATCATGGTCACTACTGATTTGGA
TGTCCGAGACACCCATGTCAGAAGTTTCTTCAGGAAGTTCCACGCCGCATACGTGGATGC
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CGTTACCAACATTGTTACCTCTTACTCTTTCAACTGATCCCCCCTCCCTCTTTTATCTTT
ATTCTTTCACTCTTCAAATTTGTTTTTAATCTTTTCTATATCTGTGATGAGAGCTTTCCT
TTAATACTTTGTCTTTGTCCTTTGGTTTTTCTATTTATTACACAACCTTTTGCC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

CO CL8856Contig1 662 2 2 U
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TA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 

AF RR1GZ64TFB U 1
AF RR1H657TF U 1
BS 1 594 RR1GZ64TFB
BS 595 662 RR1H657TF

RD RR1GZ64TFB 594 0 0
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QA 1 594 1 594
DS 

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TTGCTACCGCAATCTCTCTTTACGCAAACTCTCTTATAGCCAAGCTTCATGAGTTTGGTG
GCAAACGACACATTCGTTATAGAGATCTCGCGGGCTTCATCATACTTGCCGGTTCCGCTT
TAAAGGCTGTTTATGTACTTTTTAGAGATGACAGTGTAATGAAACTGCCTCACTGTATTG
CCATTGCGGGTGTTGTATGTGCGCTTTTCGCAATCGGGATTCCTCATTTATCAGCTCTTG
GAATCTGGCTAGGAGTTTCAACAATCCTCAGCTTGATCTACATTGTTGTTGCTATAGTTC
TATCAGTTAAAGATGGAGTAAACAAACCTTCAAGAGATTACAACATACAAAGATCATCAA
TA

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL8857Contig1 1164 2 2 U
GGAAGATATACAAATATAGTATTTGGTTAGTTCTCGGTCCGCTGGCTAAGATCTTAAAAT
CGATTTCAAGTCTTCTTCTACTTCTTCTCTGATACCAAAGCTCTAATCTTCTCGAAGGCA
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ATACTGGGAGTGTTCCGGCTGCATCGAACTCAAGACTCTCGCCTTTGCCTCCAGAGCCTG
TCGGTTTCGATTATGGTCGAACCGTTGACATTCCTCTTAACAATGACAGATCTGGTGCTA
CACAGAATCTGAACAAGAAAGAAAAGGAACTTCAAGCCAAAGAAGCTGACCTTAGACGAC
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TGAAAAACTGGCCGCCTATCTTCCCACTTATCCACCATGACATTGCTAATGAAATTCCTG
TTCATCTCCAAAGGCTACAGTATGTTGCCTTTGCATCCTATTTGGGGTTGGTCCTTTGTC
TATTCTGGAATATTATTGCCATTACTACAGCTTGGATCAAAGGAGAAGGAGTGACGATAT
GGCTTCTTGCCCTTATTTACTTCATAGCTGGTGTCCCAGGAGCTATGTCTTATGGTATCG
TCCCCTCTACCGTGCCTTCAGAACTGACAGTGCATTGAGCTTTGGATGGTTTTTCATGTT
CTATATGCTCCACATTGCTTTCTGTGTCTTTGCTGCGGTTGCTCCACCTGTTGTCTTCAA
AGGAAAATTTCTTGCTGGGATTTTACCTGCAGTAGATGTTTTAAGCGGTAATACATTGGT
TGGGATATTTTACTTCATTGGGTTTGGGTTTTTTTGCCTCGAATCAGTGGTCAGCATTTG
GGTTATTCAGCAAGTATATATGTACTTCCGAGGCAGTGGGAAACAAGATGAACTGAGACG
AGAAGCAGCGAGAGGAGCCCTGAGAGCCGCCGTATGAGACAGCTTTATGTAGCATTTTGG
CTTGTGTATGAAATTTTCACTGTTTTTTTTTTTTTTCAGATTCTGAACTTTGTTTTGTAA
GCAATAGCAAAAGAAAAGATTCTATTTTTGTTTATACTGTCATGTAAATCGGTGTTATAT
TCAAAAAGTCAAGAGTTCAACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GQ36TF U 1
AF RR1GQ36JQ C 645
BS 1 701 RR1GQ36TF
BS 702 1164 RR1GQ36JQ

RD RR1GQ36TF 701 0 0
GGAAGATATACAAATATAGTATTTGGTTAGTTCTCGGTCCGCTGGCTAAGATCTTAAAAT
CGATTTCAAGTCTTCTTCTACTTCTTCTCTGATACCAAAGCTCTAATCTTCTCGAAGGCA
TGGCTAATCGCTATGATCGGAATCCATTCGCTGAGGAAGAAGAAGTCAATCCTTTCGCTA
ATACTGGGAGTGTTCCGGCTGCATCGAACTCAAGACTCTCGCCTTTGCCTCCAGAGCCTG
TCGGTTTCGATTATGGTCGAACCGTTGACATTCCTCTTAACAATGACAGATCTGGTGCTA
CACAGAATCTGAACAAGAAAGAAAAGGAACTTCAAGCCAAAGAAGCTGACCTTAGACGAC
GGGAGCAGGAGGTGAAACGGAAAGAAGATGCTGCTGCACGAGCTGGAATAACGATTGAAG
TGAAAAACTGGCCGCCTATCTTCCCACTTATCCACCATGACATTGCTAATGAAATTCCTG
TTCATCTCCAAAGGCTACAGTATGTTGCCTTTGCATCCTATTTGGGGTTGGTCCTTTGTC
TATTCTGGAATATTATTGCCATTACTACAGCTTGGATCAAAGGAGAAGGAGTGACGATAT
GGCTTCTTGCCCTTATTTACTTCATAGCTGGTGTCCCAGGAGCTATGTCTTATGGTATCG
TCCCCTCTACCGTGCCTTCAGAACTGACAGTGCATTGAGCT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1GQ36JQ 520 0 0
ATGTCTTATGGTATCGTCCCCTCTACCGTGCCTTCAGAACTGACAGTGCATTGAGCTTTG
GATGGTTTTTCATGTTCTATATGCTCCACATTGCTTTCTGTGTCTTTGCTGCGGTTGCTC
CACCTGTTGTCTTCAAAGGAAAATTTCTTGCTGGGATTTTACCTGCAGTAGATGTTTTAA
GCGGTAATACATTGGTTGGGATATTTTACTTCATTGGGTTTGGGTTTTTTTGCCTCGAAT
CAGTGGTCAGCATTTGGGTTATTCAGCAAGTATATATGTACTTCCGAGGCAGTGGGAAAC
AAGATGAACTGAGACGAGAAGCAGCGAGAGGAGCCCTGAGAGCCGCCGTATGAGACAGCT
TTATGTAGCATTTTGGCTTGTGTATGAAATTTTCACTGTTTTTTTTTTTTTTCAGATTCT
GAACTTTGTTTTGTAAGCAATAGCAAAAGAAAAGATTCTATTTTTGTTTATACTGTCATG
TAAATCGGTGTTATATTCAAAAAGTCAAGAGTTCAACTCC

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 2

CO CL8858Contig1 1059 2 8 U
GGATCTTTCTCCTCTGCTCCCGAGTCCTAACATGGAGACCCTTCTCTCTCCTCGTTCTCT
CTTCCCTCCTCTCACTAAACCCACTTCTAAATCCTCGTCTTTATGCAGACCTATCTCTTC
CCTATCTCCCAAACCGGAATCTCCACCTCCCAACAACTTGTTAACCGATGCCAAACAGGC
ATGTGCAGTTGGGAAGAGGAGGAGGAGCATGATGATGGGTGGTGGACTGCTCATGTCTGG
TTTAACAATGCTATCAGAAGCCAATCTTCCAACACCAGCATTCGCTTTGACTCCAGTCTT
CAGAGAGTACATTGATACATTCGATGGATACTCTTTCAAGTACCCTCAGAACTGGATCCA
AGTCCGAGGAGCTGGCGCTGACATCTTCTTCAGAGACCCTATCGTCCTCGACGAGAACCT
CTCTGTCGAGTTCTCTTCGCCTTCTTCCTCCAAATACAAGTCGCTTGAGGACTTGGGATC
ACCTGAAGAAGCAGGGAAGAAAGTACTGAGACAGTACTTGACTGAGTTTATGTCCACTAG
ACTCGGTGTCAAGCGGGAGTCCAACATCCTTACAACTTCCTCCAGAGTTGCAGATGATGG
TAAACTCTACTACCAAGTCGAGGTGAACATAAAGTCATACGCAAACAACAACGAGCTGGC
AGTGATGCCGCAAGATAGAGTGGCTCGTTTGGAATGGGACAGGCGCTACCTGGCGGTTCT
AGGAGTTGAGAACAATAGACTCTACTCACTGAGACTCCAAACTCCTGAGAAAGTTTTCCT
GGAAGAGGAGAAAGATTTAAGAAGAGTTATGGATTCCTTCAGGGTCGAGAAGATTTAGAG
AGTCAGAAGCTCACATTTCTTCTTCTTTCATGGCTTTCTTTTTTCTTAAAAAAAAAGATT
GTTCTTCATACCCATTGTATTATTTTTTTTGGTAATATTGAAAGGCTTTAAGCTAAGCCA
AAGGCTAAAGGCAGTTGTTGTAATGCTTGTCTACAATTTTTTGGATTAATTTCTTGATGG
GAGGAGAGATGGGTTCATCTTCATCATGTCATATTTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DN81TF U 1
AF RR1DN81JQ C 446
BS 1 647 RR1DN81TF
BS 648 648 RR1DN81JQ
BS 649 672 RR1DN81TF
BS 673 673 RR1DN81JQ
BS 674 702 RR1DN81TF
BS 703 703 RR1DN81JQ
BS 704 712 RR1DN81TF
BS 713 1059 RR1DN81JQ

RD RR1DN81TF 719 0 0
GGATCTTTCTCCTCTGCTCCCGAGTCCTAACATGGAGACCCTTCTCTCTCCTCGTTCTCT
CTTCCCTCCTCTCACTAAACCCACTTCTAAATCCTCGTCTTTATGCAGACCTATCTCTTC
CCTATCTCCCAAACCGGAATCTCCACCTCCCAACAACTTGTTAACCGATGCCAAACAGGC
ATGTGCAGTTGGGAAGAGGAGGAGGAGCATGATGATGGGTGGTGGACTGCTCATGTCTGG
TTTAACAATGCTATCAGAAGCCAATCTTCCAACACCAGCATTCGCTTTGACTCCAGTCTT
CAGAGAGTACATTGATACATTCGATGGATACTCTTTCAAGTACCCTCAGAACTGGATCCA
AGTCCGAGGAGCTGGCGCTGACATCTTCTTCAGAGACCCTATCGTCCTCGACGAGAACCT
CTCTGTCGAGTTCTCTTCGCCTTCTTCCTCCAAATACAAGTCGCTTGAGGACTTGGGATC
ACCTGAAGAAGCAGGGAAGAAAGTACTGAGACAGTACTTGACTGAGTTTATGTCCACTAG
ACTCGGTGTCAAGCGGGAGTCCAACATCCTTACAACTTCCTCCAGAGTTGCAGATGATGG
TAAACTCTACTACCAAGTCGAGGTGAACATAAAGTCATACGCAAACA*CAACGAGCTGGC
AGTGATGCCGCA*GATAGAGTGGCTCGTTTGGAATGGGACAG*CGCTACCTG
CGGTTCT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1DN81JQ 614 0 0
TCCTCCAAATACAAGTCGCTTGAGGACTTGGGATCACCTGAAGAAGCAGGGAAGAAAGTA
CTGAGACAGTACTTGACTGAGTTTATGTCCACTAGACTCGGTGTCAAGCGGGAGTCCAAC
ATCCTTACAACTTCCTCCAGAGTTGCAGATGATGGTAAACTCTACTACCAAGTCGAGGTG
AACATAAAGTCATACGCAAACAACAACGAGCTGGCAGTGATGCCGCAAGATAGAGTGGCT
CGTTTGGAATGGGACAGGCGCTACCTGGCGGTTCTAGGAGTTGAGAACAATAGACTCTAC
TCACTGAGACTCCAAACTCCTGAGAAAGTTTTCCTGGAAGAGGAGAAAGATTTAAGAAGA
GTTATGGATTCCTTCAGGGTCGAGAAGATTTAGAGAGTCAGAAGCTCACATTTCTTCTTC
TTTCATGGCTTTCTTTTTTCTTAAAAAAAAAGATTGTTCTTCATACCCATTGTATTATTT
TTTTTGGTAATATTGAAAGGCTTTAAGCTAAGCCAAAGGCTAAAGGCAGTTGTTGTAATG
CTTGTCTACAATTTTTTGGATTAATTTCTTGATGGGAGGAGAGATGGGTTCATCTTCATC
ATGTCATATTTGCC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL8859Contig1 600 2 2 U
CATCAAAAACATATAATTATTTTGTAAGTCTAACACATTAATCTCATAAAAAAAGAAACA
GATAAAAACATTTCGCAAATAATCGAGGGGCTTTTTTACTTCTTCTTCTTGTATAGAACG
GCCTTCTCTTCCTCATCACCATCATCATCATCATCTTCTTCGTCAGTAGTATCGTCAAAC
TCTTCATCATCATCGTCCATATCAATATCATCAAACTCTTCCTCATCAAAATCTGCCTCC
TCCTCCTCCTCATCCGAGGAAGAGCTGCCCTCGTTGTTGTTCACCACTCGCTTTCCCTGA
CCCACTTCCATTTTCCCTCTTCTCACCACCGACACTGCCTCCTCATGAGTGAAGTAGGAA
CCGCAACCGGGTTGCATAACCGGAAATGGTTCAGCGAAAACCGGGGGTAGCCTCTGGTTT
AACAGAAGCAGAAACCGAATGGCCGGTCCAGTGTTCTGCACCGTCTCCGTGAGATTGGCG
GAGGCACGTCCACGGAAGAGTAAACTCGCCACTGATTTTCCGTCGCGGATGAGTAATCTC
GCCGCTGATGATGAAGCTGAAGCCATGTTTGATCGTAGGTGGTTTTGTAGTACGTGTCCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1BL18TF C 1
AF RR1BL18JQ U 2
BS 1 1 RR1BL18TF
BS 2 600 RR1BL18JQ

RD RR1BL18TF 600 0 0
CATCAAAAACATATAATTATTTTGTAAGTCTAACACATTAATCTCATAAAAAAAGAAACA
GATAAAAACATTTCGCAAATAATCGAGGGGCTTTTTTACTTCTTCTTCTTGTATAGAACG
GCCTTCTCTTCCTCATCACCATCATCATCATCATCTTCTTCGTCAGTAGTATCGTCAAAC
TCTTCATCATCATCGTCCATATCAATATCATCAAACTCTTCCTCATCAAAATCTGCCTCC
TCCTCCTCCTCATCCGAGGAAGAGCTGCCCTCGTTGTTGTTCACCACTCGCTTTCCCTGA
CCCACTTCCATTTTCCCTCTTCTCACCACCGACACTGCCTCCTCATGAGTGAAGTAGGAA
CCGCAACCGGGTTGCATAACCGGAAATGGTTCAGCGAAAACCGGGGGTAGCCTCTGGTTT
AACAGAAGCAGAGACCGAATGGCCGGTCCAGTGTTCTGCACCGTCTCCGTGAGATTGGCG
GAGGCACGTCCACGGAAGAGTAAACTCGCCACTGATTTTCCGTCGCGGATGAGTAATCTC
GCCGCTGATGATGAAGCTGAAGCCATGTTTGATCGTAGGTGGTTTTGTAGTACGTGTCCC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1BL18JQ 599 0 0
ATCAAAAACATATAATTATTTTGTAAGTCTAACACATTAATCTCATAAAAAAAGAAACAG
ATAAAAACATTTCGCAAATAATCGAGGGGCTTTTTTACTTCTTCTTCTTGTATAGAACGG
CCTTCTCTTCCTCATCACCATCATCATCATCATCTTCTTCGTCAGTAGTATCGTCAAACT
CTTCATCATCATCGTCCATATCAATATCATCAAACTCTTCCTCATCAAAATCTGCCTCCT
CCTCCTCCTCATCCGAGGAAGAGCTGCCCTCGTTGTTGTTCACCACTCGCTTTCCCTGAC
CCACTTCCATTTTCCCTCTTCTCACCACCGACACTGCCTCCTCATGAGTGAAGTAGGAAC
CGCAACCGGGTTGCATAACCGGAAATGGTTCAGCGAAAACCGGGGGTAGCCTCTGGTTTA
ACAGAAGCAGAAACCGAATGGCCGGTCCAGTGTTCTGCACCGTCTCCGTGAGATTGGCGG
AGGCACGTCCACGGAAGAGTAAACTCGCCACTGATTTTCCGTCGCGGATGAGTAATCTCG
CCGCTGATGATGAAGCTGAAGCCATGTTTGATCGTAGGTGGTTTTGTAGTACGTGTCCC

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 2

CO CL8860Contig1 825 2 2 U
GGATGGCTACTGCATCCAACTCGGTACTCTTCTCGAGCTCCGACTCACAGAGTCATCACC
ATCACAACCCGCCCAGAACCCATCTCCATCTTTCCTCCTCCAGATCCCATTCCGTTTCTC
TCCTACCCACCAAGCAGTCCACCTCCCTCGCGATCCGTTGCTCCAACAATGGCGATAACA
ACGTCTCGTCCCAAAAAGACACCCCAATCGAACTCAAGTTCCCAGCATTTCCAACGGTCA
TGGACATTAACCAGATCAGAGAGATATTGCCTCACAGGTTCCCGTTTCTGCTGGTGGATA
GAGTGATTGAGTATACACCTGGTGTTTCAGCTGTGGCTATTAAGAATGTTACTATCAATG
ACAACTTCTTCCCTGGTCATTTCCCCGACCTACCCATCATGCCTGGTGTTCTCATGGTTG
AGGCGATGGCGCAAGTGGGAGGGATAGTAATGCTGCAGCCGGAAGTAGGAGGATCTCAGG
ATAACTTCTTCTTTGCGGGTATTGATAAAGTGAGATTCCGCAAACCAGTGATTGCAGGAG
ACACCCTGGTCATGAGGATGACTCTTCTCAAGTTCCAGAAACGCTTCGGTCTTGCTAAGA
TGGAAGGTAAAGCTTACGTGGGTGGGTCTTTGGTCTGCGAGGGAGAGTTCATGATGGTTT
CTGCTGGCAGTTCTTGATCTTCTCGACCATTGTTTCACTCGTTATATGTTTTTTTTTCTG
CTTATGCTTCTTCTGTGATTCGGATAACTAGACGAGACCAAAGCTTAAAACAAAGTGACA
TTTATACGAGCTTCTTCAAGGTTTCCATGCCTTGTTATGTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G923TF U 1
AF RR1G923JQ C 107
BS 1 701 RR1G923TF
BS 702 825 RR1G923JQ

RD RR1G923TF 701 0 0
GGATGGCTACTGCATCCAACTCGGTACTCTTCTCGAGCTCCGACTCACAGAGTCATCACC
ATCACAACCCGCCCAGAACCCATCTCCATCTTTCCTCCTCCAGATCCCATTCCGTTTCTC
TCCTACCCACCAAGCAGTCCACCTCCCTCGCGATCCGTTGCTCCAACAATGGCGATAACA
ACGTCTCGTCCCAAAAAGACACCCCAATCGAACTCAAGTTCCCAGCATTTCCAACGGTCA
TGGACATTAACCAGATCAGAGAGATATTGCCTCACAGGTTCCCGTTTCTGCTGGTGGATA
GAGTGATTGAGTATACACCTGGTGTTTCAGCTGTGGCTATTAAGAATGTTACTATCAATG
ACAACTTCTTCCCTGGTCATTTCCCCGACCTACCCATCATGCCTGGTGTTCTCATGGTTG
AGGCGATGGCGCAAGTGGGAGGGATAGTAATGCTGCAGCCGGAAGTAGGAGGATCTCAGG
ATAACTTCTTCTTTGCGGGTATTGATAAAGTGAGATTCCGCAAACCAGTGATTGCAGGAG
ACACCCTGGTCATGAGGATGACTCTTCTCAAGTTCCAGAAACGCTTCGGTCTTGCTAAGA
TGGAAGGTAAAGCTTACGTGGGTGGGTCTTTGGTCTGCGAGGGAGAGTTCATGATGGTTT
CTGCTGGCAGTTCTTGATCTTCTCGACCATTGTTTCACTCG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR1G923JQ 719 0 0
CCATTCCGTTTCTCTCCTACCCACCAAGCAGTCCACCTCCCTCGCGATCCGTTGCTCCAA
CAATGGCGATAACAACGTCTCGTCCCAAAAAGACACCCCAATCGAACTCAAGTTCCCAGC
ATTTCCAACGGTCATGGACATTAACCAGATCAGAGAGATATTGCCTCACAGGTTCCCGTT
TCTGCTGGTGGATAGAGTGATTGAGTATACACCTGGTGTTTCAGCTGTGGCTATTAAGAA
TGTTACTATCAATGACAACTTCTTCCCTGGTCATTTCCCCGACCTACCCATCATGCCTGG
TGTTCTCATGGTTGAGGCGATGGCGCAAGTGGGAGGGATAGTAATGCTGCAGCCGGAAGT
AGGAGGATCTCAGGATAACTTCTTCTTTGCGGGTATTGATAAAGTGAGATTCCGCAAACC
AGTGATTGCAGGAGACACCCTGGTCATGAGGATGACTCTTCTCAAGTTCCAGAAACGCTT
CGGTCTTGCTAAGATGGAAGGTAAAGCTTACGTGGGTGGGTCTTTGGTCTGCGAGGGAGA
GTTCATGATGGTTTCTGCTGGCAGTTCTTGATCTTCTCGACCATTGTTTCACTCGTTATA
TGTTTTTTTTTCTGCTTATGCTTCTTCTGTGATTCGGATAACTAGACGAGACCAAAGCTT
AAAACAAAGTGACATTTATACGAGCTTCTTCAAGGTTTCCATGCCTTGTTATGTTCTTT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL8861Contig1 736 2 1 U
GAAGGAGAGGCGGCGGACCGATGGATGACGACAAGCTAGTCTTCGAGACGACAGAAGGGA
TCGAGCCCATCACTAATTTCAACGACATGGGAATCAAGGAAGACGTGCTTCGCGGTGTCT
ACGAGTACGGTTTCGAGAAACCATCCGCGATTCAGCAGAGAGCTGTTATGCCGATTCTCC
AAGGGAGAGATGTCATCGCTCAAGCTCAGTCCGGTACGGGGAAAACCTCCATGATTGCTC
TCTCCGTCTGCCAAATCGTTGACACTTCGTCTAGAGAAGTTCAGGCATTAATATTGTCCC
CAACAAGAGAGCTTGCTTCACAAACAGAGAAGACTATTCAAGCTATTGGATTACACGCCA
ATATTCAGGCACATGCCTGCATTGGTGGGAAGAGCGTTGGAGAAGATATCAGGAAGCTGG
AGAATGGTGTCCATGTTGTCTCTGGGACACCTGGTCGTGTCTGTGACATGATTAAGAGGA
AAAGCCTACGCACCAGAGCTATTAAACTTCTGATTCTTGATGAATCTGATGAGATGCTTA
GCAGAGGGTTCAAGGACCAAATCTATGATGTTTACAGATATCTTCCACCTGATCTTCAGG
TTTGTTTGGTTTCTGCAACTCTTCCCCACGAGATTTTGGAGGTGACTTCCAAGTTTATGA
CGGACCGGTGAAGATACTTGTGAAGCGTGATGAGTTGACTCTTGAGACATAAACAATTTT
TCGTCGCTGTTGAGAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G611TF U 1
AF RR1G592TF U 1
BS 1 736 RR1G592TF

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CAACAAGAGAGCTTGCTTCACAAACAGAGAAGACTATTCAAGCTATTGGATTACACGCCA
ATATTCAGGCACATGCCTGCATTGGTGGGAAGAGCGTTGGAGAAGATATCAGGAAGCTGG
AGAATGGTGTCCATGTTGTCTCTGGGACACCTGGTCGTGTCTGTGACATGATTAAGAGGA
AAAGCCTACGCACCAGAGCTATTAAACTTCTGATTCTTGATGAATCTGATGAGATGCTTA
GCAGAGGGTTCAAGGACCAAATCTATGATGTTTACAGATATCTTCCACCTGATCT

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR1G592TF 736 0 0
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TCGAGCCCATCACTAATTTCAACGACATGGGAATCAAGGAAGACGTGCTTCGCGGTGTCT
ACGAGTACGGTTTCGAGAAACCATCCGCGATTCAGCAGAGAGCTGTTATGCCGATTCTCC
AAGGGAGAGATGTCATCGCTCAAGCTCAGTCCGGTACGGGGAAAACCTCCATGATTGCTC
TCTCCGTCTGCCAAATCGTTGACACTTCGTCTAGAGAAGTTCAGGCATTAATATTGTCCC
CAACAAGAGAGCTTGCTTCACAAACAGAGAAGACTATTCAAGCTATTGGATTACACGCCA
ATATTCAGGCACATGCCTGCATTGGTGGGAAGAGCGTTGGAGAAGATATCAGGAAGCTGG
AGAATGGTGTCCATGTTGTCTCTGGGACACCTGGTCGTGTCTGTGACATGATTAAGAGGA
AAAGCCTACGCACCAGAGCTATTAAACTTCTGATTCTTGATGAATCTGATGAGATGCTTA
GCAGAGGGTTCAAGGACCAAATCTATGATGTTTACAGATATCTTCCACCTGATCTTCAGG
TTTGTTTGGTTTCTGCAACTCTTCCCCACGAGATTTTGGAGGTGACTTCCAAGTTTATGA
CGGACCGGTGAAGATACTTGTGAAGCGTGATGAGTTGACTCTTGAGACATAAACAATTTT
TCGTCGCTGTTGAGAA

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL8862Contig1 993 2 2 U
GGGATTTAGGGTTAGGTCGAAGAGGTCTGGGAAATTCGATGGGTTTGGGGTTAGATCTAG
GTCAAAGAGTCAGATGAAGATGTACGGTGGTGGTGGTTTCGATTCGGATCACGATTCGGG
AGGTAGTGGGTTTGGGTTGAAGAGGAGATACAATGGGAACCCTAAGGTTAGTAGTGGTGG
TGCTGACTTCGATGCTGATTCTGATGAAGAGATTGTGTTAGTGCCTAAGTCAGGTAGGCT
CAAGGGTTCGTCGCATGGGAAGCCTTCCTCCGGCGAGTTCGGTGGTGGGTTCCCGTTGAA
GTCCTTTGGCGATCGGAGTTTCGCCTCTCATGGGTTTAATAAAGCTAAGAGCTTTAGTAA
GCCTGAAGCCAATTTCTCTCCGGAGATGGATTATGATGATGAGTTTGACGAAGGGTTCAG
CCCGAAGATTCAGCACGGTAGGAGCTCGTCGCGAGCCAATGGTTATGGAAGGAAGGAAGG
GAGCTATCCCCGGGGGAATAACACGGGTGTTGTGTCCAATGGGTATGGGTCGTCTTCTAG
GTTCAAGCACGAGCAGATGAATGCTGTAGCAGATGTTGAGTCTGCTGACCCGATTGATGA
AGTTGTGTCTTCGGTGAAGATGTTGACGGAGATGTTCGTGAGGGTGGAGAATTCGAAGAT
GGAGATGATGAGGGAGATGGAGAAGACGAGGATGGAGATGGAGCTGAAGCATTGTCAGAT
GATGCTTGAGTCTCAGCAGCAGATTATTGGCGCGTTTGCTGAAGCGTTGAGTGAGAAAAA
GAGCACAAACGCGAGGAGGCCTGGTTCGTAGTTTTGAACTATGGGTTCGTATGTTGTTTT
AATAATATGATCGTAATTGTTTTTGAGTGTAGTACCAAGTCCAGTTACTAGGAACAGAAA
CTGCAGTTGAGTTTTATTGCGTAATGACTCTTTGAGGTTTTCATTGTTTGGCATTTTTTG
ATAACATATATAGTAAGTAAACATTTCTGTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BF39TF U 1
AF RR1BF39JQ C 113
BS 1 707 RR1BF39TF
BS 708 993 RR1BF39JQ

RD RR1BF39TF 707 0 0
GGGATTTAGGGTTAGGTCGAAGAGGTCTGGGAAATTCGATGGGTTTGGGGTTAGATCTAG
GTCAAAGAGTCAGATGAAGATGTACGGTGGTGGTGGTTTCGATTCGGATCACGATTCGGG
AGGTAGTGGGTTTGGGTTGAAGAGGAGATACAATGGGAACCCTAAGGTTAGTAGTGGTGG
TGCTGACTTCGATGCTGATTCTGATGAAGAGATTGTGTTAGTGCCTAAGTCAGGTAGGCT
CAAGGGTTCGTCGCATGGGAAGCCTTCCTCCGGCGAGTTCGGTGGTGGGTTCCCGTTGAA
GTCCTTTGGCGATCGGAGTTTCGCCTCTCATGGGTTTAATAAAGCTAAGAGCTTTAGTAA
GCCTGAAGCCAATTTCTCTCCGGAGATGGATTATGATGATGAGTTTGACGAAGGGTTCAG
CCCGAAGATTCAGCACGGTAGGAGCTCGTCGCGAGCCAATGGTTATGGAAGGAAGGAAGG
GAGCTATCCCCGGGGGAATAACACGGGTGTTGTGTCCAATGGGTATGGGTCGTCTTCTAG
GTTCAAGCACGAGCAGATGAATGCTGTAGCAGATGTTGAGTCTGCTGACCCGATTGATGA
AGTTGTGTCTTCGGTGAAGATGTTGACGGAGATGTTCGTGAGGGTGGAGAATTCGAAGAT
GGAGATGATGAGGGAGATGGAGAAGACGAGGATGGAGATGGAGCTGA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1BF39JQ 881 0 0
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AGTGGTGGTGCTGACTTCGATGCTGATTCTGATGAAGAGATTGTGTTAGTGCCTAAGTCA
GGTAGGCTCAAGGGTTCGTCGCATGGGAAGCCTTCCTCCGGCGAGTTCGGTGGTGGGTTC
CCGTTGAAGTCCTTTGGCGATCGGAGTTTCGCCTCTCATGGGTTTAATAAAGCTAAGAGC
TTTAGTAAGCCTGAAGCCAATTTCTCTCCGGAGATGGATTATGATGATGAGTTTGACGAA
GGGTTCAGCCCGAAGATTCAGCACGGTAGGAGCTCGTCGCGAGCCAATGGTTATGGAAGG
AAGGAAGGGAGCTATCCCCGGGGGAATAACACGGGTGTTGTGTCCAATGGGTATGGGTCG
TCTTCTAGGTTCAAGCACGAGCAGATGAATGCTGTAGCAGATGTTGAGTCTGCTGACCCG
ATTGATGAAGTTGTGTCTTCGGTGAAGATGTTGACGGAGATGTTCGTGAGGGTGGAGAAT
TCGAAGATGGAGATGATGAGGGAGATGGAGAAGACGAGGATGGAGATGGAGCTGAAGCAT
TGTCAGATGATGCTTGAGTCTCAGCAGCAGATTATTGGCGCGTTTGCTGAAGCGTTGAGT
GAGAAAAAGAGCACAAACGCGAGGAGGCCTGGTTCGTAGTTTTGAACTATGGGTTCGTAT
GTTGTTTTAATAATATGATCGTAATTGTTTTTGAGTGTAGTACCAAGTCCAGTTACTAGG
AACAGAAACTGCAGTTGAGTTTTATTGCGTAATGACTCTTTGAGGTTTTCATTGTTTGGC
ATTTTTTGATAACATATATAGTAAGTAAACATTTCTGTTGT

QA 1 881 1 881
DS 



AS 1 2

CO CL8863Contig1 728 2 2 U
GGGCCGTCGTACGTTCTCAGATAATCTCACTGCTCGTGTGGGACCATGCAAAGCGACGTG
ACTATGAATCCACGACCATCGGCTGACTCTAGCTCCTCTGACGTCGAAGCTGAGATCAGC
GACGGCGATGGCTTTTTACAGATCGATAGATCTCATACAGTCGCCGAAGACGAAGGTATA
ATGTGATTCAACGCGTCTCTTGTCTCCACCATTGCTGACCCGAAAGTTTCAATTTTTATG
TTGTTTGCATCAGTGTCGCTGCTGATTAGAGCAGAGACGTATCAAGGCTACATGAGGGAG
CTTCCTCTTCCGACAAGTCGCGGTTCTTTGATTCCGTTCACGAGCTGGGTTGGGCTAAGC
ATGTCGATCAAGGAGCTTTACGGTCAGCCTTTGCATTACCTCACGAACGTTCTGTTACAG
CGTTGGGATCAAGCAAGACTTGGTGCTGATTCTGAAGACCAGAGCTTGGATTTGATCATT
CATCCTTCTAAAGCTGAAGCTACTATCTGGCTTGTTGAAGAGATACATCGACTCACTTCT
TCTCATCTTCAGATTGCTCAGCTTTGGGGATCTGATCCTATGTATCACATGTTGATTGAT
CCTATCATTCCTAAGTTACCACAAACATGAACACTCCCTTTTTGTATCTATTTCTCTTTC
TTTAACTTTAAGACAATGTAATGTGAATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATT
ACAAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR1EP46TF U 1
AF RR1EP46JQ C 133
BS 1 727 RR1EP46TF
BS 728 728 RR1EP46JQ

RD RR1EP46TF 727 0 0
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ACTATGAATCCACGACCATCGGCTGACTCTAGCTCCTCTGACGTCGAAGCTGAGATCAGC
GACGGCGATGGCTTTTTACAGATCGATAGATCTCATACAGTCGCCGAAGACGAAGGTATA
ATGTGATTCAACGCGTCTCTTGTCTCCACCATTGCTGACCCGAAAGTTTCAATTTTTATG
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CTTCCTCTTCCGACAAGTCGCGGTTCTTTGATTCCGTTCACGAGCTGGGTTGGGCTAAGC
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CGTTGGGATCAAGCAAGACTTGGTGCTGATTCTGAAGACCAGAGCTTGGATTTGATCATT
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TCTCATCTTCAGATTGCTCAGCTTTGGGGATCTGATCCTATGTATCACATGTTGATTGAT
CCTATCATTCCTAAGTTACCACAAACATGAACACTCCCTTTTTGTATCTATTTCTCTTTC
TTTAACTTTAAGACAATGTAATGTGAATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATT
ACAAGAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1EP46JQ 596 0 0
TTTTTACAGATCGATAGATCTCATACAGTCGCCGAAGACGAAGGTATAATGTGATTCAAC
GCGTCTCTTGTCTCCACCATTGCTGACCCGAAAGTTTCAATTTTTATGTTGTTTGCATCA
GTGTCGCTGCTGATTAGAGCAGAGACGTATCAAGGCTACATGAGGGAGCTTCCTCTTCCG
ACAAGTCGCGGTTCTTTGATTCCGTTCACGAGCTGGGTTGGGCTAAGCATGTCGATCAAG
GAGCTTTACGGTCAGCCTTTGCATTACCTCACGAACGTTCTGTTACAGCGTTGGGATCAA
GCAAGACTTGGTGCTGATTCTGAAGACCAGAGCTTGGATTTGATCATTCATCCTTCTAAA
GCTGAAGCTACTATCTGGCTTGTTGAAGAGATACATCGACTCACTTCTTCTCATCTTCAG
ATTGCTCAGCTTTGGGGATCTGATCCTATGTATCACATGTTGATTGATCCTATCATTCCT
AAGTTACCACAAACATGAACACTCCCTTTTTGTATCTATTTCTCTTTCTTTAACTTTAAG
ACAATGTAATGTGAATGCTTTTTCTTTCAGTAATCACCAGAAGTCATTACAAGAGC

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

CO CL8864Contig1 884 2 4 U
GCTGGTCTACCTCAAGACCAATTATCAACAATAATACAAAAGCAGAGTCCACTCTCTGCA
GTGAAGCCGTCACAAGAAGGGGATGTTAACGTCCATCAAACTCACGGCTCAGCTTCAAGT
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ATGAGAGAGCTGATGCAACAAAAACAACACCAAGAAGATTCAATGATAGGTGAATATGAA
AAGATTGAGGCGTCTCACAACTATAATAACATGGAAGTAGAGGAAGAAGAGATGGATATG
GATGAAGAACTAGACGAGGATGAGAAATCCACGGCTTATGAGATTGCATTTCAGAGCCCT
GAAAAAAGAGGAGGTAATGGCCACACAGAGTCACCTTTCTTGACAATGGTTCAGTAAATT
AGAATCACTGTTTTTCAAATTACCCTTGTACCAAGAAAATGTACTTATGTGTGCATAGCT
TCTAAACAACACCAAAAACCTCAAACACACACACACACACACATCTGACACAAGAAACTG
AAAATCAAGGTCTTATCAATCTTGATTTTTCAGTGAATACAATTCTTTCTCATTATTTCT
CTTGTTCCTTTTCTTTCTCGGTCTCTTTTTTGTTTCTCTGTTCATTGTTTTCTTCTTCAG
CACACACACCCCCACCCACATGAACAAAAACTATAGCTAAAGGTCTTTTAATTTATTTTG
AGTTGTAATTTATCAGCAGGTTTCACTCTTCTTTTTCTTAAAACATTTCTTGATTGGTTA
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TGTAAATCTTTATTTCATTATGAAGTTTTCAAGAACTTTACTTT


BQ
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AF RR1CU71TF U 1
AF RR1CU71JQ C 84
BS 1 673 RR1CU71TF
BS 674 674 RR1CU71JQ
BS 675 686 RR1CU71TF
BS 687 884 RR1CU71JQ

RD RR1CU71TF 686 0 0
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GTGAAGCCGTCACAAGAAGGGGATGTTAACGTCCATCAAACTCACGGCTCAGCTTCAAGT
GATGAAGAAGAACCAAGAGAGGAAACTCCACAAGGAGCGGAGAAGCCAGAAGACCTTGTG
ATGAGAGAGCTGATGCAACAAAAACAACACCAAGAAGATTCAATGATAGGTGAATATGAA
AAGATTGAGGCGTCTCACAACTATAATAACATGGAAGTAGAGGAAGAAGAGATGGATATG
GATGAAGAACTAGACGAGGATGAGAAATCCACGGCTTATGAGATTGCATTTCAGAGCCCT
GAAAAAAGAGGAGGTAATGGCCACACAGAGTCACCTTTCTTGACAATGGTTCAGTAAATT
AGAATCACTGTTTTTCAAATTACCCTTGTACCAAGAAAATGTACTTATGTGTGCATAGCT
TCTAAACAACACCAAAAACCTCAAACACACACACACACACACATCTGACACAAGAAACTG
AAAATCAAGGTCTTATCAATCTTGATTTTTCAGTGAATACAATTCTTTCTCATTATTTCT
CTTGTTCCTTTTCTTTCTCGGTCTCTTTTTTGTTTCTCTGTTCATTGTTTTCTTCTTCAG
CACACACACCCCCCCCCACATGAACA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR1CU71JQ 801 0 0
TGTTAACGTCCATCAAACTCACGGCTCAGCTTCAAGTGATGAAGAAGAACCAAGAGAGGA
AACTCCACAAGGAGCGGAGAAGCCAGAAGACCTTGTGATGAGAGAGCTGATGCAACAAAA
ACAACACCAAGAAGATTCAATGATAGGTGAATATGAAAAGATTGAGGCGTCTCACAACTA
TAATAACATGGAAGTAGAGGAAGAAGAGATGGATATGGATGAAGAACTAGACGAGGATGA
GAAATCCACGGCTTATGAGATTGCATTTCAGAGCCCTGAAAAAAGAGGAGGTAATGGCCA
CACAGAGTCACCTTTCTTGACAATGGTTCAGTAAATTAGAATCACTGTTTTTCAAATTAC
CCTTGTACCAAGAAAATGTACTTATGTGTGCATAGCTTCTAAACAACACCAAAAACCTCA
AACACACACACACACACACATCTGACACAAGAAACTGAAAATCAAGGTCTTATCAATCTT
GATTTTTCAGTGAATACAATTCTTTCTCATTATTTCTCTTGTTCCTTTTCTTTCTCGGTC
TCTTTTTTGTTTCTCTGTTCATTGTTTTCTTCTTCAGCACACACACCCCCACCCCCATGA
ACAAAAACTATAGCTAAAGGTCTTTTAATTTATTTTGAGTTGTAATTTATCAGCAGGTTT
CACTCTTCTTTTTCTTAAAACATTTCTTGATTGGTTATTGGGGAATAAAAGAGTCCTTTT
CTCCTTGAGGTAAACAAACCTAAGAAACGAGAGATACTGTAAATCTTTATTTCATTATGA
AGTTTTCAAGAACTTTACTTT

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

CO CL8865Contig1 1212 2 6 U
GGTGAGGCGAAATTTGCTGCAAGCAACGTTAAGCCAGTTCAGTGAAAGGGATGATAATGG
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AGAACTCAGGGAGCTACTGAGCAGGAGAAGTGTTTCTAACCTTCTACGCAGTGGCTTCCG
TGAAAATCTGGATCAACTGATACAGTCATATGTTGAGAGGAGAGGAGGAGGACTTGCTCA
CATTGACTGGGATTTTCAACCAGAAACATTGGATTCTCAAGAACATCGTAGAGAGCAACA
AGGGTTTCTACAGGACGAGGATCAGCTTGATGTCGGCATCAATCAATCACAAACGCTGCC
AGCTCCACCAATGCCTCCACCACAGCCAATATGGCATCACACTAGCTACCCTCGTTCTTT
GCATAGATCTGAATTTGAATGGGAGATAATGAACGACTTGAGAGGAGACATGGCGAGGCT
TCAGCAAGGAATGAGTCATATGCAGAGGACTTTGGAAACATGTATGGATATGCAGTCTGA
GCTGCAGCGTTTGGTTAGACAAGAGGTCTCTGCAGCTTTAAACCAATCTCCCAGTGACAA
AGGTCTTGGGCCAGAAACATCCGAAGATGGGTCAAGATGGGCTCATGTAAGGAACGGGAC
TTGCTGTGTCTGCTGCGATGCCGACATTGACGCCCTCTTGTACAGATGCGGGCACATGTG
CACTTGCTCAAAGTGCGGTTACGAGCTGGTTCGAACCGGAGGGAAATGCCCCTTGTGTAG
AGCGCCAATCCTTGAGGTTATACGAGCCTATTCTATCGCATAAACCCCTGTGAGATTGGA
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AAACTTTCTGAAAGGGATCAAACCAAGAGCAGACACATATTTATTCTGACATCAAATTGT
TTTTTTCTTCCAGTTGTTGAGTGTCATCATGTACCTCTGTTTAAAAAGATAACTAATTGA
GTGATACTTCAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F229TF U 1
AF RR1F229JQ C 613
BS 1 745 RR1F229TF
BS 746 746 RR1F229JQ
BS 747 791 RR1F229TF
BS 792 792 RR1F229JQ
BS 793 806 RR1F229TF
BS 807 1212 RR1F229JQ

RD RR1F229TF 806 0 0
GGTGAGGCGAAATTTGCTGCAAGCAACGTTAAGCCAGTTCAGTGAAAGGGATGATAATGG
AAACAGAGGTATAAATGGGCCAGAAACCACAGTTGGTGACCTGCACCAAGACGGAACTGG
AAACTCAAGTGAACCTGTTGTAGTAGAAGGTCAGAGTGTATGGCCTGCAGATAACTCCAG
ACAATCTGATGGGAATCAGCCTCAGACACGGTTTGGAGGCTCAAGGAATCGCCGTGTAGT
ACCAATGAGAAGATTAAACAGGCTGCATATACCTGATGACGATAATCTTAACAACAGCAT
AGAACTCAGGGAGCTACTGAGCAGGAGAAGTGTTTCTAACCTTCTACGCAGTGGCTTCCG
TGAAAATCTGGATCAACTGATACAGTCATATGTTGAGAGGAGAGGAGGAGGACTTGCTCA
CATTGACTGGGATTTTCAACCAGAAACATTGGATTCTCAAGAACATCGTAGAGAGCAACA
AGGGTTTCTACAGGACGAGGATCAGCTTGATGTCGGCATCAATCAATCACAAACGCTGCC
AGCTCCACCAATGCCTCCACCACAGCCAATATGGCATCACACTAGCTACCCTCGTTCTTT
GCATAGATCTGAATTTGAATGGGAGATAATGAACGACTTGAGAGGAGACATGGCGAGGCT
TCAGCAAGGAATGAGTCATATGCAGAGGACTTTGGAAACATGTATGGATATGCAGTCTGA
GCTGCAGCGTTTGGTTAGACAAGAG*TCTCTGCAGCTTTAAACCAATCTCCCAGTGACAA
AGGTCTTGGGC*AGAAACATCCGAAG

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1F229JQ 600 0 0
ATTTGAATGGGAGATAATGAACGACTTGAGAGGAGACATGGCGAGGCTTCAGCAAGGAAT
GAGTCATATGCAGAGGACTTTGGAAACATGTATGGATATGCAGTCTGAGCTGCAGCGTTT
GGTTAGACAAGAGGTCTCTGCAGCTTTAAACCAATCTCCCAGTGACAAAGGTCTTGGGCC
AGAAACATCCGAAGATGGGTCAAGATGGGCTCATGTAAGGAACGGGACTTGCTGTGTCTG
CTGCGATGCCGACATTGACGCCCTCTTGTACAGATGCGGGCACATGTGCACTTGCTCAAA
GTGCGGTTACGAGCTGGTTCGAACCGGAGGGAAATGCCCCTTGTGTAGAGCGCCAATCCT
TGAGGTTATACGAGCCTATTCTATCGCATAAACCCCTGTGAGATTGGAGAACAAGAGAAC
GAGATTTTTATTGATGTCTGAGCAAGAACAGATTTGTTTCAGCGATGTAAACTTTCTGAA
AGGGATCAAACCAAGAGCAGACACATATTTATTCTGACATCAAATTGTTTTTTTCTTCCA
GTTGTTGAGTGTCATCATGTACCTCTGTTTAAAAAGATAACTAATTGAGTGATACTTCAC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL8866Contig1 754 2 2 U
GAGACGATATGTCTCTTGCTAGCCTACAAGATCAAATACCCAGGGAACTTTTTTCTACTG
AGGGGAAACCACGAGTGTGCTTCCATCAACCGGATATATGGTTTTTACGATGAGTGTAAA
AGGAGGTTCAATGTGAGGGTGTGGAAGGTTTTCACAGACTGTTTCAACTGCCTTCCTGTT
GCCGCGCTTATAGATGACAAGATACTGTGTATGCACGGTGGACTTTCGCCTGATCTCAAC
CATTTGGATGAGATTAGAAGCTTGCCGCGTCCGACTATGATTCCTGACACGGGGCTCCTC
TGTGATTTGCTCTGGTCTGATCCTGGGAAAGATGTTAACGGATGGGGGATGAATGATAGA
GGCGTTTCTTACACTTTTGGTCCGGACAAAGTCTCTGAGTTTCTAGCGAAACATGATCTA
GACCTTGTGTGTCGTGCTCATCAGGTGGTGGAAGATGGGTATGAGTTCTTTGCTGATAGA
CAGCTAGTGACGGTGTTTTCAGCTCCTAACTACTGTGGAGAATTTGATAATGCTGGTGCG
ATGATGAGCGTGGATGAGAACCTTATGTGCTCGTTTCAGATTTTGAAGCCCGCTGAGAAG
AAGTCCAAGTTCATGATGTCCACAAAGATTTGAATCCTTTCATTGAAAGGTTAGTAGTCA
ATAGTGTGTACTTAGCAACACCAAACAAGTGAATGAATGGATTCTTATGCACTGATTTGT
TTGTCTTCATATTTTACAAGTCAGTGTTTCTCTG


BQ
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AF RR1FU85TF U 1
AF RR1FU85JQ C 17
BS 1 465 RR1FU85TF
BS 466 754 RR1FU85JQ

RD RR1FU85TF 465 0 0
GAGACGATATGTCTCTTGCTAGCCTACAAGATCAAATACCCAGGGAACTTTTTTCTACTG
AGGGGAAACCACGAGTGTGCTTCCATCAACCGGATATATGGTTTTTACGATGAGTGTAAA
AGGAGGTTCAATGTGAGGGTGTGGAAGGTTTTCACAGACTGTTTCAACTGCCTTCCTGTT
GCCGCGCTTATAGATGACAAGATACTGTGTATGCACGGTGGACTTTCGCCTGATCTCAAC
CATTTGGATGAGATTAGAAGCTTGCCGCGTCCGACTATGATTCCTGACACGGGGCTCCTC
TGTGATTTGCTCTGGTCTGATCCTGGGAAAGATGTTAACGGATGGGGGATGAATGATAGA
GGCGTTTCTTACACTTTTGGTCCGGACAAAGTCTCTGAGTTTCTAGCGAAACATGATCTA
GACCTTGTGTGTCGTGCTCATCAGGTGGTGGAAGATGGGTATGAG

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR1FU85JQ 738 0 0
TGCTAGCCTACAAGATCAAATACCCAGGGAACTTTTTTCTACTGAGGGGAAACCACGAGT
GTGCTTCCATCAACCGGATATATGGTTTTTACGATGAGTGTAAAAGGAGGTTCAATGTGA
GGGTGTGGAAGGTTTTCACAGACTGTTTCAACTGCCTTCCTGTTGCCGCGCTTATAGATG
ACAAGATACTGTGTATGCACGGTGGACTTTCGCCTGATCTCAACCATTTGGATGAGATTA
GAAGCTTGCCGCGTCCGACTATGATTCCTGACACGGGGCTCCTCTGTGATTTGCTCTGGT
CTGATCCTGGGAAAGATGTTAACGGATGGGGGATGAATGATAGAGGCGTTTCTTACACTT
TTGGTCCGGACAAAGTCTCTGAGTTTCTAGCGAAACATGATCTAGACCTTGTGTGTCGTG
CTCATCAGGTGGTGGAAGATGGGTATGAGTTCTTTGCTGATAGACAGCTAGTGACGGTGT
TTTCAGCTCCTAACTACTGTGGAGAATTTGATAATGCTGGTGCGATGATGAGCGTGGATG
AGAACCTTATGTGCTCGTTTCAGATTTTGAAGCCCGCTGAGAAGAAGTCCAAGTTCATGA
TGTCCACAAAGATTTGAATCCTTTCATTGAAAGGTTAGTAGTCAATAGTGTGTACTTAGC
AACACCAAACAAGTGAATGAATGGATTCTTATGCACTGATTTGTTTGTCTTCATATTTTA
CAAGTCAGTGTTTCTCTG

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL8867Contig1 1183 2 2 U
GGGTCTTAACACAAGTGGGTCGCTAAATTTGCGGACAACTGTCATCCAGCTCCGGTCATT
CCTATATTATAAACCAGCGACATTCCATTTTCTCTGGAAGTCCTCAGACAAGAACTTTCC
CTAAGTTTTCATCTCCGATCTCTCTTCAACTAACATGTACGTATATTAAGGGAGAGGTTT
CGGAGTTCAGGTTAAATAAACAAGGATTCATGGAGCTGGGGTGGAATAACGACGTTGGAT
CACTTGCTGTGAAAGATAAGGGTATGTCAGAAAGAGAAAACAGTGATGAAGAACGTCTTA
TCACTGGCTTGAAATCGAGCTACGGCTACGTTGATCATGATCAAGCAAATATCCAGTTTC
AAATTGTTCCAGAGATTCATAAAGAAGAAGAAAACTCGGAGAAAGACTTGAAGTTGGCTG
TCCCTGATGAACATTCTGAAACTGGTCATCATCATGATCATCAAATCAATGGCTTTTCAG
GTAGTTCAGATAACCATGACAAGCTAAAACGGAGTCGTCTCGAGAACTTCAGTGATGATG
AATCAGAGGGGTTCACAAGAGAAGTTCCTACGGTGACAATAAAAGGATTCAAGAAAAGAA
GAAGAGACGATACGATGAGTAATAAGATGCATACGCTACAGCGACTCTTACCTAATTGTC
ACAAGGAGGACACGGTTTCTGTTCTCGATACGGCCATTGAGTATATGAAAGATCTTCAAT
TTCAACTCCAGGTGATGTATAATGAGGAGGAATCGTTATTTTGCTCTGGCGACATTAAAC
TTAGGAATGCACAACGACCTGGTGACGGCGATGGCTATGACTCAGGGTATAAATCTGGTG
AATCAAACAACGTCGCCACCATTAATCCCGACGCCCAATTGGCCGTTGCCACCCTTTATT
AATATATCATTCCCACACACATCTAACCAATCTCTATTTCCTACAACAGCATTGCCAGCT
TCTTCTACTCAATGTCTTTGCGGTTTGGTTCCTTGTTTTCCAAGTTTCCTTGATTTTTCT
TCCCATATGATGGGTGGAAGACAATAATATGTAAGTTGCTACATAAAACTTTGTAAGAAA
TATTCGTCTACTAGGAGAAAACAGAAAAAAAAAATCGAAAATAAGGCGTATGCACAATGT
GATTTATATATTTGGGTCTTGAGTTGACCAATGTGTTTTAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B635TF U 1
AF RR1B635JQ C 464
BS 1 780 RR1B635TF
BS 781 1183 RR1B635JQ

RD RR1B635TF 780 0 0
GGGTCTTAACACAAGTGGGTCGCTAAATTTGCGGACAACTGTCATCCAGCTCCGGTCATT
CCTATATTATAAACCAGCGACATTCCATTTTCTCTGGAAGTCCTCAGACAAGAACTTTCC
CTAAGTTTTCATCTCCGATCTCTCTTCAACTAACATGTACGTATATTAAGGGAGAGGTTT
CGGAGTTCAGGTTAAATAAACAAGGATTCATGGAGCTGGGGTGGAATAACGACGTTGGAT
CACTTGCTGTGAAAGATAAGGGTATGTCAGAAAGAGAAAACAGTGATGAAGAACGTCTTA
TCACTGGCTTGAAATCGAGCTACGGCTACGTTGATCATGATCAAGCAAATATCCAGTTTC
AAATTGTTCCAGAGATTCATAAAGAAGAAGAAAACTCGGAGAAAGACTTGAAGTTGGCTG
TCCCTGATGAACATTCTGAAACTGGTCATCATCATGATCATCAAATCAATGGCTTTTCAG
GTAGTTCAGATAACCATGACAAGCTAAAACGGAGTCGTCTCGAGAACTTCAGTGATGATG
AATCAGAGGGGTTCACAAGAGAAGTTCCTACGGTGACAATAAAAGGATTCAAGAAAAGAA
GAAGAGACGATACGATGAGTAATAAGATGCATACGCTACAGCGACTCTTACCTAATTGTC
ACAAGGAGGACACGGTTTCTGTTCTCGATACGGCCATTGAGTATATGAAAGATCTTCAAT
TTCAACTCCAGGTGATGTATAATGAGGAGGAATCGTTATTTTGCTCTGGCGACATTAAAC

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1B635JQ 720 0 0
AATCAATGGCTTTTCAGGTAGTTCAGATAACCATGACAAGCTAAAACGGAGTCGTCTCGA
GAACTTCAGTGATGATGAATCAGAGGGGTTCACAAGAGAAGTTCCTACGGTGACAATAAA
AGGATTCAAGAAAAGAAGAAGAGACGATACGATGAGTAATAAGATGCATACGCTACAGCG
ACTCTTACCTAATTGTCACAAGGAGGACACGGTTTCTGTTCTCGATACGGCCATTGAGTA
TATGAAAGATCTTCAATTTCAACTCCAGGTGATGTATAATGAGGAGGAATCGTTATTTTG
CTCTGGCGACATTAAACTTAGGAATGCACAACGACCTGGTGACGGCGATGGCTATGACTC
AGGGTATAAATCTGGTGAATCAAACAACGTCGCCACCATTAATCCCGACGCCCAATTGGC
CGTTGCCACCCTTTATTAATATATCATTCCCACACACATCTAACCAATCTCTATTTCCTA
CAACAGCATTGCCAGCTTCTTCTACTCAATGTCTTTGCGGTTTGGTTCCTTGTTTTCCAA
GTTTCCTTGATTTTTCTTCCCATATGATGGGTGGAAGACAATAATATGTAAGTTGCTACA
TAAAACTTTGTAAGAAATATTCGTCTACTAGGAGAAAACAGAAAAAAAAAATCGAAAATA
AGGCGTATGCACAATGTGATTTATATATTTGGGTCTTGAGTTGACCAATGTGTTTTAAGT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL8868Contig1 629 2 2 U
GGAGAAGCACTAGTAGAGAAGAAGCTCGTCGTAACCCTAAAATCTAGCGGCGAGGATGGG
ACGCGTCCGCACGAAGACGGTGAAGAAATCCTCCCGCCAAGTGATCGAGAAGTACTACTC
GCGCATGACGCTCGACTTCCACACGAACAAGAAGATCCTCGAGGAGGTCGCGATCATCCC
TTCGAAGCGTCTCCGCAACAAGATCGCGGGATTCTCCACGCATCTCTTGAAGAGGATCCA
GAAGGGGCCCGTCCGCGGGATCTCACTCAAGCTCCAGGAGGAGGAGCGCGAGCGACGCAT
GGACTTCGTCCCCGACGAATCCGCCATCAAAACCGATCGCATCGAGGTGGATAAGGAGAC
GCTGGACATGCTCGCCTCCTTGGGGATGGCGGATATGCCAGGTGTCGTCAATGTGGATCC
GGTCTCGGCTGCTCCTGTTGCTGCATTTGGCCGTGGAAGGAGGTTCTAGAAGAATCGATC
CTTTTTAAGTATCATTTCGTATGTGTTTGTTTTGCTGAAGTTTGAATGCTCTATAAAGCT
TTAATGTTATAACTTTAATAACAGTTGGTGAATGCTTCGTTAGAGAACACATATGGAACT
TAGGTTGGTAGATCATCCCTGATTCGTTG


BQ
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AF RR1F704TF U 1
AF RR1F704JQ C 1
BS 1 599 RR1F704TF
BS 600 629 RR1F704JQ

RD RR1F704TF 599 0 0
GGAGAAGCACTAGTAGAGAAGAAGCTCGTCGTAACCCTAAAATCTAGCGGCGAGGATGGG
ACGCGTCCGCACGAAGACGGTGAAGAAATCCTCCCGCCAAGTGATCGAGAAGTACTACTC
GCGCATGACGCTCGACTTCCACACGAACAAGAAGATCCTCGAGGAGGTCGCGATCATCCC
TTCGAAGCGTCTCCGCAACAAGATCGCGGGATTCTCCACGCATCTCTTGAAGAGGATCCA
GAAGGGGCCCGTCCGCGGGATCTCACTCAAGCTCCAGGAGGAGGAGCGCGAGCGACGCAT
GGACTTCGTCCCCGACGAATCCGCCATCAAAACCGATCGCATCGAGGTGGATAAGGAGAC
GCTGGACATGCTCGCCTCCTTGGGGATGGCGGATATGCCAGGTGTCGTCAATGTGGATCC
GGTCTCGGCTGCTCCTGTTGCTGCATTTGGCCGTGGAAGGAGGTTCTAGAAGAATCGATC
CTTTTTAAGTATCATTTCGTATGTGTTTGTTTTGCTGAAGTTTGAATGCTCTATAAAGCT
TTAATGTTATAACTTTAATAACAGTTGGTGAATGCTTCGTTAGAGAACACATATGGAAC

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR1F704JQ 629 0 0
GGAGAAGCACTAGTAGAGAAGAAGCTCGTCGTAACCCTAAAATCTAGCGGCGAGGATGGG
ACGCGTCCGCACGAAGACGGTGAAGAAATCCTCCCGCCAAGTGATCGAGAAGTACTACTC
GCGCATGACGCTCGACTTCCACACGAACAAGAAGATCCTCGAGGAGGTCGCGATCATCCC
TTCGAAGCGTCTCCGCAACAAGATCGCGGGATTCTCCACGCATCTCTTGAAGAGGATCCA
GAAGGGGCCCGTCCGCGGGATCTCACTCAAGCTCCAGGAGGAGGAGCGCGAGCGACGCAT
GGACTTCGTCCCCGACGAATCCGCCATCAAAACCGATCGCATCGAGGTGGATAAGGAGAC
GCTGGACATGCTCGCCTCCTTGGGGATGGCGGATATGCCAGGTGTCGTCAATGTGGATCC
GGTTTCGGCTGCTCCTGTTGCTGCATTTGGCCGTGGAAGGAGGTTCTAGAAGAATCGATC
CTTTTTAAGTATCATTTCGTATGTGTTTGTTTTGCTGAAGTTTGAATGCTCTATAAAGCT
TTAATGTTATAACTTTAATAACAGTTGGTGAATGCTTCGTTAGAGAACACATATGGAACT
TAGGTTGGTAGATCATCCCTGATTCGTTG

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

CO CL8869Contig1 938 2 8 U
GGCCGTCGAGGAGAACGAGCCTGAAGCAACGTTCTCGGAGGGAGATGTGGGCGAAGGAGG
CGACTTCCCGGAGCCGCCGGAGGAAGCGAAACTCTTCGTCGGAAACTTGGCTTACGATGT
GGATAGTCAAGCCTTGGCTATGCTCTTTGAGCAAACCGGTACTGTTGAGATCGCTGAGGT
TATCTACAACAGGGAGACAGACCAGAGTCGTGGGTTTGGATTTGTGACGATGAGTACGGT
GGAGGAAGCTGAGACTGCTGTTGAGAAGTTCAACCGTTATGACCTGAACGGAAGGCTTCT
GACAGTAAACAAGGCAGCACCTAGAGGATCACGTCCAGAACGCCAACCTCGGGTGTATGA
ACCTGCGTTCAGAGTCTATGTGGGAAACCTACCGTGGGATGTGGACAACGGTCGTCTAGA
GCAAGTATTCAGTGAGCATGGTAAGGTCATGGAAGCTCGTGTGGTTTATGACCGTGAGAC
GGGTCGCTCACGTGGGTTCGGTTTTGTCACAATGTCTAACGAGACTGAACTCAATGACGC
TATCGCTGCTCTTGATGGACAGAACATGGAGGGTAGAGCAATCAGAGTGAATGTAGCGGA
GGAGCGTCCGAGGCGTGGGTTTTAAAAGGATTGAGATTATCTCTTCTGCCAGTTTCCTCT
CTCTCTCTCTTCCTATCGCTTTGCATTTTGTTTAGACGAGATTCTTACACTCTTTGATGA
TTTTTTGTTGTGTCTGAACCCCTTTGATGATTTTTTTGTTGTCTGAACTAATGCTTTTAC
TATATAGCACATAACCGCCTTCAGTACTTTGACTTACAAATTAGTTTAGACCCAAGACTT
GAGAGGTTAGTGATGTATTGTTATTAGTGAGTCTTGGCTAGTAATCACTCTTCGAAGTTA
ATTAAAAAAAAGAAGAAAGAGATAATATCTTAACATTT


BQ
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AF RR1CN91TF U 1
AF RR1CN91JQ C 155
BS 1 725 RR1CN91TF
BS 726 726 RR1CN91JQ
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BS 739 756 RR1CN91TF
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BS 758 766 RR1CN91TF
BS 767 938 RR1CN91JQ

RD RR1CN91TF 766 0 0
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TATCGCTGCTCTTGATGGACAGAACATGGAGGGTAGAGCAATCAGAGTGAATGTAGCGGA
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CTCTCTCTCTTCCTATCGCTTTGCATTTTGTTTAGACGAGATTCTTACACTCTTTGATGA
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QA 1 766 1 766
DS 

RD RR1CN91JQ 784 0 0
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CCAGAACGCCAACCTCGGGTGTATGAACCTGCGTTCAGAGTCTATGTGGGAAACCTACCG
TGGGATGTGGACAACGGTCGTCTAGAGCAAGTATTCAGTGAGCATGGTAAGGTCATGGAA
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TCTAACGAGACTGAACTCAATGACGCTATCGCTGCTCTTGATGGACAGAACATGGAGGGT
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GACGAGATTCTTACACTCTTTGATGATTTTTTGTTGTGTCTGAACCCCTTTGATGATTTT
TTTGTTGTCTGAACTAATGCTTTTACTATATAGCACATAACCGCCTTCAGTACTTTGACT
TACAAATTAGTTTAGACCCAAGACTTGAGAGGTTAGTGATGTATTGTTATTAGTGAGTCT
TGGCTAGTAATCACTCTTCGAAGTTAATTAAAAAAAAGAAGAAAGAGATAATATCTTAAC
ATTT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

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AF RR1A050TF U 1
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BS 1 693 RR1A050TF
BS 694 736 RR1A050JQ

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CAACACTAACATCAGTTAAAGCTATTATTTTGTCTTCTTGGTATCATGCATTATTATTAT
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QA 1 693 1 693
DS 

RD RR1A050JQ 736 0 0
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GGCTAGAGTTCAACAGGAAGGTCACAACTATCCTGGAGGTGATGTGCCTTTTGCCACATG
TAGCTCATGCAACTGCTCAGATGGTTATGAAACAGCTACTGACCAGATCACCGGAGGTGA
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AAGCACTAACAACTGCACACTCTGTGATGGAGAGCTTGATTAGTATTGATACAGAAACTG
CAACACTAACATCAGTTAAAGCTATTATTTTGTCTTCTTGGTATCATGCATTATTATTAT
GCTAATAGTAATAACTTTGGTGTAAAAAACCTCAAAAAAATCTAAAACTTTGGTAATTTT
ATTCAGGCATAAGCGT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL8871Contig1 638 2 3 U
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TTAGCAGCTTATTCGGATTAGGAATCAGATTTGTTAGCATAACCGAAGATTCACCGGTTC
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ATGTTTTTGAGCAAGGTGAAGGCAAGAGAAGGAGAATTGCCTGCTGCTTTTACTTTTCTA
TCATTAAGTGTTTGTGTTAAATCAACCATATTAACTAC


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AF RR1CX94TF U 127
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GCTTATTCGGATTAGGAATCAGATTTGTTAGCATAACCGAAGATTCACCGGTTCAAATCG
AATCCAAGTAGATTTTTTTTTTAACTCT

QA 1 328 1 328
DS 

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GATCGGTTCTGTGGCGGAATCATGCGAATACGGACAAGAGGAAAGAGGGAAGAGCAATTT
GTTTGCAGCTCACAGGGCCAAAGTTGCAGCCTTGGAGAACAGCCCTTGAAGGTTTCATTA
GCCAATGAAAAAGGATCATCAGATCATGCAATGTGTTCATATCTCAAGCTAACCCTTTTT
TTAGCAGCTTATTCGGATTAGGAATCAGATTTGTTAGCATAACCGAAGATTCACCGGTTC
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TTGGTTGGTTTACTTAAATGTTTTTTTTTTCAGTTTGGTTTATTTAATTTCTCACCTTCA
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TCATTAAGTGTTTGTGTTAAATCAACCATATTAACTAC

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

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CCTTCTGCTTCTGTGCAAAAAGATGCCACGTCTGGTTCAGAAACCTTCACAACTCCATCC
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TGTTTTAACATTTGTGTACTTCTACTTAATCCGTAAGGGATTGGCTTTAAAAGATTTTTT
ATTTGTCGATGTGTAAATTATATATATCCGTTTCTCCTTTTTGTTTGTGTACT


BQ
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AF RR1CN64JQ C 1
AF RR1CN64TF U 1
BS 1 593 RR1CN64TF

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ATTTGTCGATGTGTAAATTATATATATCCGTTTCTCCTTTTTGTTTGTGTACT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1CN64TF 593 0 0
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CACTAGTTGTGAACTCGGCGGTCTACAGGTTCGCTTGGATAGGTTGTCTCTCGGTGAGCC
CCTTCTGCTTCTGTGCAAAAAGATGCCACGTCTGGTTCAGAAACCTTCACAACTCCATCC
GTGATGACCGTTACCTCATTGGTAGAAGGCTCCATAACTTTGGGTAAGCTGCCTTGGCTA
ACCAAAACCTAAACCAGAGCAGTGAGGATGCAGGAGATGGTGGGGTTTTGATAGGACGTG
AGGGAGATGCGGATACTGGACTGAGGCTCAGACGTGCAATCCAACAAGAAGCTTAGAAAA
GAGTAGTGTGTTTTGTCAAGGTGGTGAATCAAAACAACAGTTGGATACGTGTCACTGAGT
TGTTTTAACATTTGTGTACTTCTACTTAATCCGTAAGGGATTGGCTTTAAAAGATTTTTT
ATTTGTCGATGTGTAAATTATATATATCCGTTTCTCCTTTTTGTTTGTGTACT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL8873Contig1 789 2 2 U
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CACTGTTGTCCGTGCACTCCGTGCTGCATTTAACAACCCTGAAAGAGCTGTGAAATATCT
TTACTCTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F659TF U 1
AF RR1A984TF U 7
BS 1 601 RR1F659TF
BS 602 789 RR1A984TF

RD RR1F659TF 601 0 0
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CTGCCGCCTGCGATCGATCTGAGCTGAGTTTCGCCGGAGGATCGGTCACTGCTAGGAGAA
TTTTGACGGAGAAGAGAAGATGAAGATATTTGTGAAAACTCTCAAGGGGACTCACTTCGC
GATCGAAGTAAAACCTGAGGATTCGGTAGCTGATGTGAAGAAGAACATAGAGACTGTGCA
GGGAGCAGACGTTTATCCTGCTGCTAAACTCATGCTTATTCACCAAGGGAAAGTGCTTAA
AGATGAGACCACCATTGAGGAGAACAAAGTTGCTGAGAACAGTTTTATTGTCATCATGAT
GGCCAAGAGTAAACCTGCCTCAGCTGGAGCGTCTAGTGCATCTTCTGCCACTACGGTGCA
GGCTAAGCCGATGCCTACCTCATCAACACAGCCTTCAACTTCCCCTCAGCCTCCAGCTTC
TGTAGCAATTCCAGTTGCAACTGCACCAACACCTGCAGCTGCCACTGAAACCGTGGCTGC
ACCTGCACCTGAAACTGTTTCTGCTACTCCACCAGCAAGCACTCCCGCACCCGAATCAGC
T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1A984TF 783 0 0
GG
CAGATTTCGTGTGCATCATCTTACCTACTCGCACCTTCTTCCCAACTTATTGCTGCCGCC
TGCGATCGATCTGAGCTGAGTTTCGCCGGAGGATCGGTCACTGCTAGGAGAATTTTGACG
GAGAAGAGAAGATGAAGATATTTGTGAAAACTCTCAAGGGGACTCACTTCGCGATCGAAG
TAAAACCTGAGGATTCGGTAGCTGATGTGAAGAAGAACATAGAGACTGTGCAGGGAGCAG
ACGTTTATCCTGCTGCTAAACTCATGCTTATTCACCAAGGGAAAGTGCTTAAAGATGAGA
CCACCATTGAGGAGAACAAAGTTGCTGAGAACAGTTTTATTGTCATCATGATGGCCAAGA
GTAAACCTGCCTCAGCTGGAGCGTCTAGTGCATCTTCTGCCACTACGGTGCAGGCTAAGC
CGATGCCTACCTCATCAACACAGCCTTCAACTTCCCCTCAGCCTCCAGCTTCTGTAGCAA
TTCCAGTTGCAACTGCACCAACACCTGCAGCTGCCACTGAAACCGTGGCTGCACCTGCAC
CTGAAACTGTTTCTGCTACTCCACCAGCAAGCACTCCCGCACCCGAATCAGCTCCTGCAG
GATCTCAGGGTGATGTGTACGGACAAGCAGCATCCAACTTGGCCGCTGGAAGTAATTTAG
AGAGTACCATTCTGCAGATTCTGGATATGGGCGGAGGAGCCTGGGATCGGGACACTGTTG
TCCGTGCACTCCGTGCTGCATTTAACAACCCTGAAAGAGCTGTGAAATATCTTTACTCTG
G

QA 3 783 3 783
DS 



AS 1 2

CO CL8874Contig1 604 2 2 U
GGAGTCGATTCATAACCCTAAGCGGTGCCATCCTCACCACAACTATGGCTGAACCCGATT
CTCCTCCTCCTCAGCTGAACTTACCTTCTTTCGTCGTCAACCTGTTCCCCTTCCTCAAAC
CTAAGTCTCCTGCTTCTTCTGCTAACGTTGCCGATGGTGGTCCTAAACCCACGGGAGGAG
ATAAGGAGACTCAGAACTCGACGGTCACTTTCCCTTACAATCCTCCCAAGAGCACTGAGC
CACTCAAGGTTGAAGCCGAGCCTAGCTCCGGGACCACTTCCAATTCCCTCGTCATTTGGC
AGGTATATGCACTTGGAGGGTTTCTTGTCCTGAAGTGGGCTTGGGCGAGATGGAATGAGA
GGAACGAGAAAAAGAAGTCAACGGATGATGATGATGATGATGATGATCAAGCTCCTCATC
CGGAAGATGATTGATTGATGATGAAGGCTTCTCATATTTGCACGAAGACAATGAAATCTT
TTACCCCCCATTTTGGTTCTGTATAGCAGCAAAAACACCCTTTCAGATTTTCTTATATTC
CATTGTATCTCTACTCAAGACTATTGGGTTTCTTCTACTTCTGTAATGACTACGATTCTC
CTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR1B003TF U 1
AF RR1B003JQ C 1
BS 1 593 RR1B003TF
BS 594 604 RR1B003JQ

RD RR1B003TF 593 0 0
GGAGTCGATTCATAACCCTAAGCGGTGCCATCCTCACCACAACTATGGCTGAACCCGATT
CTCCTCCTCCTCAGCTGAACTTACCTTCTTTCGTCGTCAACCTGTTCCCCTTCCTCAAAC
CTAAGTCTCCTGCTTCTTCTGCTAACGTTGCCGATGGTGGTCCTAAACCCACGGGAGGAG
ATAAGGAGACTCAGAACTCGACGGTCACTTTCCCTTACAATCCTCCCAAGAGCACTGAGC
CACTCAAGGTTGAAGCCGAGCCTAGCTCCGGGACCACTTCCAATTCCCTCGTCATTTGGC
AGGTATATGCACTTGGAGGGTTTCTTGTCCTGAAGTGGGCTTGGGCGAGATGGAATGAGA
GGAACGAGAAAAAGAAGTCAACGGATGATGATGATGATGATGATGATCAAGCTCCTCATC
CGGAAGATGATTGATTGATGATGAAGGCTTCTCATATTTGCACGAAGACAATGAAATCTT
TTACCCCCCATTTTGGTTCTGTATAGCAGCAAAAACACCCTTTCAGATTTTCTTATATTC
CATTGTATCTCTACTCAAGACTATTGGGTTTCTTCTACTTCTGTAATGACTAC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1B003JQ 604 0 0
GGAGTCGATTCATAACCCTAAGCGGTGCCATCCTCACCACAACTATGGCTGAACCCGATT
CTCCTCCTCCTCAGCTGAACTTACCTTCTTTCGTCGTCAACCTGTTCCCCTTCCTCAAAC
CTAAGTCTCCTGCTTCTTCTGCTAACGTTGCCGATGGTGGTCCTAAACCCACGGGAGGAG
ATAAGGAGACTCAGAACTCGACGGTCACTTTCCCTTACAATCCTCCCAAGAGCACTGAGC
CACTCAAGGTTGAAGCCGAGCCTAGCTCCGGGACCACTTCCAATTCCCTCGTCATTTGGC
AGGTATATGCACTTGGAGGGTTTCTTGTCCTGAAGTGGGCTTGGGCGAGATGGAATGAGA
GGAACGAGAAAAAGAAGTCAACGGATGATGATGATGATGATGATGATCAAGCTCCTCATC
CGGAAGATGATTGATTGATGATGAAGGCTTCTCATATTTGCACGAAGACAATGAAATCTT
TTACCCCCCATTTTGGTTCTGTATAGCAGCAAAAACACCCTTTCAGATTTTCTTATATTC
CATTGTATCTCTACTCAAGACTATTGGGTTTCTTCTACTTCTGTAATGACTACGATTCTC
CTCC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL8875Contig1 628 2 7 U
GCGTCTCCTCCCTTCAATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCACCACCCCGTCTCCTCTCTC
TTCTGACCGGGAGGAGGGACCTCTTGGAGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAA
CCGTATGAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGC
TTCTAAGCTTAGAGCTGTTCTCTTGTGTGATGTTCAACGCGGTGCTGGAGAATGCGTGTA
GTGAGATGGGAGCAAGGATGTCTGCAATGGACAGCTCAAGCAGGAACGCAGGAGAAATGC
TTGACCGTCTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGTCAAGCTTCCATCACAACAGAGCTTA
TCGAGATTATCTCTGGAGCTTCTGCACTTGAAGCTGCTAAATAAGCAAAGCACATCATCC
TTATTTTGCGTTAAACTTGGCTTTTGATATATCTTATCCACCATAAAGGAGTACCTAAGG
GTTACCGAAACCAATTTATTTTGCTGGCTTCTTGTTGAGAACCACCTGACTTTGCCAAGA
TGTTCTTTCATAATAAACATCCCTGTAATTTCCAGCAGGATAACGAATATTCACGTTTTG
AAGAAACAGAGGAAGAAAAGCTGCTACG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT18JQ C 1
AF RR1DT18TF U 2
BS 1 1 RR1DT18JQ
BS 2 520 RR1DT18TF
BS 521 521 RR1DT18JQ
BS 522 578 RR1DT18TF
BS 579 579 RR1DT18JQ
BS 580 601 RR1DT18TF
BS 602 628 RR1DT18JQ

RD RR1DT18JQ 628 0 0
GCGTCTCCTCCCTTCAATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCACCACCCCGTCTCCTCTCTC
TTCTGACCGGGAGGAGGGACCTCTTGGAGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAA
CCGTATGAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGC
TTCTAAGCTTAGAGCTGTTCTCTTGTGTGATGTTCAACGCGGTGCTGGAGAATGCGTGTA
GTGAGATGGGAGCAAGGATGTCTGCAATGGACAGCTCAAGCAGGAACGCAGGAGAAATGC
TTGACCGTCTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGTCAAGCTTCCATCACAACAGAGCTTA
TCGAGATTATCTCTGGAGCTTCTGCACTTGAAGCTGCTAAATAAGCAAAGCACATCATCC
TTATTTTGCGTTAAACTTGGCTTTTGATATATCTTATCCACCATAAAGGAGTACCTAAGG
GTTACCGAAACCAATTTATTTTGCTGGCTTCTTGTTGAGAACCACCTGACTTTGCCAAGA
TGTTCTTTCATAATAAACATCCCTGTAATTTCCAGCAGGATAACGAATATTCACGTTTTG
AAGAAACAGAGGAAGAAAAGCTGCTACG

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR1DT18TF 605 0 0
CGTCTCCTCCCTTCAATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCACCACCCCGTCTCCTCTCTCT
TCTGACCGGGAGGAGGGACCTCTTGGAGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAAC
CGTATGAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCT
TCTAAGCTTAGAGCTGTTCTCTTGTGTGATGTTCAACGCGGTGCTGGAGAATGCGTGTAG
TGAGATGGGAGCAAGGATGTCTGCAATGGACAGCTCAAGCAGGAACGCAGGAGAAATGCT
TGACCGTCTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGTCAAGCTTCCATCACAACAGAGCTTAT
CGAGATTATCTCTGGAGCTTCTGCACTTGAAGCTGCTAAATAAGCAAAGCACATCATCCT
TATTTTGCGTTAAACTTGGCTTTTGATATATCTTATCCACCATAAAGGAGTACCTAAGGG
TTACCGAAACCAATTTATTTTGCTGGCTTCTTGTTGAGA*CCACCTGACTTTGCCAAGAT
GTTCTTTCATAATAAACATCCCTGTAATTTCCAGCAG*ATAACGAATATTCACGTTTTGA
GAAAC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL8876Contig1 592 2 1 U
GCATTCGGACGGGTGGTCCACTAGCGGCTTAAGCTTGTGGCAAGAAACAACAATAACCCT
ATGATTCTTCTGGTCAAGCGTCTTAGTGTGTTGTTGCTGTTGGGACAGGTACATAACTCC
TATTCTTGGTGCCCACAGTATGGGGATGAGTAGTAGTGACATGGATGACTAGGGCCTGTT
TTGCTCCCTTGTCTGTACAGCTTATGGTCTCGCAAGTTGGTGTCAAGTTCAGAGACTATG
ACCCCGGCGTGAAGGAGACTTGCATGATAAAAGTACTTTCAGTGTTGTGTCAGGGGATCC
AAACAATTCACTCCGATATATAAGCATTTCCGGCTAGAGTCAAAAGTTATATCAAATTTG
TTCTCTTTTAGGTTTCGGCAAAGTCTAGTCTTCTGTAACACTTTGATCTAATTAGTTTGT
GGTTTAATTAGGTGGTCAAAGTGACTGGATGGTGTGAAATGGTAGCGTAGAAACCAAATG
AGTGTTTCTAGGTGATACTTGTTTTTCCATCCTTATGTTACATTGTGGTTAAAGCCTCTT
ATGAGGCATTGTGTTCACAATTTGATCGTAAAAGAATCATAATCATTTGGCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BL47JQ C 1
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BS 1 592 RR1BL47TF

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DS 

RD RR1BL47TF 592 0 0
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QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AI50TF U 1
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BS 819 939 RR1AI50JQ

RD RR1AI50TF 818 0 0
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QA 1 818 1 818
DS 

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QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1AP94TF U 1
AF RR1ET03TF U 1
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RD RR1AP94TF 615 0 0
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ATCCTTCTCTACT****GGTGTATTTTCCGCATCTGCAAGTACAATAAAGACCTTGAGCA
TTTGGAGGAGCTAGAGAAGAGTTACAAGGCAGAGTAGTAGTAGTCTCCCCCAAGTCTGGT
TCTTCTGTTATAAATATAACCTCGTCTTGTGAGTAGTTTCGAAATTTGAAACAAGACAAT
GATTTATCTCCACAATATCATTGCACAGACCTTATTTGTATTTATTCATCTTGCATCTTT
GTTTTACTTTTTGAG

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1ET03TF 637 0 0
GGATCAAAGAAGAGGACCGAAAGAGAGAAAGAGAGAGAGATATCTAGAGGAAGAAGAAGA
AAAATGGCATTGCAATGGCTGATTCTATCGTACGTGGTTGCAGCCGAGGTAGCGATCGCA
GTCATTTTGACTCTACCTTACCCGATGCTGGTGAAGAAACGCATCGTGTCACTTGTCTCG
CTCATACTCCAGCCTGCCGCCTCCATCGTCGCCTTCGCTGGATTTCAACTCCTCGATCTT
TACTGGAAGAATGAGCATAGACTAATGTGCTCATCTGAGGTTTGCACTGCCACCGAGCGG
GATCGCTACGAGAAATCAATCTACAAGGCTCAGCGAAATGTGGTTCTGTGTGCGGCTGGG
ATCCTTCTCTACTGGTAGGTGTATTTTCCGCATCTGCAAGTACAATAAAGACCTTGAACA
TTTGGAGGAGCTAGAGAAGAGTTACAAGGCAGAGTAGTAGTAGTCTCCCCCAAGTCTGGT
TCTTCTGTTATAAATATAACCTCGTCTTGTGAGTAGTTTCGAAATTTGAAACAAGACAAT
GATTTATCTCCACAATATCATTGCACAGACCTTATTTGTATTTATTCATCTTGCATCTTT
GTTTTACTTTTTGAGAAATAGAAGGGCTCTATTTTAT

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL8879Contig1 683 2 5 U
GGGATTAAACTCTTCTTCTCAATATTACTAATCTCTTCTCTAATTTTTGGAGAAATCAAT
GGAGTCGAGAGTTCTTCATCAAACCATCATCATCACCGTTATCATCATCCTCACTTGTCC
AGCCCAAAGAAGTTGTTTGTGTTCGGAGATTCTTACGCTGATACCGGGAACATAAAGAAA
CCTCACTCTGTATCATGGAGAGTCCCTTACGGCAATACTTTCCCCGGTAAACCCTCCGGT
CGTCTCTCTGACGGTCGAATCTCCACCGATTTTTTAGCCAGATTGTTGGGGATTAAAACA
CCCTTTGCTTACCTCTGGAAAGAATACGTGGGAAAAGAACGATTACGGAACGGAATGAAT
TTTGCGTACGGAGGAACCGGAGTGTTCAACACTAAGAGTACGAGTCCCAATATGACCATT
CAGATCAATCTATTCGAGCAGCTCCTCGGCGATATCTACTCTCAGTCTGACCTTTCTTCT
TCCCTCGCTCTCGTCAGCGTTGCTGGCAACGACTACTCCAATTACCTCGCTCTAAACCGC
TCCATCGCTGCCCTCCCAATATTCATCAAACAAGTTGTGGATCAAACCGAGCTGAATCTA
AGACGAATACAGGTCTTGGGAGTGAAAAAGATAGCAATACCATCGCTCCAGCCTCTTGGA
TGCCTCCCCTCTACACCTCGTCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A706TF U 4
AF RR1E320TF U 1
BS 1 65 RR1E320TF
BS 66 66 RR1A706TF
BS 67 251 RR1E320TF
BS 252 252 RR1A706TF
BS 253 683 RR1E320TF

RD RR1A706TF 605 0 0
ATTAAACTCTTCTTCTCAATATTACTAATCTCTTCTCTAATTTTTGGAGAAATCAATGGA
GTCGAGAGTTCTTCATCAAACCATCATCATCACCGTTATCATCATCCTCACTTGTCCAGC
CCAAAGAAGTTGTTTGTGTTCGGAGATTCTTACGCTGATACCGGGAACATAAAGAAACCT
CACTCTGTATCATGGAGAGTCCCTTACGGCAATACTTTCCCCGGTAAACCCTCCGGTCGT
TTCTCTGACGGTCGAATCTCCACCGATTTTTTAGCCAGATTGTTGGGGATTAAAACACCC
TTTGCTTACCTCTGGAAAGAATACGTGGGAAAAGAACGATTACGGAACGGAATGAATTTT
GCGTACGGAGGAACCGGAGTGTTCAACACTAAGAGTACGAGTCCCAATATGACCATTCAG
ATCAATCTATTCGAGCAGCTCCTCGGCGATATCTACTCTCAGTCTGACCTTTCTTCTTCC
CTCGCTCTCGTCAGCGTTGCTGGCAACGACTACTCCAATTACCTCGCTCTAAACCGCTCC
ATCGCTGCCCTCCCAATATTCATCAAACAAGTTGTGGATCAAACCGAGCTGAATCTAAGA
CGAAT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1E320TF 683 0 0
GGGATTAAACTCTTCTTCTCAATATTACTAATCTCTTCTCTAATTTTTGGAGAAATCAAT
GGAGTTGAGAGTTCTTCATCAAACCATCATCATCACCGTTATCATCATCCTCACTTGTCC
AGCCCAAAGAAGTTGTTTGTGTTCGGAGATTCTTACGCTGATACCGGGAACATAAAGAAA
CCTCACTCTGTATCATGGAGAGTCCCTTACGGCAATACTTTCCCCGGTAAACCCTCCGGT
CGTCTCTCTGATGGTCGAATCTCCACCGATTTTTTAGCCAGATTGTTGGGGATTAAAACA
CCCTTTGCTTACCTCTGGAAAGAATACGTGGGAAAAGAACGATTACGGAACGGAATGAAT
TTTGCGTACGGAGGAACCGGAGTGTTCAACACTAAGAGTACGAGTCCCAATATGACCATT
CAGATCAATCTATTCGAGCAGCTCCTCGGCGATATCTACTCTCAGTCTGACCTTTCTTCT
TCCCTCGCTCTCGTCAGCGTTGCTGGCAACGACTACTCCAATTACCTCGCTCTAAACCGC
TCCATCGCTGCCCTCCCAATATTCATCAAACAAGTTGTGGATCAAACCGAGCTGAATCTA
AGACGAATACAGGTCTTGGGAGTGAAAAAGATAGCAATACCATCGCTCCAGCCTCTTGGA
TGCCTCCCCTCTACACCTCGTCC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL8880Contig1 681 2 1 U
GGCTCTCCACAAACCAACCGAAAAGAGCTGGTCATCTTTCGAAAGCTCAACAACACTTGC
CTCAGCTCGTGGCTGAGCCAACAGAAGCAAGATCCAATTCCTTTGTGGGAACACACGAGT
ACTTAGCTCCAGAGATAATCAGAGGAGAAGGACACGGCGCCGCGGTTGACTGGTGGACTT
TTGGGGTTCTCCTTTACGAGCTTTTGTATGGGAAAACGCCTTTCAAAGGTCAAAACAACG
ACGAGACTTTGGCCAATGTTGTGTTGCAGAGCCTCAAGTTTCCTGATAGCCCGCTGGTGA
GCTTCCAGGCAAAGGATTTGATCAGAGGGCTTCTGGTTAAGGAGCCAGAGAACCGGCTCG
GGTCAGAGAAAGGTTCTGCAGAGATCAAAAGACATCCTTTCTTTGAAGGATTGAATTGGG
CTCTAATCCGGTGTGCAATACCGCCTGAACTGCCGGATTTTTATGAGTTTGGCGGTAGAC
AAGTATCACCTGGTGGTAATGATAATAAGTATCTTGAATGTAAAGCCATAGGTGAGTTCG
AGTTGTTCTAAGTGTCTTTAAACAAGGTGTTGTAAAAGTAGTAAAAGTTGTTGTAAGTTT
CACATCTCAAATCCTCAAGTCAAATGTGTAAATTTTAGCCTCTTCTGAGAGACATCATAA
TCCCATATATTTCATTAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AK79TF U 1
AF RR1AK79JQ C 89
BS 1 681 RR1AK79TF

RD RR1AK79TF 681 0 0
GGCTCTCCACAAACCAACCGAAAAGAGCTGGTCATCTTTCGAAAGCTCAACAACACTTGC
CTCAGCTCGTGGCTGAGCCAACAGAAGCAAGATCCAATTCCTTTGTGGGAACACACGAGT
ACTTAGCTCCAGAGATAATCAGAGGAGAAGGACACGGCGCCGCGGTTGACTGGTGGACTT
TTGGGGTTCTCCTTTACGAGCTTTTGTATGGGAAAACGCCTTTCAAAGGTCAAAACAACG
ACGAGACTTTGGCCAATGTTGTGTTGCAGAGCCTCAAGTTTCCTGATAGCCCGCTGGTGA
GCTTCCAGGCAAAGGATTTGATCAGAGGGCTTCTGGTTAAGGAGCCAGAGAACCGGCTCG
GGTCAGAGAAAGGTTCTGCAGAGATCAAAAGACATCCTTTCTTTGAAGGATTGAATTGGG
CTCTAATCCGGTGTGCAATACCGCCTGAACTGCCGGATTTTTATGAGTTTGGCGGTAGAC
AAGTATCACCTGGTGGTAATGATAATAAGTATCTTGAATGTAAAGCCATAGGTGAGTTCG
AGTTGTTCTAAGTGTCTTTAAACAAGGTGTTGTAAAAGTAGTAAAAGTTGTTGTAAGTTT
CACATCTCAAATCCTCAAGTCAAATGTGTAAATTTTAGCCTCTTCTGAGAGACATCATAA
TCCCATATATTTCATTAAAAG

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR1AK79JQ 593 0 0
AAGATCCAATTCCTTTGTGGGAACACACGAGTACTTAGCTCCAGAGATAATCAGAGGAGA
AGGACACGGCGCCGCGGTTGACTGGTGGACTTTTGGGGTTCTCCTTTACGAGCTTTTGTA
TGGGAAAACGCCTTTCAAAGGTCAAAACAACGACGAGACTTTGGCCAATGTTGTGTTGCA
GAGCCTCAAGTTTCCTGATAGCCCGCTGGTGAGCTTCCAGGCAAAGGATTTGATCAGAGG
GCTTCTGGTTAAGGAGCCAGAGAACCGGCTCGGGTCAGAGAAAGGTTCTGCAGAGATCAA
AAGACATCCTTTCTTTGAAGGATTGAATTGGGCTCTAATCCGGTGTGCAATACCGCCTGA
ACTGCCGGATTTTTATGAGTTTGGCGGTAGACAAGTATCACCTGGTGGTAATGATAATAA
GTATCTTGAATGTAAAGCCATAGGTGAGTTCGAGTTGTTCTAAGTGTCTTTAAACAAGGT
GTTGTAAAAGTAGTAAAAGTTGTTGTAAGTTTCACATCTCAAATCCTCAAGTCAAATGTG
TAAATTTTAGCCTCTTCTGAGAGACATCATAATCCCATATATTTCATTAAAAG

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL8881Contig1 733 2 10 U
GGAATCGATCTCAACCAACGCCAATCCAATCAAAAATTGTTGTATATGCAAAAACCTAAA
CTTAGAATCATCATAGATTCTTCCTGGAGTCAATCCGTTTTCTACTTTTTTGATATTTCA
CGAAGAACTGCATCGCCAGGTATCTTTTCTATCCAAACTTAAATAAAGTATGTCCAATTA
CCAAGCGGAGGATGCTGATGCTGCTGCTGCGTACATGGACCATGTTGTTGATGATGATGA
TGACATGGAAGATGTAGACGATGATTTAGATGAGGACTTTCATGGTGATGACATGGCTGC
TTCCGACTCCGATGTCGACGAGTTTGACTACTCTAGTAATAAAATAGCGGATACTTCAGC
TGAGCAAGCCCGGAAAGGGAAAGACATACAGGGTATTCCTTGGGACAGGCTTAGCATTAC
CAGAGAGAAATACAGACAAACTAGACTTGACCAGTACAAAAACTATGAGAATGTCCCCAA
CTCTGGTGATTCCTCCGGCAAAGACTGCATGGTCACACAGAAAGGGGCAATCTTTTATGA
TTTCTGGCGGAATTCAAGATCTATCAAATCAAGCATCCTTCATTTTCAGTTGAGGAATTT
GGTATGGGCAACTTCGAAGCACGATGTGTACCTTATGTCACAGTTTTTGGTGAGCCACTA
CTCTACTTTGACATGTGGAAAGCATGAAGTTCTCAATGTTCAAGGCCATGTTTCCCCATC
CGAGAAACATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E811TF U 1
AF RR1DR12TF U 5
BS 1 249 RR1E811TF
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BS 517 517 RR1DR12TF
BS 518 620 RR1E811TF
BS 621 733 RR1DR12TF

RD RR1E811TF 620 0 0
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CTTAGAATCATCATAGATTCTTCCTGGAGTCAATCCGTTTTCTACTTTTTTGATATTTCA
CGAAGAACTGCATCGCCAGGTATCTTTTCTATCCAAACTTAAATAAAGTATGTCCAATTA
CCAAGCGGAGGATGCTGATGCTGCTGCTGCGTACATGGACCATGTTGTTGATGATGATGA
TGACATGGAGGATGTAGACGATGATTTAGATGATGACTTTCATGGTGATGACATGGCTGC
TTCCGACTCCGATGTCGACGAGTTTGACTGCTCTAGTAATAAAATAGCGGATACTTCAGC
TGAGCAAGCCCGGAAAGGGAAAGACATACAGGGTATTCCTTGGGACAGGCTTAGCATTAC
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TTTCTGGCGGAATTCAAGATCTATCAAATCAAGCATCCTTCATTTTCAGTTGAGGAATTT
GGTATGGGCAACTTCGAAGC

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1DR12TF 729 0 0
GG
GATCTCAACCAACGCCAATCCAATCAAAA*TTGTTGTATATGCAAAAACCTAAACTTAGA
ATCATCATAGATTCTTCCTGGAGTCAATCCGTTTTCTACTTTTTTGATATTTCACGAAGA
ACTGCATCGCCAGGTATCTTTTCTATCCAAACTTAAATAAAGTATGTCCAATTACCAAGC
GGAGGATGCTGATGCTGCTGCTGCGTACATGGACCATGTTGTTGATGATGATGATGACAT
GGAAGATGTAGACGATGATTTAGATGAGGACTTTCATGGTGATGACATGGCTGCTTCCGA
CTCCGATGTCGACGAGTTTGACTACTCTAGTAATAAAATAGCGGATACTTCAGCTGAGCA
AGCCCGGAAAGGGAAAGACATACAGGGTATTCCTTGGGACAGGCTTAGCATTACCAGAGA
GAAATACAGACAAACTAGACTTGACCAGTACAAAAACTATGAGAATGTCCCCAACTCTGG
TGATTCCTCCGGCAAAGACTGCATGGTCACACAGAAAGGGGCAATCTTTTATGATTTCTG
GCGGAATTCAAGATCTATCAAATCAAGCATCCTTCATTTTCAGTTGAGGAATTTGGTATG
GGCAACTTCGAAGCACGATGTGTACCTTATGTCACAGTTTTTGGTGAGCCACTACTCTAC
TTTGACATGTGGAAAGCATGAAGTTCTCAATGTTCAAGGCCATGTTTCCCCATCCGAGAA
ACATCCT

QA 3 729 3 729
DS 



AS 1 2

CO CL8882Contig1 780 2 3 U
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CGTTTAACACAACACATCCGTGTTACTCTACTCACATCTCTTCCTTAAAAACCCATTTAC
ATAACCACTTGTAAACAGAAAAAAGGAGAAACAAAAGAAACCTTGAAGCCATGAATGAAT
CCAATATGCAAGAACCACAAAGAAGAGAATCAGTTTTGATGGTTGTGAGGAGGAGCAGCT
GTTCCTGAAGACCTCAAGAGTGGTTGAAGAGCTTTTACTACAATGCTCATGTTTGGCCTA
AACTCTGATTCGTATTGCACACACAAGGCTGCAACCGCTGCAAGCTTTGCAACTGCTTTA
GGAGGGTACTCTCCTTTGAGTTTTGGATCAACACATTGCTTCACTTTGTCTTCACTCAAC
CTTGGAGTAGCCCAAGTAACAAGACTTTGTTGACCACGAGGCATAGTATGATCAACCGGT
TTTCTCCCGGTTAGAAGCTCCAAAAGCACAACTCCAAAACTGTAAACATCACTCTTCTGT
GTCAACTGTCCTGTCATTGCATATTCTGGTGCGTGATAACCAAATGTCCCCAAAACTCTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E650JQ U 84
AF RR1B743JQ U 1
BS 1 312 RR1B743JQ
BS 313 313 RR1E650JQ
BS 314 780 RR1B743JQ

RD RR1E650JQ 607 0 0
AACAACAAACAATGTTTAGATGATGATCCATCAAAAACGTTTAACACAACACATCCGTGT
TACTCTACTCACATCTCTTCCTTAAAAACCCATTTACATAACCACTTGTAAACAGAAAAA
AGGGGAAACAAAAGAAACCTTGAAGCCATGAATGAATCCAATATGCAAGAACCACAAAGA
AGAGAATCAGTTTTGATGGTTGTGAGGAGGAGCAGCTGTTCCTGAAGACCTCAAGAGTGG
TTGAAGAGCTTTTACTACAATGCTCATGTTTGGCCTAAACTCTGATTCGTATTGCACACA
CAAGGCTGCAACCGCTGCAAGCTTTGCAACTGCTTTAGGAGGGTACTCTCCTTTGAGTTT
TGGATCAACACATTGCTTCACTTTGTCTTCACTCCACCTTGGAGTAGCCCAAGTAACAAG
ACTTTGTTGACCACGAGGCATAGTATGATCAACCGGTTTTCTCCCGGTTAGAAGCTCCAA
AAGCACAACTCCAAAACTGTAAACATCACTCTTCTGTGTCAACTGTCCTGTCATTGCATA
TTCTGGTGCGTGATAACCAAATGTCCCCAAAACTCTAGTGGAATGAAGACGAGCAGCCAT
ATCAGG
C

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1B743JQ 780 0 0
GTATAAAGTAACGAATCAAAATAGATTTGTTATAAGTGTGTACATTCGGATTATCTTCCA
AGAATCAGAGCTTATAATAGTAAAACAACAAACAATGTTTAGATGATGATCCATCAAAAA
CGTTTAACACAACACATCCGTGTTACTCTACTCACATCTCTTCCTTAAAAACCCATTTAC
ATAACCACTTGTAAACAGAAAAAAGGAGAAACAAAAGAAACCTTGAAGCCATGAATGAAT
CCAATATGCAAGAACCACAAAGAAGAGAATCAGTTTTGATGGTTGTGAGGAGGAGCAGCT
GTTCCTGAAGACTTCAAGAGTGGTTGAAGAGCTTTTACTACAATGCTCATGTTTGGCCTA
AACTCTGATTCGTATTGCACACACAAGGCTGCAACCGCTGCAAGCTTTGCAACTGCTTTA
GGAGGGTACTCTCCTTTGAGTTTTGGATCAACACATTGCTTCACTTTGTCTTCACTCAAC
CTTGGAGTAGCCCAAGTAACAAGACTTTGTTGACCACGAGGCATAGTATGATCAACCGGT
TTTCTCCCGGTTAGAAGCTCCAAAAGCACAACTCCAAAACTGTAAACATCACTCTTCTGT
GTCAACTGTCCTGTCATTGCATATTCTGGTGCGTGATAACCAAATGTCCCCAAAACTCTA
GTGGAATGAAGACGAGCAGCCATATCAGGAGCTTGGTTTGACAGATTGTAATCAGCTATC
TTGGCTTTGAAATCTTCAAAGAGAAGCACGTTGCTAGAACGAATATCTCTGTGTATAACA

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL8883Contig1 809 2 2 U
GCGGTTGATTTGAGGTACAAGGTCGCTAAGGTCTTTACTTCTCTGCCTAGTACTCCGCCT
ACTGGGCCTGCTACACTTATGACTGCAAAAATAATCGGAGAAGCAGAGGTTCTCAATGGA
GAACAGATTCTAGATGACATAGAAGTAAATCAGTTAGGAAACCCGCTCCAGGTGGCTGAT
CCATACATTGGAGTGATAAAAAGAAGAAAATACTCAGTTGGTTTGGAGAAGAAGCCAGAG
ATCATTGCCTCACTTGTGTTTCATCAAGTTACTGGAGCCGATGAACAGTATCTTGCACTC
AAAGGCGCTGGAATCAAAACGGGTGACCATATGCAAGTTTACATCCCTGATGTCAAAGTG
GCAGAAGCATCACTGAGTGATGTATCTTCGCAGCTTAGAGACATCGTGTCCAAACCGAAT
AAACAGCAAGTTGTTGGAGGTTTTGTTTTCGCTGATAGTGGACGTGGTGACTCCTTCTTT
GGTCGTCCAAACGCAGACAGCTCGCCGTTTTTGGAGAACTTCCCGGAGTTGCGTTTTGGT
GGTGTGTTCTGTGACGGTGAGATCGGAAGAGGCTTGTTCGTGGAGGAGGAGGAAGAAACT
AGCAGTCAGAGATGTCTTCTTCATGTTGTTAGTTCTGTGTATCTTATTGTCTCGTATGCA
TGTTCTTAATCCTAACATGCGTTTACAAGTGATTTAGATTGTAAGTGATGATGACAGAGG
CTGAGGTTCTCTTCTCTATTATGCATGTACTGTGGGGAGGGTTAATTACCTGCATTTTTT
TACGCTGAATAAAAGATTATTAATGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GCAGAAGCATCACTGAGTGATGTATCTTCGCAGCTTAGAGACATCGTGTCCAAACCGAAT
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CTGAGGTTCTCTTCTCTAT
ATGCATGT

QA 1 739 1 739
DS 

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AGGGTTAATTACCTGCATTTTTTTACGCTGAATAAAAGATTATTAATGTTTC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

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GCTTCCCTAAACCCATTTC


BQ
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AF RR1G478TF U 1
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BS 1 581 RR1G478TF
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CAAAACAGTCATGAGGTTTGTTTGTTGTCTAATTTTAATTTAATAATAATCGGGTTTAAA
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QA 1 619 1 619
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR1A740TF U 1
AF RR1A740JQ C 442
BS 1 822 RR1A740TF
BS 823 927 RR1A740JQ

RD RR1A740TF 822 0 0
GGAATATCAAAAGTTGGTAGAATGAGTGAAAATAAAAAAAACAACACTTTGTGCTAGTAC
ATGGTTCGTGCCACGGTGCATGGTGCTGGTACAAGGTTAAGCCGCTGCTCGAGGCGGCGG
GCCACCAAGTAACCGCCTTAAACTTATCTGCCTCCGGTATAGACACAAGGTCGATCACTG
ACGTCTCCACATGTGAACAATATTCTGAGCCGTTACTGAATCTCTTAAAATCGTTACCAA
ATGATGAGAGAGTTTTGCTCGTTGGTCATAGCTTTGGAGGCTTGAGTTTAGCTATCGCTA
CGGATAAGTTTCCGAACAAGATATCTGTCTCTGTATTCTTGAGTGCTTTCATGCCCGATA
CTAAACACTCACCATCCTTCGTCTTGGAGAAGTTTGGAAGCAGCATGGCACAAGAAGCAT
GGATGGGCACCGAGTTCAAACCATACGGATCAGACAATTCCGGGCTGAGTATGTTCTTCA
GCTCTGAGTTCATGAAGCTCGGTCTGTATCAGCTTTCTCCAGTTGAGGATCTTGAATTAG
GATTGCTTTTAAAGAGACCTGGATCTTTGTTTGTGAGCGACTTATCGAAGATGAAAAACT
TCTCACATGAAGGGTATGGTAATGTTCCTCGAGCCTACATAGTGTGCAAAGAGGACAAAG
GCATACCTGAAGCATTCCAAAGATGGCTGATTGATAACTTTCCAGTGAATATAGTAATGG
AGATGGACGAGACAGATCACATGCCAATGTTCTCCAAGCCTCAGCAACTCTGTGATCACT
TCATGGAAATCGCGGACAAATATGTCTAAATAATCTTTCATG

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR1A740JQ 486 0 0
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GTCTGTATCAGCTTTCTCCAGTTGAGGATCTTGAATTAGGATTGCTTTTAAAGAGACCTG
GATCTTTGTTTGTGAGCGACTTATCGAAGATGAAAAACTTCTCACATGAAGGGTATGGTA
ATGTTCCTCGAGCCTACATAGTGTGCAAAGAGGACAAAGGCATACCTGAAGCATTCCAAA
GATGGCTGATTGATAACTTTCCAGTGAATATAGTAATGGAGATGGACGAGACAGATCACA
TGCCAATGTTCTCCAAGCCTCAGCAACTCTGTGATCACTTCATGGAAATCGCGGACAAAT
ATGTCTAAATAATCTTTCATGAAAAAATATTGGATTTGATACAGATAGGGGTTTGTTGCA
AATGAATGATAATGTAACATTTTCAAATTTCGGAGTTTATTTTATAAGTTATGAATACCA
CCAAAA

QA 1 486 1 486
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8888Contig1 593 2 1 U
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GGCGGCGAGGAAATCGGCGCCGACCACCGGAGGTGTCAAGAAGCCTCACCGTTACCGTCC
CGGAACCGTCGCTCTCCGTGAGATTCGTAAGTACCAGAAGAGCACTGAGTTGTTGATCCG
TAAGCTTCCGTTTCAGCGTCTTGTTCGTGAAATCGCACAGGACTTCAAGACGGATCTGAG
GTTCCAGAGCCACGCGGTGTTGGCGCTTCAGGAAGCAGCGGAGGCGTATCTGGTGGGTTT
GTTTGAAGACACGAATCTGTGTGCTATTCACGCCAAGAGAGTCACCATCATGCCTAAGGA
TATTCAGTTGGCTAGGCGTATTCGTGGAGAGCGTGCTTAGAATAATCTCATTTCGAGTGC
TTTTTGATTTCTTGTTTTTTTAGTTGTCTTTGGTGTTATAAAACTCTCTTTGAAGCTAAG
AACATAATATGGATTTGGTTGTTATGTTATGAGCTAATGACAAATTGTTTGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1DG74JQ C 1
AF RR1DG74TF U 1
BS 1 593 RR1DG74TF

RD RR1DG74JQ 593 0 0
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TAAGCTTCCGTTTCAGCGTCTTGTTCGTGAAATCGCACAGGACTTCAAGACGGATCTGAG
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GTTTGAAGACACGAATCTGTGTGCTATTCACGCCAAGAGAGTCACCATCATGCCTAAGGA
TATTCAGTTGGCTAGGCGTATTCGTGGAGAGCGTGCTTAGAATAATCTCATTTCGAGTGC
TTTTTGATTTCTTGTTTTTTTAGTTGTCTTTGGTGTTATAAAACTCTCTTTGAAGCTAAG
AACATAATATGGATTTGGTTGTTATGTTATGAGCTAATGACAAATTGTTTGTT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1DG74TF 593 0 0
GGAAAGCCCTTCGTCGAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGAAGCAATGGCTCGTAC
GAAGCAGACCGCTAGAAAATCAACCGGAGGAAAAGCTCCCAGGAAGCAGCTCGCCACCAA
GGCGGCGAGGAAATCGGCGCCGACCACCGGAGGTGTCAAGAAGCCTCACCGTTACCGTCC
CGGAACCGTCGCTCTCCGTGAGATTCGTAAGTACCAGAAGAGCACTGAGTTGTTGATCCG
TAAGCTTCCGTTTCAGCGTCTTGTTCGTGAAATCGCACAGGACTTCAAGACGGATCTGAG
GTTCCAGAGCCACGCGGTGTTGGCGCTTCAGGAAGCAGCGGAGGCGTATCTGGTGGGTTT
GTTTGAAGACACGAATCTGTGTGCTATTCACGCCAAGAGAGTCACCATCATGCCTAAGGA
TATTCAGTTGGCTAGGCGTATTCGTGGAGAGCGTGCTTAGAATAATCTCATTTCGAGTGC
TTTTTGATTTCTTGTTTTTTTAGTTGTCTTTGGTGTTATAAAACTCTCTTTGAAGCTAAG
AACATAATATGGATTTGGTTGTTATGTTATGAGCTAATGACAAATTGTTTGTT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL8889Contig1 401 2 1 U
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AACTTACCTGAAGTTGCCATCATCGCTCTTGGAAGAATCGAGAAAGTTCCAAAGTTTAAA
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GTTCTGGACGGAGCAACGGTGGCTCGGTTTTGTTGCCAGTGGAAAGAGTATATTGAGAAA
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TTGTAAAAGTCTCTTTTTAGTTAATCCTGTAAAAGAGAGAACCTGAATTGTATGAATCAT
CCTAAAATGATCGAATAAGATAATGTTTAATGTCTGAACAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1B709JQ C 1
AF RR1B709TF U 1
BS 1 401 RR1B709TF

RD RR1B709JQ 401 0 0
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AACTTACCTGAAGTTGCCATCATCGCTCTTGGAAGAATCGAGAAAGTTCCAAAGTTTAAA
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GTTCTGGACGGAGCAACGGTGGCTCGGTTTTGTTGCCAGTGGAAAGAGTATATTGAGAAA
CCGGAGTTGCTAATGCTTCAGATGAGATGAAGAACAAAACAAAGAAGATTTCATGTTTCT
TTGTAAAAGTCTCTTTTTAGTTAATCCTGTAAAAGAGAGAACCTGAATTGTATGAATCAT
CCTAAAATGATCGAATAAGATAATGTTTAATGTCTGAACAC

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR1B709TF 401 0 0
GGGACCATAACTCTGAGTAACATTGGAGCAATCGGTGGGAAGTTTGGTTCTCCTCTTCTA
AACTTACCTGAAGTTGCCATCATCGCTCTTGGAAGAATCGAGAAAGTTCCAAAGTTTAAA
GAAGACGGGTCTGTTTATCCTGCGTCGACAATGATGGTTAACATCGCTGCGGATCATAGA
GTTCTGGACGGAGCAACGGTGGCTCGGTTTTGTTGCCAGTGGAAAGAGTATATTGAGAAA
CCGGAGTTGCTAATGCTTCAGATGAGATGAAGAACAAAACAAAGAAGATTTCATGTTTCT
TTGTAAAAGTCTCTTTTTAGTTAATCCTGTAAAAGAGAGAACCTGAATTGTATGAATCAT
CCTAAAATGATCGAATAAGATAATGTTTAATGTCTGAACAC

QA 1 401 1 401
DS 



AS 1 2

CO CL8890Contig1 648 2 3 U
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ATATCTTATATACAACAACATTCATGTAATGATAAAACTCATATTACATACAGGGAAACA
TGCCATGGAAATACGCCAGATAAAACCGTTCAACCTCCGATTTTATTATTTCGCTAAATT
TGTCAATAACCTCACCACACTTGCAGGGGACCCGTCAAGGCTCTCACAAATTACAACTAT
GGTTTGGAACTTGTTTAGTTTTTTTTTTATAAATATATTTATGATCAGAATCTTTGGCAA
AGATATGAACCGAAGAGATTCCAACAAGCTTTCTTCTCCTGTTGAATTCGTTTGATAAAC
TGTGTGCTAGGCGTCGGTGAAGGATCTTCGATCTTGTGCAACAGATTCCACATGATGTGT
ATGTCTTCGTACTCGCAAGAACTCACGTCGTTTTGTAACCTCAAAAGTCCGCTGTGGCGG
AATCCGACGCGAACGGTGAAACGATTCCAGATTCGCCGCGTGGGGAACGCCATCGTGTTC
CACCACTCTCTCCATCTCAGGCCGGCCATATGAGAGAGCTTACAAAGACAGAGAAGAGAG
GAGAGAGAAAGGGGAGAGAGAGAGACTGTACAACAAACCGAACTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G702JQ U 11
AF RR1G702TF C 1
BS 1 10 RR1G702TF
BS 11 597 RR1G702JQ
BS 598 648 RR1G702TF

RD RR1G702JQ 587 0 0
CAGAAAAACACATAGATAAGGGTAGTTGCATCAAAGTATGGAAGCATTTTATATCTTATA
TACAACAACATTCATGTAATGATAAAACTCATATTACATACAGGGAAACATGCCATGGAA
ATACGCCAGATAAAACCGTTCAACCTCCGATTTTATTATTTCGCTAAATTTGTCAATAAC
CTCACCACACTTGCAGGGGACCCGTCAAGGCTCTCACAAATTACAACTATGGTTTGGAAC
TTGTTTAGTTTTTTTTTTATAAATATATTTATGATCAGAATCTTTGGCAAAGATATGAAC
CGAAGAGATTCCAACAAGCTTTCTTCTCCTGTTGAATTCGTTTGATAAACTGTGTGCTAG
GCGTCGGTGAAGGATCTTCGATCTTGTGCAACAGATTCCACATGATGTGTATGTCTTCGT
ACTCGCAAGAACTCACGTCGTTTTGTAACCTCAAAAGTCCGCTGTGGCGGAATCCGACGC
GAACGGTGAAACGATTCCAGATTCGCCGCGTGGGGAACGCCATCGTGTTCCACCACTCTC
TCCATCTCAGGCCGGCCATATGAGAGAGCTTACAAAGACAGAGAAGA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR1G702TF 648 0 0
TTTTTCTTTTCAGAAAAACACATAGATAAGGGTAGTTGCATCAAAGTATGGAAGCATTTT
ATATCTTATATACAACAACATTCATGTAATGATAAAACTCATATTACATACAGGGAAACA
TGCCATGGAAATACGCCAGATAAAACCGTTCAACCTCCGATTTTATTATTTCGCTAAATT
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TGTGTGCTAGGCGTCGGTGAAGGATCTTCGATCTTGTGCAACAGATTCCACATGATGTGT
ATGTCTTCGTACTCGCAAGAACTCACGTCGTTTTGTAACCTCAAAAGTCCGCTGTGGCGG
AATCCGACGCGAACGGTGAAACGATTCCAGATTCGCCGCGTGGGGAACGCCATCGTGTTC
CACCACTCTCTCCATCTCAGGCCGGCCATATGAGAGAGCTTACAAAGACAGAGAAGAGAG
GAGAGAGAAAGGGGAGAGAGAGAGACTGTACAACAAACCGAACTCCCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL8891Contig1 1171 2 6 U
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ACGCACCTCCGCCTTCCTTCAAAGCTCTCCGCTTCCCCTTCTCTCTCAGTTTAGGGATTG
GTTACAGAACCACAACAATCTCTCCTCTTTCTTGCTCAGCTGAAACCTCCTCTGAGCCTG
CCCCTCTTCTCAATGCTTGGTCGGAGTTCGCTCAAAACGTGTCTGGCGAATGGGACGGTT
TCGGAGCAGATTTCTCGCGCGAAGGGCAACCGCTCGAACTACCCGAGTCAGTGGTTCCAG
AAGCCTATAGAGAATGGGAAGTGAAGGTGTTCGATTGGCAGACGCAGTGTCCCACTCTCG
CCCAACCCCACGCGCAAACCTTTCTTTACAAGTCCATCAAACTCCTCCCCCACCGTTGGA
TGCGAAGCTGATGCCGCCACCTATTACAGCATCGACCAGAGGACCACCACCCAACCTCCT
TATCCTTTTCTTATTCTGTCTCTGGCTCCTACGTCGCCGTGTGGCCTCTAGAGAACAACC
ATCTAGAGGTGGAGCACTGCCTGATCAATCCAAACGACAAGGAGTCCCGTGTCAGGATTC
TCCAGGTTGTCCGCTTAGCAGAAGAGACCAAAACGTTGTTGTCGTTGCAGAGTGTCAAAG
TCTTCCGTGAGCTTTGGGATGGTCCCTTCAGGGATGGCGATCAGCTCGGAGGTTGTGCCA
TACGCAGCTCCCGGGTTTGCTTCTACACCTGCCACATCAGCTTCACTGGTAGTCGGCTCT
TGGAGAGCTGCACTTGCTACCGCTAGTTTTCACGCCTCTGATTCCGGTTGCATTCAACAA
GTTACTGGTGAAAAGGTGGTTGAGATTGTGCGGGAAGAAAAGGATCTTTTATTGCTTCCG
CAAGACCTGTGATGCTCACTCCAAGAAAGCAAAGATGGCGAGAGATTGCTACTGTCTGTA
GGATGGTTGTTTGAGCCAGGTCATGCTATCACATCTACCTGTATCTTCTCCAGCGATTCT
AAGCTACAGGAGGTAACAATGGGAAAAGAAACCGCCCTCACACATTTATAGTCAGCTTCA
GTAATCCTCTTAATGTTTACTCTATAGGATGTGTCAATATATATAAGTCAAATAACAATA
ATCTCACGACTCCCTGTATGATTTTGGTTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1A257TF U 1
AF RR1A257JQ C 247
BS 1 410 RR1A257TF
BS 411 411 RR1A257JQ
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BS 776 1171 RR1A257JQ

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CTCT

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DS 

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ATAGAGAATGGGAAGTGAAGGTGTTCGATTGGCAGACGCAGTGTCCCACTCTCGCCCAAC
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AGGTGGAGCACTGCCTGATCAATCCAAACGACAAGGAGTCCCGTGTCAGGATTCTCCAGG
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GCTGCACTTGCTACCGCTAGTTTTCACGCCTCTGATTCCGGTTGCATTCAACAAGTTACT
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CAGGAGGTAACAATGGGAAAAGAAACCGCCCTCACACATTTATAGTCAGCTTCAGTAATC
CTCTTAATGTTTACTCTATAGGATGTGTCAATATATATAAGTCAAATAACAATAATCTCA
CGACTCCCTGTATGATTTTGGTTCA

QA 1 925 1 925
DS 



AS 1 2

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CC


BQ
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20 20 

AF RR1CO70TF C 1
AF RR1CO70JQ U 152
BS 1 151 RR1CO70TF
BS 152 662 RR1CO70JQ

RD RR1CO70TF 662 0 0
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AGCAAAATAAAGAACAATAAGCACTGTCGAAAAAAACACACCATAAAATGTTGATAAGAA
AAAGCCAGACTTAGAACCAACAACGCAGAGAAAACTCAAACTATAGCAAAGAAAAATCAT
GAAAACAAACCAAGAAACAACGATAAATGTTACTCAAATCACCGTAGAGAGATCTACGAA
CTAAAACGAACCAAAAAGAAAATAAGATAAAATAAAAACCTGATTCATAATGAATGTTGA
CACCAAATGTAGTGAAGCTGTTTAGTCCTCCTCCTCCTCCTTGGTGATCATCTTGGTCGG
TTTGGTTCCTTTGTTGCTGATGGTGATGGAGGAAGAACTCTTGTTGCTGTTGTTGTTGGA
GATGTAACTGAAAGTCTCTCGAGTGGAAAGTAGGAGGAAGCGAGCTCTGAGACCCATGAG
ATTGCACTGGATCCATGTTCTATGATTCGATGGTGTGGAAACTGGATCAAGAAGAAGAAG
AGACTACTTATGGATCTAAGAGCTCTCAGATCTTGAAGTTGACCTTTTTTCTTTGTCTTG
TTTTGCTGTCTGAAACTAGAAGGAAGAGAGTAGTAATGATGAACAACGAGATCCAAGCTG
CC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1CO70JQ 511 0 0
AAACTCAAACTATAGCAAAGAAAAATCATGAAAACAAACCAAGAAACAACGATAAATGTT
ACTCAAATCACCGTAGAGAGATCTACGAACTAAAACGAACCAAAAAGAAAATAAGATAAA
ATAAAAACCTGATTCATAATGAATGTTGACACCAAATGTAGTGAAGCTGTTTAGTCCTCC
TCCTCCTCCTTGGTGATCATCTTGGTCGGTTTGGTTCCTTTGTTGCTGATGGTGATGGAG
GAAGAACTCTTGTTGCTGTTGTTGTTGGAGATGTAACTGAAAGTCTCTCGAGTGGAAAGT
AGGAGGAAGCGAGCTCTGAGACCCATGAGATTGCACTGGATCCATGTTCTATGATTCGAT
GGTGTGGAAACTGGATCAAGAAGAAGAAGAGACTACTTATGGATCTAAGAGCTCTCAGAT
CTTGAAGTTGACCTTTTTTCTTTGTCTTGTTTTGCTGTCTGAAACTAGAAGGAAGAGAGT
AGTAATGATGAACAACGAGATCCAAGCTGCC

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL8893Contig1 872 2 2 U
GCATCATGGAAGGCACCTACGACAAAATCTTAGGGAGTGATGGGCTGACGATGCTCACTT
TCAAGACTAACAAGAACAAAACATATGGACCGTATGGTCTCGAAGGTAGCACACACTTTG
ATTTCAAGGAGGAAGGTCACAAGATTACAGGGTTCCATGGACGAGCTGGTTCGACTATTA
GTGCTATTGGAGTTTACTTAGCTCCAGTAGGCACCATCCCCTTGACTCCTGCCCAACCAA
CCAAGAAGCTAGAAGCCAAGGGTGGTGAGGGAGGAACATCATGGGATGATGGTGCTTTCG
ACGGCGTAAGAAAAGTCTCTGTAGGACAAGCCCAAGATGGTATATCAGCGGTTAAGTTTG
TGTACAACAAAGGTTCTTCTGAAATCATAGGAGATGAACATGGAAAGAGTACTCTACTTG
GATTCGAAGAGTTTGAGCTTGACTATCCAAGTGAATACATCACGGAAGTAAATGGCACAT
TCGATATAATCTTTGGGAGTGACTCCGCGGTCCTTACCATGCTTACGTTCAAGACTAATA
AGCCAGCAACATATGGTCCCTTTGGGCTTACCGCTGGTGAGGCCTTCCATCTCAAAGAGG
AAGGCCACAAGATCGTTGGTTTCCATGGAAGTGCTGGTGATTTGCTTCATAAATTTGGAG
TTTATGTCCTTCCCATCACCAACTGATCGTGGATCACATGAATTTGTCACAGCTTTTGTG
GTCTCTCTCTCATAATGGTCTTTGAACTTTAAATAAGTTGTTTCTACCTTTTACTAGTTT
CTATTTGTTTCAAGTTCTTCTCTTTTGTGTTGTTGTTGTTCTGTCTAAGATGGGTTTGTG
ATCCCTCTTAATGAATAAATTTTATTTGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C478TF U 1
AF RR1C478JQ C 47
BS 1 566 RR1C478TF
BS 567 872 RR1C478JQ

RD RR1C478TF 566 0 0
GCATCATGGAAGGCACCTACGACAAAATCTTAGGGAGTGATGGGCTGACGATGCTCACTT
TCAAGACTAACAAGAACAAAACATATGGACCGTATGGTCTCGAAGGTAGCACACACTTTG
ATTTCAAGGAGGAAGGTCACAAGATTACAGGGTTCCATGGACGAGCTGGTTCGACTATTA
GTGCTATTGGAGTTTACTTAGCTCCAGTAGGCACCATCCCCTTGACTCCTGCCCAACCAA
CCAAGAAGCTAGAAGCCAAGGGTGGTGAGGGAGGAACATCATGGGATGATGGTGCTTTCG
ACGGCGTAAGAAAAGTCTCTGTAGGACAAGCCCAAGATGGTATATCAGCGGTTAAGTTTG
TGTACAACAAAGGTTCTTCTGAAATCATAGGAGATGAACATGGAAAGAGTACTCTACTTG
GATTCGAAGAGTTTGAGCTTGACTATCCAAGTGAATACATCACGGAAGTAAATGGCACAT
TCGATATAATCTTTGGGAGTGACTCCGCGGTCCTTACCATGCTTACGTTCAAGACTAATA
AGCCAGCAACATATGGTCCCTTTGGG

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1C478JQ 826 0 0
GACGATGCTCACTTTCAAGACTA*CAAGAACAAAACATATGGACCGTATG*TCTCGAAGG
TAGCACACACTTTGATTTCAAGGAGGAAGGTCACAAGATTACAGGGTTCCATGGACGAGC
TGGTTCGACTATTAGTGCTATTGGAGTTTACTTAGCTCCAGTAGGCACCATCCCCTTGAC
TCCTGCCCAACCAACCAAGAAGCTAGAAGCCAAGGGTGGTGAGGGAGGAACATCATGGGA
TGATGGTGCTTTCGACGGCGTAAGAAAAGTCTCTGTAGGACAAGCCCAAGATGGTATATC
AGCGGTTAAGTTTGTGTACAACAAAGGTTCTTCTGAAATCATAGGAGATGAACATGGAAA
GAGTACTCTACTTGGATTCGAAGAGTTTGAGCTTGACTATCCAAGTGAATACATCACGGA
AGTAAATGGCACATTCGATATAATCTTTGGGAGTGACTCCGCGGTCCTTACCATGCTTAC
GTTCAAGACTAATAAGCCAGCAACATATGGTCCCTTTGGGCTTACCGCTGGTGAGGCCTT
CCATCTCAAAGAGGAAGGCCACAAGATCGTTGGTTTCCATGGAAGTGCTGGTGATTTGCT
TCATAAATTTGGAGTTTATGTCCTTCCCATCACCAACTGATCGTGGATCACATGAATTTG
TCACAGCTTTTGTGGTCTCTCTCTCATAATGGTCTTTGAACTTTAAATAAGTTGTTTCTA
CCTTTTACTAGTTTCTATTTGTTTCAAGTTCTTCTCTTTTGTGTTGTTGTTGTTCTGTCT
AAGATGGGTTTGTGATCCCTCTTAATGAATAAATTTTATTTGAATT

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 2

CO CL8894Contig1 957 2 2 U
GGGCAACAAAATGAATGCTGAAAAAGGAGAAGAGGTCGCACCAAGATGCCGTCTCTCTGA
TCCTGCTCATCCTCACACCCTTTGCCGCCGAGACAATCCTCGTCCTTCCTTATGCTTTAG
ATGCGGCCCTGTAAATGAGAATGATGAGGACTATGATTGGAATAACATTCATTACTACTG
TGAGATCTGCAAGCTCGTGTTCCACGAAGACTGTTACATGTTCCCACAAGGTACGAGACA
TCCATATCACCCCCACCACCCTATCTACATGACCATTCGCTTTTCGGAAACCAGAATGGA
ATCATTCAAATACGGCGCGACCGAAATGGCCATTTTCTTAACGGCTCTTGAGACCACGTC
CACGCCCATGCTTGACGAGAATGCTGTTTTCGAAACCAACAACGCATGCCATTGGTGCGG
AAAAGTGCTTGGTGTGATGTTTTTTCGTTGTCTTGATTGTGATTTTAGTCTAGGCGCTGA
GTGCACGAGGGAGGATCCTCCCGTTACGATTTTAAACTCAGGGAGCCATGTACATCCTCT
CACTTTATTTCCTAGACCACTCACAGAACCTTGTAGTAGTGTTTGTGTGTTCGGGGGAAA
CATGGAGGTAGGCTATGCTTGTGATCCATGTAACTACTTAGTCCATCAAAAATGCATCCA
GCCACCACAAGTCATACATCAAGACCATCTCGCTGATACTTCATCTCTTCCACCACCTAC
GTGAAGGCGGTTGTATCTATAAAGGATGTATTGGACGTAGAATAAATTGAGCAATTCAAA
GAAGTCTGAAGAAGCAAATGATCAAAGAAGTCTGAAGAATATTGTGGTTATTTTGTCGCA
GCTATGTATATATATTGAGCGTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCTTGAAGTTTATGGT
TGGAAGAATATTGTGGTTACAATTTTATTTCAGCTATGAATATCATTTCGTGTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F175TF U 1
AF RR1F175JQ C 288
BS 1 605 RR1F175TF
BS 606 957 RR1F175JQ

RD RR1F175TF 605 0 0
GGGCAACAAAATGAATGCTGAAAAAGGAGAAGAGGTCGCACCAAGATGCCGTCTCTCTGA
TCCTGCTCATCCTCACACCCTTTGCCGCCGAGACAATCCTCGTCCTTCCTTATGCTTTAG
ATGCGGCCCTGTAAATGAGAATGATGAGGACTATGATTGGAATAACATTCATTACTACTG
TGAGATCTGCAAGCTCGTGTTCCACGAAGACTGTTACATGTTCCCACAAGGTACGAGACA
TCCATATCACCCCCACCACCCTATCTACATGACCATTCGCTTTTCGGAAACCAGAATGGA
ATCATTCAAATACGGCGCGACCGAAATGGCCATTTTCTTAACGGCTCTTGAGACCACGTC
CACGCCCATGCTTGACGAGAATGCTGTTTTCGAAACCAACAACGCATGCCATTGGTGCGG
AAAAGTGCTTGGTGTGATGTTTTTTCGTTGTCTTGATTGTGATTTTAGTCTAGGCGCTGA
GTGCACGAGGGAGGATCCTCCCGTTACGATTTTAAACTCAGGGAGCCATGTACATCCTCT
CACTTTATTTCCTAGACCACTCACAGAACCTTGTAGTAGTGTTTGTGTGTTCGGGGGAAA
CATGG

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1F175JQ 670 0 0
AAACCAGAATGGAATCATTCAAATACGGCGCGACCGAAATGGCCATTTTCTTAACGGCTC
TTGAGACCACGTCCACGCCCATGCTTGACGAGAATGCTGTTTTCGAAACCAACAACGCAT
GCCATTGGTGCGGAAAAGTGCTTGGTGTGATGTTTTTTCGTTGTCTTGATTGTGATTTTA
GTCTAGGCGCTGAGTGCACGAGGGAGGATCCTCCCGTTACGATTTTAAACTCAGGGAGCC
ATGTACATCCTCTCACTTTATTTCCTAGACCACTCACAGAACCTTGTAGTAGTGTTTGTG
TGTTCGGGGGAAACATGGAGGTAGGCTATGCTTGTGATCCATGTAACTACTTAGTCCATC
AAAAATGCATCCAGCCACCACAAGTCATACATCAAGACCATCTCGCTGATACTTCATCTC
TTCCACCACCTACGTGAAGGCGGTTGTATCTATAAAGGATGTATTGGACGTAGAATAAAT
TGAGCAATTCAAAGAAGTCTGAAGAAGCAAATGATCAAAGAAGTCTGAAGAATATTGTGG
TTATTTTGTCGCAGCTATGTATATATATTGAGCGTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCT
TGAAGTTTATGGTTGGAAGAATATTGTGGTTACAATTTTATTTCAGCTATGAATATCATT
TCGTGTTTGC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL8895Contig1 919 2 4 U
GTTCTACACTCAAGAAGGAGTCCAACTCAATTGTAATCGGGCCATAATATTCATGGAGCA
AGACGTTATGAATTTTACAAGTCATAGGTTTTCTAGCCCGTCCATATGCGAGTACCGGGC
TTTAGAAGAAGATTCAAGCCCAGCCATGAAGCAGTCTTCATCAGAAACAATCATGGGCTT
CAAGAGGGATTTCTCAGCTTTGCAGAAAGCCCGGAATCAAGAGAATTGGTCAAGGAAATT
AGGAGATATGATCAATTTCCCAAAACCGGTCAAACCAGCTCTCGACTTGCCTTATTTGGA
ACATTTCACATTCAAGGCACCTCATATCTTTCTATTGCTTGATGAGCTCGTGGTAGAGAT
TCTCCAAGTGATTAATTTGGTCCCAAAACAGCTCACTTACCTCCCCAAGCTGTCCAGATA
CAAGGAACCTCCACACATCTCCTTATTTGGCCAAGATCAAGCAATAATGGTCATACCAAT
CAAACCTTTGATTGAGTTATGATTTATTCTGATTATTATTTTCTATTATGGTGATTTATT
TGTATTTGACCAGCCTTGGTCGAGCTTATAAAAGCTCTTGCATTTGCTTCTTTGTATTCA
GACTTTAAAGATTGAATTAAAATGAAACCTTTGTTTCCCTTTGAAGTTTTCTCTTGTAAA
ACTTTGTTTCTCTTGTCTTGTTGAGACCAGTACCTCCAAGAGCTTGAGTGTTTGAGTTGT
ATCAAAGGTCTTACGCAGCCTTTGTGGTGCTCTTCGACCCATCATCATCTTGATATCTAT
CCCTTAGCTTAAGATCTGTTTATTCAGAAGTTTTGTGAGCCTTTGACAGCTTAGGCTTGT
ATCATTTTTTGGTATCAGAGCTAAAAGCTCCTATCATTTATCTTTCTGTTTTTGTTTTCT
TCTTTTTCATTCTATTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AN51TF U 1
AF RR1AN51JQ C 327
BS 1 834 RR1AN51TF
BS 835 835 RR1AN51JQ
BS 836 846 RR1AN51TF
BS 847 919 RR1AN51JQ

RD RR1AN51TF 846 0 0
GTTCTACACTCAAGAAGGAGTCCAACTCAATTGTAATCGGGCCATAATATTCATGGAGCA
AGACGTTATGAATTTTACAAGTCATAGGTTTTCTAGCCCGTCCATATGCGAGTACCGGGC
TTTAGAAGAAGATTCAAGCCCAGCCATGAAGCAGTCTTCATCAGAAACAATCATGGGCTT
CAAGAGGGATTTCTCAGCTTTGCAGAAAGCCCGGAATCAAGAGAATTGGTCAAGGAAATT
AGGAGATATGATCAATTTCCCAAAACCGGTCAAACCAGCTCTCGACTTGCCTTATTTGGA
ACATTTCACATTCAAGGCACCTCATATCTTTCTATTGCTTGATGAGCTCGTGGTAGAGAT
TCTCCAAGTGATTAATTTGGTCCCAAAACAGCTCACTTACCTCCCCAAGCTGTCCAGATA
CAAGGAACCTCCACACATCTCCTTATTTGGCCAAGATCAAGCAATAATGGTCATACCAAT
CAAACCTTTGATTGAGTTATGATTTATTCTGATTATTATTTTCTATTATGGTGATTTATT
TGTATTTGACCAGCCTTGGTCGAGCTTATAAAAGCTCTTGCATTTGCTTCTTTGTATTCA
GACTTTAAAGATTGAATTAAAATGAAACCTTTGTTTCCCTTTGAAGTTTTCTCTTGTAAA
ACTTTGTTTCTCTTGTCTTGTTGAGACCAGTACCTCCAAGAGCTTGAGTGTTTGAGTTGT
ATCAAAGGTCTTACGCAGCCTTTGTGGTGCTCTTCGACCCATCATCATCTTGATATCTAT
CCCTTAGCTTAAGATCTGTTTATTCAGAAGTTTTGTGAGCCTTTGACAGCTTAG*CTTGT
ATCATT

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR1AN51JQ 593 0 0
TCTTTCTATTGCTTGATGAGCTCGTGGTAGAGATTCTCCAAGTGATTAATTTGGTCCCAA
AACAGCTCACTTACCTCCCCAAGCTGTCCAGATACAAGGAACCTCCACACATCTCCTTAT
TTGGCCAAGATCAAGCAATAATGGTCATACCAATCAAACCTTTGATTGAGTTATGATTTA
TTCTGATTATTATTTTCTATTATGGTGATTTATTTGTATTTGACCAGCCTTGGTCGAGCT
TATAAAAGCTCTTGCATTTGCTTCTTTGTATTCAGACTTTAAAGATTGAATTAAAATGAA
ACCTTTGTTTCCCTTTGAAGTTTTTTCTTGTAAAACTTTGTTTCTCTTGTCTTGTTGAGA
CCAGTACCTCCAAGAGCTTGAGTGTTTGAGTTGTATCAAAGGTCTTACGCAGCCTTTGTG
GTGCTCTTCGACCCATCATCATCTTGATATCTATCCCTTAGCTTAAGATCTGTTTATTCA
GAAGTTTTGTGAGCCTTTGACAGCTTAGGCTTGTATCATTTTTTGGTATCAGAGCTAAAA
GCTCCTATCATTTATCTTTCTGTTTTTGTTTTCTTCTTTTTCATTCTATTCTC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL8896Contig1 813 2 4 U
GGCCGCTGAAACCCTCGATACTCCAGCCAGATCGGCGGTGGGGAACAAGAGAGGCTTTTC
CGAGACCGTTGATCTCATGCTCAATCTTCAGTCCAACAAAGAAGGAGCCATCGATCTTAA
CAACGCTACAGCTTCTAAACAGAAAACTCTTCTCAAAAACACTGTTAAGCCTCCTGCTAA
ATCCCAAGTGGTGGGATGGCCACCAGTGAGGAACTCCAGGAAAAACATAATGACTAATCA
GAAAACAAGCGGTGCGGAGGATGCCAGCAGCGAGAAGGCCGGAAATGGTGGTGGAGGAGC
CACCGGAGCTGCATTGGTGAAGGTATCCATGGACGGAGCACCCTACCTAAGGAAAGTTGA
CCTCAAGATATACAAAAGCTATCAGGATCTCTCTGATGCTTTGGCCAAAATGTTCAGTTC
CTTCACTATGGGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATCGATTTCATGAACGAGACCAAGCT
CATGGATCTTCTGAACAGTTCTGATTATGTTCCAAGCTACGAGGACAAAGATGGCGACTG
GATGCTAGTCGGCGATGTCCCATGGGAAATGTTTGTCGAGTCATGCAGACGTTTGCGCAT
TATGAAGGGATCTGAAGCAATTGGACTTGCTCCGAGAGCAATGGAGAAGTATTCCAAGAA
CAGATCATAAATTTTTATATTAAGAAAAAAAGAATCTTCAGTGTTCAATCATATGACGAG
CTCTTGATTTATATGTACTTTCATGATTTCATGTGGCTATCTCCTATATATGTGTGTCTG
TAATTTAAATACTTGATGTGTATATAAAGCAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1CE71TF U 1
AF RR1CE71JQ C 31
BS 1 523 RR1CE71TF
BS 524 524 RR1CE71JQ
BS 525 549 RR1CE71TF
BS 550 813 RR1CE71JQ

RD RR1CE71TF 549 0 0
GGCCGCTGAAACCCTCGATACTCCAGCCAGATCGGCGGTGGGGAACAAGAGAGGCTTTTC
CGAGACCGTTGATCTCATGCTCAATCTTCAGTCCAACAAAGAAGGAGCCATCGATCTTAA
CAACGCTACAGCTTCTAAACAGAAAACTCTTCTCAAAAACACTGTTAAGCCTCCTGCTAA
ATCCCAAGTGGTGGGATGGCCACCAGTGAGGAACTCCAGGAAAAACATAATGACTAATCA
GAAAACAAGCGGTGCGGAGGATGCCAGCAGCGAGAAGGCCGGAAATGGTGGTGGAGGAGC
CACCGGAGCTGCATTGGTGAAGGTATCCATGGACGGAGCACCCTACCTAAGGAAAGTTGA
CCTCAAGATATACAAAAGCTATCAGGATCTCTCTGATGCTTTGGCCAAAATGTTCAGTTC
CTTCACTATGGGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATCGATTTCATGAACGAGACCAAGCT
CATGGATCTTCTGAACAGTTCTGATTATGTTCCAAGCTACGAG*ACAAAGATGGCGACTG
GATGCTAGT

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR1CE71JQ 783 0 0
ATCGGCGGTGGGGAACAAGAGAGGCTTTTCCGAGACCGTTGATCTCATGCTCAATCTTCA
GTCCAACAAAGAAGGAGCCATCGATCTTAACAACGCTACAGCTTCTAAACAGAAAACTCT
TCTCAAAAACACTGTTAAGCCTCCTGCTAAATCCCAAGTGGTGGGATGGCCACCAGTGAG
GAACTCCAGGAAAAACATAATGACTAATCAGAAAACAAGCGGTGCGGAGGATGCCAGCAG
CGAGAAGGCCGGAAATGGTGGTGGAGGAGCCACCGGAGCTGCATTGGTGAAGGTATCCAT
GGACGGAGCACCCTACCTAAGGAAAGTTGACCTCAAGATATACAAAAGCTATCAGGATCT
TTCTGATGCTTTGGCCAAAATGTTCAGTTCCTTCACTATGGGAAACTATGGAGCACAAGG
AATGATCGATTTCATGAACGAGACCAAGCTCATGGATCTTCTGAACAGTTCTGATTATGT
TCCAAGCTACGAGGACAAAGATGGCGACTGGATGCTAGTCGGCGATGTCCCATGGGAAAT
GTTTGTCGAGTCATGCAGACGTTTGCGCATTATGAAGGGATCTGAAGCAATTGGACTTGC
TCCGAGAGCAATGGAGAAGTATTCCAAGAACAGATCATAAATTTTTATATTAAGAAAAAA
AGAATCTTCAGTGTTCAATCATATGACGAGCTCTTGATTTATATGTACTTTCATGATTTC
ATGTGGCTATCTCCTATATATGTGTGTCTGTAATTTAAATACTTGATGTGTATATAAAGC
AAT

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL8897Contig1 699 2 3 U
ACAGAGCTTATGACATTTAGCTCAGTTTCAAAAACCCTAGTGTAATACATCTTTACACGT
GTACATTAATATGCGACTTTCTCGTGTTTATCTAGTTATTTGTAAAGTAAACGGTGTCCT
ACTTCCTTGGAAAGTGGCTTCGAGTTCTGGGCATAATTTGAGGAAATCTAGGCATTTTTC
TGTCGGGGAACATGGAGGATGCAGCTGGAAAAGTAGGCATCGGTGGGTTAATGTTTGGCC
TCGGTTTGTTTTCTTTGATCTCAACTACAACAGCATCTGATGTCAAAAACGTTTTAGCCA
CTGATGCAGCATGTTCCAAGCAACATCTCACAACCTTGGTAGGATCGATGATACCAGCCA
ACATCAAATCTTCGTATTGATTCTTCCCAGCATTGTAACCGTACATCATGTTTTGGTTCG
ATAAAACCTTTTCTATGACAATGTTCCCATTTGTGCCTGCGTTTTTGGCTATAAGTCTTA
TAGGGTAGCTCAATGCTTTCTTGAATATTTCAGCTCCAATCTTCTGTTCTGTGTTGTCTA
GTGTGTCTTTGATGCTGTCTACTTTAGCAGCCAGTCTCAAGAGTGCACAACCACCACCAA
CTACAATCCCTTCTTCAATTGCTGACTTAGTAGCATTCAGGGCATCTTCAACCTTTAGCT
GTTTATCCTTCAACTCAACTTGCGTCTGTGCACCTACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BU44JQ U 27
AF RR1BU44TF C 1
BS 1 26 RR1BU44TF
BS 27 572 RR1BU44JQ
BS 573 699 RR1BU44TF

RD RR1BU44JQ 546 0 0
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TTTATCTAGTTATTTGTAAAGTAAACGGTGTCCTACTTCCTTGGAAAGTGGCTTCGAGTT
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GGAAAAGTAGGCATCGGTGGGTTAATGTTTGGCCTCGGTTTGTTTTCTTTGATCTCAACT
ACAACAGCATCTGATGTCAAAAACGTTTTAGCCACTGATGCAGCATGTTCCAAGCAACAT
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CCAGCATTGTAACCGTACATCATGTTTTGGTTCGATAAAACCTTTTCTATGACAATGTTC
CCATTTGTGCCTGCGTTTTTGGCTATAAGTCTTATAGGGTAGCTCAATGCTTTCTTGAAT
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GCAGCC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR1BU44TF 699 0 0
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GTACATTAGTATGCGACTTTCTCGTGTTTATCTAGTTATTTGTAGAGTAGACGGTGTCCT
ACTTCCTTGGAAAGTGGCTTCGAGTTCTGGGCATAATTTGAGGAAATCTAGGCATTTTTC
TGTCGGGGAACATGGAGGATGCAGCTGGAGAAGTAGGCATCGGTGGGTTAATGTTTGGCC
TCGGTTTGTTTTCTTTGATCTCAACTACAACAGCATCTGATGTCAGAAACGTTTTAGCCA
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ACATCAGATCTTCGTATTGATTCTTCGCAGCATTGTAACCGTACATCATGTTTTGGTTCG
ATAAGACCTTTTCTATGACAATGTTCCCATTTGTGCCTGCGTTTTTGGCTATAAGTCTTA
TAGGGTAGCTCAATGCTTTCTTGAATATTTCAGCTCCAATCTTCTGTTCTGTGTTGTCTA
GTGTGTCTTTGATGCTGTCTACTTTAGCAGCCAGTCTCAAGAGTGCACAACCACCACCAA
CTACAATCCCTTCTTCAATTGCTGACTTAGTAGCATTCAGGGCATCTTCAACCTTTAGCT
GTTTATCCTTCAACTCAACTTGCGTCTGTGCACCTACCT

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

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GGCATCAACCGTTACATGTTCGTATCTTTTGCTATAAAGATCATTAAGATGGATTAATAC
ATAAACGTTGAGATTCAATTCGATTGCAAGGGAAGAAGGACGATGCAGTACAAAGAATCT
GTACAATAAATATATATATCTTTAGTGTGGTAACTTGTATAGTTTGCTCCACTCTTCTTC
GGTTCATGCTTGGAGCTTGGTGCTCAGACCAGGACAACGATGATGACAATGAGTATAACA
ATCCCAAATATGAGTATAAGAAGGCATGTCAAGGATGAGTTTGCTCTTTGAGTTTTAGAT
GCTTTTCTGAGTTGGGAAGTGGCTTGTGCAGTTGCAGCATGTGAATTATCAATGTTGGAG
CTGATGTCATCGATCATAACTCCTTGATCGTTGACTAAAACAGCTAGATCTTTGAAGATT
TCATTCACTTCACCAATCTGTTCTTGAATTTCTCTGATTCCTTGCTCTCTTTCCTCAATA
ATTGCTTCATTGAATGTTATCTCGTTATCTAGAAACACCACTTCTTGCCTTTTTGATTGT
AGAAGAAGAGTTTGCTCCTGGGAGGTCCTTAAAGATTCAATATCCAGTTCCTGTGCATTA
TAACTGGTAGGCATATCTTTAGTGACGACAGGAGTGTATGTTATTTCTCTTTCAGCTGCA
AGTCTCTGAGCTTTCTGAAACTCTTTGAGAACTGATTGGAAATCTTTCGCCAGTTTAGCA
TCCGCAATCTTCTTAATTGGAGTAGTTGCTCCATGG


BQ
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AF RR1GP26JQ U 1
AF RR1GR38JQ U 31
BS 1 544 RR1GP26JQ
BS 545 756 RR1GR38JQ

RD RR1GP26JQ 544 0 0
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GCTTTTCTGAGTTGGGAAGTGGCTTGTGCAGTTGCAGCATGTGAATTATCAATGTTGGAG
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TCATTCACTTCACCAATCTGTTCTTGAATTTCTCTGATTCCTTGCTCTCTTTCCTCAATA
ATTGCTTCATTGAATGTTATCTCGTTATCTAGAAACACCACTTCTTGCCTTTTTGATTGT
AGAA

QA 1 544 1 544
DS 

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AAGGATGAGTTTGCTCTTTGAGTTTTAGATGCTTTTCTGAGTTGGGAAGTGGCTTGTGCA
GTTGCAGCATGTGAATTATCAATGTTGGAGCTGATGTCATCGATCATAACTCCTTGATCG
TTGACTAAAACAGCTGGATCTTTGAAGATTTCATTCACTTCACCAATCTGTTCTTGAATT
TCTCTGATTCCTTGCTCTCTTTCCTCAATAATTGCTTCATTGAATGTTATCTCGTTATCT
AGAAACACCACTTCTTGCCTTTTTGATTGTAGAAGAAGAGTTTGCTCCTGGGAGGTCCTT
AAAGATTCAATATCCAGTTCCTGTGCATTATAACTGGTAGGCATATCTTTAGTGACGACA
GGAGTGTATGTTATTTCTCTTTCAGCTGCAAGTCTCTGAGCTTTCTGAAACTCTTTGAGA
ACTGATTGGAAATCTTTCGCCAGTTTAGCATCCGCAATCTTCTTAATTGGAGTAGTTGCT
CCATGG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL8899Contig1 987 2 10 U
GGGACCTTCAAAAACTCAATTACAAAAGGCTGTTGCTTCGATTCAACCCCCAACAAGTAA
AAATAGGTTCAATCGAAGAACCCCACCGGAGTTCCACAGAGGAACTGCATCAGTCGCGTT
CTTGCTGCGGCTTGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAGTAGCAATAACAATAACAACCACAAGG
AAGAGGAAGAAGAGAAACCGAAGATGCAGAGTAGAGATCCTGCTCAGCCTCAGAACCAGC
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CTGCTCTCTCTGCGTTTAGGGCTAAAGAGGATGAGATCGAGAAGAGGAAAATGGAGGTTC
GTGAACGGGTCAAGGACTCAGCTTGGTCGTGTCGAGGAAGAAACCAGACGTCTCGCCAAC
ATCCGCGAGGAGCTTGAGTCAATGGCAGATCCAATGAGGAAGGAAGTTTCTTGGGTGCGT
AAGAAGATCGATAGCGTCAACAAAGAACTCAAACCATTAGGCACAACAGTTCAAAAGAAG
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CTGCTCACCAAGCTAATGGGAGTTGGTTGGAGAAAGCGAGAAGCTGAGGTTGAAGAAGCT
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AACCAGTGAAGAACTAACTGGGCTTATTAGGTTATGTACTTATGTTATGGCTCTATTTGA
TGTATTTTTTTTATTTGTCTTTTGTCTTTTAAGTGTTTTTAGTTTTCCAAAATGGTTTGT
GGGTTGATTTGTAGAACTGTGATGGGTGTTTATGTTTTTTGATTAACCATATTAGGGACG
GCAAATGGGAGATAATGCTGAATGCTAAATGGTTTGTAAGTTTGAATTACTTTTTTTTCT
TGTTCATTTTCAAATATTATTTTATTT


BQ
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AF RR1GW76TF U 1
AF RR1GW76JQ C 233
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AACCAGTGAAGA*CTA*CTGGGCTTATTAG*TTATGTACTTATGT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR1GW76JQ 755 0 0
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GGGTGCGTAAGAAGATCGATAGCGTCAACAAAGAACTCAAACCATTAGGCACAACAGTTC
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AAGTTCAGCTGCTCACCAAGCTAATGG*AGTTGGTTGGAGAAAGCGAGAAGCTGAGGTTG
AAGAAGCTTGAGGAGCTTAGCATGAACATAGAAACCGAGTGAGACTCTTATCTCACAGAC
ATAATACCAACCAGTGAAGAACTAACTGGGCTTATTAGGTTATGTACTTATGTTATGGCT
CTATTTGATGTATTTTTTTTATTTGTCTTTTGTCTTTTAAGTGTTTTTAGTTTTCCAAAA
TGGTTTGTGGGTTGATTTGTAGAACTGTGATGGGTGTTTATGTTTTTTGATTAACCATAT
TAGGGACGGCAAATGGGAGATAATGCTGAATGCTAAATGGTTTGTAAGTTTGAATTACTT
TTTTTTCTTGTTCATTTTCAAATATTATTTTATTT

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL8900Contig1 1193 2 4 U
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TCAAAATTTGGACGATTTTGTTTCGGATCTTGCTAACGTTTTCAACTAGGCTATGGAGCT
AAAGGTAACATTTAAGGGTCTTGCTTCCTCAGAGGTCGAAGTTTTGAGTCCAGATTGCAT
TGACAAAGTTGCATTACCAGAGAGCAAGGCTGTAGATAAAGATTCATCCCAAGAAATATA
TCAAAATGGATGCGTCGACAACGAGCAAGAGGTTCCATGTGAGGAAAACAGAGTTTTGAG
GTATGAGTCAGAGTCCACGTTACAGGAGATTGAAGAACTGAAATCAGAAAAAGAAAAGAT
GGCAGTGGATATTGAGGAGCTGAAGTGTCAGTTACAAGAATCTGAGAAGATGTTAGCTGA
GATTAGAACACAGTTAGATTCTGCTCAGAGGTCAAACAGCTTGGCGGATACGCAACTCAG
ATGTATGACTGAGTCATATAGATCACTTGAAACACGTGCAGCTGATTTAGAGATTGATGT
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CACTCCTTTGGTTGCTGTAGAGGACGAAGAAGCTGATATCAAGACCAAACAGGAGAGAGA
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GCAGCTGAAGTCATTACAGCCACCACAAAGACAGGGTGAGTCGTGTTCTGAGGATGAACT
AGGCACCAAGAACTATGCTGTAGACGAAGAAGAATCAGGTAACACTTGGGTTAATGAGGT
CCCTAGATTTATGGAATCTCCTAATTGTCCTTCTGACTCAGAGGCTAGTGAGTTAATGAC
ATCGCCATCGCAAGTGGGTTCAAGGCTTTCAAGGTCAGGTTCATCTGGTAATCCGACACC
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GAAATAAAAGAGAGAAGACGAAGAAGCTTTGTGTATGTGTACATGACGAAATGTGATGAG
AATACTTTTTATGTGGGCTCTTTTTGTCAGTTTTTACATTACCCCTTTTTGTC


BQ
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AF RR1BE91TF U 1
AF RR1BE91JQ C 296
BS 1 657 RR1BE91TF
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DS 

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CTCAGATGTATGACTGAGTCATATAGATCACTTGAAACACGTGCAGCTGATTTAGAGATT
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CGCAACCACCAAGAAGCTATTATGAGGTGCCATGAACTTGAAGAACATATACAAAGAAGC
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GAACTAGGCACCAAGAACTATGCTGTAGACGAAGAAGAATCAGGTAACACTTGGGTTAAT
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ATGACATCGCCATCGCAAGTGGGTTCAAGGCTTTCAAGGTCAGGTTCATCTGGTAATCCG
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ATGAGAATACTTTTTATGTGGGCTCTTTTTGTCAGTTTTTACATTACCCCTTTTTGTC

QA 1 898 1 898
DS 



AS 1 2

CO CL8901Contig1 512 2 1 U
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AGACCGAGGGCTCAAGTGAATGTGAAGATTTATGAAGACAGCAATGGAGTTCACAACGAT
AACGCTACCAATGGCGCCTGAGGACTCGGCTCGAGTTTAGTTTCTTGCTCCTCGAGTATT
TTAGGGTAACACGAAACGTTCTCTTTATACATATTAACCAGCCACCTTTTCTTTCTTTGC
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BQ
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AF RR1DJ82JQ C 1
AF RR1DJ82TF U 1
BS 1 512 RR1DJ82TF

RD RR1DJ82JQ 512 0 0
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AACGCTACCAATGGCGCCTGAGGACTCGGCTCGAGTTTAGTTTCTTGCTCCTCGAGTATT
TTAGGGTAACACGAAACGTTCTCTTTATACATATTAACCAGCCACCTTTTCTTTCTTTGC
GTGCTTTGTTCATAAGTCTTCTTTAACACCATCTTACAACTTACAACTGTTTCTTAAAAC
TTCAGTTTAGGTTATTAATTTTGCCATTTACCAACAGCAAAGAAAATCGCAAGATTGTAG
AGCATTTTACTAAATAGTAAATGACGTTTGAG

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR1DJ82TF 512 0 0
GCAGTGGATGTTGTCGTTGCGTGGTATACAGTGAACTTGGTTGTTTTCTTCCTCGACAAG
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ACCAAGGAAGAGAATCACAAACTCTTGAACGGGAACGGTGTTGATCCTACTGCAGATAGG
AGACCGAGGGCTCAAGTGAATGTGAAGATTTATGAAGACAGCAATGGAGTTCACAACGAT
AACGCTACCAATGGCGCCTGAGGACTCGGCTCGAGTTTAGTTTCTTGCTCCTCGAGTATT
TTAGGGTAACACGAAACGTTCTCTTTATACATATTAACCAGCCACCTTTTCTTTCTTTGC
GTGCTTTGTTCATAAGTCTTCTTTAACACCATCTTACAACTTACAACTGTTTCTTAAAAC
TTCAGTTTAGGTTATTAATTTTGCCATTTACCAACAGCAAAGAAAATCGCAAGATTGTAG
AGCATTTTACTAAATAGTAAATGACGTTTGAG

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 2

CO CL8902Contig1 872 2 2 U
GACGAGGACATTGTACCACAAAACCAACAGCTTTTACTTCAAGTCACAGAGAGGGATGAC
TATAACATCAAGCTTTTCTTGGAAGGCATAACTTCAAGACAGATGCAAGATGCTCTGCTA
ATAGATAAGTACATCATGGATAAGGATATCCAGCAAGCCAGTGCATCAGCCAGTTTCCTC
TCCAAGAGATCCTTAAGAATTGAAGATCAGATGAGGCTCTGCACAGATCAGTATCAGAGA
CTAGCGGAAGATAGATACCAAAAGTCTATCACTCTTGAAAATCTGCAAAAGAAACGTGCA
GATGTTGAGAATGGCTTGGAACAAGCTAGGTCAAAGCTTGAGGAGTCGCATTCTAAAGTT
GAGAAAATTCGGGTGGAGTATGGTGCATTGGAACTGGAGCTGGAAACCGAAAGGTTCAAT
AGGAGAAGGATAGAGGAGGAAATGGAAACAGCGAAAAAGAAAGTTTCTCGTCTTAGATCA
CTGATAGAAGGATCATCAGCCACTCAAAAACTAAGACAAGAACCCTGTGAATTCAAAGAG
ATCTTGAAGTGTAAGGCATGCAACGATCGTCCAAAAGAGGTGGTGATCACGAAATGCTGC
CATTTGTTTTGCAACCCATGTGTGCAGAAGATCACAGGAACTAGACAAAGAAAGTGTCCT
ACTTGCTCAGCAAGTTTTGGACCCAACGATATCAAGCCTATCTACATATGATGATGATGG
TGATGCACATGGAACAAACCTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTGTTTTGTGTTCTCAAACTAC
TCTTTCAAAAAGAGAGAAAAATAGATAAAATCATAGCTTATAAACGCATATATACAGTTA
AGCTCATTTTATATAAAGAGTGCATTTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1ER25TF U 1
AF RR1ER25JQ C 196
BS 1 707 RR1ER25TF
BS 708 872 RR1ER25JQ

RD RR1ER25TF 707 0 0
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TCCAAGAGATCCTTAAGAATTGAAGATCAGATGAGGCTCTGCACAGATCAGTATCAGAGA
CTAGCGGAAGATAGATACCAAAAGTCTATCACTCTTGAAAATCTGCAAAAGAAACGTGCA
GATGTTGAGAATGGCTTGGAACAAGCTAGGTCAAAGCTTGAGGAGTCGCATTCTAAAGTT
GAGAAAATTCGGGTGGAGTATGGTGCATTGGAACTGGAGCTGGAAACCGAAAGGTTCAAT
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ATCTTGAAGTGTAAGGCATGCAACGATCGTCCAAAAGAGGTGGTGATCACGAAATGCTGC
CATTTGTTTTGCAACCCATGTGTGCAGAAGATCACAGGAACTAGACAAAGAAAGTGTCCT
ACTTGCTCAGCAAGTTTTGGACCCAACGATATCAAGCCTATCTACAT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1ER25JQ 677 0 0
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GAGTATGGTGCATTGGAACTGGAGCTGGAAACCGAAAGGTTCAATAGGAGAAGGATAGAG
GAGGAAATGGAAACAGCGAAAAAGAAAGTTTCTCGTCTTAGATCACTGATAGAAGGATCA
TCAGCCACTCAAAAACTAAGACAAGAACCCTGTGAATTCAAAGAGATCTTGAAGTGTAAG
GCATGCAACGATCGTCCAAAAGAGGTGGTGATCACGAAATGCTGCCATTTGTTTTGCAAC
CCATGTGTGCAGAAGATCACAGGAACTAGACAAAGAAAGTGTCCTACTTGCTCAGCAAGT
TTTGGACCCAACGATATCAAGCCTATCTACATATGATGATGATGGTGATGCACATGGAAC
AAACCTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTGTTTTGTGTTCTCAAACTACTCTTTCAAAAAGAGA
GAAAAATAGATAAAATCATAGCTTATAAACGCATATATACAGTTAAGCTCATTTTATATA
AAGAGTGCATTTGTTCC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL8903Contig1 935 2 4 U
GGAGTCTCATCTCCCCTTCGCTTCCATATCCCTCTCTCTCTTTCCTTCCAATTCTCTCTG
GTTTGCTCGACCCTCTTCCCTCACTTCAATCCGATCCACTTCTCGCCGGAGCTTCGCCAG
ACCGGGTCTCTTCATAAGACGGAGTAGTGGAGCTATATTGATTACAGAGTAGTGGAGCAA
AAAGGGATCTTGAAGGGAATTATATTGATGGGAATATTGCATTGTTGCTGGGAAGAAGGC
TCTTGAAAGTTCTTGTGGTGAGGAAGGAGAGAGATGAAGATATTCCGCTCGTTGGGCCCC
CCTTTTTCAGCTTTTGTACAAAGAACTCGGATGGCAACGGTGGTAGCGCGTATGTTGACA
AAGCTCAAGATGTGATGGCTACTGTTTTGGCCAAAGTCTCTTGGCAGAGGGTGCACAAAA
AAAAGTCTCTTGGCAGAGGTACGTGTCTCTCATCTTTAACCATCCCTCTCTCTTGCTTTT
ATTTTTTTTTATAATAATTTTGGCTGGAGGGACTATGGAAGAGCTCCCACTGCTGATGCC
TTAAGAGCACCGACCGCAGTACATTTTTTAGTGACAGCACCTTTCTCTCTCCAGTCAACC
GAGGTCGGAAGTTCGGTTGAATTCTCATACATGAACCCTTTCGAGCCATGTTTCGGTCCT
TGAAACATTCTGTGATGTTTGATGTTTGATCCGGCTCCTAGGAACAGAGTGGTGGCTCCT
CCATCTGTCGTAGAGATTTGATAAGCTCTCTTCGCTCTCTAGTTCACTGTCGTGGTAATC
GAACCCGTGAACGGATTGGATAACGAGAAAGGAAGAGAGAAAGATCAAGAGAAGTTTATC
CATTTTTTCTGATGATTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGAAGTTCAGAGTTTGCTGCTTGAG
ATATTTATAGAGGCTAATTTATTGAGAGATTTATG


BQ
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AF RR1C123TF U 1
AF RR1C123JQ C 176
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BS 303 696 RR1C123TF
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GTTTGCTCGACCCTCTTCCCTCACTTCAATCCGATCCACTTCTCGCCGGAGCTTCGCCAG
ACCGGGTCTCTTCATAAGACGGAGTAGTGGAGCTATATTGATTACAGAGTAGTGGAGCAA
AAAGGGATCTTGAAGGGAATTATATTGATGGGAATATTGCATTGTTGCTGGGAAGAAGGC
TCTTGAAAGTTCTTGTGGTGAGGAAGGAGAGAGATGAAGATATTCCGCTCGTTGGGCCCC
C*TTTTTCAGCTTTTGTACAAAGAACTCGGATGGCAACGGTGGTAGCGCGTATGTTGACA
AAGCTCAAGATGTGATGGCTACTGTTTTGGCCAAAGTCTCTTGGCAGAGGGTGCACAAAA
AAAAGTCTCTTGGCAGAGGTACGTGTCTCTCATCTTTAACCATCCCTCTCTCTTGCTTTT
ATTTTTTTTTATAATAATTTTGGCTGGAGGGACTATGGAAGAGCTCCCACTGCTGATGCC
TTAAGAGCACCGACCGCAGTACATTTTTTAGTGACAGCACCTTTCTCTCTCCAGTCAACC
GAGGTCGGAAGTTCGGTTGAATTCTCATACATGAACCCTTTCGAGCCATGTTTCGGTCCT
TGAAACATTCTGTGATGTTTGATGTTTGATCCGGCT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1C123JQ 760 0 0
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AAGGCTCTTGAAAGTTCTTGTGGTGAGGAAGGAGAGAGATGAAGATATTCCGCTCGTTGG
GCCCCCCTTTTTCAGCTTTTGTACAAAGAACTCGGATGGCAACGGTGGTAGCGCGTATGT
TGACAAAGCTCAAGATGTGATGGCTACTGTTTTGGCCAAAGTCTCTTGGCAGAGGGTGCA
CAAAAAAAAGTCTCTTGGCAGAGGTACGTGTCTCTCATCTTTAACCATCCCTCTCTCTTG
CTTTTATTTTTTTTTATAATAATTTTGGCTGGAGGGACTATGGAAGAGCTCCCACTGCTG
ATGCCTTAAGAGCACCGACCGCAGTACATTTTTTAGTGACAGCACCTTTCTCTCTCCAGT
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CTCCTCCATCTGTCGTAGAGATTTGATAAGCTCTCTTCGCTCTCTAGTTCACTGTCGTGG
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TTGAGATATTTATAGAGGCTAATTTATTGAGAGATTTATG

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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TCTGTTCTTGAATGGCTTCCATGATCAGCATAGAGATATGAGGCTTGACATTGATAACAT
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TGATGGAGAGGAAGTAGGGACTCTGCCTTGCCAACATATGTACCATGTGAGCTGTGCGCA
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GCCACAGCCATTTTCATGAAACATCAGAGTGTGCTCGTCTCTGATTCCTACCATCTCCTG
TTTTATTTTCTTTGTACATAAAAAATCTCTTTTTTTTCTTTACTTATACACACAATTGGG
AACAAATAGAAGAATAAGAATCAGGTGGAGAAAGTCCTCTTTGACCTGTATAAAGATTTT
TAACATTTCAAACCACCAATAGTTGGTTTAATTCCATAAATATATACTGTTATTCCATTC
TTCATTCTATTCAACAACTCTTTATTGT


BQ
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AF RR1DW28JQ C 1
AF RR1CM38TF U 175
BS 1 175 RR1DW28JQ
BS 176 548 RR1CM38TF
BS 549 549 RR1DW28JQ
BS 550 748 RR1CM38TF

RD RR1DW28JQ 709 0 0
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TCTGTTCTTGAATGGCTTCCATGATCAGCATAGAGATATGAGGCTTGACATTGATAACAT
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CGAGGAAGCTCTCCTTAAAAGCCTGAAGTTAAGCACTTTTAATCATCCAACAGATGAATC
TAGTGGAACTTGCTTAAACAAAGATGATGTCAAATGTAGTATATGCCAGGAAGACTATGT
TGATGGAGAGGAAGTAGGGACTCTGCCTTGCCAACATATGTACCATGTGAGCTGTGCGCA
ACAATGGCTTCGAATGAAGAACTGGTGTCCTATCTGCAAAACCTCCGCCGCAGAATTTCA
GCCACAGCCATTTTCATGAAACATCAGAGTGTGCTCGTCTCTGATTCCTACCATCTCCTG
TTTTATTTTCTTTGTACATAAAAAATCTCTTTTTTTTCTTTACTTATACACACAATTGGG
AACAAATAGAAGAATAAGAATCAGGTGGAGAAAGTCCTCTTTGACCTGTATAAAGATTTT
TAACATTTCAAACCACCAATAGTTGGTTTAATTCCATAAATATATACTG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1CM38TF 574 0 0
G
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CTAAGCGAGGAAGCTCTCCTTAAAAGCCTGAAGTTAAGCACTTTTAATCATCCAACAGAT
GAATCTAGTGGAACTTGCTTAAACAAAGATGACGTCAAATGTAGTATATGCCAGGAAGAC
TATGTTGATGGAGAGGAAGTAGGGACTCTGCCTTGCCAACATATGTACCATGTGAGCTGT
GCGCAACAATGGCTTCGAATGAAGAACTGGTGCCCTATCTGCAAAACCTCCGCCGCAGAA
TCTCAGCCACAGCCATTTTCATGAAACATCAGAGTGTGCTCGTCTCTGATTCCTACCATC
TCCTGTTTTATTT*CTTTGTACATAAAAAATCTCTTTTTTTTCTTTACTTATACACACAA
TTGGGAACAAATAGAAGAATAAGAATCAGGTGGAGAAAGTCCTCTTTGACCTGTATAAAG
ATTTTTAACATTTCAAACCACCAATAGTTGGTTTAATTCCATAAATATATACTGTTATTC
CATTCTTCATTCTATTCAACAACTCTTTATTGT

QA 2 574 2 574
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCAAAAATTGAGAAAGGAAAAGGCAAAGATTGCCATCGAGGAATCGAAACGGTTATTTGT
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TTCTTAATATTCGCTGGATGTGGGGTGGTGGTAGTGAATGTGTTGTACGGTGGAACAGTG
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GGTCACATTTCCGGTGCCCATTTTAATCCTGCCGTCACCCTCACTTTTGCCGTGTTCCGG
CGGTTTCCCTGGTATCAGGTACCATTGTATATAGGTGCACAACTTACGGGATCGTTACTA
GGGAGTTTGACACTCAGACTAATGTTCCATGTGACACCAGAAGCTTACTTCGGTACAACT
CCGTCTGATTCAGCGGCACAAGCGCTTGCTGCTGAGATCATTATCTCATTCCTCCTAATG
TTTGTTATCTCAGGCGTTGCCACTGATAATCGTGCGGTCGGAGAATTAGCTGGGATTGCG
GTGGGGATGACTATAATGCTGAACGTCTTCGTGGCTGGACCGGTTTCGGGAGCATCGATG
AATCCAGCAAGAAGTCTAGGACCAGCGATAGTGATGGGAGTGTATGATGGACTTTGGATC
TACATTGTTGGTCCTCTTGTCGGAATTATGGCCGGAGGTTTTGTTTATAACCTTATAAGA
TTTACGGATAAGCCACTTAAAGAGCTTACTAGGAACGCTTCTTTTCTCCGTTCTGCTTCT
CCAAAACACAAAGCTGCTACTTCTAAAAGCTAATCTTTTGTACTCTCTTAGTCATATCTT
ATTTTGTCAAAATTTTCCTCTTGGATACATACTTTATTCTTATACTAGAGTGAGACCCGC
GCGCATGCGCGGAGTGAAAAAAATTCAGTGTAAATAAGTAAGATTTCTATATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B049TF U 1
AF RR1B049JQ C 229
BS 1 739 RR1B049TF
BS 740 1014 RR1B049JQ

RD RR1B049TF 739 0 0
GGAATTTGAACTTTATTAAAAATGACTTCGCATGTTGAAAAAATCGAAGAAGAGGAAATA
TCAAAAATTGAGAAAGGAAAAGGCAAAGATTGCCATCGAGGAATCGAAACGGTTATTTGT
ACTTCTCCCACCACTGTTTGCCTCACTCAGAAGTTGATCGCAGAGATGATTGGGACGTAT
TTCTTAATATTCGCTGGATGTGGGGTGGTGGTAGTGAATGTGTTGTACGGTGGAACAGTG
ACATTTCCAGGGATATGTGTTACCTGGGGTCTCATTGTTATGGTCATGATTTACTCTACA
GGTCACATTTCCGGTGCCCATTTTAATCCTGCCGTCACCCTCACTTTTGCCGTGTTCCGG
CGGTTTCCCTGGTATCAGGTACCATTGTATATAGGTGCACAACTTACGGGATCGTTACTA
GGGAGTTTGACACTCAGACTAATGTTCCATGTGACACCAGAAGCTTACTTCGGTACAACT
CCGTCTGATTCAGCGGCACAAGCGCTTGCTGCTGAGATCATTATCTCATTCCTCCTAATG
TTTGTTATCTCAGGCGTTGCCACTGATAATCGTGCGGTCGGAGAATTAGCTGGGATTGCG
GTGGGGATGACTATAATGCTGAACGTCTTCGTGGCTGGACCGGTTTCGGGAGCATCGATG
AATCCAGCAAGAAGTCTAGGACCAGCGATAGTGATGGGAGTGTATGATGGACTTTGGATC
TACATTGTTGGTCCTCTTG

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1B049JQ 786 0 0
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ATTTACTCTACAGGTCACATTTCCGGTGCCCATTTTAATCCTGCCGTCACCCTCACTTTT
GCCGTGTTCCGGCGGTTTCCCTGGTATCAGGTACCATTGTATATAGGTGCACAACTTACG
GGATCGTTACTAGGGAGTTTGACACTCAGACTAATGTTCCATGTGACACCAGAAGCTTAC
TTCGGTACAACTCCGTCTGATTCAGCGGCACAAGCGCTTGCTGCTGAGATCATTATCTCA
TTCCTCCTAATGTTTGTTATCTCAGGCGTTGCCACTGATAATCGTGCGGTCGGAGAATTA
GCTGGGATTGCGGTGGGGATGACTATAATGCTGAACGTCTTCGTGGCTGGACCGGTTTCG
GGAGCATCGATGAATCCAGCAAGAAGTCTAGGACCAGCGATAGTGATGGGAGTGTATGAT
GGACTTTGGATCTACATTGTTGGTCCTCTTGTCGGAATTATGGCCGGAGGTTTTGTTTAT
AACCTTATAAGATTTACGGATAAGCCACTTAAAGAGCTTACTAGGAACGCTTCTTTTCTC
CGTTCTGCTTCTCCAAAACACAAAGCTGCTACTTCTAAAAGCTAATCTTTTGTACTCTCT
TAGTCATATCTTATTTTGTCAAAATTTTCCTCTTGGATACATACTTTATTCTTATACTAG
AGTGAGACCCGCGCGCATGCGCGGAGTGAAAAAAATTCAGTGTAAATAAGTAAGATTTCT
ATATAC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL8907Contig1 840 2 2 U
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AAGAAAGAAAGAGATGGGTCGCCAATTTGTTATCCTTGCCATCTGCATCGTCCTCGTCGC
CGGCGTCGGAGGTCAAGCTCCGTCTTCACCACCAACAGCTACACCAGCACCACCAACTCC
AACCACTCCACCACCAGCTGCGACTCCTCCTCCTGTCTCAGCTCCTCCACCAGTCACCAC
TTCACCTCCTCCAGCCACCACCGCTCCTCCTCCGGCTACTCCTCCTCCCGTTTCTTCTCC
ACCTCCAGCAACTCCTCCTCCAGTCGCAACTCCTCCTCCCGTCGTTTCCCCTCCTCCAGC
AACTCCTCCTCCCGTCGCTACTCCTCCTCCAGCAACTCCTCCTCCCGTCGCTACTCCTCC
TCCAGCCCCTCTTGCATCTCCTCCCGCTCAGGTTCCGGCTCTTGCTCCGACAAAGCCAGA
CGCTCCTTCTTCATCACCGTTGTCTAGCCCGCCTCTTCCGGCAACTGATGCTCCGGGACC
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CAAGACGGTTTCCAGCCTGATACTTGGATCTGTTCTCGTTTGGTTTATGATCTAAGGGGG
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GTTATTACTTTGGGGACTGAATTCTTTGGGATTGTTATCATTTAGAGAGGATATTATTGA
GTGCTGAGATGGAGATATCAGTATTTTTTAGATATTTTGTGGCTACTTATCCTTTTATTT


BQ
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AF RR1FM33TF U 1
AF RR1FM33JQ C 145
BS 1 590 RR1FM33TF
BS 591 840 RR1FM33JQ

RD RR1FM33TF 590 0 0
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TTCACCTCCTCCAGCCACCACCGCTCCTCCTCCGGCTACTCCTCCTCCCGTTTCTTCTCC
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TCCAGCCCCTCTTGCATCTCCTCCCGCTCAGGTTCCGGCTCTTGCTCCGACAAAGCCAGA
CGCTCCTTCTTCATCACCGTTGTCTAGCCCGCCTCTTCCGGCAACTGATGCTCCGGGACC
GAGCATCGATTCGCTCTCTCCAGGACCTTCCACCGATTCAAATGACCAGA

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR1FM33JQ 696 0 0
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TCCTCCTCCGGCTACTCCTCCTCCCGTTTCTTCTCCACCTCCAGCAACTCCTCCTCCAGT
CGCAACTCCTCCTCCCGTCGTTTCCCCTCCTCCAGCAACTCCTCCTCCCGTCGCTACTCC
TCCTCCAGCAACTCCTCCTCCCGTCGCTACTCCTCCTCCAGCCCCTCTTGCATCTCCTCC
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ACCTTCCACCGATTCAAATGACCAGAATGGTGCAACCAAGACGGTTTCCAGCCTGATACT
TGGATCTGTTCTCGTTTGGTTTATGATCTAAGGGGGGAGGCTTTTCCACGGTGTTCTTTG
CAATTATTTTTATGTCGATGTTTGTTAACGTTCATTGTTATTACTTTGGGGACTGAATTC
TTTGGGATTGTTATCATTTAGAGAGGATATTATTGAGTGCTGAGATGGAGATATCAGTAT
TTTTTAGATATTTTGTGGCTACTTATCCTTTTATTT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL8908Contig1 511 2 1 U
ATGCTCTTTCTCTCTCTAAACTTCTTCGACTTCTTCGCTTCTCTTGTACGAAACATAGAA
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GTAATAGAAGAAAATAATGGCAAGCGCACTTGGATGGAGATTTGCTTCTTCGAATAATGG
AAATGGCCTTCCCCCAAATGACAACACGGAGAGAAATGGGGATATGAAGTTTCCTGACTC
TATTGGTTTAGCTCCAAGTGCAGTGGAGAAATCGAAGAACAAAGATTGAGAGGCTCAAAA
CAAAACATTATGCACAGTTCCTCCAATGTTTCAGTCTTCTTAAACTGATGTGTGTTTGAA
AACTCTTTATCATCTAGTCTTTTACTAATCTGTGTTTGTTAAGACTTCGGAATCTCTTTT
GTGCTTGTTTAGAACAAATACACTTGCTCTG


BQ
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AF RR1E227JQ C 1
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GTGCTTGTTTAGAACAAATACACTTGCTCTG

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1E227TF 511 0 0
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GTAATAGAAGAAAATAATGGCAAGCGCACTTGGATGGAGATTTGCTTCTTCGAATAATGG
AAATGGCCTTCCCCCAAATGACAACACGGAGAGAAATGGGGATATGAAGTTTCCTGACTC
TATTGGTTTAGCTCCAAGTGCAGTGGAGAAATCGAAGAACAAAGATTGAGAGGCTCAAAA
CAAAACATTATGCACAGTTCCTCCAATGTTTCAGTCTTCTTAAACTGATGTGTGTTTGAA
AACTCTTTATCATCTAGTCTTTTACTAATCTGTGTTTGTTAAGACTTCGGAATCTCTTTT
GTGCTTGTTTAGAACAAATACACTTGCTCTG

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1EY91JQ C 1
AF RR1EY91TF U 1
BS 1 516 RR1EY91TF

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QA 1 516 1 516
DS 

RD RR1EY91TF 516 0 0
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TCAGAAACCCGTCCTGCTTACACCTAAGAAAAAAGGCGTCGATAGAGAGAGGTAGTAGTA
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TGGTATTGAGGTAAATGCTTCCATCACTCTCTTTTGATGATTCTACCTGAGTATTCTTTC
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AAATTTTCGGATTATATTGGTGAATACAACAGAGGC

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 2

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TTAGATGTTTGATCTCAATTCTTGTAACCAGCTGCCCCATGTAGTATCACATATCTTAAT
GCGCCACTAGCAGTGTTAATTAATATACGATAATATTATAAAGTTACTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1E317TF U 1
AF RR1E317JQ C 276
BS 1 645 RR1E317TF
BS 646 646 RR1E317JQ
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BS 675 796 RR1E317TF
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RD RR1E317TF 796 0 0
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TTGGACAACGAAAGGCGAGGAGCTAGAAGCAGCTAATAAGGAGTTTCTTGAACTACTCAA
GATTCTACAATCTGAGCTTGGAGATAAGCCTTACTTTGGTGGTAATAAATTCGGGTTTGT
AGACATTGTCCTGATTGGCTTCTATTGTTGGTTTCCTGCATACGAGAAGTTTGGTAACTA
CAGCATGGAATCAGAGTGTTCGGAACTGATGGCTTGGGGTAAAAG*TGCATGCGGAGAGA
CAGTGTTGCTAAG*CTTTGCCTGATCCAGAGAGAGTTATTGGATACGTTTTACATCTAAA
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ACTTGATAGTCTCTAA

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR1E317JQ 675 0 0
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TCCCTAAAGATCCTTACCAGAGAGCTCAAGCTTTGTTCTGGGCTGATTTCATCGAGAAGA
AGTTGTGTGTTTGTGGGAGGAGGGTTTGGACAACGAAAGGCGAGGAGCTAGAAGCAGCTA
ATAAGGAGTTTCTTGAACTACTCAAGATTCTACAATCTGAGCTTGGAGATAAGCCTTACT
TTGGTGGTAATAAATTCGGGTTTGTAGACATTGTCCTGATTGGCTTCTATTGTTGGTTTC
CTGCATACGAGAAGTTTGGTAACTACAGCATGGAATCAGAGTGTTCGGAACTGATGGCTT
GGGGTAAAAGGTGCATGCGGAGAGACAGTGTTGCTAAGGCTTTGCCTGATCCAGAGAGAG
TTATTGGATACGTTTTACATCTAAAGAAGCAATTTGGGCTCGAGTAAGATAAAATCAATT
TATTTGCTCTTTCTATTATGTTCCTACTTGATAGTCTCTAAACTGGAATCTTGTCCTGAA
AATAAGATGCTTTGCTTCTGTTGAGTTAGATGTTTGATCTCAATTCTTGTAACCAGCTGC
CCCATGTAGTATCACATATCTTAATGCGCCACTAGCAGTGTTAATTAATATACGATAATA
TTATAAAGTTACTAT

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL8911Contig1 864 2 6 U
GGACCCCTCTCCGCCGTCTCTACACTCTCTCTCTCTCTCTCACTTATCATCATCACACAC
ACTCTCTGCTTCACAAGAAGAGCTTTCTGATTCGTCTCTGTTGTTTCTGCTTCTGGTCGA
TACTTTCAGCTTAAGCTCCAAGTCGATCAATATGTCAATGACAGAAGAGAGTAAGACGAC
GAAGCTCGAATCGGCGGGAGACTCTTCGGATGTCGAGAACGGGAACTGTAGCAGTAGCGG
AAGTGGAGGAGGAGGAGGCGATACTAAGAAGACTTGCGTTGATTGCGGAACGAACAAGAC
TCCTCTCTGGCGTGGTGGCCCTGCTGGTCCTAAATCATTGTGCAATGCGTGTGGGATCAA
GAGCAGGAAGAAGAGACAAGCAGCTCTTGGGATTAAACAAGAGGATAGTAAGACGAAGAA
CAACAAAAGTAGCGAGAGCTGTCTCGCTCCCGACAATCAGACCGTCAAAAACGGAAAAGG
CGATTCAGGAAGCGTCAAGAACAAGATCAAGAAGACGGAGAGTGAGGATTGTAACGACAA
GAAGAGTGTCAAAAGGGGTGGTAGATTTTTGGATTTGGGATTTAAAGTGCCGGTGATGAA
GAGATCGGTGGTGGAGAAGAAGAGGGTATGGATGAAGCTGGGCGAAGAGGAACGAGCAGC
AGTGCTTCTCATGGCTCTTTCTTGTGGTTGAGCTTTTTTTTTGTCTCAACTCCTTTTTTT
TGGTCGGAATGGTTTAGGAGAAGAGATTAGGGCAAATAATAAGTTAGTAAGGAAATGATG
AATTTTTATATGTGTAATCCCGTCTGAAGGCTAAAGCTAATGTTATGCTACTTTACTAAT
TAATTAATTAATCGTTTTCACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EJ07TF U 1
AF RR1EJ07JQ C 216
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BS 722 733 RR1EJ07TF
BS 734 864 RR1EJ07JQ

RD RR1EJ07TF 733 0 0
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GAAGCTCGAATCGGCGGGAGACTCTTCGGATGTCGAGAACGGGAACTGTAGCAGTAGCGG
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GAAGAGTGTCAAAAGGGGTGGTAGATTTTTGGATTTGGGATTTAAAGTGCCGGTGATGAA
GAGATCGGTGGTGGAGAAGAAGAGGGTATGGATGAAGCTGGGCGAAGAGGAACGAGCAGC
AGTGCTTCTCATGGCTCTTTCTTGTGGTTGAGCTTTTTTTT*GTCTCAACTCCTTTTTTT
*GGTCGGAATGGT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR1EJ07JQ 649 0 0
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AACAAGAGGATAGTAAGACGAAGAACAACAAAAGTAGCGAGAGCTGTCTCGCTCCCGACA
ATCAGACCGTCAAAAACGGAAAAGGCGATTCAGGAAGCGTCAAGAACAAGATCAAGAAGA
CGGAGAGTGAGGATTGTAACGACAAGAAGAGTGTCAAAAGGGGTGGTAGATTTTTGGATT
TGGGATTTAAAGTGCCGGTGATGAAGAGATCGGTGGTGGAGAAGAAGAGGGTATGGATGA
AGCTGGGCGAAGAGGAACGAGCAGCAGTGCTTCTCATGGCTCTTTCTTGTGGTTGAGCTT
TTTTTTTGTCTCAACTCCTTTTTTTTGGTCGGAATGGTTTAGGAGAAGAGATTAGGGCAA
ATAATAAGTTAGTAAGGAAATGATGAATTTTTATATGTGTAATCCCGTCTGAAGGCTAAA
GCTAATGTTATGCTACTTTACTAATTAATTAATTAATCGTTTTCACTCT

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

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GATGAGGCGATGGATCATGTTGTGTTTGCTGTGGCGAGGAAGAAGGCGGCGAAAGGGATG
CTTAAGGAGATGAGGGATCTTCAGAGGTTTGGTGGGATGGTGGCTGCTCCTGGTGGGAGG
AAGTGGGTGGCCGAGGGGTTGGCTGTTGTGTCTGAGTCTAAGGAGGTCGCTGGGGATATG
ATCACTGACGTTGTTCTTGATCAGGTCTGATGGCTTAACTAATCCTCTTGGTAGTTTAGT
TTAGTGTCTTCTTGGACTTAAGTGGTAACCATTTAATGGATGAACATACAAGTTTTGTGC
AAATGAACTGGCTTTGGCTCCATTTCTCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAATCTCATGTACTG
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CCCGTAGACTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGC


BQ
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AF RR1H575JQ C 1
AF RR1H575TF U 1
BS 1 511 RR1H575TF

RD RR1H575JQ 511 0 0
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CTTAAGGAGATGAGGGATCTTCAGAGGTTTGGTGGGATGGTGGCTGCTCCTGGTGGGAGG
AAGTGGGTGGCCGAGGGGTTGGCTGTTGTGTCTGAGTTTAAGGAGGTCGCTGGGGATATG
ATCACTGACGTTGTTCTTGATCAGGTCTGATGGCTTAACTAATCCTCTTGGTAGTTTAGT
TTAGTGTCTTCTTGGACTTAAGTGGTAACCATTTAATGGATGAACATACAAGTTTTGTGC
AAATGAACTGGCTTTGGCTCCATTTCTCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAATCTCATGTACTG
ATCACCCACTGATCACCCACGGCTGGGTGTACTGATGGGACAGTCAGGGTGTGAAAATAC
CCCGTAGACTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGC

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR1H575TF 511 0 0
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GATGAGGCGATGGATCATGTTGTGTTTGCTGTGGCGAGGAAGAAGGCGGCGAAAGGGATG
CTTAAGGAGATGAGGGATCTTCAGAGGTTTGGTGGGATGGTGGCTGCTCCTGGTGGGAGG
AAGTGGGTGGCCGAGGGGTTGGCTGTTGTGTCTGAGTCTAAGGAGGTCGCTGGGGATATG
ATCACTGACGTTGTTCTTGATCAGGTCTGATGGCTTAACTAATCCTCTTGGTAGTTTAGT
TTAGTGTCTTCTTGGACTTAAGTGGTAACCATTTAATGGATGAACATACAAGTTTTGTGC
AAATGAACTGGCTTTGGCTCCATTTCTCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAATCTCATGTACTG
ATCACCCACTGATCACCCACGGCTGGGTGTACTGATGGGACAGTCAGGGTGTGAAAATAC
CCCGTAGACTGTCCTGAACGTTCGTGAAGGC

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL8913Contig1 1216 2 2 U
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GGGAAAGGACAGAGCCCTCCTCCTTACAAGAAGCCGCATGATCTCAAGAAGATGTGGAAA
GTTGGGGTTTTGACGGCTGTGATCAATCATATGTTGCCGGATGTTGCCAAGATCAAGAGG
CATGTTCGCCAGTCTAAGTGTTTGCAGGACAAGATGACGGCTAAAGAGAGCGCGATTTGG
CTGGCGGTCTTGAACCAAGAGGAGGAGGAGTCTCTCAGTGACAATGGAGCTTCTAATGTA
ACTGAGACGCACCGGAGAGGTGATAACGCTGACAGGAGAAAGACTGTGATCAACAGTGAG
AGTGACTATGATGTTGATGGGACGGAGGAGGCTTCAGGTTCTGTTTCGTCTAAAGACAAT
AGAAGAAAGAAAACTCAAAAAGAACAACCAACAGCCACTTCACAACCAGTAAGAGATCAA
GATAAAGCAGAGAAACACCGGAGAAGGAAAAGACCTAGAAGAACTGTCAATGGACAAGAG
GAAGAACAGAGAAATAGGTTACCTGATATGAATCATGTTGGTGCTCCTCTGCTGGAATAT
AACATAAACGGTACTACTCATCAACAAGAAGAGGGTGTTTTAGAACCGAACATCGCCTTA
GGACCAGAGGAAAACGGTCTAGAGTTGGTGGTTCCTGAGTTCAGTAACAACTATACTTAC
CTTCCTCCTGTTAATGGACAAGATATGATGCCTGTAGACGAAAGGCCGATGCTTTACGAA
CCAAACCCAAACCAGGAGTTGCAGTTTGGATCAGGCTATAACTTCTATAATCCCTCTGCA
GTGTTTGTGCATAATCAGGAAGAGCATACACAGATAGAAACGAACGCACAAGCACCGCCT
CACAACTACGGCTTTGAAGCCCCAGGAGTAGTACTTCAACCCCATGGGAATGAGGACAGC
GTCACAGGAAGTGATTTGCCGCCTCAGTTTCAGAGGGACCAAGATAAACTCTTGGACAGT
AACATTCTGTCTCCATTCGATGACTTGGCGTTTGATAGTAGCACCTTTTACTCTGGATTT
GATTCATATGGTGCATTTGATGAGGAATGCTTATCATGGTTTGCAGCTTAGTTTCTTTAA
CATTTTTGTTGGGAGGTTACATGGTAAGTTTGTGTCACACCACTCCATCTTTGTATATTT
TACTCTTTTAGTTTAT


BQ
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AGAAGAAAGAAAACTCAAAAAGAACAACCAACAGCCACTTCACAACCAGTAAGAGATCAA
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GAAGAACAGAGAAATAGGTTACCTGATATGAATCATGTTGGTGCTCCTCTGCTGGAATAT
AACATAAACGGTACTACTCATCAACAAGAAGAGGGTGTTTTAGAA

QA 1 645 1 645
DS 

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AACAAGAAGAGGGTGTTTTAGAACCGAACATCGCCTTAGGACCAGAGGAAAACGGTCTAG
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CAGGAGTAGTACTTCAACCCCATGGGAATGAGGACAGCGTCACAGGAAGTGATTTGCCGC
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GGTAAGTTTGTGTCACACCACTCCATCTTTGTATATTTTACTCTTTTAGTTTAT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

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GACTTCCGGTTAACACTAACCAAGGCAATACCATACCGTTTTTCAGTCCGGTTTCTGAAA
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ACTACAATCCCACTCCAGACTCATGTAAGGAAGTTAATAATCATAGTAACACTTCTTTGG
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ACGAGCATTGTAGCGAGACGAAGAACAATAACGGTGTGATGGCTATACAGTCTCAACTTG
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AGTTGAGGAGGGCGGCAACTTGCTTTAGTCTCACGAGTGTGAATTGATACTCAATGTTGA
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ATTATTGATCCCAACGCCTTGTTTAAGCGTTGAATCTTTATTTCTAATAATTTTTGAATG
TTTATTTATCATTGCTTCTTATGTTTTTTTTCAATATTTATATTTATCATTT


BQ
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AF RR1C024TF U 1
AF RR1C024JQ C 462
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BS 622 1312 RR1C024JQ

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TCGGCGTTAGAAGCAGCGTCAAAATACTCGAGAACCTCGACGAAGTTCAGAGACCAGAAG
CCATGAAATCTATTATATTTCAGTCTTACGTCCGAGATCGTAACCCTGTCCACGGTTGCC
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TGAACTCTCAATTACAGCTCTATCGTAACGGTCAGAATCACCCTAACCCTCATAATATGA
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GACTTCCGGTTAACACTAACC

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TTCAGTCCGGTTTCTGAAACACAGCAGCTACAACAACCTCAGCATATGTCTTATTGTAGT
GAGGTTAATAACAACCATGACTACAATCCCACTCCAGACTCATGTAAGGAAGTTAATAAT
CATAGTAACACTTCTTTGGCTTAGGGTCAGAATCAATTTCCTTATAATCATCATCATAAC
TATGGATTCATGAATCAAAACGAGCATTGTAGCGAGACGAAGAACAATAACGGTGTGATG
GCTATACAGTCTCAACTTGTTAATCTTCAGATGGCATCGAATCAACAAGAGGAAGAAGTT
GATGTTCACAACTATGATGAAATCCATCAGTTCCTCGAAATCATCGATGAGAGTCAATCT
TTCACGGAAACGAAAGAAGTGTACGCTTCAAGCTCTGGTGAGTCTTCGAAGGAACCTATA
GATGAAATAGGGGAGAAGGAGTTGAGGAGGGCGGCAACTTGCTTTAGTCTCACGAGTGTG
AATTGATACTCAATGTTGATCATGGGGACTAATCTTTTTCTTCTTCAAATTTTGATTTGT
CTTAATTGTGTTTTCAGTTATTATTGATCCCAACGCCTTGTTTAAGCGTTGAATCTTTAT
TTCTAATAATTTTTGAATGTTTATTTATCATTGCTTCTTATGTTTTTTTTCAATATTTAT
ATTTATCATTT

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

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AAATCATTTTATTTAATAAAACAAATTT


BQ
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AF RR1D558TF U 1
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GCGAGGAGGCGACGGAGAATCTGGTGGTCGCGAGCAGAGTGGTGGTTGAGTGCGGTGGAG
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AAATCATTTTATTTAATAAAACAAATTT

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DS 

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GGAGAGTGATAAACAGAGATAGAGAAGACAGAGCGCCAGAGATAGATGAAAAGGGTGACG
GCGGTGGCCTGAGCTTCTCTCCGCTGAGAAAGAGAAGACAGTATTGGTCATGGGCTTGTG
GCGAGGAGGCGACGGAGAATCTGGTGGTCGCGAGCAGAGTGGTGGTTGAGTGCGGTGGAG
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GTTTAGGTTTGGGTTTTGTTTGGTTTTGGTTTAATATTTTTTGTAAACCAATTTAATTAT
AAATCATTTTATTTAATAAAACAAATTT

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1E063TF U 1
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RD RR1E063TF 480 0 0
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GGACAGATACGGTGGTGCAAAAAGGGTTTCTTGCGGTGTACGTAGGAGAGAGTCAGAAGA
CAAGATATGTGGTGCCGATCGCATACTTGAGTCAGCCTTCATTTCAGGCTCCTCTTAGTA
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TTGTTGTTGGAGCTAGAAATAGATATATTCATTGTAAATACATAAGACATTTTTCTATCT

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1GY18TF U 1
AF RR1GY18JQ C 232
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QA 1 754 1 754
DS 

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TCCTTTTGTTTAGACAAGTATGGAAGATTAATGTTTTTAGTTCC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

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AACATAAGATAATGTGTGTGTGATGGC


BQ
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AF RR1FK07JQ C 1
AF RR1FK07TF U 1
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AACATAAGATAATGTGTGTGTGATGGC

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DS 

RD RR1FK07TF 507 0 0
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CGCCTCTGCTTATTTTCTCGAGATTTAAAGGTTAGAGATGTAATTGTTCTAGTTCCTCAG
AACAATGGATTCTTATGTATCTCTGTGATTAGATTTGGAGGGGGGAGGGGTATCGGATGA
TTTAGCTAACATAAGATCTGTAATGTTGGGGTTTTACATAATTGATTCTCAGATCTCTTT
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GTCATAAAAAGTCGACTTCTTTTTGAGCACTAACTAACACAAGTCTTCGTCCGGTTTACT
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AACATAAGATAATGTGTGTGTGATGGC

QA 1 507 1 507
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8920Contig1 938 2 2 U
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TAAAAATGCAACTTGACGGTCTTCCCAGTGGTACCATCGTCACCACGGTTCAGCCATGTC
GTCGCAACTGTCTAGCTGAGGAGTCTAAAATAACTTGGGTCGACGGTAAGCTCGTCCAGG
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TTGACCTCCCTGGCTCCAAGGGTCTGTAAAACGTCTCTTCTATTTATAATTACCGTTACT
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AGATGTTTTGTTTCCCATATGGTGATCGAGTCGTATATATTATTGTCCTTGTATATTTGG
ATTAGCTATGTGCCTTGAATAAAAGCTTTGATTACCAC


BQ
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AF RR1EV62TF U 1
AF RR1EV62JQ C 217
BS 1 723 RR1EV62TF
BS 724 938 RR1EV62JQ

RD RR1EV62TF 723 0 0
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GAGAGAAAACAAACAATTAAACTTTTCATCACGTGGAAAGCTTGATATAAGATCGTAGAG
AGTGAGCAATATATAGAAAATTAATCAAAAGGTAAATGAGCACGACGGGTCCGGCAAAGA
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AGAAATTGAAAACTCGTGTCATCAACAAAGACGTAAATCCAGAATGGAACGAAGATCTGA
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TTAGCAAGGACGACAAGATGGGTGATGCAGAGTTCGAGATAAAGCCGTATATCGAGGCTT
TAAAAATGCAACTTGACGGTCTTCCCAGTGGTACCATCGTCACCACGGTTCAGCCATGTC
GTCGCAACTGTCTAGCTGAGGAGTCTAAAATAACTTGGGTCGACGGTAAGCTCGTCCAGG
ATCTCGTTCTCAGATTACGACATGTTGAATGTGGAGAGGTCGAGGCTCAGCTTCAGTGGA
TTGACCTCCCTGGCTCCAAGGGTCTGTAAAACGTCTCTTCTATTTATAATTACCGTTACT
ATT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR1EV62JQ 722 0 0
GAATCCGCATCAAACGTGGCGTCAATCTCGCCGTCCGTGACATTAATAGCAGTGATCCTT
ACGTCGTCGTTAAAATGGGCAAACAGAAATTGAAAACTCGTGTCATCAACAAAGACGTAA
ATCCAGAATGGAACGAAGATCTGACCCTCTCCGTCACGGACCCCAGTCTTACCGTTCTCT
TGACGGTGTACGACCACGACATGTTTAGCAAGGACGACAAGATGGGTGATGCAGAGTTCG
AGATAAAGCCGTATATCGAGGCTTTAAAAATGCAACTTGACGGTCTTCCCAGTGGTACCA
TCGTCACCACGGTTCAGCCATGTCGTCGCAACTGTCTAGCTGAGGAGTCTAAAATAACTT
GGGTCGACGGTAAGCTCGTCCAGGATCTCGTTCTCAGATTACGACATGTTGAATGTGGAG
AGGTCGAGGCTCAGCTTCAGTGGATTGACCTCCCTGGCTCCAAGGGTCTGTAAAACGTCT
CTTCTATTTATAATTACCGTTACTATTTGAGGGTTTTCTTTTGAATTTGAATTAAACCTC
AAAAACAAAACAAGAACTGAACCATGCTGAAGTACAAAACGCGTATTAATCCATGCATGA
GAGTGAGGATTAAGAACGTTTGAGAGATGTTTTGTTTCCCATATGGTGATCGAGTCGTAT
ATATTATTGTCCTTGTATATTTGGATTAGCTATGTGCCTTGAATAAAAGCTTTGATTACC
AC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL8921Contig1 833 2 2 U
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CTCTCTCTCTTGAGATTTGGTGAGTTAAAGTGAGTCGTGGTGGTTCCCGTGTTCGTCGAT
GGCTCATCTTCCTAGCTGGCGGGTAAAGACTCTGGTACGCGGTGGTCTTCTTGACGCGGT
GTAGCCGGCTTAGACTCCGGTGGTTCGCGTTTTCTCACGGGACCATCCGGCTTTGGTGTA
AAGGAGGTGTAGTTTCGGTTTGGTATGGCTTCGCTTTGGGATGAGATCCCGTTTAGATTC
GGTGAAGCTCCCTGTCGAAGGAAGCCTAGGGGAGAAAGAAGATGGATCCGGAGTCTCTGG
TGAGATCTTGGGATTGTCCCGATGATGCTCTCCGTCTTGAAAAGAGCTCCGGTATCGTTT
GTTTTGGACGCGGTGGTTTGGCTCCGGAGAGTCTCGGTGGAACAACATGTGTTCCGTTTG
CTCCGATGTCGGCCTCGGTCGGTGGGTATGTCTTTGATAGTGGTGATGGTGCGATGTACT
TGACTCCGGTGTGACGCCGTCTGCTTTCCGGTGCTTCGATCGGAACGGTGAAGATGGAAG
CGGTGGGACGGTGGGACGCGTGTTTTTCGCCTCTTGGTTGTGGGTTCAACACGTGTCGCT
CACATTTACCTTTCACTTGACGCGTGGTTTGTCGGGTGGCGGGGTCGGTTTCATGTGGGT
TTAAGTCCATTTTCATTTGGGTTTGTGGTTTGTTGTTTTATTTTCGGATGGGCCTTGGGC
CTTTGTTTGTACTGTTTTCTCGGGCTTTGGCCTTTTATAATATCTGTAGATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DJ43TF U 1
AF RR1DJ43JQ C 124
BS 1 630 RR1DJ43TF
BS 631 833 RR1DJ43JQ

RD RR1DJ43TF 630 0 0
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CTCTCTCTCTTGAGATTTGGTGAGTTAAAGTGAGTCGTGGTGGTTCCCGTGTTCGTCGAT
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GTAGCCGGCTTAGACTCCGGTGGTTCGCGTTTTCTCACGGGACCATCCGGCTTTGGTGTA
AAGGAGGTGTAGTTTCGGTTTGGTATGGCTTCGCTTTGGGATGAGATCCCGTTTAGATTC
GGTGAAGCTCCCTGTCGAAGGAAGCCTAGGGGAGAAAGAAGATGGATCCGGAGTCTCTGG
TGAGATCTTGGGATTGTCCCGATGATGCTCTCCGTCTTGAAAAGAGCTCCGGTATCGTTT
GTTTTGGACGCGGTGGTTTGGCTCCGGAGAGTCTCGGTGGAACAACATGTGTTCCGTTTG
CTCCGATGTCGGCCTCGGTCGGTGGGTATGTCTTTGATAGTGGTGATGGTGCGATGTACT
TGACTCCGGTGTGACGCCGTCTGCTTTCCGGTGCTTCGATCGGAACGGTGAAGATGGAAG
CGGTGGGACGGTGGGACGCGTGTTTTTCGC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR1DJ43JQ 710 0 0
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GCCGGCTTAGACTCCGGTGGTTCGCGTTTTCTCACGGGACCATCCGGCTTTGGTGTAAAG
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GATCTTGGGATTGTCCCGATGATGCTCTCCGTCTTGAAAAGAGCTCCGGTATCGTTTGTT
TTGGACGCGGTGGTTTGGCTCCGGAGAGTCTCGGTGGAACAACATGTGTTCCGTTTGCTC
CGATGTCGGCCTCGGTCGGTGGGTATGTCTTTGATAGTGGTGATGGTGCGATGTACTTGA
CTCCGGTGTGACGCCGTCTGCTTTCCGGTGCTTCGATCGGAACGGTGAAGATGGAAGCGG
TGGGACGGTGGGACGCGTGTTTTTCGCCTCTTGGTTGTGGGTTCAACACGTGTCGCTCAC
ATTTACCTTTCACTTGACGCGTGGTTTGTCGGGTGGCGGGGTCGGTTTCATGTGGGTTTA
AGTCCATTTTCATTTGGGTTTGTGGTTTGTTGTTTTATTTTCGGATGGGCCTTGGGCCTT
TGTTTGTACTGTTTTCTCGGGCTTTGGCCTTTTATAATATCTGTAGATGG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL8922Contig1 1019 2 10 U
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TGTGTTCTCTTCTCTCTCTCTCGCTGGAGAAAAATGTTGGCTATATTTCACGAAGCCTTT
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TCTTTCGGAAAAGCAGCTGTCCTTGCTTATGTTCGTCCTTCTACTTCCTTCTCCGTCCAC
CAGAGGTTGTTTTGTGGGTTTGATGACATCTACTGTCTCTTCTTTGGGAGTTTGAACAAC
CTGTGTCAGCTAAACAAGCAATATGGTCTCACCAAGACAACAAACGAGGCCATGTTTGTG
ATTGAAGCTTACAGGACTCTTAGAGACAGAGGTCCTTATCCAGCTGATCAGGTTGCCAAG
GATTTAGACGGTAGCTTTGCCTTTGTTGTTTATGATAGCAAAGCTGGTTCTGTCTTCACG
GCTCTGGGATCTGATGGAGGAGTGAAGCTGTTTTGGGGAATAGCTGCTGACGGATCTGTT
GTGATCTCAGATGATTTGGATGTCATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCACCGTTT
CCTACAGGATGTATGTTCCACAGTGAAGGAGGGCTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGAAC
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CTCTGAACAATTGCATTCTCGCGACTTCCTAATGATGATACTTTCTTTCTTCTTTTCCGC
ACTTTCATGTTCCGTTCTTGTTCTTGTCCACTTTTCTTTTTATGGAAGAAGCCCTGAATA
AAACTGTGAATAGCTTTGGAGGTTCTATATAAAAATAAACTTGTTCTGTTTCTTGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BX49TF U 1
AF RR1BX49JQ C 297
BS 1 667 RR1BX49TF
BS 668 668 RR1BX49JQ
BS 669 688 RR1BX49TF
BS 689 689 RR1BX49JQ
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BS 824 1019 RR1BX49JQ

RD RR1BX49TF 823 0 0
GGATTCTTCCTTCCCAAGATTCTTATCTTATTATAGAGATACAAAACTCTTCTTCATTGT
TGTGTTCTCTTCTCTCTCTCTCGCTGGAGAAAAATGTTGGCTATATTTCACGAAGCCTTT
GCTCACCCGCCGGAGGAACTTAACAGTCCAGCGTCTGAGAAATGCTCCAAACAACCCAAA
CTTCCAGAAGAAACCTTAAACGACTTCTTATCTCGTTACCCTCAAAACACTTTCTCCATG
TCTTTCGGAAAAGCAGCTGTCCTTGCTTATGTTCGTCCTTCTACTTCCTTCTCCGTCCAC
CAGAGGTTGTTTTGTGGGTTTGATGACATCTACTGTCTCTTCTTTGGGAGTTTGAACAAC
CTGTGTCAGCTAAACAAGCAATATGGTCTCACCAAGACAACAAACGAGGCCATGTTTGTG
ATTGAAGCTTACAGGACTCTTAGAGACAGAGGTCCTTATCCAGCTGATCAGGTTGCCAAG
GATTTAGACGGTAGCTTTGCCTTTGTTGTTTATGATAGCAAAGCTGGTTCTGTCTTCACG
GCTCTGGGATCTGATGGAGGAGTGAAGCTGTTTTGGGGAATAGCTGCTGACGGATCTGTT
GTGATCTCAGATGATTTGGATGTCATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCACCGTTT
CCTACAG*ATGTATGTTCCACAGTGAAG*AGGGCTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGAAC
AAGATAAAG*CGATGCCGAGAGTGGACAGTGAAGGAGTCCTATGTGGTGCTAACTTCAAG
*TGGATGTGTATACGCGTGTTAACAGTATCCCTCGTCGTGGAA

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR1BX49JQ 723 0 0
CCACCAGAGGTTGTTTTGTGGGTTTGATGACATCTACTGTCTCTTCTTTGGGAGTTTGAA
CAACCTGTGTCAGCTAAACAAGCAATATGGTCTCACCAAGACAACAAACGAGGCCATGTT
TGTGATTGAAGCTTACAGGACTCTTAGAGACAGAGGTCCTTATCCAGCTGATCAGGTTGC
CAAGGATTTAGACGGTAGCTTTGCCTTTGTTGTTTATGATAGCAAAGCTGGTTCTGTCTT
CACGGCTCTGGGATCTGATGGAGGAGTGAAGCTGTTTTGGGGAATAGCTGCTGACGGATC
TGTTGTGATCTCAGATGATTTGGATGTCATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCACC
GTTTCCTACAGGATGTATGTTCCACAGTGAAGGAGGGCTAATGAGCTTTGAGCATCCAAT
GAACAAGATAAAGGCGATGCCGAGAGTGGACAGTGAAGGAGTCCTATGTGGTGCTAACTT
CAAGGTGGATGTGTATACGCGTGTTAACAGTATCCCTCGTCGTGGAAGTGAAGCCAATTG
GTCTCTCTGAACAATTGCATTCTCGCGACTTCCTAATGATGATACTTTCTTTCTTCTTTT
CCGCACTTTCATGTTCCGTTCTTGTTCTTGTCCACTTTTCTTTTTATGGAAGAAGCCCTG
AATAAAACTGTGAATAGCTTTGGAGGTTCTATATAAAAATAAACTTGTTCTGTTTCTTGA
ATT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL8923Contig1 907 2 12 U
GGAAGAAAAGAGATGGCGGAGAGTGAATACAGATGCGTGGGATGTGGGTTTAGGGTTAAG
TCATTGTTCATTCAATACTCTCCGGGCAACATTCGTCTGATGAAATGCGGAAACTGCAAG
GAAGTAGCAGACGAGTACATCGAGTGTGAACGCATGATTATTTTCATCGATTTAGTTCTC
CATAGACCCAAGGTATATAGGCACGTCCTCTTCAATGAAATTAATCAAGAAACCGTTAAT
ATTCAGCATCTGTTGTGGAAGTTGGTCTTCGCTTATCTTCTTCTAGACTCATATAGAAGC
TTGCTACTGGGAAGAACTAATGAGCAAACGAGCTTGGTTCTGATAACTGTGAAGGTTCTA
ATCGACGTCCTGTCTACAAATTTTGCATTTCTCTGCTCTTTTGCCCTTGCTGCTAAGAGT
TTGCTAAATGAAGTTTCCAGAAAAAGGGAGATTCTTTTGGGGATATTAATTTCAAGTTAC
TTCAAGATCTTTCTGCTAGCGATGCTGGTATGGGAGTTCCCAGTGTCAGTGATCTTCATT
ATAGATATACTTGTCCTAACATCCAACTCCATGGCTCTTAAAGTGATGACCGAGTCAACC
ACGAGCACATGCATAGCTGTATGCCTAATCGCGCACACAGTCAGATTCTTGGTAGCTCAG
GTCTTTGAGCCAACAACATTCTTCACACAGTTTGGGTCTCTTGTATATCTGTCTTCTTTG
TTCAGAATCCTATGATTCCACCAATCATCTTCCACTACTGTAATCTTTTTCTTTAGAAGA
AAAGAGAACCTTTGCAGTTAGCAATTTTTTTTTTTCGATCAATCTTTGCAGTTAGCAATT
TATCACTTCAAATGTATTGGATTACTATGTACTCAGATATTACTTAGTCCACTTAAAGAG
TTAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FM38TF U 1
AF RR1CQ65JQ C 228
BS 1 290 RR1FM38TF
BS 291 291 RR1CQ65JQ
BS 292 624 RR1FM38TF
BS 625 625 RR1CQ65JQ
BS 626 660 RR1FM38TF
BS 661 661 RR1CQ65JQ
BS 662 726 RR1FM38TF
BS 727 727 RR1CQ65JQ
BS 728 742 RR1FM38TF
BS 743 743 RR1CQ65JQ
BS 744 769 RR1FM38TF
BS 770 907 RR1CQ65JQ

RD RR1FM38TF 769 0 0
GGAAGAAAAGAGATGGCGGAGAGTGAATACAGATGCGTGGGATGTGGGTTTAGGGTTAAG
TCATTGTTCATTCAATACTCTCCGGGCAACATTCGTCTGATGAAATGCGGAAACTGCAAG
GAAGTAGCAGACGAGTACATCGAGTGTGAACGCATGATTATTTTCATCGATTTAGTTCTC
CATAGACCCAAGGTATATAGGCACGTCCTCTTCAATGAAATTAATCAAGAAACCGTTAAT
ATTCAGCATCTGTTGTGGAAGTTGGTCTTCGCTTATCTTCTTCTAGACTCTTATAGAAGC
TTGCTACTGGGAAGAACTAATGAGCAAACGAGCTTGGTTCTGATAACTGTGAAGGTTCTA
ATCGACGTCCTGTCTACAAATTTTGCATTTCTCTGCTCTTTTGCCCTTGCTGCTAAGAGT
TTGCTAAATGAAGTTTCCAGAAAAAGGGAGATTCTTTTGGGGATATTAATTTCAAGTTAC
TTCAAGATCTTTCTGCTAGCGATGCTGGTATGGGAGTTCCCAGTGTCAGTGATCTTCATT
ATAGATATACTTGTCCTAACATCCAACTCCATGGCTCTTAAAGTGATGACCGAGTCAACC
ACGAGCACATGCATAGCTGTATGCTTAATCGCGCACACAGTCAGATTCTTGGTAGCTCAG
*TCTTTGAGCCAACAACATTCTTCACACAGTTTGGGTCTCTTGTATATCTGTCTTCTTTG
TTCAGA*TCCTATGATTCCACCGATCATCTTCCACTACTGTAATCTTTT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1CQ65JQ 680 0 0
AGAAACCGTTAATATTCAGCATCTGTTGTGGAAGTTGGTCTTCGCTTATCTTCTTCTAGA
CTCATATAGAAGCTTGCTACTGGGAAGAACTAATGAGCAAACGAGCTTGGTTCTGATAAC
TGTGAAGGTTCTAATCGACGTCCTGTCTACAAATTTTGCATTTTTCTGCTCTTTTGCCCT
TGCTGCTAAGAGTTTGCTAAATGAAGTTTCCAGAAAAAGGGAGATTCTTTTGGGGATATT
AATTTCAAGTTACTTCAAGATCTTTCTGCTAGCGATGCTGGTATGGGAGTTCCCAGTGTC
AGTGATCTTTATTATAGATATACTTGTCCTAACATCCAACTCCATGGCTCTTAAAGTGAT
GACCGAGTCAACCACGAGCACATGCATAGCTGTATGCCTAATCGCGCACACAGTTAGATT
CTTGGTAGCTCAGGTCTTTGAGCCAACAACATTCTTCACACAGTTTGGGTCTCTTGTATA
TCTGTCTTCTTTGTTCAGAATCCTATGATTCCACCAATCATCTTCCACTACTGTAATCTT
TTTCTTTAGAAGAAAAGAGAACCTTTGCAGTTAGCAATTTTTTTTTTTCGATCAATCTTT
GCAGTTAGCAATTTATCACTTCAAATGTATTGGATTACTATGTACTCAGATATTACTTAG
TCCACTTAAAGAGTTAAATC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL8924Contig1 1142 2 2 U
GGGTGGAAACACCACCAGTCTTCCTCCTCTTCTTCTCTCATCTCCTTTTTTTAAGTTTTA
AGGTTGATCTGATCAAAACCCTTCTCTCCACCAAGTATCATGCTTAGCAAAAGAACCCAT
CCCATGATCGGAAAGATATCTGAGCTCCTCGTCGGCGTGAACCGATCTGCGGCCGCGGCG
GCTCCGTTCTTTGACGTCTTGATGACAAGCCCTAAAAGCCCACTTGACTTCAAGATTCTC
CCTCAGATATCTCAAAGAAACAGCTCAAAGAGATTCTACGACGACAACCTTGGTGGGTCC
GTTGGTCTAGGGATTGTAGCCGCACTCGAGAACTCAACCACTCGTCTAATCACTAGATCG
GAACCGAATCAATCAAACCGGTCTGATCCGGTCCAGTTCATGAGCCAAGAAGGAAGCACG
GACGAAGAAGAAGACGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGAGGAGTATACGTTGGTAACG
TGTCACCATGGTCCTAGTGGATCTTGTAGTACAAGGGTTTATGACAGAGATGGGTTTGAG
TGCTTGGCAAGTAAGATCAACGAGGATCGTCGTGAGAGACTTTTCATGGTCGATGAAGAA
ACTTCATGGTCACGACATATTTATTTATAGAGGAGAAAAAGCATTTTGCAGCACAGAGTG
TCGATCGAGTCATATAGCAAATGTTGAAAGGAAAGAGAGATGTAGATCAAAACTTTCAGC
CTCTCCTTACACCGCCGGTCAAATTTTTTCCGCCGGAGTTTTAGTGACTTAGCCGGAGTT
TTACTGAGTATACATTATATATGGGTGGGGGATCAGGGGTGAATAAAATAAGTACGCATA
CAACATATGCGGACGAAATAAATTAGCATATATATAAATTATGACATGTATGTCTATATA
AATGGTATATGGTGGAGGTGAAACAACATGAAAATTTTGGTGAGGGGGGGTTAAATGGTT
AATGATAGTAGAGAGAGCTAGTTTTTGATCGTTACCATGGCGAGAAATGGACTAAAATGC
TCTTGTTTGTTTTTCAAAAAAAGAAAAAAGAAATGGACTAATGCTCTTGTTTGTTTTTTT
TTTGATCAAATGCTCTTGTTTGTTTTTTATTGTTATGTTTGGTATTTTGTGGTAATTAAC
AT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR1GL45TF U 1
AF RR1GL45JQ C 432
BS 1 640 RR1GL45TF
BS 641 1142 RR1GL45JQ

RD RR1GL45TF 640 0 0
GGGTGGAAACACCACCAGTCTTCCTCCTCTTCTTCTCTCATCTCCTTTTTTTAAGTTTTA
AGGTTGATCTGATCAAAACCCTTCTCTCCACCAAGTATCATGCTTAGCAAAAGAACCCAT
CCCATGATCGGAAAGATATCTGAGCTCCTCGTCGGCGTGAACCGATCTGCGGCCGCGGCG
GCTCCGTTCTTTGACGTCTTGATGACAAGCCCTAAAAGCCCACTTGACTTCAAGATTCTC
CCTCAGATATCTCAAAGAAACAGCTCAAAGAGATTCTACGACGACAACCTTGGTGGGTCC
GTTGGTCTAGGGATTGTAGCCGCACTCGAGAACTCAACCACTCGTCTAATCACTAGATCG
GAACCGAATCAATCAAACCGGTCTGATCCGGTCCAGTTCATGAGCCAAGAAGGAAGCACG
GACGAAGAAGAAGACGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGAGGAGTATACGTTGGTAACG
TGTCACCATGGTCCTAGTGGATCTTGTAGTACAAGGGTTTATGACAGAGATGGGTTTGAG
TGCTTGGCAAGTAAGATCAACGAGGATCGTCGTGAGAGACTTTTCATGGTCGATGAAGAA
ACTTCATGGTCACGACATATTTATTTATAGAGGAGAAAAA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR1GL45JQ 711 0 0
AGACGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGAGGAGTATACGTTGGTAACGTGTCACCATGG
TCCTAGTGGATCTTGTAGTACAAGGGTTTATGACAGAGATGGGTTTGAGTGCTTGGCAAG
TAAGATCAACGAGGATCGTCGTGAGAGACTTTTCATGGTCGATGAAGAAACTTCATGGTC
ACGACATATTTATTTATAGAGGAGAAAAAGCATTTTGCAGCACAGAGTGTCGATCGAGTC
ATATAGCAAATGTTGAAAGGAAAGAGAGATGTAGATCAAAACTTTCAGCCTCTCCTTACA
CCGCCGGTCAAATTTTTTCCGCCGGAGTTTTAGTGACTTAGCCGGAGTTTTACTGAGTAT
ACATTATATATGGGTGGGGGATCAGGGGTGAATAAAATAAGTACGCATACAACATATGCG
GACGAAATAAATTAGCATATATATAAATTATGACATGTATGTCTATATAAATGGTATATG
GTGGAGGTGAAACAACATGAAAATTTTGGTGAGGGGGGGTTAAATGGTTAATGATAGTAG
AGAGAGCTAGTTTTTGATCGTTACCATGGCGAGAAATGGACTAAAATGCTCTTGTTTGTT
TTTCAAAAAAAGAAAAAAGAAATGGACTAATGCTCTTGTTTGTTTTTTTTTTGATCAAAT
GCTCTTGTTTGTTTTTTATTGTTATGTTTGGTATTTTGTGGTAATTAACAT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL8925Contig1 566 2 1 U
GCTACGATGAGCAAGACAACTACGTCGTGATCAAGCACGCTGCTCTCTTCACATCCACCA
TCATGAGCAAGCTCTTGGCTCGTCCCAACGTGAAGCTCTTCAACGCAGTTGCGGCATTGG
GTTGATTGATCATGTCCCTGGAATGAAAGCTCTGGACATGAACACAGCTGAAGACGCTAT
TGTGAGGTTGACCAGGGAGGTTGTTCCCGGTATGATCCTGACCGGTATGGAAGTTGCTGA
GCTCGATGGCGCACCAAGAATGGGACCAACATTCGGAGCTATGATGATATCGGGACAGAA
GGCGGCACATCTAGCACTGAAAGCTTTGGGACAGCCTAATGTTTTGGATGGATCCTATGT
CGGAGACCTAAGCCCTGAGCTGGTCTTAGCTGCTGCTGATTCAGCTGAAACCGTAGATGC
TTAAGGAAAAAAGTTTTTTTTTGTATGTAAGAAAATTTCCCTTGATCCTTTTGGTGTGGA
AGGAGTTGCAATAAAAGGAGGAGTTAAGGTCTAATGTAATGAACTTTGTCTGTGTCTTTG
TTTCTTCAGTGTAAAATTGCGTTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A381TF U 1
AF RR1A381JQ C 50
BS 1 566 RR1A381TF

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GTTGATTGATCATGTCCCTGGAATGAAAGCTCTGGACATGAACACAGCTGAAGACGCTAT
TGTGAGGTTGACCAGGGAGGTTGTTCCCGGTATGATCCTGACCGGTATGGAAGTTGCTGA
GCTCGATGGCGCACCAAGAATGGGACCAACATTCGGAGCTATGATGATATCGGGACAGAA
GGCGGCACATCTAGCACTGAAAGCTTTGGGACAGCCTAATGTTTTGGATGGATCCTATGT
CGGAGACCTAAGCCCTGAGCTGGTCTTAGCTGCTGCTGATTCAGCTGAAACCGTAGATGC
TTAAGGAAAAAAGTTTTTTTTTGTATGTAAGAAAATTTCCCTTGATCCTTTTGGTGTGGA
AGGAGTTGCAATAAAAGGAGGAGTTAAGGTCTAATGTAATGAACTTTGTCTGTGTCTTTG
TTTCTTCAGTGTAAAATTGCGTTCGT

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR1A381JQ 517 0 0
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TGCGGCATTGGGTTGATTGATCATGTCCCTGGAATGAAAGCTCTGGACATGAACACAGCT
GAAGACGCTATTGTGAGGTTGACCAGGGAGGTTGTTCCCGGTATGATCCTGACCGGTATG
GAAGTTGCTGAGCTCGATGGCGCACCAAGAATGGGACCAACATTCGGAGCTATGATGATA
TCGGGACAGAAGGCGGCACATCTAGCACTGAAAGCTTTGGGACAGCCTAATGTTTTGGAT
GGATCCTATGTCGGAGACCTAAGCCCTGAGCTGGTTTTAGCTGCTGCTGATTCAGCTGAA
ACCGTAGATGCTTAAGGAAAAAAGTTTTTTTTTGTATGTAAGAAAATTTCCCTTGATCCT
TTTGGTGTGGAAGGAGTTGCAATAAAAGGAGGAGTTAAGGTCTAATGTAATGAACTTTGT
CTGTGTCTTTGTTTCTTCAGTGTAAAATTGCGTTCGT

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 2

CO CL8926Contig1 509 2 1 U
GGGTCTTGCACTAAATATATTTCCGCTGCTTAAATCAAACTTCTGACGTCTTATCATCAT
GGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCATGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACAACGAGCCC
CTCGAACGAGGACTTGCTCATCCTCTACGGACTCTTCAAGCAAGCCACTGTCGGGCCAGT
CACCACCAGTCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAA
GGCTGTTGAAGGTAAATCGACTGACGAAGCTATGAGTGACTACATCACTAAGGTGAAGCA
ACTCCTTGAAGCAGAGGCTGCCTCGGCTTCAACTTGATGAATATCTCTAATAAATGATTC
ATCCTCTGTCTGCAGTAGTTCTATATCTAAGCTTTAAATAACTTTAGCATAAGACTTGTT
CTTCTTGCTTCTTGTGTTTCTATCGTCTATGAATCTTTTATTTTACTTTGTGAACTTGAT
CTTGATTTAAAATGTCATATGGTTTGGAT


BQ
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AF RR1GF65JQ C 1
AF RR1GF65TF U 1
BS 1 509 RR1GF65TF

RD RR1GF65JQ 509 0 0
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GGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCATGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACAACGAGCCC
CTCGAACGAGGACTTGCTCATCCTCTACGGACTCTTCAAGCAAGCCACTGTCGGGCCAGT
CACCACCAGTCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAA
GGCTGTTGAAGGTAAATCGACTGACGAAGCTATGAGTGACTACATCACTAAGGTGAAGCA
ACTCCTTGAAGCAGAGGCTGCCTCGGCTTCAACTTGATGAATATCTCTAATAAATGATTC
ATCCTCTGTCTGCAGTAGTTCTATATCTAAGCTTTAAATAACTTTAGCATAAGACTTGTT
CTTCTTGCTTCTTGTGTTTCTATCGTCTATGAATCTTTTATTTTACTTTGTGAACTTGAT
CTTGATTTAAAATGTCATATGGTTTGGAT

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR1GF65TF 509 0 0
GGGTCTTGCACTAAATATATTTCCGCTGCTTAAATCAAACTTCTGACGTCTTATCATCAT
GGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCATGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACAACGAGCCC
CTCGAACGAGGACTTGCTCATCCTCTACGGACTCTTCAAGCAAGCCACTGTCGGGCCAGT
CACCACCAGTCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAA
GGCTGTTGAAGGTAAATCGACTGACGAAGCTATGAGTGACTACATCACTAAGGTGAAGCA
ACTCCTTGAAGCAGAGGCTGCCTCGGCTTCAACTTGATGAATATCTCTAATAAATGATTC
ATCCTCTGTCTGCAGTAGTTCTATATCTAAGCTTTAAATAACTTTAGCATAAGACTTGTT
CTTCTTGCTTCTTGTGTTTCTATCGTCTATGAATCTTTTATTTTACTTTGTGAACTTGAT
CTTGATTTAAAATGTCATATGGTTTGGAT

QA 1 509 1 509
DS 



AS 1 2

CO CL8927Contig1 651 2 2 U
GGATCTGTACATCATCTGGAGTCGAGATAAAACAACACCGATCTGAGAAATTCGCCGGAA
CTAGAGTTCCGTTCATATAATCAATCTTTTGATCAATGGCTATGTCTATTCTCCGTCGCG
AAGGGAGGCGTCTCCTCCCCTCCATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCATCCGATCTCCCC
TCGCTTCTGACCAGGAGGAGGGACTTCTTGGAGTTCGATCTATCTCAACGCAAGTCGTGC
GTAACCGCATGAAGAGTGTGAAGAACATCCAACAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTG
CTGCTTCTAAGCTCAAGCAGAAACGCAGGAGAAATGCTTGACCGTCTCACCCTCACCTAC
AACAGGACTCGTCAAGCTTCTATCACAACTGAGCTTATCGAGATTATCTCTGGAGCTTCT
GCACTTGAAGCCGCTAAATAAACACCCTCCTGTGCTTTGATTTGTTGAGACCACCAGTCT
TTGGTCAAAGGTTTTTTATTTAATAATAAATATCCCTGTTTTTTCCAGCAGGATTACGAA
TAATTGCATTTCGCATTTTTTTTTCCTGATTCGAAGCACTTCCTCAAGATCAAGAACCTG
CAGTGTTGTTTTGGTCAAAACACCCTCACCGGTTTAATAATAATCAAGTAC


BQ
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AF RR1FS57TF U 1
AF RR1FS57JQ C 20
BS 1 527 RR1FS57TF
BS 528 651 RR1FS57JQ

RD RR1FS57TF 527 0 0
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CTAGAGTTCCGTTCATATAATCAATCTTTTGATCAATGGCTATGTCTATTCTCCGTCGCG
AAGGGAGGCGTCTCCTCCCCTCCATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCATCCGATCTCCCC
TCGCTTCTGACCAGGAGGAGGGACTTCTTGGAGTTCGATCTATCTCAACGCAAGTCGTGC
GTAACCGCATGAAGAGTGTGAAGAACATCCAACAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTG
CTGCTTCTAAGCTCAAGCAGAAACGCAGGAGAAATGCTTGACCGTCTCACCCTCACCTAC
AACAGGACTCGTCAAGCTTCTATCACAACTGAGCTTATCGAGATTATCTCTGGAGCTTCT
GCACTTGAAGCCGCTAAATAAACACCCTCCTGTGCTTTGATTTGTTGAGACCACCAGTCT
TTGGTCAAAGGTTTTTTATTTAATAATAAATATCCCTGTTTTTTCCA

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR1FS57JQ 632 0 0
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ATCAATCTTTTGATCAATGGCTATGTCTATTCTCCGTCGCGAAGGGAGGCGTCTCCTCCC
CTCCATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCATCCGATCTCCCCTCGCTTCTGACCAGGAGGA
GGGACTTCTTGGAGTTCGATCTATCTCAACGCAAGTCGTGCGTAACCGCATGAAGAGTGT
GAAGAACATCCAACAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCTAAGCTCAAGCA
GAAACGCAGGAGAAATGCTTGACCGTCTCACCCTCACCTACAACAGGACTCGTCAAGCTT
CTATCACAACTGAGCTTATCGAGATTATCTCTGGAGCTTCTGCACTTGAAGCCGCTAAAT
AAACACCCTCCTGTGCTTTGATTTGTTGAGACCACCAGTCTTTGGTCAAAGGTTTTTTAT
TTAATAATAAATATCCCTGTTTTTTCCAGCAGGATTACGAATAATTGCATTTCGCATTTT
TTTTTCCTGATTCGAAGCACTTCCTCAAGATCAAGAACCTGCAGTGTTGTTTTGGTCAAA
ACACCCTCACCGGTTTAATAATAATCAAGTAC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

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GGGGGACAGGGAGAGAGAGAGCTTCCACCTACCATCCCTCCACCTCCGCCTCCTCCTTCT
AGACCCAGTCTCAACGGCAACACAGGTCATCATATCCCTCCACCACCTTCTAGACCCAGT
CTCAACGGCAACACAGGTCATAACCATCTCCCTCCACCACCTTCAAGACCAAGTCTCAAC
GGCAACACCAGTCATCACCATCTCCCTCCTCCACCTTCTAGACCCAATCTCAACGGCAAC
GCCGTTCATCAAGTCCATCCTCCTCCTTCTCACACCGCGAGGCATCAGCAACCGTATTAC
CGTAGCTACTCCTCCTCCTCCTCAGCCTCATTCAAGGGATGCTGCTGCTGCCTCTTCCTC
CTCTTCTCTTTCCTAGCCCTCCTAGTACTCGCAATAGTACTGATCGTGATACTAGCGGTG
AAGCCGAAGAAACCACAGTTCGATCTACAGCAAGTGGCGGTAATGAACATGGGAATCACC
TCCATGGATAACCCCAACCCCAGCGTCTTAGATCCAACCACCGCATCCCTCTCCTTCACA
ATCCGGATGCTGTTCACCGCCGGGAACCCGAACAAAGTCGGGATCAGGTACGGTGAGTCC
AGCTTCACGGTGCTGTACAAAGGCTTGCCACTTGGGAGAGCGACGGTGGCGGGTTTCTAC
CAGGAAGCGCACAGTACGAGGAACGTGGAGGCGACGATTGCTGTGGATAGAGTTAATCTT
ATGCAAGGCAACGCCGCTGAACTGGTCAGAGACGCTTCGTTGAATGATCGAGTCGAGCTT
ACGGTTCGTGGGGACGTTAGCGCTAAGATCCGAGTGATGAACTTCGATTCCCCAGGCGTT
CAGGTATCGGTGAATTGCGGGATAGGCATTAGTCCGAGGAAACATGCTCTGATTTACAAG
CAATGTGGTTTTGATGGCCTTAGCGTCTAATTTCAAACTGTAACATATAAATTCTACTGA
TCACACTCCCAAACTGTGTGGAGGAGTTGCGAACAAAAAAAAGTTAGAAGTTCCAAAGCC
AAAAGTGGTAAAGAAACGGAACAGAGGATCCATCCTGGAAGTTTTGTGTGTGTTTTGTTT
CCTTTGTACAAGCAATATTTAGAAATGCAACAATGTTGTTTACTAAAGTCACT


BQ
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AF RR1AG34TF U 1
AF RR1AG34JQ C 323
BS 1 727 RR1AG34TF
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RD RR1AG34TF 839 0 0
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AGACCCAGTCTCAACGGCAACACAGGTCATCATATCCCTCCACCACCTTCTAGACCCAGT
CTCAACGGCAACACAGGTCATAACCATCTCCCTCCACCACCTTCAAGACCAAGTCTCAAC
GGCAACACCAGTCATCACCATCTCCCTCCTCCACCTTCTAGACCCAATCTCAACGGCAAC
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CGTAGCTACTCCTCCTCCTCCTCAGCCTCATTCAAGGGATGCTGCTGCTGCCTCTTCCTC
CTCTTCTCTTTCCTAGCCCTCCTAGTACTCGCAATAGTACTGATCGTGATACTAGCGGTG
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AGCTTCACGGTGCTGTACAAAGGCTTGCCACTTGGGAGAGCGACGGTGGCGGGTTTCTAC
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ATGCAAG*CAACGCCGCTGAACTGGTCAGAGACGCTTCGTTGAATGATCGAGTCGAGCTT
ACGGT*CGTGGGGACGTTAGCGCTAAGATCCGAGTGATGAACTTCGATTCCCCAGGCGT

QA 1 839 1 839
DS 

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ATCTACAGCAAGTGGCGGTAATGAACATGGGAATCACCTCCATGGATAACCCCAACCCCA
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GGAACCCGAACAAAGTCGGGATCAGGTACGGTGAGTCCAGCTTCACGGTGCTGTACAAAG
GCTTGCCACTTGGGAGAGCGACGGTGGCGGGTTTCTACCAGGAAGCGCACAGTACGAGGA
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CTAAGATCCGAGTGATGAACTTCGATTCCCCAGGCGTTCAGGTATCGGTGAATTGCGGGA
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GCGTCTAATTTCAAACTGTAACATATAAATTCTACTGATCACACTCCCAAACTGTGTGGA
GGAGTTGCGAACAAAAAAAAGTTAGAAGTTCCAAAGCCAAAAGTGGTAAAGAAACGGAAC
AGAGGATCCATCCTGGAAGTTTTGTGTGTGTTTTGTTTCCTTTGTACAAGCAATATTTAG
AAATGCAACAATGTTGTTTACTAAAGTCACT

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

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CCGAAAGCTATACTCCTCGGTTACCTTGGACAGTATCTCATCAAGCCTCTCCTTGGTTTC
ATCTTCGGCTTAGTTGCTGTCTCTCTTTTCCACCTCCCTACTCCTATAGGTGCTGGAATC
ATGTTGGTCTCGTGTGTTAGTGGAGCTCAGTTATCAAACTACGCCACTTTCTTGACGGAT
CCAGCATTGGCACCTCTTAGCATCGTCATGACATCTCTCTCAACCGCTACCGCGGTTCTT
GTCACACCGATGCTATCGCTCTTGCTTATAGGGAAGAAGCTGCCCGTTGATGTGAAAGGA
ATGATATCCAGCATTCTCCAGGTCGTGATCGCACCTATTGCTGCAGGATTGCTACTAAAC
AAGCTGTTCCCAAAACTGTCCAATGCAATCAGACCGTTTCTCCCAGTTCTATCTGTTCTT
GACACGGCATGCTGCGTTGGAGCTCCACTCGCGTTGAACATAAACTCGGTTGTGTCTCCG
TTTGGAGCAACGATCTTGTTGCTAGTAACGATGTTTCATCTCTCGGCTTTCCTCTCTGGA
TACTTCGTTACCGGTTCGGTCTTTAGAAACGCTCCAGATGCTAAAGCCTTGCAGAGAACA
TTGTCCTATGAAACTGGAATGCAGAGTAGTCTTTTGGCACTAGCGCTTGCGACAAAGTTC
TTTCAAGATCCTCTTGTTGGGATTCCTCCAGCAATATTTACGGGGGTAATGTCATTGATG
GGGTTCCCACTCGTTATGATATGGTCTAACGAAAAGAGCAAAGAATTTAAACAATATGAA
ATTTTTATATTTATGTACGAAATTTTGTAACATTATAAGAAATCGATTCCCCCATAAAGG
ATGGGTTGATTATAAACCCGGTTTAATATTAAACTAGAACTTCAAATTTGTGAAAGAAGT
AAAAAGTCCTTTT


BQ
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AF RR1GA14TF U 1
AF RR1GA14JQ C 494
BS 1 745 RR1GA14TF
BS 746 973 RR1GA14JQ

RD RR1GA14TF 745 0 0
GGGATGTTTGCGGTTGGTATCAACTCAAACGAGAAAGACTTTCTCGAAGCTTTCAAAAGA
CCGAAAGCTATACTCCTCGGTTACCTTGGACAGTATCTCATCAAGCCTCTCCTTGGTTTC
ATCTTCGGCTTAGTTGCTGTCTCTCTTTTCCACCTCCCTACTCCTATAGGTGCTGGAATC
ATGTTGGTCTCGTGTGTTAGTGGAGCTCAGTTATCAAACTACGCCACTTTCTTGACGGAT
CCAGCATTGGCACCTCTTAGCATCGTCATGACATCTCTCTCAACCGCTACCGCGGTTCTT
GTCACACCGATGCTATCGCTCTTGCTTATAGGGAAGAAGCTGCCCGTTGATGTGAAAGGA
ATGATATCCAGCATTCTCCAGGTCGTGATCGCACCTATTGCTGCAGGATTGCTACTAAAC
AAGCTGTTCCCAAAACTGTCCAATGCAATCAGACCGTTTCTCCCAGTTCTATCTGTTCTT
GACACGGCATGCTGCGTTGGAGCTCCACTCGCGTTGAACATAAACTCGGTTGTGTCTCCG
TTTGGAGCAACGATCTTGTTGCTAGTAACGATGTTTCATCTCTCGGCTTTCCTCTCTGGA
TACTTCGTTACCGGTTCGGTCTTTAGAAACGCTCCAGATGCTAAAGCCTTGCAGAGAACA
TTGTCCTATGAAACTGGAATGCAGAGTAGTCTTTTGGCACTAGCGCTTGCGACAAAGTTC
TTTCAAGATCCTCTTGTTGGGATTC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR1GA14JQ 480 0 0
GCGTTGGAGCTCCACTCGCGTTGAACATAAACTCGGTTGTGTTTCCGTTTGGAGCAACGA
TCTTGTTGCTAGTAACGATGTTTCATCTTTCGGCTTTCCTCTCTGGATACTTCGTTACCG
GTTCGGTCTTTAGAAACGCTCCAGATGCTAAAGCCTTGCAGAGAACATTGTCCTATGAAA
CTGGAATGCAGAGTAGTCTTTTGGCACTAGCGCTTGCGACAAAGTTCTTTCAAGATCCTC
TTGTTGGGATTCCTCCAGCAATATTTACGGGGGTAATGTCATTGATGGGGTTCCCACTCG
TTATGATATGGTCTAACGAAAAGAGCAAAGAATTTAAACAATATGAAATTTTTATATTTA
TGTACGAAATTTTGTAACATTATAAGAAATCGATTCCCCCATAAAGGATGGGTTGATTAT
AAACCCGGTTTAATATTAAACTAGAACTTCAAATTTGTGAAAGAAGTAAAAAGTCCTTTT

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL8930Contig1 741 2 2 U
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TGACCACGAACTATCTCGCCTTCCCTGCTTATGCTTTTGGTCCGAGCATGATCCCCACGC
TTCATCCTTCCGGGAATGTCGTACTGACCGAACGAATCTCCAATCTGAGTCGTGGAGATG
TCGTTGTTTTCCGATCTCCGCAAGACCCTAATAAGCTTCCCACCAAGAGAGTGATTGGAC
TTGAAGGAGATTGCGTAAGCTTTGTGGATGATTCCGATGAATCAAGAAGAACCATCGTGG
TTCCTAAAGGGCATGTGTGGGTGCAAGGTGACTATACTCAGAACTCGAAAGACTCGAGGA
TCTTTGGTCCTTTACCTTATGGTCTTATTCAAGGCAGAGTGCTTTGGAGGGTTTGGCCAT
TTCAAGATTTTGGACCCATTGGACCCACCACAACTTAAGAAATATGGTTTGGCTCAGGAG
TTAGCTTGGTTGGTTCTTTTTGGCAGATGATCGAGGCGGTTTGTTAGGTTTGATCACTAT
TCTATAGTGAACTGGTTGTTGAGCCAAGTGAGTCTGGCTATAGCTTATATAGTTGAGAGA
CTGGAAGAGAGAAATGCCATAGGAGATTCATGATAGAATAGTGTTGGTGAGTTTGCTGGT
GTTTGATACCTTGTAAGTTTACCGGATATCATGATTCATTTTGAGTAGATGCCGATGAAC
TAATTACCAAGATTTTTTAGC


BQ
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AF RR1D764TF U 1
AF RR1D764JQ C 79
BS 1 586 RR1D764TF
BS 587 741 RR1D764JQ

RD RR1D764TF 586 0 0
GATATCAACAAGCCATGAGAAGCGGTGTGCTTGTCGCGAAAGTATACTCCTTTCTCCATG
TGACCACGAACTATCTCGCCTTCCCTGCTTATGCTTTTGGTCCGAGCATGATCCCCACGC
TTCATCCTTCCGGGAATGTCGTACTGACCGAACGAATCTCCAATCTGAGTCGTGGAGATG
TCGTTGTTTTCCGATCTCCGCAAGACCCTAATAAGCTTCCCACCAAGAGAGTGATTGGAC
TTGAAGGAGATTGCGTAAGCTTTGTGGATGATTCCGATGAATCAAGAAGAACCATCGTGG
TTCCTAAAGGGCATGTGTGGGTGCAAGGTGACTATACTCAGAACTCGAAAGACTCGAGGA
TCTTTGGTCCTTTACCTTATGGTCTTATTCAAGGCAGAGTGCTTTGGAGGGTTTGGCCAT
TTCAAGATTTTGGACCCATTGGACCCACCACAACTTAAGAAATATGGTTTGGCTCAGGAG
TTAGCTTGGTTGGTTCTTTTTGGCAGATGATCGAGGCGGTTTGTTAGGTTTGATCACTAT
TCTATAGTGAACTGGTTGTTGAGCCAAGTGAGTCTGGCTATAGCTT

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1D764JQ 663 0 0
CCTTCCCTGCTTATGCTTTTGGTCCGAGCATGATCCCCACGCTTCATCCTTCCGGGAATG
TCGTACTGACCGAACGAATCTCCAATCTGAGTCGTGGAGATGTCGTTGTTTTCCGATCTC
CGCAAGACCCTAATAAGCTTCCCACCAAGAGAGTGATTGGACTTGAAGGAGATTGCGTAA
GCTTTGTGGATGATTCCGATGAATCAAGAAGAACCATCGTGGTTCCTAAAGGGCATGTGT
GGGTGCAAGGTGACTATACTCAGAACTCGAAAGACTCGAGGATCTTTGGTCCTTTACCTT
ATGGTCTTATTCAAGGCAGAGTGCTTTGGAGGGTTTGGCCATTTCAAGATTTTGGACCCA
TTGGACCCACCACAACTTAAGAAATATGGTTTGGCTCAGGAGTTAGCTTGGTTGGTTCTT
TTTGGCAGATGATCGAGGCGGTTTGTTAGGTTTGATCACTATTCTATAGTGAACTGGTTG
TTGAGCCAAGTGAGTCTGGCTATAGCTTATATAGTTGAGAGACTGGAAGAGAGAAATGCC
ATAGGAGATTCATGATAGAATAGTGTTGGTGAGTTTGCTGGTGTTTGATACCTTGTAAGT
TTACCGGATATCATGATTCATTTTGAGTAGATGCCGATGAACTAATTACCAAGATTTTTT
AGC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL8931Contig1 508 2 1 U
GACCGGCCAAGAAAACCGAAGTATTTCAACAGAGTTCACACGGGTTACGAGTGGAACAAG
TATAACCAAACGCACTATGATCACGACAACCCGCCTCCAAAGATCGTTCAAGGGTACAAG
TTTAACATCTTCTACCCGGATTTGGTGGATAAGATCAAGGCTCCCACTTACACTATAGAA
AAAGATGGGACAAGCGCTGAAACTTGTATGATCCGGTTCCATGGGTCCTCCTTATGAAGA
CATTGCGTTCCGTATTGTGAATAAAGAATGGGAGTATTCTCACAAGAAGGGTTTCAAATG
CACGTTTGAGCGTGGGATTCTGCACTTGTACATCAACTTTAAACGACATCGTTACAGGCG
ATAAACTCATCGGAGTTTGGACGGAGACTACTACGAAGTTGGCAGTTGTAATACTTTGGC
AGGTGTTTTGTTTGTAACAAAAGGGCGATACATAGTATTATGTTGGGACTGTTTTTCATT
AAAATCATTATCAAACATAACAGAGTAG


BQ
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BQ
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AF RR1FH69TF U 1
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GGGTTTCAAAACGTCAGAACGGCAACTCAAGCAAGCAGCCTCGGAGGTACTCGGAGATGA
GCTTTAGCAAGTGATCACAGTTGTTAGAAACTAAGAAGAAGGGATTAAAGACTCCTTGGC
TCAGG*CCCTGGTGCATCTCCAAACTTCGTAAACAGCACACTTTAGACTGCAATTGTTCC
TGAATTTCTTAGTTTTGTACG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR1FH69JQ 825 0 0
AAGGGACTCTCCAGGCTAGTGGAAACGGCTCTTTGATGTATAGTGGATCTCAAGTGATTG
GGCATGCTGAAAGTCTGGCATCTGGTGACAATTCTAATTTCCCAGCTTTTCTGCCTGTTA
TGCAATTCGGTGGTCAGCATGGTGGGGTTCCAACTTTTGGAATGGCTTTTCCCGGATATG
TCCAGCCTGAAAATGGGATCGGAAACCCGGAAATGACATGGATGCCAGTTTTGACTGGAC
CTGGAGCTCTAGGTGCTTCGTACAGTACACCATATGCTGCTGTTGATGGTTCCTACCAAG
CACATAAGCCAGGATCCTCCAGGGAGAATAGTACAAACAACCTTGATGACCTGGAGAAAC
CCTTGGAGAGGCCTGATTTTACAGAGAGTGGGGTTTCAAAACGTCAGAACGGCAACTCAA
GCAAGCAGCCTCGGAGGTACTCGGAGATGAGCTTTAGCAAGTGATCACAGTTGTTAGAAA
CTAAGAAGAAGGGATTAAAGACTCCTTGGCTCAGGGCCCTGGTGCATCTCCAAACTTCGT
AAACAGCACACTTTAGACTGCAATTGTTCCTGAATTTCTTAGTTTTGTACGATGGGAGGG
AAAGAATGAAAGACGATACTAGGACGATACTACTAGCTAGCAAATATAAATGAAGAAAGT
CGTTGTCTCAAGCCTTGGTCAGCCTGTTTTGTGTGATCGTCTTCTCATTTCTCGTATGTA
ATTCATTTCTGTTTCTTGTATAAGTTTGATAACTTACTTATGGTTTTGGTAATGTGTTTT
ATTCGTTGTAGAACGCTGTTTCTAAACAGGCTTTGATATAATGAG

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL8934Contig1 858 2 14 U
GTGCTTCTTCTGCCATCACCGCTATTTCTTCTCCAGGTTTCTTGGGAGGGAAGAAACTGA
GGCTGAGCAAGAAGTTGAGTGTTCCAGCTGGTTCCAGATCGGCTGCGTCCGTGCGCGCCG
CCGCAGCTGATCCGGATAGACCAATCTGGTTCCCTGGAAGCACTCCTCCAGCGTGGCTAG
ACGGTAGCCTCCCTGGTGACTTCGGGTTTGATCCTCTTGGTCTTTCGTCTGACCCGGATA
GTTTAAAGTGGAACGCACAAGCAGAGCTAGTCCACTGCCGGTGGGCGATGTTAGGCGCCG
CCGGGATTTTTATCCCGGAGTTTCTAACCAAGATAGGAATCCTCAACACGCCGTCGTGGT
ACACGGCAGGAGAGCAAGAGTACTTCACCGACAAAACCACACTCTTCGTCGTTGAGCTCA
TCTTAATAGGATGGGCCGAGGGACGTAGATGGGCTGATATCATTAAGCCAGGTAGCGTCA
ACACTGACCCAATCTTCCCAAACAACAAACTGACGGGGACAGACGTTGGATACCCGGGTG
GTTTATGGTTCGACCCGTTGGGTTGGGGATCCGGTAGCCCGGCTAAGATCAAGGAGCTGA
GGACCAAGGAGATAAAGAACGGAAGGTTGGCTATGTTGGCAGTGATGGGTGCTTGGTTCC
AACATATATACACTGGGACTGGTCCTATTGATAACCTTTTTGCACATCTTGCTGATCCAG
GCCACGCCACTATTTTCGCTGCTTTCACACCCAAGTGAGACGTCAAAAAGGAAGGATTGG
TTTGTGTGATCATGTTTGTACAAATATCGTTTTTGAACTTTAGAAGCATTATGTATTTAT
ACAAAACTGTGGTCGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BY19TF U 1
AF RR1BY19JQ C 60
BS 1 593 RR1BY19TF
BS 594 594 RR1BY19JQ
BS 595 608 RR1BY19TF
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BS 626 626 RR1BY19JQ
BS 627 636 RR1BY19TF
BS 637 637 RR1BY19JQ
BS 638 659 RR1BY19TF
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BS 685 685 RR1BY19JQ
BS 686 695 RR1BY19TF
BS 696 858 RR1BY19JQ

RD RR1BY19TF 695 0 0
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ACGGTAGCCTCCCTGGTGACTTCGGGTTTGATCCTCTTGGTCTTTCGTCTGACCCGGATA
GTTTAAAGTGGAACGCACAAGCAGAGCTAGTCCACTGCCGGTGGGCGATGTTAGGCGCCG
CCGGGATTTTTATCCCGGAGTTTCTAACCAAGATAGGAATCCTCAACACGCCGTCGTGGT
ACACGGCAGGAGAGCAAGAGTACTTCACCGACAAAACCACACTCTTCGTCGTTGAGCTCA
TCTTAATAGGATGGGCCGAGGGACGTAGATGGGCTGATATCATTAAGCCAGGTAGCGTCA
ACACTGACCCAATCTTCCCAAACAACAAACTGACGGGGACAGACGTTGGATACCCGGGTG
GTTTATGGTTCGACCCGTTGGGTTGGGGATCCGGTAGCCCGGCTAAGATCAAG*AGCTGA
GGACCAAG*AGATAAAGAACGGAAG*TTGGCTATGT*GGCAGTGATGGGTGCTTGGTTC*
*ACATATATACACTGGGACTGGTC*TATTGATAAC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR1BY19JQ 799 0 0
TGAGGCTGAGCAAGAG
TGAGTGTTCCAGCTGGTTCCAGATCGGCTGCGTCCGTGCGCGCCGC*GCAGCTGATCGGG
ATAGACCAATCTGGTTCCCTGGAAGCACTCCTCCAGCGTGGCTAGACGGTAGCCTCCCTG
GTGACTTCGGGTTTGATCCTCTTGGTCTTTCGTCTGACCCGGATAGTTTAAAGTGGAACG
CACAAGCAGAGCTAGTCCACTGCCGGTGGGCGATGTTAGGCGCCGCCGGGATTTTTATCC
CGGAGTTTCTAACCAAGATAGGAATCCTCAACACGCCGTCGTGGTACACGGCAGGAGAGC
AAGAGTACTTCACCGACAAAACCACACTTTTCGTCGTTGAGCTCATCTTAATAGGATGGG
CCGAGGGACGTAGATGGGCTGATATCATTAAGCCAGGTAGCGTCAACACTGACCCAATCT
TCCCAAACAACAAACTGACGGGGACAGACGTTGGATACCCGGGTGGTTTATGGTTCGACC
CGTTGGGTTGGGGATCCGGTAGCCCGGCTAAGATCAAGGAGCTGAGGACCAAGGAGATAA
AGAACGGAAGGTTGGCTATGTTGGCAGTGATGGGTGCTTGGTTCCAACATATATACACTG
GGACTGGTCCTATTGATAACCTTTTTGCACATCTTGCTGATCCAGGCCACGCCACTATTT
TCGCTGCTTTCACACCCAAGTGAGACGTCAAAAAGGAAGGATTGGTTTGTGTGATCATGT
TTGTACAAATATCGTTTTTGAACTTTAGAAGCATTATGTATTTATACAAAACTGTGGTCG
AGT

QA 17 799 17 799
DS 



AS 1 2

CO CL8935Contig1 586 2 1 U
GGATTCAACAATTTCTACAAAGCAATTATCTATTTTACAAACAAAACACAGCAAGAGTTT
CTGCAATTAAGCAAAAAAAAAAACAGAGAGAAAAGATGAGTTCAAGGAGCAAAGCATGGT
TAGTGGCAGCAACCATTGGAGCTGTGGAAGCCTCCAAAGACCAACTAGGACTATGCAGGT
GGAATTACATGATCCGATCTGTGAATCAACGTATCAGAAACAACGTGAGATCCGCTGCTC
AGGCGAACAGGTTCTCCGCCATTTCCGTTGCCGCCGGTAAGGATGGTGACAAGGCGAAAC
AAGCCGAGGAGTCTCTCAGAACGGTCATGTACTTGAGCTGTTGGGGTCCTAATTGATGAA
GACGGATGGATAGAGATTTTTATTATTTTCATTGCCATCCATTGGATTTGGACCCGACAT
GTTACATCTATGAGCGGTGCAATGAGAAGCCTAAATAGACGCTATGGGTTTTGATGGGTT
GTTTCTGGATTCAATTAAATGATAGGATTCGAATTGTCCAAGGGAAAAAATGATTCTTGT
ACAGAATGTAGAGATGAATATAAAAAAATTATGTTCATGTTATTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FM24JQ C 1
AF RR1FM24TF U 1
BS 1 586 RR1FM24TF

RD RR1FM24JQ 586 0 0
GGATTCAACAATTTCTACAAAGCAATTATCTATTTTACAAACAAAACACAGCAAGAGTTT
CTGCAATTAAGCAAAAAAAAAAACAGAGAGAAAAGATGAGTTCAAGGAGCAAAGCATGGT
TAGTGGCAGCAACCATTGGAGCTGTGGAAGCCTCCAAAGACCAACTAGGACTATGCAGGT
GGAATTACATGATCCGATCTGTGAATCAACGTATCAGAAACAACGTGAGATCCGCTGCTC
AGGCGAACAGGTTCTCCGCCATTTCCGTTGCCGCCGGTAAGGATGGTGACAAGGCGAAAC
AAGCCGAGGAGTCTCTCAGAACGGTCATGTACTTGAGCTGTTGGGGTCCTAATTGATGAA
GACGGATGGATAGAGATTTTTATTATTTTCATTGCCATCCATTGGATTTGGACCCGACAT
GTTACATCTATGAGCGGTGCAATGAGAAGCCTAAATAGACGCTATGGGTTTTGATGGGTT
GTTTCTGGATTCAATTAAATGATAGGATTCGAATTGTCCAAGGGAAAAAATGATTCTTGT
ACAGAATGTAGAGATGAATATAAAAAAATTATGTTCATGTTATTGG

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1FM24TF 586 0 0
GGATTCAACAATTTCTACAAAGCAATTATCTATTTTACAAACAAAACACAGCAAGAGTTT
CTGCAATTAAGCAAAAAAAAAAACAGAGAGAAAAGATGAGTTCAAGGAGCAAAGCATGGT
TAGTGGCAGCAACCATTGGAGCTGTGGAAGCCTCCAAAGACCAACTAGGACTATGCAGGT
GGAATTACATGATCCGATCTGTGAATCAACGTATCAGAAACAACGTGAGATCCGCTGCTC
AGGCGAACAGGTTCTCCGCCATTTCCGTTGCCGCCGGTAAGGATGGTGACAAGGCGAAAC
AAGCCGAGGAGTCTCTCAGAACGGTCATGTACTTGAGCTGTTGGGGTCCTAATTGATGAA
GACGGATGGATAGAGATTTTTATTATTTTCATTGCCATCCATTGGATTTGGACCCGACAT
GTTACATCTATGAGCGGTGCAATGAGAAGCCTAAATAGACGCTATGGGTTTTGATGGGTT
GTTTCTGGATTCAATTAAATGATAGGATTCGAATTGTCCAAGGGAAAAAATGATTCTTGT
ACAGAATGTAGAGATGAATATAAAAAAATTATGTTCATGTTATTGG

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL8936Contig1 586 2 1 U
GAGCGCAAGAAAGCTGCGCAAGTTCAGAAGCTCCTCTCACATGTTGATTCCATCTCCAGA
AAGAACAATGGAAAACCGTTTACAGATGAATTGTTTCATGAACTTCAGGAAGAGGCTATC
AAGGTACGTGACCAGAAGAAGGAGGTTGAATCGCTCAAGGGTTATTCAAAGGATGAGATA
TCTGAGTTCAAGAAGCAAATAGAGATATCATATGACCGACAGCTTAATCGCATCACAGAT
ATGGTGGAGACAAAGCTGAGAGAAACGGCAAAGAGGCTGGAGAAGCAGCTAGGTGAAGAA
CAAGCAGCGAGACTTGAAGCGGAGAAGAGGGCAAATGAAGCTCAGAAACGGTCGAGCGAT
GAGATAAAGAAGCTGAGAGAGAATCTGGAGAAAGCAGAGAAAGAAACAAAGGAACTCCAG
AAAAAACTTGGAAAGTGCATCAATCTGTGATTGTCATATCTCTGCTTCACTTATTTATGG
TTTTTTTTTTAATCATGAAAGACTTAGTGTGTTGTAACTAAAGACGCATTTGCATGTGAA
TCTGTCATGCTGGACGAATTTGAGTTTGAGATTGGTTTTTATTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CQ31JQ C 1
AF RR1CQ31TF U 1
BS 1 586 RR1CQ31TF

RD RR1CQ31JQ 586 0 0
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TCTGTCATGCTGGACGAATTTGAGTTTGAGATTGGTTTTTATTTCC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR1CQ31TF 586 0 0
GAGCGCAAGAAAGCTGCGCAAGTTCAGAAGCTCCTCTCACATGTTGATTCCATCTCCAGA
AAGAACAATGGAAAACCGTTTACAGATGAATTGTTTCATGAACTTCAGGAAGAGGCTATC
AAGGTACGTGACCAGAAGAAGGAGGTTGAATCGCTCAAGGGTTATTCAAAGGATGAGATA
TCTGAGTTCAAGAAGCAAATAGAGATATCATATGACCGACAGCTTAATCGCATCACAGAT
ATGGTGGAGACAAAGCTGAGAGAAACGGCAAAGAGGCTGGAGAAGCAGCTAGGTGAAGAA
CAAGCAGCGAGACTTGAAGCGGAGAAGAGGGCAAATGAAGCTCAGAAACGGTCGAGCGAT
GAGATAAAGAAGCTGAGAGAGAATCTGGAGAAAGCAGAGAAAGAAACAAAGGAACTCCAG
AAAAAACTTGGAAAGTGCATCAATCTGTGATTGTCATATCTCTGCTTCACTTATTTATGG
TTTTTTTTTTAATCATGAAAGACTTAGTGTGTTGTAACTAAAGACGCATTTGCATGTGAA
TCTGTCATGCTGGACGAATTTGAGTTTGAGATTGGTTTTTATTTCC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL8937Contig1 1034 2 4 U
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TTATAAGTTAACGCATCGTTTAACAGAAAAAAAAGAATAGAGGAAAACGTCATGGTGGAA
GGGTTTCTTGATCTTCTTGATGCTGTGTTTGTGTGTGTCATCAGAAGAGAGTATGGCATA
CGATTACTTGAAAGTTCCAGCAAGTGAGTTTGTGAGCTCCATTAACACGATCGTGGAAGT
AATAAGACAAATGAGTTCGATTTTGTCTCAATTTGCGGATTTCAGTGGGGATCGTCGGCT
GCAAAATGCGGTTTCGGATTGTATAGATCTGCTCGATGTTTCTTCAGATGAGCTGATTTG
GTCTGCCTCTGCTTCGGAGAATCCACATGGTAAGGGCAACGGAACAGGGAACGTGAGATC
AGATACACAGACATGGTTGAGTGCTGCTCTCTCCAACCAAGACACTTGCAAGGAAGGCTT
GGACGGTACATCTGGTCTCGTCAAATCTCTAATCGCTGGCAGTCTCGATCAACTATATTC
TATGCTTAGGGAGCTGTTACCACTAGTTCAAACCGATCAGAAACCCAAACCCATTTCCAT
ACCTAAACACGACAAGCACGTATCTAGGGAGGCCATGGAAGGAATATTCAAGGACAATTT
TCATGAGGAATAATATGAGCAGCGTTGTGAGACCCGAAAGATGGCTTGAGTGGAACGCGG
ATTTTGCTTTGAACACACTCTTCTATGGAGAGTTCTTGAACTACGGTCCTGGTTCAGGAC
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ATTCCACCGTTTCTCAGTTTATTAAAGGAGATCTTTGGCTGCCTTCTACGGGGGTAAAGC
TCACTGCTGGCTTGGACATCTAAGTATGGCTCTGTTACAGTGTGGATCCTTCTTTTTTGT
TTTCAGTTTTCAGTTTTTACTTTTGTTGTGTTTTCTTATACTGTTGTTTTAAGTTTGCGA
AGTGGTTTTGGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AC58TF U 1
AF RR1AC58JQ C 269
BS 1 777 RR1AC58TF
BS 778 778 RR1AC58JQ
BS 779 863 RR1AC58TF
BS 864 1034 RR1AC58JQ

RD RR1AC58TF 863 0 0
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GGGTTTCTTGATCTTCTTGATGCTGTGTTTGTGTGTGTCATCAGAAGAGAGTATGGCATA
CGATTACTTGAAAGTTCCAGCAAGTGAGTTTGTGAGCTCCATTAACACGATCGTGGAAGT
AATAAGACAAATGAGTTCGATTTTGTCTCAATTTGCGGATTTCAGTGGGGATCGTCGGCT
GCAAAATGCGGTTTCGGATTGTATAGATCTGCTCGATGTTTCTTCAGATGAGCTGATTTG
GTCTGCCTCTGCTTCGGAGAATCCACATGGTAAGGGCAACGGAACAGGGAACGTGAGATC
AGATACACAGACATGGTTGAGTGCTGCTCTCTCCAACCAAGACACTTGCAAGGAAGGCTT
GGACGGTACATCTGGTCTCGTCAAATCTCTAATCGCTGGCAGTCTCGATCAACTATATTC
TATGCTTAGGGAGCTGTTACCACTAGTTCAAACCGATCAGAAACCCAAACCCATTTCCAT
ACCTAAACACGACAAGCACGTATCTAGGGAGGCCATGGAAGGAATATTCAAGGACAATTT
TCATGAGGAATAATATGAGCAGCGTTGTGAGACCCGAAAGATGGCTTGAGTGGAACGCGG
ATTTTGCTTTGAACACACTCTTCTATGGAGAGTTCTTGAACTACGGTCCTGGTTCAG*AC
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ATTCCACCGTTTCTCAGTTTATT

QA 1 863 1 863
DS 

RD RR1AC58JQ 766 0 0
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CTGCTCGATGTTTCTTCAGATGAGCTGATTTGGTCTGCCTCTGCTTCGGAGAATCCACAT
GGTAAGGGCAACGGAACAGGGAACGTGAGATCAGATACACAGACATGGTTGAGTGCTGCT
CTCTCCAACCAAGACACTTGCAAGGAAGGCTTGGACGGTACATCTGGTCTCGTCAAATCT
CTAATCGCTGGCAGTCTCGATCAACTATATTCTATGCTTAGGGAGCTGTTACCACTAGTT
CAAACCGATCAGAAACCCAAACCCATTTCCATACCTAAACACGACAAGCACGTATCTAGG
GAGGCCATGGAAGGAATATTCAAGGACAATTTTCATGAGGAATAATATGAGCAGCGTTGT
GAGACCCGAAGGATGGCTTGAGTGGAACGCGGATTTTGCTTTGAACACACTCTTCTATGG
AGAGTTCTTGAACTACGGTCCTGGTTCAGGACTCGGCAGCCGAGTCAAATGGCCTGGTTA
CCACGTGCTTAACAGCTCGGACCAGGCTAACAATTCCACCGTTTCTCAGTTTATTAAAGG
AGATCTTTGGCTGCCTTCTACGGGGGTAAAGCTCACTGCTGGCTTGGACATCTAAGTATG
GCTCTGTTACAGTGTGGATCCTTCTTTTTTGTTTTCAGTTTTCAGTTTTTACTTTTGTTG
TGTTTTCTTATACTGTTGTTTTAAGTTTGCGAAGTGGTTTTGGCAC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL8938Contig1 811 2 16 U
GATTGTTGTTCACGAGGGGTACTGCTACAAGACACCTGTGGACTATCCTTTGGAATCAGC
TGCGCCGTTGCTATGCGCTGGAGTCACTGTTTATGCGCCCATGATGCGTCACGGTATGAA
TCAGCCTGGTAAATCTCTAGGGGTGATTGGACTCGGTGGGCTTGGTCACATGGCGGTTAA
GTTTGGTAAGGCTTTTGGACTTGATGTGACGGTGTTCAGCACCAGCATTTCCAAGAAAGA
GGAGGCTTTGAATCTGCTGGGAGCTAACAACTTCGTTATCTCATCTGATCATGACCAAAT
GAAGGCACTAGCGAAATCTCTAGACTTCATCATTGACACAGCATCTGGTGATCACGCGTT
TGATCCTTACATGTCGCTTTTGAAGATTGCTGGAACTTATGTCCTGGTTGGTTTCCCAAG
TGAGATTAAAATCCAGCCTGCAACTCTCAACCCTGGTATGAGAGTGCTTGCGGGAAGCGT
GAGTGGGGGTACCAAGGTGACTCAGGAGATGTTAGATTTCTGTGCAGCTCATAAGATTTA
TCCGAACATAGAGGTCATTCCCATTCAAAAGGCAAACGAAGCTCTTGAAAGGGTGGTGAA
GAAGGACATCAAGTACCGTTTTGTTATTGATATCGAGAATTCTCTGAAATAGAGATGTTG
AGAGTCTAAATAAAAAACAGCTCTATGAGTTGTGAAGAAGAGAGGACTAAAGAATCCTTG
GTCTCGTTTATAAACCTGATATTCACAAAGCACAACATTGAAGTGATTTTCCTGTAATGG
AAGACGAAAGTCAATAATAAGAATTTGTTTG


BQ
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AF RR1F389TF U 1
AF RR1H741TF U 148
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BS 777 777 RR1H741TF
BS 778 795 RR1F389TF
BS 796 811 RR1H741TF

RD RR1F389TF 795 0 0
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AAGACGAAAGTCAAT

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DS 

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G
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GCTGGAACTTATGTCCTGGTTGGTTTCCCAAGTGAGATTAAAATCCAGCCTGCCACTCTC
AACCCTGGTATGAGAGTGCTTGCGGGAAGCGTGAGTGGGGGTACCAAGGTGACTCAGGAG
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AGCACAACATTGAAGTGATTTTCCTGTAATGGAAGATGAAAGTCAATAATAAGAATTTGT
TTG

QA 2 664 2 664
DS 



AS 1 2

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ATTGTCTTCGACCTCAGGACTGTTTACTCTTTTCATCGGTGCGTTGTTGGGTCAAGATAC
TTTGAACCTGTCGAAAGTAGTTGCTGTCTTTGTGAGTATGGCTGGTGTGGTCATGACAAC
ATTGGGGAAAACTTGGGCTGCTGATGACACGCAATTAAACTCTTCTCTCTGATATTTGTG
TTTAGCAACGGGCAACGGTCCCTTGTTGGAGATCTCTTTGGGCTTCTCTCTGCAGTCTCC
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GGAGTTTACGTGTGTTGGGGAGAATAATCTCGTGGCATGTACATTGTACCTTTCTGTTAT
TGGCATCACAGTGCTTCTAAAGAAGTTTGCTGGTGAAGAAGGGGAAGGTGTTGATGTGCA
AAAGCTGTTTGGATACATAGGATTGTTCACACTTGTTGCTCTCTGGTGGCTTGGTATAAA
AACATTATATATCTTCCATATTATTCAATTTTTTACAAGTGTTTCTTCCAGTTACATAAT
AATATATGCTCTTTAATTCGACTGTTTGGTTTGGGTTTCAGTGTGGCCATTGACAGCATT
AGGGATCGAACCCAAGTTTACCATACCACACTCTGCCAAGCTTGATGAAGTTGTTTTGGC
TAATGGTTTCGTCGGAAGTGTCCTCTCTGACTATTTTTGGGCACTTTCTGTGGTGTGGAC
GACTCCGCTAGTAGCCACATTGGGCATGTCTCTGACCATACCACTGGCGATGGTCGCTGA
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TGCTGGATTTGTAATAGCTAATATATCGGACTTGTTCTCGAAGAAACTTGGTTTGTGACG
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TCATGGATTCATGTTTGGAAATGATTAAGGGGGTTCCCTGTTTTTAAGTCAATGAAAGAA
AAGAATGTGATTACCATTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F489TF U 1
AF RR1F489JQ C 592
BS 1 694 RR1F489TF
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RD RR1F489TF 694 0 0
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AGACCTTTGATGATGGGCAGAGGGAGAGAAGAGACGCATAGGAAAGAGATCGTCACGACG
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TTTCTTGAAAGATGCTGTTTGTGTAGTTAGCCCTTTTGGTGAATGATGTTTGTTGTTTCT
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ATTGTCTTCGACCTCAGGACTGTTTACTCTTTTCATCGGTGCGTTGTTGGGTCAAGATAC
TTTGAACCTGTCGAAAGTAGTTGCTGTCTTTGTGAGTATGGCTGGTGTGGTCATGACAAC
ATTGGGGAAAACTTGGGCTGCTGATGACACGCAATTAAACTCTTCTCTCTGATATTTGTG
TTTAGCAACGGGCAACGGTCCCTTGTTGGAGATCTCTTTGGGCTTCTCTCTGCAGTCTCC
TATGGACTATTTACAGGTTAGATAATTCATTTCTTTAAAATTTTGATCTTCCAATGGTTT
GGAGTTTACGTGTGTTGGGGAGAATAATCTCGTGGCATGTACATTGTACCTTTCTGTTAT
TGGCATCACAGTGCTTCTAAAGAAGTTTGCTGGT

QA 1 694 1 694
DS 

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TTCTGTTATTGGCATCACAGTGCTTCTAAAGAAGTTTGCTGGTGAAGAAGGGGAAGGTGT
TGATGTGCAAAAGCTGTTTGGATACATAGGATTGTTCACACTTGTTGCTCTCTGGTGGCT
TGGTATAAAAACATTATATATCTTCCATATTATTCAATTTTTTACAAGTGTTTCTTCCAG
TTACATAATAATATATGCTCTTTAATTCGACTGTTTGGTTTGGGTTTCAGTGTGGCCATT
GACAGCATTAGGGATCGAACCCAAGTTTACCATACCACACTCTGCCAAGCTTGATGAAGT
TGTTTTGGCTAATGGTTTCGTCGGAAGTGTCCTCTCTGACTATTTTTGGGCACTTTCTGT
GGTGTGGACGACTCCGCTAGTAGCCACATTGGGCATGTCTCTGACCATACCACTGGCGAT
GGTCGCTGACATGATGATCCATGGTCGTCATTATTCTGCCATTTACATTCTTGGCTCTAC
TCAGGTGTTTGCTGGATTTGTAATAGCTAATATATCGGACTTGTTCTCGAAGAAACTTGG
TTTGTGACGCAGTTGGCGCCAAGAAGCTTTTGTCAATGATTCTTTTTTTTTTTGTGGGTA
GAAATTGTATCATGGATTCATGTTTGGAAATGATTAAGGGGGTTCCCTGTTTTTAAGTCA
ATGAAAGAAAAGAATGTGATTACCATTAC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

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TTCTTCTCCGAAGCACATAGTACTTGAAAGTGGTTTGAGTAATGGGAATTGAAGGAGAGA
GTGGAGGGATACAAGATGCTTTTATGATGAGCGTTGATGAGAATGATGGTTTGAGAGACA
AAGATGAAGTTACTATCCGTCGAATGAAGAATCGGGAGAGACAACGCAGGTACAGAGCCA
GGAAGCGGATGCGGGAAGAAGCGGGTCTCGATGATGAAAATCTCTCGTTCCAGACAACCC
CCACTGGTCAGCAAAAAGACCAAGAAGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGACGAGG
AGGAGCTAGAGTGTGATAATAATGTTTATGTTGACGACTTTGTGAGGCGTGTTTATTGCC
ATAGAGATTGGAAAAAAGAAGCTAGAATAGCTCATTTGATCATGGACAAGACTCGGGATG
GTTCTTGTTTGGTTCATCGCAAGATTAGGCCTCGTCCTAGAGACTGGAAAGCTGAAGCTC
GAAAGGTGAAAACTTGATCAAATCCATGTAGTTGGTTGGTTCTTGAGGTGTCAGTCCGGT
TTGCTAGAGGGTTTTGCAAGTGCAGTTTCTTTAAGATTGGATTTTACTGGAAAAAGAAGA
AGAGAATGTACAAAGCAAACATCCTTAATATAACATTGGATTAGAACTGCTTCTGCTCTT
TCTTTTTTATATGTATTAGAATATCCAGACGTTATGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1BJ87TF U 1
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BS 651 758 RR1BJ87JQ

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QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1BJ87JQ 693 0 0
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TTTATATGTATTAGAATATCCAGACGTTATGGG

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1D959JQ C 1
AF RR1D959TF U 1
BS 1 593 RR1D959TF

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CCATCATCCAATGGGTGGCTTAACAATCCCTTGCCCTGAACATACTTTCATCAACGTGAC
GTTTCAGCTTCAATGATGATTTGATGATACACCATTTTGTTATAGTTAGAGATAGATCAT
AGACTTGTTCCCTGTAAATAGTGGAGACTTTTTTTTCCTCTGTCTTGTTGAAAGAGTTAT
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GGATCAACCGTTGAAAAATAAATTGTGATACCTATCTCTGATTCTCCTTTTTT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR1D959TF 593 0 0
GGGATCAACCAAAAACAAGTAATCCAATAACTTTAATTTTCTCATACACCTTCAAAAGCT
TCAGAAAGAATTCAATATTTCAGTAAAATAAAAACAAATGGCTTTGATGAGAAGTCTATT
AGGTGCAAAGAAGATTCTTGGAACCGCAACAAGCAAACAGGCATCCTCCGCTGCGCCAAA
AGGGTTTCTTGCGGTGTACGTAGGAGAGAGCCAGAAGAAGAGATATGTGGTGCCAATCTC
ATACTTGAGCCAACCTTCGTTTCAAGCTCTTCTAAGCAAATCTGAAGAAGAATTTGGGTT
CCATCATCCAATGGGTGGCTTAACAATCCCTTGCCCTGAACATACTTTCATCAACGTGAC
GTCTCAGCTTCAATGATGATTTGATGATACACCATTTTGTTATAGTTAGAGATAGATCAT
AGACTTGTTCCCTGTAAATAGTGGAGACTTTTTTTTCCTCTGTCTTGTTGAAAGAGTTAT
TCTATAACGTTTTGAAAGTGAATGCCATAGACACGATCAGGATTCATGTTAATACATTTT
GGATCAACCGTTGAAAAATAAATTGTGATACCTATCTCTGATTCTCCTTTTTT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8943Contig1 588 2 2 U
GCCTTTTGTTTTCATCTGCATTTCCAGCTGAGTTAAGATATGTCACGGAACTTTAAAAAT
GTGGGAAAAAGGAGAAGAAAGGAACTCAAATCTTTTCAATTGTCTTTGCAGTTTCTGGTA
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CCAAATGAGCGTCGAATTGCGTTTGGAGATTCTGATAACAGAGGCTCGTAAACTGGGCTT
CGGTTCTTGGGCTGAGTCGACATAATGGATACTGGAGACACGTCCTTCTCGATGATGGTC
CTCGGTTGTGTTTCTATGTTACCTAGAGTCAGTATCGGACCGCCCATACGTTCAGCTTGT
TGGAGTATATTGATCTTGCTGGGTCTGTATGTATAACGGTAGTACTTCAATGCGAATATA
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BQ
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AF RR1AD51TF C 1
AF RR1AD51JQ U 2
BS 1 1 RR1AD51TF
BS 2 588 RR1AD51JQ

RD RR1AD51TF 588 0 0
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GTGGGAAAAAGGAGAAGAAAGGAACTCAAATCTTTTCAATTGTCTTTGCAGTTTCTGGTA
TAACCAGATGATGATGACAATCTTGACTGTGACTGGAAAAACTCGAAGGGAGTTCCAGGG
CCAAATGAGCGTCGAATTGCGTTTGGAGATTCTGATAACAGAGGCTCGTAAACTGGGCTT
CGGTTCTTGGGCTGAGTCGACATAATGGATACTGGAGACACGTCCTTCTCGATGATGGTC
CTCGGTTGTGTTTCTATGTTACCTAGAGTCAGTATCGGACCGCCCATACGTTCAGCTTGT
TGGAGTATATTGATCTTGCTGGGTCTGTATGTATAACGGTAGTACTTCAATGCGAATATA
GGACCCATCCCCGCTCCAACTATCAGAAACATTGTAATCCAGTAAGAAGGTTGAGAACAG
AGGCGGAACATGATCGTGTACATTCCCGATGATGGTATGGCGCTGAAGAGAAAGTTTATG
ACATAGAATCCGACCAGATTTCCCCAAATGGAAAGGTGTTGCAACACC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR1AD51JQ 587 0 0
CCTTTTGTTTTCATCTGCATTTCCAGCTGAGTTAAGATATGTCACGGAACTTTAAAAATG
TGGGAAAAAGGAGAAGAAAGGAACTCAAATCTTTTCAATTGTCTTTGCAGTTTCTGGTAT
AACCAGATGATGATGACAATCTTGACTGTGACTGGAAAAACTCGAAGGGAGTTCCAGGGC
CAAATGAGCGTCGAATTGCGTTTGGAGATTCTGATAACAGAGGCTCGTAAACTGGGCTTC
GGTTCTTGGGCTGAGTCGACATAATGGATACTGGAGACACGTCCTTCTCGATGATGGTCC
TCGGTTGTGTTTCTATGTTACCTAGAGTCAGTATCGGACCGCCCATACGTTCAGCTTGTT
GGAGTATATTGATCTTGCTGGGTCTGTATGTATAACGGTAGTACTTCAATGCGAATATAG
GACCCATCCCCGCTCCAACTATCAGAAACATTGTAATCCAGTAAGAAGGTTGAGAACAGA
GGCGGAACATGATCGTGTACATTCCCGATGATGGTATGGCGCTGAAGAGAAAGTTTATGA
CATAGAATCCGACCAGATTTCCCCAAATGGAAAGGTGTTGCAACACC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL8944Contig1 232 2 1 U
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TTGCTTGCGTGTTAAATTAATCTGAATCTCTCGCTCCTGTGTGACCTCTCTCTCTCTTTC
TCTCATCTTGAATGTAAAATAAGTTTGTATCAACTATTAAGTTAAATAAATG


BQ
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AF RR1E547JQ C 1
AF RR1E547TF U 1
BS 1 232 RR1E547TF

RD RR1E547JQ 232 0 0
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TCTCATCTTGAATGTAAAATAAGTTTGTATCAACTATTAAGTTAAATAAATG

QA 1 232 1 232
DS 

RD RR1E547TF 232 0 0
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TTTCTTATATCCAAGAATTGATCAGCTCTTAACTATCAACTGTCGAATTGTGTGTTTTAG
TTGCTTGCGTGTTAAATTAATCTGAATCTCTCGCTCCTGTGTGACCTCTCTCTCTCTTTC
TCTCATCTTGAATGTAAAATAAGTTTGTATCAACTATTAAGTTAAATAAATG

QA 1 232 1 232
DS 



AS 1 2

CO CL8945Contig1 780 2 2 U
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AAGGGTACGTTGAAGATTCGCTGGTGAATGATGATCTGAAGAGGACCAAGAGTTTAACGG
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AGATTCCTGAGCTTTGTAATACTTTACCTGCTCTTGAGCTTTGTTACTCGATGAGTCAGA
AGTATATGGACCAAGATCATCCTCACCATATTTCTTCGCCTGTGAAGAAGTTTAAGACGA
TGGTTGTGTCACACGTTAGTCCAATAGCTAGCTGGAAGATCTCTAGTCCCGGGGACAATC
CTGATGATGTCAAAGCAAGGTTGAGATTCTGGGCACAAGCAGTGGCATGCACTGTGAGAC
TATGCACTTGAGGAGGATAAGAAGATGGACAACAAACACAACTCTCATGAGCTGCTCAGA
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BQ
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AF RR1CE39TF U 1
AF RR1CE39JQ C 122
BS 1 332 RR1CE39TF
BS 333 780 RR1CE39JQ

RD RR1CE39TF 332 0 0
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ATGAGCTATCAACAAAGAAGTTGGAGAAAAAAGAGAAGAAGAAGAGCAATGTGTTGCTTG
AAGGGTACGTTGAAGATTCGCTGGTGAATGATGATCTGAAGAGGACCAAGAGTTTAACGG
ACGATGACCTCGAGGAGCTTAAAGGTTGTGTA

QA 1 332 1 332
DS 

RD RR1CE39JQ 659 0 0
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TGAGCTATCAACAAAGAAGTTGGAGAAAAAAGAGAAGAAGAAGAGCAATGTGTTGCTTGA
AGGGTACGTTGAAGATTCGCTGGTGAATGATGATCTGAAGAGGACCAAGAGTTTAACGGA
CGATGACCTCGAGGAGCTTAAAGGTTGTGTAGATCTTGGTTTCGGGTTCAACTACGAGGA
GATTCCTGAGCTTTGTAATACTTTACCTGCTCTTGAGCTTTGTTACTCGATGAGTCAGAA
GTATATGGACCAAGATCATCCTCACCATATTTCTTCGCCTGTGAAGAAGTTTAAGACGAT
GGTTGTGTCACACGTTAGTCCAATAGCTAGCTGGAAGATCTCTAGTCCCGGGGACAATCC
TGATGATGTCAAAGCAAGGTTGAGATTCTGGGCACAAGCAGTGGCATGCACTGTGAGACT
ATGCACTTGAGGAGGATAAGAAGATGGACAACAAACACAACTCTCATGAGCTGCTCAGAT
ATGTACAAAAAGATTTTGGTAATGAAATTTGTTGTAATTGCATTCTTGTAAGAGAACATA
AATAAAGTTCTATTCTTTTGATGAATATTGGTTACTAAGAACATTCAGTCACACAACAC

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL8946Contig1 865 2 4 U
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAATGATTCGAACGGCTTTATTGGTCGTTGCTTTA
CTCGTCGGAACAAGCGTACATGCGCAGCAAGTGCCCCCGCCGAGACGCGATGGATTCGTG
TATCCACCGGGTAGGAAAATCGAACCGGATACGATACTTATCGAAGCGTATTTTGACCCG
GTTTGCCCCGATTGCGGAGACGCTTGGGAACCGCTAAAGCTAGCGGTTGATCACTACGGA
TCTCGCGTCGCTCTTGTTCTTCACCTCATCCCTTTGCCGTTCCATGACAATGCGTTTGTA
GTGTCTCGGGCCTTGCACATTGTGAATACGTTAGATTCCAATGCCACGTTCAGTTTGCTG
GAAGGGATCTTCAAGCACCAGGCATTGTTCTACAACTCGCAAACACAATTCATGCCAAGA
CCTGCAGTTGTGGACAAATTAGTCAAACTCGGGACAGTTACATTAGGTAGCTCGTTTCAT
TATCCTCTTAAATCTGGCTTCCGCAACTCACAGTCTGATCTTGCTACTAGGGTTTCCTTC
AAGTATAGCGTTTCAAGAGGAGTTTCCGCAACACCAACCTTCTATGTGAATGGGTTCGAG
CTGCCCGATGCTGGTTCTCCCATTGATTTTGAAGGATGGAAAAACACCATTGATCCTCTA
GTTAACCCCCGAGAAGCAAAGATAAGGGACACCTTCCTTTCATTCCTCACCCAACCATCT
TATTAGTCTTGCTTTTTATGCTGCCTCAAACTCACACTAATGTACTAGACAAATTTAGTT
CTCCAAAATCTCTTAGAGAACTAATCATCATTAATAACCCAGAAGCATAAAAACATGCAT
GCTCATAATTTTCAGATACATGCTT


BQ
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AF RR1DU09TF U 1
AF RR1DU09JQ C 185
BS 1 736 RR1DU09TF
BS 737 737 RR1DU09JQ
BS 738 772 RR1DU09TF
BS 773 865 RR1DU09JQ

RD RR1DU09TF 790 0 0
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TATCCACCGGGTAGGAAAATCGAACCGGATACGATACTTATCGAAGCGTATTTTGACCCG
GTTTGCCCCGATTGCGGAGACGCTTGGGAACCGCTAAAGCTAGCGGTTGATCACTACGGA
TCTCGCGTCGCTCTTGTTCTTCACCTCATCCCTTTGCCGTTCCATGACAATGCGTTTGTA
GTGTCTCGGGCCTTGCACATTGTGAATACGTTAGATTCCAATGCCACGTTCAGTTTGCTG
GAAGGGATCTTCAAGCACCAGGCATTGTTCTACAACTCGCAAACACAATTCATGCCAAGA
CCTGCAGTTGTGGACAAATTAGTCAAACTCGGGACAGTTACATTAGGTAGCTCGTTTCAT
TATCCTCTTAAATCTGGCTTCCGCAACTCACAGTCTGATCTTGCTACTAGGGTTTCCTTC
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CTGCCCGATGCTGGTTCTCCCATTGATTTTGAAGGATGGAAAAACACCATTGATCCTCTA
GTTAACCCCCGAGAAGCAAAGATAAGGGACACCTTCCTTTCATTCCTCACCCAACCATCT
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TTTAGTCCCAAATCTCTT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR1DU09JQ 681 0 0
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CTCGGGCCTTGCACATTGTGAATACGTTAGATTCCAATGCCACGTTCAGTTTGCTGGAAG
GGATCTTCAAGCACCAGGCATTGTTCTACAACTCGCAAACACAATTCATGCCAAGACCTG
CAGTTGTGGACAAATTAGTCAAACTCGGGACAGTTACATTAGGTAGCTCGTTTCATTATC
CTCTTAAATCTGGCTTCCGCAACTCACAGTCTGATCTTGCTACTAGGGTTTCCTTCAAGT
ATAGCGTTTCAAGAGGAGTTTCCGCAACACCAACCTTCTATGTGAATGGGTTCGAGCTGC
CCGATGCTGGTTCTCCCATTGATTTTGAAGGATGGAAAAACACCATTGATCCTCTAGTTA
ACCCCCGAGAAGCAAAGATAAGGGACACCTTCCTTTCATTCCTCACCCAACCATCTTATT
AGTCTTGCTTTTTATGCTGCCTCAAACTCACACTAATGTACTAGACAAATTTAGTTCTCC
AAAATCTCTTAGAGAACTAATCATCATTAATAACCCAGAAGCATAAAAACATGCATGCTC
ATAATTTTCAGATACATGCTT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL8947Contig1 743 2 5 U
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CGTGATTTGGCTCAACGGAGGACCGGGATGTTCGTCGGTAGCGTACGGTGCGTCGGAAGA
GATAGGACCATTCAGGATAAGCAGAGGTGGGTCCGGTTTATATCTCAACAAGTTCGCGTG
GAACTCAATCGCCAATCTCTTGTTCCTCGAAGCTCCCGCCGGCGTCGGTTTCTCTTACAC
TAACCGCTCCTCCGACCTCTTCAATACTGGCGACATCCGCACTGCCAAAGATTCACTTCA
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BQ
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AF RR1BN70TF U 2
AF RR1H172TF U 1
BS 1 281 RR1H172TF
BS 282 282 RR1BN70TF
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BS 550 550 RR1BN70TF
BS 551 743 RR1H172TF

RD RR1BN70TF 599 0 0
GG
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AAGTGAAGCAGGAGAAGGAGAGAAACAAGCTGAAGCAGACCGGATTACATCACTTCCCGG
TCAACCAAACGTCACGTTTGAGCAGTTTGCCGGCTATGTCACCGTCGATACACACTCAGG
AAGATCACTCTTCTATTGGCTCACCGAAGCTTCTCACCCTC*TCTCTCCAAACCTCTCGT
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TCTTATCAAATGGCTTCACCGGTTTCCGAGATACAACCGCCGTGAGGTTTACATCAC

QA 3 599 3 599
DS 

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AGGAAGATCACTCTTCTATTGGCTCACCGAAGCTTCTCACCTTCCTCTCTCCAAACCTCT
CGTGATTTGGCTCAACGGAGGACCGGGATGTTCGTCGGTAGCGTACGGTGCGTCGGAAGA
GATAGGACCATTCAGGATAAGCAGAGGTGGGTCCGGTTTATATCTCAACAAGTTCGCGTG
GAACTCAATCGCCAATCTCTTGTTCCTCGAAGCTCCCGCCGGCGTCGGTTTCTCTTACAC
TAACCGCTCCTCCGACCTCTTCAATACTGGCGACATCCGCACTGCCAAAGATTCACTTCA
GTTTCTTATTAAATGGCTTCACCGGTTTCCGAGATACAACCGCCGTGAGGTTTACATCAC
CGGAGAGAGTTACGCCGGACATTACGTCCCTCAGCTCGCTAGAGAAATCATGCATTACAA
CAAACGCTCTAAGAATCCAATCAATCTCAAAGGAATCATGGTTGGAAATGCCGTGACTGA
CAATCACTATGATAATCTTGGAA

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

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ATCTGGGTCGTCGATCCAGGAAATTCCGGAGCCGGGTCGTCGGAATCATACCCGCCCGTT
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AGAGAACTTGGGAGAGGTCTAAGTTAGCCTCTACGCTTGATCACGTTGTTGTGGCCACGG
ACGATGAAAGGATCGCGGATTGCTGTCGTGGATTCGGCGCTGATGTCATCATGACTTCAG
AGTCTTGCAGAAATGGCACTGAAAGGTGCAACGAAGCATTGGAAAAGCTGGAGAAGGAGT
ATGATGTGGTTGTTAACATTCAAGGAGATGAACCACTTATTGAGCCGGAGATTATCGACG
GTGTTGTCAAAGCACTTCAGGTAGCACCTGATGCAGTGTTTAGTACAGCGGTGACGTCAC
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ATGCTATCTATTTCTCCAGGGGCTTGATTCCTTTTAACAAGAGTGGTAGAGTCAATCCGG
ACTTCCCCTATATGCTTCATCTTGGGATTCAGAGCTTTGATTCCAAGTTTCTGAAAGTAT
ATTCAGAGCTTCAACCAACGCCATTGCAGCTAGAAGAGGATCTAGAGCAGCTCAAAGTCC
TTGAGAATGGCTACAAAATGAAGGTTATAAAGGTGGACCATGAAGCGCATGGAGTTGATA
CACCTGAAGATGTTGAAAAAATTGAATCTTTAATGCGCGAAAGAAGCTTATCCTAGTCCA
CAATATGCACATCTTGCTTTCAAATTTGTATTCATGAAACCTTTTTCTTGATTTTATTTG
TGTAATCGAACTAAGGTCGATTATTTTGTATACTGCCTGCTAAGTGGAAAACTCATTGGT
TTTATTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DB36TF U 1
AF RR1DB36JQ C 480
BS 1 548 RR1DB36TF
BS 549 1028 RR1DB36JQ

RD RR1DB36TF 548 0 0
GCGGAACAATGGCACTGTGTTCTTCTTCTTCCTCATCTTCTTCTCAGAAGACATGGATTG
TTCACGGGATCTTGGCCGGAACGGCGATCGCTACTGCGGCGGCGATTGGCGCACACGCGT
ATCTGGGTCGTCGATCCAGGAAATTCCGGAGCCGGGTCGTCGGAATCATACCCGCCCGTT
ACGCATCCTCTCGGTTCGAGGGTAAGCCTCTCGTGAAAATCCTCGGCAAACCCATGATCC
AGAGAACTTGGGAGAGGTCTAAGTTAGCCTCTACGCTTGATCACGTTGTTGTGGCCACGG
ACGATGAAAGGATCGCGGATTGCTGTCGTGGATTCGGCGCTGATGTCATCATGACTTCAG
AGTCTTGCAGAAATGGCACTGAAAGGTGCAACGAAGCATTGGAAAAGCTGGAGAAGGAGT
ATGATGTGGTTGTTAACATTCAAGGAGATGAACCACTTATTGAGCCGGAGATTATCGACG
GTGTTGTCAAAGCACTTCAGGTAGCACCTGATGCAGTGTTTAGTACAGCGGTGACGTCAC
TGAAACCA

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR1DB36JQ 549 0 0
GGTGTTGTCAAAGCACTTCAGGTAGCACCTGATGCAGTGTTTAGTACAGCGGTGACGTCA
CTGAAACCAGAAGACGGGGTTGATCCTAACCGAGTCAAATGTGTTGTTGACAACCGTGGC
TATGCTATCTATTTCTCCAGGGGCTTGATTCCTTTTAACAAGAGTGGTAGAGTCAATCCG
GACTTCCCCTATATGCTTCATCTTGGGATTCAGAGCTTTGATTCCAAGTTTCTGAAAGTA
TATTCAGAGCTTCAACCAACGCCATTGCAGCTAGAAGAGGATCTAGAGCAGCTCAAAGTC
CTTGAGAATGGCTACAAAATGAAGGTTATAAAGGTGGACCATGAAGCGCATGGAGTTGAT
ACACCTGAAGATGTTGAAAAAATTGAATCTTTAATGCGCGAAAGAAGCTTATCCTAGTCC
ACAATATGCACATCTTGCTTTCAAATTTGTATTCATGAAACCTTTTTCTTGATTTTATTT
GTGTAATCGAACTAAGGTCGATTATTTTGTATACTGCCTGCTAAGTGGAAAACTCATTGG
TTTTATTTT

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

CO CL8949Contig1 904 2 5 U
GTATCTGAGTCTCATGGATTTCTACCATTTCCGAAGCTTTGAGATAATCAGTAAGGCTGA
GTCTCTCAAGGTTGATATTGATGTCGAGTTTGAGCGGTTAACTGATTACTCGTTTGAAAA
AAAGATCATCGACAATCTTCTCAACAACTTTTCAGGTGTTAAAGATATGACCATGTCATG
GAGAACTCTGAAGTTTATTAATAGTTTCTATCAAACGAACCCACTCCCCAAATTTCATGG
CTTGACTCGGTTGCGTGCCACTATGCGCTTAAACGCATCCCCTGAACTATTGCCAATCGT
TCTCAAAAGCTGCCCCAATCTGAAACACTTGACATTGGAATTGTTTGTTAATTATCCAAT
CAGATGGCGGTCTGAACTCTCCACTGTGCTGCCTCGTTGTTTGGTGTCGTCTCTTGAATC
TGTTGAAATGGAAAGCCCGGTCACGGAGAAAGCTATAGAACTGAAGCTGGCTAGATACTT
TATGAAGAACTCGACTACACTAAAGAAGCTCGTGCTACATTTGGATGAGTCTACTGGAGA
TCAACACAAGCCTGGTGTCTTGGAACAACTCGTAAAATTTTCGAAGCGCTATAGTTTGTG
TCTATTCGAAGTTCTTCCAGTTGTTCCAGCTCCGAATCCATTGCCTCCTGGGTATGTTTA
TGTAAAATCCAATAGGTTCTAAAGCTAGAGTTGAAGATGGAACTAGTTGGCTAAGCCTTA
TGCTTGATTCCCATGGCTTCCCTTTTTCCCTTTTTTCTCCTTTCTGTGTGAGGTGGTACT
ACTGGTATGGCTTAAGACTCCATTTGGTTTGGTTGAATGATTTCGAGTCTCTTTATTAAA
CTTTGTCTCAAGATTATGTTCTTAGGATATGTTATTATTTCCAATGCAAATCTCATGCTG
TGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR1AG12TF U 56
AF RR1AG12JQ C 1
BS 1 55 RR1AG12JQ
BS 56 212 RR1AG12TF
BS 213 213 RR1AG12JQ
BS 214 607 RR1AG12TF
BS 608 904 RR1AG12JQ

RD RR1AG12TF 552 0 0
GCTGAGTCTCTCAAGGTTGATATTGATGTCGAGTTTGAGCGGTTAACTGATTACTCGTTT
GAAAAAAAGATCATCGACAATCTTCTCAACAACTTTTCAGGTGTTAAAGATATGACCATG
TCATGGAGAACTCTGAAGTTTATTAATAGTTTCTATCGAACGAACCCACTCCCCAAATTT
CATGGCTTGACTCGGTTGCGTGCCACTATGCGCTTAAACGCATCCCCTGAACTATTGCCA
ATCGTTCTCAAAAGCTGCCCCAATCTGAAACACTTGACATTGGAATTGTTTGTTAATTAT
CCAATCAGATGGCGGTCTGAACTCTCCACTGTGCTGCCTCGTTGTTTGGTGTCGTCTCTT
GAATCTGTTGAAATGGAAAGCCCGGTCACGGAGAAAGCTATAGAACTGAAGCTGGCTAGA
TACTTTATGAAGAACTCGACTACACTAAAGAAGCTCGTGCTACATTTGGATGAGTCTACT
GGAGATCAACACAAGCCTGGTGTCTTGGAACAACTCGTAAAATTTTCGAAGCGCTATAGT
TTGTGTCTATTC

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR1AG12JQ 904 0 0
GTATCTGAGTCTCATGGATTTCTACCATTTCCGAAGCTTTGAGATAATCAGTAAGGCTGA
GTCTCTCAAGGTTGATATTGATGTCGAGTTTGAGCTGTTAACTGATTACTCGTTTGAAAA
GAAGATCATCGACAATCTTCTCAACAACTTTTCAGGTGTTAAAGATATGACCATGTCATG
GAGAACTCTGAAGTTTATTAATAGTTTCTATCAGACGAACCCACTCCCCAAATTTCATGG
CTTGACTCGTTTGCGTGCCACTATGCGCTTAAACGCATCCCCTGAACTATTGCCAATCGT
TCTCAAAAGCTGCCCCAATCTGAAACACTTGACATTGGAATTGTTTGTTAATTATCCAAT
CAGATGGCGGTCTGAACTCTCCACTGTGCTGCCTCGTTGTTTGGTGTCGTCTCTTGAATC
TGTTGAAATGGAAAGCCCGGTCACGGAGAAAGCTATAGAACTGAAGCTGGCTAGATACTT
TATGAAGAACTCGACTACACTAAAGAAGCTCGTGCTACATTTGGATGAGTCTACTGGAGA
TCAACACAAGCCTGGTGTCTTGGAACAACTCGTAAAATTTTCGAAGCGCTATAGTTTGTG
TCTATTCGAAGTTCTTCCAGTTGTTCCAGCTCCGAATCCATTGCCTCCTGGGTATGTTTA
TGTAAAATCCAATAGGTTCTAAAGCTAGAGTTGAAGATGGAACTAGTTGGCTAAGCCTTA
TGCTTGATTCCCATGGCTTCCCTTTTTCCCTTTTTTCTCCTTTCTGTGTGAGGTGGTACT
ACTGGTATGGCTTAAGACTCCATTTGGTTTGGTTGAATGATTTCGAGTCTCTTTATTAAA
CTTTGTCTCAAGATTATGTTCTTAGGATATGTTATTATTTCCAATGCAAATCTCATGCTG
TGGT

QA 1 904 1 904
DS 



AS 1 2

CO CL8950Contig1 1113 2 10 U
TTTTTCATAAAATCATCTTACTGAAAATTGAAATTGAAGTTTCCAGATTATCTGACGATG
GCGCTTCGTGCTGCTGCTACTCATCATCAAGGGACTAGCCGTATCGCGGCGACACTACGA
CGCGTCGCTCGGCCATTATCAACAGACGCGGTGGTAGAGTCAGGGGATTACAAGCGTGGG
GAGATCGGCAAGGTCTCCGGAATCCCTGAGGAGCATCTTTCTCGCAAGGTGATAATATAC
TCACCAGCTAGAAGTGCTACACAGCAAGGATCTGGCAAACTCGGCAAATGGAAGATTAAC
TTCGTCTCCACCTTAAAGTATCATTTAATTTCTGTTTTGTTTTTGTAAAAGATTAGTCTG
TGGATTTGCCTACCTACCTATACGTATGTTAATGTTATGTCCTCTTCGTTGTCTTATGAT
AGGTGGGAGAACCCGTTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGGC
GACTCTGCTCTTTCTTTTGATTCTGAGCTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCAGCGTCACGGC
TGGGATTATGTGGTATTATAACCTATACACTATATTCACATTCTTATGTGAGTGTTCTAA
GAAGATATAAATTTATCTTTGACTCATGACAGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGA
AGGTTAGTCGTCTATTCCTTTAGCTAAGAACGCCCACCTGTTTTAGGATTAGTTCTATTA
ACGGTCTACTTGACCGTTAACTCTTGTTCACTGTCTTTATACTACTCATCACGTGAATGT
GTAATATGATGGGGCATGTCGTTTTCTCTCTCTCTTTCATTCTTCGGTTTGAAGTTTTCA
CCTATAACCTTATGATGGTTCTTCTTCTATAACTGCAGCCTAAGTCTTACTCGGACAACT
TCAAGTGGAAAGGCAAACCTCAACCACAGAACTGATCTTCTTCCATTTCTCGAGAAAAAA
AGGAGAAACTTCATTTGATAAATAAAAAGAAACCTCTCATGGTTTCTTTCTTGTTTTAGC
ATTTCTGAGCTTGTTTTTTGAACTATGTATTATACATGTTTGGATTTTTTTTTTGTCTGT
TTCCTTATTTTAACAATAATATGATATGATGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EG30TF U 1
AF RR1EG30JQ C 377
BS 1 706 RR1EG30TF
BS 707 707 RR1EG30JQ
BS 708 757 RR1EG30TF
BS 758 758 RR1EG30JQ
BS 759 776 RR1EG30TF
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BS 785 805 RR1EG30TF
BS 806 1113 RR1EG30JQ

RD RR1EG30TF 809 0 0
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GAGATCGGCAAGGTCTCCGGAATCCCTGAGGAGCATCTTTCTCGCAAGGTGATAATATAC
TCACCAGCTAGAAGTGCTACACAGCAAGGATCTGGCAAACTCGGCAAATGGAAGATTAAC
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TGGATTTGCCTACCTACCTATACGTATGTTAATGTTATGTCCTCTTCGTTGTCTTATGAT
AGGTGGGAGAACCCGTTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGGC
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TGGGATTATGTGGTATTATAACCTATACACTATATTCACATTCTTATGTGAGTGTTCTAA
GAAGATATAAATTTATCTTTGACTCATGACAGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGA
AGGTTAGTCGTCTATTCCTTTAGCTAAGAACGCCCACCTGTTTTAG*ATTAGTTCTATTA
ACGGTCTACTTGACCGTTAACTCTTGTTCACTGTCTT*ATACTACTCATCACGTGA*TGT
GTA*TATGATGGGGCATGTCGTTTT
TCTC

QA 1 805 1 805
DS 

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TTGATTCTGAGCTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCAGCGTCACGGCTGGGATTATGTGGTAT
TATAACCTATACACTATATTCACATTCTTATGTGAGTGTTCTAAGAAGATATAAATTTAT
CTTTGACTCATGACAGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGAAGGTTAGTCGTCTATT
CCTTTAGCTAAGAACGCCCACCTGTTTTAGGATTAGTTCTATTAACGGTCTACTTGACCG
TTAACTCTTGTTCACTGTCTTTATACTACTCATCACGTGAATGTGTAATATGATGGGGCA
TGTCGTTTTCTCTCTCTCTTTCATTCTTCGGTTTGAAGTTTTCACCTATAACCTTATGAT
GGTTCTTCTTCTATAACTGCAGCCTAAGTCTTACTCGGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAA
ACCTCAACCACAGAACTGATCTTCTTCCATTTCTCGAGAAAAAAAGGAGAAACTTCATTT
GATAAATAAAAAGAAACCTCTCATGGTTTCTTTCTTGTTTTAGCATTTCTGAGCTTGTTT
TTTGAACTATGTATTATACATGTTTGGATTTTTTTTTTGTCTGTTTCCTTATTTTAACAA
TAATATGATATGATGGT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

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ATGGAGACCAAAGAACTGTTCGACTGGGTCTTGAAACAGCCCTGTTTCGAGAAAACATCA
ATCATGCTATTCCTCAACAAGTTGGACATATTTGAGAAGAAGGTTCTTGATGTTCTGTTG
AATGTTTGCGAGTGGTTCAGAGATTACCAACCAGTTTCTAGTGGGAAACAAGAGATCGAG
CATGCATACGAGTTTGTGAAGAAGAAATTTGAGGAATTATATTACCAGAACACTGCGCCG
GATCGAGTGGACAGGGTATTTAAGATCTACAGGACCACGGCTTTGGATCAGAAGCTTGTG
AAGAAAACGTTCAAGCTTGTAGATGAGACTCTAAGAAGGAGAAACCTATTGGAAGCTGGT
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TCAAAAAAAAAAACATGTATTTTTAAGAAACTGAATGACCCTAATTGTTCTGTCTGAACT
CTAGAGAAATACATGTTATTCAAAGTTCG


BQ
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AF RR1DS13TF U 1
AF RR1DS13JQ C 32
BS 1 629 RR1DS13TF

RD RR1DS13TF 629 0 0
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TGTGCTGCCATCAGCGAGTACTACCAAACACTATTTGAGGACGAGCAGAAAAACAGGATG
ATGGAGACCAAAGAACTGTTCGACTGGGTCTTGAAACAGCCCTGTTTCGAGAAAACATCA
ATCATGCTATTCCTCAACAAGTTGGACATATTTGAGAAGAAGGTTCTTGATGTTCTGTTG
AATGTTTGCGAGTGGTTCAGAGATTACCAACCAGTTTCTAGTGGGAAACAAGAGATCGAG
CATGCATACGAGTTTGTGAAGAAGAAATTTGAGGAATTATATTACCAGAACACTGCGCCG
GATCGAGTGGACAGGGTATTTAAGATCTACAGGACCACGGCTTTGGATCAGAAGCTTGTG
AAGAAAACGTTCAAGCTTGTAGATGAGACTCTAAGAAGGAGAAACCTATTGGAAGCTGGT
CTTCTATGATTTACTTATTTATCACTATTATACTCAAGTAAATTACCTATTTTGTGTTTT
TCAAAAAAAAAAACATGTATTTTTAAGAAACTGAATGACCCTAATTGTTCTGTCTGAACT
CTAGAGAAATACATGTTATTCAAAGTTCG

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR1DS13JQ 598 0 0
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TATTTGAGGACGAGCAGAAAAACAGGATGATGGAGACCAAAGAACTGTTCGACTGGGTCT
TGAAACAGCCCTGTTTCGAGAAAACATCAATCATGCTATTCCTCAACAAGTTGGACATAT
TTGAGAAGAAGGTTCTTGATGTTCTGTTGAATGTTTGCGAGTGGTTCAGAGATTACCAAC
CAGTTTTTAGTGGGAAACAAGAGATCGAGCATGCATACGAGTTTGTGAAGAAGAAATTTG
AGGAATTATATTACCAGAACACTGCGCCGGATCGAGTGGACAGGGTATTTAAGATTTACA
GGACCACGGCTTTGGATCAGAAGCTTGTGAAGAAAACGTTCAAGCTTGTAGATGAGACTC
TAAGAAGGAGAAACCTATTGGAAGCTGGTCTTTTATGATTTACTTATTTATCACTATTAT
ACTCAAGTAAATTACCTATTTTGTGTTTTTCAAAAAAAAAAACATGTATTTTTAAGAAAC
TGAATGACCCTAATTGTTCTGTCTGAACTCTAGAGAAATACATGTTATTCAAAGTTCG

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL8952Contig1 896 2 4 U
GGAGATCTGATCGGGTGATAAACAAACTTTTCTTTCTTCCCTTCTAAATTTTCTCATTTC
TAAATCTTTCTGTGGAATGGAATCTACATTCCAATTTTTTCTTTTAAAGATTGTTAATAA
TTTTCAAACTGTGAATAAGAATCGCTAACAGAAAAATAAAATATAAAAAACTTTTCTTTT
TTTTTTTTTAATTAAGGAGAAAAGAAACAAAGATGGATTGTTTGTGTCTGAATACAAGCT
TACACGGCGTAATTCCAGCGATCAAAGCGGTTGGAAGCGGTTGTAGCGGAGTTGTTGAAG
TGAGGGCAAACGCAGCGGCGCCATCGCGAAAAAGAGGATCTTTCGGGTTCTCTTTCAAGC
TCCCATTGACGCCGTTTTGGTCTCGCGGTGGTGGAATCGCGTCGAGGAGGAGACGAAGTA
GCGGCTTGGCTTTAGACGACGTCGTTCTCGTGGATTCCGGCGATTCTAGAACGCCAATCG
CGGAGGAGGAGACAGAGAGGCGGAATGGGAGCTGGGTTTTGAAGATATTGGATGTGCAGT
CTTTGTGGAGAGACGGAGAGGTAATAGAAGAAGAAGATGATGAAGAGGAAGAAGATGAGG
AGGAGGAACCAAACGACGACGTATTATCACCCGAAGATGATGAAGATGGATGCGATGTAT
CTTCGATTTTGGAAGATGACAAATTTAAGCTGGACAGAGACTCCTTCTCTAAATTGCTGA
AGAGGGTTTCGTTGCCCGAATCAAAACTCTATGCCCAAATGTCTTACTTGGGAAACTTGG
CTTATTCCATTTCCAAAATAAAGCCTGCGAATCTCTCAAAGTATTACGGTCTTAGGTTCG
TTACTTCATCAGCTGAGAAAACAGAATTAGCTTTAAAGGACGAAGTTTCAGATGAG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1EZ47TF U 1
AF RR1DF83TF U 591
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BS 633 659 RR1EZ47TF
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TTTTCAAACTGTGAATAAGAATCGCTAACAGAAAAATAAAATATAAAAAACTTTTCTTTT
TTTTTTTTTAATTAAGGAGAAAAGAAACAAAGATGGATTGTTTGTGTCTGAATACAAGCT
TACACGGCGTAATTCCAGCGATCAAAGCGGTTGGAAGCGGTTGTAGCGGAGTTGTTGAAG
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TCCCATTGACGCCGTTTTGGTCTCGCGGTGGTGGAATCGCGTCGAGGAGGAGACGAAGTA
GCGGCTTGGCTTTAGACGACGTCGTTCTCGTGGATTCCGGCGATTCTAGAACGCCAATCG
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AGGAGGAACCAAACGACGACGTATTATCACCTGAAGATGATGAAGATGGATGCGATGTA

QA 1 659 1 659
DS 

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TGCGATGTATCTTCGATTTTGGAAGATGACAAATTTAAGCTGGACAGAGACTCCTTCTCT
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GGAAACTTGGCTTATTCCATTTCCAAAATAAAGCCTGCGAATCTCTCAAAGTATTACGGT
CTTAGGTTCGTTACTTCATCAGCTGAGAAAACAGAATTAGCTTTAAAGGACGAAGTTTCA
GATGAG

QA 1 306 1 306
DS 



AS 1 2

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ACATACAATCACTTAATTACCTTAGTCGTAAGTTGTAACATGCAAAGTTTTTTCATAAAT
AGTAGTACTTAAAATATTTGTTAATGTCTAACTCGTAATAGAGGTGAAGTGAAAAATAGC
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TCAGGTTCAACAGAATCAGAAGCTGATTTAAGGGCACTTTCTCTGAATGTATGAAGCGCC
ATGTTCCTCGTACTCAGATTTGGAGAACCACATCTGTTGGAATGAGCCCAGTGATGCCAA
TATACTCCCTCCTATCCATACACTGAATCTTCTTTCTGTTGTGTTACCGCTCGCCAACAC
TTTAACTCGAGCCGAGTGAGGAGATTCTTCAATCAAGTCCTTCTCGAGACGTTCTTTCAA
TTGTTGCATTGATGACGTGCCACCAGCAAGCAGTATGCTACTATACAACTCTCTCCGGAT
ATCCACATCACATTTGTTGATGCTCTCCATGACCATGTGTGGCAGCCCACGAACAGAGGG
AATCATGTCTCCGTACTTCTCCATTCCAGGAATTGTCTGAACTATGGACGGGTTGAACAT
CACATCAGGAATTTTGAACCTATCAGCACCGA


BQ
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AF RR1GI87JQ U 1
AF RR1CJ74JQ U 4
BS 1 604 RR1GI87JQ
BS 605 632 RR1CJ74JQ

RD RR1GI87JQ 604 0 0
ACATACAATCACTTAATTACCTTAGTCGTAAGTTGTAACATGCAAAGTTTTTTCATAAAT
AGTAGTACTTAAAATATTTGTTAATGTCTAACTCGTAATAGAGGTGAAGTGAAAAATAGC
AAGAACAACAACGATAAACGACGAAAGTAACACACTAGCATAGTTTTAAGTTTTGTCTCC
TCAGGTTCAACAGAATCAGAAGCTGATTTAAGGGCACTTTCTCTGAATGTATGAAGCGCC
ATGTTCCTCGTACTCAGATTTGGAGAACCACATCTGTTGGAATGAGCCCAGTGATGCCAA
TATACTCCCTCCTATCCATACACTGAATCTTCTTTCTGTTGTGTTACCGCTCGCCAACAC
TTTAACTCGAGCCGAGTGAGGAGATTCTTCAATCAAGTCCTTCTCGAGACGTTCTTTCAA
TTGTTGCATTGATGACGTGCCACCAGCAAGCAGTATGCTACTATACAACTCTCTCCGGAT
ATCCACATCACATTTGTTGATGCTCTCCATGACCATGTGTGGCAGCCCACGAACAGAGGG
AATCATGTCTCCGTACTTCTCCATTCCAGGAATTGTCTGAACTATGGACGGGTTGAACAT
CACA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1CJ74JQ 629 0 0
TACAATCACTTAATTACCTTAGTTGTAGGTTGTAACATGCAAAGTTTTTTCATAAATAGT
AGTACTTAAAATATTTGTTAATGTCTAACTCGTAATAGAGGTGAAGTGAAAAATAGCAAG
AACAACAACGATAAACGATGAAAGTAACACACTAGCATAGTTTTAAGTTTTGTCTCCTCA
GGTTCAACAGAATCAGAAGCTGATTTAAGGGCACTTTCTCTGAATGTATGAAGCGCCATG
TTCCTCGTACTCAGATTTGGAGAACCACATCTGTTGGAATGAGCCCAGTGATGCCAATAT
ACTCCCTCCTATCCATACACTGAATCTTCTTTCTGTTGTGTTACCGCTCGCCAACACTTT
AACTCGAGCCGAGTGAGGAGATTCTTCAATCAAGTCCTTCTCGAGACGTTCTTTCAATTG
TTGCATTGATGATGTGCCACCAGCAAGCAGTATGCTACTATACAACTCTCTCCGGATATC
CACATCACATTTGTTGATGCTCTCCATGACCATGTGTGGCAGCCCACGAACAGAGGGAAT
CATGTCTCCGTACTTCTCCATTCCAGGAATTGTCTGAACTATGGACGGGTTGAACATCAC
ATCAGGAATTTTGAACCTATCAGCACCGA

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

CO CL8954Contig1 807 2 6 U
AATCTTCTAAATATCTCTTCAAACCAAAACTAAAATATCTTTCTAAGATAATTTTATGAT
CCCAAGACAATCCCCAACTTTCTGAAAATGTACATTTTAAAAGTACAACAAATAGAGTTA
CACAACAGAACAGCTTCGAAGTCTCTCTCTTTTCTTGTCGGTATGAAATCTAACCAATAC
GGTATATAACAGATTATTTTATGCAAGTTTCTTTTTATTTTGAAATTTTTATTGTATCAA
AGCAATGAATCGAGATAAGAGTAGTCTCTGATTCGACCATACTCCAAGAGACTTCCATAA
GTCCGGTCCCAAACACCGATGAAGAGAGATTCAGTGTCTGGGCTAAACGAGATCCCAGAA
ATCTCTCCAAAGAAATCAATCTCTTGCTCCTTTTTGTAACCTGTTTTTGTATCGTACACG
TGGACAAAATCTGCTGGCTCTGCCATCGCAATGTACCGTCCGTCTGATGTGAATCTAATT
GACCGGATCGCTCCAAGGTTACCTCTCAGTACAGCGACTGACTCCGAGGTTTTCCTTGTG
TCCCAAATGCGACAGGTCTTGTATTGGTTTCCTGTGGCAAATGTGACACCGTTGGGATGC
CAAGCCGATGCAAATGAATAATCCAAGTGACCTTTAGCGTCCCGATCGTCTGTCCGTTGC
TTGAGTCTACCAATAGACCATTCGGGTCATCTCCAACGACTGCTACTAGTTTTCCATCAG
GACTTAAGGAGCTATGGTTGACGGGCCAAAGATAACGGAAGAGTTGGACAAGCTGATACC
TCTCCATGTCAAAGTCCCTGACTCCAC


BQ
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AF RR1EM60JQ U 1
AF RR1AD18JQ U 84
BS 1 270 RR1EM60JQ
BS 271 271 RR1AD18JQ
BS 272 562 RR1EM60JQ
BS 563 563 RR1AD18JQ
BS 564 634 RR1EM60JQ
BS 635 807 RR1AD18JQ

RD RR1EM60JQ 634 0 0
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CCCAAGACAATCCCCAACTTTCTGAAAATGTACATTTTAAAAGTACAACAAATAGAGTTA
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GGTATATAACAGATTATTTTATGCAAGTTTCTTTTTATTTTGAAATTTTTATTGTATCAA
AGCAATGAATCGAGATAAGAGTAGTCTCTGGTTCGACCATACTCCAAGAGACTTCCATAA
GTCCGGTCCCAAACACCGATGAAGAGAGATTCAGTGTCTGGGCTAAACGAGATCCCAGAA
ATCTCTCCAAAGAAATCAATCTCTTGCTCCTTTTTGTAACCTGTTTTTGTATCGTACACG
TGGACAAAATCTGCTGGCTCTGCCATCGCAATGTACCGTCCGTCTGATGTGAATCTAATT
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TCCCAAATGCGACAGGTCTTGTCTTGGTTTCCTGTGGCAAATGTGACACCGTTGGGATGC
CAAGCCGATGCAAATGAATAATCCAAGTGACCTT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR1AD18JQ 724 0 0
GG
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TCTCTTTTCTTGTCGGTATGAAATCTAACCAATACGGTATATAACAGATTATTTTATGCA
AGTTTCTTTTTATTTTGAAATTTTTATTGTATCAAAGCAATGAATCGAGATAAGAGTAGT
CTCTGATTCGACCATACTCCAAGAGACTTCCATAAGTCCGGTCCCAAACACCGATGAAGA
GAGATTCAGTGTCTGGGCTAAACGAGATCCCAGAAATCTCTCCAAAGAAATCAATCTCTT
GCTCCTTTTTGTAACCTGTTTTTGTATCGTACACGTGGACAAAATCTGCTGGCTCTGCCA
TCGCAATGTACCGTCCGTCTGATGTGAATCTAATTGACCGGATCGCTCCAAGGTTACCTC
TCAGTACAGCGACTGACTCCGAGGTTTTCCTTGTGTCCCAAATGCGACAGGTCTTGTATT
GGTTTCCTGTGGCAAATGTGACACCGTTGGGATGCCAAGCCGATGCAAATGAATAATCCA
AGTGACCTTTAGCGTCCCGATCGTCTGTCCGTTGCTTGAGTCTACCAATAGACCATTCGG
GTCATCTCCAACGACTGCTACTAGTTTTCCATCAGGACTTAAGGAGCTATGGTTGACGGG
CCAAAGATAACGGAAGAGTTGGACAAGCTGATACCTCTCCATGTCAAAGTCCCTGACTCC
AC

QA 3 724 3 724
DS 



AS 1 2

CO CL8955Contig1 690 2 2 U
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GGCCAGAGTGTTTGTTAACCCTTATAAGTGTAAAATAAATTGCAGATAATGATCAATAGC
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1BG74TF U 1
AF RR1BG74JQ C 1
BS 1 584 RR1BG74TF
BS 585 690 RR1BG74JQ

RD RR1BG74TF 584 0 0
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CTGTTTTTGTTCTCTCTCTCTCTATCTATGAACTATGGAAAACATAAGTGAGCTGGTCGC
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QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1BG74JQ 690 0 0
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CTGTTTTTGTTCTCTCTCTCTCTATCTATGAACTATGGAAAACATAAGTGAGCTGGTCGC
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CTCGGGGAAAGCAAGATCATATGTTTGTATCTCGGATGTTAAATGCCTTGAAGATCTCAA
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GAAGAATAGGCAATCATCTTCCTCTTCGTTTTCTGCAGCAGTTAACAGCAACGTTAATTA
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TGCTTAGTTTTTCGTTTTGCTCTTTTTCAAAACAGTTTCTTAATTTACCACACCTTTCAC
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TTCACATGCTATTGTTATGTTTGCCTAGATTTGTTCCGTTTCATGCAGGTATGTTGTTTA
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QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL8956Contig1 584 2 1 U
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BQ
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AF RR1CP45JQ C 1
AF RR1CP45TF U 1
BS 1 584 RR1CP45TF

RD RR1CP45JQ 584 0 0
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QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1CP45TF 584 0 0
GGACATATAACAACCCCCTCTCAACCTCACTTCTCCAGCAAGTTTTCTACATCCACAAAA
CACTCATATTCAGATATGGATCTCGAGCCATTACAAGATCTGTCCAAATTCAACTTCCCA
GCAACCATCAAGATCCCAACCAAAACCTCAAAAAACAACAACGAGGACGATGACGACGAA
GAAGGCTTTAGCTGCAGCACACCCACATCTCAAGAACACAAGATTCCTCCCGTCCTAGAT
TCTCCACCTCCCCCTCCACGGAAACCTCGTTCACAGCCGTCAAAACCGGCGGCTACGGCG
GCTCTGATGATCAGATCGTGTAAGAGGAAGCTCTTGGTTTCGACTTGTGAGGTTATCATG
AATAGGGAAGAGATTGACCGTTTCTTCACATCCGTTTATAGTGACACGTCGACCACAGCG
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ATTTTTACAGTTTTACTGGAAATATTGTGAACTCATATATAAATTAAAAGATTATTATAA
GTTTTATTTTTATTTTATTATAAAATGGATGGATAATTTTCTGC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL8957Contig1 906 2 4 U
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TTAAATGTATTAAGTCTCAAACAAAGTTACACTGAAAGAACTATATCATATTATTACTTT
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TGTTCAGAATCCATCCCCTTCCTCGCTTTTTCGTTATCTCAGAAACCGTTGACAGCAAGA
AACTACTCATAAAATTCCCAACGGCTAAACTCGTTGTCGAATAAGATGTTCCTAGACTTT
TCATGCTCTCAGGAGCTTGGTCGTAGAAAAACTCGAGCTTTGCAACCTCTAAGAAGGAAT
CAGCCATACCCATTAGCACAAACTGAGGAAGCAAAGCAAAGATAGTCAAGGGTAGCTCTA
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TTCTCA


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR1H969JQ U 1
AF RR1C064JQ U 48
BS 1 323 RR1H969JQ
BS 324 324 RR1C064JQ
BS 325 637 RR1H969JQ
BS 638 906 RR1C064JQ

RD RR1H969JQ 637 0 0
GCCAAACCTTTTACTCATTTGTGAACTGTATATATAAAACTTTTAATACAAATGAAAAAA
TTAAATGTATTAAGTCTCAAACAAAGTTACACTGAAAGAACTATATCATATTATTACTTT
TAGACTACTCATTCTCTTTGACATCATTTACCTTCATTTCCACCTCTTTCATATCCACTG
AATCAGTAACCTCAGCTCTATAAACATAAAACCTAACCACGACCAAGAACAAGACGAAGT
TAACCAAATTTAGAGCCGCAAAGAACAAGTAATAATAATCCAACCTAGACTCATTAAGAT
TGTTCAGAATCCATCCCCTTCCTTGCTTTTTCGTTATCTCAGAAACCGTTGACAGCAAGA
AACTACTCATAAAATTCCCAACGGCTAAACTCGTTGTCGAATAAGATGTTCCTAGACTTT
TCATGCTCTCAGGAGCTTGGTCGTAGAAAAACTCGAGCTTTGCAACCTCTAAGAAGGAAT
CAGCCATACCCATTAGCACAAACTGAGGAAGCAAAGCAAAGATAGTCAAGGGTAGCTCTA
CTTTAGTTTGGTGTGTGAGTCCATGTTGAGCAGCGATATTGAGTCTATACCTCTCAGTGA
CAGATGCTATGATCATGATGAGGATGTGGAAGATAAG

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR1C064JQ 859 0 0
AT
AAATGAAAAAATTAAATGTATTAAGTCTCAAACAAAGTTACACTGAAAGAACTATATCAT
ATTATTACTTTTAGACTACTCATTCTCTTTGACATCATTTACCTTCATTTCCACCTCTTT
CATATCCACTGAATCAGTAACCTCAGCTCTATAAACATAAAACCTAACCACGACCAAGAA
CAAGACGAAGTTAACCAAATTTAGAGCCGCAAAGAACAAGTAATAATAATCCAACCTAGA
CTCATTAAGATTGTTCAGAATCCATCCCCTTCCTCGCTTTTTCGTTATCTCAGAAACCGT
TGACAGCAAGAAACTACTCATAAAATTCCCAACGGCTAAACTCGTTGTCGAATAAGATGT
TCCTAGACTTTTCATGCTCTCAGGAGCTTGGTCGTAGAAAAACTCGAGCTTTGCAACCTC
TAAGAAGGAATCAGCCATACCCATTAGCACAAACTGAGGAAGCAAAGCAAAGATAGTCAA
GGGTAGCTCTACTTTAGTTTGGTGTGTGAGTCCATGTTGAGCAGCGATATTGAGTCTATA
CCTCTCAGTGACAGATGCTATGATCATGATGAGGATGTGGAAGATAAGACCAATTCCCAT
TCGTTGAAGCAGAGTAACGCCTCTTGGATTTCCAGTGAATTTTCGAGTTAACTTGACAAA
GACCCGATCGTATATGACTATAGAGATGAGCATAGAGAGCGTGACGAAGCCGCTTAGACT
CGCTGGTGGGATGCTGAAATTTCCAGTGACCTTACGTCTAAGTGGTTCCTTGTTGACAAA
AAAGTGTTGATTTGGGCGATCATCATGCTTGGGACAAAGTATGAACACACAGTACATCTC
AACATTGTTTGTTCTCA

QA 3 859 3 859
DS 



AS 1 2

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GCAGCCTTCCATTGTCCGTCTCGTCAGGCCTACTCATCCCGACAAGGCTCGTCGTCTCGG
CTACAAGGCCAAGCAGGGGTTTGTTGTCTACCGTGTTCGTGTGAGACGTGGAGGTCGCAA
GAGGCCAGTTCCCAAGGGTATTGTGTATGGTAAACCCACTAACCAGGGAGTGACACAGCT
CAAATTCCAGCGCAGTAAGAGATCTGTTGCTGAGGAACGTGCTGGCCGCAAACTTGGAGG
CCTCAGGGTCGTTAACTCCTACTGGCTCAATGAGGACTCTACCTACAAATATTACGAGAT
CATACTTGTGGACCCGACACACAATGCCGTCCGGAATGACCCAAGGATCAACTGGATCTG
CAACCCAGTGCACAAGCACAGAGAACTCAGAGGGCTCACCTCAGAGGGAAAGAAGAATCG
TGGACTTCGTGGAAAGGGTCACAACAACCACAAGAACAGACCTTCTCGCAGGGCTACCTG
GAAGAAGAACAATTCCCTCTCTCTCCGTCGTTACCGGTGATCTGCTTTTCGCGTTTTGTT
TTTTTCTTGTCGAGTGGTGTATCTTCTGTGTGGATTTGTGTCAGAATTTTATTTGTATGG
AAGAATATTTTACATTCAAGAGTTTGTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1D235TF U 5
AF RR1FS93TF U 1
BS 1 357 RR1FS93TF
BS 358 358 RR1D235TF
BS 359 408 RR1FS93TF
BS 409 409 RR1D235TF
BS 410 435 RR1FS93TF
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BS 519 519 RR1D235TF
BS 520 543 RR1FS93TF
BS 544 544 RR1D235TF
BS 545 651 RR1FS93TF
BS 652 652 RR1D235TF
BS 653 751 RR1FS93TF

RD RR1D235TF 654 0 0
GG
GCGACGCCGGAGATCAGCGATGGGGGCGTACAAGTATGTGTCTGAGCTATGGAGGAAGAA
GCAGTCCGATGTCATGAGGTTTGTTCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAGCC
TTCCATTGTCCGTCTCGTCAGGCCTACTCGTCCCGACAAGGCTCGTCGTCTCGGCTACAA
GGCCAAGCAGGGGTTTGTTGTCTACCGTGTTCGTGTGAGGCGTGGAGGTCGCAAGAGGCC
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GAACAATTCCCTCTCTCTCCGTCGTTACCGGTGATCTGCTTTTCGCGTTTTG

QA 3 654 3 654
DS 

RD RR1FS93TF 751 0 0
GGGACAGCGACGCCGGAGATCAGCAATGGGGGCATACAAGTATGTGTCTGAGCTATGGAG
GAAGAAGCAGTCCGATGTCATGAGGTTTGTTCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTATCGCCA
GCAGCCTTCCATTGTCCGTCTCGTCAGGCCTACTCATCCCGACAAGGCTCGTCGTCTCGG
CTACAAGGCCAAGCAGGGGTTTGTTGTCTACCGTGTTCGTGTGAGACGTGGAGGTCGCAA
GAGGCCAGTTCCCAAGGGTATTGTGTATGGTAAACCCACTAACCAGGGAGTGACACAGCT
CAAATTCCAGCGCAGTAAGAGATCTGTTGCTGAGGAACGTGCTGGCCGCAAACTTGGTGG
CCTCAGGGTCGTTAACTCCTACTGGCTCAATGAGGACTCTACCTACAAGTATTACGAGAT
CATACTTGTGGACCCTACACACAATGCCGTCCGGAATGACCCAAGGATCAACTGGATCTG
CAACCCAGTGCACAAGCACAGAGGACTCAGAGGGCTCATCTCAGAGGGAAAGAAGAATCG
TGGTCTTCGTGGAAAGGGTCACAACAACCACAAGAACAGACCTTCTCGCAGGGCTACCTG
GAAGAAGAACAATTCCCTCTCTCTCCGTCGTTACCGGTGATCTGCTTTTCGTGTTTTGTT
TTTTTCTTGTCGAGTGGTGTATCTTCTGTGTGGATTTGTGTCAGAATTTTATTTGTATGG
AAGAATATTTTACATTCAAGAGTTTGTTTTC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL8959Contig1 683 2 1 U
GGGAATCTAATTGGATGAGTCTTTAAAGGGCAAATGGAAAGGCATTATATGGGAATCGGT
GGTCTTTCTATATACACTTTTTAACTTTATTATTATCTTACCAAACCTAATATCAGTCTT
CTTCTCCGACGTTGTCTCTACAATTCTCTCATAACCTGGACATATCCTTTGACAAGATCT
CGCGATGGCATTCAACAGGGATCTTAATCTCAATAAACCGATGGTTGAAGAATATAGTCA
CAAAGACCTGCAAGAGGCTTTCAACAATGGAACGATTGCCACTAGGGAGCACTACCGAGG
CCTGCTCTTTGTTTATCAGAACCGATTGGAAGCCATCACAGCAAGGGATGATGAAGAGCG
TGAAGTGTATCACATTCTAGGTAAATTAGAGTTACTCAAGGAACTCTTCAATATGGCGGC
TATGACGAAGGAGAAGAAGTTACTTGAGACCGAACTTGTTCTCGCAAAGGAGAAGATGGA
TAGGATTAAGATTCCTGACGTTGATTGGATCAGATTGGGTGAGCCACAAATGTCTGATAA
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TGGAACCAAACTTATTGTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1G512TF U 1
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RD RR1G512TF 683 0 0
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TGAAGTGTATCACATTCTAGGTAAATTAGAGTTACTCAAGGAACTCTTCAATATGGCGGC
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TTTGAAATCATCTTATTTTCTGGAACCAAACTTATTGTTCTTT

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

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TTTCATTTTTTCCTC


BQ
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AF RR1GR73TF U 1
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DS 

RD RR1GR73TF 555 0 0
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CACTGAAAGGCCCGAGTGTGGTGAAGGAGTTAGTTATCGGTTTGGCACTCGGTTTAGCTG
CGGGTGGTCTCTGGAAGATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATG
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CGGATTTTTGGGGATTTGTTAAACATAATATTGTTTTCCGGAAGATGCATGTATGCTACT
ACTGTACTCCATTGTTCAATTTCAGACGGCTTTCTTGACTTTACCTAAATAAACAGGTGC
TTTCATTTTTTCCTC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

CO CL8961Contig1 665 2 2 U
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TAACAACTTTGGCTCCCTTCTCTTTTGCACCATAAGCAAGTGCTTTACCTGCTCCACCAG
CACCAATAACCACCACTGTTTTACCAGCCAACGGCGAAGAAGAAGAAGAAGGTACACTCC
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TGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 

AF RR1FL53TF C 1
AF RR1FL53JQ U 83
BS 1 82 RR1FL53TF
BS 83 665 RR1FL53JQ

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ACGCTCTTCCTCCAATTGCTTCTGCGAGTTCTACTGCTCGTTCGTAAGTTCTATTAGCAA
TAACAACTTTGGCTCCCTTCTCTTTTGCACCATAAGCAAGTGCTTTACCTGCTCCACCAG
CACCAATAACCACCACTGTTTTACCAGCCAACGGCGAAGAAGAAGAAGAAGGTACACTCC
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QA 1 665 1 665
DS 

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TCTTGGAGTATAAACCGCATCAAACACTAGTGCGTAGTGCTTCAATGCATCTTTGGAAAT
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ATCTTCTGGGTGGAAGTTATCTAAATCCTTGAGAGATAACGCTCTTCCTCCAATTGCTTC
TGCGAGTTCTACTGCTCGTTCGTAAGTTCTATTAGCAATAACAACTTTGGCTCCCTTCTC
TTTTGCACCATAAGCAAGTGCTTTACCTGCTCCACCAGCACCAATAACCACCACTGTTTT
ACCAGCCAACGGCGAAGAAGAAGAAGAAGGTACACTCCTAGGGTCAATTGACCTTCTAAG
CCCATCCTCAATAGCAGAAATGGAACCAATACAATCCGTGTTC

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL8962Contig1 584 2 1 U
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ATAGCTGCTGTCTCGAACTGGGTCTCTAATCTCATTGTGAGTGAGAGCTTTCTCTCCCTC
ACACATGCTCTTGGCTCCTCTGGGACTTTCCTTCTCTTTGCCGGTTTCTCTACGGTTGGT
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GTTGATACAGCTTAAGATGAAGTTTGTATTTCTCTATTTTTCTTATTATTGTTTCAACCA
ATTCCAGTTTCTAGATTATATGAAACTGAAAGAGTATCAAGAAC


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QA 1 584 1 584
DS 



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QA 1 458 1 458
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QA 1 243 1 243
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AS 1 2

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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AS52TF U 1
AF RR1AS52JQ C 3
BS 1 811 RR1AS52TF
BS 812 812 RR1AS52JQ
BS 813 820 RR1AS52TF
BS 821 821 RR1AS52JQ
BS 822 838 RR1AS52TF
BS 839 878 RR1AS52JQ

RD RR1AS52TF 838 0 0
ATCATCTCTCACAATCTCTTTTCTCGACGAGACTTTCGGGATCAAGCATGGATGAAGAGT
ACGAGGTTATCGTTCTCGGCACCGGTCTCAAGGAGTGTATCCTCAGCGGTCTCCTCTCCG
TCGATGGTGTCAAGGTGCTTCACATGGACAGGAATGATGCCTAAGTTTATGATGGGAAAT
GGCAAGCTTGTTCGTACCCTTATTCACACAGACGTTACAAAGTACTTGTCCTTTAAAGCC
GTTGATGGAAGCTATGTCTTCGTTAAAGGCAAGGTTCAGAAGGTGCCTGTGACTCCTATG
GAGGCCCTGAAGTCTCCTCTCATGGGTATTTTTGAGAAACGTCGAGCTGGAAAGTTCTTC
AGTTATGTTCAGGATTACGACGAGAAGGACCCCAGAAGCAGCTTGCCCGAAAATCTGACA
TGTATGTCTTCTGCTGTTCCTACTCCCACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAGTTCATTGCAT
TTGTGTCCACAGATGCAGAGACTGATAACCCTCAAACTGAGCTAAAGGCTGGAATTGATC
TTTTGGGTCCCGTTGATGAGATATTCTTCGACGTGTATGATGCTACAACCCACTTCGAGA
CAACCGTTGCTGATGTGTTGAACATGTATACTCTAATCACTGGAAAGCAACTGGACCTAA
GTGTTGATCTGAGTGCAGCAAGTACTGAAGAGGAATGAGGGAACCGGTGGTTCGCTCTCT
CTAGTTGTTGTTTCGACTCTTGCTTTTGTGTTTTTCTTTTTCTTTTTTGGGTTTGAAAGA
CCAGTGCTCATGTTAGTTCCCTTAATGTTGA*TTCGTTTA*GACTTCTTCTTTGTCAT

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR1AS52JQ 876 0 0
CATCTCTCACAATCTCTTT*CTCGACGAGACTTTCGGGATCAAGCATGGATGAAGAGTAC
GAGGTTATCGTTCTCGGCACCGGTCTCAAGGAGTGTATC*TCAGCGGTCTCCTCTCCGTC
GATGGTGTCAAGGTGCTTCACATGGACAGGAATGATGCCTAAGTTTATGATGGGAAATGG
CAAGCTTGTTCGTACCCTTATTCACACAGACGTTACAAAGTACTTGTCCTTTAAAGCCGT
TGATGGAAGCTATGTCTTCGTTAAAGGCAAGGTTCAGAAGGTGCCTGTGACTCCTATGGA
GGCCCTGAAGTCTCCTCTCATGGGTATTTTTGAGAAACGTCGAGCTGGAAAGTTCTTCAG
TTATGTTCAGGATTACGACGAGAAGGACCCCAGAAGCAGCTTGCCCGAAAATCTGACATG
TATGTCTTCTGCTGTTCCTACTCCCACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAGTTCATTGCATTT
GTGTCCACAGATGCAGAGACTGATAACCCTCAAACTGAGCTAAAGGCTGGAATTGATCTT
TTGGGTCCCGTTGATGAGATATTCTTCGACGTGTATGATGCTACAACCCACTTCGAGACA
ACCGTTGCTGATGTGTTGAACATGTATACTCTAATCACTGGAAAGCAACTGGACCTAAGT
GTTGATCTGAGTGCAGCAAGTACTGAAGAGGAATGAGGGAACCGGTGGTTCGCTCTCTCT
AGTTGTTGTTTCGACTCTTGCTTTTGTGTTTTTCTTTTTCTTTTTTGGGTTTGAAAGACC
AGTGCTCATGTTAGTTCCCTTAATGTTGAATTCGTTTAAGACTTCTTCTTTGTCATTACT
TTGTGTTCACTTATTACTCTCGTTATTGTTTTTCAG

QA 1 876 1 876
DS 



AS 1 2

CO CL8966Contig1 721 2 12 U
GGGCACCTCATTTCTCTCAGAGCTCTATCCTCCTCTCGTTCCGACTCCAAAAGGTAAGAA
CACTGTGATCCAAGTCACAAAGCAAAGGAAGTGTCTTGGTGGTGGGTTATCTGCAAAAAA
AAAGAAGAAGATATGCCTGGGATTCGCGGACCGTCGGAATACTCACAGGAACCATGTCGT
GACCCTTGTCTCAAAGTCAACGCAAAGGAGCCCTTCAATGCTGAGCCACCTCGCTCCGCC
TTAGTTTCATCTTATGTCACTCCCGTCCATCTCTTCTACAAGCGCAATCATGGCCCCATT
CCCATTGTTGATCACATCGATAGCTACTCTGTATCCGTCACCGGATTGATCGATAACCCG
ACAGAGCTGTTCATCAAAGATATCAAGTCCCTGCCCAAGTACAATGTCACTGCTACTCTA
CAGTGTGCTGGTAACAGAAGAACTGCTATGAGCAAAGTCAGGAATGTTAGAGGGGTTGGA
TGGGATGTTTCTGCCCTCGGCAACGCTGTCTGGGGCGGAGCCAAACTGGCTGATGTTCTT
GAGCTTTTGGGGATCCCAAAGCTCACTAGCTCCACTGTTTTAGGTGGCAGACATGTTGAG
TTTGTCAGTGTTGATCGCTGCAAGGAGGAGAATGGTGGGCCTTATAGGGCGTCAATCCCT
CCTAGCCAAGCCACAAATCCTGACGCCGACGTTCTCCTCGCTTATGAGATGAATGGAGAG
A


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1DC48TF U 1
AF RR1G676TF U 3
BS 1 122 RR1DC48TF
BS 123 123 RR1G676TF
BS 124 145 RR1DC48TF
BS 146 146 RR1G676TF
BS 147 220 RR1DC48TF
BS 221 221 RR1G676TF
BS 222 326 RR1DC48TF
BS 327 327 RR1G676TF
BS 328 569 RR1DC48TF
BS 570 570 RR1G676TF
BS 571 609 RR1DC48TF
BS 610 721 RR1G676TF

RD RR1DC48TF 609 0 0
GGGCACCTCATTTCTCTCAGAGCTCTATCCTCCTCTCGTTCCGACTCCAAAAGGTAAGAA
CACTGTGATCCAAGTCACAAAGCAAAGGAAGTGTCTTGGTGGTGGGTTATCTGCAAAAAA
AA*GAAGAAGATATGCCTGGGATTCTCGGACCGTCGGAATACTCACAGGAACCATGTCGT
GACCCTTGTCTCAAAGTCAACGCAAAGGAGCCCTTCAATGTTGAGCCACCTCGCTCCGCC
TTAGTTTCATCTTATGTCACTCCCGTCCATCTCTTCTACAAGCGCAATCATGGCCCCATT
CCCATTGTTGATCACATCGATAGCTATTCTGTATCCGTCACCGGATTGATCGATAACCCG
ACAGAGCTGTTCATCAAAGATATCAAGTCCCTGCCCAAGTACAATGTCACTGCTACTCTA
CAGTGTGCTGGTAACAGAAGAACTGCTATGAGCAAAGTCAGGAATGTTAGAGGGGTTGGA
TGGGATGTTTCTGCCCTCGGCAACGCTGTCTGGGGCGGAGCCAAACTGGCTGATGTTCTT
GAGCTTTTGGGGATCCCAAAGCTCACTAGTTCCACTGTTTTAGGTGGCAGACATGTTGAG
TTTGTCAGT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1G676TF 719 0 0
GG
ACCTCATTTCTCTCAGAGCTCTATCCTCCTCTCGTTCCGACTCCAAAAGGTAAGAACACT
GTGATCCAAGTCACAAAGCAAAGGAAGTGTCTTGGTGGTGGGTTATCTGCAAAAAAAAAG
AAGAAGATATGCCTGGGATTCGCGGACCGTCGGAATACTCACAGGAACCATGTCGTGACC
CTTGTCTCAAAGTCAACGCAAAGGAGCCCTTCAATGCTGAGCCACCTCGCTCCGCCTTAG
TTTCATCTTATGTCACTCCCGTCCATCTCTTCTACAAGCGCAATCATGGCCCCATTCCCA
TTGTTGATCACATCGATAGCTACTCTGTATCCGTCACCGGATTGATCGATAACCCGACAG
AGCTGTTCATCAAAGATATCAAGTCCCTGCCCAAGTACAATGTCACTGCTACTCTACAGT
GTGCTGGTAACAGAAGAACTGCTATGAGCAAAGTCAGGAATGTTAGAGGGGTTGGATGGG
ATGTTTCTGCCCTCGGCAACGCTGTCTGGGGCGGAGCCAAACTGGCTGATGTTCTTGAGC
TTTTGGGGATCCCAAAGCTCACTAGCTCCACTGTTTTAGGTGGCAGACATGTTGAGTTTG
TCAGTGTTGATCGCTGCAAGGAGGAGAATGGTGGGCCTTATAGGGCGTCAATCCCTCCTA
GCCAAGCCACAAATCCTGACGCCGACGTTCTCCTCGCTTATGAGATGAATGGAGAGA

QA 3 719 3 719
DS 



AS 1 2

CO CL8967Contig1 584 2 1 U
GATTCGAAGCATTACTCTCTTCGCGTGTGAGTCTGTGACGATAAACATGGGAGCTCTCGA
GTTTCTCTCCGACTATTTCTCCAATAATTTCGATGTTTCTATAAGAAAACGGAAGAAGCA
TAAAGTCATGCAGACAGTGAATATAAAGGTGAAGATAGACTGTGACGGATGCGAACGCAA
AATCAAGAACGCTGTTTCCTTCATGAAAGGGGCAAAATCGGTGGAAGTGAATAGAAAGAT
GCACAAAGTGACGGTGAGTGGCTACGTGCATCCCAAGAAAGTATTGAAGAGAGTGCAAAG
CACTGGGAAGAAGAAAGCTGAGTTATGGCCGTACGTTCCTTACACGATGGTGGCTTATCC
GTACGCAGCTGGAGCTTACGACAAGAGGGCACCAGCGGGTTTTGTGAGGAAGTCTGAGCA
GGCTCAGGCGCAACCGGGAGGTACAGACGATAAGCTCATGTCCCTTTTCAGCGACGAGAA
CCCTAACGCCTGCATCGTCATGTGAATGAGTTTGTAAATTATAATTAGCAACGTTTTTCT
ATCTTTATGAAGTTTGTATTGTAATCTTCTTGGTATTGTATATA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FH48JQ C 1
AF RR1FH48TF U 1
BS 1 584 RR1FH48TF

RD RR1FH48JQ 584 0 0
GATTCGAAGCATTACTCTCTTCGCGTGTGAGTCTGTGACGATAAACATGGGAGCTCTCGA
GTTTCTCTCCGACTATTTCTCCAATAATTTCGATGTTTCTATAAGAAAACGGAAGAAGCA
TAAAGTCATGCAGACAGTGAATATAAAGGTGAAGATAGACTGTGACGGATGCGAACGCAA
AATCAAGAACGCTGTTTCCTTCATGAAAGGGGCAAAATCGGTGGAAGTGAATAGAAAGAT
GCACAAAGTGACGGTGAGTGGCTACGTGCATCCCAAGAAAGTATTGAAGAGAGTGCAAAG
CACTGGGAAGAAGAAAGCTGAGTTATGGCCGTACGTTCCTTACACGATGGTGGCTTATCC
GTACGCAGCTGGAGCTTACGACAAGAGGGCACCAGCGGGTTTTGTGAGGAAGTCTGAGCA
GGCTCAGGCGCAACCGGGAGGTACAGACGATAAGCTCATGTCCCTTTTCAGCGACGAGAA
CCCTAACGCCTGCATCGTCATGTGAATGAGTTTGTAAATTATAATTAGCAACGTTTTTCT
ATCTTTATGAAGTTTGTATTGTAATCTTCTTGGTATTGTATATA

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR1FH48TF 584 0 0
GATTCGAAGCATTACTCTCTTCGCGTGTGAGTCTGTGACGATAAACATGGGAGCTCTCGA
GTTTCTCTCCGACTATTTCTCCAATAATTTCGATGTTTCTATAAGAAAACGGAAGAAGCA
TAAAGTCATGCAGACAGTGAATATAAAGGTGAAGATAGACTGTGACGGATGCGAACGCAA
AATCAAGAACGCTGTTTCCTTCATGAAAGGGGCAAAATCGGTGGAAGTGAATAGAAAGAT
GCACAAAGTGACGGTGAGTGGCTACGTGCATCCCAAGAAAGTATTGAAGAGAGTGCAAAG
CACTGGGAAGAAGAAAGCTGAGTTATGGCCGTACGTTCCTTACACGATGGTGGCTTATCC
GTACGCAGCTGGAGCTTACGACAAGAGGGCACCAGCGGGTTTTGTGAGGAAGTCTGAGCA
GGCTCAGGCGCAACCGGGAGGTACAGACGATAAGCTCATGTCCCTTTTCAGCGACGAGAA
CCCTAACGCCTGCATCGTCATGTGAATGAGTTTGTAAATTATAATTAGCAACGTTTTTCT
ATCTTTATGAAGTTTGTATTGTAATCTTCTTGGTATTGTATATA

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL8968Contig1 850 2 2 U
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CGGTGTAAGTGCACCATATGAAAAGACCTCTCACGCGCATGAAAGACCTGTCACCAATTG
GCTTTGGGCAGCCGGTTGTCACCCGTTTGGACCGTTCTCAAACGTCTCTCAAATGAGTCA
AATGCTTCAAGATGTAGCACTGAGGAATACTATCTATGCGCGGGTTGATTCTGCTCTACA
CAAAATCCGCGAAACATCAGAGGCAGTACAGAACTTTGCATCTGAATACCTCAAAACTCC
ACTAGGAGAGCCAGTGAAAGACAAAAAGAACAAAACAAAAACGGAGCTATGGGTGGAGAA
GTTCTACAAAAAGACAACCACATTGCCTGAGCCTTTCCCGCACGAGCTAGTCGAAAGATT
AGAGAAATATCTAGACAGTGTAGAGGAGCAACTAGTGGATCTCTCTTCTTTGCTATACGA
CCACAAACTATACGATGCACATCTTAACAGCTCAGAGATTCTTCAGACCACCATGTTTAC
ACAGCAGTACGTAGAACATGTACTGGAAACAGAAAGGGAGAACATGAGATGCTGTAAGAT
AGAGTACAAATACACAGTTGGAGTCAAATCTTATCAGACATTGGTGTACGGAGGGATACT
TATTGCAGGTTTTCTTGTCTACTTCCTTGTCATTTTCTTCTCTTCTCCTCCTGCTCGTTG
ATTCTTGTTTTGAGGGTCATAGATTTTGTAACGTTTCCGTTTACTGTTGAATCCATGTGA
CTAGAAGTTTTTTTTTTTTTGGCTAGAGTTTGTTGACATATGATTCTAGTAAAATTATAA
ATTACCAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EF78TF U 1
AF RR1EF78JQ C 233
BS 1 647 RR1EF78TF
BS 648 850 RR1EF78JQ

RD RR1EF78TF 647 0 0
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ACAGCAGTACGTAGAACATGTACTGGAAACAGAAAGGGAGAACATGAGATGCTGTAAGAT
AGAGTACAAATACACAGTTGGAGTCAAATCTTATCAGACATTGGTGT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR1EF78JQ 618 0 0
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AAAACTCCACTAGGAGAGCCAGTGAAAGACAAAAAGAACAAAACAAAAACGGAGCTATGG
GTGGAGAAGTTCTACAAAAAGACAACCACATTGCCTGAGCCTTTCCCGCACGAGCTAGTC
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CTATACGACCACAAACTATACGATGCACATCTTAACAGCTCAGAGATTTTTCAGACCACC
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TGTAAGATAGAGTACAAATACACAGTTGGAGTCAAATCTTATCAGACATTGGTGTACGGA
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GCTCGTTGATTCTTGTTTTGAGGGTCATAGATTTTGTAACGTTTCCGTTTACTGTTGAAT
CCATGTGACTAGAAGTTTTTTTTTTTTTGGCTAGAGTTTGTTGACATATGATTCTAGTAA
AATTATAAATTACCAATT

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL8969Contig1 880 2 1 U
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GGTTTTTACCATATGAACATAGAATTGACCGTAGGGCTGGCTCCAGAAGTGCTCTACAGC
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GAGGCAAATGACGAGGGTGGGAAAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATATACC
TATCTCGATGAATCTAGTCATCGATGAAAACAGAAAAGATTTTATGACACAATATAAGAA
AGAGAAAGTGAGATTTATGAAAGCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGACCCTATATTTGT
AGATAAAGAACGTTTATGCAAAAAGAGGATACCTACGACTCGAGAAGAGTATAAAAAATG
TAGTGGTGGCCAAGGAAAGGTTGCGTCAAAACTGACAATAGACCAATACTATAAGCCATA
TCCTCCTTTTAATCTACCGCCGCTTTCTTGGTTCATCCCGTGGGATGACCATCAAAACCT
CCAAAGCTCTGCTTGCACTGGTTCACGACACGTCTATTGCAATGCGAACGGCTACACATA
TGCCAGAGGAGACAGCAAGTAACAAACATGAAAAACACTAGAGCCTCAATGAACATACAC
AAACACATGTTTTATAAGTTAATAATATTCTCAAAAGTATAAGAATACAATCAATCAAAC
AAAATATGTAAATCATATAAATATATATATTTTACCGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AM06TF U 1
AF RR1AM06JQ C 54
BS 1 880 RR1AM06TF

RD RR1AM06TF 880 0 0
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CCTGATAAGGCCTATCATGATTTAAATGAGGAGCAGAAGCAATTAGATCTTTGGCATGAA
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GGTTTTTACCATATGAACATAGAATTGACCGTAGGGCTGGCTCCAGAAGTGCTCTACAGC
TTTTTGATTGAACCAGGAAGTGGAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTCC
GAGGCAAATGACGAGGGTGGGAAAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATATACC
TATCTCGATGAATCTAGTCATCGATGAAAACAGAAAAGATTTTATGACACAATATAAGAA
AGAGAAAGTGAGATTTATGAAAGCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGACCCTATATTTGT
AGATAAAGAACGTTTATGCAAAAAGAGGATACCTACGACTCGAGAAGAGTATAAAAAATG
TAGTGGTGGCCAAGGAAAGGTTGCGTCAAAACTGACAATAGACCAATACTATAAGCCATA
TCCTCCTTTTAATCTACCGCCGCTTTCTTGGTTCATCCCGTGGGATGACCATCAAAACCT
CCAAAGCTCTGCTTGCACTGGTTCACGACACGTCTATTGCAATGCGAACGGCTACACATA
TGCCAGAGGAGACAGCAAGTAACAAACATGAAAAACACTAGAGCCTCAATGAACATACAC
AAACACATGTTTTATAAGTTAATAATATTCTCAAAAGTATAAGAATACAATCAATCAAAC
AAAATATGTAAATCATATAAATATATATATTTTACCGTAT

QA 1 880 1 880
DS 

RD RR1AM06JQ 827 0 0
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TGAAAATGGTTTTTACCATATGAACATAGAATTGACCGTAGGGCTGGCTCCAGAAGTGCT
CTACAGCTTTTTGATTGAACCAGGAAGTGGAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGA
AAGGTCCGAGGCAAATGACGAGGGTGGGAAAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGT
ATATACCTATCTCGATGAATCTAGTCATCGATGAAAACAGAAAAGATTTTATGACACAAT
ATAAGAAAGAGAAAGTGAGATTTATGAAAGCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGACCCTA
TATTTGTAGATAAAGAACGTTTATGCAAAAAGAGGATACCTACGACTCGAGAAGAGTATA
AAAAATGTAGTGGTGGCCAAGGAAAGGTTGCGTCAAAACTGACAATAGACCAATACTATA
AGCCATATCCTCCTTTTAATCTACCGCCGCTTTCTTGGTTCATCC*GTGGGATGACCATC
AAAACCTCCAAAGCTCTGCTTGCACTGGTTCAGGACACGTCTATTGCAATGCGAACGGCT
ACACATATGCCAGAGGAGACAGCAAGTAACAAACATGAAAAACACTAGAGCCTCAATGAA
CATACACAAACACATGTTTTATAAGTTAATAATATTCTCAAAAGTATAAGAATACAATCA
ATCAAACAAAATATGTAAATCATATAAATATATATATTTTACCGTAT

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL8970Contig1 1197 2 2 U
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GGCAACAGGTTCGCTATGTGTGACAAAAGCAATGCAACATGAACTTGAACAGAATTGGGG
AGTAAGCGCCAAAGTTTTGTATGATCAGTCTCCTGAGTTTTTCCGCCCTGCTTTGCTTGA
AGAAAGGCACGAGTTGTTTTGCCGAGTGAAGAAAGACCTTTGCCATCCATCTGGTGTCTA
TGATTTCATTAGTAGAGAGTTGGAGAATCAACACCTTGACGAAACCCTTTTTACTACCAA
AACTAATGCTGACATCTTTTTGAAGCAAAACAGACCAGCTCTTGTTGTAAGCAGTACAAG
CTGGACCCCTGATGAAAATTTTGGTATCCTATTAGAAGCCGCAGTGATGTATGATCGGCG
CGTTGCTGCAAGATCGAAAGGAAGTGATACAGCCGAAGTTTCAGAAGAACAAGACCTTTA
CCCCAATCTGTTGTTCATCATTACAGGTAAAGGACCTGAAAAGGAGATGTACGAGGAAAA
AATCAAAAGATTGAACCTCAAACATGTGGCATTCCGGACAATGTGGCTCGCAGCTGAAGA
TTACCCACTGCTTTTAGGTTCTGCAGATCTCGGTGTTTGCTTACACACTTCCTCATCGGG
TTTAGACCTTCCCATGAAAGTTGTTGATATGTTTGGATGTGGCCTTCCAGTTTGCTCGGT
TTCCTACTCCTGCATTCAAGAACTCGTTAAAGATGGGGAGAACGGACTCTTGTTTTCATC
TTCGTCGGAATTAGCAGATCAGTTACTGGTCCTATTCAAGGGCTTTCCGGGTAACTGCGA
TGCCCTAATGTCGCTTAAAGCGGGTGCAATGGAGACTGGTTCTTCAGTTCGATGGGCTAC
AGAGTGGGAAGATTGTGCAAAACCTTTGATTACTCAGGTGGTGGAACCGCTAGGTGTTCG
ATGAAGCAAACCATTGCAGCCATTTCTTCTAACTACGCATAGATTTTAGCGATTAATTGA
AGTAGTCGCTAGTTGTACGGTTCAAATCTTCATATGTCGGGAAGATTTTGGTCTTTTTAA
CATGGAAAAAAGAAGCCCTAACAATTATGTATTAGGACAATGATGCATGTACCTCACAAC
TCAAAAACAGACATATCAAAAGAGACATGACAAAGCACATTCTACCTAAATTCGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1A073TF U 1
AF RR1A073JQ C 464
BS 1 783 RR1A073TF
BS 784 1197 RR1A073JQ

RD RR1A073TF 783 0 0
GGGAAGAAACAACGTCTTTGTATCTCTATACCGCTGGATTGAGATGCATTACGGAAAGAT
GGCAACAGGTTCGCTATGTGTGACAAAAGCAATGCAACATGAACTTGAACAGAATTGGGG
AGTAAGCGCCAAAGTTTTGTATGATCAGTCTCCTGAGTTTTTCCGCCCTGCTTTGCTTGA
AGAAAGGCACGAGTTGTTTTGCCGAGTGAAGAAAGACCTTTGCCATCCATCTGGTGTCTA
TGATTTCATTAGTAGAGAGTTGGAGAATCAACACCTTGACGAAACCCTTTTTACTACCAA
AACTAATGCTGACATCTTTTTGAAGCAAAACAGACCAGCTCTTGTTGTAAGCAGTACAAG
CTGGACCCCTGATGAAAATTTTGGTATCCTATTAGAAGCCGCAGTGATGTATGATCGGCG
CGTTGCTGCAAGATCGAAAGGAAGTGATACAGCCGAAGTTTCAGAAGAACAAGACCTTTA
CCCCAATCTGTTGTTCATCATTACAGGTAAAGGACCTGAAAAGGAGATGTACGAGGAAAA
AATCAAAAGATTGAACCTCAAACATGTGGCATTCCGGACAATGTGGCTCGCAGCTGAAGA
TTACCCACTGCTTTTAGGTTCTGCAGATCTCGGTGTTTGCTTACACACTTCCTCATCGGG
TTTAGACCTTCCCATGAAAGTTGTTGATATGTTTGGATGTGGCCTTCCAGTTTGCTCGGT
TTCCTACTCCTGCATTCAAGAACTCGTTAAAGATGGGGAGAACGGACTCTTGTTTTCATC
TTC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1A073JQ 734 0 0
GAAGAACAAGACCTTTACCCCAATCTGTTGTTCATCATTACAGGTAAAGGACCTGAAAAG
GAGATGTACGAGGAAAAAATCAAAAGATTGAACCTCAAACATGTGGCATTCCGGACAATG
TGGCTCGCAGCTGAAGATTACCCACTGCTTTTAGGTTCTGCAGATCTCGGTGTTTGCTTA
CACACTTCCTCATCGGGTTTAGACCTTCCCATGAAGGTTGTTGATATGTTTGGATGTGGC
CTTCCAGTTTGCTCGGTTTCCTACTCCTGCATTCAAGAACTCGTTAAAGATGGGGAGAAC
GGACTCTTGTTTTCATCTTCGTCGGAATTAGCAGATCAGTTACTGGTCCTATTCAAGGGC
TTTCCGGGTAACTGCGATGCCCTAATGTCGCTTAAAGCGGGTGCAATGGAGACTGGTTCT
TCAGTTCGATGGGCTACAGAGTGGGAAGATTGTGCAAAACCTTTGATTACTCAGGTGGTG
GAACCGCTAGGTGTTCGATGAAGCAAACCATTGCAGCCATTTCTTCTAACTACGCATAGA
TTTTAGCGATTAATTGAAGTAGTCGCTAGTTGTACGGTTCAAATCTTCATATGTCGGGAA
GATTTTGGTCTTTTTAACATGGAAAAAAGAAGCCCTAACAATTATGTATTAGGACAATGA
TGCATGTACCTCACAACTCAAAAACAGACATATCAAAAGAGACATGACAAAGCACATTCT
ACCTAAATTCGTTT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL8971Contig1 1201 2 4 U
GCAGCGGGCGGGGGAGAAGGATTGTACCCACTATATGCAAACCAGAACTTGTAAATTTGG
AGAGGGCTGCAAGTTTGATCATCCTATTTGGGTTCCTGAAGGTGGAATCCCAGATTGGAA
AGAGGCACCAGTTGTTCCAAATGATGAGTACCCTGAGAGACCAGGTGAACCAGATTGTCC
GTACTATGTAAAAACGCAACGTTGCAAATATGGTGTAAGGTGCAAGTTTAATCATCCGAA
AACAGCGGCTGCAGTTACTGTTGAAAATCCAGATGCATTACCTGAGAGGCCTTCTGAGGC
CCCGTGCACGTTCTACATGAAGACTGGAAAATGTAAATTTGGTTTAACATGCAAGTTCAA
CCACCCAAAGGATATCCAGCTACCATCATCTAGTCAAGATAATGGTAGTACTGAGGCTGT
AACCAGTGATCCTGGTGCTATCAACAATCCGCATGTGACATTTGCCCCAGCAGCATATCA
CAACTCGAAGGGACTACCTGTAAGGCCGGGTGAAGTAGACTGCCCGTTCTATCTCAAGAC
GGGAAGCTGCAAGTATGGCGCCACCTGTCGTTACAATCACCCTGAGAGGACTGCATTCAC
TCCCTAAGCTACTGGGATAAACTATCCTCTAGTGTCCCCAACCGCTGCGAGTGTAAACCT
TGGGTTGATTAACTCAGCTGCCTCCCTCTATCAGACCCTTGCTCAACCCACGCTAGGAGC
GCTTACAGCAACTTATCCCCAAAGGCCTGGACAACCAGAATGTGATTACTACATGAAGAC
AGGGGAGTGCAAGTTTGGAGAGAGGTGCAGGTTCCATCACCCAGCAGATAGGTTAAATGC
AACAAGCAAACAAGCTCCTCAACAGCCGAATGTAAAGCTGAGTCTTGCAGGGTATCCTAG
AAGAGAGGGTGCGCAAAACTGCCCGTACTACATGAAGACAGGGACTTGCAAGTATGGGGC
AACGTGTAAGTTTGACCATCCTCCTCCAGGTGAAGTTATGGCTAAAACCGCTTCAGAAGC
TGATGCTCCTCCTCCTGGTGAAGGAACTGACACGACGACTCAGTGAGTAGGCAGCTATGT
GTAAGATAAGATGATAAGCGTGTTGTAATCTTGTTTTACTTGCTATGTTCTCTGCATCTG
TTTTCCTTTCTCAAATCCCTTTTATCATATCCTAAAACCAAAAGAAGAGATTGATTGAGT
C


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR1CB63TF U 1
AF RR1CB63JQ C 502
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BS 713 1201 RR1CB63JQ

RD RR1CB63TF 712 0 0
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AGAGGGCTGCAAGTTTGATCATCCTATTTGGGTTCCTGAAGGTGGAATCCCAGATTGGAA
AGAGGCACCAGTTGTTCCAAATGATGAGTACCCTGAGAGACCAGGTGAACCAGATTGTCC
GTACTATGTAAAAACGCAACGTTGCAAATATGGTGTAAGGTGCAAGTTTAATCATCCGAA
AACAGCGGCTGCAGTTACTGTTGAAAATCCAGATGCATTACCTGAGAGGCCTTCTGAGGC
CCCGTGCACGTTCTACATGAAGACTGGAAAATGTAAATTTGGTTTAACATGCAAGTTCAA
CCACCCAAAGGATATCCAGCTACCATCATCTAGTCAAGATAATGGTAGTACTGAGGCTGT
AACCAGTGATCCTGGTGCTATCAACAATCCGCATGTGACATTTGCCCCAGCAGCATATCA
CAACTCGAAGGGACTACCTGTAAGGCCGGGTGAAGTAGACTGCCCGTTCTATCTCAAGAC
GGGAAGCTGCAAGTATGGCGCCACCTGTCGTTACAATCACCCTGAGAGGACTGCATTCAC
TCCCTAAGCTACTGGGATAAACTATCCTCTAGTGTCCCCAACCGCTGCGAGTGTAA*CCT
TGGGTTGATTAACTCAGCTGCCTCCCTCTATCAGACCCTTGCTCAACCCACG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1CB63JQ 700 0 0
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CTATCCTCTAGTGTCCCCAACCGCTGCGAGTGTAAACCTTGGGTTGATTAACTCAGCTGC
CTCCCTCTATCAGACCCTTGCTCAACCCACGCTAGGAGCGCTTACAGCAACTTATCCCCA
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GAGGTGCAGGTTCCATCACCCAGCAGATAGGTTAAATGCAACAAGCAAACAAGCTCCTCA
ACAGCCGAATGTAAAGCTGAGTCTTGCAGGGTATCCTAGAAGAGAGGGTGCGCAAAACTG
CCCGTACTACATGAAGACAGGGACTTGCAAGTATGGGGCAACGTGTAAGTTTGACCATCC
TCCTCCAGGTGAAGTTATGGCTAAAACCGCTTCAGAAGCTGATGCTCCTCCTCCTGGTGA
AGGAACTGACACGACGACTCAGTGAGTAGGCAGCTATGTGTAAGATAAGATGATAAGCGT
GTTGTAATCTTGTTTTACTTGCTATGTTCTCTGCATCTGTTTTCCTTTCTCAAATCCCTT
TTATCATATCCTAAAACCAAAAGAAGAGATTGATTGAGTC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL8972Contig1 748 2 14 U
GGACTCTTTTCTATCTTTGAGCCTTTGAGGGAGAGAAGAAGATGAAGGCACCGAACATGG
AGACGGTAACGAAATATCTGGACAATATTTCTCTTAATGATCGGAGAAAAAGAGTCGGAG
ATAGGCTTGGAAGATCGTCGTCGAGGACAGAAGAGAGAAGCAATAAACACATACATCCCA
TCTCAGATAGAACACTGGAGCTCAATTCTCACTTATCTCTTCCTTCTAACTGGGAACAGT
GTCTTGATCTCAAGACCGGTGAGATTTACTACATAAACTGGAAAAATGGAATGAGAGTGA
AAGAGGATCCAAGGAAAGTGATGATGAAGGCAGATAATGACAGTGCAGAATCATATGGAA
CCTTGTGCTCAGAAGAAGATAGCTCGTATTACGATAGCGAGGAGTCTTCATCAGCATCAT
CTCCATCATCAAGAGAGAATCAAAAAGAGGATGAGGATGAAGATGATGAAAACGAAGAAG
AGGAAGATGAAGAAGAAGATGTGCTTGTGGTTGCTGGATGCAAAGCTTGTTTCATGTACT
TCATGGTCCCTAAGCTTGTCGAGGACTGTCCCAAATGTGCTGCACAGCTTCTTCACTTTG
ATCGACCTCATTATGCTTCTTCTTAAAACATCTCTCTTTGTTTCCACGTTTTTCTTTCGT
TTTTTTTCCTTATGAGAATTTATTTTGGTTTTCTGTTTTTTTTTCTTTAATCTTCTATTT
GTCATATTTAGTGATTTCTCTTTCAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EB96TF U 1
AF RR1A479TF U 11
BS 1 19 RR1EB96TF
BS 20 20 RR1A479TF
BS 21 73 RR1EB96TF
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BS 75 82 RR1EB96TF
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BS 84 108 RR1EB96TF
BS 109 109 RR1A479TF
BS 110 138 RR1EB96TF
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BS 348 636 RR1EB96TF
BS 637 748 RR1A479TF

RD RR1EB96TF 636 0 0
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ATAGGCTTGGAAGATCGTTGTCGAGGACAGAAGAGAGAAGCAATAAACACATACATCCCA
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CTCCATCATCAAGAGAGAATCAAAAAGAGGATGAGGATGAAGATGATGAAAACGAAGAAG
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TCATGGTCCCTAAGCTTGTCGAGGACTGTCCCAAATGTGCTGCACAGCTTCTTCACTTTG
ATCGACCTCATTATGCTTCTTCTTAAAACATCTCTC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1A479TF 738 0 0
GG
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CACTGGAGCTCAATTCTCACTTATCTCTTCCTTCTCACTGGGAACAGTGTCTTGATCTCA
AGACCGGTGAGATTTACTACATAAACTGGAAAAATGGAATGAGAGTGAAAGAGGATCCAA
GGAAAGTGATGATGAAGGCAGATAATGACAGTGCAGAATCATATGGAACCTTGTGCTCAG
AAGAAGATAGCTCGTATTACGATAGTGAGGAGTCTTCATCAGCATCATCTCCATCATCAA
GAGAGAATCAAAAAGAGGATGAGGATGAAGATGATGAAGACGAAGAAGAGGAAGATGAAG
AAGAAGATGTGCTTGTGGTTGCTGGATGCAAAGCTTGTTTCATGTACTTCATGGTCCCTA
AGCTTGTCGAGGACTGTCCCAAATGTGCTGCACAGCTTCTTCACTTTGATCGACCTCATT
ATGCTTCTTCTTAAAACATCTCTCTTTGTTTCCACGTTTTTCTTTCGTTTTTTTTCCTTA
TGAGAATTTATTTTGGTTTTCTGTTTTTTTTTCTTTAATCTTCTATTTGTCATATTTAGT
GATTTCTCTTTCAGTG

QA 3 738 3 738
DS 



AS 1 2

CO CL8973Contig1 589 2 2 U
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TTACTTTCCAGAAAATTTAACATATCATGGGCGGAATATATTTGTAACTTACAAGTTTTT
GATCGGAACCGTTGAAGATACCGGCTCCGCCGGAAGCAAAATTCACACCAGTCAAGGCGG
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GTAAGCCAAATTTCTCAGCAATAGCATCGGCGGCGTTTTTGCCGTTAGAGAATCTTCCGG
TGGCTTTCTTGTCAGGAAAGTCAACGCCGTTGCGTGGATAATTAGCTTTCGATATGGAAT
TTGCTAAGTAGTTATTGTTTCCGGCATCAACCAATGAATCTCCGAGCACGTATACTCCTG
GAATCGAAGCTAATTTTGCGGTTTCTGCTTCTAAACCGGTAAATGAACCGAACCAAATTA
AGCCGTGGAAGATTAGAAAGATGGTAAGGAATGGCGTTTCGTTCGTCGGCATGTTCTTTT
TCCCCCGACGTACGTTTTAAAGTGGTTTTGTTTCGCCAAGGCTCTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EX83TF C 1
AF RR1EX83JQ U 6
BS 1 5 RR1EX83TF
BS 6 589 RR1EX83JQ

RD RR1EX83TF 589 0 0
TTTTTGGCCATGAAATCAATACTTTATTTAATTACTTTCCAGTGTTTCAATGTATTTTAA
TTACTTTCCAGAAAATTTAACATATCATGGGCGGAATATATTTGTAACTTACAAGTTTTT
GATCGGAACCGTTGAAGATACCGGCTCCGCCGGAAGCAAAATTCACACCAGTCAAGGCGG
CAGATTGTCTCTCTTTCTCTTTAAATGGGACTTTCAGTGAGAGATACGGTGGCGGTAACG
GTAAGCCAAATTTCTCAGCAATAGCATCGGCGGCGTTTTTGCCGTTAGAGAATCTTCCGG
TGGCTTTCTTGTCAGGAAAGTCAACGCCGTTGCGTGGATAATTAGCTTTCGATATGGAAT
TTGCTAAGTAGTTATTGTTTCCGGCATCAACCAATGAATCTCCGAGCACGTATACTCCTG
GAATCGAAGCTAATTTTGCGGTTTCTGCTTCTAAACCGGTAAATGAACCGAACCAAATTA
AGCCGTGGAAGATTAGAAAGATGGTAAGGAATGGCGTTTCGTTCGTCGGCATGTTCTTTT
TCCCCCGACGTACGTTTTAAAGTGGTTTTGTTTCGCCAAGGCTCTTGCC

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DS 

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GGCCATGAAATCAATACTTTATTTAATTACTTTCCAGTGTTTCAATGTATTTTAATTACT
TTCCAGAAAATTTAACATATCATGGGCGGAATATATTTGTAACTTACAAGTTTTTGATCG
GAACCGTTGAAGATACCGGCTCCGCCGGAAGCAAAATTCACACCAGTCAAGGCGGCAGAT
TGTCTCTCTTTCTCTTTAAATGGGACTTTCAGTGAGAGATACGGTGGCGGTAACGGTAAG
CCAAATTTCTCAGCAATAGCATCGGCGGCGTTTTTGCCGTTAGAGAATCTTCCGGTGGCT
TTCTTGTCAGGAAAGTCAACGCCGTTGCGTGGATAATTAGCTTTCGATATGGAATTTGCT
AAGTAGTTATTGTTTCCGGCATCAACCAATGAATCTCCGAGCACGTATACTCCTGGAATC
GAAGCTAATTTTGCGGTTTCTGCTTCTAAACCGGTAAATGAACCGAACCAAATTAAGCCG
TGGAAGATTAGAAAGATGGTAAGGAATGGCGTTTCGTTCGTCGGCATGTTCTTTTTCCCC
CGACGTACGTTTTAAAGTGGTTTTGTTTCGCCAAGGCTCTTGCC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

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GGAGGGAGGGAAAAAAGCCCGCCCAGAGTATTCGAGGCTTCTTCAGCAATTTTCATTTCC
AACAATTTTTTTTCAGAGAGAGAGATAGAGAGAAAGTCGCAAGCAGAGAGTCTGAGATAA
TCCCTTTGTTGATTTCATCATCGCGAACAGCCAATCGTCATGTCGAAGAAAAGGGGGCTT
TCGTTGGAGGAGAAGCGCGAGAAGATGCTTCAGATCTTTTACGACTCTCAAGACTTCTTC
CTTCTAAAGGAACTTGAGAAGATGGGACCTAAGAAGGGTGTGATTAGCCAGTCTGTTAAA
GATGTTATCCAGAGTCTTGTTGATGATGATCTTGTTGCCAAGGACAAGATTGGCATCTCT
GTCTACTTTTGGAGCCTTCCCAGCTGTGCAGGCAATCAGCTTAGGAGTGTTCGCCAGAAA
CTGGAAACTGATCTTCAGGGTAGTAATAAAAAGCTATCGGAACTTGTTGATCAGTGTGAA
GCCTTAAAGAAGGGAAGGGAAGAATCCGAGGAACGAACAGAGGCATTGGCGCAACTTAAA
GACATCGAAAAGAAACACAAAGAGCTCAAGAACGAGATGGTGCAGTTTGCTGATAACGAT
CCAGCTACCTTGGAGGCAATGCGGGCTGCAATTGAAGTTGCTCACCAATCGGCTAACAGA
TGGACAGATAACATCTTCACGTTGCGACAATGGTGTTCAAACAACTTCCCCCAAGCCAAG
GAACAGCTGGAACATCTATACACGGAGGCAGGAATCACCGAGGACTTTGACTACCTAGAG
CTATCTTCATTCCCATTGAGCTCATCCTCCCATGATCTCGAAACTCCAAAGCAGCTTCTA
GTAGAAGATCAAGCTTAGTTCTAATACTCTCCATCATAACAAGTTGACGACACAATAGTG
TCTTCTATGCTTTCTTGTCCTAAAGGGTTGCAACTGTCTTTTGTATATGACCCAGTCAAC
TAAGTCAAAAACTCATTTCACCAAAGTTTCGTGGTTAAATAAGATACTTACTGCCTCTGA
TTCTTTTGGTCTATTTGTCGGCTATGTCCAATGTTGGCTTTGTTCTACCATTTTATTGGA
GTTAATATAATATATCATGGTTAGTTGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DZ25TF U 1
AF RR1DZ25JQ C 489
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BS 573 1110 RR1DZ25JQ

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GACATCGAAAAGAAACACAAAGAGCTCAAGAA

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DS 

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GGAACATCTATACACGGAGGCAGGAATCACCGAGGACTTTGACTACCTAGAGCTATCTTC
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GCTTTCTTGTCCTAAAGGGTTGCAACTGTCTTTTGTATATGACCCAGTCAACTAAGTCAA
AAACTCATTTCACCAAAGTTTCGTGGTTAAATAAGATACTTACTGCCTCTGATTCTTTTG
GTCTATTTGTCGGCTATGTCCAATGTTGGCTTTGTTCTACCATTTTATTGGAGTTAATAT
AATATATCATGGTTAGTTGTCG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

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TGTCAGAGCAACAATAATAATCATGTCTTTTTTTTTCAAAATTTCACTAGCTGTTTACGT
GCGTTTTAAGTTACTATGGTGTGATGGTGTCCTTAGAATCAGACTCGTGTCTTTGTCGTG
TCGTGGCTTGGTCCAATTTCAAATTCTATTTAACTTCCAGTGTGTCATTTAATAAGTTTG
TCAACATCTATGACTACTTTTTATC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1E386TF U 1
AF RR1E386JQ C 2
BS 1 606 RR1E386TF
BS 607 685 RR1E386JQ

RD RR1E386TF 606 0 0
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CTTTGAGATTATGGCAAAGTGTTTTCTCACTCTCTTCTTGGTTCTTGCCCTAGCCTCAGT
TTTTGCTTCTGGAGCAAGAAACATCCCAGGAGGACTCTCTGACCAGAAGAACTACCTTGG
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AGGTGTGGCTGGTCCCGGTGGTAACCTTGGTTTTGGTGGACTTGGTGGTGTTGGTGGAGG
ATTAGGCGGTGGCTTAGGAAATGGGATAGGCGGTGGCTTAGGAAACGGGATAGGCGGTGG
TGTTGGTTCCGGAGTCGGTGGAGGAAGTACCGGAGGAGTTCATTTCCCTTGAGTAGTTGA
GTTGTTAATTTTGGTTTAAGGATTCGTAAAGGTCCTTGAGCTAGGTCTAGCTTAAGATGA
TGTCAGAGCAACAATAATAATCATGTCTTTTTTTTTCAAAATTTCACTAGCTGTTTACGT
GCGTTTTAAGTTACTATGGTGTGATGGTGTCCTTAGAATCAGACTCGTGTCTTTGTCGTG
TCGTGG

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1E386JQ 684 0 0
AAACATAATAACTCAAATCTTGTCTACTTTCCTGTTATCAATATTACCGTTCTTTACCAC
TTTGAGATTATGGCAAAGTGTTTTCTCACTCTCTTCTTGGTTCTTGCCCTAGCCTCAGTT
TTTGCTTCTGGAGCAAGAAACATCCCAGGAGGACTCTCTGACCAGAAGAACTACCTTGGA
TACGGTGGCGGGTACTCCGGCATCGGAGACAACGGTTTACCTTTCGGTGGCGTCGGTGGA
GGTGTGGCTGGTCCCGGTGGTAACCTTGGTTTTGGTGGACTTGGTGGTGTTGGTGGAGGA
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GTTGGTTCCGGAGTCGGTGGAGGAAGTACCGGAGGAGTTCATTTCCCTTGAGTAGTTGAG
TTGTTAATTTTGGTTTAAGGATTCGTAAAGGTCCTTGAGCTAGGTCTAGCTTAAGATGAT
GTCAGAGCAACAATAATAATCATGTCTTTTTTTTTCAAAATTTCACTAGCTGTTTACGTG
CGTTTTAAGTTACTATGGTGTGATGGTGTCCTTAGAATCAGACTCGTGTCTTTGTCGTGT
CGTGGCTTGGTCCAATTTCAAATTCTATTTAACTTCCAGTGTGTCATTTAATAAGTTTGT
CAACATCTATGACTACTTTTTATC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL8976Contig1 728 2 2 U
GGATTAGCTTTAGAGAAGAAACTGCTGAATCAATGGCGTTGAGACTGACATCGCTGAAAC
GCGCCGCGGCTGAGTCATGCCGCTTCTTGGAAGTCCGAAGCTTCAGCCACGTCGCGGGTA
TGCCTCCGCCTTTTAACAGCGTCATCGATCGACCCATCGCTATGCTGCCGCCGCTGATTG
AACCTGAGAATCAGAATCAACAGGGTTCGATCGATGAGAAGAGCTTCGGGTTTGGGTTTC
CCAGTTTTGCTTTCAGTGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTACCCAAGAAGAAGGTTTCTA
AACACAAGAGAGGGATAAGAAATGGGCCAAAGGCTCTTAAGCCTGTTCCTGTCATCATCC
GTTGCAGGAGTTGCGGGCGAGTCAAGCTCCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCGGG
TAAACCCTAGCGAGCGAGGCCACTAGAACTAATGACCAAGATCTCCTATATGATTACTCC
TTGTTTGAGTACATCTTGGGTTTCTTAGTCGTAGACTCGAGTGATACTATAGACTTAGTT
GACTCTGTTTTTTTTGTCATATTATTTGGGTTTCAGCTGCAAGATCAAATATCCTCCTGC
TTCCTTTTTTCGACAAGTTATGTTGTTGTCATTGCTTGTTGCAAAGTCTAGGTCAGCTCA
TTTATATATGTGCTCTTAGACTTAAAATCAACAGCTACATCTACTTCAAATAAAGAGAAA
TCTTCCCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GN72TF U 1
AF RR1GN72JQ C 1
BS 1 609 RR1GN72TF
BS 610 728 RR1GN72JQ

RD RR1GN72TF 609 0 0
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GTTGCAGGAGTTGCGGGCGAGTCAAGCTCCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCGGG
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TTGTTTGAGTACATCTTGGGTTTCTTAGTCGTAGACTCGAGTGATACTATAGACTTAGTT
GACTCTGTTTTTTTTGTCATATTATTTGGGTTTCAGCTGCAAGATCAAATATCCTCCTGC
TTCCTTTTT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1GN72JQ 728 0 0
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GCGCCGCGGCTGAGTCATGCCGCTTCTTGGAAGTCCGAAGCTTCAGCCACGTCGCGGGTA
TGCCTCCGCCTTTTAACAGCGTCATCGATCGACCCATCGCTATGCTGCCGCCGCTGATTG
AACCTGAGAATCAGAATCAACAGGGTTCGATCGATGAGAAGAGCTTCGGGTTTGGGTTTC
CCAGTTTTGCTTTCAGTGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTACCCAAGAAGAAGGTTTCTA
AACACAAGAGAGGGATAAGAAATGGGCCAAAGGCTCTTAAGCCTGTTCCTGTCATCATCC
GTTGCAGGAGTTGCGGGCGAGTCAAGCTCCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCGGG
TAAACCCTAGCGAGCGAGGCCACTAGAACTAATGACCAAGATCTCCTATATGATTACTCC
TTGTTTGAGTACATCTTGGGTTTTTTAGTCGTAGACTCGAGTGATACTATAGACTTAGTT
GACTCTGTTTTTTTTGTCATATTATTTGGGTTTCAGCTGCAAGATCAAATATCCTCCTGC
TTCCTTTTTTCGACAAGTTATGTTGTTGTCATTGCTTGTTGCAAAGTCTAGGTCAGCTCA
TTTATATATGTGCTCTTAGACTTAAAATCAACAGCTACATCTACTTCAAATAAAGAGAAA
TCTTCCCG

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL8977Contig1 781 2 2 U
GGAAGAGAGAGAGTTGTTCAATCTTGCAAAATGAAAAAATGATAGAGAGGAAAATCCTGA
GGAGACTGATCGAATGTTATGGATGATTCCGATCAGCTCTTTGCTCTGGTTTTTTCCGTT
GATTGCTCCGATGACCGTTGAATTGTCTGAGAAGACTTGGAGATTCGTGAAGCCGAGGTC
CTTTTCAACTCCGAGAGCTGTCAGCACCGCTAGCGCCTCCCCAATCAGAGGTGATGAGAT
ATACTCTTGGACTATCAAGCCCGTGATCGTGTTGGGGAGTTGGGGACCAGAGAAGTTCCA
AGCAAGTCCCGCCTTAAGGTGTGATGAGTTCCAAGCTGCGTCCGTCTTGCATGTGATTCG
ATCCGGCGGTGGAGGGATTCTGATGTTGTCGTGGTTCAGGTCCTTGATTCAAATATGAGT
GCGTTTCTGGAGGTCCATATCGACCATAGGATCCACGGGAGGATTGGTCCTGTTACCCCC
GAAGGAGGGAGACAGATCGTGTCTCTGAAGCGCCCCATTGTGTCGATGAAGTTCCTTCCT
GTTTCGACATCCACTGTATTAGTTATCGAGATGAGCTTCCATACCTCCACCGCAACGACA
CAGATCGTGTCTCTGAAGCTAGCTAGCTAACTAACTGTTTATTAAACTAAAACCTTTTGT
TATTTAATCAGTTCTTGACATAGTTAATTTAGTACCAATGACTTATTGTTTTAAAATGTT
GACCATGTTTTTTTTTTGAATATGTAAATTTATTCAAACCAAAAAAAAACTTTTTTACAT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR1BC54TF U 1
AF RR1BC54JQ C 151
BS 1 763 RR1BC54TF
BS 764 781 RR1BC54JQ

RD RR1BC54TF 763 0 0
GGAAGAGAGAGAGTTGTTCAATCTTGCAAAATGAAAAAATGATAGAGAGGAAAATCCTGA
GGAGACTGATCGAATGTTATGGATGATTCCGATCAGCTCTTTGCTCTGGTTTTTTCCGTT
GATTGCTCCGATGACCGTTGAATTGTCTGAGAAGACTTGGAGATTCGTGAAGCCGAGGTC
CTTTTCAACTCCGAGAGCTGTCAGCACCGCTAGCGCCTCCCCAATCAGAGGTGATGAGAT
ATACTCTTGGACTATCAAGCCCGTGATCGTGTTGGGGAGTTGGGGACCAGAGAAGTTCCA
AGCAAGTCCCGCCTTAAGGTGTGATGAGTTCCAAGCTGCGTCCGTCTTGCATGTGATTCG
ATCCGGCGGTGGAGGGATTCTGATGTTGTCGTGGTTCAGGTCCTTGATTCAAATATGAGT
GCGTTTCTGGAGGTCCATATCGACCATAGGATCCACGGGAGGATTGGTCCTGTTACCCCC
GAAGGAGGGAGACAGATCGTGTCTCTGAAGCGCCCCATTGTGTCGATGAAGTTCCTTCCT
GTTTCGACATCCACTGTATTAGTTATCGAGATGAGCTTCCATACCTCCACCGCAACGACA
CAGATCGTGTCTCTGAAGCTAGCTAGCTAACTAACTGTTTATTAAACTAAAACCTTTTGT
TATTTAATCAGTTCTTGACATAGTTAATTTAGTACCAATGACTTATTGTTTTAAAATGTT
GACCATGTTTTTTTTTTGAATATGTAAATTTATTCAAACCAAA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR1BC54JQ 631 0 0
GAAGACTTGGAGATTCGTGAAGCCGAGGTCCTTTTCAACTCCGAGAGCTGTCAGCACCGC
TAGCGCCTCCCCAATCAGAGGTGATGAGATATACTCTTGGACTATCAAGCCCGTGATCGT
GTTGGGGAGTTGGGGACCAGAGAAGTTCCAAGCAAGTCCCGCCTTAAGGTGTGATGAGTT
CCAAGCTGCGTCCGTCTTGCATGTGATTCGATCCGGCGGTGGAGGGATTCTGATGTTGTC
GTGGTTCAGGTCCTTGATTCAAATATGAGTGCGTTTCTGGAGGTCCATATCGACCATAGG
ATCCACGGGAGGATTGGTCCTGTTACCCCCGAAGGAGGGAGACAGATCGTGTTTTTGAAG
CGCCCCATTGTGTCGATGAAGTTCCTTCCTGTTTCGACATCCACTGTATTAGTTATCGAG
ATGAGCTTCCATACCTCCACCGCAACGACACAGATCGTGTCTCTGAAGCTAGCTAGCTAA
CTAACTGTTTATTAAACTAAAACCTTTTGTTATTTAATCAGTTCTTGACATAGTTAATTT
AGTACCAATGACTTATTGTTTTAAAATGTTGACCATGTTTTTTTTTTGAATATGTAAATT
TATTCAAACCAAAAAAAAACTTTTTTACATC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL8978Contig1 732 2 3 U
GTGGTTGAAGAAGGTTCTGTCAGAATATCCTGAAGCAACTATGACGGACGAACAACAGAA
GGAAGCCCTAGGTGAAGCATATTCAGAGCTGGTTAGTCGATTGGACAAAGCTCTTCTTAG
TTTCGAAGAAGGTCCTCCATTTACACTGCAGAGACTATGTGAGATCCTTTTGGCTGCAAG
GAGCATCTACCCAAAGCTCTCAAAGCTTGCTCTTGCATTAGAAAAGAATCTGTTGGTTAC
TTCTATGCTATCCATCAGTACGCAAACGCAATCACAAACCACTGAAGAAACAAACGCAGC
AACGGAAGACACAGAAACGGCTGCAGCAAACGGGACACAAGCAAATGGAATTGAGGCAGT
GGTGGGAGGTGACAAGGATGAGATAATGACAGAGGTAGAAGAAGAAGAAGCAGATGTTGA
TGACGCAATGACCATTGACATGGAAACAATCGATGAACCATCAGAGACAATGAAGACGAT
GACGGCCAGTGAGAGTGAGACATCAAGCGAAATCACTGCTGCAAAACCATCACCGGATCC
AATGGCTGCAGAGGAGGGAGACCCACGGTTGCCTTGAATTGTATGCCTCAAGAGAGACAA
TTTAAACATGATAAAGCTTTTTGCTCAAAAAAAAAAACATAATGAAGCTTTGAAAACTGT
GATTGAATATAATGTTTGTTCTATGAGAGGAGACATTCTTGGATCTTGATCTTTCGCTAT
AATATTAGTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1H340TF U 1
AF RR1H340JQ C 119
BS 1 636 RR1H340TF
BS 637 637 RR1H340JQ
BS 638 732 RR1H340TF

RD RR1H340TF 732 0 0
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GGAAGCCCTAGGTGAAGCATATTCAGAGCTGGTTAGTCGATTGGACAAAGCTCTTCTTAG
TTTCGAAGAAGGTCCTCCATTTACACTGCAGAGACTATGTGAGATCCTTTTGGCTGCAAG
GAGCATCTACCCAAAGCTCTCAAAGCTTGCTCTTGCATTAGAAAAGAATCTGTTGGTTAC
TTCTATGCTATCCATCAGTACGCAAACGCAATCACAAACCACTGAAGAAACAAACGCAGC
AACGGAAGACACAGAAACGGCTGCAGCAAACGGGACACAAGCAAATGGAATTGAGGCAGT
GGTGGGAGGTGACAAGGATGAGATAATGACAGAGGTAGAAGAAGAAGAAGCAGATGTTGA
TGACGCAATGACCATTGACATGGAAACAATCGATGAACCATCAGAGACAATGAAGACGAT
GACGGCCAGTGAGAGTGAGACATCAAGCGAAATCACTGCTGCAAAACCATCACCGGATCC
AATGGCTGCAGAGGAGGGAGACCCACGGTTGCCTTGAATTGTATGCCTCAAGAGAGACAA
TTTAAACATGATAAAGCTTTTTGCTCAAAAAAAAAA*CATAATGAAGCTTTGAAAACTGT
GATTGAATATAATGTTTGTTCTATGAGAGGAGACATTCTTGGATCTTGATCTTTCGCTAT
AATATTAGTCTT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR1H340JQ 614 0 0
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AGGAGCATCTACCCAAAGCTCTCAAAGCTTGCTCTTGCATTAGAAAAGAATCTGTTGGTT
ACTTTTATGCTATCCATCAGTACGCAAACGCAATCACAAACCACTGAAGAAACAAACGCA
GCAACGGAAGACACAGAAACGGCTGCAGCAAACGGGACACAAGCAAATGGAATTGAGGCA
GTGGTGGGAGGTGACAAGGATGAGATAATGACAGAGGTAGAAGAAGAAGAAGCAGATGTT
GATGACGCAATGACCATTGACATGGAAACAATCGATGAACCATCAGAGACAATGAAGACG
ATGACGGCCAGTGAGAGTGAGACATCAAGCGAAATCACTGCTGCAAAACCATCACCGGAT
CCAATGGCTGCAGAGGAGGGAGACCCACGGTTGCCTTGAATTGTATGCCTCAAGAGAGAC
AATTTAAACATGATAAAGCTTTTTGCTCAAAAAAAAAAACATAATGAAGCTTTGAAAACT
GTGATTGAATATAATGTTTGTTCTATGAGAGGAGACATTCTTGGATCTTGATCTTTCGCT
ATAATATTAGTCTT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

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TGCCGTCTTGTAAGTCTCCACGGTTTTTATGGGTTAGGGTTTGTGATCCGTTTTTTGGAT
CGGGTTGTTAGTTTCGCTCAAGTTTGATGTTTGGGAGAGGTTATGTTCTCCGGTGATGGT
GGTCGTTCGCGTCTCACTTCTCTTGGGTTTTAAGTCATTCATAGTCCGAGGAGATCTCGA
TAGTTCGATTGCATCTCCATGCGTGCAGAGAGTGAGGCGACGAACGGCGATGAAGCTTTC
TGATGAGAAGTCAAAGCTTGAAGTTCTGAGATGGTTTAGTCAGAGGCTCTGAGGGTGATG
AGCTCCGACGAAGCGAGGTTCGGTGGTCGTGCTCCGGTGACGTTTAGAGACGGTGTCAGT
CAAGTCGAGGCGGTGGCTCTGATCTTCGTGCTGACGATGCAGATGCATCCACGTGTACAG
CCGCATGCTCCCTTGACGCGATTTCCAATTCTCGTCGACCAAGTGCAAGTCTTTGGGCCT
TTGGGTTTTTTGGTTTTTCGGTGTACCCTTTGGGCTTTTTGGCTTTCGGCCTTGTTGTTG
TACGTGGGTTTCGGTTTGTATTCTGGGCTTGGCCCAATCTTTCAATTAAAATCAACTTGA
CGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR1FT21TF U 1
AF RR1FT21JQ C 93
BS 1 670 RR1FT21TF
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BS 700 783 RR1FT21JQ

RD RR1FT21TF 703 0 0
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TGCCGTCTTGTAAGTCTCCACGGTTTTTATGGGTTAGGGTTTGTGATCCGTTTTTTGGAT
CGGGTTGTTAGTTTCGCTCAAGTTTGATGTTTGGGAGAGGTTATGTTCTCCGGTGATGGT
GGTCGTTCGCGTCTCACTTCTCTTGGGTTTTAAGTCATTCATAGTCCGAGGAGATCTCGA
TAGTTCGATTGCATCTCCATGCGTGCAGAGAGTGAGGCGACGAACGGCGATGAAGCTTTC
TGATGAGAAGTCAAAGCTTGAAGTTCTGAGATGGTTTAGTCAGAGGCTCTGAGGGTGATG
AGCTCCGACGAAGCGAGGTTCGGTGGTCGTGCTCCGGTGACGTTTAGAGACGGTGTCAGT
CAAGTCGAGGCGGTGGCTCTGATCTTCGTGCTGACGATGCAGATGCATCCACGTGTACAG
CCGCATGCTCCCTTGACGCGATTTCCAATTCTCGTCGACCAAGTGCAAGTCTTTGGGCCT
TTGGGTTTTT*GGTTTTTCGGTGTACCCTTTGGGCTTTT
GGCT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1FT21JQ 691 0 0
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GAGAGTGAAGGTCCCCACGGTCTTGCTCTGCCGTCTTGTAAGTCTCCACGGTTTTTATGG
GTTAGGGTTTGTGATCCGTTTTTTGGATCGGGTTGTTAGTTTCGCTCAAGTTTGATGTTT
GGGAGAGGTTATGTTCTCCGGTGATGGTGGTCGTTCGCGTCTCACTTCTCTTGGGTTTTA
AGTCATTCATAGTCCGAGGAGATCTCGATAGTTCGATTGCATCTCCATGCGTGCAGAGAG
TGAGGCGACGAACGGCGATGAAGCTTTCTGATGAGAAGTCAAAGCTTGAAGTTCTGAGAT
GGTTTAGTCAGAGGCTCTGAGGGTGATGAGCTCCGACGAAGCGAGGTTCGGTGGTCGTGC
TCCGGTGACGTTTAGAGACGGTGTCAGTCAAGTCGAGGCGGTGGCTCTGATCTTCGTGCT
GACGATGCAGATGCATCCACGTGTACAGCCGCATGCTCCCTTGACGCGATTTCCAATTCT
CGTCGACCAAGTGCAAGTCTTTGGGCCTTTGGGTTTTTTGGTTTTTCGGTGTACCCTTTG
GGCTTTTTGGCTTTCGGCCTTGTTGTTGTACGTGGGTTTCGGTTTGTATTCTGGGCTTGG
CCCAATCTTTCAATTAAAATCAACTTGACGG

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL8980Contig1 880 2 2 U
AGGACATTTGTTTCTTGTCTTATTCCCTCTTCTCTCTTTGCTTTCCTCCACAAAAAAAAG
GAAAACATTACTACTTAGTTTAAGGCAGAAGATGGAGAGAAGAACCTAAGTGTAACAAAT
CTTTTGTTGGTGAAGATCAGTTACAATTTTCTGCGTTCTTTCTGAAGATGACAACAATAG
CAGGAGGATCATTTGGAGCTACCAGCTCTCGTATCTCTATACTCACCCCAACTCTTTCAT
CCTCTTCTTTGTTTCCACCACTAACATTGCATCAGTCAGGTAATAAAAAGGATAGTCAGC
TGCGTTGTGCCGTGCAAGAGTCTTCCACTTCTGCTGTTGCTACTGAGAAGAAAGAAAAAG
GAAAAGAAAAAGGAAAAGAAAAAGAAGACTCAACAGTGGAAACTCCAGCAAAGAAACCAA
AACCGGCAGCTGCCAAGGCAGCCGTGGCAAAACCGCTGGGAGAAATGATGGAAGAAGACG
TGATTCCTCCACTAAAAGCCATTCTTGAAGCTCAAGATGATATATCTGAGATTGAATTAT
CTTTCCAAGACGATAAGCTTGAGGGTTTTTCTTCAAGAAAGGTATTCAATATTCCTTCTG
GGCCTTCTTCCCCAGTGGTAATCTCACAGGAGCAAAGGGCTTTTCAATCTCCTCATACGG
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CGTTGTGTTTTGGGTCGAGAAGCGCCTTGCTGCACAAGGGATTATTCCCGTCTGGAACCA
ATAATGTAAAGGAGGTTGTGTTTTTTTATTCACTTGTTTATAACAAACAATTACATTTCG
TATACCAAAACTGAAGAAAATCAAAGTCGTCGTATCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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A

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BQ
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QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

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TTGAATCCTATCC


BQ
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TTGAATCCTATCC

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DS 

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CTTTTGGCATTGCTCTGCCTATTCTTTTCCTTGTAAGGGCCTTGACGCTGAGACGAATGC
CCTGCAGAGTGGAAAACGCCTTGCCGTTTTTCCACTATAGATCAGAACTTCTGCCAGTTT
TGATGACAGCATCAACGAATGCATCGCAATTTTGTAGAAGATAATAGCACTCTTGAGAGT
ATAGCAACGTTAGAGAGAATAATTGAACCCCTCACAAATTATAACTTCTGATTTGAATCC
TATCC

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL8983Contig1 709 2 2 U
GGAATCGGTGTTCAAGCATAAACACAAAACACAAGAACGTAGATATATATATATACATAT
ACTCATACAGTATATATACGTTTCCGTGTTTATACTACACGCACAATGTCAATCAATTCC
CTTATGACCCTCCTCGGGACGACCTTCCTCCTCCTCGTTGCCTCAAGCCAAGCGTTGAAG
CTTTCTCTCGGTGACCCCTGCACGGTGGCTGATTATCCAAAATTGTGCAGACGCACCATT
AAGGGTCAAACCAATGTGAACGCAGCGACGGATATGGCCATAAAAGAACTAATGAAGCGG
ACGATGCAAGCTAAAGATATGGCCAAGAAAGAGCCGAAAGGTAACGGGGGAGTTGTGGTT
TGTTTGTCCACCTTCGGTAGCGCGTTTGACAACTTGGACAAGGCCCTTAAGAACATACAG
GAGAATGATGGTTTTAGCCTCAATATGAACCTTAGCGCTGCATTGACGGACTACGATACT
TGCAGTGATGCAATGAAGGAAGCTGGTGAGGTTATTAGCGTCTTCTATAAATCAGCAGGC
GTTTTGTATAAAATGGCTGATAATTGTTTGGCACTTTCTACCATCGTTAAACTATGATTT
ATTAAGGAGAACGGGGAATTTCGGGGCAAAAAATACTATATATATCATTTGATTGTACGG
GTTTATTTATTTGTATTTTTTCTTCAGTTTGATTTATTTCACATTAGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1EE10TF U 1
AF RR1EE10JQ C 1
BS 1 605 RR1EE10TF
BS 606 709 RR1EE10JQ

RD RR1EE10TF 608 0 0
GGAATCGGTGTTCAAGCATAAACACAAAACACAAGAACGTAGATATATATATATACATAT
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CTTATGACCCTCCTCGGGACGACCTTCCTCCTCCTCGTTGCCTCAAGCCAAGCGTTGAAG
CTTTCTCTCGGTGACCCCTGCACGGTGGCTGATTATCCAAAATTGTGCAGACGCACCATT
AAGGGTCAAACCAATGTGAACGCAGCGACGGATATGGCCATAAAAGAACTAATGAAGCGG
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TGTTTGTCCACCTTCGGTAGCGCGTTTGACAACTTGGACAAGGCCCTTAAGAACATACAG
GAGAATGATGGTTTTAGCCTCAATATGAACCTTAGCGCTGCATTGACGGACTACGATACT
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GTTTTGTATAAAATGGCTGATAATTGTTTGGCACTTTCTACCATCGTTAAACTATGATTT
ATTAA
AGA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1EE10JQ 709 0 0
GGAATCGGTGTTCAAGCATAAACACAAAACACAAGAACGTAGATATATATATATACATAT
ACTCATACAGTATATATACGTTTCCGTGTTTATACTACACGCACAATGTCAATCAATTCC
CTTATGACCCTCCTCGGGACGACCTTCCTCCTCCTCGTTGCCTCAAGCCAAGCGTTGAAG
CTTTCTCTCGGTGACCCCTGCACGGTGGCTGATTATCCAAAATTGTGCAGACGCACCATT
AAGGGTCAAACCAATGTGAACGCAGCGACGGATATGGCCATAAAAGAACTAATGAAGCGG
ACGATGCAAGCTAAAGATATGGCCAAGAAAGAGCCGAAAGGTAACGGGGGAGTTGTGGTT
TGTTTGTCCACCTTCGGTAGCGCGTTTGACAACTTGGACAAGGCCCTTAAGAACATACAG
GAGAATGATGGTTTTAGCCTCAATATGAACCTTAGCGCTGCATTGACGGACTACGATACT
TGCAGTGATGCAATGAAGGAAGCTGGTGAGGTTATTAGCGTCTTCTATAAATCAGCAGGC
GTTTTGTATAAAATGGCTGATAATTGTTTGGCACTTTCTACCATCGTTAAACTATGATTT
ATTAAGGAGAACGGGGAATTTCGGGGCAAAAAATACTATATATATCATTTGATTGTACGG
GTTTATTTATTTGTATTTTTTCTTCAGTTTGATTTATTTCACATTAGTT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL8984Contig1 958 2 2 U
GGAGAAAACGGTAGACCCGTTTCTTCAACTGGTGGAAGATTCCAAGCTAGATGCTGTGTT
CTATGGACAAGAAGAGCAACCAGCAAAGAGTTATGGATCAAAAGAAGACGATGATGATGC
ATTGGTTTCACTTGTGGCCATAGAACAAACTACACAAATCCAACCTCGTGAACATTACGC
TGCCATGATAATGAAGTTTCTTGGGAAACTATCAGATCAAGAGTCGTCGTCCATAAGGGA
GCAGCTAGTTTCAGATTTTATACCTATCGATGGTTGTCCTGTCGGAACACAGTTGACAGA
ATCTCCAGTTCAACCTTACCGTTCTGAAGATAAAAACAACAAACCACGAGAAATGGATGA
AACTCAGTCTCTTATACCGGAGATTGATGCAGCGCCGACTCCACCAGAGGATCAGCTTGC
ACTTGATACACAACCTAATGCCAAAACCGACTTTCTCTTAAGCATCGATGAACTTCTTAG
TGCAGTGTCTCAGACAACGGCACAGTTAGGGAGATACTCAGTGTCTGATCCACCAGACCT
GACATACACAGAGATGGCGGGACACTGCGAGGCTCTTCTCATGGGGAAGCAAGAGAAGAT
GTCTTTCATGTCTGCAAAAAGCAACAAGTTCAACAACCAAACTAAAGAGAGTAATAGTCC
TGCTCTGCCTTCTGGTGGTGGTGGTAATCCTTTTGTGGATCAGACGAACTCTTGGGAGAC
TATGGGATTGGGTGCACCTGCAGCTTCTTCGAATATGTGTGTCACTGAGTACCAAAACCA
TCCTCCTTTTTTCAATCCCCCAAGCTCCACTCCTTTTGACAACTTCCTTAAGCCCGTTGG
TTCCTCTTGATTAGTTCTTTACCTTTGTTTCTCTTCTATAATTATTATTCTTTATAGAAC
GCGAATAACTATAACTTATTCCATAAAAAAAGATGCATAAATGTAAGTTATTTGCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AR57TF U 1
AF RR1AR57JQ C 253
BS 1 707 RR1AR57TF
BS 708 958 RR1AR57JQ

RD RR1AR57TF 707 0 0
GGAGAAAACGGTAGACCCGTTTCTTCAACTGGTGGAAGATTCCAAGCTAGATGCTGTGTT
CTATGGACAAGAAGAGCAACCAGCAAAGAGTTATGGATCAAAAGAAGACGATGATGATGC
ATTGGTTTCACTTGTGGCCATAGAACAAACTACACAAATCCAACCTCGTGAACATTACGC
TGCCATGATAATGAAGTTTCTTGGGAAACTATCAGATCAAGAGTCGTCGTCCATAAGGGA
GCAGCTAGTTTCAGATTTTATACCTATCGATGGTTGTCCTGTCGGAACACAGTTGACAGA
ATCTCCAGTTCAACCTTACCGTTCTGAAGATAAAAACAACAAACCACGAGAAATGGATGA
AACTCAGTCTCTTATACCGGAGATTGATGCAGCGCCGACTCCACCAGAGGATCAGCTTGC
ACTTGATACACAACCTAATGCCAAAACCGACTTTCTCTTAAGCATCGATGAACTTCTTAG
TGCAGTGTCTCAGACAACGGCACAGTTAGGGAGATACTCAGTGTCTGATCCACCAGACCT
GACATACACAGAGATGGCGGGACACTGCGAGGCTCTTCTCATGGGGAAGCAAGAGAAGAT
GTCTTTCATGTCTGCAAAAAGCAACAAGTTCAACAACCAAACTAAAGAGAGTAATAGTCC
TGCTCTGCCTTCTGGTGGTGGTGGTAATCCTTTTGTGGATCAGACGA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1AR57JQ 706 0 0
AGATTTTATACCTATCGATGGTTGTCCTGTCGGAACACAGTTGACAGAATCTCCAGTTCA
ACCTTACCGTTCTGAAGATAAAAACAACAAACCACGAGAAATGGATGAAACTCAGTCTCT
TATACCGGAGATTGATGCAGCGCCGACTCCACCAGAGGATCAGCTTGCACTTGATACACA
ACCTAATGCCAAAACCGACTTTCTCTTAAGCATCGATGAACTTCTTAGTGCAGTGTCTCA
GACAACGGCACAGTTAGGGAGATACTCAGTGTCTGATCCACCAGACCTGACATACACAGA
GATGGCGGGACACTGCGAGGCTCTTCTCATGGGGAAGCAAGAGAAGATGTCTTTCATGTC
TGCAAAAAGCAACAAGTTCAACAACCAAACTAAAGAGAGTAATAGTCCTGCTCTGCCTTC
TGGTGGTGGTGGTAATCCTTTTGTGGATCAGACGAACTCTTGGGAGACTATGGGATTGGG
TGCACCTGCAGCTTCTTCGAATATGTGTGTCACTGAGTACCAAAACCATCCTCCTTTTTT
CAATCCCCCAAGCTCCACTCCTTTTGACAACTTCCTTAAGCCCGTTGGTTCCTCTTGATT
AGTTCTTTACCTTTGTTTCTCTTCTATAATTATTATTCTTTATAGAACGCGAATAACTAT
AACTTATTCCATAAAAAAAGATGCATAAATGTAAGTTATTTGCCTG

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL8985Contig1 634 2 1 U
GGATAGACTAGTCATTATTCTTCTCCATCATCGCCGGCGAGATTCCGACAAACGAAGTGA
CAGAAACCAAGTGAAAGAAAGAGATAACATTTGCGAAGATGAACACGATAGCGAAGCGAG
TCACGGGACTACTACTGAGTCGACCGAGTCAGAGCCAGATGCAGCAGGAGAGAGGGATAA
GGGTGAAGGTGTTCTCGGGGGATCTAGACAAGGCGCTGACGATTCTGCAGAGGAAGATGC
AGTCGAGCGGGATGGAGAGGCTGATCAAAGCGCAGCAGACTCATCACATCAAGAACTCGG
AGAAGAAGGTTCTCGCCAGGAAGAATCTTGAACGCAAGATCAAATCCATTGACTTTGCTC
GCAAGCTACAGTCCATCCTCATCAAGAAAGTCAGAGGTTTATGAGAGCCTGAGCTGCTGC
TATAACCATTCATCATCTTCTTTTTCATTACATTTTCGGAGGAACGAGTGTTGATCAGTG
CTTAGTATCTGTGATATAGCACACTTGTGATCCATAATTGTTTTTTTTTTCGTTTTGAAC
TTGTTGAGGAATGGAATCATTCTATATGGAATTTGGTATAATCTTGGAATACCAGTAGTC
GTTTACTCTATGAATAAATGCTCTTCTCTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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TCTCTTTTCC

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DS 



AS 1 2

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GAGTCACCACAACC


BQ
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QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

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CATTTT


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CATTTT

QA 1 606 1 606
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TCCTGTTTGGCTTCAGCAAAAGTCTTAGAGCTCCTTATGCTGTGCGTGTTTCGCGTTTGA
TTTTGGCGTTATGCGTTTTGCTGTGGCTTGGAAAAAAGCACATAAAGTAAAAGAACCCCA
TCTTTTCTTTGATGGTATAGTAGTACTGTACGAAATAGATATCTTTTTTTGTTCTGATAC
AATGTTTATAGAGTGATTGGAAAACTCTTTGTGTGTTTGCACACATTATGTAAGAGTTTA
CATTTT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL8988Contig1 963 2 2 U
GCGCTCGTTAACCACTTGTCTGATTGGTTGGATGAAGAGCAGCAACAGAAAAATCTCGTC
TTTCACACCTTCAGCAACACAGGATGGTCAACTTATGGAGCCATTTTGGAGAAGTTTCAG
AAGCAAGATTCTTCTTTGATGGGAAGTGTTAAAGGTTGCATAGTTGACTCAGCTCCTGTT
GCCGCTGCTGATCCTACGGTATGGGCATCAGGTTTCTCAGCTGCCTTATTAAAGAAAAAC
AGTGTAGCCACTAAAGGATCAGCAAGTGAGTCAAACATGATGGAAGCACGGATCAACGGT
ATAAACTTCTCAGAGCCTAAACCCGCTGCAACAGAAACAGCTTTGCTTTTTGTTCTTGAG
AAGTTTTTCGGAGTGATTCTTAACCTTCCCAAAGTAAACAGGAGACTGGCAGATGTTGTG
GACACTTTATCTTCATCACAACCAAGATGTCCGCAGCTATACATATACAGCTCTGCAGAT
AGAGTAATACCGGCGGGGCAAGTAGAATCATTCATAGTAGAGCAGAGGAAAGCAGGACAG
GAGGTGCGTGCCTGCAACTTCATATCTTCACCTCATGTAGACCATTTCAGGAGTAACCCA
GAACTCTATACATCTGAGCTCAACCAGTTCATGGACAAGTTTGTCCTTTCTTCCTGCAAC
AACCATTCTTCATAGCGGCTTCCACAAGTGTTGTTGCTGCTGCTTAACTTATATTGGATC
ATTTTTAACTCCATACAGAGAAAAAAAGACTGCTCGGATCGGATGATTCTTTTGGTTTTG
GAATATGGTGTATAGATTGAATTATTACAGTTAACAGATTGTTTCTTCCCTTGTAAAAAT
GGTTGAGGTTTGTACATTTAGGAGAATGAAGAGATTCAAGAAAAAGTGAATGTTGGGGTG
CTGAGACGCCAGTTATTAAAGTATTTTGCTCTTTTCGTAATTTTGAGAATTATAAGGGAG
CGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR1AP13TF U 1
AF RR1AP13JQ C 228
BS 1 833 RR1AP13TF
BS 834 963 RR1AP13JQ

RD RR1AP13TF 833 0 0
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TTTCACACCTTCAGCAACACAGGATGGTCAACTTATGGAGCCATTTTGGAGAAGTTTCAG
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GCCGCTGCTGATCCTACGGTATGGGCATCAGGTTTCTCAGCTGCCTTATTAAAGAAAAAC
AGTGTAGCCACTAAAGGATCAGCAAGTGAGTCAAACATGATGGAAGCACGGATCAACGGT
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AAGTTTTTCGGAGTGATTCTTAACCTTCCCAAAGTAAACAGGAGACTGGCAGATGTTGTG
GACACTTTATCTTCATCACAACCAAGATGTCCGCAGCTATACATATACAGCTCTGCAGAT
AGAGTAATACCGGCGGGGCAAGTAGAATCATTCATAGTAGAGCAGAGGAAAGCAGGACAG
GAGGTGCGTGCCTGCAACTTCATATCTTCACCTCATGTAGACCATTTCAGGAGTAACCCA
GAACTCTATACATCTGAGCTCAACCAGTTCATGGACAAGTTTGTCCTTTCTTCCTGCAAC
AACCATTCTTCATAGCGGCTTCCACAAGTGTTGTTGCTGCTGCTTAACTTATATTGGATC
ATTTTTAACTCCATACAGAGAAAAAAAGACTGCTCGGATCGGATGATTCTTTTGGTTTTG
GAATATGGTGTATAGATTGAATTATTACAGTTAACAGATTGTTTCTTCCCTTG

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR1AP13JQ 736 0 0
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ACGGATCAACGGTATAAACTTCTCAGAGCCTAAACCCGCTGCAACAGAAACAGCTTTGCT
TTTTGTTCTTGAGAAGTTTTTCGGAGTGATTCTTAACCTTCCCAAAGTAAACAGGAGACT
GGCAGATGTTGTGGACACTTTATCTTCATCACAACCAAGATGTCCGCAGCTATACATATA
CAGCTCTGCAGATAGAGTAATACCGGCGGGGCAAGTAGAATCATTCATAGTAGAGCAGAG
GAAAGCAGGACAGGAGGTGCGTGCCTGCAACTTCATATCTTCACCTCATGTAGACCATTT
CAGGAGTAACCCAGAACTCTATACATCTGAGCTCAACCAGTTCATGGACAAGTTTGTCCT
TTCTTCCTGCAACAACCATTCTTCATAGCGGCTTCCACAAGTGTTGTTGCTGCTGCTTAA
CTTATATTGGATCATTTTTAACTCCATACAGAGAAAAAAAGACTGCTCGGATCGGATGAT
TCTTTTGGTTTTGGAATATGGTGTATAGATTGAATTATTACAGTTAACAGATTGTTTCTT
CCCTTGTAAAAATGGTTGAGGTTTGTACATTTAGGAGAATGAAGAGATTCAAGAAAAAGT
GAATGTTGGGGTGCTGAGACGCCAGTTATTAAAGTATTTTGCTCTTTTCGTAATTTTGAG
AATTATAAGGGAGCGC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL8989Contig1 630 2 2 U
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AGGAAGGTTGACACAAAAGCGTTTGAGGCCATGCAACAGCTCTCCAGCAAAAAGAGCAAC
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GCCGCACAGTTCCCTACTCTGGGCAAGTAAGGCACTCCAGTTTGGTCCTTCCTTCAGCCT
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TTCTATTATACACTGAAAGCATTTTGTTCTACGAACCCAAGTTTGGGAGTTCTTATCAAG
TTAAATGAGGCAGAAAACAGAATTATTATT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B260TF U 1
AF RR1FF92TF U 1
BS 1 606 RR1B260TF
BS 607 630 RR1FF92TF

RD RR1B260TF 606 0 0
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TACAGAGGTGGTTACCGTGGTGGAAGGTCAAGCCGTGGACCAAGAGAGGGAGCTGACAGA
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GGAGGAGGCCAGAAAGCTGCTGCACCCAAATTTGTGGCTCCTGCACCAAAGATTGAAGAC
GCCGCACAGTTCCCTACTCTGGGCAAGTAAGGCACTCCAGTTTGGTCCTTCCTTCAGCCT
CTTGTCTGGACTCTTTTAGTTTTTGTAATCTCTCACCTGGTTTGGATTTTGTTCTTCTGA
TTCTATTATACACTGAAAGCATTTTGTTCTACGAACCCAAGTTTGGGAGTTCTTATCAAG
TTAAAT

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR1FF92TF 630 0 0
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AGGAAGGTTGACACAAAAGCGTTTGAGGCCATGCAACAGCTCTCCAGCAAAAAGAGCAAC
AACGATGAGATCTTCATCAAATTGGGAACAGAGAAGGACAAGCGCCCAGTTGAGAAAGAA
GAGAAGACCAAGAAGTCGTTGAGCATAAATGAATTTCTGAAACCTGCAAATGGAGAGAGT
TACAGAGGTGGTTACCGTGGTGGAAGGTCAAGCCGTGGACCAAGAGAGGGAGCTGACAGA
GGAGGTCGTGGACCAAGAGGAGCTGACAGAGGTGGTCGGGGACCAAGAAGAGACAACGGA
GGAGGAGGCCAGAAAGCTGCTGCACCCAAATTTGTGGCTCCTGCACCAAAGATTGAAGAC
GCCGCACAGTTCCCTACTCTGGGCAAGTAAGGCACTCCAGTTTGGTCCTTCCTTCAGCCT
CTTGTCTGGACTCTTTTAGTTTTTGTAATCTCTCACCTGGTTTGGATTTTGTTCTTCTGA
TTCTATTATACACTGAAAGCATTTTGTTCTACGAACCCAAGTTTGGGAGTTCTTATCAAG
TTAAATGAGGCAGAAAACAGAATTATTATT

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL8990Contig1 959 2 2 U
GCAATACCTTTGCAGTTCACAAACTCTGTCAGTTCACTTCCTCTCCTCGAGCTCCACATC
TCCAAGCTGCTTACAAAGTACTACATTACTTCAAGGGCACAATAGGTTTGGGTCTTTTCT
ACTCTTCTCAGTCAGACCTCAAACTCTCTGCTTTCGCCGATGCCGATTGGGGCTCGTGTC
CTTATACTCGTCAGAGCGTATCTGGTTTATGCGTCTTCATTGGTTCTTCTCTTATCAATT
GGAGGTCAAATAAACAAGATACTGTCTCTAGCTCTTCCGCTGAATCAGAGTATCGTGCGA
TGTCTGAAGCAGTTAAGGAGATGATTTGGTTTCGAAATATGATGGAAGATCTTTGGATAG
AAACTCGAGAAGCTGCACCTCTGTATTGTGACAACACTGCTGCTATACACATAGCTAACA
ACGCGGTCTTTCAAGAAAGAACCAAACACGTCGAACGTGATTGTCACATTGTCAAAGAAT
GGGTTAAGAAAGGTCTGGTCCGTACTCTCCATGTCAGAACTGGAAATCAGCTTGCAGATA
TACTTACCAAACCTCAGTATCCTTCATCTTTCCGACATCTTATGAGCAAGATGGAGTTCA
TTAACATATACGCTCCATCTTGAGGGGGAATTGGTTATAGTCGGTTAGATTCGGTACATT
GTATACGGTTCAATTGTATATTTGATTTAACTCAATAACCGGTTTGTTCCGGGTAAGCTG
TAAACATGTATATATCGTGTGTTGATCACACTTTACTAAATAACAGAAAAGCATTCCTTT
ACTCTCTCTCTCTCTCCTTTGTCATCTTATGCTCTTTGTACCTCCATGAATGACGCAAGG
AGATCTTCCTCTTCTGTTCATCTCTGAAACTAATAACCCCCATGAATCCAAAAACCATAA
CTTTCGTAGATTTACGCAGCGAACAAAGATCTAGCTCAACAACACAAATCTAACTCAAA


BQ
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AF RR1A044TF U 1
AF RR1A044JQ C 13
BS 1 835 RR1A044TF
BS 836 959 RR1A044JQ

RD RR1A044TF 835 0 0
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TCCAAGCTGCTTACAAAGTACTACATTACTTCAAGGGCACAATAGGTTTGGGTCTTTTCT
ACTCTTCTCAGTCAGACCTCAAACTCTCTGCTTTCGCCGATGCCGATTGGGGCTCGTGTC
CTTATACTCGTCAGAGCGTATCTGGTTTATGCGTCTTCATTGGTTCTTCTCTTATCAATT
GGAGGTCAAATAAACAAGATACTGTCTCTAGCTCTTCCGCTGAATCAGAGTATCGTGCGA
TGTCTGAAGCAGTTAAGGAGATGATTTGGTTTCGAAATATGATGGAAGATCTTTGGATAG
AAACTCGAGAAGCTGCACCTCTGTATTGTGACAACACTGCTGCTATACACATAGCTAACA
ACGCGGTCTTTCAAGAAAGAACCAAACACGTCGAACGTGATTGTCACATTGTCAAAGAAT
GGGTTAAGAAAGGTCTGGTCCGTACTCTCCATGTCAGAACTGGAAATCAGCTTGCAGATA
TACTTACCAAACCTCAGTATCCTTCATCTTTCCGACATCTTATGAGCAAGATGGAGTTCA
TTAACATATACGCTCCATCTTGAGGGGGAATTGGTTATAGTCGGTTAGATTCGGTACATT
GTATACGGTTCAATTGTATATTTGATTTAACTCAATAACCGGTTTGTTCCGGGTAAGCTG
TAAACATGTATATATCGTGTGTTGATCACACTTTACTAAATAACAGAAAAGCATTCCTTT
ACTCTCTCTCTCTCTCCTTTGTCATCTTATGCTCTTTGTACCTCCATGAATGACG

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR1A044JQ 947 0 0
GCAG
TCACAAACTCTGTCAGTTCACT*CCTCTCCTCGAGCTCCACATCTCCAAGCTGCTTACAA
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CCTCAAACTCTCTGCTTTCGCCGATGCCGATTGGGGCTCGTGTCCTTATACTCGTCAGAG
CGTATCTGGTTTATGCGTCTTCATTGGTTCTTCTCTTATCAATTGGAGGTCAAATAAACA
AGATACTGTCTCTAGCTCTTCCGCTGAATCAGAGTATCGTGCGATGTCTGAAGCAGTTAA
GGAGATGATTTGGTTTCGAAATATGATGGAAGATCTTTGGATAGAAACTCGAGAAGCTGC
ACCTCTGTATTGTGACAACACTGCTGCTATACACATAGCTAACAACGCGGTCTTTCAAGA
AAGAACCAAACACGTCGAACGTGATTGTCACATTGTCAAAGAATGGGTTAAGAAAGGTCT
GGTCCGTACTCTCCATGTCAGAACTGGAAATCAGCTTGCAGATATACTTACCAAACCTCA
GTATCCTTCATCTTTCCGACATCTTATGAGCAAGATGGAGTTCATTAACATATACGCTCC
ATCTTGAGGGGGAATTGGTTATAGTCGGTTAGATTCGGTACATTGTATACGGTTCAATTG
TATATTTGATTTAACTCAATAACCGGTTTGTTCCGGGTAAGCTGTAAACATGTATATATC
GTGTGTTGATCACACTTTACTAAATAACAGAAAAGCATTCCTTTACTCTCTCTCTCTCTC
CTTTGTCATCTTATGCTCTTTGTACCTCCATGAATGACGCAAGGAGATCTTCCTCTTCTG
TTCATCTCTGAAACTAATAACCCCCATGAATCCAAAAACCATAACTTTCGTAGATTTACG
CAGCGAACAAAGATCTAGCTCAACAACACAAATCTAACTCAAA

QA 5 947 5 947
DS 



AS 1 2

CO CL8991Contig1 665 2 2 U
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TGGCAAGATCGTGCAGGACATGATTCTTGTCTTGAGGAATGTCGAATGCGGTGAAGTGGA
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AAATGTTTTCATGTTCCTAATATGTGTGTGTATGTATGTGTTTGTAATAAAAGCCACAGG
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TTTCG


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AF RR1A744JQ C 1
AF RR1A744TF U 60
BS 1 59 RR1A744JQ
BS 60 665 RR1A744TF

RD RR1A744JQ 665 0 0
GGGGAGAAAACAGAGGAAGGGGTTGAAGATGGAGGAACTTGCAGGGCTTCTGAGGATCCG
AGTGAAGAAAGGGATCAATCTCGCTAGACGTGACTCTCTAAGCAGCGATCCTTTTGTCGT
CATAACCATGGGAACACAGAAACTGAAGGGTCGTACTGTGGAAAACAACTGCAACCCTGA
GTGGAATGAAGAGTTAACACTTGCCCTCAAACATCCCAATGAACATGTGATTCTGATTGT
GTATGATAAAGATACATTCACATCTCACGACAAGATGGGAGATGCGCAGATCGACATCAA
GCCGTTTCTAGAGGTTCATAAACTTGGTTTGCAAGAACTTCCTGATGGGACGGTGATCAA
GAGGGTTTTGCCCACCGAAGAAAACTGCTTGTCTGAAGAGAGTAGAATCGTCTACCATAA
TGGCAAGATCGTGCAGGACATGATTCTTGTCTTGAGGAATGTCGAATGCGGTGAAGTGGA
GATTCAGCTTGAGTGGATTGGAATTCCAGGTGGTAGAGGACTCTGAAAACACACAGTTGA
AAATGTTTTCATGTTCCTAATATGTGTGTGTATGTATGTGTTTGTAATAAAAGCCACAGG
TTCTGTAATAAAATCACACTTTGTTTTGCGTAGCATATGAATTAGCTCACGCACATCGGA
TTTCG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR1A744TF 606 0 0
GAGTGAAGAAAGGGATCAATCTCGCTAGACGTGACTCTCTAAGCAGCGATCCTTTTGTCG
TCATAACCATGGGAACACAGAAACTGAAGGGTCGTACTGTGGAAAACAACTGCAACCCTG
AGTGGAATGAAGAGTTAACACTTGCCCTCAAACATCCCAATGAACATGTGATTCTGATTG
TGTATGATAAAGATACATTCACATCTCACGACAAGATGGGAGATGCGCAGATCGACATCA
AGCCGTTTCTAGAGGTTCATAAACTTGGTTTGCAAGAACTTCCTGATGGGACGGTGATCA
AGAGGGTTTTGCCCACCGAAGAAAACTGCTTGTCTGAAGAGAGTAGAATCGTCTACCATA
ATGGCAAGATCGTGCAGGACATGATTCTTGTCTTGAGGAATGTCGAATGCGGTGAAGTGG
AGATTCAGCTTGAGTGGATTGGAATTCCAGGTGGTAGAGGACTCTGAAAACACACAGTTG
AAAATGTTTTCATGTTCCTAATATGTGTGTGTATGTATGTGTTTGTAATAAAAGCCACAG
GTTCTGTAATAAAATCACACTTTGTTTTGCGTAGCATATGAATTAGCTCACGCACATCGG
ATTTCG

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL8992Contig1 815 2 1 U
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TTGTTATTCAGGGCATGGTGTTTTCCCAAATATTTACACTTCCATGGCCAAACCCTCTCA
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ATATTCTTTGACATTATCTCCGGTTGCAATGAGTCTTGAGGAATTACTACCATCAAACCA
TGGCCAGTCACGTTTCTATGCAATCGCCATTAGAAGCGCATTGGCCTTCTCTACTCTGCT
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AATGCTTATTACGTTGATACTACCACCCGCTTGTTTCTTGAGCATCCTAAGGACAAAAGT
AACCCCTACTCAGGTGGCGCTTTGTATCGTAATTATCACAGTAGGAGCAGTATGTTCAGC
TATGGGCACATATTCAGCCCTTTCAAAGATCATCGAGAAGCTGAACACCTAGAAATGAAT
TATTTTATCCATTTTCAATAAGTCAGTGGAGAATTATTACAGCACTATCACTTTCTTTAA
ATCGATTATTATCATCTTTTTCTCAGTGGGTGAACTTTAATTTATATCCACAACCACCTT
ATTTACATACAAGAAAATGCGAACATTTTTTTTGC


BQ
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AF RR1AC16JQ C 1
AF RR1AC16TF U 1
BS 1 815 RR1AC16TF

RD RR1AC16JQ 815 0 0
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TCAAGATTTGGTTGCATCTAAGATTGCTTTGTGGACCACAGTAGTCAGTCCATTTACCAA
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CGTTGGTCTTGCGATTCCCTTTTTCGGCCTTGTCATGTCATTGATCGGATCATTCTTGAC
AATGCTTATTACGTTGATACTACCACCCGCTTGTTTCTTGAGCATCCTAAGGACAAAAGT
AACCCCTACTCAGGTGGCGCTTTGTATCGTAATTATCACAGTAGGAGCAGTATGTTCAGC
TATGGGCACATATTCAGCCCTTTCAAAGATCATCGAGAAGCTGAACACCTAGAAATGAAT
TATTTTATCCATTTTCAATAAGTCAGTGGAGAATTATTACAGCACTATCACTTTCTTTAA
ATCGATTATTATCATCTTTTTCTCAGTGGGTGAACTTTAATTTATATCCACAACCACCTT
ATTTACATACAAGAAAATGCGAACATTTTTTTTGC

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

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GTTTCTTCCCGGTTTTGAAGGCCCTCTTCCTTTTGAGCTTAAAACCGGGTACATCGGTAT
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ATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR1AQ86TF U 1
AF RR1AY79TF U 189
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DS 

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G
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TACTTCATATTCATGGACACAGGTGGCTAACATAATATTCTTGGATCAACCTGTTGGATC
TGGTTTCTCATACTCAAGAACTCCACTTGATAAAACTAGTGACACAAATGAAGTAAAGAT
GATCCATGAGTTTCTTCAAAAGTGGCTAAGCAAGCATCCACAGTTTTTCTCCAACCCATT
TTACGTTATCGGAGATTCTTATTCCGGTAAGATTGTTCCGGCACTCGTTCAGAAAATCTC
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AGTCCGTGAAGCTCTCCATGTGCAAAAGGGGACTAAAGGACATTGGAAGCGATGT

QA 2 836 2 836
DS 



AS 1 2

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GATATCCTGATCTTTAGGCAGATGAAGGCCTACTTGCGGTCTTCTTCATTGCGCAAAGCT
GCTTTGAGGGCATTGTCCAAGACGTTGATAACTGATGAGACTATTTACCTGAAAACTCAA
TTTTCTCTCCTCTCACCAAACAAAGATGGCCTCATCACTTTGGAAACCATTAGATCGGCA
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GTTCATCAGCATGAGTCGCTTGATTGTTGGGAGGAGAGCATTCGTCATGCTTATGAGCTA
TTTGAAATGAATGGAAACAGAGCTATTGTCATTGAAGAACTAGCTTCTGAACTTGGGGTT
GGACCAGCTATAACAGTACATTCGGTTCTACGTGAATGGATAAGACACACAGATGGGAAA
CTGAGTTTCTTCGGGTTTGCTAAACTCTTACATGGAGTCTCTGTTCGTCCCTCAGTGAAA
ACTCCACGGTGAAGTTAATGAAAATCCAACACTGACGAAGCAAAAAAAAGAGGATGTCAA
GATCTTTACTTTGATTCTTTGGATCAGTAGTGAGGATTGTAAAAGAGAATATAAAGTTTC
ATACAAGAGAAGTTGTAAGAAGATTTGTTGTGATAAAAATAGTAACCACAGTGACTCTCA
CTCTATGTGAAGAAGTCAAGAGAAAGATAAAGGAATTTAAACAAGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AF90TF U 1
AF RR1AF90JQ C 156
BS 1 764 RR1AF90TF
BS 765 949 RR1AF90JQ

RD RR1AF90TF 764 0 0
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GAAGCTAAAGACTTTGTCAAGCGGTTATTGTTTAAGGATCCTCGGAGAAGAATGTCAGCT
TCCCAAGCCTTGATGCATCCTTGGATCCGTGGTTATGATAGGGATATGAATATACCGTTT
GATATCCTGATCTTTAGGCAGATGAAGGCCTACTTGCGGTCTTCTTCATTGCGCAAAGCT
GCTTTGAGGGCATTGTCCAAGACGTTGATAACTGATGAGACTATTTACCTGAAAACTCAA
TTTTCTCTCCTCTCACCAAACAAAGATGGCCTCATCACTTTGGAAACCATTAGATCGGCA
CTTTCAAGAAATGCAACAGAGGAAATGAAGGAGTCTCGAGTCCCAGAGTTTCTTGCTTTG
CTAAATGGACTTCAACACAGAGGAATGGACTTCGAAGAGTTTTGTGCAGCGGCTGTAAAC
GTTCATCAGCATGAGTCGCTTGATTGTTGGGAGGAGAGCATTCGTCATGCTTATGAGCTA
TTTGAAATGAATGGAAACAGAGCTATTGTCATTGAAGAACTAGCTTCTGAACTTGGGGTT
GGACCAGCTATAACAGTACATTCGGTTCTACGTGAATGGATAAGACACACAGATGGGAAA
CTGAGTTTCTTCGGGTTTGCTAAACTCTTACATGGAGTCTCTGTTCGTCCCTCAGTGAAA
ACTCCACGGTGAAGTTAATGAAAATCCAACACTGACGAAGCAAA

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR1AF90JQ 794 0 0
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GCGGTCTTCTTCATTGCGCAAAGCTGCTTTGAGGGCATTGTCCAAGACGTTGATAACTGA
TGAGACTATTTACCTGAAAACTCAATTTTCTCTCCTCTCACCAAACAAAGATGGCCTCAT
CACTTTGGAAACCATTAGATCGGCACTTTCAAGAAATGCAACAGAGGAAATGAAGGAGTC
TCGAGTCCCAGAGTTTCTTGCTTTGCTAAATGGACTTCAACACAGAGGAATGGACTTCGA
AGAGTTTTGTGCAGCGGCTGTAAACGTTCATCAGCATGAGTCGCTTGATTGTTGGGAGGA
GAGCATTCGTCATGCTTATGAGCTATTTGAAATGAATGGAAACAGAGCTATTGTCATTGA
AGAACTAGCTTCTGAACTTGGGGTTGGACCAGCTATAACAGTACATTCGGTTTTACGTGA
ATGGATAAGACACACAGATGGGAAACTGAGTTTCTTCGGGTTTGCTAAACTCTTACATGG
AGTCTCTGTTCGTCCCTCAGTGAAAACTCCACGGTGAAGTTAATGAAAATCCAACACTGA
CGAAGCAAAAAAAAGAGGATGTCAAGATCTTTACTTTGATTCTTTGGATCAGTAGTGAGG
ATTGTAAAAGAGAATATAAAGTTTCATACAAGAGAAGTTGTAAGAAGATTTGTTGTGATA
AAAATAGTAACCACAGTGACTCTCACTCTATGTGAAGAAGTCAAGAGAAAGATAAAGGAA
TTTAAACAAGAAAC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL8995Contig1 783 2 8 U
GGTGCAAGTCTTTCAACAATCATCGAAATCATTGAATCGTAGTATGATTTTAAAACAAAC
TTAATCGTACTATTCCCATAGGTTAAATTAATAAAACTTCTGTTGAAAAATACACACATA
CAACAGAACGAGAAACTCTCTCAGATACAAATACAATCAGGCTTTAGGAGTTTCCCGTAT
GTGACGAGAAGGGGTCATGTTGCTCTATGGAAGAACTCGATAGCTTCGTTGTACTGATCC
ATGACAACGTTGTGTAGGAGGTGAACAGGTTCAAGGGGGTTCGCGTAGCCACCCAAAATG
TCACGAGTCAAAGGAGGAGTGTCATCGTCTTTTGACCAAGCGTGTTGAGCCACGGAAAGA
CCGCTTAAACAGTAACATGTGTGGTAGAAGTCACGGGGTTTCCTCAGCTTATCTCTGAAT
CCACCTTCAGGAACCTTAAAGCACAAGAGCACATATCTTTGCAAGCCGAGGCTATCAAAA
ACAGGTTGAACTCTTCTGTTAATGTAGGTTGATGTATGATGGACTTGGTGACCATTCCCT
GAATCTTCATCGCTGTCCTCATCAGAATCATCTTCATCACTGTCTTCGGGATCATCTTCA
TCATGAGCATGTTCCTCGTGATCTTCATCTGTCTCTTGTGACACATGTGATGATCCATGA
CGTCCCAGATCCCGGGATGAAAAAAATCGCTGAAGTAGAACACAAGGGGCTGCCTGCCAA
AAAGTGTAGCAACCATTGACCAATTTGTTCGTCCTACCTTGGAATCCCATTTCTACTCCT
TGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 

AF RR1DI68JQ U 1
AF RR1C265JQ U 52
BS 1 367 RR1DI68JQ
BS 368 368 RR1C265JQ
BS 369 438 RR1DI68JQ
BS 439 439 RR1C265JQ
BS 440 643 RR1DI68JQ
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BS 645 679 RR1DI68JQ
BS 680 783 RR1C265JQ

RD RR1DI68JQ 679 0 0
GGTGCAAGTCTTTCAACAATCATCGAAATCATTGAATCGTAGTATGATTTTAAAACAAAC
TTAATCGTACTATTCCCATAGGTTAAATTAATAAAACTTCTGTTGAAAAATACACACATA
CAACAGAACGAGAAACTCTCTCAGATACAAATACAATCAGGCTTTAGGAGTTTCCCGTAT
GTGACGAGAAGGGGTCATGTTGCTCTATGGAAGAACTCGATAGCTTCGTTGTACTGATCC
ATGACAACGTTGTGTAGGAGGTGAACAGGTTCAAGGGGGTTCGCGTAGCCACCCAAAATG
TCACGAGTCAAAGGAGGAGTGTCATCGTCTTTTGACCAAGCGTGTTGAGCCACGGAAAGA
CCGCTTAGACAGTAACATGTGTGGTAGAAGTCACGGGGTTTCCTCAGCTTATCTCTGAAT
CCACCTTCAGGAACCTTAGAGCACAAGAGCACATATCTTTGCAAGCCGAGGCTATCAAAA
ACAGGTTGAACTCTTCTGTTAATGTAGGTTGATGTATGATGGACTTGGTGACCATTCCCT
GAATCTTCATCGCTGTCCTCATCAGAATCATCTTCATCACTGTCTTCGGGATCATCTTCA
TCATGAGCATGTTCCTCGTGATCTTCATCTGTCTCTTGTGACATATGTGATGATCCATGA
CGTCCCAGATCCCGGGATG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1C265JQ 732 0 0
AAAACAAACTTAATCGTACTCTTCCCATAGGTTAAATTAATAAAACTTCTGTTGAAAAAT
ACACACATACAACAGAACGAGAAACTCTCTCAGATACAAATACAATCAGGCTTTAGGAGT
TTCCCGTATGTGACGAGAAGGGGTCATGTTGCTCTATGGAAGAACTCGATAGCTTCGTTG
TACTGATCCATGACAACGTTGTGTAGGAGGTGAACAGGTTCAAGGTGGTTCGCGTAGCCA
CCCAAAATGTCACGAGTCAAAGGAGGAGTGTCCTCGTCTTTTGACCAAGCGTGTTGAGCC
ACGGAAAGACCGCTTAAACAGTAACATGTGTGGTAGAAGTCACGGGGTTTCCTCAGCTTA
TCTCTGAATCCACCTTCAGGAACCTTAAAGCACAAGAGCACATATCTTTGCAAGCCGAGG
CTATCAAAAACAGGTTGAACTCTTCTGTTAATGTAGGTTGATGTATGATGGACTTGGTGA
CCATTCCCTGAATCTTCATCGCTGTCCTCATCAGAATCATCTTCATCACTGTCTTCGGGA
TCATCTTCATCATGAGCATGTTCCTCGTGATCTTCATCTGTCTCTTGTGACACATGTGAT
GATCCATGACGTCCCAGATCCCGGGATGAAAAAAATCGCTGAAGTAGAACACAAGGGGCT
GCCTGCCAAAAAGTGTAGCAACCATTGACCAATTTGTTCGTCCTACCTTGGAATCCCATT
TCTACTCCTTGT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL8996Contig1 796 2 4 U
GAATTCATGCGAGGAGAAGAAGTCCTTTCGGCCGTAGAAGAAGTTTGTCAAGAAGTGCTT
CTCCTGATGGACGCATAAGGAGAGGAAGAGGATTTAGCCAGAGATACTCTTACGCTCGTA
GATACAGAGCCTCTCCAACTCCTGATCGTTCTCCTTATCGCTTGAGTGATAGGAATGACC
GTGACAGATTTCGAAGTCACAGAAGGTACTCTCCAAGACGGTTCAGAAGTCCATTAAAAG
CAAGAACACCTCCAAGGTTAAGAAGAAGAAGCCGATCTGTATCGCCTAGTCCACGTCATC
GCCGGCGTTACAGCCGCAGCCCTATCCGTAGCCGTTCACCGTATAGGAAGAGAAGATCAC
CATCCCCTGCTAGCCGCAGCCGATCACCATATAGGAAGAGAAGATCACCGTCTCCTGCTA
GCCGCAGCCGAAGTCCGTCAGGGTCAAGATCAAGATCATATTCAAAGTCTCCCATTGGGG
CAGGGAAAGCAAGATCAGTGTCAAGATCACCATCTAAATCGAGTTCTTCATCCTCAGGTG
ATAGCTCAGGTGGGCAGAAGCCATTAGTAGCCTATGATTAGCGACCCACGTGTCCTTTTG
TTCTATTACTCTAGAGAGTGAAGAGACTAAGCACTAAGCAGTTAAAAAGTCTGCATTGTC
TGTCTTGTAGCCGTGTCTTCTACTTGACTCTCCAGCCTTTGTTATAAGTTCACGTTGATG
TTTGCCGACATTCTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGACCGTAACTTTTAAACTTGACAATTT
GAACCTTAATTACACA


BQ
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AF RR1CF94TF U 1
AF RR1CF94JQ C 122
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GCCGCAGCCGAAGTCCGTCAGGGTCAAGATCAAGATCATATTCAAAGTCTCCCATTGGGG
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DS 

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AAGAACACCTCCAAGGTTAAGAAGAAGAAGCCGATCTGTATCGCCTAGTCCACGTCATCG
CCGGCGTTACAGCCGCAGCCCTATCCGTAGCCGTTCACCGTATAGGAAGAGAAGATCACC
ATCCCCTGCTAGCCGCAGCCGATCACCATATAGGAAGAGAAGATCACCGTCTCCTGCTAG
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TCTATTACTCTAGAGAGTGAAGAGACTAAGCACTAAGCAGTTAAAAAGTCTGCATTGTCT
GTCTTGTAGCCGTGTCTTCTACTTGACTCTCCAGCCTTTGTTATAAGTTCACGTTGATGT
TTGCCGACATTCTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGACCGTAACTTTTAAACTTGACAATTTG
AACCTTAATTACACA

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL8997Contig1 614 2 2 U
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TGCATTGCAGTTGTATCTTGCTGGAAATGCTCAGTTGAAAGAACTTAAAGAAGCCAATGG
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TCATTTTAGGCTTC


BQ
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AF RR1AS81JQ C 1
AF RR1AS81TF U 11
BS 1 10 RR1AS81JQ
BS 11 614 RR1AS81TF

RD RR1AS81JQ 614 0 0
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GAGAGGTCTTGAGGGTTCAGTAATATTTTATCTTGGATTCCATGCGCATGGTGTTCTGTT
CCCTAATCCAGAAAGGGTACTTGAAGAAGCCAAAGAGTCATGTGCAAAAGCCAAGTCTTT
ATCGGAGGAGTATTACGCTCAACTGGATGAGTTAATTGAAAATAGAAAGGTGCTGGACGA
TGCATTGCAGTTGTATCTTGCTGGAAATGCTCAGTTGAAAGAACTTAAAGAAGCCAATGG
ACTTTGAAAACGTTTTGTCAATCGCAGGAAGAATCTGAGTGGAGTCTCTTGTGATGAAAT
TGAACAGAAGAAATGATCTAATTTGGTGCGAAGAATGAAAGCAGTATATGGAATCTTTAG
TGTAAGTAGCTGAAGGTTTTGATGGTGTGGCCTTCTTTAAAACTTTTGAGCTCTGTTAGT
AATTAGTATATATATCAACTTTGGAGCAACATTCTTGAGTTTGTTTTGTTGTTAGTTAAA
TCATTTTAGGCTTC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1AS81TF 604 0 0
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ATGCCTGGATTCTTACTGGGCTCCAATCTGCTAAAGAAGGGAGTTTCATGGAGAGGTCTT
GAGGGTTCAGTAATATTTTATCTTGGATTCCATGCGCATGGTGTTCTGTTCCCTAATCCA
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TATTACGCTCAACTGGATGAGTTAATTGAAAATAGAAAGGTGCTGGACGATGCATTGCAG
TTGTATCTTGCTGGAAATGCTCAGTTGAAAGAACTTAAAGAAGCCAATGGACTTTGAAAA
CGTTTTGTCAATCGCAGGAAGAATCTGAGTGGAGTCTCTTGTGATGAAATTGAACAGAAG
AAATGATCTAATTTGGTGCGAAGAATGAAAGCAGTATATGGAATCTTTAGTGTAAGTAGC
TGAAGGTTTTGATGGTGTGGCCTTCTTTAAAACTTTTGAGCTCTGTTAGTAATTAGTATA
TATATCAACTTTGGAGCAACATTCTTGAGTTTGTTTTGTTGTTAGTTAAATCATTTTAGG
CTTC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL8998Contig1 860 2 6 U
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CTAGAGATGGAGAAGAACGTACCATTAAGCAAGAAGCTACTTAACATCGTACGTTTTGTC
ATGTACATGTTACACAAAGGCATCTCAAAGCAAAGGCTCCTCGCCGACTTTAACGCCACT
CTCAAACGCGGCAAGAATCTCATCTTCCACAACCGCCGCCGAGTCCCAGCCACGGCCTCC
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GAGCTGCTCAACGGCGCAGGAGTTCAAGAAGGCGGCAGTAAGACGCAGGCTTTGTCGGTC
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CCTAAATAATTTCTCTCTATTCTGCTAATTTGGTACTCTGAAGTTGTAATAATATTTTTG
GTGCGAGGGTTGGGGATTTTCTTCTCATTTCTTGATGAAATTAGATTTACCATTATGAAT
AAAAAAGTTATTATGTGGCC


BQ
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AF RR1FH51TF U 1
AF RR1FH51JQ C 95
BS 1 452 RR1FH51TF
BS 453 453 RR1FH51JQ
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BS 671 671 RR1FH51JQ
BS 672 707 RR1FH51TF
BS 708 860 RR1FH51JQ

RD RR1FH51TF 707 0 0
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CTAGAGATGGAGAAGAACGTACCATTAAGCAAGAAGCTACTTAACATCGTACGTTTTGTC
ATGTACATGTTACACAAAGGCATCTCAAAGCAAAGGCTCCTCGCCGACTTTAACGCCACT
CTCAAACGCGGCAAGAATCTCATCTTCCACAACCGCCGCCGAGTCCCAGCCACGGCCTCC
ACCGTGGCTTCCCAGCCGAGGAAAGACTACGAATTTAGCTGCAACGACACTCCAAACTAC
TCATTCCCCTTTAACATGGCCGCTTTCAAGAATAAGAGTCACCACATTGGTGGTCTCTTC
GCGTGTGGTCAAGCGCCACCGACCCTCGACGACGATACCTCCGCCTCCTTAGCCGTGCTG
GAGCTGCTCAACGGCGCAGGAGTTCAAGAAGGGGGCAGTAAGACGCAGGCTTTGTCGGTC
GAGGCTTTGACGGCGTCGTTGTCTCCTTATAACTTGCCCGGGTTTGGACGGAGTTCTCAG
TCAGTGAGACCTTTACGCGTGACTGACTCACCGTTCCCGTTAGCGGAAGATGGTGACGTG
GCCAACGGACATGTGGACGAAGCAGCCGAGGAGTTTATAGTGAAGTTTTACAAGAACTTG
AATCAGCAAA*GAAGATTGAGTTCTCACCTAAATAACAAATCTTCTT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR1FH51JQ 766 0 0
AGCTACTTAACATCGTACGTTTTGTCATGTACATGTTACACAAAGGCATCTCAAAGCAAA
GGCTCCTCGCCGACTTTAACGCCACTCTCAAACGCGGCAAGAATCTCATCTTCCACAACC
GCCGCCGAGTCCCAGCCACGGCCTCCACCGTGGCTTCCCAGCCGAGGAAAGACTACGAAT
TTAGCTGCAACGACACTCCAAACTACTCATTCCCCTTTAACATGGCCGCTTTCAAGAATA
AGAGTCACCACATTGGTGGTCTCTTCGCGTGTGGTCAAGCGCCACCGACCCTCGACGACG
ATACCTCCGCCTCCTTAGCCGTGCTGGAGCTGCTCAACGGCGCAGGAGTTCAAGAAGGCG
GCAGTAAGACGCAGGCTTTGTCGGTCGAGGCTTTGACGGCGTCGTTGTCTCCTTATAACT
TGCCCGGGTTTGGACGGAGTTCTCAGTCAGTGAGACCTTTACGCGTGACTGACTCACCGT
TCCCGTTAGCGGAAGATGGTGACGTGGCCAACGGACATGTGGACGAAGCAGCCGAGGAGT
TTATAGTGAAGTTTTACAAGAACTTGAATCAGCAAAAGAAGATTGAGTTCTCACCTAAAT
AACAAATCTTCTTTTTCATTTCTCTTCCTAAATAATTTCTCTCTATTCTGCTAATTTGGT
ACTCTGAAGTTGTAATAATATTTTTGGTGCGAGGGTTGGGGATTTTCTTCTCATTTCTTG
ATGAAATTAGATTTACCATTATGAATAAAAAAGTTATTATGTGGCC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL8999Contig1 890 2 2 U
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GGCTACAAAAGGCAGCTGCTGCTCGGGATCAGTACCGGTTATTAGGAGAGAATGTGGCCA
AGTTACGAACTGATATGATGAAAGAACAGCTTGCCACTTTCAAGTCCCAGCTTGAAGAGT
TCGCTCGTAAACACAAGAATGACATTCGTAAAAATCCAGCCTTTAGAGCTCAGTTCCATG
AGATGTGTGCTAAAGTTGGTGTAGATCCACTAGCTTCAAACAAGGGCTTCTGGGCTGAGC
TCCTGGGAATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGC
TTACAAGATCACTCAATGGAGGTTTGATCAGCTTGCAAGAGCTCTGCAGCCATCTTCGTC
AGAGAAGGAAAAAAAGACCATGAAGCTGTCACCGAAGACGATTGTCTTCGAGCTATTAGC
AAGCTAAAGGTATTGGGTAGTGGATTTGAGGTCATCACAATTGGCAAGAAAAAGCTTGTC
CGTTCAGTCCCCACCGAGCTCAACAAAGACCATAACCAAATCTTGGAGTTGGCTCAGGGA
CAAGGCTTTGTGACTGTGGAAGAGGTACAAAGACGGCTCTCGTGGACATCTGGTCGGGTC
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TCTGTATTGCATATAAGTTACGAAAAAAATAATCTTATCAATATATTCCC


BQ
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AF RR1C526TF U 1
AF RR1C526JQ C 146
BS 1 687 RR1C526TF
BS 688 890 RR1C526JQ

RD RR1C526TF 687 0 0
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GGCTACAAAAGGCAGCTGCTGCTCGGGATCAGTACCGGTTATTAGGAGAGAATGTGGCCA
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TCGCTCGTAAACACAAGAATGACATTCGTAAAAATCCAGCCTTTAGAGCTCAGTTCCATG
AGATGTGTGCTAAAGTTGGTGTAGATCCACTAGCTTCAAACAAGGGCTTCTGGGCTGAGC
TCCTGGGAATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGC
TTACAAGATCACTCAATGGAGGTTTGATCAGCTTGCAAGAGCTCTGCAGCCATCTTCGTC
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AAGCTAAAGGTATTGGGTAGTGGATTTGAGGTCATCACAATTGGCAAGAAAAAGCTTGTC
CGTTCAGTCCCCACCGAGCTCAACAAAGACCATAACCAAATCTTGGAGTTGGCTCAGGGA
CAAGGCTTTGTGACTGTGGAAGAGGTACAAAGACGGCTCTCGTGGACATCTGGTCGGGTC
ATAGATGCTCTCGAAACTTTGTTAGAG

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DS 

RD RR1C526JQ 745 0 0
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TCCACTAGCTTCAAACAAGGGCTTCTGGGCTGAGCTCCTGGGAATTGGTGACTTCTACTA
TGAACTTGGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACTCAATGGAGGTTT
GATCAGCTTGCAAGAGCTCTGCAGCCATCTTCGTCAGAGAAGGAAAAAAAGACCATGAAG
CTGTCACCGAAGACGATTGTTTTCGAGCTATTAGCAAGCTAAAGGTATTGGGTAGTGGAT
TTGAGGTCATCACAATTGGCAAGAAAAAGCTTGTCCGTTCAGTCCCCACCGAGCTCAACA
AAGACCATAACCAAATCTTGGAGTTGGCTCAGGGACAAGGCTTTGTGACTGTGGAAGAGG
TACAAAGACGGCTCTCGTGGACATCTGGTCGGGTCATAGATGCTCTCGAAACTTTGTTAG
AGGAGGGCCTTGCAATGATCGACAATGGCAGTAGAGACGGAAAATGTCAGTACTGGTTCC
CCTGTGTCTCTTCTGTCTACTCATTCGTTGGATCTGATACTTAAAACTGTTAGATGCTCT
CTTTTGTATTCATGTTTTGTACTCAATACACTCGCTCTGTATTGCATATAAGTTACGAAA
AAAATAATCTTATCAATATATTCCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

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GGGAGCAAAAAAAAAACACAGAGCTTCTTCAAGCTCGAACGCCTCCAGCTCTACCGAACA
TCATCAGGGGAAGACTGTAAAGACGCTGAGATTGAAACCAGCAGAGATAGAATTAGTTTT
TTTTTCGAGCTTTTGAAACCTAATCCATACCGAAACCCGAGAAGATAAAGGGCAACTGTG
TCCTTCCGTACTCGACGAACCTTGGTAAGAAGAGAGCTTTAGATCGAAACAGTTGACTCC
GAGAAGAAGTTGAGAGAAAGAGATGAAGAGAAAGATAGCTATAGGTTTCGAGGGTTCAGC
CAACAAGATCGGCGTCGGAATCGTAACACTCGACGGCACAATCCTAGCCAACCCACGCCA
CACGTACATAACCCCTCCCGGTCACGGTTTCCTCCCTAGAGAGACTGCCCATCACCATCT
CGACCACGTTCTCCCTCTAGTCAAATCAGCTCTCGAGACCTCCAAAATCACCCCGGAGGA
AATCGACTGCATCTGCTACACCAAAGGCCCCGGGATGGGAGCTCCCTTGCAAGTCTCCGC
CATCGTCGTCAGGGTGCTGTCGCAGCTCTGGAAGAAGCCTCTCGTCGGTGTGAATCACTG
CGTGGCTCACATCGAGATGGGGGAGGGTTGTTACTGGTGCTGATGATCCTGTTGTGTTGT
ATGTGAGCGGTGGGAACAC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1CF16TF U 1
AF RR1DB45TF U 54
BS 1 525 RR1CF16TF
BS 526 526 RR1DB45TF
BS 527 538 RR1CF16TF
BS 539 539 RR1DB45TF
BS 540 679 RR1CF16TF

RD RR1CF16TF 679 0 0
GGGAGCAAAAAAAAAACACAGAGCTTCTTCAAGCTCGAACGCCTCCAGCTCTACCGAACA
TCATCAGGGGAAGACTGTAAAGACGCTGAGATTGAAACCAGCAGAGATAGAATTAGTTTT
TTTTTCGAGCTTTTGAAACCTAATCCATACCGAAACCCGAGAAGATAAAGGGCAACTGTG
TCCTTCCGTACTCGACGAACCTTGGTAAGAAGAGAGCTTTAGATCGAAACAGTTGACTCC
GAGAAGAAGTTGAGAGAAAGAGATGAAGAGAAAGATAGCTATAGGTTTCGAGGGTTCAGC
CAACAAGATCGGCGTCGGAATCGTAACACTCGACGGCACAATCCTAGCCAACCCACGCCA
CACGTACATAACCCCTCCCGGTCACGGTTTCCTCCCTAGAGAGACTGCCCATCACCATCT
CGACCACGTTCTCCCTCTAGTCAAATCAGCTCTCGAGACCTCCAAAATCACCCCGGAGGA
AATCGACTGCATCTGCTACACCAAAGGCCCCGGGATGGGAGCTCC*TTGCAAGTCTCCTC
CATCGTCGTCAGGGTGCTGTCGCAGCTCTGGAAGAAGCCTCTCGTCGGTGTGAATCACTG
CGTGGCTCACATCGAGATGGGGGAGGGTTGTTACTGGTGCTGATGATCCTGTTGTGTTGT
ATGTGAGCGGTGGGAACAC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1DB45TF 626 0 0
GG
GAACATCATCAGGGGAAGACTGTAAAGACGCTGAGATTGAAACCAGCAGAGATAGAATTA
GTTTTTTTTTCGAGCTTTTGAAACCTAATCCATACCGAAACCCGAGAAGATAAAGGGCAA
CTGTGTCCTTCCGTACTCGACGAACCTTGGTAAGAAGAGAGCTTTAGATCGAAACAGTTG
ACTCCGAGAAGAAGTTGAGAGAAAGAGATGAAGAGAAAGATAGCTATAGGTTTCGAGGGT
TCAGCCAACAAGATCGGCGTCGGAATCGTAACACTCGACGGCACAATCCTAGCCAACCCT
CGCCACACGTACATAACCCCTCCCGTTCACGGTTTCCTCCCTAGAGAGACTGCCCATCAC
CATCTCGACCACGTTCTCCCTCTAGTCAAATCAGCTCTCGAGACCTCCAAAATCACCCCG
GAGGAAATCGACTGCATCTGCTACACCAAAGGCCCCGGGATGGGAGCTCCCTTGCAAGTC
TCCGCCATCGTCGTCAGGGTGCTGTCGCAGCTCTGGAAGAAGCCTCTCGTCGGTGTGAAT
CACTGCGTGGCTCACATCGAGATGGGG*AGGGTTGTTACTGGTGCTGATGATCCTGTTGT
GTTGTATGTGAGCGGTGGGAACAC

QA 3 626 3 626
DS 



AS 1 2

CO CL9001Contig1 346 2 1 U
GGTCTGATGTAGCTGGTGAAGTTCTCAAGCTTCTTTCAGATGATGGAGACTCTTAGGGTA
TGGGGAGCCTCTGGTTGCGGTCTTGCCATCGTTCCATGATATCAACATCCAGTGATGATG
TCAGGGCCCAGTTCCACAATAAATTAATAGCATCTTCATATGGAGACTGTACTCTTCTTC
ATCTTTCCTTTTATGGAGTTTGAGAATCTATTTTGATCTTCATCTTTGATCACATGATTT
GTGTGGAGATTTAATTCCTGAACATGTGACACGCAGCTATATTGTTTTGGTCACTCTTTT
GGATTTTTGGTTCGTCTTAATATGGGATCATCTATCTTTTCTACCC


BQ
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AF RR1AH50JQ C 1
AF RR1AH50TF U 1
BS 1 346 RR1AH50TF

RD RR1AH50JQ 346 0 0
GGTCTGATGTAGCTGGTGAAGTTCTCAAGCTTCTTTCAGATGATGGAGACTCTTAGGGTA
TGGGGAGCCTCTGGTTGCGGTCTTGCCATCGTTCCATGATATCAACATCCAGTGATGATG
TCAGGGCCCAGTTCCACAATAAATTAATAGCATCTTCATATGGAGACTGTACTCTTCTTC
ATCTTTCCTTTTATGGAGTTTGAGAATCTATTTTGATCTTCATCTTTGATCACATGATTT
GTGTGGAGATTTAATTCCTGAACATGTGACACGCAGCTATATTGTTTTGGTCACTCTTTT
GGATTTTTGGTTCGTCTTAATATGGGATCATCTATCTTTTCTACCC

QA 1 346 1 346
DS 

RD RR1AH50TF 346 0 0
GGTCTGATGTAGCTGGTGAAGTTCTCAAGCTTCTTTCAGATGATGGAGACTCTTAGGGTA
TGGGGAGCCTCTGGTTGCGGTCTTGCCATCGTTCCATGATATCAACATCCAGTGATGATG
TCAGGGCCCAGTTCCACAATAAATTAATAGCATCTTCATATGGAGACTGTACTCTTCTTC
ATCTTTCCTTTTATGGAGTTTGAGAATCTATTTTGATCTTCATCTTTGATCACATGATTT
GTGTGGAGATTTAATTCCTGAACATGTGACACGCAGCTATATTGTTTTGGTCACTCTTTT
GGATTTTTGGTTCGTCTTAATATGGGATCATCTATCTTTTCTACCC

QA 1 346 1 346
DS 



AS 1 2

CO CL9002Contig1 615 2 2 U
GAAGGCACTGTTGACAAGGCTATGCAACTTAGTGGAACTGACGTTGGAGGATGGAATGTC
GTTGTTAAGCCCTACCCTTTCCAGATAGATGCAGACTGGGACCCTGTTGCCATTGTTCAA
GGATATGACACTTGTCTTAGGAAGTCTGATATCGAGAAAATGTTGTTTGATCATTTCTCT
TCATGTGGAGAGATCGGGGATATCGAGTTTCCCAAGAGCATTAGTGTAGCTTTTGTGTAT
CTTTATGGAGAAGGTGCAGAAGACAAGGTGCTAGCTCTTGATGGGTCCTACATGGGAGGA
AGCAAAATACTTGTTAAGCTTATTCCCTCGAAGGGAATATACACTGTCCACCCTCGTCGT
CGTTATTATGGCTGGCCCAAGTAACTAGGCTACTACTGGGAGAAGGAGAAGGAGAAGAGA
CAGAGACATCTCTGTAGTTTGTATTTGTGAAATAATGCAACGTTCTACTCTAGTACTTTT
AAGCTATTTTCTATCTTCTGGATTTTAATATTCACTGTAATAATCATCTTCTGCTTTCAA
TCGAACTTTCATGTATTGTATTTACGTTTCGATGTTTTAAACTAAATGCTCAATAATCAA
ATTAAAATCAAAAAA


BQ
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AF RR1EI38JQ C 1
AF RR1EI38TF U 1
BS 1 603 RR1EI38TF
BS 604 615 RR1EI38JQ

RD RR1EI38JQ 615 0 0
GAAGGCACTGTTGACAAGGCTATGCAACTTAGTGGAACTGACGTTGGAGGATGGAATGTC
GTTGTTAAGCCCTACCCTTTCCAGATAGATGCAGACTGGGACCCTGTTGCCATTGTTCAA
GGATATGACACTTGTCTTAGGAAGTCTGATATCGAGAAAATGTTGTTTGATCATTTCTCT
TCATGTGGAGAGATCGGGGATATCGAGTTTCCCAAGAGCATTAGTGTAGCTTTTGTGTAT
CTTTATGGAGAAGGTGCAGAAGACAAGGTGCTAGCTCTTGATGGGTCCTACATGGGAGGA
AGCAAAATACTTGTTAAGCTTATTCCCTCGAAGGGAATATACACTGTCCACCCTCGTCGT
CGTTATTATGGCTGGCCCAAGTAACTAGGCTACTACTGGGAGAAGGAGAAGGAGAAGAGA
CAGAGACATCTCTGTAGTTTGTATTTGTGAAATAATGCAACGTTCTACTCTAGTACTTTT
AAGCTATTTTCTATCTTCTGGATTTTAATATTCACTGTAATAATCATCTTCTGCTTTCAA
TCGAACTTTCATGTATTGTATTTACGTTTCGATGTTTTAAACTAAATGCTCAATAATCAA
ATTAAAATCAAAAAA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1EI38TF 603 0 0
GAAGGCACTGTTGACAAGGCTATGCAACTTAGTGGAACTGACGTTGGAGGATGGAATGTC
GTTGTTAAGCCCTACCCTTTCCAGATAGATGCAGACTGGGACCCTGTTGCCATTGTTCAA
GGATATGACACTTGTCTTAGGAAGTCTGATATCGAGAAAATGTTGTTTGATCATTTCTCT
TCATGTGGAGAGATCGGGGATATCGAGTTTCCCAAGAGCATTAGTGTAGCTTTTGTGTAT
CTTTATGGAGAAGGTGCAGAAGACAAGGTGCTAGCTCTTGATGGGTCCTACATGGGAGGA
AGCAAAATACTTGTTAAGCTTATTCCCTCGAAGGGAATATACACTGTCCACCCTCGTCGT
CGTTATTATGGCTGGCCCAAGTAACTAGGCTACTACTGGGAGAAGGAGAAGGAGAAGAGA
CAGAGACATCTCTGTAGTTTGTATTTGTGAAATAATGCAACGTTCTACTCTAGTACTTTT
AAGCTATTTTCTATCTTCTGGATTTTAATATTCACTGTAATAATCATCTTCTGCTTTCAA
TCGAACTTTCATGTATTGTATTTACGTTTCGATGTTTTAAACTAAATGCTCAATAATCAA
ATT

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL9003Contig1 816 2 2 U
GGAACAGAAACAAAATGGCCAGCCGAAAAGCTCTAATTAACATCCACCGTATCATCCGCT
CCGCCGCGGTGGTTAACCGGAGATCCGTGATACCAGCCGCTGCAACCCAGTCACATCCTA
TTTTCCGAAATGGAGTCGGACTGGGGGCGAGATTCTTGTGCGGGGACACGTCGAGTCCGC
AGAACTTTGATATAGATCTCTCTAGCGAAGAGAAGAAGAGGATTACGATCAACAGATTGT
TGTATAGGAGCAAGCAACGAGGGTTTCTTGAACTTGATCTTGTTTTAGGGAACTGGGTTG
AGGAGAATGTCAATTCCATGGACGAGAACACCGTCAAATCCCTGATTCATGTTCTCGATT
TGGAAAACCCTGATCTTTGGAAATGGTTAACTGGTCAGGAACAACCTCCGGAGATAGTGA
GCTCAAACCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAACAAAGTCATGACGAATCTAAACAAGCATG
CAGCACCGGAGACACGTGCAGAAGCTGGACAACCTTGGGTCAAAGGCTGGGATGATTTCA
AGAGAGGCCGTGATGCTCCCATCTCAGGGAACCAGTAAAAATTAAAAAACACTACGTTCG
AAAATAATGAATTTCCAAAAAGAAAATACGTTCATATAAAAAGTATCTTAAATAGATACC
GCGCCGAGTAGTCGTTACTTTTTACTATTGTATGAATAAAGCGTGACAGCGTATAATGCG
TCTCAGACGTAAGGATGAGATAGAGAATTACAGTGATATCTTGCTTGTCGAAGTTCTTGA
TATATAAATACAGGTATCAAGGGATTGTGTTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1E172TF U 1
AF RR1E172JQ C 102
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TTTTCCGAAATGGAGTCGGACTGGGGGCGAGATTCTTGTGCGGGGACACGTCGAGTCCGC
AGAACTTTGATATAGATCTCTCTAGCGAAGAGAAGAAGAGGATTACGATCAACAGATTGT
TGTATAGGAGCAAGCAACGAGGGTTTCTTGAACTTGATCTTGTTTTAGGGAACTGGGTTG
AGGAGAATGTCAATTCCATGGACGAGAACACCGTCAAATCCCTGATTCATGTTCTCGATT
TGGAAAACCCTGATCTTTGGAAATGGTTAACTGGTCAGGAACAACCTCCGGAGATAGTGA
GCTCAAACCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAACAAAGTCATGACGAATCTAAACAAGCATG
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AGAGAGGCCGTGATGCTCCCATCTCAGGGAACCAGTAAAAATTAAAAAACACTACGTTCG
AAAATAATGAATTTCCAAAAAGAAAATACGTTCATATAAAAA

QA 1 642 1 642
DS 

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GGGGACACGTCGAGTCCGCAGAACTTTGATATAGATCTCTCTAGCGAAGAGAAGAAGAGG
ATTACGATCAACAGATTGTTGTATAGGAGCAAGCAACGAGGGTTTCTTGAACTTGATCTT
GTTTTAGGGAACTGGGTTGAGGAGAATGTCAATTCCATGGACGAGAACACCGTCAAATCC
CTGATTCATGTTCTCGATTTGGAAAACCCTGATCTTTGGAAATGGTTAACTGGTCAGGAA
CAACCTCCGGAGATAGTGAGCTCAAACCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAACAAAGTCATG
ACGAATCTAAACAAGCATGCAGCACCGGAGACACGTGCAGAAGCTGGACAACCTTGGGTC
AAAGGCTGGGATGATTTCAAGAGAGGCCGTGATGCTCCCATCTCAGGGAACCAGTAAAAA
TTAAAAAACACTACGTTCGAAAATAATGAATTTCCAAAAAGAAAATACGTTCATATAAAA
AGTATCTTAAATAGATACCGCGCCGAGTAGTCGTTACTTTTTACTATTGTATGAATAAAG
CGTGACAGCGTATAATGCGTCTCAGACGTAAGGATGAGATAGAGAATTACAGTGATATCT
TGCTTGTCGAAGTTCTTGATATATAAATACAGGTATCAAGGGATTGTGTTTGTTG

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL9004Contig1 885 2 4 U
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CATTTATCTCGTTGGGTTCTTTGTCCTTTTGAATGGAATCACGGCCGACAAAGTAGCAGA
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ATCAAAGAAAATCCGGAGAGTCAGAAAGTGAAAAATATCAATGATTTGATCATAGTAGCA
CTGAAAAATGCTATGTCGAACATGACACATGTGAAAGGAATTGTAGATAAGATTCTGAAG
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TCTGAGGGCACTGACTTGTTAGCCAAAGTTTTAGAGAATGCGAAGTTGAGGAATTACACT
AAAGTTTTAGGTAGTATTACTGACGCAGTAGATGTTCCGTTACATTGCGAATATGGATTC
AAGGGCAAAAATGAGCTGAAATCTCCGGTGAAGAAAGAGGACCGAGTTCTCACGTTTCTG
ACAGGCATTTGTGAATCTATTATTTATTCAACTGCCCGTAGAAACTAGTCCACCATCGTA
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BQ
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AF RR1FP74TF U 1
AF RR1FP74JQ C 132
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TCTGAGGGCACTGACTTGTTAGCCAAAGTTTTAGAGAATGCGAAGTTGAGGAATTACACT
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GATCCATCTAGATAATTCA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1FP74JQ 754 0 0
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TGAATCTATTATTTATTCAACTGCCCGTAGAAACTAGTCCACCATCGTATAGCGTCTAGC
TGAAGCAGTCCATTGGTTTAAACCGTTGAATAGTTCTTCTGGCTTTCTGGCGTTTTAGGA
GCTGTTCGTTTCTCTATTTGTCATTTCAATCCAGTTGCTTCATCTATATGATCCATCTAG
ATAATTCATCCAGATTTTAGGGGTTATTCGTTTTTACATCCAGATGAATTATCTAGATGA
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TAAACAAATTACAAATATACTCTTGTTTTGATCT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

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CATACTTTCTAATGAGGACTTCCGAAAAATCAAAGATCTTCAGGCAAAGAAAGAAGCAAA
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GGAGTTAGTTAAAGCGGGTAGGGAGGACAGAGTGAAATACCAATCCAGGACTGCCATCAA
GCAGAAGAAGGTGGGAGGATCGAGCAATAAACAGAAGGAGCACAGGAAGAATATGCCTCT
TGCTGCCGTAAGATCAAAGGCTGGTAGATCAAAGCGAATGAAGAAAATGAAGAACAACAC
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CTACTTGCTTTTTTTTTTGTCTCAAACCCGAACGCAAACTTTGCTTCATGTTTTTTTGTT
CAGTGTCAGCAGTTTTGACATTCAAGGTATCTGCATCAAATGTTGTCGTTGGCCTTGTTA
ACACAAGTTTTTTATTTACATTCCTGGTAATATATTAAGTCCTAT


BQ
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AF RR1FB57TF U 1
AF RR1FB57JQ C 420
BS 1 565 RR1FB57TF
BS 566 1065 RR1FB57JQ

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ACTTGCATTGGCTCGAAAGGGATTC

QA 1 565 1 565
DS 

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QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

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ACCACACTCTGCGTCTGGTGATTGGACGAGGATGATCTCGCACACTTCCTCTTCGTGGTC
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BQ
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AF RR1C105TF C 1
AF RR1BS35JQ U 148
BS 1 149 RR1C105TF
BS 150 757 RR1BS35JQ
BS 758 775 RR1C105TF

RD RR1C105TF 775 0 0
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AGTTGTCAAAAATAAACTGTTGAGAGATCGATATATATGGGTATAATTAATATATAGAGC
TTAGAAGATGACGTCAGGGACGATTCCAAGCTCCTTGAAAGCTTGAGGACAATCAGCGAG
AGGAGTCTTCCTCATGAACCCAAGTGGGTTAATGGTTCGAATCTCGTTGGAGACAATTCC
ATCATTAGCCGTGAGACTGATCCTGGCTGCGTTTCTTAGGAACTCTTGATTGTTCACTTC
ACCACACTCTGCGTCTGGTGATTGGACGAGGATGATCTCGCACACTTCCTCTTCGTGGTC
TCCCATAACTACCATCTCATAGTTTCCATCTTTGTCGGTCACAGCTTCTTTGCTCAGTGT
CACTGTCTGGTTCTCACGACCCTTGCACTCGAGCTTTACCTTTGCCCCTTCGAGGAATTT
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GAAGCGGTCGAAGTCGTCGGCATCAGCGGCCGCGAAGTGAAGGAGGGTGGTCAAACATAG
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QA 1 775 1 775
DS 

RD RR1BS35JQ 612 0 0
GC
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CGTTTCTTAGGAACTCTTGATTGTTCACTTCACCACACTCTGCGTCTGGTGATTGGACGA
GGATGATCTCGCACACTTCCTCTTCGTGGTCTCCCATAACTACCATCTCATAGTTTCCAT
CTTTGTCGGTCACAGCTTCTTTGCTCAGTGTCACTGTCTGGTTCTCACGACCCTTACACT
CGAGCTTTACCTTTGCCCCTTCGAGGAATTTACTGAGGCGGGTCTGGAATTGAACACGGC
AGGTGTCGCAGTAGACGGAACCCTTGATGTGGAAGCGGTCGAAGTCGTCGGCATCAGCGG
CCGCGAAGTGAAGGAGGGTGGTCAAACATAGAGCAGAGGCAAGAAAGAAGATGACGAATT
TTGCCATT
CC

QA 3 610 3 610
DS 



AS 1 2

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CAGATCAGATCATATCAGCCATGGAGGATGAGGTAATCGTTCTTATTATTTTATCTTACA
TACGCTTTAGCTCTATTTTCCGCCGGAGATTATATCTGAATTTTGGTTATGAAGTTTCGA
CCTTGATTCAAGATCTGATTGATCACACTATTTAATGCTTAGCATGAGATTCGTCGTGTG
GAATTCGATTGTGATTTGGTTGCATTGGAATTGTATTATGGGGATGGGTGGTTTTTTTTT
TTGCCAAATTATTTTGTCAACACGCGTTTTTTTTGTTACTTTTCTCTGCTACTTGATTAT
CATCTTTCTCTATCCACATTCTTAACAATGCGCTAATCTCTCTCCGCAGGTTGACAAGTG
GAATGAGCAGAGGGAGACCGGAACTTTCCCTGGTCCTCTCTGATTTGAGCAAGATCAGGC
TCTCTTTTATCATTTTATGCTTTAAGGCCAGAAGAAGGTCGTGTGGATGGATTGATTGTT
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BQ
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AF RR1AH94JQ C 1
AF RR1AH94TF U 1
BS 1 644 RR1AH94TF

RD RR1AH94JQ 644 0 0
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TTGCCAAATTATTTTGTCAACACGCGTTTTTTTTGTTACTTTTCTCTGCTACTTGATTAT
CATCTTTCTCTATCCACATTCTTAACAATGCGCTAATCTCTCTCCGCAGGTTGACAAGTG
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AAAGACATTCTTTTGGATTGATAAATGCTTTAACCGGGCCTGAC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR1AH94TF 644 0 0
TCCTCTTTTCTCCTACACAAACACAATCTTCTCACCGTTCGTCTTCTGATCAGATCAGAT
CAGATCAGATCATATCAGCCATGGAGGATGAGGTAATCGTTCTTATTATTTTATCTTACA
TACGCTTTAGCTCTATTTTCCGCCGGAGATTATATCTGAATTTTGGTTATGAAGTTTCGA
CCTTGATTCAAGATCTGATTGATCACACTATTTAATGCTTAGCATGAGATTCGTCGTGTG
GAATTCGATTGTGATTTGGTTGCATTGGAATTGTATTATGGGGATGGGTGGTTTTTTTTT
TTGCCAAATTATTTTGTCAACACGCGTTTTTTTTGTTACTTTTCTCTGCTACTTGATTAT
CATCTTTCTCTATCCACATTCTTAACAATGCGCTAATCTCTCTCCGCAGGTTGACAAGTG
GAATGAGCAGAGGGAGACCGGAACTTTCCCTGGTCCTCTCTGATTTGAGCAAGATCAGGC
TCTCTTTTATCATTTTATGCTTTAAGGCCAGAAGAAGGTCGTGTGGATGGATTGATTGTT
GAAACCCCAACTCTTTCGTTTTTAAACGTTTTCTCTGGATGATCAAAATAAATAAACTGG
AAAGACATTCTTTTGGATTGATAAATGCTTTAACCGGGCCTGAC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL9008Contig1 654 2 2 U
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GCTACAACTATCACAGTTATGAACAGCATCGCCGTCTCAAAGAGCTGGAAGTTGAGATCC
ATCTGTTCACCCATCATCCATCCAATCACCACACAGAACGGTACCACGAACATGGAAATC
TGGATAGAGGAACCAATAGCCACACCTAATGACAGATCCAGTTTATCTTTCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1C972TF C 1
AF RR1C972JQ U 38
BS 1 37 RR1C972TF
BS 38 654 RR1C972JQ

RD RR1C972TF 654 0 0
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GCTTATATACCATCTTGGTGAGGATCTTCGTGTACAAAGAAACTGGCAGCAACTATCAAG
TAACAAAGAATGAGCATCAATCCTTTGAAGTAATTCGATGTCCCTTCCTGGAGGAAAAAA
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ATCTGTTCACCCATCATCCATCCAATCACCACACAGAACGGTACCACGAACATGGAAATC
TGGATAGAGGAACCAATAGCCACACCTAATGACAGATCCAGTTTATCTTTCATC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR1C972JQ 617 0 0
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ATGTCCCTTCCTGGAGGAAAAAAGCTACAACTATCACAGTTATGAACAGCATCGCCGTCT
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ACGGTACCACGAACATGGAAATCTGGATAGAGGAACCAATAGCCACACCTAATGACAGAT
CCAGTTTATCTTTCATC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL9009Contig1 894 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GB44TF U 1
AF RR1GB44JQ C 97
BS 1 709 RR1GB44TF
BS 710 894 RR1GB44JQ

RD RR1GB44TF 709 0 0
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GGGAACGCCTGGCGGTGGGAAGCGACTCAATCAAGGCGAAACGTGGATCGTTAATGGTAA
TCCAGGTACCACCCAGGCTCGGATTTGGGGTCGTACCAACTGCAACTTCGATGCCTCTGG
AAGAGGTGGATGCCAAACTGGAGACTGTAATGGTGTACTTGAGTGCAAATCTTATGGACG
CGCACCAAATACATTGGCAGAATATGCTCTTAAACAATATGCAGACCAAGATTTCATCGA
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CACCCGCAAAATTAGGTGTACCGGAGATATTATAGCTCAATGTCCAGGCCAACTAAGAAT
GGACGGAGCTTGCAACGGACCGTGTCCGGTGTTGAAGACGGAGGAACATTGTTGCAACTC
TGGTAATTGTGGACCGACCCCACTCTCTATGTTTTTCAAGCAACGTTGTCCAGATGCCTA
TAGTTATCCTAAAGATGATCCCACCAGCCTTTTCACTTGCCCTAGCGGA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1GB44JQ 798 0 0
ATACTTTGCTATCT*AGCAGATGCGACTACGTTCACAGTAAGGAACAATTGCCCATATGT
TGTGTGGGCTGCCGCATCTGCTCCGGGAACGCCTGGCGGTGGGAAGCGACTCAATCAAGG
CGAAACGTGGATCGTTAATGGTAATCCAGGTACCACCCAGGCTCGGATTTGGGGTCGTAC
CAACTGCAACTTCGATGCCTCTGGAAGAGGTGGATGCCAAACTGGAGACTGTAATGGTGT
ACTTGAGTGCAAATCTTATGGACGCGCACCAAATACATTGGCAGAATATGCTCTTAAACA
ATATGCAGACCAAGATTTCATCGATATTTCTGTGATCGATGGATTCAATATTCCAATGGA
ATTCAGTTCTGCATCTGGACAATGCACCCGCAAAATTAGGTGTACCGGAGATATTATAGC
TCAATGTCCAGGCCAACTAAGAATGGACGGAGCTTGCAACGGACCGTGTCCGGTGTTGAA
GACGGAGGAACATTGTTGCAACTCTGGTAATTGTGGACCGACCCCACTCTCTATGTTTTT
CAAGCAACGTTGTCCAGATGCCTATAGTTATCCTAAGGATGATCCCACCAGCCTTTTCAC
TTGCCCTAGCGGAACCAACTACAATGTCATTTTCTGTCCGTGAATGGAAGTATGATTATC
AAGAGGCTGGAATATCATAGAGCAACGCAAAACCCAATAATAATCAATATGATGATCCGT
ACTAGCTAGTAGCTGCTCTGAATAAAATCTAAGAGTTTGCATGTTTCATATCTGGTTTAT
TAATAATAAAGATTTTAT

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL9010Contig1 604 2 1 U
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AACAACATGAACTTGGCCAATGATTCCCAGAAGAAGAACCGGATTCAGGTTTCCAACACC
AAGAAACCATTGTTCTTCTACGTCAACCTCGCCAAGAGGTATATGCAAGAGCACAATGAT
GTTGAATTGTCTGCCCTTGGGATGGCCATTGCAACCGTTGTTACCATTGCTGAGATACTC
AAGAACAATGGTTTTGCTGTTGAGAAGAAGATCATGACTTCTACTGTGGATATTAAGGAT
GGCTCAAGGGGACGTCCTGTGCAGAAACCTAAGATCGAAATCACGCTTGGGAAGTCAGAG
AAGTTTGATGAACTAATGGCTGCAGCCAATGAAGAAAAAGAAGCTGCAGATGCTCAAGTC
CAGAGCTGAACATAGCCCTTCTTATGTTATGGTTTCATGGGTCTTTCTTCTGTCTTGATG
CTTTATATTATTTGTTTAATTTCATTGATTTTTGGCTGAATTTGAGTTTGTTATGTTTTG
GATGGTTTGTTGTACCTGTTGAAACACTTTACAATACTATATGATATTTTTAGTTACAAA
GAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR1G115JQ C 1
AF RR1G115TF U 1
BS 1 604 RR1G115TF

RD RR1G115JQ 604 0 0
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AAGAAACCATTGTTCTTCTACGTCAACCTCGCCAAGAGGTATATGCAAGAGCACAATGAT
GTTGAATTGTCTGCCCTTGGGATGGCCATTGCAACCGTTGTTACCATTGCTGAGATACTC
AAGAACAATGGTTTTGCTGTTGAGAAGAAGATCATGACTTCTACTGTGGATATTAAGGAT
GGCTCAAGGGGACGTCCTGTGCAGAAACCTAAGATCGAAATCACGCTTGGGAAGTCAGAG
AAGTTTGATGAACTAATGGCTGCAGCCAATGAAGAAAAAGAAGCTGCAGATGCTCAAGTC
CAGAGCTGAACATAGCCCTTCTTATGTTATGGTTTCATGGGTCTTTCTTCTGTCTTGATG
CTTTATATTATTTGTTTAATTTCATTGATTTTTGGCTGAATTTGAGTTTGTTATGTTTTG
GATGGTTTGTTGTACCTGTTGAAACACTTTACAATACTATATGATATTTTTAGTTACAAA
GAGC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1G115TF 604 0 0
GGAAAATTAGGGTTAACGAATTCGGAATCAGCATCCATGGAAGAGATTACAGAGAGAGTG
AACAACATGAACTTGGCCAATGATTCCCAGAAGAAGAACCGGATTCAGGTTTCCAACACC
AAGAAACCATTGTTCTTCTACGTCAACCTCGCCAAGAGGTATATGCAAGAGCACAATGAT
GTTGAATTGTCTGCCCTTGGGATGGCCATTGCAACCGTTGTTACCATTGCTGAGATACTC
AAGAACAATGGTTTTGCTGTTGAGAAGAAGATCATGACTTCTACTGTGGATATTAAGGAT
GGCTCAAGGGGACGTCCTGTGCAGAAACCTAAGATCGAAATCACGCTTGGGAAGTCAGAG
AAGTTTGATGAACTAATGGCTGCAGCCAATGAAGAAAAAGAAGCTGCAGATGCTCAAGTC
CAGAGCTGAACATAGCCCTTCTTATGTTATGGTTTCATGGGTCTTTCTTCTGTCTTGATG
CTTTATATTATTTGTTTAATTTCATTGATTTTTGGCTGAATTTGAGTTTGTTATGTTTTG
GATGGTTTGTTGTACCTGTTGAAACACTTTACAATACTATATGATATTTTTAGTTACAAA
GAGC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL9011Contig1 1013 2 8 U
TGTAAAGCAAAGAGAGAATGATCCGCACAACTCTGCTGTTCCTTATCATCGTCTTCTGGA
CGCAAGTACTACATGCGCAGCTTGTGCCGCCGGCGAGGCCCGATGGTTTCGTTTACCCAC
CAGGTCGTCGCGTTGACCCGGATAGCATACTGATCGAGGCGTTTTTTGACCCGGTTTGTC
CGGATAGTAGAGACGCTTGGCCGCCTCTGAAGCAAGTGTTTCAACGCTACGGATCTCGCG
TTTCTTTTCTACTTCACCTCCCCCCCTTTACCGTATCATGACAATGCATACTTAAGCTCT
CGGGCTTTACACATTGTGAATGCTTTGAACGCCAATGCTACGTTCAGTTTACTGGAAGGC
TTCTTTGAGCATCAGGCATTGTTCTACAACGCCCAAACACAACTCCTGTCAAGACCCGAA
GTTGTGGAAAAAATTGTCAAGCTTGGAACAGGAACGTTAGGAAACTCGTATCAACATGTT
CTCAAATCCGGCTTCAACAATACAATATCAGACCGTGCAACCAGAGTTTCCTTCAAGTAT
AGCGCTTCAAGAGGGGTTTATGGAACACCAACCTTCTACGTCAATGGGTTCGTATTGCCA
GATGCTGGTTCTCCCTTAGATTTTGGAGGATGGAGAAAAGTTATTGATCCTCTGGTTCAA
ACACACAAGGTCCAGATGCAAGATGGTATCATTACCTCCCTTTGATAAGTGCTTTTGCTA
ATGAACTAGTATCAAATAAAAAAGAGCGCTTTTGATATGTCTTGGTGACGACCATCTGTA
AAAGTGTAAAGTAAATATACTCGGTCAAACCCATCTGTTGTACATTGTAAACTCTCTGTA
ATGTATCTGTAGATTGACCTCCGTCATCTCTGACTGATCTTAAAGTGTTTTTGCTGTCTC
TGTCGTTGCTTCCTTACCACTACGTATTGTCTGTAGGCTGTAGCATCTCCATTGAATGAC
TTGTGTAGTTGTGTTTGATTTAAAAATATAATAAAAAAATGACTCGTTTCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FP30TF U 1
AF RR1FP30JQ C 209
BS 1 261 RR1FP30TF
BS 262 262 RR1FP30JQ
BS 263 265 RR1FP30TF
BS 266 266 RR1FP30JQ
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BS 671 718 RR1FP30TF
BS 719 1013 RR1FP30JQ

RD RR1FP30TF 718 0 0
TGTAAAGCAAAGAGAGAATGATCCGCACAACTCTGCTGTTCCTTATCATCGTCTTCTGGA
CGCAAGTACTACATGCGCAGCTTGTGCCGCCGGCGAGGCCCGATGGTTTCGTTTACCCAC
CAGGTCGTCGCGTTGACCCGGATAGCATACTGATCGAGGCGTTTTTTGACCCGGTTTGTC
CGGATAGTAGAGACGCTTGGCCGCCTCTGAAGCAAGTGTTTCAACGCTACGGATCTCGCG
TTTCTTTTCTACTTCACCTCCTCCC*TTTACCGTATCATGACAATGCATACTTAAGCTCT
CGGGCTTTACACATTGTGAATGCTTTGAACGCCAATGCTACGTTCAGTTTACTGGAAGGC
TTCTTTGAGCATCAGGCATTGTTCTACAACGCCCAAACACAACTCCTGTCAAGACCCGAA
GTTGTGGAAAAAATTGTCAAGCTTGGAACAGGAACGTTAGGAAACTCGTATCAACATGTT
CTCAAATCCGGCTTCAACAATACAATATCAGACCGTGCAACCAGAGTTTCCTTCAAGTAT
AGCGCTTCAAGAGGGGTTTATGGAACACCAACCTTCTACGTCAATGGGTTCGTATTGCCA
GATGCTGGTTCTCCCTTAGATTTTGGAGGATGGAGAAAAGTTATTGATCCTCTGGTTCAA
ACACACAAG*TCCAGATGCAAGATGGTATCATTACCTCCCTTTGATAAGTGCTTTTGC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR1FP30JQ 805 0 0
GAAGCAAGTGTTTCAACGCTACGGATCTCGCGTTTCTTTTCTACTTCACCTCCCCCCCTT
TACCGTATCATGACAATGCATACTTAAGCTCTCGGGCTTTACACATTGTGAATGCTTTGA
ACGCCAATGCTACGTTCAGTTTACTGGAAGGCTTCTTTGAGCATCAGGCATTGTTCTACA
ACGCCCAAACACAACTCCTGTCAAGACCCGAAGTTGTGGAAAAAATTGTCAAGCTTGGAA
CAGGAACGTTAGGAAACTCGTATCAACATGTTCTCAAATCCGGCTTCAACAATACAATAT
CAGACCGTGCAACCAGAGTTTCCTTCAAGTATAGCGCTTCAAGAGGGGTTTATGGAACAC
CAACCTTCTACGTCAATGGGTTCGTATTGCCAGATGCTGGTTCTCCCTTAGATTTTGGAG
GATGGAGAAAAGTTATTGATCCTCTGGTTCAAACACACAAGGTCCAGATGCAAGATGGTA
TCATTACCTCCCTTTGATAAGTGCTTTTGCTAATGAACTAGTATCAAATAAAAAAGAGCG
CTTTTGATATGTCTTGGTGACGACCATCTGTAAAAGTGTAAAGTAAATATACTCGGTCAA
ACCCATCTGTTGTACATTGTAAACTCTCTGTAATGTATCTGTAGATTGACCTCCGTCATC
TCTGACTGATCTTAAAGTGTTTTTGCTGTCTCTGTCGTTGCTTCCTTACCACTACGTATT
GTCTGTAGGCTGTAGCATCTCCATTGAATGACTTGTGTAGTTGTGTTTGATTTAAAAATA
TAATAAAAAAATGACTCGTTTCATT

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL9012Contig1 961 2 2 U
GGGGATGGCCAAACATGTAACAGCCTATTCTACTATGCTTTCTTTCACGGGGAGTCCTTA
TTGGATGGCACCCGAGGTTGTGATGCACAAAAATGGCTACACTCTTGCAGTCGATGTGTG
GAGTCTGGGTTGTACTATTCTCGAAATGGCAACAGCAAAGCCACCTTGGAGCCAGTTTGA
AGGGGTTGCTGCAATTTTCAAAATCGGGAACAGCAAAGACATGCCAGAAATACCTGATCA
CCTTTCAAACGATGCAAAGAATTTTATAAGACTATGTCTGCAACGAAATCCAACAGTGCG
TCCTACAGCTGCTCAGCTTCTAGAACACCCTTTTCTACGTGTACATTCACCGAGAGTGGC
TAATAATAGCATGCACAAAGATGTCCCCCCACGTCCCTATGATGGACCCTCCTCACTGCC
TACAAGGGAACCACCTTTTTCAGGGAGACATCCTGTCTTTCATCCTATAAAGAGCCCGAG
TAGAGAAAACGTAAGAGCCATCACATCCTTGCCGGTATCTCCATGTGCAAGCCCTTTAAG
GCAACTTGGACCAGCATACAAAAGTTGTTTCCTGTCACCTCCTCATCCCTCTTATGCATT
TCCCGTGCACGAAAGTGGGTACAACCAAGCTGAGTTTGCTGCAAGTCCATTTAGGTTCAA
GAAAGACACATCGATAGAACCATCCAGTTACAGAGCCCAGGCGCCGAGTTCACCCTTCAG
ATCAAGACTGGTGTAGAAAATTTAAGTGAAGATTGAGATTTTGAGAGAGCCGTCTCCCAA
AGAGTTGGCCCAAGGGACCAATGTACAGACACAGTGTCTTTCCTTCTTTAGACCCTGGAA
CTTTTTAGGTGTGTGTGGGTGGGAGAATCAGAATTGGAACAAGAAGAGGAAGAGTTTAAG
TGTAAACTGGGGCACAAAAAAAAAGATGTAAAAAGCAACATGAAAATGAATACAAAGATT
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR1DN85TF U 1
AF RR1DN85JQ C 324
BS 1 650 RR1DN85TF
BS 651 961 RR1DN85JQ

RD RR1DN85TF 650 0 0
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TTGGATGGCACCCGAGGTTGTGATGCACAAAAATGGCTACACTCTTGCAGTCGATGTGTG
GAGTCTGGGTTGTACTATTCTCGAAATGGCAACAGCAAAGCCACCTTGGAGCCAGTTTGA
AGGGGTTGCTGCAATTTTCAAAATCGGGAACAGCAAAGACATGCCAGAAATACCTGATCA
CCTTTCAAACGATGCAAAGAATTTTATAAGACTATGTCTGCAACGAAATCCAACAGTGCG
TCCTACAGCTGCTCAGCTTCTAGAACACCCTTTTCTACGTGTACATTCACCGAGAGTGGC
TAATAATAGCATGCACAAAGATGTCCCCCCACGTCCCTATGATGGACCCTCCTCACTGCC
TACAAGGGAACCACCTTTTTCAGGGAGACATCCTGTCTTTCATCCTATAAAGAGCCCGAG
TAGAGAAAACGTAAGAGCCATCACATCCTTGCCGGTATCTCCATGTGCAAGCCCTTTAAG
GCAACTTGGACCAGCATACAAAAGTTGTTTCCTGTCACCTCCTCATCCCTCTTATGCATT
TCCCGTGCACGAAAGTGGGTACAACCAAGCTGAGTTTGCTGCAAGTCCAT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR1DN85JQ 638 0 0
AACACCCTTTTCTACGTGTACATTCACCGAGAGTGGCTAATAATAGCATGCACAAAGATG
TCCCCCCACGTCCCTATGATGGACCCTCCTCACTGCCTACAAGGGAACCACCTTTTTCAG
GGAGACATCCTGTCTTTCATCCTATAAAGAGCCCGAGTAGAGAAAACGTAAGAGCCATCA
CATCCTTGCCGGTATCTCCATGTGCAAGCCCTTTAAGGCAACTTGGACCAGCATACAAAA
GTTGTTTCCTGTCACCTCCTCATCCCTCTTATGCATTTCCCGTGCACGAAAGTGGGTACA
ACCAAGCTGAGTTTGCTGCAAGTCCATTTAGGTTCAAGAAAGACACATCGATAGAACCAT
CCAGTTACAGAGCCCAGGCGCCGAGTTCACCCTTCAGATCAAGACTGGTGTAGAAAATTT
AAGTGAAGATTGAGATTTTGAGAGAGCCGTCTCCCAAAGAGTTGGCCCAAGGGACCAATG
TACAGACACAGTGTCTTTCCTTCTTTAGACCCTGGAACTTTTTAGGTGTGTGTGGGTGGG
AGAATCAGAATTGGAACAAGAAGAGGAAGAGTTTAAGTGTAAACTGGGGCACAAAAAAAA
AGATGTAAAAAGCAACATGAAAATGAATACAAAGATTA

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

CO CL9013Contig1 604 2 1 U
GGGATACTTTCTTCAGCCGCCGCCGCTTTGTGTTTCTCCTCTGTACGATCATGGTGGGGT
TTAAGAACAGGTACATGTTGATGGAGGTTTATCTCGACCCTGACAAGGATCTTCTAGGGG
AAGGAACTCCTGTCATTCTCACGAAACTCAATCTCTCCGAAGCGATCAAAGACAGCATCC
TCGTCAATTTCGGCGAGTGCGGTCTCGCCTCTTGTCTCGGATCCCTCCACGTCGCGTACG
TCAACCCGGTCACGAAGCTGTGCATCGTGAGATCATCGAGAGATGAGCACAGACAAGTTT
GGTCGGCGATGACGCTGGTCAGAAGCGTCGGGAACTGTCCCGTGGTGTTCAACTTGCTAG
ATATCAGCGGTTGTAGCAGAGCGTGTAGAGACGCGGCGTTGAAGTGCGAGACGGAGAAGT
TTAATCAGTCCGGTAAAAGCTTGTCTGAAGAGGAGATTCGAGAGATGAATCGGTGTTTAG
ACAAGCTCAAACTGTTGTAATAACTCGATTTTTGTTTTTCGAATTTGACCCATTAGTTTT
CCAAAGTGTCCAATCATCCCCTTGTCTGTATTATTATTCTAAAACTATGGTATTTTTGTG
AGAT


BQ
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20 20 20 20 

AF RR1FO78JQ C 1
AF RR1FO78TF U 1
BS 1 604 RR1FO78TF

RD RR1FO78JQ 604 0 0
GGGATACTTTCTTCAGCCGCCGCCGCTTTGTGTTTCTCCTCTGTACGATCATGGTGGGGT
TTAAGAACAGGTACATGTTGATGGAGGTTTATCTCGACCCTGACAAGGATCTTCTAGGGG
AAGGAACTCCTGTCATTCTCACGAAACTCAATCTCTCCGAAGCGATCAAAGACAGCATCC
TCGTCAATTTCGGCGAGTGCGGTCTCGCCTCTTGTCTCGGATCCCTCCACGTCGCGTACG
TCAACCCGGTCACGAAGCTGTGCATCGTGAGATCATCGAGAGATGAGCACAGACAAGTTT
GGTCGGCGATGACGCTGGTCAGAAGCGTCGGGAACTGTCCCGTGGTGTTCAACTTGCTAG
ATATCAGCGGTTGTAGCAGAGCGTGTAGAGACGCGGCGTTGAAGTGCGAGACGGAGAAGT
TTAATCAGTCCGGTAAAAGCTTGTCTGAAGAGGAGATTCGAGAGATGAATCGGTGTTTAG
ACAAGCTCAAACTGTTGTAATAACTCGATTTTTGTTTTTCGAATTTGACCCATTAGTTTT
CCAAAGTGTCCAATCATCCCCTTGTCTGTATTATTATTCTAAAACTATGGTATTTTTGTG
AGAT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR1FO78TF 604 0 0
GGGATACTTTCTTCAGCCGCCGCCGCTTTGTGTTTCTCCTCTGTACGATCATGGTGGGGT
TTAAGAACAGGTACATGTTGATGGAGGTTTATCTCGACCCTGACAAGGATCTTCTAGGGG
AAGGAACTCCTGTCATTCTCACGAAACTCAATCTCTCCGAAGCGATCAAAGACAGCATCC
TCGTCAATTTCGGCGAGTGCGGTCTCGCCTCTTGTCTCGGATCCCTCCACGTCGCGTACG
TCAACCCGGTCACGAAGCTGTGCATCGTGAGATCATCGAGAGATGAGCACAGACAAGTTT
GGTCGGCGATGACGCTGGTCAGAAGCGTCGGGAACTGTCCCGTGGTGTTCAACTTGCTAG
ATATCAGCGGTTGTAGCAGAGCGTGTAGAGACGCGGCGTTGAAGTGCGAGACGGAGAAGT
TTAATCAGTCCGGTAAAAGCTTGTCTGAAGAGGAGATTCGAGAGATGAATCGGTGTTTAG
ACAAGCTCAAACTGTTGTAATAACTCGATTTTTGTTTTTCGAATTTGACCCATTAGTTTT
CCAAAGTGTCCAATCATCCCCTTGTCTGTATTATTATTCTAAAACTATGGTATTTTTGTG
AGAT

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL9014Contig1 927 2 2 U
GCCTTCAAGTTGCATCCAAATGCGAAATATTATTCTCAGTTCTTTTCCACGGAACATGAG
GCTCCCAGATCCCTCTACCCCAAATCTGAAGATTGATTTACTGCCTGAGATAGTAGAAGC
TCCCTGTATCCTTTCCGAAGTTGATGCTGTACTAAAGGCGAAGCAAATGAAGAATGACGT
AGACGAGTATCTCACTTTGAGGCAACAGAATTCAACTTTCCTAAGTGAGTTGAAGCAGAA
GCTGCTTCTCTCGCCCAGCGAGGCCAGCTTAGCTGGAACCCGTTACAGTGTACCATTGAT
CAACTCGCTTGTGCTATATACTGGAATGCAGGCTATTCAGCAGCTTCAAGCGGGTGAGAC
GCAGGCTCAAAATGTGGTGGCCTTGCATATGTTCAAGTATTTAAGTATGGAACTAGATAC
AGAAGGGCGCTACTTGTTCCTTAACGCGATCGCCAATCAGCTTCGATACCCCAACAACCA
CACTCATTATTTCTCCTTCATCATGCTCTATCTCTTCTTCGAGTCTAACCAGGAGATCAT
CATACAGGAGCAGATAACAAGAGTGTTGTTGGAAAGGCTAATTGTGAACAGGCCGCATCC
TTGGGGACTCCTAATAACGTTCATCGAGCTCATCAAGAACCCAAGATATGGCTTCTGGAA
ACATGCCTTCATTAGGTGTGCTCCTGAGATTGAGAAGCTCTTTGAATCGGTCGCCAGATC
CTGTGGTGGTCTCAAGACTGTTGACGAGGGAATGGTCTCCGGTTGGGTCGCCGACAGCAA
TCACTAGCTTGTCTTTTTTTTCTCTTCTTTCAATTTCTAATACTGTATGTTTCCATCCTC
CCCAGATTTGGCATTAACATATGACACAGTAGGTATTTCAGTATTTAAAGTCTGCATATT
TTTTTTAAAGAATTTATTTCATAGACC


BQ
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AF RR1FP58TF U 1
AF RR1FP58JQ C 138
BS 1 739 RR1FP58TF
BS 740 927 RR1FP58JQ

RD RR1FP58TF 739 0 0
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GCTCCCAGATCCCTCTACCCCAAATCTGAAGATTGATTTACTGCCTGAGATAGTAGAAGC
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GCTGCTTCTCTCGCCCAGCGAGGCCAGCTTAGCTGGAACCCGTTACAGTGTACCATTGAT
CAACTCGCTTGTGCTATATACTGGAATGCAGGCTATTCAGCAGCTTCAAGCGGGTGAGAC
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AGAAGGGCGCTACTTGTTCCTTAACGCGATCGCCAATCAGCTTCGATACCCCAACAACCA
CACTCATTATTTCTCCTTCATCATGCTCTATCTCTTCTTCGAGTCTAACCAGGAGATCAT
CATACAGGAGCAGATAACAAGAGTGTTGTTGGAAAGGCTAATTGTGAACAGGCCGCATCC
TTGGGGACTCCTAATAACGTTCATCGAGCTCATCAAGAACCCAAGATATGGCTTCTGGAA
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CTGTGGTGGTCTCAAGACT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR1FP58JQ 790 0 0
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GCGAGGCCAGCTTAGCTGGAACCCGTTACAGTGTACCATTGATCAACTCGCTTGTGCTAT
ATACTGGAATGCAGGCTATTCAGCAGCTTCAAGCGGGTGAGACGCAGGCTCAAAATGTGG
TGGCCTTGCATATGTTCAAGTATTTAAGTATGGAACTAGATACAGAAGGGCGCTACTTGT
TCCTTAACGCGATCGCCAATCAGCTTCGATACCCCAACAACCACACTCATTATTTCTCCT
TCATCATGCTCTATCTCTTCTTCGAGTCTAACCAGGAGATCATCATACAGGAGCAGATAA
CAAGAGTGTTGTTGGAAAGGCTAATTGTGAACAGGCCGCATCCTTGGGGACTCCTAATAA
CGTTCATCGAGCTCATCAAGAACCCAAGATATGGCTTCTGGAAACATGCCTTCATTAGGT
GTGCTCCTGAGATTGAGAAGCTCTTTGAATCGGTCGCCAGATCCTGTGGTGGTCTCAAGA
CTGTTGACGAGGGAATGGTCTCCGGTTGGGTCGCCGACAGCAATCACTAGCTTGTCTTTT
TTTTCTCTTCTTTCAATTTCTAATACTGTATGTTTCCATCCTCCCCAGATTTGGCATTAA
CATATGACACAGTAGGTATTTCAGTATTTAAAGTCTGCATATTTTTTTTAAAGAATTTAT
TTCATAGACC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

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AAAGGATGAGTGGGTTTAGAGCATTCAAAGCACAGGTTCCCATTAAGTGGAGCGAGAGCT
TGTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTCCCTGGAACCAGGAAGCTTCACAGGCGTACACTCG
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BQ
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AF RR1G541TF U 1
AF RR1G541JQ C 55
BS 1 108 RR1G541TF
BS 109 109 RR1G541JQ
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BS 668 700 RR1G541JQ

RD RR1G541TF 673 0 0
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GAATTTACACCTCTGTTTCTTCCAGAGATTCGTGGTTACAAAGGGGGG*AAACATAAAAA
AAAGGATGAGTGGGTTTAGAGCATTCAAAGCACAGGTTCCCATTAAGTGGAGCGAGAGCT
TGTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTCCCTGGAACCAGGAAGCTTCACAGGCGTACACTCG
AGGCTATGGGACTCCGCAGATGCCATCGCACTGTTCTTCACTCCAACACCTCTTCCATTA
GAGGAATGATTCAACAGGTTAAAAGGATGGTTGTTGTTGAGACAGAGGAGATGTTCAAAG
CTCGCAAAGAAGCTGAAGCTAACCACAAAGCTCTCCGCCCTCCACTTATTGTCAGCCATT
CAAGCCCTGCAACGGGCTCATCCAACATGTCTTAGAGGATTTCAGGAGATGGTAGAGCTC
TTCAACCGTTTGTTTAATTTGTTTAAGCTCCACTTACATTTGTGAGGGAAGTGACGCGAT
AAGAAATTTCGTTATCAGTGAATTTGGTGCCTCATTGTGTACACTAG*CTGGGTACTTGT
GTATGTTTACTCTCATTTTGTCAAATCTCGAATCCACCAGTTTGGTTACTTTCTGTGTGT
TTTCAAA
TTTATA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR1G541JQ 646 0 0
TCACCGGAATTTACACCTCTGTTTCTTCCAGAGATTCGTGGTTACAAAGGGGGGGAAACA
TAAAAAAAAGGATGAGTGGGTTTAGAGCATTCAAAGCACAGGTTCCCATTAAGTGGAGCG
AGAGCTTGTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTCCCTGGAACCAGGAAGCTTCACAGGCGTA
CACTCGAGGCTATGGGACTCCGCAGATGCCATCGCACTGTTCTTCACTCCAACACCTCTT
CCATTAGAGGAATGATTCAACAGGTTAAAAGGATGGTTGTTGTTGAGACAGAGGAGATGT
TCAAAGCTCGCAAAGAAGCTGAAGCTAACCACAAAGCTCTCCGCCCTCCACTTATTGTCA
GCCATTCAAGCCCTGCAACGGGCTCATCCAACATGTCTTAGAGGATTTCAGGAGATGGTA
GAGCTCTTCAACCGTTTGTTTAATTTGTTTAAGCTCCACTTACATTTGTGAGGGAAGTGA
CGCGATAAGAAATTTCGTTATCAGTGAATTTGGTGCCTCATTGTGTACACTAGGCTGGGT
ACTTGTGTATGTTTACTCTCATTTTGTCAAATCTCGAATCCACCAGTTTGGTTACTTTCT
GTGTGTTTTCAAAATTTATAAGCGGAGATTTGGTTCTATTTCAGAC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL9016Contig1 1111 2 2 U
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TATTCTCATTGGCCTTTCTCTATATAAAGCTCACGGATCGAGAGAGACAAGATACACCAC
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AACAATTACTGGGAACCCAGCTCCTTCCTCCACAACGAAGAGTTTGAATATGACAGCTGG
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AAAGATGCTATAAGTTACATACAAGGATTACAATATGAAGAAACGAAGCTCGAAGCTGAG
ATCAGAGAACTTGAATCTACACCAAAGAGTAGCCTGAGTTTTGGTAAAGATTTTGACCGT
GACTTACTGGTTCCTGTCACATCTAAGAGAATGAAGCAGCTTGATTCTGGTTCTTCCCGT
TCTCTCATCGAAGTTCTTGAATTGAAGGTAACATTCATGGGAGAGAGGACAATGGTGGTG
AATGTAACATGTGATAAGAGAACAGATACAATGGTGAAACTGTGTGAAGTTCTCGAGTCA
TTGAATCTCATAATCATCACTTCCAATCTCAACTCTTTCTCCGGCATGATCTTCGACACT
CTCTTCATTGAGGTCAGCAATTAGTTAATTAATATTAAGAAGTGATGATTGAAATTAGTC
AAGTAGTGGATAGTAAACATTTCAAGAAAAAGGGAGTAAAAGGAAGCAATCAAATAGTAG
TATATTATTACTTTAGTTAACTTTTCTTAAAGTCTCCAATCTCCATCATCTAATGGTAAG
TATGTAAATCGCACCATACTGGTAGTTCCTCTTGTTTGTTAAAAGATTTTTTTTTTTTTA
ATAATCTCATCTGGATTTGTTGAAGGATTTTGTGTGGTTTAAAGCTCTTGCCCAATTATT
TTAACACTAATAAATGCCTTGTTGGTGACGG


BQ
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AF RR1BC60TF U 1
AF RR1BC60JQ C 376
BS 1 783 RR1BC60TF
BS 784 1111 RR1BC60JQ

RD RR1BC60TF 783 0 0
GGATGTATATAGTAACTGGAAATCTAAGTTGTTGTCTCCCGCTGGTCTGTCTCATTCTCA
TATTCTCATTGGCCTTTCTCTATATAAAGCTCACGGATCGAGAGAGACAAGATACACCAC
TTAAACGATCAGACAATTAAGTTTATTTGTCGGAAAATGGACGATATCAACCAAGAATTC
AACAATTACTGGGAACCCAGCTCCTTCCTCCACAACGAAGAGTTTGAATATGACAGCTGG
CCGTTGGAGGAAGCTATTTCCGGATCATATGATTCGAGTTCGCCTGACGGTGCGGCTACG
TCTCCGGCTTCAAAGAATATTGTGCTGGAGAGAAACAGAAGGCAAAAGCTTAACCAGAGG
CTCTTTGCTCTTCGAGCAGTTGTTCCTAATATCACTAAGATGGATAAAGCATCAATAATC
AAAGATGCTATAAGTTACATACAAGGATTACAATATGAAGAAACGAAGCTCGAAGCTGAG
ATCAGAGAACTTGAATCTACACCAAAGAGTAGCCTGAGTTTTGGTAAAGATTTTGACCGT
GACTTACTGGTTCCTGTCACATCTAAGAGAATGAAGCAGCTTGATTCTGGTTCTTCCCGT
TCTCTCATCGAAGTTCTTGAATTGAAGGTAACATTCATGGGAGAGAGGACAATGGTGGTG
AATGTAACATGTGATAAGAGAACAGATACAATGGTGAAACTGTGTGAAGTTCTCGAGTCA
TTGAATCTCATAATCATCACTTCCAATCTCAACTCTTTCTCCGGCATGATCTTCGACACT
CTC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1BC60JQ 736 0 0
GCAGTTGTTCCTAATATCACTAAGATGGATAAAGCATCAATAATCAAAGATGCTATAAGT
TACATACAAGGATTACAATATGAAGAAACGAAGCTCGAAGCTGAGATCAGAGAACTTGAA
TCTACACCAAAGAGTAGCCTGAGTTTTGGTAAAGATTTTGACCGTGACTTACTGGTTCCT
GTCACATCTAAGAGAATGAAGCAGCTTGATTCTGGTTCTTCCCGTTCTCTCATCGAAGTT
CTTGAATTGAAGGTAACATTCATGGGAGAGAGGACAATGGTGGTGAATGTAACATGTGAT
AAGAGAACAGATACAATGGTGAAACTGTGTGAAGTTCTCGAGTCATTGAATCTCATAATC
ATCACTTCCAATCTCAACTCTTTTTCCGGCATGATTTTCGACACTCTCTTCATTGAGGTC
AGCAATTAGTTAATTAATATTAAGAAGTGATGATTGAAATTAGTCAAGTAGTGGATAGTA
AACATTTCAAGAAAAAGGGAGTAAAAGGAAGCAATCAAATAGTAGTATATTATTACTTTA
GTTAACTTTTCTTAAAGTCTCCAATCTCCATCATCTAATGGTAAGTATGTAAATCGCACC
ATACTGGTAGTTCCTCTTGTTTGTTAAAAGATTTTTTTTTTTTTAATAATCTCATCTGGA
TTTGTTGAAGGATTTTGTGTGGTTTAAAGCTCTTGCCCAATTATTTTAACACTAATAAAT
GCCTTGTTGGTGACGG

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL9017Contig1 1338 2 2 U
GCAAAGACAAGTTCTGGAAAGCGAGCGACAAGATGGTGGACTATCTCCGCAGCTCTATCG
GTATCATACACAGAAACCACGCGGAGAGCATAACGACTTTCATCAAAGAGAGTGTGGACG
ATGAGCAGCTCAAGGAGCCTACTAATACTAATACGAAGAAGCGTTTGACGTTTTGTGTGG
AAGGGAACATTAGCGTAGGCAAATCGACTTTCTTGCAGAGGATAGCTAACGAGACTATCG
AGCTGCGTGACCTTGTTGAGATAGTTCCTGAACCGGTTGATAAGTGGCAAGACGTTGGAC
CTGACCATTTCAATATACTAGATGCTTTCTACTCCGAGCCTCAGAGATATGCCTACACTT
TCCAGAACTATGTGTTCGTCACGAGGCTGACGCAGGAGAAAGAGTCTGCTTCTGGGGTTA
AGCCTCTCAGGTTGATGGAAAGGAGTGTCTTCAGTGACAGAATGGTGTTTGTGAGAGCGG
TTCATGAAGCGAAGTGGATGAACGAGATGGAGATAAGTATATACGACTCGTGGTTTGATC
CCCGTCGTCTCTGCTTTACCTGGACTTGTACCTGATGGGTTTATATACCTGAGGGCGAGT
CCTGACACTTGCCACAAGAGGATGATGCTGAGGAAACGTGCGGAAGAAGGTGGAGTGTCG
CTCAAGTATCTGCAGGATCTGCACGAGAAGCATGAGAGCTGGCTACTACCGTTTGAGAGT
GGGAACCACGGGGTGCTCTCCGTTAGCAAACCGTCTTTGCTGATGGATAACTCTCTCCAT
CCTGATATTAAAGACCGTGTCTCTTACTTGGAAGGGAATCATATGCATTCTAGCATCCAG
AAGGTGCCTGCTTTGGTTTTGGATTGTGGGCCAAATATTGACTTCAGTAGAGATATTGAA
GCAAAGAGACAGTATGCAAGACAAGTTGCTGAGTTCTTTGAGTTTGTGAAGAAGAAGCAA
GAAACGTCGCAAGAGCAGTCGCCGTTGTTGATGCCACCTCATAATGGAGGTCTCTGGATG
GGACCAGAAGGGAAGCATGTCCCGGGACTAGAACTCCCGTCTCTGGATTTCAGGAAGGCC
ATGTCGCTCATAACCAGACCGTCTGCGTGAGACTGTCCCCCCCACACAGACTCAGTTTTT
TTTTTGTTTTGTTTGCTCTGAAGGAGCATTGTCCGGGTTATCATGGAATGTCAATAGGTA
TTGTCGGCTTTATGTTTCGTTTGTTTTAGGGAACTTCTCTCAACGGTTTTTACCCCTCTC
TTAGTTTAGTTATAACCCTTTTGTGTAGAGAAGATTGATGATGTCTGGATAATTTTGGTT
TAAGTGTTCTGTTTCTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AP78TF U 1
AF RR1AP78JQ C 550
BS 1 643 RR1AP78TF
BS 644 1338 RR1AP78JQ

RD RR1AP78TF 643 0 0
GCAAAGACAAGTTCTGGAAAGCGAGCGACAAGATGGTGGACTATCTCCGCAGCTCTATCG
GTATCATACACAGAAACCACGCGGAGAGCATAACGACTTTCATCAAAGAGAGTGTGGACG
ATGAGCAGCTCAAGGAGCCTACTAATACTAATACGAAGAAGCGTTTGACGTTTTGTGTGG
AAGGGAACATTAGCGTAGGCAAATCGACTTTCTTGCAGAGGATAGCTAACGAGACTATCG
AGCTGCGTGACCTTGTTGAGATAGTTCCTGAACCGGTTGATAAGTGGCAAGACGTTGGAC
CTGACCATTTCAATATACTAGATGCTTTCTACTCCGAGCCTCAGAGATATGCCTACACTT
TCCAGAACTATGTGTTCGTCACGAGGCTGACGCAGGAGAAAGAGTCTGCTTCTGGGGTTA
AGCCTCTCAGGTTGATGGAAAGGAGTGTCTTCAGTGACAGAATGGTGTTTGTGAGAGCGG
TTCATGAAGCGAAGTGGATGAACGAGATGGAGATAAGTATATACGACTCGTGGTTTGATC
CCCGTCGTCTCTGCTTTACCTGGACTTGTACCTGATGGGTTTATATACCTGAGGGCGAGT
CCTGACACTTGCCACAAGAGGATGATGCTGAGGAAACGTGCGG

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR1AP78JQ 789 0 0
TCTGCTTTACCTGGACTTGTACCTGATGGGTTTATATACCTGAGGGCGAGTCCTGACACT
TGCCACAAGAGGATGATGCTGAGGAAACGTGCGGAAGAAGGTGGAGTGTCGCTCAAGTAT
CTGCAGGATCTGCACGAGAAGCATGAGAGCTGGCTACTACCGTTTGAGAGTGGGAACCAC
GGGGTGCTCTCCGTTAGCAAACCGTCTTTGCTGATGGATAACTCTCTCCATCCTGATATT
AAAGACCGTGTCTCTTACTTGGAAGGGAATCATATGCATTCTAGCATCCAGAAGGTGCCT
GCTTTGGTTTTGGATTGTGGGCCAAATATTGACTTCAGTAGAGATATTGAAGCAAAGAGA
CAGTATGCAAGACAAGTTGCTGAGTTCTTTGAGTTTGTGAAGAAGAAGCAAGAAACGTCG
CAAGAGCAGTCGCCGTTGTTGATGCCACCTCATAATGGAGGTCTCTGGATGGGACCAGAA
GGGAAGCATGTCCCGGGACTAGAACTCCCGTCTCTGGATTTCAGGAAGGCCATGTCGCTC
ATAACCAGACCGTCTGCGTGAGACTGTCCCCCCCACACAGACTCAGTTTTTTTTTTGTTT
TGTTTGCTCTGAAGGAGCATTGTCCGGGTTATCATGGAATGTCAATAGGTATTGTCGGCT
TTATGTTTCGTTTGTTTTAGGGAACTTCTCTCAACGGTTTTTACCCCTCTCTTAGTTTAG
TTATAACCCTTTTGTGTAGAGAAGATTGATGATGTCTGGATAATTTTGGTTTAAGTGTTC
TGTTTCTCG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL9018Contig1 813 2 4 U
GGATTGGAAGACAGAAATAATCAAGAAAGAGCGAGATACAGCAATGGGAACAATACTGTC
AATCTTCTCAAAGCCAAACCCACCACATAACTACGAAGCCATACTAAAACATGCAGACTC
TCTACTTCCTCCTGACGCTACGTCGTCTCTTGACAAGTTATACCCTGAGCTCTTCGATGG
CGTTTTCTTGAAGCACAAGAAGCAGAAGTACTGGATAGAGGGTAAAGCTAAAAAGAACTG
CTTCGTGTTGTACGCGAGAGATCTCACGATTTCATTCGCTGAGTCTCAAACAAATAATAA
CTGGAGTTGGTTTTCTGATCTAGACCAAACATCCAGTGATGCAAGAATTGAGGTTGCAAA
GGTGGAATGGGTAGCATGGCTAGAAGTGGTTGGAAACTTCGAGATGGAGAATCTAACTCC
CAACAGTTCGTACGAGGTTGTGTTTGTGGTTAAGCTAGTTGATCCTGCGCAGGGTTGGGA
AGTTCCGGTTAACTTCAAACTGGTTTTGCCTACAGAAGAAACCAAAGAGCGGCAAGAGAA
TATGAATCTGTTAGGAAGAAACCGCTGGGTGGAGATTCTGGTTGGTGAGTTCAGGACATC
GCCGGAATATAATTCAGGGAAGATGGAGTTTTCTATGTATGAGGTTAAAGGTGGATTGTG
GAAGTCCGGTCTGATTGTAAAAGGTGTTGCTATTAGACCCAAGAATTAGAATATTAATGG
TTAGAAATAAAATTGAATACAAAATTCACTATGATCTATGTACATGAGTACATCATATAA
ATGCTATATTTACGAAGTCCAAGCAATGGCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FZ56TF U 1
AF RR1FZ56JQ C 26
BS 1 594 RR1FZ56TF
BS 595 595 RR1FZ56JQ
BS 596 639 RR1FZ56TF
BS 640 813 RR1FZ56JQ

RD RR1FZ56TF 639 0 0
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AATCTTCTCAAAGCCAAACCCACCACATAACTACGAAGCCATACTAAAACATGCAGACTC
TCTACTTCCTCCTGACGCTACGTCGTCTCTTGACAAGTTATACCCTGAGCTCTTCGATGG
CGTTTTCTTGAAGCACAAGAAGCAGAAGTACTGGATAGAGGGTAAAGCTAAAAAGAACTG
CTTCGTGTTGTACGCGAGAGATCTCACGATTTCATTCGCTGAGTCTCAAACAAATAATAA
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GGTGGAATGGGTAGCATGGCTAGAAGTGGTTGGAAACTTCGAGATGGAGAATCTAACTCC
CAACAGTTCGTACGAGGTTGTGTTTGTGGTTAAGCTAGTTGATCCTGCGCAGGGTTGGGA
AGTTCCGGTTAACTTCAAACTGGTTTTGCCTACAGAAGAAACCAAAGAGCGGCAAGAGAA
TATGAATCTGTTAGGAAGAAACCGCTGGGTGGAGATTCTGGTTGGTGAGTTCAG*ACATC
GCCGGAATATAATTCAGGGAAGATGGAGTTTTCTATGTA

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR1FZ56JQ 788 0 0
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CATAACTACGAAGCCATACTAAAACATGCAGACTCTCTACTTCCTCCTGACGCTACGTCG
TCTCTTGACAAGTTATACCCTGAGCTCTTCGATGGCGTTTTCTTGAAGCACAAGAAGCAG
AAGTACTGGATAGAGGGTAAAGCTAAAAAGAACTGCTTCGTGTTGTACGCGAGAGATCTC
ACGATTTCATTCGCTGAGTCTCAAACAAATAATAACTGGAGTTGGTTTTCTGATCTAGAC
CAAACATCCAGTGATGCAAGAATTGAGGTTGCAAAGGTGGAATGGGTAGCATGGCTAGAA
GTGGTTGGAAACTTCGAGATGGAGAATCTAACTCCCAACAGTTCGTACGAGGTTGTGTTT
GTGGTTAAGCTAGTTGATCCTGCGCAGGGTTGGGAAGTTCCGGTTAACTTCAAACTGGTT
TTGCCTACAGAAGAAACCAAAGAGCGGCAAGAGAATATGAATCTGTTAGGAAGAAACCGC
TGGGTGGAGATTCTGGTTGGTGAGTTCAGGACATCGCCGGAATATAATTCAGGGAAGATG
GAGTTTTCTATGTATGAGGTTAAAGGTGGATTGTGGAAGTCCGGTCTGATTGTAAAAGGT
GTTGCTATTAGACCCAAGAATTAGAATATTAATGGTTAGAAATAAAATTGAATACAAAAT
TCACTATGATCTATGTACATGAGTACATCATATAAATGCTATATTTACGAAGTCCAAGCA
ATGGCCTT

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL9019Contig1 659 2 2 U
TTTTTTTGGGGCGGATAACGGATTTGAGGGTGTCAAGAGTGGAGCAGACCTGTAGCCATT
GAGTAGGATCGCCGAAGATGTGATTAGAGGGGAAGAAGGCGGCGACAAGAGCAGGGACCT
TAGTGCGATGCTTAAGCAACCAGTCCCGTTTCAAGATGCCAGAAGGAAGGGTAGGGGAGG
AGGAATCAGAGCTTAGAGGATCTCTGAAGGAAGAGGAGTGGGAATGATCATGAGGAGGAG
GAGGAAGAGGAGGAGCAAGGAGGAGGAGAGGGAGATGAGAGAAGTCGGGAAAGGCGAGAG
CGTTGATGGGAGGCTGCTGGGAGTGGAGATGAGTAGTAATGGAGGAGTGTAGCTCTGAGC
ATCCGAAGAGAGCCACCAGACTTACGGGCGGCGTCCTGAGCTCTTCCGGGTACTCATCCT
CTATCTTACTTCCTCTTCTTGTTCTTGTTGTTGGGGGATCATCATGGCTCATCTTGGCCT
GCTGCTCTCCCTCGAGTACTACTTCATTGAGCTTCTGCTCCAACTGTGTACCTTCTTCTT
CTGTTGCCATGACTCCCTCCCTTGAAGGATGAGAGCTTAAGAGTGCTTAGAATCCTGAAA
TCTTCTTCTTCCCAAGTCGGATCTAATCGGAAGAGAAGAGCCTTCCTTGTGTTGTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1GC07TF C 1
AF RR1GC07JQ U 51
BS 1 50 RR1GC07TF
BS 51 659 RR1GC07JQ

RD RR1GC07TF 659 0 0
TTTTTTTGGGGCGGATAACGGATTTGAGGGTGTCAAGAGTGGAGCAGACCTGTAGCCATT
GAGTAGGATCGCCGAAGATGTGATTAGAGGGGAAGAAGGCGGCGACAAGAGCAGGGACCT
TAGTGCGATGCTTAAGCAACCAGTCCCGTTTCAAGATGCCAGAAGGAAGGGTAGGGGAGG
AGGAATCAGAGCTTAGAGGATCTCTGAAGGAAGAGGAGTGGGAATGATCATGAGGAGGAG
GAGGAAGAGGAGGAGCAAGGAGGAGGAGAGGGAGATGAGAGAAGTCGGGAAAGGCGAGAG
CGTTGATGGGAGGCTGCTGGGAGTGGAGATGAGTAGTAATGGAGGAGTGTAGCTCTGAGC
ATCCGAAGAGAGCCACCAGACTTACGGGCGGCGTCCTGAGCTCTTCCGGGTACTCATCCT
CTATCTTACTTCCTCTTCTTGTTCTTGTTGTTGGGGGATCATCATGGCTCATCTTGGCCT
GCTGCTCTCCCTCGAGTACTACTTCATTGAGCTTCTGCTCCAACTGTGTACCTTCTTCTT
CTGTTGCCATGACTCCCTCCCTTGAAGGATGAGAGCTTAAGAGTGCTTAGAATCCTGAAA
TCTTCTTCTTCCCAAGTCGGATCTAATCGGAAGAGAAGAGCCTTCCTTGTGTTGTGCCC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR1GC07JQ 609 0 0
TGTAGCCATTGAGTAGGATCGCCGAAGATGTGATTAGAGGGGAAGAAGGCGGCGACAAGA
GCAGGGACCTTAGTGCGATGCTTAAGCAACCAGTCCCGTTTCAAGATGCCAGAAGGAAGG
GTAGGGGAGGAGGAATCAGAGCTTAGAGGATCTCTGAAGGAAGAGGAGTGGGAATGATCA
TGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGCAAGGAGGAGGAGAGGGAGATGAGAGAAGTCGGGA
AAGGCGAGAGCGTTGATGGGAGGCTGCTGGGAGTGGAGATGAGTAGTAATGGAGGAGTGT
AGCTCTGAGCATCCGAAGAGAGCCACCAGACTTACGGGCGGCGTCCTGAGCTCTTCCGGG
TACTCATCCTCTATCTTACTTCCTCTTCTTGTTCTTGTTGTTGGGGGATCATCATGGCTC
ATCTTGGCCTGCTGCTCTCCCTCGAGTACTACTTCATTGAGCTTCTGCTCCAACTGTGTA
CCTTCTTCTTCTGTTGCCATGACTCCCTCCCTTGAAGGATGAGAGCTTAAGAGTGCTTAG
AATCCTGAAATCTTCTTCTTCCCAAGTCGGATCTAATCGGAAGAGAAGAGCCTTCCTTGT
GTTGTGCCC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL9020Contig1 701 2 2 U
GGGGCTTTAGAATTAAAGAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGATCGTTGGAGACTCGGCT
GTGACTGAAACAGAGGAGAGATCCGAAAATGGAAGCTGGAGGATCCAACGTTAGATCTAG
CTACTACAACGTCCTCGTTATTCGGAAAGATGCCTCTGTTTCCGATGTCCGCGCTGCTTA
CCGTAAGCTCGCCATGAAATGGCATCCGGATAGATACGCGAGGAATCCTGGTGTCGCCGG
AGAAGCCAAACGTCGATTTCAGCAAATCCAAGAAGCCTATTCTGTTTTGAATGACGAGAA
TAAGCGCTCGATGTATGACGCTGGACTCTACGATCCCCACGAAGATGACGACGATGACTT
CTGCGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAACAATGTCAAAGGCGAGGGAGATAG
CTTGGAGGACTTGCAACGGATGTTCACGGATATGGTTGGTGGAGATAGCGTGATCTTTGA
CTGTAACAACAATCCAAGGGACAGCAAAAGACCACGTGTTAATATCTCACGGAGTAGTGC
TGCGATGCGTTAGTAGTACTCTTGTTCTCTTTTGTGTTTGTGTCGTGTCGTTTCGCGTTG
AACTGTCTCATGCCGAGAAGTCTCAAGTTCTCAATTGTCATTTCGTGTTTATTTTCTAGT
GTCAATGCTGAAGGCTATAAAATAAAATATCTCTGAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1HB46TF U 1
AF RR1HB46JQ C 158
BS 1 615 RR1HB46TF
BS 616 701 RR1HB46JQ

RD RR1HB46TF 615 0 0
GGGGCTTTAGAATTAAAGAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGATCGTTGGAGACTCGGCT
GTGACTGAAACAGAGGAGAGATCCGAAAATGGAAGCTGGAGGATCCAACGTTAGATCTAG
CTACTACAACGTCCTCGTTATTCGGAAAGATGCCTCTGTTTCCGATGTCCGCGCTGCTTA
CCGTAAGCTCGCCATGAAATGGCATCCGGATAGATACGCGAGGAATCCTGGTGTCGCCGG
AGAAGCCAAACGTCGATTTCAGCAAATCCAAGAAGCCTATTCTGTTTTGAATGACGAGAA
TAAGCGCTCGATGTATGACGCTGGACTCTACGATCCCCACGAAGATGACGACGATGACTT
CTGCGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAACAATGTCAAAGGCGAGGGAGATAG
CTTGGAGGACTTGCAACGGATGTTCACGGATATGGTTGGTGGAGATAGCGTGATCTTTGA
CTGTAACAACAATCCAAGGGACAGCAAAAGACCACGTGTTAATATCTCACGGAGTAGTGC
TGCGATGCGTTAGTAGTACTCTTGTTCTCTTTTGTGTTTGTGTCGTGTCGTTTCGCGTTG
AACTGTCTCATGCCG

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1HB46JQ 544 0 0
GTTTCCGATGTCCGCGCTGCTTACCGTAAGCTCGCCATGAAATGGCATCCGGATAGATAC
GCGAGGAATCCTGGTGTCGCCGGAGAAGCCAAACGTCGATTTCAGCAAATCCAAGAAGCC
TATTCTGTTTTGAATGACGAGAATAAGCGCTCGATGTATGACGCTGGACTCTACGATCCC
CACGAAGATGACGACGATGACTTCTGCGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAAC
AATGTCAAAGGCGAGGGAGATAGCTTGGAGGACTTGCAACGGATGTTCACGGATATGGTT
GGTGGAGATAGCGTGATCTTTGACTGTAACAACAATCCAAGGGACAGCAAAAGACCACGT
GTTAATATCTCACGGAGTAGTGCTGCGATGCGTTAGTAGTACTCTTGTTCTCTTTTGTGT
TTGTGTCGTGTCGTTTCGCGTTGAACTGTCTCATGCCGAGAAGTCTCAAGTTCTCAATTG
TCATTTCGTGTTTATTTTCTAGTGTCAATGCTGAAGGCTATAAAATAAAATATCTCTGAA
GTCC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL9021Contig1 925 2 4 U
GGGATGGGCCCACACCGAGCGACGGCTTCACGAGCTCATGTACGCTGAGGGAGACTACGA
GAATTGCTTTGGCTGCGACTGCTGCAGTGGAGACAGATGTGATGCGTTGTGGAGGGGAAG
ATGCGAGAGGATACACGTAGCGATCGAAGCATGCAATGGCTATTCAATGGTGAATGTAAA
GTGTAGAGACAGACCAAAACTATTGTTCGACACGGTATGTGCGTTAAAAGAGTTACAATT
CGTTGTGTTTCACGCCGTCGCCGGGGCTAGAGGCTCGACGGCGGAGCAGGAATATTTCAT
AAGGAAGAAGAACGGGTGCACGTCAGAAACGGAAGGACAGAGGGAGAGACTAAGGCATTG
TTTGGTAGCTGCGTTGTCGAGACGCGCTTCACGCGGGTTCAAGCTTGACGTTCGGACAAA
GAACAAGATGGGGTTGTTGTCGGATGTGACGAGAACTGTGAGAGAGAGCGGTTTGTCTAT
AACGAGAGCAGAGATGAGTACTCAAGGTGAGAATGCGGTTGGTTCGTTTTATGTCGCTGG
GGTGAACGGTGGTGAGAAGGATGCGAATGCGGTTGAAGCGGTTGTAAGAGAATTGGGTGG
GGGTGGTTGTCTCGGCGGTTAAGACAGTTGGGATGGTGTCTACGAGGTTAGGTTCGTCGA
GTGATGTGGAGGAGGAAAACAGAGCTAAGTGCTCGATTGGGAGAATGCTATGGTCGAAGT
TGGAGAGACTTTCGACGTCGATCAGATCCTTGTGAAGGGTCTAGTTAGTAGACGTCATCT
CTCTTTCTTTTTTTGACGGTTGTTCTCGCGATTATCATTGTATATATAGCTGAACTAGAA
ATGCTTGTTTGCAGAATGAAATGTAATTAAAGGATTGAATTTAGTTGACATATCACATAA
TGAAACTGTGACAATTGGCTCAACC


BQ
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AF RR1G747TF U 1
AF RR1G747JQ C 214
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BS 705 705 RR1G747JQ
BS 706 780 RR1G747TF
BS 781 925 RR1G747JQ

RD RR1G747TF 780 0 0
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GAATTGCTTTGGCTGCGACTGCTGCAGTGGAGACAGATGTGATGCGTTGTGGAGGGGAAG
ATGCGAGAGGATACACGTAGCGATCGAAGCATGCAATGGCTATTCAATGGTGAATGTAAA
GTGTAGAGACAGACCAAAACTATTGTTCGACACGGTATGTGCGTTAAAAGAGTTACAATT
CGTTGTGTTTCACGCCGTCGCCGGGGCTAGAGGCTCGACGGCGGAGCAGGAATATTTCAT
AAGGAAGAAGAACGGGTGCACGTCAGAAACGGAAGGACAGAGGGAGAGACTAAGGCATTG
TTTGGTAGCTGCGTTGTCGAGACGCGCTTCACGCGGGTTCAAGCTTGACGTTCGGACAAA
GAACAAGATGGGGTTGTTGTCGGATGTGACGAGAACTGTGAGAGAGAGCGGTTTGTCTAT
AACGAGAGCAGAGATGAGTACTCAAGGTGAGAATGCGGTTGGTTCGTTTTATGTCGCTGG
GGTGAACGGTGGTGAGAAGGATGCGAATGCGGTTGAAGCGGTTGTAAGAGAATTGGGTGG
GGGTGGTTGTCTCGGCGGTTAAGACAGTTGGGATGGTGTCTACGAGGTTAGGTTCGTCGA
GTGATGTGGAGGAGGAAAACAGAGCTAAGTGCTCGATTGGGAGA*TGCTATGGTCGAAGT
TGGAGAGACTTTCGACGTCGATCAGATCCTTGTGAAGGGTCTAGTTAGTAGACGTCATCT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR1G747JQ 712 0 0
GGTATGTGCGTTAAAAGAGTTACAATTCGTTGTGTTTCACGCCGTCGCCGGGGCTAGAGG
CTCGACGGCGGAGCAGGAATATTTCATAAGGAAGAAGAACGGGTGCACGTCAGAAACGGA
AGGACAGAGGGAGAGACTAAGGCATTGTTTGGTAGCTGCGTTGTCGAGACGCGCTTCACG
CGGGTTCAAGCTTGACGTTCGGACAAAGAACAAGATGGGGTTGTTGTCGGATGTGACGAG
AACTGTGAGAGAGAGCGGTTTGTCTATAACGAGAGCAGAGATGAGTACTCAAGGTGAGAA
TGCGGTTGGTTCGTTTTATGTCGCTGGGGTGAACGGTGGTGAGAAGGATGCGAATGCGGT
TGAAGCGGTTGTAAGAGAATTGGGTGGGG*TGGTTGTCTCGGCGGTTAAGACAGTTGGGA
TGGTGTCTACGAGGTTAGGTTCGTCGAGTGATGTGGAGGAGGAAAACAGAGCTAAGTGCT
CGATTGGGAGAATGCTATGGTCGAAGTTGGAGAGACTTTCGACGTCGATCAGATCCTTGT
GAAGGGTCTAGTTAGTAGACGTCATCTCTCTTTCTTTTTTTGACGGTTGTTCTCGCGATT
ATCATTGTATATATAGCTGAACTAGAAATGCTTGTTTGCAGAATGAAATGTAATTAAAGG
ATTGAATTTAGTTGACATATCACATAATGAAACTGTGACAATTGGCTCAACC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL9022Contig1 608 2 1 U
AGGGGAAAAGAAGCAGTGTTATCACTTCATCCATCGACAAAATATCTTGATTTTTCTCTG
GATCTAAACGACAATGGAGGTGTTCTACTACGTGGTGTTCGGGGTCCTAGGCATGGTGGT
GGCGGCCTTGGAGCTAAGCAAGAACAATAAGGATCGGATCAACACTTCTTCAGCTTTCAC
TTCTTTCAAAAACAACTATCTCGTCGTTTACTCGCTCATGATGGCGGGTGACTGGTTGCA
GGGGCCATATGTGTACTATCTTTACAGTACTTATGGGTTCAGCAAAGGGGACATTGGTCA
GCTTTTTATTGCTGGTTTTGGTTCCTCTATGCTCTTCGGTACTATCGTTGGATCTCTTGC
CGACAAACAGGGTCGTAAGAAGGCTCATGATGATCCTCTCAACATTTGATGAAATAATCT
ATATAGCAAGCACATTCTGGATTCAGTAATGGAGACAGAGAGAAGAAGAAGACTTTTAAG
GTTACATAAGGTAATATAGCATGCAACAATGCGAACAGAAAGATCATACCAGTAAAAGAT
TTGATGTAGTAATTCCATCATTTTGTTTTCTTGGCTATTATTTATTATCGATGTTAGATT
GAAAGACG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F447JQ C 1
AF RR1F447TF U 1
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GATCTAAACGACAATGGAGGTGTTCTACTACGTGGTGTTCGGGGTCCTAGGCATGGTGGT
GGCGGCCTTGGAGCTAAGCAAGAACAATAAGGATCGGATCAACACTTCTTCAGCTTTCAC
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CGACAAACAGGGTCGTAAGAAGGCTCATGATGATCCTCTCAACATTTGATGAAATAATCT
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TTGATGTAGTAATTCCATCATTTTGTTTTCTTGGCTATTATTTATTATCGATGTTAGATT
GAAAGACG

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

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CCATAGTTGGATTTCCTAAGGTGCAATGGCGTGCCCTGGACGAGATTAATTCTGGAGTTT
GCGATGGAATGACATATGAAGAGATAAAGAAGATAATGCCAGAAGAGTTCGAATCTCGGA
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ACCAGGCCGTTCTGAGGGCCTTATATGCATATTTTGCGGACCGTCCCCTCAAAGAAATAC
CCCAGATCGAGATGCCACTTCACACTATCATAGAGATACAAATGGGAGTTTCTGGTGTGC
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TTTTATTTGTACTCACAAATGTCTTGTAATTTCAACATTGTTATGTACTCTTCACAATAA
CTAACTTCTATACAATAGACTCGACTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AF41JQ C 263
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BS 833 1109 RR1AF41JQ

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GCGAATTTGGAAAAATTTATGCAAAGAAACTCGCTAACTTCTTGGAAAAGCGACTAAAAA
ATGAAAAGGCTGCTTCGATTTGGACCAGTACACTTCAGAGAACAATCTTAACAGCAGGTT
CCATAGTTGGATTTCCTAAGGTGCAATGGCGTGCCCTGGACGAGATTAATTCTGGAGTTT
GCGATGGAATGACATATGAAGAGATAAAGAAGATAATGCCAGAAGAGTTCGAATCTCGGA
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ACCAGGCCGTTCTGAGGGCCTTATATGCATATTTTGCGGACCGTCCCCTCAAAGAAATAC
CCCAGATCGAGATGCCACTTCACACTATCATAGAGATACAAATGGGAGTTTC

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DS 

RD RR1AF41JQ 847 0 0
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GCAATGGCGTGCCCTGGACGAGATTAATTCTGGAGTTTGCGATGGAATGACATATGAAGA
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GTTAGAACGACAAAGAGCGCCTGTCGTCGTGATAGCTCACCAGGCCGTTCTGAGGGCCTT
ATATGCATATTTTGCGGACCGTCCCCTCAAAGAAATACCCCAGATCGAGATGCCACTTCA
CACTATCATAGAGATACAAATGGGAGTTTCTGGTGTGCAAGAGAAACGCTACAAGCTCAT
GGACTGAAAGTAACAACCACAATTACATCGGATCTCAACTACAACTCTCGTCCCAAAGAT
TTTAATGTTTTACTCACTCTGTGAATTAGAAGATTTGCAGACATCATCACTGGGCTGCAT
GTTGGCTTCCCAGTTCTTAATTTTATCCATCAGATATTTTTTATTTGTACTCACAAATGT
CTTGTAATTTCAACATTGTTATGTACTCTTCACAATAACTAACTTCTATACAATAGACTC
GACTGGC

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 2

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CAGAGCTATAGCGGTGTAACCATGCCCAACGCAGACCAGCCCTTCCGTCTAAACTGGGCT
TCTTTCAGCACTGGTGAAAAGAGAGCTTCAGAGAACGGTGGTCCAGACCTGTCGGTATTC
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GGCTTTGTCAGGTTTGGTGATGAGACCGAGCGGTCTAGGGCGTTGACCGAGATGAATGGT
GCTTTCTGCTTAAGCAGGCAAATGCGTGTTGGTATTGCAACTCCTAAAAGAGCCGCTGCT
TACGGCCAACAAAATGGTTCACAAGCTTTGACATTAGCTGGTGGACATAGAGGGAATGGT
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GTTACTGAAGAAGACCTCAGGCAACCTTTCTCCCAGTTTGGGGAGGTTGTTTCGGTGAAG
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GCCATTGGGAACTTGAACGGGACAGTCATCGGGAAAAACACTGTCCGGCTTTCTTGGGGA
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CAAGGTTACAGCAACGGATATGCTAATCAAGACTCAAACATGTATGCTGCTGCAGCGGCT
GCTGTCCCTGGAGCTTCTTGAATTATGTCTCGTGAGTCCTGGACTTACGGGCATTGGTTT
CTAAAACAAACCATCGGAATGTCAAAGGGATTCGATGATTAGTTGTTGGTTCAGGGATTA
GCTCGCTTCAACAAAACTAAAAAACCTCTTTAAGTGCAAAGAGGGTTTAGTATCCTATGG
ATTTGAACTTTGTTTATCTTGCTGTCTCAGTCTCTAACATTTTGGGGCTGTCTTAAACTT
GAATTCTATTCTCGGTTTCTTTAAGTTTGATTTGTCTC


BQ
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GCTTTCTGCTTAA

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CTTTGTTTATCTTGCTGTCTCAGTCTCTAACATTTTGGGGCTGTCTTAAACTTGAATTCT
ATTCTCGGTTTCTTTAAGTTTGATTTGTCTC

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DS 



AS 1 2

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AAGCCATGATGATTTGAAAAAGAGTGAAGTATCTGTTTTTTCTTTTCTTACATTTCTTAT
TAATTTTCAGAATGGGGGATTCCGACAAGGACTCCGGTGGAGGACAAAACGGACAGTCTC
CGTTGTCTCCAAGAGAGCAAGACAGGTTCCTACCGATCGCTAACGTGAGCCGGATCATGA
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CTGCTCCGTTTAATCTTGTATTTAAACTATTGGATTTGGATCACATTGAATGCAAATGTT
TTCAGATTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AQ39TF U 1
AF RR1AQ39JQ C 119
BS 1 662 RR1AQ39TF
BS 663 909 RR1AQ39JQ

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CGTTGTCTCCAAGAGAGCAAGACAGGTTCCTACCGATCGCTAACGTGAGCCGGATCATGA
AGAAGGCCTTGCCGGCAAACGCCAAGATCTCCAAAGATGCTAAAGGGACGATGCAGGAGT
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AGAGGAAGACGATCAACGGCGACGATTTGCTTTGGGCTATGACCACTCTAGGGTTCGAGG
ATTACGTTGAGCCGCTGAAGGTTTACTTGCAGAGGTTTAGGGAGATCGAAGGGGAGAGGG
CTGGACTTGGGAGGCCACATACAGGTGGCGAAGCTGGAGAGCATCAGAGAGATGCAGGTG
TCGGTGAGGGCGGTGGGTTTTACGGTGGTGATGCAGTATCACCAGCATCAGTTTCTTCAC
CACCAGCAGAACCATATGTATGGGTCAACAGGCGGTGACGGTGGAGGAGGAGCTGCCTCC
GG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR1AQ39JQ 791 0 0
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TCCGTTGTCTCCAAGAGAGCAAGACAGGTTCCTACCGATCGCTAACGTGAGCCGGATCAT
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GTGCGTCTCCGAGTTTATAAGCTTCGTCACGGGAGAGGCGTCGGATAAGTGCCAGAAGGA
GAAGAGGAAGACGATCAACGGCGACGATTTGCTTTGGGCTATGACCACTCTAGGGTTCGA
GGATTACGTTGAGCCGCTGAAGGTTTACTTGCAGAGGTTTAGGGAGATCGAAGGGGAGAG
GGCTGGACTTGGGAGGCCACATACAGGTGGCGAAGCTGGAGAGCATCAGAGAGATGCAGG
TGTCGGTGAGGGCGGTGGGTTTTACGGTGGTGATGCAGTATCACCAGCATCAGTTTCTTC
ACCACCAGCAGAACCATATGTATGGGTCAACAGGCGGTGACGGTGGAGGAGGAGCTGCCT
CCGGTAGGACAAGGACCTGAGAGATTGGTGAGAGTGGATCTCTGTATATAGATACATTTA
TAAACATGCCTACTCATACCCATAAGAGTTCGCAACATCGATCTATTTAAATATCATGTT
GGTTATGTAGGCTGTGTAAAGAGAATCAAGTGTGTCTGGAACTATATGATTCGCTAACGA
ATCTGCTCCGTTTAATCTTGTATTTAAACTATTGGATTTGGATCACATTGAATGCAAATG
TTTTCAGATTC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL9026Contig1 496 2 1 U
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CTTTGACCTCTTTCTAAAACAACTCTTGCACTTGACGATTGACATGTATCAAAGATGTTT
GTTTTTCTTAAATGAA


BQ
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AF RR1AL04JQ C 1
AF RR1AL04TF U 1
BS 1 496 RR1AL04TF

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TGCTTTGAAGAAGAGCATATAAGATGAGTGGGAGTGGAGATAATAAAGTCTCTGGAGGTA
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TCAACTCTGGTGTCGATTATCGTGGCATCCTTGCTTGTCTTGATGGGTACATGAACATAG
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TTATCCGTGGAAACAATGTTCTTTACATCAGTACGGTGAACACACCTTTAGCTGACGGAG
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CTTTGACCTCTTTCTAAAACAACTCTTGCACTTGACGATTGACATGTATCAAAGATGTTT
GTTTTTCTTAAATGAA

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR1AL04TF 496 0 0
GGAGGTTACTCTTTGTCTCTCTGTCGTCGACTCGAGTAGGTCAGTTACGTTAAAGGATCG
TGCTTTGAAGAAGAGCATATAAGATGAGTGGGAGTGGAGATAATAAAGTCTCTGGAGGTA
CTACAAAGACACCTGCTGATTTCCTCAAATCCATCCGTGGGAGACCTGTTGTTGTCAAGC
TCAACTCTGGTGTCGATTATCGTGGCATCCTTGCTTGTCTTGATGGGTACATGAACATAG
CAATGGAGCAGACAGAAGAGTATGTTAACGGGCAGCTTAAGAACAAATACGGTGATGCCT
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CTTTGACCTCTTTCTAAAACAACTCTTGCACTTGACGATTGACATGTATCAAAGATGTTT
GTTTTTCTTAAATGAA

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL9027Contig1 626 2 1 U
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GTATGCAGAGATAAAATTTCCTCTTGCAGTTGTACCTTTTTCATCCCACTATGAAACTTT
TCCTCTAGTTCCCAAGAAATTAGAGG


BQ
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AF RR1CE52JQ C 1
AF RR1CE52TF U 1
BS 1 626 RR1CE52TF

RD RR1CE52JQ 626 0 0
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AGGCTTTTTTGGCAACTAAGCCATTCGAAGAAGAGGAGGAAGAAGATGAAGAAGGGCTGT
GGACATTGACAGAGTTTAGGTTTTTAGGAGTTTTCCAACATCATAGACAGATCCCTTTTT
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TCCTCTAGTTCCCAAGAAATTAGAGG

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR1CE52TF 626 0 0
GGCAGCTATACTATCGCTCGATGATATGCTACCAGCTGTTGCTCAAGGAGCTATTGGAAT
TGCCTGCAGAACGGATGATGATAAAATGGCAAATTACTTAGCCTCATTGAACCACGAGGA
AACAAGACTAGCGGTTGCATGCGAGAGAGCGTTTCTTGAAACACTGGACGGCTCATGTCG
TACTCCGATTGCTGGATACGCGGCCAAGGACGAAGAAGGCAACTGCTATTTCAGAGGATT
GGTTGCATCACCTGACGGTACCCGAGTTCTTGAGACCTCAAGAAAAGGACCATACGTGTT
TGAGGACATGGTGAAGATGGGAAAAGACGCCGGGCAAGAACTGCTTTCCCGTGCTGGTCC
AGGCTTCTTTGGCAACTAAGCCATTCGAAGAAGAGGAGGAAGAAGATGAAGAAGGGCTGT
GGACATTGACAGAGTCTAGGTTTTTAGGAGTTTTCCAACATCATAGACAGATCCCTTTTC
TTCTTCTTAAATCTGTTGTAACTTTTTTGATTTAGAGAGAAAGATATTGATTGTTTTCTT
GTATGCAGAGATAAAATTTCCTCTTGCAGTTGTACCTTTTTCATCCCACTATGAAACTTT
TCCTCTAGTTCCCAAGAAATTAGAGG

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL9028Contig1 724 2 4 U
GGGGTCAGTTATAAACAAGCTCTATAACAAAGCTCCGGCGCCACCATTAAACGCCTCTCG
ATCTCTCGCTGCTAAATTTCACGGAAATGGCGACAGTACCAGGACAATTGATATGGGAGA
TCGTTAAGACAAACAACTGTTTCTTGGTCAAACAGTTCGGGAGAGGCAACGCCAAGGTTC
AGTTCAGCAAAGAGACAAACAATCTCTGCAACCTCAACTCCTACAAGCACTCTGGTCTTG
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CCACCAAGACCAAGAAGCAGAACAAGCCTAAGATCTCTGTCAACAAGTCCATCCTCAAGA
AGTAATTCCCAAGGATGTCTAAGGCTGTTGCTAACCAGGTGGTAGACAACTACTACAGGC
CAGACTTGAAGAAATTCGCTCTTGCTAGACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGGGTTG
CCAAATCCGGTGCCAAGCAAAGAAACCGTCAAGCTTAAGCTTTTATTCAAGATGTGTGTT
TGAAGTAAAACAGATTTTGCTAAAGAGGGTTTATGAAATTGTTTTTGTTGAAATTGAATC
ACAACACTATGGTTTTTTTTTTATTATTTTAAAATGTGTTTTCTTATGCTTATGTTTCTT
GTGGCTTGTGATATGAACTTTTGATTAAACCTCAAAGTTTCTTGTCTTAACGAATTAGGC
AAAC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR1BI91TF U 1
AF RR1BI91JQ C 1
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ACAACACTATGGTTTTTT

QA 1 618 1 618
DS 

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TGAAGTAAAACAGATTTTGCTAAAGAGGGTTTATGAAATTGTTTTTGTTGAAATTGAATC
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GTGGCTTGTGATATGAACTTTTGATTAAACCTCAAAGTTTCTTGTCTTAACGAATTAGGC
AAAC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

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GTTCTCTTCC


BQ
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AF RR1F268JQ C 1
AF RR1F268TF U 1
BS 1 610 RR1F268TF

RD RR1F268JQ 610 0 0
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GTTCTCTTCC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1F268TF 610 0 0
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CGAAGTTCTGGAGCTTGCTGGTAACGCTGCGAGAGACAACAAGAAGTCGAGGATCATCCC
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CACCATCGCTCACGGTGGTGTCTTGCCCAACATTAACTCTGTTCTTTTGCCTAAGAAGTC
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GTTCTCTTCC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL9030Contig1 1018 2 10 U
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CTGGTTTATTGCGCGATTAATCCATATAATCTAGGCCTTCTATTTTTAGTTTGATTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GY20TF U 1
AF RR1GY20JQ C 300
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BS 683 683 RR1GY20JQ
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BS 758 767 RR1GY20TF
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RD RR1GY20TF 772 0 0
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TCAGCTTCTGTCAAAGCAAGGAGTGTTTGGCATCGTAGCGCTTCTTGGTTCAGTTGCCCC
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ATGCAAATCTTCAAGACTTAGACCAGACAGTGATCGCAAGCTTCAAGCCGAAGCAGCTAC
GCTCGAAAGAAATTACCAGTCGGTCACATGTTCTATGTCTTGGCTTAAAGAGGCCTTGGA
TTGGTGGACTTGTGGAGAATAATCCACAGAGGAAACTAGCTATGGATGATCCGATTCTAA
CCGATGGAGATCCCATACCGGGTTTCCAAGGCTATGCAGTGAACATGATCAACCTGGCTG
AAGAGGACCTAAACATTAAAACAAATGACGGTCATGGGCTTAGGGAAACGCTGTTCTATA
GCTTGTTTGGGAGGTTACAGGTTTATGAGACCAAAGCACAGGCTGAAGTGGCTCTTGAAC
ACATCAATGGTGATGGTGCAGTGTCGTTAGATGGATTTATAGCAAAAGGAAACGAGTTAT
ATACAGTGTACAGGAAACCGGAGATTCATTTCCCGATAACAGCAAGGGAAAACGAAGAAG
AGAAGTGGAGCAACTTGGAAGA*GCAAGAAACAGAGTGGGAAGG*TTGAAAAGGAGATAG
AGGAGGAGAGGTGT*CGTTGCTTAAGTTGGAGAAAA*GATGGACAAG
CTATG

QA 1 767 1 767
DS 

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AGCTTGTTTGGGAGGTTACAGGTTTATGAGACCAAAGCACAGGCTGAAGTGGCTCTTGAA
CACATCAATGGTGATGGTGCAGTGTCGTTAGATGGATTTATAGCAAAAGGAAACGAGTTA
TATACAGTGTACAGGAAACCGGAGATTCATTTCCCGATAACAGCAAGGGAAAACGAAGAA
GAGAAGTGGAGCAACTTGGAAGAAGCAAGAAACAGAGTGGGAAGGGTTGAAAAGGAGATA
GAGGAGGAGAGGTGTTCGTTGCTTAAGTTGGAGAAAAAGATGGACAAGGCTAATGAAAGA
TATGAGAGTGCAACAAAGCTTTCTCTAGAAAGCTAATCCAGAAGAATGTCAATGAACTTT
TCATCTTTAGGACTTGGGAGTTGGACCGGACTCTCAAAGATTTTCGAACATTGATTATCG
GTTTGGCTTTCAGTGTTTTTTGGGTTGTTTCTTTGTTCTCCTTGTGTTTGGGTTCATGGG
ACTGGTTTATTGCGCGATTAATCCATATAATCTAGGCCTTCTATTTTTAGTTTGATTTT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

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GGAAACTAACAAATCAAAAGACACTGGTGATTCCAGTTTTACAAACATTCAAAAGGTCAT
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TGTTCGTCTTTGGGGATCCCATAGCCGCTGCAATACATCTGCCCAACCAAGACCTGCATA
CCAACGTCGCCGGATTTGGCTTCCTTGAGCGTATCCTGGAACCACCGCCTCACGCAATCC
TCCACGACCTGAGCGAGGGGAATCCGATTCGGATCCGAACCCGGAGGAGGAGCGGGATTC
GAACCCGAGTGCGATCCCGCCTTCTCCAGCTTAACGAGATTGGAGTTACCGTGGTGGTGG
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GTGGTGGGTCTGCTTGGATTCTCGGAAGAAAGTCTTATTGCGAATTCAGTGAATCTGACC
GTACTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1H796JQ U 75
AF RR1H796TF C 1
BS 1 74 RR1H796TF
BS 75 276 RR1H796JQ
BS 277 608 RR1H796TF

RD RR1H796JQ 202 0 0
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GATCCCATAGCCGCTGCAATAC

QA 1 202 1 202
DS 

RD RR1H796TF 608 0 0
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TGTTCGTCTTTGGGGATCCCATAGCCGCTGCAATACATCTGCCCAACCAAGACCTGCATA
CCAACGTCGCCGGATTTGGCTTCCTTGAGCGTATCCTGGAACCACCGCCTCACGCAATCC
TCCACGACCTGAGCGAGGGGAATCCGATTCGGATCCGAACCCGGAGGAGGAGCGGGATTC
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GTACTTCC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

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TTATATTGGGGGTAGGGAAGCTGCTCAACGTCGAGCTAAGGTTGCTGCTTTTGGCATCAA
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CGTTGATCGTTCCTGGGATTCTGGCTGGAATATTCGGTATCTCCATTGCAACTTTCATAG
GGATTGGGTTTGGAGTGAAAGTCCTCCAGTTCATGTAAATATGGTAATATGACTAGATTA
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TAAATGAAACAAGAGAGTGAGCTGAGGACAAAAGAGCTCAACCAGTTGGTGCAATAAAAG
GAATTTGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1F077JQ C 1
AF RR1F077TF U 1
BS 1 609 RR1F077TF

RD RR1F077JQ 609 0 0
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CGTTGATCGTTCCTGGGATTCTGGCTGGAATATTCGGTATCTCCATTGCAACTTTCATAG
GGATTGGGTTTGGAGTGAAAGTCCTCCAGTTCATGTAAATATGGTAATATGACTAGATTA
CGGATTGGACTCGCTCTGTATCTTTCGTTAACAAAGAGAACCGTCTCTTCTCTTATCTCG
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GAATTTGAC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1F077TF 609 0 0
GCAAGCATTTTGGGATTTCCGGTGGTAGCTTGCCAGCAATAACCGCTGTGGTTGTCGTTT
TAGCGACTGTCTTTCCCTCCCAGTTTGGTCGTCTTGCTCCATCTGGAGAAGCCATGGCTC
TAATTCTTATGCAGGTGTTCTTCACTGTGATAGGTGCGAGCGGAAACATATGGAGTGTGA
TAAACACGGCGCCGAGCATATTCTTGTTTGCATTGATCCAGATTGGGACACATCTTGCTG
TTATATTGGGGGTAGGGAAGCTGCTCAACGTCGAGCTAAGGTTGCTGCTTTTGGCATCAA
ATGCTAATGTTGGAGGACCCACAACTGCAGCTGGTATGGCGACTGCAAAGGGGTGGAACT
CGTTGATCGTTCCTGGGATTCTGGCTGGAATATTCGGTATCTCCATTGCAACTTTCATAG
GGATTGGGTTTGGAGTGAAAGTCCTCCAGTTCATGTAAATATGGTAATATGACTAGATTA
CGGATTGGACTCGCTCTGTATCTTTCGTTAACAAAGAGAACCGTCTCTTCTCTTATCTCG
TAAATGAAACAAGAGAGTGAGCTGAGGACAAAAGAGCTCAACCAGTTGGTGCAATAAAAG
GAATTTGAC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL9033Contig1 1429 2 2 U
GGAAAAGAGAAAAGTAAGAAGAAATCAAAGCAACCCTAAAAAAAATATGGTGACCTTAAT
ATCATCATCTGCTTCAACACCAAAGATATCTTTTGATTTCACCAAAGAAAACAATTATCC
TAGCCTTAACGTTCCGGTCTCTTCTCCTTCTTCTTCTTCTTACTTGGGAAGCAAGGAAGA
AGCTGTTGTCACAACCAAGAACCCCATGGAACCCTGCAAAACCCTAACCATGAACAACAA
TCCTAAAGATGCTCATGAGCTTGGAGATGAGAAGAAAATGGTGAAGAAAGCTCCTGAAGA
GCCAGAGATTGGTGTGTTTGGAGCTGAGAGGTACTTCAATGGAGACATGGATTCAGACCA
GAGTTCTAGTGTTCTGTCTCTGACAAAACCCGAAGTTGAGAGATTCGTTGTTGATCTGAA
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TCAGAGTATGTTGCTTAAGAACAAACTGGTGAGTAGCTGCAACGATTCCTTGCAAGAGAA
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AGTGAGTCTGAACACGGAACTGATCAAGATTCAGAAGCAAGAAGAGTTAGTAGTACAAAG
GAAGGGTCCTGAAGTGTTTGGATCTCCTGTAAATATCGAGAAGAAACTCACATTGTCTCC
GTGGGAATCAAGAAGAAAGGAAGAAGACACAAAGAGTGAAGGGAGTGATTCAAGCTCGGA
TCTGTTCGAGATAGACAATCTCACAGGTAAACCAAAACCTTTTCTTTCAAGGCAAGTAAG
TGATTATGCTCCGAGCGAAGTAAGCATAGAGTGGAGCGTAGTGACGGAAAGTGCAGCAGG
TTTTTCTGTTATGTCAGAATGTGCAACAAGCCCTGTAAGAAGAAACCGCTCTTCTCATGT
TCCTAGGGTCCCTAGTAATAACAAGATTCATAAAATGTCTAAAAATGCACAGCAGATTCG
GAAAACGAATAGCAGCAGCAGCAGAAGTGGTGGTTTCTTGTTGAGCTGTAAGAGTTATAA
ATCTGTTATGGTTTCTGGTGATTCAGAGAGAAGACGTAGCATGAACAAAAACAAGACATC
CCCAAGTTATGTTCCGAGGTTCCCAATGGAGACTACTAAACCTAAGAGTTTGGAAACACG
AAGAAAACTCACAGTGAGTGCACAACTGTAATTAAAACTTTATGTAATGTCTTGTTGTGT
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BQ
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AF RR1AP95TF U 1
AF RR1AP95JQ C 578
BS 1 709 RR1AP95TF
BS 710 1133 RR1AP95JQ

RD RR1AP95TF 709 0 0
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TGGAGCTGGCATCTATGCGGTTCCTGTACATCAGTTTGGAGGACATGTGACGGGTCTTCC
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CATACTCAAGCTTGCTGCTGTCATCTACTTGTTCAACCAAGATGGATCAAGACAACGGCT
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TTTTATCCGATGGCTATCACAAGGTATGCATAGAGCAGCAGTACCACCTCGAGCTCAACG
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QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1AP95JQ 556 0 0
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TCATGGCTTATGCTTTACTCTGTCGTCTGTGAAAAGTACATATAATTTTTAACTTCCGAG
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TGTTGCCTTGACTTGTTCCCATTTCGACCAAGTTGGTTTTAGATATGTTCCCATTAATCT
CTTTTTTTCTTACCCG

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

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TACTTTTTTTTCTTTCTCGTGTTTTAAATGTCTCTTCGCTTTTGATTGACGACTTTTTTT
AAAAACAAATCATCGTTTATATTATTTGACTTTTAAAATTAGCCTTAACTCTGTGCTCCA
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AATGTTTTAC


BQ
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AF RR1DD68JQ C 1
AF RR1DD68TF U 1
BS 1 610 RR1DD68TF

RD RR1DD68JQ 610 0 0
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TATGCCGCGTGCGTGGATATCAGATTGAAATGGAGTAACAGATGGGATGAATTAAGAAGG
AAGAGGGGTCTGGTCTTCGTATGGTGGCTGGCGGGTAAAAGTCAATGAGTCACTCGTAAG
CACACGTCAGTATCGTCCTGTACGTTGCTCCTACGACCAAGCACGCTACCGTCTCTTTTT
TACTTTTTTTTCTTTCTCGTGTTTTAAATGTCTCTTCGCTTTTGATTGACGACTTTTTTT
AAAAACAAATCATCGTTTATATTATTTGACTTTTAAAATTAGCCTTAACTCTGTGCTCCA
TTCATGGGTATGATTCCTCATTGTCTTTTGAATTAAGTCTTTGCTTTTTGAAGTAGATGC
CAATGTTTAGTCCATAAAGGATGAACCAATTATTTGCTTCTTCATTATAATATTCAAATA
AATGTTTTAC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR1DD68TF 610 0 0
GGAGAGGCAGATAAAACGATATTCACCGGAGAAAATAAGAAAGAGAGAGAAAAACCCACC
TCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTCAGAGAGAGAGATCGCAGGTAGAAAGACTTG
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TATGCCGCGTGCGTGGATATCAGATTGAAATGGAGTAACAGATGGGATGAATTAAGAAGG
AAGAGGGGTCTGGTCTTCGTATGGTGGCTGGCGGGTAAAAGTCAATGAGTCACTCGTAAG
CACACGTCAGTATCGTCCTGTACGTTGCTCCTACGACCAAGCACGCTACCGTCTCTTTTT
TACTTTTTTTTCTTTCTCGTGTTTTAAATGTCTCTTCGCTTTTGATTGACGACTTTTTTT
AAAAACAAATCATCGTTTATATTATTTGACTTTTAAAATTAGCCTTAACTCTGTGCTCCA
TTCATGGGTATGATTCCTCATTGTCTTTTGAATTAAGTCTTTGCTTTTTGAAGTAGATGC
CAATGTTTAGTCCATAAAGGATGAACCAATTATTTGCTTCTTCATTATAATATTCAAATA
AATGTTTTAC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL9036Contig1 608 2 1 U
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ATTACTTTGTGCTACTCTTCTTATTAGTGTTTTTTCTTTTACAAAGAAGTTGCTTTGGAG
GTAGAGAGAAAAGATAAAGAGCAGCTCACTATGTGATTGCAGAGAAAATGTTGTATCAGT
TGTATGTACATAACATCATTTATGTTTTTCTTTAATTTTTAAAATATCGTCCAAATCACA
TTGTTAGCTTTTGTCTGTTCTGGAATGTAAACTCGATCTCTCACAACTAATACCGAGATT
ATGTTTAT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1EW41JQ C 1
AF RR1EW41TF U 1
BS 1 608 RR1EW41TF

RD RR1EW41JQ 608 0 0
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ATGTTTAT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR1EW41TF 608 0 0
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CGAAGTAAAGAACATACTCATACGCAGCTTCTATCAACGAGCCGAAGATAAGATGAGACC
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CCCATCATCATCTGCTCAGGGCTTATGAAAGCTTCTCCTGGTTCAAAATCTGTAATGGTC
ATTACTTTGTGCTACTCTTCTTATTAGTGTTTTTTCTTTTACAAAGAAGTTGCTTTGGAG
GTAGAGAGAAAAGATAAAGAGCAGCTCACTATGTGATTGCAGAGAAAATGTTGTATCAGT
TGTATGTACATAACATCATTTATGTTTTTCTTTAATTTTTAAAATATCGTCCAAATCACA
TTGTTAGCTTTTGTCTGTTCTGGAATGTAAACTCGATCTCTCACAACTAATACCGAGATT
ATGTTTAT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL9037Contig1 607 2 1 U
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AGGATTGATAGCAAGGAGAAGGAGGTTGATGAGTTGAAGGAGAAGATCAAAGGTTTGGAA
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TTGGAGAGACAGATGGATGAGTCTGAGAAGATGATCAGTGGGTTGAAGAACATGGTTGAG
CAGCCGGTGAATGGCGTGGAGGTTAGTAGCAGGTCGTGGTCGCCGACGACGGCTGCTGTG
AGTGGTGGTTATGGTGGAGCTTTGGCTGCTGTTGGGGTTGCAGTCGCGGGAGCAGCTGTT
GTCTTCTACGTTTACCGCTCGAAGAAGGGTTAATTCTCTCGGAGGTAGAAAGTTGATTTT
GTTTGTTTTTGGAGTGTTTTCTTACGATACCTTTTCTTGTTATATTTGCTTTTGAGAATG
TGATTGATTTCACACAACTTAGGAGTCTTTTTCTTTATATCATGTGTTTGTTTACATCTT
TCGATAC


BQ
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BQ
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AF RR1G565TF U 51
AF RR1FF33TF U 1
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RD RR1G565TF 628 0 0
G
GAGCGACGACGTGGGGAGAGAGAAAATGCCGGTGAGAGTTGTGGAGAGCAACGCGCCTGC
TCAGGTTTCAGGGAGTGATCCCGGGAATCGATCACCACTTCCGCCTAGCTCACTTCTTGC
CGCCGGCCAGGCATTTTCTGGTACGCAGAATGTCTCTAATCAACAGAAGGAGGAAGCTTG
GAGAGTCAACGTCCAGATACAGGGTGTTGACCTTGAACATTGCTATCTTTGTGGCACTAT
GGAAGCTCTAAACGTTCCCATGGCAGACACTCCTGTCATAACATTTTGGGAAGGAGGGAT
TGTTGATGGAAAGAACTACACTTTCTACACCGGAAAATGGGAAGCCACGAGAGAAGATGA
TATGAGACATTGGTCAAAGTTCCCATCTTTTGCACCTCTTCAGGGTCAAGTTGAATCTGA
CGGTGGGAGGCAATTGGATCTTACCAATTACCCTTACATATTTATGAGATGGAAAGAGCA
GTACTTTGTAAATGTTGGCACAGATTGTGGACTAACAATAGCTGGATTCTACTACGTATG
CTTCTCCTGCAGCGACGGATCCATCAGCGGTTTCTACTATGATCCTAACAGCAGTCCGTT
TCAGAAGCTGGAGCTGAAACAGTTAAC

QA 2 628 2 628
DS 

RD RR1FF33TF 740 0 0
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CGTGGGGAGAGAGAAAATGCCGGTGAGAGTTGTGGAGAGCAACGCGCCTGCTCAGGTTTC
AGGGAGTGATCCTGGGAATCGATCACCACTTCCGCCTAGCTCACTTCTTGCCGCCGGCCA
GGCATTTTCTGGTACGCAGAATGTCTCTAATCAACAGAAGGAGGAAGCTTGGAGAGTCAA
CGTCCAGATACAGGGTGTTGACCTTGAACATGGCTATCTTTGTGGCACTATGGAAGCTCT
AAACGTTCCCATGGCAGACACTCCTGTCATAACATTTTGGGAAGGAGAGATTGTTGATGG
AAAGAACTACACTTTCTACACCGGAAAATGGGAAGCCACGAGGGAAGATGATATGAGACA
TTGGTCAAAGTTCCCATCTTTTGCACCTCTTCAGGGACAAGTTGAATCTGACGGTGGGAG
GCAATTGGATCTTACCAATTACCCTTACATATTTATGAGATGGAAAGAGCAGTACTTTGT
AAATGTTGGCACAGATTGTGGACTAACAATAGCTGGATTCTACTACGTATGCTTCTCCTG
CAGCGACGGATCCATCAGCGGTTTCTACTATGATCCTAACAGCAGTCCGTTTCAGAAGCT
GGAGCTGAAACAGTTAACGAAGAAGATCTGGTTTCAGCTTCTCTTCTTACGAGTTGCAAT
GATCATAGCCAAAAGAAAAA

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL9041Contig1 501 2 1 U
GGATCTCTGTCCCACCACGTCTCCTCCTCGTCTCACCACCACCACGTCTCCTCCTCTTTC
ACCACCACCGAGTATCCTCCTCTGCTCATCACCGCTTCGATTCACGGTGTACCGGATACC
ACGGCTTGGATCTGAGAACACGCCGGAGCTGAGCATGACGACCTGGGCAGAACGAGACGA
CGCGGAAATAAGTTGCAGACTTGTGCTCGGGGTTGAATCCGCGAGGAAGAAGGAGTCAGA
GTTCTCGAGTAGGTTTGCAGCGGCTCACGGTGGTGACATATTGACGTAGCTGGGAGTGGT
GAAGGAAGATGAAGAGGCTTAATGGACGTGGTTGAAGGCGGCTGTGAGTTAGAAAGATAG
GGATTCTTTTTTTTTTTTTAGGTTTGGTTCTTTTGTTTGGTTTAGTGTAAACAGAGTTAG
TGGTTTAGCTTTATTTTTGGTTTCTGGTTTAGTTTTGTAAACCTGAATATATTTGTAAAC
CAGTTTTAGTTATAAATAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1CM14TF U 1
AF RR1CM14JQ C 35
BS 1 501 RR1CM14TF

RD RR1CM14TF 501 0 0
GGATCTCTGTCCCACCACGTCTCCTCCTCGTCTCACCACCACCACGTCTCCTCCTCTTTC
ACCACCACCGAGTATCCTCCTCTGCTCATCACCGCTTCGATTCACGGTGTACCGGATACC
ACGGCTTGGATCTGAGAACACGCCGGAGCTGAGCATGACGACCTGGGCAGAACGAGACGA
CGCGGAAATAAGTTGCAGACTTGTGCTCGGGGTTGAATCCGCGAGGAAGAAGGAGTCAGA
GTTCTCGAGTAGGTTTGCAGCGGCTCACGGTGGTGACATATTGACGTAGCTGGGAGTGGT
GAAGGAAGATGAAGAGGCTTAATGGACGTGGTTGAAGGCGGCTGTGAGTTAGAAAGATAG
GGATTCTTTTTTTTTTTTTAGGTTTGGTTCTTTTGTTTGGTTTAGTGTAAACAGAGTTAG
TGGTTTAGCTTTATTTTTGGTTTCTGGTTTAGTTTTGTAAACCTGAATATATTTGTAAAC
CAGTTTTAGTTATAAATAAAA

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR1CM14JQ 467 0 0
ACCACCACCACGTTTCCTCCTCTTTCACCACCACCGAGTATCCTCCTTTGCTCATCACCG
CTTCGATTCACGGTGTACCGGATACCACGGCTTGGATTTGAGAACACGCCGGAGCTGAGC
ATGACGACCTGGGCAGAACGAGACGACGCGGAAATAAGTTGCAGACTTGTGCTCGGGGTT
GAATCCGCGAGGAAGAAGGAGTCAGAGTTCTCGAGTAGGTTTGCAGCGGCTCACGGTGGT
GACATATTGACGTAGCTGGGAGTGGTGAAGGAAGATGAAGAGGCTTAATGGACGTGGTTG
AAGGCGGCTGTGAGTTAGAAAGATAGGGATTCTTTTTTTTTTTTTAGGTTTGGTTTTTTT
GTTTGGTTTAGTGTAAACAGAGTTAGTGGTTTAGCTTTATTTTTGGTTTTTGGTTTAGTT
TTGTAAACCTGAATATATTTGTAAACCAGTTTTAGTTATAAATAAAA

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 2

CO CL9042Contig1 893 2 2 U
GGGTACAAAAAAAAACTAGTTTTGTTAAATTATTGGGCTTGGCTTAAACTAGGCGAATGA
TAGATTGTAAACCTGTTAATGTCACTACAGCTTTCGTCTATCGAAGGCTTCTAGATCGGG
ACTATTCTATCACCTCCGAATTCCAACCTCTTCAAAGCTAATGGCATTCCTGTTGCTGAT
GCTGATGTCATTGCTCGTAATGTACTGAAGAAAGGAAGTGGTGGATGGAAGAGAGTAGTT
GCAGCTTTTGGGGAGGAGATTCTTCTTCCTAGTAGAGAAGTTGATCGGCCAAAGCTTGGT
CAGATGGTCTTCTCTTCAGATTCCAAGCGCCAGCTTCTCAACAAGTTAATGGCTCCGTAC
ATATCATCTGGTATCTTTTGGGAGATCCTGAAACAATGGGTCAAAGGAGCTAAAGTGATA
GTTGTCGATATCCCATTGCTGTTCGAAACTAAGATGGATAAATGGACAAAACCCGTTGTT
GTTGTGTGGGTTAGTCAAGAAACACAGCTCAATAGACTGATGGAGAGAGATGGACTGAGT
GAGGAAGATGCAAGAAACAGAGTGATGGCTCAGATGTCTTTGGATTTGAAAAGAAGCAGA
GCGGATATTGTGATTGATAATAATGGCGGTCTTGACGAGCTCCACCAACAGTTTGACAAG
GTTTTGTCTGGATCATAAGACCATTGACATGGATTGAGTTTTGGCGTTCAAGGCAAGGCG
CCTTCTCGATCCTTGGTTTGGTGACTTCTGGACTACTTGTTTGCAAACAACTCAATTAGC
TCTTACCATTTTATATTTTTCTTTCTTTCAAACTGTTTTAACTCGAGTGTTCTTTTTGAG
GTTTGGTCGATTTTAAGCTGCTGGAAAGATGGTGTTGCCGTGTGGAGGCTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AK70TF U 1
AF RR1AK70JQ C 95
BS 1 709 RR1AK70TF
BS 710 893 RR1AK70JQ

RD RR1AK70TF 709 0 0
GGGTACAAAAAAAAACTAGTTTTGTTAAATTATTGGGCTTGGCTTAAACTAGGCGAATGA
TAGATTGTAAACCTGTTAATGTCACTACAGCTTTCGTCTATCGAAGGCTTCTAGATCGGG
ACTATTCTATCACCTCCGAATTCCAACCTCTTCAAAGCTAATGGCATTCCTGTTGCTGAT
GCTGATGTCATTGCTCGTAATGTACTGAAGAAAGGAAGTGGTGGATGGAAGAGAGTAGTT
GCAGCTTTTGGGGAGGAGATTCTTCTTCCTAGTAGAGAAGTTGATCGGCCAAAGCTTGGT
CAGATGGTCTTCTCTTCAGATTCCAAGCGCCAGCTTCTCAACAAGTTAATGGCTCCGTAC
ATATCATCTGGTATCTTTTGGGAGATCCTGAAACAATGGGTCAAAGGAGCTAAAGTGATA
GTTGTCGATATCCCATTGCTGTTCGAAACTAAGATGGATAAATGGACAAAACCCGTTGTT
GTTGTGTGGGTTAGTCAAGAAACACAGCTCAATAGACTGATGGAGAGAGATGGACTGAGT
GAGGAAGATGCAAGAAACAGAGTGATGGCTCAGATGTCTTTGGATTTGAAAAGAAGCAGA
GCGGATATTGTGATTGATAATAATGGCGGTCTTGACGAGCTCCACCAACAGTTTGACAAG
GTTTTGTCTGGATCATAAGACCATTGACATGGATTGAGTTTTGGCGTTC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR1AK70JQ 799 0 0
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AAGCTAATGGCATTCCTGTTGCTGATGCTGATGTCATTGCTCGTAATGTACTGAAGAAAG
GAAGTGGTGGATGGAAGAGAGTAGTTGCAGCTTTTGGGGAGGAGATTCTTCTTCCTAGTA
GAGAAGTTGATCGGCCAAAGCTTGGTCAGATGGTCTTCTCTTCAGATTCCAAGCGCCAGC
TTCTCAACAAGTTAATGGCTCCGTACATATCATTTGGTATCTTTTGGGAGATCCTGAAAC
AATGGGTCAAAGGAGCTAAAGTGATAGTTGTCGATATCCCATTGCTGTTCGAAACTAAGA
TGGATAAATGGACAAAACCCGTTGTTGTTGTGTGGGTTAGTCAAGAAACACAGCTCAATA
GACTGATGGAGAGAGATGGACTGAGTGAGGAAGATGCAAGAAACAGAGTGATGGCTCAGA
TGTCTTTGGATTTGAAAAGAAGCAGAGCGGATATTGTGATTGATAATAATGGCGGTCTTG
ACGAGCTCCACCAACAGTTTGACAAGGTTTTGTTTGGATCATAAGACCATTGACATGGAT
TGAGTTTTGGCGTTCAAGGCAAGGCGCCTTCTCGATCCTTGGTTTGGTGACTTCTGGACT
ACTTGTTTGCAAACAACTCAATTAGCTCTTACCATTTTATATTTTTCTTTCTTTCAAACT
GTTTTAACTCGAGTGTTCTTTTTGAGGTTTGGTCGATTTTAAGCTGCTGGAAAGATGGTG
TTGCCGTGTGGAGGCTAGG

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL9043Contig1 848 2 8 U
GGGCCGGAGTGATCGTCACAGGCTAAGATTCGATCACCAGCTCAGATGGATGTCTCTCTA
CCAGTGGATAAACTATCTATCGGATCACAACCTGAGGACAAAGCTTGTGTAGTGCTAGTG
GCAACTGGGAGTTTCAATCCTCCTGCGTTCATGCATTTACGCATGTTTGAGCTGGCGAGA
GATGCATTACGCTCGGAGGGGTTTCATGTTCTTGGAGGCTATATGTCTCCTGTAAATGAT
GCATACAAGAAGGAGTGACTTTTATCTGCAGAGCATCGTCTAGAGATGTGTAATCTAGCT
TGCAAAAGCTCCGACTTTATCATGGTTGATCCGTGGGAGGCATCCCAAGACAGCTACCAA
CGAAGTTTGGTGGTTTTATCAAGGGTCAAGACTTTCCTTACAAACAATCGCCTTGTACCC
ATGGAATCTCTCAGAGTAATGCTACTATGTGGCTCGGATTTACTGCAATCTTTTTGCACT
CCCGGTGTTTGGATCCCTGAGCAGGTAAAGAGTATCTGTAAAGACTATGGGATTGTGTGC
ATCCGTAGAGAAGGACAAGATGTTGAAAACATGATCTTTGGTGACAGAATCTTATACGAA
ACCCGTGATAACGTCAGAATCGTCAACAATTTTGTTCCTAACCAGATTAGCTCAAGTAGA
TTAAGGCAATGCATTTCGAGAGGATTATCGGTTAAGTACTTGACCGAAGATGGAGCGATA
GATTACATCAAACAACACCAACTTTACACAGAGCTCAGATGACAAAAGCTGAGAGGATTG
TTTACTTCACCAGATCAAATATTACTACAATTCAAATAATGTGATAAACAGAACGTAGTC
ATATTAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BN78TF U 1
AF RR1BN78JQ C 145
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BS 686 686 RR1BN78JQ
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BS 766 848 RR1BN78JQ

RD RR1BN78TF 765 0 0
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GCATACAAGAAGGAGTGACTTTTATCTGCAGAGCATCGTCTAGAGATGTGTAATCTAGCT
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CGAAGTTTGGTGGTTTTATCAAGGGTCAAGACTTTCCTTACAAACAATCGCCTTGTACCC
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QA 1 765 1 765
DS 

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GAAAACATGATCTTTGGTGACAGAATCTTATACGAAACCCGTGATAACGTCAGAATCGTC
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QA 1 704 1 704
DS 



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GGCATCG


BQ
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AF RR1BD46JQ C 1
AF RR1BD46TF U 1
BS 1 607 RR1BD46TF

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CAGTGTGTTCATCTATTCCTCTTTTGTGGACAGACAGGACAAAGCGAAAGTATTACATAC
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TTATGGAAGATGGGATGTCTACTTACTGAGATTTTTAAAATATTCTGGAGTTGGGATTGG
AATAATTATATAGCTTGTACACTGATCATATGGTATCGGAGATTAATAAAATCAGCATTT
GGCATCG

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DS 

RD RR1BD46TF 607 0 0
GGGAGCTAAATAATAGTTAGGTTTATTATTTAATTTTTTTAGCTCTCTTCTCCCCGGCGA
TTACGATGGCGATTTGTCTGAGAAACTAGGGTCTCATGGTTTCTGATCGGTGGGATCCGG
GAATTGTTTCACAATCTCGGATTCGATGGAAAGTTCAAGGATTACGACAGGAAAAGGGAA
CAGATCCGATTTCGATTCGAATCGGAAATTTGGAAAGGGGATCACTTTTCGATCCGAGCG
GCAGTGTGGAAGATAAAGGGGAGGATTATGGGGAAATAAAGGGGAGATCAAGGAATGATG
CATCAGGATCTGGGATCGAGTGGAGAGTTGAGATATATTTTGGAATAAAGGAAAACATCT
CAGTGTGTTCATCTATTCCTCTTTTGTGGACAGACAGGACAAAGCGAAAGTATTACATAC
TGTATAATGAAGGTATTATTTTGGAGACTTATTTGGTGGATGAAGTTCCTCACGGATGTA
TTATGGAAGATGGGATGTCTACTTACTGAGATTTTTAAAATATTCTGGAGTTGGGATTGG
AATAATTATATAGCTTGTACACTGATCATATGGTATCGGAGATTAATAAAATCAGCATTT
GGCATCG

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

CO CL9045Contig1 688 2 3 U
GTTGCTTTGCTCTGCCTCTGCGATGATGATGATGATGACAAGAAGAAGAGTCTCAACAAC
CTCGTCTCTATCCGCCACAGCTTTCGGATCATTTATGAAATGGTCCTTCAAATCTTGTAA
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GGGAGGCAACATTCTTGGTTACGATGTGTTTGTTCCTGAGAACAATAACGTCTTCTACTC
TCGAAGCGAGTTCATTTTTGATCCAGTGAAGTGGCCAAGGAGTCAGATGAGTGAAGATTT
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ACATAAATGGCAGGACGGAAAGCTTCCTGTTGATATAACATGTGTGATAAGTAATCATGA
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TTTGCCAACAACTGATCAGAACAAGATAGAGGAGGAGATTTTTGAGTTGGTCAAGGATAC
CGATTTTATTGTTCTCGCTAGATACATG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FD73TF U 30
AF RR1EX26TF U 1
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RD RR1FD73TF 617 0 0
G
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ATTTATGAAATGGTCCTTCAAATCTTGTAAGTTTCACGGCGAGTCCCTAGAT*CCTCTGT
CTCCCCACTTCTCATCCCCGGCGTCCACGTCTTCCATTGTCCGGATGTGGTTGGGATTGT
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TGTTCCTGAGAACAATAACGTCTTCTACTCTCGAAGCGAGTTCATTTTTGATCCAGTGAA
GTGGCCAAGGAGTCAGATGAGTGAAGATTTTCACACTATTGCAAAGAAATTCAATGCTAT
GAGCTCTGTTGTACGAGTCCCCTCTTTAGACCCCAAGTACAAGATTGCTCTTTTACTCTC
TAAACAGGACCATTGTCTGGTTGAAATGTTACATAAATGGCAGGACGGAAAGCTTCCTGT
TGATATAACATGTGTGATAAGTAATCATGAAAGAGCTCCAAACACACATATTATGCGCTT
TCTCCAGAGGCATGGCATCTCCTATCATTATTTGCCAACAACTGATCAGAACAAGATAGA
GGAGGAGATTTTTGAG

QA 2 617 2 617
DS 

RD RR1EX26TF 688 0 0
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CTCGTCTCTATCCGCCACAGCTTTCGGATCATTTATGAAATGGTCCTTCAAATCTTGTAA
GTTTCACGGCGAGTCCCTAGATTCCTCTGTCTCCCCACTTCTCATCCCCGGCGTCCACGT
CTTCCATTGTCCGGATGTGGTTGGGATTGTAGCGAAGCTATCAGATTGCATTGCTGCAAA
GGGAGGCAACATTCTTGGTTACGATGTGTTTGTTCCTGAGAACAATAACGTCTTCTACTC
TCGAAGCGAGTTCATTTTTGATCCAGTGAAGTGGCCAAGGAGTCAGATGAGTGAAGATTT
TCACACTATTGCAAAGAAATTCAATGCTATGAGCTCTGTTGTACGAGTCCCCTCTTTAGA
CCCCAAGTACAAGATTGCTCTTTTACTCTCTAAACAGGACCATTGTCTGGTTGAAATGTT
ACATAAATGGCAGGACGGAAAGCTTCCTGTTGATATAACATGTGTGATAAGTAATCATGA
AAGAGCTCCAAACACACATATTATGCGCTTTCTCCAGAGGCATGGCATCTCCTATCATTA
TTTGCCAACAACTGATCAGAACAAGATAGAGGGGGAGATTTTTGAGTTGGTCAAGGATAC
CGATTTTATTGTTCTCGCTAGATACATG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL9046Contig1 806 2 2 U
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GGTGGATGTTTGCATGACTTACGAAAGGAAGTTCTACTTCAATCTCCCAGAGGTTCAACA
CGCTCTTCACGCCAACCGCACTCGTCTGCCTTACGAGTGGTCTATGTGCAGCACCCTGGT
AAATTACAGTGGCATTGACTGGAAAATCACCATGCTTCCGCTTCTTAAGAGAATTATACA
GAACAAAACTCCTGTTTGGATTTTCAGTGGCGATCAAGATTCAATAGTTCCATTTCTTGG
TACAAGAACCATCATACGAGAACTTGCTCACGATCTTAACTTCAGTACCACACTTCCCTA
TGGACATTGGTTCCACAAAGACCAGGTTGGCGGCTGGGTCACTGAGTATGGAAAGCTATT
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TCTCCATATGTTCAGTTTCTTTGTGCGTGGACGAAGATTGCCGAACAACACACATTACCC
TTCTTAACAACCTATATAAAGAGTTAAAGACTGTTGATAAGCCTGGAGTAGCTTAAACTT
CAAGCTATCTAAATTCCTATTAGGTCAAGTGTTTAAGATAAGGAAATAACGTGTGATACC
TTTGTCATGTGAACTTTGGATATTTGTGGGTTATATATAGTGGGTGATATGTCGATGGAA
ACTTAACCTTTGTGTTTACGGATTGAGTGCTTTGTTGTGTTGTTTACAAAGCTTTGATTG
ATTGAATAAGATAATGACTTCTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AE01TF U 1
AF RR1AE01JQ C 26
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BS 633 806 RR1AE01JQ

RD RR1AE01TF 632 0 0
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TGGACATTGGTTCCACAAAGACCAGGTTGGCGGCTGGGTCACTGAGTATGGAAAGCTATT
GACATTTGCGACAGTGAGAGGAGCGGCTCATATGGTTCCCTATGGGCAGCCCGCACGAGC
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CAAGCTATCTAAATTCCTATTAGGTCAAGTGT

QA 1 632 1 632
DS 

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GCTCATATGGTTCCCTATGGGCAGCCCGCACGAGCTCTCCATATGTTCAGTTTCTTTGTG
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AGTGCTTTGTTGTGTTGTTTACAAAGCTTTGATTGATTGAATAAGATAATGACTTCTTAT
T

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL9047Contig1 763 2 2 U
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TACGTTTCGAAAATAAACAGGCGGGCATTTTCAAAAAACTCATCTTTCAGCGGCACAGTT
GAAAAGTTCCCATCATCAACTCGCTTTCCAAGGAATGGATCATTCACAATGACCTCTTCA
CACTCTTTCATCTTCTTCTGAGCCCCATCGAAGTCATAATTGACAAAGACACATGCCAGG
AACTCCACAATAGGATCTTTGTAGGAGTAGTGTTCTTGTTGAATGACCTTGATGAATTCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BN63JQ U 1
AF RR1BQ43JQ U 38
BS 1 653 RR1BN63JQ
BS 654 763 RR1BQ43JQ

RD RR1BN63JQ 653 0 0
CTCAACAAGTATGAATCCAAAATTAAATATGACTTTTGCAAAGTGTGTAGACATGTTTCC
AAAGAAAAGGAAAATTTAAAGCAGCACACAACTGATTCCAGTGACAAACAAAGCAAAGGA
TTATCAAGACAAACGGGCAAAATTAGGCGTGATTACCGAGCTGCTTGACCCTGTGAATGT
TCTAAAAGCTGAGTAACTAACTTGTAAGTCCTTCCTGACAAGGCTTTGGTGTGGTTAACC
AACTGCTCATGCACGTTGGGCTGAGTAGGCTCCATTATAACGGTTCCTGACTCGGAATCA
ATCTTGGCATCAAGCTTTGAGGTACGGATAAGGTTCACAATCCATCTCTCTGCCTCCTCA
TAGTTCAGGTTCAGTTTCTCAGCAAGTACCCCCATGTCGATTCTCTGATGAATTCTGCAA
TACGTTTCGAAAATAAACAGGCGGGCATTTTCAAAAAACTCATCTTTCAGCGGCACAGTT
GAAAAGTTCCCATCATCAACTCGCTTTCCAAGGAATGGATCATTCACAATGACCTCTTCA
CACTCTTTCATCTTCTTCTGAGCCCCATCGAAGTCATAATTGACAAAGACACATGCCAGG
AACTCCACAATAGGATCTTTGTAGGAGTAGTGTTCTTGTTGAATGACCTTGAT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR1BQ43JQ 726 0 0
GCAAAGTGTGTAGACATGTTTCCAAAGAAAAGGAAAATTTAAAGCAGCACACAACTGATT
CCAGTGACAAACAAAGCAAAGGATTATCAAGACAAACGGGCAAAATTAGGCGTGATTACC
GAGCTGCTTGACCCTGTGAATGTTCTAAGAGCTGAGTAACTAACTTGTAAGTCCTTCCTG
ACAAGGCTTTGGTGTGGTTAACCAACTGCTCATGCACGTTGGGCTGAGTAGGCTCCATTA
TAACGGTTCCTGACTCGGAATCAATCTTGGCATCAAGCTTTGAGGTACGGATAAGGTTCA
CAATCCATCTCTCTGCCTCCTCATAGTTCAGGTTCAGTTTCTCAGCAAGTACCCCCATGT
CGATTCTCTGATGAATTCTGCAATACGTTTCGAAAATAAACAGGCGGGCATTTTCAAGAA
ACTCATCTTTCAGCGGCACAGTTGAAAAGTTCCCATCATCAACTCGCTTTCCAAGGAATG
GATCATTCACAATGACCTCTTCACACTCTTTCATCTTCTTCTGAGCCCCATCGAAGTCAT
AATTGACAAAGACACATGCCAGGAACTCCACAATAGGATCTTTGTAGGAGTAGTGTTCTT
GTTGAATGACCTTGATGAATTCTTTCAGTTGAGGCCTTCTCCTTTTGTTGACAATAAAAG
CTGTTGCCAAGTAACGCAGCAAGTGTGGAGCACTAGTTTGTATGGCATTCATATACTTGT
CCTGAT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL9048Contig1 657 2 2 U
GGAACTCCCCCCCCTTCAATTTCAATCTTCCTCGGCTCTCGATCTGAATCTCTCCCTCTC
TCTCTAGCAGGAAACAACAAACAGAATCGAATCTAGTTAAAAGGGATAATTGTGGATGGC
AAACACGGCTTGCTTTATGATTGTGGCTCGGAATGATATTCCAATCTATGAAGCTGAAGT
TGGGTCTGCTGCTAAGAGAGAAGATGCTGCTCAACTCCACCAGTTTATATTACATGCTGC
GTTAGATGTCGTCCAAGACTTGGCATGGACTACAAGTGCCATGTTCTTGAAGTCTGTCGA
CAGATTCAACGATCTGGTTGTCTCAGTCTATGTTACTGTAGGCCATACTCGTCTCATGCT
CCTTCATGATTCCCGCAATGAGGACGGCATCAAGAGCTTCTTTCAGGAGGTCCATGAGCT
TTATATTAAGATTCTTTTAAATCCCTTGTATCTGCCTGGTTCTCGCATCACATCGACGCA
TTTTGACACCAAGGTACGTGCACTCGCAAGAAAGTACCTTTAGAGAAGACACGAGATCCT
ATCTCCAGCTCAGTTTTCTTGGATCCATATGGCTATTGTTTGTCTCATGCTGGATGTCAG
TTGAATTTACTTGTATGACTTTCAAGCACATTCTAATGTTGAGATTCCTTGTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR1CO36TF U 1
AF RR1CO36JQ C 48
BS 1 655 RR1CO36TF
BS 656 657 RR1CO36JQ

RD RR1CO36TF 655 0 0
GGAACTCCCCCCCCTTCAATTTCAATCTTCCTCGGCTCTCGATCTGAATCTCTCCCTCTC
TCTCTAGCAGGAAACAACAAACAGAATCGAATCTAGTTAAAAGGGATAATTGTGGATGGC
AAACACGGCTTGCTTTATGATTGTGGCTCGGAATGATATTCCAATCTATGAAGCTGAAGT
TGGGTCTGCTGCTAAGAGAGAAGATGCTGCTCAACTCCACCAGTTTATATTACATGCTGC
GTTAGATGTCGTCCAAGACTTGGCATGGACTACAAGTGCCATGTTCTTGAAGTCTGTCGA
CAGATTCAACGATCTGGTTGTCTCAGTCTATGTTACTGTAGGCCATACTCGTCTCATGCT
CCTTCATGATTCCCGCAATGAGGACGGCATCAAGAGCTTCTTTCAGGAGGTCCATGAGCT
TTATATTAAGATTCTTTTAAATCCCTTGTATCTGCCTGGTTCTCGCATCACATCGACGCA
TTTTGACACCAAGGTACGTGCACTCGCAAGAAAGTACCTTTAGAGAAGACACGAGATCCT
ATCTCCAGCTCAGTTTTCTTGGATCCATATGGCTATTGTTTGTCTCATGCTGGATGTCAG
TTGAATTTACTTGTATGACTTTCAAGCACATTCTAATGTTGAGATTCCTTGTTTA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR1CO36JQ 610 0 0
ATCTCTCCCTCTCTCTCTAGCAGGAAACAACAAACAGAATCGAATCTAGTTAAAAGGGAT
AATTGTGGATGGCAAACACGGCTTGCTTTATGATTGTGGCTCGGAATGATATTCCAATCT
ATGAAGCTGAAGTTGGGTCTGCTGCTAAGAGAGAAGATGCTGCTCAACTCCACCAGTTTA
TATTACATGCTGCGTTAGATGTCGTCCAAGACTTGGCATGGACTACAAGTGCCATGTTCT
TGAAGTCTGTCGACAGATTCAACGATCTGGTTGTCTCAGTCTATGTTACTGTAGGCCATA
CTCGTCTCATGCTCCTTCATGATTCCCGCAATGAGGACGGCATCAAGAGCTTCTTTCAGG
AGGTCCATGAGCTTTATATTAAGATTCTTTTAAATCCCTTGTATCTGCCTGGTTCTCGCA
TCACATCGACGCATTTTGACACCAAGGTACGTGCACTCGCAAGAAAGTACCTTTAGAGAA
GACACGAGATCCTATCTCCAGCTCAGTTTTCTTGGATCCATATGGCTATTGTTTGTCTCA
TGCTGGATGTCAGTTGAATTTACTTGTATGACTTTCAAGCACATTCTAATGTTGAGATTC
CTTGTTTAGC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL9049Contig1 930 2 2 U
GGGAATTTTCTGTCTCGATGTTCTTTAACGGAAGACAATTTCCATGGTGAGACTCATGAT
ATGAACGGCCGCGGCGTACTTCCGGTGGTAAAGATGGAAGCGACTGCTTGAAGAAGTTAA
GATCGACGGTAGCAAATCAAAGAACTATCGAGTTTTTCAGATTTGCTGGAAAACTTCATG
ACGATCCAAACTTGATAGATCCACAGAGGACTTCTCTGTTTCTGATCTATTTAGGCATCC
ATGAAAGACACGAAGAGTTTGAGATGGTTGACGAACTTCACACTTTCAGCTCTGTTTGAC
ATAGTCCAAAGAAGATTTGAAAGACCCTAAATGGAATACTATATTTTTAGAGAAGATATC
CATATTCCAAATACGAAGATTCTGGGTTTCATTCTTCTATGAAGATAAGTTTTTAAAATA
AAAAATAAGTTTTTCCCAGATTCTTTGTCTTCTTTTATATTAATATAAATCGTACTTCAT
AGAGAAATAGCATTATTAGTTTATTAATATATGTTTGAATTTTACATTTGACAGCAGGGA
TAAATTTGGATCCGGATAAATACGTTCGAAGTAAACATTTACCATCACGAAAAGGGAGAT
CAGGGTGGAACCAAAAGTAGTACAGGTCGAGTAGTTAAAGGTTTAGAGACAGAAGCTTTA
TACATTTGAAGGACATGGGACAGAGACATGACTGTAAAGAAATACGAACCCAAGGTATAG
GGTTTGAGAAAAGGAAAACATGATTTGATGGGGTTTTCATGGTATAGAACCTTGATAATG
AAGATGAATTTGATGGGCTGAACAATCATTGCTGATTGGATTTTCAAACGAAAAAGGTAG
TCTGCAGCGGGCCTTAATATGTATGTTGGGCTATAACGGGCTATAATAATCAAAGGTTTT
TGATTGGTTTGGTTATTTACGATTTTCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C644TF U 1
AF RR1C644JQ C 426
BS 1 714 RR1C644TF
BS 715 930 RR1C644JQ

RD RR1C644TF 715 0 0
GGGAATTTTCTGTCTCGATGTTCTTTAACGGAAGACAATTTCCATGGTGAGACTCATGAT
ATGAACGGCCGCGGCGTACTTCCGGTGGTAAAGATGGAAGCGACTGCTTGAAGAAGTTAA
GATCGACGGTAGCAAATCAAAGAACTATCGAGTTTTTCAGATTTGCTGGAAAACTTCATG
ACGATCCAAACTTGATAGATCCACAGAGGACTTCTCTGTTTCTGATCTATTTAGGCATCC
ATGAAAGACACGAAGAGTTTGAGATGGTTGACGAACTTCACACTTTCAGCTCTGTTTGAC
ATAGTCCAAAGAAGATTTGAAAGACCCTAAATGGAATACTATATTTTTAGAGAAGATATC
CATATTCCAAATACGAAGATTCTGGGTTTCATTCTTCTATGAAGATAAGTTTTTAAAATA
AAAAATAAGTTTTTCCCAGATTCTTTGTCTTCTTTTATATTAATATAAATCGTACTTCAT
AGAGAAATAGCATTATTAGTTTATTAATATATGTTTGAATTTTACATTTGACAGCAGGGA
TAAATTTGGATCCGGATAAATACGTTCGAAGTAAACATTTACCATCACGAAAAGGGAGAT
CAGGGTGGAACCAAAAGTAGTACAGGTCGAGTAGTTAAAGGTTTAGAGACAGAAGCTTTA
TACATTTGAAGGACATGGGACAGAGACATGACTGTAAAGAAATACGAACCCAAG
T

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR1C644JQ 505 0 0
TAAGTTTTTCCCAGATTCTTTGTCTTCTTTTATATTAATATAAATCGTACTTCATAGAGA
AATAGCATTATTAGTTTATTAATATATGTTTGAATTTTACATTTGACAGCAGGGATAAAT
TTGGATCCGGATAAATACGTTCGAAGTAAACATTTACCATCACGAAAAGGGAGATCAGGG
TGGAACCAAAAGTAGTACAGGTCGAGTAGTTAAAGGTTTAGAGACAGAAGCTTTATACAT
TTGAAGGACATGGGACAGAGACATGACTGTAAAGAAATACGAACCCAAGGTATAGGGTTT
GAGAAAAGGAAAACATGATTTGATGGGGTTTTCATGGTATAGAACCTTGATAATGAAGAT
GAATTTGATGGGCTGAACAATCATTGCTGATTGGATTTTCAAACGAAAAAGGTAGTCTGC
AGCGGGCCTTAATATGTATGTTGGGCTATAACGGGCTATAATAATCAAAGGTTTTTGATT
GGTTTGGTTATTTACGATTTTCATT

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

CO CL9050Contig1 819 2 6 U
CAATCAAAAAGCAAACTCTTTAATTTAGTTTGAAAACAGAGTGATGCTATTACAAAAGTT
CAAAATCTTCTCTCAAAAACTATACAAACTTTTTTCTCAAACCTCATCTTGCTTCTTTAC
ATGTACAAAGAGCCAAACAAAGCTCAACTACAGATTATTTTGACCGGCGAGAATTGCACA
GTGAGACAAGCGTGGTCGGAAAGACTGTAATTCTCCGGCCACGTTCCTTTCTGCTGCTTC
TTCCGGAAACAAAACTGCTTTCTTCACCTTCAGTCCAATCGCTTCTTCTTCTTCCTTATC
TTCTCCTTTATTACTCTCCATCACGCCCTCTTTGCAGTTTTCAAATTGAACCATGACTGT
CATGTTCCACATTTTCTTAAGTTCTTCATAGTCGAAGACGCCATTTCCATCAATATCAGC
TCGATCCCACAGCCCTTTTGTCTCTTGAAAGCTAAGCCCATGTGGCATGCCCGTTAGATT
TACCTTTTGAAGTGCTTGGCAAAATCCAGAGTATGTTAATGAACCACTGTGATTATTTTC
CCCAAGAAAAGCAAAGGCCTTGTCTTCAGCTATGGAAGCTTTCTGTACTTGATACTTGAT
AATGCTGAAGACAGCTTCAACCCAACTTGTTCTCAATGGTTTTCTTGAATTGCTGCTAGT
AGGGTTACAGAGCCATATGAAATCAACTCCGCATATGTTTCCCCTGTGGTTTCTATGGCT
TACCCACCTATGAGCATCACTATCCGTATACTGATGAGCAACATCGTATGATGATATGAA
CCCTTGAGATCTCAAGAACTTGTAGACATGCCCACGCTT


BQ
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AF RR1DQ13JQ U 1
AF RR1CK85JQ U 9
BS 1 144 RR1DQ13JQ
BS 145 145 RR1CK85JQ
BS 146 232 RR1DQ13JQ
BS 233 233 RR1CK85JQ
BS 234 609 RR1DQ13JQ
BS 610 819 RR1CK85JQ

RD RR1DQ13JQ 609 0 0
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CAAAATCTTCTCTCAAAAACTATACAAACTTTTTTCTCAAACCTCATCTTGCTTCTTTAC
ATGTACAAAGAGCCAAACAAAGCTTAACTACAGATTATTTTGACCGGCGAGAATTGCACA
GTGAGACAAGCGTGGTCGGAAAGACTGTAATTCTCCGGCCACGTTCCTTTCT*CTGCTTC
TTCCGGAAACAAAACTGCTTTCTTCACCTTCAGTCCAATCGCTTCTTCTTCTTCCTTATC
TTCTCCTTTATTACTCTCCATCACGCCCTCTTTGCAGTTTTCAAATTGAACCATGACTGT
CATGTTCCACATTTTCTTAAGTTCTTCATAGTCGAAGACGCCATTTCCATCAATATCAGC
TCGATCCCACAGCCCTTTTGTCTCTTGAAAGCTAAGCCCATGTGGCATGCCCGTTAGATT
TACCTTTTGAAGTGCTTGGCAAAATCCAGAGTATGTTAATGAACCACTGTGATTATTTTC
CCCAAGAAAAGCAAAGGCCTTGTCTTCAGCTATGGAAGCTTTCTGTACTTGATACTTGAT
AATGCTGAA

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR1CK85JQ 811 0 0
AAGCAAACTCTTTAATTTAGTTTGAAAACAGAGTGATGCTATTACAAAAGTTCAAAATCT
TCTCTCAAAAACTATACAAACTTTTTTCTCAAACCTCATCTTGCTTCTTTACATGTACAA
AGAGCCAAACAAAGCTCAACTACAGATTATTTTGACCGGCGAGAATTGTACAGTGAGACA
AGCGTGGTCGGAGAGACTGTAATTCTCCGGCCACGTTCCTTTCTGCTGCTTCTTCCGGAA
ACAAAACTGCTTTCTTCACCTTCAGTCCAATCGCTTCTTCTTCTTCCTTATCTTCTCCTT
TATTAC*CTCCATCACGCCCTCTTTGCAGTTTTCAGATTGAACCATGACTGTCATGTTCC
ACATTTTCTTAAGTTCTTCATAGTCGAAGACGCCATTTCCATCAATATCGGCTCGATCCC
ACAGCTCTTTTGTCTCTTGAAAGCTAAGCCCATGTGGCATGCCCGTTAGATTTACCTTTT
GAAGTGCTTGGCAAAATCCAGAGTATGTTAATGAACCACTGTGATTATTTTCCCCAAGAA
AAGCAAAGGCCTTGTCTTCAGCTATGGAAGCTTTCTGTACTTGATACTTGATAATGCTGA
AGACAGCTTCAACCCAACTTGTTCTCAATGGTTTTCTTGAATTGCTGCTAGTAGGGTTAC
AGAGCCATATGAAATCAACTCCGCATATGTTTCCCCTGTGGTTTCTATGGCTTACCCACC
TATGAGCATCACTATCCGTATACTGATGAGCAACATCGTATGATGATATGAACCCTTGAG
ATCTCAAGAACTTGTAGACATGCCCACGCTT

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

CO CL9051Contig1 861 2 2 U
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CTGTATGTGTCCGCTGCAGCAATAGCCATGGCAAGAAACCTTGGAGACGAATCTAATGAA
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TCTCTGTCTTCTTACGCAAGCGAGATCAAGAAGCGGCCACTTCAGCTAGCCGAGACAGCG
CTTGCCGTCAGCATGGCCCGAGCGAAGTCTGCCAAAACCTATATCTCGGACATGACTGAC
TACAAAGGAATCACCAAGAGGCAGCACGGGGCTGTGTTGGACTGTGCTGAAGAGATGGGA
GATACTGTTGACAGGTTGAGCAAGTCGCTGAAGGAACTGAAGAGTCTGGAGGAAGGGGAA
GGGGAAGAAGACTTCTGGTTCTGTTTGAGCAATGTCAGGACGTGGACAAGCGCGGCGCTT
ACAGATGAGACCACTTGTCTTGATGGGTTTGGAGGGAAAGGCATGGATGGGGAGCTGAAA
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ATCAATGTCTATGCTTCCAAGCATTGAAAAATGTTGCATAAGTTTGGTCTTGTGGACTTG
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TTTGTTCAGAGTCATATCTGTTTTCTCTTGCCACCTTGTTATATCATCTATGGTCTGCAT
GGTTTGAAGCTGTTGATTTTGATGTTTGATTGGTGATATTATATATAGTATTGTAAGCCA
TGAAAAGTATATTGCAATCTT


BQ
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AF RR1BO19TF U 1
AF RR1BO19JQ C 105
BS 1 712 RR1BO19TF
BS 713 861 RR1BO19JQ

RD RR1BO19TF 712 0 0
GGATTGTGTTTGGAACCCAAAATGGCGAAATGTTTAGATCTATCTCTGATTCTCTTTGTT
CTGTATGTGTCCGCTGCAGCAATAGCCATGGCAAGAAACCTTGGAGACGAATCTAATGAA
GATACAGAGTTCGTTAAAGCCTCTTGTGAGACAGCAACATACCCAGAACTATGTTTTCAG
TCTCTGTCTTCTTACGCAAGCGAGATCAAGAAGCGGCCACTTCAGCTAGCCGAGACAGCG
CTTGCCGTCAGCATGGCCCGAGCGAAGTCTGCCAAAACCTATATCTCGGACATGACTGAC
TACAAAGGAATCACCAAGAGGCAGCACGGGGCTGTGTTGGACTGTGCTGAAGAGATGGGA
GATACTGTTGACAGGTTGAGCAAGTCGCTGAAGGAACTGAAGAGTCTGGAGGAAGGGGAA
GGGGAAGAAGACTTCTGGTTCTGTTTGAGCAATGTCAGGACGTGGACAAGCGCGGCGCTT
ACAGATGAGACCACTTGTCTTGATGGGTTTGGAGGGAAAGGCATGGATGGGGAGCTGAAA
AGCTTAGTCAGAGCACACATTGTGCGTGTGGCTCAACATACGAGTAATGCATTGGCTTTG
ATCAATGTCTATGCTTCCAAGCATTGAAAAATGTTGCATAAGTTTGGTCTTGTGGACTTG
AGTTTTTTTAAATACTTTTGGATTTGGTTTGTACTGTATTTCCAAGAAGTGT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR1BO19JQ 757 0 0
AGACGAATCTAATGAAGATACAGAGTTCGTTAAAGCCTCTTGTGAGACAGCAACATACCC
AGAACTATGTTTTCAGTCTCTGTCTTCTTACGCAAGCGAGATCAAGAAGCGGCCACTTCA
GCTAGCCGAGACAGCGCTTGCCGTCAGCATGGCCCGAGCGAAGTCTGCCAAAACCTATAT
CTCGGACATGACTGACTACAAAGGAATCACCAAGAGGCAGCACGGGGCTGTGTTGGACTG
TGCTGAAGAGATGGGAGATACTGTTGACAGGTTGAGCAAGTCGCTGAAGGAACTGAAGAG
TCTGGAGGAAGGGGAAGGGGAAGAAGACTTCTGGTTCTGTTTGAGCAATGTCAGGACGTG
GACAAGCGCGGCGCTTACAGATGAGACCACTTGTCTTGATGGGTTTGGAGGGAAAGGCAT
GGATGGGGAGCTGAAAAGCTTAGTCAGAGCACACATTGTGCGTGTGGCTCAACATACGAG
TAATGCATTGGCTTTGATCAATGTCTATGCTTCCAAGCATTGAAAAATGTTGCATAAGTT
TGGTCTTGTGGACTTGAGTTTTTTTAAATACTTTTGGATTTGGTTTGTACTGTATTTCCA
AGAAGTGTGTTTTGGTTTTGTTCAGAGTCATATCTGTTTTCTCTTGCCACCTTGTTATAT
CATCTATGGTCTGCATGGTTTGAAGCTGTTGATTTTGATGTTTGATTGGTGATATTATAT
ATAGTATTGTAAGCCATGAAAAGTATATTGCAATCTT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL9052Contig1 720 2 6 U
GGAACGCCTCACGAGAGACACAAAGAAATATCATCTCAGAGCTTCTTCTAGGGCTTCGAC
GCGACAACGGCTGCCAACTACTTCAGTTTCATAACTGCACAGGAATCATGAAGCCAGTCT
TCTGTGGGAACTTTGAGTATGATGCGCGTGAGGGTGATCTTGAAAGGCTTTTCAGGAAAT
ACGGAAGGGTTGAGAGGGTTGATATGAAAGCTGGGTTTGCTTTCGTGTACATGGAAGATG
AGAGGGATGCTGAGGATGCTATCCGAACCCTTGACCGCATTGAATTTGGGCGCAAGGGAC
GCAGACTCCGTGTTGAGTTGACAAAGGGTGAGCGTGGAGGCGATAGAAGATCTGGTGGTG
GTGGTGGTTCAAGGAGATCCTCATCCTTGAGGCCTTCCAAGACTCTGTTTGTAATCAACT
TTGATGCGGACAATACTCGGACCCGGGATCTAGAGAGACACCTTGAACCATATGGCAAAA
TTGTAAACGTTAGGATCAGGAGGAACTTTGCATTTGTCCAGTACGAGGAGCAAGAGGATG
CAACCAGAGCACTTGATGCTACAAACAACAGTAAGCTGATGGATAAGGTGATCTCGGTAG
AGTACGCAATGAAAGATGATGATGCAAGAGGGAACGGACACAGTCCCGAAAGACGCCGTG
ATAGGTCACCAGAAAGGAGAAGGCGATCACCTAGTCCTTACAAGAGAGAGAGAGGGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1BL10TF U 1
AF RR1AQ36TF U 31
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QA 1 660 1 660
DS 

RD RR1AQ36TF 690 0 0
GG
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GACCGCATTGAATTTGGGCGCAAGGGACGCAGACTCCGTGTTGAGTTGACAAAGGGTGAG
CGTGGAGGCGATAGAAGATCTGGTGGTGGTGGTGGTTCAAGGAGATCCTCATCCTTGAGG
CCTTCCAAGACTCTGTTTGTAATCAACTTTGATGCGGACAATACTCGGACCCGGGATCTA
GAGAGACACTTTGAACCATATGGCAAAATTGTAAACGTTAGGATCAGGAGGAACTTTGCA
TTTGTCCAGTACGAGGAGCAAGAGGATGCAACCAGAGCACTTGATGCTACAAACAACAGT
AAGCTGATGGATAAGGTGATCTCGGTAGAGTATGCAATGAAAGATGATGATGCAAGAGGG
AACGGACACAGTCCCGAAAGACGCCGTGATAGGTCACCAGAAAGGAGAAGGCGATCACCT
AGTCCTTACAAGAGAGAGAGAGGGAGCC

QA 3 690 3 690
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1BD23JQ C 1
AF RR1BD23TF U 1
BS 1 469 RR1BD23TF

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CCGAAGGTCTCTCCGGTCTTGGCACTAAAGTCATCGATGAAGAGGATTGAATAATCATTT
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QA 1 469 1 469
DS 

RD RR1BD23TF 469 0 0
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TTCATAGCTGTACCTTTAAGAAGAAGGCTCCGAAGTCAATCAAGGAAATAAGGAAGTTTG
CAGAGAAGGCAATGAGGACAAAGGATGTGAGAGTGGATGTGAAGCTGAACAAGCAGATTT
GGAGCAAAGGTATCAGAGGTCCTCCTAGAAGGATCAGAGTCCGAGTTGCTCGTAGGATAA
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CCGAAGGTCTCTCCGGTCTTGGCACTAAAGTCATCGATGAAGAGGATTGAATAATCATTT
TGTAACCCCACTTTTTATCAGATTATTTCAAGTTTTGTTTACCCTTTCC

QA 1 469 1 469
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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TTCTTATGTAATCATTTGAATATGTTAAAAATCATCTTAAATATATAGCTCAGTTACTAA
AATATGAAATTTAAAATGTAATATAAGATTTTGTGTTTTAGTTTTGCTTATGTTAACAAT
ATAGTATCCCTCTTGAAACG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AQ57JQ C 1
AF RR1AQ57TF U 1
BS 1 620 RR1AQ57TF

RD RR1AQ57JQ 620 0 0
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ATAGTATCCCTCTTGAAACG

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR1AQ57TF 620 0 0
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AGCAGATGCTTTCATCATTCCAAAAGATTGTGGCTTTACCAGATGATACAAATATATACT
GCGGTCGCGAAAACACAGCAGGCAATATAAAGTTTGCACTATCCATAGAACCAAAGAATG
AAACGCTTCAGTCATATGCAACCAGAGTCGCCCATCTTCGTAGCCAGGGACTCCCATCTA
TTCCAACGAGTGTTAAGGTGGAGAAAGCGTGTAACCCGTTCCTCAGAACATCTAGCAAAG
AAATCCGCAGATCTTTAAGTATTCCAGACTCAGCAAACGAAGTGGAGGCACTGCGTCGTA
TACACAAAGCCAGAGACCGTTTCTAAAAGAAGCTTTGAGGGTTATTTTACCTTATTGTAT
AGATGGAAGTCCACTCATCAATCATCATCAGCTGAAAGGTTAATATTACATGTTTTGAGC
TTCTTATGTAATCATTTGAATATGTTAAAAATCATCTTAAATATATAGCTCAGTTACTAA
AATATGAAATTTAAAATGTAATATAAGATTTTGTGTTTTAGTTTTGCTTATGTTAACAAT
ATAGTATCCCTCTTGAAACG

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL9057Contig1 940 2 4 U
GTGGCATGAAAGAATATCAGATGGAAAGTATGTTTTTGCACCACACCTACATGTACGGTG
GCTGTAGGCACTGCTCGTACACATGCATCTGCGCGACAGGGGATAATAGTGCTGTCCTTC
ATTATGGGCACGCTGCAGCTCCAAATGATAGGACTTTTGAAGATGGAGATCTGGCATTGC
TTGATATGGGTGGTGAATACCATTTTTATGCATGTGACATAACATGCTCATTCCCTGTCA
ATGGTAAATTTACAAGTGACCAGAGTCTAATCTACAATGCTGTTCTGAAAGCACATAATT
CTGTAATCTCTGCAATGAAGCCAGGAGTTAACTGGGTGGATATGCACAAGCTAGCCGAAA
GAATCATCCTTGAGTCACTGAAGAAGGGGTCCATCCTCACTGGTGATGTGGACGAGATGA
TGGTAGAACGTTTGGGAGCTGTTTTCATGCCTCATGGACTCGGTCACTTCATGGGCATTG
ACACACACGATACCGGTGGTTACCCGAAGGGAGTGGAAAGACCAAAGGAACCGGGACTGA
AGTCATTACGCACTGCAAGAGATCTCCTTGAAGGAATGGTAATAACGGTGGAGCCAGGAT
GCTATTTCATCAAGGCATTGTTAATCCCAGCCACGGAAAACGCAAAAACCTCTAAGTTCT
TCAACCGTGAAACAATAGAGAGATTCAAGAACATAGGAGGTGTCAGAATCGAAAGCGATT
TGGTCGTTACTGAGAATGGCTGCAAGAACATGACGAATGTTCCAAGGGAGACGTGGGAGA
TCGAAGCTGTGATGGCTGGAGCGCCTTGGCCTCCCGTCACTACAGGAAACAATACTACCA
AGTGATCTTAACTTACGGAAACTAAAAAGAACTGCTTTAGAAACTCAATAAATAAAACCC
CCTTTATATAACGGGAATAAGAATCTGAGAACTATTGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 
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AF RR1BO26TF U 1
AF RR1BO26JQ C 66
BS 1 115 RR1BO26TF
BS 116 116 RR1BO26JQ
BS 117 688 RR1BO26TF
BS 689 940 RR1BO26JQ

RD RR1BO26TF 688 0 0
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ATTATGGGCACGCTGCAGCTCCAAATGATAGGACTTTTGAAGATGGAGATCTGGCATTGC
TTGATATGGGTGGTGAATACCATTTTTATGCATGTGACATAACATGCTCATTCCCTGTCA
ATGGTAAATTTACAAGTGACCAGAGTCTAATCTACAATGCTGTTCTGAAAGCACATAATT
CTGTAATCTCTGCAATGAAGCCAGGAGTTAACTGGGTGGATATGCACAAGCTAGCCGAAA
GAATCATCCTTGAGTCACTGAAGAAGGGGTCCATCCTCACTGGTGATGTGGACGAGATGA
TGGTAGAACGTTTGGGAGCTGTTTTCATGCCTCATGGACTCGGTCACTTCATGGGCATTG
ACACACACGATACCGGTGGTTACCCGAAGGGAGTGGAAAGACCAAAGGAACCGGGACTGA
AGTCATTACGCACTGCAAGAGATCTCCTTGAAGGAATGGTAATAACGGTGGAGCCAGGAT
GCTATTTCATCAAGGCATTGTTAATCCCAGCCACGGAAAACGCAAAAACCTCTAAGTTCT
TCAACCGTGAAACAATAGAGAGATTCAA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1BO26JQ 875 0 0
TA
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GCACGCTGCAGCTCCAAATGATAGGACTTT*GAAGATGGAGATCTGGCATTGCTTGATAT
GGGTGGTGAATACCATTTTTATGCATGTGACATAACATGCTCATTCCCTGTCAATGGTAA
ATTTACAAGTGACCAGAGTCTAATCTACAATGCTGTTCTGAAAGCACATAATTCTGTAAT
CTCTGCAATGAAGCCAGGAGTTAACTGGGTGGATATGCACAAGCTAGCCGAAAGAATCAT
CCTTGAGTCACTGAAGAAGGGGTCCATCCTCACTGGTGATGTGGACGAGATGATGGTAGA
ACGTTTGGGAGCTGTTTTCATGCCTCATGGACTCGGTCACTTCATGGGCATTGACACACA
CGATACCGGTGGTTACCCGAAGGGAGTGGAAAGACCAAAGGAACCGGGACTGAAGTCATT
ACGCACTGCAAGAGATCTCCTTGAAGGAATGGTAATAACGGTGGAGCCAGGATGCTATTT
CATCAAGGCATTGTTAATCCCAGCCACGGAAAACGCAAAAACCTCTAAGTTCTTCAACCG
TGAAACAATAGAGAGATTCAAGAACATAGGAGGTGTCAGAATCGAAAGCGATTTGGTCGT
TACTGAGAATGGCTGCAAGAACATGACGAATGTTCCAAGGGAGACGTGGGAGATCGAAGC
TGTGATGGCTGGAGCGCCTTGGCCTCCCGTCACTACAGGAAACAATACTACCAAGTGATC
TTAACTTACGGAAACTAAAAAGAACTGCTTTAGAAACTCAATAAATAAAACCCCCTTTAT
ATAACGGGAATAAGAATCTGAGAACTATTGGCC

QA 3 875 3 875
DS 



AS 1 2

CO CL9058Contig1 589 2 1 U
GGACACAACAATACACCAATTCTGCCAAATAGCGTTTTGAGATTCGTCTAAAGCCCAAAT
AACAATATAAAGATTTTTCTTGTTAGGATCGAAAACTCTGTTTTGCGGATTTTGAGTTTT
TGAATCAAAGATGGGGAGGTTGTTTGTGGTTCACCTTGAAGGGAAGATCTATAGCTGCAA
ACACTGCAAGACTCATCTTGCTGTATATGAAGACAGAATGATGATGACAGGAAAACATAC
AGTGGCTGACATTTTTTGTGTCTCATGTGGATCAATAGTTGGTTGGAGATATGAGACTGC
TCATGAGAAAAGCCAGAAGTACAAAGAAGGAAAGTCAGTTCTTGAAAGATTTAAGATATC
GGGTCCTGATGGGAGCAACTACTGGGTGAGTAGCCATGGAAGGCATATAGGTGGAAGTGA
TGCAGATGATTCTTGAACTCATCCTCTATCCTTCTTATTTGACATCCCCTGTAAATGTAA
ATTCGTCAATCTCCACTCCAACTTGGTCTTATAAGTAACGAAAACACTTCTTTTCTTGCT
TTCATTATGATCTGAAAAATCCCTCAGTAAATAAAGTCTGATTCTGTGT


BQ
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AF RR1A971JQ C 1
AF RR1A971TF U 1
BS 1 589 RR1A971TF

RD RR1A971JQ 589 0 0
GGACACAACAATACACCAATTCTGCCAAATAGCGTTTTGAGATTCGTCTAAAGCCCAAAT
AACAATATAAAGATTTTTCTTGTTAGGATCGAAAACTCTGTTTTGCGGATTTTGAGTTTT
TGAATCAAAGATGGGGAGGTTGTTTGTGGTTCACCTTGAAGGGAAGATCTATAGCTGCAA
ACACTGCAAGACTCATCTTGCTGTATATGAAGACAGAATGATGATGACAGGAAAACATAC
AGTGGCTGACATTTTTTGTGTCTCATGTGGATCAATAGTTGGTTGGAGATATGAGACTGC
TCATGAGAAAAGCCAGAAGTACAAAGAAGGAAAGTCAGTTCTTGAAAGATTTAAGATATC
GGGTCCTGATGGGAGCAACTACTGGGTGAGTAGCCATGGAAGGCATATAGGTGGAAGTGA
TGCAGATGATTCTTGAACTCATCCTCTATCCTTCTTATTTGACATCCCCTGTAAATGTAA
ATTCGTCAATCTCCACTCCAACTTGGTCTTATAAGTAACGAAAACACTTCTTTTCTTGCT
TTCATTATGATCTGAAAAATCCCTCAGTAAATAAAGTCTGATTCTGTGT

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR1A971TF 589 0 0
GGACACAACAATACACCAATTCTGCCAAATAGCGTTTTGAGATTCGTCTAAAGCCCAAAT
AACAATATAAAGATTTTTCTTGTTAGGATCGAAAACTCTGTTTTGCGGATTTTGAGTTTT
TGAATCAAAGATGGGGAGGTTGTTTGTGGTTCACCTTGAAGGGAAGATCTATAGCTGCAA
ACACTGCAAGACTCATCTTGCTGTATATGAAGACAGAATGATGATGACAGGAAAACATAC
AGTGGCTGACATTTTTTGTGTCTCATGTGGATCAATAGTTGGTTGGAGATATGAGACTGC
TCATGAGAAAAGCCAGAAGTACAAAGAAGGAAAGTCAGTTCTTGAAAGATTTAAGATATC
GGGTCCTGATGGGAGCAACTACTGGGTGAGTAGCCATGGAAGGCATATAGGTGGAAGTGA
TGCAGATGATTCTTGAACTCATCCTCTATCCTTCTTATTTGACATCCCCTGTAAATGTAA
ATTCGTCAATCTCCACTCCAACTTGGTCTTATAAGTAACGAAAACACTTCTTTTCTTGCT
TTCATTATGATCTGAAAAATCCCTCAGTAAATAAAGTCTGATTCTGTGT

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

CO CL9059Contig1 598 2 1 U
GGTAGATTATCTTCCCAAGACGATTTGGATGACCCTGATTGCTCATGCCCTTTTGATTTC
GATGATGTTGACGAGTCTGGACTTCACTACAGCCAAAGTCTTGACCGTAGGAAAACTTCA
AGCTCTATATCACAGTCGCTACCTATAGGGAGGAAGTCACAGGACGCAGCGGTTGGAGTC
CTGGTTCAGATGCTAAAGACAGCACCGCCATTACGACAAGACTCGAGCACTTACATGGCG
TCAATGTCTGGGGTTCAGAGAGAAGGCACAGAATCTGAATTTTCCATGGCTCGAAGTACA
TCAGATGCGCTAGAGGAACTGAGAAATTACCAGCAGCTCAAAGACTTGCTTCTCTCCAAA
TCCAAGAGTTTTGGTGGTGAGACTCGTGTTCACTGAGCCAAAACCAAAAGAGCAATCAAA
GTTATTGAGTTAATAATCTGATGACTGTTTGTAAATATGGATTTGATGACTGCTACTTTA
GCTCATGTTTTAGTTTCTGTTAAATAACCTTTGAGAAAAAAGAAAAAAAAAAGAGTTTGT
AAAATGACTTACCTTTCAATATGTACATAAGTGTACTAATAAAGTTTGAAATCTTTCC


BQ
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AF RR1CY85JQ C 1
AF RR1CY85TF U 1
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QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1CY85TF 598 0 0
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TCAATGTCTGGGGTTCAGAGAGAAGGCACAGAATCTGAATTTTCCATGGCTCGAAGTACA
TCAGATGCGCTAGAGGAACTGAGAAATTACCAGCAGCTCAAAGACTTGCTTCTCTCCAAA
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AAAATGACTTACCTTTCAATATGTACATAAGTGTACTAATAAAGTTTGAAATCTTTCC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

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CGTCCAGTATCGAAGGATAAACTGTAGAAGGGAAGGGAGCATTAGGTTTACAGTAGATGG
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CGAAGGTAAACAATTCGAGACTCCATAAGACACAGAGATGTCTCGTTGATTCTTTTTTGT
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TGTATCTATTTTGTTGTTTACATTATTACTCTCAAATGCTTAAAACCAATGGTTACCAAA
AAAAACCATAAAAAGAATGCATTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AK26TF U 1
AF RR1AK26JQ C 228
BS 1 825 RR1AK26TF
BS 826 1046 RR1AK26JQ

RD RR1AK26TF 825 0 0
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AGAATGGCGTCCCGCGCGAGCCACCTACTACGCCGCCACGAATCCTAGAGACGAGGTGGG
AGGTGCGTGCGGATACGGAGATCTCGTCAAATCTGGATACGGTATGGCCACGGTTGGTCT
GAGCGAGACTCTGTTCGAGCGCGGTCAGATCTGCGGCGCCTGTTTCGAGCTCAGATGTGT
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CGCTCCTAATTACGGGTTTGATCCCGACGGTGGTGGTCACTGTAACCCTCCGAACAAACA
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CGTCCAGTATCGAAGGATAAACTGTAGAAGGGAAGGGAGCATTAGGTTTACAGTAGATGG
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QA 1 825 1 825
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CTCCGAACAAACACTTCGTTTTGCCGATCGAAGCGTTTGAGAAGATCGCTATTTGGAAAG
CTGGCAACATGCCCGTCCAGTATCGAAGGATAAACTGTAGAAGGGAAGGGAGCATTAGGT
TTACAGTAGATGGTGGAGGCATTTTCGTTTCGGTTCTGATCACCAATGTTGCGGGATCAG
GCGATATATCCGCTGTGAAGATCAAAGGGTCGAGAACCGGGTGGTTACCAATGGGTCGTA
ACTGGGGACAGAACTGGCATATCAACGCCGATCTCAAGAACCAAGCTCTCTCGTTTGAAG
TGACTTCTAGCGACAGATCAACCGTCACAGCTTACAACGTCGCTCCTAGAAACTGGGATT
ACGGACAAACCTTCGAAGGTAAACAATTCGAGACTCCATAAGACACAGAGATGTCTCGTT
GATTCTTTTTTGTTACTGGTGAGAATATTTTTGATGGTCTAAGAAAGAGTAGTGATCACA
CAAACATCACTATTGTATCTATTTTGTTGTTTACATTATTACTCTCAAATGCTTAAAACC
AATGGTTACCAAAAAAAACCATAAAAAGAATGCATTATT

QA 1 819 1 819
DS 



AS 1 2

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AGAGGAACCATAGACACAGCATCGGTGGTGGTTCATCAGTCAGAGATGACGAGAGTCTGG
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AGGCATCTGCTAAGAAACGCCTCTCTTATACGAATTCAACTACATTGCCTAAACCACGGA
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GCTGAGGTTTGGTTTGTCTTTTAAACAAAAAGATATATGTGATTTTCCACTTTGATGGAT
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CC


BQ
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10 10 

AF RR1FS62TF U 1
AF RR1FS62JQ C 62
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GCT

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DS 

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GTGCAGAGAGTTGTAAGCGCCTGTTATTTAATTTTTTACTATAAAAGAATTTTAATTATC
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1CO31JQ C 1
AF RR1CO31TF U 1
BS 1 598 RR1CO31TF

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TAAGATGGAGTATTCTTTTGACGTTGAAGTATACAAAGCAGGACCAAGACTTATTCCTCG
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TGAACACTGTTTCGACTTCTATAGAAGTCAAAATTTGGTTTGTGGTAAATTTTTAAATTT
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QA 1 598 1 598
DS 

RD RR1CO31TF 598 0 0
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TAAGATGGAGTATTCTTTTGACGTTGAAGTATACAAAGCAGGACCAAGACTTATTCCTCG
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AAGTCAACCATCCGGTTTTGCATTGTCTTGGAATAAAGGATAATTTGTGTTTGATCCGCG
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TATTTTGTAAAAGAAGTCATTGCAAGACTGATTAAAGATATTAAGTGAACATAAGTGT

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

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T


BQ
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20 

AF RR1BY12JQ C 1
AF RR1BY12TF U 1
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T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1BY12TF 601 0 0
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TTACCGTTTGGTGCTGGTCGGAGAATCTGTCCAGGAATGGCCATGGGGATTGTCATTGTT
GAGTTTGGACTTTTAAACTTGCTTTATTTCTTCGACTGGGGATTGGCTGAGGAAGAAGCA
GCCGAGAAGATCACCACTGGAGATGAAGTTGCTCTTGGCTTTGTTCAAGTTATTCTCCAC
TAAATATTTGGGTTCTTGCAAAACCTTCTTTAATATGGGTTATTGAATGTTTGTTCTGCA
TTAAGCTTGATTCTAAAATAGAGACAACTTTTAAGTATTCAAAATAGTAAACCTTGTGAT
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL9064Contig1 597 2 1 U
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CACACTGGTTGATTTTGAAATTAATTTTGGTCGGCTTTCTAAAATCATCTGATTGGGGCT
ATGGCTATCTCAACAAATCCGGTTTAGTTGATAAAATTAGTTAGTTTCCAGTTTCGTATC
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BQ
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QA 1 606 1 606
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AS 1 2

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BQ
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AF RR1BO87JQ C 1
AF RR1BO87TF U 1
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AAATACATGGGGAAAGAGGAGCTTTACACAACACAACAGGAGGTTCTTCTCGAGTCTGTC
AAGATTATAAAGAAGCATGATGCGTCATTGGGTACCACCTGGGACAATGAGGGGAAGGAA
GTACGCTGAACCTATTACCTTTTGATTGTAGAGAGGGTTACAAAAATATTTGTGTAGAGC
CAAAAACCCAAAGTTTCGAGCTGAGGATTTGTGGTACGCGTGACTTGGTTTTTTTGCTGT
GTTTTGCAGAGCACGATCAAATTTCGTTTTTTTATCACCATCTTTCTAAGCCACACGTAT
GAGAAATTTGGAAGCTTTGTTGTATGGTTTTCATGAACGAAATTGTACTCCTAAAAGATG
TGTCTA

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL9067Contig1 847 2 2 U
GGGAGAGTTGGTGAAAGACACGTCTGTTAGACTTAGAGAAGCTAGTGAAACTGATCATCA
AAGAGGTGTAGATCAAAGGAAGAAGATTGTGGATGCTAAGCTTGCAAAGGACTTTCAATC
TGTATTGAAAGAGTTTCAAAAGGCTCAGCGTCTCGCTGCTGAAAGAGAAACTGTCTATGC
TCCTCTTTTCACCACTCCATCTCCCCCATCTAGCTATACATCCAGTGAGATAGATGTGAG
TGGAGATAAGCATTCAGAGCAGCGTGCGCTTCTTGTGGAATCGAAAAGACAAGAACTTGT
GCTGTTGGACAATGAGATTGTATTTAATGAAGCTATAATCGAGGAAAGAGAGCAAGGGAT
ACAAGAGATCCAGCAGCAAATTGGTGAGGTGCACGAGATCTTCAAAGACTTGGCTGTGCT
GGTACATGATCAAGGCACCATGATCGATGATATTGGCACTCACATCGATAACTCCCACGC
TGCAACAGCACAAGGAAGATCTCATCTCGCAAAAGCTTCGAAGACACAAAGATCGAGTTC
AACTCTGATGTGCTTGCTCATGGTGATTTTTGGTATCGTACTCCTGATTGTTATCATAGT
GCTGGCGATTTGATTTTCAAGAACTCAAAAAACCATGGAGAAGTGCTTTCACCATCAATC
TAGAGATCTTAATGGGTGTATGTTTGTCACTTTGTTAGACTACTGGTCTTTGGTCTCTTG
TTTTGGAGTATATGGAGTAGTTGGGTTTGGTTTGGTTTGAGGGTGTCAGAGCGTGTTAAA
AGTGTGTTATTGCTTTGACTCATGTAATATATTTTGTTAAAGATCCTTAATATGTGTTTT
TGAAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DT47TF U 1
AF RR1DT47JQ C 195
BS 1 713 RR1DT47TF
BS 714 847 RR1DT47JQ

RD RR1DT47TF 713 0 0
GGGAGAGTTGGTGAAAGACACGTCTGTTAGACTTAGAGAAGCTAGTGAAACTGATCATCA
AAGAGGTGTAGATCAAAGGAAGAAGATTGTGGATGCTAAGCTTGCAAAGGACTTTCAATC
TGTATTGAAAGAGTTTCAAAAGGCTCAGCGTCTCGCTGCTGAAAGAGAAACTGTCTATGC
TCCTCTTTTCACCACTCCATCTCCCCCATCTAGCTATACATCCAGTGAGATAGATGTGAG
TGGAGATAAGCATTCAGAGCAGCGTGCGCTTCTTGTGGAATCGAAAAGACAAGAACTTGT
GCTGTTGGACAATGAGATTGTATTTAATGAAGCTATAATCGAGGAAAGAGAGCAAGGGAT
ACAAGAGATCCAGCAGCAAATTGGTGAGGTGCACGAGATCTTCAAAGACTTGGCTGTGCT
GGTACATGATCAAGGCACCATGATCGATGATATTGGCACTCACATCGATAACTCCCACGC
TGCAACAGCACAAGGAAGATCTCATCTCGCAAAAGCTTCGAAGACACAAAGATCGAGTTC
AACTCTGATGTGCTTGCTCATGGTGATTTTTGGTATCGTACTCCTGATTGTTATCATAGT
GCTGGCGATTTGATTTTCAAGAACTCAAAAAACCATGGAGAAGTGCTTTCACCATCAATC
TAGAGATCTTAATGGGTGTATGTTTGTCACTTTGTTAGACTACTGGTCTTTGG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR1DT47JQ 653 0 0
CTCCATCTCCCCCATCTAGCTATACATCCAGTGAGATAGATGTGAGTGGAGATAAGCATT
CAGAGCAGCGTGCGCTTCTTGTGGAATCGAAAAGACAAGAACTTGTGCTGTTGGACAATG
AGATTGTATTTAATGAAGCTATAATCGAGGAAAGAGAGCAAGGGATACAAGAGATCCAGC
AGCAAATTGGTGAGGTGCACGAGATCTTCAAAGACTTGGCTGTGCTGGTACATGATCAAG
GCACCATGATCGATGATATTGGCACTCACATCGATAACTCCCACGCTGCAACAGCACAAG
GAAGATCTCATCTCGCAAAAGCTTCGAAGACACAAAGATCGAGTTCAACTCTGATGTGCT
TGCTCATGGTGATTTTTGGTATCGTACTCCTGATTGTTATCATAGTGCTGGCGATTTGAT
TTTCAAGAACTCAAAAAACCATGGAGAAGTGCTTTCACCATCAATCTAGAGATCTTAATG
GGTGTATGTTTGTCACTTTGTTAGACTACTGGTCTTTGGTCTCTTGTTTTGGAGTATATG
GAGTAGTTGGGTTTGGTTTGGTTTGAGGGTGTCAGAGCGTGTTAAAAGTGTGTTATTGCT
TTGACTCATGTAATATATTTTGTTAAAGATCCTTAATATGTGTTTTTGAAAGT

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL9068Contig1 1037 2 2 U
GGAGACCAGACCAGCTAGAAAGACACAAGTCTTACCCTGGTTGTTCAAAGTCTCTTACTT
TCTGTCGAAATCTGAGAACTTTTATTTGAATCCAAAGAGAAAAAAAAACAGAAAGCTTTT
TTATTTTTTGCGTGCGTGTTGAATGGCGGGTTACAAAGCAGATGATGATTACGATTACCT
ATTCAAGGTAGTTCTAATCGGCGATTCAGGTGTTGGAAAGTCCAATTTAATTTCTCGATT
CACCAGGAACGAGTTTAGCCTCGAGTCCAAGTCCACCATCGGCGTCGAGTTCGCCACTCG
TAGCTTGACTGTTAACGACAAAGTCATCAAAGCCCAGATTTGGGATACCGCTGGTCAAGA
AAGGTACCGAGCGATCACTAGTGCATACTACCGAGGAGCTGTTGGTGCGCTTCTTGTCTA
CGATGTTACTCGACACTCCACGTTCGAAAACGTTGAGAGATGGCTCAGGGAGCTTCGTGA
CCATACCGATCCAAACATAGTCGTGATGCTCGTGGGAAACAAATCTGATCTCCGTCATCT
TATTGCGGTTCAAACCGAAGATGCCAAGTCTTTTGCGGAGAAAGAGTCAGTCTACTTCAT
GGAAACCTCAGCTCTCGAGTCTACTAACGTCGAGAACGCGTTTTCTGAAGTACTCACTCA
GATTCGCCAAGTTGTGAGCAAGAAAGCAATGGAGGCTGGTGGTGGTGACGATTCGAATTC
GGGTAATGTTCCTTCTAAAGGAGAGAAGATTGATATTGATGTATCGGCTGTGAAGAAAAC
TGGTTGCTGCTCGAGCTAAAAAACACTCGTTAGTCTCTTGCAGATTGTTACGGATTTGGT
CTGTTTCCTTGATCGTTCTTTTATACATTCAAAATTCTTTTGAAGATGTCTGTCTTTTTT
TTTTATAATTAGGAAACAAGCAATGTTATGCTTTGCTTGAAAACTGCTTTGCTGTGGTTC
TGGTTCTGGTTCTGTACTGGTTAAGCAATTTTGTAATTTAACTTGTTTTGGTCTATGGTT
TATTCACCTTGTCTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1BD03TF U 1
AF RR1BD03JQ C 244
BS 1 690 RR1BD03TF
BS 691 1037 RR1BD03JQ

RD RR1BD03TF 690 0 0
GGAGACCAGACCAGCTAGAAAGACACAAGTCTTACCCTGGTTGTTCAAAGTCTCTTACTT
TCTGTCGAAATCTGAGAACTTTTATTTGAATCCAAAGAGAAAAAAAAACAGAAAGCTTTT
TTATTTTTTGCGTGCGTGTTGAATGGCGGGTTACAAAGCAGATGATGATTACGATTACCT
ATTCAAGGTAGTTCTAATCGGCGATTCAGGTGTTGGAAAGTCCAATTTAATTTCTCGATT
CACCAGGAACGAGTTTAGCCTCGAGTCCAAGTCCACCATCGGCGTCGAGTTCGCCACTCG
TAGCTTGACTGTTAACGACAAAGTCATCAAAGCCCAGATTTGGGATACCGCTGGTCAAGA
AAGGTACCGAGCGATCACTAGTGCATACTACCGAGGAGCTGTTGGTGCGCTTCTTGTCTA
CGATGTTACTCGACACTCCACGTTCGAAAACGTTGAGAGATGGCTCAGGGAGCTTCGTGA
CCATACCGATCCAAACATAGTCGTGATGCTCGTGGGAAACAAATCTGATCTCCGTCATCT
TATTGCGGTTCAAACCGAAGATGCCAAGTCTTTTGCGGAGAAAGAGTCAGTCTACTTCAT
GGAAACCTCAGCTCTCGAGTCTACTAACGTCGAGAACGCGTTTTCTGAAGTACTCACTCA
GATTCGCCAAGTTGTGAGCAAGAAAGCAAT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR1BD03JQ 794 0 0
CAGGAACGAGTTTAGCCTCGAGTCCAAGTCCACCATCGGCGTCGAGTTCGCCACTCGTAG
CTTGACTGTTAACGACAAAGTCATCAAAGCCCAGATTTGGGATACCGCTGGTCAAGAAAG
GTACCGAGCGATCACTAGTGCATACTACCGAGGAGCTGTTGGTGCGCTTCTTGTCTACGA
TGTTACTCGACACTCCACGTTCGAAAACGTTGAGAGATGGCTCAGGGAGCTTCGTGACCA
TACCGATCCAAACATAGTCGTGATGCTCGTGGGAAACAAATCTGATCTCCGTCATCTTAT
TGCGGTTCAAACCGAAGATGCCAAGTCTTTTGCGGAGAAAGAGTCAGTCTACTTCATGGA
AACCTCAGCTCTCGAGTCTACTAACGTCGAGAACGCGTTTTTTGAAGTACTCACTCAGAT
TCGCCAAGTTGTGAGCAAGAAAGCAATGGAGGCTGGTGGTGGTGACGATTCGAATTCGGG
TAATGTTCCTTCTAAAGGAGAGAAGATTGATATTGATGTATCGGCTGTGAAGAAAACTGG
TTGCTGCTCGAGCTAAAAAACACTCGTTAGTCTCTTGCAGATTGTTACGGATTTGGTCTG
TTTCCTTGATCGTTCTTTTATACATTCAAAATTCTTTTGAAGATGTCTGTCTTTTTTTTT
TATAATTAGGAAACAAGCAATGTTATGCTTTGCTTGAAAACTGCTTTGCTGTGGTTCTGG
TTCTGGTTCTGTACTGGTTAAGCAATTTTGTAATTTAACTTGTTTTGGTCTATGGTTTAT
TCACCTTGTCTTCG

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL9069Contig1 600 2 1 U
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TCACCTGCTGTTCATGTTCATCATACCGATCAAGATTCTCACATGGATCAGGGAAGATGG
TCCCCACCACACGCCCTTGCACGTAAGCACACTGGAATATGCCCTTTTTCTTGTACGTTA
CCCCCACCGACATGTCCCTGAAGCCCTGAACGTTACGTTGCTAACCGGAATCTCTTTGCT
TCCTTGGATACGCACCGGCACGCGCACTCCCTGGCCGTATATCCCCGTGTAGTTAATGTT
CTCGAGCACCGGGAAGGCTCGAGGGTCGAATTCACCGTCGGGGTGCTCGTTGTAGTCGGT
TTTTATCACGACGCCGACTCTCAGCTCATCGAACGTGACGTTCCTGAACGTTATATCTAT
TGAAGCCCAAAGTAAAGCCCAAGTTTATTATCCATTTGAAGCTTTTGTAGTCCATGTAAC
TAGAGTTTTAGATTGTTATATATATGCTGTAATGTGTTTTGATGAATGCAACCAAGGCTG
CCATTGTTGCAGCCACTCTCTCAAAACCTTTATGATATTAATAGAATATTTGTGTTTTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1AO23JQ C 1
AF RR1AO23TF U 1
BS 1 600 RR1AO23TF

RD RR1AO23JQ 600 0 0
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TCACCTGCTGTTCATGTTCATCATACCGATCAAGATTCTCACATGGATCAGGGAAGATGG
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TCCTTGGATACGCACCGGCACGCGCACTCCCTGGCCGTATATCCCCGTGTAGTTAATGTT
CTCGAGCACCGGGAAGGCTCGAGGGTCGAATTCACCGTCGGGGTGCTCGTTGTAGTCGGT
TTTTATCACGACGCCGACTCTCAGCTCATCGAACGTGACGTTCCTGAACGTTATATCTAT
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QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1AO23TF 600 0 0
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TCACCTGCTGTTCATGTTCATCATACCGATCAAGATTCTCACATGGATCAGGGAAGATGG
TCCCCACCACACGCCCTTGCACGTAAGCACACTGGAATATGCCCTTTTTCTTGTACGTTA
CCCCCACCGACATGTCCCTGAAGCCCTGAACGTTACGTTGCTAACCGGAATCTCTTTGCT
TCCTTGGATACGCACCGGCACGCGCACTCCCTGGCCGTATATCCCCGTGTAGTTAATGTT
CTCGAGCACCGGGAAGGCTCGAGGGTCGAATTCACCGTCGGGGTGCTCGTTGTAGTCGGT
TTTTATCACGACGCCGACTCTCAGCTCATCGAACGTGACGTTCCTGAACGTTATATCTAT
TGAAGCCCAAAGTAAAGCCCAAGTTTATTATCCATTTGAAGCTTTTGTAGTCCATGTAAC
TAGAGTTTTAGATTGTTATATATATGCTGTAATGTGTTTTGATGAATGCAACCAAGGCTG
CCATTGTTGCAGCCACTCTCTCAAAACCTTTATGATATTAATAGAATATTTGTGTTTTCG

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL9070Contig1 740 2 6 U
GGGAATCGTATAATAATAAACACGAGAATCGGTCAGTGGCTCGCCGGTGTCCTCTCCACC
AGGATCAACTCTCTCGACGTCAAAATCGAGACCAAAACCAAGGATAATGTGTTTGTGCAG
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CTTCAGAACCCTCGAGAGCAGATCCAAGCTTACGTTTTTGATGTGGTTAGAGCTTTGGTT
CCAATGATGACGCTAGACGCTCTTTTTGAACAAAAGGGAGAAGTCGCCAAGTCTGTTCTT
GAAGAACTCGACAAGGTGATGGGTGCTTATGGATACAGCATTGAACACATTCTCATGGTT
GACATTATTCCTGATCCTTCTGTTCGCAAGGCCATGAATGAGATCACGCAGTACTTTGAC
ACCATGAGAGCCCTCGGAAGCTCATCTAAGAACACAACCGTGTTTCTTCCTCACGGTCCG
GGGCACGTGAGGGAAATCAGCGACCAGATTCGTAACGGTTTGATGGAGGCGTCCAGTGCT
CGTGTCGGCGACGAGGTTTAAAGTGAGATTCACTTGGGGTTGTGAATCTATCTATATTCG
TGGGTTTGGGGTTCTTTGATTATGGTTTTAATTACGGTTTAGCACTTGGGGATGTGTGAA
TTTATTTGGATGTTGCTTCCTTTTTTATGTTTATGGTTTTATTAATGATATAAATAATAA
CCCAAAGTACTTTGAACTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1G710TF U 1
AF RR1G710JQ C 91
BS 1 636 RR1G710TF
BS 637 637 RR1G710JQ
BS 638 685 RR1G710TF
BS 686 686 RR1G710JQ
BS 687 699 RR1G710TF
BS 700 740 RR1G710JQ

RD RR1G710TF 702 0 0
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CTTCAGAACCCTCGAGAGCAGATCCAAGCTTACGTTTTTGATGTGGTTAGAGCTTTGGTT
CCAATGATGACGCTAGACGCTCTTTTTGAACAAAAGGGAGAAGTCGCCAAGTCTGTTCTT
GAAGAACTCGACAAGGTGATGGGTGCTTATGGATACAGCATTGAACACATTCTCATGGTT
GACATTATTCCTGATCCTTCTGTTCGCAAGGCCATGAATGAGATCACGCAGTACTTTGAC
ACCATGAGAGCCCTCGGAAGCTCATCTAAGAACACAACCGTGTTTCTTCCTCACGGTCCG
GGGCACGTGAGGGAAATCAGCGACCAGATTCGTAACGGTTTGATGGAGGCGTCCAGTGCT
CGTGTCGGCGACGAGGTTTAAAGTGAGATTCACTTGGGGTTGTGAATCTATCTATATTCG
TGGGTTTGGGGTTCTTTGATTATGGTTTTAATTACG*TTTAGCACTTGGGGATGTGTGAA
TTTATTTGGATGTTGCTTCCTTTTT*ATGTTTATGGTTT
ATT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR1G710JQ 650 0 0
ACCAAAACCAAGGATAATGTGTTTGTGCAGCTGATATGCTCGATTCAGTACCGTGTGGTG
AAAGCAAACGCTGATGATGCTTTTTACGAGCTTCAGAACCCTCGAGAGCAGATCCAAGCT
TACGTTTTTGATGTGGTTAGAGCTTTGGTTCCAATGATGACGCTAGACGCTCTTTTTGAA
CAAAAGGGAGAAGTCGCCAAGTCTGTTCTTGAAGAACTCGACAAGGTGATGGGTGCTTAT
GGATACAGCATTGAACACATTCTCATGGTTGACATTATTCCTGATCCTTCTGTTCGCAAG
GCCATGAATGAGATCACGCAGTACTTTGACACCATGAGAGCCCTCGGAAGCTCATCTAAG
AACACAACCGTGTTTCTTCCTCACGGTCCGGGGCACGTGAGGGAAATCAGCGACCAGATT
CGTAACGGTTTGATGGAGGCGTCCAGTGCTCGTGTCGGCGACGAGGTTTAAAGTGAGATT
CACTTGGGGTTGTGAATCTATCTATATTCGTGGGTTTGGGGTTCTTTGATTATGGTTTTA
ATTACGGTTTAGCACTTGGGGATGTGTGAATTTATTTGGATGTTGCTTCCTTTTTTATGT
TTATGGTTTTATTAATGATATAAATAATAACCCAAAGTACTTTGAACTCC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL9071Contig1 677 2 15 U
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CATTGGATTATTCAAAGCCAAAATAGTGATATATATCCTTATGAGTGATTTTTATTAAAC
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CGGTCATGGTTCCTTTGTCTGACATGTACTTGTCTTGTCCTGAAGTGAAAGGTTGACAAT
GGGTACAGCTTGGTGGTTGTTGGTATATAGGTGGGCGGTAATATGGTACGGTTGGAGTGC
AACCACCGGTTTGGCATCCCCCAAAACCATAGCCAGGATTAACCCTGACTCCTGGAATAA
CAAAACCGGGAATCCGTGTGCCTGGAACCGTTATGGGAGGGATTGATATGCTTGGGACAA
CTACAATTGGCACACTACCACTAGAGCCACCTCCTATACCGATACCAATCCCTTCGCCTG
AGCCACTACCCTCTCCAATGCCTTCACCATATCCGCTACCTGGAGCTCCAGTGATAGGAC
CGCAGTTCGGTTGGCCATACCCGGATCCTCTTCCTTCTCCATAGCCACTGCCTCCACTAG
AGCCGATGCCTTCTCCATATCCACCGCCACTTCCATAGCCCCTACCTACACCATACCCCA
TTGGCTTAACTGTGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FR58JQ U 62
AF RR1BV90JQ U 1
BS 1 142 RR1BV90JQ
BS 143 143 RR1FR58JQ
BS 144 170 RR1BV90JQ
BS 171 171 RR1FR58JQ
BS 172 185 RR1BV90JQ
BS 186 186 RR1FR58JQ
BS 187 207 RR1BV90JQ
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BS 209 323 RR1BV90JQ
BS 324 324 RR1FR58JQ
BS 325 358 RR1BV90JQ
BS 359 359 RR1FR58JQ
BS 360 371 RR1BV90JQ
BS 372 372 RR1FR58JQ
BS 373 677 RR1BV90JQ

RD RR1FR58JQ 519 0 0
ATTGGATTATTCAAAGCCAAAATAGTGATATATATCCTTATGAGTGATTTTTATTAAACT
GTGTTTCCATGGAAAAGCTTAAACGTTCATGTCGTTCGAAGTGGGAGCAAGAGCTTCTTC
GGTCATGGTTCCTTTGTCTGACATGTACTTGTCTTGTCCTGAAGTGAAAGGTTGACAATG
GGTACAGCTTGGTGGTTGTTGGTATATAGGTGGGCGGTAATATGGTACGGTTGGAGTGCA
ACCACCGGTTTGGCATCCCCCAAAACCATAGCCAGGATTAACCCTGACTCCTGGAATAAC
AAAACCGGGAATCCGTGTGCCTGGAACCGTTATGGGAGGGATTGATATGCTTGGGACAAC
TACACTTGGCACACTACCACTAGAGCCACCTCCTATACCGATACCAATCCCTTCGCCTGA
GCCACTACCCTCTCCAATGCCTTCACCATATCCGCTACCTGGAGCTCCAGTGATAGGACC
GCAGTTCGGTTGGCCATACCCGGATCCTCTTCCTTCTCC

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR1BV90JQ 677 0 0
GCTTGCTTCTTTTAATTCTTAAGCAAATTTTCACTTATTTAAAACTTTACATTTCGGTAA
CATTGGATTATTCAAAGCCAAAATAGTGATATATATCCTTATGAGTGATTTTTATTAAAC
TGTGTATCCATGGAAAAGCTTAGACGTTCATGTCGTTCGAAGTGGGAGCAGGAGCTTCTT
CGGTCGTGGTTCCTTTGTCTGACATGTGCTTGTCTTGTCCTGAAGTGAAAGGTTGACAAT
GGGTACAGCTTGGTGGTTGTTGGTATATAGGTGGGCGGTAATATGGTACGGTTGGAGTGC
AACCACCGGTTTGGCATCCCCCAGAACCATAGCCAGGATTAACCCTGACTCCTGGAATCA
CAAAACCGGGAGTCCGTGTGCCTGGAACCGTTATGGGAGGGATTGATATGCTTGGGACAA
CTACAATTGGCACACTACCACTAGAGCCACCTCCTATACCGATACCAATCCCTTCGCCTG
AGCCACTACCCTCTCCAATGCCTTCACCATATCCGCTACCTGGAGCTCCAGTGATAGGAC
CGCAGTTCGGTTGGCCATACCCGGATCCTCTTCCTTCTCCATAGCCACTGCCTCCACTAG
AGCCGATGCCTTCTCCATATCCACCGCCACTTCCATAGCCCCTACCTACACCATACCCCA
TTGGCTTAACTGTGTGG

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL9072Contig1 636 2 9 U
GGACCCAAAACTCTGTTCGCAGCAAACCGCTCGAAAACCCTAAAACAGCACAGCAGCAGT
CGCCAGCCATGGCCAAGTCTAAGAAAGAATCCATTACCAAAGTCGAAGCAGCAGCACCAC
TTGACTCAAAGACGAAGCCATCGAAGAAAAATAAGAGAGATGCGGAAGTTGATTCAGACA
TCCCAAAGGATCCCAAGAAGCAGAAGAAAGAGTTGATTCAAGCTGTGGAAAAGGCACCAC
CACCAAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAAGAAGAATACTAATGGTGAAATGG
TGGAGGCAGAGCAGAAATCAATTGCAAAAGAACCCAAGACGCTATTTGCTGGACATCTTC
CCTTTCAAATTGAGAAATCTGACTTAGAGAAATTCTTCAAAGAAATTGGTGAAATCGTCG
ATGTTAGACTTGCTAAGGGATTCGCACATGTAGAGTTTGCTTCTGAAGAAGCTGCTCACA
AGGCATTGGAACTGAATGGTAAACCATTACTAGGCCGCAATATTCTGCTTGATTTTGCTA
AGGCGAGACCTGCTTCACGTCCAGGAAACAAAGTTAAAACGATTTTTGTTACCGGATTCA
ACAAGTCTGTGAGTGAAGATGATATGAAAACTTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR1GI63TF U 1
AF RR1F345TF U 13
BS 1 44 RR1GI63TF
BS 45 45 RR1F345TF
BS 46 379 RR1GI63TF
BS 380 380 RR1F345TF
BS 381 424 RR1GI63TF
BS 425 425 RR1F345TF
BS 426 504 RR1GI63TF
BS 505 505 RR1F345TF
BS 506 636 RR1GI63TF

RD RR1GI63TF 636 0 0
GGACCCAAAACTCTGTTCGCAGCAAACCGCTCGAAAACCCTAAA*CAGCACAGCAGCAGT
CGCCAGCCATGGCCAAGTCTAAGAAAGAATCCATTACCAAAGTCGAAGCAGCAGCACCAC
TTGACTCAAAGACGAAGCCATCGAAGAAAAATAAGAGAGATGCGGAAGTTGATTCAGACA
TCCCAAAGGATCCCAAGAAGCAGAAGAAAGAGTTGATTCAAGCTGTGGAAAAGGCACCAC
CACCAAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAAGAAGAATACTAATGGTGAAATGG
TGGAGGCAGAGCAGAAATCAATTGCAAAAGAACCCAAGACGCTATTTGCTGGACATCTTC
CCTTTCAAATTGAGAAATC*GACTTAGAGAAATTCTTCAAAGAAATTGGTGAAATCGTCG
ATGT*AGACTTGCTAAGGGATTCGCACATGTAGAGTTTGCTTCTGAAGAAGCTGCTCACA
AGGCATTGGAACTGAATGGTAAACTATTACTAGGCCGCAATATTCTGCTTGATTTTGCTA
AGGCGAGACCTGCTTCACGTCCAGGAAACAAAGTTAAAACGATTTTTGTTACCGGATTCA
ACAAGTCTGTGAGTGAAGATGATATGAAAACTTCCT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR1F345TF 624 0 0
GG
GTTCGCAGCAAACCGCTCGAAAACCCTAAAACAGCACAGCAGCAGTCGCCAGCCATGGCC
AAGTCTAAGAAAGAATCCATTACCAAAGTCGAAGCAGCAGCACCACTTGACTCAAAGACG
AAGCCATCGAAGAAAAATAAGAGAGATGCGGAAGTTGATTCAGACATCCCAAAGGATCCC
AAGAAGCAGAAGAAAGAGTTGATTCAAGCTGTGGAAAAGGCACCACCACCAAAGAAAAAG
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAAGAAGAATACTAATGGTGAAATGGTGGAGGCAGAGCAG
AAATCAATTGCAAAAGAACCCAAGACGCTATTTGCTGGACATCTTCCCTTTCAAATTGAG
AAATCTGACTTAGAGAAATTCTTCAAAGAAATTGGTGAAATCGTCGATGTTAGACTTGCT
AAGGGATTCGCACATGTAGAGTTTGCTTCTGAAGAAGCTGCTCACAAGGCATTGGAACTG
AATGGTAAACCATTACTAGGCCGCAATATTTTGCTTGATTTTGCTAAGGCGAGACCTGCT
TCACGTCCAGGAAACAAAGTTAAAACGATTTTTGTTACCGGATTCAACAAGTCTGTGAGT
GAAGATGATATGAAAACTTCCT

QA 3 624 3 624
DS 



AS 1 2

CO CL9073Contig1 720 2 2 U
GGGTTCTCCATCTGCTTTCCTCTCATCGGAGCTCCCTGGTTCTGAAGGAACCAAAGACAA
AGATTTTGATCTTGGTGGTGGAGAAACCTGAAAGATGGAAGGAGATGTGTTCTCAGGATT
CGGGGAGAGACACAACATGGACGGGAAACTGCTGCAGAGTTTCCAGAAGAGCTTTGTGGA
TGTTCAAGACATTTTGGATCAGAACCGGCTGTTGATCAACGGGATCAATCAGAACCACGA
GTCCAAACAGCCTGATAACCTGGGTCGAAACGTCGGTCTCATCAAAGAGCTCAACAACAA
CATCAGAAGAGTGGCTGGCCTTTACGGTGACCTCTCTCATTCTTTCGCAAGATCGATGGA
GGCTTCATCAGAAGGTGAATCTAGTGGAACCTTGAAATCTTCTGATGGGAAAGCTAACCA
GAAGAGGTTTAGATCCGGTTAGTGTTATATATAAACTGAGAGCCACCACCAAAAGCTGAT
TTACATTCAAAGAGTCAGAGCTAATTGATTGAAGAGAGTAAAAGAAAGAAAGAGTGTTTT
TTTTGCTACTGCAATATCTCACTGTTGGAAAATGATAGCTTCATACGTTTCACCAAAAGA
TGATTTTCAGATTAATTGTTTGTTTGTTTGTTTTACTTTGGAAAAAAAACTTGAAGAAAC
TTGTTGTAAAGTTCACACATTTGAGTTTATGATTTGGTTTCTCCACTGTGAGATTTATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1F457TF U 1
AF RR1F457JQ C 50
BS 1 648 RR1F457TF
BS 649 720 RR1F457JQ

RD RR1F457TF 648 0 0
GGGTTCTCCATCTGCTTTCCTCTCATCGGAGCTCCCTGGTTCTGAAGGAACCAAAGACAA
AGATTTTGATCTTGGTGGTGGAGAAACCTGAAAGATGGAAGGAGATGTGTTCTCAGGATT
CGGGGAGAGACACAACATGGACGGGAAACTGCTGCAGAGTTTCCAGAAGAGCTTTGTGGA
TGTTCAAGACATTTTGGATCAGAACCGGCTGTTGATCAACGGGATCAATCAGAACCACGA
GTCCAAACAGCCTGATAACCTGGGTCGAAACGTCGGTCTCATCAAAGAGCTCAACAACAA
CATCAGAAGAGTGGCTGGCCTTTACGGTGACCTCTCTCATTCTTTCGCAAGATCGATGGA
GGCTTCATCAGAAGGTGAATCTAGTGGAACCTTGAAATCTTCTGATGGGAAAGCTAACCA
GAAGAGGTTTAGATCCGGTTAGTGTTATATATAAACTGAGAGCCACCACCAAAAGCTGAT
TTACATTCAAAGAGTCAGAGCTAATTGATTGAAGAGAGTAAAAGAAAGAAAGAGTGTTTT
TTTTGCTACTGCAATATCTCACTGTTGGAAAATGATAGCTTCATACGTTTCACCAAAAGA
TGATTTTCAGATTAATTGTTTGTTTGTTTGTTTTACTTTGGAAAAAAA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR1F457JQ 671 0 0
ACCAAAGACAAAGATTTTGATCTTGGTGGTGGAGAAACCTGAAAGATGGAAGGAGATGTG
TTCTCAGGATTCGGGGAGAGACACAACATGGACGGGAAACTGCTGCAGAGTTTCCAGAAG
AGCTTTGTGGATGTTCAAGACATTTTGGATCAGAACCGGCTGTTGATCAACGGGATCAAT
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AAAGCTAACCAGAAGAGGTTTAGATCCGGTTAGTGTTATATATAAACTGAGAGCCACCAC
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AAGAGTGTTTTTTTTGCTACTGCAATATCTCACTGTTGGAAAATGATAGCTTCATACGTT
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CTTGAAGAAACTTGTTGTAAAGTTCACACATTTGAGTTTATGATTTGGTTTCTCCACTGT
GAGATTTATGT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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ACGCTGCTGCTGATCGTCTTCTCCGTCGTCGTTTCTGAAGCTTGGAGAAGAAGACACAGT
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GAAGAGCTGAGACTTCCTTCTGCTCTACAGGAAACTATGGAGTAATTACCTTCAAGGTCG
TGCATCACGGGATAAGAGCTTTTCTTATGAGGTGGTGATTGTTGATGATGGAAGCGTGGA
TGGAACAAAAAGAGTAGCTTTTGATTTCGTTAGAAAGTACACAGTTGACAACGTAAGGGT
TATACCACTCGGTAAGAACCAAGGGAAAGGAGAAGCTATTAGAAAACATTGAAATAGGGA
ATGTTGCATTCTCGTGGTGAGCTGCTTCTCATGTTGGATGCTGATGGTGCTACTAAAGTA
ACTGACCTCGAAAAACTTGAAAACCAGATCCTTGCAGTAGCTAGAGAAGAGCATTCAATC
AGAGATCCAGCATCAAAGCATGTAGATTTTAGAATAGGTGATGTGCAAGTGTGTGCATTT
GGTTCTCGTGCTCATCTTGAGGAGAAAGCTATTGCTACAAGGAAATGGTATCGCAACTTC
TTGATGAAAGGTTTCCATCTCGTGGTTCTGTTGGCTGCTGGTTCTGGAATCCGAGATACA
CAGTGTGGGTTCAAGATGTTTACTAGAGCTGCTGCTAGAAGACTATTCACAAACATCCAT
CTGAAAAGGTGGTGCTTTGATGTTGAGTTGGTGTTCCTGTGCAAGCGTTTTAATATTCCA
ATGCTTGAGATCTCTGTGAAGTGGTCTGAAATCCCGGGGTCTAAAGTGAGTATGCTGAGC
ATTCCCAACATGGTTTGGGAGCTTGCTTTGATGTCTGTGGGATACAGAACTGGCACGTGG
AAGATCTTCCATCAAGCATAAGACAAGGACACAGTCATATACATGGGAAGAATTTTCATC
GGCTTTTACTGCACAGATAGAAAAGTTTGTTGGGTTCTTTTCTTTCTTTCAATAGATGTA
AACAATAAAACCTTAACGGGATTTATATTAAACGATGTGATGGAAAAAACTACGACCGCT
GTGGCTTTTATTTACAGTACTTTAGTAATAACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1DF92TF U 1
AF RR1DF92JQ C 519
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BS 634 1235 RR1DF92JQ

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DS 

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GTCTAAAGTGAGTATGCTGAGCATTCCCAACATGGTTTGGGAGCTTGCTTTGATGTCTGT
GGGATACAGAACTGGCACGTGGAAGATCTTCCATCAAGCATAAGACAAGGACACAGTCAT
ATACATGGGAAGAATTTTCATCGGCTTTTACTGCACAGATAGAAAAGTTTGTTGGGTTCT
TTTCTTTCTTTCAATAGATGTAAACAATAAAACCTTAACGGGATTTATATTAAACGATGT
GATGGAAAAAACTACGACCGCTGTGGCTTTTATTTACAGTACTTTAGTAATAACTTC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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AAGTGGTTCAGAAAGAAAAAGATGAATCATTGCAACCTTCAGCAGAACGCCTTCATGTCG
TCCCCTGACGAATCCAGAGGATTTGTTGTTCCTGTCTCTTCCGTTGTTTGTCCTAAGCCT
CGTCGCGTTAGCATTCTCTCCAACAATGCTATTCATCTGTTTAGATCACATCCTAGTCAG
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AGAAAGGAAGAAACATTATCTGGTGTAGCTTCATCACCCCCATTTTTCCTCGGATCTCCC
CCGAGCAGAGCTTCAAACCCATTAGCTCAAGATGCACGATTTGGAGATGAAAAACTCAAC
CCTGTCTCCCCCTCGCTCTCACCATTCCTTACATCTCCATCTCCATCACCATCTCGTGTC
AAAGGAGGAGGTTGTGGTGGTCGAGTGAAGTTTGGGCTCAAACCGGCAGCTGTTAGAGTT
GAAGGATTCAACTGCTTTAACAGGGACCGCCAAAGCTCAAACATATCTGCCATGGCTTAG
AAGAGGAAAGAAGAAGGAGCAGAGATTCACAAAGTGTAAATAAAATTCCAAAATCAAGAC
TATATATCTTTGAAGATCAGTCTACATCACCAGTTAAAGGCTTTTTGACCACAGTTTTCT
TTAACTTTGAGGTCAATATTTGTGTATATATACCGTAACAACAAAGATGTGTTTATTGAG
TCTCGTTGTAACATATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FH80TF U 1
AF RR1FH80JQ C 115
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BS 617 617 RR1FH80JQ
BS 618 699 RR1FH80TF
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BS 701 717 RR1FH80TF
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BS 728 797 RR1FH80JQ

RD RR1FH80TF 727 0 0
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AAGTGGTTCAGAAAGAAAAAGATGAATCATTGCAACCTTCAGCAGAACGCCTTCATGTCG
TCCCCTGACGAATCCAGAGGATTTGTTGTTCCTGTCTCTTCCGTTGTTTGTCCTAAGCCT
CGTCGCGTTAGCATTCTCTCCAACAATGCTATTCATCTGTTTAGATCACATCCTAGTCAG
CCAGGAGCAGCTGATGTATGTGATTCTCAAGCCGGGGCAGATCTTTTGGACATCATTCGT
AGAAAGGAAGAAACATTATCTGGTGTAGCTTCATCACCCCCATTTTTCCTCGGATCTCCC
CCGAGCAGAGCTTCAAACCCATTAGCTCAAGATGCACGATTTGGAGATGAAAAACTCAAC
CCTGTCTCCCCCTCGCTCTCACCATTCCTTACATCTCCATCTCCATCACCATCTCGTGTC
AAAGGAGGAGGTTGTGGTGGTCGAGTGAAGTTTGGGCTCAAACCGGCAGCTGTTAGAGTT
GAAGGATTCAACTGCTTTAACAGGGACCGCCAAAGCTCAAACATATCTGCCATGGCTTAG
AAGAGGAAAGAAGAAG*AGCAGAGATTCACAAAGTGTAAATAAAATTCCAAAATCAAGAC
TATATATCTTTGAAGATCAGTCTACATCACCAGTTAAAG*CTTTTTGACCACAGTTT*CT
TTAACTT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR1FH80JQ 683 0 0
ATGTCGTCCCCTGACGAATCCAGAGGATTTGTTGTTCCTGTCTCTTCCGTTGTTTGTCCT
AAGCCTCGTCGCGTTAGCATTCTCTCCAACAATGCTATTCATCTGTTTAGATCACATCCT
AGTCAGCCAGGAGCAGCTGATGTATGTGATTCTCAAGCCGGGGCAGATCTTTTGGACATC
ATTCGTAGAAAGGAAGAAACATTATCTGGTGTAGCTTCATCACCCCCATTTTTCCTCGGA
TCTCCCCCGAGCAGAGCTTCAAACCCATTAGCTCAAGATGCACGATTTGGAGATGAAAAA
CTCAACCCTGTCTCCCCCTCGCTCTCACCATTCCTTACATCTCCATCTCCATCACCATCT
CGTGTCAAAGGAGGAGGTTGTGGTGGTCGAGTGAAGTTTGGGCTCAAACCGGCAGCTGTT
AGAGTTGAAGGATTCAACTGCTTTAACAGGGACCGCCAAAGCTCAAACATATCTGCCATG
GCTTAGAAGAGGAAAGAAGAAGGAGCAGAGATTCACAAAGTGTAAATAAAATTCCAAAAT
CAAGACTATATATCTTTGAAGATCAGTCTACATCACCAGTTAAAGGCTTTTTGACCACAG
TTTTCTTTAACTTTGAGGTCAATATTTGTGTATATATACCGTAACAACAAAGATGTGTTT
ATTGAGTCTCGTTGTAACATATT

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL9076Contig1 904 2 4 U
GGAAGACTGATCTTTCTTCATTCTTCTCTCCAAGCGAAACCATGGCGCTACACCTATGGC
AAACACTGAGAGAAGCGATACATGCTTACACAGGTCTCTCCCCGGTGGTCTTCTTCACCG
CCCTCGCTCTCGCCTTCGCCACTTACCAAGTCGTCTCAGGCTGGTTTGCTTCGCCTTTCG
ATGATGTTCGCCGACATCAGAGGGCTAGATCGTCAGCTGCAGAGGAAGAACCACCGATTC
CTCAGCCTGTTCAGGTCGGCGAGATCACAGAGGATGAGCTTAAGCAGTACGATGGCTCCG
ATCCTCAAAAGCCCCTTCTTATGGCCATCAAACATCAGATCTATGATGTTACTCAAAGCA
GGATGTTCTATGGACCAGGAGGACCGTATGCTTTGTTTGCAGGGAAAGACGCAAGCCGAG
CTCTTGCAAAGATGTCTTTTGAGGAGAAAGATTTGACTTGGTATATCTCTAGTCTTGGTC
CCTTTGAGCTAGAAGCTCTTCAGGACTGGGAGTACAAGTTCAAGAGCAAGTATGCTACCG
TTGGCACCGTCAAAGTGACCGGTTCAGAAGCCGAAGAAACCCCATCTGCGTCTGAACCCG
CAGAGACTGGTGAGAAAGACGCTCATGTAACCAAGCAAGAATCGGCCGTTGTGTCTAAGA
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TTCATAGAGACCAGGGGAAGTCTCAATGTAGAATCTCTGATGTTTTTGAAGTTTCAGTGA
TATGATTTTGTTTCATTATCTCAAAAACCAAGTTTGCTGGCTAATAAAGCGTTTATAAAC
CGAGAAAATTGAGAATGTGGGTCGTGGGCAGGTTTTATTTTGGATTTTGGGTCGGCCAAA
AAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR1CD84TF U 1
AF RR1CD84JQ C 171
BS 1 766 RR1CD84TF
BS 767 767 RR1CD84JQ
BS 768 779 RR1CD84TF
BS 780 904 RR1CD84JQ

RD RR1CD84TF 779 0 0
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ATCCTCAAAAGCCCCTTCTTATGGCCATCAAACATCAGATCTATGATGTTACTCAAAGCA
GGATGTTCTATGGACCAGGAGGACCGTATGCTTTGTTTGCAGGGAAAGACGCAAGCCGAG
CTCTTGCAAAGATGTCTTTTGAGGAGAAAGATTTGACTTGGTATATCTCTAGTCTTGGTC
CCTTTGAGCTAGAAGCTCTTCAGGACTGGGAGTACAAGTTCAAGAGCAAGTATGCTACCG
TTGGCACCGTCAAAGTGACCGGTTCAGAAGCCGAAGAAACCCCATCTGCGTCTGAACCCG
CAGAGACTGGTGAGAAAGACGCTCATGTAACCAAGCAAGAATCGGCCGTTGTGTCTAAGA
ATGATGAGCCTCCTACTGAGCGTGATGTGAAGAACGAGTAGATTCCTTTTCAGTGATTTT
TTCATAGAGACCAGGGGAAGTCTCAATGTAGAATCTCTGATGTTTT*GAAGTTTCAGTG

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR1CD84JQ 734 0 0
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CCACCGATTCCTCAGCCTGTTCAGGTCGGCGAGATCACAGAGGATGAGCTTAAGCAGTAC
GATGGCTCCGATCCTCAAAAGCCCCTTCTTATGGCCATCAAACATCAGATCTATGATGTT
ACTCAAAGCAGGATGTTTTATGGACCAGGAGGACCGTATGCTTTGTTTGCAGGGAAAGAC
GCAAGCCGAGCTCTTGCAAAGATGTCTTTTGAGGAGAAAGATTTGACTTGGTATATCTCT
AGTCTTGGTCCCTTTGAGCTAGAAGCTCTTCAGGACTGGGAGTACAAGTTCAAGAGCAAG
TATGCTACCGTTGGCACCGTCAAAGTGACCGGTTCAGAAGCCGAAGAAACCCCATCTGCG
TCTGAACCCGCAGAGACTGGTGAGAAAGACGCTCATGTAACCAAGCAAGAATCGGCCGTT
GTGTCTAAGAATGATGAGCCTCCTACTGAGCGTGATGTGAAGAACGAGTAGATTCCTTTT
CAGTGATTTTTTCATAGAGACCAGGGGAAGTCTCAATGTAGAATCTCTGATGTTTTTGAA
GTTTCAGTGATATGATTTTGTTTCATTATCTCAAAAACCAAGTTTGCTGGCTAATAAAGC
GTTTATAAACCGAGAAAATTGAGAATGTGGGTCGTGGGCAGGTTTTATTTTGGATTTTGG
GTCGGCCAAAAAAA

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL9077Contig1 765 2 2 U
GGAGAAACAGTTGGAGGGTACTCGCGAGAGATCAGAGATGGCGAGGTCAGTGAAACTGCT
TCTATGGAGTCTTCTTCTTCTGGGAACCATAAGCTCTATTCAGGCAAAAAAGAAGGAAAA
GATCACACACAAGGTTTATTTCGATGTCGAAATTAATGGCAAGAAGCCGGTCGTATTGTC
ATGGGTCTATTTGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCTGAAAATTTCAGAGCGTTGTGCACA
GGGGAGAAAGGAATGGGTAAGAAAAGGAAGGCTCTACATTACAAGGGGAGTTCCTTCCAT
AGGATCATACCAAGCTTTATGCTCCAGGGAGGCGACTTTACTGATGGTAATGGTATGGGT
GGTGAATCTATTTATGGCGAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAACTCAAGCATACTGGT
CCAGGGTATCTATCAATGGCAAACGCCGGTGAAGACACCAACGGATCACAGTTTTTCATC
ACAACAGTTACAACAAGCTGGTTGGACGGGAGGCACGTAGTGTTCGGGAAGGTAGTGACA
GGAATGGACGTGGTTTACAAAATCGAAGCTGAGGGTACTCGGAGTGGAACTCCTAAGAGT
AAAGTTGTGATTGTTGACAGTGGTGAGCTTCCTCTGTAACTCAACCTCTCATGTAGTTTT
CTCCATTTGATCCTCCAATACTCTGAGCTTAGTGATTGGAAGACTTTTGTTTTTAAACGA
CTCTATGTTAGCCACTTAATAAAAGATTTCAACCGTTCTGCTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FZ62TF U 1
AF RR1FZ62JQ C 99
BS 1 687 RR1FZ62TF
BS 688 765 RR1FZ62JQ

RD RR1FZ62TF 687 0 0
GGAGAAACAGTTGGAGGGTACTCGCGAGAGATCAGAGATGGCGAGGTCAGTGAAACTGCT
TCTATGGAGTCTTCTTCTTCTGGGAACCATAAGCTCTATTCAGGCAAAAAAGAAGGAAAA
GATCACACACAAGGTTTATTTCGATGTCGAAATTAATGGCAAGAAGCCGGTCGTATTGTC
ATGGGTCTATTTGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCTGAAAATTTCAGAGCGTTGTGCACA
GGGGAGAAAGGAATGGGTAAGAAAAGGAAGGCTCTACATTACAAGGGGAGTTCCTTCCAT
AGGATCATACCAAGCTTTATGCTCCAGGGAGGCGACTTTACTGATGGTAATGGTATGGGT
GGTGAATCTATTTATGGCGAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAACTCAAGCATACTGGT
CCAGGGTATCTATCAATGGCAAACGCCGGTGAAGACACCAACGGATCACAGTTTTTCATC
ACAACAGTTACAACAAGCTGGTTGGACGGGAGGCACGTAGTGTTCGGGAAGGTAGTGACA
GGAATGGACGTGGTTTACAAAATCGAAGCTGAGGGTACTCGGAGTGGAACTCCTAAGAGT
AAAGTTGTGATTGTTGACAGTGGTGAGCTTCCTCTGTAACTCAACCTCTCATGTAGTTTT
CTCCATTTGATCCTCCAATACTCTGAG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR1FZ62JQ 667 0 0
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GCAAGAAGCCGGTCGTATTGTCATGGGTCTATTTGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCTGA
AAATTTCAGAGCGTTGTGCACAGGGGAGAAAGGAATGGGTAAGAAAAGGAAGGCTCTACA
TTACAAGGGGAGTTCCTTCCATAGGATCATACCAAGCTTTATGCTCCAGGGAGGCGACTT
TACTGATGGTAATGGTATGGGTGGTGAATCTATTTATGGCGAGAAGTTTGCTGATGAGAA
CTTCAAACTCAAGCATACTGGTCCAGGGTATCTATCAATGGCAAACGCCGGTGAAGACAC
CAACGGATCACAGTTTTTCATCACAACAGTTACAACAAGCTGGTTGGACGGGAGGCACGT
AGTGTTCGGGAAGGTAGTGACAGGAATGGACGTGGTTTACAAAATCGAAGCTGAGGGTAC
TCGGAGTGGAACTCCTAAGAGTAAAGTTGTGATTGTTGACAGTGGTGAGCTTCCTCTGTA
ACTCAACCTCTCATGTAGTTTTCTCCATTTGATCCTCCAATACTCTGAGCTTAGTGATTG
GAAGACTTTTGTTTTTAAACGACTCTATGTTAGCCACTTAATAAAAGATTTCAACCGTTC
TGCTTGT

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL9078Contig1 1113 2 8 U
GATCAACATCAAGCATGATTCGAGGCTCGAGGGGCTCGTCAAGATGGCAGATCTGACGAT
CAATCTCGCTGCGATCTGTACGCCAGCGGATTACAATACGCGTCCTCTTGACACTATCTA
CAGCAATTTCATCGATGCTCTCCCTGTGGTTAAGTACTGCTCGGAGAACAACAAGCGTCT
TATTCATTTCTCCACTTGTGAAGTCTATGGGAAAACTATTGGTAGCTTTCTTCCAAAGGA
TCATCCTCTGCGTCAGGATCCTGATTTTTATGTACTCAAAGAAGATACGTCTCCTTGCAT
TTTTGGTTCTATTGAGAAGCAGAGGTGGTCATATGCTTGTGCTAAGCAACTGATTGAGAG
ACTTGTTTATGCTGAGGGTGCTGAGAATGGACTTGAGTTCACCATTGTGAGACCGTTTAA
CTGGATTGGACTTAGGATGGATTTCATCCCTGGCATTGATGGTCCCAGCGAGGGTGTCCC
TCGTGTCCTAGCGTGCTTCAGCAACAACCTTCTGAGGCGCGAGCCTCTTAAGCTTGTGGA
TGGTGGTGAATCACAGAGAACTTTCATCTACATCAAAGATGCCATTGAAGCTGTCCTCTT
GATGATTGAAAACCCAGAGAGAGCCAATGGGCATATCTTCAATGTAGGAAACCCAAACAA
TGAAGTGACAGTAAGGCAGCTTGCGGAAATGATGACTAAGGTCTACTCAAAAGTGAGTGG
AGAGACGGCTATAGAGAGTCCAACTATAGATGTGAGCTCCAAAGAATTCTATGGAGAAGG
TTATGATGACAGCGACAAGAGAATCCCAGACATGACCATCATCAACCGTCAACTTGGATG
GAACCCGAAGACATCTCTTTGGGACTTGCTTGAGTCGACCTTAACATACCAGCACAGGAC
CTATGCTGAAGCTGTTAAGAAGGCCACTTCAAAACCAGTCGCATCTTAGAGGTCATCATC
ACCTCGAACCATTTGGCGGCTACTATTTCCATTATTTTTGTTTCTACACAATATTTCCCT
TAATAGGCCACTCACTCTAAGCGAATGATATATCATATGGTGGTTGGTTCTAGTTAACGT
TTTATTGTTATATAGAGTATTACTGTTAATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1FB44TF U 1
AF RR1FB44JQ C 391
BS 1 478 RR1FB44TF
BS 479 479 RR1FB44JQ
BS 480 647 RR1FB44TF
BS 648 648 RR1FB44JQ
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BS 676 676 RR1FB44JQ
BS 677 688 RR1FB44TF
BS 689 1113 RR1FB44JQ

RD RR1FB44TF 696 0 0
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CAATCTCGCTGCGATCTGTACGCCAGCGGATTACAATACGCGTCCTCTTGACACTATCTA
CAGCAATTTCATCGATGCTCTCCCTGTGGTTAAGTACTGCTCGGAGAACAACAAGCGTCT
TATTCATTTCTCCACTTGTGAAGTCTATGGGAAAACTATTGGTAGCTTTCTTCCAAAGGA
TCATCCTCTGCGTCAGGATCCTGATTTTTATGTACTCAAAGAAGATACGTCTCCTTGCAT
TTTTGGTTCTATTGAGAAGCAGAGGTGGTCATATGCTTGTGCTAAGCAACTGATTGAGAG
ACTTGTTTATGCTGAGGGTGCTGAGAATGGACTTGAGTTCACCATTGTGAGACCGTTTAA
CTGGATTGGACTTAGGATGGATTTCATCCCTGGCATTGATGGTCCCAGCGAGGGTGTCTC
TCGTGTCCTAGCGTGCTTCAGCAACAACCTTCTGAGGCGCGAGCCTCTTAAGCTTGTGGA
TGGTGGTGAATCACAGAGAACTTTCATCTACATCAAAGATGCCATTGAAGCTGTCCTCTT
GATGATTGAAAACCCAGAGAGAGCCAATGGGCATATCTTCAATGTAG*AAACCCAAACAA
TGAAGTGACAGTAAG*CAGCTTGCGGAA
TGATGACT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR1FB44JQ 723 0 0
ACTTGAGTTCACCATTGTGAGACCGTTTAACTGGATTGGACTTAGGATGGATTTCATCCC
TGGCATTGATGGTCCCAGCGAGGGTGTCCCTCGTGTCCTAGCGTGCTTCAGCAACAACCT
TCTGAGGCGCGAGCCTCTTAAGCTTGTGGATGGTGGTGAATCACAGAGAACTTTCATCTA
CATCAAAGATGCCATTGAAGCTGTCCTCTTGATGATTGAAAACCCAGAGAGAGCCAATGG
GCATATCTTCAATGTAGGAAACCCAAACAATGAAGTGACAGTAAGGCAGCTTGCGGAAAT
GATGACTAAGGTCTACTCAAAAGTGAGTGGAGAGACGGCTATAGAGAGTCCAACTATAGA
TGTGAGCTCCAAAGAATTCTATGGAGAAGGTTATGATGACAGCGACAAGAGAATCCCAGA
CATGACCATCATCAACCGTCAACTTGGATGGAACCCGAAGACATCTCTTTGGGACTTGCT
TGAGTCGACCTTAACATACCAGCACAGGACCTATGCTGAAGCTGTTAAGAAGGCCACTTC
AAAACCAGTCGCATCTTAGAGGTCATCATCACCTCGAACCATTTGGCGGCTACTATTTCC
ATTATTTTTGTTTCTACACAATATTTCCCTTAATAGGCCACTCACTCTAAGCGAATGATA
TATCATATGGTGGTTGGTTCTAGTTAACGTTTTATTGTTATATAGAGTATTACTGTTAAT
GTT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL9081Contig1 764 2 2 U
GGGTCACTCTTTCTATTTCTGAAAAAATAATACTACTATACTAAAATGGGGCTTTCCCGG
GGACATGTTGTGTGTATAGTGTTAATAATAATGGCAATGGGAATGTTTGGAGAATCTTTA
GCCTCGTCGCTCCACAAGGTGAGTGACTCCGCCGGATGGACAACTCTCGGCAAAGTCGAC
TATCAAAAATGGACTTCTTCCGACATTTTCACCCCCGGAGATTCTCTATTATTCGTTTAC
AACACCCTGTTTCACAACGTCAAGCAAGTGAGCCGCCGTGACTTCCTCTCCTGCAATGCC
ACTTCAGCCTTAGCCACCTACAGTTCCGGTTCCGATAAGGTGGCTCTTAAGACACCCGGC
CACTACTACTTCCTCTGCAGCTTTCCTGGCCACTGCCAAGCTGGTCAGAAGCTCCATGTC
CTCGTCGTCGCCCCCACCACGGCCAGTCCCAGTCTCAGTCCGGATCCATCCCCTATTCCC
TCACCTTCCACCGGGTTGTCTCCATCTCCCTCTCCGGCCACTGTTTCCGAAGACTCCGCT
CAAAACGGTGCCATTTCATTTTCAGTGTCACTGTCCACCGCTATGAGTGGTGTTGTCGTG
TTTCTGGTGGCATTGATGCTATATTAATCAAGAAAGTTGTTCATGCCGTGTTTTTTTTTG
TTACCTATTCATATCATGTTTTGTGTTTGTGTTTTTACTTTTTTACTTTTTTTTCAATAT
CGCTTTCTTTTTAAAAATATATAATGATTAAAGCATTTGGTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1FT85TF U 1
AF RR1FT85JQ C 53
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RD RR1FT85TF 656 0 0
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GGACATGTTGTGTGTATAGTGTTAATAATAATGGCAATGGGAATGTTTGGAGAATCTTTA
GCCTCGTCGCTCCACAAGGTGAGTGACTCCGCCGGATGGACAACTCTCGGCAAAGTCGAC
TATCAAAAATGGACTTCTTCCGACATTTTCACCCCCGGAGATTCTCTATTATTCGTTTAC
AACACCCTGTTTCACAACGTCAAGCAAGTGAGCCGCCGTGACTTCCTCTCCTGCAATGCC
ACTTCAGCCTTAGCCACCTACAGTTCCGGTTCCGATAAGGTGGCTCTTAAGACACCCGGC
CACTACTACTTCCTCTGCAGCTTTCCTGGCCACTGCCAAGCTGGTCAGAAGCTCCATGTC
CTCGTCGTCGCCCCCACCACGGCCAGTCCCAGTCTCAGTCCGGATCCATCCCCTATTCCC
TCACCTTCCACCGGGTTGTCTCCATCTCCCTCTCCGGCCACTGTTTCCGAAGACTCCGCT
CAAAACGGTGCCATTTCATTTTCAGTGTCACTGTCCACCGCTATGAGTGGTGTTGTCGTG
TTTCTGGTGGCATTGATGCTATATTAATCAAGAAAGTTGTTCATGCCGTGTTTTTT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR1FT85JQ 712 0 0
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AATCTTTAGCCTCGTCGCTCCACAAGGTGAGTGACTCCGCCGGATGGACAACTCTCGGCA
AAGTCGACTATCAAAAATGGACTTCTTCCGACATTTTCACCCCCGGAGATTCTCTATTAT
TCGTTTACAACACCCTGTTTCACAACGTCAAGCAAGTGAGCCGCCGTGACTTCCTCTCCT
GCAATGCCACTTCAGCCTTAGCCACCTACAGTTCCGGTTCCGATAAGGTGGCTCTTAAGA
CACCCGGCCACTACTACTTCCTTTGCAGCTTTCCTGGCCACTGCCAAGCTGGTCAGAAGC
TCCATGTCCTCGTCGTCGCCCCCACCACGGCCAGTCCCAGTTTCAGTCCGGATCCATCCC
CTATTCCCTCACCTTCCACCGGGTTGTCTCCATCTCCCTCTCCGGCCACTGTTTCCGAAG
ACTCCGCTCAAAACGGTGCCATTTCATTTTCAGTGTCACTGTCCACCGCTATGAGTGGTG
TTGTCGTGTTTCTGGTGGCATTGATGCTATATTAATCAAGAAAGTTGTTCATGCCGTGTT
TTTTTTTGTTACCTATTCATATCATGTTTTGTGTTTGTGTTTTTACTTTTTTACTTTTTT
TTCAATATCGCTTTCTTTTTAAAAATATATAATGATTAAAGCATTTGGTATG

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL9082Contig1 651 2 2 U
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TTCACAGGAGATGGTTCGATGTTTTTCGGACGGAACAAAACAACAATATCAATGGATCTA
TCGAGGAATTTGTTTGAATTCGATCTCTCCAAGGTTAAGTTCGCTAGGAGCATAGTTGAT
TTGGATCTGAGCCATAACCGAATCTTCGGGAACCTTCCTAGGGAACTGATCGAGCTACGC
GATCCCAAGCTTTTCAACGTTAGTTACAATCGTCTCTGCGGAAAAGTCCCACGTGGTGGT
CTCCTTCAGACCTTCAAATCATATGAGTTCGCTCACAACCGCTGTCTTTGTGGAACTCCT
CTCAAGGCTTGTTAAATGGTCTGAGAACAAATAATTATGTCTTTATCTGTATGATGATGA
TCAGGTGTTAATTTCAGTCAAATGAATTGTTGCTTTTAATAAATTAATGTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1FF17TF U 1
AF RR1FF17JQ C 1
BS 1 600 RR1FF17TF
BS 601 651 RR1FF17JQ

RD RR1FF17TF 600 0 0
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TTGGATCTGAGCCATAACCGAATCTTCGGGAACCTTCCTAGGGAACTGATCGAGCTACGC
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CTCAAGGCTTGTTAAATGGTCTGAGAACAAATAATTATGTCTTTATCTGTATGATGATGA

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR1FF17JQ 651 0 0
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TTATTATTATTATTGAAAATTTAATAAATCATAGTATTCAATAACGTTGCCCTGACAGGA
AAAATACCGGAGTCGTTGTCAAAGAACGACTTTAACGGAGTATTTCTGTCGAAAAACAGA
TTCACAGGAGATGGTTCGATGTTTTTCGGACGGAACAAAACAACAATATCAATGGATCTA
TCGAGGAATTTGTTTGAATTCGATCTCTCCAAGGTTAAGTTCGCTAGGAGCATAGTTGAT
TTGGATTTGAGCCATAACCGAATCTTCGGGAACCTTCCTAGGGAACTGATCGAGCTACGC
GATCCCAAGCTTTTCAACGTTAGTTACAATCGTCTCTGCGGAAAAGTCCCACGTGGTGGT
CTCCTTCAGACCTTCAAATCATATGAGTTCGCTCACAACCGCTGTCTTTGTGGAACTCCT
CTCAAGGCTTGTTAAATGGTCTGAGAACAAATAATTATGTCTTTATCTGTATGATGATGA
TCAGGTGTTAATTTCAGTCAAATGAATTGTTGCTTTTAATAAATTAATGTT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL9083Contig1 784 2 2 U
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CTACGCGAACTGGGCGGAACTTCCGCCGGAGCTGACGTCATCGATTCTTCACCGTCTCGG
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AGACCCCTCGATGTGGCGCAAAATCGACATGCACAACCTCGGAGACTGTGAAGACATGTA
CTACGAGAAATTGTGCCGTCACGCAGTTGATCTTAGCCGTGGCGAGTTGGCTGAGATCAA
CCTCTGCCACTTCGCTACTGATTCTCTCCTCAATTACATCGCCGATAGTTCAAGTAACCT
GAGAAGCCTTAAAGTTGCAATGTGCTATGAAATAACAAGCGAGGGGCTTATGGAAGCAGT
TGCGAAACTTCCCTTGCTTGAAGTACTCGAGGTTTCATACTGCTCAGTATCAGGAGAGTC
TCTCAAAGTTTTAGGAAAGTCTTGTCCAAATCTCAAGACTCTGAAGAAAAACTGCGTGGG
TTACAAACGTCCTCGAGACGAGTGCGATGATGTTGCTCTGGCAATCGCTGAAACTATGCC
CGGACTTTGCCACCTCCAGCTTTTCGGGGACAGGTTAACAGACGCTGGGTTAAACGCCAT
TCTTGACGTTGTCCTAACTTGGAACATCTTTATCTGCGCAGTGTTTCACGTTGACTTGTT
GGGGATCTGGAGAAGCGGTGTCTTGAGAAGATAAAGTTGTGAGACGCCTAATGACTCGGT
CATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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10 10 10 10 

AF RR1D712TF U 1
AF RR1FU32TF U 59
BS 1 666 RR1D712TF
BS 667 784 RR1FU32TF

RD RR1D712TF 666 0 0
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CTACGCGAACTGGGCGGAACTTCCGCCGGAGCTGACGTCATCGATTCTTCACCGTCTCGG
CGCGATCGAGATAGTGGAAAACGCACAGAAAGTGTGCAGATCGTGGCGTCGCGTTTGTAA
AGACCCCTCGATGTGGCGCAAAATCGACATGCACAACCTCGGAGACTGTGAAGACATGTA
CTACGAGAAATTGTGCCGTCACGCAGTTGATCTTAGCCGTGGCGAGTTGGCTGAGATCAA
CCTCTGCCACTTCGCTACTGATTCTCTCCTCAATTACATCGCCGATAGTTCAAGTAACCT
GAGAAGCCTTAAAGTTGCAATGTGCTATGAAATAACAAGCGAGGGGCTTATGGAAGCAGT
TGCGAAACTTCCCTTGCTTGAAGTACTCGAGGTTTCATACTGCTCAGTATCAGGAGAGTC
TCTCAAAGTTTTAGGAAAGTCTTGTCCAAATCTCAAGACTCTGAAGAAAAACTGCGTGGG
TTACAAACGTCCTCGAGACGAGTGCGATGATGTTGCTCTGGCAATCGCTGAAACTATGCC
CGGACTTTGCCACCTCCAGCTTTTCGGGGACAGGTTAACAGACGCTGGGTTAAACGCCAT
TCTTGA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1FU32TF 726 0 0
GACTACGCGAACTGGGCGGAACTTCCGCCGGAGCTGACGTCATCGATTCTTCACCGTCTC
GGCGCGATCGAGATAGTGGAAAACGCACAGAAAGTGTGCAGATCGTGGCGTCGTGTTTGT
AAAGACCCCTCGATGTGGCGCAAAATCGACATGCACAACTTCGGAGACTGTGAAGACATG
TACTACGAGAAATTGTGCCGTCACGCAGTTGATCTTAGCCGTGGCGAGTTGGTTGAGATC
AACCTCTGCCACTTCGCTACTGATTCTCTCCTCAATTACATCGCCGATAGTTCAAGTAAC
CTGAGAAGCCTTAAAGTTGCAATGTGCTATGAAATAACAAGCGAGGGGCTTATGGAAGCA
GTTGCGAAACTTCCCTTGCTTGAAGTACTCGAGGTTTCATACTGCTCAGTATCAGGAGAG
TCTCTCAAAGTTTTAGGAAAGTCTTGTCCAAATCTCAAGACTCTGAAGAAAAACTGCGTG
GGTTACAAACGTCCTCGAGACGAGTGCGATGATGTTGCTCTGGCAATCGCTGAAACTATG
CCCGGACTTTGCCACCTCCAGCTTTTCGGGGACAGGTTAACAGACGCTGGGTTAAACGCC
ATTCTTGACGTTGTCCTAACTTGGAACATCTTTATCTGCGCAGTGTTTCACGTTGACTTG
TTGGGGATCTGGAGAAGCGGTGTCTTGAGAAGATAAAGTTGTGAGACGCCTAATGACTCG
GTCATG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL9084Contig1 734 2 6 U
GGAATCTTCGTTTACACAATAGCTTCGCTCAATCATCGTGACTCTTGGGATCTTGAATCC
TCCGACTATCGCCTCTAGGAGATACATTTGTACAAGTACGTCGTCGACACATAACCTTCG
TTTACTTCTCTCTCCCTGACCCAATCGCTAACTCACCGACGAAACCTCGCTGTTTATAGG
CGGAATCTACTCTTTGTTGTTACAGTAGCTCAATCCATGGAATCCTAAATATGACTATCT
GTTCAAGCTTTTGCTCATTGGTGATTCTGATGTTGACAAATCATGCCTGCTTCTAAGGTT
TTCTAAAATCCACACTGTCGAATAAGATGGAAAAACTATCAAGTCATGTGAGATCACTCA
GTTTGAATTTTGTACGCTCACTCTGTTTAGTATTATCGCAGTGGGACACAGCAGACCAAG
AAAGCTTCAACAATGTCAAGCAATCGCTGAACGAAATCAACTGCTACGCCAGTGAGAATG
TGAACAAGCTACAGGGAACAAGTGAGATCTCACGTCACAGAAAGTTGTATCCCTGAAACT
GCCAAGGCTTCGCAGATGAACTTGGGATCCCGTTCTTGGAGACACGTGCCAAGAATACTA
CCATTGTCGAAGAAGCTTTAATTACCAAGTTAGAGCTTGATTGATGCATAAAAGATGAAA
AATATAAGAAAAGGGTGAACTTTATAGAAGTTTCATATGAAATGAATACAACAAGATCAA
AATTAGTTGCACAG


BQ
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AF RR1GP68TF U 1
AF RR1GP68JQ C 104
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TTCTAAAATCCACACTGTCGAATAAGATGGAAAAACTATCAAGTCATGTGAGATCACTCA
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AAAGCTTCAACAATGTCAAGCAATCGCTGAACGAAATCAACTGCTACGCCAGTGAGAATG
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GCCAAGGCTTCGCAGATGAACTTGGGATCCCGTTCTTGGAGACACGTGCCAAGAATACTA
CCATTGTCGAAGAAGCTTTAATTACCAAGTTAGAGCTTGATTGATGCATAAAAGATGAAA
AATATAAGAAAAGG*TGA*CTTTATAGAAGTTTCATATGAAATGA
TACACAAGA

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ACGTGCCAAGAATACTACCATTGTCGAAGAAGCTTTAATTACCAAGTTAGAGCTTGATTG
ATGCATAAAAGATGAAAAATATAAGAAAAGGGTGAACTTTATAGAAGTTTCATATGAAAT
GAATACAACAAGATCAAAATTAGTTGCACAG

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FK58JQ C 1
AF RR1FK58TF U 1
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ACATTAATTGTGAAACCTTTGGATTGAGTAGTTGAAGTTTTTAAATTTCCCTTTG

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DS 

RD RR1FK58TF 595 0 0
GGAGATTCGCTGCTTTGCTCTTCCTGATCTCGTTTCTAACTATTTGCAATGGGTTCGTCT
GAGAAGAGATCAAAGGATGCCATGAGTGACATACCAACCTTCAGTGGAGAGAATCTTCAG
AAGAATTTGAAAGTCATACAGAACAGCCGGACGTTTCTGTCTATCATCGCTGGAGTCCTT
GCGGGGATTATTGGATTCACGGGGTTGACTGGTTTTGTGTTTTACTTTGTGGTGATGTTG
ATCACATCTGTTGGACTCATGGCTAAGGCAGGATTCTCCGCAGACTTGTACTTTGATTCG
TGGAATCGTGTTCTTTTTGACGGCTTTCTTGGTGGCCTTATGTCTTTTGTGCTGTTCTGG
ACATTTGCTTATGACTTGGTGCACATATTCTAAAGGAATCTTCAGCTGCAAATGAAGATG
GTGAAACAACAGACAAGACTAAGTGATTTAACTTATTGGACGATGTTTCTCTGCCTCCCT
TTTTGAACAACAGATTATGAATCTATTACTTTCCCTTTGTTTCAAATTTTACTTGAGATC
ACATTAATTGTGAAACCTTTGGATTGAGTAGTTGAAGTTTTTAAATTTCCCTTTG

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

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AAGAGTGACATATACAGCTTTGGTGTCCTGCTTCTAGAAGCTATAACTGGAAGAGATCCT
GTTGATTATGAACGTCCAGCTAATGAGGTGAATCTAGTTGAGTGGCTAAAGATGATGGTT
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GCTTTGAAACGTGCACTTCTTGTTGCCTTGAGATGTTTAGATCCCGATTCAGAGAAACGA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GU80TF U 1
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GCTTTGAAACGTGCACTTCTTGTTGCCTTGAGATGTTTAGATCCCGATTCAGAGAAACGA
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TCATGGGCACTTTTGGGTATGTCGCACCTGAATATGCTAATACAGGTCTACTAAACGAGA
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TTGATTATGAACGTCCAGCTAATGAGGTGAATCTAGTTGAGTGGCTAAAGATGATGGTTG
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CTTTGAAACGTGCACTTCTTGTTGCCTTGAGATGTTTAGATCCCGATTCAGAGAAACGAC
CCAAAATGAGCCAGGTTGTGCGGATGCTTGAATCCGATGACCAACTTTTTCGTGAGGAGA
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GCAAACGGCCTGAGCACTCAAAGAACCATACTACTAAACCTGAGTTAACTCATGAATAGG
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CCACCGTGTAAGAGATTTGAGTTATACAACAACAAGGTCGACATC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

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GAGAGGTTAGAGACAATTCTATGCTCTAATAATTTCTAAACTGTTTTCGATGTTACTTTT
CTGTTAATAAGGCATGTCTTGAACATGGGTTCTTCTATGTCAAGAACCATGGCATCTCTG
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AGAAGATGTCTTTACTCCGCCGCGATCTTCTCGGTTATACTCCACTCCATGCTGAGAAAC
TCGACCCCTCCTTGACTTCCTCCACAGGTGATTCTAAGGAAAGCTTTTACTTTGGCTCTT
TGGAAGGAGCTCTGGCTCAGCGTTATCCAAATCAATGGCCTCCTGAAGGTAAATATATAT
ATTTCTTACTACCTGTTTCTCTGTTTTCATTTAAACGGTTTCTATCTTATCCCTCACGGG
TTATGTGTCTGTGTGTAAAAGATCTCTTGCCATCATGGAGGCAAGCCATGGAATGTTACT
ACAAGAATGTCCTGTAAGCATGTATTTCAGTCTTAAACAAATAGTGTCTTCTTTTCTTTA
CAACTTAAAGTTGAAATAATAGGTATTCAAGTTAATAGTTTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CR72TF U 1
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QA 1 696 1 696
DS 

RD RR1CR72JQ 725 0 0
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TCCTGAAGGTAAATATATATATTTCTTACTACCTGTTTCTCTGTTTTCATTTAAACGGTT
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TTGAC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1AX21TF U 1
AF RR1AX21JQ C 69
BS 1 676 RR1AX21TF
BS 677 678 RR1AX21JQ

RD RR1AX21TF 676 0 0
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GATAGAGTTCCGGTAATCATTGAGAAATATTCAAATGCAGACCTCCCTGACATGGAGAAG
AGCAAGTTCTTGGTCCCACGAGACATGACTGTTGGACATTTCATTCACATGCTAAGCGAT
AGGCTGCAGTTAGATCCATCTAAAGCTCTGTTTGTTTTTGTACAGAACACACTTCCTCAA
ACAGCTGCTCGCATGGACTCCTTGTACAATACTTTCAAGGAAGAAGATGGTTTCTTGTAC
ATGACTTACAGCACCGAGAAGACATTCGGCTAACCCCAAAAAAAACAAAAAAGATTCGTT
GCTTAAATATTTGAAAAGCTCGTTTTCTGAATAATCCGTTTGTTTCATTCATATTTGTGT
GAATAAATGAATGTCAGCTCTTGTTGTTGCTGTTGTTAATTAGCTGACCTTTGTACAGAA
AAGCTAAAAAAAAAATTGACTTTGTAAATCGTATCCAATAATAAAACTATGTGATGATAT
GATTCACACGAAACTC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR1AX21JQ 610 0 0
GAATCATCCTCCAGAAAAATCTACAATGGGGATCGTCGTCAATTCATTCAAGGATCAATT
CTCCGCTGATGAGAGATTGAAAGAGTCGAGCAACATCATTTCCAAATATCCAGATAGAGT
TCCGGTAATCATTGAGAAATATTCAAATGCAGACCTCCCTGACATGGAGAAGAGCAAGTT
TTTGGTCCCACGAGACATGACTGTTGGACATTTCATTCACATGTTAAGCGATAGGCTGCA
GTTAGATCCATCTAAAGCTCTGTTTGTTTTTGTACAGAACACACTTCCTCAAACAGCTGC
TCGCATGGACTCCTTGTACAATACTTTCAAGGAAGAAGATGGTTTTTTGTACATGACTTA
CAGCACCGAGAAGACATTCGGCTAACCCCAAAAAAAACAAAAAAGATTCGTTGCTTAAAT
ATTTGAAAAGCTCGTTTTCTGAATAATCCGTTTGTTTCATTCATATTTGTGTGAATAAAT
GAATGTCAGCTCTTGTTGTTGCTGTTGTTAATTAGCTGACCTTTGTACAGAAAAGCTAAA
AAAAAAATTGACTTTGTAAATCGTATCCAATAATAAAACTATGTGATGATATGATTCACA
CGAAACTCTC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9090Contig1 721 2 2 U
CGAAGTAGTCTTTGGAGATGATTCCCTGGAGGACGACAAGGAGTTCAGCTGTGAAACGAG
CGGTGGAGCCACCGTACGTGGGGCTTTAGGACCTTTCGGATTCTCGGTTCTTGCTGACCA
AAGCTTGTCAGAACAAACTCCCGTTTACTTCTATGTGACAAAGGGAAAAGACTCGAAACT
CAAAACCTTTTTCTGCACTGACACTTCAAGGTCGACCATGGCAAACGATGTTGTGAAACC
GGTATATGGAAGCTTCGTACCGGTACTAAAAGGAGAGAAACTGACCATGAGAATCTTGGT
GGATCATTCGATAGTAGAAGGGTTCGGACAAGGTGGGAGAACATGTATTACCTCAAGGGT
TTATCCAACAAAAGCCATTTATGGTGCTACAAAGATATTCTTGTTCAATAATGCTATTGA
TGCCACAATTACGGCATCGTTTAAGGTGTGGCAAATGAACAGTGCTTTTATTCATCCTTT
CTCTGCCGACGATCTGGGTGTTCCTTCTAGCACCTGATGATTGTTAATTATCTACAAATA
ATAAGGGGACTTTTATCCTCTTTTTTCGAGTGAGTCATTTGAATTTTTGTTATATAATTG
GTCTGTCGACAAAAAGAAAGTTATATAATTGGGTCTGCTTTTGATTTGTCATCTTTGTGA
TCAGTATTGATTCATCGTGTGAGTCAAGAGAAGAAAAATAAAATTATTATCTCATTTTTG
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1B608JQ C 1
AF RR1B608TF U 116
BS 1 115 RR1B608JQ
BS 116 721 RR1B608TF

RD RR1B608JQ 721 0 0
CGAAGTAGTCTTTGGAGATGATTCCCTGGAGGACGACAAGGAGTTCAGCTGTGAAACGAG
CGGTGGAGCCACCGTACGTGGGGCTTTAGGACCTTTCGGATTCTCGGTTCTTGCTGACCA
AAGCTTGTCAGAACAAACTCCCGTTTACTTCTATGTGACAAAGGGAAAAGACTCGAAACT
CAAAACCTTTTTCTGCACTGACACTTCAAGGTCGACCATGGCAAACGATGTTGTGAAACC
GGTATATGGAAGCTTCGTACCGGTACTAAAAGGAGAGAAACTGACCATGAGAATCTTGGT
GGATCATTCGATAGTAGAAGGGTTCGGACAAGGTGGGAGAACATGTATTACCTCAAGGGT
TTATCCAACAAAAGCCATTTATGGTGCTACAAAGATATTCTTGTTCAATAATGCTATTGA
TGCCACAATTACGGCATCGTTTAAGGTGTGGCAAATGAACAGTGCTTTTATTCATCCTTT
CTCTGCCGACGATCTGGGTGTTCCTTCTAGCACCTGATGATTGTTAATTATCTACAAATA
ATAAGGGGACTTTTATCCTCTTTTT*CGAGTGAGTCATTTGAATTTTTGTTATATAATTG
GTCTGTCGACAAAAAGAAAGTTATATAATTGG*TCTGCTTTTGATTTGTCATCTTTGTGA
TCAGTATTGATTCATCGTGTGAGTCAAGAGAAGAAAAATAAAATTATTATCTCATTTTTG
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR1B608TF 606 0 0
GACCAAAGCTTGTCAGAACAAACTCCCGTTTACTTCTATGTGACAAAGGGAAAAGACTCG
AAACTCAAAACCTTTTTCTGCACTGACACTTCAAGGTCGACCATGGCAAACGATGTTGTG
AAACCGGTATATGGAAGCTTCGTACCGGTACTAAAAGGAGAGAAACTGACCATGAGAATC
TTGGTGGATCATTCGATAGTAGAAGGGTTCGGACAAGGTGGGAGAACATGTATTACCTCA
AGGGTTTATCCAACAAAAGCCATTTATGGTGCTACAAAGATATTCTTGTTCAATAATGCT
ATTGATGCCACAATTACGGCATCGTTTAAGGTGTGGCAAATGAACAGTGCTTTTATTCAT
CCTTTCTCTGCCGACGATCTGGGTGTTCCTTCTAGCACCTGATGATTGTTAATTATCTAC
AAATAATAAGGGGACTTTTATCCTCTTTTTTCGAGTGAGTCATTTGAATTTTTGTTATAT
AATTGGTCTGTCGACAAAAAGAAAGTTATATAATTGGGTCTGCTTTTGATTTGTCATCTT
TGTGATCAGTATTGATTCATCGTGTGAGTCAAGAGAAGAAAAATAAAATTATTATCTCAT
TTTTGT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL9091Contig1 967 2 10 U
CCTTCGGCTACCAAACCCTAATCCTAAAAGGACAAAGCTCTTTTGATTCGATCATAATAA
TAAATTAGAACAATAAATTTCTTTGTCTCTCTGTCTCCTGCTTTATCTGAGAATTAGAAG
AACCAAAATCAGTTACAGGTTCGTCTGTTTTTTCTTTCTTCTTCTTCGGGTTTTCTGGAA
TTTTTTAATTGATTTGAAATCAGTAAAAATATATTCTATTTGCCTGTCTTTTGATTCGCT
TTGTTCATTAACTCATCTTTTATATGCATGTCTTCTGATCATTTTTCATTGTTTTCTGTA
ATTTCTTGTTCTTATTATTCACTTACATATGTGTTTTTATGTTTACAGATAGATTCTACA
TCATCTTTTGGTTGAGAAACCATGACAAAGCAGATGAATGTTATGACCTAGCATTTGGTT
TAGTTCGTGTTGTCTAGTACTTTAGTACTGTTATGTGACTTTCGATTTCAATATTTTTTG
AAGTTTTAGACTGGAGTTTGTTCTATTTTGATGTGTTAATGAATGGGTAGTTCGTTTTTT
TTCCAGGATTATTCGGTTATTTCTACCGGTTTTACCAAATATTTTCGGTTATTATGATTA
TATTTGTGATTTTTTGGTTTTTTTGATTACATTTGGTTGTTATAGTCCGAAACCGAACCG
GATCCGATTAATTTTCGGGTTTAGACGGATTTTCATTGTCTCACCGGAACCAATCCGAAC
CCGATTGGTTCCGAACCGAAACCGTACCGGAAATGTCAAAAAACCGAATGGTACTTCTAT
GCTTTGATCCGAAAATCCGAAAAACCGTTTCAACCGAAACGAACCCGATTGGTGGACCGA
ACGCCCAGGCCTAATTATTATTGTCTGTGCGTTTCTAGCAAATAAACGTTTTTGACATAA
AAATATGTTCATGTTGTTAATTCTTAGTATATTTTAATGGTGAATGAATTGAATCATACA
CAGACGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1C632TF U 1
AF RR1C632JQ C 185
BS 1 740 RR1C632TF
BS 741 741 RR1C632JQ
BS 742 752 RR1C632TF
BS 753 753 RR1C632JQ
BS 754 762 RR1C632TF
BS 763 763 RR1C632JQ
BS 764 767 RR1C632TF
BS 768 768 RR1C632JQ
BS 769 794 RR1C632TF
BS 795 967 RR1C632JQ

RD RR1C632TF 806 0 0
CCTTCGGCTACCAAACCCTAATCCTAAAAGGACAAAGCTCTTTTGATTCGATCATAATAA
TAAATTAGAACAATAAATTTCTTTGTCTCTCTGTCTCCTGCTTTATCTGAGAATTAGAAG
AACCAAAATCAGTTACAGGTTCGTCTGTTTTTTCTTTCTTCTTCTTCGGGTTTTCTGGAA
TTTTTTAATTGATTTGAAATCAGTAAAAATATATTCTATTTGCCTGTCTTTTGATTCGCT
TTGTTCATTAACTCATCTTTTATATGCATGTCTTCTGATCATTTTTCATTGTTTTCTGTA
ATTTCTTGTTCTTATTATTCACTTACATATGTGTTTTTATGTTTACAGATAGATTCTACA
TCATCTTTTGGTTGAGAAACCATGACAAAGCAGATGAATGTTATGACCTAGCATTTGGTT
TAGTTCGTGTTGTCTAGTACTTTAGTACTGTTATGTGACTTTCGATTTCAATATTTTTTG
AAGTTTTAGACTGGAGTTTGTTCTATTTTGATGTGTTAATGAATGGGTAGTTCGTTTTTT
TTCCAGGATTATTCGGTTATTTCTACCGGTTTTACCAAATATTTTCGGTTATTATGATTA
TATTTGTGATTTTTTGGTTTTTTTGATTACATTTGGTTGTTATAGTCCGAAACCGAACCG
GATCCGATTAATTTTCGGGTTTAGACGGATTTTCATTGTCTCACCGGAACCAATCCGAAC
CCGATTGGTTCCGAACCGAA*CCGTACCGGAA*TGTCAAAAA*CCGA*TGGTACTTCTAT
GCTTTGATCCGAAA
TCCGAAAACCGT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR1C632JQ 783 0 0
TTAATTGATTTGAAATCAGTAAAAATATATTCTATTTGCCTGTCTTTTGATTCGCTTTGT
TCATTAACTCATCTTTTATATGCATGTCTTCTGATCATTTTTCATTGTTTTCTGTAATTT
CTTGTTCTTATTATTCACTTACATATGTGTTTTTATGTTTACAGATAGATTCTACATCAT
CTTTTGGTTGAGAAACCATGACAAAGCAGATGAATGTTATGACCTAGCATTTGGTTTAGT
TCGTGTTGTCTAGTACTTTAGTACTGTTATGTGACTTTCGATTTCAATATTTTTTGAAGT
TTTAGACTGGAGTTTGTTCTATTTTGATGTGTTAATGAATGGGTAGTTCGTTTTTTTTCC
AGGATTATTCGGTTATTTCTACCGGTTTTACCAAATATTTTCGGTTATTATGATTATATT
TGTGATTTTTTGGTTTTTTTGATTACATTTGGTTGTTATAGTCCGAAACCGAACCGGATC
CGATTAATTTTCGGGTTTAGACGGATTTTCATTGTCTCACCGGAACCAATCCGAACCCGA
TTGGTTCCGAACCGAAACCGTACCGGAAATGTCAAAAAACCGAATGGTACTTCTATGCTT
TGATCCGAAAATCCGAAAAACCGTTTCAACCGAAACGAACCCGATTGGTGGACCGAACGC
CCAGGCCTAATTATTATTGTCTGTGCGTTTCTAGCAAATAAACGTTTTTGACATAAAAAT
ATGTTCATGTTGTTAATTCTTAGTATATTTTAATGGTGAATGAATTGAATCATACACAGA
CGG

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL9092Contig1 590 2 1 U
GGGGGTGTCAATACGAGACAGAGCGCGTAAACGAAAAATCCCCAAATTTCTACAAAACCC
TAAAATCGTTTTAGTCAAATCTCTAAAAACAATTGATTCCATGGCGGAAGAAGAAGAGAC
GATTCGACCGGAGTTTCCAATCACAAGAGTGAAGAAGATAATGAAAGTCGACAAGGACAT
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BQ
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AF RR1BH12JQ C 1
AF RR1BH12TF U 1
BS 1 590 RR1BH12TF

RD RR1BH12JQ 590 0 0
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QA 1 590 1 590
DS 

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CAACAAAATCAACTCGGAAGCTCTTCACCTCGTCACGTACTCCACCGAGCTCTTCCTCCG
CTTCCTCGCCGAGAAATCTTCCGTAGTTGCGGCGGAGAAGAAGCGTAAAACCGTTAACCT
CGATCACCTGAGGACCGCCGTGAAGAGACACCAACCTACGAGGTATTTTCTCCTCGACTC
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GCCTCCTGTTGGGACCCGTCGCATCGACGCTTTCTTCAGTAAAGGCAAGGCGAAAGTTGA
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QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

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GACATGGCATCCTGAAGATTTCTTTCAACTTCGTTGGGAAGATCTTTACTTGGTCCTCTT
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BQ
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AF RR1FZ06JQ U 2
AF RR1BT88JQ U 1
BS 1 478 RR1BT88JQ
BS 479 479 RR1FZ06JQ
BS 480 758 RR1BT88JQ

RD RR1FZ06JQ 617 0 0
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GCTCCTCCA

QA 9 617 9 617
DS 

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AAGAGTACAGTGCATGCTTTGGGTTCTTTGCAATCAAC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

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CTAGTCTGCCCACTAAATCCAAAAGAGAAGCCAAGGAATTGGACGATAGTAAAAGCAAGA
AAGGTCTTGCCGAAGTTTACGAGGAAGAATACGTGCAGAAATCAAATCCAGCCTTCGCTC
CAGCAACTTTCTCTGATGAACTAAAGAAAGAGGCAAGCATGCTATTCAAGAAACTATGCC
TGAAGTTGGATGCTCTCTCCCACTTCCATTTTACACCTAAACCAGTAATAGAAGAAATGT
CGATACAGACAAACGTCCCAGCCATAGCAATGGAAGAGGTTGCGCCAGTGGCAGTGTCAG
ATGCAGCAATGCTGGCTCCAGAAGAAATATTTTCGGGGACAGGGAAGATTAAGGATGAGT
CAGAGCTTACACAGGAAGAGAGAAAGAGAAGGAGAGCTAAGAAGAAGAGAAAGTTCAAAG
CTGAATTTGCAAAACAACCAGCGAAGAAGGCGCGGGATACTAATACAGAGATCCAGAGCA
CCGGCAATGAATAATGGTAAAAGAGTGGAGAGAGAGATACAGCCGTGCAGATACAAGGTC
ATAAGAGTTCAGTCAAGAGCAGTGCATTTTGATTTGTGGAAAAAAAGAATTTACTAAACA
AAAGACGACTGCTTCAAGATTGGATAATAGCCAAGAGTTTTGCATGACAGATATATTTGA
ATTTTTTTTTTTTTAACTGTTTAAGTTGGAGAATTTTGTTAAGACAATCAATGATGAAAC
ATATGCCTTTGACCTCG


BQ
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AF RR1D634TF U 1
AF RR1D634JQ C 439
BS 1 605 RR1D634TF
BS 606 1037 RR1D634JQ

RD RR1D634TF 605 0 0
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TAAAGCTTCAATCCAAGATTGAACAGATGGAGAAAGCAAACTTAGATCCTAAACACTGGA
CTATGCAGGGAGAGGTAACTGCTACAAAGAGACCAAAGAATAGTGCTTTAGAAGTTGATT
TAGATTTTGAGCACAATGCCAGGCCTCCTCCTGTAATCACTGAAGAGGTCACAGCCTCAC
TTGAGGATATGATCAAAAGCAGAATCATTGAGGGTCGTTTTGATGATGTTCAACGAGCGC
CTAGTCTGCCCACTAAATCCAAAAGAGAAGCCAAGGAATTGGACGATAGTAAAAGCAAGA
AAGGTCTTGCCGAAGTTTACGAGGAAGAATACGTGCAGAAATCAAATCCAGCCTTCGCTC
CAGCAACTTTCTCTGATGAACTAAAGAAAGAGGCAAGCATGCTATTCAAGAAACTATGCC
TGAAGTTGGATGCTCTCTCCCACTTCCATTTTACACCTAAACCAGTAATAGAAGAAATGT
CGATACAGACAAACGTCCCAGCCATAGCAATGGAAGAGGTTGCGCCAGTGGCAGTGTCAG
ATGCA

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DS 

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CCCACTTCCATTTTACACCTAAACCAGTAATAGAAGAAATGTCGATACAGACAAACGTCC
CAGCCATAGCAATGGAAGAGGTTGCGCCAGTGGCAGTGTCAGATGCAGCAATGCTGGCTC
CAGAAGAAATATTTTCGGGGACAGGGAAGATTAAGGATGAGTCAGAGCTTACACAGGAAG
AGAGAAAGAGAAGGAGAGCTAAGAAGAAGAGAAAGTTCAAAGCTGAATTTGCAAAACAAC
CAGCGAAGAAGGCGCGGGATACTAATACAGAGATCCAGAGCACCGGCAATGAATAATGGT
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GCAGTGCATTTTGATTTGTGGAAAAAAAGAATTTACTAAACAAAAGACGACTGCTTCAAG
ATTGGATAATAGCCAAGAGTTTTGCATGACAGATATATTTGAATTTTTTTTTTTTTAACT
GTTTAAGTTGGAGAATTTTGTTAAGACAATCAATGATGAAACATATGCCTTTGACCTCG

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 2

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TTCTTAATTTTCTTATATTCCGGATGTCTAACGATGAGCACCAGCGGGAACCGTTACATT
GCTGACATCATCTACAGAGGCATCCAATTTGTCGTCATTTTTAACTTGAGTTCTGATTGG
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TTTTCCCCAAACAACCAAATACAAACCCATGACAATCACTGTCCATCCTATTACACATCC
GTAATGTATTTGTTCATGGAGGATAAAAGAAGCAAGGAGAGCTACAAGAATCATGCAAAG
AGGGTTAAAGGCAGTGACAAAAACAGGCCCTCTCGTTCTCATAACCATCCCTTGCACGTA
GTAGGTTAAACCCGAGCTTACTATGCCCGTATAAAGAGGTGCTAAAAGCCTTACATCCCA
TCCAACTGCCCATCCGCTGGAGTGGCGCTCCACTACAAGAGCTACTACGGTGCTTTGGAC
TGCCCCAGATAGGCATATTAAGGCCGATAGTGAAAGATCCGCAGGATATGTCTTTATCGT
TATGGACTGCGAAACATAGAAGCAAGACCAAGCAACACAACCGAGGAGTATCAACAAGGT
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TCTGGG


BQ
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AF RR1ER85JQ U 1
AF RR1FM91JQ U 9
BS 1 344 RR1ER85JQ
BS 345 345 RR1FM91JQ
BS 346 544 RR1ER85JQ
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BS 546 624 RR1ER85JQ
BS 625 786 RR1FM91JQ

RD RR1ER85JQ 624 0 0
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CATATATGTATGTGTATTTTTTTGCATACTACAAGACTAATAAAATATTAATTGGTTCTT
TTCTTAATTTTCTTATATTCCGGATGTCTAACGATGAGCACCAGCGGGAACCGTTACATT
GCTGACATCATCTACAGAGGCATCCAATTTGTCGTCATTTTTAACTTGAGTTCTGATTGG
TAGTTCTTGAAGGCTATTCTTCTCAAGGATAGCTAATCCTGATACTTCATAGTCCTTACC
TTTTCCCCAAACAACCAAATACAAACCCATGACAATCACTGTCCCTCCTATTACACATCC
GTAATGTATTTGTTCATGGAGGATAAAAGAAGCAAGGAGAGCTACAAGAATCATGCAAAG
AGGGTTAAAGGCAGTGACAAAAACAGGCCCTCTCGTTCTCATAACCATCCCTTGCACGTA
GTAGGTTAAACCCGAGCTTACTATGCCCGTATAAAGAGGTGCTAAAAGCCTTACATCCCA
TCCATCTGCCCATCCGCTGGAGTGGCGCTCCACTACAAGAGCTACTACGGTGCTTTGGAC
TGCCCCAGATAGGCATATTAAGGC

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DS 

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TATGTGTATTTTTTTGCATACTACAAGACTAATAAAATATTAATTGGTTCTTTTCTTAAT
TTTCTTATATTCCGGATGTCTAACGATGAGCACCAGCGGGAACCGTTACATTGCTGACAT
CATCTACAGAGGCATCCAATTTGTCGTCATTTTTAACTTGAGTTCTGATTGGTAGTTCTT
GAAGGCTATTCTTCTCAAGGATAGCTAATCCTGATACTTCATAGTCCTTACCTTTTCCCC
AAACAACCAAATACAAACCCATGGCAATCACTGTCCATCCTATTACACATCCGTAATGTA
TTTGTTCATGGAGGATAAAAGAAGCAAGGAGAGCTACAAGAATCATGCAAAGAGGGTTAA
AGGCAGTGACAAAGACAGGCCCTCTCGTTCTCATAACCATCCCTTGCACGTAGTAGGTTA
AACCCGAGCTTACTATGCCCGTATAAAGAGGTGCTAAAAGCCTTGCATCCCATCCAACTG
CCCATCCGCTGGAGTGGCGCTCCACTACAAGAGCTACTACGGTGCTTTGGACTGCCCCAG
ATAGGCATATTAAGGCCGATAGTGAAAGATCCGCAGGATATGTCTTTATCGTTATGGACT
GCGAAACATAGAAGCAAGACCAAGCAACACAACCGAGGAGTATCAACAAGGTTCCACCAA
CCCAATGATTATGGTCTTGTGAACTATTGTTATGTCCGTTGTGTGGTTCATATCTGGG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

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ATCGACGATCATTCAATACAATCCCCATTTCGTTTCACCCTTAATTCTCATTTATGGATT
CTCTTCAAGCTTTCTCCTTCTGATTCTTCATATAAAACACATAATCACATGAGTTTTATT
CCGATCCAACTTCGTTCTATATTCTCTCCTACCACACTGCAATGAGTTCGAACGGAAAAT
CCATGGTATCTGGTGCTTCTCAGTCGGAGAAACCAAAAGGCGCTGCCGCTGGCTCGAGAC
CAACAAGAGACATGGGGTGGAGAATAGTGTCCTGAAAGAAAGCAACACGGGCTGAAGCAT
AAAAACGAGGGCTTATTATAGAAATGATGGAGGAAACTACAAGAAGATGAGTGCCGTGGT
GGAATTCATGGGCCATAGATGTGGTCATTGCCGTCTTAGGGAGAGAAGGAGATTTGAAAC
CGATGGAATATTTATTTAAGCCAATGCAATCAGAGAGAATAAAACCAAGCAGTGTTCATA
TTCTTTTTCCTCTACTCTGTCATCTTATAACGATTTATGACATTTATATGATTTTG


BQ
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AF RR1BZ05JQ C 1
AF RR1BZ05TF U 1
BS 1 596 RR1BZ05TF

RD RR1BZ05JQ 596 0 0
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ATCGACGATCATTCAATACAATCCCCATTTCGTTTCACCCTTAATTCTCATTTATGGATT
CTCTTCAAGCTTTCTCCTTCTGATTCTTCATATAAAACACATAATCACATGAGTTTTATT
CCGATCCAACTTCGTTCTATATTCTCTCCTACCACACTGCAATGAGTTCGAACGGAAAAT
CCATGGTATCTGGTGCTTCTCAGTCGGAGAAACCAAAAGGCGCTGCCGCTGGCTCGAGAC
CAACAAGAGACATGGGGTGGAGAATAGTGTCCTGAAAGAAAGCAACACGGGCTGAAGCAT
AAAAACGAGGGCTTATTATAGAAATGATGGAGGAAACTACAAGAAGATGAGTGCCGTGGT
GGAATTCATGGGCCATAGATGTGGTCATTGCCGTCTTAGGGAGAGAAGGAGATTTGAAAC
CGATGGAATATTTATTTAAGCCAATGCAATCAGAGAGAATAAAACCAAGCAGTGTTCATA
TTCTTTTTCCTCTACTCTGTCATCTTATAACGATTTATGACATTTATATGATTTTG

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR1BZ05TF 596 0 0
GGAGATTGATCGTGTAACCTTTGCTCTCCCTCTTCTCTGTTCGGTTTCGCGATCGATCTG
ATCGACGATCATTCAATACAATCCCCATTTCGTTTCACCCTTAATTCTCATTTATGGATT
CTCTTCAAGCTTTCTCCTTCTGATTCTTCATATAAAACACATAATCACATGAGTTTTATT
CCGATCCAACTTCGTTCTATATTCTCTCCTACCACACTGCAATGAGTTCGAACGGAAAAT
CCATGGTATCTGGTGCTTCTCAGTCGGAGAAACCAAAAGGCGCTGCCGCTGGCTCGAGAC
CAACAAGAGACATGGGGTGGAGAATAGTGTCCTGAAAGAAAGCAACACGGGCTGAAGCAT
AAAAACGAGGGCTTATTATAGAAATGATGGAGGAAACTACAAGAAGATGAGTGCCGTGGT
GGAATTCATGGGCCATAGATGTGGTCATTGCCGTCTTAGGGAGAGAAGGAGATTTGAAAC
CGATGGAATATTTATTTAAGCCAATGCAATCAGAGAGAATAAAACCAAGCAGTGTTCATA
TTCTTTTTCCTCTACTCTGTCATCTTATAACGATTTATGACATTTATATGATTTTG

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

CO CL9097Contig1 597 2 1 U
GGACCCATATTTGCTTGGTTGCTCTGTCTTCCTCAGAATCAAAACAGAAGAGAAACTGTC
AAATCTCGCACTGGAACTCTAGGACAAGCAAAGGGGATCAAGAACATCATGCCTGGAATC
TTACTGGGCTCCAATCTGCTAAAGAAGGGAGTATCATGGAGAGGTCTTAAGGGTTCAGTA
TTTTTTTCTCTTGGATTCTATGCACATGGTGTTCTGTTCCCTAATCCAGAAAGGGTACTT
GAAGAAGCCAAAGAGTCATGTGCAAAAGCCAAGTCTTTATCAGAGGAGTATTACGCTCAA
CTGGATGAGTTAATTGAAAATAAAAAGGTGTTGGACGATGCATTGCAGTTGTATCTGGCT
GGAAATGCTCAGTTGAAAGAACTTAAAGAAGCCAATGGACTTTGAAAACGTTTTGTCAAT
CGCAGGAAGAATCTGAGTGGAGTCTCTTGTGATGAAATTGAACAGAAGAAATGATCTAAT
TTGGTGCGAAGAATGAAAGCAGTAATATGGAATCTTTAAAACTTTTGGGCTGTTAGTAAT
TAGTATATATATCAACTTTGGAGTAACATTCTTCAGTTTGTTTTGTTGTTAGCTAAT


BQ
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AF RR1B437JQ C 1
AF RR1B437TF U 1
BS 1 597 RR1B437TF

RD RR1B437JQ 597 0 0
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TTTTTTTCTCTTGGATTCTATGCACATGGTGTTCTGTTCCCTAATCCAGAAAGGGTACTT
GAAGAAGCCAAAGAGTCATGTGCAAAAGCCAAGTCTTTATCAGAGGAGTATTACGCTCAA
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GGAAATGCTCAGTTGAAAGAACTTAAAGAAGCCAATGGACTTTGAAAACGTTTTGTCAAT
CGCAGGAAGAATCTGAGTGGAGTCTCTTGTGATGAAATTGAACAGAAGAAATGATCTAAT
TTGGTGCGAAGAATGAAAGCAGTAATATGGAATCTTTAAAACTTTTGGGCTGTTAGTAAT
TAGTATATATATCAACTTTGGAGTAACATTCTTCAGTTTGTTTTGTTGTTAGCTAAT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR1B437TF 597 0 0
GGACCCATATTTGCTTGGTTGCTCTGTCTTCCTCAGAATCAAAACAGAAGAGAAACTGTC
AAATCTCGCACTGGAACTCTAGGACAAGCAAAGGGGATCAAGAACATCATGCCTGGAATC
TTACTGGGCTCCAATCTGCTAAAGAAGGGAGTATCATGGAGAGGTCTTAAGGGTTCAGTA
TTTTTTTCTCTTGGATTCTATGCACATGGTGTTCTGTTCCCTAATCCAGAAAGGGTACTT
GAAGAAGCCAAAGAGTCATGTGCAAAAGCCAAGTCTTTATCAGAGGAGTATTACGCTCAA
CTGGATGAGTTAATTGAAAATAAAAAGGTGTTGGACGATGCATTGCAGTTGTATCTGGCT
GGAAATGCTCAGTTGAAAGAACTTAAAGAAGCCAATGGACTTTGAAAACGTTTTGTCAAT
CGCAGGAAGAATCTGAGTGGAGTCTCTTGTGATGAAATTGAACAGAAGAAATGATCTAAT
TTGGTGCGAAGAATGAAAGCAGTAATATGGAATCTTTAAAACTTTTGGGCTGTTAGTAAT
TAGTATATATATCAACTTTGGAGTAACATTCTTCAGTTTGTTTTGTTGTTAGCTAAT

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

CO CL9098Contig1 750 2 4 U
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GAACTTCCTTTGTGATTGTGCCTAGGCAAATCATGCCATGGACTGGCTTGATCTTAGTAT
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AACACGGAAAGAAAATGTCTGTTCAAACAGAATCATCCTCCTTGGATGATTCTAGGAAAG
GTCATCAGCGAGGAGGTGTGTCTTGTGACGTTACTACATTGTATTATGGATTAGGGATGG
TGTTTCTGGCTATTGCTGCAGTTTCTTTGCCTTATATATTAGGGATCACCGCTTTATTTC
TGAGGTTGGGTCTAATGGTGGGTGTAGCCATAATTCTATCTGTTTTCATGACTTATACTT
CAGAGCACCTCGCAATCAGATGGTTCTTGAGAGGTCTAGAAGACCATAATGAAACATCGA
GATCAAAGTCTTTATGTTTCATGTGCTGACACAACCAAAAGCAAGACACCTGAGAAAATG
TGTCCATAATCTTTCGCTCGTCTCCTCTCTTTGCTGACATTTGTACAGTTTATATTTTAA
ACATTAAGAGTCCATTTGTGCTCAAACAGTTAAACATTTCCACATAAGATTCTATCATAA
ATTTGTAAATATCGCGCAGAGAACTTTACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GV14TF U 1
AF RR1GV14JQ C 103
BS 1 685 RR1GV14TF
BS 686 686 RR1GV14JQ
BS 687 703 RR1GV14TF
BS 704 750 RR1GV14JQ

RD RR1GV14TF 703 0 0
GATTTTCTACAATGAATCCTAGCTATCAACTCCACAGTGGCAGCACACACTCCAAGGTTC
CTCAACACTTGGGCGCTGTTTCAGTTGTAGTCTGTTTTACTACACTTCTGATATCCGTTG
GAACTTCCTTTGTGATTGTGCCTAGGCAAATCATGCCATGGACTGGCTTGATCTTAGTAT
ACGAATGGACTTTCACAATCTTCTTTCTTTTGTTTGGTTGCTTCTTGCTTTTGGTGCATC
AACACGGAAAGAAAATGTCTGTTCAAACAGAATCATCCTCCTTGGATGATTCTAGGAAAG
GTCATCAGCGAGGAGGTGTGTCTTGTGACGTTACTACATTGTATTATGGATTAGGGATGG
TGTTTCTGGCTATTGCTGCAGTTTCTTTGCCTTATATATTAGGGATCACCGCTTTATTTC
TGAGGTTGGGTCTAATGGTGGGTGTAGCCATAATTCTATCTGTTTTCATGACTTATACTT
CAGAGCACCTCGCAATCAGATGGTTCTTGAGAGGTCTAGAAGACCATAATGAAACATCGA
GATCAAAGTCTTTATGTTTCATGTGCTGACACAACCAAAAGCAAGACACCTGAGAAAATG
TGTCCATAATCTTTCGCTCGTCTCCTCTCTTTGCTGACATTTGTACAGTTTATATTTTAA
ACATTAAGAGTCCATTTGTGCTCAA*CAGTTAAACATTTCCAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR1GV14JQ 648 0 0
CACTTCTGATATCCGTTGGAACTTCCTTTGTGATTGTGCCTAGGCAAATCATGCCATGGA
CTGGCTTGATCTTAGTATACGAATGGACTTTCACAATCTTCTTTCTTTTGTTTGGTTGCT
TCTTGCTTTTGGTGCATCAACACGGAAAGAAAATGTCTGTTCAAACAGAATCATCCTCCT
TGGATGATTCTAGGAAAGGTCATCAGCGAGGAGGTGTGTCTTGTGACGTTACTACATTGT
ATTATGGATTAGGGATGGTGTTTCTGGCTATTGCTGCAGTTTCTTTGCCTTATATATTAG
GGATCACCGCTTTATTTCTGAGGTTGGGTCTAATGGTGGGTGTAGCCATAATTCTATCTG
TTTTCATGACTTATACTTCAGAGCACCTCGCAATCAGATGGTTCTTGAGAGGTCTAGAAG
ACCATAATGAAACATCGAGATCAAAGTCTTTATGTTTCATGTGCTGACACAACCAAAAGC
AAGACACCTGAGAAAATGTGTCCATAATCTTTCGCTCGTCTCCTCTCTTTGCTGACATTT
GTACAGTTTATATTTTAAACATTAAGAGTCCATTTGTGCTCAAACAGTTAAACATTTCCA
CATAAGATTCTATCATAAATTTGTAAATATCGCGCAGAGAACTTTACA

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL9099Contig1 612 2 1 U
GGGCCGAGTGGTGAGAGCAATATTGGAAGATGCGACGGCGAGAAGAAAAGCGAAGAAAGT
TACACGAAGCTCTTATTCAAACACTGTATCCTCCTGCATCCCCTCCTTCTCCTTCCTCTT
CTCCGTCTCCGGTTGAGTTTGATGACGAACCGTTCGATGTAACACTCATAAACCCAGAGG
ATTACGTGAACATTGATTCATCAAACCACGACGACGACGTTGATGAAAACGAAGGAGACG
AGTCAGAGACAAAACCTAGTCGAGCGCAGAGGAAAAGGATACGAAAGAAGATGCTCAAAG
AGGAAGCATCTCGACGGAGGAAAGTGATCGGACCTCTGCTTCCGACAGAAATGATTGAGA
GGCGTGAAGACAAAGAAGAGGCAAGTTGCGTACAACCTGCTCGACTAAATGCCCAAGAGG
AAAGAAAAAGTGAGCTTCGACGGCAATGATAAGACGAAAAAGGTCAAGAAGAGAAGAGAG
GCAAAGAAACTGGCGAAAGAGAGTTCTAAGTTCTAACCCAACTCATACCACCTCTGAAAT
TTCCTAATTAGAGTGAAAAAAAATAAACGGATACTTTATGTAATTTCACCAATAACACAA
GGGTACTTTACT


BQ
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AF RR1AV02JQ C 1
AF RR1AV02TF U 1
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DS 

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TACACGAAGCTCTTATTCAAACACTGTATCCTCCTGCATCCCCTCCTTCTCCTTCCTCTT
CTCCGTCTCCGGTTGAGTTTGATGACGAACCGTTCGATGTAACACTCATAAACCCAGAGG
ATTACGTGAACATTGATTCATCAAACCACGACGACGACGTTGATGAAAACGAAGGAGACG
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AGGAAGCATCTCGACGGAGGAAAGTGATCGGACCTCTGCTTCCGACAGAAATGATTGAGA
GGCGTGAAGACAAAGAAGAGGCAAGTTGCGTACAACCTGCTCGACTAAATGCCCAAGAGG
AAAGAAAAAGTGAGCTTCGACGGCAATGATAAGACGAAAAAGGTCAAGAAGAGAAGAGAG
GCAAAGAAACTGGCGAAAGAGAGTTCTAAGTTCTAACCCAACTCATACCACCTCTGAAAT
TTCCTAATTAGAGTGAAAAAAAATAAACGGATACTTTATGTAATTTCACCAATAACACAA
GGGTACTTTACT

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

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BQ
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QA 1 606 1 606
DS 



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BQ
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QA 1 211 1 211
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1GS80TF U 1
AF RR1GS80JQ C 83
BS 1 684 RR1GS80TF
BS 685 733 RR1GS80JQ

RD RR1GS80TF 684 0 0
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GGTGATATTACCTTCCATAAGTTAGTTGGGAGGCTTGACAACAGCGCGGTTTCGGAGGTG
GGGGCAAGGCTTGCGTTTAAGTCCAACAAGGAAATATCGGTCCAAGTGAAATCAATACCT
CTTGATGAACTCATCCCGCCTTCTCAACCGATCCTTCTTGTCAAGATCGACGTTCAAGGT
TGGGAGAAGCATGTTTTAAACGGCGCGAAGAAGCTGCTCTCGAGGAAACCGGCGGATGCT
CCTTATCTGATCTATGAGGAAGATGAAAGACTGCTCAAGGCGAGCAATAGTAGCTCCAAA
GAGATACGAGATTTCCTGAGAAGCGTTGGATATAGCAAGTGTGTGATGCATGGCACAGAT
GCGCATTGCACTAAGGAGTAATGGAGACTGGAACTTAGCGAGAAGGGGCTAATAAAGATG
CCATACGAGTTGAGGAGCATGAGAAAATGAGCCAATTGGTATTTGCTGAGAAAGACCATA
AGTTGCTTATGTGGTCAGTCATGTTTGTTTCTCCTTGTAATATGTATTCAACTTTTTGTG
ATACCGGTTCTAACTAGTAAAGATATGTTATTGTTGATGTGCACACTAATGTACACGTAT
CATTAAACTTACAACCCAAGCCTA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR1GS80JQ 651 0 0
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CCAACAAGGAAATATCGGTCCAAGTGAAATCAATACCTCTTGATGAACTCATCCCGCCTT
CTCAACCGATCCTTCTTGTCAAGATCGACGTTCAAGGTTGGGAGAAGCATGTTTTAAACG
GCGCGAAGAAGCTGCTCTCGAGGAAACCGGCGGATGCTCCTTATCTGATCTATGAGGAAG
ATGAAAGACTGCTCAAGGCGAGCAATAGTAGCTCCAAAGAGATACGAGATTTCCTGAGAA
GCGTTGGATATAGCAAGTGTGTGATGCATGGCACAGATGCGCATTGCACTAAGGAGTAAT
GGAGACTGGAACTTAGCGAGAAGGGGCTAATAAAGATGCCATACGAGTTGAGGAGCATGA
GAAAATGAGCCAATTGGTATTTGCTGAGAAAGACCATAAGTTGCTTATGTGGTCAGTCAT
GTTTGTTTCTCCTTGTAATATGTATTCAACTTTTTGTGATACCGGTTCTAACTAGTAAAG
ATATGTTATTGTTGATGTGCACACTAATGTACACGTATCATTAAACTTACAACCCAAGCC
TATTTGGTGCGAGACTTGAGGATCGATATTATGTTCCAAACACGATTAAGC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

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TCCTCACCCTTCTTCTGATCCCAATCCTCGCATACACCGCCCTTGAGCTTTTCAGAATGG
GTCCTGAAGAGATCCTCAATCACCTGAACTCACTCAACTTCAGTCTCCTTCACATCCTTG
GTTCCTCTTTCGTCATCATGTTCTTTTTAACCGTTTACTTCATGTCCAAGCCACGCACCA
TCTACCTTGTTGACTACTCTTGCTTCAAACCTCCCGTCACTTGCCGTGTCCCGTTCGCTA
CGTTCATGGAACACTCTCGTCTCAACCTCATAGACACTCCAAAGAGCGTTGAGTTCCAAA
TGAGAATCCTCGAACGATCTGGCCTCGGAGAAGAAACTTGTCTCCCTCCAGCCATTCACT
ACATCCCTCCAACTCCAACGATGGATGCAGCTAGAAGTGAAGCAGAGTTGGTTATCTTCA
CTGCCATGGACGATCTCTTCAAGAAAACGGGTCTTAAACCTAAAGACATCGACATACTCA
TCGTTAACTGCTCTCTTTTCTCACCAACGCCTTCTCTCTCGGCCATGATAATCAACAAGT
ACAAGCTCACGAGTACATCAAGAGCTTTACCTCTCCGGGATGGGATGCAGCGCCAGTCTT
ATCTCTGTAGATGTAGCACGTGACTGTAACAAGTTCATCCTACTCCACGCGGTGATAGTA
GCACTGAGATCATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DA05TF U 1
AF RR1H492TF U 1
BS 1 203 RR1DA05TF
BS 204 204 RR1H492TF
BS 205 345 RR1DA05TF
BS 346 346 RR1H492TF
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BS 474 508 RR1DA05TF
BS 509 509 RR1H492TF
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BS 656 666 RR1DA05TF
BS 667 794 RR1H492TF

RD RR1DA05TF 666 0 0
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TCCTCACCCTTCTTCTGATCCCAATCCTCGCATACACCGCCCTTGAGCTTTTCAGAATGG
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GTTCCTCTTTCGTCATCATGTTCTTTTTAACCGTTTACTTCATGTCCAAGCCACGCACCA
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CGTTCATGGAACACTCTCGTCTCAACCTCATAGACACTCCAAAGAGCGTTGAGTTCCAAA
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TCGTTAACTGCTCTCTTTTCTCACCAACGCCTTCTCTCTCGGCCATGATAATCAGCAAGT
ACAAGC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR1H492TF 794 0 0
GGACCTCCAAATCTCATAGTCAAAAACCCTTAATCATGTCGCCTCCCAAAATGCCTGATC
TCTCGAGCTCCGTGAAGCACAAATACGTTAAGCTCGGTTACCAATACCTAGTCAACAACT
TCCTCACCCTTCTTCTGATCCCAATCCTCGCATACACCGCCCTTGAGCTTTTCAGAATGG
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GTTCCTCTTTCGTCATCATGTTCTTTTTAACCGTTTACTTCATGTCCAAGCCACGCACCA
TCTACCTTGTTGACTACTCTTGCTTCAAACCTCCCGTCACTTGCCGTGTCCCGTTCGCTA
CGTTCATGGAACACTCTCGTCTCAACCTCATAGACACTCCGAAGAGCGTTGAGTTCCAAA
TGAGGATCCTCGAACGATCTGGCCTCGGAGAAGAAACTTGTCTCCCTCCTGCCATTCACT
ACATCCCTCCAACTCCAACGATGGATGCAGCTAGAAGTGAAGCAGAGTTGGTTATCTTCA
CTGCCATGGACGATCTCTTCAAGAAAACGGGTCTTAAACCTAAAGACATCGACATACTCA
TCGTTAACTGCTCTCTTTTCTCACCAACGCCTTCTCTCTCGGCCATGATAATCAACAAGT
ACAAGCTCACGAGTACATCAAGAGCTTTACCTCTCCGGGATGGGATGCAGCGCCAGTCTT
ATCTCTGTAGATGTAGCACGTGACTGTAACAAGTTCATCCTACTCCACGCGGTGATAGTA
GCACTGAGATCATC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

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GGATCTATGCTCTTACACAACAATGCTATCAGCGTATGTCAATGCTTCAGACATGGAAGG
TGCTGAGAAATTCTTCAAGAGGATAAAAGTGGATGGTTTTGAAGCGAATGTAGTAACCTA
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TGAGAAGATGAGGTTAAGTGGCATCAAAGCGAACCAGACGATTTTGACCACTATCATGGA
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TGAGGATGAGGATGACTATGAAGATGAGGATGACTATGAAGAAGAAGATGATGATGTTGA
TGGTGCAAAAGAAACTGTGTTGTGTGATAACGAACAAGAAGAGTCTTTGGCTTATGTTGG
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GAATGCTAAAAGAAAGATTTTGCAGAAGAGGACTTGGTAGGTTGTGTCCATTATTTGTGT
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BQ
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AF RR1G753TF U 1
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BS 671 816 RR1G753JQ

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TGCTGAGAAATTCTTCAAGAGGATAAAAGTGGATGGTTTTGAAGCGAATGTAGTAACCTA
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TGAGAAGATGAGGTTAAGTGGCATCAAAGCGAACCAGACGATTTTGACCACTATCATGGA
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CTGTGGTGTACCACCTGATCAGAAAGCTAAGAATGTGCTCTTGTCATTGGCTTCGACTCG
AGATGAGCTGGAGGAAGCTAAGGAAGTTACTGGTCTCGTAGATGAGAAGACAGCGAGCCT
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TGAGGATGAGGATGACTATGAAGATGAGGATGACTATGAAGAAGAAGATGATGATGTTGA
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CTCACAGACG

QA 1 670 1 670
DS 

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TGGAGGAAGCTAAGGAAGTTACTGGTCTCGTAGATGAGAAGACAGCGAGCCTTGCTGGAG
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AGGATGACTATGAAGATGAGGATGACTATGAAGAAGAAGATGATGATGTTGATGGTGCAA
AAGAAACTGTGTTGTGTGATAACGAACAAGAAGAGTCTTTGGCTTATGTTGGCTCACAGA
CGGAAGAACTTGTTGGGTTATGAAAACTACTACTATATGTTTTGTAATCATCGAATGCTA
AAAGAAAGATTTTGCAGAAGAGGACTTGGTAGGTTGTGTCCATTATTTGTGTCCGTAGTT
TACAAGATGAAATATGTTACTCATTTGT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

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TCCAACTAATATT


BQ
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AF RR1FS43JQ C 1
AF RR1FS43TF U 1
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TCCAACTAATATT

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR1FS43TF 553 0 0
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ACTGCTGTAACAATTCCGTTTGGGCAGCCTGAAGAATTTGTTATAGTTGCTTCTGATGGT
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TCCAACTAATATT

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

CO CL9106Contig1 638 2 1 U
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TCTTTTAGCCGCTCCGGAAAAGGATACGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGTGGCTGTACCGTC
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TTTTGTGTTAATGAGAGGGAAATTACATTGTCCTTTTATTTTTGTTTTCTTGGTTTGGCA
TGTTTTAATTTTATCTTGCAATAAATGATATATCTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CZ87TF U 1
AF RR1CZ87JQ C 37
BS 1 638 RR1CZ87TF

RD RR1CZ87TF 638 0 0
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TCTTTTAGCCGCTCCGGAAAAGGATACGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGTGGCTGTACCGTC
GACTGTAAGAAGAAATGTGTGGCTTATTGTTGAAATGTAATGTCTACGGAAATGTTTTTC
TTTTGTGTTAATGAGAGGGAAATTACATTGTCCTTTTATTTTTGTTTTCTTGGTTTGGCA
TGTTTTAATTTTATCTTGCAATAAATGATATATCTATC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR1CZ87JQ 602 0 0
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GGTGGAGGCGGTGGCTGTACCGTCGACTGTAAGAAGAAATGTGTGGCTTATTGTTGAAAT
GTAATGTCTACGGAAATGTTTTTCTTTTGTGTTAATGAGAGGGAAATTACATTGTCCTTT
TATTTTTGTTTTCTTGGTTTGGCATGTTTTAATTTTATCTTGCAATAAATGATATATCTA
TC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

CO CL9107Contig1 1158 2 4 U
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GAGAGAGAGAGGAAAATCAAAAGTCAAACCAATGGCGTCGAAATCGAAGAACAACATTCG
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ACTCGTGGTGCTTATGATTCTTCTCGGTCTCGGTATCTTGTCACTTCCAAATGCAAACAG
AAACTCTTCCAAACCCAACGACTTGGCCAACATTGTACGCAAGAACCAGGAGCAGAGTAA
TGGAGGAGAAGAGGAAGGGAACGGGGAGCGTTGGGTTGAAGTGATATCGTGGGAGCCTAG
AGCTGTCGTTTACCACAATTTCTTGACCAATGAAGAATGTGAGCACCTGATCAGCCTTGC
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CAGAGTAAGGACGAGCTCTGGAACTTTTCTTAAAAGAGGACATGACCAAGTTGTTGAGAG
GATTGAGCAAAGGATTTCAGATTTCACCTTCATTCCTGTTGAAAATGGGAGAAGGTCTTC
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AGTCAACACCAAAAAACGGTGGACAACGTATAGCTACTCTTCTTATGTACCTCTCGGATG
TTGATGATGGTGGCGAGACAGTGTTCCCAGCTGCGAAAGGAAACATCAGTGCAGTGCCGT
GGTGGAACGAGCTCTCGAAATGTGGGAAAGAAGGACTCTCTGTTCTACCAAAGAAGCGAG
ATGCTTTACTTTTTTGGAACATGAGACCTGACGCCTCTCTAGATCCTTCCAGTTTGCACG
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AGTTCAAGGTTTAAGATAAGAAAACTACTACAGTTTGAGGAGAGGTTTTCACGACAGCTC
AAGTTTGTGTATTTGTTGTATTTTTCCCTTTTTGAAGTGAGAGACCATTACTTAGGAAAA
CTGGAGGCTGTTTGTTTATCATGAGGGATATTTGAAAATTTTCTACTTTTTTCTTCTAAA
CTATTTGAGATCTTTTGT


BQ
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AF RR1C678TF U 1
AF RR1C678JQ C 411
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BS 666 666 RR1C678JQ
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AAACTCTTCCAAACCCAACGACTTGGCCAACATTGTACGCAAGAACCAGGAGCAGAGTAA
TGGAGGAGAAGAGGAAGGGAACGGGGAGCGTTGGGTTGAAGTGATATCGTGGGAGCCTAG
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DS 

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TTCTTAGATGAGTCAACACCAAAAAACGGTGGACAACGTATAGCTACTCTTCTTATGTAC
CTCTCGGATGTTGATGATGGTGGCGAGACAGTGTTCCCAGCTGCGAAAGGAAACATCAGT
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AAGAAGCGAGATGCTTTACTTTTTTGGAACATGAGACCTGACGCCTCTCTAGATCCTTCC
AGTTTGCACGGTGGATGTCCAGTGGTGAAAGGTAACAGATGGTCATCCACGAAATGGTTC
CACGTCCACGAGTTCAAGGTTTAAGATAAGAAAACTACTACAGTTTGAGGAGAGGTTTTC
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CTTAGGAAAACTGGAGGCTGTTTGTTTATCATGAGGGATATTTGAAAATTTTCTACTTTT
TTCTTCTAAACTATTTGAGATCTTTTGT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL9108Contig1 1003 2 4 U
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GCGCGATAAAGTAAGCAGCCACTGTTATATTAGACTCACGCATTTGCACAAAACAGAGAA
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GTCAGACTTTTAAGACCACAGCTCATCTAGCTAACCATTTACCTACAGGGACAGCCCTCG
CTTACCAAGTCTTATCGCCAGTTCTCACTAACGGTGGACGCTGCGATTTAGCTAGCAGAT
TCATGACAGAAATGCTGGTGTCCATCTGCGCATTCACTTGCTTCATCCTCAGCTTCACTG
ACTCTTACAGGGACTTGAATGGAACTGTTTGCTATGGATTTGCCACTACCAACGGCCTCT
GGATAATCGATGGCAAAGCTGTTCTTCCTAAAGAACGTTCCAAAAGCTACAGACTACAGT
TAATAGACTTCGCACATGCCATTATGACGTTACTAGTGTTTGGAGCTGTGGTCATGTTTG
ATCATAATGTGGTAAACTGTTTCTTCCCTGAACCATCAGCAGAAGTAGCAGAGCTTCTCA
CAGCTTTGCCCGTGGCCGTAGGAGTCTTTTGCAGTATGATGTTCGCTGCATTTCCTACTA
CACGCCATGGTATTGGTTTTCCACTCTCTGCTCACTGCTAAATGATGTTCTGATTCTAAA
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TTCTCCTACAATCTTTTTATCCAACGTGTGCCCTATAAGTACC


BQ
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AF RR1FJ06TF U 1
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BS 786 1003 RR1FJ06JQ

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GCGCGATAAAGTAAGCAGCCACTGTTATATTAGACTCACGCATTTGCACAAAACAGAGAA
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TCTTGAAAGCTCAAGAGTTTCCTGAAGTCGAAAGGAACAATTGGATACACAAGGCAATAG
GTCAGACTTTTAAGACCACAGCTCATCTAGCTAACCATTTACCTACAGGGACAGCCCTCG
CTTACCAAGTCTTATCGCCAGTTCTCACTAACGGTGGACGCTGCGATTTAGCTAGCAGAT
TCATGACAGAAATGCTGGTGTCCATCTGCGCATTCACTTGCTTCATCCTCAGCTTCACTG
ACTCTTACAGGGACTTGAATGGAACTGTTTGCTATGGATTTGCCACTACCAACGGCCTCT
GGATAATCGATGGCAAAGCTGTTCTTCCTAAAGAACGTTCCAAAAGCTACAGACTACAGT
TAATAGACTTCGCACATGCCATTATGACGTTACTAGTGTTTGGAGCTGTGGTCATGTTTG
ATCATAATGTGGTAAACTGTTTCTTCCCTGAACCATCAGCAGAAGTAGCAGAGCTTCTCA
CAGCTTTGCCCGTGGCCGTAGGAGTCTTT*GCAGTATGATGTTCGCTGCATTTCCTACTA
CACGC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR1FJ06JQ 825 0 0
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ACTCTTGAAAGCTCAAGAGTTTCCTGAAGTCGAAAGGAACAATTGGATACACAAGGCAAT
AGGTCAGACTTTTAAGACCACAGCTCATCTAGCTAACCATTTACCTACAGGGACAGCCCT
CGCTTACCAAGTCTTATCGCCAGTTCTCACTAACGGTGGACGCTGCGATTTAGCTAGCAG
ATTCATGACAGAAATGCTGGTGTCCATCTGCGCATTCACTTGCTTCATCCTCAGCTTCAC
TGACTCTTACAGGGACTTGAATGGAACTGTTTGCTATGGATTTGCCACTACCAACGGCCT
CTGGATAATCGATGGCAAAGCTGTTCTTCCTAAAGAACGTTCCAAAAGCTACAGACTACA
GTTAATAGACTTCGCACATGCCATTATGACGTTACTAGTGTTTGGAGCTGTGGTCATGTT
TGATCATAATGTGGTAAACTGTTTCTTCCCTGAACCATCAGCAGAAGTAGCAGAGCTTCT
CACAGCTTTGCCCGTGGCCGTAGGAGTCTTTTGCAGTATGATGTTCGCTGCATTTCCTAC
TACACGCCATGGTATTGGTTTTCCACTCTCTGCTCACTGCTAAATGATGTTCTGATTCTA
AATGTAACTTTCTTCATAACTTTTGTGTAAGCTTTTTCCTATTCCACTTGGTTGTTTCAG
CTGTCTTCATCTTATCTTCCTTGTATTTAGATCTCCAAATCTCTGAGAAGAGATTCTGAA
GCTTCTCCTACAATCTTTTTATCCAACGTGTGCCCTATAAGTACC

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL9109Contig1 231 2 1 U
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TAAACTTATTAAATTTACATTGATTACAGTTCAAATGATATGAGAAAAAGGTCTAAAATT
ATCGTATAATTACGTATATGTTGTTATGTACGTAACACACAAATGTGGAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1FK57JQ C 1
AF RR1FK57TF U 1
BS 1 231 RR1FK57TF

RD RR1FK57JQ 231 0 0
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TTTACAAATGTTTTTCCTTGACCAACTAGTGAATAGCCAAAAAAAAATGTATACATTAAA
TAAACTTATTAAATTTACATTGATTACAGTTCAAATGATATGAGAAAAAGGTCTAAAATT
ATCGTATAATTACGTATATGTTGTTATGTACGTAACACACAAATGTGGAGG

QA 1 231 1 231
DS 

RD RR1FK57TF 231 0 0
GGGGTATCTTGTGGCTCGCAAATCCCCTTAGCTAATAATCATTTGATTATTATATTTGTT
TCTACAAATGTTTTTCCTTGACCAACTAGTGAATAGCCAAAAAAAAATGTATACATTAAA
TAAACTTATTAAATTTACATTGATTACAGTTCAAATGATATGAGAAAAAGGTCTAAAATT
ATCGTATAATTACGTATATGTTGTTATGTACGTAACACACAAATGTGGAGG

QA 1 231 1 231
DS 



AS 1 2

CO CL9110Contig1 615 2 2 U
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ACTCGCAGAGGTAACAAAGATGTCGACCATAGAAGAAATCCCAAAGACTTTCAGCAGTTT
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GGCAAAACAATTCAAAGCATTGCCCTATTAGCTTCACTTTTTGAGGAGAACCTTATTCCG
CATTTGGTGATCGCTCCACTCTCGACTCTGAGGAATTGGGAGAGAGAGTTTGCCACATGG
GCCCCGCAGATGAATGTGGTTATGTATTTTGGCACTTCTCAAGCTCGAGCCGTTATTAGA
GAACACGAGTTTTACTACCCAAAAGGCCAGCAAAAGATCAAGAAAAAGAAATCTGGACAA
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ATGATCAACCTAGACACAGCAGTTCTAAAACCAATTAAGTGGGAATGCATGATTGTTGAT
GAAGGCCATCGACCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1DU24JQ C 1
AF RR1DU24TF U 1
BS 1 603 RR1DU24TF
BS 604 615 RR1DU24JQ

RD RR1DU24JQ 615 0 0
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CATTTGGTGATCGCTCCACTCTCGACTCTGAGGAATTGGGAGAGAGAGTTTGCCACATGG
GCCCCGCAGATGAATGTGGTTATGTATTTTGGCACTTCTCAAGCTCGAGCCGTTATTAGA
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GAAGGCCATCGACCC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR1DU24TF 607 0 0
GAATCAGACATCTCGACCTTCCAGAATGAAATCCAGAGGTTCAAGGATATCAATTCTAGG
ACTCGCAGAGGTAACAAAGATGTCGACCATAGAAGAAATCCCAAAGACTTTCAGCAGTTT
GATCATAGTCCTGAGTTCCTCAAAGGTTTGTTGCATCCGTATCAGCTTGAGGGCCTTAAC
TTTTTGCGCTTCTCGTGGTCAAAGCAGACACATGTTGTCCTTGCCGATGAAATGGGTCTA
GGCAAAACAATTCAAAGCATTGCCCTATTAGCTTCACTTTTTGAGGAGAACCTTATTCCG
CATTTGGTGATCGCTCCACTCTCGACTCTGAGGAATTGGGAGAGAGAGTTTGCCACATGG
GCCCCGCAGATGAATGTGGTTATGTATTTTGGCACTTCTCAAGCTCGAGCCGTTATTAGA
GAACACGAGTTTTACTACCCAAAAGGCCAGCAAAAGATCAAGAAAAAGAAATCTGGACAA
AGCAGCAGTGAAAACAAGCAAAAAAGAATCGAGTTCGATGTTCTCCTCACATCGTATGAG
ATGATCAACCTAGACACAGCAGTTCTAAAACCAATTAAGTGGGAATGCATGATTGTTGAT
GAA
TGCC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL9111Contig1 611 2 1 U
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AGAAAGAGCACAAGCTCAAGTTCTAGAACCTAACGGCTTCAGTTTTGATGGTGCTGATGC
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GTTTAACTCGCTGTGCAAGACGGTGATGGAGCAAGACTGGTCATGGAATCGTCCTACACT
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AATGTGAGTTATAAGATCAATTCTCTTTGTATGTACAGAAATAAGCTATAGAAAGTTTGA
TCCTTTCTTCTCTTTGTAACGTTCCCAAAGCATTCAAAGATCATATGGATTATTATGCTT
TTGTAATTTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR1AZ39JQ C 1
AF RR1AZ39TF U 1
BS 1 611 RR1AZ39TF

RD RR1AZ39JQ 611 0 0
GGATTTCGTGAACTTGGCGAATCAGTTGCATTCTACTCACGGTGATCGAGCTAGGCTTGT
TCTAACCTACGACGAGCCTCTTTCCCATTTGATCTATGCTGGGGCTGACTTTATTCTTGT
ACCGTCGATATTTGAGCCGTGTGGACTGACACAGCTCATTGCCATGAGATACGGTGCAGT
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GTTTAACTCGCTGTGCAAGACGGTGATGGAGCAAGACTGGTCATGGAATCGTCCTACACT
TGAGTACATTGAGCTCTATCACTCTGCACGCAAGTGAGAAGAAGAAGAAAAGAAAAAGAA
AATGTGAGTTATAAGATCAATTCTCTTTGTATGTACAGAAATAAGCTATAGAAAGTTTGA
TCCTTTTTTCTCTTTGTAACGTTCCCAAAGCATTCAAAGATCATATGGATTATTATGCTT
TTGTAATTTTG

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR1AZ39TF 611 0 0
GGATTTCGTGAACTTGGCGAATCAGTTGCATTCTACTCACGGTGATCGAGCTAGGCTTGT
TCTAACCTACGACGAGCCTCTTTCCCATTTGATCTATGCTGGGGCTGACTTTATTCTTGT
ACCGTCGATATTTGAGCCGTGTGGACTGACACAGCTCATTGCCATGAGATACGGTGCAGT
TCCTGTCGTAAGAAAAACTGGAGGACTCTATGACACGGTGTTTGATGTGGACCATGATAA
AGAAAGAGCACAAGCTCAAGTTCTAGAACCTAACGGCTTCAGTTTTGATGGTGCTGATGC
TCCTGGTGTGGACTATGCTCTCAATAGGGCGATATCGGCTTGGTACGATGGGAGAGAGTG
GTTTAACTCGCTGTGCAAGACGGTGATGGAGCAAGACTGGTCATGGAATCGTCCTACACT
TGAGTACATTGAGCTCTATCACTCTGCACGCAAGTGAGAAGAAGAAGAAAAGAAAAAGAA
AATGTGAGTTATAAGATCAATTCTCTTTGTATGTACAGAAATAAGCTATAGAAAGTTTGA
TCCTTTCTTCTCTTTGTAACGTTCCCAAAGCATTCAAAGATCATATGGATTATTATGCTT
TTGTAATTTTG

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL9112Contig1 603 2 1 U
GAAGGTAGGATCTTAAAAGAAGGAGAGAGGGTTGCTTTGCTGGGGTATGGCTCAGCGGTT
CAGAGCTGTTTAGGAGCGGCTGTGATGCTCCAAGAACGTGGATTAAACGTAACAGTAGCA
GATGCACGGTTCTGTAAGCCGTTGGACCGTGCTCTCATCCGCAGCTTAGCTAAGTCTCAC
GAGGTGCTGATCACGGTTGAAGAAGGTTCCATTGGAGGGTTTGGATCGCATGTGGTTCAG
TTTCTTGCATTGGATGGTCTTCTAGATGGGAAGCTCAAGTGGAGACCAATGGTATTGCCT
GATAGGTACATTGACCACGGTTCACCAGCTGATCAAATGGCTGAAGCTGGACTCATGCCG
TCTCATATAGCAGCAACTGCGCTTAACTTAATCGGAGCACCAAGGGAAGCTCTGTATTGA
GAGTATAAAACATATACAAGAAGCAAGTCATTTGGTGGCTGAGATGGTAAAGACAATGTG
TGCAAAGATTAGTTGTAATGTGACTTTGTTAAGGAGTCTGATTTTGAGATCAAGCTGTAC
AACCATATCTAACATCTTTGTAAAAATCAAATATTCTCTCCCTTTTTTAATAGATGATGT
TGC


BQ
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20 20 20 

AF RR1EH30JQ C 1
AF RR1EH30TF U 1
BS 1 603 RR1EH30TF

RD RR1EH30JQ 603 0 0
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TGC

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DS 

RD RR1EH30TF 603 0 0
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GAGGTGCTGATCACGGTTGAAGAAGGTTCCATTGGAGGGTTTGGATCGCATGTGGTTCAG
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GATAGGTACATTGACCACGGTTCACCAGCTGATCAAATGGCTGAAGCTGGACTCATGCCG
TCTCATATAGCAGCAACTGCGCTTAACTTAATCGGAGCACCAAGGGAAGCTCTGTATTGA
GAGTATAAAACATATACAAGAAGCAAGTCATTTGGTGGCTGAGATGGTAAAGACAATGTG
TGCAAAGATTAGTTGTAATGTGACTTTGTTAAGGAGTCTGATTTTGAGATCAAGCTGTAC
AACCATATCTAACATCTTTGTAAAAATCAAATATTCTCTCCCTTTTTTAATAGATGATGT
TGC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL9113Contig1 1278 2 4 U
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TTATACTTTTGTGATTCAGAAAACTCTGGTCCTATTGTTATGTGTTGGGTTGGCATGGAA
AATGATTGTATACATGTGCAATTTGTTAAAGATTGAGAAAGAACCTATAAGGGTTCTGAT
CACTGGTGCAGCAGGGAACATAGGATATGCAATTGCTCCAATGATTGCAAGAGGTGTTAT
GCTAGGTCCAGACCAACCCATGATTCTACATTTACTTGATATAGAACCAGCTTCAAAATC
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CGCGACAACAAACGTTGACGAAGCCTGTAACGGTGTGAACATCGCCATACTGATCGGCGG
ATTCGCAAGAAAAGAAGGCATGGAAAGAAAAGACGTGATGTCGAAAAACGCAGTGATATA
TAAGGCTCAGGCTTCGGCGTTAGAGCGATATGCATCAGATGATTGCAAGGTTCTCGTTGT
AGCCAACCCTGCGAACACAAATGCTCTGATTTTGAGAGAGTTTGCACCGTCGATCCCGGA
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GAAGCTAAGTGTTCCCGTTAGCAGCGTGAAGAAAGTGGTCGTCTGGGGAAACCATTCTTC
AACTCAGTATCCAGACACCAGTCATGCAACGGTCTCTACAAAGACCGGAGATCAACCGGC
GAAAGAACTACTTGTCGCTGATCAGAAGTGGCTGAAGAATGGGTTTATTACAGAAGTTCA
GCAACGTGGTGCAGAGATTATAAGAGCACGGAAACAGTCGAGTGCTTTGTCCGCTGCTAG
CGCAGCTTGTGACCATATCCATGACTGGTTTCTTGGAACACCTAAAGGAAGTTGGGTTTC
TATGGGTGTTTGTTCGGATGGCTCCTACGGTATACCACCTGGTTTGGTTTACTCGTTTCC
GGTTATCTGTGAGAAAGGGAGTTGGAAGATCGTACAAGGACTCAGTATTGACGAGTTCTC
CAGAGAGAAAATGGATGACTCTGCAAGAGAGCTAGCTGAAGAGAAGGCTTTAGCTTATTC
TTGTCTCAATGTATAGACGAAATTAAAAAAAAAATCTAGAGCCATGGCACACAAAAAAAT
GTAGCAACAAATAAATTTGTGGTTCGAAATCTCTTGTAAGAATATATAAGAACTTGAATA
ATAAACGCTGAGGTTCAC


BQ
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AF RR1BR06TF U 1
AF RR1BR06JQ C 449
BS 1 738 RR1BR06TF
BS 739 739 RR1BR06JQ
BS 740 781 RR1BR06TF
BS 782 1278 RR1BR06JQ

RD RR1BR06TF 781 0 0
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TTATACTTTTGTGATTCAGAAAACTCTGGTCCTATTGTTATGTGTTGGGTTGGCATGGAA
AATGATTGTATACATGTGCAATTTGTTAAAGATTGAGAAAGAACCTATAAGGGTTCTGAT
CACTGGTGCAGCAGGGAACATAGGATATGCAATTGCTCCAATGATTGCAAGAGGTGTTAT
GCTAGGTCCAGACCAACCCATGATTCTACATTTACTTGATATAGAACCAGCTTCAAAATC
ACTAGAAGCTGTGAAGATGGAGCTTCAAGATTCAGCCTTCCCTCTTCTCCAAGGCGTTAT
CGCGACAACAAACGTTGACGAAGCCTGTAACGGTGTGAACATCGCCATACTGATCGGCGG
ATTCGCAAGAAAAGAAGGCATGGAAAGAAAAGACGTGATGTCGAAAAACGCAGTGATATA
TAAGGCTCAGGCTTCGGCGTTAGAGCGATATGCATCAGATGATTGCAAGGTTCTCGTTGT
AGCCAACCCTGCGAACACAAATGCTCTGATTTTGAGAGAGTTTGCACCGTCGATCCCGGA
AGAAAACATCACTTGCCTGACACGTCTCGATCATAACCGGGCTCAAGCTCGCCTTGCGGA
GAAGCTAAGTGTTCCCGTTAGCAGCGTGAAGAAAGTGGTCGTCTGGGGAAACCATTCTTC
AACTCAGTATCCAGACAC*AGTCATGCAACGGTCTCTACAAAGACCGGAGATCAACCGGC
G

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR1BR06JQ 830 0 0
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ATTTTGAGAGAGTTTGCACCGTCGATCCCGGAAGAAAACATCACTTGCCTGACACGTCTC
GATCATAACCGGGCTCAAGCTCGCCTTGCGGAGAAGCTAAGTGTTCCCGTTAGCAGCGTG
AAGAAGGTGGTCGTCTGGGGAAACCATTCTTCAACTCAGTATCCAGACACCAGTCATGCA
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TGGCTGAAGAATGGGTTTATTACAGAAGTTCAGCAACGTGGTGCAGAGATTATAAGAGCA
CGGAAACAGTCGAGTGCTTTGTCCGCTGCTAGCGCAGCTTGTGACCATATCCATGACTGG
TTTCTTGGAACACCTAAAGGAAGTTGGGTTTCTATGGGTGTTTGTTCGGATGGCTCCTAC
GGTATACCACCTGGTTTGGTTTACTCGTTTCCGGTTATCTGTGAGAAAGGGAGTTGGAAG
ATCGTACAAGGACTCAGTATTGACGAGTTCTCCAGAGAGAAAATGGATGACTCTGCAAGA
GAGCTAGCTGAAGAGAAGGCTTTAGCTTATTCTTGTCTCAATGTATAGACGAAATTAAAA
AAAAAATCTAGAGCCATGGCACACAAAAAAATGTAGCAACAAATAAATTTGTGGTTCGAA
ATCTCTTGTAAGAATATATAAGAACTTGAATAATAAACGCTGAGGTTCAC

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

CO CL9114Contig1 590 2 1 U
GACCACTCGGTATGTTACCATTGATAGTTATGAGGATGCTCCACATAACGATGAGATGTC
TTTGAAGAAGGCTGTTGCACATCAACCTATTAGTGTTATGATTGAAGCCGAAAATATGAA
ACTCTACAAATCTGGTGTGTTTACAGGACCATGTGATCATTGGTATGGAAACCACAATGT
GGTAGTCGTGGGGTATGGAACGACAGAAAAAGGTGAAGACTACTGGATTATTCGTAACTC
ATGGGGAGCAAACTGGGGTGAAAGTGGATACATTAAGCTTCAACGTAACTTCCACAACTC
AACAGGGAATTGTGGAGTCGCAATACGGCCTGTGTACCCACTCAAGTCCAACTCAGCATT
TGGTTTGGTGTCTCTAAGTGTATGTAAATTGGGGGTTTTATTTGTTTTAATTGGTTGGGT
TTTGTTGTGAGATAGACGTTGCCAAGCTCTATCCGAAAGCCGGATGTCTTGTGTTGTTTG
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ATGTTCTTCCAGAATTGATTAAAAATATTAAATAAGAGACTTCTCCCTTT


BQ
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ACTCTACAAATCTGGTGTGTTTACAGGACCATGTGATCATTGGTATGGAAACCACAATGT
GGTAGTCGTGGGGTATGGAACGACAGAAAAAGGTGAAGACTACTGGATTATTCGTAACTC
ATGGGGAGCAAACTGGGGTGAAAGTGGATACATTAAGCTTCAACGTAACTTCCACAACTC
AACAGGGAATTGTGGAGTCGCAATACGGCCTGTGTACCCACTCAAGTCCAACTCAGCATT
TGGTTTGGTGTCTCTAAGTGTATGTAAATTGGGGGTTTTATTTGTTTTAATTGGTTGGGT
TTTGTTGTGAGATAGACGTTGCCAAGCTCTATCCGAAAGCCGGATGTCTTGTGTTGTTTG
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QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

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GAACCTCGCCTTTGACGGCTTCACAAACGCCACCCAGGATTCCATTACCGCTAAGTACCC
CAAAACCAACGCGGGGACATAATGCTGGGGATGAATCTATGGGGAACCATATACAACATG
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TTGTTTTTTGATTTGAGACCTTTAAAGCGTAGTCACATTAGCAATATGTAAACTAAAGCA
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BQ
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AF RR1DU46TF U 1
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BS 1 775 RR1DU46TF
BS 776 1186 RR1DU46JQ

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AGTCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAATGATTAAGCTGTGGTCCAATGGAGGAAGTGGTGG
AGCTCCATGGTGGACTTACTGGAGTGCTGGTATTACTAATACTATTGGTCCTGCCATGGG
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GATTCCAGTTATGCTTATGGGTTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACAGTTTACCTGAGTA
TCTTTGCACCTTTCTCGTTGCGGGAGGAGTGTCCATGTTTGCTCTTCTTAAGACAAGCTC
GAAGACCATCAGCAAGCTTGCACATCCAAACGCCCCTCTTGGTTACGGACTTTGCTTCTT
GAACCTCGCCTTTGACGGCTTCACAAACGCCACCCAGGATTCCATTACCGCTAAGTACCC
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GTCTACATGTTTGGATTGCCGCACGGGAGCGGATTCGAAGCTGTGCAGTTCTGCA

QA 1 775 1 775
DS 

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ATTACCGCTAAGTACCCCAAAACCAACGCGGGGACATAATGCTGGGGATGAATTTATGGG
GAACCATATACAACATGGTCTACATGTTTGGATTGCCGCACGGGAGCGGATTCGAAGCTG
TGCAGTTCTGCAAGCAACACCCTGAGGCAGCATGGGACATTCTCATGTACTGTCTATGCG
GCGCAGTGGGACAAAACTTCATCTTCTTGACGATAAGCAGATTCGGGTTTCTGGCTAACA
CGACCATAACCACAACCCGGAAGTTTGTAAGCATCGTCGTATCCTCTGTTTTGAGCGGAA
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ATATGTAAACTAAAGCATTAGAAGAAACATATATCAATCCAAAACCAAAGGATGATTCCA
CTC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL9116Contig1 870 2 2 U
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CTGGATCAATATTTGTAAAAATCTTGTTTAAAAATAAAAAATTATTTCTTGCAGGTGTTC
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TCGGTCTGGGTTTTATGGTTTATGAATTAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR1CK44TF U 1
AF RR1CK44JQ C 68
BS 1 679 RR1CK44TF
BS 680 870 RR1CK44JQ

RD RR1CK44TF 679 0 0
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CTGGATCAATATTTGTAAAAATCTTGTTTAAAAATAAAAAATTATTTCTTGCAGGTGTTC
TGTTTGGATCATCGTAGCTACATGAAACACTCTTGTCCGAAAGGAAACAGAGGAGATGTA
ACGGTCGTTATCTGTCCGTTATGTGCTAAAGGAGTTAGGTTAAACCCTGACGAAGATCCA
AACATCACTTGGGAGAAACACGTGAACACAGATTGTGATCCATCGAACTACGAGAAAACT
GTCAAGAAGAAGAAATGTCCTGTCCCAAGATGCAGAGAGTTGCTTACCTTCTCCAACACT
ATAAAATGCCGAGATTGCAGTATCGACCATTGCTTGAAACATCGGTTTGGACCTGACCAT
AGTTGCTCTGGACCTAAGAAGCTTGAATCTAGTTTCTCATTCTGGGTTTCTTGAGTACTG
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CTGCGGAAGCTAGTATCAGAGAACTCGGTAACGATATTAGCCAGAAGTTGCAGTTCTCGA
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TTTGTCCGAAATGCAGCAA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR1CK44JQ 803 0 0
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ATCATCGTAGCTACATGAAACACTCTTGTCCGAAAGGAAACAGAGGAGATGTAACGGTCG
TTATCTGTCCGTTATGTGCTAAAGGAGTTAGGTTAAACCCTGACGAAGATCCAAACATCA
CTTGGGAGAAACACGTGAACACAGATTGTGATCCATCGAACTACGAGAAAACTGTCAAGA
AGAAGAAATGTCCTGTCCCAAGATGCAGAGAGTTGCTTACCTTCTCCAACACTATAAAAT
GCCGAGATTGCAGTATCGACCATTGCTTGAAACATCGGTTTGGACCTGACCATAGTTGCT
CTGGACCTAAGAAGCTTGAATCTAGTTTCTCATTCTGGGTTTCTTGAGTACTGCAACTAA
CACAAAAGAAACTCCCGCTTCATCATCTTCAAGATGGTCTAGTCTTTTAGCTTCTGCGGA
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CGATGGTAGTTCGGAGAAAACGCAGGAGAGGAATGGTAAAGTTACGGTTGATGTTTGTCC
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TCGTGGTACTTCTATAGCTTAGAAGCATGATGGAAGTGATGATGAATGAATTGGTTAAAT
ATTTGTGTGATTGTAACATTTTTGTTCTTGTGTTGTTGTAACATTCTTTGCGATCGGTCT
GGGTTTTATGGTTTATGAATTAT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

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TCTGTTGCTGAAGCAAAAGCTGAGACCAAAGCCAATGCCTCTGTGATTTACATTCCTGCC
CCTTTCGCTGCTGCTGCTATTATGGAGGGTATACAAGCTGAGTTGGATCTTGTTGTCTGC
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TCAAAAACTATGCTGATTGGTCCAAACTGCCCTGGGATTATCAAGCCTGGTGAATGCAGA
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BQ
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AF RR1BW94TF U 1
AF RR1BW82TF U 9
BS 1 607 RR1BW94TF
BS 608 710 RR1BW82TF

RD RR1BW94TF 607 0 0
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TCTGTTGCTGAAGCAAAAGCTGAGACCAAAGCCAATGCCTCTGTGATTTACATTCCTGCC
CCTTTCGCTGCTGCTGCTATTATGGAGGGTATACAAGCTGAGTTGGATCTTGTTGTCTGC
ATTACCGAAGGAATCCCTCAACATGACATGGTACGTGTGAAGCATGCTCTTAACAGTCAG
TCAAAAA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR1BW82TF 702 0 0
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CACAAGGCTCCTCGGATCTCTCTCGTCTAAAGCTCGCCGCTGCTCGATCGGCTTCTCCGA
GGTTTCTCCGTCATGCCAGTCTCTCACTTCGTTGACCCAATCTCGCTCCTACGCGTCGCC
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AGTGACACCAAAGAAGGGTGGAACAGAGCACTTAGGTCTCCCTGTTTTCAACTCTTTTGC
TGAAGCAAAAGCTGAGACCAAAGCCAATGCCTCTGTGATTTACGTTCCTGCCCCTTTCGC
TGCTGCTGCTATTATGGAGGGTATACAAGCTGAGTTGGATCTTGTTGTCTGCATTACCGA
AGGAATCCCTCAACATGACATGGTACGTGTGAAGCATGCTCTTAACAGTCAGTCAAAAAC
TATGCTGATTGGTCCAAACTGCCCTGGGATTATCAAGCCTGGTGAATGCAGATTGGCATT
ATGCCTGGTTACATCCACAGCCTGGCAGATGGGATTGTCTCT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL9118Contig1 785 2 4 U
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AGAGGATCATCATCACAAGTACTTTCGCGGCCTAGGGTTACACATGGGAGATGCTGGTAG
TGGAGGAAGAGAAGCCAGAGTTTCAAGATACCGAGAGAAAAGAAGGACAAGGTTGTTCTC
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AAGGTTCGTGAAGAGATCTTCAATTGCTGCTGCTCACTAAGAACTTTATTGATTAATTAT
AGATTTCACTCTGCGTCCTTCTTACTTCTTTGTTGTTTTATTTTACTGCAATGCTTGAAA
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AAAAACTGATTACCTTGTAAGGACTGGTTTTTATAATTAATAAACGTGAATTTCGATGGC
CGAAA


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR1CX47TF U 1
AF RR1BA26TF U 281
BS 1 593 RR1CX47TF
BS 594 594 RR1BA26TF
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RD RR1CX47TF 642 0 0
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DS 

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G
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GAAGGACAAGGTTGTTCTCCAAGAAGATAAGATATGAGGTACGTAAATTGAATGCTGAGA
AAAGGCCTCGAATGAAAGGAAGGTTCGTGAAGAGATCTTCAATTGCTGCTGCTCACTAAG
AACTTTATTGATTAATTATAGATTTCACTCTGCGTCCTTCTTACTTCTTTGTTGTTTTAT
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TTTATATATATGGCACCAAAAAAACTGATTACCTTGTAAGGACTGGTTTTTATAATTAAT
AAACGTGAATTTCGATGGCCGAAA

QA 2 505 2 505
DS 



AS 1 2

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AAAAAATTGAGTTGAAACAAAAGATATTCAAAGAAATCGAAGAGATCTGTCCACCACATT
GCATTTTGGCGAGCAACACATCTACTATCGACCTCAACGTAATTGGGGAAAAAACTAACT
CAAAAGATCGCATAGTTGGCGCACATTTCTTCAGCCCGGCACATGTTATGACCCTTCTCG
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GAGTCGACAGCGTTATCACCTCTTTTGGCTTGCCATTGGGTCCTTTCCAGCTAGGTGATT
TGGCTGGACACGGGATTGGAATGGCAGTTAAGGAGATATATGCCAAGGTCTATGGTGACC
GAATGTTTCAGTCTCCATTGACAGAGCTTCTGGTTAAGAGCGGACGAAATGGCAAAATCA
ACGGGAGAGGATACTATATTTACGAGAAGGGAAGCAAACCAAAGCCTGATTCATCAGTGC
TTTCAGTTGTTGAGGAATCGAGGAAACTTACCAATATCATGCCCGGTGGGAAGCAAATAT
CAGTAACTGATAAAGAAATTGTAGAGATGATCTTGTTCCCTGTGGTTAACGAGGCGTGCC
GTGTCCTAGATGAAGGAGTTGTGATCCGAGCCTCAGACTTGGACGTTGCATCTGTCCTTG
GAATGAGCTTTCCTTCTTACCGCGGGGGAATTGTTTTCTGGGCAGACACGGTTGGACCTA
AGTACATATATGAAAGGCTCAAGAGATTGTCCGAGACTTATGGAGGCTTTTTCAAACCAT
CGAGGTATTTGGAGGAAAGGGCAATGAATGGGATGCTTTTGAGTGAACCTAAGGCGTCGA
GGTCTCGAATGTGAATGCACAAACAAGAAGGGGAGCTTAAAAGTAATCAGCAAATAAAAC
GTTTGAAACAACTATATGGAGAGGTTGAAAGTGTTAAGTCACTAAATGAGAGAATAAATC
ACTCTCTATTGTTAATTCTCAAAGCAACAGTTAATAAGGTGTTTTGTTTTAAGCACTTGA
AAAGACGAATTATTATGTTTTGCATAAAACGTTTGTAGTGACTTCATTCTCATGTAATTG
TTCGAATGGTTAAGAATATAGTAAAACTACCTAGTGCAGATAT


BQ
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AF RR1BR20TF U 1
AF RR1BR20JQ C 510
BS 1 676 RR1BR20TF
BS 677 677 RR1BR20JQ
BS 678 734 RR1BR20TF
BS 735 1303 RR1BR20JQ

RD RR1BR20TF 734 0 0
GGGGGGTACTTGATTACGCAGAATTCAAAGATGTGGACATGGTCATAGAGGCAGTGATTG
AAAAAATTGAGTTGAAACAAAAGATATTCAAAGAAATCGAAGAGATCTGTCCACCACATT
GCATTTTGGCGAGCAACACATCTACTATCGACCTCAACGTAATTGGGGAAAAAACTAACT
CAAAAGATCGCATAGTTGGCGCACATTTCTTCAGCCCGGCACATGTTATGACCCTTCTCG
AGATTGTTCGTACAGAGAATACTTCTGCTCAGGTGATCCTGGATCTCATGGCGCTTGGAA
AGGCCATAAAGAAAGTTCCAGTGGTGGTTGGAAACTGCATAGGCTTTGCAGTGAACAGGA
CATTCTTTCCGTATACACAAGGTGCTCATATGTTGGTCAATCTAGGTGTTGACTTGTTCA
GAGTCGACAGCGTTATCACCTCTTTTGGCTTGCCATTGGGTCCTTTCCAGCTAGGTGATT
TGGCTGGACACGGGATTGGAATGGCAGTTAAGGAGATATATGCCAAGGTCTATGGTGACC
GAATGTTTCAGTCTCCATTGACAGAGCTTCTGGTTAAGAGCGGACGAAATGGCAAAATCA
ACGGGAGAGGATACTATATTTACGAGAAGGGAAGCAAACCAAAGCCTGATTCATCAGTGC
TTTCAGTTGTTGAGGA*TCGAGGAAACTTACCAATATCATGCCCGGTGGGAAGCAAATAT
CAGTAACTGATAAA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR1BR20JQ 794 0 0
AAGGAGATATATGCCAAGGTCTATGGTGACCGAATGTTTCAGTCTCCATTGACAGAGCTT
CTGGTTAAGAGCGGACGAAATGGCAAAATCAACGGGAGAGGATACTATATTTACGAGAAG
GGAAGCAAACCAAAGCCTGATTCATCAGTGCTTTCAGTTGTTGAGGAATCGAGGAAACTT
ACCAATATCATGCCCGGTGGGAAGCAAATATCAGTAACTGATAAAGAAATTGTAGAGATG
ATCTTGTTCCCTGTGGTTAACGAGGCGTGCCGTGTCCTAGATGAAGGAGTTGTGATCCGA
GCCTCAGACTTGGACGTTGCATCTGTCCTTGGAATGAGCTTTCCTTCTTACCGCGGGGGA
ATTGTTTTCTGGGCAGACACGGTTGGACCTAAGTACATATATGAAAGGCTCAAGAGATTG
TCCGAGACTTATGGAGGCTTTTTCAAACCATCGAGGTATTTGGAGGAAAGGGCAATGAAT
GGGATGCTTTTGAGTGAACCTAAGGCGTCGAGGTCTCGAATGTGAATGCACAAACAAGAA
GGGGAGCTTAAAAGTAATCAGCAAATAAAACGTTTGAAACAACTATATGGAGAGGTTGAA
AGTGTTAAGTCACTAAATGAGAGAATAAATCACTCTCTATTGTTAATTCTCAAAGCAACA
GTTAATAAGGTGTTTTGTTTTAAGCACTTGAAAAGACGAATTATTATGTTTTGCATAAAA
CGTTTGTAGTGACTTCATTCTCATGTAATTGTTCGAATGGTTAAGAATATAGTAAAACTA
CCTAGTGCAGATAT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL9120Contig1 951 2 2 U
GCAAATCAAAAGAGAGGTAATGGAGCGATCAAGCGATCCCCGTCACTCCACCGCCGATCT
TCTCTCTTGGTCCCAGATCCACCACTCCTCCTCCGCTAATCCCTCCAACCAGAATTCTGA
TGACATCGGCGACGTCCTTGGCGGTGGTGGTAGAACCACCAACAAGGAAGCCGAATCGCT
TAACAAGAATGTATCATACAGGAAGAACTGTTCTGGTCACAAGCTAAAAGAAATGACTGG
TAGTGATATCTTCTCTGATAATGGTAACGTTACTAACAACGCTTATCCAAACCACACTTC
AAGAATCCATTACCATCATGATCAGGATAGTCAGATCTCTTTCAGCGGCGAAGACAACGC
TGCTGTGACTCCTAAGAAACCAACCTCTTCTGCTAAGCTTAAGGAGTTGGGAAGGTCTGT
ACAAACACAGGCTGACTCCAAGAGCAAAAAGAAGCAGAGCAAAGCAACCATCTTTGCATC
TCCTCCTCCAACAAAACAACAAGTTAAAGGAAACAACAACATGGAGGAATCTGTTAAAGC
CTCCAATGTTAAAGGGCAAAGCCGTAACGGTGAAGAACATGTTGTGAAGTCATCAAGGAA
CGGACACAACAACCCCAAGTTTCAGCAACTCACGAGCAACGGTATCTTCAAATCCGATAA
GGTCCCTCCTGGTTATTCGGAGAAGATGCATAGCTCAGCTAAATCGCGGGAAATGAGGGG
AAACAATATATTTGCAGACGGCAAGTCTGAGTATAGGGATTACTATGGTGGCGCCAGGAG
GCCTCCGGGTGGTGAGAGCAGCATTTCGTTGATCTAAAAATGAGTTCCAAGTTTTAGGTT
TCGTAGGGTTCTAGTTTTCCTAAAGATGCTGTGACCAAAGTGGTTTGTGTTCGTGTGGTG
TCTCGACTATGGTCTCATTTTATAATATAAAACGTACGCCTTTTGTAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1B921TF U 1
AF RR1B921JQ C 168
BS 1 769 RR1B921TF
BS 770 951 RR1B921JQ

RD RR1B921TF 769 0 0
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TCTCTCTTGGTCCCAGATCCACCACTCCTCCTCCGCTAATCCCTCCAACCAGAATTCTGA
TGACATCGGCGACGTCCTTGGCGGTGGTGGTAGAACCACCAACAAGGAAGCCGAATCGCT
TAACAAGAATGTATCATACAGGAAGAACTGTTCTGGTCACAAGCTAAAAGAAATGACTGG
TAGTGATATCTTCTCTGATAATGGTAACGTTACTAACAACGCTTATCCAAACCACACTTC
AAGAATCCATTACCATCATGATCAGGATAGTCAGATCTCTTTCAGCGGCGAAGACAACGC
TGCTGTGACTCCTAAGAAACCAACCTCTTCTGCTAAGCTTAAGGAGTTGGGAAGGTCTGT
ACAAACACAGGCTGACTCCAAGAGCAAAAAGAAGCAGAGCAAAGCAACCATCTTTGCATC
TCCTCCTCCAACAAAACAACAAGTTAAAGGAAACAACAACATGGAGGAATCTGTTAAAGC
CTCCAATGTTAAAGGGCAAAGCCGTAACGGTGAAGAACATGTTGTGAAGTCATCAAGGAA
CGGACACAACAACCCCAAGTTTCAGCAACTCACGAGCAACGGTATCTTCAAATCCGATAA
GGTCCCTCCTGGTTATTCGGAGAAGATGCATAGCTCAGCTAAATCGCGGGAAATGAGGGG
AAACAATATATTTGCAGACGGCAAGTCTGAGTATAGGGATTACTATGGT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR1B921JQ 784 0 0
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AAGAAATGACTGGTAGTGATATCTTCTCTGATAATGGTAACGTTACTAACAACGCTTATC
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TGGGAAGGTCTGTACAAACACAGGCTGACTCCAAGAGCAAAAAGAAGCAGAGCAAAGCAA
CCATCTTTGCATCTCCTCCTCCAACAAAACAACAAGTTAAAGGAAACAACAACATGGAGG
AATCTGTTAAAGCCTCCAATGTTAAAGGGCAAAGCCGTAACGGTGAAGAACATGTTGTGA
AGTCATCAAGGAACGGACACAACAACCCCAAGTTTCAGCAACTCACGAGCAACGGTATCT
TCAAATCCGATAAGGTCCCTCCTGGTTATTCGGAGAAGATGCATAGCTCAGCTAAATCGC
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GTGGCGCCAGGAGGCCTCCGGGTGGTGAGAGCAGCATTTCGTTGATCTAAAAATGAGTTC
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TGTTCGTGTGGTGTCTCGACTATGGTCTCATTTTATAATATAAAACGTACGCCTTTTGTA
GTTC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

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TCAACCTCGACAAGCTCTGGTCGCTAGTCCCCGAGGACGTGAAGGCGAAGGCGAGCAAGG
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TTCGTTTTGGTTTTTGTTTGTTATGTCTTCTTTGTTGTTGAACTCATCGCTTTTTGGATA
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T


BQ
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20 

AF RR1DJ55JQ C 1
AF RR1DJ55TF U 1
BS 1 601 RR1DJ55TF

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TCAACCTCGACAAGCTCTGGTCGCTAGTCCCCGAGGACGTGAAGGCGAAGGCGAGCAAGG
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TTTTGGAATGAGACATCTTTTAATTAATATTAATGGATTATATAATACATGCTTGGAGTT
T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1DJ55TF 601 0 0
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GGCCACGTCAGCGCCGGTCACGGACGTATCGGGAAGCACCGCAAGCATCCCGGAGGTCGC
GGTAACGCGGGAGGTATGCTCACCACCGCATCCTCTTCGACAAGTACCATCCCGGTTACT
TCGGGAAGGTCGGTATGAGGTACTTCCACAAGCTACGCAACAAGTTCTACTGCCCCATCG
TCAACCTCGACAAGCTCTGGTCGCTAGTCCCCGAGGACGTGAAGGCGAAGGCGAGCAAGG
ATAAGGTGCCGATGATCGATGTGACGCAGCACGGGTTCTTCAAGGTTTTGGGCAAAGGTC
ATTTGCCTGAGAACAGGCCTTTTGTTGTGAAGGCGAAGCTTATTTCGAAGACTGCTGAGA
AGAAGATTAAGGAGGCTGGTGGGGCTGTCGTGCTTACAGCCTAATGGGGTTAGGTCGAGT
TTCGTTTTGGTTTTTGTTTGTTATGTCTTCTTTGTTGTTGAACTCATCGCTTTTTGGATA
TTTTGGAATGAGACATCTTTTAATTAATATTAATGGATTATATAATACATGCTTGGAGTT
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL9122Contig1 277 2 1 U
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GTTCTCACCTTTCTTGAAGGGAAGTAAACACACAAAAACATCTCTCAAGCTTACTCCCGT
GTAATCTGTGTTGTTCGCTTATGTATTCTTGTTTTCTGATGTTTGGTTTAAATCAATTGG
CTCTGTTTTTGTTTCTTATCTTCACATGTAACGATTTAAAAAAAAGACATGTTTCAATTC
AAGGCATCGCTTGCTAATAGTAAGACCTTTTTATTCC


BQ
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AF RR1C937JQ C 1
AF RR1C937TF U 1
BS 1 277 RR1C937TF

RD RR1C937JQ 277 0 0
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GTTCTCACCTTTCTTGAAGGGAAGTAAACACACAAAAACATCTCTCAAGCTTACTCCCGT
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CTCTGTTTTTGTTTCTTATCTTCACATGTAACGATTTAAAAAAAAGACATGTTTCAATTC
AAGGCATCGCTTGCTAATAGTAAGACCTTTTTATTCC

QA 1 277 1 277
DS 

RD RR1C937TF 277 0 0
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GTTCTCACCTTTCTTGAAGGGAAGTAAACACACAAAAACATCTCTCAAGCTTACTCCCGT
GTAATCTGTGTTGTTCGCTTATGTATTCTTGTTTTCTGATGTTTGGTTTAAATCAATTGG
CTCTGTTTTTGTTTCTTATCTTCACATGTAACGATTTAAAAAAAAGACATGTTTCAATTC
AAGGCATCGCTTGCTAATAGTAAGACCTTTTTATTCC

QA 1 277 1 277
DS 



AS 1 2

CO CL9123Contig1 641 2 3 U
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AATCACAAGCTCCACTCCCGTGACCACCACACACGAAAAGATCACAAGACTACAAGAACA
TTGACATATTAATACAGAAAACTACAAGCTTCACTCCAGTGACACTGAGCTTCCTCCAGT
GAGACTACATGAGACTGAGCTTGTCCGTGACTACAATGCTACACTCTTTCACTCTTTATG
ACCAACAAGAGAACACAAGATTACACAAACATAGAAGAAGATTTGCTTGATTAAATCTTC
TTGGATTACATCTTCTTAAAGTCAAACACTCGAGACCAATCTTGCCAAGCCTTGTTGAGC
AGGGGGGATCGATTAAAGCCTTCAACGCAAAAGCTTCTGAAACTGTTGGTTGTTGTTTCC
GAAATCAGTAGCTGCCCTTTCTTCGATCGGATTCTTGAGGAAAAGAAAAAACTAAAACGC
AAAGAGAGATACTTGTTGTGAGTGACGAGGCTCTCTTGCCCTCTCTTCCCTTCTCCTCCT
CGATCTCTGCATCTTCAGCTTAACCGATTTTGCTTCACTTCGTCGACAAGTAGAGCTCCC
CTAGTTTTCTCCCCCCCAAACGCTAGATAGACGACGCGTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AF79TF C 1
AF RR1AF79JQ U 3
BS 1 2 RR1AF79TF
BS 3 631 RR1AF79JQ
BS 632 641 RR1AF79TF

RD RR1AF79TF 641 0 0
TTAATACAAAGGCTTCACTCCCTACCAGAATACAAAGAACATTGACACATGAATACAGAA
GATCACAAGCTCCACTCCCGTGACCACCACACACGAGAAGATCACAAGACTACAAGAACA
TTGACATATTAATACAGAAGACTACAAGCTTCACTCCAGTGACACTGAGCTTCCTCCAGT
GAGACTACATGAGACTGAGCTTGTCCGTGACTACAATGCTACACTCTTTCACTCTTTATG
ACCAACAAGAGAACACAAGATTACACAAACATAGAAGAAGATTTGCTTGATTAAATCTTC
TTGGATTACATCTTCTTAGAGTCAAACACTCGAGACCAATCTTGCCAAGCCTTGTTGAGC
AGGTGGGATCGATTAAAGCCTTCAACGCAAAAGCTTCTGAAACTGTTGGTTGTTGTTTCC
GAAATCAGTAGCTGCCCTTTCTTCGATCGGATTCTTGAGGAAAAGAAAAAACTAAAACGC
AGAGAGAGATACTTGTTGTGAGTGACGAGGCTCTCTTGCCCTCTCTTCCCTTCTCCTCCT
CGATCTCTGCATCTTCAGCTTAACCGATTTTGCTTCACTTCGTCGACAAGTAGAGCTCCC
CTAGTTTTCTCCCCCCCAAACGCTAGATAGACGACGCGTCC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR1AF79JQ 629 0 0
AATACAAAGGCTTCACTCCCTACCAAAATACAAAGAACATTGACACATGAATACAGAAAA
TCACAAGCTCCACTCCCGTGACCACCACACACGAAAAGATCACAAGACTACAAGAACATT
GACATATTAATACAGAAAACTACAAGCTTCACTCCAGTGACACTGAGCTTCCTCCAGTGA
GACTACATGAGACTGAGCTTGTCCGTGACTACAATGCTACACTCTTTCACTCTTTATGAC
CAACAAGAGAACACAAGATTACACAAACATAGAAGAAGATTTGCTTGATTAAATCTTCTT
GGATTACATCTTCTTAAAGTCAAACACTCGAGACCAATCTTGCCAAGCCTTGTTGAGCAG
GGGGGATCGATTAAAGCCTTCAACGCAAAAGCTTCTGAAACTGTTGGTTGTTGTTTCCGA
AATCAGTAGCTGCCCTTTCTTCGATCGGATTCTTGAGGAAAAGAAAAAACTAAAACGCAA
AGAGAGATACTTGTTGTGAGTGACGAGGCTCTCTTGCCCTCTCTTCCCTTCTCCTCCTCG
ATCTCTGCATCTTCAGCTTAACCGATTTTGCTTCACTTCGTCGACAAGTAGAGCTCCCCT
AGTTTTCTCCCCCCCAAACGCTAGATAGA

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

CO CL9124Contig1 850 2 4 U
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TAATCTAACCACAAACAGAGCAAAACCCTAACCCCACCACGATGGCGATCATCTCCGAGG
TTGAAGAGGAAAGCAGCAGCCGACCCTCGATGTTACCGTTAGGGCGACCTTCGATTCTTC
CAACCCATTAGGTTTCTTGCAGAAAGTGTTCGACTTTCTCGGCCAACAGAGCGATTACCT
AAAGAAACCCTCCGCCGAGGAGGAGATCGCCGCCGCAGTCAGGGCAGCCAAGGAAAAATT
GAGGAAAGCTGAGATTAAGAAGAACCGTCTTAAGCTTGGTCTCAAAGGTCAGGATCCAAT
CATCGATGGTGAGCTCTACCGACCTGTGAAACCTGATGACTGCTACTGGAATATCGAGGA
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TGTGAAAGGTGAACCTGAAATCGATACCCAGAAAGTTGAACCAGAGAACAGTAAATTAGC
TGACCTTGACCCTGAAACTCGCTCCACTGTTGAGAAAATGATGTTTGATCAAAGACAAAA
GCAGATGGGTCTTCCAACAAGCGACGAACTACAGAAGCAAGACATTCTCAAGAAATTCAT
GTCTCAGCATCCAGAGATGGACTTCACAAACGCAAAGATAAACTGATGCTCGTGTTGTCT
GCATCTTTTAAAACTTGTGTTCCTCTAAACTTCTTTTGTTTTGTGTACTTGAAGGCATAG
TTCCACTGCTTCGGTTATTCCCTTCAACCTTATGGTTTGGTTTTGTTGATTGAAGCTTTT
TTATCCGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1B689TF U 1
AF RR1B689JQ C 19
BS 1 806 RR1B689TF
BS 807 807 RR1B689JQ
BS 808 839 RR1B689TF
BS 840 850 RR1B689JQ

RD RR1B689TF 839 0 0
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TTGAAGAGGAAAGCAGCAGCCGACCCTCGATGTTACCGTTAGGGCGACCTTCGATTCTTC
CAACCCATTAGGTTTCTTGCAGAAAGTGTTCGACTTTCTCGGCCAACAGAGCGATTACCT
AAAGAAACCCTCCGCCGAGGAGGAGATCGCCGCCGCAGTCAGGGCAGCCAAGGAAAAATT
GAGGAAAGCTGAGATTAAGAAGAACCGTCTTAAGCTTGGTCTCAAAGGTCAGGATCCAAT
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TCAGAAGATGATATCGATTCTGTTGACTAAGCAAGATCAGATGGAATGGTGGAAATGCTG
TGTGAAAGGTGAACCTGAAATCGATACCCAGAAAGTTGAACCAGAGAACAGTAAATTAGC
TGACCTTGACCCTGAAACTCGCTCCACTGTTGAGAAAATGATGTTTGATCAAAGACAAAA
GCAGATGGGTCTTCCAACAAGCGACGAACTACAGAAGCAAGACATTCTCAAGAAATTCAT
GTCTCAGCATCCAGAGATGGACTTCACAAACGCAAAGATAAACTGATGCTCGTGTTGTCT
GCATCTTTTAAAACTTGTGTTCCTCTAAACTTCTTTTGTTTTGTGTACTTGAAGGCATAG
TTCCACTGCTTCGGTTATTCCCTTCA*CCTTATGGTTTGGTTTTGTTGATTGAAGCTTT

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR1B689JQ 832 0 0
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AGCAAAACCCTAACCCCACCACGATGGCGATCATCTCCGAGGTTGAAGAGGAAAGCAGCA
GCCGACCCTCGATGTTACCGTTAGGGCGACCTTCGATTCTTCCAACCCATTAGGTTTCTT
GCAGAAAGTGTTCGACTTTCTCGGCCAACAGAGCGATTACCTAAAGAAACCCTCCGCCGA
GGAGGAGATCGCCGCCGCAGTCAGGGCAGCCAAGGAAAAATTGAGGAAAGCTGAGATTAA
GAAGAACCGTCTTAAGCTTGGTCTCAAAGGTCAGGATCCAATCATCGATGGTGAGCTCTA
CCGACCTGTGAAACCTGATGACTGCTACTGGAATATCGAGGATCAGAAGATGATATCGAT
TCTGTTGACTAAGCAAGATCAGATGGAATGGTGGAAATGCTGTGTGAAAGGTGAACCTGA
AATCGATACCCAGAAAGTTGAACCAGAGAACAGTAAATTAGCTGACCTTGACCCTGAAAC
TCGCTCCACTGTTGAGAAAATGATGTTTGATCAAAGACAAAAGCAGATGGGTCTTCCAAC
AAGCGACGAACTACAGAAGCAAGACATTCTCAAGAAATTCATGTCTCAGCATCCAGAGAT
GGACTTCACAAACGCAAAGATAAACTGATGCTCGTGTTGTCTGCATCTTTTAAAACTTGT
GTTCCTCTAAACTTCTTTTGTTTTGTGTACTTGAAGGCATAGTTCCACTGCTTCGGTTAT
TCCCTTCAACCTTATGGTTTGGTTTTGTTGATTGAAGCTTTTTTATCCGGGT

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL9125Contig1 770 2 8 U
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CTAATCTTCATCCCAGTTCCTTCCACAGGCCACCTTCTCGTCAACATCGAGTTCGCCAAG
CGTCTCATCAATCTCGACAATCGGATAAACACCATCACCATCCTCCAATTACACTCACCA
ACCAGCCCAAACGCGTCAGTTTTCGCCAGATCTCTCGTAGCTTCACAGCCCAAGATCCGC
CTCCACGACCTCCCCCTTCTCGACGATCCTCCCCCGCTGGATCTCTTCTACAGAGCTCCC
GAAGCCTACATAGTCCAGCTCGTCAAGAGAACCACTCCTCTGATCAAACAAGCCGTCTCC
AGCATCGTCGATTCGCGTACTAATTCTCGTGTAGCCGGTTTGGTTCTCGATTTCTTCTGC
AACACGTTGATTAAAGATGTAGGCGACGAGCTTAACCTCCCTTCTTACATATTCCTAACC
TGTAACGCTAGATACTTGGGTATGATGAAGTATCTCCCGGATCGGCATCAAAGAGTCGGG
TCGAAGCTCGATTGGAGCTCCGGAGATGAGGAGCTAGCGATTCCTGGATTCGTTCACCCT
GTTCCGACCAAGTTTCTGCCGTCGGGTTTGTTCAATGAAGAAGCTTATTACGAGGCTTAC
GTTGAGCTGTCGCCGAGTTTCGGTAAAGCGAAAGGGTATTTTGGTCAATTCGGTAGCGGA
GATTGAGCCGTACACGTTTGGGTATTTCTCTCAACAGCAGAGAATTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR1EV50TF U 1
AF RR1DL61TF U 86
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DS 

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G
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GAAGTATCTCTCGGATCGGCATCAAAGAGTCGGGTCGAAGCTCGATTGGAGCTCCGGAGA
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TTTGTTCAATGAAGAAGCTTATTACGAGGCTTACGTTGAGCTGTCGCCGAGTTTCGGTAA
AGCGAAAGGGTATTTTGGTCAATTCGGTAGCGGAGATTGAGCCGTACACGTTTGGGTATT
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DS 



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AAACACAGAGAAACTGAATCTACTCGTCATCACCGGAAGGTTTGGAAGCACCACCAGCCT
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CTAGGTATTCGAGAACGGCGGCTAGGTAAACCGGAGCTCCGGCACCGACACGTTCGGCGT
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GTATGTCC


BQ
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AF RR1GQ51TF C 1
AF RR1GQ51JQ U 9
BS 1 8 RR1GQ51TF
BS 9 608 RR1GQ51JQ

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CTCCAAGCAACTTGCTAAGCTCCTCGTCGTTCCTCACCGCCAGCTGGATGTGACGCGGCA
CGATTCTCGTCTTCTTGTTGTCTCTCGCCGCGTTCCCAGCCAATTCGAGAACCTCTGCGG
CTAGGTATTCGAGAACGGCGGCTAGGTAAACCGGAGCTCCGGCACCGACACGTTCGGCGT
ATTTGCCGTTTTTCAAGAACCGGGCGATACGACCGACGGGGAACTGGAGACCGGCTTTGC
TGCTCCGAGACGTCGCCTTCTTCGCGACTCCAGATCCGAGAGTTTTTCCACGACCAGCCA
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GTATGTCC

QA 1 608 1 608
DS 

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AAAGACCTAACCTAAAACCTACGGCTACACATTCATAAGCTGAAAACACCACAAACACAG
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AACTTGCTAAGCTCCTCGTCGTTCCTCACCGCCAGCTGGATGTGACGCGGCACGATTCTC
GTCTTCTTGTTGTCTCTCGCCGCGTTCCCAGCCAATTCGAGAACCTCTGCGGCTAGGTAT
TCGAGAACGGCGGCTAGGTAAACCGGAGCTCCGGCACCGACACGTTCGGCGTATTTGCCG
TTTTTCAAGAACCGGGCGATACGACCGACGGGGAACTGGAGACCGGCTTTGCTGCTCCGA
GACGTCGCCTTCTTCGCGACTCCAGATCCGAGAGTTTTTCCACGACCAGCCATTTGTGAT
TTCAGAAAGACGACGACTCGGTGAAAGCGAAAAGAGGGAAGCGTACGAAAGTGTATGTCC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL9127Contig1 783 2 2 U
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CGTATGCTCTAGCAAGTGCACAAGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGGTGCAGGTGTGGACG
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TCCCTTGACTTATAGTCTGGACGACTGCATTGAATACATTGAAGAGGATGAACTTGTGGA
AGTTACACCTCTTAGTATAAGGATGTGCAAGAATCCTAAAATGGCCAAGAAAGGCAGGTA
AAAAAACAAAAACACCATTTTGCAGCTGGGTTTGTAGGAAGCTGAAAATCTTTTTTCACT
AAAAGATGAAATCTAGTTTCTAATGATATTTTTATATAGGGCTTGTTTGATTCTTATACA
TAAGTCTTAAATTCTTATGAGGGGGTTGAGTCCTCGGATGTAATTCAAACTAATGCTTTT
TGG


BQ
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10 10 10 

AF RR1DS96TF U 1
AF RR1DS96JQ C 106
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CAGCTTCTCGTTGGACAGCTATCCTCAACACGGTATTCGACAGTTATGGACCTTGGGCTG
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CGTATGCTCTAGCAAGTGCACAAGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGGTGCAGGTGTGGACG
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TCCCTTGACTTATAGTCTGGACGACTGCATTGAATACATTGAAGAGGATGAACTTGTGGA
AGTTACACCTCTTAGTATAAGGATGTGCAAGAATCCTAAAATGGCCAAGAAAGGCAGGTA
AAAAAACAAAAACACCATTTTGCAGCTGGGTTTGTAGGAAGCTGAAAATCTTTTTTCACT
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QA 1 705 1 705
DS 

RD RR1DS96JQ 678 0 0
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AGTGGTTCTTGACACTCCCTTGACTTATAGTCTGGACGACTGCATTGAATACATTGAAGA
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CAAGAAAGGCAGGTAAAAAAACAAAAACACCATTTTGCAGCTGGGTTTGTAGGAAGCTGA
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TTTGATTCTTATACATAAGTCTTAAATTCTTATGAGGGGGTTGAGTCCTCGGATGTAATT
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QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

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TTGCG


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR1C324JQ C 1
AF RR1C324TF U 1
BS 1 605 RR1C324TF

RD RR1C324JQ 605 0 0
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TTGCG

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR1C324TF 605 0 0
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GATGATCATAGAATGGCAATGGCGTTCTCTCTTGCAGCTTGTGCTGATGTTCCAGTGACC
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CCACTGTAACATTTATCAGAAGAACAAAAGAGTATTAAGATTTGTTTGCTTTGTACTGAA
ACTGATTTGAGATGCAATCGTTGAATCAGTTTTTTCTGGGCCTTATTATTAAAGAGCTGT
TTGCG

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL9129Contig1 905 2 2 U
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CGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1AT93TF U 1
AF RR1AT93JQ C 148
BS 1 756 RR1AT93TF
BS 757 905 RR1AT93JQ

RD RR1AT93TF 760 0 0
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AGTACCGGGATTAACCCCAAGGCTAAGTTTACTACCTCTTCGACGGATACGCACATCTCT
CCTCCGGTCTCGCTTTGTGGTCTTGCTGGTCTTTCCGCTGGAATGGCCATTGGTATTGTG
GGTGATGCTGGTGTCAGGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTCGGGATGATTCTT
ATCCTTATTTTCGCTGAAGCGCTTGCTCTTTATGGGCTTATTGTAGGTATCATCCTTTCC
TCTAGAGCTGGTCAGTCTAGAGCTGAATGAGAAAGTTATCTCAAGATTTACCACCCCAAT
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TTTACTGGATTCTTGGAGCTTTGTTTCAGAAACAAA
CCAG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR1AT93JQ 758 0 0
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GGTCTTTCCGCTGGAATGGCCATTGGTATTGTGGGTGATGCTGGTGTCAGGGCAAATGCT
CAGCAGCCTAAGCTCTTTGTCGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCTGAAGCGCTTGCT
CTTTATGGGCTTATTGTAGGTATCATCCTTTCCTCTAGAGCTGGTCAGTCTAGAGCTGAA
TGAGAAAGTTATCTCAAGATTTACCACCCCAATTGTACTACTTGCTTTACTTTCTGTGTG
CGTTCTTTAGTATGTATCGTCGACACTGAAACATTTACTGGATTCTTGGAGCTTTGTTTC
AGAAACAAAACCAGCTATGGGTTATTTATTGTTTGGTTATGTAATAAAGAGCTCAGAGCA
GTTTTGATTTTTTTTTTGTATTCTTGTATTGTCCTGAGGAATTTAAAATACATTTATTTG
TAAAGAAGTATGCTTTCTGAAACCATCTTGAATCGAAG

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

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GACCTAAAAGAAACTTAGTTCTTCTTCCACTTTCTTTCATGGCAAGCAACAAACACCTCC
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CACTCGATGGCGTTCTTGTCTCGGAGCCAGATTTGTTCGTCTCTCCTTCCGTTGTTATCC
ATCGCATTGCTTATCCCTTTAACTTCTCTCGTTATGGTGGCGATGATATATATAATTAAG
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BQ
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T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1AQ51JQ 695 0 0
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QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

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C


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20 

AF RR1H030JQ C 1
AF RR1H030TF U 1
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C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1H030TF 601 0 0
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CAGCATCATCGTCTTCGGGATCCAAGAACTGTTACGGAGAAACAGAGCCAATCACAGGAG
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TCGGGTAGGATATTTTTCTAACGCATTCGAGGAGAATCCCCAAGTTTATGGATGCATTCA
ATTGTAGAAACTTTGAGGCAGAAATTTTCATTCTAATGATTTTATAATTTTTATTACATA
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL9132Contig1 663 2 2 U
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GATTTCAAGTTCAGACATTTCAAGTTAGACATTCAAGTTCTTTCACGCTCAGACATATCT
TCAAGTTCAGACATTCAAGCTCAGAGATTTCAAGTTCAGACATTTCATGTTAAGACAGTT
GATTTCTTTTCAAGCTCAGACATTTCAATTTCAGACATTCAAGTTCTTTCAAGCTCAGAC
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GAG


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10 10 10 

AF RR1FS14TF U 1
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ACACTC

QA 1 606 1 606
DS 

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TTAAAAAAAGGAAACATGTAATTAGTTAGCCTAAAAGACCAAAGAGTACTTTCAAGCTCA
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TCAAGTTCAGACATTCAAGCTCAGAGATTTCAAGTTCAGACATTTCATGTTAAGACAGTT
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ACACTCTAGGTAACAAGTAATGGGTAAAGATTAGGCTTTACTCATAAACAATACTAAGCA
GAG

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

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TAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR1A108TF U 1
AF RR1A108JQ C 102
BS 1 716 RR1A108TF
BS 717 843 RR1A108JQ

RD RR1A108TF 716 0 0
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QA 1 716 1 716
DS 

RD RR1A108JQ 742 0 0
GACG
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AATGTTCGAGAGTAGGATTTGAGGTTGTTGATGCTCCAAACACATTCATCCCTTCTTTTT
TTACCATCTTTGTTCCAAACCTTTTGATGTGTGTGTTTTGATGAATCTTTTTATTTGTTC
TGAATCAGCATCAAGTAT

QA 5 742 5 742
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR1FT19TF U 1
AF RR1AF72TF U 1
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BS 6 6 RR1FT19TF
BS 7 373 RR1AF72TF
BS 374 374 RR1FT19TF
BS 375 689 RR1AF72TF

RD RR1FT19TF 614 0 0
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GTATTGCTAAAGATGTTACCGAATTGATTGGGAACACCCCTTTGGTTTATCTGAACAATG
TGGCTGAAGGATGTGTTGGTCGTGTCGCTGCTAAGCTCGAGATGATGGAACCTTGCTCCA
GTGTCAAAGACAGGATTGGTTTTAGCATGATTTCTGATGCAGAGAAAAAGGGTCTGATTA
AACCAGGAGAGAGTGTGCTGATTGAGCCAACGAGTGGAAACACCGGAGTTGGGTTAGCCT
TCACGGCTGCTGCCAAGGGCTACAAGCTTATCATTACAATGCCAGCTTCGATGAGTGTAG
AGAGGAGGATCATCCTCTTAGCTTTTGGTGTTGAGTTGATCTTAACTGACCCTGCTAAGG
GCATGAAAGGCGCTATCGCCAAAGCTGAAGAGATTTTGGCCAAAACACCTAACGGTTACA
TGCTCCAACAGTTTGAGAACCCTGCCAACCCAAAGATACACTATGAGACTACTGGACCTG
AGATATGGAAAGGCACCGGTGGAAAAATCGATGGATTTGTCTCTGGGATTGGTACTGGTG
GTACCATCACAGGT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR1AF72TF 689 0 0
GGACGTTCATTCTCTCTCTCACTCAGGAGCGAAACTTGCTTGCTTGAATCATGGCTTCTC
GTATTGCTAAAGATGTTACCGAATTGATTGGGAACACCCCTTTGGTTTATCTGAACAATG
TGGCTGAAGGATGTGTTGGTCGTGTCGCTGCTAAGCTCGAGATGATGGAACCTTGCTCCA
GTGTCAAAGACAGGATTGGTTTTAGCATGATTTCTGATGCAGAGAAAAAGGGTCTGATTA
AACCAGGAGAGAGTGTGCTGATTGAGCCAACGAGTGGAAACACCGGAGTTGGGTTAGCCT
TCACGGCTGCTGCCAAGGGCTACAAGCTTATCATTACAATGCCAGCTTCGATGAGTGTAG
AGAGGAGGATCATTCTCTTAGCTTTTGGTGTTGAGTTGATCTTAACTGACCCTGCTAAGG
GCATGAAAGGCGCTATCGCCAAAGCTGAAGAGATTTTGGCCAAAACACCTAACGGTTACA
TGCTCCAACAGTTTGAGAACCCTGCCAACCCAAAGATACACTATGAGACTACTGGACCTG
AGATATGGAAAGGCACCGGTGGAAAAATCGATGGATTTGTCTCTGGGATTGGTACTGGTG
GTACCATCACAGGTGCAGGGAAGTATCTCAAGGAACAGAACCCTAACGTTAAGCTGTATG
GTGTGGAGCCAATTGAAAGTGCTATTCTA

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL9135Contig1 607 2 2 U
GGTTTTGATTTGAGGTCTGAGAAGTTCAGCTCTGTCGAGTTCGGTAAAGCAATGCCTGGC
TCAACAACTCTTGTGAACTACGGTGGAAAACTAGGTTTGCTTATGTCTGGAGATTCTCAA
TATGTTACTCGATCAAGTACAAGTTTTGAGCTGTGGGTTCTGCTTGACGCTGCAAAACAC
GAGTGGTCCAAGCATGTCTACGTGTTACCACCTTCCTGGGAGGTTGTGGTTGCAGAGGCG
ACCATGGGCATTACAGAGACGACCATGTGCATTGCTGGAATGGTTGGTACCAATGAGATC
GTCTTGTCCCCGCGCTACCAAAACGTGCCTTACTATCTCATCTACTTCAACGTGGAGAGA
AAGACCATCACACAAGTTGGAATCCAAGGACTGGAAGCGTTTCAGGGTAAGAGTTTCCAC
ACCTATCTCAACTACGTTCAGAATGTGAAGCTTCTTTAAGCAACTTTATAAGTGAGAGAC
AAGACAAGTGTAGTTTTCATTTTGTGTGTGTTTCGTTTTCTTCTAGCATCTTACCTGTTG
TGGATGATATATAGTAGGTAATCTTCTTGTTACAGACTCTTTACAAATGTAGATACTAAT
CCAAAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 

AF RR1AM55TF U 1
AF RR1BN62TF U 1
BS 1 602 RR1AM55TF
BS 603 607 RR1BN62TF

RD RR1AM55TF 602 0 0
GGTTTTGATTTGAGGTCTGAGAAGTTCAGCTCTGTCGAGTTCGGTAAAGCAATGCCTGGC
TCAACAACTCTTGTGAACTACGGTGGAAAACTAGGTTTGCTTATGTCTGGAGATTCTCAA
TATGTTACTCGATCAAGTACAAGTTTTGAGCTGTGGGTTCTGCTTGACGCTGCAAAACAC
GAGTGGTCCAAGCATGTCTACGTGTTACCACCTTCCTGGGAGGTTGTGGTTGCAGAGGCG
ACCATGGGCATTACAGAGACGACCATGTGCATTGCTGGAATGGTTGGTACCAATGAGATC
GTCTTGTCCCCGCGCTACCAAAACGTGCCTTACTATCTCATCTACTTCAACGTGGAGAGA
AAGACCATCACACAAGTTGGAATCCAAGGACTGGAAGCGTTTCAGGGTAAGAGTTTCCAC
ACCTATCTCAACTACGTTCAGAATGTGAAGCTTCTTTAAGCAACTTTATAAGTGAGAGAC
AAGACAAGTGTAGTTTTCATTTTGTGTGTGTTTCGTTTTCTTCTAGCATCTTACCTGTTG
TGGATGATATATAGTAGGTAATCTTCTTGTTACAGACTCTTTACAAATGTAGATACTAAT
CC

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR1BN62TF 607 0 0
GGTTTTGATTTGAGGTCTGAGAAGTTCAGCTCTGTCGAGTTCGGTAAAGCAATGCCTGGC
TCAACAACTCTTGTGAACTACGGTGGAAAACTAGGTTTGCTTATGTCTGGAGATTCTCAA
TATGTTACTCGATCAAGTACAAGTTTTGAGCTGTGGGTTCTGCTTGACGCTGCAAAACAC
GAGTGGTCCAAGCATGTCTACGTGTTACCACCTTCCTGGGAGGTTGTGGTTGCAGAGGCG
ACCATGGGCATTACAGAGACGACCATGTGCATTGCTGGAATGGTTGGTACCAATGAGATC
GTCTTGTCCCCGCGCTACCAAAACGTGCCTTACTATCTCATCTACTTCAACGTGGAGAGA
AAGACCATCACACAAGTTGGAATCCAAGGACTGGAAGCGTTTCAGGGTAAGAGTTTCCAC
ACCTATCTCAACTACGTTCAGAATGTGAAGCTTCTTTAAGCAACTTTATAAGTGAGAGAC
AAGACAAGTGTAGTTTTCATTTTGTGTGTGTTTCGTTTTCTTCTAGCATCTTACCTGTTG
TGGATGATATATAGTAGGTAATCTTCTTGTTACAGACTCTTTACAAATGTAGATACTAAT
CCAAAAA

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

CO CL9136Contig1 601 2 1 U
GGGATACCTAAGCGAGAATTTTCGCTCAGCCATGAACGCCCCCGACAGATACGAGCGATT
CGTCGTCCCAGAAGGCACCAAAAAGGTTTCGTACGAGAGGGACACGAAGATCATCAATGC
TGCTTCCTTCACGATTGAGAGAGAAGACCACACCATTGGCAACATCGTCCGCATGCAGCT
TCACCGGGACGAGAATGTGTTGTTTGCTGGATACCAGCTTCCTCATCCTCTCAAGTACAA
AATCATAGTCAGGATTCACACCACAAGCCAGTCTTCTCCTATGCAAGCATACAATCAGGC
TATCAATGACCTTGACAAGGAGCTTGACTTTCTCAAGTCCCAATTTGAGGCAGAGGTTGC
CAAGTTCTCAAATCCGTACTAAGGAGGACCTCAGTGTTTTCCTTGCCACCAACTAGAAGA
CTTTTGTAATGAGCTTAGTTTTCGTGTTTTGTGTTGTTTTAACTCTCTATGTTTTGGACA
CCAGTAATGCTTGGATTTCCTTTTCTGTTTTATCATTTTCTTTAGGAAAAACCTTTTAAT
GGATCAAGTATTGTATTAAGCTAGCGCATTTGAACAGATGATTATTATTAGCCCACTAGC
C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR1GQ27JQ C 1
AF RR1GQ27TF U 1
BS 1 601 RR1GQ27TF

RD RR1GQ27JQ 601 0 0
GGGATACCTAAGCGAGAATTTTCGCTCAGCCATGAACGCCCCCGACAGATACGAGCGATT
CGTCGTCCCAGAAGGCACCAAAAAGGTTTCGTACGAGAGGGACACGAAGATCATCAATGC
TGCTTCCTTCACGATTGAGAGAGAAGACCACACCATTGGCAACATCGTCCGCATGCAGCT
TCACCGGGACGAGAATGTGTTGTTTGCTGGATACCAGCTTCCTCATCCTCTCAAGTACAA
AATCATAGTCAGGATTCACACCACAAGCCAGTCTTCTCCTATGCAAGCATACAATCAGGC
TATCAATGACCTTGACAAGGAGCTTGACTTTCTCAAGTCCCAATTTGAGGCAGAGGTTGC
CAAGTTCTCAAATCCGTACTAAGGAGGACCTCAGTGTTTTCCTTGCCACCAACTAGAAGA
CTTTTGTAATGAGCTTAGTTTTCGTGTTTTGTGTTGTTTTAACTCTCTATGTTTTGGACA
CCAGTAATGCTTGGATTTCCTTTTCTGTTTTATCATTTTCTTTAGGAAAAACCTTTTAAT
GGATCAAGTATTGTATTAAGCTAGCGCATTTGAACAGATGATTATTATTAGCCCACTAGC
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1GQ27TF 601 0 0
GGGATACCTAAGCGAGAATTTTCGCTCAGCCATGAACGCCCCCGACAGATACGAGCGATT
CGTCGTCCCAGAAGGCACCAAAAAGGTTTCGTACGAGAGGGACACGAAGATCATCAATGC
TGCTTCCTTCACGATTGAGAGAGAAGACCACACCATTGGCAACATCGTCCGCATGCAGCT
TCACCGGGACGAGAATGTGTTGTTTGCTGGATACCAGCTTCCTCATCCTCTCAAGTACAA
AATCATAGTCAGGATTCACACCACAAGCCAGTCTTCTCCTATGCAAGCATACAATCAGGC
TATCAATGACCTTGACAAGGAGCTTGACTTTCTCAAGTCCCAATTTGAGGCAGAGGTTGC
CAAGTTCTCAAATCCGTACTAAGGAGGACCTCAGTGTTTTCCTTGCCACCAACTAGAAGA
CTTTTGTAATGAGCTTAGTTTTCGTGTTTTGTGTTGTTTTAACTCTCTATGTTTTGGACA
CCAGTAATGCTTGGATTTCCTTTTCTGTTTTATCATTTTCTTTAGGAAAAACCTTTTAAT
GGATCAAGTATTGTATTAAGCTAGCGCATTTGAACAGATGATTATTATTAGCCCACTAGC
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL9137Contig1 1265 2 2 U
GGAAATAAGTGAATACGTTTCAGATAGATTGATGAAGCAATATAGACCGGTTCGGTTTCT
TATCTCCTCTTAACAATTTGTATATGCTTCGTCACAATCCATTCTCAATGCCCACCAACA
CTACCTGTGCCTCAACCAATGCCGGCACCACCACCACCACCACCACCTGGCCCATCTTCA
AAGCCATGTCCACCACAAGGCGCATATAAATTCCCACCTGCGCCTCAACCGGTGCCATCA
CTAGCACCTTGCACAGGAAATAACAATAACGTAAGCACACCTCTCAGGTGTAATTTTCGA
CCATATGGTATCGATTTCTTACAAGGTGTTCCCACTGGTCGGTACTCCGATGGCAAAGTC
CCTTCTGACTTTTAGCGGAGTATTTGGGGATAAAATCGCTCGTACCGGCATATATGGATC
CAAAATTGCAACAAGATGATTTACTCACCGGTGTATGCCTTGCTTCGGGTGGTAGTGGTT
ACATTCCTTTGACACCCACATATTTGAACGTGATACCGATGTTGCACCAATTGGCATATT
TCCAACAATACATAGCGAGAGTGAAGAAATTAGTAGGACAAGAAAAGGGTGATCATATAA
TAGCCAATGGCTTAGCCATTGTGATCGCAGGTAGCAACGATATGGGCATTACTTATTATG
GTCCAGGTGGTCAGTGGGTCAAAGATGATATTTACTCGTTTACCTCTAATATGGTTGATT
CTGCCACTAGTTTTGCCATGCAATTGTATGGATATGGAGCAAGACATATAGGAGTGGCGG
GAATGACACCACTGGGATGTATTCCAGCACAAAGAACTCTAAAAGGAGGTCCTCATCGAA
AATGTGCTGAAGATGTTAACTATGCTGCTCAGCTTTTCAATGCCAAACTCTCCACTGCTT
TAGGTCACCTGGCTAAAACTCTACCAGATTCTAAATTGGTTTTCATGGACATCTATTCTC
CATTCAGTCAGATTTTGCAAAACCCCACCGATTACGGGTTTGAAGTGATAAACAGAGGGT
GTTGTGGAACCGGACTAGTAGAAACAGGTCCACTTTGCAACCAAGAGACATCAACTGTGT
GTAGAAATATATCTGCTTATCTGTTTTGGGATAGTTTCCATCCATCGCAAAGATTATATG
AAATCTTAACCAAAATACTTGTTAAAAAGTACATCCCTCTATTATTTTGAGTAGTAGATT
TTTACTTGAGACTTTTTAAAAAATATTCTGAGAGGATATAATACTTTGTATATGTATTAT
AATCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR1B053TF U 1
AF RR1B053JQ C 414
BS 1 806 RR1B053TF
BS 807 1265 RR1B053JQ

RD RR1B053TF 806 0 0
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TATCTCCTCTTAACAATTTGTATATGCTTCGTCACAATCCATTCTCAATGCCCACCAACA
CTACCTGTGCCTCAACCAATGCCGGCACCACCACCACCACCACCACCTGGCCCATCTTCA
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CTAGCACCTTGCACAGGAAATAACAATAACGTAAGCACACCTCTCAGGTGTAATTTTCGA
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CCTTCTGACTTTTAGCGGAGTATTTGGGGATAAAATCGCTCGTACCGGCATATATGGATC
CAAAATTGCAACAAGATGATTTACTCACCGGTGTATGCCTTGCTTCGGGTGGTAGTGGTT
ACATTCCTTTGACACCCACATATTTGAACGTGATACCGATGTTGCACCAATTGGCATATT
TCCAACAATACATAGCGAGAGTGAAGAAATTAGTAGGACAAGAAAAGGGTGATCATATAA
TAGCCAATGGCTTAGCCATTGTGATCGCAGGTAGCAACGATATGGGCATTACTTATTATG
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CTGCCACTAGTTTTGCCATGCAATTGTATGGATATGGAGCAAGACATATAGGAGTGGCGG
GAATGACACCACTGGGATGTATTCCA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR1B053JQ 852 0 0
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GCATATTTCCAACAATACATAGCGAGAGTGAAGAAATTAGTAGGACAAGAAAAGGGTGAT
CATATAATAGCCAATGGCTTAGCCATTGTGATCGCAGGTAGCAACGATATGGGCATTACT
TATTATGGTCCAGGTGGTCAGTGGGTCAAAGATGATATTTACTCGTTTACCTCTAATATG
GTTGATTCTGCCACTAGTTTTGCCATGCAATTGTATGGATATGGAGCAAGACATATAGGA
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GTAGATTTTTACTTGAGACTTTTTAAAAAATATTCTGAGAGGATATAATACTTTGTATAT
GTATTATAATCA

QA 1 852 1 852
DS 



AS 1 2

CO CL9138Contig1 972 2 2 U
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AAGCGATTCGAATCTGTCATCCTCCTGAATCAAACTCCTCTCGTCCAAAAGGAGATTTCT
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CTGTGGAGAAGCTGAACGATGAAAGAAACTGGAGGAAAGGACTCCGTGTGAGGCTGCTTC
TTAAATGCTCGCCCAAATCGGTGCTCAAGCACAGAAGAAACTTTGATGGGATCCTCATAG
ATGATGAAAGTCCTTATGAATCTGGAGAAGAATCTCCACGTCTCCATTTAACCGAGCATC
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TCTCCAAAAACAGCAACAAAGGGACCAAGGATGCCTGATGGGACAAGAGGCTTCACTATG
GGACGTGGCAAACCTGTCAATCTCAGTCTTATCTAACAATCTCTAAGTAAAAGAGGTAAA
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CTTCTTTTTGCATTTCTTTTATTCTCTAATTTGGGCAATTTCTTTTGTATGTTTTGATTT
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CTGTTGTGTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR1AV37TF U 1
AF RR1AV37JQ C 179
BS 1 783 RR1AV37TF
BS 784 972 RR1AV37JQ

RD RR1AV37TF 783 0 0
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TCTCCAAAAACAGCAACAAAGGGACCAAGGATGCCTGATGGGACAAGAGGCTTCACTATG
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AGCTATAGAATTAACCAAATAATACATGTTGGTTGTTGTTTTTTTGAGATATGGGTTCAC
AGA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR1AV37JQ 794 0 0
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TCTTAAATGCTCGCCCAAATCGGTGCTCAAGCACAGAAGAAACTTTGATGGGATCCTCAT
AGATGATGAAAGTCCTTATGAATCTGGAGAAGAATCTCCACGTCTCCATTTAACCGAGCA
TCAGATTGATAACGAGGGTGATGACAACAATCTTGGAGGATTGGGGAAAAGGGAGAGGAA
AAGGAAGAGGACGATCTCCAAGAACCTATGTCGTAGGAGGAGGAGGAGAACGTAGCTTCG
GGATCGGGCTCGGACTCAGCCTCGGCCCTATGTCACCGAGCCTAGGCCTACACGGATTTT
CGTCTCCAAAAACAGCAACAAAGGGACCAAGGATGCCTGATGGGACAAGAGGCTTCACTA
TGGGACGTGGCAAACCTGTCAATCTCAGTCTTATCTAACAATCTCTAAGTAAAAGAGGTA
AAAGCTATAGAATTAACCAAATAATACATGTTGGTTGTTGTTTTTTTGAGATATGGGTTC
ACAGAAGCAAGGACATGGGTTTGGGATGAGGTATGGTGAAGTTTTTTGAGTGTTTTTTCT
TTCTTCTTTTTGCATTTCTTTTATTCTCTAATTTGGGCAATTTCTTTTGTATGTTTTGAT
TTGTTTATTTTTGTGTGAGACTAACTGAATAATAAAGGGTTTATAGCACAAGGACTGCAA
CCCTGTTGTGTACC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL9139Contig1 768 2 1 U
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AGGAAGGTGATGATGAAGCTATGGAAACGAGCTTCCGGTGCTCTCAAAGACCGGAAAAGC
TTGTTCTCCGTCAGCTTCTCCCGGACAACCTCCTTCCGCAACCCTGACCTTGACTCCGCC
ATCATCCACGCAACCTCTCACGACGACTCCTCTGTCGATTACCACAATGCTCACCGCGTC
TACAAATGGATCCGCTCCTCTCCAGCAAACCTCAAGCCTCTTGTCCACTCGCTTTCCTCA
CGTGTTAACCGGACAAGAAGCTGGATAGTTGCCTTGAAAGCCCTAATGCTCGTCCACGGT
GTCCTTTGCTGCAAAGTCCCCTCCCTTCACGAGATTCGTCGTCTCTCTTTCGACCTCTCG
GACTTCTCCGACGGCCATTCACGTCCCAGCAAGACTTGGGGCTTCAACGCTTTGATACGA
GCTTACTTCTCGTTTCTTGACCAGTACTCTTTCTTTTTATCCGACCAAATCTGTTCTCGG
AATAGAAAACCTCAGGTAGATTCTGTTAACCAAGAGCTCGAAAGCATCGAGAAGCTACAG
TCTCTTCTCCATACGCTTCTACAGATACGTCCAATGGCTGACAACATGAAGAAGACGCTT
ATCCTTGAAGCCATGGACTGTGTAGTGATTGAGATCTTCGACATTTATGGTAGATCTGCA
GCGGTATAGCGAAGCTTCTCATTAAATAAGTCCAGCTGCTGGAAAGCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR1GB22TF U 1
AF RR1G409TF U 1
BS 1 768 RR1G409TF

RD RR1GB22TF 601 0 0
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GCTTACTTCTCGTTTCTTGACCAGTACTCTTTCTTTTTATCCGACCAAATCTGTTCTCGG
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T

QA 1 601 1 601
DS 

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AGGAAGGTGATGATGAAGCTATGGAAACGAGCTTCCGGTGCTCTCAAAGACCGGAAAAGC
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GCGGTATAGCGAAGCTTCTCATTAAATAAGTCCAGCTGCTGGAAAGCG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

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GAAAATGAACTCTTTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTATGATGTTGA
CGATCAATAAATATTTGAGCTTGCTCAAAAATTGTTTGTTATGATTTATGATGCTGACAC
CAGTAAAGATTTGAGCTTTGCTTAAATGGTTTGAAATAGTGAACGGTTTGTCATGTTTTG
G


BQ
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20 

AF RR1EU45JQ C 1
AF RR1EU45TF U 1
BS 1 601 RR1EU45TF

RD RR1EU45JQ 601 0 0
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G

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR1EU45TF 601 0 0
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GAAGAAGATGAACACTGACATCACTGCCTTAGAGAAGCACCAATACCCCGTCGTCGATCG
GAATCCACCATTCACAAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGTACTCGATTACCTCCGTTTCTC
CACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTATCTATCAGGGATTAAGCCTGGGATCAA
AGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGACTGATCGGACTCATGGGTGGGTTCATGTATGCGTA
TCAGAACTCGGCGGGGAGGCTCATGGGTTTCTTCCCTAACGAAGGCGAGGTCGCTAGTTA
CCAGAAGCGCGGTGGGTTCTCCAAATGAGAGTCTATTGCTGGATCTCTGGGTTCCAATTC
GAAAATGAACTCTTTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTATGATGTTGA
CGATCAATAAATATTTGAGCTTGCTCAAAAATTGTTTGTTATGATTTATGATGCTGACAC
CAGTAAAGATTTGAGCTTTGCTTAAATGGTTTGAAATAGTGAACGGTTTGTCATGTTTTG
G

QA 1 601 1 601
DS 



